Datasets:

---

Praise2112

/

LivingNER

like 1

[ "This", "is", "a", "20-year-old", "male", "patient", ",", "resident", "in", "the", "urban", "area", "of", "Medellín", ",", "student", ",", "who", "consulted", "for", "a", "spot", "on", "the", "right", "palm", ",", "asymptomatic", ",", "of", "two", "months", "of", "evolution", ",", "without", "previous", "treatment", ",", "with", "a", "single", "hyperpigmented", "macule", ",", "dark", "grey", ",", "without", "desquamation", ",", "measuring", "2", "cm", "x", "1", "cm", ",", "on", "physical", "examination", ".", "At", "dermoscopy", ",", "there", "was", "no", "pigment", "network", ".", "With", "clinical", "suspicion", "of", "tinea", "nigra", "palmaris", ",", "the", "patient", "was", "sent", "to", "the", "Microbiology", "Service", "of", "the", "Clinical", "Laboratory", "of", "the", "Congregazione", "Mariana", ",", "where", "the", "scales", "were", "scraped", "for", "direct", "examination", "with", "10", "%", "potassium", "hydroxide", "(", "KOH", ")", ",", "which", "showed", "thick", ",", "septate", ",", "branched", ",", "olivaceous", "hyphae", ",", "some", "with", "hyaline", "endings", ",", "indicative", "of", "dematiaceous", "fungi", ".", "Cultures", "were", "grown", "on", "Sabouraud", "agar", "with", "glucose", "and", "chloramphenicol", "and", "selective", "agar", "for", "dermatophyte", "growth", ",", "Mycosel", "agar", ",", "supplemented", "with", "5", "%", "phenol", "red", "solution", ".", "Cultures", "were", "incubated", "at", "28", "°", "C", "for", "30", "days", ".", "In", "the", "second", "week", ",", "the", "culture", "on", "Sabouraud", "agar", "showed", "growth", "of", "waxy", "black", "colonies", "without", "aerial", "mycelium", ",", "while", "on", "Mycosel", "agar", ",", "no", "growth", "was", "obtained", ".", "A", "new", "culture", "was", "made", "to", "better", "isolate", "the", "colonies", ",", "due", "to", "mould", "contamination", "on", "the", "lower", "part", "of", "the", "initial", "culture", ".", "From", "the", "initial", "culture", ",", "a", "direct", "examination", "with", "lactophenol", "blue", "was", "performed", ",", "in", "which", "the", "hyphae", "described", "above", "were", "observed", ".", "In", "the", "case", "described", ",", "the", "patient", "presented", "to", "the", "specialist", "clinic", "with", "a", "dark", "spot", "on", "the", "right", "palm", ",", "with", "no", "other", "symptoms", "or", "apparent", "predisposing", "factors", ".", "Mycological", "examination", "identified", "H", ".", "werneckii", "as", "the", "causative", "agent", "of", "the", "infection", ".", "Tinea", "nigra", "is", "a", "dermatomycosis", "that", "usually", "affects", "the", "stratum", "corneum", "palmaris", "and", "is", "caused", "by", "Hortaea", "werneckii", "(", "formerly", "called", "Phaeoannellomyces", "werneckii", "and", "Exophiala", "werneckii", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0 ]

[ { "text": "student", "label": "HUMAN", "start": 76, "end": 83 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 34 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 657, "end": 663 }, { "text": "dematiaceous fungi", "label": "SPECIES", "start": 706, "end": 724 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 416, "end": 423 }, { "text": "black colonies", "label": "SPECIES", "start": 1015, "end": 1029 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1021, "end": 1029 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 1147, "end": 1155 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 1323, "end": 1329 }, { "text": "dermatophyte", "label": "SPECIES", "start": 821, "end": 833 }, { "text": "mould", "label": "SPECIES", "start": 1164, "end": 1169 }, { "text": "Mycological", "label": "SPECIES", "start": 1525, "end": 1536 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1389, "end": 1396 }, { "text": "H. werneckii", "label": "SPECIES", "start": 1560, "end": 1572 }, { "text": "Hortaea werneckii", "label": "SPECIES", "start": 1713, "end": 1730 }, { "text": "Phaeoannellomyces werneckii", "label": "SPECIES", "start": 1748, "end": 1775 }, { "text": "Exophiala werneckii", "label": "SPECIES", "start": 1780, "end": 1799 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "an", "11-year-old", "boy", "from", "Gambia", "who", "consulted", "for", "macroscopic", "haematuria", "predominantly", "at", "the", "end", "of", "micturition", "and", "dysuria", "of", "one", "year", "'", "s", "duration", ";", "with", "no", "history", "of", "fever", ".", "On", "taking", "the", "medical", "history", ",", "the", "patient", "reported", "a", "recent", "trip", "to", "his", "country", "of", "origin", "and", "several", "baths", "in", "lakes", "in", "the", "region", ".", "Physical", "examination", "was", "unremarkable", ".", "In", "view", "of", "the", "clinical", "suspicion", "of", "bilharzhiasis", ",", "the", "Microbiology", "Department", "of", "the", "referral", "hospital", "was", "contacted", ",", "where", "they", "indicated", "urine", "collection", "on", "three", "consecutive", "days", ",", "preferably", "at", "midday", "and", "at", "the", "end", "of", "urination", "(", "when", "egg", "excretion", "is", "at", "its", "peak", ")", "and", "a", "renovesical", "ultrasound", "examination", "was", "requested", ".", "The", "microbiological", "study", "showed", "Schistosoma", "haematobium", "eggs", ".", "The", "bladder", "ultrasound", "revealed", "a", "parietal", "thickening", "that", "reached", "a", "maximum", "thickness", "of", "9", "mm", "in", "a", "radius", "of", "20", "mm", ",", "suggesting", "schistosomiasis", ",", "for", "which", "treatment", "with", "praziquantel", "was", "prescribed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Schistosoma haematobium eggs", "label": "SPECIES", "start": 728, "end": 756 } ]

[ "A", "59-year-old", "woman", "from", "China", ".", "No", "relevant", "medical", "history", ".", "She", "presented", "with", "fever", "and", "emesis", "of", "10", "days", "evolution", ".", "Last", "trip", "to", "China", "1", "year", "ago", ".", "No", "other", "epidemiological", "or", "exposure", "data", "of", "interest", ".", "Laboratory", "alteration", "of", "the", "liver", "profile", "(", "Bilirubin", "2", ".", "6", "mg", "/", "dL", "and", "hypertransaminasemia", ")", ".", "Isolation", "of", "Klebsiella", "pneumoniae", "bacteraemia", "in", "blood", "cultures", ".", "A", "diagnostic", "imaging", "study", "was", "completed", "with", "a", "CT", "scan", ",", "which", "showed", "an", "intrahepatic", "abscess", "(", "4x4x2cm", ")", "with", "thrombosis", "of", "the", "right", "suprahepatic", "vein", ".", "Unfavourable", "clinical", "evolution", "during", "the", "first", "few", "days", ",", "development", "of", "septic", "symptoms", "and", "respiratory", "failure", ",", "she", "was", "transferred", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "Appearance", "of", "associated", "pleural", "empyema", "and", "enlargement", "of", "the", "abscess", "(", "6x6x3cm", ")", ".", "Coverage", "with", "ceftriaxone", "and", "percutaneous", "drainage", "of", "the", "liver", "abscess", "was", "unsuccessful", ".", "Microbiological", "samples", "of", "the", "abscess", "isolated", "Enterococcus", "faecium", "and", "antibiotic", "coverage", "was", "increased", "with", "Vancomycin", ".", "After", "surgical", "drainage", ",", "the", "patient", "evolved", "favourably", "and", "was", "discharged", "with", "ciprofloxacin", ".", "She", "is", "currently", "being", "followed", "up", "in", "consultations", "and", "has", "recovered", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Enterococcus faecium", "label": "SPECIES", "start": 899, "end": 919 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 309, "end": 330 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1004, "end": 1011 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 331, "end": 342 } ]

[ "47-year-old", "male", ",", "resident", "of", "Cariari", "in", "Pococí", "de", "Limón", ".", "Carrier", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", ",", "hypertension", "and", "chronic", "liver", "disease", "with", "Child", "Pugh", "B", "clinical", "stage", ",", "secondary", "to", "hepatitis", "B", "virus", "infection", ",", "with", "portal", "hypertension", ",", "oesophageal", "varices", "and", "hypersplenism", ".", "The", "chronic", "treatment", "of", "this", "patient", "is", "tenofovir", "300", "mg", "vo", "per", "day", ",", "omeprazole", "20", "mg", "vo", "per", "day", ",", "propanolol", "40", "mg", "vo", "per", "day", ",", "folic", "acid", "1", "mg", "vo", "per", "day", ",", "lactulose", "30", "ml", "three", "times", "a", "day", ",", "spironolactone", "100", "mg", "per", "day", "and", "insulin", "glargine", "(", "lantus", "®", ")", "40", "units", "per", "day", ".", "Regarding", "his", "chronic", "liver", "disease", ",", "he", "has", "had", "no", "episodes", "of", "variceal", "bleeding", "and", "is", "stable", "with", "his", "last", "hepatitis", "B", "viral", "load", "<", "10", "copies", "/", "mL", ";", "however", ",", "his", "diabetes", "is", "not", "adequately", "controlled", "and", "although", "he", "has", "no", "obvious", "target", "organ", "damage", ",", "he", "has", "suboptimal", "glycosylated", "haemoglobins", ",", "i", ".", "e", ".", "HbA1C", ">", "7", "%", ".", "(", "12", ")", "The", "patient", "has", "no", "relevant", "epidemiological", "history", "except", "that", "he", "lives", "in", "a", "humid", "tropical", "region", "such", "as", "the", "province", "of", "Limón", ".", "This", "patient", "consulted", "for", "5", "months", "of", "dyspnoea", "at", "rest", ",", "productive", "cough", "and", "haemoptysis", ".", "Tuberculosis", "had", "previously", "been", "ruled", "out", "on", "an", "outpatient", "basis", ",", "and", "he", "consulted", "on", "this", "occasion", "due", "to", "exacerbation", "of", "his", "respiratory", "symptoms", ",", "fever", "and", "constitutional", "symptoms", ".", "He", "was", "admitted", "febrile", ",", "tachycardic", ",", "sweaty", ",", "normotensive", ",", "with", "adequate", "oxygen", "saturation", ",", "without", "clinical", "data", "of", "hepatic", "encephalopathy", ",", "with", "cardiopulmonary", "auscultation", "without", "pathological", "findings", ",", "soft", "abdomen", "without", "ascites", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "an", "interstitial", "infiltrate", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", "to", "the", "emergency", "department", "were", "as", "follows", ":", "Haemoglobin", ":", "13", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "Leukocytes", "7900", "/", "uL", ",", "Bands", "11", "%", ",", "Platelets", "56", ",", "000", "/", "uL", ",", "Creatinine", ":", "0", ".", "68", "mg", "/", "dl", ",", "BUN", ":", "21", "mg", "/", "dl", ",", "Glycaemia", ":", "187mg", "/", "dl", ",", "HIV", "ELISA", "negative", ",", "HbA1C", ":", "8", ".", "2", "%", ",", "PT", ":", "23", "sec", ",", "INR", ":", "2", ".", "03", ",", "PTT", ":", "38", "sec", ",", "ESR", ":", "21mm3", ",", "CRP", ":", "11", ".", "1", "mg", "/", "dl", ".", "Blood", "cultures", "are", "reported", "positive", "in", "both", "bottles", "taken", "from", "both", "upper", "limbs", ":", "13", "and", "12", "hours", "respectively", ",", "for", "Pasteurella", "multocida", ".", "Bronchoscopy", "was", "performed", "with", "bronchial", "aspirate", "culture", "positive", "for", "Streptococcus", "parasanguis", "and", "PCR", "negative", "for", "tuberculosis", ".", "The", "result", "of", "the", "biopsy", "showed", "undifferentiated", "lung", "cancer", ".", "The", "other", "laboratory", "tests", "obtained", "during", "his", "hospitalisation", "did", "not", "differ", "greatly", "from", "the", "initial", "ones", "noted", "above", ",", "although", "it", "should", "be", "noted", "here", "that", "the", "biomarkers", "improved", "in", "their", "entirety", "with", "the", "therapy", "given", ".", "In", "view", "of", "the", "patient", "'", "s", "bacteraemia", ",", "he", "is", "specifically", "asked", "about", "contact", "with", "pets", "(", "cats", "or", "dogs", ")", ",", "which", "he", "emphatically", "denies", ".", "However", ",", "there", "is", "a", "dog", "at", "home", ",", "but", "he", "insists", "that", "it", "is", "outside", "the", "house", "and", "that", "he", "has", "no", "direct", "contact", "with", "it", ".", "The", "clinical", "management", "of", "this", "case", "was", "carried", "out", "empirically", "from", "the", "beginning", "with", "Cefotaxime", "at", "the", "usual", "doses", "of", "2", "g", "intravenous", "every", "8", "hours", "for", "10", "days", ";", "therefore", ",", "his", "clinical", "outcome", "was", "adequate", "in", "this", "hospitalisation", ",", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "with", "subsequent", "monitoring", "in", "oncology", "and", "gastroenterology", ".", "MICROBIOLOGY", "Two", "bottles", "of", "blood", "culture", "were", "received", "in", "the", "laboratory", "from", "this", "patient", "and", "were", "positive", "after", "12", "and", "13", "hours", "of", "incubation", "in", "automated", "equipment", "(", "Bact", "/", "Alert", ",", "bioMérieux", ",", "Marcy", "l", "\"", "Étoile", ",", "France", ")", ".", "Gram", "staining", "showed", "gram-negative", "coccobacilli", ".", "Subcultures", "were", "subcultured", "from", "each", "flask", "on", "Columbia", "Medium", "with", "5", "%", "ram", "'", "s", "blood", "and", "Chocolate", "Agar", "(", "bioMérieux", ",", "Marcyl", "\"", "Étoile", ",", "France", ")", ".", "They", "were", "incubated", "in", "5", "%", "CO2", "atmosphere", "at", "37", "°", "C", "for", "24", "hours", ",", "resulting", "in", "the", "growth", "of", "small", ",", "non-hemolytic", ",", "greyish", "smooth", "colonies", "corresponding", "to", "a", "gram-negative", ",", "catalase-positive", ",", "oxidase-positive", "coccobacillus", ".", "Identification", "on", "Vitek", "2", "Compact", "GN", "card", "(", "bioMérieux", ",", "Marcyl", "\"", "Étoile", ",", "France", ")", "was", "Pasteurella", "multocida", "with", "95", "%", "probability", "in", "both", "isolates", ".", "The", "antibiotic", "sensitivity", "test", "on", "AST279", "card", "(", "bioMérieux", ")", "is", "reported", "sensitive", "for", "Betalactams", ",", "third", "generation", "Cephalosporins", ",", "Carbapenemics", ",", "Ciprofloxacin", ",", "and", "Trimethoprim-Sulfamethoxazole", ",", "intermediate", "sensitivity", "for", "Gentamicin", "and", "resistant", "for", "Amikacin", ".", "Sensitivity", "to", "macrolides", "was", "not", "performed", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 181, "end": 198 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 181, "end": 192 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1766, "end": 1769 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2447, "end": 2458 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 305, "end": 312 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 866, "end": 873 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 998, "end": 1005 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2437, "end": 2444 }, { "text": "dog", "label": "SPECIES", "start": 2575, "end": 2578 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 2518, "end": 2522 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 666, "end": 671 }, { "text": "Pasteurella multocida", "label": "SPECIES", "start": 1979, "end": 2000 } ]

[ "This", "is", "a", "male", "newborn", "with", "a", "perinatal", "history", "of", "euthecological", "delivery", ",", "gestational", "age", "40", "weeks", ",", "Apgar", "9", "/", "9", "stitches", ",", "Apgar", "9", "/", "9", "stitches", ".", "2", "weeks", ",", "Apgar", "9", "/", "9", "points", "and", "a", "weight", "of", "3640", "grams", ",", "who", "was", "discharged", "from", "the", "puerperium", "service", "at", "72", "hours", "of", "life", "and", "at", "12", "days", "of", "age", "is", "received", "in", "the", "Neonatology", "service", ",", "referred", "from", "the", "health", "area", "of", "Sandino", "for", "presenting", "fever", "of", "39oC", ",", "somnolence", ",", "irritability", ",", "signs", "of", "respiratory", "difficulty", ",", "pallor", ",", "distal", "cyanosis", ",", "with", "a", "toxic-infectious", "aspect", ",", "tachycardia", "and", "signs", "of", "tissue", "hypoperfusion", ".", "Physical", "examination", "also", "revealed", "an", "increase", "in", "volume", "of", "the", "right", "breast", "accompanied", "by", "flushing", ",", "warmth", "and", "pain", "on", "palpation", ";", "this", "increase", "in", "volume", "extended", "towards", "the", "posterior", "region", "of", "the", "thorax", ".", "The", "formation", "of", "haemorrhagic", "bullae", ",", "which", "converge", "in", "skin", "crepitus", "that", "rapidly", "progresses", "to", "a", "purplish-blue", "colouring", "in", "the", "form", "of", "patches", ",", "is", "striking", ".", "Laboratory", "tests", "showed", ":", "haemoglobin", ":", "12", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "leucocytes", "13", ",", "500", "/", "mm3", ",", "PMN", "48", "%", "with", "presence", "of", "toxic", "granulations", "in", "the", "periphery", "and", "Oski", "index", "of", "0", ".", "25", ",", "platelets", "100", ".", "000", "/", "mm3", ",", "blood", "gas", "with", "hypochloremic", "metabolic", "acidosis", "with", "correction", "criteria", ";", "CSF", "cytochemistry", "normal", ",", "glycaemia", "3", ".", "6", "mmol", "/", "l", ",", "chest", "X-ray", "showed", "diffuse", "reticulogranular", "images", "with", "outline", "of", "air", "bronchogram", ".", "The", "patient", "was", "supported", "on", "transfer", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "with", "parenteral", "hydration", "according", "to", "the", "baby", "'", "s", "needs", ",", "volume", "replacement", "(", "isotonic", "saline", "solution", ")", ",", "inotropics", "(", "dopamine", ",", "dobutrex", ")", "and", "started", "with", "broad", "spectrum", "antimicrobial", "therapy", ",", "3rd", "generation", "cephalosporin", "(", "cefotaxime", ")", "at", "100", "mg", "/", "kg", "/", "day", "in", "combination", "with", "vancomycin", ".", "Given", "the", "rapid", "evolution", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "as", "well", "as", "its", "aggressiveness", ",", "multidisciplinary", "consultation", "with", "Paediatric", "Surgery", "and", "Caumatology", "was", "requested", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "immediate", "and", "aggressive", "surgical", "treatment", ",", "which", "consisted", "of", "resection", "with", "extensive", "and", "complete", "debridement", "of", "all", "affected", "tissues", ",", "as", "well", "as", "exploration", "with", "resection", "of", "necrotic", "tissues", ",", "placing", "drains", "in", "purulent", "collections", "and", "taking", "samples", "of", "secretions", "and", "blood", "for", "microbiological", "studies", ";", "This", "tissue", "resection", "was", "carried", "out", "without", "aesthetic", "considerations", ",", "trying", "to", "preserve", "the", "patient", "'", "s", "life", ",", "based", "on", "the", "criterion", "that", "these", "procedures", "are", "the", "key", "to", "survival", "in", "these", "newborns", ".", "The", "clinical", "evolution", "in", "the", "operating", "room", "was", "evaluated", "jointly", "by", "the", "Neonatology", ",", "Surgery", "and", "Caumatology", "services", "and", "the", "conduct", "to", "be", "followed", "was", "based", "on", "the", "management", "of", "nutrition", ",", "infection", "control", ",", "signs", "of", "shock", "and", "ventilatory", "mechanics", ",", "it", "being", "necessary", "to", "take", "him", "to", "the", "operating", "room", "on", "several", "occasions", "to", "evaluate", "new", "debridements", "over", "a", "period", "of", "24-36", "hours", "until", "no", "infected", "or", "necrotic", "tissues", "were", "observed", "that", "could", "affect", "the", "evolution", "and", "prognosis", "of", "this", "neonate", ".", "The", "characteristics", "of", "the", "wound", "and", "the", "deep", "bed", "were", "evaluated", "daily", "by", "the", "medical", "staff", "in", "order", "to", "determine", "the", "appropriate", "time", "to", "perform", "a", "complete", "solution", "of", "the", "process", ".", "Streptococcus", "pyogenes", "was", "isolated", "in", "the", "blood", "culture", "and", "coagulase-positive", "staphylococcus", "in", "the", "purulent", "secretions", ",", "so", "changes", "in", "therapy", "were", "made", "by", "replacing", "cefotaxime", "with", "meronem", "at", "a", "dose", "of", "20mg", "/", "kg", "/", "dose", "and", "vancomycin", "coverage", "was", "maintained", ",", "achieving", "control", "of", "the", "septic", "process", ".", "At", "one", "month", "of", "age", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "homologous", "graft", "(", "skin", "taken", "from", "the", "mother", ")", ".", "He", "evolved", "favourably", "with", "a", "successful", "outcome", "as", "if", "it", "had", "been", "an", "autologous", "skin", "graft", ".", "He", "was", "discharged", "after", "a", "3-month", "stay", "in", "the", "neonatal", "medical", "intensive", "care", "unit", "(", "NICU", ")", "with", "a", "complete", "recovery", "and", "no", "evidence", "of", "organ", "damage", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 22 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1323, "end": 1330 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2268, "end": 2275 }, { "text": "newborns", "label": "HUMAN", "start": 2362, "end": 2370 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 3057, "end": 3079 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3443, "end": 3449 } ]

[ "Anamnesis", "No", "family", "history", "of", "note", ".", "Personal", "history", ":", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "No", "toxic", "habits", ".", "Dyslipidaemia", ".", "Stage", "V", "chronic", "kidney", "disease", "secondary", "to", "juvenile", "polycystic", "kidney", "disease", ".", "He", "started", "renal", "replacement", "therapy", "in", "1991", ".", "First", "kidney", "transplant", "from", "a", "related", "living", "donor", "(", "mother", ")", "on", "16", "/", "4", "/", "1991", ",", "and", "started", "dialysis", "for", "chronic", "graft", "nephropathy", "in", "March", "2009", ".", "Septic", "shock", "of", "biliary", "origin", "due", "to", "BGN", "requiring", "admission", "to", "the", "ICU", "in", "September", "2010", ".", "After", "imaging", "tests", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "Caroli", "'", "s", "disease", "and", "chronic", "pancreatitis", ",", "presenting", "with", "recurrent", "cholangitis", ",", "which", "necessitated", "the", "placement", "of", "a", "biliary", "plastic", "prosthesis", ".", "He", "was", "also", "diagnosed", "with", "chronic", "liver", "disease", "with", "portal", "HT", "with", "ascites", ",", "splenomegaly", "and", "grade", "I", "oesophageal", "varices", ".", "Hepatorenal", "transplant", "on", "2", "/", "9", "/", "2011", ",", "which", "required", "quadruple", "immunosuppression", "with", "thymoglobulin", "+", "prednisone", "+", "mycophenolate", "+", "tacrolimus", ".", "Calorie-protein", "malnutrition", ".", "Emergency", "surgery", "in", "May", "2012", "for", "incarcerated", "hernia", ".", "Currently", "maintains", "baseline", "renal", "function", "with", "creatinine", "around", "2", ".", "1-2", ".", "5", "mg", "/", "dl", "(", "ClCr", "35-45", "ml", "/", "min", ")", ".", "Good", "liver", "function", ",", "although", "he", "has", "recurrent", "ascites", "that", "has", "required", "repeated", "evacuation", "paracenteisis", ".", "Oncological", "history", ":", "in", "June", "2013", "he", "presented", "with", "a", "painful", "lesion", "on", "the", "right", "shoulder", "and", ",", "after", "excision", "on", "5", "/", "9", "/", "2013", ",", "he", "was", "diagnosed", "by", "PA", "as", "a", "well-differentiated", "infiltrating", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "which", "required", "a", "second", "surgical", "intervention", "on", "12", "/", "12", "/", "2013", "to", "enlarge", "the", "edges", ".", "Postoperatively", ",", "he", "noticed", "a", "homolateral", "axillary", "nodule", ",", "for", "which", "an", "ultrasound", "and", "CT", "scan", "were", "performed", ",", "suggesting", "its", "probable", "metastatic", "origin", ";", "furthermore", ",", "a", "biopsy", "was", "performed", ",", "which", "was", "inconclusive", ".", "After", "presenting", "the", "case", "to", "the", "Multidisciplinary", "Committee", ",", "axillary", "lymph", "node", "removal", "was", "decided", ".", "Finally", ",", "the", "AP", "diagnosis", "was", "metastasis", "of", "squamous", "cell", "carcinoma", ",", "with", "images", "of", "tumour", "vascular", "invasion", "and", "extension", "to", "adjacent", "soft", "tissues", ",", "in", "14", "/", "17", "isolated", "lymph", "nodes", ".", "Reason", "for", "consultation", ":", "referred", "to", "our", "centre", "for", "evaluation", "of", "specific", "treatment", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "0", ".", "Acceptable", "general", "condition", ".", "Weight", "60", "kg", ",", "height", "170", "cm", ".", "Multiple", "verrucous", "lesions", "all", "over", "the", "body", ",", "especially", "on", "the", "back", ".", "Most", "painful", "lesion", "on", "the", "chest", "with", "pustule", "due", "to", "rubbing", ".", "Oedematous", "area", "in", "the", "lymphadenectomy", "scar", "in", "the", "right", "axilla", ",", "with", "a", "small", "nodule", "in", "the", "central", "area", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "without", "findings", ".", "Abdomen", "slightly", "distended", ",", "dull", "to", "percussion", ".", "Limbs", "without", "findings", ".", "Complementary", "tests", "\"", "CBC", ":", "Cr", "2", ".", "1", "mg", "/", "dl", ".", "CBC", ":", "Hb", "12", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "and", "neutrophils", "in", "range", ",", "platelets", "110", ",", "000", ".", "\"", "Chest", "CT", "scan", "with", "IV", "contrast", "(", "28", "/", "4", "/", "2014", ")", ":", "extension", "study", "of", "squamous", "cell", "carcinoma", ".", "There", "are", "several", "malignant", "lymph", "nodes", "in", "the", "right", "axilla", ".", "Appearance", "of", "a", "single", "pulmonary", "nodule", "with", "polylobulated", "borders", "with", "a", "maximum", "diameter", "of", "10", "mm", "in", "the", "LSD", ",", "suggesting", "a", "metastatic", "nodule", ",", "and", "a", "lymph", "node", "with", "a", "necrotic", "centre", "in", "the", "left", "lower", "bronchopulmonary", "lymph", "node", "chain", ",", "probably", "metastatic", ".", "Areas", "of", "infectious", "bronchiolitis", "in", "both", "lung", "bases", ".", "Free", "ascites", ".", "Diagnosis", "Advanced", "squamous", "cell", "carcinoma", "(", "second", "axillary", "lymph", "node", "relapse", "and", "pulmonary", "nodule", ")", ".", "Treatment", "The", "patient", "underwent", "chemotherapy", "treatment", "according", "to", "the", "carboplatin", "+", "5-FU", "scheme", "for", "two", "cycles", ":", "first", "cycle", "on", "12", "/", "5", "/", "2014", "and", "second", "cycle", "with", "80", "%", "reduction", "due", "to", "neutropenia", "on", "16", "/", "6", "/", "2014", ".", "Local", "radiotherapy", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "axilla", "between", "2", "September", "and", "28", "October", "2014", ",", "receiving", "a", "total", "of", "39", "Gy", "in", "13", "sessions", ".", "Treatment", "had", "to", "be", "interrupted", "due", "to", "local", "infection", ".", "Evolution", "The", "administration", "of", "the", "treatment", "was", "complex", ",", "requiring", "several", "interruptions", "due", "to", "neutropenia", ",", "including", "a", "20", "%", "reduction", "in", "the", "second", "cycle", "of", "chemotherapy", ".", "Other", "toxicities", "presented", "by", "the", "chemotherapy", "were", "grade", "1", "nausea", "and", "grade", "3", "asthenia", ".", "In", "July", "2014", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", "for", "septic", "shock", "of", "urinary", "origin", "due", "to", "Escherichia", "coli", ",", "with", "progressive", "recovery", "during", "admission", "until", "discharge", ".", "He", "received", "radiotherapy", "between", "September", "and", "October", "2014", ",", "and", "it", "was", "necessary", "to", "perform", "a", "parenchymal", "repair", "due", "to", "local", "infection", ",", "which", "resolved", "after", "antibiotic", "treatment", ".", "A", "re-evaluation", "CT", "scan", "was", "performed", "on", "15", "/", "12", "/", "2015", ":", "intervened", "axillary", "lesion", ",", "in", "which", "lymphadenopathy", "and", "soft", "tissue", "mass", "persisted", ",", "although", "with", "an", "evident", "decrease", "in", "the", "size", "of", "all", "the", "lesions", ".", "Lung", "nodule", "in", "the", "LSD", "decreased", "in", "size", "(", "7", "mm", "maximum", "diameter", ")", ".", "Good", "evolution", "of", "the", "previously", "existing", "pleuropulmonary", "pathology", ".", "Partial", "response", ".", "At", "this", "point", "it", "was", "decided", "to", "follow", "up", "due", "to", "the", "lack", "of", "progression", ".", "The", "follow-up", "CT", "scan", "was", "repeated", "on", "27", "/", "4", "/", "2015", ":", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "right", "axillary", "lymph", "node", "involvement", "was", "observed", ".", "Moderate", "reduction", "of", "the", "LSD", "nodule", "(", "5", "mm", "maximum", "diameter", ")", ".", "Stability", "of", "the", "centrolobulillary", "bronchiolitic", "lesions", ".", "The", "patient", "is", "currently", "doing", "well", ",", "and", "it", "has", "been", "decided", "to", "follow", "him", "up", "quarterly", "with", "imaging", "tests", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 13, "end": 19 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 46 }, { "text": "donor", "label": "HUMAN", "start": 285, "end": 290 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 292, "end": 298 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 497, "end": 504 }, { "text": "BGN", "label": "SPECIES", "start": 418, "end": 421 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3267, "end": 3274 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 4009, "end": 4025 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3935, "end": 3942 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4968, "end": 4975 } ]

[ "", "A", "67-year-old", "man", "was", "admitted", "with", "fever", ",", "cough", ",", "nasal", "congestion", ",", "sore", "throat", "and", "diarrhoea", ",", "20", "months", "after", "an", "uncomplicated", "heart", "transplant", ".", "He", "was", "not", "hypoxic", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "peripheral", ",", "multifocal", ",", "bilateral", "ground-glass", "opacities", ".", "The", "white", "blood", "cell", "count", "was", "4720", "/", "ml", ",", "with", "a", "lymphocyte", "count", "of", "1040", "/", "ml", ".", "Blood", "cultures", "and", "PCR", "for", "cytomegalovirus", "were", "unremarkable", ".", "The", "C-reactive", "protein", "value", "was", "0", ".", "55", "mg", "/", "dl", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "PCR", "for", "SARS-CoV-2", "was", "positive", ",", "consistent", "with", "COVID-19", "disease", ".", "The", "immunosuppression", "regimen", "consisted", "of", "500", "mg", "mycophenolate", "twice", "daily", "and", "tacrolimus", "at", "a", "minimum", "concentration", "of", "7", ".", "6", "ng", "/", "ml", "on", "admission", ".", "Mycophenolate", "was", "withdrawn", "and", "tacrolimus", "was", "maintained", "at", "a", "target", "concentration", "of", "7-10", "ng", "/", "ml", ".", "The", "patient", "continued", "to", "have", "intermittent", "fever", "but", "never", "experienced", "hypoxia", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "on", "day", "6", "showed", "worsening", "ground-glass", "opacities", ".", "On", "day", "7", "a", "course", "of", "hydroxychloroquine", "was", "started", "(", "400", "mg", "twice", "daily", "on", "the", "first", "day", ",", "then", "200", "mg", "twice", "daily", "for", "4", "days", ")", ".", "He", "was", "discharged", "on", "day", "9", ".", "He", "was", "admitted", "again", "after", "two", "days", ",", "with", "disorientation", ",", "anorexia", "and", "vomiting", ".", "He", "was", "conscious", ",", "oriented", "only", "to", "people", "and", "febrile", ".", "He", "had", "no", "history", "of", "confusional", "delirium", "or", "encephalopathy", "and", "was", "under", "treatment", "with", "venlafaxine", "for", "depression", ".", "Examination", "revealed", "intention", "and", "postural", "tremor", ",", "with", "no", "focal", "neurological", "deficits", ".", "The", "C-reactive", "protein", "value", "was", "high", "at", "10", ".", "7", "mg", "/", "dl", ",", "and", "there", "was", "a", "slight", "elevation", "of", "aspartate", "aminotransferase", "and", "alanine", "aminotransferase", "at", "74", "U", "/", "litre", "and", "79", "U", "/", "litre", ",", "respectively", ".", "Serum", "ammonia", "and", "TSH", "were", "normal", ".", "Serum", "sodium", "was", "low", "at", "133", "milliequivalents", "/", "litre", "(", "normal", "range", ":", "135-145", "milliequivalents", "/", "litre", ")", ",", "but", "returned", "to", "normal", "on", "day", "2", "of", "readmission", ".", "Urea", "nitrogen", "and", "serum", "creatinine", "were", "42", "mg", "/", "dl", "and", "1", ".", "73", "mg", "/", "dl", ",", "respectively", ",", "unchanged", "from", "baseline", ".", "The", "tacrolimus", "trough", "concentration", "at", "readmission", "was", "11", ".", "5", "ng", "/", "ml", ",", "averaged", "at", "10", "§", "1", ".", "2", "ng", "/", "ml", "during", "admission", ".", "Hydroxychloroquine", "was", "withdrawn", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "yielded", "no", "relevant", "findings", ".", "A", "thoracic", "CT", "scan", "showed", "minimal", "worsening", "of", "ground-glass", "opacities", ".", "A", "brain", "MRI", "showed", "mild", "scattered", "foci", "of", "subcortical", "and", "deep", "periventricular", "white", "matter", "ischaemia", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "encephalitis", ",", "posterior", "reversible", "encephalopathy", "or", "leukoencephalopathy", ".", "A", "new", "MRI", "one", "week", "later", "showed", "no", "changes", ".", "An", "electroencephalogram", "revealed", "mild", "diffuse", "and", "non-specific", "multifocal", "brain", "alterations", ",", "with", "no", "evidence", "of", "seizures", ".", "A", "lumbar", "puncture", "showed", "normal", "values", "for", "lymphocytes", ",", "protein", "and", "glucose", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "analysis", "was", "negative", "for", "herpes", "simplex", "PCR", "and", "cryptococcal", "antigens", ".", "CSF", "PCR", ",", "not", "validated", "for", "SARS-CoV-2", ",", "was", "negative", ".", "On", "day", "16", ",", "C-reactive", "protein", "values", "started", "to", "decrease", ".", "Mental", "status", "slowly", "improved", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "13", "days", "after", "readmission", ".", "Intentional", "function", "and", "memory", "remained", "poor", ",", "but", "gradually", "recovered", "to", "normal", "about", "45", "days", "after", "the", "onset", "of", "encephalopathy", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 461, "end": 471 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 351, "end": 366 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 768, "end": 775 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 2713, "end": 2723 }, { "text": "herpes simplex", "label": "SPECIES", "start": 2640, "end": 2654 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2835, "end": 2842 } ]

[ "", "A", "75-year-old", "man", "presented", "with", "fever", ",", "chills", "and", "productive", "cough", "on", "19", "March", "2020", ".", "His", "cardiovascular", "risk", "factors", "were", "hypertension", ",", "obesity", ",", "ex-smoking", "and", "renal", "failure", ".", "A", "test", "for", "severe", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "due", "to", "coronavirus", "2", "was", "positive", ",", "and", "home", "quarantine", "was", "advised", ";", "however", ",", "worsening", "dyspnoea", "required", "hospitalisation", ".", "In", "addition", "to", "cough", ",", "fever", "(", "38", ".", "7", "°", "C", ")", "and", "low", "oxygen", "saturation", "(", "88", "%", "without", "oxygen", ")", ",", "laboratory", "tests", "showed", "elevated", "C-reactive", "protein", "(", "82", "mg", "/", "m", ")", ",", "myoglobin", "(", "636", "mg", "/", "l", ")", ",", "troponin", "T", "(", "ultrasensitive", ",", "80", "ng", "/", "l", ")", "and", "N-terminal", "prohormone", "of", "brain", "natriuretic", "peptide", "(", "833", "ng", "/", "l", ")", ".", "Electrocardiogram", "revealed", "left", "anterior", "fascicular", "block", "and", "T-wave", "inversion", "in", "lead", "aVL", ".", "Tests", "for", "other", "viruses", "(", "adenovirus", ";", "Coronaviridae", "229E", ",", "HKU1", ",", "NL63", ",", "OC43", ";", "human", "bocavirus", ";", "metaneumovirus", ";", "rhinovirus", "/", "enterovirus", ";", "parainfluenza", "1-4", ")", "were", "negative", ".", "Severe", "acute", "respiratory", "distress", "syndrome", "due", "to", "coronavirus", "2", "was", "reconfirmed", "in", "the", "laboratory", ".", "As", "troponin", "was", "increasing", "(", "191", "ng", "/", "l", ")", ",", "coronary", "angiography", "was", "performed", "on", "23", "March", "2020", ",", "which", "ruled", "out", "epicardial", "stenosis", ",", "but", "left", "ventricular", "(", "LV", ")", "end-diastolic", "filling", "pressure", "was", "high", "at", "14", "mmHg", ".", "An", "echocardiogram", "performed", "on", "the", "same", "day", "revealed", "normal", "LV", "and", "RV", "activity", ",", "with", "signs", "of", "concentric", "LV", "remodelling", "and", "no", "wall", "motion", "abnormalities", ".", "On", "24", "March", "2020", ",", "a", "cardiac", "MRI", "was", "performed", "to", "evaluate", "possible", "inflammatory", "myocardial", "injury", ".", "Because", "of", "dyspnoea", ",", "the", "cardiac", "MRI", "(", "Philips", "1", ".", "5", "Tesla", ")", "was", "performed", "in", "free", "breathing", "using", "mainly", "single-take", "sequences", ".", "Normal", "LV", "and", "RV", "activity", "was", "observed", ",", "with", "no", "regional", "wall", "motion", "abnormalities", ".", "No", "focal", "fibrosis", "was", "detected", "with", "late", "gadolinium", "enhancement", "sequences", ".", "T2-weighted", "images", "showed", "global", "oedema", "as", "well", "as", "elevated", "T2", "(", "56", "ms", ",", "reference", "48", "§", "3", "ms", ")", "and", "T1", "(", "1090", "ms", ",", "reference", "989", "§", "28", "ms", ")", "values", ",", "suggesting", "acute", "myocardial", "injury", ".", "On", "26", "March", "2020", ",", "an", "episode", "of", "hypoxaemic", "respiratory", "failure", "(", "saturation", "80", "%", ")", "required", "mechanical", "ventilation", ".", "The", "patient", "improved", "and", "was", "extubated", ";", "cardiac", "biomarker", "values", "decreased", "(", "N-terminal", "prohormone", "brain", "natriuretic", "peptide", "631", "ng", "/", "l", ",", "troponin", "61", "ng", "/", "l", ")", "progressively", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 744, "end": 754 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 838, "end": 849 }, { "text": "rhinovirus", "label": "SPECIES", "start": 827, "end": 837 }, { "text": "Coronaviridae 229E", "label": "SPECIES", "start": 756, "end": 774 }, { "text": "human bocavirus", "label": "SPECIES", "start": 794, "end": 809 }, { "text": "Coronaviridae 229E, HKU1", "label": "SPECIES", "start": 756, "end": 780 }, { "text": "Coronaviridae 229E, HKU1, NL63", "label": "SPECIES", "start": 756, "end": 786 }, { "text": "Coronaviridae 229E, HKU1, NL63, OC43", "label": "SPECIES", "start": 756, "end": 792 }, { "text": "metaneumovirus", "label": "SPECIES", "start": 811, "end": 825 }, { "text": "parainfluenza 1-4", "label": "SPECIES", "start": 851, "end": 868 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2021, "end": 2028 } ]

[ "A", "54-year-old", "male", "smoker", "with", "a", "history", "of", "obesity", ",", "dyslipidaemia", ",", "ischaemic", "heart", "disease", "and", "intermittent", "claudication", ".", "He", "underwent", "vascular", "surgery", "and", "underwent", "right", "ilio-femoral", "bypass", ",", "with", "placement", "of", "a", "dacron", "vascular", "prosthesis", "due", "to", "critical", "stenosis", "of", "the", "iliac", "artery", ".", "In", "the", "immediate", "postoperative", "period", "he", "presented", "fever", "accompanied", "by", "erythema", ",", "oedema", "and", "sero-purulent", "exudate", "through", "the", "surgical", "wound", ".", "The", "patient", "had", "leukocytosis", "(", "12600", "/", "mm3", ")", "and", "elevated", "CRP", "(", "425", "mg", "/", "L", ")", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "An", "emergency", "CT", "scan", "was", "performed", "24", "hours", "after", "the", "operation", ",", "showing", "a", "liquid", "and", "gas", "collection", "in", "the", "abdominal", "wall", "near", "the", "implanted", "prosthesis", ",", "which", "could", "correspond", "to", "post-surgical", "changes", ".", "A", "culture", "of", "the", "exudate", "from", "the", "surgical", "wound", "isolated", "methicillin-sensitive", "Staphylococcus", "aureus", ".", "Suspecting", "a", "deep", "infection", "of", "the", "surgical", "wound", ",", "treatment", "was", "started", "with", "cloxacillin", "2g", "intravenous", "every", "6", "hours", "for", "two", "weeks", ",", "changing", "at", "discharge", "to", "levofloxacin", "750", "mg", "/", "24h", "orally", ",", "completing", "a", "further", "two", "weeks", "of", "treatment", ".", "Symptoms", "progressed", "well", "and", "fever", "disappeared", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "appearance", "of", "a", "sero-purulent", "exudate", "through", "a", "surgical", "wound", "raises", "the", "differential", "diagnosis", "between", "several", "entities", ".", "On", "the", "one", "hand", ",", "the", "possibility", "of", "a", "non-infectious", "process", "such", "as", "post-surgical", "serous", "exudate", ",", "which", "can", "occur", "in", "certain", "cases", ",", "should", "always", "be", "taken", "into", "account", ".", "The", "fact", "that", "the", "patient", "presented", "with", "fever", ",", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "and", "isolation", "of", "S", ".", "aureus", "in", "the", "exudate", "leads", "us", "to", "believe", "that", "it", "was", "a", "surgical", "site", "infection", ".", "However", ",", "the", "CT", "findings", "of", "a", "periprosthetic", "collection", "of", "non-significant", "size", "(", "<", "5mm", ")", "and", "high", "density", "(", ">", "20", "U", "Housfield", ")", "could", "be", "justified", "by", "surgery-related", "changes", ".", "Assuming", "infection", "is", "present", ",", "we", "must", "differentiate", "whether", "it", "is", "a", "superficial", ",", "deep", "or", "intracavitary", "infection", "as", "the", "treatment", "and", "severity", "may", "be", "very", "different", ".", "It", "is", "difficult", "to", "differentiate", "between", "these", "3", "entities", "as", "all", "of", "them", "may", "produce", "local", "or", "systemic", "symptoms", "and", "purulent", "discharge", "with", "or", "without", "isolation", "of", "microorganisms", ".", "Among", "the", "most", "frequent", "microorganisms", "isolated", "in", "infections", "after", "vascular", "surgery", "are", "S", ".", "aureus", "(", "20-53", "%", ")", ",", "enterobacteria", "(", "14-41", "%", ")", "and", "coagulase-negative", "S", ".", "aureus", "(", "15", "%", ")", ".", "Other", "microorganisms", "such", "as", "Streptococcus", "spp", ".", ",", "non-fermenting", "gram-negative", "bacilli", "or", "enterococci", "(", "10", "%", "-", "15", "%", ")", "must", "be", "taken", "into", "account", ".", "We", "can", "also", "find", "polymicrobial", "infections", "(", "20", "%", ")", ",", "purely", "anaerobic", "(", "5", "%", ")", "or", "fungal", "infections", "(", "1-2", "%", ")", "1", ".", "We", "cannot", "forget", "about", "multi-resistant", "microorganisms", "such", "as", "BLEE-producing", "enterobacteria", "or", "methicillin-resistant", "S", ".", "aureus", "that", "affect", "patients", "with", "specific", "risk", "factors", ".", "Evolution", "One", "month", "later", "he", "was", "readmitted", "for", "fever", "and", "pain", "in", "the", "surgical", "area", ",", "with", "neutrophilia", "(", "16", ",", "000", "/", "mm3", ")", "and", "elevated", "CRP", "(", "308", "mg", "/", "L", ")", ".", "Blood", "cultures", "isolated", "methicillin-sensitive", "S", ".", "aureus", ".", "A", "new", "CT", "scan", "showed", "a", "pseudo-anuerysm", "at", "the", "anastomosis", "of", "the", "prosthesis", "with", "the", "distal", "arterial", "artery", "and", "a", "collection", "around", "the", "prosthesis", ".", "Abdominal-pelvic", "c", "/", "c", "CT", "scan", ":", "pseudoaneurysm", "at", "the", "anastomosis", "of", "the", "prosthesis", ".", "3D", "vascular", "image", "by", "CT", "reconstruction", "showing", "pseudoaneurysm", "in", "the", "distal", "vascular", "anastomosis", ".", "The", "patient", "was", "re-intervened", "in", "the", "emergency", "department", "and", "underwent", "surgical", "debridement", ",", "drainage", ",", "resection", "of", "the", "pseudoaneurysm", "and", "the", "distal", "segment", "of", "the", "vascular", "prosthesis", ",", "and", "intraoperative", "cultures", "were", "taken", ",", "which", "were", "negative", ".", "The", "postoperative", "evolution", "of", "the", "wound", "was", "torpid", ",", "healing", "by", "second", "intention", ",", "using", "local", "dressings", "and", "a", "vacuum", "system", ".", "In", "view", "of", "the", "suspected", "infection", "of", "the", "prosthesis", "and", "the", "presence", "of", "potentially", "complicated", "bacteraemia", "due", "to", "S", ".", "aureus", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "cloxacillin", "2g", "every", "4", "hours", "for", "two", "weeks", ",", "with", "negative", "control", "blood", "cultures", ".", "He", "subsequently", "completed", "treatment", "with", "levofloxacin", "750", "mg", "and", "rifampicin", "600", "mg", "orally", "every", "24", "hours", "for", "4", "months", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "During", "follow-up", "she", "presented", "with", "a", "fistulous", "wound", "orifice", ",", "with", "intermittent", "drainage", "of", "purulent", "and", "serohaematic", "material", ".", "With", "suspicion", "of", "persistent", "infection", "of", "the", "unresected", "prosthesis", "segment", ",", "a", "scintigraphy", "with", "labelled", "leukocytes", "and", "SPECT-CT", "was", "performed", ",", "showing", "radiotracer", "uptake", "in", "the", "proximal", "segment", "of", "the", "recently", "implanted", "ilio-femoral", "prosthesis", ".", "SPECT-CT", ":", "radiotracer", "uptake", "in", "the", "proximal", "segment", "of", "the", "ilio-femoral", "prosthesis", ".", "For", "this", "reason", ",", "a", "new", "operation", "was", "necessary", "in", "which", "all", "the", "prosthetic", "material", "was", "removed", ".", "Escherichia", "coli", "was", "isolated", "from", "the", "culture", ".", "The", "patient", "completed", "treatment", "with", "ceftriaxone", "1g", "/", "24h", "for", "7", "days", "followed", "by", "ceftibutene", "400mg", "/", "24h", "orally", "for", "a", "further", "week", ".", "Since", "then", "the", "patient", "remained", "asymptomatic", ",", "to", "date", ".", "Final", "diagnosis", "Early", "deep", "surgical", "wound", "infection", "with", "S", ".", "aureus", "and", "late", "vascular", "prosthesis", "infection", "with", "E", ".", "coli", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 434, "end": 441 }, { "text": "non-fermenting gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 2360, "end": 2396 }, { "text": "enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2247, "end": 2261 }, { "text": "enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2628, "end": 2642 }, { "text": "BLEE-producing enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2613, "end": 2642 }, { "text": "enterococci", "label": "SPECIES", "start": 2400, "end": 2411 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2122, "end": 2136 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2162, "end": 2176 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2317, "end": 2331 }, { "text": "methicillin-resistant S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 2646, "end": 2677 }, { "text": "polymicrobial", "label": "SPECIES", "start": 2467, "end": 2480 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3263, "end": 3270 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 2919, "end": 2928 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3748, "end": 3757 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 4922, "end": 4929 } ]

[ "Anamnesis", "A", "38-year-old", "woman", ",", "19", "weeks", "pregnant", ",", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "after", "suffering", "two", "episodes", "of", "generalised", "tonic-clonic", "seizures", "during", "sleep", ",", "with", "an", "interval", "of", "15", "minutes", "between", "them", ".", "She", "had", "no", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ",", "except", "for", "gestational", "diabetes", ",", "generalised", "seizures", "in", "one", "of", "her", "previous", "pregnancies", "and", "headache", ".", "She", "had", "not", "received", "treatment", "nor", "had", "she", "undergone", "a", "study", ".", "She", "also", "had", "no", "personal", "or", "family", "history", "of", "repeated", "miscarriages", "or", "previous", "vascular", "pathology", ",", "cranioencephalic", "trauma", ",", "central", "nervous", "system", "infections", "or", "other", "predisposing", "factors", ".", "Physical", "examination", "The", "neurological", "examination", "showed", "only", "mild", "bradypsychia", ",", "with", "no", "other", "pathological", "findings", ",", "and", "after", "being", "seen", "by", "the", "gynaecology", "department", ",", "which", "found", "no", "evidence", "of", "gestational", "problems", ",", "she", "was", "admitted", "to", "the", "neurology", "ward", ".", "Complementary", "tests", "-", "Electrocardiogram", "and", "chest", "X-ray", ":", "no", "pathological", "alterations", "of", "interest", ".", "-", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "11", "mg", "/", "dl", ",", "rest", "normal", ".", "-", "Coagulation", "and", "complete", "biochemistry", ",", "including", "calcium", "and", "magnesium", ",", "thyroid", "hormones", ",", "liver", "profile", ",", "lipid", "profile", ":", "normal", ".", "-", "Electroencephalogram", "(", "EEG", ")", ":", "reported", "as", "\"", "left", "hemispheric", "delta", "focus", "radiating", "contralaterally", "\"", ".", "-", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "brain", ":", "multiple", "hyperintense", "lesions", "were", "observed", "in", "the", "white", "matter", "of", "both", "hemispheres", "in", "periventricular", "location", ",", "semioval", "centres", ",", "subcortical", ",", "basal", "grey", "nuclei", ",", "especially", "the", "left", "lenticular", ",", "all", "suggestive", "of", "ischaemic", "aetiology", "of", "vasculitic", "origin", ".", "-", "Echocardiogram", ":", "prolapse", "of", "the", "anterior", "leaflet", "of", "the", "mitral", "valve", "with", "mild", "insufficiency", ",", "with", "no", "other", "findings", ".", "-", "Electromyogram", ":", "normal", ".", "-", "Multimodal", "evoked", "potentials", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Iron", "profile", ":", "iron", "117", "μg", "/", "ml", ",", "transferrin", "317", "mg", "/", "dl", ",", "transferrin", "saturation", "26", ".", "4", "%", "and", "ferritin", "21", "μg", "/", "ml", ".", "-", "Erythrocyte", "sedimentation", "rate", ":", "14", "mm", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", ",", "anticardiolipin", "antibodies", ",", "lupus", "anticoagulant", "antibodies", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "complement", "C3", "and", "C4", ",", "ANCA", ",", "ACE", ",", "ANA", ",", "anti-DNA", ",", "SS-A", ",", "SS-B", ",", "immunoglobulins", "and", "proteinogram", ":", "normal", ".", "-", "Serology", "(", "lues", ",", "Brucella", ",", "HIV", "1", "and", "2", ",", "Borrellia", "burgdorferi", ")", "and", "neurotropic", "virus", "serology", ":", "no", "pathological", "alterations", ".", "Treatment", "and", "evolution", "Based", "on", "the", "aforementioned", "clinical", "and", "laboratory", "data", ",", "the", "case", "was", "diagnosed", "as", "isolated", "central", "nervous", "system", "vasculitis", "(", "CNSV", ")", ".", "Angiographic", "study", "was", "contraindicated", "due", "to", "gestation", "and", "she", "had", "remained", "asymptomatic", "from", "the", "neurological", "point", "of", "view", "since", "admission", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "maintain", "a", "watchful", "waiting", "attitude", ",", "starting", "treatment", "with", "carbamazepine", "at", "a", "dose", "of", "200", "mg", "/", "8", "h", "together", "with", "iron", "and", "oral", "folic", "acid", ".", "At", "36", "weeks", "'", "gestation", ",", "the", "baby", "was", "delivered", "euthecdotally", "and", "without", "incident", ".", "After", "eleven", "months", "asymptomatic", "and", "with", "good", "seizure", "control", ",", "she", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "with", "low", "reactivity", ",", "slurred", "speech", "and", "decreased", "strength", "in", "the", "right", "side", "of", "the", "body", ".", "Her", "only", "symptom", "in", "the", "previous", "days", "was", "headache", ",", "with", "no", "other", "focal", "or", "associated", "symptoms", ".", "The", "systemic", "examination", "was", "normal", ".", "The", "neurological", "examination", "showed", "motor", "aphasia", ",", "right", "central", "facial", "paresis", ",", "right", "hemiparesis", "(", "muscle", "balance", "4", "/", "5", "overall", "in", "the", "right", "upper", "limb", "and", "right", "lower", "limb", ")", ",", "right", "haemihypoaesthesia", ",", "right", "extensor", "flexor", "skin-plantar", "reflex", "and", "left", "flexor", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "examination", "being", "normal", ".", "Electrocardiogram", ",", "chest", "X-ray", "and", "laboratory", "tests", "(", "including", "carbamazepine", "levels", ")", "were", "normal", ".", "An", "urgent", "brain", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "showing", "an", "acute", "hypodense", "lesion", "in", "the", "left", "basal", "ganglia", ".", "At", "that", "time", "there", "was", "no", "possibility", "of", "endovascular", "therapy", "and", "with", "the", "diagnosis", "of", "ischaemic", "stroke", "in", "the", "territory", "of", "the", "left", "middle", "cerebral", "artery", ",", "in", "the", "context", "of", "a", "probable", "NCAV", ",", "treatment", "was", "started", "with", "high-dose", "corticosteroids", "(", "1000", "mg", "methylprednisolone", "/", "24", "h", ")", ",", "antiplatelet", "therapy", "with", "acetylsalicylic", "acid", "300", "mg", ",", "gastric", "protection", "with", "omeprazole", "and", "deep", "vein", "thrombosis", "prophylaxis", "with", "low", "molecular", "weight", "heparin", "at", "a", "dose", "of", "40", "subcutaneous", "units", ".", "The", "patient", "was", "left", "on", "bed", "rest", "and", "absolute", "diet", ",", "except", "for", "medication", ",", "and", "continued", "treatment", "with", "carbamazepine", "at", "the", "previous", "doses", ".", "She", "was", "treated", "with", "corticosteroid", "boluses", "for", "5", "days", ",", "with", "good", "tolerance", ",", "and", "subsequently", "started", "oral", "therapy", "and", "treatment", "with", "calcium", "and", "calcitriol", "0", ".", "25", "μg", "on", "Tuesdays", "and", "Fridays", ".", "Further", "laboratory", "tests", "(", "haemoglobin", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "complete", "biochemistry", ",", "urine", "sediment", ",", "proteinogram", ",", "immunoglobulins", ",", "rheumatoid", "factor", ",", "ANA", "and", "anti-DNA", ",", "ANCA", ",", "anticardiolipin", "antibodies", ",", "ACE", ",", "anti-SSa", "and", "anti-SSB", "antibodies", ")", "were", "performed", ",", "which", "were", "normal", ".", "A", "new", "cranial", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ",", "echocardiogram", "(", "transthoracic", ",", "similar", "to", "the", "previous", "one", ",", "and", "transesophageal", ",", "which", "was", "not", "tolerated", ")", "and", "cerebral", "angiography", "were", "also", "requested", ".", "Cranial", "MRI", "showed", "an", "area", "of", "acute", "infarction", "in", "the", "left", "basal", "nuclei", "and", "multiple", "periventricular", "and", "subcortical", "lesions", "similar", "to", "the", "previous", "cranial", "MRI", ".", "Ischaemic", "infarction", "in", "the", "left", "basal", "ganglia", ".", "Multiple", "hyperintense", "lesions", "in", "the", "white", "matter", "of", "both", "hemispheres", "of", "periventricular", "location", ",", "semioval", "centres", ",", "subcortical", ",", "basal", "grey", "nuclei", ",", "especially", "the", "left", "lenticular", ",", "all", "suggestive", "of", "ischaemic", "aetiology", "of", "vasculitic", "origin", ".", "Angiography", "showed", "a", "saciform", "aneurysm", "in", "the", "cavernous", "tract", "of", "the", "left", "carotid", "siphon", "(", "immediately", "infraophthalmic", ",", "with", "an", "approximate", "size", "of", "5-6", "mm", "in", "diameter", "of", "the", "sac", "by", "2", ".", "5", "mm", "neck", ")", "and", "an", "obstruction", "in", "the", "horizontal", "portion", "of", "the", "left", "middle", "cerebral", "artery", ",", "with", "obstruction", "of", "several", "sylvian", "branches", "filled", "by", "collateral", "circulation", ".", "Saciform", "aneurysm", "in", "the", "cavernous", "tract", "of", "the", "left", "carotid", "siphon", ".", "Embolised", "aneurysm", ".", "Days", "later", ",", "the", "aneurysm", "was", "embolised", "by", "microcatheterisation", ",", "placing", "two", "platinum", "coils", "inside", "the", "aneurysm", "with", "satisfactory", "closure", ".", "The", "aneurysm", "was", "completely", "obstructed", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "ward", "24", "hours", "later", ".", "Fifteen", "days", "after", "admission", ",", "a", "mild", "speech", "disorder", "persisted", ",", "with", "mild", "dysarthria", ".", "There", "was", "no", "facial", "paresis", "and", "muscle", "balance", "was", "normal", ",", "with", "preserved", "sensation", "and", "no", "other", "associated", "deficits", ".", "Ten", "years", "after", "the", "initial", "diagnosis", ",", "she", "had", "been", "admitted", "sporadically", "for", "seizures", "and", "status", "epilepticus", ",", "always", "in", "the", "context", "of", "poor", "compliance", "with", "treatment", ".", "In", "the", "last", "admission", ",", "also", "for", "the", "same", "cause", ",", "the", "Mini-mental", "State", "Examination", "showed", "a", "score", "of", "21", "/", "30", ",", "with", "a", "pathological", "Clock", "Test", ".", "She", "presented", "moderate", "cognitive", "impairment", ",", "mainly", "at", "the", "expense", "of", "calculation", ",", "concentration", ",", "reading", ",", "writing", "and", "praxis", ",", "with", "no", "other", "associated", "neurological", "focality", ".", "He", "has", "never", "presented", "outbreaks", "of", "systemic", "vasculitis", ".", "Currently", ",", "she", "continues", "to", "be", "treated", "with", "carbamazepine", "200", "mg", "/", "8", "h", ",", "valproic", "acid", "500-0-1", ",", "000", ",", "omeprazole", "20", "mg", "and", "acetylsalicylic", "acid", "300", "mg", ".", "She", "continues", "to", "be", "followed", "up", "in", "Neurology", "outpatient", "clinics", ".", "Diagnosis", "-", "Epilepsy", "with", "generalised", "seizures", "and", "moderate", "cognitive", "impairment", "secondary", "to", "isolated", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "vasculitis", ".", "-", "Ischaemic", "stroke", "in", "the", "left", "N", ".", "lenticularis", "secondary", "to", "arterio-arterial", "embolism", "due", "to", "aneurysm", "in", "the", "left", "carotid", "siphon", "in", "its", "intracavernous", "trajectory", ".", "-", "Endovascular", "treatment", "of", "left", "carotid", "aneurysm", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 231, "end": 237 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 452, "end": 458 }, { "text": "pregnant", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 48 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 219, "end": 227 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 440, "end": 448 }, { "text": "Borrellia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 2144, "end": 2165 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2121, "end": 2129 }, { "text": "HIV 1", "label": "SPECIES", "start": 2131, "end": 2136 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2115, "end": 2119 }, { "text": "HIV 1 and 2", "label": "SPECIES", "start": 2131, "end": 2142 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4089, "end": 4096 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5982, "end": 5989 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "21-year-old", "male", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "anabolic", "steroid", "user", "for", "sporting", "purposes", ",", "and", "with", "a", "personal", "history", "of", "childhood", "hyperactivity", "disorder", ",", "depressive", "episodes", "currently", "untreated", ",", "with", "no", "other", "diseases", "or", "cardiovascular", "risk", "factors", ".", "After", "surgery", "for", "fracture", "of", "the", "talus", "a", "year", "and", "a", "half", "ago", ",", "he", "underwent", "a", "new", "operation", "in", "a", "private", "centre", "to", "remove", "the", "pins", "under", "spinal", "anaesthesia", "without", "immediate", "complications", ".", "The", "following", "day", ",", "after", "breakfast", ",", "he", "had", "a", "severe", "holocranial", "headache", "and", "nausea", ",", "for", "which", "he", "was", "given", "painkillers", ".", "Progressively", ",", "in", "the", "following", "hours", ",", "he", "began", "to", "sleep", ",", "with", "incomprehensible", "language", "and", "bruxism", ",", "and", "was", "unable", "to", "wake", "up", ",", "with", "a", "Glasgow", "Coma", "Scale", "(", "GCS", ")", "10", "/", "15", "points", "(", "eye", "opening", "3", ",", "verbal", "response", "2", ",", "motor", "response", "5", ")", "with", "isochoric", "pupils", ".", "A", "cranial", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "was", "performed", ",", "in", "which", "a", "subarachnoid", "haemorrhage", "was", "suspected", "and", "it", "was", "decided", "to", "transfer", "him", "to", "the", "reference", "hospital", ".", "While", "waiting", "for", "the", "ambulance", ",", "he", "had", "a", "coma", "crisis", "for", "35-40", "minutes", ",", "with", "fine", "tremor", "and", "great", "rigidity", "and", "impossibility", "to", "place", "an", "oropharyngeal", "cannula", ",", "requiring", "diazepam", "and", ",", "given", "the", "poor", "response", ",", "a", "perfusion", "of", "midazolam", "was", "started", ".", "On", "arrival", "of", "the", "critical", "care", "unit", "(", "CCU", ")", "for", "transfer", ",", "fever", "of", "39oC", "was", "measured", "and", "he", "again", "presented", "a", "crisis", "described", "as", "generalised", "tonic-clonic", "movements", "with", "sialorrhoea", ",", "tongue", "biting", "and", "trismus", ",", "and", "orotracheal", "intubation", "(", "OTI", ")", "was", "performed", ".", "When", "he", "was", "admitted", "to", "our", "hospital", ",", "he", "presented", "oxygen", "saturation", "99", "%", "with", "FiO2", "100", "%", ",", "blood", "pressure", "125", "/", "74mmHg", ",", "heart", "rate", "96", "bpm", ".", "On", "examination", ",", "there", "were", "no", "findings", "of", "interest", "with", "a", "neurological", "examination", ",", "under", "sedoanalgesia", "with", "propofol", "and", "midazolam", ",", "with", "isochoric", "pupils", "reactive", "to", "light", ".", "An", "angioCT", "scan", "was", "requested", "showing", ":", "enhancement", "of", "the", "vessels", "of", "the", "Willis", "polygon", ",", "with", "partial", "collapse", "of", "the", "mesencephalic", "and", "quadrigeminal", "cistern", ";", "diffuse", "high-density", "images", "of", "both", "hemispheric", "sulci", ";", "absence", "of", "hydrocephalus", ";", "no", "aneurysm", "was", "seen", "and", "with", "asymmetry", "of", "the", "vascularisation", "of", "the", "left", "posterior", "cerebral", "region", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytosis", "20", ",", "280", "cells", "/", "ml", "with", "neutrophilia", "(", "92", ".", "1", "%", ")", ",", "C-reactive", "protein", "104", ".", "7mg", "/", "l", "and", "procalcitonin", "17", ".", "73", "ng", "/", "ml", ".", "Blood", "gases", "showed", "pH", "7", ".", "32", ";", "pCO2", "53mmHg", ";", "and", "bicarbonate", "26", ".", "7mEq", "/", "l", ".", "In", "coagulation", ",", "prothrombin", "activity", "is", "62", "%", ",", "activated", "partial", "thromboplastin", "time", "is", "25", ".", "5", "seconds", "and", "fibrinogen", "442", "mg", "/", "dl", ".", "In", "addition", ",", "a", "urine", "tox", "screen", "was", "requested", ",", "with", "positive", "results", "for", "benzodiazepines", "and", "cannabis", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "a", "small", "right", "basal", "infiltrate", "probably", "related", "to", "bronchial", "aspiration", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "the", "present", "case", "we", "must", "take", "into", "account", "the", "sudden", "onset", "of", "headache", "with", "subsequent", "neurological", "deterioration", ",", "the", "presence", "of", "fever", "and", "the", "fact", "that", "the", "patient", "had", "undergone", "spinal", "anaesthesia", ".", "Given", "this", ",", "the", "differential", "diagnosis", "should", "include", ":", "-", "Subarachnoid", "haemorrhage", "(", "SAH", ")", ".", "This", "is", "caused", "by", "the", "rupture", "of", "an", "intracranial", "aneurysm", ",", "and", "presents", "with", "severe", "and", "sudden", "onset", "of", "headache", ",", "usually", "accompanied", "by", "photophobia", ",", "sonophobia", ",", "nausea", "and", "vomiting", ".", "It", "may", "also", "be", "associated", "with", "a", "transient", "loss", "of", "consciousness", ",", "disorientation", ",", "drowsiness", "and", "coma", ".", "Cranial", "tomography", "and", "lumbar", "puncture", "are", "mandatory", "for", "diagnosis", ".", "In", "the", "case", "of", "the", "puncture", ",", "there", "is", "usually", "elevated", "opening", "pressure", ",", "haematic", "fluid", "that", "does", "not", "coagulate", "and", "positive", "xanthochromia", ",", "which", "is", "diagnostic", "of", "SAH", ".", "In", "addition", ",", "an", "angioCT", "should", "be", "performed", "to", "locate", "the", "source", "of", "bleeding", "(", "aneurysm", ",", "AVM", ")", "or", "cerebral", "arteriography", ".", "-", "Cerebral", "venous", "thrombosis", ".", "Subacute", "in", "onset", ",", "although", "it", "can", "appear", "suddenly", "or", "chronically", ".", "The", "most", "frequent", "and", "early", "symptom", "is", "headache", ",", "of", "unspecific", "characteristics", ",", "progressive", ",", "intense", "and", "accompanied", "by", "symptoms", "and", "signs", "of", "intracranial", "hypertension", ".", "There", "may", "be", "transient", "loss", "of", "vision", ",", "focal", "neurological", "symptoms", "and", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "a", "seizure", ".", "The", "aetiology", "of", "venous", "thrombosis", "is", "diverse", ",", "including", "coagulation", "disorders", "and", "infectious", "processes", ".", "(", "MRI", ")", "and", "/", "or", "angioMRI", ".", "However", ",", "cranial", "tomography", "may", "show", "indirect", "signs", "that", "can", "guide", "us", "to", "this", "diagnosis", ".", "-", "Meningitis", ".", "It", "is", "usually", "caused", "by", "contiguity", "from", "a", "parameningeal", "infection", ",", "haematogenous", "dissemination", "or", "iatrogenic", "focus", ".", "Its", "clinical", "manifestations", "are", "explosive", "in", "onset", "and", "of", "short", "duration", "(", "within", "hours", ")", "with", "fever", ",", "stiff", "neck", ",", "altered", "level", "of", "consciousness", "and", "headache", ".", "For", "diagnosis", ",", "at", "least", "one", "of", "the", "symptoms", "of", "the", "classic", "triad", "must", "be", "present", ",", "and", "the", "diagnosis", "is", "based", "on", "the", "cytobiochemical", "characteristics", "of", "the", "CSF", "as", "well", "as", "the", "identification", "of", "a", "germ", "by", "culture", "and", "/", "or", "polymerase", "chain", "reaction", ".", "This", "should", "be", "considered", "as", "the", "primary", "clinical", "suspicion", ".", "-", "Encephalitis", ".", "It", "usually", "begins", "as", "a", "pseudo-flu-like", "illness", "with", "mild", "behavioural", "disturbances", ",", "followed", "by", "fever", ",", "headache", ",", "meningeal", "signs", ",", "decreased", "level", "of", "consciousness", ",", "confusion", ",", "hallucinations", "and", "seizures", ".", "Diagnosis", "requires", "lumbar", "puncture", "showing", "cerebrospinal", "fluid", "with", "features", "of", "viral", "meningitis", ".", "-", "Post-puncture", "headache", ".", "Occurs", "in", "the", "first", "few", "days", "after", "lumbar", "puncture", ",", "appears", "in", "the", "sitting", "position", "and", "improves", "with", "decubitus", ".", "It", "is", "often", "accompanied", "by", "stiffness", "of", "the", "neck", ",", "it", "is", "not", "pulsatile", "and", "its", "intensity", "is", "variable", ".", "It", "may", "be", "accompanied", "by", "nausea", "and", "vomiting", ",", "photophobia", ",", "somnolence", ",", "diplopia", ",", "tinnitus", ",", "etc", ".", "Evolution", "A", "lumbar", "puncture", "was", "carried", "out", "and", "a", "cloudy", "cerebrospinal", "fluid", "was", "obtained", ".", "The", "biochemical", "study", "showed", "30", ",", "443", "leukocytes", "/", "l", ",", "95", "%", "polymorphonuclear", ",", "3", ",", "600", "red", "blood", "cells", ",", "glucose", "80mg", "/", "l", ",", "lactate", "90", ".", "5", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "302", ".", "2", "mg", "/", "dl", "and", "negative", "xanthochromia", ".", "After", "obtaining", "the", "results", "of", "the", "samples", "taken", "in", "the", "lumbar", "puncture", "with", "cytobiochemistry", "compatible", "with", "bacterial", "infection", ",", "empirical", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "and", "vancomycin", "together", "with", "corticotherapy", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "which", "showed", "no", "epileptiform", "activity", ",", "as", "well", "as", "a", "new", "brain", "scan", "which", "showed", "a", "doubtful", "thrombosis", "of", "the", "sinuses", "due", "to", "asymmetry", "of", "the", "same", "to", "be", "assessed", "by", "magnetic", "resonance", "imaging", ".", "After", "withdrawal", "of", "sedoanalgesia", "and", "mechanical", "ventilation", ",", "the", "patient", "remained", "awake", "without", "neurological", "focality", ".", "On", "arrival", ",", "a", "chest", "X-ray", "showed", "a", "small", "infiltrate", "related", "to", "bronchoaspiration", "secondary", "to", "the", "low", "level", "of", "consciousness", ",", "which", "disappeared", "in", "the", "radiological", "control", ",", "without", "incident", "and", "he", "was", "asymptomatic", "from", "the", "respiratory", "point", "of", "view", ".", "At", "the", "analytical", "level", ",", "the", "acute", "phase", "reactants", "progressively", "decreased", "until", "normalisation", ".", "Cultures", "of", "CSF", ",", "blood", "and", "urine", "samples", "did", "not", "isolate", "any", "germ", ",", "although", "the", "16s", "rRNA", "gene", "for", "S", ".", "salivarius", "was", "positive", "in", "CSF", "samples", ".", "During", "his", "admission", ",", "the", "haematology", "department", "was", "consulted", "due", "to", "prothrombin", "activity", "<", "60", "%", "in", "successive", "analytical", "controls", ",", "so", "a", "coagulation", "study", "was", "performed", ",", "which", "showed", "mild", "factor", "VII", "deficiency", "and", "mild", "hypofibrinogenemia", ".", "Once", "stabilised", ",", "he", "was", "transferred", "to", "the", "hospital", "ward", "and", "antibiotherapy", "was", "maintained", "until", "14", "days", "of", "treatment", ".", "In", "our", "unit", ",", "despite", "feeling", "well", ",", "he", "reported", "visual", "hallucinations", "on", "the", "first", "three", "nights", "of", "admission", "to", "the", "ward", ",", "with", "a", "normal", "neurological", "examination", ",", "without", "nuchal", "rigidity", "or", "other", "meningeal", "signs", ",", "for", "which", "new", "EEG", "and", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "were", "requested", ",", "with", "no", "findings", "to", "justify", "the", "clinical", "condition", ",", "and", "a", "brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "scan", "showed", "findings", "compatible", "with", "cortical", "vein", "thrombosis", "in", "the", "right", "parietal", "region", ",", "swelling", "and", "oedema", "of", "the", "right", "superior", "parietal", "gyrus", ",", "sinus", "thrombosis", "and", "complete", "thrombosis", "of", "the", "transverse", ",", "right", "sigmoid", "and", "superior", "longitudinal", "sinuses", ".", "In", "view", "of", "the", "MRI", "findings", ",", "anticoagulation", "with", "acenocoumarol", "was", "started", "for", "3-6", "months", ".", "The", "clinical", "evolution", "was", "favourable", "and", "the", "visual", "hallucinations", "also", "disappeared", ".", "The", "surgical", "wound", "was", "re-evaluated", "by", "Traumatology", "with", "good", "evolution", "and", "no", "signs", "of", "superinfection", ".", "However", ",", "the", "patient", "again", "presented", "with", "fever", "without", "clear", "infectious", "focality", ",", "except", "for", "coincidence", "with", "rhinorrhoea", "and", "pharyngeal", "discomfort", "with", "no", "other", "symptoms", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "findings", ",", "a", "normal", "urine", "systemic", "test", "and", "samples", "were", "taken", "for", "blood", "and", "urine", "culture", ";", "however", ",", "a", "new", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "with", "clear", "and", "transparent", "CSF", ",", "a", "normal", "cytobiochemical", "study", "and", "a", "negative", "CSF", "culture", ".", "The", "results", "of", "the", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "negative", ",", "and", "the", "pharyngeal", "symptoms", "and", "febrile", "fever", "disappeared", ".", "Final", "diagnosis", "-", "Bacterial", "meningitis", "due", "to", "S", ".", "salivarius", "as", "probable", "etiology", ".", "-", "Thrombosis", "of", "the", "cortical", "vein", "and", "dural", ",", "transverse", ",", "right", "sigmoid", "and", "superior", "longitudinal", "sinuses", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 149, "end": 158 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 129, "end": 137 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2580, "end": 2588 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2873, "end": 2880 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 4749, "end": 4753 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5159, "end": 5164 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6329, "end": 6336 }, { "text": "germ", "label": "SPECIES", "start": 6790, "end": 6794 }, { "text": "S. salivarius", "label": "SPECIES", "start": 6827, "end": 6840 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8151, "end": 8158 }, { "text": "S. salivarius", "label": "SPECIES", "start": 8748, "end": 8761 } ]

[ "A", "42", "year", "old", "male", "traveller", "from", "Catalonia", "who", "made", "a", "6", "month", "trip", "(", "first", "half", "of", "2001", ")", "to", "South", "America", ".", "He", "started", "his", "trip", "in", "the", "south", "of", "Argentina", ",", "then", "in", "Chile", "and", "Bolivia", ",", "ending", "with", "a", "month", "and", "a", "half", "in", "the", "Peruvian", "Amazon", ",", "specifically", "in", "Iquitos", ".", "He", "came", "to", "the", "clinic", "with", "a", "three-week", "history", "of", "symptoms", ",", "which", "began", "in", "Iquitos", "and", "for", "which", "he", "had", "been", "taking", "antibiotics", "(", "cloxacillin", ")", "for", "a", "week", ".", "Physical", "examination", "revealed", "two", "forunculous", "lesions", "in", "the", "dorsal", "region", ".", "Red", "lumps", "0", ".", "5", "cm", "in", "diameter", ",", "with", "a", "central", "orifice", ",", "which", "when", "pressed", "ooze", "serous", "fluid", "and", "cause", "stabbing", "pain", "and", "pruritus", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "In", "the", "case", "in", "question", ",", "from", "the", "first", "day", "of", "the", "visit", "until", "the", "day", "of", "the", "extraction", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", "and", ",", "under", "the", "suspicion", "of", "myiasis", ",", "the", "orifice", "was", "occluded", "daily", "with", "vaseline", "to", "provoke", "the", "larvae", "to", "come", "out", ".", "Finally", ",", "after", "10", "days", ",", "and", "given", "the", "impossibility", "of", "the", "natural", "exit", "of", "the", "larva", ",", "we", "proceeded", "under", "local", "anaesthesia", "and", "with", "a", "small", "incision", "in", "the", "entrance", "orifice", "to", "the", "natural", "extraction", "of", "the", "larva", ",", "alive", ",", "being", "identified", "as", "Dermatoba", "hominis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "male traveller", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 28 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 984, "end": 989 }, { "text": "larva", "label": "SPECIES", "start": 1111, "end": 1116 }, { "text": "Dermatoba hominis", "label": "SPECIES", "start": 1145, "end": 1162 } ]

[ "Child", "aged", "6", "weeks", "(", "March", "2014", ")", ".", "Reason", "for", "consultation", ":", "presence", "of", "nasal", "mucus", "and", "cough", "since", "3", "weeks", "of", "life", ".", "During", "the", "last", "week", "there", "were", "more", "intense", "coughing", "spells", "at", "night", ",", "accompanied", "by", "peribuccal", "cyanosis", "on", "some", "occasions", ".", "Afebrile", ".", "No", "other", "symptoms", "reported", ".", "Personal", "history", ":", "-", "Controlled", "pregnancy", "with", "no", "notable", "incidents", ".", "-", "Euthocic", "delivery", "at", "40", "+", "6", "weeks", "of", "gestational", "age", ".", "Birth", "weight", "3", ",", "060", "kg", ".", "-", "Exclusive", "breastfeeding", ".", "-", "Well", "vaccinated", "(", "1st", "dose", "HBV", ")", ".", "A", ".", "Family", "history", ":", "-", "Mother", "aged", "34", "years", "presents", "seasonal", "allergic", "asthma", ",", "presenting", "catarrhal", "symptoms", "since", "1", "month", ",", "last", "2", "weeks", "refers", "cough", "predominantly", "at", "night", "which", "turns", "out", "to", "be", "very", "invalid", ",", "afebrile", ",", "no", "improvement", "with", "inhaled", "salbutamol", ".", "No", "other", "accompanying", "symptoms", ".", "-", "Sister", "aged", "2", "years", ",", "healthy", ",", "correctly", "vaccinated", ".", "Currently", "asymptomatic", ".", "-", "Father", "has", "allergic", "rhinoconjunctivitis", ".", "-", "No", "other", "history", "of", "interest", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", ":", "-", "Weight", ":", "4", ".", "500", "kg", ".", "Temperature", "36", ".", "8oC", ".", "Sat", "O2", "100", "%", ".", "-", "Good", "general", "condition", ",", "good", "skin", "and", "mucous", "membrane", "colouring", ",", "well", "hydrated", "with", "good", "peripheral", "perfusion", ".", "Brachial", "and", "femoral", "pulses", "palpable", "symmetrical", ".", "Normal", "PCA", ".", "No", "signs", "of", "respiratory", "distress", ".", "The", "rest", "of", "the", "systematic", "examination", "was", "normal", ".", "-", "During", "the", "examination", "coughing", "access", "is", "present", ",", "with", "final", "inspiratory", "rooster", ",", "coinciding", "with", "crying", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", ":", "Rapid", "detection", "of", "Respiratory", "Syncytial", "Virus", "(", "RSV", ")", "antigen", ":", "negative", ".", "Haemogram", "with", "11", ",", "800", "/", "mm3", "leukocytes", "(", "neutrophils", ":", "3", ",", "700", "/", "mm3", ",", "lymphocytes", ":", "7", ",", "000", "/", "mm3", ")", ",", "Hb", "9", ".", "9g", "/", "dl", ",", "Hct", "29", ".", "1", "%", ".", "Platelets", "505", ",", "000", "/", "mm3", ".", "Rest", "normal", ".", "Biochemistry", "normal", ".", "C-reactive", "protein", "1", ".", "1", "mg", "/", "l", ".", "In", "view", "of", "the", "mother", "'", "s", "symptoms", ",", "a", "PCR", "for", "Bordetella", "pertussis", "in", "nasopharyngeal", "exudate", "was", "performed", "and", "was", "positive", ".", "Chemoprophylaxis", "(", "CP", ")", "and", "treatment", "The", "infant", "was", "hospitalised", "in", "the", "infant", "unit", "for", "monitoring", "and", "received", "treatment", "with", "Clarithromycin", "7", ".", "5", "mg", "/", "kg", "/", "12", "h", "O", ".", "V", ".", "for", "7", "days", ".", "He", "remained", "in", "hospital", "for", "6", "days", ",", "the", "first", "72", "hours", "he", "presented", "apnoea", "with", "hyposaturation", "and", "nasogastric", "tube", "feeding", ",", "then", "progressively", "evolved", "favourably", ",", "with", "no", "other", "significant", "incidents", ".", "The", "mother", "was", "diagnosed", "and", "treated", "with", "Clarithromycin", "500", "mg", "/", "12", "h", ",", "7", "days", ".", "-", "Preventive", "Medicine", "was", "informed", "of", "these", "two", "cases", "confirmed", "with", "PCR", "for", "B", ".", "pertussis", "and", "chemoprophylaxis", "of", "the", "cohabitants", "with", "Clarithromycin", "was", "carried", "out", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Child", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 5 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 280, "end": 288 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 480, "end": 483 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 459, "end": 469 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 490, "end": 496 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 508, "end": 514 }, { "text": "Sister", "label": "HUMAN", "start": 778, "end": 784 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 818, "end": 828 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 856, "end": 862 }, { "text": "RSV", "label": "SPECIES", "start": 1441, "end": 1444 }, { "text": "Respiratory Syncytial Virus", "label": "SPECIES", "start": 1412, "end": 1439 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 1676, "end": 1682 }, { "text": "Bordetella pertussis", "label": "SPECIES", "start": 1705, "end": 1725 }, { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 1825, "end": 1831 }, { "text": "infant", "label": "HUMAN", "start": 1856, "end": 1862 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2163, "end": 2169 }, { "text": "cohabitants", "label": "HUMAN", "start": 2354, "end": 2365 }, { "text": "B. pertussis", "label": "SPECIES", "start": 2313, "end": 2325 } ]

[ "45-YEAR-OLD", "FEMALE", "PATIENT", "who", "comes", "to", "the", "clinic", "referred", "by", "her", "general", "dentist", "to", "evaluate", "the", "periodontal", "status", "of", "her", "mouth", ".", "The", "main", "reason", "for", "the", "patient", "'", "s", "consultation", "is", ":", "I", "have", "noticed", "bad", "breath", ",", "bleeding", "and", "inflammation", "for", "the", "last", "4", "years", "despite", "having", "been", "undergoing", "periodontal", "treatment", "for", "3", "years", ".", "In", "addition", ",", "my", "\"", "blades", "\"", "have", "separated", ".", "As", "for", "her", "medical", "history", ",", "she", "has", "a", "chronic", "autoimmune", "thyroiditis", "and", "therefore", "does", "not", "need", "treatment", ".", "She", "has", "been", "an", "ex-smoker", "for", "5", "years", ".", "Her", "dental", "history", "shows", "the", "patient", "'", "s", "interest", "in", "solving", "her", "periodontal", "problem", ",", "as", "she", "has", "just", "had", "periodontal", "access", "surgery", "on", "her", "jaw", "4", "weeks", "ago", "and", "has", "had", "frequent", "prophylaxis", "for", "a", "long", "time", ".", "She", "also", "had", "orthodontic", "treatment", "9", "years", "ago", ".", "In", "the", "extraoral", "examination", ",", "no", "notable", "signs", "were", "found", ",", "while", "the", "intraoral", "examination", "revealed", "a", "congenital", "diastema", "between", "the", "central", "incisors", "for", "which", "he", "was", "treated", "9", "years", "ago", ";", "an", "overbite", "of", "6", "mm", "with", "occlusal", "trauma", "in", "protrusive", "(", "eccentric", "fringes", ")", ".", "Regarding", "the", "gingival", "aspect", ",", "there", "was", "an", "evident", "increase", "in", "size", ",", "a", "change", "in", "colour", "with", "reddened", "gums", ",", "very", "swollen", ",", "especially", "in", "sextant", "II", ",", "as", "well", "as", "loss", "of", "the", "scalloped", "and", "fine", "shape", "and", "usual", "texture", "compatible", "with", "gingival", "health", ".", "In", "view", "of", "the", "suspicion", "of", "periodontitis", ",", "the", "patient", "was", "offered", "a", "complete", "radiographic", "examination", ".", "The", "patient", "had", "an", "orthopantomography", "and", "given", "her", "thyroid", "situation", "the", "decision", "was", "made", "not", "to", "do", "a", "complete", "periapical", "series", ".", "Two", "periapical", "radiographs", "were", "taken", "of", "the", "anterosuperior", "sextant", ",", "the", "area", "most", "affected", "by", "insertion", "loss", "and", "marginal", "bone", "loss", ".", "A", "complete", "clinical", "examination", "was", "also", "performed", "with", "recording", "of", "all", "periodontal", "parameters", "reflected", "in", "the", "periodontogram", "(", "Florida", "Probe", "System", "®", "FL", ",", "USA", ")", ".", "His", "results", "showed", "periodontal", "pockets", "≥", "6", "mm", "in", "70", "%", "of", "the", "sites", ",", "a", "bleeding", "rate", "of", "100", "%", "and", "a", "plaque", "index", "of", "48", "%", ".", "In", "addition", ",", "he", "had", "grade", "I", "mobility", "of", "the", "upper", "incisors", ".", "As", "complementary", "diagnostic", "tests", ",", "volatile", "sulphur", "compounds", "were", "measured", ",", "as", "this", "was", "one", "of", "her", "concerns", "at", "the", "time", "of", "consultation", "(", "Oral", "Chroma", "®", ")", ".", "A", "qualitative", "microbiological", "analysis", "was", "also", "carried", "out", ",", "taking", "into", "account", "the", "inflammation", "pattern", "despite", "the", "fact", "that", "the", "patient", "had", "been", "undergoing", "periodontal", "treatment", "with", "her", "regular", "dentist", "for", "3", "years", "and", "without", "clinical", "improvement", ",", "using", "a", "DNA", "probe", "(", "Sunstar", ",", "Guidor", ")", ".", "Her", "result", "reveals", "the", "presence", "of", "Porphyromonas", "Gingivalis", ",", "Tannerella", "Forshytia", "and", "Treponema", "Denticola", ",", "all", "belonging", "to", "the", "\"", "Red", "\"", "series", "(", "World", "Workshop", "1996", ")", ",", "as", "well", "as", "others", "belonging", "to", "the", "\"", "Orange", "\"", "series", "(", "Prevotella", "Intermedia", "Porvimonas", "Micros", "and", "Fusebacterium", "Nucleatum", ")", ".", "According", "to", "the", "Armitage", "classification", ",", "in", "2013", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "generalised", "moderate", "chronic", "periodontitis", ",", "localised", "advanced", "and", "100", "%", "bleeding", "on", "probing", ".", "With", "regard", "to", "the", "interarch", "relationship", ",", "there", "was", "a", "vertical", "crosslinking", "of", "6", "mm", "and", "horizontal", "crosslinking", "of", "4", "mm", ",", "as", "well", "as", "occlusal", "trauma", "and", "fringing", "in", "eccentric", "disclusion", "on", "the", "anterior", "front", "and", "increased", "congenital", "interincisal", "diastema", ".", "Periodontal", "deinflammatory", "treatment", "consisting", "of", "oral", "hygiene", "instructions", "and", "scaling", "and", "root", "planing", "within", "24", "hours", "(", "Full", "Mouth", "Disinfection-Kinane", "2004", ")", "was", "proposed", "and", "carried", "out", ".", "After", "4", "weeks", ",", "complete", "periodontal", "records", "were", "taken", "to", "evaluate", "the", "response", "as", "seen", "in", "the", "photographs", "and", "periodontal", "data", "(", "periodontogram", "S", ".", "Florida", ")", ".", "Subsequently", ",", "advanced", "regenerative", "periodontal", "treatment", "was", "performed", "on", "sextant", "II", "with", "removal", "of", "irritants", "and", "polishing", "of", "the", "developmental", "sulcus", "on", "the", "root", "surface", "of", "#", "11", "mesiopalatal", ",", "and", "application", "of", "enamel-derived", "proteins", "(", "Emdogain", "®", ",", "Straumann", ")", ",", "as", "well", "as", "a", "regimen", "of", "metronidazole", "500", "mg", "every", "8", "hours", "for", "7", "days", ".", "According", "to", "the", "New", "Classification", "of", "the", "2017", "World", "Workshop", "on", "Periodontal", "and", "Peri-implant", "Diseases", "and", "Conditions", "(", "\"", "the", "World", "Workshop", "\"", ")", ",", "this", "patient", "would", "have", "been", "classified", "as", "stage", "III", "grade", "B", "periodontitis", ".", "To", "classify", "the", "patient", "'", "s", "periodontitis", "into", "stages", "and", "grades", ",", "we", "can", "refer", "to", "the", "decision-making", "algorithm", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "periodontitis", "in", "our", "patient", ",", "the", "loss", "of", "attachment", "(", "PIC", ")", "in", "more", "than", "1", "tooth", "was", "assessed", "and", "specific", "X-rays", "were", "taken", "in", "the", "anterior", "sextant", "(", "most", "affected", "area", ")", "and", "periodontal", "probing", "to", "record", "the", "loss", "of", "interproximal", "attachment", "which", "was", "not", "solely", "due", "to", "local", "factors", ",", "and", "a", "complete", "periodontogram", "was", "carried", "out", ".", "The", "patient", "had", "periodontitis", "as", "probing", "depths", ">", "4", "mm", "were", "found", "in", "several", "locations", ".", "Once", "the", "patient", "has", "been", "diagnosed", "with", "periodontitis", ",", "the", "stage", "and", "degree", "must", "be", "established", ".", "First", "we", "will", "assess", "the", "extent", "of", "the", "disease", "by", "analysing", "whether", "clinical", "attachment", "loss", "(", "ICL", ")", "or", "bone", "loss", "(", "LO", ")", "affects", "more", "than", "30", "%", "of", "the", "sites", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "which", "will", "be", "classified", "as", "generalised", "periodontitis", ".", "To", "establish", "the", "stage", "of", "periodontitis", "in", "this", "patient", ",", "we", "will", "assess", "the", "severity", "(", "using", "ICP", ",", "PO", "and", "PDP", ",", "which", "are", "the", "periodontal", "tooth", "losses", ")", "and", "the", "complexity", "(", "by", "assessing", "the", "PS", ":", "probing", "depth", ")", "of", "the", "periodontitis", ".", "In", "this", "patient", "we", "are", "dealing", "with", "generalised", "periodontitis", "stage", "III", "(", "pockets", "in", "more", "than", "30", "%", "of", "locations", ",", "vertical", "defect", "in", "#", "11", ")", ",", "grade", "B", "due", "to", "the", "PO", "/", "age", "ratio", "and", "absence", "of", "risk", "factors", ".", "Fortunately", ",", "in", "this", "case", "we", "have", "information", "on", "its", "evolution", "5", "years", "later", ".", "Both", "clinical", "images", "and", "periodontal", "and", "radiographic", "records", "show", "periodontal", "stability", ",", "and", "in", "some", "areas", "even", "gain", "of", "clinical", "attachment", "as", "well", "as", "partial", "correction", "of", "the", "diastema", "." ]

[ 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "FEMALE PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 26 }, { "text": "PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 156, "end": 163 }, { "text": "dentist", "label": "HUMAN", "start": 75, "end": 82 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 541, "end": 548 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1325, "end": 1332 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1386, "end": 1393 }, { "text": "Prevotella Intermedia", "label": "SPECIES", "start": 2651, "end": 2672 }, { "text": "Treponema Denticola", "label": "SPECIES", "start": 2521, "end": 2540 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2277, "end": 2284 }, { "text": "Porphyromonas Gingivalis", "label": "SPECIES", "start": 2470, "end": 2494 }, { "text": "Tannerella Forshytia", "label": "SPECIES", "start": 2496, "end": 2516 }, { "text": "dentist", "label": "HUMAN", "start": 2344, "end": 2351 }, { "text": "Porvimonas Micros", "label": "SPECIES", "start": 2673, "end": 2690 }, { "text": "Fusebacterium Nucleatum", "label": "SPECIES", "start": 2695, "end": 2718 }, { "text": "Orange", "label": "SPECIES", "start": 2635, "end": 2641 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2776, "end": 2783 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3982, "end": 3989 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4070, "end": 4077 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4209, "end": 4216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4522, "end": 4529 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4615, "end": 4622 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4978, "end": 4985 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5165, "end": 5172 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "45-year-old", "man", "who", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "progressive", "dyspnoea", "for", "approximately", "two", "weeks", "accompanied", "by", "palpitations", ".", "He", "worked", "in", "a", "florist", "'", "s", "shop", "and", "reported", "no", "past", "history", "of", "interest", ".", "He", "denied", "recent", "travel", "or", "exposure", "to", "environmental", "toxic", "agents", ".", "Physical", "examination", "revealed", "fever", "of", "38oC", ",", "tachypnoea", ",", "tachycardia", ",", "oxygen", "saturation", "of", "93", "%", "on", "room", "air", "and", "bilateral", "midfield", "crackles", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "parahilar", "alveolar", "opacification", ",", "and", "blood", "tests", "showed", "a", "leukocyte", "count", "of", "16", ",", "920", "leukocytes", "/", "μL", "and", "a", "C-reactive", "protein", "value", "of", "23", "mg", "/", "dL", ",", "in", "addition", "to", "blood", "gases", "with", ":", "pH", ",", "7", ".", "55", ";", "pCO2", ",", "22", "mmHg", ";", "bicarbonate", ",", "19", "mEq", "/", "L", ";", "and", "pO2", ",", "56", "mmHg", ".", "On", "admission", ",", "treatment", "with", "levofloxacin", "and", "ceftriaxone", "was", "started", ",", "with", "poor", "response", ",", "and", "fever", "and", "general", "malaise", "persisted", ".", "A", "high-resolution", "computed", "tomography", "(", "HRCT", ")", "scan", "of", "the", "lung", "showed", "areas", "of", "increased", "density", "in", "both", "upper", "lobes", "and", "segment", "6", "suggestive", "of", "inflammatory-infectious", "lung", "disease", ".", "Pneumococcal", "and", "Legionella", "antigenuria", ",", "blood", "cultures", "and", "serology", "(", "acute", "phase", ")", "for", "Mycoplasma", ",", "Chlamydia", ",", "Legionella", "and", "Coxiella", "were", "negative", ".", "Azithromycin", "(", "500", "mg", "/", "24", "hours", ")", "was", "then", "added", "on", "suspicion", "of", "atypical", "infection", ".", "Due", "to", "the", "poor", "response", ",", "bronchofibroscopy", "with", "transbronchial", "biopsy", "was", "performed", ".", "Pathology", "showed", "type", "II", "pneumocytic", "hyperplasia", ",", "inflammation", "of", "the", "alveolar", "wall", "and", "myxomatous", "degeneration", "of", "the", "alveolar", "septa", ",", "all", "compatible", "with", "acute", "organised", "fibrinoid", "pneumonia", ".", "Following", "the", "anatomopathological", "findings", ",", "treatment", "with", "prednisone", "0", ".", "5", "mg", "/", "kg", "was", "started", "and", "the", "fever", "and", "dyspnoea", "disappeared", ".", "During", "the", "follow-up", "in", "consultations", ",", "the", "dose", "of", "corticosteroids", "was", "gradually", "reduced", "until", "it", "was", "discontinued", "after", "3", "months", ".", "The", "last", "follow-up", "chest", "CT", "scan", "showed", "no", "condensation", "or", "pulmonary", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Chlamydia", "label": "SPECIES", "start": 1129, "end": 1138 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 1155, "end": 1163 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1047, "end": 1057 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1140, "end": 1150 }, { "text": "Mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1117, "end": 1127 } ]

[ "BACKGROUND", ":", "77-year-old", "woman", ",", "allergic", "to", "metamizole", ",", "and", "with", "medical", "history", "of", "arterial", "hypertension", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "(", "insulin-dependent", ")", ",", "permanent", "atrial", "fibrillation", "and", "asmabronchial", ".", "Under", "follow-up", "by", "cardiology", "for", "rheumatic", "mitral", "valve", "disease", "with", "severe", "mitral", "stenosis", "operated", "by", "surgical", "commissurotomy", "in", "1991", "and", "later", "prosthetic", "valve", "replacement", "in", "2007", "using", "Carbomedics", "metal", "prosthesis", "no", "27", ".", "During", "follow-up", "she", "also", "developed", "severe", "aortic", "valve", "stenosis", "without", "symptoms", ".", "She", "was", "on", "treatment", "with", "acenocoumarol", ",", "bisoprolol", ",", "furosemide", ",", "spironolactone", ",", "olmesartan", ",", "insulin", "and", "bronchodilators", "on", "demand", ".", "CURRENT", "ILLNESS", ":", "The", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "colicky", "abdominal", "pain", "and", "fever", "of", "38", ".", "2", "oC", ",", "labelled", "acute", "gastroenteritis", "which", "resolved", "with", "conservative", "treatment", "on", "an", "ambulatory", "basis", ".", "Five", "days", "later", ",", "she", "returned", "to", "our", "centre", "with", "a", "new", "febrile", "peak", "and", "abdominal", "pain", "located", "in", "the", "left", "iliac", "fossa", "that", "required", "hospital", "admission", "for", "suspected", "acute", "diverticulitis", ".", "Bacteroides", "fragilis", "was", "isolated", "in", "two", "blood", "cultures", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "prescribed", "with", "good", "subsequent", "evolution", ".", "Twenty", "days", "later", ",", "he", "was", "admitted", "again", "for", "a", "new", "febrile", "peak", "with", "positive", "blood", "cultures", "for", "the", "same", "pathogen", ";", "an", "abdominal", "CT", "scan", "showed", "diverticulosis", "with", "no", "signs", "of", "acute", "infection", ",", "so", "given", "his", "history", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "an", "echocardiogram", "to", "rule", "out", "infective", "endocarditis", "(", "IE", ")", ".", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Temperature", "38", ".", "3", "oC", ".", "Blood", "pressure", "105", "/", "70", "mmHg", ".", "Heart", "rate", "68", "bpm", ".", "Conscious", ",", "oriented", ",", "well", "perfused", ".", "No", "Osler", "'", "s", "nodules", "or", "Roth", "'", "s", "spots", "on", "the", "skin", ".", "Increased", "jugular", "venous", "pulse", "with", "venous", "pulse", "under", "the", "mandibular", "angle", "at", "90o", "with", "prominent", "\"", "v", "\"", "waves", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "heart", "sounds", "at", "74", "bpm", "with", "systolic", "murmur", "3", "/", "6", "in", "the", "aortic", "focus", "and", "second", "sound", "abolished", ",", "radiating", "to", "the", "left", "sternal", "border", "and", "apex", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "left", "basal", "hypoventilation", ".", "No", "oedema", "in", "the", "lower", "extremities", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ANALYTICS", "on", "admission", ":", "urea", "0", ".", "36", "g", "/", "l", ",", "creatinine", "0", ".", "73", "mg", "/", "dl", ";", "CKD-EPI", "79", ".", "6", "ml", "/", "min", "/", "1", ".", "73", "m2", ",", "ions", "and", "transaminases", "without", "significant", "alterations", ".", "NT-proBNP", "2", ",", "797", "pg", "/", "ml", ".", "ESR", "102", "mm", ",", "Creactive", "protein", "0", ".", "81", "mg", "/", "dl", ".", "Haemogram", ":", "Hb", "10", ".", "2", "g", "/", "dl", ",", "Ht", "30", "%", ",", "13", ",", "900", "/", "mm3", "(", "neutrophils", "91", ".", "1", "%", ")", ".", "THORAX", "RADIGRAPHY", ":", "radiological", "cardiomegaly", ".", "Mid", "sternotomy", "sutures", ".", "Pinching", "of", "both", "costophrenic", "sinuses", "(", "greater", "on", "the", "left", "side", ")", ".", "Prominent", "vascular", "bundles", ".", "Haemocultures", "(", "x3", ")", ":", "positive", "for", "Bacteroides", "fragilis", ".", "Transesophageal", "echocardiography", ":", "severely", "dilated", "left", "atrium", ".", "Intact", "septum", ":", "atrial", "appendage", "occupied", "by", "an", "image", "suggestive", "of", "a", "thrombus", "with", "little", "echodense", ".", "Double", "hemidisc", "mitral", "prosthesis", "with", "good", "opening", "(", "gradients", "similar", "to", "previous", "studies", ")", ";", "several", "eccentric", "intraprosthesis", "regurgitation", "jets", "are", "observed", "without", "flow", "reversal", "in", "the", "pulmonary", "veins", ".", "Two", "vegetative", "images", "implanted", "in", "the", "prosthetic", "annulus", "of", "12", "x", "3", "mm", "and", "10", "x", "3", "mm", "mobile", ",", "not", "interfering", "with", "the", "movement", "of", "the", "discs", ";", "no", "periannular", "abscesses", "were", "detected", ".", "Left", "ventricle", "neither", "dilated", "nor", "hypertrophied", "with", "preserved", "ejection", "fraction", "and", "no", "segmental", "alterations", ".", "Thickened", ",", "trivalve", "aortic", "valve", "with", "significantly", "reduced", "effective", "area", ";", "no", "regurgitation", ".", "Dilated", "right", "chambers", ";", "reduced", "right", "ventricular", "contractility", "(", "TAPSE", "14", "mm", ")", ".", "Thickened", "tricuspid", "valve", "with", "good", "opening", "and", "mobility", ";", "severe", "regurgitation", ".", "Moderate", "pulmonary", "hypertension", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "CLINICAL", "COURSE", "With", "the", "diagnosis", "of", "infective", "endocarditis", "on", "prosthetic", "valve", "due", "to", "Bacteroides", "fragilis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "metronidazole", "500", "mg", "/", "8", "hours", "and", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "1000", "mg", "/", "200mg", "/", "8", "hours", "intravenous", ".", "The", "patient", "remained", "afebrile", "throughout", "admission", ",", "blood", "cultures", "were", "negative", "early", "and", "she", "progressed", "favourably", "from", "her", "slight", "cardiac", "decompensation", "with", "diuretic", "treatment", ".", "After", "6", "weeks", "of", "targeted", "intravenous", "antibiotic", "treatment", ",", "being", "haemodynamically", "stable", "and", "in", "good", "functional", "class", ",", "he", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "DIAGNOSIS", "Endocarditis", "on", "mitral", "metallic", "prosthesis", "due", "to", "anaerobes", "(", "Bacteroides", "fragilis", ")", "without", "associated", "prosthetic", "dysfunction", ".", "Bacteraemia", "due", "to", "Bacteroides", "fragilis", "of", "possible", "gastrointestinal", "origin", ".", "Diverticulosis", "without", "diverticulitis", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 661, "end": 668 }, { "text": "Bacteroides fragilis", "label": "SPECIES", "start": 1037, "end": 1057 }, { "text": "pathogen", "label": "SPECIES", "start": 1271, "end": 1279 }, { "text": "Bacteroides fragilis", "label": "SPECIES", "start": 2505, "end": 2525 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3739, "end": 3746 }, { "text": "Bacteroides fragilis", "label": "SPECIES", "start": 3590, "end": 3610 }, { "text": "Bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4206, "end": 4217 }, { "text": "anaerobes", "label": "SPECIES", "start": 4130, "end": 4139 }, { "text": "Bacteroides fragilis", "label": "SPECIES", "start": 4141, "end": 4161 }, { "text": "Bacteroides fragilis", "label": "SPECIES", "start": 4225, "end": 4245 } ]

[ "Anamnesis", "A", "36-year-old", "woman", ",", "with", "no", "past", "history", "of", "interest", ",", "consulted", "for", "headache", "and", "blurred", "vision", ".", "In", "the", "3", "weeks", "prior", "to", "admission", "she", "presented", "a", "febrile", "syndrome", "with", "temperatures", "up", "to", "38", "oC", ",", "and", "5", "days", "before", "admission", "she", "had", "a", "predominantly", "frontal", "headache", "and", "bilateral", "blurred", "vision", "with", "retroocular", "pain", ".", "Physical", "examination", "Fever", "of", "37", ".", "5", "oC", ".", "Visual", "acuity", "was", "0", ".", "2", "in", "both", "eyes", "and", "bilateral", "papillary", "oedema", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "and", "systemic", "examination", "was", "normal", ".", "Blurring", "of", "the", "papillary", "borders", "and", "bilateral", "papillary", "elevation", ".", "Several", "small", "yellowish", "nodular", "lesions", "were", "visualised", "in", "the", "nasal", "retina", ".", "Complementary", "tests", "-", "CBC", ":", "normal", ".", "ESR", "22", "mm", ",", "CRP", "normal", ".", "Beta-2-microglobulin", "2", ".", "81", ".", "-", "Autoimmunity", "(", "ANA", "and", "ACA", ")", "negative", ".", "-", "Ocular", "angiofluorescein", ":", "compatible", "with", "bilateral", "optic", "neuritis", ".", "-", "Brain", "MRI", ":", "small", "frontal", "lesion", "compatible", "with", "meningioma", "as", "the", "only", "finding", ".", "-", "Lumbar", "puncture", "on", "admission", ":", "normal", "opening", "pressure", ",", "glucose", "45", "(", "simultaneous", "blood", "110", ")", ".", "Hyperproteinorraquia", "of", "126", ",", "70", "cells", "predominantly", "mononuclear", "(", "97", "%", ")", ",", "red", "blood", "cells", "3", ",", "600", ",", "ADA", "7", ".", "9", ".", "BOC", "negative", ".", "Similar", "serial", "lumbar", "punctures", ",", "compatible", "with", "lymphocytic", "meningitis", ".", "-", "Lumbar", "puncture", "(", "after", "tuberculostatic", "treatment", ")", ":", "glucose", "53", "(", "simultaneous", "114", ")", ",", "66", "proteins", ",", "leukocytes", "7", ",", "red", "blood", "cells", "6", ".", "-", "Serology", "in", "serum", "and", "CSF", "for", "Borrelia", ",", "Brucella", ",", "lupus", ",", "HIV", ",", "Bartonella", ",", "herpes", ",", "cryptococcus", "antigen", ":", "negative", ".", "-", "Mantoux", ",", "mycobacterial", "culture", ",", "PCR", "for", "tuberculosis", "negative", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "notable", "alterations", ".", "-", "ECG", ":", "normal", "sinus", "rhythm", ".", "-", "Thoracic-abdominal", "CT", "scan", ":", "small", "non-specific", "mediastinal", "lymphadenopathy", ",", "and", "a", "single", "abdominal", "lymphadenopathy", "near", "the", "celiac", "trunk", ",", "without", "suggesting", "any", "abnormality", ".", "Diagnosis", "Initial", "diagnosis", ":", "meningitis", "and", "tuberculous", "optic", "neuritis", "as", "first", "possibility", ".", "Definitive", "diagnosis", ":", "sarcoidosis", ".", "Treatment", "Initially", ",", "treatment", "with", "antituberculous", "drugs", "and", "corticosteroids", "(", "for", "one", "month", ")", "is", "started", ".", "Seven", "months", "after", "the", "new", "diagnosis", ",", "corticotherapy", "and", "immunosuppression", "with", "methotrexate", "were", "started", ".", "Evolution", "Since", "the", "first", "admission", ",", "she", "was", "re-evaluated", "after", "2", "months", ",", "where", "she", "was", "afebrile", "and", "asymptomatic", ",", "except", "for", "a", "slight", "bilateral", "visual", "deficit", ".", "Despite", "the", "negative", "results", "confirming", "tuberculous", "meningitis", ",", "the", "clinical-analytical", "improvement", "(", "lumbar", "puncture", "was", "repeated", ")", "led", "to", "maintaining", "treatment", "with", "tuberculostatics", ".", "Seven", "months", "later", "he", "was", "readmitted", "a", "third", "time", "for", "left", "peripheral", "facial", "paralysis", ".", "On", "this", "admission", ",", "the", "diagnosis", "was", "reconsidered", "and", "the", "tests", "were", "repeated", ".", "The", "lumbar", "puncture", "was", "similar", "to", "previous", "ones", "(", "persistent", "hyperproteinorrache", ",", "borderline", "glucose", "and", "low", "cellularity", "with", "8", "mononuclear", "cells", ")", ",", "CSF", "ACE", "was", "negative", "and", "serum", "ACE", "was", "54", "(", "normal", "reference", "value", "52", ")", ";", "however", ",", "the", "thoracic-abdominal", "CT", "scan", "showed", "enlarged", "mediastinal", "and", "abdominal", "adenopathies", "with", "the", "appearance", "of", "bilateral", "pulmonary", "infiltrates", ".", "In", "view", "of", "this", "finding", ",", "fibrobronchoscopy", "of", "the", "lymphadenopathies", "was", "performed", "with", "bronchoalveolar", "lavage", "and", "biopsies", "were", "taken", ",", "with", "a", "low", "CD4", "/", "CD8", "ratio", "(", "which", "did", "not", "favour", ",", "but", "did", "not", "exclude", ",", "the", "diagnosis", "of", "sarcoidosis", ")", ".", "Still", "awaiting", "pathological", "anatomy", "and", "review", "of", "the", "results", "at", "the", "outpatient", "clinic", ",", "she", "was", "admitted", "a", "fourth", "time", "2", "months", "later", "for", "right", "facial", "paralysis", ",", "before", "it", "resolved", "on", "the", "contralateral", "side", ".", "The", "results", "of", "the", "pathological", "anatomy", "revealed", "non-necrotising", "granulomatous", "sarcoid-type", "granulomatous", "inflammation", ".", "At", "this", "point", ",", "tuberculostatic", "treatment", "was", "discontinued", "and", "it", "was", "decided", "to", "start", "immunosuppressive", "treatment", "with", "corticosteroids", "and", "methotrexate", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 1231, "end": 1246 }, { "text": "Bartonella", "label": "SPECIES", "start": 1400, "end": 1410 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1378, "end": 1386 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1395, "end": 1398 }, { "text": "herpes", "label": "SPECIES", "start": 1412, "end": 1418 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1368, "end": 1376 }, { "text": "cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1420, "end": 1432 }, { "text": "tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 1494, "end": 1506 }, { "text": "antituberculous", "label": "SPECIES", "start": 1926, "end": 1941 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 3563, "end": 3578 } ]

[ "HISTORY", ",", "CURRENT", "DISEASE", "AND", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "Male", ",", "36", "years", "old", ".", "History", "AHT", "Stage", "III", "chronic", "renal", "failure", "secondary", "to", "vesicoureteral", "reflux", "Current", "illness", "The", "patient", "reported", "fever", "and", "vomiting", "for", "3", "days", ",", "general", "malaise", ",", "generalised", "aches", "and", "pains", ",", "dystrophic", "sensation", ",", "chills", ",", "sweating", "and", "vomiting", ".", "Physical", "examination", "BP", ":", "100", "/", "40", "Ta", ":", "39", ".", "5", "°", "C", "Normal", "colour", ",", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Eupneic", "at", "0", "°", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", "with", "systolic", "murmur", "in", "EIB", "Pulmonary", "auscultation", ":", "VCM", "Abdomen", ":", "no", "evidence", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECHOCARDIOGRAPHY", ":", "RS", ",", "BCRIHH", ".", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "Laboratory", "tests", ":", "biochemistry", ":", "creatinine", "7", ".", "99", "mg", "/", "gl", ";", "Na", "131", "mEq", "/", "l", ";", "K", "4", ".", "59", "mEq", "/", "l", ",", "CRP", "23", ".", "09", "mg", "/", "dl", ".", "Gases", ":", "pH", "7", ".", "23", ",", "pCO2", "36", "mmHg", ",", "pO2", "14", "mmHg", ",", "HCO3", "15", "mmol", "/", "l", ",", "Ebb", "-", "11", ".", "6", "mmol", "/", "l", ".", "Haemogram", ":", "Hb", "11", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "platelets", "80", "x1000", "/", "ul", ",", "leucocytes", "16", ".", "30x1000", "/", "ul", ",", "neutrophils", "94", ".", "7", "%", ".", "Coagulation", ":", "prothrombin", "activity", "65", "%", ",", "INR", "1", ".", "34", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "with", "chest", "sections", ":", "abdomen", "normal", ".", "Chest", "sections", "included", "in", "the", "study", "showed", "a", "1", "cm", "nodule", "in", "LID", ",", "two", "in", "LII", "(", "the", "largest", "measuring", "5", "mm", ")", "and", "another", "in", "the", "anterior", "part", "of", "the", "lingula", ",", "all", "undetermined", ",", "with", "an", "infectious", "aetiology", "to", "be", "assessed", ".", "Blood", "cultures", ":", "methicillin-sensitive", "S", ".", "aureus", ".", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "image", "compatible", "with", "endocardial", "wart", "of", "15x10", "mm", "anchored", "to", "the", "IV", "septum", ".", "Restrictive", "ventricular", "septal", "defect", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", "recommended", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "ruled", "out", "involvement", "of", "other", "valves", ".", "EVOLUTION", "In", "view", "of", "the", "febrile", "syndrome", "presented", "by", "the", "patient", ",", "two", "sets", "of", "blood", "cultures", "were", "requested", ".", "A", "possible", "abdominal", "focus", "was", "suspected", "based", "on", "the", "clinical", "manifestations", "and", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "performed", ",", "which", "ruled", "it", "out", ",", "although", "there", "was", "evidence", "of", "possible", "infectious", "foci", "in", "the", "lungs", ".", "Two", "sets", "of", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "were", "positive", "for", "Staphylococcus", "aureus", ".", "After", "isolation", "of", "S", ".", "aureus", "in", "both", "sets", "and", "the", "presence", "of", "previously", "unknown", "left", "bundle", "branch", "block", "and", "murmur", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", "showing", "an", "endocardial", "wart", "dependent", "on", "the", "tricuspid", "subvalvular", "apparatus", "or", "the", "interventricular", "septum", ";", "and", "a", "restrictive", "ventricular", "septal", "defect", "(", "GP", "max", "140", "mmHg", ")", ".", "Antibiotic", "therapy", "with", "intravenous", "cloxacillin", "was", "started", ",", "after", "which", "the", "patient", "remained", "afebrile", ",", "asymptomatic", ",", "with", "a", "decrease", "in", "acute", "phase", "reactants", "and", "sterile", "serial", "blood", "cultures", ".", "A", "control", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", "7", "days", "after", "starting", "antibiotic", "therapy", "and", "it", "was", "found", "that", "the", "image", "of", "the", "wart", "had", "not", "decreased", "in", "size", ".", "A", "wait-and-see", "attitude", "was", "maintained", "and", "14", "days", "after", "starting", "antibiotic", "treatment", ",", "a", "new", "echocardiographic", "check-up", "was", "performed", ",", "which", "showed", "no", "changes", "with", "respect", "to", "the", "diagnostic", "echocardiogram", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "vegetation", ",", "surgical", "intervention", "was", "indicated", "in", "conjunction", "with", "the", "Cardiac", "Surgery", "Service", ".", "The", "possibilities", "were", "explained", "to", "the", "patient", "and", "he", "accepted", ".", "The", "vegetation", "was", "resected", "and", "the", "VSD", "was", "closed", "with", "direct", "suture", ".", "The", "patient", "evolves", "favourably", "and", "is", "included", "in", "the", "haemodialysis", "programme", ".", "DIAGNOSIS", "Tricuspid", "endocarditis", "due", "to", "S", ".", "aureus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 50, "end": 54 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 170, "end": 177 }, { "text": "methicillin-sensitive S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 1231, "end": 1262 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 1253, "end": 1262 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1586, "end": 1593 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1906, "end": 1927 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2341, "end": 2348 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2996, "end": 3003 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3096, "end": 3103 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 1948, "end": 1957 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3212, "end": 3221 } ]

[ "Anamnesis", "A", "44-year-old", "patient", "consulted", "the", "Emergency", "Department", "for", "weakness", "of", "the", "left", "limbs", "of", "about", "two", "weeks", "'", "evolution", ".", "He", "is", "semi-independent", "for", "activities", "of", "daily", "living", ".", "His", "past", "history", "includes", "being", "an", "injecting", "drug", "user", "until", "he", "was", "30", "years", "old", "and", "a", "smoker", "until", "just", "one", "year", "ago", ".", "He", "has", "chronic", "hepatitis", "C", "virus", "liver", "disease", "with", "portal", "hypertension", ".", "In", "2011", "he", "underwent", "an", "emergency", "tracheostomy", "and", "subsequent", "total", "laryngectomy", "for", "moderately", "differentiated", "squamous", "cell", "carcinoma", "of", "the", "larynx", ",", "accompanied", "by", "cervical", "lymph", "node", "removal", "and", "radiotherapy", ",", "which", "was", "completed", "about", "a", "month", "ago", ".", "It", "was", "complicated", "by", "a", "left", "cervical", "abscess", "and", "cranial", "herpes", "zoster", ".", "He", "has", "had", "a", "nasogastric", "tube", "since", "then", ".", "The", "latest", "thoraco-abdominal", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "a", "left", "pulmonary", "nodule", "and", "mediastinal", "adenopathies", ",", "and", "a", "hepatic", "nodule", "suggestive", "of", "hepatocarcinoma", ".", "He", "was", "treated", "with", "spironolactone", "and", "fentanyl", "patches", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "126", "/", "78", "mmHg", "and", "temperature", "37", ".", "2", "oC", ".", "There", "is", "an", "evident", "deterioration", "of", "the", "general", "condition", "and", "cutaneous", "signs", "of", "radiation", "in", "the", "cervical", "area", ".", "Speech", "is", "not", "assessable", "due", "to", "laryngectomy", ",", "he", "understands", "complex", "commands", ".", "There", "is", "effacement", "of", "the", "left", "nasolabial", "fold", ",", "an", "oculocephalic", "preference", "to", "the", "right", "and", "left", "hemianopsia", "in", "the", "visual", "field", "examination", "by", "confrontation", ".", "Left", "hemiparesis", "of", "brachial", "and", "distal", "predominance", ".", "Left", "hemihypoesthesia", ".", "Bilateral", "plantar", "flexor", "response", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "examination", "is", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "count", "and", "basic", "coagulation", "study", ":", "normal", ".", "-", "Electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "at", "80", "bpm", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "diffuse", "disease", "with", "a", "bilateral", "reticular", "appearance", ".", "-", "Brain", "CT", "scan", ":", "hypodensities", "in", "the", "subcortical", "white", "matter", "in", "the", "bilateral", "parietal", "and", "left", "occipital", "regions", ",", "with", "no", "pathological", "enhancements", "observed", "in", "the", "postcontrast", "study", ".", "CT", "scan", ":", "bilateral", "hypodensities", "in", "the", "parietooccipital", "white", "matter", ".", "-", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ":", "hyperintense", "lesion", "in", "T2", "and", "FLAIR", "sequences", "without", "mass", "effect", "affecting", "the", "bilateral", "parietooccipital", "subcortical", "white", "matter", ",", "predominantly", "right", ",", "and", "hypointense", "in", "T1", "sequence", "with", "minimal", "enhancement", "after", "administration", "of", "intravenous", "contrast", ".", "Brain", "MRI", ".", "Hypersignal", "in", "FLAIR", "sequence", ".", "Minimal", "enhancement", "after", "contrast", "administration", "in", "T1", "sequence", ".", "-", "Supra-aortic", "trunk", "duplex", "study", ":", "no", "evidence", "of", "haemodynamically", "significant", "stenosis", ".", "Orthodromic", "ophthalmic", "images", ".", "-", "Study", "of", "lymphocyte", "subpopulations", ":", "total", "lymphocytes", "500", "cells", "/", "uL", ";", "CD", "4", "4", "cells", "/", "uL", "(", "500-2", ",", "500", ")", ";", "CD", "4", "/", "CD", "8", "ratio", "0", ".", "01", "(", "0", ".", "85-3", ".", "5", ")", ".", "-", "HIV-viral", "load", ":", "123", ",", "705", "cp", "/", "ml", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "study", ":", "1", "cell", "/", "uL", ";", "45", "mg", "/", "dl", "glucose", ";", "0", ".", "3", "g", "/", "dl", "total", "protein", ".", "-", "Polymerase", "chain", "reaction", "(", "PCR", ")", "for", "JC", "virus", "in", "CSF", ":", "negative", ".", "Diagnosis", "Progressive", "multifocal", "leukoencephalopathy", "(", "PML", ")", "in", "HIV-positive", "patient", ".", "Evolution", "After", "starting", "triple", "antiretroviral", "therapy", ",", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "improved", ",", "although", "the", "neurological", "symptoms", "persisted", "at", "the", "time", "of", "discharge", ".", "He", "was", "reviewed", "one", "month", "later", "by", "the", "Infectious", "Diseases", "Unit", ",", "with", "improvement", "in", "CD", "4", "and", "viral", "load", "levels", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 31 }, { "text": "hepatitis C virus", "label": "SPECIES", "start": 318, "end": 335 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2667, "end": 2670 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2671, "end": 2676 }, { "text": "JC virus", "label": "SPECIES", "start": 2825, "end": 2833 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2928, "end": 2935 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2915, "end": 2918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2998, "end": 3005 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 2970, "end": 2984 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3201, "end": 3206 } ]

[ "A", "43-year-old", "man", "with", "no", "previous", "history", ",", "referred", "from", "Ophthalmology", "for", "bilateral", "vitritis", "of", "probable", "infectious", "aetiology", ".", "He", "reported", "weight", "loss", "for", "a", "year", "without", "asthenia", "or", "anorexia", "and", "self-limited", "catarrhal", "symptoms", "a", "week", "earlier", ".", "She", "reported", "risky", "sexual", "relations", "6", "months", "earlier", ".", "Physical", "examination", "revealed", "a", "rash", "on", "the", "trunk", "and", "palmoplantar", "lesions", "suggestive", "of", "syphilitic", "gummas", ",", "with", "no", "palpable", "lymphadenopathy", "and", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Laboratory", "tests", ":", "biochemistry", ",", "haemogram", ",", "coagulation", "and", "venous", "gases", "normal", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ".", "-", "ECG", ":", "normal", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "infectious", "vitritis", "and", "the", "patient", "'", "s", "skin", "lesions", ",", "the", "first", "diagnostic", "suspicion", "was", "syphilis", "with", "ocular", "involvement", ",", "so", "we", "requested", "serology", ",", "which", "was", "positive", "(", "RPR", ":", "positive", ",", "titre", "1", "/", "256", ",", "HAART", ":", "positive", ")", ".", "Once", "the", "diagnosis", "of", "syphilis", "was", "confirmed", ",", "we", "proceeded", "to", "rule", "out", "neurological", "involvement", "by", "CT", "scan", "of", "the", "brain", "(", "normal", ")", "and", "CSF", "measurement", ",", "which", "was", "negative", ".", "We", "requested", "the", "rest", "of", "the", "serologies", "(", "EBV", ",", "CMV", ",", "Toxoplasma", ",", "HAV", ",", "HCV", "and", "HDV", "negative", ";", "HIV", "positive", ";", "HBV", "HBsAG", "positive", ",", "total", "anti-HBc", "positive", ",", "IgM", "anti-HBcore", "negative", ",", "Ag", "HBe", "positive", ",", "Anti", "HBe", "negative", ")", ".", "With", "the", "definitive", "diagnosis", "of", "vitritis", "secondary", "to", "ocular", "syphilis", "and", "HIV", "stage", "C3-HBV", "co-infection", ",", "the", "next", "step", "was", "to", "request", "mantoux", "(", "negative", ")", ",", "an", "HIV", "test", "and", "a", "CT", "scan", "of", "the", "thorax-abdomen-pelvis", "to", "rule", "out", "other", "secondary", "involvement", "(", "signs", "of", "chronic", "liver", "disease", "with", "hepatomegaly", "and", "splenomegaly", ")", ".", "HIV", "study", ":", "Viral", "load", ":", "773", ",", "556", "copies", "/", "mL", ".", "Resistance", "test", ":", "V108I", "(", "possible", "resistance", "to", "neviparin", ")", ".", "Lymphocyte", "subpopulations", ":", "CD4", "152", ",", "CD8", "796", ",", "CD4", "/", "CD8", "0", ".", "19", ".", "HLA", "B5721", "negative", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1077, "end": 1080 }, { "text": "HBe", "label": "SPECIES", "start": 1209, "end": 1212 }, { "text": "HBe", "label": "SPECIES", "start": 1228, "end": 1231 }, { "text": "HAART", "label": "SPECIES", "start": 843, "end": 848 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 1082, "end": 1092 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1072, "end": 1075 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1094, "end": 1097 } ]

[ "Personal", "history", "The", "patient", "had", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "cardiovascular", "risk", "factors", "or", "medical", "or", "surgical", "history", "of", "interest", ".", "She", "had", "been", "resident", "in", "Cameroon", "for", "two", "months", "and", "was", "not", "taking", "antimalarial", "chemoprophylaxis", "correctly", ".", "Present", "illness", "Twelve", "days", "after", "his", "return", "from", "Cameroon", ",", "he", "started", "an", "episode", "of", "general", "malaise", ",", "together", "with", "a", "feverish", "syndrome", "(", "up", "to", "40oC", ")", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ",", "accompanied", "by", "profuse", "sweating", ".", "He", "also", "presented", "with", "arthromyalgia", "and", "nausea", ".", "She", "had", "no", "other", "accompanying", "symptoms", "of", "interest", ".", "Physical", "examination", "She", "was", "in", "fair", "general", "condition", ",", "conscious", "and", "oriented", ",", "with", "mucocutaneous", "pallor", ",", "normohydrated", ",", "eupneic", "at", "rest", ",", "with", "blood", "pressure", "100", "/", "60", "mmHg", ",", "febrile", ",", "with", "a", "temperature", "of", "39oC", "and", "arterial", "oxygen", "saturation", "of", "95", "%", "with", "FiO2", "of", "21", "%", ".", "There", "were", "no", "palpable", "lymph", "nodes", "and", "cardiac", "and", "pulmonary", "auscultation", "was", "normal", ".", "On", "palpation", "of", "the", "abdomen", "there", "were", "no", "masses", ",", "no", "organomegaly", ",", "and", "no", "tender", "points", "on", "superficial", "and", "deep", "palpation", ".", "Bilateral", "renal", "fist", "percussion", "was", "negative", ".", "There", "was", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", "in", "the", "extremities", "and", "the", "neurological", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "examinations", "Haemocyte", "count", "on", "admission", "showed", ":", "leukocytes", "5", ",", "750", "/", "μL", "(", "93", ".", "2", "%", "neutrophils", ";", "4", ".", "3", "%", "lymphocytes", ";", "1", ".", "3", "%", "monocytes", ";", "0", ".", "5", "%", "eosinophils", ")", ";", "red", "blood", "cells", "4", ",", "920", ",", "000", "/", "μL", ";", "haemoglobin", "14", ".", "3", "g", "/", "dL", ";", "haematocrit", "40", ".", "3", "%", ";", "MCV", "81", ".", "9", "fl", ";", "platelets", "164", ",", "000", "/", "μL", ".", "Two", "days", "after", "admission", ",", "the", "results", "were", ":", "haemoglobin", "11", ".", "6", "g", "/", "dL", ";", "haematocrit", "32", ".", "7", "%", ";", "platelets", "48", ",", "000", "/", "μL", ".", "The", "most", "important", "biochemical", "determinations", "were", "ALT", "183", "U", "/", "L", ";", "AST", "157", "U", "/", "L", ";", "LDH", "862", "U", "/", "L", ";", "total", "bilirubin", "3", ".", "03", "mg", "/", "dL", "and", "direct", "bilirubin", "2", ".", "16", "mg", "/", "dL", ".", "The", "rest", "of", "the", "parameters", "were", "within", "normal", "limits", ",", "including", "the", "proteinogram", ".", "The", "coagulation", "study", "on", "admission", "showed", "a", "prothrombin", "activity", "of", "100", "%", "and", "60", "%", "two", "days", "after", "admission", ".", "Urine", "sediment", ",", "three", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", "and", "chest", "X-ray", "were", "normal", "or", "negative", ".", "Abdominal", "ultrasound", "showed", "a", "normal", "liver", "and", "mild", "splenomegaly", ".", "Hepatitis", "markers", "were", "as", "follows", ":", "hepatitis", "C", "negative", ";", "hepatitis", "B", "HBs", "antigen", "negative", ";", "anti-HBs", "antibody", "positive", ",", "anti-HBc", "antibody", "positive", ".", "Bone", "marrow", "aspirate", "showed", "little", "haemophagocytosis", ".", "Reticular", "and", "macrophagic", "cells", "were", "observed", "in", "somewhat", "high", "numbers", "together", "with", "some", "giant", "cells", ".", "Diagnostic", "test", "Intra-erythrocytic", "Plasmodium", "falciparum", "parasites", "were", "observed", "in", "the", "peripheral", "blood", "smear", ".", "Clinical", "judgement", "Plasmodium", "falciparum", "malaria", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "treated", "with", "quinine", "sulphate", "(", "650", "mg", "every", "eight", "hours", ")", "and", "doxycycline", "(", "100", "mg", "every", "twelve", "hours", ")", "for", "one", "week", ".", "Initially", ",", "the", "patient", "had", "a", "torpid", "evolution", ",", "with", "a", "decrease", "in", "prothrombin", "activity", "requiring", "vitamin", "K", "and", "a", "progressive", "decrease", "in", "platelet", "counts", ",", "requiring", "treatment", "with", "intravenous", "gamma", "globulin", ".", "Subsequently", ",", "the", "fever", "subsided", ",", "the", "above-mentioned", "figures", "normalised", "and", "she", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "She", "was", "reviewed", "at", "the", "outpatient", "clinic", "two", "months", "later", ",", "and", "was", "found", "to", "be", "asymptomatic", "." ]

[ 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 2186, "end": 2189 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 2131, "end": 2134 }, { "text": "HBs", "label": "SPECIES", "start": 2158, "end": 2161 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 2097, "end": 2108 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 2119, "end": 2130 }, { "text": "Plasmodium falciparum", "label": "SPECIES", "start": 2402, "end": 2423 }, { "text": "Plasmodium falciparum", "label": "SPECIES", "start": 2499, "end": 2520 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2545, "end": 2552 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2687, "end": 2694 } ]

[ "A", "79-year-old", "man", ",", "allergic", "to", "beta-lactams", "with", "a", "personal", "history", "of", "corticodependent", "COPD", "with", "several", "flare-ups", "a", "year", "and", "on", "treatment", "with", "home", "oxygen", "and", "bronchodilators", "at", "full", "doses", "(", "NYHA", "functional", "status", "III-IV", ")", ".", "He", "came", "to", "the", "hospital", "with", "a", "3-day", "history", "of", "cough", "with", "purulent", "expectoration", ",", "increased", "respiratory", "distress", "and", "worsening", "level", "of", "consciousness", ".", "Physical", "examination", "revealed", "fever", "of", "38", "°", "C", ",", "central", "and", "peripheral", "cyanosis", ",", "increased", "jugular", "venous", "pressure", ",", "tachycardia", "at", "120", "bpm", ",", "prolonged", "expiratory", "time", ",", "wheezing", "and", "expiratory", "rhonchi", "in", "both", "lung", "fields", ",", "especially", "in", "the", "right", "lung", ".", "In", "the", "abdomen", ",", "painful", "hepatomegaly", "and", "oedema", "in", "both", "legs", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "increased", "density", "in", "the", "right", "lower", "lobe", ",", "with", "poorly", "defined", "borders", ".", "The", "haemogram", "showed", "22", ",", "970", "leukocytes", "/", "mm3", "(", "93N", ",", "3", ".", "4L", ")", ",", "Hb", "13", "g", "/", "dl", ",", "HCT", "37", "%", ",", "MCV", "90", "fl", ",", "PLQ", "235", ",", "000", "/", "mm3", ".", "Blood", "gas", "results", "were", "pH", "7", ".", "45", ",", "pO257", ",", "pCO2", "36", ".", "4", ",", "HCO3", "25", ".", "9", ",", "SatO2", "90", "%", ".", "Blood", "and", "sputum", "cultures", "were", "performed", "on", "general", "media", "(", "blood", "and", "chocolate", "agar", ",", "Biomerieux", "®", ")", "and", "for", "mycobacterial", "studies", "(", "Bactec", "960", "MGIT", "(", "Mycobacterial", "Growth", "Indicator", "Tube", ")", "and", "Lowenstein", "(", "Becton", "Dickinson", "®", ")", "}", ".", "Gram", "and", "Ziehl", "stains", "of", "sputum", "did", "not", "provide", "diagnostic", "guidance", ".", "Sputum", "culture", "at", "24", "hours", "(", "intermediate", "quality", ",", ">", "25", "leukocytes", "10-25", "epithelial", "cells", ")", "showed", "only", "the", "usual", "respiratory", "tract", "flora", ".", "Empirical", "treatment", "was", "started", "with", "Levofloxacin", "iv", ".", "(", "500", "mg", "/", "day", ")", ",", "Vancomycin", "e", ".", "v", ".", "(", "1", "g", "/", "12", "h", ")", "and", "Tobacco", "(", "1", "g", "/", "12", "h", ")", ".", "(", "1", "g", "/", "12", "h", ")", "and", "Tobramycin", "e", ".", "v", ".", "(", "200", "mg", "/", "12", "h", ")", ".", "(", "200", "mg", "/", "12", "h", ")", ".", "The", "patient", "developed", "a", "progressive", "clinical", "(", "hypotension", ",", "dyspnoea", "and", "fever", ")", "and", "analytical", "worsening", "(", "haemogram", "then", "showed", "40", ",", "000", "leukocytes", "/", "mm3", ")", ",", "and", "died", "on", "the", "fourth", "day", "of", "admission", ".", "On", "the", "same", "day", "of", "death", ",", "a", "positive", "blood", "culture", "and", "sputum", "culture", "were", "observed", ",", "both", "in", "specific", "medium", "for", "mycobacteria", "(", "MGIT", ")", ".", "Ziehl", "'", "s", "staining", "of", "both", "showed", "tangles", "of", "branched", "Ziehl", "'", "s", "positive", "bacilli", ".", "From", "MGIT", "broth", "to", "Mueller-Hinton", "(", "Biomerieux", "®", ")", "and", "Lowenstein", "medium", ",", "dry", "colonies", "grew", "after", "24", "hours", ",", "initially", "whitish", ",", "but", "after", "48", "hours", ",", "they", "turned", "salmon-like", ",", "with", "a", "gypsum-like", "texture", ".", "The", "problem", "strain", "was", "sent", "to", "the", "National", "Microbiology", "Centre", "in", "Majadahonda", ".", "There", ",", "the", "16S", "rDNA", "sequence", "of", "the", "microorganism", "was", "amplified", "by", "PCR", "and", ",", "with", "100", "%", "homology", ",", "it", "was", "identified", "as", "Nocardia", "otitidiscaviarum", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "mycobacterial", "label": "SPECIES", "start": 1059, "end": 1072 }, { "text": "Mycobacterial", "label": "SPECIES", "start": 1099, "end": 1112 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1563, "end": 1570 }, { "text": "MGIT", "label": "SPECIES", "start": 1093, "end": 1097 }, { "text": "Nocardia otitidiscaviarum", "label": "SPECIES", "start": 2358, "end": 2383 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1865, "end": 1877 }, { "text": "strain", "label": "SPECIES", "start": 2173, "end": 2179 }, { "text": "MGIT", "label": "SPECIES", "start": 1879, "end": 1883 }, { "text": "MGIT", "label": "SPECIES", "start": 1969, "end": 1973 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 2039, "end": 2047 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "The", "patient", "came", "to", "the", "primary", "care", "clinic", "approximately", "one", "month", "ago", "with", "symptoms", "characterised", "by", "paraesthesia", ",", "dysesthesia", "and", "muscle", "spasm", "from", "the", "knees", "to", "the", "distal", "level", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "especially", "in", "the", "calf", "muscles", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", "51-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "chronic", "low", "back", "pain", ",", "venous", "insufficiency", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "smoker", "of", "1", "pack", "/", "day", ",", "drinker", "of", "1", "-", "2", "glasses", "of", "wine", "/", "day", ",", "no", "cardiovascular", "risk", "factors", ",", "anxious-depressive", "syndrome", "and", "worker", "in", "a", "printing", "shop", "with", "inks", "and", "solvents", ".", "As", "usual", "treatment", "he", "takes", "Sertraline", "100mg", "/", "24h", "and", "Omeprazole", "20mg", "/", "24h", ".", "He", "consulted", "for", "symptoms", "of", "paresthesia", ",", "dysesthesia", "and", "muscle", "cramps", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "predominantly", "in", "the", "calf", "muscles", ",", "which", "had", "been", "going", "on", "for", "a", "month", ".", "In", "successive", "consultations", "from", "primary", "care", ",", "the", "symptoms", "have", "progressed", "and", "have", "extended", "to", "the", "median", "nerve", "territory", "of", "the", "left", "hand", "despite", "analgesic", "and", "adjuvant", "treatment", ".", "Systematic", "examination", "Good", "general", "condition", ",", "eupneic", "at", "rest", ",", "normohydrated", "and", "normal", "colour", ",", "conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", ",", "friction", "or", "extratones", ".", "Bladder", "murmur", "preserved", "without", "pathological", "sounds", ".", "Abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", "without", "palpation", "of", "masses", "or", "megaliths", ".", "Not", "painful", "on", "palpation", ".", "No", "peritoneal", "defence", ".", "Neurological", "examination", ":", "isochoric", "pupils", "normoreactive", ",", "no", "alteration", "of", "cranial", "nerves", ",", "no", "loss", "of", "strength", "or", "tone", ",", "paraesthesia", "and", "increased", "sensitivity", "to", "pain", "in", "both", "lower", "limbs", ".", "No", "dysmetria", ".", "Romberg", "negative", ".", "Normal", "gait", ".", "Limbs", ":", "Lassegue", "negative", "and", "discrete", "livedo", "reticularis", "with", "cutaneous", "atrophy", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "as", "evidence", "of", "venous", "insufficiency", ".", "Pulses", "preserved", ".", "Abolished", "ROT", "here", "and", "exalted", "left", "styloradialis", ",", "the", "rest", "normal", ".", "Complementary", "tests", "Primary", "care", "carried", "out", "analytical", "tests", "with", ":", "Normal", "haemogram", ".", "Biochemistry", "with", "slight", "alteration", "of", "GGT", "(", "88", "U", "/", "L", ")", "and", "CPK", "(", "281", "mcg", "/", "L", ")", ".", "Ions", "within", "the", "normal", "range", ".", "Syphilis", "serology", "negative", ".", "B12", "and", "folic", "acid", "within", "normal", ".", "Thyroid", "hormones", "normal", ".", "A", "lumbar", "level", "X-ray", "was", "also", "performed", ",", "where", "no", "pathological", "images", "were", "observed", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "symptoms", "and", "the", "poor", "response", "to", "hygienic-dietary", "measures", ",", "analgesia", "and", "adjuvants", ",", "it", "was", "decided", "to", "refer", "the", "case", "to", "the", "specialist", "for", "further", "analysis", "and", "complementary", "tests", ".", "In", "the", "analysis", "we", "found", ":", "Normal", "haemogram", ".", "Biochemistry", ":", "Lead", "3", ".", "5", "mcg", "/", "dL", "(", "N", "<", "40mcg", "/", "dL", ")", ",", "Copper", "135mg", "/", "L", "(", "N", "70", "-", "140", ")", ",", "Creatinine", "and", "urea", "within", "normal", "range", ",", "normal", "ions", ",", "slight", "increase", "in", "GOT", ",", "GLP", "and", "GGT", ",", "LDH", "182", "U", "/", "L", "(", "135", "-", "225U", "/", "L", ")", ",", "ECA", "50", "U", "/", "L", "(", "8", "-", "52", "U", "/", "L", ")", ",", "Protein", "6", ".", "8", "g", "/", "dL", "(", "6", ".", "6", "-", "8", ".", "7", "g", "/", "dL", ")", ",", "albumin", "4", ".", "6", "g", "/", "dL", "(", "3", ".", "4", "-", "4", ".", "8", "g", "/", "dL", ")", ",", "CRP", "0", ".", "2", "mg", "/", "dL", "(", "0", "-", "0", ".", "5", "mg", "/", "dL", ")", ",", "antistreptolysin", "O", "78", "U", "/", "mL", "(", "0", "-", "200U", "/", "mL", ")", ",", "RF", "67", ".", "8", "U", "/", "mL", "(", "0", "-", "14", "U", "/", "mL", ")", ",", "C4", "and", "C3c", "normal", ".", "24H", "urine", ":", "Creatinine", ",", "calcium", ",", "phosphate", "and", "urate", "within", "normal", "range", ".", "Porphyrins", "normal", ".", "Immunology", ":", "Immunofixation", ":", "monoclonal", "component", "in", "normal", "serum", ".", "Autoimmunity", ":", "IgA", ",", "IgM", ",", "IgG", ",", "ANA", ",", "anti-MPO", ",", "anti-PR3", ",", "anti-glomerular", "basement", "membrane", "negative", ".", "HCV", "RNA", "viral", "load", "2450000", "(", "Positive", "1b", ")", ".", "Serology", ":", "(", "Anti", "-", "HBc", ")", "core", "HB", "negative", ",", "Ac", "against", "HCV", "positive", ",", "Ac", "against", "HIV", "1", "/", "2", "negative", ".", "Proteinogram", ":", "total", "proteins", ",", "albumin", ",", "globulins", "within", "normal", "range", ".", "An", "ENG", "-", "EMG", "of", "the", "limbs", "was", "also", "performed", ",", "showing", "moderate", "axonal", "sensory-motor", "polyneuropathy", "with", "sensory", "predominance", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "and", "an", "MRI", "of", "the", "skull", "and", "lumbar", "spine", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "HCV", "liver", "disease", ",", "treatment", "was", "started", "with", "interferon", "and", "Ribavirin", ".", "Despite", "the", "correct", "treatment", "and", "after", "its", "completion", ",", "the", "patient", "continued", "to", "present", "the", "same", "clinical", "symptoms", ",", "even", "a", "worsening", "of", "the", "symptoms", ".", "Given", "the", "poor", "evolution", ",", "other", "different", "diagnoses", "were", "considered", "and", "it", "was", "then", "that", "we", "realised", "that", "our", "patient", "had", "been", "wearing", "amalgam", "fillings", "for", "many", "years", ",", "so", "we", "extended", "the", "analytical", "study", "again", "with", "another", "heavy", "metal", "not", "previously", "considered", ",", "mercury", ".", "Total", "mercury", "in", "blood", "was", "found", "to", "be", "22", "mcg", "/", "L", "(", "N", "<", "10", "mcg", "/", "L", ")", ",", "and", "total", "mercury", "in", "urine", "was", "found", "to", "be", "2", "mcg", "/", "g", "creatinine", "(", "N", "<", "30mcg", "/", "L", ")", ".", "In", "view", "of", "these", "new", "findings", ",", "treatment", "was", "started", "with", "D", "-", "penicillamine", "250mg", "/", "6h", "and", "removal", "of", "amalgam", "dental", "prostheses", ".", "In", "successive", "analytical", "controls", "the", "level", "of", "mercury", "in", "the", "blood", "decreased", "and", "we", "found", "a", "significant", "clinical", "improvement", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Independent", "for", "ABVD", ".", "Married", ",", "childless", "and", "of", "average", "socio-economic", "level", ".", "He", "has", "a", "job", "in", "a", "printing", "company", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Diagnosis", ":", "chronic", "mercury", "poisoning", "and", "HCV", "liver", "disease", ".", "Differential", "diagnosis", ":", "venous", "insufficiency", ",", "anaemia", ",", "enolic", "or", "other", "toxic", "causes", "(", "occupational", ",", "amalgam", "fillings", ".", ".", ".", ")", ",", "ionic", "alterations", ",", "differential", "diagnosis", "of", "polyneuropathy", "(", "DM", ",", "porphyrias", ".", ".", ".", ")", ",", "multiple", "sclerosis", "or", "other", "cerebral", "alterations", ",", "syphilis", ",", "radiculopathy", "or", "entrapment", "neuropathy", ",", "thyroid", "alterations", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "Due", "to", "the", "treatment", "with", "D", "-", "Penicillamine", ",", "the", "patient", "showed", "progressive", "improvement", ",", "with", "less", "cramps", ",", "improvement", "of", "the", "sensitivity", "of", "the", "fingertips", "and", "toes", ",", "the", "alternation", "between", "hyperalgesia", "-", "previous", "hypoalgesia", "has", "normalised", ",", "only", "a", "slight", "numbness", "persists", ".", "Subsequently", ",", "during", "check-ups", "at", "the", "doctor", "'", "s", "office", ",", "the", "symptoms", "have", "increased", "in", "outbreaks", ",", "and", "control", "analyses", "have", "revealed", "a", "new", "increase", "in", "the", "level", "of", "mercury", ",", "for", "which", "reason", "treatment", "with", "D-Penicillinamine", "has", "had", "to", "be", "resumed", "on", "several", "occasions", ".", "In", "addition", ",", "after", "treatment", "with", "Interferon", "and", "Ribavirin", ",", "the", "viral", "load", "was", "confirmed", "as", "negative", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 35 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 347, "end": 355 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2070, "end": 2078 }, { "text": "specialist", "label": "HUMAN", "start": 2398, "end": 2408 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3165, "end": 3168 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 3173, "end": 3178 }, { "text": "HBc", "label": "SPECIES", "start": 3225, "end": 3228 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3259, "end": 3262 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3284, "end": 3287 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3745, "end": 3752 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3946, "end": 3953 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3613, "end": 3616 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 4504, "end": 4510 }, { "text": "Married", "label": "HUMAN", "start": 4556, "end": 4563 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 4752, "end": 4755 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 5024, "end": 5032 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5171, "end": 5178 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5727, "end": 5732 } ]

[ "A", "59-year-old", "woman", ",", "hypertensive", ",", "dyslipidaemic", "and", "a", "former", "smoker", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "pancytopenia", "secondary", "to", "dental", "infection", "eight", "months", "earlier", ",", "which", "resolved", ".", "She", "was", "admitted", "to", "Internal", "Medicine", "for", "fever", "and", "pancytopenia", ",", "the", "fever", "being", "explained", "by", "infection", "of", "the", "urinary", "tract", "by", "Proteus", "mirabilis", ",", "and", "on", "discharge", "she", "was", "prescribed", "ciprofloxacin", "and", "a", "bone", "marrow", "biopsy", "was", "performed", "on", "an", "outpatient", "basis", "to", "study", "pancytopenia", ".", "On", "the", "sixth", "day", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "skin", "rash", "and", "recurrence", "of", "fever", "(", "up", "to", "39", ".", "3oC", ")", ".", "The", "differential", "diagnosis", "of", "fever", "and", "rash", "was", "made", ",", "and", "after", "a", "week", "of", "broad-spectrum", "antibiotics", "and", "absence", "of", "microbiological", "isolation", ",", "infectious", "causes", "were", "ruled", "out", "and", "a", "diagnosis", "of", "pharmacological", "toxicoderma", "was", "made", ",", "and", "high-dose", "corticosteroid", "treatment", "was", "started", "with", "a", "good", "response", ".", "Bone", "marrow", "biopsy", "revealed", "non-necrotising", "epithelioid", "granulomas", ",", "dysplastic", "features", "and", "mutation", "of", "the", "SRSF2", "gene", "(", "associated", "with", "myelodysplastic", "syndromes", "and", "less", "frequently", "with", "chronic", "myeloproliferative", "syndromes", ")", ".", "During", "admission", ",", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "was", "performed", ",", "showing", "lympho", "mediastinal", "lymphadenopathies", ",", "with", "no", "other", "alterations", ",", "making", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "sarcoidosis", ",", "but", "also", "lymphoproliferative", "syndrome", "and", "tuberculosis", "infection", ".", "Of", "note", "was", "the", "elevation", "of", "angiotensin", "converting", "enzyme", ".", "The", "patient", "refused", "to", "undergo", "bronchoscopy", "to", "complete", "the", "study", "and", "was", "discharged", ".", "On", "an", "outpatient", "basis", ",", "Mycobacterium", "avium", "complex", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", ",", "so", "she", "started", "treatment", "with", "clarithromycin", "and", "ethambutol", ".", "Seven", "days", "later", ",", "the", "patient", "presented", "with", "cough", ",", "expectoration", "and", "fever", ",", "and", "a", "chest", "X-ray", "showed", "ground-glass", "opacity", "with", "diffuse", "and", "bilateral", "involvement", ".", "He", "was", "admitted", "and", "bronchoalveolar", "lavage", "was", "performed", "and", "PCR", "was", "positive", "for", "Pneumocystis", "jiroveci", ",", "and", "trimethoprim-sulfamethoxazole", "was", "prescribed", ".", "During", "this", "admission", "he", "also", "presented", "with", "influenza", "A", "virus", "infection", "treated", "with", "oseltamivir", ".", "After", "presenting", "a", "new", "episode", "of", "toxicoderma", ",", "which", "on", "this", "occasion", "was", "related", "to", "treatment", "with", "trimethoprim-sulfamethoxazole", ",", "treatment", "was", "replaced", "with", "atovaquone", ".", "In", "view", "of", "two", "opportunistic", "infections", ",", "a", "differential", "diagnosis", "of", "the", "possible", "causes", "was", "made", "and", "on", "reviewing", "previous", "analyses", ",", "absolute", "monocytopenia", "had", "been", "observed", "for", "a", "year", ",", "so", "the", "GATA-2", "gene", "was", "studied", ",", "which", "was", "found", "to", "be", "mutated", ",", "and", "she", "was", "diagnosed", "with", "monocytopenia", "syndrome", "and", "mycobacterial", "infections", "(", "MonoMAC", "syndrome", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "Proteus mirabilis", "label": "SPECIES", "start": 307, "end": 324 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 77, "end": 85 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 499, "end": 506 }, { "text": "Mycobacterium avium complex", "label": "SPECIES", "start": 1539, "end": 1566 }, { "text": "Pneumocystis jiroveci", "label": "SPECIES", "start": 1905, "end": 1926 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1433, "end": 1440 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1682, "end": 1689 }, { "text": "influenza A virus", "label": "SPECIES", "start": 2023, "end": 2040 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "16-year-old", "male", "patient", "presenting", "for", "consultation", "due", "to", "pubertal", "and", "growth", "retardation", ".", "FAMILY", "HISTORY", "Father", "and", "brother", "with", "normal", "height", "and", "puberty", ".", "Maternal", "grandfather", "died", "of", "glioblastoma", ".", "Mother", "consulted", "gynaecology", "in", "2004", "due", "to", "menstrual", "disorders", ".", "Pathology", "was", "ruled", "out", "and", "she", "was", "discharged", ".", "In", "2007", ",", "with", "headache", "symptoms", ",", "an", "MRI", "showed", "a", "1cm", "pituitary", "macroadenoma", ",", "non-functioning", ",", "and", "she", "remained", "asymptomatic", "and", "with", "a", "normal", "pituitary", "axis", ",", "so", "expectant", "management", "was", "decided", ".", "CURRENT", "DISEASE", "The", "family", "reports", "that", "the", "patient", "presented", "with", "headache", ",", "nausea", "and", "vomiting", "since", "the", "age", "of", "seven", ".", "Pregnancy", "and", "delivery", "were", "normal", "(", "birth", "weight", ":", "3", ",", "150", "kg", ",", "height", ":", "50", "cm", ")", ".", "On", "examination", ",", "weight", "51", ".", "7", "kg", ",", "height", "154", "cm", "(", "<", "p5", ")", ".", "Testes", "in", "2cc", "pouch", ",", "pubarche", "3", ",", "axillarche", "1", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "CBC", ":", "CBC", "and", "biochemistry", "without", "alterations", ",", "TSH", "0", ".", "31μUI", "/", "mL", ",", "T4L", "11", ".", "7", "pml", "/", "L", ",", "FSH", "3", ".", "04", "mIU", "/", "mL", ",", "LH", "0", ".", "12", "mIU", "/", "mL", ",", "testosterone", "0", ".", "49", "ng", "/", "mL", ",", "cortisol", "60ng", "/", "mL", ",", "IGF-1", "192", "ng", "/", "mL", ".", "Prolactin", "8649", "ng", "/", "mL", "is", "highlighted", ".", "Exercise", "test", "and", "clonidine", "test", "without", "GH", "response", ".", "Bone", "age", ":", "12", "years", ".", "EVOLUTION", "In", "view", "of", "the", "results", ",", "substitutive", "treatment", "of", "the", "thyrotropic", "and", "corticotropic", "axes", "was", "started", "and", "an", "MRI", "of", "the", "pituitary", "gland", "with", "gadolinium", "was", "requested", ",", "with", "the", "finding", "of", "a", "pituitary", "mass", "measuring", "47", ".", "6x22x47", ".", "2", "mm", "that", "eroded", "the", "sellar", "floor", ",", "extending", "into", "the", "left", "prepontine", "cistern", "and", "surrounding", "the", "carotid", "artery", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "progressively", "increasing", "doses", "of", "cabergoline", ",", "up", "to", "a", "maximum", "tolerated", "dose", "of", "1", ".", "5mg", "weekly", ".", "After", "a", "few", "months", "there", "was", "no", "biochemical", "response", ",", "and", "prolactin", "remained", "elevated", ",", "so", "surgical", "treatment", "was", "finally", "decided", ".", "Pathological", "anatomy", "revealed", "that", "it", "was", "indeed", "a", "prolactinoma", ".", "In", "vitro", "functional", "analysis", "showed", "that", ",", "although", "a", "decrease", "in", "prolactin", "production", "and", "DRD2", "receptor", "expression", "was", "observed", "with", "exposure", "to", "cabergoline", ",", "the", "inhibition", "was", "not", "total", "and", "the", "reduction", "in", "tumour", "cell", "proliferation", "was", "not", "complete", ".", "This", "would", "explain", "the", "resistance", "to", "treatment", "demonstrated", "in", "vivo", ".", "Four", "months", "after", "surgery", ",", "MRI", "still", "showed", "a", "30x20x30", "mm", "mass", ",", "with", "hypopituitarism", "and", "hyperprolactinaemia", "(", "PRL", "178", ".", "9", "ng", "/", "ml", ")", ".", "1", "Replacement", "therapy", "was", "continued", "with", "choriogonadotropin", "alfa", "and", "follitropin", "alfa", ",", "levothyroxine", "and", "hydrocortisone", ".", "Cabergoline", "was", "maintained", "at", "the", "maximum", "tolerated", "dose", "at", "that", "time", "(", "3", ".", "5", "mg", "weekly", ")", "and", "the", "possibility", "of", "treatment", "with", "radiotherapy", "was", "considered", ",", "and", "the", "patient", "is", "currently", "awaiting", "radiotherapy", ".", "Simultaneously", ",", "the", "patient", "'", "s", "mother", "was", "followed", "up", "in", "our", "department", "for", "the", "previously", "diagnosed", "pituitary", "macroadenoma", ".", "During", "this", "time", ",", "the", "mass", "maintained", "the", "same", "volume", ",", "without", "invasion", "of", "the", "surrounding", "structures", "and", "with", "an", "unaltered", "pituitary", "axis", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "prolactinoma", "in", "the", "son", ",", "and", "therefore", "the", "presence", "of", "pituitary", "adenomas", "in", "two", "family", "members", "not", "associated", "with", "any", "other", "endocrine", "alteration", ",", "a", "genetic", "study", "was", "requested", "which", "showed", "a", "mutation", "of", "the", "AIP2", "gene", "in", "exon", "6", ":", "974G", "OA", "(", "p", ".", "Arg325Gln", ")", ",", "which", "was", "also", "found", "in", "another", "son", ",", "brother", "of", "our", "index", "case", ".", "The", "rest", "of", "the", "family", "was", "negative", "for", "this", "mutation", ".", "EVOLUTION", "During", "follow-up", ",", "the", "mother", "'", "s", "non-functioning", "pituitary", "macroadenoma", "maintained", "the", "same", "volume", "and", "the", "pituitary", "axis", "was", "normal", ".", "Two", "years", "ago", ",", "a", "routine", "analysis", "of", "the", "mother", "showed", "hypercalcaemia", ",", "finally", "confirming", "hyperparathyroidism", "and", "an", "image", "suggestive", "of", "right", "lower", "parathyroid", "adenoma", "on", "MIBI", "scan", ".", "A", "right", "lower", "parathyroidectomy", "was", "performed", ",", "with", "pathological", "findings", "of", "parathyroid", "gland", "adenoma", ".", "After", "surgery", ",", "intact", "PTH", "remained", "in", "the", "high", "range", ",", "with", "calcium", "at", "the", "upper", "limit", ".", "Following", "these", "findings", ",", "and", "considering", "the", "possibility", "of", "multiple", "endocrine", "neoplasia", ",", "a", "genetic", "study", "of", "MEN7", ",", "8", "was", "requested", ",", "which", "was", "initially", "rejected", "by", "the", "genetics", "department", ".", "In", "any", "case", ",", "a", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "and", "gastrointestinal", "and", "pancreatic", "hormones", "were", "requested", ".", "The", "results", "were", "normal", "in", "both", "children", ",", "except", "for", "the", "finding", "of", "normocalcaemic", "hyperparathyroidism", "in", "both", ".", "In", "the", "mother", ",", "the", "determinations", "were", "normal", "except", "for", "a", "glucagon", "of", "267", "pg", "/", "mL", "(", "VN", "59-150", ")", "and", "a", "pancreatic", "polypeptide", ">", "200", "pmol", "/", "L", "(", "VN", "<", "100", ")", ".", "Two", "pancreatic", "LOES", "of", "26x41mm", "and", "70x81mm", "were", "detected", "on", "abdominal", "CT", ".", "An", "ongoing", "study", "was", "used", "to", "obtain", "68Ga", "DOTA-NOC", "PET", "images", ".", "No", "other", "suspicious", "images", "were", "found", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "a", "genetic", "study", "was", "again", "requested", "for", "MEN-1", "by", "MLPA", "(", "multiple", "ligand-dependent", "probe", "amplification", ")", ",", "which", "revealed", "a", "profile", "compatible", "with", "a", "heterozygous", "deletion", "in", "the", "chromosomal", "region", "11q13", ",", "where", "the", "MEN1", "gene", "is", "located", ",", "covering", "at", "least", "the", "region", "between", "positions", "chr11", ":", "64571868-64578482", ",", "corresponding", "to", "exons", "1", "to", "11", ".", "This", "result", "is", "compatible", "with", "the", "clinical", "suspicion", "of", "endocrine", "neoplasia", ".", "The", "study", "was", "positive", "for", "both", "the", "mother", "and", "the", "two", "siblings", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "non-functioning", "pancreatic", "neuroendocrine", "tumours", ",", "the", "mother", "underwent", "corporocaudal", "pancreatectomy", "plus", "splenectomy", ".", "Pathology", "showed", "a", "well-differentiated", "(", "G1", ")", "multifocal", "PNET", "(", "two", "tumours", ",", "one", "at", "body", "level", "of", "7", ".", "2", "cm", "and", "one", "at", "tail", "level", "of", "4", ".", "2", "cm", ")", "with", "mitotic", "index", "<", "2", "mitoses", "per", "10", "fields", "and", "Ki", "67", "<", "2", "%", ".", "With", "the", "presence", "of", "vascular", "invasion", "but", "with", "tumour", "limited", "to", "the", "pancreas", ",", "without", "invading", "extrapancreatic", "tissue", "and", "with", "resection", "margins", "free", "of", "neoplasia", ",", "it", "was", "classified", "as", "pT2", "N0", "M0", ".", "Weeks", "after", "the", "operation", ",", "he", "presented", "a", "late", "complication", "with", "bridle", "obstruction", "that", "required", "surgical", "reintervention", ".", "In", "extension", "studies", ",", "a", "suspicious", "axillary", "adenopathy", "was", "detected", "and", "biopsied", ",", "confirming", "the", "presence", "of", "an", "infiltrating", "ductal", "carcinoma", "pT2", "N1a", "M0", ".", "This", "association", "is", "also", "described", "in", "the", "literature", ".", "9", "Lumpectomy", "and", "sentinel", "lymph", "node", "biopsy", "was", "performed", ",", "with", "no", "signs", "of", "extension", ".", "Currently", "in", "treatment", "with", "QT", "+", "RT", "+", "HT", ",", "under", "follow-up", "by", "Medical", "Oncology", "and", "Radiation", "Oncology", ",", "with", "good", "evolution", ".", "CURRENT", "SITUATION", "The", "situation", "of", "the", "three", "relatives", "at", "the", "time", "of", "publication", "of", "this", "case", "is", "as", "follows", ":", "-", "Patient", "case", ".", "Giant", "prolactinoma", "operated", "on", "and", "relapsed", ",", "pending", "radiotherapy", ".", "Primary", "hyperparathyroidism", "with", "normocalcaemia", "and", "expectant", "attitude", ".", "-", "Mother", ".", "Primary", "hyperparathyroidism", ",", "under", "surveillance", ".", "Intervention", "for", "neuroendocrine", "tumour", "with", "episode", "of", "flange", "obstruction", "in", "2017", ".", "Undergoing", "QT", "and", "RT", "treatment", "for", "breast", "carcinoma", ",", "with", "good", "evolution", ".", "-", "Youngest", "child", ".", "Non-functioning", "pituitary", "microadenoma", "under", "surveillance", ".", "Primary", "hyperparathyroidism", "with", "normocalcaemia", "and", "expectant", "attitude", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 42, "end": 49 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 49 }, { "text": "FAMILY", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 125 }, { "text": "Maternal grandfather", "label": "HUMAN", "start": 185, "end": 205 }, { "text": "Father", "label": "HUMAN", "start": 134, "end": 140 }, { "text": "brother", "label": "HUMAN", "start": 145, "end": 152 }, { "text": "puberty", "label": "HUMAN", "start": 176, "end": 183 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 228, "end": 234 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 557, "end": 563 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 581, "end": 588 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2537, "end": 2544 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 2611, "end": 2617 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2601, "end": 2608 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2949, "end": 2955 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3201, "end": 3207 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 2888, "end": 2891 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 3153, "end": 3156 }, { "text": "index case", "label": "HUMAN", "start": 3173, "end": 3183 }, { "text": "brother", "label": "HUMAN", "start": 3158, "end": 3165 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3273, "end": 3279 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3424, "end": 3430 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 4081, "end": 4089 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4169, "end": 4175 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 4963, "end": 4969 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 4982, "end": 4990 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 5070, "end": 5076 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 6108, "end": 6117 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 6175, "end": 6182 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 6330, "end": 6336 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 6555, "end": 6560 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "A", "45", "year", "old", "man", "came", "for", "consultation", ",", "referred", "by", "his", "neurologist", "who", "was", "studying", "him", "for", "insomnia", ".", "The", "patient", "reports", "that", "for", "a", "couple", "of", "years", "he", "has", "barely", "been", "able", "to", "fall", "asleep", "\"", "no", "more", "than", "two", "hours", "a", "day", "\"", ".", "He", "reports", "marked", "insomnia", "of", "conciliation", "and", "maintenance", ",", "to", "such", "an", "extent", "that", "he", "has", "given", "up", "his", "profession", "and", "practically", "all", "activity", ",", "due", "to", "the", "tiredness", "he", "says", "he", "suffers", ".", "Occasionally", ",", "she", "says", ",", "she", "manages", "to", "sleep", "for", "a", "few", "hours", "in", "the", "middle", "of", "the", "morning", ".", "He", "has", "tried", "different", "patterns", "of", "pharmacological", "treatment", "without", "success", ",", "he", "says", ".", "He", "acknowledges", "that", "this", "condition", "has", "had", "a", "major", "impact", "on", "his", "life", ".", "Neurology", "has", "carried", "out", "various", "tests", "without", "finding", "any", "organic", "cause", ".", "The", "real", "reason", "for", "referral", "to", "this", "specialist", ",", "explained", "in", "the", "interconsultation", "report", ",", "is", "not", "so", "much", "the", "insomnia", "itself", "but", "the", "repercussions", "it", "is", "having", "on", "the", "patient", "'", "s", "mood", "and", "activity", ".", "In", "the", "consultation", ",", "the", "patient", "is", "wary", "of", "the", "referral", ".", "He", "focuses", "all", "his", "discourse", "on", "the", "persistent", "insomnia", "and", "the", "repercussions", "it", "has", "on", "his", "day-to-day", "life", ".", "Psychiatric", "history", "However", ",", "the", "same", "patient", "had", "consulted", "two", "years", "earlier", ",", "accompanied", "by", "his", "sisters", "and", "at", "their", "request", ".", "They", "reported", "that", "he", "was", "very", "suspicious", "of", "the", "neighbourhood", ",", "and", "that", "the", "deterioration", "in", "his", "social", "and", "personal", "life", "had", "been", "evident", "for", "a", "couple", "of", "years", ".", "A", "neighbour", "alerted", "the", "sisters", "\"", "because", "he", "looked", "very", "bad", "\"", ".", "The", "patient", "reportedly", "complained", "of", "abdominal", "and", "chest", "pain", "\"", "caused", "by", "telekinesis", ".", ".", ".", "a", "neighbour", "who", "is", "a", "witch", "causes", "them", "\"", ".", "He", "hardly", "ever", "left", "the", "house", ",", "the", "sisters", "said", ",", "he", "did", "not", "eat", "(", "he", "had", "lost", "20", "kilos", "in", "a", "few", "weeks", ")", ",", "he", "was", "scolding", "the", "neighbours", "and", "had", "placed", "various", "objects", "around", "the", "house", "to", "\"", "ward", "off", "evil", "spirits", "\"", ".", "At", "that", "time", ",", "the", "patient", "smoked", "7-8", "joints", "a", "day", ".", "He", "had", "already", "given", "up", "his", "profession", "and", "lived", "in", "seclusion", "at", "home", ",", "keeping", "in", "contact", "only", "with", "his", "sisters", ",", "who", "came", "to", "the", "house", "to", "visit", "him", "and", "help", "him", "with", "basic", "tasks", ".", "The", "patient", "'", "s", "personal", "history", "included", "a", "previous", "psychotic", "episode", ".", "It", "had", "occurred", "7", "years", "earlier", "and", "remitted", ",", "apparently", "ad", "integrum", ",", "after", "abstinence", "from", "cannabis", "and", "pharmacological", "treatment", ".", "At", "that", "time", "the", "patient", "believed", "that", "his", "work", "colleagues", "were", "spying", "on", "him", "and", "spitting", "on", "him", ",", "and", "he", "was", "suspicious", "of", "his", "surroundings", ".", "From", "what", "the", "family", "reported", ",", "even", "then", "it", "seemed", "more", "like", "a", "paranoid", "development", "than", "a", "schizophrenic", "disorder", ".", "On", "that", "first", "visit", "to", "the", "CSM", ",", "he", "was", "advised", "to", "abstain", "from", "substance", "abuse", "and", "to", "start", "a", "course", "of", "treatment", "with", "antipsychotics", ".", "He", "was", "also", "put", "in", "contact", "with", "the", "drug", "care", "resources", ",", "and", "an", "organic", "assessment", "by", "his", "MAP", "was", "recommended", ".", "On", "that", "occasion", "the", "patient", "did", "not", "return", "to", "subsequent", "visits", ".", "Current", "episode", "With", "all", "this", "information", ",", "the", "patient", "'", "s", "situation", "was", "checked", "at", "the", "current", "visit", ".", "He", "reports", "having", "achieved", "absolute", "abstinence", "from", "cannabis", "after", "the", "previous", "visit", ",", "although", "he", "only", "took", "the", "pharmacological", "treatment", "for", "a", "couple", "of", "days", ".", "The", "gastric", "discomfort", "turned", "out", "to", "have", "an", "organic", "cause", ",", "a", "gastric", "ulcer", "that", "even", "perforated", "and", "required", "emergency", "intervention", ".", "He", "is", "not", "very", "keen", "to", "comment", "on", "the", "possible", "causes", "of", "the", "current", "situation", ".", "He", "is", "suspicious", "and", "does", "not", "want", "to", "go", "into", "his", "ideas", "in", "depth", ".", "He", "does", "recognise", "that", "there", "are", "still", "problems", "with", "the", "neighbours", ".", "He", "insists", ",", "in", "passing", ",", "that", "the", "neighbours", "use", "witchcraft", "to", "influence", "and", "harm", "him", ",", "and", "that", "this", "could", "also", "be", "the", "reason", "for", "his", "insomnia", ".", "For", "him", ",", "the", "previous", "gastric", "disease", "is", "a", "good", "proof", "that", "his", "delusions", "were", "and", "are", "real", ".", "In", "any", "case", ",", "he", "does", "not", "accept", "as", "possible", "a", "mistake", "in", "his", "thinking", ".", "Although", "he", "apparently", "accepts", "pharmacological", "treatment", ",", "in", "reality", "he", "does", "not", "take", "it", "because", "\"", "I", "am", "not", "crazy", "\"", ".", "What", "does", "seem", "to", "be", "true", "is", "that", "at", "present", "and", "for", "at", "least", "1", "year", ",", "he", "does", "not", "use", "cannabis", "or", "any", "other", "substance", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "specialist", "label": "HUMAN", "start": 793, "end": 803 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 132, "end": 139 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 925, "end": 932 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 979, "end": 986 }, { "text": "neurologist", "label": "HUMAN", "start": 81, "end": 92 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1220, "end": 1227 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1437, "end": 1444 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1640, "end": 1647 }, { "text": "sisters", "label": "HUMAN", "start": 1970, "end": 1977 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1160, "end": 1167 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1479, "end": 1486 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1833, "end": 1840 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 1359, "end": 1367 }, { "text": "neighbourhood", "label": "HUMAN", "start": 1299, "end": 1312 }, { "text": "neighbours", "label": "HUMAN", "start": 1728, "end": 1738 }, { "text": "neighbour", "label": "HUMAN", "start": 1415, "end": 1424 }, { "text": "neighbour", "label": "HUMAN", "start": 1566, "end": 1575 }, { "text": "witch", "label": "HUMAN", "start": 1585, "end": 1590 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2208, "end": 2216 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2404, "end": 2410 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2050, "end": 2057 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2265, "end": 2272 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 2060, "end": 2068 }, { "text": "MAP", "label": "HUMAN", "start": 2731, "end": 2734 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2773, "end": 2780 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2972, "end": 2980 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3937, "end": 3945 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2866, "end": 2873 }, { "text": "neighbours", "label": "HUMAN", "start": 3418, "end": 3428 }, { "text": "neighbours", "label": "HUMAN", "start": 3463, "end": 3473 } ]

[ "58-year-old", "male", ",", "no", "known", "drug", "allergies", "with", "a", "history", "of", "hypertension", ".", "Smoker", "and", "active", "drinker", ".", "Cocaine", "user", "and", "presumably", "other", "intoxicants", ".", "He", "had", "liver", "cirrhosis", "of", "mixed", "aetiology", "(", "HCV", "genotype", "3A", "infection", ",", "never", "treated", ",", "and", "enolism", ")", "with", "a", "Child", "Pugh", "12-C", "and", "multiple", "hydropic", "decompensations", ",", "the", "first", "in", "2014", ",", "with", "no", "other", "known", "data", ".", "She", "was", "on", "home", "treatment", "with", "spironolactone", "100mg", "at", "breakfast", ",", "furosemide", "40mg", "at", "lunch", ",", "a", "sachet", "of", "lactulose", "every", "12", "hours", ",", "clomethiazole", "at", "night", ",", "folic", "acid", "5mg", "every", "24", "hours", "and", "omeprazole", "20mg", "at", "breakfast", ",", "supervised", "and", "administered", "by", "her", "primary", "caregiver", ".", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "liquid", "stools", "for", "4", "days", "(", "up", "to", "20", "in", "the", "last", "24", "hours", ")", ",", "nausea", "without", "vomiting", "and", "episodes", "of", "disorientation", "with", "frequent", "falls", ",", "as", "well", "as", "increased", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", ",", "more", "noticeable", "in", "the", "right", "lower", "limb", "accompanied", "by", "warmth", ",", "flushing", "and", "pain", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "conscious", "but", "uncooperative", ",", "disoriented", ",", "with", "good", "hydration", "and", "perfusion", ",", "eupneic", "at", "rest", "with", "baseline", "oxygen", "saturation", "of", "97", "%", ",", "and", "multiple", "ecchymosis", "on", "the", "arms", ".", "Cardiac", "auscultation", "with", "pure", "and", "rhythmic", "tones", "with", "normal", "frequency", "and", "no", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", "bilaterally", "without", "associated", "pathological", "sounds", ".", "Abdomen", "was", "globular", ",", "with", "ascites", "without", "tension", "and", "preserved", "peristalsis", ".", "Both", "lower", "limbs", "showed", "oedema", "with", "fovea", "up", "to", "the", "root", "of", "the", "lower", "limbs", "with", "evidence", "of", "cellulitis", "in", "the", "right", "lower", "limb", ".", "In", "the", "ED", "analysis", ",", "creatinine", "0", ".", "88", "mg", "/", "dl", ",", "total", "bilirubin", "7", ".", "41", "mg", "/", "dl", "with", "direct", "bilirubin", "3", ".", "90", "mg", "/", "dl", ",", "GGT", "221", ".", "00", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphatase", "120", "U", "/", "L", ",", "sodium", "134", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "3", ".", "2", "mEq", "/", "l", ",", "CRP", "112", ".", "10", "mg", "/", "L", "were", "observed", "in", "the", "biochemistry", ".", "Haemogram", "without", "leukocytosis", ",", "haemoglobin", "12", ".", "30", "g", "/", "dl", "with", "mean", "corpuscular", "volume", "113", ".", "40", "fl", ",", "50000", "platelets", "/", "mm3", ".", "Coagulation", "with", "prothrombin", "activity", "43", "%", ",", "prothrombin", "time", "1", ".", "63", "with", "normal", "fibrinogen", ",", "D-dimer", "8", ".", "25", "[", "0", "-", "0", ".", "5", "]", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "On", "admission", ",", "a", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "right", "lower", "limb", "was", "requested", ",", "ruling", "out", "the", "presence", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "as", "well", "as", "an", "abdominal", "ultrasound", "showing", "a", "cirrhotic", "liver", "with", "diffusely", "heterogeneous", "parenchyma", "without", "space-occupying", "lesions", ".", "Normal", "calibre", "portal", "portal", ",", "permeable", "with", "umbilical", "repermeabilisation", ".", "Splenomegaly", "up", "to", "17", "cm", "in", "longitudinal", "diameter", ".", "Distended", "gallbladder", "with", "no", "evidence", "of", "lithiasis", "and", "abundant", "ascites", ".", "On", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", ",", "the", "patient", "was", "febrile", "and", "blood", "cultures", "were", "taken", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "this", "case", ",", "fever", "is", "the", "most", "frequent", "clinical", "manifestation", "of", "spontaneous", "bacterial", "peritonitis", "and", "should", "be", "suspected", "in", "patients", "with", "liver", "cirrhosis", "presenting", "with", "fever", ",", "abdominal", "pain", ",", "impaired", "consciousness", ",", "hypotension", "or", "diarrhoea", ".", "It", "is", "important", "to", "appreciate", "that", "patients", "with", "advanced", "liver", "cirrhosis", "are", "often", "mildly", "hypothermic", ".", "Diffuse", "abdominal", "pain", "is", "the", "hallmark", "of", "peritonitis", ".", "However", ",", "the", "pain", "may", "be", "very", "subtle", "due", "to", "the", "presence", "of", "ascites", ",", "and", "some", "patients", "remain", "asymptomatic", ".", "The", "pain", "is", "usually", "diffuse", "and", "continuous", ",", "different", "from", "the", "pain", "induced", "by", "stretching", "of", "the", "abdominal", "wall", "due", "to", "tension", "ascites", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "clinical", "sign", "of", "infection", ",", "often", "overlooked", "in", "the", "patient", "with", "cirrhosis", ",", "is", "a", "subtle", "change", "in", "mental", "status", ",", "occurring", "in", "half", "of", "patients", "with", "spontaneous", "bacterial", "peritonitis", ".", "Both", "the", "infection", "itself", "and", "hepatic", "decompensation", "may", "contribute", "to", "this", "problem", ".", "When", "signs", "suggestive", "of", "cellulitis", "are", "found", ",", "the", "most", "common", "cause", "is", "beta", "haemolytic", "streptococci", "(", "A", ",", "B", ",", "C", ",", "G", "and", "F", ")", ",", "especially", "Streptococcus", "pyogenes", ".", "S", ".", "aureus", "infection", "(", "both", "methicillin-sensitive", "and", "methicillin-resistant", ")", "is", "also", "common", ".", "Infection", "by", "gram-negative", "bacilli", ",", "although", "less", "frequent", ",", "deserves", "our", "attention", ",", "especially", "in", "patients", "immunocompromised", "for", "any", "reason", ",", "including", "Pasteurella", "multocida", ",", "Capnocytophaga", "canimorsus", "(", "a", "priori", "there", "has", "been", "no", "bite", "or", "wound", "by", "domestic", "animals", ")", ",", "Pseudomonas", "aeruginosa", ",", "Aeromonas", "hydrophila", ",", "Vibrio", "vulnificus", "(", "although", "there", "is", "no", "evidence", "of", "exposure", "to", "seawater", "or", "ingestion", "of", "seafood", "or", "raw", "fish", ")", ",", "among", "others2", ".", "Streptococcus", "agalactiae", "is", "being", "described", "in", "infections", "of", "mainly", "older", "adults", "or", "those", "with", "diseases", "involving", "a", "certain", "degree", "of", "immunosuppression", "such", "as", "diabetes", "or", "cirrhosis", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "main", "causes", "of", "acute", "infectious", "diarrhoea", "include", "viruses", "(", "norovirus", ",", "rotavirus", ",", "adenovirus", ",", "astrovirus", "and", "others", ")", ",", "bacteria", "(", "Salmonella", "spp", ",", "Campylobacter", "spp", ",", "Shigella", "spp", ",", "enterotoxigenic", "Escherichia", "coli", ",", "Clostridioides", ",", "Vibrio", "spp", ".", ".", ".", ")", ",", "and", "protozoa", "(", "Cryptosidia", ",", "Giardia", ",", "Cyclospora", ",", "Entamoeba", ".", ".", ".", ")", ".", "Overall", ",", "most", "cases", "of", "acute", "infectious", "diarrhoea", "are", "probably", "viral", ".", "However", ",", "in", "cases", "of", "severe", "diarrhoea", "such", "as", "that", "of", "our", "patient", ",", "bacterial", "causes", "are", "responsible", "for", "a", "large", "part", "of", "them", ".", "There", "is", "the", "possibility", "of", "primary", "septicaemia", ",", "which", "usually", "presents", "with", "fever", ",", "hypotension", "or", "a", "change", "in", "mental", "status", ",", "with", "the", "gastrointestinal", "tract", "being", "an", "important", "source", "of", "infection", ",", "as", "demonstrated", "by", "the", "isolation", "of", "various", "enteric", "organisms", "in", "patients", "with", "liver", "cirrhosis", ".", "Causes", "of", "increased", "bacterial", "infections", "include", "disruption", "of", "the", "intestinal", "permeability", "barrier", ",", "bacterial", "overgrowth", "and", "reduced", "host", "immune", "defences", ".", "Portal", "hypertension", ",", "by", "producing", "structural", "changes", "in", "the", "intestinal", "mucosa", ",", "facilitates", "the", "invasion", "of", "intestinal", "bacteria", "in", "cases", "of", "liver", "cirrhosis", ".", "Integrating", "the", "information", "previously", "described", ",", "infection", "with", "bacteria", "such", "as", "Vibrio", "spp", ".", "in", "patients", "with", "liver", "cirrhosis", "usually", "begins", "with", "sudden", "onset", "fever", "and", "chills", ",", "diarrhoea", "and", "sometimes", "tarry", "stools", ",", "together", "with", "secondary", "skin", "lesions", ",", "including", "ecchymosis", ",", "blisters", "or", "cellulitis", "and", "associated", "with", "severe", "pain", ",", "developing", "within", "24", "hours", "after", "the", "onset", "of", "fever", ".", "Evolution", "Twenty-four", "hours", "after", "admission", ",", "the", "microbiology", "department", "reported", "growth", "of", "Vibrio", "vulnificus", "in", "the", "blood", "cultures", "taken", "in", "the", "emergency", "department", ",", "and", "the", "patient", "was", "treated", "with", "ceftriaxone", ",", "doxycycline", "and", "cloxacillin", "adjusted", "to", "renal", "function", "(", "initially", "with", "ceftriaxone", "and", "cloxacillin", ")", ".", "With", "regard", "to", "the", "hydropic", "decompensation", ",", "the", "encephalopathy", "progressively", "worsened", "to", "grade", "IV", ",", "despite", "treatment", "with", "enemas", "every", "8", "hours", ",", "and", "the", "associated", "significant", "coagulopathy", "persisted", ",", "and", "she", "was", "treated", "with", "vitamin", "K", ".", "At", "72", "hours", "he", "presented", "acute", "renal", "failure", ",", "oliguria", ",", "despite", "bladder", "catheterisation", ",", "and", "haematuric", "urine", "that", "was", "finally", "dark", ",", "associated", "with", "tubular", "necrosis", "of", "presumably", "mixed", "origin", "(", "hepatorenal", "syndrome", "and", "severe", "sepsis", ")", ".", "Nephrology", "was", "consulted", "and", "the", "patient", "was", "not", "a", "candidate", "for", "invasive", "measures", ".", "Despite", "intensive", "treatment", "with", "serum", "therapy", ",", "antibiotic", "therapy", ",", "bicarbonate", ",", "vitamin", "K", ",", "enemas", "every", "8", "hours", ",", "etc", ".", ",", "he", "presented", "an", "unfavourable", "clinical", "evolution", "with", "disconnection", "from", "the", "environment", ",", "hypotensive", "tendency", ",", "anasarca", ",", "basal", "oxygen", "saturation", "of", "87", "%", "with", "rales", "and", "heart", "rate", "of", "65", "bpm", ".", "Given", "the", "poor", "evolution", "and", "coagulaopathy", ",", "evacuating", "paracentesis", "was", "not", "performed", "due", "to", "the", "low", "benefit", "expected", "from", "it", ".", "The", "family", "was", "informed", "at", "all", "times", "of", "the", "serious", "clinical", "situation", "and", "poor", "prognosis", ",", "and", "the", "patient", "died", "seven", "days", "after", "admission", ".", "Final", "diagnosis", "Vibrio", "vulnificus", "bacteraemia", "with", "no", "known", "epidemiological", "history", ".", "Acute", "on", "chronic", "liver", "failure", "(", "MELD", "21", ")", ".", "Hydropic", "decompensation", "in", "a", "patient", "with", "cirrhosis", "of", "mixed", "aetiology", "(", "HCV", "and", "enolopathy", ")", "with", "grade", "IV", "encephalopathy", ".", "Acute", "renal", "failure", "of", "mixed", "aetiology", ".", "Multi-organ", "failure", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV genotype 3A", "label": "SPECIES", "start": 191, "end": 206 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 191, "end": 194 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "caregiver", "label": "HUMAN", "start": 614, "end": 623 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2548, "end": 2555 }, { "text": "Capnocytophaga canimorsus", "label": "SPECIES", "start": 3985, "end": 4010 }, { "text": "Pasteurella multocida", "label": "SPECIES", "start": 3962, "end": 3983 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 4075, "end": 4097 }, { "text": "Streptococcus agalactiae", "label": "SPECIES", "start": 4248, "end": 4272 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 3696, "end": 3718 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 4322, "end": 4328 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 4065, "end": 4072 }, { "text": "gram-negative bacilli", "label": "SPECIES", "start": 3824, "end": 3845 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2702, "end": 2711 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3456, "end": 3465 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3348, "end": 3355 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2751, "end": 2759 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2905, "end": 2913 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3107, "end": 3115 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3430, "end": 3438 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3909, "end": 3917 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 4225, "end": 4229 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 5522, "end": 5530 }, { "text": "intestinal bacteria", "label": "SPECIES", "start": 5511, "end": 5530 }, { "text": "host", "label": "SPECIES", "start": 5382, "end": 5386 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5218, "end": 5226 }, { "text": "enteric organisms", "label": "SPECIES", "start": 5197, "end": 5214 } ]

[ "", "A", "man", "from", "Wuhan", "reported", "fever", ",", "dyspnoea", "and", "myalgia", "since", "28", "January", ".", "On", "10", "February", "his", "condition", "worsened", "and", "he", "experienced", "confusion", "and", "disorientation", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "low", "white", "blood", "cell", "count", "(", "3", ".", "3", "×", "109", "/", "L", ")", "and", "lymphocytopenia", "(", "0", ".", "8", "×", "109", "/", "L", ")", ".", "Cranial", "CT", "was", "normal", ",", "while", "thoracic", "CT", "showed", "several", "subpleural", "ground-glass", "opacities", ".", "The", "patient", "tested", "positive", "for", "SARS-CoV-2", "and", "was", "transferred", "to", "our", "institution", ".", "On", "physical", "examination", ",", "vital", "signs", "were", "stable", "with", "no", "alteration", "of", "consciousness", ".", "Signs", "of", "meningeal", "syndrome", "(", "nuchal", "rigidity", ",", "Kernig", "'", "s", "sign", "and", "Brudzinski", "'", "s", "sign", ")", "and", "Babinski", "'", "s", "sign", "were", "observed", ".", "Arterial", "blood", "gases", "showed", "a", "PO2", "/", "FiO2", "ratio", "of", "240", "mmHg", ".", "This", "COVID-19", "patient", "was", "treated", "with", "arbidol", "and", "oxygen", "therapy", ",", "but", "his", "disorientation", "did", "not", "improve", ".", "On", "16", "February", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ";", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "pressure", "was", "220", "mmHg", ".", "CSF", "tests", "showed", "leukocytes", "(", "0", ".", "001", "×", "109", "/", "L", ")", ",", "protein", "(", "0", ".", "27", "g", "/", "L", ")", ",", "ADA", "(", "0", ".", "17", "U", "/", "L", ")", "and", "glucose", "(", "3", ".", "14", "mmol", "/", "L", ")", "within", "normal", "limits", ".", "The", "CSF", "sample", "was", "also", "tested", "for", "SARS-CoV-2", ",", "which", "was", "negative", ".", "The", "patient", "showed", "no", "signs", "of", "bacterial", "or", "tuberculous", "CNS", "infection", ".", "After", "careful", "neurological", "evaluation", ",", "encephalitis", "associated", "with", "SARS-CoV-2", "infection", "was", "determined", ".", "Treatment", "at", "that", "time", "was", "mainly", "symptomatic", ",", "including", "administration", "of", "mannitol", ".", "Interestingly", ",", "the", "patient", "'", "s", "consciousness", "improved", "from", "20", "February", "onwards", "and", "the", "chest", "CT", "scan", "indicated", "an", "improvement", "of", "ground-glass", "opacities", ".", "His", "consciousness", "was", "fully", "clear", "by", "24", "February", ".", "Two", "consecutive", "pharyngeal", "swab", "tests", "were", "negative", "for", "SARS-CoV-2", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "on", "27", "February", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 3, "end": 6 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 353, "end": 360 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 708, "end": 715 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1097, "end": 1104 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1373, "end": 1380 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1627, "end": 1634 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 381, "end": 391 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1061, "end": 1071 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1232, "end": 1242 }, { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 1611, "end": 1621 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1124, "end": 1133 }, { "text": "tuberculous", "label": "SPECIES", "start": 1137, "end": 1148 } ]

[ "JANF", ",", "15", "years", "old", ",", "male", ",", "from", "a", "community", "located", "at", "KM-17", "of", "the", "AM-010", "highway", ",", "municipality", "of", "Manaus", "(", "AM", ")", ".", "In", "August", "2007", ",", "he", "presented", "with", "fever", ",", "palpitations", ",", "dyspnoea", "and", "chest", "pain", ".", "The", "patient", "reported", "ingestion", "of", "açaí", "juice", "from", "the", "municipality", "of", "Coari", "in", "the", "same", "locality", "as", "the", "infection", "pathway", "described", "above", ".", "A", "diagnosis", "of", "RCT", "was", "made", "by", "thick", "drop", "positive", "for", "T", ".", "cruzi", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "frequent", "ventricular", "extrasystoles", "and", "the", "echocardiogram", "showed", "left", "ventricular", "systolic", "dysfunction", "with", "an", "ejection", "fraction", "of", "50", "%", ".", "He", "was", "treated", "for", "HF", "with", "ACE", "inhibitors", ",", "beta-blockers", "and", "diuretics", "and", "etiological", "treatment", "for", "CAD", "was", "performed", "with", "benzonidazole", ".", "After", "treatment", ",", "tests", "were", "normal", "and", "medications", "were", "gradually", "discontinued", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 20, "end": 24 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 196, "end": 203 }, { "text": "T. cruzi", "label": "SPECIES", "start": 386, "end": 394 }, { "text": "açaí", "label": "SPECIES", "start": 226, "end": 230 }, { "text": "community", "label": "HUMAN", "start": 33, "end": 42 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "36-year-old", "male", "who", "practices", "sex", "with", "men", "(", "MSM", ")", ",", "diagnosed", "with", "HIV", "infection", "in", "2014", "(", "Nadir", "CD4", "165", ")", ".", "Smoker", "and", "polydrug", "user", "(", "Chemsex", "and", "Slamsex", ")", ".", "He", "has", "been", "treated", "for", "multiple", "sexually", "transmitted", "infections", "(", "STIs", ")", "and", "maintains", "50", "%", "adherence", "to", "antiretroviral", "treatment", "(", "ART", ")", ".", "In", "2017", ",", "he", "consulted", "for", "polyadenopathy", "associated", "with", "B", "symptoms", "(", "CD4", "27", "%", ",", "562", "cells", "/", "mL", ",", "CD4", "/", "CD8", "ratio", "=", "0", ".", "37", "and", "HIV", "CV", "5", ".", "7", "log", ")", ",", "and", "a", "lymph", "node", "biopsy", "was", "requested", ".", "The", "patient", "was", "lost", "to", "follow-up", "and", "was", "seen", "8", "months", "later", "due", "to", "enlargement", "of", "the", "lymph", "nodes", ".", "Suspecting", "a", "lymphoproliferative", "disorder", ",", "a", "lymph", "node", "biopsy", "and", "a", "CT", "/", "PET", "scan", "(", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", "lymphadenopathies", ")", "were", "performed", ",", "among", "others", ".", "Serum", "qualitative", "herpesvirus", "PCR", "for", "HHV-4", "was", "positive", "(", "HHV-8", "negative", ")", ".", "The", "definitive", "diagnosis", "was", "nodal", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "(", "KS", ")", ",", "the", "main", "risk", "factors", "being", "low", "CD4", "count", "and", "high", "viral", "load", ".", "ART", "was", "restarted", "with", "ABC", "/", "3TC", "/", "DTG", ".", "The", "patient", "continues", "drug", "use", ".", "Six", "months", "after", "diagnosis", "(", "HIV", "CV", "<", "1", ".", "57", "log", ")", ",", "CT", "scan", "shows", "a", "steady", "increase", "in", "cervical", "lymph", "nodes", ".", "The", "second", "lymph", "node", "biopsy", "confirms", "the", "diagnosis", "of", "an", "HIV-associated", "lymphoproliferative", "process", "such", "as", "diffuse", "large", "cell", "lymphoma", "with", "focal", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "(", "HHV", "8", "+", ")", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "R-CHOP", "and", "the", "patient", "is", "currently", "in", "complete", "remission", ".", "Nodal", "KS", "is", "included", "in", "the", "differential", "diagnosis", "of", "polyadenopathy", "in", "a", "patient", "with", "HIV", "infection", "and", "poor", "virological", "control", ".", "HHV8", ",", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "herpesvirus", "(", "KSHV", ")", ",", "causes", "pathology", "in", "tumour", "forms", "or", "lymphoproliferative", "syndromes", ".", "The", "involvement", "of", "HIV", "and", "EBV", "infection", "in", "the", "pathogenesis", "of", "lymphomas", "has", "been", "extensively", "demonstrated", ".", "The", "diagnosis", "of", "suspected", "lymphoma", "in", "any", "HIV", "patient", "with", "EBV", "(", "HVV-4", ")", "viraemia", "is", "essential", "and", "may", "anticipate", "the", "development", "of", "a", "future", "lymphoma", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 307, "end": 310 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 91, "end": 94 }, { "text": "antiretroviral", "label": "SPECIES", "start": 281, "end": 295 }, { "text": "men", "label": "HUMAN", "start": 65, "end": 68 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 41 }, { "text": "ART", "label": "SPECIES", "start": 942, "end": 945 }, { "text": "HHV-8", "label": "SPECIES", "start": 804, "end": 809 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1767, "end": 1770 }, { "text": "Kaposi's sarcoma herpesvirus", "label": "SPECIES", "start": 1511, "end": 1539 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 982, "end": 989 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1330, "end": 1337 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1448, "end": 1455 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1771, "end": 1778 }, { "text": "viraemia", "label": "SPECIES", "start": 1796, "end": 1804 }, { "text": "virological", "label": "SPECIES", "start": 1484, "end": 1495 }, { "text": "HHV 8", "label": "SPECIES", "start": 1279, "end": 1284 }, { "text": "HHV8", "label": "SPECIES", "start": 1505, "end": 1509 }, { "text": "HVV-4", "label": "SPECIES", "start": 1789, "end": 1794 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "72-year-old", "woman", "with", "a", "documented", "allergy", "to", "beta-lactams", ".", "Her", "personal", "history", "includes", "arterial", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "obesity", ",", "rheumatoid", "arthritis", "treated", "with", "steroids", "for", "a", "year", ",", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "hypothyroidism", ",", "atrial", "fibrillation", ".", "Home", "treatment", "with", "levothyroxine", "50", "mcg", ",", "warfarin", "4", "mg", ",", "furosemide", "40", "mg", ",", "bisoprolol", "2", ".", "5", "mg", ",", "lactulose", ",", "losartan", "25", "mg", ",", "ferrous", "sulphate", "and", "omeprazole", "20", "mg", ".", "She", "underwent", "cholecystectomy", ",", "hysterectomy", "and", "bilateral", "knee", "replacement", "due", "to", "osteoarthritis", ".", "She", "underwent", "surgery", "for", "severe", "symptomatic", "degenerative", "aortic", "stenosis", ",", "a", "biological", "aortic", "prosthesis", "was", "fitted", "and", "the", "postoperative", "period", "was", "complicated", "by", "ischaemic", "stroke", "with", "mild", "residual", "haemiparesis", ",", "acute", "renal", "failure", "and", "acute", "respiratory", "failure", ",", "requiring", "admission", "to", "the", "intensive", "care", "unit", ".", "After", "a", "month", "of", "hospitalisation", ",", "ten", "days", "after", "discharge", "he", "was", "admitted", "again", "to", "the", "Internal", "Medicine", "Department", "for", "heart", "failure", "with", "dyspnoea", "and", "decreased", "diuresis", ".", "On", "admission", ",", "treatment", "was", "adjusted", ",", "bladder", "catheterisation", "was", "performed", "and", "an", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "confirmed", "the", "normal", "functioning", "of", "the", "bioprosthesis", "and", "found", "no", "findings", "of", "interest", ".", "She", "was", "discharged", ",", "and", "the", "following", "day", "she", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "fever", "peak", "of", "40oC", "with", "shivering", "and", "intense", "chills", ".", "She", "underwent", "a", "urinalysis", "which", "showed", "more", "than", "500", "leucocytes", "per", "field", ",", "positive", "nitrites", "and", "more", "than", "500", "red", "blood", "cells", "per", "field", ".", "Diagnosed", "with", "urinary", "tract", "infection", ",", "she", "was", "started", "on", "cotrimoxazole", "160", "/", "800", "mg", "every", "12", "hours", "for", "7", "days", ".", "During", "the", "following", "two", "months", ",", "the", "patient", "reported", "intermittent", "febrile", "fever", "and", "chills", ",", "predominantly", "in", "the", "evening", ",", "and", "went", "to", "her", "primary", "care", "physician", ",", "who", "prescribed", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "every", "8", "hours", "for", "10", "days", ".", "Three", "months", "after", "surgery", ",", "he", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "with", "symptoms", "of", "dyspnoea", ",", "oedema", "in", "the", "lower", "limbs", "with", "transudate", "and", "decreased", "diuresis", "for", "a", "week", ".", "Physical", "examination", "revealed", "blood", "pressure", "of", "130", "/", "80", "mmHg", ",", "heart", "rate", "of", "90", "bpm", ",", "dyspnoea", "at", "rest", "with", "baseline", "oxygen", "saturation", "of", "90", "%", ".", "There", "was", "jugular", "ingurgitation", "without", "hepatojugular", "reflux", ".", "Acceptable", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ",", "slight", "mucocutaneous", "pallor", ",", "arrhythmic", "cardiac", "auscultation", "without", "audible", "murmurs", ",", "pulmonary", "auscultation", "with", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "oedema", "with", "fovea", "up", "to", "the", "root", "of", "the", "lower", "limbs", ",", "slight", "ascites", ".", "Blood", "tests", "showed", "normochromic", "normocytic", "anaemia", "(", "10g", "/", "dl", "haemoglobin", ")", "with", "normal", "white", "series", ",", "normal", "coagulation", "and", "biochemistry", "with", "CRP", "51", ".", "60", "mg", "/", "L", ",", "ultrasensitive", "troponin", "of", "0", ".", "031", "ng", "/", "ml", "and", "NT-proBNP", "of", "3548", "pg", "/", "ml", ",", "as", "notable", "findings", ".", "A", "chest", "X-ray", "was", "requested", ",", "showing", "cardiomegaly", "and", "a", "pattern", "of", "vascular", "redistribution", ".", "The", "electrocardiogram", "showed", "atrial", "fibrillation", "at", "75", "beats", "per", "minute", ",", "normal", "axis", "and", "incomplete", "right", "bundle", "branch", "block", ".", "With", "these", "findings", ",", "she", "was", "admitted", "to", "the", "cardiology", "department", "for", "heart", "failure", "in", "a", "patient", "who", "had", "recently", "undergone", "valve", "replacement", ",", "and", "depletive", "treatment", "was", "started", ".", "Once", "on", "the", "ward", ",", "a", "transthoracic", "echocardiogram", "was", "performed", "showing", "a", "preserved", "ejection", "fraction", ",", "severe", "tricuspid", "insufficiency", "and", "mild", "mitral", "insufficiency", "and", "a", "maximum", "prosthetic", "gradient", "of", "89", "/", "56", "mmHg", ".", "Given", "the", "finding", "of", "high", "gradients", "in", "the", "prosthetic", "valve", ",", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "proposed", ",", "which", "the", "patient", "refused", ".", "After", "7", "days", "the", "patient", "developed", "a", "fever", "of", "39oC", "with", "chills", "and", "shivering", ",", "blood", "and", "urine", "cultures", "were", "taken", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "has", "a", "very", "recent", "history", "of", "valve", "replacement", "surgery", "that", "cannot", "be", "ignored", ".", "Within", "the", "differential", "diagnosis", "of", "heart", "failure", "in", "patients", "with", "prosthetic", "valves", ",", "we", "would", "have", "to", "evaluate", "possible", "valve", "thrombosis", ",", "prosthesis", "mismatch1", "(", "prosthetic", "valve", "orifice", "inadequate", "for", "the", "patient", "'", "s", "body", "surface", ")", ",", "endocarditis", "and", "valve", "pannus", "(", "inflammatory", "reaction", "to", "a", "foreign", "body", "that", "reduces", "the", "valve", "outlet", "orifice", ")", ".", "Valve", "thrombosis", "could", "be", "ruled", "out", "because", "it", "usually", "causes", "acute", "pulmonary", "oedema", "and", "the", "patient", "presented", "with", "very", "subacute", "symptoms", ",", "in", "addition", "to", "being", "anticoagulated", "with", "warfarin", "at", "all", "times", ".", "In", "the", "case", "of", "prosthetic", "mismatch", ",", "clinical", "manifestations", "are", "typical", "immediately", "after", "late", "surgery", ",", "years", "after", "prosthesis", "implantation", ".", "Given", "the", "appearance", "of", "fever", "accompanied", "by", "heart", "failure", "and", "awaiting", "blood", "cultures", ",", "the", "possibility", "of", "infection", "of", "the", "bioprosthesis", "should", "be", "suspected", ",", "which", "would", "be", "defined", "as", "early", "(", "less", "than", "a", "year", "after", "the", "operation", ")", "and", "of", "probable", "nosocomial", "origin", "due", "to", "recent", "hospitalisations", ".", "In", "addition", ",", "she", "has", "received", "steroid", "treatment", "for", "a", "year", ",", "so", "we", "can", "consider", "her", "to", "be", "an", "immunosuppressed", "patient", ",", "an", "added", "risk", "factor", "for", "the", "acquisition", "of", "infection", ".", "As", "an", "entry", "point", ",", "if", "the", "contamination", "occurred", "during", "surgery", ",", "we", "would", "have", "to", "consider", "microorganisms", "from", "the", "flora", "of", "the", "patient", "'", "s", "skin", ",", "healthcare", "personnel", "or", "the", "extracorporeal", "circulation", "system", "(", "Staphylococcus", "epidermidis", ",", "Corinebacterium", "spp", "or", "diphtheromorphs", ")", "and", "from", "the", "ambient", "air", "(", "Aspergillus", "spp", ".", ")", ".", "In", "this", "case", "it", "seems", "unlikely", "as", "the", "course", "of", "the", "infection", "has", "been", "subacute", "and", "in", "these", "cases", "usually", "debut", "with", "more", "aggressive", "symptoms", ".", "If", "we", "consider", "that", "the", "contamination", "occurred", "in", "the", "postoperative", "period", ",", "microorganisms", "with", "haematogenous", "dissemination", "that", "have", "a", "vascular", "catheter", ",", "the", "surgical", "wound", ",", "the", "lung", "or", "the", "urinary", "tract", "as", "an", "entry", "point", "would", "come", "into", "play", ".", "As", "the", "most", "frequent", "micro-organisms", ",", "coagulase-negative", "staphylococci", ",", "Staphylococcus", "aureus", ",", "Enterococcus", "spp", ",", "viridans", "group", "streptococci", ",", "fungi", "and", "micro-organisms", "of", "the", "HACEK", "group", "should", "be", "ruled", "out", "in", "order", "of", "frequency", ".", "Do", "not", "forget", "endocarditis", "with", "negative", "blood", "cultures", "in", "which", "we", "would", "need", "to", "request", "serology", "for", "Coxiella", "spp", ",", "Bartonella", "spp", ",", "Mycoplasma", "spp", ",", "Chlamydia", "spp", "and", "Brucella", "spp", ",", "although", "they", "are", "more", "typical", "in", "late", "infections", "(", "one", "year", "after", "the", "intervention", ")", ".", "Evolution", "Enterococcus", "faecalis", "was", "isolated", "in", "blood", "cultures", "and", "the", "urine", "culture", "was", "contaminated", ".", "Since", "the", "patient", "was", "allergic", "to", "beta-lactams", ",", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "daptomycin", "10", "mg", "/", "kg", "per", "day", "and", "gentamicin", "1mg", "/", "kg", "every", "8", "hours", ".", "A", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", ",", "which", "was", "diagnostic", "as", "an", "aortic", "periprosthetic", "abscess", "was", "visualised", "above", "the", "valvular", "plane", "with", "flow", "passage", "and", "vegetation", "of", "15x6", "mm", "in", "the", "aortic", "bioprosthesis", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "aortic", "periprosthetic", "abscess", "above", "the", "valvular", "plane", ".", "Transesophageal", "echocardiogram", ":", "15x6", "mm", "vegetation", "on", "the", "aortic", "bioprosthesis", ".", "Valve", "replacement", "surgery", "was", "proposed", ",", "which", "the", "patient", "refused", ",", "so", "a", "conservative", "approach", "was", "adopted", ",", "maintaining", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", ",", "the", "fever", "disappeared", "and", "the", "clinical", "signs", "of", "heart", "failure", "improved", ".", "A", "control", "transthoracic", "echocardiogram", "15", "days", "after", "treatment", "showed", "prosthetic", "gradients", "of", "70", "mmHg", ",", "mild", "mitral", "insufficiency", "and", "mild", "tricuspid", "insufficiency", ".", "She", "underwent", "antibiotic", "treatment", "with", "daptomycin", "for", "8", "weeks", ",", "with", "disappearance", "of", "the", "periprosthetic", "abscess", "and", "vegetation", "in", "the", "control", "transesophageal", "echocardiogram", "performed", "at", "the", "end", "of", "treatment", ".", "The", "patient", "remained", "stable", ",", "with", "no", "fever", "or", "signs", "of", "heart", "failure", ".", "Clinical", "judgement", "Early", "prosthetic", "infective", "endocarditis", "due", "to", "Enterococcus", "faecalis", "on", "aortic", "bioprosthesis", "of", "probable", "nosocomial", "urinary", "origin", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 37, "end": 42 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 1758, "end": 1780 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1656, "end": 1663 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 90, "end": 98 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3067, "end": 3074 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3488, "end": 3495 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3522, "end": 3529 }, { "text": "Corinebacterium spp", "label": "SPECIES", "start": 5126, "end": 5145 }, { "text": "diphtheromorphs", "label": "SPECIES", "start": 5149, "end": 5164 }, { "text": "Bartonella spp", "label": "SPECIES", "start": 5947, "end": 5961 }, { "text": "Brucella spp", "label": "SPECIES", "start": 5997, "end": 6009 }, { "text": "Chlamydia spp", "label": "SPECIES", "start": 5979, "end": 5992 }, { "text": "Coxiella spp", "label": "SPECIES", "start": 5933, "end": 5945 }, { "text": "Mycoplasma spp", "label": "SPECIES", "start": 5963, "end": 5977 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 6107, "end": 6128 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6210, "end": 6217 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6799, "end": 6806 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6894, "end": 6901 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7370, "end": 7377 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 7503, "end": 7524 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "77-year-old", "man", "who", "consulted", "the", "emergency", "department", "for", "pain", "and", "an", "abscessed", "lesion", "in", "the", "left", "pretibial", "region", "of", "two", "months", "'", "duration", "with", "no", "response", "to", "antibiotic", "treatment", ".", "The", "patient", "was", "of", "Spanish", "origin", ",", "an", "ex-drinker", "and", "ex-smoker", ",", "with", "no", "drug", "use", "and", "multiple", "comorbidities", ":", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "insulin", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "with", "acceptable", "metabolic", "control", ",", "revascularised", "chronic", "ischaemic", "heart", "disease", ",", "paroxysmal", "atrial", "fibrillation", "anticoagulated", "with", "acenocoumarol", ",", "and", "right", "carotid", "endarterectomy", "following", "an", "episode", "of", "transient", "ischaemic", "attack", ".", "The", "patient", "lived", "in", "an", "urban", "area", "and", "had", "not", "travelled", "recently", ",", "nor", "had", "he", "been", "in", "regular", "contact", "with", "animals", ".", "He", "had", "worked", "as", "a", "truck", "driver", ",", "now", "retired", ".", "Four", "months", "prior", "to", "the", "current", "episode", ",", "he", "had", "been", "admitted", "to", "hospital", "for", "accidental", "left", "costal", "trauma", "with", "recurrent", "haemothorax", ",", "without", "lower", "limb", "involvement", ".", "The", "pain", "in", "the", "leg", ",", "initially", "diffuse", ",", "had", "focused", "on", "the", "anterior", "aspect", "of", "the", "tibia", "in", "the", "last", "weeks", "before", "consultation", ",", "where", "an", "area", "of", "swelling", "and", "redness", "had", "appeared", ".", "It", "was", "not", "accompanied", "by", "fever", "or", "other", "symptoms", ",", "nor", "did", "she", "report", "previous", "trauma", "or", "bites", "in", "the", "area", ".", "During", "this", "period", "he", "had", "undergone", "several", "courses", "of", "antibiotic", "treatment", "prescribed", "by", "his", "primary", "care", "physician", "without", "improvement", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "was", "haemodynamically", "stable", "and", "afebrile", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "left", "basal", "hypoventilation", ",", "with", "rhythmic", "heart", "tones", "and", "no", "murmurs", ".", "The", "abdomen", "was", "unremarkable", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "neurological", "focality", ".", "Fluctuating", "swelling", "was", "observed", "in", "the", "middle", "third", "of", "the", "left", "tibia", ",", "with", "erythema", "and", "increased", "local", "temperature", ".", "There", "was", "no", "evidence", "of", "skin", "or", "joint", "lesions", "at", "other", "levels", ".", "In", "the", "complementary", "tests", ",", "the", "haemogram", "showed", "no", "alterations", "in", "any", "of", "the", "series", ",", "renal", "function", "and", "ions", "were", "normal", ".", "C-reactive", "protein", "was", "19", "mg", "/", "L", ".", "An", "anteroposterior", "(", "AP", ")", "and", "lateral", "plain", "radiograph", "of", "the", "left", "lower", "limb", "showed", "an", "osteolytic", "image", "with", "well-defined", "borders", "in", "the", "tibial", "diaphysis", ".", "The", "chest", "X-ray", "showed", "an", "increased", "cardiac", "silhouette", "with", "left", "costophrenic", "sinus", "impingement", "in", "relation", "to", "previous", "residual", "haemothorax", ",", "with", "no", "other", "alterations", ".", "At", "this", "point", "the", "following", "differential", "diagnosis", "was", "suggested", ":", "Differential", "diagnosis", "The", "appearance", "of", "inflammatory", "symptoms", ",", "pain", "and", "abscessed", "lesion", "together", "with", "an", "osteolytic", "radiological", "image", "suggests", "the", "presence", "of", "osteomyelitis", ",", "i", ".", "e", ".", "infection", "of", "the", "bone", "by", "different", "microorganisms", ",", "as", "the", "first", "diagnostic", "suspicion", ".", "However", ",", "the", "differential", "diagnosis", "of", "osteolytic", "lesions", "in", "long", "bones", "should", "include", ":", "Firstly", ",", "tumour", "pathology1", ",", "both", "primary", "bone", "and", "metastatic", ",", "should", "be", "ruled", "out", ".", "Within", "primary", "tumour", "pathology", ",", "osteosarcoma", "is", "the", "most", "frequent", ".", "This", "type", "of", "lesion", "is", "located", "in", "long", "bones", ",", "but", "unlike", "in", "our", "case", ",", "radiographically", "the", "borders", "are", "not", "well", "defined", "and", "there", "is", "an", "accompanying", "periosteal", "reaction", ".", "Neither", "is", "the", "so-called", "Codman", "'", "s", "triangle", "(", "triangular", "area", "of", "periosteal", "calcification", "found", "at", "the", "boundary", "between", "tumour", "and", "healthy", "bone", ")", "present", ",", "nor", "are", "there", "irregular", "calcifications", "of", "the", "soft", "tissues", "that", "usually", "appear", "in", "tumour", "pictures", ".", "These", "tumours", "have", "a", "bimodal", "distribution", ",", "being", "more", "frequent", "between", "the", "ages", "of", "15-19", "years", "and", "in", "elderly", "patients", ".", "In", "elderly", "patients", "they", "are", "often", "secondary", "to", "other", "conditions", "such", "as", "Paget", "'", "s", "disease", "or", "previous", "radiotherapy", ".", "Among", "metastatic", "tumours", ",", "osteolytic", "metastases", "of", "carcinoma", "predominate", ",", "which", "are", "usually", "multiple", "and", "without", "marginal", "sclerosis", ";", "however", ",", "we", "are", "dealing", "with", "a", "single", "lesion", "and", "there", "is", "no", "clinical", "evidence", "to", "suggest", "the", "presence", "of", "a", "primary", "carcinoma", ".", "The", "differential", "diagnosis", "should", "also", "be", "considered", "with", "plasmacytoma", ",", "a", "solitary", "osteolytic", "lesion", "without", "clinical", ",", "histological", "or", "radiological", "evidence", "of", "multiple", "myeloma", ",", "formed", "by", "a", "localised", "proliferation", "of", "neoplastic", "plasma", "cells", ".", "The", "average", "age", "of", "onset", "is", "55", "years", "and", "the", "most", "frequent", "location", "is", "the", "axial", "skeleton", ",", "with", "distal", "involvement", "being", "exceptional", ",", "as", "in", "the", "patient", "presented", "here", ".", "Secondly", ",", "a", "differential", "diagnosis", "should", "be", "made", "with", "Brodie", "'", "s", "abscess2", ",", "which", "is", "a", "subacute", "or", "chronic", "form", "of", "haematogenous", "osteomyelitis", ",", "and", "which", "represents", "between", "2", ".", "5", "%", "and", "42", "%", "of", "primary", "bone", "infections", ".", "Patients", "are", "usually", "under", "25", "years", "of", "age", "and", "usually", "present", "with", "joint", "pain", "and", "local", "swelling", ".", "It", "is", "usually", "haematogenous", "in", "origin", ",", "but", "can", "also", "occur", "contiguously", "in", "the", "context", "of", "trauma", "or", "osteosynthesis", "material", ".", "The", "infectious", "focus", "consists", "of", "an", "abscess", "confined", "within", "a", "sclerotic", "bone", "rim", ".", "In", "general", ",", "there", "are", "no", "signs", "of", "systemic", "disease", ".", "An", "intramedullary", "area", "of", "central", "radiolucency", "with", "sclerotic", "margins", "is", "characteristic", "on", "plain", "radiography", ".", "Finally", ",", "other", "less", "common", "entities", "with", "which", "the", "differential", "diagnosis", "should", "be", "made", "are", "eosinophilic", "granuloma", ",", "sarcoidosis", "and", "fibrous", "histocytoma", ".", "Eosinophilic", "granuloma", "is", "the", "most", "common", "and", "benign", "form", "of", "Langerhans", "cell", "histiocytosis", ".", "It", "is", "the", "abnormal", "proliferation", "of", "dendritic", "cells", "in", "various", "tissues", ",", "including", "bone", ",", "especially", "in", "the", "skull", ",", "femur", ",", "mandible", ",", "pelvis", "and", "spine", ".", "In", "the", "appendicular", "skeleton", "the", "lesions", "are", "usually", "metaphyseal", "or", "diaphyseal", ",", "radiolucent", ",", "well-defined", "and", "often", "delimited", "by", "a", "sclerotic", "halo", ".", "They", "are", "typically", "central", "in", "the", "spinal", "canal", "and", "periosteal", "reaction", "is", "rare", ".", "Clinically", "they", "present", "with", "pain", "and", "local", "oedema", ".", "Sarcoidosis", "is", "a", "systemic", "disease", "characterised", "by", "the", "formation", "of", "non-caseating", "granulomas", ",", "most", "commonly", "affecting", "the", "lung", "and", "mediastinal", "lymph", "nodes", ",", "but", "can", "involve", "any", "organ", ",", "including", "bone", ",", "which", "is", "affected", "in", "3-13", "%", "of", "cases", ".", "The", "patient", "had", "no", "suggestive", "systemic", "symptoms", "or", "compatible", "chest", "X-ray", "findings", ".", "Benign", "fibrous", "histocytoma", "of", "bone", "constitutes", "approximately", "1", "%", "of", "all", "benign", "bone", "tumours", "and", "is", "located", "in", "the", "diaphysis", "and", "epiphyseal", "end", "of", "the", "long", "bones", ",", "pelvis", "and", "ribs", ".", "Although", "it", "can", "occur", "at", "any", "age", ",", "it", "occurs", "most", "commonly", "in", "young", "adults", ".", "It", "is", "usually", "asymptomatic", ",", "unlike", "the", "patient", "presented", "here", ".", "Plain", "radiograph", "shows", "a", "radiolucent", ",", "well-defined", "lesion", "with", "sclerotic", "borders", "and", "eccentric", "thinning", "of", "the", "cortex", ".", "Evolution", "As", "the", "patient", "was", "stable", "and", "afebrile", ",", "antibiotic", "treatment", "was", "postponed", "pending", "surgical", "drainage", "and", "sampling", ".", "The", "abscessed", "lesion", "was", "drained", "by", "means", "of", "an", "approach", "to", "the", "abscessed", "lesion", ",", "with", "abundant", "purulent", "material", "coming", "out", "at", "the", "opening", ".", "During", "the", "procedure", ",", "fistulisation", "from", "the", "bone", "was", "observed", ".", "A", "sarcophagus", "was", "made", "in", "the", "anterointernal", "region", "of", "the", "tibia", ",", "thereby", "achieving", "excision", "of", "the", "fistulous", "tract", ".", "Curettage", "of", "the", "endomedullary", "abscess", "was", "performed", ",", "obtaining", "a", "large", "amount", "of", "purulent", "material", ".", "The", "bone", "defect", "was", "subsequently", "filled", "with", "absorbable", "calcium", "sulphate", "beads", "with", "gentamicin", "and", "vancomycin", ".", "Intraoperative", "microbiological", "bone", "samples", "were", "taken", "and", "processed", "for", "routine", "bacterial", "culture", "and", "mycobacteria", ".", "After", "surgery", ",", "empirical", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "cloxacillin", "2", "g", "every", "4", "hours", "and", "ceftriaxone", "2", "g", "every", "24", "hours", "intravenously", ".", "The", "patient", "evolved", "favourably", "during", "admission", ",", "with", "daily", "local", "dressings", "without", "incident", ".", "He", "remained", "afebrile", ".", "The", "acid-fast", "stain", "of", "the", "samples", "showed", "no", "bacilli", ",", "and", "the", "usual", "bacterial", "cultures", "were", "negative", ",", "the", "PCR", "for", "Mycobacterium", "tuberculosis", "was", "positive", ",", "and", "empirical", "antibiotherapy", "was", "withdrawn", "and", "tuberculostatic", "treatment", "was", "started", "with", "four", "drugs", "(", "Rimstar", "®", ":", "rifampicin", ",", "pyrazinamide", ",", "ethambutol", "and", "isoniazid", "165", "/", "400", "/", "275", "/", "75", "mg", "4", "tablets", "a", "day", ")", ".", "Sputum", "and", "urine", "smears", "were", "negative", ".", "On", "discharge", "the", "patient", "continued", "with", "the", "oral", "treatment", "prescribed", "during", "admission", ",", "being", "reviewed", "in", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", ",", "with", "good", "evolution", "and", "tolerance", "to", "treatment", ",", "without", "alteration", "of", "the", "liver", "profile", ".", "Final", "diagnosis", "Osteomyelitis", "of", "the", "left", "tibia", "due", "to", "Mycobacterium", "tuberculosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 720, "end": 727 }, { "text": "truck driver", "label": "HUMAN", "start": 748, "end": 760 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 212, "end": 219 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 617, "end": 624 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 1326, "end": 1348 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1390, "end": 1397 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2572, "end": 2586 }, { "text": "Patients", "label": "HUMAN", "start": 4403, "end": 4411 }, { "text": "adults", "label": "HUMAN", "start": 6108, "end": 6114 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 7443, "end": 7469 }, { "text": "bacilli", "label": "SPECIES", "start": 7374, "end": 7381 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 7040, "end": 7049 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 7397, "end": 7406 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7062, "end": 7074 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6317, "end": 6324 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7217, "end": 7224 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7739, "end": 7746 }, { "text": "tuberculostatic", "label": "SPECIES", "start": 7531, "end": 7546 }, { "text": "Mycobacterium tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 8009, "end": 8035 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Cervical", "tumour", "and", "fever", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Anamnesis", "No", "RAMS", ".", "Cardiac", "rhabdomyoma", "in", "infancy", "which", "was", "not", "found", ".", "Mixed", "headache", ".", "No", "usual", "treatment", ".", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "21-year-old", "male", "who", "consulted", "his", "primary", "care", "physician", "for", "a", "lump", "in", "the", "right", "cervical", "region", "of", "two", "days", "'", "evolution", "associated", "with", "general", "malaise", "and", "high", "fever", "(", "up", "to", "41o", ")", ".", "He", "reported", "that", "it", "had", "been", "increasing", "over", "time", ".", "She", "denies", "previous", "trauma", ".", "No", "dysphagia", "or", "dyspnoea", ".", "Suspecting", "infectious", "mononucleosis", ",", "treatment", "was", "prescribed", ",", "laboratory", "tests", "and", "MNI", "test", "were", "requested", ".", "Three", "days", "later", ",", "she", "was", "admitted", "to", "the", "hospital", "emergency", "department", "for", "high", "fever", "and", "pain", "in", "the", "right", "cervical", "region", ",", "where", "she", "was", "admitted", "for", "examination", ".", "Exploration", "BEG", ".", "BHP", ".", "Eupneic", ".", "Normal", "colour", "and", "fever", ".", "ACR", "without", "alterations", ",", "heart", "rhythmic", "at", "80", "bpm", ".", "Examination", "of", "the", "area", "revealed", "a", "painful", ",", "warm", ",", "red", ",", "right", "laterocervical", "tumour", "with", "limitation", "of", "neck", "mobility", ",", "which", "appeared", "to", "be", "an", "abscess", ".", "It", "extends", "from", "the", "left", "mandibular", "angle", "at", "its", "most", "caudal", "pole", "and", "downwards", "to", "the", "middle", "cervical", "third", ".", "No", "trismus", ",", "dental", "pieces", "in", "good", "condition", "to", "the", "naked", "eye", ",", "no", "discharge", "of", "purulent", "material", "or", "signs", "of", "sialolithiasis", ".", "ENT", "without", "exudate", ".", "Abdomen", "without", "peritonism", ".", "He", "was", "assessed", "by", "maxillofacial", "surgery", "who", ",", "in", "view", "of", "the", "clinical", "and", "radiological", "findings", ",", "did", "not", "consider", "it", "a", "pathology", "with", "a", "surgical", "approach", "at", "that", "time", ".", "Summary", "of", "complementary", "tests", "*", "*", "CBC", "with", "blood", "count", "without", "leukocytosis", "and", "normal", "red", "series", ".", "Biochemistry", "without", "alterations", ",", "transaminases", "without", "elevation", ".", "Coagulation", "INR", "1", ".", "22", ".", "Thyroid", "hormones", "*", "*", "Peripheral", "blood", "smear", ":", "negative", "for", "mononucleosis", ",", "positive", "for", "bacterial", "infection", ".", "*", "*", "Chest", "X-ray", ":", "normal", ",", "with", "thickened", "cords", ".", "*", "*", "Sputum", "culture", "and", "BAAR", "negative", ".", "*", "*", "Serology", "negative", "for", "Q", "fever", ",", "HBV", ",", "HCV", ",", "HAV", ",", "Brucella", ",", "HIV", ",", "Borrelia", ".", "*", "*", "Negative", "Mantoux", "with", "Booster", ".", "*", "*", "Transthoracic", "echocardiography", "without", "intracavitary", "masses", ",", "normal", ".", "*", "*", "Cervical", "CT", "scan", ":", "asymmetric", "thickening", "of", "homogeneous", "density", "of", "the", "ECM", "suggestive", "of", "inflammation", "/", "infection", ".", "In", "depth", ",", "a", "laterocervical", "polyadenopathic", "process", "with", "lymphadenopathy", "up", "to", "16mm", "is", "observed", ".", "*", "*", "Thoracic", "and", "abdominal", "CT", "scan", ":", "discrete", "hepatosplenomegaly", ".", "There", "is", "no", "adenopathic", "involvement", "in", "the", "study", ".", "*", "*", "BAG", "of", "adenopathy", ":", "fibroadipose", "tissue", "without", "relevant", "alterations", ".", "Family", "and", "community", "approach", "21-year-old", "male", "who", "lives", "with", "his", "parents", "and", "a", "healthy", "brother", ".", "He", "works", "as", "a", "computer", "programmer", ".", "He", "has", "no", "family", "history", "of", "infection", "or", "TB", ".", "He", "has", "had", "two", "cats", "and", "a", "dog", "for", "years", ",", "well", "vaccinated", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "differential", "diagnosis", ")", "Polyadenopathic", "syndrome", "due", "to", "non-specific", "reactive", "lymphadenitis", ".", "Suspected", "Kikuchi-Fujimoto", "syndrome", ".", "Infectious", "sternocleidomastoid", "pyomyositis", ".", "Action", "plan", "and", "evolution", "The", "evolution", "was", "favourable", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "for", "study", "for", "7", "days", "and", "reported", "improvement", "with", "the", "antibiotics", "and", "antipyretics", "administered", ".", "The", "lesion", "also", "decreased", "and", "resolved", "by", "the", "end", "of", "his", "stay", "on", "the", "ward", ".", "Ten", "months", "later", ",", "the", "patient", "had", "the", "same", "clinical", "picture", "but", "on", "the", "contralateral", "side", ",", "on", "this", "occasion", "a", "PET", "scan", "was", "performed", "which", "revealed", "new", "supra", "-", "and", "infradiaphragmatic", "adenopathies", "with", "benign", "histology", ".", "The", "diagnostic", "process", "was", "prolonged", "for", "2", "years", "as", "it", "was", "a", "diagnosis", "of", "exclusion", ".", "Currently", ",", "the", "patient", "has", "again", "requested", "an", "appointment", "with", "his", "family", "doctor", "due", "to", "the", "appearance", "of", "new", "axillary", "lymphadenopathy", ".", "He", "is", "awaiting", "an", "analysis", ",", "abdominal", "and", "axillary", "ultrasound", "scan", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "infancy", "label": "HUMAN", "start": 161, "end": 168 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 264, "end": 268 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 287, "end": 309 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1797, "end": 1806 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 1886, "end": 1890 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1973 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1950, "end": 1958 }, { "text": "HAV", "label": "SPECIES", "start": 1945, "end": 1948 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 1935, "end": 1938 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 1940, "end": 1943 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1960, "end": 1963 }, { "text": "Q fever", "label": "SPECIES", "start": 1926, "end": 1933 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 2479, "end": 2485 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 2521, "end": 2525 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2621, "end": 2627 }, { "text": "cats", "label": "SPECIES", "start": 2671, "end": 2675 }, { "text": "computer programmer", "label": "HUMAN", "start": 2590, "end": 2609 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 2545, "end": 2552 } ]

[ "A", "52-year-old", "man", "presented", "to", "our", "emergency", "department", "reporting", "fever", ",", "cough", ",", "asthenia", ",", "headache", ",", "myalgia", "and", "photophobia", "for", "a", "week", ".", "He", "stated", "that", "he", "had", "not", "travelled", "in", "recent", "months", ",", "but", "reported", "contacts", "with", "several", "Chinese", "(", "none", "of", "them", "with", "a", "history", "of", "nCoV-19", "infection", ")", "and", "Italian", "persons", "from", "the", "city", "of", "Bergamo", "(", "northern", "Italy", ")", ",", "currently", "considered", "a", "high-risk", "area", "for", "nCoV-19", "infections", "by", "the", "Italian", "Ministry", "of", "Health", ".", "His", "oxygen", "saturation", "on", "room", "air", "was", "90", "%", "and", "low-flow", "oxygen", "therapy", "was", "started", ".", "On", "examination", ",", "the", "patient", "appeared", "ill", "and", "dyspnoeic", ";", "auscultation", "revealed", "bilateral", "crackles", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "lymphocytopenia", ",", "thrombocytopenia", ",", "high", "LDH", "values", "and", "inflammatory", "markers", ".", "Blood", "cultures", "were", "performed", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "a", "possible", "left", "perihilar", "condensation", ".", "A", "lung", "ultrasound", "was", "also", "performed", ".", "Following", "these", "interventions", ",", "a", "smear", "test", "for", "respiratory", "viruses", "and", "nCoV-19", "was", "performed", ";", "the", "result", "was", "positive", "for", "nCoV-19", ".", "Lung", "ultrasound", "was", "performed", "with", "a", "portable", "convex", "transducer", "(", "3", ".", "5", "mHz", ")", "with", "wireless", "connection", "to", "a", "tablet", ".", "This", "device", "was", "chosen", "because", ",", "although", "it", "provides", "poor", "quality", "images", "compared", "to", "state-of-the-art", "devices", ",", "it", "minimised", "the", "risk", "of", "device", "contamination", "and", "the", "consequent", "spread", "of", "nosocomial", "infections", ".", "Two", "operators", ",", "an", "emergency", "physician", "(", "operator", "1", ")", "and", "an", "emergency", "nurse", "(", "operator", "2", ")", ",", "entered", "the", "isolation", "room", "respecting", "all", "precautionary", "measures", "for", "respiratory", ",", "droplet", "and", "contact", "isolation", "established", "by", "the", "World", "Health", "Organisation", "for", "the", "nCoV-19", "outbreak", ".", "The", "transducer", "and", "tablet", "were", "placed", "in", "two", "different", "plastic", "cases", ".", "Operator", "1", "performed", "the", "lung", "ultrasound", "using", "the", "wireless", "transducer", "and", "consequently", "came", "into", "contact", "with", "the", "patient", ".", "Operator", "2", "held", "the", "tablet", "and", "was", "responsible", "for", "capturing", "and", "saving", "the", "images", "and", "videos", ";", "consequently", "he", "did", "not", "come", "into", "contact", "with", "the", "patient", "or", "any", "other", "object", "in", "the", "room", ".", "The", "protocol", "was", "shared", "and", "accepted", "by", "both", "operators", "before", "entering", "the", "room", ",", "to", "minimise", "the", "risk", "of", "contamination", "in", "a", "high-risk", "environment", ".", "At", "the", "end", "of", "the", "procedure", ",", "the", "tablet", "and", "transducer", "were", "sterilised", "in", "a", "designated", "area", "and", "then", "placed", "in", "two", "new", "sterile", "plastic", "bags", ".", "The", "chest", "was", "scanned", "in", "the", "following", "12", "areas", ":", "upper", "and", "lower", "anterior", ",", "upper", "and", "lower", "lateral", ",", "upper", "and", "lower", "posterior", ",", "bilaterally", ".", "Informed", "consent", "was", "obtained", ".", "In", "our", "institution", ",", "the", "use", "of", "lung", "ultrasound", "is", "routinely", "included", "in", "the", "care", "of", "patients", "with", "respiratory", "conditions", "and", "is", "authorised", "by", "the", "ethics", "committee", ".", "Lung", "ultrasound", "showed", ",", "in", "the", "anterior", "and", "posterior", "hemithorax", ",", "bilaterally", ",", "an", "irregular", "pleural", "line", ",", "with", "small", "subpleural", "consolidations", ",", "areas", "of", "white", "lung", "and", "irregular", ",", "confluent", ",", "coarse", "vertical", "artefacts", "(", "B", "lines", ")", ".", "Healthy", "areas", "were", "present", "bilaterally", ",", "mixed", "with", "pathological", "areas", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 17 }, { "text": "persons", "label": "HUMAN", "start": 296, "end": 303 }, { "text": "nCoV-19", "label": "SPECIES", "start": 265, "end": 272 }, { "text": "nCoV-19", "label": "SPECIES", "start": 389, "end": 396 }, { "text": "contacts", "label": "HUMAN", "start": 203, "end": 211 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 546, "end": 553 }, { "text": "respiratory viruses", "label": "SPECIES", "start": 986, "end": 1005 }, { "text": "nCoV-19", "label": "SPECIES", "start": 1010, "end": 1017 }, { "text": "nCoV-19", "label": "SPECIES", "start": 1061, "end": 1068 }, { "text": "emergency nurse", "label": "HUMAN", "start": 1450, "end": 1465 }, { "text": "emergency physician", "label": "HUMAN", "start": 1410, "end": 1429 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1848, "end": 1855 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2003, "end": 2010 }, { "text": "nCoV-19", "label": "SPECIES", "start": 1645, "end": 1652 }, { "text": "operator 1", "label": "HUMAN", "start": 1431, "end": 1441 } ]

[ "Patient", "who", ",", "at", "12", "years", "of", "age", ",", "consulted", "for", "a", "study", "of", "drug", "allergy", ".", "After", "ingestion", "of", "Dalsy", "at", "the", "age", "of", "11", "years", ",", "at", "around", "30-60", "minutes", "post-surgery", ",", "she", "presented", "with", "facial", "and", "eyelid", "oedema", ".", "No", "dyspnoea", ".", "The", "condition", "has", "occurred", "on", "3", "occasions", "(", "usually", "administered", "Dalsy", "(", "ibuprofen", ")", "for", "headaches", ".", "Last", "episode", "in", "December", "2014", ".", "Have", "not", "seen", "a", "doctor", "on", "any", "occasion", ".", "The", "mother", "has", "been", "given", "an", "antihistamine", "and", "the", "symptoms", "have", "subsided", "after", "12", "hours", ".", "She", "has", "not", "received", "topical", "anti-inflammatory", "treatment", ".", "Tolerates", "paracetamol", "250", "mg", ".", "-", "A", "FAMILIAR", ":", "History", "of", "both", "parents", "with", "pollen", "allergy", "and", "food", "allergy", "in", "the", "father", ".", "-", "A", "PERSONAL", ":", "Normal", "MDD", ",", "immunisations", "correct", "for", "his", "age", ",", "no", "surgical", "intervention", ".", "No", "other", "significant", "illnesses", "reported", ".", "Mild", "intermittent", "allergic", "rhinitis", "with", "environmental", "polysensitization", ".", "He", "has", "followed", "symptomatic", "treatment", "courses", "occasionally", ".", "No", "bronchial", "asthma", ".", "-", "HABITAT", ":", "Smoking", "parents", "at", "home", ".", "Pets", ":", "No", "-", "PHYSICAL", "EXAMINATION", "BEG", ".", "Somewhat", "dry", "skin", ".", "No", "skin", "fold", "involvement", ".", "AR", ":", "Pink", "mucosa", ",", "mild", "turbinate", "hypertrophy", ".", "Very", "mild", "positive", "nasal", "obstruction", ".", "AR", ":", "CNVM", "without", "audible", "rales", ".", "COMPLEMENTARY", "EXAMINATIONS", "-", "CUTANEOUS", "TESTS", "HABITUAL", "PNEUMOALLERGENS", ":", "Positive", "to", "mites", ",", "alternaria", ",", "grasses", ",", "parietaria", ",", "olive", "tree", ",", "cypress", ".", "-", "CUTANEOUS", "TESTS", ":", "Prick", "test", "and", "ID", "AAS", ",", "METAMIZOL", ",", "NEGATIVE", ".", "No", "immediate", "or", "delayed", "reaction", "evident", "-", "Oral", "tolerance", "test", "to", "ACETYL", "SALICYLIC", "ACID", ":", "After", "administration", "in", "progressive", "doses", "(", "10", "mgrs", ",", "25", "mgrs", ",", "50", "mgrs", ")", "with", "an", "hour", "'", "s", "interval", ",", "there", "was", "an", "immediate", "reaction", "40", "minutes", "after", "the", "last", "dose", "(", "total", "accumulated", "dose", "85", "mgrs", ")", ":", "periorbital", "urticaria", "and", "labial", ",", "palpebral", "and", "malar", "angioedema", "with", "conjunctival", "injection", ".", "Hydroxyzine", ",", "prednisone", "and", "adrenaline", "i", ".", "m", ".", "are", "administered", "with", "good", "resolution", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "IMMEDIATE", "POSITIVE", "TEST", "RESULT", "-", "Oral", "tolerance", "test", "to", "PARACETAMOL", "350", "MGRS", "After", "administration", "of", "a", "total", "accumulated", "dose", "of", "350", "mgs", "(", "first", "dose", "of", "100", "mgs", ",", "second", "dose", "of", "250", "mgs", ")", "he", "presented", "intense", "localised", "pruritus", "of", "the", "lips", "and", "some", "urticarial", "wheals", ".", "Cetirizine", "10", "mgs", "was", "administered", "with", "good", "resolution", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "POSITIVE", "TEST", "RESULT", "Previous", "good", "tolerance", "at", "home", "of", "paracetamol", "250", "mgs", ".", "-", "Oral", "tolerance", "test", "to", "MELOXICAM", "15", "mgs", ".", "After", "administration", "of", "Meloxicam", "in", "successive", "doses", "(", "3", ".", "75", "mgs", ",", "3", ".", "75", "mgs", ",", "7", ".", "5", "mgs", ")", "about", "2", ".", "5", "hours", "after", "the", "last", "dose", ",", "he", "began", "to", "experience", "lower", "lip", "oedema", "and", "perioral", "erythema", "with", "urticarial", "wheals", ",", "with", "no", "other", "cutaneous", "or", "systemic", "involvement", ".", "Cetirizine", "10", "mg", "and", "prednisone", "60", "mg", "were", "administered", ",", "with", "good", "resolution", "of", "the", "clinical", "picture", ".", "POSITIVE", "TEST", "RESULT", "-", "Oral", "tolerance", "test", "TO", "CELECOXIB", "200", "mgs", ":", "After", "administration", ",", "after", "the", "second", "dose", "(", "total", "accumulated", "dose", "100", "mgs", ")", "she", "had", "an", "immediate", "reaction", ":", "lower", "left", "eyelid", "oedema", "and", "perioral", "pruritus", ".", "Treatment", "with", "cetirizine", "10", "mgs", "was", "administered", ",", "and", "the", "symptoms", "subsided", ".", "IMMEDIATE", "POSITIVE", "TEST", "RESULT" ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "doctor", "label": "HUMAN", "start": 361, "end": 367 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 389, "end": 395 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 593, "end": 600 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 645, "end": 651 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 657, "end": 665 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 955, "end": 962 }, { "text": "alternaria", "label": "SPECIES", "start": 1260, "end": 1270 }, { "text": "olive tree", "label": "SPECIES", "start": 1293, "end": 1303 }, { "text": "mites", "label": "SPECIES", "start": 1253, "end": 1258 }, { "text": "parietaria", "label": "SPECIES", "start": 1281, "end": 1291 }, { "text": "cypress", "label": "SPECIES", "start": 1305, "end": 1312 } ]

[ "A", "62-year-old", "male", "patient", ",", "farmer", ",", "previously", "healthy", ",", "resident", "of", "the", "province", "of", "Santiago", "del", "Estero", ",", "was", "admitted", "to", "the", "emergency", "room", "with", "mild", "trauma", "and", "a", "fracture", "of", "the", "right", "femur", "as", "a", "result", "of", "a", "road", "accident", "(", "motorbike", ")", ".", "Diagnostic", "laboratory", "and", "imaging", "studies", "were", "requested", ":", "-", "Laboratory", ":", "complete", "blood", "count", ",", "glycaemia", ",", "transaminases", ",", "ionogram", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "urinalysis", ",", "Arc", "5", ".", "-", "Imaging", ":", "X-rays", "of", "the", "chest", ",", "complete", "spine", ",", "skull", ",", "hip", "and", "lower", "limbs", ";", "abdominal", "ultrasound", ";", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "chest", ",", "abdomen-pelvis", "without", "and", "with", "intravenous", "contrast", ";", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", ",", "with", "slices", "without", "and", "with", "intravenous", "contrast", ",", "according", "to", "protocol", "for", "lower", "limbs", ".", "Both", "conventional", "radiology", "and", "CT", "showed", "a", "non-specific", "osteolytic", "lesion", "with", "poorly", "defined", "margins", "involving", "the", "bone", "marrow", ",", "with", "traces", "of", "spiral", "fracture", "at", "the", "mid", "and", "diaphyseal", "level", "of", "the", "right", "femur", "that", "respected", "the", "respective", "epiphyses", ",", "without", "associated", "periosteal", "reaction", ".", "The", "adjacent", "soft", "tissues", "appeared", "to", "be", "involved", ".", "X-ray", "of", "both", "hips", "in", "front", ".", "Alteration", "of", "the", "bone", "structure", "with", "cortical", "reduction", "at", "the", "level", "of", "the", "metaphysis", "with", "diaphyseal", "extension", "of", "the", "right", "femur", ".", "Front", "X-ray", "of", "the", "right", "femur", ".", "Note", "the", "spiral", "fracture", "at", "the", "level", "of", "the", "middle", "and", "lower", "third", ".", "Axial", "slices", "of", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "of", "the", "right", "thigh", "with", "soft", "tissue", "window", ".", "Densitometric", "changes", "of", "the", "bone", "marrow", "are", "observed", ",", "associated", "with", "atrophy", "of", "the", "adjacent", "muscles", ".", "With", "a", "bone", "window", ",", "signs", "of", "fracture", "with", "cortical", "thinning", "of", "the", "bone", "are", "observed", ".", "Compared", "with", "its", "contralateral", "counterpart", ",", "atrophic", "changes", "in", "the", "muscular", "plane", "are", "evident", ".", "Postoperative", "frontal", "femur", "X-ray", ".", "The", "bone", "graft", "with", "plate-screw", "fixation", "can", "be", "seen", ".", "MRI", "showed", "the", "presence", "of", "multiloculated", "cystic", "images", "with", "heterogeneous", "signal", "hypointensity", "in", "T1", "and", "high", "intensity", "in", "T2", "and", "Stir", ",", "with", "tenuemedian", "post-contrast", "enhancement", ".", "It", "also", "showed", "the", "margins", "and", "extent", "(", "32", "cm", "longitudinally", ")", "of", "the", "lesion", "and", "confirmed", "the", "involvement", "of", "adjacent", "soft", "tissue", ".", "An", "association", "with", "muscular", "hypotrophy", "was", "observed", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "of", "the", "right", "thigh", ".", "Axial", "T1", "and", "T2", "sequences", "showing", "signal", "changes", ",", "heterogeneous", ",", "hypointense", "in", "T1", ",", "and", "iso-hyperintense", "in", "T2", ",", "intramedullary", "bone", "with", "extension", "into", "adjacent", "soft", "tissues", ".", "Coronal", "Fat-sat", "and", "coronal", "T1-weighted", "images", ".", "Multiloculated", "cystic", "images", "are", "observed", "with", "heterogeneous", "signal", "hypointensity", "in", "T1", "and", "high", "intensity", "in", "T2", "and", "Stir", ".", "The", "cephalo-caudal", "extension", "of", "the", "lesion", "in", "the", "right", "femur", "is", "evident", ".", "As", "ancillary", "data", ",", "the", "result", "of", "the", "haemogram", "revealed", "minimal", "decrease", "in", "red", "blood", "cells", ",", "with", "discrete", "leukocytosis", "and", "increased", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ";", "the", "Arc", "5", "was", "negative", "in", "the", "first", "analysis", ",", "changing", "to", "positive", "weeks", "later", ".", "In", "the", "case", "of", "a", "patient", "with", "a", "pathological", "fracture", "with", "the", "presence", "of", "a", "solitary", "focal", "lesion", ",", "the", "following", "differential", "diagnoses", "are", "raised", ":", "-", "Primary", "tumours", ":", "-", "Osteosarcoma", "-", "Lymphoma", "-", "Multiple", "myeloma", ":", "diffuse", "lesion", ";", "solitary", "lesion", "(", "plasmacytoma", ")", "-", "Metastases", "-", "Infectious", "pathology", "-", "Osteomyelitis", "-", "Cystic", "tuberculosis", "The", "patient", "underwent", "a", "biopsy", ".", "Histopathological", "diagnosis", "determined", "that", "it", "was", "a", "bone", "hydatidosis", ".", "Hydatidosis", "is", "a", "parasitic", "disease", "caused", "by", "the", "larvae", "of", "Echinococcus", ",", "usually", "of", "the", "species", "E", ".", "granulosus", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "farmer", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 34 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2911, "end": 2918 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3247, "end": 3254 }, { "text": "Echinococcus", "label": "SPECIES", "start": 3405, "end": 3417 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 3434, "end": 3441 }, { "text": "E. granulosus", "label": "SPECIES", "start": 3442, "end": 3455 } ]

[ "A", "39-year-old", "man", "consulted", "in", "the", "emergency", "department", "for", "weakness", "in", "the", "left", "lower", "limb", "(", "LLM", ")", "of", "approximately", "12", "hours", "of", "evolution", "with", "no", "other", "additional", "clinical", "symptoms", ".", "He", "was", "a", "smoker", "and", "cocaine", "user", ",", "with", "no", "other", "pathology", "of", "interest", ".", "On", "arrival", ",", "BP", "120", "/", "70", "mmHg", "HR", ":", "94", "bpm", "Ta", ":", "36", ".", "5oC", ".", "On", "neurological", "examination", ",", "conscious", ",", "oriented", ".", "Anisocoria", ",", "enlarged", "right", "pupil", ",", "barely", "reactive", "to", "light", ",", "left", "pupil", "with", "preserved", "photomotor", "reflex", ",", "maintaining", "accommodation", "reflex", ",", "compatible", "with", "Argyll", "Robertson", "pupils", ".", "In", "addition", ",", "motor", "deficit", "in", "MII", "of", "distal", "predominance", "(", "3", "/", "5", ")", "with", "hypoaesthesia", "and", "left", "extensor", "CPR", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ",", "except", "for", "possible", "candida", "in", "the", "jugal", "mucosa", ",", "with", "no", "skin", "lesions", ".", "Complementary", "tests", "were", "performed", "with", "ECG", ",", "chest", "X-ray", "and", "basic", "laboratory", "tests", "with", "no", "findings", "of", "interest", ",", "except", "for", "urine", "which", "confirmed", "positive", "for", "cocaine", ".", "A", "simple", "cranial", "CT", "scan", "showed", "an", "image", "compatible", "with", "early", "acute-subcute", "right", "capsular-lenticular", "lacunar", "infarction", ".", "On", "the", "Neurology", "ward", ",", "a", "study", "of", "stroke", "in", "a", "young", "patient", "was", "completed", "and", "a", "positive", "ELISA", "HIV", "and", "W", "Blot", "were", "found", ",", "as", "well", "as", "positive", "treponema", "pallidum", ",", "with", "positive", "RPR", "at", "1", "/", "64", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "serologies", "and", "autoimmunity", "normal", ".", "Cerebral", "and", "supra-aortic", "trunk", "CT", "angiography", "showed", "multiple", "patchy", "infarctions", "suggestive", "of", "a", "vasculitic", "process", "and", "30-45", "%", "stenosis", "of", "the", "left", "internal", "carotid", "artery", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "patient", "was", "transferred", "to", "Internal", "Medicine", "and", "a", "study", "was", "completed", "showing", "HIV", "PCR", ":", "116805", "copies", "/", "ml", ",", "subtype", "B", "without", "primary", "resistance", "and", "total", "CD4", "227", "(", "12", "%", ")", ",", "CD8", "1535", "(", "80", "%", ")", ",", "ratio", "0", ".", "15", ".", "Given", "the", "context", "of", "the", "patient", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "a", "positive", "VDRL", "was", "obtained", "in", "CSF", "(", "negative", "for", "Cryptococcus", ",", "Borrelia", "burgdorferi", ",", "mycobacteria", ")", ".", "Biochemistry", ":", "ADA", "8", ",", "Leucocytes", "48", "cells", ",", "L", ".", "mononuclear", "98", "%", ")", "being", "this", "a", "diagnosis", "of", "neurosyphilis", "so", "treatment", "was", "started", "with", "Penicillin", "G", "4", "mill", "IU", "/", "4", "hours", "iv", "for", "14", "days", ".", "The", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "with", "partial", "recovery", "of", "mobility", "of", "the", "MII", "with", "daily", "rehabilitation", ".", "Ten", "days", "after", "admission", ",", "he", "started", "treatment", "with", "TFV", "/", "FTC", "/", "Elvitegravir", "/", "cobicistat", "with", "good", "initial", "tolerance", ",", "so", "that", "on", "the", "25th", "day", "of", "admission", "he", "was", "discharged", "with", "a", "diagnosis", "of", "meningovascular", "syphilis", ",", "neurosyphilis", "and", "stage", "B3", "HIV", "infection", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "candida", "label": "SPECIES", "start": 696, "end": 703 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 1820, "end": 1840 }, { "text": "Cryptococcus", "label": "SPECIES", "start": 1806, "end": 1818 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1134, "end": 1137 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1569, "end": 1572 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2392, "end": 2395 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1842, "end": 1854 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1091, "end": 1098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1490, "end": 1497 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1711, "end": 1718 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2039, "end": 2046 }, { "text": "treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1181, "end": 1199 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 1767, "end": 1771 } ]

[ "Female", "preschooler", "aged", "4", "years", ",", "with", "no", "significant", "personal", "history", ",", "except", "for", "vaccination", "with", "rescue", "vaccination", "at", "18", "months", "(", "not", "previously", "immunised", ",", "negative", "parental", "immunisation", ")", ",", "she", "had", "not", "received", "pneumococcus", "or", "non-financed", "vaccines", ".", "She", "presented", "24", "hours", "after", "administration", "of", "Menjugate", "®", "(", "conjugate", "vaccine", "to", "CRM197", "against", "group", "C", "meningococcus", ")", "with", "purplish", "erythematous", "lesions", ",", ">", "3", "cm", ",", "pelvis", ",", "lower", "limbs", "and", "distal", "area", "of", "upper", "limbs", ",", "mild", "pruritus", "without", "angioedema", ".", "In", "the", "emergency", "department", ",", "local", "oedema", "at", "the", "vaccination", "site", "and", "palpable", "purpuric", "lesions", ",", "negative", "vitropressure", "and", "discrete", "oedema", "in", "the", "distal", "thirds", ",", "no", "mucosal", "lesions", ".", "Haemogram", "and", "biochemistry", "normal", ".", "Improvement", "in", "2", "weeks", ",", "with", "slight", "desquamation", "and", "no", "residual", "lesions", ".", "The", "patient", "reported", "fever", ",", "abdominal", "pain", ",", "vomiting", "and", "weakness", "48", "hours", "before", "the", "vaccination", ";", "he", "received", "paracetamol", ",", "which", "he", "tolerated", "until", "the", "episode", ",", "and", "has", "avoided", "since", "then", ".", "A", "drug", "study", "was", "performed", ",", "ruling", "out", "hypersensitivity", "to", "paracetamol", ",", "prick", "skin", "tests", "for", "Menjugate", ",", "aluminium", "hydroxide", "and", "latex", "were", "negative", "(", "15", "min", "and", "late", "readings", ":", "24", ",", "48", ",", "72", "hours", ")", ".", "Serology", "during", "acute", "episode", "IgM", "positive", "for", "Epstein-Barr", "virus", "and", "undetermined", "Parvovirus", "B19", ".", "During", "the", "review", "2", "months", "after", "the", "episode", ":", "IgG", "low", "avidity", "Positive", "50", "%", "and", "IgG", "parvovirus", "negative", ".", "Diagnosis", ":", "Papulo", "purpuric", "glove-sock", "syndrome", "(", "PPGS", ")", "." ]

[ 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Female preschooler", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 18 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 212, "end": 224 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 53, "end": 61 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 82, "end": 93 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 106, "end": 117 }, { "text": "vaccines", "label": "SPECIES", "start": 241, "end": 249 }, { "text": "vaccine", "label": "SPECIES", "start": 321, "end": 328 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 549, "end": 560 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 878, "end": 889 }, { "text": "Parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1260, "end": 1270 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1359, "end": 1369 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 1224, "end": 1242 }, { "text": "Parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1260, "end": 1274 } ]

[ "Anamnesis", "A", "47-year-old", "male", "smoker", ",", "with", "no", "other", "medical", "history", "of", "interest", ",", "brought", "to", "the", "emergency", "department", "for", "cognitive", "deterioration", "and", "fever", "of", "40oC", ".", "On", "examination", "he", "was", "tachycardic", ",", "tachypnoeic", ",", "with", "obnubilation", "and", "significant", "psychomotor", "agitation", ".", "Laboratory", "tests", ":", "leukocytes", "8810", "/", "μL", "with", "neutrophilia", "(", "86", ".", "6", "%", ")", ",", "platelets", "64000", "/", "μL", ",", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ",", "with", "CRP", "88", "mg", "/", "dl", "and", "procalcitonin", "1", ".", "79", "mg", "/", "d", ".", "A", "cranial", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "with", "no", "findings", ",", "prior", "to", "performing", "a", "lumbar", "puncture", ",", "and", "the", "cerebrospinal", "fluid", "showed", ":", "total", "protein", "184", "mg", "/", "dl", ",", "leukocytes", "245", "/", "μL", ",", "with", "a", "predominance", "of", "polymorphonuclear", "cells", "(", "67", "%", ")", ",", "and", "glucose", "85", "mg", "/", "dl", ".", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "Ceftriaxone", "and", "Vancomycin", ".", "Evolution", "The", "patient", "began", "convulsive", "symptoms", "with", "respiratory", "compromise", "requiring", "orotracheal", "intubation", ",", "for", "which", "he", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ".", "Acute", "meningitis", "due", "to", "Listeria", "monocytogenes", "was", "confirmed", "by", "PCR", "of", "the", "fluid", ",", "with", "secondary", "bacteraemia", "in", "blood", "cultures", "taken", "on", "arrival", ".", "Targeted", "antibiotherapy", "with", "Ampicillin", "and", "Gentamicin", "was", "started", ",", "with", "a", "favourable", "infectious", "and", "neurological", "evolution", ",", "with", "no", "new", "seizures", "once", "on", "the", "hospital", "ward", ".", "Rhombencephalitis", "and", "brain", "abscess", "were", "ruled", "out", "by", "magnetic", "resonance", "imaging", ".", "As", "an", "incidence", ",", "the", "patient", "presented", "ototoxicity", "due", "to", "aminoglycosides", "that", "was", "partially", "reversible", "on", "discharge", ".", "Diagnosis", "Acute", "Listeria", "monocytogenes", "meningoencephalitis", "in", "an", "immunocompetent", "patient", ".", "Ototoxicity", "due", "to", "aminoglycosides", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 28 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 945, "end": 967 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 771, "end": 778 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1342, "end": 1349 }, { "text": "Listeria monocytogenes", "label": "SPECIES", "start": 1457, "end": 1479 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1522, "end": 1529 } ]

[ "A", "49-year-old", "man", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypercholesterolemia", ",", "gonorrhoea", "at", "the", "age", "of", "19", ",", "cutaneous", "leishmaniasis", "(", "2007", ")", ",", "osteopenia", "and", "vitamin", "D", "deficiency", ".", "Diagnosed", "with", "HIV", "infection", "in", "2005", "(", "Stage", "A2", ")", ".", "Initially", "received", "initial", "treatment", "with", "ATRIPLA", ".", "In", "2013", ",", "due", "to", "hypophosphatemia", ",", "he", "was", "switched", "to", "Kivexa", "and", "Sustiva", ",", "which", "the", "patient", "took", "for", "2", "years", ",", "and", "in", "2015", ",", "due", "to", "dizziness", "and", "poor", "control", "of", "triglycerides", ",", "he", "was", "switched", "to", "Triumeq", ".", "The", "last", "review", "after", "3", "months", "of", "treatment", "was", "well", "tolerated", ":", "no", "analytical", "alterations", "(", "GPT", "23", ";", "GOT", "22", ";", "GGT", "18", ";", "FA", "70", ";", "BT", "0", ".", "70", ")", ".", "His", "viral", "load", "was", "undetectable", "and", "his", "CD4", "count", "was", "940", ".", "She", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "2", "months", "of", "general", "malaise", ",", "night", "sweats", ",", "asthenia", ",", "myalgia", "and", "febrile", "fever", ".", "Examination", "revealed", "fever", ",", "mild", "mucocutaneous", "jaundice", "with", "no", "other", "noteworthy", "alterations", ".", "The", "following", "complementary", "tests", "were", "performed", ":", "-", "BQ", ":", "Glucose", "89", ";", "Creatinine", "0", ".", "90", ";", "Urea", "34", ";", "Sodium", "138", ".", "0", ";", "GOT", "238", ";", "GPT", "513", ";", "BT", "2", ".", "26", ";", "BD", "1", ".", "56", ";", "Amylase", "56", ";", "Lipase", "49", ".", "FA", "840", ";", "LDH", "386", ".", "-", "Haemogram", ":", "haemoglobin", "13", ",", "haematocrit", "39", ".", "4", ";", "V", ".", "C", ".", "M", ".", "89", ".", "7", ";", "platelets", "293000", ";", "leukocytes", "6", ",", "600", "(", "neutrophils", "4", ",", "100", ";", "lymphocytes", "1", ",", "700", ";", "monocytes", "500", ";", "eosinophils", "100", ")", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "Pulmonary", "parenchyma", "and", "pleura", "without", "findings", "of", "interest", ".", "-", "ABDOMINAL", "ECOGRAPHY", ":", "No", "pathological", "findings", "of", "interest", ".", "At", "this", "point", "we", "considered", "the", "diagnosis", "of", "acute", "hepatitis", "in", "an", "HIV", "patient", "with", "good", "immunological", "and", "virological", "control", ".", "He", "was", "admitted", "for", "24", "hours", "for", "observation", "and", "among", "the", "tests", "requested", "the", "following", "were", "negative", ":", "blood", "culture", ",", "urine", "culture", ",", "CMV", "IgM", ";", "Brucella", ";", "Epstein", "Barr", "(", "past", "infection", ")", ";", "Hepatitis", "A", "virus", ",", "Hepatitis", "B", "virus", "(", "vaccinated", ")", "and", "Hepatitis", "C", "virus", ".", "In", "the", "study", "of", "TREPONEMA", "PALLIDUM", ":", "Total", "anti-Treponema", "Pallidum", ":", "POSITIVE", ".", "RPR", ":", "POSITIVE", "AT", "DILUTION", "1", "/", "16", ".", "When", "serology", "was", "positive", "for", "T", ".", "Pallidum", "(", "previous", "NOV", "/", "2011", "NEGATIVE", ")", ",", "treatment", "was", "started", "with", ":", "BENZETACIL", "IM", "weekly", "(", "3", "doses", ")", ".", "After", "this", ",", "the", "clinical", "and", "analytical", "picture", "was", "resolved", ":", "GOT", "(", "AST", ")", ":", "29", ";", "GPT", "(", "ALT", ")", ":", "39", ";", "GGT", "97", ";", "BT", ":", "0", ".", "48", ";", "FA", ":", "145", ",", "the", "final", "diagnosis", "being", ":", "Hepatitis", "secondary", "to", "Syphilis", "in", "an", "HIV", "patient", "with", "good", "immunological", "and", "virological", "control", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 33 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 180, "end": 183 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 348, "end": 355 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 603, "end": 608 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1430, "end": 1433 }, { "text": "Epstein Barr", "label": "SPECIES", "start": 1644, "end": 1656 }, { "text": "TREPONEMA PALLIDUM", "label": "SPECIES", "start": 1764, "end": 1782 }, { "text": "Treponema Pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1795, "end": 1813 }, { "text": "T. Pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1888, "end": 1899 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2174, "end": 2177 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2178, "end": 2185 }, { "text": "virological", "label": "SPECIES", "start": 2214, "end": 2225 } ]

[ "Anamnesis", "A", "39-year-old", "man", "was", "studied", "for", "a", "clinical", "picture", "of", "2", "months", "of", "diarrhoea", ",", "asthenia", "and", "loss", "of", "10", "kg", "of", "weight", ",", "with", "evidence", "of", "hypochromic", "microcytic", "anaemia", "in", "the", "blood", "tests", ".", "His", "medical", "history", "included", "moderate", "alcoholism", "for", "10", "years", ",", "smoking", "20", "packs", "/", "year", ",", "with", "sporadic", "consumption", "of", "marijuana", "and", "hashish", ",", "a", "depressive", "syndrome", "and", "two", "episodes", "of", "loss", "of", "consciousness", "that", "were", "not", "studied", ",", "as", "well", "as", "a", "coma", "crisis", "secondary", "to", "withdrawal", "syndrome", "in", "April", "2011", "(", "brain", "computed", "tomography", "[", "CT", "]", "scan", "with", "no", "parenchymal", "alterations", ")", ".", "He", "presented", "with", "meningitis", "at", "12", "years", "of", "age", ",", "with", "no", "sequelae", ".", "Family", "history", "of", "father", "and", "paternal", "uncle", "with", "colon", "neoplasia", ".", "His", "surgical", "history", "was", "appendectomy", "and", "cryotherapy", "for", "condyloma", "acuminata", "in", "the", "balanopreputial", "sulcus", "in", "June", "2010", ",", "with", "negative", "serology", "for", "STDs", ".", "She", "was", "being", "treated", "with", "lorazepam", "1", "mg", "at", "night", "and", "pizotifen", "0", ".", "5", "mg", "three", "times", "a", "day", ".", "Physical", "examination", "Marked", "thinness", ",", "mucocutaneous", "pallor", ".", "Conscious", "and", "oriented", ",", "with", "no", "evidence", "of", "neurological", "focality", ".", "Normal", "reflexes", ".", "Normal", "cardiopulmonary", "auscultation", ".", "Abdomen", "soft", "and", "depressible", ",", "with", "hepatomegaly", "of", "3-4", "finger", "widths", ",", "partially", "painful", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "Rectal", "examination", "of", "the", "rectum", "with", "clean", "fingers", ",", "non-painful", ",", "well-defined", "prostate", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", ",", "peripheral", "pulses", "present", ".", "Papular", "lesions", "on", "the", "sacrolumbar", "spine", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "creatinine", "0", ".", "6", "mg", "/", "dl", ",", "haemoglobin", "8", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "16", ",", "700", "leukocytes", "/", "mm3", ",", "total", "bilirubin", "0", ".", "17", "mg", "/", "dl", ",", "glutamate-pyruvate-transaminase", "11", "IU", "/", "l", ".", "-", "Chest", "X-ray", ":", "no", "abnormalities", ".", "-", "Serology", "for", "hepatitis", "B", "and", "C", "viruses", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "negative", ".", "-", "Lower", "gastrointestinal", "endoscopy", ":", "an", "excrescent", "mass", "was", "observed", "covering", "practically", "the", "entire", "circumference", "of", "the", "ascending", "colon", ",", "without", "allowing", "passage", "of", "the", "colonoscope", ".", "Biopsy", "reported", "moderately", "differentiated", ",", "ulcerated", "adenocarcinoma", ".", "-", "Thoracic-abdominal-pelvic", "CT", "scan", ":", "emphysema", "changes", "without", "lesions", "suggestive", "of", "metastasis", ",", "without", "mediastinal", "adenopathy", "of", "significant", "size", ".", "Tumour", "located", "in", "the", "cecum", "and", "right", "colon", "(", "10", "cm", "long", "section", ")", ",", "with", "areas", "of", "hypoattenuation", "in", "its", "interior", "in", "relation", "to", "necrosis", ".", "Ulceration", "of", "the", "same", ".", "Pericolonic", "fatty", "alteration", "with", "adenopathies", "of", "significant", "size", ".", "In", "the", "left", "renal", "lower", "pole", "there", "is", "an", "infiltrative", "lesion", "of", "approximately", "34", "x", "38", "x", "49", "mm", "with", "loss", "of", "cortico-medullary", "differentiation", ",", "without", "alteration", "of", "the", "perirenal", "fat", "or", "locoregional", "adenopathies", ".", "Liver", ",", "pancreas", ",", "spleen", ",", "adrenal", "and", "right", "kidney", "without", "lesions", ".", "No", "significant", "retroperitoneal", "or", "inguinal", "adenopathies", ".", "For", "better", "characterisation", ",", "the", "following", "tests", "were", "performed", ".", "-", "Uro-CT", "scan", ":", "confirmed", "the", "existence", "of", "a", "tumour", "with", "infiltrative", "growth", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", "affecting", "the", "lower", "calyceal", "group", ".", "Adenopathies", "in", "the", "renal", "hilum", ".", "-", "Urinary", "cytology", "(", "left", "ureter", ")", ":", "suspicious", "for", "low-grade", "papillary", "urothelial", "carcinoma", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "the", "results", "of", "the", "various", "tests", ",", "the", "diagnosis", "was", "made", "as", "follows", ":", "-", "Tumour", "of", "the", "right", "colon", ",", "stage", "T4N2M0", ".", "-", "Tumour", "in", "the", "lower", "pole", "of", "the", "left", "kidney", "with", "infiltrative", "growth", "probably", "related", "to", "a", "T3N2M0", "urinary", "tract", "tumour", ".", "Treatment", "Initially", ",", "a", "right", "colectomy", "by", "laparotomy", "with", "laterolateral", "anastomosis", "was", "performed", "(", "January", "2012", ")", ",", "the", "pathological", "anatomy", "of", "which", "was", "moderately", "differentiated", "adenocarcinoma", "with", "partial", "mucinous", "differentiation", ":", "pT3N1", ".", "One", "month", "later", ",", "a", "laparoscopic", "left", "nephroureterectomy", "was", "performed", ",", "with", "pathological", "findings", "of", "poorly", "differentiated", "transitional", "cell", "carcinoma", ",", "with", "a", "solid", "pattern", ",", "affecting", "the", "renal", "pelvis", "and", "middle", "and", "lower", "calyces", ",", "with", "extension", "to", "the", "renal", "parenchyma", "in", "the", "lower", "pole", ".", "Massive", "neoplastic", "thrombosis", "in", "the", "renal", "vein", "and", "small", "intraparenchymal", "vessels", ",", "with", "resection", "edge", "of", "the", "renal", "vein", "infiltrated", "by", "tumour", ",", "for", "which", "it", "was", "classified", "as", "pT3", ".", "Evolution", "During", "the", "postoperative", "period", "following", "the", "nephroureterectomy", ",", "the", "patient", "presented", "left", "hemiparesis", "and", "strange", "behaviour", "characterised", "by", "physical", "and", "verbal", "disinhibition", ",", "for", "which", "a", "brain", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "which", "revealed", "a", "solitary", "heterogeneous", "lesion", "with", "marked", "vasogenic", "oedema", "located", "in", "the", "posterior", "portion", "of", "the", "right", "frontal", "lobe", "below", "the", "coronal", "suture", ",", "37", "mm", "in", "greatest", "diameter", ",", "which", "caused", "a", "discrete", "subfalcial", "herniation", "with", "herniation", "of", "the", "right", "lateral", "ventricle", ",", "these", "findings", "being", "compatible", "with", "a", "solitary", "right", "frontal", "metastatic", "metastatic", "lesion", ".", "In", "view", "of", "the", "findings", ",", "the", "patient", "was", "referred", "to", "his", "referral", "centre", "for", "surgical", "intervention", "of", "the", "metastasis", ".", "Immunohistochemical", "study", "of", "the", "surgical", "specimens", "(", "colectomy", "and", "nephroureterectomy", ")", "revealed", "loss", "of", "MLH-1", "expression", ",", "with", "partial", "expression", "of", "MSH-2", "and", "MSH-6", ".", "The", "immunohistochemical", "pattern", "of", "the", "urothelial", "tumour", "showed", "an", "aberrant", "phenotypic", "pattern", ":", "CK7", "-", ",", "CK20", "-", ",", "CDX2", "+", ",", "with", "high", "proliferative", "activity", "(", "Ki-67", "70", "%", ")", ",", "without", "neuroendocrine", "differentiation", "(", "chromogranin", "negative", ")", ".", "Likewise", ",", "microscopic", "analysis", "of", "the", "brain", "lesion", "was", "compatible", "with", "metastasis", "of", "undifferentiated", "carcinoma", "of", "intestinal", "origin", "(", "CK7", "-", ",", "CK", "20", "+", ")", ".", "Thanks", "to", "the", "Bethesda", "criteria", "(", "2003", ")", "and", "the", "immunohistochemical", "study", ",", "we", "were", "able", "to", "reach", "a", "definitive", "diagnosis", "of", "Lynch", "syndrome", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 630, "end": 636 }, { "text": "marijuana", "label": "SPECIES", "start": 310, "end": 319 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 648, "end": 654 }, { "text": "paternal uncle", "label": "HUMAN", "start": 659, "end": 673 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 1689, "end": 1717 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4077, "end": 4084 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4631, "end": 4638 } ]

[ "Anamnesis", "A", "59-year-old", "man", "with", "no", "drug", "allergies", ".", "Ex-smoker", "with", "a", "pack-year", "index", "(", "PPI", ")", "of", "15", "and", "active", "ethylism", ".", "Morbid", "obesity", "and", "arterial", "hypertension", ".", "History", "of", "liver", "transplant", "in", "2014", "for", "alcoholic", "cirrhosis", ",", "currently", "on", "immunosuppressive", "treatment", "with", "everolimus", ".", "Oncological", "history", "The", "patient", "debuted", "in", "2014", "with", "a", "hepatic", "lesion", "in", "segment", "V-VIII", "suggestive", "of", "hepatocarcinoma", ".", "He", "underwent", "surgery", "and", "the", "pathology", "study", "suggested", "metastasis", "of", "adenocarcinoma", ",", "with", "positive", "cytokeratin", "7", "and", "negative", "for", "CD10", "and", "hepatocyte", ".", "He", "was", "then", "followed", "up", "with", "six-monthly", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scans", ".", "In", "the", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "(", "May", "/", "2017", ")", ":", "two", "pulmonary", "nodules", ",", "one", "in", "the", "left", "upper", "lobe", "(", "LSI", ")", "and", "one", "in", "the", "right", "upper", "lobe", "(", "LSD", ")", ",", "which", "had", "grown", "with", "respect", "to", "the", "previous", "CT", "scan", ".", "In", "November", "/", "2017", ",", "biopsy", "of", "the", "LSI", "nodule", "was", "frustrated", "due", "to", "its", "small", "size", "and", "poor", "accessibility", ".", "In", "September", "2018", ",", "both", "lesions", "were", "successfully", "biopsied", ".", "The", "LSI", "nodule", "showed", "metastasis", "of", "cholangiocarcinoma", ",", "while", "the", "LSD", "nodule", "showed", "cellular", "atypia", "of", "uncertain", "significance", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "pulmonary", "metastases", "from", "cholangiocarcinoma", ",", "the", "alternatives", ",", "chemotherapy", "versus", "best", "supportive", "care", ",", "as", "well", "as", "the", "desirability", "of", "alcohol", "withdrawal", "and", "adjustment", "of", "immunosuppressive", "therapy", ",", "were", "explained", "to", "the", "patient", ".", "After", "expressing", "his", "desire", "for", "active", "oncological", "treatment", "and", "taking", "into", "account", "that", "he", "is", "an", "immunosuppressed", "patient", "due", "to", "a", "transplant", ",", "gemcitabine", "was", "started", "in", "February", "/", "2019", "at", "a", "dose", "of", "1", ",", "000", "mg", "/", "m2", "biweekly", "with", "the", "intention", "of", "associating", "cisplatin", "if", "there", "was", "good", "tolerance", ".", "She", "presented", "thrombopenia", "and", "grade", "3", "neutropenia", "after", "the", "1st", "cycle", ",", "so", "no", "treatment", "was", "given", "on", "day", "15", "and", "platinum", "was", "not", "considered", ".", "She", "continued", "from", "the", "2nd", "cycle", "with", "doses", "reduced", "by", "20", "%", "and", "received", "the", "4th", "cycle", "in", "May", "2019", ".", "Four", "days", "later", ",", "she", "presented", "with", "diarrhoea", "associated", "with", "pre-renal", "renal", "failure", "and", "required", "hospital", "admission", "on", "09", "/", "05", "/", "2019", ".", "During", "hospitalisation", ",", "the", "result", "of", "the", "stool", "culture", "was", "obtained", ":", "Campylobacter", "jejuni", ",", "for", "which", "he", "was", "kept", "on", "antibiotic", "treatment", "for", "10", "days", "and", "the", "diarrhoea", "resolved", ",", "presenting", "clinical", "improvement", "and", "he", "was", "discharged", ".", "Current", "history", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "on", "24", "/", "05", "/", "2019", "referred", "from", "his", "local", "hospital", "with", "a", "suspected", "diagnosis", "of", "spinal", "cord", "compression", "versus", "brain", "metastasis", ".", "The", "patient", "began", "to", "experience", "progressive", "loss", "of", "strength", ",", "mainly", "in", "the", "lower", "limbs", "(", "MMII", ")", ",", "over", "a", "period", "of", "4", "days", ",", "which", "prevented", "him", "from", "walking", "and", "even", "standing", "upright", ",", "extending", "to", "the", "upper", "limbs", "(", "MMSS", ")", ".", "She", "showed", "no", "sensory", "deficit", ".", "In", "view", "of", "this", "condition", ",", "1", "dose", "of", "corticosteroid", "(", "8", "mg", "IV", "dexamethasone", ")", "was", "administered", "and", "he", "was", "transferred", "to", "our", "hospital", ".", "Physical", "examination", "ECOG", "2", ".", "Orientation", "in", "the", "three", "spheres", ".", "Good", "level", "of", "consciousness", ".", "Preserved", "higher", "functions", ".", "Divergent", "strabismus", "already", "known", "since", "childhood", "(", "denies", "diplopia", ")", ",", "normal", "eye", "movements", ",", "no", "campimetric", "defects", "by", "confrontation", ".", "Facial", "centred", ",", "normal", "lower", "pairs", "(", "symmetrical", "palatal", "pillars", ",", "uvula", "centred", ",", "XII", "pair", "without", "alterations", ")", ".", "Symmetrical", "distal", "predominant", "tetraparesis", "with", "greater", "involvement", "of", "MMII", ".", "Muscle", "balance", ",", "in", "MMSS", ":", "4", "/", "5", "proximal", "and", "2", "/", "5", "distal", ";", "MMII", ":", "1", "/", "5", "proximal", "and", "1", "/", "5", "distal", ".", "Lassegue", "positive", "and", "bilateral", ".", "No", "sensory", "involvement", ".", "Universal", "arreflexia", ".", "Indifferent", "cutaneous", "plantar", "reflex", "(", "CPR", ")", ".", "No", "dorsolumbar", "pain", ".", "Complementary", "tests", "\"", "CBC", ":", "normal", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "(", "except", "fibrinogen", "887", ")", ".", "\"", "Chest", "X-ray", ":", "pulmonary", "nodules", "already", "described", "in", "previous", "reports", ".", "\"", "Emergency", "cranioencephalic", "CT", "scan", ":", "no", "pathological", "findings", ".", "Diagnosis", "Acute", "demyelinating", "polyradiculopathy", "or", "Guillain-Barré", "syndrome", "(", "GBS", ")", "in", "an", "immunosuppressed", "patient", "with", "a", "history", "of", "Campylobacter", "jejuni", "infection", ".", "He", "was", "classified", "as", "the", "subtype", "of", "GBS", ":", "acute", "axonal", "motor", "neuropathy", "(", "AMAN", ")", ".", "Treatment", "He", "was", "admitted", "for", "treatment", "with", "IV", "immunoglobulins", "and", "was", "under", "close", "surveillance", "due", "to", "the", "possibility", "of", "disease", "progression", "and", "respiratory", "muscle", "involvement", ".", "Evolution", "Lumbar", "puncture", "was", "performed", ",", "obtaining", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "with", "anodyne", "characteristics", "(", "without", "albumin-cytological", "dissociation", ")", ".", "However", ",", "the", "picture", "is", "highly", "suggestive", "of", "demyelinating", "polyradiculopathy", "(", "tetraparesis", "with", "universal", "areflexia", ",", "preceded", "by", "Campylobacter", "jejuni", "infection", ")", ",", "and", "without", "data", "suggesting", "spinal", "cord", "injury", "since", "there", "is", "no", "sensory", "level", ".", "Neurophysiological", "studies", "were", "completed", "(", "29", "/", "05", "/", "2019", ")", "with", "electromyography", "(", "EMG", ")", "and", "electroneurography", "(", "ENG", ")", ",", "which", "were", "compatible", "with", "acute", "axonal", "polyradiculoneuritis", "with", "a", "clear", "motor", "predominance", ".", "The", "patient", "was", "treated", "for", "5", "days", "with", "IV", "immunoglobulins", ",", "the", "evolution", "was", "slow", "but", "favourable", ",", "with", "progressive", "increase", "in", "muscle", "strength", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 304, "end": 311 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1352, "end": 1359 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1477, "end": 1484 }, { "text": "Campylobacter jejuni", "label": "SPECIES", "start": 2097, "end": 2117 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2443, "end": 2450 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 2983, "end": 2992 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3835, "end": 3842 }, { "text": "Campylobacter jejuni", "label": "SPECIES", "start": 3861, "end": 3881 }, { "text": "Campylobacter jejuni", "label": "SPECIES", "start": 4432, "end": 4452 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4756, "end": 4763 } ]

[ "The", "patient", "and", "her", "environment", "Alba", "Vargas", "first", "consulted", "our", "mental", "health", "team", "at", "the", "age", "of", "28", ".", "She", "had", "had", "previous", "sporadic", "contact", "with", "mental", "health", "professionals", ",", "at", "the", "ages", "of", "15", "and", "17", ",", "for", "parasuicidal", "behaviour", "through", "the", "use", "of", "medication", ".", "She", "was", "the", "third", "of", "seven", "siblings", ".", "She", "had", "lived", "for", "years", "independently", "from", "her", "family", ",", "alone", "or", "with", "a", "partner", ",", "although", "in", "the", "year", "prior", "to", "the", "first", "consultation", "she", "returned", "to", "the", "family", "home", ".", "She", "had", "a", "permanent", "job", "as", "a", "manager", "in", "a", "furniture", "shop", ".", "No", "relevant", "medical", "history", ".", "Pre-morbid", "personality", "with", "introversion", "traits", ",", "which", "the", "patient", "expresses", "by", "saying", ":", "\"", "it", "is", "difficult", "for", "me", "to", "open", "up", "to", "people", "\"", ".", "The", "anamnesis", "shows", "persistent", "traumatic", "life", "events", "during", "childhood", "and", "adolescence", ",", "as", "well", "as", "restrictive", "eating", "behaviour", "without", "a", "diagnosis", "of", "anorexia", "nervosa", ".", "The", "father", "has", "probable", "untreated", "alcohol", "dependence", ".", "Substance", "use", "She", "has", "been", "a", "hashish", "user", "since", "adolescence", ".", "In", "the", "ten", "years", "prior", "to", "the", "first", "consultation", ",", "and", "during", "the", "six", "years", "of", "psychiatric", "follow-up", ",", "she", "consumed", "hashish", "daily", ",", "usually", "at", "least", "three", "joints", "a", "day", ".", "Consumption", "was", "preferably", "at", "the", "end", "of", "the", "day", "in", "search", "of", "an", "anxiolytic", "and", "sleep-inducing", "effect", ".", "After", "motivational", "treatment", ",", "he", "remained", "abstinent", "for", "fifteen", "months", ".", "The", "four", "psychotic", "episodes", "described", "below", "were", "preceded", "by", "two", "to", "four", "weeks", "of", "heavy", "hashish", "use", "(", "more", "than", "fifteen", "joints", "a", "day", ")", ",", "which", "the", "patient", "smoked", "in", "isolation", "in", "her", "room", ".", "She", "consumed", "no", "other", "intoxicants", ",", "except", "for", "occasional", "alcohol", "and", "moderate", "amounts", "of", "coffee", "and", "tobacco", ".", "Clinical", "course", "and", "treatment", "-", "28", "years", ":", "First", "psychotic", "episode", ",", "hallucinatory-delusional", ",", "followed", "by", "post-psychotic", "depression", "and", "total", "remission", ".", "At", "the", "time", "of", "the", "first", "consultation", ",", "she", "reported", "that", "for", "more", "than", "six", "months", "\"", "the", "television", "has", "been", "talking", "about", "me", "\"", ".", "At", "that", "time", ",", "verbal", "hallucinations", "were", "observed", "for", "several", "hours", "a", "day", ",", "self-referential", "delusional", "perception", "and", "slight", "affective", "dullness", ".", "She", "had", "no", "formal", "thought", "disorders", ",", "no", "awareness", "of", "illness", ",", "was", "euthymic", "and", "had", "moderate", "anxiety", "reactive", "to", "psychotic", "phenomena", ".", "Treatment", "with", "risperidone", "(", "6", "mg", "/", "day", ")", "was", "started", ",", "after", "which", "the", "positive", "symptoms", "rapidly", "disappeared", ".", "In", "the", "following", "six", "months", ",", "mild", "extrapyramidalism", ",", "weight", "gain", "of", "8", "kg", "and", "depressed", "mood", "appeared", ".", "The", "dose", "of", "risperidone", "was", "reduced", "to", "3", "mg", "/", "day", "and", "treatment", "with", "citalopram", "(", "20", "mg", "/", "day", ")", "was", "started", ",", "which", "the", "patient", "discontinued", "after", "two", "months", ".", "Nine", "months", "after", "the", "first", "consultation", "she", "is", "asymptomatic", ",", "with", "no", "positive", ",", "negative", "or", "affective", "symptoms", ".", "She", "has", "had", "amenorrhoea", "for", "7", "months", ".", "-", "30", "years", ":", "Second", "psychotic", "episode", ",", "hallucinatory-delusional", ",", "with", "total", "remission", ".", "Two", "and", "a", "half", "years", "after", "the", "first", "episode", "she", "is", "still", "asymptomatic", "and", "working", "normally", "and", "is", "maintained", "on", "2", "mg", "/", "day", "of", "risperidone", ".", "She", "has", "undergone", "psychotherapy", "for", "six", "months", ",", "seeking", "better", "coping", "with", "interpersonal", "conflicts", ",", "and", "has", "psychological", "consultations", "on", "demand", ".", "He", "has", "a", "new", "acute", "psychotic", "episode", "with", "intense", "auditory", "and", "visual", "hallucinations", ".", "According", "to", "the", "family", ",", "he", "has", "spent", "two", "weeks", "practically", "without", "leaving", "his", "room", ",", "where", "he", "smokes", "hashish", "continuously", "throughout", "the", "day", ".", "This", "second", "psychotic", "episode", "ceased", "completely", "within", "a", "week", "after", "increasing", "the", "dose", "of", "risperidone", "to", "6", "mg", "/", "day", "with", "the", "addition", "of", "loracepam", "(", "5", "mg", "/", "day", ")", ".", "The", "patient", "is", "then", "strongly", "advised", "to", "stop", "using", "cannabis", ".", "-", "31", "years", ":", "Third", "psychotic", "episode", ",", "disorganised", ",", "with", "total", "remission", ".", "She", "is", "again", "asymptomatic", "for", "ten", "months", ",", "although", "she", "has", "requested", "leave", "from", "her", "job", ".", "She", "has", "a", "third", "acute", "psychotic", "episode", "with", "significant", "language", "and", "behavioural", "disorganisation", ".", "It", "was", "confirmed", "that", "she", "had", "abandoned", "treatment", "and", "had", "increased", "her", "consumption", "of", "hashish", ".", "She", "was", "admitted", "and", "her", "symptoms", "completely", "resolved", "within", "a", "few", "days", ".", "-", "32", "years", "old", ":", "Transitory", "withdrawal", ".", "Four", "and", "a", "half", "years", "after", "the", "first", "acute", "psychotic", "episode", ",", "she", "began", "cannabis", "withdrawal", "in", "outpatient", "therapeutic", "groups", ".", "She", "is", "totally", "asymptomatic", ",", "on", "treatment", "with", "long-term", "injectable", "risperidone", "(", "50", "mg", "every", "15", "days", ")", ".", "Back", "to", "work", ".", "Remains", "totally", "abstinent", "from", "cannabis", "use", "for", "15", "months", ".", "-", "34", "years", ":", "Relapse", "in", "use", ".", "The", "family", "reports", "that", "the", "patient", "has", "started", "smoking", "hashish", "again", ".", "She", "is", "going", "through", "a", "period", "of", "emotional", "problems", ".", "The", "patient", "confirms", "that", "she", "has", "gone", "back", "to", "smoking", "two", "or", "three", "joints", "at", "night", "\"", "to", "sleep", "well", "and", "be", "calm", "after", "work", "\"", "as", "she", "has", "problems", "with", "her", "current", "partner", ".", "Her", "speech", "is", "discreetly", "slowed", "down", "and", "she", "has", "slight", "hypomimia", ".", "However", ",", "she", "remains", "free", "of", "signs", "of", "psychotic", "symptoms", "for", "14", "months", ".", "He", "is", "well", "maintained", "on", "long-term", "injectable", "risperidone", "treatment", "(", "50", "mg", "every", "15", "days", ")", ".", "-", "35", "years", ":", "Fourth", "psychotic", "episode", "and", "suicide", ".", "A", "moderate", "tendency", "to", "paranoid", "thinking", "reappears", ",", "with", "slight", "disintegration", "of", "thought", ".", "Bizarre", "mimic", "expressiveness", "(", "eyes", "wide", "open", "and", "eyebrows", "raised", "during", "verbal", "expression", ")", ".", "The", "patient", "confirms", "that", "she", "has", "resumed", "heavy", "hashish", "use", ".", "Depot", "treatment", "is", "administered", ".", "Two", "weeks", "later", "she", "has", "improved", "significantly", "and", "is", "euthymic", ".", "One", "week", "later", "she", "commits", "suicide", "by", "hanging", "in", "a", "context", "suggesting", "hours", "of", "planning", "and", "probable", "confusional-oniric", "symptoms", "prior", "to", "suicide", ".", "Diagnosis", "and", "differential", "diagnosis", ".", "Throughout", "the", "course", "of", "the", "evolution", ",", "repeated", "analytical", "studies", "were", "carried", "out", ",", "which", "were", "normal", ",", "EEG", "normal", ".", "Urine", "toxicity", "tests", "were", "positive", "for", "cannabis", "on", "several", "occasions", ",", "and", "negative", "for", "other", "substances", ".", "At", "the", "age", "of", "31", ",", "while", "she", "was", "asymptomatic", ",", "a", "neuropsychological", "study", "was", "carried", "out", ",", "which", "is", "summarised", "in", "Table", "1", ".", "Due", "to", "the", "close", "temporal", "relationship", "between", "the", "increase", "in", "hashish", "consumption", "and", "the", "appearance", "of", "psychotic", "episodes", ",", "together", "with", "the", "rapid", "and", "total", "remission", "of", "symptoms", "after", "treatment", ",", "the", "DSM-IV-TR", "diagnosis", "of", "(", "F12", ".", "52", ")", "cannabis-induced", "psychotic", "disorder", "with", "hallucinations", "was", "made", ".", "The", "episode", "with", "transient", "depressive", "symptoms", "that", "appeared", "after", "the", "first", "psychotic", "episode", "led", "to", "the", "suspicion", "of", "a", "development", "towards", "a", "schizoaffective", "disorder", ",", "which", "was", "not", "confirmed", "in", "the", "following", "years", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 341, "end": 347 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 447, "end": 453 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 284, "end": 292 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 365, "end": 372 }, { "text": "mental health team", "label": "HUMAN", "start": 64, "end": 82 }, { "text": "mental health professionals", "label": "HUMAN", "start": 144, "end": 171 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 757, "end": 768 }, { "text": "people", "label": "HUMAN", "start": 674, "end": 680 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 743, "end": 752 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 607, "end": 614 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 855, "end": 861 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 954, "end": 965 }, { "text": "coffee", "label": "SPECIES", "start": 1582, "end": 1588 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1452, "end": 1459 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 1593, "end": 1600 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2480, "end": 2487 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3479, "end": 3487 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3144, "end": 3150 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3432, "end": 3439 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4033, "end": 4041 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4235, "end": 4243 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 4296, "end": 4302 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4320, "end": 4327 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4420, "end": 4427 }, { "text": "partner", "label": "HUMAN", "start": 4576, "end": 4583 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5053, "end": 5060 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 5549, "end": 5557 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 5971, "end": 5979 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Cough", ".", "Individual", "approach", "(", "anamnesis", ",", "examination", ",", "complementary", "tests", ")", ".", "Personal", "history", ":", "-", "Possible", "allergy", "to", "metamizole", ",", "NSAIDs", "and", "clavulanic", "acid", "not", "documented", ".", "-", "Toxic", "habits", ":", "Ex-smoker", "until", "2004", ".", "-", "Cardiovascular", "risk", "factors", ":", "High", "blood", "pressure", "treated", "with", "amlodipine", "and", "furosemide", ".", "-", "COPD", "stage", "B", "of", "the", "GOLD", ".", "-", "Stage", "4", "chronic", "kidney", "disease", ".", "-", "Colon", "carcinoma", "treated", "with", "right", "hemicolectomy", "in", "2007", ".", "-", "High-grade", "infiltrating", "papillary", "urothelial", "carcinoma", ",", "operated", "by", "TUR", "in", "2012", ".", "Since", "then", ",", "permanent", "bladder", "catheterisation", ".", "Recurrent", "episodes", "of", "urinary", "sepsis", ".", "Local", "neoplastic", "recurrence", ".", "-", "Family", "history", "of", "no", "interest", ".", "-", "Usual", "treatment", ":", "Omeprazole", "20mg", "every", "24", "hours", ",", "Furosemide", "40mg", "every", "24", "hours", ",", "Amlodipine", "5mg", "every", "24", "hours", ",", "Atrovent", "every", "8", "hours", ",", "Budesonide", "every", "12", "hours", ",", "Diazepam", "5mg", "at", "night", "and", "Tramadol", "/", "paracetamol", "every", "8", "hours", "if", "pain", ".", "Physical", "examination", ":", "87", "years", "old", ".", "Acceptable", "general", "condition", ".", "Conscious", ",", "oriented", "and", "cooperative", ".", "Well", "hydrated", "and", "perfused", ".", "Normal", "colour", ".", "Eupneic", "at", "rest", "and", "speech", ".", "Afebrile", ".", "He", "has", "been", "distressed", "by", "his", "state", "of", "health", "since", "the", "last", "admission", ",", "as", "he", "has", "presented", "a", "significant", "deterioration", ".", "Acceptable", "pain", "control", ".", "Cardio-respiratory", "auscultation", ":", "rhythmic", "tones", ",", "no", "murmurs", "at", "a", "good", "frequency", ".", "Bladder", "murmur", "preserved", "with", "transmitted", "noises", "from", "the", "upper", "airways", ",", "with", "no", "other", "audible", "noises", ".", "Abdomen", "globular", ",", "soft", "and", "depressible", ",", "slightly", "painful", "on", "palpation", "in", "the", "hypogastrium", ",", "without", "defence", "or", "other", "signs", "of", "peritonism", ".", "No", "masses", "or", "megaliths", "palpable", ".", "No", "ascites", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Family", "and", "Community", "Approach", "The", "patient", "lives", "with", "a", "caregiver", "and", "has", "8", "children", "who", "visit", "him", "frequently", ".", "Among", "his", "children", "there", "is", "no", "agreement", "regarding", "the", "patient", "'", "s", "care", ",", "as", "they", "have", "not", "all", "assimilated", "the", "prognosis", "of", "his", "disease", "in", "the", "same", "way", ".", "He", "was", "last", "admitted", "1", "month", "ago", "for", "sepsis", "of", "urinary", "origin", ".", "Since", "discharge", ",", "we", "have", "made", "scheduled", "home", "visits", "every", "2", "days", "due", "to", "his", "high", "comorbidity", "and", "the", "presence", "of", "frequent", "pyuria", "every", "time", "he", "finishes", "a", "course", "of", "antibiotics", ",", "in", "order", "to", "prevent", "further", "complications", ".", "The", "patient", "had", "deteriorated", "after", "admission", "but", "had", "an", "acceptable", "quality", "of", "life", "and", "remained", "clinically", "stable", ".", "His", "family", "was", "very", "demanding", "in", "terms", "of", "the", "patient", "'", "s", "medical", "care", ".", "Clinical", "judgement", "(", "list", "of", "problems", ",", "referral", "diagnosis", ")", "Upper", "respiratory", "tract", "cold", ".", "Action", "plan", "We", "started", "treatment", "with", "acetylcysteine", "and", "paracetamol", ",", "in", "addition", "to", "maintaining", "his", "inhalers", ".", "We", "assessed", "the", "patient", "again", "the", "following", "day", "when", "one", "of", "his", "daughters", "phoned", "us", "to", "report", "a", "lack", "of", "improvement", ".", "When", "we", "went", "to", "assess", "him", ",", "we", "found", "no", "change", "from", "the", "previous", "day", ".", "He", "still", "had", "no", "fever", ".", "Evolution", "The", "morning", "after", "our", "second", "visit", ",", "the", "patient", "began", "to", "run", "a", "fever", "and", "his", "family", "decided", "to", "take", "him", "to", "hospital", "for", "assessment", ".", "Several", "complementary", "tests", "were", "performed", ".", "Blood", "tests", "showed", "Hb", "11", ".", "5", "g", "/", "dl", ";", "Leukocytes", "20000", ";", "Neutrophils", "94", "%", ";", "Platelets", "520000", ";", "Creatinine", "4", ",", "895", "mg", "/", "dl", ";", "Urea", "186", "mg", "/", "dl", ";", "Sodium", "120", "mEq", "/", "L", ";", "Potassium", "6", ",", "2", "mEq", "/", "L", "(", "haemolyzed", "serum", ")", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "condensation", "image", "in", "the", "upper", "third", "of", "the", "right", "hemithorax", ".", "Influenza", "PCR", "was", "negative", "for", "influenza", "A", "and", "B", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "community-acquired", "pneumonia", "and", "admitted", "to", "the", "observation", "area", ".", "He", "had", "a", "poor", "evolution", "during", "the", "next", "24", "hours", "after", "admission", ",", "with", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "level", "of", "consciousness", "and", "increased", "work", "of", "breathing", ".", "The", "family", "was", "warned", "of", "the", "poor", "short-term", "prognosis", "and", "he", "eventually", "died", ".", "The", "next", "day", "one", "of", "his", "daughters", "called", "us", "at", "the", "surgery", "to", "tell", "us", "the", "news", ".", "She", "was", "angry", "and", "reproached", "us", "for", "not", "having", "noticed", "the", "condition", "earlier", ".", "We", "told", "her", "how", "upset", "we", "were", "about", "the", "development", "and", "tried", "to", "be", "sympathetic", "to", "the", "situation", ".", "However", ",", "we", "could", "not", "help", "but", "be", "left", "with", "a", "very", "bad", "feeling", "about", "what", "had", "happened", "given", "the", "extensive", "attention", "and", "dedication", "we", "had", "given", "to", "the", "patient", "when", "it", "was", "necessary", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 99, "end": 107 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 644, "end": 650 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1669, "end": 1675 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2331, "end": 2337 }, { "text": "caregiver", "label": "HUMAN", "start": 1724, "end": 1733 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1744, "end": 1752 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 1789, "end": 1797 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1703, "end": 1710 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1834, "end": 1841 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2216, "end": 2223 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2373, "end": 2380 }, { "text": "daughters", "label": "HUMAN", "start": 2662, "end": 2671 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2614, "end": 2621 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2896, "end": 2902 } ]

[ "Anamnesis", "61-year-old", "female", ",", "ex-smoker", "with", "a", "pack-year", "index", "of", "10", ",", "with", "no", "other", "personal", "or", "family", "history", "of", "interest", ".", "She", "started", "the", "study", "in", "October", "2015", ",", "after", "a", "routine", "blood", "test", "showed", "an", "alteration", "in", "the", "liver", "profile", ".", "The", "patient", "was", "initially", "asymptomatic", ",", "developing", "jaundice", "as", "the", "only", "sign", "of", "the", "disease", "during", "the", "study", ".", "Physical", "examination", "On", "physical", "examination", ",", "she", "was", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "good", "general", "condition", ".", "Conjunctival", "jaundice", "was", "present", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "was", "normal", ".", "Abdomen", "was", "not", "painful", "on", "deep", "palpation", ",", "with", "no", "masses", "or", "visceromegaly", ".", "Lower", "limbs", "without", "alterations", ".", "No", "palpable", "adenopathies", "or", "other", "noteworthy", "findings", ".", "Complementary", "tests", "Admission", "to", "the", "Digestive", "Department", "was", "requested", "for", "a", "study", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "bilirubin", "2", ".", "4", "mg", "/", "dl", ",", "AST", "729", "U", "/", "l", ",", "ALT", "1286", "U", "/", "l", ",", "GGT", "1", ",", "848", "U", "/", "l", ",", "negative", "serology", "for", "hepatotropic", "viruses", "and", "Ca", "19", ".", "9", "of", "77", "U", "/", "ml", ".", "Imaging", "tests", "included", "an", "abdominal", "ultrasound", "(", "02", "/", "10", "/", "2015", ")", ",", "which", "showed", "thickening", "of", "the", "pancreatic", "head", "with", "a", "hypoechogenic", "area", "of", "3", ",", "5", "cm", "and", "dilatation", "of", "intra", "-", "and", "extrahepatic", "bile", "ducts", "and", "a", "chest-abdomen-pelvis", "computed", "tomography", "(", "CT-CTAP", ")", "(", "14", "/", "10", "/", "2015", ")", "which", "showed", "an", "ill-defined", "pancreatic", "head", "lesion", ",", "encompassing", "superior", "mesenteric", "artery", "and", "vein", "and", "spleno-porto-mesenteric", "axis", "together", "with", "multiple", "unspecific", "pulmonary", "micronodules", ".", "Upper", "endoscopy", "was", "performed", "suggesting", "infiltration", "of", "the", "superior", "mesenteric", "artery", "and", "vein", ",", "and", "a", "sample", "of", "the", "pancreatic", "lesion", "was", "taken", ".", "The", "biopsy", "was", "non-diagnostic", ",", "as", "was", "a", "second", "biopsy", "also", "performed", "by", "echoendoscopy", ",", "so", "a", "surgical", "biopsy", "was", "finally", "performed", "by", "laparoscopy", "on", "23", "/", "11", "/", "2015", ".", "The", "anatomopathological", "diagnosis", "was", "well-differentiated", "pancreatic", "adenocarcinoma", ".", "With", "regard", "to", "the", "pulmonary", "nodules", ",", "an", "aetiological", "study", "was", "performed", "to", "rule", "out", "autoimmune", "or", "infectious", "diseases", "and", "/", "or", "distant", "dissemination", "of", "the", "disease", ",", "including", "bronchoscopy", "with", "lavage", "and", "transbronchial", "biopsy", ",", "without", "reaching", "a", "diagnosis", ".", "In", "the", "absence", "of", "any", "other", "cause", ",", "despite", "negative", "biopsy", "results", ",", "they", "were", "assumed", "to", "be", "metastatic", ".", "Due", "to", "bile", "duct", "obstruction", ",", "biliary", "stenting", "was", "performed", "by", "interventional", "radiology", ".", "Diagnosis", "With", "a", "diagnosis", "of", "metastatic", "pancreatic", "adenocarcinoma", ",", "cT4", "Nx", "M1", ",", "stage", "IV", ",", "she", "was", "referred", "to", "medical", "oncology", "for", "evaluation", "of", "systemic", "treatment", ".", "Treatment", "She", "started", "1st", "line", "treatment", "with", "FOLFIRINOX", ",", "completing", "15", "cycles", "with", "good", "tolerance", "except", "for", "grade", "1", "neurotoxicity", ",", "and", "sustained", "afebrile", "neutropenia", "that", "made", "it", "necessary", "to", "delay", "treatment", "on", "several", "occasions", ",", "so", "oxaliplatin", "was", "finally", "withdrawn", "after", "the", "10th", "cycle", "(", "2", ")", ".", "Re-evaluation", "tests", "showed", "a", "partial", "response", "of", "the", "pancreatic", "lesion", "with", "no", "changes", "in", "the", "pulmonary", "micronodules", "and", "a", "negative", "tumour", "marker", ",", "and", "therefore", ",", "considering", "that", "pulmonary", "disease", "could", "not", "be", "confirmed", ",", "the", "case", "was", "assessed", "by", "the", "multidisciplinary", "committee", "and", "it", "was", "decided", "to", "perform", "external", "irradiation", "by", "intensity", "modulated", "radiotherapy", "(", "IMRT", ")", "with", "a", "dose", "of", "60", "Grey", "(", "Gy", ")", "on", "the", "primary", "tumour", "and", "49", ".", "8", "Gy", "on", "the", "draining", "lymph", "node", "areas", "with", "concomitant", "chemotherapy", "treatment", "with", "capecitabine", "(", "825", "mg", "/", "m2", "/", "12", "h", "for", "28", "days", ")", ",", "ending", "in", "October", "2016", ".", "Evolution", "In", "November", "2016", ",", "pulmonary", "progression", "with", "Ca", "19", ".", "9", "elevation", "was", "observed", ".", "The", "study", "of", "lung", "involvement", "was", "repeated", "with", "bronchoscopy", "without", "being", "able", "to", "histologically", "demonstrate", "metastatic", "involvement", "and", ",", "again", ",", "with", "negative", "tests", "for", "autoimmune", "and", "infectious", "diseases", ".", "Given", "the", "good", "response", "and", "tolerance", "to", "previous", "treatment", ",", "it", "was", "decided", "to", "restart", "treatment", "with", "FOLFIRI", ",", "having", "interrupted", "it", "in", "a", "situation", "of", "disease", "control", ".", "After", "9", "cycles", ",", "in", "April", "2017", ",", "new", "pulmonary", "progression", "was", "observed", "and", "treatment", "with", "gemcitabine", "+", "nab-paclitaxel", "was", "started", ",", "with", "stable", "disease", "and", "a", "decrease", "in", "the", "marker", "after", "3", "cycles", ".", "After", "the", "4th", "cycle", ",", "nab-paclitaxel", "was", "discontinued", "due", "to", "grade", "3", "distal", "sensory", "neuropathy", ",", "continuing", "with", "gemcitabine", "monotherapy", "until", "completing", "9", "cycles", ".", "In", "February", "2018", ",", "a", "further", "worsening", "of", "bilateral", "pulmonary", "metastatic", "involvement", "was", "observed", "with", "further", "dilatation", "of", "the", "duct", "of", "Wirsung", ",", "suggesting", "radiological", "worsening", ".", "As", "the", "patient", "was", "clinically", "asymptomatic", ",", "she", "started", "treatment", "with", "FOLFOX", "again", "after", "improvement", "of", "the", "neuropathy", "to", "grade", "1", "in", "the", "previous", "months", ",", "starting", "with", "lower", "doses", "of", "oxaliplatin", "to", "assess", "tolerance", "to", "it", ".", "In", "March", "2018", ",", "after", "completing", "2", "cycles", "of", "treatment", "with", "good", "tolerance", ",", "without", "neurotoxicity", ",", "she", "visited", "the", "emergency", "department", "for", "dyspnoea", "on", "moderate", "exertion", "and", "fever", ".", "Physical", "examination", "revealed", "crackles", "in", "both", "lung", "bases", "and", "saturation", "of", "85", "%", "without", "oxygen", "therapy", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "no", "abnormalities", ",", "with", "no", "elevation", "of", "acute", "phase", "reactants", ".", "An", "urgent", "CT", "scan", "of", "the", "lung", "parenchyma", "showed", "a", "similar", "number", "and", "distribution", "of", "multiple", "bilateral", "nodular", "lesions", ",", "associated", "with", "a", "ground-glass", "pattern", ",", "especially", "in", "the", "bases", "where", "areas", "of", "consolidation", "had", "appeared", "bilaterally", ",", "initially", "suggestive", "of", "infectious-inflammatory", "changes", "or", "drug", "toxicity", ".", "Treatment", "was", "started", "empirically", "with", "meropenem", "and", "trimethoprim", "/", "sulfamethoxazole", ",", "as", "well", "as", "antifungal", "and", "corticosteroid", "treatment", "due", "to", "possible", "toxicity", "of", "the", "chemotherapy", ".", "Bronchoscopy", "was", "performed", "with", "sampling", "for", "microbiological", "cultures", ",", "which", "were", "negative", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "showed", "an", "inverted", "CD4", "/", "CD8", "and", "a", "high", "percentage", "of", "neutrophils", ".", "In", "addition", ",", "a", "biopsy", "was", "performed", ",", "with", "a", "positive", "result", "for", "adenocarcinoma", "of", "pancreatic", "origin", ".", "During", "admission", ",", "she", "showed", "progressive", "improvement", ".", "She", "was", "assessed", "by", "the", "Infectious", "Medicine", "department", ",", "who", "recommended", "withdrawal", "of", "antibiotics", ",", "considering", "the", "suspicion", "of", "an", "infectious", "aetiology", "to", "be", "low", ".", "From", "the", "oncological", "point", "of", "view", ",", "despite", "this", "being", "the", "first", "time", "that", "a", "positive", "result", "for", "adenocarcinoma", "had", "been", "obtained", "in", "the", "bronchial", "biopsy", ",", "it", "was", "considered", "unlikely", "that", "the", "acute", "consolidating", "and", "interstitial", "changes", "were", "secondary", "to", "tumour", "progression", "and", "it", "was", "decided", "to", "continue", "with", "steroid", "treatment", "with", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "pharmacological", "toxicity", ".", "The", "patient", "was", "receiving", "treatment", "with", "corticosteroids", "in", "a", "descending", "dosage", "until", "they", "were", "completely", "withdrawn", ",", "with", "marked", "clinical", "improvement", ",", "and", "is", "currently", "without", "dyspnoea", ",", "cough", "or", "respiratory", "insufficiency", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 28 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 96, "end": 102 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 237, "end": 244 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 84, "end": 92 }, { "text": "hepatotropic viruses", "label": "SPECIES", "start": 887, "end": 907 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4281, "end": 4288 }, { "text": "antifungal", "label": "SPECIES", "start": 5276, "end": 5286 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6249, "end": 6256 } ]

[ "Obese", "44-year-old", "male", ",", "with", "no", "other", "known", "cardiovascular", "risk", "factors", ",", "ex-addict", "to", "inhaled", "drugs", "for", "10", "years", "and", "ex-drinker", "for", "a", "year", ",", "with", "no", "current", "toxic", "habits", "and", "a", "history", "of", "enolic", "pancreatitis", "in", "2006", ".", "He", "has", "been", "living", "in", "a", "drug", "rehabilitation", "centre", "for", "the", "last", "year", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "three", "days", "of", "intense", "cough", "with", "purulent", "expectoration", ",", "fever", "of", "41oC", "with", "\"", "shivering", "\"", "and", "liquid", "stools", ".", "Hours", "before", "coming", "to", "the", "hospital", ",", "she", "began", "to", "experience", "progressive", "dyspnoea", ",", "haemoptysis", "and", "haematuria", ".", "Physical", "examination", "on", "arrival", "revealed", "poor", "general", "condition", ",", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "mucocutaneous", "pallor", "and", "intense", "respiratory", "work", ".", "Saturation", "of", "98", "%", "with", "high-flow", "CPAP", "and", "blood", "pressure", "of", "220", "/", "130", "mmHg", ".", "On", "auscultation", "he", "is", "tachycardic", "and", "the", "vesicular", "murmur", "is", "diminished", "with", "generalised", "crackles", "in", "both", "lung", "fields", ".", "There", "were", "no", "other", "findings", "of", "interest", "on", "examination", ".", "Empirical", "antibiotic", "therapy", "was", "started", "with", "cefotaxime", "(", "2", "g", "intravenous", "-", "IV", "-", "every", "6", "hours", ")", "and", "levofloxacin", "(", "500", "mg", "IV", "every", "12", "hours", ")", "with", "the", "aim", "of", "covering", "the", "most", "frequent", "microorganisms", "causing", "community-acquired", "pneumonia", "(", "CAP", ")", "and", "serum", "therapy", ".", "Serial", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "urine", "tests", "for", "pneumococcal", "and", "Legionella", "antigens", "were", "requested", ".", "The", "first", "laboratory", "tests", "revealed", "previously", "unknown", "renal", "failure", ",", "thrombopenia", ",", "lymphopenia", "and", "alterations", "in", "basic", "coagulation", "parameters", "(", "see", "table", "1", ")", ".", "The", "initial", "chest", "X-ray", "(", "CXR", ")", "showed", "a", "bilateral", "alveolar", "pulmonary", "infiltrate", ",", "nodular", "in", "appearance", "at", "the", "left", "paracardial", "level", ",", "with", "bilateral", "posterobasal", "impingement", "and", "retrosternal", "air", "trapping", "in", "the", "lateral", "projection", ".", "After", "the", "initial", "measures", ",", "the", "patient", "deteriorated", ",", "hypotension", "appeared", ",", "increased", "hypoxaemia", "and", "he", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "where", "he", "required", "orotracheal", "intubation", "(", "OTI", ")", ".", "After", "OTI", ",", "several", "bronchial", "aspirate", "samples", "(", "BAS", ")", "are", "taken", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "patient", "is", "admitted", "with", "sepsis", "due", "to", "CAP", ".", "The", "main", "microorganisms", "causing", "CAP", "are", ":", "-", "Streptococcus", "pneumoniae", ":", "microorganism", "that", "mainly", "causes", "pneumonia", ",", "although", "it", "can", "cause", "infections", "at", "other", "levels", "(", "primary", "peritonitis", "in", "cirrhotic", "patients", "with", "renal", "disease", ",", "meningitis", ",", "etc", ".", ")", ".", "-", "Haemophilus", "influenzae", ":", "its", "incidence", "has", "decreased", "following", "the", "introduction", "of", "vaccination", "against", "type", "b", ",", "but", "it", "should", "be", "suspected", "in", "elderly", "patients", "or", "those", "with", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", "(", "COPD", ")", ".", "-", "Escherichia", "coli", "and", "Klebsiella", "pneumoniae", ":", "can", "be", "found", ",", "like", "others", ",", "colonising", "the", "pharynx", "of", "elderly", "people", ",", "cirrhotics", ",", "diabetes", "mellitus", ",", "chronic", "kidney", "disease", ",", "malnutrition", "or", "active", "neoplasia", ".", "-", "Coxiella", "burnetii", ":", "to", "be", "suspected", "in", "patients", "exposed", "to", "animals", "(", "cattle", ",", "rodents", ",", "birds", "or", "tick", "bites", ")", "in", "endemic", "areas", ".", "In", "the", "case", "of", "severe", "CAP", ",", "such", "as", "the", "one", "presented", "by", "our", "patient", ",", "we", "should", "also", "think", "of", ":", "-", "Staphylococcus", "aureus", ":", "especially", "if", "there", "is", "any", "type", "of", "immunosuppression", "(", "alcoholics", ",", "diabetics", ",", "parenteral", "drug", "users", ",", "traumatic", "brain", "injury", ",", "influenza", "virus", "infection", "or", "OTI", ")", ",", "although", "cases", "have", "been", "described", "in", "previously", "healthy", "patients", ".", "Panton-Valentine", "leukocidin-producing", "strains", ",", "especially", "methicillin-resistant", "Staphyloccocus", "aureus", "(", "MRSA", ")", "strains", ",", "can", "cause", "severe", "necrotising", "pneumonia", ".", "It", "should", "therefore", "be", "considered", "in", "a", "previously", "healthy", "young", "adult", "or", "child", "with", "a", "rapidly", "progressive", "lung", "infection", "that", "and", "/", "or", "is", "accompanied", "by", "lung", "necrosis", ",", "shock", "and", "neutropenia", ".", "-", "Influenza", "virus", "(", "Influenzavirus", "A", ",", "B", "or", "C", ")", ":", "diagnosis", "is", "usually", "clinical", "and", "the", "most", "frequent", "symptoms", "are", "chills", ",", "fever", ",", "myalgia", ",", "headache", ",", "non-productive", "cough", "and", "/", "or", "odynophagia", ".", "It", "can", "also", "cause", "viral", "pneumonia", "or", "bacterial", "superinfections", ".", "In", "the", "case", "of", "infection", "by", "the", "H5N1", "virus", ",", "a", "severe", "infection", "can", "occur", "with", "pneumonia", ",", "sometimes", "haemorrhagic", "and", "with", "a", "severe", "course", ".", "-", "Legionella", "pneumophila", ":", "by", "inhalation", "of", "contaminated", "aerosols", ".", "People", "with", "chronic", "diseases", ",", "smoking", ",", "the", "elderly", "or", "immunocompromised", ",", "especially", "transplant", "recipients", ",", "are", "at", "greater", "risk", ".", "Antigenuria", "for", "Legionella", "pneumophila", "is", "a", "rapid", "detection", "method", ",", "with", "high", "sensitivity", "and", "specificity", ",", "and", "should", "be", "complemented", "with", "DNA", "detection", "techniques", "by", "PCR", "and", "direct", "immunofluorescence", ".", "-", "Chlamydophila", "(", "Chlamydia", ")", "pneumoniae", ":", "it", "is", "difficult", "to", "estimate", "its", "incidence", "due", "to", "the", "difficulties", "involved", "in", "its", "diagnosis", ",", "which", "can", "be", "made", "by", "serology", "(", "microimmunofluorescence", ")", ",", "immunohistochemistry", ",", "PCR", "or", "culture", ".", "-", "Mycoplasma", "pneumoniae", ":", "mainly", "a", "pathogen", "of", "children", "and", "adolescents", "but", "increasingly", "common", "in", "adults", ",", "especially", "the", "elderly", ".", "Diagnostic", "methods", "include", "culture", "(", "slow-growing", ")", ",", "PCR", "and", "serology", "with", "IgM", "(", "increase", "at", "the", "end", "of", "the", "first", "week", ")", "and", "IgG", ".", "-", "Anaerobic", "infection", ":", "in", "aspiration", ",", "presence", "of", "lung", "cavity", "in", "a", "patient", "predisposed", "to", "bronchoaspiration", "or", "existence", "of", "purulent", "discharge", "(", "sputum", "or", "empyema", ")", ".", "-", "Fungal", "infections", ",", "such", "as", "Aspergillus", "spp", ":", "mainly", "cause", "extrinsic", "allergic", "alveolitis", "and", "asthma", ",", "chronic", "sinusitis", "in", "atopics", ",", "or", "allergic", "bronchopulmonary", "aspergillosis", ".", "Pneumonia", "usually", "occurs", "in", "patients", "with", "severe", "and", "prolonged", "neutropenia", ",", "chronic", "granulomatous", "disease", ",", "COPD", ",", "alcoholism", ",", "liver", "cirrhosis", "and", "/", "or", "diabetes", "mellitus", ".", "Evolution", "In", "the", "first", "12", "hours", "after", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "progressive", "deterioration", "is", "maintained", ",", "with", "vasoactive", "amines", ",", "renal", "failure", "and", "respiratory", "failure", "are", "established", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "the", "shock", "situation", ",", "Linezolid", "(", "600", "mg", "every", "12", "hours", "iv", ")", "was", "added", "to", "the", "initial", "treatment", "and", "the", "microbiological", "study", "was", "extended", ",", "adding", "HIV", ",", "hepatitis", "virus", "(", "HV", ")", "and", "\"", "atypical", "\"", "pneumonia", "serology", "to", "the", "requests", ",", "as", "well", "as", "PCR", "determination", "of", "influenza", "virus", "in", "BAS", "extracted", "after", "the", "IOT", ".", "During", "this", "period", "we", "began", "to", "obtain", "the", "microbiological", "results", "of", "the", "initial", "samples", "taken", ":", "in", "the", "first", "batch", "of", "blood", "cultures", ",", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "aureus", "(", "MRSA", ")", "grew", ",", "as", "it", "did", "in", "the", "BAS", ",", "where", "MRSA", "was", "isolated", "(", "with", "the", "same", "sensitivity", "profile", ")", "and", "Aspergillus", "fumigatus", "grew", ".", "The", "smear", "microscopy", "was", "negative", ",", "as", "was", "the", "antigenuria", "for", "pneumococcus", "and", "legionella", "and", "the", "influenza", "test", ".", "Serology", "was", "negative", "for", "HIV", ",", "HBV", "and", "atypical", "pneumonias", ":", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Chlamydophila", "pneumoniae", ",", "Coxiella", "burnetti", "and", "Legionella", "pneumophila", ".", "The", "determination", "of", "IgG", "HCV", "antibodies", "was", "positive", ",", "so", "PCR", "was", "performed", "to", "detect", "viral", "RNA", ",", "which", "was", "negative", ".", "In", "view", "of", "these", "results", ",", "the", "study", "was", "extended", "and", "B-D", "Glucan", "and", "Galactomannan", "were", "requested", "in", "serum", "and", "BAS", ",", "and", "then", "the", "current", "antibiotic", "therapy", "was", "modified", "to", "Linezolid", "and", "Voriconazole", ".", "The", "blood", "cultures", "taken", "24", "hours", "after", "the", "start", "of", "treatment", "were", "still", "positive", "for", "MRSA", ".", "After", "48", "hours", "they", "were", "negative", ".", "The", "determination", "of", "Galactomannan", "and", "B-D", "Glucan", "in", "serum", "as", "well", "as", "Galactomannan", "in", "BAS", "were", "positive", ".", "Clinical", ",", "analytical", "and", "radiological", "stabilisation", "was", "achieved", "72", "hours", "after", "admission", ".", "Antibiotic", "therapy", "was", "maintained", "until", "day", "7", ",", "when", "a", "new", "febrile", "peak", "appeared", "accompanied", "by", "frank", "clinical", "deterioration", ".", "New", "microbiological", "samples", "were", "collected", ":", "serial", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", ",", "BAS", ".", "The", "central", "catheter", "was", "checked", "and", "showed", "no", "evidence", "of", "infection", ",", "and", "a", "transesophageal", "echocardiogram", "was", "performed", "where", "there", "were", "no", "lesions", "suspicious", "of", "endocarditis", ".", "On", "day", "11", "the", "patient", "died", ".", "The", "results", "of", "the", "last", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", "and", "BAS", "were", "negative", ".", "Final", "diagnosis", "Septic", "shock", "with", "multi-organ", "failure", "due", "to", "MRSA", "bacteremic", "CAP", ".", "Colonisation", "by", "Aspergillus", "fumigatus", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 1272, "end": 1282 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 18, "end": 22 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1729, "end": 1736 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1125, "end": 1139 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1967, "end": 1974 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 2020, "end": 2034 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2054, "end": 2078 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2207, "end": 2215 }, { "text": "microorganism", "label": "SPECIES", "start": 2080, "end": 2093 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 2146, "end": 2156 }, { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 2258, "end": 2280 }, { "text": "elderly", "label": "HUMAN", "start": 2398, "end": 2405 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2406, "end": 2414 }, { "text": "vaccination", "label": "SPECIES", "start": 2340, "end": 2351 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 2477, "end": 2493 }, { "text": "Klebsiella pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2498, "end": 2519 }, { "text": "elderly", "label": "HUMAN", "start": 2574, "end": 2581 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 2681, "end": 2698 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 2739, "end": 2746 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2719, "end": 2727 }, { "text": "tick", "label": "SPECIES", "start": 2774, "end": 2778 }, { "text": "rodents", "label": "SPECIES", "start": 2756, "end": 2763 }, { "text": "cattle", "label": "SPECIES", "start": 2748, "end": 2754 }, { "text": "birds", "label": "SPECIES", "start": 2765, "end": 2770 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2866, "end": 2873 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2902, "end": 2923 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 3382, "end": 3387 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3254, "end": 3258 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3065, "end": 3074 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 3420, "end": 3429 }, { "text": "influenza", "label": "SPECIES", "start": 3049, "end": 3058 }, { "text": "Influenza virus", "label": "SPECIES", "start": 3500, "end": 3515 }, { "text": "Legionella", "label": "SPECIES", "start": 6329, "end": 6339 }, { "text": "Legionella pneumophila", "label": "SPECIES", "start": 6329, "end": 6351 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 6258, "end": 6279 }, { "text": "pneumococcus", "label": "SPECIES", "start": 6146, "end": 6158 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 5935, "end": 5956 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 5913, "end": 5956 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 6229, "end": 6232 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 6378, "end": 6381 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5622, "end": 5625 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6224, "end": 6227 }, { "text": "influenza virus", "label": "SPECIES", "start": 5731, "end": 5746 }, { "text": "smear microscopy", "label": "SPECIES", "start": 6088, "end": 6104 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 6438, "end": 6443 }, { "text": "hepatitis virus", "label": "SPECIES", "start": 5627, "end": 5642 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 5958, "end": 5962 } ]

[ "Anamnesis", "Tyrosine", "kinase", "inhibitors", "(", "TKIs", ")", "have", "been", "a", "revolution", "in", "the", "treatment", "of", "patients", "with", "EGFR-mutated", "non-small", "cell", "lung", "cancer", ".", "However", ",", "their", "use", "is", "not", "without", "risks", ",", "some", "of", "them", "life-threatening", ".", "Here", "we", "present", "the", "case", "of", "a", "64-year-old", "woman", "with", "depressive", "syndrome", "being", "treated", "with", "venlafaxine", ",", "mirtazapine", "and", "diazepam", "as", "the", "only", "personal", "history", "of", "interest", ".", "She", "has", "no", "toxic", "habits", "and", "is", "independent", "in", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ",", "lives", "with", "her", "husband", "and", "leads", "an", "active", "life", ".", "She", "has", "no", "family", "history", "of", "interest", ".", "The", "patient", "consulted", "the", "gastroenterology", "department", "in", "October", "2007", "for", "non-specific", "epigastric", "pain", ".", "She", "denies", "respiratory", "symptoms", ",", "constitutional", "syndrome", "or", "any", "other", "additional", "symptoms", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "only", "mild", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "epigastrium", ",", "with", "no", "other", "significant", "findings", ".", "Complementary", "tests", "-", "Complete", "blood", "analysis", "and", "gastroscopy", "(", "October", "2007", ")", ":", "no", "alterations", ".", "-", "Chest", "X-ray", "(", "October", "2007", ")", ":", "solitary", "pulmonary", "nodule", "in", "the", "left", "lower", "lobe", ".", "With", "this", "finding", ",", "she", "was", "referred", "to", "Pneumology", ",", "where", "the", "study", "was", "completed", "with", ":", "-", "Thoracoabdominal", "CT", "scan", "(", "November", "2007", ")", ":", "pathological", "nodule", "in", "segment", "6", "of", "the", "left", "lower", "lobe", ",", "measuring", "2", ".", "8", "x", "3", ".", "2", "cm", ",", "associated", "with", "ipsilateral", "hilar", "lymph", "nodes", ",", "with", "no", "other", "relevant", "alterations", ".", "-", "Respiratory", "function", "tests", "(", "November", "2007", ")", ":", "small", "airway", "obstruction", "pattern", ".", "-", "Bronchoscopy", "(", "January", "2008", ")", ":", "extrinsic", "compression", "in", "left", "segment", "6", ".", "-", "Cytology", "and", "transbronchial", "biopsy", "(", "January", "2008", ")", ":", "no", "evidence", "of", "tumour", "infiltration", ".", "-", "Mycobacterial", "culture", "(", "January", "2008", ")", ":", "negative", ".", "Close", "follow-up", "was", "decided", "and", "a", "new", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", "at", "the", "beginning", "of", "April", "2008", ",", "where", "the", "nodule", "in", "the", "left", "lower", "lobe", "remained", "stable", ",", "but", "slight", "left", "hilar", "adenopathic", "progression", "was", "observed", ",", "as", "well", "as", "the", "appearance", "of", "a", "left", "paraesophageal", "adenopathy", ".", "On", "18", "April", "2008", ",", "a", "left", "lower", "lobectomy", "and", "lymphadenectomy", "by", "videothoracoscopy", "were", "performed", "without", "postoperative", "complications", ".", "The", "pathological", "anatomy", "was", "reported", "as", "poorly", "differentiated", "adenocarcinoma", "of", "pulmonary", "origin", "of", "1", ".", "6", "cm", ",", "with", "infiltration", "of", "visceral", "pleura", "and", "vascular", "invasion", "as", "poor", "prognostic", "factors", ".", "Diagnosis", "Adenocarcinoma", "of", "lung", "origin", "in", "the", "left", "lower", "lobe", "UICC", "stage", "pT2aN0M0", "(", "IB", ")", ".", "Treatment", "After", "surgery", "she", "was", "referred", "to", "the", "Medical", "Oncology", "Department", ".", "As", "this", "was", "a", "localised", "stage", ",", "adjuvant", "treatment", "was", "rejected", "as", "there", "was", "no", "benefit", "for", "the", "patient", ".", "Evolution", "In", "the", "first", "re-evaluation", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "(", "September", "2008", ")", ",", "mediastinal", "and", "pleural", "lymph", "node", "involvement", "was", "observed", "(", "left", "pleural", "implants", "and", "pleural", "effusion", ")", ".", "The", "relapse", "was", "confirmed", "by", "cytology", "of", "the", "pleural", "fluid", ",", "which", "was", "positive", "for", "adenocarcinoma", "of", "pulmonary", "origin", ",", "and", "we", "are", "currently", "at", "UICC", "stage", "cTxcN2pM1", "(", "stage", "IV", ")", ".", "Pleurodesis", "was", "performed", "and", "systemic", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "cisplatin", "75", "mg", "/", "m2", "on", "day", "1", "and", "intravenous", "gemcitabine", "1250", "mg", "/", "m2", "on", "days", "1", "and", "8", "every", "21", "days", ",", "receiving", "6", "cycles", "between", "September", "2008", "and", "January", "2009", ".", "Adverse", "effects", "included", "grade", "3", "nausea", "and", "vomiting", ",", "grade", "2", "diarrhoea", "and", "grade", "1", "asthenia", "(", "for", "which", "the", "dose", "was", "reduced", "to", "80", "%", "from", "the", "2nd", "cycle", "onwards", ")", "and", "grade", "2", "febrile", "neutropenia", "(", "forcing", "a", "one-week", "delay", "in", "the", "administration", "of", "the", "6th", "cycle", ")", ".", "An", "almost", "complete", "response", "was", "achieved", "except", "for", "residual", "pleural", "implants", ",", "so", "he", "began", "follow-up", "with", "check-ups", ".", "A", "thoracoabdominal", "CT", "scan", "in", "June", "2009", "showed", "tumour", "progression", "at", "the", "mediastinal", "and", "pleural", "levels", "and", "in", "infradiaphragmatic", "ganglion", "chains", "in", "the", "upper", "abdomen", "(", "retrocrural", "and", "gastrohepatic", "ligament", ")", ".", "It", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "within", "the", "SCAT", "clinical", "trial", ",", "receiving", "3", "cycles", "of", "trabectedin", "1", ".", "5", "mg", "/", "m2", "day", "1", "every", "21", "days", "between", "July", "2009", "and", "August", "2009", ".", "The", "only", "adverse", "effect", "was", "asthenia", "grade", "1", ".", "He", "left", "the", "trial", "due", "to", "adenopathic", "progression", "at", "the", "mediastinal", ",", "axillary", "and", "upper", "retroperitoneal", "levels", ",", "as", "well", "as", "implants", "in", "the", "left", "pectoral", ",", "pleura", ",", "left", "adrenal", ",", "left", "paravertebral", "musculature", "and", "right", "iliac", "bone", ".", "EGFR", "study", "was", "requested", ",", "with", "the", "result", "of", "EGFR", "mutated", ",", "so", "in", "September", "2009", "she", "started", "treatment", "with", "erlotinib", "150", "mg", "per", "day", ".", "Toxicity", "was", "diarrhoea", "and", "grade", "2", "skin", "rash", ",", "nasal", "mucositis", "and", "mild", "nail", "alterations", ".", "In", "the", "first", "CAT", "scan", "re-evaluation", "after", "3", "months", ",", "a", "complete", "radiological", "response", "was", "observed", ",", "which", "was", "maintained", "in", "subsequent", "check-ups", ".", "On", "14", "April", "2012", ",", "the", "patient", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "dyspnoea", ",", "pleuritic", "pain", "in", "the", "left", "hemithorax", ",", "dry", "cough", "and", "fever", "of", "up", "to", "38oC", "for", "a", "week", ".", "Angiography", "ruled", "out", "acute", "pulmonary", "thromboembolism", ".", "Imaging", "tests", "showed", "extensive", "patchy", "areas", "of", "ground", "glass", "with", "areas", "of", "fibrosis", "predominantly", "in", "the", "lower", "lobes", ",", "not", "visible", "on", "previous", "CT", "scans", ".", "Despite", "nebulisations", "with", "ipratropium", "bromide", "and", "salbutamol", ",", "oxygen", "therapy", "and", "high-dose", "corticotherapy", "(", "on", "suspicion", "that", "the", "symptoms", "were", "a", "side", "effect", "of", "the", "treatment", ")", ",", "piperacillin-tazobactam", "and", "voriconazole", "(", "due", "to", "the", "possibility", "that", "the", "infiltrates", "were", "fungal", "in", "origin", ")", ",", "the", "patient", "progressed", "unfavourably", ",", "with", "a", "progressive", "increase", "in", "respiratory", "involvement", "until", "she", "died", "on", "28", "April", "2012", ".", "The", "post-mortem", "examination", "revealed", "severe", "morphological", "changes", "in", "the", "lungs", "compatible", "with", "evolved", "diffuse", "alveolar", "damage", "together", "with", "foci", "with", "a", "pattern", "of", "bronchiolitis", "obliterans", "/", "organised", "pneumonia", "in", "the", "absence", "of", "specific", "signs", "of", "infection", ",", "carcinomatous", "lymphangitis", "or", "cardiogenic", "pulmonary", "oedema", ".", "The", "pulmonary", "alterations", "referred", "to", "have", "been", "described", "in", "the", "literature", "in", "association", "with", "erlotinib", "treatment", "and", "are", "considered", ",", "in", "this", "case", ",", "to", "be", "the", "fundamental", "cause", "of", "death", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 87, "end": 95 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 526, "end": 532 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 481, "end": 488 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 256, "end": 261 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 356, "end": 364 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 558, "end": 565 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2517, "end": 2524 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4539, "end": 4546 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5177, "end": 5184 }, { "text": "fungal", "label": "SPECIES", "start": 5154, "end": 5160 } ]

[ "A", "32-year-old", "man", ",", "with", "no", "pathological", "history", "of", "interest", "and", "no", "previous", "treatment", ",", "operated", "on", "for", "tearing", "of", "the", "splenic", "hilum", ",", "mesentery", "of", "the", "jejunal", "root", "and", "superior", "mesenteric", "artery", "(", "SMA", ")", "due", "to", "trauma", ".", "Resection", "of", "the", "right", "colon", ",", "ileum", "and", "2", "/", "3", "of", "the", "jejunum", "with", "jejunostomy", "and", "splenectomy", "was", "performed", ".", "After", "the", "postoperative", "period", "and", "undergoing", "TPN", ",", "progressive", "oral", "tolerance", "was", "started", "with", "sugar", "infusions", ",", "defatted", "broths", ",", "alkaline", "lemonade", "(", "WHO", "formula", ")", "to", "introduce", "small", "and", "frequent", "oral", "intakes", "of", "elemental", "enteral", "formula", "(", "Elemental", "0", ".", "28", "Extra", "liquid", "®", ")", "and", "3", "intakes", "of", "5", "grams", "of", "glutamine", "(", "Adamín", "G", "®", ")", "in", "order", "to", "stimulate", "trophism", "and", "adaptation", "of", "the", "enterocyte", ".", "At", "6", "months", ",", "the", "12", "cm", "of", "jejunum", "is", "anastomosed", "with", "the", "left", "colon", "and", "cholecystectomy", "is", "performed", "to", "avoid", "further", "choleretic", "diarrhoea", ".", "From", "this", "point", "on", ",", "the", "objective", "is", "to", "maintain", "a", "stable", "nutritional", "status", ",", "a", "diuresis", "of", "more", "than", "1", "litre", "/", "day", "and", "control", "of", "diarrhoea", ",", "assessing", "daily", "balances", "and", "determining", "haematological", "and", "biochemical", "parameters", "twice", "a", "week", ".", "Nutritional", "management", "It", "is", "structured", "as", "follows", ":", "a", ")", "Parenteral", "nutrition", ":", "TPN", "is", "replaced", "by", "2", "litres", "of", "Isoplasmar", "G", "®", "with", "the", "addition", "of", "an", "ampoule", "of", "10", "mEq", "of", "potassium", "/", "litre", "and", "the", "vitamin", "module", "(", "Addamel", "®", ")", "on", "alternate", "days", "with", "the", "trace", "element", "module", "(", "Cernevit", "®", ")", ".", "b", ")", "Oral", "enteral", "nutrition", ":", "4-5", "intakes", "of", "\"", "Elemental", "0", ".", "28", "Extra", "Liquid", "\"", "and", "3", "intakes", "of", "5", "g", "of", "\"", "Adamín", "G", "®", "\"", "are", "maintained", "interspersed", "with", "food", ".", "c", ")", "Oral", "hydration", ":", "\"", "alkaline", "lemonade", "\"", "is", "given", "on", "demand", "and", "between", "meals", ".", "d", ")", "Feeding", ":", "with", "progressive", "criteria", ",", "starting", "with", "easily", "digestible", "and", "absorbed", "foods", "and", "with", "less", "secretory", "stimulus", "to", "continue", "with", "those", "of", "greater", "difficulty", ".", "From", "a", "diet", "of", "simple", "carbohydrates", "and", "cooked", "starches", ",", "depending", "on", "the", "rhythm", ",", "volume", "and", "characteristics", "of", "the", "faeces", ",", "protein", "foods", "(", "skimmed", "dairy", "products", ",", "egg", "whites", ",", "fish", "and", "lean", "meats", ")", "are", "included", ",", "followed", "by", "the", "addition", "of", "oil", ",", "to", "then", "assess", "tolerance", "to", "cooked", "vegetables", "and", "pulses", ".", "In", "all", "cases", ",", "small", ",", "frequent", "and", "easy-to-prepare", "intakes", "are", "recommended", ".", "e", ")", "Medication", ":", "to", "reduce", "chlorhydropeptide", "secretion", "and", "stimulate", "the", "secretion", "of", "water", "and", "pancreatic", "bicarbonate", ",", "omeprazole", "(", "40", "mg", "/", "day", ")", "is", "combined", "with", "2", "capsules", "of", "pancreatic", "enzymes", "(", "Kreon", "10", ",", "000", "®", ")", "with", "food", "intake", "to", "facilitate", "the", "digestibility", "of", "natural", "foods", "and", "their", "absorption", ".", "The", "appearance", "of", "abdominal", "distension", "due", "to", "fermentation", "resulting", "from", "the", "excess", "of", "CH", "in", "the", "first", "phase", "accelerated", "the", "transition", "to", "a", "normal", ",", "highly", "fractioned", "diet", "free", "of", "fried", "foods", ",", "animal", "fats", "and", "moderate", "CH", ",", "with", "control", "of", "aerocolia", ".", "Three", "months", "after", "jejunocolic", "anastomosis", ",", "nutritional", "stability", ",", "diuresis", "and", "4-6", "liquid-pasty", "stools", "were", "maintained", ".", "He", "was", "discharged", "from", "hospital", "with", "the", "aforementioned", "treatment", "and", "with", "a", "reservoir", "for", "nocturnal", "fluid", "therapy", "of", "1-2", "litres", "of", "Isoplasmar", "G", "depending", "on", "diuresis", ".", "He", "was", "evaluated", "by", "the", "intestinal", "transplant", "unit", "of", "the", "Ramón", "y", "Cajal", "Hospital", "in", "Madrid", "and", "14", "months", "after", "starting", "enteral", "nutrition", ",", "the", "indication", "for", "transplant", "was", "rejected", "due", "to", "his", "good", "nutritional", "status", ".", "Fluid", "therapy", "was", "suspended", ",", "maintaining", "diuresis", "above", "1", ",", "200", "mL", "/", "day", ",", "3-5", "stools", "of", "pasty", "or", "formed", "consistency", "(", "depending", "on", "the", "type", "of", "intake", ")", "and", "stable", "anthropometric", "and", "analytical", "parameters", "with", "hypolipaemia", ".", "The", "rapid", "loss", "of", "7-8", "kg", "after", "withdrawal", "of", "fluid", "therapy", "is", "noteworthy", ",", "finally", "stabilising", "at", "64", "kg", ",", "for", "a", "height", "of", "175", "cm", "and", "a", "usual", "weight", "of", "70", "kg", ".", "She", "is", "independent", "and", "maintains", "moderate", "physical", "activity", ".", "She", "follows", "a", "free", "diet", "with", "frequent", "small", "meals", ",", "limited", "only", "by", "specific", "intolerances", ",", "and", "frequently", "drinks", "mineralised", "beverages", ".", "He", "has", "been", "prescribed", ":", "\"", "Elemental", "0", ".", "28", "Extra", "Liquid", "\"", "(", "800", "kcal", "/", "day", ")", ",", "2", "capsules", "of", "\"", "Kreon", "10", ".", "000", "®", "\"", "with", "each", "meal", ",", "2", "tablets", "of", "\"", "Supradyn", "®", "\"", "(", "double", "the", "RDA", "for", "micronutrients", ")", "and", "1", ".", "000", "mcg", "of", "vitamin", "B12", "im", "per", "month", ".", "During", "the", "course", "of", "the", "evolution", ",", "a", "depletion", "of", "vitamins", "D", ",", "B12", "and", "folic", "acid", "was", "detected", ",", "which", "was", "corrected", "with", "the", "corresponding", "shock", "dose", ".", "Tables", "I", ",", "II", "and", "III", "show", "the", "analytical", "determinations", "of", "nutrients", "carried", "out", "during", "the", "period", "from", "6", "months", "after", "the", "intervention", "to", "the", "last", "one", "carried", "out", ",", "where", "a", "stable", "and", "progressive", "nutritional", "state", "within", "normality", "is", "observed", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1927, "end": 1931 }, { "text": "pulses", "label": "SPECIES", "start": 2045, "end": 2051 }, { "text": "animal", "label": "SPECIES", "start": 2617, "end": 2623 } ]

[ "Anamnesis", "A", "66-year-old", "woman", ",", "right-handed", ",", "teacher", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "dyslipidaemia", "on", "treatment", "with", "atorvastatin", "10", "mg", "/", "day", ".", "She", "has", "been", "consulting", "for", "about", "2", "months", "because", "of", "increasingly", "frequent", "memory", "lapses", ",", "difficulty", "in", "finding", "the", "right", "word", "in", "the", "course", "of", "a", "conversation", "and", "in", "recalling", "names", "of", "everyday", "objects", ".", "She", "has", "lost", "valuable", "objects", ",", "has", "become", "disorientated", "in", "familiar", "places", ",", "and", "when", "driving", "along", "streets", "that", "she", "is", "used", "to", ",", "she", "has", "even", "driven", "in", "a", "forbidden", "direction", ".", "She", "also", "reports", "a", "decreased", "ability", "to", "maintain", "attention", "and", "concentrate", ",", "sometimes", "becoming", "\"", "blocked", "\"", "and", "not", "being", "able", "to", "continue", "with", "the", "intellectual", "activity", "she", "was", "carrying", "out", ".", "He", "believes", "that", "these", "symptoms", "have", "been", "slowly", "and", "progressively", "worsening", ".", "In", "addition", ",", "for", "the", "last", "10", "days", ",", "he", "has", "been", "experiencing", "almost", "daily", "episodes", "of", "paraesthesia", "in", "the", "lower", "part", "of", "the", "left", "side", "of", "the", "face", ",", "lasting", "minutes", ",", "and", "occasionally", "ipsilateral", "periorbital", "\"", "shooting", "\"", "pain", ".", "She", "also", "describes", "asthenia", "and", "daytime", "drowsiness", "of", "recent", "onset", ".", "She", "reports", "a", "good", "mood", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "130", "/", "70", "mmHg", ",", "pulse", "75", "bpm", ",", "axillary", "temperature", "36", ".", "2", "oC", ".", "Collaborative", ".", "No", "carotid", "murmurs", ".", "Cardiopulmonary", "auscultation", "normal", ".", "No", "skin", "alterations", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "left", "facial", "hypoaesthesia", "in", "the", "V3", "region", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "cranial", "nerves", "being", "normal", ".", "The", "osteotendinous", "reflexes", "are", "symmetrical", "at", "1", "⁄", "4", "⁄", "4", ",", "and", "the", "cutaneous-plantar", "reflexes", "in", "flexion", ".", "There", "are", "no", "motor", "deficits", "in", "the", "limbs", "and", "no", "impairment", "of", "deep", "or", "superficial", "sensation", ".", "Cerebellar", "tests", "are", "normal", ".", "Romberg", "'", "s", "test", "is", "negative", "and", "gait", "is", "normal", ".", "In", "the", "MMSE", ":", "27", "/", "30", "points", ",", "with", "two", "failures", "in", "temporospatial", "orientation", "and", "one", "failure", "in", "attention", "and", "calculation", ".", "Language", "is", "fluent", ",", "grammatically", "correct", ",", "without", "paraphasia", "or", "alteration", "in", "naming", ".", "Writing", "and", "reading", "are", "normal", ".", "There", "is", "a", "loss", "of", "attention", "and", "concentration", "skills", ".", "There", "are", "no", "deficits", "in", "praxias", "or", "gnosias", "and", "in", "the", "area", "of", "memory", "the", "values", "are", "adequate", "for", "his", "age", "and", "educational", "level", ".", "In", "the", "Hamilton", "test", "for", "depression", "the", "score", "is", "normal", ".", "Complementary", "tests", "-", "Brain", "MRI", ":", "isolated", "foci", "of", "leukoaraiosis", "in", "the", "white", "matter", "of", "both", "hemispheres", ",", "with", "no", "other", "alterations", ".", "Brain", "MRI", ",", "axial", "section", ",", "showing", "isolated", "foci", "of", "leukoaraiosis", ".", "-", "Brain", "metabolism", "PET", "with", "18-FDG", ":", "no", "alterations", "in", "the", "metabolism", "of", "the", "cerebral", "cortex", ",", "basal", "ganglia", ",", "thalamic", "regions", ",", "midbrain", ",", "trunk", "or", "cerebellar", "hemispheres", ".", "PET", "of", "cerebral", "metabolism", "with", "18-FDG", ".", "Axial", "projection", "at", "the", "level", "of", "the", "basal", "ganglia", ".", "Study", "within", "normal", "limits", ".", "-", "EEG", ":", "normal", "background", "activity", "(", "10", "Hz", ",", "50", "uV", ")", ".", "No", "abnormalities", "at", "rest", "or", "under", "stimulation", ".", "-", "Blood", "tests", ":", "CBC", ",", "ESR", ",", "coagulation", "tests", "without", "alterations", ".", "Folic", "acid", ",", "vitamin", "B12", ",", "homocysteine", ",", "ACE", ",", "basal", "TSH", ",", "vitamin", "E", "and", "B12", ",", "ionogram", ",", "liver", "and", "renal", "function", "and", "lipid", "profile", "without", "alterations", ".", "ANA", ",", "ENA", ",", "ANCA", "negative", ".", "Antiendomysial", "and", "antigliadin", "antibodies", ",", "a-TPO", ",", "a-TGB", "negative", ".", "HIV", "negative", ".", "VDRL", "syphilis", "serology", ":", "negative", ".", "Lyme", "serology", "(", "Borrelia", "burgdorferi", ")", ":", "IgM", "positive", "(", "0", ".", "45", "/", "0", ".", "32", ")", ";", "IgG", "negative", ".", "Lyme", "serology", ".", "Confirmatory", ".", "Immunoblot", ":", "IgM", "positive", ".", "-", "CSF", "analysis", ":", "glucose", "68", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "41", ".", "6", "mg", "/", "dl", ".", "Cells", "0", "/", "ul", ".", "Oligoclonal", "bands", "in", "both", "CSF", "and", "serum", ",", "with", "coincident", "pattern", ".", "IgG", "/", "albumin", "ratio", ":", "0", ".", "39", ".", "Bacteriological", "culture", "negative", ".", "Syphilis", "serology", "negative", ".", "Lyme", "serology", ":", "negative", ".", "Protein", "14", ".", "3", ".", "3", "negative", ".", "Negative", "onconeuronal", "antibodies", ".", "Diagnosis", "The", "picture", "of", "recurrent", "haemifacial", "paraesthesias", "in", "a", "patient", "with", "complaints", "of", "loss", "of", "memory", "and", "ability", "to", "concentrate", ",", "episodes", "of", "disorientation", "and", "confusion", ",", "associated", "with", "a", "positive", "IgM", "serology", "for", "Borrelia", "burgdorferi", ",", "is", "compatible", "with", "neuroborreliosis", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "ceftriaxone", "2", "g", "/", "12", "h", "for", "one", "month", "and", "doxycycline", "100", "mg", "/", "12", "h", "orally", "for", "12", "weeks", ",", "with", "progressive", "improvement", ".", "Evolution", "Within", "2", "weeks", "of", "starting", "treatment", ",", "the", "hemifacial", "sensory", "disturbance", "and", "headache", ",", "as", "well", "as", "hypersomnia", ",", "asthenia", ",", "episodes", "of", "confusion", ",", "memory", "complaints", "and", "impaired", "ability", "to", "concentrate", ",", "had", "disappeared", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 29 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 61, "end": 69 }, { "text": "teacher", "label": "HUMAN", "start": 45, "end": 52 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 3117, "end": 3137 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 3102, "end": 3106 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 3180, "end": 3184 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3054, "end": 3057 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3073, "end": 3081 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 3068, "end": 3072 }, { "text": "Lyme", "label": "SPECIES", "start": 3454, "end": 3458 }, { "text": "Bacteriological", "label": "SPECIES", "start": 3392, "end": 3407 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 3426, "end": 3434 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 3763, "end": 3783 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3607, "end": 3614 } ]

[ "45-year-old", "male", "with", "a", "history", "of", "chronic", "HIV", "infection", "stage", "A2", "on", "treatment", "with", "ABC", "/", "3TC", "and", "NVP", "since", "2011", ",", "with", "CD4", "+", "100", "&", "/", "mm3", "and", "HIV", "CV", "<", "20", "cop", "/", "mL", "at", "his", "last", "check-up", "and", "chronic", "migraine", "without", "aura", "being", "monitored", "by", "neurology", "and", "treated", "with", "flunarizine", "5mg", "a", "day", "and", "rizatriptan", "10mg", "during", "attacks", ".", "In", "December", "2013", ",", "she", "started", "a", "4-day", "course", "of", "symptoms", "characterised", "by", "intense", "left", "migraine-type", "pain", "associated", "with", "retroocular", "and", "periorbital", "pain", "and", "ipsilateral", "transient", "ptosis", ",", "with", "slight", "asymmetry", "in", "the", "left", "eyelid", "opening", ",", "without", "other", "findings", "or", "meningeal", "signs", ",", "without", "lacrimation", "or", "conjunctival", "injection", ",", "where", "a", "brain", "CT", "scan", "was", "performed", "without", "significant", "findings", ",", "funduscopic", "examination", "without", "evidence", "of", "papilledema", "and", "ESR", "104", "mm", "/", "h", "was", "observed", ".", "At", "no", "time", "did", "she", "present", "with", "mandibular", "claudication", "or", "fever", ".", "In", "view", "of", "the", "changes", "in", "the", "characteristics", "of", "the", "usual", "headache", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "for", "further", "investigation", ".", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "temporal", "artery", "showed", "no", "pathological", "findings", ".", "Cerebral", "and", "orbital", "MRI", "was", "also", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "dissociated", "cholostasis", ":", "alkaline", "phosphatase", "267", "U", "/", "L", ",", "GGT", "222", "U", "/", "L", "total", "bilirubin", "0", ".", "3", "mg", "/", "dl", "GOT", "18", "GPT", "25", "U", "/", "L", ",", "so", "abdominal", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "a", "hypoechogenic", "and", "hypovascularised", "solid", "liver", "lesion", "in", "segment", "4", ",", "suggestive", "of", "a", "metastatic", "lesion", ".", "Following", "this", "finding", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "requested", ",", "showing", "an", "area", "of", "heterogeneous", "contrast", "uptake", "in", "segment", "4A", ",", "poorly", "delimited", ",", "with", "a", "maximum", "diameter", "of", "about", "5", "cm", "and", "the", "presence", "of", "several", "hypodense", "images", "within", "it", ",", "and", "there", "may", "also", "be", "hypodense", "foci", "in", "the", "vicinity", ".", "The", "lesion", "is", "not", "suggestive", "of", "metastasis", "although", "it", "cannot", "be", "ruled", "out", "and", "could", "be", "related", "to", "cholangiocarcinoma", "or", "even", "to", "an", "infectious", "/", "inflammatory", "aetiology", ".", "The", "result", "of", "the", "serum", "serology", "was", "received", "with", "RPR", "1", "/", "256", ",", "FTA", "-", "abs", "+", ",", "Total", "Treponema", "pallidum", "Ac", "+", ".", "Given", "the", "suspicion", "that", "the", "headache", "could", "be", "related", "to", "neurosyphilis", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "and", "treatment", "was", "started", "with", "Penicillin", "G", "Na", "+", "IV", ",", "obtaining", "the", "following", "results", ":", "3", "lymphocytes", ",", "proteins", "34", "mg", "/", "dl", "VDRL", "negative", ",", "PCR", "T", "pallidum", "negative", ".", "Therefore", ",", "neurosyphilis", "was", "ruled", "out", ",", "initially", "diagnosing", "latent", "syphilis", "of", "undetermined", "duration", ",", "changing", "the", "treatment", "to", "penicillin", "G", "benzathine", "2", ".", "4", "MU", "IM", "weekly", "for", "3", "weeks", ".", "After", "starting", "penicillin", ",", "the", "patient", "reported", "a", "marked", "improvement", "in", "headache", "and", "general", "condition", ".", "A", "biopsy", "of", "the", "liver", "lesion", "was", "requested", ".", "During", "the", "procedure", ",", "it", "was", "noted", "that", "the", "lesion", "had", "decreased", "in", "size", "(", "12mm", ")", ",", "so", "the", "biopsy", "was", "not", "performed", "and", "only", "a", "FNA", "sample", "was", "obtained", ",", "which", "showed", "mature", "hepatocytes", "without", "atypia", ".", "This", "reduction", "in", "the", "size", "of", "the", "lesion", "was", "accompanied", "by", "a", "decrease", "in", "the", "colostasis", "enzymes", "and", "an", "improvement", "during", "admission", ",", "which", "led", "us", "to", "believe", "that", "the", "clinical-radiological", "picture", "could", "all", "be", "related", "to", "tertiary", "hepatic", "gomatous", "syphilis", ".", "After", "completing", "3", "doses", "of", "IM", "penicillin", "G", "benzathine", ",", "in", "May", "2014", "a", "control", "ultrasound", "was", "performed", ",", "showing", "no", "hepatic", "lesions", ",", "and", "the", "control", "analysis", "no", "longer", "showed", "a", "cholestatic", "pattern", "(", "FA", "88U", "/", "L", ",", "GGT", "51", "U", "/", "L", ",", "GOT", "14", ",", "GPT", "21", "U", "/", "L", ")", ".", "The", "control", "RPR", "is", "1", "/", "8", ".", "Syphilis", ",", "a", "sexually", "transmitted", "disease", "caused", "by", "the", "spirochete", "Treponema", "pallidum", ",", "can", "mimic", "a", "variety", "of", "conditions", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "FTA", "label": "SPECIES", "start": 1918, "end": 1921 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 1936, "end": 1954 }, { "text": "Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 3339, "end": 3357 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 43, "end": 46 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 135, "end": 138 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "spirochete Treponema pallidum", "label": "SPECIES", "start": 3328, "end": 3357 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 959, "end": 966 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2438, "end": 2445 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 2184, "end": 2188 }, { "text": "T pallidum", "label": "SPECIES", "start": 2203, "end": 2213 } ]

[ "A", "one", "and", "a", "half", "month", "old", "girl", "presented", "with", "fever", "(", "38", "°", "C", ")", "of", "48", "hours", "'", "evolution", "and", "irritability", ",", "associated", "nasal", "mucus", ";", "on", "examination", "she", "presented", "with", "erythematous", "exanthema", "of", "small", "elements", "and", "the", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "Initial", "CBC", ":", "leukocytes", "6310", "/", "μl", "(", "segmented", "67", "%", ",", "lancets", "6", "%", ",", "lymphocytes", "19", "%", ",", "monocytes", "8", "%", ")", ",", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "10", ".", "9", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", "(", "Ht", ")", "29", ".", "6", "%", ",", "platelets", "492", "000", "/", "μl", ",", "C-reactive", "protein", "(", "CRP", ")", "8", ".", "9", "mg", "/", "l", ".", "Lumbar", "puncture", ":", "glucose", "51", ".", "3", "mg", "/", "dl", ",", "protein", "133", ".", "9", "mg", "/", "dl", "(", "haemorrhagic", "fluid", ")", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "severe", "bacterial", "infection", ",", "she", "was", "admitted", "for", "intravenous", "antibiotic", "treatment", "with", "cefotaxime", "and", "ampicillin", "(", "200", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", ",", "adding", "acyclovir", "(", "60", "mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "in", "the", "following", "24", "hours", "to", "cover", "the", "herpes", "simplex", "virus", ".", "Febrile", "after", "48", "hours", ".", "On", "the", "fourth", "day", "he", "presented", "irritability", ",", "poor", "colour", "and", "general", "condition", ",", "with", "persistent", "evanescent", "exanthema", "and", "respiratory", "distress", ";", "a", "control", "blood", "test", "was", "performed", "with", "the", "following", "findings", ":", "leukocytes", "2670", "/", "μl", "(", "segmented", "31", "%", ",", "keys", "3", "%", ",", "lymphocytes", "47", "%", ",", "atypical", "lymphocytes", "5", "%", ",", "monocytes", "11", "%", ")", ",", "reticulocytes", "0", ".", "66", "%", ",", "Hb", "8", ".", "0", "g", "/", "dl", ",", "Ht", "25", ".", "3", "%", ",", "platelets", "131", "000", "/", "μl", ".", "Capillary", "blood", "gases", ":", "pH", "7", ".", "32", ",", "PCO2", "43", ".", "3", "and", "HCO3", "21", ".", "8", "mmol", "/", "l", ".", "Chest", "X-ray", ":", "bilateral", "alveolar", "interstitial", "infiltrates", ",", "more", "striking", "on", "the", "left", "side", ",", "suggestive", "of", "acute", "pulmonary", "oedema", ".", "Given", "the", "finding", "of", "pancytopenia", ",", "samples", "were", "taken", "for", "parvovirus", "and", "enterovirus", "serology", ",", "as", "well", "as", "influenza", "A", "serology", ".", "High-flow", "oxygen", "therapy", "was", "started", "and", "he", "was", "transferred", "to", "the", "paediatric", "intensive", "care", "unit", "of", "a", "tertiary", "hospital", ",", "where", "he", "remained", "for", "five", "days", ".", "Immunoglobluin", "M", "(", "IgM", ")", "antibodies", "for", "parvovirus", "B19", "are", "positive", "and", "IgG", "negative", ",", "leading", "to", "a", "diagnosis", "of", "parvovirus", "B19", "infection", ",", "respiratory", "failure", "and", "associated", "pancytopenia", ".", "The", "patient", "showed", "progressive", "improvement", "on", "the", "fifth", "day", "of", "admission", ",", "and", "was", "discharged", "on", "the", "twelfth", "day", "without", "further", "complications", ".", "The", "girl", "'", "s", "brother", "subsequently", "presented", "with", "fifth-day", "erythema", "infectiosum", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 31 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1419, "end": 1429 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 554, "end": 563 }, { "text": "herpes simplex virus", "label": "SPECIES", "start": 748, "end": 768 }, { "text": "enterovirus", "label": "SPECIES", "start": 1434, "end": 1445 }, { "text": "influenza A", "label": "SPECIES", "start": 1467, "end": 1478 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1683, "end": 1693 }, { "text": "parvovirus", "label": "SPECIES", "start": 1755, "end": 1765 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1683, "end": 1697 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1755, "end": 1769 }, { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 1977, "end": 1981 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1834, "end": 1841 } ]

[ "An", "80", "year", "old", "woman", "with", "anterior", "cervical", "pain", ",", "which", "started", "three", "days", "after", "FNA", "of", "a", "thyroid", "cyst", ".", "Seven", "days", "later", ",", "she", "consulted", "for", "worsening", "of", "the", "symptoms", "with", "the", "appearance", "of", "dysphagia", ",", "fever", "and", "anterior", "cervical", "redness", ",", "having", "started", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "(", "875", "/", "125", ")", "in", "the", "previous", "24", "hours", ".", "EF", ":", "redness", "and", "swelling", "in", "the", "anterior", "cervical", "region", ".", "Leukocytes", "9", ",", "200", "(", "79", ".", "3", "%", "N", ")", ",", "ESR", "73", ",", "Cr", "1", ".", "26", ",", "GFR", "40", ",", "CRP", "296", ".", "6", "ECO-PAAF", "LTI", ":", "cyst", "with", "two", "phases", ",", "one", "anechogenic", "(", "liquid", ")", "which", "on", "aspiration", "corresponds", "to", "chocolate", "liquid", "and", "another", "phase", ",", "in", "a", "declining", "area", ",", "slightly", "echogenic", "with", "thicker", "liquid", "with", "a", "\"", "café", "au", "lait", "\"", "colour", ".", "AP", ":", "red", "blood", "cells", ",", "lymphocytes", ",", "neutrophils", "and", "minimal", "material", "compatible", "with", "colloid", ".", "Aerobic", "and", "anaerobic", "culture", ":", "negative", ".", "No", "microorganisms", "were", "observed", "in", "the", "GRAM", "stain", ".", "The", "patient", "was", "treated", "with", "empirical", "broad-spectrum", "intravenous", "antibiotherapy", "(", "meropenem", "1", "g", "/", "8h", "plus", "linezolid", "600", "mg", "/", "12h", ")", "for", "14", "days", ",", "followed", "by", "another", "14", "days", "orally", "(", "ciprofloxacin", "500", "mg", "/", "12h", "plus", "metronidazole", "500", "mg", "/", "8h", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 795, "end": 809 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 847, "end": 854 }, { "text": "café", "label": "SPECIES", "start": 637, "end": 641 } ]

[ "A", "15-year-old", "male", "patient", ",", "with", "no", "toxic", "habits", "or", "known", "drug", "allergies", ",", "with", "a", "history", "of", "allergic", "rhinitis", "(", "grasses", "and", "olive", "trees", ")", ".", "He", "was", "a", "student", "from", "a", "rural", "area", ".", "Twelve", "days", "prior", "to", "admission", "he", "presented", "a", "fever", "with", "odynophagia", ",", "being", "diagnosed", "by", "his", "family", "doctor", "as", "acute", "pharyngotonsillitis", "and", "receiving", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "for", "three", "days", ",", "with", "resolution", "of", "the", "symptoms", ".", "Having", "previously", "been", "well", ",", "he", "was", "admitted", "to", "hospital", "for", "presenting", "in", "the", "last", "two", "days", "a", "fever", "of", "up", "to", "39o", "with", "profuse", "sweating", ",", "a", "feeling", "of", "general", "malaise", ",", "and", "retrosternal", "pain", "radiating", "to", "the", "left", "shoulder", "and", "back", ",", "which", "improved", "when", "seated", "and", "when", "he", "leaned", "forward", ",", "and", "worsened", "with", "inspiration", ".", "On", "physical", "examination", "he", "was", "conscious", ",", "oriented", "and", "with", "a", "moderate", "feeling", "of", "illness", ".", "There", "were", "no", "alterations", "in", "the", "head", ",", "neck", ",", "mouth", "or", "pharynx", ",", "except", "for", "moderate", "tonsillar", "hypertrophy", ".", "Cardiac", "auscultation", "was", "rhythmic", "and", "without", "murmurs", ",", "with", "muffled", "tones", ",", "and", "respiratory", "auscultation", "showed", "bibasal", "hypoventilation", ".", "The", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", "with", "no", "pain", ",", "masses", "or", "organomegaly", ".", "Extremities", "were", "normal", ".", "Complementary", "examinations", "showed", ":", "Hb", ":", "13", ".", "6", "g", "/", "dl", ",", "haematocrit", ":", "40", "%", ",", "platelets", ":", "236", ",", "000", "mm3", ".", "Leukocytes", ":", "20", ",", "400", "mm3", "(", "N", "84", "%", ",", "L", "10", "%", ")", ".", "Coagulation", "test", "normal", ".", "Biochemistry", ":", "glucose", ":", "110", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", ":", "0", ".", "91", "mg", "/", "dl", ",", "ions", "normal", ".", "Liver", "profile", ":", "total", "bilirubin", ":", "0", ".", "48", "mg", "/", "dl", ",", "GOT", ":", "19", "U", "/", "L", ",", "GPT", ":", "16", "U", "/", "L", ",", "FA", ":", "180", "U", "/", "L", ",", "GGT", ":", "155", "U", "/", "L", ".", "CPK", ":", "84", "U", "/", "L", ",", "troponin", "0", ".", "55", "ng", "/", "ml", ",", "LDH", ":", "192", "U", "/", "L", ".", "CRP", ":", "243", "mg", "/", "L", ".", "Procalcitonin", ":", "2", ".", "23", "ng", "/", "ml", ".", "An", "ECG", "revealed", "sinus", "rhythm", "together", "with", "ST-segment", "elevation", "with", "superior", "concavity", "in", "multiple", "leads", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "an", "increased", "cardiac", "silhouette", "and", "a", "small", "left", "pleural", "effusion", ".", "The", "syndromic", "diagnosis", "of", "acute", "pericarditis", "was", "established", "and", "the", "patient", "was", "admitted", ".", "Differential", "diagnosis", "Acute", "pericarditis", "(", "AP", ")", "is", "a", "multi-thiological", "clinical", "syndrome", "manifested", "by", "chest", "pain", ",", "pericardial", "friction", "rub", "and", "evolving", "repolarisation", "changes", "on", "the", "electrocardiogram", "(", "ECG", ")", ".", "The", "diagnosis", "of", "pericarditis", "requires", "at", "least", "2", "of", "these", "3", "elements", ",", "and", "although", "auscultation", "of", "pericardial", "friction", "rub", "alone", "can", "establish", "the", "diagnosis", ",", "its", "absence", "never", "rules", "it", "out", ".", "The", "main", "clinical", "manifestation", "of", "acute", "pericarditis", "is", "chest", "pain", ",", "which", "can", "be", "confused", "with", "acute", "myocardial", "infarction", "(", "AMI", ")", ".", "However", ",", "unlike", "infarction", ",", "the", "pain", "is", "rapid", "but", "not", "sudden", "in", "onset", ",", "although", "intense", "it", "is", "not", "oppressive", ",", "is", "modified", "by", "breathing", "and", "postural", "changes", ",", "and", "is", "not", "accompanied", "by", "vegetative", "symptoms", ".", "The", "ECG", "is", "altered", "in", "more", "than", "80", "%", "of", "cases", "of", "AP", "and", "consists", "of", "a", "diffuse", "ST-segment", "elevation", "of", "superior", "concavity", "(", "subepicardial", "lesion", "curve", ")", "with", "positive", "T-waves", ".", "The", "PR", "segment", "may", "be", "lowered", "(", "atrial", "lesion", "curve", ")", ".", "These", "changes", "usually", "last", "for", "hours", "or", "a", "few", "days", ".", "Unlike", "AMI", ",", "no", "Q-wave", "or", "mirror", "image", "is", "evident", ".", "Myocardial", "injury", "markers", "(", "CPK", "and", "troponin", ")", "are", "usually", "normal", "or", "slightly", "elevated", ",", "due", "to", "the", "accompanying", "epicardial", "inflammation", ",", "but", "never", "reach", "the", "levels", "seen", "in", "AMI", ".", "Pleuritic", "pain", "originating", "from", "pleural", "effusion", ",", "pneumonia", "or", "pneumothorax", "may", "have", "features", "in", "common", "with", "pericarditis", ",", "but", "the", "pain", "is", "localised", "more", "laterally", "in", "the", "thorax", ".", "However", ",", "the", "association", "of", "pericarditis", "with", "pleuritis", "(", "pleuro-pericarditis", ")", "is", "common", ",", "so", "the", "pain", "may", "have", "characteristics", "of", "both", ".", "Pathologies", "of", "the", "aorta", ",", "oesophagus", "and", "chest", "wall", "present", "clinical", "and", "radiological", "features", "that", "rarely", "raise", "confusion", "with", "the", "diagnosis", "of", "AP", ".", "Once", "the", "syndromic", "diagnosis", "of", "pericarditis", "has", "been", "established", ",", "an", "attempt", "must", "be", "made", "to", "establish", "the", "aetiological", "diagnosis", ".", "The", "first", "consideration", "is", "to", "assess", "whether", "there", "is", "any", "underlying", "disease", "that", "may", "be", "the", "cause", "of", "pericarditis", ".", "Patients", "with", "renal", "failure", ",", "recent", "AMI", ",", "cardiac", "surgery", ",", "chest", "radiotherapy", ",", "known", "neoplasia", "or", "collagen", "diseases", "may", "develop", "AP", ",", "which", "should", "always", "be", "considered", "secondary", "to", "the", "underlying", "disease", "in", "the", "first", "place", ".", "However", ",", "the", "most", "common", "situation", "is", "for", "pericarditis", "to", "present", "as", "a", "primary", "disease", ".", "In", "these", "cases", ",", "the", "vast", "majority", "(", "more", "than", "90", "%", ")", "of", "pericarditis", "are", "idiopathic", "or", "viral", ".", "Despite", "the", "term", "idiopathic", ",", "there", "is", "sufficient", "evidence", "to", "assume", "that", "most", "cases", "are", "due", "to", "a", "viral", "infection", "or", "an", "immune", "response", "to", "it", ".", "Attempting", "to", "prove", "this", "viral", "infection", "is", "a", "complex", "and", "costly", "endeavour", ",", "which", "is", "in", "no", "way", "compensated", "by", "the", "fact", "that", "the", "disease", "resolves", "spontaneously", ",", "without", "sequelae", ",", "in", "the", "vast", "majority", "of", "patients", ".", "There", "are", "a", "number", "of", "clinical", "data", "that", "can", "be", "very", "useful", "in", "guiding", "the", "aetiological", "diagnosis", "of", "AP", ".", "The", "presence", "of", "an", "intrathoracic", "infection", "(", "pneumonia", "or", "empyema", ")", "makes", "it", "necessary", "to", "rule", "out", "purulent", "pericarditis", ".", "Another", "very", "important", "aspect", "to", "assess", "is", "the", "geographical", "/", "epidemiological", "context", ":", "tuberculous", "pericarditis", "is", "very", "rare", "in", "Spain", ",", "about", "4", "%", "of", "all", "pericarditis", ",", "but", "in", "some", "areas", "of", "Africa", "it", "may", "account", "for", "80", "%", "of", "pericarditis", ".", "In", "contrast", ",", "other", "clinical", "features", "are", "completely", "non-specific", ",", "such", "as", "the", "presence", "of", "effusion", "or", "cardiac", "tamponade", ".", "Although", "in", "relative", "terms", "tamponade", "is", "more", "frequent", "in", "specific", "pericarditis", ",", "it", "is", "not", "uncommon", "in", "idiopathic", "or", "viral", "pericarditis", "and", ",", "in", "absolute", "terms", ",", "this", "is", "the", "most", "frequent", "aetiology", ".", "Other", "clinical", "features", "of", "interest", "such", "as", "the", "presence", "of", "pleural", "effusion", "and", "prolonged", "clinical", "course", "are", "entirely", "non-specific", ",", "although", "pericarditis", "that", "is", "self-limiting", "within", "a", "few", "days", "is", "virtually", "always", "viral", "or", "idiopathic", "in", "origin", ".", "The", "last", "step", "in", "the", "aetiological", "diagnosis", "of", "acute", "pericarditis", "would", "be", "pericardiocentesis", "and", "pericardial", "biopsy", ":", "both", "can", "provide", "definitive", "data", "for", "the", "diagnosis", "of", "specific", "pericarditis", "(", "purulent", ",", "tuberculous", "or", "neoplastic", ")", ".", "Although", "their", "yield", "is", "not", "very", "high", ",", "19", "%", "and", "22", "%", "respectively", ",", "it", "can", "be", "increased", "to", "35", "%", "when", "performed", "not", "only", "for", "diagnostic", "but", "also", "for", "therapeutic", "purposes", "in", "patients", "with", "cardiac", "tamponade", ".", "Evolution", "Twenty-four", "hours", "after", "admission", ",", "the", "patient", "began", "with", "clinical", "signs", "of", "haemodynamic", "compromise", ",", "hypotension", ",", "tachycardia", ",", "tachypnoea", ",", "together", "with", "jugular", "ingurgitation", "and", "paradoxical", "pulse", ".", "An", "urgent", "TTE", "was", "performed", ",", "revealing", "a", "moderate-severe", "global", "pericardial", "effusion", "with", "collapse", "of", "the", "right", "chambers", ",", "significant", "variations", "in", "mitral", "filling", "with", "respiration", "and", "dilated", "inferior", "vena", "cava", "with", "partial", "collapse", ",", "compatible", "with", "echocardiographic", "tamponade", ".", "Given", "the", "situation", "of", "clinical", "and", "echocardiographic", "tamponade", ",", "a", "pericardiocentesis", "was", "performed", "urgently", "with", "manual", "removal", "of", "approximately", "500", "cc", "of", "clearly", "purulent", "liquid", ",", "and", "a", "subxiphoid", "drain", "was", "placed", ".", "After", "this", "intervention", ",", "haemodynamic", "stability", "was", "restored", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "ceftriaxone", "1g", "/", "12", "hours", "and", "vancomycin", "at", "the", "same", "doses", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "showed", "persistent", "pericardial", "effusion", "(", "approximately", "17", "mm", "thick", ")", ",", "together", "with", "moderate", "bilateral", "pleural", "effusion", "and", "multiple", "mediastinal", "adenopathies", "up", "to", "15", "mm", "in", "diameter", ".", "Forty-eight", "hours", "after", "pericardial", "drainage", ",", "the", "patient", "remained", "febrile", "with", "chest", "pain", ".", "A", "new", "blood", "test", "revealed", "a", "leukocytosis", "of", "30", ",", "800", "leukocytes", "/", "mm3", "and", "an", "elevated", "CRP", "to", "390", "mg", "/", "L", ".", "A", "control", "TTE", "showed", "a", "pericardial", "effusion", "of", "8", "mm", "in", "the", "infero-posterior", "side", "and", "4", "mm", "in", "the", "antero-lateral", "side", ",", "with", "no", "signs", "of", "tamponade", "and", "no", "window", "for", "a", "new", "puncture", ".", "Blood", "cultures", "performed", "on", "admission", "were", "negative", ",", "and", "Streptococcus", "dysgalatiae", "spp", ".", "equisimilis", "was", "isolated", "in", "the", "pericardial", "fluid", "culture", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "clinical", "symptoms", "and", "poor", "drainage", "debit", ",", "the", "patient", "underwent", "surgery", "by", "median", "sternotomy", ".", "A", "very", "thickened", "pericardium", "was", "observed", "and", "a", "very", "thick", "and", "organised", "purulent", "fluid", "covering", "the", "myocardium", "was", "removed", ".", "A", "phrenic-to-phrenic", "pericardiectomy", "was", "performed", ",", "and", "the", "rest", "of", "the", "pericardial", "cavity", "was", "connected", "to", "both", "pleurae", ".", "Histological", "study", "of", "the", "pericardium", "was", "compatible", "with", "fibrino-purulent", "pericarditis", "and", "a", "new", "pericardial", "fluid", "culture", "was", "negative", ".", "The", "postoperative", "period", "was", "uneventful", ",", "he", "completed", "4", "weeks", "of", "parenteral", "antibiotic", "treatment", ",", "and", "was", "discharged", "asymptomatic", ".", "Final", "diagnosis", "Purulent", "pericarditis", "complicated", "with", "tamponade", "due", "to", "Streptococcus", "dysgalatiae", "spp", ".", "equisimilis", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "student", "label": "HUMAN", "start": 146, "end": 153 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 266, "end": 279 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1844, "end": 1851 }, { "text": "Patients", "label": "HUMAN", "start": 3816, "end": 3824 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4561, "end": 4569 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4210, "end": 4215 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4314, "end": 4319 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4384, "end": 4389 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5265, "end": 5270 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 5561, "end": 5566 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5994, "end": 6002 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6077, "end": 6084 }, { "text": "Streptococcus dysgalatiae spp. equisimilis", "label": "SPECIES", "start": 8316, "end": 8358 } ]

[ "We", "describe", "the", "case", "of", "a", "91-year-old", "woman", ",", "type", "2", "diabetic", "treated", "with", "oral", "hypoglycaemic", "agents", ",", "hypertensive", ",", "and", "previously", "dependent", "on", "physical", "activities", "of", "daily", "living", "after", "an", "ischaemic", "stroke", ".", "The", "family", "reports", "that", "the", "patient", "has", "presented", "with", "vomiting", ",", "hypogastric", "pain", "and", "haematuria", "in", "the", "last", "15", "days", ".", "Initially", "treated", "with", "fosfomycin-trometamol", "on", "an", "outpatient", "basis", ",", "the", "condition", "worsened", "in", "the", "last", "48", "hours", "with", "jaundice", "and", "generalised", "abdominal", "pain", ",", "and", "the", "patient", "was", "brought", "to", "the", "Emergency", "Department", ".", "The", "patient", "was", "conscious", ",", "oriented", ",", "afebrile", "and", "normotensive", ".", "Physical", "examination", "revealed", "jaundice", "and", "abdominal", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "hypogastrium", "and", "right", "hypochondrium", ",", "with", "no", "evidence", "of", "associated", "peritoneal", "irritation", ".", "Biochemistry", "showed", "poor", "glycaemic", "control", "(", "glucose", ":", "571", "mg", "/", "dL", ")", ",", "cholestasis", "and", "cytolysis", "(", "total", "bilirubin", ":", "10", ".", "9", "mg", "/", "dL", ";", "direct", "bilirubin", ":", "9", ".", "3", "mg", "/", "dL", ";", "GOT", ":", "57", "U", "/", "L", ";", "GPT", ":", "134", "U", "/", "L", ";", "GGT", ":", "806", "U", "/", "L", ";", "alkaline", "phosphatase", ":", "657", "U", "/", "L", ")", "and", "acute", "renal", "failure", "(", "creatinine", ":", "2", ".", "8", "mg", "/", "dL", ")", ".", "The", "haemogram", "is", "practically", "normal", "(", "white", "blood", "cells", ":", "11", ",", "990", "/", "mm3", "with", "75", ".", "9", "%", "neutrophils", ";", "haemoglobin", ":", "15", ".", "5", "g", "/", "dL", ";", "platelets", ":", "217", ",", "000", "/", "mm3", ")", ".", "Systematic", "urinalysis", "shows", "glycosuria", ",", "microhaematuria", "and", "negative", "nitrites", ".", "The", "urine", "sediment", "was", "clearly", "pathological", ",", "with", "abundant", "leukocytes", "and", "germs", ".", "Additional", "tests", "included", "a", "simple", "abdominal", "X-ray", ",", "which", "revealed", "the", "presence", "of", "ectopic", "air", "in", "the", "lower", "pelvis", ",", "probably", "in", "the", "bladder", "wall", ",", "suggestive", "of", "emphysematous", "cystitis", ",", "and", "an", "abdominal", "ultrasound", ",", "which", "confirmed", "the", "presence", "of", "gas", "bordering", "the", "bladder", "wall", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "evidence", "of", "a", "large", "dilatation", "of", "the", "gallbladder", "and", "the", "intra", "-", "and", "extrahepatic", "biliary", "tract", ",", "with", "suspicion", "of", "choledocholithiasis", ".", "Urine", "culture", "isolated", "more", "than", "100", ",", "000", "CFU", "/", "ml", "of", "Escherichia", "coli", "sensitive", "to", "amoxicillin-clavulanic", "acid", ",", "cefuroxime-axetil", ",", "cefotaxime", ",", "piperacillin-tazobactam", ",", "gentamicin", "and", "trimethoprim-sulfamethoxazole", ".", "With", "a", "diagnosis", "of", "obstructive", "jaundice", "and", "emphysematous", "cystitis", ",", "admission", "was", "decided", ".", "Intravenous", "antibiotic", "treatment", "was", "initially", "started", "with", "piperacillin-tazobactam", ",", "urinary", "catheterisation", "and", "strict", "control", "of", "blood", "glucose", "levels", ".", "An", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "was", "requested", "which", "confirmed", "the", "diagnosis", "of", "emphysematous", "cystitis", ".", "The", "obstructive", "jaundice", "resolved", "after", "retrograde", "cholangiopancreatography", "and", "endoscopic", "sphincterotomy", ",", "and", "no", "bile", "duct", "stones", "or", "bile", "duct", "dilatation", "were", "found", "in", "the", "control", "ultrasound", ".", "After", "5", "days", "of", "intravenous", "antibiotic", "treatment", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "good", "general", "condition", ",", "it", "was", "decided", "to", "discharge", "her", "from", "hospital", "with", "oral", "antibiotic", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "for", "14", "days", ",", "maintaining", "the", "urinary", "catheter", ".", "The", "control", "urine", "culture", "after", "treatment", "was", "negative", ".", "A", "follow-up", "abdominal-pelvic", "CT", "scan", "showed", "no", "evidence", "of", "residual", "lesions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 234, "end": 241 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 491, "end": 498 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 210, "end": 216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 544, "end": 551 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 1338, "end": 1343 }, { "text": "Escherichia coli", "label": "SPECIES", "start": 1832, "end": 1848 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2592, "end": 2599 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "A", "28", "year", "old", "male", "presented", "with", "confusional", "disorder", "and", "behavioural", "disorder", ".", "Personal", "history", "No", "associated", "organic", "pathology", ",", "history", "of", "psychotic", "symptoms", "in", "2003", ",", "following", "the", "ingestion", "of", "cannabis", ".", "Family", "history", "Healthy", "68-year-old", "father", ".", "Mother", "aged", "60", "with", "diabetes", ".", "Cannabis", "and", "cocaine-using", "siblings", "currently", "abstinent", ".", "Lives", "with", "the", "family", "of", "origin", ".", "Toxicological", "history", "He", "started", "using", "cannabis", "at", "the", "age", "of", "15-16", "years", "on", "an", "ad", "hoc", "basis", ".", "After", "a", "year", ",", "his", "use", "increases", "during", "his", "stay", "in", "the", "USA", ".", "He", "relates", "it", "to", "stressful", "situations", "and", "problems", "in", "living", "together", ".", "He", "reports", "occasional", "contact", "with", "other", "drugs", "such", "as", "alcohol", "and", "ecstasy", ".", "She", "returned", "to", "Spain", "and", "after", "6", "months", "she", "requested", "psychiatric", "and", "psychological", "help", ",", "which", "she", "continues", "to", "receive", "to", "the", "present", "day", ".", "He", "reports", "a", "period", "of", "abstinence", "of", "up", "to", "8", "months", ",", "remaining", "asymptomatic", ".", "In", "recent", "years", "he", "has", "increased", "his", "consumption", "of", "hashish", ",", "reaching", "a", "consumption", "of", "10", "to", "12", "joints", "a", "day", ".", "Occasional", "use", "of", "cocaine", "and", "benzodiazepines", ".", "He", "reports", "using", "0", ".", "5", "grams", "of", "cocaine", "once", "or", "twice", "a", "day", "for", "three", "or", "four", "months", ",", "smoked", ",", "in", "association", "with", "alcohol", "consumption", ",", "3", "or", "4", "glasses", "of", "beer", "a", "day", ".", "She", "requested", "psychiatric", "help", ",", "stating", "that", "she", "\"", "couldn", "'", "t", "cope", "any", "more", "\"", "and", "due", "to", "family", "pressure", ".", "Description", "of", "the", "case", ".", "He", "lives", "in", "an", "upper-middle", "class", "family", ".", "He", "works", "as", "a", "salesman", "in", "the", "family", "business", ".", "At", "the", "time", "of", "admission", ",", "he", "says", "he", "feels", "sad", "and", "can", "no", "longer", "cope", ".", "He", "has", "a", "history", "of", "behavioural", "disorder", "since", "adolescence", "and", "is", "diagnosed", "with", "borderline", "personality", "disorder", ",", "due", "to", "his", "impulsivity", ",", "aggressiveness", "and", "irritability", "and", "based", "on", "his", "frequent", "changes", "of", "school", ".", "Hospitalised", "in", "different", "psychiatric", "institutions", "for", "psychotic", "symptoms", "associated", "with", "cannabis", "use", "since", "2003", ".", "He", "was", "prescribed", "treatment", "with", "neuroleptics", "and", "antidepressants", "together", "with", "psychological", "treatment", ",", "and", "subsequently", "remained", "asymptomatic", ".", "In", "May", "2008", ",", "he", "was", "admitted", "for", "confusional", "symptoms", "and", "aggressive", "behaviour", ",", "attacking", "a", "policeman", "with", "a", "knife", ".", "On", "examination", ",", "he", "presented", "emotional", "incontinence", ",", "suspiciousness", ",", "defiant", "behaviour", ",", "delusional", "ideas", "and", "kinaesthetic", "hallucinations", ".", "Antipsychotic", "treatment", "with", "risperidone", "6mg", "per", "day", ",", "oxcarbazepine", "900mg", "per", "day", "and", "chloracepate", "dipotassium", "45mg", "per", "day", "was", "indicated", ".", "He", "has", "absconded", "from", "the", "institution", "on", "several", "occasions", "despite", "being", "legally", "committed", ".", "He", "displays", "self-aggressive", "and", "heteroaggressive", "behaviour", ",", "constantly", "threatening", "staff", "and", "patients", ",", "transgressing", "limits", ",", "rules", "and", "guidelines", "of", "the", "institution", ".", "Medication", "was", "intensified", "with", "intramuscular", "zuclopenthixol", "for", "3", "consecutive", "days", ",", "improving", "his", "behaviour", ",", "and", "it", "was", "subsequently", "necessary", "to", "transfer", "him", "to", "another", "institution", "due", "to", "hospital", "security", "measures", ".", "Psychopathological", "examination", "At", "the", "time", "of", "admission", ",", "he", "was", "confused", ",", "refused", "to", "cooperate", "and", "his", "relatives", "reported", "that", "he", "was", "strange", ".", "He", "showed", "bizarre", "behaviour", ",", "taking", "taxis", "without", "having", "money", "to", "pay", "for", "them", ",", "alternating", "this", "behaviour", "with", "aggressiveness", "and", "irritability", ".", "Authoritarian", ",", "threatening", "and", "defiant", "attitude", ".", "During", "his", "admission", "he", "took", "personal", "belongings", "from", "the", "elderly", ".", "He", "reported", "seeing", "people", "lying", "in", "bed", "next", "to", "him", ",", "stating", "that", "there", "was", "a", "plot", "to", "harm", "him", ".", "He", "often", "remained", "isolated", ",", "withdrawn", "and", "absent", ".", "Complementary", "examinations", "Toxicological", "analysis", "with", "positive", "results", "for", "cannabis", "and", "cocaine", ".", "Haemogram", "with", "no", "relevant", "findings", ".", "Hepatitis", "and", "HIV", "serology", "negative", ".", "Electroencephalogram", "with", "no", "relevant", "findings", ".", "Diagnosis", "Cannabis-induced", "psychosis", "associated", "with", "borderline", "personality", "disorder", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 38, "end": 42 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 106, "end": 114 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 222, "end": 230 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 233, "end": 239 }, { "text": "siblings", "label": "HUMAN", "start": 333, "end": 341 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 276, "end": 282 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 268, "end": 274 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 306, "end": 314 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 378, "end": 384 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 436, "end": 444 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1322, "end": 1328 }, { "text": "adolescence", "label": "HUMAN", "start": 1572, "end": 1583 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 1830, "end": 1838 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1399, "end": 1405 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1437, "end": 1443 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 2578, "end": 2586 }, { "text": "staff", "label": "HUMAN", "start": 2568, "end": 2573 }, { "text": "elderly", "label": "HUMAN", "start": 3265, "end": 3272 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 2973, "end": 2982 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 3236, "end": 3244 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 3569, "end": 3572 }, { "text": "Hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 3555, "end": 3564 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3496, "end": 3504 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3652, "end": 3660 } ]

[ "We", "present", "the", "case", "of", "a", "patient", "who", "developed", "Cotard", "'", "s", "syndrome", "in", "the", "early", "puerperium", ",", "having", "had", "a", "pregnancy", "marked", "by", "severe", "anxiety", "and", "ended", "early", "by", "caesarean", "section", ".", "IDENTIFICATION", "OF", "THE", "PATIENT", "-", "Pregnant", "woman", ",", "26", "years", "old", ",", "married", ",", "one", "child", "of", "3", "years", ",", "one", "previous", "miscarriage", ".", "BRIEF", "PSYCHOBIOGRAPHY", ":", "-", "Lives", "in", "the", "parental", "home", ",", "living", "with", "her", "husband", "and", "son", ",", "as", "well", "as", "both", "parents", "and", "a", "brother", ".", "-", "Low", "socio-cultural", "and", "economic", "level", ".", "Unemployed", ".", "PSYCHIATRIC", "FAMILY", "HISTORY", "-", "Mother", "and", "aunt", "with", "mild", "depressive", "symptoms", ".", "MEDICAL-SURGICAL", "HISTORY", "-", "Iron", "deficiency", "anaemia", "during", "the", "present", "pregnancy", ".", "Other", "uninteresting", ".", "-", "GAV", "3-1-1", ".", "Current", "pregnancy", "desired", ".", "-", "Denies", "use", "of", "alcohol", "or", "drugs", "of", "abuse", ".", "PERSONAL", "PSYCHIATRIC", "HISTORY", "-", "Refers", "the", "presence", "of", "postpartum", "sadness", "after", "her", "first", "pregnancy", ",", "without", "requiring", "medical", "attention", "and", "without", "meeting", "diagnostic", "criteria", "for", "postpartum", "depression", ".", "-", "Mourning", "reaction", "to", "the", "miscarriage", "suffered", "during", "her", "second", "pregnancy", ",", "without", "seeking", "medical", "or", "psychological", "help", "for", "this", "process", ".", "CURRENT", "ILLNESS", "Pregnant", "patient", "at", "an", "advanced", "stage", "of", "pregnancy", "(", "32", "weeks", ")", "referred", "by", "her", "primary", "care", "physician", "to", "the", "community", "mental", "health", "team", "for", "multiple", "somatic", "complaints", ",", "as", "well", "as", "pregnancy-related", "symptoms", ",", "having", "ruled", "out", "organicity", ".", "After", "evaluation", "of", "the", "patient", "by", "means", "of", "psychopathological", "examination", ",", "the", "diagnostic", "orientation", "is", "of", "mixed", "type", "of", "adaptive", "disorder", ".", "EVOLUTION", "After", "the", "first", "visit", "to", "the", "mental", "health", "service", ",", "the", "patient", "did", "not", "return", "to", "the", "mental", "health", "service", ",", "although", "she", "did", "visit", "the", "hospital", "on", "several", "occasions", ".", "In", "the", "first", "7", "months", "of", "pregnancy", "she", "visited", "the", "emergency", "department", "on", "19", "occasions", ",", "being", "seen", "by", "the", "gynaecology", "department", "practically", "every", "time", ",", "the", "reasons", "for", "consultation", "being", "metrorrhagia", ",", "slight", "metrorrhagia", ",", "malaise", ",", "increased", "vaginal", "discharge", ",", "abdominal", "pain", ",", "\"", "not", "noticing", "or", "noticing", "the", "baby", "less", "\"", ",", "slight", "trauma", ",", "anxiety", ",", "dysuria", ",", "vaginal", "spotting", ",", "abdominal", "discomfort", ",", "tingling", "all", "over", "the", "body", ",", "generalised", "tremor", ",", "generalised", "pruritus", ",", "sensation", "of", "dizziness", ",", "subjective", "sensation", "of", "weight", "loss", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Gynaecology", "and", "Obstetrics", "Department", ",", "from", "where", "she", "was", "referred", "to", "Liaison", "Psychiatry", ".", "She", "was", "assessed", "by", "a", "psychiatrist", "at", "the", "hospital", "on", "two", "occasions", ",", "at", "32", "and", "33", "weeks", "'", "gestation", ".", "The", "reason", "for", "consultation", "was", "anxiety", ",", "a", "state", "of", "hyper-preoccupation", "and", "persistent", "ideas", "about", "the", "pregnancy", "process", "and", "fear", "of", "a", "fatal", "outcome", "(", "foetal", "death", ")", ".", "The", "psychopathological", "examination", "highlighted", "hypochondriacal", "cognitive", "ruminations", "and", "very", "repetitive", ",", "persistent", "thoughts", "about", "fears", "related", "to", "a", "poor", "evolution", "of", "the", "pregnancy", ",", "with", "significant", "emotional", "repercussions", ",", "presenting", "anxiety", "and", "sadness", ",", "which", "were", "initially", "assessed", "as", "possibly", "reactive", "to", "this", "content", "of", "the", "thought", ".", "She", "did", "not", "present", "alterations", "of", "sensory", "perception", ",", "disorders", "of", "the", "ownership", "/", "intimacy", "of", "thought", ",", "phenomena", "of", "ego", "influence", "or", "other", "symptoms", "of", "a", "psychotic", "nature", ".", "Possible", "treatment", "with", "an", "SSRI", "and", "lorazepam", "to", "combat", "hypochondriacal", "thoughts", "and", "anxiety", "was", "considered", ".", "However", ",", "given", "the", "patient", "'", "s", "refusal", "to", "take", "medication", "and", "taking", "into", "account", "the", "advanced", "stage", "of", "gestation", "and", "the", "latency", "period", "of", "the", "SSRIs", ",", "psychotherapeutic", "support", "and", "relaxation", "techniques", "were", "chosen", "instead", "of", "psychotropic", "drugs", ".", "Finally", ",", "the", "obstetrician", "decided", "to", "perform", "an", "emergency", "caesarean", "section", "due", "to", "suspicion", "of", "loss", "of", "foetal", "wellbeing", ".", "The", "caesarean", "section", "took", "place", "without", "complications", ".", "The", "newborn", "had", "an", "Apgar", "score", "of", "5-6", "/", "9", ",", "umbilical", "cord", "pH", "7", ".", "24", "and", "Hb", "of", "3", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "requiring", "referral", "to", "the", "neonatal", "ICU", ".", "After", "the", "caesarean", "section", ",", "the", "patient", "was", "again", "assessed", "by", "the", "liaison", "psychiatrist", ".", "The", "psychopathological", "examination", "revealed", "persistent", ",", "repetitive", "discourse", ",", "with", "hypochondriacal", "ideas", "of", "increasing", "pressure", "and", "affective", "repercussions", "(", "she", "believed", "she", "was", "infected", "or", "could", "catch", "an", "infection", ",", "worried", "about", "hair", "loss", "or", "weight", "loss", "during", "the", "pregnancy", ",", "which", "had", "already", "ended", ")", ".", "During", "the", "visit", "to", "her", "newborn", "child", "in", "the", "neonatal", "ICU", ",", "multiple", "complaints", "of", "a", "somatic", "nature", "and", "persistent", "hypochondriacal", "ideas", "persist", ",", "as", "well", "as", "a", "new", "onset", "of", "motor", "slowing", ".", "His", "discourse", "centred", "on", "ideas", "of", "contamination", "and", "illness", "became", "increasingly", "persistent", "and", "almost", "irreducible", ",", "for", "which", "reason", "his", "admission", "to", "the", "psychiatric", "ward", "was", "indicated", ",", "and", "a", "psychopathological", "examination", "on", "the", "psychiatric", "ward", "revealed", "a", "progressively", "diminishing", "environmental", "reactivity", "of", "mood", "and", "a", "marked", "psychomotor", "retardation", ".", "His", "self", "-", "and", "allopsychic", "orientation", "and", "level", "of", "consciousness", "did", "not", "show", "any", "alterations", ".", "The", "repetitive", "hypochondriacal", "ideas", "are", "acquiring", "a", "delirious", "character", ":", "the", "patient", "maintains", "the", "firm", "and", "irrefutable", "belief", "that", "she", "is", "going", "to", "die", "\"", "because", "I", "have", "not", "healed", "properly", "from", "the", "quarantine", ".", ".", ".", "I", "am", "rotten", "inside", ".", ".", ".", "I", "am", "fading", "away", ".", ".", ".", "\"", ".", "In", "addition", "to", "the", "hypochondriacal", "delusions", ",", "there", "are", "ideas", "of", "harm", ",", "believing", "that", "we", "are", "going", "to", "make", "a", "report", "to", "take", "the", "children", "away", "from", "her", ".", "She", "cries", "frequently", ",", "saying", "that", "\"", "I", "am", "going", "to", "die", "and", "I", "will", "never", "see", "my", "son", "again", ".", ".", ".", ".", "\"", ",", "\"", "you", "are", "going", "to", "take", "the", "children", "away", "from", "me", "because", "I", "am", "not", "well", "\"", ".", "Slowing", "of", "thought", ",", "language", "and", "motor", "skills", "increase", "over", "the", "next", "few", "days", ",", "increasing", "the", "latency", "of", "verbal", "response", ",", "sometimes", "even", "blocking", "speech", ".", "Hypochondriacal", "delusions", "then", "come", "to", "the", "fore", ":", "\"", "I", "came", "with", "an", "infected", "caesarean", "section", ".", ".", ".", "my", "intestines", "have", "come", "out", ",", "I", "am", "empty", "inside", ",", "I", "am", "rotting", ".", ".", ".", "I", "am", "dying", ".", ".", ".", "\"", ",", "with", "nihilistic", ",", "empty", "and", "rotting", "content", ",", "with", "the", "Cotard", "'", "s", "syndrome", "becoming", "fully", "structured", ".", "At", "times", "she", "appears", "perplexed", ",", "semi-stupefied", ".", "She", "also", "begins", "to", "show", "rigidity", "on", "passive", "mobilisation", ".", "Although", "she", "does", "not", "maintain", "fixed", "postures", ",", "if", "her", "arm", "is", "raised", ",", "for", "example", ",", "she", "slowly", "lowers", "it", "and", "may", "remain", "in", "an", "anatomical", "posture", "for", "several", "minutes", ".", "Thus", ",", "melancholic", "stupor", "with", "Cotard", "'", "s", "syndrome", "and", "catatonic", "symptoms", "are", "fully", "established", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "-", "Normal", "haemogram", ",", "biochemistry", ",", "liver", "and", "renal", "function", "tests", ".", "Normal", "thyroid", "function", ".", "-", "Normal", "B12", "and", "folates", ".", "-", "Normal", "cranial", "CT", "scan", ".", "-", "Normal", "rheumatic", "tests", ".", "-", "Serology", "lues", ",", "HIV", ",", "hepatitis", "B", ",", "hepatitis", "C", ",", "Borrelia", ",", "Ricketsias", ":", "no", "findings", ".", "DIAGNOSTIC", "ORIENTATION", "Given", "this", "clinical", "course", ",", "the", "case", "was", "classified", "as", "a", "Major", "Depressive", "Episode", "with", "psychotic", "symptoms", "(", "F32", ".", "3", ")", ",", "Cotard", "'", "s", "Syndrome", ".", "CHOICE", "OF", "TREATMENT", "Given", "the", "unavailability", "of", "ECT", "in", "our", "hospital", ",", "treatment", "was", "started", "with", "intravenous", "Clomipramine", ",", "which", "was", "later", "changed", "to", "oral", ",", "together", "with", "oral", "olanzapine", "to", "combat", "the", "psychotic", "symptoms", ".", "She", "is", "also", "treated", "with", "high", "doses", "of", "benzodiazepines", "(", "lorazepam", ")", "in", "order", "to", "control", "catatonic", "symptoms", ".", "MONITORING", "AND", "EFFICACY", "OF", "TREATMENT", "The", "response", "is", "slow", "but", "favourable", ",", "with", "initial", "improvement", "of", "catatonic", "rigidity", "(", "benzodiazepines", ")", ",", "and", "later", "improvement", "of", "environmental", "mood", "reactivity", "and", "affective", "resonance", ",", "psychomotor", "retardation", ",", "bradypsychia", "and", "bradylalia", ".", "The", "last", "to", "be", "monitored", ",", "after", "about", "5", "weeks", ",", "are", "hypochondriacal", "delusions", ".", "After", "a", "home", "leave", ",", "the", "patient", "is", "almost", "fully", "recovered", ",", "eager", "to", "return", "home", "with", "her", "children", ".", "She", "is", "finally", "discharged", "and", "is", "followed", "up", "on", "an", "outpatient", "basis", ",", "with", "treatment", "with", "oral", "Clomipramine", "150", "mg", "/", "day", "+", "oral", "Olanzapine", "10", "mg", "/", "day", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 25, "end": 32 }, { "text": "PATIENT", "label": "HUMAN", "start": 199, "end": 206 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 218, "end": 223 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 252, "end": 257 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 378, "end": 381 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 366, "end": 373 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 399, "end": 406 }, { "text": "FAMILY", "label": "HUMAN", "start": 488, "end": 494 }, { "text": "Mother", "label": "HUMAN", "start": 505, "end": 511 }, { "text": "aunt", "label": "HUMAN", "start": 516, "end": 520 }, { "text": "PERSONAL", "label": "HUMAN", "start": 739, "end": 747 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1109, "end": 1116 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1362, "end": 1369 }, { "text": "primary care physician", "label": "HUMAN", "start": 1178, "end": 1200 }, { "text": "community mental health team", "label": "HUMAN", "start": 1208, "end": 1236 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1547, "end": 1554 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2195, "end": 2202 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 2335, "end": 2347 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3218, "end": 3225 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3778, "end": 3785 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 3731, "end": 3739 }, { "text": "psychiatrist", "label": "HUMAN", "start": 3820, "end": 3832 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 3625, "end": 3632 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 4169, "end": 4174 }, { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 4182, "end": 4190 }, { "text": "newborn", "label": "HUMAN", "start": 4161, "end": 4168 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4850, "end": 4857 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 5255, "end": 5258 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 5154, "end": 5162 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 5298, "end": 5306 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 6371, "end": 6379 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 6340, "end": 6343 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 6345, "end": 6356 }, { "text": "hepatitis C", "label": "SPECIES", "start": 6358, "end": 6369 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 6334, "end": 6338 }, { "text": "Ricketsias", "label": "SPECIES", "start": 6381, "end": 6391 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7268, "end": 7275 }, { "text": "children", "label": "HUMAN", "start": 7333, "end": 7341 } ]

[ "A", "36-year-old", "woman", "with", "restrictive-purgative", "anorexia", "nervosa", "and", "unfavourable", "evolution", ";", "DM1", "with", "poor", "metabolic", "control", ",", "without", "complications", ";", "primary", "hypothyroidism", ";", "focal", "epilepsy", "with", "complex", "partial", "seizures", "and", "autolytic", "attempt", "with", "caustic", "ingestion", "with", "oesophageal", "stenosis", "requiring", "right", "oesophagoplasty", "and", "ileoduodenostomy", "with", "4", "reinterventions", "for", "evisceration", "and", "occlusion", "by", "oesophageal", "bridging", "and", "dilatation", ",", "as", "well", "as", "multiple", "admissions", "for", "pneumonia", "due", "to", "bronchoaspiration", ".", "Admitted", "for", "diarrhoea", "(", "10", "stools", "/", "day", ")", "for", "4", "days", "associated", "with", "general", "malaise", "and", "oral", "intolerance", ".", "Examination", ":", "hypotension", "+", "signs", "of", "dehydration", ".", "Right", "jugular", "vein", "was", "cannulated", ",", "presenting", "laterocervical", "haemorrhage", ",", "requiring", "orotracheal", "intubation", "and", "new", "central", "line", "cannulation", ".", "She", "presented", "with", "adult", "respiratory", "distress", "syndrome", ".", "After", "stabilisation", ",", "a", "nutritional", "assessment", "was", "performed", "with", "weight", "32kg", "and", "BMI", "11", ".", "3kg", "/", "m2", "and", "blood", "tests", "showed", "anaemia", ",", "HbA1c7", ".", "1", "%", ",", "TSH", "34", ".", "44", "IU", "/", "ml", ",", "T4l", "6", ".", "3pmol", "/", "l", ",", "cortisol", "28", ".", "86mg", "/", "dl", ",", "FSH", "3", ".", "37mIU", "/", "ml", ",", "LH", "1", ".", "79mIU", "/", "ml", ",", "estradiol", "5", ".", "0pg", "/", "ml", ".", "Continuous", "enteral", "nutrition", "by", "NGUS", "and", "phosphorus", ",", "magnesium", ",", "potassium", "and", "thiamine", "supplements", "were", "started", ".", "Endoscopy", "was", "performed", "in", "view", "of", "multiple", "NGUS", "outflows", "and", "dilatation", "of", "oesophageal", "stricture", "and", "placement", "of", "SNY", ",", "adding", "TPN", "to", "meet", "requirements", ".", "During", "admission", ",", "glycaemic", "control", "was", "complicated", ",", "with", "glycaemic", "variability", "in", "relation", "to", "the", "administration", "of", "nutrition", "and", "self-disconnection", "and", "starting", "of", "the", "NGUS", ".", "The", "patient", "began", "with", "febrile", "symptoms", ",", "ruling", "out", "ketoacidosis", ",", "and", "was", "started", "on", "Piperacillin-Tazobactam", "4g", "/", "8h", ".", "Three", "days", "later", ",", "she", "developed", "pustulosis", "and", "oedema", "in", "the", "MMSS", ",", "a", "Doppler", "ultrasound", "showed", "thrombus", "in", "the", "basilic", "and", "greater", "cephalic", "vein", "in", "the", "MSD", "and", "thrombus", "occupying", "the", "caudal", "half", "of", "the", "segment", "of", "the", "left", "internal", "jugular", "vein", "and", "left", "subclavian", "vein", "in", "relation", "to", "thrombophlebitis", ";", "Bemiparin", "sodium", "5000", "IUI", "and", "Linezolid", "600mg", "/", "12h", "were", "added", "to", "the", "treatment", ".", "Candida", "albicans", "was", "isolated", "in", "central", "venous", "catheter", ",", "blood", "culture", "and", "pustular", "secretion", "and", "Fluconazole", "400mg", "/", "24h", "was", "started", ".", "Transesophageal", "echocardiography", "could", "not", "be", "performed", "to", "rule", "out", "endocarditis", ",", "but", "there", "were", "no", "pathological", "findings", "in", "transthoracic", "echocardiography", "and", "candidemic", "endophthalmitis", "was", "ruled", "out", ".", "Chest", "CT", "scan", "showed", "a", "pattern", "of", "predominantly", "subpleural", "micronodules", "-", "a", "pulmonary", "manifestation", "of", "candidiasis", ".", "The", "diarrhoeal", "symptoms", "were", "studied", "and", "were", "compatible", "with", "malabsorptive", "symptoms", ".", "Subsequently", ",", "pseudomebranous", "colitis", "was", "confirmed", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "was", "discharged", "from", "hospital", "after", "improvement", "in", "nutritional", "status", "(", "increase", "of", "13", ".", "2kg", "-", "IMC", "16", ".", "1", ")", ",", "glycaemic", "control", "and", "diarrhoea", ".", "In", "addition", ",", "the", "febrile", "symptoms", "resolved", "and", "the", "patient", "showed", "a", "favourable", "evolution", "of", "septic", "thrombophlebitis", "of", "the", "central", "vein", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 819, "end": 824 }, { "text": "Candida albicans", "label": "SPECIES", "start": 2038, "end": 2054 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1545, "end": 1552 }, { "text": "candidemic", "label": "SPECIES", "start": 2332, "end": 2342 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2642, "end": 2649 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2836, "end": 2843 } ]

[ "A", "90-year-old", "woman", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "dysphagia", "but", "reported", "abdominal", "pain", "for", "several", "days", ",", "with", "deterioration", "of", "renal", "function", "in", "the", "blood", "tests", ".", "A", "simple", "abdominal", "X-ray", "showed", "gas", "surrounding", "the", "bladder", "suggestive", "of", "emphysematous", "cystitis", ".", "It", "was", "decided", "to", "perform", "an", "abdominopelvic", "CT", "scan", "without", "VSD", ",", "which", "confirmed", "intramural", "gas", "in", "the", "bladder", ",", "in", "the", "perivesical", "space", "and", "extending", "cranially", ",", "dissecting", "the", "anterior", "abdominal", "wall", ".", "Emphysematous", "cystitis", "with", "extraperitoneal", "bladder", "perforation", "versus", "associated", "necrotising", "fasciitis", "is", "suggested", ".", "A", "urine", "culture", "showed", "E", ".", "coli", ".", "After", "a", "month", ",", "a", "check-up", "was", "carried", "out", ",", "following", "intravenous", "antibiotic", "and", "oral", "treatment", ",", "with", "practical", "resolution", "of", "the", "emphysema", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 612, "end": 619 } ]

[ "A", "5-month-old", "boy", "was", "seen", "in", "the", "emergency", "department", "on", "2", "occasions", "for", "vomiting", ",", "poor", "general", "condition", ",", "decreased", "level", "of", "consciousness", ",", "hypotonia", "and", "skin", "pallor", "lasting", "30", "minutes", ",", "which", "started", "2", "hours", "after", "eating", "gluten-free", "cereal", "porridge", ".", "During", "the", "first", "episode", ",", "blood", "tests", ",", "cranial", "CT", "scan", "and", "lumbar", "puncture", "were", "performed", ",", "and", "the", "patient", "was", "admitted", "with", "IV", "acyclovir", ".", "A", "5-month-old", "boy", "was", "assessed", "twice", "in", "10", "days", "for", "episodes", "of", "vomiting", ",", "pallor", "and", "hypotonia", ".", "In", "both", "episodes", "he", "had", "eaten", "gluten-free", "cereal", "porridge", "which", "he", "had", "previously", "tolerated", "on", "one", "occasion", ".", "In", "both", "cases", ",", "skin", "tests", "and", "specific", "IgE", "to", "cereals", "were", "negative", ".", "Provocation", "to", "cereals", "with", "gluten", "and", "without", "rice", "with", "negative", "results", ",", "so", "they", "were", "diagnosed", "with", "rice-induced", "enterocolitis", ".", "A", "5-month-old", "female", "brought", "to", "the", "emergency", "department", "for", "vomiting", "after", "2", "hours", "of", "first", "ingestion", "of", "porridge", "with", "gluten-free", "cereals", ".", "Complete", "resolution", "of", "the", "symptoms", "on", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", "and", "she", "was", "discharged", ".", "Provocation", "with", "gluten-free", "cereals", ",", "presenting", "2", "hours", "after", "ingestion", "with", "skin", "pallor", ",", "hypotonia", "and", "decay", ".", "Same", "symptoms", "after", "provocation", "with", "cereals", "containing", "gluten", "(", "without", "rice", ")", ".", "Provocation", "with", "corn", "negative", ".", "Pending", "further", "study", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cereal", "label": "SPECIES", "start": 235, "end": 241 }, { "text": "cereal", "label": "SPECIES", "start": 530, "end": 536 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 714, "end": 718 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 770, "end": 774 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 644, "end": 651 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 682, "end": 689 }, { "text": "female", "label": "HUMAN", "start": 813, "end": 819 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 1223, "end": 1227 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 931, "end": 938 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 1068, "end": 1075 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 1188, "end": 1195 } ]

[ "A", "74-year-old", "man", ",", "with", "no", "personal", "history", "of", "interest", ",", "was", "referred", "to", "the", "emergency", "department", "for", "a", "suspected", "severe", "allergic", "reaction", ".", "The", "patient", "started", "two", "hours", "after", "ingestion", "of", "fish", ",", "with", "pruritus", "and", "oedema", "in", "both", "hands", ",", "followed", "by", "facial", "oedema", "and", "nausea", ".", "After", "being", "seen", "at", "a", "primary", "care", "centre", "where", "IM", "adrenaline", ",", "corticosteroids", ",", "antihistamines", "and", "bronchodilators", "were", "administered", ",", "on", "arrival", "at", "the", "emergency", "department", "the", "physical", "examination", "showed", "no", "alterations", ",", "except", "for", "generalised", "erythema", "predominantly", "facial", "and", "scattered", "expiratory", "wheezing", ",", "without", "uvula", "oedema", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "leukocytes", "21", ".", "4x109", "/", "L", "(", "neutrophils", "18", ".", "9", ")", ",", "lactic", "acid", "4", ".", "7mmol", "/", "L", ",", "venous", "blood", "pCO2", "38", ",", "venous", "blood", "bicarbonate", "20", ",", "procalcitonin", "4", ".", "2ng", "/", "ml", "(", "decreasing", "to", "0", ".", "6ng", "/", "ml", "three", "days", "later", ")", ".", "Given", "the", "suspicion", "of", "an", "allergic", "reaction", "due", "to", "anisakiasis", ",", "IgE", "antibodies", "against", "Anisakis", "(", "28", ".", "70kU", "/", "L", ")", "and", "gastroscopy", "where", "parasitic", "structures", "compatible", "with", "Anisakis", "were", "observed", ",", "confirming", "the", "diagnosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 144, "end": 151 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 27, "end": 35 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 189, "end": 193 }, { "text": "Anisakis", "label": "SPECIES", "start": 897, "end": 905 }, { "text": "Anisakis", "label": "SPECIES", "start": 977, "end": 985 }, { "text": "parasitic", "label": "SPECIES", "start": 940, "end": 949 } ]

[ "A", "67-year-old", "woman", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "and", "general", "malaise", ".", "Her", "relevant", "personal", "history", "included", ":", "hypertension", "with", "hypertensive", "heart", "disease", ",", "dyslipidaemia", ",", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "for", "20", "years", "with", "retinopathy", "and", "nephropathy", ",", "on", "ambulatory", "haemodialysis", "(", "HD", ")", "using", "a", "tunnelled", "catheter", "(", "June", "2012", ")", "in", "the", "right", "jugular", "vein", ".", "Implantation", "of", "a", "bicameral", "pacemaker", "in", "July", "2012", "due", "to", "third-degree", "atrioventricular", "block", ".", "Bronchial", "hyperreactivity", "with", "multiple", "admissions", "for", "exacerbation", ".", "Obstructive", "sleep", "apnoea", "syndrome", "untreated", "since", "2005", ".", "Non-alcoholic", "steatohepatitis", "and", "cholelithiasis", ".", "The", "patient", "first", "presented", "in", "July", "2012", "with", "a", "high", "fever", "and", "chills", ",", "with", "no", "apparent", "source", ".", "Physical", "examination", "showed", "Ta", "38oC", ",", "BP", "130", "/", "90", "mmHg", ",", "HR", "102", "beats", "/", "minute", ",", "RR", "20", "resp", "/", "minute", ",", "saturating", "at", "97", "%", "on", "room", "air", ".", "There", "was", "no", "neurological", "involvement", "and", "cardiorespiratory", "auscultation", "showed", "rhythmic", "tones", "without", "murmurs", "and", "normal", "lung", "sounds", ".", "Abdomen", "without", "findings", ".", "Limbs", "without", "oedema", ",", "with", "symmetrical", "and", "preserved", "distal", "pulses", ".", "Right", "jugular", "catheter", "insertion", "point", "and", "pacemaker", "generator", "bag", "without", "inflammatory", "signs", ".", "Differential", "blood", "cultures", "isolated", "methicillin-resistant", "Staphylococcus", "aureus", "(", "MRSA", ")", "without", "growth", "in", "favour", "of", "the", "catheter", ",", "but", "the", "same", "microorganism", "was", "isolated", "in", "the", "culture", "of", "the", "insertion", "point", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "remove", "the", "catheter", "72", "hours", "after", "admission", ".", "Semi-quantitative", "count", "by", "Maki", "technique", "was", "negative", ".", "Vancomycin", "treatment", "was", "administered", "via", "a", "new", "transitional", "right", "femoral", "catheter", "for", "4", "weeks", ",", "with", "the", "dose", "adjusted", "according", "to", "plasma", "drug", "levels", ".", "The", "patient", "was", "afebrile", "24", "hours", "after", "starting", "the", "antibiotic", "and", "secondary", "complications", "were", "ruled", "out", "after", "a", "negative", "blood", "culture", "at", "72h", "and", "transthoracic", "echocardiography", "(", "TTE", ")", "with", "no", "evidence", "of", "endocarditis", ".", "On", "discharge", ",", "a", "new", "tunneled", "catheter", "was", "cannulated", "in", "the", "right", "jugular", "vein", "to", "continue", "outpatient", "HD", ".", "Seven", "months", "later", ",", "in", "February", "2013", ",", "the", "patient", "again", "developed", "a", "high", "fever", "of", "38oC", "accompanied", "by", "shivering", "during", "an", "HD", "session", ".", "Blood", "culture", "again", "isolated", "Staphylococcus", "aureus", "(", "3", "of", "4", "vials", ")", "with", "the", "same", "antibiogram", "as", "in", "the", "previous", "episode", "(", "MIC", "to", "vancomycin", "=", "1", "mcg", "/", "ml", ")", ".", "On", "this", "occasion", "the", "differential", "blood", "culture", "growth", "was", "in", "favour", "of", "the", "catheter", ",", "with", "more", "than", "24", "h", "difference", ".", "The", "catheter", "was", "removed", "at", "96", "h", ",", "again", "with", "negative", "semi-quantitative", "culture", "of", "the", "tip", ".", "The", "patient", "was", "afebrile", "24h", "after", "starting", "treatment", "with", "vancomycin", ",", "which", "was", "prolonged", "for", "4", "weeks", ",", "as", "in", "the", "previous", "episode", ".", "The", "control", "blood", "culture", "at", "72h", "was", "negative", "and", "both", "TTE", "and", "transesophageal", "echocardiography", "(", "TEE", ")", "showed", "no", "endocarditis", "or", "valvular", "heart", "disease", ".", "It", "was", "thought", "that", "the", "recurrence", "of", "catheter", "bacteraemia", "could", "be", "due", "to", "a", "nasal", "MRSA", "carrier", "state", ",", "in", "which", "case", ",", "reinfection", "of", "the", "new", "catheter", "could", "have", "occurred", ".", "The", "nasal", "smear", "was", "positive", "and", "decolonisation", "with", "nasal", "mupirocin", "and", "chlorhexidine", "baths", "for", "5", "days", "was", "performed", ".", "However", ",", "in", "the", "following", "6", "months", "the", "patient", "presented", "up", "to", "three", "more", "bacteraemias", "with", "the", "same", "isolate", "(", "MRSA", ")", ".", "Blood", "cultures", "of", "peripheral", "blood", "and", "those", "obtained", "through", "the", "HD", "catheter", "did", "not", "show", "differential", "growth", "in", "favour", "of", "the", "catheter", ",", "which", "is", "why", "the", "catheter", "was", "retained", "and", "sealed", "on", "two", "occasions", ".", "As", "in", "other", "episodes", ",", "apyrexia", "was", "achieved", "early", "and", "the", "control", "blood", "culture", "was", "negative", "at", "72", "/", "96", "hours", ".", "Decolonisation", "was", "also", "confirmed", "by", "a", "negative", "nasal", "smear", "(", "personal", "and", "family", ")", "as", "well", "as", "the", "absence", "of", "vegetations", "in", "ETT", ",", "with", "each", "event", "being", "treated", "for", "4", "weeks", ".", "In", "these", "bacteraemias", "the", "MIC", "of", "vancomycin", "was", "1", ".", "5", "mcg", "/", "ml", ",", "so", "the", "last", "two", "were", "treated", "with", "daptomycin", ".", "In", "the", "fifth", "bacteraemia", ",", "TEE", ",", "abdominal", "Doppler", "ultrasound", ",", "thoraco-abdominal", "CT", "scan", "and", "scintigraphy", "with", "marked", "leukocytes", "were", "performed", ",", "but", "no", "pathological", "findings", "were", "observed", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "the", "case", "of", "recurrent", "S", ".", "aureus", "bacteraemia", ",", "the", "following", "causes", "may", "be", "considered", ":", "-", "Persistent", "endovascular", "focus", "-", "Haematogenous", "distant", "infection", "-", "Recurrent", "re-infection", "in", "a", "patient", "carrying", "MRSA", ".", "-", "Therapeutic", "failure", "of", "vancomycin", "In", "the", "following", ",", "reference", "is", "made", "to", "the", "elements", "for", "and", "against", "each", "hypothesis", ":", "1", ".", "-", "Persistent", "endovascular", "focus", ":", "the", "patient", "being", "a", "carrier", "of", "a", "tunnelled", "catheter", "for", "HD", "and", "pacemaker", ",", "but", "also", "mentioning", "a", "possible", "valvular", "endocarditis", ",", "or", "alternative", "endovascular", "focus", "(", "old", "thrombosed", "AVF", ",", "endarteritis", ",", "etc", ".", ")", ":", "1", ".", "1", ".", "In", "any", "patient", "carrying", "a", "central", "venous", "catheter", "with", "fever", ",", "catheter-related", "bacteraemia", "must", "be", "ruled", "out", ".", "The", "absence", "of", "symptoms", "or", "local", "inflammatory", "signs", "(", "tunnelitis", "or", "infection", "of", "the", "insertion", "site", ")", ",", "and", "even", "a", "negative", "semi-quantitative", "culture", "of", "the", "catheter", "tip", "do", "not", "rule", "out", "catheter-related", "bacteraemia", ",", "since", "from", "one", "month", "after", "insertion", "in", "most", "cases", "the", "entry", "point", "is", "the", "catheter", "connections", ",", "with", "the", "microorganisms", "producing", "an", "intraluminal", "biofilm", "that", "is", "responsible", "for", "the", "persistence", "of", "the", "infection", ".", "Thus", ",", "both", "the", "negative", "culture", "of", "the", "removed", "catheter", "tip", "and", "the", "absence", "of", "local", "symptoms", "do", "not", "rule", "out", "that", "the", "bacteraemia", "is", "due", "to", "the", "catheter", ".", "1", ".", "2", ".", "Differential", "blood", "cultures", "(", "one", "obtained", "from", "peripheral", "blood", "and", "another", "obtained", "simultaneously", "through", "the", "catheter", "with", "calculation", "of", "the", "difference", "in", "growth", "time", ")", "have", "been", "a", "widely", "used", "strategy", "in", "the", "diagnosis", "of", "catheter-related", "bacteraemias", "when", "preservation", "of", "the", "line", "is", "desired", ".", "However", ",", "its", "values", "as", "a", "diagnostic", "test", "have", "recently", "been", "reviewed", "and", "its", "specificity", "and", "positive", "predictive", "value", "are", "low", ",", "which", "compromises", "its", "usefulness", "and", "reflects", "the", "need", "for", "clinical", "contextualisation", ",", "as", "well", "as", "the", "use", "of", "other", "complementary", "tests", ",", "in", "patients", "with", "bacteraemias", "and", "various", "intravascular", "devices", ".", "Recall", "that", "this", "technique", "was", "ideally", "designed", "for", "profoundly", "immunocompromised", "patients3", ".", "Despite", "this", ",", "in", "clinical", "practice", "it", "is", "a", "widely", "used", "tool", ",", "and", "for", "the", "case", "studied", ",", "it", "was", "still", "considered", "that", "the", "catheter", "was", "always", "the", "focus", "of", "the", "bacteraemia", "despite", "the", "fact", "that", "the", "differential", "blood", "cultures", "did", "not", "indicate", "this", ",", "bearing", "in", "mind", "that", "its", "value", "is", "not", "decisive", "and", "that", "the", "clinician", "'", "s", "suspicion", "prevails", ".", "1", ".", "3", ".", "Several", "tests", "were", "performed", "(", "abdominal", "ultrasound", ",", "thoracic-abdominal", "CT", "scan", ",", "scintigraphy", "marked", "with", "Tc99", "leukocytes", "and", "multiple", "TT", "and", "TE", "echocardiographies", ")", ",", "always", "without", "findings", ",", "so", "that", "the", "diagnoses", "of", "endarterial", ",", "valvular", "or", "pacemaker", "lead", "infection", "were", "ruled", "out", "in", "principle", ".", "1", ".", "4", ".", "In", "S", ".", "aureus", "bacteraemias", "(", "and", "other", "aggressive", "germs", ")", ",", "devices", "potentially", "responsible", "for", "the", "infection", "should", "always", "be", "removed", ".", "In", "this", "case", ",", "removal", "of", "the", "tunneled", "HD", "catheter", "as", "well", "as", "the", "pacemaker", "was", "delayed", "(", "sometimes", "even", "omitted", ")", "because", "in", "two", "episodes", "there", "were", "blood", "cultures", "with", "differential", "counts", "that", "supported", "the", "origin", "of", "the", "infection", "in", "the", "dialysis", "catheter", ",", "which", "is", "usually", "the", "most", "frequent", "cause", ".", "In", "addition", ",", "there", "were", "no", "local", "symptoms", "at", "the", "generator", "level", "and", "no", "vegetations", "on", "the", "leads", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "the", "removal", "of", "the", "pacemaker", "in", "this", "patient", "was", "life-threatening", "due", "to", "her", "significant", "comorbidity", "and", "dependence", "on", "the", "pacemaker", ".", "However", ",", "in", "up", "to", "15-20", "%", "of", "cases", "with", "systemic", "pacemaker", "infection", ",", "there", "is", "an", "absence", "of", "local", "inflammatory", "signs", "due", "to", "secondary", "seeding", "on", "the", "leads", "from", "a", "distant", "source", "or", "primary", "progression", "from", "the", "generator", ",", "but", "with", "few", "local", "signs", "that", "may", "go", "unnoticed9", ".", "The", "presence", "of", "vegetations", "on", "the", "lead", "(", "or", "even", "on", "the", "tricuspid", "valve", ")", "supports", "this", "diagnosis", ",", "but", "the", "yield", "of", "TEE", "in", "these", "cases", "does", "not", "exceed", "60", "%", "in", "expert", "hands9", ",", "which", "is", "why", "the", "use", "of", "nuclear", "medicine", "methods", "has", "been", "proposed", "to", "support", "the", "diagnosis", ".", "In", "2013", ",", "there", "was", "an", "absence", "of", "studies", "clearly", "demonstrating", "the", "superiority", "of", "PET-CT", "over", "scintigraphy", ",", "so", "for", "cost-effectiveness", "reasons", "the", "latter", "was", "chosen", "in", "this", "case", ".", "Recently", ",", "studies", "have", "been", "published", "that", "support", "the", "use", "of", "PET-CT", "or", "SPECT-CT6", ",", "10", ".", "The", "fact", "that", "the", "scan", "had", "a", "negative", "result", "could", "be", "justified", "by", "the", "low", "inflammatory", "reaction", "that", "some", "patients", "show", "(", "elderly", ",", "immunocompromised", ",", "nephropathic", ",", "etc", ".", ")", ",", "and", "the", "antibiotic", "therapy", "received", "for", "weeks", "before", "the", "test", ".", "2", ".", "-", "Inadvertent", "haematogenous", "distant", "infection", ":", "spondylodiscitis", ",", "other", "osteoarticular", "infections", "and", "splenic", "infarcts", "were", "ruled", "out", "by", "the", "various", "tests", "already", "mentioned", ".", "3", ".", "-", "Recurrent", "re-infections", "in", "patients", "carrying", "MRSA", ",", "either", "due", "to", "re-infections", "with", "their", "own", "reservoir", "or", "in", "another", "member", "of", "their", "environment", ".", "The", "patient", "underwent", "a", "nasal", "swab", "and", "tested", "positive", "for", "MRSA", "with", "the", "same", "antibiogram", "as", "in", "the", "blood", "culture", ".", "Personal", "decolonisation", "and", "decolonisation", "of", "the", "family", "nucleus", "was", "carried", "out", "in", "the", "third", "and", "fourth", "bacteraemia", ",", "respectively", ",", "but", "the", "patient", "continued", "with", "the", "episodes", ".", "Therapeutic", "failure", "of", "vancomycin", ",", "either", "due", "to", "insufficient", "treatment", "or", "due", "to", "creeping", "phenomenon", "(", "progressive", "increase", "in", "MIC", "during", "prolonged", "periods", "of", "exposure", "to", "the", "drug", "due", "to", "an", "increase", "in", "the", "thickness", "of", "the", "bacterial", "wall", ")", ".", "The", "first", "possibility", "seems", "unlikely", "because", "it", "duly", "completed", "four", "weeks", ",", "as", "it", "was", "considered", "to", "be", "complicated", "bacteraemia", "due", "to", "S", ".", "aureus", "in", "a", "patient", "with", "risk", "factors", "(", "pacemaker", "carrier", ")", ".", "The", "second", "option", "also", "seems", "unlikely", "because", ":", "4", ".", "1", ".", "In", "all", "episodes", "the", "patient", "was", "afebrile", "in", "the", "first", "24", "hours", ",", "and", "blood", "cultures", "were", "rapidly", "negative", ",", "which", "supports", "the", "effectiveness", "of", "the", "drug", ".", "The", "problem", "arose", "because", "of", "the", "frequent", "recurrences", "after", "discontinuation", "of", "the", "drug", ",", "which", "is", "the", "clinical", "course", "typical", "of", "infections", "with", "a", "persistent", "focus", "that", "has", "not", "been", "eradicated", ".", "In", "addition", ",", "all", "MICs", "were", "checked", "by", "manual", "method", "(", "E-test", ")", ",", "and", "vancomycin", "levels", "were", "closely", "monitored", "to", "ensure", "therapeutic", "range", ".", "4", ".", "3", ".", "In", "this", "case", ",", "therefore", ",", "the", "increase", "in", "MIC", "could", "be", "explained", "by", "the", "retention", "of", "the", "foreign", "body", "responsible", "for", "the", "infection", ",", "leading", "to", "the", "production", "of", "biofilms", "that", "prevented", "healing", "of", "the", "infection", ",", "and", "within", "which", "there", "could", "be", "bacteria", "exposed", "to", "sub-therapeutic", "concentrations", "of", "the", "drug", ".", "In", "any", "case", ",", "we", "should", "not", "forget", "the", "high", "inter-assay", "variability", "of", "the", "E-test", "method", ",", "which", "could", "have", "led", "to", "different", "MICs", "being", "obtained", "in", "the", "different", "consecutive", "determinations", ".", "Evolution", "Given", "the", "persistence", "of", "bacteraemia", "due", "to", "the", "same", "microorganism", ",", "with", "differential", "blood", "cultures", "not", "always", "in", "favour", "of", "the", "central", "catheter", ",", "but", "with", "no", "other", "apparent", "focal", "point", ",", "prolonged", "treatment", "with", "daptomycin", ",", "multiple", "HD", "catheter", "replacements", "and", "decontamination", "of", "the", "patient", "and", "her", "family", ",", "it", "was", "finally", "decided", "to", "remove", "the", "pacemaker", "despite", "the", "absence", "of", "inflammatory", "signs", "in", "the", "pectoral", "area", "or", "radiological", "data", "of", "infection", ",", "but", "assuming", "that", "the", "pacemaker", "was", "the", "only", "endovascular", "material", "that", "had", "not", "been", "removed", "since", "the", "onset", "of", "the", "condition", "that", "could", "be", "perpetuating", "it", ".", "Surprisingly", ",", "during", "the", "operation", ",", "abundant", "purulent", "chocolate-coloured", "material", "was", "observed", "in", "the", "generator", "bag", ".", "The", "generator", "and", "leads", "were", "then", "removed", "by", "percutaneous", "traction", ",", "without", "incident", ",", "and", "another", "permanent", "pacemaker", "was", "placed", "via", "the", "femoral", "artery", "to", "free", "the", "upper", "vascular", "accesses", ".", "Cultures", "of", "the", "granuloma", "of", "the", "bursa", "and", "the", "removed", "leads", "were", "positive", "for", "MRSA", ".", "After", "five", "years", "of", "follow-up", "the", "patient", "has", "had", "no", "further", "bacteraemia", ".", "Final", "diagnosis", "Recurrent", "MRSA", "bacteraemia", "complicated", "by", "pacemaker", "infection", "in", "a", "haemodialysis", "patient", "with", "delayed", "removal", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 98, "end": 106 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 1253, "end": 1257 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1230, "end": 1251 }, { "text": "methicillin-resistant Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 1208, "end": 1251 }, { "text": "microorganism", "label": "SPECIES", "start": 1314, "end": 1327 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 631, "end": 638 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1660, "end": 1667 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 2844, "end": 2848 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2145, "end": 2166 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 2808, "end": 2819 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2024, "end": 2031 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2481, "end": 2488 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 3161, "end": 3165 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 3773, "end": 3784 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4005, "end": 4016 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3090, "end": 3097 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 3544, "end": 3552 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 3995, "end": 4004 }, { "text": "bacteraemias", "label": "SPECIES", "start": 3125, "end": 3137 }, { "text": "bacteraemias", "label": "SPECIES", "start": 3663, "end": 3675 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 4171, "end": 4175 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4154, "end": 4161 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4338, "end": 4345 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4622, "end": 4633 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 4853, "end": 4864 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 5197, "end": 5208 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 4971, "end": 4985 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4550, "end": 4557 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 6113, "end": 6124 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 5802, "end": 5810 }, { "text": "bacteraemias", "label": "SPECIES", "start": 5480, "end": 5492 }, { "text": "bacteraemias", "label": "SPECIES", "start": 5816, "end": 5828 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7183, "end": 7190 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 8186, "end": 8194 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 6602, "end": 6611 }, { "text": "bacteraemias", "label": "SPECIES", "start": 6612, "end": 6624 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 8537, "end": 8541 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 8698, "end": 8702 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 8859, "end": 8870 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8643, "end": 8650 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8894, "end": 8901 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 8519, "end": 8527 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 8754, "end": 8762 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 9285, "end": 9296 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9319, "end": 9326 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 9304, "end": 9313 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9438, "end": 9445 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 10148, "end": 10156 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 11407, "end": 11411 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 10436, "end": 10447 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 11474, "end": 11485 }, { "text": "microorganism", "label": "SPECIES", "start": 10464, "end": 10477 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10696, "end": 10703 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11447, "end": 11454 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 11514, "end": 11518 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 11519, "end": 11530 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11585, "end": 11592 } ]

[ "42-year-old", "male", ".", "No", "RAMS", ".", "Smoker", ".", "Former", "drug", "addict", ".", "Chronic", "hidradenitis", "with", "repeated", "infections", "and", "bilateral", "gluteal", "ulcer", ".", "No", "treatment", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "an", "autolytic", "attempt", ",", "bilateral", "purulent", "gluteal", "ulcer", ",", "haematuria", ",", "renal", "failure", "(", "Cr", "6", "mg", "/", "dl", ")", "and", "anaemia", "(", "Hg", "2", ".", "7", "g", "/", "dl", ")", ".", "Transfer", "to", "the", "ICU", "was", "decided", ".", "Bilateral", "hydronephrosis", "was", "found", ",", "bilateral", "nephrostomy", "was", "performed", "with", "subsequent", "haemofiltrations", ".", "He", "evolved", "favourably", "from", "the", "urological", "point", "of", "view", ",", "presenting", "diarrhoeal", "syndrome", "that", "required", "transfer", "to", "Internal", "Medicine", ".", "M", ".", "I", ".", "Examination", ":", "sensory", "preserved", ".", "Mild", "dehydration", ".", "Afebrile", ".", "BP", ":", "110", "/", "80", "mmHg", ".", "ACP", "and", "abdomen", "anodyne", ".", "MMII", ":", "oedematous", ".", "Pulses", "present", ".", "Oozing", "gluteal", "cellulitis", "with", "extension", "to", "the", "perianal", "region", ".", "Complementary", "tests", "(", "to", "highlight", ")", ":", "normocytic", "anaemia", "(", "Hg", "8", ".", "5", "g", "/", "dl", ")", ".", "Creatinine", "2", ".", "27", "mg", "/", "dl", ".", "Potassium", "6", ".", "4", "meq", "/", "l", ".", "CRP", "6", ".", "42", "mg", "/", "dl", ".", "Proteinuria", "in", "24-hour", "urine", ":", "1", ".", "596", "g", "/", "24h", ".", "Serum", "PCR", "for", "Polyomavirus", "BK", ":", "positive", ".", "Gluteal", "ulcer", "culture", ":", "Bacteroid", "Fragilis", ".", "Quantification", "of", "light", "chains", ":", "kappa", "596", "mg", "/", "dl", ",", "lambda", "297", "mg", "/", "dl", ".", "Hormonal", "study", ":", "ACTH", "55", "pgr", "/", "ml", ",", "cortisol", "at", "8", "hours", "9", ".", "41", "mg", "/", "dl", ",", "free", "cortisol", "in", "24-hour", "urine", "6", ".", "58", "mg", ".", "Aldosterone", "<", "6", ".", "25", ".", "Serology", ",", "blood", "cultures", ",", "mantoux", "and", "lowestein", "in", "urine", ",", "celiac", "and", "thyroid", "profile", "and", "autoimmunity", "study", ":", "negative", ".", "EKG", ":", "null", ".", "Chest", "and", "abdominal", "X-ray", ":", "no", "findings", ".", "CT", "scan", ":", "bilateral", "pleural", "effusion", ",", "bladder", "clots", "and", "free", "intraperitoneal", "fluid", ".", "Colonoscopy", ":", "non-specific", "proctitis", ".", "Abdominal", "ultrasound", ":", "bilateral", "hydronephrosis", ".", "Mild", "ascites", ".", "ENG", ":", "demyelinating", "polyradiculoneuropathy", ".", "Echocardiogram", ":", "normal", ".", "No", "data", "of", "infiltrative", "cardiomyopathy", ".", "PAMO", ":", "4", ".", "6", "%", "of", "eosinophils", ",", "3", ".", "6", "%", "of", "plasma", "cells", "and", "increased", "iron", "in", "SMF", "Evolution", ":", "during", "his", "hospitalisation", ",", "interconsultations", "with", "different", "specialities", "were", "requested", ".", "Clinical", "suspicion", "of", "amyloidosis", "was", "confirmed", "by", "rectal", "biopsy", "and", "skin", "biopsy", "of", "gluteal", "ulcer", ",", "which", "were", "positive", "for", "AA", "amyloid", ",", "with", "subsequent", "sampling", "and", "confirmation", "in", "the", "rest", "of", "the", "organs", ".", "The", "evolution", "was", "favourable", "with", "fluidcortisone", ",", "oral", "hydrocortisone", "and", "doxycycline", ".", "Clinical", "judgement", ":", "multisystem", "amyloidosis", "secondary", "to", "chronic", "suppurative", "hydrosadenitis", ".", "Action", "plan", ":", "the", "patient", "attends", "for", "check-ups", "in", "Internal", "Medicine", ".", "He", "is", "currently", "on", "therapy", "with", "Adalimumab", "following", "the", "approval", "of", "this", "drug", "by", "the", "European", "Commission", "in", "2015", "for", "cases", "of", "chronic", "HS", "with", "inadequate", "response", "to", "conventional", "treatments", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2268, "end": 2275 }, { "text": "Polyomavirus BK", "label": "SPECIES", "start": 971, "end": 986 }, { "text": "Bacteroid Fragilis", "label": "SPECIES", "start": 1021, "end": 1039 } ]

[ "43-year-old", "male", "infected", "with", "HCV", "genotype", "1a", "and", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", ",", "with", "liver", "fibrosis", "grade", "F4", "(", "cirrhosis", ")", ",", "FibroScan", "of", "27", "kPa", "and", "Child-Pugh", "grade", "A", ".", "On", "HIV", "treatment", "since", "February", "2010", "(", "tenofovir", "+", "emtricitabine", "+", "raltegravir", ")", ".", "The", "patient", "presented", "RP", "below", "normal", "levels", "(", "<", "120", "x", "109", "/", "L", ")", "since", "diagnosis", "of", "HCC", "(", "December", "2008", ")", ".", "Prior", "to", "initiation", "of", "antiviral", "therapy", "for", "HCC", ",", "the", "patient", "had", "grade", "III", "thrombocytopenia", "(", "PR", "=", "42", "x", "109", "/", "L", ")", ",", "grade", "III", "neutropenia", "(", "neutrophils", "=", "0", ".", "66", "x", "109", "/", "L", ")", "and", "haemoglobin", "(", "Hb", ")", "values", "within", "normal", "range", "(", "Hb", "=", "14", ".", "1", "g", "/", "dL", ")", ".", "Alanine", "aminotransferase", "(", "ALT", ")", "and", "aspartate", "aminotransferase", "(", "AST", ")", "values", "were", "within", "normal", "range", "(", "35", "and", "36", "IU", "/", "mL", ",", "respectively", ")", "and", "gamma-glutamyltranspeptidase", "(", "GGT", ")", "was", "found", "slightly", "elevated", "(", "62", "IU", "/", "mL", ")", ".", "HCV", "viral", "load", "(", "CVVHC", ")", "was", "180", ",", "000", "copies", "/", "mL", "and", "CVHIV", "was", "undetectable", ".", "In", "March", "2012", "he", "started", "treatment", "for", "HCC", "with", "pegIFN-α2a", "and", "RBV", "(", "180", "mcg", "/", "week", "and", "1", ",", "000", "mg", "/", "day", ",", "respectively", ")", "for", "11", "weeks", ".", "At", "week", "12", ",", "presenting", "with", "a", "PR", "of", "26", "x", "109", "/", "L", ",", "TVR", "(", "750", "mg", "/", "8hours", ")", "was", "added", ".", "The", "PR", "decreased", "progressively", "to", "16", "x", "109", "/", "L", "at", "week", "14", ",", "at", "which", "time", "treatment", "with", "eltrombopag", "50", "mg", "/", "day", "was", "started", "and", "the", "dose", "of", "pegIFN-α2a", "was", "reduced", "to", "135", "mcg", "/", "week", ".", "At", "weeks", "16", "and", "17", "the", "PR", "remained", "below", "normal", "values", "(", "14", "x", "109", "/", "L", "and", "13", "x", "109", "/", "L", ",", "respectively", ")", ".", "At", "week", "22", "the", "PR", "rose", "to", "34", "x", "109", "/", "L", "and", "the", "dose", "of", "eltrombopag", "was", "increased", "to", "75", "mg", "/", "day", ",", "the", "type", "of", "IFN", "(", "from", "pegIFN-α2a", "to", "pegIFN-α2b", ")", "and", "its", "dose", "(", "from", "135", "mcg", "to", "80", "mcg", "/", "week", ")", "was", "changed", "to", "coincide", "with", "the", "end", "of", "TVR", "treatment", ".", "The", "dose", "of", "eltrombopag", "was", "reduced", "to", "50", "mg", "/", "day", "at", "week", "30", "and", "at", "week", "35", "it", "was", "discontinued", "due", "to", "a", "PR", "of", "50", "x", "109", "/", "L", ".", "At", "the", "end", "of", "treatment", "(", "week", "48", ")", ",", "the", "PR", "was", "67", "x", "109", "platelets", "/", "L", "with", "undetectable", "CVVHC", "(", "<", "15", "copies", "/", "mL", ")", "since", "week", "15", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "HCV genotype 1a", "label": "SPECIES", "start": 31, "end": 46 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 31, "end": 34 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 81, "end": 84 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 176, "end": 179 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 51, "end": 79 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 793, "end": 796 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 376, "end": 385 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 257, "end": 264 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 407, "end": 414 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 797, "end": 802 }, { "text": "CVVHC", "label": "SPECIES", "start": 809, "end": 814 }, { "text": "CVVHC", "label": "SPECIES", "start": 1792, "end": 1797 } ]

[ "", "A", "64-year-old", "male", "of", "Han", "ethnicity", "residing", "in", "Wuhan", "city", ".", "He", "had", "no", "history", "of", "hypertension", ",", "diabetes", ",", "cerebrovascular", "or", "cardiovascular", "disease", ".", "The", "patient", "presented", "with", "fever", "on", "28", "January", "2020", ",", "with", "a", "maximum", "temperature", "of", "38", ".", "5", "°", "C", "and", "mild", "cough", ".", "Symptomatic", "treatment", "relieved", "the", "cough", ",", "while", "his", "temperature", "varied", "between", "37", ".", "5", "and", "38", "°", "C", "and", "returned", "to", "normal", "on", "30", "January", ".", "On", "20", "January", "she", "experienced", "insomnia", "and", "myalgia", "all", "over", "her", "body", ",", "without", "significant", "pain", "on", "palpation", ".", "After", "a", "medical", "consultation", "on", "9", "February", ",", "he", "was", "quarantined", ";", "during", "the", "consultation", "he", "was", "conscious", "and", "oriented", "and", "was", "able", "to", "answer", "all", "questions", "correctly", ".", "On", "10", "February", ",", "the", "patient", "was", "lethargic", "and", "hyporereactive", ".", "Emergency", "blood", "tests", "showed", "the", "following", "results", ":", "leucocyte", "count", "3", ".", "3", "x", "10", "9", "/", "L", ",", "with", "24", ".", "4", "%", "lymphocytes", ",", "62", ".", "8", "%", "neutrophils", "and", "a", "C-reactive", "protein", "value", "of", "10", ".", "74", "mg", "/", "L", ".", "Cranial", "CT", "showed", "no", "relevant", "abnormalities", ",", "while", "thoracic", "CT", "revealed", "several", "ground-glass", "opacities", "with", "fibrous", "cord", "shadows", "in", "both", "lungs", ".", "In", "addition", ",", "pharyngeal", "swabs", "performed", "on", "11", "February", "indicated", "that", "the", "patient", "was", "positive", "for", "2019-nCoV", "and", "he", "was", "subsequently", "admitted", "to", "hospital", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "'", "s", "vital", "signs", "were", "stable", ",", "with", "pulse", "oximetry", "without", "oxygenation", "and", "pulse", "oximetry", "with", "nasal", "cannula", "oxygenation", "(", "5", "L", "/", "min", ")", "of", "88", "%", "and", "98", "%", ",", "respectively", ".", "Neurological", "examination", "indicated", "that", "the", "patient", "showed", "deterioration", "of", "mental", "status", ",", "alternating", "between", "lethargy", "and", "irritability", ".", "His", "answers", "to", "questions", "were", "incorrect", ",", "with", "signs", "of", "contextual", "dissociation", "of", "language", ".", "Both", "lower", "limbs", "showed", "positive", "foot", "clonus", ",", "more", "pronounced", "in", "the", "left", "limb", ".", "The", "left", "lower", "limb", "showed", "Babinski", "'", "s", "sign", "and", "Chaddock", "'", "s", "sign", ";", "the", "right", "lower", "limb", "showed", "suspected", "Chaddock", "'", "s", "sign", ".", "The", "patient", "showed", "slight", "nuchal", "rigidity", "three", "fingers", "below", "the", "jaw", "and", "was", "positive", "for", "Brudzinski", "'", "s", "sign", "and", "Lasègue", "'", "s", "sign", ".", "On", "admission", ",", "the", "patient", "received", "oxygen", "therapy", ",", "arbidol", "and", "antiviral", "therapy", "with", "ribavirin", ",", "traditional", "Chinese", "medicine", "and", "symptomatic", "treatment", ".", "On", "16", "February", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", ":", "endocranial", "pressure", "200", "cmH2O", "(", "cerebrospinal", "fluid", "colourless", "and", "normal", ")", ";", "cell", "count", "1", "x", "10", "6", "/", "L", ";", "proteinorrachia", "275", ".", "5", "mg", "/", "L", ",", "glucorrachia", "3", ".", "14", "mmol", "/", "L", ";", "chloride", "123", "mmol", "/", "L", ";", "instantaneous", "glycaemia", "5", ".", "1", "mmol", "/", "L", ".", "In", "addition", ",", "cerebrospinal", "fluid", "was", "negative", "for", "2019-nCoV", "nucleic", "acid", "testing", ".", "Nucleic", "acid", "tests", "for", "2019-nCoV", "(", "from", "throat", "swabs", ")", "were", "negative", "on", "18", "February", "and", "positive", "on", "21", "February", ".", "On", "25", "February", ",", "a", "chest", "CT", "scan", "showed", "significant", "improvement", "of", "the", "lung", "infection", ".", "On", "neurological", "examination", "on", "the", "same", "day", ",", "the", "patient", "was", "conscious", "and", "oriented", ",", "gave", "correct", "answers", "to", "questions", "and", "showed", "normal", "intelligence", ".", "Limb", "reflexes", "were", "relatively", "active", ",", "foot", "clonus", "was", "no", "longer", "observed", "in", "either", "limb", "and", "positive", "pathological", "signs", "were", "present", "in", "the", "left", "lower", "limb", ",", "while", "they", "could", "not", "be", "determined", "in", "the", "right", "lower", "limb", ".", "The", "nape", "of", "the", "neck", "was", "soft", "and", "depressible", ".", "The", "patient", "tested", "negative", "in", "two", "consecutive", "2019-nCoV", "nucleic", "acid", "tests", "(", "from", "pharyngeal", "swabs", ")", "on", "25", "and", "27", "February", "and", "his", "pulse", "oximetry", "without", "oxygenation", "was", "99", "%", ".", "The", "patient", "was", "discharged", "and", "transferred", "to", "a", "quarantine", "facility", ",", "where", "he", "stayed", "for", "a", "further", "14", "days", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 153, "end": 160 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 681, "end": 688 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1113, "end": 1120 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1212, "end": 1219 }, { "text": "2019-nCoV", "label": "SPECIES", "start": 1138, "end": 1147 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1423, "end": 1430 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1812, "end": 1819 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1955, "end": 1962 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 2000, "end": 2009 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2679, "end": 2686 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3049, "end": 3056 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3223, "end": 3230 }, { "text": "2019-nCoV", "label": "SPECIES", "start": 2401, "end": 2410 }, { "text": "2019-nCoV", "label": "SPECIES", "start": 2456, "end": 2465 }, { "text": "2019-nCoV", "label": "SPECIES", "start": 3092, "end": 3101 } ]

[ "A", "4-month-old", "male", "infant", "attended", "the", "emergency", "department", "for", "an", "episode", "of", "cutaneous", "pallor", ",", "abundant", "vomiting", "and", "intense", "weakness", "that", "started", "2", "hours", "after", "eating", "gluten-free", "cereal", "porridge", ".", "Complete", "resolution", "of", "the", "symptoms", "with", "supportive", "measures", "and", "discharge", "4", "hours", "later", ".", "Allergological", "study", ":", "Negative", "skin", "tests", "for", "corn", ",", "rice", "and", "prick-prick", "with", "the", "porridge", "involved", ",", "negative", "specific", "IgE", "for", "rice", "and", "corn", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "cereal", "enterocolitis", ".", "No", "new", "episodes", "after", "withdrawal", "of", "gluten-free", "cereals", "except", "episode", "of", "abundant", "vomiting", "after", "ingestion", "of", "dairy", "products", "with", "corn", "starch", "as", "thickener", "on", "two", "occasions", ".", "At", "9", "months", "of", "age", ",", "episode", "of", "similar", "characteristics", "to", "the", "one", "described", "3", "hours", "after", "ingestion", "of", "puree", "with", "rooster", ",", "again", "requiring", "emergency", "care", ".", "Previously", ",", "he", "had", "presented", "small", "amounts", "of", "vomiting", "related", "to", "the", "ingestion", "of", "small", "amounts", "of", "other", "fish", ".", "Skin", "tests", "and", "fish-specific", "IgE", "were", "negative", ".", "During", "the", "follow-up", ",", "tolerance", "to", "cereals", "with", "gluten", "and", "to", "the", "rest", "of", "the", "foods", "introduced", "in", "the", "food", "diversification", "was", "confirmed", ",", "and", "he", "was", "diagnosed", "with", "non-IgE-mediated", "allergy", "to", "gluten-free", "cereals", "and", "fish", ".", "We", "present", "a", "case", "of", "enterocolitis", "induced", "by", "gluten-free", "cereals", "and", "fish", "with", "proven", "tolerance", "to", "gluten-containing", "cereals", "." ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0 ]

[ { "text": "male infant", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 25 }, { "text": "cereal", "label": "SPECIES", "start": 181, "end": 187 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 341, "end": 345 }, { "text": "rice", "label": "SPECIES", "start": 416, "end": 420 }, { "text": "cereal", "label": "SPECIES", "start": 453, "end": 459 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 524, "end": 531 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 911, "end": 915 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 933, "end": 937 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 1002, "end": 1009 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 1171, "end": 1178 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1183, "end": 1187 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 1248, "end": 1255 }, { "text": "cereals", "label": "SPECIES", "start": 1308, "end": 1315 }, { "text": "fish", "label": "SPECIES", "start": 1260, "end": 1264 } ]

[ "Clinical", "history", ".", "Anamnesis", "Male", ",", "73", "years", "old", ",", "included", "in", "the", "complex", "chronic", "programme", "for", "meeting", "categories", "C", ";", "COPD", ";", "D", ",", "chronic", "liver", "disease", ",", "and", "G", ";", "chronic", "anaemia", ".", "He", "was", "admitted", "after", "falling", "down", "stairs", ",", "and", "started", "with", "dyspnoea", "+", "cough", ",", "with", "a", "torpid", "evolution", "and", "progressive", "respiratory", "worsening", "with", "radiological", "image", "of", "bilateral", "bronchopneumonia", "and", "severe", "respiratory", "failure", ".", "Preliminary", "microbiology", "results", "showed", "hyphae", ",", "so", "Trimethoprim", "/", "Sulfamethoxazole", "+", "voriconazole", "were", "started", ".", "Admitted", "to", "ICU", "due", "to", "poor", "evolution", ".", "Physical", "examination", "The", "most", "notable", "findings", "were", "psychomotor", "agitation", ",", "global", "hypoventilation", "with", "rhonchi", "and", "bilateral", "crackles", ",", "associated", "with", "the", "presence", "of", "ascites", "and", "oedema", ".", "He", "had", "multiple", "scalp-like", "lesions", "with", "skin", "tearing", "in", "the", "upper", "extremities", "and", "anterior", "tibial", "areas", ".", "Complementary", "tests", "CRP", "of", "14", ".", "34", ".", "Leukocytosis", "of", "22", ",", "500", "with", "96", ".", "3", "%", "neutrophils", ".", "Arterial", "blood", "gases", ";", "pH", ":", "6", ".", "94", ",", "PO2", ":", "56", "mmHg", ",", "PCO2", ":", "83", "mmHg", ",", "HCO3", ":", "17", ".", "8", "mmol", "/", "l", ".", "Chest", "X-ray", ";", "bilateral", "bronchopneumonia", ".", "Evolution", "Intubation", "was", "required", "due", "to", "severe", "respiratory", "failure", ",", "with", "haemodynamic", "deterioration", "and", "oligoanuria", ",", "requiring", "vasoactive", "support", "and", "haemofiltration", ".", "Multi-organ", "failure", "occurred", ",", "leading", "to", "exitus", "a", "few", "days", "later", ".", "Bronchoalveolar", "lavage", "isolated", "abundant", "growth", "of", "Fusarium", "spp", ",", "among", "others", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 28, "end": 32 }, { "text": "hyphae", "label": "SPECIES", "start": 438, "end": 444 }, { "text": "Fusarium spp", "label": "SPECIES", "start": 1329, "end": 1341 } ]

[ "Anamnesis", "A", "57", "year", "old", "patient", "with", "no", "drug", "allergies", ",", "ex-smoker", "for", "20", "years", ",", "whose", "personal", "history", "included", ":", "spontaneous", "pneumothorax", "in", "1992", ",", "lumbosciatica", "at", "L4-L5", "level", "with", "some", "transitory", "episodes", "of", "sensory", "alteration", ".", "A", "traffic", "accident", "a", "year", "and", "a", "half", "ago", "with", "no", "sequelae", ",", "and", "varicocele", "surgery", "in", "childhood", ".", "She", "was", "not", "taking", "any", "treatment", "on", "a", "regular", "basis", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "clinical", "picture", "of", "five", "days", "'", "evolution", "of", "corkiness", "in", "the", "right", "upper", "limb", "that", "progressively", "affected", "the", "whole", "upper", "limb", ",", "associated", "with", "clumsiness", "in", "the", "left", "upper", "limb", ".", "She", "reported", "not", "feeling", "warm", "water", "on", "the", "right", "side", "of", "the", "body", ".", "An", "urgent", "cranial", "CT", "scan", "was", "performed", "(", "normal", ")", ",", "and", "the", "possibility", "of", "admitting", "him", "for", "study", "was", "discussed", ",", "but", "he", "refused", "due", "to", "his", "family", "situation", ",", "and", "cranial", "and", "cervical", "MRI", "scans", "were", "requested", ",", "although", "only", "the", "cranial", "MRI", "was", "performed", ".", "Forty-eight", "hours", "later", ",", "she", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "due", "to", "the", "progression", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "with", "greater", "alteration", "of", "sensitivity", "and", "greater", "weakness", "in", "the", "left", "upper", "limb", ",", "and", "was", "admitted", "on", "this", "occasion", ".", "Physical", "examination", "General", "examination", "showed", "no", "findings", "of", "interest", ".", "The", "neurological", "examination", "revealed", "preserved", "cortical", "functions", ",", "normal", "cranial", "nerves", ",", "motor", ":", "predominantly", "distal", "paresis", "of", "the", "left", "upper", "limb", "(", "3", "+", "distal", ",", "with", "predominant", "involvement", "of", "the", "interosseous", ",", "4", "in", "the", "forearm", "and", "4", "+", "in", "the", "proximal", "musculature", ")", "and", "minimal", "paresis", "of", "the", "left", "lower", "limb", ",", "predominantly", "proximal", ".", "Bicipital", ",", "styloradialis", "and", "left", "tricipital", "osteotendinous", "reflexes", "exalted", "with", "increased", "reflexogenic", "area", "in", "the", "left", "upper", "limb", "and", "normokinetic", "present", "in", "the", "right", "upper", "limb", ",", "with", "osteotendinous", "reflexes", "in", "the", "lower", "limbs", "present", ",", "hyperkinetic", "and", "symmetrical", ".", "FBPR", ".", "Sensitivity", ":", "decreased", "epicritical", "sensitivity", "in", "the", "right", "upper", "limb", "predominantly", "at", "C5", ",", "C6", "with", "deficit", "from", "C4-C5", "dermatome", "to", "right", "D10-D12", ".", "Decreased", "thermal", "sensitivity", "in", "the", "right", "upper", "limb", "and", "right", "thorax", "up", "to", "dermatome", "D10-D12", ".", "Vibration", "sensitivity", "abolished", "in", "the", "left", "upper", "limb", "and", "preserved", "in", "the", "rest", "of", "the", "body", ".", "Slightly", "diminished", "proprioceptive", "sensitivity", "in", "the", "left", "upper", "limb", "(", "observed", "by", "bringing", "the", "hand", "to", "the", "tip", "of", "the", "nose", "with", "the", "eyes", "closed", ",", "but", "correctly", "identifying", "the", "position", "of", "the", "fingers", ")", ".", "No", "dysmetria", "or", "dysdiadochokinesia", ".", "Romberg", "negative", ".", "Normal", "preserved", "gait", "and", "preserved", "tandem", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "tests", ":", "normal", "liver", ",", "lipid", "and", "renal", "profiles", ",", "normal", "ions", "and", "thyroid", "hormones", ".", "Coagulation", "and", "haemogram", ":", "normal", ".", "Normal", "complement", "study", ".", "Immunological", "study", ":", "ANA", ",", "ANCA", ",", "anti-ENA", ",", "anti-DNA", ",", "anti-phospholipid", ",", "anti-thyroid", ":", "negative", ".", "-", "Serology", ":", "hepatitis", "B", "and", "C", "virus", ",", "cytomegalovirus", ",", "human", "immunodeficiency", "virus", ",", "Brucella", ",", "lues", "and", "Borrelia", "negative", ".", "Tumour", "markers", "negative", ".", "Angiotensin", "converting", "enzyme", "68", "μg", "/", "l", ".", "-", "Chest", "X-ray", "and", "cranial", "CT", "scan", ":", "no", "significant", "findings", ".", "-", "Cranial", "MRI", ":", "some", "white", "matter", "lesions", "were", "observed", "in", "both", "cerebral", "hemispheres", ",", "predominantly", "periventricular", ",", "which", "did", "not", "enhance", "with", "contrast", ",", "hypointense", "in", "T1", "and", "hyperintense", "in", "FLAIR", "sequence", ".", "-", "Cervical", "MRI", ":", "lesion", "in", "the", "left", "hemimédula", "with", "predominance", "in", "the", "white", "matter", "with", "C2-C3", "level", ",", "little", "oedema", "and", "no", "bleeding", ",", "which", "enhanced", "homogeneously", "with", "gadolinium", ",", "hyperintense", "in", "FLAIR", "and", "T2", ".", "-", "Visual", "and", "auditory", "evoked", "potentials", ":", "conduction", "delay", "in", "the", "visual", "pathways", "bilaterally", ".", "Auditory", "pathway", ":", "normal", "and", "symmetrical", ".", "-", "Central", "motor", "conduction", "(", "CMC", ")", ":", "evidence", "of", "corticospinal", "pathway", "involvement", ",", "especially", "in", "the", "left", "upper", "limb", "and", "to", "a", "lesser", "extent", "(", "within", "normal", "limits", ")", "in", "the", "lower", "limbs", "(", "more", "so", "in", "the", "left", "lower", "limb", ")", ".", "Somatosensory", "pathways", "were", "normal", "from", "the", "lower", "limbs", "and", "moderately", "delayed", "and", "of", "low", "amplitude", "from", "the", "upper", "limbs", ".", "-", "Cerebrospinal", "fluid", ":", "opening", "pressure", "15", "cm", "H2O", ",", "0", "cells", ",", "glucose", "57", "(", "normal", "between", "40-70", ")", "and", "protein", "61", "(", "normal", "if", "<", "30", ")", ",", "adenosine", "deaminase", "negative", ",", "microbiological", "study", "(", "VDRL", ",", "Borrelia", ",", "cryptococcal", "ag", ".", ",", "gram", ",", "acid-fast", "bacilli", ",", "fungi", "and", "culture", ")", "negative", ".", "Serum", "immunoglobulins", "were", "normal", "with", "IgG", "index", "of", "0", ".", "45", "(", "normal", "between", "0-0", ".", "7", ")", ".", "Diagnosis", "Cervical", "myelitis", "presenting", "as", "Brown-Sequard", "syndrome", "of", "probable", "demyelinating", "etiology", ".", "Sagittal", "plane", "in", "T2", "sequence", "with", "widening", "of", "the", "cervical", "cord", "due", "to", "hyperintense", "lesion", "in", "the", "C2-C3", "region", ".", "Treatment", "and", "evolution", "The", "patient", "was", "re-interviewed", "in", "search", "of", "other", "possible", "episodes", "of", "neurological", "focality", ",", "reporting", "only", "alteration", "of", "sensitivity", "and", "strength", "on", "one", "occasion", "in", "the", "right", "lower", "limb", "while", "driving", "associated", "with", "low", "back", "pain", "that", "subsided", "with", "anti-inflammatory", "drugs", "and", "physiotherapy", "and", "did", "not", "recur", ".", "A", "dorsolumbar", "MRI", "was", "then", "performed", ",", "with", "no", "evidence", "of", "lesions", ",", "showing", "only", "a", "herniated", "disc", "on", "the", "L3-L4", "posterolumbar", "side", ",", "partially", "occluding", "the", "foramen", "conjunctiva", ".", "During", "her", "admission", ",", "the", "therapeutic", "approach", "was", "initial", "observation", "while", "awaiting", "complementary", "tests", ",", "the", "clinical", "picture", "progressing", "slowly", "with", "greater", "intensity", "of", "the", "existing", "sensory", "and", "motor", "symptoms", ",", "without", "affecting", "new", "territories", ".", "Once", "the", "demyelinating", "lesion", "was", "evidenced", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "intravenous", "methylprednisolone", "1", "g", "/", "day", "for", "three", "days", ",", "with", "partial", "improvement", "(", "some", "residual", "sensory", "deficit", "in", "the", "right", "upper", "limb", ")", "and", "the", "patient", "was", "discharged", "given", "the", "good", "evolution", ".", "He", "is", "currently", "awaiting", "a", "new", "cranial", "MRI", "for", "further", "study", "of", "demyelinating", "disease", "(", "see", "discussion", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 24, "end": 31 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 314, "end": 323 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 86, "end": 94 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 806, "end": 812 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 2841, "end": 2849 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2822, "end": 2830 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 2775, "end": 2790 }, { "text": "human immunodeficiency virus", "label": "SPECIES", "start": 2792, "end": 2820 }, { "text": "hepatitis B and C virus", "label": "SPECIES", "start": 2750, "end": 2773 }, { "text": "lues", "label": "SPECIES", "start": 2832, "end": 2836 }, { "text": "Borrelia", "label": "SPECIES", "start": 4057, "end": 4065 }, { "text": "acid-fast bacilli", "label": "SPECIES", "start": 4091, "end": 4108 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 4110, "end": 4115 }, { "text": "VDRL", "label": "SPECIES", "start": 4051, "end": 4055 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4464, "end": 4471 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5245, "end": 5252 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5414, "end": 5421 } ]

[ "10-year-old", "girl", "diagnosed", "with", "rhinoconjunctivitis", "and", "bronchial", "asthma", "due", "to", "allergy", "to", "olive", "and", "grass", "pollens", ",", "and", "oral", "allergy", "syndrome", "with", "fruit", "and", "vegetables", "due", "to", "allergy", "to", "profilin", ".", "He", "had", "previously", "undergone", "two", "years", "of", "sublingual", "immunotherapy", "against", "pollens", ",", "which", "had", "to", "be", "discontinued", "due", "to", "poor", "tolerance", "(", "cough", "and", "respiratory", "stridor", ")", ".", "Subsequently", ",", "a", "new", "cycle", "of", "specific", "subcutaneous", "immunotherapy", "against", "pollens", "(", "olive", "and", "grasses", ")", "was", "started", "in", "our", "hospital", ",", "with", "poor", "tolerance", "during", "induction", "in", "the", "form", "of", "episodes", "of", "sudden", "coughing", "and", "laryngeal", "stridor", ",", "maintaining", "at", "all", "times", "a", "non-pathological", "pulmonary", "auscultation", ",", "oxygen", "saturation", "and", "normal", "vital", "signs", ".", "However", ",", "given", "the", "high", "suspicion", "of", "the", "existence", "of", "a", "psychogenic", "component", "involved", "in", "the", "condition", ",", "it", "was", "decided", "to", "administer", "the", "next", "dose", "under", "surveillance", "in", "our", "Technical", "Area", "and", "in", "a", "single-blind", ",", "placebo-controlled", ",", "masked", "manner", ".", "After", "the", "placebo", "dose", ",", "the", "patient", "reproduced", "the", "same", "symptoms", ",", "which", "progressively", "subsided", "after", "the", "corresponding", "dose", "of", "immunotherapy", ".", "Thus", ",", "the", "psychogenic", "component", "was", "proven", "to", "be", "the", "main", "cause", "of", "the", "clinical", "picture", "and", "the", "immunotherapy", "could", "be", "continued", "and", "all", "chronic", "treatment", "related", "to", "her", "cough", "could", "be", "withdrawn", ".", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "patient", "who", "presented", "with", "an", "immediate", "cough", "and", "stridor", "as", "a", "reaction", "to", "immunotherapy", "and", "who", "was", "able", "to", "continue", "her", "treatment", "without", "incident", "after", "the", "psychogenic", "origin", "of", "the", "reaction", "was", "established", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 16 }, { "text": "grass", "label": "SPECIES", "start": 101, "end": 106 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 981, "end": 988 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1317, "end": 1324 } ]

[ "Male", ",", "born", "in", "May", "1986", ",", "single", ",", "older", "of", "two", "brothers", ",", "working", "shifts", "since", "the", "age", "of", "18", ",", "lives", "with", "his", "parents", ".", "Family", "history", "No", "family", "history", "of", "psychiatric", "interest", ".", "Personal", "history", "Full-term", "birth", ".", "Normal", "psychomotor", "development", ".", "No", "known", "allergies", ".", "No", "cranioencephalic", "trauma", ".", "No", "spontaneous", "loss", "of", "consciousness", ".", "No", "seizures", ".", "Clinically", "evident", "hypothyroidism", "since", "the", "age", "of", "16", "years", "on", "levothyroxine", ".", "No", "diabetes", ".", "Morbid", "obesity", "since", "the", "age", "of", "16", "with", "current", "BMI", "(", "22", "years", ")", "of", "34", ".", "2", "%", ".", "Acknowledges", "sporadic", "excessive", "alcohol", "consumption", ".", "Denies", "using", "other", "psychoactive", "substances", ".", "Pre-morbid", "life", "curve", "Until", "the", "age", "of", "13", "he", "was", "a", "loving", "boy", ",", "a", "good", "student", ",", "obedient", ",", "and", "participated", "in", "family", "and", "school", "activities", ".", "At", "the", "age", "of", "14", ",", "after", "the", "death", "of", "his", "grandfather", "and", "a", "change", "of", "address", ",", "his", "behaviour", "changed", ",", "becoming", "irascible", ",", "with", "bad", "answers", ",", "altercations", "with", "friends", "that", "he", "gradually", "abandoned", ",", "afraid", "to", "sleep", ",", "disinterested", "in", "his", "studies", ",", "eating", "compulsively", ",", "making", "\"", "suicidal", "\"", "gestures", "to", "his", "parents", "when", "he", "was", "opposed", "or", "forbidden", "to", "do", "something", ".", "From", "the", "age", "of", "16", "onwards", "his", "behaviour", "worsens", ",", "he", "becomes", "isolated", ",", "taciturn", "and", "frequently", "expresses", "death", "wishes", ".", "At", "the", "age", "of", "17", "he", "started", "treatment", "with", "a", "psychologist", "and", "pharmacological", "treatment", "with", "fluoxetine", "(", "20", "mg", "/", "day", ")", ",", "topiramate", "(", "200", "mg", "/", "day", ")", "and", "amisulpride", "(", "100", "mg", "/", "day", ")", ",", "with", "a", "decrease", "in", "irascibility", "but", "persisting", "apathy", ",", "anxiety", ",", "compulsion", "to", "eat", "and", "disinterest", "in", "social", "activities", ".", "In", "November", "2005", ",", "clomipramine", "(", "75", "mg", "/", "day", ")", "was", "added", ",", "with", "a", "worsening", "of", "irritability", ",", "intense", "asthenia", "and", "dysphoric-anxious", "mood", ".", "Current", "illness", "He", "was", "seen", "for", "the", "first", "time", "in", "our", "clinic", "in", "February", "2006", ".", "Psychopathological", "examination", "revealed", "unmotivated", "sadness", ",", "feelings", "of", "emptiness", ",", "severe", "anhedonia", ",", "death", "wishes", ",", "suicidal", "ideas", ",", "social", "withdrawal", ",", "insomnia", ",", "staying", "in", "bed", "until", "midday", ",", "even", "up", "to", "an", "hour", "before", "going", "to", "work", ",", "explosive", "behaviour", "in", "the", "face", "of", "frustration", ",", "without", "hallucinations", "or", "delusions", ".", "Topiramate", "(", "300", "mg", "/", "day", ")", "and", "duloxetine", "(", "60", "mg", "/", "day", ")", "were", "started", ",", "treatment", "which", ",", "together", "with", "psychotherapy", ",", "was", "maintained", "throughout", "2006", "and", "2007", ".", "During", "this", "time", "he", "has", "had", "three", "episodes", "of", "drunkenness", ",", "denies", "using", "illegal", "substances", ",", "sleeps", "anarchically", ",", "occasionally", "has", "\"", "black", "\"", "thoughts", "(", "death", "wishes", ",", "believes", "that", "no", "effort", "produces", "results", ",", "does", "not", "feel", "happy", ")", "that", "he", "experiences", "as", "intrusive", ",", "which", "usually", "appear", "after", "some", "conflict", "with", "family", "norms", "or", "rules", "that", "he", "transgresses", ",", "lacks", "long-term", "goals", "and", "is", "inconsistent", "in", "what", "he", "sets", "out", "to", "do", ".", "He", "is", "angry", "when", "he", "is", "contradicted", "or", "when", "his", "opinion", "is", "against", "his", "criteria", ".", "No", "anxiety", ",", "euthymic", "mood", ".", "In", "November", "2007", ",", "he", "had", "an", "episode", "of", "unmotivated", "sadness", ",", "\"", "I", "have", "everything", "but", "nothing", "makes", "me", "happy", "\"", ",", "feelings", "of", "inability", "to", "cope", "with", "responsibilities", ",", "consumption", "of", "cannabis", "alone", "and", "at", "night", ",", "starting", "a", "period", "of", "excessive", "spending", ",", "basically", "on", "pets", ",", "which", "he", "then", "neglected", ".", "During", "the", "following", "15", "days", ",", "he", "presented", "almost", "total", "insomnia", ",", "unproductive", "hyperactivity", ",", "excessive", "spending", ",", "prepares", "a", "trip", "and", "the", "afternoon", "before", "starting", "it", ",", "he", "is", "surprised", "by", "his", "mother", "filling", "a", "bath", "gel", "bottle", "with", "hashish", "pellets", ",", "reacting", "choleric", ",", "leaving", "home", "and", "verbalising", "suicidal", "ideas", ".", "The", "family", "found", "him", "4", "hours", "later", "wandering", "in", "a", "park", "near", "the", "house", ".", "When", "examined", "the", "following", "day", ",", "at", "the", "end", "of", "November", "2007", ",", "he", "reported", "not", "remembering", "anything", "of", "what", "had", "happened", "the", "previous", "day", ",", "which", "he", "attributed", "to", "the", "fact", "that", "he", "had", "not", "slept", "for", "two", "days", ",", "working", "one", "day", "in", "the", "morning", "shift", "and", "the", "next", "in", "the", "afternoon", ",", "denying", "the", "excessive", "spending", "behaviour", ",", "arguing", "that", "it", "was", "an", "investment", "to", "later", "sell", "the", "pets", ",", "He", "admits", "having", "thought", "of", "different", "ways", "of", "taking", "his", "own", "life", "and", "admits", "daily", "cannabis", "consumption", "(", "6-8", "joints", "/", "day", ")", "during", "the", "last", "three", "weeks", ",", "testing", "positive", "in", "the", "urinalysis", "of", "the", "sample", "collected", "that", "same", "day", ".", "The", "intensity", "of", "the", "episode", "exceeds", "that", "expected", "due", "to", "the", "amount", "of", "cannabis", "consumed", ".", "Olanzapine", "(", "2", ".", "5", "mg", "/", "day", ")", "was", "added", "to", "the", "treatment", ",", "while", "cannabis", "withdrawal", "was", "controlled", ",", "and", "behaviour", "and", "affect", "normalised", "in", "72", "hours", ".", "After", "15", "days", "olanzapine", "was", "discontinued", ".", "Since", "then", ",", "cannabis", "withdrawal", "has", "been", "monitored", "with", "regular", "blood", "tests", ".", "He", "has", "not", "presented", "any", "new", "episodes", "up", "to", "the", "date", "of", "the", "last", "review", "in", "October", "2008", ".", "Treatment", "Since", "2006", "he", "has", "been", "undergoing", "joint", "psychotherapeutic", "and", "psychopharmacological", "treatment", ".", "The", "former", "is", "cognitive-behavioural", "and", "the", "latter", "is", "based", "on", "topiramate", "(", "also", "for", "its", "action", "on", "weight", ")", "and", "duloxetine", ".", "In", "the", "hypomanic", "episode", "of", "November", "2007", ",", "2", ".", "5", "mg", "/", "day", "of", "olanzapine", "was", "added", "to", "the", "300", "mg", "/", "day", "of", "topiramate", "and", "60", "mg", "/", "day", "of", "duloxetine", "for", "three", "weeks", ".", "He", "is", "currently", "undergoing", "cognitive", "behavioural", "therapy", ",", "together", "with", "topiramate", ",", "duloxetine", "and", "random", "urine", "monitoring", ",", "which", "he", "voluntarily", "submits", "to", ".", "Clinical", "judgement", "Axis", "I", ":", "F34", ".", "1", ".", "-", "Early-onset", "dysthymic", "disorder", ",", "without", "atypical", "symptoms", "(", "main", "diagnosis", ")", "F31", ".", "0", "Bipolar", "I", "disorder", ",", "most", "recent", "hypomanic", "episode", ",", "complete", "recovery", ".", "F12", ".", "1", ".", "1", ".", "-", "Cannabis", "abuse", "Axis", "II", ":", "F60", ".", "31", ".", "-", "Borderline", "personality", "disorder", "(", "meets", "criteria", "2", ",", "4", ",", "5", ",", "6", ",", "7", ",", "8", ")", ".", "AXIS", "III", ":", "Hypothyroidism", "(", "E03", ",", "ICD-10", ")", ".", "AXIS", "IV", ":", "no", "appreciable", "psychosocial", "stress", ".", "AXIS", "V", ":", "G", ".", "A", ".", "F", ".", "in", "the", "last", "year", ":", "65", "Substance", "use", "In", "the", "anamnesis", ",", "only", "occasional", "alcohol", "abuse", "appears", ",", "always", "on", "the", "occasion", "of", "going", "out", "at", "the", "weekend", "with", "a", "friend", "or", "at", "celebrations", "at", "work", ",", "never", "alone", "or", "in", "relation", "to", "dysphoric", "mood", "alterations", "or", "psychosocial", "stress", ".", "He", "has", "never", "admitted", "to", "using", "cannabis", "until", "the", "episode", "of", "November", "2007", ",", "in", "which", "the", "use", "of", "cannabis", "is", "verified", "by", "urinalysis", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 4 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 106, "end": 113 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 116, "end": 122 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 134, "end": 140 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 175, "end": 183 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 897, "end": 904 }, { "text": "boy", "label": "HUMAN", "start": 659, "end": 662 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 710, "end": 716 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 1036, "end": 1043 }, { "text": "psychologist", "label": "HUMAN", "start": 1258, "end": 1270 }, { "text": "grandfather", "label": "HUMAN", "start": 781, "end": 792 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 2887, "end": 2895 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 3839, "end": 3847 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4052, "end": 4060 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4129, "end": 4137 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 4269, "end": 4277 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2490, "end": 2496 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 3315, "end": 3321 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 3192, "end": 3198 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 5160, "end": 5168 }, { "text": "friend", "label": "HUMAN", "start": 5506, "end": 5512 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 5653, "end": 5661 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 5718, "end": 5726 } ]

[ "A", "29-year-old", "single", "woman", ",", "living", "with", "her", "parents", ",", "with", "no", "history", "of", "organic", "or", "psychiatric", "pathology", "or", "drug", "abuse", ",", "admitted", "to", "neurology", "for", "behavioural", "alterations", ",", "disorientation", "and", "lack", "of", "connection", "with", "the", "environment", ".", "The", "family", "reported", "that", "it", "was", "the", "first", "episode", "of", "these", "characteristics", ",", "that", "for", "the", "last", "2", "weeks", "they", "had", "seen", "that", "the", "patient", "was", "discouraged", ",", "uncommunicative", "(", "they", "did", "not", "identify", "any", "trigger", "or", "decompensating", "factor", ",", "the", "relationship", "with", "the", "patient", "was", "good", ",", "she", "had", "a", "good", "social", "support", "network", ",", "good", "job", "performance", ",", "etc", ".", ")", ",", "she", "sometimes", "looked", "lost", ",", "even", "spoke", "incoherently", "(", "\"", "the", "veins", "in", "her", "head", "were", "dry", "\"", ")", ",", "there", "was", "no", "alteration", "in", "her", "biological", "rhythms", ".", "All", "this", "was", "a", "cause", "for", "great", "family", "anxiety", ",", "so", "the", "family", "doctor", "was", "consulted", ",", "and", "she", "was", "treated", "as", "depressed", "and", "prescribed", "sertraline", "50", "mg", "/", "day", "(", "1", "week", "before", "admission", ")", ".", "The", "evolution", "was", "torpid", ",", "with", "episodes", "of", "psychomotor", "agitation", "and", "disorientation", ",", "which", "is", "why", "the", "family", "decided", "to", "take", "the", "patient", "to", "the", "emergency", "department", ".", "There", "was", "no", "family", "history", "of", "significant", "psychiatric", "or", "organic", "disease", ".", "On", "examination", ",", "apart", "from", "the", "spatio-temporal", "disorientation", "and", "agitation", ",", "nothing", "remarkable", "was", "found", ",", "and", "there", "was", "no", "neurological", "focality", ".", "The", "blood", "tests", "(", "haemogram", ",", "coagulation", ",", "liver", "function", "tests", ",", "renal", ",", "thyroid", ",", "urine", ",", "folic", "acid", "and", "vitamin", "B12", ")", "and", "brain", "tomography", "were", "normal", ".", "Urine", "toxins", "were", "negative", ".", "Lumbar", "puncture", "(", "LP", ")", "showed", "26", "leukocytes", "/", "mm3", ".", "In", "the", "ED", "she", "presented", "with", "a", "generalised", "tonic-clonic", "seizure", "and", "was", "admitted", "with", "a", "presumptive", "diagnosis", "of", "viral", "encephalitis", ",", "and", "treatment", "was", "started", "with", "acyclovir", "and", "valproic", "acid", ".", "During", "her", "admission", "she", "was", "assessed", "by", "psychiatry", ".", "The", "family", "again", "reported", "that", "the", "patient", "had", "been", "listless", "for", "2", "weeks", ",", "repeating", "that", "\"", "the", "veins", "in", "her", "head", "were", "dry", "\"", ".", "She", "was", "classified", "as", "psychotic", "depression", "and", "venlafaxine", "75", "mg", "/", "day", "was", "prescribed", ".", "Serology", "for", "HIV", ",", "Brucella", ",", "Cytomegalovirus", ",", "Herpes", "Simplex", ",", "Syphilis", ",", "Toxoplasmosis", "and", "Epstein", "Barr", "were", "negative", ".", "During", "the", "first", "week", "of", "hospitalisation", "the", "patient", "was", "confused", ",", "presented", "with", "soliloquies", "and", "unmotivated", "laughter", ".", "LP", "was", "repeated", "(", "34", "leucocytes", "/", "mm3", ",", "lymphocytes", "100", "%", ",", "serology", "and", "cerebrospinal", "fluid", "(", "CSF", ")", "culture", "for", "Brucella", ",", "Lúes", "and", "Borrellia", "were", "negative", ")", ".", "Brain", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "was", "normal", ".", "The", "antidepressant", "was", "discontinued", "and", "tiapride", "was", "prescribed", ".", "During", "the", "second", "week", ",", "electroencephalogram", "(", "EEG", ")", "showed", "signs", "of", "moderate", "diffuse", "slow", "encephalopathy", ".", "The", "patient", "was", "unresponsive", "to", "simple", "commands", ",", "mutative", ",", "stuporous", ",", "so", "tiapride", "was", "discontinued", ",", "leaving", "her", "on", "intramuscular", "haloperidol", "in", "case", "of", "agitation", ".", "Due", "to", "the", "torpid", "evolution", ",", "she", "was", "admitted", "to", "the", "ICU", ",", "discontinuing", "valproic", "acid", "and", "starting", "levetirazepam", ".", "The", "patient", "started", "to", "present", "involuntary", "movements", "and", "dystonia", ".", "Transthoracic", "echocardiography", "was", "normal", ".", "Megadoses", "of", "corticosteroids", "and", "haemin", "were", "added", "(", "suspected", "acute", "intermittent", "porphyria", ")", ".", "Due", "to", "the", "most", "frequent", "complex", "tonic", "seizures", ",", "sedation", "and", "endotracheal", "intubation", "were", "decided", ".", "No", "uroporphyrins", "were", "detected", ",", "coproporphyrins", "and", "zinc", "were", "within", "normal", "limits", "(", "so", "haemin", "was", "discontinued", ")", ".", "LP", "was", "repeated", ",", "with", "polymerase", "chain", "reaction", "for", "mycoplasma", "and", "mycobacteria", "being", "normal", ".", "During", "the", "fourth", "week", ",", "sedation", "was", "withdrawn", ":", "he", "responded", "to", "simple", "commands", ",", "had", "facial", "myoclonus", "and", "buccolingual", "movements", ",", "and", "extubation", "was", "performed", ".", "EEG", "continued", "to", "show", "signs", "of", "diffuse", "encephalopathy", ".", "Prion", "disease", "was", "ruled", "out", "(", "negative", "for", "CSF", "protein", ")", ".", "The", "gynaecological", "ultrasound", "showed", "a", "slightly", "enlarged", "ovary", ".", "During", "the", "sixth", "week", ",", "ceruloplasmin", ",", "serum", "copper", "and", "abdominal", "ultrasound", "were", "normal", ".", "The", "patient", "was", "more", "conscious", "and", "reactive", ".", "The", "possibility", "of", "encephalitis", "was", "raised", "in", "relation", "to", "a", "teratoma", "that", "was", "not", "found", ".", "The", "LP", "was", "repeated", "looking", "for", "the", "presence", "of", "paraneoplastic", "antibodies", "(", "anti-Hu", ",", "anti-Yo", ",", "anti-Ri", ",", "anti-CV2", ",", "anti-Physin", ",", "anti-Tr", "and", "anti-calcium", "channel", ")", ",", "which", "were", "negative", ",", "except", "for", "anti-NMDA", "antibodies", ".", "Psychiatry", "was", "called", "again", "due", "to", "psychomotor", "agitation", "and", "self-referential", "delusions", ",", "and", "ziprasidone", "40", "mg", "/", "day", "was", "started", ",", "reaching", "up", "to", "160", "mg", "/", "day", "with", "progressive", "improvement", ".", "The", "final", "diagnosis", "was", "encephalitis", "against", "N-methyl-D-aspartate", "receptors", "(", "ECR-NMDA", ")", "and", "psychotic", "disorder", "secondary", "to", "organic", "pathology", "(", "ECR-NMDA", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 356, "end": 363 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 484, "end": 491 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1016, "end": 1023 }, { "text": "parents", "label": "HUMAN", "start": 44, "end": 51 }, { "text": "family doctor", "label": "HUMAN", "start": 762, "end": 775 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 235, "end": 241 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 739, "end": 745 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 762, "end": 768 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 989, "end": 995 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1066, "end": 1072 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1611, "end": 1616 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 1970, "end": 1978 }, { "text": "Cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 1980, "end": 1995 }, { "text": "Herpes Simplex", "label": "SPECIES", "start": 1997, "end": 2011 }, { "text": "Toxoplasmosis", "label": "SPECIES", "start": 2023, "end": 2036 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1965, "end": 1968 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1779, "end": 1786 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 1748, "end": 1754 }, { "text": "Epstein Barr", "label": "SPECIES", "start": 2041, "end": 2053 }, { "text": "Syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2013, "end": 2021 }, { "text": "Brucella", "label": "SPECIES", "start": 2294, "end": 2302 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2114, "end": 2121 }, { "text": "Borrellia", "label": "SPECIES", "start": 2313, "end": 2322 }, { "text": "Lúes", "label": "SPECIES", "start": 2304, "end": 2308 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 3320, "end": 3332 }, { "text": "mycoplasma", "label": "SPECIES", "start": 3305, "end": 3315 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2564, "end": 2571 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2841, "end": 2848 }, { "text": "Prion", "label": "SPECIES", "start": 3562, "end": 3567 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3775, "end": 3782 } ]

[ "A", "24-year-old", "man", "with", "progressive", "abdominal", "pain", "in", "the", "right", "iliac", "fossa", ",", "of", "24", "hours", "'", "evolution", ",", "fever", ",", "loss", "of", "appetite", "and", "nausea", "without", "vomiting", ".", "His", "pathological", "history", "included", "colic", "atresia", "of", "the", "descending", "colon", "and", "small", "intestinal", "volvulus", "in", "the", "neonatal", "period", ",", "and", "he", "underwent", "intestinal", "devolvulation", "and", "double", "abduction", "of", "the", "colon", "to", "the", "abdominal", "wall", "(", "colostomy", "and", "mucosal", "fistula", ")", ".", "At", "the", "age", "of", "1", ".", "5", "years", ",", "the", "release", "of", "both", "colic", "ends", "and", "end-to-end", "anastomosis", "were", "performed", ",", "as", "well", "as", "a", "prophylactic", "appendectomy", ".", "In", "the", "emergency", "room", "the", "patient", "was", "febrile", "(", "37", ".", "4", "oC", ")", ".", "Physical", "examination", "revealed", "abdominal", "pain", "in", "the", "right", "lower", "quadrant", "with", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "The", "CBC", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "19", ",", "100", "/", "mm3", "with", "a", "left", "shift", ".", "Abdominal", "CT", "scan", "showed", "signs", "of", "probable", "appendicitis", "of", "the", "appendiceal", "stump", ":", "thickening", "of", "a", "tubular", "structure", "at", "the", "base", "of", "the", "cecum", ",", "some", "adjacent", "air", "bubbles", "and", "an", "appendicolith", ".", "A", "Mc", "Burney", "incision", "identified", "a", "pericecal", "plastron", "over", "a", "1", "cm", "appendicular", "stump", "with", "signs", "of", "gangrenous", "appendicitis", ";", "resection", "of", "the", "appendicular", "remnant", ",", "double", "suture", "in", "a", "tobacco", "pouch", "and", "washings", "were", "performed", ".", "He", "was", "treated", "with", "antibiotherapy", "-", "ertapenem", "-", "and", "discharged", "on", "the", "fourth", "day", "without", "complications", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "neonatal", "label": "HUMAN", "start": 262, "end": 270 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 575, "end": 582 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 1150, "end": 1157 } ]

[ "January", "2018", ".", "45-year-old", "woman", ",", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "Personal", "history", "of", "chronic", "venous", "insufficiency", ",", "cellulitis", "in", "the", "right", "upper", "limb", ",", "one", "month", "ago", ",", "resolved", "after", "antibiotic", "treatment", ".", "She", "has", "undergone", "tonsillectomy", "and", "endometriosis", ".", "She", "does", "not", "receive", "regular", "home", "treatment", ".", "Not", "vaccinated", "against", "influenza", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", "up", "to", "39oC", ",", "shivering", "and", "chills", ".", "This", "was", "associated", "with", "an", "initial", "cough", "with", "whitish", "expectoration", "of", "5", "days", "'", "duration", ",", "which", "worsened", "to", "the", "point", "of", "presenting", "with", "frank", "haemoptysis", ".", "On", "arrival", "she", "presented", "poor", "general", "condition", ",", "was", "conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ",", "tachypneic", "using", "accessory", "muscles", "(", "34", "rpm", ")", "with", "basal", "oxygen", "saturation", "80", "%", "without", "oxygen", "supply", ",", "BP", "70", "/", "45", "mmHg", "and", "temperature", "38C", ".", "On", "cardiac", "auscultation", ",", "tachyarrhythmic", "tones", "at", "150", "bpm", "with", "no", "audible", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", "with", "secretion", "sounds", "up", "to", "upper", "fields", "and", "bibasal", "hypoventilation", ".", "Abdomen", "was", "nondescript", ".", "Lower", "limbs", "without", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "Analysis", "showed", "impaired", "renal", "function", "(", "creatinine", "1", ".", "64", "mg", "/", "dl", ")", ",", "slight", "alteration", "of", "liver", "enzymes", ",", "CRP", "342", "mg", "/", "L", ",", "lactic", "acid", "55", ".", "5", "mg", "/", "dl", "with", "metabolic", "acidosis", "(", "pH", "7", ".", "17", ",", "pCO2", "48", "mmHg", ",", "bicarbonate", "17", ".", "5", "mmol", "/", "L", ")", ",", "leucopenia", "(", "550", "leucocytes", "/", "μl", ")", ",", "anaemia", "(", "Hb", "9", ".", "5", "g", "/", "dl", ")", ",", "plateletopenia", "(", "65000", "/", "μl", ")", ",", "coagulopathy", "(", "prothrombin", "activity", "65", "%", ",", "INR", "1", ".", "48", ")", ",", "fibrinogen", "326", "mg", "/", "dl", ".", "Chest", "X-ray", "showed", "a", "left", "basal", "alveolointerstitial", "infiltrate", "with", "associated", "pleural", "effusion", ".", "Given", "the", "patient", "'", "s", "haemodynamic", "instability", ",", "she", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", "for", "ventilatory", "support", "and", "intensive", "fluid", "therapy", ",", "requiring", "orotracheal", "intubation", "and", "high", "doses", "of", "vasoactive", "agents", "(", "adrenaline", "and", "noradrenaline", ")", "for", "haemodynamic", "control", ",", "with", "very", "poor", "peripheral", "perfusion", "and", "anuria", ".", "Differential", "diagnosis", "We", "are", "dealing", "with", "septic", "shock", "of", "respiratory", "origin", "in", "the", "context", "of", "severe", "community-acquired", "pneumonia", "FINE", "V", "with", "a", "qSOFA", "of", "2", "and", "SOFA", "of", "7", ".", "Given", "that", "the", "patient", "is", "immunocompetent", ",", "we", "could", "rule", "out", "a", "priori", "that", "the", "causative", "microorganism", "is", "a", "fungus", "or", "protozoan", ",", "as", "these", "would", "be", "expected", "in", "immunocompromised", "patients1", ".", "We", "should", "consider", "bacterial", "or", "viral", "origin", "given", "the", "time", "of", "year", ".", "The", "clinical", "presentation", "of", "the", "case", "with", "fever", "with", "shivering", "and", "chills", ",", "productive", "cough", "with", "acute", "onset", "and", "well-defined", "alveolar", "infiltrate", "in", "the", "chest", "X-ray", "suggests", "typical", "bacteria", "such", "as", "Streptococcus", "pneumoniae", "(", "the", "first", "cause", "to", "be", "taken", "into", "account", "as", "it", "is", "the", "most", "frequent", ")", ",", "Haemophilus", "influenzae", ",", "Moraxella", "catarrhalis", ",", "Staphylococcus", "aureus", ",", "group", "A", "streptococci", ",", "gram-negative", "or", "microaerophilic", "enterobacteria", "and", "anaerobes", ",", "the", "latter", "being", "ruled", "out", "a", "priori", "due", "to", "the", "low", "probability", "of", "aspiration3", ".", "However", ",", "the", "typical", "presentation", "does", "not", "always", "correspond", "to", "typical", "bacteria", ",", "so", "we", "would", "have", "to", "include", "atypical", "bacteria", "(", "presenting", "intrinsic", "resistance", "to", "beta-lactams", "and", "not", "seen", "in", "gram", "staining", "or", "growing", "in", "culture", "with", "traditional", "techniques", ")", "such", "as", "Legionella", "spp", ".", "(", "discarded", "in", "principle", "for", "not", "being", "in", "a", "plausible", "epidemiological", "context", ")", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "Chlamydia", "pneumoniae", ",", "Chlamydia", "psittaci", "(", "key", "epidemiological", "factor", "of", "contact", "with", "birds", ")", "and", "Coxiella", "burnetii", ".", "As", "for", "plausible", "viruses", ",", "Influenza", "A", "and", "B", "should", "be", "taken", "into", "account", ",", "as", "we", "are", "in", "the", "midst", "of", "a", "seasonal", "outbreak", ",", "Rhinovirus", ",", "Parainfluenza", "virus", ",", "Adenovirus", "and", "respiratory", "syncytial", "virus", ".", "The", "patient", "had", "no", "significant", "comorbidity", ",", "had", "only", "taken", "a", "small", "course", "of", "antibiotics", "a", "month", "earlier", "for", "cellulitis", "of", "the", "upper", "limb", "and", "had", "not", "had", "any", "contact", "with", "the", "healthcare", "system", ",", "nor", "had", "she", "undergone", "any", "invasive", "intervention", ",", "so", "we", "would", "not", "expect", "to", "find", "resistant", "microorganisms", "in", "the", "context", "of", "a", "nosocomial", "/", "nosohusial", "process", ".", "Evolution", "The", "patient", "had", "a", "very", "torpid", "evolution", "in", "the", "ICU", ",", "requiring", "infusion", "of", "vasoactive", "agents", "at", "high", "doses", "and", "mechanical", "ventilation", "for", "15", "days", ".", "The", "first", "microbiological", "results", "were", ":", "negative", "urine", "culture", ",", "negative", "pneumococcal", "antigen", "in", "urine", ",", "positive", "Influenza", "A", "RNA", "and", "negative", "Influenza", "B", "RNA", ".", "On", "the", "second", "day", "of", "admission", ",", "the", "microbiology", "department", "reported", "a", "preliminary", "report", "of", "growth", "in", "the", "bronchial", "aspirate", "culture", "and", "in", "two", "blood", "cultures", "of", "gram-positive", "cocci", ",", "which", "were", "finally", "identified", "as", "pansensitive", "Streptococcus", "pyogenes", "(", "group", "A", ")", ".", "Empirical", "treatment", "with", "meropenem", "was", "started", "and", ",", "following", "microbiological", "results", ",", "oseltamivir", "and", "clindamycin", "were", "added", ".", "On", "the", "tenth", "day", "of", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "antibiotherapy", "was", "withdrawn", "due", "to", "good", "evolution", "of", "the", "patient", ",", "although", "she", "maintained", "invasive", "ventilatory", "support", ".", "During", "her", "stay", "in", "the", "ICU", "she", "presented", "multiple", "infectious", "complications", "related", "to", "admission", "to", "this", "unit", ",", "including", "respiratory", "superinfection", "by", "Pseudomonas", "aeruginosa", "and", "dry", "necrosis", "of", "the", "hands", "and", "feet", "secondary", "to", "the", "use", "of", "vasoactive", "agents", "that", "required", "bilateral", "infracondylar", "amputation", "and", "remodelling", "of", "the", "acral", "portions", "of", "the", "10", "fingers", "throughout", "her", "stay", ".", "At", "the", "same", "time", ",", "in", "the", "same", "week", ",", "two", "new", "cases", "of", "Streptococcus", "pyogenes", "pneumonia", "were", "diagnosed", ",", "isolated", "in", "blood", "cultures", "and", "bronchial", "aspirate", ".", "Both", "cases", "were", "severe", ",", "one", "of", "them", "requiring", "admission", "to", "the", "ICU", ",", "and", "he", "died", "a", "few", "hours", "after", "admission", "due", "to", "multi-organ", "failure", ".", "The", "other", "case", "was", "satisfactorily", "managed", "in", "the", "infectious", "diseases", "ward", "after", "initiating", "targeted", "antibiotherapy", "within", "24", "hours", "due", "to", "early", "growth", "in", "blood", "cultures", ".", "Given", "the", "low", "incidence", "of", "this", "entity", "as", "community-acquired", "pneumonia", ",", "we", "sequenced", "all", "strains", "with", "concordance", "of", "all", "of", "them", ".", "An", "epidemiological", "study", "was", "carried", "out", "by", "the", "Preventive", "Medicine", "Department", "of", "our", "hospital", "due", "to", "suspicion", "of", "an", "outbreak", ",", "but", "no", "common", "factors", "interrelating", "the", "cases", "were", "identified", ".", "Final", "diagnosis", "Seasonal", "influenza", "complicated", "by", "septic", "shock", "due", "to", "severe", "community-acquired", "pneumonia", "caused", "by", "Streptococcus", "pyogenes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 26, "end": 31 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1524, "end": 1531 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 58, "end": 66 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 296, "end": 306 }, { "text": "Adenovirus", "label": "SPECIES", "start": 3431, "end": 3441 }, { "text": "Chlamydia pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3162, "end": 3182 }, { "text": "Coxiella burnetii", "label": "SPECIES", "start": 3258, "end": 3275 }, { "text": "Haemophilus influenzae", "label": "SPECIES", "start": 2544, "end": 2566 }, { "text": "Influenza A", "label": "SPECIES", "start": 3303, "end": 3314 }, { "text": "Legionella spp", "label": "SPECIES", "start": 3044, "end": 3058 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 3139, "end": 3160 }, { "text": "Rhinovirus", "label": "SPECIES", "start": 3398, "end": 3408 }, { "text": "Staphylococcus aureus", "label": "SPECIES", "start": 2591, "end": 2612 }, { "text": "Streptococcus pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2448, "end": 2472 }, { "text": "anaerobes", "label": "SPECIES", "start": 2688, "end": 2697 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2198, "end": 2207 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2431, "end": 2439 }, { "text": "protozoan", "label": "SPECIES", "start": 2109, "end": 2118 }, { "text": "gram-negative or microaerophilic enterobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2636, "end": 2683 }, { "text": "birds", "label": "SPECIES", "start": 3247, "end": 3252 }, { "text": "Influenza A and B", "label": "SPECIES", "start": 3303, "end": 3320 }, { "text": "Influenza A", "label": "SPECIES", "start": 4096, "end": 4107 }, { "text": "Influenza B", "label": "SPECIES", "start": 4125, "end": 4136 }, { "text": "Pseudomonas aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 4846, "end": 4868 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 4372, "end": 4394 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 5129, "end": 5151 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 5624, "end": 5631 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4633, "end": 4640 }, { "text": "gram-positive cocci", "label": "SPECIES", "start": 4305, "end": 4324 }, { "text": "Streptococcus pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 5973, "end": 5995 } ]

[ "A", "36-year-old", "male", "patient", "from", "Caracas", ",", "from", "Birongo", ",", "Miranda", "state", ".", "His", "illness", "started", "with", "an", "erythematous", "and", "pruritic", "papule", "in", "the", "lumbar", "region", "which", "later", "ulcerated", ".", "He", "attended", "several", "health", "care", "centres", "in", "his", "locality", "and", "was", "treated", "as", "a", "pyogenic", "infectious", "process", "with", "oral", "antibiotics", ",", "topical", "antiseptics", "and", "was", "diagnosed", "with", "localised", "cutaneous", "leishmaniasis", ",", "for", "which", "he", "was", "given", "immunotherapy", "for", "the", "parasitosis", "(", "five", "intramuscular", "doses", "of", "dead", "Leishmania", "amastigotes", "and", "BCG", ")", ".", "The", "ulcer", "did", "not", "improve", "and", "continued", "to", "increase", "in", "size", ",", "so", "he", "went", "to", "the", "Rural", "Endemics", "Clinic", "of", "the", "Tropical", "Medicine", "Department", "of", "the", "'", "Luis", "Razetti", "'", "School", "of", "Medicine", "of", "the", "UCV", ".", "Epidemiological", "background", ":", "he", "lives", "in", "Birongo", "(", "belonging", "to", "the", "Barlovento", "area", ")", ",", "an", "endemic", "area", "of", "the", "disease", "with", "the", "highest", "incidence", "of", "cases", "at", "the", "clinic", ".", "The", "patient", "is", "a", "bus", "driver", "and", "spends", "most", "of", "the", "day", "sitting", ",", "leaning", "on", "his", "back", ".", "Physical", "examination", ":", "patient", "in", "apparent", "good", "general", "condition", ";", "dark", "brown", "skin", ",", "with", "lesions", "measuring", "approximately", "1x1", ".", "5", "cm", ",", "five", "in", "number", ",", "on", "the", "right", "deltoid", "region", ".", "Oval", "ulcer", "measuring", "8", "x", "9", "cm", "in", "the", "right", "posteroinferior", "lumbar", "region", "with", "an", "erythematous-violaceous", ",", "raised", "and", "irregular", "border", ",", "dry", "and", "clean", "background", ",", "with", "abundant", "granulation", "tissue", "and", "warty", "lesions", ",", "painful", "to", "the", "touch", "with", "seropurulent", "secretion", ".", "The", "patient", "was", "given", "500", "mg", "of", "oral", "cefadroxil", "twice", "a", "day", "for", "7", "days", ".", "Intradermal", "leishmanin", "test", "and", "indirect", "fluorescent", "antileishmania", "antibodies", "were", "positive", ",", "and", "smear", "by", "apposition", "of", "segments", "of", "the", "ulcer", "stained", "with", "Giemsa", "revealed", "the", "presence", "of", "Leishmania", "amastigotes", ".", "Treatment", "was", "indicated", "with", "two", "10-day", "courses", "of", "antimoniate", "at", "a", "dose", "of", "3", ",", "000", "mg", "/", "day", "intramuscularly", ",", "with", "a", "10-day", "rest", "period", "between", "each", "course", ".", "The", "patient", "improved", "and", "subsequently", "developed", "residual", "warty", "scar", "lesions", ".", "Five", "months", "later", "he", "returned", "with", "oozing", "cracked", "lesions", "in", "the", "scar", "area", ".", "He", "was", "given", "a", "second", "course", "(", "two", "treatment", "series", ")", "at", "a", "dose", "of", "4", ",", "500", "mg", "meglumine", "daily", "with", "improvement", "of", "his", "lesions", ".", "Serum", "aminotransferases", "were", "elevated", "at", "the", "end", "of", "the", "second", "course", "of", "treatment", ".", "The", "patient", "returned", "with", "ulcerative", "and", "cracked", "lesions", ",", "superimposed", "on", "the", "initial", "warty", "lesions", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "Adult", "Infectious", "Diseases", "Service", "of", "the", "HUC", ".", "The", "parasite", "was", "again", "identified", "in", "the", "smear", "by", "apposition", "of", "the", "lesions", ".", "Routine", "bioanalytical", "and", "cardiovascular", "evaluation", "was", "performed", "prior", "to", "LTA", "treatment", ".", "Amphotericin", "B", "was", "administered", "at", "a", "dose", "of", "1", "mg", "/", "kg-weight", "/", "day", "for", "45", "days", ".", "The", "patient", "improved", ",", "the", "ulcers", "healed", "and", "six", "months", "later", "recovery", "was", "noted", "with", "persistence", "of", "the", "warty", "lesions", ".", "The", "patient", "was", "re-evaluated", "at", "six", "months", "and", "discharged", "from", "the", "clinic", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Adult", "label": "HUMAN", "start": 2305, "end": 2310 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 499, "end": 502 }, { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "Leishmania amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 472, "end": 494 }, { "text": "Leishmania amastigotes", "label": "SPECIES", "start": 1644, "end": 1666 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 865, "end": 872 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 968, "end": 975 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1388, "end": 1395 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1825, "end": 1832 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2185, "end": 2192 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2599, "end": 2606 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2718, "end": 2725 }, { "text": "parasite", "label": "SPECIES", "start": 2355, "end": 2363 }, { "text": "leishmanin", "label": "SPECIES", "start": 1468, "end": 1478 }, { "text": "antileishmania", "label": "SPECIES", "start": 1509, "end": 1523 } ]

[ "Anamnesis", "A", "73-year-old", "man", "with", "the", "only", "relevant", "history", "of", "cirrhosis", "due", "to", "hepatitis", "C", "virus", "under", "follow-up", "by", "the", "Digestive", "Department", ",", "with", "good", "liver", "function", "(", "Child-Turcotte-Pugh", "class", "A", ")", ".", "HCC", "was", "diagnosed", "at", "one", "of", "the", "check-ups", "in", "May", "2008", ".", "He", "was", "initially", "managed", "by", "the", "Digestive", "Department", "with", "radiofrequency", "(", "RF", ")", "(", "on", "2", "occasions", ")", ",", "obtaining", "complete", "remission", "of", "the", "neoplastic", "lesion", ".", "In", "June", "/", "2011", "a", "new", "nodule", "appeared", "in", "a", "different", "hepatic", "segment", "to", "the", "one", "affected", "in", "2008", ".", "It", "was", "treated", "with", "percutaneous", "ethanol", "injection", ".", "During", "his", "follow-up", ",", "a", "CT", "scan", "in", "2012", "revealed", "the", "appearance", "of", "new", "nodules", "in", "several", "liver", "segments", "(", "multicentric", "HCC", ",", "stage", "B", "of", "the", "Barcelona", "Clinical", "Liver", "Cancer", "[", "BCLC", "]", "scale", ")", ".", "It", "was", "decided", "to", "treat", "with", "TACE", "or", "transarterial", "chemoembolisation", ".", "One", "year", "later", ",", "in", "June", "/", "2013", ",", "a", "control", "CT", "scan", "and", "later", "a", "liver", "MRI", "(", "magnetic", "resonance", "imaging", ")", "confirmed", "recurrence", "with", "the", "appearance", "of", "4", "nodules", "(", "involvement", "of", "several", "liver", "segments", ")", "and", "peritoneal", "thickening", ".", "Physical", "examination", "The", "patient", "was", "transferred", "to", "medical", "oncology", ".", "On", "initial", "evaluation", ",", "the", "patient", "presented", "with", "an", "unremarkable", "physical", "examination", ",", "except", "for", "a", "pain", "on", "palpation", "in", "the", "right", "hypochondrium", "(", "RCH", ")", ".", "Liver", "function", "was", "also", "normal", "except", "for", "mild", "thrombopenia", "(", "106", ",", "000", "/", "mm3", ")", ".", "Alpha-fetoprotein", "(", "AFP", ")", "was", "67", ".", "3", "ng", "/", "ml", ".", "Complementary", "tests", "Medical", "oncology", "management", "Treatment", "with", "sorafenib", "400", "mg", "/", "2", "times", "a", "day", "was", "started", ".", "Fifteen", "days", "after", "starting", "sorafenib", ",", "the", "patient", "developed", "palmar-plantar", "erythrodysaesthesia", "grade", "3", "(", "CTCAE", "V", ".", "4", ".", "0", "G3", ")", ",", "G2", "diarrhoea", "and", "G2", "asthenia", ".", "The", "dose", "was", "reduced", "to", "400", "mg", "/", "day", "and", "then", "to", "400", "mg", "/", "48", "h", "due", "to", "persistent", "G2", "toxicity", ".", "Finally", ",", "it", "was", "decided", "to", "definitively", "discontinue", "sorafenib", "due", "to", "poor", "tolerance", "after", "1", "year", "of", "treatment", "with", "several", "dose", "adjustments", ".", "In", "August", "2013", ",", "biweekly", "gemcitabine", "was", "started", ".", "At", "the", "2nd", "cycle", ",", "he", "developed", "G3", "febrile", "neutropenia", "requiring", "hospital", "admission", ".", "At", "hospital", "discharge", ",", "the", "patient", "presented", "with", "severe", "deterioration", "in", "functional", "status", "(", "performance", "status", ":", "ECOG", "2-3", ")", ",", "residual", "asthenia", "and", "occasional", "febrile", "fever", "with", "no", "recognisable", "infectious", "cause", ".", "At", "this", "time", ",", "the", "patient", "had", "sustained", "thrombopenia", "(", "52", ",", "000", "/", "mm3", ")", ".", "A", "re-evaluation", "MRI", "was", "performed", "showing", "stabilisation", "of", "the", "disease", ".", "In", "view", "of", "the", "poor", "tolerance", "and", "the", "deterioration", "of", "the", "patient", "due", "to", "the", "toxicity", "of", "previous", "therapies", ",", "it", "was", "decided", "not", "to", "resume", "chemotherapy", "treatment", "and", "to", "observe", "the", "patient", "through", "clinical", "check-ups", "and", "imaging", "tests", ".", "Follow-up", "from", "September", "2013", "to", "April", "2017", "During", "the", "re-evaluations", "with", "CT", "and", "MRI", ",", "periods", "of", "minimal", "disease", "progression", "alternating", "with", "periods", "of", "stabilisation", "were", "maintained", "during", "this", "time", ".", "The", "patient", "recovered", "his", "PS", "(", "ECOG", "1", ")", "and", ",", "as", "the", "most", "relevant", "clinical", "alterations", ",", "he", "presented", ":", "mild", "baseline", "HCD", "pain", "controlled", "with", "1st", "step", "analgesia", ",", "mild", "thrombopenia", "and", "occasional", "febrile", "fever", "(", "studied", "on", "several", "occasions", ",", "with", "the", "main", "infectious", "causes", "ruled", "out", ")", "which", "was", "interpreted", "as", "tumour-related", ".", "Due", "to", "the", "patient", "'", "s", "fragility", "in", "relation", "to", "poor", "tolerance", "to", "previous", "treatments", "and", "the", "evidence", "of", "a", "slow", "and", "paucisymptomatic", "evolution", "of", "the", "disease", ",", "it", "was", "decided", "to", "avoid", "active", "treatment", "and", "to", "maintain", "follow-up", "every", "3", "months", ".", "Diagnosis", "Progression", "and", "emergence", "of", "immunotherapy", "in", "the", "treatment", "of", "HCC", "On", "review", "in", "April", "/", "2017", ",", "progression", "was", "determined", "with", "increase", "of", "pre-existing", "lesions", "in", "several", "hepatic", "lobes", ",", "involvement", "of", "the", "abdominal", "wall", "in", "HCD", "with", "tumour", "nodules", ",", "elevation", "of", "AFP", "(", "123", "ng", "/", "ml", ")", "and", "increase", "of", "his", "baseline", "pain", ".", "Treatment", "It", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "nivolumab", "at", "a", "dose", "of", "3", "mg", "/", "kg", "/", "day", "every", "2", "weeks", ".", "Treatment", "with", "IT", "for", "approximately", "13", "months", "was", "well", "tolerated", "and", "the", "toxicity", "observed", "in", "the", "patient", "was", "mainly", "G1", "asthenia", "and", "G1", "rash", ".", "The", "best", "response", "during", "this", "period", "was", "stabilisation", "of", "the", "disease", ".", "In", "May", "2018", ",", "further", "progression", "was", "confirmed", "and", "nivolumab", "was", "discontinued", ".", "At", "this", "point", ",", "given", "the", "exhaustion", "of", "therapeutic", "tools", "for", "this", "scenario", ",", "retreatment", "with", "sorafenib", "was", "attempted", "(", "at", "very", "low", "doses", ":", "200", "mg", "/", "day", "every", "48", "h", ")", "but", ",", "even", "so", ",", "it", "was", "not", "tolerated", ".", "Evolution", "In", "July", "of", "the", "same", "year", ",", "regorafenib", "was", "started", "at", "a", "dose", "of", "80", "mg", "/", "day", "for", "21", "days", "with", "cycles", "every", "28", "days", ".", "However", ",", "tolerance", "to", "this", "drug", "was", "also", "poor", ",", "with", "G3", "skin", "reaction", ",", "G3", "asthenia", "and", "elevated", "transaminases", ">", "4", "times", "the", "upper", "limit", "of", "normal", "(", "4", "x", "LSN", ")", ".", "Hospital", "admission", "and", "immediate", "discontinuation", "of", "regorafenib", "was", "decided", ".", "Finally", ",", "the", "patient", "died", "at", "the", "end", "of", "August", "2018", "as", "a", "consequence", "of", "new", "tumour", "progression", "and", "irrecoverable", "liver", "failure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "hepatitis C virus", "label": "SPECIES", "start": 79, "end": 96 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1053, "end": 1060 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1125, "end": 1132 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1517, "end": 1524 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2018, "end": 2025 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2219, "end": 2226 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2399, "end": 2406 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2521, "end": 2528 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2781, "end": 2788 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3109, "end": 3116 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3857, "end": 3864 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4616, "end": 4623 } ]

[ "A", "16-year-old", "male", "with", "no", "known", "drug", "allergies", ".", "His", "personal", "history", "only", "includes", "an", "umbilical", "hernia", "operated", "on", "in", "childhood", ".", "He", "has", "no", "toxic", "habits", "and", "does", "not", "receive", "any", "home", "treatment", "on", "a", "regular", "basis", ".", "He", "has", "been", "correctly", "vaccinated", "and", "is", "attending", "school", ".", "He", "lives", "in", "the", "countryside", "and", "has", "contact", "with", "domestic", "and", "wild", "animals", ",", "including", "chickens", ",", "rabbits", ",", "dogs", ",", "ducks", "and", "a", "corn", "snake", "(", "Pantherophis", "guttatus", ")", ".", "The", "patient", "came", "to", "the", "Emergency", "Department", "because", ",", "while", "spending", "a", "few", "days", "at", "the", "beach", ",", "he", "began", "to", "notice", "a", "progressive", "increase", "in", "the", "size", "of", "his", "right", "lower", "limb", ".", "It", "started", "at", "the", "level", "of", "the", "foot", "and", ",", "on", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "had", "already", "spread", "to", "the", "root", "of", "the", "ipsilateral", "thigh", ",", "presenting", "with", "fever", "up", "to", "39", ".", "5oC", ".", "The", "patient", "had", "no", "recollection", "of", "stings", "or", "bites", ".", "In", "the", "previous", "days", "he", "presented", "odynophagia", ",", "no", "cough", "or", "expectoration", ",", "no", "gastrointestinal", "alterations", "and", "no", "associated", "micturition", "symptoms", ".", "She", "denied", "abdominal", "pain", ",", "pruritus", ",", "unsafe", "sexual", "relations", "or", "trauma", ".", "He", "had", "been", "with", "friends", "and", "they", "were", "all", "asymptomatic", ".", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "alert", ",", "conscious", ",", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", "and", "haemodynamically", "stable", ",", "with", "BP", "121", "/", "67", "mmHg", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "sun", "tanned", ".", "Eupneic", "at", "rest", "and", "with", "ambulation", ",", "with", "saturations", "of", "98", "%", "without", "oxygen", "support", ".", "The", "oropharynx", "was", "hyperemic", "but", "without", "tonsillar", "exudates", ",", "no", "lymph", "nodes", "were", "palpable", ".", "On", "examination", ",", "he", "had", "rhythmic", "heart", "tones", "at", "80", "systoles", "per", "minute", ",", "with", "no", "audible", "murmurs", ".", "Vesicular", "murmur", "was", "preserved", "in", "both", "hemithoraxes", "and", "the", "abdomen", "was", "soft", ",", "depressible", "and", "not", "painful", "on", "deep", "palpation", ",", "presenting", "hydro-aerial", "sounds", "with", "no", "masses", ",", "megaliths", "or", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "The", "right", "lower", "limb", "was", "warm", "and", "oedematous", ",", "with", "impaction", "mainly", "at", "the", "level", "of", "the", "twins", ".", "At", "the", "internal", "supramalleolar", "level", ",", "there", "were", "two", "millimetric", ",", "symmetrical", ",", "punctate", "lesions", ",", "with", "no", "exudates", ",", "and", "Homans", "'", "sign", "was", "negative", ".", "He", "was", "able", "to", "move", "all", "his", "fingers", "and", "the", "paedial", "pulses", "were", "present", ".", "The", "contralateral", "limb", "showed", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "The", "neurological", "examination", "did", "not", "show", "any", "focality", ".", "Complementary", "tests", "performed", "in", "the", "ED", "showed", "a", "leukocytosis", "of", "30", ",", "740", "cells", "/", "μL", "at", "the", "expense", "of", "neutrophils", "(", "28", ",", "350", "cells", "/", "μL", ")", ",", "with", "the", "red", "and", "platelet", "series", "being", "normal", ".", "Coagulation", "times", "were", "prolonged", ",", "INR", "was", "1", ".", "28", ",", "prothrombin", "time", "(", "PT", ")", "was", "15", ".", "7s", "(", "64", ".", "3", "%", ")", "and", "D-dimer", "was", "940", "ng", "/", "dL", ".", "Biochemistry", "showed", "a", "creatinine", "of", "2", ".", "13", "mg", "/", "dL", "(", "previous", "renal", "function", "was", "normal", ")", "and", "a", "C-reactive", "protein", "of", "363", ".", "46", "mg", "/", "L", ",", "with", "a", "normal", "ionogram", ".", "Blood", "cultures", "were", "taken", ",", "which", "were", "subsequently", "negative", ",", "and", "a", "Doppler", "ultrasound", "of", "the", "right", "lower", "limb", "showed", "marked", "thickening", "of", "the", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ",", "with", "significant", "signs", "of", "oedema", "and", "increased", "vascularisation", "in", "relation", "to", "an", "infectious-inflammatory", "process", ",", "with", "no", "collections", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "the", "findings", "being", "suggestive", "of", "cellulitis", ".", "In", "view", "of", "the", "patient", "'", "s", "clinical", "situation", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "him", "to", "the", "Infectious", "Diseases", "Department", "with", "the", "diagnosis", "of", "cellulitis", "of", "the", "right", "lower", "limb", ",", "without", "ultrasound", "findings", "of", "complications", ",", "with", "a", "possible", "entry", "point", "at", "the", "internal", "supramalleolar", "level", "and", "acute", "renal", "failure", "in", "this", "context", ",", "initiating", "empirical", "intravenous", "treatment", "with", "cloxacillin", "2g", "/", "6h", "and", "ceftriaxone", "1g", "/", "24h", ".", "Differential", "diagnosis", "Infections", "of", "the", "skin", "and", "soft", "tissue", "constitute", "a", "broad", "group", "of", "clinical", "pictures", "of", "diverse", "aetiology", ",", "pathogenesis", "and", "prognosis", ",", "defined", "according", "to", "their", "location", "and", "independently", "of", "the", "microorganism", "that", "causes", "them", ".", "When", "faced", "with", "a", "soft", "tissue", "infection", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "the", "patient", "presented", ",", "it", "is", "important", "to", "carry", "out", "a", "detailed", "anamnesis", "and", "an", "exhaustive", "examination", "in", "search", "of", "a", "possible", "entry", "point", ",", "as", "the", "epidemiological", "history", "referred", "by", "the", "patient", "can", "guide", "us", "to", "the", "aetiological", "approach", ",", "as", "the", "different", "microorganisms", "that", "may", "be", "causing", "the", "infection", "will", "vary", "depending", "on", "the", "environment", "and", "the", "way", "in", "which", "inoculation", "has", "taken", "place", ".", "Therefore", ",", "we", "should", "consider", "the", "following", "nosological", "entities", "to", "make", "the", "differential", "diagnosis", "in", "the", "case", "of", "infectious", "cellulitis", ":", "-", "Superficial", "thrombophlebitis", "and", "deep", "vein", "thrombosis", ":", "these", "are", "relatively", "frequent", "processes", ",", "mainly", "in", "situations", "that", "facilitate", "a", "state", "of", "hypercoagulability", ".", "They", "usually", "manifest", "with", "painful", "localised", "oedema", "and", "reddening", "of", "the", "skin", ",", "as", "in", "the", "case", "of", "the", "patient", "presented", "here", ",", "and", "this", "entity", "was", "ruled", "out", "following", "a", "Doppler", "ultrasound", "scan", "in", "the", "absence", "of", "associated", "thrombotic", "pathology", ".", "-", "Contact", "dermatitis", ":", "this", "is", "characterised", "by", "the", "presence", "of", "a", "reddish", "skin", "rash", "with", "intense", "itching", "and", "appears", "due", "to", "direct", "contact", "with", "a", "substance", "or", "an", "allergic", "reaction", "to", "it", ".", "Vesicular", "lesions", "usually", "appear", ",", "which", "the", "patient", "did", "not", "have", ",", "and", "are", "not", "usually", "associated", "with", "fever", ",", "so", "this", "pathology", "was", "ruled", "out", ".", "-", "Eosinophilic", "cellulitis", "or", "Sweet", "'", "s", "syndrome", ":", "this", "is", "an", "inflammatory", "skin", "condition", "with", "a", "high", "degree", "of", "clinical", "polymorphism", "and", "can", "be", "self-limiting", "and", "recurrent", ".", "There", "is", "usually", "a", "history", "of", "previous", "atopy", "or", "urticaria", ",", "as", "well", "as", "peripheral", "eosinophilia", ",", "elevated", "ESR", "and", "immunoglobulin", "E1", ",", "alterations", "that", "were", "not", "present", "in", "the", "patient", ".", "-", "Gout", ":", "usually", "manifests", "as", "joint", "inflammation", "and", "not", "of", "the", "entire", "lower", "limb", "as", "in", "the", "case", "in", "question", ",", "caused", "by", "the", "deposit", "of", "monosodium", "urate", ".", "It", "is", "more", "common", "in", "older", "people", "and", "generally", "occurs", "in", "people", "with", "hyperuricaemia", ".", "-", "Erysipelas", ":", "this", "is", "an", "acute", "dermal-hypodermal", "infection", ",", "non-necrotising", "and", "generally", "caused", "by", "S", ".", "pyogenes", ".", "The", "onset", "is", "usually", "sudden", "with", "fever", "and", "a", "raised", ",", "erythematous", ",", "painful", "and", "warm", "plaque", "with", "well-defined", "borders", ".", "The", "present", "case", "had", "progressive", "oedema", "and", "no", "plaques", "were", "seen", "on", "examination", ".", "-", "Cellulitis", "is", "an", "acute", "infection", "of", "the", "deep", "dermis", "and", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "characterised", "by", "circumscribed", "pain", ",", "erythema", ",", "swelling", "and", "warmth", ".", "It", "can", "be", "caused", "by", "indigenous", "staphylococcal", "and", "streptococcal", "flora", "colonising", "the", "skin", "and", "adnexa", "or", "by", "a", "wide", "variety", "of", "exogenous", "bacteria", ".", "The", "patient", "presented", "with", "a", "compatible", "clinical", "picture", "and", "two", "millimetric", "lesions", "at", "the", "supramalleolar", "level", "that", "could", "be", "the", "gateway", ",", "and", "was", "therefore", "the", "diagnosis", "of", "suspicion", ".", "-", "Deep", "necrotising", "infections", ":", "these", "are", "infections", "that", "can", "affect", "the", "dermis", ",", "subcutaneous", "cellular", "tissue", ",", "superficial", "or", "deep", "fascia", "and", "muscle", ",", "associated", "with", "necrosis", "and", "with", "rapid", "progression", ".", "These", "entities", "include", "myositis", ",", "myonecrosis", "and", "necrotising", "fasciitis", ".", "The", "appearance", "of", "fever", "is", "frequent", ",", "as", "well", "as", "pain", ",", "hypersensitivity", "or", "cutaneous", "hypoaesthesia", ",", "the", "existence", "of", "necrosis", "or", "haemorrhagic", "blisters", "that", "the", "patient", "did", "not", "have", "at", "the", "time", "of", "admission", ".", "-", "Gangrenous", "ecthyma", ":", "this", "is", "a", "cutaneous", "manifestation", "of", "a", "severe", "infection", ",", "generally", "due", "to", "P", ".", "aeruginosa", ",", "and", "usually", "occurs", "in", "immunosuppressed", "or", "hospitalised", "patients", ".", "In", "healthy", "patients", "there", "is", "a", "history", "of", "folliculitis", "and", "furunculosis", "and", "it", "is", "usually", "a", "rounded", ",", "oval", "lesion", "with", "an", "erythematous", "halo", "and", "necrotic", "centre", "that", "may", "be", "single", "or", "multiple", ",", "with", "the", "lesion", "not", "appearing", "on", "the", "patient", ".", "-", "Lymphoedema", ":", "oedema", "caused", "by", "lymphatic", "dysfunction", "which", "may", "be", "primary", "(", "Milroy", "'", "s", "syndrome", ",", "Meige", "'", "s", "syndrome", ")", "or", "secondary", "(", "recurrent", "erysipelas", ",", "filariasis", ",", "post-therapeutic", ",", "neoplastic", "or", "post-traumatic", ")", ".", "Given", "that", "the", "patient", "had", "no", "history", "that", "would", "lead", "us", "to", "suspect", "lymphoedema", ",", "as", "well", "as", "the", "presence", "of", "fever", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ",", "we", "ruled", "out", "this", "pathology", ".", "Evolution", "During", "admission", "to", "the", "ward", ",", "renal", "function", "improved", "after", "the", "administration", "of", "serum", "therapy", ",", "and", "a", "serum", "creatinine", "level", "of", "1", ".", "19", "mg", "/", "dl", "was", "observed", "in", "the", "control", "analysis", "at", "48", "hours", ".", "After", "48", "hours", "of", "empirical", "treatment", "with", "cloxacillin", "2g", "/", "6h", "and", "ceftriaxone", "1g", "/", "24h", ",", "the", "patient", "was", "still", "febrile", ",", "so", "treatment", "was", "modified", "and", "the", "spectrum", "was", "broadened", "and", "antibiotherapy", "was", "started", "with", "clindamycin", "600mg", "/", "8h", "plus", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "2g", "/", "200mg", "IV", "every", "8", "hours", ",", "and", "all", "serial", "blood", "cultures", "taken", "up", "to", "that", "time", "were", "negative", ".", "After", "72", "hours", ",", "a", "previously", "absent", "phlyctena", "appeared", "and", "the", "patient", "continued", "with", "significant", "oedematisation", "and", "pain", "in", "the", "affected", "limb", ",", "while", "preserving", "paedial", "pulses", ",", "sensitivity", "and", "mobility", ",", "so", "urgent", "assessment", "by", "the", "Traumatology", "service", "and", "a", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "were", "requested", ",", "The", "CT", "scan", "showed", "thickening", "of", "the", "skin", "and", "subcutaneous", "cellular", "tissue", "in", "the", "distal", "third", "of", "the", "thigh", "/", "knee", "and", "especially", "in", "the", "leg", "of", "the", "right", "lower", "limb", ",", "with", "a", "slight", "enhancement", "in", "some", "areas", "of", "the", "superficial", "fascia", ",", "findings", "compatible", "with", "cellulitis", "and", "superficial", "fasciitis", ".", "There", "was", "also", "an", "increase", "in", "volume", "in", "the", "musculature", "of", "the", "posterior", "compartment", "of", "the", "right", "leg", "compared", "to", "the", "contralateral", "leg", ",", "with", "fluid", "dissecting", "the", "muscle", "planes", ",", "including", "the", "deep", "transverse", "fascia", ",", "which", "showed", "a", "faint", "linear", "enhancement", ",", "findings", "compatible", "with", "deep", "fasciitis", ".", "However", ",", "it", "should", "be", "remembered", "that", "neither", "the", "absence", "of", "this", "gas", "nor", "the", "presence", "of", "enhancement", "in", "the", "fascia", "ruled", "out", "necrotising", "fasciitis", ",", "so", "a", "joint", "assessment", "was", "requested", "with", "Traumatology", ",", "which", ",", "in", "view", "of", "these", "findings", ",", "performed", "percutaneous", "fasciotomies", "in", "three", "compartments", ",", "using", "a", "lateral", "and", "medial", "approach", "to", "the", "right", "calf", ",", "abundant", "purulent", "fluid", "was", "found", "in", "the", "posteromedial", "and", "lateral", "area", ",", "samples", "were", "obtained", "and", "a", "profuse", "lavage", "with", "saline", "and", "povidone", "iodine", "was", "performed", ".", "After", "the", "fasciotomy", ",", "the", "patient", "reported", "symptomatic", "improvement", ",", "but", "the", "following", "day", "he", "continued", "to", "be", "feverish", "and", "in", "pain", ",", "and", "S", ".", "pyogenes", "wild", "strain", "was", "isolated", "in", "the", "culture", "obtained", "in", "the", "operating", "theatre", ",", "and", "antibiotic", "treatment", "was", "maintained", "with", "clindamycin", "600mg", "/", "8h", "plus", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", "2g", "/", "200mg", "IV", "every", "8", "hours", ".", "The", "patient", "required", "dressing", "in", "the", "operating", "theatre", "every", "48", "hours", ",", "for", "which", "reason", "the", "code", "was", "changed", "to", "Orthopaedic", "Surgery", "and", "Traumatology", "with", "joint", "follow-up", "by", "the", "Infectious", "Diseases", "service", ",", "describing", "a", "poor", "evolution", "of", "the", "medial", "wound", "with", "continuous", "drainage", "of", "purulent", "material", "from", "the", "posteromedial", "aspect", "of", "the", "thigh", "and", "the", "gemellar", "region", ".", "In", "the", "samples", "obtained", "in", "the", "sixth", "treatment", "(", "17", "days", "after", "admission", ")", "Enterobacter", "cloacae", "was", "isolated", ",", "resistant", "to", "ampicillin", "and", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "(", "with", "which", "he", "had", "been", "receiving", "intravenous", "treatment", "for", "15", "days", "together", "with", "clindamycin", "and", "having", "completed", "treatment", "for", "S", ".", "pyogenes", ")", ",", "so", "this", "treatment", "was", "suspended", "and", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin", "/", "tazobactam", "(", "P", "/", "T", ")", "4g", "/", "8h", "with", "loading", "dose", "and", "4-hour", "extended", "perfusion", ".", "Another", "CT", "scan", "of", "the", "right", "lower", "limb", "was", "performed", "18", "days", "after", "admission", ",", "showing", "abscesses", "from", "the", "distal", "third", "of", "the", "thigh", "to", "the", "ankle", "region", ",", "the", "main", "location", "being", "the", "posterior", "aspect", "of", "the", "limb", ",", "starting", "in", "the", "thigh", "between", "the", "femur", "and", "the", "biceps", "femoris", "and", "descending", "to", "the", "popliteal", "fossa", ",", "where", "the", "largest", "collection", "measuring", "12x3x3", "cm", "was", "located", ",", "descending", "and", "surrounding", "the", "popliteal", "vascular", "bundle", "to", "the", "ankle", "region", ".", "There", "were", "isolated", "abscesses", "in", "the", "external", "calf", ",", "a", "solution", "of", "continuity", "and", "loss", "of", "substance", "in", "the", "anterior", "and", "posterior", "soft", "tissues", "of", "the", "leg", ",", "with", "scattered", "gas", "bubbles", "in", "the", "soft", "tissues", ",", "with", "contrast", "uptake", "by", "the", "wall", "of", "the", "patellar", "bursa", ".", "Forty-eight", "hours", "after", "starting", "treatment", "with", "P", "/", "T", ",", "the", "patient", "was", "afebrile", "and", "treatment", "was", "maintained", "for", "a", "total", "of", "13", "days", ",", "being", "suspended", "after", "obtaining", "several", "negative", "cultures", "from", "the", "samples", "obtained", "in", "the", "operating", "theatre", "dressings", ".", "The", "patient", "required", "a", "total", "of", "19", "operating", "room", "dressings", "and", "reconstruction", "with", "anterolateral", "vascularised", "flap", "coverage", "of", "the", "right", "thigh", "with", "a", "favourable", "evolution", ",", "starting", "to", "support", "the", "limb", "progressively", "and", "requiring", "rehabilitation", "sessions", "at", "discharge", ".", "Final", "diagnosis", "-", "Necrotising", "fasciitis", "due", "to", "S", ".", "pyogenes", "and", "superinfected", "by", "E", ".", "cloacae", "with", "repeated", "fasciotomies", "and", "coverage", "by", "anterolateral", "flap", "of", "the", "right", "thigh", ".", "-", "Acute", "renal", "failure", "in", "this", "context", "resolved", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 338, "end": 345 }, { "text": "childhood", "label": "HUMAN", "start": 119, "end": 128 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 376, "end": 380 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 53, "end": 61 }, { "text": "vaccinated", "label": "SPECIES", "start": 235, "end": 245 }, { "text": "corn snake", "label": "SPECIES", "start": 394, "end": 404 }, { "text": "Pantherophis guttatus", "label": "SPECIES", "start": 406, "end": 427 }, { "text": "rabbits", "label": "SPECIES", "start": 367, "end": 374 }, { "text": "ducks", "label": "SPECIES", "start": 382, "end": 387 }, { "text": "friends", "label": "HUMAN", "start": 1047, "end": 1054 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 435, "end": 442 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 764, "end": 771 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1114, "end": 1121 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3067, "end": 3074 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 4029, "end": 4043 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3778, "end": 3785 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3961, "end": 3968 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4572, "end": 4579 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4943, "end": 4950 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5383, "end": 5390 }, { "text": "S. pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 5730, "end": 5741 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 6232, "end": 6240 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6246, "end": 6253 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6861, "end": 6868 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7312, "end": 7319 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7074, "end": 7082 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7095, "end": 7103 }, { "text": "P. aeruginosa", "label": "SPECIES", "start": 7004, "end": 7017 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7546, "end": 7553 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8000, "end": 8007 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 8331, "end": 8338 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 9706, "end": 9713 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 10032, "end": 10039 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11619, "end": 11626 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11817, "end": 11824 }, { "text": "S. pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 9815, "end": 9826 }, { "text": "S. pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 10689, "end": 10700 }, { "text": "S. pyogenes wild strain", "label": "SPECIES", "start": 9815, "end": 9838 }, { "text": "S. pyogenes", "label": "SPECIES", "start": 12129, "end": 12140 }, { "text": "E. cloacae", "label": "SPECIES", "start": 12162, "end": 12172 } ]

[ "A", "51", "year", "old", "woman", "with", "no", "medical", "history", "who", "4", "days", "after", "a", "walk", "on", "the", "beach", "barefoot", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "fever", ",", "intense", "pain", "and", "functional", "impotence", "in", "MID", ",", "oedema", "and", "swelling", "of", "the", "dorsum", "of", "the", "right", "foot", ",", "with", "erosion", "and", "exudate", "in", "the", "interdigital", "groove", "of", "the", "foot", ",", "assessed", "as", "cellulitis", "and", "started", "treatment", "with", "antibiotics", "(", "amoxicillin", "-", "Clavulanic", "acid", ")", "and", "paracetamol", "on", "an", "outpatient", "basis", ".", "After", "48", "hours", ",", "she", "returned", "to", "the", "emergency", "department", "with", "worsening", "symptoms", "and", "deterioration", "of", "renal", "function", "and", "was", "admitted", "to", "hospital", ".", "He", "presented", "with", "dyspnoea", "and", "low", "oxygen", "saturation", ",", "so", "chest", "X-rays", "were", "taken", ",", "leading", "to", "suspicion", "of", "septic", "embolism", ",", "and", "antibiotics", "were", "changed", "to", "Linezolid", "+", "Meropenem", ".", "Chest", "CT", "confirmed", "the", "presence", "of", "multiple", "bilateral", "nodules", "suggesting", "septic", "foci", "and", "pleural", "effusion", ",", "transthoracic", "echocardiography", "did", "not", "report", "valvular", "lesions", "or", "vegetations", ",", "an", "MRI", "of", "the", "right", "leg", "was", "performed", "in", "which", "the", "findings", "of", "cellulitis", ",", "myositis", "and", "thrombophlebitis", "stood", "out", ".", "Positive", "cultures", "for", "MRSA", "corroborated", "the", "diagnosis", "of", "septic", "embolism", ".", "Final", "diagnosis", ":", "septic", "embolism", ",", "secondary", "to", "infectious", "thrombophlebitis", "in", "MID", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "MRSA", "label": "SPECIES", "start": 1082, "end": 1086 } ]

[ "A", "25-year-old", "female", "patient", "diagnosed", "with", "inflammatory", "bowel", "disease", "and", "under", "treatment", "with", "infliximab", "attended", "the", "Emergency", "Department", "for", "right", "rib", "pain", ",", "fever", "and", "dyspnoea", ".", "It", "was", "decided", "to", "admit", "her", "for", "ceftriaxone", "and", "levofloxacin", ",", "considering", "that", "this", "was", "severe", "pneumonia", "in", "an", "immunocompromised", "patient", ".", "Three", "days", "after", "admission", ",", "and", "given", "the", "persistence", "of", "fever", ",", "the", "chest", "X-ray", "was", "repeated", ",", "with", "radiological", "worsening", "and", "the", "appearance", "of", "a", "small", "right", "pleural", "effusion", ".", "No", "sample", "of", "the", "pleural", "effusion", "was", "obtained", "by", "thoracentesis", "as", "it", "was", "small", ".", "Linezolid", "was", "started", "to", "cover", "gram-positive", "germs", ",", "despite", "which", "the", "patient", "'", "s", "general", "condition", "was", "poor", ",", "with", "no", "defervescence", ",", "respiratory", "failure", "and", "radiological", "worsening", ".", "For", "this", "reason", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Intensive", "Care", "Unit", ",", "where", "antibiotic", "treatment", "was", "changed", "to", "meropenem", "and", "linezolid", ".", "A", "chest", "CT", "scan", "was", "performed", "to", "rule", "out", "other", "complications", ",", "such", "as", "abscesses", "or", "necrotising", "pneumonia", ".", "Diagnostic", "thoracentesis", "prior", "to", "starting", "meropenem", "showed", "fluid", "with", "characteristics", "of", "inflammatory", "exudate", ",", "without", "empyema", "criteria", ",", "where", "Fusobacterium", "necrophorum", "grew", ".", "On", "re-examination", ",", "the", "patient", "reported", "that", "two", "weeks", "earlier", "she", "had", "had", "a", "catarrhal", "episode", "with", "a", "sinusitis", "component", "and", "abundant", "rhinorrhoea", ",", "for", "which", "she", "had", "been", "taking", "amoxicillin", "first", ",", "and", "then", "azithromycin", "for", "3", "days", ".", "On", "presenting", "a", "clinical", "worsening", ",", "she", "decided", "to", "go", "to", "the", "emergency", "department", ",", "from", "where", "she", "was", "admitted", ".", "With", "meropenem", ",", "the", "patient", "improved", ",", "was", "transferred", "to", "hospital", ",", "and", "a", "few", "days", "later", "was", "discharged", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 21, "end": 28 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 310, "end": 317 }, { "text": "gram-positive germs", "label": "SPECIES", "start": 607, "end": 626 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 646, "end": 653 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 776, "end": 783 } ]

[ "A", "73-year-old", "male", "patient", "with", "a", "history", "of", "brucellosis", ",", "hyperuricaemia", "and", "hypercholesterolaemia", "was", "admitted", "to", "our", "department", "for", "scheduled", "surgery", "for", "benign", "prostatic", "hyperplasia", ".", "In", "the", "diagnostic", "study", ",", "a", "rectal", "examination", "revealed", "a", "prostate", "with", "adenomatous", "characteristics", ",", "very", "enlarged", "(", "G", "III", "/", "IV", ")", ".", "A", "retropubic", "adenomectomy", "was", "performed", "according", "to", "the", "T", ".", "Millin", "technique", ",", "enucleating", "a", "large", "adenoma", "weighing", "170", "grams", ".", "Six", "days", "later", ",", "the", "catheter", "was", "removed", ",", "the", "patient", "resumed", "comfortable", "urination", "and", "was", "discharged", ".", "Eleven", "days", "after", "the", "operation", ",", "and", "barely", "four", "days", "after", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "to", "our", "department", "for", "abdominal", "pain", "(", "hypogastric", ")", ",", "pain", "in", "the", "right", "testicle", "and", "thigh", "root", "on", "the", "same", "side", ",", "and", "a", "non-specific", "general", "malaise", "in", "the", "last", "24", "hours", ".", "A", "small", "amount", "of", "sero-purulent", "liquid", "drained", "from", "the", "orifice", "where", "the", "adenomectomy", "drainage", "was", "performed", ".", "The", "surgical", "wound", "was", "minimally", "impacted", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "urology", "department", "with", "a", "diagnosis", "of", "surgical", "wound", "infection", "and", "empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", ".", "The", "general", "and", "urological", "examination", "was", "within", "normal", "limits", ".", "Orchiepididymitis", "was", "ruled", "out", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "a", "marked", "decrease", "in", "red", "blood", "count", ",", "but", "no", "leukocytosis", ".", "The", "patient", "is", "treated", "symptomatically", "but", "does", "not", "improve", ".", "The", "pain", "in", "the", "pubic", "area", "is", "accentuated", ",", "so", "bone", "scintigraphy", "is", "performed", ",", "which", "reports", "the", "finding", "of", "pathological", "hypercaptation", "of", "the", "radiotracer", "in", "the", "upper", "third", "of", "both", "pubis", "in", "relation", "to", "possible", "pubic", "osteopathy", ",", "as", "the", "only", "data", "of", "interest", ".", "The", "patient", "continues", "without", "improvement", ",", "the", "treatments", "(", "based", "on", "empirical", "antibiotherapy", "and", "analgesia", ")", "fail", "to", "reduce", "the", "pain", ",", "which", "is", "now", "located", "in", "the", "root", "of", "the", "thigh", ",", "and", "the", "general", "deterioration", "is", "accentuated", ".", "The", "patient", "presented", "severe", "anaemia", ",", "elevated", "ESR", ",", "fibrinogen", "and", "CRP", ".", "Examination", "of", "the", "thigh", "was", "unremarkable", ",", "with", "non-specific", "pain", "on", "pressure", "on", "the", "inner", "thigh", ".", "The", "pain", "was", "attributed", "to", "neurological", "involvement", ",", "as", "the", "examination", "was", "normal", ",", "and", "the", "pain", "also", "extended", "to", "the", "inguinal", "area", "and", "right", "testicle", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "a", "suspected", "pelvic", "abscess", "(", "the", "septic", "picture", "seemed", "unquestionable", "to", "us", ")", "in", "relation", "to", "the", "surgical", "history", ",", "an", "abdominal", "CT", "scan", "was", "requested", ".", "This", "showed", "absolute", "normality", "of", "the", "abdominal", "organs", ".", ".", ".", "but", "cuts", "made", "below", "the", "symphysis", "pubis", "at", "the", "level", "of", "the", "right", "thigh", "revealed", "a", "large", "abscess", "in", "the", "area", "of", "the", "adductor", "muscles", ".", "In", "view", "of", "this", "finding", ",", "the", "traumatology", "department", "was", "called", "in", "and", "noted", "that", "the", "inner", "aspect", "of", "the", "right", "thigh", "was", "now", "slightly", "reddened", ",", "swollen", ",", "painful", "on", "palpation", "but", "without", "clear", "fluctuation", ".", "The", "coxofemoral", "joint", "was", "free", ".", "Seven", "days", "after", "admission", "and", "as", "a", "matter", "of", "urgency", ",", "surgery", "was", "performed", ":", "a", "wide", "longitudinal", "incision", "was", "made", "on", "the", "inner", "side", "of", "the", "proximal", "third", "of", "the", "thigh", "and", "by", "means", "of", "blunt", "digital", "dissection", ",", "a", "deep", "penetration", "was", "made", "through", "the", "abductor", "musculature", "until", "a", "large", "purulent", "collection", "was", "reached", ",", "which", "was", "directed", "proximally", "towards", "the", "pubis", ".", "An", "abundance", "of", "foul-smelling", "pus", "is", "obtained", "(", "samples", "are", "taken", "for", "microbiological", "examination", ")", ".", "After", "washing", "the", "cavity", "with", "abundant", "saline", "and", "oxygenated", "water", ",", "the", "surgical", "wound", "is", "partially", "closed", "and", "Penrose", "drains", "are", "left", "in", "place", ".", "Examination", "of", "the", "surgical", "wound", "of", "the", "adenomectomy", "and", "the", "area", "where", "the", "drain", "had", "been", "at", "the", "present", "time", "were", "absolutely", "normal", "and", "no", "cavities", "or", "collections", "were", "identified", ".", "Drains", "were", "placed", "and", "the", "operation", "was", "concluded", ".", "The", "patient", "required", "intensive", "care", ",", "transfusion", "of", "blood", "products", ",", "a", "long", "period", "of", "hospitalisation", ",", "meticulous", "local", "dressings", ",", "etc", ".", "The", "patient", "made", "a", "slow", "but", "excellent", "progress", "towards", "complete", "recovery", ".", "All", "subsequent", "controls", "(", "analytical", ",", "radiological", ",", "ultrasound", ".", ".", ".", ")", "corroborate", "the", "good", "evolution", ".", "The", "microbiology", "department", "informs", "us", "that", "the", "following", "results", "were", "obtained", "in", "the", "cultures", "taken", ":", "pure", "culture", "of", "seropurulent", "fluid", "from", "the", "adenomectomy", "wound", ":", "coagulase-negative", "Staphylococcus", "(", "without", "being", "able", "to", "specify", "the", "species", ")", ".", "Culture", "of", "pus", "obtained", "during", "the", "operation", "to", "drain", "the", "thigh", "abscess", ":", "two", "strains", "of", "coagulase-negative", "Staphylococcus", "(", "identified", "as", "Staphylococcus", "epidermidis", "and", "Streptococcus", "alpha", "haemolyticus", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "male patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 19, "end": 26 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 484, "end": 491 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 617, "end": 624 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1283, "end": 1290 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1603, "end": 1610 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1829, "end": 1836 }, { "text": "Staphylococcus epidermidis", "label": "SPECIES", "start": 4285, "end": 4311 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3599, "end": 3606 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3734, "end": 3741 }, { "text": "species", "label": "SPECIES", "start": 4138, "end": 4145 }, { "text": "strains", "label": "SPECIES", "start": 4225, "end": 4232 } ]

[ "Medical", "history", ".", "Anamnesis", "We", "present", "the", "case", "of", "a", "34-year-old", "man", "from", "Huelva", ",", "a", "crane", "operator", "by", "profession", ",", "with", "no", "family", "history", "of", "interest", ",", "no", "known", "cardiovascular", "risk", "factors", "or", "toxic", "habits", ",", "whose", "only", "relevant", "medical", "history", "was", "a", "fracture", "of", "the", "tibia", "and", "fibula", "at", "the", "age", "of", "24", "years", ".", "He", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "a", "fever", "of", "up", "to", "39o", "C", ",", "of", "2", "weeks", "'", "evolution", ",", "well", "tolerated", ",", "treated", "with", "antipyretics", ",", "having", "consulted", "primary", "care", "on", "several", "occasions", ".", "He", "reports", "that", "two", "weeks", "before", "the", "onset", "of", "fever", "he", "had", "acute", "pharyngitis", ",", "resolved", "with", "NSAIDs", ".", "He", "denies", "cough", ",", "expectoration", ",", "chest", "pain", ",", "diarrhoea", ",", "dysuria", "or", "skin", "lesions", ".", "Neither", "has", "she", "presented", "weight", "loss", ",", "asthenia", ",", "anorexia", ",", "pruritus", "or", "night", "sweats", ".", "He", "has", "not", "travelled", "abroad", ".", "She", "has", "horses", ",", "dogs", "and", "chickens", "on", "a", "family", "farm", "which", "she", "visits", "on", "rare", "occasions", ".", "Physical", "examination", "Good", "general", "condition", ",", "conscious", ",", "oriented", "in", "person", ",", "time", "and", "space", ",", "well", "hydrated", "and", "perfused", ",", "eupneic", "at", "rest", ".", "BP", "120", "/", "65", "mmHg", ",", "HR", "75", "bpm", ",", "O2", "sat", "99", "%", "with", "fiO2", "of", "0", ".", "21", ".", "Afebrile", ".", "Weight", ":", "82", "kg", ".", "No", "lymphadenopathy", "or", "lesions", "on", "the", "skin", "or", "mucous", "membranes", ".", "Oropharynx", "normal", ".", "Cardiac", "auscultation", "with", "rhythmic", "tones", ",", "no", "audible", "murmurs", ".", "Respiratory", "auscultation", "with", "good", "vesicular", "murmur", ",", "without", "added", "noises", ".", "The", "abdomen", "is", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", "are", "palpable", ",", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "The", "lower", "limbs", "show", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ",", "with", "symmetrical", "peripheral", "pulses", ".", "Complementary", "tests", "A", "haemogram", "was", "performed", "in", "the", "ED", "showing", "3", "normal", "series", ".", "ESR", "19", "mm", "/", "hour", ".", "Coagulation", "was", "normal", ".", "Biochemistry", "with", "normal", "glucose", ",", "creatinine", ",", "urea", ",", "sodium", ",", "potassium", ",", "amylase", ",", "lipase", "and", "bilirubin", ".", "CRP", "1", ".", "5", "mg", "/", "dL", ",", "procalcitonin", "0", ".", "4", "ng", "/", "mL", ".", "GPT", "120", "U", "/", "L", ",", "GOT", "83", "U", "/", "L", ".", "Urine", "systemic", "normal", ".", "Two", "sets", "of", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "were", "negative", "after", "5", "days", ".", "Urine", "culture", "was", "negative", ".", "Chest", "X-ray", "with", "cardiomediastinal", "silhouette", "within", "normal", "limits", "and", "lung", "parenchyma", "without", "pathological", "findings", ".", "On", "the", "ward", ",", "the", "biochemistry", "was", "expanded", ",", "highlighting", "GGT", "110", "U", "/", "L", ",", "alkaline", "phosphase", "180", "U", "/", "L", ",", "normal", "Ig", "A", ",", "G", "and", "M", ",", "normal", "complement", ",", "negative", "ANA", "and", "ANCAs", ",", "cholesterol", "107", "mg", "/", "dL", ",", "HDL", "9", "mg", "/", "dL", ",", "LDL", "71", "mg", "/", "dL", ",", "Triglycerides", "136", "mg", "/", "dL", ".", "Infectious", "serology", "was", "requested", "for", "Hepatitis", "A", ",", "B", ",", "C", "virus", ",", "heterophile", "Ac", ",", "EBV", "Ac", ",", "CMV", "Ac", ",", "HIV", "Ac", ",", "Toxoplasma", "Ac", ",", "Rickettsia", "spp", "Ac", ",", "Coxiella", "Ac", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", "Ac", "and", "Rose", "Bengal", ".", "Mantoux", "was", "negative", ".", "While", "awaiting", "the", "results", "of", "the", "infectious", "serology", ",", "an", "ultrasound", "scan", "of", "the", "abdomen", "was", "performed", ",", "showing", "the", "presence", "of", "hyperechogenic", "material", "in", "the", "vascular", "lumen", "of", "a", "segment", "of", "the", "right", "portal", "branch", ",", "which", "did", "not", "show", "a", "significant", "increase", "in", "diameter", ";", "the", "main", "portal", "vein", "had", "a", "slightly", "increased", "diameter", "(", "1", ".", "2", "cm", ")", ",", "its", "patency", "being", "demonstrated", "with", "colour", "and", "pulsed", "Doppler", ".", "In", "addition", ",", "there", "is", "slight", "homogeneous", "splenomegaly", ".", "The", "aforementioned", "findings", "suggest", "pylephlebitis", "or", "probable", "right", "portal", "septic", "thrombosis", ".", "An", "urgent", "abdominal", "CT", "scan", "was", "requested", "for", "further", "evaluation", ",", "showing", "thrombosis", "of", "the", "anterior", "branch", "of", "the", "right", "portal", "vein", ",", "without", "identifying", "the", "cause", ",", "which", "led", "to", "an", "alteration", "in", "the", "perfusion", "of", "the", "hepatic", "parenchyma", ";", "discrete", "hepatomegaly", "and", "discrete", "mesenteric", "panniculitis", ".", "An", "upper", "gastrointestinal", "endoscopy", "and", "colonoscopy", "were", "also", "performed", ",", "which", "were", "normal", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "initial", "differential", "diagnosis", "on", "admission", "was", "made", "among", "those", "causes", "that", "produce", "prolonged", "fever", ".", "The", "main", "causes", "are", "infections", ",", "neoplasms", ",", "connective", "tissue", "diseases", "and", "drugs", ".", "The", "latter", "was", "ruled", "out", "from", "the", "beginning", ",", "as", "our", "patient", "was", "not", "taking", "any", "medication", ".", "Among", "infections", ",", "the", "most", "frequent", "are", "tuberculosis", "and", "abscesses", "generally", "located", "in", "the", "abdomen", "and", "pelvis", ",", "osteomyelitis", "or", "subacute", "endocarditis", ",", "without", "forgetting", "infections", "caused", "by", "hepatitis", "viruses", ",", "Epstein", "Barr", "virus", "or", "cytomegalovirus", "(", "CMV", ")", ".", "Among", "neoplasms", ",", "lymphoma", "(", "especially", "non-Hodgkin", "'", "s", ")", ",", "leukaemia", ",", "renal", "cell", "carcinoma", ",", "hepatocellular", "carcinoma", "or", "liver", "metastases", ".", "Of", "the", "connective", "tissue", "diseases", ",", "adult", "Still", "'", "s", "disease", ",", "giant", "cell", "arteritis", ",", "polyarteritis", "nodosa", ",", "Takayasu", "'", "s", "arteritis", ",", "Wegener", "'", "s", "disease", "and", "cryoglobulinaemia", "are", "the", "most", "frequent", ".", "Given", "the", "findings", "of", "imaging", "tests", ",", "we", "consider", "a", "differential", "diagnosis", "among", "those", "causes", "that", "lead", "to", "portal", "thrombosis", ".", "The", "causes", "of", "extrahepatic", "portal", "thrombosis", "include", "idiopathic", "causes", ",", "association", "with", "hypercoagulable", "states", ",", "mainly", "protein", "C", "and", "S", "deficiencies", ",", "post-traumatic", ",", "portal", "manipulation", ",", "pancreatitis", ",", "obstruction", "or", "tumour", "invasion", ",", "as", "well", "as", "bacterial", "or", "viral", "infections", ".", "The", "main", "causes", "of", "intrahepatic", "portal", "thrombosis", "are", "liver", "cirrhosis", "and", "tumour", "invasion", "by", "primary", "or", "secondary", "liver", "tumours", ".", "Evolution", "Upon", "diagnosis", "of", "pylephlebitis", ",", "treatment", "was", "started", "with", "piperacillin-tazobactam", "at", "a", "dose", "of", "4", "/", "0", ".", "5", "g", "every", "8", "hours", "empirically", "and", "enoxaparin", "at", "anticoagulant", "doses", "(", "80", "mg", "every", "12", "hours", ")", ",", "with", "fever", "persisting", ",", "which", "was", "even", "more", "resistant", "to", "oral", "treatment", ",", "requiring", "intravenous", "antipyretics", ".", "After", "5", "days", "we", "obtained", "the", "results", "of", "the", "infectious", "serology", ",", "which", "were", "all", "negative", "except", "for", "the", "Ig", "M", "Ac", "for", "CMV", ",", "which", "were", "positive", ".", "It", "was", "decided", "to", "suspend", "antibiotherapy", "and", "continue", "with", "enoxaparin", ",", "and", "the", "fever", "disappeared", "the", "following", "day", "(", "sixth", "day", "of", "admission", ")", ".", "A", "new", "blood", "test", "was", "drawn", "one", "month", "after", "discharge", ",", "and", "Ig", "M", "and", "Ig", "G", "were", "positive", ".", "A", "sample", "was", "sent", "to", "an", "external", "laboratory", "for", "measurement", "of", "CMV-DNA", "and", "viraemia", "(", "not", "routinely", "performed", "in", "our", "centre", ")", ",", "and", "was", "positive", ",", "with", "more", "than", "100", ",", "000", "copies", "/", "mL", ".", "A", "hypercoagulability", "study", "was", "performed", "(", "Factor", "V", "Leiden", ",", "G20210A", "mutation", "of", "the", "protothrombin", "gene", ",", "lupus", "anticoagulant", ",", "anti-cardiolipin", "IgG", ",", "anti", "beta-2", "glycoprotein", "1", ",", "homocysteine", ",", "protein", "C", "deficiency", "and", "protein", "S", "deficiency", ",", "resistance", "to", "activated", "protein", "C", "and", "antithrombin", "III", "deficiency", ")", ",", "which", "was", "negative", ".", "A", "control", "ultrasound", "was", "repeated", "at", "one", "month", ",", "showing", "no", "alterations", ",", "and", "anticoagulation", "was", "suspended", ".", "At", "two", "months", ",", "seroconversion", "to", "CMV", "was", "observed", ",", "with", "disappearance", "of", "Ig", "M", ".", "Final", "diagnosis", "Therefore", ",", "the", "final", "diagnosis", "of", "our", "patient", "is", "portal", "thrombosis", "due", "to", "acute", "cytomegalovirus", "infection", "in", "an", "immunocompetent", "patient", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 122, "end": 128 }, { "text": "crane", "label": "HUMAN", "start": 84, "end": 89 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 819, "end": 825 }, { "text": "dogs", "label": "SPECIES", "start": 796, "end": 800 }, { "text": "horses", "label": "SPECIES", "start": 788, "end": 794 }, { "text": "person", "label": "HUMAN", "start": 936, "end": 942 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 2384, "end": 2387 }, { "text": "Coxiella", "label": "SPECIES", "start": 2434, "end": 2442 }, { "text": "Mycoplasma pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 2447, "end": 2468 }, { "text": "Rickettsia spp", "label": "SPECIES", "start": 2415, "end": 2429 }, { "text": "Toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 2400, "end": 2410 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 2376, "end": 2379 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2392, "end": 2395 }, { "text": "Hepatitis A, B, C virus", "label": "SPECIES", "start": 2335, "end": 2358 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 3998, "end": 4001 }, { "text": "cytomegalovirus", "label": "SPECIES", "start": 3981, "end": 3996 }, { "text": "adult", "label": "HUMAN", "start": 4172, "end": 4177 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3709, "end": 3716 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 3959, "end": 3977 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3596, "end": 3606 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3754, "end": 3764 }, { "text": "infections", "label": "SPECIES", "start": 3919, "end": 3929 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 4693, "end": 4702 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6276, "end": 6283 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6366, "end": 6373 }, { "text": "infection", "label": "SPECIES", "start": 6334, "end": 6343 } ]

[ "A", "35-year-old", "port", "worker", "consulted", "for", "fever", "of", "up", "to", "40oC", "for", "six", "days", "with", "general", "weakness", ",", "vomiting", ",", "diffuse", "abdominal", "pain", ",", "some", "diarrhoeal", "discharge", ",", "oliguria", "and", "jaundice", ".", "Personal", "history", "of", "tobacco", "and", "cannabis", "use", "and", "drinking", "(", "76", "gr", "alcohol", "/", "day", ")", ".", "He", "has", "not", "travelled", "abroad", "and", "has", "no", "contact", "with", "animals", ".", "Physical", "examination", "on", "admission", ":", "Conscious", "and", "oriented", ".", "Ta", "40oC", ",", "BP", "140", "/", "70", "mmHg", ".", "There", "was", "marked", "subconjunctival", "jaundice", "and", "bleeding", "in", "the", "oral", "mucosa", ".", "Cardiorespiratory", "auscultation", ":", "normal", ".", "Abdomen", ":", "painful", "on", "palpation", "with", "no", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "No", "megaliths", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "normal", ".", "Complementary", "tests", ":", "-", "Blood", "count", ":", "haemoglobin", "13", ".", "7", "g", "/", "dl", ",", "leukocytes", "15000", "/", "mm3", "(", "88", "%", "PMN", ")", "and", "platelets", "35000", "/", "mm3", ".", "Peripheral", "cytomorphology", ":", "neutrophilia", "with", "toxic", "granulation", ",", "discrete", "anisopoikilocytosis", ",", "without", "schistocytosis", ".", "-", "Coagulation", ":", "prothrombin", "activity", "70", "%", ",", "fibrinogen", "7", ".", "5", "g", "/", "l", ".", "-", "Biochemistry", ":", "urea", "151", ",", "mg", "/", "dl", ",", "creatinine", "10", "mg", "/", "dl", ",", "sodium", "132", "mEq", "/", "l", ",", "potassium", "3", ".", "2", "mEq", "/", "l", ",", "creatine", "phosphokinase", "(", "CPK", ")", "554", "U", "/", "I", ",", "total", "bilirubin", "17", ".", "04", "mg", "/", "dl", "(", "direct", "bilirubin", "10", ".", "02", "and", "indirect", "bilirubin", "7", ".", "02", "mg", "/", "dl", ")", ",", "GOT", "57", "U", "/", "l", ",", "GPT", "53", "U", "/", "l", ",", "GGT", "96", "U", "/", "l", ",", "alkaline", "phosphatase", "80", "U", "/", "I", ",", "protein", "6", ".", "1", "g", "/", "dl", ",", "amylase", "110", "U", "/", "l", ",", "rest", "normal", ".", "CRP", "79", "mg", "/", "l", ".", "ESR", "88", "mm", "/", "h", ".", "-", "Urine", "sediment", ":", "microhaematuria", ",", "positive", "nitrites", ",", "mild", "leucocyturia", ",", "high", "positive", "bilirubin", ".", "-", "Venous", "blood", "gas", ":", "pH", "7", ".", "38", ",", "pCO2", "38mmHg", ",", "pO2", "37", "mmHg", ",", "BE", "-", "2", ".", "6", ".", "-", "Chest", "X-ray", "and", "abdominopelvic", "ultrasound", ":", "no", "pathological", "findings", ".", "Differential", "diagnosis", "The", "initial", "differential", "diagnosis", "in", "a", "patient", "with", "fever", "and", "jaundice", "should", "include", "infectious", "causes", ":", "biliary", "tract", "(", "cholangitis", "and", "cholecystitis", ")", ",", "acute", "viral", "hepatitis", ",", "liver", "abscesses", "and", "bacterial", ",", "fungal", "and", "parasitic", "liver", "infections", ".", "Another", "possibility", "is", "non-infectious", "hepatitis", ",", "such", "as", "alcoholic", "hepatitis", "and", "ischaemic", "hepatitis", "(", "vasculitis", ",", "catastrophic", "antiphospholipid", "syndrome", ")", ".", "Abdominal", "ultrasound", "is", "unremarkable", ",", "showing", "a", "non-dilated", "bile", "duct", ",", "which", "excludes", "cholangitis", ",", "cholecystitis", "and", "liver", "abscesses", ".", "Transaminase", "elevation", "is", "mild", "(", "not", "more", "than", "ten", "times", "the", "normal", "value", ")", ",", "which", "rules", "out", "acute", "viral", "hepatitis", "and", "ischaemic", "hepatitis", ".", "Although", "the", "patient", "consumes", "alcohol", "on", "a", "daily", "basis", ",", "there", "are", "no", "data", "suggesting", "excessive", "consumption", "(", "macrocytosis", ",", "spider", "veins", ",", "parotid", "hypertrophy", ",", "GOT", "/", "GPT", "<", "2", ",", "GGT", "slightly", "elevated", ")", ".", "In", "this", "context", "of", "alcoholism", ",", "fever", "may", "be", "of", "non-infectious", "cause", "as", "in", "alcoholic", "hepatitis", ",", "acute", "pancreatitis", "or", "hepatocellular", "carcinoma", ".", "The", "slightly", "elevated", "amylase", ",", "the", "normal", "ultrasound", "and", "the", "mild", "elevation", "of", "transaminases", "without", "a", "clear", "predominance", "of", "GOT", ">", "GPT", "rule", "out", "these", "processes", ".", "The", "patient", "had", "mixed", "hyperbilirubinaemia", "with", "no", "clear", "pattern", ":", "neither", "cholestasis", "(", "normal", "alkaline", "phosphatase", ")", "nor", "diffuse", "hepatocellular", "damage", "(", "transaminases", "were", "not", "disproportionately", "elevated", "with", "respect", "to", "alkaline", "phosphatase", ")", ".", "The", "association", "of", "oliguric", "acute", "renal", "failure", "with", "a", "non-nephritic", "urinary", "sediment", ",", "with", "normal-sized", "kidneys", "and", "intact", "parenchyma", "according", "to", "ultrasound", "indicates", "a", "pre-renal", "or", "parenchymal", "condition", ".", "In", "this", "context", ",", "another", "diagnostic", "possibility", "is", "haemolytic", "uraemic", "syndrome", ",", "as", "it", "presents", "renal", "failure", "and", "thrombopenia", "but", "no", "haemolytic", "anaemia", "or", "schistocytes", "in", "the", "peripheral", "blood", "smear", ",", "nor", "would", "it", "explain", "the", "liver", "involvement", ".", "Another", "diagnostic", "possibility", "is", "catastrophic", "antiphospholipid", "syndrome", "due", "to", "multiple", "organ", "involvement", "and", "development", "of", "clinical", "manifestations", "within", "a", "week", ",", "but", "this", "is", "a", "condition", "that", "occurs", "more", "frequently", "in", "women", "(", "72", "%", ")", "in", "the", "context", "of", "primary", "antiphospholipid", "syndrome", "or", "secondary", "to", "systemic", "lupus", "erythematosus", ".", "Fungal", "liver", "infections", "are", "unlikely", "because", "the", "patient", "is", "neither", "immunocompromised", "nor", "neutropenic", ".", "Not", "having", "travelled", "abroad", "makes", "infection", "by", "liver", "flukes", "such", "as", "Clonorchiasis", ",", "Fasciola", "hepatica", "and", "Opisthorchiasis", "unlikely", ".", "The", "findings", "of", "hepatic", "and", "renal", "failure", ",", "thrombopenia", ",", "fever", "and", "haemorrhage", "suggest", "an", "infectious", "condition", "with", "systemic", "repercussions", ".", "Acute", "renal", "failure", "with", "normal", "potassium", "levels", ",", "elevated", "creatine", "phosphokinase", "muscle", "isoenzyme", "(", "in", "the", "absence", "of", "trauma", ",", "physical", "exercise", "or", "recent", "intramuscular", "injection", ")", "and", "the", "presence", "of", "haemorrhages", "together", "with", "a", "specific", "epidemiological", "environment", "(", "dock", "worker", ")", "suggest", "a", "diagnosis", "of", "leptospirosis", ".", "Not", "having", "travelled", "abroad", "excludes", "other", "infectious", "diseases", "such", "as", "Hantavirus", ",", "Dengue", "and", "Malaria", "which", "share", "similar", "symptoms", "and", "endemic", "patterns", "with", "leptospirosis", ".", "Another", "disease", "to", "be", "considered", "in", "the", "differential", "diagnosis", "is", "rickettsiosis", "which", "can", "mimic", "leptospirosis", ".", "Evolution", "The", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "intensive", "care", "unit", "for", "the", "first", "48", "hours", ",", "and", "progressed", "favourably", "with", "diuretics", ",", "empirical", "antibiotic", "therapy", "and", "platelet", "transfusion", ".", "Blood", ",", "urine", "and", "stool", "cultures", "were", "negative", ".", "Serology", "for", "cytomegalovirus", ",", "herpes", ",", "toxoplasma", ",", "varicella", ",", "Epstein-Barr", "virus", ",", "rickettsiae", ",", "Borrelia", "burgdorferi", ",", "Coxiella", "burnetti", ",", "HIV", ",", "Yersinia", "pseudotuberculosis", "and", "enterocolitica", "0", ":", "3", "and", "0", ":", "9", "were", "negative", "or", "past", "infection", ".", "Hepatitis", "virus", ":", "HAV", "IgM", "negative", ",", "HbsAg", "negative", ",", "Anti", "Hbc", "negative", "and", "Anti", "HCV", "negative", ".", "He", "progressed", "favourably", "on", "the", "ward", "with", "broad-spectrum", "antibiotherapy", "(", "meropenin", ",", "metronidazole", "and", "doxycycline", ")", "with", "normalisation", "of", "renal", "function", "and", "platelet", "counts", ",", "with", "bilirubin", "and", "transaminases", "in", "progressive", "decline", ".", "At", "discharge", "the", "patient", "was", "asymptomatic", "and", "home", "treatment", "with", "doxycycline", "was", "maintained", ".", "A", "sample", "was", "sent", "to", "the", "reference", "centre", "for", "leptospirosis", "with", "a", "positive", "IgM", "result", ".", "Final", "diagnosis", "Icteroazoemic", "leptospirosis", "or", "Weil", "'", "s", "disease", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "animals", "label": "SPECIES", "start": 311, "end": 318 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 212, "end": 220 }, { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 180, "end": 188 }, { "text": "tobacco", "label": "SPECIES", "start": 200, "end": 207 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1595, "end": 1602 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2241, "end": 2248 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 1714, "end": 1719 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 2187, "end": 2192 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2726, "end": 2733 }, { "text": "women", "label": "HUMAN", "start": 3632, "end": 3637 }, { "text": "Fasciola hepatica", "label": "SPECIES", "start": 3929, "end": 3946 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3792, "end": 3799 }, { "text": "dock worker", "label": "HUMAN", "start": 4385, "end": 4396 }, { "text": "Hantavirus", "label": "SPECIES", "start": 4507, "end": 4517 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4734, "end": 4741 }, { "text": "Borrelia burgdorferi", "label": "SPECIES", "start": 5044, "end": 5064 }, { "text": "Coxiella burnetti", "label": "SPECIES", "start": 5066, "end": 5083 }, { "text": "Hbc", "label": "SPECIES", "start": 5238, "end": 5241 }, { "text": "toxoplasma", "label": "SPECIES", "start": 4988, "end": 4998 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 5011, "end": 5029 }, { "text": "Yersinia pseudotuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 5090, "end": 5117 }, { "text": "Yersinia pseudotuberculosis and enterocolitica 0:3", "label": "SPECIES", "start": 5090, "end": 5140 }, { "text": "Yersinia pseudotuberculosis and enterocolitica 0:3 and 0:9", "label": "SPECIES", "start": 5090, "end": 5148 }, { "text": "HbsAg", "label": "SPECIES", "start": 5217, "end": 5222 } ]

[ "68-year-old", "woman", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "with", "dyspnoea", "and", "fever", "of", "three", "days", "'", "evolution", ".", "Previously", "a", "week", "of", "general", "malaise", "with", "vomiting", ".", "Laboratory", "tests", "showed", "sepsis", ".", "An", "abdominopelvic", "CT", "scan", "after", "contrast", "shows", "reticulation", "adjacent", "to", "the", "head", "and", "uncinate", "process", "of", "the", "pancreas", ",", "suggestive", "of", "pancreatitis", ".", "In", "the", "liver", ",", "there", "are", "numerous", "hypodense", "images", "in", "both", "hepatic", "lobes", ",", "with", "a", "rounded", "morphology", "and", "a", "discreetly", "arrachymal", "arrangement", ",", "without", "contrast", "uptake", ".", "There", "was", "also", "partial", "thrombosis", "of", "the", "main", "portal", "vein", ",", "superior", "mesenteric", "vein", "and", "middle", "hepatic", "vein", ".", "The", "diagnosis", "of", "pylephlebitis", "with", "hepatic", "abscesses", "of", "probable", "pancreatic", "origin", "was", "proposed", ",", "with", "metastasis", "of", "unknown", "origin", "as", "a", "less", "likely", "differential", "diagnosis", ".", "After", "antibiotic", "therapy", ",", "in", "successive", "controls", "the", "number", "and", "size", "of", "the", "liver", "abscesses", "decreased", ",", "as", "well", "as", "the", "images", "of", "thrombosis", ",", "confirming", "the", "suspicion", "of", "an", "infectious", "condition", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 12, "end": 17 } ]

[ "A", "10-year-old", "girl", "with", "a", "history", "of", "idiopathic", "hypercalcaemia", ",", "renal", "lithiasis", "and", "hypertension", ",", "who", "has", "been", "attended", "by", "the", "nephrology", "service", "since", "the", "age", "of", "6", "years", "and", "treated", "with", "hydrochlorothiazide", ",", "potassium", "citrate", "and", "vitamin", "D", ".", "She", "was", "referred", "for", "evaluation", "of", "the", "rash", ".", "She", "was", "referred", "for", "evaluation", "of", "a", "purpuric", "rash", "on", "the", "lower", "limbs", "of", "20", "days", "'", "duration", ".", "Physical", "examination", "revealed", "the", "presence", "of", "erythematous", "macules", "covered", "by", "multiple", "petechiae", "that", "appeared", "progressively", ",", "with", "symmetrical", "distribution", "on", "the", "lower", "limbs", ",", "and", "later", "on", "both", "upper", "limbs", "in", "the", "two", "days", "prior", "to", "consultation", ",", "respecting", "the", "palms", "and", "soles", ".", "She", "reported", "no", "associated", "symptoms", ".", "Blood", "count", ",", "coagulogram", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", ",", "urine", ",", "hepatogram", "and", "renal", "function", "were", "normal", ",", "and", "viral", "serology", "(", "parvovirus", "B19", ",", "hepatitis", "B", "and", "C", ")", "and", "fauces", "exudate", "were", "negative", ".", "The", "lesions", "involuted", "after", "approximately", "four", "months", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 18 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 805, "end": 810 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 821, "end": 835 }, { "text": "hepatitis B", "label": "SPECIES", "start": 837, "end": 848 }, { "text": "hepatitis B and C", "label": "SPECIES", "start": 837, "end": 854 } ]

[ "A", "63-year-old", "patient", "with", "a", "history", "of", "permanent", "non-valvular", "atrial", "fibrillation", ",", "benign", "prostatic", "hypertrophy", "and", "high-grade", "intraurothelial", "bladder", "neoplasia", ".", "He", "had", "no", "known", "drug", "allergies", "or", "toxic", "habits", "and", "was", "receiving", "regular", "treatment", "with", "atenolol", "50mg", "/", "24h", ",", "digoxin", "0", ".", "25mg", "/", "24h", ",", "ASA", "300mg", "/", "24h", ",", "omeprazole", "40mg", "/", "24h", "and", "periodic", "intravesical", "instillations", "of", "Bacillus", "Calmette-Guèrin", "(", "BCG", ")", ".", "Consultation", "at", "the", "emergency", "department", "for", "fever", "of", "39o", "C", "of", "six", "hours", "of", "evolution", "with", "no", "evident", "source", ".", "A", "diagnosis", "of", "urinary", "tract", "infection", "was", "made", "and", "outpatient", "treatment", "with", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "2", "grams", "every", "12", "hours", "was", "indicated", ".", "After", "two", "weeks", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "consulted", "again", "due", "to", "persistent", "fever", "together", "with", "pollakiuria", "and", "coluria", ",", "and", "was", "admitted", "to", "hospital", "by", "the", "Urology", "Department", "with", "a", "diagnosis", "of", "urinary", "tract", "infection", ".", "Complementary", "tests", "on", "admission", "showed", "an", "increase", "in", "CRP", "of", "89", "mg", "/", "L", ",", "slightly", "elevated", "fibrinogen", "(", "6", ".", "5", "g", "/", "L", ")", "and", "haematuria", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "blood", "count", ",", "renal", "function", ",", "electrolytes", "and", "coagulation", "parameters", "within", "normal", "limits", ".", "A", "chest", "X-ray", "performed", "48", "hours", "before", "admission", "was", "reported", "as", "normal", ".", "Given", "the", "persistence", "of", "fever", "and", "worsening", "general", "condition", ",", "a", "referral", "to", "the", "infectious", "diseases", "unit", "was", "made", ".", "The", "patient", "appeared", "serious", ",", "with", "fever", "38", ".", "3o", "C", ",", "blood", "pressure", "94", "/", "54", "mmHg", ",", "heart", "rate", "102", "beats", "per", "minute", ",", "normal", "cardiorespiratory", "auscultation", ",", "abdomen", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "no", "evidence", "of", "masses", "or", "organomegaly", ",", "non-painful", "bilateral", "renal", "fist", "percussion", "and", "lower", "limbs", "without", "oedema", ".", "She", "denied", "respiratory", "symptoms", ".", "Laboratory", "tests", "were", "requested", ",", "showing", "the", "presence", "of", "gamma-glutamyl-transpeptidase", "(", "GGT", ")", "greater", "than", "400", "U", "/", "l", ",", "alkaline", "phosphatase", "of", "200", "U", "/", "l", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "(", "ESR", ")", "of", "97", "mm", "/", "h", "and", "CRP", "of", "90", "mg", "/", "l", ".", "A", "new", "chest", "X-ray", "revealed", "a", "diffuse", "micronodular", "pattern", ".", "Differential", "diagnosis", "In", "the", "presence", "of", "fever", ",", "dissociated", "cholestasis", "and", "diffuse", "micronodular", "lung", "pattern", ",", "the", "differential", "diagnosis", "includes", "neoplastic", ",", "autoimmune", "and", "infectious", "processes", ".", "Primary", "lung", "involvement", "by", "lymphoma", "is", "rare", "and", "accounts", "for", "less", "than", "0", ".", "5", "%", "of", "all", "lung", "tumours", ".", "It", "may", "present", "as", "multiple", "pulmonary", "nodules", "and", "be", "associated", "with", "prolonged", "fever", "and", "cholestasis", "if", "there", "is", "concomitant", "liver", "involvement", ".", "Bronchioloalveolar", "carcinoma", "accounts", "for", "about", "5", "%", "of", "bronchogenic", "carcinomas", ".", "It", "is", "poorly", "associated", "with", "smoking", "and", "may", "present", "as", "an", "isolated", "lung", "mass", "or", "as", "multiple", "pulmonary", "nodules", ".", "Lymphomatoid", "granulomatosis", "is", "a", "rare", "entity", ",", "consisting", "of", "a", "pulmonary", "granulomatous", "vasculitis", "manifesting", "as", "multiple", "pulmonary", "nodules", "and", "involvement", "of", "other", "organs", "(", "skin", ",", "kidney", ",", "nervous", "system", ",", "liver", ")", ".", "It", "is", "a", "lymphoproliferative", "process", "related", "to", "Epstein", "Barr", "virus", "infection", "and", "large", "cell", "B", "lymphoma", ".", "Although", "all", "these", "tumour", "processes", "cannot", "be", "ruled", "out", "in", "our", "case", ",", "the", "presence", "of", "synchronous", "neoplasms", ",", "although", "possible", ",", "is", "exceptional", ",", "so", "that", "metastatic", "lung", "disease", "should", "be", "considered", ".", "However", ",", "this", "is", "a", "non-infiltrating", "urothelial", "tumour", ",", "in", "which", "such", "metastatic", "involvement", ",", "although", "possible", ",", "is", "exceptional", ".", "As", "for", "connective", "tissue", "diseases", ",", "both", "Wegener", "'", "s", "disease", "and", "sarcoidosis", "could", "explain", "a", "large", "part", "of", "the", "clinical", "findings", "in", "our", "case", ".", "Wegener", "'", "s", "disease", "may", "present", "as", "multiple", "pulmonary", "nodules", "and", "systemic", "symptoms", "(", "fever", ",", "general", "condition", ")", ";", "however", ",", "upper", "airway", "involvement", "and", "renal", "involvement", "with", "proteinuria", "and", "microhaematuria", "are", "common", ".", "Sarcoidosis", "is", "a", "granulomatous", "disease", "in", "which", "lung", "involvement", "is", "very", "frequent", ",", "as", "well", "as", "fever", "and", "dissociated", "cholestasis", "due", "to", "the", "presence", "of", "hepatic", "granulomas", ".", "However", ",", "the", "most", "frequent", "finding", "on", "chest", "X-ray", "is", "the", "presence", "of", "hilar", "adenopathy", "associated", "or", "not", "with", "an", "interstitial", "pattern", ".", "Inhalation", "diseases", ",", "such", "as", "silicosis", "or", "other", "pneumoconiosis", ",", "can", "be", "ruled", "out", "in", "our", "case", "due", "to", "the", "lack", "of", "epidemiological", "history", "and", "the", "normality", "of", "the", "previous", "chest", "X-ray", ".", "Among", "the", "infectious", "processes", ",", "histoplasmosis", "and", "coccidioidomycosis", ",", "although", "with", "compatible", "clinical", "pictures", ",", "can", "be", "ruled", "out", "due", "to", "the", "absence", "of", "a", "history", "of", "travel", "to", "endemic", "areas", "and", "/", "or", "data", "of", "severe", "immunosuppression", ".", "Similarly", ",", "invasive", "pulmonary", "aspergillosis", "is", "highly", "unlikely", ",", "as", "it", "most", "often", "affects", "immunocompromised", "individuals", "or", "those", "with", "advanced", "stages", "of", "chronic", "obstructive", "pulmonary", "disease", "(", "COPD", ")", ".", "Pulmonary", "nocardiosis", "is", "a", "rare", "entity", "that", "also", "occurs", "mainly", "in", "immunocompromised", "patients", ",", "with", "prolonged", "treatment", "with", "corticosteroids", "or", "COPD", ".", "Another", "infectious", "process", "to", "consider", "would", "be", "the", "presence", "of", "septic", "pulmonary", "emboli", "originating", "in", "endocarditis", ",", "although", "the", "nodules", "are", "usually", "larger", ".", "Blood", "cultures", "and", "an", "echocardiogram", "would", "be", "appropriate", ".", "The", "likelihood", "of", "viral", "pneumonia", "should", "be", "considered", ",", "but", "the", "most", "common", "is", "varicella", "/", "zoster", "pneumonia", ",", "which", "is", "very", "unlikely", "without", "the", "presence", "of", "the", "characteristic", "skin", "lesions", ".", "Finally", ",", "the", "most", "likely", "diagnosis", "is", "the", "presence", "of", "miliary", "tuberculosis", "(", "TB", ")", ",", "both", "from", "the", "clinical", "picture", "and", "the", "radiological", "image", ".", "Evolution", "When", "the", "patient", "was", "re-interrogated", ",", "we", "learned", "that", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "symptoms", "had", "coincided", "with", "the", "administration", "of", "the", "6th", "dose", "of", "intravesical", "BCG", ".", "A", "study", "was", "initiated", ",", "requesting", "new", "laboratory", "tests", ",", "blood", "cultures", ",", "urine", "culture", "and", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", ".", "The", "haemogram", "findings", "were", "within", "normal", "limits", ".", "Fibrinogen", "6", ".", "5", "g", "/", "l", ",", "rest", "of", "coagulation", "normal", ".", "Liver", "enzymes", "ranged", "GOT", "49-96", "U", "/", "l", ",", "GPT45-72", "U", "/", "l", ",", "GGT", "401-640", "U", "/", "l", ",", "FA", "200", "-", "225", "U", "/", "l", ",", "protein", "6", ".", "2-7", ".", "4", "g", "/", "dl", ",", "rest", "normal", ".", "The", "values", "of", "other", "acute", "phase", "reactants", "such", "as", "CRP", "and", "ESR", "were", "around", "89-65", "mg", "/", "l", "and", "97-54", "mm", "/", "h", "respectively", ".", "Serology", "for", "hepatitis", ",", "HIV", "and", "autoimmunity", "were", "negative", ".", "Urine", "microhaematuria", "persisted", "and", "urine", "culture", "was", "negative", ".", "Due", "to", "the", "presence", "of", "a", "diffuse", "and", "bilateral", "interstitial", "pattern", "with", "a", "predominantly", "micronodular", ",", "diffuse", "pattern", "on", "the", "chest", "X-ray", "and", "the", "history", "of", "endovesical", "instillation", "of", "BCG", ",", "serial", "urine", "smears", "and", "mycobacterial", "cultures", "were", "requested", ",", "the", "results", "of", "which", "were", "negative", ".", "Sputum", "smears", "could", "not", "be", "performed", "due", "to", "lack", "of", "expectoration", ".", "Blood", "cultures", "were", "negative", ".", "CT", "scan", "of", "the", "chest", ",", "abdomen", "and", "pelvis", "showed", "bilateral", "parahilar", "adenopathies", ",", "diffuse", "bilateral", "micronodular", "interstitial", "pattern", "predominantly", "in", "the", "bases", "compatible", "with", "miliary", "TB", ",", "small", "hiatal", "hernia", ",", "homogeneous", "liver", "with", "smooth", "contours", "and", "L4", "haemangioma", ".", "Treatment", "was", "started", "with", "isoniazid", ",", "rifampicin", "and", "ethambutol", "as", "well", "as", "corticosteroids", ",", "presenting", "clinical", "improvement", "with", "disappearance", "of", "fever", "and", "micturition", "syndrome", ",", "for", "which", "he", "was", "discharged", "from", "hospital", ".", "At", "subsequent", "check-ups", ",", "the", "patient", "continued", "to", "comply", "with", "treatment", ",", "was", "asymptomatic", "and", "his", "transaminases", "normalised", ".", "He", "completed", "treatment", "and", "a", "post-treatment", "mycobacterial", "serological", "investigation", "was", "performed", ",", "which", "was", "negative", ".", "Final", "diagnosis", "Miliary", "tuberculosis", "secondary", "to", "intravesical", "instillations", "of", "BCG", "(", "BCGitis", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 0 ]

[ { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 394, "end": 397 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 688, "end": 695 }, { "text": "Bacillus Calmette-Guèrin", "label": "SPECIES", "start": 368, "end": 392 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1310, "end": 1317 }, { "text": "Epstein Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2799, "end": 2817 }, { "text": "individuals", "label": "HUMAN", "start": 4364, "end": 4375 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4539, "end": 4547 }, { "text": "viral", "label": "SPECIES", "start": 4839, "end": 4844 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 5318, "end": 5321 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5168, "end": 5175 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 5810, "end": 5813 }, { "text": "hepatitis", "label": "SPECIES", "start": 5799, "end": 5808 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 6095, "end": 6098 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 6815, "end": 6822 }, { "text": "BCG", "label": "SPECIES", "start": 7110, "end": 7113 }, { "text": "BCGitis", "label": "SPECIES", "start": 7115, "end": 7122 } ]

[ "Personal", "history", "Male", ",", "56", "years", "old", ".", "No", "known", "drug", "allergies", ".", "No", "known", "cardiological", "history", ".", "Behçet", "'", "s", "disease", "(", "pulmonary", "aneurysms", "in", "the", "right", "lung", ",", "surgery", "in", "1995", ")", ".", "Chronic", "hepatitis", "B", ".", "Home", "treatment", ":", "ASA", "300", "mg", ",", "peginterferon", "alfa", "2a", ",", "entecavir", ".", "Present", "illness", "She", "has", "been", "suffering", "from", "generalised", "asthenia", "for", "about", "15", "days", ",", "with", "chest", "pain", "on", "exertion", ",", "which", "subsides", "immediately", "when", "she", "stops", ".", "No", "orthopnoea", ",", "no", "paroxysmal", "nocturnal", "dyspnoea", ".", "No", "pre", "/", "syncope", ".", "No", "fever", "or", "dysthymic", "sensation", "in", "the", "previous", "days", ".", "Physical", "examination", "BP", "123", "/", "79", "mmHg", ".", "HR", "41", "bpm", ".", "Ta", "35", ".", "2", "°", "C", ".", "Conscious", ",", "oriented", ",", "cooperative", ".", "Good", "general", "condition", ".", "Eupneic", "on", "ambient", "air", ".", "Head", "and", "neck", ":", "no", "IVY", "at", "45o", ".", "Cardiac", "auscultation", ":", "rhythmic", ",", "no", "murmurs", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "preserved", "vesicular", "murmur", ",", "no", "extra", "sounds", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "non-painful", ".", "No", "organomegaly", ".", "Extremities", ":", "no", "oedema", ".", "No", "evidence", "of", "deep", "vein", "thrombosis", ".", "COMPLEMENTARY", "TESTS", "ECG", ":", "high", "degree", "AV", "block", "with", "2", ":", "1", "conduction", ".", "QRS", "130", "ms", ".", "QRS", "axis", "at", "-", "60o", ".", "Bifascicular", "block", "(", "BRDHH", "+", "HAI", ")", "with", "ventriculophasic", "sinus", "arrhythmia", ".", "Chest", "X-ray", ":", "no", "evidence", "of", "acute", "pleuropulmonary", "pathology", ".", "Loss", "of", "right", "lung", "volume", "and", "metallic", "density", "material", "in", "the", "lower", "portion", "of", "the", "ipsilateral", "hemithorax", "in", "relation", "to", "surgical", "history", ".", "Cardiopericardial", "silhouette", "of", "normal", "size", ".", "Annular", "calcifications", "projecting", "on", "the", "cardiac", "silhouette", ",", "already", "present", "in", "the", "previous", "study", ".", "CBC", ":", "leukocytes", "2", ",", "890", "/", "uL", "(", "N", "50", ".", "2", "%", ",", "L", "34", ".", "9", "%", ")", ".", "Hb", "12", ".", "9", "g", "/", "dl", ".", "Platelets", "93", ",", "000", "/", "uL", ".", "INR", "1", ".", "12", ".", "TPPA", "Ratio", "1", ".", "12", ".", "Glucose", "83", "mg", "/", "dl", ".", "Urea", "65", "mg", "/", "dl", ".", "Creat", "0", ".", "74", "mg", "/", "dl", ".", "Na", "143", ".", "K", "4", ".", "5", ".", "Troponin", "I", ":", "<", "0", ".", "017", "ng", "/", "dl", ".", "Echocardiogram", ":", "left", "ventricle", "not", "dilated", ",", "with", "preserved", "ejection", "fraction", ".", "Trivalve", "aortic", "valve", ",", "with", "good", "opening", "and", "slight", "central", "insufficiency", ".", "Left", "atrium", "not", "dilated", ".", "Mitral", "valve", "with", "good", "opening", ",", "diastolic", "mitral", "regurgitation", ".", "Aortic", "root", "not", "dilated", ".", "Right", "chambers", "not", "dilated", ",", "good", "right", "ventricular", "contractility", ".", "Mild", "tricuspid", "insufficiency", ".", "No", "pericardial", "effusion", ".", "Coronary", "angiography", ":", "left", "coronary", "trunk", "without", "lesions", ".", "Anterior", "descending", ":", "calcified", "aneurysmal", "dilatation", "of", "the", "proximal", "wall", "with", "slowing", "of", "distal", "flow", ".", "Circumflex", ":", "large", "aneurysmal", "dilatation", "at", "proximal", "level", ",", "calcified", ",", "with", "partial", "thrombosis", "of", "the", "lumen", ",", "which", "conditions", "flow", "slowing", "at", "distal", "level", ".", "Right", "coronary", "artery", ":", "no", "lesions", ".", "Aortography", ":", "no", "aneurysmal", "dilatation", ".", "Coronary", "CT", "scan", ":", "coronary", "saccular", "aneurysms", "in", "circumflex", "(", "partially", "thrombosed", "and", "with", "a", "3-4", "mm", "neck", ")", "and", "in", "the", "anterior", "descending", "artery", "(", "not", "thrombosed", "and", "seated", "on", "a", "15", "mm", "long", "dysplastic", "artery", "segment", ")", ".", "EVOLUTION", "A", "56-year-old", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "Coronary", "Care", "Unit", "for", "2", ":", "1", "AV", "block", "with", "wide", "QRS", "and", "symptoms", "compatible", "with", "recent-onset", "exertional", "angina", ".", "Coronary", "angiography", "was", "performed", ",", "showing", "evidence", "of", "anterior", "descending", "artery", "with", "calcified", "aneurysmal", "dilatation", "of", "the", "proximal", "wall", "with", "slowing", "of", "distal", "flow", ",", "proximal", "circumflex", "artery", "with", "large", "aneurysmal", "dilatation", ",", "calcified", ",", "with", "partial", "thrombosis", "of", "the", "lumen", ",", "leading", "to", "slowing", "of", "distal", "flow", ".", "The", "case", "was", "discussed", "in", "a", "medical-surgical", "session", "and", "coronary", "surgery", "was", "decided", "upon", ",", "prior", "to", "the", "implantation", "of", "a", "permanent", "pacemaker", ".", "The", "convenience", "of", "temporarily", "suspending", "treatment", "with", "peginterferon", "alfa", "in", "order", "to", "improve", "the", "leukocyte", "and", "platelet", "count", "figures", "as", "much", "as", "possible", "in", "preparation", "for", "surgery", "was", "discussed", "at", "the", "session", ".", "In", "this", "regard", ",", "he", "was", "assessed", "by", "Hepatology", "and", "they", "recommended", "suspending", "peginterferon", "for", "the", "surgery", "and", "resuming", "it", "as", "soon", "as", "possible", "after", "the", "operation", ".", "On", "21", "October", "2016", ",", "an", "EPS", "was", "performed", ",", "which", "revealed", "infra-Hisian", "AV", "block", ",", "and", "a", "definitive", "bicameral", "pacemaker", "was", "subsequently", "implanted", "without", "complications", ".", "Post-implantation", "controls", "of", "the", "pacemaker", "showed", "adequate", "functioning", "of", "the", "device", ".", "He", "was", "stable", "cardiovascular", "and", "asymptomatic", ",", "with", "no", "evidence", "of", "HF", ",", "and", "was", "discharged", "from", "hospital", "for", "admission", "the", "following", "week", "for", "cardiac", "surgery", ".", "On", "4", "November", "2016", ",", "coronary", "revascularisation", "surgery", "with", "a", "double", "\"", "Y", "\"", "mammary", "artery", "under", "ECC", "was", "scheduled", ".", "Bypass", "of", "the", "left", "mammary", "artery", "to", "the", "anterior", "descending", "artery", "and", "of", "the", "right", "mammary", "artery", "to", "the", "obtuse", "marginal", "artery", "was", "performed", ".", "Distal", "and", "proximal", "ligation", "of", "the", "anterior", "descending", "aneurysm", "was", "also", "performed", ".", "Intervention", "without", "complications", ".", "Postoperative", "resuscitation", "without", "incident", ".", "DIAGNOSIS", "Behçet", "'", "s", "disease", ".", "2", ":", "1", "infra-Hisian", "atrioventricular", "blockade", ".", "Implantation", "of", "a", "definitive", "bicameral", "pacemaker", ".", "Ischaemic", "heart", "disease", "due", "to", "coronary", "aneurysms", ".", "Coronary", "revascularisation", "with", "double", "mammary", "artery", "to", "anterior", "descending", "and", "obtuse", "marginal", ".", "Ligation", "of", "anterior", "descending", "aneurysm", "." ]

[ 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 8 }, { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 17, "end": 21 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2671, "end": 2678 } ]

[ "An", "11-year-old", "girl", "presented", "with", "asthenia", ",", "weight", "loss", "and", "fever", "of", "13", "days", "'", "duration", ",", "with", "fever", "peaks", "every", "day", ",", "with", "no", "fixed", "time", "pattern", ".", "Examination", "revealed", "an", "asthenic", "habitus", "(", "weight", "P3-10", ")", "and", "thick", ",", "whitish", "mucus", "in", "the", "cavum", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "examination", "being", "normal", ".", "Laboratory", "tests", "on", "admission", ":", "leukocytes", "4060", "/", "μl", "(", "segmented", "59", "%", ",", "white", "blood", "cells", "6", "%", ",", "lymphocytes", "33", "%", ",", "monocytes", "2", "%", ")", ",", "Hb", "13", ".", "3", "g", "/", "dl", ",", "Ht", "38", "%", ",", "platelets", "25", "000", "/", "μl", ".", "Smear", "showed", "red", "blood", "cells", ",", "activated", "lymphocytes", "and", "neutrophil", "vacuolisation", ";", "CRP", "58", ".", "1", "mg", "/", "l", "(", "88", ".", "2", "mg", "/", "l", ",", "at", "an", "ED", "visit", "two", "days", "earlier", ")", ";", "proteinuria", "in", "the", "urine", "sediment", ".", "He", "was", "admitted", "with", "intravenous", "amoxicillin-clavulanic", "acid", "treatment", "due", "to", "smear", "findings", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", ".", "She", "remained", "afebrile", "from", "the", "second", "day", "of", "admission", ".", "During", "her", "admission", "she", "presented", "micropetechiae", "in", "the", "lower", "limbs", "and", "dorsum", "of", "the", "feet", "on", "the", "second", "day", ",", "as", "well", "as", "oral", "mucosal", "bleeding", "on", "the", "third", "day", ";", "in", "view", "of", "these", "findings", "and", "the", "fact", "that", "on", "the", "fourth", "day", "she", "presented", "a", "blood", "test", "of", "8000", "platelets", "/", "μl", ",", "it", "was", "decided", "to", "administer", "a", "dose", "of", "gamma", "globulin", ",", "with", "an", "adequate", "response", "to", "treatment", ",", "presenting", "clinical", "improvement", "and", "an", "increase", "in", "platelet", "count", "to", "16", ",", "000", "/", "μl", ".", "The", "patient", "was", "diagnosed", "with", "a", "long-standing", "fever", "with", "no", "fever", ",", "positive", "IgM", "parvovirus", "B19", ",", "and", "a", "diagnosis", "of", "parvovirus", "B19", "infection", ",", "secondary", "plateletopenia", "and", "mild", "proteinuria", ",", "with", "the", "rest", "of", "the", "renal", "function", "remaining", "normal", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "girl", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 19 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1342, "end": 1356 }, { "text": "parvovirus B19", "label": "SPECIES", "start": 1377, "end": 1391 } ]

[ "The", "patient", "was", "a", "19", "year", "old", "male", "who", "came", "for", "consultation", "brought", "by", "his", "relatives", "because", "of", "strange", "behaviour", "at", "home", ".", "All", "this", "had", "started", "after", "a", "high", "consumption", "of", "cannabis", "and", "alcohol", ",", "which", "provoked", "the", "sudden", "appearance", "of", "a", "psychotic", "episode", ".", "He", "was", "treated", "at", "his", "mental", "health", "centre", "for", "4", "months", "with", "neuroleptics", ",", "with", "complete", "remission", "of", "symptoms", ".", "The", "initial", "diagnosis", "was", "Psychotic", "Cannabis", "Disorder", ".", "A", "year", "later", ",", "with", "no", "new", "drug", "use", ",", "the", "psychotic", "symptoms", "reappeared", ",", "and", "this", "time", "he", "went", "to", "the", "mental", "health", "centre", "on", "his", "own", "initiative", ",", "where", "he", "was", "again", "treated", "with", "neuroleptics", ",", "without", "achieving", "a", "complete", "recovery", "of", "the", "symptoms", ".", "The", "current", "diagnosis", "is", "paranoid", "schizophrenic", "disorder", ".", "The", "patient", "has", "a", "history", "of", "poor", "academic", "(", "dropping", "out", "of", "school", ")", "and", "work", "performance", ".", "The", "presence", "of", "antisocial", "personality", "traits", "is", "detected", ".", "There", "is", "no", "family", "history", "of", "mental", "disorder", ".", "He", "has", "been", "a", "cannabis", "user", "since", "the", "age", "of", "14", "(", "7", "years", "in", "total", ")", ",", "consuming", "2-3", "times", "at", "weekends", ".", "Subsequently", ",", "consumption", "increased", "at", "the", "age", "of", "16", ",", "moving", "on", "to", "daily", "consumption", ",", "which", "progressively", "increased", "to", "8-10", "consumptions", "/", "day", "at", "the", "time", "of", "the", "first", "psychotic", "outbreak", ".", "There", "is", "also", "alcohol", "abuse", "at", "weekends", "and", "sporadic", "consumption", "of", "amphetamines", ".", "With", "regard", "to", "his", "brother", ",", "he", "is", "a", "28-year-old", "male", ",", "who", "develops", "a", "picture", "composed", "of", "delusions", "of", "reference", ",", "auditory", "hallucinations", ",", "verbal", "heteroaggressiveness", "at", "home", ",", "social", "isolation", ",", "sleep", "disorders", "and", "low", "mood", "after", "three", "months", "of", "working", "in", "a", "company", "where", "he", "works", "with", "solvents", ".", "He", "started", "treatment", "at", "his", "Mental", "Health", "Centre", ",", "where", "he", "received", "a", "diagnosis", "of", "solvent-induced", "psychotic", "disorder", "and", "was", "treated", "with", "high-dose", "neuroleptics", "and", "anxiolytics", ",", "with", "partial", "remission", "of", "symptoms", ".", "The", "current", "diagnosis", "is", "schizophrenic", "disorder", "of", "undifferentiated", "type", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 173, "end": 181 }, { "text": "relatives", "label": "HUMAN", "start": 76, "end": 85 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4, "end": 11 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 34 }, { "text": "Cannabis", "label": "SPECIES", "start": 404, "end": 412 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 730, "end": 737 }, { "text": "cannabis", "label": "SPECIES", "start": 936, "end": 944 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 887, "end": 893 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 1339, "end": 1343 } ]

[ "Anamnesis", "Male", ",", "57", "years", "old", ",", "smoker", "of", "20", "cigarettes", "a", "day", "for", "more", "than", "40", "years", ",", "moderate", "drinker", "and", "with", "a", "history", "of", "repeated", "dental", "infections", "without", "other", "medical-surgical", "diseases", "of", "interest", ".", "He", "presented", "with", "a", "rapidly", "progressive", ",", "non-brusque", "picture", "of", "approximately", "72", "hours", "of", "evolution", ",", "consisting", "of", "increasingly", "intense", "weakness", "in", "the", "left", "upper", "limb", ",", "without", "pain", "or", "sensory", "symptoms", ".", "The", "patient", "denied", "headache", "and", "/", "or", "cervical", "pain", ".", "About", "20", "days", "earlier", ",", "he", "reported", "a", "self-limited", "episode", "of", "pleuritic", "stabbing", "pain", "in", "the", "left", "costal", "region", ",", "radiating", "to", "the", "ipsilateral", "shoulder", "and", "the", "root", "of", "the", "upper", "extremity", ",", "over", "a", "period", "of", "48", "hours", ".", "Since", "this", "episode", ",", "he", "reported", "occasional", "productive", "cough", "with", "yellowish", "sputum", "and", "streaks", "of", "blood", ",", "accompanied", "by", "fever", "peaking", "at", "38", "°", "C", ".", "He", "also", "reported", "weight", "loss", ".", "He", "also", "reported", "a", "weight", "loss", "of", "about", "8", "kg", "in", "the", "last", "4", "months", "associated", "with", "asthenia", ",", "without", "hyporexia", ".", "Prior", "to", "the", "constitutional", "syndrome", ",", "she", "had", "suffered", "a", "dental", "phlegmon", "with", "abundant", "suppuration", ",", "treated", "with", "amoxicillin", "and", "anti-inflammatory", "drugs", ".", "Physical", "examination", "General", "examination", ":", "temperature", "36", "oC", ",", "blood", "pressure", "174", "/", "96", "mmHg", ",", "heart", "rate", "99", "bpm", ".", "Basal", "O2", "saturation", "99", "%", ".", "Capillary", "glycaemia", ":", "250", "mg", "/", "dl", ".", "Skin", "and", "mucous", "membranes", ":", "no", "cutaneous", "stigmata", "of", "endocarditis", "or", "venipuncture", ".", "Head", "and", "neck", ":", "no", "palpable", "adenopathies", ".", "Dental", "caries", ".", "Chest", ",", "abdomen", "and", "extremities", ":", "normal", ".", "Neurological", "examination", ":", "normal", "cortical", "functions", ".", "Cranial", "nerves", "normal", ".", "Motor", "system", ":", "disproportionate", "left", "brachio-crural", "hemiparesis", "(", "0", "/", "5", "ESI", "with", "global", "involvement", "of", "the", "distal", "and", "proximal", "musculature", ";", "4", "+", "/", "5", "EII", ")", ".", "Symmetrical", "REM", ",", "present", "in", "all", "four", "limbs", ",", "alive", "(", "+", "+", "+", "/", "+", "+", "+", "+", ")", ".", "Bilateral", "flexor", "RCP", ".", "Sensory", "system", ":", "normal", ".", "Extrapyramidal", "and", "cerebellar", "function", ":", "normal", ".", "Gait", "and", "standing", ":", "mild", "paresis", "with", "IBD", ".", "Meningeal", "signs", ":", "absent", ".", "Complementary", "tests", "-", "Biochemistry", ":", "glycaemia", "266", "mg", "/", "dl", ",", "glycated", "haemoglobin", "11", ".", "3", "%", "and", "elevated", "acute", "phase", "reactants", "(", "APR", ")", "such", "as", "CRP", "(", "3", ".", "94", "mg", "/", "dl", ")", ";", "other", "parameters", "were", "normal", ".", "-", "Haemogram", ":", "leukocytosis", "(", "14", ",", "100", "/", "μl", ")", "with", "neutrophilia", "(", "74", ".", "9", "%", "neutrophils", ")", ",", "macrocytosis", "(", "MCV", "102", ".", "6", "fl", ")", "without", "anaemia", "and", "normal", "platelet", "count", ".", "-", "Coagulation", ":", "normal", ".", "-", "Serum", "microbiological", "study", ":", "negative", "for", "HIV", ",", "syphilis", ",", "HCV", "and", "HBV", ".", "-", "Urine", "systemic", "and", "sediment", ":", "normal", ".", "Pulmonary", "study", ":", "-", "Posteroanterior", "and", "lateral", "chest", "X-ray", ":", "well-defined", "image", "of", "consolidation", "in", "the", "left", "lower", "lobe", "(", "LII", ")", ".", "-", "Thoracic", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "with", "VSD", ":", "lesion", "measuring", "5", ".", "3", "x", "3", ".", "4", "cm", "located", "in", "the", "left", "lung", "base", ",", "with", "a", "thick", "wall", "and", "hydro-aerial", "content", "suggestive", "of", "lung", "abscess", ".", "Posteroanterior", "chest", "X-ray", "showing", "a", "well-demarcated", "consolidating", "image", "in", "the", "left", "lower", "lobe", ".", "Thoracic", "computed", "tomography", "image", "with", "visualisation", "of", "the", "lung", "abscess", "in", "the", "LII", ".", "-", "Spirometry", ":", "normal", ".", "-", "Microbiological", "study", "of", "sputum", "and", "LBA", "by", "fibrobronchoscopy", ":", "negative", "stains", "for", "bacteria", ",", "mycobacteria", "(", "BAAR", ")", "and", "fungi", ".", "Negative", "cultures", "(", "x2", ")", ".", "-", "Transbronchial", "biopsy", "by", "fibrobronchoscopy", ":", "biopsy", "of", "segment", "9", "of", "LII", "negative", "for", "neoplasia", ",", "compatible", "with", "abscessed", "inflammatory", "process", ".", "-", "FNA", "guided", "by", "thoracic", "CT", ":", "puncture", "of", "the", "lung", "mass", "in", "segment", "9", "of", "LII", "with", "cytological", "study", "compatible", "with", "purulent", "material", "and", "positive", "bacterial", "culture", "for", "Streptococcus", "intermedius", "(", "member", "of", "the", "Streptococcus", "anginosus", "group", ")", ".", "Cardiological", "study", ":", "-", "Baseline", "electrocardiogram", ":", "sinus", "rhythm", "at", "90", "bpm", ",", "mitral", "P", "wave", ",", "with", "normal", "P-R", "interval", "and", "QRS", ",", "without", "repolarisation", "alterations", ".", "-", "Transthoracic", "echocardiogram", ":", "no", "evidence", "of", "endocarditis", "or", "structural", "heart", "disease", ".", "Normal", "biventricular", "function", ".", "Cerebral", "study", ":", "-", "Cranial", "CT", "with", "VSD", ":", "two", "right", "frontal", "cerebral", "space-occupying", "lesions", "(", "one", "cortical", "and", "one", "subcortical", ")", "with", "ring", "contrast", "uptake", "and", "perilesional", "oedema", ".", "-", "MRI", "of", "the", "brain", "with", "contrast", "administration", ":", "subcortical", "lesion", "in", "the", "semioval", "centre", "and", "right", "frontal", "cortical", "satellite", "lesion", ",", "with", "ring-shaped", "contrast", "uptake", "and", "perilesional", "vasogenic", "oedema", ".", "The", "subcortical", "lesion", "shows", "intense", "restriction", "in", "diffusion", "sequences", ".", "Magnetic", "resonance", "imaging", "of", "the", "brain", ".", "A", ".", "Axial", "T1w", "sequence", "with", "contrast", "showing", "a", "right", "frontal", "subcortical", "lesion", "with", "ring-shaped", "uptake", "and", "perilesional", "oedema", ".", "B", ".", "Diffusion", "sequence", "showing", "marked", "restriction", "of", "the", "same", "lesion", ".", "Diagnosis", "Pyogenic", "abscesses", "of", "the", "lung", "and", "brain", "due", "to", "Streptococcus", "intermedius", ",", "with", "odontogenic", "focus", ".", "Treatment", "Empirical", "antibiotic", "treatment", "was", "started", "with", "meropenem", "and", "metronidazole", ",", "replaced", "by", "ceftriaxone", "and", "metronidazole", "after", "obtaining", "the", "results", "of", "the", "antibiogram", ".", "However", ",", "due", "to", "the", "appearance", "of", "a", "skin", "rash", "with", "eosinophilia", ",", "antibiotic", "therapy", "was", "changed", "to", "linezolid", "600", "mg", "/", "12", "h", "(", "3", "weeks", "of", "treatment", ")", "and", "moxifloxacin", "400", "mg", "/", "24", "h", "(", "90", "days", "of", "treatment", ")", ".", "During", "the", "first", "days", "it", "was", "necessary", "to", "add", "corticotherapy", "(", "dexamethasone", ")", "to", "reduce", "cerebral", "vasogenic", "oedema", ".", "For", "adequate", "glycaemic", "control", ",", "the", "patient", "required", "treatment", "with", "insulin", "therapy", "(", "insulin", "lispro", "and", "insulin", "glargine", ")", ".", "Evolution", "The", "patient", "showed", "a", "very", "good", "clinical", "evolution", ",", "with", "complete", "resolution", "of", "the", "neurological", "focality", "after", "starting", "antibiotic", "and", "corticosteroid", "treatment", ".", "Subsequent", "follow-up", "studies", "with", "brain", "MRI", "showed", "a", "progressive", "decrease", "in", "the", "size", "of", "the", "brain", "abscesses", "until", "they", "disappeared", ",", "as", "well", "as", "vasogenic", "cerebral", "oedema", "and", "pulmonary", "abscess", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Male", "label": "HUMAN", "start": 10, "end": 14 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 410, "end": 417 }, { "text": "HBV", "label": "SPECIES", "start": 2318, "end": 2321 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 2310, "end": 2313 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 2295, "end": 2298 }, { "text": "syphilis", "label": "SPECIES", "start": 2300, "end": 2308 }, { "text": "BAAR", "label": "SPECIES", "start": 2980, "end": 2984 }, { "text": "bacteria", "label": "SPECIES", "start": 2956, "end": 2964 }, { "text": "fungi", "label": "SPECIES", "start": 2990, "end": 2995 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 2966, "end": 2978 }, { "text": "Streptococcus anginosus", "label": "SPECIES", "start": 3374, "end": 3397 }, { "text": "Streptococcus intermedius", "label": "SPECIES", "start": 3333, "end": 3358 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 3311, "end": 3320 }, { "text": "Streptococcus intermedius", "label": "SPECIES", "start": 4436, "end": 4461 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5013, "end": 5020 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5115, "end": 5122 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "was", "a", "58-year-old", "man", "who", "had", "been", "an", "ex-smoker", "for", "18", "years", "with", "a", "pack-year", "index", "of", "44", ".", "His", "personal", "history", "included", "arterial", "hypertension", "treated", "with", "valsartan-hydrochlorothiazide", "and", "manidipine", ",", "diabetes", "mellitus", "controlled", "with", "metformin", ",", "sleep", "apnoea-hypopnoea", "syndrome", "treated", "with", "CPAP", "and", "hyperuricaemia", "controlled", "with", "allopurinol", ".", "Regarding", "surgical", "interventions", ",", "we", "highlight", "a", "myofibroblastoma", "of", "the", "left", "breast", "removed", "in", "2016", ".", "Oncological", "history", "In", "March", "2018", "he", "was", "diagnosed", "with", "a", "right", "bronchial", "adenocarcinoma", "cT4", "(", "9", "cm", "mass", "with", "oesophageal", ",", "vascular", "and", "possible", "tracheal", "infiltration", ")", "cN3", "(", "10", "mm", "para-aortic", "and", "20", "mm", "left", "paratracheal", "adenopathy", ")", "M0", ",", "stage", "IIIC", "according", "to", "the", "8th", "TNM", "classification", "of", "lung", "cancer", "following", "complementary", "tests", "(", "abdomino-pelvic", "and", "cerebral", "CT", "scan", ",", "and", "fibrobronchoscopy", "with", "biopsies", "where", "an", "extensive", "tumour", "was", "observed", "in", "the", "most", "distal", "part", "of", "the", "trachea", "coming", "from", "the", "right", "main", "bronchus", "invading", "the", "carina", "and", "causing", "extrinsic", "compression", "in", "the", "middle", "lobe", "and", "right", "lower", "lobe", ".", "At", "the", "molecular", "level", ",", "the", "patient", "had", "positive", "PD-L1", "expression", "(", "100", "%", ")", ",", "negative", "EGFR", ",", "negative", "ROS-1", "and", "no", "ALK", "translocation", ".", "After", "the", "case", "was", "discussed", "in", "the", "thoracic", "tumour", "committee", ",", "the", "following", "therapeutic", "strategy", "was", "defined", ":", "chemotherapy", "with", "cisplatin", "and", "oral", "vinorelbine", "and", "subsequent", "evaluation", "with", "a", "new", "CT", "scan", "and", "assessment", "of", "concomitant", "chemoradiotherapy", "from", "the", "third", "cycle", "onwards", ".", "On", "day", "+", "10", "of", "the", "first", "cycle", ",", "she", "went", "to", "the", "Emergency", "Department", "for", "severe", "haemoptysis", "with", "clots", "and", "acute", "deterioration", "of", "renal", "function", "associated", "with", "general", "malaise", "with", "decreased", "intake", "and", "vomiting", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "her", "to", "Oncology", "with", "fluid", "therapy", "and", "support", "measures", "for", "haemoptysis", ".", "Given", "the", "severity", "of", "the", "haemoptysis", ",", "it", "was", "decided", "to", "start", "treatment", "with", "haemostatic", "radiotherapy", ".", "The", "day", "after", "the", "start", "of", "treatment", ",", "he", "presented", "a", "sudden", "deterioration", "in", "general", "condition", "with", "acute", "respiratory", "failure", "(", "oxygen", "therapy", "with", "a", "100", "%", "reservoir", "mask", "with", "O2", "saturations", "ranging", "between", "70", "and", "85", "%", ")", ".", "Physical", "examination", "Physical", "examination", "revealed", "PS", "3", "and", "marked", "hypophonesis", "in", "2", "/", "3", "of", "the", "right", "hemithorax", ".", "The", "patient", "is", "dyspnoeic", "at", "rest", "with", "saturations", "around", "70-85", "%", "with", "a", "100", "%", "reservoir", "mask", ".", "He", "maintains", "adequate", "blood", "pressure", "control", ".", "Additional", "tests", "Following", "the", "sudden", "onset", "of", "dyspnoea", ",", "arterial", "blood", "gas", "analysis", "was", "requested", ",", "showing", "hypoxaemia", "with", "a", "partial", "oxygen", "pressure", "of", "58", ".", "2", "mm", "Hg", ".", "Suspecting", "right", "pleural", "effusion", ",", "transthoracic", "ultrasound", "and", "chest", "X-ray", "showed", "a", "large", "right", "hilar", "mass", "obstructing", "the", "right", "main", "bronchus", "with", "involvement", "of", "the", "carina", "and", "obstructive", "pneumonitis", "with", "a", "large", "component", "of", "atelectasis", ".", "Blood", "tests", "showed", "a", "decrease", "in", "glomerular", "filtration", "rate", "26", "(", "previously", "67", ")", "with", "elevated", "creatinine", "levels", "of", "2", ".", "55", "mg", "/", "dl", "(", "previously", "0", ".", "9", "mg", "/", "dl", ")", ".", "Diagnosis", "Partial", "respiratory", "failure", "secondary", "to", "atelectasis", "due", "to", "tumour", "invasion", "of", "the", "right", "main", "bronchus", "and", "acute", "renal", "failure", "related", "to", "cisplatin", "nephrotoxicity", ",", "with", "a", "mainly", "pre-renal", "component", "due", "to", "decreased", "intake", "and", "vomiting", ".", "Treatment", "Initially", ",", "non-invasive", "mechanical", "ventilation", "was", "started", "with", "FIO2", "100", "%", "IPAP", "26", ",", "EPAP", "11", ",", "FR", "18", "rpm", ",", "achieving", "oxygen", "saturations", "of", "around", "90", "%", ".", "Subsequently", ",", "due", "to", "poor", "tolerance", "of", "NIV", "due", "to", "vomiting", ",", "a", "mask", "with", "100", "%", "reservoir", "was", "placed", ".", "Glucocorticoids", "were", "added", "due", "to", "suspicion", "of", "a", "certain", "degree", "of", "inflammatory", "component", ".", "The", "possibility", "of", "performing", "a", "bronchoscopy", "was", "considered", "in", "order", "to", "assess", "whether", "there", "were", "options", "for", "local", "therapy", "of", "the", "obstruction", ",", "but", "this", "option", "was", "finally", "rejected", "by", "the", "corresponding", "services", ".", "Evolution", "As", "the", "patient", "'", "s", "respiratory", "status", "was", "clearly", "affected", ",", "he", "produced", "a", "haemoptotic", "expectoration", "accompanied", "by", "a", "5", "cm", "solid", "tumour", "material", ".", "Almost", "immediately", ",", "there", "was", "an", "immediate", "respiratory", "improvement", ",", "no", "longer", "requiring", "the", "mask", "with", "100", "%", "reservoir", ",", "and", "maintaining", "oxygen", "saturations", "of", "92-93", "with", "nasal", "oxygen", "goggles", "at", "2", "bpm", ".", "A", "new", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "showing", "a", "clear", "improvement", "of", "the", "obstructive", "pneumonitis", "and", "atelectasis", ".", "This", "improvement", "continued", "during", "the", "following", "days", "of", "admission", ",", "allowing", "the", "patient", "to", "be", "discharged", "from", "hospital", "after", "seven", "days", "of", "hospitalisation", ".", "At", "discharge", ",", "the", "patient", "was", "eupneic", "and", "did", "not", "require", "further", "oxygen", "therapy", ",", "and", "renal", "function", "had", "been", "corrected", "following", "intravenous", "hydration", ".", "Haemostatic", "radiotherapy", "was", "continued", "given", "the", "persistence", "of", "haemoptysis", ",", "although", "to", "a", "much", "lesser", "extent", ".", "She", "attended", "the", "day", "hospital", "on", "the", "scheduled", "date", "and", "the", "second", "cycle", "was", "administered", "with", "a", "dose", "reduction", "of", "80", "%", ",", "given", "the", "toxicity", "experienced", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 40, "end": 43 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 117, "end": 125 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1111, "end": 1118 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2248, "end": 2255 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3767, "end": 3774 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4290, "end": 4297 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 4384, "end": 4391 } ]

[ "Anamnesis", "The", "patient", "is", "a", "66-year-old", "woman", ",", "with", "no", "known", "drug", "allergies", "and", "an", "active", "smoker", "of", "7-8", "cigarettes", "a", "day", ",", "with", "a", "cumulative", "rate", "of", "19", "pack-years", ".", "Independent", "for", "basic", "activities", "of", "daily", "living", ".", "Family", "history", "of", "cancer", ":", "mother", "died", "of", "pancreatic", "neoplasia", "at", "the", "age", "of", "89", "and", "father", "died", "of", "prostate", "neoplasia", "at", "the", "age", "of", "79", ".", "As", "pathological", "history", ",", "she", "had", "a", "cured", "hepatitis", "B", "virus", "infection", ".", "He", "had", "no", "previous", "surgical", "interventions", ".", "Her", "oncological", "history", "began", "in", "July", "2018", "when", "she", "began", "to", "experience", "progressive", "symptoms", "of", "early", "fullness", "with", "predominantly", "postprandial", "epigastralgia", ",", "without", "clear", "dysphagia", ",", "as", "well", "as", "associated", "weight", "loss", "of", "3", "kg", ".", "The", "patient", "finally", "consulted", "a", "private", "clinic", "in", "January", "2019", ",", "and", "a", "diagnostic", "study", "was", "initiated", ".", "Subsequently", ",", "she", "requested", "transfer", "to", "our", "centre", "to", "complete", "the", "study", "and", "treatment", ".", "Physical", "examination", "During", "the", "physical", "examination", ",", "the", "abdomen", "was", "soft", "and", "depressible", ",", "not", "painful", "on", "palpation", ",", "with", "no", "palpable", "masses", "or", "visceromegaly", ".", "No", "peripheral", "adenopathies", "were", "palpable", ".", "The", "rest", "of", "the", "physical", "examination", "by", "apparatus", "was", "unremarkable", ".", "The", "patient", "had", "an", "ECOG", "of", "1", ".", "Complementary", "tests", "Initial", "laboratory", "tests", ",", "with", "determination", "of", "tumour", "markers", ",", "showed", "an", "elevated", "Ca", "19", ".", "9", "of", "1", ",", "246", "U", "/", "mL", "and", "CEA", "values", "within", "normal", "range", ".", "Abdominal", "computed", "tomography", "(", "January", "2019", ")", "showed", "diffuse", "thickening", "of", "the", "gastric", "fundus", "wall", "with", "extension", "to", "the", "gastro-oesophageal", "junction", ",", "as", "well", "as", "visualisation", "of", "small", "retroperitoneal", "adenopathies", ".", "Fibrogastroscopy", "was", "performed", "(", "January", "2019", ")", ",", "which", "showed", "vegetative", "neoformation", "in", "the", "gastro-oesophageal", "junction", ",", "located", "35", "cm", "from", "the", "dental", "arch", "(", "lower", "oesophageal", "third", ")", ",", "with", "extension", "to", "the", "cardia", ",", "subcardial", "region", ",", "gastric", "body", "and", "lesser", "curvature", ",", "and", "samples", "were", "taken", "for", "biopsy", ".", "Pathological", "anatomy", "was", "positive", "for", "moderately", "differentiated", "tubulo-papillary", "adenocarcinoma", "with", "a", "positive", "result", "for", "Helicobacter", "pylori", "infection", ",", "with", "negative", "PDL-1", ",", "negative", "HER-2", ",", "negative", "MSS", "and", "negative", "Epstein-Barr", "virus", ".", "Echoendoscopy", "(", "January", "2019", ")", "showed", "invasion", "of", "all", "layers", "of", "the", "oesophageal", "wall", ",", "as", "well", "as", "several", "lymphadenopathies", "suspicious", "for", "malignancy", ".", "The", "lesion", "was", "adjacent", "to", "the", "aorta", "without", "being", "able", "to", "assess", "the", "presence", "of", "invasion", "(", "uT4N1", "staging", ")", ".", "The", "PET-CT", "extension", "study", "(", "January", "2019", ")", "showed", "evidence", "of", "hypermetabolic", "mural", "thickening", "of", "the", "oesophageal-gastric", "junction", ",", "from", "the", "supracardial", "oesophagus", "to", "the", "fundus", "and", "gastric", "body", "at", "the", "level", "of", "the", "lesser", "curvature", ",", "with", "SUVmax", "18", ".", "3", ".", "Adenopathies", "were", "visualised", "close", "to", "the", "gastric", "wall", "tumour", ",", "in", "the", "territory", "of", "the", "left", "gastric", "artery", "and", "celiac", "trunk", ",", "with", "SUVmax", "7", ".", "8", ",", "suggestive", "of", "malignancy", ".", "There", "was", "also", "evidence", "of", "a", "7", "mm", "lymph", "node", "in", "the", "left", "supraclavicular", "space", "with", "weak", "uptake", ",", "undetermined", ";", "however", ",", "complementary", "techniques", "were", "recommended", "to", "rule", "out", "its", "involvement", ".", "A", "puncture", "of", "the", "adenopathy", "was", "performed", ",", "which", "was", "negative", "for", "malignant", "cells", ".", "Finally", ",", "an", "oesophago-gastro-duodenal", "transit", "was", "performed", "(", "January", "2019", ")", "which", "showed", "irregular", "sharpening", "of", "the", "mucosa", "at", "the", "level", "of", "the", "distal", "oesophagus", "in", "a", "3", "cm", "trajectory", "that", "continued", "caudally", "towards", "the", "cardia", "and", "at", "the", "proximal", "level", "of", "the", "fundus", "and", "of", "minor", "curvature", ".", "Diagnosis", "Based", "on", "the", "results", "obtained", "in", "the", "complementary", "examinations", "performed", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "infiltrating", "adenocarcinoma", "of", "the", "gastro-oesophageal", "junction", "Siewert", "II", "with", "extension", "to", "the", "gastric", "fundus", ",", "stage", "III", ",", "uT4N1", "by", "CT", "and", "echoendoscopy", ",", "the", "extension", "study", "being", "negative", "for", "distant", "dissemination", "by", "PET-CT", ".", "A", "puncture", "of", "hypercapillary", "left", "supraclavicular", "adenopathy", "was", "performed", "by", "PET-CT", ",", "and", "the", "FNA", "was", "negative", "for", "malignancy", ".", "Treatment", "Perioperative", "chemotherapy", "treatment", "was", "started", "with", "FLOT", "for", "4", "cycles", "from", "06", "/", "02", "/", "2019", "to", "23", "/", "03", "/", "2019", ".", "During", "the", "course", "of", "treatment", ",", "the", "patient", "required", "a", "dose", "reduction", "of", "5-fluorouracil", "(", "after", "the", "first", "cycle", ")", "and", "withdrawal", "of", "leucovorin", "(", "after", "the", "second", "cycle", ")", "due", "to", "gastrointestinal", "and", "haematological", "toxicity", ",", "requiring", "the", "administration", "of", "colony-stimulating", "factors", "(", "pegfilgrastim", ")", "as", "primary", "prophylaxis", "from", "the", "start", "of", "treatment", ".", "In", "the", "re-evaluation", "PET-CT", "scan", "(", "March", "2019", ")", ",", "after", "completing", "neoadjuvant", "treatment", ",", "there", "was", "a", "reduction", "in", "mural", "thickening", "and", "a", "near", "normalisation", "of", "glucose", "metabolism", ".", "At", "the", "same", "time", ",", "there", "was", "a", "favourable", "response", "at", "the", "peritumoral", "adenopathic", "level", "with", "total", "normalisation", "of", "metabolism", ",", "with", "no", "new", "lesions", "appearing", ".", "The", "control", "fibrogastroscopy", "(", "April", "2019", ")", "showed", "a", "deep", "linear", "ulceration", "in", "the", "lower", "third", "of", "the", "oesophagus", "up", "to", "the", "cardia", ",", "and", "biopsies", "were", "taken", "which", "showed", "mild", "to", "moderate", "oesophagitis", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", ".", "Surgery", "was", "performed", "on", "07", "/", "05", "/", "2019", "by", "laparoscopic", "Ivor", "Lewis", "type", "oesophagectomy", "with", "D2", "lymphadenectomy", ",", "with", "no", "immediate", "or", "late", "complications", ".", "Placement", "of", "a", "feeding", "jejunostomy", ".", "Six", "days", "after", "the", "operation", ",", "she", "started", "an", "oral", "diet", ",", "which", "was", "well", "tolerated", ".", "She", "was", "discharged", "home", "with", "oral", "and", "artificial", "enteral", "nutrition", ".", "The", "surgical", "specimen", "was", "sent", "for", "anatomopathological", "study", "with", "a", "definitive", "result", "of", "complete", "pathological", "response", ",", "ypT0N0", ".", "Isolation", "of", "32", "lymph", "nodes", "with", "no", "evidence", "of", "malignancy", ".", "The", "tumour", "regression", "grade", "was", "0", "(", "complete", "response", ")", ".", "The", "specimen", "was", "reincluded", "to", "confirm", "the", "absence", "of", "residual", "lesion", ",", "and", "immunohistochemical", "techniques", "were", "used", ".", "Evolution", "The", "patient", "is", "currently", "in", "excellent", "general", "condition", "and", "is", "currently", "undergoing", "the", "first", "cycle", "of", "adjuvant", "treatment", ",", "following", "the", "same", "FLOT", "chemotherapy", "schedule", "for", "4", "cycles", ",", "which", "began", "on", "30", "/", "05", "/", "2019", ".", "In", "the", "last", "analytical", "control", "carried", "out", ",", "a", "complete", "serological", "response", "was", "evidenced", ",", "with", "Ca", "19", ".", "9", "of", "6", ".", "2", "U", "/", "ml", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 212, "end": 218 }, { "text": "mother", "label": "HUMAN", "start": 238, "end": 244 }, { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 39, "end": 44 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 21 }, { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 295, "end": 301 }, { "text": "hepatitis B virus", "label": "SPECIES", "start": 388, "end": 405 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 690, "end": 697 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1151, "end": 1158 }, { "text": "Helicobacter pylori", "label": "SPECIES", "start": 1976, "end": 1995 }, { "text": "Epstein-Barr virus", "label": "SPECIES", "start": 2070, "end": 2088 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3418, "end": 3425 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3948, "end": 3955 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5532, "end": 5539 } ]

[ "Female", ",", "41", "years", "old", ".", "Smoker", ".", "Conversive", "disorder", "being", "treated", "by", "psychiatry", ".", "She", "came", "to", "the", "emergency", "department", "for", "the", "fifth", "time", "in", "12", "days", "due", "to", "intense", "and", "continuous", "holocranial", "headache", "that", "did", "not", "go", "away", "with", "the", "usual", "analgesia", "together", "with", "numerous", "vomiting", ".", "No", "fever", ".", "No", "other", "symptoms", ".", "Examination", "revealed", "only", "thinness", ",", "everything", "else", "including", "neurological", "examination", "was", "normal", "(", "Glasgow", ",", "cranial", "nerves", ",", "strength", ",", "sensitivity", "and", "meningeal", "signs", ")", ".", "Afebrile", "and", "haemodynamically", "stable", ".", "Urgent", "blood", "tests", "were", "performed", "with", "results", "of", "haemogram", ",", "biochemistry", "and", "coagulation", "within", "normal", "parameters", ",", "as", "well", "as", "cranial", "CT", "scan", "also", "normal", ".", "It", "was", "therefore", "decided", "to", "perform", "a", "lumbar", "puncture", "for", "microbiological", "analysis", "(", "culture", "and", "PCR", ")", "and", "cytobiochemical", "analysis", "(", "438", "leukocytes", ":", "1", "%", "polymorphonuclear", ",", "99", "%", "mononuclear", ",", "0", "red", "blood", "cells", ",", "protein", "68", ".", "2mg", "/", "dL", "and", "glucose", "34mg", "/", "dL", ")", "compatible", "with", "lymphocytic", "meningitis", ",", "and", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "for", "study", "and", "start", "symptomatic", "and", "antiviral", "treatment", "with", "Acyclovir", "10mg", "/", "kg", "/", "8h", "IV", ".", "During", "admission", ",", "a", "chest", "X-ray", "was", "performed", ",", "which", "was", "normal", ",", "and", "serology", "was", "requested", "for", "HIV", ",", "CMV", ",", "EBV", "and", "VZV", ",", "which", "were", "negative", ";", "in", "addition", ",", "cerebrospinal", "fluid", "PCR", "was", "negative", "for", "herpes", "simplex", "1", ",", "2", "and", "6", ",", "CMV", ",", "VZV", "and", "mycobacteria", ";", "EBV", "was", "weakly", "positive", ".", "Finally", ",", "a", "blood", "sample", "was", "also", "taken", "for", "virus", "serology", "and", "was", "positive", "for", "mumps", "virus", "with", "a", "strong", "positive", "IgM", "and", "negative", "IgG", ",", "compatible", "with", "an", "acute", "process", ".", "With", "this", "result", ",", "the", "patient", "was", "diagnosed", "with", "lymphocytic", "meningitis", "due", "to", "mumps", "virus", ",", "and", "the", "patient", "acknowledged", "having", "had", "contact", "with", "her", "son", ",", "who", "had", "suffered", "from", "acute", "mumps", "a", "month", "earlier", ".", "The", "patient", "'", "s", "clinical", "evolution", "was", "excellent", "with", "symptomatic", "treatment", ".", "She", "is", "currently", "asymptomatic", ".", "The", "importance", "of", "the", "case", "lies", "in", "the", "ability", "to", "recognise", "cases", "of", "meningitis", "that", "occur", "in", "a", "more", "severe", "form", "and", "may", "be", "related", "to", "germs", "that", "less", "frequently", "cause", "meningitis", ",", "as", "in", "our", "case", ",", "due", "to", "mumps", "virus", "without", "signs", "of", "acute", "mumps", ",", "although", "with", "previous", "contact", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Female", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 6 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 1027, "end": 1036 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 983, "end": 990 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1178, "end": 1181 }, { "text": "CMV", "label": "SPECIES", "start": 1298, "end": 1301 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1183, "end": 1186 }, { "text": "EBV", "label": "SPECIES", "start": 1325, "end": 1328 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 1173, "end": 1176 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1191, "end": 1194 }, { "text": "VZV", "label": "SPECIES", "start": 1303, "end": 1306 }, { "text": "mumps virus", "label": "SPECIES", "start": 1429, "end": 1440 }, { "text": "mumps virus", "label": "SPECIES", "start": 1599, "end": 1610 }, { "text": "herpes simplex 1, 2 and 6", "label": "SPECIES", "start": 1271, "end": 1296 }, { "text": "son", "label": "HUMAN", "start": 1669, "end": 1672 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 1311, "end": 1323 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1542, "end": 1549 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1620, "end": 1627 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1393, "end": 1398 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1435, "end": 1440 }, { "text": "virus", "label": "SPECIES", "start": 1605, "end": 1610 }, { "text": "herpes simplex 1", "label": "SPECIES", "start": 1271, "end": 1287 } ]

[ "Reason", "for", "consultation", "Fever", "and", "impaired", "level", "of", "consciousness", ".", "Individual", "approach", "Anamnesis", ":", "Allergic", "to", "diclofenac", ".", "Personal", "history", ":", "cognitive", "impairment", ",", "Parkinson", "'", "s", "disease", ",", "stroke", ",", "sleep", "apnoea", ",", "AHT", ",", "HBP", ",", "DM", ",", "COPD", ",", "hearing", "loss", ",", "smoker", ",", "no", "home", "oxygen", ".", "Usual", "treatment", ":", "omeprazole", "20", "mg", ",", "enalapril", "/", "hydrochlorothiazide", ",", "budesonide", ",", "metformin", ",", "sinemet", "plus", ",", "rivastigmine", ",", "acetylsalicylic", "acid", ".", "Present", "illness", ":", "Patient", "came", "to", "the", "emergency", "department", "referred", "by", "his", "MAP", ".", "That", "morning", "he", "had", "started", "with", "headache", "and", "shivering", "accompanied", "by", "a", "fever", "peak", "of", "39oC", "and", "was", "prescribed", "empirical", "treatment", "with", "ciprofloxacin", "for", "a", "possible", "UTI", ",", "although", "he", "had", "not", "presented", "with", "urinary", "symptoms", ";", "during", "the", "day", "his", "general", "condition", "worsened", ",", "with", "vomiting", "and", "decreased", "level", "of", "consciousness", ".", "In", "previous", "days", "there", "were", "no", "symptoms", "of", "catarrhal", "symptoms", ",", "no", "urinary", "or", "digestive", "symptoms", ".", "Examination", ":", "Glasglow", "8", ".", "BP", "115", "/", "75", "Sat", ".", "98", "%", ".", "Pupils", "miotic", "and", "non-reactive", ".", "Septic", "mouth", ".", "Nuchal", "rigidity", "doubtful", ",", "Brudzinski", "negative", ".", "AC", ":", "pure", "tones", "at", "100", "bpm", "with", "no", "murmurs", ".", "AR", ":", "CVM", ",", "isolated", "rhonchi", ".", "Eczematous", "erythema", "with", "scratching", "lesions", "on", "the", "right", "costal", "region", ".", "Abdomen", ":", "soft", ",", "depressible", ",", "without", "signs", "of", "peritoneal", "irritation", ".", "MMII", ":", "no", "oedema", "or", "signs", "of", "DVT", ".", "Complementary", "tests", ":", "Chest", "X-ray", ":", "no", "condensation", "or", "effusion", ".", "Cranial", "CT", ":", "chronic", "degenerative", "vasculopathy", ",", "the", "rest", "normal", ".", "CBC", ":", "leucocytes", "38880", "neutrophils", "91", ",", "30", "%", "CRP", "79", ",", "2", "procalcitonin", "3", ",", "98", "Creatinine", "0", ",", "65", "INR", "1", ".", "61", "Venous", "blood", "gas", ":", "pH", "7", ".", "41", ",", "pCO2", "30", ".", "7", ",", "pO2", "71", "lactic", "acid", "53", ".", "6", ".", "Normal", "urine", "Blood", "cultures", "positive", "for", "Strep", ".", "Pneumoniae", "Urine", "culture", "negative", ".", "Lumbar", "puncture", ":", "21000", "leukocytes", "with", "predominance", "of", "PMN", ".", "Glucose", "4", ".", "Protein", "968mg", "/", "dl", ".", "Sample", "could", "not", "be", "sent", "to", "mycobiology", ".", "On", "the", "ward", ":", "CT", "scan", "of", "the", "ears", ":", "findings", "possibly", "related", "to", "chronic", "otitis", "media", "in", "the", "right", "ear", ".", "Family", "and", "community", "approach", "Patient", "partially", "dependent", "for", "activities", "of", "daily", "living", "due", "to", "sequelae", "of", "previous", "stroke", "and", "parkinsonism", ".", "She", "lives", "with", "her", "daughter", "and", "her", "daughter", "'", "s", "family", ".", "Clinical", "judgement", "Differential", "diagnosis", ":", "stroke", ",", "sepsis", ",", "meningitis", ",", "encephalitis", ".", "Clinical", "judgement", ":", "pneumococcal", "meningitis", ",", "chronic", "right", "otitis", "media", ".", "Action", "plan", "After", "the", "complementary", "tests", "and", "the", "diagnosis", "of", "bacterial", "meningitis", ",", "specific", "treatment", "was", "established", "and", ",", "after", "stabilisation", ",", "the", "patient", "was", "admitted", "to", "the", "infectious", "diseases", "ward", ".", "Evolution", "The", "patient", "is", "currently", "conscious", ",", "oriented", ",", "with", "great", "improvement", "and", "awaiting", "completion", "of", "rehabilitation", "in", "order", "to", "be", "discharged", "home", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Personal", "label": "HUMAN", "start": 123, "end": 131 }, { "text": "MAP", "label": "HUMAN", "start": 478, "end": 481 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 421, "end": 428 }, { "text": "Strep. Pneumoniae", "label": "SPECIES", "start": 1610, "end": 1627 }, { "text": "Family", "label": "HUMAN", "start": 1885, "end": 1891 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 2074, "end": 2080 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 1915, "end": 1922 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 2046, "end": 2054 }, { "text": "daughter", "label": "HUMAN", "start": 2063, "end": 2071 }, { "text": "pneumococcal", "label": "SPECIES", "start": 2188, "end": 2200 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2392, "end": 2399 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2305, "end": 2314 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2462, "end": 2469 } ]

[ "Patient", ":", "HIV", "/", "AIDS", "admitted", "to", "the", "Hospital", "del", "Instituto", "de", "Medicina", "Tropical", "̈", "Pedro", "Kourí", "̈", "for", "presenting", "with", "lower", "respiratory", "symptoms", "with", "fluid", "interposition", ".", "Sample", "and", "culture", "conditions", ":", "pleural", "fluid", "was", "inoculated", "on", "blood", "agar", "medium", "(", "Biocen", ",", "Cuba", ")", "enriched", "with", "5", "%", "ram", "blood", ",", "MacConkey", "agar", "(", "Biocen", ")", ".", "The", "inoculated", "media", "were", "incubated", "at", "35", "oC", "for", "24-48", "h", ".", "Subsequently", ",", "the", "blood", "agar", "medium", "was", "incubated", "at", "room", "temperature", "(", "RT", ")", "for", "a", "further", "5", "d", ".", "After", "incubation", "was", "completed", ",", "reading", "was", "performed", "followed", "by", "Gram", "staining", ",", "microscopic", "observation", "and", "biochemical", "tests", ".", "Biochemical", "tests", ":", "hydrolysis", "of", "esculin", ",", "cytochrome", "oxidase", ",", "catalase", ",", "urease", "and", "equi", "factor", "were", "performed", "as", "described", "by", "Prescott", "in", "1991", ".", "DNA", "extraction", ":", "one", "scoop", "of", "pleural", "fluid", "culture", "from", "the", "patient", "was", "placed", "in", "a", "sterile", "1", ".", "5", "mL", "vial", ",", "to", "which", "400", "mL", "of", "sterile", "distilled", "water", "was", "added", ".", "The", "contents", "were", "then", "incubated", "at", "80", "oC", "for", "15", "min", "in", "a", "thermostatted", "bath", ".", "8", "The", "homogenate", "obtained", "from", "the", "cell", "disruption", "was", "used", "for", "PCR", ".", "PCR", ":", "a", "439", "base", "pair", "(", "bp", ")", "fragment", "of", "the", "gene", "coding", "for", "the", "65", "kDa", "heat", "shock", "protein", "(", "HSP", ")", "of", "the", "genus", "Mycobacterium", "conserved", "in", "microorganisms", "of", "the", "order", "Actinomycetales", "was", "amplified", ".", "8", "5", "μL", "of", "the", "previously", "obtained", "homogenate", "was", "taken", "and", "45", "μL", "of", "amplification", "reaction", "volume", "containing", ":", "10", "mM", "Tris", "/", "HCl", "(", "pH", "8", ".", "3", ")", ",", "50", "mM", "KCl", ",", "1", ".", "5", "mM", "MgCl2", ",", "200", "μM", "deoxyribonucleotides", "(", "dNTP", ")", ",", "primers", "TB11", "(", "5", "́", "-", "ACCAACGATGGTGTGTCCAT-3", "́", ")", "and", "TB12", "(", "5", "́", "-", "CTTGTCGAACCGCATACCCT-3", "́", ")", "0", ".", "4", "μM", ",", "2", "units", "of", "Taq", "DNA", "polymerase", "(", "Bioline", ",", "London", ",", "UK", ")", ".", "Amplification", "profiling", "was", "carried", "out", "as", "described", "by", "Steingrube", "et", "al", ".", "For", "detection", "of", "the", "amplified", "products", ",", "12", "μL", "of", "each", "resulting", "mixture", "was", "analysed", "by", "1", ".", "2", "%", "agarose", "gel", "electrophoresis", "with", "Tris-Borate-EDTA", "buffer", "(", "89", "mM", "Tris", ",", "89", "mM", "Borate", ",", "2mM", "EDTA", ")", ".", "Electrophoresis", "was", "carried", "out", "at", "80", "V", "for", "1", "h", ".", "Results", "were", "visualised", "on", "an", "ultraviolet", "transilluminator", "(", "Macrovue", "2011", ",", "LKB", ",", "Sweden", ")", "and", "then", "photographed", "with", "a", "Power", "Shot", "G6", "digital", "camera", "(", "Cannon", ",", "Japan", ")", ".", "DNA", "extracted", "from", "the", "culture", "of", "a", "strain", "of", "M", ".", "tuberculosis", "(", "H37Rv", ")", "was", "used", "as", "a", "positive", "control", "and", "sterile", "distilled", "water", "as", "a", "negative", "control", "in", "the", "amplification", "reactions", ".", "PCR-RFLP", ":", "PCR", "products", "were", "divided", "into", "2", "aliquots", ",", "which", "were", "used", "for", "restriction", "pattern", "analysis", "with", "BstE", "II", "(", "New", "England", "Biolabs", ",", "UK", ")", "and", "Hinf", "I", "(", "New", "England", "Biolabs", ",", "UK", ")", "enzymes", ".", "The", "conditions", "of", "the", "restriction", "analysis", "and", "the", "rest", "of", "the", "protocol", "were", "carried", "out", "as", "described", "by", "Steingrube", "et", "al", ".", "After", "24", "h", "of", "inoculating", "patient", "pleural", "fluid", "on", "MacConkey", "agar", "medium", ",", "no", "bacterial", "growth", "was", "obtained", ".", "On", "blood", "agar", "medium", ",", "colony", "growth", "of", "1-2", "mm", "in", "diameter", "was", "observed", ",", "which", "were", "indistinguishable", ".", "After", "48", "h", "of", "incubation", "of", "the", "sample", ",", "round", "colonies", "were", "observed", ",", "with", "irregular", "appearance", ",", "smooth", ",", "semi-transparent", ",", "shiny", ",", "shiny", ",", "mucoid", ",", "and", "coalesced", ".", "After", "5", "d", "of", "incubation", "at", "room", "temperature", ",", "the", "colonies", "varied", "in", "size", "(", "2-4", "mm", "in", "diameter", ")", "and", "showed", "a", "salmon-coloured", "pigment", ".", "When", "Gram", "staining", "was", "performed", ",", "it", "showed", "coccobacilli", ",", "gram-positive", "and", "pleomorphic", ".", "The", "results", "of", "the", "biochemical", "tests", "performed", "on", "the", "pleural", "fluid", "culture", "are", "shown", "in", "the", "table", ".", "The", "analysis", "as", "a", "whole", "suggests", "a", "possible", "R", ".", "equi", "infection", "in", "the", "patient", "tested", ".", "However", ",", "an", "essential", "and", "confirmatory", "element", "to", "prove", "R", ".", "equi", "infection", "is", "the", "presence", "of", "equi", "factor", ",", "which", "was", "negative", "in", "the", "tested", "sample", ".", "To", "demonstrate", "the", "presence", "of", "R", ".", "equi", "in", "the", "material", "studied", ",", "an", "additional", "procedure", ",", "the", "use", "of", "molecular", "methods", ",", "was", "required", ".", "PCR", "of", "the", "439", "bp", "fragment", "of", "the", "gene", "coding", "for", "the", "HSP", "protein", "was", "successfully", "amplified", "from", "the", "patient", "'", "s", "pleural", "fluid", "culture", ".", "This", "result", "is", "not", "conclusive", "of", "R", ".", "equi", "infection", ",", "because", "it", "only", "provides", "information", "that", "the", "microorganism", "belongs", "to", "the", "order", "Actinomycetales", ".", "However", ",", "the", "results", "obtained", "demonstrated", "the", "presence", "of", "R", ".", "equi", "when", "enzyme", "restriction", "using", "BstE", "II", "and", "Hinf", "I", "enzymes", "was", "performed", "on", "the", "PCR", "product", ".", "In", "the", "sample", "analysed", ",", "1", "amplified", "band", "of", "439", "bp", "was", "obtained", "when", "using", "BstE", "II", "and", "2", "bands", "310", "/", "70", "bp", "for", "Hinf", "I", ";", "the", "restriction", "patterns", "coincided", "with", "the", "algorithm", "described", "by", "Steingrube", "et", "al", "." ]

[ 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "HIV", "label": "SPECIES", "start": 9, "end": 12 }, { "text": "ram", "label": "SPECIES", "start": 280, "end": 283 }, { "text": "equi factor", "label": "SPECIES", "start": 680, "end": 691 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 802, "end": 809 }, { "text": "Actinomycetales", "label": "SPECIES", "start": 1210, "end": 1225 }, { "text": "genus Mycobacterium", "label": "SPECIES", "start": 1149, "end": 1168 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 1182, "end": 1196 }, { "text": "strain of M. tuberculosis", "label": "SPECIES", "start": 2094, "end": 2119 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2579, "end": 2586 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 2630, "end": 2639 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 2809, "end": 2817 }, { "text": "colonies", "label": "SPECIES", "start": 2972, "end": 2980 }, { "text": "gram-positive", "label": "SPECIES", "start": 3113, "end": 3126 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3314, "end": 3321 }, { "text": "R. equi", "label": "SPECIES", "start": 3289, "end": 3296 }, { "text": "R. equi", "label": "SPECIES", "start": 3386, "end": 3393 }, { "text": "R. equi", "label": "SPECIES", "start": 3508, "end": 3515 }, { "text": "equi factor", "label": "SPECIES", "start": 3423, "end": 3434 }, { "text": "Actinomycetales", "label": "SPECIES", "start": 3879, "end": 3894 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3713, "end": 3720 }, { "text": "microorganism", "label": "SPECIES", "start": 3844, "end": 3857 }, { "text": "R. equi", "label": "SPECIES", "start": 3779, "end": 3786 }, { "text": "R. equi", "label": "SPECIES", "start": 3955, "end": 3962 } ]

[ "Patient", "aged", "76", "years", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "on", "treatment", "with", "metformin", "850mg", "and", "probable", "interstitial", "pneumopathy", "due", "to", "occupational", "exposure", ".", "He", "was", "assessed", "in", "the", "Emergency", "Department", "for", "intense", "asthenia", "and", "fever", "with", "a", "bacteraemic", "profile", ",", "with", "no", "other", "clinical", "signs", "of", "note", "by", "organs", "or", "apparatus", "except", "for", "a", "scarcely", "productive", "cough", "in", "the", "previous", "days", ".", "A", "week", "earlier", "he", "had", "been", "admitted", "to", "the", "Pneumology", "Department", "for", "a", "respiratory", "infection", ",", "presenting", "a", "torpid", "clinical", "evolution", "after", "discharge", ".", "He", "was", "admitted", "to", "the", "department", "on", "suspicion", "of", "fever", "of", "respiratory", "origin", ",", "blood", "cultures", "were", "taken", "and", "antibiotic", "treatment", "with", "meropenem", "and", "levofloxacin", "was", "started", ".", "During", "his", "hospital", "stay", ",", "blood", "cultures", "isolated", "E", ".", "faecalis", ",", "sensitive", "to", "ampicillin", "and", "resistant", "to", "aminoglycosides", ",", "and", "Bacteroides", "fragilis", "resistant", "to", "penicillin", "and", "sensitive", "to", "clindamycin", "and", "metronidazole", ".", "The", "Infectious", "Diseases", "Unit", "was", "consulted", ",", "who", "recommended", "de-escalation", "to", "ampicillin", "2g", "/", "4h", "intravenous", ",", "and", "a", "CT", "(", "computed", "tomography", ")", "scan", "of", "the", "chest", "was", "performed", "to", "complete", "the", "study", ",", "which", "showed", "the", "absence", "of", "pneumonic", "consolidation", ",", "although", "two", "splenic", "liquid", "collections", "measuring", "8", "x", "8", "x", "7", "cm", "and", "5", ".", "5", "x", "4", ".", "5", "x", "4", ".", "5", "x", "4", "cm", ",", "compatible", "with", "abscesses", ",", "were", "found", "by", "chance", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "General", "Surgery", "for", "drainage", "and", "follow-up", "of", "the", "collections", ".", "Radioguided", "puncture", "and", "culture", "of", "the", "exudate", "was", "performed", ",", "in", "which", "E", ".", "faecalis", "was", "isolated", "with", "the", "same", "antibiogram", "as", "described", ".", "With", "this", "result", ",", "a", "transthoracic", "ultrasound", "(", "TTE", ")", "was", "requested", "to", "screen", "for", "infective", "endocarditis", "(", "IE", ")", ",", "with", "no", "pathological", "findings", ".", "The", "patient", "progressed", "favourably", ",", "remaining", "afebrile", "and", "with", "an", "ultrasound", "examination", "of", "the", "spleen", "showing", "two", "residual", "collections", "measuring", "11", "x", "21", "mm", "and", "23", "x", "34", "mm", ",", "and", "was", "discharged", "after", "five", "days", "of", "antibiotic", "treatment", "with", "meropenem", "and", "levofloxacin", "and", "ten", "days", "of", "ampicillin", "and", "metronidazole", ".", "On", "an", "outpatient", "basis", ",", "Amoxicillin-Clavulanic", "acid", "875", "/", "125", "mg", "every", "8h", "associated", "with", "Metronidazole", "500", "mg", "/", "8h", "for", "seven", "days", "is", "recommended", ".", "One", "week", "later", ",", "the", "patient", "was", "readmitted", "due", "to", "recurrence", "of", "fever", ".", "Differential", "diagnosis", "Given", "the", "epidemiological", "and", "clinical", "characteristics", "and", "the", "analytical", "and", "radiological", "findings", "of", "our", "patient", ",", "the", "differential", "diagnosis", "of", "the", "splenic", "lesions", "was", "mainly", "between", "the", "following", "entities", ":", "tumoural", "cause", ",", "either", "due", "to", "metastasis", "or", "lymphoma", ",", "infectious", "cause", ",", "and", "systemic", "cause", ",", "mainly", "sarcoidosis", ".", "In", "the", "presence", "of", "systemic", "symptoms", ",", "a", "neoplastic", "cause", "must", "always", "be", "ruled", "out", ",", "with", "lymphomas", "in", "our", "case", "being", "the", "most", "likely", "cause", ".", "Splenic", "lesions", "may", "develop", "as", "primary", "splenic", "lymphoma", "or", "as", "part", "of", "a", "systemic", "disease", "such", "as", "non-Hodgkin", "'", "s", "lymphoma", "(", "NHL", ")", ",", "Hodgkin", "'", "s", "disease", "(", "HD", ")", ",", "tricholeukaemia", ",", "chronic", "lymphocytic", "leukaemia", "or", "angioimmunoblastic", "T-lymphoma", ".", "Primary", "splenic", "marginal", "zone", "lymphoma", "constitutes", "1", "%", "of", "NHL", "and", "usually", "occurs", "in", "patients", "older", "than", "50", "years", "with", "splenomegaly", ",", "lymphocytosis", "with", "circulating", "\"", "hairy", "\"", "lymphocytes", "and", "cytopenias", "due", "to", "hypersplenism", ".", "It", "differs", "from", "other", "NHLs", "in", "the", "absence", "of", "lymphadenopathy", ",", "extralymphatic", "organ", "involvement", ",", "B", "symptoms", "and", "elevated", "LDH", ".", "It", "is", "associated", "with", "splenic", "infarction", ",", "hepatitis", "C", "virus", "(", "HCV", ")", "infection", "and", "mixed", "cryoglobulinaemia", ".", "Other", "less", "frequent", "malignant", "tumours", "are", "angiosarcoma", "or", "metastases", ",", "mainly", "from", "melanoma", "followed", "by", "breast", "and", "lung", "neoplasms", "and", "most", "often", "accompanied", "by", "metastases", "elsewhere", "in", "the", "abdomen", ".", "On", "CT", "they", "are", "hypodense", "lesions", ",", "which", "may", "be", "cystic", "or", "have", "a", "necrotic", "centre", "with", "ring", "enhancement", ".", "From", "the", "infectious", "point", "of", "view", ",", "splenic", "lesions", "are", "possible", "in", "the", "case", "of", "pyogenic", "abscesses", ",", "microabscesses", "often", "caused", "by", "fungi", "in", "patients", "with", "immunosuppression", ",", "granulomas", "in", "the", "context", "of", "miliary", "tuberculosis", ",", "in", "infections", "by", "Pneumocystis", "carinii", "or", "by", "parasites", ".", "In", "the", "case", "of", "tuberculosis", "(", "TB", ")", ",", "abdominal", "involvement", "comprises", "about", "5", "%", "of", "all", "cases", "and", "includes", "involvement", "of", "the", "gastrointestinal", "tract", ",", "peritoneum", ",", "lymph", "nodes", "and", "solid", "organs", "such", "as", "the", "spleen", "which", "is", "rarely", "involved", ".", "Approximately", "15-25", "%", "of", "patients", "with", "abdominal", "TB", "have", "concomitant", "pulmonary", "TB", ".", "Clinical", "manifestations", "depend", "on", "the", "location", "and", "may", "include", "fever", ",", "weight", "loss", ",", "abdominal", "pain", "or", "distension", ",", "ascites", ",", "hepatomegaly", ",", "diarrhoea", "and", "abdominal", "mass", "and", "on", "imaging", "granulomas", "are", "usually", "detected", "as", "hypodense", "nodules", "less", "than", "5mm", "in", "size", ".", "Splenic", "abscess", "is", "an", "uncommon", "infection", "whose", "incidence", "varies", "from", "0", ".", "14", "%", "to", "0", ".", "7", "%", "according", "to", "autopsy", "series", ",", "and", "up", "to", "0", ".", "9", "%", "of", "abdominal", "infections2", ",", "although", "there", "has", "been", "an", "increase", "in", "recent", "years", "linked", "to", "the", "growing", "number", "of", "immunocompromised", "patients", ".", "The", "most", "frequent", "contributing", "factors", "are", "human", "immunodeficiency", "virus", "(", "HIV", ")", "infection", ",", "injecting", "drug", "use", "or", "chronic", "alcohol", "consumption", ",", "intake", "of", "immunosuppressive", "drugs", ",", "chronic", "liver", "disease", "or", "underlying", "cancer", ".", "However", ",", "spleen", "abscesses", "are", "increasingly", "seen", "in", "patients", "without", "risk", "factors", ",", "reflecting", "the", "complexity", "of", "their", "pathophysiology", ".", "The", "average", "age", "varies", "from", "30-40", "years", "depending", "on", "the", "studies", ",", "with", "a", "clear", "male", "predominance", "(", "63", "%", ")", ".", "It", "may", "be", "due", "to", "three", "mechanisms", ":", "1", ")", "haematogenous", "dissemination", ",", "which", "accounts", "for", "up", "to", "75", "%", "of", "cases", ",", "with", "infective", "endocarditis", "being", "the", "most", "common", "cause", ";", "2", ")", "intrinsic", "theory", "or", "infection", "following", "a", "structural", "or", "functional", "splenic", "alteration", "(", "infarction", ",", "haematoma", "or", "haemoglobinopathy", ")", ";", "3", ")", "extrinsic", "theory", ",", "less", "frequent", "sources", "of", "bacteraemia", "such", "as", "urinary", "tract", "infections", ",", "surgical", "wound", "infections", "and", "even", "secondary", "to", "adjacent", "digestive", "pathology", "that", "would", "spread", "by", "contiguity", ".", "Abscesses", "are", "usually", "multiple", "when", "they", "are", "a", "consequence", "of", "haematogenous", "dissemination", "and", "the", "frequency", "of", "this", "complication", "in", "patients", "with", "documented", "endocarditis", "could", "be", "established", "at", "4", ".", "8", "%", ".", "Clinical", "manifestations", "are", "non-specific", ",", "often", "presenting", "as", "isolated", "fever", "(", "95", "%", "of", "cases", ")", ",", "leading", "to", "diagnostic", "and", "therapeutic", "delay", ",", "responsible", "for", "its", "high", "morbidity", "(", "12", "%", ")", "and", "mortality", "(", "47-100", "%", ")", ".", "The", "average", "time", "between", "diagnosis", "and", "onset", "of", "symptoms", "is", "two", "weeks", "(", "from", "2", "days", "to", "4", "weeks", ")", ".", "The", "classic", "triad", "of", "Sarr", "and", "Zuidema", ",", "associating", "fever", ",", "left", "hypochondrium", "pain", "and", "palpable", "mass", ",", "is", "present", "in", "only", "about", "one", "third", "of", "cases", "(", "36-38", "%", ")", ".", "Other", "possible", "symptoms", "are", "nausea", ",", "weight", "loss", ",", "asthenia", ",", "non-specific", "abdominal", "pain", "and", "splenomegaly", "(", "40-54", "%", "of", "cases", ")", ".", "Splenic", "abscess", "may", "be", "accompanied", "by", "left", "pleural", "effusion", "or", "splenic", "infarction", "if", "due", "to", "septic", "embolism", ".", "In", "the", "case", "of", "our", "patient", ",", "the", "finding", "of", "these", "abscesses", "was", "accidental", "after", "ordering", "a", "study", "to", "rule", "out", "a", "neoplasm", "in", "the", "left", "lower", "lobe", ",", "given", "the", "repeated", "episodes", "of", "infections", "at", "this", "level", "for", "which", "he", "was", "admitted", "on", "three", "occasions", "in", "less", "than", "two", "months", ".", "The", "most", "common", "microorganisms", "involved", "are", "S", ".", "aureus", ",", "viridans", "group", "streptococci", ",", "Salmonella", "sp", "and", "E", ".", "coli", "(", "and", "other", "enterobacteria", ")", ".", "Rarely", ",", "they", "are", "aseptic", "abscesses", "or", "abscesses", "produced", "by", "other", "germs", "(", "Bartonella", "spp", ".", ",", "Candida", "spp", ".", ",", "Burkholderia", "pseudomallei", ",", "mycobacteria", "or", "amoebae", ")", ",", "being", "more", "frequent", "in", "immunocompromised", "patients", ".", "Diagnosis", "is", "based", "on", "microbiological", "isolation", "and", "imaging", "tests", ".", "Blood", "cultures", "are", "more", "frequently", "positive", "in", "multiple", "abscesses", "(", "70", "%", ")", "than", "in", "single", "lesions", "(", "14", "%", ")", ".", "Culture", "of", "abscess", "contents", "has", "a", "higher", "sensitivity", ",", "estimated", "at", "50-80", "%", ",", "although", "it", "requires", "puncture", "and", "therefore", "a", "higher", "risk", "of", "haemorrhagic", "complication", ".", "On", "a", "chest", "X-ray", ",", "a", "left", "pleural", "effusion", "or", "a", "left", "lower", "lobe", "infiltrate", "may", "increase", "suspicion", ".", "Ultrasound", "has", "now", "been", "abandoned", "in", "favour", "of", "CT", ",", "whose", "sensitivity", "and", "specificity", "for", "the", "diagnosis", "of", "splenic", "abscesses", "are", "estimated", "at", "95", "and", "92", "%", "5", "respectively", ",", "although", "the", "lesion", "may", "be", "incorrectly", "categorised", "as", "an", "infarct5", ",", "which", "may", "also", "be", "a", "complication", "of", "bacterial", "endocarditis", ".", "The", "abscess", "appears", "as", "a", "hypodense", "image", "with", "discrete", "peripheral", "contrast", "enhancement", ",", "which", "can", "sometimes", "be", "absent", ".", "CT", "also", "allows", "guided", "puncture", ",", "with", "5", "%", "morbidity", "and", "less", "than", "1", "%", "for", "trained", "teams", ".", "The", "risks", "of", "surgical", "puncture", "are", "higher", ",", "with", "variable", "morbidity", "of", "11-28", "%", "and", "a", "mortality", "of", "6-14", "%", ".", "Possible", "complications", "include", "pleural", "effusion", ",", "haemorrhage", ",", "empyema", "and", "fistula", ".", "MRI", "is", "not", "routinely", "performed", ",", "it", "is", "reserved", "for", "identifying", "hypervascularised", "lesions", "due", "to", "haemorrhagic", "complications", ".", "Splenic", "abscess", "is", "usually", "treated", "with", "a", "combination", "of", "broad-spectrum", "antibiotic", "therapy", "together", "with", "surgical", "or", "percutaneous", "drainage", ",", "since", "according", "to", "some", "authors", ",", "antibiotic", "treatment", "alone", "is", "associated", "with", "30-80", "%", "mortality", ".", "Intravenous", "cefotaxime", "or", "ceftriaxone", "can", "be", "administered", "together", "with", "metronidazole", "or", "monotherapy", "with", "meropenem", "or", "piperacillin-tazobactam", ".", "An", "aminoglycoside", "may", "be", "added", "to", "any", "of", "these", "regimens", "for", "the", "first", "3-5", "days", "while", "awaiting", "culture", "results", ".", "The", "treatment", "of", "enterococcal", "endocarditis", "is", "more", "complex", "due", "to", "the", "lower", "sensitivity", "of", "enterococci", "to", "penicillin", "and", "other", "beta-lactams", "and", "their", "tolerance", "to", "the", "bactericidal", "action", "of", "antibiotics", ".", "In", "our", "case", ",", "given", "the", "isolation", "of", "Enterococcus", "faecalis", "in", "serial", "blood", "cultures", "and", "the", "high", "suspicion", "of", "endocarditis", ",", "the", "treatment", "of", "choice", "is", "the", "combination", "of", "ampicillin", "2g", "/", "4h", "with", "ceftriaxone", "2g", "/", "12h", "intravenously", "or", "with", "an", "aminoglycoside", "(", "gentamicin", "1-1", ".", "5mg", "/", "kg", "/", "8h", "or", "streptomycin", "15mg", "/", "kg", "/", "day", ")", "for", "4-6", "weeks", "(", "on", "native", "or", "prosthetic", "valve", "respectively", ")", ".", "In", "case", "of", "suspected", "primary", "bacteraemia", ",", "ampicillin", "2g", "/", "6h", ",", "daptomycin", "10mg", "/", "kg", "/", "day", ",", "vancomycin", "20mg", "/", "kg", "/", "8-12h", ",", "teicoplanin", "600mg", "/", "day", "or", "linezolid", "600mg", "/", "12h", "could", "be", "used", ".", "In", "general", ",", "for", "percutaneous", "drainage", ",", "preference", "is", "given", "to", "haemodynamically", "stable", "patients", "with", "single", "abscesses", "of", "3-4cm", "or", "less", "in", "size", ",", "without", "internal", "septa", "and", "away", "from", "the", "splenic", "hilum2", ".", "Otherwise", ",", "or", "in", "the", "absence", "of", "alternative", "treatments", "or", "previous", "therapeutic", "failure", ",", "splenectomy", "should", "be", "used", ",", "the", "role", "of", "which", "is", "still", "under", "debate", ".", "According", "to", "some", "authors", ",", "it", "would", "be", "the", "only", "effective", "way", "to", "prevent", "recurrence", "of", "splenic", "abscess4", ";", "however", ",", "more", "recent", "data", "show", "the", "success", "of", "therapy", "in", "the", "absence", "of", "splenectomy", ",", "which", "avoids", "the", "risk", "of", "mortality", "due", "to", "infection", "after", "the", "intervention", ".", "Other", "granulomatous", "processes", "include", "sarcoidosis", ",", "a", "systemic", "disease", "of", "unknown", "aetiology", "characterised", "by", "infiltration", "of", "tissues", "by", "non-caseating", "granulomas", ".", "The", "most", "common", "form", "of", "involvement", "is", "bilateral", "hilar", "adenopathy", ",", "reticular", "pulmonary", "infiltrates", "and", "/", "or", "skin", ",", "eye", "or", "joint", "lesions", ".", "The", "clinical", "presentation", "is", "variable", ",", "with", "pulmonary", "manifestations", "being", "the", "most", "frequent", ";", "systemic", "symptoms", "such", "as", "asthenia", ",", "fever", "and", "weight", "loss", "are", "more", "common", "in", "patients", "older", "than", "70", "years", ".", "Extrapulmonary", "involvement", "can", "involve", "all", "organs", "and", "systems", "in", "varying", "proportions", "and", "severity", ",", "with", "splenic", "involvement", "being", "a", "rare", "entity", "and", "manifesting", "as", "asymptomatic", "splenomegaly", "(", "<", "5", "%", ")", ",", "hypersplenism", "with", "pancytopenia", "and", "/", "or", "granulomas", "appearing", "as", "non-specific", "hypodense", "nodules", "(", "15", "%", "of", "CT", "scans", ")", ".", "There", "is", "no", "definitive", "test", "for", "diagnosis", ",", "requiring", ":", "1", ")", "compatible", "clinical", "and", "radiological", "picture", ";", "2", ")", ".", "Exclusion", "of", "other", "diseases", ";", "3", ")", "detection", "of", "non-caseating", "granulomas", ".", "Evolution", "On", "starting", "again", "with", "febrile", "episodes", ",", "she", "was", "admitted", "to", "hospital", "and", "started", "on", "ampicillin", "therapy", "due", "to", "the", "isolation", "of", "Enterococcus", "faecalis", "in", "previous", "blood", "cultures", ",", "with", "the", "addition", "of", "ceftriaxone", "iv", "2g", "/", "24", "hours", ".", "Blood", "cultures", "taken", "in", "two", "samples", "on", "arrival", "were", "negative", ",", "but", "TTE", "was", "again", "requested", "due", "to", "persistent", "suspicion", "of", "IE", ",", "which", "was", "again", "ruled", "out", ",", "so", "transesophageal", "ultrasound", "(", "TEE", ")", "was", "attempted", ",", "but", "the", "patient", "did", "not", "tolerate", "it", "and", "it", "was", "rejected", ".", "After", "two", "weeks", "of", "therapy", ",", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "positron", "emission", "tomography-computed", "tomography", "(", "PET-CT", ")", "scan", ",", "which", "showed", "discrete", "splenomegaly", "and", "large", "uptake", "at", "the", "splenic", "level", "among", "other", "locations", ",", "so", "it", "was", "decided", "to", "perform", "a", "splenectomy", ",", "which", "passed", "without", "incident", ".", "The", "results", "of", "the", "cultures", "and", "pathological", "anatomy", "of", "the", "sample", "confirmed", "the", "presence", "of", "abscesses", "caused", "by", "Enterococcus", "faecalis", ".", "In", "view", "of", "these", "findings", ",", "and", "although", "both", "echocardiographies", "(", "TEE", "and", "TTE", ")", "showed", "normal", "results", ",", "PET-CT", "showed", "hypercaptation", "in", "the", "aortic", "perivalvular", "area", ".", "Therefore", ",", "in", "view", "of", "the", "bacteraemia", "caused", "by", "enterococci", ",", "and", "given", "that", "the", "splenic", "abscesses", "could", "be", "related", "to", "septic", "emboli", ",", "it", "was", "decided", "to", "carry", "out", "complete", "therapy", "for", "endocarditis", ",", "having", "administered", "a", "complete", "antibiotic", "regimen", "during", "his", "admission", "with", "ampicillin", "2g", "/", "4", "hours", "(", "22", "days", ")", "together", "with", "two", "doses", "of", "dalbavancin", "1500mg", "separated", "by", "12", "days", ".", "The", "PET-CT", "scan", "also", "ruled", "out", "the", "aetiology", "of", "thrombosis", "in", "the", "abdominal", "aorta", "given", "the", "absence", "of", "uptake", "at", "this", "level", ",", "so", "anticoagulation", "was", "maintained", "and", "she", "continued", "with", "check-ups", "by", "the", "vascular", "surgery", "department", ".", "Furthermore", ",", "this", "imaging", "test", "provided", "information", "to", "reject", "the", "presence", "of", "neoplasia", "in", "the", "gastrointestinal", "tract", ",", "which", "was", "suspected", "due", "to", "the", "microcytic", "anaemia", "suffered", "by", "our", "patient", ",", "as", "well", "as", "the", "bacteraemia", "caused", "by", "Enterococcus", "faecalis", ".", "Following", "the", "results", "of", "the", "pathological", "anatomy", "of", "our", "patient", "'", "s", "spleen", "sample", ",", "the", "absence", "of", "granulomas", "was", "confirmed", ".", "However", ",", "given", "the", "PET-CT", "finding", "of", "granulomatous", "thickening", "in", "the", "right", "hemithorax", "together", "with", "moderate", "uptake", "of", "bilateral", "hilar", "adenopathies", "and", "elevated", "angiotensin-converting", "enzyme", "(", "ACE", ")", ",", "samples", "are", "pending", "to", "be", "taken", "by", "Pneumology", "to", "rule", "out", "concomitant", "sarcoidosis", ".", "The", "patient", "has", "experienced", "significant", "clinical", "improvement", "during", "successive", "check-ups", "at", "the", "Infectious", "Diseases", "Outpatient", "Clinic", ",", "with", "no", "recurrence", "of", "fever", "or", "other", "noteworthy", "symptoms", ".", "Final", "diagnosis", "Splenic", "abscesses", "secondary", "to", "infective", "endocarditis", "due", "to", "E", ".", "faecalis", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0 ]

[ { "text": "Bacteroides fragilis", "label": "SPECIES", "start": 851, "end": 871 }, { "text": "Patient", "label": "HUMAN", "start": 0, "end": 7 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 30, "end": 38 }, { "text": "E. faecalis", "label": "SPECIES", "start": 776, "end": 787 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1335, "end": 1342 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1702, "end": 1709 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2171, "end": 2178 }, { "text": "E. faecalis", "label": "SPECIES", "start": 1494, "end": 1505 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2353, "end": 2360 }, { "text": "HCV", "label": "SPECIES", "start": 3343, "end": 3346 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 3825, "end": 3833 }, { "text": "parasites", "label": "SPECIES", "start": 3953, "end": 3962 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 4218, "end": 4226 }, { "text": "germs", "label": "SPECIES", "start": 7116, "end": 7121 }, { "text": "mycobacteria", "label": "SPECIES", "start": 7181, "end": 7193 }, { "text": "microorganisms", "label": "SPECIES", "start": 6928, "end": 6942 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 7248, "end": 7256 }, { "text": "S. aureus", "label": "SPECIES", "start": 6956, "end": 6965 }, { "text": "E. coli", "label": "SPECIES", "start": 7014, "end": 7021 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 7959, "end": 7968 }, { "text": "authors", "label": "HUMAN", "start": 8662, "end": 8669 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 9229, "end": 9250 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 9814, "end": 9822 }, { "text": "patients", "label": "HUMAN", "start": 10818, "end": 10826 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 11475, "end": 11496 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 12238, "end": 12259 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 11785, "end": 11792 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 12450, "end": 12461 }, { "text": "enterococci", "label": "SPECIES", "start": 12472, "end": 12483 }, { "text": "Enterococcus faecalis", "label": "SPECIES", "start": 13255, "end": 13276 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 13209, "end": 13216 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 13335, "end": 13342 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 13686, "end": 13693 }, { "text": "bacteraemia", "label": "SPECIES", "start": 13233, "end": 13244 }, { "text": "E. faecalis", "label": "SPECIES", "start": 13953, "end": 13964 } ]

[ "An", "eight-year-old", "boy", "born", "and", "living", "in", "Sierra", "Leone", "consulted", "the", "Saint", "John", "of", "God", "Hospital", "in", "Sierra", "Leone", "because", "of", "a", "tumour", "on", "the", "lower", "eyelid", "of", "the", "left", "eye", "that", "had", "been", "present", "for", "about", "a", "month", ".", "The", "father", "reported", "a", "history", "of", "contact", "with", "papaya", "leaves", ".", "On", "examination", ",", "he", "presented", "a", "hard", "lump", "occupying", "the", "outer", "two", "thirds", "of", "the", "lower", "left", "eyelid", ",", "with", "ulcerations", "on", "the", "skin", "surface", "and", "mucosa", "of", "the", "lower", "left", "eyelid", ".", "There", "were", "also", "adenopathies", "on", "both", "sides", "of", "the", "neck", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "showed", "no", "relevant", "findings", ".", "The", "impossibility", "of", "performing", "microbiological", "cultures", "in", "the", "field", "made", "it", "necessary", "to", "administer", "systemic", "and", "local", "antibiotic", "coverage", "as", "the", "first", "therapeutic", "option", "in", "case", "it", "was", "an", "infectious", "process", ".", "Oral", "amoxicillin", "/", "clavulanic", "acid", ",", "and", "topical", "tobramycin", "and", "acyclovir", "were", "administered", ".", "However", ",", "the", "most", "striking", "symptom", "was", "the", "stony", "consistency", "of", "the", "tumour", ",", "together", "with", "regional", "lymphadenopathy", "suggestive", "of", "a", "neoformative", "process", ".", "Finally", ",", "contact", "with", "papaya", "led", "to", "the", "possibility", "of", "contact", "dermatitis", "due", "to", "the", "latex", "exuded", "by", "these", "fruits", "when", "they", "are", "green1", ".", "A", "skin", "biopsy", "was", "performed", "and", "sent", "to", "a", "referral", "hospital", ".", "Pathology", "showed", "a", "fibrin", "and", "polynuclear", "exudate", "in", "the", "superficial", "area", "of", "the", "ulcer", "and", "granulation", "tissue", "in", "the", "deep", "regions", ",", "where", "histiocytes", "with", "herpes-like", "intranuclear", "inclusions", "and", "giant", "multinucleated", "cells", "with", "nuclei", "containing", "intranuclear", "inclusion", "bodies", "were", "identified", ".", "Skeletal", "muscle", "from", "the", "deepest", "biopsy", "site", "showed", "a", "non-specific", "focal", "inflammatory", "reaction", ".", "PAS", "staining", "was", "negative", ".", "The", "diagnosis", "was", ":", "ulcerated", "lesion", "with", "features", "compatible", "with", "herpes", "virus", "infection", ",", "accompanied", "by", "probably", "bacterial", "superinfection", ".", "After", "three", "weeks", ",", "the", "lower", "eyelid", "tumour", "began", "to", "decrease", "in", "size", ",", "as", "did", "the", "induration", ",", "while", "the", "ulcerations", "healed", ".", "At", "one", "and", "a", "half", "months", ",", "the", "repair", "was", "complete", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "father", "label": "HUMAN", "start": 212, "end": 218 }, { "text": "papaya", "label": "SPECIES", "start": 254, "end": 260 }, { "text": "papaya", "label": "SPECIES", "start": 1031, "end": 1037 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 1734, "end": 1743 }, { "text": "herpes virus", "label": "SPECIES", "start": 1686, "end": 1698 } ]

[ "A", "51", "year", "old", "woman", ",", "allergic", "to", "penicillin", "and", "derivatives", ",", "with", "no", "other", "history", "of", "interest", ",", "who", "came", "to", "the", "emergency", "department", "due", "to", "the", "appearance", "of", "an", "erythematous", ",", "pruritic", "and", "slightly", "scaly", "plaque", "on", "the", "dorsum", "of", "the", "left", "hand", ".", "The", "patient", "was", "referred", "to", "the", "dermatology", "department", ".", "Physical", "examination", "revealed", "an", "erythematous", "plaque", "with", "peripheral", "papulovesicles", ",", "scaling", "in", "some", "areas", ",", "isolated", "scratching", "lesions", "and", "a", "central", "erosion", "compatible", "with", "a", "traumatic", "wound", "in", "the", "process", "of", "healing", ".", "In", "the", "two", "weeks", "prior", "to", "consultation", ",", "the", "patient", "had", "applied", "tea", "tree", "oil", "(", "in", "perfume", "for", "dilution", ")", "daily", "to", "the", "area", "for", "the", "care", "of", "local", "traumatic", "wounds", ".", "In", "the", "year", "prior", "to", "the", "appearance", "of", "the", "lesions", ",", "she", "had", "also", "used", "the", "same", "oil", ",", "diluted", "in", "almond", "oil", "and", "undiluted", ",", "intermittently", "every", "4-20", "days", "on", "different", "areas", "of", "the", "face", ",", "for", "a", "variable", "time", "of", "2-5", "days", ",", "for", "the", "treatment", "of", "non-specific", "lesions", ".", "The", "biopsy", "shows", "a", "spongiotic", "dermatitis", ".", "Subsequently", ",", "patch", "tests", "were", "performed", "with", "allergens", "from", "the", "Spanish", "Research", "Group", "on", "Dermatitis", "and", "Cutaneous", "Allergy", "(", "GEIDAC", ")", ",", "cosmetics", ",", "perfumes", "(", "Chemotechnique", "Diagnostics", ",", "Vellinge", ",", "Sweden", ")", "and", "essential", "oil", ",", "with", "positive", "results", "(", "+", "+", ")", "at", "48", "and", "96", "hours", "for", "tea", "tree", "oil", ",", "hydroabietic", "alcohol", "and", "the", "clinically", "relevant", "essential", "oil", ".", "With", "the", "diagnosis", "of", "allergic", "contact", "eczema", "to", "tea", "tree", "oil", "and", "hydroabietic", "alcohol", ",", "avoidance", "of", "these", "allergens", "was", "recommended", ",", "and", "the", "skin", "lesions", "resolved", "without", "recurrence", "after", "cessation", "of", "use", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 14, "end": 19 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 246, "end": 253 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 561, "end": 568 }, { "text": "tea tree", "label": "SPECIES", "start": 581, "end": 589 }, { "text": "almond", "label": "SPECIES", "start": 773, "end": 779 }, { "text": "tea tree", "label": "SPECIES", "start": 1250, "end": 1258 }, { "text": "tea tree", "label": "SPECIES", "start": 1377, "end": 1385 } ]

[ "", "A", "61-year-old", "man", "with", "a", "history", "of", "hypertension", "and", "multiple", "sclerosis", "attended", "the", "emergency", "department", "on", "14", "March", "with", "symptoms", "of", "fever", ",", "vomiting", "and", "dyspnoea", "of", "4", "days", "'", "evolution", ".", "He", "was", "hypoxaemic", ",", "with", "an", "oxygen", "saturation", "of", "90", "%", "on", "room", "air", "and", "febrile", "at", "38", ".", "5", "°", "C", ".", "A", "chest", "X-ray", "showed", "bilateral", "alveolar", "opacities", ",", "more", "severe", "in", "the", "right", "lung", ".", "A", "flu", "test", "was", "negative", ".", "A", "nasopharyngeal", "swab", "sent", "for", "SARS-CoV-2", "testing", "by", "PCR", "was", "positive", ".", "On", "15", "March", "(", "symptomatology", "day", "5", ")", ",", "the", "patient", "'", "s", "hypoxaemia", "worsened", "and", "he", "was", "transferred", "to", "the", "ICU", ",", "where", "he", "was", "intubated", "and", "placed", "on", "mechanical", "ventilation", ".", "The", "C-reactive", "protein", "value", "was", "338", "mg", "/", "dL", "and", "lactate", "dehydrogenase", "was", "714", "U", "/", "L", ".", "He", "met", "the", "criteria", "for", "severe", "ARDS", ",", "with", "a", "PaO2", "/", "FiO2", "ratio", "of", "73", ".", "He", "was", "treated", "with", "a", "daily", "prone", "positioning", "protocol", ".", "He", "developed", "acute", "kidney", "injury", ",", "which", "required", "CRRT", "on", "17", "March", ".", "A", "review", "of", "the", "medical", "history", "revealed", "no", "history", "of", "chronic", "kidney", "disease", ".", "Because", "of", "the", "clogged", "dialysis", "circuit", ",", "the", "patient", "was", "treated", "with", "a", "continuous", "infusion", "of", "unfractionated", "heparin", ".", "The", "medication", "was", "azithromycin", "(", "500", "mg", "i", ".", "v", ".", "daily", ")", ",", "ceftriaxone", "(", "1", "g", "i", ".", "v", ".", "daily", ")", ",", "hydroxychloroquine", "(", "initial", "dose", "800", "mg", ",", "then", "400", "mg", "i", ".", "v", ".", "daily", ")", "and", "dexamethasone", "(", "20", "mg", "i", ".", "v", ".", "daily", ")", ".", "Despite", "attempts", "to", "wean", "the", "patient", "from", "mechanical", "ventilation", ",", "he", "was", "unable", "to", "breathe", "on", "his", "own", "and", "remained", "on", "ventilation", "during", "his", "ICU", "stay", ".", "On", "30", "March", ",", "the", "patient", "developed", "shock", "resistant", "to", "vasopressor", "therapy", "and", "died", "on", "26", "March", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "SARS-CoV-2", "label": "SPECIES", "start": 412, "end": 422 }, { "text": "man", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 18 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 492, "end": 499 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1014, "end": 1021 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1303, "end": 1310 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1442, "end": 1449 }, { "text": "flu", "label": "SPECIES", "start": 358, "end": 361 } ]

[ "", "A", "21-year-old", "woman", "presented", "to", "the", "emergency", "department", "with", "left", "facial", "and", "neck", "swelling", ".", "She", "had", "presented", "eight", "days", "previously", "to", "another", "ED", "with", "fever", ",", "cough", "and", "dyspnoea", "and", "was", "diagnosed", "with", "COVID-19", ".", "Despite", "improvement", "of", "his", "respiratory", "symptoms", ",", "he", "presented", "with", "progressive", "unilateral", "swelling", "of", "the", "face", "and", "neck", ",", "resulting", "in", "subjective", "malocclusion", "and", "trismus", ".", "On", "examination", ",", "she", "reported", "lack", "of", "appetite", ",", "but", "denied", "persistent", "fevers", ",", "toothache", "or", "facial", "weakness", ".", "The", "patient", "had", "normal", "vital", "signs", "and", "moderate", "swelling", "of", "the", "left", "cheek", ",", "preauricular", "and", "submandibular", ",", "without", "erythema", ",", "induration", "or", "fluctuation", ".", "Intraoral", "examination", "was", "normal", ",", "with", "no", "purulent", "discharge", "squeezing", "from", "the", "parotid", "duct", ",", "and", "normal", "occlusion", ".", "The", "rest", "of", "the", "examination", "was", "unremarkable", ".", "Laboratory", "and", "imaging", "findings", "led", "to", "a", "differential", "diagnosis", "including", "infectious", "parotitis", ",", "sialolithiasis", ",", "salivary", "gland", "abscess", "and", "neoplasia", ".", "In", "the", "laboratory", "values", ",", "the", "leucocytopenia", "of", "3", ",", "170", "/", "uL", "without", "lymphocytopenia", "was", "remarkable", ".", "A", "craniomaxillofacial", "CT", "scan", "revealed", ":", "swelling", "and", "asymmetric", "and", "diffuse", "enlargement", "of", "the", "left", "parotid", "gland", ",", "without", "obstruction", ",", "mass", "or", "abscess", "in", "the", "parotid", "duct", ",", "accumulation", "of", "inflammatory", "periparotid", "fat", "and", "free", "fluid", "extending", "into", "the", "left", "submandibular", ",", "submental", "and", "parapharyngeal", "spaces", "and", "along", "the", "sternocleidomastoid", "and", "infrahyoid", "muscles", ".", "The", "ENT", "team", "was", "consulted", "because", "of", "fluid", "extension", "into", "the", "adjacent", "anatomical", "spaces", ".", "History", ",", "examination", "and", "radiological", "findings", "appeared", "most", "consistent", "with", "uncomplicated", "acute", "infectious", "parotitis", ".", "His", "malocclusion", "sensation", "was", "attributed", "to", "inflammation", "around", "his", "masticatory", "muscles", ".", "She", "was", "prescribed", "a", "course", "of", "amoxicillin", "/", "clavulanate", "to", "treat", "possible", "concomitant", "bacterial", "parotitis", "and", "was", "advised", "to", "apply", "warm", "compresses", ",", "massage", "the", "gland", ",", "use", "sialogogues", "to", "increase", "salivary", "flow", "and", "keep", "hydrated", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 15, "end": 20 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 495, "end": 502 } ]

[ "Anamnesis", "A", "73-year-old", "man", "consulted", "for", "a", "very", "intense", "headache", "with", "explosive", "onset", ".", "He", "had", "no", "known", "vascular", "risk", "factors", ",", "and", "his", "only", "medical", "history", "was", "uncomplicated", "recurrent", "renoureteral", "colic", ".", "As", "a", "child", ",", "he", "had", "suffered", "an", "ocular", "trauma", ",", "which", "left", "a", "moderate", "decrease", "in", "visual", "acuity", "in", "the", "right", "eye", ".", "He", "had", "no", "family", "history", "of", "primary", "headaches", "and", "one", "of", "his", "brothers", "had", "died", "at", "the", "age", "of", "36", "from", "a", "brain", "tumour", ".", "She", "was", "not", "taking", "any", "regular", "medication", ".", "Four", "days", "before", "admission", ",", "while", "standing", "upright", "and", "without", "having", "made", "any", "effort", "or", "performed", "Valsalva", "manoeuvres", ",", "she", "suddenly", "began", "to", "experience", "a", "very", "intense", "tearing", "pain", "(", "10", "/", "10", "on", "the", "visual", "analogue", "scale", ")", ",", "located", "in", "the", "left", "retroocular", "region", ",", "which", "within", "a", "few", "hours", "spread", "to", "the", "entire", "left", "frontal", "region", ".", "He", "then", "went", "to", "his", "health", "centre", ",", "where", "a", "systolic", "blood", "pressure", "of", "over", "200", "mmHg", "was", "detected", ",", "which", "was", "lowered", "to", "normal", "values", "with", "two", "25", "mg", "captopril", "tablets", ".", "He", "was", "diagnosed", "with", "hypertensive", "crisis", "and", "was", "prescribed", "paracetamol", "as", "symptomatic", "treatment", "for", "his", "headache", ".", "Three", "days", "later", ",", "she", "came", "to", "the", "hospital", "because", "her", "headache", "persisted", "despite", "the", "prescribed", "analgesia", ".", "The", "headache", "remained", "in", "the", "same", "location", "continuously", ".", "The", "intensity", "was", "somewhat", "lower", "(", "7", "/", "10", ")", ",", "although", "occasional", "exacerbations", "of", "very", "intense", "pain", "lasting", "a", "few", "seconds", "were", "added", "to", "the", "baseline", "pain", ".", "These", "paroxysms", "were", "not", "reproduced", "by", "palpation", "of", "the", "area", ",", "nor", "were", "they", "triggered", "by", "gestures", "such", "as", "washing", "the", "face", ",", "talking", ",", "chewing", ",", "brushing", "the", "teeth", "or", "shaving", ".", "However", ",", "he", "did", "notice", "a", "slight", "discomfort", "with", "pressure", "on", "the", "left", "eyeball", ".", "The", "headache", "did", "not", "subside", "at", "night", "and", "made", "it", "very", "difficult", "for", "him", "to", "fall", "asleep", ".", "It", "was", "not", "accompanied", "by", "ocular", "or", "facial", "autonomic", "symptoms", ",", "nor", "by", "photophobia", ",", "phonophobia", "or", "osmophobia", ".", "With", "the", "pain", ",", "the", "patient", "felt", "nausea", "at", "times", ",", "which", "did", "not", "induce", "vomiting", ".", "No", "fever", "or", "other", "associated", "symptoms", "were", "reported", ".", "Physical", "examination", "On", "arrival", "at", "the", "ED", ",", "blood", "pressure", "was", "175", "/", "115", "mmHg", ",", "which", "required", "treatment", "with", "a", "nitroglycerine", "infusion", "pump", "to", "normalise", ".", "The", "patient", "did", "not", "present", "dyspnoea", ",", "palpitations", "or", "chest", "pain", ".", "Ophthalmological", "assessment", "was", "first", "requested", "from", "the", "emergency", "department", ".", "The", "ophthalmologists", "did", "not", "detect", "any", "signs", "of", "acute", "ocular", "pathology", ".", "There", "were", "no", "alterations", "in", "the", "anterior", "segment", "of", "the", "eye", ",", "the", "intraocular", "pressure", "was", "13", "mmHg", "and", "the", "ophthalmoscopic", "examination", "was", "normal", ".", "The", "patient", "was", "then", "referred", "for", "assessment", "by", "the", "Neurology", "Service", ".", "On", "physical", "examination", "the", "patient", "was", "in", "good", "general", "condition", ",", "with", "normal", "hydration", "and", "normal", "skin", "and", "mucous", "membrane", "colouring", ".", "He", "was", "eupnoeic", ",", "afebrile", "and", "with", "a", "central", "rhythmic", "heart", "rate", "of", "66", "bpm", ".", "The", "carotid", "pulse", "was", "palpable", ",", "symmetrical", ",", "and", "no", "vascular", "murmurs", "were", "heard", ".", "Cardiopulmonary", ",", "abdominal", "and", "lower", "limb", "examination", "showed", "no", "abnormalities", ".", "In", "the", "neurological", "examination", "the", "patient", "was", "conscious", ",", "alert", "and", "oriented", ",", "with", "no", "alterations", "in", "the", "rest", "of", "the", "cognitive", "functions", ".", "Confrontational", "campimetry", "was", "normal", ".", "Visual", "acuity", "in", "the", "right", "eye", "was", "0", ".", "4", "(", "without", "improvement", "with", "pinhole", ")", "and", "in", "the", "left", "eye", "it", "was", "unity", ".", "There", "was", "no", "dyschromatopsia", ".", "The", "fundus", "was", "normal", ",", "with", "no", "papillary", "oedema", ".", "His", "pupils", "were", "pharmacologically", "dilated", ",", "so", "no", "pupillary", "abnormalities", "could", "be", "assessed", ".", "No", "limitations", "in", "eye", "movements", ",", "diplopia", "or", "nystagmus", "were", "detected", ",", "and", "eye", "movements", "did", "not", "cause", "increased", "pain", ".", "Palpebral", "alterations", ",", "conjunctival", "injection", "or", "proptosis", "were", "also", "absent", ".", "The", "examination", "of", "the", "5th", "cranial", "nerve", ",", "both", "in", "its", "motor", "and", "sensory", "function", ",", "was", "normal", ".", "The", "examination", "of", "the", "7th", "cranial", "nerve", "and", "the", "lower", "cranial", "nerves", "was", "also", "normal", ".", "The", "rest", "of", "the", "neurological", "examination", "was", "also", "normal", ".", "There", "were", "no", "limitations", "in", "cervical", "movements", "and", "signs", "of", "meningismus", "were", "negative", ".", "Palpation", "of", "the", "supraorbital", "notch", ",", "trochlear", "region", "and", "infraorbital", "foramen", "did", "not", "trigger", "in", "situ", "or", "referred", "pain", ".", "The", "temporal", "arteries", "had", "good", "pulsatility", ",", "and", "were", "neither", "thickened", "nor", "hypersensitive", ".", "There", "were", "also", "no", "tender", "points", "on", "palpation", "of", "other", "structures", "of", "the", "head", "and", "neck", ".", "Complementary", "tests", "-", "A", "complete", "blood", "count", "was", "drawn", ",", "with", "C-reactive", "protein", ",", "erythrocyte", "sedimentation", "rate", "and", "cardiac", "enzymes", "within", "normal", "limits", ".", "-", "The", "electrocardiogram", "showed", "no", "abnormalities", ".", "-", "The", "cranial", "computed", "tomography", "(", "CT", ")", "scan", "showed", "no", "signs", "of", "intraaxial", "or", "extraaxial", "bleeding", "or", "acute", "ischaemia", ",", "nor", "dilatation", "of", "the", "ventricular", "system", ".", "-", "Given", "that", "four", "days", "had", "passed", "since", "the", "onset", "of", "the", "clinical", "picture", ",", "which", "had", "debuted", "as", "a", "thunderclap", "headache", ",", "and", "given", "the", "low", "sensitivity", "of", "CT", "for", "detecting", "subarachnoid", "haemorrhage", "after", "12", "hours", "of", "evolution1", ",", "a", "lumbar", "puncture", "was", "performed", "for", "diagnostic", "purposes", ".", "Cerebrospinal", "fluid", "outflow", "pressure", "was", "normal", ",", "xanthochromia", "was", "ruled", "out", "and", "cytobiochemical", "analysis", "showed", "a", "normal", "cell", "count", "(", "1", "haemocyte", "and", "0", "leukocytes", "per", "microlitre", ")", ",", "together", "with", "normal", "protein", "and", "glucurorachia", ".", "Evolution", "In", "the", "absence", "of", "a", "clinical", "aetiological", "diagnosis", "and", "the", "normality", "of", "the", "tests", "available", "in", "the", "Emergency", "Department", ",", "and", "given", "the", "persistence", "of", "intense", "and", "incoercible", "headache", "despite", "treatment", "with", "metamizole", ",", "ketorolac", "and", "chlorpromazine", "intravenously", ",", "it", "was", "decided", "to", "admit", "the", "patient", "to", "the", "Neurology", "ward", "to", "continue", "the", "study", "and", "for", "analgesic", "control", ".", "The", "day", "after", "admission", ",", "the", "patient", "had", "a", "rash", "on", "the", "left", "frontal", "region", ",", "with", "numerous", "erythematous", "papules", ",", "grouped", "vesicles", "and", "crusts", ",", "which", "outlined", "the", "root", "of", "the", "scalp", "and", "did", "not", "extend", "beyond", "the", "midline", ".", "Papules", ",", "vesicles", "and", "crusts", "characteristic", "of", "herpes", "zoster", "in", "the", "territory", "of", "the", "left", "ophthalmic", "nerve", "(", "V1", ")", ".", "This", "skin", "involvement", "confined", "to", "a", "specific", "dermatome", ",", "in", "this", "case", "the", "ophthalmic", "branch", "of", "the", "trigeminal", "nerve", "(", "V1", ")", ",", "was", "diagnostic", "of", "herpes", "zoster", "due", "to", "reactivation", "of", "the", "varicella", "zoster", "virus", ",", "which", "had", "settled", "in", "Gasser", "'", "s", "ganglion", "after", "a", "primary", "varicella", "infection", ".", "In", "addition", ",", "there", "was", "significant", "left", "palpebral", "oedema", ",", "with", "difficulty", "in", "opening", "the", "palpebral", "fissure", ",", "and", "the", "presence", "of", "a", "lesion", "at", "the", "level", "of", "the", "nasal", "root", "(", "Hutchinson", "'", "s", "sign", ")", ",", "indicative", "of", "infection", "of", "the", "nasociliary", "branch", "of", "the", "ophthalmic", "nerve", ",", "which", "also", "innervates", "the", "eyeball2", ".", "We", "therefore", "rushed", "to", "request", "an", "ophthalmological", "examination", ",", "which", "revealed", "conjunctivitis", ",", "corneal", "involvement", "with", "disseminated", "superficial", "punctate", "keratitis", ",", "no", "stromal", "involvement", "and", "no", "signs", "of", "uveitis", ".", "Diagnosis", "Herpes", "zoster", "in", "the", "territory", "of", "the", "ophthalmic", "nerve", "(", "V1", ")", ".", "Treatment", "Treatment", "was", "started", "jointly", "with", "oral", "acyclovir", "at", "a", "dose", "of", "800", "mg", "five", "times", "a", "day", "and", "topical", "treatment", "with", "the", "same", "antiviral", "in", "ocular", "ointment", ",", "accompanied", "by", "bacterial", "superinfection", "prophylaxis", ".", "Treatment", "was", "maintained", "for", "10", "days", ".", "The", "clinical", "picture", "evolved", "satisfactorily", "in", "terms", "of", "skin", "involvement", ",", "so", "that", "the", "vesiculocosteal", "lesions", "disappeared", "in", "less", "than", "two", "weeks", "with", "no", "ophthalmological", "sequelae", ".", "However", ",", "the", "patient", "began", "to", "suffer", "from", "post-infectious", "neuralgia", "in", "the", "affected", "territory", ",", "which", "did", "not", "subside", "with", "maximum", "doses", "of", "oral", "gabapentin", ".", "He", "is", "currently", "on", "trial", "with", "a", "5", "%", "lidocaine", "local", "adhesive", "dressing", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 326, "end": 332 }, { "text": "brothers", "label": "HUMAN", "start": 377, "end": 385 }, { "text": "child", "label": "HUMAN", "start": 209, "end": 214 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1870, "end": 1877 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2140, "end": 2147 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2505, "end": 2512 }, { "text": "ophthalmologists", "label": "HUMAN", "start": 2285, "end": 2301 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2600, "end": 2607 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2980, "end": 2987 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5399, "end": 5406 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 5507, "end": 5514 }, { "text": "varicella zoster virus", "label": "SPECIES", "start": 5988, "end": 6010 }, { "text": "antiviral", "label": "SPECIES", "start": 6807, "end": 6816 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 7121, "end": 7128 }, { "text": "bacterial", "label": "SPECIES", "start": 6852, "end": 6861 } ]

[ "Anamnesis", "53-year-old", "woman", "from", "Peru", ",", "hypertensive", "and", "diabetic", ",", "diagnosed", "in", "April", "2010", "with", "grade", "V", "chronic", "renal", "failure", "secondary", "to", "interstitial", "nephritis", ".", "She", "required", "a", "renal", "transplant", "in", "May", "2012", ",", "presenting", "acute", "T-cell", "mediated", "rejection", "as", "an", "immediate", "complication", ".", "Since", "December", "2013", "he", "has", "presented", "deterioration", "of", "graft", "function", "with", "proteinuria", "in", "the", "nephrotic", "range", ".", "His", "baseline", "glomerular", "filtration", "rate", "(", "GFR", ")", "was", "35", ".", "He", "received", "immunosuppressive", "treatment", "with", "tacrolimus", "and", "low-dose", "prednisone", ".", "In", "March", "2015", ",", "he", "was", "admitted", "to", "the", "nephrology", "ward", "for", "a", "study", "of", "constitutional", "syndrome", "consisting", "of", "asthenia", ",", "anorexia", "and", "weight", "loss", "of", "10", "kg", "over", "2", "months", "of", "evolution", ",", "as", "well", "as", "dyspnoea", "on", "minimal", "exertion", ".", "Physical", "examination", "Blood", "pressure", "127", "/", "67", "mmHg", ",", "HR", "80", "bpm", ".", "Saturation", "93", "%", "(", "with", "GN", "at", "1", ".", "5", "bpm", ")", ",", "ECOG", "2", ".", "Conscious", "and", "oriented", "in", "the", "three", "spheres", ",", "normohydrated", ",", "normoperfused", ".", "Eupneic", "at", "rest", ".", "Pulmonary", "auscultation", ":", "vesicular", "murmur", "abolished", "up", "to", "two", "thirds", "in", "the", "right", "hemithorax", ",", "isolated", "rhonchi", ".", "Abdomen", ":", "soft", "and", "depressible", ",", "no", "masses", "or", "megaliths", "palpable", ".", "Mucocutaneous", "examination", ":", "nondescript", ".", "Complementary", "tests", "\"", "Computed", "tomography", "(", "CT", ")", "shows", "massive", "right", "pleural", "effusion", ",", "nodular", "thickening", "in", "the", "visceral", "pleura", "and", "bilateral", "pulmonary", "nodules", "with", "ground-glass", "pattern", ".", "At", "the", "abdominal", "level", ",", "a", "large", "adenopathic", "mass", "is", "observed", "around", "the", "renal", "graft", "that", "extends", "through", "the", "retroperitoneum", "to", "the", "celiac", "trunk", "and", "to", "the", "left", "inguinal", "level", ",", "occupying", "the", "iliac", "chains", ";", "a", "solid", "lesion", "is", "also", "observed", "in", "the", "hepatic", "segment", "7", ".", "The", "first", "diagnostic", "option", "was", "lymphoma", ".", "\"", "Thoracentesis", "and", "pleural", "biopsy", "were", "performed", ",", "and", "samples", "were", "sent", "to", "the", "pathological", "anatomy", "department", "(", "PA", ")", ".", "\"", "The", "samples", "initially", "referred", "to", "PA", "were", "negative", "for", "malignancy", ",", "so", "an", "ultrasound-guided", "biopsy", "was", "performed", "of", "an", "accessible", "lymphadenopathy", ",", "in", "this", "case", "left", "epigastric", ",", "ruling", "out", "the", "presence", "of", "a", "lymphoproliferative", "process", "and", "renal", "carcinoma", ",", "as", "the", "sample", "showed", "abundant", "skeletal", "muscle", ",", "fibrous", "connective", "tissue", "and", "fragments", "with", "fasciculated", "fusocellular", "proliferation", "with", "mild", "atypia", ".", "The", "immunohistochemical", "study", "was", "positive", "for", "endothelial", "markers", "(", "CD31", "and", "CD34", ")", "and", "human", "herpes", "virus", "8", "(", "HHV-8", ")", ",", "being", "compatible", "with", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "(", "KS", ")", ".", "Diagnosis", "Visceral", "Kaposi", "'", "s", "sarcoma", "in", "a", "transplant", "recipient", ".", "Treatment", "After", "admission", ",", "an", "evacuating", "thoracentesis", "was", "performed", ",", "extracting", "a", "small", "amount", "of", "fluid", "due", "to", "the", "presence", "of", "multiple", "trabeculae", "in", "the", "space", ".", "Given", "the", "early", "reappearance", "of", "pleural", "effusion", ",", "a", "pulmonary", "pig-tail", "and", "pleurodesis", "with", "bleomycin", "were", "performed", ".", "On", "the", "other", "hand", ",", "once", "the", "diagnosis", "of", "advanced", "visceral", "KS", "had", "been", "made", ",", "corticosteroid", "treatment", "was", "progressively", "reduced", "and", "immunosuppression", "was", "changed", "from", "tacrolimus", "to", "everolimus", ".", "Evolution", "The", "patient", "progresses", "favourably", ",", "with", "improvement", "in", "general", "condition", "(", "ECOG", "1", ")", "and", "a", "decrease", "in", "dyspnoea", ",", "which", "is", "the", "most", "disabling", "symptom", ".", "Semi-solid", "brownish", "expectoration", "persisted", ",", "which", "was", "referred", "to", "PA", "and", "was", "also", "compatible", "with", "KS", ".", "Pegylated", "liposomal", "doxorubicin", "(", "PLD", ")", "was", "requested", "off-label", ",", "following", "a", "normal", "echocardiogram", "(", "LVEF", "65", "%", ")", ".", "Treatment", "was", "started", "at", "a", "dose", "of", "20", "mg", "/", "m2", "in", "April", "2015", ",", "which", "was", "well", "tolerated", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 4, 4, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "woman", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 27 }, { "text": "human herpes virus 8", "label": "SPECIES", "start": 2259, "end": 2279 }, { "text": "HHV-8", "label": "SPECIES", "start": 2281, "end": 2286 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 2887, "end": 2894 } ]

[ "Anamnesis", "62-year-old", "male", ",", "no", "known", "drug", "allergies", ",", "with", "a", "personal", "history", "of", "hypertension", ",", "dyslipidaemia", ",", "ex-smoker", "of", "a", "packet", "a", "day", "until", "the", "age", "of", "30", ",", "occasional", "drinker", "(", "weekends", ")", ",", "no", "other", "substance", "consumption", ";", "he", "had", "undergone", "appendectomy", "and", "inguinal", "herniorrhaphy", ";", "no", "personal", "family", "history", "of", "known", "vascular", "pathology", ".", "Under", "treatment", "with", "lisinopril", "10", "mg", "and", "acetylsalicylic", "acid", "100", "mg", "every", "24", "hours", ".", "He", "went", "to", "the", "emergency", "department", "for", "two", "episodes", "in", "the", "last", "48", "hours", ",", "while", "at", "home", "watching", "television", ",", "he", "began", "to", "ask", "his", "wife", "with", "a", "strange", "look", "on", "his", "face", ",", "\"", "What", "time", "is", "it", "?", "He", "asked", "the", "same", "question", "every", "minute", "for", "20", "minutes", "and", "other", "questions", "about", "the", "activities", "they", "had", "carried", "out", "that", "same", "day", ",", "showing", "confusion", "and", "strangeness", "for", "approximately", "one", "hour", ".", "After", "each", "answer", ",", "the", "patient", "nodded", ",", "apparently", "understanding", "and", "assimilating", "the", "answer", ",", "after", "which", "he", "repeated", "the", "same", "question", "a", "few", "minutes", "later", ".", "His", "wife", ",", "who", "initially", "thought", "he", "was", "joking", ",", "noticed", "the", "problem", "with", "his", "insistence", "on", "the", "question", "with", "the", "same", "intonation", "and", "impassivity", "of", "her", "husband", "when", "he", "asked", "her", "again", "and", "his", "gesture", "of", "surprise", "at", "the", "situation", ",", "when", "she", "told", "him", "that", "she", "had", "just", "answered", "the", "question", ".", "The", "episode", "subsided", "in", "about", "an", "hour", ".", "The", "patient", "had", "absolutely", "no", "recollection", "of", "what", "had", "happened", ".", "The", "following", "day", "a", "similar", "episode", "occurred", ",", "and", "they", "went", "to", "the", "emergency", "department", ".", "At", "no", "time", "did", "his", "companion", "report", "any", "cranial", "trauma", ",", "alteration", "of", "the", "level", "of", "consciousness", ",", "neurological", "focality", ",", "symptoms", "suggestive", "of", "epilepsy", ",", "headache", "or", "other", "alterations", ".", "Physical", "examination", "General", "and", "neurological", "examinations", "were", "normal", ".", "The", "patient", "was", "normotensive", ",", "eupneic", ",", "afebrile", ",", "conscious", ",", "fully", "alert", "and", "oriented", "in", "all", "three", "spheres", ".", "Cranial", "nerves", "normal", ",", "strength", ",", "reflexes", ",", "sensitivity", "and", "metrics", "preserved", "and", "symmetrical", ",", "normal", "cardiopulmonary", "auscultation", "without", "cardiac", "or", "carotid", "murmurs", ".", "A", "Minimental", "Exam", "Test", "was", "performed", "in", "the", "ED", ",", "with", "a", "score", "of", "30", "/", "30", ".", "Complementary", "tests", "-", "Blood", "analysis", "with", "haemogram", ",", "complete", "coagulation", "including", "thrombophilia", "profile", ",", "biochemistry", ",", "ferric", ",", "lipid", ",", "thyroid", "profile", ",", "general", "autoimmunity", "markers", "and", "proteinogram", ";", "all", "results", "were", "normal", ".", "-", "Serology", "for", "neurotropic", "virus", "and", "lupus", "negative", ".", "-", "24-hour", "electrocardiogram", "and", "echocardiography", "detected", "supraventricular", "extrasystoles", "with", "no", "other", "findings", ".", "Normal", "electroencephalographic", "study", ".", "-", "CT", "scan", "with", "no", "vascular", "lesions", "or", "direct", "or", "indirect", "signs", "of", "acute", "ischaemia", ",", "only", "hyperintensity", "of", "the", "intracranial", "vasculature", "suggestive", "of", "atheromatosis", ".", "-", "MRI", "and", "angio-MRI", "of", "the", "chest", "and", "angio-MRI", "of", "the", "supra-aortic", "trunks", "and", "Willis", "polygon", "2", "days", "after", "the", "episode", ",", "showing", "a", "punctate", "lesion", "in", "the", "right", "anterior", "cingulate", "cortex", ",", "hypointense", "in", "T1", ",", "hyperintense", "in", "T2", "and", "T2", "FLAIR", "with", "marked", "restriction", "in", "high", "diffusion", "values", "(", "B1000", ")", ",", "suggestive", "of", "acute", "ischaemic", "lesion", ".", "In", "addition", ",", "there", "were", "several", "hyperintense", "lesions", "in", "T2", "and", "T2", "FLAIR", "of", "similar", "intensity", "and", "size", "to", "the", "previous", "one", "and", "suggestive", "of", "evolved", "ischaemic", "lesions", "in", "the", "periventricular", "white", "matter", ",", "semioval", "centres", "and", "other", "territories", ".", "The", "hippocampal", "regions", "showed", "no", "diffusion", "restriction", "or", "ischaemic", "lesions", ".", "Punctate", "lesion", "in", "the", "right", "cingulate", "cortex", "with", "restriction", "in", "high", "diffusion", "values", "(", "B1000", ")", ".", "Punctate", "lesion", "in", "the", "right", "cingulate", "cortex", "hyperintense", "on", "T2", "FLAIR", ".", "Diagnosis", "Transient", "global", "amnesia", "secondary", "to", "acute", "ischaemic", "stroke", "in", "the", "right", "anterior", "cingulate", "cortex", "of", "probable", "atheromatous", "aetiology", ".", "Treatment", "Clopidogrel", "and", "atorvastatin", "at", "standard", "doses", ".", "Evolution", "The", "patient", "did", "not", "suffer", "any", "incidence", "or", "similar", "episodes", "during", "his", "admission", ".", "In", "subsequent", "reviews", "after", "one", "month", "the", "patient", "reported", "no", "further", "episodes", "." ]

[ 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 824, "end": 831 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1288, "end": 1295 }, { "text": "male", "label": "HUMAN", "start": 22, "end": 26 }, { "text": "companion", "label": "HUMAN", "start": 1457, "end": 1466 }, { "text": "family", "label": "HUMAN", "start": 291, "end": 297 }, { "text": "husband", "label": "HUMAN", "start": 1108, "end": 1115 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 60, "end": 68 }, { "text": "personal", "label": "HUMAN", "start": 282, "end": 290 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 1700, "end": 1707 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3677, "end": 3684 }, { "text": "patient", "label": "HUMAN", "start": 3798, "end": 3805 } ]