Datasets:

CM

/

codexglue_code2text_python

like 5

[ "def", "export_hmaps_csv", "(", "key", ",", "dest", ",", "sitemesh", ",", "array", ",", "comment", ")", ":", "curves", "=", "util", ".", "compose_arrays", "(", "sitemesh", ",", "array", ")", "writers", ".", "write_csv", "(", "dest", ",", "curves", ",", "comment", "=", "comment", ")", "return", "[", "dest", "]" ]

[ "Export", "the", "hazard", "maps", "of", "the", "given", "realization", "into", "CSV", "." ]

[ "def", "export_hcurves_by_imt_csv", "(", "key", ",", "kind", ",", "rlzs_assoc", ",", "fname", ",", "sitecol", ",", "array", ",", "oq", ",", "checksum", ")", ":", "nsites", "=", "len", "(", "sitecol", ")", "fnames", "=", "[", "]", "for", "imt", ",", "imls", "in", "oq", ".", "imtls", ".", "items", "(", ")", ":", "slc", "=", "oq", ".", "imtls", "(", "imt", ")", "dest", "=", "add_imt", "(", "fname", ",", "imt", ")", "lst", "=", "[", "(", "'lon'", ",", "F32", ")", ",", "(", "'lat'", ",", "F32", ")", ",", "(", "'depth'", ",", "F32", ")", "]", "for", "iml", "in", "imls", ":", "lst", ".", "append", "(", "(", "'poe-%s'", "%", "iml", ",", "F32", ")", ")", "hcurves", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "nsites", ",", "lst", ")", "for", "sid", ",", "lon", ",", "lat", ",", "dep", "in", "zip", "(", "range", "(", "nsites", ")", ",", "sitecol", ".", "lons", ",", "sitecol", ".", "lats", ",", "sitecol", ".", "depths", ")", ":", "hcurves", "[", "sid", "]", "=", "(", "lon", ",", "lat", ",", "dep", ")", "+", "tuple", "(", "array", "[", "sid", ",", "slc", "]", ")", "fnames", ".", "append", "(", "writers", ".", "write_csv", "(", "dest", ",", "hcurves", ",", "comment", "=", "_comment", "(", "rlzs_assoc", ",", "kind", ",", "oq", ".", "investigation_time", ")", "+", "(", "', imt=\"%s\", checksum=%d'", "%", "(", "imt", ",", "checksum", ")", ")", ",", "header", "=", "[", "name", "for", "(", "name", ",", "dt", ")", "in", "lst", "]", ")", ")", "return", "fnames" ]

[ "Export", "the", "curves", "of", "the", "given", "realization", "into", "CSV", "." ]

[ "def", "export_hcurves_csv", "(", "ekey", ",", "dstore", ")", ":", "oq", "=", "dstore", "[", "'oqparam'", "]", "info", "=", "get_info", "(", "dstore", ")", "rlzs_assoc", "=", "dstore", "[", "'csm_info'", "]", ".", "get_rlzs_assoc", "(", ")", "R", "=", "len", "(", "rlzs_assoc", ".", "realizations", ")", "sitecol", "=", "dstore", "[", "'sitecol'", "]", "sitemesh", "=", "get_mesh", "(", "sitecol", ")", "key", ",", "kind", ",", "fmt", "=", "get_kkf", "(", "ekey", ")", "fnames", "=", "[", "]", "checksum", "=", "dstore", ".", "get_attr", "(", "'/'", ",", "'checksum32'", ")", "hmap_dt", "=", "oq", ".", "hmap_dt", "(", ")", "for", "kind", "in", "oq", ".", "get_kinds", "(", "kind", ",", "R", ")", ":", "fname", "=", "hazard_curve_name", "(", "dstore", ",", "(", "key", ",", "fmt", ")", ",", "kind", ",", "rlzs_assoc", ")", "comment", "=", "_comment", "(", "rlzs_assoc", ",", "kind", ",", "oq", ".", "investigation_time", ")", "if", "(", "key", "in", "(", "'hmaps'", ",", "'uhs'", ")", "and", "oq", ".", "uniform_hazard_spectra", "or", "oq", ".", "hazard_maps", ")", ":", "hmap", "=", "extract", "(", "dstore", ",", "'hmaps?kind='", "+", "kind", ")", "[", "kind", "]", "if", "key", "==", "'uhs'", "and", "oq", ".", "poes", "and", "oq", ".", "uniform_hazard_spectra", ":", "uhs_curves", "=", "calc", ".", "make_uhs", "(", "hmap", ",", "info", ")", "writers", ".", "write_csv", "(", "fname", ",", "util", ".", "compose_arrays", "(", "sitemesh", ",", "uhs_curves", ")", ",", "comment", "=", "comment", "+", "', checksum=%d'", "%", "checksum", ")", "fnames", ".", "append", "(", "fname", ")", "elif", "key", "==", "'hmaps'", "and", "oq", ".", "poes", "and", "oq", ".", "hazard_maps", ":", "fnames", ".", "extend", "(", "export_hmaps_csv", "(", "ekey", ",", "fname", ",", "sitemesh", ",", "hmap", ".", "flatten", "(", ")", ".", "view", "(", "hmap_dt", ")", ",", "comment", "+", "', checksum=%d'", "%", "checksum", ")", ")", "elif", "key", "==", "'hcurves'", ":", "hcurves", "=", "extract", "(", "dstore", ",", "'hcurves?kind='", "+", "kind", ")", "[", "kind", "]", "fnames", ".", "extend", "(", "export_hcurves_by_imt_csv", "(", "ekey", ",", "kind", ",", "rlzs_assoc", ",", "fname", ",", "sitecol", ",", "hcurves", ",", "oq", ",", "checksum", ")", ")", "return", "sorted", "(", "fnames", ")" ]

[ "Exports", "the", "hazard", "curves", "into", "several", ".", "csv", "files" ]

[ "def", "save_disagg_to_csv", "(", "metadata", ",", "matrices", ")", ":", "skip_keys", "=", "(", "'Mag'", ",", "'Dist'", ",", "'Lon'", ",", "'Lat'", ",", "'Eps'", ",", "'TRT'", ")", "base_header", "=", "','", ".", "join", "(", "'%s=%s'", "%", "(", "key", ",", "value", ")", "for", "key", ",", "value", "in", "metadata", ".", "items", "(", ")", "if", "value", "is", "not", "None", "and", "key", "not", "in", "skip_keys", ")", "for", "disag_tup", ",", "(", "poe", ",", "iml", ",", "matrix", ",", "fname", ")", "in", "matrices", ".", "items", "(", ")", ":", "header", "=", "'%s,poe=%.7f,iml=%.7e\\n'", "%", "(", "base_header", ",", "poe", ",", "iml", ")", "if", "disag_tup", "==", "(", "'Mag'", ",", "'Lon'", ",", "'Lat'", ")", ":", "matrix", "=", "numpy", ".", "swapaxes", "(", "matrix", ",", "0", ",", "1", ")", "matrix", "=", "numpy", ".", "swapaxes", "(", "matrix", ",", "1", ",", "2", ")", "disag_tup", "=", "(", "'Lon'", ",", "'Lat'", ",", "'Mag'", ")", "axis", "=", "[", "metadata", "[", "v", "]", "for", "v", "in", "disag_tup", "]", "header", "+=", "','", ".", "join", "(", "v", "for", "v", "in", "disag_tup", ")", "header", "+=", "',poe'", "# compute axis mid points", "axis", "=", "[", "(", "ax", "[", ":", "-", "1", "]", "+", "ax", "[", "1", ":", "]", ")", "/", "2.", "if", "ax", ".", "dtype", "==", "float", "else", "ax", "for", "ax", "in", "axis", "]", "values", "=", "None", "if", "len", "(", "axis", ")", "==", "1", ":", "values", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "axis", "[", "0", "]", ",", "matrix", ".", "flatten", "(", ")", "]", ")", ".", "T", "else", ":", "grids", "=", "numpy", ".", "meshgrid", "(", "*", "axis", ",", "indexing", "=", "'ij'", ")", "values", "=", "[", "g", ".", "flatten", "(", ")", "for", "g", "in", "grids", "]", "values", ".", "append", "(", "matrix", ".", "flatten", "(", ")", ")", "values", "=", "numpy", ".", "array", "(", "values", ")", ".", "T", "writers", ".", "write_csv", "(", "fname", ",", "values", ",", "comment", "=", "header", ",", "fmt", "=", "'%.5E'", ")" ]

[ "Save", "disaggregation", "matrices", "to", "multiple", ".", "csv", "files", "." ]

[ "def", "_interp_function", "(", "self", ",", "y_ip1", ",", "y_i", ",", "t_ip1", ",", "t_i", ",", "imt_per", ")", ":", "return", "y_i", "+", "(", "y_ip1", "-", "y_i", ")", "/", "(", "t_ip1", "-", "t_i", ")", "*", "(", "imt_per", "-", "t_i", ")" ]

[ "Generic", "interpolation", "function", "used", "in", "equation", "19", "of", "2013", "report", "." ]

[ "def", "_get_SRF_tau", "(", "self", ",", "imt_per", ")", ":", "if", "imt_per", "<", "1", ":", "srf", "=", "0.87", "elif", "1", "<=", "imt_per", "<", "5", ":", "srf", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.58", ",", "0.87", ",", "5", ",", "1", ",", "imt_per", ")", "elif", "5", "<=", "imt_per", "<=", "10", ":", "srf", "=", "0.58", "else", ":", "srf", "=", "1", "return", "srf" ]

[ "Table", "6", "and", "equation", "19", "of", "2013", "report", "." ]

[ "def", "_get_SRF_phi", "(", "self", ",", "imt_per", ")", ":", "if", "imt_per", "<", "0.6", ":", "srf", "=", "0.8", "elif", "0.6", "<=", "imt_per", "<", "1", ":", "srf", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.7", ",", "0.8", ",", "1", ",", "0.6", ",", "imt_per", ")", "elif", "1", "<=", "imt_per", "<=", "10", ":", "srf", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.6", ",", "0.7", ",", "10", ",", "1", ",", "imt_per", ")", "else", ":", "srf", "=", "1", "return", "srf" ]

[ "Table", "7", "and", "equation", "19", "of", "2013", "report", ".", "NB", "change", "in", "notation", "2013", "report", "calls", "this", "term", "sigma", "but", "it", "is", "referred", "to", "here", "as", "phi", "." ]

[ "def", "_get_SRF_sigma", "(", "self", ",", "imt_per", ")", ":", "if", "imt_per", "<", "0.6", ":", "srf", "=", "0.8", "elif", "0.6", "<=", "imt_per", "<", "1", ":", "srf", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.7", ",", "0.8", ",", "1", ",", "0.6", ",", "imt_per", ")", "elif", "1", "<=", "imt_per", "<=", "10", ":", "srf", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.6", ",", "0.7", ",", "10", ",", "1", ",", "imt_per", ")", "else", ":", "srf", "=", "1", "return", "srf" ]

[ "Table", "8", "and", "equation", "19", "of", "2013", "report", ".", "NB", "change", "in", "notation", "2013", "report", "calls", "this", "term", "sigma_t", "but", "it", "is", "referred", "to", "here", "as", "sigma", ".", "Note", "that", "Table", "8", "is", "identical", "to", "Table", "7", "in", "the", "2013", "report", "." ]

[ "def", "_get_dL2L", "(", "self", ",", "imt_per", ")", ":", "if", "imt_per", "<", "0.18", ":", "dL2L", "=", "-", "0.06", "elif", "0.18", "<=", "imt_per", "<", "0.35", ":", "dL2L", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.12", ",", "-", "0.06", ",", "0.35", ",", "0.18", ",", "imt_per", ")", "elif", "0.35", "<=", "imt_per", "<=", "10", ":", "dL2L", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.65", ",", "0.12", ",", "10", ",", "0.35", ",", "imt_per", ")", "else", ":", "dL2L", "=", "0", "return", "dL2L" ]

[ "Table", "3", "and", "equation", "19", "of", "2013", "report", "." ]

[ "def", "_get_dS2S", "(", "self", ",", "imt_per", ")", ":", "if", "imt_per", "==", "0", ":", "dS2S", "=", "0.05", "elif", "0", "<", "imt_per", "<", "0.15", ":", "dS2S", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "-", "0.15", ",", "0.05", ",", "0.15", ",", "0", ",", "imt_per", ")", "elif", "0.15", "<=", "imt_per", "<", "0.45", ":", "dS2S", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.4", ",", "-", "0.15", ",", "0.45", ",", "0.15", ",", "imt_per", ")", "elif", "0.45", "<=", "imt_per", "<", "3.2", ":", "dS2S", "=", "0.4", "elif", "3.2", "<=", "imt_per", "<", "5", ":", "dS2S", "=", "self", ".", "_interp_function", "(", "0.08", ",", "0.4", ",", "5", ",", "3.2", ",", "imt_per", ")", "elif", "5", "<=", "imt_per", "<=", "10", ":", "dS2S", "=", "0.08", "else", ":", "dS2S", "=", "0", "return", "dS2S" ]

[ "Table", "4", "of", "2013", "report" ]

[ "def", "context", "(", "src", ")", ":", "try", ":", "yield", "except", "Exception", ":", "etype", ",", "err", ",", "tb", "=", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", "msg", "=", "'An error occurred with source id=%s. Error: %s'", "msg", "%=", "(", "src", ".", "source_id", ",", "err", ")", "raise_", "(", "etype", ",", "msg", ",", "tb", ")" ]

[ "Used", "to", "add", "the", "source_id", "to", "the", "error", "message", ".", "To", "be", "used", "as" ]

[ "def", "get_bounding_box", "(", "self", ",", "lon", ",", "lat", ",", "trt", "=", "None", ",", "mag", "=", "None", ")", ":", "if", "trt", "is", "None", ":", "# take the greatest integration distance", "maxdist", "=", "max", "(", "self", "(", "trt", ",", "mag", ")", "for", "trt", "in", "self", ".", "dic", ")", "else", ":", "# get the integration distance for the given TRT", "maxdist", "=", "self", "(", "trt", ",", "mag", ")", "a1", "=", "min", "(", "maxdist", "*", "KM_TO_DEGREES", ",", "90", ")", "a2", "=", "min", "(", "angular_distance", "(", "maxdist", ",", "lat", ")", ",", "180", ")", "return", "lon", "-", "a2", ",", "lat", "-", "a1", ",", "lon", "+", "a2", ",", "lat", "+", "a1" ]

[ "Build", "a", "bounding", "box", "around", "the", "given", "lon", "lat", "by", "computing", "the", "maximum_distance", "at", "the", "given", "tectonic", "region", "type", "and", "magnitude", "." ]

[ "def", "get_affected_box", "(", "self", ",", "src", ")", ":", "mag", "=", "src", ".", "get_min_max_mag", "(", ")", "[", "1", "]", "maxdist", "=", "self", "(", "src", ".", "tectonic_region_type", ",", "mag", ")", "bbox", "=", "get_bounding_box", "(", "src", ",", "maxdist", ")", "return", "(", "fix_lon", "(", "bbox", "[", "0", "]", ")", ",", "bbox", "[", "1", "]", ",", "fix_lon", "(", "bbox", "[", "2", "]", ")", ",", "bbox", "[", "3", "]", ")" ]

[ "Get", "the", "enlarged", "bounding", "box", "of", "a", "source", "." ]

[ "def", "sitecol", "(", "self", ")", ":", "if", "'sitecol'", "in", "vars", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "__dict__", "[", "'sitecol'", "]", "if", "self", ".", "filename", "is", "None", "or", "not", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "self", ".", "filename", ")", ":", "# case of nofilter/None sitecol", "return", "with", "hdf5", ".", "File", "(", "self", ".", "filename", ",", "'r'", ")", "as", "h5", ":", "self", ".", "__dict__", "[", "'sitecol'", "]", "=", "sc", "=", "h5", ".", "get", "(", "'sitecol'", ")", "return", "sc" ]

[ "Read", "the", "site", "collection", "from", ".", "filename", "and", "cache", "it" ]

[ "def", "hypocentre_patch_index", "(", "cls", ",", "hypocentre", ",", "rupture_top_edge", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "dip", ")", ":", "totaln_patch", "=", "len", "(", "rupture_top_edge", ")", "indexlist", "=", "[", "]", "dist_list", "=", "[", "]", "for", "i", ",", "index", "in", "enumerate", "(", "range", "(", "1", ",", "totaln_patch", ")", ")", ":", "p0", ",", "p1", ",", "p2", ",", "p3", "=", "cls", ".", "get_fault_patch_vertices", "(", "rupture_top_edge", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "dip", ",", "index_patch", "=", "index", ")", "[", "normal", ",", "dist_to_plane", "]", "=", "get_plane_equation", "(", "p0", ",", "p1", ",", "p2", ",", "hypocentre", ")", "indexlist", ".", "append", "(", "index", ")", "dist_list", ".", "append", "(", "dist_to_plane", ")", "if", "numpy", ".", "allclose", "(", "dist_to_plane", ",", "0.", ",", "atol", "=", "25.", ",", "rtol", "=", "0.", ")", ":", "return", "index", "break", "index", "=", "indexlist", "[", "numpy", ".", "argmin", "(", "dist_list", ")", "]", "return", "index" ]

[ "This", "methods", "finds", "the", "index", "of", "the", "fault", "patch", "including", "the", "hypocentre", "." ]

[ "def", "get_surface_vertexes", "(", "cls", ",", "fault_trace", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "dip", ")", ":", "# Similar to :meth:`from_fault_data`, we just don't resample edges", "dip_tan", "=", "math", ".", "tan", "(", "math", ".", "radians", "(", "dip", ")", ")", "hdist_top", "=", "upper_seismogenic_depth", "/", "dip_tan", "hdist_bottom", "=", "lower_seismogenic_depth", "/", "dip_tan", "strike", "=", "fault_trace", "[", "0", "]", ".", "azimuth", "(", "fault_trace", "[", "-", "1", "]", ")", "azimuth", "=", "(", "strike", "+", "90.0", ")", "%", "360", "# Collect coordinates of vertices on the top and bottom edge", "lons", "=", "[", "]", "lats", "=", "[", "]", "for", "point", "in", "fault_trace", ".", "points", ":", "top_edge_point", "=", "point", ".", "point_at", "(", "hdist_top", ",", "0", ",", "azimuth", ")", "bottom_edge_point", "=", "point", ".", "point_at", "(", "hdist_bottom", ",", "0", ",", "azimuth", ")", "lons", ".", "append", "(", "top_edge_point", ".", "longitude", ")", "lats", ".", "append", "(", "top_edge_point", ".", "latitude", ")", "lons", ".", "append", "(", "bottom_edge_point", ".", "longitude", ")", "lats", ".", "append", "(", "bottom_edge_point", ".", "latitude", ")", "lons", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lons", ",", "float", ")", "lats", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lats", ",", "float", ")", "return", "lons", ",", "lats" ]

[ "Get", "surface", "main", "vertexes", "." ]

[ "def", "surface_projection_from_fault_data", "(", "cls", ",", "fault_trace", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "dip", ")", ":", "lons", ",", "lats", "=", "cls", ".", "get_surface_vertexes", "(", "fault_trace", ",", "upper_seismogenic_depth", ",", "lower_seismogenic_depth", ",", "dip", ")", "return", "Mesh", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", "=", "None", ")", ".", "get_convex_hull", "(", ")" ]

[ "Get", "a", "surface", "projection", "of", "the", "simple", "fault", "surface", "." ]

[ "def", "_compute_distance_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "rrup", ")", ":", "term1", "=", "C", "[", "'b'", "]", "*", "rrup", "term2", "=", "-", "np", ".", "log", "(", "rrup", "+", "C", "[", "'c'", "]", "*", "np", ".", "exp", "(", "C", "[", "'d'", "]", "*", "mag", ")", ")", "return", "term1", "+", "term2" ]

[ "Compute", "second", "and", "third", "terms", "in", "equation", "1", "p", ".", "901", "." ]

[ "def", "_compute_focal_depth_term", "(", "self", ",", "C", ",", "hypo_depth", ")", ":", "# p. 901. \"(i.e, depth is capped at 125 km)\".", "focal_depth", "=", "hypo_depth", "if", "focal_depth", ">", "125.0", ":", "focal_depth", "=", "125.0", "# p. 902. \"We used the value of 15 km for the", "# depth coefficient hc ...\".", "hc", "=", "15.0", "# p. 901. \"When h is larger than hc, the depth terms takes", "# effect ...\". The next sentence specifies h>=hc.", "return", "float", "(", "focal_depth", ">=", "hc", ")", "*", "C", "[", "'e'", "]", "*", "(", "focal_depth", "-", "hc", ")" ]

[ "Compute", "fourth", "term", "in", "equation", "1", "p", ".", "901", "." ]

[ "def", "_compute_site_class_term", "(", "self", ",", "C", ",", "vs30", ")", ":", "# map vs30 value to site class, see table 2, p. 901.", "site_term", "=", "np", ".", "zeros", "(", "len", "(", "vs30", ")", ")", "# hard rock", "site_term", "[", "vs30", ">", "1100.0", "]", "=", "C", "[", "'CH'", "]", "# rock", "site_term", "[", "(", "vs30", ">", "600", ")", "&", "(", "vs30", "<=", "1100", ")", "]", "=", "C", "[", "'C1'", "]", "# hard soil", "site_term", "[", "(", "vs30", ">", "300", ")", "&", "(", "vs30", "<=", "600", ")", "]", "=", "C", "[", "'C2'", "]", "# medium soil", "site_term", "[", "(", "vs30", ">", "200", ")", "&", "(", "vs30", "<=", "300", ")", "]", "=", "C", "[", "'C3'", "]", "# soft soil", "site_term", "[", "vs30", "<=", "200", "]", "=", "C", "[", "'C4'", "]", "return", "site_term" ]

[ "Compute", "nine", "-", "th", "term", "in", "equation", "1", "p", ".", "901", "." ]

[ "def", "_compute_magnitude_squared_term", "(", "self", ",", "P", ",", "M", ",", "Q", ",", "W", ",", "mag", ")", ":", "return", "P", "*", "(", "mag", "-", "M", ")", "+", "Q", "*", "(", "mag", "-", "M", ")", "**", "2", "+", "W" ]

[ "Compute", "magnitude", "squared", "term", "equation", "5", "p", ".", "909", "." ]

[ "def", "_compute_slab_correction_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rrup", ")", ":", "slab_term", "=", "C", "[", "'SSL'", "]", "*", "np", ".", "log", "(", "rrup", ")", "return", "slab_term" ]

[ "Compute", "path", "modification", "term", "for", "slab", "events", "that", "is", "the", "8", "-", "th", "term", "in", "equation", "1", "p", ".", "901", "." ]

[ "def", "get_mean_and_stddevs", "(", "self", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")", ":", "dists_mod", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "dists", ")", "dists_mod", ".", "rrup", "[", "dists", ".", "rrup", "<=", "5.", "]", "=", "5.", "return", "super", "(", ")", ".", "get_mean_and_stddevs", "(", "sites", ",", "rup", ",", "dists_mod", ",", "imt", ",", "stddev_types", ")" ]

[ "Using", "a", "minimum", "distance", "of", "5km", "for", "the", "calculation", "." ]

[ "def", "confirm", "(", "prompt", ")", ":", "while", "True", ":", "try", ":", "answer", "=", "input", "(", "prompt", ")", "except", "KeyboardInterrupt", ":", "# the user presses ctrl+c, just say 'no'", "return", "False", "answer", "=", "answer", ".", "strip", "(", ")", ".", "lower", "(", ")", "if", "answer", "not", "in", "(", "'y'", ",", "'n'", ")", ":", "print", "(", "'Please enter y or n'", ")", "continue", "return", "answer", "==", "'y'" ]

[ "Ask", "for", "confirmation", "given", "a", "prompt", "and", "return", "a", "boolean", "value", "." ]

[ "def", "_csv_header", "(", "self", ")", ":", "fields", "=", "[", "'id'", ",", "'number'", ",", "'taxonomy'", ",", "'lon'", ",", "'lat'", "]", "for", "name", "in", "self", ".", "cost_types", "[", "'name'", "]", ":", "fields", ".", "append", "(", "name", ")", "if", "'per_area'", "in", "self", ".", "cost_types", "[", "'type'", "]", ":", "fields", ".", "append", "(", "'area'", ")", "if", "self", ".", "occupancy_periods", ":", "fields", ".", "extend", "(", "self", ".", "occupancy_periods", ".", "split", "(", ")", ")", "fields", ".", "extend", "(", "self", ".", "tagcol", ".", "tagnames", ")", "return", "set", "(", "fields", ")" ]

[ "Extract", "the", "expected", "CSV", "header", "from", "the", "exposure", "metadata" ]

[ "def", "build_vf_node", "(", "vf", ")", ":", "nodes", "=", "[", "Node", "(", "'imls'", ",", "{", "'imt'", ":", "vf", ".", "imt", "}", ",", "vf", ".", "imls", ")", ",", "Node", "(", "'meanLRs'", ",", "{", "}", ",", "vf", ".", "mean_loss_ratios", ")", ",", "Node", "(", "'covLRs'", ",", "{", "}", ",", "vf", ".", "covs", ")", "]", "return", "Node", "(", "'vulnerabilityFunction'", ",", "{", "'id'", ":", "vf", ".", "id", ",", "'dist'", ":", "vf", ".", "distribution_name", "}", ",", "nodes", "=", "nodes", ")" ]

[ "Convert", "a", "VulnerabilityFunction", "object", "into", "a", "Node", "suitable", "for", "XML", "conversion", "." ]

[ "def", "get_riskmodel", "(", "taxonomy", ",", "oqparam", ",", "*", "*", "extra", ")", ":", "riskmodel_class", "=", "registry", "[", "oqparam", ".", "calculation_mode", "]", "# arguments needed to instantiate the riskmodel class", "argnames", "=", "inspect", ".", "getfullargspec", "(", "riskmodel_class", ".", "__init__", ")", ".", "args", "[", "3", ":", "]", "# arguments extracted from oqparam", "known_args", "=", "set", "(", "name", "for", "name", ",", "value", "in", "inspect", ".", "getmembers", "(", "oqparam", ".", "__class__", ")", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "valid", ".", "Param", ")", ")", "all_args", "=", "{", "}", "for", "argname", "in", "argnames", ":", "if", "argname", "in", "known_args", ":", "all_args", "[", "argname", "]", "=", "getattr", "(", "oqparam", ",", "argname", ")", "if", "'hazard_imtls'", "in", "argnames", ":", "# special case", "all_args", "[", "'hazard_imtls'", "]", "=", "oqparam", ".", "imtls", "all_args", ".", "update", "(", "extra", ")", "missing", "=", "set", "(", "argnames", ")", "-", "set", "(", "all_args", ")", "if", "missing", ":", "raise", "TypeError", "(", "'Missing parameter: %s'", "%", "', '", ".", "join", "(", "missing", ")", ")", "return", "riskmodel_class", "(", "taxonomy", ",", "*", "*", "all_args", ")" ]

[ "Return", "an", "instance", "of", "the", "correct", "riskmodel", "class", "depending", "on", "the", "attribute", "calculation_mode", "of", "the", "object", "oqparam", "." ]

[ "def", "Beachball", "(", "fm", ",", "linewidth", "=", "2", ",", "facecolor", "=", "'b'", ",", "bgcolor", "=", "'w'", ",", "edgecolor", "=", "'k'", ",", "alpha", "=", "1.0", ",", "xy", "=", "(", "0", ",", "0", ")", ",", "width", "=", "200", ",", "size", "=", "100", ",", "nofill", "=", "False", ",", "zorder", "=", "100", ",", "outfile", "=", "None", ",", "format", "=", "None", ",", "fig", "=", "None", ")", ":", "plot_width", "=", "width", "*", "0.95", "# plot the figure", "if", "not", "fig", ":", "fig", "=", "plt", ".", "figure", "(", "figsize", "=", "(", "3", ",", "3", ")", ",", "dpi", "=", "100", ")", "fig", ".", "subplots_adjust", "(", "left", "=", "0", ",", "bottom", "=", "0", ",", "right", "=", "1", ",", "top", "=", "1", ")", "fig", ".", "set_figheight", "(", "width", "//", "100", ")", "fig", ".", "set_figwidth", "(", "width", "//", "100", ")", "ax", "=", "fig", ".", "add_subplot", "(", "111", ",", "aspect", "=", "'equal'", ")", "# hide axes + ticks", "ax", ".", "axison", "=", "False", "# plot the collection", "collection", "=", "Beach", "(", "fm", ",", "linewidth", "=", "linewidth", ",", "facecolor", "=", "facecolor", ",", "edgecolor", "=", "edgecolor", ",", "bgcolor", "=", "bgcolor", ",", "alpha", "=", "alpha", ",", "nofill", "=", "nofill", ",", "xy", "=", "xy", ",", "width", "=", "plot_width", ",", "size", "=", "size", ",", "zorder", "=", "zorder", ")", "ax", ".", "add_collection", "(", "collection", ")", "ax", ".", "autoscale_view", "(", "tight", "=", "False", ",", "scalex", "=", "True", ",", "scaley", "=", "True", ")", "# export", "if", "outfile", ":", "if", "format", ":", "fig", ".", "savefig", "(", "outfile", ",", "dpi", "=", "100", ",", "transparent", "=", "True", ",", "format", "=", "format", ")", "else", ":", "fig", ".", "savefig", "(", "outfile", ",", "dpi", "=", "100", ",", "transparent", "=", "True", ")", "elif", "format", "and", "not", "outfile", ":", "imgdata", "=", "compatibility", ".", "BytesIO", "(", ")", "fig", ".", "savefig", "(", "imgdata", ",", "format", "=", "format", ",", "dpi", "=", "100", ",", "transparent", "=", "True", ")", "imgdata", ".", "seek", "(", "0", ")", "return", "imgdata", ".", "read", "(", ")", "else", ":", "plt", ".", "show", "(", ")", "return", "fig" ]

[ "Draws", "a", "beach", "ball", "diagram", "of", "an", "earthquake", "focal", "mechanism", "." ]

[ "def", "StrikeDip", "(", "n", ",", "e", ",", "u", ")", ":", "r2d", "=", "180", "/", "np", ".", "pi", "if", "u", "<", "0", ":", "n", "=", "-", "n", "e", "=", "-", "e", "u", "=", "-", "u", "strike", "=", "np", ".", "arctan2", "(", "e", ",", "n", ")", "*", "r2d", "strike", "=", "strike", "-", "90", "while", "strike", ">=", "360", ":", "strike", "=", "strike", "-", "360", "while", "strike", "<", "0", ":", "strike", "=", "strike", "+", "360", "x", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "power", "(", "n", ",", "2", ")", "+", "np", ".", "power", "(", "e", ",", "2", ")", ")", "dip", "=", "np", ".", "arctan2", "(", "x", ",", "u", ")", "*", "r2d", "return", "(", "strike", ",", "dip", ")" ]

[ "Finds", "strike", "and", "dip", "of", "plane", "given", "normal", "vector", "having", "components", "n", "e", "and", "u", "." ]

[ "def", "AuxPlane", "(", "s1", ",", "d1", ",", "r1", ")", ":", "r2d", "=", "180", "/", "np", ".", "pi", "z", "=", "(", "s1", "+", "90", ")", "/", "r2d", "z2", "=", "d1", "/", "r2d", "z3", "=", "r1", "/", "r2d", "# slick vector in plane 1", "sl1", "=", "-", "np", ".", "cos", "(", "z3", ")", "*", "np", ".", "cos", "(", "z", ")", "-", "np", ".", "sin", "(", "z3", ")", "*", "np", ".", "sin", "(", "z", ")", "*", "np", ".", "cos", "(", "z2", ")", "sl2", "=", "np", ".", "cos", "(", "z3", ")", "*", "np", ".", "sin", "(", "z", ")", "-", "np", ".", "sin", "(", "z3", ")", "*", "np", ".", "cos", "(", "z", ")", "*", "np", ".", "cos", "(", "z2", ")", "sl3", "=", "np", ".", "sin", "(", "z3", ")", "*", "np", ".", "sin", "(", "z2", ")", "(", "strike", ",", "dip", ")", "=", "StrikeDip", "(", "sl2", ",", "sl1", ",", "sl3", ")", "n1", "=", "np", ".", "sin", "(", "z", ")", "*", "np", ".", "sin", "(", "z2", ")", "# normal vector to plane 1", "n2", "=", "np", ".", "cos", "(", "z", ")", "*", "np", ".", "sin", "(", "z2", ")", "h1", "=", "-", "sl2", "# strike vector of plane 2", "h2", "=", "sl1", "# note h3=0 always so we leave it out", "# n3 = np.cos(z2)", "z", "=", "h1", "*", "n1", "+", "h2", "*", "n2", "z", "=", "z", "/", "np", ".", "sqrt", "(", "h1", "*", "h1", "+", "h2", "*", "h2", ")", "z", "=", "np", ".", "arccos", "(", "z", ")", "rake", "=", "0", "if", "sl3", ">", "0", ":", "rake", "=", "z", "*", "r2d", "if", "sl3", "<=", "0", ":", "rake", "=", "-", "z", "*", "r2d", "return", "(", "strike", ",", "dip", ",", "rake", ")" ]

[ "Get", "Strike", "and", "dip", "of", "second", "plane", "." ]

[ "def", "MT2Plane", "(", "mt", ")", ":", "(", "d", ",", "v", ")", "=", "np", ".", "linalg", ".", "eig", "(", "mt", ".", "mt", ")", "D", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "d", "[", "1", "]", ",", "d", "[", "0", "]", ",", "d", "[", "2", "]", "]", ")", "V", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "[", "v", "[", "1", ",", "1", "]", ",", "-", "v", "[", "1", ",", "0", "]", ",", "-", "v", "[", "1", ",", "2", "]", "]", ",", "[", "v", "[", "2", ",", "1", "]", ",", "-", "v", "[", "2", ",", "0", "]", ",", "-", "v", "[", "2", ",", "2", "]", "]", ",", "[", "-", "v", "[", "0", ",", "1", "]", ",", "v", "[", "0", ",", "0", "]", ",", "v", "[", "0", ",", "2", "]", "]", "]", ")", "IMAX", "=", "D", ".", "argmax", "(", ")", "IMIN", "=", "D", ".", "argmin", "(", ")", "AE", "=", "(", "V", "[", ":", ",", "IMAX", "]", "+", "V", "[", ":", ",", "IMIN", "]", ")", "/", "np", ".", "sqrt", "(", "2.0", ")", "AN", "=", "(", "V", "[", ":", ",", "IMAX", "]", "-", "V", "[", ":", ",", "IMIN", "]", ")", "/", "np", ".", "sqrt", "(", "2.0", ")", "AER", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "power", "(", "AE", "[", "0", "]", ",", "2", ")", "+", "np", ".", "power", "(", "AE", "[", "1", "]", ",", "2", ")", "+", "np", ".", "power", "(", "AE", "[", "2", "]", ",", "2", ")", ")", "ANR", "=", "np", ".", "sqrt", "(", "np", ".", "power", "(", "AN", "[", "0", "]", ",", "2", ")", "+", "np", ".", "power", "(", "AN", "[", "1", "]", ",", "2", ")", "+", "np", ".", "power", "(", "AN", "[", "2", "]", ",", "2", ")", ")", "AE", "=", "AE", "/", "AER", "if", "not", "ANR", ":", "AN", "=", "np", ".", "array", "(", "[", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", ",", "np", ".", "nan", "]", ")", "else", ":", "AN", "=", "AN", "/", "ANR", "if", "AN", "[", "2", "]", "<=", "0.", ":", "AN1", "=", "AN", "AE1", "=", "AE", "else", ":", "AN1", "=", "-", "AN", "AE1", "=", "-", "AE", "(", "ft", ",", "fd", ",", "fl", ")", "=", "TDL", "(", "AN1", ",", "AE1", ")", "return", "NodalPlane", "(", "360", "-", "ft", ",", "fd", ",", "180", "-", "fl", ")" ]

[ "Calculates", "a", "nodal", "plane", "of", "a", "given", "moment", "tensor", "." ]

[ "def", "TDL", "(", "AN", ",", "BN", ")", ":", "XN", "=", "AN", "[", "0", "]", "YN", "=", "AN", "[", "1", "]", "ZN", "=", "AN", "[", "2", "]", "XE", "=", "BN", "[", "0", "]", "YE", "=", "BN", "[", "1", "]", "ZE", "=", "BN", "[", "2", "]", "AAA", "=", "1.0", "/", "(", "1000000", ")", "CON", "=", "57.2957795", "if", "np", ".", "fabs", "(", "ZN", ")", "<", "AAA", ":", "FD", "=", "90.", "AXN", "=", "np", ".", "fabs", "(", "XN", ")", "if", "AXN", ">", "1.0", ":", "AXN", "=", "1.0", "FT", "=", "np", ".", "arcsin", "(", "AXN", ")", "*", "CON", "ST", "=", "-", "XN", "CT", "=", "YN", "if", "ST", ">=", "0.", "and", "CT", "<", "0", ":", "FT", "=", "180.", "-", "FT", "if", "ST", "<", "0.", "and", "CT", "<=", "0", ":", "FT", "=", "180.", "+", "FT", "if", "ST", "<", "0.", "and", "CT", ">", "0", ":", "FT", "=", "360.", "-", "FT", "FL", "=", "np", ".", "arcsin", "(", "abs", "(", "ZE", ")", ")", "*", "CON", "SL", "=", "-", "ZE", "if", "np", ".", "fabs", "(", "XN", ")", "<", "AAA", ":", "CL", "=", "XE", "/", "YN", "else", ":", "CL", "=", "-", "YE", "/", "XN", "if", "SL", ">=", "0.", "and", "CL", "<", "0", ":", "FL", "=", "180.", "-", "FL", "if", "SL", "<", "0.", "and", "CL", "<=", "0", ":", "FL", "=", "FL", "-", "180.", "if", "SL", "<", "0.", "and", "CL", ">", "0", ":", "FL", "=", "-", "FL", "else", ":", "if", "-", "ZN", ">", "1.0", ":", "ZN", "=", "-", "1.0", "FDH", "=", "np", ".", "arccos", "(", "-", "ZN", ")", "FD", "=", "FDH", "*", "CON", "SD", "=", "np", ".", "sin", "(", "FDH", ")", "if", "SD", "==", "0", ":", "return", "ST", "=", "-", "XN", "/", "SD", "CT", "=", "YN", "/", "SD", "SX", "=", "np", ".", "fabs", "(", "ST", ")", "if", "SX", ">", "1.0", ":", "SX", "=", "1.0", "FT", "=", "np", ".", "arcsin", "(", "SX", ")", "*", "CON", "if", "ST", ">=", "0.", "and", "CT", "<", "0", ":", "FT", "=", "180.", "-", "FT", "if", "ST", "<", "0.", "and", "CT", "<=", "0", ":", "FT", "=", "180.", "+", "FT", "if", "ST", "<", "0.", "and", "CT", ">", "0", ":", "FT", "=", "360.", "-", "FT", "SL", "=", "-", "ZE", "/", "SD", "SX", "=", "np", ".", "fabs", "(", "SL", ")", "if", "SX", ">", "1.0", ":", "SX", "=", "1.0", "FL", "=", "np", ".", "arcsin", "(", "SX", ")", "*", "CON", "if", "ST", "==", "0", ":", "CL", "=", "XE", "/", "CT", "else", ":", "XXX", "=", "YN", "*", "ZN", "*", "ZE", "/", "SD", "/", "SD", "+", "YE", "CL", "=", "-", "SD", "*", "XXX", "/", "XN", "if", "CT", "==", "0", ":", "CL", "=", "YE", "/", "ST", "if", "SL", ">=", "0.", "and", "CL", "<", "0", ":", "FL", "=", "180.", "-", "FL", "if", "SL", "<", "0.", "and", "CL", "<=", "0", ":", "FL", "=", "FL", "-", "180.", "if", "SL", "<", "0.", "and", "CL", ">", "0", ":", "FL", "=", "-", "FL", "return", "(", "FT", ",", "FD", ",", "FL", ")" ]

[ "Helper", "function", "for", "MT2Plane", "." ]

[ "def", "MT2Axes", "(", "mt", ")", ":", "(", "D", ",", "V", ")", "=", "np", ".", "linalg", ".", "eigh", "(", "mt", ".", "mt", ")", "pl", "=", "np", ".", "arcsin", "(", "-", "V", "[", "0", "]", ")", "az", "=", "np", ".", "arctan2", "(", "V", "[", "2", "]", ",", "-", "V", "[", "1", "]", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "0", ",", "3", ")", ":", "if", "pl", "[", "i", "]", "<=", "0", ":", "pl", "[", "i", "]", "=", "-", "pl", "[", "i", "]", "az", "[", "i", "]", "+=", "np", ".", "pi", "if", "az", "[", "i", "]", "<", "0", ":", "az", "[", "i", "]", "+=", "2", "*", "np", ".", "pi", "if", "az", "[", "i", "]", ">", "2", "*", "np", ".", "pi", ":", "az", "[", "i", "]", "-=", "2", "*", "np", ".", "pi", "pl", "*=", "R2D", "az", "*=", "R2D", "T", "=", "PrincipalAxis", "(", "D", "[", "2", "]", ",", "az", "[", "2", "]", ",", "pl", "[", "2", "]", ")", "N", "=", "PrincipalAxis", "(", "D", "[", "1", "]", ",", "az", "[", "1", "]", ",", "pl", "[", "1", "]", ")", "P", "=", "PrincipalAxis", "(", "D", "[", "0", "]", ",", "az", "[", "0", "]", ",", "pl", "[", "0", "]", ")", "return", "(", "T", ",", "N", ",", "P", ")" ]

[ "Calculates", "the", "principal", "axes", "of", "a", "given", "moment", "tensor", "." ]

[ "def", "tapered_gutenberg_richter_cdf", "(", "moment", ",", "moment_threshold", ",", "beta", ",", "corner_moment", ")", ":", "cdf", "=", "np", ".", "exp", "(", "(", "moment_threshold", "-", "moment", ")", "/", "corner_moment", ")", "return", "(", "(", "moment", "/", "moment_threshold", ")", "**", "(", "-", "beta", ")", ")", "*", "cdf" ]

[ "Tapered", "Gutenberg", "Richter", "Cumulative", "Density", "Function" ]

[ "def", "tapered_gutenberg_richter_pdf", "(", "moment", ",", "moment_threshold", ",", "beta", ",", "corner_moment", ")", ":", "return", "(", "(", "beta", "/", "moment", "+", "1.", "/", "corner_moment", ")", "*", "tapered_gutenberg_richter_cdf", "(", "moment", ",", "moment_threshold", ",", "beta", ",", "corner_moment", ")", ")" ]

[ "Tapered", "Gutenberg", "-", "Richter", "Probability", "Density", "Function" ]

[ "def", "makedirs", "(", "path", ")", ":", "if", "os", ".", "path", ".", "exists", "(", "path", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "path", ")", ":", "# If it's not a directory, we can't do anything.", "# This is a problem", "raise", "RuntimeError", "(", "'%s already exists and is not a directory.'", "%", "path", ")", "else", ":", "os", ".", "makedirs", "(", "path", ")" ]

[ "Make", "all", "of", "the", "directories", "in", "the", "path", "using", "os", ".", "makedirs", "." ]

[ "def", "_get_observed_mmax", "(", "catalogue", ",", "config", ")", ":", "if", "config", "[", "'input_mmax'", "]", ":", "obsmax", "=", "config", "[", "'input_mmax'", "]", "if", "config", "[", "'input_mmax_uncertainty'", "]", ":", "return", "config", "[", "'input_mmax'", "]", ",", "config", "[", "'input_mmax_uncertainty'", "]", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Input mmax uncertainty must be specified!'", ")", "max_location", "=", "np", ".", "argmax", "(", "catalogue", "[", "'magnitude'", "]", ")", "obsmax", "=", "catalogue", "[", "'magnitude'", "]", "[", "max_location", "]", "cond", "=", "isinstance", "(", "catalogue", "[", "'sigmaMagnitude'", "]", ",", "np", ".", "ndarray", ")", "and", "len", "(", "catalogue", "[", "'sigmaMagnitude'", "]", ")", ">", "0", "and", "not", "np", ".", "all", "(", "np", ".", "isnan", "(", "catalogue", "[", "'sigmaMagnitude'", "]", ")", ")", "if", "cond", ":", "if", "not", "np", ".", "isnan", "(", "catalogue", "[", "'sigmaMagnitude'", "]", "[", "max_location", "]", ")", ":", "return", "obsmax", ",", "catalogue", "[", "'sigmaMagnitude'", "]", "[", "max_location", "]", "else", ":", "print", "(", "'Uncertainty not given on observed Mmax\\n'", "'Taking largest magnitude uncertainty found in catalogue'", ")", "return", "obsmax", ",", "np", ".", "nanmax", "(", "catalogue", "[", "'sigmaMagnitude'", "]", ")", "elif", "config", "[", "'input_mmax_uncertainty'", "]", ":", "return", "obsmax", ",", "config", "[", "'input_mmax_uncertainty'", "]", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Input mmax uncertainty must be specified!'", ")" ]

[ "Check", "see", "if", "observed", "mmax", "values", "are", "input", "if", "not", "then", "take", "from", "the", "catalogue" ]

[ "def", "_get_magnitude_vector_properties", "(", "catalogue", ",", "config", ")", ":", "mmin", "=", "config", ".", "get", "(", "'input_mmin'", ",", "np", ".", "min", "(", "catalogue", "[", "'magnitude'", "]", ")", ")", "neq", "=", "np", ".", "float", "(", "np", ".", "sum", "(", "catalogue", "[", "'magnitude'", "]", ">=", "mmin", "-", "1.E-7", ")", ")", "return", "neq", ",", "mmin" ]

[ "If", "an", "input", "minimum", "magnitude", "is", "given", "then", "consider", "catalogue", "only", "above", "the", "minimum", "magnitude", "-", "returns", "corresponding", "properties" ]

[ "def", "get_dip", "(", "self", ")", ":", "# uses the same approach as in simple fault surface", "if", "self", ".", "dip", "is", "None", ":", "mesh", "=", "self", ".", "mesh", "self", ".", "dip", ",", "self", ".", "strike", "=", "mesh", ".", "get_mean_inclination_and_azimuth", "(", ")", "return", "self", ".", "dip" ]

[ "Return", "the", "fault", "dip", "as", "the", "average", "dip", "over", "the", "mesh", "." ]

[ "def", "check_surface_validity", "(", "cls", ",", "edges", ")", ":", "# extract coordinates of surface boundary (as defined from edges)", "full_boundary", "=", "[", "]", "left_boundary", "=", "[", "]", "right_boundary", "=", "[", "]", "for", "i", "in", "range", "(", "1", ",", "len", "(", "edges", ")", "-", "1", ")", ":", "left_boundary", ".", "append", "(", "edges", "[", "i", "]", ".", "points", "[", "0", "]", ")", "right_boundary", ".", "append", "(", "edges", "[", "i", "]", ".", "points", "[", "-", "1", "]", ")", "full_boundary", ".", "extend", "(", "edges", "[", "0", "]", ".", "points", ")", "full_boundary", ".", "extend", "(", "right_boundary", ")", "full_boundary", ".", "extend", "(", "edges", "[", "-", "1", "]", ".", "points", "[", ":", ":", "-", "1", "]", ")", "full_boundary", ".", "extend", "(", "left_boundary", "[", ":", ":", "-", "1", "]", ")", "lons", "=", "[", "p", ".", "longitude", "for", "p", "in", "full_boundary", "]", "lats", "=", "[", "p", ".", "latitude", "for", "p", "in", "full_boundary", "]", "depths", "=", "[", "p", ".", "depth", "for", "p", "in", "full_boundary", "]", "# define reference plane. Corner points are separated by an arbitrary", "# distance of 10 km. The mesh spacing is set to 2 km. Both corner", "# distance and mesh spacing values do not affect the algorithm results.", "ul", "=", "edges", "[", "0", "]", ".", "points", "[", "0", "]", "strike", "=", "ul", ".", "azimuth", "(", "edges", "[", "0", "]", ".", "points", "[", "-", "1", "]", ")", "dist", "=", "10.", "ur", "=", "ul", ".", "point_at", "(", "dist", ",", "0", ",", "strike", ")", "bl", "=", "Point", "(", "ul", ".", "longitude", ",", "ul", ".", "latitude", ",", "ul", ".", "depth", "+", "dist", ")", "br", "=", "bl", ".", "point_at", "(", "dist", ",", "0", ",", "strike", ")", "# project surface boundary to reference plane and check for", "# validity.", "ref_plane", "=", "PlanarSurface", ".", "from_corner_points", "(", "ul", ",", "ur", ",", "br", ",", "bl", ")", "_", ",", "xx", ",", "yy", "=", "ref_plane", ".", "_project", "(", "spherical_to_cartesian", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", ")", ")", "coords", "=", "[", "(", "x", ",", "y", ")", "for", "x", ",", "y", "in", "zip", "(", "xx", ",", "yy", ")", "]", "p", "=", "shapely", ".", "geometry", ".", "Polygon", "(", "coords", ")", "if", "not", "p", ".", "is_valid", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Edges points are not in the right order'", ")" ]

[ "Check", "validity", "of", "the", "surface", "." ]

[ "def", "surface_projection_from_fault_data", "(", "cls", ",", "edges", ")", ":", "# collect lons and lats of all the vertices of all the edges", "lons", "=", "[", "]", "lats", "=", "[", "]", "for", "edge", "in", "edges", ":", "for", "point", "in", "edge", ":", "lons", ".", "append", "(", "point", ".", "longitude", ")", "lats", ".", "append", "(", "point", ".", "latitude", ")", "lons", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lons", ",", "dtype", "=", "float", ")", "lats", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lats", ",", "dtype", "=", "float", ")", "return", "Mesh", "(", "lons", ",", "lats", ",", "depths", "=", "None", ")", ".", "get_convex_hull", "(", ")" ]

[ "Get", "a", "surface", "projection", "of", "the", "complex", "fault", "surface", "." ]

[ "def", "check_time_event", "(", "oqparam", ",", "occupancy_periods", ")", ":", "time_event", "=", "oqparam", ".", "time_event", "if", "time_event", "and", "time_event", "not", "in", "occupancy_periods", ":", "raise", "ValueError", "(", "'time_event is %s in %s, but the exposure contains %s'", "%", "(", "time_event", ",", "oqparam", ".", "inputs", "[", "'job_ini'", "]", ",", "', '", ".", "join", "(", "occupancy_periods", ")", ")", ")" ]

[ "Check", "the", "time_event", "parameter", "in", "the", "datastore", "by", "comparing", "with", "the", "periods", "found", "in", "the", "exposure", "." ]

[ "def", "get_idxs", "(", "data", ",", "eid2idx", ")", ":", "uniq", ",", "inv", "=", "numpy", ".", "unique", "(", "data", "[", "'eid'", "]", ",", "return_inverse", "=", "True", ")", "idxs", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "eid2idx", "[", "eid", "]", "for", "eid", "in", "uniq", "]", ")", "[", "inv", "]", "return", "idxs" ]

[ "Convert", "from", "event", "IDs", "to", "event", "indices", "." ]

[ "def", "import_gmfs", "(", "dstore", ",", "fname", ",", "sids", ")", ":", "array", "=", "writers", ".", "read_composite_array", "(", "fname", ")", ".", "array", "# has header rlzi, sid, eid, gmv_PGA, ...", "imts", "=", "[", "name", "[", "4", ":", "]", "for", "name", "in", "array", ".", "dtype", ".", "names", "[", "3", ":", "]", "]", "n_imts", "=", "len", "(", "imts", ")", "gmf_data_dt", "=", "numpy", ".", "dtype", "(", "[", "(", "'rlzi'", ",", "U16", ")", ",", "(", "'sid'", ",", "U32", ")", ",", "(", "'eid'", ",", "U64", ")", ",", "(", "'gmv'", ",", "(", "F32", ",", "(", "n_imts", ",", ")", ")", ")", "]", ")", "# store the events", "eids", "=", "numpy", ".", "unique", "(", "array", "[", "'eid'", "]", ")", "eids", ".", "sort", "(", ")", "E", "=", "len", "(", "eids", ")", "eid2idx", "=", "dict", "(", "zip", "(", "eids", ",", "range", "(", "E", ")", ")", ")", "events", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "E", ",", "rupture", ".", "events_dt", ")", "events", "[", "'eid'", "]", "=", "eids", "dstore", "[", "'events'", "]", "=", "events", "# store the GMFs", "dic", "=", "general", ".", "group_array", "(", "array", ".", "view", "(", "gmf_data_dt", ")", ",", "'sid'", ")", "lst", "=", "[", "]", "offset", "=", "0", "for", "sid", "in", "sids", ":", "n", "=", "len", "(", "dic", ".", "get", "(", "sid", ",", "[", "]", ")", ")", "lst", ".", "append", "(", "(", "offset", ",", "offset", "+", "n", ")", ")", "if", "n", ":", "offset", "+=", "n", "gmvs", "=", "dic", "[", "sid", "]", "gmvs", "[", "'eid'", "]", "=", "get_idxs", "(", "gmvs", ",", "eid2idx", ")", "gmvs", "[", "'rlzi'", "]", "=", "0", "# effectively there is only 1 realization", "dstore", ".", "extend", "(", "'gmf_data/data'", ",", "gmvs", ")", "dstore", "[", "'gmf_data/indices'", "]", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lst", ",", "U32", ")", "dstore", "[", "'gmf_data/imts'", "]", "=", "' '", ".", "join", "(", "imts", ")", "sig_eps_dt", "=", "[", "(", "'eid'", ",", "U64", ")", ",", "(", "'sig'", ",", "(", "F32", ",", "n_imts", ")", ")", ",", "(", "'eps'", ",", "(", "F32", ",", "n_imts", ")", ")", "]", "dstore", "[", "'gmf_data/sigma_epsilon'", "]", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "0", ",", "sig_eps_dt", ")", "dstore", "[", "'weights'", "]", "=", "numpy", ".", "ones", "(", "(", "1", ",", "n_imts", ")", ")", "return", "eids" ]

[ "Import", "in", "the", "datastore", "a", "ground", "motion", "field", "CSV", "file", "." ]

[ "def", "save_params", "(", "self", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "if", "(", "'hazard_calculation_id'", "in", "kw", "and", "kw", "[", "'hazard_calculation_id'", "]", "is", "None", ")", ":", "del", "kw", "[", "'hazard_calculation_id'", "]", "vars", "(", "self", ".", "oqparam", ")", ".", "update", "(", "*", "*", "kw", ")", "self", ".", "datastore", "[", "'oqparam'", "]", "=", "self", ".", "oqparam", "# save the updated oqparam", "attrs", "=", "self", ".", "datastore", "[", "'/'", "]", ".", "attrs", "attrs", "[", "'engine_version'", "]", "=", "engine_version", "attrs", "[", "'date'", "]", "=", "datetime", ".", "now", "(", ")", ".", "isoformat", "(", ")", "[", ":", "19", "]", "if", "'checksum32'", "not", "in", "attrs", ":", "attrs", "[", "'checksum32'", "]", "=", "readinput", ".", "get_checksum32", "(", "self", ".", "oqparam", ")", "self", ".", "datastore", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Update", "the", "current", "calculation", "parameters", "and", "save", "engine_version" ]

[ "def", "run", "(", "self", ",", "pre_execute", "=", "True", ",", "concurrent_tasks", "=", "None", ",", "close", "=", "True", ",", "*", "*", "kw", ")", ":", "with", "self", ".", "_monitor", ":", "self", ".", "_monitor", ".", "username", "=", "kw", ".", "get", "(", "'username'", ",", "''", ")", "self", ".", "_monitor", ".", "hdf5", "=", "self", ".", "datastore", ".", "hdf5", "if", "concurrent_tasks", "is", "None", ":", "# use the job.ini parameter", "ct", "=", "self", ".", "oqparam", ".", "concurrent_tasks", "else", ":", "# used the parameter passed in the command-line", "ct", "=", "concurrent_tasks", "if", "ct", "==", "0", ":", "# disable distribution temporarily", "oq_distribute", "=", "os", ".", "environ", ".", "get", "(", "'OQ_DISTRIBUTE'", ")", "os", ".", "environ", "[", "'OQ_DISTRIBUTE'", "]", "=", "'no'", "if", "ct", "!=", "self", ".", "oqparam", ".", "concurrent_tasks", ":", "# save the used concurrent_tasks", "self", ".", "oqparam", ".", "concurrent_tasks", "=", "ct", "self", ".", "save_params", "(", "*", "*", "kw", ")", "try", ":", "if", "pre_execute", ":", "self", ".", "pre_execute", "(", ")", "self", ".", "result", "=", "self", ".", "execute", "(", ")", "if", "self", ".", "result", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "post_execute", "(", "self", ".", "result", ")", "self", ".", "before_export", "(", ")", "self", ".", "export", "(", "kw", ".", "get", "(", "'exports'", ",", "''", ")", ")", "except", "Exception", ":", "if", "kw", ".", "get", "(", "'pdb'", ")", ":", "# post-mortem debug", "tb", "=", "sys", ".", "exc_info", "(", ")", "[", "2", "]", "traceback", ".", "print_tb", "(", "tb", ")", "pdb", ".", "post_mortem", "(", "tb", ")", "else", ":", "logging", ".", "critical", "(", "''", ",", "exc_info", "=", "True", ")", "raise", "finally", ":", "# cleanup globals", "if", "ct", "==", "0", ":", "# restore OQ_DISTRIBUTE", "if", "oq_distribute", "is", "None", ":", "# was not set", "del", "os", ".", "environ", "[", "'OQ_DISTRIBUTE'", "]", "else", ":", "os", ".", "environ", "[", "'OQ_DISTRIBUTE'", "]", "=", "oq_distribute", "readinput", ".", "pmap", "=", "None", "readinput", ".", "exposure", "=", "None", "readinput", ".", "gmfs", "=", "None", "readinput", ".", "eids", "=", "None", "self", ".", "_monitor", ".", "flush", "(", ")", "if", "close", ":", "# in the engine we close later", "self", ".", "result", "=", "None", "try", ":", "self", ".", "datastore", ".", "close", "(", ")", "except", "(", "RuntimeError", ",", "ValueError", ")", ":", "# sometimes produces errors but they are difficult to", "# reproduce", "logging", ".", "warning", "(", "''", ",", "exc_info", "=", "True", ")", "return", "getattr", "(", "self", ",", "'exported'", ",", "{", "}", ")" ]

[ "Run", "the", "calculation", "and", "return", "the", "exported", "outputs", "." ]

[ "def", "export", "(", "self", ",", "exports", "=", "None", ")", ":", "self", ".", "exported", "=", "getattr", "(", "self", ".", "precalc", ",", "'exported'", ",", "{", "}", ")", "if", "isinstance", "(", "exports", ",", "tuple", ")", ":", "fmts", "=", "exports", "elif", "exports", ":", "# is a string", "fmts", "=", "exports", ".", "split", "(", "','", ")", "elif", "isinstance", "(", "self", ".", "oqparam", ".", "exports", ",", "tuple", ")", ":", "fmts", "=", "self", ".", "oqparam", ".", "exports", "else", ":", "# is a string", "fmts", "=", "self", ".", "oqparam", ".", "exports", ".", "split", "(", "','", ")", "keys", "=", "set", "(", "self", ".", "datastore", ")", "has_hcurves", "=", "(", "'hcurves-stats'", "in", "self", ".", "datastore", "or", "'hcurves-rlzs'", "in", "self", ".", "datastore", ")", "if", "has_hcurves", ":", "keys", ".", "add", "(", "'hcurves'", ")", "for", "fmt", "in", "fmts", ":", "if", "not", "fmt", ":", "continue", "for", "key", "in", "sorted", "(", "keys", ")", ":", "# top level keys", "if", "'rlzs'", "in", "key", "and", "self", ".", "R", ">", "1", ":", "continue", "# skip individual curves", "self", ".", "_export", "(", "(", "key", ",", "fmt", ")", ")", "if", "has_hcurves", "and", "self", ".", "oqparam", ".", "hazard_maps", ":", "self", ".", "_export", "(", "(", "'hmaps'", ",", "fmt", ")", ")", "if", "has_hcurves", "and", "self", ".", "oqparam", ".", "uniform_hazard_spectra", ":", "self", ".", "_export", "(", "(", "'uhs'", ",", "fmt", ")", ")" ]

[ "Export", "all", "the", "outputs", "in", "the", "datastore", "in", "the", "given", "export", "formats", ".", "Individual", "outputs", "are", "not", "exported", "if", "there", "are", "multiple", "realizations", "." ]

[ "def", "before_export", "(", "self", ")", ":", "# sanity check that eff_ruptures have been set, i.e. are not -1", "try", ":", "csm_info", "=", "self", ".", "datastore", "[", "'csm_info'", "]", "except", "KeyError", ":", "csm_info", "=", "self", ".", "datastore", "[", "'csm_info'", "]", "=", "self", ".", "csm", ".", "info", "for", "sm", "in", "csm_info", ".", "source_models", ":", "for", "sg", "in", "sm", ".", "src_groups", ":", "assert", "sg", ".", "eff_ruptures", "!=", "-", "1", ",", "sg", "for", "key", "in", "self", ".", "datastore", ":", "self", ".", "datastore", ".", "set_nbytes", "(", "key", ")", "self", ".", "datastore", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Set", "the", "attributes", "nbytes" ]

[ "def", "read_inputs", "(", "self", ")", ":", "oq", "=", "self", ".", "oqparam", "self", ".", "_read_risk_data", "(", ")", "self", ".", "check_overflow", "(", ")", "# check if self.sitecol is too large", "if", "(", "'source_model_logic_tree'", "in", "oq", ".", "inputs", "and", "oq", ".", "hazard_calculation_id", "is", "None", ")", ":", "self", ".", "csm", "=", "readinput", ".", "get_composite_source_model", "(", "oq", ",", "self", ".", "monitor", "(", ")", ",", "srcfilter", "=", "self", ".", "src_filter", ")", "self", ".", "init", "(", ")" ]

[ "Read", "risk", "data", "and", "sources", "if", "any" ]

[ "def", "pre_execute", "(", "self", ")", ":", "oq", "=", "self", ".", "oqparam", "if", "'gmfs'", "in", "oq", ".", "inputs", "or", "'multi_peril'", "in", "oq", ".", "inputs", ":", "# read hazard from files", "assert", "not", "oq", ".", "hazard_calculation_id", ",", "(", "'You cannot use --hc together with gmfs_file'", ")", "self", ".", "read_inputs", "(", ")", "if", "'gmfs'", "in", "oq", ".", "inputs", ":", "save_gmfs", "(", "self", ")", "else", ":", "self", ".", "save_multi_peril", "(", ")", "elif", "'hazard_curves'", "in", "oq", ".", "inputs", ":", "# read hazard from file", "assert", "not", "oq", ".", "hazard_calculation_id", ",", "(", "'You cannot use --hc together with hazard_curves'", ")", "haz_sitecol", "=", "readinput", ".", "get_site_collection", "(", "oq", ")", "# NB: horrible: get_site_collection calls get_pmap_from_nrml", "# that sets oq.investigation_time, so it must be called first", "self", ".", "load_riskmodel", "(", ")", "# must be after get_site_collection", "self", ".", "read_exposure", "(", "haz_sitecol", ")", "# define .assets_by_site", "self", ".", "datastore", "[", "'poes/grp-00'", "]", "=", "fix_ones", "(", "readinput", ".", "pmap", ")", "self", ".", "datastore", "[", "'sitecol'", "]", "=", "self", ".", "sitecol", "self", ".", "datastore", "[", "'assetcol'", "]", "=", "self", ".", "assetcol", "self", ".", "datastore", "[", "'csm_info'", "]", "=", "fake", "=", "source", ".", "CompositionInfo", ".", "fake", "(", ")", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "fake", ".", "get_rlzs_assoc", "(", ")", "elif", "oq", ".", "hazard_calculation_id", ":", "parent", "=", "util", ".", "read", "(", "oq", ".", "hazard_calculation_id", ")", "self", ".", "check_precalc", "(", "parent", "[", "'oqparam'", "]", ".", "calculation_mode", ")", "self", ".", "datastore", ".", "parent", "=", "parent", "# copy missing parameters from the parent", "params", "=", "{", "name", ":", "value", "for", "name", ",", "value", "in", "vars", "(", "parent", "[", "'oqparam'", "]", ")", ".", "items", "(", ")", "if", "name", "not", "in", "vars", "(", "self", ".", "oqparam", ")", "}", "self", ".", "save_params", "(", "*", "*", "params", ")", "self", ".", "read_inputs", "(", ")", "oqp", "=", "parent", "[", "'oqparam'", "]", "if", "oqp", ".", "investigation_time", "!=", "oq", ".", "investigation_time", ":", "raise", "ValueError", "(", "'The parent calculation was using investigation_time=%s'", "' != %s'", "%", "(", "oqp", ".", "investigation_time", ",", "oq", ".", "investigation_time", ")", ")", "if", "oqp", ".", "minimum_intensity", "!=", "oq", ".", "minimum_intensity", ":", "raise", "ValueError", "(", "'The parent calculation was using minimum_intensity=%s'", "' != %s'", "%", "(", "oqp", ".", "minimum_intensity", ",", "oq", ".", "minimum_intensity", ")", ")", "missing_imts", "=", "set", "(", "oq", ".", "risk_imtls", ")", "-", "set", "(", "oqp", ".", "imtls", ")", "if", "missing_imts", ":", "raise", "ValueError", "(", "'The parent calculation is missing the IMT(s) %s'", "%", "', '", ".", "join", "(", "missing_imts", ")", ")", "elif", "self", ".", "__class__", ".", "precalc", ":", "calc", "=", "calculators", "[", "self", ".", "__class__", ".", "precalc", "]", "(", "self", ".", "oqparam", ",", "self", ".", "datastore", ".", "calc_id", ")", "calc", ".", "run", "(", ")", "self", ".", "param", "=", "calc", ".", "param", "self", ".", "sitecol", "=", "calc", ".", "sitecol", "self", ".", "assetcol", "=", "calc", ".", "assetcol", "self", ".", "riskmodel", "=", "calc", ".", "riskmodel", "if", "hasattr", "(", "calc", ",", "'rlzs_assoc'", ")", ":", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "calc", ".", "rlzs_assoc", "else", ":", "# this happens for instance for a scenario_damage without", "# rupture, gmfs, multi_peril", "raise", "InvalidFile", "(", "'%(job_ini)s: missing gmfs_csv, multi_peril_csv'", "%", "oq", ".", "inputs", ")", "if", "hasattr", "(", "calc", ",", "'csm'", ")", ":", "# no scenario", "self", ".", "csm", "=", "calc", ".", "csm", "else", ":", "self", ".", "read_inputs", "(", ")", "if", "self", ".", "riskmodel", ":", "self", ".", "save_riskmodel", "(", ")" ]

[ "Check", "if", "there", "is", "a", "previous", "calculation", "ID", ".", "If", "yes", "read", "the", "inputs", "by", "retrieving", "the", "previous", "calculation", ";", "if", "not", "read", "the", "inputs", "directly", "." ]

[ "def", "init", "(", "self", ")", ":", "oq", "=", "self", ".", "oqparam", "if", "not", "oq", ".", "risk_imtls", ":", "if", "self", ".", "datastore", ".", "parent", ":", "oq", ".", "risk_imtls", "=", "(", "self", ".", "datastore", ".", "parent", "[", "'oqparam'", "]", ".", "risk_imtls", ")", "if", "'precalc'", "in", "vars", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "self", ".", "precalc", ".", "rlzs_assoc", "elif", "'csm_info'", "in", "self", ".", "datastore", ":", "csm_info", "=", "self", ".", "datastore", "[", "'csm_info'", "]", "if", "oq", ".", "hazard_calculation_id", "and", "'gsim_logic_tree'", "in", "oq", ".", "inputs", ":", "# redefine the realizations by reading the weights from the", "# gsim_logic_tree_file that could be different from the parent", "csm_info", ".", "gsim_lt", "=", "logictree", ".", "GsimLogicTree", "(", "oq", ".", "inputs", "[", "'gsim_logic_tree'", "]", ",", "set", "(", "csm_info", ".", "trts", ")", ")", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "csm_info", ".", "get_rlzs_assoc", "(", ")", "elif", "hasattr", "(", "self", ",", "'csm'", ")", ":", "self", ".", "check_floating_spinning", "(", ")", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "self", ".", "csm", ".", "info", ".", "get_rlzs_assoc", "(", ")", "else", ":", "# build a fake; used by risk-from-file calculators", "self", ".", "datastore", "[", "'csm_info'", "]", "=", "fake", "=", "source", ".", "CompositionInfo", ".", "fake", "(", ")", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "fake", ".", "get_rlzs_assoc", "(", ")" ]

[ "To", "be", "overridden", "to", "initialize", "the", "datasets", "needed", "by", "the", "calculation" ]

[ "def", "read_exposure", "(", "self", ",", "haz_sitecol", "=", "None", ")", ":", "# after load_risk_model", "with", "self", ".", "monitor", "(", "'reading exposure'", ",", "autoflush", "=", "True", ")", ":", "self", ".", "sitecol", ",", "self", ".", "assetcol", ",", "discarded", "=", "(", "readinput", ".", "get_sitecol_assetcol", "(", "self", ".", "oqparam", ",", "haz_sitecol", ",", "self", ".", "riskmodel", ".", "loss_types", ")", ")", "if", "len", "(", "discarded", ")", ":", "self", ".", "datastore", "[", "'discarded'", "]", "=", "discarded", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'rup'", ")", ":", "# this is normal for the case of scenario from rupture", "logging", ".", "info", "(", "'%d assets were discarded because too far '", "'from the rupture; use `oq show discarded` '", "'to show them and `oq plot_assets` to plot '", "'them'", "%", "len", "(", "discarded", ")", ")", "elif", "not", "self", ".", "oqparam", ".", "discard_assets", ":", "# raise an error", "self", ".", "datastore", "[", "'sitecol'", "]", "=", "self", ".", "sitecol", "self", ".", "datastore", "[", "'assetcol'", "]", "=", "self", ".", "assetcol", "raise", "RuntimeError", "(", "'%d assets were discarded; use `oq show discarded` to'", "' show them and `oq plot_assets` to plot them'", "%", "len", "(", "discarded", ")", ")", "# reduce the riskmodel to the relevant taxonomies", "taxonomies", "=", "set", "(", "taxo", "for", "taxo", "in", "self", ".", "assetcol", ".", "tagcol", ".", "taxonomy", "if", "taxo", "!=", "'?'", ")", "if", "len", "(", "self", ".", "riskmodel", ".", "taxonomies", ")", ">", "len", "(", "taxonomies", ")", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Reducing risk model from %d to %d taxonomies'", ",", "len", "(", "self", ".", "riskmodel", ".", "taxonomies", ")", ",", "len", "(", "taxonomies", ")", ")", "self", ".", "riskmodel", "=", "self", ".", "riskmodel", ".", "reduce", "(", "taxonomies", ")", "return", "readinput", ".", "exposure" ]

[ "Read", "the", "exposure", "the", "riskmodel", "and", "update", "the", "attributes", ".", "sitecol", ".", "assetcol" ]

[ "def", "save_riskmodel", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "datastore", "[", "'risk_model'", "]", "=", "rm", "=", "self", ".", "riskmodel", "self", ".", "datastore", "[", "'taxonomy_mapping'", "]", "=", "self", ".", "riskmodel", ".", "tmap", "attrs", "=", "self", ".", "datastore", ".", "getitem", "(", "'risk_model'", ")", ".", "attrs", "attrs", "[", "'min_iml'", "]", "=", "hdf5", ".", "array_of_vstr", "(", "sorted", "(", "rm", ".", "min_iml", ".", "items", "(", ")", ")", ")", "self", ".", "datastore", ".", "set_nbytes", "(", "'risk_model'", ")" ]

[ "Save", "the", "risk", "models", "in", "the", "datastore" ]

[ "def", "store_rlz_info", "(", "self", ",", "eff_ruptures", "=", "None", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'csm'", ")", ":", "# no scenario", "self", ".", "csm", ".", "info", ".", "update_eff_ruptures", "(", "eff_ruptures", ")", "self", ".", "rlzs_assoc", "=", "self", ".", "csm", ".", "info", ".", "get_rlzs_assoc", "(", "self", ".", "oqparam", ".", "sm_lt_path", ")", "if", "not", "self", ".", "rlzs_assoc", ":", "raise", "RuntimeError", "(", "'Empty logic tree: too much filtering?'", ")", "self", ".", "datastore", "[", "'csm_info'", "]", "=", "self", ".", "csm", ".", "info", "R", "=", "len", "(", "self", ".", "rlzs_assoc", ".", "realizations", ")", "logging", ".", "info", "(", "'There are %d realization(s)'", ",", "R", ")", "if", "self", ".", "oqparam", ".", "imtls", ":", "self", ".", "datastore", "[", "'weights'", "]", "=", "arr", "=", "build_weights", "(", "self", ".", "rlzs_assoc", ".", "realizations", ",", "self", ".", "oqparam", ".", "imt_dt", "(", ")", ")", "self", ".", "datastore", ".", "set_attrs", "(", "'weights'", ",", "nbytes", "=", "arr", ".", "nbytes", ")", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "'hdf5cache'", ")", ":", "# no scenario", "with", "hdf5", ".", "File", "(", "self", ".", "hdf5cache", ",", "'r+'", ")", "as", "cache", ":", "cache", "[", "'weights'", "]", "=", "arr", "if", "'event_based'", "in", "self", ".", "oqparam", ".", "calculation_mode", "and", "R", ">=", "TWO16", ":", "# rlzi is 16 bit integer in the GMFs, so there is hard limit or R", "raise", "ValueError", "(", "'The logic tree has %d realizations, the maximum '", "'is %d'", "%", "(", "R", ",", "TWO16", ")", ")", "elif", "R", ">", "10000", ":", "logging", ".", "warning", "(", "'The logic tree has %d realizations(!), please consider '", "'sampling it'", ",", "R", ")", "self", ".", "datastore", ".", "flush", "(", ")" ]

[ "Save", "info", "about", "the", "composite", "source", "model", "inside", "the", "csm_info", "dataset" ]

[ "def", "read_shakemap", "(", "self", ",", "haz_sitecol", ",", "assetcol", ")", ":", "oq", "=", "self", ".", "oqparam", "E", "=", "oq", ".", "number_of_ground_motion_fields", "oq", ".", "risk_imtls", "=", "oq", ".", "imtls", "or", "self", ".", "datastore", ".", "parent", "[", "'oqparam'", "]", ".", "imtls", "extra", "=", "self", ".", "riskmodel", ".", "get_extra_imts", "(", "oq", ".", "risk_imtls", ")", "if", "extra", ":", "logging", ".", "warning", "(", "'There are risk functions for not available IMTs '", "'which will be ignored: %s'", "%", "extra", ")", "logging", ".", "info", "(", "'Getting/reducing shakemap'", ")", "with", "self", ".", "monitor", "(", "'getting/reducing shakemap'", ")", ":", "smap", "=", "oq", ".", "shakemap_id", "if", "oq", ".", "shakemap_id", "else", "numpy", ".", "load", "(", "oq", ".", "inputs", "[", "'shakemap'", "]", ")", "sitecol", ",", "shakemap", ",", "discarded", "=", "get_sitecol_shakemap", "(", "smap", ",", "oq", ".", "imtls", ",", "haz_sitecol", ",", "oq", ".", "asset_hazard_distance", "[", "'default'", "]", ",", "oq", ".", "discard_assets", ")", "if", "len", "(", "discarded", ")", ":", "self", ".", "datastore", "[", "'discarded'", "]", "=", "discarded", "assetcol", "=", "assetcol", ".", "reduce_also", "(", "sitecol", ")", "logging", ".", "info", "(", "'Building GMFs'", ")", "with", "self", ".", "monitor", "(", "'building/saving GMFs'", ")", ":", "imts", ",", "gmfs", "=", "to_gmfs", "(", "shakemap", ",", "oq", ".", "spatial_correlation", ",", "oq", ".", "cross_correlation", ",", "oq", ".", "site_effects", ",", "oq", ".", "truncation_level", ",", "E", ",", "oq", ".", "random_seed", ",", "oq", ".", "imtls", ")", "save_gmf_data", "(", "self", ".", "datastore", ",", "sitecol", ",", "gmfs", ",", "imts", ")", "return", "sitecol", ",", "assetcol" ]

[ "Enabled", "only", "if", "there", "is", "a", "shakemap_id", "parameter", "in", "the", "job", ".", "ini", ".", "Download", "unzip", "parse", "USGS", "shakemap", "files", "and", "build", "a", "corresponding", "set", "of", "GMFs", "which", "are", "then", "filtered", "with", "the", "hazard", "site", "collection", "and", "stored", "in", "the", "datastore", "." ]

[ "def", "bind", "(", "end_point", ",", "socket_type", ")", ":", "sock", "=", "context", ".", "socket", "(", "socket_type", ")", "try", ":", "sock", ".", "bind", "(", "end_point", ")", "except", "zmq", ".", "error", ".", "ZMQError", "as", "exc", ":", "sock", ".", "close", "(", ")", "raise", "exc", ".", "__class__", "(", "'%s: %s'", "%", "(", "exc", ",", "end_point", ")", ")", "return", "sock" ]

[ "Bind", "to", "a", "zmq", "URL", ";", "raise", "a", "proper", "error", "if", "the", "URL", "is", "invalid", ";", "return", "a", "zmq", "socket", "." ]

[ "def", "send", "(", "self", ",", "obj", ")", ":", "self", ".", "zsocket", ".", "send_pyobj", "(", "obj", ")", "self", ".", "num_sent", "+=", "1", "if", "self", ".", "socket_type", "==", "zmq", ".", "REQ", ":", "return", "self", ".", "zsocket", ".", "recv_pyobj", "(", ")" ]

[ "Send", "an", "object", "to", "the", "remote", "server", ";", "block", "and", "return", "the", "reply", "if", "the", "socket", "type", "is", "REQ", "." ]

[ "def", "angular_distance", "(", "km", ",", "lat", ",", "lat2", "=", "None", ")", ":", "if", "lat2", "is", "not", "None", ":", "# use the largest latitude to compute the angular distance", "lat", "=", "max", "(", "abs", "(", "lat", ")", ",", "abs", "(", "lat2", ")", ")", "return", "km", "*", "KM_TO_DEGREES", "/", "math", ".", "cos", "(", "lat", "*", "DEGREES_TO_RAD", ")" ]

[ "Return", "the", "angular", "distance", "of", "two", "points", "at", "the", "given", "latitude", "." ]

[ "def", "assoc", "(", "objects", ",", "sitecol", ",", "assoc_dist", ",", "mode", ",", "asset_refs", "=", "(", ")", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "objects", ",", "numpy", ".", "ndarray", ")", "or", "hasattr", "(", "objects", ",", "'lons'", ")", ":", "# objects is a geo array with lon, lat fields or a mesh-like instance", "return", "_GeographicObjects", "(", "objects", ")", ".", "assoc", "(", "sitecol", ",", "assoc_dist", ",", "mode", ")", "else", ":", "# objects is the list assets_by_site", "return", "_GeographicObjects", "(", "sitecol", ")", ".", "assoc2", "(", "objects", ",", "assoc_dist", ",", "mode", ",", "asset_refs", ")" ]

[ "Associate", "geographic", "objects", "to", "a", "site", "collection", "." ]

[ "def", "line_intersects_itself", "(", "lons", ",", "lats", ",", "closed_shape", "=", "False", ")", ":", "assert", "len", "(", "lons", ")", "==", "len", "(", "lats", ")", "if", "len", "(", "lons", ")", "<=", "3", ":", "# line can not intersect itself unless there are", "# at least four points", "return", "False", "west", ",", "east", ",", "north", ",", "south", "=", "get_spherical_bounding_box", "(", "lons", ",", "lats", ")", "proj", "=", "OrthographicProjection", "(", "west", ",", "east", ",", "north", ",", "south", ")", "xx", ",", "yy", "=", "proj", "(", "lons", ",", "lats", ")", "if", "not", "shapely", ".", "geometry", ".", "LineString", "(", "list", "(", "zip", "(", "xx", ",", "yy", ")", ")", ")", ".", "is_simple", ":", "return", "True", "if", "closed_shape", ":", "xx", ",", "yy", "=", "proj", "(", "numpy", ".", "roll", "(", "lons", ",", "1", ")", ",", "numpy", ".", "roll", "(", "lats", ",", "1", ")", ")", "if", "not", "shapely", ".", "geometry", ".", "LineString", "(", "list", "(", "zip", "(", "xx", ",", "yy", ")", ")", ")", ".", "is_simple", ":", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Return", "True", "if", "line", "of", "points", "intersects", "itself", ".", "Line", "with", "the", "last", "point", "repeating", "the", "first", "one", "considered", "intersecting", "itself", "." ]

[ "def", "get_bounding_box", "(", "obj", ",", "maxdist", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "obj", ",", "'get_bounding_box'", ")", ":", "return", "obj", ".", "get_bounding_box", "(", "maxdist", ")", "elif", "hasattr", "(", "obj", ",", "'polygon'", ")", ":", "bbox", "=", "obj", ".", "polygon", ".", "get_bbox", "(", ")", "else", ":", "if", "isinstance", "(", "obj", ",", "list", ")", ":", "# a list of locations", "lons", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "loc", ".", "longitude", "for", "loc", "in", "obj", "]", ")", "lats", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "loc", ".", "latitude", "for", "loc", "in", "obj", "]", ")", "else", ":", "# assume an array with fields lon, lat", "lons", ",", "lats", "=", "obj", "[", "'lon'", "]", ",", "obj", "[", "'lat'", "]", "min_lon", ",", "max_lon", "=", "lons", ".", "min", "(", ")", ",", "lons", ".", "max", "(", ")", "if", "cross_idl", "(", "min_lon", ",", "max_lon", ")", ":", "lons", "%=", "360", "bbox", "=", "lons", ".", "min", "(", ")", ",", "lats", ".", "min", "(", ")", ",", "lons", ".", "max", "(", ")", ",", "lats", ".", "max", "(", ")", "a1", "=", "min", "(", "maxdist", "*", "KM_TO_DEGREES", ",", "90", ")", "a2", "=", "min", "(", "angular_distance", "(", "maxdist", ",", "bbox", "[", "1", "]", ",", "bbox", "[", "3", "]", ")", ",", "180", ")", "return", "bbox", "[", "0", "]", "-", "a2", ",", "bbox", "[", "1", "]", "-", "a1", ",", "bbox", "[", "2", "]", "+", "a2", ",", "bbox", "[", "3", "]", "+", "a1" ]

[ "Return", "the", "dilated", "bounding", "box", "of", "a", "geometric", "object", "." ]

[ "def", "get_spherical_bounding_box", "(", "lons", ",", "lats", ")", ":", "north", ",", "south", "=", "numpy", ".", "max", "(", "lats", ")", ",", "numpy", ".", "min", "(", "lats", ")", "west", ",", "east", "=", "numpy", ".", "min", "(", "lons", ")", ",", "numpy", ".", "max", "(", "lons", ")", "assert", "(", "-", "180", "<=", "west", "<=", "180", ")", "and", "(", "-", "180", "<=", "east", "<=", "180", ")", ",", "(", "west", ",", "east", ")", "if", "get_longitudinal_extent", "(", "west", ",", "east", ")", "<", "0", ":", "# points are lying on both sides of the international date line", "# (meridian 180). the actual west longitude is the lowest positive", "# longitude and east one is the highest negative.", "if", "hasattr", "(", "lons", ",", "'flatten'", ")", ":", "# fixes test_surface_crossing_international_date_line", "lons", "=", "lons", ".", "flatten", "(", ")", "west", "=", "min", "(", "lon", "for", "lon", "in", "lons", "if", "lon", ">", "0", ")", "east", "=", "max", "(", "lon", "for", "lon", "in", "lons", "if", "lon", "<", "0", ")", "if", "not", "all", "(", "(", "get_longitudinal_extent", "(", "west", ",", "lon", ")", ">=", "0", "and", "get_longitudinal_extent", "(", "lon", ",", "east", ")", ">=", "0", ")", "for", "lon", "in", "lons", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'points collection has longitudinal extent '", "'wider than 180 deg'", ")", "return", "SphericalBB", "(", "west", ",", "east", ",", "north", ",", "south", ")" ]

[ "Given", "a", "collection", "of", "points", "find", "and", "return", "the", "bounding", "box", "as", "a", "pair", "of", "longitudes", "and", "a", "pair", "of", "latitudes", "." ]

[ "def", "get_middle_point", "(", "lon1", ",", "lat1", ",", "lon2", ",", "lat2", ")", ":", "if", "lon1", "==", "lon2", "and", "lat1", "==", "lat2", ":", "return", "lon1", ",", "lat1", "dist", "=", "geodetic", ".", "geodetic_distance", "(", "lon1", ",", "lat1", ",", "lon2", ",", "lat2", ")", "azimuth", "=", "geodetic", ".", "azimuth", "(", "lon1", ",", "lat1", ",", "lon2", ",", "lat2", ")", "return", "geodetic", ".", "point_at", "(", "lon1", ",", "lat1", ",", "azimuth", ",", "dist", "/", "2.0", ")" ]

[ "Given", "two", "points", "return", "the", "point", "exactly", "in", "the", "middle", "lying", "on", "the", "same", "great", "circle", "arc", "." ]

[ "def", "cartesian_to_spherical", "(", "vectors", ")", ":", "rr", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "vectors", "*", "vectors", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "xx", ",", "yy", ",", "zz", "=", "vectors", ".", "T", "lats", "=", "numpy", ".", "degrees", "(", "numpy", ".", "arcsin", "(", "(", "zz", "/", "rr", ")", ".", "clip", "(", "-", "1.", ",", "1.", ")", ")", ")", "lons", "=", "numpy", ".", "degrees", "(", "numpy", ".", "arctan2", "(", "yy", ",", "xx", ")", ")", "depths", "=", "EARTH_RADIUS", "-", "rr", "return", "lons", ".", "T", ",", "lats", ".", "T", ",", "depths" ]

[ "Return", "the", "spherical", "coordinates", "for", "coordinates", "in", "Cartesian", "space", "." ]

[ "def", "triangle_area", "(", "e1", ",", "e2", ",", "e3", ")", ":", "# calculating edges length", "e1_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "e1", "*", "e1", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "e2_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "e2", "*", "e2", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "e3_length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "numpy", ".", "sum", "(", "e3", "*", "e3", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", ")", "# calculating half perimeter", "s", "=", "(", "e1_length", "+", "e2_length", "+", "e3_length", ")", "/", "2.0", "# applying Heron's formula", "return", "numpy", ".", "sqrt", "(", "s", "*", "(", "s", "-", "e1_length", ")", "*", "(", "s", "-", "e2_length", ")", "*", "(", "s", "-", "e3_length", ")", ")" ]

[ "Get", "the", "area", "of", "triangle", "formed", "by", "three", "vectors", "." ]

[ "def", "normalized", "(", "vector", ")", ":", "length", "=", "numpy", ".", "sum", "(", "vector", "*", "vector", ",", "axis", "=", "-", "1", ")", "length", "=", "numpy", ".", "sqrt", "(", "length", ".", "reshape", "(", "length", ".", "shape", "+", "(", "1", ",", ")", ")", ")", "return", "vector", "/", "length" ]

[ "Get", "unit", "vector", "for", "a", "given", "one", "." ]

[ "def", "point_to_polygon_distance", "(", "polygon", ",", "pxx", ",", "pyy", ")", ":", "pxx", "=", "numpy", ".", "array", "(", "pxx", ")", "pyy", "=", "numpy", ".", "array", "(", "pyy", ")", "assert", "pxx", ".", "shape", "==", "pyy", ".", "shape", "if", "pxx", ".", "ndim", "==", "0", ":", "pxx", "=", "pxx", ".", "reshape", "(", "(", "1", ",", ")", ")", "pyy", "=", "pyy", ".", "reshape", "(", "(", "1", ",", ")", ")", "result", "=", "numpy", ".", "array", "(", "[", "polygon", ".", "distance", "(", "shapely", ".", "geometry", ".", "Point", "(", "pxx", ".", "item", "(", "i", ")", ",", "pyy", ".", "item", "(", "i", ")", ")", ")", "for", "i", "in", "range", "(", "pxx", ".", "size", ")", "]", ")", "return", "result", ".", "reshape", "(", "pxx", ".", "shape", ")" ]

[ "Calculate", "the", "distance", "to", "polygon", "for", "each", "point", "of", "the", "collection", "on", "the", "2d", "Cartesian", "plane", "." ]

[ "def", "cross_idl", "(", "lon1", ",", "lon2", ",", "*", "lons", ")", ":", "lons", "=", "(", "lon1", ",", "lon2", ")", "+", "lons", "l1", ",", "l2", "=", "min", "(", "lons", ")", ",", "max", "(", "lons", ")", "# a line crosses the international date line if the end positions", "# have different sign and they are more than 180 degrees longitude apart", "return", "l1", "*", "l2", "<", "0", "and", "abs", "(", "l1", "-", "l2", ")", ">", "180" ]

[ "Return", "True", "if", "two", "longitude", "values", "define", "line", "crossing", "international", "date", "line", "." ]

[ "def", "normalize_lons", "(", "l1", ",", "l2", ")", ":", "if", "l1", ">", "l2", ":", "# exchange lons", "l1", ",", "l2", "=", "l2", ",", "l1", "delta", "=", "l2", "-", "l1", "if", "l1", "<", "0", "and", "l2", ">", "0", "and", "delta", ">", "180", ":", "return", "[", "(", "-", "180", ",", "l1", ")", ",", "(", "l2", ",", "180", ")", "]", "elif", "l1", ">", "0", "and", "l2", ">", "180", "and", "delta", "<", "180", ":", "return", "[", "(", "l1", ",", "180", ")", ",", "(", "-", "180", ",", "l2", "-", "360", ")", "]", "elif", "l1", "<", "-", "180", "and", "l2", "<", "0", "and", "delta", "<", "180", ":", "return", "[", "(", "l1", "+", "360", ",", "180", ")", ",", "(", "l2", ",", "-", "180", ")", "]", "return", "[", "(", "l1", ",", "l2", ")", "]" ]

[ "An", "international", "date", "line", "safe", "way", "of", "returning", "a", "range", "of", "longitudes", "." ]

[ "def", "get_closest", "(", "self", ",", "lon", ",", "lat", ",", "depth", "=", "0", ")", ":", "xyz", "=", "spherical_to_cartesian", "(", "lon", ",", "lat", ",", "depth", ")", "min_dist", ",", "idx", "=", "self", ".", "kdtree", ".", "query", "(", "xyz", ")", "return", "self", ".", "objects", "[", "idx", "]", ",", "min_dist" ]

[ "Get", "the", "closest", "object", "to", "the", "given", "longitude", "and", "latitude", "and", "its", "distance", "." ]

[ "def", "assoc2", "(", "self", ",", "assets_by_site", ",", "assoc_dist", ",", "mode", ",", "asset_refs", ")", ":", "assert", "mode", "in", "'strict filter'", ",", "mode", "self", ".", "objects", ".", "filtered", "# self.objects must be a SiteCollection", "asset_dt", "=", "numpy", ".", "dtype", "(", "[", "(", "'asset_ref'", ",", "vstr", ")", ",", "(", "'lon'", ",", "F32", ")", ",", "(", "'lat'", ",", "F32", ")", "]", ")", "assets_by_sid", "=", "collections", ".", "defaultdict", "(", "list", ")", "discarded", "=", "[", "]", "for", "assets", "in", "assets_by_site", ":", "lon", ",", "lat", "=", "assets", "[", "0", "]", ".", "location", "obj", ",", "distance", "=", "self", ".", "get_closest", "(", "lon", ",", "lat", ")", "if", "distance", "<=", "assoc_dist", ":", "# keep the assets, otherwise discard them", "assets_by_sid", "[", "obj", "[", "'sids'", "]", "]", ".", "extend", "(", "assets", ")", "elif", "mode", "==", "'strict'", ":", "raise", "SiteAssociationError", "(", "'There is nothing closer than %s km '", "'to site (%s %s)'", "%", "(", "assoc_dist", ",", "lon", ",", "lat", ")", ")", "else", ":", "discarded", ".", "extend", "(", "assets", ")", "sids", "=", "sorted", "(", "assets_by_sid", ")", "if", "not", "sids", ":", "raise", "SiteAssociationError", "(", "'Could not associate any site to any assets within the '", "'asset_hazard_distance of %s km'", "%", "assoc_dist", ")", "assets_by_site", "=", "[", "sorted", "(", "assets_by_sid", "[", "sid", "]", ",", "key", "=", "operator", ".", "attrgetter", "(", "'ordinal'", ")", ")", "for", "sid", "in", "sids", "]", "data", "=", "[", "(", "asset_refs", "[", "asset", ".", "ordinal", "]", ",", ")", "+", "asset", ".", "location", "for", "asset", "in", "discarded", "]", "discarded", "=", "numpy", ".", "array", "(", "data", ",", "asset_dt", ")", "return", "self", ".", "objects", ".", "filtered", "(", "sids", ")", ",", "assets_by_site", ",", "discarded" ]

[ "Associated", "a", "list", "of", "assets", "by", "site", "to", "the", "site", "collection", "used", "to", "instantiate", "GeographicObjects", "." ]

[ "def", "ffconvert", "(", "fname", ",", "limit_states", ",", "ff", ",", "min_iml", "=", "1E-10", ")", ":", "with", "context", "(", "fname", ",", "ff", ")", ":", "ffs", "=", "ff", "[", "1", ":", "]", "imls", "=", "ff", ".", "imls", "nodamage", "=", "imls", ".", "attrib", ".", "get", "(", "'noDamageLimit'", ")", "if", "nodamage", "==", "0", ":", "# use a cutoff to avoid log(0) in GMPE.to_distribution_values", "logging", ".", "warning", "(", "'Found a noDamageLimit=0 in %s, line %s, '", "'using %g instead'", ",", "fname", ",", "ff", ".", "lineno", ",", "min_iml", ")", "nodamage", "=", "min_iml", "with", "context", "(", "fname", ",", "imls", ")", ":", "attrs", "=", "dict", "(", "format", "=", "ff", "[", "'format'", "]", ",", "imt", "=", "imls", "[", "'imt'", "]", ",", "id", "=", "ff", "[", "'id'", "]", ",", "nodamage", "=", "nodamage", ")", "LS", "=", "len", "(", "limit_states", ")", "if", "LS", "!=", "len", "(", "ffs", ")", ":", "with", "context", "(", "fname", ",", "ff", ")", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'expected %d limit states, found %d'", "%", "(", "LS", ",", "len", "(", "ffs", ")", ")", ")", "if", "ff", "[", "'format'", "]", "==", "'continuous'", ":", "minIML", "=", "float", "(", "imls", "[", "'minIML'", "]", ")", "if", "minIML", "==", "0", ":", "# use a cutoff to avoid log(0) in GMPE.to_distribution_values", "logging", ".", "warning", "(", "'Found minIML=0 in %s, line %s, using %g instead'", ",", "fname", ",", "imls", ".", "lineno", ",", "min_iml", ")", "minIML", "=", "min_iml", "attrs", "[", "'minIML'", "]", "=", "minIML", "attrs", "[", "'maxIML'", "]", "=", "float", "(", "imls", "[", "'maxIML'", "]", ")", "array", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "LS", ",", "[", "(", "'mean'", ",", "F64", ")", ",", "(", "'stddev'", ",", "F64", ")", "]", ")", "for", "i", ",", "ls", ",", "node", "in", "zip", "(", "range", "(", "LS", ")", ",", "limit_states", ",", "ff", "[", "1", ":", "]", ")", ":", "if", "ls", "!=", "node", "[", "'ls'", "]", ":", "with", "context", "(", "fname", ",", "node", ")", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'expected %s, found'", "%", "(", "ls", ",", "node", "[", "'ls'", "]", ")", ")", "array", "[", "'mean'", "]", "[", "i", "]", "=", "node", "[", "'mean'", "]", "array", "[", "'stddev'", "]", "[", "i", "]", "=", "node", "[", "'stddev'", "]", "elif", "ff", "[", "'format'", "]", "==", "'discrete'", ":", "attrs", "[", "'imls'", "]", "=", "~", "imls", "valid", ".", "check_levels", "(", "attrs", "[", "'imls'", "]", ",", "attrs", "[", "'imt'", "]", ",", "min_iml", ")", "num_poes", "=", "len", "(", "attrs", "[", "'imls'", "]", ")", "array", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "(", "LS", ",", "num_poes", ")", ")", "for", "i", ",", "ls", ",", "node", "in", "zip", "(", "range", "(", "LS", ")", ",", "limit_states", ",", "ff", "[", "1", ":", "]", ")", ":", "with", "context", "(", "fname", ",", "node", ")", ":", "if", "ls", "!=", "node", "[", "'ls'", "]", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'expected %s, found'", "%", "(", "ls", ",", "node", "[", "'ls'", "]", ")", ")", "poes", "=", "(", "~", "node", "if", "isinstance", "(", "~", "node", ",", "list", ")", "else", "valid", ".", "probabilities", "(", "~", "node", ")", ")", "if", "len", "(", "poes", ")", "!=", "num_poes", ":", "raise", "InvalidFile", "(", "'expected %s, found'", "%", "(", "num_poes", ",", "len", "(", "poes", ")", ")", ")", "array", "[", "i", ",", ":", "]", "=", "poes", "# NB: the format is constrained in nrml.FragilityNode to be either", "# discrete or continuous, there is no third option", "return", "array", ",", "attrs" ]

[ "Convert", "a", "fragility", "function", "into", "a", "numpy", "array", "plus", "a", "bunch", "of", "attributes", "." ]

[ "def", "taxonomy", "(", "value", ")", ":", "try", ":", "value", ".", "encode", "(", "'ascii'", ")", "except", "UnicodeEncodeError", ":", "raise", "ValueError", "(", "'tag %r is not ASCII'", "%", "value", ")", "if", "re", ".", "search", "(", "r'\\s'", ",", "value", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'The taxonomy %r contains whitespace chars'", "%", "value", ")", "return", "value" ]

[ "Any", "ASCII", "character", "goes", "into", "a", "taxonomy", "except", "spaces", "." ]

[ "def", "update_validators", "(", ")", ":", "validators", ".", "update", "(", "{", "'fragilityFunction.id'", ":", "valid", ".", "utf8", ",", "# taxonomy", "'vulnerabilityFunction.id'", ":", "valid", ".", "utf8", ",", "# taxonomy", "'consequenceFunction.id'", ":", "valid", ".", "utf8", ",", "# taxonomy", "'asset.id'", ":", "valid", ".", "asset_id", ",", "'costType.name'", ":", "valid", ".", "cost_type", ",", "'costType.type'", ":", "valid", ".", "cost_type_type", ",", "'cost.type'", ":", "valid", ".", "cost_type", ",", "'area.type'", ":", "valid", ".", "name", ",", "'isAbsolute'", ":", "valid", ".", "boolean", ",", "'insuranceLimit'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'deductible'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'occupants'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'value'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'retrofitted'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'number'", ":", "valid", ".", "compose", "(", "valid", ".", "positivefloat", ",", "valid", ".", "nonzero", ")", ",", "'vulnerabilitySetID'", ":", "str", ",", "# any ASCII string is fine", "'vulnerabilityFunctionID'", ":", "str", ",", "# any ASCII string is fine", "'lossCategory'", ":", "valid", ".", "utf8", ",", "# a description field", "'lr'", ":", "valid", ".", "probability", ",", "'lossRatio'", ":", "valid", ".", "positivefloats", ",", "'coefficientsVariation'", ":", "valid", ".", "positivefloats", ",", "'probabilisticDistribution'", ":", "valid", ".", "Choice", "(", "'LN'", ",", "'BT'", ")", ",", "'dist'", ":", "valid", ".", "Choice", "(", "'LN'", ",", "'BT'", ",", "'PM'", ")", ",", "'meanLRs'", ":", "valid", ".", "positivefloats", ",", "'covLRs'", ":", "valid", ".", "positivefloats", ",", "'format'", ":", "valid", ".", "ChoiceCI", "(", "'discrete'", ",", "'continuous'", ")", ",", "'mean'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'stddev'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'minIML'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'maxIML'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'limitStates'", ":", "valid", ".", "namelist", ",", "'noDamageLimit'", ":", "valid", ".", "NoneOr", "(", "valid", ".", "positivefloat", ")", ",", "'loss_type'", ":", "valid_loss_types", ",", "'losses'", ":", "valid", ".", "positivefloats", ",", "'averageLoss'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'stdDevLoss'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'ffs.type'", ":", "valid", ".", "ChoiceCI", "(", "'lognormal'", ")", ",", "'assetLifeExpectancy'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'interestRate'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'lossType'", ":", "valid_loss_types", ",", "'aalOrig'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'aalRetr'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'ratio'", ":", "valid", ".", "positivefloat", ",", "'cf'", ":", "asset_mean_stddev", ",", "'damage'", ":", "damage_triple", ",", "'damageStates'", ":", "valid", ".", "namelist", ",", "'taxonomy'", ":", "taxonomy", ",", "'tagNames'", ":", "valid", ".", "namelist", ",", "}", ")" ]

[ "Call", "this", "to", "updade", "the", "global", "nrml", ".", "validators" ]

[ "def", "barray", "(", "iterlines", ")", ":", "lst", "=", "[", "line", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", "for", "line", "in", "iterlines", "]", "arr", "=", "numpy", ".", "array", "(", "lst", ")", "return", "arr" ]

[ "Array", "of", "bytes" ]

[ "def", "losses_by_tag", "(", "dstore", ",", "tag", ")", ":", "dt", "=", "[", "(", "tag", ",", "vstr", ")", "]", "+", "dstore", "[", "'oqparam'", "]", ".", "loss_dt_list", "(", ")", "aids", "=", "dstore", "[", "'assetcol/array'", "]", "[", "tag", "]", "dset", ",", "stats", "=", "_get", "(", "dstore", ",", "'avg_losses'", ")", "arr", "=", "dset", ".", "value", "tagvalues", "=", "dstore", "[", "'assetcol/tagcol/'", "+", "tag", "]", "[", "1", ":", "]", "# except tagvalue=\"?\"", "for", "s", ",", "stat", "in", "enumerate", "(", "stats", ")", ":", "out", "=", "numpy", ".", "zeros", "(", "len", "(", "tagvalues", ")", ",", "dt", ")", "for", "li", ",", "(", "lt", ",", "lt_dt", ")", "in", "enumerate", "(", "dt", "[", "1", ":", "]", ")", ":", "for", "i", ",", "tagvalue", "in", "enumerate", "(", "tagvalues", ")", ":", "out", "[", "i", "]", "[", "tag", "]", "=", "tagvalue", "counts", "=", "arr", "[", "aids", "==", "i", "+", "1", ",", "s", ",", "li", "]", ".", "sum", "(", ")", "if", "counts", ":", "out", "[", "i", "]", "[", "lt", "]", "=", "counts", "yield", "stat", ",", "out" ]

[ "Statistical", "average", "losses", "by", "tag", ".", "For", "instance", "call" ]

[ "def", "dump", "(", "self", ",", "fname", ")", ":", "url", "=", "'%s/v1/calc/%d/datastore'", "%", "(", "self", ".", "server", ",", "self", ".", "calc_id", ")", "resp", "=", "self", ".", "sess", ".", "get", "(", "url", ",", "stream", "=", "True", ")", "down", "=", "0", "with", "open", "(", "fname", ",", "'wb'", ")", "as", "f", ":", "logging", ".", "info", "(", "'Saving %s'", ",", "fname", ")", "for", "chunk", "in", "resp", ".", "iter_content", "(", "CHUNKSIZE", ")", ":", "f", ".", "write", "(", "chunk", ")", "down", "+=", "len", "(", "chunk", ")", "println", "(", "'Downloaded {:,} bytes'", ".", "format", "(", "down", ")", ")", "print", "(", ")" ]

[ "Dump", "the", "remote", "datastore", "on", "a", "local", "path", "." ]

[ "def", "_compute_small_mag_correction_term", "(", "C", ",", "mag", ",", "rhypo", ")", ":", "if", "mag", ">=", "3.00", "and", "mag", "<", "5.5", ":", "min_term", "=", "np", ".", "minimum", "(", "rhypo", ",", "C", "[", "'Rm'", "]", ")", "max_term", "=", "np", ".", "maximum", "(", "min_term", ",", "10", ")", "term_ln", "=", "np", ".", "log", "(", "max_term", "/", "20", ")", "term_ratio", "=", "(", "(", "5.50", "-", "mag", ")", "/", "C", "[", "'a1'", "]", ")", "temp", "=", "(", "term_ratio", ")", "**", "C", "[", "'a2'", "]", "*", "(", "C", "[", "'b1'", "]", "+", "C", "[", "'b2'", "]", "*", "term_ln", ")", "return", "1", "/", "np", ".", "exp", "(", "temp", ")", "else", ":", "return", "1" ]

[ "small", "magnitude", "correction", "applied", "to", "the", "median", "values" ]

[ "def", "_apply_adjustments", "(", "COEFFS", ",", "C_ADJ", ",", "tau_ss", ",", "mean", ",", "stddevs", ",", "sites", ",", "rup", ",", "dists", ",", "imt", ",", "stddev_types", ",", "log_phi_ss", ",", "NL", "=", "None", ",", "tau_value", "=", "None", ")", ":", "c1_dists", "=", "_compute_C1_term", "(", "C_ADJ", ",", "dists", ")", "phi_ss", "=", "_compute_phi_ss", "(", "C_ADJ", ",", "rup", ".", "mag", ",", "c1_dists", ",", "log_phi_ss", ",", "C_ADJ", "[", "'mean_phi_ss'", "]", ")", "mean_corr", "=", "np", ".", "exp", "(", "mean", ")", "*", "C_ADJ", "[", "'k_adj'", "]", "*", "_compute_small_mag_correction_term", "(", "C_ADJ", ",", "rup", ".", "mag", ",", "dists", ")", "mean_corr", "=", "np", ".", "log", "(", "mean_corr", ")", "std_corr", "=", "_get_corr_stddevs", "(", "COEFFS", "[", "imt", "]", ",", "tau_ss", ",", "stddev_types", ",", "len", "(", "sites", ".", "vs30", ")", ",", "phi_ss", ",", "NL", ",", "tau_value", ")", "stddevs", "=", "np", ".", "array", "(", "std_corr", ")", "return", "mean_corr", ",", "stddevs" ]

[ "This", "method", "applies", "adjustments", "to", "the", "mean", "and", "standard", "deviation", ".", "The", "small", "-", "magnitude", "adjustments", "are", "applied", "to", "mean", "whereas", "the", "embeded", "single", "station", "sigma", "logic", "tree", "is", "applied", "to", "the", "total", "standard", "deviation", "." ]

[ "def", "get_info", "(", "self", ",", "sm_id", ")", ":", "sm", "=", "self", ".", "source_models", "[", "sm_id", "]", "num_samples", "=", "sm", ".", "samples", "if", "self", ".", "num_samples", "else", "0", "return", "self", ".", "__class__", "(", "self", ".", "gsim_lt", ",", "self", ".", "seed", ",", "num_samples", ",", "[", "sm", "]", ",", "self", ".", "tot_weight", ")" ]

[ "Extract", "a", "CompositionInfo", "instance", "containing", "the", "single", "model", "of", "index", "sm_id", "." ]

[ "def", "get_source_model", "(", "self", ",", "src_group_id", ")", ":", "for", "smodel", "in", "self", ".", "source_models", ":", "for", "src_group", "in", "smodel", ".", "src_groups", ":", "if", "src_group", ".", "id", "==", "src_group_id", ":", "return", "smodel" ]

[ "Return", "the", "source", "model", "for", "the", "given", "src_group_id" ]

[ "def", "get_model", "(", "self", ",", "sm_id", ")", ":", "sm", "=", "self", ".", "source_models", "[", "sm_id", "]", "if", "self", ".", "source_model_lt", ".", "num_samples", ":", "self", ".", "source_model_lt", ".", "num_samples", "=", "sm", ".", "samples", "new", "=", "self", ".", "__class__", "(", "self", ".", "gsim_lt", ",", "self", ".", "source_model_lt", ",", "[", "sm", "]", ",", "self", ".", "optimize_same_id", ")", "new", ".", "sm_id", "=", "sm_id", "return", "new" ]

[ "Extract", "a", "CompositeSourceModel", "instance", "containing", "the", "single", "model", "of", "index", "sm_id", "." ]

[ "def", "new", "(", "self", ",", "sources_by_grp", ")", ":", "source_models", "=", "[", "]", "for", "sm", "in", "self", ".", "source_models", ":", "src_groups", "=", "[", "]", "for", "src_group", "in", "sm", ".", "src_groups", ":", "sg", "=", "copy", ".", "copy", "(", "src_group", ")", "sg", ".", "sources", "=", "sorted", "(", "sources_by_grp", ".", "get", "(", "sg", ".", "id", ",", "[", "]", ")", ",", "key", "=", "operator", ".", "attrgetter", "(", "'id'", ")", ")", "src_groups", ".", "append", "(", "sg", ")", "newsm", "=", "logictree", ".", "LtSourceModel", "(", "sm", ".", "names", ",", "sm", ".", "weight", ",", "sm", ".", "path", ",", "src_groups", ",", "sm", ".", "num_gsim_paths", ",", "sm", ".", "ordinal", ",", "sm", ".", "samples", ")", "source_models", ".", "append", "(", "newsm", ")", "new", "=", "self", ".", "__class__", "(", "self", ".", "gsim_lt", ",", "self", ".", "source_model_lt", ",", "source_models", ",", "self", ".", "optimize_same_id", ")", "new", ".", "info", ".", "update_eff_ruptures", "(", "new", ".", "get_num_ruptures", "(", ")", ")", "new", ".", "info", ".", "tot_weight", "=", "new", ".", "get_weight", "(", ")", "return", "new" ]

[ "Generate", "a", "new", "CompositeSourceModel", "from", "the", "given", "dictionary", "." ]

[ "def", "check_dupl_sources", "(", "self", ")", ":", "# used in print_csm_info", "dd", "=", "collections", ".", "defaultdict", "(", "list", ")", "for", "src_group", "in", "self", ".", "src_groups", ":", "for", "src", "in", "src_group", ":", "try", ":", "srcid", "=", "src", ".", "source_id", "except", "AttributeError", ":", "# src is a Node object", "srcid", "=", "src", "[", "'id'", "]", "dd", "[", "srcid", "]", ".", "append", "(", "src", ")", "dupl", "=", "[", "]", "for", "srcid", ",", "srcs", "in", "sorted", "(", "dd", ".", "items", "(", ")", ")", ":", "if", "len", "(", "srcs", ")", ">", "1", ":", "_assert_equal_sources", "(", "srcs", ")", "dupl", ".", "append", "(", "srcs", ")", "return", "dupl" ]

[ "Extracts", "duplicated", "sources", "i", ".", "e", ".", "sources", "with", "the", "same", "source_id", "in", "different", "source", "groups", ".", "Raise", "an", "exception", "if", "there", "are", "sources", "with", "the", "same", "ID", "which", "are", "not", "duplicated", "." ]

[ "def", "get_sources", "(", "self", ",", "kind", "=", "'all'", ")", ":", "assert", "kind", "in", "(", "'all'", ",", "'indep'", ",", "'mutex'", ")", ",", "kind", "sources", "=", "[", "]", "for", "sm", "in", "self", ".", "source_models", ":", "for", "src_group", "in", "sm", ".", "src_groups", ":", "if", "kind", "in", "(", "'all'", ",", "src_group", ".", "src_interdep", ")", ":", "for", "src", "in", "src_group", ":", "if", "sm", ".", "samples", ">", "1", ":", "src", ".", "samples", "=", "sm", ".", "samples", "sources", ".", "append", "(", "src", ")", "return", "sources" ]

[ "Extract", "the", "sources", "contained", "in", "the", "source", "models", "by", "optionally", "filtering", "and", "splitting", "them", "depending", "on", "the", "passed", "parameter", "." ]

[ "def", "init_serials", "(", "self", ",", "ses_seed", ")", ":", "sources", "=", "self", ".", "get_sources", "(", ")", "serial", "=", "ses_seed", "for", "src", "in", "sources", ":", "nr", "=", "src", ".", "num_ruptures", "src", ".", "serial", "=", "serial", "serial", "+=", "nr" ]

[ "Generate", "unique", "seeds", "for", "each", "rupture", "with", "numpy", ".", "arange", ".", "This", "should", "be", "called", "only", "in", "event", "based", "calculators" ]

[ "def", "get_maxweight", "(", "self", ",", "weight", ",", "concurrent_tasks", ",", "minweight", "=", "MINWEIGHT", ")", ":", "totweight", "=", "self", ".", "get_weight", "(", "weight", ")", "ct", "=", "concurrent_tasks", "or", "1", "mw", "=", "math", ".", "ceil", "(", "totweight", "/", "ct", ")", "return", "max", "(", "mw", ",", "minweight", ")" ]

[ "Return", "an", "appropriate", "maxweight", "for", "use", "in", "the", "block_splitter" ]

[ "def", "weight_list_to_tuple", "(", "data", ",", "attr_name", ")", ":", "if", "len", "(", "data", "[", "'Value'", "]", ")", "!=", "len", "(", "data", "[", "'Weight'", "]", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Number of weights do not correspond to number of '", "'attributes in %s'", "%", "attr_name", ")", "weight", "=", "np", ".", "array", "(", "data", "[", "'Weight'", "]", ")", "if", "fabs", "(", "np", ".", "sum", "(", "weight", ")", "-", "1.", ")", ">", "1E-7", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Weights do not sum to 1.0 in %s'", "%", "attr_name", ")", "data_tuple", "=", "[", "]", "for", "iloc", ",", "value", "in", "enumerate", "(", "data", "[", "'Value'", "]", ")", ":", "data_tuple", ".", "append", "(", "(", "value", ",", "weight", "[", "iloc", "]", ")", ")", "return", "data_tuple" ]

[ "Converts", "a", "list", "of", "values", "and", "corresponding", "weights", "to", "a", "tuple", "of", "values" ]

[ "def", "parse_tect_region_dict_to_tuples", "(", "region_dict", ")", ":", "output_region_dict", "=", "[", "]", "tuple_keys", "=", "[", "'Displacement_Length_Ratio'", ",", "'Shear_Modulus'", "]", "# Convert MSR string name to openquake.hazardlib.scalerel object", "for", "region", "in", "region_dict", ":", "for", "val_name", "in", "tuple_keys", ":", "region", "[", "val_name", "]", "=", "weight_list_to_tuple", "(", "region", "[", "val_name", "]", ",", "val_name", ")", "# MSR works differently - so call get_scaling_relation_tuple", "region", "[", "'Magnitude_Scaling_Relation'", "]", "=", "weight_list_to_tuple", "(", "region", "[", "'Magnitude_Scaling_Relation'", "]", ",", "'Magnitude Scaling Relation'", ")", "output_region_dict", ".", "append", "(", "region", ")", "return", "output_region_dict" ]

[ "Parses", "the", "tectonic", "regionalisation", "dictionary", "attributes", "to", "tuples" ]

[ "def", "get_scaling_relation_tuple", "(", "msr_dict", ")", ":", "# Convert MSR string name to openquake.hazardlib.scalerel object", "for", "iloc", ",", "value", "in", "enumerate", "(", "msr_dict", "[", "'Value'", "]", ")", ":", "if", "not", "value", "in", "SCALE_REL_MAP", ".", "keys", "(", ")", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Scaling relation %s not supported!'", "%", "value", ")", "msr_dict", "[", "'Value'", "]", "[", "iloc", "]", "=", "SCALE_REL_MAP", "[", "value", "]", "(", ")", "return", "weight_list_to_tuple", "(", "msr_dict", ",", "'Magnitude Scaling Relation'", ")" ]

[ "For", "a", "dictionary", "of", "scaling", "relation", "values", "convert", "string", "list", "to", "object", "list", "and", "then", "to", "tuple" ]

[ "def", "read_file", "(", "self", ",", "mesh_spacing", "=", "1.0", ")", ":", "# Process the tectonic regionalisation", "tectonic_reg", "=", "self", ".", "process_tectonic_regionalisation", "(", ")", "model", "=", "mtkActiveFaultModel", "(", "self", ".", "data", "[", "'Fault_Model_ID'", "]", ",", "self", ".", "data", "[", "'Fault_Model_Name'", "]", ")", "for", "fault", "in", "self", ".", "data", "[", "'Fault_Model'", "]", ":", "fault_geometry", "=", "self", ".", "read_fault_geometry", "(", "fault", "[", "'Fault_Geometry'", "]", ",", "mesh_spacing", ")", "if", "fault", "[", "'Shear_Modulus'", "]", ":", "fault", "[", "'Shear_Modulus'", "]", "=", "weight_list_to_tuple", "(", "fault", "[", "'Shear_Modulus'", "]", ",", "'%s Shear Modulus'", "%", "fault", "[", "'ID'", "]", ")", "if", "fault", "[", "'Displacement_Length_Ratio'", "]", ":", "fault", "[", "'Displacement_Length_Ratio'", "]", "=", "weight_list_to_tuple", "(", "fault", "[", "'Displacement_Length_Ratio'", "]", ",", "'%s Displacement to Length Ratio'", "%", "fault", "[", "'ID'", "]", ")", "fault_source", "=", "mtkActiveFault", "(", "fault", "[", "'ID'", "]", ",", "fault", "[", "'Fault_Name'", "]", ",", "fault_geometry", ",", "weight_list_to_tuple", "(", "fault", "[", "'Slip'", "]", ",", "'%s - Slip'", "%", "fault", "[", "'ID'", "]", ")", ",", "float", "(", "fault", "[", "'Rake'", "]", ")", ",", "fault", "[", "'Tectonic_Region'", "]", ",", "float", "(", "fault", "[", "'Aseismic'", "]", ")", ",", "weight_list_to_tuple", "(", "fault", "[", "'Scaling_Relation_Sigma'", "]", ",", "'%s Scaling_Relation_Sigma'", "%", "fault", "[", "'ID'", "]", ")", ",", "neotectonic_fault", "=", "None", ",", "scale_rel", "=", "get_scaling_relation_tuple", "(", "fault", "[", "'Magnitude_Scaling_Relation'", "]", ")", ",", "aspect_ratio", "=", "fault", "[", "'Aspect_Ratio'", "]", ",", "shear_modulus", "=", "fault", "[", "'Shear_Modulus'", "]", ",", "disp_length_ratio", "=", "fault", "[", "'Displacement_Length_Ratio'", "]", ")", "if", "tectonic_reg", ":", "fault_source", ".", "get_tectonic_regionalisation", "(", "tectonic_reg", ",", "fault", "[", "'Tectonic_Region'", "]", ")", "assert", "isinstance", "(", "fault", "[", "'MFD_Model'", "]", ",", "list", ")", "fault_source", ".", "generate_config_set", "(", "fault", "[", "'MFD_Model'", "]", ")", "model", ".", "faults", ".", "append", "(", "fault_source", ")", "return", "model", ",", "tectonic_reg" ]

[ "Reads", "the", "file", "and", "returns", "an", "instance", "of", "the", "FaultSource", "class", "." ]

[ "def", "process_tectonic_regionalisation", "(", "self", ")", ":", "if", "'tectonic_regionalisation'", "in", "self", ".", "data", ".", "keys", "(", ")", ":", "tectonic_reg", "=", "TectonicRegionalisation", "(", ")", "tectonic_reg", ".", "populate_regions", "(", "parse_tect_region_dict_to_tuples", "(", "self", ".", "data", "[", "'tectonic_regionalisation'", "]", ")", ")", "else", ":", "tectonic_reg", "=", "None", "return", "tectonic_reg" ]

[ "Processes", "the", "tectonic", "regionalisation", "from", "the", "yaml", "file" ]

[ "def", "read_fault_geometry", "(", "self", ",", "geo_dict", ",", "mesh_spacing", "=", "1.0", ")", ":", "if", "geo_dict", "[", "'Fault_Typology'", "]", "==", "'Simple'", ":", "# Simple fault geometry", "raw_trace", "=", "geo_dict", "[", "'Fault_Trace'", "]", "trace", "=", "Line", "(", "[", "Point", "(", "raw_trace", "[", "ival", "]", ",", "raw_trace", "[", "ival", "+", "1", "]", ")", "for", "ival", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "raw_trace", ")", ",", "2", ")", "]", ")", "geometry", "=", "SimpleFaultGeometry", "(", "trace", ",", "geo_dict", "[", "'Dip'", "]", ",", "geo_dict", "[", "'Upper_Depth'", "]", ",", "geo_dict", "[", "'Lower_Depth'", "]", ",", "mesh_spacing", ")", "elif", "geo_dict", "[", "'Fault_Typology'", "]", "==", "'Complex'", ":", "# Complex Fault Typology", "trace", "=", "[", "]", "for", "raw_trace", "in", "geo_dict", "[", "'Fault_Trace'", "]", ":", "fault_edge", "=", "Line", "(", "[", "Point", "(", "raw_trace", "[", "ival", "]", ",", "raw_trace", "[", "ival", "+", "1", "]", ",", "raw_trace", "[", "ival", "+", "2", "]", ")", "for", "ival", "in", "range", "(", "0", ",", "len", "(", "raw_trace", ")", ",", "3", ")", "]", ")", "trace", ".", "append", "(", "fault_edge", ")", "geometry", "=", "ComplexFaultGeometry", "(", "trace", ",", "mesh_spacing", ")", "else", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Unrecognised or unsupported fault geometry!'", ")", "return", "geometry" ]

[ "Creates", "the", "fault", "geometry", "from", "the", "parameters", "specified", "in", "the", "dictionary", "." ]

[ "def", "_get_distance_scaling_term", "(", "self", ",", "C", ",", "mag", ",", "rrup", ")", ":", "return", "(", "C", "[", "\"r1\"", "]", "+", "C", "[", "\"r2\"", "]", "*", "mag", ")", "*", "np", ".", "log10", "(", "rrup", "+", "C", "[", "\"r3\"", "]", ")" ]

[ "Returns", "the", "distance", "scaling", "parameter" ]

[ "def", "_get_style_of_faulting_term", "(", "self", ",", "C", ",", "rake", ")", ":", "if", "rake", ">", "-", "150.0", "and", "rake", "<=", "-", "30.0", ":", "return", "C", "[", "'fN'", "]", "elif", "rake", ">", "30.0", "and", "rake", "<=", "150.0", ":", "return", "C", "[", "'fR'", "]", "else", ":", "return", "C", "[", "'fSS'", "]" ]

[ "Returns", "the", "style", "of", "faulting", "term", ".", "Cauzzi", "et", "al", ".", "determind", "SOF", "from", "the", "plunge", "of", "the", "B", "-", "T", "-", "and", "P", "-", "axes", ".", "For", "consistency", "with", "existing", "GMPEs", "the", "Wells", "&", "Coppersmith", "model", "is", "preferred" ]

[ "def", "_get_site_amplification_term", "(", "self", ",", "C", ",", "vs30", ")", ":", "s_b", ",", "s_c", ",", "s_d", "=", "self", ".", "_get_site_dummy_variables", "(", "vs30", ")", "return", "(", "C", "[", "\"sB\"", "]", "*", "s_b", ")", "+", "(", "C", "[", "\"sC\"", "]", "*", "s_c", ")", "+", "(", "C", "[", "\"sD\"", "]", "*", "s_d", ")" ]

[ "Returns", "the", "site", "amplification", "term", "on", "the", "basis", "of", "Eurocode", "8", "site", "class" ]

[ "def", "_get_site_dummy_variables", "(", "self", ",", "vs30", ")", ":", "s_b", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ")", "s_c", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ")", "s_d", "=", "np", ".", "zeros_like", "(", "vs30", ")", "s_b", "[", "np", ".", "logical_and", "(", "vs30", ">=", "360.", ",", "vs30", "<", "800.", ")", "]", "=", "1.0", "s_c", "[", "np", ".", "logical_and", "(", "vs30", ">=", "180.", ",", "vs30", "<", "360.", ")", "]", "=", "1.0", "s_d", "[", "vs30", "<", "180", "]", "=", "1.0", "return", "s_b", ",", "s_c", ",", "s_d" ]

[ "Returns", "the", "Eurocode", "8", "site", "class", "dummy", "variable" ]

[ "def", "get_recurrence", "(", "self", ",", "config", ")", ":", "model", "=", "MFD_MAP", "[", "config", "[", "'Model_Name'", "]", "]", "(", ")", "model", ".", "setUp", "(", "config", ")", "model", ".", "get_mmax", "(", "config", ",", "self", ".", "msr", ",", "self", ".", "rake", ",", "self", ".", "area", ")", "model", ".", "mmax", "=", "model", ".", "mmax", "+", "(", "self", ".", "msr_sigma", "*", "model", ".", "mmax_sigma", ")", "# As the Anderson & Luco arbitrary model requires the input of the", "# displacement to length ratio", "if", "'AndersonLucoAreaMmax'", "in", "config", "[", "'Model_Name'", "]", ":", "if", "not", "self", ".", "disp_length_ratio", ":", "# If not defined then default to 1.25E-5", "self", ".", "disp_length_ratio", "=", "1.25E-5", "min_mag", ",", "bin_width", ",", "occur_rates", "=", "model", ".", "get_mfd", "(", "self", ".", "slip", ",", "self", ".", "area", ",", "self", ".", "shear_modulus", ",", "self", ".", "disp_length_ratio", ")", "else", ":", "min_mag", ",", "bin_width", ",", "occur_rates", "=", "model", ".", "get_mfd", "(", "self", ".", "slip", ",", "self", ".", "area", ",", "self", ".", "shear_modulus", ")", "self", ".", "recurrence", "=", "IncrementalMFD", "(", "min_mag", ",", "bin_width", ",", "occur_rates", ")", "self", ".", "magnitudes", "=", "min_mag", "+", "np", ".", "cumsum", "(", "bin_width", "*", "np", ".", "ones", "(", "len", "(", "occur_rates", ")", ",", "dtype", "=", "float", ")", ")", "-", "bin_width", "self", ".", "max_mag", "=", "np", ".", "max", "(", "self", ".", "magnitudes", ")" ]

[ "Calculates", "the", "recurrence", "model", "for", "the", "given", "settings", "as", "an", "instance", "of", "the", "openquake", ".", "hmtk", ".", "models", ".", "IncrementalMFD" ]

[ "def", "get_tectonic_regionalisation", "(", "self", ",", "regionalisation", ",", "region_type", "=", "None", ")", ":", "if", "region_type", ":", "self", ".", "trt", "=", "region_type", "if", "not", "self", ".", "trt", "in", "regionalisation", ".", "key_list", ":", "raise", "ValueError", "(", "'Tectonic region classification missing or '", "'not defined in regionalisation'", ")", "for", "iloc", ",", "key_val", "in", "enumerate", "(", "regionalisation", ".", "key_list", ")", ":", "if", "self", ".", "trt", "in", "key_val", ":", "self", ".", "regionalisation", "=", "regionalisation", ".", "regionalisation", "[", "iloc", "]", "# Update undefined shear modulus from tectonic regionalisation", "if", "not", "self", ".", "shear_modulus", ":", "self", ".", "shear_modulus", "=", "self", ".", "regionalisation", ".", "shear_modulus", "# Update undefined scaling relation from tectonic", "# regionalisation", "if", "not", "self", ".", "msr", ":", "self", ".", "msr", "=", "self", ".", "regionalisation", ".", "scaling_rel", "# Update undefined displacement to length ratio from tectonic", "# regionalisation", "if", "not", "self", ".", "disp_length_ratio", ":", "self", ".", "disp_length_ratio", "=", "self", ".", "regionalisation", ".", "disp_length_ratio", "break", "return" ]

[ "Defines", "the", "tectonic", "region", "and", "updates", "the", "shear", "modulus", "magnitude", "scaling", "relation", "and", "displacement", "to", "length", "ratio", "using", "the", "regional", "values", "if", "not", "previously", "defined", "for", "the", "fault" ]

[ "def", "select_catalogue", "(", "self", ",", "selector", ",", "distance", ",", "distance_metric", "=", "\"rupture\"", ",", "upper_eq_depth", "=", "None", ",", "lower_eq_depth", "=", "None", ")", ":", "if", "selector", ".", "catalogue", ".", "get_number_events", "(", ")", "<", "1", ":", "raise", "ValueError", "(", "'No events found in catalogue!'", ")", "# rupture metric is selected", "if", "(", "'rupture'", "in", "distance_metric", ")", ":", "# Use rupture distance", "self", ".", "catalogue", "=", "selector", ".", "within_rupture_distance", "(", "self", ".", "geometry", ".", "surface", ",", "distance", ",", "upper_depth", "=", "upper_eq_depth", ",", "lower_depth", "=", "lower_eq_depth", ")", "else", ":", "# Use Joyner-Boore distance", "self", ".", "catalogue", "=", "selector", ".", "within_joyner_boore_distance", "(", "self", ".", "geometry", ".", "surface", ",", "distance", ",", "upper_depth", "=", "upper_eq_depth", ",", "lower_depth", "=", "lower_eq_depth", ")" ]

[ "Select", "earthquakes", "within", "a", "specied", "distance", "of", "the", "fault" ]