# mapt_annot ----
# library(rtemisbio)
# mapt_annot <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_annot.json")
# mapt_annot
# dput(mapt_annot)
MAPT_Annot <- structure(list(
  Sequence = c(
    "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E",
    "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L",
    "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q",
    "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S",
    "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P",
    "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A",
    "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P",
    "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P",
    "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T",
    "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q",
    "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S",
    "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K",
    "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K",
    "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P",
    "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P",
    "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S",
    "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L",
    "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V",
    "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S",
    "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K",
    "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K",
    "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K",
    "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S",
    "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V",
    "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T",
    "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P",
    "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D",
    "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D",
    "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I",
    "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A",
    "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P",
    "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N",
    "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P",
    "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L",
    "A", "K", "Q", "G", "L"
  ), Annotations = list(
    Site = list(
      Disease_associated_variant = c(
        4L,
        5L, 14L, 17L, 18L, 30L, 39L, 41L, 55L, 75L, 86L, 90L, 152L, 176L,
        178L, 200L, 203L, 211L, 224L, 227L, 239L, 255L, 257L, 260L, 266L,
        272L, 273L, 279L, 280L, 284L, 285L, 287L, 291L, 296L, 300L, 301L,
        303L, 305L, 320L, 332L, 335L, 336L, 337L, 342L, 352L, 356L, 360L,
        363L, 364L, 366L, 369L, 372L, 389L, 406L, 410L, 427L, 441L
      ),
      `N-terminal Repeat` = 45:86, `Microtubule Binding Domain (R1, R3, R4)` = c(
        244L,
        245L, 246L, 247L, 248L, 249L, 250L, 251L, 252L, 253L, 254L,
        255L, 256L, 257L, 258L, 259L, 260L, 261L, 262L, 263L, 264L,
        265L, 266L, 267L, 268L, 269L, 270L, 271L, 272L, 273L, 274L,
        306L, 307L, 308L, 309L, 310L, 311L, 312L, 313L, 314L, 315L,
        316L, 317L, 318L, 319L, 320L, 321L, 322L, 323L, 324L, 325L,
        326L, 327L, 328L, 329L, 330L, 331L, 332L, 333L, 334L, 335L,
        336L, 337L, 338L, 339L, 340L, 341L, 342L, 343L, 344L, 345L,
        346L, 347L, 348L, 349L, 350L, 351L, 352L, 353L, 354L, 355L,
        356L, 357L, 358L, 359L, 360L, 361L, 362L, 363L, 364L, 365L,
        366L, 367L, 368L
      ), `Microtubule Binding Domain (R2)` = 274:305
    ),
    Region = list(
      KXGS = list(259:262, 290:293, 321:324, 353:356),
      `Canonical KFERQ` = list(336:340, 347:351), `Potential KFERQ` = list(
        240:244, 280:284, 307:311, 343:347
      ), Phosphodegron = list(
        46:51, 149:154, 195:200, 208:213, 231:236, 400:405
      )
    ),
    PTM = list(Phosphorylation = c(
      17L, 18L, 29L, 30L, 39L, 46L,
      50L, 52L, 56L, 61L, 63L, 64L, 68L, 69L, 71L, 76L, 95L, 101L,
      102L, 111L, 113L, 123L, 129L, 131L, 135L, 137L, 149L, 153L,
      169L, 175L, 181L, 184L, 185L, 191L, 195L, 197L, 198L, 199L,
      202L, 205L, 208L, 210L, 217L, 212L, 214L, 220L, 229L, 235L,
      231L, 232L, 235L, 236L, 237L, 238L, 241L, 245L, 258L, 262L,
      263L, 285L, 289L, 293L, 305L, 316L, 319L, 320L, 321L, 324L,
      336L, 341L, 352L, 356L, 361L, 362L, 366L, 370L, 373L, 380L,
      382L, 383L, 385L, 386L, 394L, 396L, 403L, 409L, 400L, 404L,
      412L, 413L, 414L, 416L, 435L, 427L, 433L, 422L
    ), Acetylation = c(
      148L,
      150L, 163L, 174L, 180L, 224L, 225L, 234L, 240L, 254L, 257L,
      259L, 267L, 274L, 280L, 281L, 290L, 294L, 298L, 311L, 317L,
      321L, 331L, 343L, 347L, 353L, 369L, 370L, 375L, 383L, 385L,
      395L
    ), Methylation = c(
      24L, 44L, 67L, 87L, 126L, 148L, 150L,
      155L, 163L, 174L, 180L, 190L, 234L, 240L, 254L, 259L, 267L,
      281L, 290L, 311L, 317L, 331L, 349L, 353L, 369L, 370L, 375L,
      385L, 395L
    ), Glycation = c(
      67L, 87L, 132L, 148L, 150L, 163L,
      174L, 180L, 190L, 225L, 234L, 259L, 267L, 274L, 280L, 281L,
      290L, 298L, 311L, 321L, 331L, 340L, 343L, 347L, 353L, 369L,
      370L, 375L, 383L, 385L, 395L
    ), Ubiquitination = c(
      44L, 254L,
      259L, 267L, 281L, 290L, 298L, 311L, 317L, 321L, 331L, 343L,
      347L, 353L, 369L, 375L, 385L
    ), `O-Glycosilation` = c(
      123L,
      208L, 238L, 400L, 412L, 413L
    ), SUMOylation = 340L), Cleavage_site = structure(list(), names = character(0)),
    Variant = structure(list(), names = character(0))
  ), UniprotID = "P10636",
  Description = "Tau Post-translational Modifications: Dynamic Transformers of Tau Function, Degradation, and Aggregation",
  Reference = "https://www.frontiersin.org/journals/neurology/articles/10.3389/fneur.2020.595532"
), class = c(
  "a3",
  "list"
))


# mapt_clv ----
# mapt_clv <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_clv.json")
# mapt_clv
# dput(mapt_clv)
MAPT_Cleavage <- structure(list(
  Sequence = c(
    "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E",
    "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L",
    "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q",
    "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S",
    "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P",
    "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A",
    "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P",
    "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P",
    "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T",
    "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q",
    "E", "P", "E", "S", "G", "K", "V", "V", "Q", "E", "G", "F", "L",
    "R", "E", "P", "G", "P", "P", "G", "L", "S", "H", "Q", "L", "M",
    "S", "G", "M", "P", "G", "A", "P", "L", "L", "P", "E", "G", "P",
    "R", "E", "A", "T", "R", "Q", "P", "S", "G", "T", "G", "P", "E",
    "D", "T", "E", "G", "G", "R", "H", "A", "P", "E", "L", "L", "K",
    "H", "Q", "L", "L", "G", "D", "L", "H", "Q", "E", "G", "P", "P",
    "L", "K", "G", "A", "G", "G", "K", "E", "R", "P", "G", "S", "K",
    "E", "E", "V", "D", "E", "D", "R", "D", "V", "D", "E", "S", "S",
    "P", "Q", "D", "S", "P", "P", "S", "K", "A", "S", "P", "A", "Q",
    "D", "G", "R", "P", "P", "Q", "T", "A", "A", "R", "E", "A", "T",
    "S", "I", "P", "G", "F", "P", "A", "E", "G", "A", "I", "P", "L",
    "P", "V", "D", "F", "L", "S", "K", "V", "S", "T", "E", "I", "P",
    "A", "S", "E", "P", "D", "G", "P", "S", "V", "G", "A", "A", "K",
    "G", "Q", "D", "A", "P", "L", "E", "F", "T", "F", "H", "V", "E",
    "I", "T", "P", "N", "V", "Q", "K", "E", "Q", "A", "H", "S", "E",
    "E", "H", "A", "G", "R", "A", "A", "F", "P", "G", "A", "P", "G",
    "E", "G", "P", "E", "A", "R", "G", "P", "S", "L", "G", "E", "D",
    "T", "K", "E", "A", "D", "L", "P", "E", "P", "S", "E", "K", "Q",
    "P", "A", "A", "A", "P", "R", "G", "K", "P", "V", "S", "R", "V",
    "P", "Q", "L", "K", "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D",
    "G", "T", "G", "S", "D", "D", "K", "K", "A", "K", "T", "S", "T",
    "R", "S", "S", "A", "K", "T", "L", "K", "N", "R", "P", "C", "L",
    "S", "P", "K", "H", "P", "T", "P", "G", "S", "S", "D", "P", "L",
    "I", "Q", "P", "S", "S", "P", "A", "V", "C", "P", "E", "P", "P",
    "S", "S", "P", "K", "Y", "V", "S", "S", "V", "T", "S", "R", "T",
    "G", "S", "S", "G", "A", "K", "E", "M", "K", "L", "K", "G", "A",
    "D", "G", "K", "T", "K", "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A",
    "P", "P", "G", "Q", "K", "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I",
    "P", "A", "K", "T", "P", "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S",
    "S", "G", "E", "P", "P", "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y",
    "S", "S", "P", "G", "S", "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S",
    "R", "T", "P", "S", "L", "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P",
    "K", "K", "V", "A", "V", "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P",
    "S", "S", "A", "K", "S", "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P",
    "M", "P", "D", "L", "K", "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S",
    "T", "E", "N", "L", "K", "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V",
    "Q", "I", "I", "N", "K", "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q",
    "S", "K", "C", "G", "S", "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P",
    "G", "G", "G", "S", "V", "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D",
    "L", "S", "K", "V", "T", "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N",
    "I", "H", "H", "K", "P", "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K",
    "S", "E", "K", "L", "D", "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K",
    "I", "G", "S", "L", "D", "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G",
    "G", "N", "K", "K", "I", "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R",
    "E", "N", "A", "K", "A", "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I",
    "V", "Y", "K", "S", "P", "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P",
    "R", "H", "L", "S", "N", "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D",
    "M", "V", "D", "S", "P", "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E",
    "V", "S", "A", "S", "L", "A", "K", "Q", "G", "L"
  ), Annotations = list(
    Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)),
    PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list(
      CTSL_pH_4_5 = c(
        1L, 9L, 11L, 13L, 19L, 21L, 30L, 44L,
        49L, 54L, 67L, 71L, 76L, 81L, 116L, 129L, 173L, 198L,
        227L, 229L, 244L, 254L, 256L, 257L, 261L, 267L, 281L,
        283L, 300L, 307L, 310L, 314L, 316L, 319L, 326L, 340L,
        340L, 341L, 351L, 355L, 377L, 379L, 379L, 394L, 395L,
        402L, 405L, 417L, 419L, 421L, 426L, 427L, 429L, 433L,
        437L, 438L
      ), CTSL_pH_5_5 = c(54L, 244L, 319L), CTSD_pH_3_4 = c(
        340L,
        391L, 426L
      ), CTSD_pH_4_5 = c(340L, 399L, 400L, 417L),
      CTSB_pH_4_5 = c(
        7L, 12L, 15L, 17L, 30L, 53L, 82L, 130L,
        186L, 209L, 225L, 237L, 238L, 257L, 259L, 262L, 264L,
        282L, 284L, 321L, 349L, 353L, 407L, 438L
      ), CTSB_pH_5_5 = c(
        14L,
        17L, 27L, 81L, 173L, 186L, 209L, 225L, 238L, 253L, 256L,
        257L, 259L, 262L, 264L, 284L, 290L, 338L, 349L, 353L,
        400L, 407L, 419L, 419L, 424L, 425L
      ), CTSK_pH_4_5 = c(
        1L,
        21L, 30L, 44L, 109L, 184L, 184L, 214L, 244L, 254L, 261L,
        319L, 326L, 343L, 355L, 377L, 399L, 421L
      ), CTSF_pH_4_5 = c(
        300L,
        402L
      ), CTSV_pH_3_4 = c(
        248L, 254L, 276L, 285L, 307L,
        314L, 316L, 340L, 351L, 361L, 395L, 433L
      ), CTSV_pH_4_5 = c(
        1L,
        11L, 21L, 30L, 30L, 44L, 244L, 254L, 256L, 257L, 276L,
        283L, 285L, 288L, 307L, 310L, 316L, 326L, 340L, 340L,
        351L, 361L, 379L, 381L, 394L, 395L, 407L, 425L, 426L,
        429L, 433L
      ), CTSE_pH_3_4 = c(
        8L, 9L, 11L, 21L, 30L, 44L,
        73L, 81L, 109L, 129L, 244L, 254L, 257L, 261L, 283L, 288L,
        307L, 310L, 319L, 326L, 340L, 351L, 355L, 395L, 418L,
        419L, 419L, 425L, 426L, 433L
      ), CTSE_pH_4_5 = c(
        8L, 111L,
        307L, 322L, 419L, 425L
      ), CTSS_pH_4_5 = c(
        1L, 5L, 7L,
        9L, 12L, 30L, 44L, 49L, 67L, 72L, 76L, 80L, 95L, 105L,
        109L, 115L, 116L, 129L, 212L, 243L, 244L, 254L, 257L,
        267L, 276L, 283L, 288L, 307L, 308L, 309L, 310L, 316L,
        339L, 345L, 351L, 355L, 361L, 391L, 394L, 395L, 400L,
        407L, 411L, 412L, 420L, 425L, 426L, 427L, 429L, 433L
      ),
      CTSS_pH_5_5 = c(
        1L, 11L, 12L, 30L, 30L, 44L, 49L, 67L,
        72L, 76L, 80L, 92L, 95L, 109L, 115L, 129L, 243L, 244L,
        254L, 256L, 257L, 261L, 267L, 283L, 288L, 307L, 308L,
        310L, 316L, 319L, 326L, 339L, 351L, 355L, 355L, 361L,
        379L, 379L, 391L, 394L, 395L, 400L, 407L, 411L, 412L,
        423L, 425L, 426L, 427L, 429L, 430L, 433L, 433L
      ), CTSO_pH_5_5 = c(
        92L,
        212L, 339L, 430L
      ), AEP_pH_4_5 = c(
        40L, 49L, 54L, 54L,
        67L, 116L, 209L, 212L, 252L, 255L, 265L, 279L, 286L,
        327L, 339L, 345L, 361L, 368L, 368L, 381L, 402L, 418L,
        423L, 430L, 430L
      ), AEP_pH_5_5 = c(
        67L, 92L, 265L, 284L,
        339L, 345L, 368L, 423L, 430L
      ), CTSX_pH_3_4 = c(
        16L, 41L,
        67L, 112L, 212L, 339L, 345L, 402L, 423L, 430L
      ), CTSX_pH_4_5 = c(
        3L,
        16L, 67L, 212L, 339L, 345L, 355L, 355L, 394L, 432L, 433L
      ), CTSA_pH_4_5 = c(48L, 55L, 67L, 73L, 339L, 430L)
    ),
    Variant = structure(list(), names = character(0))
  ), UniprotID = NULL,
  Description = "Tau Cathepsin Cleavage Sites",
  Reference = "https://molecularneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13024-023-00621-8"
), class = c(
  "a3",
  "list"
))

# mapt_citrullination ----
MAPT_Citrullination <- structure(list(
  Sequence = c(
    "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E",
    "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L",
    "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q",
    "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S",
    "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P",
    "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A",
    "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P",
    "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P",
    "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T",
    "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q",
    "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S",
    "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K",
    "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K",
    "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P",
    "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P",
    "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S",
    "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L",
    "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V",
    "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S",
    "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K",
    "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K",
    "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K",
    "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S",
    "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V",
    "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T",
    "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P",
    "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D",
    "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D",
    "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I",
    "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A",
    "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P",
    "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N",
    "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P",
    "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L",
    "A", "K", "Q", "G", "L"
  ), Annotations = list(
    Site = NULL, Region = NULL,
    PTM = list(Citrullination = c(
      5, 23, 126, 155, 170, 194,
      209, 211, 221, 230, 242, 349, 379, 406
    )), Cleavage_site = NULL,
    Variant = NULL
  ), UniprotID = NULL,
  Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy",
  Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full"
), class = c(
  "a3",
  "list"
))