真菌分類表

真菌界（學名：Fungi，單數為 Fungus，複數可為 Fungi 或 Funguses [3]）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。

## 子囊菌門 （Ascomycota）

* Neolectomycetes
  * Neolectales
* Pneumocystidomycetes
  * Pneumocystidales
* Schizosaccharomycetes
  * Schizosaccharomycetales
  * 環境樣本
* Taphrinomycetes
  * Taphrinales
* Archaeorhizomycetes
  * Archaeorhizomycetales
  * 環境樣本
* Arthoniomycetes
  * Arthoniales
  * Lichenostigmatales
  * 目未定
* Dothideomycetes
  * Capnodiales
  * Dothideales
  * Myriangiales
  * Jahnulales
  * Mytilinidiales
  * Pleosporales
  * Botryosphaeriales
  * Microthyriales
  * Patellariales
  * Trypetheliales
  * 目未定及環境、菌根樣本
* Eurotiomycetes
  * Chaetothyriales
  * Pyrenulales
  * Verrucariales
  * Coryneliales
  * Arachnomycetales
  * Ascosphaerales
  * Eurotiales
  * Onygenales
  * Mycocaliciales
  * 目未定及環境樣本
* Geoglossomycetes
  * Geoglossales
  * 目未定
* Laboulbeniomycetes
  * Laboulbeniales
  * Pyxidiophorales
  * 目未定及環境樣本
* Lecanoromycetes
  * Acarosporales
  * Lecanorales
  * Lecideales
  * Peltigerales
  * Teloschistales
  * Agyriales
  * Baeomycetales
  * Ostropales
  * Rhizocarpales
  * Pertusariales
  * Candelariales
  * Umbilicariales
  * 目未定及環境樣本
* Leotiomycetes
  * Cyttariales
  * Erysiphales
  * Helotiales
  * Leotiales
  * Rhytismatales
  * Thelebolales
  * Medeolariales
  * 目未定及環境、菌根樣本
* Lichinomycetes
  * Eremothallales
  * Lichinales
* Orbiliomycetes
  * Orbiliales
* Pezizomycetes
  * Pezizales
  * 目未定
* Pneumocystidomycetes
  * Pneumocystidales
* Sordariomycetes
  * Coronophorales
  * Hypocreales
  * Melanosporales
  * Microascales
  * Boliniales
  * Calosphaeriales
  * Chaetosphaeriales
  * Coniochaetales
  * Diaporthales
  * Ophiostomatales
  * Sordariales
  * Lulworthiales
  * Xylariales
  * Phyllachorales
  * Trichosphaeriales
  * 目未定及環境、菌根樣本
* Saccharomycetes
  * Saccharomycetales
* 綱未定及環境、菌根樣本

## 擔子菌門 (Basidiomycota)

* Tremellomycetes
  * Cystofilobasidiales
  * Filobasidiales
  * Tremellales
  * Holtermanniales
  * 目未定
* Dacrymycetes
  * Dacrymycetales
* Agaricomycetes
  * Agaricales
  * Atheliales
  * Boletales
  * †Prototaxales
  * Amylocorticiales
  * Jaapiales
  * Lepidostromatales
  * Geastrales
  * Gomphales
  * Hysterangiales
  * Phallales
  * Auriculariales
  * Cantharellales
  * Corticiales
  * Gloeophyllales
  * Hymenochaetales
  * Polyporales
  * Russulales
  * Sebacinales
  * Thelephorales
  * Trechisporales
  * 目未定及環境樣本
* Agaricostilbomycetes
  * Agaricostilbales
  * Spiculostilbales
  * 目未定及環境樣本
* Atractiellomycetes
  * Atractiellales
* Classiculomycetes
  * Classiculales
* Cryptomycocolacomycetes
  * Cryptomycocolacales
* Cystobasidiomycetes
  * Cystobasidiales
  * Erythrobasidiales
  * Naohideales
  * 目未定
* Microbotryomycetes
  * Heterogastridiales
  * Kriegeriales
  * Leucosporidiales
  * Microbotryales
  * Sporidiobolales
  * 目未定及環境樣本
* Mixiomycetes
  * Mixiales
* Pucciniomycetes
  * Helicobasidiales
  * Pachnocybales
  * Platygloeales
  * Pucciniales
  * Septobasidiales
  * 目未定及環境樣本
* Entorrhizomycetes
  * Entorrhizales
* Ustilaginomycetes
  * Urocystales
  * Ustilaginales
  * 目未定及環境樣本
* Exobasidiomycetes
  * Ceraceosorales
  * Doassansiales
  * Entylomatales
  * Exobasidiales
  * Georgefischeriales
  * Microstromatales
  * Tilletiales
  * Malasseziales
  * 目未定及環境樣本
* Wallemiomycetes
  * Wallemiales
  * Geminibasidiales
  * 目未定
* 綱未定及環境、菌根樣本

## 芽枝霉門 (Blastocladiomycota)

* Blastocladiomycetes
  * Blastocladiales
  * 目未定
* 環境樣本

## 壺菌門 (Chytridiomycota)

* Chytridiomycetes
  * Chytridiales
  * Cladochytriales
  * Lobulomycetales
  * Polychytriales
  * Rhizophlyctidales
  * Rhizophydiales
  * Spizellomycetales
  * 目未定
* Monoblepharidomycetes
  * Monoblepharidales
* 綱未定及環境樣本

## 球囊菌門 (Glomeromycota)

* Glomeromycetes
  * Archaeosporales
  * Diversisporales
  * Glomerales
  * Paraglomerales
  * 目未定及環境樣本
* 綱未定及環境樣本

## 微孢子蟲門（Microsporidia）

* Minisporea
  * Minisporida
* Microsporea
  * Microsporida
* Metchnikovellea
  * Metchnikovellida
* 綱未定及環境樣本

## 新美鞭菌門（Neocallimastigomycota）

* Neocallimastigomycetes
  * Neocallimastigales
* 綱未定及環境樣本

## 接合菌門 (Zygomycota)

* Zygomycetes
  * Endogonales
  * Mucorales
  * Mortierellales
  * Asellariales
  * Kickxellales
  * Dimargaritales
  * Harpellales
  * Entomophthorales
  * Zoopagales
  * 目未定

## 門未定及環境、菌根樣本

* 其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合 DNA 片段）