原生生物分類表

## 變形蟲門（Amoebozoa）

* Tubulinea
  * Arcellinida
  * Leptomyxida
  * Tubulinida
  * 目未定及環境樣本
* Pelobiontea
  * Pelobiontida
* Entamoebea
  * Entamoebida
* Flabellinea
  * Dactylopodida
  * Dermamoebida
  * Himatismenida
  * Vannellida
* Myxomycetes
  * Echinosteliales
  * Liceales
  * Physarales
  * Trichiales
  * Stemonitales
  * 目未定
* Dictyosteliomycetes
  * Dictyosteliales
* Protosteliomycetes
  * Protosteliales
* 綱未定及環境樣本

## 頂復門（Apicomplexa）

* Aconoidasida
  * Haemosporida
  * Piroplasmorida
* Conoidasida
  * Archigregarinorida
  * Eugregarinorida
  * Neogregarinorida
  * 目未定及環境樣本
* Coccidiasina
  * Agamococcidiorida
  * Eucoccidiorida
  * Ixorheorida
  * Protococcidiorida
  * 目未定及環境樣本
* 綱未定及環境樣本

## 無根蟲門（Apusozoa）

* Diphyllatea
  * Diphylleida
* Thecomonadea
  * Ancyromonadida
  * Apusomonadida
  * Hemimastigida
* 綱未定及環境樣本

## 絲足蟲門（Cercozoa）

* Ascetosporea
  * Claustrosporida
  * Haplosporida
  * Paramyxida
* Gromiidea
  * Gromiida
* Phytomyxea
  * Phagomyxida
  * Plasmodiophorida
  * 目未定
* Imbricatea
  * Euglyphida
  * Thaumatomonadida
* Sarcomonadea
  * Cercomonadida
  * Metopiida
  * 目未定
* Thecofilosea
  * Cryomonadida
  * Tectofilosida
* Chlorarachnea
  * Chlorarachniida
* Proteomyxidea
  * Heliomonadida
  * Leucodictyida
  * Pseudosporida
  * Reticulosida
* Spongomonadea
  * Spongomonadida
* 綱未定及環境樣本

## 輪藻門（Charophyta）

* Mesostigmatophyceae
  * Mesostigmales
  * 環境樣本
* Klebsormidiophyceae
  * Klebsormidiales
* Zygnematophyceae
  * Zygnematales
  * Desmidiales
* Charophyceae
  * Charales
* Coleochaetophyceae
  * Coleochaetales
* 綱未定及環境樣本

## 綠藻門（Chlorophyta）

* Chlorophyceae
  * Chaetopeltidales
  * Chaetophorales
  * Chlorococcales
  * Chlorocystidales
  * Microsporales
  * Oedogoniales
  * Sphaeropleales
  * Tetrasporales
  * Volvocales
  * 目未定及環境樣本
* Mamiellophyceae
  * Mamiellales
  * 目未定
* Nephroselmidophyceae
  * Nephroselmiales
* Pedinophyceae
  * Pedinomonadales
  * Scourfieldiales
  * 目未定
* Pleurastrophyceae
  * Chlorodendrales
  * Prasinococcales
  * Pseudoscourfieldiales
  * Pyramimonadales
  * 目未定及環境樣本
* Trebouxiophyceae
  * Chlorellales
  * Oocystales
  * Prasiolales
  * Trebouxiales
  * 目未定及環境樣本
* Ulvophyceae
  * Acrosiphoniales
  * Bryopsidales
  * Chlorocystidales
  * Cladophorales
  * Dasycladales
  * Ignatiales
  * Oltmansiellopsidales
  * Scotinosphaerales
  * Trentepohliales
  * Ulotrichales
  * Ulvales
  * 目未定及環境樣本
* 綱未定及環境樣本

## 領鞭毛蟲門（Choanozoa）

* Aphelidea
* Choanoflagellata
  * Choanoflagellida
* Corallochytrea
  * Corallochytrida
* Cristidiscoidea
  * Ministeriida
  * Nucleariida
* Mesomycetozoea
  * Amoebidiales
  * Dermocystida
  * Eccrinales
  * Ichthyophonida
  * 目未定
* 綱未定

## Chromerida

* Chromeraceae
  * Chromera
* Vitrellaceae
  * Vitrella
* 綱未定

## 纖毛蟲門（Ciliophora）

* Colpodea
  * Bryometopida
  * Bryophryida
  * Bursariomorphida
  * Colpodida
  * Cyrtolophosidida
  * Sorogenida
  * 目未定及環境樣本
* Litostomatea
  * Cyclotrichida
  * Haptorida
  * Pleurostomatida
  * Entodiniomorphida
  * Trichostomatida
  * Vestibuliferida
  * 目未定及環境樣本
* Nassophorea
  * Microthoracida
  * Nassulida
  * Synhymeniida
  * 目未定
* Oligohymenophorea
  * Apostomatida
  * Astomatophorida
  * Pilisuctorida
  * Astomatida
  * Hymenostomatida
  * Peniculida
  * Mobilida
  * Sessilida
  * Philasterida
  * Pleuronematida
  * Thigmotrichida
  * 目未定及環境樣本
* Phyllopharyngea
  * Cryptogemmida
  * Exogemmida
  * Chlamydodontida
  * Dysteriida
  * Hypocomatida
  * Rhynchodida
  * Endogenida
  * Evaginogenida
  * Exogenida
  * 目未定及環境樣本
* Plagiopylea
  * Odontostomatida
  * Plagyopylida
  * 環境樣本
* Prostomatea
  * Prorodontida
  * Prostomatida
  * 環境樣本
* Spirotrichea
  * Choreotrichida
  * Tintinnida
  * Euplotida
  * Kiitrichida
  * Halteriida
  * Oligotrichida
  * Strombidiida
  * Protocruziida
  * Plagiotomida
  * Sporadotrichida
  * Stichotrichida
  * Urostylida
  * Armophorida
  * Clevelandellida
  * Odontostomatida
  * Phacodiniida
  * 目未定及環境樣本
* Heterotrichea
  * Heterotrichida
  * Licnophorida
  * 環境樣本
* Karyorelictea
  * Loxodida
  * Protoheterotrichida
  * Protostomatida
  * 目未定及環境樣本
* 綱未定及環境樣本

## 隱藻門 (Cryptophyta)

* Cryptomonadea
  * Cryptomonadales
  * Pyrenomonadales
  * Tetragonidiales
* Goniomonadea
  * Goniomonadales
* Katablepharidophyceae
  * Katablepharidales
* 綱未定及環境樣本

## 雙鞭毛蟲門（Dinoflagellata）

* Blastodiniophyceae
  * Blastodiniales
* Dinophyceae
  * Dinophysiales
  * Gymnodiniales
  * Ptychodiscales
  * Gonyaulacales
  * Peridiniales
  * Prorocentrales
  * Chytriodiniales
  * Desmocapsales
  * Dinamoebales
  * Dinocloniales
  * †Hystrichosphaerida
  * Phytodiniales
  * Suessiales
  * Thoracosphaerales
  * Zooxanthellales
  * 目未定
* Noctiluciphyceae
  * Noctilucales
* Syndiniophyceae
  * Syndiniales
* Apicomonadea
  * Colpodellida
  * 目未定及環境樣本
* Colponemea
  * Colponemida
* Ellobiopsea
  * Ellobiopsida
* Perkinsea
  * Perkinsorida
  * 目未定
* †Acritarcha
  * †Acanthomorphitae
  * †Diacromorphitae
  * †Dinetromorphitae
  * †Disphaeromorphitae
  * †Herkomorphitae
  * †Netromorphitae
  * †Oomorphitae
  * †Platymorphitae
  * †Polygonomorphitae
  * †Prismatomorphitae
  * †Pteromorphitae
  * †Sphaeromorphitae
  * †Stephanomorphitae
  * †Versimorphitae
  * 目未定
* 綱未定及環境樣本

## 眼蟲門（Euglenozoa）

* Diplonemea
  * Diplonemida
* Euglenoidea
  * Euglenida
  * Peranemida
  * Petalomonadida
  * Rhabdomonadida
  * 目未定
* Kinetoplastea
  * Bodonida
  * Trypanosomatida
* Postgaardea
  * Postgaardida
* 綱未定及環境樣本

## 有孔蟲門（Foraminifera）

* Allogromioidia
  * Allogromiida
* Athalamea
  * Biomyxida
* †Fusulinidia
  * †Fusulinida
* Miliolidia
  * Miliolida
* Rotalidia
  * Carterinida
  * Globigerinida
  * †Involutinida
  * Lagenida
  * Robertinida
  * Rotaliida
  * Silicoloculinida
  * Spirillinida
* Textularidia
  * Astrorhizida
  * Textulariida
* Xenophyophorea
  * †Paleodictyida
  * Psamminida
  * Stannomida
* 綱未定及環境樣本

## 灰胞藻門（Glaucophyta）

* Glaucophyceae
  * Cyanophorales
  * Glaucocystales
  * Gloeochaetales
  * 目未定及環境樣本

## 槽蟲門（Loukozoa）

* Jakobea
  * Jakobida
* Malawimonadea
  * Malawimonadida

## 後滴門（Metamonada）

* Carpediemonadea
  * Carpediemonadida
* Anaeromonadida
  * Trimastigida
  * Oxymonadida
* Retortamonadea
  * Retortamonadida
* Trepomonadea
  * Enteromonadida
  * Distomatida
  * Giardiida
* Trichomonadea
  * Lophomonadida
  * Spirotrichonymphida
  * Trichomonadida
* Trichonymphea
  * Trichonymphida
* 綱未定及環境樣本

## 定鞭藻門 (Haptophyta)

* Prymnesiophyceae
  * Coccolithales
  * Coccosphaerales
  * Isochrysidales
  * Phaeocystales
  * Prymnesiales
  * Syracosphaerales
  * Zygodiscales
  * †Arkhangelskiales
  * †Discoasterales
  * †Eiffelithales
  * †Podorhabdales
  * †Stephanolithiales
  * †Watznaueriales
* Pavlovophyceae
  * Pavlovales
* 綱未定及環境樣本

## 不等鞭毛門 (Heterokontophyta)

* Hyphochytriomycetes
  * Hyphochytriales
* Labyrinthulomycetes
  * Labyrinthulales
  * Thraustochytriales
  * 目未定及環境樣本
* Opalinea
  * Slopalinida
* Bicosecophyceae
  * Bicosoecales
  * Pirsoniales
* Peronosporomycetes
  * Albuginales
  * Olpidiopsidales
  * Peronosporales
  * Pythiales
  * Rhipidiales
  * Leptomitales
  * Salilagenidiales
  * Saprolegniales
  * Sclerosporales
  * Anisolpidiales
  * †Galtierella
  * Lagenidiales
  * Lagenismatales
  * Myzocytiopsidales
  * Rozellopsidales
  * 目未定及環境樣本
* Chrysophyceae
  * Chromulinales
  * Chrysamoebidales
  * Chrysapiales
  * Chrysocapsales
  * Chrysosphaerales
  * Hibberdiales
  * Hydrurales
  * Ochromonadales
  * Phaeothamniales
  * Rhizochrysidales
  * Thallochrysidales
  * 目未定及環境樣本
* Eustigmatophyceae
  * Eustigmatales
  * 目未定及環境樣本
* Phaeothamniophyceae
  * Phaeothamniales
  * Pleurochloridellales
  * 目未定及環境樣本
* Raphidophyceae
  * Raphidomonadales
  * 目未定及環境樣本
* Synurophyceae
  * Synurales
  * 目未定及環境樣本
* Phaeophyceae
  * Ascoseirales
  * Chordariales
  * Cutleriales
  * Desmarestiales
  * Dictyosiphonales
  * Dictyotales
  * Durvillaeales
  * Ectocarpales
  * Fucales
  * Laminariales
  * Scytosiphonales
  * Scytothamnales
  * Sphacelariales
  * Sporochnales
  * Tilopteridales
  * 目未定
* Xanthophyceae
  * Chloramoebales
  * Heterogloeales
  * Mischococcales
  * Rhizochloridales
  * Tribonematales
  * Vaucheriales
  * 目未定及環境樣本
* Chrysomerophyceae
  * Chrysomeridales
* Actinochrysophyceae
  * Actinophryida
  * Ciliophryida
  * Pedinellales
  * Rhizochromulinales
  * Dictyochales
  * 目未定及環境樣本
* Pelagophyceae
  * Pelagomonadales
  * Sarcinochrysidales
  * 目未定及環境樣本
* Bolidophyceae
  * Bolidomonadales
* Coscinodiscophyceae
  * Thalassiosirales
  * Chrysanthemodiscales
  * Melosirales
  * Paraliales
  * Aulacoseirales
  * Orthoseirales
  * Coscinodiscales
  * Ethmodiscales
  * Asterolamprales
  * Arachnoidiscales
  * Stictodiscales
  * Stictocyclales
  * Triceratiales
  * Biddulphiales
  * Hemiaulales
  * Anaulales
  * Lithodesmiales
  * Corethrales
  * Cymatosirales
  * Rhizosoleniales
  * Leptocylindrales
  * Chaetocerotales
  * 目未定及環境樣本
* Fragilariophyceae
  * Fragilariales
  * Tabellariales
  * Licmophorales
  * Rhaphoneidales
  * Ardissoneales
  * Toxariales
  * Thalassionematales
  * Rhabdonematales
  * Striatellales
  * Cyclophorales
  * Climacospheniales
  * Protoraphidales
  * 目未定及環境樣本
* Bacillariophyceae
  * Eunotiales
  * Lyrellales
  * Mastogloiales
  * Dictyoneidales
  * Cymbellales
  * Achnanthales
  * Naviculales
  * Thalassiophysales
  * Bacillariales
  * Rhopalodiales
  * Surirellales
  * 目未定及環境樣本
* Xanthomonadophyceae
* Blastocystae
  * Blastocystida
* 綱未定及環境樣本

## 透色門（Percolozoa）

* Heterolobosea
  * Acrasida
  * Lyromonadida
  * Schizopyrenida
  * 目未定及環境樣本
* Percolatea
  * Percolomonadida
  * Pseudociliatida

## 放射蟲門（Radiolaria）

* Acantharea
  * Arthracanthida
  * Chaunacanthida
  * Holacanthida
  * Symphyacanthida
  * 目未定及環境樣本
* Phaeodarea
  * Phaeocalpida
  * Phaeoconchida
  * Phaeocystida
  * Phaeodendrida
  * Phaeogromida
  * Phaeogymnocellida
  * Phaeosphaerida
* Polycystina
  * †Albaillellaria
  * Archaeospicularia
  * Collodaria
  * Entactinaria
  * †Latentifistularia
  * Nassellaria
  * Spumellaria
  * 目未定及環境樣本
* Sticholonchea
  * Taxopodida
  * 環境樣本
* 綱未定及環境樣本

## 紅藻門（Rhodophyta）

* Rhodophyceae
  * Bangiales
  * Goniotrichales
  * Porphyridiales
  * Ahnfeltiales
  * Pihiellales
  * Corallinales
  * Rhodogorgonales
  * Hildenbrandiales
  * Acrochaetiales
  * Balbianiales
  * Balliales
  * Batrachospermales
  * Colaconematales
  * Nemaliales
  * Palmariales
  * Bonnemaisoniales
  * Ceramiales
  * Gelidiales
  * Gigartinales
  * Gracilariales
  * Halymeniales
  * Nemastomatales
  * Plocamiales
  * Rhodymeniales
  * 目未定及環境樣本
* Cyanidiophyceae
* 綱未定及環境樣本

## 門未定

* 其餘的原生生物種類（包括早期原生生物種類及混合生物片段、X 細胞寄生物）