AMBER力场
AMBER 力場是在生物大分子的模擬計算領域有著廣泛應用的一個分子力場。開發這個力場的是 Peter Kollman 課題組，最初 AMBER 力場是專門為了計算蛋白質和核酸體系而開發的，計算其力場參數的數據均來自實驗值，後來隨著 AMBER 力場的廣泛應用，包括 Kollman 在內的很多課題組對 AMBER 力場的內容不斷進行豐富，逐漸開發出了一個可以用於生物大分子、有機小分子和高分子模擬計算的力場體系。但是總體來講，AMBER 力場的優勢在於對生物大分子的計算，其對小分子體系的計算結果常常不能令人滿意。
AMBER 力場的勢能函數形勢較為簡單，所需參數不多，計算量也比較小，這是這個力場的一大特色，但也在一定程度上限制了這個力場的擴展性。本力場用諧振子模型計算鍵長伸縮能和鍵角彎轉能，用傅立葉級數的形式來描述二面角扭轉能，選用 Lennard-Jones 勢來模擬范德華力；用庫侖公式來描述靜電相互作用，其勢能表達式為：

  
    
      
        
          V
          
            (
            
              r
              
                N
              
            
            )
          
        
        =
        
          ∑
          
            b
            o
            n
            d
            s
          
        
        
          
            1
            2
          
        
        
          k
          
            b
          
        
        (
        l
        −
        
          l
          
            0
          
        
        
          )
          
            2
          
        
        +
        
          ∑
          
            a
            n
            g
            l
            e
            s
          
        
        
          
            1
            2
          
        
        
          k
          
            a
          
        
        (
        θ
        −
        
          θ
          
            0
          
        
        
          )
          
            2
          
        
        +
        
          ∑
          
            t
            o
            r
            s
            i
            o
            n
            s
          
        
        
          
            1
            2
          
        
        
          V
          
            n
          
        
        [
        1
        +
        c
        o
        s
        (
        n
        ω
        −
        γ
        )
        ]
        +
        
          ∑
          
            j
            =
            1
          
          
            N
            −
            1
          
        
        
          ∑
          
            i
            =
            j
            +
            1
          
          
            N
          
        
        
          {
          
            4
            
              ϵ
              
                i
                ,
                j
              
            
            
              [
              
                
                  
                    (
                    
                      
                        
                          σ
                          
                            i
                            j
                          
                        
                        
                          r
                          
                            i
                            j
                          
                        
                      
                    
                    )
                  
                  
                    12
                  
                
                −
                
                  
                    (
                    
                      
                        
                          σ
                          
                            i
                            j
                          
                        
                        
                          r
                          
                            i
                            j
                          
                        
                      
                    
                    )
                  
                  
                    6
                  
                
              
              ]
            
            +
            
              
                
                  
                    q
                    
                      i
                    
                  
                  
                    q
                    
                      j
                    
                  
                
                
                  4
                  π
                  
                    ϵ
                    
                      0
                    
                  
                  
                    r
                    
                      i
                    
                  
                  j
                
              
            
          
          }
        
      
    
    {\displaystyle V_{(r^{N})}=\sum _{bonds}{\frac {1}{2}} k_{b}(l-l_{0})^{2}+\sum _{angles}{\frac {1}{2}} k_{a}(\theta -\theta _{0})^{2}+\sum _{torsions}{\frac {1}{2}} V_{n}[1+cos (n\omega -\gamma)]+\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}\left\{4\epsilon _{i,j}\left [\left ({\frac {\sigma _{ij}}{r_{ij}}}\right)^{12}-\left ({\frac {\sigma _{ij}}{r_{ij}}}\right)^{6}\right]+{\frac {q_{i} q_{j}}{4\pi \epsilon _{0} r_{i} j}}\right\}}
  
現在有很多主流計算軟體包應用了 AMBER 力場，其中除了 Kollman 課題組開發的 AMBER 軟體之外，還有 Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE 和 HyperChem 等。