內源性反轉錄病毒
內源性反轉錄病毒（Endogenous retrovirus，簡稱 ERV）是脊椎動物基因組中的一類具有長末端重複序列（LTR）的基因元件，與 LTR 反轉錄轉座子非常相似，但除了 gag 與 pol 兩基因外還多了編碼包膜蛋白的 env 基因，可能源於千萬年前感染細胞的反轉錄病毒，這些反轉錄病毒整合進宿主細胞基因組中，大部分已累積許多突變而不再能組裝成完整病毒顆粒，僅能透過細胞複製垂直傳播而不能在細胞間水平傳播，許多甚至已丟失了開放閱讀框，只剩兩側的 LTR，不過有些仍能表現病毒蛋白，甚至有能組裝成顆粒感染其他細胞者。細胞中有許多機制可抑制內源性反轉錄病毒的基因表現，但這些序列仍可能在生殖細胞中與發育早期的胚胎裡轉錄，進而複製增殖，內源性反轉錄病毒的過度表現可能與一些癌症與神經退化性疾病有關。
反轉錄病毒丟失 env 基因後可能轉為 LTR 反轉錄轉座子，反之 LTR 反轉錄轉座子獲得 env 基因後可能轉為反轉錄病毒，不過文獻中常見混用兩者的狀況，且許多內源性反轉錄病毒丟失了編碼蛋白的序列，有些 LTR 反轉錄轉座子新獲得類似 env 蛋白的序列，使兩者差異更趨模糊。有研究發現內源性反轉錄病毒丟失 env 基因而轉為反轉錄轉座子後，雖不能作為病毒感染其他細胞，但在基因組中增殖的能力大大增加。