英屬婆羅洲日佔時期
婆羅洲在太平洋戰爭爆發前被為五個區域。其中位於北方的四個由英國統治：砂拉越、汶萊、納閩和英屬北婆羅洲（今沙巴）。剩餘的大部分南方地區則屬於荷屬東印度（今印尼）的轄區。 
鑑於日本在中國和法屬印度支那的侵略行動，1941 年美國和英國開始對日本實施原物料禁運。婆羅洲位於日本通往新加坡、爪哇島、蘇門答臘島、馬來亞和西里伯斯（今蘇拉威西）的主要航道上。由於婆羅洲所蘊藏的石油資源，婆羅洲是日本的主要目標，同時缺乏防守武力。日本當時長期缺乏自然資源，為了加強其在太平洋的勢力，日本需要穩定的補給－－尤其是石油，因此婆羅洲對日本來說走有重要的戰略地位。掌握這些航道，才能有效地保障資源供給。
1941 年 12 月 16 日，日軍從法屬印度支那的金蘭灣出航，登陸砂拉越美里。1942 年 1 月 1 日，日本海軍登上納閩，第二天，日軍在北婆羅領地的 Menumbok 進行登陸。1 月 8 日，日軍在等待增援的同時與哲斯頓的官員就投降問題進行談判了，並在當天佔領了哲斯頓，但日軍直到月底才完全佔領英屬婆羅洲。日本人將婆羅洲北部稱為「北婆羅」，荷蘭統治的南方相鄰區域稱為「南婆羅」，並將納閩島改名為「前田島」。這是近代史中首次婆羅洲全島統一在單一的政權下。
日軍佔領英屬北婆羅洲長達三年多。這段時間日軍積極地向當地居民推廣皇民化教育，要求土著學習日語和日本文化。日軍將北婆羅洲分為五個州，並建造了許多機場。日軍還在此建立了幾個幾個戰俘營，盟軍士兵和大多數前殖民地官員以及反對日本占領的地下運動成員都被關押其中。與此同時，當地的馬來族領導人在日本的監視下維持他們的統治。還有許多外籍勞工被送到該地。
直到 1945 年底，澳大利亞突擊隊在盟軍（美國）潛艇的協助下被部署到該島上，數千名土著在盟軍 Z 特遣隊的指揮下進行情報活動與戰鬥訓練，他們在婆羅洲戰役中與日軍進行遊擊戰，為盟軍主力登陸的解放任務做準備。1945 年 6 月 10 日，澳大利亞和美國軍隊在北婆羅洲和納閩登陸，婆羅洲被解放。1945 年 9 月 12 日，英國軍事政府正式從日軍手中接管該地區。