T4作戦
「安楽死」政策への批判は、ゲシュタポを擁護する政府への批判材料の1つとして行われたのであり、ガーレンにとって最優先課題だったわけではない。
とは言え、教会の指導者がはっきりとナチスに反旗を翻した事実は大きかった。この説教がきっかけで複数の司教が「安楽死」に対して個別に抗議の声をあげ始めたが、当初ヒトラー政権は説教を途中で切り上げさせたうえで逮捕したり、ゲシュタポを使って逮捕するなどして取り締まろうとした。
ガーレンの説教は、謄写版で何千部と印刷され人から人へと渡っていった。連合国側にもその内容が知られ、イギリスが飛行機でドイツ人向けにビラを撒くまでになった。ヴァルター・ティースラー(ドイツ語版) (国家社会主義の宣伝および国民啓蒙のための帝国同盟指導者) はマルティン・ボルマンに対し、 ガーレンを絞首刑にするよう提案したが、ヒトラーは同意しないだろうとの理由で却下された。ティースラーはゲッベルスにも同様の提案をしたが、教区内の住民の反発を恐れたためやはり却下された。1941年夏の終わりまでには、多くのドイツ国民が「安楽死」計画に不安を覚えるようになっており、ヒムラーでさえヒトラーに対してT4作戦の中止を勧めている。
ローマ教会の最高司教会総会は安楽死政策が認められないという決定を行い、教皇ピウス12世がその決定を広く公布するよう命じた。ピウス12世はこの後もたびたび安楽死を批判する発言を行った。
古い研究では、ナチス党麾下のドイツ国による障害者殺害はポーランド侵攻 (1939年9月1日) 後にドイツ本国で始まったと考えられていて、障害者殺害の実験は1940年1月半ばにブランデンブルクの旧監獄施設を使い、一酸化炭素を用いたと説明されてきた。が、その後の研究により、実際にはもっと早くから本格的に実施されていただけでなく、実施場所も国外のポーランド領内のポズナニだったことが明らかにされている。ポーランド侵攻後ドイツによる占領行政が始まり、障害者施設の管理者や施設ベッドを「替える」のに合わせて障害者が銃殺された。その後もポーランド領内で精神病患者の殺害は続く。
9月29日からはブロンベルク近郊のコツボロフ精神病院で2342名が殺害された他、9月から10月の間にブロンベルク郡のスヴィッチェで1350人の患者が射殺された。同年10月には同様に、ポズナニ近郊の要塞を使って、一酸化炭素とチクロンBを併用した患者殺害の実験が実施されたこともわかっている。実験を実施したのはアインザッツグルッペンである。1939年末には、ヘルベルト・ランゲ指揮下にあった通称「ランゲ特別部隊」が移動式の殺害用トラックを開発、1940年初めにはトラックの排気ガスを使った精神病患者の殺害が始まった。T4作戦初期に使用されたトラックの排気ガスによる患者殺害の手法は、後にユダヤ人の抹殺に応用されていく。
T4作戦が開始されてからの障害者のガス殺は1939年から翌1940年にかけての冬に始まり、まずポーランドで1万から1万5千人にのぼる障害者が殺害された。
同療養所は1889年にカミロ・ハインリッヒ・シュタルヘムベルク侯爵により、貧しい「精神薄弱者と白痴」のための病院として寄贈された病院である。この療養所はT4作戦において、6か所あった精神病患者を殺害する施設の1つとして稼働することになる。T4作戦の殺害精神病院としてハダマー殺害精神病院(ドイツ語版)が頻繁に紹介されるが、精神病患者の大部分はハルトハイム殺害精神病院で殺されている。同年5月24日には、ミュンジンゲン郡グラーフェネックの身体障害者施設 (シュトゥットガルト慈善協会所属) の見分が実施されている。この施設もT4作戦において、殺害精神病院として稼働する。
1939年9月1日、ヒトラーは日付の記されていない秘密命令書を発令し、指定の医師が「不治の患者」に対して「慈悲死」を下す権限を委任する責任をもつ、「計画の全権委任者」としての地位をボウラーとブラントに与えた。ヒトラーは10月末日にこの命令書に署名している。命令書に書かれている9月1日の日付は後からさかのぼって書かれたものだと考えられている。なぜ日にちをさかのぼらねばならなかったのかその理由は現在もわかっていない。この措置は明文化された法律によるものではなく、根拠法をもたなかった。法務省は1939年8月11日には死の幇助と「生きるに値しない命の根絶」を関連づけた法律を準備し、総統官房も法律案を準備していたが、いずれもヒトラーによって拒否された。
ドイツ国民は、いずれ自分たちも殺害対象にされるのではないかと疑心暗鬼に陥った。
一般国民に不安が広がる中で、1941年8月にガーレン枢機卿はヒトラー政権を公然と非難する説教を公開で行い、これがきっかけとなって、ドイツ国民の間で抗議の声が強まった。当時のドイツはソ連侵攻の真っ最中であり、国内の不安醸成を嫌ったヒトラーは1941年8月にT4作戦を中止した。
作戦は中止されたが、この段階で既に7万人以上の障害者が殺害されていた。また、政府が直接統率しなくなったというだけの話で、障害者の殺害はその後も続いた。T4作戦中止後、障害者の殺害は各地方で個別に判断され、ガス殺に代わって餓死や薬物による殺害が中心になった。T4作戦中止後、かえってT4作戦よりも多くの障害者が殺されるようになった。
T4作戦で使われた障害者殺害の手法は、そのままユダヤ人の絶滅計画にも応用されたので、事実上ホロコーストのモデルケースとなった。
推計値には幅があるが、ドイツ国内および占領地域での障害者殺害数は約20万から30万人と推定されている。大量の殺人が行われていたにもかかわらず、ドイツ国内でさえこの事実は長年に渡って等閑視されていた。研究は進んでいるが、ホロコースト研究に比べて本格的に始まった時期は大幅に遅い。