ガーンズバック (フルメタル・パニック!)
上記のようなメリットの反面、運用コストは従来のものとは比べ物にならないほど増えており、よほど資金が潤沢な組織でなければ運用できない。また、油圧システムを持たないゆえに、規格外の荷重に対しては第二世代機と比べると弱い面がある。
他にも、稼働時間の点で第2世代に劣るため、戦闘には向くものの哨戒等の長時間にわたる作戦行動では第2世代に分がある。駆動系や機体構造においても、時として第二世代機の方が有利な場合が見られ、構造の堅牢性ならばサベージ系列の方が勝っている面があり、『燃えるワン・マン・フォース』において、サベージに搭乗した宗介がM9との戦闘において寺院に誘い込んだ上で建物を破壊し、崩れてくる構造物に巻き込むことによってM9を動作不能にし勝利している。
また、M6に比べ静粛性・機動性は勝るものの、操縦に非常に繊細な動作を要求されるほか、高精度のチューニングがなされているため「超上級者向け」の機体に仕上がっており、扱いやすさの面ではM6の方が優位である。実際に、『猫と仔猫のR&R』で、当初M9に乗っていたテッサは全く操ることが出来ず、最終的にM6に乗り換えてマオとの模擬戦に臨んでいる。もっとも、これはテッサが有するウィスパードとしての才覚を生かしたものであり、一種の例外とも言える。いずれにせよM6にはAIによるサポートがないため、操縦それ自体はM9よりも煩雑である。