クレメンス9世 (ローマ教皇)
しかし、ガリカニスムの問題や修道女への対応をめぐってフランス司教団とローマ教皇庁との間に亀裂が生じており、この問題が後に長く尾を引くことになった。ルイ14世は、このように自国の教会問題については自ら指示を出すという姿勢を変えず、ヨーロッパにおけるフランス優位の情勢もあって教皇の世俗支配は弱体化を余儀なくされた。
エーゲ海に浮かぶ島、クレタ島(現ギリシャ共和国)におけるキリスト教勢力の最後の砦であったカンディア(現イラクリオン)は、1645年以降、オスマン帝国の攻撃にさらされていたが、カンディア防衛を担っていたヴェネツィア共和国の兵が救援を求めた際、クレメンス9世はルイ14世からの援助の獲得に失敗し、1669年9月5日、カンディアが陥落した。
文化面では、バロック芸術の大家で旧友のジャン・ロレンツォ・ベルニーニにサンタンジェロ橋(英語版)の装飾を依頼しており、橋はベルニーニ自作の2体ふくむ10体の天使像の彫刻で飾られている。
クレメンス9世は、カンディア陥落後の1669年10月に脳卒中で倒れ、その年の12月9日死去した。