エーテル型脂質
アーキアを他生物(真核生物、バクテリア)と区別する点で、エーテル型脂質の構造がその決め手となる。以下に、アーキアに特有なエーテル型脂質の特徴を列挙する。
グリセロールと炭化水素の結合は全てエーテル結合である。つまり、古細菌においてはグリセロールとアルコールとが結合しているのであって、真核生物で見られるグリセロールと脂肪酸とが結合してできるエステル結合は見られない。
炭化水素鎖はイソプレンを単位としている。なお、炭素鎖の炭素数は20個から40個程度であるものの、イソプレンを単位としてるため、炭素鎖の炭素数は必ず5の倍数である。脂肪酸は持たない。
グリセロール骨格の立体構造は sn-グリセロール1-リン酸型である(他生物では対掌体の sn-3位にリン酸が結合する)。
炭化水素が2本結合したジエーテル型脂質が向かい合って head-to-head 結合を行ない、テトラエーテル型脂質を形成する。
以上は、アーキアのエーテル型脂質の一般的な特徴であるが 1, 2, 4 については例外も存在する。
1 の例外については、真正細菌のAquifex pyrophilusとThermodesulfobacterium communeもエーテル結合を有する脂質を持つ。2 の例外は極性脂質としてはイソプレノイドは存在しないが、真核生物の場合はステロイド、真正細菌はユビキノンやムレインの中間体として存在する。4 の例外はThermotoga属やButyrvibrio属(ともに真正細菌)でジアボリン酸という脂質が見つかっている。
いずれも極性脂質としては例外的なものではあるが、いまだアーキア以外の生物で sn-グリセロール1-リン酸型脂質を持つ生物はみつかっていない。