分島問題
これは琉球を無視したまま、琉球の分割を決めた日清両国に対する抗議の表れであった。この脱清人による琉球分割に対する激しい抗議は、条約調印問題に大きな影響を与えた。
一方、林世功が自決した11月20日、10日の間に調印を行うと約束したのにもかかわらず、なかなか調印に至らない状況に対して宍戸公使が総理衙門を訪れ、激しく抗議した。宍戸の抗議に対し総理衙門側は、条約案を各部局での議論の上で上奏するので、決定まで3カ月かかると明らかな引き延ばし策に出た。その後、日本側と総理衙門側との間で条約調印を巡るやりとりが続いたが、結局、1881年1月17日に調印に至らなかったのは清側の責任であると通告した上で、宍戸は1月20日に北京を離れ、日本へ向かった。
日本側が交渉を打ち切った後も、清の政府内では条約調印の可否をめぐる論争は続いていたが、次第に調印延期論が優勢となっていく。そのような中、2月24日にイリ問題のため新疆でロシア軍と対峙していた左宗棠が北京に帰還し、軍機処と総理衙門の業務に携わるように命じられたため、蔡大鼎らは早速左宗棠に対して琉球王国復活を訴えた。3月3日、左宗棠は宮古列島、八重山列島は狭くかつ土地が痩せていて産業が未発達であり、ここに琉球王国を復活させることは不可能であり、イリ事件も解決したので日本側が譲歩する可能性もあるとして、旧来通りの琉球王国復活を目指すべきであるとの意見書を提出した。そして3月5日には正式に条約の調印は行わず、日本との再交渉を命じる上諭が下され、琉球の分島問題は正式に白紙に戻ることになった。
井上毅は5月8日に北京に到着したが、宍戸は早急な交渉開始の指示を「最下策」と評価し、激しく反発する。宍戸は、琉球問題と条約改正問題をリンクさせ、更に清露間の緊張を利用して交渉を進めようとする日本側の姿勢が、諸外国から相手側の困難に乗じて、後になって条件を追加したと判断され仲裁裁判に持ち込まれた場合、心情的に不利に働くと判断していた。そこで交渉では条約改正について扱わないか、グラントに日本の交渉方針について納得してもらうか、さもなければ政府の交渉方針に従って交渉を進めはするが、交渉に当たっての判断は全て政府に丸投げするかの三択を提案した。
宍戸の問題提起を受けて、宍戸の掲示した解決案の2番目、つまり琉球問題と条約改正問題を同時に交渉する日本側の方針について、グラントに理解を求めることになった。6月19日、吉田清成駐米公使がグラントと会談し、グラント本人からも三分割案の提案が無かったことを確認するとともに、日本側の琉球問題と条約改正問題を同時交渉する方針への了解を得た。グラントからの回答を得た井上外務卿は、左大臣有栖川宮熾仁親王に方針通り、宍戸に清との交渉を開始させる旨を報告の上、6月29日付で総理衙門宛に宍戸に日清間交渉の全権委任を行う旨の文書を発行する。宍戸もグラントが日本側の交渉方針を了承したことを受けて清との交渉開始に同意して、7月26日、総理衙門に井上外務卿からの文書を手渡し、交渉開始を求めた。清側は交渉開始を認め、8月18日から日清間の正式交渉が始められることになった。