熊本鉄道事業部
8620形蒸気機関車 58654号機が配置されている。JR九州が保有する唯一の蒸気機関車。 「SL人吉」の牽引機である。以前は「SLあそBOY」として運転されていた。
DE10形ディーゼル機関車 1000番台の4両 (1195, 1206, 1207, 1209) と、1500番台の3両 (1638, 1753, 1756) の計7両が配置されている。レール輸送などの工事列車の牽引、車両基地内での入換作業に使用される。状況により、客車列車を牽引する運用がある(SL人吉の58654号機代走や、特別なトワイライトエクスプレスの九州内走行時、マヤ34形を連結しての軌道検測運用など)。 このうち、1195・1638は車番が銀色、その他の5両は車番が金色である。なお、全車両黒色塗装、手摺は金色塗装となっている。 「ななつ星 in 九州」に関連し、編成最後尾に連結して牽引するティータイム列車運用や、博多 - 博多運転区間の回送運用等があるため、竹下駅横の博多運転区や大分車両センター、長崎駅などに常駐している車両がある。
DD200形ディーゼル機関車 701号機が配置されている。DE10形と同じく車体は黒色塗装、手摺金色塗装となっている。