村山藩
本多利長の居所は「村山」とされているが、知行地を管理する陣屋がどこに置かれたかは不明である。村山藩主は国入り(参勤交代)を行っていない。『土芥寇讎記』の記載によれば、村山藩では知行地に郷役人のみを配置し、それ以外の藩士は江戸に居住していたという。
1万石の知行地が具体的に村山郡のどこにあったかについても不明な点がある。元禄2年(1689年)に幕府代官松平清三郎が、管轄下の寒河江領から5村(達磨寺、高屋村、仁田村、北目村、北山村)、長崎領から5村(君田村、小泉村、島村、皿沼村、柳沢村)、山形領から杉下村および山形の、合計5735石を本多家に引き渡したという記録があり、これらの村は現在の寒河江市南部から中山町・山辺町にまたがって存在している。このほか、漆山領から4000石余が引き渡された。また、『角川日本地名大辞典』では山野辺村や今宿村についても村山藩領になったと記載する。
なお、山形藩最上家が元和8年(1622年)に改易されて以降、村山郡は幕府領・旗本領・大名領によって細分化されていき、時代が下るとともに「諸大名の石高調整の場」となって領主の変更を繰り返す、領主権の錯綜した地域になっていった。村山藩と同時代、村山郡内に藩庁を置く藩としては他に山形藩と上山藩があったが、村山藩が存在した17年間に、山形藩は奥平家→堀田家→越前松平家、上山藩は土岐家→金森家→藤井松平家と、いずれも藩主家が目まぐるしく交替した。