東日本旅客鉄道首都圏本部
東京電車区(廃止予定)
田町運転区(廃止予定)
中野電車区
田端統括センター
1991年(平成3年)6月20日 - 東北・上越新幹線が東京駅へ乗り入れ。
1994年(平成6年)5月18日 - 東京地域本社ビルが完成。
1996年(平成8年)10月1日 - 東海道本線川崎駅以西を横浜支社として分離。
1998年(平成10年) 4月1日 - 中央本線吉祥寺駅以西を八王子支社として分離。 10月1日 - 東日本旅客鉄道 東京支社に改称。
2001年(平成13年)4月1日 - 東北本線川口駅(京浜東北線)・戸田公園駅(埼京線)以北および武蔵野線三郷駅以西を大宮支社として分離。同時に白坂駅以北は仙台支社に移管。
2019年(平成31年)4月1日 - 新幹線統括本部の発足に伴い、東北新幹線の運行・線路設備管理ならびに東京新幹線車両センター、上野新幹線第二運転所を新幹線統括本部に移管。
2020年(令和2年) 3月14日 - 東海道本線(山手線・京浜東北線)高輪ゲートウェイ駅開業。 7月8日 - 管轄する全78駅の駅スタンプを17年ぶりに刷新。
2022年(令和4年)10月1日 - 東日本旅客鉄道 首都圏本部に改編。それに伴い、2022年10月に東京・大宮・長野支社所属の車両センター・総合車両センターを首都圏本部へ編入。横浜・八王子・高崎・水戸・千葉の各支社所属の車両センターは2023年6月に編入。