レフォルマ戦争
スロアガ軍がメキシコ中央を制圧すると、フアレスと彼の政権はベラクルスに押し込められた。そこから、自由主義政府はベラクルス州と多数の北部と中央西の同盟州を統制下においた。 自由主義政府は1858年から1861年までベラクルスに拠点をおいた。
自由主義派と保守派のすべての戦闘は1858年から1861年に激化し、「レフォルマ戦争」として知られる。保守派はメキシコシティを支配下においたが、ベラクルスは落とせなかった。ベラクルスからフアレスは反政府運動を指揮し、ここから、自由主義派軍は物資と資金を港での関税の受け取りを通じて得ていた。
戦争の始まりに、自由主義派の指導者と軍はメキシコ国軍を背景とする保守派との軍事的な経験に欠けていた。しかし戦闘を継続するにつれて、自由主義軍は、最終的な勝利を得るのを可能ならしめるほどの経験を得ていった。1860年、保守派軍のミゲル・ミラモン大統領は二度にわたりベラクルスを攻略しようとしたが成功しなかった。 同年、保守派軍はオアハカとグアダラハラで敗北した。1860年の12月、ミラモンはメキシコシティの外で降伏した。自由主義軍は1861年1月1日に首都を再占拠し、1週間後にベニート・フアレスは首都に帰還した。 首都を制圧したものの、保守派のゲリラ軍は農村部で活動していた。ミラモンはキューバとヨーロッパに亡命した。しかしマルケス将軍は行動を維持し、メヒヤはフランスによる干渉戦争が終わるまで彼の強力な拠点であるシエラ・ホルダから作戦を指揮した。
国家レベルでの対策は1820年代から試みられておりバレンティン・ゴメス・ファリアス政権の改革政策は、国家と教会の統合を含む、メキシコのカトリックのアイデンティティの政治的な保護を招いた。 これには「ラ・クルス」紙のようなカトリック新聞と自由主義者の政策と思想を強く攻撃する保守的な集団も含まれていた。 この思想はヨーロッパの啓蒙思想にルーツを持ち、それは社会におけるカトリック教会の役割を減少させるものであった。 「改革」は1830年代と1840年代に始まり、レフォルマ時代の基本法に統合された。それらは1855年から1857年の期間と1858年から1861年の期間の二つの段階を経ていた。第一段階の終わりに『メキシコ1857年憲法』が公布された。いっそうの「改革法」は進展はバレンティン・ゴメス・ファリアス政権の以降の自由主義者が保守派との内戦の勝利がはっきりしはじめたときである。