国鉄DE10形ディーゼル機関車
ジェイアール貨物・北関東ロジスティクス(旧・高崎運輸) - 倉賀野駅および熊谷貨物ターミナル駅の構内入換用。倉賀野駅の使用機は2018年(平成30年)に、熊谷貨物ターミナル駅の使用機は2019年(平成31年 / 令和元年)に、それぞれ新鶴見機関区のHD300形に置き換え。
ジェイアール貨物・西日本ロジスティクス(旧・関西フレートサービス → ジェイアール貨物・関西ロジスティクス) - JR貨物より譲渡されたDE10 1082が在籍。大阪貨物ターミナル駅の構内入換用。岡山機関区のDE10 1181に置き換わる形で、2020年(令和2年)6月15日をもって運行を終了した。
衣浦臨海鉄道 KE65 2(元DE10 563)2006年8月23日大府駅
わたらせ渓谷鐵道 DE10 15372008年6月29日足尾駅
真岡鐵道 DE10 15352009年2月1日折本 - 下館二高前間
西濃鉄道 DE10 501(元 DE10 148)乙女坂 - 美濃赤坂間
嵯峨野観光鉄道 DE10 1104JR西日本のDE10 1156も同塗装2003年5月4日トロッコ嵯峨駅付近
ジェイアール貨物・北関東ロジスティクス DE10 1513(2017年10月9日)熊谷貨物ターミナル駅
ジェイアール貨物・関西ロジスティクス DE10 1082(2018年3月3日)大阪貨物ターミナル駅
東武鉄道 DE10 1099(2020年6月20日)下今市駅
東武鉄道 DE10 1109(2020年11月19日)新高徳 - 大桑間
八戸臨海鉄道 DE10 1761(2020年9月5日)長苗代駅
四国旅客鉄道(JR四国)には基本番台機4両を含む37両が承継された。「アイランドエクスプレス四国」牽引用の専用塗装機も存在した。
発足当初に多数存在した50系客車主体の客車列車は、直後より気動車に置き換えられた。以後も残存機が貨物列車や団体専用列車の牽引に使用されたが、石灰石専用列車の廃止や予讃線観音寺 - 伊予市間の電化延伸に伴う貨物列車運用のJR貨物への移管、団体専用列車の減少により稼動機は減少を続け、2019年(平成31年)3月に高松運転所に所属するDE10 1139の1両のみとなった後、2023年(令和5年)3月末をもって全機が運用を終了した。
DE10 1036アイランドエクスプレス専用塗装機
DE10 1139とDE10 10952009年5月23日予讃線 端岡 - 国分間
東海旅客鉄道(JR東海)には13両が承継された。静岡運転所に配置され、名古屋車両区の構内や静岡県下の各駅で入換に使用された。
同社所属の本形式は、床下の各機器を灰色に塗装していた。
2008年(平成20年)度内に美濃太田車両区配置のDE10 1521が廃車されたことにより、JR東海所属の本形式は消滅した。