宝殿駅
1988年(昭和63年)3月13日:路線愛称の制定により、「JR神戸線」の愛称を使用開始。
1995年(平成7年) 1月17日:阪神・淡路大震災により営業休止。 1月18日:西明石駅 - 姫路駅間が復旧により営業再開。
1997年(平成9年) 3月8日:JR神戸線標準接近メロディ「さざなみ」導入。 3月22日:住友セメント専用線廃止に伴い貨物列車の設定が廃止。
2003年(平成15年)11月1日:ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。
2005年(平成17年)11月26日:ホームに電光掲示板導入。
2006年(平成18年)10月1日:JR京都・神戸線運行管理システム導入。改札口の発車標を電光掲示板に交換。
2007年(平成19年)3月18日:駅自動放送を更新。
2008年(平成20年)11月8日:ホームと改札口間を結ぶエレベーターが完成し、使用を開始する。
2009年(平成21年) 4月1日:南北の駅前広場と自由通路をつなぐエレベーターと駅前広場のスロープなどが完成し、使用を開始する。 10月15日:駅りんくん(レンタサイクル)が駅構内で営業を開始。
2015年(平成27年)3月12日:入線警告音の見直しに伴い、接近メロディをJR神戸線標準接近メロディ「さざなみ」の音質見直し版に再び変更する。
2018年(平成30年)3月17日:駅ナンバリングが導入される。
2019年(令和元年) 10月26日:みどりの券売機プラスが稼働。 10月31日:みどりの窓口の営業が終了。
上表の路線名は旅客案内上の名称(愛称)で表記している。
駅ホームの案内板やJR西日本おでかけネットの駅案内ページでは「2番のりば : JR神戸線(上り)三ノ宮・大阪方面」と案内されているが、2015年3月14日改正では2番のりばに停車する定期旅客列車はなく、定期的に貨物列車が入線するほか、ダイヤ乱れなどの緊急時の運転打ち切りによる折返し列車、団体列車などの臨時列車等が使用しており、2016年3月26日以降は昼間の加古川駅で折り返す普通(西明石以東は快速)の回送列車も使用している。
2003年5月12日から5月25日までの間、手前の加古川止まりの下り列車(「各駅停車」も含む)は加古川駅構内での折り返しができないため(当時はまだ下り線のみが高架化され、上り線は地上に残っていた)、当駅の2番のりばまで回送して折り返していた。通常は新快速より先に加古川駅を発車していたが、その期間中、加古川駅を新快速の後続で発車し、東加古川駅での新快速通過待ちは行っていなかった。
2006年3月26日から2008年12月21日までの間、姫路駅の高架化工事により山陽本線のみが高架化された関係で、当時の姫路駅構内では播但線ホームから網干総合車両所へ向かう山陽本線(岡山方面)に直接乗り入れできなかった(網干総合車両所から播但線ホームへの場合も同様)ため、播但線の103系電車を当駅の2番のりばまで回送して折り返していた。
12両編成対応の単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ橋上駅である。
下り本線は1番のりば、上り本線は3番のりばであり、2番のりばは上下線共用の待避線(中線)である。さらに上り線の北側にはホームのない待避線1線(4番線)があり、主に貨物列車・回送列車が使用している。また、ホーム東側の2番線と3番線の間には2番線姫路側から進入する、保線車両用の短い留置線が1線ある。