東京都交通局E5000形電気機関車
その後は搬入された浅草線、大江戸線において深夜に性能試験や5300形や12-000形との併結訓練を実施した。そして、E5003 - E5004は2006年(平成18年)1月20日終電後に高松車庫(光が丘駅)から汐留連絡線を経由して馬込車両検修場まで自力回送された。その後は2006年3月末まで12-000形との連結試験や各種訓練を行い、2006年(平成18年)4月1日に入籍し、本形式の本格的な運用を開始した。
大江戸線12-000形または12-600形の入出場回送の際に、当該車の先頭部に連結される。
入場する大江戸線車両は汐留駅の引き上げ線に入線してE5000形を連結し、汐留連絡線を経由して馬込車両検修場まで回送される。出場時はこれとほぼ逆のルートとなるが、一度新橋駅まで入線し、同駅の非常渡り線で折り返して汐留連絡線を経由して汐留駅構内の引き上げ線まで回送される。
なお、本形式は大江戸線を通常の粘着式運転で自力走行ができるが、試運転以外で同線を単独走行したのは、前述したE5003+E5004が2006年1月に光が丘→西馬込間を走行したのみ。