水口城
上述のように、本丸周辺は石垣をめぐらし、土塀や城門、櫓で固められていたが、本丸御殿は将軍家宿館としての性格を色濃く示している。この御殿は柿葺(こけらぶき)の規模の大きい建物で構成され、公的空間の「表向」と私的空間の「奥向」に大別できる。奥向は将軍が宿泊の際の御座所であり、御殿や御風呂屋、御亭(亭=ちん)などの建物があった。特に御亭は御座所に面する庭園にあり、2階建望楼風の建物であった。全体として建物は数寄を凝らしている。
二の丸は歴代城主の御殿、藩政の主要建物、侍屋敷などがあり、先にも述べたように城域を分かつ柵があった。柵には小門がいくつもあり、城外との道を繋いでいた。また、門は夜の間厳重に閉じられ、城内外の行き来を制限された。
当然水口城も幾度となく修理修繕されているので、上に挙げた構成は造営当時の説明である。
二の丸遺構は開発により失われたが、本丸から大手虎口出丸にかけて堀および石垣が残る。また、本丸北東部に乾矢倉の櫓台石垣が現存。移築建築遺構は、大岡寺に水口城のものと伝わる茶室がある。水口城資料館の建物は旧乾矢倉を民家から再移築し復興したもの。