第3次安倍内閣 (第1次改造)
2015年11月5日、日本政府は感染症対策として世界保健機関(WHO)が新設する緊急対応基金に10億円前後の拠出金を出す方針を決めた。
2016年1月6日、北朝鮮の朝鮮中央テレビが臨時ニュースで水爆の実験を伝え「完全に成功した」と発表。首相の安倍は「これまでの国連安保理決議に明白に違反し、国際的な核不拡散の取り組みに対する重大な挑戦だ。今後、わが国としては、安保理非常任理事国として、国連安保理における対応を含めて、アメリカ、韓国、中国、ロシアと連携しながら、断固たる対応をとっていく」と述べ、米国大統領のバラク・オバマや韓国大統領の朴槿恵との電話会談も行なった。また、北朝鮮への制裁については「核実験への『行動対行動』の原則」の下に、制裁を強化する考えを示した。2月7日、北朝鮮は地球観測衛星と主張する「光明星4号」の打ち上げに成功。これらを受けて、10日に日本政府は独自制裁を発表した。安全保障理事会による制裁決議の採択は3月2日で、「過去20年間で最も強力な安保理制裁」との声がある一方で、日本製民生品の軍事転用や中東・アフリカへの武器輸出の実態などで「現在の制裁の効果に深刻な疑問が生じている」との指摘もあがっている。安保理が対北朝鮮制裁を大幅に拡大する決議を全会一致で採択した数時間後、北朝鮮は東海岸から短距離型の飛翔体数発を発射した。また、北朝鮮第1書記の金正恩は、軍の態勢を「先制攻撃型」に転換し、「核兵器発射準備」を軍に指示した。
3月18日、北朝鮮が日本海に向けて中距離弾道ミサイルのノドンを発射した。4月1日にもミサイルを3発発射し、そのうち2発は失敗したとみられている。6月22日には、新型の中距離弾道ミサイル「ムスダン」を2発発射し2発目を成功させた。7月19日にも、三発の弾道ミサイルを日本海に向けて発射した。
熊本地震を受け、日本出発を当初予定していた4月29日から5月1日に遅らせる形で欧州歴訪の日程が組まれた。訪問国はイタリア、フランス、ベルギー、ドイツ、英国、ロシアで、英国滞在中にはエリザベス女王を表敬することになった。また4月28日には首相が元衆議院議員の鈴木宗男と会談を行い、鈴木の「今年は日ソ共同宣言から60年の歴史的な年。元島民の思いをくんでいただきたい」との問いかけに対し、首相は「歴史をつくるべく頑張りたい」と語った。
2016年1月3日、スンニ派の大国であるサウジアラビアがシーア派の大国イランと国交を断絶したのを皮切りに、4日にはスーダン、バーレーンなどのスンニ派の国が相次いでイランと断交した。サウジアラビアとイランの対立が続いた場合、ホルムズ海峡で紛争が発生し原油の輸入に大きな影響が出る可能性がある。官房長官の菅は「我が国の原油の多くがこの地域に依存しており、中東の安定を最も注視している。」と語り、外交ルートを通じて両国や周辺国に自制を呼びかける考えも示した。
2015年10月15日、全国農業協同組合中央会(JA全中)全国大会で、首相は環太平洋経済連携協定(TPP)について「コメなどの重要品目について関税撤廃の例外を確保した。私が先頭に立ち、今後、政府全体で責任を持って万全の対策をとりまとめ、実行していく」と理解を求めた。
TPP資料問題
2016年4月7日、民進党衆議院議員の玉木雄一郎が、政府が開示したTPPの交渉過程に関する45枚の資料が全て黒塗りばかりだったとし、「まっくろくろすけですよ。パネルにすると分かるんですが、まさに、のり弁当みたいになってますね」と政府を追及した。なお、民進党は民主党政権時代の2012年3月31日に全国紙5紙に全面広告を出し、TPP交渉では各国の提案や交渉文書が4年間極秘扱いであることについて、当時の首相である野田佳彦が「当然」と答弁していた。経済財政担当大臣の石原は玉木の質問に対して「交渉過程は原則的に非公開が外交交渉の原則であることもご理解いただきたい」と答弁した。
一方で民進党は、衆院TPP特別委員会委員長の西川公也がTPP交渉の内幕本を出版することが守秘義務違反にあたるとの追及も行った。8日のTPP特別委員会で、民進党衆院議員の緒方林太郎が行った「(西川が)交渉内容を詳しく知っているとしか思えない」などの指摘に対して、TPP担当相の石原が「印刷物の束が何であるか認識していないのでコメントは差し控える」と答弁し、審議が中断した。民進党側は、入手した西川本のゲラで審議を続ける方針で、TPP担当相の石原は派閥の会合で「もし西川氏が書いているとしたら、ゲラは西川氏と出版社にしかない。著者の許可なく一般に流布することは、著作権法にも抵触する」と語った。