フレディ・ボビッチ
イングランドから帰国後は、ボルシア・メンヒェングラートバッハと交渉するも、自身が望む金銭面での開きあったため失敗に終わり、最終的に2002年9月2日に昇格組のハノーファー96と契約した。27試合14得点を挙げて自身の地位を再確立することに成功し、キッカー紙の投票による年間最優秀サッカー選手賞では、ミヒャエル・バラックに次ぐ2位に選ばれた。しかし、2003年5月20日に2年契約したヘルタ・ベルリンでは、ルパート・ショルツ会長から公に不満を言われるほどに精彩を欠き、また、冬の中断期間ではハンス・マイヤー(en)監督から親善試合への帯同の不参加を言い渡されるなど、厳しい状態に置かれ、2季の在籍で54試合中わずか8得点となった。
ヘルタ・ベルリン退団後は無所属の日々が続き、2006年1月25日にクロアチア1部のHNKリエカと6月30日までの契約を締結。NKヴァルテクス・ヴァラジュディンとのフルヴァツキ・ノゴメトニ・クプ決勝戦では、第2戦こそ出場はなかったものの、第1戦では得点を挙げてチームの優勝に貢献。2006年6月30日の契約満了に伴い現役を引退した。
現役引退後は、ドイツとオーストリアで様々なテレビ局で活動。2009年3月25日にブルガリア1部のPSFCチェルノモレツ・ブルガスのディレクターに就任し、元同僚で現監督のバラコフと共に仕事をすることになった。
2010年7月27日にVfBシュトゥットガルトのスポーツディレクターに就任し、2012年1月20日にクラブと契約を2016年6月まで延長した。2013年4月10日からは、クラブの執行役会の一員に選出された。2014年9月24日にスポーツディレクターを解任された。
2016年6月2日、アイントラハト・フランクフルトの取締役兼スポーツディレクター(競技部門代表)就任を発表(競技部門担当がボビッチ、広報担当はアクセル・ヘルマン、財務部門はオリヴァー・フランケンバッハが務める三頭体制)。2021年4月14日、同年5月31日付で退任を発表、それと同時にボビッチの古巣であるヘルタ・ベルリンは、2021-2022シーズンよりマネージングディレクターとしてボビッチの招聘を発表した。ヘルタでもフランクフルトを躍進させたボビッチの手腕に期待されていたが、選手獲得や監督選定で成果を上げられず、2022年6月の会長選挙でもボビッチが支持したフランク・シュテッフェル候補ではなく、対抗馬のケイ・ベルンシュタインが新会長に当選すると、一層立場は悪化し、2023年1月に成績不振の責任を取らされる形で解任された(その後、ヘルタは2部降格している)。