長崎県指定文化財一覧
戦国時代の城は数多いが、国指定史跡の城跡は、日野江城の出城で島原の乱の舞台となった原城跡、宗氏の居城だった金石城跡、文禄・慶長の役に備えて緊急築城した対馬の清水山城跡と壱岐の勝本城跡、以上の4件である。出島集約以前の貿易関係史跡には、出島に移転するまで日蘭貿易を担ってきた平戸和蘭館跡が国指定史跡である。
県内の古墳のうち6割が壱岐島に集中する。平成21年(2009年)、6~7世紀に作られた6基(対馬塚・双六・笹塚・兵瀬・掛木・鬼の窟)が国指定史跡「壱岐古墳群」に指定されている。他の国指定史跡の古墳には、対馬の根曽古墳群と矢立山古墳、本土に近い橘湾の牧島に位置する曲崎古墳群がある。