マーキュリー・アトラス1号
宇宙船のジャイロスコープのデータは、機体が少なくとも10°以上は傾いていることを示していた。この他にも別の二つの問題が発生しており、一番目は発射から58.5秒後のもので、ロケット前部の遠隔測定のデータを即時に喪失させていた。二番目は59.4秒後に発生し、ASISシステムによるエンジン停止後のものだった。推進システムは最初の事象による影響を受けたとは思われなかった。
事故原因として第一に考えられたのは、脱出ロケットの代わりに宇宙船の頂部に取りつけられたグラスファイバー製の覆いが壊れ、アトラスロケットの液体酸素のタンクを直撃したのではないかということだった。MA-1の宇宙船を海底から引き上げる作業を指揮したのは、NASAでマーキュリーのシステムエンジニアリングに関わっていたオーウェン・メイナード(英語版)で、失われた機体のある特定の部分を発見するために彼自身が30フィート (約9メートル) のダイビングを行った。後の歴史調査のための口述記録の中で、彼は「飛行後に計算してみたところ、引っぱり力や加速力、曲げ負荷が複合し、その力がタンク内の圧力によって生じる張力を上回ったため、宇宙船のすぐ下にあるロケットの外壁に歪みが生じたかもしれないということが示された」と述べている。メイナードは「マーキュリー宇宙船をアトラスロケットに接合させる問題は、MA-1の時点では適切に解決されたとはとても言えない状態だった」と回想している。
その後の引き上げ作業で、宇宙船やアトラスロケットのエンジンおよび液体酸素の弁などが海底から回収された。ロケットエンジンには海面に激突したときにできたゆがみ以外には何の損傷も見られなかったが、バルブや取りつけられているパイプには明らかな金属疲労による亀裂が確認された。
遠隔測定のデータによれば、アトラスロケットは離陸後しばらくは正常に機能しており何の異常も見られなかったが、発射後58秒に突然軸方向の大きな乱れを計測した。その約1秒後に、燃料と酸化剤のタンク内の圧力差がゼロになってエンジン推力が失われ、レーダー上に複数の物体が映し出された。宇宙船からのデータによれば、ロケットからの信号が失われた後、機体には大きな衝撃が加わったことが示されたが、マーキュリー・カプセルは発射から約220秒後に海面に激突するまで正常に機能し続けた。ロケットの緊急停止システムは正常に機能したようで、異常を感知した瞬間にアトラスのエンジンに停止の指令を送っていた。宇宙船のパラシュートは、発射後の余りにも早い段階で停止が行われていたため展開しなかった。
同じアトラスのR&D型ミサイルとは違って50D型には大型の遠隔測定装置は搭載されておらず、この飛行ではわずかに50個の計測器が積まれていただけだった。ロケットは遠隔測定のデータが失われた発射後60秒まで予定の軌道上にあったように思われたが、最後の1.2秒間のデータは異常発生後の開回路のものであるため信頼できるものではなかった。