スマラン事件
そのうち多くはスマラン事件同様の武器引き渡しを巡る紛争に起因するものであった。武器引き渡しを巡る戦傷者も330人出ている。連合国軍によって日本軍に課された治安戦闘任務のような危険な使役は、既述のようにラングーン協定に基づくとされる。しかし、日本軍が「降伏軍人」と称しても実質的に捕虜の地位にあったことにかんがみると、捕虜虐待にあたる重大かつ明白な戦時国際法違反であるとの指摘がある。
一連の騒乱の過程で、ジャワ島の旧日本軍武器のうち小銃類4万丁などがインドネシア独立派の手に渡った。スラバヤなどで正規に引き渡されたもののほか、強奪されたものや、密かに日本軍が横流ししたものなどがある。一説にはジャワ島の旧日本軍の所有兵器全体の2/3から3/4を独立派が入手したと言われる。これらはイギリス軍とのスラバヤの戦い(英語版)などで主要な武器として使用されることになった。
また、マゲラン憲兵隊の10人は殺害された。
拘束を免れたスマランの日本人市民は、日本軍駐屯地に避難した。10月14日夜には、監禁されていたスマラン製鉄所関係者が、見張りの現地人警官を撲殺して脱出した。この際に、日本側も13名が射殺された。
10月14日夜、外国人の拘束・殺害、マゲラン司令部の制圧などを知った城戸少佐は、武力行使を決断した。15日午前3時30分を期して、日本軍部隊は、スマラン市内のインドネシア側武装勢力に対して攻撃を開始した。5日間に渡って続いた戦闘では、装備及び練度に勝る日本軍がインドネシア側を圧倒し、19日までに市内は日本軍の制圧下となった。この間、18日(戦史叢書によれば19日)にはイギリス軍がスマランに上陸したが、治安任務の引き継ぎは行われず、戦闘にも加わらなかった。
10月19日、日本軍とインドネシア人民治安団の間で停戦協定が結ばれた。
これを受けてオランダ海軍のフェーエル(ハイヤー、ホイエル、Pieter Johannes Gerard Huijer)大佐は、10月3日に日本の提案に同意した。ところが、フェーエル大佐は、以後の治安維持は現地人警察に委ねるとしたため、東部ジャワの日本軍の所有武器の大半を独立派が入手する結果となった。
スラバヤでの引渡許可を先例に、インドネシア独立派は他の地域の日本軍にも同様の引き渡しを求めた。ジャワ西部のバンドンでは多数の住民が武装して集結し、日本軍の憲兵隊や自動車部隊、飛行場を襲撃したが、10月10日に日本軍西部防衛隊が鎮圧。日本兵3人とインドネシア人十数人が死亡した。インドネシアでは、この戦闘が以後の武力衝突の発端であるとしている。このほか、同じくジャワ西部のガルーで工場の警備をしていた日本兵42人が無抵抗のまま全員殺害される事件や、竹下海軍大佐一行86人がブカシで拉致殺害される事件も起きた。竹下大佐らの事件ではスカルノ大統領署名の通行許可証を携帯していたが、武器提供を拒んできたことを理由に殺害されている。