水モデル
Ferguson(柔軟なSPC)
CVFF(柔軟)
MG(柔軟、解離性)
KKYポテンシャル(柔軟なモデル)
BLXL (smear charged potential)
水シミュレーションの計算コストは、水モデルの持つ相互作用サイトの数と共に増加する。CPU時間は計算すべき原子間距離の数におおむね比例する。3-サイトモデルでは、水分子のそれぞれの対について9つの距離が必要である。4-サイトモデルでは10の距離、5-サイトモデルでは17の距離、6-サイトモデルでは26の距離が必要である。
分子動力学法において剛直な水モデルを用いる時は、拘束アルゴリズムを用いて構造を拘束し続けるための追加のコストが存在する(しかし拘束された結合長を用いると、タイムステップの増加が可能になることが多い)。