マーヴル・スーパーヒーローズ VS. ストリートファイター
前作と同様で、以下のようなルールからなる。 体力ゲージは現在の体力量を表す黄色のゲージと、体力の回復上限を表す赤のゲージからなる(これは同じ形かつ大きさのものがぴったりと重なって表示されているため、奥側の赤ゲージは開始時点では見えない)。 攻撃を受けて体力が減る際は両方のゲージが短くなっていくが、常に赤ゲージの方が減り方が緩やかである。また、必殺技を防御した際のいわゆる「削りダメージ」が発生するのは黄ゲージのみで、赤ゲージが減ることはない。 赤ゲージの残量に関わらず、黄ゲージが尽きてしまえばキャラクターはKOされてしまう(1人をKOされれば交代を含む後述の「ヴァリアブル〜」と名のつく行動は全てできなくなり、そのまま2人目をKOされればそれで敗北となる)。 戦闘を離脱して休息中のキャラクターの黄ゲージは、時間の経過によって赤ゲージと同じ長さまでを上限に徐々に回復していく(赤ゲージは休息では変動しない)。 休息中のキャラクターが再度交代して戦闘に復帰する際、赤ゲージはその時点での黄ゲージの残量に合わせ、切り捨てられる(つまり、キープされていた回復幅がゼロになってしまう)。
『X-MEN CHILDREN OF THE ATOM』からの皆勤賞キャラクター。超回復能力「ヒーリングファクター」と破壊不可能と言われる金属「アダマンチウム」で覆われた骨格を持ち、同じくアダマンチウムで覆われた鋭利な爪を武器に戦う。原作での細かな設定などについてはX-メンの項目を参照(他のX-MENキャラクターも同様)。前作に引き続き豪鬼との因縁がエンディングで描かれる。新たに「フェイタルクロー」、『X-MEN CHILDREN OF THE ATOM』でXパワーとして使用していた「バーサーカーチャージ」がハイパーコンボとして追加された。
本作より先に稼動していた『ストリートファイターIII』(1997年2月)でのスーパーアーツ「真・昇龍拳」がハイパーコンボとして追加されているが、隠し技になっていてインストカードには記載されていない。この技は本作と続編の『MARVEL VS. CAPCOM』ではLv.1(1ゲージ消費)で発動が可能(他の作品ではLv.3(3ゲージ消費)専用技)で拳に電撃を纏っている。『ストIII』版と異なりコマンド入力からの発生が遅く、クリーンヒット時の追い討ちができなくなっているが、本作のみ上昇中の攻撃がヒットした時は追撃が可能。エンディングの絵の画風も『ストIII』風になっている。