根圏細菌
根圏微生物は、他の微生物や真菌による植物病害を制御する場合がある。体系的な抵抗性と抗真菌性の代謝産物の生産を通じて病害は抑制される。Pseudomonas属の生物的防除株は植物の生長を促進するよう遺伝的に改変されており、農業用作物の病害抵抗性を高める。農業では、蒔かれる前の種皮に植菌用微生物が投入される。接種を受けた種子では十分な細胞数の根圏微生物が根圏にて確立し、収穫に有益な効果を顕著に示す可能性が高い。