神の抵抗軍
1994年2月6日にムセヴェニが最後通告を発して2週間後に、LRAの兵士が北部国境を越え、スーダン(当時)の南部において、スーダン政府の用意した訓練基地で活動している、と報告された。スーダン政府のLRAへの支援は、ウガンダ政府によるスーダン人民解放軍への支援に対する報復である、とされた。また、アチョリがムセベニ政権に協力していると確信したコニーは、民間人を標的とした攻撃を強めた。人体の切断(特に耳、唇、鼻を切り落すこと)は、当たり前になった。そして、1994年には、こどもや青年の大規模な拉致が初めて行われた。
1995年4月には、Atiakで大虐殺が起きたen:Atiak massacre。
LRAによる大虐殺のうち、最も有名なものは、1996年に139人の女生徒が誘拐されたアボケの誘拐(英語版)である。
1996年から政府によって「保護村」が創設されたが、住民はこの保護キャンプの中でさえLRAに攻撃されるようになり、多くのアチョリが政府への敵対的な態度を深めた。キャンプは混雑し、不衛生で、生活するには惨めな場所である。一方で、1997年にスーダンの政府は、強硬な姿勢を後退させ始めた。