外来種
アカゲザル、アムールハリネズミ、アライグマ、キョン、タイワンザル、タイワンリス、チョウセンシマリス、ヌートリア、マスクラット、ハクビシン、フイリマングース、ミンク、 イエイヌ、 イエネコ、クマネズミ、ドブネズミ、ハツカネズミ
国内外来種:イノシシ(北海道、小笠原諸島)、テン(北海道、佐渡島)、ニホンイタチ(北海道、三宅島、八丈島)、ニホンジカ(各地の島)
ルアーフィッシングの流行により、北アメリカ原産の肉食魚ブラックバス(オオクチバスなど)が、釣り団体などによって全国の河川や湖沼に大量に放流された。移植放流がほとんどの地域で禁止された現在でも、密放流が繰り返されているといわれる。
アメリカで活動していた順化協会という組織は、産業振興などの目的で主にヨーロッパなどの有益な動植物を世界各地に導入しようと活動した。この団体の目的は産業振興とされるが、仔細に見ると娯楽や天敵導入(後述のホシムクドリも害虫駆除目的)、緑化など複数の目的を内包したものである。そのひとつとしてホシムクドリを1896年にニューヨークのセントラルパークに100羽ほど意図的に放しており、この鳥は80年後には1億2000万羽にまで大増殖している。
狩猟鳥として需要のあるコウライキジやヤマドリ、コリンウズラは養殖されて、猟友会などの狩猟関係者が中心となって日本各地に大量に放鳥されている。
以下は、日本国内に実際に導入されて定着している外来種の一部のリストである。