福知山線
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により西日本旅客鉄道が承継。
1988年(昭和63年)3月13日:大阪駅 - 篠山口駅間の愛称としてJR宝塚線を使用開始。大阪駅 - 篠山口駅間に「ほくせつライナー」が運転開始。
1989年(平成元年)3月11日:快速が再び運転開始(停車駅:大阪・尼崎・伊丹・川西池田・宝塚・三田以北各駅)。
1991年(平成3年)6月25日:丹波竹田駅 - 福知山駅間の踏切でトレーラーと普通列車が衝突し、1両目の車両が脱線転覆。当該車両(クモハ112-801)は事故廃車。
1992年(平成4年)4月1日:新三田駅(構内を除く)- 福知山駅(構内を除く)間が福知山支社より、篠山口鉄道部へと移管。
1993年(平成5年)3月18日:207系電車投入。
1994年(平成6年)8月3日:三田駅 - 新三田駅間の踏切でトラックと普通列車が衝突し、1両目の車両が脱線転覆。当該車両(クハ103-839)は事故廃車。
1995年(平成7年)12月25日:藍本駅構内で篠山口発大阪行き快速電車が、雪によるブレーキ不具合で停止位置を行き過ぎて安全側線に進入する事故が発生。なお、安全側線は本来の機能を果たし、列車は脱線した。死傷者は出なかったものの、この事故がきっかけで福知山線内で運用される電車にも、耐雪ブレーキの装備を決定。
かつて福知山線には大阪駅と京都府舞鶴市や山陰各都市とを結ぶ幹線として長距離の優等列車が多数運転されていた。しかし、国鉄末期の1986年11月1日に山陰本線城崎駅(現在の城崎温泉駅)まで電化されたことにより、優等列車はほぼ全てが電車化・特急化された上に、運転区間は城崎駅までに短縮され、福知山線経由での山陰方面への昼行の直通列車は廃止された。その後、電車特急の一部を気動車に置き換えて直通列車を復活させたが、後に米子・出雲市方面へは新幹線・伯備線経由が、鳥取・倉吉方面へは智頭急行経由がそれぞれ主要経路に変わった上に、車両老朽化もあり、長距離列車は再び姿を消した。2004年10月16日に急行「だいせん」が廃止されたことにより、福知山線経由での夜行列車は運転されなくなった。
このほかに福知山線では、北近畿タンゴ鉄道(現在の京都丹後鉄道)へ乗り入れる「文殊」や「タンゴエクスプローラー」が運転されていたが、2011年3月12日のダイヤ改正により福知山線経由の特急は全て「北近畿」から改称された「こうのとり」に統一され、福知山線経由で北近畿タンゴ鉄道へ直通する列車は全廃された。
221系(網干総合車両所) 1999年10月2日から運用を開始し、2008年6月28日までは4両編成が全線で、それ以降も8・6両編成が大阪駅 - 篠山口駅間で運用されていた。丹波路快速・快速での運用がほとんどだが、2011年3月12日改正時点で朝1本、大阪発篠山口行き普通(8両編成)での運用があった。なお、2012年3月17日のダイヤ改正での223系・225系への統一に伴い運用を終了した。
415系800番台 1991年9月1日の七尾線電化に向けて用意された415系800番台の早期落成車が、延命工事等によって不足していた113系800番台の代わりに福知山線を走行した実績がある。塗装は113系800番台と同一であった。
183系 特急「こうのとり」で使用されていた。2013年3月16日のダイヤ改正で運用が終了した。なお、この形式の運用終了により、当路線での普通鋼製車両の定期運転は全て終了した。
381系 特急「こうのとり」で使用されていた。2011年5月31日まで運用されて、一時離脱していたが、2012年6月1日より再び運用されていた。しかし、車両の老朽化が進んでいたため、289系に置き換える形で2015年10月30日を以って正式に運用を離脱した。これにより当路線の全ての営業列車は、JR西日本発足後に製造された車両のみになった。
201系
205系0番台
113系
113系3800番台
115系
117系
103系
221系
415系800番台
183系
381系