ゴジラvsビオランテ
角川文庫から刊行されている有馬治郎の小説版は映画に沿った展開になっているものの、オリジナル要素を多く含むストーリーである。スーパーX2は「アングラー」のコードネームで呼ばれており、ファイヤーミラーの代わりに大広角レーザー砲を装備する、権藤や白神は劇中で落命せず、ビオランテも四肢があり熱線を吐くなどの差異がある。
クランクインについては、脚本の完成が遅れていたことから1989年9月までずれ込み、タイトなスケジュールでの撮影となった。
冒頭で、前作の物語直後の様子が描かれるのは、映画『キングコング2』(1986年)を踏襲している。
首相官邸や国土庁の外観は、正式な許可を得ず、正面に停めた車両から隠し撮りしたものである。
権藤の部屋に飾られているオキシジェン・デストロイヤーのレプリカは、第1作『ゴジラ』で用いられたプロップを使用している。