北朝鮮による日本人拉致問題
北朝鮮の一般市民との接触は、継続的に特殊工作機関による厳重な監視下に置かれ、この時期に限らず常に遮断された状態であった。北朝鮮側は、2004年(平成16年)11月の日朝実務者協議で「死亡」とされた8人の死亡診断書等の資料が捏造であったことを認めた。また、横田めぐみのものとして提供された「遺骨」を鑑定した結果、日本政府は別人のものと判断し、未帰還の多くの拉致被害者は生存していると見ている。拉致被害者はこの他にも多くおり、特定失踪者問題調査会では数百人に及ぶ日本人が拉致されていることを示唆している。
その一方で、生存情報の多くを頼っていた元北朝鮮工作員の安明進が韓国で麻薬密輸・使用で有罪判決を受け、その後姿を見せていないことから、推測や憶測が混じったこれまでの情報の再検証が真相解明の為に不可欠となっている。
2007年(平成19年)6月28日に被拉脱北者人権連帯事務総長の都希侖が「ある脱北者によると、日本人の拉致被害者数名が北朝鮮の政治犯収容所で労役についており、2003年7月に両江道北部地域のある政治犯収容所を巡視した時にある労役者のことを日本人拉致被害者だと聞いた」と発言。60歳くらいに見えたその労役者は集団で作業していた人々とは違い、一人で腰を屈めたままボイラーに石炭をくべる作業をしており、警備兵が近くで監視していたといい、収容所の責任者クラスから日本人拉致被害者が3・4人いるという話を聞いたという。
2018年(平成30年)現在、日本政府は総理官邸公式ウェブサイトにおいて、「対話と圧力」という姿勢を継続し、「拉致問題の解決なしに国交正常化はありえない」としている。
また、日本政府認定の拉致被害者の他に、北朝鮮に拉致された疑いが拭えない「特定失踪者」(「#その他の失踪者」参照)の解決も、日本政府は取り組むと明言している。
2017年9月19日、アメリカ大統領のドナルド・トランプは、国連一般討論演説において、横田めぐみを念頭に「日本人の当時13歳の少女が拉致された。彼女はスパイの養成に利用された」と述べるとともに、「北朝鮮はすさまじい人権侵害を行っている」と非難した。。
2011年12月 - 北朝鮮指導者の金正日が死去。
A-3放送などの 乱数放送で指令があったとの説が有力。当時の放送はアジア放送研究会がいくつか記録しており、朝鮮語ネイティブでない協力者向けとみられる放送も確認されている。
公然局である平壌放送、朝鮮中央放送などでも、選曲の順番などを用いて工作員に指令を送ったりもしていたと考えられる
(参考として、日本側への重要な工作指令は万景峰号船内にて直接、口頭にて指令が伝達される)
これに関し、安倍首相(当時)は2016年1月12日の衆院予算委員会で民主党(当時)の緒方林太郎衆院議員の質問に対し、自身は断固として反対をした、自身の言っていることが真実であることはバッジをかけて言う、言っていることが違っていたら国会議員をやめると答弁、また、中山(当時"日本のこころを大切にする党"代表)は同年1月19日の参院予算委員会で同書を取り上げて、この本は事実と異なることがたくさん書かれている、蓮池は北朝鮮の工作関係者に利用されていると主張した。一方で、自民党の札幌市議のブログに、安倍自身が、札幌で行われた「安倍晋三先生を囲む会」の席上で被害者帰国時の逸話として、2003年1月の段階では蓮池透の主張とほぼ同趣旨の話を語っていたことが記載されていた。2016年4月たまたま当該市議のヤジ発言騒動により、そのブログが注目を受け、ブログ記載のこの記述が気付かれたものの、その後ブログは削除された。