キイロショウジョウバエ
以降P因子を用いた様々な技術が開発されている。
分子生物学的手法を用いて、1983年から84年にかけて、ヴァルター・ゲーリングらとトマス・C・カウフマンらによってホメオティック変異の原因遺伝子が独立にクローニングされた。塩基配列を決定したところホメオティック遺伝子には 180 bp (60 aa) の共通した配列があり、ホメオボックスと名付けられた。驚くことに、ホメオボックスを持つ遺伝子はショウジョウバエだけでなく、ヒトから線虫、植物、酵母など真核生物に広く存在していることが明らかになった。生物は発生のような複雑な現象においても、基本的には共通の系を使っていたのである。このことは線虫を始め、他のモデル生物研究を加速させた。
1980年代、クリスティアーネ・ニュスライン=フォルハルトとエリック・ウィーシャウスは大量の突然変異系統を樹立し、ショウジョウバエ胚の体節形成に注目した表現型の観察を行った。彼等は胚におけるタンパク質の濃度勾配が体節形成に重要であることを明らかにし、この研究でホメオティック遺伝子の発現機構が解明された。
このように発生を遺伝子の言葉で説明することができるようになり、発生学と遺伝学は統合された。このことは1995年に「初期胚発生の遺伝的制御に関する発見」によりエドワード・ルイス、クリスティアーネ・ニュスライン=フォルハルト、エリック・ウィーシャウスらがノーベル生理学・医学賞を受賞していることに象徴される。発生学の分野では1935年のハンス・シュペーマンの受賞から60年後のことである。
ショウジョウバエの世代間隔は10日(25°C)。寿命は2か月。一匹のメスは、1日に50個前後の卵を産むことができる。体長2〜3 mm。研究室では、成虫・幼虫ともに乾燥酵母、コーンミール、蔗糖などを寒天で固めたエサで飼育される(写真)。
また、ハエやカのような双翅類の昆虫の唾液細胞(唾液腺)には奇妙な染色体(生殖細胞や神経細胞の染色体と比べ、長さも幅も100倍以上あり、相同染色体も互いに接合して1本に見える)がある事が古くから知られていたが、ペインターは1933年にこれの染色時の染まり具合の縞模様が遺伝子の活性を示すもので、染色体異常の逆位や転座が明瞭に観察できることを報告し、これらを基にモーガンの高弟であったブリッジェスはバンドパターンを詳細に観察して唾腺染色体地図と呼ばれるものを完成させた。
その後、ショウジョウバエのゲノムサイズは1.65x10塩基対、おおよそ14,000の遺伝子があると推測され、2000年には多細胞生物としては線虫に次いで二番目に(ほぼ)全てのゲノム塩基配列が解読された。(ゲノムプロジェクト)。
ヒトの病気の原因として知られている遺伝子の61%がショウジョウバエにもあり、遺伝的にはヒトとショウジョウバエは非常に似ているということができる。パーキンソン病やハンチントン病などのヒト疾患の病理メカニズムを解明するためのモデルとしても注目されている。