国鉄ED79形電気機関車
2006年3月ダイヤ改正でJR貨物からの運用受託が解消され、貨物列車の定期運用が終了した。これはJR貨物が投入を進めていた新型のEH500形電気機関車による東北本線系統からの直通運用拡大によるものである。同改正では寝台特急「日本海1・4号」が区間廃止され、同列車での運用が終了している。
継続使用する車両には特別保全工事が施工される一方、仕業減少や老朽化により廃車も進行し、2003年度に3両(3, 6, 21)、2004年度に2両(2, 16)、2005年度に3両(5, 8, 17)、2008年度には保留車扱いだった3両(1, 15, 19)が廃車された。さらに、2012年10月に10が五稜郭から苗穂へ部品取り車として回送、20の修繕に一部の部品を流用した後10月31日付で廃車解体され、11も部品取り用途として廃車となった。稼動車の一部には、第2エンド側の集電装置をシングルアーム式パンタグラフ PS79 形に交換した車両が存在した。その後、2016年3月26日に北海道新幹線(新青森 - 新函館北斗)が開業し、海峡線の電圧が交流20kVから同25kVに昇圧した為全機が運用を離脱。最後まで残った5両(4, 7, 13, 14, 20)が2016年3月31日付で廃車され形式消滅した。