ジュンク堂書店
梅田店(2,060坪)、池袋本店(2,000坪)、那覇店(1996坪)、札幌店(1,800坪)、福岡店(2,060坪)、新潟店(1,505坪)、大阪本店(1,480坪)、三宮店(1,400坪)、鹿児島店(1,300坪)、ロフト名古屋店(1,200坪)、吉祥寺店(1,100坪)、旭川店(1,050坪)などにみられるように、大型書店の基準といわれる500坪を超える1,000坪以上の売場面積の店舗が多い。その反面、多少不便でも来店する目的意識の強い顧客にターゲットを絞っており、出店地はターミナル駅からやや離れた1.5等地が多く出店地域には偏りが多い。オープンカフェの設置や読書用の椅子、机などを配置する店舗もある。平台よりも縦に並べた書架の多い図書館風のレイアウトも特徴で、同社の戦略は他の書店に影響を与えたと言われている。
2015年2月1日、同じ丸善CHIホールディングス傘下の丸善書店と合併し、丸善ジュンク堂書店として発足した。「丸善」と「ジュンク堂」の店舗名は変更しない。
2013年 4月24日 - 旧・「大宮ロフト」営業終了に伴い大宮ロフト店が閉店。 6月3日 - ジュンク堂書店高崎店閉店。 6月5日 - COMICS JUNKUDO津田沼店閉店。 6月21日 - 「高島屋大宮店」7階に大宮高島屋店(570坪)を開店。 7月3日 - 「伊勢丹松戸店」8階に松戸伊勢丹店(652坪)を開店。 10月10日 - 「あべのハルカス近鉄本店」7階・8階に近鉄あべのハルカス店(818坪)を開店。 10月31日 - イービーンズに入る仙台本店閉店。
2014年 11月22日 - 草津市の商業施設エルティ地下1階に「滋賀草津店」(627.5坪)を開店。
2015年 2月1日 - 丸善書店株式会社が株式会社ジュンク堂書店を吸収合併して「株式会社丸善ジュンク堂書店」となり、株式会社ジュンク堂書店は解散。 3月31日 - 台湾台北市二号店台北忠孝店閉店。 5月15日 - 台湾台北市三号店台北光復南路店を開店。 8月21日 - 京都BALの改装に合わせ、改装前に入っていたジュンク堂書店を「檸檬」ゆかりの地に因み、丸善京都本店(約1,000坪)として再オープン。 10月21日 - 高松市のコトデン瓦町ビルにオープンした商業施設瓦町FLAGに「高松店」を開店。 10月24日 - 奈良市のならファミリー1階に「奈良店」準備店を開店。
2016年 2月26日 - 「立川髙島屋」6階に立川髙島屋店(約1,000坪)を開店。 2月29日 - 台湾台北市一号店台北天母店閉店。 3月21日 - ジュンク堂書店千日前店閉店。 4月1日 - 「MARUZEN & JUNKUDOネットストア」のhontoとのサービス統合によって、「トコトンお探しサービス」が廃止。