正暦寺
正暦3年(992年)に一条天皇の発願により、関白藤原兼家の子兼俊僧正が創建した。一条天皇の勅願寺として往時には報恩院以下86坊の堂塔と伽藍が建ち並ぶ大寺院であったが、治承4年(1180年)に平重衡による南都焼討によって焼失し、寺領も没収された。
興福寺別当として南都焼討で荒廃した興福寺の再興に約10年に渡り尽力した後、その地位を退いた大乗院院主の信円僧正が、建保6年(1218年)に隠遁先として当寺に入り「菩提山僧正」あるいは「菩提山御房」と呼ばれた。信円は当寺を法相宗の学問所として再興すると、以後信円からその座を受け継いだ歴代大乗院門跡が当寺の門跡を兼帯、興福寺の別院正願院門跡となった。
金堂、弥勒堂、講堂、十三重宝塔、経蔵、御影堂、鐘楼、六所社および別院などが整備された。また、報恩院家が開山の兼俊僧正の別院として寺務を管轄し、安養院と別院仰接院は浄土宗の念仏道場となった。