日本のプロテスタント教会一覧
静岡市
静岡教会(日本基督教団:メソジスト系) - 静岡市葵区西草深町、デイヴィッドソン・マクドナルドが1874年(明治7年)創立。山中共古が初代牧師、旧メソジスト系
静岡草深教会(日本基督教団) - 静岡市葵区、1890年(明治23年)創立。辻宣道が牧師だった。
その他
ハレルヤコミュニティーチャーチ(単立) - 浜松市、榊山清志が牧師、略称HCC(現在はライブチャーチと改名して活躍。浜松牧師会より除名・破門されている。
遠州中央浜北教会(単立) - 浜北市豊保、1974年(昭和42年)田中政男が創設。元イエス福音教団
浜松救い主教会(単立) - 浜松市南区、1985年(昭和60年)ベンファウラが創設。
福島市
あゆみの家キリスト教会(福島市桜木町)
福島教会(日本基督教団:長老系) - 福島市1886年(明治19年)、吉田亀太郎が初代牧師
福島旭町キリスト教会(福島市旭町)

会津若松市
会津若松教会(日本基督教団:組合系) - 会津若松市、1891年(明治24年)、新島八重の出身地として日本組合基督教会が伝道し設立。
若松栄町教会(日本基督教団:長老系) - 会津若松市、1894年(明治27年)藤生金六が創設。藤生が野口英世に洗礼を受けた。
その他
平バプテスト教会(日本バプテスト同盟) - いわき市1883年(明治16年)創立、C・H・D・フィッシャーと川勝鉄弥の伝道により設立。
信夫教会(日本基督教団:メソジスト系) - 1895年(明治28年)、日本鉄道嬌正会の関わりが深い。
日本バプテスト連盟 (郡山市大槻町)
福島第一聖書バプテスト教会(保守バプテスト同盟) - 福島県双葉郡、佐藤彰の時に大教会になる。
聖書キリスト教会・東京教会(練馬区豊玉北、1953年(昭和28年)の尾山令仁の高田馬場での開拓伝道から始まる。)
成増教会(基督兄弟団) - 練馬区旭町、松沢秀章が2006年(平成18年)まで牧師をしていた。現在は、アーサー・ホーランドが説教している。
目黒区
新栄教会(日本基督教団) - 目黒区中町、1873年(明治6年)創立、ディビッド・タムソンと小川義綏によって創設された東京最初のプロテスタント教会。
武蔵野市
・単立 使徒的実現チャーチ東京(2002年重枝覚子が牧会を始める。2013年調布市から移転。武蔵野市吉祥寺本町2)
三鷹市
希望の教会(武蔵野市境南町、1985年吉祥寺にて聖書キリスト教会、吉祥寺クリスチャンセンターとして始まり、1993年長老会の承認を得て独立した尾形守の開拓教会)
国際基督教大学教会(ICU教会)(三鷹市大沢、アメリカのエキュメニカル派により、1949年に創立された国際基督教大学の教会、ただし大学からは組織的に独立)
チャーチオブグローリー(三鷹市下連雀。吉祥寺で2000年に設立された、新宿シャローム教会の枝分教会。2008年、三鷹市に移転)
荒川区
カルバリーチャペルロゴス・東京
東大和市
純福音立川教会(東大和市立野) 主任牧師 泉パウロの他、韓国人牧師2名、フィリピン人牧師2名がいる。宗教法人 プロテスタントキリスト教会 https://fgtc777.com
金沢市
金沢あおぞら教会 (聖書教会連盟)
金沢教会(日本基督教団:旧長老系) - 金沢市柿木畠、1881年(明治14年)T・C・ウィンによって設立
金沢聖書キリスト教会(聖書教会連盟)
金沢聖書バプテスト教会
金沢元町教会(日本基督教団:旧長老系) - 1886年(明治19年)創立。初代牧師は、長尾巻
金沢長町教会(日本基督教団) - 1890年(明治23年)日本バプテスト連盟 金沢キリスト教会 - 日本メソヂスト教会によって設立。
その他
内灘聖書教会(聖書教会連盟) - 横山幹雄牧師の牧会伝道で教会成長
福井市
福井キリスト教会 日本バプテスト連盟
福井自由キリスト教会 - 福井市木田町、1955年(昭和30年)創立、福井県で最大規模の教会
福井神明教会(日本基督教団) - 福井市大手、1891年(明治24年)創立、福井県で一番古い教会