内山永久寺
明治に入って内山永久寺は廃仏毀釈の嵐に見舞われることとなる。明治元年(1868年)8月、神仏分離令が発令されたのを受け、他の僧らと共に還俗して「藤原亮珍」と改名し、布留社神官となった第二十八代座主の上乗院亮珍は、「永久寺を社地とする。神仏混乱を避けるため復飾した」と役所に申請書を提出。ただ、永久寺を移転させて存続させようとも考えていたようで、9月には移転の願いを提出している。しかし、この願いは却下されている。
その後、寺領を没収され、経営基盤を奪われた当寺は廃寺となって残りの僧侶も還俗し、多くは石上神宮の神官となった。無主となった永久寺の建物は共用に使われることはなく、競売にかけられたが買い手が付かず、多くが取り壊された。
廃仏毀釈を受けた寺院のうち、本寺ほどの大寺院が跡形無く破壊されたのは稀有なケースである。しかし、吉井敏幸元天理大学教授は「廃仏毀釈で消えたというより、内部から崩壊していったのではないか」とし、早々に廃寺が決まったという永久寺について「寺の運営の中心にいた僧侶(上乗院亮珍)が勤王派だったのではないか」とみている。永久寺には江戸時代、50~60の塔頭があり、亮珍はそのひとつ「上乗院」のトップだった。廃寺がすんなり決まった背景には、経済的にも豊かな上乗院が、永久寺の運営権を掌握していたこともあるという。「上乗院の力は極端なほど大きく、何でも決めることができた。周囲も決定に抵抗できない、ヒエラルキー(階層)があったのだろう 。東京美術学校校長・正木直彦の『十三松堂閑話録』によれば、僧侶自らが還俗する旨表明し、役人の前で本尊を破壊したため放逐したという。