武家政権
こうして武家の台頭の中で天皇の権威は新たな形で復興した。
戦国大名家のなかで尾張国の織田信長は将軍足利義昭を擁して上洛したが、義昭と対立を深め、元亀4年(1573年)には将軍義昭を追放して室町幕府を滅ぼし、信長は右大将に任官し、「天下人」として強力な中央集権の織田政権を築いた。天下統一の手前での信長の横死によって、後を継いで天下人となった豊臣秀吉は統一政策を完成し、公家である近衛前久の猶子として関白宣下を受け、豊臣政権を成立させた。秀吉は忠実な天皇の侍大将として信長より前の室町幕府武家政権としての成果と文書体系をも覆し天皇にひれ伏した。秀吉の死後に、関ヶ原の戦いで勝利し戦国大名を統括してその実力で徳川家康は次の天下人となった。そして、吾妻鏡を手本として足利氏と同族の清和源氏新田氏流を称し、征夷大将軍職に就き、江戸幕府を開いた。朝廷は、形式的に武家の棟梁だと是認し、家康が望んだ征夷大将軍職を与えた。なお、織田政権の前に三好長慶と堺公方による三好政権を武家政権として数えることもある。
江戸時代末期になり、諸外国が幕府に開国・通商条約締結を求めると、尊皇攘夷などの倒幕運動が盛んとなり、公武合体の不調、長州征討の敗北による政情不安の中で十五代将軍の徳川慶喜は大政奉還を行い、武家政権は終焉を迎えた。ただし徳川家としての武家権力は残るが、やがて鳥羽・伏見の戦いに始まる徳川家を中心とする勢力と改革により復興した西国の西南諸藩である薩長土肥ら雄藩との内戦の戊辰戦争は朝廷による官軍となった薩長土肥側の勝利となる。しかしこれは雄藩側も各藩の実務下級藩士勢力が藩上層部と対立の末に主導権を握って推進し、明治維新の過程で明治政府の指導層となるクーデターという面を持っている。以後の日本は明治政府が統治を行い、大名は華族、他の武士は士族とされ、武家は消滅していった。武家の思想は、教育による家族制度の徹底化や徴兵制による軍事国家など明治近代日本に変化した形で生き残り、その後の日本を生み出す元になった。
平安時代末期、平清盛が朝廷の内紛に起因する保元の乱と平治の乱で、武功を挙げ武力の重要性を支配貴族層に知らしめて、軍事権門としての地位を確立した。そして、武家としては初めての太政大臣に任じられ、政権を獲得した。平氏政権は、各地の在地武士を家人制で弱い形だが組織化するとともに、全国の武士が天皇の内裏を警護する大番役勤仕の国家的軍役負担を国衙制を間に置くが差配をして、初の武家政権とされる。さらに清盛は守護・地頭などの諸制度を創設し、前述の組織化と内裏警護大番役制度とともに後の頼朝政権に強化され引き継がれた。しかし、伊勢平氏(平家)一門で朝廷の官位を占め、清盛自身は天皇の外戚となるなど、従来の摂関政治と大差は無かった。既存のシステムの中に武家出身者を浸透させる事には成功したものの、武家による独自の政治体制の構築方法が見いだせず旧態依然の政治を行い、その中での平家一門の贅沢な暮らしや異様な出世、繁栄などを誇示するにとどまった。そのため、地方の実効支配者としての地位の向上を望む多数の地方武士は、中央の軍事権門と結んで、強権を得て支配強化を望んでいたが、その利益代表者の位置を十分構築できず、同時多発反乱の中から台頭した源義仲や源頼朝らによって滅ぼされた。