信濃村上氏
村上信貞の後は、その子村上師国、そして師国の子村上満信と系譜がつながり、師国・満信父子は、村上氏の勢力と権益を認めず守護職に補任しない室町幕府に対して不信感を持ち、幕府が補任した守護を排斥する動きを見せた。加えて室町幕府は村上氏の持つ「信州惣大将」の地位を軽視し続けたために、村上氏は反守護的な国人衆の代表格として認識されるようになる。
幕府はそれに対して、幕府の重臣であり足利一門で実力者の斯波義将を信濃守護に補任して、村上氏らの動きを抑え込もうとした。至徳4年(1387年)、村上師国は斯波氏の守護代二宮氏の軍と信濃国北部の各所で戦い、斯波氏も村上氏の抵抗を抑え込むことはできずに終わった。
師国の子・村上満信の代にも、信濃守護に補任された小笠原長秀が率いる守護軍と村上満信を始めとする国人勢力(大文字一揆)が篠ノ井で激突し、小笠原勢は撃滅され長秀は京都に逃亡し、守護を罷免されている(大塔合戦)。その後、幕府は代官として細川慈忠を派遣し、満信ら国人勢力の反乱は鎮圧されたが、村上氏は国人の盟主として一定の役割を果した。
一族には入山氏や屋代氏、小野沢氏、山田氏、今里氏、栗田氏、千田氏、出浦氏、寄合氏の所領は更級郡、埴科郡と水内郡の一部でその間には配下の領地もあって一円支配とはなっていない。他には建武2年(1335年)の恩賞で得た塩田荘12郷で信濃守護の威令が及ばなくなると自領の拡大を図る活動が見られる。享徳3年(1454年)坂木郷は諏訪上社頭役を務めているが当主村上政清ではなく代官である。寛正5年(1464年)にも頭役が割り当てられ代官を謹仕させ同じ頃に政清は他で弓矢の争いをしている記録がある。