肥薩おれんじ鉄道線
2008年3月15日より土休日に出水駅からJR熊本駅と鹿児島中央駅の双方に向けて直通列車が設定された。公募により、熊本駅発着の列車には「スーパーおれんじ」、鹿児島中央駅発着の列車には「オーシャンライナーさつま」の愛称が付けられた。土曜・休日のみのそれぞれ2往復が運転され、車両は肥薩おれんじ鉄道の気動車が使用される。
「スーパーおれんじ」はJR線内の八代駅 - 熊本駅間はノンストップで、九州新幹線との併設駅のうち新八代駅と新水俣駅、一部の特急が停車する宇土駅は通過する。また、「オーシャンライナーさつま」はJR線内の川内駅 - 鹿児島中央駅間は串木野駅と伊集院駅のみに停車する。
2018年3月17日改正ダイヤでは、「スーパーおれんじ」のうち朝の熊本駅発の1号(8103D)は出水駅から各駅に停車しながら川内駅まで運行され、平日は同じ時間帯に出水駅始発で川内駅行普通列車(6329D)が運行されていた。また「オーシャンライナーさつま」も夕方の鹿児島中央駅発の4号(8108D)は阿久根駅から各駅に停車しながら新八代駅まで運行され、平日はほぼ同じ時間帯に川内駅始発新八代駅行普通列車(6146D)が運行されていた。また、朝の鹿児島中央駅発出水駅行のオーシャンライナーさつま2号、夕方の熊本駅発出水駅行きのスーパーおれんじ3号は終点の出水駅で八代駅方面、川内駅方面の列車の接続を行っており、乗客への利便性向上を図っていた。
運行パターンは2018年版を踏襲しつつ、3便「スイーツ」が阿久根駅で43分停車して様々な体験コーナーを設置するなど、停車駅と停車時間の見直しを行った。また、今回の改正より列車の種別表示が「快速 ○○(行き先)」から「おれんじ食堂 ○○(行き先)」に変更された(ただし、駅の放送案内は快速のままである)。
定期貨物3往復、臨時貨物2往復の計5往復の貨物列車が設定されており、東京・名古屋・大阪(吹田)・岡山・福岡・熊本 - 鹿児島貨物ターミナル間を当線経由で運行している(このうち日中の熊本 - 鹿児島貨物ターミナル間の1往復のみ不定期運用)。機関車は門司機関区所属のED76とEF81が使用され、貨車はコキ100系コンテナ車のみの10両編成で運転される。乗務員は肥薩おれんじ鉄道の運転士は一切関与せず、門司機関区鹿児島派出に所属するJR貨物の機関士が運転を担当する。
2018年7月の平成30年7月豪雨、9月の台風24号の直撃により鹿児島本線の福岡エリアから山陽本線の中国地区エリアまで線路や施設が大きく被災し、損傷したため、この災害以降はしばらくの間はほとんどの貨物列車が運休状態となった。その後7月中頃より1日1往復のみ運転が再開され、10月12日までは1日1 - 2往復程度貨物列車が運行されていたが、九州内のみの運行で本州方面に直通する一部の貨物列車は引き続き運休となっていた。10月13日に山陽本線が復旧し、それ以降は貨物列車も元の運行体系に戻った。
2020年7月4日未明に発生した令和2年7月豪雨では線路や施設が甚大な被害を受けたため、11月1日の運転再開まで長期間運行休止になった。
貨物列車に関してはJR貨物から線路使用料を受け取る形になっている。
1984年(昭和59年)2月1日 米ノ津駅、高尾野駅が無人化。貨物輸送体系の見直しにより、肥後田浦、佐敷、米ノ津、出水、阿久根の各駅の貨物取扱い廃止
1985年(昭和60年)3月14日 客車普通列車の運行を廃止。普通列車はこの日からすべて電車または気動車に転換。肥後田浦駅が無人化
1986年(昭和61年) 3月3日 野田郷駅が無人化 10月1日 主要駅での荷物(チッキ)・郵便取扱いと荷物・郵便列車の運行を廃止 11月1日 水俣駅の貨物取扱い廃止
1987年(昭和62年)4月1日 国鉄分割民営化により九州旅客鉄道に承継。肥後田浦駅、野田郷駅が有人化
1993年(平成5年) 3月18日 客車夜行急行「かいもん」が特急「ドリームつばめ」に格上げ。これを以て鹿児島本線を走る定期客車急行列車は全廃 4月1日 肥後高田駅が無人化
1997年(平成9年)11月29日 寝台特急「はやぶさ」の運行区間が東京 - 熊本間に短縮され熊本 - 西鹿児島間の運行廃止。この日より熊本 - 西鹿児島間を走る夜行寝台列車は寝台特急「なは」のみとなる
1999年(平成11年)10月1日 熊本 - 日奈久(現:日奈久温泉)・八代 - 水俣・出水間などで運行されていた気動車列車が電車化。普通列車はこの日から全て電車に転換