De novoタンパク質構造予測
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次に、マッチする可能性のあるものに信頼度スコアが割り当てられる。
スレッディング: スレッディング戦略では、前記フォールディング認識技術をさらに発展させる。このプロセスでは、残基ペアの相互作用に対する経験に基づくエネルギー関数を使用して、未知のタンパク質を推定上の主鎖上に最適な形で配置し、必要に応じてギャップを調整する。次に、最適な相互作用を強調することで、潜在的なデコイを識別し、最も可能性の高いコンフォメーションを予測することができる。
フォールド戦略とスレッディング戦略の目的は、未知のタンパク質の折りたたみが、蛋白質構造データバンク(PDB)などのデータベースに登録されている既知のタンパク質のドメインに類似しているかどうかを確認することである。これは、タンパク質の折りたたみをデータベースの構造と比較する代わりに、物理ベースのアプローチで構造を決定するab initio法とは対照的である。