宗教法人
宗教者は、「宗教上の儀式、布教等に従事する者、教師、僧職等で修行中の者、信者であって何等の給与を受けず奉仕する者等は労働基準法上の労働者ではない」を根拠とし、一般の企業の労働者と同様に労働契約に基づき賃金を受ける場合を除いては雇用保険及び労災保険のいずれからも除外される。一方で当該通達は、具体的な労働条件等を一般企業と比較し個々の事例について実情に即して判断することも求めているため、同じ法人に属する他の宗教者から儀式の執行や布教活動に関し恒常的に指揮命令を受けている場合において労働紛争が生じた際、紛争の当事者に労働者としての権利がある前提で対処すべきかが曖昧な状況となる。
責任役員は、当人と特別の利害関係がある事項については議決権を持たず、規則に別段の定がなければ、議決権を有する責任役員の員数が責任役員の定数の過半数に満たないこととなったときは、規則で定めるところにより、その過半数に達するまでの員数以上の仮責任役員を選ばなければならない(法第21条第2項)。
「未成年者は宗教法人の代表役員、責任役員、代務者、仮代表役員又は仮責任役員になれない(法第22条第1項第1号)」とされており、現在は18歳以上しか代表役員、責任役員、代務者、仮代表役員又は仮責任役員になれない。また「心身の故障によりその職務を行うに当たつて必要となる認知、判断及び意思疎通を適切に行うことができない者(法第22条第1項第2号)」や「禁錮以上の刑に処せられ、その執行を終わるまで又は執行を受けることがなくなるまでの者(法第22条第1項第3号)」も、欠格事項に該当する。
他種の公益法人と異なり、宗教法人法では「現に反社会的勢力に所属している、または離脱してから一定期間が未だ経過していない」ことを役員就任の欠格事由に定めていない。この状況について、地域内に大規模な暴力団を抱える福岡県や兵庫県その他の合わせて9県が、「脱税やマネーロンダリング目的で休眠状態の宗教法人を乗っ取り、悪用する懸念がある」として宗教法人の役員資格にも暴排条項を織り込むよう内閣府に提言しているが、内閣府は「少なくとも最近10年間で実例が無く、規定を設けても実効性に乏しい」として、具体的な対応を行っていない。これに対し近畿大学の田近肇教授は「暴力団員にも信教の自由はあるが、法人役員の欠格事由に暴排規定を追加するための足かせにはならない」と主張し、暴排条項の新設は暴力団員個人としての信教の自由を侵害する理由にならないと指摘している。
宗教法人には、単位宗教法人(たんいしゅうきょうほうじん)と包括宗教法人(ほうかつしゅうきょうほうじん)がある。
さらに単位宗教法人は、被包括宗教法人(ひほうかつしゅうきょうほうじん)と単立宗教法人(たんりつしゅうきょうほうじん)に分類される。
単位宗教法人とは神社、寺院、教会のような境内建物(法第3条)を有する宗教法人であり、法第2条第1号に該当する団体である。包括宗教法人は単位宗教法人あるいは非法人の単位宗教団体を包括する宗教法人であり、法第2条第2号に該当する。例えば、仏教では宗派(宗団)が包括宗教法人に、本山や末寺が被包括宗教法人にあたる。
また、単位宗教法人のうち、包括宗教法人もしくは非法人の包括宗教団体の傘下にあるものを被包括宗教法人といい、そうではないものを単立宗教法人という。被包括宗教法人が規則の変更手続きによって、包括宗教法人から独立して(被包括関係を解消して)単立宗教法人となることもでき(法第26条第1項)、その場合、包括宗教法人はその独立を妨害してはならない(法第78条)。