熊本城
宇土櫓をはじめ監物櫓(長岡図書預櫓)、平櫓、五間櫓、北十八間櫓、東十八間櫓、源之進櫓、四間櫓、十四間櫓、七間櫓、田子櫓の各櫓、長塀(全長約242m)、不開門の13棟の遺構は現存し、それぞれ国の重要文化財に指定されている。
現存する建物のほかに、飯田丸五階櫓・南大手門・未申櫓・戌亥櫓・西出丸長塀などが復元され、また、平成19年(2007年)の清正による築城400周年にあたり、12月末に本丸御殿大広間の復元工事がほぼ完了し、2008年4月20日から一般に公開されている。他の多重櫓などの復元も長期に計画されている。 また、外観復元されていた馬具櫓が木構造部分が老朽化したため、木造で改めて復元される。
かつて天守内には細川家の御座船「波奈之丸」(なみなしまる)の御座所部分が展示されていたが、熊本地震後に搬出された。この波奈之丸の御座所部分は「細川家舟屋形」として国の重要文化財に指定されている(所有者は永青文庫)。「細川家舟屋形」は2016年から2018年にかけて天井画の修理が行われ、2018年から熊本市立熊本博物館にて公開が再開されている。
熊本城の江戸時代の図面では本丸周辺の郭と西出丸は纏めて本城と記載されている
本丸
本丸は大小天守と本丸御殿を中心に数多くの建造物が建てられた。本丸は三箇所の入り口があり特に耕作櫓門と三之櫓門は三階建ての巨大な櫓門で防備を固めていた。この2つの櫓門から天守迄は地下通路となっており、これにより本丸は南北2つに分断されていたがその上に本丸御殿が建てられている。本丸御殿の再建の際、発掘調査が行われ本丸南部は版築により北側と同じ高さまで嵩上げされているのが判明している
平左衛門丸
平左衛門丸は本丸の西隣の郭。名称は加藤家重臣の加藤平左衛門が屋敷を構えていた事から、但し江戸初期の御城分間では天守西の丸とも記載されており細川家管理の時代になって名称が変わった模様。小天守がない時代は北帯曲輪から天守北側を通り本丸へ至る梯郭式の防備を担っており、大天守北側の石垣と郭の間に門扉が有ったようである。加藤平左衛門の屋敷は加藤家時代には城外へ出て城内最大の台所屋敷のみ残っていた
数寄屋丸は本丸南西側、平左衛門丸の南側の同規模の郭。名称通り入り口の地図石や御殿造りの数寄屋丸二階御広間等、内部は趣向を凝らした造形。但し防備面では巨大な五階櫓に三階櫓を配し、入り口も三階建ての数寄屋丸櫓門や地蔵櫓門で防備を固めている。本丸、平左衛門丸、数寄屋丸は合わせるとほぼ矩形になっており段差も小さい。石垣も作製技術が古く当初は、隈本城の詰の丸として茶臼山頂上に建設されたものだと想定されている
飯田丸(西竹の丸)
飯田丸は数寄屋丸南面の郭。