クロフネ
第3コーナー過ぎからクロフネとダンツフレームが上位に進出していき最後の直線に入ったが、仕掛けを遅らせたジャングルポケットが抜け出しを図る両馬を一気にかわし、ダンツフレームに1馬身半差を付けて優勝。クロフネは伸びあぐねて5着と敗れた。松田によれば、ダービーに向けての「手加減した調整」が裏目に出たといい、「5着という着順は、成功したという感じはもちろんないし、かといって、大きく失敗したという感じもない。馬主さんも褒めもしないし、非難もしない。何となく中途半端なレースになってしまった」と振り返っている。
天皇賞への蹉跌
夏の休養を経ての秋シーズンは、これも当年より外国産馬に2頭の出走枠が設けられた天皇賞(秋)を目標に、9月の神戸新聞杯から復帰。鞍上は蛯名正義が務めた。ここではダービー2着のダンツフレームと再戦することになったが、当日の1番人気は札幌記念でジャングルポケットを破っていた外国産馬エアエミネムに譲った。レースではスタートで躓いて後手を踏み、道中もスローペースを堪えきれず蛯名との折り合いを欠いた。最後の直線では鋭く追い込んだものの、勝ったエアエミネム、さらにサンライズペガサスも捉えきれず3着と敗れた。松田は「馬が気負いすぎて出遅れてしまった。本当なら馬群の外目を先行するはずだったので、差す競馬は予定外だった。それでも終いの脚は良かったし、天皇賞に向けて収穫はあったと思う」と語った。敗れはしたものの、上がり3ハロンはメンバー中最速の34秒2をマークした。
その後は天皇賞出走を予定していたが、2頭の外国産馬枠に対して獲得賞金額でクロフネを上回る年長馬のメイショウドトウとアグネスデジタルが優先権をもったことから、出走することができなくなった。
12月6日には有馬記念のファン投票の最終集計結果が発表され、クロフネ陣営は出走回避を明言していたものの8万9171票を集め、このレースを以って引退するテイエムオペラオーに次ぐ2位に選ばれていた。しかし、それから19日後の12月25日、スポーツ紙が一斉にクロフネが右前脚に屈腱炎を発症、最悪引退と報道した。報道3日前の22日、フェブラリーステークスに向けて調整されていたクロフネは調教後、右前脚に熱を持っていることが判明し、直ちに栗東トレーニングセンター競走馬診療所で検査を受けた。検査の結果右前浅屈腱炎、少なくても9か月の休養が必要と診断され、これで翌年出走を予定していたドバイワールドカップ、ブリーダーズカップクラシックへの出走プランはすべて白紙となった。報道翌日の26日には競走登録の抹消と種牡馬入りが発表された。引退の報を聞いた武豊は「来年を楽しみにしていただけに本当に残念です」とコメントし、松田は後に調教師としての立場からこの故障について次のように語っている。
翌年1月、年度表彰・JRA賞が発表され、クロフネは最優秀ダートホースに選出された。同月15日には、ダート競走格付け委員会によるダートグレード競走最優秀馬にも選ばれた。またJPNクラシフィケーションでは、ダート2戦の内容が北米のハンディキャッパーからも高く評価され、アメリカのケンタッキーダービー優勝馬モナーコスと並び、国内ダートでは史上最高評価となる125ポンドを獲得、3歳のMコラム(1400メートル以上、1900メートル未満)では芝を含めても世界第1位となった。