核膜孔
小さな粒子 (< ~30–60 kDa) は受動拡散によって核膜孔複合体を通過することができる。より大きな粒子であっても受動拡散によって通過することはできるが、その速度は分子量に応じて徐々に低下していく。効率的な複合体の通過にはいくつかのタンパク質因子が必要であり、特に核輸送受容体は、積み荷分子に結合して核膜孔複合体を経由した核内への通過(インポーチン)、核外への通過(エクスポーチン)を媒介する。核輸送受容体の最大のファミリーはカリオフェリンであり、数十種類のインポーチンとエクスポーチンが含まれる。このファミリーはさらにカリオフェリン-αとカリオフェリン-βサブファミリーに分類される。他の核輸送受容体にはNTF2やNTF2様タンパク質などがある。
輸送のメカニズムを説明するため、3つのモデルが提案されている。
中央のプラグに沿った親和性勾配
Brownian affinity gating
Selective phase