2000年代のJRダイヤ改正
山口線に快速「やまぐちライナー」が設定された。大和路線から奈良線へ直通する列車が設定された。和歌山線では五位堂信号場がJR五位堂駅として旅客駅化され、下田駅が香芝駅に改称された。山陽本線では広島市内に天神川駅が開業した。
E351系のリフレッシュ工事に伴い、特急「スーパーあずさ」の一部が183・189系「あずさ」に変更された。
京葉線では、快速の一部が千葉みなと駅にも停車するようになった。
武蔵野線では、南船橋駅発着列車の一部が海浜幕張駅まで延長された。
常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線では、小田急電鉄との直通列車を増発した。
五能線では、陸奥黒崎駅が白神岳登山口駅に改称された。
東海の在来線でダイヤ改正を実施。
名古屋地区の東海道本線が中心の改正で、313系5000番台が投入され、快速列車(新快速・特別快速・区間快速を含む)の増発・増結が行われた。普通列車は一部運転区間が縮小されたほか、途中駅での通過待ちも増加して所要時間が長くなった。東海道本線から飯田線への快速乗り入れは廃止された。浜松駅発着の快速も大幅削減となった。そのほか、快速の増発によりホームライナーの見直しも行われた。車両面では313系5000番台の投入によって余剰となった大垣車両区の211系5000番台が豊橋駅 - 米原駅間での定期運用から撤退し、静岡車両区に転属し、静岡所属の115系の一部が置き換えられた。
土讃線の特急「南風」の運行区間の見直しが行われ、宿毛駅まで行く列車が2往復に削減された。
東海道・山陽新幹線および西日本の一部でダイヤ改正を実施。
日本海縦貫線における運転系統の整理から、1961年(昭和36年)10月の「サンロクトオ」改正以来日本最長距離を走る昼行特急列車として運行していた「白鳥」が廃止された。
683系の追加投入で「サンダーバード」が増発され、運転区間も大阪駅 - 富山駅(1往復は魚津駅発着)・和倉温泉駅間となった。これに伴い「雷鳥」の発着駅は金沢駅に統一された。「雷鳥」の新潟駅発着列車は季節運転の「ふるさと雷鳥」のみとなった。系統分割された富山駅 - 新潟駅間は、「北越」の増発により対応した。
七尾線では、のと鉄道七尾線の穴水駅 - 輪島駅間が4月1日に廃止されるのに伴い、急行「能登路」(上り2本、下り3本)のうち、58系気動車で運行されていた輪島駅発着の1往復(1・2号)と415系800番台電車で運行されていた金沢発和倉温泉行きの下り1本(5号)が廃止され、代替列車として七尾駅発着の快速1往復が増発された。のと鉄道区間については各駅停車に変更して対応した。
富山港線では、日中の列車が電車から気動車に置き換えられた。
USJの開園に先立ち大阪環状線からJRゆめ咲線(桜島線)への直通運転列車を増発した。
中央本線で特急「あずさ」・「かいじ」にE257系電車を導入開始した。E351系のリフレッシュ工事が完了し、特急「スーパーあずさ」は8往復に戻された。
特急「成田エクスプレス」の一部列車において、成田駅・千葉駅 - 東京駅・新宿駅・池袋駅間を定期券と指定席特急券で利用できるようになった。
特急「わかしお」は1往復が増発され、特急「わかしお」・「さざなみ」の海浜幕張駅への停車を拡大した。
長野駅 - 新潟駅間の特急「みのり」1往復(2・3号)が廃止された。
上野駅 - 水上駅間の新特急「水上」1往復(7・10号)が廃止された。
中央本線の急行「アルプス」長野発新宿行きが臨時列車に変更された。
山手貨物線・品鶴線を経由し新宿駅を越えて東海道線・横須賀線と宇都宮線・高崎線間を直通運転する湘南新宿ラインの系統が新設された。ただし、池袋駅・新宿駅の改良工事が完成していなかったために、池袋駅・新宿駅発着の列車も設定されていた。
ホームライナーの見直しも行われ、高崎線の「ホームライナー鴻巣」が増発された。中央線快速では、従来のホームライナーが「中央ライナー」「青梅ライナー」に名称変更・増発された。また乗車整理料金を「ホームライナー料金」として500円に値上げすることになった。
首都圏の50km未満の自由席特急料金と急行券を500円に値下げした。
宇都宮線では宇都宮発黒磯行きの終電が繰り下げられた。京葉線・武蔵野線の夜間と埼京線の夕夜間帯に増発された。中央・総武線各駅停車は年度内にすべてE231系に統一。
この改正で115系の高崎線における運用が廃止された。
東北地区では、羽越本線に岩城みなと駅が、五能線にウェスパ椿山駅がそれぞれ開業した。
池袋駅・新宿駅構内の改良工事の完成で湘南新宿ラインの増発(1日38往復 → 64往復)とこの路線に直通する系統を含む宇都宮線・高崎線普通列車へのグリーン車連結が行われた。グリーン車Suicaシステムが導入された。特別快速が新設され、湘南新宿ラインは全列車E231系電車に統一された。
宇都宮線から115系が撤退した。
上越線の高崎駅 - 井野駅間に高崎問屋町駅が開業した。
埼京線では夜間を中心にりんかい線の直通を増発し、りんかい線内の折り返し列車も含めてすべて10両編成に増強された。
東海道線ではE231系電車の大量導入により、沼津・静岡方面への直通列車が大幅に減少し、JR東日本所属のグリーン車連結編成のJR東海管内への乗り入れは沼津駅までとなった。
京葉線では通勤快速が新木場駅に停車するようになった。
千葉地区では、E257系500番台が導入され、特急「すいごう」が「あやめ」に統合された。また、房総特急における「おはよう」・「ホームタウン」の冠名称の使用も廃止された。
仙台地区では、仙山線・仙石線・磐越西線で快速「仙山」・「ホリデー仙山」・「うみかぜ」・「ばんだい」の各名称が廃止され、磐越西線では快速「あいづライナー」が廃止された。仙山線・仙石線では平日ダイヤと土曜・休日ダイヤが統合された。陸羽東線では快速「湯けむり」が廃止された。
上述の通り、10月1日に東海道・山陽新幹線でほぼ白紙改正というべき大規模なダイヤ改正が実施された。JR東海副社長(当時)の松本正之はこのダイヤ改正を「第二の開業」と称した。
予讃線高松地区の運行体系が変更され、特急「南風」に接続する列車として「南風リレー号」が復活した。また牟岐線徳島駅 - 阿南駅間の特急列車の愛称が「ホームエクスプレス阿南」に改称され、上り1本が夜から朝に変更された。また、管内のすべての特急列車が全席禁煙となり、夜間時間帯の列車の時刻も変更された。
3月にJR東日本が東京モノレールを買収したことにより、東京モノレール羽田空港線との乗換駅である浜松町駅に京浜東北線の快速が停車するようになった。
西日本・九州でダイヤ改正。