高千穂鉄道高千穂線
すべて線内折り返し運転で、ワンマン運転を実施していた。2両編成の場合は車掌乗務だが、ほぼ1両での運転のため、滅多に乗務していなかった。
国鉄時代は日豊本線に乗り入れ、宮崎駅まで直通する列車があった。
1991年から前面展望車両の指定席車と一般車の自由席車を連結した快速「たかちほ号」が運行されていた。2003年3月からはこれに代わりトロッコ列車の「トロッコ神楽号」が運行開始され、2005年の運行停止まで運行された。
運行停止の時点では1日13往復の列車が運行しており、毎時1本程度の運行であったが、2時間以上間が開く時間帯もあった。
第三セクター転換後は高千穂駅と延岡駅で車両の夜間滞泊が設定されていた。国鉄時代は日ノ影駅で夜間滞泊があり、朝の高千穂駅の上り始発は滞泊車両を日ノ影駅から高千穂駅まで回送していた。