プロジェクトハッカー 覚醒
GISに一通の手紙が届いた。その内容によると「聖フランシル病院ではハッカーによるコンピュータトラブルで医療事故が多発している」という。手紙の真偽を確かめるために病院のコンピュータを調査したところ、ウイルスによって電子カルテが書き換えられていることが判明した。さらに、ウイルスを仕込んだ犯人を調べていくうちに、病院が過去に起こした医療ミスが明らかになっていく。
IT企業コム・ドライ社の口座から40億円もの大金が新手のハッキングツールによって引き落とされるという事件が発生した。同時刻には自然保護団体WOTへ匿名で同額の募金が振り込まれている。しかし、コム・ドライ社とWOTの間に接点は見つからない。そんな中、企業のサーバから銀行口座へハッキングした形跡が発見された。社長の自宅からサーバを経由して口座へアクセスしたらしい。
新日本空港から旅客機が正規のルートを外れて飛び続けているという通報が入った。どうやら旅客機は遠隔操作されているらしい。犯人の要求は300億円。要求が飲まれない場合は乗客たちの命はないという。サトルは旅客機のコントロールを取り戻すべく、電波施設を捜し出す。コントロールは無事取り戻されたものの、さらなる事件が舞い込んでくる。テロ組織によって米軍の極秘施設が乗っ取られたのである。このままでは施設のミサイルが世界各国に向けて発射されてしまう。サトルは「Blitz」の力を借りてミサイル施設へのハッキングを決行する。
各プログラムの終了後、解決までに行った行動がS、A、B、Cの4段階で評価される。無駄な移動を行ったりすることで評価は下がっていくが、低い評価を取ったことによるペナルティーなどは特に無い。