井上良馨
9月24日早朝、西郷が自決して7ヶ月の内乱は終わった。ようやく平穏を取り戻した明治11年(1878年)1月、井上は「清輝」とともにヨーロッパへ出航した。西南戦争が勃発したために実施できず先送りされていた「清輝」のテスト航海を実施するためである。「清輝」は初めて日本が製造した軍艦であり、井上は建造中から艦長に任じられ、装備や船体のチェックを担当していた。井上の指揮下、「清輝」は3ヶ月で日欧間を無事に往復し、国産艦でも充分な航行性能を持つことを実証した。
明治12年(1879年)に辛苦を共にした「清輝」を降り、「東」・「浅間」・「扶桑」の各艦長を歴任。「扶桑」艦長就任直前の明治15年(1882年)6月に大佐へ昇進した。明治17年(1884年)2月から10ヶ月間、初めての陸上勤務となる海軍省軍事部次長を務める。この辺りから、ともに艦長職を歴任してきた伊東祐亨と井上の地位に変化が出始める。
伊東は艦長からそのまま艦隊司令官へと戦場で華々しく活躍を続け、井上は海軍省でのあらゆる実務を掌握して実行を命じる軍政官に変わった。両者は共に明治25年(1892年)12月12日に中将へ昇進しているが、明治20年(1887年)5月24日に男爵に叙せられた井上の方が政府の中では高く評価されていた。しかし伊東は連合艦隊司令長官として日清戦争を勝利に導き、井上よりも高い子爵に叙せられた上、井上より3年早く大将に昇進している。