アレクサンドル・ブートレロフ
反応を起こす瞬間だけ特定の構造が現れるのではないかという見方(これはジェラールやアレクサンダー・ウィリアムソンが唱えていた)もケクレは完全には捨てていなかった。 当時は原子はまだ実在が確認されておらず、結合もその本性は不明であり、これらはあくまで化学の諸法則を説明するのに仮定すると都合がいいといった程度のものであったからである。 ブートレロフもそれについては留保しており、この化学構造は物理的な実体を指してはいないと主張している。
しかし化合物がただ1つの化学構造を持っていると考えることによって、その化合物の化学的性質すべてを演繹的に導くことができると考えた。 また化学構造を決定する方法として、既知の化学構造を持つ物質を原料として特定の結合だけを選択的に形成できる温和な条件での合成か、特定の結合だけを選択的に切断できる温和な条件で分解して既知の化学構造を持つ物質へ誘導することを挙げている。 これは現代でも化学の研究に一般的に用いられているパラダイムである。