ゴジラ-GODZILLA-
『VS』から登場。
前述のとおり、建造物を破壊することによってゴジラは成長するが、成長に伴って災害レベルが上昇し、人類の抵抗がより激しくなる。災害レベルは首相による閣議決定で変更が行われるが、政権交代によっては災害レベルの上がりやすさが異なる。政権交代はプレイヤーの選択したルートによって起こる。 首相となる人物にはタカ派の鷹栖総理(声:水落幸子)、ハト派の鳩ヶ谷総理(武田幸史)、そして中道派の中条総理(野中秀哲)の3人が存在する。 このうち、DESTRUCTIONモードで一度も政権交代せず鷹栖のルートへ進むとバーニングゴジラが現れ、真のエンディングが解放される。
災害レベルが一定数を超えるとメーサー殺獣光線車や轟天号といった超兵器が投入される。 また、ステージによってはGジェネレーターの緊急停止シーケンスが存在するため、Gジェネレーターが停止するまでにすべてのGジェネレーターを破壊する必要がある。
人類とは別に、モスラやキングギドラといったGフォース管轄外の怪獣が登場することもあり、ゴジラ同様にGフォースも攻撃をしかける。ただし、そのGフォースからも大型の兵器が戦場に到着する場合がある。それら大型の怪獣たちを倒すと、進化や成長に必要な進化要因を取得できることがある。