フランシス・ニコルソン
1688年後半、名誉革命によりジェームズがウィリアム・アンド・メアリーによって退位させられると、マサチューセッツでもボストンでアンドロスに対して反乱がおこり、アンドロスやその他自治領の指導者を逮捕した。この暴動は急速に自治領全体に広がり、ニューイングランドは直ぐに元の植民地とそれを治めた政府の形に戻った。ボストン暴動の報せが1週間後にニューヨークに届くと、ニコルソンはニューヨークで反乱がおこることを恐れて、その知らせはおろか、イングランドの革命についても公表しようとはしなかった。ボストン暴動の話がロングアイランドに達すると、政治家や民兵隊の指導者がより強引な形を採り、5月半ばまでに自治領の役人は多くの町から追い出された。これと同時にニコルソンは、フランスがイングランドに宣戦布告したことを知り、ニューヨーク北部のフロンティアではフランスとインディアンに攻撃される恐れが出てきたことが分かった。インディアンが襲撃してくるという噂にパニックになった市民を静めるために、ニコルソンはジェームズ砦の陸軍守備隊に民兵隊を呼び入れた。
メリーランドやバージニアで設定したものをモデルにして植民地の地方政府を設立した。例えば1722年のチャールストンの法人化があった。教育とイングランド国教会のために、公費も自分の金も遣った。植民地に全く新しい司法体系を導入した。チェロキー族インディアンとの協定を交渉して領土の境界を決め、交易を促進し、メリーランドやバージニアに居るときに提唱していたのと同様な政策を追求した。植民地政府にインディアン問題担当コミッショナーの制度を導入し、1750年代に王室がインディアン問題を管理する任務を再開するまで、その職が残っていた。
サウスカロライナ植民地は他の植民地と同様に、通貨の不足が慢性的な問題であり、それを補うために信用債券(紙幣)を発行した。ニコルソンが統治した時は、債券が何度も発行されたが、ニコルソンが植民地を離れた後に、インフレが危機的な状況まで高まることはなかった。しかし、それは商人を怒らせ、ニコルソンに対する苦情を貿易省まで上げることになった。プランテーション所有者のウィリアム・レットなど領主制の支持者が、ニコルソンは密貿易に関わっているという長く続いた嘘の告発とも組み合わされ、ニコルソンはこれら告発に対して自己弁護するためにイングランドに戻る必要があると考えた。1725年にチェロキー族のバスケットを持ってロンドンに戻った。それは大英博物館の初期コレクションの一部になった。
ニコルソンは1692年までハワード・オブ・エッフィンガム卿の下でバージニア植民地副総督を務めた。ウィリアム・アンド・メアリー大学創設の推進者となり、初代理事の一人に指名された。植民地民兵隊の改善に動き、植民地に貿易港を増やすことを認めた。港について植民地の大商人の間で競争を増やすものと見なす者もいたが、彼等から大した反対も無く進んだ。この期間に、ニコルソンは植民地における王室支配の高いレベルの代表者の1人だった。北部の植民地では王室支配が排除されており、南部の他の植民地は領主総督が治めていた。ニコルソンは、共通の社会秩序を作り上げ、防衛を強調させるために、領主植民地を王室領に転換することを含め、できるだけ早く全ての植民地に王室支配を確立するよう、国王に推奨した。
エッフィンガム卿は1692年2月に総督を辞職し、ニコルソンとアンドロスの間で次の総督職を巡る争いが始まった。アンドロスはロンドンにあって上級の人物であり、その地位を与えられ、ニコルソンを大いに悩ませることになった。このことが2人の間に成長していた嫌悪感を深まらせることになった。当時の批評家の1人は、ニコルソンが「特にエドマンド・アンドロス卿に不満を抱いており、それ以前にあったことに特別憤慨したことがあった」と記していた。ニコルソンはメリーランドの副総督になることで宥められ、その時からアンドロスの排除のために動いていた。アンドロスが1692年9月に到着すると、ニコルソンは彼を愛想よく出迎え、その後にロンドンに向かった。