滝尾駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅である。互いのホームは構内踏切で連絡している。
無人駅で出札口があるだけの駅舎(出札小屋)のほか、小屋の外に自動券売機がそれぞれ設置されている。この出札小屋は日豊本線の別府大学駅で使用していたものを当駅へ再利用したもので、新しく書き直された下に薄く「別府大学駅」の文字を確認することができる。
ICカード「SUGOCA」は入出場のみ対応しており、当駅でチャージや購入はできない。
ホームと出札小屋以外にはこれといった施設はなく、駅の付帯施設としては駐輪場と自動販売機があるのみである。なお、「JR 滝尾駅」の駅名看板は駐輪場部分に掲げられている。