えちぜん鉄道三国芦原線
一方で、えちぜん鉄道側は、相互直通列車の折返し駅は当初の計画通り鷲塚針原駅のまま(ただし厳密には一度西長田駅までの直通に計画変更をしたものの、再度の計画変更で当初計画に戻った)としたため、えちぜん鉄道直通列車はあわら湯のまち・三国港方面には設定されていない。
三国港駅の始発は5時半過ぎだが、2019年9月までは、月曜(ハッピーマンデーなどで休日の場合はその翌日)早朝にはそれより前の5時過ぎに福井行き始発列車として快速列車「めざましトレイン」が設定されていた。福井駅の終電は23時10分過ぎである。
基本的にワンマン運転だが、昼間の列車には女性アテンダントが乗務し、乗車券の販売・回収や車内アナウンス(観光・接続案内)、高齢者などの乗車・下車のサポートを行う。ただし、ドアの開閉は運転士が担当している。
三国港駅で車両の夜間滞泊を行っている。
快速列車は三国神社駅・水居駅・番田駅・中角駅を通過する。かつて運行されていた「めざましトレイン」は本荘駅・大関駅・下兵庫駅も通過していた。
福井鉄道福武線直通列車は、三国芦原線内では普通列車であっても中角駅以外の各駅に停車する。
毎年8月に坂井市三国町で開かれる花火大会の時には、夜間時間帯に臨時列車が運行されている。
京福電鉄の時代には朝夕に急行列車が設定されていたほか、1965年まで勝山駅 - 三国港駅間を直通する臨時急行を運転していた。また、最終列車は早かった。