スーパーモンキーボール2
ストーリーモードの追加。
メインゲームにおいての対戦モードの廃止。
難易度の名称の変更(前作の「初級」「中級」「上級」はそれぞれ「やさしい」「ふつう」「むずかしい」になった)。
エクストラステージへの突入条件が全てノーコンティニューで通常ステージをクリアすることになった。また、前作のマスターステージは「むずかしい」から独立した「たつじん」というレベルになった(こちらにはむずかしいとは別に、たつじん専用のエクストラステージがある)。
各ステージに名前が割り振られた(厳密には前作のステージにも名前はあったが、ゲーム内では表示されず、攻略本等でしか見られなかった)。
ある1ステージを除いて、ステージは総じて板のような仕掛けの無い平らな足場からスタートするようになった。厚みが異なる二種類が存在し、同じ名称のステージ同士でも背景によって種類が異なる場合がある。
緑ゴール、赤ゴールのワープ数が固定になった(前作では同じ色のゴールでもステージによってワープ数が異なった)。
↑ 具体的にどういう点が完成していないかは不明だが、出動させた中の一体は首の向きがずれており、整列してアイアイ達と向き合った際に一体だけアイアイ達に背を向けた状態となっている。