協会系酵母
1901年、明治政府が国立醸造試験所を開設してから1920年代までに分離された。現在では日本醸造協会から頒布されておらず、あまり実用されていない。明治時代末期から大正時代にかけて、当時の水準で設備が「近代的」であった酒蔵で日本酒を醸造するのに主流を占めていたこれらの酵母は、現在使われている清酒酵母とは、遺伝子的に系統が違うことが明らかになってきている。
協会1号
1906年(明治39年)、各地の酒造場から収集した60余株のうち、江戸時代後期の宮水の発見で知られる兵庫県灘の山邑太左衛門(やまむらたざえもん)の『櫻正宗』から分離された。当時にしては低温に属する摂氏20度で最適醗酵し、濃醇な酒を醸した強健な酵母であった。大正5年まで甲種の瓶詰清酒酵母として、1917年(大正6年)より1935年(昭和10年)まで第1号酵母として、日本醸造協会から頒布された。
協会2号
明治末年(1908年-1911年ごろ)、京都市伏見の『月桂冠』の新酒から分離された。食い切りがよく濃醇な酒を醸した。「良い酒は良い酵母から」というのがキャッチフレーズであった。