菅直人内閣の政策
2010年6月28日から全路線の2割にあたる区間において、地域経済や環境への影響を把握するための高速道路無料化社会実験を開始。2011年6月19日、東日本大震災の復旧費用を捻出するため、無料化実験と2009年に自公政権が始めた休日上限1000円は終了し、翌20日から東北地方の高速道路において被災者などを対象とした無料化が開始された。
無料化については、マイカー利用者の増加による地域の活性化とフェリー業界などの減収の両面があり、今後の政策に生かすべきだとの指摘がある。
2010年10月22日、10年以上かかって全体の8%しかできていないスーパー堤防について、蓮舫行政刷新相は「出口が見えないのは、手段や金の使われ方として疑問だ」と指摘。同29日の仕分けで「200年に一度の災害に備えて400年かけて事業をする意味が分からない」と廃止判定した。
その後、2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震をうけて石原慎太郎東京都知事から計画の立て直しを求められたが話し合いは平行線に終わる。6月16日、国土交通省はスーパー堤防事業について規模を縮小して継続する方針を示した。
日本の大学が破綻する可能性が指摘されている。一方仕分け人からは「(国立大学の)独立行政法人化そのものの見直しが必要」との指摘がある。なお、国立大学については2号補正予算を含めた15ヶ月予算としては34億円の増額。私立大学等についても、授業料減免事業等支援経費の増額などにより前年度比で4億円の増額となっている。