中央新幹線
苦手とされている巨石や高い地下水位が確認されているものの「軟らかくなっている可能性が高いこと、地下水位が特に高い区間は短い」として、シールド工法が適用可能と説明されたが、未調査箇所があることも説明されている。また、住民移転の代替地の説明では長野県駅周辺整備の説明から開始したため、住民軽視との抗議で駅周辺整備の説明を途中で中止せざるを得なくなったことや、住民相談に応じるために飯田市が設けた現地事務所の対応に不満が出ていることから、同年6月26日に飯田市議会リニア推進特別委員会は飯田市に地権者との信頼関係を重視した協議の場を設けることなどを要求する要望書を提出した。同年8月1日には移転可能な代替地情報の閲覧が飯田市で開始された。
2019年3月19日に長野県環境審議会は「中央アルプス県立公園」の中央新幹線の促進のために県指定解除を要求している。
2022年10月21日に長野県環境影響評価技術委員会は長野県駅新設の環境保全計画を審議をした結果、JR東海からの計画では地下水への影響の監視体制が不十分と指摘している。
基本計画当初より「奈良市附近」が経由地となることが計画されている。計画策定には当時(第2次田中角栄内閣)の新谷寅三郎運輸大臣の功績が大きいとされ、奈良県を中心に「リニア奈良駅」の設置を要望している。JR東海は駅の設置場所について「奈良、生駒、大和郡山、天理の各市と周辺市町とを含む範囲」を想定している。
しかし、奈良県内においては、奈良、生駒、大和郡山、天理の4市が「リニア奈良駅」の誘致を巡って対立していた。このうち、奈良市は奈良県の最大都市であり県庁所在地であること、生駒市は関西文化学術研究都市の中心部に近く大学や研究機関の集積があること、大和郡山市は奈良盆地の中央にあって交通の便がよい上に奈良県中南部やさらには紀伊半島全体にも波及効果があること、天理市は西名阪自動車道や京奈和自動車道のインターチェンジに近い交通上の利点があることを強調している。さらに新駅の候補地として、奈良市ではJR奈良駅や近鉄奈良駅または近鉄新大宮駅がある奈良市街地中心部と、奈良市街地の北郊で京都府との府県境附近にあたるJR関西本線の平城山駅の二つを挙げており、大和郡山市ではJRと近鉄の交点付近を挙げている。
2011年6月7日、JR東海は東京・名古屋間のルートおよび駅位置のその時点での計画を発表した。調査の結果、東京都は品川駅、神奈川県は相模原市緑区、山梨県は峡中地域、岐阜県は中津川市西部、愛知県は名古屋駅に駅が設置される予定だと発表された。別途選定するとされていた長野県は、2011年8月5日、高森町・飯田市北部に駅を設置する予定であることが発表された。
2013年9月にJR東海が公表した『中央新幹線(東京都・名古屋市間)環境影響評価準備書』によると、東京都港区と名古屋市にターミナル駅を置き、相模原市、山梨県甲府市、長野県飯田市、岐阜県中津川市に中間駅を置くという計画になっている。
独占禁止法に基づく談合事件に関する行政処分として、公正取引委員会による排除措置命令と課徴金納付命令があり、該当する工事を受注した大林組と清水建設に数億円から数十億円の課徴金が課されることが見込まれている。なお、2019年の独占禁止法改正により、これらの処分の除斥期間は違反行為がなくなった日から7年とされている。
2020年12月22日には、公正取引委員会により大成建設・鹿島建設・大林組・清水建設の4社に談合事件において再発防止要求の排除措置命令が出された。また、大林組・清水建設の2社には43億2170万円の課徴金納付命令も出された。
同年3月中に「リニア中央新幹線静岡工区に係る有識者会議」の委員候補者を静岡県が独自に公募した。同年4月、蔵治光一郎東大教授(森林水文学)並びに稲場紀久雄大阪経済大学名誉教授(環境科学)を推薦したが、国土交通省はこれを拒否した。
同年2月12日には、知事会見で南アルプスがユネスコエコパークに指定されており、SDGsの観点からも環境省などの関連する他省庁が委員として協議に関わるべきであると言及している。同年4月に第1回リニア中央新幹線静岡工区有識者会議の開催がなされた。座長には元国土交通省社会資本整備審議会会長の福岡捷二中央大学教授が選任された。
同年6月26日、JR東海の金子慎社長が静岡県庁を訪れ、川勝平太県知事との初会談に臨んだ。金子社長は2027年開業予定が困難になるとして準備工事着手に同意を要請したが、川勝知事は認めず物別れに終わった。更に、県は同年7月3日にJR東海宛に「準備工事の着手を認めない」と文書で回答した。JR東海は事実上の期限としていた予定月内(2020年6月)着工を断念し、翌週にも開業の延期と計画の見直しを表明する見通しとなり、同年7月3日に「品川 - 名古屋間の2027年開業は難しい」として、開業延期を事実上表明した。同年7月10日には国土交通省の事務方トップの国土交通事務次官・藤田耕三が静岡県庁において川勝知事と会談をした。
2021年3月23日、10回目となる有識者会議において公表された中間報告で、「大井川水系の全量の戻し方が論点」としつつ、「工事期間中は全量戻しとはならないが、下流の河川流量は維持される傾向にある」と纏められ、翌日の会見で川勝知事は、有識者会議の進み具合を「1合目だ」との認識を示した。
長野県や諏訪地域、上伊那地域の自治体などは伊那谷ルートを支持しているが、JR東海は最短距離で建設できる南アルプスルートを考えており、糸魚川静岡構造線の大断層帯を長大トンネルで貫通することになるため、地質調査を行い、2008年10月に適切な施工法を選択すれば建設可能との調査結果をまとめた。
なお、2008年10月3日、同月4日付の『中日新聞』によるとCルート(南アルプスルート)が有力となっており、同月7日の『朝日新聞』によれば、JR東海は南アルプスルートで建設する方針を固め、2008年12月26日、葛西会長が東京都内で会見を行って「実現可能なのは直線ルートだけ」と強調した。
2020年11月1日の報道によると、JR東海が「(中央新幹線建設)工事に伴って大井川中・下流域の水資源の利用に影響を及ぼさないようにする」と主張してきた事に対して、静岡県はゼロリスクに否定的で、JR東海に対して工事によるリスクゼロが不可能なことを前提とし、環境への影響を回避・低減するように求めていると伝えている。