はたらく細胞BLACK
声 - 平川大輔(司令)、中村慈、高坂篤志、斎藤寛仁、泊明日菜(オペレーター)、魚建、水越健(重役)
神経系の中枢で、思考や感情、身体の生命維持を担う。
作中では身体全体を統括する司令室のような描写となっており、主に司令とオペレーターの1人のやり取りが描かれている。
第1部・第2部それぞれにレギュラーキャラクターとして登場しており、司令は第1部だと眼鏡をかけた若い男性、第2部だと壮年の男性になっている。
第9話には司令室とは別の場所にいる数人の重役が登場し、会議の後に体内の会見放送で細胞たちに世界(体)の死を宣言し、細胞たちに「君たちは今日からもう働く必要はない」と告げる。いずれもスーツ姿をした男性で、代表者は白髪で口ひげと顎ひげを生やした面長の老齢者である。
声 - ブリドカットセーラ恵美
第2話から登場。肝臓には様々な役割があるが、赤血球からアルコールを抜く働きはキャバクラとして描写され、肝細胞もキャバクラ嬢のように描かれる。自らの仕事に誇りを持ち、アルコールを分解したアセトアルデヒドの毒素に蝕まれながらも、客である赤血球たちの前では笑顔を絶やさない。
純白のいでたちと青白い肌は本編の白血球と同じであるが、前を胴部だけ止め胸元をはだけた丈の長いコートを着用、手袋のみ黒い、踝までの短靴を履く、日本刀型の武器を使う、といった違いがある。手袋のロゴには白血球(White Blood Cell)を表す「WBC」が描かれている。
声 - 井上雄貴
アニメ版のオリジナルキャラクター。黒目がちの目が特徴。研修中の新人赤血球の一人として、アニメ版第9話から登場する。NC8429の同期の一人で、しばしば2人で行動を共にする。
細胞が働く劣悪な環境(不健康・不摂生な成人男性の体内)をブラック企業に喩え、喫煙・飲酒・カフェインがもたらす影響やED・円形脱毛症・水虫・淋病・胃潰瘍・狭心症・痛風・心筋梗塞・痔・糖尿病・うつ病・がんなどを取り上げている。本編では稀にしか登場しない薬剤や抗生物質(細胞たちからすればロボット兵器)が対応策として頻繁に投与される。また、いわゆる「外の人」(細胞たちの職場となる体内の人間)の状況についても、登場するキャラクターによってある程度言及されている。コミカルな本編や他のスピンオフ作品に比べ、レギュラーキャラクターでさえ途中で死んでいくなど全編を通してシリアスかつ殺伐とした雰囲気、青年漫画ならではの題材と描写が特徴である。
第1部は心筋梗塞を乗り越えたことを機に外の人の生活が改められ体内環境も改善していき、一応のハッピーエンドを迎える。第2部では、第1部とは別の世界(体)に(輸血によって)舞台を移す形式を取る。それにより同細胞だが別の性格のキャラクターが登場するほか、第1部とは別の健康問題を扱う。第3部は第2部からの続きで、第2部終盤でのがんの治療により疲弊しきった世界(体)の復興とそうした中でも起こる危機が描かれる。
第32話で登場。ムチンを生成する職人のような姿の細胞。