バルト諸国占領
早期にアメリカがバルト諸国へのスティムソン・ドクトリンの適用を採択したことで国際法の下での先例が確立された。1940年7月23日における国防次官サムナー・ウェルズの宣言はソ連によって強制されたバルト諸国併合を承認しないことの根拠を定義している。ウェルズの声明にもかかわらず、バルト諸国はすぐに、より大きな強国間の対立の中で手先としての役割を半世紀にわたって繰り返した。1941年から1942年の冬のモスクワを訪問後、イギリスの外相イーデンはすでにバルト諸国を生贄に戦争におけるソ連の協力を確保することを主張している。アメリカへのイギリス大使ハリファックス (Edward Wood) の報告には「イーデンはスターリンを敵に回す危険を冒せない、イギリスの戦時内閣はソ連の1940年の国境を認めるスターリンとの条約の交渉について合意した」とある。1943年までに、ルーズベルトもバルト諸国と東ヨーロッパをスターリンに引き渡した。彼は9月3日のスペルマン枢機卿との会談で「10年あるいは20年でロシア人と上手く暮らすことができることを夢見てヨーロッパの人々はロシア人の支配にひたすら耐えなくてはならない」と発言している。12月1日テヘランでスターリンと会談し、ルーズベルトは「バルト海の3共和国は歴史の中にあり、最近はロシアの一部であったことをよく理解していると話してから冗談のように付け加えたことはソビエト軍がかの地を再占領した時には彼はこの点についてソ連に対して武力に訴えるつもりがないということであった」。
ユダヤ人社会はソビエトによる大規模な国外追放でその多くの市民的および政治的指導層を失い、重大な悪影響を受けていた。比率ではユダヤ人は他のどの民族より多く国外追放の犠牲になっている。ユダヤ人は指導層を奪われ、ナチの脅威に対応するには準備不足であった。
ドイツ当局の設立後、ユダヤ人とジプシー(ロマ)の人口削減の手順が開始され、リガのルンブラで多くの殺人が行われた。悪名高いアライス・コマンドーに所属する500人から1500人と保安諜報部に所属の2千人以上を含めたドイツ側に協力するラトビア人とともにアインザッツグルッペ・A、ドイツ国防軍およびリエパーヤの場合は海兵隊によってその殺人が行われた。アライス・コマンドーのみで約2万6千人のユダヤ人を殺害した。1941年末までにユダヤ人全体のほとんどが殺されるか絶滅収容所に収容されている。その上、約2万5千人のユダヤ人がドイツ、オーストリアおよび現代のチェコ共和国から連れてこられ、その内の約2万人が殺された。ラトビアではホロコーストが約8万5千の人命を奪っている。
1940年までソ連とバルト諸国間で有効であった条約
バルト諸国が休戦協定に調印し、独立を宣言した後、1918年末ボルシェビキ・ロシアが侵攻した。イズベスチヤ紙の1918年12月25日発行の紙面には:「エストニア、ラトビアとリトアニアは、まさにロシアから東ヨーロッパへの道の上にあり、それゆえ我々の革命の障害である...この分離をもたらしている壁は破壊されなくてはならない」とある。しかし、ボルシェビキ・ロシアはバルト諸国を支配することはなく、1920年にはバルト三国全部と平和条約をまとめた:
エストニアでは戦前の約4,300人のユダヤ人の内、ナチの侵攻までに963人が迫害されている。およそ500人と推定されるユダヤ人がソビエトによって他のエストニア人とともにシベリアに国外追放された。ナチの占領期間には約1万人と推定されるユダヤ人がエストニアで殺されたが、彼らは予め東欧の別の地域からエストニアのキャンプに追放されていた。人道に対する罪について7人のエストニア人、ラルフ・ゲレッツ (Ralf Gerrets)、アイン=アーヴィン・メレ (Ain-Ervin Mere)、ヤーン・ヴィーク (Jaan Viik)、ユハン・ユリステ (Juhan Jüriste)、カール・リンナス (Karl Linnas)、アレクサンダー・ラーク (Aleksander Laak) およびアーヴィン・ヴィクス (Ervin Viks) の裁判が行われた。エストニアの独立回復以後、人道に対する罪を対象とするエストニアの国際調査委員会が設立されている。
1939年8月24日早朝、ソビエト連邦とドイツは期間10年の独ソ不可侵条約に調印した。この条約には1945年のドイツ敗戦後になってから初めて明かされる秘密議定書が含まれていた。その条項によるとヨーロッパの北部と東部の国々がドイツとソビエトの「勢力圏」に分割されていた。北部ではフィンランド、エストニア、およびラトビアはソビエトの勢力圏に割り当てられていた。ポーランドについてはナレフ川、ヴィスワ川、サン川の東側地域はソビエト、西側地域はドイツが占領することになっていた。東プロイセンに隣接するリトアニアは当初ドイツの勢力圏となる予定だったが、1939年9月に合意された次の秘密議定書(ドイツ・ソビエト境界友好条約)ではリトアニアの大部分はソ連に割り当てられた。秘密条項により、リトアニアは戦間期にはポーランドに支配されていた、かつての首都ヴィリニュスを取り戻した。
大多数の国々は法的(デ・ジュリ)にはバルト三国併合の承認を拒否し、エストニア・ソビエト社会主義共和国、ラトビア・ソビエト社会主義共和国およびリトアニア・ソビエト社会主義共和国のソビエト政府を事実上(デ・ファクト)のものとして承認するのみか、あるいはそれも行わなかった。それらの国々は旧政府の名で活動を続けていたバルト三国の外交官と領事を承認した。これらの老練な外交官はバルト三国の最終的な独立回復の時まで、この異常な状況の中で存在し続けた。