2020年東京オリンピック
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近代五種競技の馬術において、ドイツ代表のアニカ・シュロイ(ドイツ語版、英語版)が障害の飛越を拒否する貸与馬セイントボーイ(水口乗馬クラブ)に対して、泣きながら鞭を打ったり、コーチ兼トレーナーのキム・ライスナー(ドイツ語版、英語版)が拳で馬を叩き、シュロイにも「本当に殴りなさい」と言ったりする様子がテレビ放送され、世界中から批判が殺到した。これを受けて、国際近代五種連合(UIPM)はライスナーの東京オリンピック参加資格剥奪を発表し、男子競技には参加できなくなった。
国際動物愛護団体の動物の倫理的扱いを求める人々の会(PETA)は「五輪は人間のアスリートを紹介するものであって、出場する選択をしていないのに時には命を懸けて仕事をする馬を脅したりケガをさせるものではない」との声明を発表し、更にIOC会長のトーマス・バッハに対し、今後の大会から馬術競技を廃止するよう求める書簡を出したことを8月13日に明らかにした。
これらを受けてUIPMは近代五種から馬術を除外し、代替種目を検討すると2021年11月に発表した。当初は2024年のパリオリンピックから新種目を採用し、2028年のロサンゼルスオリンピックにて正式種目化することを予定していたが、馬術の代替種目導入が難航していることから、パリオリンピック終了後に馬術を除外することが2022年5月に発表された。2023年10月に2028年のロサンゼルスオリンピックから日本のテレビ番組『SASUKE』から派生した競技「障害物レース」を代替種目として導入することを決定した。
MPCにおいて、イスラム教の戒律に従ったハラール料理が見当たらなかったり、礼拝室の用意がされていないとして、主にムスリム(イスラム教徒)系のジャーナリストから批判を受ける事になった。
野球など大会の一部は、2011年に発生した東北地方太平洋沖地震と福島第一原子力発電所事故の影響を受けた場所で開催。オリンピックトーチリレーは福島県のJヴィレッジからスタートし、野球・ソフトボールは福島県営あづま球場、サッカーの一部は被災地である仙台市郊外の利府などで開催される。このため大会全体を「復興五輪」と称することもあるが、当初の理念とはかけ離れているという指摘もある。
福島は世界保健機関(WHO)や国連によって安全とされているが、その安全性に関する科学的研究は現在のところ論争の的となっている。
東北地方の住民の中には、大会の準備によって復興が遅れていることや大会に関連する事業により労働者が奪われていることなどから、東北地方を開催地としたことに疑問を持つ人もいる。
被災地でのイベントは多くが中止され、被災地での試合は宮城県以外は無観客であり、宮城県の村井嘉浩知事が決断した有観客試合にも批判が集まっている。