長崎駅
新幹線は島式ホーム2面4線、在来線は島式ホーム2面5線を有する高架駅。車止め側から見て左側が1番のりばである。4番のりばは5番のりばの浦上寄りを切り欠いた先にあり、他のホームより短い。
在来線ホームの有効長は1,2番線は4両、3番線は6両、4番線は2両、5番線は8両以上である。新幹線ホームの有効長は6両で、可動式安全柵が設置されている。
直営駅でみどりの窓口が設置されており、SUGOCAにも対応している。新幹線、在来線とも終着駅ではあるが、浦上駅などからの新幹線利用客を考慮して、乗換改札口が設置されている。有効な特急券などを所持していれば当駅を経由しない乗車券であっても乗換改札口を通過して新幹線諫早駅方面へ向かうことができる。
地上駅時代のプラットホームは、頭端式ホーム3面5線で跨線橋や構内踏切等の設備はなく、改札口から全てのホームへ平面移動が可能であった。
平成に入り設置された0番のりばを除き有効長が長く取られていたが、これはかつて当駅から本州方面への長距離優等列車(寝台特急「さくら」・「みずほ」・「あかつき」など)が走っていた名残である。2番のりばと3番のりばとの間に中線が1本あり、1982年(昭和57年)頃まで長崎港駅へと通じていた。
長崎駅の前を並行して通っている国道202号の長崎駅前交差点は、長崎県で一番の交通量である。長崎駅前交差点には歩道橋が3つ架設されており、これらは駅前駐車場上の高架広場に接続されている。
国道をはさんで、長崎県営バス・九州急行バスなどの始発地点、および主要路線経由地点となる長崎駅前交通会館(長崎県営バスターミナル)がある(歩道橋から直接2階へ入れる)。また、駅前高架広場下には長崎バス・長崎県営バスの長崎駅前バス停がある。ロータリー内にもバス停が設置されている。
高架橋広場は、一部が周辺施設2階入り口(交通会館、アミュプラザ長崎など)へと繋がっている。また、車椅子利用者が横断できるよう、エレベーターが設置されている。
アミュプラザ長崎(駅に隣接)
長崎街道かもめ市場(駅に隣接)
JR九州ホテル長崎(駅に隣接、アミュプラザ長崎上階)
ホテルニュー長崎(アミュプラザに隣接、長崎駅前南口バス停前)
本蓮寺 (長崎市)
福済寺
日本二十六聖人殉教の地(西坂公園)・記念館
中町教会
NHK長崎放送局
長崎中央郵便局
セイノースーパーエクスプレス長崎航空営業所
高架広場
駅前と高架広場
長崎駅前交差点