近畿総合指令所
大阪環状線:全線 桜島線(JRゆめ咲線):全線 東海道本線(琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線):米原駅 - 神戸駅間 山陽本線(JR神戸線):神戸駅 - 上郡駅、兵庫駅 - 和田岬駅間 福知山線(JR宝塚線):尼崎駅 - 新三田駅間 JR東西線 :全線 片町線(学研都市線):全線 おおさか東線:全線 関西本線(大和路線):JR難波駅 - 亀山駅間 奈良線:全線 山陰本線(嵯峨野線):京都駅 - 園部駅間 阪和線:全線 北陸本線:米原駅 - 近江塩津駅間 湖西線:全線 赤穂線:相生駅 - 備前福河駅間 和歌山線:王寺駅 - 五条駅間 桜井線(万葉まほろば線):全線 草津線:全線
関西空港線:全線
近畿エリアの管轄線区の運行管理を行う大阪指令と、各支社指令やJR他社指令との窓口である本社指令から組織されている。運行密度の高い線区では日立製作所製の運行管理システム (JR西日本)を導入している。他の線区では信号メーカー製のPRCやSRCを導入している。
2008年(平成20年)3月15日:おおさか東線開業にあわせて「大阪環状・大和路線運行管理システム」を先行導入。
2009年(平成21年)10月4日:大阪環状線・関西本線(加茂駅 - JR難波駅間)・桜島線で「大阪環状・大和路線運行管理システム」使用開始。
2010年(平成22年)12月1日:本社直属の鉄道本部から近畿統括本部所属となり「大阪総合指令所」に変更。
2011年(平成23年)3月8日:福知山線(尼崎駅 - 新三田駅間)・JR東西線・片町線に「JR宝塚・JR東西・学研都市線運行管理システム」を導入。
2016年(平成28年)6月1日:組織改正により、姫新線 (姫路駅 - 上月駅)管轄の姫路CTCセンターを編入、姫路指令所発足。
2022年(令和4年)10月1日:組織改正により、「近畿総合指令所」に変更。また、和歌山支社と福知山支社が近畿統括本部に編入され、和歌山指令所と福知山指令所が発足。