メン・イン・ブラック3
他界したエージェントZに代わり着任したエージェントOとJは、ボリスの歴史改変により、Kが40年前に死亡したことになっていることに気付く。しかも、1969年にボグロダイト対策にKが備え付けたアークネットも失われ、ボグロダイトは地球侵攻を開始していた。Jは歴史を修正するため、電気店経営の男を訪ね、ボリスと同じ装置でKが殺される前日の1969年7月15日にタイムトラベルする。
ボリスを探してコニーアイランドを訪れたJは、そこで29歳の若い時代のエージェントKに出会う。当初はまるで信用されなかったJであるが、やがてKからの信頼を得て、ともに手がかりを探すことに。ボウリング場、さらにアンディ・ウォーホルのスタジオ“The Factory”を訪れ、そこでアークネットと予知能力をもつ宇宙人・グリフィンと出会う。グリフィンの母星はボグロダイトに滅ぼされており、地球が同じ運命を辿らないよう警告される。JとKはシェイ・スタジアムでグリフィンからアークネットを手渡され、6時間後に発射されるアポロ11号に取り付けるよう指示を受ける。
ケープ・カナベラルに到着した3人は不審者として軍隊に拘束されるが、グリフィンの予知能力を垣間見た大佐によって解放される。JとKはロケット発射台で、それぞれ現在のボリスと1969年のボリスと格闘する。
月面のルナマックス銀河系刑務所から、隻腕のボグロダイト星人である凶悪犯のボリスが脱獄した。ボリスは地球に降り立ち、かつて片腕を失い逮捕される原因となったエージェントKを過去に遡って殺害するため、タイム・マシーンを持つ電気店経営の男と接触を図った。
一方、エージェントJとKの二人は地球の平和を守るため日々奔走していた。ある日、エイリアンが人間の内臓を食っているとの通報を受け、現場の中華料理店に向かう。エイリアンの経営する店の厨房でボリスの好物であった宇宙エビを発見、ボリスが脱獄したことを知る。突然、二人は店内でエイリアンの襲撃を受ける。激しい攻防の中、Kはボリスと再会、ボリスは「お前は過去で死ぬ」という言葉を残し姿を消すのだった。一方的に突き放したKの態度が腑に落ちないJは本部に戻りデータベースで1969年に起こった出来事を調べ、「1969年7月16日、フロリダ州ケープ・カナベラルにてエージェントKがボリスを逮捕」「その際、ボグロダイト星人を殲滅する武器を入手した」という情報を得るものの、それ以上は機密扱いされていた。その晩Kは電話でJに『後悔』や『秘密』といった謎めいた事を話すが、それ以上何も語る気のないKに落胆したJは電話を切る。 しかし、その電話を最後にKは一切の痕跡を残さずに忽然と消えてしまう。
翌日、MIB本部に出勤したJはKのことを誰も覚えていないことに混乱する。