増上寺
元禄14年(1701年)3月に江戸下向した勅使が増上寺を参詣するのをめぐって畳替えをしなければならないところ、高家の吉良義央が勅使饗応役の浅野長矩に畳替えの必要性を教えず、これが3月14日の殿中刃傷の引き金になったという挿話が文学作品『忠臣蔵』で有名である。畳替えの件が史実であるかは不明。なお、長矩は内藤忠勝の甥である。
明治維新直後には、神道国教化政策の下、半官半民の神仏共同教導職養成機関である大教院の本部となり、大教院神殿が置かれた。参道には、通常は神社に建てられる鳥居が置かれた。のち1874年(明治7年)1月1日、排仏主義者により放火される。徳川幕府の崩壊、明治維新後の神仏分離の影響により規模は縮小し、境内の広範囲が芝公園となる。
太平洋戦争中の空襲によって徳川家霊廟や五重塔をはじめとした遺構を失う大きな被害を受けた。
東京タワーの建設時、増上寺は墓地の一部を土地として提供している。なお、この付近の町名(芝大門)や地下鉄の駅名(大門駅)に使われている「大門」とは、増上寺の旧総門のことを指す。2021年現在の大門は1937年に東京市が市民の寄付を募って改築したコンクリート造のものである(詳しくは後述)。
また、短期間ではあるが西遊記の三蔵法師で有名な玄奘の遺骨が安置されていたが、太平洋戦争の戦時中の空襲によって移動された。現在はさいたま市の慈恩寺にある。ちなみに遺骨は奈良市の薬師寺と台湾の玄奘寺に分骨されている。
2022年7月11日、同年同月8日の安倍晋三銃撃事件で死亡した安倍晋三元首相の葬儀が執り行われた。
2022年10月、解脱門の楼上の夜間公開を実施。これは建立以降初めてのことである。