アーケプラスチダ
以下は、主に分子データに基づき構築された、緑藻類に焦点を当てたコンセンサス系統樹である。アーケプラスチダの中で最初に分岐するのは灰色植物門とされることが多いが、いくつかのゲノム研究では、紅藻植物門がクリプチスタとピコゾア類と共に基部で分岐することが示唆されている。
しかしながら、アーケプラスチダの系統樹の基部には議論が多く、灰色植物門と紅藻植物門のいずれがより基部に位置するか、クリプチスタはアーケプラスチダの一員なのかといったものがある。2014年にはこうした議論を取り巻く状況に関する総説が出版されている。テロネマ門とピコゾア門の位置は明確ではなく、ハクロビアはSARクレードに近縁な可能性がある。SARでは真核生物同士の細胞内共生が起こったと考えられており、分子系統解析における困難の理由とされる。
シアノバクテリアの1種であるGloeomargarita lithophora の姉妹群は、アーケプラスチダの祖先と共生して色素体になっている。Gloeomargarita や近縁なシアノバクテリア、そして最も原始的なアーケプラスチダがいずれも淡水に生息していることから、アーケプラスチダは淡水由来であり、海洋に定着したのは原生代後期になってからだと考えられている。