上野駅
3月21日:寝台特急「カシオペア」が上り最終列車到着で運行を終了し、当駅発着の寝台特急列車及び夜行列車は全て終了した。 11月1日:13番線と16・17番線の発車メロディが入れ替えられる。
2017年(平成29年) 5月1日:クルーズトレイン「TRAIN SUITE 四季島」を運行開始し、専用ラウンジ「プロローグ四季島」と専用ホーム「新たな旅立ちの13.5番線ホーム」を供用開始する。 12月14日:駅チカ商業施設「エチカフィット上野」がリニューアルオープン。 12月20日:京浜東北線ホーム(1・4番線)でホームドアの使用を開始。
2018年(平成30年)4月1日:タッチでGo!新幹線のサービスを開始。
2019年(平成31・令和元年) 4月20日:山手線ホームの発車メロディを「トゥーランドット」に変更する(7月20日まで使用)。 11月9日:山手線ホームの発車メロディを「ニュルンベルクのマイスタージンガー」に変更する(翌年9月12日まで使用)。
2020年(令和2年) 2月7日:日比谷線上野駅に発車メロディを導入。 3月14日:新幹線eチケットサービス開始。 3月20日:JR東日本で公園口駅舎および公園改札を移設。
2021年(令和3年) 7月1日:JR東日本の中央改札外に駅ナカシェアオフィスのブース型オフィス「STATION BOOTH」が開業。 12月12日:びゅうプラザの営業を終了。
1 - 12番線(山手線・京浜東北線・宇都宮線・高崎線・常磐線・上野東京ライン) 緩斜面に建設された一部高架の島式ホーム4面8線(1 - 8番線)、切欠きホームと櫛形ホームが一体化した2面4線(9 - 12番線、平面で行き来可能)、合わせて6面12線で構成されている。 1 - 9番線は御徒町・東京方面と鶯谷・尾久・日暮里方面が直結しており、一部列車を除いて直通する各線の列車が発着する。櫛形の10 - 12番線は日暮里方面(常磐線)のみ発着できる。10 - 12番線は他のホームよりも日暮里方に位置して中央改札正面の階段の先が終端部に当たり、常磐線ホームの中で9番線のみ車両の停車位置が大きく異なっている。 宇都宮線と高崎線、常磐線の列車が当駅に到着する際、「高いホーム」または「高架ホーム」と呼称される。 常磐線の案内は、中距離列車が青■、快速電車が緑■で表記されている。
中央改札
不忍改札
公園改札
入谷改札
1・2番線ホーム
3・4番線ホーム
5・6番線ホーム
7・8番線ホーム
9・10番線ホーム
11・12番線ホーム
銀座線は相対式ホーム2面2線を有する地下駅。エスカレーターは設置されていないが、ホームから改札口までのエレベーターはホーム浅草方の端に設置されており、浅草側に改札口からJR連絡階へ通じるエレベーターがある。銀座線は上野検車区が駅の至近に位置し、ラッシュ時に当駅を始発・終着とする電車がある。これは大晦日から元旦にかけての終夜運転も同様で、当駅 - 浅草駅間は7.5分間隔、当駅 - 渋谷駅間は15分間隔で段差がつけられている。1987年にホームの拡幅工事が行われ、渋谷方面のホームに、日本最初の地下鉄開業を告知するポスターのレプリカが煉瓦壁と共に設置されている。
日比谷線は相対式ホーム2面2線を有する地下駅。出口階段はホームの前後にあるが、ホームから改札口へ通じるエレベーターは中目黒方面が中央に、北千住方面が仲御徒町寄りにある。中目黒方面は別に改札口が設置され、前述のホームへのエレベーターに通じている(平日朝の通勤時間帯のみは階段も使用できる)。同じくホームから改札口へ通じるエスカレーターは、中目黒方面は北千住寄り、北千住方面は中目黒寄りに設置されている。中目黒方面ホーム中央に、発車標とは別に電車位置の現示装置が設置されている。
同一駅に3種類のホームがある。
13 - 17番線(宇都宮線・高崎線・常磐線) 地平にある4面5線の頭端式ホームで、ヨーロッパのターミナル駅の風情を漂わせている。尾久・日暮里方面へ発着する。到着の際は「低いホーム」または「地平ホーム」と呼称される。 13 - 15番線は主に宇都宮線・高崎線普通列車が発着する。一番端の単独ホームである13番線は、かつて「北斗星」などの寝台特急の発着ホームとなっていたが、同列車が全廃された2016年3月26日改正以降は定期の特急発着がなく、2021年3月13日改正以降は定期普通列車の発車も無くなった(到着は朝ラッシュ時に数本ある)。この他、常磐線の普通列車も到着扱いの列車が数本あるが、到着後は回送となるため、発車はない。 16・17番線はかつて常磐線特急は全てこのホームを使用していたが、上野東京ライン開業により、多くの列車が品川駅乗り入れを開始するために高架ホーム8・9番線発着に変更されたため、当ホーム発着が激減した。その後もダイヤ改正ごとに数本ずつ常磐線特急の上野東京ライン化による当ホームから発着取りやめが続いており、2023年3月ダイヤ改正時点では常磐線特急は「ときわ」の1往復のみである。