日本高等学校野球連盟
一方、本田は甲子園球場の接収を解除させるべく、後の3代会長佐伯達夫や代議士の松本瀧藏らと共に、占領軍との交渉に当たった。その結果、1946年の優勝大会こそ西宮球場での開催となったものの、翌1947年(昭和22年)のセンバツから甲子園での開催を再開することができた。
同年、大東亜戦争終結に伴う戦後改革の一環として、学制改革が実施される。旧制中学が高校、国民学校高等科が新制中学へ改組されると、中等学校野球連盟は新制高校を対象とすることになり、全国高等学校野球連盟と改称した。
さらに1963年(昭和38年)には文部省(現:文部科学省)から財団法人として認可され、同時に名称を改称した。
本部は一貫して大阪府大阪市に置かれている。これは、朝日新聞社・毎日新聞社(初代)のどちらも大阪に本社を置いていたことと、2大全国大会の開催地である阪神甲子園球場に最も近い大都市であることが理由とされている。一方、日本学生野球協会と全日本大学野球連盟は東京都に本部を置いている。
学校法人芦屋学園は2014年度(平成26年度)から中学・高校・大学一貫の硬式野球チーム「芦屋学園ベースボールクラブ」を創設して関西独立リーグの兵庫ブルーサンダーズ傘下の育成チームとして活動することになった。日本高校野球連盟に加盟しないため甲子園大会などの公式戦への参加や高野連加盟校の野球部との試合はできないが、社会人クラブチームや専門学校チームと「チャレンジリーグ」を創設する予定で、また、プロアマ規定の適用はなく実力があれば学年を問わず関西独立リーグの試合にも出場できるという。