後南朝
両軍に圧された円胤は湯浅城に逃げたものの、その2年後の文安3年(1446年)9月に遊佐兵庫助や宇都宮入道祥綱が湯浅城を攻めたために円胤は自刃した。この時、楠木雅楽之助が神璽を奉じて大和国に逃げ、後に自天王の即位の際に用いられた。円胤の首は京都に届けられ、畠山持国は獄門に梟せんとしたが、一条兼良がこれを留めた。
文永元年11月、吉野と熊野で小倉宮の兄弟(名不詳)が挙兵し、年号を「明応」とした。2人は翌2年の末に殺され、その首は京にもたらされた。
文明2年(1470年)2月には、南朝の皇胤とされる日尊が紀伊国の宇恵衛門の館で挙兵し、年号を改めて「明応」とした。3月8日には藤白に陣を構え、紀伊の郷士や畠山義就配下の士が多く従った。しかし、12月頃に畠山政長軍に討伐され、日尊の首は官人に渡された。
文明3年(1471年)、応仁の乱において、大和国高取の壺阪寺にいた小倉宮の末裔と称する人物(『大乗院寺社雑事記』には「小倉宮御末」「小倉宮御息」との記述あり)が山名宗全ら西軍大名により河内国古市を経由して洛中の西陣(北野の松梅院)に迎えられている(これを西陣南帝と呼ぶ)。南帝は後に山名宗全の妹が住んでいた比丘尼寺安山院に移り住み、四条氏がこれを奉仕した。だが、この「南帝」擁立劇は呆気なく幕を閉じる。文明5年(1473年)3月に西軍大将の宗全が死に、その2か月後に東軍大将の細川勝元も死ぬと東西両軍は和議に向かい、『腹富宿禰記』によれば、西陣南帝は越後国や信濃国を巡り、また上洛したという。