領海侵犯
海上保安庁では、領海侵犯を行っている、若しくは領海侵犯の疑いのある外国船舶を発見した場合や、海上自衛隊等から通報を受けて現場に急行した場合は、「漁業法」や「外国人漁業の規制に関する法律」や「出入国管理及び難民認定法」や「領海等における外国船舶の航行に関する法律」等を根拠に、国際的に定められた手順に則り、旗流信号、発光信号、音声信号(汽笛、無線、スピーカーなど)により停船若しくは退去命令を出す。停船命令により停船した場合、海上保安官が外国船舶に乗り移って臨検を行い、船籍・目的地・航行の目的・積荷・無通報の理由などを聴取し、場合によっては逮捕する。船舶が停船命令に従わず逃走する場合は、警告弾の投擲を行うほか、強行接舷により海上保安官の移乗を行い臨検し、立入検査忌避罪等の容疑で逮捕する。
該当船舶に武装の可能性があるなど、強行接舷に危険がある場合は、「警察官職務執行法」を準用した「海上保安庁法」第20条に基づき、まずは攻撃の意思を表す射撃警告、次に上空や海面に向けて威嚇射撃を行う。それでも停船に従わず逃走する場合は船体射撃を行い、状況を見て強行接舷を行う。この際、海上保安庁法第20条に定められた条件を満たさない限り相手に危害を加えてはならず、日本政府の周辺諸国への配慮もあるため、実際の領海警備において海上保安庁が船体射撃をすることは極めて稀である。海上保安庁船舶が威嚇射撃にまで到ったのは、1953年の「ラズエズノイ号事件」(海保が船体射撃も実施)、1999年の「能登半島沖不審船事件」(海上警備行動による海上自衛隊交戦規定も適用(警告爆撃実施))、2001年の「九州南西海域工作船事件」(海保が船体射撃も実施、後自爆自沈)の3件のみである。