裸子植物
その後、アドルフ・エングラーの体系に改善を加えた新エングラー体系(Hans Melchior & Erich Werdermann, 1954, Syllabus der Pflanzenfamilien, 12th edition)では種子植物の中の亜門、「裸子植物亜門 subdivisio Gymnospermae」に置かれた。
クロンキスト、タハタジャン、ツィンマーマン (1966) らは、タイプ属 Pinus L. (1753)(マツ属)に基づき、裸子植物をdivisio Pinophyta Cronquist, Takht. & W.Zimm. (1966)と名付けた。
Cantino et al. (2007) ではPhyloCodeに基づき、クレードに命名しているが、裸子植物は多系統群であるため、共有派生形質クレードとしての種子植物 Apo-Spermatophyta P.D. Cantino & M.J. Donoghue (2007) の部分的シノニムと解釈される。また、単系統群である現生裸子植物はそれ以前に命名されたことがないため、ここで Acrogymnospermae P.D. Cantino & M.J. Donoghue (2007) と命名された。これは米倉 (2019) においては末端裸子植物と訳されている。
サルピンクスが花粉を取り入れるとドームの肩に当たる部分は花粉室となって花粉の発芽を待つ。ドームの床部分を構成する珠心壁内層は、サルピンクスの真下で盛り上がるようにして厚くなり、先の丸い棒状の突起を外側に向けて形成する。受粉後に珠心内で大配偶体が成長すると、珠心壁内層が突き上げられて破れ、棒状の突起がサルピンクスの底を下から防ぐことで新たな花粉や異種花粉の侵入を防ぐ構造となっている同時に花粉室内の花粉が破れた珠心壁内層から珠心に入り、小配偶体(花粉)から有性生殖細胞(精子)が放出され、成熟した造卵器内の卵と受精を行う。
それ以外の形態を持つ前胚珠は、石炭紀トルネーシアン期のクミアスペルマ Coumiasperma が知られる。クミアスペルマは8裂した珠皮に覆われるが、珠心壁は台形に盛り上がるだけで、サルピンクスや花粉室などの構造を作らない。台形の珠心突起を持つことと癒合していない珠皮壁に通気組織があることから、水媒の可能性も示唆されている。
中期デボン紀ジベティアン期のルンカリアはそのどちらとも異なる特徴を持っていた。ルンカリアのキューピュールは4枚あり、その中心に1個の胚珠を持つ。珠皮は16本に割けたまま筆の先をひねったような形に捻れている。珠孔がないため、珠皮は籠状に珠心を保護する機能を持つと考えられている。珠心の先端は長い筒となって捻れた胚珠を押しのけるように頭を上に出すが、花粉室や床はない。
種子植物の胚珠はラゲノストマ型胚珠(L型、リギノプテリス型)とパキテスタ型胚珠(P型、メズロサ型)の2型に大別される。
根の基本構造や機能は、被子植物と変わりがない。裸子植物の一部には、特殊化した根が知られている。ヌマスギなど湿地を好む針葉樹類には呼吸根が発達しており、横走する根の背面がところどころで肥大して柱状になり、直立膝根(ちょくりつしつこん、erect knee root)と呼ばれる。菌根共生においては、裸子植物は基本的にアーバスキュラー菌根を形成するが、マツ科とグネツム科の多くおよびナンヨウスギ科やヒノキ科の一部は外生菌根を持つ。また、ソテツ類は、窒素固定能を持つ藍藻(シアノバクテリア)と共生するサンゴ状根(coralloid root、背地性根)を地上部に形成する。マキ科とナンヨウスギ科の根には根粒に似た構造がみられるが、窒素固定能を持つ生物の共生は見つかっていない。