ゲノム不安定性
体細胞では、DNA修復の欠陥はDNA修復遺伝子の変異によって生じることもあるが、エピジェネティックな要因によるDNA修復遺伝子の発現の低下が原因となっていることの方がはるかに多い。113種類の大腸がん試料のうち、DNA修復遺伝子MGMTに体細胞ミスセンス変異が生じているものはわずかに4試料のみであり、大部分ではMGMTの発現の低下はプロモーター領域のメチル化によるものである。
同様に、ミスマッチ修復の欠陥がありDNA修復遺伝子PMS2の発現を欠くと分類された大腸がん119症例のうち、PMS2遺伝子の変異によってPMS2タンパク質が欠乏しているものは6症例であり、103症例ではその結合パートナーであるMLH1のプロモーター領域のメチル化による抑制がPMS2の発現欠乏の原因であった(PMS2タンパク質はMLH1不在下では不安定である)。その他の10症例におけるPMS2の発現の喪失は、MLH1をダウンレギュレーションするmiRNAであるmiR-155のエピジェネティックな過剰発現によるものである可能性が高い。また結腸がんでは、調査された49試料の大部分でERCC1、XPF(ERCC4)、PMS2のうちの2つまたは3つのエピジェネティックな欠乏が同時に生じていることが見出されている。