機動戦士ガンダムSEED 連合vs.Z.A.F.T.
GAT-X105+AQM/E-X01 エールストライクガンダム(コスト:450 ★3.5)
GAT-X105+AQM/E-X02 ソードストライクガンダム(コスト:450 ★3.5)
GAT-X105+AQM/E-X03 ランチャーストライクガンダム(コスト:450 ★3.5)
GAT-X105 ストライクガンダム(ビームライフル装備)(コスト:420 ★3)
GAT-X105 ストライクガンダム(バズーカ装備)(コスト:420 ★3)
GAT-X370 レイダーガンダム(コスト:450 ★3.5)
GAT-X131 カラミティガンダム(コスト:450 ★3.5)
GAT-X252 フォビドゥンガンダム(コスト:450 ★3.5)
GAT-01 ストライクダガー(コスト:280 ★2.5)
後述のブーストダッシュの導入と体感スピードの変化により、以前に比べ全体的な戦闘速度が大幅に上がっている。
アーケード版ではCPU専用機体が自機として使用できるようになり、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』よりパイロット、モビルスーツが追加されている。
過去のシリーズのコンシューマー版にあった通信対戦モードや、コンシューマーオリジナルモードの追加は無く、「対戦」と「アーケード」の2モードだけとなっている。