1588年
2月9日 - アルバロ・デ・バサン、スペインの海軍提督(* 1526年)
3月1日 - ジャック・ダレシャンプ、フランスの植物学者、医師(* 1513年)
4月4日 - フレゼリク2世、デンマーク王(* 1534年)
4月19日 - パオロ・ヴェロネーゼ、画家(* 1528年)
6月20日(天正16年5月27日) - 隈部親永、肥後国の国人(* 生年不詳)
7月7日(天正16年閏5月14日) - 佐々成政、戦国武将(* 1536年)
7月17日 - ミマール・スィナン、建築家(* 1489年)
8月8日 - アロンソ・サンチェス・コエリョ、画家(* 1531年頃)
8月12日 - アルフォンソ・フェッラボスコ1世、作曲家(* 1543年)
11月1日 - ジャン・ドラ、人文主義者・詩人(* 1508年)
12月23日 - アンリ1世、ユグノー戦争期のカトリック同盟主導者(* 1550年)
月日不詳 - ダライ・ラマ3世、第3代ダライ・ラマ(* 1543年)
月日不詳 - 莫如忠、書家(* 1508年)