極東国際軍事裁判
荒木貞夫
板垣征四郎
梅津美治郎
大川周明
大島浩
岡敬純
賀屋興宣
木戸幸一
木村兵太郎
小磯國昭
佐藤賢了
重光葵
嶋田繁太郎
白鳥敏夫
鈴木貞一
東郷茂徳
東條英機
土肥原賢二
永野修身
橋本欣五郎
畑俊六
平沼騏一郎
広田弘毅
星野直樹
松井石根
松岡洋右
南次郎
武藤章
GHQは1945年(昭和20年)11月には戦犯容疑者が非公式で弁護人を探すことを許可していた。
通例の戦争犯罪との関連で指摘されている問題点は、部下の戦争犯罪に関する軍指揮官の「不作為責任」という概念である。軍指揮官(上官)の部下に対する監督義務違反の可罰性は「上官責任 (Command Responsibility)」という概念として形成され、いくつかのBC級戦犯裁判において大きな争点となっており、東京裁判においても重要な意義を有していた。
第二次世界大戦当時の国際慣習法では、指揮・命令をした者だけを問題にし、不作為犯に責任を負わせるまでには至っていなかった。国家が戦争を遂行する中で犯される犯罪は、実際に犯罪を実行する者が末端の兵士であるとしても組織の問題であって、組織の上層部の責任が問われるのは当然である。しかしこれが認められ国際条約として不作為による戦争犯罪に刑事処分を科す旨を定めたのは「戦争犯罪及び人道に反する罪についての時効不適用に関する1968年の条約」のことであったとされる。
ウェブ別個意見書では多数派と同じく憲章の拘束力を認め、不戦条約によって侵略戦争の不法性を是認した。また天皇の責任について、戦争開始に天皇の許可が必要だったことを主張し、許可しなければ暗殺されたかもしれないというのは理由にならない、それは本来統治者全てが負っているリスクであるとし、また天皇は進言に基づく行動しか取らなかったというのは事実に反し、それは裁判で明らかになっているとした。ただし、天皇を訴追すべきかどうかを言うのは本官の仕事ではない、ただ天皇の免責を踏まえて被告の刑罰を考慮すべきであると主張した。日暮吉延はこれはオーストラリア本国に向けて書かれたものとした。
同年5月13日、清瀬一郎弁護人は管轄権の忌避動議で、ポツダム宣言時点で知られていた戦争犯罪は交戦法違反のみで、それ以後に作成された平和に対する罪、人道に対する罪、殺人罪の管轄権が、本裁判所にはないと論じた。
この管轄権問題は、判事団を悩ませ、同年5月17日の公判でウェッブ裁判長は「理由は将来に宣告します」と述べて理由を説明することになしにこの裁判所に管轄権はあると宣言した。
しかし、その後同年6月から夏にかけてウェッブ裁判長は平和に対する罪に対し判事団は慎重に対処すべきで、「戦間期の戦争違法化をもって戦争を国際法上の犯罪とするのは不可能だから、極東裁判所は降伏文書調印の時点で存在した戦争犯罪だけを管轄すべきだ。もし条約の根拠なしに被告を有罪にすれば、裁判所は司法殺人者として世界の非難を浴びてしまう。憲章が国際法に変更を加えているとすれば、その新しい部分を無視するのが判事の義務だ」と問題提起をしたという。日暮吉延はこのウェッブ裁判長の発言は裁判所の威厳保持のためであったとしたうえで、パル判決によく似ていたと指摘している。
起訴状の提出は1946年(昭和21年)4月29日に行われた。
極東国際軍事裁判において訴因は55項目であったが、大きくは第一類「平和に対する罪」(訴因1-36)、第二類「殺人」(訴因37-52)、第三類「通例の戦争犯罪及び人道に対する罪」(53-55)の3種類にわかれた。判決では最終的に10項目の訴因にまとめられた。