ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズ (2012年のアニメ)
順序は北米放送分に準拠する。日本の初回放送日はシーズン1のみテレビ東京系列で放送されたときのもの、それ以降はディズニーXDで放送されたときのものを表記する。
クランゲに勝利してから一ヶ月の間タートルズはパトロールを怠っていた、しかしクランゲはニューヨークの海底でまだ生き残っていた。クランゲ達は浮遊船でニューヨークの町中に大量のミュータジェンをばら撒いた。タートルズはその計画を阻止しようとするが失敗、カービーはその影響でコウモリにミュータント化し、エイプリルはタートルズとの友情を断ち切ってしまう。
一方シュレッダーは一時的に日本に帰国し、不在の間カライに軍団の首領を任せる。カライはクランゲ達の協力でフットロボを完成させタートルズを襲うが、レオナルドからスプリンターは実の父親だということを告げられる。学校で出会ったスポーツ万能な少年ケイシー・ジョーンズと友達になったエイプリルは、帰宅途中にカライ率いるフット軍団の襲撃に合ってしまう。タートルズはエイプリル達のピンチを救ったことで和解、ケイシーを仲間に迎える。
日本から帰国したシュレッダーは、日本在住の殺し屋タイガー・クローを新しい副司令官としてフット軍団に迎え入れる。レオナルドから本性を知ったカライは受け入れずにいた。しかしタートルズから隠れ家に連れて行かれたときカライは初めて真実に気づき、実の父親であるスプリンターを騙したシュレッダーを単独で復讐するが力の差でシュレッダーに捕らえられてしまう。シュレッダーは脅しの餌としてタートルズの誰かを毒蛇のミュータントに変身させスプリンターを殺す計画のためにカライを生贄にする。