特務機関
大日本帝国陸軍(以下、陸軍)では元々、「特務機関」とは上述のような特殊任務を遂行する組織を称したものとは異なり、軍隊(軍、師団、連隊など)、官衙(陸軍省、参謀本部、教育総監部など)、学校(陸軍士官学校など)という3つの区分に属さない組織、つまり元帥府・軍事参議院・侍従武官府・皇族附武官・外国駐在武官・将校生徒試験委員等に与えられた呼称であった。しかし日露戦争中の明石元二郎大佐による「明石機関」の活動を契機として、シベリア出兵以降、陸軍では特殊任務にあたる実働グループを「特務機関」と呼ぶようになった。本項では上記の意味における特務機関を中心に述べる。
しかしながら、同時期の日本海軍(以下、海軍)や外務省などにも「〜機関」と称される特殊組織は存在した。やはりそのいずれもが特殊任務を遂行したことから陸軍での呼称を準用したものと思われる。さらに、第二次世界大戦期やそれ以前の時期に限らずに、また場合によっては日本以外の国や団体が設置した組織についても「特務機関」の語が用いられる例がある。