エストニアの独立回復
しかし、エストニアで最初に大規模な抗議運動が表面化したのは、1980年9月22日、タリンで開催されたロック・コンサートにおいてであった。当局によってこのコンサートが中止されたことに対する不満から、1週間後には数千人に及ぶ学生がデモ行進を繰り広げ、さらにこのデモ行進に対して機動隊が投入され、多数の負傷者が発生した。これを憂慮するエストニア人知識人たちは『プラウダ』など各紙に公開状「40人の手紙(英語版)」を掲載した。彼らは「経済(ロシア語版)的に必要であるとして合理化されていた」ロシア化やロシア人の流入について、「エストニアの地元住民が、自分たちの土地と民族の運命に関する最終決定権を常に持つという保障」を求めた。
続く1981年には反体制派リーダーのマルト・ニクルス(エストニア語版)とユリ・クック(エストニア語版)が検挙され、クックは獄中で変死を遂げた。1982年3月には15人の知識人が署名した手紙がフィンランドの新聞に掲載され、そこではエストニア人が自らの故郷にありながら「私は誰なのか、ここは本当に私の故郷の町なのか、私の国なのか」と絶えず自身に問いかけなければならないような有様が伝えられた。1983年にもソ連各地で民族主義活動家検挙の波が起こり、エストニアからもエン・タルト (et)、ヘイキ・アホネン (et)、ラグレ・パレク(エストニア語版)などの逮捕者が出ている。
翌1991年1月7日には、徴兵忌避者の捜索を口実として、連邦国防省(ロシア語版)は三国へ軍の投入を通告。そしてついに11日から13日にかけて、ヴィリニュスの戦略拠点をソ連軍が襲撃し、14人の死者が発生した(リトアニア血の日曜日事件)。続く20日にはリガにもソ連軍の攻撃が加えられ、6人の死者が発生する事態に至った(ラトビア血の日曜日事件(英語版))。
この非常事態の最中、12日にリューテルとエリツィンの両国最高会議議長は、モスクワでエストニア=ロシア間の基本条約に調印した。だが、ヴィリニュスが襲撃された13日には、エストニア国境の街ナルヴァにもソ連軍の戦車隊が集結し始めていた。しかし、タルトゥの空軍戦略爆撃機部隊司令官ジョハル・ドゥダエフ少将は基地へのソ連軍機の着陸を禁止し、エリツィンに対しエストニアを訪れるよう進言した。結果、同日にはエリツィンもタリンを訪問し、バルト三国とロシアの主権確認に関する共同声明によって三国への支持を表明した。エリツィンは駐留ソ連軍に対し実力行使をやめるよう警告し、またヴィリニュス襲撃の報を耳にしたタリン市民が放送局などの防御を固めたため、ソ連軍がタリンを襲撃することはなかった。
ゴルバチョフも、9月19日の連邦共産党民族問題中央委員会総会で、当時ファシズムの脅威に晒されていた三国の人民が、自発的にソ連への加盟を選択したのである、と述べてバルト三国の主張を真っ向から否定した。
これを受けて三国の共産党は、8月30日に連邦離脱を否定する声明を発し、表向きはモスクワへの恭順姿勢を示した。しかし、三国の代議員たちはゴルバチョフに対して全面的に不快感を表明し、三国の人民戦線も8月31日、合同で中央委員会を非難する声明「ソビエト連邦の諸民族へ」を発した。合同アピールは中央委員会声明について「スターリン時代、そして1968年のチェコ事件以来、我が国の民主主義にとってこれほど危険な文書が出たことは恐らくなかった」と述べ、著名な反体制活動家アンドレイ・サハロフもまた、9月16日のフランスでのテレビ・インタビューに対し、中央委員会声明は「完全に狂気の沙汰」であり、「無益にも事態をますます悪化させている」と非難した。