千々石ミゲル
ヴァリニャーノは原マルティノ、伊東マンショ、中浦ジュリアン、そして大村純忠の甥でもある千々石ミゲルをセミナリヨから選び、正使として共にヨーロッパへと渡った。東洋からの信徒として教皇グレゴリウス13世と謁見し、フェリペ2世ら世俗当主からの歓迎を受けながら見聞を広めた。
1590年、日本に戻ってきた彼らは翌1591年、聚楽第で豊臣秀吉に拝謁、秀吉は彼らに仕官を勧めたが、一様に神学の道を志してそれを断った。司祭叙階を受けるべく天草にあった修練院に入り、コレジオに進んで勉学を続け、1593年7月25日、他の3人とともにイエズス会に入会した。だがミゲルは次第に神学への熱意を失ってか勉学が振るわなくなり、また元より病弱であったために司祭教育の前提であったマカオ留学への出発も延期を続けるなど、次第に教会と距離を取り始めていた。欧州見聞の際にキリスト教徒による奴隷制度を目の当たりにして不快感を表明するなど、欧州滞在時点でキリスト教への疑問を感じていた様子も見られている。