ニューヨーク市地下鉄S系統
このシャトルは1999年5月から9月までウィリアムズバーグ橋の修復工事に伴い運行された。運行時間は毎日午前6時から午後10時まで、運行区間はエセックス・ストリート駅~ブロード・ストリート駅(週末はチェンバーズ・ストリート駅)間であった。エセックス・ストリート駅でB39系統のバスに乗り換え、橋を渡ってJ系統が利用可能なマーシー・アベニュー駅に向かうことができた。
かつて地下鉄建設中にのみ運行されたシャトルにもS系統やSS系統が割り当てられた。1985年以前は全てのシャトルにSS系統が用いられ、S系統はアケダクト競馬場駅行きのINDの列車を含む特別列車 ("special") に用いられた。1967年にクリストファー・ストリート・コネクションが全通し全ての運行系統に系統記号が導入され、この時初めてSS系統が登場した。
かつては以下の運行系統にS系統またはSS系統が割り当てられていた。
ボウリング・グリーン-サウス・フェリー・シャトル (1909–1977年)
カルバー・シャトル (1954–1975年)
63丁目シャトル (1998–1999年)
グランド・ストリート・シャトル (2001–2004年)
シャトル系統のうち一部はH系統またはHH系統が割り当てられ、これらが最後にインディペンデント・サブウェイ・システムに割り当てられた系統記号となった。これらの系統記号は1936年から1946年まではコート・スクエア・シャトルに、1967年からは1993年に青色にSの系統記号に変更されるまでロッカウェイ・パーク・シャトルに割り当てられていた。2012年11月にはハリケーン・サンディによりロッカウェイズ(ロッカウェイ半島)に接続する線路が被害を受けたため臨時運行されたシャトルにH系統が割り当てられた。
トランジット・オーソリティが全運行系統に系統記号を割り当てた際、「シャトル」と認めるには全長が長すぎると考えられたため3番街高架線には8系統が割り当てられた。しかし、同線を走行する列車の方向幕には「8」ではなくSHUTTLEが表示された。この系統は1973年に廃止された。