愛媛FCの年度別成績一覧
太字はリーグ、カップ戦優勝
表中の略記・着色セルの内訳は以下の通り

J2:J2リーグ 天皇杯:天皇杯全日本サッカー選手権大会 JFL:日本フットボールリーグ 四国:四国サッカーリーグ
試合会場 愛媛陸・ニンスタ=愛媛県総合運動公園陸上競技場(2008年以後ニンジニアスタジアム)、愛媛球=愛媛県総合運動公園球技場(2005年まで本拠地として併用)