全日本大学軟式野球連盟
詳細は当該記事を参照の事。)と改め、同時に加盟連盟もそれぞれ「L号軟式」から「学生軟式」と名称を変更。また、新たに東海学生軟式野球連盟が加盟。同年8月に選手権大会(第10回大会)を全日本学生軟式野球選手権大会と名称変更し、東日本大会、西日本大会について同様に名称変更。
1989年 全日本学生軟式野球選手権大会が文部大臣杯を受ける。
1990年 新たに西都学生(現在の大学)軟式野球連盟が加盟。
1992年 3月に新たに四国学生(現在の大学)軟式野球連盟が加盟。同年4月、全日本学生軟式野球連盟(軟式)と全日本大学軟式野球連盟(準硬式)が合併。全日本大学軟式野球連盟として(財)全日本軟式野球連盟の第48番目の支部として加盟。これにより、これまでの全日本学生軟式野球連盟は「全日本大学軟式野球連盟・軟式の部」、準硬式は「全日本大学軟式野球連盟・準硬式の部」となる。さらに、軟式の部に中部日本学生軟式野球連盟、北海道地区大学軟式野球連盟、北関東大学軟式野球連盟、東関東大学軟式野球連盟、南関東大学軟式野球連盟、関東二部大学軟式野球連盟が加盟。これに伴い、前年までの「全日本学生軟式野球選手権大会」を「全日本大学軟式野球選手権大会」に名称変更し、東日本大会、西日本大会も同様に変更した。
1993年 3月31日、北海道地区大学軟式野球連盟、東北地区学生軟式野球連盟、東京六大学学生軟式野球連盟、東都学生軟式野球連盟、首都学生軟式野球連盟、中部日本学生軟式野球連盟、広島六大学学生軟式野球連盟、西日本学生軟式野球連盟、九州学生軟式野球連盟の連名(連名は当時の軟式の部に加盟していた15連盟中の9連盟。
毎年秋季リーグ終了後に東日本地域(対象は後述加盟連盟一覧の北海道地区大学~長野県大学の13連盟)の各リーグ上位2チームによる「東日本大学軟式野球選手権大会」を主催。2006年で27回(連盟の分裂前も含む)を数える。例年11月中旬に東日本地区各連盟持ち回りの主管で行われていた。2021年をもって「全日本大学軟式選抜大会SummerCup」に統一することになり、40年の幕を閉じた。
毎年秋季リーグ終了後に西日本地域(対象は後述加盟連盟一覧の東海学生~沖縄県大学の10連盟)の各リーグ上位2チームによる「西日本大学軟式野球選手権大会」を主催。2019年で36回(連盟の分裂前も含む)を数える。例年11月中旬に西日本地区各連盟持ち回りの主管で行われていた。2021年をもって「全日本大学軟式選抜大会SummerCup」に統一することになり、36年の幕を閉じた。