にゃんこ大戦争
プレイヤーの代わりに戦闘を行ってくれる。戦闘中にON/OFFが可能。再生産待ち以外のランダムに選択したキャラをお金が貯まるまで待ち、生産可能になり次第生産する。これにより低コストのキャラクターを人間には不可能な速度で量産できる。
しかし、ネコ並の知能でできているため、城を攻撃されている時にネコボンのレベルを上げることなどをするので、壁の量産以外にはあまり適していない。ver12.5よりニャンピュータを2つ使うことによって戦闘をスキップして報酬を得られるようになった。ただし1日10回まで。
ゆるドラシル
2015年11月4日から2015年11月2015年11月4日から2015年11月2015年11月4日から2015年11月19日までの期間限定でコラボレーションイベント「にゃグナロク!」が開催され、にゃんこ側には光の神徒ヴァルキリーなどが登場した。 また、コラボステージ「神略!ゆるドラシル」のステージ1クリア報酬として『ゆるドラシル』で使用可能なひよっこにゃんこが配布されたほか、『ゆるドラシル』プレイ報酬として、本作で使用可能なEXおでんが配布された。
実況パワフルプロ野球
2018年1月18日から2月1日までの期間限定で実施され、にゃんこ側には矢部明雄らが登場した。
にゃんパズル・ねばーる君
本作と『にゃんパズル』、茨城県非公認マスコットキャラクター「ねばーる君」の合同イベントで、野良猫や地域猫の保護プログラム「まもるよネコさんかつどう」へのチャリティー企画として、2016年3月7日から2016年3月21日までの期間限定で実施された。
にゃんこ側にはねばにゃんこ側にはねば〜る君のほかにも、『にゃんパズル』からニャームス、ポチ、クロミ、せつ子が敵キャラクターとして登場したほか、コラボ限定アイテム「まもるよチケット」を消費する専用のガチャからも入手することができた。
シン・ジャパン・ヒーローズ・ユニバース
2023年3月20日から4月17日の期間限定で実施。にゃんこ側にはにゃんこ仮面ライダー、ゴジラにゃんこ、エヴァンゲリオンにゃんこ、ウルトラマンにゃんこが登場。
ふるさと自衛隊
2013年12月2日から12月16日までの期間限定で開催された。
日本中央競馬会
2021年10月15日から10月31日、12月20日から12月26日までの期間限定で実施。にゃんこ側にはネコキリンモドキ、ネコノトリッキー、ネコノドラゴーンが登場。
2015年より配信開始された3DS用ソフト『とびだす!にゃんこ大戦争』は、2015年・2016年・2017年の各年の年間ダウンロードランキングでそれぞれ首位を獲得し、2017年5月11日付のニンテンドー3DSのダウンロードソフト累計ランキングにおいても首位を獲得した。ダウンロード数は60万を突破するという、3DSのDL専用ソフトとしてロングセラーとなっている。
メルクストーリア - 癒術士と鈴のしらべ -
2014年6月17日から30日実施された。このコラボレーションは、本作の開発元であるPONOSと『メルクストーリア』の開発元であるハッピーエレメンツがどちらも京都に本社があったことから実現した。 このコラボはケリ姫・消滅都市と共に、毎年恒例のコラボとなり2017年の第3回までは6月中に行われ、第4回以降は秋頃に行われるようになっている。 コラボの際は相互に色々なキャラを輸入させている。