ジョン・エンデコット
エンデコットはこれらの任務を熱心に遂行した。ブロック島のインディアンの大半は、そこに上陸したイングランド人に簡単な抵抗を行ったが、その集落、作物、カヌーを破壊するために2日間を費やしただけであり、島にいたインディアンの大半がイングランド人の探索をうまく免れた。イングランド人の報告では14人のインディアンを殺していたが、ナラガンセット族の報告では僅か1人が犠牲になっただけだった。エンデコット隊は続いてコネチカット川の河口にあるイングランド人開拓地セイブルック(現コネチカット州)に渡った。そこの指導者であるライアン・ガーディナーはその遠征隊の任務を知って、エンデコットに「貴方は私の耳の周りにこのスズメバチを来させるためにここに来て、貴方は羽根を取って逃げるだけだ」と怒りながら伝えた。
幾らかの議論があり、悪天候のために遅れた後で、ガーディナーとその部隊がマサチューセッツの部隊に同行して、ピクォート族の収穫物保管所を襲撃することに同意した。彼らがテムズ川河口に近いピクォート族集落に到着したとき、住人の親しみある歓迎に対し、石のような沈黙で答えた。最後はピクォート族の酋長が船を漕いで出てきて彼らに会った。イングランド人はその要求を突きつけ、満足できる回答を得られなければ戦争をも辞さないと脅した。その酋長が村で事態を検討するために去るとき、エンデコットは酋長が戻って来るまで待つと約束した。しかし、酋長が去ってから間もなく、完全に武装した隊員に上陸を始めさせた。
1655年、マサチューセッツ議会は総督がボストンに近い所に住むことを求める法を可決した。これはエンデコットが6期連続して総督に選ばれていたことに反応してなされた可能性がある。その結果エンデコットはボストンで住居を取得することを強いられた。セイラムにはしばしば戻ったが、その余生を通じてボストンが本拠地になった。エンデコットは1664年/65年3月15日にボストンで死んだ。初期の史料ではボストンのキングスチャペルで埋葬されたことになっていたが、後の史料ではグラナリー埋葬所の第189墓に埋葬されているとなっている。
エンデコットの総督としての最初の任期は、1630年末にジョン・ウィンスロップと植民地憲章が到着したことで、終わることとなった。ロンドンのカンパニー自体が再編され、その本社を植民地に移し、ウィンスロップを唯一の総督とした。ウィンスロップはセイラムの状態を観察した後で、植民地の首都をチャールズ川の河口に移すことを決め、現在のボストン市となったものを設立した。エンデコットは総督の補佐(後の総督評議会の前身)の一人に選ばれ、セイラムに留まることを選び、その生涯の残り期間はセイラムの指導的市民の一人となり、そこでの町政委員や軍隊の指導者としての役割に加え、植民地全体でも軍隊指導者、判事、副総督、総督を務めた。セイラム・ビレッジに「オーチャード」と呼ぶプランテーションを設立し(現在はダンバースと呼ばれる)、果樹の苗木を育てた。初期開拓者集団によって苗木でもたらされた特別の梨の木が現在も残っており、実を付けている。エンデコット梨の木と呼ばれている。
1630年代初期、非国教派と分離主義者の間の宗教的紛争が、植民地における政治的不一致の主要な原因であり、ボストンとセイラムに設立された教会によって体現されていた。
この行動はナサニエル・ホーソーンの小説『エンデコットと赤十字』に称賛されている。そこではエンデコットが宗教的不寛容さの象徴であり、ニューイングランドの外国支配に対する英雄的抵抗の表象として、その間の緊張関係が表現されている。エンデコットは、イングランド国王チャールズ1世の枢密院がマサチューセッツの事情を検査したときに、これを行った。植民地の役人は植民地認証が無くなるのを防ぐために強い反応が必要だと考えた。エンデコットはその行動の無分別さを批判され(行動自体に対してではない)、1年間は如何なる役職も剥奪された。1635年という年はエンデコットが何も役職を持たなかった唯一の年となった。植民地の民兵隊を管理する委員会はその年にイングランド国旗をその軍旗とする慣習を止めることを票決した。この出来事の後、ウィリアムズがセイラムに居るために、植民地議会がセイラムにマーブルヘッドネックの土地を新たに払い下げることを拒んだ。セイラムの教会は植民地の他の教会に回状を送り、憎むべき罪に対する立法を要求した。この回状の著者は明らかでないが、エンデコットがボストンに招集されたときにその文書を弁護したので、その結果1日間収監された。「彼(エンデコット)が罪を認めたので、釈放された」とされている。
幾分予測されたとおり、彼らの捜索はむなしいものとなり、ホエイリーとゴフは逃亡した。伝記作者のローレンス・メイヨーは、エンデコットが彼らの逮捕を真面目に考えておれば、別の者をその任に当たらせただろうと述べている。
マサチューセッツにおけるピューリタンの支配に反対する者は、新しい国王にその苦情を伝えるに積極的だった。その苦情の中には、チャールズ2世が権力の座に昇ったことが正式に公表されていないという事実もあった。これはエンデコットが国王から叱責する命令を受け取った後の1661年になって起きたことだった。そのために議会が国王に宛てて称賛する手紙数通を起草し、国王が権力の座に就いたことを祝った。造幣所はイングランドの良質の貨幣の価値を下げる厚かましい試みだったと主張され、1652年の植民地領域の拡大は土地の取得以上のものではなかったと苦情を言う植民地人がおれば、インディアンのキリスト教徒改宗のために国王から与えられた資金に関して管理上の違法行為があったという者もおり、またクエーカー教徒は長い憤懣のリストを作った。エンデコットやその他古い衛兵のメンバーは告発を無視するのが最良の方法と考え、それら告発に対して論ずるためにロンドンに代表を送ることに反対した。そのアイディアに賛成する者達は個人献金で資金を集め、ロンドンに代理人を送った。