京都大学フィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林
また、小野子仮軌道にはループ線があったという話が残っている。
完成した軌道は伐採された材木や製造された木炭、栽培されたしいたけの搬出に使用されたほか、沿線に設けられた作業所や苗畑への通勤や資材の搬入にも使用された。また、灰野の住民への米やみそ・しょうゆといった生活物資の運搬にも使用された。小野子仮軌道からは主としてブナ材が搬出され、多くがプロペラのブレード(羽根)に加工された。
戦後の1947年には小野子西軌道が撤去され、レールは元通りの直線に延ばされて内務省由良川堰堤工事事務所に返却された。1949年7月に来襲したヘスター台風によって、森林軌道を全線に渡って大きな被害を受け、中でも小野子仮軌道は全区間埋没・流出して、その後復旧することはなかった。一方、本谷軌道については流出した由良川橋梁の復旧が行われたほか、1950年には軌道の敷設区間が野田谷まで延伸された。先に路盤が完成していた七瀬まであと少しの距離であったが、ついに七瀬までレールが延びることはなかった。
1950年代以降の大規模伐採の時代には、赤崎西谷や赤崎東谷に引込み線が設けられ、伐採された材木の搬出に活用されていたが、1960年代中期に沿線での伐採事業が終了すると森林軌道の利用価値は低下、沿線の苗畑や作業所への通勤や資材、苗の搬入に使われる程度となった。それも1975年前後に終了すると、使用頻度がさらに低下、1980年代以降になると施設の老朽化が進んだことから、灰野より奥へ運転されることはなくなった。
このような植生の多様性から、植物学者で東京大学教授の中井猛之進が『植物ヲ学ブモノハ一度ハ京大ノ芦生演習林ヲ見ルベシ』と研究誌に書いたことでも知られている。
当研究林は後述のように古くから利用されてきた森林であり、木材の伐採のほか、野田畑周辺では茅場として使用するために火入れが行われていた。演習林の開設後は、戦前は森林軌道が開通した由良川源流域を中心に伐採が行われ、伐採跡にはスギの造林が行われた。戦後は林道の開設に伴って大規模伐採を実施、1950年代後半から1960年代中期にかけてピークを迎えた。その後伐採規模は縮小し、1990年代以降はほとんど伐採されることがなくなった。現在、当研究林の総面積4,200haの約半分に当たる2,150haは少なくとも開設後は手の入っていない天然林で、この中には森林の成立以降人為的な力の加わっていないと考えられる原生林がある。天然林の伐採跡地のうち、大半の面積を占める約1,800haは伐採後再生した天然林(二次林)で、スギを主体とした人工造林の面積は約250haである。二次林にはミズメ、シデやクロモジなどが多い。
大学本体は終戦後の1947年に京都帝国大学から京都大学に改称され、1949年には学制改革を実施して新制大学に改組されたが、演習林の体制に大きな変化はなかった。一方で戦時中から続く演習林の荒廃は戦後も改善されることはなく、それに追い討ちをかけるように3度の台風被害に見舞われることとなった。1949年7月のヘスター台風では演習林事務所で総雨量が519mm、東部の三国岳では推定600mmを超える記録的な大雨に見舞われ、演習林事務所を除く建物の大半が破損したり流失したほか、戦時中に開通した小野子東谷への森林軌道は全線流出・埋没するという大きな被害を受けた。翌1950年9月にはジェーン台風が来襲、室戸台風並みの暴風をもたらしたことから、風倒木被害が多発した。それから間もない1953年9月には台風13号が来襲、この台風では演習林事務所で総雨量361mmとヘスター台風の時には及ばなかったものの、ヘスター、ジェーンの両台風で弱っていた山林に止めを刺す結果となり、土砂災害などの被害を受けることとなった。
演習林にとっては大きな試練となった災害であるが、その復旧工事とともに、施設や林道の建設も推進されていった。1950年には森林軌道が野田谷まで延伸されたほか、水力発電所を建設して電力の供給を開始、1952年には地元住民への給電を開始した。1961年には関西電力による電気の供給が開始されたが、このとき電気の来なかった灰野は住民が全員離村、最後まで残った山番の村も姿を消してしまった。
前述のように、国内の木材価格が高く、薪炭が熱エネルギーの中心だった時期においては、大学演習林において伐採した材木のほか木炭などの林産資源を売ることで収益を上げることは当然とされており、芦生演習林においても伐採と施業によって収益を上げることで、「大学財政に寄与する演習林の経営」という考え方があったのはある意味自然である。特に当時の京都帝国大学では国内演習林の開設が他大学に遅れた上、演習林開設に要した予算が当時の大学予算の約1/5に達しただけでなく、1923年の契約更改で地権者に支払われた22万円は、こちらも大学予算の約1/10に達する額であった。このような状況では、先発の大学国内演習林のように、地権者から土地を購入して演習林を開設することは無理な話であった。
ところが投資経費を回収するために伐採と施業を行っても、その収益は地形上・植生上から市場価値の高い材木が少なく、搬出も道路が未整備であることから、コストの高い筏流しに頼らざるを得ず、予想より低いものであった。