両統迭立
兼家は新天皇の外祖父として頼忠に代わって摂政となった。
まだ7歳の一条に当然皇子はなくかつ円融の唯一の皇子であったこと、花山にも皇子がいなかったことから、皇太子は冷泉の息子たち(花山の弟たち)から選ぶほかなく、兼家の娘超子が産んだ冷泉の第2皇子居貞親王が皇太子となり、ここに両統迭立の状況が出現した。居貞は一条より4歳年上であり「老東宮」などと揶揄された。兼家は天皇と皇太子の外祖父を一身に兼ね、絶大な権力を掌握した。円融も幼帝の父として一定の政治的影響力を獲得し“院政”的な状況を生み出した。
永祚2年(989年)に兼家が死去し、翌正暦2年(990年)に円融も死去して、円融即位直後の“親権者不在”の状況が再現した。違ったのは、一条の母詮子がなお健在だったことである。兼家の跡は長男道隆が継ぎ、娘定子を后位に空席がないにもかかわらず強引に皇后に立てるなど、一時は強力な権力を振るったが、長徳元年(995年)に病死、跡を継いだ道兼も道隆に1ヶ月ほど遅れて病死し、道隆の嫡男伊周と兼家の四男道長が跡目を争った。結局、詮子の支持を受けた道長が最終的な勝利を手にし、内覧の地位に就いた。道長はその後、伊周の起こした不祥事に乗じて伊周を大宰権帥に左遷し、娘彰子を一条の皇后としている。また、あえて関白に就任せず、内覧のまま左大臣にとどまることで関白の権限と一上の権限を一手に握り、権力を盤石のものとした。
両統迭立の定着により、両統とも時期を待てばいずれ政務を執ることができるようになると、今度は両統ともその時期をなるべく早めようとする。それは、具体的にはもっぱら鎌倉幕府へ特使を派遣して現任の天皇を譲位させるように請願するかたちで行われた。特にこのころ、伏見は第1次の院政期から引き続いて幕府から警戒されており、かつての亀山のように倒幕を考えているという噂も立つほどで、正和5年(1316年)には、伏見は幕府に告文を提出して潔白を訴えている。当然、治天・天皇の交替を求める大覚寺統からの圧力は増大した。対応に苦しんだ幕府は、文保元年(1317年)、次回の皇位継承については両統の協議により決定し、特使の派遣はやめるように指示した。協議の場で後宇多は花園が皇太子尊治に譲位すること、次の皇太子には邦良を立てることを求めた。伏見は花園の譲位は受け入れたが、皇太子には後伏見の第1皇子量仁親王(5歳)を立てることを求めた。協議はいったん決裂したが、同年伏見が53歳で死去すると両統の力関係は持明院統に不利となり、後宇多は再び花園の譲位を要求し、後伏見はこれを拒むことができず、翌文保2年(1318年)には尊治(31歳、後醍醐天皇)が践祚し、邦良(19歳)が皇太子となった。交換条件として、後宇多は邦良の次の皇太子には量仁を立てることを後伏見に約束している。両統迭立は、すでに当然のこととして定着していた。後醍醐の践祚とともに後宇多の院政が再開されたが、後宇多は大覚寺門跡を創設して自ら門主となるなど密教への傾倒をさらに深め、また年齢とともに体調を崩してしだいに政務に倦み、元亨元年(1321年)には治天の政務を後醍醐に譲り、元亨4年(1324年)には58歳で死去した。両統迭立は第3世代の時代を迎える。
その一方で、藤原良房の地位も太政官の中心を占める淳和周辺の高官の排除や廃太子を単独で計画するには余りにも低く、「藤原良房の陰謀」説はかつてのような通説の地位を失い、良房を含めた嵯峨派の全体の動きとして捉えられるようになっている。また、藤原南家出身ながら藤原冬嗣の没後に嵯峨派貴族の中心的な存在であった藤原三守が変の前年に死去したことで太政官の首脳は淳和派が多数になったこと、仁明の第1皇子である道康親王(後の文徳天皇)が元服を迎えたことにより嵯峨派の間で仁明の後継者として浮上してきたことが両派の貴族の間で緊張感を高め、淳和派が嵯峨と三守の死去をきっかけに譲位を求める動きに出て、残された嵯峨派がその動きの阻止に出ることは不自然ではないとする指摘もある(西本昌弘)。
いずれにせよ、次の皇太子には道康が立てられ、皇統は嵯峨の子孫に一本化されることになった。道康の母藤原順子の兄である良房の権力掌握のきっかけとなった事件でもある。
なお、文徳天皇の孫にあたる陽成天皇が元慶8年(884年)退位(事実上の廃位)した際の次期皇位継承者を巡る朝議において、高齢で出家をしている恒貞が皇位継承の候補者として挙げられているのは、両統迭立の考え方が承和の変から40年以上経ってもなお完全には否定されていなかったからだとも考えられている。名実共に嵯峨の子孫に皇統が一本化されるのは、恒貞が辞退した結果、仁明の第3皇子時康が光孝天皇として即位したときだとする考え方も可能である。
更に近年、後嵯峨院政はそれほど安定したものではなく、叔父順徳天皇の皇統を復活させようとする人々(生母の修明門院や子孫である岩倉宮・四辻宮など)に脅かされており、親王将軍の成立も後嵯峨にとっては順徳系復活の動きに対抗するために鎌倉幕府の関係を強化するための方策であったとする指摘も出されており(曽我部愛)、幕府の支援がなければ自身の皇統の維持すら危うい立場にあった後嵯峨の苦しい現状の反映であった可能性もある。
亀山はしばらく在位のまま政務を執り、文永11年(1274年)には皇太子世仁(8歳、後宇多天皇)に譲位した。
一方、治天の地位を逃した後深草は不満を募らせ、後宇多が即位すると抗議のため上皇の待遇を辞退して出家しようとした。後嵯峨は、膨大な王家領荘園群のうち、全国100ヶ所以上の荘園から構成される大荘園群長講堂領を後深草が相続できるようとりはからっていたが、皇室伝来の坂上田村麻呂の御佩刀(坂家宝剣)が後嵯峨の意向により亀山に伝えられ、大宮院も関与していたことに後深草の不満は収まらなかったのである。のちに長講堂領は持明院統の重要な財政基盤となる。亀山も対抗措置としてやはり200ヶ所にのぼる大荘園群八条院領をのちに手に入れ、こちらは大覚寺統の主要な財政基盤となった。