西肥自動車
それ以前に、1999年から2001年までは伊万里 - 三間坂 - 武雄線に大川内山を経由する系統も設定されていた。
三間坂線
伊万里駅前 - 東町 - 小式原 - 大川内小学校前 - 鼓 - 岩谷 - 宮の上原 - 大野 - 白水 - 三間坂駅前 かつては武雄温泉駅前・甘久(武雄営業所)まで運行されていて、武雄市内の御船が丘小学校を経由する系統もあったが、2002年に三間坂駅前までに路線縮小された。さらに1995年までは、平戸桟橋から伊万里を経由して武雄まで直通する急行バスもあった。なお、路線内にある「大野」は佐世保市にも同じ停留所名が存在しているため、時刻表では「大野(伊万里)」と表記し、区別されている。
伊万里-波多津-福島線
(伊万里実業高校農林キャンパス前 ← )伊万里駅前 - (相生橋 又は 本町) - 生島橋 - 本瀬戸 - 黒川 - 青嶺中学校 - 波多津 - 福島公園入口 - 福島支所前 福島支所前を出発する便のうち、平日朝の1本は伊万里実業高校農林キャンパス前行となる。 1995年までは、大野(佐世保市)・佐世保駅前から伊万里を経由して福島港(現・福島支所前)まで直通する便もあった。 2023年4月1日のダイヤ改正により、社会福祉センター前 - 福島支所前の運行区間が変更となり、新たに福島養源小学校前停留所が設置された。
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 西高校前 - 坂の上分道 - 十文野 - 小川内公民館前 国道から離れた山間部の利便性確保のために設定されていた路線で、西肥に加えて旧佐世保市交通局でも小川内線として運行され、一部の便はさせぼバスによる委託運行であった。妙観寺線へ統合。
設立・創業 : 1920年(大正9年)2月、長崎県北松浦郡江迎町(2010年3月佐世保市と合併)に設立。
資本金 : 9485万255円
免許キロ数 : 2,049 km(2013年(平成25年)現在)
車両数 : 359台(乗合303台、貸切56台)
車体外装 : 基本カラーはシルバーとブルー。コマーシャルソングとして謳われている。
ICカード : 「nagasaki nimoca」 ※2020年(令和2年)6月28日より 西肥自動車を含めた長崎県内の5社局(長崎自動車ならびに同社系列会社を除く)の交通機関で利用可能なプリペイド式の共通ICバスカード。 十八親和銀行(旧・親和銀行)や福岡銀行で取り扱う「arecore nimoca」、佐賀銀行で取り扱う「moteca-de-nimoca」、西日本シティ銀行で扱う「ALL IN ONE nimoca」など、銀行や長崎県外の交通機関の窓口で発行したnimocaの使用も可能である。
三間坂駅前 - 下船の原 - 柿古場入口 - 船の原 1998年に廃止。山内町乗合タクシーが代替。
伊万里駅前 - 川西 - 作井手 - 炭山 1日2往復のみで学休日は全便運休だった。予約制乗合タクシーの運行開始に伴い3月24日に廃止された。
(佐世保駅前以遠) - 日宇駅前 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 花高一丁目 - 花高四丁目 - 権常寺別道 - 小森橋 - 早岐駅前 - 早岐支所シルバーボウル前 佐世保 - 花高団地線のうち、発着地が「西肥シルバーボウル」前となる区間。重尾発着の系統へ統合のため廃止。
(嬉野温泉 - 永尾山 - 内海 - )舞相 - 戸矢 - 有田駅前 戸矢 - 有田駅前間のみ有田町コミュニティバスが代替
伊万里駅前 - 黒川 - 波多津 - 井野尾 - 木場 2016年1月18日に「波多津ふれあい号(仮称)」が運行開始したことに伴い、1月31日付で路線廃止となった。なお運行自体は、日祝運休のため1月30日で運行終了となった。
佐世保 - 佐賀 <祐徳自動車>
伊万里 - 武雄 - 佐賀 <祐徳自動車>
伊万里 - 武雄 - 佐賀空港 ※1999年7月廃止
佐世保 - 北九州 <西日本鉄道> ※2008年5月廃止
ハウステンボス・佐世保 - 名古屋 <名古屋鉄道> ※2011年10月廃止
ハウステンボス・佐世保 - 神戸・大阪・堺 <南海バス>※2013年9月30日の出発便をもって路線休止。
ハウステンボス・佐世保 - 熊本 <九州産交バス>※2014年9月30日出発便を以って路線廃止し、2019年4月1日より運行再開したが、2020年4月25日から当分の間は新型コロナウイルスの影響により運休
また、曲川 - 伊万里有田共立病院前間は有田町コミュニティバス(西肥自動車に運行委託)も運行している。
川棚-石木-内海線
(川棚高校下 - )川棚バスセンター - 川棚役場前 - 石木 - 梅高野 - 万年橋 - 田の頭 - 下宿 - 舞相 - 内海 東彼杵郡川棚町と同郡波佐見町を結ぶ路線で、1時間に1 - 2本運行されている。 川棚高校下から発着する便があり、川棚高校下発は平日の夕方のみで学休日は運休。内海発は朝の一部の便が川棚高校下行となる。また、川棚バスセンター - 川棚高校下までの区間便もある。
伊万里-西分-松浦線・松浦-平戸線
伊万里駅前 - 川西 - 里 - 久原 - 干把町( - 西分) - ぎぎが浜入口 - 今鶴 - 調川 - 松浦駅前
松浦駅前 - 松浦市消防本部前 - 松浦発電所 - 御厨 - 大崎下 - 草切入口 - やよい幼稚園前 - 田平港 - 平戸新町 - 平戸桟橋 かつては伊万里 - 平戸間の直通運転もあったが、現在は松浦駅前で運転系統が分かれ、伊万里-西分-松浦線と松浦-平戸線となっている。
1995年までは急行も設定されていて、武雄から平戸まで直通する便もあった。 浦ノ崎駅前 - 今福間で土肥ノ浦を経由する便もあったが2002年に廃止され、現在は松浦観光バスが代替運行している。 伊万里-西分-松浦線のうち、西分を経由する便は平日のみ1日2往復運行されている。この便は2017年のダイヤ改正に伴って経由便として整理されたもので、伊万里駅前から西分に向かった後浦ノ崎駅前まで引き返し、そのまま松浦駅前行になる形に変更された。 平戸口駅から平戸桟橋までの区間便も、本数は少ないが運転されている。 2021年4月1日のダイヤ改正に合わせて区間内の一部の停留所名が変わり、伊万里-西分-松浦線の「伊万里農林高校前」は伊万里農業高校と伊万里商業高校の統合により「伊万里実業高校農林キャンパス前」に、松浦-平戸線の「中央診療所前」は診療所の廃止により「松浦市消防本部前」にそれぞれ名称変更されている。
大川内山線
伊万里駅前 - 東町 - 小式原 - 平尾 - 下吉田 - 正力坊 - 大川内山
伊万里駅前 - 総合庁舎前 - 立花中央 - 伊万里温泉前 - 平尾 - 下吉田 - 正力坊 - 大川内山 伊万里市役所前を経由する系統は、かつての伊万里市役所循環線だったものが2002年に廃止されて本路線に統合されたものである。