ステファノポゴン
細胞の形態や遊泳法、また細胞核が多核であることから、かつてステファノポゴンは Stylonychia や Euplotes のような下毛類の繊毛虫であると考えられた。一方で、前述のように細胞核の機能分化が見られないことから、ごく原始的な繊毛虫もしくは繊毛虫と他の原生生物との中間にあたる進化的位置を占めるのではないかと考えられたこともあった。しかし1982年、Corliss と Lipscomb によって、ステファノポゴンと繊毛虫には関連性が無いことが示された。これは繊毛(鞭毛)基部や、細胞膜を裏打ちするペリクル (pellicle) の構造の違いに基づくものである。
ステファノポゴンはミトコンドリアクリステ形状やゴルジ体を欠くことから、盤状クリステ類との近縁性が示唆されてもいた。しかしその後もステファノポゴンの位置付けは定まらず、クロムアルベオラータやリザリアなど高次の分類を跨ってその系統的位置が議論されてきた。あるいは位置を定めず、「位置未定」(incertae sedis)の原生生物として扱われる場合も多かった。
2008年にようやく分子系統解析が行われ、ヘテロロボサのペルコロモナス Percolomonas に近い生物であることが示された。この結果はミトコンドリアや小胞体、鞭毛装置といった細胞小器官の特徴からも支持されている。
ステファノポゴン属としては2008年までに6種が記載されている。