日高線運輸営業所
それまで日高本線の運営は本社鉄道事業本部直轄により行なわれ、経営改善のモデル線区として新型車両の導入やワンマン化などを行なってきたが、地域に密着した弾力的かつ機能的な運営を行なうために、本社からダイヤ設定、施設の保守、予算の執行などについて権限を委譲するために設立されたものである。これはJR北海道では初の試みとなった。この試みはJR北海道内の分割・民営化であるとも言え、地元新聞社は「沿線ではぎりぎりまで説明がなかったのはおかしいと不安が広がっており、廃線への第一歩ではないか」などと批判的に報じた。
本営業所の特徴は、鉄道とバスの一貫輸送を実現すべく、自動車部門の現業機関である様似自動車営業所も傘下に組み込んだことであったが、ジェイ・アール北海道バスへの分社化により直轄組織から外れている。
本営業所は2010年(平成22年度)まで同社の「安全管理規定」の体制図に記載されていたが、翌年からは記載されなくなった。以後、JR北海道ホームページに本営業所の記載は一切見受けられない。なお、沿線自治体が作成する「国民保護計画」には、現在も一部自治体において本営業所の記載が見られる。