大学寮
更に10世紀後期には大学別曹(勧学院・奨学院・学館院)に対しても自己の所属する学生を諸国の掾への無試験任官の推挙を行う「(諸)院年挙」を認めるようになった。これによって大学寮に残って博士などの教官職を目指す者以外にとっては卒業は任官の必須の要件ではなくなり、大学寮の試験そのものが形骸化・簡略化されるきっかけとなった。10世紀後期に入ると、試験問題の出典が予め受験者に通告されたり、権力者による情実の横行などがしばしば行われ、遂に院政期には権力者による合格者の枠配分や大学寮への成功(財政支援)によって任官や合格が決まるなどの例も見られるようになる。
更に平安時代末期には、官司請負制の導入や官吏(官僚)が門閥で占められるようになった(貴族による蔭位の制の濫用)ためにその機能を果たさなくなり、その風潮は大学にも及んで博士の地位を世襲させるために特定の家系の家学として知識の独占を図るようになり、授業も大学寮ではなく自らの私邸を用いて限られた子弟や門人に対してのみ行われるようになった。また教授や学生の学資や施設の維持に用いられていた勧学田や出挙の仕組みの崩壊によって財政的にも衰退を余儀なくされる。院政期にも釈奠は継続されたものの、正規の試験は藤原頼長が再興しようとしたものの一時的に終わった。1154年(久寿元年)には大学寮庁舎が倒壊する事故が起きるが再建されずに替わりに明経道院が庁舎を兼ねるようになった(『兵範記』)。やがて、1177年(治承元年)の安元の大火の後、閉鎖された。
ところが、藤原氏が勧学院を創設したのを機に各氏が大学別曹を創設するようになると、次第に大学寮の存立基盤が揺らいでいくようになる。大学別曹は一族単位で学生の学資・生活を保障してその官界進出を助ける制度であったから、安定した勉学環境を得た大学別曹を持つ氏族出身者とそれ以外の氏族との間で「格差」が生み出されるようになった。更に大学寮の教官の間でも学説のみならず学生の立身を巡って一種の学閥が形成されるようになり、その中でも紀伝道では菅原氏と大江氏、それ以外の諸氏の間で激しい争いが行われた。また、遣唐使の廃止による中国文化への関心低下と律令制の弛緩、藤原氏摂関政治の確立による中下流貴族の没落などによって、大学寮の地位も徐々に低下していくようになる。
更に律令制の弛緩は勧学田の荘園化による喪失を招き、これに対して大学寮向けの出挙制度の整備などの措置が取られたものの十分とは言えず、大学寮財政を圧迫する事になる。皮肉にもこれを維持できたのは大学寮からの給料を必要としない大学別曹保有氏族出身の学生の増大による大学寮支出の減少であった。914年(延喜14年)、三善清行は「意見十二箇条」の第4条で大学寮の荒廃ぶりを記しているが、前後の史料を見る限り学生数の減少などの大学寮そのものの荒廃を裏付ける事実は確認されておらず、勧学田の喪失と大学別曹の興隆によって教育の公平さが失われていく現状に対する警告であったと考えられている。
一方において任官制度にも変化が生じ、「(諸)道挙」と呼ばれる在学中の学生が教官の推薦によって無試験で判官・主典級官職に任官される制度(紀伝道では9世紀中期、紀伝道・明法道・算道では9世紀末期以後)が導入され、更にこれが10世紀には諸国の掾への任官を対象とした「(諸)道年挙」も開始された。