台湾鉄路管理局
全線で、悠遊卡(Easycard)、一卡通(iPASS)、icash(愛金卡)、HappyCash(有錢卡)の各ICカードが使用できる。この場合の運賃は乗車した列車種別に関わらず、区間車運賃から1割引となる(ただし対号列車は立席利用、自強号は乗車キロ70km以内のみ割引適用、71km以上は超過分に対し自強号運賃が適用される。太魯閣号、普悠瑪号等一部列車は利用不可)。なお、長らく簡易ICカードリーダを設置した専用改札口を利用する必要があったが、従来の磁気券対応自動改札機の更新が2010年11月より始まり、磁気券・ICカードの両方に対応した新型機(オムロン製)が順次導入された。なお、一部の無人駅においては、簡易式のIC専用自動改札機が設置されている。