海上護衛総司令部
島本久五郎 少将:1943年11月15日 - 1944年2月23日
岸福治 中将:1944年2月23日 - 1944年11月4日、以後1944年12月11日まで参謀長を置かず。
西尾秀彦 中将:1944年12月11日 - 1945年8月25日
1941年(昭和16年)の太平洋戦争開戦前、日本は対米開戦の場合には南方の資源に立脚した長期持久体制をとることを構想していた。しかし、こうした構想にもかかわらず、開戦前の日本海軍において、南方で獲得した資源を日本本土まで輸送するシーレーンを確保するための防衛戦略が検討されることはほとんどなかった。一方のアメリカ海軍は、日本と開戦した場合、海上封鎖によって日本のシーレーンを遮断し、継戦能力を奪うことを開戦前から決定していた。太平洋戦争開戦後も、緒戦の勝利とアメリカ海軍の準備不足によって海上交通に対する被害は軽微であったため、日本海軍がシーレーン防衛に関する十分な対策を打ち出すことはなかった。
しかし連合艦隊の作戦地域拡大で物動輸送が増加すると、その護衛任務が主作戦任務を重視する連合艦隊には重荷となり、連合艦隊から専門部隊編成の要望があったことから、護衛を専門とする部隊の編成が実現した。当初は予備兵力にも余裕がないため反対論が根強かったが、連合艦隊参謀藤井茂が『重要な輸送のたびに戦力を抜かれては成り立たない』と海軍内部を再三説き、1942年4月10日に連合艦隊指揮下に軍隊区分で第一・第二海上護衛隊が新設された。連合艦隊側からの兵力追加の意向もあり鎮守府、警備府などから戦力の引き抜きがあり、代わりに連合艦隊が外洋護衛を受け持つことになった。