壊血病
これ以外に第1回目航海に乗り合わせていた植物学者のジョゼフ・バンクスも、船内の日記では「麦芽汁は毎晩1パイントずつ飲んだが発症、ロブを一日6オンス飲んで1週間で治った。」とロブが有効としか思えないことを書いておきながら、後年「麦芽汁が大いに効果があったはず」などと矛盾したことを書いている。
このため航海の支援者でもあった初代準男爵サー・ジョン・プリングルは、1776年の壊血病予防への貢献に対するクックへのコプリ・メダル授与にクックの代理として出席した際に、クックの日記で麦芽汁が有効だったとするところだけを紹介してしまい、船医が「ロブは大して効き目がなく麦芽汁が確実」とも言っていたと主張した、さらに単純にロブが高価すぎたこと、学術研究だったクックの場合と違い戦闘時には不用意に上陸して食料補給ができないので海軍では麦芽汁のみを壊血病対策に採用したこともあり、その後も軍艦では壊血病が続いた。
1776年の夏にアメリカ独立戦争が始まり、イギリス近海の防衛のために水兵が増加されたこともあり船内の環境は悪化し、クリストファー・ロイド(Christopher Lloyd)とジャック・コールター(Jack Leonard Sagar Coulter)の『医学と海軍』(Medicine and the Navy, 1200-1900)には、船長たちから慢性的に壊血病になっている水兵が多いことを嘆く報告が出されたとある。1780年の偵察に近海で8月半ばから約2カ月半海上にとどまっていただけなのに乗員2400人(全体の1/7)が壊血病で倒れてイギリス本国に戻る事件まで発生した。