ミュウツー
シリーズ第1作目『大乱闘スマッシュブラザーズ』では一切登場していないが、開発段階ではプレイヤーキャラクターの候補として挙がっていた。
『大乱闘スマッシュブラザーズDX』では隠しファイター(プレイアブルキャラクター)として初登場。声は劇場版などと同じく市村正親が担当しており、劇場版を意識した台詞を喋る。
『大乱闘スマッシュブラザーズX』では、ファイターとしては不参加だが、観賞用フィギュアの一つとして登場。
『大乱闘スマッシュブラザーズ for Nintendo 3DS / Wii U』ではダウンロードコンテンツによる追加キャラクターとして参戦することが2014年10月24日に発表され、2015年4月15日に両機種購入者特典としての無料配信、4月28日からは有料配信がなされている。「最後の切りふだ」は、メガミュウツーYにメガシンカした後に前方に「サイコブレイク」を放つ。製作当時に市村が胃がんにより舞台を降板していた為、声優が藤原啓治に変更された。
『大乱闘スマッシュブラザーズ SPECIAL』にも参戦。声優は引き続き藤原が担当したが、藤原は発売後の2020年に死去したため、『スマブラ』における生前で最後の出演となった。
『ミュウツーの逆襲』は後年にCGアニメ映画としてリメイクされ、2019年7月12日に『ミュウツーの逆襲 EVOLUTION』が公開された。下記『神速のゲノセクト ミュウツー覚醒』に続き、ミュウツーの名をタイトルに冠するポケモン映画となった。
映画序盤に登場する鎧状の拘束具を装着したミュウツーは1998年版では特に名称が無かったが、『EVOLUTION』版ではデザインがより重厚なものに変更されると共に「アーマードミュウツー」という名称が設定されて、公開同時期にはポケモンカードやフィギュアなどの商品展開や、『Pokemon GO』でレイドバトルでの登場などといったメディア展開がなされた。
2000年にはテレビスペシャルとして『ミュウツーの逆襲』の後日談となる『ミュウツー! 我ハココニ在リ』が放送された。この作品にてミュウツーなりに「自身の存在意義」に一つの答えを見出し、自身が生み出したコピーたちを逃がし、ミュウツー自身は1匹で旅立っていった。
また、アニメ本編では『2019年版』の46話にて登場し、サトシにとって再会を果たす。かつての自身のように人間に虐げられていたポケモン達を保護して面倒を見ており、絶海の孤島セロアイランドに身を隠していたが、ミュウツーのサイコエネルギーの反応をミュウのものと誤認したサトシとゴウが訪れる事となった。サトシとゴウはそれぞれの夢を語りだし、その後サトシの希望でポケモン勝負を挑み、ピカチュウ、エースバーン、ルカリオに圧勝する。その後、傷ついたポケモン達を連れて再び旅立ち、サトシとゴウにテレポートを使ってサクラギ博士の研究所に送り帰した。後にこの際のデータを基にゴウはミュウのサイコエネルギーを感知する道具を作り出し、プロジェクトミュウの最終局面で運用されることなった。