大友皇子即位説
壬申の乱について、今に伝わるもっとも詳しく時代も古い史料は『日本書紀』である。この史料では、天智天皇の次の天皇は天武天皇となっており、大友皇子の即位は記されていない。大友皇子即位説とは、『日本書紀』の編者が曲筆して大友即位の事実を抹殺したという説でもある。
『日本書紀』の巻27は天智天皇の時代、巻28と29は天武天皇の時代、最終の巻30は持統天皇の時代を扱う。このうち、巻28は天武天皇元年だけにあてられ、巻29が残りの14年間を扱う。『日本書紀』こと『書紀』がいう天武天皇元年は、壬申の乱が起きた年であり、この年の6月から7月に戦いが起こった。一年に一巻をあてた箇所は他にない。編纂において、壬申の乱が特別に重要な事件とみなされていたことは明らかである。
これには、この内戦が大化改新とともに編纂当時の「現代」を作り出した重要な事件であるという認識が働いていたと思われる。その際には、現天皇の系譜を正統化しようという動機もあったであろう。
明治時代の初め、1870年(明治3年)7月23日に、政府は大友帝、廃帝、九条廃帝にそれぞれ弘文天皇、淳仁天皇、仲恭天皇と追諡した。三人とも、天皇に対して諡を奉るという形式をとっており、諡をつけることで天皇に列したのではない。淳仁、仲恭が天皇であったことは明白で、単に諡号がなかっただけであったから問題にはならなかったが、「大友帝」の存在は学説に拠るものだった(仲恭天皇は在位期間が短かったため即位式等の儀式を行っておらず、この点では「大友帝」と事情が共通するが、「天皇の位についたこと(践祚したこと)」自体は明白であった)。政府内外から反対意見が提出されたが、政府はその説を少数とみて採らなかった。
1904年(明治37年)に喜田貞吉が論文「女帝の皇位継承に関する先例を論じて大日本史の大友天皇本紀に及ぶ」を出して壬申年に女帝があった可能性を示唆した。喜田はこの論文で『日本書紀』改刪説を批判して、不必要な天武天皇2年の太歳を削り忘れ、必要な太歳壬申を誤って削るという二重の不手際はありえないと論じた。
論争を経て喜田は倭姫王即位説にまで論を進め、学界では倭姫王の即位または称制説が優勢になった。しかし、1911年(明治44年)に喜田が南北朝正閏問題で職を失うと、同種の性格を持つこの論争も冷水を浴びせられた。喜田はその後も持論を発展させて1922年(大正11年)の論文「後淡海宮御宇天皇論」で区切りをつけた。これに対しては1932年(昭和7年)に黒板勝美が、大筋は認めるが即位の証拠はないとして称制を推定した。