金森頼旹
その後、元禄5年(1692年)7月、出羽上山に転封となった。これは幕府が飛騨の森林や鉱山の直轄支配を図ったためとする説がある。上山は高山時代と同じ3万8000石余であったが、鉱山や林業による副収入が無く実高が減ったことと、加えて不作が続いたために藩の財政は悪化した。金森氏が入る前に幕府直轄地となっていたことから、前藩主土岐氏時代までの上山城は破却されており、金森氏は二の丸に館を設けて藩庁とした。
元禄10年(1697年)美濃郡上に転封となった。