南遣艦隊
直属:厳島
第24根拠地隊(スンダ列島防衛。司令部はフローレス島)(雉、鵲、第4警備隊〈ティモール島〉、第6警備隊〈スンバ島、フロレス島〉)
第25特別根拠地隊(セラム島防衛。司令部はアンボン)(若鷹、第125号駆潜艇、第7警備隊〈アルケイ、タンニバル島〉、第20警備隊〈セラム島〉、第24通信隊、第25号通信隊)
第26特別根拠地隊(ハルマヘラ島防衛。司令部はカウ)(蒼鷹、第18警備隊〈マノクワリ方面〉)
附属:第934航空隊・2個防空隊・第232設営隊
澤田虎夫少将:1942年1月3日(※実質的に南遣艦隊参謀長の留任) - 6月20日
浜田浄大佐/少将:1942年6月20日 - 1943年8月27日
鳥越新一少将:1943年8月27日 - 1944年8月16日
朝倉豊次少将:1944年8月16日 - 1945年1月8日(第十三航空艦隊司令長官兼任) - 2月5日(従来職に加えて第十方面艦隊参謀長兼任) - (降伏)
1943年(昭和18年)後半になると、日本軍はオーストラリアで反撃体制を整えた連合軍のフィリピン攻略に備えなくてはならなくなった。日本陸軍は10月30日に第2方面軍(司令官阿南惟幾陸軍中将)を豪北方面に転用し、日本海軍も11月1日に第26特別根拠地隊を新編した。11月30日、第二南遣艦隊を二分割し、東部方面の防衛を担当するために編制したのが第四南遣艦隊である。司令長官は山縣正郷中将。司令部はアンボン島に置かれた。スンダ列島やバンダ海周辺の島嶼部の防衛を担当した。1944年(昭和19年)の初期のうちに、第四南遣艦隊から西ニューギニアへの増援部隊を抽出することが決まり、同年5月、第九艦隊の本拠地ホーランディアが陥落する直前に、編制が完了したばかりの第28特別根拠地隊をビアク島に派遣した。しかしビアク島も連合軍の直撃を受け、半年間の籠城戦の末に玉砕した。その後連合軍はフィリピンに上陸したため、第四南遣艦隊は遊兵化した。
1945年(昭和20年)2月5日の第十方面艦隊新編時、日本陸軍と日本海軍は「南方方面作戦に関する陸海軍中央協定」を結ぶ。陸上防衛に関し、南方軍は第十方面艦隊と第四南遣艦隊を指揮することになった。第四南遣艦隊は3月10日に解散し、第十方面艦隊に吸収された。元司令長官の山縣中将は内地へ帰還中、搭乗機の遭難により消息不明になった。
第25特別根拠地隊 第7警備隊 第20警備隊 第21警備隊 第26警備隊
第26特別根拠地隊
第27警備隊
第18警備隊
第28特別根拠地隊
第33防空隊
第105防空隊
第36設営隊
第201設営隊
第202設営隊
第203設営隊
第224設営隊
第232設営隊
所属艦隊
初鷹型敷設艦:若鷹
他軍艦16隻
隼型水雷艇:雉
輸送船×12
南遣艦隊(なんけんかんたい)は、大日本帝国海軍の部隊。 南遣艦隊の符号はKFで、第一南遣艦隊は1KF、第二南遣艦隊は2KF、第三南遣艦隊は3KF、第四南遣艦隊は4KFとなる。南遣艦隊を統轄する南西方面艦隊はGKF。
直属:津軽
第32特別根拠地隊 第30号掃海艇 第33警備隊
附属:唐津・隼・第36・45・46号駆潜艇・第103・105号哨戒艇・木曽丸 第31海軍航空隊・第32海軍航空隊・第954海軍航空隊・第31警備隊・第31通信隊