ヘンリー・ベイン
チャールズ1世の処刑後、庶民院は王室と貴族院双方の廃止を票決した。王室の執行機能に置き換えるために国務会議(政府評議会)を設立して、ベインもその委員に指名された。ベインは如何なる誓約も無しにそれに就任できるようになるまで委員就任を拒んでいた。特に誓約の第1は王殺しの承認を表明することだった。
ベインは国務会議下部委員会の多くの委員を務めた。軍隊を監視する委員会の役割で、クロムウェルのアイルランド征服に物資供給を指示した。海軍を監視する委員会(級友のトマス・スコットも委員だった)の指導的委員として、海軍による第一次英蘭戦争(1652年 - 1654年)の遂行に指示を出した。1652年に海軍がオランダに対して悲惨な成果しか上げられなかった後で、ベインは海軍を改革する委員会を主宰し、新しい戦争規約を策定し、海軍法を正式に定めた。ベインの改革はこの戦争後半での海軍の成功に繋がることになった。外交政策にも関わり、1652年にはフランスのレッツ枢機卿に会うために出張し(その目的は不明)、クロムウェルが第三次イングランド内戦に勝利した後はスコットランドに再度旅して政府を組織した。
ベインは国内事情についても活動的だった。チャールズ1世の美術収集品を処分する委員会に属し、妥協と押収の委員会で果たした役割では多くの敵を作った。1640年代にベインが務めたこれら委員会は王党派など政府の敵から押収した財産の配分を担当し、税金などの課金を払えなかった者との交渉をおこなった。この仕事を行っている間に作った敵の中のある者は、その後にベインに判決を出す席に座った者もいた。
その後の長い議論が行われた後、ベインは免責・大赦法の適用から除外されたので、内戦と空位時代の間に行ったことに対してほとんどの人に認められた恩赦を否定された。
ベインはチャールズ2世から正式に寛大な措置を認められたが、1662年に議会から大逆罪で告発された。その後の裁判では弁護士を付けられず、弁護を適切に準備する機会も奪われたので、党派的な陪審によって有罪とされた。そしてチャールズ2世から以前に出していた措置を取り消されたため、1662年6月14日にタワー・ヒルで首をはねられた。
ベインは政治仲間達から有能な管理者であると認められており、狡猾で説得力ある交渉者かつ政治家だと認められていた。その政治は、政府が国教を設立するために使われ、異端の見解を抑圧した時代に、宗教的寛容さという願望によって動かされていた。この見解は少数派だったが、その計画を進めるためにうまく連携を取ることができた。その行動は究極的に対立を生むことが多く、イングランド共和国の興隆と衰亡の双方に貢献した。政治や宗教の主題で書かれたその著作や小冊子は今日でも分析の対象となっており、マサチューセッツやロードアイランドでは信教の自由の初期推進者として記憶されている。
1645年6月のネイズビーの戦いで議会軍が決定的な勝利を挙げた後、第一次イングランド内戦は実質的に終わっていたが、翌1646年まで引き摺ることになり、チャールズ1世がスコットランド軍指揮官に降伏した。この間に新しい政治勢力が軍隊の中に育ち始めていた。レヴェラーズと呼ばれる平等派はジョン・リルバーン達に率いられ、大きな報道の自由を好み、少なくとも貴族院の存在など貴族的な特権の幾つかに反対していた。
1646年1月、平和交渉が続く中で、チャールズ1世はベインに宛てた手紙の中で長老派に対抗する独立派との同盟を提案することで、他の派閥との切り離しを試みた。ベインはこれに喜ばず、二枚舌の国王よりも議会によって認められた「優しい良心」の権利を好むと指摘することで答えた。国王の交渉姿勢を見せかけだと暴露する文書がネイズビーで押収され、議会における王党派をほとんど黙らせることになっていた。ベインの荘園は戦争の混乱を免れることができなかった。ベインの父は、レイビー城が「4回訪問され」、16,000ポンドの損害を出したと報告していた.。1645年9月、ベインはラビーの守りを高めるために議会の承認を得ることに成功した。
クロムウェルは軍隊を宥めることができたが、議会は独立派の役人を粛清し、軍隊には解隊を命じた。議会指導者の中にはスコットランドと軍隊への復帰を交渉し始めた者もおり、この時はイングランド軍に対抗するためだった。議会軍は反乱を起こし、クロムウェルの命令下に(おそらくはベインからの警告で促進された)派遣部隊がホルンビーの快適な家で幽閉されていたチャールズ1世を捕捉した。このために長老派指導層は軍隊の給与支払い要求に合わせることになった。彼らは軍隊を扱う委員会を設立し、おそらくベインが軍隊に影響力を持っていたために、ベインをその議長に据えた。
軍隊と議会の間の交渉は辛辣なものだった。ロンドンを支配した長老派の暴徒が、ベインやその他独立派を脅した。ベインを含め独立派庶民院議員50人以上が8月2日にロンドンを逃げ出し、軍の保護を求めた。続いて軍隊がロンドン市内に行軍し、ベインとその他指導者、および独立派が再び議会に復帰した。続いて議会は、議会と教会統治の条件と権限を固定するために、軍隊の「主たる提案」を議論した。
さらに後にはヨーロッパに旅し、オランダのライデン、次におそらくはフランスで、さらにジュネーヴで勉強をした。
ベインの父は息子が公然とピューリタンの見解を採用したことに動揺し、このことがさらなる出世の機会を損なうことになるのを恐れた。1631年、父は息子をイギリス大使のロバート・アンストルーサーの助手としてウィーンに派遣した。これは明らかに特権のある役割であり、当時ベインが書いたものにはフランス語と暗号で書かれたメッセージが含まれている。この旅の間、父のベインはスウェーデンとの同盟のために国王グスタフ2世アドルフとの交渉に派遣された。しかしイングランド王チャールズ1世がそれについて積極的でないことは、その努力が空しくなることを意味していた。息子のベインは帰国後に国王に紹介され、父からは宮廷の私室での地位を求めるよう勧められた。父は息子の無律法主義的見解を諦めさせるよう何度か試みたが、成功しなかった。ベインは自分が選んだように礼拝するために新世界に行くことに決め、ピューリタンの移民に加わった。
暴力沙汰が国内全体に広がり、様々な派閥が武装し、編成された。1648年5月に起きた海軍内の反乱によって、ベインはそれ広がらないように試みることとなり、チャールズ1世支持を宣言していた反乱者の支持を獲得することになった。7月半ばまでに軍隊がイングランド大部分の支配を確保し、クロムウェルは8月のプレストンの戦いでスコットランド軍を破った。その混乱の中で、ベインは時として独立派の者にも反対する立場を採り、クロムウェルとも決別することもあったが、直ぐに仲直りした。多くの派閥がベインを信用しなくなったにも拘わらず、1648年9月にニューポートで行われたチャールズ1世との交渉では、議会代表の1人となった。ベインは「良心の無制限の自由」にこだわったために、この交渉を失敗したことで非難された。
国王の運命に関する1648年後半の議論の中で、ベインは議会が「世界でも最も幸福な国と人民を作るために」国王無しで政府を作るべきだと論じた。12月2日に行ったその強圧的な演説は、国王を政治的な力として排除する必要があると提案しており、これはナサニエル・ファインズなど他の者から反対され、それまで国王が行った譲歩は十分なものだったので、合意が形成できると言っていた。他の者は議会を国王に対する反対で分けるよりも、戦争で力を得た者とそうでない者とを分けることを提案し、一方の集団から他方へ財政的に援助されるべきと提案していた。