松橋事件
しかし、検察側が任意の開示を拒否したため、弁護側の度重なる要請を受けて2013年(平成25年)12月9日に裁判所は検察官に対して血痕・指紋・足跡の鑑定書や関係者の供述書など11点の証拠開示勧告を出した(同月18日にも追加の開示勧告)。これに応じて2014年(平成26年)4月24日開示された証拠からは、自供ではAは土足のまま被害者宅に上り込んで犯行に及んだとされているにもかかわらず室内からも被害者宅周辺からもAの履物に該当する足跡は検出されていないことなどが明らかになった。
2015年(平成27年)2月27日には大野教授に対する証人尋問が行われた。傷口と凶器とされた切り出し小刀との矛盾についてはすでに確定審の控訴審で弁護側が指摘していたが、そこでは検察側の鑑定人であった牧角三郎によって、受傷時に刃の先端部で皮膚が押し下げられる「押し下げ現象」で説明が可能と証言されていた。これに対して大野教授は、傷の場所や深さ、凶器の刃物によって衣服に空いた穴と傷口の長さがほぼ同じであることなどから「押し下げ現象」が発生した可能性はほとんどないと証言した。
2016年(平成28年)6月30日、熊本地裁は、「無罪を言い渡すべき明らかな証拠を発見したとき」に該当すると判断し、再審開始を決定した。決定理由の中で、確定審の争点はAの自白の任意性と信用性であったとして、再審請求審で弁護側の提示した証拠について以下のように判断した。
2019年(平成31年)2月8日、熊本地裁で再審初公判が開かれた。裁判長は、再審請求審で再審開始を決定した溝國禎久だった。公判には、父や兄と疎遠だったAの二男が、兄のジャケットを着て傍聴した。
検察側は、確定審と再審請求審で提出された200点の証拠を改めて証拠請求したが、裁判所は、Aの自白調書や凶器とされた切り出し小刀など142点について却下した。これを受けて論告で検察は、「確定審と再審請求審で提出された証拠をもとに裁判所の適切な判断を求める」と述べるにとどまり、殺人罪についての求刑を放棄。銃砲刀剣類所持等取締法違反および火薬類取締法違反についてのみ、懲役2年を求刑した。一方の弁護側は、最終弁論で、「殺人事件の犯人とAさんを結び付ける証拠は何一つない。無罪は明らかだ」と述べ、「殺人罪の汚名を着せられたまま刑の執行も受け、筆舌に尽くしがたい苦難に苦しめられてきた。後半生を全て奪われてしまったと言っても過言ではない」「生きているAさんに『無実が認められましたよ』と伝えたい」「一刻も早い無罪判決の言い渡しを切に希望する」として、殺人罪について無罪、銃刀法違反と火薬類取締法違反については執行猶予つきの判決を求めた。