日展
石材などに文字を彫る篆刻の2009年度の審査を巡り、有力会派に入選数を事前に割り振るという不正が行われたことが、朝日新聞の調査報道で分かった。関係者によると、流派有力者(日展役員職の人物)や上位の師匠に手土産を持参して、入選者の一席に加えてもらうのは日常茶飯事だという。
また、書道以外の洋画や工芸の部門でも事前指導が慣行として行われ、事前指導を受けた作品が多数入選していたことが明らかになっている。この影響により、2013年の日展は、直前になって日展側からの後援辞退の申し入れがあり、文化庁は後援を中止した。また、文部科学大臣賞の選出と副賞の賞金の支出についても取りやめになった。
2014年4月、幹部会員を減員(参事・参与・評議員を廃止)し、ピラミッド構造を改めるなどの改革を発表。
2014年9月、日展審査員の経験者を日本芸術院会員の新会員候補から除外するよう、文化庁が求めていることがわかった。
2014年12月、問題関与の指摘を受けた人物が、日展を退会。
これにより改組新として2014年に改めて第1回展覧会を開催したが、内閣総理大臣賞と文部科学大臣賞の選出は取りやめとなった。2015年の改組新第2回展覧会で2つの賞が復活されるとともに、後援を取りやめていた文化庁の後援が復活した。