ロンドンの大疫病
1660年代にヨーロッパでの疫病の報告がイングランドに届くようになると、市民議会が予防策を検討し始めた。以前の流行の時行われた船舶の検疫(隔離)がアムステルダムやハンブルクでの流行を受けて1663年11月に再度導入された。テムズ川に進入しようとする船を調べるため、海軍の軍艦2隻が割り当てられた。感染した港から来た船は、ホール・ヘブンかキャンベイ・アイランドに30日間の係留の後にテムズ川に進入することを許された。非感染港からの船や、隔離期間を終了した船には健康証明書が発行され航海を許可された。テムズ川の両岸のティルベリーとグレーブセンドにある要塞で第二の査察が行われ、証明書をもつ船だけがさらに進むことができた。 大陸での疫病が猛威を増した1664年5月には、隔離期間は40日に延ばされ、検疫が必要な地域はオランダ共和国全域に拡大された。ハンブルクに対しての制限は11月に解除された。オランダから来た船に対する検疫は5月にグレートヤーマスから始まり、29の港へと拡大した。ネーデルラント連邦共和国の外交官が交易の制限について異議を申し立てたが、イングランド側は検疫導入が最も遅かった国の一つであると弁明した。制限は極めて厳格に適応され、検疫を経ずに上陸した旅行者がいる地域の住民や建物に対しても、同様に40日の隔離が行われた。
疫病はその感染者を見た経験のない医療従事者にとってはかなり珍しいものだった。医科大学を卒業した人間から、当時医師としても活動した薬剤師、単なる山師等、医学的訓練にはばらつきがあった。前年に流行した天然痘の流行のように、ほかの疾患も多数存在した。これらの不確実性のため、疫病がいつから始まったことを特定することは困難となった。 同時代の証言では、1664年から65年にかけての冬に発生した症例のうち、いくつかは致命的となったが、その他の症例にはのちの流行の時に見られた感染性は見られない。その時の冬は寒く、1664年12月から1665年3月まで地面は氷結し、氷のためテムズ川の交通は2回止まった。この寒冷な気候が流行を食い止めた原因かもしれない。
このイングランドにおける腺ペストの流行はオランダから来たものと考えられている。オランダでは1599年から断続的に腺ペストが発生していた。腺ペストの最初の症例が何だったかは不明だが、アムステルダムから木綿を輸送してきたオランダの商船から来た可能性がある。アムステルダムでは1663年から1664年にかけて大流行があり、5万人の死者が発生していた。 疫病が最初に発生した地域はロンドンのすぐそばにある港、セント・ジャイルズ教区だと考えられている。そのどちらとも、粗末な建物が立ち並び、貧しい労働者が多い地域であった。1664年と1665年2月、疫病死の可能性のある死亡例が2例セント・ジャイルズ教区で報告された。
グラントは「調査員」が死の真の原因を特定する能力を持たず、医師によって識別しうるほかの疾患ではなく、しばしば「消耗」とされていることを記録している。また1杯のエール、あるいは手数料を倍のグロート銀貨2枚払えば、「調査員」が死因を居住者にとってもっと好都合なものに変えてしまうことも示した。 教区庶務係を含め、誰もが疫病で死んだ人間が出たことを知らせたくなかったため、公的な報告書の上で疫病での死亡例をごまかすことは黙認されていた。真の死因を意図的に変えて報告することで、流行していた期間の死亡表の分析では、疫病以外の死亡が平均よりはるかに多く生じていた。 疫病が広まるにつれ検疫が導入されたが、それは疫病死が発生した家は40日間締め切られ、出入りを一切許さないというものであった。この検疫による閉じ込めはしばしば無視され、疫病でなかったとしても他の居住者の死につながったほか、疫病を報告しない強力な動機となった。 公式の報告書では68596人が疫病で死亡したと記録されているが、合理的な根拠を踏まえると3万は過少に報告されていると考えられている。疫病が発生した家は「主よ、憐れみたまえ」との文字と赤い十字の目印をつけられ、出入りを監視する監視人が付いた。
建築家のサー・クリストファー・レンがセント・ポール大聖堂や50以上のロンドンの教会の再建に関与した。 国王チャールズ2世は再建事業にかなりの支援を行った。チャールズ2世は芸術や科学の支援者であり、王立天文台の建造やロバート・フック、ロバート・ボイル、サー・アイザック・ニュートン等が含まれる科学者の集団である王立協会にも援助を行った。実際のところ、イングランドにおける芸術と科学の復興は、大火と疫病から生まれたのである。
集団墓地には、現代の地下工事中に考古学的に発掘されたものがある。2011年から2015年の間に、リバプール・ストリートのクロスレールの工事現場からニューチャーチヤードもしくはベトラム墓地と推定される地域で3500体の遺体が発掘された。 発掘された遺体の歯からペスト菌のDNAが発見され、腺ペストの犠牲者であることが証明された。