上京焼き討ち
3月30日、信長方の京都所司代であった村井貞勝の屋敷を包囲させた。貞勝は辛くも脱出したが、信長はなおも講和を求め、義昭の赦免が得られるなら、息子の信忠とともに出家し、武器を携えずに謁見すると申し出た。
信長は和平交渉を続けつつも、上京と下京への焼き討ちを命じた。驚愕した京の町衆は焼き討ち中止を懇願し、上京は銀1500枚、下京は銀800枚を信長に差し出した。信長は下京の市民を気遣い、銀を受け取らずに焼き討ちは中止したが、幕府や幕臣を支持する商人などが多く住居する上京は許さなかった。
4月2日、信長は柴田勝家・佐久間信盛・蜂屋頼隆・中川重政・明智光秀・荒木村重・細川藤孝らに命じ、下賀茂から嵯峨に至るまでの128ヶ所を焼き払わせた。信長は等持院に本陣を置き、指揮を取った。また、信長はこのとき、二条御所に和平交渉の使者を派遣したが、義昭から拒絶された。
4月3日夜から4日にかけて、信長は義昭の心が洛外への放火によっても動かないことを見て、さらに上京の二条から北部を焼き払わせた。炎は町々を焼き尽くし、夜になってもその炎は消えなかったという。
フロイスは焼き討ちの光景について、下記のように記している。
連日にわたり、洛外と上京が焼き討ちされ、上京のかなりの部分が焼け野原になった。『兼見卿記』4月4日条では、「二条より上京」は「一間残らず焼失」したと記されている。『御湯殿上日記』4月4日条ではまた、「上京、内野になる」と記されている。
とはいえ、この焼き討ちは義昭に圧力をかけることを目的としていたため、火の手は「武衛陣(二条御所)の御城の堀際まで」でとどまっている。