松戸車両センター
常磐緩行線・東京メトロ千代田線(取手 - 綾瀬 - 代々木上原間)で運用されていた。小田急線への乗り入れはできない。
2018年4月1日時点では81編成と82編成の1000番台10両編成2本(20両)が配置されていたが、2018年10月13日を以って常磐緩行線の運用から撤退し運用がなくなった。
中央線快速のE233系0番台12両化工事に伴う予備車確保のため、81編成が2018年11月2日付で、82編成が2019年1月24日付で、それぞれ豊田車両センターに転出し、中央線用に改造された。
207系
編成番号マト71の試作車900番台10両編成1本が配置され、常磐緩行線・東京メトロ千代田線(取手 - 綾瀬 - 代々木上原間)で運用された。2009年にE233系2000番台に置き換えられ、2009年12月5日にさよなら運転を実施、2010年1月5日に長野総合車両センターへ回送後解体された。
203系
編成番号マト51 - 58の0番台10両8本(80両)、マト61 - 69の100番台10両9本(63両)、計170両が配置され、常磐緩行線・東京メトロ千代田線(取手 - 綾瀬 - 代々木上原間)で運用された。2010年から2011年にかけてE233系2000番台に置き換えられ、2011年度までに全車が廃車となった。1995年3月20日に発生した地下鉄サリン事件では、被災車両が203系だったため、ここで車内検証や消毒が行われた。
クモヤ143形
12・20が配置されていた。構内入換および東京総合車両センター入場時の牽引車として使用されていた。