恵那駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線を有する地上駅。1番線(単式ホーム)が副本線、2・3番線が本線となっている。上り列車については特急を除き、副本線である1番線に発着する。2つのホームは、ホーム東側にあるエレベーターが設置された跨線橋と、西側の階段がある跨線橋で連絡している。
駅舎は構内南側、単式ホームの中央付近にある。東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、中津川駅が当駅を管理している。駅舎内部にはJR全線きっぷうりばなどが置かれている。TOICA利用可能駅であり、自動改札機が設置されている。早朝・深夜は無人となり、乗車券等は車掌が回収する。
■明知線 急行「大正ロマン号」発着駅 恵那駅 (11) - 東野駅 (10)
JR東海の1番線の東側にある頭端式ホーム1面1線を有する地上駅。JRのホームとは網で仕切られている。
明知鉄道発足時に中央本線との連絡線が撤去され、中央本線の線路と明知線の線路は繋がっていない。
駅舎はJR駅舎の東側にあり、2階部分には歯科医院が入居している。窓口では一日フリー切符や他の割引切符、硬券の乗車券類を発売している。また駅舎入口付近には明知鉄道のグッズショップ「あけてつ本舗」が設けられている。
JRの1番線につながる連絡改札口があるため、明知鉄道の窓口でもJRの近距離乗車券(常備軟券)を発売している。ただしICカードを処理する機器は設置されておらず、JR東海をTOICA等で利用後に明知鉄道に乗り換える利用客はJR東海の改札を出た後で明知鉄道の乗車券を購入し、改めて明知鉄道の改札口に入る必要がある(逆の場合も一旦改札を出る必要がある)。