U4 snRNA
U4 snRNAの二次構造は、U6 snRNAとの相互作用に依存して変化することが示唆されている。X線結晶構造解析、NMR、化学修飾によるRNA構造のプロービング(英語版)によるいくつかの研究からは、U4 snRNAの二次構造にはいくつかの保存されたモチーフが存在し、構造的な役割とともに他のスプライシング要素との相互作用を確立する際の相互作用を仲介する役割も果たしていることが示されている。U4とU6が塩基対を形成した際の推定二次構造は多様な種間で保存されており、スプライシング装置の起源の古さが示唆される。高度に保存されたKループ(kinked loop)は特異的なタンパク質相互作用に関与することが示されている。