ロジャー・クレメンス
同年オフ、球団は高年俸・高年齢を理由に年俸調停を申請せず、クレメンスはフリーエージェントとなった。調停を申請しなかったアストロズはルール上、2006年5月1日まで再契約が出来なくなった。この時他にもテキサス・レンジャーズ、レッドソックス、ヤンキースらが契約に興味を示したものの、本人は2006 ワールド・ベースボール・クラシックで引退することを示唆。同大会に集中するためとしてしばらく進退の公表を控えていたが、WBC2次ラウンド・メキシコ戦敗退後には「個人的には、現段階で『さようなら』だ」との発言をしていたため、引退が噂された。しかし、正式な引退発表は出されないままであった。
結局、2006年5月31日にアストロズで現役を続行することが決まり、1年契約で2200万22ドルもの巨額の契約を結んだ(ただし、シーズン途中からの入団となるため、実質的に受け取った額は約1200万ドルほど)。契約額には"22"が2つ。記者会見の開始時刻も12時"22"分。さらにはメジャー復帰登板の予定日が6月"22"日と背番号にちなんで22づくしとなった。
2005年を最後にジョン・フランコの出場がなかったため、2006年からの2年間はジェイミー・モイヤーとともに現役最年長投手となった(野手ではフリオ・フランコ)。
2006年6月22日のツインズ戦で復帰を果たした。結局、7勝6敗の成績に終わり、前年度に続いて年俸に見合う勝ち星を挙げられなかった。しかし、防御率は2.30という好成績で、またしても打線の援護の無さが際立つシーズンとなった。平均投球回数は6回を少し切る程度で、8回まで投げたことはなかった。