芙蓉部隊
アメリカ海軍第58任務部隊の58機の夜間戦闘機隊は、沖縄戦前哨戦の1945年3月18日から沖縄戦途中の1945年5月25日の間に91機の日本軍機を夜間に撃墜している。そして芙蓉部隊も、1945年5月13日ににエンタープライズから鹿屋基地を攻撃されたときに、どうにか夜間攻撃で反撃を試みたが、出撃した直後からエンタープライズのVF(N)-90の夜間戦闘機に発見され追い回されて、出撃した2機の彗星のうち1機が不時着するなど、美濃部のアメリカ軍機動部隊に対する夜間攻撃作戦の実効性は乏しく、第3艦隊司令のウィリアム・ハルゼー・ジュニア提督は、芙蓉部隊を含む日本軍機によるアメリカ軍艦隊に対する夜襲を「それほど激しいものでも正確なものでもなく、よく訓練されたアメリカ軍の航空隊にとっては深刻な脅威ではなかった」と振り返っている。
芙蓉部隊は、他の航空隊も行っていたチャフの投下以外には、特に有効なレーダー対策を行っておらず、長距離進撃のための燃料節約や、未熟な偵察員もしくは単独で飛行する零戦夜間戦闘機のために、なるべく航法の負担を軽減する目的で、高度3,000m~4,000m前後での飛行を原則としており、レーダーに容易に発見される可能性が高かった。これは、特攻機がアメリカ軍機動部隊やレーダーピケット艦のレーダーをかわすため、超低空飛行の継続による進入や、真っ直ぐに目標には向かわず、他の方向に向かっているふりをしながら、直前で急角度で方向転換して、目標のアメリカ軍機動部隊に突入するなどの航法を駆使していたのとは対照的であった。
しかし、アメリカ軍の敗残兵探しが厳しくなってきたので、アメリカ軍基地から盗み出した増槽を改造して作った小舟で沖縄を脱出、沖永良部島からは黒糖の密輸船で日本本土に戻り、1946年7月にかつての指揮官であった美濃部宅を訪れて美濃部を驚かせている。
4月15日の白昼に、沖縄を出撃したアメリカ軍戦闘機80機が鹿屋に来襲し、迎撃のため離陸しようとした紫電2機が撃墜され、地上で10機が撃破されたが、笠ノ原航空基地から出撃した零戦36機が迎撃し、アメリカ軍戦闘機1機を撃墜した。菊水3号作戦はこの来襲したアメリカ軍戦闘機の追撃という形で開始され、九州から零戦10機と陸軍戦闘機11機、台湾からは5機の海軍の陸攻が出撃、嘉手納の中飛行場、読谷村の北飛行場を陸海軍協同で襲撃したが、薄暮の中で全機が完全奇襲に成功して、銃爆撃で両飛行場を制圧している。夜間には九州から海軍の陸攻8機と陸軍の重爆4機、台湾から海軍の月光3機と天山4機が出撃し、夜間爆撃に成功している。芙蓉部隊は12日に受けた大損害により、この陸海軍協同の大規模なアメリカ軍航空基地への夜襲には参加できなかったが、同日に、戦死した川畑に代わる戦闘八〇四の新飛行隊長の石田貞彦大尉らが搭乗する彗星12機と零戦4機が藤枝から進出し、戦力が回復している。芙蓉部隊は海軍省人事局に厚遇され、若い優秀な搭乗員を優先的に異動させてもらっていたが、機体についても補充は順調であり、この後も消耗のたびに戦力の補充が優先的に行われた。
美濃部は芙蓉部隊が到着した当時の状況を、第五航空艦隊は戦力が底をついており40機の芙蓉部隊の到着は大歓迎されたと記憶しているが、司令官宇垣の陣中日誌戦藻録には、この日、芙蓉部隊に関する記述はなく、実際は天一号作戦発令で、九州への航空戦力の増強が進められており、海軍だけで4月1日時点で300機、この後も順次戦力増強が進み4月19日までに合計2,895機もの大量の作戦機が九州の各基地に進出していた。さらに3月1日の大海指第510号「航空作戦ニ関スル陸海軍中央協定」により、陸軍飛行隊第6航空軍などが連合艦隊の指揮下に入っており、陸軍作戦機1,835機も順次知覧などの九州各基地に集結中で、日本軍は陸海軍協同でかつてない航空戦力で連合軍を迎え撃つこととなった。3月31日には、第五航空艦隊の宇垣、第三航空艦隊の寺岡両司令官以下の幕僚が集まり作戦会議を実施した後、宴会ですき焼きを食して気炎を上げている。
3月26日、慶良間諸島にアメリカ軍が上陸した直後に第五航空艦隊は特攻出撃を開始、4月1日にアメリカ軍が沖縄本島に上陸すると、4月1日35機、2日44機、3日74機と出撃機数は増えていき、空母1隻大破、巡洋艦2隻撃沈などの華々しい大戦果を挙げたと報じられた。この戦果報告は過大であったが、実際にも輸送駆逐艦(高速輸送艦)ディカーソン撃沈、スプルーアンスが座乗していた第5艦隊の旗艦重巡インディアナポリス、 イギリス軍正規空母インディファティガブル、護衛空母ウェーク・アイランド が甚大な被害を受けて戦線離脱、戦艦ネバダとウェストバージニアを含む28隻が損傷し、合計約1,000名の死傷者を被るなど連合軍の損害は大きかった。美濃部はこの沖縄戦序盤における特攻の戦果を「見るべき成果なし」と嘯いたが、大きな損害を被ったアメリカ軍は「やがてきたる恐るべき戦術......特攻の不吉な前触れ」であったと評している。
第五航空艦隊は、芙蓉部隊に不穏な動きがあるとは認識しておらず、むしろ、一番気にかけていたのは、特攻機桜花などで特攻作戦を推進した第七二一海軍航空隊(通称神雷部隊)の動きであった。事実、司令の岡村基春大佐は、玉音放送の日に自ら航空機を操縦して大分に飛び、第五航空艦隊司令部に抜刀せんばかりの勢いで乗り込んできていた。しかし、会議の日の岡村は、8月15日以降殆ど食事もとっておらず憔悴しきっており、草鹿や横井の説明に異を唱えることはなかった。神雷部隊桜花隊の湯野川守正大尉は、場合によっては草鹿を射殺しようと拳銃をしのばせていたが、草鹿は湯野川を呼び止めると「どのような事態がこようと、軽挙妄動はいかんよ。歯を食いしばって堪えるのだ。これから辛い時代が始まるが、すべては君たち若い者にかかっている。たのむよ」とあやすような口調で言って聞かせた。湯野川は声あげて泣きながら「実は私は、長官のお命をいただく覚悟で参りました。のぼせあがっておりました。私にも数十人の部下がおりますが、私がかならずまちがいのないように掌握いたしますから、その点どうか安心ください。」と答えている。この湯野川とのやり取りは草鹿も記憶しており、ほかに大きな混乱もなく会議は散会となっている。岡村は松山基地に戻ると「大命に従う。自重せよ」と言葉すくなに訓示し、神雷部隊は粛々と終戦を受け入れた。岡村はこののちも多くを語ろうとせず、終戦から3年経過した1948年7月13日に海軍航空基地のあった茂原駅付近で鉄道自殺をとげている。
岡村と同様に、常に指揮官先頭を標榜し、沖縄戦では全力決戦死闘で指揮官である自らも先頭に立って散華し、天皇や国民に詫びるべきと決心していた美濃部ではあったが、草鹿と横井の説得で他の指揮官同様に抗戦を諦め、また、他の多くの特攻関係者のように自決を決意することもなく、岩川に帰り芙蓉部隊隊員を集めると「戦争は終わった。
敵夜間戦闘機に苦戦する芙蓉部隊は7月4日と5日に夜間戦闘機制圧作戦を行うこととし、4日には彗星4機と零戦3機が、18試6番27号ロケット爆弾や28号ロケット爆弾といった、空対空爆弾である三号爆弾をロケット爆弾化した新兵器を装備し出撃したが、夜間戦闘機と遭遇することなく帰還した。翌5日には零戦3機は引き続き夜間戦闘機制圧に出撃したが、彗星4機は艦船攻撃任務のために斜銃を装備せずに出撃した。すると、皮肉にもP-61は艦船攻撃任務の彗星と遭遇し、彗星は艦船攻撃用に装備していた18試6番27号ロケット爆弾をP-61に発射し、戦果を確認できないままに退避した。強力な火力と邀撃レーダーを装備するP-61の攻撃力は日本軍機を遥かに凌駕し、第418夜間戦闘機航空隊 (英語版)のメジャー.C.スミス少佐のようにP-61のみで5機の日本機を撃墜したエースもおり、日本軍機にとっては非常に難敵であったが、芙蓉部隊機がP-61との遭遇回数に比して撃墜される機が少なかったのは、大型で機動が緩慢なP-61に対して、高速での蛇行や急降下し回避するなどの急機動を駆使したからであった。坪井のように手慣れた搭乗員は、P-61が日本軍機を射程に収めると味方撃ちを防ぐためオレンジ色の灯火をつけるが、それをいち早く察知すると、チャフを撒きながら急速降下で回避することができた。
7月15日夜に悪天候を冒して6機が出撃したが会敵せず、18日に10機が出撃するも、夜戦と故障、悪天候に阻まれ、3機のみが沖縄に到達した。うち北飛行場へ光電管爆弾を投下した彗星は、2か所の小火災発生を報告したが、彗星2機が未帰還となった。
第五航空艦隊司令官の草鹿は、総理大臣の東久邇宮稔彦王から鹿屋に進駐してくるアメリカ軍との折衝のため、鹿屋連絡委員会委員長に任じられた。終戦間もない9月3日に、鹿屋に第5空軍副司令ノーマン.デルバート.シリン大佐 を団長とする先遣隊が到着し、草鹿は他の委員会のメンバー(鹿屋連絡委員会は外務省、内務省、大蔵省等の主要官庁や鹿児島県庁からの出向者等で構成)と先遣隊を出迎えたが、アメリカ軍からは真っ先に「カミカゼボーイはどうしているか?」と特攻隊員の動向を懸念するような質問があった。そこで草鹿が「カミカゼボーイは私が解散させた。......おれがやめろと一言いえば、ひとりもでてきはせぬから、その心配はいらぬ」と説明すると、アメリカ軍側は安心し、円滑に接収交渉が進んでいる。
山中のアジトを撤収させられた美濃部らは岩川駅のそばにあった呉服店の別宅を借りて残務整理を行っていたが、そこにラジオ放送で引き返してきた多くの元隊員が合流したので、とりたてて何かすることもなく毎日ブラブラと過ごしており、美濃部が元隊員らと暇つぶしに将棋をする姿がよくみられたという。こういった状況であったため、集まった元隊員らも各自の都合で再度岩川から引き上げることが許可され、多くの元隊員は再び故郷に引き返していった。残った美濃部と芙蓉部隊幹部らで接収準備を進めていたが、10月になって海軍より元隊員らに給料20か月分を退職金として支払うように指示があった。