ミネベアミツミFC
宮路洋輔が監督に就任。リーグ戦は12位で終えた。
チームの要であったMF前田悠佑がV・ファーレン長崎、DF小原拓也がFC琉球へ移籍。この年入団セレクションは行われなかったものの、大学生の肝付・串間、セレッソU18から鶴崎を獲得。また各選手のポジションのコンバート(釘崎がFW専念、FW熊元がDFなど)など新体制で臨むものの、開幕から自己ワースト記録の10連敗を喫してしまう。復調の兆しを見せるも天皇杯宮崎県予選決勝にて宮崎産業経営大学に敗退、宮崎県代表として長く出場していたが、記録が途絶えた。リーグ戦は16位となり、本来なら地域リーグ決勝大会3位チームとの入れ替え戦となるが、SAGAWA SHIGA FCの活動休止・JFL脱退のため繰り上げでJFL残留となった。
井戸川一徹が監督に就任。長崎で行われた「長崎がんばらんば国体」サッカー成人の部として諏訪園・串間・宮路・原田・麻生がメンバー入り。35年ぶりの宮崎県勢では優勝に貢献。また、この年で首藤・麻生・山下・原田・釘崎らが現役を引退している(ただし、社業への専念・コーチへの転身などで会社自体には引き続き在籍している者も多い)。リーグ戦は10位で終えた。
2005年のみ宮崎県総合運動公園陸上競技場(命名権により、2014年 - 2019年は「KIRISHIMAハイビスカス陸上競技場」、2020年 - は「ひなた陸上競技場」)と小林総合運動公園市営陸上競技場を併用。
2006年以後は主に宮崎市生目の杜運動公園陸上競技場を本拠地としているが、まれに宮崎県陸、小林宮崎のほか、延岡市西階総合運動公園陸上競技場や都農町藤見総合運動公園陸上競技場でも年に数回開催される。 但し2018年は宮崎県陸、小林陸上、延岡西階、都農藤見、串間陸上で開催され、生目の杜では開催されなかった。
下表は日本フットボールリーグ在籍時の主催試合会場一覧である。