ヤクブ・ベクの乱
1867年、ヤクブ・ベクはバダウレト・ハンと名乗って名実ともに支配者となり、5月にはクチャとコルラを征服して天山南路を統一し、シャリーアに基づく統治を開始した。ブハラ・ハン国はアタリク・ガジ(信仰の守護者)の称号を与えた。
清朝政府は、1762年、天山山脈北部にイリ将軍府を設置し、旗人による軍政を敷いた。主にウイグル族の住むこの地域はイリ将軍統治下の回部として、藩部の一部となり、「ムスリムの土地」を意味する「回疆」もしくは「新しい土地」を意味する「新疆」と呼ばれた。一方、ムスリム社会の末端行政には、在地の有力者に官職を与え、自治を行わせる「ベグ官人制」が敷かれ、在地の社会構造がそのまま温存された。このベグ官人制は1884年の新疆省まで存続した。こうしたベグ制度の復活については、「柔構造的支配」の現れとして、清朝が満洲人による政府であり、漢化しながらも漢民族ではない「異民族」として自らを意識したうえで、チベット・モンゴル・ウイグル(新疆) との間に「多重文明圏」を形成し、華夷秩序に基づく支配構造ではなく、むしろ対等な文明共存関係であり、「柔構造」を有していたもされる。
東トルキスタンが清朝の支配下にはいって1世紀がたった1860年代の段階で、東トルキスタンは三つの路に分かれて統治されていた。
天山北路はイリ地方を管轄。
天山南路は8都市を管轄 (西のホータン、ヤルカンド、イェンギサール、カシュガル、東のウシュトゥルファン、アクス、クチャ、カラシャール)。
東路はウルムチ周辺を管轄。
イリ将軍は恵遠城に駐箚し、3路の軍を統括していた。さらに天山北路の民政を直接担当し、天山南路の民政も地元のベグを通じて行っていた。しかし東路の民政に関しては甘粛省の管轄下にあった。
1862年に陝西省と甘粛省で西北ムスリム大反乱 (回民蜂起) が発生する。漢族官憲による回族の弾圧、「洗回」と称して、平穏に過ごしていた回族市民らを虐殺したことが原因とされ、反乱は速やかに拡大した。漢族と回民との対立は雲南や大理での衝突以来、激化しており、涼州 (現在の甘粛省) の大靖 堡村の漢族が「洗回・屠回」と称して城中の回民の虐殺をはじめ、この「洗回」は周辺地域へ伝播していった。 ウイグル人・キルギス人・カザフ人のようなテュルク系民族も蜂起に参加したが、まず口火を切ったのは回族だった。