藤原良房
貞観6年(864年)冬に良房は大病を患って政務を退いたとみられ、その間に太皇太后・藤原順子、その信任を得ている右大臣・藤原良相、太皇太后宮大夫を兼ねる大納言・伴善男の三者連合が政権中枢を牛耳っていたとみられる。一方で、左大臣源信・中納言源融・右兵衛督源勤らの兄弟が謀叛を謀っているとの投書があり、信と対立していた大納言・伴善男はあからさまに讒言するなど、政情は不安定な状況にあった。翌貞観7年(865年)秋までに良房は回復し政務に復帰する。なお、良房の意志によるものか、清和天皇は即位後も内裏(仁寿殿)に入らず東宮に居住していたが、良房が病に伏した上に内裏に天皇不在という二重の異常事態に良房も危機感を覚えたらしく、同年11月に清和天皇は初めて内裏に移っている。貞観8年(866年)3月に藤原良相の西三条第(百花亭)に清和天皇が行幸して、40人もの文人を参加させた詩会を伴う大規模な花見の宴が開催される。これに対して、閏3月には良房の染殿第にて天皇の行幸を伴う観桜宴が競うように開催された。先の投書事件が良房の不在を狙って起こされた可能性があり、良房が良相に対して俄に警戒心を強めたと想定されるが、ここで競うように天皇を招待しての観桜会が行われ、両者の亀裂が決定的なものとなる。
この状況の中で、貞観8年(866年)閏3月に応天門が焼失する。
藤原良房の生母については通説では藤原美都子とされるが、請田正幸は以下の点から藤原良世の生母でもある大庭王の娘が正しいとする説を唱える。
『公卿補任』の天長11年条の良房の項目において良房の母は大庭王の娘と記され、異説として藤原美都子が追記されている。また、『尊卑分脈』においても、良房の欄では母は藤原美都子とされている一方で、良世の欄では大庭王の女、忠仁公(良房)同母、と矛盾した内容になっている。
良世が著した『興福寺縁起』の長講会の部分において良房が両親の為に長講会を始めたとある。この中で良世は自分が続けなければならないところ高齢で無理なため寺領を寄付した事、また順子が先考(亡父・冬嗣)の為に寄進したことが記されているが、これは良房の母親は良世とは同じであるが順子とは違う事を意味する(順子は父親のみを供養の対象としているため)。また、先妣(亡母)は尚侍正二位に叙せられたとあるが、美都子は没後の贈位で従三位から正一位になっているので二位に叙せられた事実はない。
良房・清和天皇共に舎人親王系王氏ゆかりの宗像神を特に信仰していたが、これは良房の母方が王氏であった事を示す傍証となる。
なお、請田は良房の母に関する系図の改竄は藤原摂関家がその始祖と言うべき良房と自分達の血縁上の祖である美都子所生の長良(基経の実父)が異母兄弟である事実を不都合と捉えた事によるものであり、『大鏡』が編纂された11世紀には行われていたとする。また、請田説を取ると、良房と良相及び文徳天皇(順子所生)との対立の背景の1つとして良房と彼らの血縁的結びつきの弱さがあり、それが良房をして外孫である清和天皇の即位を推し進める一因になったと解される。
承和の変は藤原氏による他氏(橘氏・伴氏)排斥により摂関政治成立の契機となった事件と解釈されてきた。しかし、変の時点で藤原氏の優位は明らかであることから藤原氏による他氏排斥ではなく、恒貞廃太子=道康立太子を目的に利害が一致した良房と橘嘉智子が共謀して企てた陰謀の可能性が指摘されている。また、古くから藤原良房を変の首謀者であるとする通説が定着していたが、当時中納言に過ぎなかった良房に1人で皇太子を廃立できるだけの権力を行使出来ないとする批判も出されており、良房が首謀者であったとしてもあくまでも首謀した政治勢力の一員としての行動と見るべきである。変を通じて良房は皇太子の外伯父となると共に、大納言に昇進する。さらに大納言・藤原愛発と中納言・藤原吉野が失脚して、太政官の上席は老齢の左大臣・藤原緒嗣と大納言・橘氏公、及び嵯峨天皇皇子の若い右大臣・源常のみになっており、良房は朝廷での影響力を一挙に強めた。
変後しばらくは、源常と良房の二人が太政官の政務を領導していたが、承和10年(843年)藤原緒嗣、承和14年(847年)橘氏公が没して、承和15年(848年)良房が右大臣に昇るとほぼ独裁体制を確立した。またこの間、周忌斎会の日程や嵯峨上皇の祟りの認否に関連して嵯峨上皇の遺志を否定し、その影響力の排除に努めている。