中蒙国境
しかし、1931年の日本の満州侵攻とノモンハン地域をめぐる紛争の後、モンゴルと満州国の間で満蒙国境画定会議が1939年から1940年にかけて行われ、満州国に一部領土が割譲された。その後、日本が第二次世界大戦で敗北したことにより、この協定の有効性が疑わしいものとなった。
外蒙古における中国からの独立を巡る国民投票と、ウイグルに干渉しないというソ連からの保証を受けて、中華民国は1946年にモンゴルの独立を承認することに合意した。その後すぐに、国境を巡る紛争が勃発し、特に1947年には金が豊富なベイティク山脈をめぐって紛争が発生した。また、国境線画定に関する作業は国共内戦によって中断された。1949年に中国本土を中国共産党(中華人民共和国)が支配下に収めたことにより、同じく社会主義国のモンゴル人民共和国との関係は着実に改善され、両国は1962年12月26日に国境を定める条約に署名した。その後、1963年から1964年にかけて完全な国境画定が行われ、1964年6月30日に詳細な地図を含む最終的な条約が合意された。それ以来両国の関係は、時には緊張状態になることもあり、特に1960年代の中ソ対立ではモンゴルはソ連側についたが、全体を通して見れば概ね友好的であり、国境の位置が変わることはなかった。