公家領
南北朝の内乱から寺社本所領事による下地中分の過程で京都周辺以外の公家領の多くは「不知行」化されて、収入が全く入ってこない名目上だけの存在となる。京都周辺の公家領からの収入は室町殿の家領安堵によって座や商工業者への課役や関所・率分所などからの収入とともに室町時代においても辛うじて維持されてきたが、応仁の乱以後は現地の武士達に対する押領によってほとんどの公家領は「不知行」となり、経済・治安の混乱は関銭収入の維持も困難とした。公家たちは生活のために京都を離れて地方の戦国大名を頼ったり、自己の荘園に移住して直務(荘園の直接経営)を行ったりする例も現れるようになった。天皇もこうした動きに対して手を拱いていた訳ではなく、長期の不出仕に対しては昇進停止や解官などの措置を取る一方、正規の暇の手続を取った者に対しては在国が長期にわたる事態も公認したり、禁裏小番の制度を改革して負担の軽減(番自体の削減・番文による出仕期間の事前通知・在京親族による代役許可など)することで、公家の地方下向が直ちに禁裏(公家政権)からの離脱につながらないようにする方針も取られた。加えて、天皇が洛中の屋敷地(一部は貸し出して地子の財源になる)や公事などの課役徴収の権限を安堵(所領外の収入の安定確保)したり、応仁の乱以降の半済令復活の動きに対して公家領や門跡領の禁裏御料化を進めてこれに対抗したりすることによって、自らを支える公家の経済的基盤(公家領・課役)の確保・維持に努めている。