東トルキスタン共和国亡命政府
1949年の中国人民解放軍の東トルキスタン侵攻に前後して、多数のウイグル人が東トルキスタンを離れ、アフガニスタンを経てトルコなど諸外国に離散していった。
主にこうした在外ウイグル人を中心として、中華人民共和国による新疆併合の手続きを批判し、東トルキスタンはその全域が東トルキスタン共和国として再び分離、独立すべきであるとする運動が続けられてきた。
現在では中国政府による新疆政策を批判し、独立を望む中国領育ちのウイグル人活動家も加わっている。
また、この運動では、ウイグル人に対する圧迫や地域の漢民族化などが行われているとして人権問題に絡めての中国政府批判も行っている。
このため乱立していたウイグル独立組織・独立運動家の連合組織として、1992年に東トルキスタン民族会議が、1996年に世界ウイグル青年会議が設立された。
この両者は2004年4月16日に合流し、「平和的・非暴力的・民主的」な反対運動を行う世界ウイグル会議に再編された。
しかし、以上のような世界ウイグル会議の姿勢は独立の事実上の放棄だと考える亡命ウイグル人グループ、あるいはトルコ・ヨーロッパ系初期ウイグル独立運動を指揮したアルプテキン派に含まれない亡命ウイグル人グループは2004年9月14日にアメリカのワシントンD.C.に集まり、世界ウイグル会議とは別個の組織・東トルキスタン共和国亡命政府を設立した。