南古谷駅
単式ホーム1面1線、島式ホーム1面2線の計2面3線のホームを持つ地上駅。同じ川越線の日進駅・指扇駅の旧駅舎とよく似た駅舎を持ち、改札は南側の川越方面ホームにのみある。
大宮営業統括センターの所属。川越駅の被管理駅であるが、運転取扱いに関しては制御駅として川越線各駅(川越駅も含む)の信号扱いを行うという変則的な体制をとっている。また出改札等の旅客営業に関する業務はJR東日本ステーションサービスに委託している一部業務委託駅である。
指定席券売機、Suica対応自動改札機設置。バリアフリー設備としてエレベーターと多機能トイレが設置されている。
改札窓口を閉めてインターホン対応となる時間帯がある。(インターホン対応はJR東日本ステーションサービスに設けられたサポートコールセンターが行う)
みどりの窓口は2008年2月に閉鎖された。
北側には北口用地が準備されているが、現在は公園と駐車場になっている。2018年度より南古谷駅周辺地区都市再生整備計画が交付され、2022年度までに南古谷駅橋上化・北口広場新設・南口広場再整備・周辺道路の整備として都市計画道路・南古谷伊佐沼線・市道0039号線の整備が盛り込まれ、事業が進められていくことになった。
3番線は当駅始発の列車が使用する。当駅止まりの列車は設定されていない。
線路配線は、上下線主本線と上り副本線であるが、将来の複線化に備えた線路配置となっている。車両センターへの出入庫線は当駅の東側にある。また、車両センター敷地内から当駅までの本線南側に、複線用地が準備されている。ただし、複線化そのものは具体化していない。