リボスイッチ
次のようなリボスイッチのタイプが知られている。
TPPリボスイッチ(またはTHI-ボックス):ピロリン酸チアミン(TPP)を結合しチアミンの合成と輸送、また類似代謝産物の輸送を調節する。
FMNリボスイッチ(RFN-エレメント):フラビンモノヌクレオチド(FMN)を結合しリボフラビンの合成と輸送を調節する。
コバラミンリボスイッチ(B12エレメント):アデノシルコバラミン(ビタミンB12の補酵素形)を結合しコバラミンの合成、コバラミンや類似代謝産物の輸送、また他の遺伝子を調節する。
SAMリボスイッチ:S-アデノシルメチオニン(SAM)を結合しメチオニンとSAMの合成と輸送を調節する。SAM-I(初めはS-ボックスと呼ばれた)、SAM-II、およびSMKボックスという、3つの異なるSAMリボスイッチが知られている。SAM-Iは細菌に広く見られるが、SAM-IIはα-、β-、および一部のγ-プロテオバクテリアに見られるのみである。SMKボックスリボスイッチはラクトバチルス目Lactobacillalesにのみ見られる。これら3種類のリボスイッチは配列や構造に関して類似点は見られない。4番目のSAM-IVリボスイッチはSAM-Iリボスイッチとリガンド結合中心だけは似ているが、全体の骨格は異なる。
PreQ1リボスイッチはキューオシン(queuosine、tRNAにある特殊塩基)の前駆体プレキューオシンpre-queuosine1を結合し、これからのキューオシン合成または輸送に関わる遺伝子を調節する。PreQ1リボスイッチには、PreQ1-IとPreQ1-IIという全く異なる2つのクラスが知られている。PreQ1-Iの結合ドメインは天然のリボスイッチの中では際立って小さい。PreQ1-IIはストレプトコッカス属Streptococcusとラクトコッカス属Lactococcusの一部の種にのみ見られるが、大きくて全く異なる。
SAHリボスイッチはS-アデノシルホモシステイン(S-アデノシルメチオニンがメチル化に使われたとき生じる)を結合してこの化合物のリサイクルに関わる遺伝子を調節する。
プリンリボスイッチはプリンを結合してプリンの代謝と輸送を調節する。プリンリボスイッチにはグアニン(初めG-ボックスと呼ばれた)またはアデニンを結合する異なる形がある。グアニンとアデニンに対する特異性は、専らリボスイッチのY74位のピリミジンとのワトソン・クリック型相互作用(A-U、G-Cの相補的結合)による。