笠置寺
後醍醐天皇は逃亡するが捕えられ、隠岐国へ流罪になった。この戦乱での兵火で笠置寺は49の塔頭を含む全山が炎上し、弥勒磨崖仏も火を浴びて石の表面が剥離する被害を被った。当寺には弥勒磨崖仏の他に薬師石、文殊石、虚空蔵石、両界曼荼羅石などがあり、かつてはそれぞれに線刻の仏像や曼荼羅図が刻まれていたが、兵火でほとんどが失われ、わずかに虚空蔵菩薩像の刻まれた石のみが当初の姿をとどめている。弥勒磨崖仏は高さ約15メートル、幅約15メートルの岩に刻まれたが、現状では光背の窪みが確認できる程度で像の姿は全く失われており、往時の像容は『覚禅鈔』(『図像集』)所収の図像や、大和文華館所蔵の『笠置曼荼羅図』(重要文化財)からしのぶほかない。『笠置曼荼羅図』には、弥勒磨崖仏と木造十三重塔が描かれており、最盛期の境内の様子がこの絵から想像される。なお、奈良県宇陀市の大野寺および京都府木津川市加茂町の当尾地区に現存する弥勒磨崖仏は笠置寺の磨崖仏を模したものとされている。
寺は暦応2年(1339年)に再興されるが、文和4年(1355年)に再び焼失。永徳元年(1381年)には本堂が再興されるが(文明14年・1482年の勧進帳)、応永5年(1398年)に焼失するなど、再興と焼失を繰り返すが、以後、最盛期の規模が復活することはなかった。
元和5年(1619年)に笠置は伊勢国津藩の所領となり、藩主藤堂高次によって慶安年間(1648年 - 1652年)に本堂が再建されている。しかし、江戸時代中期には衰退して明治時代初期には無住となってしまった。現在の寺は1876年(明治9年)に再興されたものである。