始祖鳥
それ以外の部分に関しては、ベルリン標本に見られる羽の痕跡はいわゆる「原始羽毛」に限られ、これは恐竜であるシノサウロプテリクス(Sinosauropteryx)に見られる構造とさほど違わない。標本のものは既に分解が進んで明瞭さを欠いているが、アーケオプテリクスが生きていた時には羽根というよりもむしろ毛皮のようなものであったと考えられる。この毛皮は、保存状態の良い胴体から首にかけて見られる。
一方で、頭部を含む首より上の部分に関しては、羽毛があったという手がかりは無い。近縁な恐竜類の状態の良い標本から類推するに、恐らくは頭部に羽毛は無かったであろうと考えられている。
しかしながら、頭部の羽毛の喪失は化石化の過程で生じた後天的な物である可能性もある。主なアーケオプテリクスの化石は、アーケオプテリクスの死体が海を漂った後に嫌気的環境の堆積物中に取り込まれてできたと考えられている。化石の頭部や首、そして尾部は往々にして下向きに曲がっている(これは筋肉が弛緩した時の典型的な形状である)が、これは死体が埋まった時には既に腐敗が始まっていたことを示唆している。従って、皮膚は既に軟化して失われていた可能性が高い。実際に、いくつかの標本では堆積物中に羽根が抜け落ちているものがある。また、死体が浅い水場を漂っているうちに頭部や首部の羽根が擦れて脱落し、強く結合している尾部の羽根のみ残ったという意見もある。