対馬
義達は、1868年(明治元年)には戊辰戦争に参加し、藩兵を率いて東上して大坂まで軍を進めた。1869年(明治2年)、宗義達は版籍奉還をおこない、新藩制により厳原藩と改称されて、厳原藩知事となった。これとともに「対馬府中」の地名も「厳原」に改められた。1871年(明治4年)7月の廃藩置県により厳原県となり、その後9月に伊万里県へ編入された。
その頃、維新政府はアジアの隣国との外交関係樹立を目指して、中国、台湾、朝鮮にも外交関係樹立を申し入れる使節を派遣したが、国交樹立が最も遅れたのは朝鮮だった。、1872年(明治5年)、伊万里県は佐賀県に改められ、さらに1876年(明治9年)4月三潴県に合併され、8月には長崎県の管轄にうつされた。最後の藩主となった義達は、名を重正と改め、華族令の施行された1884年(明治17年)には伯爵を授けられた。
明治維新後も対馬は国防や交易の最前線として重視された。1874年(明治7年)には、兵部省海軍部水路局によって厳原港の測量がなされている。1883年(明治16年)12月、門司税関厳原出張所(現厳原税関支署)が開設され、翌年の2月には「朝鮮貿易港」に指定されている。
人口も6万5,000人を越えていた。
しかし、片道貿易も終息し、食生活の洋風化や200海里問題などによる水産業の不振、森林資源の枯渇、交通における航空機時代の到来などによって、1960年代後半以降の経済は衰退し、人口流出が顕著となって過疎化に悩むこととなった。生活道路などの整備が充分になされないなか、公共事業も削減されて苦境に立たされている。2004年(平成16年)3月1日には、対馬の6町すべてが合併して市制施行し、対馬市の1市体制となった。
2020年、アメリカ合衆国のSucker Punch Productionsが開発した、元寇時の対馬を舞台としたPS4向けゲーム「Ghost of Tsushima」は世界的なヒット作品となった。対馬市も今までの韓国のみのインバウンドから脱却すべく、世界各国からのインバウンドを狙ってタイアップを行った。2021年3月26日には「Ghost of Tsushima」の映画化も発表された。
古くから大陸との交流があり、歴史的には朝鮮半島と倭国・倭人・ヤマトをむすぶ交通の要衝であった。
『魏志』倭人伝では、「対馬国」は倭の一国として登場する。帯方郡から邪馬台国への経路の途上、「狗邪韓国」(韓国慶尚南道金海)の記述につづいて「一海を渡ること一千余里」の南に位置するとしており、邪馬台国に属した30余国のなかの一国であった。そこには、対馬は、居る処は絶島で、土地は山が険しく、深林が多く、道は獣の径()のようであり、千余戸の家はあるものの、良田がないので海産物を採集して自活し、船による南北(九州や朝鮮半島の意)の交易によって生活していたと記されている。また、他の倭の諸国同様に、「卑狗」()と呼ばれる大官と「卑奴母離」()と呼ばれる副官がいたと記す。
古墳時代初期に築かれた出居塚(でいづか)古墳は前方後方墳で、有茎柳葉式銅鏃、鉄剣(部分)、管玉等が出土している。前方後円墳は、3世紀代にヤマトで生まれた古墳形態であり、出土した有茎柳葉式銅鏃は古式畿内型古墳の典型的出土品であることから、この時代の対馬の首長はヤマト王権と深く結びつき、その強い影響下にあったことを示している。「エベスガクマ」も、前出「出居塚古墳」の別称であり、細長く伸びた前方部を有し、墳丘の全長は約40メートルである。
ロシアやイギリスをはじめとする列強の対馬接近に脅威を感じた日本政府は、国境最前線であった対馬島の要塞化を図った。大日本帝国陸軍は、1878年(明治11年)には熊本鎮台から対馬分遣隊を対馬に派遣していたが、1886年には陸軍対馬警備隊が置かれた。対馬要塞の建設工事は、浅茅湾防備のため1887年(明治20年)より着工した。この工事は東京湾に次いで日本で2番目のものであった。1888年(明治21年)10月まで温江・大平・芋崎・大石浦の4砲台が完成し、日清戦争を迎えた。
大日本帝国海軍は、1896年(明治29年)、対馬周辺海域を防衛する要港部として浅茅湾に竹敷要港部を置いた。これは、日本海軍初の要港部であった。1898年(明治31年)以降1903年(明治36年)まで、四十八谷・大平高・姫神山・城山・折瀬ヶ鼻には砲台が、城山・根緒・上見坂には堡塁が築かれた。
地質は、大部分が新生代古第三紀に形成された泥質の堆積層で、「対州層」と呼ばれ、北の一部には新第三紀層もみられる。対州層は、主として黒灰色の頁岩や粘板岩から成り、これに砂岩が混じる場合が多く、ところどころに石英斑岩やはんれい岩、花崗岩が貫入する。上島北部の御岳周辺には玄武岩、下島東部に石英斑岩、下島中央部の内山盆地周辺に花崗岩、それを囲む矢立山系には硬いホルンフェルスがそれぞれ分布している。更新世の中頃までは、日本列島と大陸は陸続きであったが、その終末期に海進によって九州と朝鮮半島の間が離れ、対馬は壱岐とともに地塁島(飛び石のようになった島)として取り残された。
海岸地形と海底地形より判断して隆起と沈降とを繰り返して今日にいたったと考えられる。陸地の大部分が低山で占められ、平地は少ないものの、山頂部には平坦面もみられる。山地は隆起準平原によるものと考えられる。北部の御嶽や香ノ木山(標高307m)は準平原上に突出した残丘であり、南部の内山盆地は貫入した花崗岩が浸食を受け窪地になったものと考えられている。
江戸時代後期の1861年(万延2年)にはロシアの軍艦ポサドニック号が浅茅湾に投錨し、一時占拠する事件が起こった。ポサドニック号は芋崎を占拠し、兵舎・工場・練兵場などを建設して半年余にわたって滞留して藩主宗義和に土地の貸与を求めた。対馬藩は対応に苦慮したが、5月には幕府外国奉行の小栗忠順が派遣され、7月にイギリス公使オールコックの協力もあって、イギリス軍艦が来貢してロシア艦に退去をすすめ、ロシア軍艦は退去した。芋崎には、現在もロシア人の掘った井戸がのこっている。
こののち対馬藩は1862年(文久2年)、長州藩とのあいだに同盟が成立した。1863年(文久3年)には孝明天皇より対馬藩に対して攘夷の勅許と御沙汰書が下っている。
1864年(元治元年)、佐幕派で藩主宗義達の叔父にあたる勝井員周が藩内で主導権を握り、家老大浦教之助をはじめとする勤皇派100余名を粛清するという大事件が起こっている。勤皇派の平田大江は、これに対し、尽義隊を結成して抵抗運動を繰り広げた。藩主義達は翌1865年(慶応元年)、まずは勝井五八郎を、続いて平田大江を殺害して、ようやく事件を終息させた。この一連のできごとを勝井騒動(甲子の変)といい、対馬全体では200名以上が犠牲になった。