港市国家
マームド・シャーはムラカ(マラッカ)南方のムアル(英語版)に逃れてマラッカ王国の再起をはかったが失敗し、さらにパハンやビンタン島に移って体勢を立て直し、数度にわたってムラカ奪回を試みたが失敗した。マームド・シャーの子息アラウッディン・リアヤト・シャー(英語版)は、マラッカ王室の分流であったパハン王家の協力を得てマレー半島南部のジョホールにジョホール王国を建て、港市国家を再興した。ジョホール王国では、1612年に「ブンダハラ」と称される世襲の宰相によって、マラッカ王国の盛衰を記した歴史書『スジャラ・ムラユ』が整えられている。
ジョホール王国の王(スルタン)は、交易従事者が必要とするすべての施設を提供した。17世紀後半に黄金時代をむかえたジョホールは、スマトラ島の胡椒や金、マレー半島の錫を主な交易品として、外来商人たちを引きつけ、ジョホール王国自身もインド綿布を購入するため、オランダ公認の下でインド東部のベンガル地方や南東部のコロマンデル海岸に船舶を派遣し、さらには中国の南シナ海沿岸に船舶を派遣して交易の振興に努めた。また、香辛料を輸入するため、さかんにマカッサル王国とも交易をおこなった。こうした努力により、中国南部や台湾からの商人、ベトナム・カンボジア・シャムの商人、また、アラブ人、インド人の商人がジョホールの王都に多数逗留し、さらにポルトガル人、イギリス人、デンマーク人らも寄港した。