ニホンリス
以前はキタリスの亜種とされていた。樺太経由で日本に侵入したキタリスが分岐した種だと考えられている。ミトコンドリアDNAのシトクロムbの塩基配列を決定した分子系統解析では3,400,000年前に分岐したと推定され、中期更新世の地層からも化石が発見されている。一方で12S rRNAの塩基配列を決定した分子系統解析では、キタリスとの遺伝的差異がシマリス属やムササビ属における個体変異レベルにすぎないとする解析結果もある。