甲賀寺
寺跡の所在地は詳らかでないが、紫香楽宮跡内裏野地区(滋賀県甲賀市信楽町黄瀬・牧、内裏野遺跡/内裏野廃寺跡)に比定する説が古くから知られる。同地区は古くは紫香楽宮跡に比定され、「紫香楽宮跡」として国の史跡にも指定されているが、その後の調査で宮殿跡ではなく寺院跡であることが判明している(現在では紫香楽宮跡は紫香楽宮跡宮町地区に比定)。
内裏野地区の性格に関しては、上述の『正倉院文書』の「甲賀宮国分寺」の記載から廃絶時点は近江国分寺とする説が有力で、寺域で検出された火災痕は『日本紀略』での延暦4年(785年)の近江国分寺の焼失記事とも対応する。そして甲賀寺はその近江国分寺の前身寺院にあたり、甲賀寺の伽藍を改めて国分寺に移行されたと想定されている。一方、近江国分寺と甲賀寺とは別々に計画されたとして、近江国分寺の建立を近江国府付近に想定し(候補地として瀬田廃寺跡が存在)、内裏野地区は甲賀寺として廃絶したとする説もある。
いずれの説の場合でも、現在の内裏野地区の主要伽藍は東大寺と似た様相(東大寺式伽藍配置)でありながら、内裏野地区の寺域は東大寺よりも大幅に小さい点(面積は3割弱)、内裏野地区の金堂跡には大仏が収まらない点等で、内裏野地区と甲賀寺を巡る解釈には課題も残されている。そのため様相の解明には、下層遺構の有無確認等の調査が必要とされる。