スーダン人民解放軍
南スーダン独立運動/軍などの分派の多くは1997年4月のハルツームでの個別和平合意により政権に取込まれ統一民主救済戦線 (United Democratic Salvation Front, UDSF) を結成した。
1994年スーダン政府はウガンダがSPLAを支援していると非難してきた。それに対してSPLAはウガンダ国内で活動してきたと主張している。逆にウガンダ政府は神の抵抗軍 (LRA)への北部政権の支援を非難し、のちにスーダン領内でも LRA 掃討を行うようになった。SPLAは依然として南部戦争の終結を交渉する主要な南部組織であり、ダルフールでは不安定な平和が脅かされているが、2005年にSPLA/Mとスーダンの政府の間の和平協定で南スーダンの自治の正式な合意に至った。SPLMは和平協定以降、南北スーダンで政党として認められている。
2011年の南スーダン独立後はSPLMは政権与党となり、SPLAは正規軍(南スーダン軍)に再編成されたが、北スーダンでは依然として武装組織として活動しており、南コルドファン州やヌバ山地を拠点に度々スーダン軍と衝突している。
2013年12月14日、首都ジュバなどで、同年7月に解任されたマシャール前副大統領を支持する軍の一部がクーデター未遂事件(南スーダンクーデター未遂事件 (2013年))を発生させた。