小田原駅
東海道線 特急「踊り子」一部停車駅(「サフィール踊り子」は通過) 特急「湘南」発着駅 ■特別快速(湘南新宿ライン経由) 国府津駅 (JT 14) - 小田原駅 (JT 16) ■快速(湘南新宿ライン経由、下り列車は戸塚駅から当駅まで「普通」扱い) 鴨宮駅 (JT 15) - 小田原駅 (JT 16) ■普通 鴨宮駅 (JT 15) - 小田原駅 (JT 16) - 早川駅 (JT 17)
東海道貨物線 西湘貨物駅 - 小田原駅
エレベーター・エスカレーターはすべてのホームに設置。トイレはコンコース内に多目的トイレがある。売店は、3・4番線の東京方にNewDays KIOSK、5・6番線の東京方にNewDaysがある。JR東海東海道新幹線との連絡通路がある。ホーム有効長は15両編成対応である。
3・4番線ホーム(2019年6月)
5・6番線ホーム(2019年6月)
国際医療福祉大学小田原キャンパス
崎村調理師専門学校
神奈川県立小田原高等学校
相洋高等学校
エレベーター・エスカレーターはすべてのホームに設置。トイレはコンコース内に多目的トイレがある。売店は、ホームと改札前にセブンイレブンがある。自由通路・コンコースいずれにも面した場所に、系列飲食店がある。待合室は各ホーム箱根板橋寄りにある。ちなみに待合室はドーム屋根下に位置するが、瓦屋根となっており城下町をイメージさせる。以前の狭隘であった改札口も、新駅舎になり広くなった。
7 - 10番ホームはすべて10両対応。改札内に自動体外式除細動器 (AED) が設置されている。
前述の通り当駅は小田急の管理駅であり、案内サインも多くが小田急仕様となっているが、7・10番ホーム付近には箱根登山線仕様の案内サインが設置されている。
ホーム(2009年)
かつての箱根登山鉄道線11番・12番ホーム(2006年)
駅付近にあった三線軌条レール
小田急電鉄・箱根登山鉄道の共同使用駅で、小田急の管理駅である。駅番号はOH 47。なお両社で通しの駅番号を用いているが、案内表示でのデザインが当駅を境に異なっており(小田急は青色、箱根登山鉄道は赤茶色)、当駅では2種類のデザインが併存している。
2008年3月より、2面3線の島式ホームとなる7 - 10番ホームが組み合わさっており、ホームに平行して北側に留置線が1線ある。ホーム4線のうち中側2線(8・9番および11番ホーム)は行き止まりの頭端式で、特に箱根登山側の11番ホームにかかる線路は7・8番ホームに入り込んでおり、このため7番ホームの一部は切り欠きホームという特殊な構造となっている。これによりすべてのホームは地上でつながって乗換えが容易になっている。
ホームの発車合図音は、7・11番ホームの箱根湯本行では『箱根八里』の発車メロディが流される(放送システム上、フルコーラスは流れない)。9・10番ホーム全列車と7番ホームの新宿方面は発車ベルが使用されていたが、2018年1月現在発車ベル等は省略されている。7番ホームから留置線への入替列車は合図音は省略される。
2006年3月18日以降、当駅 - 箱根湯本駅間の営業列車はすべて小田急電鉄所属車両で運転されている。したがって、強羅方面に行くには箱根湯本駅での乗換が必要となる。