冨士大石寺顕正会
伝「一期弘法付嘱書」についても、日蓮は六老僧制度を採用しているので日興一人のみに全てを付嘱したというのはあり得ない話であり、それは北山本門寺によって後に朗師派への対抗処置として作られた偽書であると確定されている。
顕正会で取り上げている31世日因が在世だった江戸時代中期になると、本来は大石寺本堂に安置されていた万年救護の大本尊すらも否定して、本門戒壇の大御本尊という板曼荼羅に摩り替えている文書すら大石寺内に秘蔵されている。そうした中で後の法主になるほど大胆な発言になっていき、明治、大正、昭和へと時代が移り変わるに連れて国家権力の必要性や全国民の帰依が必要との発言になり、創価学会が所属していた時代にある程度の歯止めがかかっていったのがよく読みとれる。顕正会はそうした中で自らの立ち位置を模索しながらも、明治憲法下で田中智學が率いた国柱会の思想を取り入れ、大石寺に本来無かった「本門戒壇の大御本尊を安置する国立戒壇建立」という21世紀の現代では行きすぎとも取られかねない教義を甦らせ、それを基として大石寺や創価学会は堕落して間違った方向へ行ってしまったとの論理を導き出し、自派のみが正しいのだという主張を繰り返しているのである。
また、創価学会もかつては日蓮正宗の信徒団体であったため、「国立戒壇」を唯一の目的としていたことに対しても以下の文証を挙げる。
2代会長戸田城聖:「化儀の広宣流布とは国立戒壇の建立である」 3代会長池田大作:「国立戒壇の建立こそ、悠遠六百七十有余年来の日蓮正宗の宿願であり、また創価学会の唯一の大目的なのであります」
その後、浅井親子(特に昭衛)は「池田会長体制の下で学会は変貌した」として創価学会を批判するようになった。池田が1965年(昭和40年)に「正本堂」建立を発願した後、学会および池田は正本堂が御遺命の戒壇である旨を主張するようになったためである。また当時、日蓮正宗第66世の日達もこれに賛同し、「此の正本堂が完成した時は、大聖人の御本意も、教化の儀式も定まり、王仏冥合して南無妙法蓮華経の広宣流布であります」(昭和43年1月)と、正本堂が御遺命の戒壇に当たる旨を公表したことから、当教団ないし浅井親子による日蓮正宗への批判も強まっていった。
後に昭衛は「顕正会は富士門流系教団において唯一、日蓮大聖人の御遺命を『正本堂』ではなく「国立戒壇」としている。私はそれを根拠に学会・宗門を諫めようと活動を続けている」と述べ、自派および自身の主張の正当性を強調するようになり現在に至っている。
1人は容疑を否認し、残る2人は容疑を認めている。容疑を認めた男の1人は「一緒に会員になり仏法をやってほしかった」などと供述している。教団本部は「事実確認をしている。不当な捜査と考えている」としている。 10月8日 会員3人の逮捕を受けて警視庁公安部が本部や東京会館など、複数の教団施設を家宅捜索した。教団側のコメントについては読売新聞は「一切ノーコメント」、日本テレビとFNNニュースは顕正会側の主張を「不当な捜索」と報じている。 10月15日 新たに会員の男2人が同じ容疑で警視庁公安部に逮捕された。1人は「男性を入信させるよう指示した」と容疑を認め、もう1人は「男性と話したことは間違いない」と供述し、5人とも自らを顕正会の会員であると説明している。警視庁公安部によると、教団の強引な勧誘をめぐる相談や通報が、2015年1月から9月末までに約90件あったという。また、教団は逮捕された5人が会員であるとした上で「会の信用を失墜させるための不当逮捕だ」とコメントしている。 10月23日 東京地方検察庁が4日の件で逮捕された会員5人のうち28歳の男性ら3人を処分保留で釈放した。 11月9日 10月5日・15日に逮捕された5人のうち4人が起訴猶予となり、19歳の会員が家庭裁判所に送られた。理由について東京地検は「犯行の態様、被害者の年齢が成人に近いことなどを考慮した」としている。教団は「今回の捜査は顕正会の信用を失墜させるためのものであり強く抗議する」とコメントした。
神道系など他の超国家主義ないしは国粋主義を掲げる政治団体・宗教団体などとも対立している。
日本会議に対しては、神社本庁ともども日本最大の極右団体と断定しその存在自体強い口調で非難する(後述)。
家庭連合(旧・世界基督教統一神霊協会)に対しては、2022年(令和4年)の安倍晋三暗殺事件後に本格的な批判攻撃を開始した。