Cytus II
キャラクター「Ivy」が追加され、バージョンも2.x台になったことで、ストーリーも大きく進行する。また、ここからストーリーの進行はiMではなく、個別、さらには複数の登場人物による物語が格納される「OS」と呼ばれる場所がメインになる。
1月1日...A.R.C.創立。
声:ファイルーズあい
Ver.1.1追加有料キャラクター。PAFFの事務所からの新生バンド・Cherry PuNKのボーカル兼ギタリストの女性。677年9月6日生まれの25歳。イメージカラーはワインレッド。本名は「Sherry Pauline」。かつてはXenonもメンバーであったバンド・Crystal PuNKのメンバーであったが、現在は解散。新たなメンバーでCherry PuNKを結成する。サバサバとした前向きな性格で、発言も明るいが、時折過去への後ろめたさを見せる場面も存在する。バンド活動自体は順調だが、どうしても「PAFFの代打」というイメージが付きまとっており、現状に納得はいかない様子。Xenonとは過去に恋人関係にあったが、とある事情によって破局。個別ストーリーが始まるまでの約6年間、音信不通の状態が続いていた。iMのアカウントは「@CherryPuNK」で、バンドのライブ情報やCherry自身のふとしたつぶやきがメイン。また、プライベートや個人での活動では「@Cherry」のアカウントを別に持っている。楽曲のスタイルは、女性ボーカルのロックやポストロック。
声:楠木ともり
Ver.3.0追加無料キャラクター。Ivyと同じく、500年以上前に自我を持ったアーキテクト。イメージカラーは空色。機体名は「OPCI_2501_V」。同機体の核の中に残っていた「Vanessa」という単語を、Ivyが「名前」として呼ぶようになった。ほかのアーキテクトより幼い外見をしている。現在はA.R.C.に「Library」として保管されており、Ivyとは意思疎通ができるが非常に不安定な状態が続いている。iMのアカウントは持っていない。楽曲は、他のキャラクターの楽曲スタイルの曲をそれぞれ取り入れた構成になっている。コンポーザーが「Cytus」のものも存在する。
なお、前作であるCytusでも同一の名前のキャラクターが登場している。後継のCytus αではこのキャラクターについてのストーリーも追加されているが、本作とのつながりについては不明である。
すべての楽曲は各キャラクターが作曲および参加している設定となっており、プレイヤーは各キャラクターを選択し楽曲をプレイする。
楽曲をクリアするとキャラクターごとに経験値が与えられ、それによってレベルが上昇していく。レベルが上昇するとストーリーに進展があったり、新たな楽曲が解放されたりする。レベル上限はPAFFは90、NEKO#ΦωΦは80、ROBO_Headは80、Ivyは80、Crystal PuNKは40、Vanessaは50、Bo Boは50、Amiyaは20、Kafは20、Graff.Jは16、Aliceは21、Hansは21、Kizuna AIは15、Mikuは15、Ilkaは25、Xenonは41、ConneRは48、Cherryは39、JOEは36、Sagarは21、Rinは21、Aromaは27、Noraは27、Nekoは27(Ver.4.5時点)。中には指定された複数のキャラクターを一定のレベルに上げないとストーリーが進まないこともある。
PAFF・NEKO#ΦωΦ・ROBO_Head・Xenon・ConneR・Cherry・JOEら主要キャラクター、Helenaのようなサブキャラクター、その他多くの主要でないキャラクターも含めて、cyTus上のSNS「iM」にアカウントを所有しており、PAFF・NEKO#ΦωΦ・ROBO_Headの序盤のストーリーは各キャラクターのレベルアップに伴い、主にiM上に投稿された会話で進んでいく。
Xenonの母。今も健在で、Shannonの見舞いにも頻繁に向かっている。
..ConneR、Sashaと再会する。
11月22日...ROBO_Head、Ichiroと再会する。
11月23日...HayatoとPAFFがFengの墓に行く。
11月26日...Ivy、Sagarを助ける。
11月27日...ROBO_Head、Ichiroに修理してもらう。
11月27日...土竜組員によりIchiro宅が襲撃されるも、Daigoが助けに来る。
11月28日...ROBO_Head、元Noraの部屋に匿われる。
11月29日...ROBO_HeadとNEKO#ΦωΦ、PAFF、Hayatoが出会う。
11月29日...Ivy、Rinと接触。
11月30日...Miku、最後のステージに立つ。
12月2日...CherryとXenon、Noraと出会う。その後、Nora、PAFF、Hayato、NEKO#ΦωΦ、Xenon、Cherryが一堂に会する。
12月2日...Ivy、Rinと接触。
12月6日...Ivy、ハッキングによりアーキテクトのユニットを奪う。
12月9日...Ivy、[I]として再びJOEから信号増幅器を購入しようとするも、断られる。
12月10日...JOEZ Cafeがドローンの襲撃を受ける。
12月15日...Sashaが「心の音」の前の言葉が「穹の核」ということを突き止め、ConneRはこれらがある反テクノロジー団体の暗号であると推定する。
12月15日...玖凰會が急に停電になる。NoraがROBO_Headのコアを使って電源を復旧しようとするも、躊躇ってしまう。
Node03の管理局長であり、ヤクザグループ「土竜」のメンバー。Phoenixが「玖凰会」を設立してからも、「土竜」の利益になるのであれば研究に手を貸している。ROBOにより殺害される。
Hansの姉。フルネームは「Hilda Turner」。血はつながっていないが、彼の保護者的存在。Hansの手を気にしているようだが...?
彼は復旧を試みるが、その途中でフェス中にNEKOと同様のネットワーク障害が発生したことが明らかになった。復元されたデータには、確かにÆsirの姿があり、フェスが開催されていたことが証明された。しかし、誰がフェスの記憶が操作したのかは依然不明であった。
A.R.C.のセキュリティ部門で働くXenonは、管理局への出張を終え帰還したが、そこで地区「Node03」で跋扈する人身売買集団の調査を委任される。それとほとんど同時期に、自身のメールボックスに差出人不明のメールが届くようになる。どうやらÆsir-FESTと同様の現象が過去にあったかを調べているようで、彼のもとには次々に報告メールが送られてくる。一方で、Xenonは犯罪集団の調査の中で、その取引が「Cafe」と呼ばれる場所で行われていることを突き止める。
父の遺品について調査を進めるConneRは、過去の文明の遺品が残る「Node13」で単独調査をしていた。しかし、封鎖エリアにおいて何者かに攻撃を受け、右腕と右目を失ってしまう。Node08の管理局に監禁されたConneRだったが、A.R.C.の新規考古学プロジェクトを主導することを条件に自由の身となる。遺品の調査のためにA.R.C.の技術を利用しようと策略した彼は、社員たちの情報をもとにRinという女性の研究室に向かい、本格的に調査を進めることになる。なお、同じA.R.C.で働くこととなったXenonとConneRは、この時点で面識がある。
Ver.3.6追加無料キャラクター。キリンのような見た目をしており、元々はCAPSO!を引いた時のハズレ画像として登場したキャラクター。イメージカラーは黄色。一人称は「私」で、Ver4.4.5時点で他の主要な登場人物との交流はない(一般市民のみ)。あまり彼自身の発言はないが、曲プレイ終了後のリザルト共有時のコメントでひねくれた性格であることがうかがえる(MMやSランクではほぼ無関心なのに対し、スコアが低ければ低いほど喜んでいる)。iMのアカウントは持っていない。楽曲はGraff.Jオリジナル楽曲の他にSdorica、VOEZ、DEEMO、DEEMO IIなどの自社コラボ楽曲、グルーヴコースター、Muse Dash、アリスフィクション、maimai でらっくす PLUS、DJMAX、CHUNITHM、などの他社コラボ楽曲で構成されている。