イサベル・クララ・エウヘニア
しかし結婚に対して興味のない奇人ルドルフにより、イサベルは20年以上待たされることになった。
イサベルは、父フェリペのそばで補佐することを許されており、イタリア語で書かれた書類をスペイン語に翻訳していた。彼女は父の亡くなる1598年まで、そうやって父のそばで仕えていた。
1599年、30歳を過ぎたイサベルは、従兄にあたるアルブレヒトと結婚した。彼はトレド大司教であったため、ローマ教皇クレメンス8世に還俗の許可を得てからの結婚となった。その1年前に亡くなったフェリペは、スペイン領ネーデルラントの統治を娘イサベルとその夫に任せると遺言していた。1601年から、2人は共同統治者としてネーデルラントを治めた。夫の死後はイサベルが総督となった。2人が治めていた時代は、ネーデルラントの黄金時代と呼ばれた。さかのぼること40年近く続いた八十年戦争が沈静化し、南ネーデルラントの経済が平和を安定化の方向に導いた。2人は多くの芸術家のパトロンとなり、フランドル・バロック文化の花咲く要因となった。
イサベルはアルブレヒトとの間にフィリップ、アルブレヒト、アンナ・マウリティアの3子を生んだが、いずれも夭折した。
1621年、アルブレヒトに先立たれたイサベルは聖クララ女子修道会に入門した。1633年、彼女は総督の地位を甥フェルナンド枢機卿に譲った。