琵琶湖
琵琶湖では、下位蜃気楼と上位蜃気楼の2種類の蜃気楼が発生する。複雑な像を生じる上位蜃気楼は、琵琶湖や富山湾において春先から初夏にかけて十数回しか発生せず、非常に珍しい現象である。この上位蜃気楼は、湖上に暖気が流入し上冷下暖の空気層が生じることにより発生する。下位蜃気楼は、逆に冷気が流入し上暖下冷の空気層が生じることにより発生し、世界各地で通年昼夜ともに長時間に渡り発生するため、珍しい現象ではない。
瀬田川を中心とし複数の艇庫があり、毎年5月には琵琶湖漕艇場で日本最大級のボート大会である朝日レガッタが開催される。1952年にはびわこボートレース場が日本で3番目のボートレース場として開場している。カヌーやドラゴンボート、ソーラーボートの競技もおこなわれるほか、ヨット、スタンドアップパドルボードなどを楽しむこともできる。また、2003年には「琵琶湖レジャー利用適正化基本計画」が策定されている。
アメーボゾア ツブリネア綱ナベカムリ目ナガツボカムリ科 ビワコツボカムリ
珪藻 固有種 チュウカンケイソウ綱ニセコアミケイソウ目(英語版)ニセコアミケイソウ科(英語版) スズキケイソウ(プラエステファノス属) その他 クサリケイソウ綱オビケイソウ目(英語版)オビケイソウ科 ホシガタケイソウ属(英語版) シネドラ属 コアミケイソウ綱(英語版)タルケイソウ目タルケイソウ科 メロシラ属
最も植生が豊かであり、泥の堆積の発達に伴い、植物群落が発達する。
湖岸域には陸上生物圏と水中生物圏をなだらかに繋ぐ推移帯(英語版)が広がり、生物多様性への寄与や水質浄化機能といった様々な役割を果たしてきた。しかし第二次世界大戦後、大規模な護岸工事などにより人工湖岸が増え、推移帯としての面積は大幅に減少した。
琵琶湖周囲の約50キロメートルには湖岸堤・管理用道路が建設されており、県道としても利用されている。またそのほぼ全区間には前浜()と呼ばれる消波帯が設けられており、堤防の高さを低く抑える効果に加え、親水空間としての役割も果たしている。湖岸堤により分断された生物環境については、「マザーレイク21計画」や「琵琶湖・淀川流域圏の再生計画」において堤脚水路の再自然化が掲げられており、連続性の再生を目指した試験的なビオトープの造成が2003年以降実施されている。
面積58平方キロメートル・平均水深4メートルの南湖に対し、北湖は面積623平方キロメートル・平均水深41メートルであり、湖水の99パーセントは北湖に蓄えられている。
東京湾平均海面(T.P.)基準でプラス84.371メートル、大阪湾最低潮位(O.P.)基準でプラス85.614メートルの高さが琵琶湖基準水位(Biwako Surface Level、B.S.L.)と定められている。B.S.L.は、1874年に鳥居川観測点において「これ以上水位が下がることはない」と判断して定められたものと推測されているが、その後、後述するように瀬田川が改修されたため、さらに水位を下げることが可能となり、2000年ごろまでには満水位を意味するようになった。1992年制定の瀬田川洗堰操作規則では、大津市三保ヶ崎および堅田漁港・高島市大溝漁港・長浜市高月町片山漁港・彦根港における計測水位の平均値が琵琶湖の水位とされている。
節足動物 固有種 外顎綱カゲロウ目シロイロカゲロウ科(英語版) ビワコシロカゲロウ(シロイロカゲロウ属(英語版)) 外顎綱トビケラ目コエグリトビケラ科(英語版) ビワコエグリトビケラ(コエグリトビケラ属(英語版)) 鰓脚綱双殻目(英語版)ミジンコ科 ビワミジンコ(ミジンコ属(英語版)) 軟甲綱端脚目キタヨコエビ科(英語版)アナンデールヨコエビナリタヨコエビ(以上オオエゾヨコエビ属) 軟甲綱端脚目コロフィウム科(英語版) ビワカマカ(カマカ属) その他在来種 外顎綱ハエ目ユスリカ科 オオユスリカ 鰓脚綱双殻目ミジンコ科 カブトミジンコ(英語版)(ミジンコ属) 鰓脚綱双殻目ノロミジンコ科 ノロ 軟甲綱十脚目テナガエビ科 スジエビ 六幼生綱カラヌス目ディアプトムス科(英語版) ヤマトヒゲナガケンミジンコ(オランダ語版)(エオヒゲナガケンミジンコ属(英語版)) 外来種 鰓脚綱双殻目ミジンコ科 プリカリアミジンコ(英語版)(ミジンコ属)