タンパク質立体構造分類データベース
それぞれのクラスには、いくつかの異なるフォールドが含まれている。この分類レベルは三次構造が類似していることを示しているが、必ずしも進化的関連性があるとは限らない。たとえば、「All-αタンパク質」クラスには、280以上の異なるフォールドが含まれている。そこには、『グロビン様(コア:6ヘリックス、折りたたまれた葉、一部が開いている)』、『長いαヘアピン(2ヘリックス、逆平行ヘアピン、左巻きねじれ)』、『タイプIドックリン(英語版)ドメイン(2つのカルシウム結合ループヘリックスモチーフの縦列反復、EFハンドとは異なる)』などが含まれる。
タンパク質ファミリーは、スーパーファミリーよりも密接な関係がある。ドメインが次のいずれかを持つ場合、同じファミリーに分類される。
30%以上の配列相同性
ある程度の配列相同性(たとえば、15%)を持ち、かつ、同じ機能を実行する。
配列と構造の類似性は、これらのタンパク質が同じスーパーファミリーのタンパク質よりも進化的に近い関係にあることを示す証拠である。BLASTなどの配列ツールは、ドメインをスーパーファミリーやファミリーに分類するのを支援するために使用される。たとえば、「グロビン様」フォールド内の「グロビン様」スーパーファミリー内は、次の4つのファミリーが含まれる。すなわち『切断型ヘモグロビン(第1ヘリックスを欠く)』、『神経組織ミニヘモグロビン(第1ヘリックスを欠くが、それ以外は切断型よりも従来のグロビンに似ている)』、『グロビン(ヘム結合タンパク質)』、『フィコシアニン様フィコビリソームタンパク質(N末端に2つの余分なヘリックスを持つ2種類のグロビン様サブユニットのオリゴマーがビリン発色団と結合する)』である。SCOPに登録されているファミリーには、それぞれ sccs という簡潔な分類文字が割り当てられており、アルファベットはドメインが属するクラスを示し、続く整数はそれぞれフォールド、スーパーファミリー、ファミリーを識別する(例:「グロビン」ファミリーの場合はa.1.1.2)。
ドメインが属するフォールドは、ソフトウェアではなく、精査によって決定される。
SCOPバージョン1.75のレベルは次のとおりである。
クラス(英語版): フォールドの種類(例:βシート)
フォールド: クラス内のドメインのさまざまな形状の違い。
スーパーファミリー: フォールド内のドメインは、少なくとも離れた共通の祖先を持つスーパーファミリーに分類される。
ファミリー: スーパーファミリーのドメインは、より最近の共通の祖先を持つファミリーに分類される。
タンパク質ドメイン: ファミリー内のドメインは、本質的に同じタンパク質であるタンパク質ドメインに分類される。
種(species): タンパク質ドメインのドメインは、種によって分類されている。
ドメイン: タンパク質の一部。単純なタンパク質の場合、ドメインはタンパク質全体を指すこともある。