小中一貫教育
公立の場合、施設の形態にかかわらず入学者選抜は行わない。これは公立の義務教育の中において「エリート校」化することを懸念する意見があるためである。しかし、入学者選抜を行わない場合、柔軟なカリキュラム編成を生かした「早期カリキュラム」のような独自の一貫教育が可能なのか、疑問も指摘されている。横並び意識の強い日本の教育風土においては様々な課題もある。
体育館、プール等の施設利用の調整が困難になる(活動の異なる9学年で調整しなければならない。プールは小中学生で水位が異なる。全校一斉に行う行事等の大規模化など)、中学生のクラブ活動(部活動)により小学生が放課後に体育館を使えない施設もある。
小学生が中学生の悪影響を受けやすくなる恐れがある(暴力などの非行の低年齢化やいじめなど)。
小中学生が接触することにより感染症(インフルエンザ等)が小学生から受験期の中学生に感染しやすくなってしまう。また、指定感染症等による休校の場合、影響が9学年(小学1年生~中学3年生)に及んでしまう恐れがある。
制服のある小中一貫校では小学生と中学生で統一した制服や持ち物(バッグ等)をそろえなければならず、現行の小学校・中学校で用いられているような標準服等に比較してコストがかかる。小学生段階から中学生に合わせた制服や持ち物に統一している小中一貫校も少なくない。中学生と同様に校則の書かれた児童手帳の携帯義務、小学低学年段階の児童にスカート丈を指定、斬新なデザインの制服、校章の入った指定品を着用させる、頭髪規定等の詳細な校則を適用している公立の小中一貫校もある。
判断力のまだない小学生に中学生と同じ校則を適用することで校則問題が潜在化し、小学生へのストレスが増加してしまう。
世間一般に「義務教育学校」という名称に馴染みがない。