留守官
そして新政府内では、東京への速やかな遷都を主張する三条実美に対し、岩倉具視が京都(すなわち公家勢力)への一定の配慮を重視する勢力を代表し、両者は激しい論争を繰り広げていた。
当初、留守官の長官たる「留守長官」には鷹司輔熙、次官には岩下方平・烏丸光徳が任じられていたが、1869年(明治2年)9月の大村益次郎襲撃事件を契機に、長官は中御門経之、次官は阿野公誠・河田景与・宇田淵と、岩倉具視に近い公家・有司で固められた。彼らによって構成された留守官の役割は、京都における太政官の分身として、尊攘派残党や東京奠都反対派を監視・鎮圧し、公家社会を慰撫する点にあった。また諸社寺の監督も重要な管掌事項であった。留守官は、刑部省・大蔵省・兵部省など中央諸官庁の京都留守・出張所や地方官庁である京都府を管轄下に置いていたが、東京奠都が既成事実化することでその存在意義は薄れ、新政府内部での位置づけも低下していった。そして1871年(明治4年)までに京都御所を残して諸官庁の留守・出張所が次々に廃されたことで中央行政機関としては実体を失っていった。留守官自体も所管事項をめぐって京都府との摩擦が大きくなり、1870年(明治3年)の前半には京都府と合併されたのち同年5月には京都府から宮中へと移管された。
この過程で留守官の性格も、長官の中御門を中心に、東京奠都に反対する在京公家の立場を新政府に代弁する機関へと変質していった(これに対して槇村正直大参事を中心とする京都府では熊谷直孝らの有力商人、明石博高らの下級官人など、開明派の名望家を取り込むことに腐心した)。