伊賀鉄道伊賀線
860系 880系
5月23日:近畿日本鉄道が第一種鉄道事業廃止繰上届を国土交通省に提出。同日伊賀鉄道が第二種鉄道事業認可届を同省に提出。近鉄が伊賀線の第三種鉄道事業許可申請。 10月1日:伊賀鉄道に経営移行。 同時にダイヤ改正実施。「平日ダイヤ」と「土曜・休日ダイヤ」を設定し、平日ダイヤについては昼間時も30分間隔の運転にするなど列車の増発を行う。
2008年(平成20年)8月1日:自転車を電車内に持ち込めるサイクルトレインを毎日運行開始。
2009年(平成21年) 3月20日:ダイヤ改正で、始発や最終の変更が行われ、JRや近鉄との接続を重視したダイヤに変更された(最小3分 - 最大1時間)。 9月11日 - 10月1日:車両更新に伴い、上林駅を除く各駅のホーム改修工事を実施。
2017年(平成29年)4月1日:近畿日本鉄道が伊賀線の線路などの鉄道施設、伊賀鉄道が車両を伊賀市に譲渡し、公有民営方式へ移行。近鉄に代わり伊賀市が伊賀線の第三種鉄道事業者となる。
2018年(平成30年)3月17日:四十九駅が旧駅から北へ300メートルの地点に再開業。
2019年(平成31年) 2月22日:「忍者線」を愛称に制定。 2月27日:上野市駅に多言語対応の自動券売機が2台導入。翌28日には、伊賀神戸駅に2台、茅町駅に1台導入。
2022年(令和4年)7月18日:伊賀鉄道伊賀線の全線開通百周年を祝う式典を上野市駅で開催
2024年(令和6年)3月:ICカード「ICOCA」が利用可能となる(予定)。
伊賀市四十九町自治会が、市に対し新駅設置を求める請願を行った。伊賀市はそれを受けて新駅整備基本設計に着手、2015年12月1日に基本設計案をまとめ、2016年度の事業着手、2018年3月の新駅完成を目標とした。新駅は原則無人駅とし、乗降ホームと簡易な屋根の設置程度に留める方針(駐輪場やトイレは設置しない)。旧四十九駅跡地には現状家屋があるため、新駅の設置位置については利用者の利便性を考慮した位置として、イオンタウン伊賀上野の北東側を選定した。2017年10月3日に伊賀市が新駅の名称を「四十九駅」とすると発表、2018年2月16日に開業日を同年3月17日と発表し、同日に開業した。