浄瑠璃寺
その後浄瑠璃寺は建造物が増えてゆく。久安2年1146年食堂と釜屋を建設、6年に摂政藤原忠通の子の覚継(のちの恵心)が寺を整備する際に池を築造、平治元年1159年十万堂を棟上げする。現存する三重塔は治承2年1178年に京都の一条大宮から移築され、同年鐘楼を造立。建仁3年1203年には楼門・経蔵・閼伽井を上棟した。
『浄瑠璃寺流記事』によれば、南北朝時代の正平4年/貞和5年(1349年)ごろには、かつての後醍醐天皇の腹心であり、この時期は後醍醐の子の後村上天皇の護持僧(祈祷で天皇を守護する僧)を務めていた南朝高僧の文観房弘真が拠点としていた。同年4月29日および5月9日には、文観は舎利宝珠などの霊宝を浄瑠璃寺に寄進している。
中世から近世にかけて浄瑠璃寺は興福寺一乗院の末寺であったが、明治初期、廃仏毀釈の混乱期に真言律宗に転じ、奈良・西大寺の末寺となった
浄瑠璃寺の所在する旧当尾村地区は「当尾の里」と呼ばれ、付近には当尾石仏群と呼ばれる、鎌倉時代にさかのぼる石仏、石塔などが点在している。行政的には京都府に属するが、地理的には奈良の平城京や東大寺からも近く、恭仁宮跡(奈良時代に一時期都が置かれた)や山城国分寺跡も近い。
浄瑠璃寺の創立については、寺に伝わる『浄瑠璃寺流記事』(じょうるりじ るきのこと)が唯一の史料である。『流記事』はいわゆる「縁起」の形式を取らず、寺の歴史に関わる事項について箇条書き風に書かれたもので、観応元年(1350年)に古記を書写したものであるが、この時に筆写されたのは永承2年(1047年)から貞応2年(1223年)までの歴史に関わる部分で、それ以後、永仁4年(1296年)から観応元年までの歴史については、新たに書き継がれている。
以下、『流記事』の記載に沿って初期の沿革を記す。永承2年(1047年)、義明上人により本堂が建立され、檀那は阿知山大夫重頼であった。これら2名の人物については、この『流記事』の記載以外にほとんど知られるところがない。義明については『流記事』の注記から当麻(現・奈良県葛城市)出身であることが知られるのみである。阿知山大夫重頼については、他の記録(『興福寺官務牒疏』)に「佐伯氏」とあるが、これも定かではなく、当地方の豪族とみられる。この永承2年が浄瑠璃寺の創建年とみなされている。