運輸省
船員労働委員会
海上保安庁
海難審判庁
気象庁
船舶技術研究所→独立行政法人化。海上技術安全研究所と改称。
電子航法研究所→独立行政法人化。
港湾技術研究所→省庁再編後に国土交通省国土技術政策総合研究所(国総研)が発足。これに伴い、独立行政法人化し、港湾空港技術研究所と改組。また組織の一部は、国総研に再編される。
交通安全公害研究所→独立行政法人化し、交通安全環境研究所と改称。
海技大学校→独立行政法人化し、2006年(平成18年)4月より海技教育機構に再編。同校は組織の一部として存続。
海員学校→独立行政法人化し、2006年4月より海技教育機構に再編。
航空大学校→独立行政法人化。
航海訓練所→独立行政法人化。
運輸研修所→中央省庁再編後、国土交通省国土交通大学校柏研修センターとして改組。
航空保安大学校→国土交通省の施設等機関として再編される。