ニムロド遠征
1907年2月にシャクルトンが、ディスカバリー遠征の元本部を次の遠征基地にするつもりだと公表したとき、スコットはまだその時点で次の南極遠征計画公表していなかったが、それに注目した。スコットからシャクルトンに宛てた手紙で、マクマード・サウンドに対して優先権があると主張した。「私自身の行動現場にある種の権利があると感じている」と記し、さらに「探検に関わることになる者は、この地域を主として私の物と見なすことになる」と付け加えていた。スコットはシャクルトンに、以前の隊長に対する忠誠の義務を思い出させて、締め括っていた。
シャクルトンの最初の返事は当たり障りの無い「私はできる限り貴方の見解に従いたいと思う。自分で支えられない地位を創出することはしない。」というものだった。しかしエドワード・ウィルソンがシャクルトンから仲裁を求められたときに、ウィルソンはスコットよりも強硬な姿勢を採った。「貴方はマクマード・サウンドを使うべきではないと思う。」と記し、スコットが「どこまで自分の権利範囲にある」と決めるまで、ロス海の全体でどこからも行動する計画を作らない方がよいとシャクルトンに忠告した。これに対してシャクルトンは「彼の権利が基地の所で終わるということに私には疑念が無い。私の限界に達しそれ以上進むことは考えていない」と回答した。
この事態は1907年5月にスコットが海軍任務から戻って来たときも未解決だった。
スコットが指揮した最初の南極探検「ディスカバリー遠征」では、シャクルトンは次席航海士だった。本隊の南行きに加わり、壊血病を患って肉体的に衰弱した後、1903年に救援船モーニングで本国に送り返された。スコットの判断は「彼の現在の健康状態ではこれ以上の困難さを経験すべきではない」だった。シャクルトンは体が衰弱したことを個人的な不名誉と感じ、イングランドに戻ったとき、ディスカバリー遠征で副隊長だったアルバート・アーミテージの言葉を借りれば、「スコットよりも良い男に」なって見せると決断した。それでもディスカバリー遠征の2回目の救援船テラノバの艤装を手伝った後、その一等航海士として速やかに南極に戻るチャンスは辞退した。オットー・ノルデンショルドの遠征隊がウェッデル海で立ち往生したときに、その救援に備えていた船ウルグアイの装備も手伝った。その後の数年間でシャクルトンは南極での経歴を再開させる希望を間歇的に養いながら、他の選択肢も探しており、1906年には工業界の大物ウィリアム・ベアドモア卿のために、広報担当の役員として働いていた。
翌日は機材や物資を陸揚げするために費やされた。この作業は悪天候に悩まされ、またイングランド船長が上陸点の氷の状態は彼の見解で安全であるかを見極めるために、湾内で船を何度も動かしたので遅れた。その後の2週間はこれの繰り返しであり、シャクルトンと船長の間に鋭い意見の食い違いが生まれた。ある時点でシャクルトンがイングランドに、病気であることを根拠に休養を求めたが、イングランドが拒否した。荷卸しの仕事は、リッフェンバーグの表現では、「心をマヒさせるような困難さ」だったが、2月22日にやっと完了した。ここでニムロドが北に戻ることになった。イングランドは、機関士のハリー・ダンロップがシャクルトンからニュージーランドの遠征隊代理人に宛てた手紙を託されていることを知らなかった。それには翌年戻ってくるときに船長を交代させることを依頼してあった。この件は陸上部隊の間では公然の秘密であり、マーシャルはその日誌に「(イングランドを)見るのが最後で嬉しい。・・・全てが国の名前に不名誉を与えている!」と記していた。
その後シャクルトンの大望は南極大陸横断に固定され、1914年から1917年の帝国南極横断探検隊で試みられたが、失敗に終わった。しかし、南極探検英雄時代の中心人物という位置づけは確固たるものになった。ニムロド遠征の他の隊員もその後の年代で名声と地位を得た。エッジワース・デイビッド、アダムズ、モーソン、プリーストリーは皆、ナイトに叙せられ、モーソンとプリーストリーはその後も南極遠征を続けたが、誰もシャクルトンと行動を共にはしなかった。モーソンは1911年から1913年のオーストラリア南極遠征隊を率いた、プリーストリーはテラノバ遠征の科学者チームに加わった。フランク・ワイルドは帝国南極横断探検隊でボスの副隊長となり、短期間のクエスト遠征では、1922年にサウスジョージアでシャクルトンが死んだ後に指揮を引き継いだ。ニムロドは南極から戻って10年後、1919年1月31日に、ノーフォーク沖バーバー・サンズで座礁し、北海で粉々に破壊された。乗組員12人のうち2人のみが救出された。
1909年に南極に残されたウィスキーとブランデーのほとんど損傷を受けていないケース数個が2010年に発見され、分析のために醸造会社に送られた。特定ブランドのビンテージもの復刻版がニュージーランド南極文化遺産トラストのために売りに出された。