同志社大学大学院生命医科学研究科・生命医科学部
医科系大学
京都府立医科大学大学院医学研究科、京都大学大学院医学研究科との間でそれぞれ特別研究学生交流協定が結ばれている。また、国立大学法人滋賀医科大学大学院医学系研究科との間で、教育・研究に関する申し合わせが締結されている。
医療機関
草津総合病院との間で、教育・研究に関する協定を締結している。連携大学院方式と呼ばれるもので、草津総合病院の医師・研究者が、生命医科学研究科の客員教授として、生命医科学研究科の学生の研究指導を行っている。
研究機関
日本原子力研究開発機構との間で教育・研究に関する協定を締結している。これも連携大学院方式で、原子力開発機構の研究者が、生命医科学研究科の学生の研究指導を担当している。