アメリカ合衆国における政教分離の歴史
1662年12月、チャールズ2世はカトリックを保護するための「信仰自由宣言」を出したが、議会が撤回させた。1670年にチャールズ2世はフランスのルイ14世とドーヴァーの密約を交わし、イングランド王がカトリックに改宗することを条件にフランスが軍事支援と年金を贈るとされた。1672年の第二次信仰自由宣言でカトリックは保護された。しかし、これにも議会は反対し、審査法では公職からカトリックが除外され、チャールズ2世の弟で次期国王候補のヨーク公ジェームズ(後のジェームズ2世)も追放された。1678年にはカトリックが王暗殺計画に関与していたという「教皇主義者の陰謀」が明るみにされ(カトリック陰謀事件)、王は騎士議会を解散し、「カトリックによる陰謀を阻止するために」議会と王が争うようになり、再び清教徒革命以前の反カトリック意識が高まっていった。議会はカトリックであるヨーク公を王位継承者から排除する王位排除法案が提出されると、反対派(嫌悪派)と法案賛成派(請願派)が全国規模で争われた。反対派(嫌悪派)はやがてトーリーと呼ばれ、王への服従と国教会体制の堅持を原則にした。請願派はやがてホイッグと呼ばれ、王権を制限して議会主権や宗教的寛容を主張し、非国教徒から支持された。
1679年には教皇の人形を焼くデモがロンドンでなされ、請願派の動きは高揚したが、王は譲歩せずに議会を解散してホイッグ弾圧を始めた。1682年、ホイッグの中心であったシャフツベリ伯爵アントニー・アシュリー=クーパーはジョン・ロックらとオランダへ亡命した。
平等派は手工業者や小商人、一般兵士にも浸透し、平等派の兵士はアジテーターを代表として人民主権からの改革を求めたため、独立派軍幹部は1647年10月にパトニー討論を開いた。会議で平等派の兵士は「発言権をもたない政府への服従義務はない」とする『人民協定』を提出し、普通選挙権を主張した。一方、軍幹部で『建議要目』を作成したヘンリー・アイアトンは制限選挙を主張して譲らなかった。
1648年4月、王はスコットランドと組んで第二次イングランド内戦を開始したが、議会軍はプレストンの戦いでスコットランド軍を撃破した。12月には長老派が独立派から追放(プライドのパージ)され、議会は独立派のみとなり、ランプ議会(残部議会)と呼ばれた。1649年、クロムウェルらが裁判官となり、チャールズ1世は「専制君主、反逆者、殺人者、国家の公敵」として処刑された。イングランド共和国が成立した後、独立派は平等派や真正水平派(ディガーズ)、ランターズ、クエーカーを弾圧した。
独立派は会衆教会を設立していったが、独立派以外の分離主義者であるバプテスト教会(パティキュラー・バプテスト、ジェネラル・バプテスト)、セパラティストも教会を次々と建設し、これら分離派は独立派を中心に同盟を結成した。イングランドの国家教会体制に対して独立派は末端に会衆教会を設立したことで、複数の宗派の共存を可能とする政教分離への道を切り開いたとされる。
チャールズ1世が1642年に戦闘準備をすると、議会は3月に民兵条例で軍事権を掌握し、6月の19か条提案で議会主権を主張して、8月には王党派(キャヴァリア、騎士党)と議会派(ラウンドヘッド、円頂党)が全面衝突してイングランド内戦(第一次イングランド内戦)がはじまった。クロムウェル率いる議会軍はスコットランドに同盟を持ちかけ1643年に厳粛な同盟と契約が成立するが、スコットランドは長老派体制の採用を条件としたため、これを容認した長老派と、国王との徹底抗戦を主張する独立派にわかれた。独立派にはオランダからの帰国者が多く、カトリックを「反キリスト」とさえ非難した。1645年にネイズビーの戦いでニューモデル軍として再編された議会軍は国王軍を潰滅、1646年に第一次内戦は終結した。
議会軍の多くはセクトと呼ばれる分離教会に所属し、独立派は国家教会に代わる諸派が許容される体制を模索した。ウィリアム・ウォルウィン(英語版)、リチャード・オーバートン(英語版)、ジョン・リルバーンらを指導者とする平等派は成人男子の普通選挙や人民主権、人権思想を主張した。ウォルウィンは1645年の著作で「いかなる人も宗教の問題で他人の強制を受けることはできない」と述べ、オーバートンは「トルコ人、異教徒、ユダヤ人などの不信心の徒であっても彼等の殺害はキリストの意思にそむく」と主張した。国教会を批判したため鞭打ち刑・さらし刑に処されたリルバーンは『獣の所業』で「神ご自身のお声が選民のすべてにー彼らは長い間、この反キリストの奴隷的権力と国のもとで生きてきたのだがーその権力と国への服従と隷属をやめることを、ついに命じておられる」と選民思想を主張した。