マイトファジー
その後、PINK1は細胞質基質のE3ユビキチンリガーゼであるParkinをリクルートする。PINK1はParkinのS65をリン酸化することで、Parkinのミトコンドリアへのリクルートを開始すると考えられている。ParkinのS65リン酸化部位は、ユビキチンのリン酸化部位と相同である。その結果、Parkinを介した他のタンパク質のユビキチン化が可能となる。
ParkinはPINK1を介したミトコンドリア表面へのリクルートによって、ミトコンドリア外膜のタンパク質のユビキチン化を行うことができるようになる。こうしたユビキチン化の標的タンパク質にはMFN1(英語版)/MFN2(英語版)やmitoNEET(CISD1)が含まれ、ミトコンドリア表面タンパク質のユビキチン化はマイトファジーの開始因子となる。ParkinはK63型とK48型の双方のユビキチン鎖の形成を促進する。K48ユビキチン化はタンパク質分解開始のシグナルとなり、受動的なミトコンドリア分解をもたらす。K63ユビキチン化はオートファジーのアダプターであるLC3(英語版)/GABARAP(英語版)をリクルートすると考えられており、マイトファジーの開始をもたらす。マイトファジーの開始にどのタンパク質が必要であり十分であるかや、これらのタンパク質のユビキチン化によってどのようにマイトファジーが開始されるかについては未だ不明瞭である。