清露国境紛争
ホンタイジは黒竜江付近にもたびたび兵を派遣した。 住民らを捕らえて連れ帰り、あるいは現地にとどめて貂などの毛皮を貢納させた。 1639年12月から1640年5月にかけて、先住民と清の間で初の戦闘であるグアラルの戦い(ロシア語:селение Гуалар)が起こる。清の2連隊に対し、ボムボゴル(英語版、ロシア語版)(博木博果爾もしくは博穆博果爾)率いるエヴェンキ族・ダウール族連合軍の500人の分遣隊が戦った。他の先住民の頭領であるバルタチ(巴爾達斉もしくは巴爾達奇)は中立を貫いた。1640年9月にはヤクサ(雅克薩、のちのアルバジン)の戦いで、先住民(ソロン族・エヴェンキ族・オロチョン族)と清が戦った。1643年5月には3度目の戦闘が行われ、先住民族は清に降伏した。
1643年にはホンタイジが死去し、三代目皇帝順治帝(在位1643年‐1661年)が6歳であとを継いだ。摂政にはドルゴンとジルガランが立った。1644年に清は北京を落とし、順治帝は北京に移った。
清を建国した民族は、黒竜江下降にいたツングース系の黒水靺鞨(まっかつ)族の子孫である。 靺鞨は7大部に分かれており、黒水靺鞨はもっとも強健と言われていた。 彼らは契丹帝国時代に南下し、ジェシン(女真人、女直人)と呼ばれるようになった。明代になると、彼らは明に朝貢した。朝貢品は馬が多かったが、15世紀半ばから女真人から明国への朝貢・輸出品に、貂の毛皮が占める割合が増えていった。明の宮廷では貂の毛皮が毎年一万張も消費され、下層社会にも普及していった。また朝鮮でも15世紀後半から貂の毛皮の流行が始まった。黒貂は黒竜江流域やシベリアのタイガでしか獲れなかったため、女真人は交易ルートの各所で活躍し、富や力、武器をも貯えていった。
明国から見た女真人は3種類に分けられた。朝鮮東北の境から吉林省東部にかけて居留する女真人は建州女直、松花江の女真人は海西女直、その他の女真人は野人女直と呼ばれた。 清を立てたヌルハチは建州女直の末裔である。 清の2代目皇帝ホンタイジ(太宗)(は、1635年に民族名をマンジュ(満洲、満州)と改名した。1636年に大清帝国が成立したが、明やその朝貢国との戦いは続いた。
ハバロフはアムール川を下り、今日のハバロフスク近郊と見られている烏扎拉(ウラジャイ)村あるいはアチャンスクに要塞を築いた。1652年3月24日、地元民の訴えにより、駐防(ちゅうぼう)寧古塔(ニングタ)章京(ジャンギン)、すなわち寧古塔の司令官ハイセ(海色)は、寧安からの600人の満州人兵と1500人のダウール族・デュチェル族(英語版)兵を率いて、ロシア人たちと戦った。銃器で勝るハバロフ軍が勝利し、ハイセは責任を取らされ処刑された。これが清とロシアの初の戦闘である。ロシア軍は「羅刹(ロチャ)」という名で清に伝えられた。清には、羅刹(ロチャ)がロシア人だとはすぐにはわからなかった。
1653年春、ハバロフのもとにドミートリー・ジノビエフ指揮下の増援が到着したものの、二人の間に不和があり、ハバロフは拘束され、モスクワへ移送された。上記のような説の一方、ハバロフのモスクワ移送は、彼の残虐行為がモスクワでも問題になったためだともされる。1653年、ハバロフはモスクワで裁判にかけられたが無罪の判決を受け、下級官吏に登用されアンガラ河の皇室領移民地の管理人に任命された。ジノビエフはハバロフの部下、コサックのオヌフリー・ステパノフをハバロフの後任に指名した。
1686年、清による二度目のアルバジン包囲戦が行われた。清軍は8000人の兵がいたともいう。また清の史料では兵力2100名、増援200名ともいう。 ロシア側は736名のコサックが戦った。別の説では守備兵826名である。軍司令官トルブジン戦死後、ベイトンが指揮した。 彼らは壊血病に苦しんだが、1687年5月に清が包囲を解いたので陥落することはなかった。
同年12月に和平条約の知らせが届き包囲が解かれたとも、18か月後に砦は破られトルブジンは殺害されたともされているが、包囲が終わった時、砦には兵士は100人も残っていなかった。
ロシアのツァーリ政府は、1674年にギリシア人ニコライ・ガヴリロヴィチ・スパファリ(ニコラエ・ミレスク)を全権大使としてモスクワから派遣した。同時にアルバジン要塞を正式な軍事拠点とした。 スパファリは自由な交易への要望書を持ってきていたが、ガンチムール他の引き渡しについては「何も聞いていない、勅書が読めなかった」と言い張った。モスクワ側は、兎にも角にも通商外交関係を結ぶことが目的で、アムール川流域のトラブルは無視することにしたのである。スパファリの話を聞いて、清の官吏、馬喇らは、ガンチムールの引き渡し要求を知らないというのはロシア側の嘘だと気づいた。 とはいえ、清の政府は、ロシアのような大国を朝貢国として扱えば、三藩対策上からも有利と見做した。 スパファリは清側から丁重にもてなされ、恩賜の品を渡されたが、一方、ロシア側が要求していた交易や、モスクワへの使者派遣願いは取り上げられなかった。1677年にスパファリは北京から帰国の途についた。ガンチムール引き渡しが行われない限り、清はロシアとの交流を行わないことにしたのである。 ロシア側ではツァーリ・アレクセイの死去や病弱なフョードル3世(在位1678年-1682年)の即位と死去、前ツァーリの2人の妻の親族どうしの争いといった事情もあり、露清の外交関係はいったん途絶える。