なだしお事件
7月25日、横浜地方海難審判理事所はこの事故を重大海難事件に指定し、調査本部を設置した。
横浜地方海難審判理事所の調査が終了せず、検察官の今後の調査も予定されている中、海上自衛隊側が補修のためと称して、勝手になだしおの検分に来て写真などを撮っていき、その行動が隠蔽工作のための関係者証言の口裏合わせのためではないかと、疑惑を招いた。
8月上旬までに、「なだしお」の旋回圏(=設計上:半径160m)が明らかにされ、8月13日に洋上検証が行われ、転回圏・制動距離に関するデータを取った。これは防衛庁から任意提出された数値とほぼ同値であった。また8月27日に川崎重工神戸第4ドックで行われた実地検証によって、なだしお側だけでなく、第一富士丸側の過失の存在も明らかになった。
9月29日、横須賀海上保安部が「なだしお」の前艦長Xと「第一富士丸」の船長Yを、業務上過失往来妨害と業務上過失致死傷の疑いで横浜地検に書類送検した。
この事故がきっかけとなって、遊漁船業の適正化に関する法律が制定された。
浦賀水道では当時第三海堡が残っていた。戦後、同水道の往来が活発になると海難事故多発の要因として挙げられ、船舶からは撤去が望まれていたが、漁業関係者からは魚礁代わりとして絶好の漁場として存続が望まれていた。この事故の影響で一時撤去が検討されていたが流れ、結局2000年(平成12年)になって撤去が決定した。
同年秋に行われた翌1989年度入学の海上保安大学校の受験者数が5年ぶりに増加に転じた。この事故により、存在がクローズアップされたためと推測された。
異変に気付いた民間船が多数の遭難者を助けたのに対し、「なだしお」が3名しか救えなかったことが非難されたが、海上自衛隊自身は、衝突の後通り過ぎ、遭難者を傷付けないよう低速で戻りながら、発見された人間を都度救助しながら十数分かかって戻ったため、少なかったものと説明している。その後、10月11日に参議院内閣委員会で板垣正自民党議員が取上げ、自衛隊員に救助義務違反がなかったことを改めて山田隆英海上保安庁長官に確認した。
一方、潜水艦側の非が明らかとされつつある7月29日には、事故対策本部長となった橋本龍太郎幹事長代理(自民党)は党内の自衛隊を擁護する言動について批判している。事件後、タカ派・保守派を自認していた一部評論家らが「そもそも海上交通において軍艦が優先されるのが国際の常識である」との自衛隊擁護論を保守系マスコミを中心に展開、「第一富士丸」船長バッシング・富士商事バッシングとも言えるような現象も生じている。間もなく国際法学者から通常の海面や民間港湾においては海上交通のルールでは軍艦といえども平時は民間船と同等に扱われるとの指摘が出て、この動きはかなり沈静化した。その他に、自衛艦乗組員が救助活動を直ちに取らなかったとしても、上官の命令で動く自衛官としては当然のことだと主張する擁護論も見られた。
なお、朝日新聞が横須賀の米海軍に質問状を出したところ、事故について海上自衛隊から連絡を受けて数分後には知ったとの回答を文書で寄せたが、防衛庁長官や首相が当日たまたま移動中で山中にいたため通信事情が悪くて知ったのは遅くなっているとの報道がなされる中、米海軍側は先の回答は誤りで知ったのはテレビニュースによると訂正してきたという。
)。また、この事件が多くの被害を出したのは短時間での沈没であったことと、そのため船内にいた人が脱出の機会を失ったこと、また救命胴衣の着用がなく脱出した者も力つきて溺れたことなどが挙げられている。
Y元船長への処分は重いといえるものでなく、船長個人にとっての実際上の意味はあまり無かったとも考えられるが、Y元船長は、この裁決は誤っており業務停止は処分権の濫用であるとして、審判裁決の取消を求めて高等海難審判庁を被告に行政裁判を起こした(ただし、この問題はY元船長の名誉だけでなく、当事者以外の者にとっても、今後同種の場合に、まず第一に海上予防衝突法の原則に従うことから始めてはいけないのかという深刻な問題を惹き起こす)。すでに刑事裁判(後述)の判決が出ていた中、1994年(平成6年)2月28日に東京高等裁判所は、船長の主張通り海上衝突予防法のルールに基づいて第一原因は「なだしお」にあり、審判庁の主張は認められないとしながらも、Y元船長にも事前に警告信号を出さなかった、「なだしお」の動きを注視しておらず事故防止の協力義務違反がある、「なだしお」の右転行動に気づかず判断を誤った等の過失があるとして、1箇月の業務停止はその処分として相当であるとして、Y元船長の訴えを退けた。このことについてY元船長は「100%の勝訴」と発言するとともに、犠牲者に謝罪の意を示した。