東京客船
大島撤退後同社は「日東商船株式会社」に社名を変更、本社も東京都港区に移転している。千葉県館山市に営業所を設け、海中観光船(サブマリーンたてやま)の運航を始めた。これに続き、神奈川県観音崎(2006年7月8日運航開始)および伊豆市土肥で海中観光船の運航を始めるがこちらはのちに撤退している。
2010年7月16日より奄美大島(宇宿魚港)-喜界島(湾港)航路(ふじ、19t、定員55人)に基本土、日、月週3便2往復で就航するが、こちらも競合する奄美海運が運航する定期船(火曜~土曜週5便)喜界(平土野、知名)航路(奄美大島名瀬港-喜界島湾港)と比較し、特に冬季季節風による就航が外洋で潮流が複雑な海域と言うこともあり、輸送量(奄美海運は2,500トンクラスRO-ROフェリー:旅客定員約200名)と就航率で利用者を取り込めず、伊豆大島航路と同様な失敗で短期間で廃止となり、同船にて横浜港遊覧を行っている。
また同社は以下の通りたびたび沖縄近辺での新航路開設を発表しているが、いずれも実現しないまま立ち消えとなっている。
・沖永良部-与論-沖縄本島(国頭村辺土名) 2012年に就航発表
・名護 - 伊是名 - 伊平屋 2018年に西部トラベルと共同発表
・沖永良部-与論-沖縄本島(大宜味村塩屋) 2019年就航発表
・沖永良部-与論-沖縄本島(大宜味村塩屋) 2021年就航発表、2022年まで就航延期と発表