持明院統
かくして、皇位の奪還に成功した大覚寺統であったが、亀山上皇が後宇多天皇でなく、末子の恒明親王への皇位継承を望んだことで、大覚寺統は2つに分裂した。なんとか自統から皇太子を立てた持明院統であったが、持明院統でも分裂の危機が生じていた。将来的に、後伏見上皇と富仁親王の二つに、持明院統が分裂する可能性が生じた。そこで、家長である伏見は、富仁親王の立太子にあたって、富仁を後伏見の猶子とし、後伏見に将来生まれる皇子を富仁の猶子とするように定めた。そしてその皇子が持明院統の正嫡として家督を継ぐように定め、もし富仁の子孫と後伏見の子孫が皇位継承を争うならば、富仁を義絶するとした。さらに、成長した花園は学問に秀でていたこともあって、伏見より後伏見の皇子を教育し扶助するよう命じられた。こうして、伏見は持明院統の分裂を防ごうとした。事実、大覚寺統はその後3つ以上に分裂して皇位継承を争っているが、持明院統は結束を図り、後光厳天皇の代までは分裂を防ぐことができた。また、大覚寺統の分裂に乗じて、自統を有利にしようとすることもあった。
持明院統の所領としては、以下の所領群が挙げられる。
長講堂領 - 最大180か所だったが、応永14年の目録では112か所。同目録によれば、米5384石、砂金100両、糸4274両、絹1216疋、鉄10000廷などの年貢が納められ、相当の収入であったと考えられる。
法金剛院領 - 詳細は不明であるが、これも相当な収入であったと考えられる。
室町院領 - 大覚寺統との折半。75か所。直仁親王に渡った後、伏見宮に継承された。
熱田社領 - 25か所、526町8段110歩、年貢1291貫文。
播磨国衙領 - 年貢3000疋(30貫文)。
新天皇の元でも後小松上皇が院政を行ったが、貞成親王との確執は収まらなかった。上皇はあくまでも後光厳流皇統の継続を意図して新天皇を崇光院流皇統・伏見宮とは無関係な自分の実子として扱おうとした。これに、新天皇の即位によって皇統が崇光院流皇統に復帰したと考えた貞成親王は反発した。後小松上皇が崩御した際、後小松法皇の側近たちはこの遺詔に基づいて「実子」である後花園天皇が父である後小松法皇の喪に服する「諒闇」の儀式を行うべきと主張した。貞成ら一派は、諒闇の回避を主張し、激論がかわされたが、結局くじ引きをして決めることとなり、諒闇が実施されることとなった。
鎮守府将軍藤原基頼が邸内に持仏堂を創設し、これを持明院と名づけ(邸宅は持明院殿と称される)、基頼の子孫は持明院家と呼ばれるようになった。その邸宅を持明院家を外戚に持つ後堀河天皇を通じて伏見上皇が継承し、その子孫が持明院殿に住むようになる。これが、持明院統の名前の由来である。