トゲネズミ属
トゲネズミ属は、トゲネズミ Tokudaia osimensis 1種を認め、それをアマミトゲネズミ T. o. osimensis と オキナワトゲネズミ T. o. muenninki の2亜種に分類することが主流だった。またそのほかに、未記載の亜種 T. o. ssp. も報告されていた。日本の天然記念物でもトゲネズミとして指定されている。
しかし、2001年、Sutou らにより、身体特徴・染色体構成・性決定法から、これらが3種に分類できることが明らかになった。2つの亜種が別種であることは、同年金子之史によっても確認された 。
第3の種は、2006年に、遠藤らによりトクノシマトゲネズミ Tokudaia tokunoshimensis として記載された。