畠山義就
吉野に逼塞していた義就だったが、寛正4年11月に義政により赦免された(同年8月8日に義政生母の日野重子が死去したことに伴い大赦(恩赦)が行われ、翌月9月18日に斯波義敏や日親らと共に赦免された)。義就は細川勝元と対抗する山名宗全・斯波義廉の支持を得て、寛正6年(1465年)8月に挙兵。文正元年(1466年)8月25日に大和から河内に向かい諸城を落とした。大和では義就派の越智家栄・古市胤栄も挙兵して政長派の成身院光宣らと戦い、11月に十市遠清の仲介で両者は和睦した。
義就は12月に河内から上洛。義政との拝謁も果たし、政長に畠山邸の明け渡しを要求し、管領職を辞任させた。翌文正2年(1467年)1月18日、両派の軍が上御霊神社において衝突し、義就は宗全や斯波義廉の家臣朝倉孝景の協力を得て政長を破った(御霊合戦)。この御霊合戦により山名方(義就・斯波義廉派。西軍)が有利となったことを危惧し、翌年には細川方(政長・斯波義敏派・東軍)が巻き返しを図った。これらに将軍家、畠山、斯波、山名、京極、土岐、六角、富樫などの諸氏の家督争いや幕府内または諸家内での権力争いなどが複雑に関与し、応仁の乱が勃発する。