比較ゲノムハイブリダイゼーション
染色体CGHでは、染色体レベルのコピー数の減少、過剰、および増幅を検出することができる。しかし、1つのコピー数の減少を検出するためには、その領域が少なくとも5–10 Mbの長さがなくてはならないと考えられている。増幅の検出は1 Mbより小さくても感度が高いことが知られている。そのため、CGHはある種のコピー数過剰は感度良く検出できるが、部分的な欠失の解像度は限られることを知っている必要がある。
アレイCGHは、これらの限界の多くを克服している。解像度およびダイナミックレンジは改善され、さらにゲノム配列に異常をマッピングでき、スループットも改善している。
最も高頻度で現れる比率レベルを「正常」として正規化するため、CGHでもアレイCGHでも倍数性に関する情報は得られない。均衡型のDNA組成をもつため、遺伝子再配列を起こしていない4倍体クローンはCGHで正常なように見えるだろう。