カイツブリ科
伝統的に、1科でカイツブリ目を形成していた。
姉妹群はフラミンゴ目である。カイツブリ目+フラミンゴ目系統は、現生鳥類の中で古顎類・キジカモ類の次に分岐した小さい系統メタヴェス Metaves の一員である。
アビ目と共通点が多いため、古くは近縁と考えられることもあったが、系統的には離れており、水生による収斂進化の結果である。
Sibley分類ではコウノトリ目コウノトリ亜目コウノトリ下目カイツブリ小目 Podicipedida の唯一の科だった。コウノトリ下目は現在の分類で言えば水鳥クレード(アビ目・ペンギン目・ミズナギドリ目・コウノトリ目・ペリカン目)・カイツブリ目・フラミンゴ目・ネッタイチョウ目からなっており、カイツブリ目とフラミンゴ目に多少の近縁性を認めた初期の研究と言えるが、Sibleyらはカイツブリ科と残りのコウノトリ下目全体とが姉妹群だと考えていた。また、水鳥クレード・カイツブリ目+フラミンゴ目・ネッタイチョウ目の3者間は実際には特に近縁ではない。