キリスト教徒による宗教的迫害
大航海時代が訪れると、キリスト教の司祭達は、アフリカやアジア、アメリカ大陸、オーストラリアなどに軍事力を伴った宣教を開始した。ヨーロッパ白人は、全ての先住民を「野蛮人」と断定し、自らの「先進的な」文化やキリスト教を広めて回った。
南アメリカ大陸やメソアメリカではコンキスタドーレスたちが盛んにインディオに対する強制改宗を行い、土着信仰の抹殺に励んだ。またこれと平行して略奪や虐殺、インディオ女性への強姦も盛んに行われた。
北アメリカでも、アメリカ合衆国やカナダの政府が盛んにインディアンやエスキモー、アレウト、またハワイや米領サモアなど太平洋諸島民に対する強制改宗を行った。またこれと平行して略奪や虐殺、女性への強姦も盛んに行われた。
インディアンに対しては、19世紀末から「インディアン寄宿学校」による土着信仰の抹殺、キリスト教への強制改宗を組織的に行った。
オーストラリアでは、先住民のアボリジニが徹底的に弾圧され、また合衆国のインディアンと同様に、「野蛮」な文化を根絶するために、アボリジニの子供を親元から引き離し、白人家庭や寄宿舎で養育するという政策が行われた。アボリジニの文化を絶やしアボリジニの存在自体を消滅させるための政策であった。アボリジニの親権は、ことごとく否定された。アボリジニの文化や言語は断絶し、政策の目的は達成されたといえる。こうして白人に連れ去られたアボリジニの子供は、盗まれた世代と呼ばれている。この弾圧・虐殺は凄まじく、タスマニア島からは純血のアボリジニが消滅した。
日本におけるキリスト教は1549年のフランシスコ・ザビエルとイエズス会(耶蘇会)から始まり、戦国大名の中には南蛮貿易での利益を求めて自身がキリシタン大名となり、キリスト教を優遇するものも現れた。
その過程において、一部のキリシタン大名とキリスト教信者によって、領内の神社、寺院が焼かれ、僧侶が迫害されるという事例が存在した。ただし仏教徒の大名の領土では、逆にキリスト教徒が迫害されていた事例も存在した(原因の一つにキリスト教が他宗教を「悪魔の教え」と見なしたことによる対立がある。アフリカにおける例を参照)。
この神道・仏教に対する弾圧と、ポルトガル商人によって行われていた日本人奴隷の貿易を宣教師達が黙認していたことを名分として、豊臣秀吉はバテレン追放令を発し、キリスト教への圧迫が強まった。ただしこの段階ではまだキリスト教自体は禁止されてはいなかった。あくまで宣教行為を禁止し、外国に売られた日本人を連れ戻すようにとの命令であり、すでにキリスト教徒となった日本人に対して棄教を迫るものではなかった。
しかし、サン=フェリペ号事件によって豊臣秀吉の対キリスト教政策はさらに硬化し、キリスト教が禁止されるに至る。キリスト教は完全に禁止され、キリシタンは棄教を強制された。その後、島原の乱に代表されるキリスト教徒の関わった反乱によって徳川幕府はキリスト教を危険視し、キリスト教徒は死罪や強制改宗などを含む徹底的な弾圧を受け、江戸時代が終わるまで続いた。
イベリア半島ではレコンキスタの進展により、イスラム教徒はキリスト教徒の隷属民として処遇されることとなった。1492年に最後のイスラーム政権となったナスル朝が打倒された際、カトリック両王はムスリムの信仰の自由を保障し、隷属民として一定の人権を与えることを確約した。しかしこの約束はすぐに反故にされ、ムスリムは追放か改宗かという選択を突きつけられた。さらに16世紀から17世紀には異端審問により隠れムスリムをあぶり出し、強制改宗を迫った。結果としてほとんどのイスラム教徒は屈辱的なキリスト教への改宗を受け入れるか、モロッコなどへ亡命し、その土地に同化した。ユダヤ教徒も同様の扱いを受けたが、隠れユダヤ人としてスペインで信仰を守り抜いたものも少なくなかった。
現代の欧米社会でも、一部の宗教的教条主義者や過激派武装組織をイスラームそのものと同一視する風潮が蔓延しており、イスラム教徒は根強い差別や偏見にさらされている。就職時の差別なども強く存在しており、フランスではムスリムの若者たちが不満を爆発させ、2005年パリ郊外暴動事件となった。