ニューモシスチス・イロベチイ
ヒトからニューモシスチス・カリニが検出されたという論文は、古い分類・学名に基づいたもので(#学名の由来に示した通りイロベチイの名に異議を唱える研究者もいる)、ラット由来のカリニが、実際にヒト感染すると示すものとは言えない。1990年代には、ニューモシスチス属はカリニ1種として、中間階級を設定し異なる哺乳類由来のタクソンを「特別品種」(forma specialis; f. sp.) と扱うことが提案された。例えばヒト由来のものは Pneumocystis carinii f. [or f. sp.] hominis、また原種のラット由来株は Pneumocystis carinii f. [or f. sp.] carinii と呼ばれる。「イロベチイ」の名が認められた後も、一部の研究者はこのタクソンを使用している。
シャーガスが最初に見つけたSchizotrypanum cruziこと「ニューモシスチス」には、固有種として学名が付けられていなかったが、論文精査の結果、ニューモシスチス・カリニであると判明。Redheadらは先名権の問題を回避するためニューモシスチスを国際藻類・菌類・植物命名規約に基づきタイプ指定し、シャーガスが同時に報告したクルーズトリパノソーマを国際動物命名規約に基づきネオタイプ指定した。これにより、Schizotrypanumのタイプ種はクルーズトリパノソーマということになり、ニューモシスチスを問題なく使用できるようになった。
ニューモシスチス属には未発見種が多数あると考えられているが、哺乳類から見つかった未命名種は、直接的な観察というよりは、肺組織や肺胞洗浄液からの分子サンプル分析で発見されている。