スーパーマリオくん (沢田ユキオの漫画)
単行本28〜32巻に収録。旅行に来たマリオ達が、不時着したドルピック島の平和を取り戻すためシャインを集めるというストーリー。詳細は「スーパーマリオサンシャイン#ストーリー」を参照
未完結の「マリオワールド編」を除けば、最も連載期間が長いシリーズ。
今回のヨッシーは、マリオによって海に落とされ、これがきっかけで原作ゲームと同様に水に入れなくなる(実際のゲームの設定とは異なる)。また、この時ルイージも一緒に海に落とされたが、ヨッシーと違ってプロローグ以降は一切登場しない。このため「海に落とされたままどこかへ行ってしまった」とヨッシーの台詞でフォローされているが、「ペーパーマリオRPG編」ではいつの間にかキノコ王国に戻っていた。(どうやって帰ってきたかは不明。)
このシリーズからマリオとルイージの外見がさらに差別化された。
月コロ版では、初登場回のみポンプの口調がタメ口になっていた。
単行本35、36巻に収録。基本1話完結型のストーリー。
NEW スーパーマリオブラザーズ編では、巨大キノコに潰される夢を見たマリオから始まり、起きた直後にクッパとピーチ姫の結婚のニュースを知りそれを阻止しに行く冒険の話である。冒頭、メイン要素に巨大キノコ、おなじく新変身のコウラやマメキノコも盛り込まれた内容になっている。
マリオVSルイージ編では、冒頭でメインとなるキャラクターが登場し、「そんな○○とは関係なく、こんなマリオから始まります」というナレーションで話がスタートする。登場するキャラクターはキノピオ一家、トゲゾー(巨大キノコで巨大化する)、大カロン。
35巻ラストには4コマ漫画も数篇存在する。
しかし、オリジナルキャラクターやアイテムの中には「赤ちゃんマリオ」(『スーパーマリオ ヨッシーアイランド』)、「亀の魔法使い」(カメック)、「潜水艦」(『スーパーマリオランド』)、「巨大化した雑魚キャラクター」(カメック)、「空を飛ぶマント」(『スーパーマリオワールド』)、「戦うピーチ姫」(『スーパープリンセスピーチ』)など、『マリオくん』は元より、後のマリオシリーズに登場する要素がゲームより先に登場している。
『マリオくん』ではギャグキャラクターとなっているクッパも、不要と判断した部下を平然と粛清したりするなど、終始一貫して悪役として描写されている。また、クッパが2度にわたってピーチをさらった理由も「幼いころに恋心を抱いていた『メロン』という女性にピーチがそっくりだから」という全く独自の解釈が入っている。この他、最終決戦は原作ゲームにおいて「二人のクッパ」が登場することを意識した展開となる。クリボーも、本作においては「元キノコ王国兵士」という設定が存分に活かされ、終盤でカメ軍団を裏切って(正確にはキノコ王国の兵士に戻って)マリオに加勢し、本作オリジナルの変身能力も備わり、最終決戦まで同行する。
初期の『マリオくん』で、クッパがピーチ姫のために拵えた婚約指輪をめぐるやり取りは、この作品が初出である。他にも、『マリオくん』に流用されたシーン(「アホには効かない」「ホラー穴」などのギャグ)やキャラクターが多い。
コミックス化の際、描き下ろし作品が新たに描き加えられ、1巻の巻末にはクイズ漫画、2巻巻末にはゲームブック形式の漫画が付録として掲載された。3巻の巻末には連載当時、小学館の学習誌『学習幼稚園』に連載されていたピーチ姫を主人公としたショートギャグ漫画『ミラクルピーチ』が掲載された。
明晰な頭脳に裏打ちされた兵器開発能力を持つ兄と、兄が開発した改造ハンマーを使いこなす弟のコンビで登場。高い戦闘能力を持つ弟に対して、技術者肌で温和な兄であったが、弟がマリオに敗れ、殺されたと思い込み、自ら設計した戦闘ロボ「ハンマーロボ」を操りマリオとルイージに挑む。戦い末の兄弟共に和解に至り、スーパースターによりいずこかへ運ばれる。『マリオ3』にて再び敵対するが、1人のみの登場で、兄か弟か、同一人物かも不明。