真宗出雲路派
が、ほどなくして證誠寺との間で争いが発生、證誠寺との兄弟のごとき本末関係はここに終止符を打った。現在、證誠寺は真宗山元派本山として一派を形成している。そして善秀も失意のうちに没した。
しかし、柳原家より迎えた第12代善照が慶長元年(1596年)、ついに現在地である清水頭に寺基を定めて毫摂寺を再建した。この地には元来聖徳太子堂があったといわれている。善照は越前各地で強力に教化を推し進めて毫摂寺再興につくしたため、出雲路派の中興とされている。佐々成政の小丸城が廃城となったために停滞していた城下町五分市(ごぶいち)は、毫摂寺の建立によって今度は門前町としての再出発を図り、毫摂寺も通称「五分市本山」と呼ばれるようになった。
光明天皇、後柏原天皇、後陽成天皇より勅願所の綸旨を賜っていた毫摂寺ではあるが、江戸時代に入り、元禄年間より明治維新に至るまで天台宗の青蓮院門跡の院家として天台宗に所属することとなった。ちなみに、歴代門主は花山院家の猶子となる習わしであったため、寺紋は花山院家の家紋である菖蒲菱となっている。
第17代善准には世子がなかったため、真宗興正派第22代寂永の子である善栄を養子とし、第18代とした。
1872年(明治5年)、教部省設置にかかる指令により浄土真宗本願寺派と合同したが、1878年(明治11年)、同省廃止をうけて新たに独立して真宗出雲路派を結成した。