竹一船団
5月1日、竹一船団はニューギニアへ向けてマニラを出発した。沈没した「第一吉田丸」の代船として「帝海丸」が引き続き参加することになり、輸送船8隻(一部資料では9隻)を、急設網艦「白鷹」(船団旗艦、梶岡少将)と駆逐艦「白露」、「藤波」、「五月雨」、哨戒艇など5隻が護衛していた。「白鷹」乗組員の回想では、敷設艦「蒼鷹」も船団に加わっていたという。船団は、第三南遣艦隊が重要船団用に用意していた、これまで使ったことが無く、したがって待ち伏せのおそれも無いはずの安全と期待された航路をたどった。
アメリカのシギント機関は、日本側の予想に反し、再び船団の動向をつかんでいた。5月2日には、分析担当官は船団の規模について、輸送船9隻と護衛艦7隻で、第32師団(12,784名)と第35師団(兵力不明)を輸送中であると推定していた。また、日本陸軍の船舶通信を暗号解読した結果、船団の航路や速度、目的地、正午ごとの位置までわかっていた。この「並みはずれたインテリジェンスの成果」は5月2日に担当司令部に届けられ、アメリカ海軍の潜水艦部隊が待ち伏せの配置につけられた。駆逐艦「五月雨」乗組員の回想によれば、「五月雨」は5月4日にホロ水道で合流した。
5月6日、竹一船団は強烈な潜水艦の襲撃に見舞われた。
以上の「ガーナード」の攻撃で沈んだのは、被雷した順に貨物船「天津山丸」(三井船舶:6,886総トン、第32師団司令部の一部、歩兵第212連隊本部、合計3400名乗船)、輸送船「亜丁丸」(大洋興業:5,825総トン、第三十五師団各隊約2300名乗船)と「但馬丸」(日本郵船:6,995総トン、第三十五師団歩兵第220連隊〈第2大隊欠〉約2700名)であった。幸い、瞬時に沈没したのは「亜丁丸」だけであったこと、「第一吉田丸」の被害に懲りて小銃や歩兵砲まで事前に筏にくくりつける徹底した対策をしていたことから、沈没3船合計8500名中、約85%が救助された。生存者は護衛艦艇に救助され、「五月雨」に至っては駆逐艦1隻に約2700名の陸兵が乗り込んだという。人的損害は計700名弱で済んだものの、やはり物資の多くは海没してしまった。
大損害を受けた竹一船団は輸送船5隻になり、スラウェシ島北端のバンカ泊地へ一旦退避した。5月8日午前7時、バンカ泊地を出発した。5月9日(「五月雨」乗組員の回想では10日)、ハルマヘラ島のワシレへと入港した。大本営は作戦続行を断念し、兵員と物資はすべてワシレで揚陸された。駆逐艦「藤波」、「白露」、「五月雨」は護衛任務をとかれ、バリクパパンへむかった。船団は5月13日にワレシを出発、マニラへと引き返した。復路では損害は無く、5月20日にマニラに到着した。5月21日、大海指第382号により護衛部隊は解散した。
竹一船団への攻撃は、第32師団と第35師団の戦力を大きく削いだ。第32師団の歩兵は9個大隊が5個大隊に、砲兵は4個大隊が1個大隊半に減った。すなわち、第32師団の戦力は歩兵2個連隊(1個大隊欠)、第35師団は歩兵4個大隊基幹(ただし、3個大隊はパラオやセントアンドレウ諸島配備)になった。第35師団の砲兵は、ほぼ壊滅状態であった。
竹一船団の壊滅は、日本の指導者たちに、もはや西部ニューギニアへの増援は不可能だということを知らしめた。第2方面軍司令官の阿南惟幾大将は、船団の残存船で第35師団を予定通りニューギニアへ輸送するよう要望していたが、大本営はこれを受け入れず、既述のようにハルマヘラまでで輸送は中止された。竹一船団の失敗は、絶対国防圏の修正にもつながった。 「第一吉田丸」遭難を知った大本営は、5月2日に絶対国防圏の前縁拠点だったサルミ、及びビアク島を絶対確保の対象から除外し持久戦地区へと格下げした。その後も被害が続出したため、大本営海軍部はマノクワリへの護衛輸送は困難との見解を表明し、5月9日、マノクワリ及びヘルビング湾一帯も持久戦地区へ格下げが決まった。ニューギニア方面での新たな絶対防衛戦はソロンとハルマヘラ島を結ぶ線へと後退することになった。