教会の聖母子
その後、1877年に『教会の聖母子』は盗難に遭い、10日ほどのちに発見されたときにはオリジナルの額装は失われていた。『教会の聖母子』は、ベルリン美術館が発行した1875年のカタログにはヤン・ファン・エイクの贋作であると記されており、1883年のカタログでは紛失したオリジナルからの模写であると記されていた。しかしながら間もなく作者の特定が見直されて、1904年に発行されたカタログではヤン・ファン・エイクの真作であると記されている。
『教会の聖母子』のディプティクの制作依頼者は、ヤン・ファン・エイクのパトロンだったブルゴーニュ公フィリップ3世だと考えられている。その後、フィリップ3世の美術コレクションの多くを相続した曾孫マルグリット・ドートリッシュの1567年の資産目録に、『教会の聖母子』の特徴に合致する絵画の記録が残っている。この記録には「Ung autre tableaul de Nostre-Dame, du duc Philippe, qui est venu de Maillardet, couvert de satin brouché gris et ayant fermaulx d'argent doré et bordé de velours vert. Fait de la main Johannes. 」 と書かれている。資産目録の記述方式の慣例から「Johannes」はヤン・ファン・エイク を、「duc Philippe」はブルゴーニュ公フィリップ3世のことを指しているとされている。
『教会の聖母子』では、マリアに三つの異なる役割が与えられている。それは「キリストの母」、「教会の栄光」(en:Church militant and church triumphant)、そして「天界の女王」である。「天界の女王」の役割はマリアがかぶる宝冠によって強調されている。『教会の聖母子』は装飾写本のミニアチュールとほぼ同じ大きさの小作品だが、建物や内装に比べてマリアの身体が非常に大きく、教会にそびえたつかのように描かれている。マリアの頭は教会二階の回廊とほぼ同じ高さにあり、その身長はおよそ5メートルに達すると考えられる。マリアを巨大な女性像で描くのはビザンチン美術の伝統的手法で、ビザンチン美術の影響を受けていたルネサンス黎明期のイタリア人画家ジョットも、同様の手法で1310年ごろに『荘厳の聖母』(en:Ognissanti Madonna) を描いている。マリアの身体を非常に大きく描くことによって、マリアの優れた人格と教会での重要性を表現しようとしたと考えられている。美術史家ティル=ホルガー・ボルヘルトはこの作品のマリアについて「聖母が教会にいるのではない、聖母こそが教会だという暗喩である」としている。巨大に描かれたマリアは教会そのものを体現、象徴しているという説を最初に唱えたのは、1941年のエルヴィン・パノフスキーである。19世紀の美術史家たちは『教会の聖母子』のマリアが大きく描かれているのは、ヤン・ファン・エイクが若年で技量が未熟だったキャリア初期の作品であるためだと考えていた。
現在ではマリアを巨大に描いたのは意図的なものだったと見なされており、写実的に描かれた『宰相ロランの聖母』や『アルノルフィーニ夫妻像』などとは対照的な構成を持つ作品となっている。