ヨーゼフ主義
カトリック教会については、ヨーゼフ2世はこれを「瞑想的な」宗教組織と呼び、社会に貢献していないとして毛嫌いしていた。
ヨーゼフ2世の勅令によって、オーストリアの聖職者はローマ教皇庁と直接接触することが禁じられた。1188堂あったオーストリアの修道院のうち500堂以上が、またハンガリーにおける100堂以上が取り潰され、6000万フローリンもの教会財産が国庫へ没収された。これを財源として、1700区の新たな小教区が定められ福祉制度が拡充された。また聖職者の教育も、これまでこれを担ってきた教会から取り上げた。代わりにヨーゼフ2世は6つの国立「一般神学校」を設立した。1783年に発された婚姻特許では、婚姻は宗教制度ではなく、個人間の契約であると規定された。
1782年、教皇ピウス6世がオーストリアを訪れ、ヨーゼフ2世に改革の大部分の取り消しを求めたが、ヨーゼフ2世は拒絶した。
1783年、パッサウの大聖堂参事会がヨーゼフ主義に近い聖職者の任命に抗議を行った。まずヨーゼフ2世に直接働きかけたが拒絶され、次にレーゲンスブルクの帝国議会に働きかけたが、ほとんど賛同者を得られなかった。プロイセンが支援を打診したものの、ヨーゼフ主義の信奉者だった司教ヨセフ・フランツ・アウエルシュペルクにより拒絶された。