トワイライトエクスプレス
上下列車とも、新津 - 洞爺間の区間内では客扱いを行わなかった。この通過区間は距離・時間ともにJRグループの旅客列車では時刻表上の最長で、当該区間は下り列車で11時間37分、上り列車は12時間4分に及んだ。
函館本線森 - 大沼間では上下列車で通過区間が異なり、上り列車は勾配の緩い支線(砂原線)を経由した。また、湖西線が比良おろしなどの強風で運行できない場合は琵琶湖線(米原駅)経由で運行されたほか、ダイヤに大幅な乱れが生じた場合には函館駅に乗り入れる場合があった。特に、冬季を中心に日本海沿岸部を走る一部区間では強風や雪害の被害に遭いやすく、しばしば運休や遅延が発生していた。
運行区間に優等列車が多く、また走行距離が長かったことから、後続列車を待避する回数が多かった。下りは近江舞子駅で「サンダーバード」19号、鯖江駅で同21号に、上りは洞爺駅で「北斗」12号に、青森駅で「スーパー白鳥」98号に、芦原温泉駅で「サンダーバード」14号、敦賀駅で同82号(臨時)、大津京駅で同16号に追い抜かれていた。「トワイライトエクスプレス」同士のすれ違いは、定時運行ならば奥羽本線大久保駅または東海道本線(JR京都線)西大路 - 京都間のいずれかで見られた。