組み込みLinux
2007年5月、マイクロソフトは「訴訟を起こすつもりはない」とするものの、Linuxカーネルに42件の特許侵害があると主張した。一方リーナス・トーバルズはOSの基本理論が1960年代に成立したことを挙げ、「マイクロソフトの方が特許を侵害している可能性が高い」と主張し、侵害内容の提示を求めた。
2007年10月、マイクロソフトは欧州連合でのマイクロソフト製品の競争法違反に関する裁判で敗訴した。
2009年2月にはマイクロソフトはTomTomのLinux製品が自社のFATファイルシステムに関する特許を侵害したとして提訴した(詳しくは記事"マイクロソフト対TomTom事件"を参照)。同年3月この裁判は和解に終わり、問題とされたLinuxのFATファイルシステムに関するコードはその後特許に抵触しない形に修正された。また同年9月、OINはマイクロソフトが持っていたLinux関連特許22件をAllied Security Trust (AST) から買い取ったと発表した。