佐世保線
線路 ... ||:複線区間、◇・◆:単線区間(列車交換可能。◆:佐世保方面はスイッチバック。)、∨:ここより下は単線、∧:ここより下は複線
停車駅 普通...すべての駅に停車 快速・区間快速(シーサイドライナー)...当路線内では全駅に停車 特急(みどり・ハウステンボス)...列車記事参照
JR九州の直営駅は武雄温泉駅・佐世保駅、JR九州サービスサポートによる業務委託駅は江北駅・有田駅・早岐駅で、そのほかの駅は簡易委託駅または無人駅である。
全区間に博多駅 - 佐世保駅間の特急「みどり」が16往復運行され、このうち5往復では博多駅 - 江北駅 - 早岐駅間で大村線ハウステンボス駅発着の特急「ハウステンボス」を併結する。土曜・休日やピーク期には「ハウステンボス」を併結する「みどり」は増加するが、ピーク期やハウステンボスでのイベント時の一部臨時列車を除き、佐世保線内を単独運転する「ハウステンボス」は設定されていない。
江北駅 - 武雄温泉駅間には、門司港駅・博多駅発着の特急「リレーかもめ」が下り18本・上り16本運行され、武雄温泉駅で西九州新幹線の「かもめ」と同一ホームで接続している。なお「みどり」のうち下り4本・上り6本は「かもめ」と接続しており、該当する列車は「みどり(リレーかもめ)」の列車名で運転される。
D&S列車として、特急「ふたつ星4047」が2022年9月23日に運転を開始した。午前便が武雄温泉駅を始発として江北駅まで佐世保線内を走行し、長崎本線経由で長崎駅を終着とする。午後便は長崎駅から大村線を経由し、早岐駅から終着武雄温泉駅まで佐世保線区間を走行する。
また、月曜日に博多駅 - 長崎駅間で運行されていた特急「36ぷらす3」(金の路)が、2022年10月3日から博多駅 - 佐世保駅間の運行に変更となり、佐世保線への乗り入れが開始された。