功刀亀内
戦時下には1943年(昭和18年)11月13日に生家の豊村上今井に大半の蒐集史料を疎開させ、1945年(昭和20年)7月6日 - 7日の甲府空襲による戦災も免れた。また、上野桜木町の功刀宅に残された史料も無事であった。その後、昭和20年に「甲州文庫」は東京へ戻された。1949年(昭和24年)10月には甲府市の松林軒ビルで開催された市制60周年記念の「郷土歴史展」において一部の史料が展示された。この展示には十万人が来訪したという。
「郷土歴史展」を契機に「甲州文庫」は山梨県の人々にその存在が知られるようになり、山梨県内での保存、利用が熱望されるようになり、「山梨県の文化の向上に資すべき」として甲州文庫の山梨県内への移管を求める機運が高まり、具体的な折衝の準備は、当時の山梨郷土研究会理事であった郷土史家の佐藤森三によって進められた。
甲州文庫の山梨県への移管にあたっては、昭和26年5月に甲州文庫評価委員会が設置され同年9月に甲州文庫の実態調査に基づき決定された受入案を以て正式交渉が進められ、1951年(昭和26年)10月9日に譲渡され、山梨県庁構内(甲府市丸の内一丁目)にあった山梨県立図書館(山梨県庁の旧第一南別館)に収蔵された。昭和26年11月1日から7日まで、山梨県立図書館児童閲覧室において「甲州文庫特別展示会」が開催されている。また、平成13年(2001年)には、甲州文庫の山梨県移管50年を記念し「甲州文庫50年 郷土研究に輝きつづける県民の文化遺産」展が9月7日から12月21日まで、山梨県立図書館で開催された。
平成17年(2005年)10月15日の山梨県立博物館(笛吹市御坂町成田)開館により、甲州文庫は同博物館に移管され現在は同博物館に収蔵されている。