モハメッド・ファッラ・アイディード
ソマリアはオガデン戦争で破れ、旱魃などの天災も重なった。さらにバーレ大統領は「大ソマリア主義」を事実上撤回、自分の氏族であるダロッドを優遇するようになり、反対派を逮捕し始めた。そのため、以前からあった氏族同士の対立が鮮明になってしまった。各氏族の集まりは次第に軍閥へと変わっていった。
1989年、アイディードの属する氏族ハウィエは、軍閥統一ソマリ会議(USC)を設立し、アイディードはUSC軍事部門のトップに立った。
バーレ政権末期、バーレ大統領は反抗する各氏族を力で制圧しようとし、各地に軍を送った。そのため、ハウィエをはじめとするソマリアの各氏族は次々と武装蜂起し、バーレ大統領の統治が及ぶのは事実上首都モガディシュ周辺だけとなった。1991年12月、アイディードはUSC軍を率いてモガディシュに侵攻し、翌1992年1月にバーレ大統領はモガディシュから逃亡した。これらの過程はソマリア革命(英語版)とも呼ばれるが、ソマリア内戦の始まりでもあった。
1993年6月5日、停戦合意に基づく武装解除の過程で、パキスタン兵24人が殺害された。国連安保理はこの事件を引き起こした「責任者」(具体名は提示せず)を逮捕するとする国際連合安全保障理事会決議837を全会一致で可決し、12日後に国連事務総長特別代表ジョナサン・ハウ(英語版)(元アメリカ海軍提督)がアイディード逮捕に2万5千ドルの報奨金を出した。7月、UNOSOM IIもアイディードに逮捕状を出した。
1993年10月3日、アメリカ軍はアイディードの部下を逮捕するための作戦を開始するが、アメリカ軍が使用したヘリコプターMH-60 ブラックホークの撃墜をきっかけに18名の兵士が死亡した(モガディシュの戦闘)。アメリカ合衆国はこの事件を契機に、ソマリアからの全面撤退を検討。
1994年3月、アイディードとアリ大統領が一旦は停戦合意。11月にUNOSOM IIの終了が決定され、1995年3月に撤退。
その後、アイディードの軍閥SNAからオスマン・アリ・アト(英語版)の一派が分裂し、アリ元大統領の勢力に合流した。