フジマリモ
山中湖及び河口湖は観光地化が進み、山梨県の重要な観光資源となっているが、湖周辺の開発に伴うフジマリモの生育環境の悪化が懸念され、保護対策の必要性が指摘されている。山中湖ではフジマリモの発見以来、分布に関する調査が数回行われているが1993年の調査を最後に同湖におけるフジマリモは10年以上確認されなくなり、2004年、2005年の調査報告では「山中湖では再度にわたる詳細な調査にもかかわらず確認には至らなかった」と富士北麓生態系調査会の報告書に記され、山中湖のフジマリモは絶滅したかに思われた。しかし2007年9月、湖北岸の潜水調査によって礫上に付着する糸状の藻が発見され、実体顕微鏡及び生物顕微鏡を用いて詳細な観察を行ったところ、マリモの特徴と一致し14年ぶりにフジマリモと確認された。
富士五湖に限らず、マリモは各地で個体数が減少しており、種として(マリモ、ヒメマリモとともに)絶滅危惧I類 (CR+EN)(環境省レッドリスト)
に指定されている。