農林水産大臣賞典
競馬場廃止に伴う競走廃止
新潟県競馬(2001年廃止) - 新潟グランプリ・青山記念
中津競馬(2001年廃止) - 中津大賞典
益田競馬(2002年廃止) - 日本海特別・益田大賞典
上山競馬(2003年廃止) - 山形記念樹氷賞・日本海記念・若竹賞
足利競馬(2003年廃止) - 織姫賞(足利競馬場廃止後は宇都宮競馬場に移転、2005年廃止)
宇都宮競馬(2005年廃止) - とちぎマロニエカップ・北関東ダービー
高崎競馬(2004年廃止) - 群馬記念・北関東菊花賞
荒尾競馬(2011年廃止) - 荒尾ダービー・大阿蘇大賞典
福山競馬(2013年廃止) - 福山大賞典・福山2歳優駿
その他
ばんえい競馬 - 天馬賞(2009年のみ)
ホッカイドウ競馬 - ステイヤーズカップ(2014年まで施行)、北海道2歳優駿(2019年まで)
岩手競馬 - シアンモア記念(2010年、2012年から2018年)
地方競馬では、各主催者の主要競走に農林水産大臣賞を提供しており、農林水産大臣賞が提供されている競走には競走名に「農林水産大臣賞典」が冠される。
以下の競走が農林水産大臣賞典のタイトルが付加されている。(特記ないものは2021年度現在)
ばんえい競馬 - ばんえい記念・帯広記念
ホッカイドウ競馬 - 北海道スプリントカップ(2015年より)・エーデルワイス賞・道営記念・ブリーダーズゴールドカップ
岩手競馬 - マイルチャンピオンシップ南部杯(2018-2020年度は付かず)・マーキュリーカップ・クラスターカップ(2019及び2020年度は付かず)・桐花賞(2018年度-2020年度は付かず)
浦和競馬 - さきたま杯・浦和記念・桜花賞
船橋競馬 - かしわ記念・ダイオライト記念・平和賞
大井競馬 - 帝王賞・ジャパンダートダービー・東京大賞典・東京盃・レディスプレリュード・TCK女王盃・東京プリンセス賞
川崎競馬 - 川崎記念・全日本2歳優駿・エンプレス杯・関東オークス・スパーキングレディーカップ
金沢競馬 - 白山大賞典・北國王冠
笠松競馬 - オグリキャップ記念
名古屋競馬 - 名古屋グランプリ・かきつばた記念
兵庫競馬 - 兵庫チャンピオンシップ・兵庫ゴールドトロフィー・兵庫ジュニアグランプリ
高知競馬 - 建依別賞・黒船賞
佐賀競馬 - 九州ダービー栄城賞・サマーチャンピオン・佐賀記念
持ち回り開催 - JBCスプリント・JBCクラシック・JBCレディスクラシック・JBC2歳優駿