整備新幹線
2009年9月の自民党から民主党への政権交代に伴い、大幅な公共事業の見直しが行われ、北海道・北陸・九州(西九州ルート)の未着工区間の建設は一時凍結されることになった。これらの区間については、莫大な建設費や並行在来線の分離に対する沿線自治体の合意などの面でも大きな問題を抱えていた。しかし、JRが支払う線路使用料を建設費に充てることで財源の目途が立ったことや沿線自治体との協議が進んだこと、また、東日本大震災以降、軸となるインフラの整備を集中的に行っていく方向に進んでいたこともあり、2011年末に、沿線自治体との合意という条件付きで以下の3区間の新規着工の方針が国土交通省によって示された。
北海道新幹線:新函館駅(仮称。現・新函館北斗駅) - 札幌駅間 212 km
北陸新幹線:金沢 - 敦賀駅間 124 km(福井駅部分を除く)
九州新幹線長崎ルート(西九州ルート):諫早駅 - 長崎駅間 21 km。武雄温泉駅 - 長崎駅間をフル規格で一体整備に変更。→2022年開業
そして、2012年6月29日に正式に着工が認可された。北海道は2035年度、北陸は2025年度、九州(西九州ルート)は着工済の武雄温泉 - 諫早間を含めて2022年度の完成を目指して建設が進められることになった。その後、自民政権下の2015年1月14日に前倒しが正式に決定した。
整備新幹線区間はこれまで整備されてきた各新幹線同様最高速度が260 km/hとして設計・整備されている。建設費用の問題や、速達性の需要程度の関係により、整備新幹線区間は開業時から設計時最高速度と同じ260 km/h運転を行うもののそれを超える速度での運転を行っていない。また、北陸新幹線の30‰、九州新幹線の35‰(筑紫トンネルほか)勾配や線形など、新規路線にもかかわらず、従来の新幹線路線に比べきつい制限が掛かることもある。
2020年10月6日、JR東日本は盛岡 - 新青森間で将来的に最高速度を現在の260 km/hから320 km/hに引き上げると発表した。防音対策などの工事が完了する2027年頃の運用開始を目指す。
2002年12月1日に盛岡駅 - 八戸駅間が開業し、東北本線の盛岡駅 - 目時駅間が第三セクター鉄道のIGRいわて銀河鉄道(第一種鉄道事業事業者)に、目時駅 - 八戸駅間が青森県(第三種鉄道事業者)と青い森鉄道(第二種鉄道事業者)に経営移管された。また、2010年12月4日に八戸駅 - 新青森駅間が延伸開業し、東北本線の八戸駅 - 青森駅間が青森県と青い森鉄道に移管された。
この区間は関東地方と北海道を結ぶ物流の大動脈であり、経営移管に際して、同区間を第二種鉄道事業者として営業を行うJR貨物に対して、線路使用料の引き上げを求めた。旅客営業の経営規模では過剰な電化施設や複線を貨物運行のために維持しているとして、アボイダブルコスト方式をやめて、過剰な施設負担分を含めた線路使用料を支払うように要求した。