羽後本荘駅
別に留置線が敷設されているが、電化されていないため使われていない。
夜間滞泊列車は3番線を使う。また、当番線を発着する全て列車はホームの酒田方面側に停車する。
由利高原鉄道4番線のすぐ隣に羽越本線3番線秋田方と由利高原鉄道をつなぐ側線があり、由利高原鉄道がメーカーからの車両を搬入するときにだけ使用されている(通常は途中に簡易車止めが置かれ、由利高原鉄道の保守用車が留置)。
駅構内
JR改札口
由利高原鉄道改札口
東西自由通路
羽後本荘コンテナセンターはJR貨物に継承。
2006年(平成18年)4月1日:羽後本荘コンテナセンターが羽後本荘オフレールステーションに改称。
2007年(平成19年)3月25日:JR線乗り場の自動改札機が稼働開始。
2010年(平成22年)4月1日:本楯駅 - 上浜駅間各駅の管理が象潟駅から当駅に変更となる。
2015年(平成25年)9月30日:びゅうプラザ営業終了。
2018年(平成30年)6月30日:キオスク営業終了。
2019年(令和元年)6月15日:駅舎改築に伴い、仮駅舎での営業を開始。
2021年(令和3年) 8月4日:みどりの窓口の営業を終了。 8月5日:橋上駅舎が供用開始。話せる指定席券売機を導入。
2023年(令和5年) 3月18日:秋田営業統括センターと統合し、傘下となる。羽後本荘駅長は秋田営業統括センター副所長兼務となる。 4月1日:駅の東西に有料駐車場備えた広場が完成(2018年度からの駅の整備が完了)。
旧駅舎(2018年)
ホームと旧連絡橋(2005年)
由利高原鉄道旧改札口(2005年)