モンゴルの樺太侵攻
この後、元によるアイヌ攻撃は20年ほどのあいだ、見られなくなる。ただし1273年には塔匣剌(タカラ)が征東招討司に任命され、アイヌ攻撃を計画したが、賽哥小海(間宮海峡)の結氷を待つとの理由で、結局実行には移されなかった。
しかし北九州への2度目の侵攻(弘安の役、1281年)の失敗後、1284年に聶古帯(ニクタイ)を征東招討司に任じ、アイヌ攻撃が命令された。この計画はいったん見合わせとなったが、同年の冬に征東招討司による骨嵬征伐が20年ぶりに実行に移されている。
その翌年(1285年)にも元朝は征東招討司塔塔児帯(タタルタイ)・兀魯帯(ウロタイ)に命じて兵力1万人で骨嵬(アイヌ)を攻撃させた。
さらにその翌年(1286年)にも3年続けてアイヌ攻撃が行われた。このときの侵攻では「兵万人・船千艘」を動員したとされ、前年もほぼ同様の規模であったという。この遠征には兵站確保のため、屯田も設置されたが、翌1287年のナヤンの乱などの動揺もあり、長くは続かなかった。
1305年(大徳9年)、アイヌが大陸のナムホやチュモ川などを襲撃し、元軍が追跡するも及ばなかった。
1308年(至大元年)にはアイヌの首長玉善奴(イウシャンヌ)と瓦英(ウァイン)らが、ニヴフの多伸奴・亦吉奴らを仲介として、毛皮の朝貢を条件に元朝への服属を申し入れた。
14世紀前半に熊夢祥によって書かれたと思われる大都(北京)の地誌『析津志』には、銀鼠(オコジョ)に関する記事中に「遼東の骨嵬に之が多く、野人が海上の山藪に店舗を設け、中国の物産と交易する」と記されており、アイヌと野人女真との間で沈黙交易が行われていたことが窺える。この史料中の「海上」は当時「海島」と呼ばれた樺太である可能性が高い。逆に中国からアイヌへもたらされた蝦夷錦は、津軽安藤氏を通じて日本へも流通していく。
1368年に明王朝が成立し、モンゴル(元)は北へ後退。1387年には満洲(マンチュリア)地域からも元の勢力が後退し、アムール川下流域・樺太におけるモンゴルの影響も低下したため、再びアイヌは樺太へ進出したと思われる。