ウイルス進化説
元来の大腸菌は病原性を持たないが、病原因子のコードを持つ大腸菌がしばしば存在し、ゲノムサイズが大きくなっている。これは菌に感染するウイルス(バクテリオファージ)により病原因子の水平伝搬が起こり、大腸菌のDNAに転写された結果であることが分かっている。O157と呼ばれる抗原を持つ大腸菌株はファージによって獲得したベロ毒素産生因子を持つ。しかし、菌が自身で病原因子を分離することはなく内在したまま子孫を残していく。このためこれも一種の進化とする見方がある。