生ワクチン
治療などで、CD4が免疫抑制状態にある場合は、弱毒化病原体といえど免疫で対処できず、病気を発症させることがあるため、接種が禁忌になることがある。またポリオワクチンでは弱毒のワクチン株が環境中に広まり、免疫力の弱い人が環境中のワクチン株に感染して発症する問題が起こっている。
免疫力に大きな問題がない人でも、病原体の増殖に伴って発熱などの症状が生じることがある。
短い期間内に異なるワクチンを接種した場合、干渉により弱毒化病原体が体内で増殖せず、免疫獲得に失敗することがある。日本では生ワクチンを接種した後に別のワクチンを接種する際は27日以上の間隔を開けることとされ、これは不活化ワクチン接種後に開けるべき間隔の6日間より長かった。しかし2020年10月1日から、接種間隔の制限を撤廃され、「生ワクチン同士を接種する場合のみ、間隔は27日以上おくこと」となる。
血液製剤にも病原体が含まれてはならないので、生ワクチン接種後27日間は献血を行うこともできない(不活化ワクチン接種にともなう献血禁忌は24時間のことが多い)。また妊娠している女性に対して接種はできず、さらに接種後2か月の避妊が求められる。
保管温度や日光暴露による不活化が起こりやすい。そのため乾燥粉末として保管し、接種の直前に純水で溶液化する方法が用いられている。