在日韓国民主統一連合
しかし、韓国国内の統一運動支援に関連させる形で、韓統連は1990年に韓国の裁判所から国家保安法における「反国家団体」に再度指定され、関係者の韓国帰国は引き続き不可能となった。
1990年代を通じ、韓国における韓統連の扱いは国家保安法に反する「犯罪集団」のままだった。だが1998年に金大中が大統領に就任すると、2003年に団体構成員の一時帰国が韓国政府から初めて認められ、構成員の合法的な韓国帰国が可能となった。その後、2004年には訪韓した団体構成員が金大中と再会し、韓民統は金大中・盧武鉉の両政権時代に何度か訪韓を繰り返した。しかし、李明博政権になった2009年には韓国大使館から訪韓幹部への出頭要請や、訪韓する会員への入国時の取り調べ実施を通告されるようになった。11月19日の東京新聞によると、これは裁判所の1990年の判断を根拠に韓国政府が「韓統連は国家保安法上の捜査対象の組織」との立場を堅持しているためで、金大中、盧武鉉、政権時代に入国時の取り調べを行わなかったことを「当時の政治的判断」としているという。以降、韓統連構成員の自由な訪韓は事実上不可能な状態が続いている。