箕作麟祥
先妻・もと(関宿藩医三沢精確と佐藤泰然の娘きはの三女)との間に3男3女を、後妻・とを(大前寛信の三女)との間に四男・俊夫をもうけた。長男・泰一は1873年(明治6年)10月1日に1歳で、次男・正次郎は1876年(明治9年)10月1日に同じく1歳で夭折したので、麟祥の死後、箕作本家の当主および爵位は三男・祥三が継いだ。祥三は独身のまま他界したので、祥三の死後はその異母弟にあたる俊夫が家督と爵位を継いだ。また次女・茂子は1882年(明治15年)4月5日に12歳で早世したが、長女・貞子は動物学者の石川千代松に、三女・操子は物理学者の長岡半太郎にそれぞれ嫁いだ。ちなみに麟祥の“麟”は「麒麟」の2文字目であるが、伝説の動物である麒麟にちなんで、実在する動物であるキリンを命名したのは、石川千代松によるものである。
箕作男爵家の3代目・箕作俊夫は陸軍中将・大島健一の長女・長江と結婚した。元日本大学農獣医学部教授の箕作祥一は俊夫・長江夫妻の長男であり、麟祥の孫にあたる。また極東国際軍事裁判でA級戦犯として終身刑の判決を受けた大島浩は大島健一の長男であり、箕作俊夫の義兄にあたる。
麟祥の先妻・もとの母きは、すなわち三沢精確の妻は佐藤泰然の次女なので、麟祥は佐藤泰然の孫娘と結婚したことになる。もとの長姉・きみの夫は判事の三沢元衛(今村信行弟)、次姉・吉恵の夫は緒方洪庵の次男・緒方惟準、もとの末妹さくの夫は田村初太郎、三沢家の養女ゑいの夫に田中芳男。
異父妹・直子は人類学者・坪井正五郎に嫁いだ。数学者・政治家の菊池大麓、動物学者の箕作佳吉、歴史学者の箕作元八、統計学者の呉文聰、医学者の呉秀三はいずれも麟祥の従弟にあたる。