理化学研究所
統合生命医科学研究センター - 2018年4月廃止。
脳科学総合研究センター - 2018年4月廃止。フロンティア研究センターの一部門であったが、陣容の拡充の終了、研究テーマを継続する決定(日本学術会議)などによって分離し、永続的研究センターとして位置づけられている。 RIKEN-MIT脳科学総合研究センター(アメリカ合衆国マサチューセッツ州・ケンブリッジ)
2015年3月現在、理研では、もし内部の研究者に不正認定が出た場合、調査費などの経費はその研究者には請求できない規定となっている。
2004年(平成16年)2月 - 元理事の研究費不正流用(約526万円)と、環境型セクシャルハラスメントが発覚する。
2004年(平成16年)6月 - 海外出張旅費を二重取りしていた元主任研究員に対して、詐欺容疑(約190万円)で告訴状が出される(結果は不起訴処分)。
2004年(平成16年)12月 - 理研は、ある理研研究者の血小板に関する論文において実験データ図が改ざんされていた(科学における不正行為があった)、と記者発表した。
2006年(平成18年)4月 - 延べ1937名の職員に対して、放射線業務手当の過払い支給(1068万円)が発覚。
2007年(平成19年)3月 - 研究業務課長のタクシー券私的使用(189件・192万530円分)が発覚。(業務上横領罪(刑法253条))
2009年(平成21年)9月 - 主任研究員が架空取引を行い当研究所に損害を与えたとして背任容疑で逮捕。