クリプトスポリジウム症
しかしAIDS患者のような免疫不全の患者ではクリプトスポリジウム症は長引くかまったく治らず、しばしば慢性で劇症の水様下痢とそれに伴う腸管からの栄養吸収機能の低下が起こる。これにより脱水・電解質平衡異常・栄養不良・体力消耗と進行し、最終的には死亡する。AIDS患者に感染した場合の死亡率は CD4 マーカー値に依存する。1立方ミリメートルあたり180細胞以上の患者は一般に対症療法や投薬により回復するが、50細胞以下の患者では3か月から6か月ほどで死に至る。ミルウォーキーでの流行(最大の流行)の際には、クリプトスポリジウム感染1年以内に50細胞以下の患者の73%と50〜200細胞の患者の36%が死亡している。
現在のところ、免疫不全患者の免疫状態を改善することが最善の策である。プロバイオティックとして Saccharomyces boulardii(アメリカでの商標は Florastor、イギリスでは DiarSafe)が薬局で販売されており、これはクリプトスポリジウムを含む様々な感染症による下痢に対する自然療法として効果があるとされる。