モスラVSバガン
『メカゴジラの逆襲』(1975年)の公開終了後、「ゴジラシリーズ」は長らく中断していたが、1979年以降に「ゴジラ復活」の機運が高まり、『ゴジラの復活』との題名での新作企画が、東宝のプロデューサーである田中友幸のもとで進められることとなった。
田中が構想していたこの『ゴジラの復活』では、ゴジラの敵役に三変化する中国の怪獣バカンという新怪獣の名が挙げられている。田中の語る『ゴジラの復活』の内容は、バカンの登場以外はほぼ1984年版『ゴジラ』のままであった 。
その後、ゴジラは単独で復活することとなり、1984年版『ゴジラ』が製作されてヒットを収めた。これを受け、東宝は「ゴジラシリーズ」復活に自信を強めたが、5年後に満を持して製作した「怪獣の対決物」としての『ゴジラvsビオランテ』(1989年)は、興行的には大成功とならなかった。
そこで、東宝ではゴジラ以外の主役怪獣を打ち出すべく、「ゴジラの次はモスラで行こう」との声が挙がり、『ゴジラの復活』で予定された新怪獣とモスラを組み合わせた内容の『モスラVSバガン』が企画されることとなった。1990年、『vsビオランテ』の翌年のことである。同作品公開時に行われた劇場アンケートでの、「男児はキングギドラ」、「女児はモスラ」との人気結果も参考にされた。