日本の儒教
五井蘭洲(1697年 - 1762年)
赤松滄洲(1721年 - 1801年)
那波魯堂(1727年 - 1789年)
中井竹山(1730年 - 1804年)
西山拙斎(1735年 - 1798年)
柴野栗山(1736年 - 1807年)
岡田寒泉(1740年 - 1816年)
頼春水(1746年 - 1816年)
尾藤二洲(1747年 - 1813年)
菅茶山(1748年 - 1827年)
古賀精里(1750年 - 1817年)
脇蘭室(脇屋蘭室)(1764年 - 1814年)
近藤篤山(1766年 - 1846年)
蒲生君平(1768年 - 1813年)
林述斎(1768年 - 1841年)
貫名海屋(1778年 - 1863年)
篠崎小竹(1781年 - 1851年)
草場佩川(1787年 - 1867年)
古賀侗庵(1788年 - 1847年)
安積艮斎(1791年 - 1861年)
斎藤拙堂(1797年 - 1865年)
佐久間象山(1811年 - 1864年)
大橋訥庵(1816年 - 1862年)
荻生徂徠(1666年 - 1728年)
太宰春台(1680年 - 1747年)
安藤東野(1683年 - 1719年)
服部南郭(1683年 - 1759年)
沢村琴所(1686年 - 1739年)
山県周南(1687年 - 1752年)
亀井南冥(1743年 - 1814年)
亀井昭陽(1773年 - 1836年)徂徠学に朱子学を取り入れた経学を大成
桂庵玄樹(1427年 - 1508年)
南浦文之(文之玄昌)(1555年 - 1620年)
江戸時代になると、それまでの仏教の僧侶らが学ぶたしなみとしての儒教から独立させ、一つの学問として形成する動きがあらわれた(儒仏分離)。中国と朝鮮から、朱子学と陽明学が静座(静坐)(座禅)などの行法をなくした純粋な学問として伝来し、特に朱子学は幕府によって封建支配のための思想として採用された。朝鮮の姜沆の影響を受けた藤原惺窩の弟子である林羅山が徳川家康に仕え、以来、林家が大学頭に任ぜられ、幕府の文教政策を統制した。
第5代将軍徳川綱吉は、幕府の文治政治への転換に際し儒学を重要視し、林鳳岡をしばしば召しては経書の討論を行い、また四書や易経を幕臣に講義したほか、1690年(元禄3年)、孔子廟を湯島に建立し(湯島聖堂)、そこで、林家の私塾として「学問所」が開講され朱子学が教授されるようになった。
徳川吉宗は、概念的な朱子学を遠ざける傾向があり、また、林家当主が連続して若く亡くなるなどして、一時、朱子学は低迷するものの、松平定信が老中となると、低下した幕府の指導力を取り戻すために、儒学のうち農業と上下の秩序を重視した朱子学を正学として復興させ、1790年(寛政2年)には、当時流行していた古文辞学や古学を「風俗を乱すもの」として林家の門人が学ぶことを禁ずるなど規制を図った(寛政異学の禁)。1797年(寛政9年)までには「学問所」を林家から切り離し、「聖堂学規」や職制の制定など制度上の整備を進めて幕府の直轄機関とした。
敗戦後、教育勅語、軍人勅諭、戦陣訓などは撤廃された。ウェーバーやマルクスの研究が盛んになると「アジア的停滞性」を生んだ存在としての評価がされるようになり、歴史教科書等でもこうした評価が定着している。和辻哲郎は敗戦に至った日本の停滞の原因を、林羅山の儒教政策と鎖国政策に求めた。
儒教を宗教として捉える研究者は少数派であるが、学術研究において儒教の本質を宗教としてとらえる道を開いたのは、山下龍二・加地伸行である。山下は天地鬼神や祖先への祭祀を儒教の中心に据え、加地は宗教を死を語るものと定義して祖先崇拝を儒教の本質としている。ただし、こうした儒教への解釈については池田秀三などから批判が寄せられている。
戦後の儒教運動としては、新左翼から保守派に転向し「封建主義者」を称した呉智英がいるが、保守派の間でも「日本が儒教国家でない」とし、その点を評価する論客もおり(ケント・ギルバートなど)、評価は必ずしも一定ではない。
現代の文化人類学者ホフステッド(ヘールト・ホフステッド、オランダ人)などによる実証的研究などでは、東アジアの「儒教文化圏」が国際比較上は同種の文化圏として認識される。