電車でGO!3通勤編
プレイする時間帯に近い時間帯を走る列車を運転できる「リアルタイムモード」を採用したほか、ホームで乗客が駆け込み乗車をして車掌がドアを再開閉するシーンなども見られる(発車時刻も若干遅れる)。
従来のゲームモードに加え、数駅の間を持ち時間の設定なしで自由に運転できる「ファミリーモード」(フリー運転モード)と、上級者向けの「鉄人モード」が追加された。鉄人モードは「ブレーキの段数が見にくくなる・残り距離・速度制限予告が表示されない」「加点も多いが減点も多い」「コンティニュー不可」という、ゲームを極めたプレイヤーをターゲットにしたものである。
インターネットを利用した、ネットワークランキングも公開された。
前作まで音楽を担当していた古川典裕(中山上等兵)にかわり、今作では瓜田幸治が音楽と効果音を担当している。
アーケード版では本作よりシステム基板として、従来のJCシステムよりも高性能なType-Zeroを採用。車両のドア開閉や窓のシースルー化、電化区間での架線の表現や処理落ちの激減など、グラフィック面で大幅な進化が見られた。
中級
201系 中央特快(新宿駅→東京駅) 終着駅である東京駅は停止位置から車止めまでの距離が短いため、鉄人モードにおいては場内信号が注意現示となり、駅進入時には速度を45 km/h以下に落とした上でATS確認を行わなければならない。
上級
787系 特急「有明」(鳥栖駅→博多駅) キハ72系 特急「ゆふいんの森」(鳥栖駅→博多駅) 開発当時は弥生が丘駅が開業直前で、付近には工事中であることを知らせるため警笛標識が設置されている。 キハ72系「ゆふいんの森」は実際に朝のダイヤが設定されていないため、朝の時間帯を選択した場合でも昼のダイヤで運転することになる。