キリンホールディングス
2007年7月1日からは、RTD、焼酎、梅酒、洋酒(一部商品を除く)、合成清酒の販売を麒麟麦酒へ移管し、逆に麒麟麦酒のワイン販売事業をメルシャンへ移管した。物流部門ではメルシャンから移管を受けたRTDは麒麟麦酒の物流網(キリン物流、2016年現在はキリン株式会社傘下のキリングループロジスティクス)に統合し、ワイン、梅酒、洋酒、中国酒、合成清酒はメルシャン物流網に統合した。なお、メルシャンからキリンへ移管された商品のブランド名は、順次メルシャンからキリンへ変更されている。
2009年7月13日、複数のマスメディアにより、サントリーホールディングスとの経営統合に向け交渉している事が報道された。狙いは日本が市場として縮小する中で、海外に商機を拡大するのが目的とされている。しかし統合比率などで両社の隔たりが大きすぎたことから、2010年2月8日に交渉中止を発表した。
2013年1月1日に、国内での飲料事業を統括するための新会社として、キリン株式会社が設立(キリングループオフィス株式会社の事業内容と社名を変更)され、主要子会社である麒麟麦酒株式会社、キリンビバレッジ株式会社、メルシャン株式会社の全株式を同社に移管した。さらに2019年7月1日にキリン株式会社はキリンホールディングスに吸収合併されている。
2019年2月5日、取締役会を開き、孫会社にあたる協和発酵バイオの子会社化を決定した。子会社の協和発酵キリン(現・協和キリン)から、株式95%を約1280億円で取得する。