有岡城の戦い
この時の様子を「忍び有岡の城を出立づ。共に乾助三郎に重代相伝の葉茶壺を負はせ、阿古とて、常に膝下に召使ひし女を召具しけり」(『陰徳太平記』)としている。『戦国の武将たち』によると、この「阿古」なる人物は村重の側室で身辺を警護する女武者ではなかったかと解説している。また「村重に反意あり」としていた細川藤孝は、
という歌を詠んで、突然城と家族を捨て茶道具と共に夜逃げした村重を皮肉った。絶望的な戦いに命が惜しくなって逃げ出してしまったという解釈もあるが、「荒木家老の者共さし寄りて村重を諫めて云く、つらつら城中の形勢を見るに、毛利家の援兵も今は頼み少なく、徒らに月日を送り給う故、兵糧甚だ乏しく成り候。此上し別に行も候はじ、只早く大将尼崎へ御出有りて、中国・西国の諸将を語らはれ候はば、定めて援兵を出さるべきかにて候。先ず一旦城中を忍びて御出ありて、随分御智謀をめぐらされ候へと、衆口一舌に勧めけり。村重是を聞きて、実に是もさる事也、妻子諸軍士共のためなれば、いかにもして忍び出で謀ほめぐらすべき候」(『陰徳太平記』)と記している。三木合戦もそうであったが、毛利氏は援軍の約束をしながら、花隈城や尼崎城を通じて兵糧補給をしていたが、1年経っても援兵は来ないので、このままでは城を持ちこたえるのは不可能と判断し、家臣を使者としても効果はなく、村重自ら安芸に出向き毛利氏と直接交渉しようとしたのではないかと説明している。『戦国の武将たち』では「茶道具は毛利への手土産とみることができる」としている。
とした。「侫人」(ねいじん)とは村重や約束を守らない久左衛門らを指しており、不憫と思いながらも「荒木一族は武道人にあらず」と人質全員を処刑するように命じた。まず村重の室(継室もしくは側室)だしら荒木一族と重臣の併せて36名が妙顕寺に移送、ついで12月13日辰刻(午前9時頃)に尼崎城の近く、信忠が陣をはっていた七つ松に有岡城の本丸にいた人質が護送され、97本の磔柱を建て家臣の妻子122名に死の晴着をつけ、鉄砲で殺害されたようである。それが終わると男性124名、女性388名が四軒の農家に入れられ、生きたまま農家ごと火をつけたようである。この時の状況を『信長公記』では
と記しており、臨終の状況がうかがい知れる。一方妙顕寺に移った36名は、同時刻に妙顕寺を出立し京市中引き回しの上、六条河原で首を討たれていった。この中には久左衛門の息子荒木自然(自念、14歳)、懐妊中であった荒木隼人介の妻(20歳)も含まれている。
その後村重は12月中に尼崎城を抜け出し、花隈城に移動してくる。そして花隈城の戦いへと続いていき、ここでも敗れると毛利氏のもとに亡命していく。
なお、高山右近の人質は彼に返却。高山友照は越前で牢に入れられ、しばらく後に許されている。
田中義成は謀反の原因は信長の部下に対する苛酷な態度にあったのではないかとしている。『陰徳記』によると石山合戦で信長と交戦中の石山本願寺へ毛利勢と通じた村重が兵糧を密かに搬入したとの噂が流れたり、信長の命により石山本願寺に和睦の交渉役として出向いた時に、城内の困窮ぶりを目のあたりにし、交渉を有利にすすめるために単独で米100石を提供したという説や、『武功夜話』では神吉城の攻城戦で城内の内通者であった神吉貞光(藤太夫)は村重と旧知の間であったため、落城後羽柴秀吉は貞光の助命を許した。しかし、貞光は直後に別所長治のもとに走って羽柴軍と対することになる。ためらいもなく別所のもとに走ったことから、貞光と村重は通じており、村重も疑われることになったという説を記している。
一方、天野忠幸は摂津国内の状況に着目し、織田政権の下での支配強化の動きに反発する摂津の国人や百姓の間で信長への反抗の動きが急激に高まり、彼らによる下からの突き上げを受けた村重は彼らに排除されるよりも先に彼らに呼応する形で信長との決別を選択したとする説を唱えている。また天野はこれまで石山本願寺の地元でありながら石山戦争に対して中立の態度を取っていた摂津西部の一向門徒が村重の謀反を機に立ち上がり、終盤(花隈城の戦い段階)では本願寺と信長の停戦に反対する教如(顕如の長男)を支持する彼らが信長との戦いの主力になっていったとしている。
このように、様々な説があり何が原因で謀反に及んだのか、真相はよく解っていない。