車両輸送
運送申込書に記載された運送希望日と列車ダイヤの決定については、JR7社間で行われている四半期ごとの臨時列車運転計画調整会議において輸送日の審議を行い、関係する旅客鉄道会社とJR貨物の間で、2社以上の旅客鉄道会社をまたがって運転される臨時貨物列車を中心に、列車ダイヤの運転時刻の調整や駅構内の作業等の考え合わせを行って、輸送の施行日と列車ダイヤが決定される。
輸送に使用できる路線は貨物輸送が物理的に可能な路線(必ずしも第二種鉄道事業免許が既にある必要はない)に限られ、甲種輸送の事前にはJR貨物の社員が発送元を訪れ、輸送検査(ブレーキ検査や、貨物の寸法の申込書との照合)を行い問題がなければ「特大貨物等検査票」を発行して輸送車両に貼られる。輸送される車両のサイズにより異なるが、物理的に線路周辺の構造物に接触しないことが担保されれば、フル規格の新幹線車両を在来線で輸送することも可能である。実際に2004年10月までは、日本車輌製造豊川製作所から東海旅客鉄道(JR東海)浜松工場への新幹線車両の輸送において、あらかじめ貨物輸送限界を広くしてあった飯田線・東海道本線経由で実施されていた。
甲種輸送時には機関車と連結できるように仮設の連結器を使用する場合があるほか、電気指令式ブレーキを使用する車両では、自動ブレーキとの読替装置に加え仮設電源を装備したり、自動ブレーキ装置を仮設したりする場合がある。