宮崎駅
高架化に伴い1993年に完成した新しい駅舎は、太陽と空を表現しており、J・フェルナンド・テルヤによる設計である。デザインの都合上、開業後暫くは「宮崎駅」という漢字表記を掲げられなかった。また完成当時、市民からは駅舎のデザインに対して賛否両論の声があった。高架化以前は、宮崎機関区や貨物の取り扱いもあり、かなり規模の大きな駅だった。その一方で、駅および線路が市街地を東西に分断していたため、東西間の往来には人も車も大きく迂回する必要があった。
商業施設アミュプラザみやざきの「ひむか きらめき市場」(旧:「フレスタ宮崎」→「えきマチ1丁目宮崎」)が駅構内に併設されており、ダイソー、軽食屋、ファーストフード店等がある。
また、KITEN建築当初には駅施設と直結する連絡通路を建設する計画があったものの、建設計画自体が大幅に見直された際に連絡通路計画も廃止となり、アクセスには一度駅の外へ出る必要がある。KITEN完成当初は屋根なども無く雨天時に不便が発生していたが、その後の改修により屋根が取り付けられ、濡れること無くKITENへのアクセスが可能となっている。
リニューアル前の西口(2011年8月)
改札口(2022年1月)
ホーム別に分かれていた頃の改札口(2015年11月)
みどりの窓口(2022年1月)
ひむか きらめき市場(南側商業エリア)
島式ホーム2面4線を持つ高架駅。県庁所在地の中心駅としてはJR九州で唯一自動改札機が導入されていなかったが、宮崎エリアでのSUGOCA導入に合わせて、2015年11月7日に自動改札機が導入された。またSUGOCAの利用エリアについても、2012年12月1日に九州全域の都市圏近郊に拡大された時点では宮崎都市圏のみ導入されなかったが、2015年11月14日よりサービスが開始した。以前は各ホームから階段を下った所にそれぞれの改札があったが、2020年(令和2年)3月19日より1箇所に集約された。すべてのホームから上下いずれの方向にも出発が可能。
構内に留置線はなく、留置の際は宮崎神宮駅の留置線へ回送あるいは宮崎車両センターへ入区を行う(南宮崎駅まで営業運転を行う場合もある)。
直営駅でみどりの窓口、SUGOCA券売機(特別デザインカードのみ)が設置されており、自動放送も導入されており、向谷実がメロディ用に編曲した「フェニックス・ハネムーン」が接近・発車メロディとして使用されている。駅長・副駅長配置。
コンビニ「ファミリーマート」が入っているが24時間営業ではない。KIOSKは、ホーム上ではなく改札外にある。かつてはホーム上にもあったが後に撤去された。