井戸宇右衛門
しかし、その後に葛尾城が真田信繁の攻撃を受けた際に、忠政の井戸家への待遇に不満を持つ宇右衛門の家臣が主の不在中に独断で城門を開けて真田軍を呼び込み、二の丸まで攻め入られるという事態が起きた。また、宇右衛門も非常に仲が悪かった忠政の義兄・名古屋山三郎を優遇する忠政に不満を覚え、奉公を怠るなど忠政への反感を露にしていた。これらの出来事により、忠政の宇右衛門への信頼は失われ関係は悪化していった。
慶長8年(1603年)、森氏が美作国に転封し新しい拠点となる城の建設場所をめぐり忠政と対立。結局、忠政は宇右衛門の意見を無視して院庄への城の建設を指示し、この時に忠政は山三郎に宇右衛門の誅殺を命じたとされる。後日、建設現場で居合わせた宇右衛門と山三郎は口論となり、抜刀して斬りかかった山三郎を宇右衛門は返り討ちにした。しかし、他の森家臣もまた忠政の命を受けており、武芸に優れた者数人掛かりで宇右衛門へ囲んだ状態で襲い掛かり、抵抗したが不意討ちにより討ち果たされた。また弟の傳三郎・彦五郎も忠政の刺客により暗殺され、井戸家は断絶した。
この事件の余波は小さくなく、宇右衛門の義兄である森氏筆頭家老の林為忠は、忠政の裁定に怒り出奔し、城の建設予定地も鶴山に変更となっている(後の津山城)。