ヤエヤマヒルギ
stylosaを用い、R. mucronataをシノニムとした。瀬戸口浩彰は、1997年の著書で、ヤエヤマヒルギ- R. stylosaを用いてR. mucronataを別種として紹介したものの、分類に混乱があることを指摘し、1999年のFlora of Japanでは、ヤエヤマヒルギ - R. mucronataに変更した。日本におけるこのような学名の混乱は、日本の研究者がヤエヤマヒルギについて執筆する論文を介して他国にも広がっている。2021年12月の時点では、アメリカ合衆国農務省の作成したGermplasm Resources Information Network(GRIN)でも、R. mucronataは日本に分布するとされ、R. stylosaの分布域には台湾・中国が含まれているものの、日本は含まれていない。
ヤエヤマヒルギの和名と学名の対応に関する混乱の状況は、国際マングローブ生態系協会馬場繁幸らによって整理され、第27回日本マングローブ学会において報告された。報告の中では、日本のヤエヤマヒルギはR. stylosaであること、R. stylosaとR. mucronataは外部形態で区別される別種であること、R. stylosaの和名にはヤエヤマヒルギを用いることがふさわしく、R. mucronataにはオオバヒルギの和名をあてると良いだろうという考えが示された。
本種の和名と学名の対応についてはいくつかの混乱が指摘されているが、日本に分布するのはR. stylosaであり、R. mucronataとは別種である。両種は外部形態で区別されているだけでなく、遺伝的な違いも知られており、両者が混生する場所では雑種も報告されている。また、日本の植物の和名-学名のリストを提供する「BG Plants 和名-学名インデックス」(YList)では、オオバヒルギ(ヤエヤマヒルギ・シロバナヒルギ)の学名にR. stylosa を、ネッタイヒルギ(temp.)の学名にR. mucronata 対応させている。
日本における和名-学名の対応の混乱は、和名であるヤエヤマヒルギ・オオバヒルギの学名としてR. mucuronataを用いた文献が複数あることによる。この混乱がいつから生じたか定かではないが、1932年に工藤祐舜が台湾のマングローブについて報告した論文の中ではすでに、オオバヒルギ・ヤエヤマヒルギ・シロバナヒルギの学名としてR. mucronataが用いられていた。その後、初島住彦は、当初オオバヒルギ - R. stylosaを用いたが、後にオオバヒルギ - R. mucronataとし、最終的にはヤエヤマヒルギ - R. mucronataとして、R. stylosaについては琉球諸島に産するものは栽培種とした。一方、島袋敬一はヤエヤマヒルギ - R.