新垂井駅
だがそれでも不便さは解消されず、終戦後の1946年(昭和21年)に南荒尾信号場 - 垂井駅 - 関ケ原駅間に再び上下共用の単線(垂井線)を上り本線に並行して敷設し、下り列車に限って当駅経由と垂井駅経由双方の普通列車を運行した。しかし、次第に大半の下り普通列車が利用者の多い垂井駅を経由するようになり、当駅廃止直前のダイヤでは大垣発関ケ原方面行きの定期普通列車28本(平日1日)のうち、当駅に停車するのは6本のみという状況であった。乗客の流れとして、岐阜・名古屋方面に向かう乗客が多く、下り列車しか停車しない当駅を利用する乗客が1日平均8人と少なかったというのが、廃止の理由の一つである。廃止が決定した際、地元住民からは反対運動すら起きなかったという。
当駅廃止以降、この区間を運行する下り定期普通列車は、すべて垂井駅(垂井線)経由で運転されており、新垂井線を通る列車はなくなった。しかし、垂井線は線路等級が低く最高速度が 85 km/h に制限されていることから、下り列車は貨物列車のほかに特別急行列車も新垂井線を経由している。
駅廃止後も木造駅舎は残されていたが、1998年ごろに解体された。その後も敷地内は桜並木を含めそのままになっていたが、2014年にJR東海により整地がなされ、全ての木を伐採し公道からの立ち入りができないよう柵が設置された。現在もプラットホーム跡が残っており、かつての側線の一部が保線機械の留置に使用されている。