カヤの平
カヤの平の各所にブナの原生林やシラカバ、ダケカンバなどが群生し、全域が国有林(木島山国有林)として林野庁によって管理されている。 遠見山の南斜面は、主に典型的なブナの天然林で樹齢は200年を超えている。高標山周辺はブナ、ナラ等の落葉広葉樹の天然林で、樹齢が200年近い老齢林が広がり、尾根沿いの歩道の脇では、6月中旬になるとツバメオモトが、7月にはゴゼンタチバナが咲く(ゴセンタチバナは台倉山でも確認できる)。 雑魚川流域は、ブナ、ナラ等の広葉樹からなる樹齢200年前後の天然林と、雑魚川渓谷が一体となった優れた景観が見られる。 計見山の南麓に広がる 大ブナ郷土の森と呼ばれるブナの原生林にはミズナラの大木があり、その幹周りは、日本国内で確認されているミズナラでは第5位の太さとなる7m70cmを誇り「山の神」として祀られている。高標山には、幹回り10m92cm、推定樹齢1000年を超えるネズコの大木があり、「千年ネズコ」或いは「木島平の大ネズコ」などと呼ばれている。
カヤの平には複数の湿地が点在し、その総面積は22.88haに及ぶ。かつての時代における湿地帯の分布範囲は現在のそれよりも遥かに広い範囲に亘っていたが、その範囲は年々狭まり、現在の広さは、明治、大正時代と比べ11.38ha少ない約3分の2にまで縮小している。
北ドブ湿原は、本高原北部の標高約1,550mに位置する約7haの高層湿原で、多くの湿生植物が確認されている。7月中旬~下旬に湿原一帯を覆うニッコウキスゲをはじめ、サワラン、タテヤマリンドウ、ハクサンチドリ、ジャコウソウ、ワタスゲ、ヒオウギアヤメ、トキソウ、ヤナギラン、イワショウブ、アサヒラン、ミズギク等のさまざまな高山植物や、アオモリミズゴケ、モウセンゴケ、ヒメミズゴケ、ワタミズゴケ、ごくわずかながらウロコミズゴケ、ユガミミズゴケなどの湿生植物を観察できる。特に分布が南限に当たるチシマウスバスミレ、オオバタチツボスミレの2種が生育しており、植物地理学上きわめて重要である。