メガ・シャークVSクロコザウルス
メガ・シャークとジャイアント・オクトパスの戦いから数年。コンゴのダイヤモンド鉱山から、超巨大ワニ「クロコザウルス」が突如出現。鉱山で働く人々を襲撃する。
一方、大西洋上では、米軍艦のソナーに巨大な影が捉えられる。サメの専門家のマコーミックは、メガ・シャークが生きているのではと考え、サメをおびき寄せる音波球で実験する。はたして、ジャイアント・オクトパスと相打ちになったと思われていたメガ・シャークは生きていた。米軍艦を襲撃し、応戦むなしく米軍艦は撃沈。マコーミックだけが脱出に成功する。
コンゴでは、鉱山会社から依頼を受けたハンターのナイジェルが、クロコザウルスを発見していた。ナイジェルはクロコザウルスの生け捕りに成功し、船で輸送しようとするが、そこにメガ・シャークが襲来。船は沈没し、クロコザウルスは逃走する。
米軍はナイジェルとマコーミックに協力を依頼し、クロコザウルスの産卵場所を発見。そこに卵を餌として狙うメガ・シャークも出現。卵を守るためにクロコザウルスも姿を現す。米軍の空爆で卵は全滅するものの、二匹の怪物は姿を消す。