九条政基
明応5年(1496年)正月7日、在数は九条邸に押しかけて、政基・尚経父子に返済の談判をした。これに腹を立てた政基父子はついに在数を殺害した。在数は家司として九条家に仕えてはいるが、もともと公卿に昇りうる家格を有する堂上家の当主である。すでに殿上人として天皇に直接仕える身であり、大学頭・大内記の官職に任じられていた。加害者も被害者も天皇に仕える貴族というこの殺人事件に、公家社会は大きな衝撃を受けるとともに、その対応に苦慮することになる。
事件後、在数と同じ菅原氏の東坊城和長は主だった菅原氏の公家たちを集めて、政基父子弾劾の準備を始めた。一方、事件に乗じて13日に大内記の後任となることに成功する。24日に北野の長者(菅原氏の氏長者)である高辻長直を筆頭に、東坊城和長・高辻章長・五条為学が連名で政基父子を告発する申状を提出し、これを受けて勅使白川忠富・中御門宣胤が九条邸に派遣され事情聴取が行われた。審議の末、2月5日に裁判、同25日に判決を下すことになった。
2月5日、伝奏勧修寺教秀・奉行庭田重経・官務大宮時元・局務押小路師富、そして特に召された白川忠富・甘露寺親長らによって、後土御門天皇の臨席のもとで審理が行われた(なお、慣例により当事者が召されることはない)。大宮時元は摂関家処罰の先例として治承の政変の松殿基房の例を挙げたものの、今回の件の先例となる例ではないとした。最終的に甘露寺親長より事件の主導的立場にいた息子の尚経のみを解官とする処分の意見が述べられ、裁判を指揮する勧修寺教秀も同調したものの、現職の関白である近衛尚通に合意を得てから裁決することとなった。