葉圏
葉のクチクラの下に入り込むもの。サネゴケ科など。
生葉上着生の地衣類は800種が知られており、Arthonia属、Bacidia属、Byssoloma属、Mazosia属、Porina属、Strigula属およびTricharia属などが知られている。
データバンクには1996年時点で、生葉上着生のLejeuneaceae科のコケ類(foliicolous liverwort、epiphyllous liverwort)が1000種登録されており、Cololejeunea属、Ceratolejeunea属、Drepanolejeunea属およびColura属が含まれる。これら葉圏植物は熱帯と亜熱帯で多く見られるが、イングランドのエンボス気候の高緯度地域でもセイヨウキヅタ(Hedera helix)の葉からコケ類が単離される。
葉が古くなってクチクラ層が薄くなり、水での濡れ性が高くなると葉圏に緑藻が現れることがある。温帯気候であっても葉齢2年の針葉樹の葉でChlorococcus属がよく観察される。
衛星データによると、地上の総葉面積は地球表面の約125-200%であり、推定約6億4000万-10億kmである。そこに生息する微生物数は、地球規模で炭素循環と窒素循環を左右するのに十分なほど大きい。通常、植物の葉1cm当たりの細菌数は百万〜千万匹である。柑橘類や針葉樹など一部の植物では1 cm当たり1,000未満であり、著しく少ない。これらの情報から控えめに見積もって、地球全体での葉圏の総細菌数は10個以上である。
自然環境中の微生物の大半は、培養が困難な難培養性微生物である。土壌中においては細菌の99%が難培養性といわれている。最初に非培養法によって葉圏細菌を調査したYangら(2001)によると、培養法で確かめられている知見よりも微生物群集はより複雑で、微生物種はより多い。培養法による調査(1999)ではBacillus thuringiensisはBCAとして施用しても葉圏微生物の群集構造に影響を与えないとされたが、非培養法でのより新しい調査結果(2008)によると大きな構造変化が確認された。
培養法を用いずに難培養性微生物を研究する手法(非培養法、culture-independent method)には、葉圏からDNAを直接抽出して分子生物学的に分析する手法が一般的である。最も多用されるのは、供試葉を緩衝液中で超音波により洗浄し、葉から遊離した菌体を集め、DNAを抽出する方法である。この場合、DNA抽出には土壌DNA抽出法が用いられる。欠点として、葉圏で微生物はバイオフィルムを形成して強固に吸着しているため、超音波洗浄で全ての菌体を集めることはできない。