パネルでポン
どこかのプールサイドでのんびりと休暇を楽しんでいたサトシとピカチュウ。そこへオーキド博士から連絡が入り、新しいポケモンバトルが開催されている事を聞かされる。2人は早速会場となるポケモンパズルリーグビレッジへ向かうが、ここでは仲間であるカスミとタケシを含んだポケモントレーナー達がパネポンバトルを繰り広げていた。
初心者向けには以前までの作品に見られたハードルの高さを取り払おうとアクティブ連鎖の練習を行うための「スローモード」が、上級者向けにはパネルが消えている間もせり上げができる「ばくはつせりあげ」が用意されるなど、様々な新要素が盛り込まれた。
元々はゲームボーイ対応の「パネルでポンGB」として開発されており、内部データにはリップなどのパネポンの登場人物のドット絵が残されていたり、 通信エラー時の画面が「パネルでポンGB」となっていたりするほか、カラー専用ソフトをカラー以外の本体(ポケットなど)に差し込んだ時に出る警告画面で特定のコマンドを入力すると パネルでポンGBをプレイする事ができる。
日本のテレビCMには『ピカチュウげんきでちゅう』のテレビCMに登場し「ポケモンおじさん」として認知された綿引勝彦が再び起用された。おじさんが公園でポケットモンスター金・銀の攻略本を読んでいると、ゲームボーイカラーを持ち通信をしている2人の子供に気づく。ポケモン金銀で遊んでいるものと思い画面を覗き込むが、2人が遊んでいたのはポケモンでパネポンであった。おじさんはパネポンを新しいポケモンバトルと解釈する。
携帯ゲーム機ゲームボーイへの移植作品。日本では『ポケットモンスター 赤・緑』のヒットやそれに続くゲームボーイポケットの発売によりゲームボーイ市場が再び勢いを取り戻した1996年10月に発売された。2000年にはニンテンドウパワー書き換えソフトとしての供給も開始され、2007年のサービス終了まで供給が続けられた。いずれも内容に差異はない。2013年12月11日からニンテンドー3DSのバーチャルコンソール対応ソフトとして供給が開始された。
下位機種への移植となり開発は頓挫したが、任天堂開発第一部のスタッフによりメインプログラムが制作され、完成にこぎつけた。表示領域の狭いモノクロ画面を持つゲームボーイの特性と低容量のロムカセット容量から、ゲームフィールドの高さを従来の12段から9段へ縮小し、パネルのデザインやコンピュータ対戦モードのルールを変更する、フィールド内に現れるパネルの柄を最大6種までに減らす、登場キャラクターを削減する、演出を簡略化するなどの改変が施された。
本作はスーパーゲームボーイ対応ソフトだが、スーパーゲームボーイ使用時のゲーム画面は常に茶褐色で表示され、場面による配色の変更もされない。ゲーム画面外の枠「ピクチャーフレーム」にはスーパーファミコン版のメニュー画面や1人用ゲームの背景画像が流用された。
長音記号の変更と漢字の追加を施した上でフォントを流用した。
サトシの旅の仲間。ニビジムのジムリーダー。岩タイプの使い手。ポケモンブリーダーを目指している。
タマムシジムのジムリーダー。草タイプの使い手。
氷の妖精。一人称は「ボク」。妖精たちの中では、最も幼い。
2007年から2008年にかけて旧機種用ソフトがWiiのダウンロード販売ソフト・バーチャルコンソール対応ソフトとして供給され、日本と韓国ではスーパーファミコン版『パネルでポン』が、北米・ヨーロッパ・オセアニア地域では『Pokémon Puzzle League』が供給された。
2009年にはニンテンドーDSiのダウンロード販売ソフト・ニンテンドーDSiウェアとして、『パネルでポンDS』のゲームモードを抜粋した『ちょっとパネルでポン』が供給された。
2020年にはNintendo SwitchのNintendo Switch Online加入者向けのソフト『スーパーファミコン Nintendo Switch Online』内でスーパーファミコン版『パネルでポン』が供給された。
日本国内向けのゲームキューブに同梱された取扱説明書の初版には、架空のゲームソフトを使用したメモリーカード管理画面の画像が掲載された。このファイルアイコンにはマリオやカービィのほか、パネルでポンの妖精9人の画像も使用された。
コンピュータと対戦するストーリーモードでゲームのメインとなるモード。機種ごとに対戦ルールやストーリーが異なり、さらにゲームレベルやコンティニューの有無によりストーリー展開が変化する作品もある。
据え置きゲーム機版では、連鎖することで「おじゃまパネル」を送り込むなどして相手をゲームオーバーにすれば勝利。おじゃまパネルはパネルをおじゃまパネルにくっつけて消すことで通常のパネルに変化する。通常、このおじゃまパネルが通常のパネルに変化する際、さらにおじゃまパネルが隣接していればまとめて通常のパネルになるが、下側一列だけ通常パネルになりサイズダウンする縦長のおじゃまパネルや、おじゃまパネルの連鎖消去では変化せず並べたパネルの消去でのみ変化する灰色のおじゃまパネルも存在する。ゲームボーイ版『ヨッシーのパネポン』、『ポケモンでパネポン』では連鎖などで相手のヒットポイントを0にすれば勝利。『ドクターマリオ&パネルでポン』や『パネルでポンDS』にはストーリー展開はなく、GBA版は20段階のCOMレベルから選んで一戦限りの勝負を、DS版は最大10連戦を行うもの(勝利しても先に進まず同じステージをやり直すことも可能)となっている。また、DS版ではどこから始めるのかを最初に自分で決める。種目はマルチプレイと同じ。
難易度はSFC版では4段階、GC版では5段階、DS版では3段階から選ぶ。また、他のモード同様GBA版以降は難易度に応じてパネルの落下スピードも上がる。