アウトロン
標準的なスプライシング(シススプライシング)では、同じpre-mRNA分子内に上流のスプライス供与部位と下流のスプライス受容部位が必要である。対照的にSLトランススプライシングではpre-mRNAのアウトロンに3'受容部位が存在し、そしてSL RNA上に5'供与部位(GUジヌクレオチド)が存在する。pre-mRNA側のアウトロンには分岐点となるアデノシン、そしてそれに続いてポリピリミジントラクト(英語版)が存在し、この部分がSL RNAのイントロン様部分と相互作用して、シススプライシングの際に形成されるラリアット構造と類似したY字型構造が形成される。その後SL RNAがpre-mRNAの3'スプライス受容部位(AGジヌクレオチド)へ作用して成熟mRNAとY字型副産物が形成される。
SLエクソンはポリシストロン型pre-mRNA上の各オープンリーディングフレームへとトランスプライシングされ、それぞれ異なる成熟型転写産物が形成される。