相良長毎
11月、能運が恩に報いるために加勢を申し出しで、天草衆や阿蘇惟長も援軍に来るが、長毎は八代は相良氏宿怨の地であるとしてこれらを謝絶して単独で攻囲戦を行った。しかし守る名和顕忠親子は堅守して城は翌永正元年(1504年)1月になっても落ちなかった。そこで能運が守護職の立場で外交僧を派して顕忠を説得。2月7日、顕忠は城を退去して相良氏へ明け渡し、能運の庇護下で木原城に入り、後に宇土城へ移った。また長毎は豊福城も合わせて占領した。
長毎は隈府城に赴き感謝の意を表すつもりだったが、能運は戦傷がもとで25歳で他界して果たせず、遺言で14歳の菊池政隆が後を継ぎ、肥後守となった。しかしこれに阿蘇惟長が異を唱え、豊後国の大友義長の支援のもと、菊池氏家臣団と結託して政隆を追い、自らが菊池武経と改名して肥後守を称した。政隆は長毎のもとに逃れて葦北郡で保護されたが、長毎は大友氏を恐れてこれを助力しなかったので、政隆は筑後国に逃れた。武経は大友重治に依頼して政隆を討ってもらおうとしたので、相良氏には双方から加勢の依頼があったが、いずれも応じなかった。しかし再び豊福城が係争の地となるとこれを放棄した。菊池氏・阿蘇氏の内証はしばらく続いた。
永正5年(1508年)、足利義稙が将軍に復帰して大内義興が管領となると、長毎は祝賀の品々を送り、これらのことから、永正7年(1510年)、後柏原天皇が宣旨を下して、長毎は従五位下近江守に任じられた。