石川島記念病院
しかし、新たに開設した心臓病センターが地域のニーズに合わず、患者が集まらなかった。近隣に大学病院があることもあり、心臓病センターの患者数は当初の計画を下回り赤字経営となり、これによる経営悪化を受けて診療の継続が難しくなった。2017年1月18日の時点で、石川島記念病院は健育会が運営する病院としては唯一の赤字であった。石川島記念病院の赤字によって、健育会が運営する他の施設の黒字を帳消しにする状態だった。
当初は廃院の予定であったが、東京都と中央区医師会からの要請を受け、2018年(平成30年)12月1日から2019年(平成31年)8月31日までの期間で診療を休止し、心臓病治療からリハビリテーションや整形外科を中心にした診療に切り替えるなど診療機能を見直して、診療休止前から引き続いて健育会が診療の再開を目指すこととなった。石川島記念病院は中央区に3つある東京都二次救急指定病院の1つであったが、救急患者の受け入れについては2018年9月から中止した。
病院職員らは休診することなく診療を継続することを求めていて、東京都に要望書を提出すると同時に厚生労働省にも同様の文書を郵送している。東京都も病院側に診療継続を求めていて、安定経営に向けた指導を行っており、2018年(平成30年)10月には病院や健育会に立ち入り検査を行い運営状況の調査も行っている。