ピクサー・アニメーション・スタジオ
その後、ピクサーはウォルト・ディズニー・アニメーション・スタジオとの関係を継続し、同社のCAPSの重要な技術参加企業になった。
ピクサー・イメージ・コンピュータの売り上げは芳しくなかった。自社製品の優れた性能を宣伝するため、デモンストレーション短編CGアニメーションを制作していたピクサーのスタッフジョン・ラセターは、1986年のSIGGRAPHで短編作品『ルクソーJr.』の公開およびレンダリングプロトコルRenderManの提案をした。ピクサー・イメージ・コンピュータとソフトウェアを分離してソフトウェア部分を改良し、PhotoRealistic RenderManとして販売を開始する。
コンピュータおよびソフトウェアの売り上げは少なく会社の業績が悪化したため、ラセターのアニメーション開発部門は外部企業のためのCGアニメーションのコマーシャル制作を始めた。ソフトウェアの開発にはお金がかかるうえハードウェアは思ったように売れず、単独では劇場公開されない短編作品では興行収入も得られず、毎年100万ドルにものぼる赤字であった。ピクサー・イメージ・コンピュータ部門は、1990年にビコム・システムに200万ドルで売却されアニメーション制作会社となり、社名も現在の「ピクサー・アニメーション・スタジオ」となった。その後、ピクサーとディズニーはCG長編アニメーション映画の制作のため、2600万ドルの契約を行った。
アカデミー賞では、長編アニメーション賞をはじめ短編アニメーション賞や歌曲賞などを多数受賞している。1988年に発表した短編作品『ティン・トイ』は、第61回アカデミー賞短編アニメーション賞を受賞した。1995年に公開された『トイ・ストーリー』の成功により、翌年1996年にはジョン・ラセターはそのリーダーシップが評価され、第68回アカデミー賞特別業績賞を受賞。アンドリュー・スタントン監督の『ファインディング・ニモ』は、第76回アカデミー賞長編アニメーション賞を受賞した。続くブラッド・バード監督の『Mr.インクレディブル』も同賞を連続受賞。その後も快進撃は続き、ピート・ドクター、スタントン、バードがそれぞれ監督2作目を手がけ、『レミーのおいしいレストラン』、『ウォーリー』、『カールじいさんの空飛ぶ家』がすべて長編アニメーション賞を受賞した。同賞は、リー・アンクリッチの初監督作となる『トイ・ストーリー3』まで4年連続でピクサーの独壇場となった。
ちなみに、ピクサーが長編アニメーション賞を11回受賞している記録は、ウォルト・ディズニー・アニメーション・スタジオやスタジオジブリなどの会社とはるかな差をつけ、最多の記録となっている。
1999年に公開された『トイ・ストーリー2』では、第57回ゴールデングローブ賞最優秀作品賞を受賞している。そして、2009年の第66回ヴェネツィア国際映画祭ではピクサーのアニメーション界への貢献を称え、ラセター、ドクター、スタントン、バード、アンクリッチらに栄誉金獅子賞が贈られた。