ツシマヤマネコ
1996年には、野猫ないし野良猫から感染したと思われるFIV感染症(いわゆるネコエイズ)のツシマヤマネコが初めて発見されている。また、ニワトリ小屋を野猫などの被害から守るために農家が設置した罠(トラバサミ)によりケガをする個体も相次いでいる。さらに近年では、開発が遅れていた北部でも道路整備が進んだことで、交通事故により死傷するツシマヤマネコも増加している。なお、対馬にはツシマヤマネコの飛び出しに注意を促す道路標識がある。
このような悪条件のもと、1970年代以前には約300頭、1980年代には100-140頭と推定されていたツシマヤマネコは、1990年代の調査では90-130頭、2000年代前半の調査では80-110頭にまで減少した。2010年-2012年に実施したツシマヤマネコ生息状況等調査(第四次特別調査)では、70-100頭と推定され、減少傾向にあるとされている。
対馬南部(下島)での生息について映像や個体等の明らかな確認は、1984年の交通事故で死亡したと考えられる個体の発見以来、長らく途絶えていた。このことからも本種の野生個体がいかに減少しているかが窺える。しかし、2007年3月2日に南部で成獣が撮影され、5月8日に環境省が南部での23年ぶりの生息確認を発表した。
日本の施設では30頭(オス18頭、メス12頭)のツシマヤマネコが飼育されている(一時的な保護を除く。2014年11月28日時点)。そのうち公開展示している施設は次の10施設(2012年4月28日時点)。 なお、福岡市動物園(飼育頭数 9頭。公開されている「ゴクウ」の他に、8頭を飼育している )のように複数飼育している施設でも全頭数を公開しているわけではない。非公開の個体は原則として繁殖を目的に飼育しており、また、施設で繁殖した個体は将来的に野生に戻す構想もあるので非公開としている。
対馬野生生物保護センター - かなた(オス)センターは保護のみで、繁殖の取り組みはしていない。
福岡市動物園 - ゴクウ(オス)は福岡市動物園生まれ。
井の頭自然文化園 - 2014年3月13日から公開を休止している。
よこはま動物園ズーラシア - いっちゃん(オス)福岡市動物園生まれ。さんちゃん(オス)は 福岡市動物園生まれ。令和2年8月2日に死去した。
富山市ファミリーパーク - ヤマ(オス)とナオ(メス)は福岡市動物園生まれ、シンゲン(オス)は対馬で保護。
西海国立公園九十九島動植物園 - つしまる(オス)は福岡市動物園生まれ。
東山動植物園 - ひなた(メス)は福岡市動物園生まれ。
盛岡市動物公園 - トラジロウ(オス)は福岡市動物園生まれ。
沖縄こどもの国 - ふくた(オス)は福岡市動物園生まれ。
京都市動物園 - みやこ(メス)は福岡市動物園生まれ。
日本国内に分布するネコ類は、人為的移入種であるイエネコを除けば、対馬のツシマヤマネコと、西表島のイリオモテヤマネコの2つのみである。1965年の劇的な発見と報道(『毎日新聞』1965年4月15日)により全国的に知られるようになったイリオモテヤマネコと比べると知名度は劣るが、本種も同様に絶滅が危惧される希少動物である。1994年、環境庁(当時)によって国内希少野生動植物種に指定されたが、哺乳類では長らくイリオモテヤマネコと本種の2種のみが指定種であった(2004年にダイトウオオコウモリとアマミノクロウサギが、2009年にオガサワラオオコウモリが指定され、現在は5種)。1971年には国の天然記念物に指定されているが、いまだイリオモテヤマネコと同じ特別天然記念物への指定はなされていない。一方、1998年の「哺乳類レッドリスト (環境省)」(当時は環境庁)発表以来、一貫して絶滅の恐れが最も高い絶滅危惧IA類 (CR)(環境省レッドリスト)とされている(イリオモテヤマネコは当初IB類であり、2007年よりIA類となった)。
かつては、単に「山猫」と言えば、それは(野猫を指すことも多かったが、その場合を除けば)特にツシマヤマネコのことであった。