トリコモナス類
古典的には鞭毛虫亜門・無色鞭毛虫綱に所属させていたが、現在は分子系統に基づきエクスカバータの中でパラバサリアに所属させる。パラバサリアは副基体という細胞構造で特徴づけられ、分子系統解析でも支持される分類群であるが、その内部の分類体系は2000年代まで系統をあまり反映していなかった。
分子系統では超鞭毛虫と(旧)トリコモナス類のどちらが祖先的か判然としないが、進化史的には、パラバサリアの中では比較的単純なトリコモナス類が祖先的で、ここから複雑な超鞭毛虫類が複数回独立に進化したと考えられている。
かつてのトリコモナス類は、4科に分類されていたが、そのうちデベスコビナ科 Devescovinidae・カロニンファ科 Calonymphidaeは、一部の超鞭毛虫類との類縁性が指摘されて、新しく設立されたクリスタモナス目 Cristamonadida に移された。
トリコモナス類の残りは、波動膜とそれを支持する基条に着目して以下の2科に分類されていた。しかし分子系統解析ではその両方が入り乱れる結果となっており、この2科の区別はまったく人為的なものにすぎなかった。モノセルコモナス科は、一部がトリコモナス科に統合され、残りはヒポトリコモナス綱とトリトリコモナス綱の各科に分割された。