短鎖脂肪酸
短鎖脂肪酸は、塩(salt)の形で炭素代謝(carbon metabolism)の中間物質としてしばしば生成する。例えば、ギ酸(formic acid)は炭素数1の最小のカルボン酸であるが、その塩であるギ酸塩(formate)は、各種生体物質の間で一個の炭素を単体もしくはメチル基の形でやりとりする一炭素代謝(1C metabolism)の一部を構成する。また、炭素数3のプロピオン酸は、例えば炭素固定回路である3-ヒドロキシプロピオン酸/4-ヒドロキシ酪酸サイクルや3-ヒドロキシプロピオン酸二重サイクルによってプロピオニルCoAの形で生成する。これらの回路は一部の細菌や古細菌に見られる。すべての短鎖脂肪酸に共通した生成経路は存在せず、各脂肪酸ごとに複数の代謝経路(同化および異化)により生成する。
最終生成物としての短鎖脂肪酸は、多くの場合細菌の発酵(fermentation)によって生成する。
短鎖脂肪酸は腸内を弱酸性にすることで有害な二次胆汁酸をできにくくするため大腸癌の予防につながる。また、酪酸には、大腸細胞の異常な増殖を抑える、アポトーシスを促す、大腸細胞の病変を抑えるなどの作用で大腸癌の発症を抑えるといわれている。プロピオン酸は肝臓癌細胞にある短鎖脂肪酸受容体に作用して、肝臓癌細胞の増殖を抑えるという研究報告がある。