ゴジラ×メカゴジラ
3式機龍
AC-3 しらさぎ
90式メーサー殺獣光線車
73式小型車
陸上自衛隊員:倉敷保雄
機龍隊隊員(機龍ドックの作業員):手塚昌明
避難民:三村渉、柏原寛司、横谷昌宏、神谷誠
機龍のメカニック:西川伸司、酉澤安施、丸山浩
メーサー車乗組員(メーサー隊員):喜多川務、石垣広文(八景島)、鈴木健二(品川)
特殊技術は、平成ウルトラシリーズや『ガメラ3 邪神覚醒』などにも参加し、『×メガギラス』以降の特撮班チーフ助監督を務めていた菊地雄一が初担当。富山は、菊地が過去に特撮班のチーフ助監督を務めていたことから、手塚の意向をまとめられる人物として起用したと述べている。菊地は、まだ自身のカラーが定まっていなかったため難しく考えずやりたいようにやった結果、従来のゴジラシリーズらしくない構成になったと語っている。一方で、映像的には破天荒な描写が可能であっても、手塚の志向するリアリティから離れてしまうため、両者で話し合いが多く持ち、良いところを活かしあったと述懐している。機龍のドック内や初代ゴジラの骨を収めた水槽のシーンなど、人物との絡みが多い場面は手塚がコンテを担当した。
特撮班は2002年6月6日にクランクイン、8月15日にクランクアップした。
特撮のセットは、デジタル技術の発展と予算規模の縮小により、オープンとプール以外はほとんど第9ステージで撮ることとなり、複数のセットを併行して組んでいる。次のセットを、使用中以外のステージで組み、第9ステージの空間の中ですべて組み替えをしながら撮影が進められた。特殊美術の三池敏夫は、『モスラ』(1996年)での山のセットと同程度の予算で、作品すべてのセットを賄わなければならなず、ミニチュアの数を減らしたために本来必要のない別撮りを行わなければならないなど、苦労した旨を語っている。
柘植内閣および五十嵐内閣の防衛庁長官。機龍プロジェクトの参謀役を務める。