近江屋事件
龍馬と中岡の死は倒幕派に大きな衝撃を与えた。岩倉具視は「何物の凶豎ぞ、我が両腕を奪い去る」と嘆き、太宰府にいた三条実美は寝食を忘れるほど慟哭し、12月20日には両名のために祭壇を作って霊を祀っている。由利公正も同士とともにその霊を祀っている。
前述のように今井や渡辺の証言と現場の状況に食い違いがあるとはいえ、見廻組説における隊士の自供・談話以外に確実な史料の存在はいまだ確認されておらず、見廻組による暗殺という説が有力視されている。一方で前記の薩摩藩陰謀説をはじめとする数々の陰謀説が唱えられ、小説などの創作も盛んに行われている。
また、作家の阿井景子が唱えた「刺客の狙いは実は中岡慎太郎のほうであった」という説、同じく作家の大浦章郎が唱えた「黒幕は大久保利通」とする伊東甲子太郎犯行説などもある。
慎太郎は刀を屏風の後ろにおいており、刀を抜くこともできずに鞘のままで防戦していた。しかし最初の傷が深く、両手両足を斬られ、特に右手はほとんど切断されるほどであった。また臀部を骨に達するほど斬られたが、慎太郎は死んだふりをしていた。刺客は「もうよい、もうよい」と叫び、引き上げた。