琵琶湖運河
慶応年間には、加賀藩による計画と小沢一仙による計画の2つが並行して進められた。
加賀藩は、慶応2年12月16日(1867年1月21日)に幕府から単独事業の許可を得、翌慶応3年2月から4月にかけて石黒信基らを派遣し敦賀 – 琵琶湖間6経路につき詳細な測量を行った。この際、安政期の計画にも関わった深坂問屋の小林金三郎が案内・図面提供を行っている。
小沢一仙は、慶応2年8月(1866年)幕府に対し、敦賀 – 琵琶湖間に運河を掘り瀬田川を通じ京都・大坂まで船を通すことにより前述の西廻り航路の不安を解消できるという『江湖切割』の建白書を提出、幕府の指示により加賀藩に計画を示し敦賀周辺を検分の後、慶応3年5月(1867年)加賀藩に計画書と絵図を提出している。この絵図には、深坂峠の隧道も示されている。
このほか幕末のものとしては、大阪湾が異国船に占領された場合の対策として琵琶湖 – 伊勢湾間を結ぶとする計画が彦根藩に残されている。