建仁寺
しかし、正嘉元年(1258年)5月、東福寺開山の円爾(聖一国師)が当山に入寺し仏殿などを復興する。翌、正元元年(1259年)には宋僧の蘭渓道隆が11世住職として入寺し、臨済禅道場となりこの頃から純粋禅の寺院となる。文永2年(1265年)には臨済禅寺となり、寺名を建寧寺に改名する。
暦応3年(1340年)10月には佐々木道誉による妙法院焼き討ちの際に輪蔵、開山堂、塔頭瑞法庵などが類焼している。
康永元年(1342年)寺名を建仁寺に戻す。
康安元年(1361年)南北朝の戦乱に巻き込まれた幼少期の足利義満の避難先となった。
応永4年(1397年)11月、焼失。応仁の乱に巻き込まれて焼失。文明13年(1481年)にも炎上している。当寺は火災が多く創建当時の建物は残っていない。
天正年間(1573年 - 1592年)に安国寺恵瓊が復興に努め、江戸時代にも修理が継続して行われた。
慶長19年(1614年)には徳川家康により寺領820石が安堵されている。
明治元年(1868年)には廃仏毀釈により34院あった塔頭が14院となった。
1934年(昭和9年)9月21日、室戸台風接近による強風のため庫裏が倒壊。
当寺の西にはかつての鎮守社であった京都ゑびす神社がある。
四頭茶会(開山降誕会)4月20日 開山栄西禅師誕生を祝する法要。その後茶祖を顕彰するため四頭茶会が催される。
開山忌 6月5日 明庵栄西の忌日法要。裏千家家元の献茶が行われる。
布薩会 7月30日 開山栄西禅師が伝来した独自の様式を持つ。もとは半月ごとに戒律の経典を聴いて罪を懺悔し、戒律を保つようにする懴悔受戒の儀式で、現在は年一度開催されている。
頼家忌 8月18日 開基の源頼家の忌日法要。
建仁寺(けんにんじ)は、京都市東山区にある臨済宗建仁寺派の大本山の寺院。山号は東山(とうざん)。本尊は釈迦如来。開基(創立者)は源頼家、開山は栄西である。かつて京都五山の第3位であった。「建仁寺の学問面」などと呼ばれる。寺号は「けんにんじ」と読むが、地元では「けんねんさん」の名で親しまれている。
俵屋宗達の「風神雷神図」、海北友松の襖絵などの文化財を豊富に伝える。山内の塔頭としては、桃山時代の池泉回遊式庭園で有名であり、貴重な古籍や漢籍・朝鮮本などの文化財も多数所蔵していることで知られる両足院などがある。また、豊臣秀吉を祀る高台寺や、「八坂の塔」のある法観寺は建仁寺の末寺である。
なお、しばしば日本最初の禅寺といわれるが、これは間違いで、博多の聖福寺(妙心寺派)が最初の禅寺である。