京阪バス山科営業所
一般路線バス化と同時に運行経路番号も設定され、京都駅八条口からの便は醍醐寺発着系統が301号経路、京都橘大学発着便が303号経路、京都橘大学直通便がNS経路、合場川発着便が305号経路である。格下げ後は京都市敬老福祉乗車証および環境定期券の利用も可能となり、この路線の定期券の販売も実施された。同時にBタイプ限定運用が解除され、早朝~朝ラッシュ時および深夜時間帯を中心にWまたはNタイプの一般路線使用車両も運用されるようになった。
301号経路:京都駅八条口 - 十条相深町 - 大石神社 - 蚊ヶ瀬 - 山科警察署前 - 大宅中学校(京都橘大学下) - 醍醐北団地( ← 醍醐寺前) - 醍醐寺
303号経路:京都駅八条口 - 十条相深町 - 大石神社 - 蚊ヶ瀬 - 山科警察署前 - 京都橘大学
305号経路:京都駅八条口 - 十条相深町 - 大石神社 - 蚊ヶ瀬 - 山科警察署前 - 大宅中学校(京都橘大学下) - 醍醐北団地 - 醍醐寺前 - 合場川
NS経路:京都駅八条口 - 十条相深町 - (直通) - 京都橘大学
京都駅から三条京阪・京阪出町柳を経由して田の谷峠で比叡山ドライブウェイに入り比叡山頂を結ぶ路線で「比叡山ドライブバス」と呼ばれている。前述の京都比叡平線と重複する区間もあるが、京都市内中心部では一部通過する停留所がある。当路線は、春 - 秋と冬季で大きく運行ダイヤが異なる。
京都バスとの共同運行路線である。1958年4月19日より京都駅 - 四明獄間で京都市営バス、京都バスと共同運行で運転が開始され(のちに四明獄への乗り入れは廃止)、1983年に京都市営バスがこの路線から撤退し京阪バスと京都バスの2社共管となり現在に至る。
比叡山ライトアップ根本中堂が行われるときには、夜間に京都駅 - 比叡山の臨時バスが運転される(三条京阪のみ停車のほぼノンストップ運転)。
2013年から冬季は全て運休となっている。
57号経路:比叡山頂 - 延暦寺バスセンター - 田ノ谷峠 - 山中 - 銀閣寺道 - 京阪出町柳 - 三条京阪 - 四条河原町 - 京都駅
かつては三条京阪や四条大宮発着の設定があった。
47号経路:山科駅 - 四ノ宮 - 緑ヶ丘( ← 藤尾・小金塚) - 藤尾奥町 - 皇子が丘公園 - 大津京駅 2017年10月1日より「毎年10月1日に1往復のみ運行」(免許維持路線)となったが、2018年は運行されることなく廃止された。
48号経路:四条大宮 - 四条烏丸 - (京都駅 - 河原町五条 - )四条河原町 - 三条京阪 - 蹴上 - 国道山科西詰 - 四ノ宮 - 藤尾・小金塚
くるり200:だいご循環線 2004年11月25日路線廃止。
66号経路(旧):大津京駅 - 尾花川 - 浜大津 2011年3月18日路線廃止。
56A号経路(区間運行):山中町 → 銀閣寺道 2011年3月18日路線廃止。
醍醐快速:三条京阪 - 四条河原町( → 五条京阪 → / ← 四条京阪 ← 祇園 ← )五条坂 - 清水焼団地 - 大石神社 - 椥辻駅 - 小野随心院口( ← 醍醐寺前 ← ) - 醍醐寺 記載停留所以外は通過。2015年8月30日路線廃止。
45号経路:山科駅 → 竹鼻 → 国道大塚 → 国道音羽 → 藤尾・小金塚 → 四ノ宮 → 山科駅 2016年頃路線廃止。
2号経路:醍醐バスターミナル - 石田駅 - 石田 - 醍醐寺前 - 醍醐天皇陵 - 隨心院 - 勧修寺 - 中ノ茶屋観光農園前 - 藤ノ森 - 竹田駅東口 2018年3月17日の改定で洛南営業所に移管。
大津営業所から移管した路線であり、山科移管時に[大津駅 - (国道) - 石山駅]間の運行が廃止された。
かつては65A号経路と66号経路の運行もあった(後述)。
66A号経路:比叡平 - 比叡平一丁目 - 比叡平三丁目 - 比叡平口 - 田ノ谷峠 - 近江神宮前 - 大津京駅 - 市役所前 - 三井寺 - びわ湖浜大津 - 大津駅 [大津京駅 - 大津駅]間は平日2往復、土曜・休日1往復のみ運行。
大正時代から昭和初期に計画された京阪六地蔵線(六地蔵 - 醍醐 - 大津市馬場 12.5 km)と新京阪鉄道山科線と接続する「山科駅」の予定地が京阪バス山科営業所となっている。
臨時経路:清水寺無料循環バス(2007年より運行開始。2007年は枚方と共管。2008年以降は不明)
臨時経路:阿含宗星まつり線(大津と共管)
臨時経路:五大力臨時バス(一時期は枚方と共管)
臨時経路(「清水焼の郷まつり」線):京都駅 - 清水焼団地 毎年10月の第4金曜・土曜・日曜に運行。
臨時経路:京都競馬場線(男山・枚方・高槻・交野・門真・洛南(平日開催時などの応援のみ)と共管)
臨時経路(ふれあいやましな区民祭りシャトルバス) Aコース:大宅 - 藤尾・小金塚 - 外環三条 - 山科中央公園 - 椥辻駅 - 大宅 Bコース:小野駅 - 川田 - 山科中央公園 - 椥辻駅 - 小野駅 Cコース:山科中央公園 - 石塚町 - 日ノ岡 - 山科中央公園 毎年11月23日に運行されている。いずれも無料で1時間に1本から2本間隔で運行される。