プログナトドン
現代系統解析ではプログナトドンは頻繁にモササウルス亜科に置かれるが、歴史的にはプラテカルプスやプリオプラテカルプス亜科に近縁であるとされていた。ルイ・ドロはモササウルス科の体系学に貢献した黎明期の研究者であり、当初は彼らを別個のトカゲ亜目に置いてモササウルス科とプリオプラテカルプス科の2つの科に分けた。この初期の分類学においてモササウルス科にはクリダステスとモササウルス、プラテカルプス、ハリサウルスおよびティロサウルスが含まれ、プリオプラテカルプス科にはタイプ属のプリオプラテカルプスのみが含まれた。これらの分類は前上顎骨の吻部の発達具合、方形骨のアブミ骨上突起の大きさ、血道弓が尾椎の椎体に癒合しているかに基づいていた。プログナトドンは microrhynchous というグループの中でプラテカルプスのすぐそばに配置された。megarhynchous(ティロサウルスとハイノサウルス)と mesorhynchous(モササウルスとクリダステス)という別の2つのグループも用意されていた。
中央ヨルダンのHarrana の堆積層から産出した極めて保存状態の良い標本 ERMNH HFV 197 により、プログナトドンの軟部組織形態学の特異的な詳細が調査可能となった。この化石はプログナトドンの標本としては珍しく大部分が完全で繋がっているだけでなく、外皮と最後の数個の尾椎の緩やかな屈曲という重要な部位が保存されている。最も重要なことは、化石に軟部組織の輪郭と尾ビレが保存されていることである。これは、モササウルス科が遊泳において三日月形の尾を助けに用いる進化をしたという点で、魚竜・タラットスクス亜目メトリオリンクス科・クジラと収斂した、という証拠の提供に役立った。
尾ビレは明らかに非対称である。下側のヒレは尾椎に続き、四肢の骨格および他の軟部組織に基づいて、生存時は断面が流線型をなしていたと推測されている。上側のヒレは骨格に支えられておらず、ほぼ翼状の小さい構造として最後の尾椎数個の上に保存されている。尾ビレの形状は、上側が大きく下側が小さいメジロザメ科のサメの尾ビレを上下反転させたものに類似する。