オメプラゾール
妊娠中にオメプラゾールを用いる事で、児の出生時に大きな有害事象を生ずるリスクが増加するとは示されなかった。
授乳中にオメプラゾールを用いる事で児に副作用が生じるか否かを掘り下げて検討した臨床試験はないが、ラットでは乳汁中に血中濃度の1〜4倍の濃度で移行することが知られている。通常の使用量であれば安全であろうという資料もある。
オメプラゾール中の硫黄は3配位の四面体構造を持つので、(S )- と (R )-の光学異性体がある。オメプラゾールはラセミ体で、(S )-体と (R )-体の等量混合物である。壁細胞細管の酸性条件下では、両方の鏡像異性体は分子内転移して光学活性のない分子(スルフェン酸とスルフェンアミド)に変換され(下図参照)、H/KATPアーゼ(英語版)のシステイン残基と結合する。こうして壁細胞からの胃酸分泌が停止する。

(S )-異性体のみを光学分割したものが新規医薬品(エソメプラゾール)として別に販売されている。
オメプラゾールの (R )-異性体はin vivo でラセミ化して (S )-異性体へと変化するので、オメプラゾールの (S )-異性体含量は製剤中の (S )-異性体の2倍と考えることができる。このラセミ化はシトクロムP450のアイソザイムの一つであるCYP2C19によって生じるが、この酵素は全てのヒトに等量存在するものではない。酵素活性が低い場合を“低代謝”と呼ぶが、低代謝表現型の割合は人種毎に異なり、アフリカ系アメリカ人で2.0〜2.5%、アジア人で20%超である。CYP2C19の表現形を考慮したテーラーメード医療が成されるべきであるとするゲノム薬理学研究がいくつかある。