農業協同組合
その後戦時体制下の1943年、食料統制を円滑に進めることを目的に農業団体法が制定され、農会、産業組合、畜産組合、養蚕業組合、茶業組合が統合されて農業会が設立された。地方農業会として、市町村農業会、都道府県農業会が置かれ、全国段階には産業組合連合会が統合した全国農業経済会と、帝国農会と産業組合中央会が合体した中央農業会が置かれた。農業会の存在した期間は1943年から1947年までと限られていたが、その後の農協の設立が「農業会の看板塗りかえ」であったため、戦後農協の性格に大きな影響を与えた。
戦後の農地改革の一環として、GHQは農地改革で生まれた戦後自作農を守るための制度として、自主的で自立的な欧米型の農業協同組合の創設を日本政府に指示した。しかし、当時の食料行政は深刻な食糧難の中で、食料を統制・管理する必要があった。農林省は集落を単位とする農家組合等を構成員とする農協制度を構想してGHQと交渉し、1947年(昭和22年)に農業協同組合法(昭和22年法律第32号)が公布・施行された。こうしたことから、実際には農業会の組織、資産、職員を引き継いで戦後農協が発足した。農業会の解散期限が昭和23年8月とされたため多くの農協が短期間に設立された。その際に「協」を図案化した円形の「農協マーク」が制定された(地方の古い農業倉庫などに「農協マーク」が残っている場合がある)。
病院・診療所(厚生連病院)、保健施設等の運営
全国共済農業協同組合連合会(JA共済連) - 共済事業
全国厚生農業協同組合連合会(JA全厚連) - 厚生事業(主に医療=病院など) 都道県厚生農業協同組合連合会 (JA厚生連)- 都道県ごと(33都道県、栃木県については、本来の県単位の組織ではなく、県内地区ごとにあった2つの厚生連が存在)
全国新聞情報農業協同組合連合会(JA新聞連) - 新聞情報事業(株式会社日本農業新聞など)
各全国組織は、会員である単位農協および連合会が出資している協同組合組織(全国農業協同組合中央会および農林中央金庫を除く)であり、一般的な株式会社の親会社、子会社とは関係が異なる。最近ではJA全農と各都府県経済連の合併が行われ、全農本体の都府県本部が「JA全農○○(○○には都府県名が入る)」として経済事業、販売事業、購買事業の都道府県組織となる例も多い。