レイトン教授と奇跡の仮面
今作で出されるナゾは「レイトン教授からの挑戦状」を入れると全150問。日刊ナゾ通信のナゾと合わせると過去最多となる全515問のナゾが出される。また、「迷子のナゾ」と呼ばれるプレイヤーが本編をプレイ中に発見できなかったナゾが存在する。(プレイ中に発見すれば問題ない。)これらのナゾは冒険を進めていくうちに出会うエリザベスという老婆に届けられる。
奇跡の仮面プラスでは15問の新作のナゾを追加。最初からすべて解放されている日刊ナゾ通信と合わせて全530問となっている。