ボスニア王国
ハンガリーから派遣された司法が追放されて以来、ボスニアには独立した教会(ボスニア教会)が存在していた。およそ100年の間ボスニアにはカトリック教会の勢力が及ばない状態が続いていたが、1340年代に異端の非難を避けようと試みたスチェパン2世によって、フランシスコ会の宣教師が招かれた。フランシスコ会の修道士は中世・オスマン支配時代を通してボスニア唯一のカトリックの聖職者であり、オスマン帝国のボスニア征服までに10数個の修道院が建立された。1347年ごろにスチェパン2世はカトリック教会に改宗し、ステファン・オストヤを除いた全てのボスニアの王たちがカトリック教会の信徒となった。
君主がカトリックに改宗した後もボスニア教会は国家から許容されていたが、政治的な影響力を持つことはほとんど無かった。1459年、ローマ教皇に支援を求めたボスニア王スチェパン・トマシュに対し、教皇側は援助と引き換えにボスニア教会への迫害を要請した。教会の聖職者は改宗か国外追放かの二択を攻められ、多くがカトリックを受容し、少数の人間が隣接するヘルツェゴヴィナに移動した。
基盤に大打撃を受けたボスニア教会はオスマン帝国のボスニア征服後間も無く消滅し、教会の信者はギリシャ正教、カトリック、イスラームを受け入れた。