名探偵エヴァンゲリオン
声:林原めぐみ
シンジと同じく捜査官。ゲーム冒頭で死徒に襲われるがシンジの助けもあって一命を取り留める。なお原作とは異なりシンジからは最後まで「綾波さん」と敬称で呼ばれ続けられる。
声:麦人
「死徒審判」と呼ばれる特別法廷の裁判官。シンジたちに「死徒」の疑いをかけられ、それを否定すべくゴーグルを外すシーンがある(その顔は明らかにされていない)。
声:山本麻里安
外国語担当教員。MAGIシステム、カスパーの担当オペレーター。
汎用人型決戦兵器・人造人間。本ゲーム内においては死徒に対してはパレットガンやプログレッシブナイフなどの武器は使わず、素手で戦う(例外的に武器を使用するステージもあり)。原作とは異なり、アンビリカルケーブルが無く、活動限界という設定が無い。また、第壱中学校の音楽室内で零号機が戦うなど、明らかにサイズがおかしい場面も存在する。
エヴァンゲリオン初号機 - 搭乗者は碇シンジ。プレイヤーは初号機を操作し、死徒と戦う。このゲーム内でもシンクロ率400%を超えてしまい、シンジはL.C.L.化してしまう。
エヴァンゲリオン零号機 - 搭乗者は綾波レイ。本ゲーム内では、青色の改良型は存在しない。
エヴァンゲリオン弐号機 - 搭乗者は惣流・アスカ・ラングレー。リツコが開発した新兵器により、初号機の「武器」となるステージがある。
エヴァンゲリオン乙型 - ゲームオリジナル機体。ゼーレ査察官専用のエヴァンゲリオン。搭乗者は渚カヲル。翼が装備されており、飛行が可能。
エヴァンゲリオン参号機 - 搭乗者は鈴原トウジ。四号機、量産機を殺した死徒と疑われる。
エヴァンゲリオン四号機 - アメリカで造られたエヴァンゲリオン。死徒によって殺される。
エヴァンゲリオン量産機(五〜十号機) - 諸刃の剣を武器にする白いエヴァンゲリオン。死徒によって全滅する。