緑藻綱
古くは、ほとんど全ての緑藻 (広義) が緑藻綱に分類されていた。ただし接合藻やシャジクモ類は特異な形質をもつため、別の綱として分けられることもあった。
やがて1960年代以降の微細構造学的研究、さらに1990年代以降の分子系統学的研究に基づいて、さまざまな緑藻が緑藻綱から分離され、別の綱に分類されるようになった (アオサ藻綱、トレボウクシア藻、コレオケーテ藻綱、プラシノ藻と総称される緑藻など)。
緑藻綱はおそらくアオサ藻綱やトレボウクシア藻綱に近縁であり、合わせて UTC 系統群 (UTC clade) とよばれることがある (3綱の学名の頭文字に由来)。これにクロロデンドロン藻綱とペディノ藻綱を加えたものは"コア緑藻植物" (core chlorophytes) とよばれ、その単系統性は分子系統学的研究から強く支持されている。
微細構造学的研究から緑藻綱の中にいくつかのグループの存在が示唆されるようになり、このことは分子系統学的研究からも支持されている。2020年現在では、緑藻綱はふつうオオヒゲマワリ目 (クラミドモナス目とよばれることも多い)、ヨコワミドロ目、サヤミドロ目、カエトフォラ目、カエトペルティス目の5目に分けられる (下表)。5目のうち、オオヒゲマワリ目+ヨコワミドロ目 (SV or CS clade) と、それ以外の3目 (OCC clade) がそれぞれ単系統群を形成することが示唆されている (下図4)。またオオヒゲマワリ目とヨコワミドロ目の中間的な位置にあり、その分類学的位置がはっきりしていない属がいくつか知られている (Golenkinia, Cylindrocapsa など)。