国鉄労働組合
JR採用闘争が長期化すると、JR・国に対する徹底抗戦を続ける国労闘争団側と、JR・国への屈伏やむなしとする国労本部側の内部対立が表面化した。前述のスト権スト訴訟和解の条件に、JR・国への屈伏が含まれていたという説もある。
2000年5月30日に「JRに法的責任なし」を受け入れる条件で、自民、公明、保守の当時の与党3党、および社民がJRに働きかけ、解決金を支払わせるよう検討する内容のいわゆる四党合意が行われ、国労も中央執行員会で受け入れを決めた。翌2001年1月27日の定期大会で組合は合意の受入を受諾した。しかし、闘争団側にとって「JRに法的責任なし」という条件は受け入れられるものではなく、また四党合意は国労がJRの法的責任無しを認める内容の一方で、JRの解決金支払いを確約したわけではなかった(あくまでJRに働きかけをするだけである)。こうした事情から両者の対立が続いたため、与党三党は合意を破棄した。また、鉄建公団訴訟は国労闘争団が独自に起こしたもので、国労本部側の意向ではなかった。そして、組合側は闘争団への支援を一部打ち切り、鉄建公団を提訴した組合員の一部を権利停止処分(役員への立候補禁止)にした。さらに実行はされなかったが、組合除名さえ検討され、国労執行部と闘争団の間で対立を生んだ。支援は2004年7月より再開されたが、国労本部側は裁判には無関係との態度を取り続け、さらには裁判から手を引かせようと働きかけ続けた。そのため対立は変わらず、険悪な状況が続いた。
しかし2005年の鉄建公団訴訟東京地裁判決で、国労の主張がある程度認められたことから、2006年1月28日に方針転換を決定。
ただし、組合員の死去を理由に、再雇用についてはもはや訴えの利益がなくなったとして救済命令を取り消した。 JR東日本は救済命令を不服として、中労委を東京地裁に訴えた。2012年11月7日東京地裁(白石哲裁判長)は救済命令を全て取り消し、JR東日本の全面勝訴の判決を出した。未亡人・労働委員会側は東京高裁に控訴し、現在も係争中である。
一方、JR西日本の例では、京都府労働委員会は、逆に着用禁止を正当とする裁定を出した。2006(平成18年)年度より国労バッジを着用していた組合員が、就業規則違反を理由に訓告、減給処分を受け、昇給は5段階で最低のD評価とされた。そこでこの組合員は、京都府地労委に救済申し立てを行った。2010年(平成22年)、京都府地労委は、就業規則は合理的であり、また処分内容も違反の程度に比べ重いとは言えないこと。国労本部が既にバッジ着用の奨励を中止しており、組合の意向に従ったためとも言えないこと。3組合が存在する同社において、国労バッジの着用は組合間の対立を煽るものであること。バッジ以外の就業態度にも問題があるとした会社側の主張は事実と認められること。以上を理由に、着用禁止は正当とした。組合員は中労委に異議申し立てをしたが、2012年(平成24年)3月7日棄却された。
2002年5月27日、臨時大会の会場で国労組合員に殴る、蹴る、首を絞めるなどの暴行をしたとして、10月7日、警視庁公安部は、国鉄闘争支援者や国労組合員である中核派の8人を逮捕した。検察は勾留満期の10月28日、8人のうち6人が起訴され、2人が釈放された。その翌日の29日、警視庁公安部は国労組合員である中核派2人をさらに逮捕した。11月18日、2人とも起訴された。