天然記念物
とりわけ奈良公園の鹿は古典落語の題材(鹿政談など)になっているほどで、保護という公益が個人の人権を圧迫する場合に、どこまでバランスの支点を人よりに置くかは、古くからの行政の問題である。
長野県辰野町松尾峡の場合は、ゲンジボタル生息地として長野県天然記念物に指定された後に、町役場が観光用に他県からゲンジボタルを移入し、今も養殖を続けている(2009年現在)。その結果、移入ゲンジボタルが在来ゲンジボタルの個体数減少を引き起こしていることが問題となっている。上記のように、文化財保護法では、移入種を天然記念物に指定することも可能である。しかしながら、辰野町松尾峡の場合は、自然(在来)のゲンジボタル生息地として県天然記念物の指定を受けた後に、町役場が他県からゲンジボタルを移入したという点で問題であろう。
なお、同じく貴重な動植物の保存を目的とした法制度として「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」があるが、こちらは環境省の所管で、対象となっている種類も異なっている。
自然現象によって変化した人工物が指定されることもあり、地震動の擦痕と旧相模川橋脚は地震の影響を示す遺産として登録されている。