原核緑藻
プロクロロン属やプロクロロトリックス属は、クロロフィル a とクロロフィル b をもつ。クロロフィル a/b 比は、一般的な緑色植物に較べて高い(クロロフィル b は少ない)。一方、プロクロロコッカス属はクロロフィルa、bを欠き、ジビニルクロロフィル a、b(DV-Chl a, b; クロロフィル a2、b2 ともよばれる)をもつ。クロロフィル a を欠くという点で酸素発生型光合成生物の中で特異な存在である。また、原核緑藻はクロロフィル c 類似色素であるジビニルプロトクロロフィリド (Mg-3,8-divinyl pheoporphyrin a5 monomethyl ester; MgDVP) をもつことがある。
原核緑藻の中で、プロクロロン属とプロクロロトリックス属は緑色植物のクロロフィルb合成酵素(クロロフィリドaオキシゲナーゼ; CAO)と相同な酵素をもっている。しかしプロクロロコッカス属は、これをもたない。また原核緑藻におけるクロロフィルa/b結合タンパク質は、緑色植物のそれとは異なるものであることが示されている。