二条御所の戦い
だが、義昭は名目上とはいえ征夷大将軍であるため、世評を考慮した信長は義昭のもとに使者を送り、息子の信忠とともに出家し、武器を携えずに謁見すると申し出た。他方、信長は交渉を行いつつも、義昭の支持者が多かった上京に対する焼き討ちを準備した。
4月2日から4日にかけて、信長は配下に命じ、洛外と上京の焼き討ちを敢行した(上京焼き討ち)。これにより、市民に多数の死傷者が出た。二条御所に火の手はおよばなかったが、これを見た義昭側の反応は、「同所(上京)で聞いた恐怖なり不断の喚声に圧倒された彼らの驚愕は非常なもの」であったとされる。
さらに、信長は二条御所を包囲し、御所の周囲に4つの砦を築き、糧道を断った。御所は廃墟のなかで孤立を余儀なくされたため、籠城していた兵らは戦意を失った。
信長は義昭に降伏を勧告するため、朝廷を動かし、勅命による講和を義昭に求めた。義昭は進退窮まった結果、朝廷を頼り、正親町天皇の勅命講和に応じた。両者の間を斡旋したのは、関白・二条晴良ら3人の公家であった。
4月5日、信長の名代として、細川藤孝・佐久間信盛・津田信広が二条御所に入り、義昭に謁見した。
4月7日、正親町天皇から講和の勅命が出されると、信長と義昭はこれを受け入れて講和した。
4月8日、信長は義昭に謁見することなく、京都を出発し、岐阜へと帰還した。