ポケモンピンボール
盤面右側のレーンからモンスターボール(以下、ボールとする)がはじき出され、ボールを盤面下部に落とさないようにフリッパーなどでコントロールしながら、台から出現するポケモンを捕まえたり、捕まえたポケモンを進化させたりして図鑑を完成させるのが目的である。図鑑を完成させるにはステージを移動させるだけでなく、両方の台を遊ぶ必要がある。
赤台・青台のボーナスステージ3。ミュウツーの棲む研究室のステージで、今作最高の難易度を誇るラスボス的存在である。ミュウツーの周りを巡回する7つのバリアボールをかいくぐってボールをぶつけ、ミュウツーを倒すことが目的。赤台では21回、青台では23回ボールをぶつけるとステージクリアとなる。ミュウツーに3回ボールを当てるごとに、バリアボールが1個ずつ減っていく。制限時間は2分。ボールは何度落としてもリスタートできる。
ニャースステージとパウワウステージでは、ステージクリアが確定した後も制限時間に達するまではプレイを続行できるが、ボールを落下させると、リスタートは行われず、通常ステージに戻される(この場合、ステージはクリアしたものとして扱われる)。