安祥寺 (京都市)
しかしこの時期、天台宗の天海も出雲寺の復興を進めていたこともあり、当寺の境内地の内北東部が家康によって出雲寺に与えられ、その場所に出雲寺が復興されることとなった。出雲寺は後に毘沙門堂と呼ばれるようになる。
また、江戸時代初期より高野山宝性院の門主が当寺の座主を兼務したため、当寺は高野堂とも称されるようになった。
宝暦9年(1759年)に多宝塔が再建され、観音堂も文化14年(1817年)に再建された。
明治時代になり、神仏分離や廃仏毀釈の中で1870年(明治3年)に当寺は高野山宝性院の兼帯所からの独立を果たしたが、衰微が進み寺領のほとんどを毘沙門堂に売却し、当寺の規模は大幅に縮小された。
1890年(明治23年)に琵琶湖疏水(第1疎水)が境内を東西に分断する形で作られ、当寺は南北に分断されてしまった。
1906年(明治39年)11月8日に多宝塔が焼失する。
1962年(昭和37年)に琵琶湖疎水の南側にあった本坊を現在地である北側に移築している。
当寺は基本非公開だが、2019年(令和元年)に春の「京都非公開文化財特別公開」の一環として、本尊の十一面観音像が初めて一般公開された(2019年4月26日から5月10日まで)。