護聖院宮
幕府との良好な関係に努めていた護聖院宮も、上から一方的に取り潰されては、反幕姿勢に転じざるを得なかった。しかして、幼将軍義勝亡き後の嘉吉3年(1443年)9月、通蔵主日野有光ら後南朝勢が金蔵主を王に奉じて内裏に乱入し、神璽・神剣を奪取して比叡山に立て籠る事件が起きた。これが世に言う禁闕の変である。幕府は朝廷に要請して「朝敵を討て」との内容の綸旨を山門宛てに遣わし、衆徒を自陣へ引き込むことに成功する。結果として、後南朝勢は山門からの支援を受けることが出来ないまま、金蔵主・有光らは比叡山で討死し、通蔵主は生け捕られて四国へ流罪となるも、配所へ移送中の10月4日に摂津太田の辺で殺害された。享年15。
文安4年(1447年)12月には世明王の弟とみられる円胤(既に還俗していた)が紀伊国北山(和歌山県北山村)で挙兵したが、伊勢楠木氏の楠木正理と共に(『全休庵楠系図』)、同国守護畠山持国の部下によって討ち取られている。この事件を最後として、護聖院宮家係累の人物は史料の上から完全に姿を消し、やがて南朝皇胤による皇位回復の夢も潰えることとなった。