メダカ
平成14年度文部科学省「ゲノム解析等」によってゲノム解析がなされている。 自然科学研究機構基礎生物学研究所と新潟大学が遺伝資源の保護のため、メダカの飼育を行っている。
また、体軸や器官形成などの発生研究の他、脊椎動物では2番目、哺乳類以外では初めてとなる性決定遺伝子 Dmy が発見されたことから、哺乳類以外の脊椎動物での性決定機構を研究する上で注目されている。
脊椎動物の発生のモデル生物として、魚類では国際的にはゼブラフィッシュが良く用いられているが、日本国内ではその歴史的背景からメダカを用いる研究者も多い。現在、ゼブラフィッシュではHaffterら(1996年)やDrieverら(1996年)によって大規模スクリーニングが成功しており、メダカでも小規模では石川裕二らや、大規模では近藤寿人、古谷・清木誠ら(2004年)によって多くの突然変異体が見つけ出されている。
他に、生態学の分野では縄張り制の研究に用いられた。
発光遺伝子を持った「光るメダカ」などが台湾などから輸入され一部の業者で販売されている。「光るメダカ」とはメダカの受精卵のDNAの一部を、発光クラゲから取り出した蛍光起因を持つDNAと組み換えて作り出す遺伝子組み換え生物である。人為的に作られた生物のため、野生には存在しない。
遺伝子組換え生物は自然界に放たれた際の遺伝子汚染が危険視され、日本では遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律(カルタヘナ法)によって規制されている。この光るメダカは同法の承認がない状態で輸入・流通している違法な商品であるため、環境省及び農林水産省が同生物の回収を呼びかけた。
2023年3月に、形質転換されたミナミメダカが東京工業大学生命理工学部の淡水魚飼育室から大学院生により外部に持ち出され、愛好家の間で流通していることが確認された。このメダカはCre/loxPシステムによってDsRedとGFPを導入したメダカであり、紫外線の照射によって赤色の蛍光を示す。本件は国内初となるカルタヘナ法違反にあたり、5人が逮捕された。