秋田総合車両センター南秋田センター
500番台9両が配置されている。
500番台は五能線・男鹿線・津軽線で、1000番台・2000番台は男鹿線で運用されたが、EV-E801系およびGV-E400系気動車が配置されたため、運用が終了した。
2021年度に500番台1両・1000番台1両・2000番台2両が廃車された。
2022年度に500番台12両・2000番台2両が廃車された。