孝明天皇
最初に学問的に暗殺説を論じたのは、「孝明天皇は病死か毒殺か」「孝明天皇と中川宮」などの論文を発表した歴史学者・禰津正志(ねずまさし)である。禰津は、医師達が発表した「御容態書」が示すごとく天皇が順調に回復の道をたどっていたところが、一転急変して苦悶の果てに崩御したことを鑑み、その最期の病状からヒ素による毒殺の可能性を推定。また犯人も戦前の佐伯説と同様に、岩倉首謀・堀河実行説を唱えた。
次いで1975年(昭和50年)から1977年(同52年)にかけ、前述の伊良子光順の拝診日記が、滋賀県で開業医を営む親族の伊良子光孝によって『滋賀県医師会報』に連載された。この日記の内容そのものはほとんどが客観的な記述で構成され、天皇の死因を特定できるような内容が記されているわけでもなく、伊良子光順自身が天皇の死因について私見を述べているようなものでもない。だがこれを発表した伊良子光孝は、断定こそ避けているものの、禰津と同じくヒ素中毒死を推察させるコメントを解説文の中に残した。
孝明天皇暗殺説を唱えるもののごく一部(鹿島曻など)はさらに睦仁親王暗殺説を唱えることがある。即ち明治天皇は睦仁親王に成り代わって即位した別人(大室寅之祐)であるという説である(天皇すり替え説を参照)。当初この論を主張した鹿島の説では、大室は南朝の末裔であるなどとし、いくつかの理由が示されたが、いずれも事実無根であり、学会では議論の対象にすらなっていない。現在、この説は陰謀論の一つとなっている。
すり替え論の論議が進むと、鹿島のあずかり知らぬままに、根拠もなく大室は長州(山口県)の田布施地区出身であるなど唱えられ、この陰謀論は迷走を続けている。
これにより孝明天皇は勅許を決断したが、当の和宮は繰り返しの説諭にも折れず降嫁を拒否した。9月29日(旧暦8月15日)に和宮はついに降嫁を受諾し、12月26日(旧暦11月15日)に江戸城に入った。
正親町三条実愛を通して建白された長州藩の長井雅楽の「航海遠略策」が嘉納され、1861年7月9日(文久元年6月2日)、長州藩主毛利慶親は御製の和歌を賜った。
12月(旧暦文久元年11月)、薩摩藩の島津久光と島津茂久が近衛忠房を通じて家来の中山実善を京都へ派遣し上京のために勅命を求めてくるが、容れることは無かった。しかし、12月から翌1862年1月(旧暦12月)に御製の和歌を下した。
1863年4月から5月(文久3年3月)に家茂が上洛してきたときは、攘夷の勅命を下し、攘夷祈願のために賀茂神社や石清水八幡宮に行幸した。
もっとも行幸が孝明天皇自身の意思であるか疑問が存在する。孝明天皇は1863年6月8日(文久3年4月22日)付の中川宮宛の書簡で、5月27日(旧暦4月10日)の石清水八幡宮行幸について体調不良にもかかわらず三条実美らに「無理にでも鳳輦に載せる」と脅迫されたと告白し、同年の八月十八日の政変直後に出されたと見られる日付不明の二条斉敬・中川宮・近衛忠煕宛の書簡では「表ニハ朝威ヲ相立候抔抔ト申候得共、真実朕之趣意不相立、誠我儘下ヨリ出ル叡慮而已」と述べ自分の真意とは異なる勅語(「大和行幸の勅」)が作成される現状を嘆いている。
堀田は幕府が保証するため勅許をもらいたいという答書を4月18日(旧暦3月5日)に提出した。この頃には開国反対の立場にあった九条関白は幕府方へ転向した。逆に内覧を辞していた鷹司太閤は開国論であったはずが開国反対へまわった。九条関白は勅答案を起草するが内容は幕府への白紙委任であった。勅答は朝議を経て4月27日(旧暦3月14日)に堀田老中へ下すことになったが、4月25日(旧暦3月12日)、88人の公卿が列参して条約勅許へ反対の意思を示したことで孝明天皇も再考を示唆した(廷臣八十八卿列参事件)。『孝明天皇紀』では久我建通が4月24日(旧暦3月11日)に工作依頼の勅書を受け取って大原重徳、岩倉具視とともに行動に移したとされる。5月3日(旧暦3月20日)、堀田老中は御三家及び大名の意見をとりまとめ再奏するようにとの沙汰をした。
7月29日(旧暦6月19日)、幕府は日米修好通商条約に調印。この条約調印に関する奉書は8月6日(旧暦6月27日)に京都へ着き、朝廷では評議が開かれたが、孝明天皇は大変怒っていた様子であったと九条関白が日記に書いている(九条関白自身はこの会議へ出席しなかった)。翌8月7日(旧暦6月28日)の評議で九条関白に下した宸翰は譲位の意思を示していた。驚愕した一同は関東より御三家、大老・井伊直弼を上京させ事態の顛末を説明をする段取りをつけるとして諌止した。8月14日(旧暦7月6日)に大老と親藩の上京を求めた勅書が江戸についた。
崩御後、漢風諡号「孝明天皇」が贈られた。諡を持つ最後の天皇(明治天皇以後の追号も諡号の一種とする場合もあるが、厳密には異なる)。勘申者は八条隆祐。