MUSIC JAPAN
放送時間を1時間に拡大し、2009年12月20日 23:40 - 24:40に放送(12月28日 25:09 - 26:07に再放送)。
出演:AI、大塚愛、エリック・マーティン、HY、レミオロメン、May'n、東方神起
2012年6月15日(金曜日) 25:30 - 26:20(6月16日午前1:30 - 2:20)に放送。
出演:2PM、FTISLAND、T-ARA、AFTERSCHOOL、B1A4、2AM 他
番組開始当初から2年間は周りを全面黄金色の飾りに囲まれただけのセット(通称「黄金ルーム」)だったが、2009年4月5日放送よりメインMCセットと同様番組のテーマカラーである赤と白を基調にしたセットに変更され、1年間使用された。2010年4月11日放送からはテーマカラー変更とともにメインMCセットを一新。ピンクと萌黄色を基調にしたセットとなり、タイルの一部に「MJ」のロゴが入っている。
放送枠が拡大された2014年度からは、ユースケとPerfumeが常時NHKホールでの収録に参加。オープニングではユースケの「日曜夜は!」の呼びかけに対し、観客が「MUSIC JAPAN!!」と叫んで番組がスタートするようになった(省略してナレーションの水樹が呼ぶ場合もある)。以前のスタジオでの企画も存続していたが、回によってはNHKホールの壇上で出演アーティストとのトークやレクリエーション企画を行うケースも度々見られるようになった。
01月22日 - 大橋のぞみがユニットから離れ初の単独出演。「ノンちゃん雲に乗る」を歌う。
02月05日 - 声優の水樹奈々がこのMJに初登場し、「深愛」を歌った。本番組への声優の出演は初。水樹は同年4月から、この番組のナレーションをレギュラーで担当するようになった。
03月 - 2009年度よりPerfumeが司会を務めることが発表される。
2012年12月31日(月曜日) 15:05 - 15:48
2012年9月27日(木曜日) 22:55 - 23:25に放送。
2010年6月7日に収録。2010年8月1日・8日 18:10 - 18:40に放送。完全版はBS2で10月29日 23:00 - 24:45、総合で11月9日 25:00 - (11月10日 1:00 - )に放送。ナレーションは杉田智和。
出演:angela、GRANRODEO、高橋洋子、田村ゆかり、茅原実里、fripSide、牧野由依、水樹奈々、May'n
NHKホール収録主体の内容となった2014年からは、Perfumeが全国ツアーや海外ツアーにより公開収録に出演できない場合、2 - 3名の代理MC(うち1名はNHKアナウンサー)を置くようになった。
青井実、水樹奈々(2014年10月13日・20日)
吉田一貴、ハリセンボン(近藤春菜・箕輪はるか)(2014年11月24日・12月1日)
渡邉佐和子(NHKアナウンサー)、遊助(2015年6月29日・7月6日)
本田翼、ロッチ(中岡創一・コカドケンタロウ)(2015年10月11日・10月18日)