兵庫ブレイバーズ
監督が池内豊からコーチの山崎章弘に交代する。前期は優勝、後期は2位の成績で、前年に続いて06BULLS(後期優勝)とチャンピオンシップを戦ったが、1勝3敗の成績で再び苦杯をなめた。
シーズン終了後、関西独立リーグから脱退し、BASEBALL FIRST LEAGUEを06BULLSとともに設立する。
このとき、ドラフト指名対象外となった山川和大は次年度が卒業予定となる2016年のドラフト会議で、読売ジャイアンツから育成3位で指名を受けた。
また、社会人野球の統括団体である日本野球連盟も芦屋学園との関係を問題視し、BFLとの間では「加盟外チームとの対戦」を可能にする協定書の締結をおこなっておらず、元リーグ所属選手の扱いについても他の独立リーグと格差を設けている(関西独立リーグ (2代目)#日本野球連盟との関係も参照)。
一方、2016年の山川に続き、2017年にはやはり芦屋大学に在籍する田中耀飛が支配下登録枠でのドラフト指名を受け、「兵庫に所属する芦屋大学の選手」が2年連続でNPBドラフトで指名された。
2022年時点では、芦屋学園とはスポンサー契約はしているものの、2・3軍への在学生受け入れは「停止状態」、あるいは「提携は解除した」と報じられている。
兵庫ブルーサンダーズ時代の2019年に女子硬式野球チームを発足させた(関西女子硬式野球野球リーグへの参加は2020年2月)。この女子チームは男子チームと異なり名称を変更せず、現在は女子チームの名称として「兵庫ブルーサンダーズ」が使用されている。なお、2020年からは女子チームの運営は分離されており、2021年12月には関西独立リーグ及び兵庫ブレイバーズ公式ホームページで「一般社団法人兵庫ブルーサンダーズが現在運営している球団は、「兵庫ブレイバーズ」のみ」「一般社団法人兵庫ブルーサンダーズと女子硬式野球チームの「兵庫ブルーサンダーズ」とは、無関係です」と明言されている。