吉良氏
永正5年(1508年)、今川義忠の子氏親が再び遠江に侵攻して同国の守護職を獲得すると、吉良氏は浜松荘を守るために再び代官を親今川の飯尾氏に交替させた。親斯波の大河内氏は今川氏への抵抗を続け、飯尾氏の本拠引間城を奪い遠江復帰を図る斯波義達を迎え入れたことから、今川氏親は永正14年(1517年)に引間城を奪還して大河内・巨海氏らを滅ぼした。この間吉良氏は大河内氏を抑えることはせず、といって飯尾氏を積極的に支援する姿勢も示さず、今川・斯波両氏の抗争の間で遠江の所領支配を確保するため柔軟に対応していたと見られる。しかし、斯波義達は捕らえられて本国尾張国に送還され、浜松荘代官の飯尾賢連は今川氏に属することとなった。
西条吉良義信は明応の政変後の足利将軍家の家督争いで足利義尹(義稙)派に属し、永正5年の義稙の将軍復帰に功績があったとして三河守護に任じられたとする説があるが、吉良氏の在京奉公は義稙政権の弱体化が進むにつれて次第に確認されなくなっていく。同じ時期に吉良氏は今川・斯波氏の抗争の板挟みとなり、ついには遠江が今川氏の分国となった結果、西条吉良義尭は残された所領のある三河に下国して現地支配に専念する方針に転換した。なお、今川氏の系譜から今川氏親の長女が義尭の正室であったことが判明している。
南北朝時代、貞義の子満義は嫡男満貞とともに観応の擾乱で足利直義派に属して各地を転戦し、一時的に南朝にも帰順した後、最終的に室町幕府に降った。しかし、その間に前期東条吉良氏が陸奥国に移った後の吉良荘東条の被官層が北朝・尊氏派として満義の幼少の四男尊義(義貴)を擁立し別家(東条吉良氏)を立てたため、以後西条に勢力を限定された嫡流(西条吉良氏)とは、互いに正統性を主張して争ったが、後に和睦したという。西条吉良氏は資料上「吉良殿」と記されるのに対し、東条吉良氏は「東条殿」と呼ばれる。
初代長氏の隠居所として築かれた館は「丸山御所」と称されたが、室町時代の西条吉良氏当主は京都にあって足利氏一門の中でも渋川氏・石橋氏の両家とともに足利御三家として別格の格式を有した。評定衆に代々任じられた家の中でも吉良氏は式評定衆として他氏出身の出世評定衆よりも重んじられたが、いっぽうで世襲の守護領国を形成する方向への発展はなかった。
東西両吉良氏は南北朝時代以来およそ1世紀の間抗争を繰り広げ、応仁の乱でも西条吉良義真が東軍、東条吉良義藤が西軍にそれぞれ属して戦ったという。
「法式」13条、「禁制の目」10条から成る。吉良宣経により制定されたとするが、後世の潤色がなされている。