神祇官
神祇を祭り、諸国の祝部(ほうりべ、神主や禰宜の下の神職で神戸から選ばれた)の名帳(名簿)や神戸の戸籍の管理、大嘗祭・鎮魂祭の施行、巫()や亀卜を司った。
神祇令規定の実際の祭は以下のとおり:
2月:祈年祭
3月:鎮花祭
4月:神衣祭、大忌祭、三枝祭、風神祭
6月:月次祭、鎮火祭、道饗祭
7月:大忌祭、風神祭
9月:神衣祭、神嘗祭
11月:相嘗祭、鎮魂祭、大嘗祭
12月:月次祭、鎮火祭、道饗祭
このうち祈年祭、月次祭、大嘗祭(新嘗祭)には諸国の祝が召集されて忌部から幣帛(ぬさ、みてぐら。供物のこと)を班給された。近年では、このような全国的規模の祭祀(=神社機構)統括のために、本来地位が低い神祇官が太政官と併置されたといわれる。
古代の神社の社格である「官幣社」は、祈年祭の奉「幣」を神祇「官」から直接受ける神社を意味する(国幣社は国司から受ける)。
亀井茲監:2月20日(3月13日) - 閏4月27日(6月17日)
平田銕胤:2月20日(3月13日) - 3月4日(3月27日)
矢野玄道:2月20日(3月13日) - 3月4日(3月27日)
谷森善臣:2月22日(3月15日) - 3月4日(3月27日)
明治5年3月14日(1872年4月21日)、神祇省は廃止された。これは、神殿造営に関して福羽美静が唱えたように、新時代の祭政一致は天皇親祭とされ、天皇自らが行うことが理想とされたためである。神祇省が担当した祭祀業務は宮内省式部寮が行うとされた。同年3月18日(4月25日)に先に遷座された歴代皇霊を除く八神殿の祭神は宮中賢所に仮遷座され、同年11月27日(12月27日)に神殿・皇霊殿が完成し、八神は天神地祇と併せて神殿に祀られ、歴代皇霊は賢所から皇霊殿に奉遷された。また国学、儒学中心の宣教は不可能とされ、仏教勢力の地盤と教化能力を取り入れる為に神仏儒の合同布教体制となり、国民教化の専門機関として教部省が設置された。
伴部のうち神部の職務は祭祀神事の諸般の実務を行うことだが、令には明らかな定めがない(『令集解』職員令讃説)。斎部広成の『古語拾遺』には、以前は中臣・斎部・猿女・鏡作・玉作・盾作()・神服()・倭文()・麻績などのいわゆる「名負氏()」が任命されたが、今は中臣・斎部ら2・3の氏族のみで他の氏族は絶える恐れがあると記載があり、『古語拾遺』が成立した9世紀初頭の状況と考えられる。また、『令集解』の記載(讃記)により、忌部のみから選ばれたとする説もある。