国内留学
しかし「指導者を頼ってくる県外の選手が技量が高くても試合に出られない」と1997年に撤廃された。これ以降規制がかかったことは無い。
また、2007年4月に発覚した西武ライオンズによるアマチュア選手及び指導者への資金提供問題で、早大の清水勝仁がその資金を受け取っていたうえ、西武球団の紹介で他県の高校へ野球留学をしていたことも判明した(清水は兵庫県出身。野球特待生制度で岩手県専大北上高に「野球留学」した。これは野球のみを理由にした「野球特待生制度」を禁止していた高野連の当時の規約に抵触する)こともあり、受け入れていた高校の野球部は解散するという事態にまで至った。高野連は「野球特待生制度」を行った高校をこのとき初めて調査し、野球留学と「野球特待生制度」との関係を問題視した。ただし、野球留学で入学した生徒の全てが「野球特待生」であるという根拠は、高野連からは一切提出されていない。このため、両者は絶対にイコールの関係であるとは断定できない。
しかし、「野球特待生制度」を高野連が禁止することそのものが問題であるという見解も多い。2007年春の野球特待生問題の際には、『朝日新聞』以外のほとんどの全国紙・テレビ局などが、高野連に対し何らかの批判を行った。