防長減封
防長減封後、輝元の領していた安芸、および備前の二国50万石は、東軍の勝利に大きく貢献した福島正則に与えられた。その居城となる広島城は輝元の本城であり、敵軍総大将の居城が恩賞として与えられたということは、正則が関ヶ原の戦いにおける功績第一と評価されたことを意味していた。
領国を防長二国に減封されたことにより、輝元は財政難や家中統制に悩まされることとなった。だが、輝元は内政面では優れた能力を見せ、その危機を見事に切り抜けて、のちに明治維新を主導する雄藩となる長州藩の礎を築き上げた。
他方、領地を大幅に減封された毛利氏の徳川氏(江戸幕府)に対する恨みは凄まじく、江戸時代を通して、毎年元日には幕府を呪う儀式を行い続けたという。
井伊直政もまた、家康に起請文を破ることへの不義を訴えたため、家康も輝元の処遇を考え直した。
10月10日、家康の命により、毛利氏の所領は山陽・山陰8ヶ国の120万5千石から周防・長門2ヶ国の29万8千石に減封され、輝元が保持していた祖父以来の領地も多くが失われた。結局、輝元が隠居することにより、輝元の嫡子・秀就が周防・長門2ヶ国を安堵される形で決着し、毛利氏の改易は避けられた。
輝元は大坂城という絶好の拠点を手放したために、所領安堵を反故にされても、家康に対して強硬的な態度を取ることが不可能になり、減封の処分を受け入れざるを得なかった。輝元が所領安堵を取り消されて減封された理由は、家康の大坂城入城後に輝元の西軍への積極的関与、西国への侵攻の事実が明らかになったからということであったが、家康はそれらの事実を関ヶ原の合戦前から知っていたと考えられており、減封は既定路線であった。
関ヶ原で激戦を繰り広げた東軍には、無傷で退却する毛利勢を攻撃する余力はなかった。
西軍の敗退後、秀元や立花宗茂、島津義弘らは大坂城で籠城して戦い、家康に一矢報いるべきだと主張した。輝元には秀頼を擁して、大坂城で籠城して戦うという選択肢が残されていた。また、大坂には無傷で帰還した毛利勢や、本戦に参加しなかった軍勢も多数存在した。無傷のまま温存された毛利勢は、合戦で疲弊した東軍にとって大きな脅威であった。家康は輝元が秀頼を奉じて大坂城に籠城し、抵抗を続けることを恐れており、輝元を城から退去させる必要に迫られた。
そのため、家康は輝元に対して、9月17日に両者の良好な関係を望むとの書状を送り、大坂城からの退去を促した。輝元もまた、9月19日に家康に返書を送り、所領安堵に関してどうなるかを聞いている。9月22日付の起請文では、輝元が所領安堵を条件に、大坂城西の丸からの退去する旨を記している。
そして、9月25日に輝元は所領安堵の起請文を受け取ると、秀元らの主戦論を押し切り、大坂城西の丸から退去し、木津の毛利屋敷に入った。