指定金融機関
ただし、三菱UFJ銀行側は口座振替のみ継続することを容認しており、多くの自治体もそれを受け入れたが、納付書と口座振替をセットで扱うことを条件として口座振替も含めた打ち切りに至ったのは10自治体となった。これらを受けて、三菱UFJ銀行では、2020年12月14日に、「一部自治体さまとの『税公金取扱い』終了に関するお知らせ 」を発表し、2021年3月31日で取扱いを終了する自治体および一部事務組合のリストを発表している。
一方で、政令市の京都市では、5年ごとに指定金融機関を公募して指定金融機関選定委員会が選定するという形をとっているが、2021年4月から2026年3月までの期間に対する公募で、三菱UFJ銀行のみが応募し、公金支払手数料無料、公金収納手数料無料、区役所・支所の会計窓口業務(職員の派出等)無料などの条件を提示して選定されており、地方公共団体によって対応を異にしている。長刀鉾町にある京都支店は三菱UFJ銀行の中で最大の支店であり支店長は「出世の登竜門」とされること、京都市に本社を構える大企業(ニデック、京セラ、オムロン、島津製作所等)が揃って三菱UFJ銀行をメインバンクにしていること等、人的ネットワークの結びつきが特に重視される京都財界の事情が絡んでいる。
平成31年4月に地方税法に基づく地方税共同機構が設立され、全ての地方公共団体の「特定徴収金」の収納の事務を行うことになった(地方税法第747条の6第1項)。また、特定徴収金の収納事務は、機構が委託する「特定金融機関等」(地方税法第747条の6第3項)と機構が指定する「機構指定納付受託者」(地方税法第747条の8第1項)が扱うこととされ、全ての地方公共団体の地方税を「地方税共通納税システム」(令和元年10月開始)や「地方税統一QRコード(eL-QR)」(令和5年4月開始)を用いて納付できる仕組みが整備された。従前の指定金融機関や指定納付受託者などは地方公共団体ごとの指定だったのに対し、地方税共同機構を介する制度設計がされたことにより、機構が委託する特定金融機関等と機構が指定する機構指定納付受託者から全ての地方公共団体への納付が可能になった。なお、地方税法に基づくもので、特定徴収金は「地方税に係る地方団体の徴収金」(地方税法第747条の6第2項)とされているため、地方税以外の地方公共団体の歳入は対象とならない。
コンビニ収納などの新しい収納方法の収納手数料は、コストに対して適正な額が設定された。そうすると、納付書や口座振替の無料または10円以下というような手数料水準と比べて相対的に高い額となり、結果として、新しい収納方法の導入には地方公共団体の財政負担が必要ということを意味した。平成21年にみずほ情報総研が実施した地方公共団体を対象とする調査でも、回答した地方公共団体のうち90.7%が「新しい公金収納方法の問題点」に手数料負担の増加を指摘している。このため、収納手数料の財政的な負担と住民の利便性向上を天秤にかけた判断を求められ、早期に対応した地方公共団体がある一方で、対応が進まない地方公共団体も見られることになった。