北越学館事件
内村は愛国心と独立の精神を持っていたので、外国人宣教師や牧師の成瀬仁蔵と学校行政の問題をめぐって激しく対立した。内村は自らの信念に従って行動して、内村と宣教師たちの対立は学館紛争になり、激化した。
この紛争は生徒をも巻き込んだ。生徒は「北越学館の独立を計らんための結合」を誓う、内村支持の誓約書が作成され136人が署名した。学館の発起人たちは、これは内村による煽動であると見なした。阿部欽次郎、加藤勝弥、成瀬仁蔵ら発起人は、内村の「意見書」につき会合を開き協議をする。その結果、外国人宣教師の援助を打ち切る必要はないことを決定した。
この両者の紛争の調停を図るために、新島襄は横井時雄を新潟に派遣したが、効果はなかった。とりわけ、成瀬が激しく内村と対立して、自らも「意見書」をあらわし、内村の非を五項目にわたり列挙した。
その年の12月に内村は北越学館を辞任して、東京へと去った。後任には後に、内村と共にキリスト教界の四村と呼ばれた松村介石が赴任した。この事件に関連して、棚橋一郎、志賀重昂らの国粋主義者が関係していた雑誌『日本人』が内村鑑三の擁護論を掲載した。