熊野三山本願所
御前庵主は、那智本社13社殿のうち主祭神結神、瀧宮を含む上五社宮ほかを分掌する。史料上の初出は、近年の研究によれば永享11年(1439年)にさかのぼると見られ、仁王門の関銭を質に借銭をする旨を記した借用状がある。弘治3年(1557年)の勧進帳は、庵主良厳とその弟子が貴賎に「六十万数札」を勧進賦算するとしたもので、熊野と時宗との結びつきを示すものとして早くから注目されてきた。
しかしながら、社家側の史料では、祈祷はことごとく社家の役割であるとし、本願の役割は否定されている。これは、近世になって経済的再建を果たしつつあった社家の反撃により、本願の地位が否定され、社内の地位から排除されていった動きと関連するものである。
近世に入ってからの熊野三山本願所に生じた大きな変化としてまず指摘されるのは、新宮庵主と当山派修験道の大寺院である飯道寺梅本院との兼帯に関して出された、延宝3年(1675年)の幕府の覚書である。従来の研究は、この覚書を本願と修験道との兼帯の禁止と捉え、修験道からの離脱を強いられたことにより、熊野山伏・熊野比丘尼への統制と願物の徴収が滞り、本願の衰退の契機となったと考えてきた。しかしながら、延宝の覚書の第二条にあるように、幕府が本来問題としたのは本願所住職と熊野先達としての梅本院住職との兼帯であって、修験道を禁止したわけではない。むしろ、元禄9年(1696年)の幕府覚書が明言する通り、本願が配下の山伏・比丘尼を支配する力は何ら否定されていないばかりか、兼帯禁止の後も新宮庵主は熊野先達号と比丘尼大姉号の免許権を維持し続けていた。こうした点から、延宝3年の覚書が本願の衰退にどの程度の影響をもったのかは、議論の余地がある。
本願の本来の職分である造営役についても変化が見られる。近世社寺の勧進活動は幕府の許可制になっていたが、熊野三山の本願もその例外ではなかった。例えば享保6年(1721年)には幕府より新宮・那智に対し勧進許可が出されているが、本願所史料には勧進許可状は伝わっていない。このことから、幕府は社家に造営を統轄させたと考えられているが、これは造営・修造に関する一切を本願が掌握してきた近世以前のありかたとは大きく相違する。
近世初期には新宮を首座として熊野本願九ヶ寺と称する本願仲間を形成し、連携して職務の遂行にあたった(→#活動と組織)。
15世紀後半以降、本願所は造営・修造を担う組織として機能していたが、熊野三山では本来衆徒が独占していた社寺の縁起や仏事・神事といった社役にも深く関与するようになり、三山の運営に大きな役割を担うようになっていった。しかしながら、ほかの寺社と同じく本願と社家の間には緊張関係があった(→#社役と本願)。17世紀以降には、造営・修造と社役との聖俗両面における本願の役割を否定し、社内における主導権を奪い返そうとする社家と、一山における地位を守ろうとする本願との間で相論が繰り返された(→#社家との相論)。18世紀半ばには、近世以降の社家の経済的再建と江戸幕府・紀州藩の宗教統制を背景にした社家の反撃により、本願の退勢は決定づけられるに至った。しかしながら、単なる造営役を越えて年中行事や祈祷に関する役目を担っていた本願を、社家は完全に排除することはできず、明治の神仏分離まで存続した(→#衰退と終焉)。