近隣結合法
近隣結合法では、進化的距離を計算した全ての生物に対して、まず出発点となる放射状の星状系統樹を暫定的に作成する。ここで、星状系統樹の中心に位置するノードをaとし、系統樹の葉にあたるノードに自然数をナンバリングする。葉の集合を L {\displaystyle L} 、葉の数を | L | {\displaystyle |L|} とすると、この星状系統樹の枝長の総和 S 0 {\displaystyle S_{0}} は以下の式で表される。
S 0 = ∑ i ∈ L d i a = 1 | L | − 1 ∑ i < j ∈ L d i j {\displaystyle S_{0}=\sum _{i\in L}d_{ia}={\frac {1}{|L|-1}}\sum _{i<j\in L}d_{ij}}
次に、葉iと葉jの生物を1対1で結合して括り出し、上図Bのような系統樹に変形する。この新たな系統樹の枝長の総和 S i j {\displaystyle S_{ij}} は以下の式で表される。