日本甜菜製糖
1963年(昭和38年)に粗糖が自由化し、1965年(昭和40年)に「砂糖の価格安定等に関する法律」を施行したが、製糖会社には合理化の波が押し寄せた。日本甜菜製糖も厳しい経営であったが、この頃の北海道内におけるビートの作付面積は50,000 haを超えており、1 ha当たりの収量が40 t台にまで伸びていたため、1966年(昭和41年)に士別製糖所の設備を増強したほか、1970年(昭和45年)には河西郡芽室町に東洋一とも言われる大型工場「芽室製糖工場」を建設した。同一原料集荷区域に帯広と芽室の2工場が稼働することになったため、1976年(昭和51年)に周辺の都市化が進んでいた帯広製糖所を閉鎖し、翌年に芽室製糖工場に統合した(これを機に芽室製糖所と改称)。
芽室製糖所は、日本国内初となるビート糖液をタンクに貯留し、原料処理終了後に精製工程に戻す「濃厚汁製糖法」を採用しており、作業の効率化、低コスト化に寄与している。1989年(平成元年)には旧帯広製糖所の一角に、ビート糖業の歴史を紹介する企業博物館「ビート資料館」が開館した。
1998年(平成10年)には帯広の工場跡地を活用し、「イトーヨーカドー帯広店」を核店舗とした「ニッテンスズランプラザ」を開業し、2004年(平成16年)には隣接して「フレスポ・ニッテン」がオープンした。2008年(平成20年)に広尾郡広尾町において日清丸紅飼料との合弁会社「とかち飼料」を設立し、2010年(平成22年)には十勝港に隣接した飼料製造工場の試験操業が始まった(翌年から本格操業開始)。
ところが、翌年に日中戦争が勃発すると、国の施策が軍事優先となり、ビート糖業は肥料不足などで衰退していった。1944年(昭和19年)には第二次世界大戦の戦時要請に基づく企業統合により、北海道製糖は明治製糖の傘下となり「北海道興農工業」と改称した。これに伴い、北海道内のビート糖業は帯広、幾分内(標茶)、士別の工場が1社に統合することになり、清水工場は砂糖製造を廃止して軍の命令による航空燃料用のブタノール(アルコール燃料)工場になる計画であったが、転換途中で終戦となった。
1947年(昭和22年)に北海道興農工業は「日本甜菜製糖」と改称した。戦後は自由経済によりビート糖が安価な輸入糖との競争に晒されることが危惧されたため、1953年(昭和28年)からビート糖を日本国政府が買入れる10年間の限時法「甜菜生産振興臨時措置法」が施行された。安定成長の法的根拠を得たビート糖業は、製紙業、セメント業界とともに「三白景気」を迎えて戦後復興期を支えた。
1959年(昭和34年)には、網走郡美幌町に製糖所を建設した。この時期には経営の多角化と体質強化を図るため、山口県下関市に製糖所(2001年閉鎖)、帯広市に飼料工場(2011年閉場)、清水町に紙筒工場を建設した。特に、紙筒工場で開発した「ペーパーポット」は、苗の移植栽培を可能としたため、収量性が飛躍的に向上した。