山形県沖地震
6月18日22時25分、政府は首相官邸危機管理センターに官邸対策室を設置。官邸対策室には震度6強の地震発生時に自動招集される関係省庁の局長級による緊急参集チームが集合し、内閣官房長官の菅義偉は22時40分過ぎに、内閣総理大臣の安倍晋三は23時10分過ぎにそれぞれ官邸入りした。対策室に於いて内閣総理大臣から「早急に被害状況を把握すること」「地方自治体とも連携して被災者の救命・救助などの災害応急対策に全力で取り組むこと」「国民に津波や避難に関する情報提供を適時的確に行うこと」の指示が発せられた。
気象庁は、地盤が今回の地震で緩んだことを理由として山形県鶴岡市と新潟県村上市の土壌雨量指数基準、つまり土砂災害警戒情報や大雨警報、大雨注意報の発表基準を通常の7割、鶴岡市北部の土砂災害警戒情報については同8割とした。
消防庁は6月18日22時22分、消防庁災害対策本部を設置、関係する都道府県に対し緊急消防援助隊(緊援隊)の出動準備を依頼した。翌19日8時45分には緊援隊の出動準備の解除を連絡した。
新潟市では津波注意報が発表されたことから多くの市民が避難したが、津波避難所に指定されている公共施設や民間の高層ビルなどの避難所の多くが開放されなかった事から、市や県など行政の対応を疑問視する声が上がった。実際に新潟港では10 cmの津波が観測された。
村上市の国道345号では、板貝地内の弘法トンネル付近において地震による落石のため通行止めとなったが、21日午後に解除された。
この地震は1964年(昭和39年)の新潟地震 (Mj7.5) や1983年(昭和58年)の日本海中部地震 (Mj7.7) などと同様に、日本海東縁変動帯(ひずみ集中帯)で発生した地震である。また、この地震の震源域は新潟地震の震源域の北に隣接する。この付近ではプレートテクトニクスの観点からユーラシアプレート(アムールプレート)と北アメリカプレート(オホーツクプレート)の大陸プレート同士が衝突し、日本海側の前者が日本列島側の後者の下に潜り込んでいると考えられ、東西方向からの圧縮運動が起きているため、比較的大きな地震の多い箇所である。