四国旅客鉄道
JR四国の各線でトロッコ列車や観光列車を運行している。これらの列車はすべて気動車で運行されており、電車で運行される列車は存在しない。これは、前述の通りJR四国管内の路線の大部分が非電化であるためである。
7月10日:寝台特急「サンライズ瀬戸」運転開始。
1999年(平成11年) 3月13日:急行「よしの川」廃止によりJR旅客6社で初めて急行列車全廃。
2000年(平成12年) 10月14日:土讃線の特急で「アンパンマン列車」運転開始。 11月:シルバーシートを「優先座席」に名称変更する。
2001年(平成13年) 5月13日:高松駅新駅舎完成。同駅の移転により予讃線・高徳線の営業キロが0.3km短縮。 6月22日:改正JR会社法が施行(成立は2001年6月15日)。本州3社が本法の適用から除外されたものの、指針によりJR四国を含む三島会社とJR貨物との協力関係の維持を規定。
2002年(平成14年) 7月1日:土佐くろしお鉄道ごめん・なはり線開業 に伴い、同線との相互直通運転開始。
2003年(平成15年) 9月30日:特急の車内販売を全廃(子会社の四鉄構内営業の解散による)。 10月1日:瀬戸大橋線 快速「マリンライナー」に5000系電車投入。
2004年(平成16年) 4月1日:バス部門をジェイアール四国バスに分社化。 9月18日:2004年の鉄道友の会ブルーリボン賞を受賞した5000系5100形車両の授賞式が高松駅で開催。 10月13日:特急「いしづち」でリニューアル工事を受けた8000系電車が運転開始。同年12月20日、特急「しおかぜ」でも運転開始(ともに一部列車)。
2006年(平成18年) 3月1日:臨時駅を除く全駅を対象に駅番号表示を開始(JR旅客6社で初。
四国とともに光り輝く。四国想いの「総合サービス企業」として。
1987年(昭和62年) 4月1日:国鉄が分割民営化され、四国旅客鉄道(JR四国)発足。 7月1日:国内旅行業開始。 10月2日:予讃本線坂出駅 - 多度津駅間電化。
1988年(昭和63年) 4月1日:中村線が廃止され、土佐くろしお鉄道に転換。同時に同線との相互直通運転開始。 4月10日:本四備讃線(瀬戸大橋線)開業、快速「マリンライナー」運転開始。これに伴い、宇高連絡船(ホーバークラフト含む)が高速艇を除き9日限りで廃止。高徳線高速化(最高速度110km/h、それまでは85km/h)工事完成。特急「うずしお」運転開始。 6月1日:線路名称の「○○本線」の呼称を廃止。
1989年(平成元年) 3月11日:特急「南風」「しまんと」で2000系気動車運転開始。瀬戸大橋線児島駅 - 宇多津駅間と土讃線多度津駅 - 阿波池田駅間高速化(最高速度120km/h)。 7月1日:土讃線阿波池田駅 - 高知駅間高速化(最高速度120 km/h)。 10月14日:高松駅前 - 東京駅前間に夜行高速バスを運転開始。
1990年(平成2年) 4月1日:宇高連絡船高速艇が運航休止。 11月21日:特急「しおかぜ」にも2000系気動車を投入。予讃線の伊予北条駅 - 伊予市駅間が電化。予讃線・内子線・土讃線高知駅 - 窪川駅間(最高速度120 km/h、一部区間110 km/h)と牟岐線が高速化(最高運転速度110 km/h)、特急「うずしお」牟岐線乗り入れ開始。
1991年(平成3年) 3月16日:運航を休止していた宇高連絡船の高速艇を廃止(これにより宇高航路が完全に廃止)。
それでも利用客からは全面禁煙化の要望も多く、受動喫煙を防止するよう定めた健康増進法が施行されたこともあって、特急車両である8000系や2000系では喫煙ルームの設置を新たに行うことで分煙化を進めてきた。
2007年時点では指定席のみが禁煙席で、2011年までには全席禁煙とすることが発表されていたが(「南風」運用の「アンパンマン列車」は先行して客室禁煙としていた)、当初より前倒しして2008年3月15日からすべての車両がデッキも含めて完全禁煙となった。2010年12月17日、2011年3月のダイヤ改正で特急列車の喫煙ルームを廃止することが発表され、車内を全面禁煙化することとなった。2011年まで8000系電車で喫煙ルームとして利用されていた場所は、携帯電話ルームとして誰でも利用できる。
なお、経営合理化のため、特急停車駅であっても無人駅に加えて有人駅だが日中以外は駅員不在という駅も増えており、そういった無人駅ないし駅員不在の時間帯では乗車券・特急券は停車中の駅ホームないし車内改札にて車掌(複数名乗車していることがある)が回収する。
JR四国で運行している列車種別は「特別急行」(特急)・「快速」・「普通」の3種類である。
旅客営業規則には「普通急行列車」(いわゆる急行)の記載があるものの、1999年の「よしの川」の廃止後はJR四国では定期運行されていない。