OMNY
サーベイラン・テクノロジー・オーバーサイト・プロジェクト (STOP) はOMNYシステムにプライバシー規制がないこと、特にニューヨーク市警察が監視に使用したり、アメリカ合衆国移民・関税執行局と情報を共有して移民を追跡するなどの行為が行われる可能性があるという懸念を示している。
2020年2月、MTAはApple Payのエクスプレストランジット機能を使用しているメトロカード利用客において、誤って運賃が二重請求される可能性があると警告した。これは乗客が意図せずに携帯電話をOMNYリーダーの近くに置いた際に発生し、メトロカードとOMNYで別々に運賃が引き落とされる結果二重請求となるものである。警告が行われた時点ではこの問題は比較的稀なもので、30回発生したことが報告されている。