脱ユビキチン化酵素
DUBの触媒ドメインは、 USP、OTU、MJD、UCH、MPN+/JAMMなどのグループに分類される。最初の4つのグループはシステインプロテアーゼであり、MPN+/JAMMは亜鉛メタロプロテアーゼである。システインプロテアーゼ型のDUBはパパインに類似しており、同様の作用機構を有する。ユビキチンと基質の間のアミド結合の加水分解の触媒には、触媒二残基または触媒三残基のいずれかが利用される。システインプロテアーゼ型のDUBの触媒活性に寄与する活性部位の残基は、システイン、ヒスチジン、そしてアスパラギン酸またはアスパラギン(触媒三残基のみ)である。ヒスチジンは、触媒三残基ではアスパラギン酸またはアスパラギンによって、触媒二残基では他の方法で極性化される。この極性化はシステインのpKaを低下させ、ユビキチンのC末端と基質のリジンの間のイソペプチド結合への求核攻撃を可能にする。メタロプロテアーゼ型DUBでは亜鉛イオンがヒスチジン、アスパラギン酸、セリン残基に配位しており、水分子を活性化してイソペプチド結合への攻撃を可能にする。