ファーミキューテス門
ファーミキューテス門は、マウスとヒトの腸内細菌叢の大部分を占めている。腸内細菌叢の一部であるファーミキューテス門細菌は、エネルギー吸収に関与しており、糖尿病と肥満の発症に関連している可能性があることが示されている。健康なヒト成人の腸において、最も豊富な系統はFaecalibacterium prausnitziiであり、腸全体の細菌数の5%を構成している。この種は、肥満によって引き起こされる軽度の炎症の減少に直接関連している。F. prausnitziiは、非肥満の子供よりも肥満の子供の腸内で、より高いレベルで発見されている。
複数の研究で、痩せた対照よりも肥満の人に多くのファーミキューテス門細菌が見られた。肥満患者では、特にファーミキューテス門細菌の内でもLactobacillusの相対存在量が高いことが発見されている。減量食を摂取した肥満患者は腸内のFirmicutesの量が減少していることを示した研究例もある。