ポケットモンスターSPECIAL
カントー四天王事件から1年後。ジョウト地方・ワカバタウンに住む少年・ゴールドは近所では有名な「ポケモン屋敷の坊」であり、近所の人気者でもあった。
ある夜、ゴールドはひょんなことからたんぱんこぞうのゴロウと出会う。オーキド博士から言い付かってウツギ博士に荷物を届けに行く途中だというゴロウの話を聞いたゴールドは、オーキド博士とラジオで共演している憧れのアイドル・クルミちゃんのサイン目当てにゴロウが荷物を届けオーキド博士の所に戻るまでの道中に強引に同行することを決める。
ところが道中でゴールドのリュックと、中に入っていたポケモンが何者か(ロケット団残党)に盗まれてしまう。犯人はウツギ博士へ届ける荷物と間違えてゴールドのリュックを盗んだのではないかと推測したゴールド達は犯人が次にウツギ博士のところに向かうと予想し、ウツギ博士の研究所へと向かう。研究所に到着したゴールドが遭遇したのは赤色の髪をしたゴールドと同年代の少年だった。
届け物を持ってアローラ地方を旅する少女・ムーンは、貯金1億円を目指しナマコブシ投げのバイトに励む少年・サンに出会う。
ゲーム版ではネットワークマシンを完成させるための部品となる宝石だったが、本作では上述の紅色の宝珠・藍色の宝珠の欠片である。ホウエン地方の風土を再現する力があり、風土によってフォルムチェンジするデオキシスの能力を補うためにロケット団が使用した。事件後はマサキによって回収されマユミ・アズサ姉妹がそのルーツを探っていたが、第13章にて周囲のエネルギーを吸収してかつての「宝珠」の形に姿を変える。
何度使用しても進化の石としての力を失わない、一部のポケモンを進化させる石。
この種類にはそれぞれほのおのいし・みずのいし・リーフのいし・かみなりのいしの計4種類がある。
クチバ湾の海底に存在し、かつてレッドのニョロがニョロゾからニョロボンに進化したのもそのためだとカントー地方のポケモンだいすきクラブ会長は語る。
イエローが辿りついた時はほのおのいし・みずのいし・かみなりのいしの3つは既に無く、リーフのいしだけが残っていた。実は3つの石はサカキが入手し、レッドに手渡していた。
剣創人
盾シルドミリア
フレア団に追われる身となったエックス・ワイ・ティエルノ・トロバ・サナ達5人が立てた。内容は以下の通り。 一、知らないオトナについていかないこと 一、知らない建物に入らないこと 一、むやみに人に名前を教えないこと 一、電話やホロキャスターを使わないこと 一、仲間とはなれない、5人はいつもいっしょであること
以上のような事例を重ねた結果、第12章は単行本1冊分のストックが溜まり次第、第11章(ブラック2・ホワイト2編)の単行本化に先駆けて『ポケットモンスターSPECIAL X・Y』のタイトルで、従来とは別の巻数による単行本を発売するようになった。
ただし、これはあくまで「『コロコロイチバン!』の読者をメインターゲットにした先行単行本化」という形であり、これまでの巻数がリセットされたわけではない。従来の販売フォーマットも「通巻版」として継続し、第12章の通巻版は従来通り前章(第11章)が単行本上で完結した後のリリースを予定している。第13章(オメガルビー・アルファサファイア編)以降も同様の2ライン体制を採用しており、『ポケットモンスターSPECIAL オメガルビー・アルファサファイア』などといったタイトルで、通巻版に先駆けて先行版を別途発売している。
なお、この先行版は収録内容に加えてレーベルや判型も通巻版と異なっており、通巻版が「てんとう虫コミックススペシャル」(B6サイズ)であるのに対し、先行版は「てんとう虫コロコロコミックス」や「てんとう虫コミックス」(いずれもB40(新書判)サイズ)となっている。