龍穏寺
1913年(大正2年)) - 再度火災に遭い、学寮などを焼失する。山門・経蔵・熊野神社などは火災を免れ、有形文化財として現在に残る。
1612年(慶長17年) - 徳川家康より天下大僧録に任命され、下野国・大中寺(栃木県栃木市)、下総国・總寧寺(千葉県市川市)と共に関三刹となる。これは寺数の多い曹洞宗を江戸幕府が統治するための役職で、上記3寺が全国約15,000寺・20,000人の僧侶を分割統治した。
また、関三刹は江戸幕府の本末制度政策の一環であり、従来の寺院制度との間に混乱が見られるようになる(雑学事件、補陀寺-龍穏寺争論など)。
1646年(寛永13年) - 江戸幕府寺社奉行の諮問席に任命され、10万石の格式を与えられる。
1660年(万治3年) - 第22世住職・鉄心御洲が曹洞宗の大本山・永平寺(福井県永平寺町)の貫首となる。
これ以降、永平寺の貫首は江戸幕府が関三刹の住職より選び、任命する制度が確立する。また、大本山と関三刹の権威が並立し、安定するようになる。
1678年(延宝6年) - 麻布本村町・御薬園(現:南麻布・薬園坂付近)に約600坪の宿寺を建て、住職は江戸に在住し職務を行うようになる。
1752年(宝暦2年) - 火災により、建造物を焼失する。
1841年(天保12年) - 建造物が再建される。七堂伽藍が建立され、学寮が発達した。多数の修行僧が在住し小永平寺と呼ばれるようになる。