FLAGタグ
一部の市販の抗体(例えばM1/4E11)などはFLAGタグがN末端に存在する時エピトープのみを認識する。しかしながら、その他の市販の抗体(例えばM2)などは位置を問わない。
FLAGタグは、学術論文で発表された完全に機能するエピトープタグの初めての例であり、特許が取られた唯一のエピトープタグである。存在するタンパク質に対するモノクローナル抗体が初めに単離された後エピトープとして特徴を明らかにされタグに使われることとなったその他のタグ(mycタグ、HAタグ)とは異なり、FLAGエピトープは初めに設計され、その後タグを認識するモノクローナル抗体が作られた。FLAGタグの構造は付加されるタンパク質との適合性が最適化されている。FLAGタグはその他の一般的なタグよりも親水性であることから、付加されたタンパク質を変性あるいは不活性化しにくい。加えて、N末端のFLAGタグはタンパク質を単離した後に、特異的なプロテアーゼであるエンテロキナーゼ(エンテロペプチターゼ)によって容易に除去することができる。
FLAGタグの次のタグ方法(HAタグ)に関する論文が発表されたのは、組み換えタンパク質生産キットのベータテストのためにFLAGタグシステムが世界中の研究室に送られたおよそ一年後である 。