自然環境保全地域
自然環境保全地域等の所管は環境省等環境行政であるが、自然環境保全地域等における規制は、下記のものなど多くの行政分野が関わることとなり、環境省もネットで公開している通達などで他省庁との協調への配慮を示している。ユネスコの世界遺産(自然遺産)への推薦に際しては、これらの諸官庁が共同で取り組んでいる。
林野庁 国有林には、自然環境保全地域等(森林生態系保全地域などと呼称している)に指定されている区域もある。農林水産省も、「適切な森林施業を通じて自然環境の保全にも積極的な役割を果たしていく」とし、環境行政側に農林漁業との調整を求めている。
文化庁 自然環境保全地域等の環境が「文化」に関係することもある。
国土交通省 国土利用計画法第9条に基づく土地利用基本計画における自然保全地域に関係する。環境省は、自然環境保全地域、原生自然環境保全地域の「指定等を予定する区域を国土利用計画法第9条の規定に基づき都道府県知事が策定する土地利用基本計画の自然保全地域とする等の変更手続が必要である」という内容の通達を発している(『原生自然環境保全地域及び自然環境保全地域の指定等について』公布日 2005年10月1日)。
環境省は「自然環境保全行政は、農林漁業、鉱業、電源開発、電気事業、ガス事業、都市計画、道路、河川、文化財、運輸、通信等に関する他の行政及び諸産業に関連するところが大きい」としているところで、公益事業が並ぶその中でも上記のとおり農林漁業に対する配慮は突出している。なお、自然環境保全法成立当時も、当時の環境庁と農林省、建設省との一致が困難であったという。