日本トランスオーシャン航空
1993年 7月1日:南西航空株式会社から現社名の日本トランスオーシャン航空株式会社(略称 JTA)に社名変更。 7月21日:現社名に変更後初の路線開設となる東京/羽田 - 石垣線 就航(ボーイング737-200、石垣空港にとって初の本土直行便となる。ただし石垣発東京/羽田行きは給油のため宮古経由の運航)。
1994年 7月22日:最新機種のボーイング737-400を導入。那覇 - 宮古線に投入(以後各路線に投入)。 9月4日:大阪/関西 - 石垣線 就航(石垣発大阪/関西行きは、給油のため宮古経由の運航)。
1995年 4月:ボーイング737-400のJALへのウェットリース開始(同社が同機種を導入したため)。
1996年 9月20日:日本アジア航空 (JAA) とのウェットリースによる石垣 - 台北/桃園線のチャーターフライト運航。
1997年 4月15日:那覇 - 与論線を子会社の琉球エアーコミューターに移管(同社の最新機種DHC-8-Q100導入に伴うもの、機材もYS-11から変更)。 7月18日:久米島空港の滑走路が2,000mへ延長されジェット化に伴い、那覇 - 久米島線がこれまでのYS-11に代わって同空港初のジェット旅客機となるボーイング737-200での運航となる。また同時に東京/羽田 - 久米島線 就航( - 9月、以降1998年 - 2006年までは6月 - 9月、2007年以降は7月中旬 - 9月の季節限定運航となる。
日本航空
琉球エアーコミューター
JALスカイエアポート沖縄
JTAインフォコム
JALJTAセールス
前身の琉球航空と同様、当時のJALの青と赤のラインのデザインをベースに社名とロゴマークを変更したもので、機体側面に「南西航空」の文字が施され、操縦席窓の横と垂直尾翼に新たなロゴマークが描かれた。ロゴマークは、鳥が広げた翼で作られた輪(鶴丸ではない)の中に斜体字で「SWAL」と表記され、全体の円形で南国の太陽と日の丸を表すとともに、島々の間を飛ぶ鳥の姿をイメージしていた。
2003年に導入。日本航空と日本エアシステムの経営統合時に採用されていた「The Arc of the Sun(太陽のアーク)」によるデザインである。ただし「JAL」ではなく「JTA」(Aの横棒がなくノが入る)のロゴが配置され、「JAPAN TRANSOCEAN AIR」とその横に表記されていた。
2009年 2月1日:名古屋/中部 - 石垣線 就航(石垣発名古屋/中部行きは那覇経由、これにより那覇発のみだが那覇 - 名古屋/中部線が14年ぶりに運航再開(中部国際空港行きは初))、那覇 - 松山線が毎日運航再開(高知線 運休に伴うもの)。
2010年 5月31日:神戸 - 那覇線、神戸 - 石垣線 運休(これにより石垣発大阪/関西行きの経由地が宮古空港から再び那覇空港となる)。 10月30日:前身の南西航空時代に初の沖縄県外定期路線として就航した那覇 - 松山線が運休。 10月31日:福岡 - 那覇線の全便をJALより移管(ただし一部臨時便としてJALが運航する場合あり)。
2011年 3月27日:名古屋/中部 - 那覇線が16年ぶりに全便JALより再移管され運航再開(那覇発は石垣発の経由地として2009年2月から運航再開しているが、逆の名古屋/中部発那覇行きは初運航)。 7月:航空機塗装デザインを変更(変更初号機就航は同年7月中旬より)。
2012年 3月24日:名古屋/中部 - 石垣線 運休。 7月13日:大阪/関西 - 那覇線の一部をJALより移管(那覇発は石垣発便の経由地として運航している)。
2013年 1月8日:石垣 - 与那国線 運休(代替として琉球エアーコミューター便が増便)(運休後も同年2月29日から3月17日までの間、金・日曜に2往復4便を運航) 3月7日:石垣発着便を石垣空港から南ぬ島石垣空港に変更。