海軍省
海軍将官会議
海軍技術会議
海軍艦政本部:1900年(明治33年)5月20日発足。艦船・兵器の開発と生産計画を分掌する。
海軍航空本部:1927年(昭和2年)4月5日発足。航空機・飛行技術の開発と生産・教育計画を分掌する。
海軍教育本部:1923年(大正12年)4月1日解体、教育局に縮小。内局の「教育局」を参照。
水路部 - 海図製作・海洋測量・海象気象天体観測を分掌する。
海軍高等軍法会議
海軍東京軍法会議
海軍大学校
海軍兵学校
海軍機関学校(1944年兵学校へ統合により廃止)
海軍経理学校
海軍軍医学校
海軍潜水艦部(1945年海軍特兵部へ統合により廃止)
海軍特攻部(同上)
海軍特兵部:1945年(4月15日)、海軍潜水艦部と海軍特攻部を統合。「特兵」は「特攻兵器」を意味する。
海軍電波本部:1944年(昭和19年)4月20日、技術研究所を拡張。レーダー・無線兵器の研究開発を分掌する。
海軍施設本部:1941年(昭和16年)8月1日、建築部を拡張。海軍施設の設計および敵前強行設営術を分掌する。
海軍化兵戦部
海軍運輸本部:1943年(昭和18年)6月25日、運輸部を拡張。陸上海上の一元輸送計画を分掌する。
海軍緊急戦備促進部
海軍船舶救難本部:1944年(昭和19年)12月30日発足。沈没損傷船の補充・修理計画、船員救難を分掌する。
練習連合航空総隊
外局の「施設本部」を参照。