木曽三川分流工事
第2期工事は1896年度(明治29年度)から1899年度(明治32年度)の4年間。この頃に治水に関する河川法・砂防法・森林法の3つの法律が整備され、従来県が行っていた築堤工事を国が行うことが可能となった。また、濃尾大地震や日清戦争による工期の遅れや物価の高騰から計画の変更を余儀なくされ、計画になかった揖斐川河口導流堤や船頭平閘門を組み入れて工期と予算額が変更された。
第2期工事では「三川の分離」が最も重要な目標とされた。前期から繰越した新木曽川・新長良川の整備が続けられ、1899年(明治32年)11月に木曽川と長良川は完全に分離された。同時に新長良川・新揖斐川河道となる長島輪中・上之輪輪中の開削や新堤の整備、油島の締め切りや背割堤の建造が行われ、1900年(明治33年)2月に長良川と揖斐川が分離された。この工程で佐屋川・逆川・大榑川・中村川・中須川も締め切られた連続堤防が構築されており、木曽三川の完全分流が完成した。