ムキタケ
外観がよく似たものに、ツキヨタケやヒラタケがある。特にツキヨタケは毒キノコであり、しばしばこの両者が一本の枯れ木に混生する場合があるため、厳重な注意を要する。ツキヨタケは、新鮮な子実体のひだには弱い発光性があること、ひだと柄との境に、低い「つば」状の隆起を有することが多く、通常は柄の肉に黒いしみがあることなどの点でムキタケと異なる。また、ムキタケは半分に割っても、基部に黒いシミがなく発光しないことや、柄の断面に黒いシミがない。ヒラタケは、かさが黄色みを帯びることは少なく、その表面は滑らかで微毛を欠くことや、かさの表皮が剥がれにくいことなどで区別される。
またヒメムキタケ(Hohenbuehelia reniformis)は、ムキタケよりもはるかに小形で白っぽく、かさの表面に毛を持たない。キヒラタケ(英語版)(Phyllotopsis nidulans)はかさが黄色を呈し、さらに毛でおおわれる点でムキタケによく似るが、ひだも明らかに黄色く、かさの表皮が剥がれず、異臭がするうえ肉質も強靭であるため食用には適さない。
傘の色が紫色から緑色の個体はムキタケよりもさらに遅い時期に発生し、別種でオソムキタケ(Sarcomyxa serotina)という食用キノコにすべきと主張されていたが、今日では認められている。