長州征討
以下、年の記述がない場合は1865年とする。ただし、旧暦の日付とする。
井上は萩の強硬派はいざとなれば自らが代官を務める小郡の民兵を使って片付ける目算を立てていた。25日、山口政事堂で君前会議が開かれ井上は熱弁をふるい、会議の最後に敬親は武備恭順を国是とすると言明して終わった。しかし同日夜、井上は政事堂からの帰り道に袖解橋の手前で刺客に襲われ重傷を負い、政之助も自殺。30日に加判の清水親知(清太郎)も知行地に戻って閉居し、正義派は大打撃を受けた。同日、藩主父子の萩城帰還が決定した。
10月9日に毛利登人、大和国之助、前田孫右衛門、渡辺内蔵太は謹慎。13日に山縣半蔵、小田村素太郎(後の楫取素彦)、寺内暢蔵は罷免。17日に晋作は政務役を罷免され24日に萩から脱走、29日に下関に入り11月1日に九州へ入り諸藩連合を説いたが失敗。福岡郊外の平尾山荘へ潜伏した。19日に清水親知は加判を罷免・謹慎となり正義派は軒並み倒れ、24日に俗論党の首領である椋梨籐太が政務役に任命され俗論派政権が誕生した。15日、奇兵隊を含む諸隊は山口から五卿を奉じて長府に入った。その総員はおよそ750名だった。
22日、萩政庁は下関へ諸隊鎮撫掛の杉徳輔を、23日には粟屋親忠(帯刀)を送り込み、親忠は長府藩に諸隊鎮撫を依託した。25日、長府藩の藩主である毛利元周は謝罪恭順を徹底させるため諸隊へ藩主父子への嘆願を封じさせた。諸隊は萩藩庁へ武備恭順、正義派の登用を嘆願したが無視され続けた。
大政委任を確認した孝明天皇の沙汰書、即ち元治国是は長州処分を幕府の専権事項に含んだが、朝廷も国事に関して幕府諸藩へ命令を出すことができるとした。朝廷、幕府、諸藩のパワーバランスの上に成り立つ体制下では大政委任が空文化する恐れもあり、一橋慶喜、会津藩主兼京都守護職・松平容保は大奥や保守派大名の影響力が大きい江戸城から将軍・家茂を引き離し、畿内長期滞在態勢で公武一和を推進しようとした。しかし幕閣は第一次長州征伐の後、フランス帝国の後押しもあり強硬な姿勢をとり、朝廷からの再三の上洛要請も遷延策で無視をした。長州処分も諸藩を動員し長門・周防を取り囲めば藩主父子は自ら出頭してくるとの見込みであり、最終処分案は慶応2年(1866年)1月21日まで決まらないまま事態は推移した。
復古派の幕閣に対して、勤皇諸藩は朝廷を以て幕府を制し挙国一致の体制を志向した。憂慮した容保は自ら江戸に出て将軍上洛運動を起こそうとしたが、2月5日に阿部正外、7日に本荘宗秀の両老中が幕府歩兵を率いて上洛したことで容保の東下は中止となった。松前崇広からの内報では、正外と宗秀の目的は将軍上洛の中止と慶喜と容保および弟の桑名藩主兼京都所司代・松平定敬を京都から追い出すことにあると知らされた。22日に参内した両老中は目的を達せずに関白二条斉敬の叱責を受けた。23日、正外は将軍上洛のために江戸へ帰らされ、宗秀は摂海警備のために大坂表へ向かわされた。