内閣総理大臣
日本学術会議の会員の任命(日本学術会議法7条2項)。
中央労働委員会の公益委員の任命(労働組合法19条の3第2項)。
労働関係調整法上の公益事業の指定(労働関係調整法8条2項)。
労働関係調整法上の緊急調整権(労働関係調整法35条の2)。
景品表示法上の措置命令(景品表示法6条)。
統計法上の国民経済計算の作成(統計法6条1項)。
統計委員会委員・臨時委員の任命(統計法47条)。
中央選挙管理会委員の任命・罷免(公職選挙法5条の2)。
預金保険機構に対する出資に対する認可(株式会社地域経済活性化支援機構法51条2項)。
中央障害者施策推進協議会委員の任命(障害者基本法25条)。
日本放送協会経営委員会の委員の任命(放送法16条1項)。
台風常襲地帯における災害の防除に関する特別措置法による災害防除事業等の指定(台風常襲地帯における災害の防除に関する特別措置法2条、3条)。
このほか、内閣府およびその外局(金融庁、消費者庁、国家公安委員会など)や内閣に置かれる本部などの主任の大臣として、審議会委員等の任免権や各種許認可権を有する。特に、内閣府の外局のひとつである金融庁に関連する許認可権が多い(銀行法や貸金業法、金融商品取引法など)。
1991年までは、機関委任事務に従わない都道府県知事について、司法手続きを経て罷免する権限を有していた(地方自治法旧第146条)。2001年には、閣議における内閣総理大臣の発議権が法制化(内閣法第4条の改正)され、各省に対する指揮監督権が強化された。