真菌学
直接に実用性のない分野では、まだ十分な研究が進んでいない部分が多い分野でもある。分類に関しては、今でも新種がどんどん追加されている。特に、微小菌類といわれる、小型の子実体を作る子嚢菌類などは毎年どんどん新種が出る。また、菌類は野外での発見が難しく、発見方法が開発されると、新たな分類群が山のように見つかる場合がある。たとえば水生不完全菌は1942年にはじめて発見され、現在では一つの分野にまで成長している。
他方、分類体系そのものの見直しも進められている。菌類は構造が単純なものが多く、外部形態に頼った分類では十分な証拠が得られない場合も多い。現在では生化学、分子遺伝学などの情報が利用できるので、それらを用いた見直しが行われている。
酵母の研究が発酵産業の要請で始まったように、実用に直結した分野は、大きな発展が行われる。菌類に関しては、発酵にかかわるもの、ペニシリンに始まる抗生物質などの二次生産物の利用などが実用的な面では重要で、現在も様々な菌類の作る物質を探す事は世界中の製薬会社などで行われている。他方で、植物に病原性を持つ菌が多くあることから、植物病理学においても重要な部分を占める。また、大きな影響のある毒性を持つ菌類もある。