内閣官房
関連する組織と統合し、地域活性化統合事務局に移行した。
地域再生推進室 2003年(平成15年)10月24日~2007年(平成19年)10月8日。内閣地域再生本部の庶務を担当。関連する組織と統合し、地域活性化統合事務局に移行した。
中心市街地活性化本部事務局 2006年(平成18年)8月22日~2007年(平成19年)10月8日。内閣中心市街地活性化本部の庶務を担当。関連する組織と統合し、地域活性化統合事務局に移行した。
「美しい国づくり」推進室 2007年(平成19年)3月23日~9月25日。内閣「美しい国づくり」企画会議の庶務を担当し、美しい国づくりの推進を図る。「美しい国」を唱えた安倍内閣の退陣に伴い廃止。
教育再生会議担当室 2006年(平成18年)10月10日~2008年(平成20年)1月31日。内閣教育再生会議の庶務を担当。新たに設置された教育再生懇談会担当室に移行。
行政支出総点検会議 2008年(平成20年)7月2日~2009年(平成21年)11月17日。不適切な行政の支出を徹底的に是正し、行政全般に対する国民の信頼回復を図ることが最重要の課題であることから、内閣官房長官の下に有識者の参集を求め、国民の目線で無駄の根絶に向けた指摘を行うために設置された。公益法人への補助金やその存在意義を再点検しつつ、さらには特別会計の内容を精査することを含んでいる。経済同友会、トヨタ自動車、キッコーマン、ニチレイ、住友商事、三井住友銀行などの各社が社員を派遣しており、官庁出向者と力を合わせ、行政の支出内容を総点検している。
司法制度改革推進室 2004年(平成16年)12月1日設置。内閣司法制度改革推進本部に関する庶務を担当し、司法制度改革の推進を図る。
再チャレンジ担当室 2006年(平成18年)3月29日~2010年(平成22年)1月17日。内閣再チャレンジ推進会議(「多様な機会のある社会」推進会議)の庶務を担当し、「再チャレンジ」可能な社会の実現を図る。
消費者行政一元化準備室 2008年(平成20年)2月8日設置。内閣消費者行政推進会議の庶務を担当し、消費者行政に関する統一的な組織の検討推進を図る。
教育再生懇談会担当室 2008年(平成20年)2月26日~2009年(平成21年)11月17日。教育再生懇談会の庶務を担当する。 2011年(平成23年)3月16日~2011年(平成23年)9月16日。
イラク復興支援推進室 2003年(平成15年)8月1日設置。イラク戦争後の復興支援に関する総合調整等を担当する。また、内閣府にはイラク復興支援担当室が設置され、両室の職員は兼務している。
被災地復興に関する法案等準備室
震災ボランティア連携室
東日本大震災復興対策室
復興庁設置準備室 2011年(平成23年)8月25日設置。
情報通信技術(IT)担当室 2000年(平成12年)8月7日設置。情報通信技術に関する事務を担当する。内閣高度情報通信ネットワーク社会推進戦略本部の庶務も担当する。
行政改革推進室 2006年(平成18年)6月23日設置。特殊法人や公務員制度等の改革に関して、内閣官房行政改革推進本部事務局に協力する目的で設置。職員は行政改革推進本部事務局と兼務する。
地域活性化統合事務局 2007年(平成19年)10月9日~2015年(平成27年)1月。地域活性化統合本部の設置(都市再生本部、構造改革特別区域推進本部、地域再生本部及び中心市街地活性化本部の合同開催)を受けて、各本部の庶務を担当していた都市再生本部事務局、構造改革特区推進室、地域再生推進室、中心市街地活性化本部事務局を統合して設置された。
1924年(大正13年)12月20日:内閣所属部局及職員官制(大正13年勅令第307号)を制定して、内閣官房を設置する。
1947年(昭和22年)5月3日:内閣法(昭和22年法律第5号)を根拠とする内閣官房を設置する。
1957年(昭和32年)8月1日:内閣参事官室、内閣審議室、内閣調査室を設置する。
1973年(昭和48年)5月1日:内閣広報室を設置する。
1986年(昭和61年)7月1日:内閣審議室、内閣調査室、内閣広報室を廃止して、内閣内政審議室、内閣外政審議室、内閣安全保障室、内閣広報官室、内閣情報調査室を設置する。
1998年(平成10年)4月9日:内閣安全保障室を改組し内閣安全保障・危機管理室を設置する。
2000年(平成12年)2月29日:情報セキュリティ対策推進室を設置する。
2001年(平成13年)1月6日:中央省庁再編により、内閣参事官室、内閣内政審議室、内閣外政審議室、内閣広報官室、内閣安全保障・危機管理室を廃止して、内閣総務官室、内閣官房副長官補室、内閣情報調査室、内閣広報室を設置する。
2005年(平成17年)4月25日:情報セキュリティ対策推進室を改組し、情報セキュリティセンターを設置する。
2014年(平成26年)
1月7日:国家安全保障局を設置する。 5月30日:内閣人事局を設置する。
2015年(平成27年)1月9日:情報セキュリティセンターを改組し、内閣サイバーセキュリティセンターを設置する。
2021年(令和3年)8月31日:デジタル庁設置に伴い、この日限りで内閣情報通信政策監、 内閣官房情報通信技術総合戦略室を廃止する。
2023年(令和5年)
9月1日:内閣感染症危機管理統括庁を設置する。