エヌシーバス
2000年代以降は、エヌシーバス営業所の本体への再統合の動きもあり、2006年3月31日、葛城営業所、吉野営業所は奈良交通に統合された。翌2007年10月1日には、エヌシーバス郡山営業所の一部が奈良交通に統合された。ただし、コミュニティバスの自治体との契約はエヌシーバス名義である。また、平群地区の路線はエヌシーバス直営となっている。
なお、近年は奈良交通本体の給与レベルも低下していることから、給与面でのエヌシーバスとの格差はほぼなくなっており、当初の会社設立目的であった人件費削減の効果は薄れつつある。
以前、八木駅 - 関西空港間の空港リムジンバスで、車両がエヌシーバス、運転者が奈良交通で運行されていた時期があった。これは近畿運輸局により、この路線開業以前に事故等を起こしていた奈良交通に対し新規路線の運行停止措置が課せられていたため、やむなく子会社のエヌシーバスの路線として開業し、奈良交通に運転業務を委託するという形で運行していたものである。現在はこの措置は解かれ、車両・運転者とも奈良交通により運行されている。
21 : 田原本バスセンター - 国保中央病院 ★
国保中央病院が休診となる日曜・祝日および第2・第4土曜日は運休となっていた。
2017年4月1日のダイヤ改正にて廃止され、病院送迎のバスに置き換えられた。
67 : 西の京駅 - 六条柳町 - 五条山団地 - 赤膚山(あかはだやま)
2010年3月19日現在、平日は3往復のみを、土曜・休日は2往復のみを運行。赤膚山で学園前駅(南)発着のバス(23系統=奈良交通北大和営業所の項を参照)と連絡し、乗り継ぎ運賃も設定されている。
68 : 奈良県総合医療センター- 六条山 - 国立奈良医療センター - 五条山団地 - 赤膚山
69 : 奈良県総合医療センター - 六条山 - 五条山団地 - 赤膚山
2018年3月17日改正より試験運行という形での事実上の復活。平日は3往復、土曜・休日は2往復運転し、平日のみ国立奈良医療センターを経由する。
67系統と違い、赤膚山での乗り継ぎ運賃は設定されていない。