ヨッシー New アイランド
前半はカウント床を乗り継いで溶岩の上を渡り、後半は回転するブロックを使って仕掛けを解く。
スター、赤いコイン同様各ステージに5つずつ配置されているミッションのひとつ。ゴールリングのルーレットにとった数が反映されている。前作と異なり5個集めても1UPしない他ルーレットでフラワーの所に止まるとミニゲームではなくタマゴメダルがもらえるようになった。
タマゴメダル ゴールリングのルーレットでフラワーの位置に止まると、集めたフラワーの数だけもらえるようになったメダル。10枚集めるごとに残機がアップし30枚貯めると乗り物ミニゲームが遊べるようになる。
時系列で言うと、第1作『スーパーマリオ ヨッシーアイランド』と第2作『ヨッシーアイランドDS』の間に起こった物語を描いている。
『スーパーマリオ ヨッシーアイランド』にて、魔法使いカメックにさらわれたベビィルイージを救い出し、ベビィマリオとベビィルイージを両親の元に送り届けたつもりのコウノトリだったが、届け先を間違えてしまった。
自分の手違いに気付いたコウノトリは、慌てて本当の届け先にベビィ達を届けようと急ぐのだが、前回の敗北から諦めていなかったカメックにまたしても襲われてしまい、またもやベビィルイージをさらわれ、そしてベビィマリオはまたもや下に落ちてしまう。
ヨッシー達が住む空に浮かぶ、ヨッシーアイランドとは異なる島である「たまごじま」。この島をベビィクッパは別荘にしようと企てていたが、誰もベビィクッパの居場所を見つけることはできず、ただ不安な毎日を過ごしていた。
ヨッシー達がベビィクッパの城はどこにあるのかと議論していると、そこにベビィマリオがふわふわと落ちてきた。ベビィマリオは無事だったが、突然自ら一人でベビィルイージを捜そうとハイハイしだした。これを見たヨッシー達は一人で行かせては危険だとベビィマリオを交代で運ぶことにした。こうしてベビィマリオは再びヨッシー達と冒険することになった。
前述のとおりヨッシーが運ぶキャラがベビィマリオのみに戻った他、ステージの表示が上画面になり下画面にスコアが表示されるようになった。そのため前作よりもステージ全体の大きさは小さくなっている。
また、前作までにあった乗り物、ゴールゲーム、ミニゲーム、ヨッシーパークとスコアの概念はすべて廃止された。なお、乗り物は変身(モーフィング)に統一され、ミニゲームは対戦用のみに、スコアの概念はなくなったもののチャレンジと言う形でスター、赤コイン、フラワーの3要素は引き継がれている。
グラフィックやBGMなどもほとんど一新されている。また本作には白・黒ヨッシーは登場しない。
ボス戦の様子も異なり砦ではザコ敵を強化したものではなくカメック本人と戦い、城で戦う際にもカメックが魔法の粉をかけて巨大化させるのではなくハンマーで叩いて巨大化させている。
新要素としてはね・金のはねが追加された事で初心者でも攻略がしやすくなった(後述)。
SFC版のみに登場した敵キャラの一部やスイカが本作に復活した。ただし、前作のみに登場した敵キャラは登場しない。