本薬師寺
天武天皇9年(680年)11月、天武天皇により発願される。
『日本書紀』天武天皇9年11月12日条に、病気になった皇后(鵜野讚良皇女、後の持統天皇)のために誓願をたて、薬師寺を建立することとなり、百人の僧を得度(出家)させたところ、病気は平癒されたとあり、「薬師寺東塔檫銘」(薬師寺東塔の相輪の檫管〈さつかん〉に刻まれた銘文)にも同じ内容の記述が見られる。
天武天皇11年(682年)頃までに着工されたという。
『七大寺年表』および『僧綱補任抄出』に、天武天皇11年、薬師寺を造るとある。発掘調査による土器や金堂の瓦の文様より、天武天皇末期に着工されたことが認められる。
天武天皇15年・朱鳥元年(686年)に天武天皇が亡くなり、持統天皇が引き継ぐ。
持統天皇2年(688年)頃までに伽藍の一部(金堂)が整う。
『日本書紀』持統天皇2年1月8日に、無遮大会(むしゃだいえ、かぎりなきおがみ)が薬師寺で行われたとあり、金堂の完成による開催であったとされる。また発掘において金堂が最初に建立されたことが確認されている。