本圀寺の変
永禄8年(1566年)5月の永禄の変で13代将軍足利義輝を討った三好三人衆であったが、その後三好家中の主導権を松永久秀と争い畿内において抗争を繰り広げ、権力を掌握するに至らなかった。三人衆は次の将軍として足利義栄を擁立した。対立する候補として義輝弟の足利義昭がいたが、三好三人衆の妨害により義昭は京に入ることができないままであった。永禄11年(1568年)2月、足利義栄が将軍に就任した。
この間に義昭は諸国の大名の助力を要請し、障壁となる紛争は積極的に和睦の仲介を行った。一方、幕府実務閣僚である奉行衆8名の内、6人までもが義昭に同行していたため、また、義栄自身が病(腫物)を患っており、京都に入れないままであったため、三好三人衆と義栄の幕府は将軍としての政務に支障をきたしていた。永禄9年(1566年)8月、尾張の織田信長が義昭を奉じて上洛を行うが、その途上で義昭上洛のための和睦中であったはずの美濃の斎藤龍興の襲撃に遭い、頓挫した。三好三人衆側の調略があったと推測される。義昭は若狭武田氏や越前の朝倉氏を頼り上洛を試みるがいずれも不調に終わる。一方、織田氏は翌年に美濃国を攻略し、永禄11年(1568年)秋に義昭を奉じて再度上洛の軍を興した。三人衆や三好康長・篠原長房らはこれを阻むことができず、さらに義昭・信長が9月30日に三好氏の拠点である摂津芥川山城に入城すると、相前後して四国阿波に撤退した。