ドミニオン戦争
2374年、DS9を奪還したものの、宇宙艦隊側にとって戦況は芳しくなかった。シスコは、これを打開するには、ロミュラン帝国を同盟軍に参加させるしかないと考えた。しかし、ロミュランは、ドミニオンと不可侵条約を結んでおり、かつライバルでもある惑星連邦・クリンゴン帝国がこの戦争で疲弊し弱体化することを歓迎する向きもあり、同盟に引き入れて参戦させるのは容易なことではなかった。そこで、シスコは、ロミュランに対するドミニオンの攻撃計画の証拠を掴み、それを元にロミュランを説得することを思いつく。その証拠を見つけられない中、シスコは、元オブシディアン・オーダーのエリム・ガラックから、でっち上げを提案される。惑星連邦の主要メンバーで要衝でもあったベタゾイドがドミニオンに陥落し事態が悪化したこともあり、シスコは艦隊司令部の許可を得た上で、その提案を受けた。ガラックの計画は、ドミニオンのウェイユンとカーデシアのダマールとによるロミュラン攻撃の秘密会議のホロプログラムを偽造し、ロミュランの戦争計画評議員・ヴリーナックにこれを提示したうえで説得するというものであった。
2372年、創設者が地球人やロミュラン人に変身していた事実が明らかになり、アルファ宇宙域に混乱を招いた。カーデシア連合ではオブシディアン・オーダーの壊滅によりクーデターが起き、カーデシアの軍事政権は崩壊しデタパ評議会(文民政府)による政治体制が始まる。しかしこの一連の政変をクリンゴン帝国は「カーデシア人に化けた創設者が政変を起こし、創設者がカーデシアを支配した」と主張し、突如カーデシアへの侵略を開始する。惑星連邦はクリンゴンを非難しカーデシアに味方する。それに対してクリンゴン帝国のガウロン総裁は惑星連邦との友好条約であるキトマー条約の破棄を通告した。クリンゴンの侵略により首都星が危険に晒されたカーデシアは惑星連邦に救援を求め、デタパ評議会のメンバー全員をディファイアントで救出しDS9へと避難させる。ガウロン総裁とマートク将軍が指揮するクリンゴンの大艦隊がDS9を包囲し、ついに総攻撃を開始するものの、対ドミニオンのために要塞化したDS9を陥落させることはできず、クリンゴン艦隊は撤退する。だが、クリンゴンは占領したカーデシア領の星を返還することを拒否し防衛線をしいたため、連邦・カーデシアとクリンゴンとの戦闘は続くこととなる。