新千歳空港駅
終日社員配置駅。みどりの窓口・自動券売機・指定席券売機・話せる券売機・自動改札機設置。自動券売機は到着ロビーからの動線に配慮して改札口左右に配置している。トイレは改札内にある。2021年1月21日より、トマム駅からの列車利用時に限り、「QRコード乗車駅証明書」による精算機の自動精算を行うサービスが利用可能である。
2014年(平成26年)に海峡線(津軽海峡線)吉岡海底駅・竜飛海底駅が廃止されてからは、JR北海道唯一の地下駅となっている。島式ホーム1面2線で有効長は6両分。ディーゼル車への対策としてトンネル中央と駅入口付近に強制排気設備を2基ずつ計4基備えており、当初はトマム駅、富良野駅、ニセコ駅方面などに臨時リゾート列車(「クリスタルエクスプレス トマム & サホロ」「フラノエクスプレス」や、「ニセコエクスプレス」などが発着していたが、開業当初から排煙の残留や異臭に対する苦情が利用客から生じ、また快速「エアポート」に時刻変更が発生するなどダイヤ編成上の不都合が多く、2005年(平成17年)以降設定されていない。
自動販売機が設置されている。駅ホームにあったキヨスクは2015年(平成27年)6月末の営業をもって休止となった。
早朝・深夜を除いた時間帯は、いずれかの駅ホームで快速・特別快速「エアポート」が発車を待つダイヤとなっているため、基本的に乗客は駅ホームで待たずに乗車できる。そのため駅ホームにはベンチを設置していない。
国内線出発ロビーまでは徒歩約6分。
■千歳線(空港支線) ■特別快速「エアポート」・■快速「エアポート」・■普通 新千歳空港駅 (AP15) - 南千歳駅 (H14)
国鉄北海道総局時代の新千歳空港駅計画の初期段階から第二期計画として苫小牧駅方面の美々駅・植苗駅への延伸を行い空港支線の総延長を約10kmとする案が存在しており、また苫小牧市が1993年(平成5年)から市の重点要望に位置付け北海道も前向きな姿勢を示していたことから1997年(平成9年)から内部で検討を開始した。しかし、JR北海道は1999年(平成11年)時点で「1000億円近い費用がかかる新線建設が採算に見合うだけの効果はない」と否定的な姿勢を示した。
1999年9月に北海道・JR・日本鉄道建設公団などが新千歳空港駅から胆振・日高方面への新線研究グループを発足させ、検討を行った。延伸部分5 - 10 kmのトンネル掘削と南千歳 - 新千歳空港駅間の複線化トンネル新設を合計し、総工費は1,000億円と試算された。 同年9月には、
現支線の南方に延伸し滑走路地下を経由、千歳線本線に合流させ石勝線直通も想定した6.1 kmルート
南方延伸で滑走路を横切らない8.5 kmルート
滑走路北側地下で弧を描き本線に合流するルート
の3案が提示され、中でも滑走路北側ルートは大幅な工費節約が見込まれていた。