化学の哲学
化学を、また化学が何を研究するかを定義しようと試みると同時に主要な哲学的問題が生じた。原子や分子はしばしば化学理論の根本的な構成単位だと考えられたが、分子構造や化学結合の伝統的な記述では、金属や錯体、芳香族化合物といった多くの物質の性質の説明をできなかった。
また、化学者は様々な物体の構造や反応を説明するためにしばしば共鳴構造のような存在しないものを使う。こういった説明上の道具は、現実には単純な分子として振る舞わない化学物質や化学反応の振る舞いを記述するために言語やあるいは分子の図示表現を利用する。
化学で研究の根本的構成単位として微細な構造よりもむしろ物体を考えることを好む化学者・化学哲学者もいる。物体を分類するこの二つの方法は必ずしも一対一対応するというわけではない。例えば多くの岩石は複数のイオンからなる塩として存在するが、塩は固定的な混合比率や空間的相関関係を持たない。
関連する哲学的問題として化学は物質の研究なのか反応の研究なのかということがある。原子は固体中であっても絶え間なく動いているし、適切な条件下におけば化学物質は自発的に反応して新しく反応の産物を生成する。気温や気圧、ほかの分子との距離や地場の存在といった環境の変数の多さによって物体の特性が決まってくる。ヨアヒム・シュマーが述べたように、「物体の哲学者は確かな物体の変化によって化学反応を定義するが、過程の哲学者はそれぞれ特有の化学的反応によって物体を定義する」のである。