越中国酒井氏
椎名氏、土肥氏などの越中国の武家は、単独では織田氏などに対抗する力をもっておらず、本願寺本山の降伏とともに、越中国諸豪族が戦線から撤退すると、大名としての存続が不可能となった。酒井氏も本願寺の降伏とともに、周辺諸豪族と同じく、最終的には加賀前田氏の支配下におかれた。なお、江戸時代初期に、本願寺が浄土真宗本願寺派(西本願寺)と真宗大谷派(東本願寺)に分裂して以降、酒井氏の多くは、浄土真宗本願寺派(西本願寺)の門徒となった。
江戸時代には、その多くが帰農し、土地をもつものは庄屋などとして存続した。酒井儀左衛門の直系男系子孫は、加賀前田藩の施政に対し、示威的な切腹により抗議し、酒井氏嫡流はそのときを以って断絶したとされる。しかし、家来の手引きで逃げ延びた弟の子孫が、前述の現当主・正寛という。
なお、酒井氏の庶流は、現在の富山県上市町のほか、周辺の立山町、富山市水橋などにわたり、明治時代以降、現在まで地方行政や福祉等にかかわっている。庶流のなかでは、前述の「上市町若杉の酒井家」および、さらにその支流で江戸時代に分家した酒井宗左衛門家が、地方行政等にかかわってきている。現在までのところ最後の公職者は、宗左衛門家第6代当主・宗之(昭和時代の上市町町議会議員)である。