プロイセン公国
これら2条約により、フリードリヒ・ヴィルヘルムはスウェーデンとの同盟を破棄する代償としてプロイセン公国の完全独立をヤン2世に認めさせた。ここに、ドイツ騎士団国から2世紀近く続いたポーランドの宗主権が終わりをつげた。また、完全独立は1701年の王国への昇格に必要な一歩でもあった。
ポーランドの宗主権喪失は民族にかかわらず住民の間で歓迎されなかった。というのも、プロイセンの住民はブランデンブルクの絶対主義がプロイセンに導入されることを恐れ、ポーランド王の宗主下に留まることを望んだためだった。プロイセン首都ケーニヒスベルクの住民はヒエロニムス・ロト(英語版)を指導者としてヴェーラウ条約とオリヴァ条約を拒否し、プロイセンが「疑いようもなくポーランド王の領内にある」と主張した。クラクフ条約によりプロイセンがポーランド王の領内に組み入れられたとき、ケーニヒスベルク市が同意したのに対し、ポーランドからの分離独立にはケーニヒスベルク市からの同意がなかったのである。ケーニヒスベルク市民はヤン2世に助けを求めたが、フリードリヒ・ヴィルヘルムは1662年に軍を率いてケーニヒスベルクに入城、市民に忠誠の誓いを迫った。その後の数十年間、ポーランド王の宗主下に戻る動きはあったが、悉く失敗に終わった。
1525年、ザムラント(英語版)で農民反乱が勃発した。反乱は貴族による徴税、急激な宗教改革、そしてドイツ騎士団国の急な世俗化を理由としており、ケーニヒスベルクにおける支持者からの支援を受けた。反乱農民は貴族が新しく徴収しようとした税の廃止と税率を元の1フーフェ(Hufe、約40エーカー)毎に2マルクに戻すことを要求した。また、プロイセン公アルブレヒトではなく無情な貴族に対して反乱したにすぎないと主張したが、アルブレヒトがプロイセンを留守にして神聖ローマ帝国に滞在していたため、反乱農民はアルブレヒト本人に対してしか忠誠を誓わないとした。アルブレヒトは帰国すると、平原で農民と面会したが、そこで自軍をもって農民を包囲、逮捕し、反乱の首謀者を処刑した。以降プロイセンでは大規模な農民反乱が起こらなくなった。
ドイツ騎士団国から公国への移行にあたって、貴族の構成は変化が少なかったが、農民への支配は強まった。この時期、プロイセンの自由農民であるケルマー(Kölmer、クルム法(英語版)に基づき領地を所有する人物)は耕作地の約6分の1を所有しており、この比率は封建時代のヨーロッパにおいては高いとされる。貴族が農民反乱に怖がるようになったため、プロイセン公アルブレヒトを指導者として仰ぐようになったという。