九条家
これに対して後光厳天皇は九条家から提出された道家処分状の正本を確認した上で、同年貞治4年(1365年)11月29日に九条家に対して綸旨を下し、「道家の遺志はあくまでも一門上首による家長者の継承であり、その資格を有する九条家と一条家は嫡流としての同格である」と裁決した。
戦国時代には当主九条政基が家司の唐橋在数を殺害したことで失脚し、一時期地方に逼塞することを余儀なくされている。
政基の孫九条稙通は子が無かったため、大甥(姉経子と二条尹房の孫)に当たる九条兼孝を養子に迎え、天正2年(1574年)に家督を譲った(兼孝の3人の弟二条昭実・義演・鷹司信房もそれぞれ二条家・醍醐寺・鷹司家を継いだ)。兼孝は天正6年(1578年)から天正9年(1581年)、慶長5年(1600年)から慶長9年(1604年)の2度関白を務めたが、慶長9年に息子の九条幸家(当時の名は忠栄、後に改名)が豊臣完子と結婚した一方で娘(八条宮智仁親王室)の急死に衝撃を受け、家督を幸家へ譲り出家隠居した。このような不幸はあったが、九条家は完子と幸家の結婚で豊臣氏および徳川氏の縁戚となった。