アンチセンスRNA
アンチセンスRNAはさまざまな方法で分類される。調節機構という観点からは、RNA-DNA相互作用、核または細胞質におけるRNA-RNA相互作用、RNA-タンパク質相互作用を介するもの(エピジェネティックなものなど)への分類がなされている。また、アンチセンスRNAは発現を開始するプロモーターのタイプによって、独立したプロモーター、共通した双方向的なプロモーターや潜在的プロモーター(cryptic promoter)への分類も可能である。長さという観点からは、一般的にasRNAは長鎖ノンコーディングRNAに分類されるものの、200塩基よりも短いものも存在する。asRNAの調節機構は生物種特異的であることもあるため、種による分類がなされる場合もある。一般的な分類方法の1つは、asRNAが転写される場所と標的遺伝子との相対的な位置関係によって、シスに作用するものとトランスに作用するものへと分類する方法である。
トランスに作用するasRNAは、標的遺伝子から離れた遺伝子座から転写される。シスに作用するものとは異なり、標的遺伝子との相補性は低いが、シスに作用するasRNAよりも長い場合がある。これらは複数の遺伝子座を標的とする場合もある。こうした性質のため、トランスに作用するasRNAは標的転写産物と比較的安定性の低い複合体を形成し、その機能を発揮するためにRNAシャペロンタンパク質(Hfq(英語版)など)の補助を必要とする場合もある。トランスに作用するasRNAは複雑であるため、現時点では創薬可能性は比較的低いと考えられている。