宮之浦港 (屋久島町)
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マルエーフェリーが運航する。2018年3月4日より、鹿児島と奄美群島および沖縄を結ぶ航路のうち、一部の上り便について条件付きながら寄港が開始された。国土交通省の船旅活性化モデル地区事業を活用して約1年間の期限つきで実施される社会実験であり、事前の予約人数が2人以上(当初は20人以上)ある場合のみ寄港する。運賃は名瀬から宮之浦港の区間に限り助成が適用される(名瀬以南から通して乗船する場合は、名瀬以南と以北の運賃を合算する)。当港からの乗船は不可。
種子屋久高速船「トッピー1」(宮之浦港)
鹿児島商船「はいびすかす」(宮之浦港)
折田汽船「フェリー屋久島2」(宮之浦港)
屋久島町「フェリー太陽」(宮之浦港)
マルエーフェリー「フェリー波之上」(本部港)