鳥類の起源
この研究ではミイラ化したBrachylophosaurus(ハドロサウルス類の1種。標本番号:MOR 2598)の大腿骨から抽出した8つのさらなるコラーゲン配列が使用された。しかしながら、これらの結果については異論も多い。他に中生代のペプチドは報告されていない。2008年にはその軟組織と推測されていた物は実際には細菌のバイオフィルムだったのではないかとの説が出された。これに対して、そのバイオフィルムそのものが軟組織を保護していたのだという主張もなされた。他の反論では、この結果が試料汚染によって引き起こされた可能性を指摘された。2015年、汚染防止のためより厳密な無菌条件の下で行われた操作でもペプチドが検出された。2017年のある研究では、ティラノサウルスとBrachylophosaurus標本から得られた物と全く同じペプチドが現生ダチョウの骨の中に存在することが発見され、クロス・コンタミネーションの危険性が強調された。
恐竜化石からの古代DNA抽出の成功例は2件の別々の事例が報告されているが、更なる調査と査読を経てなお両報告とも確証を得るのは難しいと考えられる。
鳥類の飛行の起源に関する論争は、1862年始祖鳥発見の直後に起こった鳥類の恐竜起源説と同じくらい古い。その当時から議論のほとんどは2つの理論で占められていた:地上性("地上から空中へ")説は鳥類は地上を走っていた小型で素早い捕食者から進化したと考え、樹上性("樹上から空中へ")説では動力飛行は樹上性動物の非動力滑空から進化したと考える。少し最近の理論である"翼補助による斜面疾走" (wing-assisted incline running, WAIR) 説は地上性説の変形であり、翼がその空気力学的機能を発達させたのは樹木のような非常に急な斜面を素早く駆け上がる必要に駆られた為で、その機能により小型の羽毛恐竜は捕食者から逃げ延びることができたのだと主張している。
2018年3月、始祖鳥はおそらく飛行能力を持っていたが、現生の鳥類とはかなり異なった飛び方だった、という報告がなされた