山王神道
だが、天海の主張により、山王一実神道によって家康が祀られたにもかかわらず、家康や日光への崇敬は別として、山王神道そのものは、江戸幕府の将軍から厚遇を受けることはなかったとされる。そして、山王神道は、江戸時代の神仏習合の神道の中では最も活動的であったのに、近代の神道の諸派と互角に競う力も持てなかったとされる。このことは、江戸幕府が宗教をさほど重視しておらず、特に神道については、幕府の主要な関心事とならず、二次的地位であったことを示しているといわれる。
また、信州出身の乗因は比叡山で山王一実神道を修し、 『山家要略記』を伝授された後、信州の戸隠にて、忌部神道や『旧事大成経』の教義を取り込んで、修験道の一派である一実霊宗神道を開き、信州の住民に支持された。だが、乗因は天台宗内部で異端として訴えられ、八丈島に流され、そこで亡くなった。後に、乗因は恩赦されるが、この事件は神道の問題ではなく天台宗の内部の問題で終わったとされる。
山王神道が天台宗によって厳しく統制されていたことも指摘されるが、このことについては、上述の乗因のような「異端」の教義が一時的に隆盛したことと矛盾するように思われ、また、山王一実神道を開いた天海もどちらかといえば「異端」といえる存在であり、このように異端とされる存在が多く台頭する以上、天台宗による統制が厳しかったとはいえないのではないか、という反論もある。