メタルギアアシッド
プレイヤーは現在所持しているカードから30〜40枚を選び、「デッキ (DECK)」を編成する。このカードはミッション中に手に入れたり、ミッションクリア時にボーナスとして支給されたり、インターミッションのショップでptsと引き換えに購入することで入手できる。また、初心者のために自動的にデッキを作成するオート (AUTO)デッキ生成モードもある。
ミッションクリア時に成績に応じて貰える「ポイント」でカードを購入することもこのモードで行う。
キャラクターはカードやトラップの効果などによって様々な状態異常に陥ることがある。
赤い血液のマークが表示される。ナイフなどの刃物で攻撃されるとこの状態になり、1コストごとに5ずつダメージを受ける。合計50ダメージで自然回復する。ITEMカードの「止血剤」でも回復できる。
事件を起こした動機は、自分に蟲毒の儀式を施してネオテニーにしたBEAGLE、フレミング、ハンス・ディヴィス(エミリオ)への復讐と、憧れの存在であるスネークをハンス・ディヴィスにして自分のものとすることだった。「ピュタゴラス」の要求もこれらの口実に過ぎなかった。実際は遠隔透視などしておらず、ロビト島の施設や地理を把握していたのは、そもそも数年も過ごした場所なのでよく知っていた為である。過去に解決したとされる事件もサイ能力によるものではなくACUAを使った工作であった。
ロジャーに意見してスネークを作戦に引きずりこみ、医療システムのCHAINを通して密かにACUAを投与、彼にハンス・ディヴィスの意識と記憶を植えつけた。更にコンスタンスにミネットとしての架空の記憶を刷り込み、人質にとってフレミングを脅迫して協力させていた。後半にはACUA兵を使ってスネークを妨害するような行為にも出たが、これも全て「遊び」であるという。アリスは憧れの存在であるソリッド・スネークを自分のものにするため、本名のわからないスネークにハンスの記憶を植え付けることで、スネークにハンスの役割と存在を上書きしようとしたのである。しかし、スネークは最後まで自分の二重存在としてのハンスを信じなかったため、アリスの目論みは失敗に終わったのだった。
BEAGLEによってロビト島で行われていた儀式。世界各国から130人の子供をさらい、その中からネオテニーとなるに相応しい者を選別する事を目的とする。子供達はいずれも何らかのサイ能力を保持しており、彼らを「あらゆる手段」を使って選抜し、勝ち残った十数人の子供を倉庫に閉じ込めて殺し合わせ、最後に生き残った一人にネオテニーとしての能力を与えるとされた。アリスとミネットはこれの生き残りである。「ハーメルンの笛吹き計画」とも呼ばれていた。
本来は陰陽道に由来するもので、壺の中に虫や小動物を入れて共食いさせ、最後に生き残ったものを呪いに使役するというものであり、それを人間で行なったと言える。また、ロビト島で開発されていたメタルギアKODOQUEの名前の由来となっている。