共通祖先
プロゲノート(progenote; プロジェノート)は3ドメインの提唱者であるウーズの提案した共通祖先であるが、要約すると「遺伝的仕組みが成立していない生物」である。これはある意味「共通祖先は存在せず、プロゲノートが個別に進化することによって遺伝的仕組みがそれぞれできあがってきた」と考えられる。これは3ドメインの生物が余りにも異なっているために提唱されたと考えられる。
1994年、カンドラーもよく似た提案をしており、「連続したゲノムを有しない分断された遺伝子が混ざり合うことによって3ドメインの生物が生まれた」としている。
1993年に近藤らによって好熱性古細菌Sulfolobus acidocaldariusのゲノムは環状であることが証明された。そして真正細菌も環状DNAを有することから共通祖先も環状DNAを有していたと考えた。この結果を受けて、東京薬科大学の山岸明彦教授により「共通祖先は遺伝的仕組みが成立し、環状ゲノムを有していた」とされるコモノートが提案された。