マルタ包囲戦 (1798年–1800年)
4月23日、ネルソンはフードロヤントに乗ってパレルモを出発した。ウィリアム・ダグラス・ハミルトンとエマ・ハミルトンも客人として同乗していた。彼らはシラクサを経由してバレッタに到着した。しかしベリー艦長が船を海岸に寄せすぎて、要塞のフランス守備隊から砲弾が飛んでくる事態となった。弾が船に命中することはなかったが、ネルソンはエマ・ハミルトンを危険にさらしたことで怒り狂い、直ちにベリーに後退を命じた。エマが後甲板からの避難を拒否したことで、ネルソンの怒りはさらに激しくなった。フードロヤントはマルサ・シロッコに錨を下ろし、そこでトラウブリッジとグラハムを主人役としながら、ネルソンとエマは公然と生活を共にしていた。一方古物収集家で外交官のウィリアム・ハミルトンは、もっぱらマルタ島の探検に時間を費やした。6月初旬、ネルソン一行はパレルモに戻り、陸路ヨーロッパを長々と縦断してイギリスに帰った。ネルソンはまたもエルフィンストーンの明確な命令を無視してフードロヤントとアレグザンダーをマルタ封鎖の任務から外し、ナポリ王家がリヴォルノへ向かう際の護衛に充てた。ネルソンの不服従に対するエルフィンストーンの憤激は、「ハミルトン嬢が艦隊を指揮しているのはもうたくさんだ」と公言するほどであった。5月、トラウブリッジがイギリスにもどってジョージ・マーティン海軍大佐と交代し、グラハムもヘンリー・ピゴット陸軍少将と交代した。
シチリアに停泊していたイギリス海軍のホレーショ・ネルソン少将は、フランス軍のマルタ占領を知ると、エジプト侵攻を阻止するべく追撃しにかかった。彼らは6月22日の夜にフランス艦隊に追いついていたがそれに気づかず、6月28日にナポレオンに先行してアレクサンドリアに到着した。ネルソンはフランス艦隊が別の目標へ向かったのだと考え、翌日アナトリアの海岸を探索しに北上したが、これにより1日もたたずにナポレオンがエジプトに到着したのを見過ごすことになってしまった。ナポレオンは抵抗を受けないまま上陸に成功してアレクサンドリアを占領し、内陸に向かった。フランス艦隊はアブキール湾近辺での停泊を命じられ、次の命令を待つことになった。8月1日、エジプトに帰ってきたネルソンのイギリス艦隊は停泊していたフランス艦隊を発見するや直ちに攻撃をはじめ、9隻の戦列艦を捕獲し2隻を沈めた。その中には、被害自体は軽微ながら炎上し沈没した旗艦オリエントもあった(ナイルの海戦)。フランス地中海艦隊が壊滅したことにより、イギリスを中心に、ポルトガル、ナポリ、ロシア、オスマン帝国などが参加する第二次対仏大同盟が急造りで結成され、この諸国の海軍は地中海を自由に航行できるようになった。
フランス海軍が敗北し、城内の食料も欠乏する状況で、イギリス側はマルタのフランス守備隊に3度目の降伏勧告を行った。対するヴァーボワは「あなたの提案を受け入れるには、当地はあまりにも条件が良く、私はあまりにも国家の大事と己の名誉を理解しすぎているのだ」と述べ、やはり降伏勧告を蹴った。実際には、フランス守備隊の置かれた状況は惨憺たるものであった。ヴァレッタ市内の食料品は高騰著しく、1800年2月の時点で鶏16フラン、ウサギ12フラン、卵20スー、レタス18スー、ネズミ40スー、魚1ポンドに40スーの値がついていた。住民の間には発疹チフスが蔓延し、馬肉スープが唯一供給される食料となっていた。