連合艦隊
第1戦隊:長門・陸奥
第24戦隊:報国丸・愛国丸・清澄丸(いずれも特設巡洋艦)
第11航空戦隊:瑞穂・千歳
第4潜水戦隊:鬼怒・名古屋丸(※1941年12月2日~1942年4月10日にかけて南遣艦隊へ増援) 第18潜水隊:伊53・伊54・伊55 第19潜水隊:伊56・伊57・伊58 第21潜水隊:呂33・呂34
第5潜水戦隊:由良・りおでじゃねろ丸(※1941年12月2日~1942年4月10日にかけて南遣艦隊へ増援) 第28潜水隊:伊59・伊60 第29潜水隊:伊62・伊64 第30潜水隊:伊65・伊66
第1連合通信隊:東京・高雄・父島海軍通信隊・沖縄通信隊・第3~6通信隊
附属: 水上機母艦:千代田(※朝日、室戸、朝日丸は1941年12月2日~1942年4月10日にかけて南遣艦隊へ増援) 標的艦:矢風・摂津 工作艦:明石・朝日 給炭艦:室戸 特設病院船:朝日丸・高砂丸 第1哨戒艇隊
連合艦隊は2個以上の艦隊で編成された帝国海軍の中核部隊である。明治初期、海軍はそれまで有力艦・新鋭艦で編成された主力部隊を「常備艦隊」、老巧艦などで編成された沿岸防備のための二線級部隊を「警備艦隊」と称していた。しかし、日清戦争開戦がせまってくるにつれ「警備艦隊」というのは戦時にふさわしくないという意見がでてきた。一時は警備艦隊を常備艦隊に統合する案が出たが、当時の軍令部官房主事である山本権兵衛大佐が警備艦隊を「西海艦隊」と改名し、常備艦隊と西海艦隊をもって「連合艦隊」を組織するという案を出した。これが連合艦隊編成のきっかけとなり、日清戦争開戦の6日後にはじめて連合艦隊が編成された。以降日露戦争など戦時や演習時のみ臨時に編成されていたが、大正12年(1923年)以降は「艦隊」の上位編成として常設された。後年連合艦隊を基幹に編成された海軍総隊と同様、編成は概ね陸軍における総軍に匹敵するもので、現在でも海上自衛隊の自衛艦隊やアメリカ海軍のアメリカ艦隊総軍など、連合艦隊に類似した編成の総軍相当艦隊が存在する。
連合艦隊は天皇に直隷する連合艦隊司令長官が指揮し、軍令に関しては軍令部総長の、軍政に関しては海軍大臣の指示を受ける。
連合艦隊司令部には、司令長官を補佐する幕僚として、参謀長・参謀副長(昭和19年〜)・首席参謀(先任参謀と通称)・砲術参謀・水雷参謀・航空参謀・通信参謀・航海参謀・機関参謀・戦務参謀・政務参謀・主計長・軍医長・機関長・暗号長・気象長・副官等が配置されていた。ただし、首席参謀以外の参謀は通称である。