コウモリ
恐竜の栄えた中生代において、飛行する脊椎動物の主流は恐竜に系統的に近い翼竜と恐竜の直系子孫である鳥類が占めていた。中生代の終結において、恐竜とともに翼竜は絶滅し、鳥類も現生の鳥類に繋がる新鳥類以外の系統が絶えた。これにより、飛行する脊椎動物という生態系ニッチには幾分か「空き」ができた。ここに進出する形で哺乳類から進化したのがコウモリ類である。コウモリが飛行動物となった時点では、鳥類は既に確固とした生態系での地位を得ていたため、コウモリはその隙間を埋めるような形での生活圏を得た。
コウモリの直系の祖先にあたる動物や、コウモリが飛行能力を獲得する進化の途上過程を示す化石は未だに発見されていない。恐らく彼等は樹上生活をする小さな哺乳類であり、前肢に飛膜を発達させることで、樹上間を飛び移るなど、活動範囲を広げていき、最終的に飛行能力を得たと思われる。確認される最古かつ原始的なコウモリはアメリカ合衆国ワイオミング州で化石が出土したオニコニクテリスで、始新世初期(約5200万年前)の地層から発見されている。この時期には既に前肢は(現生群に比べ短いなどの原始的特徴が目立つものの)翼となっており、飛行が可能になっていたことは明白である。化石から耳の構造を詳細に研究した結果、反響定位を持っていなかったことが判明し、コウモリはまず飛行能力を得たのちに、反響定位を行う能力を得たことが分かっている。
オオコウモリ科 Pteropodidae オオコウモリ属 Pteropus クビワオオコウモリ P. dasymallus オキナワオオコウモリ P. loochoensis 【絶滅・固有種】 19世紀に 3 - 4 頭の採取記録。 オガサワラオオコウモリ P. pselaphon
オヒキコウモリ科 Molossidae オヒキコウモリ属 Tadarida オヒキコウモリ T. insignis オヒキコウモリ T. i. insignis 日本最大の食虫性コウモリ。 スミイロオヒキコウモリ T. latouchei 2例のみ。オヒキコウモリの亜種とする説もある。
カグラコウモリ科 Hipposideridae カグラコウモリ属 Hipposideros カグラコウモリ(ヤエヤマカグラコウモリ) H. turpis ほぼ固有種だが、タイ南部にも飛び地的に分布。
キクガシラコウモリ科 Rhinolophidae キクガシラコウモリ属 Rhinolophus キクガシラコウモリ R. ferrumequinum 日本に分布するものをニホンキクガシラコウモリ R. f. nippon という亜種とする場合もある。全長6.3-7.1cm。 コキクガシラコウモリ R. cornutus ニホンコキクガシラコウモリ R. c. cornutus オリイコキクガシラコウモリ R. c. orii オキナワコキクガシラコウモリ R. pumilus or R. p. pumilus 【固有種】 オキナワコキクガシラコウモリ R. p. pumilus 【固有種】 ミヤココキクガシラコウモリ R. p.