変形菌
ツノホコリ属 (Ceratiomyxa; 右図) は、大型の変形体から大型の子実体を形成するため、古くから変形菌に分類されていた。しかしツノホコリ属は胞子が子実体表面に外生する点で他の変形菌とは大きく異なっている (他の変形菌では、胞子は胞子嚢の中に内生する)。そのため、ふつう外生胞子亜綱 (Exosporeae) やツノホコリ亜綱 (Ceratiomyxomycetidae) として他の変形菌とは分けられていた。またツノホコリ属の胞子は子実体上の柄の先に1個ずつ形成されるが、この単位は柄と1〜数個の胞子のみからなる原生粘菌の子実体に類似している。そのため、ツノホコリ属は、変形菌ではなく原生粘菌に分類されることも多くなった。その後、分子系統学的研究から、ツノホコリ属は一部の原生粘菌 (Clastostelium, Protosporangium) に近縁であることが確認され、ツノホコリ綱として変形菌とは分けることが提唱されている。ただし、ツノホコリ綱は変形菌と遠縁というわけではなく、両者は姉妹群であることが示唆されている (上図)。(→詳細は「ツノホコリ類」を参照)
変形菌は、胞子の明暗や細毛体、石灰質の有無、子実体の発達様式などに基づいていくつかの目 (例:コホコリ目、ケホコリ目、ハリホコリ目、モジホコリ目、ムラサキホコリ目) に分けられていた。また、特に子実体の形成過程を重視してムラサキホコリ目を別の亜綱 (ムラサキホコリ亜綱 Stemonitomycetidae) に分けることもあった。
やがて21世紀になると、分子系統学的研究によって変形菌綱内の分類の検討が行われるようになった (下図)。