ノゴイ
滋賀県においては野生型をマゴイ、飼育型をヤマトゴイと呼び区別している。また、両者の中間型のコイはカワスジゴイと呼ばれている。漁業者の間でも価格が相違することからマゴイとヤマトゴイは区別されていた。
1951年5月から1952年3月までの間に主要な魚揚場で水揚げされたコイの内、マゴイが約80%を占めており、ヤマトゴイが占める割合は非常に小さかった。
2004年に琵琶湖でコイヘルペスウイルスの感染が確認されて、7月までの間に大量のコイの斃死体が回収された。調査したところ斃死体の多くが野生型であり、ミトコンドリアDNAの解析でも殆どが在来系統のハプロタイプであった。このことから斃死したコイの大部分が野生型かそれに由来するものであると考えられる。野生型のコイがコイヘルペスウイルスへの抵抗性が低いことが示唆されており、遺伝的多様性が損なわれた可能性がある。
琵琶湖に生息しているコイのミトコンドリアDNAを調べたところ、湖北沿岸では平均88%の在来系統のハプロタイプが検出された。一方で湖東では48%、湖南では38%ほどであり、湖北から湖東を経て湖南へ行くにつれて在来のハプロタイプは減少していっている。
核DNAを調べたところ琵琶湖の水深20m以上では飼育型の遺伝的影響が強いが、水深20m以下ではノゴイの集団が残存していることが分かっている。
琵琶湖沿岸域のコイの多くは交雑個体であり、形態上で明らかな飼育型のコイは少ない。
ノゴイ(野鯉)はコイ属に分類される魚である。マゴイ(真鯉)とも呼ばれる。
飼育型のコイと比較して体高が低くて細長く、丸太のような体型である。黄味を帯びた個体が多い。
飼育型のコイと比べ腸が短いことから、肉食傾向が強いと考えられている。鰾と食道を結ぶ気道弁が太く発達するが、これは急な潜降で水圧が増した際に空気が漏れることを防いで浮力を保持し、深浅移動を伴う生活を可能としていると推察できる。
また、活動範囲は飼育型のコイよりも狭く、流れの緩い河川の深みに潜むことが多い。琵琶湖においては冬は沖合で生息して春に産卵のために接岸し、その後は秋から冬にかけて再び沖合に戻るという移動を行っている。
産卵時期は4~8月と大陸から導入された系統と同じであるが、産卵時期の後半である7月・8月頃に比較的多いことが確認されている。
養魚地においては餌を与えた場合、直ぐに餌に集まる個体は少なく、特に人が傍にいる時に餌を食べる個体は殆どいない。これらの性質から人に馴らすの難しいとされる。
飼育型と比べてコイヘルペスウイルスの感受性が高いことが示唆されている。