ユルバン・ジャン・フォーリー
フォーリーがフランスへ帰国していた間に、日本では三国干渉などの影響で欧米人に対する日本人の態度が一変し、布教活動が非常に難しくなっていた。教区長のベルリオーズは布教体制を強化するためフォーリーのもとに1897年(明治30年)にビアニック、翌1898年(明治31年)にはモンジュを助任司祭として赴任させた。フォーリーも青森市寺町にあった仮教会では不都合が多かったので、植物標本を送って得た謝礼金で青森市浦町の土地建物を購入し、教会を移転した。1899年(明治32年)3月27日、フォーリーはフランス政府よりフランス学士院の会員に推薦され、翌1900年(明治33年)にはフランス学士会より植物名誉勲章が贈られた。
1904年(明治37年)2月8日、日露戦争が勃発するとフランスがロシアの同盟国なこともあり、フォーリーらカトリックのフランス人宣教師たちはスパイとしての嫌疑を受けた。
1881年(明治14年)12月、すでに東京を離れ札幌に来ていたフォーリーは、1882年(明治15年)1月15日、札幌に伝道所を開設する。また弘前では教会建設のために土地を購入した。その後、東京に戻りフォーリーの後任としてジャン・ピエール・レイが孤児院を担当することになったので、1883年(明治16年)の8月頃、正式に函館に赴任した。函館にはすでにペティエが赴任しており、函館地区をペティエ、その他の北海道全域と千島、青森県全域という広大な地域をフォーリーが受け持つ事となった。青森・北海道においての布教活動は順調に進み信徒も順調に増え、1884年(明治17年)には青森に伝道所を開設し、その合間にも植物採集を行った。
1887年(明治20年)、パリ自然史博物館から通信員として委嘱されたことにより、植物採集の範囲はさらに広がった。また弘前地方のリンゴ栽培家と交流のあったフォーリーは、当時、形を仕立てず自然のままに育てる自然仕立が最良と考えられていた時代に整枝剪定思想を指導した。