イサキオス・コムネノス (アレクシオス1世の兄)
その後、弟アレクシオスと共に、アンキュラ経由でコンスタンティノープルへ帰還した。翌年、イサキオスはアンティオキアのドゥクスとして再び東方へ派遣された。前任者のイオシフ・タルカネイオテス(英語版)死後、その息子カタカロンはアンティオキアに広がる不穏な動きを抑え込めずにいた。騒擾を先導していたのは、アンティオキア総主教(英語版)アエミリアンだった。彼は、マンジケルトの戦い後に北方のタウロス山脈で半独立政権を築いていたアルメニア人豪族フィラレトス・ブラカミオス(英語版)と共謀していた可能性がある。イサキオスは計略で総主教をアンティオキアから追放しようとしたが、総主教の支持者が反乱を起こしたので、武力制圧せざるを得なくなった。1075年春、イサキオスはセルジューク朝と戦い、再び敗北して捕虜となった。この時はアンティオキア市民が金貨2万枚を身代金として供出したため解放された。この戦いでは、イサキオスの義弟(妹の夫)でロマノス4世ディオゲネス (在位: 1068年–1071年)の息子であるコンスタンティノス・ディオゲネス(英語版)が戦死している。イサキオスは1078年前半までアンティオキアに滞在した後、コンスタンティノープルへ帰還した。
イサキオスは、カルディア(英語版)のドゥクスだったテオドロス・ガブラス(英語版)と、その息子グレゴリオス・ガブラス(英語版)の婚姻問題にも対処した。グレゴリオスは、もともとイサキオスの娘と婚約していた。しかし父テオドロスがアラン人の王女(イサキオスの妻の従姉妹)と再婚すると、グレゴリオスの婚約は教会法上禁じられている近親婚に該当するため、破棄されてしまった。そのため、テオドロスと中央のコムネノス皇帝家の関係にひびが入ったのである。テオドロスは忠誠心を示すため、息子グレゴリオスを人質としてコンスタンティノープルに差し出していた。1094年から1098年の間のある時、イサキオスはプロポンティス沿岸の自らの宮殿にテオドロスを招いてもてなし、事態収拾のための折衝を行った。またイサキオスは、1097年から1104年の間に発生したアネマス兄弟と一部の軍・文高官が起こした政権転覆の陰謀の摘発にも重要な役割を果たした。彼はソロモンという元老院(英語版)議員を尋問し、陰謀の参加者や詳細を吐かせたのである。またそれから間もない時期には、医師バシル(英語版)としてしられるボゴミル派指導者の異端審問も指導している。
晩年には修道院に入り、その修道院の名をとってヨハネスという修道名を名乗った。母アンナ・ダラセナが死去すると、イサキオスもその「1年と数か月後」に死去した。これは1102年から1104年の間のこととされている。妻エイレーネ―も修道女となり、クセニアと名乗った。彼女もイサキオスの死から約1年後に亡くなり、夫妻の子はアレクシオス1世が引き取って面倒を見た。イサキオスの名は東方正教会における正教勝利祭(英語版)でも讃えられている。