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総務省は5回目の休止届が提出された2007年4月27日に、当社に対し休止期間6ヶ月以上に及び認定取り消しの是非を判断する為、事情聴取を開始する旨を通告。事情聴取は5月18日より7月31日まで6回に渡り行われた。
第1回で総務省は、
債務の状況
弁済見通しと今後の資金繰りを支えるスポンサーの獲得見通し
NHK等の関係者と調整の上で、現実的な再開スケジュール
を求めた。1について、第2回(5月23日)に提出がなされ、2について第4回(6月29日)に財団法人皇学会と回答がなされたが、監督官庁である文部科学省に照会したところ、休眠法人であり解散指導中との回答が寄せられた。3については、6月8日に電子メールによって提出されたが、WINJ単独で作成されたもので、現実性に疑義のあるものであった。
この間に全株式がストアコンソーシアムジャパンらから都築電気元社長の都築省吾に譲渡され、それまでの経営陣が総退陣し、都築が代表取締役になった。6月29日にストアコンソーシアムジャパンは東京地裁から破産開始決定を受ける。
第6回(7月31日)において、都築が個人として出資者となる旨の報告があった。8月8日と8月24日に都築が総務省を訪庁したが、具体的な資金を示す書証は提出されることがないうえに、8日と24日で説明内容に食い違いがみられた。