南草津駅
人口や利用者数の増加に伴う活況の一方で防犯面では課題が生じており、2007年(平成19年)度には滋賀県内の交番別犯罪件数で当駅前が最多となった。開業以来、ひったくりや自転車盗難が多発している。滋賀県警や地元住民、大学生によるパトロール や周辺の学校に登校する生徒による啓発活動 が行われている。
自転車の駐輪によって歩行者の通行が妨げられる問題が顕在化したため、2001年10月1日から駅周辺は放置禁止区域に指定されている。この当時は駅南側に仮設の駐輪場が設置されていたが、2002年に草津市立南草津駅自転車自動車駐車場が開設された。なお、この駐輪場では朝夕でも円滑に自転車の出入庫処理を行うため、「自転車版ETC」が開発・使用されている。自転車通学をする学生が多いため、朝夕の時間帯は自転車と歩行者の接触事故が少なくないという。事故を防止するため、周辺の道路では歩行者と自転車の通行区域の分離が2008年から実施されている。
宿泊客と通勤・通学客で駅が混雑することが懸念されたため、南草津駅周辺での民泊営業が禁止されている。
2020年度の1日平均乗車人員は21,172人で、JR西日本の駅では第30位である。2014年度には草津駅を上回り、滋賀県内の駅では最も乗車人員が多い駅となった。しかし、2020年度は新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行による影響で大幅に減少し、草津駅を下回ったため6年ぶりに県内第2位へと後退した。開業前は、立命館大学びわこ・くさつキャンパス(BKC)の開設を想定した上で1日平均乗車人員を約14,000人と見込んでいたため、予想の2倍以上となった。
「滋賀県統計書」やJR西日本の資料によると、開業以降の1日平均の乗車人員推移は下表のとおりである。
1990年(平成2年)2月16日、立命館大学が新キャンパスの環境アセスメント通知書を滋賀県に提出するなど同大学進出の具体化が進み、「草津市南部新駅」の期成同盟会では1990年(平成2年)5月の市民募金で「野路駅」の開設資金の一部を調達することを期成同盟会で決定して駅の建設促進を目指した。新駅建設費用の市民募金は、1991年(平成3年)9月末までに約3.6億円に達した。1991年(平成3年)11月には立命館大学が新キャンパスを着工した。
こうした動きを受けて、1992年(平成4年)1月30日にJR西日本も建設資金の一部を負担した上で、1994年(平成6年)春の開業を目指すことになった。
しかし、1992年(平成4年)5月、開業が1994年(平成6年)秋と半年ほど遅れる見込みとなり、立命館大学のキャンパス開設に間に合わないことになった。1992年(平成4年)5月28日の新駅設置の申請でも1994年(平成6年)秋の開業とされ、1992年(平成4年)12月3日に安全祈願祭を行って駅の本格的な工事に入った。