毎月勤労統計調査
また職員のメールが調査されておらず大臣政務三役にはヒアリングしていないなど、調査報告への信頼性も失われている。
報告書には複数の問題点が指摘された。
一部のヒアリングを、外部の人間ではなく厚生労働省の職員が実施していた
報告書の原案を、厚生労働省が作成していた
1月24日、政府の基幹統計の約4割に何らかの問題があったとの点検結果を受け、三宅俊光(総務省政策統括官)が記者会見で「毎月勤労統計のような重大な事案はなかった」と説明した。
1月25日、必要に応じて行うと答弁していた根本匠厚生労働相は再調査を実行することを決定した。
1月26日、この問題に自民党の国会対策委員長である森山裕は「今回はさほど大きな問題ではないと今のところ思う」と述べており、その後「誤解を与えるような発言であったとすれば大変申し訳なかった」と発言している。
2月1日、政府は厚生労働省で統計を担当していた局長級の大西康之政策統括官を同日付で官房付とし更迭した。
2月22日、総務省は「統計委員会の西村清彦委員長は多忙のため、国会審議には協力しない」という趣旨の文書を作り、野党に提示した。しかし、西村氏に無断で総務省が作成していたことが分かり、西村氏は「極めて遺憾だ。支障のない限り国会には協力する」と書面でコメントしている。
2月27日、厚労省特別監査委員会は2回目の報告書を公表した。
中江総理大臣秘書官(当時)が「経済の実態を適切にタイムリーに表すための、改善の可能性について考えるべき」との問題意識を厚生労働省に伝えた後、2018年1月に厚生労働省は調査事業所の入替え方法の変更を行ったことから、野党などは、アベノミクスの効果をよく見せかけるために統計の操作をしたのではないかと疑った。
特別監察委員会は2019年2月27日の追加報告書で、"2018年1月からの復元処理については、復元処理を行っていないそれまでの調査結果との比較において、賃金の上昇率を高く見せかけようとする意図・目的があったからではないかとの指摘もされている。この点、室長Fは、統計として本来あるべき処理をし、正確な統計調査を実施することは当然であると考えていた旨述べ、その意図・目的があったことを否定している。"と延べている。
担当課(室)が作業手順などを書いて各都道府県に渡した毎月勤労統計調査の手引き(事務取扱要領)には、2004年以降「東京は抽出調査でよい」と記載されていたが、2015年以降はこの記述が削除された。
毎月勤労統計調査において常用労働者500人以上の事業所を全数調査するというルールは、統計法の規程に基づき、2017年2月に新たに作られ、2018年1月分の調査から適用されたものであることが明らかになっている。したがって、このルールに対する違反があったとすれば、それは2018年1月分以降に限られる。
厚生省の元統計担当(補佐か係長か係員と思われる)は「経済を左右するものだっていうことで自負を持って慎重にやってましたが、あそこまで政策に影響するとは正直思ってなくてびっくり」と話した。
複数の問題が存在していることを指摘する意見がある。
2015年5月19日、各府省統計主管課長等会議によって示された「統計調査における労働者の区分等に関するガイドライン」 によって、2016年6月1日以降に企画する統計調査においては「常用労働者」の定義を変更し、「雇用契約期間の定めがない労働者」と「雇用契約期間が1か月以上の労働者」を常用労働者とすることとなった。これにしたがって、毎月勤労統計調査では、2018年1月分調査から「常用労働者」の定義が変更された。
同年9月16日、厚生労働省内でおこなわれた「毎月勤労統計の改善に関する検討会」第6回 において、同検討会の報告書案が提示された。この報告書案で示された方針で、2018年1月調査より、全国調査・地方調査の第一種事業所についてローテーション・サンプリングの方法を導入する予定となる。これとともに、調査対象事業所の入れ替えによる賃金水準等のギャップが生じた場合にも、過去にさかのぼっての公表値の修正(「遡及改訂」と呼ばれる)をおこなわないこととした。このために過去の統計との比較に問題が生じることを考慮して、新たに「共通事業所」(前年にも調査対象であった事業所のみを抽出して、現在のウエイトに固定して集計した結果) の前年同月比の集計結果を作成・公表することとした。
2018年1月分から、上記の変更(「常用労働者定義」変更、第一種事業所ローテーション・サンプリング導入、遡及改訂の廃止、共通事業所集計の新設)がおこなわれた。また同時に、平成26年経済センサス-基礎調査からえられる2014年6月末時点の常用労働者数データを用いて、母集団労働者数推計値の調整(「ベンチマーク更新」と呼ばれる)が実施された。