後鳥羽天皇
さらに朝雅を院の殿上人として重用した。
元久2年(1205年)に幕府で牧氏事件が起こり時政が失脚すると、幕府の実権を握った北条政子・義時姉弟からの命令で朝雅は在京御家人に追討された。寵愛する朝雅が幕府側の事情で討たれたことに衝撃を受けた上皇は、それを機にそれまでの北面の武士に加えて西面の武士を設置して独自の武力を編成することを企図し始めたとする説がある。
建永元年(1206年)、上皇の熊野詣中に院の女房たちが法然門下の遵西・住蓮の東山鹿ヶ谷草庵で念仏法会に参加し出家して尼僧となった。この事件に怒った上皇は、承元元年(1207年)に専修念仏を停止して法然・親鸞らを配流している(承元の法難)。
牧氏事件の後は実朝を取りこむことで幕府内部への影響力拡大を図った。実朝は上皇の従妹でもある上皇の寵臣坊門信清の娘西八条禅尼を正室に迎えており、上皇もまた信清の娘坊門局を后妃の1人としていたため、上皇と実朝は合婿の義兄弟関係となっていた。実朝自身も上皇を敬愛する人物だったため、朝幕関係は一時安定期を迎える。やがて幕府は子供のいない実朝の後継に上皇の皇子を迎えて政権を安定させる親王将軍の構想を打ち出したが、建保7年(1219年)に実朝が甥の公暁に暗殺されたことでこの関係にも終止符が打たれ、親王将軍も上皇は拒絶した。『愚管抄』では上皇は日本を2つに割ることになると危惧したとしている。
古今著聞集によれば(巻12、偸盗)、交野八郎と呼ばれる強盗の親玉がおり、後鳥羽上皇みずから船を召し西面の武士を指揮して、今津(琵琶湖の今津)で召し取りになられた。そのさい西面の武士の囲いをたやすく逃げ回っていたものの、上皇みずから櫂を取られたところ、八郎はたやすく捕らえられた。のち水無瀬殿に引き出して上皇が問うたところ「捕まったのは、上皇が船をこぐ櫂をあたかも扇のように扱うのを見て運が尽き力が失せたためです」と応えたという。のち許されて中間として仕えたという。