忍者ボーイとんとん飛丸
本作の主人公。飛騨騨忍者であり、御忍学園2年生。一般には中学2年相当の年齢だが小学生のような幼い体躯。しかし忍術の腕、身体能力は抜きんでており、得意技は手裏剣技、吹き筒、手投げ弾、鎖分銅(回転により滑空や射撃の跳ね返しが可能)。
甘いものに弱く、チョコレート(森永チョコレートジャスト)に釣られて下山(本人いわく武者修行)。一方で、戦意喪失状態になっても口にすれば急回復も可能である(原作内では主に「つくんこ」を食べていた)。物語後半では両手のひらからエネルギー派を出す「飛騨騨忍法・外閃気弾」も使用。
動物と話すことができ、下山の際はクマの大五郎、イノシシの又四郎、ウサギのお峰、たぬきの勘太郎も伴っている。