全日本野球協会
なお、1991年から1997年までは、社会人野球と大学野球の日本一決定戦として、全日本アマチュア野球王座決定戦を実施していた。(運営上の理由で廃止。)
アマチュア野球の上部組織体系の複雑さは、一つには、本連盟を構成している一方の日本野球連盟は体協に加盟しているが、もう一方の日本学生野球協会は体協への加盟に同意していないなど、思想・意識の面でそれぞれの団体の拘りや差異が大きな一因になっている。日本野球連盟は体協のみに加盟、日本学生野球協会は、体協にも日本オリンピック委員会にも所属・加盟せず、両者の代表組織である当連盟が、日本オリンピック委員会にのみ加盟(体協には非加盟)している団体となっている。
ただし、日本オリンピック委員会と国際野球連盟に加盟し、対外的に日本の野球界を代表しているのは全日本アマチュア野球連盟となっている。
なおこの連盟は、日本国内における野球競技の普及過程の複雑さの影響で、現状としては、広義の意味での日本国内のアマチュア野球全体を束ねる組織ではなく、あくまで日本野球連盟と日本学生野球協会のみを対象としている。全てのアマチュア野球関連団体の構図・詳細については日本のアマチュア野球の項を参照の事。