中外製薬
鎌倉工場:神奈川県鎌倉市梶原200(2010年12月閉鎖)
筑波研究所(2001年4月開設、2005年3月閉鎖)
(CM・Webドラマ挿入歌:FLOW、「僕に捧げるバラード」出演者:筒井道隆など)
2003年5月★:1月、「セルセプト」、効能が追加承認された。市販直後調査が承認条件だったが未実施が後刻判明した。
2003年6月★:抗がん剤(5-FU系のプロドラッグ)「ゼローダ」を発売。
2003年12月★:日本初、ペグインターフェロン-α-2a製剤「ペガシス」を発売。
2004年4月☆:イーライリリー・アンド・カンパニー社と1999年締結した提携に基づき、日本初の選択的エストロゲン受容体調整薬(骨粗鬆症治療薬)「エビスタ」、日本イーライ・リリー社と共同発売(なお、「エビスタ錠60mg」は2013年1月より日本イーライ・リリーの直販体制となる)。
2004年12月☆:一般用医薬品事業をライオンへ譲渡。子会社の永光化成の殺虫剤製造事業もライオンの子会社であるライオンパッケージングへ譲渡した。 ただし、三笠製薬が製造する外用鎮痛消炎薬「ゼノール」の販売権は大鵬薬品工業(大塚ホールディングス傘下)へ譲渡。これは、譲渡先のライオンから「ゼノール」と同じカテゴリーのブランドである「ハリックス」が発売されているためである。 また、旧日本ロシュ時代から製造し、旧藤沢薬品工業が販売していた解熱鎮痛薬「サリドン」については、販売元であったゼファーマへ移管。現在は第一三共ヘルスケアが製造販売を行っている。2003年までは医療用「サリドン」(フェナセチン系製剤)があった。
2002年にスイスの大手医薬品メーカー、エフ・ホフマン・ラ・ロシュ(Fritz Hoffmann-La Roche)との「戦略的アライアンス」に基づきロシュグループに傘下入りした。ロシュの創薬品と旧来の中外製薬のバイオ医薬による開発力とのシナジー効果による開発パイプラインを有す。なお、資本構成上はロシュグループが過半数の株式を保有し実質的にはロシュによる買収であるが、当時のCEO・COOであった永山治は「買収ではなく戦略的提携」と発言した。現在も東京証券取引所一部上場を維持するなど、一定の独立性は維持している。
2014年12月1日に新しいスローガンとして、「創造で、想像を超える。(英: INNOVATION BEYOND IMAGINATION)」が策定された。
一般大衆薬事業をライオンに営業譲渡するまでの主力商品で著名なものはバルサンや栄養ドリンクのグロンサン、新グロモント、オルパ、ローゼリー、チルカカプレット、中外アルペン、中外胃腸薬→新中外胃腸薬、中外下痢止め、エフィール、ペア、ゼノール、ミルフル、ゆあみなどがある。