超ゴジラ
物語の後半、キングギドラ細胞にエネルギーを蓄える性質があることを突き止めた尾形博士の研究により、ゴジラにキングギドラの細胞を取り込むことで突然変異させた「超ゴジラ」を操作できる。移動モードでスペシャルエネルギーをゴジラに取得させることにより、超多量のエネルギーを蓄えた超ゴジラへと変異させる。また敵怪獣との戦いでエネルギーを使い果たすと通常のゴジラに戻る。超ゴジラは攻撃力が通常のゴジラの倍近くあり、腹や尻尾からビームを、ボタン溜めで強力なダッシュパンチを繰り出せる。また防御力も高く、障害物を破壊したり、進路上で攻撃を受けてもダメージを受けない。
この超ゴジラのデザインは後に登場するスペースゴジラのデザインの基礎となっている。
フィールド上に登場する戦車など(障害物として踏み潰して破壊できる)とは別に、怪獣と同じ格闘画面の形式で戦う敵も登場する。