バンクスマツ
他の多くのマツと同様、いくつかのキノコと共生し菌根を形成することが知られている。菌根の形成により、水分や栄養分の吸収能力の向上、菌糸の生産する化学物質による病原菌からの保護などが利点として考えられている。一方でいくつかの菌類はマツに寄生し、病原性を発揮する。Phellinus pini、カイメンタケ (Phaeolus schweintzii)、 ツガサルノコシカケ (Fomitopsis pinicola) 、ナラタケ (Armillaria mellea)やマツノネクチタケ (''Heterobasidion annosum) である。特にカイメンタケやマツノネクチタケが引き起こすものは根株心腐病、ナラタケが引き起こすものはならたけ病といい、本種に限らず多くの樹木で問題になる。
本種が若い時にかかる主な病気には以下のようなものがある。葉のさび病はColoosporium asterumが原因であり、発症すると落葉する。Diplodia pineaやSircoccus strobillnusや苗床にいるような若い個体で胴枯病(blight)を引き起こす。