奈良交通京都営業所
90:三山木駅 - 多々羅 - 水取
91:三山木駅 - 水取 - 打田() - 高船
全区間自由乗降になっている。
※90系統は2010年4月1日のダイヤ改正をもって廃止されたのち、2012年3月20日のダイヤ改正で再設定された。
92:三山木駅→飯岡口→飯岡→三山木駅
※ 2010年4月1日のダイヤ改正をもって廃止された。
急行99:三山木駅 → 同志社国際中・高校 → 同志社大学正門 → 同志社女子大学正門 → 三山木駅
平城営業所と共管(2012年3月20日改正 - 2013年4月1日改正、2015年4月1日改正 - 現在)。
100:三山木駅 - 同志社国際中・高校 - 同志社大学正門 - 同志社大学デイヴィス記念館
101:新田辺駅 - 京田辺駅 - 興戸 - 同志社女子大学正門 - 同志社大学正門 - 同志社大学デイヴィス記念館
102:新田辺駅 - 京田辺駅 - 京田辺市役所 - 同志社北門 - 同志社大学デイヴィス記念館
(系統番号なし):新田辺駅 → 京田辺駅 → 京田辺市役所 → 同志社北門
100系統・101系統・(系統番号なし)同志社北門行きは、12月30日 - 翌年 1月3日を除く毎日運行。同志社大学の開講日・開講準備期間・毎年4月1日、3月22日(以下 開講ダイヤ実施日)とそれ以外の日(以下 休講ダイヤ運行日)で、バスの運行本数が大きく異なる。
急行99系統・102系統は、開講ダイヤ実施日のみ運行。
なお、祝日開講日や4月1日、3月22日、敬老の日・秋分の日が秋学期の開講準備期間に含まれる場合、土曜日開講ダイヤで運行される。
100系統は、三山木駅 - 自由乗降指定地「同志社口」は、自由乗降区間となっている。
同志社大学多々羅キャンパス閉鎖に伴い、2021年4月1日ダイヤ改正にて「同志社大学多々羅キャンパス」を発着する各系統が廃止された。