藤原新
5月9日にはミキハウスと所属契約を締結。契約期間は2012年5月~2013年4月までの1年間。
その傍らで藤原は自ら「プロランナー」の肩書きで、マラソン・オリンピック関連のマスメディア(テレビ・ラジオ・新聞・雑誌等)へゲスト出演などでも活動。他多数のスポンサーから多くの資金を集めるも、この行動に対し一部のタブロイド紙などでは「五輪本番で結果を出さないと引っ込みがつかなくなるのでは」「実業団や陸連は内心では快く思っていないはず」等と、藤原の姿勢を揶揄したり疑問視するものがいた。
同年6月29日にロンドン五輪本番に向けて、公式応援歌「風雅~新たなる道へ~」を自身がファンだという→Pia-no-jaC←によって作成された。
2012年8月12日に行われたロンドン五輪男子マラソン本番では、30Km過ぎ辺り迄は8位以内の入賞を狙える好位置についていた。だが、それまでのペースの上げ下げでスタミナ切れ・ガス欠状態を引き起こし、さらに32Km付近で両足脹脛を痙攣させるアクシデントも響き、又してもレース終盤で極端に大きく失速してしまう。なんとか完走こそはしたものの、結局日本人最下位 の45位に終わった。
2019年4月1日、スズキ浜松AC(2020年4月より現・スズキAC)が藤原の長距離走・男子ヘッドコーチ就任を発表。藤原はクラブを通じて「これ迄培ってきたマラソンのノウハウを生かすと共に、学んでいく謙虚な姿勢を忘れず指導にあたりたい」とコメント。また、選手活動については自身のFacebookにて「当面の処『プレイングコーチ』として自らも競技者として続けていくつもりです」と記載するも、マスコミ陣営は「事実上の第一線から引退」と挙って報道された。
翌2020年4月からは、2015年正月に開催された第91回箱根駅伝で、山登りの5区にて当時の区間新記録を樹立、青山学院大学としても箱根駅伝の総合初優勝に貢献した、現プロランナー・神野大地のマラソン指導も担当している。