気多神社
その後、元禄の頃に慶高寺は中興される事になる。越中国分寺跡の薬師堂に安置されている慶高寺本尊の大日如来の台座には元禄2年(1689年)の日付と共に「愛染院弟子奉再興者也 慶高寺第一世 祐玄」の銘が入っており、愛染院弟子の祐玄と言う僧が第1世を名乗って慶高寺を中興したことが分かる。以後、明治に至るまで、祐玄を含め13代の住職が別当である慶高寺を守った。
『伏木一宮気多神社』によれば、明治元年(1868年)国教政策により神仏分離令が出されると、僧徒は神社へ関与することが禁じられた為、慶高寺中興第13世の法海は俗名を名乗り、西礪波郡今石動町(現在の小矢部市)の観音寺住職となったとしている。また、法海の弟子が大江氏を名乗って神職となり、慶高寺は当神社の社務所と大江氏住居を兼ねる様になったと言う。ここに至り慶高寺は廃絶した。
『高岡市史 下巻』によれば、神仏分離令によって起きた廃仏毀釈運動により、当神社本地仏も慶高寺本尊も一緒くたに国分寺跡の薬師堂に押し込まれ、大きな仏像に至っては中に入らないので雨ざらしの状態にされたのだと言う。これによって、文化的価値のある貴重な仏像が痛むがままの状態になった事を同書では嘆いている。
明治6年(1873年)8月旧社格制度により県社に列格され、明治40年(1907年)3月には供進社に指定された。
昭和6年(1931年)室町時代の特質を残しているとして、本殿が国の重要文化財に指定されている。
『朝野群載 巻6』には、神事に過穢があったことにより祟り給うたので、気多神社に使者を遣わし中祓いを科して祓い清めるべしとの承暦4年(1080年)6月10日付けの神祇官奏上が記載されている。
明治元年(1868年)に著された『一宮神官大江氏文書』の「従太政官由来就御尋書上帳」には、寿永年間(1182年 - 1185年)の末期、源義仲(木曾義仲)の兵火によって伽藍や社殿が焼失したとの伝承が記されている。その後、伽藍や社殿を再建したが、天文年間(1532年 - 1555年)に上杉謙信の兵火で再び焼失し、一社一寺になったと言う。万治元年(1658年)と同2年(1659年)の守山村村役の記録にある慶高寺看坊の上申(以下『慶高寺看坊の上申』と言う。)では、往古は社領が近隣7ヶ村にあって49坊の華麗な堂塔が立ち並び、日本廻国六十六部の経堂とされていたが、戦乱により一社一寺となったのだ、と述べている。
別当慶高寺中興第12世による『慶高寺由緒覚書抄録』には、天文の兵火の際、別当寺の社僧や堂守の坊主は暫く四散していたが、慶高寺と得正寺の社僧が立ち戻ってお勤めを行った、だが後に得正寺は一向宗に改宗してしまった、と記されている。また、社伝によれば永禄年間(1558年 - 1570年)に社殿が再建されたとしており、「従太政官由来就御尋書上帳」では慶高寺の宥應と言う僧侶がお布施を募って社殿を復興した、と記している。