ミナミメダカ
従来はキタノメダカと共にメダカ1種とされていたが、2012年にキタノメダカと分離された。学名は旧「メダカ」のものを本種が引継ぎ、キタノメダカは新設された。本種とキタノメダカは遺伝的には別種といってよいほど分化(英語版)がみられるが、生殖的隔離は観察できず、両者の分布境界にあたる丹後・但馬地方では雑種の存在が確認されている。この大きな遺伝的分化は少なくとも400〜500万年前には発生していたと推定されている。
本種は、アロザイム (Alloenzyme) 分析によれば生息している水域ごとに「東日本型」「東瀬戸内型」「西瀬戸内型」「山陰型」「北部九州型」「大隅型」「有明型」「薩摩型」「琉球型」の9種類の地域型に細分されるとの結果がでている。さらに、ミトコンドリアDNAの解析からは、これらの水域ごとの遺伝的に異なる個体群にはそれぞれ相互に異なる環境適応の構造が検出されている。
日本外来種のカダヤシとよく似ており、間違われることがある(■画像も参照のこと)。よく見掛けるカダヤシがミナミメダカと誤認されていることで、「メダカは今でも変わらず十分な数が生きている」「世間で言われているほどには減っていない」などという勘違いが、少なからず一般人の認識として散見されることは、種の保全の観点から危惧すべき問題点の一つである。