島原港
熊本港 - 島原港
熊本フェリーが1日7往復運航する。高速双胴フェリーのオーシャンアローが就航している。
三角港 - 島原港
1964年に九州商船が運航を開始、最盛期は年間100万人以上の利用があったが、1993年の熊本港の開港後は島原-熊本航路に利用客が移転、九州商船が撤退を表明したため、航路維持のため新たに設立された三角島原フェリーが1999年に航路を継承した。その後も利用者の減少は続き、原油価格高騰による採算悪化で2006年8月29日に運航を終了、航路廃止となった。廃止時は1日5往復が運航されていた。