阿賀野川
だが、一部では成果があったものの根本的な解決には至らず、逆に第9代藩主溝口直侯の代、1789年(寛政元年)には精魂込めて開墾した蒲原郡2万石が陸奥信夫郡・田村郡・楢葉郡の三郡に分散して高直しをさせられたため、財政はさらに逼迫して行った。
一方、上流部の会津盆地においても阿賀野川の流路は絶えず変動していた。1419年には宮川(鶴沼川。若郷湖上流で合流する鶴沼川とは異なる)が阿賀野川本流であったが、1536年には現在の流路になっていたと推定されている。1611年(慶長16年)、会津盆地を慶長会津地震が襲い、阿賀野川中流の狭窄部が地震による山崩れで河水が堰き止められて「山崎湖」と呼ばれる堰止湖が形成された。会津藩主であった蒲生秀行は直ちに山崎湖の排水事業を実施したが容易に排水できず、以後蒲生忠郷・加藤嘉明・加藤明成といった代々の会津藩主が排水事業を継承し、加藤明成が会津騒動で改易となったあとに入封した保科正之(三代将軍・徳川家光の実弟)の代になって漸く排水に成功した。
近代(1924年(大正13年)から1935年(昭和10年)、及び戦争等による中断期間を経て2005年(平成17年)から2006年(平成18年))においても只見川合流部近辺の阿賀川下流蛇行狭窄部(右画像)の開削により治水安全度が向上した。