横浜フリューゲルス
「再建屋」と呼ばれ、南米では高い評価を得ているブラジル人のオタシリオが監督に就任。オタシリオは昨年までの4-4-2システムから3-5-2に変更。前年度チームに加入したブラジルトリオがチームにフィットし、三浦淳、前園、山口素などの活躍もあり、開幕8連勝(うち開幕6試合無失点記録を樹立)するなど、リーグ前半を首位で折り返した(もし前年度までの2ステージ制ならば1stステージ優勝であった)。しかしアトランタ五輪後に再開した後半戦で勝ち点を伸ばしきれず、優勝したアントラーズ、2位のグランパスと勝利数は21で並ぶものの、勝ち点で及ばず最終順位は3位となった。
選手やサポーターは合併について全日空側とミーティングを行い、合併撤回を訴えたが、「決まったこと」として話し合いは平行線を辿る。そのような中で全日空側は「12月4日までは調印しない。調印するときは事前にサポーターや選手に伝える」と回答していたが、その約束は守られず12月2日、抜き打ちで両クラブの合併が調印された。
そんな合併劇の中、第78回天皇杯が開幕し、フリューゲルスは調印式後の12月13日に初戦を迎えた。同大会においては出場機会に恵まれず翌年の所属先が決まっていなかった選手たちを出場させて他クラブへのアピールの場にしようとも考えられていたが、当時ベンチ入りの機会すら少なかった桜井孝司らの「強いフリューゲルスを見せよう」という一言でクラブがさらに一丸となった。準々決勝ジュビロ、準決勝アントラーズ、1999年1月1日決勝エスパルスを破って優勝した。
天皇杯優勝クラブに出場権が与えられるゼロックス杯とアジアカップウィナーズカップには、天皇杯準優勝のエスパルスが出場した。
カルロス・レシャックが監督に就任。パウロ・フットレ、イゴール・レディアコフらを獲得、3-4-3スタイルを取ったチームは開幕戦の横浜ダービーでマリノスを延長の末2-1で下すなど好スタートを切ったが、攻撃的スタイルの弊害から翌節から5連敗。その後7連勝するなど、1stステージは10勝7敗の成績を残した。しかし、2ndステージに入ると守備が破綻するなど低迷し、レシャックは2ndステージ第8節をもって不振の責任を取って辞任した。後任監督にはコーチだったゲルト・エンゲルスが昇格した。