松本藩
結城秀康(家康の次男)の3男・松平直政が越前国大野藩より7万石で入る。直政は城郭の増改築、天守の造営、多門櫓の築造を行った。また寛永通宝松本銭の鋳造など、7万石の藩にしては行っていることが大藩並であり、これは徳川家光との懇意、結城秀康の実子という立場によるものといわれる。また直政は地子免除(土地・屋敷にかかる年貢の免除)など税制も定めた。寛永15年(1638年)に出雲国松江藩へ移封された。
親藩、7万石
直政
8月、木曾義昌が家康と手を結んで松本に攻め込んできたため、貞慶は家康から離れて木曾軍を破り、所領安堵状や宛行状を連発して自立の傾向を強めた。だが天正11年(1583年)に貞慶は赤沢氏、塔原氏などを殺害し、三村氏や西牧氏らは粛清を恐れて逃亡した。これらは武田信玄の侵攻の際に小笠原家を裏切った諸氏であり、貞慶の復讐だったとされる。このため、筑北地方で上杉景勝と戦うも大敗した。
家康は貞慶の動向を見て、小笠原氏に所領安堵して味方につけ、貞慶も家康に嫡子秀政を人質として差し出し、家康は秀政を重臣の石川数正に預けた。しかし小牧・長久手の戦い後の天正13年(1585年)11月に数正が家康の下から出奔して豊臣秀吉の下に走った際、秀政も貞慶も秀吉の下に走った。ところが貞慶は名族小笠原家の血筋を鼻にかけて秀吉の出自を貶めるような発言をしたため、家臣らが再びの滅亡を恐れて秀政のみを名代として秀吉と拝謁させた。
以後は秀政が事実上の当主となり、天正15年(1587年)3月に秀吉の仲介で家康の下に帰参し、翌年12月に秀政は正式に家督を継いだ。天正17年(1589年)1月には家康より正式に安曇郡・筑摩郡の松本領を安堵され、8月には家康嫡子松平信康の娘を正室に迎えて小笠原氏は徳川家での地位を確立した。
譜代、6万石
光慈
光雄
光徳
光和
光悌
光行
光年
光庸
光則
上野高崎藩5万石より松平康長が2万石加増の7万石で入封する。康長は家康の養妹を妻とする有力な譜代大名であり、寛大かつ温厚な人柄を第2代将軍徳川秀忠に信任されて第3代将軍家光の補佐を命じられた。藩政においても在地の地侍72名を松本で召し抱え、地方知行(家臣に土地を与える制度)から蔵米制に改めて兵農分離を完成させ、領内を15組に分ける新しい行政区画を創設した。寛永3年(1626年)から寛永8年(1631年)にかけては領内に総検地を実施した。この検地に伴い、村の区画割りも行われた。康長は寛永9年(1632年)12月に松本で死去。跡を継いだ康直は寛永10年(1633年)4月に播磨明石へ移封された。