ウェーコ包囲
1993年2月27日、ウェーコ・トリビューン=ヘラルド紙は『罪深きメシア(The Sinful Messiah)』という一連の記事を掲載し、コレシュが教団施設で子供たちを肉体的に虐待したり、複数の未成年女性を花嫁に迎えて法定強姦を実行したとの告発を報道するようになった。またコレシュは自分自身のために一夫多妻制を提唱したと言われており、小さな自治体の女性住民数名と結婚したことを自ら宣言していた。コレシュの発表では、自分には少なくとも140人の妻を受け入れる権利があり、教団内の女性は誰であれ自分のものだと主張する権利があり、自分が父親の子供が少なくとも十数人おり、これらの母親の幾人かは12歳か13歳の若さで花嫁になった、と同紙は主張した。
性的虐待や不法行為の告発に加えて、違法な武器を備蓄しているとの容疑がコレシュとその信者に掛けられた。1992年5月、マクレナン郡の保安当局がATFに電話して、ユナイテッド・パーセル・サービスの運転手から懸念すべき通報があったことを伝えた。同運転手が言うには、ブランチ・ダビディアンに届ける小包を破損してしまった時に、中身の銃器や手榴弾や黒色火薬が露わになったという。
6月9日、ATFが正式調査に着手して、その1週間後に本部から「高度な監視を要する」機密案件に分類された。
ATF捜査官は自分達の撤退後、教団施設内部にいるコレシュや他の人達との連絡を確立した。連邦捜査官が複数名死亡という結果を受けてFBIが直ちに指揮を執り、サンアントニオ支部局長のジェフ・ジャマールを現地指揮官として包囲を担当させた。FBIの人質救出チーム(HRT)は、以前ルビーリッジ事件での行動で批判を受けたリチャード・ロジャースが指揮官だった。ルビーリッジと同様、ロジャースはしばしばウェーコの現地指揮官を無視してHRT戦術2チームを同じ現場に動員し、最終的にはHRTの準備不足が原因で状況解決を困難にさせた。
はじめにダビディアンは地元のニュース媒体と電話連絡して、コレシュが電話インタビューを行なった。FBIはダビディアンによる外部との通信を切った。以降51日間、内部の人達との通信はFBI交渉人25名の一団による電話となった。司法省の最終報告書では、交渉作業を減らした件で交渉人らが戦術指揮官を批判していたことが判明した。
最初の数日間、FBIは自分達がコレシュと交渉した時に、コレシュによって記録されたメッセージが国営ラジオで放送される見返りとしてブランチ・ダビディアンが平和的に教団施設を去るつもりだとの合意が取れたことで、打開策を自分達が作ったものと信じていた。放送は行われたものの、コレシュは建物に残って「待つ」よう神が自分に伝えてきた、と交渉人に語った。それでも交渉人は、その後すぐに5ヶ月から12歳までの子供19人を何とか解放に持っていった。
FBIによると、スティーブ・シュナイダー(コレシュ一番の側近)がコレシュを射殺し、その後自らを撃って自殺した。全部で76人が死亡した。大量の遺体と武器と弾薬が、地下室の保管庫で発見された。テキサス・レンジャーズの放火捜査官報告書は、居住者の多くが内部からの脱出を拒否したか、脱出が選択肢にならなくなるまで退去を拒否したと仮定している。また、建物西端の破壊工作による構造的な破片がトンネルを通る脱出可能なルートを妨げた可能性についても言及している。火災安全工学の専門家による独立した調査では、教団施設の住民は本人たちが望むなら火災から逃れるのに十分な時間があったと結論づけた。
遺体の検死は、貯蔵室の落下したコンクリートの壁の下で発見された一部の女性と子供が脳挫傷で死亡したことを明らかにした。痙攣死のポーズで固まったように見える子供たちの検死写真はシアン化物中毒と一致するもので、CSガスの燃焼で生じる結果の1つである。検死記録はまた、コレシュを含む少なくとも20人ブランチ・ダビディアンと14歳未満の子供5人が撃たれたことを示している。3歳の幼児は胸を刺されていた。検死官は、これらの死が逃げ道なしで火災に閉じ込められたブランチ・ダビディアンによる慈悲の殺害だと考えた。米司法省特別顧問局 (United States Department of Justice Office of Special Counsel) の専門家は、銃弾による傷の多くは「明白な自殺、合意の処刑(死の幇助)、あと可能性は低いが強制的処刑による自死を裏付けている」と結論づけた。
しかし、FBIが待機したのは制圧開始前の僅か3日間だった(この代替解釈から着想を得た原稿をコレシュが完成させて平和的に出てくるまでは推定2週間とされていた)。スチュアート・A・ライトの記事はFBIが包囲をどのように誤って処理したかを論じており「FBIが51日間の包囲で無血解決に持っていけなかった事よりも大きな失当行為の例はない」と述べた。この作戦に関するライトの主な懸念事項としては、平和的な交渉により紛争解決に至りそうだった時にFBI当局者(特にディック・ロジャース)が過激さと性急さを増して振る舞ったこと等が挙げられる。FBIの事情聴収でロジャースが語った内容と、司法省の報告書にある彼の発言には食い違いが見られるという。
批評家は、最終制圧時にCSガスが安全でない方法で建物に注入され、火災を引き起こした可能性があることを示唆している。火災3か所のうち2つは、CSガスが送り込まれた場所から離れた建物内で発生したが、生存者のデビッド・ティボドーは1999年に建物の損壊がガスを拡散させていたと主張して「彼らは壁を壊し始め、窓を壊し、CSガスを拡散した」と述べた。さらにガスグレネードの使用に関しても論争となった。司法長官リノは、この制圧で火工装置を使用しない指示を特別に出していた。1993年から1999年にかけて、FBIの報道官は制圧中に一切の火工装置の使用を(宣誓の下でも)否定した。しかし、火災直後に火工製のFlite-Rite CSガスグレネードが瓦礫の中で発見された。1999年、FBI報道官は自分達がグレネードを使用したことを認めざるを得なかった。