毛利水軍
天文20年(1551年)、陶隆房(後の陶晴賢)の謀反により大内氏当主・大内義隆は自害に追い込まれた(大寧寺の変)。元就は毛利直轄水軍の育成を本格化したのはこの頃からと考えられている。そして、陶氏の謀反を良しとしない吉見氏の挙兵(三本松城の戦い)を巡って毛利氏と陶氏の緊張が表面化すると、天文23年(1554年)5月に元就は大内氏(陶氏)から独立(防芸引分)。挙兵した元就は佐東銀山城や厳島など海運や水軍の要衝を短期間に掌握した。
天文24年(1555年)10月、に毛利氏と陶氏による厳島の戦いが発生する。毛利軍は陶軍に対して兵力で大きく劣勢だったが、宮尾城を攻めるために厳島に上陸していた陶軍を奇襲により撃滅した。この戦いでの毛利の水軍戦力は、毛利水軍(川ノ内警固衆)50〜60艘と小早川水軍(沼田警固衆)60〜70艘とされるが、これに村上水軍の援軍200〜300艘が参戦したと伝わる(この時、親毛利の立場であった因島村上氏は既に小早川水軍に組み入れられていたと考えられる)。なお、村上水軍は、陶氏の進める瀬戸内海の徴税権を水軍から取り上げる政策に反発して、毛利氏に加わったともいわれる。
この後、元就は防長経略を開始。大内方の水軍である、安芸の白井房胤・賢胤親子、周防・長門の小原隆言、弘中方明、冷泉元豊・元満兄弟、海商賀屋氏、屋代島警固衆の桑原氏・沓屋氏、玖珂郡警固衆、石見国では石見水軍を率いる益田藤兼が帰順した。また、村上氏も引き続き毛利氏に協力して関門海峡を封鎖、大内氏の滅亡に貢献している。
戦国時代初期の中国地方は、周防国を本拠とする大内氏と、出雲国を本拠とする尼子氏の二大勢力が対立していた。周防と出雲の間に挟まれた安芸国は中小規模の国人領主たちが乱立している状態であり、吉田郡山城の毛利氏は大内側、佐東銀山城の安芸武田氏は尼子側に属していた。しかし、大永7年(1527年)に毛利元就が有田中井手の戦いで武田元繁に勝利すると、当主を失った安芸武田氏は勢力を大幅に衰退。その後もしばらくの間は大内・毛利連合と尼子・安芸武田連合の抗争が続くが、天文10年(1541年)の佐東銀山城の戦いにより安芸武田氏は滅亡した。
佐東銀山城の位置する佐東郡(現在の広島市安佐南区)は、山陽道と瀬戸内海に面した安芸国の流通・経済の中心地であり、佐東川(現在の太田川下流域を指す古称)の河口は安芸武田氏に属する水軍衆の拠点であった。佐東銀山城には大内氏の城番として冷泉隆豊が入るが、元就には佐東川河口周辺の川ノ内(川内、河ノ内)地域が与えられた。これにより、毛利氏は安芸武田氏の水軍衆であった福井氏や山県氏(福井元信、山県就相など)を取り込み、譜代家臣の児玉就方や飯田義武を川ノ内警固衆 (えのちけいごしゅう)の将に任じた。これにより初期の毛利水軍が誕生することとなった。
そして天文12年(1543年)には元就三男の徳寿丸(後の小早川隆景)を同じ安芸国人の竹原小早川氏へ養子として送り込み、続いて天文19年(1550年)に隆景が沼田小早川氏をも継承することで小早川家は一本化された。こうして小早川氏が毛利氏と一体化したことで、毛利は小早川水軍(小早川氏親族の乃美氏率いる沼田警固衆)を傘下に収め、さらに小早川氏と姻戚関係を結んでいた芸予諸島の海賊衆村上氏とも関係を持つこととなる。