新函館北斗駅
駅舎は構内の南西側(旭川方面に向かって左側)に位置し、単式ホーム中央部に接していた。有人駅時代の駅舎は改築され出入口上部の合掌や左右対称の出窓があるログハウス風の建物となっており、駅舎内にトイレを有していた。有人駅時代には「水田発祥八郎沼公園のある駅」と記載された駅スタンプが設置されていたが、2008年(平成20年)時点では無くなっていた。 当時の駅の銘板と駅施設である煉瓦造りの作業小屋については、保存されることとなっている。
駅前(2011年8月)
ホーム
駅構内
新幹線駅工事のため設けられた仮設駅舎(2012年5月)
当駅は函館市街地にある函館駅から遠く、函館駅へのリレー列車(後のはこだてライナー)の運行が必要であることから、JR北海道は所要時間を短縮するため五稜郭駅 - 当駅間の交流電化を決定、2013年(平成25年)3月に同区間の電化工事を開始した。
当駅でも設計段階から、乗り継ぎ時間を短く抑えるホームの配置が課題となっていた。九州新幹線の新八代駅で行われていた対面乗り換えが理想とされたが、札幌方面への乗り継ぎも考慮する必要があり、単純ではなかった。
2012年(平成24年)2月にホーム配置の案が公表された。在来線側が島式ホーム1面2線および単式ホーム1面1線、さらに単式ホームの反対側に函館駅方面へのリレー列車専用となる切欠きホーム1線を設け、計2面4線となる。新幹線と平面乗り換えができるように、連絡通路・改札で相互のホームを接続するため、在来線ホームも1面は単式である必要があったが、函館・札幌双方の列車と新幹線を接続させるため、函館リレー列車専用のホームを設けた。