界 (分類学)
生物学が博物学に属していた時代には、博物学では3つの「界」が認められていた。動物界(動くもの)・植物界(動かないが成長するもの)・鉱物界(成長しないもの)である。リンネも3つの界を認めた。
1990年、ウーズは、細菌・古細菌・真核生物を3つの基本的な系統とみなし、これらをドメイン (domain) に格上げしてBacteria、Archaea、Eucarya と命名した。この3ドメイン説は議論をまき起こしたが、従来の2上界説(原核生物界と真核生物界)にかわって、界以上の分類法の標準となっている。この時、ウーズは16S rRNA系統解析に基づき古細菌をユーリ古細菌界とクレン古細菌界の2界に分割している。また、レイクらは、伸長因子の系統解析に基づき古細菌類は、より基礎的な古細菌界(=ユーリ古細菌)と、真核生物に近いエオサイト界に分かれるとした(エオサイト説)。
2005年、国際原生生物学会は、真核生物の新しい分類を発表した。この分類にはリンネ式階級は使われていないが、従来の界に類似したグループとしてアメーボゾア、オピストコンタ(動物と菌類など)、リザリア、エクスカヴァータ、クロマルベオラータ(クロミスタなど)、アーケプラスティダ(植物)の6つのスーパーグループが置かれ、これが真核生物の分類の標準となった。階級を当てはめる場合、これらは界として扱われることがある。ただし、オピストコンタは従来の動物界と菌界を含んでいるので上界とすることが多く、単純に6界とは言えない。また、これらのいくつかには当時からすでに単系統性に疑問が持たれており、後に再編された分類体系が発表されている。
一方、古細菌もユーリ古細菌、クレン古細菌以外の系統が多数発見されたことで、単純に2系統とは言えなくなってきている。2014年にはそれが整理され、ユーリ古細菌界とプロテオ古細菌界の2界に分割する考え方が出てきた。