ノブナガン
サンフランシスコ陥落から3か月後、第二小隊の潜入調査で確認された新種。
竜脚類に酷似した長い首と、錨のように左右に刃が突き出した下顎が特徴。
声 - 遊佐浩二
アニメオリジナルキャラクター(コミック最終話にも1コマだけ登場)。司令補佐を務める青年。数千年を生きることとなった壱与の話し相手として土偶に連れてこられて以来、壱与に付き添っている。カプセルでの睡眠から目覚めた壱与の前に何度も以前と同一の容姿で現れる、壱与が土偶の元を離れて年を重ねた容姿となっても自分は以前と変わらない、進化侵略体による破壊行為に直面しても平然と生還するなどの描写から不老不死かつ不死身に近い存在であることが示唆されており、そういう「体質」であることを自負している。
昔は司令のことを「お嬢さん」と呼んでおり、進化侵略体が地球に来てからは「司令」と呼ぶようになった。
土偶によって見出された歴史上の傑物の遺伝子を受け継ぐ戦士達。採取された遺伝子は改良した上で適当な人間の血統に紛れ込ませてあり、直系の子孫というわけではない。各々のルーツである偉人の名をコードネームとしているが、しおだけは「ノブナガン」と呼称されている(「ノブナガンのほうがカッコいい」という本人の希望のため)。
声 - さとうあい、下山田綾華(若いころ)
DOGOOの司令官を務める老婆。アニメでは「司令」としてクレジットされている。土偶が弥生時代の地球で最初に接触した人間であり、カプセルでの睡眠を摂りながら数千年生きている。
1200年後(体感的には7年)、織田信長の遺伝子を残すことに反対し、一時は土偶のもとを離れ、村でサンジェルマンと共に普通の人間として暮らしていた。しかし、村を失ったことから土偶のもとに戻った。 AUウェポン:卑弥呼 土偶が初めて採取し、E遺伝子化に成功したAUウェポン。鬼道や巫術に優れ、E遺伝子の適合者を見つけ出し、組み込んでホルダーにすることができる。しおに「アサオサン」のE遺伝子を組み込んだのもこれによるもの。
声 - 浅川悠
厚ぼったい唇と2本の三つ編み、巨乳が特徴の若い女性。戦闘時は「Sキャラ」だが、非戦闘時は博愛主義者らしく、誰彼かまわずキス(ディープ)をするキス魔。最後の戦いの後はマヘシュと交際中。悪い癖の治らないマヘシュに手を焼いている。 AUウェポン:アイザック・ニュートン そろばんのようなパーツが付いた右脚部装甲。右足に触れた物にかかる重力を操作することができる。最大の重力をかける「ビッグ・バン・U」が必殺技。