ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊
本作の真の黒幕。時限の塔を崩壊させて星の停止を意図的に発生させて暗黒の世界を作り出そうとした。主人公が記憶を失いポケモンになったのは事故ではなく、星の停止を止めようとするジュプトルの命を狙いダークライが放った攻撃を咄嗟に主人公が庇ったためだった(ダークライ曰く主人公のジュプトルを庇う気持ちと異空間が交差した結果ポケモンになったらしい)。
アーボック・ドサイドン・マグカルゴ・ムウマージ・ボスゴドラ・ブーバーンを手下にしている。
星の停止が阻止された後も、今度は空間の歪みを発生させ世界を暗黒に包もうと暗躍を始め、更に主人公&パートナーの存在を危惧した為悪夢を見せる能力でクレセリアを装い夢の中に登場して空間の歪みの原因が二人であるかの様に思わせ、実際に影響が現れた様に見せるべくルリリを悪夢の中に引き込み、パルキアに嘘の情報を吹き込み始末させようとする等し、心身共に追い詰めて行くがギリギリの所でクレセリアに暴かれる事となった。倒された後は時空ホールを出現させ、過去を暗黒に包み支配しようとするもパルキアにタイムスリップ中に攻撃され主人公同様記憶を失ったが、体に変化は無かった。
エンディングのパートナーの独白で多少のフォローはされているが、『空の探検隊』のプクリンの台詞で本作の主軸の「本当に悪いポケモンなんてどこにもいない」事は完全悪であるダークライが最後に登場した事で破綻してしまった事と、ポケモン一匹に全ての元凶の業を背負わせる事で必要以上にヘイトが向く事を懸念されたのか、以後のシリーズにおける黒幕は氷触体やダークマターといった「ポケモンではない存在」に変更されている。
『ポケモン不思議のダンジョン 空の探検隊』(ポケモンふしぎのダンジョン そらのたんけんたい)は、時の探検隊・闇の探検隊のマイナーチェンジ版として、2009年4月18日に発売されたダンジョンRPG。
オス。「てんさいププリン」に登場。旅の探検家。たまたま訪れた先でおたずね者アーマルドと一緒にいるププリンを発見し、ジバコイルたちに通報してププリンの両親にもそのことを伝えた。
時の歯車を守護するポケモンの内の一匹。唯一3匹の中で時の歯車をジュプトルの手から守った。アグノムに性別は無いが、性格はオス寄りで一人称は「ボク」。
オス。一帯のポケモンの中の長老。温泉が大好きだが、炎タイプなのでもっぱら岩盤浴である。
プクリン曰く「亀の甲より年の功」で何かと色んなことを知っているらしいが、肝心な所を忘れてしまっていることも。温泉客はヒメグマ、リングマ、ヤルキモノ、マンキー、オコリザルである。
時の歯車を守護するポケモンの内の一匹。3匹の中で唯一主人公たちと直接対決をすることになる。エムリットに性別が無いが、性格はメス寄りで一人称は「わたし」。
オス。「ほんじつのきゃー」に登場。キマワリが逮捕を依頼されたSランクのおたずね者。倒してもすぐに復活してしまうことから『ふじみのゴースト』と呼ばれていた。だが実は、同じ姿をしたゴーストの3匹組のチームで、一人がやられる度に隙を見てほかのゴーストが入れ替わっていたというのが「ふじみ」の正体である。最終的にはキマワリに秘密を見破られ、彼女とドゴームの共闘で逮捕された。
オス。ある日、主人公とパートナーが2人の出会った浜辺を歩いているとき水平線を横切っていった謎のポケモン。プクリンとは知り合いで、物語終盤において重要な役目を負う。またパルキアの存在を知っており、空間のゆがみを調べていた主人公とパートナーにパルキアの存在とパルキアの住処である空の裂け目(どこにあるかはラプラスもわからない)を教えた。おっとりしている性格のせいか意外と鈍感なところがあるようでダグトリオが海で溺れていても気がつかなかった。