カトリック聖職者のウスタシャへの関与
ステピナツ大司教は1941年11月にクロアチアの司教による教会会議を招集した。教会会議はパヴェリッチにユダヤ人を「クロアチアにドイツ軍が駐留していたことを考慮して、可能な限り人間的に」扱うように要請した。イスラエルの歴史家メナヒェン・シェラは教会会議が改宗したユダヤ人にしか関心を払っていなかったと述べているが、バチカンは「ユダヤ系市民」の為に行われたとしてマルコーネにこの教会会議に対する賞賛の反応を返した。教皇ピウス12世は個人的には教会会議を「勇敢で果断であった」と賞賛した。 シェラは次のように書いている。
1941年11月にザグレブで開かれた司教協議会は、同年夏に実行されたセルビア人に対する強制改宗を非難する為に準備されたのではなく、セルビア人やユダヤ人を迫害、殺害した事のみを非難した。ザグレブ大司教ステピナツがクロアチアのユダヤ人、セルビア人、その他の民族を殺害した事(彼らの殆どはその頃までに殺害されていた)に対して公的に見解を表明したのは1943年半ば以降だった。初期の段階では、クロアチアでの虐殺はローマではバチカン国務長官のドメニコ・タルディーニ(Domenico Tardini)大司教によって「新体制の歯が生える頃の不調」であると説明された。
しかしながら、学者ロナルド・J・ライチラクによると、「クロアチアの大司教ステピナツはローマからの指示を受けた後に、政府による野蛮な行動を非難した。