第二次大陸間戦争
暗黒大陸を視認した共和国軍の目に飛び込んできたのは、無惨に壊滅した帝国軍本土守備隊だった。偵察の結果、これが謎の第三勢力と帝国軍の戦いによるものと判明するが、この段階でそれが何を意味するのか、知る者はいない。暗黒大陸エントランス湾に前線基地を設営した共和国軍はそこを拠点とし、閃光師団を先頭に立てて暗黒大陸を進撃する。帝国守備隊の足並みの乱れから破竹の快進撃を続ける共和国だったが、ついに謎の第三勢力と邂逅する。閃光師団はウィグリド平原にて所属不明の基地を発見するが、其処に居た謎の軍団は自らを「鉄竜騎兵団(アイゼンドラグーン)」と名乗り、基地の秘密を守ろうと圧倒的な力で閃光師団に襲い掛かる。鉄竜騎兵団のグランチャーのジャミング波で動きを封じられ、危機に陥る閃光師団だったが、すんでのところで本国から送られたガンブラスターの支援でなんとか事態を好転させる。そんな中、レイ・グレックは鉄竜騎兵団の司令機バーサークフューラーのパイロットであるヴォルフ・ムーロアこそニクシー基地で戦った男と知る。レイはジャミング波を無力化すべくライガーゼロの装甲(CAS)を全て脱ぎ捨てゾイドの闘争本能に任せた最後の反撃を試みるが、そこにデスザウラー実験体ブラッディデーモンが襲い掛かり、バーサークフューラーを逃がす。核と機体の不一致から暴走寸前のブラッディデーモンに対し、レイは急遽全てのCASをゼロに取り付けた即席改造ライガーゼロで戦いを挑み、辛くも勝利する。しかし、そこに逃げたはずのヴォルフが舞い戻り、レイのゼロにダメージを与えてブラッディデーモンのパイロットを救出した後、再び逃走した。閃光師団は全滅こそ免れたが、受けた被害は甚大で共和国勢力圏への後退を余儀なくされることとなった。
ZAC2109年、戦力を充分に蓄えた共和国軍は遂に首都奪還のため進撃を開始。対する帝国軍も大陸沿岸の警備に部隊を割いていたため旧首都防衛には全軍の30%の戦力しか出せなかったが、それでも出せる最大限の布陣を敷きこれを迎え撃たんとしていた。旧首都の北へ100キロの地点にて両軍合わせて約10万機以上のゾイドが対峙し、そしてゼネバス砲の一射を合図に遂に両軍が激突した。一方、共和国軍の最終目標地点であるヘリックシティではエナジーライガーに乗るヴォルフ皇帝が戦いの行方を見守っていた。そこに親衛隊に紛れ込んでいた元閃光師団のレイ・グレックがヴォルフを強襲、レイのライガーゼロフェニックスとヴォルフのエナジーライガーも最後の戦いに突入した。圧倒的性能差でフェニックスアーマーを破壊され、追い詰められるレイのライガーゼロ。