アルゴノート (タンパク質)
もう一方の、パッセンジャー鎖と名づけられた一本鎖は、RNA誘導サイレンシング複合体のプロセス中に分解される。
アルゴノートが低分子RNAと結合すると、PIWI(英語版)ドメインによって与えられる酵素活性により、低分子干渉RNAのパッセンジャー鎖のみが切断される。RNA鎖の分離とアルゴノートタンパク質への組み込みは、(非対称ルールとして知られる)RNA二重鎖の5′末端における水素結合相互作用の強さによって左右される。また、中間RNA二重鎖の相補性の程度によって、miRNAがどのように異なるタイプのアルゴノートタンパク質に振り分けられるがか決まる。
動物では、miRNAに関連するアルゴノートが、mRNAの3′非翻訳領域に結合し、さまざまな方法でタンパク質の生成を妨げる。アルゴノートタンパク質が標的mRNAに動員されると、mRNAの分解を誘発する。アルゴノート-miRNA複合体は、mRNAの5′末端にある機能的リボソームの形成にも影響を与える可能性がある。ここでの複合体は翻訳開始因子と競合し、さらに/またはリボソーム組み立てを抑止する。また、アルゴノート-miRNA複合体は、ペプチドや翻訳後修飾酵素などの細胞因子を動員してポリペプチドの成長を低下させ、タンパク質の産生を調整する。
植物では、標的mRNAを用いてde novo二本鎖RNA(dsRNA)が生成されると、未知のRNase-III様の酵素が新たなsiRNAを生成し、触媒アミノ酸残基を欠いたPIWIドメインを含むアルゴノートタンパク質にロードされ、別のレベルの特異的遺伝子サイレンシングが誘導される可能性がある。