大在駅
1番のりばが一線スルーとなっているため、行違いのない限りは上下線とも1番のりばを使用する。
通過列車を待ち合わせる場合には、上下線とも2番のりばを使用する。
停車列車同士の行違いの場合は、下りが1番のりば、上りが2番のりばを使用する。
3番のりばは定期列車では当駅始発の一部列車が使用する程度であるが、臨時列車、貨物列車の待避に使われることがある。
朝・夕方に当駅を始発・終着とする普通列車(平日は上り3本・下り2本、土休日は2往復)が設定されている。
構内(2003年8月)
1924年(大正13年)11月25日:鉄道省が開設。
1943年(昭和18年):2代目駅舎に改築。
1972年(昭和47年)2月25日:貨物取扱廃止。
1984年(昭和59年)2月1日:荷物扱い廃止。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が継承。
1998年(平成10年)9月14日:駅よりホームに沿って西側踏切へ短絡する通路新設。
2003年(平成15年)2月1日:1番線の一線スルー運用開始。
2005年(平成17年) 3月13日:3代目駅舎に改築し、供用開始。 3月21日:南北自由通路となる陸橋が完成し、供用開始。
2009年(平成21年)3月14日:当駅に特急「ソニック」(佐伯駅発着)2往復停車開始。
2012年(平成24年)12月1日:ICカードSUGOCAの利用を開始。
2018年(平成30年)3月17日:当駅停車の特急「ソニック」が1往復となり、代わって上り1本のみ「にちりん」(佐伯始発大分行き)が停車開始。
2020年(令和2年)JR大在駅バリアフリー化工事が行われる
2023年(令和5年)7月1日:駅遠隔案内システム(Smart Support Station)「ANSWER」の導入に伴い終日無人化。