スーパーヒーロー作戦
宇宙怪獣エレキングを扱う宇宙人二人組。一人はダンのウルトラアイを奪い、もう一人は別組織であるフーマのバッファローダブラーに襲われていた。その後、エレキングはセブンに倒されたため撤退しようとしていたが、セブンのワイドショットで宇宙船ごと撃墜される。
『ウルトラマン』に登場した怪獣で本作ではサイコラーが使役する。隕石に擬態した姿で科学特捜隊基地に落下し、運び込まれる形で潜入。時空を歪める能力を用いて基地機能を麻痺させた。
救援に駆けつけたガイアセイバーズとシャリバンの活躍で基地の制圧には失敗。最期は撤退するフーマの殿として怪獣の正体を現すも撃破される。
ウルトラマン
ウルトラセブン
帰ってきたウルトラマン
ウルトラマンA
ウルトラマンタロウ
ウルトラマンレオ
快傑ズバット
宇宙刑事ギャバン
宇宙刑事シャリバン
宇宙刑事シャイダー
超人機メタルダー
人造人間キカイダー
キカイダー01
機動武闘伝Gガンダム
新機動戦記ガンダムW
バンプレストオリジナル
世代を越えて知名度が高いウルトラシリーズ、20代を狙った宇宙刑事シリーズ、特撮番組に馴染みの薄い若年ユーザーのためにガンダムシリーズなどが選ばれた。逆にコンパチヒーローシリーズの常連である仮面ライダーシリーズは他を食ってしまうとの理由から意図的に外されている。制作サイドとしては子供向け作品と位置づけていたが、実際のユーザー層と食い違う結果となった。
TDFの精鋭。歴史改変後はネオバディムに大敗し、指導者のトレーズ共々彼らの傘下となる。
MATの隊員。バルタン星人軍団の地球襲来の際に郷と共に出撃する。
声 - 古澤徹(イングラム)、田中敦子(ヴィレッタ)
本作の主人公。ゲーム開始する際にイングラムかヴィレッタのどちらかを選択する(選択しなかった方の主人公は登場しない)。
反TDFレジスタンス組織ピースクラフトの特殊工作員。クールな性格で、あまり感情を表に出さない。過去に大事故に遭遇し、記憶の大半を失いさまよっていた所をピースクラフトに拾われた過去を持つ。
アルティメットガンダムの破壊任務に出動してからタイムスリップし、混乱の時代へ飛ばされてしまう。過去の世界では竜ヶ森に飛ばされており、ハヤタとの出会いから科学特捜隊、ウルトラ警備隊など地球防衛軍への配属となる。次第に強まっていく怪獣軍団や秘密結社ダークと戦っていき、ガイアセイバーズとの友情が深くなり、多くの人物からの信頼を集める。終盤で仮面を被ったユーゼスとの接触により記憶を取り戻し、自身の正体はユーゼスのクローンであったことが判明する。
ドーリアン外務次官の一人娘として育った少女。正体は完全平和主義を唱えるサンクキングダムの王女リリーナ・ピースクラフトであり、ゼクス(ミリアルド)の実の妹でもある。終盤でバルジとの決戦のために自身の権力を活かしてガイアセイバーズに貢献する。
ウルトラ警備隊に転属となった主人公らが初めて戦う星人。肉眼で視認できない透明円盤によるアブダクション行為と破壊工作でTDFを混乱に陥れようとするが、風来坊のモロボシダンことウルトラセブンの奇策に敗退する。原作ではウルトラセブンに為す術なく倒されるが、本作は巨大化してアブダクションに使用していた対象の姿を消去する光線を武器に応戦してくる。