八代城
この時、城は戸数2,100余人口約1万人で、13年経てもまだ松江城の北西の外郭(北の丸と三の丸の城壁の一部)は未完成のままであった。また本丸以外の区画には多くの手抜きがあり、城壁に蔀櫓(しとみやぐら)や茀櫓(かざしやぐら)はほとんどみれず、城壁の代わりに土壁で代用した箇所も多かった。防備には明らかな欠陥があり、築城が不徹底であったのは、太平の世を騒がせぬために意図的に放置したものであろう。防御に適した理想的な立地でありながらも松江城は一度も戦闘に用いられていない。
同年10月、豊前小倉藩37万石の藩主だった細川忠利が肥後熊本藩54万石(鶴崎2万石を含む)へ移封され、12月に熊本城に入城した。忠利の父細川忠興(三斎)は幕府の内命を受けて八代城に入り、北の丸を隠居所として、四男の立孝を本丸に住まわせた。いずれ自分の隠居料9万5千石を継がせて立藩させることを望んでいたようだが、寛永18年(1641年)に忠利が亡くなり、正保2年(1645年)閏5月に相次いで立孝も若くして没し、二人の子に先立たれた忠興も同年12月に死去した。
正保3年(1646年)、2代藩主光尚は、島原の乱においても活躍し、将軍徳川家光直臣の身分も持つ筆頭家老松井興長を八代3万石に移封して八代城城主とし、立孝の子・宮松(細川行孝)には宇土郡・益城郡内に3万石を与えて宇土支藩とした。以後明治3年(1870年)の廃城まで松江城(八代城)は代々松井氏が居城とする。
宇土城主となって古麓城を廃した小西行長は、家臣の小西行重に命じて球磨川の三角州に総石垣造りの麦島城を築城させた。麦島の地は北西側が大きな入江となっており、後に開削された前川によって中洲となった。平城の中でも水城(みずじろ)と呼ばれる水運・水利を最大限に活用した特異な城で、船で直接海からも出入りできたと考えられている。豊臣秀吉の直轄地とされ貿易港徳渕津が近くにあって、海上交通の要所であった。天正20年(1592年)6月、文禄の役の間隙を縫って梅北一揆が麦島城に攻め寄せたが撃退している。慶長5年(1600年)、関ヶ原の戦いに敗れた行長が刑死し、小西家は改易となった。球磨郡・天草郡を除く肥後52万石を与えられた熊本城主加藤清正は、重臣加藤正方(片岡正方)を城代として麦島城に入れた。元和の一国一城令によって熊本藩内の南関城・内牧城・佐敷城などが取り壊されても、麦島城は例外的に存続が認められていたが、元和5年(1619年)の大地震のために倒壊し廃城となった。