アブドゥル・ハリス・ナスティオン
1948年、ナスティオンは TKR の副司令官の地位に昇進した。TKR で最高位にあったのは大衆に人気のあるスディルマン将軍であったが、ナスティオンは副司令官就任によって、ただ一人大佐の身分でありながら、軍内ナンバー2の地位に立つことなり、スディルマンを補佐するこの新たな役割での仕事に早速取りかかった。4月、部隊構成を再編し、6月の司令官会議では、オランダに対して TKR はゲリラ戦で戦うべきというナスティオンの提案が承認された。
1948年9月にマディウンで起こった事件の経験から、後に陸軍トップの地位に立つことになるナスティオンは、軍司令官はどうあるべきかについて学んだ。この年は前首相アミル・シャリフディンがインドネシア共産党(以下、PKI とする)の議長ムソと提携を深め、東部ジャワのマディウンで武装蜂起を起こした。事態が暴力的にしか解決されないことは誰の目にも明らかだった。
ジョグジャカルタの TKR 司令部にこの知らせが届くと、高級将校の会議が開かれた。スディルマンは何とかインドネシア人同士の暴力を避けようと願い、反乱派との交渉を行いたいと考えた。スディルマンはスハルト中佐に命じて、共産主義者との取引を交渉させた。その交渉を終えてきたスハルトは、ナスティオンとスディルマンに、すべてが平和的に解決できそうですと報告した。ナスティオンはその報告を信用せず、スディルマンが病床に伏したため、司令官の代役を務めることになった。ナスティオンは反乱の鎮圧を決意した。
1965年10月1日早朝、「9月30日運動」と自称する部隊が、ナスティオンを含む7人の反共派将軍を拉致する動きに出た 。
その日の朝、ナスティオンの妻は家のドアがこじ開けられる音を聞いた。何事かと不審に思って、ナスティオン夫人はベッドから出て調べようとした。寝室のドアが開くと、一人の兵士が銃を発砲しようと構えたのを見た。すぐにドアを閉めて、ナスティオンに逃げるよう言った。自分でも確認しようとしたナスティオンがドアを開けると、兵士が発砲した。かろうじて銃弾から逃れたナスティオンはドアを閉め、妻に押し出されるようにして寝室の窓から逃れた。ナスティオンはたまたま隣人だったイラク大使宅に逃げ込み、その庭の中に隠れた。
ナスティオン宅では、9月30日運動側の部隊がナスティオン本人をくまなく探し始めたので、家中がパニックになった。混乱が続く中で、ナスティオンの娘と妹が撃たれた。妹の方は後に回復したが、娘のアデ・スルヤニは致命傷を受けた。結局兵たちは、ナスティオンの副官であるピエール・テンデアン中尉を拘束して去っていった。テンデアンは暗闇の中でナスティオンに間違えられ、拉致されたのである。
ナスティオンは隣人宅の庭に隠れ続け、午前6時、負傷した足首を引きずりながら自宅に戻った。ナスティオンは副官たちに、国防治安省に自分を連れて行くように命じた。そちらの方が自宅より安全だと考えた。車中では床にうずくまっていた。ナスティオンは KOSTRAD 本部にいるスハルトに伝言を送り、自分が生きていて安全であることを伝えた。スハルトが陸軍の指揮を執っていることを知って、ナスティオンは大統領の居場所を確認するようにと、スハルトに命令を出した。
その頃のスカルノは、陸軍に代わりインドネシア共産党 (PKI) を政治的同盟者として頼りにしはじめていた。冷戦時代のなかでインドネシアは非同盟路線に立つべきとスカルノは考えていたが、PRRI 反乱軍がアメリカの支援を得ていたことが暴露され、スカルノは反アメリカのスタンスを取るようになった。こうしてスカルノは PKI を同盟者とみなし、PKI の方でも、スカルノと同盟することによってのみ、インドネシア政治で影響力を拡大し、政治的にはずみをつけることができると考えた。1962年4月、スカルノは新内閣を組閣すると、そこに国務大臣として PKI 議長アイディットと副議長ニョトを加え、PKI との蜜月ぶりを伺わせた。
ナスティオンは PKI の影響がスカルノに及ぶのを警戒しており、一方のスカルノはナスティオンの PKI 嫌いをよく知っていた。1962年6月、スカルノはナスティオンの権限を弱めるため、国軍の再編を行なった。陸軍の各師団長は、参謀長から司令官に格上げされることになった 。これによって例えば陸軍参謀長は陸軍司令官になった。陸軍の各師団長は、司令官として、さらなる権限を与えられ、国軍最高司令官のスカルノに対してのみ責任を持つことになった。
また、国軍参謀長の地位は廃止された。
この段階になると、ナスティオンが何事かをなしてくれるだろうとの期待は消え去り、陸軍将校や学生運動はスハルトのもとに結集した。それでもナスティオンは敬意を集める人物としてありつづけ、多くの陸軍将校たちが、「3月11日命令」(治安秩序回復に必要なあらゆる権限をスハルトに与えるという大統領令、スーパースマルと称される)が下るまでの日々、ナスティオンのもとを訪れた。スハルトもスーパースマルが届くのを待つために KOSTRAD 本部に向かおうとした時、ナスティオンに電話をかけ、彼に祝福してくれるよう頼んだほどである。不在のナスティオンに代わり、夫人が祝福を与えた。
スハルトがスーパースマルを受けた後のナスティオンは政治的嗅覚を取り戻したようである。スーパースマルがスハルトに非常事態の権限を与えるだけでなく、それを越える権力も与えることになると最初に気づいたのはおそらくナスティオンである。1966年3月12日、スハルトが PKI を禁止にした後、ナスティオンはスハルトに非常事態内閣を作るように示唆した。新たな権力を手に入れた自分に何ができて何ができないのか逡巡していたスハルトは、内閣を組閣するのは大統領の職務であると答えた。ナスティオンはスハルトを励まし、全力で支援すると約束したが、スハルトは答えず、ぶっきらぼうに会話は終了した。