愛媛FC
9月20日:Jリーグは愛媛FCについて、ホームスタジアムである愛媛県総合運動公園陸上競技場の改修工事が2017年の国民体育大会開催に合わせ2017年完成予定であること、座席が長椅子で年間シートの販売が困難で安定した入場料収入が得られない などとして、このままでは2006年度のJ2入りが困難とする見解を示した。 10月18日:Jリーグ理事会で、スタジアム改修時期を繰り上げた愛媛県側の新たな支援計画(知事公舎の売却益を利用)、愛媛FC側の経営基盤強化策、サポーターの署名運動(1ヵ月半で約22万人の署名)などにより、愛媛FCが今シーズンのJFLで原則2位以内ならば昇格を認めるとの方針を打ち出した。 リーグ戦は11月27日(後期第14節)にHonda FCを破り、JFL2位以内が確定。また、12月4日(後期第15節)にデンソーに勝利し、JFL初優勝が決定した。 12月5日:Jリーグ臨時理事会で愛媛FCのJリーグ加盟が全会一致で承認。四国地方で徳島ヴォルティス(2005年加盟)に次ぐ2クラブ目のJリーグクラブとなった。
開幕戦で東京Vに0-3で敗れ、2戦連続引分の後3連敗し開幕から6戦未勝利、最下位となった後の4月4日に監督の和泉が辞意を表明、コーチの實好が後任監督に就任した。第8節アウェー大宮アルディージャ戦でシーズン初勝利を挙げ、続く第9節ホーム松本山雅FC戦で連勝し16位まで浮上したが、結果的にこれがシーズン唯一の連勝となり、直後の第10節で敗れ再び同年のJ3降格圏となる19位に転落。その後は第13、15、19、26各節終了時に18位浮上した以外は常に19位以下に低迷し、第41節アウェー水戸ホーリーホック戦に敗れた時点で同シーズンの20位以下が決定、16シーズン所属したJ2リーグから降格することとなった。最終節ホームレノファ山口戦で引き分け、同節大敗したギラヴァンツ北九州に勝点35で並び得失点差で逆転、最終的に20位でシーズン終了。アウェーゲームでは6勝5分10敗で勝点23を獲得しながら、ホームゲームでは同年J2全22チーム中最低の1勝で勝点12しか挙げられなかったことが影響した。
シーズン最終戦終了翌日の12月6日、實好監督の退任が発表された。
クラブスローガン :「原点回帰」
和泉体制1年目。
コーチに、共に愛媛県出身で2020年シーズン京都サンガF.C.監督の實好礼忠、モンテディオ山形コーチの青野慎也が就任。青野は2度目のトップチームコーチ就任となる。
丹羽詩温がツエーゲン金沢、山﨑浩介がモンテディオ山形、レンタル移籍中だったパク・ソンスが大邱FCへ完全移籍、長沼洋一がレンタル移籍満了に伴いサンフレッチェ広島へ復帰、有田光希、清川流石、シシーニョ、竹嶋裕二が契約満了、西岡大輝、原裕太郎が引退。
補強は甲府から内田健太、松本山雅FCから浦田延尚がそれぞれ復帰、大分トリニータから前田凌佑、ジュビロ磐田からレンタル移籍中だった森谷賢太郎を完全移籍で獲得。湘南ベルマーレから秋元陽太、FC町田ゼルビアから大谷尚輝、大宮アルディージャから近藤貴司、名古屋グランパスから榎本大輝をレンタル移籍で獲得、川村拓夢がレンタル移籍延長となった。
クラブスローガン :「GROW UP EHIME 2011」
バルバリッチ体制3年目。
小原章吾(福岡)、鶴田達也(富山)、持留新作(長崎)、山本浩正(相模原)などが移籍、江後賢一が引退した。
一方で、仙台から萩原達郎、札幌から吉弘充志、千葉から池田昇平を完全移籍で、横浜FMから齋藤学をレンタル移籍で獲得、ユース出身の前野貴徳、小笠原侑生が加入した。また、内田健太、杉浦恭平のレンタル移籍期間の延長も決まった。
7月には、甲府から金信泳を、8月には新潟から大野和成を、それぞれレンタル移籍で獲得した。
最終順位は20チーム中15位。天皇杯は3回戦で広島を撃破してベスト16に進出。なお、下部組織であった「愛媛FCしまなみ」を2012年1月を以てグループ外へ移管した(現:FC今治)。