遺伝子ファミリー
スーパーファミリーを構成する1つまたは複数の多重遺伝子族の遺伝子たちはたった1つの祖先遺伝子の複製から始まり、再配置によって複数の染色体上に分散している。この遺伝子の大移動にはトランスポゾンの転移因子が関わっている。転移因子は、5' と3' 末端における逆方向反復によって認識される。2つの転移因子が1つの染色体上で十分に近いとき、1つの混成トランスポゾンを形成できる。逆方向反復はタンパク質転移酵素により認識され、転移因子はこの酵素に切り離される。2つの転移因子に挟まれた遺伝子たちは混成トランスポゾンとし新しい場所へと再配置される。
遺伝子の移動方法には、転写と逆転写の過程を経るレトロポゾンもある。レトロポゾンでは、転写産物であるmRNAは逆転写され、あるいは複製されてDNA鎖となり、これがゲノムDNAへと挿入される。このDNA鎖は遺伝子族の新しい成員としてオリジナルとは別の場所へと再配置される。
長鎖散在反復配列(LINE: Long Interspersed Elements)と短鎖散財反復配列(SINE: Short Interspersed Elements)ファミリーはDNAの高度な反復配列であり、ゲノム中に分散している。LINEには逆転写酵素をコードする遺伝子が含まれている。この酵素はLINEまたはSINEの転写産物のコピーをゲノムDNAへと戻し、それによって元の場所とは異なる場所へと遺伝子のコピーを配置させる。こうして、LINEとSINEは半永久的に自己増殖を続ける。LINEとSINEが非常に接近している時、不等交差を引き起こす。上述のように、この現象はたった一つの遺伝子の複製とそれによる遺伝子族の形成の原因となる。