メトロイドプライム
エリア最端部は広大な地底湖が広がる鍾乳洞が存在し、水没地点が多くパイレーツの手が加えられていない(ドローンやフライングパイレーツによる偵察は行われている)。 フェイゾンマインズ(Phazon Mines) ターロンIVにおけるスペースパイレーツの本拠地。最もフェイゾンが集中しているクレーター付近に建造されており、パイレーツはここでフェイゾンの採掘を行なっている。また、エリア内には遺伝子変化によるフェイゾン強化パイレーツが配置されており攻略は非常に困難である。大きく分けて三層に分けられ、研究をメインとする1F、強化パイレーツであるエリートパイレーツを低温冬眠タンクで保存するB1、そして多くのメトロイドを放ち、最深部に最強のエリートパイレーツでありボスであるオメガパイレーツが配置されたB2となっている。ゲーム後半から訪れることが出来るエリア故に敵クリーチャーも厄介な者が多く、仕掛けや謎解きもより複雑であるため難易度はかなり高い。 インパクトクレーター(Impact Crater) ラストステージ。隕石の衝突地点。12個全てのチョウゾアーティファクトを集め、アーティファクト神殿を経由して到達することが出来る。クレーターには洞窟のようなものが出来ていて、内部には非常に高濃度の赤色フェイゾンが存在しており、デバイドメトロイドが無限に湧いてくる。最深部にはターロンIVのフェイゾンの発生源であり本作のラスボスメトロイドプライムが眠っている。
フリゲートオルフェオン内で行われていたパイレーツのフェイゾン実験による、パラサイトの強大な突然変異体。口から破壊力のあるエネルギービームを発射する事が可能な人工強化パラサイト。口の中が比較的弱く、最初のボスなので耐久力は低いが、フリゲート艦のメイン動力部に展開されているシールドの内側にいるため、攻撃を当て辛くなっている。また、攻撃を跳ね返すシールドを時々高速回転させて、こちらの攻撃を妨害する(なぜパラサイトクイーンがシールドを操れるのかは不明だが、パラサイトクイーンのビームはシールドを貫通する)。
突然変異の影響で、顎の周りに異常発達した筋肉組織を持ち、前足には金属をも貫通する強度を持った爪が備わっている。また、口内に酸を含んだ流動性の液胞を持ち、成長と共に反射機能を兼ね備え硬度を増した甲羅など、外部からの攻撃にも十分に対応する事が出来る。
フェイゾンマインズのボスは最初の計画では「クレイド」になる予定だった。
大乱闘スマッシュブラザーズXに今作の曲が収録されている。原曲では「vsパラサイトクイーン」、「vsメタリドリー」。アレンジでは「オープニング/メニュー」。
今作の冒険の舞台。ゼーベスと同じ星系の第五惑星。かつては鳥人族が暮らしており、豊かな生態系が存在していた。しかしフェイゾンの隕石が落下したことにより惑星中がフェイゾンに汚染され、生態系が大きく変化した。鳥人族はフェイゾンの核である隕石を封印するためにクレーターに神殿を建造し、12個のチョウゾアーティファクトを鍵として封じ込め、さらにフェイゾンを根絶してくれる者がいつか訪れることを願い、数々の武器を遺跡に配置した。その後パイレーツがこの惑星を発見し、基地を設けてフェイゾンを採掘し様々な実験を行っている。元来のメトロイドの舞台であったゼーベスやSR388と異なり、行動範囲は地下に限らず、多種多様なエリアが探索の舞台となる。惑星の質量は5.1兆テラトンである。
初代メトロイド及びゼロミッションでサムス・アランの活躍によりスペースパイレーツは全滅したと思われていたが、惑星ゼーベスの軌道上では戦禍を逃れたパイレーツの一団が居た。
生き残った部隊は二つの部隊に別れ、一方はゼーベスに再び戻り要塞の再建を目指し(その再建されたゼーベスが舞台となるのが『スーパーメトロイド』である)、もう一方は新たな星での要塞再建を目指して強力なエネルギー反応のある惑星ターロンIVに降り立った。そこで目にしたものはかつて鳥人族の文明がその場所にあったことを示す遺跡の数々だった。
やがて彼らは、謎のエネルギーが遺跡の一つである神殿の地下に封印されている隕石から漏れ出していることを突き止めた。後にこのエネルギー物質を「フェイゾン」と名付け、この物質には生物を突然変異させる特性があることが分かったスペースパイレーツは、ターロンIVの生物にフェイゾンを組み合わせる生物実験を始めると共に神殿地下に封印されたフェイゾンの核である隕石を手に入れようとするが、神殿の封印を解くことが出来ず、入手に困難を極めていた。
その頃、サムスのスターシップのレーダーがターロンIVの軌道上に浮かんでいるスペースパイレーツの宇宙船を発見する。宇宙船の内部に進入したサムスは、そこでフェイゾンでの生物実験の結果を目撃する。