らい予防法違憲国家賠償訴訟
この話を聞きつけた九州弁護団が楽泉園の元患者を訪問、提訴を前橋地方裁判所ではなく東京地方裁判所にすることと、楽泉園だけでなく、国立療養所多磨全生園、静岡駿河療養所の元患者も原告に加わるように要請した。
これを受けて、谺雄二が中心となって、栗生楽泉園の元患者8名の他多磨全生園、静岡駿河療養所の元患者を原告とした国賠訴訟が実現、東京地方裁判所へ国を提訴した。原告団はこの訴訟を「らい予防法人権侵害謝罪・国家賠償請求訴訟」と呼んだが、普通は「らい予防法違憲国賠訴訟 (東日本訴訟)」と通称している。
東日本訴訟は、熊本地裁への提訴内容とは若干異なり、内閣総理大臣と衆議院・参議院議長両名の名前で、テレビ・新聞・ラジオにおいて、謝罪声明を出すことを追加として求めていたことが特徴である。
同時期には弁護士が元ハンセン病患者を説得して回り、1999年3月に国立療養所大島青松園に入所していた元患者59名が、国賠訴訟原告団に加わっている。
去る5月11日の熊本地方裁判所におけるハンセン病国家賠償請求訴訟判決について、政府は控訴しないことを決定した。本院は永年にわたり採られてきたハンセン病患者に対する隔離政策により、多くの患者、元患者が人権上の制限、差別等により受けた苦痛と苦難に対し、深く反省し謝罪の意を表明するとともに、多くの苦しみと無念の中で亡くなられた方々に哀悼の誠を捧げるものである。 さらに、立法府の責任については、昭和60年の最高裁判所の判決を理解しつつ、ハンセン病問題の早期かつ全面的な解決を図るため、我々は、今回の判決を厳粛に受け止め、隔離政策の継続を許してきた責任を認め、このような不幸を二度と繰り返さないよう、すみやかに患者、元患者に対する名誉回復と救済等の立法措置を講ずることをここに決意する。 政府においても、患者、元患者の方々の今後の生活の安定、ならびにこれまで被った苦痛と苦難に対し、早期かつ全面的な解決を図るよう万全を期するべきである。
この後、東京・岡山地裁の訴訟は国との和解が成立、原告団と国との間で「基本合意書」が交わされた。この合意書を元に、原告団・弁護団・全療協から成る統一交渉団と厚生労働省との間で協議会が開かれ、2001年12月、次の4点について「確認事項」が決定された。
謝罪・名誉回復
在園者保障
社会復帰、社会生活支援
真相究明
この「確認事項」のうち4点目を根拠にして2001年12月に「ハンセン病問題に関する検証会議」が発足した。しかし、会議の第1回目冒頭から、厚生労働省推薦による座長が会議の非公開を提案し、委員の反発を招いた。
採決の結果、委員全員が座長提案に反対する事態になり、座長はその後各委員宛てに、アメリカ合衆国に渡米するので第2回会議の日程は未定である、との書簡を送ったまま雲隠れしてしまった。このため、原告側の統一交渉団が座長の罷免を要求、更に検証会議の下に検討会を設けて、個別調査等を検討会で行い機能の充実を図ることも提案、これらは全て実現した。
検証会議による報告書は数回にわたって公表され、2005年3月、厚生労働大臣尾辻秀久に「最終報告書」が提出された。
そのため、訴訟原告団は熊本地裁判決の後、直ちに総理大臣官邸前での座り込みを行って抗議、5月23日には小泉純一郎首相との面会が実現した。
結局、政府は控訴するに足るほどの正当な理由を見いだすことが出来ず、5月25日に法務大臣森山眞弓と厚生労働大臣坂口力が協議したのち、内閣総理大臣小泉純一郎の政治決断によって総理大臣談話を発表して、福岡高等裁判所への控訴を断念し、一審の熊本地裁判決が確定判決となった。
この間、官僚と政府との間では判決の評価にズレが生じていた。厚生労働大臣坂口力は控訴断念に傾き大臣辞任を覚悟し、法務大臣森山眞弓は控訴すべしを堅持、内閣官房長官福田康夫は官僚の控訴方針に不服だった。小泉純一郎はどうするか決めあぐね、一人で悩んでいたともいう。
ただし、小泉首相の控訴断念は「政治的なパフォーマンス」以上ではないのではないか、との批判はこの当時からある。この時の発言内容は実際には玉虫色で、控訴するのかしないのかはっきりしないものだったが、いつの間にか、控訴断念の部分だけが独り歩きしたものだった、という。小泉首相は過去4回厚生大臣を歴任しており、その間にも全患協からのらい予防法改正の要望を聞いていたはずなのにもかかわらず、この間の不作為について一切語らないことには批判があるが、一方で「もっとも、反省につながるほどの知識はないのかもしれない」と書く成田稔のように冷めた見方もある。
熊本地裁での国賠訴訟において、厚生省は民法第724条後段の除斥条項を理由にして証拠調べに入ることに抵抗したが、裁判所は国の除斥論を退けることを決定、6月17日に原告側証人として和泉眞蔵 (大島青松園外科医長・当時)、8月27日に原告・被告双方の証人として大谷藤郎(藤楓協会理事長)を熊本地方裁判所に召喚し、証人尋問に入っていった。
この審理の間にも提訴が相次ぎ、9月27日には国立療養所長島愛生園の元患者11人が岡山地方裁判所に提訴、12月16日は82人が熊本地裁に第7次提訴を行い、この時点で全国で303人の元患者が国を提訴していた。
2001年5月11日に熊本地方裁判所で原告勝訴(正確には一部認容、一部棄却)の判決が出た時には、全国13か所の療養所入所者4,500余人のうち、過半数が原告になっていた。理論的に国側勝訴の予測があっただけに日本国政府の衝撃は大きく、厚生労働省の職員が速報のテレビに「なんで、なんで」とうわごとを呟きながら慌てる様子が、5月11日の熊本日日新聞に掲載されている。
日本国政府(厚生労働省・法務省)は当初、事実認定や立法不作為の正当性を巡って、14日間の猶予期間内に控訴を検討した。特に、法務省の訴訟担当者、厚生労働省のハンセン病担当者は、熊本地裁判決で認定された「立法の不作為」と「除斥期間の起算点」を問題視しており、控訴の方針を堅持して、各所に説得した。