外菌根
分枝様式としては、魚の骨ないしシダの葉のような単軸羽状(monopodial-pinnate)になるもの、クリスマスツリーのような単軸錐状(monopodial-pyramidal)になるもの、二叉分枝(dichotomous)になるものや高密度に二叉分枝してサンゴ状(coralloid)になるもの、不規則に分枝するもの、外皮を形成し結節状になるものが主なパターンである。菌鞘表面は菌によって異なる色調を呈し、子実体(きのこ)の色彩とある程度対応する。また表面の構造・質感も様々であり、平滑な表面を持つものから毛糸のように明確な表面を定めにくいものまである。子実体が乳液を分泌する菌では菌鞘にも乳管が見られることが多く、シスチジアが見られることもある。菌糸束を作る菌では、その種に応じた菌鞘と菌糸束との接続部位および様式が見られる。
菌根は短根が完成してから菌が定着して形成されるのではなく、短根が形成されつつある段階から菌と相互作用を行いながら生長して特有の形態となる。菌根化していない根に比べて菌根では根冠が発達せず、根毛は定着初期段階で存在していたとしても菌根化とともに菌鞘に取り込まれる。いずれも通常は外見上観察できず、菌鞘内にその残渣が見られるのみである。
多くの外菌根菌はセルロースのような多糖類を分解する能力を持たず、エネルギー(炭素)については宿主植物から供給される単糖類に依存している。多糖類を利用できる腐生性きのこでは最初から生育に必要な栄養を全て与えておくバッチ式培養による栽培が可能だが、炭素源として単糖類を必要とするマツタケなどの菌根菌の場合は培地にあまり多量の単糖類を加えると浸透圧が上昇してしまうためバッチ式では栽培できない。例外はホンシメジで、この菌は系統によって程度は異なるがデンプン資化能(栄養源として利用する能力)があるため、浸透圧に影響を与えることなく必要な栄養素を与えることが可能で、通常のきのこ栽培に近い方法で栽培することができる。
外菌根菌は樹木と共生すると外菌根を形成するためそう呼ばれるが、その一部はイチヤクソウ科やラン科の植物とも共生し、それぞれアルブトイド菌根やモノトロポイド菌根、あるいはラン菌根を形成する。つまり、同一の菌が一方では樹木と外菌根を、他方ではイチヤクソウ科やラン科植物とそれぞれの型の菌根を形成することになる。イチヤクソウ科やラン科の植物の多くは、生活に要するエネルギーの一部または全部を菌根菌に依存するため、全体としてみると樹木が菌を介してそれらの植物を養っていることになる。