慶長豊後地震
『由原宮年代略記』によれば、別府湾岸から約2km南、標高180mの場所に有る柞原八幡宮では拝殿や回廊が顛倒し、府内とその近辺の村々は津波で流失した。また地震で消失したとされる瓜生島は、1698年に府内藩の郷土史家戸倉貞則が書いたとされる『豊府聞書』の写本あるいは一異本とされる『豊府紀聞』に登場する。
ルイス・フロイスの年報補遺である『十六・七世紀イエズス会日本報告集第I期 第二巻』には、「町に七ブラサ以上の高さの津波が襲い、凡そ千五百(歩)以上も陸地を浸水し、引返す津波はすべてを沖の浜の町と共に呑みこんでしまった」とあり、この1ブラサの長さについては2.2mなど諸説あるが、約1m程度とも解釈される。
『玄与日記』には「それよりさかの関迄御着船被成候、去七月十二日之地震之時、かみの関と申浦里は、大波にひかれて家竈かまともなし」とあり、「かみの関」を周防国上関(現・山口県上関町)と比定する説もある一方、大分市佐賀関上浦とするのが合理的とする見解もある。
しかし12日説の根拠史料とされる岡藩領で成立した史料は何れも『柴山勘兵衛記』を祖本とし、引用する際に伏見地震の知識で理解して日付を12日に改めた可能性があり、12日の地震を支持する信頼性が高い当時史料は無いことになる。また、京都で9日と13日(12日夜)の地震記録がある『言経卿記』、『孝亮宿禰日次記』、9日から12日まで大地震とする三原市の佛通寺の記録『佛通禅寺住持記』、9日に大地震があったとする記録は松山市の『薬師寺大般若経奥書』と大分市の『由原宮年代略記』、国東市の『豊後鶴川興導寺大般若経奥書』、また「薩摩は9日、京都は12日なり」とする『薩摩旧記後編』があり、これ等の史料を総合すると、当時の時刻の精度の粗さ、および大分の9月1日の日没時刻18時40分頃を考慮すれば、閏7月9日の19時頃に伊予から豊後にまたがって被害をもたらす大地震が発生し、12日深夜(13日0時頃)に伏見地震が発生したと解釈される。
本地震の発生日は閏7月9日(9月1日)と閏7月12日(9月4日)の2説が台頭してきた。また、3説目として、閏7月9日と閏7月12日の両日(複数日)で発生したという主張もある。