国家神道
明治20年(1887年)からは官国幣社への支出も15年分割の「基金」という形で徐々に減額し、最終的には、伊勢神宮、靖国神社、忠魂社を除いては祭典時に神饌幣帛料が供されるのみとなる予定であった。これについては神職らが運動を行い、明治39年(1906年)、官国幣社に対しての経費支出は継続することとなった。
しかし同年、一町村一社を原則に統廃合をおこなうとする「神社合祀令」が出された。同年以来、内務省は数年間かけて神社の整理事業をおこなった(神社整理)。合祀が著しかったのが三重県と和歌山県で、三重県の6500社の神社が7分の1以下に、和歌山県の3700社の神社が6分の1以下に合祀された。最初の3年間で全国の4万社が取り壊された。1913年頃に事業はほぼ完了し、社数は19万社から12万社に激減した。この措置には、地域の氏神信仰に大きな打撃を与えるなどの理由で反対意見も多く出された。民俗学者・博物学者の南方熊楠は『日本及日本人』などで10年間にわたって反対運動をおこなった。
1878年以後は受不受は自由となったが、地方官が関与してトラブルを生ずることもあった。
明治5年 (1872年)、官社以下の神官の給録を制定(明治5年2月25日太政官第58号「神官給禄定額ヲ定ム」)。
明治5年 (1872年)、神祇省廃止、教部省設置。大教院設置。宣教使を廃し、教導職の制度を定めて宣教体制を確立。天皇を「奉戴」することを命じた「三条ノ教則」(残り2か条は敬神愛国、天理人道を明らかにする)を国民教導の中心とした。教義に関する著書出版免許願は教部省に提出させることとした。
明治6年 (1873年)、大教院神殿が放火により全焼。神体は芝東照宮に仮遷座。
明治6年 (1873年)、江戸幕府によって定着した五節句を廃し、神武天皇即位日・天長節を祝日と定める(明治6年1月4日太政官布告第1号「五節ヲ廃シ祝日ヲ定ム」)。
明治6年 (1873年)、正月三が日および6月と12月の大祓のそれぞれ前々日・前日・当日を休暇日と定め、既に定着していたお盆休みを休暇日から外す(明治6年1月7日太政官布告第2号「休暇日ヲ定ム」)。
明治6年 (1873年)、府県社の神官の月給を廃止。
明治6年 (1873年)、政府は全国の招魂場の社地を免税とし、祭祀費用・招魂墳墓の修繕費の国家予算支出を定めた。
明治8年 (1875年)、浄土真宗四派(真宗高田派、真宗佛光寺派、真宗興正派、真宗木辺派)が神道側との対立、政教分離の必要性を理由に大教院を離脱。神道側は神道事務局設立。
明治8年 (1875年)、太政官は神道と仏教との合同布教中止の通達を教部省に出す。
神道指令では、国家神道は「日本政府の法令に依って宗派神道或は教派神道と区別せられたる一派を指す」とされており、この定義に基づけば、国家神道は神社非宗教論が採られ、神官教導職分離が行われた1882年(明治15年)あるいは内務省に神社局が成立し、神社行政を他の宗教行政と区別して扱うようになった1900年(明治33年)以降に行われた、神社・神職・祭祀などに対する様々な国家的制度を指すことになる。
研究者における「国家神道」の定義に関しては、いわゆる「広義の国家神道」と「狭義の国家神道」という2種類の定義に分かれる。「広義の国家神道」は、広く皇室神道と神社神道が合体した「国教」的地位にあった神道であるとか、「明治維新から第二次世界大戦の敗戦に至るまで、国家のイデオロギー的基礎となった事実上の日本の国教」といった概念規定を指す。一方で「狭義の国家神道」は「戦前の国家によって管理され、国家の法令によって行政の対象となった神社神道」とする限定的な定義を指す。
前者の代表論者である村上重良は、国家神道は、宗教の範疇を超える国家祭祀として他の公認宗教に君臨する体制であり、教育勅語が天皇制的国民教化の基準として発布されて国家神道のイデオロギー的基礎をなし、一神教的な天皇観( 現人神 ) が戦争と宗教弾圧を生み出したとし、近代を「国家神道体制」が右肩上がりに強化されていった時代と捉えた上で、昭和前期を「天皇制ファシズム」の時代とし、国家神道はこの段階において絶頂期を迎え、国民に対する精神的支配の武器となったと主張した。
一方、こういった村上の主張に対しては反論も相次いだ。