A列車で行こう3D
車両の色に加え、車両の形状を変更できるようになった。
路面電車が敷設可能になった。
年月を経るとともに町が変化する時代の概念が導入された。
資材の他、農業・水産・木材・石炭・石油の新たな資源設定が導入された。
車庫、信号場、貨物駅の建設が可能になった。
上りと下りで別ダイヤの設定が可能になった。
子会社の種類が大きく増えた。
勾配カーブが追加された。
道路に自家用自動車、駅や道路などに歩行者(2001以来)が登場するようになった(歩行者は3Dカメラモードのみ)。オプションでOFFに設定すると、従来通り自家用自動車と歩行者が登場しないようにできる。
列車のダイヤの時間設定が細かく出来るようになった。
片側2車線道路が追加された。
3DSの立体視を活かした3D(三次元)表示ができる(3Dカメラモードのみ対応)。
時間経過のコマンドが4段&早送りから5段&早送りになった。ただしスペックの関係上、前作よりは流れがかなり遅めである。
そのため、過去のBGMもアレンジされている。