日独関係
しかし、大戦前よりドイツに駐在した日本の航空技術者や軍関係者に対する技術提供は盛んにおこなわれていたほか、1942年に入るとウルツブルグ・レーダーやエニグマの提供も開始された。当時のドイツは、毒ガスであるサリンを開発していたものの、当時の日本にはサリンは提供されなかった。
また上記にあるように、日本の占領下に派遣された潜水艦の日本海軍への供与が行われたほか、1943年にペナンに派遣されたものの、その直後に連合国に降伏したイタリア海軍の潜水艦の鹵獲を行った。さらにヒトラーは1944年5月になって最新技術や特許の無償供与を許可した。また日本軍も小型艦船を中心とした技術の提供や、占領下で入手した各種資源の提供を行った。
戦時中の日本における、特別高等警察と憲兵隊による、思想統制・言論弾圧にあたっては、ゲシュタポなどで実績をあげたヨーゼフ・マイジンガーが顧問として起用され、同時に在日ドイツ人に対する思想統制も行った。
ドイツの敗北が間近になると、日本大使館および外交関係者はドイツ政府の依頼を受けて南部のバート・ガスタインに避難した。その後彼らはイギリス軍やアメリカ軍によって逮捕された。
一方日本におけるドイツ大使館は1944年夏まで東京で活動していたが、1944年夏の東京空襲の後、一部の通信班を残して河口湖畔の富士ビューホテルに疎開した。1945年4月のヒトラーの死去に際しては、在日ドイツ大使館でその死を悼む行事が行われた。ドイツ軍降伏の後の6月8日、日本政府はドイツ政府がもはや存在しないとしてドイツ大使館並びにドイツ領事館の職務執行停止を通告した。連合国軍による占領の後、1947年に在留ドイツ人の送還が開始された。戦争終結時点で在日ドイツ人は3000人程度であったが、送還されずに日本に残ったのは700人から800人程度であった。