功山寺挙兵
同日、毛利元周の世子と清末藩主毛利元純が五卿に拝謁した。 五卿は支藩藩主らに正義派を庇うよう諭したという。 拝謁の後、毛利元周は諸隊に軽挙を慎むよう布告し、その後支藩藩主ら三人は萩へ向かった。 この時の支藩藩主らは正義派に同情的で、萩行きについても、藩主父子へ藩政が俗論派に傾きすぎている事を説き、正義派の赦免・復権を求める為であったとされる。
11月18日、征長軍総督徳川慶勝は三家老の首実検を行った。 征長側は総督名代の成瀬正肥、江戸幕閣稲葉正邦、大目付の永井尚志、軍目付の戸川安愛。長州側は吉川経幹、志道安房が出席した。参謀の辻将曹と西郷は次室に控えていた。 『征長出陣記』ではこの時、永井は戦争回避の条件として、藩主父子を面縛(後ろ手で罪人として引き渡す)、萩・山口城の明け渡しなどを吉川に通知した。 吉川は、自身が岩国領主であることを強調し、それらの条件を決める権限はないと断った上で、それらの条件が萩にもたらされれば、防長士民は一致して徹底抗戦するだろうが、今すぐに応える必要があるかと問うた。 永井は、条件は決定事項ではなく、今すぐ応える必要はないと言って吉川を下がらせた。 その後永井は西郷に、吉川の回答を告げ意見を求めた。 西郷は、面縛・開城を戦争回避の条件とすれば交渉は不可能であり武力で征討する必要があるが、長州を武力で征討するには半年か一年の年月が必要となると答えた。 さらに西郷は、世の中が動揺している時期でもあり、戦争が長引けば動員した諸侯から異論が出る事は避けられず、そうなれば幕府の威光に陰りが出ると言い、戦争回避の条件を緩和するよう具申した。 西郷の助言は大げさではなく、まさにこの時、天狗党の乱が京都に近付いており、徳川慶喜自らが兵を率いて迎撃に向かう事態に陥っていた。
2月2日、諸隊幹部は敬親父子へ停戦の合意と謝罪の手紙を送った。
2月5日、藩政府は萩城内の戒厳を解いた。 この時、俗論派の実戦部隊である撰鋒隊に不穏な動きがあった為、敬親はこれを召し出し解散させた。
同日、江戸幕閣は慶勝に、尾張藩兵を用いて毛利藩主父子を江戸へ護送すること、また総督として九州五藩に五卿もまた江戸へ護送することを命じるよう指示した。 慶勝はそんなことをすれば天下の大乱になると反駁し、一兵たりとも出兵させなかった。 そののち慶勝は朝廷に参内し、朝廷は凱旋の祝酒を送った。そして慶勝は朝廷に帰藩の暇を請い、承認されたため幕府の意向を無視して尾張藩へ帰った。
2月9日、長州支藩藩主の毛利元周と毛利元純が萩城に登り、藩主敬親、重臣と一堂に会して会議を行った。 毛利元周は諸隊追討を速やかに取り消し、諸隊の建白書を受け入れ、国内の統一を図るべきことを提案した。敬親父子はこれを了承した。
2月10日、東光寺派の香川半助、桜井三木三、冷泉五郎、江木清次郎らが山口に至り、高杉に萩の情勢を伝え将来の計画を協議した。 この時、高杉は香川ら東光寺派に諸隊と同一行動を取ることを求め、香川らはこれを了承した。
また諸隊と行動を共にしている脱藩浪士たちの間にも、攘夷を捨て幕府恭順に傾く長州藩を見限り長府を去る者が出るようになっていた。
諸隊幹部は高杉の意見を取り入れ暗殺計画を中止したが、支藩藩主や赤禰武人らが萩で政府と交渉をしている最中でもあり、即時挙兵には同意しなかった。
同日、敬親父子は幕府へ恭順の意を示すため萩城を出て天樹院に蟄居した。
11月28日、総督府は尾張藩士横井一太郎らを山口に派遣し、山口奉行内藤仁右衛門がこれに応対した。 横井らの山口行きは戦争回避の条件の認識共有と、長府・清末藩の状況確認のための巡回を目的としていた。 長府には萩藩政府に反抗する諸隊があり、萩藩政府は横井らを終始酒宴でもてなし山口に留めた。 山口に留まった横井らは条件の履行について、山口城破却は屋上の瓦を取り除くのみでよい等のアドバイスをして広島に帰った。
朝廷および幕府より長州征討を命じられ、西国を中心に三十五藩の藩兵により構成された討伐軍。
総督は尾張藩主徳川慶勝で、広島を本営とし長州征討に関する全権を委任されていた。副総督は越前藩主松平茂昭で、小倉を本営とし九州諸藩を統括した。総勢十五万人という大連合軍であるが、幕閣と総督の意思疎通すら出来ておらず、動員された諸藩の士気も低かった。
徳川慶勝 (尾張藩藩主 征長軍総督 広島を本営とする)
成瀬正肥 (尾張藩附家老 総督名代)
長谷川敬 (尾張藩士 巡見使の一人)
永井尚志 (江戸幕府大目付・若年寄 広島征長軍帯同)
戸川安愛 (江戸幕府目付 広島征長軍帯同)
松平茂昭 (越前藩藩主・征長軍副総督 九州諸藩統括 小倉に在する)
若井鍬吉 (尾張藩士 小倉に在した広島本営との連絡役)
11月4日、奇兵隊が山口に到着する。 他にも太田市之進が椋野より御楯隊を率いて到着し、伊藤俊輔も馬関より力士隊を率いて到着する。 (俗論派に牛耳られている)萩藩政府の妨害の為か、萩付近に屯していた南園隊は山口に現れなかった。 諸隊幹部は山口に残る藩重役浦元襄の元を訪れ建白書を提出する。 建白書の内容は、幽閉中の三家老を許し、藩政を攘夷に戻し、藩主父子は山口帰還し、俗論派を抑えて正義派を登用し、武備恭順を目指そうというものであった。 この建白書は山口に集結したすべての諸隊の連名で提出された。 また諸隊は、これとは別に当時山口に留まっていた藩主父子の両夫人の館に建白書の写しを提出し、粗暴な行動に出ないことを約束した。 この日、諸隊隊員が藩政府が武器庫としていた毛利隆元の霊を祀る常栄寺に赴き、銃器等の引き渡しを強く求めた。 武器庫を管理していた役人は、解散を命令された諸隊に武器を貸与することは出来ないと拒否した。 山縣有朋は藩政府と全面抗争になるのは得策ではないとして諸隊隊員を制止し、銃器は引き渡されなかった。
この間、山口を掌握していた俗論派は藩主敬親の名前を利用して懐柔を試みたが、諸隊は応じなかった。