エクアドル・ペルー戦争 (1941年-1942年)
1939年に勃発した第二次世界大戦に際し、ペルーは開戦の数ヶ月後に枢軸国との関係を断ち切り、連合国に加わった。
エクアドルが1948年に境界委員会から撤退した時にも、リオ議定書によって示された最終的な境界線に沿った境界線の配置は、実際の地理的状況と議定書の指示との間の矛盾が主張されたために決定されなかった。エクアドルは戦地となった場所で、ペルーが方向性についての適切な交渉をするまで議定書を決定することができなくなった。そのため、エクアドルとペルーの国境の約78kmは、次の50年の間国境が確定せず、両国間で継続的に外交的および軍事的危機を引き起こす原因となった。
1960年、エクアドルのホセ・マリア・ベラスコ大統領は、リオデジャネイロ議定書は無効であると宣言した。ベラスコ政権は、エクアドルがリオデジャネイロ議定書に署名した時にはペルーがエクアドルの一部を軍事占領しており、1935年にアメリカ諸国会議で定められた、軍事的圧力の下で署名された条約を非合法化するリオ条約に反していると主張した。
しかし、この宣言はリオデジャネイロ議定書の保証国によって拒否されたため、国際的な影響はほとんどなかった。一部のペルーのアナリストは、ベラスコ大統領がナショナリズムとポピュリストの巧言で政治的支持を集めるために無効論を利用したと推測している。
1981年、両国は再びパキシャ戦争(スペイン語版、英語版)で一時的に衝突したが、1995年のセネパ戦争(スペイン語版、英語版)の直後に、紛争は最終的な解決がなされた。1998年10月26日、ペルーとエクアドルの代表は、最終的な和平協定(ブラジリア大統領法)に署名した。
ペルーとエクアドルの国境紛争は、両国の植民地時代にまで遡る。ラテンアメリカ諸国がスペインから独立した際、国境は概ね植民地時代の行政区画に沿って定められた。しかし、ペルーとエクアドルの国境に関しては植民地時代から既に行政区画の変更を巡る係争が存在しており、ここに問題が端を発する。
エクアドルは1822年にスペインから独立した大コロンビアの一部であったが、ペルーは1829年に早くも同国と戦った。大コロンビアは紛争地の一部であった。一連の戦いの後、タルキの戦い(英語版)を最後にペルーは敗れ、グアヤキル議定書が1829年9月22日に調印されて戦争は終結した。これに基づいて国境画定を実行するペデモンテ・モスケラ議定書により、大コロンビアとペルーの国境はスペイン植民地の副王領であるヌエバ・グラナダ副王領とペルー副王領の国境と概ね同じものに定められた。