日本のラグナロクオンライン
チートやデュープの深刻な影響があったため、日本語サーバーの独自方針としてアイテムと所持金をリセット。 2002年12月1日 - 【アップデート】「episode1.5 Attack of the Ancient」アップデート。正式商用サービスを開始。 2002年12月19日 -【実装】 ルティエ(都市)を実装。 2003年3月27日 - 【実装】キューペットシステムを実装。 2003年5月27日 - 【アップデート】「episode 2.0 Under the Illusion」アップデート。コモド(都市)を実装。 2003年6月27日 - 【ワールド追加】第1回マイグレーションを実施し、Odin、Thor、Freya、Bijouワールドを追加。 2003年7月29日 - 【アップデート】「episode 2.5 Under the Illusion」アップデート。タートルアイランド、ギルド攻城戦システムを実装。 2003年10月7日 - 【アップデート】「episode3.0 Labyrinth of lost memories」アップデート。ジュノー(都市)を実装し、新しい二次職を追加。 2003年12月3日 - 【実装】アマツ(都市)を実装。 2004年2月17日 - 【実装】コンロン(都市)を実装。 2004年5月18日 - 【ワールド追加】第2回マイグレーションを実施し、Idun、Heimdal、Eir、Tyr、Lisa、Ses、Tiametワールドを追加。 2004年6月8日 - 【アップデート】「episode4.0 Ordeal of Fear」アップデート。
同時接続人数の減少や、新規ワールドでの接続人数の伸び悩みが主な要因として、2012年4月17日に通常ワールド24サーバーを12サーバーへ統合。統合されたサーバーの基準は過去のマイグレーションで分かれた関連サーバー同士、または完全新規として稼動されたサーバー同士となっている。詳細は下記ワールド系図を参照。なお、Friggワールドの名称については当初はKara(カーラ)となる予定だったが、北欧神話よりも韓流アイドルグループのKARAを連想させるという指摘があり、この名前に変更された。
ラグナロクオンラインは日本において現存しているネットゲームとしては比較的古いゲームであること、通信パケットに暗号化を施していない、サーバプログラムであるAEGISが台湾で過去に流出していたことからプログラムの解析が行われてしまった等、ゲームシステム全般が非常に脆弱であると言える。 その脆弱性を悪用してラグナロクオンラインでは様々な不正行為が行われていた。加えてユーザーの不正行為に対する認識も非常に甘く、少なくない人数の一般プレイヤーが日常的にRMTに手を染めている背景があったため、より不正が蔓延しやすい土壌が形成されていた。
日本でのラグナロクオンラインの人気が高かった事も逆に災いし、当初から多数のクラッカーの絶好の標的とされた。 中でもアリス・リデルに拠るものは世界ゲームを破壊されるレベルのものだった。さらにネットゲーム チートRMTの教科書(アリス・リデル、黒川 かえる 著 ISBN 4-88718-824-2)なるクラッキング本の題材にまでなっている。
2005年4月5日-同年4月26日に行われた第3回マイグレーションプランによってChaos、Loki、Iris、FenrirからそれぞれMagni、Surt、Forsety、Garmへの移住を実施された。また、2005年3月29日に新設されたVerdandiは、これまでのマイグレーションプランで追加されたワールドとは違い、完全にゼロから新規スタートしたワールドとなっている。既存のワールドからの移住の無い新ワールドの増設は、ラグナロクオンライン正式サービス開始以来初めてのことだが、不正対策が行われなかった所為もあり開設当初からBOTの存在に悩まされるワールドだった。
一部の強硬なユーザーが、不満を抱くユーザー団体の代表としてガンホーの運営姿勢に対する抗議サイト及び団体を立ち上げ、抗議文がガンホー本社及び各行政機関やマスコミへ送りつけられる騒ぎとなった。 その後、この抗議文に対して正式にガンホー社からの回答がされたが、ユーザーからの要望に関しては一切触れられていない。その理由は(抗議団体のサイトに抗議文案が掲載されたからであるが)「抗議文を送るより前に抗議文に対する返答が送られてきた」ことに起因している。ただし「ユーザーと運営チームとの間に生じている相互理解の隔たり」については認識していることが挙げられており、「ユーザーとの意思疎通の改善を目指す」との回答を得られたことでユーザー団体側は当面の間様子を見ることとなった。
その後7月2日に急遽第4回ガンホーオフラインミーティングが行われ、この件についてはガンホー側は警告を行ったユーザーに対するアナウンスミスを認めている。 しかしこれまでの管理体制によるユーザーからの不信感が非常に強い状況は変わっておらず、RMT業者と関わっていたガンホー社員が逮捕される事件が発生したこと、また、当時ガンホー社とグラビティ社の間で交わされていた契約が2006年8月で満了する事になっており、2009年8月までROの運営に関する契約が更新された事を受けて、運営会社の改善及び変更を望んでいたユーザーからの不満により、再度抗議運動が行われる事態となった。
ガンホー社代表取締役社長森下一喜氏はラグナロクオンライン運営初期から「お金を払う事によってステータスが上がるというような不公平なシステムは取りたくない」といった運営方針を語っていたが、2006年12月にそれを事実上撤回するスペシャルアイテムを実装。