ヴァンフォーレ甲府経営危機問題
アジア通貨危機や失われた10年のさなかで経営基盤の弱いチームが数億円の運営費を求められるリーグでいかに経営が難しかったかを物語る一方で、そのクラブチームがどのように運営をしていくかの見本として現在も甲府の例が取り上げられることが多い。例として大塚製薬サッカー部がクラブチーム徳島ヴォルティスとしてJリーグに参入する際、参入に積極的だった飯泉嘉門が甲府の例を参考にしたり、ザスパ草津(現在はザスパクサツ群馬)や愛媛FC、FC岐阜といった創立時から一貫して親会社を持たないクラブチームが続々と参入するきっかけともなった。海外からも2017年よりKリーグチャレンジに参入する安山グリナースFCのスタッフが甲府へ研修に来るなどしている。
Jリーグも通常のリーグ戦に影響が出る事態に陥る可能性があったことから対策に乗り出し、2005年より公式試合安定開催基金を設立。さらに2013年よりJリーグクラブライセンス制度が導入された。特に後者については経営に関して厳格化されており、「3期連続の当期純損失(赤字)を計上していないこと」「3年連続債務超過に陥っていないこと」「移籍金や給与の未払いが生じていないこと」についてA等級基準(ライセンス交付のために無条件に必須とされる基準)とされ、現在のルールだと2005年まで債務超過状態だった甲府はJ3ライセンスも発給されない(Jリーグから強制脱退。但しチームが存続可能であればJリーグ百年構想クラブとして日本フットボールリーグ以下のリーグで戦うことは可能)ことになる。
前年の旧JFL4位という好成績が一転、シーズンを通して5勝しかできずに最下位に終わり、3年連続赤字決算となった。
2000年は運営健全化を優先し、主力選手の大量放出や6人の選手に対してアマチュア契約を結ぶなど前年以上の支出抑制を実施するが、前年同様シーズン開始までにユニフォームスポンサーが決まらず、また極端な人件費抑制によりチームはさらに弱体化し、シーズン中に19連敗および26試合連続未勝利(1分25敗) を記録するなどチームは崩壊し、前年同様最下位を独走していた。
そしてシーズンが終わりかけた11月に単年度ベースで6,000万円、4年連続の赤字を計上することが見込まれ、 累積赤字は4億5,000万円以上と1億2,000万円近くの債務超過に陥っていることが発覚。競技場使用料や選手に対する給与支払いが遅れる状況に陥るなどヴァンフォーレ甲府はチーム存続の窮地に立たされることになる。