特別区
ただし東京都では特別区以外の市町村でも、上下水道・消防 に関しては特別区同様に都による一括運営となっている。
また都市計画や建築確認についても、一定規模以上のものについては法令により都に権限が留保され、都が直接事務を行っている。また特別区の自治権拡大に関する地方自治法改正法の施行前日の2000年(平成12年)3月31日までは清掃事業も都の業務とされており、東京都区部においては同日まで東京都の行政機関である「東京都清掃局」がこの地域の清掃事務を統一的に行っていたが、同年4月1日に各特別区および東京二十三区清掃一部事務組合に移管された。
さらに旧警察法においては、都知事の所轄と特別区公安委員会の管理の下、特別区の存する区域を管轄とする自治体警察を設けることとなっており(旧警察法第51条ないし第53条)、東京都ではこれに基づき東京都知事の所轄と特別区公安委員会の管理の下、旧警察法に基づく警視庁を設置していた。
東京都及び特別区の事務の処理については、都と特別区及び特別区相互の間の連絡調整を図るために設置された「都区協議会」によって協議され(同法第282条の2)、都と各特別区の相互間で調整を図っている。その一方、特別区は政令指定都市・中核市・その他特に政令で指定された相当な規模をもつ市でなければできない行政事務のひとつである「保健所の設置および運営」を行う責務を有する(地域保健法第5条第1項。保健所政令市参照)など、所掌する行政事務の一部において、通常の市町村とは大きく異なった扱いがなされている。