常磐線
ただし、坂元 - 山下間では工期短縮のため丘陵上の遺跡やサクラの木を避け、掘割ではなくトンネル(第1・第2戸花山トンネル)を用いている。この区間にあった新地駅・坂元駅・山下駅の3駅は新線上に移設され、新地駅は地上駅、坂元駅・山下駅は高架駅となり、新地駅と山下駅には旧駅と同様列車交換設備が設置されたが、坂元駅は棒線駅として復旧された。
これに伴い駒ケ嶺 - 浜吉田間では各駅間の営業キロが変更され、駒ケ嶺 - 新地間で-0.2 km、その他で+0.1から0.4 km、全体で+0.6 kmの改キロとなった(震災前22.6 km、復旧後23.2 km)が、営業キロと運賃の変更は同区間を含むSuica仙台エリア内で2017年(平成29年)4月1日の磐越西線郡山富田駅開業と同時に実施された。
内陸移設後の旧線の路盤のうち新地 - 山下間は津波防災対策として盛土をして築堤に転用し、その築堤上に福島・宮城県道38号相馬亘理線を建設する工事が進行している。このうち新地駅-福島・宮城県境までは開通済みである。
亘理〜浜吉田間の暫定復旧後に運転されていた仙台発浜吉田行列車(仙台駅 2014年8月)
復旧工事中の様子(駒ヶ嶺 - 新地間 2016年11月)
復旧工事中の様子 (新地 - 坂元間 2016年11月)
2005年7月8日の時点では朝夕の時間帯に最大で上り3本(平日のみ、勝田発・高萩発・水戸発それぞれ1本ずつ。土休日ダイヤでは普通列車として運転)、下り1本(毎日、水戸行き)が運転されていた。翌9日の改正で下り1本は特急「フレッシュひたち53号」(土浦行き)に、上り1本は普通列車に変更する形で廃止され(下りはこの時点で廃止)、残った上り2本も2006年3月18日の改正で普通列車に変更される形で全廃された。 廃止時点での停車駅:上野駅 - 日暮里駅 - 松戸駅 - 柏駅 - 取手駅 - 牛久駅 - 土浦駅(以北各駅) 2005年7月8日までの運転ダイヤ 下り 3445M 上野駅19時03分発→水戸駅20時58分着 上り 3328M 上野駅07時52分着←勝田駅05時45分発 3332M 上野駅08時04分着←高萩駅05時23分発 3344M 上野駅08時46分着←水戸駅06時51分発
2022年3月11日まで、日中時間帯に品川駅 - 土浦駅間で1日6往復運転されてきた(新設時は上野駅 - 土浦駅間で下り6本・上り5本の1日5.5往復運転)が、2022年3月12日のダイヤ改正で上りは午前中、下りは夕方の2往復のみの運転となった。車両は新設時よりE531系のみに限定され、最高130km/h運転を実施している。
停車駅は品川駅・新橋駅・東京駅・上野駅・日暮里駅・北千住駅・松戸駅・柏駅で、取手駅 - 土浦駅間は各駅に停車する。下りは上野駅で普通快速に接続し、取手駅で先行の快速から接続を受ける。上りは、土浦駅で水戸方面からの普通列車の接続を受け、平日9時台を除き取手駅と北千住駅で快速(10時台は中距離列車)に接続する。平日9時台は取手駅で接続する快速がなく、先行の快速を我孫子駅で追い抜く。
北千住駅は2015年3月14日のダイヤ改正より停車駅に追加された。これにより、上りは北千住駅で先発快速と相互接続し追い抜くようになった。
グリーン車
東北本線(宇都宮線)・高崎線などでの普通列車グリーン車の利用が好調なことから、常磐線でも2007年1月6日よりE531系の4・5号車に順次普通車扱いで連結し、同年3月18日のダイヤ改正から営業を開始した。
6月25日:取手 - 藤代間複線化。 6月30日:下那珂川信号場 - 勝田間複線化。 8月20日:土浦 - 神立間複線化。
1924年(大正13年)6月20日:勿来 - 植田間複線化。
1925年(大正14年) 2月2日:(仮)公園下駅(現在の(臨)偕楽園駅)開業。偕楽園観梅時期のみ営業。 10月28日:藤代 - 佐貫間複線化、日暮里 - 平間複線化完成。
1935年(昭和10年)12月1日:上野駅着7:28、8時4分、8時30分の3本の列車に限り、行商隊専用客車を2両増結を開始。
1936年(昭和11年)12月11日:日暮里 - 松戸間直流電化。
1938年(昭和13年)6月29日:関東地方で豪雨。土浦駅周辺など茨城県下で冠水が相次ぎ運休。
1939年(昭和14年) 10月1日:下孫駅を常陸多賀駅に改称。 10月20日:助川駅を日立駅に改称。
1943年(昭和18年) 4月1日:綾瀬駅開業 10月26日:土浦駅構内で列車衝突事故が発生(土浦事故)。死者110人。
1944年(昭和19年) 2月15日:浪江 - 小高間に桃内信号場開設。 12月20日:久ノ浜 - 広野間に末続信号場開設。
1945年(昭和20年)2月14日:友部 - 内原間に内原操車場開設。
全駅東京都内に所在
JR東日本:各駅の乗車人員より
導入区間は上野駅 - 高萩駅間で、上野駅・我孫子駅発着の普通列車・特別快速の全列車に導入された。勝田駅 - 高萩駅間は朝夕夜の一部列車のみ。また土浦駅で切り離しとなる列車もある。土浦駅以北のみを運転する列車でも、下り2本、上りは土休日に2本のグリーン車連結列車がある。
グリーン車は、2007年1月から3月までの普通車として利用することができた期間中に、いわき駅まで乗り入れたことがある。
あわせて、他の普通列車グリーン車導入線区と同様にグリーン車Suicaシステムも導入された。当初、これに伴うSuicaの区間延長は行われなかったが、2008年3月15日より小木津駅 - 高萩駅間がSuicaエリアに加わり、それに伴いこの区間もグリーン車Suicaシステム対応となった。
2017年10月14日から2019年3月15日まで、深夜の水戸発大津港行きの列車がE531系基本編成で運転されていたが、高萩駅 - 大津港駅間のグリーン車は普通車扱いだった。また、E501系の運用が何らかの都合でE531系に差し替わることがあり、この時はグリーン車は普通車扱いとなる。
なお、常磐線内発着のグリーン券は、上野東京ライン開業後の2015年3月より東京・新橋・品川での東海道本線・横須賀線大船方向の乗り継ぎが有効となっている。「乗り継ぎ料金制度#普通列車」を参照。