日本学生野球憲章
翌月2日には、校長の吉村耕司が高野連に対し「野球部員17人が憲章に抵触すると判断した」と報告し、校長自ら高野連に対して謝罪した。
2011年(平成23年)10月、出雲北陵高校が、部員間の暴力を理由に3ヶ月間の対外試合禁止の処分を受け、その後、暴力に加担した部員を出場させないとの条件で処分期間が短縮され、同年夏の大会の島根県予選への出場が認められたが、同校は指導に背き、暴力加担の部員も出場させていたことが判明。憲章に違反するとして、同校は島根県高野連を脱退した。処分当時在籍した生徒が全員卒業した2014年に島根県高野連に再加盟し、各種大会に出場している。
2012年(平成24年)11月、花巻東高校が岩手県内向けに放送した生徒募集のCMについて、同校が野球部員で北海道日本ハムファイターズへの入団が決まった大谷翔平を、高野連の承認を得ないで出演させていたことが判明し、高野連は憲章に抵触する可能性があるとして、実態調査に乗り出した。
2004年(平成16年)8月、一場靖弘(明治大学から東北楽天ゴールデンイーグルス)に対し、巨人、横浜、阪神のスカウトが2003年末から発覚時までの間に現金を供与。憲章に牴触するとして問題になった(一場事件)。
2007年(平成19年)4月、専修大学北上高等学校で、野球部員に対しスポーツ特待をして奨学金を支給していたことが発覚(スポーツ選手への、選手たることを理由としての学費支給を禁じた第十三条違反)。学校は野球「部」を解散し、同好会に格下げした。
2007年4月27日、常葉学園菊川高等学校野球部にて、日本学生野球憲章第13条に違反し、特待生制度を導入していたことが発覚した。同日、この不祥事の責任を取り、佐野心が野球部の部長を辞任した。翌日開催された静岡県春季野球大会の試合では、日本学生野球憲章第13条に抵触する特待生制度を利用していた部員が試合に出場することを回避するため、主力選手7名を交代させて出場する事態となった。