人吉藩
藩主家の相良氏は鎌倉時代初頭の建久4年(1193年)、この地の地頭に任ぜられた。その後戦国大名に成長し、江戸時代に入っても領主として存続し明治維新を迎えた極めて稀な藩の一つである。
天正15年(1587年)豊臣秀吉の九州征伐の際、老臣の深水長智は大友氏・島津氏の間に挟まれた小領主の苦衷を秀吉に訴えた。長智の奔走により当主の相良頼房(後の初代藩主・長毎)は領土を安堵された。
慶長元年(1596年)深水長智の甥・頼蔵と重臣・犬童頼兄との対立が激化しこれを石田三成が仲裁。結果、頼蔵が敗訴し彼の後ろ盾となっていた加藤清正の下に奔り、深水一族は頼兄により討たれた。これにより犬童頼兄は相良清兵衛頼兄と名乗り家老・執政となり相良家の中心的役割を果たしてゆくこととなる。
慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは、事件の仲裁に立った三成への恩義から当初西軍に付いた。しかし頼兄は日向国の小領主である秋月種長・高橋元種らとともに東軍への寝返りを実行した。その結果、彼らは徳川家康より旧領を安堵され各自立藩した。
人吉藩は薩摩藩とよく似た中世の名残を残した行政機構となっていた。その1つは外城制である。領内には14の外城があり、それぞれに数人の家臣が居住し領地と領民の支配を行った。兵農分離がなされておらず、半農半兵の無給郷士が人口の約3分の1を占めていた。また、キリシタン禁制とともに浄土真宗本願寺派禁制を厳守していたことも薩摩藩と同じである。
藩財政は初期には、「長崎買物」と称される商売により潤っていた。