比奈駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅であり、列車の交換が可能である。かつては構内に多くの側線があり、日本製紙吉永工場と奥多摩工業への専用線もあったが、現在は撤去されている。
また、駅東部の興亜工業に隣接する場所に5線のヤード線があり、かつては機回し線の設備や興亜工業への専用線も存在していたが、現在は本線から切り離されている。設備が故障した4番線と5番線には解体待ちの車両が留置されることもあった。
駅舎は構内の北側にあり、駅舎とホーム東端を繋ぐ構内踏切が設置されている。貨物輸送の休止に伴い2012年(平成24年)3月17日より無人駅となった。
2015年(平成27年)11月14日からは、当駅北側で営業していた鉄道模型店フジドリームスタジオ501が駅舎内に移転。窓口を売り場に、駅員休憩室をレイアウトに改装し営業している。