山中伸弥
謝罪会見の後に、11jigenはこの指摘をしたのは匿名Aだとツイートし、2ちゃんねるで指摘したとされた匿名Aは、ウェブサイト「日本の科学を考える」の中の「捏造問題にもっと怒りを」というトピックにおいて、なぜ謝罪する必要があるのか分からないと言及した(この発言は、2017年1月に管理者によって削除された)。論文を掲載したEMBO Journal誌は不正なしの見解を支持した。この指摘の妥当性や、14年前の実験ノートの保管の不備に謝罪がなされたことについては一部の研究者から疑問が呈され、九州大学の中山敬一教授などは「言いがかり」と批判した。一方、ディオバン事件が発覚する契機を作った由井芳樹助教授が、指摘された図7Bの右側の8つの標準偏差の一致は非常に奇妙だとInternational Journal of Stem Cells誌で主張した。ただし、11jigenは、図7BについてはExcel操作のうっかりミスの可能性があると述べている。山中は2014年の新経済連盟イノベーション大賞の授賞式や2016年の近畿大学の卒業式で、この謝罪会見がマウス管理不備の謝罪会見と共に辛かったことを言及した。iPS細胞研究所の年報やニュースレターには、この謝罪会見の報道が行われたことが伏せられずに記載されている。
共著者になっていた2報の論文に研究不正があったとの認定が2015年に熊本大学から発表されたが、山中の研究不正への関与は認められなかった。
iPS細胞研究所の特定拠点助教が研究不正行為を行ったことが2018年1月に認定された。その監督責任で処分されるとともに、当面の給与を自主返上した。
受賞の報せを受けた当日のインタビューで「自宅の洗濯機の修理をしている最中に報せが入った」と語っていたことから、文部科学大臣田中眞紀子の提案で、2012年10月19日には野田内閣が閣僚懇談会でノーベル賞受賞の祝い金として洗濯機購入費16万円を贈ることを決定している。
安倍内閣の文部科学相下村博文は山中伸弥京都大教授の表敬訪問を受けた2013年(平成25年)1月10日には、iPS細胞研究に対して今後10年で1100億円規模の長期的な支援を行う意向を表明している。
2020年(令和2年)3月13日、2019新型コロナウイルスによる急性呼吸器疾患について 個人の活動として 「山中伸弥による新型コロナウイルス情報発信」を開設した 。
2010年には京都大学に新設されたiPS細胞研究所(CiRA。サイラ)の所長に就任、6期(12年)にわたりiPS研究の指導・支援を担った。2022年に所長を退任、CiRA教授・主任研究者として研究の第一線に復帰した。