南京事件論争史
一方、陸軍士官学校卒業生の親睦団体である偕行社は、「一般に定説になりつつある20万、30万という数字を破砕する」ため南京事件を取り上げることを決め、機関紙『偕行』の1983年10月号と11月号で関連情報の提供や協力を呼びかけた。1984年4月号から1985年2月号まで畝本正巳による「証言による南京戦史」が11回に渡り連載される過程で、角良晴の証言など不法行為を示す多くの証言が集まった。1985年3月号の「証言による南京戦史 (最終回) その総括的考察」において、編集部を代表して加登川幸太郎が「一万三千人はもちろん、少なくとも三千人とは途方もなく大きな数である。日本軍がシロではないだろうと覚悟しつつも、この戦史の修史作業を始めてきたわれわれだが、この膨大な数字を前にしては暗然たらざるを得ない。戦場の実相がいかようであれ、戦場心理がどうであろうが、この大量処理には弁明の言葉がない、旧日本軍の縁につながる者として、中国人民に深く詫びるしかない」と記した。しかし、この謝罪について偕行社内で反発が起き、1989年に刊行された『南京戦史』では「不法殺害とはいえぬが」「捕虜、敗残兵、便衣兵のうち中国人兵士約1万6千、民間人死者15,760人と推定した。編集には板倉由明も参加した。秦郁彦は 偕行社『南京戦史』を(30万の大虐殺は認めないが捕虜等の殺害を認めたという意味で)「中間派」とした。
1984年8月4日朝日新聞大阪版夕刊(翌朝全国掲載)は、歩兵第23連隊の元兵士の南京事件を物語る日記と写真3枚があったとして、報道した。その中で、朝日新聞は、写真の撮影場所は不明であるが元兵士が生前家族に南京虐殺の写真と語り悩んでいたことを報じている。しかし歩兵第23連隊の戦友会である連隊会はこの日記を偽物と疑い抗議、朝日新聞は本物である旨を説明したものの連隊会は納得せず、連隊が無関係と表明したことを報道した。ところが、これは宮崎版のみの扱いであったことで、連隊会は態度を硬化、不買運動・裁判を考えるまでに至った。さらに、統一教会系の新聞「世界日報」が、写真の内の1枚は、満州の凌源で処刑された馬賊の生首の写真として昭和初期から出回っていたものであることを指摘した。ために朝日新聞は、これら写真の誤用を認め、訂正記事を出した。(なお、このとき朝日新聞は写真3枚全てを南京事件と関係のないものであったとしている。)さらに、連隊会は日記の偽作を証明しようと、まず朝日新聞の保管する日記保全の申立てを小倉簡裁に行ったが、これは最終的に地裁で認められず、また、歴史家の秦郁彦によれば、連隊会も連隊史を編集するためにこの日記を借りたことがあった為に、この頃までには日記が本物であることに気付いていたとする。結局、連隊会は本訴を断念、朝日新聞と和解した。
1993年には加害証言者の東史郎によって、中国人を郵便袋に入れてガソリンをかけ火をつけたと証言された歩兵第20連隊伍長が東を名誉毀損として提訴し、1996年東京地裁は日記を虚構とし、1998年高裁で控訴棄却、2000年、最高裁の上告棄却で東の敗訴が確定した。中国政府、侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館、東弁護団は判決を不当と批判した。
1998年8月、東中野修道は『「南京虐殺」の徹底検証』を発表し、捕虜や投降兵などの殺害が行われたことは認めたうえで、それは戦時国際法に照らして合法であり便衣兵狩りを虐殺とみなすべきではないと主張した。東中野の国際法理解は誤りとする大虐殺派の吉田裕との間で戦時国際法についての論争が行われた。東中野は吉田に論破され、以後東中野はこの問題に言及しなくなったと笠原十九司は評している。