水の神殿
水の神殿に対するプレイヤーの反応によって、水の神殿は青沼が『時のオカリナ』で一番後悔した側面の1つになった。批判を受けたことで、青沼はダンジョンの難易度を謝罪することになった。ステージに対する批判に応える形で、2011年に発売されたニンテンドー 3DSのリメイク版『ゼルダの伝説 時のオカリナ 3D』のデザイナーは、ステージの問題を修正しようとした。宮本茂は、水の神殿でヘビィブーツを装備したり外したりするたびに一時停止する必要があるのは面倒だと感じ、3DS版ではプレイヤーが一時停止することなく装備変更できるようにすることで、この問題を修正した。ダンジョンの構造は同じままだったが、神殿の水位を上げたり下げたりできる場所へプレイヤーを導くために、赤と緑の照明を設置した。青沼は『時のオカリナ 3D』を開発したいと思った理由の1つとして水の神殿を挙げ、実際にこのダンジョンを修正できるようにした。青沼によれば、水の神殿のような水系ステージは、ゼルダの伝説の開発者にとって制作するのが常に難しく感じられるものであり、開発におけるある種の「行き詰まりの原因(Sticking Point)」のように感じると述べている。しかし、青沼は水の神殿が難しいダンジョンであるという意見には同意せず、むしろヘビィブーツの管理によって実際よりも難しく見えるようになっていたと主張した。青沼は今でもゼルダの伝説シリーズの中で最も好きなダンジョンの1つだと考えている。インタビュアーが『ゼルダの伝説 ブレス オブ ザ ワイルド』で水の神殿をスキップできるかどうか尋ねたとき、宮本は青沼をからかい、「彼はダンジョンを作らなかったので、大丈夫です」と答えた。
Edge紙は、ダンジョンが実際に難しいというよりも、プレイヤーにとってダンジョンの移動が困難であることが難しさの原因であると感じたが、 Eurogamer紙は、3Dというゲームプレイが比較的新しいことがこれに寄与しているとを指摘している。公式任天堂マガジン、 GameZone 、 Eurogamerではシリーズ最高のダンジョンの1つとして考えられており、日本の「mastery in the medium」の代表と呼ばれるほどであった 。著者のアンソニー・ビーン(Anthony Bean)氏は、水の神殿をクリアした後、文字通り水が浄化されることについて、リンクが大人になってからの精神的成長になぞらえて論じた。ビーン氏は幻想の部屋にも触れ、その部屋の中心に生えている1本の木は、リンクが失ったデクの樹サマとコキリの森の両方に関連している可能性があると論じた。同氏によると、ダークリンクは、リンクが自分自身の望ましくない側面に挑戦し、それを受け入れることを反映していると同時に、リンクの「喪失と憤り」の感情をさらに表していると述べている。