岡崎共通研究施設
計算科学研究センター
動物資源共同利用研究センター
アイソトープ実験センター
岡崎情報図書館
岡崎コンファレンスセンター
共同利用研究者宿泊施設(三島ロッジ・明大寺ロッジ)
自然科学研究機構の明大寺キャンパス、山手キャンパスにそれぞれ研究施設があり、三島キャンパスには岡崎コンファレンスセンターや三島ロッジがある。