マーヴル・スーパーヒーローズ
本作での2Pカラーはマーヴル側の指定により通常の1Pカラーと比べて大きな変化は見られないが、それでも前作『X-MEN』の時に比べマーヴルに信頼されている部分もあり、アイアンマンはシルバーセンチュリオンアーマー、ハルクはグレイハルクといった配色がなされている。マグニートーの場合は黄を基調とした色使いとなっており、これに関してはカプコンスタッフも許可が下りるとは思わず、驚いたという。なお、キャラクター選択画面で各キャラクターに対応したレバーを入れ続けることで、この2Pカラーを任意で選択可能(選択画面で上段配置のキャラクターは↑を、下段配置のキャラクターは↓を入れ続ける)。
ジェムを使用する際近くに相手がいれば、与えるダメージはわずかながら相手を吹き飛ばせる。また、相手の攻撃をガードしている最中にも使用でき、ガードをキャンセルして相手の攻撃を打破するのに使える。これをジェム・カウンターと呼ぶ。
ジェムは、対コンピュータ戦では、初期状態の1個から特定ステージの相手を倒して勝ち進むごとに所持個数が増えていく。対人戦では、各ラウンドごとのファーストアタック発生時にそれを行なった側へ、または両キャラクターそれぞれの体力が一定量をきった時にそのキャラクター側へ、ジェムが新たに降ってくる。どちらの場合も、相手キャラクターに必殺技をヒットさせれば相手のジェム(そのとき使用待機状態にあるもの)を落下させることができるため、試合中のジェムの奪い合いが可能。前述のジェム・カウンターのヒット効果は必殺技と同じで、くらった相手は持っているジェムを落とす。
なお、最終ボスのサノスのみ、必殺技をくらってもジェムを落とさないという特性があるため、サノスからジェムを奪うにはインフィニティ・スペシャルをヒットさせなければならない。
各種ジェムは自分相手問わず1試合につき1回しか使うことができない。