特別捜査部
各地方検察庁の特別捜査部が立件した事案であっても、無罪が確定した事件が存在する。1990年代から2000年代にかけても、障害者郵便制度悪用事件、陸山会事件における虚偽捜査報告書問題などで失点を重ね、批判にさらされるようになった。
これらの状況を踏まえ、大阪・名古屋の特別捜査部は解散、または東京と統合し最高検察庁に移す再編が必要ではないかとの意見も、政府「検察の在り方検討会議」で出ているという。「会議」では、内偵、捜査、逮捕、起訴を一手に行う特捜部のあり方が問題とされた。
2011年7月、会議の答申を受け、最高検察庁は、特別捜査部の陣営を縮小し、国税局や証券取引等監視委員会との連携を強めて、独自捜査を行う部門は1つだけとする事、更に目付役「監察指導部」の設置を決定した。