ジョセフ・グルー
しかしトルーマンは頑として応じず、スティムソンに対し「気に入らなければ荷物をまとめて帰ったらいい」とまで言い放ったという。
広島(1945年8月6日)と長崎(同年8月9日)に原子爆弾が投下された。その後、日本の鈴木貫太郎内閣は8月14日にポツダム宣言の受諾を決定した。ポツダム宣言第12項は原案とは違ったものに変えられており、「現皇室の下における立憲君主制を含みうる」という文言は削除されていた。ただし、コーデル・ハル元国務長官がバーンズに、天皇制存続が「アメリカで恐るべき政治的反響」を起こすことを警告したからである。アメリカのような世論・選挙に大きく依存する国の政治家が世論に(さらには国務省にまで)反対して天皇制存続を容認するわけにはいかなかった。こうして7月23日にトルーマンが中国の蒋介石にポツダム宣言の最終草案を送付した時点で、天皇制条項は削除されたのであった。
昭和天皇自身による詔書朗読のラジオ放送(玉音放送)がなされ、戦争が終結した(日本の降伏)。同日、グルーは国務省に辞表を提出した。戦争終結前、既に戦後を見越して、グルーに対し、政治顧問として対日占領に対する協力要請がなされたが、彼は「いかなる状況下にあっても、支配者として日本に帰るつもりはない」と述べ、断った。
1937年12月12日、日本海軍機が揚子江上において、米国アジア艦隊所属の警備船「パネー号(Panay)」を攻撃して沈没させ、その際に機銃掃射を行ったとされる、パネー号事件が生じた。日本側は、事件は故意の敵対行為ではなく、一連の偶発事件の結果だと主張した。日本側は広田弘毅外相が大使館に赴き、謝罪する一方、ワシントンDCの斎藤博駐米大使へコーデル・ハル国務長官への謝罪を訓令した。斎藤大使は訓令を待たずにラジオ放送枠を買い取って、全国中継で謝罪を表明した。12月24日、広田弘毅外相は日本政府の正式回答文書をグルー大使に手交した。
1938年2月、日本軍は重慶を爆撃した(重慶爆撃)。近衛文麿首相(第1次近衛内閣)は帝国議会で、日本は「支那の領土並びに主権および支那における列国の正当なる権益を尊重する方針にはいささかもかわるところはない」と演説した。グルーの本国への報告は、この演説を真に受けたもののように思われた。すなわち日本軍の行動は単なる軍事的逸脱ではなく、経済圏確保が目的であるとした。これに対し、国務省の極東専門家は、「グルーが日本寄り過ぎる」という批判的なコメントを出した。
トルーマン大統領一行がドイツ・ポツダムに向かった7月6日、まだ省内にいたバーンズに、天皇制存置条項をポツダム宣言に入れることを働きかけたメモを手渡した。
バーンズは、原子爆弾の力を使えば、ソ連に加勢してもらわなくても、本土上陸作戦(ダウンフォール作戦)の前に日本を降伏させることが可能だと考えた。もしそうなれば、戦後の世界でソ連の力を抑えることもできるし、ベストの結果となろう。しかしこのタイミングで日本の降伏条件を緩和した場合、日本が降伏してしまい、原爆投下の機会を逸することをバーンズは恐れた。そこで「降伏条件の緩和で日本の降伏を促進する」という路線については「原爆投下までは棚上げすべし」とトルーマンに説き、大統領を味方につけることに成功した。こうして降伏条件を緩和することで、日本の降伏を促進すべしと説くグルーやスティムソンの陣営と、原爆を投下し、その威力を示すまでは、降伏条件を緩和すべきでないとするバーンズとトルーマンの陣営とにトルーマン政権は分裂することになった。
スティムソンは代表団員から外されていたにもかかわらず、別便のマルセイユ行き陸軍輸送船に乗り、ポツダムに向かった。ポツダムでトルーマンに再会したスティムソンは、天皇制の存置を保証する一文を復活させるように説得を試みた。