希少野生動植物種
ヒタキ科 Locustella pryeri pryeri オオセッカ 平成5年(1993年)指定 Erithacus komadori komadori アカヒゲ 平成5年(1993年)指定 Erithacus komadori namiyei ホントウアカヒゲ 平成5年(1993年)指定 Zoothera dauma major オオトラツグミ 平成5年(1993年)指定
ヤイロチョウ科 Pitta brachyura nympha ヤイロチョウ 平成5年(1993年)指定
ウ科 Phalacrocorax urile チシマウガラス 平成5年(1993年)指定
サギ科 Ixobrychus eurhythmus オオヨシゴイ 令和2年(2020年)指定
キツツキ科 Dendrocopos leucotos owstoni オーストンオオアカゲラ 平成5年(1993年)指定 Picoides tridactylus inouyei ミユビゲラ 平成5年(1993年)指定 Sapheopipo noguchii ノグチゲラ 平成5年(1993年)指定
アホウドリ科 Diomedea albatrus アホウドリ 平成5年(1993年)指定
ウミツバメ科 Oceanodroma castro クロコシジロウミツバメ 平成31年(2019年)指定
ミズナギドリ科 Puffinus bryani オガサワラヒメミズナギドリ 平成31年(2019年)指定 Puffinus lherminieri bannermani セグロミズナギドリ 令和2年(2020年)指定
フクロウ科 Bubo bubo borissowi ワシミミズク 平成5年(1993年)指定 Ketupa blakistoni blakistoni シマフクロウ 平成5年(1993年)指定
メシダ科 Athyrium yakusimense ヤクシマタニイヌワラビ 平成28年(2016年)指定 Cornopteris banajaoensis ホソバシケチシダ 平成28年(2016年)指定 Deparia minamitanii ヒュウガシケシダ 平成30年(2018年)指定 Diplazium kawakamii アオイガワラビ 平成28年(2016年)指定 Diplazium pin-faense フクレギシダ 平成30年(2018年)指定 Diplazium subtripinnatum ムニンミドリシダ 平成30年(2018年)指定
スイカズラ科 Lonicera demissa var. borealis キタカミヒョウタンボク 令和3年(2021年)指定 Lonicera fragrantissima ツシマヒョウタンボク* 令和2年(2020年)指定 同年特定第一種国内希少野生動植物種指定 Lonicera kurobushiensis クロブシヒョウタンボク 平成31年(2019年)指定 Lonicera linderifolia var. linderifolia ヤブヒョウタンボク 令和2年(2020年)指定 Lonicera uzenensis ウゼンベニバナヒョウタンボク 平成31年(2019年)指定 Triosteum pinnatifidum ホザキツキヌキソウ 平成31年(2019年)指定
ナデシコ科 Silene uralensis タカネマンテマ * 令和5年(2023年)指定 同年特定第一種国内希少野生動植物種指定
キク科 Aster asagrayi var.
タデ科 Persicaria attenuata subsp. pulchra アラゲタデ 平成29年(2017年)指定 Persicaria japonica var. taitoinsularis ダイトウサクラタデ 平成29年(2017年)指定
ウラボシ科 Drynaria roosii ハカマウラボシ* 平成30年(2018年)指定 同年特定第一種国内希少野生動植物種指定 Lepisorus clathratus トヨグチウラボシ 令和5年(2023年)指定 Lepisorus oligolepidus ウロコノキシノブ* 令和3年(2021年)指定 同年特定第一種国内希少野生動植物種指定 Leptochilus decurrens オキノクリハラン 平成30年(2018年)指定 Tomophyllum sakaguchianum キレハオオクボシダ 平成31年(2019年)指定
ヒルムシロ科 Potamogeton praelongus ナガバエビモ 平成30年(2018年)指定
サクラソウ科 Lysimachia tashiroi オニコナスビ* 令和3年(2021年)指定 同年特定第一種国内希少野生動植物種指定 Primula kisoana var. kisoana カッコソウ 平成24年(2012年)指定
イノモトソウ科 Cheilanthes krameriaイワウラジロ 令和2年(2020年)指定 Haplopteris yakushimensis オオバシシラン 令和2年(2020年)指定 Pteris formosana タイワンアマクサシダ 平成31年(2019年)指定