地方隊
2002年(平成14年)3月に1番艇が就役し、2004年(平成16年)3月までに6隻が就役した。舞鶴地方隊、佐世保地方隊、大湊地方隊で運用されている。
弾火薬類、化学器材及び魚雷標的の保管、補給及び整備等を任務とする。) 造修補給所(所長は1等海佐。艦船、艦船用機関、艦船用電気器材及び船用品、各種器材等の保管、補給及び整備を任務とする。) 基地業務隊(司令は1等海佐。海上自衛隊の部隊及び機関に係る厚生、会計、給養、車両、施設及び海上予備員の収容等を任務とする。) 衛生隊(司令は1等海佐又は2等海佐。医療、保健衛生に関する業務を行うことを任務とする。自衛隊地区病院のない佐世保・舞鶴・大湊では、診療所(19床)(医事科、薬剤科、看護科、診療部)を有する。) 音楽隊(隊長は2等海佐、3等海佐又は1等海尉。) 基地分遣隊(隊長は2等海佐又は3等海佐。基地の警備及び管理並びに当該基地を使用する艦船及び航空機に対する支援のほか、必要な調査及び海上の危険物の処理等を任務とする。) 警備所(基地隊司令又は防備隊司令の命を受け、沿岸水域、港湾及び水路の安全確保に関する情報業務を行うことを任務とする。)
1988年(昭和63年)3月に1番艇が、1991年(平成3年)10月に2番艇が就役した。
2022年(令和4年)4月7日、輸送艇1号が除籍。輸送艇2号は横須賀地方隊で運用されている。
日本の領海を5つ程度の海軍区に区分して、各々に海軍の拠点(鎮守府)を置く考えは1886年制定の海軍条例に端を発している。同条例では現在の地方総監部と同じ位置に鎮守府が置かれるものとされていた(ただし大湊ではなく室蘭であった)。
1952年(昭和27年)8月1日:保安庁が創設され海上警備隊が警備隊に改編されたのと同時に横須賀及び舞鶴にそれぞれ地方隊が新編された。
1953年(昭和28年)9月16日:佐世保及び大湊に新たに地方隊が新編された。
1954年(昭和29年)7月1日:防衛庁が創設され海上自衛隊が発足されたのと同時に呉に地方隊が新編された。
2008年(平成20年)3月26日:海上自衛隊体制移行による部隊再編。
地方隊所属の護衛隊は護衛艦隊隷下に地域配備型の直轄護衛隊として編入。
地方隊隷下にあった大村、小松島、大湊各航空隊は廃止され、大村航空隊は航空集団隷下の第22航空群第22航空隊と統合、小松島航空隊は第22航空群第24航空隊に、大湊航空隊は第21航空群第25航空隊に改編された。
護衛艦隊司令官と航空集団司令官がフォースプロバイダー(練度管理責任者)として平時の練度管理を一元的に行い、実任務への対応にあたっては地方総監がフォースユーザー(事態対処責任者)として高練度にある艦艇等の提供を受け、事態対処を行うことになった。
2024年度、大湊地方隊を改編し、横須賀地方隊と統合することが防衛省から公表された。「大湊地区隊(仮称)」に改編されるが、同地方隊に所属する警備隊、弾薬整備補給所、造修補給所などは地区隊が引き継ぎ、艦艇の後方支援を担う予定である。
1999年(平成11年)3月に1番艇が就役し、2007年(平成19年)2月までに12隻が就役した。その内、10隻が横須賀を除く各地方隊で運用されている。
幕僚長
地方総監部に1人置かれる。幕僚長は、海将補をもって充てる。幕僚長は、地方総監を補佐し、地方総監部の部内の事務を整理する。
参事官
横須賀地方総監部及び佐世保地方総監部にそれぞれ一人が置かれ、事務官をもって充てる。
地方総監の命を受け、地方公共団体その他の関係機関との連絡及び協力に関する重要事項についての企画及び立案に参画し、並びに地方総監部の事務に関し必要な調整を行う。
管理部(総務課・人事課・厚生課・援護業務課・施設課・衛生監理官(衛生監理官は、衛生隊司令が兼ねる。))
防衛部 第1幕僚室(庶務人事担当) 第2幕僚室(情報担当) 第3幕僚室(運用担当) 第4幕僚室(後方支援担当) 第5幕僚室(通信担当)
経理部(経理課・契約課・原価計算課・監査課・原価監査官)
技術補給監理官
地方総監の命を受け、物品及び役務の調達、物品の補給及び保管・整備に関し、地方総監に対し専門的助言を行うほか、技術指導に関する事務及び地方総監の特に命ずる事務をつかさどる。
技術補給監理官は、造修補給所長が兼ねる。
監察官
地方総監の命を受け、監察並びに安全及び事故調査に関する事務をつかさどる。
副官
地方総監の庶務をつかさどる。渉外事務を行う際には、特に制服に副官飾緒を着用する。
横須賀地方総監部及び佐世保地方総監部の副官は総務課に配置される。
地方隊先任伍長(海曹長)
部隊等の海曹士を総括し、規律及び風紀の維持、部隊等の団結の強化に務め、地方総監を補佐する。