北大垣駅
揖斐方面に向かって左側に1面1線の単式ホームをもつ地上駅。棒線駅のため、揖斐行きと大垣行きの双方が同一ホームに発着する。無人駅であり、駅舎は設けられていない。直接ホーム揖斐寄りの入口からホーム上に入る形になっている。
北大垣駅から東赤坂駅の間には、イビデン河間事業場への専用線があった。現在もイビデン河間事業場と隣接する所には名残がある。