ホンモンジスゲ類
上記のようにかなり共通の特徴でしっかり絞られているようではあるが、実際にはその内部での差違はかなり大きい。以下のような特徴の違いが見られる。
匍匐茎の有無
株元から横に伸びて新たな株を作る茎が出るものは、小さな株が間を置いて形成される形になり、出さないものはひとまとまりの大きな株になる。これは地理的変異として見られるものもあり、たとえばニシノホンモンジスゲは匍匐茎を出さないが、ごく近縁のミチノクホンモンジスゲはよく匍匐枝を出す。この中間に当たるのがコシノホンモンジスゲである。しかしながら群によってはこの特徴が生態的条件によって左右されると見られるものもあり、この場合、分類上の意味を持たない。
地上部基部の鞘の色
ごく淡いものから強く黒褐色に着色するものまであり、また赤みを帯びるものもある。例えば同種であるがその鞘の色から名付けられたものにベニイトスゲ(濃い赤褐色)、チャイトスゲ(黄褐色)、キイトスゲ(淡い黄褐色)などがある。
包の葉身部の長さ
包の先端の葉身の部分がそこに生じる小穂より長く伸びるもの、あるいはそれより短いものなどがある。
他にイトスゲなどは特に葉が細いことでその名があり、ただし現在は複数種を含む。またケスゲとケヒエスゲは植物体全体に毛があり、果包以外はほとんど無毛の他種と区別される。果胞に毛があるかどうかも安定した特徴とされる。