古河公方
同時に山内上杉家でも家督争いが始まると、政氏は顕実を支援し、高基は憲房を支援したため、公方家と関東管領家にまたがる内紛に拡大した。
永正9年(1512年)、憲房が顕実本拠の武蔵鉢形城を攻略した後、顕実は政氏を頼って古河城に逃走し、その直後に政氏も小山成長を頼って小山祇園城に移座した。代わりに高基が古河城に入り、第3代古河公方の地位を確立した結果、「公方-管領体制」は、政氏・顕定(顕実)体制から、高基・憲房体制に置き換わった。のちに憲房もまた、高基の子を養子に迎えて、関東管領の後継者(憲寛)とする。
永正13年(1516年)、高基方の中心人物である宇都宮成綱が縄釣りの戦いで政氏を支持する佐竹義舜・岩城由隆に勝利したことや、政氏を支持する那須氏が宇都宮氏と同盟を結び、高基方に寝返ったことや、小山氏内部において、高基を支持する小山政長らが主導権を握ることになると、政氏の敗北は決定的になった。政氏は扇谷上杉朝良を頼って岩付城へ移座し、同15年(1518年)の朝良死去後は、甘棠院(埼玉県久喜市)にて隠棲した。
)が入部した。一方、常陸国南部の筑波郡・稲敷郡・真壁郡では上杉氏の影響力が強かった。
水上交通:古河は水上交通の幹線となる河川が集まっていた。当時の河船は現在の鉄道・自動車に匹敵する最大の物流・交通手段である。渡良瀬川・利根川水系では、上流の渡良瀬川・思川が、足利氏ゆかりの下野国足利荘、および岩松氏や小山氏等の有力豪族拠点と直結した。下流の太日川(現在の江戸川)は、古河公方御料所である下河辺荘を縦断した。(当時の渡良瀬川・利根川河口は東京湾) また、常陸川(現在の利根川下流、茨城・千葉県境部)水系では、印旛沼に面した佐倉を拠点とする有力豪族の千葉氏と結ばれた。
その他:利根川や渡良瀬川を始めとする大小河川や湖沼・湿地が、上杉勢に対する天然の堀となり、守りやすい地形であった。また、南北朝時代から、戦略上の要地として整備されてきたことも、よく指摘されている。
なお、古河への移転については、享徳の乱開始後の早い段階においてある程度計画性を持っていたとする黒田基樹の説と小栗城攻めに時間を費やしている間に鎌倉を落とされたための結果論とする久保賢司の説が対立している。ただし、成氏は鎌倉陥落後も下野方面の平定を優先し、傘下の軍にも動揺がみられなかったことから、鎌倉府の本拠地である鎌倉に最後まで拘った父・足利持氏と一連の戦乱で鎌倉以外の土地で過ごした時期が長かった成氏との間では、鎌倉に対する認識が異なっていた可能性はある。
足利高基の弟である義明は、 雪下殿(鶴岡八幡宮若宮別当)の地位にあり、空然と称したが、還俗して義明と改名した。初代足利成氏の時代にも、弟の定尊が雪下殿として、寺社による地方支配体制、いわゆる「公方-社家体制」を支えて、公方権力の一翼を担っており、義明も同様の立場であった。
永正の乱当初、義明は高基に協力したが、高基が古河公方の地位を確立すると、独立して行動し始めた。永正14年(1517年)、上総の真理谷武田氏が、高基側の下総・原氏から小弓城を奪取。義明は下河辺庄高柳(久喜市高柳)から小弓城に移座し、自らを政氏の後継であるとして、嫡流を高基と争ったため、これを小弓公方と呼ぶ。この結果、公方権力は分裂し、その一翼を担った「公方-社家体制」も崩壊した。小弓公方は、扇谷上杉朝良および安房国の里見氏、常陸国の小田氏・多賀谷氏らにも支持された大勢力であった。北条氏綱も、真理谷武田氏との関係により、小弓公方を支持した。
永正16年(1519年)、高基は小弓側の拠点である椎津城(市原市)を攻撃したが、義明は里見氏の軍勢で反撃した。その後も、古河側の高城氏拠点根木内城と小弓側の名都借城(流山市)など各地で激戦が繰り広げられ、古河側重要拠点の関宿城も小弓勢の脅威にさらされた。