ウイルス侵入
第三のより具体的な例は、細胞上の受容体を介して細胞の表面に付着し、そのゲノムのみを細胞内に注入し、ウイルスの残りの部分を表面に残すことである。これは、細胞の感染に遺伝子のみが必要とされるウイルスに限定され (すぐに翻訳できるため、ほとんどのポジティブセンス一本鎖RNAウイルス)、さらに実際にこの動作を示すウイルスに限定される。最もよく研究されている例としてバクテリオファージが挙げられる。たとえば、T2ファージ(英語版)の尾部繊維が細胞に着地すると、その中央鞘が細胞膜を貫通し、ファージは頭部カプシドから細胞内にDNAを直接注入する。
ウイルスエンベロープを持たないウイルスは、エンドサイトーシスを経て細胞内に侵入し、細胞膜を通して宿主細胞に摂取される。細胞は細胞外の環境から資源を取り込むことができ、ウイルスはこの仕組みを利用して通常の資源と同じように細胞内に入る。細胞内に入ると、ウイルスは細胞質にアクセスするために取り込まれた小胞を離れる。例としては、ポリオウイルス・C型肝炎ウイルス・口蹄疫ウイルスなどがある。
SARS-CoV-2などの多くのエンベロープ型ウイルスも、エンドサイトーシスを介して細胞内に侵入する。エンドソームを介した細胞内への侵入は、ウイルスのカプシドを開いて内部の遺伝物質を放出するために必要な低pHとプロテアーゼへの暴露が保証される。さらに、エンドソームは、ウイルスを細胞内で輸送し、ウイルスの痕跡が表面に残らないようにする。これは免疫認識の基質となる可能性がある。