萬福寺
万治元年(1658年)、隠元は江戸へおもむき、第4代将軍徳川家綱に拝謁している。家綱も隠元に帰依し、翌万治3年(1660年)には幕府によって山城国宇治にあった近衛家の所領で、後水尾天皇生母中和門院の大和田御殿があった地を与えられ、隠元の為に新しい寺が建てられることになった。ここに至って隠元も日本に留まることを決意し、当初3年間の滞在で帰国するはずであったのが、結局日本に骨を埋めることとなった。
寺は故郷福州の寺と同名の黄檗山萬福寺と名付けられ、寛文元年(1661年)に開創され、造営工事は将軍や諸大名の援助を受けて延宝7年(1679年)頃にほぼ完成した。
黄檗宗大本山である萬福寺の建築は明時代末期頃の様式で造られ、境内は日本の多くの寺院とは異なった空間を形成している。また、多くの仏像が来日して長崎にいた清の仏師・范道生の作であり、大陸風である。寺内で使われる言葉、儀式の作法なども明朝風に行われる為、現在でも中国色が色濃く残っている。本寺の精進料理は普茶料理と呼ばれる中国風のもので、植物油を多く使い、大皿に盛って取り分けて食べるのが特色である。萬福寺は煎茶道の祖・売茶翁ゆかりの寺としても知られる。隠元と弟子の木庵性瑫、即非如一はいずれも書道の達人で、これら3名を「黄檗の三筆」と称する。このように、隠元の来日と萬福寺の開創によって、新しい禅がもたらされただけでなく、さまざまな中国文化が日本にもたらされた。隠元の名に由来するインゲンマメのほか、孟宗竹、スイカ、レンコンなどをもたらしたのも隠元だといわれている。
境内に隣接して一般向け研修施設の青少年文化研修道場を有しており、一般人の坐禅などの修行体験を受け付けている(公式サイト参照)。
また同施設は競走中に違反行為を重ねた競輪選手のペナルティ(「特別指導訓練」と称する)やデビュー前の新人選手に対する研修の会場として使われている。特別指導訓練では5泊6日の期間で行われ、期間中は連日座禅や境内清掃などの過酷な修行が行われ、食事は精進料理のため質素、かつ自転車の練習はもとより携帯電話の持ち込み不可、外部との接触も禁じられるため、選手からは「お寺行き」として恐れられている。