東京都港湾局専用線
晴海線の主要な貨物は、新聞巻取紙、輸入小麦、大豆、セメント、雑貨などであった。
当初は国鉄の機関車による運行が行われていたが、まず1958年(昭和33年)5月8日から晴海における仕訳作業が東京都の手に移管された。東京都では、この業務を社団法人東京ポートサービス協会に委託した。1959年(昭和34年)4月1日には保線作業が東京ポートサービス協会委託となり、1960年(昭和35年)4月1日からは越中島駅から先の豊洲・晴海地区における運行すべてが東京ポートサービス協会によって行われるようになった。この後、組織の変更により1981年(昭和56年)4月1日から財団法人東京港サービス公社、1988年(昭和63年)4月1日から財団法人東京港埠頭公社が東京都港湾局専用線の運営を実施している。
1966年(昭和41年)10月1日には国鉄越中島駅の改良工事が完成し、小名木川駅で実施されていた貨車の仕訳と列車組成が越中島駅で実施されるようになった。
豊洲地区に立地した東京ガスのガス工場は、石炭を処理して都市ガスを生産し、副産物のコークスを出荷するという枠組みで稼動していた。このコークスの出荷は、1971年(昭和46年)時点で越中島駅の貨物取扱量の34%を占めるほどのもので、豊洲地区臨港線の主たる貨物であった。コークスはカーバイドの製造メーカー向けで、北陸本線の魚津駅まで毎日無蓋車45両の「とよす号」という専用列車が運転されていた。
1967年(昭和42年)の最盛期には年間170万トン(芝浦地区を含む)の貨物を輸送し、深川・晴海の両線で1日22往復の貨物列車が運転されていた。