アクアポニックス
例えば、植物には、アンモニア、亜硝酸、硝酸をそれぞれ、直接肥料成分として利用できるものがある。作物分類の中では、好アンモニア性植物、好硝酸性植物という分類がある。好アンモニア性植物には、イネ、チャ、クランベリー、ブルーベリー、サトイモ、パイナップルなどがあり、アクアポニックスでよく利用されるレタスは好アンモニア性植物である。
一方好硝酸性植物としてはトマト、タバコ、トウガラシ、アズキ、ジャガイモ、エンドウ、ソラマメ、カブ、キャベツ、ハクサイ、ダイコン、カラシナ、ビート、ホウレンソウ、キュウリ、タマネギ、ライムギ、ソバ、ワタなどがあり畑作物の多くは好硝酸性植物である。
レタスを栽培に使うことは、硝酸を吸わせているというより糞尿から発生するアンモニアを直接レタスに吸収させていると理解する方が適切である。従って好アンモニア性植物と好硝酸性植物を知っていれば栽培に用いる作物の選定や水質の効果的な管理に利用することができる。
アクアポニックスの栽培方式には、メディアベッド、DWC(Deep Water Culture system)、NFT(Nutrient Film Technique)の3つの基本方式が採用されている。
病虫害の防除法としては大きく2つの方向性が考えられる。一つは、植物や養殖魚の健全性を保つことで、植物や養殖魚がもっている防疫的な機構をしっかりと機能させることである。また、もう一つの方法は、植物や養殖魚の栽培及び養殖環境に対して外部から病気や害虫が侵入することを極力排除する手法である。実際には、上記の2つの手法を組み合わせることで管理をする必要がある。