霊元天皇
一方で、朝幕間の正式な合意による内定を覆すことには公卿間でも反発が強く、大老堀田正俊も同意見であった。しかし将軍徳川綱吉は天皇の意向を尊重するべきであるとし、一宮排斥と五宮の儲君化を容認した。なお、小倉事件直後の11月には「おいは(おいわ)」という仮称で呼び続けられていた五宮の生母の松木宗子が正式に典侍に任ぜられて、大典侍に昇進した四辻季継の娘に代わって大納言典侍と称されることになった。
天和2年(1682年)、鷹司房輔が関白を辞した際には本来の順序ならば左大臣である近衛基熙を関白に任じるのが通常の流れであった。しかし2月18日に幕府側から申し入れられたのは右大臣の一条冬経(兼輝)を関白にするという意向であった。これは霊元天皇が自分に批判的な近衛基熙を排斥する意図があったための措置であり、幕府もこれを承認したものであると考えられている。一方で、基熙は綱吉の潜在的なライバルである徳川家宣の岳父であり、また基熙自身の言動が幕府から無条件に信頼を受ける人物ではなかったことも指摘されている。
天和3年(1683年)、五宮朝仁親王(後の東山天皇)の立太子礼が行われた。これは貞和4年(1348年)の直仁親王立太子以来335年ぶりの出来事であり、霊元の強い要請を受けた幕府が、今後行われる皇太子の諸儀式に別途支出を行わないことを条件に承認したものであった。貞享元年(1684年)2月25日には譲位の意向を伝えたが、この際は幕府から拒否された。しかし天皇は貞享3年(1686年)閏3月に譲位は了承された。