明治女学校
そして、神の下で平等な男女が健全な家庭を営むための心構えを、生徒に躾けた。校舎も寄宿舎もボロ屋で、生徒の服装も質素だった。運営を話し合う評議会には、生徒も参加した。寄宿舎は自治制だった。全国から、良家の子女が集まった。大塚楠緒子は夫君の海外留学中に入学した。
学校は1892年、麹町区下六番町(現・千代田区六番町)に移転し、生徒数300の最盛期を迎えたが、教会や宣教師の経済的援助を受けなかったので、経営は楽でなかった。1896年2月、深夜の失火で、校舎・寄宿舎・教員住宅の大半を失った。焦眉の避難に、寄宿生の服装は乱れていなかったという。
焼け残った教室で残花、桜井鴎村らが授業を続けたのち、1897年(明治30年)、東京府北豊島郡巣鴨(現・豊島区西巣鴨二丁目)に校舎を新築した。1904年、巌本は校主に退き、教師で寄宿舎の舎監だった呉久美(呉文聰の姉)が校長になって支えたが、1909年に閉校した。
巣鴨の敷地内には学校関係者に分譲した家がいくつかあり、校長の巌本善治、数学教師の五島千代槌らが家族と暮らしていた。