新石垣空港
旧石垣空港時代に定期就航していた路線については、石垣空港#運航路線参照。
全日本空輸 (ANA) 福岡空港 宮古空港
スカイマーク (SKY) 成田国際空港 神戸空港 東京国際空港(羽田空港)(那覇空港 経由便) 那覇空港
Peach Aviation (APJ) 中部国際空港(2023年10月28日をもって運休) 那覇空港
バニラ・エア (VNL) 成田国際空港 那覇空港
沖縄県全体でも、2013年度の入域観光客は685万300人(日本人595万3,100人、外国人62万7,200人)で、過去最高の593万4,300人であった前年度を65万5,600人上回る大幅増加で過去最高となったが、その要因として、景況感の向上や円安による海外から国内旅行へのシフトと並んで、新石垣空港の開港が挙げられた。
沖縄県では、石垣新空港建設のために、1983年4月1日に新空港建設事務所を設置。1996年4月1日の組織改正で八重山支庁新石垣空港建設課となった後、2009年4月の八重山支庁廃止により新空港建設事務所に戻っていたが、新空港の開港によって役割を終え、2013年3月31日に廃止された。
2015年3月29日にスカイマークが撤退する一方で、ソラシドエアが那覇空港線を開設し、2017年4月1日に税関空港に指定され国際航空貨物の輸出入が可能となった。
開港後の航空需要増大への対応のため、石垣市等は滑走路の800m延長や国内線ターミナルの拡張を要請している。ただし、延長には海側の埋め立てが必要で、短期間での実現は困難との見解もある。
2022年3月16日 一部時間帯の気象観測において完全自動化(実施時間:1200(Z)-2259(Z))を開始