スター・ウォーズにおける戦いの一覧
この報を知った反乱軍上層部は交戦を決断、ラダス提督が指揮するMC75スター・クルーザー「プロファンディティ」以下の反乱軍艦隊がスカリフ上空に展開する。ラダスはブルー中隊にシールド・ゲートの通過と地上部隊の支援を指示するが、Xウイング7機とUウィングがシールド・ゲートを通過したその時にシールド・ゲートが閉ざされ、以降の侵入が不可能になってしまった。地上ではローグワンが無数のストームトルーパーやAT-ACTウォーカーに苦戦していたが、シールド・ゲートを突破したXウィングやUウィングの援護でウォーカーを撃破。タワー内でもジンが設計図データを発見する。一方で態勢を立て直した帝国軍の反撃でローグ・ワン分隊のメンバーも次々と命を落としていき、ゲートから発進したTIEファイターの攻撃で上空の艦隊も劣勢に立たされていた。地表から宇宙空間に設計図データを送信するためにはシールド・ゲートを破壊する必要があったが、2隻のインペリアル級スター・デストロイヤーと無数のTIEファイターに守られるゲートの破壊は困難を極めた。戦いの中で反乱軍はスター・デストロイヤーのうちの1隻をYウイングの魚雷で機能停止させる。これを見たラダスはハンマーヘッド・コルベットにスター・デストロイヤー同士を衝突させるように指示し、折り重なった2隻のスター・デストロイヤーはシールド・ゲートに突き刺さり、ゲートは破壊される。
追跡してきたファースト・オーダーとの小競り合いの中でチューバッカが捕まり短剣とミレニアム・ファルコンも奪われてしまうが、3POが読み込んでいたデータを解析するため惑星キジーミへ赴き、バブ=フリックというエンジニアのもとを訪ねる。
一行はファースト・オーダーのスター・デストロイヤーに乗り込んでチューバッカとファルコンを奪い返し、さらに権力争いに敗れレジスタンスに内通していたハックスの手も借りてキジーミからの脱出にも成功。3POとバブが解読した文字に基づいて第2デス・スターの残骸が墜落したエンドアの月の一つケフ・バーへ向かう。ケフ・バーでは元ストームトルーパーの女性・ジャナに率いられたファースト・オーダーからの脱走兵の一団の力を借りてデス・スターの内部に潜入し、レイがウェイファインダーを見つけるが、追ってきたカイロ・レンの手でウェイファインダーは砕かれてしまう。同じ頃、パルパティーンはファースト・オーダーのエンリック・プライド忠誠将軍に命じてキジーミに1隻のジストン級を送り、デモンストレーションとしてキジーミを破壊させた。
惑星ディカーの基地に帰ったレジスタンスは、フィンの情報と偵察部隊の派遣により超兵器の存在を知るが、ファースト・オーダーもほぼ同時にレジスタンス基地の場所の特定に成功する。スターキラー基地の次の攻撃目標がディカーであることを悟ったレジスタンスは、基地のサーマル・オシレーターを破壊し超兵器の使用を阻止する計画を立てた。
先遣隊としてソロ、チューバッカ、フィンがファルコン号に乗ってスターキラー基地へと向かうことになった。基地に潜入した彼らはキャプテン・ファズマを脅迫し、スターキラー基地を覆うシールドを解除することに成功する。その後ダメロンが率いる攻撃隊が基地に攻め込むが、TIEファイターと対空砲火による迎撃を受ける。
一方でタコダナで捕えられたレイもスターキラー基地に連行されており、レンによるフォースを用いた尋問の中でフォースの力に覚醒。見張りのストームトルーパーに拘束を解かせて逃げ出し、フィンたちと合流した。
その後、ソロ一行はオシレーター内部に爆弾を仕掛けるが、その中でソロは、フォースのダークサイドに堕ち「カイロ・レン」と名を変えた息子ベン・ソロと対峙する。父の説得に対して涙ながらに本心を吐露したレンだったが、最終的には父よりもスノークを選び、チューバッカやレイ、フィンの目の前でソロを刺し殺してしまった。
ボ=カターンら共和国側に付いたマンダロアの戦士たちの協力もありクローン兵たちはスーパー・コマンドーたちを追い詰める。一方、アソーカはモールと接触。彼からダース・シディアスの存在と彼を殺すために協力を依頼される。この時点でドゥークー伯爵は殺害されており、グリーヴァス将軍もウータパウでオビ=ワン率いる第212大隊のクローン部隊により追い詰められていた。しかし、ジェダイの滅亡とダース・シディアスによる支配について聞かされたアソーカはこの提案をいったん飲むことにする。そして、モールに何故、オビ=ワンだけでなくアナキンもおびき寄せようとしたのか質問すると、モールはアソーカに、アナキンがすべてのカギであり、近い将来にシディアスに支配されること。そのため、誘き寄せて殺すつもりであったことを告げる。この話を聞いたアソーカはアナキンがダークサイドに堕ちることを否定し、モールと直接対決を挑む。アソーカは互角にモールと渡り合うも最終的に追い詰められる。しかし、不意を突いてモールを高所から突き落としフォースで拘束することに成功。救援に駆け付けたレックスがスタンモードで気絶させたことによりモールの逮捕に成功。第332師団もスーパー・コマンドーを降伏させたことによりマンダロアを解放した。
その後、モールをヴェネター級スターデストロイヤーでコルサントに護送中、オーダー66が発令される。この命令により第501大隊、第332師団はアソーカの敵となるが、彼女の手でバイオ・チップを取り除いたレックスと、拘束していたモールの協力を得てクルーザーを脱出。
スリックは最終的に裏切者として逮捕されたが、スリックによって共和国基地の武器庫が深刻なダメージを受け、これによって暗殺者アサージ・ヴェントレスは、ウォーム・ロースサム将軍にクリストフシスへの侵攻を開始させた。
地上戦
翌日、惑星クリストフシスの市街地においてアナキン・スカイウォーカーとオビ=ワン・ケノービが率いるクローン部隊も圧倒的物量を誇るウォーム・ロースサム将軍のドロイド軍団に追い詰められていた。一度は敵部隊を撃退したアナキン達であったが、敵は強力なシールドを展開して再び進撃を開始。重砲を無力化するシールドを消し去るべくアナキンとヨーダに派遣された新たなパダワン、アソーカ・タノはシールド内部に潜入し、そのままシールド発生装置に向かった。オビ=ワンもロースサム将軍に降伏を申し入れる振りをして時間を稼ぎ、その隙に二人はシールド発生装置の破壊に成功。さらにロースサム将軍もオビ=ワンの手で拘束され、この戦いは共和国軍側の勝利で終わった。また、アナキンはシールドを破壊したアソーカを認め、自分のパダワンとすることを承諾したのだった。
ブリックからは「そういうやつを『カタップ』(自慢屋)というんだ!」といわれ、CT-4040はそれを気に入り、その瞬間からニックネームを「カタップ」としたのだった。同じころ、CT-782は試験を諦めて脱走しようとしていた。すると遺伝子の不具合がある雑用係のクローン99がCT-782に声をかけ、チャンスを与えられなかった自分と違い彼には可能性が残っていることを諭してヘヴィことCT-782の心を動かした。
翌日、追試に臨んだヘヴィ、エコー、ドロイドベイト、カタップ、ファイブスの5人は、それまでと打って変わったチームワークの良さを発揮し、分離主義者の刑務所、「シタデル」を想定して作られたコースを攻略。ついに、砦の目の前までやって来た。しかし、砦の前に付くと、壁をよじ登る為のアセンション・ケーブルが無いことに気付く。ブリックがわざと隠したのだ。エル=レスは中止を申し出るが、シャク・ティは「戦場ではフェアプレーなどありえない」と言い、訓練を続行させた。 ドミノ分隊は即興で作戦を立て、要塞の砲台を破壊して足場に使い、砦の上に立つビーコンを奪取、見事追試をクリアした。 問題クローンたちを認めたブリックは、エル=レスと共にドミノ分隊にメダルを授与した。ヘヴィは99と再会を約束し、自分のメダルを渡した。シャク・ティは「フォースが共にあるように」と告げ、クローン・トルーパーたちは戦場へと旅立った。
チャムとターがホログラム会談に臨み、口論を開始するが、2人の話し合いをメイスが聞いている際に、アナキンが戦闘機でハイエナ級ボマーを攻撃しているが、敵の数が多すぎると報告してきた。ウィンドゥはすべてを破壊し、その後首都で落ち合おうと指示する。アナキンはパダワン・アソーカ・タノの支援を受けて攻撃を続けたのだった。やがてメイスの仲裁を得て、チャムとターは合意に達した。
レッスーの戦い
レッスーではバトル・ドロイドが住人たちを都市の外壁まで移動させ、ウィンドゥの進軍を食い止めようとしていた。それを知ったウィンドゥとシンデューラは、都市へ向かう道を2台のMTTが進んでいることに気付いた。チャムはスパイからMTTの中に財宝が積まれているという報告を受けており、スキャンを何とかして切り抜ける必要があるが、これを使ってプラズマ・ブリッジを渡ろうとしたのだった。メイス、レイザー、スタックはSTAPに乗ったバトル・ドロイドを倒して後ろのMTTに搭乗し、その間にチャムが攻撃の手筈を整える。メイスはポンズに陽動作戦を命じ、ライトニング中隊を出動させた。そしてプラズマ・ブリッジが起動し、MTTが通過を開始する。そのころタンバーは最後の財宝と共に脱出しようとしていた。だがバトル・ドロイドが車両内をスキャンし、2台目の車両内で異常を検出する。ドロイドが車両のドアを開けると、メイスとクローン・トルーパーが飛び出し、2体のドロイドを破壊した。共和国部隊も発砲を開始する。プラズマ・ブリッジが解除され、メイスはフォースでレイザーとスタックを向こう岸まで押しやった。そして彼がSTAPを奪って反対側へ渡ると、バトル・ドロイドが3人を攻撃してきたが、ウィンドゥはトルーパーに橋を起動するよう命じ、ドロイドを食い止めていた。チャムも攻撃を開始する。
だがパルパティーンはシンデューラが過激派だったことを指摘し、彼の行動は予想できないと主張した。ター議員も彼とは戦争前からのライバルであり、今でもその関係は変わっていなかった。彼はシンデューラが権力を求めていると主張する。ウィンドゥは政治的判断はターに委ねたが、人々を助けるためにしなければならないことはするつもりでいた。パルパティーンは代わりとなる援軍の派遣を要求するが、ユラーレン提督は避ける兵力がないという。ウィンドゥはシンデューラの助けなしで勝利はないと主張したのだった。
チャム・シンデューラの協力
会議の後、彼らは自由の戦士たちと合流するが、チャム・シンデューラはいまだ共和国への支援に強い抵抗を持っていた。しかしチャムは共和国に不信感を抱いてはいたが、トゥイレックの伝統に従って可能な限りの食料と飲料を提供し、客人たちをもてなした。そのころ分離主義勢力の爆撃機が発進し、タンバーは射程範囲内のすべての村、特に居住者のいる村を次々と標的としていった。ポンズは兵を率いて村へ向かい、そこで暮らすトゥイレックたちに食糧を分け与えようとしていたが、村は突如として激しい爆撃に晒される。一方、チャムはメイスに、ター議員を信用していないと告げていた。彼曰く、戦争後も安全を保証するためにクローン・トルーパー部隊が惑星に駐留するのなら、それは別の武装勢力による占領であり、ライロスの解放にはならないというのだ。シンデューラは、共和国やジェダイと戦うことになるのではないかと尋ねる。だが、ポンズから村が壊滅したという報告を受けると、彼はターと直接話すことを決断したのだった。
ライロスへの密かな人道的支援を行った後、カトゥーンコはトイダリアは中立の姿勢を考え直すことになるかもしれないと考え、ジェダイ・マスター・ヨーダとの会見を提案した。トイダリアンの支配領域に共和国基地を建設する許可とトイダリアを共和国側に引き込む為、ヨーダはカトゥーンコ王と交渉を行おうと、珊瑚衛星ルゴサへ向かった。だが、トイリダリアンの君主カトゥーンコとその護衛兵たちがジェダイの特使の到着を待っていると、一足先にアサージ・ヴェントレスが現れ、彼にドゥークー伯爵のホログラムを示した。ドゥークーはカトゥーンコに共和国の弱さを説き、共和国ではトイダリアを守ることはできないため分離主義勢力との同盟を考えるべきだと主張する。さらにヨーダの交渉を邪魔するため、分離主義勢力はヨーダの乗ってきた軽クルーザーを2隻のフリゲート艦で攻撃した。ジェダイ・マスターは脱出ポッドで船から脱出し、クローン宇宙軍士官ザックは撤退を強いられる。やがてヨーダは3人のクローン・トルーパー、サイア中尉、ジェック、リズと共にルゴサの地表に到達した。そして共和国のフリゲート艦が星系を離れると、ヴェントレスはそれを弱さの証として王に訴えたのだった。だが、彼女の説得はヨーダ自身からのホログラムによる呼び出しによって遮られる。ジェダイ・マスターは生きていたのだ。地表に到着したヨーダはヴェントレスの存在に気付き、分離主義勢力がジェダイに勝る保護を提供するとしてカトゥーンコの指示を勝ちとそうとしていることを知った。
アウター・リムの惑星フェルーシアで共和国と分離主義勢力の戦いが発生した。共和国軍は敵のバトル・ドロイド軍団に対してAT-TEやクローン・ターボ・タンクを使用し戦うも、ジェダイ将軍オビ=ワン・ケノービとアナキン・スカイウォーカー、パダワン・アソーカ・タノ率いる共和国軍はこの戦いで劣勢を強いられる。そこでジェダイ・マスター・プロ・クーンの第104大隊が救援に派遣された。救援部隊はフェルーシアの軌道で分離主義勢力の封鎖を破り、地表にLAAT/iガンシップを降ろして兵士を回収した。当初タノは戦場から撤退することを拒否して戦い続けたが、最終的にはケノービとスカイウォーカーに説得され、しぶしぶガンシップに乗り込んだ。この戦いによる共和国軍のフェルーシア撤退は同宙域における戦況に影響を及ぼすこととなる。
そして捜索隊との連絡も途絶えると、メイス・ウィンドゥとコマンダー・ポンズが調査に乗り出した
ウィンドゥは縦穴の底でクローンの手形とヘルメットを発見していた。彼と同行したクローンたちも捜索チームと落下した兵士たちの一部を発見するが、錯乱した生存者の1人は亀裂の中に何かが潜んでいると呟いた。ウィンドゥ、ポンズ、ホークアイ、トラッパーらは周囲の捜索を開始する。そしてウィンドゥとクローン・トルーパーらが亀裂の中を歩いていると、突如地面が揺れだし、巨大な怪物の頭が彼らを睨みつけて咆哮を上げた。クローンたちは反射的にブラスターを発砲するが全く効果がない。怪物は彼らを振り落とし、追い始めた。やがてスカイウォーカーがジェダイ・スターファイターで姿を現し、彼が怪物の周辺を飛び回って注意を惹きつけている間に、ウィンドゥとクローンはガンシップで縦穴から脱出することができたのである。
当然現れた巨大生物にスカイウォーカーも驚愕した。彼は怪物を回避するが、戦闘機に一撃を食らい、墜落してしまう。脱出した彼はライトセイバーで怪物に斬りかかるが、装甲のようなウロコは傷一つ受けず、怪物は事実上無敵だった。だがスカイウォーカーは怪物の体を頭の上まで駆け上り、装甲の隙間が弱点であることを突き止める。その後彼は怪物の頭部から飛び上がり、R2-D2にしがみついて穴を脱出したのだった。
2人のジェダイは攻撃を続ければ罪のない生命体を絶滅させることになると訴えるが、ウラスは共和国が自分たちに協力しなければ協定には応じないと脅しをかけてきた。