穀倉院
正倉、不動倉、動用倉
廩院
同院の長官は別当職であるが摂政・関白又は一上(主として左大臣)などが補任される名誉職的な公卿別当、弁官または蔵人頭の補任される四位別当(従四位)、左右大史や大外記、主税頭・主計頭が補される五位別当(従五位)があり、預・蔵人が事務処理を行なった。なお、別当職は、後述する学問料との関係か、初期の公卿別当を除き学問の家系の者が多く任命されており、賀茂保憲、安倍晴明が任命されたほか、名目上の役職となってからは、舟橋家(清原氏)・押小路家(中原氏)両家に明経博士とともに世襲されることとなった。
天延3年(975年)、石清水八幡宮臨時祭日の献納を畿内諸国に代わって穀倉院に勤めさせるという文書以降、史料に記述がないことから、この頃機能を失ったと見られる。
なお、平安中期以降も、諸司領である穀倉院領の存在が、播磨国小犬丸保をはじめとして十ヵ所前後確認できる。また、室町・戦国時代、穀倉院領のひとつである山城国山崎の油公用の領知をめぐり、中原氏と清原氏との間で再三相論があった。