ベーメン・メーレン保護領
1943年8月、ドイツによるチェコへの統制はさらに強化された。ナチス党の古参幹部であるヴィルヘルム・フリック(ドイツ前内務大臣)が総督となり、またヒトラー内閣にベーメン・メーレン保護領担当国務相が設置され、カール・ヘルマン・フランクが就任した。約3万人のチェコ人の労働者が不足する労働力の補充のため、ドイツに送られた。保護領における戦争に関係ない産業は禁止された。何千人かのチェコ人が抵抗活動に参加したが、ほとんどのチェコ人は戦争終了前の最後の数か月まで大人しく従っていた。保護領のチェコ人にとって、ドイツの占領は酷い圧政の期間であり、独立と民主主義の記憶において非常な苦痛を伴った期間だった。
政治的迫害、あるいは強制収容所内で死亡したチェコ人は、合計で3万6千人から5万5千人に上った。ボヘミアとモラヴィアのユダヤ人はドイツ語を話し、1930年の国勢調査の時点で11万8千人いたが、1945年にはほぼいなくなった。1939年以降、大量のユダヤ人が移送され、7万人以上が殺害されたが、テレジーンに約8千人が生き残った。何千人ものユダヤ人が国外に亡命、隠れることでどうにか生き残った。
1945年の戦争末期まで保護領内の大部分は直接戦場にはならなかったが、ドイツ軍の占領下に置かれ続けた。ソ連軍が間近に迫る中でのチェコ人パルチザンの蜂起、ソ連とのプラハの戦い、5月8日のドイツ降伏により、ベーメン・メーレン保護領は消滅した。