皇居
宮殿内で最も格式の高い部屋で、板張りである。新年祝賀の儀、信任状捧呈式、内閣総理大臣任命式(親任式)、認証官任命式、勲章親授式、講書始の儀、歌会始の儀等の主要な通年の儀式に使用される他、朝見の儀や即位の礼の中心的儀式である即位礼正殿の儀などの皇室の重要儀式でも使用される。昭和天皇の大喪儀に際して殯宮が設けられた。左右に報道室がある。
北車寄、南車寄につながる玄関ホール。北溜は記帳所として利用されることもある。波の間と正殿の間には長さ70メートルほどの回廊があり、国賓等は南溜から回廊を経て正殿に向かう。
米の栽培は職員の手を借りつつも、種まきから田植え、稲刈りまでを自ら行なっている。 かつては「生物学御研究所」とも称されたが、2008年(平成20年)10月に明仁天皇(当時)の意向により、「御」が外されて現名称に統一されている。なお明仁天皇自身は単に「研究所」と呼んでいる。
紅葉山御養蚕所 1914年(大正3年)に貞明皇后の命により建てられ、以来、歴代皇后が蚕を飼育している施設である。御養蚕所で飼われる蚕から出来た絹製品は、主に皇室の儀典用衣裳等に用立てられる。
皇居東御苑大嘗宮 1968年(昭和43年)10月1日から一般公開されている。本丸大芝生には、大嘗祭の会場となる「大嘗宮」(悠紀殿・主基殿)が設営された。
三の丸尚蔵館 皇室に受け継がれた美術品が1989年(平成元年)6月に国に寄贈されたことから、これを保管・展示・研究するために建てられた。1993年(平成5年)11月3日に開館した。
桃華楽堂桃華楽堂 香淳皇后の還暦を記念して建てられた音楽堂。1966年(昭和41年)2月に建てられる。名称は香淳皇后のお印「桃」や画号「桃苑」にちなむ。
皇宮警察本部庁舎
宮内庁書陵部庁舎
宮内庁楽部庁舎
宮内庁病院
宮殿のホールでは最大の規模を誇る。立食の形式では、最大600名の席を設置することが可能である。宮中晩餐会、天皇誕生日の宴会の儀や、即位の礼の饗宴の儀等、多人数の宴会に使用される。東側廊下は奏楽室に転用でき、宮中晩餐会等で宮内庁楽部が生演奏を披露する。
御所 第125代天皇明仁一家の住居として建設された。吹上御苑内にあり、昭和天皇がゴルフ場として使用していた広芝の西部分に建てられ、建物は雁が群れて飛ぶように配されている。1991年(平成3年)に着工、1993年(平成5年)春に竣工し、1993年(平成5年)12月8日より使用が開始された。地下1階地上2階の鉄筋コンクリート造で、外観は銅板葺。延床面積は5,770平方メートル。設計は内井昭蔵による。 私的部分(居間や書斎、寝室など17室)や接遇部分(広間や応接室、客用食堂、御進講室、皇族休所など11室)、侍従職などが執務する事務棟(執務室など32室)があり、天皇在位時は、2階の寝室横に「剣璽の間」があった。公的部分には「広間」や「小広間」などがあり、国内外の人々を招いての食事会や茶会、会見などに使われる。 2019年(平成31年)4月30日以前の第125代天皇明仁の在位時は、天皇の住居として単に「御所」、退位後の同年(令和元年)5月1日から2020年(令和2年)3月30日までは、上皇の御所として「吹上仙洞御所」と称されていた。上皇が東京都港区高輪の仙洞仮御所(高輪皇族邸)に転居した後に改修工事が行われ、2021年(令和3年)9月6日に第126代天皇徳仁一家が赤坂御所から転居し、再び天皇の正式な住居としての「御所」となった。