えちごトキめき鉄道妙高はねうまライン
信越本線方面からの直通列車として、新井駅・上越妙高駅 - 新潟駅間の特急列車「しらゆき」4往復が設定されている。また柏崎駅・柿崎駅発妙高高原駅行きの朝の上り2本の普通列車は、えちごトキめき鉄道の車両を使用して運行している。
なお、新井駅 - 新潟駅間の快速列車については、当初3往復設定されていたが、2018年(平成30年)3月17日ダイヤ改正における輸送体系見直しにより、夜間の上り1本を除き直江津駅で系統分断された。その後、2022年(令和4年)3月12日ダイヤ改正で残りの1本も直江津駅で系統分断され、当路線への快速の乗り入れが無くなった。
115系(JR東日本新潟車両センター所属) 新潟駅発新井駅行きの快速列車と、その折り返しの新井駅 - 直江津駅間の普通列車で運用された。2022年3月12日のダイヤ改正で運用を終了した。
HK100形(北越急行所属) ほくほく線直通列車およびその折り返し列車として、新井駅 - 直江津駅間の1往復で運用された。2023年3月18日のダイヤ改正で運用を終了した。
元は東日本旅客鉄道(JR東日本)信越本線の一部で、2015年(平成27年)3月14日の北陸新幹線・長野駅 - 金沢駅間延伸開業の際、並行在来線として経営分離された区間のうち、新潟県内の区間にあたる。なお、長野県内はしなの鉄道が継承した。
路線名は移管前に公募の上、株主アンケートの結果を踏まえ、検討委員会から取締役会に提案されたもので、春に沿線の妙高山の中腹に現れる雪形「跳ね馬(はねうま)」から、馬が前足を高く跳ね上げた躍動的なイメージを表現したものである。
また日本貨物鉄道(JR貨物)は、経営移管後も引き続き全線にわたって第二種鉄道事業者となっている。近年は移管前から定期貨物列車の運行はないが、総合車両製作所新津事業所からJR東日本長野支社およびしなの鉄道向け新型車両の甲種輸送や非常時における貨物輸送の迂回経路として維持されており、えちごトキめき鉄道は国から貨物経路確保措置に関する補助金を受給している。
なお、線内ではSuicaなどの交通系ICカードの利用はできない。