JR西日本521系電車
2次車同様、金沢地区の体質改善用に投入されたグループで、2013年11月から近畿車輛・川崎重工業車両カンパニーで製造された。21編成42両(J01 - J19編成) がJ編成として敦賀地域鉄道部敦賀運転センター車両管理室に配置されたが、北陸新幹線開業直前に製造されたJ20・J21編成は直後にIRいしかわ鉄道に譲渡された。2017年3月4日に全車が金沢総合車両所へ転属となった。
安全性能の向上を主眼に仕様が大きく変更されているが、車両システムや性能に1・2次車と違いがないことから車両番号は2次車の続番とされている。
最大の変化は前頭部のデザインで、225系と同様の衝撃吸収構造(クラッシャブルゾーン)を採用した運転台形状に、前照灯・フォグランプも225系同様のHID式に変更された。ただし前照灯・フォグランプがほぼ水平に並び、その上に尾灯を配置した225系0番台・5000番台等と異なり、前照灯・フォグランプを内側(貫通路側)に寄せて斜めに配置し、その外側に尾灯を配置したデザインが採用されている。このデザインは、以後登場した227系、225系100番台・5100番台、323系にも採用されている。
また、2010年12月にJR神戸線(山陽本線)舞子駅で乗客が先頭車同士の連結面から転落・死亡した事故を受け、先頭車間転落防止幌が設置されている。当初近畿車輛出場時は台座のみが装備されていたが、着脱の手間を省くことと、運転席からの視野確保や車体洗浄機への対応、騒音や着氷雪などの課題がクリアできたことから、常時設置されて運行されている。
IRいしかわ鉄道線:金沢駅 - 倶利伽羅駅間(全線)
あいの風とやま鉄道線:倶利伽羅駅 - 富山駅間
七尾線:津幡駅 - 七尾駅間
IRいしかわ鉄道線:金沢駅 - 倶利伽羅駅間(全線)
あいの風とやま鉄道線:倶利伽羅駅 - 市振駅間(全線)
えちごトキめき鉄道日本海ひすいライン:市振駅 - 糸魚川駅間
なお、敦賀駅 - 長浜駅間の各駅(敦賀駅は4番のりばのみ)では 1,100 mm へのかさ上げが完了したため、ホームと床面との段差は 20 mm となった。
外装帯色は戸袋部に223系2000番台同様の茶色を、その下に上から順に青・白・青の3本の帯が入る。なお、戸袋部の貼り付け範囲は223系2000番台5次車以降および5000番台側面に準じている。
221系から引き続き、電動車(クモハ521形)の車体側面には、主電動機冷却風取り込みのための通風孔が設けられている。異常時には戸袋部から冷却風を取り込むことができるようになっている。
剛性値については下記のようになっており、2005年4月25日に発生したJR福知山線脱線事故後に製造されたが、JR西日本として保有車両の車体強度強化方針を発表したのは3年後の2008年5月で、車体強化について特段の説明はされていない。