本庄繁長
以降は川中島の戦いや関東攻めなど、謙信に従って各地を転戦し、武功を挙げた。しかし、自立傾向が強かった本庄氏ら越後北部の国人領主らは揚北衆と呼ばれ、越後国守護や守護代としばしば対立し、時には味方になったり敵になったりと一貫性がなかった。永禄11年(1568年)、上杉輝虎(謙信)の命を受け長尾藤景・景治兄弟を謀殺したが、これに対しての恩賞がなかったことに不満を持った繁長は同年、甲斐国の武田信玄の要請に応じて上杉氏からの独立を目論み、尾浦城主で大宝寺氏(武藤氏)の当主・大宝寺義増と結んで挙兵した。謙信は先に庄内へと兵を進めて義増を降伏させ、孤立した繁長に猛攻を加えた。上杉軍は繁長の巧みな采配により攻城戦に手間取り、夜襲などで色部勝長や数千に及ぶ死傷者を出すなど損害も大きく戦は長期化したが、翌年繁長は蘆名盛氏の仲介により降伏し、嫡男の千代丸(後の本庄顕長)を人質として差し出すことで帰参を許された(本庄繁長の乱)。
以後は謙信に臣従したが、謀反の咎により所領を削減されたのを始めとして謙信の存命中は表立った活躍の機会は与えられなかった。この間の繁長の動向は不明な点も多々あるが、一時的に本庄城の支城である猿沢城に蟄居していたと思われる。また領主としての影響力も引き続き持ち続けていたのではないかと推定される。天正6年(1578年)、謙信の死により発生した御館の乱では、上杉景勝と上杉景虎の両陣営から誘いがあったようだが、『本荘氏記録』によれば自身は吉江資堅に使者を遣わし景勝方に味方する意思を伝達したとされる。その後に景虎方に付いた鮎川盛長と戦いながら去就を明らかにしておらず家中が分裂状態だった色部家中に介入し騒動を静めている。