ニホンカワウソ
明治時代までは礼文島、北海道、本州、四国、九州、壱岐島、対馬、五島列島まで日本中の陸地から島々に至るまで広く棲息していたが、乱獲や開発によって棲息数が激減し、1928年(昭和3年)には狩猟の対象外となった。しかしその後も棲息数は減少を続け、1930年代から1950年(昭和25年)にかけて棲息が確認された地域は北海道、青森県東津軽郡油川町、秋田県仙北郡角館町檜木内川、山形県朝日山地、栃木県大田原市箒川および日光市西ノ湖(関東最後の記録とされる)、埼玉県、山梨県中巨摩郡宮本村荒川、長野県、奈良県吉野郡下北山村、和歌山県、兵庫県神崎郡川辺村、揖保郡越部村栗栖川および淡路島、四国地方、大分県のみとなった。しかし、本州及び九州本土の個体群はいずれも孤立した個体群であったため、1954年(昭和29年)頃までに絶滅したとみられている。
本州最後の個体群は、和歌山県和歌山市友ヶ島で1954年(昭和29年)に確認された個体群であったが、特に保護されることなく絶滅した。北海道産も、1955年(昭和30年)に斜里郡斜里川で捕獲されたのが最後の捕獲例である。
そのためニホンカワウソの分布域は、四国地方の愛媛県および高知県のみとなった。最後の捕獲例は、1975年(昭和50年)4月8日に愛媛県宇和島市九島で保護されたもので、生きた姿が最後に確認されたのは、1979年(昭和54年)6月に高知県須崎市の新荘川におけるものである。
日本本土産の学名をL. nippon、北海道産の学名をL. l. whiteleyiとする。
1989年に今泉吉典と吉行瑞子により、高知県産の標本がユーラシアカワウソの大陸産基亜種L. l. Lutraや北海道産亜種L. l. whiteleyiなどとの比較から古い形質を残した種とされ、独立種として記載された。
Suzuki et al. (1996) におけるシトクロムb遺伝子の高知県産と神奈川県産の個体の標本を用いた塩基配列の比較では、ユーラシアカワウソ3亜種間の差異が4塩基、ホンドイタチとチョウセンイタチの差異が6塩基であるのに対して、ユーラシアカワウソ3亜種と高知県産のニホンカワウソの差異は7-9塩基であり、別種であると結論づけている。
ただし、Suzuki et al. (1996) の系統解析で用いられた塩基配列は短いことが指摘されている。
『Mammal Species of the World』ではL. nipponを独立種として認めているが、分布を日本広域とするなど北海道産の分類に見落としがあることが指摘されている。