9月30日事件
もともとインドネシア共産党と中国共産党は国際共産主義統一戦線の友党関係にあり、1950年代後半から始まった中ソ対立の中でもインドネシア共産党はソビエト連邦寄り或いはソ連と中華人民共和国の等距離関係にあったが、1963年にインドネシア共産党はソ連から中華人民共和国寄りへとシフトし、中国共産党の革命路線と毛沢東思想を鮮明に打ち出した。
インドネシア共産党と中国共産党は兄弟党の関係となり、アイディットは林彪の人民戦争理論を先取りする理論を打ち出し、スカルノは中華人民共和国とインドネシア共産党に接近し、中華人民共和国はスカルノが推進するコンフロンタシ(英語版)(インドネシアの対マレーシア強硬政策)、国連脱退、新植民地主義批判を高く評価し、中華人民共和国は1965年にスカルノに武装農民と労働者から結成される第五軍(陸軍・海軍・空軍・警察に続く5番目の武装した労農人民軍)設置を持ち掛けたが、それはインドネシア陸軍とインドネシア共産党の対立の先鋭化を招いた。さらに事件の数時間前には、インドネシアの核開発計画に対して、前年にアジア初の核保有国となった中華人民共和国が協力する意向を毛沢東はスカルノに伝えていた。
10月1日朝の「インドネシア革命評議会」からのRRIのラジオ放送があるまでは、スカルノ大統領とジャカルタの陸軍の一部を除き、クーデターが勃発したことを知る者はいなかった。しかし、陸軍の主だった首脳が死亡・逃亡し最高司令官が不在となったことにより、一時的に陸軍最高位に立つこととなった戦略予備軍司令官スハルト少将は、1日の朝に速やかに指揮下の部隊を展開してクーデター鎮圧を開始した。
スハルト少将らは、「9月30日運動司令部」らクーデター司令部が押さえたムルデカ広場にある戦略予備軍司令部に入り込むことに成功し、また即座に全陸軍の司令官に平服で行動するように要請し、反乱軍と正規軍を見分けることを容易にした。さらに「9月30日運動司令部」が占拠していたRRIのラジオ局やハリム空軍基地をはじめとする要所を、1日夜から2日朝までに陸軍空挺部隊などで制圧した。なお陸軍部隊を中心とした制圧に「9月30日運動司令部」らクーデター司令部はほぼ無抵抗であった。
さらに陸軍は、運動に呼応した共産党傘下の共産主義青年団や共産主義婦人運動も排除することに成功し、最終的に10月2日の午後には全軍がジャカルタを戒厳令下に置き、シャムスリ中佐率いる部隊は次々と逮捕され、一部は逃亡した。ここに共産主義者によるクーデターは完全に失敗し、首謀者とみられるアイディット共産党議長はハリム空軍基地より逃亡した(11月に射殺された)。
なおクーデター発生からここまでの間、スカルノ大統領からは何の声明もなく、「9月30日運動司令部を敵とみなし総攻撃せよ」とラジオで声明を出したのは、クーデターがほぼ終結し、スハルトと会談した後の10月2日の事であった。
1965年12月11日に事件の失敗が毛沢東に伝えられた際に、「かえってこれはいいことなのだ、なぜならインドネシア共産党はここから武装闘争を展開できるからだ」、「インドネシア革命が失敗したと思うな」と明言し、インドネシア共産党は毛沢東の勧告を聞き入れて「山に登る」ことになるだろうと嬉しそうにしていたという。1966年3月の日本共産党訪中団に対して毛沢東は、事件を「インドネシア共産党の武装蜂起」と呼んで、事件の失敗の責任はインドネシア共産党にあり「スカルノを妄信し、軍内部における党の力を過信した」、「動揺し、最後まで戦い抜かなかった」と主張し、事件を武装闘争による革命路線からすれば不徹底な革命として批判した。
事件鎮圧後にインドネシア共産党員が粛清された後の1967年に西カリマンタン州で勃発した西カリマンタンサラワク連合部隊(火焔山部隊)による武装闘争は、中華人民共和国の文化大革命や紅衛兵の影響を受けたものであり、火焔山部隊は、毛沢東の著作や中国共産党の理論誌『紅旗』を読んで思想教育を行い、中国共産党下のメディアは、「毛沢東の正しい革命路線と毛沢東・林彪の人民戦争理論を継承するもの」として、火焔山部隊の遊撃戦を国際ニュースとして宣伝した。
中国共産党は、事件時に北京に滞在していたインドネシア共産党員や、事件後に北京に庇護を求めてきたインドネシア共産党員を保護するなど、インドネシア共産党の亡命党員の受け入れなどの各種支援を行い、解体したインドネシア共産党は、中国共産党主導の国際共産主義統一戦線のもとに再建され、インドネシア共産党の難民輸送船の帰着港の広東省湛江市や海南島では、インドネシアに帰国する華僑に対するインドネシア共産党の幹部養成訓練が行われた。また、新たに中華人民共和国に来たインドネシアの青年のなかには、文化大革命中に紅衛兵に加わった者もおり、南京軍官学校には1967年に100人程度のインドネシア共産党員がおり、文化大革命中に批判大会や毛沢東思想の学習会に出席し、遊撃戦の訓練が行われた。