シャイバーニー朝
その後もフェルガナ盆地、タシュケント、ホラズム地方といった地域を支配下に置き、1507年にはヘラートを占領してティムール朝を滅ぼし、ホラーサーンに進出した。しかし、その後のカザフ遠征や、ハザーラ族遠征に失敗し、次第に配下の支持が得られなくなった頃、サファヴィー朝のシャー・イスマーイール(在位:1501年 - 1524年)の侵攻に遭い、ムハンマド・シャイバーニー・ハンはメルヴ郊外で敗死した(1510年)。
1511年、ティムール朝残党であるバーブルはシャー・イスマーイールの援助を受けてサマルカンドを奪い返したが、翌年シャイバーニー朝のウズベク軍によって敗北し、最終的にインドへ逃れてムガル朝を建国する(1526年)。バーブルを追い出したシャイバーニー朝は再びサマルカンドを首都としたが、対バーブル戦で活躍したウバイドゥッラーがハン位に就くと、彼の所領であったブハラが次第に中心地となっていく。ウバイドゥッラーの死後はアブドゥッラーフ1世が継いだが、彼の死後、アブドゥッラーフ家のサマルカンド政権とウバイドゥッラー家のブハラ政権に分かれて対立し、国家が分裂する。この争いは1552年にバラク・ハン(ナウルーズ・アフマド・ハン)の統一によって終息する。
バラク・ハンの没後はアブドゥッラーフ2世が権力を握り、一族の最長老であった伯父のピール・ムハンマドをハン位に就かせ、1561年にピール・ムハンマドが亡くなると、父のイスカンダルをハン位に就かせて自らは陰で政権を牛耳った。