宗教法人法
新宗教の法人化が相次いでいた1958年4月22日、「宗教法人審議会」は「宗教法人法における認証、認証の取り消し等の制度の改善方策に関する答申」と題する答申を出した。その内容は宗教団体の定義を明確にすること、宗教法人と認定する基準を設けること、公告制度、役員制度、財産処分等の手続きなどの改善、公益事業とその他の事業の明確化、宗教法人に対する調査および報告の取り扱いの明確化などであった。
しかし、この答申は当時の宗教界の反対により、「宗教法人法」に取り入れられることはなかった。その後、1958年の答申でも宗教法人に対する認証基準が不明確であることが指摘され、1966年には所轄庁となる各都道府県に対し、所轄の宗教法人に法の趣旨を普及徹底させ、規則を遵守させるよう指導すべきとの通達が出された。 1988年にも文化庁宗務課が宗教法人法に対する認証の際に充分な審査をすべきとの通達を出した。
第50条3項では宗教法人の解散決定後に処分出来ない財産は国家に帰属(国有化)されると定められている。このケースが適用された事例は2019年まで存在しなかったが、2020年に7年近く土地と建物の引き取り手が見つからなかった島根県大田市にある浄土宗の寺院金皇寺に対して、初めて適用されることになった。
オウム真理教は1989年に宗教法人として認可されたものの、その後1995年に一連の凶悪事件が発覚し、テロリズム団体が宗教法人資格を得ていることが問題視された。一定の要件を満たしていれば、所轄庁は認証しなければならなかったことや、社会を暴力で混乱させる準備や行動をしている宗教法人をこれまでの方法では見つけ出せないことなどが問題となり、法改正を求める声が高まった。
一部の宗教団体は改正に反対したが、同法としては大きな改正がなされ、1996年(平成8年)9月に改正法が施行された。
宗教法人に解散命令が言い渡されたとしても、法人格を失うだけであり、権利能力なき社団(オウム真理教、その他後継団体等)あるいは新たに登記して一般社団法人として、宗教活動は続けることが可能であり、オウム真理教も後継団体が存在している。ただし、各種非課税措置を受けられなくなる。
1996年(平成8年)の法改正で、宗教法人に対し、役員名簿や財産目録などの法人備え付け書類の提出が義務付けられ、違反した場合には代表役員などに対し、過料が科せられるようになった。しかし、自治体によって提出率に差があり、未提出の宗教法人については、担当人員数の不足から活動実態の把握が難しく、形骸化しているのではないかとの指摘がある。