菌根菌
特定の植物とのみ共生をする種もいれば、アーバスキュラー菌根の様に多くの植物と共生を行う種もいる。森林の地上に発生するキノコは、多くが菌根菌である。主なものは、マツタケ、アミタケ、ショウロ等がある。これらの例は宿主がすべてマツだが、コナラやシラカバが宿主のものもいるし、様々な木と菌根を作るものもある。なお、高級食材として知られるトリュフやホンシメジも菌根菌である。腐生菌と比べて、人工栽培が難しい。
ダイズなどのマメ科植物では、1888年に根粒菌との共生関係が証明されており、大気中の単体の窒素を窒素固定により宿主に供給しているが、この共生機構の背景にある遺伝子群の多くがアーバスキュラー菌根共生を成り立たせている遺伝子群と共通している 。
ラン(蘭)の人工栽培においては、菌根菌の人工接種を行い増殖速度向上に好成績を得ている。
植物から発せられる共生菌を引き寄せる物質の解明も進んでいる。