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2013年6月29日に民事再生法を申請し、同年7月5日に民事再生手続を開始(その後2014年4月30日に民事再生手続廃止・同年7月31日に破産手続開始決定)したインデックスの再生スポンサーが同年9月18日にセガに決定し、同時にセガが141億円でインデックスの事業を譲受する契約を締結した。民事再生スポンサー選定に先んじてセガは、同年9月5日に旧インデックスの事業受け皿会社である株式会社セガドリームを設立した。社名の由来はセガのプロジェクトコードから取ったもの。
2013年11月1日付で、旧インデックスからアトラスブランドを始めとするデジタルゲーム事業(家庭用ゲーム、ソーシャルゲーム)、コンテンツ&ソリューション事業(コンテンツ配信、システム開発、遊技機関連開発受託、インターネット広告など)、アミューズメント事業(業務用アミューズメント機器の開発・販売)事業、関連する有形固定資産・無形固定資産・知的財産を旧インデックスから譲受したと同時に、社名も株式会社インデックスに変更した。2013年10月31日まで旧インデックスが使用していた公式サイトなども新インデックスが取得したと同時に、旧インデックスの事業に従事していた社員は、新旧分離と同時に旧インデックスを一旦退職の上、新インデックスに再雇用された。