蝦夷三官寺
享和2年(1802年)9月に箱館奉行の戸川安倫と羽太正養から寺社奉行に対し、寺院施設の建立許可を求める申し出があった。当初の申し出は墓守の庵室程度であったが、「外国の境」という事情を考慮して蝦夷三官寺が新たに建立されることが決定された。
建立構想は既存の教団の関与はなく、全て幕府によって決定された。まず住職は、徳川将軍家とつながりが深く、かつ宗門統制を行う触頭であった寛永寺・増上寺・金地院のうちから、寺社奉行によって選出された。その際、日蓮宗と浄土真宗は意図的に除外された事が、佐藤宥紹から指摘されている。寺院経営については、幕府から扶持が与えられることが決定された。また蝦夷三官寺の住職が直接将軍に御目見えをした点でも、幕府が直接運営に関与したとみることができる。
『休明光記』によれば、幕府が寺の建立を行った背景には、蝦夷地での「不正之筋」への危惧があった。この不正の筋について、田中秀和は「ロシア南下に伴うキリスト教(ロシア正教会)の蔓延」を挙げ、佐藤宥紹は「キリスト教に加え、既存教団や民間信仰も含めた反体制的指導を行う教団の波及」と推測している。第一次幕領期を通じて、蝦夷地に建立が許された寺院は三官寺のみであり、三官寺は寺社奉行の統制のもとで持場における排他的な宗教活動を許されていた。
近世の北海道は、松前藩が治める和人地とアイヌの土地であった蝦夷地に区分されていた。このうち蝦夷地への和人の往来は制限されており、巡礼者の便宜をはかるための非公認の宗教施設を除けば仏教寺院は存在しなかった。
18世紀中頃からロシア帝国は千島列島航路を開拓し、日本との交易を求めて蝦夷地に来航するようになる。近藤重蔵らによる蝦夷地調査を行った幕府は、松前藩による蝦夷地管理を止めて蝦夷地の直接支配を決定し、寛政11年(1799年)に第一次幕領期を迎えた。