マーキュリー・アトラス9号
船内と宇宙服の二酸化炭素濃度が上昇する問題も発生し、ザンジバル通過中の交信ではクーパーが「問題が雪だるま式に膨れ上がっている」と報告しているが、これらの山積する問題の中にあっても、クーパーは終始冷静に対応していた。21周目の最後にクーパーは再びグレンと交信し、チェックリストの実行完了を報告した。グレンが逆推進ロケット点火の10秒カウントダウンをし、クーパーは34度の機首下げ姿勢を取りながら逆推進ロケットを点火した。
15分後、第一回収船 (USS Kearsarge) から6kmの地点に着水した。数々の問題があったにもかかわらず、その当時では最も正確に予定地点へ着水することが出来た。
マーキュリー・アトラス9号でトラブルが頻発したため、マーキュリー計画の飛行をもう一度行うかどうかが検討された。アラン・シェパードによるマーキュリー・アトラス10号が1963年10月に打ち上げられ、3日間で地球を48周する予定であったが、NASAはジェミニ計画への移行を決定したため、打ち上げられることはなかった。
マーキュリー計画はここに終了することになった。