メダロット9
一部のパーツに備わっている特殊攻撃。選択したパーツを狙う「ねらいうち」や全てのパーツにダメージを与える「がむしゃら」などがある。
ある日、相棒のメダロットにコンビ解消を言い渡され、メダロットなしのマスターとなってしまった主人公テンマ。そこに現れた怪しい黒ずくめ集団と、それを追いかける謎のメダロット。事態を飲み込めないまま成り行きで謎のメダロットのマスターをふりをして、テンマはその場を切り抜ける。 数日後、自宅に難関エリート校MEDA学院の合格通知が届く。疑問を覚えつつも入学したテンマは、学院で新たなパートナーメダロットを得て、廃部寸前の部活「探検部」の部員として学校生活を送ることになる。
ローカル通信で手持ちのパーツのコピーを渡すことができる。
探検部の部長。
頭は良いが非常にマイペースで掴みどころのない性格をしており、自分が興味を持った事柄しか相手にしない変人。そのため、探検部もテンマが入部するまでほとんど活動をしていなかった。 サンゴ クニギクのパートナーメダロット。 温和で落ち着いた性格をしている。 メダルはウンディーネメダル。マーメイド型メダロット「マリンヒーラー」のパーツを装備している。
今作のパーツ数はおよそ1200種類で、新たなパーツを入手するとメダアルバムに記録される。メダロット1体分のパーツが揃うと、そのメダロットの3Dモデルを鑑賞することができる。