椎名悦三郎
また、平沼騏一郎内務大臣の意を受けた検察は同じく革新官僚の拠点である企画院でも強制捜査を行い、稲葉秀三、和田博雄、勝間田清一、佐多忠隆らを治安維持法違反容疑で逮捕した(企画院事件)。岸の後任の商工省次官には椎名が推した小島新一が就任し、椎名は献身的に小島を補佐した。1941年(昭和16年)10月、東條英機内閣が発足すると岸は商工相に就任した。岸により椎名は商工次官へと抜擢された。
日米開戦に伴い岸大臣、椎名次官のコンビは軍部と協調して厳しい戦時統制経済政策を推進した。小林によって中断していた経済新体制確立要綱に拠って「重要産業団体令」が施行され、各業界に統制会が設立された。また、1942年(昭和17年)4月の翼賛選挙を経て、企業整備令が制定され平和産業の全面的な軍需工業化が推進された。繊維工場から兵器工場への転用が頻発し、多数の中小企業は整理統合されて軍需工場の下請けとなり転廃業を強いられた。この企業整備令に対しては鳩山一郎らの一部の議員から反対されたが、椎名は商工省を支援し翼賛政治会とも深いつながりのある商工委員会を用いて議会に対処した。商工委員会には、三好英之、川島正次郎、赤城宗徳、野田武夫、三木武夫などがおり、三木を除いたこれらの構成員が後の自民党岸派へと受け継がれている。
1965年(昭和40年)2月、韓国の金浦国際空港に降り立った際に、日本の過去を「深く反省する」と声明を述べ、また当意即妙な応答でマスメディアを通じて韓国世論の沈静化に寄与し、日韓基本条約の仮調印に漕ぎ着けた。日本では椎名の訪韓に先立って、椎名に対する不信任決議案が日本社会党や民主社会党の議員から提出されていた。提出理由はこの訪韓は佐藤内閣が言明していた懸案の一括解決に反し、また、出発前の国会審議において訪韓の目的を説明せず、日本国憲法第73条違反にあたるなどとするものであったが、椎名の帰国後に決議案は否決された。椎名は請求権問題で未決定だった1億ドル以上とされた民間協力の規模を3億ドル、また漁業協力について4000万ドルと金額を定めた。4月3日、日韓両国外相は東京で請求権、漁業、在日韓国人の法的地位についての協定に仮調印した。3協定の仮調印後、日韓両国では野党や学生による反対が相次いだが、6月22日に東京で日韓基本条約及び関連協定が両国外相により正式に調印された。日韓の新聞各社は妥結内容に対する不満をそれぞれ社説に掲載した。
条約の批准を巡る、いわゆる「日韓国会」では日本社会党や日本共産党などの左派政党が「朴政権は米国の傀儡」として強硬に反対していた。椎名は締結の責任者として答弁に立ったが、椎名の曖昧な答弁姿勢は批判された。11月9日、椎名に対する不信任決議案が再び提出された。提出理由は日韓両国で全く意見の一致をみない重要事項について国民に秘匿して調印を行い、アメリカ追従の外交に終始することで日本の国民的利益とアジアの平和に対して重大な障害を与え、無責任で不真面目な国会答弁をしたとされた。