山科檀林
主なものとして、ご朱印の有無、宮家公儀の位牌の有無、勅願所の有無、公儀その他からの葵の紋の寄附の有無、袈裟・色衣着用の有無等の問い合わせであった。檀林ではこのような事と関わりがないとして、全て「無し」と返答した。その副本奥に「将来の為に記す。学林が縉紳・権門・公家に阿附することは劣の極みなり。この答にて宜し。或いは猶子官家の立入等は無詮の事也」と朱書きしている。
日通の弟子に後に化主となる寂耀院日哲がおり、同じく日通の弟子で収玄院日祐は東山檀林の化主となった。愛知県一宮市の法蓮寺第十三世・久成院日相も日通の教育を受けた。身延山久遠寺第三十一世・一円院日脱は山科檀林の化主を勤め、ほかに京都市の華光寺大研院日梵は山科檀林に学び、大津本要寺主を経て山科檀林の化主となった。近世日蓮教学の礎を築いた優陀那日輝和尚もここで学んでいる。山科檀林の化主は五百七十九世にのぼる。
1872年(明治5年)に廃檀となった。