小長井駅
島式ホーム1面2線を持つ地上駅。駅舎側にホームに面さない側線が1本ある。一線スルー式配線ではなく、左側通行である。かつて乗り入れていた817系電車に対応して2両分のホームがかさ上げされている。ホームと駅舎を跨線橋(屋根なし)が結んでいる。駅舎にはハートフルこながいという愛称がつけられている。
無人駅であるが、自動券売機(磁気券ではない)が設置されている。
朝夕の時間帯には、当駅を発着とする諫早方面の列車が設定されている(ただし小長井駅では折返しができないため、土井崎信号場まで回送して折り返す)。佐賀県との県境を越えて江北方面に向かう列車の設定は2022年9月の時点で1日8本のみであるほか、両方面とも日中数時間以上列車が運行されない時間帯がある。また、当駅はYC1系の長崎本線における運用の北限となっており、当駅より先江北方面にYC1系は乗り入れず、全列車がキハ47形リニューアル車両での運転となっている。