A列車で行こう9
西武40000系 京成新AE形「スカイライナー」 東京メトロ13000系 相鉄20000系☆ 阪急1000系 阪急1300系 阪急3000系 阪急3300系
発売当初からJR各社で唯一、JR東海の車両が登場しなかったが、2015年12月11日に追加キットA列車で行こう9 JR東海パックが発売され、JR東海所属の新幹線および在来線車両が使用できるようになり、JR7社の車両が揃うことになった。利用するにはA9本体・2種の建物キット・Version2.0 プロフェッショナル、Version3.0 プレミアムに加え、上記のVersion4.0 マスターズがインストールされていることが求められる。
2018年9月6日に、A列車で行こう9 Version5.0 ファイナルが発売された。これはVersion4.0など同様バージョンアップ版であるが、JR東海パックの内容も同時に収録されているのでインストールに必要なソフトウェアはA9本体・2種の建物キット・Version2.0 プロフェッショナル・Version3.0 プレミアム・Version4.0 マスターズのみで完結する。また、全てのリリース製品が含まれるA列車で行こう9 Version5.0 ファイナル コンプリートパックも同時に発売された。なおこの製品では対応OSに変更が加えられ、Windows XP・Windows Vista(当初からこの2種のOSは32bit版のみの対応だった)及び後述3種類の32bit版OSが動作対象外となり、Windows 7・Windows 8.
線路は、直線レール、曲線レール、ポイント、勾配レールといった種類がある。曲線レールの半径は10種類あるので、今までよりもスムーズな曲線が出来る。マップ外につなぐ事も可能であるが、地下線路はマップ外につなぐ事が出来なくなった。また、踏切を作る場合は、道路より先に線路をひく必要がある。これには制限があり、交差点や曲がり角から直接に線路を貫通して踏切を作る事は出来ない(4ブロック分のスペースが必要)。また、道路と線路を重ねた併用軌道は作れない。
Version4.0東海パックからは通常の線路の他に高速線路が追加された。こちらは最初から複線の軌道で架線柱が自動的に設置される高架線路となる(高度を指定しながら設置すれば地上へも設置可能)。トンネルやポイントや勾配は作れない為、これらが必要な場合はその部分を通常の線路に置き換える必要がある。また、高速線路をマップ外に接続した場合は列車が自動的に反対側の線路から方向転換した状態で戻る。