奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
登録時の条件として早急な対策を求められた1観光客の制限、2絶滅危惧種のロードキル対策、3包括的な河川再生戦略の策定、4緩衝地帯での森林伐採の制限といった課題に対する報告書を取りまとめ世界遺産センターに提出した。第45回世界遺産委員会において審議される。
これをうけ2013年12月27日、環境省は対象地域を、鹿児島県の奄美大島と徳之島、沖縄県の沖縄本島北部(国頭村、大宜味村、東村)と西表島の4島とすることに決定。2016年(平成28年)2月に再申請し、暫定リストに掲載された。
正式に暫定リストに掲載掲載されたこともあり、2016年3月に西表石垣国立公園の指定区域が西表島全域に拡大、また2016年9月15日には沖縄本島北部がやんばる国立公園として指定された。特にやんばる国立公園のうち、特別保護地区と第1種特別地区を「奄美・琉球」の推薦区域として、早くても2018年に世界遺産登録を目指すとした。奄美大島などでも国立公園化に向けて、環境省は地元協議会と調整を進め、農業・林業に悪影響が及ぶ懸念から協議が難航したが、2017年(平成29年)3月7日、奄美大島と徳之島に喜界島、沖永良部島、与論島を範囲に加えて奄美群島国立公園が成立するなど、保護体制の整備が行われた。
2017年2月1日までに世界遺産センターへ提出する推薦書の作成にあたり、正式名称を「奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島」とすることになった。これはユネスコから地域を特定できる名称にするよう要請があったことによる。