ユーゴスラビア人民解放戦争
クロアチア郷土防衛隊の規模は当初、16個の歩兵大隊と2個の騎兵戦隊に限定され、合計1万6千人程度であった。当初の16の大隊はその後1941年5月から6月にかけて、それぞれ2個の大隊からなる15個の歩兵連隊へと規模を拡大し、更に5個の師団へと編成され、兵員数は5万5千人にまで拡大した。
支援部隊には、イタリアから提供された35両の軽戦車、ユーゴスラビア王国軍(英語版)から鹵獲したチェコ製の兵器を装備した10個の砲兵大隊、ザグレブに1個の騎兵連隊、サラエヴォに1個の騎兵大隊、そして2個の自動化歩兵大隊がそれぞれザグレブとサラエヴォにあった。また、複数のウスタシャ民兵連隊が組織され、クロアチア郷土防衛隊からは独立し、別個の命令系統で運用されたが、1944年11月にクロアチア独立国軍へと統合・再編成された。
1941年6月には、組織されたばかりのクロアチア郷土防衛隊は東部ヘルツェゴヴィナでセルビア人の蜂起に直面し、更に7月には東部ボスニア、西部ボスニアでも蜂起が発生した。クロアチア=ダルマチアおよびスラヴォニアの大隊が兵力を補充した後、再び東部ヘルツェゴヴィナの戦闘に従事した。郷土防衛隊は1943年に最大規模に達し、兵員数は13万人に達した。
クロアチア郷土防衛隊には空軍もあり、クロアチア独立国空軍(英語版)(Zrakoplovstvo Nezavisne Države Hrvatske, ZNDHの骨格を成すのはユーゴスラビア王国空軍(英語版)出身の500人の士官と1600人の下士官、125機の航空機であった。1943年にはクロアチア独立国空軍は9,775人の兵員と295機の航空機を保有した。
占領に対する抵抗運動が強まるのに対し、枢軸国は幾多にも及ぶ反パルティザン作戦を展開した。中でも、ユーゴスラビア・パルティザン全体に壊滅的な被害を与えることを目的とした7次におよぶ大規模な反パルティザン攻勢(英語版)が知られる。これらの大規模な反パルティザン攻勢にはドイツ国防軍、親衛隊(SS)、イタリア、チェトニク、クロアチア独立国、セルビア救国政府、ブルガリア、ハンガリーなどが関与した。1943年前半に行われた2回の大規模作戦では、パルティザンの壊滅まであとわずかにまで迫った。現場の川の名前をとってネレトヴァの戦い、スティエスカの戦いとして知られるこの2つの戦いは、ドイツ側ではそれぞれ「白作戦」、「黒作戦」と呼ばれ、または第4次および第5次反パルティザン攻勢とも呼ばれている
ユーゴスラビアの歴史学で7回の大規模な反パルティザン攻勢として取り上げられているのは以下の攻勢である:
第1次反パルチザン攻勢(First anti-Partisan Offensive)は、1941年秋に枢軸勢力によって行われた大規模攻勢であり、セルビア西部に成立したパルティザンによる解放区・ウジツェ共和国(Republic of Užice)に対して行われた。1941年11月、ナチス・ドイツはこの領域を攻撃して再占領し、パルティザン兵士の多くはボスニア東部へと脱出した。この戦闘のさなかにチェトニクとパルティザンによる脆弱な協力関係が崩壊し、それ以降は互いを公然と敵視するようになった。
第2次反パルチザン攻勢(Second anti-Partisan Offensive)は、1942年1月に枢軸勢力によってボスニア東部のパルティザンに対して行われた。パルティザンは包囲を破ってサラエヴォちかくのイグマン山へと退却した。
1944年8月、ルーマニアでミハイ1世のクーデターが成功し、ルーマニアは枢軸を離脱、ルーマニア国軍はソビエト赤軍の司令下に置かれた。ルーマニア軍はドイツ軍に対する戦いを開始、プラハの戦いに従事した。ブルガリアも9月10日に同様に枢軸を離脱、ドイツおよび残りの枢軸諸国への宣戦を布告した。枢軸国がブルガリアに差し向けた戦力はしかし不十分であり、すぐにブルガリアから追い返された。ユーゴスラビア領マケドニアに残されたブルガリア軍はドイツ軍に包囲され、また高位の指揮官の裏切りもあり、ブルガリア領への退路を開くための戦いを余儀なくされた。ブルガリアの3つの軍は45万5千人の兵力を擁し、1944年9月にティトー率いるパルティザンの同意を得て、ソフィアからユーゴスラビア領のニシュおよびスコピエに進駐、ギリシャから撤退するドイツ軍を阻止する戦略的役割を果たす。ユーゴスラビア領のセルビア西部、南西部およびマケドニアはその後2か月の間に13万人の兵力を擁するブルガリア第1軍(英語版)によって解放され、その後ブルガリア軍はハンガリーへと北に攻勢を続けた。
パルティザンはヨーロッパにおける第二次世界大戦で最大の抵抗運動へと成長し、80万人の兵員、4軍を擁するまでになった。パルティザンは国内外の全ての敵対勢力を排除し終戦後のユーゴスラビア民主連邦の正規軍となった。
マケドニアおよびスロベニアのパルティザンの活動はユーゴスラビア人民解放戦争の一部に含まれるものの、それぞれ地元の民族に根ざしており中央からの独立性が高く、マケドニア人民解放軍(英語版)、スロベニア・パルティザン部隊(英語版)として独自の組織を有した。1944年、マケドニアとセルビアのパルティザン司令官はセルビア南部で連絡を取り、マケドニアとセルビアの指揮系統を統一、これによってマケドニアのパルティザンはヨシップ・ブロズ・ティトーの指揮下に組み込まれる。スロベニアのパルティザンもまた、1944年にティトーの指揮下へと組み込まれた。マケドニア共産党(英語版)の自治主義者らは、戦時中はマケドニア・パルティザンの中心的役割を担ったが、1945年の第2次マケドニア人民解放反ファシスト会議(ASNOM)において完全に排除された。
王党派のチェトニク(正式名称は父祖の地のユーゴスラビア軍、JVUO)は、ドラジャ・ミハイロヴィッチを指導者とし、枢軸国に敗れて散り散りになったユーゴスラビア王国軍の残党を中心に構成され、セルビア人の支持に全面的に依存する組織であった。