真宗高田派
文明5年(1473年)、加賀で守護の富樫氏が家督争いを起こした際、高田派は富樫幸千代につき、本願寺派は富樫政親について合戦が行われたが、翌文明6年(1474年)、本願寺派の一揆(一向一揆)と結んだ政親が勝利し、幸千代は加賀から追放されて高田派は逼塞を余儀なくされた。さらにこの時期、蓮如が越前に吉崎御坊を建立して本格的に越前・加賀を布教していたために高田派や三門徒の末寺・門徒の多くが本願寺派に宗旨替えを行っていったこともあり、高田派の勢いは衰えていった。だがそれでも、文明10年(1478年)3月に高田専修寺を皇室の祈願所とするとの後土御門天皇の綸旨が下付され、真慧は「上人号」も勅許される。長享元年(1487年)10月には法橋だった真慧に法印が叙された。
長享2年(1488年)6月、加賀で本願寺派が一向一揆を起こして守護の富樫政親と合戦を行った(加賀一向一揆)。この時に高田派は今度は政親に味方して再び本願寺門徒と戦うが政親は敗れて高尾城で自害し、本願寺派が加賀を占領した。そのため本願寺派に転宗する者も続出し、やむなく多くの高田門徒は加賀から出て行ってしまった。そしてこの時、政親の妻が我が子を連れて加賀を逃れて真慧の下に身を寄せて、やがて真慧の内室となった。この連れ子こそ後の応真である。
永正3年(1506年)7月、加賀の本願寺門徒が越前へ攻め入込んできたため、高田門徒や三門徒は朝倉貞景に味方した。そして九頭竜川の戦いで朝倉軍が勝ち、本願寺派の有力寺院である和田本覚寺と藤島超勝寺は越前から追放されて加賀に逃れた。以降越前では本願寺派は禁教となり、残された本願寺派の門徒は大半が高田派に宗旨替えを行ったので高田派は越前での勢いを取り戻した。
永禄10年(1567年)、越前の朝倉氏は本願寺と和睦した。これによって越前国内で本願寺派の布教が許されるようになると加賀に逃れていた本願寺派の和田本覚寺と藤島超勝寺が越前に復帰し、高田派に転属していた門徒たちもそのほとんどが本願寺派に復帰して高田派は大打撃を受けた。その上、元亀2年(1571年)6月には朝倉義景の娘と本願寺第11世顕如の子教如とが婚約し、朝倉氏と本願寺は対織田信長で提携して益々強固に結びついていったため高田派は二派に分かれて争っている場合などではなかった。
天正元年(1573年)8月、朝倉義景は刀根坂の戦いで信長に大敗北を喫して越前国大野郡に逃れてきたが、織田方に呼応した従兄弟の朝倉景鏡によって自害させられて越前は信長の領土となった。
翌天正2年(1574年)、1月に富田長繁が土一揆を引き起こしたが、それが2月には本願寺の七里頼周を大将とする一向一揆(越前一向一揆)に進展し、長繁を攻撃し始めたので高田派は中立の立場をとったが三門徒は長繁に味方した。が、長繁は討死して越前は本願寺派が支配することとなったので高田派は逼塞を余儀なくされた。そして越前の支配者として本願寺は坊官の下間頼照を派遣してきたが、ちょうどその頃に一向一揆は三門徒の寺や平泉寺・朝倉景鏡を攻め滅ぼし、永平寺にも焼き討ちを行った。二派に分裂して衰退していた高田派は特に一向一揆に対して逆らわなかったのでなんとか生き延びることができたのであった。
しかし、7月には織田方の羽柴秀吉や菅屋長頼から高田派や朝倉景健・堀江景忠に向けて織田軍が攻め込んだ時は味方をするようにとの書状が送られてきており、織田方から反本願寺という立場を期待されてもいたのである。