生物色素
クラゲが発光する光のバーストで明らかなように、生物発光のもう1つの原因はルシフェリン(photogen)で始まり発光体(photagogikon)で終わる。ルシフェリン、ルシフェラーゼ、塩、酸素が反応して結合し、発光タンパク質と呼ばれる単一ユニットを形成しており、これがCaなどの別の分子と反応することで光を生じる。クラゲはこれを防御機構として利用しており、小型の捕食者がクラゲを食べようとしているときに光を点滅させることで、大型の捕食者をおびき寄せ小型の捕食者を追い払うことができる。また、交尾行動としても利用される。
造礁サンゴとイソギンチャクでは、光がある波長で吸収され別の波長で再放出され蛍光を発する。これらの色素は天然の日焼け止めとして機能したり、光合成を助けたり、警告色として機能したり、つがいを引き付けたり、ライバルに警告したり、捕食者を混乱させたりすることがある。