STS-91
その後4日間で、ミールの第25次長期滞在とSTS-91の乗組員は、500kg以上の水、約2,130kgの実験用品と供給品を運び込んだ。この時、ミール上のアメリカ側の実験機器は、ディスカバリーのミッドデッキに移された。6月8日午前9時7分に、ドッキング解除のためにハッチが閉まり、12時1分に宇宙船が分離すると、スペースシャトルとミールとの最後のドッキングミッションが終了した。
STS-91は、アルファ磁気分光計の試作品も宇宙に運んだ。暗黒物質を探すために設計されたアルファ磁気分光計は、飛行1日目に起動された。当初、ディスカバリーのKU帯通信システムを用いて地球に送信される予定であったデータは、KU帯通信システムの不調によって宇宙船に設置されたレコーダに記録された。1998年6月3日、乗組員は、地上局の真上に来た時に通信が可能なS帯とFMの通信システムのバイパスの設定に成功した。地上に送信されなかったデータは、ミッションの間ずっと宇宙船上のレコーダで記録された。
KU帯の通信システムの故障は、乗組員からは届かない箇所にあることが同定された。この故障のせいで、テレビ映像の送信はできなかった。ミールからのテレビ放送は、ロシアの地上局とモスクワ郊外の地上管制局との間の問題によってできなかった。