ヤーノシュ・ジグモンド
3日後、トランシルヴァニア議会はジャル条約を無効と宣言した。なおこの決議にトランシルヴァニア・ザクセンの代表たちは反対していた。
イザベラとフラーテル・ジェルジの関係は緊張状態にあった。1543年2月に議会がイザベラの優越を認めたものの、その後もフラーテル・ジェルジは国政と財務を取り仕切り続けていた。6月、ヤーノシュ・ジグモンドの国家からオスマン帝国への初めての貢納が行われた。同月、クロンシュタット (現ルーマニア領ブラジョヴ)のルター派ザクセン人聖職者たちが、ジュラフェヘールヴァールでイザベラとフラーテル・ジェルジの前でカトリックの司祭たちと討論を行った。自身カトリックのヴァーラド司教(英語版)でもあったフラーテル・ジェルジはこのザクセン人たちを異端の罪で法廷に引き立てようとしたが、結局ザクセン人たちは無事に帰ることが出来た。1544年4月、トルダ(現ルーマニア領トゥルダ)の議会が、旅行者は訪問先の宗教的慣習に敬意を払うべきであるという規定を定めた。これは、この地域に宗教改革がかなり広まっていたことを如実に示している。
1544年8月、パルティウムからの代表も出席する形で初めてトランシルヴァニア議会が開催された。この議会で、フラーテル・ジェルジは司法長官に任じられた。また1555年末までに、かつてフェルディナーンド1世に従っていたベレグ県(英語版)、サボルチ県(英語版)、サトマール県(英語版)、ウング県(英語版)、ゼンプレーン県(英語版)がヤーノシュ・ジグモンドに鞍替えして忠誠を誓った。
父サポヤイ・ヤーノシュの死の直前に生まれ、その遺言と支持者たちの推戴により、新生児ながらハンガリー王に選出された。しかしハンガリー王として聖イシュトヴァーンの王冠を使った戴冠・即位を行うことは出来なかった。
当時のハンガリーでは、王位をめぐってサポヤイ家(英語版)のヤーノシュ1世・ヤーノシュ2世(ジグモンド)らと、ハプスブルク家のフェルディナーンド1世(オーストリア大公・ボヘミア王フェルディナント1世。1556年以降神聖ローマ皇帝)が争っていた。サポヤイ家はトランシルヴァニアを中心とした東部に勢力を張り(東ハンガリー王国)、ハプスブルク家は上ハンガリー(英語版)を中心とした北西部に勢力を張っていた(西ハンガリー王国)。ヤーノシュ・ジグモンド即位後、オスマン帝国のスレイマン1世が幼いヤーノシュ・ジグモンドをフェルディナーンド1世から守るという口実でハンガリーに侵攻し、1541年に古くからのハンガリー王国の首都ブダを征服した。これによりハンガリー中部がオスマン帝国の直接支配下に入ったが、スレイマン1世はティサ川以東の領域を王太后(英語版)イザベラがヤーノシュ・ジグモンドの代理で治めることを認めた。イザベラとヤーノシュ・ジグモンドはリッパ(英語版)(現ルーマニア領リポヴァ)へ移り、その後まもなくトランシルヴァニアのジュラフェヘールヴァール(現ルーマニア領アルバ・ユリア)に居を移した。
ヤーノシュ・ジグモンドは宗教問題にも強い関心を示した。1560年代から、彼はプロテスタント諸派を集めた神学討論会を頻繁に開催した。彼自身1562年にカトリックからルター派へ、1564年にはカルヴァン派へ改宗した。さらに1569年ごろには、宮廷医師ジョルジオ・ビアンドラタ(英語版)や宮廷説教師ダーヴィド・フェレンツの影響で反三位一体派(英語版)の教義を受け入れるまでになった。これにより、ヤーノシュ・ジグモンドはヨーロッパ史上唯一のユニテリアン君主となった。1568年、議会でトルダの勅令が採択され、国内での宗教を理由とした迫害行為が禁止された。この勅令で認められた信教の自由は、16世紀後半のヨーロッパにおいては極めて進歩的といえる範囲に達していた。
1570年、ヤーノシュ・ジグモンドはミクシャ1世(神聖ローマ皇帝マクシミリアン2世、フェルディナーンド1世の子)とシュパイアー条約を結び、それまで名乗っていた「ハンガリーのレクス・エレクトゥス(本来は国王に選出された即位前の状態を指す称号)」という称号を放棄した。以降彼は「トランシルヴァニア侯にしてハンガリー王国のパルティウムの領主」を名乗るようになり、近世トランシルヴァニア侯国が成立した。その翌年の1571年、ヤーノシュ・ジグモンドは病没した。子がいなかったため、カトリック教徒の重臣バートリ・イシュトヴァーン(後にポーランド王を兼ねる)が跡を継いだ。