京極高清
政光を後見役に乙童子丸が家督を継ぎ飛騨・出雲・隠岐守護職となるが、幕命により近江守護職は政堯の養子・六角虎夜叉が補任されていた。同年に後見役だった政光が病死し、守護代の多賀清直・宗直父子が乙童子丸を補佐する。
翌年の文明5年(1473年)に幕府より乙童子丸の飛騨・出雲・隠岐守護職の解任と、京極政経への飛騨・出雲・隠岐守護職を補任する命が下る。分国の出雲へ落ち延びていた京極政経と多賀高忠は、文明7年(1475年)9月に出雲の国人衆を率いて上洛し、延暦寺僧徒と信濃の小笠原家長ら東軍の支援を受けて近江へ進攻し、観音寺城下で西軍の六角亀寿丸・京極高清(乙童子丸)・多賀清直・多賀宗直の連合軍は大敗する。敗れた六角勢は観音寺城へ籠城し、京極勢は江北へ撤退する。この勝利によって幕命が下り、六角虎夜叉の近江守護職は解任され、京極政経が近江守護職に補任された。
同年10月に美濃守護土岐成頼と越前・尾張・遠江守護斯波義廉の援軍が近江へ到着し、西軍の反撃が始まる。高清は西軍の六角亀寿丸・斯波義廉・土岐成頼・斎藤妙椿ら連合軍と共に京極政経・多賀高忠らを破り、多賀高忠を京都に敗走させるも一進一退の攻防は応仁の乱後も続いた。
翌明応2年(1493年)4月、明応の政変によって将軍義材が失脚し、新たに足利義高(初め義遐)が11代将軍に就任する。これを機に、その義高から偏諱(「高」の字)を賜って、初名の秀綱(ひでつな)から高秀(たかひで)(のち高清)と改名したのもこの頃と思われる(義高は文亀2年(1502年)には「義澄」に改名するのでそれまでのこととなる)また、元々京極氏の通字でもあった「高」の字を名前に用いるようになったことで、高清以降の当主もそのまま「高」の字を代々名前に用いるようになった。
京極政経は八尾城に居たが、この細川氏の政変に協力して勢力を盛り返したため、明応2年10月、高清は持済院や越前の朝倉氏と共に北近江に討ち入った。これに対し、細川政元は足利義材に討たれた山内政綱の子山内就綱を六角惣領に任じた。明応3年(1494年)11月、持是院(斎藤妙純)が山内就綱や延暦寺と戦う六角高頼を支援したが、京極中書事などにより之を中止したという。