東都大学野球連盟
1959年 春季、1部の中央大が部員の不祥事でリーグ戦を1季間出場停止(2部に自動降格)。
1966年 春季(4月26日)の日亜1回戦で起きた両校応援団同士の乱闘事件の顛末に両チームが巻きこまれ一時は両校出場辞退・2部転落の前代未聞の事件が発生。
1984年 春季、2部の拓殖大学に出場選手の資格違反が発覚し、1年間(2季)の出場停止(4部に順次降格)。
1984年 春季(5月31日)の2部リーグ戦において、優勝を決定する最終直接対戦カード(青学大と専大)が第4戦までもつれ、当時1部リーグ戦を凌ぐ盛り上がりを見せ、かつ球場が空いていたことなどを連盟側に考慮され、最終戦が神宮球場で行われた(過去にもこのとき一度のみ)。
1985年 秋季、1部の国士舘大学に部員待遇に学生野球憲章違反の疑いがかかり、1年間(2季)の出場停止(3部に順次降格)。
1985年 秋季(10月16日)、54年のリーグ史上初のプロ野球の事情により同日開催予定の第二試合を中止(同日開催のヤクルト-阪神戦による阪神久々の優勝の可能性の混乱を受けての四谷署からの要請による球場側との協議の結果)。
各部のリーグ戦の終了後に上位リーグの最下位校と下位リーグの優勝校との間で対戦を組み、勝者チームを次シーズンの上位リーグの所属とする。(敗者チームは次シーズンは下位リーグ所属となる。) 対戦方法は2戦先勝方式。また、入れ替え戦の試合記録・成績は決定戦と同様に個人やチームのリーグ公式戦記録・成績には含まれない。
各部入れ替え戦ともに基本的には神宮球場を使用して行われる。通常は、1部2部入れ替え戦を先に開催して、1部2部入れ替え戦終了翌日から3部4部入れ替え戦と2部3部入れ替え戦の同時開催として実施される(過去には3試合同日開催が行われていた時期もあった)。なお、球場使用スケジュールの都合で、3部4部・2部3部入れ替え戦開催日が、全日本大学野球選手権大会及び明治神宮野球大会の開催日と被る場合が多く、その場合は神宮第二球場での開催に回ることが多くなっていたがその後は各部入替戦は各大会と異なる週に実施されている。また近年、秋季1部2部入替戦は秋季東京都高等学校野球大会の準決勝、決勝戦と同日開催として高校野球終了後に試合を行っている。
原則として首都圏の公営球場等で主に月曜日以降の平日に試合を開催する。
2013年以前は原則として神宮第二球場で開催していた。ただし、神宮第二球場はゴルフ練習場を兼ねている都合上、祝日や使用できない予備日等においては、東京農業大学グラウンドを始めとした各大学が所有する野球場を使用して試合を実施していた。 2014年から神宮第二球場での開催は、球場が非常に狭く、ファールボールが場外に飛び出すなどといった問題や施設の老朽化などもあるため、原則として参加校のグラウンドを使用することになった(その後、閉鎖も決定)。土日開催を原則とし、1・2回戦は対戦校の各大学グラウンドを入替えるホーム&アウェイ方式とし、3回戦以後にもつれ込んだ場合(および、土曜・日曜に雨天などの中止が生じ、月曜日以後に延期分が繰り越された場合)は原則として東京都町田市にある小野路球場を使用するが、東京六大学野球連盟が日曜日までにその週の試合を終えていれば神宮球場で開催するという変則的な日程を採用した。しかし、大学グラウンドの所在地によって移動が長距離となることから選手やファンからは不評であったことや、郊外開催となりプロ野球球団のスカウトが訪れる機会が減少するといった切実な事情もあり、2016年以後は原則として、相模原球場や大和スタジアム、上尾市民球場等を中心に、平日に首都圏の公営球場で試合を開催している。なお、2016年は西武プリンスドームで開催した他、神宮球場で、一部リーグとの同時開催をした実績もある。また、例外的に所属校及び社会人チームのグラウンドも使用している。
一部の新聞や雑誌、ネット上のサイト内記述や東都所属校野球部OB、さらには著名な野球解説者でさえも稀に「東都六大学」という用語を使用しているケースがある。さらにはかつては国会答弁の中でもその表現が使われたことがある。ただし、所属校も6校限定ではないことから、東都大学野球連盟では公的にも、また(国内の一部の連盟に見られるような)ローカルな愛称や通称としても「六大学」の呼称は使用しておらず、完全にスラングである。