2013年の日本
猪瀬直樹東京都知事、医療法人徳洲会グループから5000万円を受領した問題の責任を取り、東京都議会議長に辞表を提出、同月24日、都議会により承認され正式に辞任。
12月20日 北九州市若松区で、同市漁業協同組合組合長の男性が自宅近くで胸と左腕の少なくとも2カ所を拳銃で撃たれ、市内の病院に救急搬送されるも約2時間後に死亡。 エアアジア・ジャパンから11月に社名変更した航空会社バニラ・エアの初便就航。
12月21日 - 東京都交通局、土曜日の午前1-5時台に、渋谷駅-六本木駅間で、路線バスとしては全国初となる「終夜バス」の試験運行を開始。
12月23日 - 日本政府、国際連合およびPKOで国際連合南スーダン派遣団に参加している大韓民国国軍からの要請を受け、同軍に陸上自衛隊の小銃弾1万発を譲渡。自衛隊の弾薬を国連や他国に供給するのは初めて。
12月24日 - 内閣衛星情報センター、情報収集衛星「光学2号機」について、11月8日に通信が途絶えて以降、復旧を試みてきたが回復の見込みがないと判断し、運用を終了することを発表。
12月26日 - 安倍晋三内閣総理大臣、現職総理大臣としては2006年8月15日の小泉純一郎以来7年4カ月ぶりとなる靖国神社参拝。
12月27日 - 沖縄県知事が名護市辺野古への移設に向けた政府の埋め立て申請を承認した。
12月29日 - マルハニチロホールディングス子会社であるアクリフーズの群馬工場で生産された冷凍食品から農薬(マラチオン)が検出され、自主回収を実施(詳細は「アクリフーズ農薬混入事件」を参照)。
12月30日 - 大瀧詠一急逝。
12月31日 - 第64回NHK紅白歌合戦が開催。
3月2日〜19日 - 「2013 ワールド・ベースボール・クラシック」(第3回WBC)開催。
3月7日 - 沖縄県石垣市の石垣島東部に新石垣空港開港。
3月14日 - 東京地方裁判所、成年後見人が付くと選挙権を失う公職選挙法の規定について違憲と判断。
3月15日 - 同日付の終電をもって、東急東横線と東京メトロ日比谷線の直通運転終了。
3月16日 東急東横線渋谷駅を地下駅に移転した上で東京メトロ副都心線との相互直通運転、およびみなとみらい線(東横線と乗り入れ)から東武東上線及び西武池袋線(副都心線と乗り入れ)までの相互直通運転開始。 秋田新幹線に新車両「E6系」を導入、愛称は「スーパーこまち」。 東日本大震災により被災したJR東日本の路線のうち、石巻線渡波駅 - 浦宿駅間、および常磐線浜吉田駅 - 亘理駅間が復旧。。
3月17日 - 千葉県知事選挙で、現職の森田健作が再選。
3月19日 - 日本銀行の白川方明総裁が4月9日の総裁任期満了を待たずして辞任。
3月23日 - 各地で使用されている10種類の交通系ICカードが相互利用が開始された。
3月24日 大相撲の横綱白鵬が9度目の全勝優勝、故大鵬・故双葉山の8回の記録を超える。
2012年12月26日に成立した自民党政権の第2次安倍内閣は、前民主党政権に対する失望感の反動や経済政策(アベノミクス)への期待感などから高い支持率をキープした。一方、2013年の後半において焦点となった特定秘密保護法案では、法案で規定された秘密の定義が曖昧で恣意的な拡大解釈が可能であるとしてマスコミなどを中心に批判的な論調が目立ったが、諸外国との密な情報のやりとりの中でこのような法律の整備が必要であるとの見方もあり、世論でも評価が分かれている。
1年間(1月4日〜翌年1月5日)を通じて内閣の交代が行われなかったのは、小泉純一郎内閣下の2005年以来8年ぶり。また、同じく1年間を通じて閣僚の交代(内閣改造や辞任に伴う)が行われなかったのは、三木武夫内閣下の1975年以来38年ぶりとなった。
12月13日 - 名古屋市営地下鉄名港線六番町駅で、吹き付け材のアスベスト(石綿)撤去工事中に、構内の空気中から、毒性の強い「クロシドライト(青石綿)」が、世界保健機関が示した安全基準の71倍検出される。
12月15日 - 警視庁刑事部捜査第一課が、2012年10月12日に上智大学に硫化水素を発生させる容器と犯行声明文を放置したとして、大阪市東成区の36歳の男を威力業務妨害容疑で逮捕した。上智大学は漫画『黒子のバスケ』の作者の藤巻忠俊の出身校で、事件発覚後、漫画の関連イベント会場や関連商品を扱うコンビニチェーン店など国内約400カ所の施設に対して脅迫文が送り付けられ、イベントの中止や商品の撤去が行われていた。
12月16日 - 神奈川県三浦市で米軍ヘリが埋立地に不時着事故。
12月17日 富山県の神通川流域のイタイイタイ病の被害者団体「神通川流域カドミウム被害団体連絡協議会」と原因企業の「三井金属」との間で全面解決を確認する合意書に調印が行われた。 国家安全保障戦略が閣議決定された。この決定は外交、防衛においての基本方針となるものであり、日本政府がこういった方針を策定するのは初。
12月18日 江田憲司みんなの党前幹事長ら衆参両院議員15人が参加し、新政党「結いの党」設立総会開催。江田代表の他、幹事長に小野次郎参院議員、副代表に寺田典城参院議員、政調会長に柿沢未途衆院議員、国会対策委員長に畠中光成衆院議員を充てるなどの役員人事も正式決定。 東京電力、福島第一原子力発電所第5・6号機の廃炉を決定、経済産業省に届け出たことにより、2012年4月に廃炉を届け出た同原発の第1-4号機と合わせ、同発電所の6原子炉全てが廃炉となることが決定。日本の原発は48基になる。
12月19日 京都市山科区の王将フードサービス本社前で、大東隆行同社社長が拳銃で撃たれ倒れているところを発見され、心肺停止状態で病院に搬送されるも死亡。
6月2日 - 美濃加茂市長選挙投票日。新人の藤井浩人が現職首長で最年少となる28歳で当選。
6月3日- 上中里駅最寄りの西ケ原研修合同庁舎(仮称)の不発弾処理により東北・秋田・山形・上越・長野新幹線と京浜東北線、湘南新宿ライン等が東京-大宮、品川-東十条、新宿-大宮間において一時運転を見合わせとなる。
6月7日 - 改正道路交通法が衆院で可決成立、運転に支障ある病気を隠して取得などの罰則や無免許運転の罰則強化などが盛り込まれた。
6月13日 - 愛知県大治町の町長が酒気帯び運転で摘発。
6月14日 - 長崎地方裁判所、2011年に長崎県西海市で発生した女性殺人事件の被告人に死刑判決。
6月16日 - 静岡県知事選挙で、現職の川勝平太が当選。
6月18日 - 警視庁刑事部捜査第二課、2011年8月に経営破綻し、被害者約7万3000人、負債総額約4300億円を生み出した安愚楽牧場元経営者ら3人を、事実と異なる説明で出資者を勧誘したとして、特定商品預託法違反(不実の告知)容疑で逮捕。