NT File System
Win32サブシステムではファイル名の大文字小文字は区別されず、ファイル名の大文字小文字が異なるファイルを上書きした場合は、最後に使われたファイル名のファイルが保存される。POSIX・Interixサブシステム・Windows Subsystem for Linuxではファイル名の大文字小文字は区別され、ファイル名の大文字小文字が異なるファイルは上書きされず別のファイルとして保存される。
さらに高度な応用としてファイル システム フィルターを備え、ファイルシステム機能やファイルシステム上の名前空間を任意のソフトウェアでオーバーライド(継承)できる。この機能をもとに圧縮機能・暗号化機能・ファイル変更ジャーナル・スナップショット機能・クォータ機能をサブシステムを含むユーザー プロセスからは何ら変更の無いアクセスで利用できる透過的な実装が行われたほか、サードパーティによるファイル システムに対するフォレンジック監査の実装などに活用されている。
1ボリューム当たりの推奨最大サイズは、2 TiBであるが、それ以上のファイルシステムも作成可能である(理論上は、2-1クラスタまで可能だが、コンピュータの性能上制限してある)。
Windows NT 3.51からサポートされたファイル圧縮をNTFSもサポートしている。LZNT1アルゴリズム(LZ77の変種)を使用したファイル単位での透過的な圧縮をサポートし、ディスクの空き領域を増加させることができる。ただし、4 KiBを超えるアロケーション ユニット サイズでは圧縮機能を利用できない。
加えて、スパースファイルもサポートする。ファイルの一部が0で埋められている場合、クラスタ単位で0で埋められている領域をスキップし、ディスク容量を節約する。これはデータベースのハッシュテーブル ファイルや仮想マシンの仮想ハードディスク ファイルなど大部分が0で埋められているファイルで効率よく働く。
NTFSには小さなファイルをファイルのメタデータと一緒にMFT内に収める機能がある。これはアロケーション ユニットを割り当てない事による若干の容量面のメリットとユーザーデータの読み取りにメタデータとは別のI/Oを必要としない速度面のメリットがある。
ファイル数は少ないが巨大なファイルを格納したいと思うなら、最大2048 KiB のアロケーション ユニット サイズを選択できる。
アメリカ合衆国政府のコンピュータ納入の条件としてPOSIXサポートが必須条項であったため、NTFSはPOSIX.1仕様の環境を提供する。これには、ファイル名やディレクトリ名の大文字と小文字の区別やアクセス権、ハードリンク、互換性を持つタイムスタンプのサポートが含まれる。
基本的にはファイル名はUCS-2で格納される。ここでファイル名を非UNICODE文字種とUNICODEで参照した場合、名前の不一致が発生する。名前の不一致はコードページに依存し、名前空間の一貫性を損なってしまう。原則として厳密に名前空間を取り扱うのであれば、UNICODEでアクセスすべきで、ロケール依存コードページによってアクセスすべきではない。慣例的にコードページ依存文字を使うftpなどのプロトコルの取り扱いは注意を必要とする。