日暮里駅
JR東日本の各線(後述)、京成電鉄の本線、東京都交通局の日暮里・舎人ライナーの3社局の路線が乗り入れ、接続駅となっている。また、JR東日本の駅には「NPR」のスリーレターコードが付与されている。
JR東日本:各線(後述)
京成電鉄: 本線 - 駅番号「KS02」
東京都交通局 : 日暮里・舎人ライナー - 駅番号「NT 01」
JR東日本の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は東北本線と常磐線の2路線であり(詳細は路線記事および鉄道路線の名称参照)、東北本線を所属線としている。東北本線は田端駅経由の本線と尾久駅経由の支線との分岐駅となっているが、支線を経由する列車線にはホームがなく、列車線で運行される宇都宮線・高崎線列車は停車しない。本線経由の電車線で運行される京浜東北線電車および山手線電車のみが停車し、旅客案内では「東北(本)線」は使用されていない。一方、常磐線に関しては中距離電車および常磐線快速電車が停車する。
京浜東北線:電車線を走行する東海道本線・東北本線の近距離電車。横浜駅から根岸線への直通運転も実施している。 - 駅番号「JK 32」
山手線:電車線を走行する環状路線 - 駅番号「JY 07」
常磐線(快速)(■中距離列車も含む):同線は線路名称上は当駅を起点としているが、列車はすべて東北本線上の専用線路を介して上野駅まで乗り入れているほか、2015年3月14日より、上野東京ラインの開通に伴い、一部列車が品川駅まで運転される。 - 駅番号「JJ 02」
当駅は、特定都区市内における「東京都区内」および「東京山手線内」に属する。
また当駅からの京成電鉄の列車の一部は、芝山鉄道芝山鉄道線との直通運転を行っている。
日暮里駅の事務管コードは、▲441005となっている。
日暮里駅周辺には、いくつか運賃計算の特例が設定されている。なお、はみ出して折り返せる区間での途中下車はできない。
日暮里駅 - 赤羽駅間については、経路特定区間となっており、尾久駅経由(宇都宮線・高崎線)で乗車する場合にも王子駅経由(京浜東北線)で運賃計算を行う。
三河島駅 - 日暮里駅 - 西日暮里駅を含むような形で乗車する場合(上記の特例により尾久経由で赤羽以遠を利用する場合、さらには東北新幹線の上野 - 大宮間を利用する場合も含まれる)には、日暮里駅 - 東京駅間を折り返し乗車できる(グリーン定期券では不可、グリーン定期券以外の定期券では日暮里 - 上野の在来線のみ可)。
尾久駅と日暮里駅・鶯谷駅・三河島駅以遠・西日暮里駅以遠を行き来する場合、グリーン定期券以外では日暮里(鶯谷) - 上野間を折り返して乗車できる。