朱印船
ウィリアム・アダムス、ヤン・ヨーステンら日本在住のオランダ人、イングランド人、ポルトガル人12名にも発行された。
1620年代になると、朱印船が東南アジア地域の紛争に巻き込まれる事件が多発した。また、幕府の禁教令を背景にしてキリスト教カトリックの宣教師は、布教の拠点を東南アジアの日本町に移すようになり、朱印船を利用して日本人のキリスト教徒(キリシタン)や司祭を日本に送り出す戦術をとるようになった。
このような観点を踏まえつつ、江戸幕府は、東南アジア地域の紛争の悪影響の回避と、キリスト教の流入の防止の観点から、貿易の管理と統制を強化することを余儀なくされるようになった。
徳川秀忠が没し徳川家光の親政が始まると、幕府は、シナ海・東南アジア方面との中継ぎ貿易の管理と統制の拠点であった長崎の整備を進めていくことになった。1633年以降、長崎奉行は2人の旗本から任命されることとなり、幕府は、奉行が長崎に赴任するときに、奉行の職務を定めた通達(いわゆる「鎖国令」)を出した。
1633年の通達(「第1次鎖国令」)では、奉書船以外の渡航や、東南アジアに5年以上永住している日本人の帰国を禁止した。1635年の通達(「第3次鎖国令」)では、すべての日本人の東南アジア方面への海外渡航と帰国が全面的に禁止され、その結果、朱印船貿易は終末を迎えた。
この措置によって東南アジアで朱印船と競合することが多かったオランダ東インド会社が莫大な利益を得、結局は欧州諸国としては唯一、出島貿易を独占することになる。
朱印船として用いられた船は、初期には中国式のジャンク船が多数であった。後には末次平蔵の末次船や荒木宗太郎の荒木船に代表されるジャンク船にガレオン船の技術やデザインを融合させた独自の帆船が登場し、各地で製造され運用されることとなる。
それらの船のサイズは大抵500~750tであり、乗組員はおおよそ200人であった(人数が判明している15隻の平均人数は236人である)。また、東南アジア貿易が盛んであった時には、木材の品質もよく造船技術も優れていたシャムのアユタヤで大量の船が注文・購入された。