古代核戦争説
上記の研究結果に対し、以下のような反論がなされている。
証拠とされる品物が、じつは「発見者」や「オカルティストたち」によって捏造された可能性である。発見者のダヴェンポートは、この「ガラスになった町」を「地元でタブーとされている場所」として、その正確な場所を明らかにせず、その存在を第三者が確認したわけではない。インダス文明を研究する考古学者の近藤英夫教授(東海大学)はNHKの取材で、このガラスになった町について「モヘンジョダロは何度も訪れたが、見たことも現地で話を聞いたこともない」とコメントしている。ダヴェンポートの発表当時とは違い、現代ではGoogle Earthなどでモヘンジョダロ周辺の衛星写真を簡単に閲覧できるが、約800メートル四方もの広さのある(とされる)「ガラスになった町」らしきものはいっさい確認できない。「ガラスになった町」が実在しないのであれば、そこから発見されたという遺物の信憑性も失われることになる。
現地で発見された遺体についても、モヘンジョダロはインダス文明期以降も、洪水や火災等が原因で興亡を繰り返していたことがわかっており、一時期は廃墟化していたことさえあった。そのため、放置された遺体が見つかっても別に不思議ではない(上記の伝承も、通常の大火が誇張されて伝わったものと考えても齟齬はない)。