臨時駅
競輪場前入口停留場 (広島電鉄宇品線 - 類型6)- 広島競輪開催時のみ停車。2002年8月、海岸通停留場移転に伴い統合され廃止。
名古屋博覧会前駅(名古屋港線〔東海道本線貨物支線〕・類型6) - 1937年廃止。
浜黒崎仮停車場(北陸本線・類型2) - 1948年(昭和23年)8月30日運輸省告示第240号によって廃止。
午起仮停車場(関西本線・類型2) - 1948年(昭和23年)8月30日運輸省告示第240号によって廃止。
唐浜仮停車場(鹿児島本線・類型2) - 1955年3月8日廃止。1951年7月23日の開設から4年間の間だけだった。
袖師駅(東海道本線・類型2) - 1971年10月1日廃止。
会場前駅(小樽博会場前駅、小樽博覧会会場前臨時乗降場)(函館本線・類型6) - 1984年6月10日から1984年8月24日まで快速スリッピ号運行時のみ営業。小樽築港駅から浜小樽駅の旧貨物支線を小樽築港駅の構内側線として扱い、小樽築港駅から支線途上の約1 km地点に設置。
万博中央駅(常磐線・類型6) - 1985年3月14日 - 9月16日、つくば万博の期間のみ営業。現在は同位置にひたち野うしく駅がある。
切浜海水浴場駅(山陰本線・類型2) - 1985年7月27日開業、1986年8月1日廃止。
フォトデッキ駅(小海線・類型6) - 1986年7月16日 - 9月1日の間、小海線の国鉄最高標高地点にイベントで設置。
運行期間に限定した第二種鉄道事業免許をその都度取得して営業するため、JR東日本の公称上の総駅数には含まれない。また発着列車はすべて団体専用列車の扱いで、一般旅客は原則利用できないため、時刻表・路線図等にも表記されない。
この他、気仙沼線・大船渡線において、東日本大震災による被災後、BRTで復旧した区間(気仙沼線・大船渡線BRT)における新設駅も、当初は『JR時刻表』・『JTB時刻表』の本文ページに臨時駅との記載があったが、「(臨)」の表記はなかった(2018年4月時点ではこの記述自体が無くなっている)。これらの駅(バス停留所)は鉄道路線上で営業されたことがなく、鉄道事業における駅に該当しないため、JR東日本の公称上の総駅数には含まれない。しかし、2020年4月の当該区間の鉄道事業廃止以降は、「BRT駅を含む」の但し書き付きで総駅数に含める表記も存在する。
名古屋鉄道に合併後、1981年12月14日に碧南中央駅に改称・移設。
重原駅(三河鉄道・類型6) - 1926年2月5日常設駅に昇格。
近江舞子南口駅(江若鉄道・類型2) - 1962年に常設駅に昇格。1969年11月1日に江若鉄道線の廃線により廃止。
運動場前駅(京阪電気鉄道・類型6) - 1922年11月12日常設駅に昇格。のちに豊野駅に改称、1963年5月15日廃止。
東花園駅(近畿日本鉄道・類型2) - 1967年9月1日常設駅に昇格(臨時駅時代の名称は「ラグビー運動場前→ラグビー場→ラグビー場前」)
ファミリー公園前駅(近畿日本鉄道・類型2) - 1993年9月21日常設駅に昇格。
二色浜駅(南海電気鉄道・類型2) - 1938年10月1日常設駅に昇格。
甲子園駅(阪神電気鉄道・類型6) - 1926年7月16日常設駅に昇格。
尼崎センタープール前駅(阪神電気鉄道・類型6) - 1963年12月10日常設駅に昇格。
原生花園駅(釧網本線・類型3)
ラベンダー畑駅(富良野線・類型4) - 一部期間を除き、「富良野・美瑛ノロッコ号」のみ停車し、普通列車は通過する。時刻表には開設時期にしか掲載されていないため、通年で記載のある原生花園駅とは異なり、JR北海道の公称上の総駅数には含まれない。
細岡駅(釧網本線・類型3) - 2023年3月17日までは常設駅であり通年営業であった。
猪苗代湖畔駅(磐越西線・類型2、かつては類型4*) - 2007年度以降停車する列車が設定されていないため、実質的には休止駅。
ガーラ湯沢駅(上越線〔上越新幹線〕・類型5) - 『JR時刻表』および『JTB時刻表』には開設時期にのみ掲載されるが、路線の終端駅であるため、時刻表には臨時駅の表記がない。
偕楽園駅(常磐線・類型1・6) - 下り線(水戸方面行き)にのみホームが設置されており、上り列車は当駅には停車しない。そのため、水戸方面からの上り列車で当駅を利用する場合は、一旦隣の赤塚駅まで乗車し、下り列車で折り返すことになる。反対に当駅から友部方面への上り列車を利用する場合、一旦下り列車で隣の水戸駅まで乗車し、上り列車で折り返す。この場合前者の場合は赤塚駅、後者の場合は水戸駅で改札を出ない場合に限り特例で折り返し乗車が認められている。
秋田港駅(奥羽本線・類型6) - 本来はJR貨物の貨物駅であるが、秋田港に寄航するクルーズ客船の乗客やイベント開催時のツアー参加者に限定して旅客営業を実施している。