松本空港
フジドリームエアラインズ (FDA) ・ 日本航空 (JAL) 新千歳空港 丘珠空港(夏ダイヤ期間運航) 神戸空港 福岡空港
日本航空 (JAL) 大阪国際空港(季節運航)
2007年1月には、当空港唯一のジェット便であった札幌(新千歳空港)線を運航する日本航空インターナショナル(旧日本航空ジャパン)が、同路線を2007年10月より休止することを決定し、長野県へ通告した。日本航空はこの休止の理由をMD-87の退役に伴う代替機が用意できないためとしていた。長野県(信州まつもと空港利用促進協議会)や松本青年会議所では、運航存続を求める署名運動で合わせて15万人を超える署名を集め、2007年2月7日までに日本航空へ提出した結果、長野県が日本航空へ支援金を支払うことなどを条件として、同路線を存続させることで合意に至った。運航は子会社の日本エアコミューターへと移管、意外な形で同社初の北海道路線誕生につながった。なお機体はMD-87からDHC-8-400に変更され、13年続いた当空港のジェット機定期運航が後述のフジドリームエアラインズ(FDA)就航まで消滅した。
この合意により、札幌線は2007年9月まで毎日1往復運航されていた福岡便を週3往復に減便した上で、残る4日分の運航を札幌線に振り替えるという措置によって存続される形となった。
運行経路・停車停留所などの詳細は、各バス会社記事や公式サイトで確認。