ワジリスタン紛争
ところが2001年にアメリカ同時多発テロ事件が発生した。アメリカ合衆国はアフガニスタンへの兵站を確保するために、パキスタンの港湾を必要としていた。アメリカ合衆国国務副長官のアーミテージはパキスタンの首脳に対して、アメリカの敵になるのなら「空爆して石器時代に戻す」と脅迫した。一方、パキスタンもアメリカの助けが必要だった。パキスタンの経済は核実験以降の制裁などにより破綻寸前だった。しかしアメリカの要求に応じてテロとの戦いに参加することは、今まで苦心して築き上げてきたターリバーンやカシミール過激派との関係を破壊し、ウサーマ・ビン・ラーディンを英雄だと思っている大多数のパキスタン国民や国内のイスラム教指導者、軍統合情報局(ISI)や軍内部の親イスラム勢力を敵に回し、最悪の場合、国家が分裂するようなリスクを背負うことになる。パキスタンのムシャラフ大統領は難しい決断を迫られた。
2001年9月19日、ムシャラフ大統領はテロとの戦いに参加すると表明した。10月7日にアメリカ合衆国を中心とした有志連合諸国や北部同盟がターリバーン政権を攻撃すると、連邦直轄部族地域を中心としたパキスタンやアフガニスタンの国境地帯は、ターリバーン残党やアルカーイダの恰好の潜伏場所となった。
2008年8月18日、ムシャラフ大統領は退陣し、ブットーの夫であったアースィフ・アリー・ザルダーリーが新大統領となった。大統領交代後、アメリカ軍は連邦直轄地域での攻撃を強化した。9月23日、アルカーイダがイスラーマーバードのマリオットホテルを攻撃し、多数の死傷者が出た(イスラマバード・マリオット・ホテル爆破テロ事件)。このテロ攻撃への報復としてパキスタン軍とアメリカ軍は共同してバージャウル管区を攻撃し、1000人以上の武装勢力を殺害した。10月頃から過激派勢力はアフガニスタンに向かうNATOや国際連合世界食糧計画の輸送隊を攻撃し始めた。国境地帯の要所であるカイバル峠は激しい戦いの場となった。
第1次スワートの戦い(英語版)(10月25日 - 12月8日)が始まる。11月3日、ムシャラフ大統領は全土に非常事態宣言を発令し、憲法は停止された。12月15日に非常事態は解除されたが、ムシャラフ大統領の再選問題に絡む統制であるという声があふれ、反発は強まった。さらに12月27日にはパキスタン人民党党首、ベーナズィール・ブットーが暗殺され、反ムシャラフ勢力と政府側の衝突はより激しくなった。
12月、ターリバーンを支持するパキスタン人武装勢力を統合する目的で、パキスタン国内の13のターリバーン系組織が合体してパキスタン・ターリバーン運動が発足した。最高指導者はバイトゥッラー・マフスード。
2008年1月、アメリカ軍はアルカーイダの序列3位で報道官兼ゲリラ戦の専門家のアブー・ライス・アッ=リービーを無人攻撃機によって爆殺した。
2月7日、パキスタン・ターリバーン運動指導者のバイトゥッラー・マフスードによって和平が提案され、5月21日にパキスタン軍はスワート渓谷(英語版)(スワート地区(英語版))から徐々に撤退して捕虜を返還する代わりに、武装勢力は自爆テロを中止して訓練キャンプを閉鎖するという合意が行われた。しかしなおも衝突はやまず、和平は実現しなかった。
9月はじめ、政府支持の部族勢力はターリバーンと戦うことを宣言し、3万人の部隊を組織した。
パシュトゥーン人はアフガニスタンのヒンドゥークシュ山脈とパキスタンのスライマーン山脈の間に分布する民族である。現在の総数は2800万人に及ぶ。しかし19世紀のロシア帝国と大英帝国の勢力圏争いにより、パシュトゥーン人の領域はスライマーン山脈を境に2つの国に分断されてしまった(デュアランドライン)。スライマーン山脈のパシュトゥーン人はアフガニスタン側のパシュトゥーン人とは異なり自治権を獲得しただけで満足し、パキスタンに編入された。しかしパシュトゥーン人にとってパキスタンはパンジャーブ人などの異民族の国であり、立小便の是非というレベルで風習が違い、共通項はイスラム教しかない。スライマーン山脈のパシュトゥーン人は連邦直轄部族地域という自らの領域を確保し、大統領命令以外はパキスタンの法にも従わなくても良いとする相互不干渉により、パキスタンにとどまっていた。
一方、パキスタンは独立以降インドに負け続け、1970年代の第三次印パ戦争で現在のバングラデシュである東パキスタンを失った。その後パキスタンはインドのヒンドゥー・ナショナリズムに対抗するためにイスラム化を進め、インドの核戦力に対抗するために核実験を行い、後背の安全を確保するためにターリバーンを支援してアフガニスタンに親パキスタン政権を樹立し、2倍の兵力を持つインド軍にカシミール紛争で対抗するためにイスラーム過激派を育成した。