劇場版 機動戦士ガンダム00 -A wakening of the Trailblazer-
新たな戦いを予期したCBは、巡礼の旅に出ていたアレルヤ・ハプティズムやソーマ・ピーリス(マリー・パーファシー)と合流し、謎の金属生命体の調査に宇宙へ上がるが、そこに破壊されたはずのエウロパが無数の金属生命体と共に現れ、CBに襲いかかってきた。それらの放つ強烈な脳量子波に刹那は翻弄されるが、救助に現れたティエリア・アーデによって窮地を脱する。地球連邦政府に「ELS」と名付けられた金属生命体は、脳量子波に惹きつけられる特性を持っていた。政府は木星から新たに現れたELSの大群との接触を図り、デカルトを含めた先遣艦隊を火星圏へ送るが、艦隊は救援に駆けつけた刹那の目の前で浸食され、壊滅する。刹那はトランザムバーストでELSとの対話を試みるものの、その膨大な情報を受け止めきれず、脳にダメージを受けて昏睡状態に陥ってしまう。
ELSを敵性生物と判断した政府は、地球への侵攻を阻止すべく決戦の準備を進め、絶対防衛線へ全戦力を集結させる。CBも参戦するが、1万対1という戦力差に加え、MSや巡洋艦の能力、GN粒子すらもコピーし、さらには連邦軍の攻撃を迅速に分析して立て続けに無効化するといった、ELSの驚異的な学習能力に圧倒されてしまう。