GOTHAM/ゴッサム
市長となったコブルポットはニグマへの愛情がもつれて憎みあうようになり、それぞれヴィランを味方につけて抗争する。ムーニーとバーバラは死に、ニグマは冷凍される。人を凶暴化させるウイルスが出現し、ファルコンの息子である感染した婚約者をゴードンに殺されたリーは復讐を謀る。昔からゴッサムを支配してきた"梟の法廷"は、ゴッサムを一度崩壊させてから再生させようと、ウイルスを市中に放つ。ゴードンの尽力でウイルスの危機は去るが、リーはゴッサムを去る。ブルースは誘拐されてシャーマンに修業を受け洗脳される。シャーマンは"梟の法廷"を皆殺しにした後、アルフレッドに殺される。師を殺されたブルースはアルフレッドを刺して洗脳が解け、ゴッサムの犯罪と闘い始める。
一カ月後、テオ・ギャラバンが妹タビサ・ギャラバンと聖デュマ騎士団の力を借りてゴッサム・シティの市長となり、ウェイン家に復讐しようとする。テオは殺されるが、ゴッサム警察はヴィクター・フライスに手を焼く。アーカム・アサイラムとウェイン・エンタープライズがひそかに所有するインディアン・ヒルでは、ストレンジ教授が狂気の実験を行う。
シーズン2前半にはRise of the Villains、後半にはWrath of the Villainsという副題が付けられている。