アッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道
西海岸までの路線を完成させて、1886年にはストロングは他の事業拡大の機会を探し始めた。財務的な問題を抱えていた、テキサス州にほぼ700マイル(約1,100 km)の路線を持っていたガルフ・コロラド・アンド・サンタフェ鉄道(英語版)がこの機会を提供した。ガルフ・コロラド・アンド・サンタフェ鉄道は合併契約の一環として、フォートワースから当時アッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道の線路が延びてきていたインディアン準州のパーセル(英語版)まで、171マイル(約275 km)の路線を建設することを求めた。この接続路線は完成し、合併は1887年4月27日に公式に実行された。最終的に1965年にアッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道に直接吸収されるまで、ガルフ・コロラド・アンド・サンタフェ鉄道は完全子会社として運行を続け、吸収合併された時点で約1,800マイル(約2,900 km)の路線を運行していた。
鉄道の規模に関する1870年と1945年時点での比較で、この間に鉄道がどの程度成長したのかが分かる。
出典: Santa Fe Railroad (1945), Along Your Way, Rand McNally, Chicago, Illinois.
またデンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道は推定140万ドルをサンタフェ鉄道に対して峡谷内で既に建設したものの代金として支払い、またサンタフェへは延伸しないこと、一方でサンタフェ鉄道がデンバーおよびレッドビルへの計画路線を先に建設することで合意された。
また南部へも視野にいれ、ラトン峠を確保するために、当初の2万ドルの出費がトリニダードから南への線路を建設するために1878年2月26日に承認された。この事業の成功にとって、路線の位置は実際の路線建設と並んで極めて重要であった。かつてデンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道の土木技術者であったW.R."レイ"・モーリーは1877年にサンタフェ鉄道に雇われ、最初の仕事として峠を越える経路を密かに調査することを命じられた。この地域での活動が、デンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道に峠を越える路線を先に建設されることにつながるのではないかと恐れられていたのである。これに加えてストロングはサザン・パシフィック鉄道が、サンタフェ鉄道のニューメキシコ州への進入を防ぐための法案を準備していることを知っていた。これにくじけずにストロングは、ニューメキシコ・アンド・サザン・パシフィック鉄道 (New Mexico and Southern Pacific Railroad) に対する路線特許を取得すると、ただちにラトン峠にA.ロビンソンを送った。1878年の2月から12月にかけて、作業員はラ・フンタ(英語版)からラトンまでの区間の建設に格闘し、12月7日に最初のサンタフェ鉄道の列車がニューメキシコ州に入った。
ニューメキシコ・アンド・アリゾナ鉄道(New Mexico and Arizona Railroad、1882年 - 1897年) - 1897年から1934年まではサザン・パシフィック鉄道の列車を運行しない子会社
ニューメキシコ・アンド・サザン・パシフィック鉄道(New Mexico and Southern Pacific Railroad Company、1878年 - ?) - ラトン峠を越えてニューメキシコ州へ線路を敷くために設立された子会社
サンフランシスコ・アンド・サン・ホアキン・バレー鉄道 (San Francisco and San Joaquin Valley Railway)
サンタフェ・パシフィック鉄道(Santa Fe Pacific Railroad、1897年 - 1902年) アトランティック・アンド・パシフィック鉄道(英語版)(1880年 - 1897年)
ソノラ鉄道 (Sonora Railway) - 1879年に列車運行子会社となる
バーデ・バレー鉄道(Verde Valley Railway、1913年 - 1942年) - アリゾナ州クラークデール(英語版)におけるペーパーカンパニー
ウェスタン・アリゾナ鉄道(Western Arizona Railway、1906年 - 1933年) - キングマン - クロライド(英語版)間の子会社** アリゾナ・アンド・ユタ鉄道(Arizona and Utah Railway、1899年 - 1933年)
サンタフェ鉄道の歴代社長を以下に示す。
サイラス・ホリデイ(英語版)(1860年 - 1863年)
サミュエル・ポメロイ(英語版)(1863年 – 1868年)
ウィリアム・ナスト(英語版)(1868年9月)
ヘンリー・ロード(英語版)(1868年 – 1869年)
ヘンリー・カイズ(英語版)(1869年 – 1870年)
ギナリー・トゥイチェル(英語版)(1870年 - 1873年)
ヘンリー・ストロング(英語版)(1873年 - 1874年)
トーマス・ニッカーソン(英語版)(1874年 - 1880年)
T.ジェファーソン・クーリッジ(T. Jefferson Coolidge、1880年 - 1881年)
ウィリアム・ストロング(英語版)(1881年 - 1889年)
アレン・マンベル(英語版)(1889年 - 1893年)
1946年に作家のアイン・ランドは、大きな鉄道会社を舞台とする小説「肩をすくめるアトラス」の調査の一環として、サンタフェ鉄道の社長の助手を務めていたリー・ライルズ (Lee Lyles) と面会した。
彼女の死後遺された覚書を基に1997年に出版された「ジャーナルズ・オブ・アイン・ランド」には、ランドがライルズに対して、会社の管理構造や様々な状況での慣例について行った詳細な質問の一覧が含まれている。彼女の架空の鉄道会社に出てくる管理職の様々な人物に対して、サンタフェ鉄道の人物をモデルにしたことが示されており、また鉄道の経営者がそうした局面において取るであろうもっともらしい行動についてライルズが語ったことを基本として、作中の人物の様々な状況下における行動が描かれている。