三越前駅
銀座線・半蔵門線のいずれも島式ホーム1面2線を有する地下駅。両線は改札外連絡となり、乗り換えるためには一旦改札を出場し、「夢ロード」と呼ばれる連絡通路を経由する。東京メトロが公表している乗り換え時間の目安は5分となっている。2013年(平成25年)に連絡通路の拡幅工事が完成し、従来の倍以上の幅員となった。
銀座線の駅と新日本橋駅の位置はそれほど離れていないが、新日本橋駅が地下深くにあるため、乗り換え時間の目安は4分である。また、半蔵門線の駅と新日本橋駅は銀座線の駅を挟んで反対側にあり、両駅の乗り換え時間の目安は10分とされている。
半蔵門線ホームの渋谷寄りから通じる常盤橋方面改札(B1 - B3出入口)はコンコースが完全に独立しており、銀座線や三越方面への通路とは接続していない。
トイレは従来半蔵門線の改札内に2か所設置されていたが、2007年4月に銀座線中央改札外コンコースにオストメイト対応設備やベビーシートを設けた多機能トイレや幼児専用トイレが新設された。なお、半蔵門線側の押上側改札口内のトイレには多機能トイレが併設されている。
銀座線の浅草寄りには片渡り線が設けられている。早朝には神田駅・末広町駅に夜間留置された車両を、浅草方面へ回送するための転線に使用されている。
「日本橋駅務管区三越前地域」として近隣の駅を管理している。
東42-1:南千住駅西口・南千住車庫前行き/東京駅八重洲口行き
なの花交通バス 東京ひとめぐりバス:ららぽーと豊洲・ダイバーシティ東京プラザ(お台場)方面
また、付近に位置するマンダリン・オリエンタル東京(日本橋三井タワー)には東京空港交通により運行されている成田空港行の空港連絡バスが乗り入れている。