シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
~のヒーローミッション(またはダークミッション)と書かれていないものはどのミッションをクリアしても戦うことになる。
ブラックアームズの戦闘員達の幼体。ヒルのような姿をしている。単体では戦闘力は非常に弱いため、常に群れで行動する。壁に張り付いている事もある。
シャドウの記憶の中でのステージ。アークでPr.ジェラルドの生み出した人工カオスが暴走した、惨劇の始まりの日。 ヒーロー(マリア)・・・ステージ内にいる人工カオス35体倒す。陰に隠れているものもいるので見つけにくい。 ノーマル・・・ゴールリングを目指す。
GUN(バズーカ砲、戦車砲)
ブラックアームズ(ブラックショット、ビッグショット)
エッグマン軍団(エッグバズーカ)
スペシャル(ヒールショット)
シャドウを監視する為に送り込んだブラックドゥームの第三の目。ステージ上では、ダークサイドのミッションキャラクターとして登場。
実はボスとして登場するブラックドゥームはエネルギー体であり、このドゥームズアイこそがブラックドゥームの本体である。
『ソニックアドベンチャー2』に登場した大型有人ロボット、「ビッグフット」の量産タイプ。バルカン砲を装備しているが、軽量化に伴い耐久力はあまりない。
ステージに敵キャラとして登場する。司令官に「黒の軍団」などの情報を伝える。ゲームの進行によってはボスとして登場。
幾度となく世界の危機を救ってきた世界最速のハリネズミ。今作では、世界中で暴れまわるブラックアームズに立ち向かう第2の主人公。ステージ上では、ヒーローサイドのミッションキャラクターとして登場。ルートによってはブラックアームズの味方になったシャドウを止めるため、ボスとして立ちはだかる。
本名は不明。鉄の心を持つ男と呼ばれるGUNの最高司令官。普段はその呼名の如く冷静沈着だが、シャドウに対しては、過去のある経緯から「悪魔の兵器」と呼び、憎悪感を抱いている。ゲームの進行やストーリールートによってはその理由が判明したり、対テロリスト用機動兵器「ディアブロン」に自ら乗り込んでソニックと共にシャドウに戦いを挑んだりする。
本作のシャドウは武器を扱うことが出来る。
敵やオブジェクトに攻撃するなどで武器が手に入ることがあり、耐久力や残弾数がゼロになるまで武器を使える。いくつか系統がある。
打撃系の武器
道路標識や松明など。敵にヒットさせることで耐久力が落ちていく。
ガン系の武器
ハンドガンやマシンガンなど。連射が可能で、発射すると自動的に照準を定めてくれる。
大砲系の武器
バズーカなど、ヒットすると大きく炸裂する武器。所持している間は照準が出ており、自分で狙いを定める。
そのほか、ロケット砲やバキュームなどの様々な武器がある。また特定の条件を満たすことで出現する武器もある。
アークが崩落していく中でのステージ。落ちてくる足場を乗り継ぎながら進むことになる。なお、このステージにはストーリー展開上15分の時間制限があり、CENTRAL CITY同様時間を過ぎると崩壊に巻き込まれたとして1ミスになる。 ヒーロー(ベクター)・・・コンピュータールームまで辿り着く。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・ゴールリングを目指す。
政府のコンピュータの内部の電子世界。このステージの目玉ともいえる「電子サーキット」は乗り込むと、シャドウを電子化し、電子回路を超高速で移動できる。 ヒーロー(ルージュ)・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・電子世界を司る「コアプログラム」を破壊する。
GUN(対戦車ミサイル、4連発ミサイル砲、8連発ミサイル砲)
ブラックアームズ(ワームシューター、ワイドワームシューター、ビッグワームシューター)
スペシャル(制止衛星レーザー砲)