大樹寺
安政4年(1857年)5月、工事完了の儀式である釿納が行われた。本尊は、平安末期作の木造阿弥陀如来坐像が京都の泉涌寺からもたらされた。幕府の支出により再建工事は無事完成したが、総建坪は約2割削減され、大方丈の障壁画は描かれなかった。そのため大樹寺は寺費で冷泉為恭に依頼し、障壁画を同年9月に完成させた。
ペリー来航に始まる幕末の動乱は安政5年(1857年)9月の安政の大獄を第一の頂点として激化の一途をたどるが、火災がこの年以降に起こっていたら、おそらくは工事はできなかっただろうと言われている。
慶応元年(1865年)5月16日、第二次長州征討のため、第14代将軍の徳川家茂は江戸を出発。同月、岡崎城に入り、その翌日、伊賀八幡宮を経由して大樹寺に詣でた。現職の将軍の大樹寺参拝はこれが最初にして最後となった。八ツ半過ぎに大樹寺を発ち、松應寺に立ち寄ったあと、七ツ半過ぎに岡崎城に帰った。そして翌日、西に向かった。無架橋の矢作川は、川舟150隻を使った臨時の船橋で将軍一行を渡河させた。
大樹寺に安置されている江戸幕府歴代将軍の位牌は、それぞれ将軍の臨終時の身長と同じという説がある。なお、15代将軍慶喜の位牌は大樹寺に置かれていない。これは将軍職を引いた後も存命であったことと、臨終に際し自らを赦免し爵位まで与えた明治天皇に対する恩義から神式で葬られることを遺言したためである。
以下は各位牌の高さを示す。
家康:159.0cm
秀忠:160.0cm
家光:157.0cm
家綱:158.0cm
綱吉:124.0cm
家宣:156.0cm ※ 増上寺の遺骨改葬時調査による推定身長は160cm前後
家継:135.0cm ※ 満6歳薨去
吉宗:155.5cm ※ 身長は六尺(約180cm)あったとも伝えられる。
家重:151.4cm ※ 増上寺の遺骨改葬時調査による推定身長は156cm前後
家治:153.5cm
家斉:156.6cm
家慶:153.5cm ※ 増上寺の遺骨改葬時調査による推定身長は154cm前後
家定:149.9cm
家茂:151.6cm ※ 増上寺の遺骨改葬時調査による推定身長は157cm前後
当時の平均身長から大きく外れているのは綱吉と家継の位牌であるが、これを根拠に綱吉が低身長であった、家継が高身長であった、などの説が存在する。