プロジェクトJAPAN
これらの抗議に対して、NHKは放送総局長や会長が記者会見で説明、また番組ウェブサイト上でも2回にわたり説明文を掲載、番組の正当性を主張した。
日本共産党の山下芳生議員は参院総務委員会で「非常によい番組だった。(中略)親日的といわれる台湾の人々の心の奥底にある複雑な思いが伝わった。歴史を直視し、互いに共有し、反省すべきは反省もしてこそ相互理解により深い友好関係が構築できると感じた」と感想を述べた。番組批判に批判的な立場からは、市民団体「開かれたNHKをめざす全国連絡会」が放送内容に疑問の声を挙げた小林委員を批判し、議連の発足や訴訟、デモなどによって自主自立の姿勢が損なわれないようにと求める意見書を7月7日NHKに提出。同日、日本ジャーナリスト会議も番組批判について「表現の自由そのものに対する恫喝と干渉に当る」などと主張した。西日本新聞の笠島は番組批判について「嫌な感じなのは元首相を含む国会議員が絡んでいること」などと批判。内容については「『台湾は親日的』との固定観念が問い直され、当時の『同化政策』がチベットやウイグルへの施策と通じる面もあるように感じられた」などと評した。
日本の台湾統治をテーマとして2009年(平成21年)4月5日に放送された、シリーズ『JAPANデビュー』第1回「アジアの“一等国”」をめぐり、放送後「日本統治時代が悪と一方的に描かれており、内容が偏向している」、「日本の台湾統治を批判するため、(台湾人の)証言をねじ曲げている」、「番組にはやらせや、事実の歪曲・捏造があり、放送法に違反している」、「台湾の人の心と日台関係を傷つけた」などとして日台(中華民国)双方から抗議や批判が続出した。NHKには2009年4、5月だけで4,344件の意見が寄せられた。これは平成20年度NHKスペシャルの平均反響数250件を上回るものであった。