スーパーサイエンスハイスクール
岩手県 公立 岩手県立一関第一高等学校・附属中学校
福島県 公立 福島県立安積高等学校
栃木県 公立 栃木県立大田原高等学校
群馬県 公立 群馬県立前橋高等学校
東京都 国立 国立大学法人 お茶の水女子大学附属高等学校
神奈川県 公立 神奈川県立相模原高等学校
神奈川県 公立 神奈川県立多摩高等学校
愛知県 公立 愛知県立旭丘高等学校
三重県 公立 三重県立上野高等学校
三重県 公立 三重県立桑名高等学校
兵庫県 公立 兵庫県立小野高等学校
兵庫県 公立 兵庫県立宝塚北高等学校
徳島県 公立 徳島県立富岡西高等学校
沖縄県 公立 沖縄県立向陽高等学校
国立天文台普及室長の縣秀彦は、SSH指定校からすばる望遠鏡の見学要請を受けた際、望遠鏡のあるハワイ島のマウナ・ケア山(標高4205m)は16歳未満の登頂が禁止されている山であるにもかかわらず、一部の高校の連絡や準備が不十分であったという経験を引いて、SSHの教育活動に「科学技術系人材の育成」という本来の目的だけではなく、「学校の面目や先生の個人的な動機」が介在していると事業に疑問を呈した。またSSHは指定された一部の高校に予算を集中させる制度であるため、教育の機会均等の観点から好ましくなく、「SSHの隣の高校にも理科好きの生徒はいるのですから」と予算を全国の科学館や博物館の充実に向けたほうがよいと指摘した。