骨格
哺乳類に比べると、爬虫類の骨格は多様である。一般に、肋骨が腰にまであるため、胸部と腹部の区別がつけられない。腕や足を持つ種の骨格は基本的に哺乳類や鳥類と同じだが、多くは四肢が体から水平方向に伸びる骨格を持ち、地面を這うように歩くことから「爬虫類」と命名された。脊椎も頸椎が上に湾曲する。
ヘビは大きな獲物を丸呑みするために、下顎骨が左右に分かれ靭帯だけで接続され、また方形骨と鱗状骨も可動させられるため顎部に2つの関節があるような構造を持つため、口を大きく開けられる。また胸骨を持たず肋骨も柔軟性に富む。毒を持たないボアコンストリクターは獲物をしっかり噛むために強固な頭蓋を有するのに対して、毒を持つハブでは頭蓋は貧弱である。柔らかい関節を介する200個から400個もの椎骨を持ち、筋肉と靭帯でつながれることで、特有のしなやかな動きを可能とする。
カメの甲羅は、皮膚の下で発達した皮骨が連結した物で、これが背骨・肋骨と一体化した特徴的な骨格を持つ。また首を中に折り込んで収納するため、頚椎が縦方向に大きく曲げられる。脊椎動物一般と異なり。肩甲骨・鎖骨・烏口骨が肋骨の内部にある点も特徴の1つで、前肢を甲羅内部に収納できる。
トカゲの中には尾が切れて外敵から身を守る種がいる。これは、特定の尾椎にある切れやすい部分である、自切面が外れることによって実現させており、関節が外れるわけではない。
ワニは頸部にも肋骨を有し、また皮骨が鱗と相まって硬い表皮構造を持つため、胴体は柔軟性に欠ける。これに対して、尾の付け根には可動性に富む関節を有し、特に左右に大きく振ることができる。
胸骨にある柄体軟骨結合は、成長後も残る軟骨結合の1つである。繊維軟骨結合は、恥骨や椎体の結合にあり、繊維質の隙間に軟骨質がある円盤状の構造である。
一般にいわれる関節は、滑膜性の連結に当てはまる。2本の骨の間に関節包で囲まれた関節腔があり、その中に粘度が高い滑液が満ちている。関節包は滑液を生成する滑膜と、それを包む緻密で頑丈な結合組織系の繊維膜が覆う。関節の可動性は、接する骨の面を保護する軟骨と、滑液が生む弾力性と滑りによって、実現している。関節包は関節の動きを制限する物で、股関節などでは一部が厚い構造を持ち靭帯を形成する。また、関節の動きには骨の端部が様々な形を持ち、部位によっては凸凹が合わさった構造も見られる。人体の場合は2つ以上の関節が組み合わさった構造や複雑な形状を持つ部分が複数箇所に見られ、例えば肘の関節は3つ以上の骨が介在する。