横浜駅
事業主体は日本郵政、JR東日本、京浜急行電鉄、横浜市の4者で、1996年に横浜駅東口地区開発(ステーションオアシス)推進協議会を設立している。また、この再開発に関連して高島二丁目地区方面ともデッキレベルでの接続が計画されている。なお、東口周辺の再開発が本格化するまでの暫定施設として、横浜中央郵便局別館(2015年3月まで集配業務を行っていた)の建物をリノベーション活用した、アカツキライブエンターテインメントによる複合型体験エンターテインメント施設「アソビル」が2019年3月に開業している。
一方、前述のようにみなとみらい地区との接続を強化するため、東口の帷子川沿岸部(出島地区)からみなとみらい大橋に接続する道路「栄本町線支線1号」の整備およびその周辺部に位置する「出島地区」(横浜駅東口臨海地区)における再開発も検討されている(「栄本町線#整備計画」も参照)。
JR東日本の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は、当駅の所属線である東海道本線および当駅を起点に根岸駅を経て大船駅とを結ぶ根岸線の2路線であるが、一般列車の運転系統は以下のように多岐にわたっている(詳細は路線記事および「鉄道路線の名称」参照)。当駅は「YHM」のスリーレターコードが付与されている。
東海道線:東海道本線大船駅以西の藤沢駅・小田原駅方面に直通する中距離電車(湘南電車)。当駅以北の東京方面は京浜東北線に対して、当駅以南の大船駅までは横須賀線に対して速達列車としての役割を果たしている。東京駅を発着する系統と、東京駅・上野駅経由で宇都宮線・高崎線に直通する上野東京ラインが運行されている。 - 駅番号「JT 05」
横須賀線:東海道本線(品鶴線経由)を経て、大船駅より線路名称上の横須賀線を走る。当駅以南の大船駅までは東海道線列車に対して各駅に停車する。上りは多くの列車が東京駅を経由し、総武快速線へ直通する。 - 駅番号「JO 13」
湘南新宿ライン:東海道本線(品鶴線経由)を経て、戸塚駅から西大井駅まで横須賀線と同一の線路を使用し、新宿駅経由で東海道線と高崎線間、横須賀線と宇都宮線間をそれぞれ直通する。 - 駅番号「JS 13」
京浜東北線・根岸線:東海道本線川崎駅・東京駅方面と横浜駅・根岸線方面とを結ぶ近距離電車で、当駅を経由する全列車が両線で直通運転を行っている。 - 駅番号「JK 12」
上表の路線名は旅客案内上の名称(愛称)で記載している。
JR側改札口(2004年11月)
12両編成対応の上下方向別単式ホームで、JR線ホームの南隣に位置する。1930年の開業当初は島式1面2線、その後1944年2月に現在と同じ2面2線となったものの、1974年5月に再度島式ホーム1面2線となった。しかし、利用客の増加が続いたため、混雑緩和のために2006年7月に東口側に下り専用ホームが設置された。1番線に上大岡・三浦海岸方面、2番線に羽田空港・品川方面の列車が発着する。
新しい下りホームなどの設置は国土交通省の鉄道駅総合改善事業費補助制度によるもので、この制度では第三セクターに対し国や自治体から補助金が拠出されることから、資本関係にある第三セクターの横浜高速鉄道が関係施設を保有して事業主体となり京急が受託する形で工事が行われた。工事以前は極めて小さいながら独立した駅舎を持っていたが、この下りホーム設置により撤去された。跡地は下りホームと直結する地下1階・地上8階建ての駅ビルが2008年に開業し、同社のオフィスをはじめ、飲食店やコンビニエンスストアが入居している。
改札はきた・中央の両通路およびみなみ通路への連絡路に面して設置されている他、中央自由通路の北側にJRとの連絡改札がある。2004年1月までは北側の跨線橋上にも連絡改札があった。1987年から2006年3月17日にかけては相鉄口改札(乗り換え改札ではない)が設置されていたが、みなみ通路に連絡する南改札開設に伴い閉鎖された。
なお、実際に本着工したのは2016年4月1日(起工式は2015年10月19日)のことであり、着工が遅れることとなったCIALおよびエクセルホテル東急跡地では期間限定施設として、それぞれ商業施設の「西口ルミネ」や屋台村・仮設飲食店などが運営され、継続的に賑わいの創出が行われた。
2013年12月末には開発事業敷地内の東急所有地 をJR東日本に売却 し、開発主体を一元化すると発表(開発を加速するためのもので、東急は事業から完全撤退せずに「今後も様々な形で協力する」としている)。JR東日本を主体として鶴屋町棟から駅前棟に繋がる歩行者デッキなどを整備し、隣接する「横浜駅きた西口鶴屋地区再開発事業(仮称)」(後節参照)の再開発区域とも一体的に開発を進めていく。
2018年11月には横浜駅西口開発ビルの名称について駅前棟は「JR横浜タワー」、鶴屋町棟は「JR横浜鶴屋町ビル」にそれぞれ決定したとJR東日本が発表。2020年1月には開業日について「JR横浜タワー」が同年5月30日、「JR横浜鶴屋町ビル」が同年6月5日と発表された(オフィスや保育所、駐車場など施設の一部は同年4月より順次稼働)。さらに、同年3月には諸外国での新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の感染拡大に伴い、家具の製作や納品遅延等の影響が出ているとして、ホテル「JR東日本ホテルメッツ 横浜」の開業日を同年6月27日に変更すると発表した。その後、同年5月13日にはCOVID-19感染拡大に伴う国の緊急事態宣言の発令を受けて、「JR横浜タワー」と「JR横浜鶴屋町ビル」の開業を延期することを発表。なお、「JR東日本ホテルメッツ 横浜」については予定通り同年6月27日に開業するとしている。
2020年6月には、JR横浜タワーでは商業施設「NEWoMan横浜」を同年6月18日、商業施設「CIAL横浜」、エンタテインメント・コンプレックス「T・ジョイ横浜」を同年6月24日にそれぞれ開業することを発表。
本線 □「モーニング・ウィング号」・□「イブニング・ウィング号」 通過(イブニング・ウィング14号・16号は運転停車) ■快特 京急川崎駅 (KK20) - 横浜駅 (KK37) - 上大岡駅 (KK44) ■特急 神奈川新町駅 (KK34) - 横浜駅 (KK37) - 上大岡駅 (KK44) ■急行 京急東神奈川駅 (KK35) - 横浜駅 (KK37) - 日ノ出町駅 (KK39) ■普通 神奈川駅 (KK36) - 横浜駅 (KK37) - 戸部駅 (KK38) 1944年までは戸部駅との間に平沼駅が設置されていた。