NNNきょうの出来事
とコメントし、最後に引き継ぎという形で『NEWS ZERO』新キャスターに就任する村尾信尚を紹介し、村尾が
と新番組への抱負をコメント。そして最後の天気予報(1分)の後、番組最後のメインキャスターとなった小栗がお別れの挨拶で、最終回のトップニュースであった所信表明演説を行った内閣総理大臣(第1期)の安倍晋三が本番組の放送年数と同い年であることに触れた後、最後に
と挨拶して番組は終了、52年の歴史の幕を閉じた。
こうした事情から、ニュース・天気予報をローカル出しにしている局では、ふだん隣接しているローカルニュースと天気予報枠が、15分の間をおいて、分裂する形となった。
土・日曜版は月-金曜版よりひと足早く9月24日深夜で終了。最後の天気予報の後、鷹西美佳(当時日本テレビアナウンサー)が「土・日曜の『きょうの出来事』を私がお伝えするのも、今夜が最後になりました。ありがとうございました」とお別れの挨拶をした。しかし、この挨拶の部分は、ローカルニュース枠に差し替えられていた地域もあるため、放送されなかった地域も存在した。
月-金曜の後座番組だったスポーツニュース番組『スポんちゅ』も本番組と9月29日に終了し、10月2日からは2番組を統合した後継番組となる『NEWS ZERO』(2018年9月終了→2018年10月タイトル改題と一部以外の出演者変更で再始動)と、その代替番組である『NNNニュース&スポーツ』がスタートした。
2006年9月29日(土・日曜版は9月24日深夜まで)、日本テレビの、そして民放テレビの最長寿番組として続いたニュース番組『NNNきょうの出来事』は52年の歴史に幕を閉じることとなった。最終回は23:45 - 翌0:29までの44分間の拡大版となり、後半の約15分ほどを番組の52年間の歴史を報道面から振り返る特集に充てた。
前半は、その日のニュースを通常通りに報じ、ローカルニュース(1分)を挟んで後半15分程は「伝えられたこと・伝えられなかったこと」をテーマにして、過去にキャスターを担当した櫻井、井田、番組に携わったプロデューサー、また薬害エイズ事件や地下鉄サリン事件の被害者らがVTRにて登場、番組の思い出などを語る特集を組んだ。
特集で、井田は「私はキャスターがコメントするキャスターコメントは行わず、むしろストレートにニュースを伝えるという考えでニュースを伝えていました」と語った。一方、櫻井よしこのコメントもあった。VTRでは「女性キャスターの先駆けとなる存在」と言っていた。一方でプロデューサーは「報道とはニュースを正確に報じたうえで、どう考えるかの選択肢を視聴者に提供すること」と振り返った。全体的に、52年の歴史を振り返りながら、報道番組の正しい姿勢を伝えるような構成であった。VTRが明けた後、小栗が