自然免疫系
γδT細胞は、CD1d(英語版)拘束性ナチュラルキラーT細胞など、不変のT細胞受容体(TCR)を持つが「型破り」な他のT細胞サブセットと同様に、自然免疫と獲得免疫の境界に位置する特徴を持つ。γδT細胞は、TCR遺伝子を再構成して結合部の多様性を生み出し、記憶表現型を発現するという点で、獲得免疫の構成要素と考えられる。また、さまざまなサブセットは、制限されたTCRやNK受容体がパターン認識受容体として使用される自然免疫系の一部と考えられる。例えば、このパラダイムによれば、大量のVγ9/Vδ2 T細胞は微生物が産生する一般的な分子(英語版)に数時間以内に反応し、高度に制限された上皮内Vδ1 T細胞はストレスを受けた上皮細胞に反応する。
自然免疫系(しぜんめんえきけい、innate immune system)または非特異的免疫系(ひとくいてきめんえきけい、nonspecific immune system)は、脊椎動物における2つの主要な免疫戦略の1つである(もう1つは獲得免疫系)。自然免疫系は、比較的古い進化を遂げた防御戦略であり、植物、菌類、昆虫、および原始的な多細胞生物に見られる支配的な免疫系反応である。
自然免疫系の主な機能は以下の通りである。
サイトカインと呼ばれるケミカルメディエーターを含む化学的因子を産生することにより、感染部位に免疫細胞を呼び込む
補体カスケードを活性化して細菌を識別し、細胞を活性化し、免疫複合体(英語版)や死細胞の除去を促進する
臓器、組織、血液、リンパなどに存在する異物を、特殊な白血球によって識別、除去する
抗原提示により獲得免疫系を活性化する
第一次の物理的バリア(既に宿主に侵入した病原体から神経系を保護する血液脳関門などの第二次の物理的・化学的バリアと混同してはならない)を突破した挫傷などの傷害後に放出される皮膚などの物理的手段や血液中の凝固因子などの化学的手段を介して、感染物質に対する物理的・化学的バリアとして機能する
自然免疫系細胞は体内での微生物の自由な増殖を防ぐが、多くの病原体はそれを回避するためのメカニズムを進化させている。
その一つが、結核菌のように細胞内で複製を行う方法や、サルモネラ菌のように保護カプセルを装着して補体や食細胞による溶解を防ぐ方法である。バクテロイデス属は通常、相利共生細菌であり、哺乳類の胃腸内細菌叢のかなりの部分を占めている。B. fragilis(英語版)のような種は日和見病原体であり、腹膜腔の感染症を引き起こす。B. fragilis は、細菌の取り込みに使用される食細胞の受容体に影響を与え、食作用を阻害する。また、宿主の細胞に擬態して、免疫系が異物として認識しないようにすることもある。黄色ブドウ球菌は、食細胞がケモカインシグナルに反応する能力を阻害する。結核菌、化膿レンサ球菌、炭疽菌は、食細胞を直接死滅させるメカニズムを持っている。
細菌や真菌は複雑な菌膜を形成し、免疫細胞やタンパク質から身を守ることがある。嚢胞性線維症に特徴的な緑膿菌やBurkholderia cenocepacia(英語版)の慢性感染症には菌膜が存在する。