全日本大学サッカー連盟
日本国内を9地域(地区)に分けて、それぞれに地区連盟が統括している。登録チーム数は419チーム(2005年度)。
北海道学生サッカー連盟
東北大学サッカー連盟
関東大学サッカー連盟 ※北関東大学サッカー連盟 ※埼玉県大学サッカー連盟 ※千葉県大学サッカー連盟 ※東京都大学サッカー連盟 ※神奈川県大学サッカー連盟
北信越大学サッカー連盟
東海大学サッカー連盟
関西学生サッカー連盟
中国大学サッカー連盟
四国大学サッカー連盟
九州大学サッカー連盟
※直接には全日本の配下組織ではないが、運営上の都合による形態で、下部リーグとしての位置づけになる。
上記の地域連盟の他に各都道府県別に大学・学生連盟(学連)が存在するが、それらの団体については全日本大学サッカー連盟が統括するのではなく、日本サッカー協会傘下の各都道府県サッカー協会の1種・大学の部(学生委員会)になる。基本的には各都道府県の協会傘下団体として都道府県の大学・学生連盟も組織されているが、参加チーム数の関係で、連盟として組織されていない県もある。また、各都道府県別の連盟と地区連盟の関係も参加チーム数の違いにより以下の様な違いがある。
地区の大学連盟主催の大会・リーグ戦にのみ参加。(都道府県別のリーグ戦が実施されていない。