国立医療・病院管理研究所
1961年、病院管理研究所に改組され、経営管理部・建築整備部・庶務課の2部1課体制が確立する。翌年、医療管理部が設置されて3部1課体制となる。
1970年に研究所の一大事業として、日本でそれまで類書のない病院管理の叢書『病院管理大系』(全6巻、1970年-74年、医学書院刊)が出版される。
筑波研究学園都市の建設に伴い、病院管理研究所は国土庁の依頼で筑波における医療計画を作成する。同時に研究所自体の筑波移転も問題となったが、実験病院がなく困ること、全国から研修に人が集まるため東京にあった方が便利であるという理由などから計画は消滅した。
1975年に目黒区東が丘の国立東京第二病院敷地内の目黒庁舎に研修部を設置。担当は国立病院・療養所の病院長・副院長・事務部長・看護部長等の初任者研修などであった。
戸山庁舎への移転計画(国立予防衛生研究所(予研)、国立栄養研究所との「三研合築」、日本版NIH構想)は1984年に発表されたが、地元では予研の移転反対運動が起こり、また建設予定地から人骨が発見されたり(陸軍軍医学校#人骨騒動を参照)、着工した後も建築差止訴訟が起こるなど混乱は続き、移転したのは1992年8月の研究所改組後であった。