東京駅
当駅は元々海に近いこともあり地下水位が相対的に高く、地下水上昇によるホームの浮上問題にさらされている。特に地下総武線ホームは、丸の内側ロータリー直下にあり、上に建物などの構造物がない(地下水浮力による地下駅部分の浮き上がりを押さえ付けるおもりがない)という構造上の条件から、特に浮上の影響が顕著である。かつての相次ぐ地盤沈下により地下水の汲み上げが条例により禁止されており、このことも地下水位上昇の理由となっている。地下総武ホームではホームが地下5階なのに対し、地下水は地下3階付近まで達している。1999年9月には、浮上防止策として、ホーム階に鉄製おもりを置いたり、アンカーを打ち込む工事が行われた。その後2002年7月より、当駅から品川区の立会川まで全長12 kmに及ぶ導水管が敷設されている。湧出地下水をそのまま下水に流すと下水道料金が課金されるため、支払料金を軽減したいJR東日本と、典型的都市型中小河川で通常は水量が少なく悪臭などを発生する立会川の問題を解決したい東京都の思惑が一致した。東京駅から立会川上流部までの導水管建設費用をJRが負担する代わりに、湧出地下水を立会川に放水することで下水道料金負担がなくなり、結果として水量の増加と悪臭の発生防止が図れるという仕組みであり、副次的効果として2003年、海で孵化したボラの稚魚の大群が立会川に現れている。
かつては、中央線2番線(現:山手線内回り4番線)と京浜東北線北行3番線(現:山手線外回り5番線)の間には線路が1本あったが、中央線ホームの拡張により、この線路が2番線(現:4番線)となり、旧2番線は撤去された。この線路は同じく線路のみ存在していた東海道本線の11・16番線とは異なり、番線に数えられていなかった。
1997年10月の北陸新幹線高崎 - 長野開業に伴い、ホームの移転が行われた。まず1995年7月に中央線ホームを高架ホームに移転し、その後10月 - 12月に山手線・京浜東北線ホームを、1996年6月 - 1997年7月に東海道線ホームをそれぞれ1面ずつ丸の内側に移設した。なお、東海道線ホームの移設の際は、1線を撤去して2面3線化したほか、一時期に9番線が仮設ホームだったことがある。 現在の中央線ホームは、丸の内口駅舎と旧中央線ホーム(現在の京浜東北線北行3番線および山手線内回り4番線)の間のやや狭い敷地内に設置されており、やや3・4番線ホームにせり出している。結果的には丸の内駅舎を取り壊さずに保存できる形となった。
当駅にはJR東日本とJR東海の窓口のほか、丸の内地下中央改札前にJR北海道が運営する「JR北海道プラザ東京支店」が存在していた。一般の乗車券や特急券のほか、各社のトクトクきっぷを購入することができた。
当駅の旅客収入額はJR東日本の駅中第1位である(1日平均およそ2億6千万円、2位は新宿駅で同1億6千万円)。また、2008年時点で旅客収入額のデータを公開しているJR駅中でも第1位である。どちらも新幹線などの長距離列車の発着が多く、乗車券の単価が高いためである。旧国鉄時代は日本一であった。2008年時点は正確な順位がわからないが、各新幹線が集中し、長距離旅客利用が日本一多い駅であるため、日本一であると見られる。
ワンマン運転開始に伴い、スイッチ制作の発車メロディ(発車サイン音)が導入されている。
曲は1番線が『らくらく乗降』(串田亨作曲)、2番線が『夢心地』(福嶋尚哉作曲)である。
なお、「グランルーフ」の開業に併せて、八重洲地下1階より「グランルーフ」へと接続する「キラピカ通り」も2013年10月1日にリニューアルされ、名称も「グランルーフ フロント」へと変更された。
丸の内口側においては、2007年(平成19年)から2012年(平成24年)まで赤レンガ駅舎の復原工事が行われた(#赤レンガ駅舎の復原)。この復原工事の完了に伴って、赤レンガ駅舎前にガードレールによる仮設の交通広場が設けられたが、2015年(平成27年)冬までに丸の内南口前の交通広場の再整備を行い、2017年(平成29年)5月末に丸の内中央口前の「丸の内中央広場」を完成させ、同年12月7日に丸の内北口前の交通広場を含めた丸の内駅前広場全体の再整備を完了させ供用を開始した。また、2014年2月までに駅前広場にある横須賀・総武線地下ホーム用の換気塔を高さ13 mから4 mまで切り下げると同時にデザインを変更し、駅前景観を改善させた。
さらに、2014年(平成26年)末までに丸の内地下エリアに地下南口待合広場を整備した。これと並行して改札外商業施設「グランスタ丸の内」の開業および「グランスタ」の増床に関する事業が行われ、2016年(平成28年)7月27日に第1期、2017年(平成29年)4月27日に第2期、同年6月28日に第3期が開業 し、同年8月30日にグランドオープンした ことで、丸の内地下エリアの全体的な再開発を完了させた。
総合商社など主要企業が軒を連ねる京橋・日本橋の玄関口で、外堀通りに面する八重洲口から一直線に伸びる八重洲通りは1964年のオリンピックを機とする建設ラッシュにより有数のオフィス街が形成されている。東京駅東側に隣接するエリアの住所は千代田区丸の内であるが、一般的に東京駅八重洲口・日本橋口に隣接するエリア全体を「八重洲」と呼ぶことが多い。2007年11月の大丸東京店の全面リニューアル、2008年3月の東京キャラクターストリート開業 などにより商業スポットとしても注目されるようになった。
駅に隣接して東京キャラクターストリートや東京ラーメンストリートなどの区画を有する東京駅一番街、キッチンストリートなどの区画を有する「グラングルメ」(北口)、大丸東京店(北口、グラントウキョウノースタワー内)などの駅ナカまたは駅直結の商業施設がある。その外側に、グラントウキョウの2棟のタワーの間にペデストリアンデッキや商業施設などの機能を持つ「グランルーフ」と駅前広場がある。八重洲口エリアは地下街が発達しており、駅に隣接する商業施設の地下部分から外堀通り・八重洲通りの地下に八重洲地下街が広がっている。
八重洲口には、南口の駅前広場内に併設されたJRバスのハイウェイバスのりばをはじめとして、周辺に複数の高速バスの発着拠点が存在する(「東京駅のバス乗り場」を参照)。
駅の南側、鍛冶橋通りの道路両側にあり、京葉線が近く、JR有楽町駅(京橋口など)から専用の案内書で乗換えも可能。