後陽成天皇
天皇はこの処分を手ぬるいものであり幕府の意向に屈したと考えて不満を抱き、この一件により天皇は女院とも意志の隔たりを生んで側近の公家衆や生母、皇后とも逢うことが少なくなって孤独の中で暮らすようになり、12月には譲位の意向を家康に伝達した。政仁親王への譲位は慶長15年(1610年)2月12日に家康の了解を得ると、同27日に3月20日前後で譲位を行うことが内定した。
ところが閏2月17日になって、家康が五女市姫の死去を理由に譲位延期を要請してきた。天皇は激怒したが従わざるを得なかった。家康は譲位とともに行われる政仁親王の元服の期日などでも介入し、天皇の不興を買った。年内の譲位を主張する天皇に対して、家康は政仁親王の政務見習い期間や内裏造営までの延期を求めた。朝幕関係の悪化を憂いた摂家衆が天皇を必死に説得し、天皇も「なにとなりともにて候」と抵抗を諦め、家康も年内の政仁親王元服と翌年の譲位に同意した。譲位は翌慶長16年(1611年)3月27日に執り行われ、後陽成には2000石の仙洞御料が進献されたが、多くの子女を抱える後陽成にとってはこの額は十分と言えるものではなかった。4月7日には太上天皇の尊号が贈られた。