NHKアーカイブス
オープニング曲は、2005年4月から松任谷由実(当時、荒井由実)の『瞳を閉じて』が用いられ、字幕放送では歌詞が表示されるようになった。なお、『新日本紀行』で同曲が作られた経緯を収めた回(1976年4月12日放送「歌が生まれてそして〜長崎県奈留島〜」)が、番組開始間もない頃に取り上げられた。また、『新日本紀行ふたたび』でも2007年12月15日放送の「歌が生まれた島で〜長崎県奈留島〜」で取り上げ、更に『あの日 あのとき あの番組』時代の当番組でも2018年3月21日に取り上げ、番組には松任谷由実がゲスト出演した。
2008年4月に時間移動しリニューアルした。番組開始以来加賀美幸子がナビゲーターを担当したが、リニューアルに伴い桜井洋子と林家いっ平(2009年より2代目三平を襲名)の2人によるナビゲートに変わり、2010年4月からは桜井の単独司会となった。また、ピアニスト・西村由紀江の手による新しいオープニングテーマが登場した。
2015年4月からは、ナビゲーターが桜井から森田美由紀に代わった。2017年4月からは、番組タイトルが「あの日 あのとき あの番組 ~NHKアーカイブス~」に改題された。
DVDとしてポニーキャニオンよりNHKアーカイブスドラマ名作選集が発売された。2007年11月21日に「テレビ草創期篇」、2008年2月20日に「昭和40年代篇」、2008年5月21日に「昭和50年以降篇」が発売された。
NHK Eテレ50周年記念の特集番組『ETV50もういちど見たい教育テレビ』での放映作品は、すべてNHKアーカイブス協力のうえで放映される。
2011年度 - :日曜 13:50 - 15:00 日曜深夜の放送は前述のように選挙報道などで放送できないことがあったり、夜遅いために生で見られないという声が多かったため、時間移動した。 2012年2月19日放送の「新八犬伝特集」では、終了直前の14:54に茨城県日立市で震度5弱の地震が起き、地震速報に差し替えられたため、最後の部分が放送されないまま終了した。 2012年12月9日放送分は当初予定していた内容「ノーベル賞!“生命”の未来を変えた男 山中伸弥iPS細胞革命」のテーマで放送する予定を変更し、「さようなら中村勘三郎さん〜芸に生きた日々〜」として13:05 - 16:00に放送時間を拡大して放送した。緊急の全国共通放送となった関係で、一部地域で別番組差し替えが予定されていたところでは休止となった。 他の地域でも別番組放送で後日時差放送されることが非常に多く(深夜枠が非常に多い)、ごく稀に振り替え放送なしで当該回の放送を返上する場合もある。 特に都道府県サッカー選手権大会の決勝戦がNHKが放映権を持っている天皇杯 JFA 全日本サッカー選手権大会の都道府県代表決定戦も兼ねる都合上、NHK各局がローカルで中継されており、大半の決勝戦が同じ日に開催、中継放送されている関係で非常に多くの地域の放送が休止される場合のみに例外的に後日全国ネットで再放送が行われる。