国王問題
その後のドイツの占領下(英語版)、レオポルドは、自分の宮殿において軟禁状態に置かれ、ベルギーの一般市民と禁欲的に苦難を分かち合ったとして賞賛された。1944年、連合軍がベルギーを解放する直前、彼はナチスによってドイツに強制的に連行された。
ベルギーは解放されたものの、国王が虜囚の身であったため、国王の弟であるフランドル伯シャルル王子が摂政に立てられた。国王は憲法にもとづいて正式に「統治不能」である事が宣言された。国王が自身の職務に戻れるか否かをめぐって、国内が政治的に分断され、左派が政治的に優勢となった事で、レオポルドはスイスに立ち去った。1950年、新たに発足した中道右派政権によって、レオポルドの帰国の是非をめぐる国民投票が行われた。結果はレオポルド支持者の勝利となったが、国王帰国の賛成票が多くを占めたフランドルと反対票が多くを占めたブリュッセルとワロン地域との間で深い分断が生じていた。1950年7月にレオポルドが帰国すると、ワロン地域は大規模な抗議活動やゼネラル・ストライキで応じた。この混乱は、7月30日に警察によって4人の労働者が殺害された事で最高潮に達した。急激に悪化する状況から、1950年8月1日、レオポルドは彼の退位の意思を明らかにした。過渡期の後、1951年7月に彼は正式に退位し、ボードゥアンに王位を譲った。
1944年9月1日、ノルマンディーに上陸後、東進していた連合軍がベルギーの国境を越えた。ドイツ軍は大きな抵抗を見せず、9月4日に連合軍がブリュッセルを掌握したが、ベルギーの国土すべての占領地が解放されるのは、1945年2月まで待たなければならない。亡命政府は、1944年9月8日にブリュッセルに帰還したが、世論から大きな関心を抱かれなかった。国王は既にベルギー国内にいなかったものの、彼の政治的遺言が、要望通り亡命政府に渡され、即座に公開された。それと同時に政治的遺言の写しは、イギリス国王ジョージ6世にも送られ、アンソニー・イーデン外相の眼にも触れた。この文書によって、戦争がはじまった時から隠蔽されてきた政府内の分断が再燃する結果になった。
国王がドイツに幽閉されていて不在である状況下では、摂政を置くことに対する反対意見はあがらなかった。1944年9月20日、ベルギー議会の両院総会が招集され、憲法第82条にもとづき、国王が「統治不能」(dans l'impossibilité de régner)である事が宣言された。レオポルドと疎遠になっていた弟であるフランドル伯シャルル王子が摂政に選出され、翌日に宣誓を行った。政府の国王問題に対するさらなる対処は、より切迫している政治経済問題の脇に置いやられた。ベルギーの政府機能が回復するまで、一部の国土を連合軍が統治していた事により、レオポルドの復帰に対するイギリスの反感も問題を複雑化させた。