チョークス・オーシャン・エアウェイズ
こうして一度は再建に向かったチョークスだが、2001年9月11日にアメリカ同時多発テロが発生した際、拠点を置いていたマイアミ飛行艇発着場の警備が不十分だったこと、さらに発着場の所在するワトソン島におけるヘリコプターの運用増加により、マイアミ飛行艇発着場からの撤退、および同社がすでに整備拠点を置いていたフォートローダーデール・ハリウッド国際空港へのハブ機能移転を余儀なくされた。
さらに追い打ちをかけるように2005年チョークス・オーシャン・エアウェイズ101便墜落事故が発生した。事故の原因はNTSBの捜査により当該機のグラマン マラードの老朽化による金属疲労が引き起こした右主翼桁の付け根付近の断裂とされたが、そもそもこの機材の亀裂は相当前より確認されていることであり、金属疲労箇所が密封材に覆い隠されていたことで発見を困難にさせたこと、および不適切な修理が問題となった。 この事故で保有する飛行艇の運航が不可能となったため、捜査期間中の8か月間運航停止に追いやられた。