ミッション系大学
津田塾大学 - 創立者の津田梅子がクリスチャンで、学内にチャペルがあるが、伝道を目的とはしておらず、いわゆるミッションスクールとは異なる。
日本女子大学 - ミッションスクールではないが、創立者の成瀬仁蔵がクリスチャンで、アメリカでの生活を含めキリスト教の考えに触れ、日本で女子高等教育機関を設立することを決意し学校を創立。成瀬は梅花女学校(現・梅花女子大学)の校長も務めた。
玉川大学 - ミッションスクールではないが創立者が日本キリスト教団のクリスチャンだったこともあり、教育の一部にキリスト教の考えを用いている。また、キャンパス内に礼拝堂がある。
洗足学園音楽大学 - ミッションスクールではないが創立者がクリスチャンであり、校名は聖書に由来。
八戸学院大学・八戸学院大学短期大学 - ミッションスクールではないが、創立者がカトリックの信者であり、図書館にチャペルを併設している。宗教学・キリスト教概論を必修としている。
三育学院大学 - セブンスデー・アドベンチスト教会が設立した大学である。自身としてはプロテスタントの一派と称しているが、キリスト教系新宗教とみなす場合もある。神学校の専門学校三育学院カレッジを併設。
北海道大学 - 国立大学であってミッションスクールではないが、創立期においてクラーク博士によるキリスト教の精神に基づく教育が施され(札幌バンド)、現在でもその理念は継承されている。宗教文化士資格も取得できる。前身の札幌農学校卒業生でクエーカー教徒である新渡戸稲造に因んだ「新渡戸カレッジ」も開講している。
自由学園 - 制度上各種学校扱いだが、「最高学部」で実質4年制大学・短期大学と同様の課程を実施。