SARSコロナウイルス2の変異株
系統 B.1.1.529(オミクロン株)
WHOのラベルでは、「オミクロン株(Omicron variant)」に分類されており、さらに2022年7月時点でWHOにより特に危険性のある「懸念される変異株」(VOC) に格付けされている唯一の株である。またWHOによる「監視中のオミクロン株亜系統」として、同時点でBA.2系統のうちBA.2.12.1とBA.2.75、さらにBA.4、BA.5が指定されている。
2021年11月、南アフリカ共和国などで新たな変異株「系統 B.1.1.529」が検出され、WHOは11月26日に「懸念される変異株」(VOC) に指定した。
感染力が強いこともあり、同年末から2022年にかけて世界中で急速に感染拡大が起きており、デルタ株を置き換えて主流の株となっている。
過去の懸念される変異株
系統 B.1.1.7(アルファ株)
WHOは「懸念される変異株」(VOC) として格付けし、ラベルではアルファ株(Alpha variant)に分類していたが、2022年4月時点でVOCから除外されている。
2020年10月に英国での COVID-19パンデミック中に、前月の採取サンプルから最初に検出された 系統 B.1.1.7 (VOC-20DEC-01〈旧称VOC-202012/01〉) は、2020年12月に最初の調査中の変異株 (VUI–202012/01) として、および系統 B.1.1.7 または 20I/501Y.V1 (以前の20B/501Y.V1)として、以前は知られていた。それ以来、その有病率は、推定される世代間隔である6.5日ごとに2倍になった。
WHOは2023年5月17日時点で、2種の「注目すべき変異株 (VOI) 」と7種の「監視すべき変異株 (VUM)」を選定している。これらはいずれも、同年3月15日以前は親系統系統 B.1.1.529 (Omicron)の亜系統・組み換え株であり、系統 B.1.1.529と共に一括して「懸念される変異株 (VOC)」に分類されていた。
新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) を引き起こすSARSコロナウイルス2 (SARS-CoV-2) は、他のウイルスと同じく突然変異率が高いため、時間の経過とともに多くの変異株が生じる。この項目では、注目すべきSARSコロナウイルス2の変異株(サーズコロナウイルスツーのへんいかぶ、英語: variants of SARS-CoV-2)について説明し、これらの変異株の一部または全てに見られる注目すべきミスセンス変異についても説明する。
GISAID Sクレード、PANGO(英語版) A系統、Nextstrain(英語版) 19Bクレードに属する「WIV04/2019」塩基配列は、「シーケンスゼロ」として知られる、ヒトに感染する原型ウイルスの塩基配列を最も厳密に反映している可能性が高いと考えられており、参照配列として使用される。
つまり、ワクチン接種を受けた人は、入院や死亡の可能性からは100%保護されながらも、P.1感染のリスクが軽度に高くなることを意味する。
2つの研究の予備データは、オックスフォード-アストラゼネカワクチンが P.1変異株に対して有効であることを示すものの、正確な有効レベルは未発表である。ブラジルのブタンタン研究所(英語版)が実施した研究の予備データは、CoronaVacが P.1変異株に対しても有効であることを示唆しており、この研究は最終的なデータを得るために継続される予定である。
系統 B.1.617
2020年10月、インドで新しい変異株が発見され、B.1.617と命名された。2021年1月まで検出はほとんどなかったが、4月までに少なくとも20か国に拡散した。5月初旬までに約50か国、および南極大陸を除くすべての大陸で検出された。B.1.617.1(カッパ株)、B.1.617.2(デルタ株)、B.1.617.3の3つの亜系統に分類されており、約15の定義された突然変異の中で、スパイク突然変異のP681RおよびL452Rがこれらの系統に共有されている。また、E484Q変異はB.1.617.1とB.1.617.3にあるもののB.1.617.2には存在しない。一方、B.1.617.2にあるT478K変異はB.1.617.1およびB.1.617.3には見られない。これらの変異のうち、E484QおよびL452Rの2種類は抗体の容易な回避を引き起こす可能性がある。イングランド公衆衛生庁 (PHE) は2021年4月15日の発表で、B.1.617を調査中の変異株「VUI-21APR-01」として指定した。
1に見られるような N501Y変異を持たないが、P.1、P.2、および501.V2に見られるものと同じE484K変異を持ち、B.1.1.7、N439K 変異株(B.1.141および B.1.258)、およびY453F変異株(Cluster 5)に見られるものと同じΔH69/ΔV70欠失(69位および70位のアミノ酸ヒスチジンおよびバリンの欠失)を持つ。B.1.525は、E484K変異と新しいF888L変異(スパイクタンパク質のS2ドメインでフェニルアラニン (F) がロイシン (L) に置換されている)の両方を持っているという点で、他のすべての変異株とは異なる。2021年3月5日の時点で、英国、デンマーク、フィンランド、ノルウェー、オランダ、ベルギー、フランス、スペイン、ナイジェリア、ガーナ、ヨルダン、日本、シンガポール、オーストラリア、カナダ、ドイツ、イタリア、スロベニア、オーストリア、マレーシア、スイス、アイルランド共和国、アメリカ合衆国を含む23か国で検出され、フランスの海外県・マヨットでも報告された。最初の症例は2020年12月に英国とナイジェリアで検出され、2021年2月15日の時点においては、後者の国のサンプルの中で最も高い頻度で発生した。同年2月24日の時点では、英国において56件の症例が見つかった。すべてのCOVID-19症例をシーケンスしたデンマークは、同年1月14日から2月21日までにこの変異株の113症例を発見し、そのうち7症例はナイジェリアへの海外旅行に直接関係していた。
英国の専門家は、それがどれほどのリスクになる可能性があるかを理解するためにそれを研究している。