しなの鉄道
2023年4月の時点で3両編成10本(S1 - S4・S7 -S11 ・S14編成)が在籍する。いずれも1000番台とその改造車の1500番台である。開業時点では3両編成のみ保有していたが、JR東日本より追加で譲渡された2両編成7本の運用を2013年3月16日のダイヤ改正実施時から開始した。また3両編成のうち1本(S8編成)は、2014年に観光列車「ろくもん」に改造されている。
都市型ワンマン運転を行うため、すべての編成にワンマン運転用補助設備が搭載されている。「ろくもん」も、ワンマン仕様車をベースに改造している。また、すべての編成にドアチャイムが搭載されている。
全編成のクハ115またはクモハ114にトイレ設備が備わっているが、開業当初戸倉駅に併設する車両基地にし尿処理の設備が整っていなかったことから、現在まで使用停止とされている。
3両編成はしなの鉄道線、北しなの線を単独3両で運用され、2023年3月までは2両編成を連結した5両編成でも運用された。
以下に示すように、前述のSR1系以前にも、新製車両及び他事業者からの中古車両の購入計画があったが、いずれも実現しなかった。
2002年(平成14年)の杉野の社長就任後に発表された「20の改革メニュー」においては「ライナーに使用している車両を(注:平成)15〜16 年度で更新する。(営団地下鉄(当時)の中古車を利用)」とされていたが、実現することはなかった。
2004年(平成16年)度を初年度とする「中期経営計画(第一次五ヵ年計画)」においては、効率化とライナー列車の増発を狙い、169系電車12両を2006年(平成18年)度から2008年(平成20年)度に5編成10両の車両で更新することを挙げていたが実行されることはなく、2011年(平成23年)に「中期経営改革(第二次五か年計画)改定版」において「平成25年度以降に、中古車にて更新」と方針が示され、169系については2013年(平成25年)度に115系の追加購入により置き換えられた。