大地溝帯にあるケニアの湖沼群
世界遺産登録範囲では多くの鳥たちが確認されており、この地域で確認されている鳥類は450種を超える。3箇所ともラムサール条約の登録地となっているほか、バードライフ・インターナショナルは、ケニアの重要な野鳥生息地60選に挙げている。登録範囲で見られる絶滅危惧種・危急種・準絶滅危惧の鳥類は、以下の13種である。
準絶滅危惧 オドリホウオウ ウスハイイロチュウヒ コフラミンゴ ゴマバラワシ ダルマワシ アフリカオタテガモ(英語版) ハイガシラメガネモズ(英語版)
危急種 カラフトワシ ヒメチョウゲンボウ ホオジロカンムリヅル カオジロハゲワシ(英語版)
絶滅危惧種 エジプトハゲワシ マダガスカルカンムリサギ(英語版)
特にこの地域で餌を得ているコフラミンゴの数は150万羽以上と見積もられており、これは全世界の生息数の75%に達する。他にはモモイロペリカン、ハジロカイツブリ、アフリカヘラサギ、ソリハシセイタカシギ、カイツブリ、アフリカトキコウ、セイタカシギ、ズアオカモメ、ハシブトアジサシなどの100種以上の渡り鳥も生息している。
鳥類以外の動物としては、クーズー、クロサイ、チーター、ライオン、リカオン、ウガンダキリン(英語版)などが生息している。