フランスのマルタ占領
マルタを征服したナポレオンは、6月13日にヴァレッタに上陸した。彼は島に6日間滞在し、最初の夜はBanca Giurataleで、その後パラッツォ・パリジオで過ごし、その後フランス軍と艦隊のほとんどはエジプト遠征に向かった。島の維持のためヴァーボア将軍と守備隊が残され、フランスによる支配体制が構築された。ナポレオンは短い滞在期間の間に、フランス共和国の理念をもとにした急進的な政治・社会改革をマルタにほどこしていった。
聖ヨハネ騎士団総長と騎士の大部分は、降伏した数日後に、聖遺物や聖像などの動産とともにマルタを後にした。騎士団は、ロシア皇帝パーヴェル1世に庇護されることになった。後にパーヴェル1世は数名の騎士の支持を受け、自ら聖ヨハネ騎士団総長を名乗ることになる。その後騎士団は徐々にマルタ騎士団へと発展していき、今日でも主権を持ち領土を持たない団体として存続している。
マルタ人の大部分は騎士団支配の終焉を喜び、フランスに好感を抱いていた。しかしフランス当局が騎士団の借金の肩代わりや年金の支給を拒否し、新税をかけ、教会の特権を制限する法を制定し教会を荒らすなどするに至り、マルタ人の対仏感情は一転した。3か月後、マルタ人は反乱を起こし、イギリスやナポリ、ポルトガルの支援を受けてマルタのほぼ全域からフランス勢力を駆逐した。ヴァレッタとコットネラのフランス守備隊は2年にわたり抵抗をつづけたものの、1800年にヴァーボワはイギリス軍に降伏した。この後マルタはイギリスの保護国となり、体制を変えつつ164年にわたりその支配に服することになった。