ゲル電気泳動
ゲル電気泳動の新たな用途として、金属または金属酸化物のナノ粒子(Au、Ag、ZnO、SiO2など)の大きさ、形状、表面化学的に関して、分離したり特徴評価することがあげられる。その目的は、より均質なサンプル(たとえば、粒度分布がより狭い)を得ることであり、これをさらなる製品/プロセスに使用することができる(たとえば、自己組織化プロセスなど)。ゲル内でのナノ粒子の分離では、メッシュサイズに対する粒子径が重要なパラメータであり、粒子径 ≪ {\displaystyle \ll } メッシュサイズの無制限メカニズムと、粒子径がメッシュサイズに近い制限メカニズムの2つの移行メカニズムが確認された。
大きさが既知の分子の混合物を含む分子量マーカー(英語版)を利用することができる。このようなマーカーを未知のサンプルと平行してゲルの1レーンに走らせれば、観察されたバンドを未知のものと比較してその大きさを決定することができる。バンドが移動する距離は、分子の大きさの対数にほぼ反比例する。
電気泳動技術には限界がある。ゲルに電流を流すと加熱するため、電気泳動中にゲルが溶けてしまうことがある。電気泳動は、電場によるpH変化を抑えるためにバッファー(緩衝液)中で行われる。これは、DNAやRNAの電荷がpHに依存しているために重要だが、長時間実行すると溶液の緩衝能力を使い果たすことがある。また、特に未知のタンパク質の分子量を求めようとする場合、ポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)による分子量の決定にも限界がある。特定の生物学的変数を最小化することは困難または不可能であり、電気泳動の移動に影響を与える可能性がある。そのような要因としては、タンパク質の構造、翻訳後修飾、およびアミノ酸組成があげられる。たとえば、トロポミオシンは、SDS-PAGEゲル上で異常に移動する酸性タンパク質である。この原因は、酸性残基が負に帯電したSDSに反発し、質量電荷比と移動が不正確になるためである。さらに、形態学的あるいはその他の理由によって、異なって調整された遺伝物質が互いに一貫して移動しない場合もある。