イノセンス
個体が創りあげたものもまた、その個体同様に遺伝子の表現型。
作中には、以下に示すように多数の箴言の引用が登場する。
これについて押井守は、Yahoo!ブックスが2004年に行ったインタビューの中で、「ダイアログをドラマに従属させるのではなく、映画のディテールの一部にしたかった」のが動機であるとし、「言葉それ自体をドラマのディテールにしたかった。ちょっとした人物が吐くセリフも何物かであってほしい」「可能ならば100%引用で成立させたかった」「これまでは引用した言葉に自分の解釈を加えていたが、それは言葉を劣化させるだけ。引用は飽くまでも引用として、正確に伝えたい」と語っている。
暴走したハダリに組長を殺された指定暴力団「紅塵会」の犯行であると踏んだバトー・トグサは、紅塵会の事務所を襲撃する。検査部長はロクス・ソルス社から「落とし前」として紅塵会に売られたのだった。だがバトーは襲撃の真意について、もしもロクス・ソルス社がうしろめたいものを抱えているのであれば、なんらかの形で捜査の妨害を仕掛けてくるはずだと踏んでいた。その帰宅途中、バトーはいつものように立ち寄った食料品店でゴーストハックされ乱射事件を起こしてしまう。
事件の核心へと迫るべく、バトーとトグサはロクス・ソルス本社がある択捉経済特区へ向かう。手始めに二人は、バトーへのゴーストハックの容疑でハッカーのキムの屋敷を訪れる。2人は電脳の疑似現実のループに誘い込まれてしまうが、何者かからのヒントで脱出に成功。バトーの読み通りロクス・ソルス社がキムを雇い、捜査の妨害を試みたと確信した2人はキムを確保し、バトーは公海上にあるロクス・ソルス社のガイノイド製造プラント船へ乗り込む。
トグサはキムの脳殻を用いてバトーをバックアップするが、プラント船の警備システムが作動し、電脳戦の末にキムは死亡してしまう。だが、キムは自らの死に連動したウイルスを製造プラント船内に仕込んでおり、それによって待機中の全てハダリが暴走を開始し、船内のロクス・ソルス社の警備兵たちを惨殺し始める。
情報学研究者のドミニク・チェンは「ユーモアに溢れ、楽観的ですらある士郎の原作とは大きく異なり、押井が言わば『テクスト主義的に独自の世界を展開している』という意味で、通常のアニメ化とは呼べない様相を呈している作品である。強いて言えば、兵器・メカニクスの緻密な描写に見られるフィチシズムと博覧強記的な台詞回しでは士郎・押井は共通していると言えるだろう。最も大きな相違は士郎が『徹底的なまでにデジタルな虚構の構築を楽しんでいる』のに対し、押井が『どこまでも映画的リアリティを求道的に追及している』点にある」「重層な質量のモデリングが施された3DCGによる背景描画やエフェクトが大きな比率を持って登場し、作画によるキャラクター・背景とのシームレスな統合に成功している。
2004年、山田正紀によって前日談に当たる小説「イノセンス After The Long Goodbye」が発表された。
春の日やあの世この世と馬車を駆り。