分岐学
種Aの個体群が進化して、別の種Bになることがあり得る。というより、進化の過程で種は常に他の種から分岐してできたものと考えられる。その場合、種Bは単系統だが、種Aは側系統となる。このように、分類学の基本単位である「種」が側系統になる場合があるのに、側系統を認めない分岐分類学は矛盾を孕んでいるという批判がある。
この点に対する反論としては、種階級は特別とし、その単系統性は考慮しないとする考え方がある。