ゼノサーガI・II
PS2版のように3DCG画面ではなくクオータービューの2Dドット画面で移動する。マップはPS2版に比べて全体的に規模が小さくなっている。
シナリオの再構成を行い、主人公シオンのストーリーを中心に一本化された。他のキャラのエピソードはサイドストーリーとしてテキストで常時読むことが出来る。EPIの小惑星プロレマとU-TIC戦艦、EPIIの14年前の回想など、PS2版ではシオン以外の視点でプレイしたシーンはサイドストーリーにまとめられた。なお、EPI・1章 - 10章、EPII・11章 - 20章。
エピソードIIでは主人公であるシオンではなくJr.の視点となったが、今作はI、II共にシオン視点で一貫している。シナリオを担当した竹田裕一郎と原案の高橋哲哉の間で何度も論議を繰り返し、再構成された。
特にエピソードIIに関しては高橋の原案(PS2版の元となったストーリー)を尊重し、大きく再構成されている(「ベタに移植するとIとIIで6 - 7:3になってバランスが悪くなるから」とインタビューでは語られ、高橋本人も「分けたことで生まれたシナリオ面の齟齬があった」としている)そのため、本編では語られなかった部分も多く補完し、PS2版と大きく異なる内容となっている。
高橋自身がシナリオを書いていたエピソードIの部分は物語の根幹であるため、IIほど大きくは手を加えられていないが、シオンがキルシュヴァッサーと交流を持つ、ジギーとモモがシオン達よりも先にエルザに乗り込んでいる、ネピリムの歌声と天の車が最初から合体した状態で登場する、などの変更点がある(元々ネピリムの歌声と天の車は一つの装置なのだが、PS2版ではゲーム性と演出を重視して分けていた)。
このような理由によりPS2版に比べてEPIのストーリーは短く、EPIIは長くなっている。
DS版オリジナルキャラクター。シナリオ進行に伴って新たな陣形を伝授してくれる。物語終盤には戦うことが出来るが、その強さはラスボスを凌ぐほど。
ランダムエンカウント方式で統一、Iの戦闘を基本としたシステムで進行する。キャラの立ち位置も戦況に影響し、陣形を作ることで恩恵を受けるといった戦略性も含まれる。E.S.戦闘は11章にて初披露。EPIに登場したA.G.W.S.には乗れない。全体的にレベルが上がりやすくなっている。