ジェイアール四国バス
路線バスでは、大栃線で運行する一部車両に2000年10月 からアンパンマンシリーズの主要キャラクターをあしらったボディラッピングが施されるようになり、2005年10月 からは大栃線で運行する車両全てがアンパンマンラッピングバスとなっている。2013年には新車両を投入している。高速バスは、2013年から四国4県の営業所に1台ずつ配置されており、主に神戸・大阪行きの路線で使用されていた。このうち高松駅発と徳島駅発は神戸アンパンマンこどもミュージアム&モールがあるハーバーランドのMOSAICまで土曜・日曜・休日に1往復で運行していた。2016年2月から3月にかけて運転を終了した。貸切バスは、2003年10月に香川県で運行開始 し、2007年3月からは四国4県に1台ずつ配置されていたが、2011年の愛媛県、高知県の貸切バス事業縮小により両県で配置がなくなり、2014年に香川県の配置が、2015年に徳島県の配置がなくなっている。
高松・松山・徳島・高知自動車営業所の呼び方を支店に変更。 12月6日 - 高松支店川之江営業所廃止。
2006年(平成18年)9月30日 - 丸亀・高松 - 大阪線(高松エクスプレス大阪号)ポイントカードサービス終了。
2008年(平成20年)7月12日 - 松山・高松 - 東京・TDL線(ドリーム高松・松山号)にプレミアムシート(1階3席、座席料金2,300円)を導入。
2009年(平成21年) 2月20日 - 高知駅周辺の再開発により高知支店が高知市高須に移転。(山田営業所を統合) 3月20日 - 観音寺バスプラザ 坂出インターチェンジバスプラザ開設。 4月1日 - 観音寺・丸亀 - 大阪線(観音寺エクスプレス大阪号)、観音寺・丸亀 - 新神戸線(観音寺エクスプレス神戸号)運行開始。
2012年(平成24年) 2月1日 - この日の乗車分より、JRみどりの窓口での四国内路線と岡山発着路線の乗車券発売を中止する。 4月1日 - この日の乗車分より、JRみどりの窓口での残りの全路線の乗車券発売を中止する。
2016年(平成28年) 5月10日 - 大栃線にてICカード「ですか」のサービスを開始。