寛政異学の禁
そして同年7月の松平定信の老中辞任後も将軍徳川家斉の意向によってこの政策は継承され、湯島聖堂から学問所を切り離して林家の運営から幕府直轄の昌平坂学問所に変更した。寛政11年(1799年)11月には定信時代からの懸案であった湯島聖堂の改築が完成し、以前よりも敷地・施設よりも大規模なものとなった。享和元年(1801年)4月20日には将軍徳川家斉が徳川家宣以来絶えていた湯島聖堂参詣を行い、ここに定信の正学復興の意図はほぼ完成した。
ただし、「寛政異学の禁」の本来の趣旨は昌平坂学問所などの幕府教育機関における異学の講義を禁じることを意図しており、国内の異学派による学問や講義を禁じられたわけではない。例えば、幕末期に昌平坂学問所の儒官であった佐藤一斎は元々陽明学を学んでいたため、学問所では朱子学を、自宅では陽明学を教授していたが、学問所での講義でも朱子学の学説について一通り論じた後に、本来は異学の禁に反する朱子学と陽明学の比較にしばしば踏み込んだ話をしたという。また、諸藩の藩校における教育方針を規制するものではなかったものの、幕府の動向を見た各地の藩校ではこれにならうものも出、朱子学に反対する学問を唱えていた儒者は生徒が少なくなり困窮したものもあったという。
なお、異学の禁に反対した儒者5名(亀田鵬斎、山本北山、冢田大峯、豊島豊洲、市川鶴鳴)を特に寛政の五鬼という。