肥薩線
八代駅 - 人吉駅間には、熊本駅 - 人吉駅間で特急「かわせみ やませみ」3往復、特急「いさぶろう」・「しんぺい」1往復が運転されている。「いさぶろう」・「しんぺい」のうち1往復は人吉駅 - 吉松駅間に普通列車として直通して運転される(列車番号は人吉駅で変更される)。
普通列車は上下8往復運転されていて、時間帯によっては3時間前後運転間隔が開くこともある。始発は上下ともに5時台と比較的早く、最終列車は21時台半ば(2018年3月16日までは22時台)となっている。また、臨時列車として土日祝日などを中心に「SL人吉」が運転される。特急列車および「SL人吉」は熊本駅まで直通して運転されるほか、朝の上り1本は八代駅で鹿児島本線の快速列車となり、実質的に熊本駅まで直通している(ただし、現行ダイヤでは八代駅で先発の普通列車に乗り換えた方が熊本駅に4分早く到着する)。この列車は2018年までは肥薩線内でも快速運転を行い、時刻表上同一列車だった。夕方の下り1本は八代駅から吉松駅まで直通している。九州新幹線が全線開通した2011年以降、新幹線との接続のために新八代行きの直通列車も運転されていたが、2018年のダイヤ改正で新八代駅までの直通運転は廃止された。
当区間は、2020年の令和2年7月豪雨の影響で多くの橋梁が流失するなどして100億円超とも見積もられているほどの甚大な被害が発生しており、復旧の見通しは立っていない。なお、当面の間、八代駅 - 葉木駅間と一勝地駅 - 人吉駅間において、平日の朝と夕方に限りジャンボタクシーによる代行バスの運行を行っている。また、後述の人吉駅 - 吉松駅間も不通となっている。