素粒子原子核研究所
日本の加速器研究は、文部省の機関である高エネルギー物理学研究所、東京大学の機関である東京大学原子核研究所、および、東京大学中間子科学研究センターが、それぞれ推進していた。しかし、東京大学原子核研究所が筑波研究学園都市に移転する計画が持ち上がると、それを契機として3機関の組織の見直しが議論されることになった。その結果、高エネルギー物理学研究所、東京大学原子核研究所、東京大学中間子科学研究センターの3機関は統合され、1997年4月に高エネルギー加速器研究機構が発足した。同時に、高エネルギー加速器研究機構は、素粒子原子核研究所と物質構造科学研究所の2研究所を大学共同利用機関として設置した。また、これらの研究所を支援する機関として、加速器研究施設と共通基盤研究施設の2施設を設置した。
組織の見直しにおいては、当初は高エネルギー加速器研究機構の下に3研究所を設置する案も取り沙汰されており、放射光に関する業務を集約した「放射光科学研究所」を設立することが検討されていた。しかし、最終的には、加速器の応用分野を2つに大別し、そのうち素粒子、原子核に関する業務を素粒子原子核研究所に集約し、物質科学に関する業務を物質構造科学研究所に集約することになった。
2001年には、ベル実験にてB中間子におけるCP対称性の破れを世界で初めて発見し、物理第二研究系研究主幹の小林誠らがかつて提唱した「小林・益川理論」の正しさを裏付けた。