信濃国
東勝寺合戦では御内人の諏訪直性が得宗北条高時に殉じて自害するが、高時の遺児北条時行は諏訪氏に匿われた。建武2年(1335年)、諏訪神党の諏訪頼重や滋野氏・仁科氏らは時行を奉じて挙兵し、鎌倉を奪還したが(中先代の乱)、わずか20日で鎮圧され、諏訪氏らは自害し、時行は逃亡した。翌年に入ると北条時興が南朝に呼応して京都から麻績御厨に入って挙兵し(『市河家文書』)、小笠原貞宗や村上信貞の軍勢と衝突したが破れた。その後は吉良満義が守護となり、北条残党一掃のため吉良時衡が派遣された。
後醍醐天皇の建武の新政では公家中心の政治に対して武士の不満が高まった。延元の乱で尊氏が建武政権から離反すると、天皇方は鎌倉に向けて東海・東山両道に大軍を発し、忠房親王率いる東山道軍が大井城を落城させた。尊氏の新帝擁立で朝廷が二つに分かれた南北朝時代に入ると、南朝方の諏訪氏や仁科氏・香坂氏・祢津氏・望月氏・海野氏らと北朝方の小笠原氏や村上氏・高梨氏との間で抗争が繰り広げられた。暦応3年/興国元年(1340年)には、北条時行が遠江国から伊那谷に入り大徳王寺城に拠ったが、小笠原氏がこれを破った。観応元年(1350年)の観応の擾乱では南朝方足利直義派の諏訪直頼らも呼応して挙兵し、高師冬を討つなどの戦功を挙げ、直義が守護の任免権も掌握すると、観応2年(1351年)には直頼が信濃守護に補任されたが、尊氏派が勢力を盛り返すと薩埵山体制により守護は小笠原氏に復した。
南朝方は後醍醐天皇の皇子で、興国5年(1344年)から信濃に入国した征夷大将軍宗良親王(信濃宮)を奉じて、香坂高宗の拠る伊那谷に一大拠点を築いた。
信濃国に存在した郡と、現在の長野県に存在する郡の対応。
伊奈郡(いな)→上伊那郡 - 下伊那郡 輔衆郷 - 『和名抄』高山寺本には無記載 伴野郷 小村郷 麻績郷(「麻続」と記す場合もある) 福智郷
諏方郡(すは、すわ)→諏訪郡(字体だけ変更) 土武郷 佐補郷 美和郷 桑原郷 神戸郷 - 『和名抄』高山寺本には無記載 山鹿郷 氐良郷 - (「返良」と記す場合もある)
筑摩郡(ちくま、つかま)→東筑摩郡 - 木曽郡(西筑摩郡から改称) 良田郷 崇賀郷 - (「宇賀」と記す場合もある) 辛犬郷 錦服郷 山家郷 大井郷 荒田郷
安曇郡(あづみ)→北安曇郡 - 南安曇郡(消滅) 高家郷 八原郷 前科郷 村上郷
更級郡(さらしな)(消滅) 麻績郷(「麻続」と記す場合もある) 村上郷 当信郷 - (「等信」「当科」と記す場合もある) 小谷郷 更級郷 清水郷 斗女郷 池郷郷 氷銫郷 余戸郷 長谷郷?
水内郡(みぬち、みのち)→上水内郡 - 下水内郡 芋井郷 大田郷 芹田郷 尾張郷 大嶋郷 古野郷 赤生郷 中嶋郷
高井郡(たかい)→上高井郡 - 下高井郡 穂科郷 小内郷 稲向郷 日野郷 神戸郷
埴科郡(はにしな) 倉科郷 磯部郷 船山郷 大穴郷 英多郷 坂城郷
小県郡(ちいさがた) 童女郷 山家郷 須波郷 跡部郷 安宗郷 福田郷 海部郷 余戸郷
佐久郡(さく)→北佐久郡 - 南佐久郡 美理郷 大村郷 大井郷 余戸郷 刑部郷 青治郷 茂理郷 小治郷 大穴郷
29秒 東経138度02分56.30秒 / 北緯36.5753583度 東経138.0489722度 / 36.5753583; 138.0489722 (名神大社論社:健御名方冨命彦神別神社)) 比定論社:健御名方富命彦神別神社 (飯山市豊田、北緯36度55分15.85秒 東経138度22分29.45秒 / 北緯36.9210694度 東経138.3748472度 / 36.9210694; 138.3748472 (名神大社論社:健御名方富命彦神別神社))
小県郡 生島足島神社二座 比定社:生島足島神社 (上田市下之郷、北緯36度21分36.90秒 東経138度13分5.50秒 / 北緯36.3602500度 東経138.2181944度 / 36.3602500; 138.2181944 (名神大社:生島足島神社))
総社・一宮以下
『中世諸国一宮制の基礎的研究』に基づく一宮以下の一覧。
総社:次の2社の説がある。 科野大宮社 (上田市常田、北緯36度23分40.04秒 東経138度15分28.80秒 / 北緯36.3944556度 東経138.2580000度 / 36.3944556; 138.