上越新幹線
各年度の平均通過人員は以下の通りである。
1999年(平成11年)4月:全駅に自動改札機が導入。
2001年(平成13年) 5月7日:E4系Max営業運転開始。 12月:ビュッフェ車が廃止。
2002年(平成14年) 6月15日:新潟スタジアムにて開催されたFIFA主催2002 FIFAワールドカップ決勝トーナメント1回戦の観客輸送のため、深夜に新潟駅発東京駅行きの臨時「あさひ」を運転。深夜帯のため、速度を落としての運転となった。 12月1日:「あさひ」「Maxあさひ」を「とき」「Maxとき」に改称。5年ぶりに「とき」の愛称が復活した。
2003年(平成15年)12月16日:JR東日本が同年11月27日に申請した上越新幹線本庄早稲田駅開業に伴う特別急行料金の上限設定が、運輸審議会にて承認。
2004年(平成16年) 新潟新幹線第一運転所が新潟新幹線車両センターに改称。 3月13日:本庄早稲田駅が開業。全ての「とき」で240 km/h運転開始。同時にE2系が定期運用を撤退。 10月23日:17時56分頃、新潟県中越地震が発生し、浦佐駅 - 長岡駅間で走行中の「とき325号」(200系K25編成)が脱線。負傷者なし(上越新幹線脱線事故)。高崎駅 - 新潟駅間が不通となる。高崎駅 - 上毛高原駅間は約4時間後に運転再開。 10月24日:上毛高原駅 - 越後湯沢駅間で運転再開。 10月30日:新潟駅 - 燕三条駅間で160 km/hで運転再開。 11月4日:燕三条駅 - 長岡駅間で運転再開。 12月28日:全線で運転再開。
2007年(平成19年)3月18日:全車両を禁煙化。
3月31日:越後湯沢駅 - 浦佐駅(手前)間および浦佐駅 - 長岡駅(手前)間で、携帯電話不通区間が解消。 7月23日:越後湯沢駅 - 浦佐駅間の浦佐駅付近のトンネル内で、携帯電話不通区間が解消し、上越新幹線全線で携帯電話が利用可能となる。 12月19日:観光列車「現美新幹線」の定期運行を終了。 12月20日:観光列車「現美新幹線」が「旅行商品専用臨時列車」(ラストラン)として運行され、営業運転を終了。
2021年(令和3年) 3月13日:「とき」上下各4本、「たにがわ」各2本にE7系を投入。 9月30日:この日をもって、東北新幹線とともに行なってきた小口の荷物輸送「新幹線レールゴー・サービス」(東京駅 - 新潟駅・仙台駅)を終了。 10月1日:E4系「Max」の定期運行を終了。 10月2日:列車名を「とき」「たにがわ」に統一。
2022年(令和4年) 11月12日:15日の開業40周年を前に各種記念行事を開催。200系をイメージした塗装の臨時列車「なつかしのあさひ号」が新潟駅→大宮駅を、185系を使った上野駅発「新幹線リレー号」を乗り継ぐ「上越新幹線開業40周年記念号」が大宮駅→新潟駅を運行。
2023年(令和5年) 3月18日:上越新幹線の営業列車をE7系に統一し、大宮駅 - 新潟駅間の最高速度を275 km/hに引き上げ。併せて「とき」の臨時列車を全車指定席化。 8月31日:JR東日本としては初めて1編成全体を荷物輸送専用にした新幹線を、新潟新幹線車両センター - 東京新幹線車両センター間で往復運行させる実証実験を実施。