活性化誘導シチジンデアミナーゼ
この脱塩基部位は、アプリンエンドヌクレアーゼ(APE)によってデオキシリボースのリン酸骨格の中に中断が作られることで、交互に切断されうる。この切断は通常のDNA修復に導かれるか、(もしそうした切断が2つ起これば)ねじれた鎖の上にDNA二重鎖切断(double strand break: DSB)を形成することになる。スイッチ部位かIg可変部のどちらかにおけるこのようなDSBの編成は、それぞれCSRまたはGCを導くことになるものと思われる。
U:G ミスマッチはDNAミスマッチ修復(MMR)機構、なかでも MutSa(alpha) によって特定できる。MutSaはMSH2とMSH6からなるヘテロ二量体である。このヘテロ二量体はDNA骨格中で、 U:G ミスマッチからなるほとんどの単一基の乱れを特定できる。隙間を埋める DNAポリメラーゼ活性は誤りがちであるため、DNAの単一鎖領域を露出するエキソヌクレアーゼ活性を通じて、MMR タンパクによる U:G ミスマッチの特定は、DNAの加工を導くと思われる。これら誤りがちなポリメラーゼは、DNAギャップに渡って無作為に追加の変異を導入すると考えられている。