ロトスファエリダ目
古くから分類学的位置付けがはっきりしない生物群で、たとえば肉質虫のうち根足虫綱プロテオミクサ目や糸状仮足綱無殻目、太陽虫綱などに位置づけていた。1980年代に電子顕微鏡を用いた微細構造観察により分類群としての一体性が明らかになる。21世紀に入ると分子系統解析によってオピストコンタとの近縁性が示され、なかでも真菌との近縁性は2000年代後半に確立された。
3科10属ほどが知られているが、分子系統解析が行われているのは5属にすぎない。また環境DNA中から分子情報既知の5属とは異なる複数のクレードが見出されている。
ヌクレアリア科 Family Nucleariidae Cann & Page, 1979 鱗片をまとわない。Nuclearia属に11種が知られている。さらにParvularia atlantisが含められているが、分子系統解析ではむしろ下記のフォンティクラ科に近縁である。このほかに形態的にはVampyrellidiumが含まれると考えられている。
ポンフォリクソフリス科 Family Pompholyxophryidae Page, 1987 鱗片をまとう。Pompholyxophrys、Lithocollaのほか、Elaeorhanis、Pinaciophora、Rabdiophrys、Rabdiaster、Thomseniophoraが鱗片を持つものとして知られている。ヌクレアリア科にまとめて扱う場合もある。
フォンティクラ科 Family Fonticulidae Worley et al., 1979 集合して累積子実体を作る細胞性粘菌である。Fonticula alba1属1種のみが知られている。
2018年に菌学者らによって提唱された真菌の高位分類体系では、菌界の姉妹群として界に位置づけている。子実体形成能の有無を門レベルで区分した。
ヌクレアリア界 Kingdom Nucleariae Tedersoo et al. 2018 ヌクレアリア門 Phylum Nuclearida Tedersoo et al. 2018 ヌクレアリア綱 Class Nuclearidea Tedersoo et al. 2018 ヌクレアリア目 Order Nucleariida Cavalier-Smith, 1993 フォンティクラ門 Phylum Fonticulida Tedersoo et al. 2018 フォンティクラ綱 Class Fonticulea Tedersoo et al. 2018 フォンティクラ目 Order Fonticulida Cavalier-Smith, 1993