真宗大谷派難波別院
文禄4年(1595年)に豊臣秀吉より寺地を寄進され、教如が道修谷(現:大阪市中央区道修町1丁目付近)の地に大谷本願寺を開創したという。翌文禄5年(1596年)6月には「大谷本願寺 文禄丙申五暦」銘の梵鐘(現存)が鋳造されている。
慶長3年(1598年)8月、大坂城三の丸造営に伴う船場の街区拡充のため、大谷本願寺は現在地へ移転する。
しかし、慶長7年(1602年)に徳川家康より京都に寺地を寄進されると、大谷本願寺は京都烏丸六条へ移転して東本願寺となったという。その大谷本願寺の跡地に難波御堂が造営されたとしている。
正徳4年(1714年)に二重屋根の壮大な本堂となる。現在の東本願寺御影堂は、この難波御堂の本堂を参考にしたとされている。
太平洋戦争中の1945年(昭和20年)3月13日・14日の第1回大阪大空襲で全焼している。