シェンゲン圏
加盟国に属している、ヨーロッパの外部にある領域やヨーロッパ内の離島の一部は、シェンゲン協定の対象となっていない。
アルバやオランダ領アンティルはシェンゲン圏に含まれておらず、これらの領域からシェンゲン圏内に渡航するときには国境検査を受けることになる。この状況はフランスの海外領土においても同様である。
スヴァールバル諸島はノルウェーに属するが、シェンゲン圏に含まれていない。上陸や就業の許可に関して特例が定められており、スヴァールバル条約に署名した国の市民は就業することができる。スヴァールバル諸島とほかのノルウェーの領土との間での渡航にはパスポート、あるいはノルウェーの身分証明書が必要である。
フェロー諸島とグリーンランドもシェンゲン圏に含まれていないが、前者は北欧旅券同盟に加わっている。査証、警察協力などのシェンゲン関連規定は有効ではない。またデンマークへの査証についてもそのままでは、フェロー諸島やグリーンランドでは有効ではない。パスポートまたは認められている個人証明書を所持していなければならず、また出発、到着空港では身元確認を要する。
欧州連合では税関検査だけではなく、欧州連合加盟国同士の国境における検査をやめて域内における関税を廃止するなど、域内の国境におけるモノの税関管理移入に関するそのほかの通関手続きも撤廃している。
欧州連合の付加価値税領域と、欧州連合の領域であっても付加価値税の対象となっていない領域との間の境界においては、税関の設置が認められている。またヘルゴラント島とドイツ本土のように、同一の国であっても領土の一部が欧州連合の共通関税の対象領域外である地域との間でも税関を設置している。ただしこれらのような境界における税関の設置は、越境しようとする個人やモノに対する検査が抜き取り検査の範囲を超えることや、有効な諜報活動に基づいているということにはならず、シェンゲン加盟国出入国規定に適合させるためにこれらの検査は非体系的でなければならない。
一方がシェンゲン協定非加盟国である2つの欧州連合加盟国間での渡航については、本人確認やパスポート検査は実施されるものの税関検査は実施されない。これはアイルランドとイギリスとの間や、イギリスとヨーロッパとの間での渡航で適用されている。