武内良樹
安倍首相と籠池の関係を指し示す記述も改竄が行われ、「籠池康博氏は、『日本会議大阪代表・運営委員』を始めとする諸団体に関与」「日本会議と連携する組織として、超党派による『日本会議国会議員懇談会』が平成9年5月に設立され、現在、会長に平沼赳夫議員、副会長に安倍晋三総理らが就任」などの文言が削除された。
同年5月15日、市民団体「健全な法治国家のために声をあげる市民の会」(代表:八木啓代)は、財務省が森友学園との交渉記録を廃棄したとして、武内、迫田英典、佐川宣寿、田中一穂、中尾睦、田村嘉啓、池田靖ら7人に対する公用文書等毀棄容疑での告発状を東京地方検察庁に提出した。同年9月15日、東京地検は告発のあった被疑事件を大阪地方検察庁特別捜査部に移送した。
2018年3月7日、近畿財務局の元上席財産管理官の赤木俊夫が自殺。3月8日、事態を重く見た官邸は武内を呼び、対応を協議。3月9日、佐川は国税庁長官を辞任し、退官した。3月27日、民進党の大塚耕平代表は国会内で記者団に対し、武内、安倍昭恵、昭恵夫人付きだった谷査恵子、迫田英典、総理大臣秘書官の今井尚哉の証人喚問が必要との認識を示した。同年5月31日、大阪地検特捜部は、武内ら財務省幹部38人全員を不起訴処分とした。同年6月13日、「健全な法治国家のために声をあげる市民の会」は不起訴処分を不服として、武内ら被疑者24人について大阪検察審査会に申立てをした。
2019年3月13日、今井雅人は衆議院財務金融委員会で「国有地の値引きがなければ、改ざんも職員の自殺もなかった」とし、値引きを決めた当時の近畿財務局長だった武内の責任を追及した。武内は「哀悼の意を捧げる」などと述べるにとどめ、自身の責任については答えなかった。
2015年7月7日、財務省近畿財務局長に就任。
2016年3月30日、武内、大阪航空局長の加藤隆司、学校法人森友学園理事長の籠池泰典の三者は、大阪府豊中市の国有地の埋蔵物及び土壌汚染除去費用として、国が森友学園に1億3176万円を支払う旨の合意書を作成した。同年4月6日、大阪航空局は森友学園に1億3176万円(埋設物対策分:約8632万円、土壌汚染対策分:約4543万円)を支払った。同年6月14日、財務省は豊中市の国有地の「普通財産売払決議書」を決裁。同年6月17日、武内は国際局長に就任。同年6月20日、近畿財務局は森友学園との間で正式に売買契約を締結した。売却金額は非公開とされた。
2017年2月9日、朝日新聞が、払い下げの国有地に新設予定の安倍晋三記念小学校の名誉校長が安倍昭恵であること、森友学園側に契約違反があった場合、国が「1億3400万円」で買い戻す特約がついていたこと、籠池が売却額が買い戻し特約と同額と認めたこと、売却額は同じ規模の近隣国有地の10分の1であること、籠池が日本会議大阪の役員を務めていることなどを報じた。
同年2月17日、安倍晋三首相は衆議院予算委員会で野党から追及を受けると「私や妻が関係していたということになれば、まさに私は、それはもう間違いなく総理大臣も国会議員もやめるということははっきりと申し上げておきたい」と答弁した。同年2月26日、財務省は、国有地売却の決裁文書から安倍昭恵、鴻池祥肇の秘書、平沼赳夫の秘書、北川イッセイの副大臣秘書官らに関する記述を「できる限り早急に」削除するよう、近畿財務局の職員7人にメールで指示。近畿財務局は同日から文書の改竄を開始した。