ドクターマリオ
2019年7月10日配信。本作ではウイルスが画面上側に配置され、カプセルが画面下から上方向へ浮くように動く。また、カプセルの使用個数に上限があるステージや制限時間が設けているステージもある。このほか、プレイ中に使用できる補助アイテムの登場やマリオ以外のドクターも選択できそれぞれ固有の特殊技を発動できる、コイン集めなどウイルスの全滅以外をクリア条件とするステージがあるなど、様々な新要素が含まれている。2021年11月1日にサービス終了となることが、2021年7月28日に発表された。
どちらがより多く得点できるか競うモード。ルールは1人用と同じ。
ゲーム誌『ファミコン通信』の「クロスレビュー」では、合計31点(満40点)でシルバー殿堂を獲得、ゲーム誌『ファミリーコンピュータMagazine』の読者投票による「ゲーム通信簿」での評価は22.27点(満30点)。
対戦のルールで、コンピュータが操作するキャラと順番に戦って勝ち抜くモード。『ワリオランド3 不思議なオルゴール』のキャラクターたちが登場する。盗まれたクスリを取り戻すのが目的のマリオ編と薬を横取りするのが目的のワリオ編があり、対戦するキャラクターが若干違ってくる。難易度NORMAL以上でノーコンティニューでボスキャラを倒すと隠しキャラ(マリオ編はバンパイアワリオ、ワリオ編はメタルマリオ)との対戦になる。この対戦もノーコンティニューでクリアすればVS.COMで選択可能になる。
4人でフラッシュ対戦をするモード。