ヴィパッサナー瞑想
ゴエンカの思想の大部分は上座仏教の伝統に沿っている。ゴエンカが設立した瞑想センターで行われる10日間の瞑想コースでは、夕方毎日ゴエンカの説教テープが流されるが、その内容は基本的には四諦、八正道、四法印、三学といった伝統的な上座部仏教の教義をわかりやすく説いたものである。
島岩は、ゴエンカの瞑想コースの過程には伝統的な上座仏教とは異なる特徴があると述べ、「涅槃寂静に達する技法というよりむしろ日常生活をよりよく生きる技法だとされている点」と、「心身と宇宙をすべて振動(ヴァイブレーション)ととらえている点」を指摘している。彼の独自性は、これまで伝統的に行われてきた出家の比丘が森林にこもって瞑想して涅槃寂静を目指すという形ではなく、人間仏陀の説いた合理的な技法であり、在家の一般人が日常生活をよりよく送るための実用的な「生き方の技法」としてヴィパッサナー瞑想をおもに広めているという点であろうと述べている。また現代のゴエンカの系統では、パーリ大蔵経の出版を熱心に行っており、仏教近代改革運動で提示された仏教観が色濃く認められるという。
ゴエンカの10日間の瞑想コースでは、まず3日間呼吸に基づく瞑想法であるアーナーパーナ瞑想(数息観)だけを行い、その次にヴィパッサナー瞑想の指導が行われ、最後近くの10日目には慈悲の瞑想(慈愛の瞑想、メッター・バーヴァナー)が指導される。
現代のヴィパッサナー瞑想は、比丘であるレディ・サヤドー(1846年 - 1923年)から伝えられたミャンマー上座仏教の伝統的なヴィパッサナー瞑想法が、サヤ・テッ・ジ(1873年 - 1945年)によって在家の瞑想法として確立されたものである。在家者用に、時間がかかるサマタ瞑想の修行を省略し、最初からヴィパッサナー瞑想のみを修行していく方法がサヤ・テッ・ジによって確立され、サヤジ・ウ・バ・キンを経てサティア・ナラヤン・ゴエンカに受け継がれた。彼らやマハーシ・サヤドーらの在家瞑想者や出家によって普及され、組織も作られた。ミャンマーを中心としたスリランカやタイなどの上座部仏教圏だけでなく、欧米にも紹介されている。
在家のためのヴィパッサナー瞑想は、ゴエンカが偏頭痛による麻薬への依存から立ち直ったという体験を持っていることもあり、依存症から立ち直って健康を取り戻すための技法という実用的な側面も当初から持っていた。ヒンドゥー教由来の超越瞑想とともに補完・代替医療の一つとして心身への影響が研究されており、様々なストレスに悩む現代人の心をいやすヒーリング(癒し)としても行われている。金沢大学の島岩は、瞑想を通して心身と宇宙が共に振動であり、その意味で自己と宇宙が通じているとありありと実感できるという点が、近年の反合理主義的宗教運動に惹かれる人々の心性に訴えかけるところがあり、先進諸国の人々にとっても大きな魅力になっていると指摘している。