協同民主党
更に与党第二党の日本進歩党との合同を山本と有力議員であった林平馬が進めるが、保守色が強い進歩党との合同に三木らが反対し、進歩党内でも協同民主党との合同に反対する声が上がった。結局進歩党との合同は9月末には白紙となり、協同民主党内では山本や林らの権威が低下し、その反面三木の力が増していくことになった。
党成立直後の1946年6月、山本の公職追放が取り沙汰される。山本が社長を務めていた改造社の雑誌改造の戦時中の論調などの問題により、公職資格審査委員会から議員不適格との表明がなされたのである。山本は委員会に再審査を要求するとともに、民政局に対して政府の弾圧を受けた自由主義者であることを訴え、民間諜報局(CIS)にも働きかけるなど追放回避の運動を行った。しかし民政局はかえって山本の運動に不快感を抱き、12月16日には林譲治書記官長から改めて追放令に該当する旨通告され、年内に議員を辞職するよう求められた。結局山本は追放となり、1947年(昭和22年)2月14日には議員辞職が認められた。
党首である山本の公職追放により、協同民主党は書記長の井川忠雄と三木、三木の政界入り以前からの友人で、盟友であった松本瀧蔵によって主導されることになるものと見込まれていた。