名古屋車両区
1000+1100番台の2両編成が4本(1009+1109 - 1012+1112)、1500+1600番台の2両編成が14本(1501+1601 - 1514+1614)、計36両が所属している。
現在所属する車両は、2015年5月から2016年1月にかけて新製され、当区に配置されたものである。紀勢本線や参宮線などで運用される。
かつては0+100番台の2両編成5本も配置され、2011年3月から2015年3月まではキハ75形とともに、武豊線の普通・区間快速で運用されていた。同線の電化に伴い全車が2015年3月10日付で美濃太田車両区に転出した。
2017年3月4日付で1000+1100番台の2両編成1本が美濃太田車両区に転出したが、2019年3月5日付で再転入している。