安田産業汽船
大草港 - 長崎空港(大村湾内航路)
大草港が九州旅客鉄道(JR九州)長崎本線の大草駅に近く、船車連絡により長崎市内-長崎空港間の最短経路を構成することが可能で、道路渋滞の影響も回避できることに着目して1989年頃開設。大草駅が長崎本線の旧線に位置し当時は30分ごとに列車の運行があったものの、乗り換えが災いし利用が伸びず1999年頃廃止。
長崎(大波止) - 天草(高浜) - 串木野新港(いちき串木野市)
長崎-鹿児島間を海路で短絡し、速達ルートを構成することを目的に1991年3月開設。日本初のSES高速船「にっしょう」(271.00t、航海速力50ノット、ノルウェー・サーラス社製)を投入。串木野港から鹿児島市内へは林田産業交通(現・いわさきバスネットワーク)により連絡バスが運行された。冬季等荒天時の動揺による船酔いや欠航が課題であった。後述の長崎-熊本航路に船舶を転用するためもあり、1996年3月廃止。