バイオクロッギング
バイオクロッギングは良い効果をもたらすこともある。たとえば、畜産汚水処理の酸化池(安定化池)では、バイオクロッギングによって効果的に池の底からの漏水が防がれる。灌漑用水路の浸透制御のために、藻類や細菌を植え付けることもできる。
廃棄物の最終処分場の底を遮水するために使われる遮水ライナー (landfill liner) の一種である粘土ライナーでも、バイオクロッギングが有利に働く。粘土ライナーは、処分場において汚染水の土壌環境への浸出を低減するために敷かれるものである。粘土ライナーの透水係数は、浸出水中の微生物による粘土間隙のバイオクロッギングによって初期の値よりも小さくなる。現在、バイオクロッギングを地盤工学に応用するための研究がされている。
生物分解性が高い汚染された地下水を浄化するときに、バイオフィルムを利用するバイオレメディエーションが有効である。透過反応壁 (PRB)によって、地下水をバイオクロッギングで遮断して閉じ込めるとともに、微生物によって汚染を分解することができる。バイオクロッギングによって透過反応壁内に選択流が生じて浄化効率が低下する可能性があるため、汚染水の流れを注意深く解析する必要がある。