マトリックス リローデッド
人類の最後の砦「ザイオン」では、一つの重大な問題が持ち上がっていた。人類は宿敵であるマトリックスを支配するコンピュータに対し、ホバークラフトシップを駆使してのゲリラ戦を挑んでいたが、オシリス号がもたらした情報によれば、コンピュータはザイオンを直接攻撃するため、センチネルと呼ばれるロボット25万体もの大群による殲滅作戦を発動したことが明らかとなった。
対応の遅れたザイオンに残された時間は72時間を切っており一刻の猶予もない。ネオたちはマトリックスでオラクルに会う。ネオは彼女の側近であるセラフに導かれ、コンピュータの中で無秩序に広がった仮想世界が、コンピュータの意思決定能力にすら影響すると知る。そしてオラクルは、人類を救うためにネオがマトリックスのソースにたどり着かなくてはならないことを告げた。
ネオはついに、マトリックスの創設者であるアーキテクトと対面する。そこで伝えられたのは、ネオは「予言された救世主」ではなく「プログラムされた」存在で、ザイオンもマトリックスの破局を予防するために「アーキテクト」によって企画されたことを知らされる。現実世界ではセンチネルの大群がザイオンに迫っていた。ネオは、自分の属している現実世界や親しい人たちか、人類を生かしてより完成されたマトリックスへの変化の礎となるかの選択を迫られる。