桂川原の戦い
2月14日、高国は義晴を奉じて坂本に逃げ去った。この逃亡には大きな意味がある。将軍や管領が京都を落ち延びることは今まで何回もあったが、評定衆や奉行人といったものまで逃げ出してしまったため、京都幕府は崩壊してしまったのである。これが後に堺公方誕生の引き金ともなった。また、この戦いで打撃を受けた武田元光は若狭に退き、若狭武田氏は中央政治への影響力を低下させる一方、消極的な姿勢を見せた六角定頼は以降義晴を支えつつも高国方から晴元方に鞍替えしていき、六角氏は中央政治への影響力を上昇させることになった。
2月16日、柳本・三好連合軍は京都に進軍、治安維持と宣撫工作に取り掛かったが、細川晴元の入京待ちとなった。
香西元盛は管領細川高国の家臣だったが、同族の細川尹賢の讒訴を信じた高国によって、大永6年(1526年)7月13日に自害させられた。これに対して香西元盛の2人の兄弟波多野元清と柳本賢治は元盛が自害させられたことを知り、丹波八上城・神尾山城両城で反旗を翻した。
10月23日、これに驚いた高国は、神尾山城に総大将の細川尹賢軍を、八上城には瓦林修理亮、池田弾正等を差し向け、それぞれの城を包囲した。また、10月28日には将軍義晴の名で若狭の守護である武田元光に救援を要請する使者を送っている(『実隆公記』)。
その後、小規模な戦闘が続いていたが、波多野元清に同情的であった丹波守護代・内藤国貞は、11月5日に神尾寺城の包囲軍から離脱した。また、11月30日に黒井城主赤井五郎が3000の兵を率いて神尾寺城包囲軍の背後から攻撃し、赤井軍にも損害がでたが、包囲軍を破っている。
この敗報を知った八上城の包囲軍も翌12月1日囲みを解いて退却した。この退却の途中、阿波守護細川晴元と通じていた池田弾正は瓦林修理亮らに矢を射かけ、細川尹賢軍は京へ逃走した。