苗木藩
徳川幕府は裏木曽と呼ばれる付知村、川上村、加子母村の三か村は良材の産地であるため、苗木遠山氏から取り上げて直轄地にして苗木藩に預けていたが、元和元年(1615年)尾張藩領に移管した。尾張藩は三ヶ村代官を置いて支配した。
友政はその後大坂冬の陣では桑名城の守備、大坂夏の陣では松平忠明に属して武功を挙げ、元和5年(1619年)12月19日、苗木で死去した。
藩政においては小藩ゆえの、幕府の相次ぐ手伝い普請や軍役などにより、財政窮乏が早くから始まる。歴代藩主は藩政維持のため厳しい倹約令を出し、天保年間には給米全額の借り上げを行うなどした。
第3代藩主・遠山友貞は新田開発を行なって4286石の新田を開発したが、第5代藩主・遠山友由の大坂加番、第6代藩主・遠山友将の駿府加番による出費が重荷となった。
享保7年(1722年)6月15日、遠山友由の遺言により、弟の遠山友央は美濃国加茂郡において500石を分知されて、旗本となり寄合に所属した。