ジェマ・イスラミア
JIのルーツは1942年にインドネシアで生まれた「ダルル・イスラム」(DI、「イスラムの家」の意)という急進的な反植民地・イスラム主義組織である。DIはシャリーアにもとづくイスラム国家建国を目標とし、インドネシア独立戦争では西ジャワを拠点に戦い、1948年のインドネシア共和国とオランダによるレンヴィル協定を結んだが、この停戦協定を不服として西ジャワに独立国の建国を宣言した。1949年にインドネシアが主権を獲得すると、DIとの紛争が勃発、南スラウェシやアチェでもDIに合流する動きが起こった。DIは、創設者であるセカルマジ・マリジャン・カルトスウィルヨが1962年に逮捕され銃殺刑に処されると表立った活動はなくなっていた。
JIは公式には1993年1月1日にハドラミーであるアブドゥラ・スンカルとアブ・バカル・バシールによって設立されたが、スハルト政権の弾圧で両名とも投獄され、釈放後はマレーシアを活動拠点とした(マレーシアでの活動は主にリクルートであり、2002年以前にはJIの痕跡は余り見られない)。スハルトが失脚すると1998年に両名はインドネシアに帰還し、スンカールはアルカーイダとの関係を構築したが、1999年に死亡した。バシル師はジハードを説いたが軍事行動には消極的であった。しかし、「ハンバリ」(Hambali)という通称で知られるリドゥアン・イサムディン(英語版)と出逢ったことでテロ活動に転じた。ハンバリは軍事部門の指導者となり、東南アジアにおけるウサーマ・ビン・ラーディンの代理のような存在となった。