マリオとドンキー
ヨッシー達が暮らす島「ヨースター島」に遊びに来たマリオ達。しかし、マリオ達がヨッシー達と遊んでいる際、ピーチ姫がクッパに攫われてしまったのだ。マリオとルイージはクッパの後を追跡、マリオの仲間のドンキーコングもクッパの追跡に参加。
しかし、ドンキーはクッパから貰ったバナナを食べてしまい、クッパの手下になってしまった。マリオとルイージはドンキーにおびき寄せられ、ピーチ姫がいると思われるドカンの中に入った先は、ピーチ姫の人形と見知らぬ世界だった。人形の手に置かれていた手紙には「がはははは、まんまと罠に掛かったな。ここは地獄のドンキーワールドだ!奴と戦って死ね!クッパより」と書かれていた。ドンキーを敵に回すことになってしまったマリオ達は、無事ピーチ姫を救出する事ができるのだろうか。
クレムリン海賊団の首領で、ピーチ姫たちを石化させた元凶。本作では原作のようなキングクルールのような顔つきではなく、クリッターに近い顔つきに描かれている。
クレムリン軍団の首領のワニ。本作ではクッパと同盟を結び、ルイージを人質にマリオ達を待ち伏せる。原作同様、頭が弱点。