円山川
汽水域の菊屋島には近畿地方、日本海側では最大規模のヨシ原がある。護岸には多くのシオクグが生育している。京都府ではすでに絶滅しているので、近畿地方の日本海側では唯一の生育地となっている。簸磯島ではヒメシロアサザやウスゲチョウジタデが発見されている。隣接する戸島湿地にはコウキヤガラ・ミズアオイ・ヒメシロアサザの群落が見られる。河口から7kmから9kmにかけては、ヤナギ林を含む大規模なヨシ原が見られる。丸石河原には、カワラナデシコ・カワラヨモギ・カワラハハコ・カワラマツバなどが見られる。洪水の後などにはカワラハハコが大群落を作ることがある。カワラサイコは、標本が採集されているが、現在は生育が確認されていない。外来種のシナダレスズメガヤやアレチハナガサなどの比率が高くなってきている。