マスターチーフ
折しもチーフと別行動をしていたキース艦長はフラッドを封印している研究施設へ調査に出かけており、艦長を止めるためにコルタナは大急ぎでチーフを向かわせるも間に合わず、キース艦長たちはフラッドに襲われ行方不明となってしまう。 キース艦長の捜索を続ける中ジョンは突如として現れたヘイローの管理者「343ギルティスパーク(通称:モニター)」と遭遇、「フラッドの封印が解かれたためヘイローを起動する必要が出た」とだけ言い、この起動キーを保管しているライブラリへ案内される。 ライブラリの中心部に眠るインデックスを入手したチーフはモニターと共にコントロールセンターに向かうが、そこでコルタナからヘイローの真実を知らされる。
ヘイローの起動をもくろむコヴナントの最高権力者である長老たちもこの事実は知らず、彼らはただ「人類を殺すための兵器」であるとしか思っていなかった。 人類はモニターとコヴナントの両者から、喉元にナイフを突きつけられた格好となったのである。 この状況を打開するためチーフはヘイローのジェネレータを破壊し、起動を先延ばしすることに成功した。その隙に不時着したオータムへ向かい、この核融合炉を爆発させることでヘイローを破壊する作戦に出た。
致命的な問題を抱えたこの研究は、古代人類からフラッドの対策法を聞きだすための拷問への利用など非人道的手段に使われたきり利用は中断されていた。 しかしダイダクトはこれに目を付け、データ変換したAIに機械の身体と武器を持たせディフェンスAIとして再利用する事を提案した。機械の身体にフラッドは寄生できないからである。そしてその材料として目をつけられたのが解体した人類だった。
ライブラリアンとの対話の中でマスターチーフはこれまで戦っていたプロメシアンこそがダイダクトの造りだした対フラッド用ディフェンスAIであること、つまり自分と同じ人類であることに気付く。
HALO計画に頼らずフラッドに対抗しながら先の戦争の腹いせも行えるコンポーザー計画はダイダクトにとって都合のよいものだった。しかし人類の庇護者だったライブラリアンはそれを快く思わずダイダクトをレクイエムに閉じ込め、コンポーザーを奪いインストレーション03に隠したのだった。そしてアークでヘイローが起動され、ライブラリアンはアークポータルの設置後に地球で死亡した。銀河には幾つかのフォアランナー天体が残された。その中には研究のため保存されたわずかな数のフラッドを隠したヘイローアレイとレクイエムを含むシールドワールドも含まれていた。 そして約10万年後、リクレイマーであるチーフがレクイエムに乗り込んだときにダイダクトは目覚め、人類との戦争を再開したのである。 ダイダクトを打倒すべくマスターチーフはライブラリアンによって遺伝子に埋め込まれた能力を解放された。
『ファミ通Xbox360』などの雑誌でも取り上げられたため、HALOシリーズのユーザーでなくとも知る人は知るイベントである。しかし、後にこのゲームに登場するのはマスターチーフではなく、同じ外見をした違うスパルタンということが公開された。詳細は該当記事か、Spaltan-458 ニコルを参照。