神社神道
かつて神道は神道事務局によって管理されようとしたが、最終的に神道事務局は神道大教とする教派神道ととして神社神道とは切り離された。その後神社神道は内務省によって管理されたが、国民精神総動員運動の影響を受け1940年(昭和15年)には神祇院として独立した。しかし直後の敗戦によって目立った成果は上げなかった。
戦後は神祇院の後継組織である神社本庁が最も多くの神社が所属する団体であるが、神社本庁は原則として宗教法人格を有することが加盟の条件であるため法人格を有しない小規模な祠等はそもそも所属できない。また宗教法人格を有する神社に限っても、例えば東大阪市は法人格を持つ神社の半数以上が神社本庁未加盟でありその中には式内社の石切剣箭神社等も含まれている。さらに全国でも鎌倉宮・靖国神社・伏見稲荷大社・日光東照宮・気多大社・梨木神社・新熊野神社・富岡八幡宮・日前宮など、有名な神社であるにもかかわらず神社本庁の包括下にない例も存在する。
神社本庁以外の包括組織(包括宗教法人)も存在する。誠心明生会には91社、神社本教には78社、神社産土教には72社、北海道神社協会には60社、日本神宮本庁には23社、日本神社教団には15社の神社神道の神社が属している。