国立病院機構
国立病院から国立病院機構への移行時には、厚生省OBらが設立した民間企業「保健医療ビジネス」が、駐車場管理や売店・食堂、エレベーター設備の点検などの業務を独占的に受注していたことが報じられた。旧国立病院時代にも、厚生省所管の財団法人厚生共済会による独占的な受注が問題になったが、独立行政法人化によって病院の現役職員の雇用条件が切り詰められる一方で、こういったOBの不当利権が受け継がれていると非難された。
2014年度までは、職員の身分が国家公務員である特定独立行政法人であったが、2010年4月23日の事業仕分けにおいて非公務員化の方針が打ち出され、2014年6月に成立した独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律(平成26年法律第67号)により、独立行政法人の区分が変更されたことに伴い、2015年(平成27年)4月1日より中期目標管理法人(非公務員型)に移行し、職員の身分は非公務員となった。