東方永夜抄 〜 Imperishable Night.
博麗霊夢は、博麗神社の巫女。八雲紫は境界を操る妖怪。今作では「幻想の結界チーム」を組む。
幻想郷の境に住む妖怪、八雲紫は月の異変に気付いていたが、自分から行動するのは面倒であったため、同じく幻想郷の境に住む人間、博麗霊夢の元を訪れた。
博麗霊夢は、特定の条件で4面ボスとして登場する。この際は、いくら経っても夜が明けないため、異変だと察して神社を飛び出してきたという経緯である。
魂魄妖夢は、白玉楼の庭師で半人半霊の少女。西行寺幽々子は、白玉楼の主で亡霊。今作では「幽冥の住人チーム」を組む。
白玉楼の主、西行寺幽々子は「その辺を飛んでいるのを落とせばいつかは当たる」と言いながら、庭師の魂魄妖夢と共にふらふらと出発した。
自機ではないが、エンディングなどに以下の人物が登場する。
八雲藍
橙
パチュリー・ノーレッジ
ある晩夏の満月の日、幻想郷で異変が起こった。本来ならば満月であるはずの月はほんの少しだけ欠けており、完全な満月といえるものではなかった。それは人間たちにとってはまったく問題の無い事であったが、月の光に依存する妖怪たちにとっては死活問題であった。
月の異変に気付いた妖怪たちは、人間のパートナーを引き連れて調査に出かける。また、原因を突き止める時間を稼ぐため、夜の進行を止めた。このため後の幻想郷の人間の間では、この異変は「夜が明けなかった」異変(永夜異変)として記憶されている。
主人公たちは幻想郷を駆け巡るうちに、竹林に隠された館「永遠亭」に辿り着く。ここで、真の満月を隠していたのは、月の姫の蓬莱山輝夜とその従者の八意永琳であることが明らかになる。
罪を犯して地上で隠遁生活を送っていた輝夜と永琳は、月から逃げてきた玉兎の鈴仙・優曇華院・イナバを匿っていた。鈴仙を通じて得た月の情報から、満月の晩に月の使者が訪れると知った二人は、罪人である自分たちが使者と会うのはまずいと考えた。そして、真の満月を隠して偽の満月にすり替えることで、使者が自分たちのところへたどり着けないようにしていたのだった。
永琳と輝夜との交戦の後、幻想郷に真の満月が戻った。
また、幻想郷自体が強力な結界に守られているために、月を隠さずとも使者は訪れられないことを知った輝夜ら永遠亭の住人は、竹林に篭もることを止め、幻想郷の住人として暮らすようになった。