米比戦争
1901年3月5日にボホール島でロノイの戦い(英語版)が発生した。
マーク・トウェインやアンドリュー・カーネギー、さらにはグロバー・クリーブランド元大統領に代表されるアメリカ反帝国主義連盟は、マッキンリー政権によるフィリピンの併合に強く反対した。戦争に対する反対意見の主な理由は、単にスペインからアメリカ合衆国にフィリピンの支配国が移り変わっただけであり、米西戦争の目的に反しているというものであった。
また、反帝国主義をとるアメリカ人の中でもベンジャミン・ティルマン上院議員は、フィリピン併合はフィリピン人移民の国内流入を招くことを恐れていた。アメリカ政府内で非白人の発言権が増大する懸念を指摘する者もいた。
アメリカ合衆国は、フィリピン側にとって同盟者ではなく支配者になったと見られたため、フィリピン兵とアメリカ兵の関係は極度に緊迫したものであった。 1899年1月1日にアギナルドが初代大統領に就任した。1899年1月21日、フィリピン第一共和国が建国される。
植民地化を開始したアメリカ軍では、1898年から1902年の間にフィリピンで戦闘を指揮した将軍30人のうち26人は、インディアン戦争においてジェノサイドに手を染めた者であった。反乱を鎮圧するために行われた虐殺や虐待が報じられるようになると、戦争への賛成意見は減少した。