サガ3時空の覇者 Shadow or Light
デューン一行が、自身を過去へ送り込んだ革命軍と出会い、今後の相談を持ちかけようとした時、これまでも敵対していた神々の一味がソールを別世界へ連れ去ったという事実を知る。水瓶も別世界から送り込まれた存在であり、何がしかの意図をもって水没の計画が進んでいることは明らかであったことから、集めたパーツでステスロスの時空を越える能力を発動させ、異世界へ旅立つ決意をする。
異世界に渡ったことで、デューン一行はこの水瓶が異世界からの侵略であったことを明確に知ることとなった。革命軍もまたこの異世界へ足を伸ばし、一足先に戦っていた。しかし険しい道の前に、革命軍は戦力を消耗しており、デューンの父であるジュピターも道半ばで倒れていた。最終的に神々と戦える戦力はデューン一行と、彼らを過去へ送り込んだ男ボラージュ以外に残されていなかった。ボラージュを隊に加え、故郷を守るため神々の総本山へと進軍するデューンたちの前に、連れ去られていたソール神が姿を見せる。ソールは異世界の神のトップであるラグナ神と一心同体の存在であり、ソールは自分ごとラグナ神を倒させようとした。しかしソール一人の力では抑えきれず、ラグナ神を打ち倒す役割はデューンたちに委ねられることになる。
戦いの末に水瓶は消滅し、ステスロスに乗って元の世界へ戻って来たデューンたちは、ボラージュの提案でステスロスをこれからの時代に不要なものとして破壊する提案を受け入れる。ようやく平和を取り戻した一行は、革命軍の手によってステスロスに安置されていたジュピターの遺体をサイボーグ技術で蘇らせ、当時の戦いの様子を聞かせてもらっていた。
ステスロスのパーツの1つ「未来ワープ」を持ち去った。今回はGB版と違い、異次元の四天王として他と対等な関係ではなく、カオスの手下という設定となり、カオスに未来ワープを献上していた。倒された後も亡霊アシュラゴーストとして現世に蘇ったが、死者の魂の掃除屋であるデュラハンに見つかり、浄化を恐れて怯える。
聖剣の1つエクスカリバーを手にする力を持つ「額に真紅の痣を持つ子供」を捜して子供を誘拐していた。フレイヤを攫うも見当違いだったため、洗脳して門番にさせていた。デューン達に対してはもともとそれ以上の敵対はするつもりを見せなかったが、デューンたちに戦いを挑まれることになり、結果戦いとなる。
GB版では「ロボット(本作では「メカ」)」「サイボーグ」「獣人」「モンスター」それぞれに実際に敵として登場する魔物が対応しており、レベルに応じて割り振られた魔物に変身していた。それに対し、本作ではモンスター以外はキャラクターごとに固有の容姿に固定され、上記のように「能力値や得意武器に補正がかかった状態」である。それにより、GB版では「ロボット」「サイボーグ」「獣人」に設定されていた魔物も、本作では種族は全て「モンスター」扱いになっている。
ただし魔物の系統によって「肉」か「ネジ」のどちらを落とすかが決まっており、「モンスター」「獣人」への変身は「肉」、「メカ」「サイボーグ」への変身は「ネジ」が必要。つまり機械系の魔物は「ネジを落とすモンスター」という存在になった。ただし機械系の魔物といえど、あくまでも「モンスター」なので、味方がこれに変身する場合はネジではなく肉が必要である。 GB版では通常の肉のほかに、変身した時にHPも回復する「巨大肉」が存在した。今回はさらにネジも「巨大ネジ」が存在する。ただし効果はやや変わっており、(変身すると無条件にHPが回復するため)巨大版は変身しなかった場合にHPや能力の使用回数が「大幅に」回復するようになったほか、能力や特性を引き継ぎやすい。
装備品は1個で1枠、消費アイテムは1種類ごとに1枠である。GB版では重火器(後述)のみ1種類1枠(最大9個)という例外があったが、今回そのような例外はなく、また消費アイテムは全て最大99個である。
アイテム選択画面では、「捨てる」という項目がなくなり、Yボタンでそのアイテムを捨てることができる(イベントアイテムは捨てられなくなった)。今回、消費アイテムは捨てる個数も選択することが可能。 装備品を外すときも、装備画面でYボタンを押す形式になった。ただし装備交換に関してはこれまで通り、装備を選択して決定・換装する装備を決定という流れである。
GB版の魔法「ムオン」「サモン」「メタモル」は「イベントアイテム」扱いになり、ゲームの進行に応じて自動的に使用される。同じく、GB版の魔法「テレポ」も「消費アイテム」扱いになり、戦闘で使用できなくなるなど、効果が若干変更されている。
前作及び前々作では一部のものを除き使用回数を使い果たしたアイテムは消滅してしまうが、本作では使用回数が0になってもアイテムは消滅しない。使用回数の回復は、能力は「宿屋」で、武器・魔法・盾は上述の「リチャージ屋」でそれぞれ行う必要がある。ただし、性能の高い武器・魔法・盾ほど、リチャージ代も高額になる。 GB版では重火器が使い捨てだったが、今作では「一般的な装備品」と「消費アイテム」に分割された。重火器に類する攻撃アイテムは、種族によって威力が変化する。