始発列車
都市部および都道府県庁所在地に向かう始発列車は早い時間に設定されており、午前5時台であることが多く、路線によっては午前4時台から運行されている。地方のローカル線では午前6時台以降に設定されることが多いが、一部の路線では、午前4 - 5時台から設定されている。
2023年3月18日現在、JRの通常の始発列車で最も早いのは、根岸線桜木町駅4時18分発の京浜東北線直通大宮行きである。2018年3月16日までは日豊本線柳ヶ浦駅の4時17分発門司港行き、2007年6月30日までは津山線津山駅の4時13分発岡山行きであった。
なお、1982年11月15日国鉄ダイヤ改正時点では、山陰本線滝部駅3時27分発の下関行き841D列車であった。当時、主要幹線には夜行列車も数多く運行されており、深夜帯にも旅客扱いを行っていたため、夜行列車や深夜の鉄道連絡船からの接続を目的とした3時台(1970年頃までは2時台も存在した。)始発の列車がいくつか存在した。また、ダイヤ改正による夜行列車の運転区間短縮により、3時台始発の列車が誕生することもあった。
早朝にイベントなどがある場合は始発列車前に臨時列車が運行される場合があり、博多祇園山笠の追い山(例年7月15日)では早い路線で午前2時台から臨時列車が運行された例がある。