サイクロン作戦
合衆国政府はパキスタンがグルブッディーン・ヘクマティヤールを「同志」と見なして、資金提供を許した廉で批判を行ってきた。ヘクマティヤールは他のムジャヒディンを殺害し、合衆国から提供された武器を用いながら、2000名の犠牲者を出したカブール砲撃を含め、民間人を攻撃したためである。またアルカーイダ創始者にして、マクタブ・アル=ヒダマトと呼ばれるアフガニスタンの義勇兵を支援していたオサマ・ビンラディンと親交があったとも言われる。これを受けムハンマド・ジア=ウル=ハクはヘクマティヤールに対し、「アフガニスタンの指導者にしたのはパキスタンであり、無作法をし続けるのであれば、同様に殺害するのはパキスタンである」と警告。
ベーナズィール・ブットーパキスタン首相は1980年代末、イスラーム主義運動の台頭に懸念を表明し、ブッシュ大統領に「フランケンシュタインを造っているのはあなただ」と伝えている。これに対し合衆国は、資金はあくまでアフガニスタンの反乱軍に当てられていると強弁し、オサマ・ビンラディンやムジャヒディンへの資金提供を否定。
レーガン政権下では、ムジャヒディンに対する合衆国の支援がレーガン・ドクトリンと呼ばれる外交政策の軸となり、合衆国はアフガニスタン以外にアンゴラやニカラグアなどでも反共抵抗活動を支援してゆく。
ムジャヒディンは合衆国やサウジアラビア、パキスタンやその他ムスリム諸国からの軍事支援の恩恵を大いに受けた。なかんずくサウジアラビアはCIAからムジャヒディンへの資金提供に関与。サウジアラビアの支払いが遅延すると、ウィルソンやアヴラコトスは同国に赴き取り立てていたという。
アフガニスタンへの支援のレベルは様々であった。ISIはグルブッディーン・ヘクマティヤールをはじめ、頑強なイスラーム主義者を好む傾向にあったのは、一部アメリカ人が認めるところである。しかしながら、穏健派を好む傾向にある者もおり、こちらはヘリテージ財団の外交アナリストであるマイケル・ジョンズやジェームズ・A・フィリップスを含む。両者はレーガン・ドクトリンの下で合衆国が最も支援するに相応しいアフガニスタンのレジスタンスの領袖として、アフマド・シャー・マスードを支援している。