第二次スーダン内戦
1983年、非アラブ系黒人主体で「新スーダン」建設を掲げる反政府組織スーダン人民解放軍/運動 (SPLA/M) が、ソ連とエチオピアの支援を受けたジョン・ガランの指導の下に組織された。SPLAは、既存の反政府勢力アニャニャII(英語版)と主導権を巡る内部抗争を始めた。軍事経験の乏しいガランに代わってサルバ・キール・マヤルディが戦闘の指揮をとるようになりSPLAの参謀長として活躍した。
1984年9月、ヌメイリは非常事態の終了を宣言し、非常時裁判所を閉鎖したが、すぐに非常時裁判所の業務の多くを引継ぐ新たな刑法を施行した。非イスラム教徒の権利が尊重されるとのヌメイリの公式の保証に拘らず、南部人と他の非イスラム教徒は深い疑問を持ち続けた。
1993年、政府は南部の非ムスリムの裁判官を北部へ転任させ、全てムスリムに置き換えた。治安警察の導入で、北部に住む南部人や非ムスリムへのシャリーアによる逮捕、取り調べが推し進められた。
1995年3月に、米国のカーター元大統領の仲介で一時停戦が実現したが、1996年に、SPLAとエリトリアに拠点を置いた多党派連合国民民主同盟 (NDA) が、政府に対する共闘を開始し、内戦が拡大した。