ウェイバー方式
2005年〜2007年はドラフトが10月の高校生対象のものと11月の大学・社会人(四国アイランドリーグplusやベースボール・チャレンジ・リーグなど独立リーグの所属選手含む)対象のものの2回にわたって開催されているが、高校生対象のドラフトの場合はシーズンの途中に行われるので、奇数巡の場合はオールスターで勝ち越したリーグに所属する最下位チーム→オールスターで負け越したリーグに所属する最下位チーム→オールスター勝ち越しリーグの5位チーム...というウェイバー方式、偶数巡の時はその逆でオールスターで負け越したリーグ所属の1位チーム→オールスター勝ち越しリーグの1位チーム→オールスター負け越しリーグの2位チーム...という逆ウェイバー方式で行われた。チーム順位はドラフト開催1週間前時点の順位を対象とする。
2008年以降は高校生選択会議と大学・社会人選択会議が再び統合され、1巡目は入札抽選制度、以降は偶数巡目でウェイバー方式、奇数巡目で逆ウェイバー方式による選手指名となった。