緑色植物亜界
緑色植物の中には、栄養体 (通常の状態の体) が鞭毛をもつものもいるが (例:クラミドモナス類)、多くの場合、生活環の一時期にのみ遊走子 (鞭毛をもつ胞子) や配偶子として鞭毛細胞を形成する。また多くの種子植物のように、鞭毛細胞をもたないものもいる。
鞭毛細胞はふつう等長・等運動性の複数の鞭毛をもつ (等鞭毛性 isokont) (右図)。鞭毛の数は2本や4本のものが多いが、数千本の鞭毛をもつもの (例:イチョウ) や、鞭毛が1本だけのもの (例:ペディノ藻綱) もいる。またプラシノ藻の中には、長さや運動様式が異なる複数の鞭毛 (anisokont) をもつ種も多い (例:ネフロセルミス藻綱)。
緑色植物の基底小体 (鞭毛基部) と鞭毛の移行部には、星状構造 (stellate structure) とよばれる構造が存在する (右図)。この構造は緑色植物に特有であり、横断面が星形を示すためこの名がある。星状構造の構成要素としては、カルシウム結合タンパク質であるセントリンが存在することが知られている。
緑色植物の鞭毛装置は、基底小体と微小管性鞭毛根、繊維構造からなる。基本的に1個の基底小体から2個の微小管性鞭毛根が伸びているが、そのうちの1つ (s root; R2 または R4) において1本の微小管が他の微小管からなる列の下を通って配置変化する特異な配行を示す。緑色植物のうち、緑藻植物の鞭毛装置は回転対称の交叉型であることが多いが、ストレプト植物の多くでは非回転対称で1個の微小管性鞭毛根が多層構造体 (multilayered structure, MLS) となって発達している側方型である。