浦本駅
相対式ホーム2面2線をもつ高架駅である。分岐器や絶対信号機を持たないため、停留所に分類される。高架駅ではあるが築堤の上にホームはありその下にある駅舎から見ると高い位置である。ホームとの行き来は、下りホームについては改札を入ったところから階段とスロープが延びているほか、上りホームについては改札を入って左手に小さな道がありその道が線路の下を通ったのちスロープでホームにつながっている。ホームはいずれも高い位置にあるため、海から少し離れているにもかかわらず海が見える。
JR西日本時代は糸魚川地域鉄道部管理の無人駅であり、えちごトキめき鉄道への移管後も引き続き無人駅となっている。駅舎は古くからの木造平屋建てで、内部には駅事務室や待合所が設置されており、後者には作りつけの椅子が設置されている。出札口や改札も設けられているが1970年から無人駅であるためカーテンで閉じられている。
そのほか、上りホームには独立した待合所が一棟設けられている。
案内上ののりば番号は設定されていない(のりば番号標はなく、駅掲示時刻表にも番号の記載はない)。
列車接近表示器から流れるメロディーは、下り線のりばが「アニーローリー」、上り線のりばが「村の鍛冶屋」(いずれもMIDI音源タイプ)である。