牟岐線
2019年3月16日改正ダイヤではその普通列車運用は一旦廃止となっていたが、2020年3月14日改正ダイヤからは朝の下り牟岐発海部行き、その折り返しの上り海部発徳島行きに再びキハ185系が充当されるようになった。これらの列車は、2020年7月18日から牟岐駅 - 海部駅間が阿佐海岸鉄道のDMV工事により運休し、同年11月1日に阿波海南駅 - 海部駅間が阿佐海岸鉄道阿佐東線に移管されたことにより、牟岐駅 - 阿波海南駅間の工事完了後の2021年2月1日からそれぞれ牟岐発阿波海南行き、阿波海南発徳島行きとして運行を再開している。なお、JR四国線内で定期運転の普通列車にリクライニングシート装備の車両が充当され、かつ利用に別途料金が不要であるのは、この牟岐駅 - 阿波海南駅間のみである。
2019年3月15日までは牟岐駅 - 阿佐海岸鉄道阿佐東線甲浦駅間の直通列車が2往復設定されており、JRの車両と阿佐海岸鉄道の車両が1往復ずつ使用されていたが、2019年3月16日改正で廃止された。この直通運転は2008年3月15日のダイヤ改正で一時中止された後、要望が多いことから2009年12月1日より再開されていたものである。なお、バス代行輸送期間のうち2020年12月1日から2021年1月31日までは朝の代行バス下り1本が牟岐発甲浦行きで運行され、乗り換えなしに移動することができた。
現在は全ての普通列車が全ての駅に停車する。文化の森駅は1990年の開業時から2000年まで、一部の普通列車が通過していた。また、2012年3月17日から2016年3月25日まで、朝の牟岐発上り普通列車1本が阿波中島駅・西原駅・立江駅・文化の森駅を通過していた。
1913年(大正2年)4月20日:阿波国共同汽船が徳島駅 - 小松島駅間を開業。鉄道院が借り上げ。
1916年(大正5年)12月15日:中田駅開業。阿南鉄道が中田駅 - 古庄駅間を開業。
1917年(大正6年)9月1日:阿波国共同汽船の鉄道路線を国有化。小松島軽便線となる。
1922年(大正11年)9月2日:軽便線の呼称を廃止。小松島軽便線を小松島線に改称。
1934年(昭和9年)9月20日:小松島線 徳島駅 - 二軒屋駅間に富田浦駅、地蔵橋駅 - 中田駅間に丈六駅開業。
1936年(昭和11年) 3月27日:牟岐線 羽ノ浦駅 - 桑野駅間が開業。 7月1日:阿南鉄道の中田駅 - 古庄駅間を国有化し牟岐線に編入。羽ノ浦駅 - 古庄駅間の旅客営業を廃止。赤石駅を阿波赤石駅と改称。機関車3両、蒸気動車1両、ガソリンカー4両、客車8両、貨車12両を引継ぐ。
1937年(昭和12年)6月27日:牟岐線 桑野駅 - 阿波福井駅間が開業。
1939年(昭和14年)12月14日:牟岐線 阿波福井駅 - 日和佐駅間が開業。
1940年(昭和15年)9月1日 金磯駅を仮停車場に変更。
1941年(昭和16年)8月10日:富田浦駅、丈六駅休止。
1942年(昭和17年)7月1日:牟岐線 日和佐駅 - 牟岐駅間が開業。
1945年(昭和20年)7月30日:アメリカ軍のグラマン戦闘機2機により那賀川橋梁走行中の列車が機銃掃射を受け30名を超える死者をだす(那賀川鉄橋空襲)
(臨):臨時駅
普通列車は全列車各駅に停車する。
特急列車の停車駅は「むろと (列車)」を参照
接続路線に「徳島バス」の記載がある駅は高速バス「室戸・生見・阿南 - 大阪線」との「並行モード連携モデル」導入により「同一駅扱い」となる駅および停留所を示す
線路(全線単線) ... ◇:列車交換可、|:列車交換不可
全駅徳島県内に所在。
1 2 徳島線・鳴門線とも正式な起終点は徳島駅ではないが、徳島線は全列車が、鳴門線はほとんどの列車が、高徳線を介して徳島駅に乗り入れている。