三好之長
之長は主君・政元の後継者問題においては澄元を支持、永正4年(1507年)には政元・澄元に従って丹後の一色義有攻めに参戦している。5月29日に政元が帰洛すると澄元と共に従ったが、6月23日に政元が香西元長や薬師寺長忠によって暗殺され、仏陀寺を宿所としていた之長は翌24日に元長らによって澄元と共に襲撃された。之長は澄元を守って近江の青地城に逃れ、甲賀郡の山中為俊を頼って落ち延びた。
元長と長忠は澄之を京兆家の当主に擁立したが、8月1日に細川一族の細川高国や尚春、政賢らの反撃を受けて全員討たれた。翌日の2日に之長は近江から帰洛し、澄元と共に11代将軍足利義澄を擁立して権勢を掌握した。この時、京兆家当主となった澄元より之長は政治を委任されたという。
だが、之長と澄元の仲は必ずも円満では無かった。幕政の実権を掌握した之長には増長な振る舞いが多かったため、澄元は13日に本国の阿波に帰国しようとしたほどで、16日には遁世すると言い出した。この時は澄元の帰国で将軍職を追われることを懸念した義澄の慰留と、澄元の命令に応じて之長が被官の梶原某を処刑することで収拾され両者は和解したようであり、27日に澄元が尚春の屋敷の能興行に招待された際、之長は太刀持ちとして従っている。またこの後、之長は剃髪して喜雲と号し、澄元の執事職は嫡男の長秀に譲っている。しかし、之長や高畠長信ら阿波細川家出身の澄元側近が京兆家の中で発言力を持つことに畿内・讃岐出身の京兆家内衆(家臣)や細川氏の一門の間で反発が高まっていった。
長享2年(1488年)に政之が早世した後、之長はその弟の義春に仕えるも、明応3年(1494年)に義春も早世すると義春の長男である之持が阿波守護となり、祖父成之がそれを補佐する体制がとられた。また、之持の弟澄元は実子が無かった政元の養子に迎えられ、永正3年(1506年)2月19日には澄元の先陣として之長は入洛した。この際の事を『多聞院日記』では「三好之執事」と記しているため、之長は讃州家から京兆家に転身する事になった澄元に仕えて、この頃までには補佐の地位にあったようである。ただし、之長ら讃州家から付けられた家臣の立場は讃州家と京兆家に両属する性格を持っていたことに注意を要する(当時、このような両属は珍しくはなく、後述の木沢長政も畠山氏と京兆家の両属として位置づけられる)。
以後は政元の命を受けて数多くの戦いに参加、8月には大和に出兵していた赤沢朝経の支援を命じられて出兵、戦後には春日神社に詣でている。行政面でも澄元の執事として年貢徴収の紛争問題の解決に着手しており、『多聞院日記』では20年前に京都で一揆を指導して暴れていた頃に較べて「隠(穏)便也」と評している。だがこのように次第に実力をつけ出した事は周囲の妬みを生む事にもつながり、淡路守護の細川尚春や政元の養子・澄之の執事で山城守護代であった香西元長との権力争いが生じた。
しかし、近年、この上洛には澄元の祖父である成之が阿波の国内情勢(讃岐にいる高国派の阿波侵攻の恐れ)を理由に出兵に反対し、成之に同調した之長も出陣を拒否しただけではなく、敵である義稙・高国と内通していた可能性も指摘されている(澄元陣営についていた香川元綱が永正8年7月18日付で阿波国三好郡の阿佐氏に対して送った書状(「喜多文書」)には同じ三好郡の大西氏が三好筑前守(之長)と同調して京都(高国)に味方して出兵しなかったことを非難している)。これは澄元の京兆家と成之・之持の讃州家の間には協力関係にあっても明確な一線が引かれていたことが前提として考えられ、両属していた之長も澄元(京兆家)と成之(讃州家)の利害が対立した際には讃州家の意向を重視して行動したものとみられている。なお、この戦いの最中も之長も成之の意向を受けたとみられる備前国児島への出兵には参加しており、讃州家家臣としての行動には変化はなかった。
この大敗の直後から之長には不幸が続いた。戦後の9月12日に後援者であった澄元の祖父成之が病死、翌永正9年(1512年)1月には成之の跡を継いでいた澄元の兄之持までもが死去した。このため以後の7年間は平和が保たれる事となった。また、細川高国が船岡山合戦後に降伏した細川尚春父子に阿波を与える(尚春の嫡男である彦四郎を阿波守護に任命する)意向を示したことにより、澄元だけでなく讃州家そのものが澄元と一体視されて義稙・高国の攻撃目標とされたことによって之長も澄元との対立を続けることは不可能となり、両者は和解に向かうことになった。永正14年(1517年)、之長は阿波・讃岐の将兵を率いて淡路に侵攻して細川尚春を堺に追放し、澄元の協力を得ながら阿波国内の安定化に努めることになる。