碧南市パチンコ店長夫婦殺害事件
その後、堀たち3人はX・Y夫婦の遺体の処分方法について話し合い、できる限り事件発覚を遅らせるため、遺体を遺棄することを決めた。まず、2人の遺体をXが使用していた自動車(三河ナンバーの白いレクサス)のトランクに押し込み、飲食で使用した箸・グラスや煙草の吸殻などをドラムバッグに入れ、X宅から持ち去ったが、枝豆やその殻、(Yから夕食として振る舞われた)ハンバーグの皿はそのまま残していた。その理由について、堀は自著 (2019) で「1998年当時は、現在ほどDNA型鑑定のことが知られておらず、自分も『絶対にDNAを残したくない』というほど気にはかけていなかった。煙草の吸殻を持ち帰ったのは、DNAよりも指紋を気にしたためだろう」と回顧しているが、その枝豆の皮に付着していた唾液のDNA型が事件解決の鍵となった。
その後、3人は2人の遺体を積んだXのレクサスに金庫も積み込み、3人ともそのレクサスに乗車して、堀の運転でBのクラウンを駐車していた堤防道路へ移動。奪った金庫をクラウンに積み替え、2台の車に分乗し、同県高浜市湯山町4丁目の路上(愛知県営葭池住宅内の袋小路)に、2人の遺体を積んだレクサスを放置した。
そして、3人はBのクラウンでパチンコ店に向かい、堀とAがXから奪った鍵を使って出入り口を解錠しようとしたが、開けることができず、店内の現金を盗むことは断念した。また、3人はAの家でバールを使って金庫をこじ開け、中身を調べたが、銀行の通帳1冊しか入っておらず、堀が得られたものは現金1万数千円ほどとブレスレットだけだった。
さらに、事件発生当時(1998年ごろ)の堀の交友関係を調べたところ、事件当時、堀の仕事仲間だったA(逮捕当時は別事件により服役中)の存在を割り出したほか、別の唾液からAのDNA型と酷似するDNA型を検出した。また、Aの供述などにより、事件現場に唾液が残っていなかったBについても関与が浮上した。
このため、愛知県警の特別捜査本部は2012年8月3日、闇サイト事件の無期懲役刑が確定して服役中だった堀(当時37歳)・A(当時36歳)・B(当時43歳)の3人を、本事件(強盗殺人事件)の被疑者として逮捕し、同月5日に強盗殺人容疑で送検した。その後、名古屋地方検察庁は同月24日に住居侵入罪・強盗殺人罪で3人を名古屋地方裁判所へ起訴した。
さらに、Aが任意の事情聴取の中で守山事件への関与を示唆し、「(守山事件で使った)紐やテープは堀が用意した」と供述。県警が調べたところ、実際に堀が事件前に同種の紐やテープを購入していたことが判明したほか、犯人しか知り得ない情報(犯行現場で移動したり壊されたりした物など)に関するAの証言と、当時の現場検証で記録された状況にも複数の一致点が見い出され、堀とAが守山事件の犯行に関与した疑いが強まった。
また、被害者の負傷の程度や首を絞められた痕、Aの「(堀が2回被害者の首を絞めたことで)被害者は死亡したと思った」という供述から、愛知県警は「堀は相当強い力で被害者の首を絞めており、被害者への殺意が認められる」と判断。捜査当時の強盗傷害容疑を強盗殺人未遂容疑に切り替え、2013年(平成25年)1月16日に堀とAを守山事件(強盗殺人未遂・住居侵入)の被疑者として再逮捕した。同月2月6日、名古屋地検は堀を強盗殺人未遂罪および住居侵入罪で、Aを強盗致傷罪などで追起訴した。