永久欠番
32:クリスティアン・バク・ニールセン
31:レイ・ジョーンズ
6:アレッサンドロ・ルカレッリ
永久欠番 - 中島みゆきの楽曲。 アルバム『歌でしか言えない』を参照。
私立恵比寿中学 - 活動中に病気で急逝した松野莉奈を偲んで、出席番号9番を永久欠番扱いとした。
MAJOR(漫画・アニメ) - 作中に登場する茂野英毅(横浜ブルーオーシャンズ・原作では横浜マリンスターズ)の背番号「17」
29:ロマン・ダンゼ
8:ダグフィン・エーナリー
7:ヘロニモ・バルバディージョ
3:ジューリオ・サヴォイーニ 現役中に急死。付けていた背番号が欠番となった。 25:ピエルマリオ・モロジーニ 2011年までチームに在籍しており、リヴォルノ移籍後の2012年に急死。ヴィチェンツァ時代に付けていた背番号が欠番となった。
23:フランソワ・ステルシェル 現役中に急死。付けていた背番号が欠番となった。
3 - 松田直樹 2011年8月12日 JFL・松本山雅FCに在籍中であった2011年8月2日、練習中に急性心筋梗塞により倒れ同月4日に急逝。同月12日にJ1初の永久欠番に指定。F・マリノスはその理由について「(松田直樹選手の)横浜F・マリノス、日本代表、そして日本サッカー界への多大なる貢献への敬意と謝意、さらには松田直樹という偉大な選手への心からの追悼の証として、横浜F・マリノス在籍時に使用していた『3』を永久欠番とすることを決定した」と説明している。なお2011年シーズン当初から3番は空き番号だった。
6:ボビー・ムーア 38:ディラン・トンビデス 現役中に急死。付けていた背番号が欠番となった。
13:ダヴィデ・アストーリ 現役中に急死。付けていた背番号が欠番となった。
19 - アントワーヌ・ユベール
11:マレク・クレッジ