罪と罰 〜宇宙の後継者〜
ジャンルは前作と同じくアクションシューティング(サードパーソン・シューティングゲーム)となる。遠距離の敵には射撃、近距離の敵にはソードで攻撃できる。また敵弾(ミサイルなど)の撃ち返しも健在。本作ではさらにチャージショットが追加されている。また、自キャラが空を飛べる設定になっており、重力を無視したステージも多数収録されている。
前作はステージごとに使用キャラクターが変化するシステムであったが、本作ではイサとカチの2人の内どちらかを任意選択し使用するようになっている。また、それに伴い後述のように2人に能力差も設けられた。
スコアアタックに関しても強化されており、ダメージを受けずに敵を倒していくとスコアの倍率が上がるようになっている。また、Wi-Fiを使っての全国ランキングにも対応。なお、操作方法が5種類(Wiiリモコン+ヌンチャク、Wiiザッパー、クラシックコントローラ、クラシックコントローラPRO、ゲームキューブコントローラー)と豊富で、全国ランキングではランカーがどのコントローラーを使用したかも分かる仕組みになっている。
前作において、開発セッションの衝突とユーザー間の賛否あった難易度に関しては、「イージーは文字通りに簡単になっており、ハードはシューターに是非挑戦して欲しい難易度となっている」とインタビューで答えられている。また、本作の開発時にトレジャースタッフはゲームキューブコントローラーを使用して開発していたため、照準の合わせ易いWiiリモコンでプレイした際の調整が行われておらず、任天堂側から「簡単すぎる」とダメ出しをされたという逸話がある。
本編の長さは前作の約2倍になり、またクレジット制限が無くなったため何度でもコンティニューができるようになった。
外宇宙からの攻撃に対する応戦ために、内宇宙がその前哨基地とするべく創り出した「惑星型防衛拠点」で、作中では主に「亜地球」と呼ばれる。
複製の対象として地球が選ばれた理由は、オリジナルとなる地球で繁殖した「好戦的な下等生命体」である「ヒト(人類)」が兵士にするべく繁殖させるのに最適な生命体だと「神」と判断したためとされている。前作の内宇宙側は誰も「神」の存在を認知しておらず、本作でも「神」を認知しているG5が特別扱いされていることから、いずれの擬似地球のヒトも基本的には戦いが始まるまで自分達と地球がコピーだという事実や「神」の存在を知らないようである。
開発スタッフの話によれば、擬似地球は7つ存在し、本作の舞台は「第4亜地球」で、G5が牛耳っているのは「第5亜地球」、前作の舞台となったのは「第2亜地球」だという設定である。
G5が自分たちを狙っていることを知ったイサたちは、宇宙船で第4亜地球からの脱出を図る。しかし、あと少しのところで襲撃を受けてに脱出に失敗し、不時着してしまった。イサ達は大破した宇宙船からの脱出を図る。
極大砂爆に住みつく巨大な虎のようなキーパー。地中から突如現れ、イサ達を追い回す。