アーケゾア
ミトコンドリアを獲得する前の原始的真核生物の子孫が現生のアーケゾアである。
この後者(2)の主張については21世紀を待たずに、アーケゾアとされた全ての生物が、ミトコンドリアを持つ生物を祖先に持ち2次的にミトコンドリアを失ったことが明確になっている。またアーケゾアが真核生物の系統樹の基部を占めるという解析結果も、手法が未発達であったことによる人工産物だと考えられている。
もっとも、これにより前者(1)の主張が自動的に否定されるわけではない。原核生物が他の原核生物を取り込む現象が知られていないうちは、ある程度発達した原始的真核生物がミトコンドリアを獲得したと考えるのが自然だからである。2010年代後半になってようやく、一部の古細菌(アスガルド古細菌)が真核生物と良く似た細胞骨格や内膜系に関連した遺伝子を持つことが明らかになり、またある種の真正細菌が実際に食作用(のような取り込み)を行うことが示された。