寛文印知
従来は幕府から個々の領主に対して、領地判物・朱印状などの所領給付を示す文書を与えていたが、寛文4年3月7日に全国の大名に対して一旦これを返納することを命じた。続いて、4月5日付で全国の大名に対して同時に第4代将軍・徳川家綱の名義によって同一書式の領知判物・朱印状・領知目録を交付したのである。なお、万石以上領地を有する大名として御朱印・目録留が交付されたのは合計219家に上るが、甲府徳川家及び館林徳川家と徳川御三家は対象外であり、万石以上の大名であっても18の支藩には領地判物・朱印状が交付されなかった。また本藩・支藩論争で扱いがまとまらなかった伊予宇和島藩、伊予吉田藩の伊達両家には後日交付となった。
続いて、寛文5年3月1日に、公家・門跡・寺社に対しても同様の命令が出されて、同年の7月以後に順次新しい同一書式の領知判物・朱印状・領知目録を交付したのである。なお、公家と複数の徳川将軍から朱印状を受けた寺社及び50石以上の寺社領を持つ寺社に対しては個々に交付されたが、これに当てはまらない寺社については、所属する宗派の本寺などに対して一括して朱印状などが与えられた。これによって公家97家、門跡寺院27、比丘尼(尼寺)27、院家12、その他寺院1,076、神社365、その他7に対して交付が行われた。
寺領・社領の安堵と同時に日本全国の全ての寺院・僧侶を対象とする諸宗寺院法度、全ての神社・神職を対象とする諸社禰宜神主法度を制定して、寺院・神社それぞれに対して一元的な統制を行った。