Clustal
1988年、Higginsにより最初のバージョンが公表される。これは上記アルゴリズムの3段階に対応する3つのプログラム (Clustal1, Clustal2, Clustal3) からなるパッケージであり、すべてIBM AT機用のMicrosoft Fortranで書かれていた。ペアワイズアラインメントと多重整列はWilbur and Lipmanのアルゴリズム、クラスタリングは非加重結合法を使用していた。
1989年、HigginsによりClustal3の改良版Clustal4が公表される。これは多重整列のアルゴリズムにMyers and Millerの変法を採用することで、少ないメモリでも類縁性の低い配列を整列できるようにしたものである。
1992年、HigginsによりClustal Vが公表される。これはC言語 (C89) で書き直された単一のプログラムであり、VAX/VMS・Unix・Macintosh・MS-DOSで利用可能だった。入出力のファイル形式が多様になり、整列済みファイルの再整列や近隣結合法による系統樹の作成ができるようになった。
1994年、ThompsonによってClustal Wが公表される。