柳本賢治
その後、享禄元年(1528年)には元長と対立し、晴元に讒言し元長を阿波に追いやり、元長の与党である赤沢幸純や伊丹元扶を攻めるため大和国や摂津に出陣した。巻き返しを図った高国が、縁戚の伊勢国の北畠氏に上洛を要請し、備前国の浦上村宗を頼り畿内を脅かすと、賢治は義晴との和睦を主張したが、義維と晴元に拒絶され、剃髪する。
享禄3年(1530年)、別所就治の要請に応じ、浦上氏方の依藤氏を攻撃するため播磨国に出陣したが、依藤城を攻撃中(依藤城の戦い)、東条谷の玉蓮寺の陣中で浦上村宗の臣島村貴則の放った刺客により暗殺された。
賢治の子・虎満丸が幼年であったため一族の柳本甚次郎がその名代を務めたが、甚次郎は享禄5年(1532年)1月22日に居城の京都三条城で元長率いる阿波軍に討ち取られた。虎満丸は翌天文2年(1533年)に晴元から代官職の安堵を受けていることが確認できるが、その後については不明。また、家臣の山村正次は晴元に従い、後の享禄・天文の乱と山科本願寺の戦いに従軍している。