フィンランド湾
ダム建設に最も影響されたのはダムから5kmまでの海域である。サンクトペテルブルクとダムの間にある、もともと浅瀬となっていたところの一部が沼地と化した。湛水とそれに伴う植物の腐敗が水域の富栄養化をもたらす可能性もある。フィンランド湾における石油港の拡張とレニングラード原子力発電所の使用済み核燃料再処理工場が建設されたことも不安要素である。
クロンシュタット港はロシアがバルト海を通じて放射性廃棄物を輸入するための中継地点である。主に使用済み六フッ化ウランである放射性廃棄物はサンクトペテルブルクからさらにノヴォウラルスク(英語版)、アンガルスクなどロシア東部の都市に輸送された。その中継地点はサンクトペテルブルクからその西方110kmにある、ロシア政府が2003年10月14日の第1491-r号大統領令で定めたロシア辺境防衛区(英語版)に含まれるウスト=ルガ(英語版)のウスト=ルガ多目的団地(英語版)に移転される予定である。移転が実施された場合、サンクトペテルブルクの環境汚染リスクが軽減されることとなる。また、ウスト=ルガがロシア北西部における交通と物流の中枢となると見られた。しかし、2015年の続報では多くの発展計画が延期または破棄され、多目的団地の建設は始まってすらいないという。
フィンランド湾の海底は世界最大の船の墓場の1つである。塩分濃度と水温が低くフナクイムシが存在しないため、沈没船の保存状態が良い。6世紀以降、主要な水道がフィンランド湾を通るようになり、8世紀から10世紀まで約3千トンの銀がフィンランド湾を通って輸送された。その後はスウェーデンとロシアの貨物輸送ルートの一部となった。当時、フィンランド湾では毎年沈没船を出しており、1743年秋にはロシアの軍艦17隻がフィンランドから戻る途中、わずか7時間で全て沈没した。また1747年夏にはナルヴァ近くで商船26隻がわずか4時間で沈没した。1721年、ロシア軍がフィンランドから撤退したとき、3か月の間で船100隻以上が失われており、うち64隻は一晩で失われていた。
1996年末までにフィンランド湾のロシア領に沈没物が5千件見つかっており、そのうち2,500件が船、1,500件が飛行機で、残りはボート、錨、タンク、トラクター、車、大砲、はては機雷、航空爆弾、魚雷などの弾薬まで見つかっている。沈没船の所有国はロシア(25%)、ドイツ(19%)、イギリス(17%)、スウェーデン(15%)、オランダ(8%)、フィンランド(7%)であり、残りの9%はノルウェー、デンマーク、フランス、アメリカ、イタリア、エストニア、ラトビアの船である。これらの沈没物は航海、漁業、沿岸の建設工事、パイプラインとケーブルの敷設などの活動に支障をきたす危険があり、また環境にも悪影響を与える。戦争中には爆弾がフィンランド湾に投下されており、第一次世界大戦中は38,932枚、ロシア内戦と冬戦争は約6万枚、第二次世界大戦中は85,000枚ほど投下され、後に撤去されたのはごく一部である。