東方文化学院
1944年4月:東方文化研究所、前年の閣議決定による科学整備方策要綱の線に沿い、「現代支那の研究」を行うこととする。
1944年5月:東方文化研究所、東方文化講座を開始。
1944年7月:東方文化研究所、政府補助金12万円を5万円に削減される。存立危機に陥り、東京の東方文化学院との再統合の議が起こる。
1944年8月:『東方学報 東京』、この月発刊の分(第十五冊之二)をもって中絶。
1945年6月:(新)東方文化学院、蔵書の一部を長野県上田市外神科村に疎開し、分院を設置(翌年4月、分院は廃止)。
1945年8月:東方文化研究所、蔵書を南桑田郡の山国村国民学校に疎開(途中で敗戦を迎え、作業は中止された)。
1946年3月:東方文化研究所、財政困難を乗り切るため、財団法人東方文化研究援護会を設立。
1946年8月:東方文化研究所、東方古典講座を夏期講座として再開。
1946年10月:(新)東方文化学院、東方文化講座を開始(1947年の第3回は東方学会との共同主催)。
1946年11月:(新)東方文化学院、「近世法政経済部」を廃止。
1948年3月:東方文化研究所は京都大学人文科学研究所の中に発展的に解消し、西洋文化研究所とともに(新)人文科学研究所結成に決まる。
1948年4月:東京大学東洋文化研究所、(新)東方文化学院を吸収。
1949年4月:(新)人文科学研究所、発足。
大塚に所在していた東方文化学院の施設(関野貞の案、内田祥三の設計により東京研究所として建造された。唐招提寺を模して造られたという)は、そのまま東大東文研に継承・使用され、一部は外務省研修所としても利用された。その後、東文研が1967年東大本郷キャンパス内の現在地に移転し、更に1995年に外務省研修所も郊外の相模原に移転したため、土地と建物は民間に売却する予定となった。しかし、建物の文化的価値などから保存運動が始まり、始め東京大学に購入を要請したがそれは叶わず、近隣にキャンパスを持つ拓殖大学が購入することとなった。現在は、拓殖大学国際教育会館として利用されている。なお現在東大東文研正面玄関の前にある一対の獅子像は、旧東方文化学院から移設されたものである。
一方、北白川に所在していた東方文化研究所の施設(1930年京都研究所として建造された)もまた、京大人文研によってそのまま使用された。当初、北白川の施設は人文研本館とされたが、1975年京大本部キャンパス近くの東一条に新しく本館が建築されたためこれ以降「分館」と改称され主として東方部および東洋学文献センターが使用、機構改編を経て、現在は先述の人情研が使用している。スパニッシュ様式が特徴的な同所屋は、濱田耕作の案、武田五一・東畑謙三の設計によるもので国の登録有形文化財に登録されている。