草津線
すべて電車で運転されている。
221系(吹田総合車両所京都支所所属) 以前は網干所属車が大阪方面直通や線内運用に使われ、2007年3月改正で定期運用が一旦なくなった後、2013年3月改正から京都支所所属のK編成による定期運用が復活した。草津線の京都車運用は原則すべて本形式のみで運用され、4両編成のほか、朝夕には4両2編成連結の8両編成や、6両編成での運用もある。
223系1000番台・2000番台、225系0番台・100番台(網干総合車両所(本所)所属) 2006年3月改正より、夜の上りと翌朝の大阪方面直通列車に8両貫通編成が使われており、2023年3月改正時点で、夜の上り草津発柘植行き最終列車(5390M)と翌朝の柘植発網干行き(5327M)の1往復に使われている。2017年3月改正からは夕方の京都駅直通列車に4両編成も使用されるようになった。なお、京都所属の223系2500番台・6000番台は原則的に充当されない。
221系
223系
225系
沿線の鉄道構造物(駅の歩廊、立体交差部など)は明治期の早い時期に敷設されたものが、現在に至って使用されているものもあり、その構造や装飾などに草津線の前身の関西鉄道の社紋を残すなど意匠に富んだものを散見することができる。
開業の経緯により、柘植駅を発車した草津線の列車は、関西本線が左に分かれていくのに対して直進して草津駅を目指す。柘植駅には引き上げ線が設けられておらず、電留線への入れ換えの際は、草津線の本線で引き上げる。林の中を進み勾配を登り切ると、滋賀県道・三重県道4号草津伊賀線(以下、県道4号)の高架橋をくぐり、同県道とほぼ並走して貴生川方面を目指す。まもなく三重県から滋賀県に入るが、この周辺にはゴルフ場が多く点在している。県道4号が右側に並走してしばらくすると、草津線の東側には塩野義製薬の油日研究センター、さらに進むと西側に塩野義製薬のグループ会社油日アグロリサーチの武蔵山研究農場がある。青野川を渡る付近で丘陵地帯を抜けて住宅街が見え始めると油日駅で、甲賀駅・寺庄駅と続き、甲南駅付近までほぼ直線が続く。この付近の駅間は住宅が点在し、田畑が広がる田園地帯になる。