日本エアコミューター
座席配置と定員(通常48名)も天草の同型機と同様で、非常口への動線を確保するため右舷側最前列2席と2列目2席はボックスシート(対座配置)となっている。また、離島生活路線が多い同社運航路線特性から左舷後方座席3列は背板を倒して傷病者輸送のためストレッチャー設置が可能な特注となっていて、従来とは異なり、設置可能な一角はカーテンでの仕切りが可能となっており、機内居住性に配慮している。化粧室には特注のおむつ交換台を設置している。
2018年5月には初号機であるJA01JCが天草エアラインとの共通事業機となり、その後、JA03JCとJA04JCも天草エアラインとの共通事業機になる。JALグループにおいて同社グループ外航空会社との共通事業機は初の事例となる。天草エアラインは保有機材が1機しかなく、ATR42導入前は重整備となる場合は1か月近く全ての便の運航が停止されていた。ATR42導入に伴い、同機を運航する天草エアラインと日本エアコミューターの間で機材を融通することとなった。2018年6月に天草エアライン保有機が重整備となるのに伴い、JA01JCが同社へ貸し出されることとなる。また、同年7月に同じJALグループ企業である北海道エアシステムも次期主力機として同型機を選定したことから、天草エアラインとの運用や後述のサーブ340運用と同様に、最多運用JAC保有機で共通事業機設定し整備点検時の機材融通するとみられる。
機体はJACによる目視確認で異常なく、草地にランディングギアがはまり込んで自走不能で機体の一部が滑走路にかかっていて滑走路閉鎖となり、トラブル機以降8日終日欠航となった、同日午後から機体移動作業が本格化し、ランディングギア下部に鉄板を入れ込んで後方に曳き、22時半頃滑走路上まで機体を引き出し23時過ぎ滑走路閉鎖解除、トラブル機格納庫収容、県による滑走路確認も異常なく、9日通常運用再開予定となった。国土交通省は事故につながりかねない重大インシデントに認定し運輸安全委員会は航空事故調査官3人現地派遣し調査するとした。なお、損傷機体は同年2月に奄美空港JAC格納庫内で機体整備後、運用復帰している。また、同機は同年10月23日にも奄美発喜界行きJAC3785便で右翼のプロペラブレード接触事象が発生していて同機は継続運航不可のため復路欠航し、機体も空港エプロンで鹿児島から整備部品輸送交換作業完了する同年12月10日まで養生保管されていた。2022年、国交省運輸安全委員会は20年1月8日発生航空重大インシデント調査報告書を公表し、該当機が左からの横風を受けて着陸した際、接地直後からの左への偏向の修正が遅れたため、滑走路を逸脱して草地で停止し、自走不能となったと推定されるとし、再発防止のため横風着陸時の運用マニュアル改定とパイロットの教育、訓練を行い適切な判断、操作するよう指摘した。