指揮権 (法務大臣)
検事総長を務めた伊藤栄樹は「逐条解説 検察庁法」で検察に反する指揮権発動がされた場合に「検事総長の識見と判断に委ねられるという他はない」とし、注釈に検事総長の対応策として、不服ながらも指揮に従う、指揮に反する、官職を辞する、の3つを挙げた。しかし、検事総長が法務大臣の指揮に反する行動をとることは国家公務員法違反にあたると問題とされ、当事の秦野章法務大臣は伊藤の「指揮に反することができる」説を間違った説とした上で、「行きすぎれば検察の暴走に結びつく」として厳しくこの見解を批判した。上司の職務命令には一種の公定力が認められているため、法的には「法務大臣の職務命令に重大かつ明白な瑕疵がない限り違法なものでも服従する義務がある」とされ、伊藤の「指揮に反することができる」とする見解は明らかに国家公務員法及び検察庁法に反し、検察の独善を許す見解であるとして、現在では主張されていない。法務大臣の指揮権に反した検事総長は、職務上義務違反として免職を含めた懲戒処分が下されることになる。指揮権発動の結果の是非については、発動後の政治責任の問題である。政治的批判にその機会を与えるのが、まさに検察法14条に規定される指揮権の目的である。
検事総長への指揮権は法務大臣のみに付与されており、内閣総理大臣には付与されていないが、内閣総理大臣は内閣法第6条で規定された行政各部への指揮監督権と日本国憲法第68条で規定された法務大臣を含む閣僚任免権限があることで、検事総長への指揮権に影響力を及ぼしており、法務大臣が指揮権発動を拒否した場合でも、内閣総理大臣が法務大臣を罷免し自ら兼務することで指揮権を直接発動することも可能である。