ジャフナ国際空港
政府軍が1995年にValikamamを奪還して以後は、反政府勢力タミル・イーラム解放のトラ (LTTE) に陸路が塞がれた状況において、空港はジャフナとそれ以外の地域を繋ぐ生命線として機能する。
1996年に入り、ライオンエア(英語版)が再びジャフナ-コロンボを結ぶ民間航空路線の運行を再開。1998年3月にはMonara Airlineも同じ路線に就航した。 しかし軍人の搭乗に関してLTTEからの脅迫があり、同年9月16日Monara Airlineはこの路線の運行を停止した。 ライオンエアはその後も運行を続けたものの、9月29日同社のジャフナ空港発ラトゥマラナ空港行602便が離陸20分後、マンナール北方15kmの海域に墜落、乗員乗客55名が死亡する事件が発生する。602便はLTTEにより撃墜されたものと考えられている。
民間航空機の運行は2002年、ノルウェー政府の仲介により政府軍とLTTEが停戦したことを受けて再開された。 2002年6月、 エキスポ・エア(現フィッツ・エア)がジャフナ-コロンボを結ぶ民間航空路線の運行を再開。ExpoAirはその後一時運行を停止するも、内戦終結後の2012年1月には再び運行を再開している。 また2013年1月4日には新たな旅客ターミナルがオープンした。
2019年7月にはスリランカ政府が同年9月からインドとの国際線の運航を開始することを発表した。