境界駅
大聖寺駅(IRいしかわ鉄道とハピラインふくいの境界駅となる)
越前花堂駅(JR西日本越美北線とハピラインふくいの境界駅となる)
敦賀駅(JR西日本北陸本線・小浜線とハピラインふくいの境界駅となる)
国府津駅(御殿場線:下曽我駅との間にある国府津駅上り第一場内信号機が線路上の境界)
熱海駅(東海道本線:函南駅との間にある伊東線来宮駅上り場内信号機が線路上の境界)
甲府駅(身延線:金手駅との間にある甲府駅下り第一場内信号機が線路上の境界)
辰野駅(飯田線:宮木駅との間にある辰野駅上り場内信号機が線路上の境界)
塩尻駅(中央本線:洗馬駅との間にある塩尻駅上り場内信号機が線路上の境界) ※国府津駅・甲府駅・辰野駅・塩尻駅はJR東日本の管轄駅 ※熱海駅のうち在来線部分をJR東日本が、東海道新幹線をJR東海が管轄する
白金高輪駅(東京メトロ南北線・都営地下鉄三田線 東京地下鉄の管轄駅) 白金台駅(東京メトロ南北線・都営地下鉄三田線 東京地下鉄の管轄駅)
新宿駅(新線)(いわゆる京王新線・都営地下鉄新宿線 京王電鉄の管轄駅) ※ただし、改札内で連絡している都営地下鉄大江戸線は東京都交通局が管理している
折尾駅(筑豊本線) 同駅から若松駅まで非電化 桂川駅(筑豊本線) 同駅から原田駅まで非電化 唐津駅(唐津線) 同駅から久保田駅まで非電化 ハウステンボス駅(大村線) 同駅から諫早駅まで非電化 肥後大津駅(豊肥本線) 同駅から大分駅まで非電化 田吉駅(日南線) 同駅から志布志駅まで非電化 肥前浜駅(長崎本線) 同駅から長崎駅まで非電化
中小国駅(津軽線) 中小国駅に隣接する新中小国信号場から三厩駅まで非電化 喜多方駅(磐越西線) 同駅から新津駅まで非電化 鹿島サッカースタジアム駅(鹿島線) 非電化の鹿島臨海鉄道との境界駅 高麗川駅(八高線) 同駅から北藤岡駅北側の高崎線分岐点(倉賀野駅 - 北藤岡駅間にある)まで非電化 南小谷駅(大糸線) 同駅から糸魚川駅まで非電化。JR西日本との境界駅
新青森駅(東北新幹線・北海道新幹線:新青森駅-奥津軽いまべつ駅間にある車両分岐点が線路上の境界) ※JR東日本の管轄駅