第1上野トンネル
地盤の強化や止水の目的で、パイロットトンネル内からボーリングを行って薬液注入を行っていたはずであったが、実際には設計量を大幅に下回る量しか注入されていなかった。ボーリングは、設計上実施することになっていた数に比べると、平均して4 - 5本に1本程度しか実際に行っておらず、それ以外の穴は表面付近のみに穴を開けて蓋をすることでごまかしていた。実際にボーリングを行った穴では、平均すると設計量の約2.3倍の薬液注入を行ったが、総合計すると設計量の半分程度の薬液注入となった。注入穴が少なかったため、均一に分散した注入とならなかったものとされる。現場からJRに報告のために提出されたチャートや写真は偽装が行われており、薬液の納入業者も伝票偽造に協力していた。もともと、元請から下請けへの発注額に無理があり、その採算を合わせるために手抜きが行われたのではないかとされる。組織的な手抜きの指示と隠蔽工作が行われたとして、東京労働基準局上野労働基準監督署に労働安全衛生法違反で書類送検され、企業としての熊谷組と、当時の上野作業所長が罰金30万円の略式命令を受けた。
事故原因の究明と安全対策を行った後、東京都から工事の再開許可が出たのは事故から半年後の7月12日となった。その後薬液の再注入などを行って、同年9月5日にシールドマシンが秋葉原北部トンネルへ到達した。初期掘進の75メートルに対して平均日進0.9メートル、本掘進の421メートルに対して平均日進1.9メートルであった。
1987年(昭和62年)4月1日の国鉄分割民営化に際して、それまで国鉄が保有してきた新幹線は新幹線鉄道保有機構が保有することになり、各JRは機構に対して線路使用料を払って線路を借り受けて使用することになった。これにより、国鉄が一部施工していた東京 - 上野間の東北新幹線の設備についても新幹線鉄道保有機構が承継することになった。このため東京 - 上野間の建設主体は新幹線鉄道保有機構とされたが、建設に当たっては在来線の支障移転や東京駅・上野駅の接続工事など、設計・施工に関する協議や調整をJR東日本と行う必要があることから、JR東日本に建設を委託することが効率的であると判断され、実際の施工はJR東日本に業務委託され、同社の東京工事事務所と東京電気工事事務所が施工に当たった。
なおその後、JRの経営基盤の強化や国鉄長期債務の返済、純民営化の推進等を目的として、新幹線鉄道保有機構の保有する新幹線設備はJR各社に売却されることになり、東京 - 上野間の開業後まもない1991年(平成3年)10月1日付で実行された。これによりJR東日本がこの区間について所有も運営も行うことになった。