ココ・テムル
また、元の首都の大都ではウカアト・カアン(トゴン・テムル)の側近たちと、皇帝の実子で皇太子のアユルシリダラの間で内紛が起こっていたが、ボロト・テムルは反皇太子派に荷担したためアユルシリダラの側についた。
この対立は至正24年(1364年)、皇太子派が反皇太子派を脅かしたために反皇太子派のボロト・テムルが大同から兵を大都に進めてカアンを自らの掌中に置いて政権を奪取し、皇太子アユルシリダラは都を逃れて太原のココ・テムルのもとに落ち延びる事態に至った。ここに至ってココ・テムルは皇太子と連合してボロト・テムルとの決戦に臨み、至正25年(1365年)にココ・テムルの軍が大都に迫るとボロト・テムルは軍中の内乱にあって滅んだ。ココ・テムルは大都に入城して皇太子を中央政界に復帰させ、この功によって中書左丞相の地位と河南王の爵位を授けられた。しかし、この内紛の間に江南では朱元璋が勢力を固めつつあった。
ココ・テムルは皇太子の信任のもとに元軍の総司令官を委ねられ、反元運動の討伐の総司令官となるが、河南軍閥以来の漢人将校を含む配下の将兵らがココ・テムルに反抗を見せるようになり始め、反乱も起こった。また、至正27年(1367年)にはトゴン・テムルから政治と軍事の全権を付与されてほとんどカアン同然となっていたアユルシリダラは次第に権力と軍事力を持つココ・テムルを疎み始め、元軍に間隙が生じた。