特定失踪者問題調査会
同月外務省が北朝鮮に対し正式に抗議と調査、子供2人の返還と容疑者身柄引き渡しを要求した。従って当事案は政府によって公式に認定された拉致事件であるが、その子供2人は朝鮮籍であり日本国民ではないことから、子供2名は政府認定拉致被害者とはなっていない。
これ以前に、渡辺秀子の親族が渡辺秀子と子供2名について、特定失踪者問題調査会に公開調査を依頼しており、子供2名については「1000番台リスト」に記載、渡辺秀子も特定失踪者となっている。渡辺秀子については、当該事件に関する警察の事情聴取を受けた被疑者が、遺体を日本国内に遺棄したことを供述し、殺害についても証言したが、遺体は見つからないままとなっており、生死は未確認である。
このほか「1000番台リスト」に記載された人のうち松本京子は政府が2002年10月、非公式に北朝鮮に消息の照会を行ったただ1人の特定失踪者であった。警察の捜査の結果拉致の疑いが極めて強くなり、2006年に政府認定拉致被害者に指定されたが、こちらについても北朝鮮から「入境していない」との回答があった。また「1000番台リスト」に記載されている人のうち北朝鮮元工作員安明進より消息に関わる証言が得られた女性2名については「救う会」が拉致被害者に指定し、政府認定を求めている。
更に、調査の結果及び本人が同会に名乗り出るなどして、日本国内において消息が確認できた人が2016年12月1日現在58名おり、うち生存している人が54名、既に死亡していた人が4名、更にその中で別の犯罪により殺害されていたことが判明した人が1名(「0番台リスト」に掲載。東京都小学校教諭。当該殺人事件自体は時効)、事故死したものと見られる人が1名(「0番台リスト」掲載。日本海で操業していた新潟県の漁師。2005年12月公開)であった。
このほか、山梨県警察本部が「1000番台リスト」掲載の特定失踪者1名(1984年6月4日山梨県内より失踪、当時20才の女性)について、2004年3月に「1984年6月21日に山形県内で発見された行旅死亡人とDNAの型が一致した」と発表したものの、その後情報が公開されず真偽不明のままとなっているが、特定失踪者問題調査会はこの案件については山梨県警が公開した行旅死亡人の遺体の情報と、当該特定失踪者の身体的特徴には明確な差異が多すぎる事。失踪から僅か17日後に発見された遺体が既に死蝋化しているなど、遺体に通常ではあり得ない経年変化や損壊が生じていること。平成15年に山梨県警により行われたDNA鑑定の全般の経過に不可解な点が数多く見られることから、山梨県警のDNA型一致の発表は誤りであると主張している。なお、山梨県警自体は2017年現在も、後述の警察庁による「拉致の可能性を排除できない事案に係る方々」リストを通じて、新潟県警察本部との連名で当該特定失踪者の情報提供の呼び掛けを継続している。
2005年10月から、拉致被害者の可能性が強い日本人向けに短波放送の「しおかぜ」を放送している。また、東京都と合同で、都民の「特定失踪者」48人に関する情報募集のポスターを制作した。また、書籍(後述)や携帯ストラップ、サポーターグッズの販売もおこなっている。
2012年11月8日、日本国政府がスイス・ジュネーブで開催した拉致問題に関するシンポジウムに荒木代表が「救う会」会長の西岡力や拉致被害者家族、「特定失踪者」家族と共に参加した。