以心崇伝
崇伝の書き残した異国日記によると崇伝は「鶏鳴より曙天に至り文を成す」とあり一晩で起草をおこない翌日には献じている。これが伴天連追放之文である。「それ日本は元これ神国なり」で始まる同令はキリスト教の禁教を決定づけた法令であった。この令により慶長19年(1614年)には棄教に応じなかった高山右近、内藤如安ら多数のキリスト教徒が国外追放となり、以降幕末まで幕府の宗教政策の中心に据えられる。その法令を一晩で起草した崇伝の立案能力の高さにより家康の庇護のもとで側近として存分に手腕を発揮することになる。キリスト教の禁止や、寺院諸法度・武家諸法度・禁中並公家諸法度の制定に関わる(以上の3法令を起草したと言われる)。また寺社を利用した行政システムを作り本寺末寺制を確立し宗教統制を図ると同時に、檀家寺請制度で民衆統制を図った。寺請制は現在の檀家制度の元となるが当初はキリシタン対策として行われた宗門改めから作られた檀家証明書が宗門人別帳と呼ばれ、一家ごとに生年死亡年月日を記録した。その寺請証文が移動の際に必要となると過去帳も同時に作られるようになった。これらの寺の記録は戸籍となり、このような事務を通じて、寺院を封建支配の末端行政機構とした。しかし、その事により宗旨替えが禁止され信仰と関わりなく特定の寺院の檀家に固定される事となる。
慶長19年(1614年)、大坂の陣の発端にもなった方広寺の方広寺鐘銘事件にも関与し、「国家安康」「君臣豊楽」で家康を呪い豊臣家の繁栄を願う謀略が隠されていると難癖を付けたのは崇伝とされる説が流布しているが、近年では問題化の関与には否定的な研究もある。