美佐島駅
しかし、駅の建設途中で扉の窓部分のガラスが、まだはめ込まれていなかった1996年10月1日に、試運転列車が140 km/hで通過する試験を行ったところ、階段部で風速が24 m/sを記録し更なる安全対策を必要とすることが認識された。また、1997年2月27日に運輸省新潟運輸局(現在の国土交通省北陸信越運輸局)が完成検査を行うことに際し、防風扉が開いたままの状態で列車を通過させる実験を行ったところ、風圧で駅舎内の待合室の窓ガラスが粉砕されるという事態になり、補強や防風扉故障時の対策を要望されることになった。そのために電動自動扉へ改修されることになり、また、2枚の扉を連動させる方式に転換することになった。
2015年3月14日の北陸新幹線金沢駅延伸によりほくほく線の特急列車が全廃され、その後は超快速「スノーラビット」や従来の快速が当駅を通過していたが、2023年3月18日のダイヤ改正で全列車が各駅停車となり、当駅を通過する定期列車は消滅した。
地上待合室は畳敷きで、湯茶サービスのポットとグラス、座布団、駅ノートなどが設置されており、空調設備も整っている。
2013年(平成25年)8月より、地下通路に列車運転状況表示装置が設置された。ほくほく線の他駅とは異なり、NTTドコモのタブレット端末が設置されている。これにより、地下待合室でNTTドコモの携帯電話が使用できるようになったが、他社の携帯電話は現在も使用できない。
地上待合室
地下ホームにつながる階段
地下ホーム
地下待合室
ホームと地下通路を隔てる防風扉
地下通路の表示器の下に設置された列車運転状況表示装置