廃藩置県
明治5年(1872年)まで:静岡県、鳥取県、岡山県、徳島県、佐賀県
明治6年(1873年)まで:熊本県
明治8年(1875年)まで:京都府
明治9年(1876年)まで:高知県
明治10年(1877年)まで:鹿児島県
その後、県の数は明治5年(1872年)3府69県、明治6年(1873年)3府60県、明治8年(1875年)3府59県、明治9年(1876年)3府35県(第2次府県統合)と合併が進んだ。しかし、今度は逆に面積が大き過ぎるために地域間対立が噴出したり事務量が増加するなどの問題点が出て来た。そのため、次は(明治14年(1881年)に堺県が大阪府に合併したことを除いて)分割が進められ、明治22年(1889年)には3府42県(廃藩置県の対象外だった北海道と沖縄県を除く)となって最終的に落ち着いた。
統合によってできた府県境は、令制国のものと重なる部分も多い。また、石高で30〜60万石程度(後には90万石まで引き上げられた)にして行財政の負担に耐えうる規模とすることを心がけたと言う。
また、新しい県令などの上層部には旧藩とは縁のない人物を任命するため、その県の出身者を起用しない方針を採った。しかし、幾つかの有力諸藩ではこの方針を貫徹できず(とはいえ、明治6年(1873年)までには大半の同県人県令は廃止されている)、鹿児島県令の大山綱良のように数年に渡って県令を務めて一種の独立政権のような行動をする者もいた。
一方、その中で山口県(旧長州藩)だけは逆にかつての「宿敵」である旧幕臣出身の県令を派遣して成功を収め、その後の地方行政における長州閥の発言力を確固たるものとした。なお、この制限は文官任用制度が確立した明治18年(1885年)頃まで続いた。
愛媛県のみ石鉄県の県庁を継承(編入と同時に改称したと考えることも可能)、他は新たな県庁へ移転。
明治6年(1873年) 1月15日 - 美々津県・都城県(宮崎県) 2月20日 - 石鉄県・神山県(愛媛県) 6月15日 - 印旛県・木更津県(千葉県)、群馬県・入間県(熊谷県)
弘化年間(1844年〜1847年)以後の債務は無利息公債を交付して50年賦で返済する(旧公債)
そして天保年間以前の債務については江戸幕府が天保14年(1843年)に棄捐令(無利子年賦返済令)を発令したことを口実に一切これを継承せずに無効とする(事実上の徳政令)
というものであった。
藩札は、廃藩時の時価によって政府の紙幣と交換された。藩債のうち外交問題になりえる外債は、元利償却分を除いて全て現金で償還された。藩以外の旗本・御家人などの個人債務は償還対象外とされた。朝敵となった江戸幕府による債務は発生時期を問わずに、外国債分を除いて全て無効とされた。また、維新後に新立あるいは再立が認められた朝敵藩の負債は新立・再立以後の負債のみが引き継がれ、それ以前のものは無効とされた。
その結果、届出額の半額以上が無効を宣言されて総額で3486万円(うち、新公債1282万円、旧公債1122万円、少額債務などを理由に現金支払等で処理されたものが1082万円)が新政府の名によって返済されることになった(藩債処分)。新公債は、西南戦争の年を除けば毎年償還され、1896年までに予定通り全額が償還された。旧公債も、予定通り1921年に償還を完了した。
明治4年11月14日(1871年12月25日)布告。すでに県の設置を終えている群馬県を除く。
茨城県 - 常陸国のうち多賀郡・久慈郡・那賀郡(那珂郡)・茨城郡・真壁郡 元下館県管轄の河内国古市郡・石川郡の飛地領も当面の間は管轄。 豊岡県(元峰山県)管轄の常陸国真壁郡、淀県管轄の常陸国真壁郡の飛地領を編入。
新治県 - 常陸国のうち新治郡・筑波郡・河内郡・信太郡・行方郡・鹿島郡、下総国のうち香取郡・匝瑳郡・海上郡 群馬県(元前橋県)管轄の常陸国河内郡・筑波郡、同(元安中県)管轄の下総国香取郡・海上郡、同(元高崎県)管轄の下総国海上郡、額田県(元西端県)管轄の下総国香取郡・匝瑳郡、淀県管轄の下総国香取郡、津県管轄の下総国香取郡の飛地領を編入。
印旛県 - 下総国のうち結城郡・猿島郡・葛飾郡・相馬郡・岡田郡・豊田郡・千葉郡・埴生郡・印旛郡 元古河県管轄の美作国久米南条郡、摂津国島下郡・兎原郡・西成郡・住吉郡の飛地領も当面の間は管轄。 豊岡県(元峰山県)管轄の下総国猿島郡、淀県管轄の下総国相馬郡・印旛郡・埴生郡の飛地領を編入。
木更津県 - 安房国一円、上総国一円 元鶴牧県管轄の丹波国船井郡、元加知山県管轄の越前国敦賀郡の飛地領も当面の間は管轄。
廃藩置県から第1次府県統合までの約4箇月の間にも、一部で統合が進められている。
明治4年9月4日(1871年10月17日)佐賀県(第1次)と厳原県を統合して県庁を移転し伊万里県に。 第1次府県統合では周辺の4県も統合する形で新たな伊万里県になっている。
明治4年9月5日(1871年10月18日)館県・弘前県・黒石県・斗南県・七戸県・八戸県を弘前県に統合。 明治4年9月23日(1871年11月5日)に県庁を移転して青森県に改称、第1次府県統合はこれを追認する形になっている。