九九式襲撃機
また他の日本機と同様に作戦機としては爆弾の搭載量が少なく、航続距離も不足しがちであった。それでも、その信頼性と汎用性の高さから終戦まで陸軍地上攻撃機の主力機として第一線で活躍し続けた。例として、1944年の中国戦線における大陸打通作戦では、8月6日に在支米空軍飛行場がある要衝たる衡陽陥落に九九襲ないし九九軍偵が貢献(友軍地上部隊の眼前にて近接航空支援を実施)。さらにフィリピン防衛戦におけるレイテ島の戦いでは、1944年11月4日未明に一式戦闘機「隼」や九九式双軽爆撃機とともに数機の九九襲がタクロバンのアメリカ軍占領下の飛行場およびレイテ沖に停泊中の輸送船を攻撃、この協同戦で在地敵機41機に確実に損傷を与え米第345爆撃航空群要員100名以上が戦死する戦果を挙げている。1945年の沖縄戦でも飛行第66戦隊の九九襲が通常の艦船攻撃に投入された。
そのフィリピンの戦いを指揮した、第4航空軍司令官富永恭次中将が台湾へ脱出した際に搭乗したのも飛行第32戦隊に属する本機であった。富永はデング熱に罹患しており、まともに歩行できなかったので、後部座席までよじのぼることができず、参謀らが尻を押して飛行機の中に放り込んでいる。