ファフナー (架空の兵器)
つまり「存在そのものが別のモノになる」感覚を受け入れられることで真の力を発揮する。 遠見真矢のパイロット適性に関する査問委員会(一期第18話)以後、「蒼穹作戦」前までマークザインの力は大幅に制限されることになる。 名称のザイン (Sein) は、ドイツ語(以下独語)で、英語の「be( - である)」にあたる「存在」を意味している。マークザインの綴りは『EXODUS』にて独語同様であることが確認可能。一方、公式の資料にはMARK.ZEINと表記されているものがある。 【劇場版】 一期のラスト以降、竜宮島の切り札としてリミッターが掛けられた状態ながらいつでも搭乗可能な状態でファフナーブルクに格納されていた。同化現象の悪化が原因で一騎の操縦技術が低下していたものの、他のモデルとは一線を画す機動性と運動性、同化現象による莫大なエネルギー増幅によりルガーランスの規格を超えるパワーでの射撃等、機体性能自体は健在。一期では背後の推進ユニットのスラスター口からの噴射で飛行していたが、今作中では背面のスタビライザーそのものがスラスターの役割を兼ねており、飛行時には発光するなどの変化が見られる。 ニヒトのようにワームは使用しないが、同化能力による前述のようなエネルギー増幅現象による攻撃および味方ファフナーの能力強化(広登のマークフュンフに触れてイージスの出力を同化現象で引き上げ、ボレアリオスミールによる島の同化を阻止した)や、パイロットへの同化現象の肩代わりを行う。またフェストゥムとしての「心に侵入する」能力は絶大で、ニヒトに砕かれた両手を触れてそこから同化によって操に対するボレアリオス・ミールの支配に介入し、ニヒトへの束縛から解き放った。
コックピットブロックはジークフリード・システム経由で後部ハッチから射出できる。それに、機体が損害を受ければ必要に応じてジークフリード・システム経由で機体の各部分を切り離し可能。
互いの通信はジークフリード・システムを経由するか、対象に通信ケーブルを接続して行う。通信ケーブルは減圧して機体に張り付くため、宇宙空間では使用不可能。
独自の特徴として ジークフリード・システムのバックアップをフルに得られる。 パイロットとファフナーの一体感をより高めるため、搭乗者の上腕、脇腹、大腿部をコネクターで接続。その際に激しい痛みが伴う(パイロットスーツの着用で多少は軽減される)。 有効に操縦するには「自分がファフナーそのもの」になることを意識するのが重要である。しかしそれによって、ファフナーが受けるダメージはおろか、衝撃や皮膚感覚までパイロットにダイレクトでフィードバックされる(2話ではマークエルフが襲来したスフィンクス型に腕を切断されたためにパイロットの一騎まで痛がっている。また16話では、新国連の少女パイロットが初めてノートゥングモデルで戦闘した際に「風が冷たい...こんなに体が重くなるなんて」とファフナーとシンクロしていたがゆえの現象で狼狽し、結局泣き出して機体を降りてしまっている描写がある)。 フェストゥムの読心能力をより高次で防ぐため、搭乗する間パイロットは変性意識を形成する。 パンチ用の装甲板やジャンプ・急停止・急旋回用のスラスターを搭載した近接攻撃(汎用)型、近接攻撃型に比べて腕部がスリムになり、重火器での後方支援を得意とする中距離支援型、イージスで自機や味方機の防御を行う防御特化型、軽量の飛行用ユニットとリフトエンジンスラスターを搭載する空中戦型の4つに機体が分類される。