海軍根拠地隊
第51根拠地隊 - キスカ島。1942年9月に第5警備隊(旧舞鶴第3特別陸戦隊)を基幹に創設。創設時には第5警備隊、第5航空隊、第51通信隊を有した。キスカ島撤退作戦で撤収し解隊。
秋山勝三 少将:1942年9月15日 - 1943年8月5日
第52根拠地隊 - 大湊。機雷敷設艦「常磐」を旗艦とし、第52砲艇隊、第52掃海隊、第41号・第43号駆潜艇を有する。
水井静治 少将:1943年5月1日 - 1944年1月20日解散
上海方面根拠地隊 - 上海。一時期、司令官は上海海軍特別陸戦隊司令官を兼任(1941~1944年8月)。
樋口修一郎 少将:1939年11月15日 -
小林仁 少将:1940年11月15日 -
平岡粂一 少将:1941年5月1日 -
牧田覚三郎 少将:1941年9月15日 -
大野一郎 少将:1942年2月14日 -
畠山耕一郎 少将:1943年6月1日 -
鈴木長蔵 少将:1944年3月20日 -
森徳治 少将:1944年8月18日 - 終戦
沖縄方面根拠地隊 - 沖縄島。司令部は第4海上護衛隊司令部を兼任(~1945年2月)。沖縄戦に参加。1945年7月30日に解散。
(兼)新葉亭造 少将:1944年4月10日 -
(兼)大田実 少将:1945年1月20日 -
大田実 少将:1945年2月25日 - 1945年6月13日戦死
高雄方面根拠地隊 - 高雄
黒瀬浩 少将:1945年5月1日 - 終戦
大島方面根拠地隊 - 1942年1月解散
大野一郎 少将:1941年10月1日 - 1942年1月15日
千島方面特別根拠地隊 - 千島列島。1943年8月5日に千島方面根拠地隊に改編。