第3特科隊
1992年(平成04年)3月27日:第6大隊が第3高射特科大隊として分離独立し、師団直轄となる。
1994年(平成06年)3月28日:師団の乙編成への改編に伴い、第4大隊と第5大隊第12中隊を廃止。
第3特科隊
2006年(平成18年)3月27日:部隊改編。
第3師団の政経中枢型師団への改編に伴い、第3特科連隊(定員約1,300名)から第3特科隊(定員約500名)に縮小新編。
主要装備の155mmりゅう弾砲 FH70は定数を45門から20門に縮小。
後方支援体制変換に伴い、整備部門を第3後方支援連隊第2整備大隊特科直接支援隊へ移管。
2009年(平成21年)8月9日:平成21年台風第9号の影響により兵庫県佐用町で大規模な水害が発生、災害派遣で出動し同月19日まで給水活動を、同月23日まで行方不明者の捜索にあたる。
2023年(令和5年)度末:中部方面特科連隊(仮称)に編入のため廃止予定。
第3後方支援連隊第2整備大隊特科直接支援隊:2006年(平成18年)3月27日から