IRいしかわ鉄道線
あいの風とやま鉄道線・えちごトキめき鉄道日本海ひすいラインとの間で金沢駅 - 倶利伽羅駅 - 富山駅 - 市振駅 - 糸魚川駅間において直通運転を実施している。ただしIR所属車両は富山駅までの運転であり、富山から魚津・泊・糸魚川方面にはあいの風所属の車両のみ直通する。運転士・車掌は、石動駅 - 富山駅間でワンマン運転であっても車両の所属ごとにIRいしかわ鉄道運転センター・あいの風とやま鉄道運転管理センターがそれぞれ分担して担当している。
なお、平日朝夕に運転される「あいの風ライナー」については、線内の停車駅は始発・終着駅である金沢駅のみで、それ以外の駅はすべてあいの風とやま鉄道線内の駅である。