トポロジカルドメイン
ラミナ結合ドメイン(lamina-associated domain、LAD)は、核膜内膜上のネットワーク構造である核ラミナと高度に相互作用するクロマチン領域である。LADは主に転写がサイレンシングされたクロマチン領域によって構成され、ヒストンH3のリジン27番残基のトリメチル化(H3K27me3(英語版))に富んでいる。この修飾は、ヘテロクロマチンに多くみられる翻訳後修飾である。LADの周縁部にはCTCF結合部位が存在する。
TADの位置は、Hi-Cデータに特定のアルゴリズムを適用することで定義される。一例として、TADは"directionality index"と呼ばれる、特定のゲノム領域においてその上流域または下流域との相互作用にどの程度偏りがあるかを定量化する指標によって同定される。Directionality indexは 40kbのビンサイズで計算され、各ビン内のリードのペアリードがビンの上流と下流のどちらにマッピングされるかが観察される(リードペアの距離は2Mb以内であることが必要である)。正のdirectionality indexはリードペアが上流よりも下流に多く位置していることを、負の場合はその逆を意味する。この値はTADの境界付近では大きく変化することとなり、TADを同定することができる。
Juicebox、HiGlass/HiPiler、The 3D Genome Browser、3DIV、3D-GNOME、TADKBといった専門的なゲノムブラウザと可視化ツールが開発されており、さまざまな細胞種で目的のゲノム領域のTAD構成を可視化することが可能となっている。