スーパーファミスタ5
オリックスブルーウェーブ
千葉ロッテマリーンズ
西武ライオンズ
日本ハムファイターズ
福岡ダイエーホークス
近鉄バファローズ
一戦勝負
好きなチーム(実在12球団+ナムコ+アメリカンズ)と好きな球場を選んで対戦する。基本的に前作と同じ。
リーグ戦
好きなチーム編成・試合数などで行うリーグ戦、またファミスタシリーズ史上初となるリーグ優勝→日本シリーズ優勝を目指す実際の日本プロ野球さながらのペナントレースをプレイする事ができる(ペナントレースについては、実在12球団しか使用できない)。
夢のFA
FA制度に掛けて、勝利試合の成績ごとに資金が追加され、好きな選手を補強していくモード。3チーム分保存可能。ただし、作ったチームはリーグ戦に参戦することはできない。
OBに挑戦
好きなチーム(実在12球団)で1960年代、1970年代、1980年代、1990年代のOBからなるチームと対戦する。OB同士、OBで対戦も可。
オールスター
通常のオールスターゲームに加え、前作4に引き続き「東西対抗(オールイースト対オールウエスト)」、前年のオールスターゲームを反映した「全日本人対全外国人」で対戦するモードが追加された。この全日本人対全外国人限定で登場する外国人選手もいる(現実では横浜ベイスターズに残留しながらも他モードで使用される際の横浜には登録されなかったマイク・バークベックなど)。
岸本好弘
島本昌弘 ※「ナムコスポーツ」掲載漫画『魔球くん』作者
堀込高樹 ※サウンド担当