朝日丸
若生良穂 軍医大佐:1937年8月17日 - 1938年11月15日
上原純之助 軍医大佐:1938年11月15日 - 1939年11月15日
田邊優 軍医大佐:1939年11月15日 - 1940年11月15日
杉村好次 軍医大佐:1940年11月15日 - 1941年9月20日
神立金作 軍医大佐:1941年9月20日 - 1942年11月1日
小形治郎 軍医大佐:1942年11月1日 - 1943年11月10日
開戦後の同年12月23日、朝日丸は連合国に対し病院船として氷川丸(11,622トン)、高砂丸(大阪商船、9,315トン)とともに船名や要目、姿形などが通知された。パラオで治療や補給にあたった後ダバオに進出し、同様に治療と補給にあたった。しかし、患者が増加して対応しきれなくなることが予想されたため、応援として高砂丸がダバオに回航されて治療と補給にあたることとなり、朝日丸は患者を乗せて1942年2月11日、紀元節の日に佐世保に帰投した。
整備の後、朝日丸は再び南方に進出。この時、朝日丸は病院船としての必要物資、人員の他に、戦艦金剛、榛名宛の弾薬560発も搭載していた。朝日丸はダバオに加えてセレベス島、ティモール島方面で行動した。しかし、ティモール島クパン近海を航行中の3月26日、朝日丸はイギリス空軍機の爆撃を受けた。幸いにして直撃弾はなかったものの、すぐさまこの事実は大本営発表で報じられ、日本政府は中立国を通じてイギリス政府に抗議した。朝日丸は4月28日に佐世保に帰投後、播磨造船所で船体の修繕に並んで赤十字標識の改正、設備の入れ替えなどを行った。
改修なった朝日丸はミッドウェー海戦に参加したが、敗北により進路を変えてトラック諸島に入港し、海戦で沈没、損傷した重巡洋艦三隈や最上の負傷者を収容した。その後も、日本本土と南方占領地を幾度となく往復し、医療品の輸送と現地での治療、傷病兵の送還に活躍した。1943年11月10日、朝日丸は特設病院船としての任を解かれ、特設運送船となった。