諫早湾干拓事業
諫早湾の植物プランクトンには大きな変化はなかった
「海水の流動性」の評価では、潮流の変化は諫早湾内に限局しており、有明海全体への海水の流動性の影響は認められなかった。
「水質」の評価では、諫早湾外の有明海では、水門の開閉に関わらず水質の変化は認められなかった。調節池の水質浄化機能(窒素化合物換算)は、有明海全体の0.5%にすぎず、調節池が淡水化ないし海水化されていようが有明海全体への影響はないと判断され、堤防の閉め切りによる有明海全体の水質の影響はないとされた。諫早湾においても、堤防近くでCODが上昇したが、湾中央や湾口ではCODに変化はなかった。
「貪酸素減少」についての検討でも、干拓地からの排水は、有明海全体の広範囲の躍層の原因になっていないと判断され、堤防の閉め切りは佐賀県沖で発生している貪酸素現象の要因にはなっていないとされた。
海底の「底質」の評価では、コンピュータ解析で諫早湾口の一部の領域で、底質が細粒化する傾向がみられたが、実際の環境モニタリング調査では、現地海域で底質が細粒化する一定の傾向は認められなかった。
これに対して、短期の開門調査では「有明海の海洋環境の影響は検証できない」という意見もあった。2006年に農水省は「今後は開門調査は行わない」との方針を表明した。当時の農林水産大臣は、中・長期の調査を行わない理由として、開門によって海底のヘドロによって漁業被害が発生することが懸念され、その対策に600億円以上の多額の費用が必要とされ、代替となる他の方法で開門の影響を検討することになったと説明している。
堤防の治水機能の重要性を指摘する地元住民や営農者は開門に反対であった。自治体としては長崎県・雲仙市・諫早市などが開門に反対している。
2010年の福岡地裁の開門命令を受けて、農水省は長崎県の地元関係者の元に職員を派遣し戸別訪問を行った。その回数は、2013年度(平成25年度)当初予算成立後の同年5月15日から2014年度(平成26年)3月3日の約10カ月の間に、本省係官によるものが45回、九州農政局係官によるものが368回の合計413回にもなった。しかし、地元住民らの開門に反対する意思は強く、2013年9月9日に国有地で農水省が開門調査のために工事を実施しようとしたところ、長崎県選出国会議員や県議、諫早市議らを含む住民ら約350人が集結してこれを阻止した。9月27日、10月28日にも開門に反対する地区住民のべ1700人に阻止され、工事ができない事態となった。