中尾睦
同年3月22日、豊中市議会議員の木村真、市民ら230人は、土地の売却を担当した財務省近畿財務局の職員を氏名不詳のまま背任容疑で大阪地検特別捜査部に告発した。
同年4月3日、佐川宣寿理財局長は、衆議院決算行政監視委員会で、「行政文書は紙もパソコン上のデータも同様に取り扱いにしている。データは短期間で自動的に消去され、復元できないようなシステムになっている」と答弁した。4月7日、中尾は衆議院内閣委員会で「自動消去という昨日は基本的にない。データを削除した場合は14日間は復元可能だが、それを超えると復元できない。通常の職員はそういうことはできない仕組みになっている」と述べ、佐川の答弁を事実上訂正した。
同年5月15日、市民団体「健全な法治国家のために声をあげる市民の会」(代表:八木啓代)は、財務省が森友学園との交渉記録を廃棄したとして、中尾、佐川宣寿、迫田英典、田中一穂、武内良樹、田村嘉啓、池田靖ら7人に対する公用文書等毀棄容疑での告発状を東京地方検察庁に提出した(東京地検はのちに被疑事件を大阪地方検察庁特別捜査部に移送した)。
同年7月7日、中尾は人事院に異動。事務総局審議官に就任した。
大阪地検特捜部は木村真らによる刑事告発を受理したものの、背任容疑の捜査に手間取っていた。そこで近畿財務局のコンピュータから押収したデータをもとに、先に公文書の変造容疑を固めることにした。同年夏から秋にかけてDF(デジタルフォレンジック)センター準備室がデータの復元および解析を行い、決済文書改ざんの痕跡を突き止めた。
2018年3月7日、近畿財務局の元上席財産管理官の赤木俊夫が自殺。