サンフランシスコ・シャビエル肺結核療養所
1942年1月、ブラジル政府は枢軸国と国交断絶。在ブラジル日本国大使館や在サンパウロ日本国総領事館等の在外公館が閉鎖された。同年4月18日、療養所はブラジル政府に接収され、サナトリオ同仁会はサナトリオ・サンフランシスコ・シャビエルと改称され、二代目支配人だった日本人の石井恒は免職となり、代わりにブラジル人のネルソン・ボルジェスが就任した。それまで大半を占めていた日本人職員は僅か3名を残し解職された。戦時中、敵性国人となった日本人には様々な制限があった:
療養所の内外を問わず、日本語での会話は禁止された(密告により警察に拘引された患者もいた)
患者宛の封筒は無断で開封され、金銭は没収された
職員が公務で外出する際にも、警察の通行許可証が必要とされ、監視も付けられた
日本国の在外公館が引き上げてからは療養所への助成金がなくなり経営状態が悪化した。この苦境を覆すべく、療養所は市と提携し、約2年間、市の委託施設となった。しかし、委託費の支払いが悪く、経営問題を解決するにはいたらなかった。
また、臣道連盟から協力を要請する脅迫状が送られてきた。そのため、非合法活動を行っていた連盟メンバーを追っていた警察の捜査を受けることとなった。療友会も標的にされ、約2~3ヶ月ほどカンポス・ド・ジョルドン市の勝ち組の本部にされた。
1948年、ストレプトマイシンの開発で肺結核の治療が画期的に進歩したが、治療費を払えない患者も増え、7~8割の者が治療半ばで退院するようになった。療養所はサンタクルス病院(旧・日本病院)の付属であったが、病院の経営母体であるサンタクルス慈善協会からの実質的な経済的援助はなく、患者の入院費頼りの経営を余儀なくされていた。
当初、細江はサンパウロ市郊外のトレメンベー区に家屋を借り、篤志家として知られていた山田正忠を管理人に据え、日系療養所とした。細江本人と同仁会の医師ペドロ・アレットが一日おきにこの施設を訪問し、患者を診察していた。しかし、近隣住民が肺結核患者の収容施設に猛反発したため、閉鎖に追い込まれてしまった。その後、細江はカンポス・ド・ジョルドン市に「療友会」という日系肺結核患者の療養施設があることを知り、療友会・会長の林田久七に依頼してトレメンベー療養所の患者を療友会で引き取ってもらった(療友会は1929年頃に林田久七が組織した自治合宿形式の療養所である)。以後、細江は毎月療友会を訪問し、診察を行った。
1935年度、予算外事業として同仁会は「同仁会臨時肺結核療養所」を同じカンポス・ド・ジョルドン市に開設。細江は両施設を月一で往診し、本格的な肺結核療養所の建設を熱望した。細江の熱意に打たれた林田は彼を時のカンポス・ド・ジョルドン市長アントニオ・ガヴィオン・ゴンザガへ紹介し、市長の協力を得ることに成功した。その後、細江はゴンザガ市長と共に当時のブラジル国外務大臣マセド・ソアレスに謁見し、説得に成功した。1935年12月12日、ソアレス外相はカンポス・ド・ジョルドン市中心から南西に約4キロ離れた場所に所有していた196,300平方メートルの土地を同仁会へ無償譲渡した。ただし、この土地寄贈は「1年以内に療養所を完成させる」との条件付きであった。
同仁会には建設資金は無く、総領事館へ資金援助を申請したところ、70コントの助成金を給付されることになった。しかし、競合入札を行ったところ、建設見積は240コント強となった。