第五海洋丸の遭難
捜索に当たっては、海上保安庁から「げんかい」「しきね」「第四海洋丸」「むろと」「こうず」「たまなみ」などの多くの船が派遣されたほか、アメリカ空軍の飛行機も要請を受けて出動し、明神礁周辺の約12,000平方マイルをレーダーと肉眼で捜索した。しばらくはこのような捜索にも拘らず、何の手掛かりも得られなかった。その後、26日の午後6時に神奈川県三崎へマグロ漁を終えて帰港した漁船「第三日祥丸」の船長から、「25日1600前, ベヨネース列岩から南東5〜10浬の海面で多数の漂流物を目撃した。浮流物は本船の両側に4〜5浬にわたって散在し, 木箱, 醬油樽などいずれも新しいものだった。当時は第五海洋丸の遭難を知らなかつた」との報告が寄せられた。
27日午後1時50分、巡視船「こうず」が、北緯31.22度 東経139.55.5度の地点で「海上保安庁1」と記入された測量用浮標を発見し、続いて多くの破片が様々な場所で発見された。同日午後3時には、伝馬船の破片と思われるものと、無電室の防音用のコルク片と見られるものが見つかっており、7月まで第五海洋丸の乗組員であった者の鑑定によれば、確かに同船のものであるとされた。
午後4時40分には、「しきね」が船室用材と共に救命浮標を発見し、救命浮標の表面を塗り潰していた白ペンキを剥がすと「No.5 KAIYOMARU TOKYO」の文字が現れたことから、第五海洋丸の遭難は決定的なものとなった。他にも、木片、測量用杉丸太、伝馬船架台、短艇甲板、野菜箱の木片、樽、ボート外板などの漂流物が拾得された。
遭難者の特別捜索は、10月11日をもって打ち切られ、通常の海上パトロールに切り替えられた。