サンホアキン・バレー
フレズノ
フレズノ郡
サンホアキン郡
カーン郡
スタニスラウス郡
トゥーレアリ郡
マーセド郡
キングス郡
マデラ郡
サンホアキン・バレーは山脈で遮られ、滅多に強い風も吹かないのでスモッグが吹き飛ばされないために、長い間アメリカ合衆国でも最悪の大気汚染に苦しんできた。この公害は主に軽油やガソリンを使用する自動車および農業機械から発生しており、停滞気味の天候で悪化されている。公害の拡大によって、大気汚染を測るほとんどの尺度でサンホアキン・バレーはロサンゼルスやテキサス州ヒューストンと肩を並べるほどになってきた。ロサンゼルス市の東にあるインランド・エンパイアのみがさらに大気品質が悪い地域であり、アメリカ合衆国環境保護庁が評価した不健康と考えるオゾン量が発生した日数では、サンホアキン・バレーが2004年に国内第1位になった。
生産活動や車の運転は一年中起こっていることであるが、大気汚染は冬に悪化する。
地下水の汚染はターロック盆地などサンホアキン・バレー内で問題になりつつある。サンホアキン郡はバレーの中で大気質の良い方の郡であるが、サクラメント地域やスタニスラウス郡は最悪となっている。
連邦政府が深度の浅い地下水の利用を制限したために、水不足は水質汚濁が悪化する結果になっている。大気汚染は適切な水の供給によってもうまく薄められない。適切な灌漑能力が不足することはバレー内での食料生産能力にも重大な問題となる。連邦政府が灌漑を制限しているために、肥沃な地域で塩分を含む土壌が適度の水分によって薄められなくなっている。灌漑水が減ると、特にトゥーレアリ湖床など大半の肥沃な土地で、生産力が減じられることになっている。