福岡県道・大分県道16号吉富本耶馬渓線
1923年(大正12年) - 有野中津線として県道認定。
1926年(大正15年) - 洞門停車場有野線として県道認定。
1934年(昭和9年)7月 洞門停車場有野線路線廃止。 福岡県道432号宇島港洞門停車場認定変更。 有野中津線から福岡県道・大分県道434号原井中津線として認定変更。
1959年(昭和34年)4月1日 福岡県道・大分県道434号原井中津線、福岡県道432号宇島港洞門停車場同時に路線を廃止。 福岡県道・大分県道148号一般県道洞門吉富線を県道認定。
1973年(昭和48年)3月1日 - 福岡県道・大分県道148号洞門吉富線から福岡県道・大分県道101号一般県道洞門吉富線へと路線番号変更。
1982年(昭和57年)4月1日 - 建設省(現・国土交通省)により主要地方道として認定。
1983年(昭和58年)3月25日 - 福岡県道・大分県道16号主要地方道吉富本耶馬溪線として路線認定。
※この時路線名が逆となる。
整理番号「16」は福岡県では1977年(昭和52年)3月31日までは福岡県道・佐賀県道16号柳川神埼線だったが、1974年(昭和49年)11月12日から全線が一般国道385号に重複されていたため廃止でいったん欠番となる。
その後、1983年(昭和58年)3月25日に当時の大分県道・福岡県道101号一般県道洞門吉富線を主要地方道に昇格・路線認定することで現在に至る。
この路線の一部である築上郡上毛町百留 - 同原井間は1914年(大正3年)から1922年(大正11年)まで営業していた宇島鉄道(通称:軽便鉄道)の軌道跡を通っている。
1993年(平成5年)5月11日 - 建設省から、主要県道吉富本耶馬渓線が吉富本耶馬渓線として主要地方道に再指定される。