3式機龍
バックユニットに内蔵されている大型噴進弾。MRL・2MkIVとも呼ばれる680ミリロケット弾、改修後には改良型が装備されている。『ゴジラ×メカゴジラ』では87式、『東京SOS』では4式をそれぞれ装備。
操演の鳴海聡によれば、当初はジャイアントスイングをスーツで撮影しようとしていたが、撮影を行った第9スタジオの広さでは無理だったと述べている。
飛行シーンなどではフルCGの機龍が使用された。また、ブースターなど部分的にもCGが使用されている。バックユニットから発射されるミサイルやロケット弾は、フルCGで描写された。3DCGは、マリンポストが担当。同社の粟津順は、表面がツルッとしているので前作のゴジラよりはポリゴン数が少なかったものの、構造が複雑であることから苦労したという。
本編セットでは、操縦席となるメンテナンスブースと、乗り込み口、その間の通路が制作された。美術の瀬下幸治は、胸部にはアブソリュート・ゼロを内蔵していることから、メンテナンスブースは首にあるものと想定し、2畳ほどの狭いセットとした。手塚からはあくまで点検のための設備であるとして簡易的な椅子とシステムを要望され、瀬下は『機動警察パトレイバー』のレイバーをイメージして制作したが、手塚の希望はもっとアナログなものであったようだと述懐している。
造型用の雛型は、本編で機龍隊のロッカールームに飾られている。
現実における商品名や表記には揺れがあり、メカゴジラ2002 / メカゴジラ2003との商品名や、三式機龍との表記も見られる。
デザインや設定については、アニメ『新世紀エヴァンゲリオン』からの影響が指摘されている。西川は、歴代のメカゴジラでも『マジンガーZ』や『機動戦士ガンダム』などロボットアニメにおけるデザインの進歩の影響を受けていたといい、この時期の作品が『エヴァ』に行くのは必然であったと述べている。なお、フィギュアなどでは、エヴァンゲリオンとのコラボカラーも発売されている。
『東京SOS』のスーツは前作のものを改修している。武装やバックユニットはデザインを一新しているため、完全新規造形となっており、右腕、胸、尻尾の先なども改良が加えられた。改修部のデザインも西川が担当しており、格闘戦を重視するため、前作よりも軽量化が図られた。配色は、ガンメタリック系となった。前作ではスーツとバックユニットの間に隙間が生じていたが、本作品では既存にスーツに合わせて造型しているため、フィッティングが向上している。肩バーニアの設定は当初の予定にはなく、画コンテで発案されたが造形には間に合わず、スーツの完成後にディテールが追加された。インナーはスーツアクターに合わせて作り直している。
バックユニットは、上部ミサイル発射口が開閉するアップ用のほかに、軟質素材製の超アクション用が存在する。スパイラルクロウの造形物にギミックはなく、展開や回転はCGで描写している。
メンテナンスブースのハッチ付近には、実物大の首部分のセットが用いられた。ドックのミニチュアも前作の流用である。