川辺川ダム
地元熊本県内でのダムに対する疑問も、この時期起こり始めた。『毎日新聞』記者の福岡賢正が1991年(平成3年)8月から1995年(平成7年)6月まで同紙熊本版に断続的に掲載した「再考川辺川ダム」連載であった。当時、流域で圧倒的なシェアを誇る地元紙『熊本日日新聞』の論調は、ダムに対する否定的な記事は一切見られず、むしろ川辺川ダムのPRを大々的に行う全面広告企画特集を組むなど「ダム肯定」とも取れる風潮にあった。その中で福岡は独自に科学的なデータを集めて検証し、建設省が訴えるダム建設理由の不合理性を次々と指摘した。基本高水流量の妥当性、森林保水力の有無、球磨川本流と川辺川の水質の差異などについて、具体的な数値を示して国の主張に真っ向から反論した。これらの論点は、今日に至るまで国土交通省と反対派による主要な争点として議論され続けており、川辺川ダム反対運動における福岡の影響は、その先鞭を付けたという意味で極めて大きい。同連載は後に「国が川を壊す理由」(葦書房)として出版され、この連載をきっかけに1992年(平成4年)には地元で「清流球磨川・川辺川を未来に手渡す会」が発足。
なお、蒲島知事は国土交通省から提示された穴あきダム案については「ダムによらない治水案を追求した結果提示されたものかどうか疑問」として、ダム事業の是非の判断材料とはしなかったとしている。
こうした人吉市・相良村の姿勢は従来「ダム推進」で一本化していた球磨川流域自治体の動向にも影響を与えた。山江村は「賛成」から「中立」へと態度を変え、あさぎり町や錦町は「人吉・相良の考えを尊重する」として同調する姿勢を見せた。推進を表明していた下流最大の受益地・八代市も2009年(平成21年)8月に行われた市長選挙で当選した福島和敏市長が「ダム建設反対」方針を明確にし、流域はダム建設に否定的になりつつある。一方で最大の水没予定地となる五木村は熊本県や人吉市・相良村の対応に猛反発し、従来どおりダム建設の推進を五木村民大会において全会一致で訴えている。この中で「仮にダム建設が中止となった場合、五木村の立村計画を県が肩代わりしてくれるのか、財政の厳しい県が行えるのか甚だ疑問だ」として蒲島知事の姿勢を厳しく批判している。その一方で国土交通省が「ダム中止となれば、村再建対策を行うことが難しくなる」と発言したことにも村民から反発の声が挙がった。また球磨村は「慢性的に水害の被害を受けており、対策としてはダムによる水位低下しかない」として人吉市などに反発。水上村も「ダム推進で長年一致してきたのに、この一ヶ月で全てが崩れるのは悲しいことだ」と懸念を示している。徳田相良村長は五木村に対し「ダム反対」の姿勢に同調するよう訴えているが五木村との溝は深く、ダム問題は地域間に新たな対立を生み出す可能性も秘めている。