波照間港
1990年(平成2年)6月1日 - 波照間海運の貨客船「フェリーはてるま」が就航。
1994年(平成6年)3月 - 旅客ターミナル完成、供用開始。
1996年(平成8年)5月 - 波照間海運の旅客船(高速船)「ニューはてるま」が就航。
2010年(平成22年)8月22日 - 波照間海運の大型双胴旅客船「ぱいぱてぃろーま」が就航。
2011年(平成23年) 1月1日 - 安栄観光が旅客船の定期運航を開始。 12月11日 - 波照間海運の貨客船「フェリーはてるま」、旅客船「ぱいぱてぃろーま」が運休。 12月24日 - 貨客船「フェリーはてるま」が臨時運航を再開。
2012年(平成24年) 6月 - 貨客船「フェリーはてるま」が再度運休。 10月 - 安栄観光により貨客船「フェリーはてるま」が運航再開。
2013年(平成25年)4月18日 - NPO法人すむづれの会が旅客ターミナル内に売店を出店。
2017年(平成29年)10月8日 - 安栄観光の大型双胴旅客船「ぱいじま2」が就航。
2019年(令和元年)7月31日 - 「フェリーはてるま2」就航。
安栄観光の旅客船(高速船)および貨客船(フェリー)が石垣島の石垣港との間の定期航路に就航しているほか、同社の高速船が西表島東部にある大原港(仲間港)との間に不定期に就航している。かつては波照間海運も旅客船(高速船)及び貨客船(フェリー)を運航していたが、2012年までに運休した。
高速船(旅客船) - 石垣港(石垣島) 夏季4便・冬季3便。片道3,150円(2020年9月現在)。 黒島付近で石西礁湖から外洋に出るため、波浪が高く、揺れが激しくなる。このため、冬季を中心に欠航率が50%を超えることも少なくない。2015年度の欠航率は下記のとおり。 2017年(平成29年)10月8日に旅客定員210名、284tの大型双胴客船「ぱいじま2」が就航しており、就航率を10%程度改善することが期待されている。一方、所要時間は従来の約60分から約80分に長くなる上、実際には90-120分程度での運航が常態化している。 - 大原港(仲間港)(西表島) 不定期運航で、予約が必要。
貨客船(フェリー) - 石垣港(石垣島) 毎火曜日、木曜日、土曜日、第2・第4金曜日に各1日1便運航。片道 1,570円(2020年9月現在)。 高速船が高波で運休する場合も、貨客船は運航できることが多いが、旅客定員が52名のため、切符が発売後すぐに売り切れることもある。 貨客船「フェリーはてるま2」で運航。以前は、かつて波照間海運が運航していた「フェリーはてるま」を、2012年の同社の波照間航路休止後、安栄観光が受け継いで運航していた。「フェリーはてるま」は老朽化のため、2019年に「フェリーはてるま2」に置き換えられた。