イージス弾道ミサイル防衛システム
山口県でも地元萩市の藤道健二市長から「調査に対する信頼が損なわれることにもなりかねない」との批判が出るなどし、7月3日に岩屋毅防衛大臣が山口県庁を訪れ、村岡嗣政山口県知事や、藤原萩市長に謝罪を行った。
一連の事態に関し、岩屋防衛大臣は更迭人事などは行わない方針を示していたが、7月10日付の人事で、本省では計画を担当した深澤雅貴官房審議官がサイバーセキュリティ・情報化審議官に異動となり、東北防衛局でも伊藤東北防衛局長が報道官に、説明会で居眠りをした調達部次長が北関東防衛局調達部付にそれぞれ異動となるなどした。
9月には自由民主党秋田県支部連合会会長の金田勝年衆議院議員が、「ずさんな調査や緩みがあったことは残念だ」と防衛省の対応を批判した上で、全候補地のゼロベースでの再調査を申し入れ、これを受けた防衛省は、秋田県、青森県、山形県の20の国有地の再調査を行った。
2020年6月15日、河野太郎防衛大臣はSM-3のイージス・アショア配備に関するプロセスを停止することを表明した。迎撃ミサイルを発射する際に使う「ブースター」と呼ばれる推進補助装置を、演習場内に落下させると説明していたが、確実に落下させるためには、ソフトウェアの改修だけでは不十分だと分かったためである。12月にはイージス・アショアの代替案として海上自衛隊のイージス・システム搭載艦が発表された。