サイクリン依存性キナーゼ
サイクリンファミリーと全く相同性がみられないタンパク質も、CDKの直接的な活性化を行う。そのような活性化因子のファミリーの1つがRINGO/Speedyファミリーであり、もともとはツメガエルXenopusで発見された。これまでに見つかった5つのメンバーの全てがCDK1とCDK2を直接活性化するが、RINGO/SpeedyとCDK2との複合体はサイクリンA/CDK2複合体とは異なる基質を認識する。
サイクリン依存性キナーゼ阻害因子(CKI)は、サイクリン/CDK複合体と相互作用してそのキナーゼ活性を防ぐタンパク質である。通常はG1期に、もしくは環境やDNA損傷によるシグナルに応答して相互作用が起こる。動物細胞では、CKIにはINK4とCIP/KIPという大きく2つのファミリーが存在する。INK4ファミリーのタンパク質は阻害のみを行い、CDKの単量体に結合する。CDK6とINK4ファミリータンパク質の複合体の結晶構造からは、INK4の結合によってCDKがねじれ、サイクリンの結合とキナーゼ活性が妨げられることが示されている。CIP/KIPファミリーのタンパク質はサイクリンとCDKの双方と結合し、阻害を行うことも活性化を行うこともある。CIP/KIPファミリーのタンパク質は、サイクリンDとCDK4またはCDK6との複合体の形成を促進することで活性化を行う。