遣支艦隊
第11戦隊:安宅・勢多・堅田・比良・保津・鳥羽・熱海・二見・伏見・隅田・橋立
漢口方面特別根拠地隊
九江基地隊
9月下旬には平和進駐か強行上陸かで日本陸海軍の意見が対立し、第二遣支艦隊の指揮下にあった第三水雷戦隊が日本陸軍(印度支那派遣軍)輸送船団の護衛と協力を中断する事態が起きた。9月28日、IC作戦は終了してIC作戦部隊は解散した。本件により、統率を乱した富永恭次大本営参謀(参謀本部第一部長)や安藤利吉南支那方面軍司令官などが更迭されている。
1941年(昭和16年)1月になるとタイ王国とヴィシー政権下のフランス植民地軍との間で国境紛争が激化した(タイ・フランス領インドシナ紛争)。大本営政府連絡懇談会は「秦ヲシテ英国ノ居中調停ヲ拒絶セシムルト共ニ、帝国ハ仏印ヲ圧迫シ紛争ノ即時解決ヲ図ル」「直チニ仏印ニ対シ所要ノ威圧行動ヲ開始ス」と決定した。顕示行動は「S作戦」と呼称され、第二遣支艦隊司令長官沢本頼雄中将が指揮する艦艇と航空機が展開した。参加部隊は、第二遣支艦隊(重巡洋艦足柄、海防艦占守、第五水雷戦隊、第14航空隊など)、第一艦隊(第一水雷戦隊、第七航空戦隊〈千歳、瑞穂〉)、第二艦隊(第七戦隊〈最上型4隻〉、第二航空戦隊〈蒼龍、飛龍、第23駆逐隊〉)、第十一航空艦隊(高雄航空隊など)であった。仏印・泰国境紛争の調停が成立後も第17駆逐隊(磯風、浦風)や陸上攻撃機小数がサイゴンに留まり、4月初旬まで南部仏印基地の調査、マレー半島や英領ボルネオ方面の情報収集をおこなった。
仏印進駐と並行して、第二遣支艦隊は日本陸軍と協力し、南支方面の封鎖任務に従事した。