北陸トンネル
旧線跡地は1963年11月4日に道路に転用された。旧線跡は、敦賀市街から葉原までが国道476号、葉原から杉津までが敦賀市道、杉津から今庄までが福井県道207号今庄杉津線となった。杉津駅南方の河野谷トンネルは解体された。また、杉津駅より山中トンネルまでは、山の中腹をトンネルと鉄橋でつないでいたが、公道化された。旧線鉄橋跡は深山、大桐付近も含め、いずれも鉄橋の上にアスファルト道路を載せている。
北陸本線下り線敦賀方新旧分岐点附近は記念碑が置かれた。
深山信号場附近は2車線道路に拡幅されて痕跡をとどめない。
樫曲トンネルおよび獺河内トンネルは北向き一方通行の一般道として供用されていたが、木ノ芽峠トンネル開通に併せた道路整備に際し、2002年に樫曲トンネルはレトロ調の街灯が設置されるなど車両通行禁止の歩道として整備され、獺河内トンネルは拡幅を経て2車線一般道のトンネルとなった。
獺河内地区の旧新保駅の下にあった木の芽川にかかる鉄橋梁は同じく2002年、木ノ芽峠トンネル開通に併せた道路整備により消滅した。
国道476号から葉原大カーブへ分岐する地点は神社内敷地を横断しており、廃線後も公道として供用されていたが、2007年の道路改修に際して元の神社に返され通行不可能となったため、新たに北側に国道に迂回連絡する車道築堤が造られた。旧道分岐地点近くの鉄橋はひきつづき道路橋として供用中である。
この事故をきっかけに長大トンネル区間および列車の空調、電源設備の安全性改善が進んだと言われている(蒸気機関車時代は、蒸気そのものを機関車から客車に直接送ることができた)。この事故の前の1969年12月にも北陸トンネルを通過中の寝台特急「日本海」の電源車から出火する事故があったが、このときは運転士の判断で列車をトンネルから脱出させて消火したため死者は出なかった(詳細は北陸トンネル火災事故も参照)。
2006年10月21日に長年交流電化であった北陸本線長浜駅 - 敦賀駅間と湖西線永原駅 - 近江塩津駅間が直流電化され、敦賀口付近にデッドセクションが設けられた。福井方面からやってきた列車は特急・普通を問わず、デッドセクションにおける交流→直流の電源切り替えに備えるため、トンネルを抜ける手前で減速し、運転士がデッドセクション通過中に切り替えを行う。
2020年3月27日、トンネル保守作業の際の通信回線としてauの中継基地局を設置した。その関係でauの携帯電話はトンネル内においても使用ができる。