新潟車両センター
T18編成は2015年5月30日にさよなら国鉄色485系号として新潟〜酒田間を運行し、同年7月・8月に廃車されたが、先頭車のクハ481-1508は新潟市秋葉区の新潟市新津鉄道資料館にて保存されている。
その他に、臨時・団体列車用としてジョイフルトレイン「NO.DO.KA」が配置されていたが、2018年1月7日に運行を終了。同年1月10日に廃車回送され、同日付で廃車された。また臨時快速「きらきらうえつ」などで運用されたジョイフルトレイン「きらきらうえつ」も配置されていたが、2019年9月に運行を終了し2020年3月1日付で廃車され、配置が無くなった。
485系T12編成
485系T18編成
485系R26編成
115系電車
2011年8月時点では、4両編成14本(TcMM'TcのL1 - L11編成およびMcM'TTcのL12 - L14編成)・3両編成32本(McM'TcのN1 - N32編成)・2両編成18本(McM'cのS1 - S15・Y1 - Y3編成)・訓練車2両編成1本が在籍した。 L・N・S編成は、信越本線(妙高高原 - 長岡 - 新潟)・上越線(水上 - 長岡)・越後線・白新線・羽越本線(新津 - 村上)で、単体または各編成を相互に連結した形で運用された。S編成の一部編成はトイレを設置していないため、単独では運用されず他編成と併結して運用された。2011年時点での塗色は、復刻塗装車や後述のリニューアル車を除き、白地に濃淡緑の線が入ったものを纏っていた。