整備新幹線
東北・上越新幹線は、国鉄の自己資金や財政投融資等の借入金によって建設され、結果的に国鉄債務増大の一因となったことへの反省から、整備新幹線は原則として、返済の必要がない無償資金による国や自治体による公共事業方式で建設され、営業を担当するJRからは、開業後の受益に応じた線路貸付料を受け取る形とした。
しかし、公共事業費の増額には財務省(旧・大蔵省)の抵抗が大きく、新規着工や開業前倒しには新たな財源探しが付き物となる。
1997年10月1日の高崎駅 - 長野駅間(長野新幹線)開業に伴い、信越本線のうち、高崎駅 - 横川駅間がJR東日本の路線として存続、 横川駅 - 軽井沢駅間が廃止、軽井沢駅 - 篠ノ井駅間が第三セクター鉄道として設立されたしなの鉄道に経営移管され、並行在来線経営分離の最初の例となった。篠ノ井駅 - 長野駅間については、篠ノ井線からの列車が多数乗り入れる輸送体系上、引き続きJR東日本が運営している。
2015年3月14日の長野駅 - 金沢駅間開業時には、信越本線と北陸本線のうち、長野県内区間(信越本線長野駅 - 妙高高原駅間)がしなの鉄道に、新潟県内区間(信越本線妙高高原駅 - 直江津駅間および北陸本線直江津駅 - 市振駅間)がえちごトキめき鉄道に、富山県内区間(北陸本線市振駅 - 倶利伽羅駅間)があいの風とやま鉄道に、石川県内区間(北陸本線倶利伽羅駅 - 金沢駅間)がIRいしかわ鉄道にそれぞれ経営移管された。
2024年3月16日予定の金沢駅 - 敦賀駅間開業時には、北陸本線のうち、石川県内区間(金沢駅 - 大聖寺駅間)がIRいしかわ鉄道に、福井県内区間(大聖寺駅 - 敦賀駅間)がハピラインふくいに経営移管される予定である。
敦賀駅 - 新大阪駅間については、2019年5月に鉄道・運輸機構が環境影響評価法に基づく計画段階環境配慮書を公表し、概略ルートを示しているが、並行在来線の扱いについては未定である。