オイラト
ガルダンは遊牧兵力の機動力を生かしてよく抗戦したが、偶発的に康熙帝の親征軍に遭遇して敗れ、逃走した。このときジュンガリアのオイラト本国においてガルダンの甥ツェワンラブタンが叔父に反旗を翻して自立し、補給を断たれたガルダンは逃走中に死亡した。この抗争の結果、ハルハは内モンゴル諸部と同様に清に服属し、オイラトは清に朝貢することになったが、ツェワンラブタン以下歴代のジュンガル部族長たちはガルダンの地盤を引き継いでオイラトを支配し続け、チベットや青海をめぐって時に清と対立した。
その結果、ジュンガルに対する不信感を強めた清は、1723年から1724年にかけてチベット、1754年から1755年にかけてジュンガリアに出兵、グシ・ハン王朝とジュンガル帝国をともに征服・解体し、その領土と部族民を清朝の支配体制に組み込んだ。
さらに1760年にはイリ川渓谷にあったジュンガル帝国本領の故地で反清反乱が勃発するが、乾隆帝はこれに激しい弾圧をもって応え、清軍の持ち込んだ天然痘の流行もあってイリ川渓谷にいたジュンガル部族はほとんど絶滅した。現在イリ川渓谷に住んでいるのは、その後清が入植させたカザフ人や満州軍人たちの子孫である。