ImageJ
ImageJを使って解析した結果・画像を論文に掲載する際には、論文に次の引用を行うことが推奨されている。ダウンロードは無料であるが、こうした形でのクレジットが助成金を得て開発を続行するために今後も必要となる。
Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, http://imagej.nih.gov/ij/, 1997-2012.
Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012.
Javaプラグインや、記録可能なマクロによる機能拡張が可能である。ImageJが内蔵するJavaコンパイラを用いて、撮影、解析、画像処理などのさまざまな追加機能を手軽に自作し、プラグインの形で導入できる。世界中の研究者が各自の用途に合わせて独自のプラグインを開発しており、これらの多くがImageJホームページにて公開され手軽に入手できる。優秀なプラグインは正式版の機能に加えられることも多い。
スタック画像の断層図の可視化。
ImageJはマウスによるROI (Region of Interest) を実装している。ROIの面積、ピクセル値の統計値、形態パラメータを測定することができる。
電気泳動ゲル写真のバンドの濃度測定機能は開発当初からの機能であり、よく練られた機能のひとつとなっている。
ピクセル値に閾値を設定し、選択範囲を指定することができる。基本的な分節化の機能である。
距離や角度の測定。
ピクセル値のヒストグラムの表示
任意の直線上のピクセル値の輝度分布(プロファイル)の測定とプロット。測定の数値データはファイルとして取得できる。
画像間の論理演算
コントラスト増強
畳み込み
フーリエ解析
シャープネス
スムーズ処理
エッジ検出
メディアンフィルタ
スケール設定
回転、反転
メモリの許す限り何枚でも画像を表示することができる。
より詳しい解説はImageJ User Guideを参照のこと。