自治医大駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅で、橋上駅舎を有している。改札階からホームまではエスカレーター・エレベーターがある。改札外においては東口・西口それぞれにエレベーターが設置されている。当駅のすぐ西側には東北新幹線が走っており、橋上駅舎からは通過している新幹線列車の姿がよく見える。小山車両センターが近くにあることから今後の増発に備え西側には留置線を作る用地が確保されている。
小金井駅管理の業務委託駅(JR東日本ステーションサービス委託)。Suica対応自動改札機・指定席券売機・駅員不在時対応として改札窓口・多機能券売機・自動精算機脇にインターホンが設置されているほか、自動体外式除細動器 (AED) も常備されている。みどりの窓口は2013年4月23日をもって営業を終了した。
駅売店はないが、改札口付近の駅東西自由通路上に清涼飲料水の自動販売機とともに、新聞(朝刊)の自動販売機が並ぶ。その横に、コインロッカーが設置されている。