山下奉文
「待てしばし勲のこしてゆきし友 あとなしたいて我もゆきなむ」
尚、妻に宛てた辞世は 「満ちて欠け晴れと曇りにかわれどもとわに冴え澄む大空の月」 と伝えられる。
そのような戦況のなかで、大本営は台湾沖航空戦での誤った戦果報告に基づき立案された捷号作戦によるレイテ島での決戦を目論んでいたが、フィリピンを守る第14方面軍の指揮は現司令官の黒田重徳大将では荷が重いと判断されて、山下に白羽の矢が立ったものであった。しかし、ダグラス・マッカーサー大将の指揮する西太平洋方面の連合軍はビアク島の戦いを制して、フィリピン目前まで迫っており、山下に残された時間は殆どなかった。山下は早速ルソン島の防衛作戦を検討しようとしたが、レイテ決戦を掲げる大本営や南方軍が作戦を指導してくるし、また参謀長の武藤をはじめまだ幕僚全員がフィリピンに到着すらしておらず、山下は全く身動きがとれなかった。
マッカーサーが率いるアメリカ軍大船団は、山下が着任して半月も経たない10月19日にレイテ島に来襲すると、翌20日には約20万人のアメリカ軍が上陸を開始した。山下は着任以来、事務的な業務などに忙殺されて、レイテ島を視察することもできなかったが、飛来する敵航空機がまったく減らないことから、山下は台湾沖航空戦の戦果発表を誤報と考え、このレイテ決戦に反対していた。このとき山下の司令部には、敵の意図や行動を正確に予測することから「マッカーサーの参謀」というあだ名をつけられていた名参謀堀栄三陸軍中佐がおり、あらゆる困難を排して状況把握に成功していた。そのため山下は、レイテ島へのアメリカ軍上陸の報を受けても、大規模な戦力移動などは考えていなかったが、南方軍総司令官寺内寿一元帥はアメリカ軍レイテ島上陸の報告を受けるや、山下に対して「驕敵撃滅ノ神機到来セリ」「第14方面軍ハ海、空軍ト協力シ、成ル可ク多クノ兵力ヲ以テ『レイテ』島二来攻セル敵を撃滅スベシ」と命じた。
収監当初は行動制限が厳しかったが、じきに緩和されて、山下たち将官は天候がよければ内庭の散歩が許され、思い思いに身体を動かしながら「日本に帰ったらすき焼きを食おう」「いや、わしは鰻がまっさきだ」などと談笑するなど、しばらく平穏の日々を過ごしていた。しかしそのささやかな望みはかなうことなく、9月25日に山下の手元に「アメリカ合衆国対トモユキ・ヤマシタ」と題する起訴状が届けられ、山下はマニラ大虐殺やパラワン虐殺(英語版)などの、多くの虐殺事件の責任を問われ、戦争犯罪人としてフィリピンのマニラにて軍事裁判の被告となった。その起訴状には英語と日本語で「アメリカおよびその同盟国と戦う日本軍司令官として、アメリカ国民およびその同盟国民と属領国民とくにフィリピン市民に対する部下の野蛮な残虐行為とその他重大犯罪を許し、指揮官として部下の行動を統制する義務を不法に無視し、かつ実行を怠った。ゆえに彼、山下奉文は戦争法規に違反した」と書かれてあったが、山下には全く身に覚えのないことであり、武藤に対して「どういうことだ、これは」と質問したが、武藤も唖然とするばかりであった。
法廷は裁判長(レイノルズ少将)のほか、各々5名の検察官、軍事裁判官で構成されたが、法律を専門とする裁判官は一人もいなかった。弁護団の反対尋問は許されず、風説や伝聞などの証言がまかり通った。6名のアメリカ人からなる山下の弁護団は、裁判そのものに対する疑問から懸命に働いたが、やがて彼らは山下の人柄や態度に好感を抱くようになり、遂には敬愛するまでになる。