ゲル抽出
ゲル断片を、液体は透過するがDNAサイズの分子は透過しない透析チューブ(英語版)に入れ、TEバッファー(英語版)に浸してもDNAが膜を通過しないようにする。チューブの周囲に電界を発生させ(ゲル電気泳動と同様の方法で)、DNAがゲルから移動してもチューブ内に残るようにする。その後、チューブ溶液をピペットで取り出して、バックグラウンドを最小限に抑え、目的のDNAを含む溶液を得る。
ゲル抽出の従来法では、パラフィンフィルム(パラフィルム社)を折り畳んでポケットを作り、その中にアガロースフラグメントを配置する。アガロースを指でポケットの隅に物理的に圧縮すると、ゲルとその内容物が部分的に液化する。次に、この液滴をポケットからパラフィルムの外側に移し、ピペットで小さなチューブに入れる。ブタノール抽出により臭化エチジウムの染色を除去した後、フェノール/クロロホルムで洗浄したDNAフラグメントを抽出する。