天武天皇
また、伊勢神宮を五十鈴川沿いの現在地に建てたのは天武天皇で、それ以前は宮川上流の滝原宮にあったと推定されている。
そもそも天照大神という神を造り出したのが天武天皇であるという説もある。無から創作したというのではなく、伊勢地方で祀られていた太陽神を、天皇家が祀っていた神と合体させて天照大神としたという説である。これについてはタカミムスヒが旧来の皇祖神で、天武天皇がアマテラスに取り替えたという説もある。斎王は、雄略天皇から推古天皇のときまであったと『日本書紀』『古事記』に記されているが、これについても実は大来皇女が最初なのだとする説がある。
他に、天武天皇3年(674年)8月3日には石上神宮に忍壁皇子を遣わして神宝を磨かせた。天武天皇4年(675年)4月10日には、竜田の風神を祀るために美濃王らを、広瀬の大忌神を祀るために、間人大蓋らを遣わした。後世まで両神を祀るために勅使が遣わされる初めとされる。この年1月23日に諸々の社を祭ったのを、祈年祭の始まりとみる説もある。
4年(675年)2月19日に、群臣、百寮、天下の人民に、諸悪をするなと詔を下した。6年(677年)6月には、東漢氏が政治謀議に加わった過去を数十年前まで遡って責め、大恩を下して赦すが今後は赦さないと詔した。8年(679年)10月2日には、王卿らが怠慢で悪人を見過ごしていると言って戒めた。
こうした処罰は、天皇への権力集中への反発ではないかとも、専制君主の猜疑の現れとも評される。だが、処罰は天武天皇4年(675年)から6年(677年)に集中しており、威嚇的な詔もこれに重なる。この頃、天皇は部曲と山沢などを取り上げる詔を出し、食封の改革を進めていた。これが不利益層の反発を生み、処罰が続いたのかとも言われる。また、壬申の乱の戦後処理をのぞき高官への死刑は宣告していない。恩赦もしばしば下し、8年(679年)12月2日の恩赦によってそれまでに流罪になった者も赦されたはずである。