上熊本駅
駅舎は簡易構造でJR線と乗場は別に設置されている。単式ホーム1面1線を有する地上駅で、無人駅となっている。駅番号はKD01。
かつては国鉄鹿児島本線と貨物列車の連絡運輸を行っており、ホームと鹿児島本線の間に数本の貨物列車用側線と国鉄連絡線が敷かれていた。貨物取り扱いが廃止され、国鉄連絡線が撤去されるまでは車両の搬入もこの側線を使って行われていた。
また、以前は木造駅舎と待合室があり、貨車入れ換え担当の駅係員が配置された簡易有人駅で、この駅係員が貨車の入れ換えが行われていた日中時間帯のみ貨車入れ換え作業の合間に臨時に改札と出札の業務を行っていたが、1979年に貨物取り扱いが廃止されて以降は完全無人駅になっている。貨物側線は1980年11月までに、国鉄との連絡線も1985年12月に5000形が搬入された後に全て撤去され、跡地はしばらく空き地と駐車場になっていたが、2016年に「えきマチ1丁目 上熊本」が建てられ、また一部は有料駐車場になっている。木造駅舎は老朽化に伴い1985年に取り壊され、現在の簡易駅舎が設置された。また、2016年末に外観の改修工事を行っている。
ICカード読み取り機(入場機のみ)はホームに設置。