微生物学的検査
検査装置による、血中のβグルカンや、血中または髄液中の真菌抗原(アスペルギルス、クリプトコッカス)の検査があるが、免疫血清学的検査として扱われることが多い。
ヒトパピローマウイルス(HPV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)などは、治療方針決定のための遺伝子型(ジェノタイプ)検査が行われることがある。
菌の同定や薬剤感受性検査には、通常、一種類の菌のみを分離する必要がある。 痰などの検体中には、目的菌(病原菌)以外に、正常の生体細菌叢を形成する常在菌なども多数混在している。 検体(または増菌後の培地)を寒天培地(寒天平板)に塗抹して、それぞれ一種類の菌のみで構成されるコロニー(集落)を形成させる。
血液培養は、菌が増殖するのを確認してから、液体培地を取り出して各種寒天培地に接種する。
嫌気性菌は酸素濃度を低く維持する嫌気培養装置を用いる。 抗酸菌は抗酸菌用の培地(液体培地、小川培地など)を用いる。なお、抗酸菌は増殖が遅く、小川培地では8週間は観察が行われる。