米以関係
1996年4月、ビル・クリントン大統領とシモン・ペレス首相はthe U.S.-Israel Counter-terrorism Accordに署名した。両国は情報の共有や訓練、捜査、研究開発と政策立案の分野において協力関係を深めていくことで合意した。
イスラエルの情報機関であるイスラエル総保安庁は、海外で勤務するすべての外交官に対し、電話での会話はあたかも盗聴されているようにかのように考えて常に気を付けるよう指示し、また機密情報の暗号について話し合った。
2004年11月、イスラエル海軍はハイファの沖合18kmにアメリカの潜水艦がいることを探知し、追尾して追い払った。潜水艦はイスラエルについての情報収集活動を行っていたと考えられていた。イスラエルの関係者によると、そのようなスパイ行為はよくあることであり、西側諸国のスパイ潜水艦は以前にもイスラエルに捕捉されたことがあるという。事件後、アメリカはイスラエルがロケット弾攻撃の報復としてガザ地区に侵攻することやレバノンやシリアのヒズボラに対する防衛的な行為を防ぐため、イスラエルに対する諜報作戦の回数を増やしたと伝えられた。さらにアメリカは偵察衛星によってイスラエルの軍事活動の意思決定や兵器の輸出入、兵器の試験について監視する回数を増やし、また、イスラエル政府と軍事施設の通信の傍受も強化したと報道された。
アメリカの情報機関はディモナ近郊のネゲヴ原子力研究センターでイスラエルが秘密裏に行っている核開発計画に対してスパイ活動を行っている。アメリカの情報機関が施設の存在に気付いたのはU-2偵察機がその上空を飛行した1958年のことで、2年後、それが核施設であることが確認された。。イスラエルの情報機関について書かれた政府が出資した書籍によると、アメリカの情報機関は電子的盗聴とテルアビブの訓練された職員を使うことによって、イスラエルの非通常兵器について「その意思決定段階の背後で何が起こっているのか」情報収集を試みてきたという。
軍事的関係
2006年7月14日、アメリカ議会は2億1000万ドル相当のジェット燃料をイスラエルに売却する可能性があることを通知された。アメリカ国防安全保障協力局はJP-8燃料の売却は「イスラエルがまだ作戦に投入していない航空機を運用可能にし」、「消費されるジェット燃料はこの地域の平和と安全保障を守るために使われるだろう」と指摘した。 7月24日、レバノンのヒズボラの指導者とそのゲリラグループが潜伏する塹壕を目標にし、その破壊のために使われると伝えられている「バンカーバスター」爆弾をアメリカがイスラエルにを供給するプロセスに入ったと報道された。
アメリカのメディアはイスラエルがクラスター爆弾を使用する際には一般市民を目標にしないという協定を破ったかどうかも問題視した。使用された多くのクラスター爆弾はイスラエル・ミリタリー・インダストリーズによって開発されたM-85だったが、イスラエルは紛争でアメリカから購入した古いものも使い、多くの一般市民は避難していたものの、それが一般市民に被害を与えた形跡があった。イスラエルはヒズボラは一般市民が住む地域に頻繁に武器を備蓄し、国際法を破ってそのような地域からロケット弾を発射していたと主張した。クラスター爆弾の多くの弾頭は戦争が終わっても不発弾として残り、レバノンの一般市民を危険にさらした。
1967年の六日戦争による東エルサレムの占領以降、イスラエルは東エルサレムを併合し、エルサレムに編入した。そしてそこに住むアラブ人やアラブ人の官公庁舎の隣に、ユダヤ人を入植させ、ユダヤ人の住宅を建設してきた。イスラエルはエルサレムを併合し、永久かつ分割することのできない我々の資産になったと主張してきた。アメリカはこの立場に同意しておらず、エルサレムの最終的な地位は未だに交渉の議題であると信じている。これはエルサレムの国際的な分割統治を呼びかけた1947年の国連のパレスチナ分割案に基づいている。この立場は他のほとんどの国とシオニストの指導者によって受け入れられたが、アラブ諸国は拒否した。その結果、エルサレムも係争となった国境線上に位置していたため、ほとんどの国は1967年以前はテルアビブに大使館を設置していた。1993年9月、イスラエルとパレスチナ自治政府の間で基本原則宣言とオスロ合意が署名され、交渉の議題となったパレスチナの最終的な地位は国家に近いものであるとされた。アメリカ政府はエルサレムの地位が未解決であったため、アメリカ大使館をテルアビブから移動させない方針を一貫して示してきた。
しかし、1995年、議会両院は大使館を1999年5月31日までにエルサレムに移動させるエルサレム大使館法を圧倒的多数で可決させ、さらに国務省が法を遵守しなかった場合の罰則規定を提案した。
アメリカにとってイスラエルは中東最大の同盟国である。また、米以関係はアメリカ合衆国連邦政府の中東における総合的な政策の重要な要素である。アメリカ合衆国議会はイスラエルと緊密で協力的な関係を維持することの少なからぬ重要性を認めている。議会のイスラエルに対する支援は主に海外援助として現れており、2003年のイラク戦争以降、イラクに抜かれるまでの1976年から2004年にかけて、イスラエルはアメリカの援助の最大の受益者であった。両国の関係における他の問題とともに、議会はこの援助を非常に注視している。議会の関心は過去60年間の異なる政権の政策に影響を与えてきた。両国の関係はアメリカの当初からの同情的な政策と1948年のユダヤ人の祖国建設に対する支援から進展し、類稀な協力関係を築いてきた。アメリカとイスラエルの軍事的なつながりは小さなものだったが、アメリカが超大国としてこの地域の利害調整への意欲をみせると、イスラエルの経済的、軍事的なアメリカ依存はより強くなった。アメリカにはイスラエルへの援助の程度と一般的である関与政策に疑問を呈し、アメリカのイスラエルに対する偏愛がムスリムのアラブ諸国政府との関係を犠牲にしていると主張する者もいる。他の者はイスラエルは戦略的な同盟国であり、そのアメリカとの関係は中東におけるアメリカのプレゼンスを強化しているという考え方を変わらずに維持している。イスラエルはアメリカの中東における2つの主要な昔からの非NATO主要同盟国の1つであり、現在、中東地域には7つの非NATO主要同盟国がある。
イスラエルの支持者たちは初期の第一次ロナルド・レーガン政権が米以関係に困難をもたらす可能性に対し懸念を表明した。その理由の一部は大統領が指名した政府高官が過去に鍵となるアラブの国々と関係があるか関係が深い企業団体に属していたからである(例えばキャスパー・ワインバーガーとジョージ・P・シュルツはアラブ世界と強い関係があるベクテル社の役員だった)。 しかし、レーガン大統領のイスラエルに対する個人的な支援とイスラエル人とレーガン大統領のテロリズムや安全保障上の協力、ソビエトの脅威に対する考え方の適合性は二国間関係をかなり強化することになった。
1981年、ワインバーガーとイスラエルのアリエル・シャロン国防相は戦略的協力合意に署名し、両国の国家安全保障について話し合いを継続し、協力を拡大する枠組みを策定した。1983年11月、両国の政治と軍事の共同グループが2年に1度会合するために形成されたことが、その合意の最も大きな成果だった。1984年6月から海空軍の合同演習が始まり、アメリカはイスラエルに軍事装備品を備蓄する2つの施設を建設した。既にアメリカ軍は中東に展開していたが、装備品は必要であればイスラエルに輸送することが可能である。
アメリカとイスラエルの関係は第二次レーガン政権で強化された。イスラエルは1989年に非NATO主要同盟国の地位に格上げされ、武器システムへのアクセスやアメリカの防衛システムの契約の入札に参加する機会が与えられた。アメリカはイスラエルに対する年間30億ドルにも上る巨額の援助を維持し、1985年には自由貿易協定を締結した。それ以来、2つの商取引のパートナー間におけるすべての商慣習上の義務は廃止された。
1970年6月19日、ウィリアム・P・ロジャーズ国務長官は継続中の消耗戦争を鎮静化するため、90日間の停戦とスエズ運河の両側に軍事的停戦地帯を設けるロジャーズ案を公式に提案した。それはイスラエルが1967年に占領した地域からの撤退を求め、両国が相互の主権と独立を認める国連決議242号の枠組みに基づいた合意に至るための努力であった。エジプト人はロジャーズ案を受け入れたが、イスラエルでは国内世論が分裂し、履行しなかった。彼らは連立政権内部から満足な支持を得られなかった。その年の初め、労働者階級が中心の左派政党連合アラインメントが国連決議242号と撤退のための平和を公式に受け入れたのに対し、メナヘム・ベギンと右派政党ガハルはパレスチナ地域からの撤退に断固反対し、政権第2党は1970年8月5日、政権から離脱した。究極的には、ロジャーズ案はニクソンからも満足な支持を得られず失敗に終わった。イニシアティブを求めないヘンリー・キッシンジャー国家安全保障担当大統領補佐官のほうが好まれたからである。
1972年にソビエトの技術指導者がエジプトから引き揚げるという予想もしなかったことが起きたサーダート大統領の就任後も大きな変化は起こらず、また再びワシントンに交渉の意思ありとのシグナルを送った。
2016年アメリカ合衆国大統領選挙ではドナルド・トランプ(共和党)候補が米大使館のエルサレムへの移転を政権公約に掲げ当選した。これまでも大使館の移転については歴代大統領が公約に掲げてきたが、実際には中東情勢を鑑みて移転を見送る政治判断を下してきた。 しかし2017年12月6日、トランプ大統領は会見でエルサレムをイスラエルの首都として認める方針を発表。これに伴い米大使館を現在のテルアビブ からエルサレムに移転させることも決定された。イスラエル建国70周年を迎えた2018年5月14日、アメリカは在イスラエル大使館をテルアビブからエルサレムに移転した。2019年3月21日には、トランプ大統領が「イスラエルにとっての戦略的、安全保障上の重要性、及び地域の安定の為にも、ゴラン高原がイスラエル領だとアメリカが完全に認める時が来た。」とツイートし、それに対してイスラエルのネタニヤフ大統領は「シリアを利用してイランがイスラエルを破壊しようとしている中、トランプ大統領がイスラエルのゴラン高原における主権を認めた。トランプ大統領、ありがとう!」とツイートした。