森友学園問題
審査は府の基準で認めていない借地を利用した校舎建設を前提に進められ、学園側は土地購入を前提に近畿財務局と借地契約を結ぶと説明し、私学課は将来的に土地が学園の所有になると判断していた。問題発覚を受け、学園側が基準緩和を要望した時の大阪府知事であった橋下徹は、2017年3月にツイッターを更新し、「認可判断にミスがあるとすれば、私学新規参入の規制緩和実施後の審査体制を見直さなかった僕にある」「規制緩和と審査体制強化をワンセットでやらなければなりませんでした。ここは僕の失態」と述べ、手続きの不備に言及した。2017年4月に府は審査に問題はないとする検証結果を公表し、上司に判断を仰がなかったとして当時の私学課長を厳重注意処分とした。
問題が発覚した後の2017年3月3日には、大阪維新の会の中川隆弘大阪府議(豊中市選出)が、2014年12月の府の認可保留後、松浦正人山口県防府市長の仲介で籠池夫妻と面会し、小学校の設置認可について働きかけを受けたことを明らかにした。また、籠池は2013年には鴻池の元秘書であった自民党の黒川治兵庫県議を介して鴻池の神戸事務所を訪れ、国有地の確保に向け頻繁に陳情を繰り返したほか、2014年11月には豊中市選出の元自民党府議を通じて浅利敬一郎豊中市長と面会するなど、開校実現に向けて地方議員らへ接触を繰り返していた。
2018年4月4日、無所属の会の衆議院議員江田憲司が自身のTwitter上にて、NHKが報じた「財務省が森友学園側に口裏合わせ求めた疑い」との報道に絡み、「大阪地検の女性特捜部長のリークがどんどん出てくる」と大阪地方検察庁の人間が情報をリークしたともとれる発言を投稿し、物議を醸した。「大阪地検の女性特捜部長」とは、2015年10月に同庁特捜部において初の女性部長に着任した山本真千子とされている。山本は昨年から森友学園問題の捜査を担当し、籠池夫妻の逮捕にも関わっていた。
2018年6月4日、財務省は大臣官房秘書課及び同課首席監察官室を中心に行われた調査で、「森友学園案件に係る決裁文書の改ざん等に関する調査報告書」をとりまとめ公表し、麻生太郎財務相、矢野康治官房長兼財務事務次官事務代理、太田充理財局長及び官房総務課長が会見を行った。同報告書により財務省は幹部ら20人の処分を発表した。下記の20人のほか、麻生財務相は閣僚給与1年分の自主返納を発表した。
」と対応に苦慮していることを説明。
7月28日、近畿財務局から大阪府に状況確認。大阪府は籠池が雇ったコンサルティング会社により最低限の必要書類が提出された旨を報告。併せて、森友学園の財務状況では大阪府の審査基準をクリアすることは無理であることも伝達。
8月12日、籠池から近畿財務局に資金計画の変更を連絡。2億7000万円の大口寄付が確保できたため、予算計画を修正することを報告。同日、近畿財務局から大阪府に情報連携。大阪府は寄付金の信頼性について「寄付者からの印鑑証明を付した寄付申込書が提出された場合、それ以上の追及をすることは不可能」と見解を示す。8月18日、籠池から近畿財務局に修正した資金計画書が提出される。
9月1日、近畿財務局から大阪府に状況確認。大阪府は提出された書類と資金計画に不備がなくなったため12月の私学審議会で審議対象にできる旨を報告。資金計画の根拠である大口寄付が存在しない場合を懸念として伝達。
12月17日、籠池泰典、籠池諄子理事長夫人(塚本幼稚園副園長)が近畿財務局を訪問。貸付契約書、国有財産売買予約契約書などの説明を受け、内容を了承する。
12月19日、大阪府から近畿財務局に私学審議会の審議結果が「保留」となったことを報告。保留の理由は財務状況に問題があると判断されたため。籠池は同業者から悪意による妨害に邪魔されていると主張するが、近畿財務局は大阪府設置基準を満たすための書類整備を指示。