Pfamデータベース
Pfamデータベースの一般的な目的は、タンパク質のファミリーとドメインの完全で正確な分類を提供することである。もともと、このデータベース作成の背景にある理論的解釈は、ゲノムに注釈を付ける作業を効率化するために、既知のタンパク質ファミリーに関する情報を半自動で収集することであった。タンパク質ファミリーのPfam分類は、タンパク質を幅広く網羅し、命名規則も分かりやすいことから、生物学者に広く採用されている。
本データベースは、特定のタンパク質を研究する実験生物学者、構造決定の新しいターゲットを特定する構造生物学者、配列を組織化する計算生物学者、タンパク質の起源を追跡する進化生物学者によって利用されている。ヒトやハエなどの初期のゲノムプロジェクトでは、ゲノムデータの機能アノテーションにPfamが広く利用されていた。
Pfamウェブサイトでは、ユーザーがタンパク質やDNAの配列を送信して、データベース内のファミリーと一致するものを検索できる。DNAが提出された場合、6フレーム翻訳(英語版)を行って、各フレームを検索する。Pfamでは、一般的なBLAST検索を行うのではなく、プロファイル隠れマルコフモデルを使用している。このモデルでは保存されたサイトでの一致をより重視するため、遠隔の相同性をよりよく検出でき、注釈付きの近縁がいない生物のゲノム注釈を付けるのに適している。
Pfamはまた、構造データベース内の情報とこれらの構造へのPfamドメインのマッピングに基づいて、タンパク質内およびタンパク質間のドメイン-ドメイン相互作用をカタログ化するiPfamなどの他のリソースの作成にも使用されている。