機動戦士Ζガンダム エゥーゴvs.ティターンズ
DXでは数種類の新ステージが追加され、さらにシステム設定画面に特定のパスワードを入力する事により、さらに新規ステージが登場する。また機動戦士ガンダム 連邦vs.ジオンや家庭用版で登場したステージも登場するようになる。
CPU戦の最終ステージクリアまでに特定の条件を満たすと、最終ステージの次にEXステージという特殊なステージを遊ぶことが出来る。強力な敵が次々と出てくるため通常のステージと比べ難易度は高い。
なお本作が発売された2003年時点では2005年の映画『機動戦士Ζガンダム A New Translation』は公開されていないため、そちらの設定は反映されていない。
プレイヤーの搭乗機は、初期にはジムIIなどの低コスト機しか与えられていないが、ミッションのクリアや物語の進行に沿って新型機を支給されていく。原作ではワンオフ機として設定されている機体が「スペア機」「原作の登場人物が使用した後で使わなくなった」であるなどとして支給される場合もある。また、ミッションの失敗数に応じて支給されるモビルスーツの性能が上昇する。ミッション中に機体が被弾するとダメージは次のミッションに引き継がれ、他の機体に乗り換えて時間経過による修理を待つか、ミッションクリアで得られる「功績ポイント」を支払らわなければダメージは回復しない。高コストの機体ほど修理に必要な時間やポイントも多く必要になる。
ミッションモードをクリアすると、各ミッションで得た総合得点に応じ機動戦士Ζガンダムの登場人物に例えた判定が下される。
パッケージには記載されていないが、プログレッシブモードにも対応している。ただし、攻撃が遅くなる不具合があるため通常プレイには向かない。
対戦モードで、ステージをホンコンシティにし、サイコガンダム搭乗のフォウ・ムラサメが居る状態で戦闘を行うと稀にΖガンダム20話の挿入曲である『銀色ドレス』が一定確率で流れる(条件を満たしていても流れないことがある)。アッパーバージョンである『機動戦士Ζガンダム エゥーゴvs.ティターンズDX』内で同じ条件を満たしても視聴する事ができず、その家庭用である『機動戦士ガンダム ガンダムvs.Ζガンダム』」では作品内で流れる音楽を自由に聴いたりなどができるコレクションモードというものが存在するが、『銀色ドレス』だけはコレクションモードにも存在せず対戦モードで条件を満たしていても流れないため今作品でのみ聴くことのできる完全な隠し曲扱いとなっている。
発動すると一定時間攻撃力がアップし、敵の攻撃を受けてもよろけたりダウンしたりしなくなる。また攻撃モーションも若干だが早くなり、強襲発動中にしか決められない連携もある。ただし、攻撃を食らうと耐久値は通常どおり減少する。アドバンテージが得られる時間は短いが、攻撃を当てると若干有効期間が延長される。前作のハイパーコンビネーションに近い仕様。
強襲発動中は、連続被弾時のダメージ補正がかからず、連続的な攻撃を受けると致死的なダメージを受けるので注意が必要。