ヘンリー・スティムソン
5月29日、大統領であるトルーマンの求めに従って会議を開催し、ジョセフ・グルー国務長官代理の提案通りに、日本に対して天皇制存置条項を含む最後通告を出すかどうか、スティムソン陸軍長官、フォレスタル海軍長官、グルー国務長官代理、およびそれぞれの副官が話し合ったとき、スティムソンは今はその時ではないとして見送ることを主張した。
7月2日にスティムソンは日本上陸計画を準備しているが、特攻が激しくなっており、この調子では日本上陸後も抵抗にあい、アメリカに数百万人の被害が出ると話し、天皇制くらい認めて降伏勧告をすべきと大統領に意見した。
スティムソンは原子爆弾に関して、マンハッタン計画の長であるレズリー・グローヴズ少将を監督し、原爆投下決定を検討したとされる「暫定委員会」の委員長を務めていた。ルーズヴェルトと後任のトルーマンは共に、原子爆弾のあらゆる局面で彼の助言に従った。そして必要とされるときスティムソンは軍の意見を却下した。 例えばスティムソンの頭越しでグローヴズから受け取った原爆投下の目標リストのうち、文化の中心都市であるとして、2度訪れたことのある京都への投下に強硬に反対しリストから外させた。スティムソンの7月24日付の日記には「私は京都を目標から外すべきだと大統領に伝えた。
しかしながら彼が最も恐れたことは、あまりにも低い生活水準しか生めない経済状態のために、ドイツの人々の怒りが連合国に向けられて、その為に「ナチの犯罪とナチの教義と行為の邪悪さが曖昧になること」だった。
1945年の春にトルーマンに同様の議論を迫っただけでなく、ドイツの無条件降伏に伴う悲惨な分割占領の状況を見聞するに及び、ジョセフ・グルー国務長官代理(元駐日大使)の発議による日本の降伏の実質的な緩和を強く支持した。グルーの日米友好への願いのバトンを受けて、7月のポツダム宣言の起草にも影響力を行使した結果、8月に日本は国体(天皇制)を護持して降伏することができた。
弁護士でもあったスティムソンは、主要な戦争犯罪人に対して適切な司法の訴訟手続きを行うよう強く要求した。彼と陸軍省は国際裁判所についての最初の提案を立案し、それは間もなく交代したトルーマンから支持された。スティムソンの計画は、最終的に1945年11月から1946年10月のニュルンベルク裁判に結びつき、国際法の開発に重要な影響を与えた。
1893年7月にメイベル・ホワイト(Mabel White)と結婚したが、2人の間に子供はいなかった。