EcoRII
N末端のエフェクター結合ドメインは、顕著な裂溝を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。
B3 DNA結合ドメイン (SCOP 117343):高等植物における転写因子( PDB: 1WID )の構成ドメイン
制限酵素BfiIのC末端ドメイン (PDB: 2C1L )