深夜アニメ
系列局が製作に参加する番組は事例が少ない。かつてテレビ大阪が製作し、日曜朝に第2期・第3期が放送された『ギャラクシーエンジェル』の第4期が深夜アニメとして放送された。2016年7月期にはテレビ愛知が『orange』の製作委員会に参加、翌2017年4月期の『王室教師ハイネ』ではテレビ大阪が久々に製作委員会に参加した。2021年4月にはテレビ愛知が子会社としてTVA advanceを設立し、製作委員会への参加などの役割を担っている。
テレビ愛知は東海地方における独立局系の深夜アニメの受け皿的存在でもあり、特に独立局系の深夜アニメの番組規模が拡大した2000年代半ばには、テレ東系の深夜アニメも多くネットする関係で、早朝に近い時間帯まで相当数の作品が放送されていた。ただ、2010年代半ばからは独立局系の番組についても同局を含む東海地方ではネットされない番組が増加傾向にある。
テレビ北海道とTVQ九州放送(テレQ)はそれぞれ北海道・福岡県における独立局系の番組の主要なネット局として機能している。一方で、テレビ大阪とテレビせとうちは独立局系の深夜アニメがほとんど放送されていない(2010年代半ば頃までは両局とも少数を断続的に放送していた)。
1990年代後半に入り、1995年にテレビ東京系列で水曜夕方に本放送され大人気を博した『新世紀エヴァンゲリオン』が、テレビ東京の深夜帯において数度再放送された際の視聴率が(深夜帯としては)驚異的な数字を叩き出し、その他系列局や各地の地方局で再放送ないし遅れネットにおいても異例の高視聴率を記録した。テレビ東京でかつてアニメ部門のプロデューサーを務めた東不可止は、『新世紀エヴァンゲリオン』の1997年における再放送の反響が大きかったことを挙げている。また、人気漫画を原作とする『逮捕しちゃうぞ』も大きな反響を呼んだ。
そんな中、テレビ東京は1996年に放送された『エルフを狩るモノたち』を皮切りに深夜アニメ枠の開拓を進めるようになった。当時、大量生産に有利なデジタルアニメの実用化や、概要で述べたように製作委員会方式の確立で資金調達が容易になったことも相まって、新作テレビアニメの放送数が急増し、深夜アニメ枠はちょうどその受け皿として機能することとなった。それを受けて他の在京キー局や、在阪局・在名局なども次々と深夜アニメ事業に参入するようになる。
1998年には当初から独立局での深夜帯放送を念頭に製作された『LEGEND OF BASARA』が放送されたのを皮切りに、独立局各局でも深夜アニメの展開が開始され、その後の深夜アニメの有力な担い手となっている。その一方で、2000年代前半にはフジテレビやテレビ朝日を中心に番組編成の混乱による放送トラブルが相次ぐなど、様々な事情から深夜アニメの総放送本数は一進一退を繰り返した。
深夜アニメの黎明期からおおむね2000年代にかけての放送エリアは、概要で述べたように三大都市圏ないし五大都市圏が中心で、それ以外の地方ではスカパー!
現在の関東圏民放局(在京キー局、独立局)の詳細な放送動向については、本項次節を、BS放送の状況については民間BS放送における深夜アニメの状況を参照。
インターネットにおける深夜アニメ配信の状況については、テレビアニメのインターネット配信などを参照。
作品の放送期間は、在京キー局が製作するテレビドラマなどと同様に1クール(3か月間・10 - 13回)がほとんどで、長くても2クール(6か月間・22 - 26回)までが基本となり、3クール以上連続で放送されたものはごく一部に限られる。なお、『SPY×FAMILY』などのように当初から期間をあらかじめ分割して放送するケースも増加傾向にある。
朝夕を中心とした従来のテレビアニメはその多くが全国ネットで放送されるが、深夜アニメの場合は各局のローカル編成枠での放送が基本となるため、同じ番組であっても、放送される日時は放送局により大きく異なる。2010年代後半以降になると、深夜アニメでも全国同時ネットで放送される番組枠が誕生している(それ以前にも、日本テレビ系列で『NANA』が単発ながら全国同時ネットの深夜アニメとして放送されたことがある)。
CBCテレビは中部日本放送時代の2002年に『最終兵器彼女』で深夜アニメの製作に参入。2006年4・7月期の『ウィッチブレイド』で、前述の毎日放送よりも早く系列で最初の逆ネットを果たした。2013年の『琴浦さん』を最後に深夜アニメの自社制作から撤退していたが、2021年の『やくならマグカップも』で8年振りに深夜アニメを手掛けた(同作の製作委員会には、中部日本放送傘下のラジオ局であるCBCラジオも参加している)。
2016年10月期よりTBSやMBSの『アニメイズム』枠の番組のネット受けが各2本から各1本へ半減され、2018年1月期以降はレギュラーネット局から外れたため、以後は不定期の単発ネットに留まっている。
2021年末以降はTBS・MBS製作および独立局系の番組を問わず、本放送時点で東海地方で未放送だった作品を独自に購入して遅れネットで放送するケースが増加している。