高句麗語
一方で、李基文は扶余系統仮説の前提として『三国志』「魏志」に(粛慎の後裔である)挹婁の言語が扶余と異なると記されていること、さらに『北史』に挹婁の後裔と想定される勿吉の言語が高句麗と異なると記されていることなどから、これら粛慎系と言える人々の言語がツングース語と仮定するならば、扶余系言語がツングース語と別の言語集団としてはっきり区別されていたと考えることも可能として、別の見解を提示した。
高句麗地名から導き出された語彙中には中期朝鮮語との間にも多数の類似する単語が存在することが指摘されており、高句麗語で「横」を意味する*esと、中期朝鮮語の*as、「黒い」を意味する高句麗語の*kəmərと中期朝鮮語のkəm、「牛」を意味する高句麗語*šüと中期朝鮮語syoなどが比較される。アレキサンダー・ボビンは自身の研究成果に基づいて高句麗語が古代朝鮮語の一種であるとしている。
こうした系統論とは別に、韓国の学者の多くは古くから高句麗語を始めとした「扶余系」の言語を古代朝鮮語の方言として扱っている。
また、高句麗地名から復元可能な語彙の中に日本語と類似したものが多数みられることから、高句麗語は日本語の系統論においても古くから注目されている。日本語との比較においては数詞である*mil(三)、*ütu(五)、*nanən(七)、*tək(十)や、動物名である*usaxam(ウサギ)、地形を表す*tan(谷)など基本的な語彙に類似した語形のものが数多く見出されている。
クリストファー・ベックウィズは高句麗語を日本語の姉妹語と仮定し、両者の共通祖語としてCommon Japanese-Koguryoicを想定した。
李基文はあるいは高句麗語は日本語と朝鮮語の中間的な言語であったと想定できるかもしれないとも述べている。
このようにして推定できる高句麗語の単語はおよそ80例、うちかなりの確実性を持つものは50例ほどがあるという。
しかし、地名を用いた語彙の復元には複数の重要な問題がある。1つは旧百済・新羅領の地名変更記事では改名前の地名が既に訓読表記となっていて土着語の音が示されていない例が見られ、旧高句麗領の地名とそれ以外の地名で土着語の比較ができないというような質的な問題である。もう1つは、高句麗地名に比べて百済・新羅地名の変更例は遥かに数が少ないという量的な問題である。このため、特定の語彙が旧高句麗領の地名からのみ抽出できるという状況が(例えば「忽」から「城」への書き換えは旧高句麗領のみで見られる)、実際に旧高句麗領と新羅・百済領の間にあった言語的差異を表しているかどうかが判別できない。さらに旧高句麗領の地名変更の記録は、新羅に併合された高句麗領土南部の地域に限られ、他の大部分の地名に関する情報が手に入らないため、地域的にも大きな片寄りがある。そしてこの地域が高句麗の支配下にあった時期は期間的にかなり限られている。その他の問題も含め、高句麗地名として扱われる地名が実際に「高句麗語の」地名であるかどうかは不明瞭である。