沖縄気象台
特別地域気象観測所は、かつて気象庁職員が常駐していた測候所から移行した観測所で、現在は無人化されているものの、気温、降水量、風向・風速等の観測は自動化された機器で継続している。
沖縄気象台
名護特別地域観測所(2002年3月1日に名護測候所から移行) 久米島特別地域観測所(2004年10月1日に久米島測候所から移行) 宮古島地方気象台 石垣島地方気象台 西表島特別地域観測所(2002年3月1日に西表島測候所から移行) 与那国島特別地域観測所(大気バックグラウンド汚染観測を実施)(2008年10月1日に与那国島測候所から移行) 大気バックグランド汚染観測は与那国島のほか、綾里(岩手県)、南鳥島の国内3か所で行われている。 南大東島地方気象台
各地方気象台は他管区の地方気象台とは異なり「防災業務課」が存在しなかったが、2010年(平成22年)4月に宮古島・石垣島地方気象台には防災業務課が新設された。しかし、2013年(平成25年)10月に気象庁全体の組織の見直しにより、(名古屋・新潟・広島・高松・鹿児島を除く)地方気象台で課制がなくなったため、従前の技術課長は観測予報管理官、防災業務課長は防災管理官、総務課長は業務・危機管理官となっている。