碇シンジ
上司兼保護者。当初、シンジは一人暮らしの予定だったが、シンジへの同情から、ミサトが引き取るという形で同居する。
大半が廃墟と化したNERV本部でシンジが出会った少年。シンジは初対面時には警戒していたが、ピアノの連弾や一緒に星空を見るなどの交流の末に友人となる。
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド 特別編』の追加エンディングにおいては、やけ酒ならぬやけコーヒーを披露しており、14杯以上もコーヒーを飲み続けゴミ捨て場で酔いつぶれるというシーンがある。
『新世紀エヴァンゲリオン2』では、条件次第では最後まで和解できなかった原作とは異なりゲンドウと和解し、二人で並んで釣りをするエンディングを見ることが出来る。
『名探偵エヴァンゲリオン』では内向的な性格はさほど変わってはいないが、全世界共通の模擬試験で1位となるほどの天才的な頭脳を持ち、NERVの特命捜査官に任命される。なお、シンジの回答によって3794件の未解決事件が解決したという。
「スーパーロボット大戦シリーズ」では、内向的な性格を反映して弱気な性格であることがほとんどである。
初参戦となった『スーパーロボット大戦F』では、あるシナリオにおいて出撃を拒否し、街を彷徨っていたところをアーガマに保護され、「他のロボットがいるなら使徒は倒せるし自分がエヴァに乗って戦う必要なんてない」と身勝手な言動をした挙げ句ブライト・ノアに殴られて「父さんにも殴られたことが無いのに」と、かつて一年戦争時に出撃拒否をして同じくブライトに殴られたアムロ・レイと同じ台詞を言い、ブライトから「今の貴様は逃げているだけ」、「始めは無理矢理だったとしても、自分で決めたことなら最後までやり通してみせろ!