46億年物語
フィールドやダンジョンの画面上の敵(友好キャラと外見で見分けは困難だが、基本的には移動しているものが敵)と接触すると戦闘になる。戦闘システムはコマンド入力式のRPGで、常に敵と自分の1対1で、基本的には自分が先手となる。敵を倒すと「進化因子」というポイントが入り、1ポイントでステータスを1上昇できる。パラメーターは知力・持久力・体力・攻撃力の4つがあり、どれかをその種族の最大値まで上げると、どのパラメーターを最大まで上げたかによって異なる進化をする。1つのパラメーターばかり上げて進化させると、進化させた瞬間にバッドエンドになる。また、最終的に人類になれるように進化しなければバッドエンドである。
また、知力・持久力に偏った進化(右回りの進化)をするとフィールド上の移動速度が若干増加し、体力・攻撃力に偏った進化(左回りの進化)をするとフィールド上の移動速度は若干低下する。
ゲーム中、2章と3章、4章と5章の間でディスク容量の都合上、ディスクを入れ替える必要がある。
また、各章に数種類の架空生物がいて、それに進化することもできる。
音楽CD 『46億年物語-THE進化論-』(発売日:1990年8月1日 発売元:プラッツ) - PC98版の曲のアレンジバーション。 『交響シンセ組曲「46億年物語」』(発売日:1992年12月16日 発売元:バンダイ・ミュージックエンタテインメン) - SFC版の曲のアレンジバージョン。