三好政権
経済力では堺を支配下に置くなどして他の諸大名を凌駕するほどのものだったが、その領国支配は複雑で、旧細川領国地域でも芥川山城などを根拠に長慶の直轄支配が進められた摂津・山城および堺、実休に統治を任せた三好氏本来の拠点である阿波、冬康・一存を養子に送り込んで支配した淡路・讃岐、三好政権成立の過程で三好氏の軍事力に従ってその立場を安堵された元守護代を国主とする体裁を取った丹波(内藤氏)・和泉(松浦氏)では統治の形態が異なり、永禄元年頃から始まった旧細川領国以外への進出の過程でも、重臣の松永氏を国主に送り込んだ大和に代表されるように、均一な支城体制の編成など、画一化された統治が採用されることらなかった。
三好政権は朝廷との関係も他の大名に比べると極めて特殊であった。長慶の官途は筑前守、修理大夫で、これは官途としては平凡なものである。また、長尾景虎(上杉謙信)が上洛して綸旨を得ようと工作した際に、それを妨害した形跡が見られない一方で、内裏の修築や各種儀礼において費用を工面して献金するといったこともしていない。今谷明は「こうした姿勢は長慶の天皇への無関心さを彷彿とさせるが、実は三好政権の置かれた立場の非常に特殊なことを表す証左」と指摘している。
山城を初めとする畿内では禁裏、公家が把握する荘園が多い。そうした地域での年貢、軍役の徴収、検地は困難を極める。一方で、こうした勢力に遠慮をし過ぎれば、領国経営に支障をきたしてしまう。今谷は、長慶は阿波・讃岐・淡路と言った旧来の領国と、堺を本拠地として押さえ、それ以外の所領については「緩やかな支配」で臨まざるを得なかったと指摘している。また今谷は、長慶は三好家の家臣団が公家の荘園を勝手に押領することがあっても、それをある程度は「黙許」していただろうとも指摘する。
三好政権内部で内紛が続いている中、永禄の変で細川藤孝・一色藤長ら幕臣の援助を受けて逃亡していた足利義昭は、尾張・美濃を領して勢いに乗る織田信長の援助を受け、永禄11年(1568年)9月7日に岐阜城を出立し、上洛戦を開始した。内紛に明け暮れている三好政権は信長の侵攻を食い止めるため、管領職を与えることで六角義賢を味方につけて防衛しようとしたが、義賢は信長の侵攻を受けてあえなく敗れ、9月12日に本拠地の観音寺城が陥落(観音寺城の戦い)。9月25日に織田軍が大津まで進軍すると、三好義継と松永久秀は足利義昭に降り、挟撃を受ける形となった篠原長房と三人衆の軍は崩壊、9月29日に山城勝竜寺城に退却した岩成友通が降伏、9月30日に摂津芥川山城に退却した細川昭元・三好長逸が城を放棄、10月2日には篠原長房も越水城を放棄し、阿波国へ落ち延びた。10月20日に足利義栄が阿波国で病死、さる10月18日義昭が15代将軍に就任し、三好政権は崩壊した。