東日本フェリー
航路開設当初から週3便運航による使い勝手の悪さや貨物需要の少なさや不況の影響で北海道方面からの乗り継ぎ荷物を中心として利用率が平均15〜20%程度と伸び悩み、秋冬の繁忙期でも利用は40〜50%程度にとどまり1997年3月の第2船投入によるデイリー運航移行後も目立った貨物の増加はなく苦戦を強いられる状況となった。1998年には東日本フェリー直江津〜室蘭航路に乗り入れ博多〜直江津〜室蘭直通での週3便運航へと移行、直後には北海道-九州間の直行貨物の増加もあり輸送量減少が15%にとどまり1便あたりの消席率が60%増加するといった改善が見られた。また船舶も2001年には簡素化された「ニューれいんぼうらぶ」型に置きかえられた。
2005年8月に東日本フェリーへ窓口運営を移譲し、九越フェリーの支店(博多・直江津)が東日本フェリーの支店となり、2005年の合併で、事業所もリベラの支店となる。
九越フェリーの航路および船舶は、2001年の映画「白い船」の舞台として知られた。
東日本フェリーは、大正時代に炭鉱業で栄えた海に面していない赤平市(当時の歌志内村)で陸運業・商業を興し、昭和初期に稚内港と利尻・礼文間の航路(ハートランドフェリーの前身)を開設させ、その後も北海道内で海運・倉庫業など事業を拡大させた実業家蔦井與三吉(石川県出身 1889年2月10日 - 1974年12月8日)が、1961年に出資母体となる道南海運の取締役社長に就任したのが源流である。
道南海運は1964年に函館港 - 大間航路をカーフェリーで開設したが、同じころに青森の財界が青道フェリーを設立し青函航路への就航を計画。しかし路線免許の獲得が出来ず同社は計画を断念し、道南海運と合弁で東日本フェリーを設立。蔦井與三吉が社長に就任し、会社更生法申請まで蔦井家による同族経営を行った。道南海運は青函航路を東日本フェリーへ集約させ、蔦井グループの親会社として機能した「蔦井本社」と1972年に合併し消滅している。
その後は室蘭港・(北海道)福島港・苫小牧港・三厩港・岩内港・八戸港・仙台港・大洗港・直江津港などに進出し、北海道・本州間のフェリー航路を順次開設。さらに陸送子会社や貨物フェリー会社の道南自動車フェリー(後年の一部事業承継会社)、栗子国際スキー場の出資、またバブル期にはケーブルテレビ事業の札幌ケーブルテレビジョン(SCAT)、ハヤシマリンカンパニーとの合弁による九越フェリーも手がけ、蔦井倉庫・ツタイ商事を中核とするツタイグループの下で北海道資本では最大手の海運会社「東日本フェリーグループ」を形成するまでに拡大した。
1990年 4月1日:CI・シンボルマーク制定、東日本の「H」をモチーフとしてメインカラーにインテリジェンス・ブルーとサブカラーに宇宙の神秘をイメージした深青の配色とした。 7月19日:岩内 - 直江津 - 室蘭の日本海航路を開設。 10月14日 - 函館港ジェットフォイルターミナル完成。 11月13日 - 函館 - 青森航路にジェットフォイル「ゆにこん」就航。
1991年 9月21日:ハヤシマリンカンパニーとの合弁で直江津-博多航路に対応する関連会社「九越フェリー」を設立。 11月:室蘭 - 大間航路を休止。 12月12日:室蘭 - 大畑航路開設。
1994年 4月6日:函館 - 野辺地航路を休止。 4月19日:室蘭港新フェリーターミナルが完成。
1998年 4月:室蘭 - 大畑航路を休止。 9月:室蘭 - 直江津航路を博多に延航。
2000年 1月18日:岩内 - 直江津航路を休止。(運航自体は1999年11月20日より冬季休止) 4月1日:苫小牧 - 仙台航路を休止。
2001年 1月1日:燃料油価格変動調整金を導入。 9月1日:燃料油価格変動調整金を廃止。
2002年 3月4日:大洗 - 苫小牧航路での共同運航を視野に商船三井フェリーと提携検討を合意。 6月3日:室蘭 - 大洗航路を休止し、商船三井フェリーとの共同運航航路として苫小牧 - 大洗航路を開設。 「ばるな」が商船三井フェリーへ裸傭船され、商船三井フェリー75%・東日本フェリー25%の運航分担とする。
べにりあ(VENILIA、2代目)
6,658総トン。全長134.6 m、最大速力20.0ノット。
旅客定員450名。車両積載数:トラック96台、乗用車14台。三菱重工業下関造船所建造。
苫小牧 - 八戸航路(川崎近海汽船と共同運航)に就航し、2006年11月のリベラ撤退後も川崎近海汽船が用船し、2021年まで同航路に就航していた。
べが (2代)(VEGA、2代目)
6,698総トン。全長134.6 m、最大速力20.0ノット。
旅客定員600名。車両積載数:トラック96台、乗用車20台。三菱重工業下関造船所建造。
苫小牧 - 八戸航路(川崎近海汽船と共同運航)に就航し、2006年11月のリベラ撤退後も川崎近海汽船が用船し、2013年まで同航路に就航していた。
フェリーはちのへ (2代)(FERRY HACHINOHE、2代目)
5,603総トン。全長126.6 m、最大速力21.5ノット。
旅客定員520名。車両積載数:トラック57台、乗用車93台。内海造船瀬戸田工場建造。
苫小牧 - 八戸航路(川崎近海汽船と共同運航)に就航し、2006年11月のリベラ撤退時に川崎近海汽船がリベラの共同持ち分を譲り受け、2012年まで就航していた。
へすていあ(HESTIA)
1993年1月竣工、同年11月就航。13,539総トン。全長192 m、幅27 m、出力35,600馬力、航海速力24ノット。
旅客定員705名。車両積載数:トラック180台、乗用車100台。三菱重工業下関造船所建造。
大洗 - 室蘭航路に就航。2002年5月の航路休止後は大洗 - 苫小牧航路に配転され、2007年のリベラ撤退後に商船三井フェリーが用船し改称ののち2017年まで運航。