隅田川駅
東北本線や常磐線、高崎・上越線方面へ(から)の高速貨物列車が1日20本以上発着する。東海道本線や中央本線方面へ(から)の高速貨物列車は1日1・2本ほど。
1日1往復、焼島駅との間に、有蓋車(ワム80000形貨車)やコンテナ車を連結し北越製紙新潟工場で生産された紙を輸送する専用貨物列車が運行されていた。
地上駅。南北に5面10線のコンテナホームが並び、その西側に1面1線の上屋付有蓋車用貨物ホーム、「エフ・プラザ隅田川IPC棟」の荷役線、ヤマト運輸南千住営業所、東京福山通運隅田川支店、東側には「エフ・プラザ隅田川ニッソーセンター」の荷役線がある。また、仕分け線や留置線なども数本ある。エフ・プラザは、貨物列車で輸送された紙を保管する倉庫として機能している。
コンテナセンターがコンテナ荷役ホーム付近にあり、同じ建物には営業窓口のJR貨物東京営業支店隅田川分室が入っている。隅田川機関区の機関車仕業検査庫や貨車検修施設(旧隅田川貨車区)、IT-FRENS & TRACEシステムの窓口業務を行なう、本社直轄であるI-TEMセンターも同駅構内にある。
かつては、構内北側に東京セメント運輸のセメントサイロ(隅田川営業所)や荷役線2線があり、武州原谷駅(秩父鉄道秩父本線)や東横瀬駅(西武秩父線)、日立駅発送のセメントが到着していたが、2006年に廃止された。
また、1970年ごろまでは東京瓦斯千住工場、1980年代までは日本石油隅田川油槽所(1989年閉鎖)へ続く専用線も存在していた。その専用線には、1926年(大正15年)に竣工した日本初の跳上橋(隅田川駅跳上橋、設計..山本卯太郎)が1950年代まで存在した。さらに1960年代以前は、舟運の便のために隅田川につながる桟橋も併設していた。
北東部に広がる貨物駅の縮小部分は平成以降に順次再開発が行われ、超高層マンションなどが立ち並んでいる。また、かつては日比谷線の千住検車区との連絡線も存在していた(なお、千住検車区の用地の一部は、当時の帝都高速度交通営団が国鉄から当駅の敷地の一部を譲り受けた部分が含まれる)。