メトロイドプライム3 コラプション
サムスに酷似した姿を持つフェイゾン生命体。本作の事件における一連の黒幕であり、前作『プライム2』で消滅したと思われていたが、スペースパイレーツの戦艦コロッサスのフェイゾン貯蔵庫内で復活、洗脳したスペースパイレーツを率いて銀河連邦を滅ぼし、全宇宙にフェイゾン汚染を拡大するべく大規模な攻撃を開始する。また復活したダークサムスは、新たに自身の意思を込めたフェイゾンを相手に送り込んで完全に汚染した相手の精神を操る能力を獲得している。詳細はリンク先を参照。
銀河連邦第7艦隊及び銀河連邦軍艦隊のオリンパス級戦艦・旗艦オリンパスの司令官。姿は地球人種の初老の男性だが種族は不明。厳格かつ積極果敢な性格であり、過去5年間旗艦オリンパスの指揮を執りながら、銀河連邦軍が行った対スペースパイレーツ作戦に大きく貢献している将官の1人として、その功績が広く知られている。
過去にスペースパイレーツの攻撃で両親を失った為、スペースパイレーツに対して強い敵意を持っている(真意は不明)。サムスたちバウンティハンターを招集した当事者であり、特にサムスの人柄を理解している為、彼女とは一定の信頼関係を築いている。
遺伝子工学とサイボーグ化によって再生されたリドリー。『プライム』に登場した惑星ターロンIVのものとは別に再生された個体で、機械然としたターロンIVで戦った個体と違い有機的・生物的な部位が多い。他のパイレーツ隊員と同様にダークサムスの配下となっている。これまでのシリーズのリドリーは、頭部に二本の角があったが、今作のリドリーは一本角である。
ノリオン基地攻撃に参戦し、途中何度となくサムスに攻撃を仕掛けてきて、最終的にはジェネレータータワーから地下深くへと落下しながらの戦闘となる。このため、制限時間付きで、画面下の高度表示が0になると強制的にゲームオーバーとなる。武装もターロンIVの個体から更新されていて、遠距離では口腔部に装備されたマルチプラズマキャノンからの火炎弾連射やビーム状の火炎放射で攻撃し、同高度で落下しながらの接近戦では至近距離からの火炎放射や四肢に装備された強化クローに高熱を纏わせての打撃で攻撃する。ターロンIVの個体で弱点となっていた胸のコアは無くなっているが、口内部の強度が若干低くなっている。
最終的には大ダメージを受け怯んだところに、サムスから頭部に飛び乗りながらの至近距離攻撃を口内に受けて制御を失い、サムスは援護に向かっていたランダスに助けられてリドリーはそのまま落下、消息を絶つが実は生き延びており、後述のオメガリドリーへと再生された。
シリーズお馴染みの主人公。銀河連邦の依頼で他のバウンティハンターと共に招集を受け、オーロラユニットのワクチン輸送を依頼される。本作ではスペースパイレーツ襲撃時に、復活したダークサムスによってフェイゾン汚染に蝕まれる身体となったが、フェイゾンによる宇宙滅亡の危機を救うべく、自らの命をかけて、フェイゾンを巡る最後の戦いに立ち向かう。
本作のサムスは物語の序盤、パワードスーツを装着していない状態で登場するが、『メトロイドプライムシリーズ』において、エンディング以外で脱衣したサムスが登場するのは本作が唯一となる。
中央ブリオニアン遺跡では銀河連邦軍が基地を建設していたが、スペースパイレーツの侵攻によって全滅している。東ブリオニアン遺跡ではパイレーツのブリオシードのシールド発生装置にエネルギーを供給するジェネレーターが建造されている。また、寒冷地帯の西ブリオニアン遺跡にテレポートする事が出来るポータル装置があり、そこにはブリオニアンと鳥人族(チョウゾ)の親交を示した巨大な彫像が遺されている。 ソーンジャングル 西にある地帯で、こちらにはブリオニアンの遺跡や記録も無く、スペースパイレーツに殺害されたレプティリカスの死体が所々に放置されている。現在はスペースパイレーツのジェネレーターとそれを防衛する施設が建造されている。 惑星エリシア (Elysia) 高密度の大気に覆われたテルリアン系のガス状惑星。惑星内では強力な電磁波の嵐が常に発生している為、地表で生存する事は基本的に不可能であり、大気圏内に施設が建造されている。 スカイタウン (Sky Town) 惑星エリシアの空中に浮かぶ巨大な研究施設。元々は約1500年前に鳥人族(チョウゾ)が作った人工都市で、鳥人族達の宇宙探査機から送られるデータの収集・解析を行っており、彼らが創り出した知能と増殖能力を持つロボット達エリシアンが管理している。 作中より数十年前、惑星エリシアと共に銀河連邦に発見され、現在はエリシアンと銀河連邦の間に結ばれた「エリシア条約」に基づき、銀河連邦からの補給を受けつつオーロラユニット217と共に活動して様々な情報を銀河連邦に提供している。