大寧寺の変
左大史の筆頭(大夫史、官務)は、地下家相当官ではあるものの太政官の実務を司る重要な職であった。平安時代後期より小槻氏が世襲し、平安時代末期に小槻氏嫡流は大宮家と壬生家に分裂し、官務の地位を巡って争っていたが、大寧寺の変で大宮(小槻)伊治が死亡し、その子も相続を行わなかったことで、大宮家を壬生家が継承することとなり、300年にわたる分裂状態が終結した。
第一次月山富田城攻め失敗後の義隆が、公家のような文弱な生活を始めたことに対する反発(乱に巻き込まれた公家たちも容赦なく殺害されている)と、それらにかかる浪費と増税という悪政の是正。
武功派(陶隆房、内藤興盛など)と文治派(相良武任)の関係が決裂し、なおかつ武任を重用し続けた義隆への不満。 武功派と文治派の実態については、評定衆を務める守護代クラスの重臣と山口の政庁にいた奉行衆や地方の各郡に置かれた郡代などの当主直属の吏僚との対立とも考えられている。義隆の祖父にあたる大内政弘は晩年(応仁の乱終結後)に自らの権限拡大のため、山口では奉行衆などの政庁吏僚が、それ以外の領国では政弘が任じた郡代に地方支配を当たらせる体制を構築し(守護代の家臣が郡代に任じられた例もあるが、その職務は山口の政庁から指示を受けていた)、その体制は義興・義隆へも継承された。しかしこの体制は、それぞれの領国で影響力を強めたい守護代たちと、当主の意を奉じて郡の統治を行う郡代らとの衝突の要因を生んだ。