嘉山孝正
センターでは医師を非正規のまま放置するということはない」、『(これまでの組織を)破壊』し、『方針には再建策が見当たらない』という記載については、数々の改革の成果を挙げた上で「発言者が国立がん研究センターが行ってきた取り組みを十分に知らないためなのか、悪意を持って事実と乖離した発言をしているかの様に感じる」、『トップが代われば、やり方はいくらでもあります』との発言は「『会の運営のやり方を変えてほしい』という提言を行ったものであり、罵ったものではない」、『あなたは人徳がない』発言については「がん対策推進協議会においてそのような発言はなく事実無根である」とする見解を発表した。
2012年4月からの2年間を任期とする次期がん研究センター理事長の公募には、嘉山を含む3名が応募。国立病院機構名古屋医療センター院長の堀田知光が次期理事長に選ばれた。これについて厚労省は選考理由、選考委員の名前等を一切明らかにせず、選考過程は極めて不透明と指摘されているが、これは嘉山が政治主導で理事長に選ばれたことのまさに裏返しであり、政治主導が当初のように機能しないなか、ノンキャリア官僚の天下り企業を切るなどの嘉山の一挙手一投足を「煙たく」感じていた厚労省が理事長交代を企てたとみる向きもある。
一連の改革の取り組みについて取材した毎日新聞記者の前田洋平は、その著書『国立がんセンターでなぜガンは治らない? 闇に葬られた改革』のなかで、再任を阻む勢力を生み出した原因が、この改革が単に一つの病院の立て直しにとどまらず(もちろん、それによる既得権益との対立もさることながら)、日本の医療政治の構造全体に影響を与えるものであったことにあると指摘している。つまり、それまでの医療政治の要をなしていた厚生労働省や医療産業界に代わって医療現場をネットワーク化する司令塔機能を立ち上げようとする構想(日本版NIH構想)まで掲げ、実現に向けて動き出したために、医療政治の仕組みが根底から覆されてしまうことへの危機感が広がったというのである。