週刊少年チャンピオン
2005年10月には編集長が沢考史に交代し、大幅な誌面改革を断行する。それまでの連載の大部分を2006年度中に入れ替え、通常連載では休載を出来る限り行わせない骨太の方針に変更した。
2006年20号から2009年1号まで表紙に「これ楽しい!これ面白い!!」というキャッチコピーを用い、車田正美による『聖闘士星矢』の続編『聖闘士星矢 NEXT DIMENSION 冥王神話』とその外伝的作品の連載『聖闘士星矢 THE LOST CANVAS 冥王神話』(作画・手代木史織)を立ち上げた。その他、ギャグでは『みつどもえ』(桜井のりお)・『侵略!イカ娘』(安部真弘)・『木曜日のフルット』(石黒正数)、不良漫画では『クローバー』(平川哲弘)、スポーツ漫画では『ANGEL VOICE』(古谷野孝雄)・『弱虫ペダル』(渡辺航)・『バチバチ』シリーズ(佐藤タカヒロ)、その他では『ブラック・ジャック創作秘話〜手塚治虫の仕事場から〜』(宮崎克・吉本浩二)など、各ジャンルで話題作を輩出している。いくつかの作品はアニメやテレビドラマなど他のメディアにも進出し、中でも『弱虫ペダル』は『チャンピオン』の看板作品となった。
また、前述の『チャンピオン投稿コロシアム (CTC)』が好評を博し、長年3ページで固定されていた読者ページ枠を4ページに拡大させた。
2009年には、創刊40周年記念企画として過去の人気連載の新作読切作品を多数発表した。また、その企画の一環として新しいキャッチフレーズを公募し、その結果「何でもありの無差別級まんが雑誌!」が選ばれ(同年40号発表)、以後、2010年52号まで表紙に用いられた。40周年記念企画スタート号となった2009年17号の誌名ロゴは1977年ごろのものが使用された。
(構成:笠井修・大崎悌造(交代で担当)、本文カット:島村英康→仲田リズム→村瀬範行(代替わりで担当))?年 - 2004年30号
中間の仲田リズム担当時代は批評者に「担当編集者S」(イラストによると女性)が加わっていたので、「K&O Bros.の」を外した「電気頭脳園」が正式名称だった。
週刊少年チャンピオン新人まんが賞(原則3月締切と9月締切の年2回募集)
月例フレッシュまんが賞(原則月末締切の月例賞)
2018年6月、紙版31号にて中断期間を含めて46年間連載していた『ドカベン』シリーズが『ドリームトーナメント編』の最終回をもって完結。
2019年に創刊50周年を迎え、「必死こいて半世紀」というキャッチコピーを用い、名作や2019年時点の人気作のリバイバル再掲載を毎号掲載している。同年46号からはチャンピオンの歴代編集長の活躍を描く漫画『チャンピオンズ〜週刊少年チャンピオンを創った男たちの物語〜』(魚乃目三太)を連載。また、『グラップラー刃牙』の第1話が板垣恵介本人によってセルフリメイクされた。
この時期の代表作は、ギャグでは『吸血鬼すぐ死ぬ』(盆ノ木至)・『あつまれ!ふしぎ研究部』(安部真弘)、コメディでは『魔入りました!入間くん』(西修)、恋愛漫画では『実は私は』(増田英二)、不良漫画では『シュガーレス』(細川雅巳)・『六道の悪女たち』(中村勇志)、スポーツ漫画では『ハリガネサービス』(荒達哉)・『もういっぽん!』(村岡ユウ)、その他では『囚人リク』(瀬口忍)・『BEASTARS』(板垣巴留)などがあり、いくつかの作品はアニメやテレビドラマなど他のメディアにも進出している。
他メディアと連動したコラボレーション連載も引き続き実施され、『バイオハザード』や『劇場霊』、『八月のシンデレラナイン』、『ルパン三世』のコミカライズ版を連載。また、スピンオフ作品の連載も行われ、『囚人リク』の外伝的作品である『ボスレノマ 〜囚人リク外伝〜』(瀬口忍)や『WORST』の外伝的作品である『WORST外伝 グリコ』(高橋ヒロシ・鈴木リュータ)を立ち上げている。