外来種
タイリクバラタナゴ(中国、台湾、朝鮮半島原産)は1940年代前半に、中国から他の魚(ハクレン・ソウギョなど)に混じって利根川水系に導入されたが、1960年代以降、人為的に全国各地に分布を広げた。西日本各地で在来のニッポンバラタナゴと交雑し、雑種個体群として累代を続けた結果、純粋なニッポンバラタナゴの生息地はきわめて局所的に残るのみとなり、ニッポンバラタナゴの絶滅が懸念されている。
京都府の賀茂川において、食用として持ち込まれたチュウゴクオオサンショウウオが野生化し、日本固有種である在来のオオサンショウウオとの交雑が問題になっている。ただし、チュウゴクオオサンショウウオも、IUCNのレッドリスト(Ver.3.1)において「Critically Endangered(絶滅寸前)」とされており、ワシントン条約で付属書Iにも掲載されているため、外来種として単純に処理できないことが問題を複雑にしている。
ペットとして輸入されて逃げ出した外国産クワガタムシやカブトムシによる在来種の遺伝子攪乱も危惧されている(ヒラタクワガタと亜種の間柄であるオオヒラタクワガタとの交雑など)。
外来種と在来種が交雑することでより侵略性の強い生物種が生み出されてしまうこともある。その代表例がスパルティナ・アングリカ(英語版)という非常に侵略的なイネ科の植物で、この生物は19世紀にアメリカからイギリスに持ち込まれた外来種とイギリスにもともと存在していた在来種との1代雑種の染色体数が倍加して起源している。