一年戦争
しかし、戦闘の最中にキシリアが父殺しの罪を理由にギレンを射殺、文字通り「後釜に座って」司令席に着いた。このことは指揮系統の混乱を引き起こし、ジオン軍の防戦に一瞬隙を作ることになった。
地球連邦軍は激戦の中、ギレン殺害に伴うジオン軍指揮系統の混乱に乗じてジオン軍における防衛の要である2隻のドロス級大型空母(ドロス、ドロワ)を撃沈し、さらにSフィールドの別働隊もガンダムの勇戦もあってア・バオア・クー内部に侵入、ジオン軍は勝利の兆しどころか敗色が濃厚となった。
ザビ家最後の指揮官であったキシリアも脱出準備中にシャア(キャスバル・レム・ダイクン)により暗殺(公式記録では乗艦の撃沈による戦死)される。これによりザビ家は事実上滅亡、ジオン軍も壊滅状態となった。一方の地球連邦軍も、主戦力のほとんどをこの戦いで使い果たしてしまう。ホワイトベースとその搭載MS隊もア・バオア・クーに不時着の末撃沈されるが、乗組員たちはかろうじて脱出に成功した。
なお、戦いの経過の詳細については、ア・バオア・クーの項が詳しいので参照されたい。
サイド6は表向きは中立区としてジオン・連邦軍に対して入港を許可しているが、連邦軍はガンダムNT-1の開発施設、ジオン軍はNT研究施設フラナガン機関を設置している。捕虜については拷問に近い尋問や、情報流出防止の為の捕虜殺害が行われたケースがあった。
地球連邦政府とジオン公国との間で戦時条約として結ばれた本条約は一年戦争の終結と共にその効力を終了しているが、後に勃発した諸紛争においてもその基本概念は地球圏における戦闘でのタブーとして不文律的に扱われることになった。一例に、一年戦争後の宇宙世紀0083年10月31日におけるデラーズ・フリート(ジオン軍残党)司令官エギーユ・デラーズ中将の演説がある。デラーズは、核弾頭を搭載した連邦軍のガンダム試作2号機を「南極条約違反」と糾弾した。ただしデラーズは作中で「連邦と一年戦争の終結を決めたのはジオン公国と関係ないジオン共和国であり、一年戦争は継続中である」と演説しており、既に一年戦争は終結したと考える連邦とは主張が異なる。運用前提である試作2号機の核は、実際のところは南極条約に違反する行為であるが、連邦軍の優位性を確立するためにはやむなしとされた。『機動戦士ガンダムUC』においては、「袖付き」が単なるテロリスト集団として扱われ、南極条約の適用外とみなされている事が描写されている。