全国青年大会
都道府県大会で参加が少ないこともあり、細かいルールやマナーを理解しないまま全青大に参加するチームや選手がいて問題となる場合もある。
都道府県以下の大会の中には、一部競技の運営を地元の競技連盟等に丸投げしているところがある。青年大会は、運営も青年たちが手がけ作り上げることに意味があり、丸投げ行為を批判する声もある。
全国青年大会期間中に地方大会を実施して問題となった地域もある。これは、青年大会が「地方→都道府県→全国」と積み上げることを考慮しない都道府県教委の教育事務所が主導して開催したために起こった。 上記と同じ理由で、全国大会期間中を避けても、その直前・直後に地方大会を開いてしまう所もある。両大会とも出場する選手は、練習や準備を同時並行しなければならない。特に、前回地方大会とは違う競技に取り組もうと考える選手は、いずれかの大会、または両大会とも準備不足に陥ってしまう危険性がある。
種目の新設や改廃は、主催する日青協の定期大会(総会、毎年ゴールデンウイークに開催)で決まる。青年団以外の参加者からみると、廃止や休止は突然断行される形となる。せっかく築かれた参加者間の交流を断絶させないよう、せめて最後の開催となる大会の前までには廃止を知らせるよう配慮すべきという声もある。
「開催までの経緯」にあるように、当初は全国青年大会の主催をめぐり日青協と文部省は対立していた。1954年(昭和29年)の第3回大会に際し日青協は、「文部省との共催、もしくは日青協の主催で無い限り日青協は参加しない」という強い態度で文部省と折衝をもった。これに対し文部省は同年8月、日青協を主催団体と認めるという回答を示し、各加盟団もそれを受け予選会開催など慌しく対応した。ところが翌月9月の開催打ち合わせの会合において、文部省は「大会を全勤労青年の総合大会にする」という名目で、ボーイスカウト日本連盟や日本キリスト教青年会などを加えた、実に14団体の主催による大会にする事を突如発表した。これまで果たしてきた青年大会における青年団の主体的な役割を無視し、行政主導の「官製」青年大会の方向に進もうとする事に対し日青協は猛反発し、ついに「全青大不参加」の声明を発表するに至った。
この日青協の態度にボーイスカウト日本連盟や日本キリスト教青年会などの青年団体も同調して主催を返上し、さらにマスコミを含めた世論もその態度を支持した。ただし都道府県青年団では、日青協の加盟団としては不参加を表明するも、参加希望の選手にまでそれを強制できないとして、県教育委員会からの申し込みによる参加を容認したところも一部であった。
事態を憂慮した全国都道府県教育長協議会が収拾のために仲介に乗り出し、日青協は大達茂雄文部大臣と直接交渉に及ぶ事となった。その結果、今大会は日青協が主催に加わりかつ主管して運営に当たる事、今後は日青協と文部省、都道府県教育委員会とよく協議して計画を立てる事などが確認され、日青協の不参加は回避された。