サベナ・ベルギー航空
その上経営効率が悪かったために黒字を計上したのはわずか1年だけという状態で、慢性的な高コスト体質による赤字が続き、ベルギー政府からの補助金によってそれを補填していた。そのような経営環境だったため、1990年代に入り規制緩和で格安航空会社との競争が激化すると、経営状態はますます悪化した。欧州委員会は、政府による自国航空会社の手厚い保護を認めないという姿勢を打ち出したため、それまでベルギー政府の庇護を受けていたサベナは転換を迫られた。
このため、1990年代前半には隣国フランスのエールフランスと提携するが、当時のエールフランスも経営状況は厳しく、この提携は長続きしなかった。1990年代後半には新たにスイス航空と資本提携を結び、「クオリフライヤー」と呼ばれる航空連合を形成した。しかし、1990年代末にはスイス航空が墜落事故を起こしたことにより業績が悪化し、2001年9月のアメリカ同時多発テロの影響もあり、サベナを支援することが出来なくなってしまった。最終的にはライアンエアーがブリュッセルに拠点を構えたことによる競争激化によりサベナは経営破綻し、2001年の10月末をもって成田線から撤退、同年11月7日には全ての運航を停止した。翌年にはスイス航空もサベナと共倒れになる形で倒産し、クオリフライヤーグループも消滅した。
その後、サベナの機材や路線の一部などを新規に設立されたSNブリュッセル航空が引き継ぎ、尾翼のマークもそのままに使用されたが、2007年にヴァージングループのヴァージン・エキスプレスと合併しブリュッセル航空となった。この際に尾翼のマークはドットで「b」をあしらったものに変更され、サベナの名残はブリュッセル航空の2レターコード(SN)に残るのみとなっている。