タンパク質凝集
酵母細胞内のタンパク質凝集体の大部分は、分子シャペロンによってリフォールディングされる。しかしながら、酸化損傷したタンパク質や分解標的となったタンパク質など、一部の凝集体はリフォールディングされない。細胞内にはこうした凝集体が到達する2つの区画JUNQとIPODが存在する。酵母細胞内でJUNQ(juxtanuclear quality-control compartment)は核膜に近接して存在し、IPOD(insoluble protein deposit)は液胞に近接して存在する。タンパク質凝集体はユビキチン化され分解標的となった場合にはJUNQに局在する。凝集したタンパク質や不溶性タンパク質はIPODに局在し、より恒久的に蓄積する。この区画のタンパク質はオートファジーによって除去される可能性を示す証拠が得られている。これらの2つの経路は協働的にに機能しており、プロテアソーム経路の負荷が高い場合にはタンパク質はIPODに移動する傾向がある。
哺乳類細胞では、こうしたタンパク質凝集体はアグリソーム(英語版)と呼ばれており、細胞が病的状態となったときに形成される。凝集体は細胞内に異種性タンパク質が存在する場合に形成される傾向があり、こうしたタンパク質は細胞に変異が生じた場合に生じうる。E3ユビキチンリガーゼはミスフォールドタンパク質を認識し、ユビキチン化する。その後、HDAC6(英語版)がユビキチンとモータータンパク質ダイニンに結合し、標識された凝集体を微小管形成中心(MTOC)へ運ぶ。そこで凝集体はMTOCを囲む球へと互いにパッキングする。そしてシャペロンやプロテアソームが呼び寄せられ、オートファジーが活性化される。