宇和島藩
宇和島藩には砲術に6つの流派があったが、宗城は最新の砲術を導入し、これを威遠流として一元化した。また宗城は、古来より軽卒の武器であった鉄砲を下級・上級を問わずに習熟するように命じ、弓組を鉄砲組に改編した。宗城は何度も軍事訓練を繰り返し、大砲の試射を自らも行うほど熱心だった。また軍隊を洋式化し、銃隊をイギリス式、砲隊をオランダ式にした。宗城は造船技術にも熱心に興味を示し、細工師の嘉蔵(前原巧山)を用いて長崎に留学させるなどしている。
藩校には国学者で皇学教授の鈴木重樹がおり(のちの法学者穂積陳重の父)、勤王運動を推進した。イギリス大使アーネスト・サトウの訪問も受けて歓待した。
慶長18年(1613年)10月8日、家康・秀忠同席の前で直盛と信高・元種は対決し、直盛は勝訴した。左門隠匿が勝訴の原因になったとされる。信高・元種は改易となり、信高は奥州磐城平藩主鳥居忠政預かりとされ、伊予に帰国することもなく配所に向かわされた。騒動の原因となった左門は獄死したとも斬殺されたともいわれる。
富田家の改易に関しては大久保長安事件による連座、宇和島の郷土史料では富田家の塩成掘切工事による不正によるものとする説があるが、前者はともかく後者はかなり疑わしい説とされている。
富田家改易により宇和島は幕府直轄領となり、幕府代官として藤堂良勝が入った。富田家中では宇和島を退去する際に年貢未徴収のために困っていたが、蔵米3000俵を良勝が貸し与えて残らず退去させた。信高は寛永10年(1633年)に小名浜(現在の福島県いわき市)において死去した。信高の長男知幸が水戸藩士として、次男知儀が7,000石の幕府旗本として存続した。
宇和島市内における富田家ゆかりのものとして佐伯町と佐伯橋があり、これは富田家家老の佐伯権之助の屋敷があったことからこの町名と橋の名がつけられ、また信高正室の肖像画が宇和島市大宮町(旧北町)の真宗大谷派最勝山立正寺(瓦寺)に所蔵されている。なお、この立正寺は南予最初の瓦葺きの寺院であったと伝わる。
宇和島藩は秀宗が入部するまで短期間で領主・藩主の交替が続いたために疲弊しており、桜田元親を侍大将、山家公頼を惣奉行として始まった藩政は前途多難だった。元和3年(1617年)頃に板島丸串城は宇和島城と、板島も宇和島と改名された。藩財政は非常に苦しく、秀宗は宇和島入部にあたって父の政宗から創業資金として黄金3万両(6万両説あり)を借用しており、それがこの頃に返済をめぐって藩論が紛糾することになった。山家は仙台藩と政宗の関係を重視し、政宗隠居料の名目で毎年3万石を返済にあてることにし、元和4年(1618年)には宇和島城下の北口に仙台藩の役所が置かれて寛永12年(1635年)まで18年間、3万石を返済にあてた。ただし政宗は寛永13年(1636年)の死去まで隠居していないため、これは事実上宇和島藩領を仙台藩に分知したようなものであり、また宇和島藩士の多くが減俸を余儀なくされることになり、この献策を行なった山家は桜田元親らに大いに恨まれた。また秀宗も借金返済問題をめぐり、山家と対立するようになった。
元和6年(1620年)1月、幕命により大坂城石垣工事を担当することになり、山家と桜田は奉行として大坂に赴いた。しかし、工事の進捗状況の報告に関して山家と桜田の間に齟齬があり、桜田の讒言で山家は宇和島に帰国し謹慎することになった。そして6月29日、秀宗の命令を受けた桜田一派により山家とその息子ら一族は殺害された。事件を知った政宗は激怒して秀宗を勘当し、さらに幕府に対して「秀宗は大虚けで到底10万石を治める器にあらず。召し上げてほしい」と幕府に願い出るほどだった。これに対しては、秀宗正室の兄である井伊直孝と土井利勝による政治工作により収拾されている。
宗利の時代は36年間に及び、秀宗・宗時時代の統治を踏襲して諸制度の整備充実を図った。この時代は後世の模範になったとされているが、一方で日照り、落雷、洪水、大火、土佐藩や吉田藩との境界線争いなどが相次ぎ、貞享4年(1687年)頃には藩財政が逼迫して衣服や食事を粗末にし、元禄元年(1688年)には5か年計画を立てるに至った。元禄6年(1693年)11月、宗利は宗贇に家督を譲って隠居した。
第3代藩主宗贇は仙台藩の第3代藩主伊達綱宗の三男で、宗利の婿養子である。元禄9年(1696年)7月、吉田藩分知で7万石になっていた宇和島藩は高直しが行われて再度10万石となった。ただしこれは、藩や商人で進めていた新田開発や収穫のない荒田まで加えて無理矢理10万石にしたようなものであり、しかも幕府の普請役では10万石格を負担しなければならなくなり、湯島聖堂の造営等により藩財政はますます逼迫した。
正徳元年(1711年)に宗贇は死去し、三男の村年が第4代藩主となる。この時代には旱魃・飢饉・風水害が続き、藩札の発行と被災者の救済、植林・植樹から、難民の緊急雇用対策のための土木事業、倹約令、人材登用など様々な藩政改革が試みられたが、肝心の村年が享保20年(1735年)5月に31歳で急死した。
第5代藩主村候は村年の子で、在任60年間の長期にわたった中興の祖である。