リボソームDNA
rDNAの各領域はそれぞれ異なる進化速度を持っている。そのため、rDNA配列は幅広い分類群レベルの系統情報を保持している。rDNAの転写領域は種内での変異が小さく、従って少ないサンプル数で種間の系統関係を推定することができる。保存性の高いコーディング領域ならば、ヒトと出芽酵母のような系統的に遠い生物同士の比較が可能である。ヒトと出芽酵母の5.8S領域は75%の相同性を持っている。コーディング領域が高い保存性を持つ一方、スペーサー領域であるITSは挿入、欠失、点変異などにより変化に富む。ITS領域は進化速度が大きすぎるため、ヒトとカエルのような離れた生物の系統解析に用いることは適切でない。ITS領域は近縁種や同胞種の識別、系統推定に威力を発揮する。