新幹線総合システム
2008年5月には計算機の老朽化に伴い、輸送計画と運行管理の計算機がリニューアルされ、このリニューアルにより予想ダイヤ機能(ダイヤが乱れた際、列車の着発番線競合など、所定ダイヤから修正を要する箇所を検出・表示し、指令員の変更判断・入力を仰ぐ機能)が従前の最大4時間までから、当日の最終列車が車両基地に入るまでの終日予測ができるようになった。
2015年3月の北陸新幹線金沢開業に伴う改良では、1システム2指令所の体制となったことに伴い、2指令所相互間でダイヤ変更内容や臨時速度制限などを相互に通知・確認する機能が設定されている。
また、2016年3月に東北新幹線を延伸する形で開業した北海道新幹線については、新幹線と在来線の共用区間が存在することから、独自の運行管理システムである北海道新幹線総合システム(CYGNUS)が導入されたが、COSMOSとCYGNUSは接続・連携されている。例えば列車運行管理については、COSMOSが北海道新幹線も含めた新幹線全線のダイヤを管理し、CYGNUS側でJR北海道管轄区間のダイヤデータと共用走行区間の在来線のダイヤを統合し、管理を実施している。