Mario is Missing!
クッパは南極大陸に城を構え、通信販売でドライヤーを大量に購入して南極の氷を溶かすことで、地球に洪水を起こそうとしていた。クッパはカメ一族の手下を世界各地の都市に送り込み、購入資金を確保するために各地の名物を盗ませた。マリオ、ルイージ、ヨッシーはクッパの計画を阻止するためにクッパの城へ向かうが、ルイージは城に入るのをためらい、マリオだけで乗り込んだ結果マリオはクッパに囚われてしまう。ルイージはマリオを助け、世界を救わなくてはならない。