ダウンレギュレーションとアップレギュレーション
同様に、LIG4(英語版)のエピジェネティックなダウンレギュレーションは結腸直腸癌の82%に、NEIL1(英語版)のエピジェネティックなダウンレギュレーションは頭頸部癌の62%と非小細胞肺癌の42%で見られる。
DNA修復遺伝子PARP1およびFEN1(英語版)のエピジェネティックなアップレギュレーションは、多くの癌で見られる(癌における転写の調節(英語版)を参照)。PARP1 とFEN1 は、エラーを起こしやすく変異原性のあるDNA修復経路のマイクロホモロジー媒介末端結合(英語版)の必須遺伝子である。この経路がアップレギュレーションすると、それが引き起こす過剰な突然変異は癌につながる可能性がある。PARP1 は、チロシンキナーゼ活性化白血病、神経芽腫、精巣腫瘍などの胚細胞性腫瘍、ユーイング肉腫などで過剰に発現している。FEN1 は、乳癌、前立腺癌、胃癌、神経芽腫、膵臓癌、肺癌などの大部分でアップレギュレートしている。