後南朝
幕府は数日のうちに変を鎮圧、通蔵主は捕えられて四国へ配流(『東寺執行日記』によれば、道中の摂津太田で暗殺されたという)、金蔵主は首謀者の一人とされる日野有光とともに討死した。
この時、持ち去られた剣は心月という僧が清水寺で発見したものの、神璽は後南朝に持ち去られたままであったが、長禄元年(1457年)に至って嘉吉の乱で取り潰された赤松家の再興をめざす赤松家遺臣らが大和・紀伊国境付近の北山(奈良県吉野郡上北山村か)ならびに三之公(同郡川上村)に本拠を置いていた後南朝に虚言を弄して接近、12月2日子の刻(午前0時頃)、大雪が降る中、南朝の末裔という自天王・忠義王兄弟を殺害した上で神璽を奪い返した(長禄の変)。両王子は天明年間に著されたとされる『南朝皇胤紹運録』では父は空因(金蔵主)とされているが、一次史料を重視する立場からはこうした見方に否定的で、長慶天皇流玉川宮の末孫とする説が有力視されている。また、『南帝自天親王玉川上郷御宝物由来』によれば、この時「空因親王」という皇族が近江国甲賀郡に逃れたという。これは、川上村で最も古い村落である高原村落が木地師村落であり、木地師が近江国を発祥としていたからだと考えられる。
文安元年(1444年)8月には、説成親王の子・円胤が神璽を奉じて吉野の川上・北山で挙兵した。畠山持国が討伐に向かったものの果たせなかったため、細川出羽守も向かわされた。