ジョホール王国
アチェはジョホールに傀儡の王を立てたが、ジョホールはまもなくそれを廃して独立を回復した。
アチェ王国のスルタン、アラウッディン・アルカハル(英語版)はさらに、オスマン帝国最盛期の英主として知られるスレイマン1世に艦隊のマラッカ海峡派遣を要請し、スレイマン1世はこれに応えて17隻のオスマン艦隊を1569年に派遣、ムラカとジョホールを攻撃した。アチェのこの台頭に対し、ポルトガルとジョホールは一時休戦協定を結んだが、この協定は同床異夢であったため短命に終わった。
ジョホールは再びポルトガル勢力からの攻撃をうけるようになり、1587年には王都がポルトガル勢力によって破壊されている。しかし、ジョホール王国は、その都度スマトラ東岸を介して胡椒産地と関係を保持し、また、マカッサルに逗留したマレー人を通してバンダ諸島(現インドネシア。モルッカ諸島の一部)の丁字やナツメグを取引して国力を回復させ、16世紀末頃には勢力を伸張させた。そのため、アチェは一時ポルトガルと和解してジョホールに対することを余儀なくされるほどであった。
17世紀初頭、オランダ(ネーデルラント連邦共和国)が東南アジアに達し、オランダ東インド会社を設立してアジア貿易に参入した。このとき、オランダはアジアの香料貿易をめぐってポルトガルと対立しており、ポルトガルとの対抗上、ジョホール王国を同盟相手として選んだ。1606年の5月および9月、オランダのコルネリス・デ・ヨンゲ(英語版)総督とジョホールのラジャ・ボングスのあいだで2つの同盟条約が調印された 。
これについては、オランダもイギリスもともに割り当てられる人員と財源には限界があり、海賊行為に効果的に対処することは難渋した。そこで、英蘭両国は、ジョホールのトゥムングンやリンガのマレー系スルタン、リアウのブギス人副王に報奨金を与える代わりに、海賊の取り締まり強化を依頼し、また、とくにイギリスは奴隷貿易の根絶を図った。これは、一定の成果をあげたものの、海賊行為は、蒸気船が一般化し、武装した小型巡回ボートが普及する1870年代まで活発だった。海賊活動の終息がもたらされたのは、最終的には、海賊船が蒸気船の速度に追いつけなくなってからのことであった。
1862年、トゥムングン家出身で、英主といわれたアブ・バカール(英語版)がジョホール王国のスルタンに即位した(皇帝の称号があたえられたのは1866年のことである)。マレー半島の他の州が次々と植民地化されていくなかで、アブ・バカール率いるジョホールは国家を維持し、独自の経済開発を進めて近代化の実をあげた。アブ・バカールはシンガポールの対岸にあたるマレー半島南端に港湾を建設し、1884年、その港はジョホールバルと命名された。王宮もジョホールバルに遷され、1894年には憲法を発布した。アブ・バカールはこんにち「近代ジョホールの父」と呼ばれている。
一方、港市としては衰亡したリアウは、19世紀においてもイスラーム神秘主義者の集うセンターでありつづけた。