イリオモテヤマネコ
遺伝子解析による分子系統学の研究からは、独立種ではなくベンガルヤマネコの亜種とされている。核型や核内のリボソームRNAの制限酵素断片長、ミトコンドリアDNA内の12S リボソームRNAおよびチトクロムbの分子系統学的解析はベンガルヤマネコと一致あるいはほぼ一致し、非常に近縁(ネコ科他種における種内変異あるいは個体変異の範疇)と推定されている。チトクロムbの塩基置換速度および多様度からベンガルヤマネコの他亜種とは18-20万年前に分化したと推定され、海洋地質学でも2万-24万年前には琉球諸島および大陸間に断続的な陸橋があったと推定されていることからこの時期に侵入したと推定されている。本亜種内の遺伝的多様性は乏しいと推定されている。
さらにベンガルヤマネコ全体の遺伝的多様性を評価し12亜種を4亜種に整理するべきとする提案が2017年になされ、そこではイリオモテヤマネコはツシマヤマネコと同じ P. bengalensis euptilurus にまとめられている。これに基づき、レッドリストの作成にあたる国際自然保護連合種保存委員会(IUCN SSC)の専門家委員会は、イリオモテヤマネコを暫定的に P. b. euptilurus のシノニムとして扱っているが、環境省では形態学的な十分な差異が見られることから引き続き西表島の固有亜種という説を採っている。
食性は動物食で、哺乳類や鳥類、爬虫類、両生類、魚類、甲殻類などを、日に400-600グラム捕食する。他のヤマネコ類はネズミ類やウサギなどの小型哺乳類が主要な餌であるのに対し、西表島にはネズミ類やウサギなどの小型哺乳類が元来生息していない上にイリオモテヤマネコと競合するような肉食哺乳類が他には生息しておらず、生息環境や餌資源などの棲み分けが必要ないために、様々な生物を幅広く餌としている。
哺乳類ではクマネズミ、クビワオオコウモリ、リュウキュウイノシシの幼獣などを、鳥類ではカルガモ、オオクイナ、コノハズク、シロハラ、シロハラクイナ、爬虫類ではヘビ類や、キシノウエトカゲ、両生類ではサキシマヌマガエルなどを、その他、マダラコオロギ、カニなどを食べる。ツグミより大きい鳥を捕食する際、他のネコ類は羽毛をむしって食べるが、イリオモテヤマネコは大きな鳥類でも羽毛をむしらず丸ごと食べる。
イリオモテヤマネコの行動圏の面積は季節的な変化や個体差、地域差は見られるものの繁殖期には行動圏が狭くなり、平均的な行動圏はオスで1.5-4.9平方キロメートル、メスで0.85-2.75平方キロメートルである。この行動圏は他の個体の侵入を許さないことから、縄張りとほぼ同一と考えられている。オスとメスの行動圏は重複しており、オスの行動圏内に1-2匹のメスが生息している。通常は同じ性同士の行動圏は大きくは重複しないが、一部重複していることがある。この行動圏の重なりが占める場所は、狩り場となる場所が大きい。この行動圏内を狩りやマーキングをしながら、3-4日間かけて巡回していると考えられている。
若いオスや一部のオスは行動圏を持たず、島内を放浪しながら縄張りが空くのを待ち、定住しているオスがいない場所を見つけると、そこを縄張りとする。メスは幼獣を自分の縄張りに残し、次の繁殖期を迎えると新しく縄張りを形成する。