ヤン・カルスキ
1939年夏、第二次世界大戦が勃発し、カルスキの外交官としてのキャリアは中断された。9月、ナチス・ドイツとソビエト連邦がポーランドに侵攻し、8月の独ソ不可侵条約とその密約により、ナチス・ドイツはポーランドの西半分を、ソ連は東半分を占領することとなった。
9月30日、亡命先のパリにおいてヴワディスワフ・ラチキエヴィチ(ポーランド語版、英語版)を大統領、ヴワディスワフ・シコルスキを首相とするポーランド亡命政府が発足した。
カルスキは開戦と同時にポーランド軍に入隊したが、9月末、ベウジェツ近くでソ連軍に捕獲され捕虜となった。身元を紛らわすため、これ以降カルスキという姓を名乗るようになった。
11月に行われた捕虜交換でソ連からドイツに引き渡されラドムの捕虜収容所に収容されたが脱走に成功。そこからワルシャワに向かい、兄のマリアンと再会した。マリアンは戦前はワルシャワ警察の司令官となっていたが、ドイツによる占領後は総督府ポーランド警察で引き続き同職を務める一方、地下組織にも携わっていた。兄の勧めでシコルスキが支援する政治組織CKON(ポーランド語版)の関係者と接触。信頼できる密使が必要とされており、聡明で記憶力がよく、道徳的にも問題のないカルスキはうってつけであった。ドイツやソ連に占領された地域への潜入を行うこととなり、ウッチ、クラクフ、ルブリン、ルヴォフを訪れ、報告書はユーゴスラビアの外交筋を通じてアンジェの亡命政府へと送られた。