アピコンプレックス門
住血胞子虫と同様であるが、オーシストを全く生じない。バベシア(Babesia)、タイレリア(Theileria)など。
このうち、住血胞子虫類やピロプラズマ類をコクシジウム類に含めることがある。
なおクリプトスポリジウム(Cryptosporidium)は従来コクシジウム類だと考えられてきたが、分子系統解析によればむしろグレガリナ類に近縁であることが示されている。実際に培養実験によって、細胞外でグレガリナ類に似た形態をとる時期の存在が判明している。
アピコンプレックス門への所属が議論されるものとして、パーキンサス類とコルポデラ類がある。パーキンサス(ペルキンスス、Perkinsus)は軟体動物に寄生する原虫で、はじめ菌類として分類されていたが、鞭毛虫ステージにアピカルコンプレックス類似の構造が発見されたことでアピコンプレックス門に移された。現在では分子系統解析などにより、アピコンプレクサ類よりも渦鞭毛虫に近縁であると考えられているため、アピコンプレックス門には含めないようになってきている。コルポデラ(Colpodella)は自由遊泳して他の原生生物を吸引消化する鞭毛虫であり、吻(rostrum)がアピカルコンプレックス類似の構造でできている。分子系統解析でもアピコンプレクサ類に近縁であることが示されているが、アピコンプレックス門に含める意見と含めない意見と両論がある。これらの生物はアピコンプレクサ類と渦鞭毛虫の共通祖先に似ているのだろうと考えられている。
しかし1970年代前半には、ピロプラズマ類は住血胞子虫類と近縁なので独立の綱を与えるべきでなく、したがってアピコンプレクサ類は胞子虫類の同義語で不要と批判された。
ところが1976年に菌類だと考えられていた軟体動物の病原体がアピカルコンプレックスとよく似た構造を持っている事が判明する。Levineはこれにパーキンサスと名付け、アピコンプレックス門を胞子虫綱(Sporozoea、和名では種虫綱と訳し変える)とパーキンサス綱の2綱とし、これが1980年の合意体系で採用された。その後の1982年、パーキンサスの構造は渦鞭毛虫によく似ていて、アピカルコンプレックスも本当に相同か疑わしく、したがってやはりアピコンプレクサ類は胞子虫類の同義語となり不要と批判された。
しかしすでに合意体系で採用されていたこともあり、アピコンプレックス門は普及し続けた。Levineはその後もアピカルコンプレックスを重視しつづけ、1988年にはアピコンプレックス門にコノイドの有無に着目した2綱(Conoidasida, Aconoidasida)を置くようにし、これによって分類体系から「胞子虫」という名前自体を消してしまった。Levineの死後、分子系統解析によって(狭義の)胞子虫類と(少なくとも一部の)コルポデラ類とが単系統群をなす事が判明しており、アピコンプレックス門という分類群自体は概ね受容されている。一方Conoidasidaという分類群は単系統にはならないため、今後系統を反映した体系に置き換えられることになるだろう。