在日米陸軍
S. Army Pacific, USARPAC)の主要な隷下部隊のひとつとなった。1968年9月1日に再改編された在日米陸軍は、従来の任務および機能を維持しつつ、作戦効率を向上させるための新しい編成を整えた。
1972年5月15日の沖縄返還に伴い、在日米陸軍司令部は、沖縄に所在していた部隊を隷下に吸収するとともに、指揮・統制組織の改善を図った。沖縄返還に伴う混乱の中、沖縄県から移駐した第9軍団が指揮系統に取り込まれ、在日米陸軍/第9軍団司令部が編成された。
1974年7月1日、在日米陸軍の再編により、本州基地管理本部(U.S. Army Garrison, Honshu, USAGH)、沖縄基地管理本部(U.S. Army Garrison, Okinawa, USAGO)および在日米陸軍衛生科部隊(U.S. Army Medical Department Activity-Japan, MEDDAC-JAPAN)の3つの隷下部隊が創隊された。1975年1月1日、アメリカ太平洋軍の廃止に伴い、在日米陸軍は、陸軍省の直属隷下部隊となった。
1990年8月、太平洋軍の再編成により、在日米陸軍は、その直属隷下部隊に戻ったが、引き続き在日米軍(U.S.
Forces, Japan, USFJ)の陸軍部隊司令部としての機能を維持した。1994年、第9軍団は、第9戦域陸軍地域コマンド(9th Theater Army Area Command)へと改編され、1999年11月8日には、第9戦域支援コマンド(9th Theater Support Command, 9thTSC)へと改称された。その後、2001年9月11日までの間にも、小規模な再編成や改称が何度か行われたが、在日米陸軍は、日本および沖縄における兵站拠点の維持を担い続けた。
2007年9月、第9戦域支援コマンドが解組となり、2007年12月19日、アメリカ陸軍の再編により、第1軍団(I Corps)(前方)が日本に編成された。在日米陸軍の司令部は、キャンプ座間に留まり、在日米軍の陸軍部隊司令部としての機能を維持した。
2011年3月11日、マグニチュード9.0の巨大地震と津波が日本の東北地方沿岸地域を襲った(東北地方太平洋沖地震)。数分後、在日米陸軍は、陸上自衛隊を支援するための過去最大の共同作戦であり、「トモダチ作戦」と呼ばれた人道支援災害救助活動を開始した。在日米陸軍は、陸上自衛隊に対する装備および整備支援を終了した後も、引き続き9月まで被災者に対する救援を継続した。