ユリ科
この科に所属されたのは、一般的に、花被片は、外片3個、内片3個、計6個の花弁状の被片を持ち、6本の雄蕊、子房上位などの特徴を持つものであったが、これは、単子葉植物の基本的体制と言えなくもない。そのため、非常に多くの属・種を含むグループであったが、人為的分類群であり、異質なものを多く含むとの議論が長くあった。そのため、分類体系が新しくなるに従い、細分化される傾向にある。
クロンキスト体系では従来の新エングラー体系で含めていたアロエ科、サルトリイバラ科等のグループを別に分類している。その一方で、ヒガンバナ科、キンバイザサ科(新エングラー体系など、ユリ科と別にすることが多い)をユリ科に含めている。
そのほか、従来ユリ科に含めていた多くの種を種皮などの特徴からユリ目とクサスギカズラ目に大きく分け、さらにそれぞれを複数の科に分類するダールグレンの分類体系(1985年)などがある。
最近の分子系統学の研究成果によれば、従来のユリ科は多系統群で少なくとも5系統ほどに分けられる。これに基づくAPG植物分類体系では、リュウゼツラン科なども含めて再編成し、ネギ科、ヒガンバナ科、クサスギカズラ科、ヒヤシンス科、キスゲ科、スズラン科、リュウゼツラン科(以上クサスギカズラ目)、イヌサフラン科、狭義のユリ科(以上ユリ目)、またその他の目に入るグループなどに細分している。
クロンキスト体系のユリ科に含まれる主な属を以下に示す。(カッコ内)に示したのはAPG分類体系による分類群である。