江戸薩摩藩邸の焼討事件
これらの状況下で幕臣達は「続出する騒乱の黒幕は薩摩藩」との疑いを強くし、将軍の留守を守る淀藩主の老中稲葉正邦は、ついに武力行使も辞さない強硬手段を決意する。12月24日(1868年1月18日)、庄内藩江戸藩邸の留守居役松平親懐(権十郎)に「薩摩藩邸に賊徒の引渡しを求めた上で、従わなければ討ち入って召し捕らえよ」との命を下す。これに対して松平は「薩摩側が素直に引き渡すとは思えず、討ち入りとなることは必至だが、庄内藩は先日銃撃の被害を受けており、この状況下で討ち入れば私怨私闘の謗りを受けてしまう。その為、他藩との共同で事に当たらせて欲しい」と願い、受け入れられた。これにより庄内藩に加え、上山藩、鯖江藩、岩槻藩の三藩と、庄内藩の支藩である出羽松山藩が参加。戦闘指揮は庄内藩の監軍(軍監)、石原倉右衛門が執る事になった。 討ち入りに際し、薩摩屋敷の戦力は浪士200名、馬16頭との情報があり、これに対して24日中に庄内藩から500、上山藩から300、鯖江藩から100、岩槻藩から50の合計950名を集め、さらに大砲、鉄砲、槍などが庄内藩の西丸下伊賀屋敷に持ち込まれ、夜食を摂ってから赤羽根橋に集結、25日の討ち入りに備えた。 12月25日未明、出動したこれらの藩兵は薩摩藩邸を包囲する。ただ、薩摩側が窮鼠状態となる事を危惧し、庄内藩が受け持つ北門と西門のうち西門付近は意図的に包囲を緩めておいた。
慶応3年9月9日(1867年10月6日)、土佐藩お抱えの刀鍛冶・左行秀(豊永久左衛門)は、退助が江戸の土佐藩邸に勤王派浪士を隠匿し、薩摩藩が京都で挙兵した場合、退助らの一党が東国で挙兵する計画を立てていると、寺村左膳に対し密告を行った。行秀は乾退助が水戸浪士・中村勇吉に宛た書簡の写しを証拠として所有しており、退助の失脚を狙って左膳に密告したものである。「この事が容堂公の耳に入れば、退助の命はとても助からないであろう」と言う話を漏れ聞いた清岡公張(半四郎)は、土佐勤王党の一員であった島村寿太郎(武市瑞山の妻・富子の弟で、瑞山の義弟)に乾退助を脱藩させることを提案。島村が退助に面会して脱藩を勧めた。しかし、退助は容堂の御側御用役・西野友保(彦四郎)に対し、水戸浪士を藩邸に隠匿していることは、既に5月(薩土討幕の密約締結を報告の際)に自ら容堂公へ申し上げている事であるため、既に覚悟は出来ており御沙汰を俟つのみであると返答している。果たしてこれに対して容堂は、
と答えたため不問にふされる。9月25日(太陽暦10月22日)、坂本龍馬らはこれに呼応して長崎より銃器を携えて土佐へ帰国。10月(太陽暦11月)、土佐藩邸に匿われていた水戸浪士らが薩摩藩邸へ移管される。
討幕の密勅の直後の慶応3年10月14日に大政奉還が行われ、討幕の実行延期の沙汰書が10月21日になされ、討幕の密勅は事実上、取り消された。討幕のための挙兵の中止も江戸の薩摩藩邸に伝わったが、討幕挙兵の噂は瞬く間に広まっていて、薩摩藩邸ではその火のついた志士を抑えることはできずにいた。騒乱行為はますます拡大していき、慶応3年11月末(1867年12月末)には竹内啓(本名:小川節斎)を首魁とする十数名の集団が下野出流山満願寺の千手院に拠って檄文を発し、さらに150名をも越える一団となって行軍を開始。同年12月11日(1868年1月5日)から数日間、栃木宿の幸来橋付近や岩船山で関東取締出役・渋谷鷲郎(和四郎とも)率いる旧幕府方の諸藩兵と交戦し、鎮圧された。敗れた竹内は中田宿で捕らえられ、処刑された(出流山事件)。しかし、参加者数名が脱走して薩摩藩邸に逃げ込んだ。
事件の詳細が大坂城の徳川家の幹部の元へ伝わったのは12月28日(太陽暦1868年1月22日)で、対薩強硬派として知られる大目付滝川具挙と勘定奉行小野広胖によって伝えられた。
老中板倉勝静と前将軍徳川慶喜は沸きあがる「薩摩討つべし」の声を抑えることができず、薩摩藩の目論見通り旧幕府は討薩への意志を固める。その様子として、復古記において「阪城にて甚だ敷く上様へ相迫り候者は、滝川播磨(具挙)、塚原但馬、小野内膳正(広胖)にて之れあるべしと申すこと」との松平春嶽の証言が残されている。
当事者である新徴組はそこまで大事とは考えていなかったようで、新徴組の山口三郎が討ち入り3日後に勝海舟を訪ねてきた際には「恐らく戦になるだろう」と語り、また安倍藤蔵は「今後のんびりやりましょう」と述べ、この時点で大規模な戊辰戦争が想定されていたわけではない。
旧幕府は朝廷へと討薩を上表し、慶応4年1月(1868年2月)、軍を編成して京都に向けて進軍を開始した。この京都の薩摩兵への攻撃は、その後、戊辰戦争へと繋がっていく。