殿中御掟
訴訟は奉行人(幕臣)の手を経ずに幕府・朝廷に内々に挙げてはならない(従来のやり方の通りとする)。
奉公衆が出した結論を将軍が一存で決めてはならない(従来のやり方の通りとする)。
訴訟規定は従来通りとする。
当番衆は、申次を経ずに何かを将軍に伝えてはならない。
門跡や僧侶、比叡山延暦寺の僧兵、医師、陰陽師をみだりに殿中に入れないこと。足軽と猿楽師は呼ばれれば入ってもよい。
2日後の1月16日、信長はさらに以下の7か条を追加する。
寺社本所領、当知行之地、無謂押領之儀堅停止事
請取沙汰停止事
喧嘩口論之儀被停止訖、若有違乱之輩者、任法度旨、可有御成敗事、付、合力人同罪
理不尽入催促儀堅停止事
直訴訟停止事
訴訟之輩在之者、以奉行人可致言上事
於当知行之地者、以請文上可被成御下知事 — 仁和寺文書
(幕臣が)寺社本所領を押領することを停止すること
請取沙汰を停止する事
喧嘩口論の禁止、違反する者は法をもって成敗する。これに合力するものは同罪
理不尽に催促する事の禁止
将軍が訴訟を直接取り扱う事を禁止
もし訴訟をしたいのであれば奉行人を通すこと
占有地については関係を把握して差配すること
第1条を義昭が遵守していないというのは事実ではなく、大名への官途授与や大名間の和平調停の際には信長の副状が出されており、後年問題になったのは義昭が御内書の形式を用いて諸国から物品献上を強要したことであったとする。第4条は信長からすれば准官領として義昭を補佐することを明言した文言であり、義昭からすれば信長が室町幕府の身分秩序の中に位置づける代わりに天下静謐のための権限を委任したもので、義昭と信長の主従間の合意が前提にあるとする。そして、残りの3か条も副官領就任にあたっての要望事項であったとしている。また、原本には義昭の黒印が袖に捺され、義昭と信長に両属している立場と言える明智光秀と朝山日乗に充てられていることからも信長から義昭への一方的な文言ではなく、両者の交渉内容を記した文書であるとしている。水野は信長が准官領に就任したと直接言及した史料は無いものの、この条書が出された元亀元年1月以降、信長の書札礼が変更されて関東管領(上杉謙信)と同格のものに改められていることから裏付けられるとしている。なお、准官領の立場は実際的には儀礼的な存在に過ぎなくなっていた実際の管領と異なって、より大幅な権限が認められた存在であったことはこの条書から推測されるとされる。
浅井長政や朝倉義景、顕如、三好三人衆らによる第一次信長包囲網が結成された際には義昭と信長は一体となって行動しており、両者の対立が決定的なものとなるのは元亀年間に入ってからのことである。