平戸島
平戸島は、この東路軍と江南軍の合流地点となった。 元軍が平戸島に目を付けたのは、平戸島が太宰府に近く、地勢として軍船を停泊させるのに便利であり、日本側の防備が無かったためである。平戸島に到着した元軍は、日本軍の襲来に備えて、平戸島に塁を築いて陣地を構築した。東路軍は壱岐島の戦いの後、平戸島に移動し、江南軍と合流した。合流を完了させた元軍は、平戸島に部隊を残して、鷹島に移動すると日本側と海戦となる(鷹島沖海戦)。その後、台風を受けた元軍は、継戦か撤退かを巡り軍議を開くと撤退に決し、平戸島に在陣する軍勢は平戸島に軍船の軍馬を捨てると、軍船に人員を収容して撤退していった。
1550年(天文19年)にポルトガル船が来航し、平戸港は南蛮貿易港として機能するようになる。フランシスコ・ザビエルをはじめとするイエズス会宣教師によってキリスト教(カトリック)が布教されたが、その後はキリスト教弾圧の舞台にもなった。
ポルトガル船は1561年(永禄4年)の宮ノ前事件により貿易拠点を佐世保湾内の横瀬浦(大村藩領・現在の西海市西海町横瀬)へ移してしまったが、1584年(天正12年)にはイスパニア、その後オランダ・イギリスの船も来航した。