北部ナイジェリア保護領
1903年にルガードがソコトを征服した際、彼はイギリスの統治機構はイスラームに干渉せず、キリスト教への改宗を強制しないと宣言した。キリスト教の宣教師はムスリムの居住地での布教を制限されたが、エミールがキリスト教の宣教師を招聘することは許可されており、西洋式の教育を求めた多くのエミールが宣教師を招聘した。
南部ナイジェリア保護領と比べると、北部でのキリスト教の宣教活動は非常に小さかった。1914年時点では北部ナイジェリア保護領にはキリスト教の教会は45個あり、ミッションスクールにはおよそ650人の生徒が通っていたという。
探検によってニジェール川の様子が明らかになると、商社の進出が加速した。商社の経営を指導するためにナイジェリアを訪れていたジョージ・トーブマン・ゴールディはフランスの商社に対抗するため1879年に4つの商社を合併してユナイテッド・アフリカ会社を設立した。さらに1882年にはユナイテッド・アフリカ会社を増資してナショナル・アフリカ会社に改組した。1883年にはイギリス政府はナショナル・アフリカ会社の人物を副領事に任命し、これによってナショナル・アフリカ会社が結んだ協定はイギリス国王が承認した協定であることとなった。1884年から1885年にかけて、アフリカ分割会議とも呼ばれるベルリン会議が開催された。会議に参加したヨーロッパの国々は権益確保のために暫定的な境界線を設定した。イギリスは70人以上の現地の首長と協定を締結していたナショナル・アフリカ会社の実績を強調し、ニジェール川でのイギリスの優越性を参加国に認めさせた。
1900年にルガードによって「1900年保護領裁判所布告」が発布され、最高裁判所や、各プロヴィンス単位のプロヴィンス裁判所、また、白人の宿営地などに裁判所が設置された。同年には「1900年原住民裁判所布告」が発布され、北部ナイジェリアの伝統的な司法の仕組みを取り込んだ原住民裁判所を設置した。ただし、手足切断や、石打ちによる死刑など人道に反するとされた刑罰は禁じられた。原住民裁判所のメンバーは原則としてエミールなどの伝統的な指導者によって任命され、そうした伝統的な指導者がいない地域では駐在官によって任命され、1904年までに80の原住民裁判所が設置された。
1906年には「1906年原住民裁判所布告」が発布され、原住民裁判所は、イスラームの裁判官であるアルカーリーが単独で審理、あるいはウラマーを判事や補佐人としてアルカーリーが裁判長を務めるアルカーリー裁判所と、エミールなどが他の判事や補佐人と共同で審理を行う司法評議会の2つに分類された。これによって原住民裁判所の人事権はレジデントに移った。この布告では司法評議会がシャリーアに基づいて死刑判決を言い渡す権限が与えられた。ただし、死刑方法には制限があり、死刑執行には総督の承認が必要とされた。
農村部のアルカーリー裁判所の判決に不服があった場合には判決の30日以内であればレジデントによって控訴審と指定された都市部のアルカーリー裁判所や司法評議会への上訴が認められた。