京都鉄道博物館
C62形蒸気機関車26号機 - 1948年、川崎車輛製。
交通科学博物館から移転してきた機関車。
1966年に廃車後は、当時の交通科学館に搬入され交通科学博物館に至るまで静態保存されており、移転後も同様に静態保存されている。
マロネフ59形二等A・B寝台緩急車1号車 - 1938年、鷹取工場製。
元はマイロネフ38形一等・二等寝台緩急車1号車で1955年7月の級制改正によりマロネフ59形となった。
1938年にマイロネフ37290形として製造されたのちの14号御料車と同形式車(マイロネフ37292)で、皇族専用車両として製造されたが複数の形式変更を経てマイロネフ38形1号車となる。
スシ28形食堂車301号車 - 1933年、日本車輌製造製。
現役時代はスハシ38形三等食堂合造車102号車であったが、廃車後すぐに当時の交通科学館で食堂として使用するために三等客室部分も食堂スペースとして改造されており、その際に形式もスシ28形に変更され車番は架空の301号車とされた。交通科学館の開館時から後述のナシ20形が交通科学館に搬入保存されるまで食堂として利用されていた。
クハ103形制御車1号車 - 1964年、日本車輌製造製。
103系通勤形電車の先頭車で、103系のトップナンバーのひとつである。
当初は山手線で運用され、1971年の京浜東北線転属を経て1976年から長年に渡り大阪環状線で活躍、2007年より阪和線で相方であるクハ103-2とともに運用されていた。
(2018年7月の鉄道博物館の増床により、面積では日本最大の座を明け渡している)。
当館の収蔵車両にはいわゆる「トップナンバー」と呼ばれる、製造第1号車が多く収蔵されているのも当館の特徴である。
また、梅小路蒸気機関車館時代から引き続き、構内施設の一部は車両基地(梅小路運転区)としての機能も保持している。また、営業線扱いの展示引き込み線には標識類も設置されている。
なお、「京都鉄道博物館」の名称は、JR東日本グループである東日本鉄道文化財団の登録商標となっている(第5696237号、第5696430号)。これは2007年に開業したさいたま市の「鉄道博物館」の名称を、同財団が先に商標登録していた(第4816677号、第4828417号)ためである。
2016年4月28日、イギリス国立鉄道博物館との姉妹提携継続調印式が行われた 。
2016年10月14日にJR西日本の取組として日本鉄道賞大賞、2017年1月23日に関西元気文化圏賞大賞を受賞した。
マルチプルタイタンパー(形式:08-475)
1973年に廃車後、奈良運転所の扇形庫で保管された後、当時の交通科学館にて静態保存された。1978年に準鉄道記念物に指定され、2004年に鉄道記念物に昇格した。
ワム3500形有蓋車7055号車 - 1917年、日本車輌製造製。
当初はJR西日本社員研修センターに保管されていた。
京都鉄道博物館ではヨ5000形ヨ5008号車と連結した状態で展示されている。
また、展示されている線路はカーリターダーとなっている。
ヨ5000形車掌車5008号車 - 1959年、川崎車輛製。
当初は宇都宮貨物ターミナルにて保存されていたが、2015年3月1日に京都に移された。
移転に際して塗装はコンテナ特急「たから」号時代に戻され、電照式の「たから」号のテールマークが設置されている。
EF66形電気機関車35号機 - 1974年、川崎重工業・東洋電機製造製。
さいたま市の鉄道博物館に保存展示されている11号機と同じく、JR貨物で活躍したのちに展示用として後述のDD51とともにJR西日本に譲渡された機関車で、その後の譲渡回送後の整備で冷房装置を撤去し、国鉄塗装に変更されている。
京都鉄道博物館では床下を見られるようにした嵩上げ展示となる。
2015年1月4・5日限定でDD51とともに扇形庫で展示された。
2016年10月8日から2017年12月5日までは「富士」のヘッドマークが取り付けられていた。
2017年12月7日から2018年1月29日までは前後に「さくら」と「富士(赤富士)」のヘッドマークが取り付けられていた。
ホキ800形貨車(ホキ1848・ホキ1850) 11月23日 - 25日の3日間はホキ1848を使用し、バラストの積み込みおよび散布作業をゴムボールで実演している。
2009年9月14日に日鉄鉱業からJR西日本へ譲渡され、梅小路蒸気機関車館にて静態保存。
7100形蒸気機関車7105号機 - 1880年、米国H.K.ポーター製。
「義経」号の通称で知られる。1923年、車籍抹消。1963年10月、準鉄道記念物に指定、その後2004年に鉄道記念物に昇格。2014年4月に閉館した交通科学博物館から梅小路蒸気機関車館へ移設。2014年10月10日、梅小路運転区100周年を記念して17年ぶりに動態復元され、梅小路蒸気機関車館時代は「SLスチーム号」を牽引した実績があるが、京都鉄道博物館となって以降はその実績がなく、時折機能保全のために単機で構内を走行する姿が見られる。
2019年3月頃にヘッドマークステーが設置され、ヘッドマークの掲出が可能になった。同年4月末頃から5月にかけて、改元を記念し「平成」や「令和」のヘッドマークが掲出された。
8620形蒸気機関車8630号機 - 1914年、汽車製造製。
8620形の11号機。1972年9月、弘前運転区より転入。1979年に車籍抹消(有火保存)となった。以後、車籍はないものの動態保存されており、「SLスチーム号」の牽引機を担当している。
9600形蒸気機関車9633号機 - 1914年、川崎造船所製。
9600形の34号機。1972年9月、小樽築港機関区より転入。1979年3月に車籍抹消(有火保存)されたものの動態保存されていたが、1987年以降は静態保存されている。
B20形蒸気機関車10号機 - 1946年、立山重工業製。
1972年9月、鹿児島機関区より転入。
梅小路蒸気機関車館として営業していた頃から運転されている片道500mの展示運転線を用いたSL列車で、蒸気機関車が今回の京都鉄道博物館開業に合わせて導入された専用客車2両(オハテ321-1・オハテフ310-1。詳しくは梅小路蒸気機関車館を参照)を牽引し、15 - 60分間隔で運転する。最終列車到着後に機関車と客車を切り離し、転車台回転や火床整理(灰落とし)・給炭・給水などの整備作業を行う光景が見られる。
牽引する機関車は日によって異なり、基本的に「SLスチーム号」指定牽引機(8630・C56 160・C61 2・C62 2)が「SLスチーム号」のヘッドマークを掲出して専用客車を牽引するが、「SLやまぐち号」・「SL北びわこ号」を牽引する本線運転機(C57 1・D51 200)が牽引することもある。過去には義経号(7100形)が牽引していたこともあった。
キハ47形気動車(キロ47-1401・キロ47-1402) 初代「伊予灘ものがたり」車両。運行終了後、ラストランヘッドマークを取り付けた状態で輸送され展示。グッズ付き入館券も発売された。
約300平方メートルの広さを持つ日本最大級を誇るHOゲージの鉄道ジオラマ。JR西日本の自社車両にとどまらず、JR東日本・JR貨物・近畿日本鉄道・阪急電鉄・京阪電気鉄道・南海電気鉄道・名古屋鉄道・智頭急行など他社の車両や国鉄時代の車両も配置・運転されている。ただし、一部の列車は実物の編成とは異なっている場合がある。
JR西日本DEC741形気動車
JR四国キハ185系気動車(キハ185-20) JR四国キクハ32形気動車(キクハ32-501) 「藍よしのがわトロッコ」車両。