大村湾
閉鎖的な水域ゆえの特徴的な生物がみられ、長崎県、西海パールシーリゾート、その他民間研究者による研究が継続されている。
サザエ - 殻に突起がない。ただし大村湾特有ではなく、潮流の緩い地域では各地で見られる。
カブトガニ - 湾口部は佐世保湾から連続する生息域となっている。
スナメリ - 他地域個体群とちがって回遊をせず、湾内に通年留まる。航空機や船、沿岸の高台からたまに目撃されるが、個体数は推定300頭ほどと少ない。
ハセイルカとミナミハンドウイルカ - 上記のスナメリよりも、湾内での生体情報や湾への来遊状況は不明な点が多い。
ハマボウ - 各地の海岸域に自生し、東部沿岸には群落も点在する。
繋がっている佐世保湾と比べて、干満の時間が約3時間も遅れる。佐世保湾と同じ水位になる前に佐世保湾の水位が逆の変化を始めるため、結果的に大村湾内は干満の差が小さくなってしまう。佐世保湾の最大の干満差が3 mほどあるのに対し、大村湾のそれは1 mそこそこである。
流入河川は24水系51河川で、集水面積は601 kmに達する。主な河川は小森川・川棚川・彼杵川・千綿川・郡川・鈴田川・東大川・喜々津川・長与川・西海川・大明寺川などがある。これらの河川の影響もあり、湾内の海水は外海よりも塩分濃度がやや低いが、汽水というほどでもなく、あくまで「海」の域を出ない。ただし長崎県西岸を北上する暖流の影響が小さく、冬の海水温は外海より大幅に低い10°Cほどまで下がる。淡水の影響が強い河口域では、狭い範囲ながら水面が薄く凍ることもある。
水深は、激しい潮流によって抉られる針尾瀬戸で最深54 mに達するが、平均水深は15 mにすぎない。潮の流れが緩いため、海底は細かい砂泥やヘドロが堆積し、ほとんどが砂泥底である。湾口部の水質は悪くないが、湾奥部では排水による汚染が問題となっており、1970年代から赤潮や貧酸素水塊が頻発するようになった。沿岸地域の下水道の整備は始まったばかりで、環境改善が待たれる。