長州藩
当役副使
用談役
手元役
右筆役
用所役
矢倉頭
江戸大検使
実質上の初代藩主は輝元であるが、形式上は秀就である。秀就は幼少のため、当初は輝元の従弟の毛利秀元と重臣の福原広俊・益田元祥らが藩政を取り仕切った。
新しい居城地として、防府・山口・萩の3か所を候補地として幕府に伺いを出したところ、これまた防府・山口は分限にあらずと萩に築城することを幕府から命じられた。萩は防府や山口と異なり、三方を山に囲まれ日本海に面し、隣藩の津和野城の出丸の遺構が横たわる鄙びた土地であった。
慶長12年(1607年)、領国を4分の1に減封された毛利氏は新たな検地に着手し、慶長15年(1610年)に53万を打ち出した。しかし、思いもよらぬ50万石を超える高石高に驚いた幕閣(取次役は本多正信)は、敗軍たる西軍の総大将であった毛利家は50万石の分限ではないこと(特に東軍に功績のあった隣国の広島藩主・福島正則49万8000石とのつりあい)、毛利家にとっても高石高は高普請役負担を命じられる因となること、慶長10年御前帳の石高からの急増は理に合わないことを理由に、石高の7割である36万9411石3斗1升5合を表高として公認した。
以降この表高は明治維新まで変わることはなかったが、その後の新田開発などにより、実高(裏高)は1625年(寛永2年)の第二回検地では本藩と支藩を合わせて66万石、1686年(貞享3年)の本藩領だけの検地で63万石、1761年(宝暦11年)には本藩領検地だけで約71万石を検出。この後には検地は実施されていないが、幕末期の内検高は100万石以上だったと推定されている。