ウェスタンブロッティング
セミドライ式
短時間でブロッティングが可能でありバッファー量も少なくて済むが、その反面バッファーによる冷却ができないため熱を持ちやすい。低分子量タンパク質の転写効率は高いが、高分子量側の転写効率は低い。
タンク式
高分子量側でも転写可能だが転写効率は低い。バッファーは多く使うが、冷却しながらの転写が可能である。アクリルアミドゲルだけでなくアガロースゲルにも使用可能。
セミウェット式
以上を踏まえ、それぞれの実験に応じた装置を選択する必要がある。