地球防衛軍6
全長25mの重戦車。搭乗員3名。地上戦を制するために開発された動く要塞である。戦艦クラスの艦砲の砲身を短縮して作られた「レクイエム砲」を主砲として装備し、その上部には2基の副砲を持つ。車体には固定式の機関銃を装備するほか、厚い装甲板で覆われ高い防御能力を持つ。車体重量は重く、走行能力は低い。砲塔側面にはグレネードやミサイルを発射可能なランチャーを備えている。
声 - 慶長佑香
戦略情報部に所属する少佐。様々な局面で大立ち回りをするストーム1に対し、自分の部下をつける。良くも悪くも大局的な視点を持ち、敵の行動パターンや情報を得るために戦闘を長引かせるよう要請したり、敵に大仰な呼称を付けて兵士に無用な動揺を広がらせるなど、現場を顧みない行動は今作でも見られる。その一方で部隊の救援のため増援の派遣なども実行する。プロフェッサーの進言も当初は全く信じず一蹴し、8周目ではその判断がグラウコスという驚異を生み出す結果となってしまったが、彼の言葉が現実となるにつれて信用するようになる。またストーム1の戦闘能力と戦果にいち早く着目したりなど、冷静な分析と着眼点から適格な情報を導き出す。
その姿や攻撃方法は前作のラストボスである「銀の人」と似ており、作中でも「銀の人」と同様に「神」「プライマーという種族にとって代えがたいほどの重要な存在」と表される。今作では「銀の人」は登場しておらず、この船が未来の「銀の人」の姿なのか、全く別の個体なのかは不明。
その圧倒的な力でストームチームを追い詰めるも、「全ての時間軸に存在するプライマー」に対抗するべく発動したオペレーション・オメガ(後述)によって致命的なタイムパラドックスが発生し、自分達の存在を賭けて人類に襲い掛かる「プライマー」という概念そのものと化した。同時に「銀の人」のように光輪からもビームを放つようになり、「神」の呼称に違わないより超常的な戦い方へ変化する。最期は人類の代表者たるストーム1に倒され、骸となった本体のみを残して船体部分は消滅。同時にプライマーという種族の存在も消滅した。それにより、最終ミッションは名実共に「プライマーを倒す」展開となっている。
パワードスケルトンと呼ばれる強化外骨格を装備した兵士。強力な腕力により、両手にそれぞれ武器を持つことができる。歩行は鈍重だが、盾によって防御性を高めたり、武器に付属するサイドスラスターやジャンプブースターを組み合わせて高い機動力を得ることができる。
前作では2×2で4つの武器と、2つの補助装備による計6種類の装備が持てたが、今作でも補助装備が「強化パーツ」に名前が変わったのみで、枠そのものの数に変更はない。代わりに、一部武器の仕様変更や、新たなジャンプブースター付き近接武器の追加や、スラスターとブースターへの換装パーツなど、盾や近接武器・射撃武器の組み合わせによる特殊アクション連携がしやすくなった。
声 - 小野塚貴志
前作の序盤で侵略生物αに捕食された民間警備員。当時のストーム1にとって職場の先輩だった。プライマーの襲撃によって停電や警報装置の起動などが起こるにもかかわらず、危機感を抱かない呑気な性格をしている。それが祟って前作では死亡してしまうが、タイムリープを繰り返したストーム1によって救出される機会が訪れ、戦局を覆すキーパーソンとなる。
巨大人型バトルマシン。搭乗員4名。陸上戦におけるEDFの切り札ともいえる兵器。大型で運動性能は低いものの、バスターカノンやレーザー砲などの強力な武装を持つ。全身に特殊な装甲板を持ち、防御力は戦車を上回る。優勢に推移した世界では駆除チームなどに配備が進み、重要な戦力となっている。
ニクスの高速走行型。大型トラックの荷台に破損したニクスの上半身を搭載している。武装は様々で、マシンガンやコンバットバーナー、キャノン砲を搭載した機体が確認できる。駆除チームと呼ばれる部隊に配備されている。開発に携わったプロフェッサーはその涙ぐましい姿に「ひどいな。設計者が泣いてる」「歩行システムにどれだけ開発費がかかったと思う?」と嘆いているが、荒廃した世界において貴重な戦力となっている。
本編ではNPC専用ビークルだったが、DLC「Visions of Malice」にて追加武器として収録されプレイヤーが使用可能となった。
前作である5周目を含め、ループを繰り返す度にあくまでEDFの一兵士として最前線で戦い続けていたがプロフェッサーがタイムパラドックスをも恐れない行動に出ると、自身もまた自ら「歴史を作る」べく役割を超えた戦いを始める。やがて歴史が人類優勢の方向に推移すると英雄視されるようになり、また、プロフェッサーの考察ではプライマーが歴史に干渉し始めた時から少しずつパラドックスは発生しており、「人類という存在を背負うもの」として選ばれたと言う。何度も時を超えた果てしない戦いの末、遂には名実共に「プライマー」を打ち倒し、正真正銘の人類と地球の守護者「EDF」となった。
地球防衛軍シリーズは2作ごとに世界観がリセットされており、『2』と『4』では主人公がその前作と同一人物かは明言されなかったが、今作では明確に前作『5』の主人公と同一人物とされている。
DLC「Lost Days」では『5』よりも前の周回における戦いが描かれるが、最後は超大型弾道ミサイル「N6」の爆発に巻き込まれて戦死している。しかし、その後の歴史改変船団による過去改変でその事実は無かったことになり、皮肉にもプライマーの手で死の運命が回避される結果となっていた。
声 - 楠見尚己
EDFの総司令官。プライマーとの戦争が始まったことを宣言し、演説で兵士たちを鼓舞する。どの周回でも同じ演説をするため、プロフェッサーは「この演説も覚えてしまったな」「一度目は感動したが、何度も聞くと恥ずかしくなる」とぼやく。優勢に推移した戦況では生存し、総司令部命令でグラウコス討伐のためストーム1に向けて援軍を派遣したり、最終決戦では特殊作戦コマンドの出撃を命じる。
侵略生物αPlusの女王と考えられる個体。全長は約65m。侵略生物αPlusを産み出すと考えられている。腹部から強酸を霧のように放って攻撃する。甲殻が金色で戦闘力に優れた個体も存在する。
深海に生息する人型海洋生物。兵士からはスキュラのほかに、魚人や人魚とも呼ばれる。
地上では皮膚の乾燥を防ぐため、霧状の液体を噴出する。スキュラがいる場所では水蒸気により視界が奪われるほどの霧で覆われる。口から吐き出す体液や、巨躯を生かした突進や飛びかかりなどで攻撃する。また、定期的に体表から毒霧を噴出する。サイレンとは共生関係にあると見られており、サイレンが休眠状態になると多くのスキュラが護衛のために集まる現象が確認されている。
声 - 渡邉隼斗
EDFの欧州司令官。人類が劣勢である為か前作と比べて弱気な部分が目立っている。
声 - 木島隆一、小田柿悠太、長谷美希
かつて「ストーム1」と呼ばれた英雄。3年前の戦いでコマンドシップを破壊し、銀の人を倒したことで地球を救ったが、現在ではその活躍を知る者は少なく、新兵としてEDF251基地に派遣される。当初は一兵士として怪物駆除の任務に当たっていたが、やがてプロフェッサーと共に時間を超越した長い戦いへと身を投じる。
実はプロフェッサーと共にタイムリープを繰り返しており、前作『5』は文字通り5度目の戦いであった。今作の冒頭は前作の戦いから直接続いた未来であり、その後の6周目以降が今作で描かれる。前作の時点で、元民間人にも拘わらず歴戦の戦士のような強さを誇っていたのも、ループによって戦闘経験を重ねていたが故であり、本作終盤にはその強さのあまり少佐に「100年も戦い続けているかのような」と評される。作中の兵士の台詞によると、カードゲームでも圧倒的な強さを誇る強運の持ち主でもあったという。
イカのような姿をした飛行生物。6本の手足を持つ。
空を飛ぶことができるが、翼や羽がなく詳細なメカニズムは不明。触手で突き刺すように攻撃する。撃破されると光を遮断する黒い体液を噴出し視界を妨害する。クラーケンと行動を共にすることが多い。クラーケンとは姿が似ているが、別種の存在である。黒い体液を出さない青紫色の個体や、全体的に能力が向上した赤紫色の個体が存在する。