藤三商会
国内外に関連会社が19社あり、宅配ピザのシカゴピザファクトリーを運営する株式会社トロナジャパンもその中の代表的な1社であったが、藤三商会の破綻直前に、森永乳業の藤三商会に対する売掛債権回収の一環として、保有株式の全面譲渡で(支援では無く売掛金回収を目的)廃業の危機を免れた。しかし、森永乳業は、全面譲渡後トロナジャパンの財務体質が、事前調査に反して藤三商会同様に多大な債務超過である事が判明し、僅か2年程で、牛丼チェーン最大手ゼンショーに株式を全面売却した。同社は競争の激しいピザ事業と並行して、メインである「すき家」ブランドの市販用冷凍食品を、トロナジャパンが販売元として、生活協同組合、スーパーマーケット等に販売し現在に至っている。
また、他にも同時期に森永乳業により、当時の藤三商会の地域販売子会社4社(青森フジサン・シナノフーズ・北陸藤三・サンエツデーリー)の株式もトロナジャパン同様に、森永乳業に完全譲渡され破綻後も森永乳業の子会社となり存続した。
森永乳業が、藤三商会の関連会社株式譲渡で売掛金弁済に充当した以外に、さらに同社に対し、強行に破綻直前に行なわせた約9億円にも及ぶ売掛金弁済について、破産管財人が調査の上、"偏頗弁済無効"に該当するとして大阪地裁に提訴した。森永乳業の全面敗訴で結審し、全債権者に均等分配された。