海禁
その一方で沿海部官兵は賄賂を受け取り商人の鄭氏との接触を黙認し、三藩統治下の福建・広東の地方政府に至っては官憲を挙げて鄭氏やオランダ、ポルトガルと密貿易を行っており、鄭氏の行う日中貿易は途絶えることはなかった。鄭氏は海禁令により一定の打撃を受けたものの日本・中国・東南アジアの三角貿易を続け、当時の東アジア海上貿易は鄭氏のほぼ独占するところとなっていたと見られている。
しかし、海禁令は沿海部を中心に中国の社会・経済に深刻な打撃を与えた。海運の断絶は生活必需品を省外に依存していた福建省を中心に経済的混乱をもたらし、遷界令によって海浜部住民は離散移住を強いられ血縁・地縁を基盤にしていた地域社会は大きな打撃を被った。銀・銅不足は清国国内に一種のデフレを引き起こし、経済は一時破綻寸前にまで追い込まれた。
清朝の海禁令は鄭氏政権の糧道遮断を目的としたものであり、鄭氏が降服するとその役目を終え停止される。1680年には台湾より隔たった直隷・山東・江蘇の各省で沿岸航行が許可され、1683年に鄭氏政権が降服すると同年中に遷界令が解かれて海浜部への展界が始まる。翌年には海禁令は全て停止され、85年には外国商船の来航も許可される。清朝は廈門・広州・寧波・上海に海関を設置し、出海する中国人海商や来航する外国商船から関税の徴収を行った。
こうして基本的に海禁は解除されるが、清朝は全面的に民間人の海上利用を認めたわけではなかった。船の建造には事前に届け出る必要が有り、出海時には船の大きさに応じて乗員の上限が定められ、乗員名簿を届け出て出海許可を受けなければならなかった。許可を得た航路を外れて航行することも禁じられ、禁制品の海上積み出しも制限された。
海禁と違禁下海律が一体化してしばらくの間、洪武・永楽両帝の取り締まりによって前期倭寇が鎮静化したこともあり、海禁の主眼は密貿易の取り締まりに置かれていた。しかし海禁が弛緩する中、武装した出海者が密貿易に止まらず時に海賊行為も働くようになると海禁の海防機能の強化が必要とされた。海禁の法的根拠であった違禁下海律は、本来は民間貿易容認下における海商の守るべき手続きと違反時の罰則を定めた法令であり、倭寇等の海賊を取り締まる法令としては必ずしも適切なものではなかったのである。明朝は罰則強化などの違禁下海律の修正を進め、弘治15年(1500年)に編纂された問刑条例(明律の修正条例)にその集大成というべき一条が収録される。そこでは商人に止まらず全ての者を対象とし、極刑をもって海賊行為・外国との貿易を同時に禁じ、また出海者との貿易や代理人を通じた貿易も禁じている。これは15世紀の中国沿海部の状況、つまり多くの社会的階層に属する者が出海し、時には密貿易、時には海賊行為を働く密貿易と海賊行為が不可分な状況に対応した政策であり、また在地に居ながらにして代理人を通じて密貿易を行っていた郷紳層の動向にも目を配ったものであった。
明朝は違禁下海律の再編と同時に海禁令を繰り返して密貿易の抑制を図るが、沿海部では武器・兵船の老朽化や兵員・軍糧の欠乏などから取締りを行える状態にはなく、官兵の綱紀は乱れ、大商・郷紳等と結託して密貿易に便宜を図るなど海禁は弛緩していった。