遠藤慶隆
翌年、来栖郷で別府弾正が反乱すると、慶胤の兵によって北国へ駆逐し、郡上の別府氏を滅亡させた。天正10年(1582年)2月、信長が武田勝頼を攻めると、慶隆・胤基は金森長近に属し、飛騨から甲斐に攻め込んで、天目山で勝頼を滅ぼした(甲州征伐)。
同年、本能寺の変で信長・信忠が明智光秀に討たれ、山崎の戦いで光秀が羽柴秀吉に敗れると、美濃の諸士は秀吉になびいたが、遠藤氏は信孝に従い続けた。慶隆は信孝から命に服さない武儀郡板取城主の長屋氏討伐を命じられ、11月にこれを降伏させた。また、弟慶胤は信孝が山県郡太郎丸城で深尾和泉守を攻めるのに従軍して負傷し、11月11日付けの書で信孝よりねぎらわれている。
天正11年(1583年)1月、武儀郡内の諸士が秀吉に味方し、須原(現美濃市)・洞戸(現関市)に布陣して郡上と岐阜の連絡を遮断すると、遠藤軍は300余騎(『篠脇城主東家譜記』では2,000人)でこれを攻め落とし、立花山(現美濃市)に進軍して固守するが、森長可、佐藤秀方の連携攻撃を受けて逆に窮地に立たされた。補給路を断たれた立花山では熊皮を炙って食べるなど危機的な状況であり、一時は餓死より戦死を選び城より打って出て玉砕する事も考える程であったという。しかし、賤ヶ岳の戦いで勝家が敗死し、岐阜城包囲で信孝も降伏したという報せを、佐藤秀方の遣わせた使者から聞かされると、降伏を決意、人質を差し出して秀吉に服従した(立花山の戦い)。
永禄12年(1571年)、盛数の配下だった畑佐六右衛門が飛騨の三木自綱と結び、気良の佐藤氏とも連合して慶隆打倒を目論んだが、慶隆は大島村(現郡上市白鳥町)の安養寺に助力を依頼し、安養寺信徒の先陣によって畑佐側を降した。
元亀元年(1570年)5月25日、信長より岐阜参陣を命じられ、弟慶胤、従兄弟胤俊と共に織田軍配下として、横山城の南で浅井・朝倉軍との戦いに参加し、6月28日の姉川の戦いで奮戦。信長より感状を受け、このころ東美濃の諸士を統率する権限を与えられていた森可成に属したと見られ、同年8月12日、可成より所領を安堵されている。しかし、同年9月に可成が坂本で討死すると、代わって坂井政尚に属し、胤俊と堅田を守備するが、11月26日に政尚も浅井・朝倉軍に攻められ討死(志賀の陣)。胤俊も戦死して、慶隆は兵100余人(一説には500余人)を失い、わずか1人の兵と共に一旦京都の大徳寺まで逃れた。やがて八幡城からの迎えの兵約50人に警護されて志賀に入り、信長と会見を果たすと、浅井・朝倉側との和議が成立した後、八幡城に帰還した。翌年、信長は比叡山焼き討ちを決行し、慶隆と胤基(胤俊の弟)の軍もこれに従軍した。
遠藤氏は信長に仕える一方で、石山本願寺や武田信玄とも通じていた。