長岡駅
まずCoCoLoの2階フロアを分割して自由通路を西側へ延伸し、大手口南口1階へ至る通路を新設する工事が実施され、2010年(平成22年)3月31日に竣工。
この改修により、大手口側と東口側の駅前広場の間は、駅舎2階部をほぼ一直線に直通できる構造に改善された。続いて大手口側では、自由通路から大手通り等へ至るデッキの新設が実施され、2011年(平成23年)12月22日に竣工。大手口バスターミナルや大手通り、城内通りとの徒歩連絡が可能となった。さらにアオーレ長岡のグランドオープンに合わせ、2012年(平成24年)4月1日にアオーレの東棟3階と直結する南西側のデッキが開通し、全面竣工した。
なお全面竣工にあたって大手口側のデッキは一般公募により、愛称「大手スカイデッキ」が付与された。このスカイデッキの開通により、駅の東西間は天候や交差点に関係なく、冬季なども雪や雨に濡れずに往来することができるようになった。
この一連の駅周辺整備事業により、大手口側の歩行者動線が改善されたほか、駅利用者および駅ビル来館者と、駅を利用しない歩行者の動線が分離され、駅舎東西間の通行環境が改善された。
これに合わせて、それまでの大手口側にある長岡駅前交差点の信号機は事故防止の観点から歩車分離式が採用されていたが、交通量の増加とスカイデッキ開業による通行者分散を見込んで、歩車分離式の採用を終了している。
後から竣工し、駅舎2階部分を経由して在来線ホームを横断する「長岡駅東西自由通路」は1980年(昭和55年)、現駅舎の建設に合わせて開通し、前述の地下通路と併せ駅舎東西間の歩行者動線が強化された。こちらは前述の通り歩行者のみが通行可能で、自転車は通行できない。
しかし大手口側には動線が無く、駅舎内では改札口付近もしくはCoCoLoのフロア内を大きく迂回しなければならない構造となっていたため、駅舎東西間の歩行者の動線が複雑化していた。加えて駅舎内はJRを利用する旅客動線と東西自由通路の歩行者動線とが混在し、また駅施設と駅ビル施設の配置が分散するなど、分かりにくい構造となっていた。
JR東日本では2000年(平成12年)11月に発表した中期経営構想「ニューフロンティア21」において、駅施設の利便性向上と高収益化を目指す施策「ステーションルネッサンス」への取り組みを掲げた。また長岡市は2001年度(平成13年度)から2002年度(平成14年度)にかけて「長岡市交通バリアフリー基本構想」を策定し、これに基づいてJR東日本新潟支社に対し駅舎内の施設改善を要請した。
11月15日:上越新幹線が開業し、長岡駅は速達列車の停車駅となる。
1985年(昭和60年)12月4日:西口駅前広場完成式挙行。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、JR東日本の駅となる。
1998年(平成10年)7月1日:大手口に火焔土器のモニュメント設置。
1999年(平成11年) 4月:新幹線で自動改札機の供用を開始。 12月24日:大手口にエレベータ設置、完成式典挙行。
2004年(平成16年):駅ビル内の核テナントだった「SAISON」が改称し「CoCoLo」となる。 10月23日:新潟県中越地震で被災。東口自由通路の天井が破損し水漏れが発生するなどの被害を受けた。その後発生した余震によって駅舎が一時立入禁止となるなど、営業に支障をきたす状況がしばらく続く。
2006年(平成18年):在来線・新幹線改札口の改修工事が開始される。
2007年(平成19年) 3月28日:在来線改札口に自動改札機が設置される。 改札口周辺の改修工事に伴い駅ビル内と改札口を結ぶ連絡通路が閉鎖され、エスカレーター・階段の設置工事が実施される。
2008年(平成20年)3月15日:新潟近郊区間拡大により、ICカード「Suica」の利用が可能となる(信越本線 新潟方面のみ)。モバイルSuica特急券のサービス開始。
2009年(平成21年):エレベーター・階段・上りエスカレーターを併設する東西自由連絡通路が増築のうえ完成する。 3月14日:上越新幹線 当駅 - 長岡駅間でSuica FREX定期券の利用が可能となる。