源田実
甲案で源田は、陸海軍の保有する全戦闘機で一群300機の少なくとも三群を編成し、母艦や硫黄島経由でマリアナに片途飛行をやり、空戦後同地の飛行場に着陸、一基地に100機以上を配すれば、その時の制空権は概ね日本に帰すため、これを爾後三回同様のことを繰り返し、マリアナの制空権を一時的に奪回して、全艦艇と必要な輸送船を送り込んで、陸上から敵兵を海中に追い落とす作戦を提案した。乙案も陸海軍の航空兵力統一運用を重視しており、源田は乙案において陸海の統帥部の統一や航空機工業の統一にも言及した。日本は乙案を選択した。
また7月10日、空地分離方式が導入された。もともと必要性は認められていたが、主として切羽詰まった作戦上の要求から、源田が中心になって推進した。いずれの決戦方面であれ、航空兵力を移動集中する必要があったが、航空隊移動の都度、基地員や物件を移動する従来の方式では間に合わないため、空地分離による円滑化を進めた。準備中に敵の来攻を受けたが、ともかく航空部隊の移動集中ができ、作戦実施が可能になったのはこの方式の成果であった
マリアナ沖海戦の敗北後、城英一郎大佐、岡村基春大佐などから軍令部作戦課に特攻の意見具申があった。航空本部課長・伊東裕満も特攻兵器「桜花」の案とその搭乗希望者の署名を持ち込んで源田に軍令部側の採用を促した。 この時期に関して、源田は「マリアナ沖海戦後、前線の若手士官、下士官から覚悟があるので体当たり機の使用を始めさせてほしいと上申があったが、軍令部は十分に効果がある爆弾の開発があるまで待ってほしいとなだめていた。
桜花も同じ時期に軍令部への説得、働きかけがあった」「余りにも数多い特攻兵器は、何を重点にして整備すべきか選択に迷うべき程であった。何もかも航空部隊に依存し飛行機がなければ、水上部隊は何事も出来なかった状況を憤慨し、「痩せ馬に荷を負わせ過ぎる」と言って水上、水中の特攻兵器を強調する人が居る反面、航空特攻を第一義とすべしという考えの人も相当に居た。殊に航空関係において然りである」と証言している。また、桜花の利点は炸薬量が多いのが魅力だったと話している。8月5日、源田は軍令部会議で桜花案を報告、軍令部総長・及川古志郎と同第二部長・黒島亀人が承認して研究試作が開始した。しかし、源田の任期中は桜花を兵器として採用することはなかった。
10月、大西瀧治郎が第一航空艦隊長官に内定したときに軍令部で源田に戦力を持っていきたいと相談するが、源田はそれがないことを告げ、零戦150機の準備をすることを約束した。その際、源田は大西から場合によっては特攻を行うという決意を聞かされたという。 大西は現地で特攻を開始、奥宮正武によれば特攻が開始されたときに軍令部で速報を手にした源田は沈痛な面持ちで「二機命中一機命中だぞ、わかるか、二機一機だぞ」と嘆いたという。軍務に従い源田は発表方法について大西に意見を求める電文の起案を担当している。 11月、連合艦隊が特攻のために航空機300機の増援を軍令部に要請し、大西が練習航空隊からの抽出を要望したことに関連して、11月19日に航空本部や人事局との打ち合わせに行かされた源田は、抽出すると新規搭乗員の教育を停止しなければならないため、問題はそこまで犠牲を払って果たしてそれに見合う戦果が期待できるかどうかであり、影響を無理のない範囲でとどめておくには、教育の一部停止により抽出の兵力を当面作戦に投入しておき、それに次いで現在練成中の桜花隊を進出させるのが好ましいと反対した。
1942年(昭和17年)5月、連合艦隊司令部が立案したミッドウェー作戦が第一航空艦隊(一航艦)に命令された。源田は海上作戦に関心を持ち空母群を誘い出し掃討する案には賛成した。ハワイ攻略計画の一歩としても価値があると思った。しかし、準備期間が短く時期尚早であったため、作戦事前研究会で山口多聞少将とともに現状は手を伸ばし過ぎており戦力の充実を待つべきであると反対したが、連合艦隊司令部は決定済みとして取り合わなかった。また、兵力が分散し過ぎて目標を見失っており、集中という兵術の原則にも反していると感じたため、図上演習後の研究会で連合艦隊参謀・黒島亀人少将に「作戦の重点をアメリカ艦隊撃滅に置くべきである。そのためにはアリューシャン攻撃部隊やあらゆる作戦可能な兵力を、たとえ第五航空戦隊(瑞鶴、翔鶴)が参加できるのを待ってもミッドウェーに集中すべきだ」と主張した。しかし、黒島は「連合艦隊長官は一度決めた方針に邪魔が入ることを望まれない。機動部隊の主要任務はミッドウェー攻略支援だ」と答えたため、アメリカ艦隊は二次的なものと源田は受け止めた。源田は戦艦大和が後ろから離れてついてくることに対して「戦艦などは足手まといでほしいのは駆逐艦や巡洋艦だ」と大艦巨砲主義を揶揄した。
一航艦では大規模な人事異動や航空機搭乗員の多数転出があり、第五航空戦隊(空母「翔鶴」「瑞鶴」)に引き抜かれ、空母も4隻(「赤城」「加賀」「飛龍」「蒼龍」)となった。源田は航空隊の編成や補充などに追われる多忙な日々を過ごすことになった。
1976年(昭和51年)5月3日には日本青年協議会主催の「5・3政府主催記念行事糾弾国民大会で源田は「日本民族は原爆の3つや4つ落としても降伏するような民族ではなかった。戦争をやめたのは、天皇陛下のご聖断が下されたからだ。このご聖断で日本民族は救われた。我々は天皇制を護持しなければならない」という要旨の発言をした。5月11日広島県労働組合会議議長・今田正義が「原爆の3つや4つ...」と発言した源田に辞任要求した。
愛媛県西条市の楢本神社神主・石川梅蔵の願いを受けて、源田は関行男特攻慰霊碑の建立に尽力し、1975年(昭和51年)3月21日、建立された同碑の除幕も行った。
1977年7月23日、靖国神社で343空の合同慰霊式が行われ、源田は元司令として隊員、遺族の前で挨拶を行い、343空の活躍などを語った後、「自分がもっとしっかりしていれば、これほど犠牲が出なかったように思うのです」と絶句しつつ涙を流し、亡くなった隊員たちについて語った。
1978年に行われた、共産主義国家の中華人民共和国との日中平和友好条約締結、それと同時に自由主義国である中華民国(台湾)との日華平和条約を無期限に破棄を行う国会採決に反対したのは衆議院で林大幹・浜田幸一・中山正暉の3名、参議院では源田と玉置和郎の2名だけであった。この5人は台湾では「三勇者二賢人」と取り上げられた。
1978年(昭和53年)11月、愛媛県南宇和郡城辺町(現・南宇和郡愛南町)久良湾の海底で1945年(昭和20年)7月24日の未帰還機と思われる343空の紫電改が発見される。
源田は特攻の命令や指導をしたことはないが、こういった時期に軍令部にいたため、源田も特攻に積極的だったと見る者もいれば、源田は最後まで正攻法を訴えたため、特攻に消極的だったと見る者もいる。源田は「補給路を遮断せられ、本土の生産施設をも敵の爆撃機に蹂躙せられては、大勢挽回の望みはない。神風特攻隊も本土決戦の思想も、それ自身においては崇高であり、批判の対象にすることは適当ではないが、戦略的見地に立って見れば、救国の道に通ずるものではなかった」と見ている。
あ号作戦以降、日米の航空戦力はますます懸隔して、日本がアメリカに対抗するためには敵の意表を突く何らかの方策による活路が求められた。日本の航空機はアメリカの空母群に到達する前に、電探(レーダー)と巧みに連携した戦闘機に捕捉され、到達しても重厚な対空砲火を受けることになる。また、日本は航空機生産力、搭乗員の練度から戦闘機隊の増強に実効性に自信を欠いた。そこで想定作戦場面(日本本土、台湾、比島、南西諸島)が台風常襲経路であり、かつ予期される敵進攻時期も過去の統計から10日から週1度の頻度で台風が発生する来襲期であることから機会到来は高確度であること、台風による悪天候で海面が荒れるため、敵戦闘機の出撃、対空砲火を制約・阻害でき、意表を突くことができることから源田によってT攻撃部隊が提案された。