スペースパイレーツ
スペースパイレーツ軍の一般歩兵。プライムシリーズ中の一般兵で、最も武装が豊富である。全員がフライングパイレーツとは別の、突撃や滞空が可能なジェットパックを標準装備している。また、三種の装甲を装備している場合があり、軽装は若干耐久力が高く(装備した姿は『プライム2』の一般兵に似ている)、重装は爆発系、特装はビームエネルギーを無効化してしまう。
右腕に接近戦にも使えるクロー付きのビームガン、使用時に長く伸びる左腕のリストブレード、こちらのコラプションモードを誘発してしまうフェイゾングレネードを装備している。 シールドパイレーツ(軽装・重装・特装) スペースパイレーツ軍の重装歩兵。一般兵と同様の武装に加え、ほとんどの攻撃を無効化するバトルシールドを装備している。
『プライムシリーズ』でスペースパイレーツが保管している暗号化ログデータ。スペースパイレーツ側の視点から、ストーリー進行上の設定や経緯をプレイヤーが知るための情報源となっている。
内容は日々の近況報告や調査レポート、兵器類の取り扱い規約等々、様々な機密情報が事細かに記録されている他、思想や理念を主張したり、失敗談や苦労話を語ったり等、形式は日記に近い。
フェイゾン汚染を免れていた為に生き延びていた残党部隊。
惑星バイオンの古代種族が遺していた巨大化技術を解析、独自に開発した『ヒュージネートビーム』により、全構成員がオメガパイレーツ並みに巨大化している。銀河連邦軍の巨人型最新兵器『メック』に乗り込んだ連邦軍と激しい戦いを繰り広げる。
兵員輸送と火力支援に使用されるパイレーツの輸送機。『プライム3』のパイレーツATCのように、機首部にビーム砲を備える。 エリートドロップシップ 大型のドロップシップ。耐久力が非常に高い。
パイレーツが使用する突撃艦で、乗組員の体格に合わせこちらも大型化している。
複数の大砲を装備しており、惑星バイオンの古代種族の古代船を利用した罠に引き寄せられたフェデレーションフォースを襲撃した。