東林党
しかし、天啓年間(1621年 - 1627年)、反東林派のもと、宦官の魏忠賢が権力を握ると、東林書院は閉鎖され、楊漣・左光斗・高攀龍・黄尊素・周順昌・周起元といった人物たちがつぎつぎ投獄・殺害された。さらに『東林点将録』という文献を作って東林党の人士を一網打尽にしようとした。天啓7年(1627年)、崇禎帝が即位すると魏忠賢は逮捕され、東林党の人士への迫害は終わった。
思想的には、彼らは陽明学に対して批判的な立場であり、心即理説や無善無悪説を批判した。彼らの学問の目的は社会の現実的な要求に応えることであり、道徳的修養と政治的な社会活動とを区別し、社会的欲望を調和することに「理」を見いだそうとした。このため水利や農業の技術開発・合理的な農業経営に取り組み、キリスト教宣教師と交流してヨーロッパの自然科学的知識の摂取にも努めている。また「公」によって君主批判を行い、地方分権論を主張するなど明末清初の経世致用の学につながる思想を遺した。