佐久攻め
天文12年(1543年)9月には信濃小県郡長窪城(長野県小県郡長和町)の大井貞隆を攻め、貞隆を捕縛した(「高白斎記」)。その後、伊那郡の制圧と並行しつつ天文15年(1546年)5月には貞隆の子貞清の拠る佐久郡内山城(長野県佐久市)攻めが行われ、貞清は翌天文16年に貞隆・貞清父子はともに甲府へ出仕して武田氏に臣従した(「高白斎記」)。
天文16年(1547年)7月24日には上野の高田氏が援軍を送るなどとしていた笠原清繁の志賀城(長野県佐久市)攻めが行われ、武田軍は上野から加勢を撃破し、『勝山記』に拠れば討ち取った三千余人の首を城のまわりに並べ城兵の戦意を喪失させたという。同年8月6日には救援のために出兵した上杉憲政勢を佐久小田井原において撃破し(小田井原合戦)、8月11日に志賀城は陥落している(「高白斎記」「勝山記」)。
こうして佐久郡は武田氏により制圧され、以降は武田氏と小県郡の村上義清、信濃守護小笠原長時との対立が顕著になる。