クイーン・エリザベス級航空母艦
ただし予算上の問題から、イギリス軍でのF-35Bの戦力化はかなりゆっくりとした速度で進められることになっており、本級の就役には間に合わないことから、当初はアメリカ海兵隊から派遣された飛行隊が搭載されることになっている。またこの際には、輸送機としてMV-22も展開することになっており、当初はイギリス軍自身も同型機を調達することも検討されていたが、こちらはさしあたり行わないことになった。
一方、艦載ヘリコプターはアグスタウェストランド マーリンを主力としており、哨戒型(マーリンHM.2)9機と早期警戒型(マーリンASaC.5)3機が搭載される。またコマンドー母艦(ヘリコプター揚陸艦)としての行動も想定されていることから、陸軍と空軍のアパッチAH.1攻撃ヘリコプターやチヌーク輸送ヘリコプターの搭載・運用も視野にいれて設計されている。
「クイーン・エリザベス」艦上のF-35B
「クイーン・エリザベス」と並航するマーリン
早期警戒型マーリン
しかし2003年1月23日に開催されたブレア首相、フーン国防相、ブラウン蔵相、ヒューイット貿易産業相の会議で、イラク戦争への英仏の政治的スタンスの違いや国内造艦産業育成・雇用推進の観点から、タレス社を主契約者とするわけにいかないと確認された。このことから、タレス社の案を採用しつつ、主契約者はBAEとする裏技がこの場で提案され、国防省から両社に打診された。この案は1月30日、議会で発表された。
これを受けて、イギリス国防省とBAEシステムズ、タレスUK社はエアクラフト・キャリア・アライアンス(ACA)コンソーシアムを結成、2005年にはバブコック・マリン社とVTグループも加わった。その後、2008年にVTグループの造船部門がBAEシステムズに売却されたことで、ACAコンソーシアムの構成企業は3社となり、またタレスUK社はイギリスに造船所を持たないことからおおむね設計面の関与にとどまり、実際の建造は主としてバブコック・マリン社とBAEシステムズ社によって行われることとされた。ただしACAコンソーシアムに加盟していなくとも、直接・間接的に関与する企業は多く、元請け(ティア1)の両社から請負契約を受けるティア2、そこから更に下請けを受けるティア3があり、ティア2の企業だけでも計96箇所の企業/工場が参加している。
2002年11月に提出された原案(A案)をもとに、コストを低減したB案が2003年9月に作成され、2003年12月には更に改訂されたD案が作成された。2003年11月には1番艦の艦名も「クイーン・エリザベス」と決定しており、2005年後半には、D案をもとに最終案が作成された。