FC東京
1998年10月1日、東京ガスなど161団体が出資した 運営法人『東京フットボールクラブ株式会社』を設立。
FC東京の運営法人については、東京に関わりを持つできるだけ多くの企業・自治体の共同出資とし、特定の企業の影響を受けない独立性の有るものとするという方針が採られた。1997年に東京ガスサッカー部部長鳥原光憲及びその上司でJFL評議会会長の上原英治が方針を固め、東京ガス上層部の了承を得てのものであった。
上記経緯から、設立当初から東京ガスとは親子会社の関係に無く、他の主要株主も持株比率は5%程度に留まっている。
歴代の代表取締役社長にはいずれも東京ガス出身者が就いており、役員の多数は主要株主からの出向である。
2021年11月22日、ミクシィ(現・MIXI)が東京フットボールクラブ株式会社に第三者割当増資にて発行する株式を引受け、子会社化した。第三者割当増資後のミクシィ(現・MIXI)の所有株式数は24,000株(議決権所有割合51.3%)となる。
役員出向元 (太字は現任)
MIXI
清水建設
東京ガス
東京商工会議所
東京メトロポリタンテレビジョン
三井物産
三菱商事
きらぼし銀行
富士銀行 / みずほコーポレート銀行 / みずほ銀行
東京電力 / 東京電力ホールディングス
日石三菱 / 新日本石油 / JX日鉱日石エネルギー / JXエネルギー / JXTGエネルギー / ENEOS
カルチュア・コンビニエンス・クラブ
テレビ東京
エーエム・ピーエム・ジャパン / ファミリーマート
主にテレビ中継はDAZN、東京メトロポリタンテレビジョン(TOKYO MX)で行われている(以前は、TOKYO MXでは東京以外で行われるホーム戦やアウェー戦の試合も自社制作していた。一部日本放送協会(NHK)と同日中継の場合あり)。
ただし、2001年から続いていたTOKYO MXでの応援番組は2022年12月に年末特番が放送された「F.C. TOKYO CONNECT」をもって終了となった(FC東京ホームゲームの試合中継は2023年も実施)。
また、ジェイコム東京では「頂-ITADAKI-アスリート 東京」内で「FC東京VIVA Paradise」コーナーが放送されている。「VIVA」は2002年放送開始で、2021年9月の番組終了時には毎月2回更新(15日間のリピート放送)、30分間の放送だったが、「ITADAKI」では毎月1回更新、15分間の番組をなでしこリーグ1部所属の「スフィーダ世田谷FC」応援コーナーと分け合うことになった。
2013年1月31日、運営会社の東京フットボールクラブ株式会社(東京FC)の経理担当部長が2005年から2012年までの8年間に約2300万円の会社経費を私的に流用したことが発覚。東京FCは同日付で経理担当部長を懲戒解雇した。損失額については経理担当部長が全額を弁済し、東京FCの代表取締役が責任を取って報酬の20%を3ヶ月間自主返上すると発表した。
チームスローガン:Moving Football 〜ボールも・身体も・観ている人の心も〜
2008年、U-17日本代表元監督の城福浩が監督に就任。
土肥洋一、福西崇史(共に東京Vへ移籍)に加え、MF馬場憂太(千葉へ)、鈴木規郎(神戸へ)、伊野波雅彦(鹿島へ)、FWルーカス(G大阪へ)らがそれぞれ移籍。一方でMF羽生直剛、FWカボレ、DF長友佑都(前年は特別指定)らを獲得。城福は戦術に「ムービングフットボール」を掲げ、2006年に臨んだポゼッションサッカーへ再挑戦した。
夏場には白星から遠ざかるが、第30節鹿島戦では長友、カボレらの得点で快勝するなど好調に転じ、シーズン終盤まで優勝の可能性を残した位置での戦いを続けた。
最終節ではJ2降格危機にあった千葉に対して終盤11分間で4点を奪われて逆転負けを喫した(その結果、千葉が残留し東京Vが降格)。
リーグ戦年間成績は6位に浮上。天皇杯でも東京ガス時代の1997年以来となるベスト4へ進出した。