ヨーゼフ主義
結局、パッサウの司教や参事会の大部分は、教区内の世俗財産を守るためにヨーゼフ2世に屈した。
1784年7月4日に結ばれた合意により、それまでに行われていたパッサウ教区の財産や権利の没収・停止が取り消され、十分の一税の復活も認められた。これと引き換えに、パッサウはアルダガーの支配権を手放し、40万グルデンの支払い義務を負わされた。なおこの金額は、新教区設立の過程で皇帝により半分に減らされた。ヨーゼフ2世の強権的な改革の前に、教皇ピウス6世は打つ手立てもなく、不本意ながら改革に同意を与えることしかできなかった。前述のオーストリアとパッサウの合意に対し、教皇は1784年11月8日と1785年1月28日の二度にわたり認可を与えた。
1785年以降、ウィーンの教会についての改革が進められ、「これによりすべての音楽的な連祷、ノヴェナス、八重唱、古の感動的な献身、宗教行事での行列、晩課、その他似たようなもろもろの行事は廃止された。」多くの教会や聖堂が閉鎖され、伝統ある宗教的な事業団体や修道院は1784年以降その力を抑えられた。リンツ司教エルネスト・ヨハン・ネポムクは教会の置かれた状況についての不満を何度も皇帝に訴えた。しかしこの抗議はほとんど実を結ばなかった。
カトリックの歴史家たちは、ヨーゼフ2世と反教会的なフリーメーソンたちが手を組んでいたと主張している。