食害
シカ - ニホンジカが植林された木々の表皮を食害することで枯死に至らしめる。ただし、奈良県の奈良公園のシカは天然記念物に指定されているため駆除が難しい。えびの高原では天然記念物に指定されているノカイドウをシカによる食害から守るため、稚樹にヘキサチューブと呼ばれる六角形の半透明プラスチックカバーが掛けられている。
サル - ニホンザルによる農作物の食害が多い。特に山村では、過疎や高齢化により追い払う事もままならない。食い荒らす特定の位置などはないが、稀に住宅地に野生のサルが入り込み、各家庭で育てられている植物(柿など)を食い荒らすことがある。また観光地では、ルールを守らない観光客の餌付けによって、加工食品の味を覚えたサルが商店や車上で「犯行」に及ぶ例もある。一部のニホンザルは天然記念物に指定されているが、そうでない場合は麻酔銃などを撃って捕獲する場合もある。
イノシシ - 繁殖力が高く、古くから食害が知られ、日本各地に猪を防ぐための猪垣(いのがき)が現存している。知能、嗅覚、土を掘る能力に優れ、土に隠れた根菜類も被害に合う。現在ではリンゴ、パイナップル、サギソウなど農作物・観賞用花木を食い荒らした報告が各地でなされている。
イルカ、クジラ、アザラシ、トドなど - 日本では古くから海洋哺乳類による食害が問題視されており、駆除が行われてきた。特にトドの駆除にはかつては自衛隊までも投入されており、鯨が魚を食いつくすといった鯨食害論が水産庁によってマスコミなどで流布されている。ただし、トドは個体数の減少にも拘らず、被害が増加しており、これは元々の魚類の減少で魚網から横取りするようになった為であるという結果になっている。