ZXE-D
21世紀初頭に来襲した隕石群によって、一度は破滅の危機に瀕した人類。しかし、隕石に含まれる新物質「プラズマトライト」を利用することで、数世紀後には新たな文明を築き始めていた。
新文明の要として利用される「プラズマトライト」は、一方で新たな争いの火種にもなった。当初「プラズマトライト」掘削用として投入された人型機械『ゼクシード』は、戦火が激しくなるにつれ兵器としても扱われることとなり、人々から恐れられる様になっていた。
文明を崩壊させた隕石群からもたらされた物質「プラズマトライト」の力により、復興しつつある世界。しかしプラズマトライトは同時に新たな戦いの火種となり、「ZXE-D」と呼ばれる人型兵器を産み落とした。ZXE-Dによる戦争が長引くにつれてシエラ連合国の国土は荒れ、治安は乱れ、法律の届かない辺境は無法者のあふれる危険地帯となっていた。そしてシエラ連合政府に依頼され無法者たちを狩りたてる者を、人々は賞金稼ぎと呼んだ。
辺境を旅する賞金稼ぎのシンヤと相棒の整備士ヨーコは、ZXE-Dをよこせと銃を突きつけて脅す子供たち、ステイとジェムの兄妹に出会う。二人は故郷の街を強盗団によって滅ぼされ、街の自警団だった両親の仇を討つために一味を追い続けていた。そしてシンヤのZXE-D"ブルーサンダー"が両親の機体と同じアインホルン型であったため、自分たちでも動かせると判断したのだった。捕らえた兄妹から事情を聞いたシンヤは、強盗団の首領が5万ドルの賞金首カーツである事に気づき、二人にかわってカーツと対決することを決意する。