長崎振興局
2008年(平成20年) 4月 ダム建設室をダム室へ改称。 ダムの維持、管理を河川防災課所管からダム室へ移管。 2009年(平成21年)4月 - 地方機関再編により、長崎土木事務所は長崎振興局建設部となる。 総務、経理の管理部門は分離の上、長崎振興局管理部となる。 長崎港湾漁港事務所は分離の上、長崎振興局長崎港湾漁港事務所となる。
大瀬戸土木事務所 1961年(昭和36年)4月 - 長崎土木事務所大瀬戸支所を設置。 1967年(昭和42年)4月 - 大瀬戸支所に支所長を配置。 1973年(昭和48年)4月 - 長崎土木事務所大瀬戸支所が大瀬戸土木事務所に昇格。 1975年(昭和50年) 4月 神浦ダム管理事務所が監理課直属から大瀬戸土木事務所に組織編入。 雪浦(ゆきのうら)ダム建設工事事務所をダム建設室に名称変更。 1977年(昭和52年)4月 - ダム建設室を雪浦ダム管理事務所に名称変更。 1979年(昭和54年)4月 - 道路建設係を建設第一係と建設第二係に組織変更。 1983年(昭和58年)4月 - 現在地に移転。 1984年(昭和59年)4月 - 河港課ダム建設係を増設。 1992年(平成4年) 4月 大島大橋建設課を配置。 道路課建設第一係と建設第二係を建設改良班に組織変更。 河港課港湾漁港係を港湾漁港班に名称変更。