弥彦線
燕駅:新潟交通電車線 ... 1993年8月1日月潟駅 - 燕駅間廃止、1999年4月5日全線廃止
長沢と只見の間については戦後、新潟・福島両県と沿線自治体が中心となって国に対し、八十里越の道路整備と国鉄バスの路線開設を求める請願を提出するなどしたものの、実現には至らなかった。
また東線の区間にあたる三条市中心部と下田村との間には、並行する県道(のちの国道289号)を経由する中越自動車(のちの越後交通の前身の一つ)の路線バスが運行されており、公共交通の機能が冗長化していた。さらにその後はモータリゼーションが急速に進行したこともあって利用者数は減少の一途をたどり、この区間は1968年にいわゆる赤字83線に指定された。弥彦線のうち弥彦駅から東三条駅までの区間(弥彦西線)は1984年春に電化することとなり、これと同時に東線を廃線とする協議が進められた。しかし地元の強硬姿勢により協議が進まず、西線の電化後、新潟運転所から気動車を毎日回送して運行が継続され、翌1985年に廃止された。
弥彦東線の廃線跡は市道および国道289号のバイパス道路として整備され、下田村内で五十嵐川左岸沿いの旧道を経由していた前掲の路線バスの運行経路もこのバイパスに変更された。2015年12月現在、越後交通三条営業所は旧東線に並行する形で下記の路線バス「八木ヶ鼻温泉線」を運行している。
地場産センター前 - 燕三条駅三条口 - 東三条駅前 - 西大崎(越後大崎駅跡付近) - 高岡(大浦駅跡) - 長沢駅跡 - 下田庁舎前 - 笹岡中央 - 八木前 - 八木ヶ鼻温泉
定期列車は、各駅に停車する普通列車のみである。
吉田駅を中心とした運行体制で、全線を直通運転する列車と、吉田駅発着の列車とでダイヤが編成されている。運行本数は弥彦駅 - 吉田駅間12往復、吉田駅 - 東三条駅間14往復、昼間以降の運行間隔は弥彦駅 - 吉田駅間がおおむね2時間毎、吉田駅 - 東三条駅間がおおむね1 - 2時間毎で、朝の通勤通学時間帯には30 - 60分間隔での運行が実施される。また越後線との直通運転は柏崎駅 - 東三条駅間の下り1本、東三条駅 - 出雲崎駅(土曜・休日・学休日は寺泊駅)間の上り1本で実施している。このほか、沿線の学校の行事や定期考査に合わせて時刻表に掲載されない臨時列車が設定されることがある。
1988年から全線においてワンマン運転が実施されている。2両編成の列車はワンマン運転となっており、無人駅の矢作駅・西燕駅・ 燕駅・燕三条駅の4駅の発着時には、ドア扱いは進行方向側の先頭車両でのみ実施される。弥彦駅 - 吉田駅間は臨時列車や繁忙期を除くすべての定期列車がワンマン運転である。吉田駅 - 東三条駅間は三条・燕の都市圏輸送力を確保するため、4両もしくは6両編成で運行され車掌が乗務する列車も多い。
吉田駅での越後線および東三条駅での信越本線との乗り継ぎは、下り方面、上り方面ともおおむね20分以内の乗り継ぎ時間が確保されているが、燕三条駅での上越新幹線との乗り継ぎは列車により大きなばらつきがある。
各年度の平均通過人員(人/日)は以下の通り。
三条市東部の下田地区(当時の南蒲原郡下田村)に至る、通称「弥彦東線」と呼ばれた東三条駅 - 越後長沢駅間は1985年(昭和60年)4月1日に廃止されたが、廃止直前は1日あたり朝夕のみ5往復(土曜日は1往復増の6往復)と運行本数は僅かであった。