皇居の生物相
スズメバチやミツバチなど、針を持つ有剣類のハチ類は18科128種が確認された。皇居内の有剣類に属するハチ類の特徴としては、大型のスズメバチ類が多く、逆にアナバチ類が少ないことが挙げられる。アナバチ類が少ない理由はアナバチは都市化による自然環境の撹乱に弱い種であると考えられ、東京の中心部にある皇居はやはり都市化の影響を受けているものと考えられる。しかしかつては東京都内でも観察されたが、現在埼玉県の平野部でも見ることができないムネアカアリバチが確認されるなど、かつての武蔵野に生息していた種の遺存種とも考えられる種も観察されている。
皇居内で見られるミツバチはその多くがニホンミツバチである。皇居内では複数のニホンミツバチの巣が確認されているが、セイヨウミツバチは数が少ない。これは養蜂の巣が皇居近くに無いうえに、スズメバチが多い皇居ではスズメバチを防御する手段を持つニホンミツバチの方が生存に有利であるためと考えられている。
また昭和50年(1975年)頃には冬鳥ないし稀に観察される冬鳥であったカワセミ、コゲラ、ハクセキレイ、ヒヨドリがほぼ一年中見られる留鳥となった点が大きな変化として挙げられる。カワセミなどの鳥類が東京都区内など都市部に進出していることは鳥類の都市化現象として知られており、皇居の鳥類相も鳥類の都市化現象が現れているといえる。また皇居や赤坂御用地内のカワセミについては、東京都区内の緑地を経由して南関東各地に移動していることが明らかになりつつある。
昭和50年(1975年)頃以降、サギ類とカワウのコロニーが皇居内から消滅したことも大きな変化の一つとして挙げられる。前述のようにサギ類は1950年代に人為的に皇居から追われ、その後も猛禽類の皇居内定着による捕食の増加といった事情は認められるが、各地でサギ類が多く生息する鷺山の消滅が伝えられるなど、生育環境の悪化などによってサギ類自体も減少している可能性が指摘されている。
皇居内の調査によって、3科74種のアザミウマが確認された。中には未記載種ないし日本で未記録である種が10数種あり、うち一種はこれまでのところ皇居以外では確認されていない種である。皇居内のアザミウマ類の特徴としては、まず種の多さが特筆され、その他にも植物を食べる種が多く、これは皇居内の豊かな植生を反映しているものと考えられた。また豊かな森林があるのにもかかわらず、森林の落ち葉層に生息するアザミウマがわずか1種しか確認されず、神奈川県逗子市内の林などでは10種以上の落ち葉層に生息するアザミウマが確認されており、これも皇居のアザミウマについての特徴と考えられる。
ハエやカなどの双翅類(ハエ目)は、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての皇居内での調査の結果、525種が確認された。東京都区内では見られなくなった日本脳炎を媒介することで知られるコガタアカイエカの生息が確認され、ユスリカ科では74種が確認され、うち4種が日本での初記録種であった。また74種のユスリカはこれまで多摩川流域全体で確認された種数に匹敵する数である。
ハエ類の調査結果からは、東京郊外の多摩丘陵の雑木林で見られる種との同一性が高いが、暖地である照葉樹林帯に生息する種が混じっていることがわかった。また街中のゴミなどで繁殖する種は少なかった。ハエの中でショウジョウバエは77種が確認された。東京都内の中心部にある皇居からは人家周辺に多く分布するショウジョウバエも多数採集されたが、その一方、皇居のショウジョウバエ相は千葉県清澄山にある東大演習林で行われたショウジョウバエ相の調査結果とよく一致していることが判明した。
皇居は現在は大都市である東京都の中心部にあるが、多足類、クモ類などの状況から考えると、16世紀末の徳川家康の入城以前は海に面した照葉樹林帯であったと考えられる。江戸幕府の成立後、江戸城の建設が本格化し、現在の吹上御苑も御三家の邸宅など宅地化され、その後も庭園、馬場、そして昭和になってからはゴルフ場と様々な利用のされ方をすることになった。そのような中、武蔵野の自然を蘇らせる希望を持った昭和天皇の意向で、昭和12年(1937年)以降吹上御苑の公園的な管理は中止され、更には昭和23年(1948年)以降、武蔵野に自生する植物の移植が進められていった。その結果、最低限の管理が行われていることと成立の経緯から原生林とは言えないものの、現在の吹上御苑は豊かな森林に覆われるようになり、大都市の中心部としては異例の豊かな自然が見られるようになった。また吹上御苑内には田畑、桑畑などがあって里山的な環境もあり、小さいながらも流水域と湿地帯も見られるなど、極めて多様な環境に恵まれており、大都市の中心部にあるために都市に適応した種も見られる点を含めて、極めて多様な生物相に恵まれることとなった。また皇居は関東平野本来の自然環境を現在見ることが出来る場所であると考えることも出来る。それぞれの分類群で、皇居を「都内の他地方では見られなくなってしまった動・植物」が多数生息する場であるとの言及があるのは、その意味である。
皇居内からは新種1種を含む39科68種のササラダニ類が確認された。皇居内で確認されたササラダニ類の中には良質な自然環境で見られるとされる種が複数見られることが明らかとなった。またかつて都内の明治神宮、等々力渓谷、常陸宮邸、武蔵村山市と国分寺市の雑木林で行われたササラダニ類の調査結果と皇居での調査結果を比較すると、皇居のササラダニ相が最も自然度が良好であるとの結果が出された。これらは皇居の良好な自然環境を示していると考えられる。
クマムシ類は4科9属21種の生息が確認された。クマムシ類からもこれまで南アフリカの2種のみしか確認されていなかった属の新種が発見された。
貧毛類(ミミズ類)は3科4属20種が確認された。うち4種が新種であった。自然教育園など東京都内11ヵ所の調査結果と皇居でのミミズ類の調査結果を比べると、皇居で確認されたミミズ類の種が最も多く、森林が発達し腐葉土に恵まれた皇居がミミズの生息に適した環境であることが判明した。
土居祥兌、安藤勝彦、椿啓介「皇居産菌類雑記」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、333-338頁、NAID 110004313485。 山本幸憲、萩原博光「昭和初期の皇居産変形菌」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、339-355頁、NAID 110004313486。 山本幸憲、萩原博光、出川洋介、川上新一、松本淳、高橋和成「皇居産変形菌」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、357-388頁、NAID 110004313487。 萩原博光、川上新一「皇居吹上御苑の細胞性粘菌」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、389-393頁、NAID 110004313488。 国立科学博物館植物研究部「皇居の植物目録」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、395-416頁、NAID 40001376601。
「皇居の生物相 : II. 動物相(昆虫を除く)」『国立科学博物館専報』第35号 武田正倫、松浦啓一、野村周平、大和田守、友国雅章、篠原明彦「皇居の生物相 : II. 動物相(昆虫を除く)」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、1-5頁、NAID 110004313489。 西海功、柿澤亮三、紀宮清子、森岡弘之「皇居の鳥類相(1996年4月-2000年3月)」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、7-28頁、NAID 110004313490。 遠藤秀紀、倉持利明、川嶋舟、吉行瑞子「皇居内に移入されたハクビシンとタヌキについて」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、29-33頁、NAID 110004313491。
皇居内の道灌濠からは、コイ、ゲンゴロウブナ、ギンブナ、ドジョウ、モツゴなど一般的な淡水魚10種が確認された。また蓮池濠からはカムルチーが確認された。道灌濠、蓮池濠からは皇居外濠で見られる外来魚のブラックバスやブルーギルは確認されなかった。また皇居内のギンブナの遺伝子を確認したところ、全て三倍体ないし四倍体の雌であり、皇居内のギンブナと遺伝的に全く同一のギンブナが広島県の河川に生息していること、また皇居の内濠の中で上道灌濠にはギンブナ以外のコイ、フナ類の生息が確認されていないため、上道灌濠のギンブナがどうやって繁殖しているのか明らかになっていないという興味深い謎が残っている。