穂井田元清
同年、毛利氏が北九州に侵攻した際に備中国が手薄になると、これに乗じて宇喜多直家が毛利氏に背き、備中松山城(岡山県高梁市)、同猿掛城(岡山県倉敷市・矢掛町)を攻め落とした。元清は父に命じられて三村元親と共に猿掛城を奪還し、松山城からは庄高資を追い出した。翌永禄12年(1569年)、毛利氏が北九州の覇権を巡って大友氏と対立したため、立花山城の戦い、門司城の戦い、多々良浜の戦いに出陣。同年12月には備中に兵を移し、熊谷信直・三村元親と共に宇喜多氏に臣従した植木秀長の佐井田城攻略を目指して兵を進め、後月・小田・浅口を順調に平定して佐井田城に向かったが、援軍に駆けつけた直家配下の戸川秀安に敗れ撤退した。
元亀2年(1571年)2月には再び庄高資に奪われた松山城奪還のために三村元親と共同で攻め込み、庄高資を討ち取って松山城を奪い返した。永禄13年(1570年)頃、安芸桜尾城(広島県廿日市市)を与えられた。
天正2年(1574年)、毛利氏がそれまで敵対していた宇喜多直家と事実上の同盟を結んだため、宇喜多氏に遺恨を持つ元親は毛利氏から離反した。これに対し、兄の元春と隆景に従って三村元親討伐のため出陣し、翌天正3年(1575年)6月には三村元親を切腹させ、11月には三村氏残党の拠る杠城を攻め落とし、三村氏を完全に降伏させた(備中兵乱)。