内部告発
内部告発を放置あるいは無視し、組織の不正摘発に遅れを生じさせるなど、監督省庁に対して行われた内部告発が生かされず、企業の不正が放置され被害を拡大させる問題が発生している。
2007年6月、北海道の食品加工卸会社ミートホープが、牛肉ミンチの品質表示の偽装を長年に渡って行っていたことが報道により公になったが、その1年余り前の時点で北海道庁や農林水産省に対し、内部告発が行われていた。しかしながら、省庁側の対応が鈍く、この内部告発は事実上放置されていた。その結果およそ1年間に渡って、偽装表示の牛肉ミンチが市場に流通を防ぐことができず、ミートホープの不正を知りながら不正行為をさせ続けたことになり、役所の対応が問題視さた。
また、JAS法違反(食品偽装など)を内部告発する公益通報は、公益通報制度が開始された2006年以降5年間で、日本国政府や各都道府県に対し計63件が寄せられているが、違反した事業者名が公表される「改善指示」につながった例は1件も出ておらず、制度の実効性に疑義を唱える意見が強くなっている。