ジュバランド
ジュバ渓谷連合 (JVA) はモルガン将軍と戦った。JVAのリーダー、バレ・アダン・シャイア・ヒイラアレ(英語版)大佐は後にソマリア暫定連邦政府の防衛大臣になる。JVAの軍司令官はアブドゥラヒ・シェイク・イスマエル・ファラ=タグ(英語版)だった。ジュババレー連合治安アーメド・モハメッド・ガノフはキスマヨにとどまった。
2001年6月18日、各部族の代表11人からなる代表はJVAと暫定連邦政府との同盟を決定した。以後は形式的にはソマリア暫定連邦政府領となる。ただし実効支配は、南部のいくつかのイスラーム武装勢力とたびたび争われることになる。
2001年8月6日、40台の戦闘車両と1000人の民兵を投入した10日間の戦闘の後、ジュババレー連合はキスマヨから北に移動し、ソマリア和解再生評議会(英語版) (SRRC) からジリブを奪う。2002年には暫定連邦政府と敵対していたソマリア和解再生評議会と戦闘を行い、ブロ・ハワから6000人の難民が発生した。2003年にキスマヨには国内避難民 (IDPs) 15000人が収容されていた。
2004年までにソマリア南部と中央部の戦闘によって国内避難民は86000人にまで増加したJVAとソマリア和解再生評議会間の戦闘による問題として地雷について言及されている。
最終的にSRRCの指導者モハメッド・ファッラ・アイディードはジュバ渓谷連合と暫定国民政府と和解し、2004年には暫定連邦政府の内務大臣になる。この暫定連邦政府は後に暫定国民政府を引き継ぐ。
1993年12月にモハメド・サイド・ヘルシ・モルガン率いる軍がキスマヨを制圧し、駐留していたベルギーの国連平和維持軍の撤退を要求した。彼の軍が国連が駐留していたことを利用し、モハメッド・ファッラ・アイディードとともに軍を再武装、再編成させた。マレハン族の支援を受けモルガン将軍は1999年までキスマヨを制圧下に置いていた。その間、モルガンは以前の敵、ソマリア救国民主戦線(英語版) (SSDF) と協力していた。モルガン将軍はケニア国境地域でも活動していた。彼の軍はそこで活動していたシアド・フセイン、オマー・ジェス、アーメッド・ハッシの軍と戦うことは稀であった。彼らはほとんどの労力を国内避難民や難民のために祈ることに使った。ドブリー難民キャンプ周辺地はもっとも危険で暴力的な地域になり、民兵による女性の強姦、支援物資を乗せた車の襲撃、難民へのゆすり・たかりなどは日常茶飯事だった。