スーパーマリオサンシャイン
操作は前作とほぼ同じであるが、ヘッドスライディングやポンプアクションが追加された代わりにパンチ、キックなど従来の一部攻撃アクションが削除されている点も今作の特徴として挙げられる。
ポンプを用いて、落書きや汚れを落とす、放水攻撃などができる。ポンプのノズルは変更可能で、それぞれのノズルによって能力や効果に違いがある為、場面ごとの使い分けが非常に重要になってくる。このため、他シリーズの変身マリオの要素は概ねポンプのノズルチェンジ能力に当てられている。
ダメージを受けると画面右上にオレンジ色のライフメーター(水中では水色の酸素メーター)が出現してダメージごとに減っていき、メーターが完全になくなる(8回ダメージを受ける)か奈落などに落ちると1ミスでマリオの残数が減る(モンテマンレースやタイムコースで負けるか、イカサーフィンでは壁や障害物にぶつかると即ミスとなる。また、ピンナパークの『ジェットコースターでフーセン割り』では3周する間にロケットで風船を全て割らないと即ミスになるので残数を増やすことがオススメ)。残数が0の時にミスしたらゲームオーバーとなり、タイトル画面に戻るか、セーブした状態からやり直すことができる。ライフメーターはコインを取ると回復(コイン1枚毎にライフ1回復)し、1UPキノコを取るとフル回復。
モンテ族やマーレ族が住む南国のリゾート地。中心にドルピックタウンという町があり、そこがマリオ64のキノコ城と同じ役割となる。地名は全てイタリア語の単語からきている。島はイルカの形状をしているが、よく見ると北海道を曲げた形に見える。
本作からは「Sky&Sea(ヒミツコース 空と海)」が収録された。
物語はマリオがピーチ姫たちと共にドルピック島という南国の島をバカンスで訪れる所から始まる。
マリオたちが乗る王族専用の飛行機がドルピック島の空港に着陸しようとしていた。しかし不思議な力を持つ絵の具の力で、落書きされた滑走路の中心部が陥没した為に、危うく着陸を失敗して事故を起こしかける。空港で出会ったポンプとともにこの問題を解決するマリオであったが、そこへ警察官が近づいてきて、マリオは逮捕されてしまう。それというのも、ドルピック島ではあちこちで同じような落書きと、それにともなう被害が発生、島の守り神である光の象徴「シャイン」たちが逃げてしまい、太陽の光が十分に届かない事態にまで発展しており、島の各所でマリオにそっくりな人(ニセマリオ)が落書きをしていたという目撃情報が寄せられていたためである。裁判でもピーチ姫たちの異議も却下され、無実にもかかわらず有罪判決を受け、島をきれいにするまで島を出てはならないことを宣告されてしまう。
ドルピックタウンの太陽の輝きの源である重要なアイテムで、全120個存在する。
元々はドルピックタウンの「太陽の門」に大量に集まっていたが、ニセマリオが島中を汚していったことでシャインが離れ、シャインのパワーが失われたことでドルピックタウンは昼間にもかかわらず薄闇になる現象が起こるようになってしまった。島の重要アイテムだが、景品や青コインとの引き換え品となっていたり、イカサーフィンのオヤジやモンテの村の村長が数枚隠し持っていたりする。
各ステージ1つのSTORYにつき基本的に1個出現し、これを取得すればクリアとなる(この際にライフが減ってる状態でもフル回復する)。既にクリアしたSTORYを再度クリアすると透明なシャインが出現するが、これを入手しても新たにカウントはされない。ステージ開始時からそのまま配置されたものもあるが、ボスを倒す、赤コインを8枚集める、特定のアイテムを取得するといった、STORYで指定された条件を満たすと出現する。取得すると同時にステージクリアとなりドルピックタウンに戻る。
STORYの存在する通常ステージには、1ステージあたり11個のシャインが存在する。そのうち8個は、各STORYをクリアすることで入手可能。うち2個はエクストラシャインと呼ばれ、STORYクリアには関係のない隠しシャインとなっている。
キノコ王国のお姫様。南国のドルピック島へバカンスが舞台のためか、日傘やショートスリーブのドレスを身に着けている。島へやってくると誰よりも早くマリオにそっくりなニセマリオの存在に気づいたものの、最終的に誘拐され、ピンナパークで正体を現したクッパJr.によってコロナマウンテンへと連れ去られた。マリオがクッパ親子の戦いに勝利した後は、キノじい達と合流しマリオらと共にバカンスの続きを楽しんでいる。
本作は、全てのBGMを収録したオリジナルサウンドトラックCDは発売されていない。しかし、任天堂の限定CDやマリオの記念CDなどで本作の楽曲の幾らかが断片的に一部収録されている。
本作からは「マーレの深海」が収録された。