熊野別当
この時期の熊野山は、依然として地方霊山の一つでしかなかったが、白河院の寛治4年(1090年)の熊野御幸後、事情は一変する。熊野御幸から帰還した後、白河院は、先達を務めた園城寺の僧侶・増誉を熊野三山検校に補任すると同時に、熊野別当を務めていた社僧の長快を法橋に叙任した。これにより、熊野三山の社僧達は中央の僧綱制に連なるようになった。このとき設けられた熊野三山検校の職位は確かに熊野三山を統べるものとされたが、検校は熊野には居らず、統轄実務を担ったわけではなかった。宗務は無論のこと、所領経営、治安維持、さらに神官・僧侶・山伏の管理にあたったのは熊野別当とそれを補佐する諸職であり、当初その財政基盤となったのは、白河院から寄進された紀伊国内2ケ郡の田畠百余町であった。
熊野別当を世襲した熊野別当家は、後に新宮に本拠を置く新宮別当家と本宮と田辺を拠点とする田辺別当家に分裂しつつ、別当職を務めた。承久3年(1221年)に起こった承久の乱において、別当家は鎌倉幕府方と上皇方に分裂しその勢力を衰退させたが、それ以後も熊野別当による熊野三山統轄体制は続き、南北朝時代中頃(14世紀中頃)に熊野別当の呼称が消えると共に終焉を迎えた。