マラガCF
37シーズン - プリメーラ・ディビシオン(1部)
38シーズン - セグンダ・ディビシオン(2部)
1シーズン - プリメーラ・ディビシオンRFEF (現3部相当)
4シーズン - セグンダ・ディビシオンB(旧3部相当)
11シーズン - テルセーラ・ディビシオン(当時3部相当)
1948年5月25日、CDマラガはジュニアクラブのCDサント・トマスを引き継ぐ形でリザーブチームを立ち上げた。CDマラガは1933年にCAマラゲーニョ(Club Atlético Malagueño)を含むマラガの2つのクラブが合併して結成されているが、リザーブチームはこの際に消滅したCAマラゲーニョという名称を譲り受けた。1959-60シーズン、リザーブチームのCAマラゲーニョとトップチームのCDマラガはともにテルセーラ・ディビシオン(当時3部相当)に在籍することになったが、前者は本来ならばリーグ規定により降格するはずであった。これを回避するために、彼らは母体となるクラブから分割され、リザーブチームではなく独立したひとつのクラブとしてスペインサッカー連盟(RSFF)に登録された。
1992年、CDマラガは財政難により解散し、リザーブチームのCAマラゲーニョがCDマラガのリーグ参戦資格を譲り受けて存続した。
2009年8月27日、イギリスのブックメーカーであるウィリアムヒルと3年契約を結んだと発表し、ウィリアムヒルがユニフォームの胸スポンサーとなった。しかし、イスラーム教徒である新オーナーが宗教上の理由から契約を履行することを拒否したため、この契約は2010年9月17日に打ち切られ、2011年6月に国連教育科学文化機関(UNESCO)が新スポンサーとなった。