シグマ ハーモニクス
札使いが感じ取る超自然的な意志や力の方向性。存在は極めて曖昧であり、草木に眠る静かな気や天空に漂う荒ぶる気、時には形を持ち、言葉を話す変わったものも存在するなど、「八百万の神々」と称されるほど無数に存在する。
ネオンはこれらを十二支に例え、12の方向に納めて具現化、式札化している。但し、今回の事件では13以上の力が存在する為、十二支に含まれない種類の式札も存在する。作中では時の狭間に存在する強力な神霊の力を借りている為、ネオンの力は平時よりも強化されている。これに時の調律による敵の弱体化も加えてようやく大逢魔や逢魔人と渡り合える形となっている。
本作はそのジャンル名が示す通り、推理を核に据えたミステリーアドベンチャーにRPGの要素を加えたゲームである。タイトル中の「ハーモニクス」に象徴されるように、ゲームを進行する上で音楽が非常に重要な役割を担う。
世界観は現代の日本と似た雰囲気でありながらどこか異なる雰囲気持っており、主に洋館を舞台にして物語は進行していく。過去の時間変革と、それに伴い分岐する時間軸から成る平行世界を舞台としたストーリーが展開していく。表6楽章と裏2楽章で構成された全8章の構成となっている。
人の心を乱して歴史の流れを変革する「逢魔」と呼ばれる存在が、人心を操り本来の歴史には起こりえなかった殺人事件を発生させていく。主人公・黒上シグマと月弓ネオンは時を渡りながらその事件の真相を突き止め、その原因を取り除く事で事件に未然に防ぐのが本作の目的となる。
2010年、EZweb・i-mode・Yahoo!ケータイにてフィーチャーフォン向けに改良した『シグマ ハーモニクス コーダ』を配信。イベントでのみプレイできたシナリオ「水泳部 生徒殺害事件」を追加収録している。
神霊と契約を交わし、式札を生み出す事によって様々な奇跡を起こす使い人。月弓家が代表的。ネオンが使用する「神降ろし」はその術の一つである。札使い自体が使い人の中でも貴重であり、既に殆ど生き残っていないとされる。
AVGパートでは、捜索中に敵と遭遇する。戦闘は同社のファイナルファンタジーシリーズで馴染み深いATB方式を踏襲したシステムが採用されているが、式札や神降ろしは本作の特徴的なシステムである。
戦闘はヒロインであるネオンが1人で担当、主人公であるシグマはプレイヤーと同視点で彼女に指示を出す事で様々なサポートを行う。ネオン自身はバトルフィールドの中央に位置し、周囲に展開した逢魔を戦闘コマンドに該当した式札を選んで戦闘を行う。プレイヤーはネオンを直接は操作できず、手持ちの式札を使用することでその式札に応じた「技」を発動させていく。従って技以外の行動は取れず、個別のコマンドは存在しない(回復や防御の技はある)。式札は次の神・曲・技の3つの特性を持つ。