小笠原氏
松尾小笠原定基は、娘を木曽義在に嫁がせて木曽氏と婚姻関係となり東濃の領地を維持し、府中小笠原長朝の侵攻を撃退し、三河国にも遠征したが、天文3年(1534年)、子の松尾小笠原貞忠が府中小笠原長棟(貞朝の子)や鈴岡小笠原氏の親族の下条氏に攻められて松尾城が落城し、甲斐国に落ち延びた。
天文23年(1554年)、松尾小笠原信貴(定基の子)・小笠原信嶺父子が武田氏の伊那侵攻で信濃先方衆として活躍し、松尾城を回復した。小笠原信嶺はその後、織田信長の甲州征伐の時には織田氏に降伏し、本能寺の変の後、徳川氏の家臣となった。徳川家康の関東移封の際、武蔵国本庄城に移り、1万石ながら大名となった。
小笠原貞宗は鎌倉幕府に反旗を翻した足利尊氏に従い鎌倉の戦いに出陣し、建武元年(1334年)、建武政権より信濃守および信濃守護に任じられ、筑摩郡に井川館を築いた。
室町時代にも小笠原一族は幕府の奉公衆等となって活躍し、南北朝時代には小笠原政長(貞宗の子)は北朝に属したものの伊那谷は北条時行の拠点であり、後に諏訪氏や仁科氏等の南朝の拠点となった。対して貞宗の跡を継いだ小笠原長基は若年であったため、代わりに上杉氏や斯波氏が信濃守護を任じられた。長基は正平10年/文和4年(1355年)4月の桔梗ヶ原の戦いで南朝の宗良親王を破り吉野へ駆逐するなど戦功を挙げ、信濃守護に任じられた。
しかし、応永7年(1400年)に足利義満に仕えばさらであった小笠原長秀(長基の次男)が信濃国守護に任じられて入国すると、村上氏、仁科氏、諏訪氏、滋野氏、高梨氏、井上氏など、信濃国人の大半が反発して大塔合戦を起こし、これに大敗した長秀は京都に逐電し守護職を罷免された。信濃守護職は斯波氏を経て室町幕府の料国(直接統治)とされたが、信濃小笠原氏の家督を継いだ長秀の弟の小笠原政康が応永32年(1425年)に信濃守護職に任命されてからは信濃小笠原氏の守護職の地位が安定化した。
江戸時代には、府中小笠原氏からは四家が大名となった(いずれも譜代大名)。府中小笠原氏では小笠原秀政が松平信康の娘の登久姫と婚姻し、有力な譜代大名となった。秀政は下総国古河から信濃国飯田を経て、慶長18年(1613年)には父祖縁の地である信濃国松本(現在の長野県松本市)8万石に転封となる。秀政と長男の忠脩は慶長20年(1615年)の大坂夏の陣で討死し、忠脩の長男の長次は幼年であったため、秀政の次男の忠真が家督を相続した。忠真は元和3年(1617年)に播磨国明石(現在の兵庫県明石市)10万石に転封となった。
寛永9年(1632年)に豊前国小倉(現在の福岡県北九州市)15万石に転封となる。同時に秀政の三男の忠知には豊後国杵築(現在の大分県杵築市)4万石(細川氏が豊前国主であったころの小倉藩飛び地)が、忠脩の長男の長次には豊前の南半分にあたる豊前国中津(現在の大分県中津市)8万石が与えられ、さらに秀政の四男で能見松平家を継いでいた松平重直が豊前国竜王 (現在の大分県宇佐市) 3万7千石に転封となり、一族で豊前周辺を固めた。
赤沢氏
浅原氏
跡部氏
井深氏
小見氏
打越氏
大井氏
大倉氏
長船氏
大日方氏
下条氏
仁賀保氏
二木氏
根田氏
羽場氏
林氏
伴野氏
船越氏
水上氏
三間氏 – 越後長岡藩の抜擢家老を勤めた三間氏、小諸藩大参事を勤めた三間氏、徳川旗本の三間氏がある。
三村氏
三好氏