もやしもん
2007年10月12日から12月21日まで、フジテレビ「ノイタミナ」枠で放送された。全11話。
5巻の裏表紙に、石川雅之と高岡じゅんいちによるアニメ『もやしもん』初期設定画がある。通常版が長谷川遥編で、特装版は武藤葵編。他のキャラクターは端の方に描かれている。
オープニング・エンディングには、原作のデザインの細菌・菌類・ウイルス達しか登場しない。オープニングは実写と3DCGの合成で、エンディングはクレイアニメ風のCGである。エンディング後に菌劇場(菌劇)という菌達が登場するアニメがある。次回予告は短く、樹慶蔵が一言喋る。
オリジナルサウンドトラックは2007年11月に発売された。放送で聴かれたほとんどの楽曲が収録されているが菌劇場の予告と長谷川の少女時代(第9話)の場面で使われた楽曲は未収録。洋画のサウンドトラックのパロディに聴こえる楽曲がいくつもある。