熊本駅
駅西側にあった熊本鉄道事業部の車両基地、熊本運輸センターの車両倉は煉瓦造りで有名だったが、移転に伴いこれも解体された。
近年まで、都道府県庁所在地駅の中で唯一、駅名標が全て旧国鉄型の駅であったが、前述の通り、2006年9月24日に、のりばの変更が実施されたのに伴い、新しくなったのりばには、JR九州仕様の駅名標が設置された。
駅名標のイラストは、当駅に設置されている駅スタンプと同様のデザインとなっている。
一方、九州新幹線ホームの駅名標は他駅同様青地白文字である。
新幹線口には地下水都市を象徴する親水施設がある
劇場版「妖怪ウォッチ誕生の秘密だニャン!」公開に併せ、当駅を「毛馬本(ケマモト)駅」に扮装させるイベントが行われた(平成26年12月6日〜平成27年3月1日まで→平成27年3月29日まで延長)。主人公「ケータ」の祖母の故郷「ケマモト村」にある「ケマモト駅」にちなんでおり、駅員の名札・駅名標・ホーム・改札・みどりの窓口等、構内各所で本作品の妖怪が出現した。また、ケマモト村ご当地キャラクターの「ケマモン」も登場した。
在来線の駅名標
九州新幹線の駅名標
新幹線口の親水施設
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、国鉄駅はJR九州・JR貨物が継承。
1991年(平成3年)4月6日:駅舎を改修。
1995年(平成7年)5月31日:九州新幹線の駅舎の工事を着手。
1999年(平成11年)10月1日:豊肥本線の当駅から肥後大津駅までが電化。
2002年(平成14年)11月2日:1階改札口に自動改札機を5台設置。熊本県内初。
2006年(平成18年)9月24日:新幹線高架工事と在来線高架工事に伴うホーム配置大幅改変。
2009年(平成21年)3月13日:当駅と東京駅を結ぶ「寝台特急はやぶさ」が廃止。
2010年(平成22年)4月26日:市電のサイドリザベーション化のため熊本駅前停留場を移設・リニューアル。
2011年(平成23年) 3月12日:九州新幹線の博多駅 - 新八代駅間が開業し、停車駅となる。 8月:構内のおてもやん通りがブルネル賞奨励賞を受賞。
2012年(平成24年)12月1日:ICカード「SUGOCA」の利用が可能となる。
2015年(平成27年) 3月:熊本駅新駅ビルの基本構想をJRが表明。 3月14日:鹿児島本線北側約4 kmの上下線と熊本駅部約2 kmの上り線が高架化。