GPUを用いた分子モデリング
Abalone - 分子動力学 (Benchmark)
ACEMD - 2009以降、GPUで動作 (2009 Benchmark)
AMBER GPUバージョン
Ascalaph GPUバージョン - Ascalaph Liquid GPU
BigDFT - ウェーブレットに基づくAb initioプログラム
BrianQC - 量子化学(HFおよびDFT)および分子力学
Blaze - リガンドベースのバーチャルスクリーニング
CP2K - Ab initio分子動力学法
Desmond (software) - GPU、ワークステーション、クラスタ上のソフトウェア
Firefly - 旧PC GAMESS
FastROCS
GOMC - GPU最適化モンテカルロシミュレーションエンジン
GPIUTMD - 多粒子ダイナミクスのためのグラフィカルなプロセッサ