能因法師雨乞いの樟
大三島には幹周8m以上のクスノキが8本あるが、全て大山祇神社付近に集中している。大三島を二分する大三島町及び上浦町は平成の大合併で近隣10市町村と合併して今治市となったが、 新今治市全体でも他に幹周8m以上の巨樹は「(初代)子持杉」(玉川町にある幹周10.6mのスギの枯れ木)しか存在しない。クスノキの巨樹が多いため旧・大三島町は、町の木をクスノキとしていた。また、新・今治市もクスノキを市の木としている。
境内は松の大木も複数存在していたが、1975年の台風で最大の樹(幹周5m超)が倒れ、加えてその後のマツクイムシ被害によりほぼ全滅した。この他高樹齢のソテツ(600年以上)やヒノキ、境内近隣にもムクノキが存在していたが、現在は何れも伐採・枯損している。楠以外に幹周3mを超えるものとしては、江戸時代に神門周辺に植えられたスギの諸木と、明治期に能因法師雨乞いの樟の傍に植えられたヒマラヤスギのみとなっている。