金剛丸 (特設巡洋艦)
態勢を立て直した攻略部隊は、第二航空戦隊(山口多聞少将)などの支援を取り付け、第二次攻略戦を行うこととなった。この際、「金剛丸」と「金龍丸」からの大発揚陸は波浪との関係上不適であると判定されたため、「金剛丸」は第二次攻略戦では上陸作戦には使われず、設営隊を乗せて部隊に加わった。第二次攻略戦も猛烈な反撃に見舞われたが、ついに攻略に成功した。「金剛丸」は設営隊を輸送したのち12月25日にルオットに帰投し、翌12月26日に出港して12月29日にトラックに到着した。
1942年(昭和17年)に入り、「金剛丸」はラバウル攻略に起用される。R攻略部隊(志摩清英少将)本隊に編入され、第五根拠地隊高角砲隊を乗せて1月14日にグアム(大宮島)アプラ港を出撃。攻略作戦は1月23日に行われ、大きな抵抗もなく占領に成功し、以後日本軍の一大根拠地として君臨することとなる。攻略作戦後、「金剛丸」はトラック、大宮島およびサイパン島と寄港して、2月21日にラバウルに再び入港する。このころ、ラバウルの安全確保とオーストラリアへの圧力のため、ニューギニア島のラエおよびサラモアを占領する計画が立てられた。「金剛丸」は第八根拠地隊陸戦隊からの1個大隊と、第四設営班の一部を乗せ、3月5日にラバウルを出撃する。3日後の3月8日未明、SR攻略部隊は二手に分かれて堀井富太郎陸軍少将率いる南海支隊はサラモアに、陸戦隊はラエにそれぞれ上陸してともに占領に成功した。しかし、ラエには港湾施設がなく、「金剛丸」は特設敷設艦「天洋丸」(東洋汽船、6,843トン)や特設運送船「黄海丸」(嶋谷汽船、3,871トン)とともに沖合で荷役作業を行ったが、運搬に使用する大発の多くが悪天候で使えなかったので、作業のスピードは早くなかった。