神州丸
これは3月1日1時27分、最上がヒューストンに対し放った筈の複数本の魚雷が、射線延長線上の神州丸以下船団に命中してしまった同士討ち(誤射)であった。神州丸は優秀な上陸戦遂行能力のみならず旗艦的な司令部機能を有する日本軍にとって虎の子的存在であり、それを輸送船2隻・病院船1隻・掃海艇1隻とともに「撃沈」してしまった海軍の失態は大きなものであった(佐倉丸・第二号掃海艇は沈没、神州丸・蓬莱丸・龍野丸は大破着底)。かつ、神州丸沈没によって座乗していた司令官以下第16軍司令部は上陸前にあわや全滅という危機に陥り、中・東部上陸部隊の直接指揮に必要な遠距離用無線機を喪失している。バンタム湾は浅瀬の泊地であるため船は完全沈下せずに着底し、被雷は第1次上陸部隊の揚陸後で、当日は月齢13と非常に明るい夜であったため人的被害は最小限に食い止められたが、それでも約100名が死亡した。 なお『戦史叢書第26巻、蘭印・ベンガル湾方面海軍進攻作戦』では「最上」の誤射としているが、当時の初雪砲術長は第11駆逐隊(初雪、白雪、吹雪)が発射した魚雷だった可能性を指摘している。当時の春風駆逐艦長は、第5駆逐隊(朝風、旗風、春風)や他艦の発射した魚雷も命中しなかったか、味方輸送船団の方向に流れていったと回想している。第五水雷戦隊の消費弾数は、名取(主砲29発、魚雷4本)、第5駆逐隊(主砲16発、魚雷17本)、第12駆逐隊(主砲37発、魚雷18本)、第11駆逐隊(主砲116発、魚雷4本)と記録されている。
帝国陸軍はバタビア沖海戦における誤射事件を不問に処し、帝国海軍の名誉に傷をつけぬよう神州丸以下の沈没は敵軍の攻撃によるものにすることを提案、かつ責任追及も行っていない。
1937年(昭和12年)5月頃、舞鶴海軍工廠では第四艦隊事件で損傷した駆逐艦3隻(初雪、夕霧、響)の修理や白露型駆逐艦海風の建造が終わろうとしていた。舞廠造船課長は庭田尚三造船大佐であった。庭田は造船部員時代に播磨造船所に派遣されて臨時の陸軍運輸部部員となり、神州丸の建造に深く関与していた。当時、日本陸軍は神州丸にバルジを装着する意向であったが、呉海軍工廠に余裕がなかったこと・神州丸建造を監督した庭田が舞鶴で造船課長をしていることから、神州丸の工事を舞鶴海軍工廠で実施することになった。
同年7月7日の盧溝橋事件に端を発した支那事変は全面衝突へと発展(日中戦争)。神州丸は舞鶴での改装工事中を中断し、元の状態に復旧して急遽出動することになった。この工事に舞廠の造船職工を多数動員したので、建造中の朝潮型駆逐艦霰の進水は予定より一ヶ月遅れることになった。一方の神州丸は7月17日に宇品へ帰港。完成以降、泛水作業等錬成に励んでいた第5師団工兵第5連隊第3中隊は、28日ないし29日に独立部隊たる独立工兵第6連隊(連隊長:岩仲広知陸軍工兵中佐)に改編され隷下に3個中隊を擁し、「神州丸」にはこの第1中隊(中隊長:鬼頭将方陸軍工兵大尉)が乗船し出撃準備にあたった。
中国派遣動員師団のひとつたる第10師団揚陸の一翼を担う神州丸(当時は秘匿名「MT」を使用)は、8月9日までに大発12隻・小発26隻・装甲艇4隻・高速艇甲4隻を搭載し準備を終え、翌10日に第1船舶輸送司令官松田巻平陸軍中将乗船の司令官艇らの見送りを受け宇品を出港した。
12月、ルソン島への精鋭部隊(第19師団〈虎兵団〉・第1挺進集団)輸送任務が神州丸および吉備津丸と日向丸(M甲型) に与えられた。日向丸と青葉山丸には、第1挺進集団の第二滑空聯隊が乗船していた。12月19日、第一〇一戦隊司令官渋谷紫郎少将指揮下のヒ85船団部隊(護衛隊〈香椎、対馬、鵜来、大東、第23号海防艦、第27号、第51号、第6号駆潜艇〉、加入船舶〈神州丸、吉備津丸、青葉山丸、日向丸、せりあ丸〉)は北九州を出発する。 12月23日、高雄に到着する。 ここで船団部隊の編成替がおこなわれた 。特殊輸送船4隻(神州丸、吉備津丸、日向丸、青葉山丸)は、海防艦三宅以下数隻の海防艦で編成されたタマ38船団部隊となり、26日に高雄を出港する。29日、ルソン島北サンフェルナンドへ到着。揚陸作業中にアメリカ陸軍航空軍第5空軍の双発攻撃機。攻撃を受け、青葉山丸と第二十号海防艦が沈没する。神州丸以下は31日深夜までに輸送物件の大半を無事に揚陸、輸送任務は成功した。
最期(マタ40船団)
同時期、フィリピン近海には第38任務部隊が接近しており、戦艦ニュージャージーに将旗を掲げるハルゼー提督は「小沢機動部隊の最後の生き残りである航空戦艦日向と伊勢を撃沈してやろう」と闘志を燃やしていた。 年が明けた1945年(昭和20年)1月1日3時55分、タマ38船団で揚陸任務を成功させた特殊輸送船3隻(神州丸、吉備津丸、日向丸)は帰還便乗者数百名を乗せてマタ40船団を編成、海防艦6隻(三宅、干珠、能美、生名、第39号、第112号)を護衛としてサンフェルナンドを出港した。
3日0時30分、バシー海峡を突破した船団は高雄沖に到着し投錨した。