経営安定基金
JR北海道及びでは、2008年度のリーマン・ショックを契機とした景気の後退により、運用費用として株式等の売却損が多額に生ずるなどして運用収益が減少したことから、同年度の自主運用に係る利回りはそれぞれ、2.23%、1.62%と落ち込んでいる。また、JR四国でも同様の状況となっており、特に2010、2011年度は自主運用において株式等の売却損が生ずるなどしたため、利回りが大きく落ち込んでいる。さらに、景気の後退による影響で、経営安定基金運用収益の減少だけでなく、各社とも、経営安定基金資産の自主運用における株式等の評価額の減少による減損処理を行うこととなり、JR北海道は2008年度に21億円、JR四国は2008、2010年度に計87億円の特別損失を計上している。JR北海道は、2005年、2008年度に、経営安定基金のうち計430億円を子会社である株式会社北海道ジェイ・アール商事(以下「北海道JR商事」という。)を経由して民間金融機関に貸し付けている。北海道JR商事から当該民間金融機関への貸付利率と、JR北海道から北海道JR商事への貸付利率とでは差があり、利息年額1000万円程度が毎年度北海道JR商事の収益となっていた。その後の株価等の上昇により2014年度末では、経営安定基金資産の時価評価差額がJR北海道では1195億円、JR四国では259億円となっている。JR北海道は、経営安定基金評価益の実現化前倒しや、国からの支援の計上により、2021年度第1四半期は、経常利益及び親会社株主に帰属する四半期純利益はともに黒字に転換した。