ムーレイ・イスマーイール
司令官オマールは、無条件降伏すれば奴隷に売られることはない「ただし捕虜となるが、最初の贖いまで働かずに日々を過ごすことになる」とスペイン移民に伝えた。しかしながら、イスマーイールにはオマールの約束を尊重する理由がなくラ・マモラの捕虜に贖いを許すつもりもなかったため、「哀れな少女と女性」50人を含む彼らは戦利品として武器や大砲などの所持品と一緒にメクネスまで歩くことを強要された。一説によれば、これらの武器類は「自分の王国に残っていたものよりも多かった」という。この都市はアル=マーディヤと改名された。
将軍達がこれら作戦を引き受けている間、イスマーイールは国家安定に焦点を当てた。ベニ・アムル人に対するシェルグ地方への遠征後、彼はアフメド・ベン・メレスがアルジェでトルコと別の合意を結んだことを知った。彼はまた、トルコ軍がタフナに接近していて既にベニ・スナッセンの領土に到達していることも知った。イスマーイールはすぐにアフメドと対峙するべく国の南部に大軍勢を派遣し、オスマン帝国に対する遠征を準備したが、トルコ軍が撤退したため実施されずに終わった。そこで彼は南に行軍して1683年にスースで甥と対峙、そこで4月に戦闘が起こった。25日間の戦闘後、アフメドはタルーダントに逃亡して守りを固めた。 同年6月11日の戦いでは2000人以上が命を落とし、アフメドやイスマーイール自身も手傷を負った。この衝突はラマダン(断食月)まで続いた。イスマーイールは2つの遠征を実施して、幾つかのベルベル地域を平定することに成功した · 。
イスマーイールがアトラス山脈でこれらの部族との戦いに専念している間に、アフメドはイスマーイールの帝国を情勢不安にするため兄弟のムーレイ・ハーランと同盟を築いた。
息子ゼイダンがスルターンとして父親の跡を継ぐことを望んでいた本妻ララ・アイシャ・ムバルカの陰謀、中傷、反対に応じてイスマーイールの長男ムーレイ・ムハンマド・アル=アラムがスースで反乱を起こし、1703年3月9日にマラケシュの支配権を握った。ゼイダンが軍隊と共に到着すると、アル=アラムはタルーダントに逃亡した。ゼイダンはその場所を包囲して1704年6月25日に捕らえると、7月7日に彼をウード・ベト(モワヤンアトラス山脈にある川)に連行した。アル=アラムは、父親のイスマーイールに片手片腕を切断されて厳罰に処され、彼がシャリーフであることを根拠にアル=アラムの流血沙汰を拒んだ刑罰執行者とそれに同意した者達が処刑された。イスマーイールはその後、アル=アラムによる都市獲得の責任を担当していたマラケシュのカイードを例外的な暴力で排除した。7月18日、父親の予防策も実らず、アル=アラムはメクネスで自殺した。ゼイダンがタルーダントで実行した残虐行為(特に街の住民虐殺)の事を知るや、1707年にイスマーイールは彼を殺害するよう組織し、酔い潰れて前後不覚になった時にゼイダンの妻たちが彼を絞殺した。ムーレイ・ナスルもスースで反乱を起こしたが、イスマーイールへの忠義が残っていたウーラド・デリム族によって最終的に殺された。
これ以上のトラブルを防ぐため、イスマーイールは息子達に授けた長官職を取り消したが、例外としてムーレイ・アフマドはタドラの首長としての地位を維持し、ムーレイ・アブドゥルマリクはスースの首長となった。
権力掌握後、ムーレイ・イスマーイールは幾つかの反乱に直面した。最も大きなものが甥のムーレイ・アフメド・ベン・メレスによる反乱で、これに続くのがタフィラルトの王という肩書を僭称したハーラン・イブン・シャリーフを含む兄弟による反乱である。テトゥアンの将軍カディール・ガイランも幾つかの部族や宗教団体と共に反旗を翻した。
ラシードの訃報がシジルマサに届いた時、アフメド・ベン・メレスは自分がスルターンだと宣明するためマラケシュへと急いだ。アル・ホウズ州の部族、スースのアラブ族、マラケシュの住民が加わり、彼はこの地域を支配することができた。甥アフメドはこれら南部の部族を結束させ、マラケシュでスルターンを宣明した。これを受けて、イスマーイールは1672年4月27日に甥に対する討伐を開始し、砲撃の成果もあって勝利した。彼がマラケシュの街に入ると、1672年6月4日にイスマーイールがスルターンだと認められた。アフメドは銃弾で負傷し、山中に逃亡した。イスマーイールはマラケシュの住民を許し、街の防御を再構成した。その後フェズに戻った彼は兄ラシードの棺を廟内に葬り、1672年7月25日にメクネスに帰還した。
イスマーイールは帝国の組織を整え、サハラへの遠征に備えて自軍兵士に物品を配給した。しかし1672年8月26日にフェズの街で反乱が発生し、遠征隊長になる筈だった司令官ジダン・ベン・アビド・エラムリがその反乱で殺害された。スルターンの部隊も街から追放されたため、この計画は破棄された。イスマーイールは急遽駆けつけると、街壁の外側で野営を張った。
この 戦いは、反乱部族がタフィラルト市民に反乱部族のサハラ領土を通り抜けるマラケシュへの自由な往来を許可すると共にキリスト教徒に敵対する将来的援助を約束する、という合意によって終了した。彼らの帰路はアトラス山脈で吹雪に見舞われ、軍隊と戦利品の一部である約3000のテントが破壊された。腹立ちまぎれに、イスマーイールは自分に帯同していた者達への制裁として、この災害とは何の関係もなかったワズィールでさえも処刑した。
モロッコ統一を成し遂げた後、イスマーイールは国内でキリスト教の存在を終わらせることを決定した。まず彼はタンジェの街を奪還する軍事行動に着手した。この都市は元々ポルトガル領だったが、キャサリン・オブ・ブラガンザとチャールズ2世 (イングランド王)との結婚を経てイングランドの手にわたり、以来イングランド領となっていた。この都市は強力に要塞化され、兵士4000人の大規模駐屯地もあった。イスマーイールは自分の最も信頼する将軍の一人アリ・ベン・アブドゥッラー・エル=リッフィーを任命して、1680年にタンジェを包囲した。タンジェでイングランド軍は抵抗したが、駐屯地の維持費が高いという顛末により、彼らは1683年冬にこの都市を放棄して自分達の要塞と港を取り壊すことに決めた。1684年2月5日にモロッコ軍がこの都市に入った。
1681年、まだタンジェ包囲継続中にイスマーイールは軍の別動隊を派遣し、ラ・マモラの街(現:マーディア)を征服した。この都市は1614年以降モロッコの混乱期にスペイン人によって占領されていた。イスマーイールは水源のないこの街を包囲し、市内にいるスペイン移民全員を含めてそこを占領した。
マラケシュ駐留中のイスマーイールは、アフメド・ベン・アブデラ・アディラーイ(ムハンマド・アル=ハッジ・イブン・アブ・バクル・アディラーイの孫)が山岳からサンハジャ部族の大軍を集めてムールーヤ川を渡り、タドラとサイスのアラブ部族を襲撃して、彼らをフェズ、メクネス、セールの各都市に逃亡を余儀なくさせたことを知った。アフメドは解散したディーラーイー教団を復活させようとしており、オスマン帝国領アルジェリアに支援されていた(その昔彼に避難所を提供していた)。イスマーイールはアフメド・ベン・メレスの件で忙しかったため、騎兵3000からなる自治部隊を派遣した。 彼らはアフメド・ベン・アブデラのベルベル軍に敗れ、部隊の司令官が殺された。その後イスマーイールはさらに兵士4000人からなる軍隊を2組派遣するが双方とも(最初はメクネス近郊で、次がカスバタドラ)敗れてしまい、サンハジャによってどちらも占拠され破壊された。一方イスマーイールは、ムーレイ・ハーラン、ムーレイ・ハンマダ、ムーレイ・ムラド・メレス(アフメド・ベン・メレスの父)の3兄弟が反乱を起こしてタフィラルトを攻撃したことも知った。スルターンとしてイスマーイールは最初にタドラで情勢不安に対処することを決定した。 彼は個人的にベルベル人に干渉して戦闘へと仕向け、そこでは3000人のベルベル人と数百人の帝国軍兵士が死亡したと言われている。彼はタドラを奪還し、大砲やウダヤのジャイシュによって実行された包囲作戦で中アトラス地域を安定させた。サイード・アブデラ・エルルーシによって700人近い反逆者の頭がフェズの壁に打ち付けられた。1677年末にイスマーイールはメクネスに帰還し、兄弟による反乱を終わらせた。彼はムーレイ・ハーランを捕らえたが、処罰しないことを選んだ。