埼玉新都市交通1000系電車
導入当初は1000系と異なり、白い車体に赤い細帯と窓周りはダークレッドの塗装で登場し、後に黄色い車体と黄緑帯に更新されたものの、後にすべての編成が異なる塗装となっている。
50編成は、鉄道博物館が開業した2007年(平成19年)10月から青地と白帯に変更された。
51編成は、鉄道博物館の開館1周年を記念して、2008年(平成20年)9月19日から赤地と白帯に変更された。
52編成は、2013年(平成25年)7月8日から新幹線200系電車の登場時カラーであるクリーム色の車体に緑帯のツートンカラーとなった。
53編成は、2013年11月より開業30周年を記念して、開業当時の1000系が纏った白い車体に赤い帯のツートンカラーに変更された。先頭車の行先表示機は撤去された。
ブルーの50編成
レッドの51編成
52編成の新幹線200系塗装
53編成の開業30周年塗装
2019年(平成31年)3月から4月にかけて、52編成と53編成の塗装は、2020系の意匠に準じたものに変更された。車体の大半を白地とし、車体上部と先頭車の運転席まわりは黒、中央には52編成が青の細帯、53編成は緑の細帯をあしらった。また52編成の先頭車も、行先表示器が撤去された。52編成の塗装が、ホワイト/コスミックブルー、53編成の塗装がホワイト/フラッシュグリーンである。