別府駅商業施設
ヤマダ電機テックランド別府駅前店
別府駅北駐車場(ヤマダ電機テックランド別府駅前店契約駐車場)
別府駅北駐輪場
2012年までは別府市に本社を置く「株式会社別府ステーション・センター」が経営していた。同社はかつては第三セクター企業であり、北駅ビル完成までは別府市が株式を保有することになっていたが、2005年の北駅ビル完成に伴い別府市が株式を売却し、JR九州の子会社となった。その後、同社は「大分ターミナルビル株式会社」を経て、2014年に「JR大分シティ株式会社」に社名を変更。この間に、別府駅の商業施設(北駅ビルを除く)の運営は、JR大分シティ株式会社からJR九州ビルマネジメントに移管された。
ビューシッククギミヤ(釘宮メガネ)別府駅店(近くの弥生銀天街に本店がある)
英会話のジオス(NOVAに転換)
JR九州日豊本線 別府駅 直結。
別府銘品蔵
ファミリーマート別府駅店(旧am/pmの店舗)
凡真留是(ボンマルセ)別府駅店
イタリアントマトカフェ別府駅店
リトルマーメイド 別府店
まるにや B-Passage店
ペット温泉アニマー湯 本店
ラフィネ別府駅店
時計・貴金属のワタナベ
豊後茶屋別府店
ヤマト運輸宅急便受付カウンター
別府竹工芸とクラフトショップ ICHIZA
タマホーム別府店(日出展示場に統合後、現在はゆめタウン別府前に出店)