サイレントスコープ
本作中に登場しているテロリストは「アコスミズム聖戦機構」「ブルーホーク」「マルドゥク」の3つのテロ組織の連合である。ゲーム中に主に登場するのは「アコスミズム聖戦機構」であり、FINAL STAGEでは「ブルーホーク」も参戦する。アコスミズム聖戦機構は神こそが全てと唱える汎神論主義に基づき、宇宙エレベーターとSANを神を冒涜したものとして排除することを目的とした宗教系過激派組織である。ブルーホークは豊富な資金力と最新鋭の技術力を背景にUENやSAN軍に劣らない装備を有するテロ組織で、主な活動目的は地球上のあらゆる生態系の保護。保護のためには地球環境の維持、もしくは回復が必要であるとしており、地球環境にとって有害とされるものの多くを排除の対象にしている。
トカゲ(声:小西克幸)
テロ組織の指導者達(アコスミズム聖戦機構の「アギフ・ソルベ」、ブルーホークの「コリンズ」、マルドゥクの「ユニス」)が崇拝している超犯罪者。顔を常にマスク(若干の防弾性がある)で覆っている壮年の男であり、正体や行動目的は一切謎に包まれている。今作のラストボスとして登場しており、ジン達と同じく、特殊なワイヤーを用いて狙撃を行う。ロケテスト版では白髪だったが、完成版ではジンと同じ色の髪に変わり、正体を仄めかすような描写にかわっている。
女テロリスト(STAGE1ボス)
ミッドセントラルビル周辺にて対峙してくるシリーズ恒例の女性ボス。アクアブルーの戦闘服を着ている。
GBA版では前述の接近攻撃は削除され、トムと同様のナイフ投げで攻撃を行ってくる。
BIG BOSS-テロ組織のボス
白スーツに帽子を着用。クルーザーに乗り、自らの屋敷に仕掛けてある爆弾のリモコンを片手に演説する。(この時に限り字幕が出ない)最後の1発で彼の頭を狙撃することができれば、テロ組織は壊滅することになるが...。 頭に命中すると帽子が吹き飛び、クルーザーは暴走した後岩場に激突・炎上する。GBA版追加ストーリーでは、「ブラッドラット」という彼の色違いが登場し、電車内にて爆弾を手に立てこもる。
その他敵テロリスト
一般のテロリストは黒い戦闘服(ヘルメット装備も存在)、スーツを着用しサングラスをしている、迷彩柄ズボンに黄土色のシャツ着用のスキンヘッドの3タイプが存在する。基本的にH&K MP5Kサブマシンガンで武装しているが、一部のテロリストはスナイパーライフルやハンドガン、手榴弾で武装している。またボスではないが、幹部クラスのテロリストも存在する。それぞれ固有の外見、名前が設定されているが、名前はゲーム中では登場しない。迷彩のズボンに赤シャツ着用の「スパイク」、防弾アーマーを着用した「バースト」、黒のズボンに青シャツ着用の「ジャン」、スーツ着用の「アイス」、グレーのスーツを着用したスキンヘッド「カーン」の5名が存在する。彼らは基本的にサブマシンガンやハンドガンで武装しているが、一部はショットガンで武装している。タイプごとに基本得点が違い、「カーン」を除く幹部クラスのテロリストは一般のテロリストに比べ基本得点が4倍高く、「カーン」は一般のテロリストに比べ基本得点が8倍高くなっている。GBA版追加ストーリーでは「アナコンダ」「シャーク」「ブラッドラット」という殺し屋が登場する。
SCORPION-元ボディービル全米チャンピオン 武装:4連装ロケットランチャー
ベンチプレス350kgを軽々上げる彼だったが、左脚太股の筋肉を断裂する大怪我をし、ボディビルの道を断念。夢を断たれ荒れているところをテロ組織に誘われ仲間に加わる。その後その怪力と頭脳を高く評価され組織の幹部にのし上がる。その圧倒的肉体からついたコードネームがザ・ブッチャー(屠殺者)。ちなみに戦闘機に乗っているのは彼の弟(名前は不明)である。大統領夫人を誘拐。金髪で、赤い防弾チョッキと同様のズボンを着用。兄弟揃って登場する事は無い。GBA版追加ストーリーでは彼の色違いが第1ステージに登場し、ウルフに攻撃を行って来る。
HORNET-闇社会で生きる雇われスナイパー 武装:狙撃用ライフル
巧みに物陰に隠れ正確無比な一撃を放つ彼のヒットスタイルは蜂の一刺しに例えられ、まさに彼の名にふさわしい。金さえ積めばどんな汚い仕事でも引き受ける。自らを狙撃の神と豪語し、裏の世界でのNo.1スナイパーの称号を得る為に以前から決着をつけたがっていた。口癖は「俺がNo.1だ」。だが、実際のところはNo.1ナルシストらしい。 蛇皮模様のダブルスーツを着用。大統領夫人を誘拐。ステージ分岐によっては登場しない。GBA版追加ストーリーでは「アナコンダ」という彼の色違いが第1ステージに登場し、人質を盾に攻撃を行ってくる。 名前の由来は本作に使用されているシステム基板、コナミ・ホーネットシステムから。
TOM&JERRY -エリート暗殺者の遺伝子移植を受けて生まれた実験体1号、2号 武装:ボウガン(ジェリー)、ナイフ(トム)
ナイトビジョンを着けている1号がトム、ガスマスクをしている2号がジェリーである。
シモーヌ・スタルカ(声:上坂すみれ)
UEN海軍大佐にしてボーンイーターと呼ばれる凄腕の軍人。女性ながらアガスティア重工が発行する世界要人ランキング、ワンマンアーミー部門において上位を獲得するほどの腕前である。国籍はロシアであり、ウォッカはマストアイテム。彼女の魅力はUENだけでなく、テロリスト達の間でも噂になっている。
UEN士官
ロケテスト版にのみ登場していた銀髪の白人男性。シモーヌの登場により彼は削除されているようである。