共産主義者同盟
しかし、戦旗派では赤軍派との抗争、叛旗派への対応をめぐり戦旗派の中にも内部闘争が起こり、70年12月18日に事務局を掌握した、日向翔(荒岱介)率いる「戦旗派」(戦旗日向派、戦旗荒派)と、第8回ブント議長の仏徳二(さらぎ・とくじ)率いる「鉄の戦線派」に分裂した。鉄の戦線派はさらに、同じく第二次ブント分裂の際誕生した神奈川県左派、南部地区委員会と合同してもう一つの戦旗派(蜂起派、連合戦旗派 通称12・18ブント)を結成し、戦旗日向派と対立する。その後も、各派は更なる分裂を繰り返し、最終的には共産同系のセクトは17、8派にまで細分化してしまった。その後もたびたびブント諸派を統一しようという「大ブント構想」(革マル派によるネーミングである)が持ち上がるが、実現しないまま現在に至っている。
なお、70年代以降の学生運動の退潮期においても、学生自治会・サークルなどの大衆基盤で比較的強い勢力を維持していた関西の諸大学(および首都圏の一部大学)では、ブントの学生組織がそのまま脱セクト化した結果、ノンセクトであるにも関わらず、ブントのシンボルカラーである赤色のヘルメットを1990年代に至るまで被り続けており、「赤ヘルノンセクト」と称された。
1959年、岸信介内閣による、日米安全保障条約という国際政治における占領体制の総決算が行われようとしていた。改定反対派、改定推進派ともに、次第に、条約改定点の具体的争点ではなく、「平和」「民主主義」「ヒューマニズム」「進歩主義」といった戦後体制の理念そのものが争われる場となっていった。ブントは、1959年8月第三回大会において「ブントのすべてをぶちこんで戦う」ことを決議した。59年11月27日には、総評・社会党などからなる二万数千人の国民会議と全学連5千人が統一行動をとり、全学連は正門を突き破り、国会構内に入った。構内は一万余のデモ隊と組合旗や自治会旗に埋め尽くされた(11・27国会構内大抗議集会)。これは周囲を驚愕させた。1960年1月16日政府代表団渡米阻止の羽田空港篭城では、唐牛健太郎・青木昌彦以下幹部同盟員のほとんどを含む77名が検挙され、「ゼンガクレン」の名は世界中にニュースで配信された。しかし、これには非難が巻き起こり、自民党は全学連にたいする特別立法を提案し、社会党は安保共闘から全学連を排除することを主張し、共産党は反革命的挑発者と非難した。当時裁判を担当する弁護士の成り手がいなかったという。4月26日には国会チャペルセンター前に主流派全学連一万人が集まった。この動員は根こそぎだった。ブント中央はこの闘争に命運をかけた。全学連委員長唐牛健太郎が国会前で板張りトラック阻止線を飛び越え、後に続くことを求めた。学生3千人が後に続いた(4・26国会チャペルセンター前バリケード突破闘争)。
しかし、この闘争を境にしてブントは中央から末端細胞にいたるまで、解党状態に陥ってしまう。
まず1967年前半、明大紛争2・2協定問題で、明治大学独立社学同グループが四散する。次に1968年3月末のブント第7回大会で67年10・8羽田闘争をリードしてきたマル戦派が離脱する。結果として関西派主導の新執行部となり、その関連で、塩見孝也の「過渡期世界論―世界同時革命」論が、前景に出る。68年12月の第8回大会では、中央大学学費値上げ白紙撤回を獲得した中央大学独立社学同(後に叛旗派結成)との兼ね合いで、「軍事」力学主義の関西派は後景に退き、統一委員会派のさらぎ徳二が議長となった。
68年10月21日の防衛庁突入闘争、新宿騒乱地点あたりから、ブント政治局は、明確な方針を打ち出せなくなる。69年1月東大紛争では、荒岱介率いる社学同に撤退を指示したが拒否される。中大独立社学同は、ブント中央ー学対の統制を離れる傾向を強る。ブント政治局は4・28沖縄闘争前3月塩見孝也に政治局を辞めることを要求する。塩見孝也グループは、塩見の「過渡期世界論―世界同時革命」以来の「軍事」主義(「RG・共産主義突撃隊」の考案など)をさらに強め「前段階蜂起」という主張の元、4・28沖縄反戦デー闘争の前に、分派を形成する。6月あたりから「赤軍派」と名乗ることとなる。
1969年4月28日の学生など一万人が、霞ヶ関占拠を目指し東京―新橋―御茶ノ水駅などで「武装」デモを行った、沖縄反戦デー闘争では、その前日に、ブント議長さらぎ徳二などに破壊活動防止法が個人適用される。ブントへの団体適用ではなかったが、明確に組織潰しが目的とされていた。