ディエゴ・ライネス (イエズス会総長)
2年間の空白はスペイン王フェリペ2世と教皇パウルス4世の対立があったため総会を召集出来なかったからだが、ロヨラが後継者をはっきりと定めていなかったことにも原因があり、一時ロヨラから総長代理に任命されたヘロニモ・ナダール(英語版)が浮上、ロヨラやライネスの同志で創立者の1人でもあるボバディリャが権限の委譲を要求したり、会憲を批判する陳情書を教皇へ送ったりして混乱を助長させた。前者の問題はナダールがライネスを支持したため、後者は教皇から裁量を委ねられたアントニオ・ギスリエーリ枢機卿(後の教皇ピウス5世)がボバディリャを説得・要求を断念させたため解消、こうした難題を経てようやく召集された総会でライネスが総長に選出された。
総長としての活動は会憲の検討と承認、諸国の会議出席が挙げられる。教皇ピウス4世の命令でローマを離れ、1561年にフランスのカトリーヌ・ド・メディシスがプロテスタントのカルヴァン派とカトリックの和解を図り召集したポワシー会談(英語版)、翌1562年にトリエント公会議に出席した。フランスではポワシー会談でカトリックの正統性を強く主張して会談は決裂、ガリカニスム主義者がイエズス会の進出を妨害するなど苦難続きだったが、ナダールを右腕として会憲の内容を説明して普及に努めた。また、スペイン人会士フランシスコ・ボルハがポルトガル王家の信任を得ると、国王セバスティアン1世の助言者にカマラ神父を派遣、1561年にスペインの異端審問所に迫害され窮地に陥ったボルハへピウス4世のローマ召喚命令を伝え、彼がポルトガルからローマへ亡命すると総長代理を任せた。
1565年1月19日、ローマで死去。7月2日に開かれた総会でボルハが第3代総長に選出された。