プロモーター
クラスIIIプロモーター class III promoter は転写開始の過程をその構造により3つに分ける。
I型。遺伝子内部にあり、Aブロック、中間エレメント、Bブロックを持つもの。TFIIIA、TFIIIB、TFIIIC の三つが必要
遺伝子構造の内部にA ブロック(+20 の位置)、B ブロック(+51 から+113 の位置)の二つを持つもの。TFIIIB、TFIIIC の二つが必要。
TATA ボックス(-25 の位置)、PSE(近位配列要素;-55 の位置)を持つもの。TBP、TFIIIB、PTF の三つの因子が必要
の3つの様式に分かれる。いずれも転写因子の認識配列だけを有するが、3つを次の各項で紹介する。
rrn geneのプロモーターを制御するのはその塩基配列だけではない。開始NTP (iNTP) とグアノシン5'二リン酸3'二リン酸 (ppGpp) の2つの小さな分子も外部から制御を行う。iNTP存在下は転写産物の材料であるヌクレオチド濃度が高いようだ。INTPは開放型プロモーター複合体を安定化することで転写開始を促す。一方、細胞内のアミノ酸濃度が低く、タンパク質合成がしにくいときはrRNAの合成も必要なくなる。リボソームはアミノ酸を持たないtRNAが結合すると、アミノ酸の不足を感知する。すると、RelAというリボソーム関連タンパク質が警告を受け、ppGppを合成する。警告(alarm)からppGppをアラーモンと呼ぶ。開放型プロモーターをさらに不安定にし、転写を抑制する。