イネ
イネ(稲、稻、禾)は、イネ科イネ属の植物。属名Oryza は古代ギリシア語由来のラテン語で「米」または「イネ」を意味する。種小名 sativa は「栽培されている」といった意味である。収穫物は米と呼ばれ、トウモロコシやコムギ(小麦)とともに世界三大穀物の一つとなっている。稲禾(とうか)、禾稲(かとう)などとも呼ばれる。
現在、交配育種法の中でも広く普及している方法が、温室や暖地栽培による世代促進を利用した、集団育種法である。これは、多くの遺伝子座がホモ接合となり、各々の雑種個体が遺伝的に固定するまでは、無選抜で自殖させ、雑種第5世代(F5世代)くらいに個体選抜を行う方法である。ほとんどの場合、一年に2回以上収穫出来るような温暖地(九州、沖縄等)や、温室を利用して年に2~3回収穫期を迎えさせ、自殖を繰り返させる。これを世代促進という。世代促進を行わない場合は、一年に1回しか収穫できないため、遺伝的に固定するまで雑種集団を自殖させるのに5~6年かかるが、世代促進を行うことで、3~4年に短縮することができる。また遺伝的固定度が高い状態から選抜し、系統化するため効率的である。
黒米、赤米、緑米などを総称して有色米という。野生種に近い米であるとされるものの、販売されている有色米の多くは近代品種である。例を挙げると、黒米では「おくのむらさき(種苗法登録は2003年)」、「朝紫(種苗法登録は1998年)」、「むらさきの舞(種苗法登録は2002年)」等があり、赤米では「ベニロマン(種苗法登録は1998年)」、「紅衣(種苗法登録は2005年)」がある。これらの品種を「古代米」や「在来種、在来米、在来稲」と、あたかも在来品種であるように呼び宣伝文句にするケースが散見されるが、在来品種ではないため注意が必要である。
また、以上の野生稲や在来品種とは異なる有色米が雑草稲と呼ばれ問題となっている。雑草稲が収穫した米に混入すると、品質低下の原因となる。
イネは、生物学や農学において、植物のモデル生物として用いられている。イネは主要穀物の中ではゲノムサイズが小さく(トウモロコシの1/6、小麦の1/40)、穀物の遺伝情報を知る上でモデルとして好適とされる。
農研機構(旧農業生物資源研究所)がコシヒカリ・ファミリーである「コシヒカリ」「ひとめぼれ」「あきたこまち」「ヒノヒカリ」を分析した結果、6つのDNAを共通して受け継いでいることが判明している。特に興味深いのは明治時代に東西の横綱と称された「亀の尾」「旭」のDNAを引いていることが挙げられる。
ゲノム研究所 (TIGR) やイネゲノム研究プログラム (RGP) 国際チームが「日本晴」のゲノムプロジェクトが進行しており、イネゲノムの塩基配列は、2002年12月に重要部分の解読が完了し、2004年12月には完全解読が達成されている。先述のようにイネは単子葉植物のモデル生物であり、植物としては双子葉植物であるシロイヌナズナに続いて2番目、単子葉植物としては初めての全ゲノム完全解読となった。
イネは洪水などで水没すると呼吸が出来ず枯れてしまうのが弱点だが、名古屋大学の芦苅基行教授らが水没に耐えられるような茎を伸ばす遺伝子を解明した。他にも、いもち病にかかりにくいが食感の悪い「おかぼ」の遺伝子を研究し、食感が失われない「ともほなみ」を2009年に開発している。
純系の品種ではない例としては、純系の親同士を掛け合わせたF1(雑種第一代)を種子として販売する方式のF1品種がある(三井化学アグロ「みつひかり」等)。トマト等の野菜では普及が進んでいるが(タキイ種苗「桃太郎」等)、イネではさほど普及していない。