IRT9番街線脱線事故
しかしながら、事故の後に行方不明となったケリーは、最後の1秒でジャクソンが進路を変更しケリーの列車を異線に進入させたと非難し、他の路線へ運転士業務に戻ることを強制し会社に迷惑を掛けた。しかし、結局ケリーは運転士業務に戻ることはできなかった。彼の説明によると、59丁目駅に停車中に駅員から次の停車駅を42丁目駅に変更し50丁目駅を通過することとの通達を受けており、50丁目駅を通過することに気を取られていた結果信号機の現示に分岐点進入直前まで気付くことができず、ブレーキを掛けるのが遅れ事故が発生したとした。ケリーは事故から2年後の1907年6月にサンフランシスコで発見され逮捕された。
1909年2月にケリーは別の受刑者と共にシンシン刑務所から脱獄したが、受刑者が病気に掛かった際に一人で逃亡を続けることを拒みその後二人とも逮捕された。