日本における2019年コロナウイルス感染症の流行のタイムライン
5月12日 - 政府は、緊急事態宣言の対象地域に愛知県と福岡県を5月31日を期限として追加した。同日、神奈川県は横須賀市・藤沢市・茅ヶ崎市・逗子市・三浦市・伊勢原市・葉山町・寒川町を5月31日までのまん延防止等重点措置の対象に追加した。
5月16日 - 政府は緊急事態宣言の対象地域に5月31日までの期限で北海道と広島県、岡山県を追加した。同日、政府はまん延防止等重点措置の対象地域に6月13日までの期限で群馬県前橋市・高崎市・伊勢崎市・太田市・沼田市・渋川市・藤岡市・富岡市・安中市・玉村町、石川県金沢市、熊本県熊本市 が追加された。
5月23日 - この日、政府は、6月20日までの期限で沖縄県に緊急事態宣言を発令した。
5月28日 - 政府は、緊急事態宣言の期限を6月20日まで延長することを決定した。同日、政府は、まん延防止等重点措置の期限を群馬県・石川県・熊本県を除き6月20日に延長した。
4月上旬に地方で確認された大規模クラスターは、首都圏への出張が基点となっていたことが判明している。
欧州系統のウイルス株が全国規模で同時多発的に流行した後、欧州株から1、2塩基変異した、地域に固有のクラスターは5月下旬に少しずつ収束へ向かった。3月中旬から5月中旬に確認された症例報告数の増加は一旦落ち着いたことから、5月25日には全国に発出されていた緊急事態宣言がすべて解除され、6月19日には全国を対象とした県境を越える移動の自粛要請も全面的に解除された。しかし、6月上旬から感染者数が再び増加傾向に転じ、中旬以降、大都市および周辺地域において20代から30代の若い世代を中心に新規感染者数が再び増加しており、7月にかけて東京都を中心にクラスターの多発が確認された。それに並行して、7月上旬から地方でも検査陽性者数が増加した。6月中旬の段階で、欧州株(3月中旬)から比較して6塩基の変異を有するゲノム・クラスターが確認されており、これ以降、全国各地で確認されている陽性患者の多くは、ゲノム分子疫学上、このクラスターに集約されるものと見られている。6月19日から、十分な感染症対策を前提として部分的に経済活動が再開されているが、収束に至らなかった感染者群を起点とするクラスターが発生し、地方出張などが一つの要因になって東京一極では収まらずに全国各地へ拡散してしまった可能性が推察される。
その後、第2波が収束していない中で10月下旬頃から再び感染者が増加し、11月には第2波のピークを上回った。これは第3波とされており、観光等も原因になったとされている。11月18日には初めて1日の感染者が2,000人を超えたことが明らかとなった。