宝厳寺
江戸時代となっても当寺は弁才天信仰と西国三十三所観音霊場の札所として大いに賑わったが、明治時代となって神仏分離令が出されると、時の政府は本堂である弁才天堂を平安時代の『延喜式』に見える「都久夫須麻神社」という社名に変更することを強要し、1871年(明治4年)には大津県庁より仏教寺院としての宝厳寺は廃寺するように、との命令も出されて危機を迎える。しかし、寺側は大弁才天は神道の神ではなく仏教の仏であると主張して譲らなかった。結局、竹生島の信仰施設は宝厳寺と都久夫須麻神社に分離することになり、1874年(明治7年)に「寺」と「神社」の境界が決まり、これまでの寺の本堂が分離した都久夫須麻神社の本殿となった。1883年(明治16年)には寺の財産と神社の財産が区別されて今日に至っている。現状、宝厳寺と都久夫須麻神社は別法人であるが、宝厳寺観音堂と都久夫須麻神社本殿は渡り廊下で直接連絡しており、両者はもともと不可分の関係にあることがわかる。
寺・社分離以来、本堂がなかった宝厳寺であるが、太平洋戦争中の1942年(昭和17年)に現在の本堂が建立され、再び本尊大弁才天が祀られた。
2013年(平成25年)4月から2020年(令和2年)3月にかけて唐門・観音堂・舟廊下の全体修理が行われた。全体修理は1946年(昭和21年)以来である。修復内容は、檜皮葺の全面葺き替え、彫刻などの彩色修理、漆の塗り直し、飾り金具の鍍金などが行われた。