明眼院
次いで寛永9年(1632年)に後水尾上皇の皇女の眼病の治療にあたったことから「明眼院」の院号を賜った。明和3年(1766年)には桃園帝の第2皇子の治療を行なったことから勅願寺の格式が与えられた。
その頃、明眼院に治療に訪れたキリシタンが、幕府や尾張藩の迫害を逃れ、匿ったお礼にいわゆる「キリシタン灯籠」を寄贈した。円慶らはその真意を悟ったものの、困窮するものを見捨てられないとして密かに安置することを許してこのことは明治維新まで寺の極秘とされていた。後に住持円海が桜町天皇の皇女の治療にあたったことから、明眼院の住持を権大僧正に任じた。
こうして、同院の名声は広まって全国各地から診察を求める患者が来訪し、大名の小堀政一(遠州)や画家の円山応挙、国学者の本居春庭(宣長の嫡男)なども同院で治療を受けたとされている。また尾張藩からも寺領として36石が与えられていた。 28世・円如は天保年間(1830年 - 1844年)初期に長崎に遊学してオランダの医学を学び、治療に取り入れるなどしたという。
なお、江戸時代の複数の記録では5~18坊の塔頭があったとされ、慶長13年(1608年)の尾張藩による最初の検地において、7坊の塔頭の存在が記録されている。郡村徇行記には18坊との記述があるが、これが正確なものかははっきりしない。これらの塔頭のうち、蔵南坊と大智坊の間で馬嶋流眼科の本統争いから藩への訴訟が複数回に渡って行なわれた記録があり、天保7年(1836年)に大智坊が敗訴して無住になったという。
後述の大日如来坐像を安置することから「大日堂」とも呼ばれており、寺伝によれば建立は室町時代とされる。露盤には江戸時代初期の慶安2年(1649年)の銘が刻まれており、13世・円慶による大修理の記録と考えられているが、その文面から円慶が再興・建立したとする説もある。「張州勝藍開帳集」や「尾張名所図会」にも描かれた、二層構造の多宝塔だったが、明治維新ののちに寺とともに荒廃し、さらに1891年(明治24年)の濃尾地震で大きな被害を受けたことから上層は撤去され、下層のみの現在の姿になった。また、この際に相輪も2つを残して取り除かれている。さらに1959年(昭和34年)の伊勢湾台風でも被害を受けたため、1970年(昭和45年)に修復が行なわれた。2014年(平成26年)10月に国の登録有形文化財に登録された。