湖西線
2003年(平成15年) 10月1日:コンコースの喫煙コーナーが廃止。 11月1日:山科駅 - 近江舞子駅の各駅でICカード「ICOCA」導入。
2004年(平成16年)10月16日:朝の新快速1往復が永原駅まで運転区間を延長、これで永原駅発着の新快速は2往復となる。
2006年(平成18年) 9月24日:永原駅 - 近江塩津駅間が交流電化から直流電化に変更。 10月21日:新快速・快速が敦賀駅まで延長(1往復のみ近江今津発着)され湖西線全区間運転となる。北小松駅 - 近江塩津駅の各駅でICカード「ICOCA」が利用可能になる。 12月21日:滋賀電車内駅構内連続強姦事件が発生。
2008年(平成20年)3月15日:西大津駅が大津京駅に、雄琴駅がおごと温泉駅に改称。
2009年(平成21年)7月1日:山科駅 - 永原駅間の各駅でホーム上の喫煙コーナーが廃止されて全面禁煙化。
2010年(平成22年)12月1日:組織改正により、京都支社の管轄から近畿統括本部の管轄に変更。
2011年(平成23年) 1月27日:永原駅構内で折返し列車が積雪のため脱線。 3月12日:ダイヤ改正で新旭駅のホーム有効長が12両対応に延伸。同時に新快速が12両での運行開始。以前から12両で運行していた新旭駅・近江高島駅・北小松駅を通過の大阪方面行き快速が、敦賀行きと同様に近江舞子駅までの各駅に停車となる。
普通列車の列車番号は、堅田駅・近江舞子駅発着の列車は2800番台、近江今津駅・永原駅・近江塩津駅・敦賀駅を発着する列車は1800番台として区別している。ただし、近江今津駅 - 近江塩津駅 - 敦賀駅間を運行する列車は4800番台を与えることを基本としている。敦賀駅発着の新快速・快速は近江今津駅で列車番号が変わる。
近江今津駅を発着する北陸線方面の列車と新快速および京都駅から直通する普通との間で列車番号の奇数・偶数が逆転している。