穂高駅
島式ホーム1面2線を持つ地上駅。改札内に、1番線をホーム北端へ渡る構内踏切が設置されている。また、さらに駅舎側にはアスファルト詰めの引き込み線がある。木造駅舎を有する。
大きくカーブしたホームで、車掌用モニターと注意を促す自動アナウンスが設置されている。また、特急「あずさ」停車対応のため、構内踏切への斜路を一部嵩上げしホームを延長しているが、1番線は8両編成までの対応に留まり、大糸線内9両編成となる「あずさ」(E257系)は上り、下りを問わず2番線に入線する(2010年3月13日のダイヤ改正まで運転されていた「スーパーあずさ」(E351系)は大糸線内は8両編成のため、1番線を使用可能だった)。それ以外の普通列車は原則として上りが1番線、下りが2番線を使用するが、例外的に当駅始発となる上り普通列車1本が2番線から発車している。
豊科駅管理の業務委託駅で、ステーションビルMIDORIが駅業務を受託している。駅舎内には指定席券売機・自販機が設置されているが、キヨスクなどの売店はない。駅舎は、駅名の由来ともされる穂高神社を模した社殿型の構造を取っており、アートギャラリー穂高が隣接している。
2010年現在、当駅始発着となる列車が1日3本(上り1本/下り2本)存在する。
また、発車ベルが完備されている(大糸線にはこの他に信濃大町駅と信濃森上駅、南小谷駅のみ。梓橋駅にも設置はされているが上り3両編成のみ対応しているだけで滅多に使用されない)。
JR東日本によると、2022年度(令和4年度)の1日平均乗車人員は996人である。
2000年度(平成12年度)以降の推移は以下のとおりである。