バスマチ蜂起
後に彼は日本に亡命し、ソ連におけるイスラム・ファクターに関する諜報の専門家となった。
これらの活動と同時に、中国領トルキスタンを経由して、アフガニスタン領土でも活発な活動が展開された。アフガニスタンからは、中央アジアのバスマチとの関係が確立された。第二部の特別の関心を引いたのは、汎イスラム政党「ウエム・ジャミヤチ」(ウラマー会議)の活動家、並びに1918年2月にボリシェヴィキにより廃止されたコーカンド自治州の指導者達だった。1921年にウラジオストクに住み着いた元自治政府副議長シャー=イスラム・シャギアフメトフと最も密接な関係が確立された。
1922年秋のシベリアからの撤兵後も活動は継続し、第二部は、タジキスタン及びウズベキスタンのバスマチの支援に着手した。1920年代末から1930年代初め、第二部は、ウズベク人バスマチ指導者イブラヒム=ベク(英語版)と密接な関係を確立した。当時、イブラヒム=ベクは、アフガニスタン北部で顕著な軍事・政治的影響力を有し、タジキスタンに非常に多数の、ウズベキスタンにある程度の支持者を有していた。第二部は、彼の側近ウタン=ベクを通して彼と接触した。しかしながら、1931年夏にイブラヒム=ベクの部隊が撃破されてからは、日本の活動はアフガニスタン領内へと縮小した。
ロシア帝国の保護国であったブハラ・アミール国では、ジャディード知識人を中心とした青年ブハラ人(英語版)勢力が、1920年に赤軍の支援を受けて、アミール政権を打倒した。青年ブハラ人勢力は、ジャディードのファイズッラ・ホジャエフを首班として、ブハラ人民ソビエト共和国を設立した。政権を追われたアミール・サイイド・アリム・ハンは、旧政権の勢力を糾合して反ソ活動を行うこととなった。アミールは、ロカイ族の首長イブラヒム=ベク(英語版)に率いられたトルクメン人部隊を使い、赤軍に頑強に抵抗したが敗北し、1921年にはアフガニスタンへの逃亡を余儀なくされた。
一方、ソビエト当局は、オスマン帝国の元陸相でモスクワに亡命していたエンヴェル・パシャをブハラに派遣し、バスマチ勢力の切り崩しを図った。しかし、アミールらと接触したエンヴェルは、バスマチ勢力側に寝返り、バスマチ諸勢力の糾合を目指し、ドゥシャンベ市を占領するなど各地を転戦した。しかし、1922年8月4日に、東ブハラのバルジャン(現在のタジキスタン)にてエンヴェルは赤軍の攻撃を受け戦死した。その後、バスマチ勢力は山岳地帯でのゲリラ戦に移行し、住民からの支持を失い次第に勢力を失っていった。エンヴェル・パシャの裏切りによって、1923年に汎テュルク主義のスルタンガリエフらも反ソ運動を行ったという罪状で逮捕され、1940年に処刑された。