本州四国連絡道路
全国共通料金の具体的な水準について出資自治体は、海峡部の料率が伊勢湾岸道路のそれ(108.1円/km)を上回らないことを求めた。
一方、競合交通機関は、全国共通料金が導入されると、通常料金で5割引相当、時間帯割引適用後で最大7.5割引相当になると試算、「税金を投入して実施されている各種の割引制度は、なんとしても見直し(廃止または縮小)していただきたい。」(日本旅客船協会)、「割引を行ったとしても、瀬戸中央道早島 - 坂出間普通車で3,000円程度」(JR四国)と、国土交通省 社会資本整備審議会 道路分科会 国土幹線道路部会において要望した。
2013年6月25日に出された同部会の中間答申では、多額の建設費や海峡部横断という特別な便益を提供していることから、料金水準を他の区間より高くすることは妥当だが、有効活用の観点から大きな差とならないようにすべきとされた。割引については、他の交通機関への影響があったことに鑑み、実質の水準を考慮して割引の縮小を図るべきとされた。
これに基づき、同年12月20日発表の国土交通省発表の基本方針で、陸上部は高速自動車国道普通区間と同じ24.6円/km、海峡部は伊勢湾岸道路と同等の108.1円/kmに、料金水準の整理を行うこととされた。割引については、平日の通勤時間帯の多頻度利用と休日に利用する車に対して2013年度時点の割引後料金を維持するものとされた。2014年2月14日から27日までNEXCOと併せてパブリックコメントが行われた後、3月14日、JB本四高速に対し事業変更許可が出され、2014年4月1日からの新料金が正式決定された。これにあたって、本四道路は全国路線網に編入された。