縄文犬
弥生時代には稲作農耕に伴い大陸からブタ・ニワトリなど家畜が導入される。弥生時代のイヌは縄文犬と同様の小型犬であるが、額段や頬骨弓の形質が異なり、ユーラシア大陸の新石器時代の遺跡から出土するイヌと共通の特徴を持つことが指摘される 。日本列島では愛知県の朝日遺跡から出土したイヌに中間的な形質を持つものが見られ、縄文犬と弥生犬が同時に飼育されていたとも考えられている 。弥生犬は大陸で飼育されていたイヌが導入されたとする説と、縄文犬の形質が変化したとする説がある 。
北海道では弥生文化が浸透しなかったため北海道犬は南方由来のイヌが残ったとする説も見られたが、その後、日本イヌの系統は複合的・多元的に形成されたものであることが指摘されている。