新日鉱ホールディングス
2003年(平成15年)4月、グループ事業の再編が行われ、ジャパンエナジーがジャパンエナジー電子材料(JE電子)に社名を変更、石油事業を分割し2代目となる株式会社ジャパンエナジーを設立した。これにより、新日鉱ホールディングスの傘下には日鉱金属とJE電子が並び、JE電子の下にジャパンエナジーと日鉱マテリアルズが置かれる形となった。
同年10月、JE電子が新日鉱ホールディングスに合併し、JE電子の傘下であったジャパンエナジーと日鉱マテリアルズが直接の子会社になった。また同時に日鉱金属から金属加工部門が日鉱金属加工株式会社として独立し、新日鉱ホールディングスの傘下にジャパンエナジー(石油事業)、日鉱金属(金属事業)、日鉱マテリアルズ(電子材料事業)、日鉱金属加工(金属加工事業)の4社が並ぶ体制となった。
2006年(平成18年)4月、金属事業3社が再編が行われた。初代の日鉱金属は日鉱マテリアルズに事業を譲渡した上で新日鉱ホールディングスに合併。日鉱マテリアルズは2代目となる日鉱金属株式会社に社名を変更、日鉱金属加工を合併した。この結果、グループの企業は石油事業のジャパンエナジー、金属事業の日鉱金属の2社となった。
一時期コンビニエンスストアのam/pm(現・ファミリーマート)を子会社として展開。GS併設用から始め、その後は都心コンビニの先駆となったが、その後全株式をレックス・ホールディングスに売却しグループから離脱した。
2008年(平成20年)12月4日、石油元売首位の新日本石油株式会社との間で、経営統合の覚書を締結し、その旨を発表。2009年(平成21年)10月30日には、新日本石油との経営統合契約を締結した。
2010年(平成22年)4月1日に共同で株式移転を行い持株会社・JXホールディングス株式会社(現・ENEOSホールディングス株式会社)を設立、その傘下子会社となる形で経営統合し、JXグループ(現・ENEOSグループ)が発足した。これに伴い、新日鉱ホールディングスは中間持株会社となった。さらに同社は、2010年(平成22年)7月1日に日鉱金属を吸収合併し、存続会社として事業会社へ転換し、JX日鉱日石金属株式会社となった。
本社として利用していた新日鉱ビルは、経営統合完了後、「虎ノ門ツインビルディング」に改称されている。