家畜
ニホンミツバチ(日本蜜蜂)
セイヨウミツバチ(西洋蜜蜂)
飼料に添加したり、人工授精時の精液に添加するなど、畜産業では抗生物質が多用されており、世界の抗生物質の66%は家畜に使用されている。WHOが人間の健康にとって「最優先で極めて重要」(HP-CIA)と分類する抗生物質も畜産動物に使用されており、こういった家畜に成長目的や病気予防目的で多用される抗生物質が耐性菌を産み出す原因になっていると指摘されている。例えばフルオロキノロン系抗菌剤は、大腸菌症の予防・治療のために家禽に広く使用されているが、家禽でのフルオロキノロンの使用がヒトのフルオロキノロン耐性カンピロバクター感染の増加を引き起こしたという理由で、米国FDAは2001年に家禽へのフルオロキノロン承認を1つ取り下げ、2005年にさらにもう1つの承認を取り下げた(アメリカ合衆国では1999年の時点でカンピロバクターの54パーセントが耐性菌になっていたといわれている)。