DNA結合タンパク質
DNA-タンパク質相互作用の検出方法には多くのin vitroおよびin vivo技術があり、現在使用されている方法の一部を以下に示す。
電気泳動移動度シフトアッセイは広範なサンプルに対して利用できる。
DNaseフットプリントアッセイは、DNAへ結合するためのタンパク質の結合部位を特定できる。
クロマチン免疫沈降は、既知の転写因子に結合するDNA断片の配列を特定するために使用される。この手法は、ハイスループットDNAシーケンシングと組み合わせた場合はChIP-Seqと呼ばれ、 マイクロアレイと組み合わせた場合はChIP-chipと呼ばれる。
酵母ワンハイブリッドシステム (Yeast one-hybrid System:Y1H)と細菌ワンハイブリッドシステム(Bacterial one-hybrid system :B1H)は、特定のDNA断片に結合するタンパク質を特定するために使用される。
タンパク質とDNAの相互作用を非常に詳細に画像化するために、 X線結晶構造解析を使用した構造決定がされている。