第五青函丸
なお、新羅丸は1943年(昭和18年)には3月から4月に関釜航路助勤、1944年(昭和19年)は3月から4月にかけ大湊 - 択捉島単冠湾間の兵員輸送、6月から9月には大泊 - 新潟間の自動車燃料輸送を行い、さらに1945年(昭和20年)1月には函館 - 新潟間で運航され、4月には関釜航路助勤のまま4月20日付で関釜航路に転属し、尾道での入渠後5月25日関門海峡東口で機雷に触れ沈没してしまった。
青函間の機帆船による輸送実績は石炭輸送開始前の1942年(昭和17年)度は4万998トンで、翌1943年(昭和18年)度から機帆船による石炭輸送が開始され、石炭輸送実績31万1477トン、石炭以外の輸送実績は14万8907トンであった。この年度は直前の3月から第四青函丸の就航により石炭列車航送が開始され、年明け1月からW1(第五青函丸)も就航し、同年度の石炭航送実績は61万2711トン(青函間上り貨物輸送実績は201万1079トン)であった。機帆船は車両渡船半隻分以上の石炭輸送を行い、車両渡船建造遅れを補っていたことになる。
また、第六青函丸、第七青函丸、第八青函丸、第十一青函丸、第十二青函丸のボイラー への過熱器付加、主機換装と発電機増設(50kVA2台から3台へ)、減速歯車を含む主機の平時型高低圧タービン2筒式への換装、二重底新設などの船質改善工事が進められた。工事時期の詳細は「各船の概要と沿革」の項参照のこと。
なお二重底新設は各船とも第1船艙、第2船艙、ボイラー室、機械室、車軸室の5区画で行われ、深水タンクの第3船艙は単底のままであった。ボイラー室、機械室では高さ90cmの区画式二重底を、残り3区画は水密第二甲板設置としたが、施工第1船の第六青函丸では第1船艙、第2船艙も区画式二重底が採用された。この工事は新造時であれば特に困難な工事ではないが、既存のタービン、ボイラーその他機器類のある中のため難工事であった。
車両積載数は、新造時は原型となった第四青函丸同様ワム換算44両であったが、1952年(昭和27年)にはワム換算46両積載可能とされていた。なお、W型船の戦前の車両甲板平面図と戦後の同図を比較すると、船2番線と船3番線が錨鎖庫の長さ分約2.7m延長されているが、これと積載車両数増加の関係は不明である。
このため鉄道省は1942年(昭和17年)春、石炭輸送の陸運転移に伴う青函航路の石炭輸送量を1943年(昭和18年)10月には年間130万トン、1944年(昭和19年)10月には250万トンに達すると予測し、車両渡船1隻で年間45万トン輸送できるものとして建造中の第四青函丸を含む車両渡船4隻の早期建造を海軍艦政本部に要請した。
鉄道も、当時これらのルートの大部分は単線で、線路容量増大のため、多くの信号場が建設中で、複線化工事を急いでいた区間もあった。青函航路においても、函館港では1941年(昭和16年)4月から、青森港では 1940年(昭和15年)11月から、車両渡船用岸壁増設工事が進められており、函館港有川埠頭の函館第3第4岸壁が1944年(昭和19年)1月3日と11月17日から使用開始され、青森第3岸壁は1944年(昭和19年)5月1日から昼間のみ使用開始(7月20日より昼夜使用)された。さらに、有川埠頭では引き続き函館第4岸壁の裏側に右舷着けの第5岸壁の工事が進められ、青森側でも1943年(昭和18年)12月からは夏泊半島東側の小湊に突堤の両側使用となる2岸壁の建設工事が進められた。これら両港の岸壁増設工事と並行して、航送貨車中継施設増強工事も行われ、函館側では五稜郭操車場新設工事が1942年(昭和17年)4月に着工され、1944年(昭和19年)9月に完成し、既設の青森操車場も1940年(昭和15年)から拡張工事が進められ、1944年(昭和19年)2月に竣工していた。
第4船。本船から資材節減と敵潜水艦から発見されにくいよう、煙突の長さをそれまでの約3/4に短縮し、船尾両舷には爆雷投下口が設置された。
終戦時稼働できた車両渡船は、本船と第七青函丸の2隻だけであったが、1945年(昭和20年)8月30日の第七青函丸の函館港北防波堤衝突事故の休航からようやく復帰した同年11月28日、今度は本船が青森第1岸壁でアメリカ軍用の貨車積み込み中、ボイラー室船底に貯留した大量のビルジ(海水混じりの汚水)が、ヒーリング操作による船体傾斜で、自由水として急速移動し、船体が左舷に傾き過ぎて灰捨孔より浸水、係留状態のまま大傾斜で沈座してしまった。1946年(昭和21年)1月1日、アメリカ海軍コンサーバー号の援助のもと浮揚。函館船渠で修復工事施工され、このとき甲板室前後の船橋楼甲板にそれぞれ木造板張りの旅客用甲板室(デッキハウス)が造設され、客載車両渡船(デッキハウス船)とした。後年、これは鋼製のデッキハウスに更新されている。また、1948年(昭和23年)1月にはボイラー4缶から5缶への増設工事が施工されたが、左舷前側への増設のため、煙突は左舷2本右舷1本の計3本となり、第十一、第十二青函丸とは逆になった。
終航直後の1964年 (昭和39年)12月3日、函館港外で、貨車投棄試験を行った。このときは、転動テコ使用による人力での投棄や、船橋楼甲板のキャプスタンに掛けたワイヤーで引き出す方法が試験された。この試験が1965年 (昭和40年)9月4日の渡島丸(初代)終航直後の水中傘による貨車投棄試験へとつながった。
終航後に船体は関西の某造船所にて浮き桟橋として使用されていたと言われている。