園城寺
本堂 - 安永5年(1776年)再建。1979年(昭和54年)に現在地に移転。
天台大師像 - 石像。
宗務本所
祠 - 観音堂がある伽藍札所から平地に下ってきた階段の右脇にある。ここは治承4年(1180年)に以仁王と源頼政が平氏軍と戦った橋合戦で活躍した僧兵の筒井浄妙の坊があった場所である。筒井浄妙は祇園祭後祭の山の一つである浄妙山で知られている。
水観寺 - 別所。西国薬師四十九霊場第48番札所。園城寺境内の道を挟んだ向かい側には三尾神社があり、正面に三尾神社の西門がある。 本堂(滋賀県指定有形文化財) - 明暦元年(1655年)再建。1988年(昭和63年)に現在地に移転。 弁天堂 - 本堂に接続している。1988年(昭和63年)に現在地に移転。 庫裏
護法社 - 元は金堂の東にあったが享保12年(1727年)に現在地(かつて唐院があった場所)に移転した。 護法善神堂(千団子社、大津市指定有形文化財) - 園城寺の守護神である護法善神(鬼子母神)像を祀る。 唐門(大津市指定有形文化財) 放生池 石造橋(重要美術品、大津市指定有形文化財) - 享保10年(1725年)再建。 表門(大津市指定有形文化財)
財林坊 - 護法社の預坊。 本地堂(大津市指定有形文化財) - 護法善神の本地仏である聖観音菩薩を祀る。 庫裡 - 享保12年(1727年)再建。 客殿 - 享保12年(1727年)再建。 預坊表門(大津市指定有形文化財) 門番所(大津市指定有形文化財)
釈迦堂(食堂、重要文化財) - 本尊は清凉寺式釈迦如来。大門を入って金堂に至る道の右側にある。桁行七間、梁間四間、入母屋造、桧皮葺の簡素な構造である。天正年間(1573年 - 1593年)造営の京都御所の清涼殿を下賜されて元和7年(1621年)に移築されたものと伝えられる。
三尾神社(隣接)
長等神社(隣接)
三橋節子美術館
大津港
皇子山陸上競技場
近江神宮
藤尾神社
黄不動像(絹本著色不動明王像、国宝)をはじめ、三井寺の仏像には平素公開されない秘仏が多い。唐院大師堂の木造智証大師像2躯(中尊大師・御骨大師、ともに国宝)、唐院大師堂の木造黄不動立像(重要文化財)、新羅善神堂の木造新羅明神坐像(国宝)、観音堂の木造如意輪観音坐像(重要文化財)、護法善神堂の木造護法善神立像(重要文化財)などはいずれも秘仏である。これら秘仏は下記の行事等の機会に公開されたことがある。
「智証大師一千百年御遠忌記念三井寺秘宝展」(1989年10月から1990年9月まで東京国立博物館など4会場で開催)および「智証大師一千百年御遠忌大法会」(1990年10月から11月に寺内で開催) - 上記秘仏のすべてが公開。
「智証大師帰朝1150年記念国宝三井寺展」(2008年11月から2009年5月まで大阪市立美術館など3会場で開催) - 上記秘仏のすべてが公開。
「天台寺門宗宗祖智証大師生誕1200年慶讃大法会」(2014年10月から11月に寺内で開催) - 大師堂で智証大師像2躯と木造黄不動像、観音堂で如意輪観音像を開扉。
「ご即位記念 秘仏御開帳」(2020年3月から6月まで寺内で開催)- 徳仁の第126代天皇即位を記念して、観音堂で如意輪観音像を開扉。
なお、金堂本尊の弥勒菩薩像(弥勒如来とも)は、天智天皇の念持仏と伝え、唐からの請来像ともいうが、公開されたことがなく、写真も存在しないため、いかなる像であるかは不明である。