山科本願寺
本丸に相当。主な建物として「御影堂」(寺内最大の建物)「向所」「寝殿」「阿弥陀堂」等があった。現在この周辺は宅地化されたうえに国道1号線と東海道新幹線が横切り、寺跡であったことをしのばさせるものはない。唯一東側に、主要部分を防御していた土塁跡がある。