内藤氏
藤原氏秀郷流の一族とされるが前歴は不明である。しかし、細川内衆とされていることから、細川氏の直属の家臣であったと思われる。永享3年(1431年)に丹波守護代である香西元資が罷免されると、細川京兆家の被官である内藤信承が守護代に就任、入国した内藤氏は船井郡八木に根拠を構えたことから内藤氏の丹波支配が始まる。ただし、細川氏は領国支配政策として分郡守護代制を布いていることから、内藤氏が丹波一国を支配していたかどうかは不明である。
応仁元年(1467年)からの応仁の乱の際には、但馬より出撃した山名方の将・太田垣氏と丹波諸豪を従え夜久野で交戦している。しかし、文明11年(1479年)に内藤元貞が細川被官の一宮氏の年貢免除を認めなかったため、細川家当主の細川政元が拉致される事件が起こり、文明14年(1482年)守護代を罷免された。代わって守護代に就いたのは上原賢家・元秀親子で、丹波物部の豪族である。細川政元の信任厚かったものの驕慢の振る舞いが多かったため丹波諸豪族の怒りを買い、延徳元年(1489年)11月に位田の乱が起こった。明応2年(1493年)、上原元秀が死亡、上原賢家も明応4年(1495年)に失脚し、内藤元貞が守護代に復任した。
内藤氏には甲斐に土着した一派も存在する。代々武田氏に仕えたとされるが内藤虎資が守護武田信虎に粛清され、一時断絶した。
甲斐の内藤氏は工藤氏の系譜を引く一族として知られる。工藤氏は鎌倉時代に甲斐源氏に属した一族であり、戦国時代には、『勝山記』によれば永正5年(1508年)に郡内領主の小山田弥太郎が甲斐守護・武田信虎に反抗して敗れる。『勝山記』によれば、このとき郡内小山田氏の一族・小山田平三とともに「工藤殿」が相模国の伊勢宗瑞(北条早雲)を頼って亡命しており、これが工藤下総守にあたるとも考えられている。
工藤下総守の子と考えられている兄弟に工藤長門守・内藤昌秀(昌豊、工藤祐長)がいる。内藤昌秀は晴信(信玄)に仕えた譜代家老衆・側近で、永禄2年(1559年)時点で「工藤源左衛門尉」を称している。永禄6年(1563年)頃から永禄13年(1570年頃まで、信濃深志城(長野県松本市)に在城しており、武田氏の信濃侵攻や、越後国長尾氏(上杉氏)との川中島の戦いで活躍している。
昌秀は永禄9年(1566年)頃から西上野国衆との取次を務めており、浅利信種の後任として元亀元年(1570年)には西上野箕輪城(群馬県高崎市箕郷町)の城代となる。