元祖天才バカボン
ただし1作目同様、原作で描かれている暴力的表現や残酷な描写などは、アニメ化に際して大幅に書き換えられている。また、原作では理由不明だった話に独自の理由付けをするなどの改変を入れることもあり、例えば、バカボンのパパ以外の登場人物が「キャキャキャ」としか言えなくなり、パパは1日遅れて「キャキャキャ」としか言えなくなった第81話(原作「キェンキャイキャキャキョン」)は、友好的な宇宙人が地球調査のために「キノガイ病」の特殊細菌を蒔いて「キャキャキャ」のみ言えるようになったとの理由付けがされており、また、パパとバカボンがロケットでブタ星へ行った第86話(原作「ブタの惑星」)は、原作では唐突にロケットに乗っているのに対し、アニメではハジメが造ったロケットに乗って出発したことになっている。この他、ロッキード事件や山口百恵など放送当時の流行ネタも登場した。
この他第107話からはショート・ショート作品3本をまとめた「ショートギャグでコニャニャチワ」シリーズが不定期に6本放送、特に3本立て目は必ず「泥棒もの」を放送していた。
主要キャストは田の中勇から肝付兼太に変更した本官さん以外は第1作を踏襲したが、天才バカボンのアニメシリーズで主要キャストが継続された例は本作のみであり、以降の作品は赤塚から指示があったママ役の増山江威子を除き、作品毎に主要キャストは大きく異なっている。キャストの仲は良く雨森のフォルクスワーゲンで増山の別荘に行ったり、赤塚がオカマバーに連れて行ったこともあるという。