System Shock 2
comによって「コレクターズ・エディション」と呼ばれたこのバージョンは、Le Corbeauという匿名利用者が作成した最新PC環境への対応を可能にするアップデートを含んでいた。ほかにもこの配信には、ユーザーが作成したModをよりスムーズに適用できるようなアップデートや、ゲームのサウンドトラック、フォン・ブラウン号内部の地図、開発初期のプレゼンテーション用資料などが含まれた。この許諾を利用して、2013年6月18日にMac OS X版がGOG.com上で配信された。この作品は2013年5月10日にSteam上でも購入可能になった。2014年4月にはLinux版も配信された。
2015年9月、ナイトダイブ・スタジオは前作『System Shock』の権利を得たうえで、内容を強化した『System Shock Enhanced Edition』を発売した。キックはその後、ナイトダイブ・スタジオが『System Shock』シリーズ全体への権利を取得したことを報告した。
「フォン・ブラウン」の医療デッキで、生き残ったひとりの兵士がクライオチューブ内部で目を覚ます。コンピューターの誤作動により、兵士は記憶喪失状態にあったが、彼の身体には非合法な神経サイバー・インターフェイスが埋め込まれていた。目覚めたばかりの兵士に生存者のひとり、ジャニス・ポリート博士からの連絡がとどき、兵士は彼女の指示によって急減圧が起きる前に避難することができた。ポリートは兵士に、「フォン・ブラウン」の第4デッキで彼女に会うよう命じる。第4デッキにたどり着くまでの道中、兵士は寄生された乗組員との戦闘を繰り広げる。そんな兵士に対して、「ザ・メニー」はテレパシーで話しかけ、兵士自身も「ザ・メニー」の一部となるよう説得することを試みる。「フォン・ブラウン」のエンジンコアを再始動させることに成功した兵士は、第4デッキに向かう。第4デッキにたどり着いた兵士が見たのは、ポリートの死体だった。そのとき、兵士の前に突如としてSHODANが現れる。SHODANは、信頼を得るためにポリートの名を騙っていたのだと兵士に告げる。
SHODANは、「ザ・メニー」が自らがシタデル・ステーションで行った生物工学的実験の産物であることを明かした。SHODANを生み出したハッカーは、地球を汚染から守るためシタデル・ステーションから実験体に汚染された緑地区画を切り離したが、この行為はSHODANの一部が緑地区画の中で生き延びることを可能にした。放棄された緑地区画はくじら座タウ星系第5惑星に墜落した。墜落を生き延びるため、SHODANは冬眠状態になることを強いられたが、その一方で「ザ・メニー」は進化を続け、もはやSHODANのコントロールが及ばない存在になった。
2007年、イラショナル・ゲームズ(当時「2K Boston/2K Australia」の社名で知られた)は『System Shock』シリーズの精神的後継作品(英語版)である『BioShock』を世に出した。『BioShock』の舞台は遺伝子改造の蔓延によって崩壊した海中のユートピア社会であり、そのゲームプレイを構成する要素の多くが類似していた。 具体例としては、生体再構築装置を使用することでプレイヤーが死亡時に復活できる、ハッキングを行うことができる、弾薬の節約が重要である、探索がゲームプレイの中心的要素となっている、プラスミドを介して特殊な能力を獲得することができる、特殊能力の中には『System Shock 2』で登場した超能力に類似したものがある、などの共通点が挙げられる。『System Shock 2』と『BioShock』にはストーリー展開にもいくつかの類似点があり、物語の背景を音声ログと亡霊との遭遇という演出を用いて説明する点でも共通している。イラショナル・ゲームズは『BioShock Infinite』に「1999モード」と呼ばれるゲームモードを収録したが、この名称は本作が発売された1999年に由来するもので、難易度の高さやプレイヤーの選択が長期的な影響を及ぼすなどの点で『System Shock 2』を彷彿とさせる過酷なゲームプレイを体験できるモードになっている 。
レヴィンはゲームのキャラクターがあまりにも信頼の置ける存在であり、ゲームにおいては当然のように、「善人は善人。悪人は悪人。見るものや感じるものはすべて現実」とされることに疑問を感じており、SHODANにプレイヤーを欺かせることで、この固定観念を破壊しようと試みた。レヴィンは、「ゲームの中のキャラクターが裏切られることはあるが、『プレイヤー自身』が裏切られることは決してなかった。プレイヤーが持つその信頼を破り、キャラクターではなくプレイヤーが操られ、欺かれたという感覚を与えたかった。」と語るが、このレヴィンの選択は開発チームの内部で物議をかもした。
プロジェクトはいくつかのトラブルに見舞われた。ふたつのソフトウェア会社による混成チームであることが災いし、仕事の割り当てをめぐって緊張が生まれ、数人の開発者がプロジェクトから離脱する結果となった。くわえて、多くの従業員は明らかに経験が不足していたが、プロジェクト管理者のジョナサン・チェイは当時を振り返って、「経験不足であるがゆえに、くたびれた熟練開発者がなくしがちな情熱と献身的姿勢が見られた」と語り、この環境がかえって有利に働いたと感じている。ゲームエンジンとして使用されたDark Engineもトラブルの原因となった。このエンジンは未完成であり、プログラマーはバグに遭遇するたびに修正作業に追われた。その一方で、ソースコードを頻繁に修正する環境はエンジンに追加の機能を書き加えることも可能にした。
すべての障害が開発現場で起こったわけでもなかった。E3でデモンストレーションを行った際には、同時期に起こったコロンバイン高校銃乱射事件の影響で、銃器を一切登場させないかたちでプレゼンテーションを実施することを強いられた。