西肥自動車
< >内は共同運行会社。なお、「 」内の愛称は共同運行会社におけるものであり、西肥自動車では昼行便を「ハイウェイエクスプレス号(HIGHWAY Express)」、過去に運行していた夜行便では「コーラルエクスプレス号(CORAL Express)」という愛称で統一している。
2019年3月24日まではクレールの丘 - 指方経由の便が運行されていたが、終着地変更に伴い運行がなくなった。また、針尾米軍住宅までの路線もハウステンボス西門までに短縮された。 2022年3月24日のダイヤ改正により、全便バイパス中央(日宇バイパス)経由となった。
佐世保-川棚線
(早岐中町以遠) - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋( - 長崎国際大学) - 日陰 - 長畑町 - 白石 - 川棚バスセンター かつては大村市内(大村営業所)まで運行されていたが、2002年に川棚までに路線短縮された。 藤原橋・早岐田子の浦を経由する佐世保駅前以遠便と、2022年3月24日のダイヤ改正により新設された花高団地・早岐支所シルバーボウル前を経由する重尾発着便がある。重尾発着便は佐世保-花高団地線の早岐支所シルバーボウル前発着便廃止による代替路線も担う。 佐世保駅前以遠便については、川棚バスセンター発の始発便が佐世保市総合医療センター入口行となる以外は佐世保駅前を発着する。川棚バスセンター発重尾行は土日祝のみ、夕方の2本が長崎国際大学経由となる。
佐世保-西海橋線
(観潮橋以遠) - 有福 - 指方 - 浦頭 ( - 口木 - 針尾小学校前) - 葉山 - 西海橋東口 - TAOYA西海橋/西海橋西口
指方 → 有福 → 観潮橋 → 早岐支所シルバーボウル前 → 早岐駅前 → (宮崎橋以遠) 西海橋西口発の重尾行には、口木経由便がある。
奈良尾車庫前 - (奈良尾港ターミナル) - (奈良尾医療センター) - 桐古里 - (白魚入口) - (中五島高校) - 若松港ターミナル 一部の便では桐入口と白魚入口の通過順番が前後するものもある。また青方-奈良尾線と同様に旧奈良尾町内では経由地が複数存在するため、奈良尾幼稚園入口や奈良尾港ターミナルを経由しない便、あるいは通過バス停の順番が前後する便もある。 中五島高校 - 若松港ターミナル間は新上五島町スクールバスとして運行されていたものを引き継ぎ、2014年4月から西肥バスの一般路線として運行されており、この区間ではnagasaki nimocaは利用不可となる。学休日は中五島高校を経由せずに若松港ターミナルへ向かう。 予約制乗合タクシー「Smart GOTO」の導入に伴い、2022年8月31日限りで運行休止となった。これに伴い、中通島と若松島の間を公共交通機関で移動することはできなくなった。
青方-飯の瀬戸線(2022年9月1日より運行休止中)
(上五島中学校前 - )青方 - 今里大橋 ( - 小浜) - 浜の浦小学校前 - 浜の浦 - 猪の浦入口 ( - 猪の浦)( - 青木)( - 焼崎・やけざき) - 飯の瀬戸(いのせど) 浜の浦 - 飯の瀬戸間は道路が狭隘なため、中型車で運行されている。 猪の浦・青木・焼崎の各バス停は上りか下りのいずれかの便が経由する。例えば下り便がこれらのバス停を経由する場合、折り返しの上り便はこれらのバス停には寄らない。 早朝には青木発飯の瀬戸行の区間便も運行されている。 予約制乗合タクシー「Smart GOTO」の導入に伴い、2022年8月31日限りで運行休止となった。
(川棚 - )波佐見役場前 - 上井石 - 鬼木 - 上中尾 - 内海 2012年4月1日廃止。翌4月2日から波佐見町予約制乗合タクシーが運行。
(佐世保駅前・平戸桟橋 - )中野 - 白石 - 生月大橋公園前 - 舘浦 - 生月一部桟橋 2003年11月1日廃止。それまで共同運行していた生月自動車の単独運行となった。
Z900 - Z9**:いすゞ製で、アルファベットはいすゞのアルファベット表記(ISUZU)に含まれている"Z"が入る K0** - K099:小型車両で、アルファベットはKOGATA(=小型)の頭文字である"K"が入る かつては、三菱ふそう製の小型車両にM001 - M069(アルファベットは三菱(MITSUBISHI)の頭文字である"M"が入る)が付けられていたが、廃車により現在は付けられておらず、メーカーを問わずK0**で付けられている。そのため、ワンボックスカーベースのマイクロバスで導入されているトヨタや日産自動車にも社番が付けられている。 小型車は貸切車や佐賀県で運行されているコミュニティバスなどトップドア車両が大半だったが、2019年3月に旧交通局にて運行されていた小型ノンステップバス(三菱ふそう・エアロミディME)3台をさせぼバス委託車両(K048 - K050)として引き継いだことで、2ドアの一般路線車も加わることとなった。2023年に3台全てが委託車両専用塗装へ塗り替えられている。
なお、整備・運行を受託する新上五島町スクールバスは同町所有の自家用車だが(前出)、これらの車両にも同社の他車との連番で社番が付けられている。
(平戸営業所 - 平戸桟橋 - )薄香別道 - 古江道 - 古江 - 中野 - 大越 - 獅子道 - ふれあいセンター入口 - 平戸市民病院 - 平戸高校前 2013年10月1日廃止。中野 - 平戸高校前間を生月自動車が代替運行。
2014年10月1日のダイヤ改正で全域にわたって土休日運行の減回が行われている。また2021年10月以降、予約制乗合タクシー「Smart GOTO」の導入に伴い運行休止となった路線もある(後述)。
なお、カッコ内はこの停留所を経由しない便があること、太字はこの停留所を終着とする便があることを意味する。また、一部の路線・便では、3月から10月までの夏ダイヤと11月から2月までの冬ダイヤがあり、最終便の運行時間が変わる。
青方循環線
青方 - 上五島高校前 - 榎津 - 青砂浦別道 - 奈摩 ( - 矢堅目) - 青方 榎津を先回りする榎津経由と奈摩を先回りする奈摩経由がある。 矢堅目を経由する便は奈摩経由便のうちの2本である。
青方-有川線
(青方港相河ターミナル - )青方 - 上五島高校前 - (箒山) - 有川 - 有川港ターミナル 上五島地区の幹線路線である。時間帯により、箒山を通らず七目トンネルを経由する便もある。 有川港ターミナル行の始発便は青方港相河(あいこ)ターミナル発となり、野母商船が運航するフェリー太古の下り便に接続するダイヤで運行される。このため、フェリー太古の休航日は青方港相河ターミナル - 青方間が運休となる。
青方-船崎線
(上五島高校前 ←)青方 - 大曽 - 船崎 平日のみ、船崎からの始発便は上五島高校行きとなる。
青方-立串線
青方 - 上五島高校前 - 榎津 - 青砂浦別道 - 青砂ヶ浦天主堂前 - 小串入口( - 小串) - 立串
青方 ← 上五島中学校前 ← 奈摩 ← 青砂浦別道 ← 青砂ヶ浦天主堂前 ← 小串入口 ← 小串 ← 立串 上りのみ1日2本、奈摩経由の便が設定されている。
新みなとターミナル-医療センター線
新みなとターミナル前 - 鯨瀬ターミナル前 - 新みなとターミナル前 - 戸尾町 - 島瀬町 - 湊町 - 佐世保市総合医療センター - 湊町 - 共済病院前 - 平瀬橋 - 新みなとターミナル前 両端部が往復運転となり、地図に当てはめると8の字にルートをたどる変則循環線。平日朝のみ3周半設定される。最終便は佐世保市総合医療センターから松浦町(国際通り・中央公園口)を通り佐世保駅前に到着する。
(伊万里 - 里 - 上大久保 - )川内野 - 横辺田 - 笛吹( - 松浦駅前) 川内野 - 笛吹間を松浦観光バスが代替運行。川内野には車庫もあった。その後、里 - 川内野間も2009年4月に廃止されている。