九州旅客鉄道
特急列車 つばめ リレーつばめ ドリームつばめ ハイパーにちりん ソニックにちりん ドリームにちりん 有明 スーパー有明 ハイパー有明 かもめ ハイパーかもめ オランダ村特急 シーボルト ゆふDX あそ(1992年 - 2004年) くまがわ 川内エクスプレス はやとの風 いさぶろう・しんぺい(一部普通列車) いそかぜ(JR西日本) さくら(JR東日本車両と併結運転の時期があり) みずほ(JR東日本車両と併結) あさかぜ(JR東日本) 彗星(JR西日本) なは あかつき(JR西日本) 富士 はやぶさ
急行列車 平戸 由布 火の山 かいもん 日南 えびの
快速列車・ライナー 日田 赤い快速 からつライナー・ふくおかライナー 豊肥ライナー スーパーおれんじ(肥薩おれんじ鉄道) オーシャンライナーさつま(肥薩おれんじ鉄道) 九千坊号 錦江 ひむか いぶすき なのはなDX さわやかライナー・ホームライナー ムーンライト九州(臨時・JR西日本) くまもとライナー
観光列車 SLあそBOY・ディーゼルあそBOY あそ1962 SL人吉号・ディーゼル人吉号 天草グルメ快速「おこしき」 TORO-Q
鉄道事業においては、九州地方に鉄道路線(九州新幹線・西九州新幹線と在来線)を有し、2023年6月13日時点で総営業キロ数 2,342.6 km、595駅(駅数にBRT駅含む)の運営を行っている。
鉄道事業においては、JR九州発足から2016年3月期まで一度も営業黒字を計上したことがなく、九州新幹線が全線開業した後も依然として厳しい経営状況が続いていた。2015年度に実施された減損会計による減価償却費の大幅な圧縮や合理化などにより、2017年3月期の決算においてJR九州発足以来初めて鉄道事業が250.8億円の営業黒字となった。
その一方で、鉄道事業を補完するため旅行・ホテル、不動産、船舶、飲食業、農業など事業の多角化を推し進めており(「グループ会社」も参照)、その営業範囲は九州のみならず首都圏 などや日本国外にも展開している。2017年9月にはタイで不動産開発などを手掛ける現地法人「タイJR九州キャピタルマネジメント株式会社」の開設を、同年12月にはタイの首都バンコクにおける「タイJR九州ビジネスディベロップメント」設立と長期滞在用サービスアパートメント事業参入 を発表した。
訪日外国人による鉄道などの利用も重視しており、2018年7月に戦略的提携を結んだ中国のアリババグループ など外国企業とも協力関係にある。
鉄道事業においては、博多駅・熊本駅・鹿児島中央駅の各都市間の輸送を主としている九州新幹線と、博多駅を中心に九州の各主要都市間を結ぶ在来線特急列車などの中長距離輸送が主な収益源となっているが、九州では主たる都市間を結ぶ高速道路の整備が早期から進んでおり、JR九州の列車に対して料金面で優位性のある高速バスが九州の各地で競合している。さらに福岡市と北九州市の大都市同士を結ぶ博多駅 - 小倉駅間では国鉄分割民営化により、山陽新幹線が西日本旅客鉄道(JR西日本)の所有となったことで、JR九州の所有する鹿児島本線の同区間を走る特急列車(「きらめき」「ソニック」など)と、時間的な優位性のあるJR西日本の山陽新幹線が競争関係になった。宮崎県と福岡県の移動では所要時間が短い航空機を使う人も多く、九州内では競合交通機関に対して時間面、料金面、利便性の面などで圧倒的な優位性を発揮できる区間は限られているのが現状である。
他鉄道事業者からの購入車両としては、1992年には久大本線の急行「由布」を特急「ゆふ」に、豊肥本線の急行「火の山」を特急「あそ」にそれぞれ格上げするために、JR四国からキハ185系を購入して充当した。2005年の台風14号の被害から廃線となった高千穂鉄道からTR-400形を購入し、これを日南線向け観光特急「海幸山幸」用に改造した。2015年には四国で余剰となったキハ47形を譲り受けスイーツトレイン「或る列車」に改造するなどの事例もある。特急や観光列車用以外では交直両用電車の更新のために、JR東日本から415系500・1500番台を購入している。
このほか豊肥本線電化に際し、熊本県等と共同設立した第三セクター「豊肥本線高速鉄道保有株式会社」が所有し、JR九州に貸与されていた815系電車4編成8両を2015年度に同社から購入した。これは従来からJR九州の路線で使用していた車両の所有者の変更のみであり、他鉄道事業者からの転入ではない。
特急用にJR四国から購入したキハ185系