ダライ・ラマ13世
また、チベット東部のデルゲは1728年以来清の領土だったが、太平天国の乱に乗じた地元のチベット人領主が反乱を起こし、1865年、清に代わってこれをラサ政府が鎮圧、再びチベットの支配下とした。この頃には清のチベットに対する影響は非常に小さくなっていた。同時期、西洋のキリスト教宣教師も増え始めていたが、これも排斥された。しかし、その後も清は自身をチベットの宗主国と考えていたため、チベットの扱いに関して外国にチベットの意向を聞かずに約束をしたり、外国勢力を排除するチベットの行為に対して外国に代わりに賠償金を支払ったりしていた。
チベットでは外国人排斥の動きが強く、1880年にキリスト教禁止令、1883年に暴動による在チベットネパール人への襲撃が行われたりした。また、清がイギリスと結んだ芝罘条約がチベットに及ぶことを拒むため、チベットは1885年に訪れようとしたイギリスの探検隊を追い返している。
1888年、チベットはシッキムの扱いを巡ってイギリスと戦争になり、敗北した。この戦いを受けて1890年にチベットとイギリス領の国境が定められたが、これはイギリスと清の間で取り決められた。さらに1893年にはイギリスと清の間で、チベット・インド国境付近のヤートンにイギリスが市場を作る権利が決められた。これらの条約締結により、それまで曖昧だった清とチベットの関係が、国際的にはチベットが清の保護国であることが確認されることになった。