近衛基熙
しかし、幕府は霊元上皇の院政を否定する一方で母后の松木宗子による後見は認めていたために、天皇や基熈の思惑に反して宗子が独自の政治的行動を始めるようになり、元禄12年(1699年)に宗子の信任を受けて権勢を振るっていた議奏の中御門資熈が失脚するまで、天皇・基熈側と宗子・資熈側による親政の主導権争いが続いた。
元禄16年(1703年)自らの片腕だった鷹司兼熙に関白職と藤氏長者を譲る。また宝永元年(1704年)、将軍綱吉は遂に男子誕生を断念して家宣を後継者として迎え、家宣と正室の熈子が江戸城に入った。宝永3年(1706年)、綱吉・家宣の招待で摂家としては異例の江戸下向を行い、綱吉や家宣夫妻と会見する(この招待には熈子の働きかけがあったという)。その際、基熈は東山天皇が慶仁親王(後の中御門天皇)を後継に立てる意向である事を綱吉・家宣に伝えている。宝永4年(1707年)には長男の家熈が関白・藤氏長者に就任している。
宝永6年(1709年)5月、将軍綱吉の薨去で家宣が将軍に就任、将軍家との関係も深まった。6月には東山天皇は中御門天皇に譲位して院政を開始、10月には太政大臣に就任する。この座は豊臣秀吉が死去して以後長く空位(実際には徳川家康・秀忠父子が就任しているが、ともに実際の朝廷の政務に当たった事は無い)で、江戸時代に入ってからは基熈が実質上初めての就任であり、東山上皇・家宣双方からともに厚い信頼を受けていた基熈であったからこそ可能となった就任といえる。12月8日には健康問題を理由に太政大臣を辞職するが、その9日後の17日に東山上皇が疱瘡に倒れて崩御してしまう。更に母后の櫛笥賀子も疱瘡に感染して同月28日に逝去してしまった。
宝永7年(1710年)には再度の江戸下向を強行し、再び家宣・熈子夫妻と会見する。