劇場版 SPEC〜結〜
当麻たちは卑弥呼の協力でセカイらの目を欺き、彼らの予定通りに起きた基地の爆発や核ミサイルの発射をホルダーたちの協力で停止していた。セカイは怒りにかられ、そのSPECで卑弥呼、里子とその愛に心打たれ娘として寄り添った潤、そしてSPEC HOLDERたちを次々に消し、地上をマグマの噴出する火の海と化す。
当麻はセカイのSPECを餃子ロボを鏡にして反射し彼らを冥界に堕とし、冷泉に貰った予言と卑弥呼の助言どおり、右手に宿るパラレルワールドを繋ぐ力で先人類の霊体を冥界に閉じ込めたうえ、死ぬことで人類を守ろうとするが、その肉体を通して外に飛び出そうとする先人類たちに抵抗され苦しむ。当麻は瀬文の名を叫び、現れた彼に自分を撃ち殺すよう頼む。瀬文は来世で当麻に待つよう約束し、放たれた銃弾が彼女を撃ち抜いた瞬間、世界は何ごともなかったかのように元通りになる。当麻の亡骸を前にした瀬文は、警官殺しの犯罪者として他の刑事たちに確保され、殴られる中で、空に浮かぶ当麻の姿を見る。
エピローグ、謎の男女の声が、この世界の時間が巻き戻されたこと、当麻が時間の無間地獄の中にいることを語る。これまでの物語から当麻の姿が消え、少し変質した世界を彼女は浮遊して彷徨い、瀬文のいる牢獄の中に辿り着く。瀬文は漂う当麻に気付き、その腕を捉え、当麻はその腕を握り返し、互いの存在を認識した二人は微笑み合う。繰り返される歴史が語られ、エンドロールのあと、赤いキャリーバッグを引いた女と坊主頭の男の後姿が雑踏の中に消えてゆく。