コウノトリ
太平洋戦争前後の食料不足の中で食用にされたこともあり、1956年には20羽にまで減少してしまった。ちなみにこのコウノトリの減少の原因には化学農薬の使用や減反政策がよく取り上げられるが、日本で農薬の使用が一般的に行われるようになったのは1950年代以降、減反政策は1970年代以降の出来事であるため時間的にはどちらも主因と断定しにくく、複合的な原因により生活環境が失われたと考えられる。
第二次世界大戦以降は水銀系農薬による獲物の減少や繁殖力の低下(1960年代に変死例・繁殖の失敗が増加したこと、捕獲後に死亡した個体から大量の水銀が検出されたため)、近親交配により生息数が減少した。1953年に種として天然記念物、1956年に特別天然記念物に指定された。
1961年5月25日頃の福井県小浜市羽賀で2羽が巣立ち、これが野生絶滅前最後の巣立ちとなった。1962年に文化財保護法に基づき兵庫県と福井県が「特別天然記念物コウノトリ管理団体」の指定を受けた。1964年5月には福井県小浜市栗田で2羽の雛が孵化したが、この雛は2羽とも5月17日に死亡が確認された。
1965年から野生個体の捕獲と、飼育下で繁殖させる試みが進められるようになった。捕獲された個体は短期間で死亡する個体が多く、闘争による死亡やケージなどの問題、前述した大量の水銀が体内から検出されたことが影響していると考えられている。1971年に豊岡市で野生個体を捕獲したことで、日本産の個体群は野生絶滅した(この個体は捕獲後1か月で死亡している)。
日本では激減・絶滅の原因となった乱獲・営巣木の伐採・毒性の強い農薬の使用など禁止・規制されたものもあるが、湿原・池沼・ため池の干拓、排水、河川改修、谷津田や薪炭林などの放棄、圃場整備による乾田化・水路のコンクリート化や農薬などにより生息地や獲物が減少しているといった問題がある。餌が不足しているからといって、「コウノトリのために」との思いで給餌する行為を認めることはできない。餌付けは保護ではなく、環境整備によって餌を増やすのが原則であり、給餌により一部のコウノトリが生きていけたとしても、それはいずれ限界を迎え、コウノトリ個体群にとって悪影響こそあれ、良いことは無いと考えられている。安易な餌付けのための外来種・国内移入種の放流やそれによる生態系の破壊、意図しない病原体の導入、個体集中による伝染病蔓延からの大量死、人馴れしたコウノトリによる交通事故が危惧されている。
2012年は再導入された個体数は約60羽に達し、2009年以降は大陸から飛来し周年生息するようになった個体と繁殖させる試みも進められている。
2013年12月、コウノトリの保全を全国的に進めていくにあたっての課題を共有し、連携して課題の解決にあたることを目的に、兵庫県立コウノトリの郷公園、東京都多摩動物公園、(公社)日本動物園水族園協会 生物多様性委員会が中心となり、コウノトリの保全に取り組む機関や施設に参加を呼びかけ、『コウノトリの個体群管理に関する機関・施設間パネル(Inter-institutional Panel on Population Management of the Oriental White Stork 略称:IPPM-OWS)』が設立された。