ペーパークリップ (X-ファイルのエピソード)
ジャン・デラサラは「「ペーパークリップ」、「731」、「二世」のようなエピソードは世間が科学に対して抱いている信頼が揺らぎつつあることを示している。」「近年、生命を作り出そうとしている傲慢な科学者たちがいる。そうした科学者によって、市民は科学に対する信頼を急速に失いつつある。それを直接的に表現したのが『X-ファイル』というテレビドラマだった。」と述べている。また、「『X-ファイル』に登場する科学者のほぼすべてが古くから存在する悪と結びついた形で登場する。ただ一人の例外はスカリー捜査官である。」「「ペーパークリップ」では物語が進むにつれて、クランパーは典型的な「マッド・サイエンティスト」として描写される。」とも述べている。。
モルダーとスカリーはウェストバージニア州の廃鉱山を訪れ、建物の中でセキュリティが欠けられた扉を発見する。2人はカードキーでその扉を開け、大量の個人情報ファイルや、種痘の摂取記録と組織サンプルを見つける。モルダーはファイルの中から妹サマンサのデータを見つけた。それをよく調べてみると、そのファイルにはモルダー自身の情報が書き込まれる予定であったことが分かった。その頃、スキナーはスモーキング・マンに「自分が持つテープと引き換えにモルダーとスカリーの命を奪うのをやめろ」と取引を持ち掛けた。ところが、スモーキング・マンはかなり狼狽えた様子を見せながらもそれを拒否した。
物音が気になったモルダーが外に出ると、そこにはUFOが飛行していた。スカリーがファイルをチャックしていると、小さな生物が近くを横切る。そこに、重武装した兵士たちがやって来たため、2人はファイル保管庫から脱出しなければならなくなった。何とか逃げ切った2人はメリーランド州のレストランでスキナーと会う。スキナーは2人の身の安全とFBIでの勤務継続を条件に、テープをシンジケートに引き渡すと言った。当初、モルダーは難色を示したが、スカリーの説得もあって、その取引を行うことに同意した。その足でスキナーはメリッサのいる病院に向い、アルバートに出会う。アルバートから青い服を着た不審な男が外にいたと聞いたスキナーは、その男を追いかけ非常階段を駆け下りた。しかし、そこに待ち伏せしていたアレックス・クライチェックとルイス・カーディナルに殴られ、テープを奪われてしまった。
シンジケートはクライチェックの殺害を試みたが、失敗に終わった。幸運にも命を取り留めたクライチェックはスモーキング・マンに電話をかけ、「お前らの陰謀を世間に曝露してやる」と言った。