フィリップ・フランツ・フォン・シーボルト
アルフォンス・ドーデ『盲目の皇帝』 短編集『月曜物語』に収録。若い小説家だったドーデと年老いたシーボルトの交友を描く。
吉村昭『ふぉん・しいほるとの娘』 新潮文庫〈上・下〉、改版2009年、上 ISBN 4-10-111731-4、下 ISBN 4-10-111732-2。※フィクションも織り交ぜられている
吉村昭『長英逃亡』 新潮文庫〈上・下〉、改版2011年、上 ISBN 4-10-111725-X、下 ISBN 4-10-111726-8。
長子で娘の楠本イネの子供で、一時は自ら医師を志すが医師に嫁ぐ。手記が公開されている(シーボルト記念館ウェブサイト・長崎市)。
次男ハインリヒ・フォン・シーボルト(別名小シーボルト)(1852年7月21日 - 1908年8月11日)
1869年 (17歳)、兄の再来日に従って日本に赴き、日本に滞在中に岩本はなと結婚して1男1女をもうけた。またオーストリア=ハンガリー帝国大使館の通訳官外交官業務の傍ら、考古学調査を行い『考古説略』を発表、「考古学」という言葉を日本で初めて使用する。ハインリヒの没後100年にあたる2008年には、各所において記念企画が行われ、3月に行われた法政大学での記念シンポジウムには、ハインリヒの子孫でシーボルト研究家の関口忠志も招かれた。
日本語訳された著書に『小シーボルト蝦夷見聞記』(原田信男訳、平凡社東洋文庫、1996年)、『経済叢書. 第2号』鬼頭悌次郎 (訳)、大蔵省翻訳課、1878年 (明治11)。doi:10.11501/900823。
次女ヘレーネ
ヴュルツブルクには、次女ヘレーネの末裔ブランデンシュタイン・コンスタンティン・ツェッペリン(次女子孫がツェッペリン伯爵家と婚姻)が会長を務めるドイツ・シーボルト協会が存在する。また日本では国内のシーボルト研究家が集まり、日本シーボルト協会が設立準備委員会を経て2008年に発足している。