ZOIDS concept art
共和国と帝国の長きに渡る中央大陸戦争は、共和国の勝利で幕を閉じた。二分されていた国家群は統合され連邦が発足。戦乱が続いた惑星に平和が訪れたかのように見えた。
しかし、戦争によって人々の生活やゾイドの生命活動に必要な資源物資『ゾイドニューム』が枯渇した事により、連邦政府は惑星『デザートショア』への進出を決定し、探査船『ホエールカイザー』を発進させる。
そこに待ち受けていたのは独自進化を遂げた新たなゾイドと、惑星に住まう部族、そして新たな陰謀を画策する元帝国技術者・Drデモンを擁する暗黒軍であった。Drデモンの策略によって惑星ゾイドは窮地に立たされるが、交戦の末これを退ける事に成功する。そしてデザートショアに赴いていた連邦部隊は現地民に自然エネルギーの活用法を教わり、惑星ゾイドに帰還する。