プロトンポンプ阻害薬
過敏症による発疹など、便秘・下痢などの消化器症状、肝機能障害、偽膜性大腸炎、薬物性肝障害、間質性腎炎、無顆粒球症、間質性肺炎、薬剤性貧血、スティーヴンス・ジョンソン症候群、中毒性表皮壊死融解症、アナフィラキシー、血小板減少、溶血性貧血、横紋筋融解症、劇症肝炎、低ナトリウム血症、視力障害、血管浮腫
胃酸による殺菌作用が抑制される結果、腸内細菌叢の変化を引き起こし小腸の炎症が増強される事が報告されている。
腹水を有する肝硬変患者で特発性細菌性腹膜炎のリスクが上昇するとの報告がある。
2004年、市中肺炎の発症リスクが上昇する可能性が報告されたが、肺炎の関連性を証明する十分なデータは不足している。
ヒスタミンH2受容体拮抗薬やプロトンポンプ阻害薬の消化性潰瘍治療薬を3か月服用したところ、10%の人で牛乳、人参、リンゴ、オレンジ小麦などに対するIgE抗体(アレルギー反応の参考になる指標)が増加していた。アレルギーの原因となるタンパク質の消化を妨げることが理由である。
水酸化アルミニウムゲル・水酸化マグネシウム含有の制酸剤、ジゴキシン、メチルジゴキシン、イトラコナゾール、ゲフィチニブ、アタザナビル硫酸塩、クロピドグレルとの併用は注意また禁忌とされる。ニューキノロン系薬剤との併用で偽膜性腸炎の発生率が上昇する。
アメリカ軍の退役軍人(PPI群の15万7625人と対照群の5万6842人)の医療記録を対象にしたコホート研究によれば、H2ブロッカーの長期間使用患者と比較し、心血管疾患、慢性腎臓病、上部消化管癌による死亡リスクが高かったとする報告がある。