日琉同祖論
伊波普猷は、1911年に刊行される『古琉球』にも収録された、刊行の直前に執筆した論説である「琉球人の祖先に就いて」や「琉球史の趨勢」、さらには「琉球語の掛結について」「P音考」『琉球の神話」のなかで日本と沖縄の共通性について論じている。
「琉球人の祖先に就いて」は、沖縄人が体質・言語・民俗・神話いずれの点からも「大和民族」との共通性を持っており、紀元後まもなく日本から離れ南に移住したと結論している。 「琉球人の祖先に就いて」の第二論文という位置づけである「琉球史の趨勢」には、「琉球人の祖先に就いて」をうけたうえで、1609年の島津氏の琉球征服やその後の圧政、そのもとで培われた沖縄人の面従腹背姓、そのような中から現れた三大政治家である向象賢、蔡温、宜湾朝保の称揚が書かれている。なお、この三人が取り上げられている理由は、大正天皇御即位の大典の際に贈位の恩典に預かったためだとされている。
こうした伊波の「同祖論」を、以上のような文脈の下で後世の研究者たちがいわゆる日本への同化や日本からの異化という二項対立構造により読解し、伊波以前の「日琉同祖論」と関連付けて解釈したのが現在言われる「日琉同祖論」である。
分析結果から、現代日本列島には旧石器時代から日本列島に住む縄文人の系統と弥生系渡来人の系統が共存するという、二重構造説を強く支持する研究結果となっている。
2021年11月10日、マックス・プランク人類史科学研究所を中心とした、中国・日本・韓国・ヨーロッパ・ニュージーランド・ロシア・アメリカの研究者を含む国際チームが『ネイチャー』に発表した論文によると、宮古島市の長墓遺跡の先史時代の人骨をDNA分析したところ「100%縄文人」だったことが分かり、先史時代の先島諸島の人々は沖縄諸島から来たことを示す研究成果となった。また、言語学および考古学からは、中世(グスク時代、11世紀~15世紀)に九州から「本土日本人」が琉球列島に移住したことが推定でき、高宮広土(鹿児島大学)は、「結果として、琉球方言の元となる言語を有した農耕民が本土から植民した。著名な『日本人二重構造論』を否定するという点で大変貴重だ」と指摘している。