シビル・ウォー
H.I.E.L.D.のストライクフォースへの参加をキャプテン・アメリカは拒否。その後彼は逃亡し、レジスタンスチーム「シークレットアベンジャーズ」を組織した。ハーキュリーズ(チャンピオンズの一員。ギリシャ神話のヘラクレス)、ファルコン、アイアンフィスト(当時はデアデビルの替え玉を演じていた)、ルーク・ケイジ、ヤングアベンジャーズが参加して地下活動を開始。アイアンマン、Mr.ファンタスティック、ヘンリー・ピム(アントマン=ジャイアントマン)、シー・ハルクは登録法に賛成。一方スパイダーマンは記者会見で自らマスクを脱ぎ、同法の支持を表明したが、これに対しドクター・ストレンジはどちらの派閥にも属さない事を望み、アイアンマンとMr.ファンタスティックに二度と彼(スパイダーマン)のところへ訪れないことを伝えて立ち去った(政府はドクター・ストレンジを同法から免除すると宣言している)。
かくして政府の後ろ盾を得たヒーロー達は登録していない超人達を狩り立て、拘留または登録を強いて行った。シークレットアベンジャーズは「社会の敵」と成り果て、 ニック・フューリーが用意した極秘のセーフハウスを転々としながらスーパーヴィラン達を逮捕し続け(大体は彼等を縛って当局へ残していった)、且つ捕われた超人達を載せたコンボイを優れた連携の元 襲撃し、超人達を解放していた。ある日ヤンシーストリート(登録法に反対する市民たちの温床)にコンボイが迂回し、偶々そこにいたザ・シング(ファンタスティック・フォーのひとり。本名ベン・グリム)は古い友人を訪ねていただけであったのに騙されて群衆を宥める破目となった。さらにヤンシーストリートのギャングの若者が暴力によって命を落とし、グリムは両陣営に失望して故郷のフランスへと去って行ってしまう。
「アイアンマン」14号(Iron Man #14)
「アメイジング・スパイダーマン」536-538号(Amazing Spider-Man #536-538)
「シビル・ウォー フロントライン」8-9号(Civil War Frontline #8-9)
「ウルヴァリン」48号(Wolverine #48)
「パニッシャー ウォー・ジャーナル」1号(Punisher War Journal #1)
「ブラックパンサー」22-23号(Black Panther #22-23)
「キャプテン・アメリカ」24号(Captain America #24)
「シビル・ウォー:ウォークライム」(Civil War: War Crimes)
「アイアンマン/キャプテン・アメリカ:カジュルティーズ・オブ・ザ・ウォー」(Iron Man Captain America: Casulties of the War)
「ファンタスティック・フォー」541号(Fantastic Four #541)
「ウィンター・ソルジャー:ウィンター・キルズ」(Winter Soldier: Winter Kills)
「ムーンナイト」7-10号(Moon Knight #7-10)
「ゴーストライダー」8-11号(Ghost Rider #8-11)
「フレンドリー・ネイバーフッド・スパイダーマン」14-16号(Friendly Neighborhood Spider-Man #14-16)
「シビル・ウォー・ファイルズ」(Civil War Files)
シークレットアベンジャーズ、新たに加わったストーム、ブラックパンサーはネガティブゾーン監獄へ押し入ったが、既にハルクリング(英語版)がハンク・ピムに成り済まして監獄に潜入しており、収容されたヒーローたちを独房から解放し戦いに参加させる。
ドクター・ストレンジは瞑想の中でウォッチャーのウアトゥ(全宇宙の歴史を非干渉で観察する異星人の一人)と話し合い、ウアトゥは「何故、その計り知れない力を紛争の解決に役立てないのか」と尋ねた。ドクター・ストレンジはウアトゥに対し「人類の内紛に対して自分は干渉する権利を持たないが、この犠牲が人類に恩恵を与え、流される血が最も少なくなるように祈る」ことを約束する。
最終決戦が始まった。クロークが出入り口が閉鎖されようとしているネガティブゾーンから唯一の出口があるニューヨークへ戦闘要員をテレポートさせ、市街地でヒーロー同士の大乱戦が始まる。ネイモア・ザ・サブマリナーとアトランティスの軍勢がシークレットアベンジャーズに加勢し、チャンピオンズとソーのクローン、キャプテン・マーベルがアイアンマン側に助太刀。Mr.ファンタスティックはタスクマスターが放った弾丸からインビジブル・ウーマンを庇い、ハーキュリーズがソーのクローンを撃破。ザ・シングは一般市民を戦闘の巻き添えから護る為にフランスから帰還。キャプテン・アメリカとアイアンマンは1対1の対決に入る。
キャプテン・アメリカがアイアンマンにとどめを刺そうとした時、警官隊とEMT、消防隊員が彼を取り押さえようとする。キャプテン・アメリカは、戦闘で破壊された市街を見、「この戦いが『自分が護ろうとしていた人々』に身勝手な考えと理想を押し付けてしまっていた」という現実とその犠牲の大きさを悟り、自らマスクを脱いで投降。その際にシークレットアベンジャーズへ退却を命じた。
シビル・ウォーのストーリーの前提には、アメリカ合衆国が施行したスーパーヒューマン登録法 (Superhuman Registration Act) という架空の法律が関わっている。同じような法律はこれまでも物語上の仕掛けのひとつとして、X-メン(アンキャニィ・X-メン)、DCコミックスのウォッチメンおよびニュー・フロンティア、パワーズ、Mr.インクレディブルなどでも用いられていたが、ポップカルチャーの象徴とされるような超人キャラクター達を永久的に変えてしまうようなスケールでは決して行われなかった。
この法律は、アメリカ合衆国内において超人的能力を持つ者に対し、連邦政府への登録(当局に自身の正体を明かす事を含んでいる)と、適切なトレーニングを課すものである。この法に従う者にはS.H.I.E.L.D.のために働く事で、他の合衆国の公務員のように給与や利益を得るという選択肢も与えられる。