核酸の三次構造
この配向は、機能的リボザイムの活性部位の適切なフォールディングを促進する。リボソームには同軸的スタッキングの多数の例が含まれ、その中には70 bpもの長さのものも含まれる。
同軸的スタッキングでよくみられる2つのモチーフは、キッシングループとシュードノットである。キッシングループ相互作用では、2つのヘアピンの一本鎖のループ領域が塩基対形成によって相互作用し、同軸的スタッキングによってヘリックスが合成される。この構造ではそれぞれのループの全てのヌクレオチドが塩基対形成とスタッキング相互作用に参加することができる。このモチーフは、LeeとCrothersによってNMR解析による可視化と研究が行われた。シュードノットモチーフは、ヘアピンループの一本鎖領域が同じRNA鎖の上流または下流の配列と塩基対を形成することで生じる。その結果生じた2つの二重らせんが互いにスタッキングし、安定な同軸的スタッキングヘリックスが合成される。シュードノットの例としては極めて安定性が高いD型肝炎ウイルスリボザイム(英語版)があり、その主鎖は全体で二重のシュードノット型のトポロジーとなっている。
合理的設計がなされたDNA構造では、同軸的スタッキングに似た効果がみられる。DNAオリガミ構造は、平滑末端が露出した二重らせんを多数含んでいる。これらの構造では、露出した平滑末端が疎水的なスタッキング相互作用のために互いに接着することが観察されている。