後期促進複合体
2つの異なる分解配列を持っていることでAPC/Cの高い基質特異性がもたらされているが、APC/CはよりD-box依存的であり、APC/CはよりKEN-boxに依存的である。例えば、APC/CはTome-1やSororinといったKEN-boxのみを含む基質をユビキチン化することができる。Cdh1プロペラの保存性領域はCdc20のものよりもかなり大きく、より広い基質特異性をもたらしていることは特筆すべきである。このことは、APC/CはKEN-boxを含む基質の分解も活性化するという事実と一致する。D-boxはタンパク質の分解も促進し、D-boxの直近に存在するリジン残基がユビキチン化の標的となる。D-boxのすぐC末端側のリジン残基がユビキチンの受容部位として機能する。
Cdc20とCdh1はD-boxとKEN-boxの受容体として機能するかもしれないが、これらの活性化因子と基質の間の親和性は低く、活性化因子単独でAPC/CやAPC/Cと基質との高親和性結合がもたらされているとは考えにくい。したがって、Apc10のようなAPC/Cのコアとなるサブユニットも同様に基質との結合に寄与していると考えられる。Apc10/Doc1サブユニットを欠失したAPC/Cの発現系では、Clb2はAPC–Cdh1へ結合することができないが、精製したDoc1を添加することで基質結合能が回復する。