特別区
1962年(昭和37年)2月26日の東京地方裁判所での一審判決では、一部被告の別件の都議選での選挙違反(告示前の戸別訪問)については有罪(執行猶予付き判決)としたものの、渋谷区長への選任をめぐる贈収賄事件については、区長公選制廃止そのものが違憲であるため「道義的には極めて高く非難するに値する」としながらも、罪状としては成り立たないとして無罪判決を下した。
これに対し検察側は上告、1963年(昭和38年)3月27日最高裁判所大法廷(跳躍上告審)では、区長公選制廃止は合憲であるとして、一審判決を破棄差戻しした。この最高裁判決の中では以下のとおり「特別区は憲法93条2項における地方公共団体であるとは認められない」という判断が示されたことが注目された。
1965年(昭和40年)以降は区長選任制が機能しないことが続き、後任区長が決まらない区が続出して区長が長期不在となる事態が発生した。自治権の拡充と独立性の強化を求める各特別区での動きや、美濃部革新都政下の住民運動の活発化もあり、1967年(昭和42年)に練馬区で区長準公選条例の制定請求運動が起こり、1972年(昭和47年)に品川区で、翌1973年(昭和48年)には練馬区と大田区で区長準公選条例が制定された。そのため1974年(昭和49年)に地方自治法が改正され、1975年(昭和50年)から区長公選制が復活した。
このような「特別区」制度の特殊性は、太平洋戦争中の1943年(昭和18年)に旧東京府と旧東京市が、戦時法令である旧東京都制の施行に伴って合併し東京都が設置されるに至ったことに起因する。地方自治法における特別区の規定は、戦前の東京都制における区の制度を手直しした上で「都」に置かれる「区」として承継したものである。
また現在の「特別区」は地方自治法において、普通地方公共団体である市に準ずる権限を有し(第281条第2項)、かつ平成12年の改正で基礎的自治体としての地位を回復したとは言えど(第281条の2第2項)、地方自治法の制定時には「基礎的自治体」として位置付けられていたものが、1952年の法改正によって「都の内部機関」に改められたという歴史的な経過もあり、その地位や権能は現在でも法律によって左右される可能性があることから、日本国憲法において地方自治権を保障された普通地方公共団体である市町村とは比較の対象にならないほどに脆弱である。
つまり現状の特別区は、自治権限こそ以前に比べ拡大してはいるものの、法体系上は未だに普通地方公共団体である市町村と同格ではなく、法律により市に準じた権限を付与された団体という立場であり、いまもなお「東京都制」の影響、つまり「東京都」(=旧東京市)の内部機関としての位置付けを脱してはいない。そのことは、特別区が基礎的自治体であると位置付けられた2000年改正以後の地方自治法でも、特別区の規定を第2編「普通地方公共団体」に移動させず、なお従来どおり第3編「特別地方公共団体」(財産区や事務組合・地方開発事業団など、普通地方公共団体の機関を定める)に置いていることからもうかがえる。
2012年(平成24年)8月29日に国会において「大都市地域における特別区の設置に関する法律」が可決・成立し、同年9月5日に平成24年法律第80号として公布され、同法第4条から第6条の規定は同年9月21日に施行され、2013年(平成25年)3月1日から全面施行された。
この法律の第3条は「地方自治法第281条第1項 の規定にかかわらず、総務大臣は、この法律の定めるところにより、道府県の区域内において、特別区の設置を行うことができる。」と定めており、住民投票等の一定の手続きを踏み総務大臣が認可すれば、道府県においても特別区を置くことができるようになった。
また同法第10条により、この法律によって特別区が設置された地域を包括する道府県は、法制度上は「都」として扱われる。同法第10条は(この法律により設置される)「特別区を包括する道府県は、地方自治法その他の法令の規定の適用については、法律又はこれに基づく政令に特別の定めがあるものを除くほか、都とみなす。」と定めている。