BSE問題
2頭目陽性牛の発覚によって、米国の検査体制・検査方法に対する信頼は低下し、日本への牛肉輸出再開は遅れる可能性が高まった。日本では全頭検査によって、国内で陽性牛が発見された直後の2001年10月以来、450万頭以上とされるすべての国産牛を対象に検査した結果、20頭の陽性牛を発見(2005年6月現在)してきたのに対し、米国では2004年6月から開始した検査で、約38万頭から1頭の陽性牛を確認したに過ぎず、米国の検査体制の脆弱さを指摘する専門家が少なくなかった。また、国立精神・神経センター武蔵病院の神経内科医師・池田正行ら専門家の中には、全頭検査を実施しても、現行の検査精度は不十分で「検査をすり抜ける陽性牛が存在する」とする主張もある。
全国消費者団体連絡会(略称: 全国消団連)事務局長の神田敏子は、2005年6月25日にNHKの取材に答え「〔安全性に〕疑いがあれば、米国産牛を輸入することになっても消費者として買うことはできない」と述べ、毎日新聞記者・望月靖祥の取材に対し、今回の事態について「米国の検査体制などは日本に比べて不完全なので、(2頭目の発生は)予想通り。
BSEは、2001年9月21日に千葉県で確認され、その後は北海道(同年11月21日)、神奈川県(2004年2月21日)、熊本県(同年9月13日)で確認されている。
農林水産省は2001年10月から、食用牛の全頭検査を導入するとともに、全頭検査前の国産牛肉買い取り事業を開始したが、外国産牛肉を国産と偽って国に買い取らせるなど、制度を悪用する食肉関連企業が続出し、大きな社会問題となった。
2002年1月に雪印食品による雪印牛肉偽装事件が発覚し、同年5月に同社関西ミートセンター元本部長ら5人が逮捕(のち3人が有罪判決)。雪印食品は同2002年4月に廃業解散した(精算は2005年8月)。これが最初に発覚したBSE関連の牛肉偽装事件である。
また2000年に雪印集団食中毒事件を起こしていた、親会社の雪印乳業は、雪印食品の牛肉偽装事件がとどめとなり、2003年1月に全農など農協系の支援を受けて、日本ミルクコミュニティに統合された(2011年4月、雪印メグミルクに吸収合併)。なお、集団食中毒事件の影響で、雪印食品から分社化したアクリフーズも、2003年10月にニチロ(現:マルハニチロ)に売却されている。雪印グループの一連の事件は企業の不祥事にとどまらず、創業の地である北海道内において、BSEで打撃を受けた畜産農業に追い打ちをかけた。