マニラ大虐殺
マニラにアメリカ軍が近づく前に、マニラ市内には外部から多数のゲリラが潜入して日本軍への攻撃を開始していたが、フィリピンゲリラは一般市民と同じような服装をしており、日本軍には一般市民とゲリラの区別が困難となっていた。ゲリラはアメリカ軍と戦闘している日本兵の背後に忍び寄って撲殺するなどアメリカ軍の支援を行ったり、マニラ市内に取り残されていた日本人住民を惨殺する“日本人狩り”を行った。アメリカ軍とフィリピンゲリラに挟撃される形となった日本軍の各部隊は、ゲリラ討伐としてフィリピン人の虐殺を行った。このようにゲリラ討伐を目的としたフィリピン人虐殺は、日本軍が組織的に計画して実行したものであるが、その命令は軍司令官でも師団長でもなく、歩兵第17連隊の様な地方分遣隊の将校によって決定されたものであった。
さらにアメリカ軍がマニラの都心に迫ると、追い詰められたマ海防は戦局挽回のため後顧の憂いとなっていたゲリラ討伐をさらに加速させていく。イントラムロスを防衛していたマ海防海軍第2大隊が、2月7日ないし8日にアメリカ軍との戦闘について命令を出しているが、その中に「五 比島人を殺す時は、極力一ヶ所に纏めて之を行い、弾薬および人力を過度に消耗せざるよう配慮すべし。死体の処置は困難多きにつき、焼くか、若しくは破壊を予定されある建物に彼等を集めるか、あるいは河の中に誘導すべし」という具体的なフィリピン人の殺害方法の命令も含まれていた。大規模な虐殺事件はこの時期に集中しており、2月7日「ゲリラ隊員150名ヲ今夜処分セリ」、2月8日「今夜新タニ連行サレシゲリラ隊員1164名ヲ拘置」、2月9日「夜、ゲリラ1000人を焼殺ス」などの記述が各部隊の記録や兵士の日誌に見られるようになった。
例として、マッカーサーの父アーサー・マッカーサー・ジュニアがフィリピンのアメリカ軍の司令官であった時に、フィリピンの独立運動を弾圧したが、そのアメリカ軍が考案した血なまぐさい手段と、今回日本軍が行った残虐行為には類似性があり、また、鎮圧軍指揮官であったジャコブ・H・スミス准将も、「懲罰遠征」と称して、反乱の起こったサマール島のフィリピン人集落を襲撃し「わしは捕虜は欲しくない。殺して焼くこと、多くを焼き殺すほど、ありがたい」「虐殺を免れるのは10歳までの子供」と吹聴してフィリピン人を虐殺していたことも指摘した。
山下は「武装ゲリラの鎮圧」は命じたが皆殺しは命じてないと供述し、バダンガス州の虐殺で死刑判決を受けた第17連隊長の藤重も、非戦闘員の殺害や婦女子の殺害を上官から命じられたこともなければ、報告したことすらないと断言し山下の供述を裏付けたが、検察側は山下が虐殺を命じたことの立証は困難と考えており、でっち上げの証拠を駆使しても山下が「指揮下部隊の統制に失敗した」ということで有罪にしようと考えていた。その検察側の法廷戦略に対して山下は「私は部隊の統制に最も力を注いだ。しかし、それが不十分と言うなら、それを認めよう。誰か別の人にはできたかも知れないから、ただ、私はベストを尽くしたと信じている。」と供述している。山下の弁護団はマッカーサーが裁判長に判決の迅速化を図るよう圧力をかけているという情報も掴んでおり、マッカーサーの意のままに動いている裁判に対して、公平性に欠けていると何度も抗議をしたが、裁判官の1人は弁護団の抗議に対して「諸君は、馬上の闘いをする騎士ではない。陸軍の法務将校で、この法廷の構成員だ。
その後は目についた避難民も虐殺したが、中には赤ん坊を抱えた婦人を赤ん坊もろとも射殺した日本兵もいたという。日本兵は目についたすべての人を虐殺し終えると、略奪を開始し乏しい避難民の食料も奪っていった。日本軍の手によって殺害された病院関係者や避難民は30人~60人になったという。
しかし、フィリピン人看護婦フェ・ロンキーヨによれば、日本兵による看護婦への性的暴行はあったが、大規模な虐殺事件はなかった。まもなくして日本兵はいなくなったが、まだ日本兵が立て籠もっていると誤認していたアメリカ軍により容赦なく砲撃が浴びせられて病院は炎上した。ファローランの裁判での証言は、アメリカ軍は数万発の砲弾を撃ち込んだものの、病院に着弾した砲弾は“わずか”3発とアメリカ軍の砲撃の正確性を強調するものであったが、ロンキーヨによれば、日本兵は既にいないのに、容赦なくアメリカ軍の砲弾は三方面から降り注ぎ、火災に加えて停電と断水も発生し、砲弾を気にしながら看護婦が治療用の水を井戸まで汲みにいかないといけなかったという。さらに、病院に接近してきたアメリカ兵は、逃げ惑うフィリピン人を機銃掃射したため多数のフィリピン人が死傷することとなった。戦後に病院がアメリカ軍に被害の説明を求めると、アメリカ軍からは「遠方に撃ったが届かなかった」という事実に反する釈明があっている。