長崎電気軌道
11枚綴り1000円の回数券を発行していたが、2008年3月20日より長崎スマートカードでも回数券利用が可能となり、2008年12月にツーマン車(150形・160形)を除いた全車両で使用可能となったため、回数券は2008年12月31日に発売を終了した。2009年9月30日まで使用可能で、それ以降は2009年12月31日まで払い戻しが行われていた。また、長崎スマートカード導入とともに運賃箱が自動両替機付きのものに更新され、薬袋のような両替袋と手動運賃箱もツーマン車を除いて姿を消した。ただし、イベント等で混雑する場合は、係員が手動運賃箱と長崎スマートカードのカードリーダーを持って停留場に立つ。2009年1月10日より長崎電気軌道でも定期券タイプの長崎スマートカードが発売されていた。
2020年3月22日に「nagasaki nimoca」が導入され、nimocaなどの全国相互利用交通系ICカードが利用可能となった。定期券もnimocaでの発売となった。
また、沿線に観光名所が多いことから、1977年(昭和52年)8月より一日乗車券を販売している(500円)。観光案内所や、提携先のホテル等で購入が可能であるが、車内では購入できない。2008年からは九州旅客鉄道(JR九州)が発行する「旅名人の九州満喫きっぷ」でも全線利用できる。さらに2013年4月からはスマートフォンを利用した「モバイル一日乗車券」の販売を、2018年2月からは購入時より24時間有効の「モバイル24時間乗車券」の販売を開始した。
1953年(昭和28年)から1971年(昭和46年)までの18年間、電鉄バスや長崎電軌バスの名称でバス事業を行っていた。
長崎電気軌道は1932年1月に長崎 - 諫早間の乗合自動車運輸営業願書を、翌年には長崎市内の同願書を提出したが、長崎県営バス(長崎県交通局)が1934年3月に開業したことから、諫早線の願書を取り下げた。1936年4月には長崎バス(長崎自動車)も開業したが、それでも1950年頃まで長崎市内唯一の交通機関は路面電車であった。 しかし、戦後の経済復興によりライバル会社による市内のバス運行が急激に拡充されていったことから、軌道事業防御の目的で再び乗合バスの免許を申請。1953年4月1日より蛍茶屋 - 住吉間の電車路線と並行する形で市内線バスの営業を開始した。都市計画による道路新設拡幅にともない路線は延長され、1955年3月1日からは一般貸切バスを、1963年9月16日からは定期観光バスも営業を開始した。
2018年8月1日に、以下の13停留場の名称が変更された。
「○○前」「○○下」を施設名のみにして最寄り施設を明確にする。 長崎大学前→長崎大学 浦上車庫前→浦上車庫 大学病院前→大学病院 諏訪神社前→諏訪神社 大浦天主堂下→大浦天主堂
運行系統によって乗り場が離れている停留場の一部を改称し、それぞれ別停留場とする。 西浜町(アーケード入口)→浜町アーケード 変更されるのは蛍茶屋よりの4・5号系統の停留場で、新地中華街寄りにある1・5号系統の停留場は西浜町のまま変更しない。
現況と乖離した停留場名を現況に合わせて改称。 市民病院前→メディカルセンター 公会堂前→市民会館 新市庁舎完成により2023年1月4日 市役所 へ再度変更。
沿線の観光施設などを停留場名にして利便性向上を図る。 松山町→平和公園 浜口町→原爆資料館 築町→新地中華街 正覚寺下→崇福寺 賑橋→めがね橋