パール判決論争
ただし、「日本無罪論」ではなく「無罪論」とした部分は「東京裁判研究の先達に言うのも釈迦に説法という気がするが、ポツダム宣言では確かに個人を対象にしていた」が、裁判はポツダム宣言を無視したチャーターにより開かれたもので、そこには歴然たる国家の行為を裁くことが記されていた点、「国家弁護派」であった清瀬一郎が「本件においては被告を含む日本国家が、検察官の指摘する十七か年の全期間にわたって国際法的の犯罪を続行していたということが、検察官の根本の主張であるのでありますと、「被告を含む日本国家」が裁かれているのだと発言している」とし、それに無罪を下した以上、「『日本無罪論』という言葉は決して史実に乖離するものではない」と語った。
これに対し牛村は、戦後日本において、全員有罪の「日本前科者史観」にパル判決が解毒剤となったこと、「対日戦犯裁判が一方的な「勝者の裁き」だったのは事実であり、憤慨を口にするのは人として自然な感情の発露」と、それに倫理的糾弾を加える意図は無いとした上で、研究者としての「客観性」の心構え、「パール判事」論争について「誠意を持って拙稿に目を通して下さった相手である。返答は礼儀でもあろう」として、「極東国際軍事裁判所という裁きは「極東における重大戦争犯罪人」という個人を訴追の対象とし(極東国際軍事裁判所憲章第一条)、「平和に対する罪を包含せる犯罪につき個人としてまたは団体員として訴追された極東戦争犯罪人」という個人の審理を目的とする裁きだった(極東国際軍事裁判所憲章第五条)とし、日本国家の行為を裁く意図はなく、あくまでも「「歴然たる国家の行為」を推し進めた個人を裁く」というのが、東京裁判憲章が提示する枠組みとした。