1801年のガントームの遠征
最初の航海では、この戦隊は2月19日にトゥーロンに戻り、艦隊に残っていた艦に必要な補給を行い、そのひと月後に2度目の航海でトゥーロンを出港したものの、悪天候とイギリスの封鎖の悪条件が重なったため引き返さざるを得なくなった。3度目の航海では実際に地中海東部に到着して、部隊をベンガジに上陸させたものの、エジプトを封鎖していたイギリス艦隊がうまくフランス軍を撤退させてしまい、この計画は何ら収穫のないものとなった。7月22日までには、フランス戦隊はトゥーロンに戻り、この時点で作戦は中止された。ガントームは、エジプトへの上陸作戦が失敗したにもかかわらず、単独のイギリス艦との一連の戦闘で勝利を収めた、その中にはフリゲートの「サクセス(英語版)」や、戦列艦「スウィフトシャー」との交戦があり、この第3の航海での彼の戦隊の艦は、後に7月に行われたアルヘシラス作戦(英語版)に派遣された。結局、イギリスの封鎖を突破しようとして果たせなかったフランスの無能により、エジプトのフランス駐屯部隊はその年遅く降伏するという結果に終わった。
フランスへ戻る航路が突如として閉ざされ、ナポレオンはエジプトでの自分の地位を固めて、北のオスマン帝国領シリアへ攻め込んだ。この作戦は当初はいくつかの点で成功したが、イギリスが海上覇権を握っていることで作戦にも影響が出た。沿岸のはしけに乗艦していた攻城梯団が捕らえられ、すべての物資を陸揚げせざるを得ず、海岸近くで行われたフランスの作戦はイギリス艦から猛烈な砲撃を浴びた。特にアッコ包囲戦でイギリスの砲撃は最高潮に達した 。1799年11月、アッコで敗北を喫してエジプトを追われたナポレオンは、第二次対仏大同盟相手の戦闘の状況が悪化しつつあり、その責めを負うために、フランスへの帰還を決めた。ナポレオンは、わずかな人数の軍事顧問と共に「ムイロン(英語版)」、「カレール(英語版)」の2隻のフリゲートで撤退することだけが可能だったが、エジプトに残したジャン・バティスト・クレベール指揮下の駐屯隊には、ヨーロッパから支援と増員を送ると約束した。ナポレオンは、フランスに帰り着くことができ、1799年11月9日にブリュメールのクーデターを起こして、第一執政であることを宣言した。