木曽川駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅であり、2008年(平成20年)に完成した橋上駅舎を備える。ホームのある本線の他に、上り線に2線、下り線に1線ホームの無い副本線(待避線)がある。この待避線は、通常は回送列車の待避に、ダイヤ混乱時などに貨物列車の待避に利用されている。
駅舎は東西自由通路を兼ねる。東西の出入口にはエレベーターとエスカレーターが各1機設置されている。
東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、尾張一宮駅が当駅を管理している。駅舎内部にJR全線きっぷうりば(一部休止の時間帯あり)や終日稼働する短距離自動券売機があるほか、自動改札機、TOICA専用チャージ機、バリアフリー用のエレベーター、トイレが完備されている。
先述の東西自由通路は、駅の営業時間が終わっても徒歩で通行可能となっており(自転車は押して歩く)、駅の反対側に行きたい時、通常の道路を通ると駅の北か南の踏切を渡って大きく迂回しなければならないが、近道として利用する事が可能である(西口からは東口出てすぐの郵便局などを利用する際に便利となる)。
改札内には、旧駅舎で使用されていた待合用のベンチと、旧駅舎とホームを結ぶ跨線橋で使用されていた柱が置かれている他、改札外、西口を出てすぐのところに、大正時代、ポイント切替のために使用する油を収納する油庫として使われていたレンガ倉庫が近代遺産として移設、保存されている。