ドリーム号 (東京 - 京阪神)
次いで、1989年3月3日より神戸系統の運行を復活、「ドリーム神戸号」として運行を開始した。同日より他のドリーム号についても、号数による行先の区別から愛称の末尾に行先を付すことで区別することになり、「ドリーム大阪号」「ドリーム京都号」に改称された。
また、1989年当時、ドリーム号はまだ旧来の4列シートの車両ばかりで、同時期に他社が同様の路線に独立3列シートの車両を導入していたものと比較すると見劣りするものであったが、神戸系統の運行開始に際して、初めて独立3列シート車を投入することになった。翌年には名古屋系統を除く他のドリーム号も独立3列シート車へ置きかえられていった(名古屋系統は1991年より順次3列シート車を導入)。
また、新たな営業拠点として、新宿駅からの運行系統を新設することになり、まず1989年10月8日に東京駅から新宿駅経由で大阪府堺市を結ぶ「ドリーム堺号」(当時)の運行を開始、次いで同年12月6日からは新宿駅発着の中央自動車道経由の「ニュードリーム大阪号」(当時)を、1990年3月20日より、「ニュードリーム京都号」(当時)の運行を開始している。1999年12月17日からは中央自動車道経由で「ニュードリーム神戸号」(当時)の運行が開始された。
2001年12月1日、格安便として東京~大阪間に開設された「青春ドリーム大阪号」の運行が開始された。「青春ドリーム大阪号」の実績を受けて、2002年12月20日には同様の「青春ドリーム京都・奈良号」の運行も開始された。2003年7月18日には「青春ニュードリーム京都号」(のち「青春中央ドリーム京都号」と改称)・「青春ドリーム神戸号」が運行を開始した。
4月1日 - 各車両(「ドリームなんば・堺号」運用車および「プレミアムドリーム号」1階席を除く)に女性専用席を導入。 5月29日 - 名神高速道路大津SA付近を走行中の「青春メガドリーム2号」から出火、ほぼ全損、乗員乗客61名全員無事。なお、被災車両(749-2994号車)は除籍された。 7月1日 - 東名高速道路経由便を新名神高速道路経由に変更し、所要時間短縮を中心とした時刻改正を行う。 TDL乗り入れは「ドリーム神戸号」1往復を大阪駅経由でTDL発着することに変更とされた。上野駅発着便については「ドリーム大阪号」から「ドリーム京都号」一部便および「青春ドリーム大阪号」「青春ドリーム京都・奈良号」に変更され、「ドリーム大阪号」は新木場駅発着に変更したほか、「青春ドリーム神戸号」では増便した1往復が新木場駅発着京都駅経由で設定された。東名高速道路・新宿駅経由の上り便が池尻大橋への停車を開始。 「青春メガドリーム号」・「ドリーム神戸号」では季節運行便を休止する一方、「青春中央ドリーム号」・「青春ドリーム京都号」は季節運行便での運行を開始した。「ドリームなんば・堺号」は南海バスの単独運行に変更され、みどりの窓口での発券を廃止。また、各路線ともこの日の乗車分より発車オーライネットでの取り扱いを廃止し、インターネット予約は「高速バスネット」に一本化された。「ドリーム号」「中央ドリーム号」に閑散期運賃を設定。
2009年(平成21年) 2月28日 - 「超得割青春号」の補助席発売を終了。 3月13日 - 「青春メガドリーム号」季節運行便の運行を再開。 3月15日 - この日の大阪発「青春メガドリーム2号」(JRバス関東:D750-03501号車)が東名高速道路牧之原SAで火災を起こし全焼・廃車。
乗務員についてはこの限りではない。
ジェイアールバス関東 東京支店 新城支店
西日本ジェイアールバス 大阪営業所 京都営業所(京都発着便のみ担当) 神戸営業所(三宮発着便のみ担当)
USJ、奈良駅発着便以外は、便により大阪営業所などが担当する。ただし、USJ、奈良駅発着の便はUSJに近い大阪営業所のみ担当する。