四国旅客鉄道
3%減で、下げ幅は発足以来最大となった。松田清宏社長(当時)は高速料金割引の影響による減収を23億円程度と説明した。2010年度の事業計画では、高速料金割引による減収が前年の2倍に拡大するという想定から、経常損益で22億円の赤字を見込んでいた。2010年6月21日には経費節減のため、10月1日までに29駅を無人駅化することを発表した。経営状況を理由に駅を無人化するのは民営化後初めて。2011年4月28日に発表された2010年度の決算では、連結経常損失は想定よりは減ったものの7億円(単体では14億円)を計上、旅客運輸収入は東日本大震災の影響で前年比0.5%の227億円となった。同発表では2011年度も赤字決算を見込んでいたが、国の経営支援措置により最終的には1億8500万円の経常利益を計上した。ただし、鉄道収入ならびに売上高は前年に続き、東日本大震災などの影響で減少となった。
千円高速政策が終了した2011年以降も乗客数の低迷は続き、訪日外国人の増加で利用者数は多少は持ち直してきたものの、2018年度の利用者数は1988年度に比べて3割減少し、2020年以降は新型コロナウイルス感染症の流行による旅客減少が打撃となり、2021年3月期決算は経常赤字が108億円と過去最悪になった。
一方で、2014年より観光列車「伊予灘ものがたり」の運転を開始するなど、四国島外からの観光客呼び込みによる増収と沿線活性化も図っている。 2020年3月1日付の組織改正では、産学官連携を強化するため「地域連携室」を「四国家連携部」へ格上げするとともに、「ものがたり列車推進室」「高松駅ビル準備室」を設けた。先立つ2017年には地元4国立大学や、日本郵便四国支社と観光や沿線振興のための協定を相次ぎ結んだ。
2022年3月に「地域における一般乗合旅客自動車運送事業及び銀行業に係る基盤的なサービスの提供の維持を図るための私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律の特例に関する法律」(独占禁止法特例法、令和2年法律第32号)に基づき、徳島バス及びJR四国による「徳島県南部における共同経営計画」が国土交通大臣から認可された。この「徳島県南部における共同経営計画」(共同経営計画対象区域は牟岐線阿南駅 - 浅川駅間)により、徳島バス(高速バスの室戸・生見・阿南大阪線の一般道区間)をJR乗車券類により利用でき、乗り換え時の初乗り運賃も不要とする共通運賃・通し運賃の設定及び収入調整が行われることになった。