日本語訳聖書
これら二書に収められた『御主ゼス キリシト御パッションの事』はほぼ同一であり、フェルナンデス訳とは別に某イエズス会士によって訳されたらしいが、名前は伝わっていない。以下、『スピリツアル修行』から、『御主ゼス キリシト御パッションの事』を一部引用する(マタイ26:26-29,一部ルカ22:19挿入)。
『バレト写本』には、福音書の様々な抜粋が含まれており、その分量は福音書全体のおよそ3分の1に及ぶ(訳例は#マタイ福音書の比較参照)。ほか、カテキズムをまとめた『どちりなきりしたん』なども刊行された。しかし、日本におけるキリスト教は、前述のイエズス会訳新約聖書の出版がなされた頃から厳しく禁止された。1630年(寛永7年)にはキリスト教関係の書物輸入が禁じられ、少なくとも表面上キリスト教文献は消えた。もっとも、漢籍やオランダ書のキリスト教文献が小規模ながらも密輸されており、聖書に関する知識は細々と日本に入っていた。また当時、ヨーロッパ由来の歴史書には世界の起源を聖書に依拠している例も少なからずあり、その影響を強く受けた山村昌永の西洋史叙述は幕末までの西洋史書の土台となった。のみならず、蘭学者にはキリスト教に理解を示していた例が見られ、中には、平戸藩領主・松浦静山のように、聖書の注解書(現存分だけで14巻)を手に入れて密かに蘭学者に翻訳させていた例もある。また、復古神道の大成者である平田篤胤が著した『本教外篇』の中には、山上の垂訓そっくりの記述が現れる。これは、漢籍のキリスト教文献からの剽窃であることが実証されている。
なお、篤胤は国生みの神話をアダムとエバに対比させることもしている。
ヘボンらの翻訳作業は、1872年に開催された日本在留ミッションの第一回在日宣教師会議において決議された新約聖書の共同翻訳事業に引き継がれることになる。いわゆる翻訳委員社中の結成である。この会議の参加団体はアメリカ合衆国長老教会(ヘボン)、アメリカ改革派教会(ブラウン)、アメリカン・ボード(グリーン)の3団体に過ぎなかった(括弧内は委員に選出された者)。参加を呼びかけられていた英国聖公会、米国聖公会、ロシア正教会は欠席したが、翻訳委員会の第1回会合(1874年)には、上記3委員のほか、J・パイパー(英国聖公会宣教協会)、N・ブラウン(バプテスト教会)、R・S・マクレイ(メソジスト監督教会)、W・S・ライト(イギリス海外福音伝道会)、H・ワデル(スコットランド一致長老教会)、クインビー(H. J.Quinby, 米国聖公会)、G・コクラン(カナダ・メソジスト教会)など各派から出席者があり、前出のゴーブルも参加していた。日本人では奥野昌綱、松山高吉、高橋五郎らが協力した。
翻訳は新約聖書から始まり、底本はテクストゥス・レセプトゥスのギリシャ語本文で、あわせて欽定訳の英文も参照するものと決められていた。日本人協力者はギリシャ語本文を読めなかったため、ブリッジマン、カルバートソンの漢訳聖書『旧新約全書』(1863年 - 1864年)に依拠したものと考えられている。1874年から作業が開始され、完成した訳稿はすぐさま分冊として1875年ないし76年から順次出版されて1880年に全17冊が完結した。その完結と同じ1880年には奥野などが参加した再検討を踏まえて訂正した上で合冊し、『新約全書』が刊行された。
第二次世界大戦後も、日本聖書協会は文語での旧約聖書の改訂を継続しており、詩篇(第1巻1948年、全訳1951年)、ヨブ記(1950年)の二書のみは文語改訂版が出版された。この詩篇の翻訳で、明治訳の「ヱホバ」が「主」に訳し直された。しかし、この改訳作業は中断され、口語訳へと切り替えられることとなった。その理由として日本聖書協会が挙げたのは、戦後教育で採用された「新かなづかい」と「漢字制限」に対応することであった。ただし、これに加えて、改訂標準訳(RSV, 新約1946年、旧約1952年)が現れたことが影響したという見解もある。1950年に口語訳聖書作成が決定され、翌年、松本卓夫、山谷省吾、高橋虔(以上、新約)、都留仙次、遠藤敏雄、手塚儀一郎(以上、旧約)が改訳委員に任命され、他にコンサルタントが任命された。先に刊行されたのは新約聖書で、1952年から1953年にかけて各福音書と使徒行伝が分冊で刊行された後、残りも含めた全訳が1954年に公刊された。その底本はネストレ版で、19版(1949年)から始まり、翻訳中に届いた20版(1950年)、21版(1952年)も参照したという。