能代丸 (特設巡洋艦)
1941年(昭和16年)5月1日、「能代丸」は日本海軍に徴傭され、次いで7月1日付で特設水上機母艦として入籍、横須賀鎮守府籍となる。ところがこの時点で、日本水産所有で同名の216トンのトロール船が日本海軍に特設掃海艇として徴傭され在籍していたため、後に入籍した「能代丸」は7月10日付で便宜上、海軍内部でのみ「能代川丸」と呼称されることとなった。7月1日から8月19日まで横須賀海軍工廠で艤装工事が行われたが、特設水上機母艦として使用されることがないまま8月20日付けで除籍され、9月20日に特設巡洋艦として入籍。この入籍を機に、トロール船のほうは「第二号能代丸」と呼称されるようになった。工事竣工後は横須賀警備戦隊の旗艦を務め、1942年(昭和17年)4月10日からは新編成の第二海上護衛隊(茂泉慎一中将)に属して輸送船護衛に従事する。
5月20日以降には次の船の護衛を行った。
三江丸(トラック・ラバウル間、5月22日から23日)
第二圖南丸(トラック・クェゼリン間、5月25日から30日)
昌壽丸(ポナペ・トラック間、6月2日から4日)
くらいど丸、水戸丸(ラバウル・豊後水道間、6月10日から22日)
山城丸、福荷丸、立山丸(横須賀・サイパン間、7月1日から6日)
新夕張丸(横須賀・ポナペ間、7月1日から11日)
金龍丸(トラック・ラバウル間、8月2日から4日)
「能代丸」が特設巡洋艦として行動した期間は短く、8月5日付で特設運送船に類別変更された。また、同日第二海上護衛隊から除かれている。8月9日から12日にかけて「能代丸」は横須賀鎮守府第五特別陸戦隊のラバウル方面への派遣隊をトラックからラバウルまで輸送した。
10月19日から10月24日まで横須賀海軍工廠で特設運送船としての艤装工事を実施した。
特設運送船となった「能代丸」は輸送作戦に従事し、11月3日に東京湾を出港してサイパン島、テニアン島およびトラック諸島を経由してラバウルに進出。ラバウル停泊中の1943年(昭和18年)1月16日には空襲を受け、四番船倉に命中弾があり損傷する。応急修理のあと、1月下旬から2月にかけてはショートランドあるいはコロンバンガラ島への輸送に任じ、任務を終えてラバウルに帰投後、3月12日にトラックに向けて出港する。しかし、翌3月13日午後に南緯00度10分 東経151度06分 / 南緯0.167度 東経151.100度 / -0.167; 151.100の地点を航行中、アメリカ潜水艦「グレイバック」に発見された。「グレイバック」は魚雷を4本発射し、1本が船首をかすめ他の3本のうち1本が右舷五番船倉付近に命中して損傷した。トラックでの応急修理のあと、サイパン島を経て6月19日に横須賀に帰投し、7月21日まで本修理が行われた。
このあと1年近くの動向はほとんど不明だが、1944年(昭和19年)に入って南方に進出し、ボーキサイトを搭載の上ヒ62船団に加入。