土岐頼純
一方、織田軍は道三の籠もる稲葉山城を正面攻撃、9月22日に総攻撃を仕掛けたが、城下での斎藤勢の防戦もあり、夕刻になって攻撃を中止し、撤収にかかったところを攻撃され大敗した。この敗戦によって頼純は朝倉軍とともに再び越前に引き揚げた。
天文15年(1546年)秋、再び頼純と頼芸・道三との間で和議が成った。朝倉孝景、織田信秀の室町幕府への働きかけに加え、頼芸の同盟者である六角定頼の仲介もあったらしい。9月、頼純は菩提山城を経て大桑城へ入城した。和議の条件として、頼芸の隠退と頼純の美濃守護職就任があったという。また、道三の娘との婚姻も実現した。
守護となって1年余り後、天文16年(1547年)11月17日、頼純は急死した。享年24。おそらく道三の謀略にかかって殺害されたものと推定されるが、公式の記録が存在しないため確証はない。
ただし、『土岐家譜』では、頼純は享年49、法名は南泉寺殿玉岑珪公大禅となっている。ただ、父・頼武の別名が頼純とも言われており、また頼武の享年が49前後とされるため、おそらくこの「頼純」は、父・頼武のことだと思われる。