三十年戦争
教皇はアウクスブルク宗教平和令の聖職者にかんする留保への侵犯であるとしてゲプハルトを罷免し、後任にバイエルン公子エルンスト(ドイツ語版、英語版)(バイエルン公ヴィルヘルム5世の弟)がすえられた (ケルン戦争(英語版))。このときプロテスタント諸侯は傍観していたが、反宗教改革が聖俗諸領邦へと押し寄せたことによって宗教対立が高まっていった。
ルター派はプファルツ選帝侯領(1560年)、ナッサウ(1578年)、ヘッセン=カッセル(1603年)、そしてブランデンブルク(1613年)といった諸侯のカルヴァン派への離脱をも目にさせられた。
このため、17世紀初めにはラインラントとドナウ川南方はカトリックになり、ルター派は北部において優勢で、カルヴァン派は中西部、スイス、ネーデルラントなど他の地域で優勢となった。しかし、いずれの地域にも少数派はおり、幾つかの領地や都市ではカルヴァン派、カトリックそしてルター派はほぼ均衡していた。
一方、ルター派のスウェーデンとデンマークは帝国内のプロテスタントを援助して政治的経済的影響力を得ようと考えていた。
デンマークは当初はスウェーデンとの共同介入であったが、両者の主導権争いの結果、スウェーデンはポーランド問題に注力し、デンマーク単独での介入となった。デンマーク王の参戦に対してイングランドは資金を提供し、エルンスト・フォン・マンスフェルト(総司令官)、クリスティアン・フォン・ブラウンシュヴァイク=ヴォルフェンビュッテルの2人の傭兵隊長の軍を援軍として派遣したが、デンマーク軍と傭兵部隊の間では戦略についての主導権争いが発生し、ついに別行動を取るようになる。これは皇帝軍の各個撃破の好餌となり、マンスフェルトは1626年4月デッサウの戦い(ドイツ語版)で敗北した。マンスフェルトはベネチアに支援を求める途中で死んだ。
ブラウンシュヴァイク公クリスティアンは1626年6月16日に病死し、6月27日のルッターの戦いでティリー皇帝軍はデンマーク軍に勝利し、ホルシュタインまで追撃し、それに呼応してヴァレンシュタインもユトランド半島まで追った。デンマークが帝国内に領有していたポンメルン、デンマーク側に加担していたメクレンブルク領も皇帝軍が占領した。
1628年夏、ヴァレンシュタインが帝国海軍基地確保のためにポンメルンのシュトラールズント港を包囲するに至り、スウェーデンは介入を決定した。
しかし、ヴァレンシュタイン軍を追撃しようとクリスチャン4世が再上陸して返り討ちに遭い(ヴォルガストの戦い(英語版))、1629年5月22日に「リューベックの和約」が皇帝との間で成立し、領土は没収されずに維持されたものの、帝国への介入を禁じられた。
後にスウェーデン王となるカール10世(スウェーデン軍総司令官・クリスティーナの従弟)も援軍に駆けつけ、包囲戦は3ヶ月にも及んだ(プラハの戦い(1648年)(英語版))。更に皇帝側の頼みの綱だったスペインも、ランスでコンデ公率いるフランス軍に敗れ(ランスの戦い)、大勢は決した。ツースマルスハウゼンで勝利したスウェーデン軍はプラハを包囲、占領した後に帝都ウィーンを攻める態勢を固めた。
和平交渉においてスウェーデンは、過度な要求を皇帝に突き付けたが、クリスティーナ女王はキリスト教世界の平和と安寧のために皇帝に迫って新教徒の権益を拡げさせた。引き替えに女王は、スウェーデンの膨大な要求を引き下げ寛大な譲歩を行った。この譲歩によって和平交渉は進み、皇帝が和平条約への署名を決断した1648年10月24日にヴェストファーレン条約がミュンスターとオスナブリュックで締結され、三十年戦争は終結した。前者はフランスと、後者はスウェーデンに関わる内容だった。戦争終結を祝し、70門の大砲の一斉射撃が行われた。11月2日、プラハに条約締結の報が届いた。