ジェイアールバス関東土浦支店
霞ヶ浦線 (本新開拓口 - 本新支所前 - 西代)※1979年4月廃止。 (姥神 - 野原 - 佐倉新田)※1979年4月廃止。 (阿波 - 須賀津)※1979年4月廃止。 (伊佐部 - 押砂)※1994年9月休止、1995年9月廃止。 (美浦トレセン前 - 小角 - 吹上) 土浦 → 美浦トレセン前 → 小角 → 吹上→ 江戸崎は2001年9月16日限りで廃止。 江戸崎 → 吹上 → 小角 → 美浦トレセン前 → 阿見坂下 → 土浦は2004年10月31日限りで廃止。 2000年7月24日限りで土浦駅 - 佐原駅 直通便を廃止。 (常陸幸田 - 西代 - 佐原駅)※2000年9月30日限りで廃止。桜東バスに路線移管。 2001年9月16日限りで土浦駅 - 美浦トレセン前止まりの系統を廃止。 (江戸崎 - 浦向 - 常陸幸田 - 阿波 - 下阿波 - 神宮寺 - 江戸崎)※2002年4月1日限りで廃止。桜東バスに路線移管。 2011年3月1日イオンモール土浦への直通便を廃止。
安中線 (木原 - 大山)※1986年8月31日限りで廃止。 (大谷 - 安中)※1991年3月休止、1992年3月廃止。
君島線 (霞台 - 阿見役場前)※1986年4月10日限りで廃止。 (竹来 - 竹来下)※1986年4月10日限りで廃止。 (追原辻 - 島津)※1986年4月10日限りで廃止。 (布佐橋 - 大形)※1990年3月休止、1991年3月廃止。 (土浦駅 → 美浦トレセン前)※2001年9月16日限りで廃止。美浦トレセン前 → 土浦駅は存続。
ネオプラン・メガライナーの車両は、土浦支店には入庫せず、関東鉄道つくば中央営業所で滞泊していた。つくばセンターから土浦支店までの回送経路は、道路構造上の理由などでメガライナー通行の認可が下りなかったためである。メガライナーの乗務員は連絡車で土浦支店と同営業所の間を移動した。
土浦支店構内での車両の給油・清掃・洗車はジェイアールバステック土浦事業所に委託している。
カシマサッカースタジアムでの鹿島アントラーズ主催試合の開催日に運行される「カシマサッカースタジアム号」(東京駅~カシマサッカースタジアム)やかしま号臨時便の応援に入ることがある。
宇都宮支店管内のツインリンクもてぎでビッグレースが開催される日に宇都宮駅~ツインリンクもてぎ間の輸送の応援に入ることがあった(2023年8月26日をもって路線廃止)。
1964年(昭和39年)7月30日 - 浮島線(浮島 - 浮島水泳場)路線開業。
1966年(昭和41年)5月 - 南筑波線(古河 - 古河西口)路線開業。
1967年(昭和42年)4月14日 君島線(霞台 - 阿見役場前)路線開業。 君島線(君島天神 - 大形)路線開業。
1968年(昭和43年)11月 - 十余島線(脇川 - 神崎大橋 - 神埼役場前)路線開業。
1970年(昭和45年)10月 - 南筑波線(古河 - 古河西口)路線廃止。
1978年(昭和53年)4月1日 霞ヶ浦線(宮地 - 美浦トレセン前 - 土屋)路線開業。 霞ヶ浦線(大谷 - 美浦トレセン前)路線開業。
1979年(昭和54年)4月 霞ヶ浦線(本新開拓口 - 本新支所前 - 西代)路線廃止。 霞ヶ浦線(姥神 - 野原 - 佐倉新田)路線廃止。 霞ヶ浦線(阿波 - 須賀津)路線廃止。
1980年(昭和55年)4月1日 - 霞ヶ浦線(土浦 - 佐原)の貨物営業廃止。
1981年(昭和56年)2月 山ノ荘線(東城寺 - ゆう・もあ村)路線開業。 君島線(竹来 - 竹来下)路線開業。
1982年(昭和57年) 2月1日 - 浮島線(浮島 - 浮島水泳場)路線廃止。 10月 十余島線(神崎大橋 - 下総神崎)路線廃止。 十余島線(神埼農協前 - 神崎橋)路線廃止。
1986年(昭和61年) 4月11日 君島線(霞台 - 阿見役場前)廃止。 君島線(竹来 - 竹来下)廃止。 君島線(追原辻 - 島津)廃止。 9月1日 - 安中線(木原 - 大山)路線廃止。