会津戦争
領土を失った会津藩の武士らは、翌年の明治3年(1870年)謹慎を解かれて転封先として「猪苗代町(福島県耶麻郡)」と「斗南(現在の青森県むつ市)」のどちらかを明治政府により提示され、最終的に斗南を選択し、旧会津藩士4700名余が移住して三戸藩を立て、明治3年6月に名称を斗南藩と改めた。
会津出身の軍人・柴五郎によると「斗南」は漢詩からとったとの説が広く受け入れられているが、該当する古典漢詩が存在せず、会津藩士・秋月悌次郎が慶応元年(1865年)に蝦夷へ左遷された際に詠んだ「唐太以南皆帝州」との類似が指摘されている。一方、当時斗南藩の大属として藩政の中枢にいた竹村俊秀の『北下日記』には「「斗南」トハ外南部ノ謂ナリ」と記されており、当初「外南部」の略称に過ぎなかったものを大義名分に立って「北斗以南」の意義付けが行われたとの解釈もある。
白河藩は当時国替えにより藩主不在となり、幕府直轄領であった。旧幕府軍は西郷頼母を総督として、慶応4年閏4月20日 (1868年6月10日)に白河城を占領。これに対し新政府軍は、薩摩藩参謀・伊地知正治の指揮のもと、閏4月25日(6月15日)に白河への攻撃を開始し、5月1日(6月20日)に白河城を落城させる。旧幕府軍は7月までの約3か月間、白河奪回を試みて戦闘を繰り返したが、奪回はならなかった。
近年でも観光史学の影響で、会津地方の人々が「一方的に『朝敵』『賊軍』扱いされた遺恨がある」軋轢が報じられる事が多いが、史実では一般の会津民からではなく、会津藩士(やその親族)による薩長への遺恨のみ存在していた。
前述の通り、徴税や藩士優遇の前時代的な会津藩の苛烈な統治に不満を持つ会津民が多く、会津藩士や親族らの敵である新政府軍に協力した者も多数出た。移住処分や処罰も会津藩士やその親族のみに行われた上に、実際に会津戦後に明治政府が会津藩時代の統治を残そうとした際、逆に藩民から反発運動が起きたなど、会津藩の統治への不満が根強く、反発を受けて直接行うことにした明治政府による統治では、不和は起きなかった。旧会津藩士族らによる薩長への遺恨が、時代がくだり観光史学が普及以降は、会津藩打倒に協力者が続出していた旧会津藩地域の非藩士の子孫らから、薩長藩出身者への遺恨があったことになってしまっている。
西南戦争では、会津戦争で戦った旧会津藩士らやその親族が薩摩の巨魁である西郷隆盛への恨みを晴らす目的で、征討軍に志願したと言われている。その中には元会津藩家老の山川浩や佐川官兵衛、会津藩士・柴佐多蔵の息子である柴四郎・五郎兄弟、(厳密には会津藩士ではないが)元新選組三番隊組長の斎藤一等もいたとされている。西南戦争、紀尾井坂の変と立て続けに発生した薩摩出身の政治家である西郷や大久保利通等の非業の死に対して柴五郎等は「当然の帰結であり断じて喜べり」と語っている。