特別の機関
なお、独立行政法人制度が創設されて以降、特別の機関だった組織が独立行政法人に移行する例がある。財務省の特別の機関だった造幣局及び印刷局は改組され、独立行政法人造幣局及び独立行政法人国立印刷局となり、通商産業省の特別の機関だった工業技術院は、経済産業省産業技術環境局と国立研究開発法人産業技術総合研究所に業務を承継した。
内閣府(内閣府#特別の機関も参照) 地方創生推進事務局 知的財産戦略推進事務局 科学技術・イノベーション推進事務局 健康・医療戦略推進事務局 宇宙開発戦略推進事務局 北方対策本部 総合海洋政策推進事務局 金融危機対応会議 民間資金等活用事業推進会議 子ども・若者育成支援推進本部 少子化社会対策会議 高齢社会対策会議 中央交通安全対策会議 犯罪被害者等施策推進会議 子どもの貧困対策会議 消費者政策会議 国際平和協力本部 日本学術会議 官民人材交流センター 食品ロス削減推進会議 原子力立地会議
国家公安委員会 警察庁
こども家庭庁 こども政策推進会議
総務省 中央選挙管理会 政治資金適正化委員会 自治紛争処理委員(事件ごとに総務大臣が任命する。)
法務省 検察庁(最高検察庁・高等検察庁・地方検察庁・区検察庁)
外務省 在外公館(大使館・総領事館・政府代表部)
国税庁 国税不服審判所