日本エアシステム
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ボーイング777-200へのスーパーシート導入に合わせ、1997年4月1日からA300-600R型機においても、スーパーシートを導入。座席数は一機あたり12席、ピッチ102cm、幅47cm。ボーイング777-200との違いは、フットレストが手動式であることと、テレビは通路天井部にビデオモニターを設置していたことである。バゲージ・チェックイン・ラウンジ(ラウンジのない空港では空港内売店で使用できる商品券)・機内食などのサービスはボーイング777-200と同一だった。
ジェイエイエスメンテナンスサポート(JMC)
ジェイエイエスエアクラフト(JASA)
予約業務
SAS
KAS
エアロコミュニケーションサービス(ACS)
大阪エーシーエス(OSAACS)
福岡エーシーエス(FUKACS)
商事業務・空港売店運営・保険代理業
ジェイエイエストレーディング(JTR)
ジェイエイエス商事(JSC/商事業務/2000年4月より以下社名)
ジャスナイスウイング(商事業務・パッケージツアーの主催、法人としては現在のジャルパック)
旅行業
ジェイエイエス商事(JSC)
ジェイトラベル東京(JTT)
ジェイトラベル北海道(JTH)
ジェイトラベル大阪(JOO)
ジェイトラベル名古屋(JTN)
ジェイエイエスカストマーサービス(JCS)
その他
ジェイエイエス旭川リゾート開発(JARD/ゴルフ場経営)
JAS香港(JASHKG/香港地区総販売代理店/旧名JASH.K.日本佳速航空香港有限公司)
田中は五島の期待に応えて、東亜国内航空の業績は一時期、安定した。
しかし、五島の死や田中の退任、バブル経済の崩壊などが重なり、親会社の東急や東亜国内航空から社名を変更した日本エアシステムも、経営状態が悪化し、東急にとっては大きな負担となっていた。日本エアシステムは、日本航空や全日本空輸に対抗するため、大手2社にはない独創的なサービスを展開し、経営努力を続けていたが、運輸省から採算の取れない地方ローカル線が割り当てられ、それらを多く抱えていたことに加え、幹線や国際線においても路線や空港発着枠が思うように配分されず、常に不利な状況で経営しなければならなかった。東急はグループ戦略を見直し、不採算事業のリストラを加速。事業の縮小と投資の絞り込みを図る中で、日本エアシステムの身売り先が模索されることになった。
最初は東京三菱銀行を通じて全日本空輸に買収を打診されたが、同社は買収を拒否。その後、運輸省から日本航空に買収を打診されたが、同社も難色を示したため交渉は難航した。しかし下記の様に日本航空との経営統合が決まった。
2002年10月1日 - 日本航空株式会社(2004年4月1日から2011年3月31日までの商号は株式会社日本航空インターナショナル)と株式会社日本エアシステムが経営統合し、共同持株会社、株式会社日本航空システム(JALS)を設立。
同年受領したJA016Dは旅客型の最終号機で、2015年現在においては日本航空との経営統合後に受領した唯一のエアバスA300型機でもある。
ボーイング777導入に際しては、1990年に国内幹線向けにボーイング747-400の導入を決定、9機を発注したものの、財政難から1993年3月に導入延期を決め、機体のコストや運航上の経済性を重視しボーイング777へ発注を切り替えた、という経緯がある。なお、ボーイング747を発注したがキャンセルとなった理由は、航空憲法が廃止されて日本エアシステムに国際線の定期便運航が許可された時期が、丁度バブル経済の時期と重なっていた為、国際線用機材としてこの機材が計画されたが、湾岸戦争やバブル経済の崩壊に加え、成田空港の発着枠をめぐる問題などにより、導入が困難とされた為である。
日本国内航空・東亜国内航空・日本エアシステムが発注したボーイング社製航空機の顧客番号(カスタマーコード)は89で、航空機の形式名は727-89、777-289の2機種のみとなる。
DC-9導入以前に日本国内航空はフランスのシュド・カラベルの導入を検討しており、調査団の派遣日程まで決められていたが突然中止になったという。
日本エアシステムは、エアバス機を特に安全に運航・整備しているとして、エアバス・インダストリー社より
1989年3月「1987 - 1988年度A300型機最優秀オペレーター賞」
1996年6月「1995年度A300B2/B4型機最優秀オペレーター賞」
を受賞した。