大窪寺跡
大窪寺跡に関しては、その寺域を神武天皇陵域に推測する説が知られる。現在の神武天皇陵は、中世頃に所伝を失って所在不明となったのち、文久3年(1863年)に諸説のうちから「神武田」と呼ばれる地の小丘に治定され、陵墓形成されたものになる。この神武天皇陵と大窪寺跡との関係を推測する説では、前述の文書に見える大窪寺領の坪付が伝神武天皇陵周辺に位置し、神武天皇陵東側にも塔垣内・南塔垣内・東今度・西今度の小字が遺存する点が指摘される(「今度」は「金堂」の転訛か)。加えて、神武田に遺存した小丘は方形の土壇状であったと伝わることや、「塔垣内」の字名から、小丘は本来は大窪寺の塔基壇の一部であった可能性が指摘される。そのほか、神武天皇陵域内に残る礎石群も大窪寺のものとする説もある。
なお、大窪寺自体を神武天皇陵の陵寺や墓辺寺としての創建と推測する説もある。