海外需要開拓支援機構
発足時には、2013年度内にも最初の出資案件を決める予定としていた。
2014年 4月 東南アジアでのメディア事業等展開 - スカパーJSAT 東南アジア(シンガポール等)でのジャパンフードタウン事業展開 - 一般社団法人日本外食ベンチャー海外展開推進協会 中華人民共和国(浙江省寧波市)における商業施設展開 - エイチ・ツー・オー リテイリング、杉杉集団有限公司 9月25日 世界に向けて日本のポップカルチャーの魅力を発信するメディア事業およびEC 事業 - トーキョーオタクモード(Tokyo Otaku Mode Inc.)、3年間で15億円 ベトナムにおけるコールドチェーン整備のための物流事業 - 日本ロジテム、川崎汽船、7.35億円相当 マレーシアにおけるクールジャパン発信の拠点となる商業施設事業(ISETAN The Japan Store) - 三越伊勢丹ホールディングス、9.7億円相当 中国(寧波市)におけるジャパン・エンターテイメント型の大規模商業施設事業 - エイチ・ツー・オー リテイリング、杉杉集団有限公司、110億円 10月30日 正規版日本アニメの海外向け動画配信およびEC事業 - アニメコンソーシアムジャパン(バンダイナムコホールディングス・アサツー ディ・ケイ・アニプレックスによる新会社)、10億円 アジア地域におけるジャパン・エンタテインメント・コンテンツの創造・発信事業 - MCIPホールディングス(吉本興業・電通・ドワンゴ・ソニー・ミュージックエンタテインメント・滋慶学園・イオンモールによる新会社)、10億円 12月8日 シンガポール(オーチャード地区)におけるジャパンフードタウン事業 - 一般社団法人日本外食ベンチャー海外展開推進協会(JAOF)および本事業のサポーターとなる民間企業、7億円 世界主要都市(欧米豪)に日本食の魅力を発信する外食事業 - 力の源ホールディングス、出資7億円+融資13億円
2018年2月13日、元派遣社員の20代女性が、幹部らからセクハラを受けたとして、機構と男性幹部、派遣会社など3人に対し、計2000万円の損害賠償を求める訴えを東京地裁に起こしたと報じられた。クールジャパン機構は「これまで法律事務所の支援の下、関係法令・社内規定等に基づき、適切に対応するとともに、元派遣職員本人と誠実に対話するための機会を設け、話し合いを続けて参りましたが、訴訟提起がなされたとすれば、誠に残念であります。 今後の対応は、訴状を受領次第、検討することとなりますが、引き続き、適切に対応して参ります」との声明を公表した。
2020年3月3日、東京地裁は、上記訴訟の判決で「くじは業務とは無関係の(食事などの)行事への同行を強制するもので違法」と判断、元役員の男性2人にそれぞれ5万円の支払いを命じた。
2021年5月13日、東京高裁は判決で、元役員一人(元CIO)に対する5万円の請求は維持したが、それ以外の元役員、機構、派遣会社に対する請求は棄却した。その後、同判決は最高裁で確定した。