ファフナー (架空の兵器)
ファフナー・Mk.IX(マークノイン) 搭乗者:西尾里奈(Heaven and Earth - ) マークフィアー・アハト・ツェンと同型の中距離支援型。塗色はカーキ色。劇場版以降に登場。 西尾里奈の乗機で、彼女の火器をばら撒く傾向から火炎放射器「サラマンダー」を主兵装としている。劇中ではサラマンダーを用いて交戦してきたが、たび重なる戦闘によるパイロットの消耗とフェストゥムたちの連携攻撃に晒され、機体はほぼ全壊し、コックピットを捕獲されたが剣司によって救出された。 『EXODUS』では完全に修復されている。マークアハトが実戦から退いたため、メデューサやレールガンといった多様な兵器を扱い、里奈のSDPもあって主火力として運用される。のち第三次蒼穹作戦に伴い、エインヘリアル・モデルへと改修された。 ファフナー・Mk.X(マークツェン) 搭乗者:西尾暉(Heaven and Earth - EXODUS) マークフィアー・アハト・ノインと同型の中距離支援型。塗色はグレー。劇場版以降に登場。 西尾暉の乗機。主兵装としてドラゴントゥースを装備する。塗色はグレー。劇中では僚機の狙撃支援を行っていたが、竜宮島の防衛戦にて次々と倒れていく僚機に気を取られてスカラベJ型種の猛攻を受け、同化寸前にまで追い詰められたが、フェンリルを起動し自爆した。 『EXODUS』では機体を新造し、以前と同じくドラゴントゥースを主兵装としている。島外派遣においては様々な状況に対応する必要があるため、ガルム44など他の火器も使用している。
カノンによって設計された新型モデル。カノンがSDPにて予知した未来をもとに設計されており、消滅前に設計データをアルヴィスに記録したことで竜宮島に渡る。ザルヴァートル・モデルでも追究されたそれまでのアルヴィス製ファフナーの設計思想「味方の生還」「敵の殲滅」のどちらでもなく、「パイロットへの同化現象を抑え、一秒でも長くファフナーに乗せる」ことをコンセプトとした全く新しい設計のファフナーとなる。
未来予知から判明した、剣司らが解明した新同化現象の治療法といった最新のデータに加え、開発予定の技術までも導入前提で反映・設計されている。完成した機体の胸部および大腿上部にはリール状のカノン式増幅機(アクセラレータ)が導入されており、機体性能とパイロットSDP双方の増幅による戦闘能力の大幅な上昇と、同世代の人類軍製ファフナーの1/10以下の同化現象抑制を両立しており、過去にない機体ポテンシャルを実現している。
さらにパイロットと機体のフェストゥム・コアとのクロッシングをも機能として搭載している。それにより島のミールやゴルディアス結晶との情報共有を目的とする機体でもあり、剣司と彗は第三次蒼穹作戦で島のミールとクロッシングが発生し、消滅したカノンおよびそれまでの戦死者たちと出会っている。
ウォーカー群による竜宮島侵蝕に対処すべく、容子を中心としたクルー達の突貫工事によりカノンの設計を実現、わずか1か月足らずで島外に派遣され不在だった機体とマークドライツェンを除く全機が改修され、第三次蒼穹作戦に投入された。のちにドライツェン(カノン式増幅機の内蔵を実行)、ジーベン、フィアーも改修され、ザルヴァートル・モデルとマークツェンを除く全てがエインヘリアル・モデルとして運用される。
既存のザルヴァートル・モデルであるマークザイン・マークニヒト・マークレゾンの3機は全て人類軍によって研究・開発された機体だが、一騎は美羽の身の安全を守るため彼女にマークザインを譲っており、総士が第四次蒼穹作戦後に完全に沈黙していたマークニヒトを目覚めさせた事でそれに対する「壁」として、またベノン軍とその首魁であるケイオス擁するマークレゾンに対抗するための新たなザルヴァートル・モデルが必要となり、初めて竜宮島の技術を使ってのザルヴァートル・モデルの開発を行うこととなった。会議中ザルヴァートル開発が実現可能かを問われたブルク責任者の小楯保が「遺憾ながら即可能だ」と即答できる程度に研究そのものは進んでいた模様。 ファフナー・アキレス(改) Mk.Alles(マークアレス) 搭乗者:真壁一騎 【THE BEYOND】 べノンとの決戦、そして総士のマークニヒトに対する「壁」としてアキレスを竜宮島の技術を使用しザルヴァートル・モデルへと改修された機体。真壁一騎によってかつてのマークザインの時と同じく大量の海水、大気、そしてべノンのフェストゥムおよびファフナー、艦隊群を吸収・同化することでザルヴァートル化に成功。ザイン・ニヒト・レゾンに続く“全能”たる第4のザルヴァートル・モデル、マークアレスとして覚醒した。。 その能力は凄まじく、アレス1機の存在だけでベノンのプロメテウス・ミールの力である絶対停止領域に揺らぎを生じさせ、天と海に向けて放った一撃で海神島攻略戦に投入されていたベノン軍・フェストゥムの群れを消滅、空の赤い月すら一時撤退に追い込むほどの力を見せ、これを見た彗は勝利を確信し、敵として相対したレガートとセレノアの心に恐怖という感情を刻み込んだ。