釈奠
幕末になると、湯島聖堂の釈奠もまた衰退するようになる。 享和元年(1801年)から慶応3年(1867年)までの67年間に実施された釈奠は87回、中止された釈奠は48回とされる。ただし、中止の理由については記録が残っていないものも多く、反対に幕末の政情不安定期でも年2回の釈奠が通常通り行われている年もある。例えば、慶応3年(1867年)は、2月の釈奠は前年の将軍徳川家茂の喪中のために5月に延ばされたものの実施され、8月の釈奠も26日に当時大坂城にいた将軍徳川慶喜の使者が代参して翌27日には通常通り実施されている(『続徳川実紀』)。この慶応3年8月27日の釈奠が江戸幕府の主催による最後の釈奠となった。
戊辰戦争で優勢となった官軍(明治新政府軍)は湯島聖堂及び昌平坂学問所を接収し、「大学校」に改めた。新たに実権を握った国学者が明治2年(1869年)に釈奠を廃して八意思兼命を祀る「学神祭」を実施したことから、諸藩の藩校も動揺して釈奠を廃止するところが相次ぎ、存続した藩校においても教育改革に伴う公私立学校への転換の過程において廃絶した。なお、1890年代に入ると「教育勅語の奉読」が行われるようになったことにより、教育の場における祭祀・崇敬の対象が天皇へと集約されるようになったことで学校教育における釈奠復活の可能性は消滅し、旧藩校に残されていた孔子廟の中にはそのまま荒廃・消滅するものもあった。