蓬萊学園
港湾委員会
港湾施設の保守管理や周辺海域の治安維持を担当する委員会。一般社会における、港湾管理局や海上保安庁の機能を併せ持つ有力委員会。
学園が必要とする膨大な生活物資や各種イベントのための資材の輸入を担当すると共に、周辺海域での海賊対策や密輸対策などの必要性から独自の諜報機関を持ち、学防海軍との関係が深い。
式典実行委員会
学園内の各種式典・イベントを一手に担当する委員会。
生活委員会
学園の生活全般を担当する委員会。学園のインフラを全て管理するため、全委員会中で最大規模を誇った巨大組織。
余りに巨大すぎるため、98年に半分近い部局を分離独立させ、水利、学園労働、情報通信の各委員会を設立した。
鉄道管理委員会
学園内の鉄道の運営管理全般を担当する委員会。かつては鉄ヲタの巣窟として、効率や秩序とは無縁の趣味で運営されていたが、委員長に野々宮花江が就任して以後は一変したと言われる。
92年に学園地下鉄計画を発表するも、94年に土地の権利問題で頓挫した。
特殊環境委員会
90年に「応石」研究のため発足した委員会。
しかし90年動乱により殆どの「応石」は活動を停止。95年に「応石」未確認宣言を発表し、設立の趣旨だった「応石」研究を停止する。
その後は、学園内の環境問題や電力事情を調査する総合調査組織へと変貌、98年に保健委員会の環境局が移管され、環境委員会として再編成される。
90年動乱時は、一番隊隊長で局長・副長と共に「三羽烏」と云われた京都風之助(当時の剣道部部長で「蓬萊学園最高の剣士」と称された、倚福部風次郎のこと)の迷走により、内輪もめに終始していた。
学園銃士隊
公安委員会・校内巡回班とならぶ「学園三大警備団体」の一つ。かつて大正年間の「神田神保町の戦い」で奮戦した蓬萊騎馬隊の末裔とされ、「高貴なる中立」を標榜して、あえて非公認団体となっている(幕末に結成された蓬萊自警団がルーツとも)。
揃いの改造制服にマスケット銃を持ち、颯爽と騎乗した姿はフランス革命時代の三銃士を髣髴とさせ、女生徒に圧倒的な人気を持つ。非公認団体であることから、運営費を一般生徒からの募金に頼らなければならず、そのため注目を集める事件に関して、執拗に犯人逮捕に執着する傾向が見られる(運営費を集めるためには、そうせざるを得ないのが実情)。また銃の引き金は「羽より軽い」といわれるほど、直ぐに発砲するのも特徴。その割には、当たって負傷する人は少ない。
フェンシング部や馬術部の部員が多く、大半を男子生徒が占める。だが校内巡回班とは違い、女子の入隊を禁じてはいない。