大谷本廟
文永9年(1272年)、親鸞の弟子や東国(関東)の門徒の協力を得た親鸞の末娘である覚信尼は、鳥辺野の北にある「大谷」の地にあった親鸞の墓を「吉水の北の辺」(現・知恩院塔頭崇泰院がある地)に改葬し、「大谷廟堂」とよばれる八角円堂を建立する。
元亨元年(1321年)に、覚信尼の孫である覚如が大谷廟堂を寺院化し、「本願寺」(いわゆる大谷本願寺)と改名する(本願寺の歴史の詳細は、「本願寺の歴史」を参照)。
寛正6年(1465年)、本願寺8世蓮如の時に比叡山延暦寺西塔の衆徒らによって大谷本願寺が破却され、蓮如は近江国に避難する。一方で、破却された大谷本願寺には親鸞の墓が残され、井上願知によって守護されると草庵が建てられて「大谷道場」と称された。
蓮如は文明15年(1483年)に本願寺を再興させて、山科(現・京都市山科区)の地に「山科本願寺」を建立する。しかし、本願寺10世証如の代になると、天文元年(1532年)に天文の錯乱が勃発し、8月10日に山村正次が率いる法華一揆によって「下の一向堂」と呼ばれていた大谷道場が焼き討ちを受けて焼失した。8月24日には山科本願寺が六角定頼と法華一揆の攻撃を受けて陥落し、全山炎上した。大谷道場は後に願知の子孫である祐願によって復興するが、本願寺は大坂御坊に移転し、大坂本願寺(いわゆる石山本願寺、現・大阪城の地)を成立させた。
その後、本願寺11世顕如は織田信長と合戦し、石山合戦に発展すると、元亀2年(1571年)に大谷道場は攻められて焼失した。
そして、大坂本願寺は天正8年(1580年)に信長に明け渡されると、顕如は翌天正9年(1581年)に紀伊国の鷺森御坊を鷺森本願寺とした。