風来のシレン
オリジナルであるSFC版との違いとして、以下のようなものが挙げられる。
テーブルマウンテンのボス、魔蝕虫が封印されていた洞窟をさらに奥深く潜っていくダンジョン。階層が31Fから始まるので、実質テーブルマウンテンの続きと考えて差し支えない。黄金都市にある小部屋の壁が入り口。
『風来のシレンDS』はハードのシステム上、自動セーブになっていない。このため、中断するには自分で中断を選択する必要がある。中断をせずに電源を切ると、死亡したことになりその時点の持ち物は全て失われる。これらはリセット不可というゲームの緊張感を維持するための措置ではあるが、反面、バッテリー切れによって電源が切れたときも同様の扱いとなってしまう。このシステムのために、携帯機用ゲームでありながら電源の確保がコンスタントに必要であるという、携帯機用ゲームとしての利点を損なった側面を同時に抱えている(DC版アスカも自動セーブではないが、こちらは据え置きゲーム機であるため、電源が切れる可能性は極めて低く、同様の問題は発生しにくい)。
なお、DS版に追加されている新ダンジョンには次のようなものがある。SFC版での追加ダンジョンが全て持ち込み不可で、鍛えた装備の使いどころが少なかったことを考えてか、アイテムの持ち込みが可能な代わりに最初から難易度が高いダンジョンがほとんどである。