ヤギ亜科
ウシ科をウシ亜科と、Antilopinae(従来の分類におけるウシ亜科を除く全種)の2亜科とする説がある。その説に従う場合は本項の内容はヤギ族に関するものとなる。
以前はウシ科のうち左右の蹄が皮膚膜で繋がる種(ダイカー亜科も皮膚膜で繋がるが構造が異なる)がヤギ亜科としてまとめられていた。サイガ属も含まれ、亜科内ではヤギ族Caprini(Antilopinae亜科のヤギ族とは定義が異なる)、ジャコウウシ族Ovibovini(ジャコウウシ属のみ)・シャモア族Repicaprini(以下の4属)・サイガ族Saigini(サイガ属・チルー属)に分割する説もあった。シャモア族を構成するカモシカ属・ゴーラル属・シャモア属・シロイワヤギ属が亜科内では原始的な分類群だと考えられ、サイガ族は形態から亜科内ではブラックバック亜科に近縁だと考えられブラックバック亜科に含める説もあった。
2003年に発表されたミトコンドリアDNAの12S rRNA・16S rRNAの分子系統解析ではチルーはヤギ亜科に含まれるものの、サイガはブラックバック亜科に含まれると推定された。
2012年にミトコンドリアDNAのシトクロムbとCOI遺伝子の塩基配列を決定し最大節約法で推定した鯨偶蹄目(出典での学名に従う)を包括した系統解析では、ハーテビースト族(前述のように従来の分類ではAlcelaphinaeにあたる)とブルーバック族(従来の分類ではブルーバック亜科にあたる)の2族と単系統群を形成する。これら3族の単系統性はそれぞれの族から一部の種を解析に含めただけだが、2013年に発表された核DNAとミトコンドリアDNAの9遺伝子の塩基配列を決定し最大節約法・最尤法・ベイズ法で推定した系統推定でも支持されている。