政府税
米国民政府は、非琉球住民(本土籍の日本国民を含む)に対する課税について、幾つかの特例を設けた。これは当時のアメリカの内国歳入法を参考にしている。
琉球列島内に入域を認められた非永住者が、琉球列島で得た所得を、毎年7月1日から翌年の6月30日までの間を1課税年度として算出し、布令に基づく控除額や税率によって税額を計算し納付する。
5400ドル以上の純所得を有する既婚者については、二分二乗方式による共同申告方式を認める。
1課税年度に満たない短期滞在者の確定申告は、滞在期間中の所得を年間所得に計算し直し、そこから求められた年税額を、滞在期間に応じて納付する短期申告制度を設けた。
源泉徴収を受けた給与所得のみを有する非琉球住民は、年末調整ではなく、確定申告制度によって還付を受ける。
その結果、「琉球住民」と「非琉球住民」との間で、税負担額に差がでる(非琉球住民の方が税金が安い)ことになり、「課税平等の原則」に反するという批判があった。これら非琉球住民の課税を担当するために、専門の「外人税務署」が設けられた。