フジテレビワンツーネクスト
F1グランプリ(ステレオ2音声放送あり)NEXT(生中継)・ONE(リピート)
F1GPニュース NEXT(生放送)
Jリーグ YBCルヴァンカップ ONE・TWO・NEXT(2009年はONE、2010・2011年はTWO、2012年はNEXT中心に中継)
セリエA TWO(2020/2021シーズンから毎節2試合を独占生中継)
ゴルフ・アジアンツアーハイライト ONE・NEXT
全日本バレーボール高等学校選手権大会 ONE・TWO・NEXT
「ディノスチャンネル」(2003年3月18日開局、2007年12月31日放送終了) 旧名称・フジテレビ.ディノス(2006年10月1日より名称変更)。ディノスと提携したショッピング専門チャンネル。無料視聴可能だったが、2007年12月31日(e2 by スカパー!(現・スカパー!e2)では同年3月31日)をもって放送終了した。
アイドリング!!! ONE(初回放送)・NEXT
めざましテレビ Presents 中野美奈子の広人苑、中野美奈子の広人苑2、中野美奈子の広人苑3
ウゴウゴルーガ(再放送)
男おばさん特盛
モテカワCollection
アナマガ増刊号
K-1 WORLD GRAND PRIX(生放送、ステレオ2音声放送あり)
ビートたけしの21世紀毒談 ONE・TWO
元々は『チャンネル北野』、『チャンネル北野eX』の1コーナーだったが、ワンツーネクスト開始を機に10分間の独立番組となった。
温泉へ行こう!→新・温泉へ行こう!→もっと温泉に行こう! ONE・NEXT
フリフリSong Book(講師:前田健) ONE・TWO
岸朝子選『東京五つ星の手みやげ』 NEXT(過去ONE・TWOでも放送)
アイアン・シェフ・アメリカ(料理の鉄人のアメリカ輸出版) ONE・NEXT
とくダネ!特捜プレミアム ONE・TWO
ケーブルテレビでは3チャンネルともオプションチャンネル扱いとなる局が多かったが、JCNでは2009年4月1日から基本料金のみでONE・TWOが視聴できるようになったのをはじめ、2010年4月1日からJ:COM(J:COM TV デジタル)やeo光テレビ(プレミアムHD)でもONE・TWOがベーシックチャンネルに組み込まれている。その他ケーブルテレビでもONE・TWOのハイビジョンチャンネルは基本料金パックに含まれることが多くなっている。一方でNEXTはほぼすべてのケーブルテレビでオプションチャンネルである。
なお、在京5大キー局で唯一、ニュース・報道番組の専門チャンネルが放送されていない。報道番組は開始当初から2009年3月31日までは「フジテレビ739」(ONEの前身)、同4月1日から2012年3月23日までは「フジテレビTWO」(721改め)で、地上波で放送されたものをディレイ放送していたが、チャンネルの再々編(2012年4月1日より上記に再編)の実施によりフジテレビCSでの報道番組の放送は廃止された。2015年4月にはフジテレビ初の報道専門チャンネル「ホウドウキョク24」が開局したが、NOTTVおよびフジテレビオンデマンドでのみ視聴可能である。
また、チャンネルロゴは、地上波・BSのロゴを使用せず、独自のロゴを使用する。