平等院
承久3年(1221年)に起きた承久の乱の際には、当院は鎌倉幕府軍の大将である北条泰時、北条時房の本陣が置かれ、付近で合戦が行われている。
平等院は創建以来園城寺の末寺で藤原氏ゆかりの寺院として栄華を誇っていたが、南北朝時代の建武3年(1336年)1月の戦い(建武の乱の一つ)で足利尊氏と楠木正成の合戦に巻き込まれ、鳳凰堂(阿弥陀堂)以外ほとんど焼失してしまった。
室町時代になると、園城寺の院家である円満院院主が平等院の住職を兼ねるようになった。しかし、平等院は次第に荒廃していった。文明17年(1485年)には山城国一揆が発生し、南山城の国人衆や農民らが当院に入って評定を行っている。
戦国時代の明応年間(1492年 - 1501年)には浄土宗の栄久が廃れていた平等院を修復するために、塔頭・浄土院を創建している。天正10年(1582年)には円満院院主による平等院住職兼務は終わりを迎え、江戸時代の慶長15年(1610年)には、ついに園城寺は平等院を放棄するに至っている。