ヒストンH2A
ZはH2Aと比較して異なる機能を持ち、このことはH2Aとこのバリアントの遺伝的差異と相関している。H2A.Zを含むヌクレオソームは、H1の結合に対する抵抗性が生じる。H2A.Zの遺伝子は酵母ではHtz1遺伝子にコードされる非必須遺伝子である一方で、脊椎動物には2つのH2A.Z遺伝子が存在する。これらの遺伝子にコードされるH2A.Z1とH2A.Z2は、3残基が異なるのみである。当初、研究者らはこれらの遺伝子は冗長的であると考えていたが、H2A.Z1の変異体が作出された際、哺乳類での試験で致死性が確認された。そのため、H2A.Z1は必須遺伝子である。他方、H2A.Z2の変異体からは機能は同定されなかった。この遺伝子は哺乳類で転写されており、遺伝子発現は哺乳類の生物種の間で保存されていることから、この遺伝子も何らかの機能を持っていることが示唆されている。植物では多くの残基が異なるいくつかのH2A.Zが存在し、これらの差異は細胞周期の調節における差異に寄与している。
H2AからのH2A.Xの多様化は、系統樹の複数の地点で生じている。リン酸化モチーフの獲得はH2A.Xが複数の起源から生じたことを示す明確な例の1つである。一方でこれらはH2A.Xから複数の地点でH2Aが生じたこととも矛盾しない。菌類にH2A.Xが存在し典型的H2Aが存在しないことから、H2A.XがH2Aのもともとの祖先であったとも考えられる。