藍藻
メタゲノム研究によって見つかった、藍藻に近縁な従属栄養性細菌群である"メライナバクテリア綱" (Melainabacteria) や"セリキトクロマチア綱" (Sericytochromatia) などは、シアノバクテリア門に含めて扱われることがあるが、その場合は光合成能をもつ藍藻はオキシフォトバクテリア綱 (Oxyphotobacteria) にまとめられ、これらの非光合成細菌群と併置される。ただし、シアノバクテリア門を光合成性のグループのみに限る考えもある。
藍藻は分類学的には細菌として扱うべきであるが、ほとんどの学名は植物命名規約(現 国際藻類・菌類・植物命名規約)に基づいて提唱されており、国際原核生物命名規約の基で提唱された学名は少ない。
クロロフィル b をもつ藍藻(原核緑藻)は、発見当初は原核緑色植物門 (Prochlorophyta) として藍藻とは別の門に分けられていた。しかしその後の研究から原核緑藻は系統的に藍藻に含まれることが示され、現在では分類群名として原核緑色植物門を用いることはない。ただし「原核緑藻 (prochlorophytes)」という語は、一般名としてはしばしば用いられる。
他の藻類と同様、藍藻はその体制(おおまかな体のつくり)に基づいて分類され、いくつかの目に分けられてきた(下表1)。