縄文時代
クリが選択的に用いられていた理由は、打製石斧での伐採に適していたことなどによると考えられる。クリと同様アク抜きを必要としないオニグルミに加え、中期以降にはアク抜きを必要とするコナラやトチノキの種実も利用されるようになる。とくに後・晩期には、ヤチダモ・ハンノキ主体の低地林が形成にともない、水辺近くに集落が形成され、水場にアク抜きなどを行う加工施設を構築するようになった(水場遺構)。ウルシは早期前後に中国大陸より移入され、縄文時代をつうじて資源管理が行われ、漆液を採取し漆器の製作に利用したほか、木材としても利用していたと考えられる。西日本における種実などの利用については2014年現在断片的にしか判明していないが、クリ・ウルシの代わりにイチイガシを中心に据えた森林の管理・利用が行われていた可能性が高い。
アサは草創期から出土例があり、最も早いものとしては、鳥浜貝塚における縄類が挙げられ、縄文前期には果実を煮沸していたことが示されている。中国原産のシソ・エゴマは、早期から晩期にかけて継続的に確認されており、特にエゴマについては栽培されていた可能性が高い。エゴマは非食用油としても用いられるが、長沢宏昌は食用として利用されていたと推測している。
北海道から九州にかけての縄文時代の遺跡からは、コメ・オオムギなどの穀物や畑跡が確認されており、穀物の原始的な栽培や堅果類の半栽培が行われていたことはほぼ確実である。早期から中期に原始的な畑作が伝わった際には、南回りと北回りの異なるルートがあったと考えられている。
以下に能城 & 佐々木 (2014, pp. 41–42) による下宅部遺跡(東京都)に類する東日本の集落における森林・植物資源の管理・利用の描写を要約する。
集落の周辺には食料源であるクリや漆液を齎すウルシの林があり、その外側には二次林・一次林があった。それらの林においては木材のほか、落ち葉・落ち枝・蔓・種実・地下茎・シダ・ササなども採取・利用された。集落周辺や二次林の中の開けた場所では、マメの類やアサが栽培された。川沿いの一次林では、トチノキやクルミを採取し、水域の施設では種実や木・繊維製品を水に浸けて加工した。近隣で手に入らない食料・素材を遠方の一次林から調達することもあった。
クリ林の人為的な形成は、前・中期の集落周辺で確認されている。東日本においては、クリ材が選択的に利用されており、このことからもクリ林が継続的に管理・利用されていたことが窺える。下宅部遺跡などにおいては後期以降、構造物に占めるクリの割合が低下するが、これは耐用年数が短くても構わない小型の構造物においては間に合わせの木材も組み合わせて使うなど、構造物の目的に応じて樹種を使い分けていたためと考えられる。
後述するように、縄文土器(Cord Marked Pottery)の語はエドワード・S・モースの1877年(明治10年)の報告に見られるが、縄文時代という名称の時代区分が定着したのは第二次世界大戦後である。縄文土器の多様性は時代差や地域差を識別する基準として有効であり、時期区分についても草創期・早期・前期・中期・後期・晩期の6期に分ける土器型式上の区分が慣用化している。各時期の境界年代については炭素14年代法およびその年輪補正などに関連し諸説があるが、たとえば佐々木 (2020, p. 19) は、
草創期: 1万7000年前 - 1万1500年前
早期: 1万1500年前 - 7000年前
前期: 7000年前 - 5500年前
中期: 5500年前 - 4400年前
後期: 4400年前 - 3200年前
晩期: 3200年前 - 2400年前(東北・関東地方)
としており、中期が縄文時代の中頃というわけではない。
縄文時代・文化の時間・空間的な範囲や定義・内容については、研究者によって複数の説が唱えられており、2015年現在においても議論が続けられている。時期区分や年代推定の研究史上の変遷や、上記以外の文化史的区分については後述する。