長崎代官
豊臣政権時代の長崎の代官には、豊臣秀吉により任命された代官と、地租を免除された町以外を支配した長崎地下人の代官とがいた。
江戸時代になってから、長崎代官は引き続き御免地以外の地を支配し、御免地を長崎奉行が支配した。豊臣政権期の鍋島直茂や寺沢広高だけでなく、江戸時代初期の長崎奉行小笠原一庵や長谷川藤広も長崎代官と呼ばれることがあったが、寛永年代に入ってからは「長崎奉行」と呼称されることが多くなり、島原の乱後に就任した馬場利重のころから長崎奉行という呼び方に統一され、寛永18年(1641年)以降は奉行が長崎代官と呼ばれることはなくなった。その反対に秀吉が派遣した代官が長崎奉行と呼ばれることもあった。
村山等安、末次平蔵らの屋敷地だった屋敷(2065坪)が勝山町にあり、それを引継ぐ形で以後の代官・高木家が代官所として使用した。
代官所には手付や元締手代・手代が置かれ、他にも御船頭2人、御武具御用物蔵預5人、御米蔵預12人がいた。また、水主、御用物方、郷村庄屋、能役者、能太夫などが代官に付属した。天保2年(1831年)ごろは、手付4人、元締手代1人、平手代10人、書役1人が置かれた。そのうちの手付1人、平手代1人、書役1人は、天草の富岡陣屋詰であった。長崎警備御用役の黒田藩士、鍋島藩士の詰める間もあった。