AutoDock
AutoDockはオープンソースプロジェクトとして、次のようなサードパーティ製の改良版をいくつか取得している:
AutoDock Vina (smina) によるスコアリングと最小化は、AutoDock Vinaのフォークであり、スコアリング関数の開発とエネルギー最小化のサポートが強化されている。
Off-Target Pipelineにより、より大きなプロジェクト内でのAutoDockの統合が可能になった。
Consensus Scoring ToolKitは、複数のスコアリング関数を使用したAutoDock Vinaポーズの再スコアリングと、コンセンサス・スコアリング方程式のキャリブレーションを提供する。
VSLABは、VMDから直接 AutoDock を使用することができるようにするVMDプラグインである。このプログラムによって非常に容易にタンパク質-リガンドドッキングを行うことができる。
PyRxはAutoDockでバーチャルスクリーニングを実行するためのすばらしいGUIを提供する。PyRxにはドッキングウィザードが含まれており、これを使ってクラウドやHPCクラスタでAutoDock Vinaを実行できる。
POAPは、シェルスクリプトベースのツールで、リガンドの準備からドッキング後の解析まで、AutoDockによる仮想スクリーニングを自動化する。
VirtualFlowでは、AutoDock Vinaベースのドッキングプログラムを使用して、コンピュータークラスターやクラウド上で超大規模なバーチャルスクリーニングを実行し、数十億種類の化合物を日常的にスクリーニングすることができる。