ヒトマイクロバイオーム
初期のマイクロバイオーム研究は健常者のマイバイオームを構成する微生物の培養を試みるものであった。培養に依存した手法では大腸菌のような実験的環境下で培養しやすい微生物を過大評価しており、この頃には大腸菌が健常者の腸内における主要な細菌種であると考えられていた。1970年代に入ると厳密な嫌気培養が可能となり、腸内だけで300種類を超える細菌が新たに発見される。また、この頃には希釈と選択培地を利用した細菌の定量が可能となり、バクテロイデス属菌が腸内において豊富に存在していることが知られる様になる。しかし、この頃には既に培養できない細菌が多数存在することが推定される様になり、培養に依存した手法の限界が叫ばれていた。
転機となったのはDNAを観察する手法が開発されたことである。まず、蛍光 in situ ハイブリダイゼーションによって16S rRNAを観察する手法により、腸内の細菌の少なくとも2/3がバクテロイデス属やクロストリジウム属を含む6つの属・種レベルのグループに含まれることが明らかにされる。また、同時に腸内細菌の個人差の大きさが知られるようになった。