アメリカ合衆国における政教分離の歴史
また、女王はアストゥリアス公フェリペ(後のスペイン王フェリペ2世)と結婚し、イングランドとスペインの同盟が成立した。しかしフェリペはスペイン王となると、教皇とむすんだフランスと開戦し、イングランドも参加したが苦戦し、大陸の領土カレーをフランスに奪われた。
メアリー1世の死後即位した異母妹のエリザベス1世は1559年の国王至上法で、国王は教会の統治者(首長ではない)とされた。エリザベス1世は穏健なカトリックを包摂するよう政策をとっていったが、これにプロテスタントの立場から批判していく勢力の改革派が発生し、「清教徒(ピューリタン)」と揶揄された。ただし、国教会内部での方針に関する対立であったので、国教会とピューリタンを明確に区別することは不可能であるとされる。
フランス王妃となっていたメアリー・ステュアート女王が夫の死後にスコットランドに帰国すると、すでにスコットランドではジョン・ノックスが宗教改革を断行していたため、メアリーによるカトリック復古政策に反発した貴族によってメアリーは追放された。イングランドに亡命したメアリーを、エリザベス1世打倒のためにノーサンバランド伯トマス・パーシーやウェストモーランド伯チャールズ・ネヴィルらが利用して1569年に反乱(英語版)を起こしたが失敗した。カトリック教徒が反乱を支持しなかったことに不満を抱いた教皇は女王を破門したが、対抗して女王はカトリック弾圧政策をとっていった。こうしてエリザベス1世時代には、教義はプロテスタント、教会政治と礼拝様式はカトリックの国教会体制が確立した。
清教徒の一部の独立派や分離主義者の中には新大陸アメリカ、オランダなどへ亡命する者も多く、イングランドでの宗教的迫害は、信教の自由や政教分離論の主張や、万人祭司主義の徹底化による会衆主義を深めていった。
イングランド国教会に反対した清教徒は1620年、新大陸へ植民し、ピルグリム・ファーザーズはプリマス植民地を開拓し、ジョン・ウィンスロップはマサチューセッツ湾植民地を建設した。マサチューセッツ湾植民地へは信仰の自由を求めた2万人のイングランド人が渡航し、ニューイングランドと呼ばれるようになった。こうした亡命清教徒は清教徒革命後にイギリスに帰国し、議会派を助けた。
また、ニューイングランドではスペイン植民地やフランス植民地などカトリック勢力の脅威があり、イングランド本国でもスペイン・フランスのカトリック大国や、国王派の拠点と信じられたアイルランドのカトリックへと敵対するなど、イングランド本国とニューイングランドでは反カトリック主義が共通しており、クリストファ・ヒルは水平派などの急進主義者が最も激しく反カトリック的であったとしている。
カトリック派のノーフォーク公トマス・ハワードやウィンチェスター主教は1539年の6カ条法で化体説にもとづき、パンのみの聖餐や告解が指示された。
1547年にヘンリー8世が没し、幼少のエドワード6世が即位したが、ノーフォーク公から実権を握ったのはエドワード6世の母方の伯父でプロテスタントのハートフォード伯(サマセット公)エドワード・シーモアであった。摂政(護国卿)となったサマセット公は6カ条法などプロテスタントを妨害する法を廃止、1549年の礼拝統一法(英語版)ではラテン語でなく英語による礼拝を義務づけ、デヴォンシャーとコーンウォールではラテン語礼拝を求めて反乱が起きた。1553年には化体説を否定した(42カ条法)。一方で教会財産の没収は続き、サマセット公の財産は増えていった。しかし、1549年の農民反乱(ケットの反乱(英語版))にサマセット公は適切な対策がとれず、逮捕されてロンドン塔へ監禁された後処刑、ウォリック伯(ノーサンバランド公)ジョン・ダドリーが実権を握った。ノーサンバランド公も教会の財産を没収し、宝石や鐘など礼拝に不要な用具を没収した。更にはエドワード6世の異母姉で王位継承者であったカトリック教徒のメアリー(メアリー1世)から権利を奪おうと策謀をめぐらしたが、失敗してノーサンバランド公は処刑された。
初の女王となったカトリック教徒のメアリー1世は、ヘンリー8世時代以来の諸法を廃止しカトリック教会へ復帰した。ローマからの使節レジナルド・ポールはカンタベリー大司教となった。一方でプロテスタントは弾圧され、300人の聖職者や信徒が火刑となった。