スイスの宗教改革
1つは教会を世俗権力から独立させること、もう1つは世俗権力に教会の目的への奉仕をさせることである。彼は教権と俗権という「二本の剣」は分離不可の関係ではあるが、明確に弁別されるべきであると述べた。
カルヴァンはアウグスティヌスに従って、教会を、神によって定められた独自の権威を持つものと考える。彼はこの世には見える教会と見えない教会があるという。見えない教会は正しい信徒の作る精神的な共同体で、時間と空間の制約を受けない。見える教会は信徒が集まって、儀礼や礼拝、説教が行われる場所で、この見える教会においては成員すべてが必ずしも完全な信仰を有しているわけではない。そのため見える教会は成員すべてを完全な信仰に導くために、規律を必要とし、内部に政治が必要とされるのである。そのため教会の幹部は道徳を含む世俗の問題に対しても判決を出すことが出来る。
一方世俗権力の担い手である国家は、真の宗教、正しい信仰を広めるためのものである。もちろん既存国家の中には必ずしも完全な信仰に合致していない場合もあるが、そのような国家に対して反抗することは絶対に許されない。もし抵抗を認めてしまえば、無秩序に陥る恐れがあり、またそもそも神の力によって、誤った状態は長く続くことはないと考えられるからである。
カルヴァンは、理不尽な権力者に対しては殺害してもよいというユグノー派のモナルコマキ(暴君放伐論)の政治理論の先駆けともされる。
チューリッヒ教区説教者フルドリッヒ・ツヴィングリは説教においてはヴルガタを使用せず、エラスムスの『校訂ギリシア語新約聖書』を使用した。やがて旧来のカトリック的信仰理解を堅持する者たちとの間に徐々に疎隔が生じ、ドイツの広大な領邦に比べて狭小な地域共同体であるカントン(自治権を持つ州)の内部での対立は、たちまち先鋭化した。カントンはスイス革命により成立したヘルヴェティア共和国の時期に一般化したフランス語由来の用語である。それ以前は「邦」と呼ばれていた。ここではカントンと邦を区別せずに用いる。
1522年3月、受難節の断食期間が訪れた際、ツヴィングリ支持者は集まって乾いたソーセージを切り分けて食し、「聖書のみ」の考えを実践した。さらにツヴィングリは「食物の選択と自由」の説教をおこなうとチューリッヒ市参事会は支持し、チューリッヒはツヴィングリの福音主義の拠点となった。ツヴィングリは『最初にして最終的な弁明の書』をコンスタンツ司教に宛て、明確に「聖書のみ」を規範とすべきことを表明した。ツヴィングリ派とカトリック派の対立は激化したのでチューリヒ市参事会は1523年1月29日に公開討論を開催し、ツヴィングリは『67カ条の提題』で「聖書のみ」の原則を表明し、聖書に根拠がない教皇制度や祝祭日・修道制・独身制・煉獄を批判した。一方で教会の監督は信徒の集まりが行うべきであるとし、市参事会による宗教の管理を暗に正当化していた。さらに社会倫理について『神の義と人間の義』の説教をおこない、これによりこののちのチューリッヒにおける改革の枠組みが定まった。
ドイツでルターによって宗教改革の火蓋が切られた頃、スイスでもほぼ同時にツヴィングリによって福音主義的改革が進行していた。ツヴィングリは改革の半ばで戦場に斃れ、その事業は頓挫したが、ジュネーヴにカルヴァンが現れ、より厳格な改革を実行した。当初は非常に非寛容で妥協を許さなかったカルヴァン主義であるが、各国で政治権力により迫害を受けるようになると、「寛容」を主張して変貌し、近代的な政教分離の主張へとつながった。
12世紀末ごろまでは神聖ローマ帝国辺境に過ぎなかったスイスは、13世紀の初め頃に南北に貫通する街道が開通すると、一転交通の要衝となった。このことによりスイスは、近隣に支配を拡大しようとしていたハプスブルク家と戦略的価値を重視する皇帝の争奪の的となることとなった。1231年皇帝フリードリヒ2世によってドイツ統治を任されていたハインリヒはウーリ地方に証書を発給し、この地方を帝国直属とした。帝国直属という地位は帝国都市と同等であり、他の諸侯の影響を受けないことから「帝国自由」と呼ばれ、国家形成に通じる自治を可能にするものであった。
1239年には同じくシュヴィーツ地方も帝国直属の地位を獲得した。やがてウーリ州が自治権を獲得し、シュヴィーツ州、ウンターヴァルデン州と1291年に永久盟約を結んだ。
これはラント平和令の延長線上に、域内でのフェーデの制限・禁止を目的としたものであった。ヴィルヘルム・テルの物語はスイスの国民意識が高まった15世紀中ごろに世に広まりはじめたものである。
1314年冬、放牧地を巡る争いからシュヴィーツがアインジーデルン修道院を襲撃すると、これを口実にハプスブルク家のフリードリヒ美王は1315年11月15日大軍をもって侵攻したが、モルガルテン山からの奇襲攻撃によって敗北を喫した(モルガルテンの戦い)。1499年、皇帝マクシミリアン1世がハプスブルク家の古領を回復しようと戦争を仕掛けたが(シュヴァーベン戦争)、盟約者団はこれを撃退し、事実上神聖ローマ帝国から独立した。1513年のアペンツェル同盟において13州の形となり、今日のスイスの基本的な国家枠組みの基礎となる十三邦同盟体制が確立され、この体制が1798年まで維持された。
ヨーロッパ有数の軍事力を持つ国家となったスイスは、イタリア戦争に介入し、1513年のノヴァーラの戦いでフランス軍を大敗させ、ミラノを中心とするロンバルディア地方に覇権を確立したかに見えた。しかし1515年にルイ12世が没し、フランソワ1世が登位すると、同年のマリニャーノの戦い(英語版)で盟約者団はこの若き王に敗北し、南方へ向けての膨張の夢は潰えた。