吹田総合車両所
227系電車(68両) 1000番台の2両編成(SD01 - SD08編成・SR01 - SR14編成・SS01 - SS12編成)34本が配置されている。 2019年3月16日から和歌山線・紀勢本線(和歌山市駅 - 御坊駅間)・桜井線で営業運転開始。2021年3月13日ダイヤ改正で紀勢本線全線で営業運転を開始。117系・105系の定期運用を置き換えた。
227系1000番台
京都府向日市にある車両基地で、かつての京都総合運転所の本所を継承している。東海道本線(JR京都線)向日町駅 - 長岡京駅間に位置している。特急「サンダーバード」や「はまかぜ」の車両のほか、主に山陰本線(嵯峨野線)、湖西線、草津線で運用されている車両に加えて保線・事業用車両であるDEC741系、キヤ141系等が配置されている。
構内は大別して、東より、東着発線・中線 - 検修庫・西発線 - 西着線・西留置線に分かれている。また、端から端まで機回しできるように機走線が設けられている。西発線の本線合流部の手前には転車台があるが、現在は使用していない。
支所構内に隣接して、レールの溶接設備を有しており、京都貨物駅からのレール配給列車が運転されている。長物車チキが当所に配置されているのはこのためである。
電報略号は近キト。
289系電車(39両) 特急「くろしお」「らくラクはりま」用の基本6両編成(J01 - J05編成)5本と、付属3両編成(I01 - I03編成)3本が配置されている。 2015年3月14日の北陸新幹線金沢開業に伴う転配で発生した元「しらさぎ」用の683系2000番台を金沢総合車両所から転入の後直流化・改番されたものである。 また、改造されたものの編成に組み込まれなかったサハ289-2510が存在したが、サハ683-2509と同様に2016年7月に廃車となった。 こうのとりの増結車に使用されることもある。
113系電車(44両) 4両編成C編成(C05編成)1本、L編成(L03・L05・L06・L08・L09・L12・L14 - L17編成)10本の計11本が配置されている。 原則として琵琶湖線(草津駅 - 京都駅)・湖西線(山科駅 - 永原駅)・草津線で運用されていたが、2023年4月1日に運用終了。 全編成、車体色は近畿統括本部の統一カラーである深緑色一色。 2010年3月13日のダイヤ改正までは山陰本線(嵯峨野線)でも運用されていた。 寒地用対策が実施された700・2700番台に高速化改造(110km/h対応化)を施した5700・7700番台で構成されている。先頭車には電気連結器が装備されている。 C編成1本(C14編成)とL編成2本(L01,L13編成)が岡山電車区に貸し出されていたが、2012年10月までに返却された。 2023年1月より221系や223系への置き換えの影響で廃車が進んでいる。
103系電車 奈良線の普通列車で運用されていた。 車体色は一般的にウグイス色と呼ばれる黄緑6号で、先頭車両の前面に白色警戒帯が塗布されている。これは沿線が緑の多い地域であるために安全を考慮して用いられているもので、かつて101系が運転されていた時代に黄色の警戒帯を先頭車両に設定していたものの名残りともいえる。ただし黄色警戒帯が廃止され、新たに白色警戒帯が設定されるまでは警戒帯は塗られずに運用されていた。 かつては6両編成も存在し、関西本線(大和路線)・おおさか東線の普通を中心に、ラッシュ時にはJR難波駅発着の快速や桜井線・和歌山線において運用されていた。2016年10月1日までは4両編成を2本併結した8両編成で大阪環状線への直通列車にも運用されていたが、網干総合車両所から221系が24両転入されたことに伴い大阪環状線の運用から撤退、4両編成4本16両が廃車された。6両編成3本は、2017年10月から2018年1月までに201系の転入に伴い廃車された。2017年12月26日には4両編成1本も廃車されている。
大阪府堺市西区にある車両基地で、阪和線鳳駅の南東に位置している。かつての鳳電車区で、日根野電車区鳳派出所を継承している。なお、同派出所の運転部門は大阪支社の「鳳電車区」となっている。
キハ189系気動車(21両) 3両編成(H1 - H7編成)7本が配置されている。 キハ181系の老朽化に伴う置き換え用の車両で、山陰本線の特急「はまかぜ」を中心に運用される。最高速度は223系と同等の130km/hである。
キヤ141系気動車(4両) 2両編成2本が配置されている。軌道・信号通信試験車。 JR四国とJR九州の検測にも使用される。
DEC741形気動車(2両) 2両編成1本が配置されている。電気検測や線路設備検査を行う総合検測車。 2021年11月2日付で新製配置された。
キハ189系
キヤ141系
DEC741形
381系電車 2015年10月1日時点ではHD編成として、基本6両編成5本と付属3両編成3本の39両が配置されていた。基本6両編成は新宮寄りがパノラマグリーン車である。非パノラマ編成は287系の導入で既に福知山電車区に転出していた。2015年10月30日まで特急「くろしお」で運用された。 2011年3月12日のダイヤ改正までは国鉄色塗装のモノクラス編成も在籍し、臨時列車やホームライナー(「はんわライナー」「やまとじライナー」)の運用に使われていた。これらはFH編成として福知山電車区に貸出後、廃車になっている。 2015年10月30日の運用終了後、2016年3月末までに24両が廃車され、9両が後藤総合車両所出雲支所に転属した。2016年4月12日付で残る6両も廃車された。
113系電車 2020年4月1日時点では、2両編成(HG201・HG202編成)2本が配置されていた。ワンマン運転用にモハ113形 - モハ112形の電動車ユニットに切妻非貫通型の運転台取付を行った改造車で、オーシャングリーンにライトパープルの帯を纏っていた。御坊駅 - 紀伊田辺駅間のワンマン運転を中心に運用されていた。2020年3月13日に定期運用を終了し、2020年4月22日にHG201編成、同月30日にHG202編成がそれぞれ廃車された。 国鉄時代には紀勢本線(当時は愛称名なし)の紀伊田辺駅 - 新宮駅間、1999年までは和歌山線和歌山駅 - 五条駅間でも運用されていた。 1972年3月15日から阪和色を纏って6両編成で登場し、1989年3月11日のダイヤ改正で4両編成となった。225系の増備により4両編成は2011年12月10日をもって運用から離脱し、後継には223系・225系が充当されている。