馬堀駅
相対式ホーム2面2線を持つ地上駅。2008年12月に亀岡駅までの複線化が完成したことに伴い、分岐器や絶対信号機がない停留所となった。
改札口は南側にある駅本屋内に1か所。駅本屋側が2番のりばであり、1番のりばへは跨線橋で連絡している。跨線橋とホームはエレベーター、階段で連絡している。駅舎への出入口は駅前広場に面した南側に設けられている。トイレは2番のりば西寄りの跨線橋と改札口の間にあり、男女別・車椅子対応で水洗式。
ホームには周囲に桜並木が植樹されており春には桜の花で構内を彩っている。
亀岡駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託する業務委託駅である。かつては無人駅であったが、周辺の1960年代からの宅地開発に伴う利用客数の増加に伴い有人駅化され、現在ではみどりの窓口も設置されている。ICOCA利用可能駅(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)。