鞭毛
従来、真核生物のは鞭型と羽根型(両羽/片羽)の2型に分類されていた。しかし「羽」と呼ばれて一括りにされてきた修飾構造には、分類群毎の差異がある事が電子顕微鏡の普及と共に判明してきた。従って、鞭型鞭毛や羽根型鞭毛という表現は、単に鞭毛の形状を表した便宜的なものにすぎない。
明瞭な修飾構造を持たない分類群
オピストコンタ(後生動物、菌類)、アメーボゾア、ケルコゾア、緑藻類など。
修飾構造を持つ分類群
ストラメノパイル
褐藻類や珪藻類といった独立栄養の不等毛植物から、卵菌類やラビリンチュラのような従属栄養の生物までを含む。最も修飾を発達させたグループで、鞭毛の表面に管状マスチゴネマと呼ばれる小毛を持つ。この小毛は中空であり、基部・軸部・先端毛という三部構成となっている。管状小毛を持つ鞭毛は、鞭毛運動時に細胞に逆向きの推進力(鞭毛を前に向けて泳ぐ力)をもたらす。「ストラメノパイル」という名前はこの管状小毛に由来する(stramenopiles, straw;麦わら+pilus;毛)。
プラシノ藻類
鞭毛は数種類の鱗片に覆われる。小毛を持つように見える種もあるが、これは毛状鱗片である。プラシノ藻の多くは鞭毛のみならず細胞本体の表面にも鱗片を持ち、それらの形態や組み合わせは属や種の同定に有用な形態形質である。
クリプト藻類
二本の亜等長 - 不等長鞭毛を持つ。長鞭毛が両羽、短鞭毛が片羽という組み合わせが多いが、これは属により様々である。長鞭毛の小毛は中空で、軸部と先端毛との二部構成である。
細胞膜
鞭毛の表面は細胞膜である。さらにその外側に、種々の修飾構造を持つ生物もいる(後述)。
微小管 中心微小管(中心対微小管、central pair) 周辺微小管(二連管、doublets) A小管:やや内側に位置する小管。スポークと接する。 B小管:やや外側に位置する小管。
微小管は、α-チューブリンとβ-チューブリンが交互に並んで構成された13本の繊維から成る構造である。真核生物特有の構造で、原核生物には存在しない。
ダイニン(dynein) ダイニン外腕 ダイニン内腕
ネキシン(ネキシンリンク、nexin)
スポーク(ラジアルスポーク)
キネシン(kinesin):モータータンパク質。鞭毛内輸送(IFT; intraflagellar transport)に関与する。
ここに列挙した構造やタンパク質は一例で、実際にはさらに多くの要素を含む。