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酵素や受容体は、内因性タンパク質によって活性化または阻害されることが多く、この他にも、活性部位またはアロステリック部位に結合できる内因性または外因性の低分子阻害剤や活性化剤によって阻害されることもある。
たとえば、植物テルペンの一種で、催奇形性や発がん性のある酢酸ミリスチン酸ホルボールがある。これは、がんを促進するプロテインキナーゼCを活性化させるため、調査のツールとして有効である。また、遺伝子の発現を制御するため、小分子の人工的な転写因子を作ることにも関心が持たれていて、その例としてレンチノロール(レンチの形をした分子)があげられる。。
リガンドの結合状態は、表面プラズモン共鳴、マイクロスケール熱泳動(英語版)、二面偏波式干渉法などのさまざまな分析手法を使用して特徴付けることができ、反応親和性や速度論的特性、および誘発されるコンフォメーション変化を定量化することができる。