紀の川
1600年(慶長5年)の関ヶ原の戦いにおいて本戦に参じ、戦勝後の恩賞で紀伊一国を領する事となった浅野幸長は、古くから存在していた堤防を改修して街道としていた。紀の川の治水ではこれら街道が堤防を兼ねる形で建設されていたが、到底十分なものではなかった。大坂夏の陣の後、安芸広島に転封となった浅野氏に代わり、1619年(元和5年)に南海の鎮として駿河府中より入部したのが、家康の十男・徳川頼宣である。頼宣入国により、徳川御三家の一つ紀州徳川家が成立したが、これが紀の川の河川開発の号砲ともなった。
紀州藩は南海道の鎮護を目的とし、大坂や西国を監察する役目を担っていた為居城である和歌山城を大幅に拡張する必要性が生まれた。頼宣は居城の拡張と城下の発展を図るためには紀の川の治水が不可欠と考え、嘉家作丁から地蔵の辻に至る高さ3.0m・天端幅5.0m・総延長1.7kmの堤防を建設し、補強する為にヤナギを植えた。これは「柳堤」と呼ばれ、更に地蔵の辻から八軒屋までの区間に松並木で強化した堤防を建設した。これは「松原堤」と呼ばれるが、堤に植えられたマツは敵の侵攻の際に切り倒して和歌山城の防衛に利用する事も頼宣は考えていた。また、岩出付近には「花見堤」が1626年(寛永3年)に建設されているが、名の由来はこの付近一帯に広がる桃園が、春になると見事な開花風景を見せることから付けられたといわれている。この他上流の伊都郡(現・かつらぎ町)には三代将軍・徳川家光の命により高野山大塔建築の為の貯木機能を兼ねた「上様堤」や「千間堤」が寛永~寛文年間に建設されている。
また、地滑りについても既に1974年(昭和49年)から指摘されていたとの意見もあり、地滑りに対する認識の甘さを批判する意見も多い。ダム湖への地滑りによる災害はイタリアのバイオントダム事故が著名であるが、この事故では2,600名が死亡しており対策の不備は大事故につながりかねない。現在国土交通省は恒久的な地滑り対策を施工中であるが、安全が確認されない限りダムの貯水は行われず、さらなる事業費の拡大や治水・利水計画への影響が懸念されている。
また、公共事業の見直しによるダム事業の再評価が全国的に行われ、紀の川水系でもその影響が及んだ。建設省は高野山を水源にして紀の川に合流する紀伊丹生川(大和丹生川とは別の川)の上流部、九度山町北又地先に「紀伊丹生川ダム計画」を1989年(平成元年)より進めていた。ダムは堤高145.0m、総貯水容量60,400,000トンの重力式コンクリートダムで、紀の川水系最大級の特定多目的ダムであった。だが利水計画縮小によって計画の再検討が行われ、当初計画よりも上流に再度建設が計画された。だが、実施計画調査時に基礎岩盤が予想以上に劣悪である事が判明。
大台ヶ原
吉野山
高野山
掘削処理を施すと大幅な事業費増額が予想され、同程度の事業費であれば既存の河川整備・利水施設整備を行えば十分対応できる事が報告され、コストパフォーマンスに優れない事業の継続は住民の理解を得られないとして2003年(平成15年)に国土交通省はダム計画の中止を決定した。
現在は大滝ダムの地滑り対策と紀の川大堰の周辺事業整備(新六ヶ井堰撤去事業)が進められている。水害による被害は一時期に比べ格段に減少しているが、地球温暖化の影響による短期集中的な豪雨被害が全国で毎年起きている事を考慮すると、万全な治水整備を怠る事は出来ない。また渇水については1990年(平成2年)・1994年(平成6年)・1995年(平成7年)・2001年(平成13年)・2002年(平成14年)と平成に入っても渇水被害が後を絶たない。特に1994年・2001年・2002年の渇水では紀の川・貴志川の流水が途絶(瀬切れ)し、市民生活に深刻なダメージを与えた。これは紀の川が一級水系の中で最大流量・最小流量の差が最も大きく、雨量は夏季に集中している事が原因であり、故に夏季に雨量が少ないと致命的な水不足に陥る。この為利水目的を有する大滝ダムと紀の川大堰の早期本格運用が期待されているが、特に大滝ダムについては上記の理由がある為、被害住民への恒久的住宅対策と完全な安全性の確保は極めて重要と言われており、国土交通省の抜本的対策が求められている。