メイス・ウィンドゥ
しかしこの対立はやがて共和国と分離主義勢力との武力抗争へと発展し、彼は囚われの身となったオビ=ワンを救出するため200人のジェダイを率いてジオノーシスへと向かう。彼はジオノーシアンの処刑闘技場で無数のバトル・ドロイド軍団と交戦し、その戦いのなかでドゥークー伯爵の雇った殺し屋ジャンゴ・フェットと対峙した。しかし銀河系最強の賞金稼ぎもメイスの敵ではなく、ジャンゴは戦闘中にジェットパックが壊れたことに気付かず最後の一太刀をジェットパックで避けようとするも作動せずに最強のジェダイ・マスターは難なくジャンゴの首を斬り落とした。やがて無尽蔵に現れるドロイド軍との戦いは劣勢となり、一時は追い詰められるが共和国のクローン軍団を引き連れたヨーダの加勢によって形勢は逆転し、彼は無傷でこの戦いを生き延びたのである。だがメイスはこの時もはや交渉の時代が終わりを告げたことを思い知らされたのだった。
クローン大戦末期、共和国軍の指揮官として前線で戦争に直面する間はウィンドゥは共和国の行く末に確信が持てなくなっていった。戦争は泥沼化して何年も続いていたが、その間もパルパティーン最高議長は保安を名目に銀河憲法を修正してさらに多くの権力を自らに集中させていた。一方でジェダイは実質的に軍部としての役割が強くなっていき、本来の姿を失いつつあった。