サキャ派
1260年、クビライがモンゴル帝国の第5代カアンに即位した。クビライのもとにいたパクパは1260年に帝師に任命され、大元ウルスにおける仏教に関する全権を任された。1264年にはパクパのために最高統制院が作られた。また、パクパにアムド、カム、ウー・ツァンに対する政治的、宗教的権威を委ねた。
以後のモンゴルとチベットの関係を、単純に西欧的な意味での「宗主国・属国」という関係で見ることはできない。クビライは手紙の中でパクパに「私はあなたの保護者であり、ブッダの教えを広めることはあなたの務めである」と語っている。これはあくまでも個人と個人の関係である。皇帝は政治的な保護の権力を行使し、帝師はチベットだけでなく中国を含む全モンゴルに宗教的な影響を与えている。これ以後も1911年の辛亥革命まで、中国とチベットの関係は概ねこのようであった。チベットから見ればチベットの守護者観音菩薩と中国皇帝文殊菩薩は同格である。しかし中国から見れば中国皇帝と同格ということは定義上ありえず、両者の関係はチベットからみるか中国から見るかで大きく異なる。
その後、サキャ派は大きく2派に分かれた。
ゴル派 (Ngor pa):ゴルチェン・クンガ・サンポ (Ngor chen kun dga' bzang po, 1382-1456) を祖とする学派で、サキャ派寺院の85%がゴル派である。戒律を重視し、ヘーヴァジュラ、サンプタを始めとする7つのマンダラを修習する。
ツァル派 (Tshar pa):ツァルチェン・ロセル・ギャムツォ (Tshar chen blo gsal rgya mtsho, 1502-1556) を祖とする学派。マハーカーラの秘法を含む門外不出の『ツァルの黄金13法』 (gser chos bcu gsum) を相承している。