大中湖
大中湖は琵琶湖中央部の東岸に位置し、沖合約2kmには琵琶湖最大の島である沖島が浮かんでいる。大中湖と琵琶湖は砂州で区切られており、湖面標高84mの琵琶湖に対して大中湖の湖面標高は81mだった。直径4kmのほぼ円形であり、隣接して小中湖(伊庭内湖、安土内湖、西ノ湖の総称)があった。湖底は平坦で浅く、水深は最大でも2.7mしかなかった。面積は15.4 kmであり、諏訪湖(長野県)よりもやや大きく、大中湖同様に干拓された巨椋池(京都府南部)の約2倍だった。周囲一帯は内陸性気候であり、冬期には他の湖東地域よりも積雪が多い。
米原市から近江八幡市にかけての湖東地域にはかつて内湖が点在していた。内湖は平均水深1.78mの浅い湖であり、ヨシ群落は多様な生物の棲みかとなっていたほか、水質の浄化作用も持ちあわせていた。明治時代から昭和初期まで、琵琶湖の周囲には40数個の内湖があり、その総面積は1940年(昭和15年)時点で29kmに及んでいたが、現存しているのは23個であり、総面積は4.25 kmまで縮小したほか、大部分が人工護岸化された。湖東地域と湖北地域の総干拓面積は2521.3ヘクタール であり、琵琶湖の面積の3.7%である。戦後には特に琵琶湖南湖において、リゾート施設や公共施設建設のための湖岸埋め立てが行なわれたが、これらの総湖岸埋め立て面積は336ヘクタールに過ぎない。大中湖以外の主要な内湖を以下に挙げる。
入江内湖(いりえないこ)
米原市街南西部にあり、干拓後は主に水田となった。約3km2の広さがあった。