メフロキン
低出生体重児、新生児、乳児
妊婦または妊娠している可能性のある女性(100mg/kg用量でマウスとラットの仔に異常が認められている) 授乳婦には禁忌ではないが母乳中に移行することが知られている
てんかんの患者またはその既往歴のある患者(痙攣を起こす可能性がある)
精神病の患者またはその既往歴のある患者(症状が悪化する可能性がある)
キニーネとの併用(急性脳症候群、溶血、心毒性等が発現する可能性がある)
ハロファントリン(英語版)との併用(致死的なQTc間隔の延長を引き起こす可能性がある)
製剤成分または類縁物質に過敏症の既往歴のある患者
メフロキンは心電図上で確認可能な心拍異常を引き起こす。同様の副作用を持つキニンやキニジンとメフロキンを併用すると副作用が増強される。メフロキンとハロファントリンの併用はQT時間を大きく延長するので禁忌である。