ゲル電気泳動
分離後、等電点電気泳動やSDS-PAGEなどの追加の分離方法を用いてもよい。その後、ゲルを物理的に切断し、各部分からタンパク質複合体を別々に抽出する。その後、各抽出物は、ゲル内消化の後、ペプチドマスフィンガープリンティングやde novoペプチドシークエンシング(英語版)などによって分析することができる。これにより、複合体中のタンパク質の同一性に関する多くの情報を得ることができる。