井伊谷藩
秀用もまた姉川の戦い・三方ヶ原の戦い・長篠の戦い・高天神城の戦いなどに従軍し、武功があった。
井伊直親の遺児であった井伊直政は、天正3年(1575年)に徳川家康に出仕した。こののち天正10年(1582年)頃までの直政と井伊谷三人衆の関係は明確ではない。『寛永諸家系図伝』では、天正3年(1575年)時点で直政に旧領井伊谷が与えられるとともに、三人衆が直政に附属されたとあり、井伊家編纂の由緒帳『侍中由緒帳』でも天正3年(1575年)に三人衆が直政の与力になったとある。一方、井伊谷の所領に関する史料からは、三人衆は知行地を従来通り保持しており、直政の領地は三人衆とかからない形で設定されたと見なされる。天正10年(1582年)、井伊直政は4万石を領するに至り、武田旧臣をはじめ多くの武士を附属された。『寛政譜』によれば、秀用を含む「井伊谷三人衆」が井伊直政に与力として附属されたのは天正12年(1584年)とある。
秀用は井伊直政の麾下で長久手の戦いや第一次上田合戦・小田原合戦・九戸政実攻めを戦って武功を重ねた。井伊直政と直政附属の同心衆は「上司と部下」の関係であり、同じ主君(徳川家康)に仕える存在であって、直政と同心衆の間に指揮系統の上下はあっても主従関係はない。近藤秀用は、井伊直政の「家老」的存在ではあったが、井伊谷の在地領主であり、単独で相当の軍役を担うことのできる独立性の強い存在であった。
近藤季用の井伊谷領
季用は関ヶ原の合戦では御徒頭を務め、戦後に旧領である遠江井伊谷で3050石を与えられた。季用は慶長17年(1612年)に没し、その嫡子・近藤貞用が跡を継いだ。
近藤秀用の青柳藩
関ヶ原の合戦で井伊直政は負傷し、慶長7年(1602年)に死去した。この慶長7年(1602年)、秀用は召し出されて徳川秀忠に仕えた。この際、上野国邑楽郡青柳(現在の群馬県館林市青柳町付近)で5000石を与えられた。『引佐町史』によれば、慶長8年(1603年)に池田輝政の口添えによって家康の勘気は解かれたという。
慶長19年(1614年)、近藤秀用は相模国内において新たに1万石の知行地を与えられ、従来の上野青柳5000石と合わせて知行地は1万5000石となった。これにより諸侯に列し、青柳藩が立藩したと見なされる。この加増は、小田原城番任命とともに行われており、秀用は小田原城三の丸に居住した。
秀用は両度の大坂の陣に従軍した。この際、他家に仕えていた二男の用可を、徳川家の直臣とするよう願い出て認められ、用可は父と共に武功を挙げた。
元和元年(1615年)、秀用は用可に5000石を分与した。これにより、青柳藩は1万石となった。