病気の病原体説
接触伝染説の基本的な形は、中世イスラム世界の医学(英語版)にまでさかのぼる。この理論は、ペルシャの医師(英語版)イブン・スィーナー(Ibn Sina、980-1037、欧州ではアヴィセンナ(Avicenna)として知られる)が『医学典範(The Canon of Medicine)』(1025年)の中で提唱したもので、後の16世紀まで欧州で最も権威ある医学書となった。イブン・スィーナーは、『El-Kanun(エル・カヌン)』第4巻で流行病について論じ、古典的な瘴気説を概説し、彼自身の初期の接触伝染説との融合を試みた。彼は、人が呼吸によって他人に病気を伝染させる可能性があることに言及し、結核の伝染について指摘し、水や排泄物を介した病気の伝染について論じた。
目に見えない伝染病の概念は、その後、アイユーブ朝サルタン国時代のイスラム学者によって議論され、彼らはそれらをナジャサット(英語版)(najasat、不浄な物質)と呼んだ。イスラム法学者のイブン・アル=ハジ・アル=アブダリ(英語版)(Ibn al-Hajj al-Abdari、1250年頃-1336年)は、イスラムの食事(英語版)と衛生 (en:英語版) について論じる中で、病原体が水、食物、衣服を汚染し、水道を介して広がる可能性について警告しており、あるいは、病原体が目に見えない粒子であることを示唆していた可能性がある。
19世紀半ば、フランスの微生物学者ルイ・パスツール(Louis Pasteur、1822-1895)は、女性生殖器をホウ酸で処理することで、粘膜の損傷を避けながら、産褥熱(英語版)の原因となる微生物を死滅させられることを示した。
パスツールは、レディの研究を基に、栄養寒天(英語版)を入れたスワンネック‐フラスコ(英語版)を作り、自然発生説を反証した。フラスコの内容物が発酵するのは、湾曲した首を外して外気と直接接触しているときだけであることから、パスツールは、細菌が環境にコロニー形成するには伝染部位間を移動しなければならないことを証明した。
パスツールは、バッシーと同様に、カイコに褐色の斑点を生じさせる病気である微粒子病(pébrine)について研究し、病原体理論の研究を発展させた。1857年にスイスの植物学者カール・ネーゲリが微粒子病原体 Nosema bombycis を発見したことを受け、パスツールはこの発見を応用し、換気の改善や、疾病監視(英語版)の初期形態である原蚕種のスクリーニングを推奨した。
細菌の発酵に関するパスツールの論文を読んだイギリスの外科医ジョセフ・リスター(Joseph Lister、1827-1912)は、骨が皮膚を突き破る開放骨折は、環境微生物にさらされるため感染しやすいことに気づいた。彼は、フェノール(石炭酸)が効果的な消毒薬として、負傷部位に塗布できることを発見した。