欧州委員会
2004年末に発足したバローゾ委員会は欧州議会の承認が1度否決され、人事案の再検討を余儀なくされたことにより本来の予定よりも遅れて発足した。2007年にはルーマニアとブルガリアが欧州連合に加盟したことにより、両国からの委員をそれぞれ1名ずつ加えたことにより、委員会は25人体制から27人体制となった。欧州委員会の規模が大きくなったことにより、バローゾは委員会における委員長の職務を大統領制に近い形態で執り行うようになり、このことは一部からの批判を受けた。
しかしながらバローゾが歴代の委員長よりも大統領制に近い形で行動しているにもかかわらず、欧州委員会の役割がイギリス・フランス・ドイツといった大国の影に隠れるようになってきている。このような状況からリスボン条約では常任の欧州理事会議長を創設することとなった。さらに委員会の政治的活動が多く見られるようになっているが、ヴァルストレムはヨーロッパ規模でのできごとに対する市民の参加の拡大につながるとしてこのような状況を歓迎している。
この反対の要因となったのが、アイルランド出身の委員がいなくなる可能性であった。これをうけて欧州理事会は国民投票の再実施のために、リスボン条約発効後も委員の数を減らさないことで合意した。ところがそれでも基本条約の規定では委員の数を加盟国数よりも少なくしなければならず、このため委員を出さない加盟国に対しては外務・安全保障政策上級代表を割り当てるという、「26+1方式」が提案された。この保証が奏功して、2009年に実施されたアイルランドの2度目の国民投票でリスボン条約批准が承認された。
またリスボン条約では欧州委員会の対外関係担当委員と欧州連合理事会の共通外交・安全保障政策上級代表を統合することがうたわれていた。欧州委員会の副委員長を兼務するこの役職は、欧州委員会における対外関係政策を担当するほか、欧州連合理事会の外務理事会の議長を務める。さらにリスボン条約では、委員長は引き続き欧州理事会が指名することになっているが、その人選にあたっては直前の欧州議会議員選挙の結果を考慮することとなった。また基本条約の文言についてかつては、欧州議会は委員会を「承認する」という表現が用いられていたが、リスボン条約発効後は「選出する」という表現に改められた。