バハ1000
四輪では、TRD USAの開発したトヨタ・SR5(ハイラックス)が1993年、トヨタ・タンドラが1998年に総合優勝を果たしている。実際のピックアップトラック市場同様、トヨタは日本車の中では採用率が高く、多数派を占めるシボレーやフォードに混じってよく見ることができる。また近年は米国ホンダ(HPD)も参戦し、クラス優勝を挙げている。
二輪は本レース誕生のきっかけにもなったホンダが圧倒的に強く、1997年から2013年まで17連勝するなど26回の総合優勝を記録。直近でも2021年まで6連勝を達成している。カワサキも1988年か1996年までの9連勝を含めて10勝、ヤマハが2勝を挙げている。
二輪 1983年に風間深志が日本人として初めてヤマハ・TT600で参戦、クラス9位で完走。 1984年に作家・ルポライターの戸井十月が初参戦。以降も参戦し続け、日本人最多参戦歴を持つライダーとなった。 1992年に三橋淳が125cc以下のClass20で出場し40時間12分56秒で2位となった。 同年のClass20優勝はCR125で参加した渡辺裕之組33時間44分19秒。90年代は日本人参加者が多く、この年は雑誌にBaja挑戦予備校が紹介されて、日本人の二輪参加台数は50台以上、人は150人以上の参加があった。日本人のトップタイムは21時間54分59秒で石井正美組Class21で5位、優勝したダニーハメル組は16時間50分15秒だった。 2015・2016年に風間深志・風間晋之介親子が、晋之介のダカールの予行演習も兼ねてヤマハ・WR450Fで参戦。2015年はスポーツマンクラス5位で完走。2016年は序盤で晋之介が肋骨骨折の重症を負い、深志が夜間走行で苦戦して規定の36時間ギリギリとなったが、痛みを堪える晋之介の奮闘でなんとか完走を果たした。