通商禁止法 (1807年)
一方、ジェファーソンは当時の常備軍を2,800名から30,000名に増強することについて議会の承認を求めた。しかし議会はこれを拒否した。ニューイングランドや大西洋岸中部の北側の港は冬季にほとんど使えないこともあり、最初の通商禁止法にはあまり注意を払わなかった。これが春の雪融けに向かうに連れて変化し、補足法によって加速された。
春の訪れと共に通商禁止法の影響は、海岸部特にニューイングランドの州では即座に痛感されてきた。経済の悪化で不況となり、失業者を増やした。東海岸では抗議の声が上がっては消えた。商人や商船会社の大半は単に法を無視した。カナダとの国境、特にニューヨーク州のアップステートやバーモント州では、通商禁止法を公然と馬鹿にして無視した。連邦政府の役人は、メイン州のパサマコディ湾のようにイギリス領ニューブランズウィックと国境を接している所は公然と反乱を行うと信じた。3月までに憤懣を募らせたジェファーソンは通商禁止法を文書で強制させると決断した。
この通商禁止法はイギリスとフランスと同じくらいアメリカ合衆国を痛めつけた。イギリスはアメリカの規制から最も悪影響を受けると予測していたが、その輸出品については新しく南アメリカの市場を開拓し、イギリスの船主はアメリカ政府の行動で競争相手がいなくなって喜んだ。
ジェファーソン自身は通商禁止政策で奇妙な立場に置かれた。それまで雄弁にしばしば、できる限りの小さな政府を標榜していたが、このときはその政策を強制するためにかつてない強権を行使している自分を見つけた。1808年アメリカ合衆国大統領選挙は、ジェファーソンの後継者ジェームズ・マディソンが連邦党の対立候補チャールズ・コーツワース・ピンクニーを破りはしたが、連邦党が力を取り戻してきていることを示しており、ジェファーソンとマディソンは通商禁止法を撤廃しなければならないと理解するようになった。
ジェファーソンは1809年3月に大統領職を降りる直前、通商禁止法の撤廃を承認した。その代わりとして、3月1日に「通商停止法」を成立させ、イギリス、フランスおよび両国の属領を除き全ての国との貿易を再開させた。イギリスまたはフランスのうち1国がアメリカの貿易に対する規制を取り払った場合は、その国に対する通商停止を取り除く権限がマディソン大統領に与えられた。通商停止法は通商禁止法よりも効果的であることが分かり、アメリカン船舶が一旦港を離れれば、ヨーロッパの交戦国と貿易するのを妨げられないことも分かった。