足利義晴
長慶は摂津で勢力を広げており、旧高国系の国人と衝突が相次いでおり、この年の7月にも長慶と政長が上田氏を攻め、自害させていた。当時、高国の後継者でもある細川氏綱が旧高国派の結集核として台頭しつつあり、塩川国満のように氏綱に味方しようとする国人もいた。
そのため、国満の内縁であった伊丹親興と三宅国村は木沢長政を頼り、9月29日に長政が弟を援軍として伊丹城に派遣すると、10月2日に長慶らは敗北し、各々の居城に退去した。その前日の10月1日、木沢長政は伊丹親興と三宅国村とともに、大舘尚氏に三好政長の成敗を訴えたが、幕府は細川氏内部の問題として介入しなかった。一方、晴元は三好政長に味方し、長政を避けて洛北に退去した。
11月2日、義晴は晴元側として、近江坂本に逃れた。長政の行動が義晴や晴元に認められないという状況になると、三宅国村が晴元に帰参した。さらに、同月18日に義晴は山名氏や仁木氏に対して、晴元に協力する旨の御内書を発した。
12月20日、義晴は天文の一向一揆の反省を踏まえて、石山本願寺の法主・証如に対して、河内の門徒が長政に味方しないよう御内書を発した。同月中、三好長慶と遊佐長教の間で、長政を討つ相談が行われ、長政は孤立無援に陥った。
天文11年(1542年)3月17日、長慶、政長、長教らは長政を太平寺の戦いで討ち、その首を義晴のもとに送った。これを受けて、同月に義晴は京に帰還し、新しい御所の造営に着手した。
義晴が播磨から入京した際、二条のあたりで見物した公家の鷲尾隆康は自身の日記の中で、義晴を「御容顔美麗也」と記している(『二水記』)。また、義晴が元服に際して三条御所に移動した際には、見物人の老若男女であふれかえるなど、人々の義晴への関心は高かった。
義晴は将軍として、側近集団を内談衆として再編成して政権中枢に置くことで自己の親裁権の強化を図るなど、将軍権威の回復に努めた。だが、細川氏の内紛をきっかけにした大規模な争乱によって挫折することになった。ただし、将軍と内談衆の合議による幕政運営はある程度成功し、幕政における役割を失った管領は儀礼的な役職へと低下していくことになった(幕府内及び畿内有数の実力者であった細川京兆家の立場の低下を意味するものでないことに注意)。
義晴は戦国期の将軍であったため、合戦に出陣することも多かった。また、城郭の築城や大規模改修をすることも多く、特に如意ヶ嶽に築いた中尾城は威容を誇る「名城」として名高く、普及し始めたばかりの鉄砲対策のため、城の防壁に石や砂利を敷き詰めるよう義晴自ら指示したといわれる(『万松院殿穴太記』)。
「義晴」の名前を定める勘文を作成したのは東坊城和長であるが、朝廷への提出段階に入ると、義晴の烏帽子親になる予定であった管領の細川高国から異論があり、和長がこれを受け入れたところ、和長が他者への偏諱とするのには良くない(義晴から偏諱を受けた公家や大名は晴字が最初にくる「晴〇」という不吉な諱になり、偏諱を受けたみんなが迷惑する)と考える「義晴」に決定してしまった。
大永6年(1526年)7月、高国が家臣の香西元盛を細川尹賢の讒言に応じて殺害すると、元盛の兄弟である波多野元清や柳本賢治らが高国から離反、細川晴元(当時は六郎)と内通し、内紛が発生した。さらに、晴元は足利義維を擁立し、晴元方の細川澄賢、三好勝長、三好政長らが和泉の堺を経て上京した。
大永7年(1527年)2月、高国が晴元方に桂川原の戦いで敗れたため、義晴は高国とともに近江坂本に逃れ、蒲生郡武佐の長光寺に入った。その間、晴元と義維は三好元長に奉じられ、阿波から和泉堺へと入り、堺公方が成立した。
10月、義晴は細川尹賢、六角定頼、朝倉教景ら5万人の軍勢とともに入京した。さらに、畠山義堯を破り、西岡まで進出したものの、三好元長と柳本賢治に挟撃され、19日に敗れた。その後、両軍はともに入京し、義晴と元長との間で交渉が行われた。
大永8年(享禄元年、1528年)1月17日、義晴は定頼の仲介を受け、三好元長と和睦した。このとき、元長が義晴の滞在していた東寺を訪問して、義晴と面会している。だが、賢治がこれに反発したほか、三好政長も賢治に同調して28日に京を去ったばかりか、2月9日には晴元もこの和睦に反対していることが判明した。
そのため、近衛家の当主・近衛尚通は将軍家との結びつきを強め、家の存続を図ったと考えられている。そして、義輝の誕生により、将軍家と近衛家の関係は密なものになった。また、この婚姻の背景として、尚通の正室の実家である徳大寺家と細川高国が縁戚関係にあり、高国の仲介で婚約が成立し、大物崩れによって高国が自刃したのちも、足利将軍家と近衛家の利害の一致からそのまま婚姻が実行されたという。また、尚通の娘(夫の没後は慶寿院を名乗る)が、将軍の御台所としては日野富子以来となる男子(義輝・義昭・周暠)を儲けたことは、血縁的な後ろ盾が乏しかった義晴にとっては大きな力となった。
義晴が将軍辞任後、右近衛大将に昇進していることも注目すべき点である。足利将軍は将軍在任中に権大納言と右近衛大将を兼務してから内大臣に昇進することを慣例としていたが、その地位が不安定であった義稙・義澄はともかく、義晴は将軍と権大納言の地位にあってから久しく経つにもかかわらず、一向に右近衛大将就任の意向を示さなかった。ところが、義晴が突如として将軍職を幼い義輝に譲ることを知った後奈良天皇や近衛稙家(義晴の義兄)ら朝廷の人々は、義晴がこのまま政務や京都警固の任を放棄することを憂慮した(天文5年にも引退を表明して、最終的に撤回している)。そこで、引き留めの意図を含めて、義輝の将軍宣下の翌日に義晴を右近衛大将に急遽任じたのである。