南方貨物線
一方、その先の南方貨物線(笠寺 - 名古屋貨物ターミナル間)が開業しなかったことから、名古屋貨物ターミナル駅の開業後も、同駅と東海道本線の静岡・東京方面の相互に発着する貨物列車は、いったん稲沢へ向かい、稲沢駅でスイッチバックすることとなった。その結果、名古屋貨物ターミナル - 東京間の所要時間は(南方貨物線が開業した場合に比べ)約1時間長くなっていた。
会計検査院は、工事凍結後の1985年(昭和60年)11月までに、「これまでに建設のため投入された資金はすべて借金で、金利だけで毎年約20億円ずつ増えている状況だ。国民経済上大きな損失となっているため、早急に何らかの改善が図られるべきだ」として、国鉄建設局に対し事態の進展を求めていた。しかし、国鉄建設局はこれに対し「着工当時と比較して貨物輸送が激減しており、新たな貨物線の建設は無意味だ。今後のことは国鉄分割民営化で同線を継承するだろう新会社[後の東海旅客鉄道(JR東海)]が決めるが、それまでは工事凍結となり金利が累積することもやむを得ない」と回答していた。また、国鉄側は南方貨物線の今後の処遇について、「貨物会社[後の日本貨物鉄道(JR貨物)]が継承する」「東海会社(後のJR東海)が継承する」「清算事業団に継承する」の3案で検討していたが、貨物会社案は「当面、現在の東海道線だけで十分貨物輸送が賄える」との理由で除外され、旅客会社(JR東海)の中核となった名古屋鉄道管理局も、毎年20億円の金利負担・採算性を問題視し、引き受けを拒んでいた。
しかし、南(大府方面)から開始された工事が名古屋市内に進んできた1971年(昭和46年)ごろから、沿線住民たちが南方貨物線の建設を「新幹線公害との複合公害になる」と問題視していた。当該区間は東海道新幹線と並行して敷設される予定だった南区豊田(山崎川付近)から熱田区四番町にかけての区間(約2.9 km)で、これらの地域住民の間では、以前から新幹線の騒音・振動への不満が高まっていたところ、貨物線の騒音に対する懸念や、土地を奪われることへの反発も重なり、公害反対運動が活発化していた。同年4月、名古屋市政懇談会にて「新幹線公害反対運動が行われている地域に新幹線と並行して南方貨物線の建設が進められているが、これが開通すれば、すでに新幹線で被害を受けている生活環境がさらに悪化することは必至である。したがって市として国鉄に対し強く公害対策を要望するように」との意見が出た。この沿線住民の要望を受け、名古屋市は同年5月 - 1972年(昭和47年)5月にかけ、国鉄岐阜工事局長に対し、以下6点を要望した。
列車開通時の騒音・振動対策
工事中の公害対策
沿線住民に対する説明
列車開通時のテレビ障害対策
鋼桁の騒音対策
夜間運行の減少
それらの要望に対し、国鉄は防音壁の設置・ロングレールの使用などといった対策を示したが、1972年7月には名古屋新幹線公害対策同盟の会員が中心となって「南方貨物線公害追放委員会」を結成した。「追放委員会」は国鉄に対し、「南方貨物線の建設を否定するものではないが、沿線住民が納得できる公害対策を要望する」と表明。