国際捕鯨委員会
Brownell) 博士による「Japan's whaling plan under scrutiny」という論文が挙げられる。同論文は、こうした致死的捕獲を必然的に伴う日本政府の科学研究プログラムから「生じた査読論文は極めて少数にとどまっているばかりか、(IWC科学委員会発行の)『Journal of Cetacean Research and Management』に掲載された論文本数はゼロであり、そればかりか種の管理のために用いられる科学的パラメーターに関連した査読論文は、たった1本(系群構造に関するもの)であるに過ぎない」と論難している(同上論文883頁)。
これに対しては日本鯨類研究所ウェブサイトにも、上記主張は「科学者としての信憑性を疑わざるを得ない事実の歪曲や誤認が多く含まれ」たものであり、かつ「感情的な記述」を含んだ全く根拠を欠くものであると強く反駁する見解が掲載されており、また国際捕鯨委員会科学委員会提出文書にも同趣旨の反論文書が提出されるとともに、日本政府代表よりこれら学術的側面からの批判に対して反論が加えられている。科学調査プログラムとして最大の争点となる学問的有用性についても、査読つきの科学雑誌(英文、和文)に投稿した捕獲調査関連の論文数は84編にものぼる(JARPAが18年であることから、年間4.6本)こと、非査読ではあれIWC科学委員会に提出した論文数は150編以上であること、並びに査読雑誌投稿を試みたものの、査読により論文掲載が却下されたことを挙げている。
このうち南極海において18年間行われた第一期JARPAプログラムについて、IWC科学委員会は1997年に中間レビュー、2006年に最終レビューを実施した。
現在IWCにおいて最も意見が分かれるのが、日本が条約第8条に基づき発給している科学目的の特別許可書に基づくミンククジラを中心とする鯨類の捕獲(いわゆる調査捕鯨)についてである。これらの捕獲による科学調査事業は南極海と北太平洋で実施されており、南極海のものはJARPA(Japan's Whale Research Program under Special Permit in the Antarctic:「ジャルパ」と発音)、北太平洋のものはJARPN(Japan's Whale Research Program under Special Permit in the Western North Pacific:「ジャルパン」と発音)と呼ばれる。
これらの科学的調査事業の学術的有効性については、学術的価値に極めて乏しいという意見が国際学会内で支配的であり、日本国内で捕鯨推進を主張する研究者からも「その意義が見えてこない」と批判されている一方、極めて学術的価値の高い優れた研究プログラムであるという反論も日本鯨類研究所所属及びこれに関連する科学者より強く主張されている。
学術的価値を疑問視する意見を掲載した最も有名なものとしては、自然科学雑誌『ネイチャー』に2005年に査読の上掲載された、日本の科学調査事業の策定計画にも携わった粕谷俊雄博士、オーストラリアのニコラス・ゲイルズ (Nicholas J. Gales) 博士、米国のフィリップ・クラパム (Phillip J. Clapham) 博士、同じく米国のロバート・ブラウネル (Robert L.
付表は条約の不可分の一部であり、本条約において「条約」という場合は、この付表を含む(第1条1項)。
委員会は、鯨または捕鯨及び国際捕鯨取締条約の目的に関する事項について、締約政府に随時勧告ができる(第6条)。勧告については、投票する加盟国代表の単純多数決で行われる(第3条)。このほか、手続規則の採択など付表の修正以外の決定は全て単純多数決で行われる(同条)。
なお、国際捕鯨取締条約の規定にかかわらず、締約国政府は、科学研究のため鯨を捕殺することを許可する特別許可証を発給することができる(第8条)。
条約非締約国は、条約寄託国であるアメリカ合衆国に対して通告することによって条約への加入を行うことができる(第10条2項)。また締約国は、脱退を希望する年の1月1日よりも前に条約寄託国であるアメリカ合衆国に対して通告を行えば、6月30日に脱退することができる(第11条)。
2018年9月10日から14日の国際捕鯨委員会(IWC)第67回総会において、日本が鯨類の保護・持続的利用の両立と立場の異なる加盟国の共存を図るとして提案したIWC改革案について、持続的利用支持国が「これがIWC機能回復のための適切な対応である」などと支持したが、反捕鯨国は「商業捕鯨につながるいかなる提案も認めない」「IWCは保護のみを目的に「進化」しており、モラトリアムの解除は一切認められない」などとして、強硬に反対し、賛成27・反対41・棄権2で否決された。これを受けて「政府・自民党内ではIWC脱退論まで浮上」という報道もされたが、その後の状況について、日本国政府の公式発表はなかった。
2018年(平成30年)12月20日になって報道機関は、政府関係者が明らかにしたという形で一斉に脱退方針の決定を報道した。
日本国政府は、正式に12月25日の閣議で、国際捕鯨取締条約からの脱退を決定し、26日に正式に脱退通知を行い、菅義偉は内閣官房長官談話として公式に発表した。これにより、2019年(令和元年)6月30日に国際捕鯨委員会を脱退し、7月1日から商業捕鯨を再開させた。
脱退後も日本は国際的な海洋生物資源の管理に協力していくという考えに変わりはない、としてIWCにオブザーバーとして参加し、IWCと共同で「北太平洋鯨類目視調査」を引き続き実施している。
IWCの財政は多額の資金を拠出していた日本の脱退により急速に悪化した。2022年(令和4年)にスロベニアで開催された総会で財政問題について、以後2年間の収支を均衡させる予算案が採択された。