日本の重要湿地500
那須山麓湿地群(高久甲、高久丙、小深堀、寺子丙、戸能など)
大田原市の湧水湿地
鬼怒川河川敷(上沢前湿地)
鬼怒沼湿原
上河戸・河戸新田のため池群
中禅寺湖
湯の湖・戦場ヶ原・小田代ヶ原湿原 ※
弁天沼湿原
長岡湿地
駒生湿地
渡良瀬遊水地(栃木県、群馬県、埼玉県)
釧路湿原(釧路市、釧路郡釧路町、川上郡標茶町・弟子屈町、阿寒郡鶴居村)
然別湖(河東郡上士幌町・鹿追町)
馬主来沼(釧路市、白糠郡白糠町)
キナシベツ湿原および音別川・尺別川(釧路市)
十勝海岸湖沼群(中川郡豊頃町、広尾郡大樹町)
十勝川下流湖沼群(中川郡豊頃町・池田町、十勝郡浦幌町)
更別湿原(河西郡更別村)
襟裳岬周辺沿岸(幌泉郡えりも町)
朱鞠内湖(雨竜郡幌加内町)
浮島湿原(上川郡上川町)
大雪山系旭岳周辺湿原群(上川郡上川町・東川町)
大雪山系トムラウシ山周辺湿原群(上川郡新得町・上川町)
雨竜沼湿原(雨竜郡雨竜町)
原始ヶ原湿原(富良野市)
かなやま湖(空知郡南富良野町)
石狩川流域湖沼群(砂川市、樺戸郡新十津川町、美唄市、空知郡奈井江町)
美唄湿原(美唄市)
月ヶ湖湿原(樺戸郡月形町)
幌向湿原(江別市)
石狩川河口(石狩市)
旧長都沼(夕張郡長沼町、千歳市)
千歳川(千歳市)
勇払原野湿原群(苫小牧市、千歳市、勇払郡安平町・厚真町)
厚真水田および鵡川水田(勇払郡厚真町・むかわ町)
鵡川河口(勇払郡むかわ町)
ホロホロ湿原(白老郡白老町)
倶多楽湖(白老郡白老町)
ヨコスト湿原(白老郡白老町)
キウシト湿原(登別市)
篠路福移湿原(札幌市)
泊村盃地区地先沿岸(古宇郡泊村)
後志山地湿原群(札幌市、虻田郡京極町)
ニセコ連山湿原群(虻田郡倶知安町・ニセコ町、磯谷郡蘭越町、岩内郡共和町)
朱太川水系(寿都郡黒松内町)
歌才湿原(寿都郡黒松内町)
静狩湿原(山越郡長万部町)
大沼と周辺湿地(亀田郡七飯町)
横津岳湿原群(亀田郡七飯町)
汐首岬周辺沿岸(函館市)
函館湾周辺沿岸(函館市、北斗市、上磯郡木古内町)
利尻島湿地群(利尻郡利尻富士町)
利尻島・礼文島周辺沿岸(利尻郡利尻町・利尻富士町、礼文郡礼文町)
久種湖(礼文郡礼文町)
メグマ沼湿原、声問大沼・声問川(稚内市)
猿払原野(宗谷郡猿払村)
クッチャロ湖(枝幸郡浜頓別町)
サロベツ原野(天塩郡豊富町・幌延町・天塩町など)
天塩川(天塩郡天塩町・幌延町・豊富町、中川郡中川町・音威子府村・美深町、名寄市、上川郡下川町)
中峰の平湿原(天塩郡幌延町)
松山湿原およびピヤシリ湿原(中川郡美深町、紋別郡雄武町)
コムケ湖(紋別市、紋別郡湧別町)
シブノツナイ湖(紋別市、紋別郡湧別町)
サロマ湖(北見市、常呂郡佐呂間町、紋別郡湧別町)
能取湖(網走市)
網走能取岬周辺沿岸(網走市)
網走湖(網走市、網走郡大空町)
藻琴湖および濤沸湖(網走市、斜里郡小清水町)
ガッタンコ湿原(斜里郡斜里町)
知床半島サケ・カラフトマス遡上河川群(斜里郡斜里町、目梨郡羅臼町、標津郡標津町)
知床半島山稜湿原(目梨郡羅臼町)
知床半島東部沿岸(目梨郡羅臼町)
野付半島、野付湾、尾岱沼(標津郡標津町、野付郡別海町)
標津湿原(標津郡標津町、中標津町)
茨散沼湿原、兼金沼・西別川湿原(野付郡別海町)
根室半島湿原群(根室市)
根室湾干潟(根室市)
風蓮湖、春国岱、温根沼および周辺湿原群(根室市、野付郡別海町、厚岸郡浜中町)
ユルリ島湿原(根室市)
霧多布湿原・幌戸湿原および地先沿岸(厚岸郡浜中町)
火散布沼および藻散布沼(厚岸郡浜中町)
厚岸湖(厚岸郡厚岸町)
厚岸湾(厚岸郡厚岸町、釧路郡釧路町)
別寒辺牛湿原(厚岸郡厚岸町)
屈斜路湖周辺および釧路川源流域(川上郡弟子屈町)
阿寒湖と流入・流出河川(釧路市)
屋嘉田潟原
億首川流域
ヤンバル河川群
沖縄本島東沿岸(辺野古~漢那)
慶武原川
東村の慶佐次マングローブと流入河川
喜如嘉(水田地帯)
大浦湾および大浦川
屋我地(羽地内海を含む)
アミスガー・ハマサ
水納島周辺沿岸
残波岬地先沿岸
藪地島周辺沿岸
中城湾(泡瀬干潟・佐敷干潟など)
漫湖 ※
具志干潟~大嶺岬周辺沿岸
屋富祖井
与根干潟
瀬底島の小湿地および周辺沿岸
塩川
斎場御嶽
渡名喜島周辺沿岸
南大東島の池と洞窟群
慶良間諸島渡嘉敷島の山地水域
慶良間諸島周辺沿岸 ※
久米島の渓流・湿地
八重干瀬
宮古島中北部の湿地
宮古島の洞窟群と湧泉群
池間島湿原と周辺サンゴ礁
島尻入江
宮古島東部(東平安名崎)沿岸
嘉手刈入江
与那覇湾およびその周辺
伊良部島の入江
平久保半島北東沿岸
嘉良川
吹通川河口域およびその沿岸
川平湾、米原地先沿岸
カピラ湧水および川平の水田
御神崎~石崎地先沿岸
名蔵湾および名蔵川集水域 ※
宮良湾・宮良川河口域
白保海岸とその沿岸
石西礁湖
西表島山地水域および平地部天然陸水域
大正池付近
仲間川
後良川・相良川・前良川
由布島および干潟
小浜島(細崎-アカヤ崎)
船浦湾と流入河川
浦内川
西表島南西部海域および河口域
与那国島の湿地・河川
お亀池
紀伊半島のキリクチ生息地