条鰭類
最古の条鰭類は古生代のシルル紀後期に出現したとみられ、Andreolepis 属など5属が知られている。続くデボン紀から中生代三畳紀にかけて栄えた軟質亜綱の仲間は、ジュラ紀終盤までにチョウザメ目を残しほとんどが絶滅している。白亜紀以降は、高い運動能力と効率的な摂餌機構を発達させた条鰭類のサブグループである新鰭類が支配的な地位を獲得し、水圏のあらゆる環境に適応放散を果たした。新鰭類の魚類は、現代では約2万6800種を擁する脊椎動物の中で最大のグループとなっている。
以下に現生種を含む分類群を、系統順位に沿って目の単位まで示す。各グループの詳細、内部に含まれる絶滅群については、それぞれの項目を参照。
分岐鰭亜綱 Cladistia ポリプテルス目 Polypteriformes (ポリプテルス・アミメウナギ)
軟質亜綱 Chondrostei チョウザメ目 Acipenseriformes (チョウザメ)
2018年現在、条鰭亜綱の系統仮説は以下の通りである: