妙蓮寺 (京都市)
しかし、天文11年(1542年)になって後奈良天皇により法華宗帰洛の綸旨が下されると、当寺は同年に大宮元誓願寺通(現・京都市上京区)に伽藍を移して再建された。同地付近には「元妙蓮寺町」の町名が残っている。
天正15年(1587年)に豊臣秀吉の命により、現在地に移転する。その際、大方丈は聚楽第の建物を拝領して建てられたという。また、本堂(釈迦堂)は方広寺大仏殿の残木を拝領して建てられたとされ、元和元年(1615年)に完成している。
享保15年(1730年)の西陣焼けでは本堂、祖師堂、三重塔などの主要堂宇は焼け残ったが、天明8年(1788年)の天明の大火により鐘楼と宝蔵を残して伽藍のほとんどと27坊の塔頭全てが焼失した。本堂は、寛政元年(1789年)に敦賀にある当寺の末寺・本妙寺の祖師堂を移築して再建された。
塔頭も恵光院、玉龍院、本光院、円常院、堅樹院、慈詮院、本妙院、常住院の8院が再建され、現在も残されている。
寺紋は丸に三つ紅葉。