イリ将軍
イリ将軍の配下には、イリ、タルバガタイ、カシュガルに駐屯する3名の参賛大臣が置かれ、ウルムチには、ウルムチ都統が置かれた。これらの下には、弁事大臣、領隊大臣等の役職が設けられ、それぞれ各オアシス都市の統治を行った。イリ将軍以下、これら軍政官には、例外なく旗人官僚が任命された。
イリ将軍の指揮下には、旗人からなる満営と、漢人からなる緑営が置かれた。また、その他に、アムール川流域から移住させたシベ、ソロン、ダグール等のツングース系民族からなる駐防八旗もイリ将軍の指揮下に置かれた。
清朝統治下の新疆では、軍事ポストが旗人により独占された一方、各地方の末端行政は、現地人有力者に委ねられた。早くから清朝に服属したハミやトゥルファンの支配者らには、ジャサク制が適用され、モンゴル人貴族と同様の特権が付与された。また、タリム盆地の各オアシス都市の支配者に対しても、清朝の官職が与えられ、自治を行わせるベグ官人制が行われ、在地の社会構造がそのまま温存された。その一方、漢人の入植者が多い、新疆東部には中国内地と同様の行政制度が敷かれ、陝甘総督が管轄した。
清朝の新疆経営は、軍事的観点から行われており、漢人住民の移住だけでなく、駐屯軍の現地民との接触も禁止されていた。現地での徴税額も限られていたため、清朝中央政府は、内帑金(宮廷費)から毎年多額の軍事費を投入し、新疆の統治制度を維持した。