中国長春鉄路
しかし9月22日、中国長春鉄路のソ連側代表としてカルギン中将が長春を来訪、旧満鉄新京本部を中国長春鉄路本社として理事会を設置、自ら副理事長に就任し旧満鉄総裁の山崎元幹に対し、旧満鉄・旧満洲国鉄の全路線の管理権が自分に移管されたことを伝達した。山崎は条約発効前にもかかわらず新会社が設立された理由を質問したが、カルギンは既に会社設立は完了しているが、中国側代表が着任していないと回答、会社発足を強行した。これには鉄道および満洲にある各種資産の確保とソ連への輸送を目的としたソ連政府の意向が強く反映されていると考えられている。
このようにして満鉄は解体され、中国長春鉄路が鉄道経営を継承することとなった。山崎はこの状況下、日本人社員を中国長春鉄路社内に幹部社員として出向させソ連側の意向を牽制すると共に社員に綱紀粛正を徹底した。
9月27日、満鉄の消滅と元社員を中国長春鉄路公司社員に任用する方針が通告され、9月28日に旧満鉄新京本部の表札が外され「満鉄の消滅」が形で示される頃から、引継業務が本格的に着手された。引継ぎ業務完了後は当面の会社運営及び日本人に引揚輸送に必要な人員の確保を目的に旧満鉄社員を日本への引揚げを認めず、現地に留任させて鉄道運行業務に当たらせるという留用が実施され、多くの社員が留用された。
この満鉄本部接収と前後して、ソビエト連邦と満洲の行政権が移管される中華民国との間で、満洲の戦後処理交渉が行われた。
これにより1945年8月14日、ソ連は中華民国政府に対し軍事物資などの支援を行うことを定めるとともに、軍事行動が不要となった場合は軍政を解除、行政権を中華民国に移管するとした中ソ友好同盟条約を締結、12月3日から発効すると定められた。
この条約締結に併せて「旧東清鉄道及び南満洲鉄道線、すなわち満洲里 - 綏芬河及び哈爾浜 - 大連・旅順間を一路線とし『中国長春鉄路』と定め、中華民国及びソ連の共同所有・共同経営とし、支線もそれに付随する」とする中国長春鉄路協定が締結された。
これにより、12月3日の条約発効と同時に、旧満鉄・旧満洲国鉄を継承することを目的とした中ソ合弁会社である中国長春鉄路公司が発足することが決定した。設立根拠となった協定は30年期限とされ、満期後は中国長春鉄路公司の全資産を無償で中華民国政府に譲渡すると定めており、暫定的な性格を有する会社であった。
一方、満鉄に対しては8月31日には大連本社を接収、9月12日には哈爾浜に着任した会社幹部のジュラヴィヨフ少将から、満洲里 - 綏芬河間はソ連軍が、その他の各線は現在の従業員が運営する方針が伝達された。
こうして南満洲鉄道はその姿を消し、中国長春鉄路として装いも新たに、戦後処理として日本側から中国側へ、ソビエト連邦を介しながらの鉄道業務引継が開始された。
1945年10月11日、中華民国政府は長春に「東北行営」と称される行政支所を設置、同時に中国長春鉄路公司中国側代表・張公権が着任した。これに前後して哈爾浜・長春・大連・瀋陽に分局が設置され、鉄道会社としての形態が次第に整備されて行った。
しかしその頃になると、中華民国政府を主導する中国国民党とそれに協力した中国共産党は戦後構想の相違により決裂、ついに国共合作が解消されて内戦状態へと突入した(国共内戦)。
満洲ではソ連侵攻の際に錦州や安東など東満洲・西満洲、さらには北満方面に進出していた中国共産党員が活動を開始、11月8日には共産党が大連の実効支配権を掌握し市人民政府を設立、大連分局も共産党により掌握され、会社は分裂状態となった。
さらに11月19日には長春に侵攻、政治的取引により撤退したものの、国民党側は東北行営を閉鎖するなどの影響が出た。しかし翌1946年1月10日に国民党・共産党は停戦協定を結び、内戦拡大は避けられるかと思われた。
こうした状況下、1946年1月15日からソ連軍がほぼ2か月かけて撤収を開始し始めた。先述のような末端兵の軍紀の乱れにより被害をこうむっていた住民に一時の安堵を与えたが、3月14日に共産党軍が突然吉林省南部の公主嶺付近で鉄道を爆破、国共内戦が再開されることとなった。
共産党軍の攻撃に対し国民党は4月6日に瀋陽に「東北行轅」として行政支所を再設置、共産党軍と対決姿勢を強めた。