NAMCO x CAPCOM
声 - 川澄綾子
かつてワルキューレとクリノに救われたコアクマン族。本作では反逆者となってまで戦いに赴くクリノを手助けするべくペアを組む。
キャラクターそのものの厳密な初出はスーパーファミコン版『サンドラの大冒険 ワルキューレとの出逢い』で、この時に「ぼく」だった一人称は「オレ」になっている。
中性的な外見だが、原作ゲーム中では母親のアンディから「娘」、本作の本編中に平八から「小娘」と呼ばれている。
朽ちかけた巨大なドラゴン。原作ではボスキャラクターとして戦闘するが、本作では地形の一部として扱われる。
声 - うえだゆうじ
「メタルの神」と称されたギタリストが、帝王オゾムの魔力でゾンビ化した姿。本作では敵としての登場。
表向きはドルアーガの兵士として動いているが、裏ではドルアーガの魔力を手中に収めようと企んでいる。
キョンシーとゾンビの「動く死体」という共通点で、レイレイに対して、嫌われながらも一方的なラブコールを送っている。
声 - 宍戸留美
ヨアキム・ミズラヒの手によって造られた人造人間、百式レアリエン。本作ではシオンとペアを組む。希少なレアリエンということでシルフィーに目を付けられており、彼女から服をもらったりしている。
声 - 緑川光
魔物の頭蓋骨で作られた仮面をかぶった謎の剣士。その正体はリオン・マグナスで、本作ではブラックワルキューレの力で生き返っている。姿はジューダスだが、「虎牙破斬」「魔人闇」などのリオンの技も使う。ブラックワルキューレの呪力で縛られ、スタンたちの前に敵として立ちふさがる。実はブラックワルキューレに奪われた神の目の奪還という目的を持っておりその達成のために呪縛が解けた後も彼女に従っていたが、神の目が既にブラックワルキューレの手から離れていたことを知ったのを機に味方に加わる。
声 - 櫻井孝宏
レッドアリーマーの頂点に立つ誇り高き戦士で、魔界村討伐隊「デモンズ・ブレイゾン」のリーダー。強大な魔力の持ち主で、レッドアリーマーを生み出す力がある。
初出はゲームボーイアドバンス版『超魔界村R』。
声 - 前田愛
ヴェクター・インダストリー所属の女性社員で、KOS-MOS開発計画の主幹技師。今作ではM.O.M.O.とのペアユニットとなっている。
KOS-MOSの身体にエンセフェロン・ダイブを試みた所、何かの拍子で次元転移に巻き込まれ、未来の時間軸から20XX年の現代に飛ばされてしまう。
零児たちが最初に出会う異次元の住人であり、困惑しながらも共同で敵に立ち向かう。
メカニックとしての本能がうずくようで、コブンやわや姫など敵味方問わずメカを見ると分析を始めることがある。
いずれもドルアーガの部下であるモンスター。
『PROJECT X ZONE』において、小牟が複数技を行う際のBGMとして使用されている。
声 - 岩永哲哉
全米格闘選手権のチャンピオンにして、リュウと共に修行したライバル。同じアメリカ出身のハガーのことを、本来の役職である「市長」と呼んでいる。
沙夜に付き従う、牛の頭を持つ鬼。体力と攻撃力に優れ、攻撃に毒属性を持つ。
声 - 望月健一
魔界村を代表する赤い悪魔。高い身体能力を持つ。
古代マヤ人によって作られたキラーマシーン。本作ではザベルの手により、『ワルキューレの冒険』のえんえん砂漠のピラミッド内にあるロボティアン工場の機械を用いて量産され、ザベルの部下として登場。
声 - 河本明子
声 - 河本明子
ともにベガ親衛隊の一員。本作では最後まで敵のまま戦死する。
声 - 石田彰
かつて祖国バビリム王国を脅かした悪魔ドルアーガを打ち倒し、女神イシターの巫女カイを助け出して国を救った王国の王子にして「黄金の騎士」。その名は魔界にまで知られている。現役を退いていたが、ドルアーガの復活を知り、カイと共に再び戦いに身を投じる。クロムの魔剣(初出はゲームブック『ドルアーガの塔』)を振るっての剣戟を得意とするほか、黒竜の牙やイラニスタンの油などのアイテムも使いこなす。
本作に登場するクロノアシリーズのキャラクターたちは、ゲームボーイアドバンス版『クロノアヒーローズ』の世界観と設定を下敷きにしている(風のクロノア#世界観も参照)。また、ボイスも初期作品のような独自言語ではなく、普通の日本語で喋る。作中に登場するステージは『風のクロノア2 〜世界が望んだ忘れもの〜』をベースとしている。