遺伝子クラスター
濃度モデルは細胞サイズの制約を考慮したものである。遺伝子は転写および翻訳されてはじめて細胞に利益をもたらす。遺伝子クラスターが形成されることにより、翻訳される細胞質タンパク質の局所的濃度が高まることになる。バクテリアにおいては翻訳されたタンパク質が空間的に分離されることが観察されているが、濃度モデルは共転写や単一オペロン内での遺伝子の分散を考慮していない。
共調節モデルでは、複数の遺伝子がクラスター化することにより複数のコード領域が単一のプロモーターにより調節されることとなり、協調して発現するようになる。遺伝子の協調的発現は遺伝子クラスターの成立におけるもっとも一般的な駆動力であると考えられていた。しかし、共調節と遺伝子の協調的発現は遺伝子クラスターの成立を駆動することはできない。