胡藍の獄
洪武帝は林賢事件の後、日本と断交しただけでなく、永遠に日本と通交しないように、祖訓として子孫に厳命した。『皇明祖訓』の首章には「日本国は朝するといえども、実は詐りなり。ひそかに奸臣胡惟庸に通じ、謀りて不軌をなさんとす。故にこれを断つ」という訓示が残されている。しかし倭寇の被害は収まることはなかった。
一方、日本国内では将軍足利義満により、1392年に南北朝が統一されて全国的な内戦が終結する。義満は胡惟庸事件が起きた1380年に「征夷将軍源義満」名義で国書を送っていたが、明が冊封した日本国王以外との朝貢関係を認めない冊封体制下では相手にされず、また当の日本国王良懐が洪武帝から断交されたため、洪武帝治世下では日明交渉の余地はなかった。1395年、義満は将軍・太政大臣の職を辞して出家し道義と名乗り、日本の官職体系から脱する。そして洪武帝没後の建文3年(1401年)「日本准三后道義」の名義で、建文帝あてに20年ぶりの使節を派遣する。
建文帝は、洪武帝の遺訓にもかかわらず、これを日本の正式の使節として認め、道義を日本国王に封ずる詔を発した。ここに日明間で正式な国交が結ばれることとなった。建文帝は前年に朝鮮(1392年建国)の李成桂も朝鮮国王として冊封するなど、積極的な外交政策を採っていた。道義の国王冊封後わずか4か月後に靖難の変で建文帝は逐われるが、代わって帝位についた永楽帝は日本外交を引き継ぎ、勘合貿易が開始され、倭寇も沈静化していく。ただし朝貢以外の貿易を禁じ、沿岸住民の航行を制限する海禁政策は、その後も16世紀に緩和されるまで継続した。
日本国王は快諾し、朝貢使節と偽って洪武14年(1381年)7月、僧の如瑶を正使とした精兵400余人を寧波へ送り込んだ。しかし援軍が到着した頃には、すでに当の胡惟庸は処刑されており、計画は失敗に終わっていた。行き場をなくした日本軍は雲南に流され、その地で守備に当たらされたという。しかし帰国した林賢は逮捕を免れ、その後も素知らぬふりで寧波衛指揮使の任にあたり、ようやく6年後に発覚したというものである。しかしこの"真相"は、あまりにも不自然で、つじつまの合わないことも多く、また当時の日本の情勢とも全く合わないため、真実とは考えがたい。林賢は罪を得て日本へ流謫されたとするが、当時の史料には、罪人が外国へ流謫されたなどという事例は一切見つかっていない。しかも倭寇の根拠地と見られていた日本へ流謫するなど、奇妙な点が多すぎる。また罪人が帰国後に再び元の指揮使に復帰しているというのも、当時の慣習からしてあり得ない。もちろん日本側にも、上記の事件に関する史料は全く存在しない。日本側が胡惟庸の乱に加担するメリットも皆無であり、そもそも南北朝動乱中の日本において外国へ兵力を派遣できる余裕のある勢力は存在していなかった。日本国王良懐の正体である懐良親王は、すでに1372年には太宰府を失陥しており、胡惟庸事件の起きた1380年前後には、九州探題の今川了俊により九州の南朝勢力はほぼ崩壊していた。つまり寧波へ兵力を派遣できた主体も存在していないのである。