アブドゥル・ハリス・ナスティオン
共産主義者を排除し、反乱を終結させるべく、手兵のシリワンギ師団の部隊を派遣した。
9月30日、マディウンはシリワンギ師団の部隊によって奪還された。数千の PKI 幹部が殺害され、36000人が投獄された。処刑された者の中には数人の反乱指導者が含まれ、ムソは10月31日に(一説では脱獄しようとしていた時に)射殺された。D.N. アイディットをはじめとする他の PKI 指導者らは中国に逃れた。
1948年12月19日、オランダ軍はインドネシア共和国領内に侵攻し(カラス作戦)、共和国臨時首都ジョグジャカルタを攻撃、これを占拠した。ナスティオンは他の司令官とともに部隊を郊外に撤退させ、ゲリラ戦に臨んだ。
大統領スカルノと副大統領モハマッド・ハッタがオランダ軍に捕らえられたため、西スマトラのブキティンギにインドネシア共和国非常事態内閣 (PDRI) が設立された。この暫定政府のもとで、ナスティオンは陸軍司令官およびジャワ管区司令官の地位を与えられた。
すべての見通しが悪かった1948年だったが、1949年はインドネシアにとって風向きが良くなった。スルタン・ハメンクブウォノ9世の3月1日大攻勢宣言はインドネシアの全兵士に徹底抗戦を呼びかけるとともに、国際連合に働きかけて、オランダがインドネシアの独立を認めるよう国際世論の圧力をかけた。オランダは6月に戦闘を中止し、12月には停戦となった。ついにオランダはインドネシアの独立を認めた。ブキティンギの非常事態内閣は権限をスカルノ・ハッタに戻し、ナスティオンはスディルマンの副司令官の地位に戻った。