独立リーグ
独立リーグに所属する選手はアマチュアではなく独立リーグとしてのプロ選手となり、プロ野球ドラフト会議では独立リーグ所属選手特有の扱いを受ける。大きな特徴としては、高校・大学卒業時点でNPBによるドラフト指名を受けずに独立リーグに加入した場合、初年度から指名を受けることが可能となることである(アイランドリーグとBCリーグで該当する事例が多数存在する)。ただし、関西独立リーグ の兵庫ブレイバーズ(旧・兵庫ブルーサンダーズ→神戸三田ブレイバーズ)に所属する芦屋大学在学中の選手については、学生としての身分が優先し、翌年の卒業見込みがない場合は指名対象とならないとされている。一方、かつて希望入団枠制度が存在した当時はその対象外とされていた。
四国アイランドリーグの発足当初は全選手に対して学生・社会人と同等の指名制限期間を設けることも検討されたが、リーグ側や四国各県からの要望もあって、前記のように指名されなかった選手に関しては条件が緩和され、以後に発足した独立リーグも同様の扱いとなっている。中途退学してリーグに加入した選手については指名制限の対象となる。なお、四国アイランドリーグ発足初年の2005年度は特例として所属選手全員が指名の対象となった。
社会人野球を統括する日本野球連盟は、四国アイランドリーグの発足当時はリーグ在籍経験者をアマチュア選手と同じ扱いとし、社会人野球チーム在籍者が独立リーグに入る場合も制限を設けていなかった。しかし、2009年2月25日に制定した「国内の独立リーグに関する取扱要領」において在籍経験者をNPBと同じプロ野球経験者とし、登録者数制限(1チーム3名以内)の規定を適用するとともに、社会人野球チームの在籍者は大卒の場合2年、高卒の場合3年は独立リーグと契約できないとした。さらに2010年1月からは、独立リーグ退団者は退団の翌年度中の選手登録を認めず、大卒2年・高卒3年以内の社会人野球チーム在籍者は、チームが円満退部の書面を発行した場合には独立リーグと契約可能としたが書面なく契約した場合は社会人野球へ復帰できないとし、独立リーグの入団テストを受ける場合は事前に所属チームの承諾が必要とした。これらの措置は、主力選手を奪われた社会人チームからの苦情や、「野球界のルール」を知らせることが背景にあったと当時報じられていた。
2014年11月、日本野球連盟は、独立リーグ在籍経験者をプロ野球経験者の登録者数制限適用外とし、日本独立リーグ野球機構所属リーグ(当時は四国アイランドリーグPlusとBCリーグ)在籍経験者については退団翌年度の登録制限適用外とする「取扱要領」の改正をおこない、リーグ退団者の社会人野球登録を緩和した。この変更後に日本独立リーグ野球機構に加入した九州アジアリーグ、北海道フロンティアリーグ、日本海リーグの選手に対しても適用される。
東北ベースボールアカデミーリーグ
宮城県と岩手県以外の4県でチームの立ち上げが難航、岩手県がリーグの遅れからクラブチームに鞍替え(のちに廃部)、宮城県はチームトライアウトが行えず、その後野球学校として経営を行っている。
九州リーグ
構想を主導した長崎セインツは単独で四国・九州ILに加入。他のチームはそれ以外の社会人チームも加えて、地域社会人リーグとして別に「九州リーグ」を結成。
日本独立リーグ
アメリカ独立リーグのチームをベースに、そのノウハウを活かす形でリーグ運営を図ろうとしたが、具体的な作業が進まず、暗礁に乗り上げた。
フルキャストリーグ
人材派遣会社のフルキャスト社長が構想を明らかにしたが、本業のトラブルにより頓挫。なお、フルキャスト自体はベースボール・チャレンジ・リーグに「キャリアサポーター」という形でビジネスパートナーとして加わっていたことがある。
Uリーグ沖縄