フランシスコ・ボルハ
フランシスコはそこで、美しかった皇后でも命を失えば儚く崩れていく様を見て「2度と命ある君主に仕えまい」と決め、隠棲を考え始めた。しかし、まだ若い貴族だった彼は皇帝からカタルーニャの副王に命じられ、4年間よく同地を治めた。ここでは盗賊と反抗的なアラゴン貴族や不正を働く官僚達を厳しく取り締まり、防衛強化と治安維持に努力した。カタルーニャ住民には好意を持たず、住民からも厳格な統治をあまり受け入れられなかったが、皇帝からの信頼は深まり財政援助のためサンティアゴ騎士団の領土を分与、騎士団幹部に任命された。
副王在任中の1541年4月17日、ロヨラはイエズス会初代総長に選ばれた。彼が派遣した宣教師の1人アントニオ・アラオスがバルセロナに下船、イエズス会支援を説得されたフランシスコはイエズス会士を歓迎、ロヨラと文通を交わし、イエズス会との関係がこの時期から始まった。
1542年12月17日に父が亡くなるとガンディア公位を継承したが、翌1543年4月にバルセロナで滞在中のカール5世へカタルーニャ副王辞任を申し出た。故郷へ戻ることを希望していたフランシスコに対して皇帝は辞任を承諾したが、王太子の結婚相手であるマリア・マヌエラの家令に任じ、妻と2人の娘も女官に任命したため、一家はなかなか故郷へ戻れなかった。1545年にマリア・マヌエラが没したことを契機に妻子と共に故郷へ隠棲し、土地管理と領民の動向に気を配りつつ祈りの毎日を過ごすようになった。そこで、スペインを訪れていたピエール・ファーヴルとアラオスに出会い、イエズス会の精神に大きな魅力を感じた。一方、1542年に疲労で隠遁を考え始めた皇帝から内心を打ち明けられたりもしている。