パーフェクトダーク
リスポン時、目眩が元に戻るようになった。
シミュラントへの命令「戦え」で、味方を攻撃対象に指定できなくなった。
チート限定だったクラシックウェポンが使えるようになった。
コントローラーを2つ用いてチャレンジを簡単にクリアできるバグの修正。
コンバットシミュレータには全部で6種類の対戦ルールが存在する。前作に登場した「一撃必殺」ルールや「レーダー無効」のチートは廃止され、対戦時の「オプション」として設定できるようになった。
個人戦・チーム戦で選択できるルール
コンバット
最も基本的なルール。相手を倒すと得点が入る。
アタッシュケース1
アタッシュケースを拾得し、一定時間倒されなければ得点が入る。
ハッキング
データリンカを拾得し、ステージ内に設置されたノートパソコンに接続する。ハッキングに成功すれば得点が入る。
オニごっこ
一般的な鬼ごっことは異なり、オニに指定されたプレイヤーが他のプレイヤーから逃げ回る。オニは一定時間倒されなければ得点が入り、その他のプレイヤーはオニを倒すと得点が入る。
チーム戦でしか選択できないルール
陣取り
指定された範囲に一定時間とどまることで得点が入る。指定された範囲は緑色の光で覆われ、プレイヤーが中に入るとそのチームカラーに変色する。
アタッシュケース2
相手の陣地に置かれたアタッシュケースを拾得し、自陣のアタッシュケースが置かれている場所に持ち帰れば得点が入る。
フルオートでの連射が可能な大型の銃。ライフルの弾を共用し、その最大携行予備弾薬数は400である。1発の威力が高く、命中精度、連射速度ともに高いものが多いが、装弾数や最大携行予備弾薬数が少ないため、連射速度の高さとあいまって弾切れを起こしやすい。なお、すべてのライフルは望遠機能を備えている。
ドラゴン (30/400)
1.連射 Zボタンを押している間、弾を連射し続ける。
2.センサー爆弾 Zボタンで装備しているドラゴンを放り投げる。設置されたドラゴンはセンサー爆弾と同様の性質に変化し、後から回収することはできない。
データダイン社製のスタンダードなアサルトライフル。威力、命中精度、連射速度、リロード速度の全てにバランスが取れ、2倍率のスコープを備える。モデルとなった銃はXM29 OICW。
Sドラゴン (30/400,6/40)
1.連射 Zボタンを押している間、弾を連射し続ける。
2.Gランチャ 「Gランチャの弾」を発射し、中規模の爆発を発生させる。このモードで使用する弾薬は第1武器モードとは別途で計算される。
ドラゴンの発展モデル。ドラゴンに比べて第1武器モードの威力が高く、センサー爆弾の代わりに小型のグレネードランチャーを備えている。
宇宙船にあった情報からスケダーの本拠地を発見したジョアンナとエルビスはこの戦いに終止符を打つため、スケダーキングの討伐に向かう。
スペシャルミッション
それぞれの条件を満たすことで出現する特殊なミッション。前3者はソロ・ミッションの外伝的なミッションとなっており、プレイヤーはジョアンナ以外のキャラクターを操る。「決闘」はミッションというよりはむしろミニゲームに近く、ストーリーとは一切の繋がりを持たない。
ミスターブロンド
ミスターブロンドを操作するミッション。時系列的にはミッション7の辺りになる。無能なデータダイン社のせいでセタンシップの確保に失敗したスケダーは責任者であるカサンドラを捕らえ提供した技術などを全て処分するためデータダイン社へ向かう。
マイアンSOS
エルビスを操作するミッション。エリア51に捕らえられジョアンナが救出に来るまでの時間軸。捕らえられている最中に目覚めたエルビスは救難信号の発信と証拠の隠滅のため動く。ケガをしている為か体力が半分ほどしかなく敵を味方にすることができるサイキックガンを上手く活用してなるべく戦闘を避ける必要がある。
WAR!
マイアンの戦士を操作するミッション。ジョアンナ、エルビスによりスケダーキングは倒されたがその後の調査でキングにはクローンがいることが分かった。クローンを討伐するため、マイアン達は部隊を神殿に送る。
決闘
キャリントン協会のシュミレーションルームで行われる西部劇の決闘の様なミニゲーム。難易度を上げると相手が増え最大3人倒せば勝利となる。
ミッションモードに登場する主要キャラクターの一覧。名前の横に表記されている数字はそのキャラクターの年齢を示す。
ジョアンナ・ダーク (23・女性)[声:イーブリン・フィッシャー]
本作の主人公で、キャリントン協会に所属するエージェント。あらゆる銃兵器に精通し、協会におけるすべてのトレーニングで完璧な成績を収めたため、「パーフェクト・ダーク」のコードネームで呼ばれるようになった。ただし、本作における最初のミッションまでに実戦の経験は無い。
ダニエル・キャリントン (62・男性)[声:Chris Seavor]
国際的に有名な科学者、実業家。ジョアンナが所属するキャリントン協会の創立者であり、すべての作戦を計画し、協会本部からエージェントたちに指示を出す指揮官でもある。優秀だが変わり者と評され、服装に関しては独特のセンスを持っている。
ミスター・ブロンド (不明)
金髪で長身の白人男性の姿をしており、説得力のある声とその威厳でデータダイン社を影から操っている。正体はスケダーと呼ばれる凶暴なエイリアン種族。マイアン種族とは敵対関係にある。データダイン社に協力しているのも地球の海底に眠る古代エイリアンの兵器を回収するために利用しているだけであり回収後はテストとして地球を破壊しようと企んでいる。
トレント・イーストン (46・男性)
国家安全保障局の長官。赤いスーツに黒髪のオールバックが特徴。専制的な性格で、同省内における闇の部分をすべて取り仕切っている。金と権力を追求する目的をカサンドラと同じくし、パートナーの関係を結んでいる。
カサンドラ・デブリーズ (39・女性)[声:Louise Tilston]