実体顕微鏡
実体顕微鏡の照明は、通常の複眼顕微鏡とは異なり、透過照明(ダイアスコープ)ではなく、反射照明(物体を透過する光ではなく、物体の表面から反射する光)を用いることがほとんどである。物体からの反射光を利用することで、通常の複眼顕微鏡では厚すぎる、あるいは不透明な標本も観察することができる。実体顕微鏡の中には、透過光照明が可能なものもあり、通常は、対象物の下にある透明なステージの下に電球やミラーを設置するが、通常の複眼顕微鏡とは異なり、透過光はほとんどのシステムでコンデンサーを通して集光しない。 特別な装備の照明器を備えた実体顕微鏡は、反射光と透過光のいずれかを使用して暗視野顕微鏡検査に使用できる。
このタイプの顕微鏡では、ワーキングディスタンスと被写界深度の広さが重要な要素となる。解像度が高いほど(隣接する2点を区別できる距離が長いほど)、被写界深度やワーキングディスタンスは小さくなる。実体顕微鏡の中には、通常の複眼顕微鏡の10倍の対物レンズと10倍の接眼レンズに匹敵する100倍までの有用倍率を実現できるものもあるが、倍率はもっと低いことが多い。これは、通常の光学式透過複眼顕微鏡の10分の1程度の分解能に相当する。
低倍率での大きな作動距離は、特に後述する光ファイバー照明を使用して、大きな固体物体の破断面などを検査するのに有効である。また、このようなサンプルは、興味のある箇所を決定するために簡単に操作することができる。