家畜改良センター
1990年(平成2年)10月には農林水産省家畜改良センターを設立し、従来相互に独立していた各牧場を、同センターの内部組織として位置付け、体制強化を図ることとなった。これにより、1991年(平成3年)から始められた牛肉の輸入自由化など、畜産をめぐる厳しい情勢と、行政監察による改善勧告等に対応した。
2001年(平成13年)4月1日には、特定独立行政法人家畜改良センターに移行した。これは、行政改革大綱(平成12年12月1日閣議決定)を踏まえ、新たな時代にふさわしい行政組織・制度への転換を目指す観点から行われたものである。さらに、2006年(平成18年)4月から、非特定独立行政法人家畜改良センターとなり、役職員の非公務員化が図られた。これは、総務省政策評価・独立行政法人評価委員会が示した「勧告の方向性」(平成17年11月14日付、政独第18号)における指摘事項を踏まえたものである。
2009年(平成21年)に長野牧場を茨城牧場の支場としたため、以後、1本所、10牧場、1支場の体制となっている。
本所:家畜改良センター本所(福島県)
牧場:新冠、十勝、奥羽、岩手、茨城、岡崎、兵庫、鳥取、熊本、宮崎
支場:長野(本場は茨城)
家畜改良センターは、1872年(明治5年)、現在の北海道新ひだか町に創設された開拓使所管牧場(後の新冠御料牧場)に始まる。明治時代中期以降、1894年(明治27年)に勃発した日清戦争を初めとした戦争・軍事行動が増えたため、軍事用の馬(軍馬)を育成する必要が高まった。このため、各地に相次いで種馬所や軍馬補充部などが設立された。1928年(昭和3年)には、農家の副業としての畜産(副業畜産)を奨励するため、種鶏場(終戦までに5場)も設立された。戦前には、この種馬所や種鶏場において、馬及び鶏を中心に家畜の改良増殖を行った。
種馬所・種鶏場は、1946年(昭和21年)5月に、種畜牧場と名称が統一されるとともに、26牧場に再編された。種畜牧場では、乳用牛、肉用牛、豚、鶏、馬、めん羊、山羊等の改良増殖、飼料作物種子の増殖等を実施することとなった。その後、種畜牧場は、畜産事情の変化に対応して統廃合がなされ、1960年代(昭和30年代後半)には、肉用牛及び豚の改良増殖推進のために阿蘇、鹿児島及び茨城の3支場が設立された。