水沢VLBI観測所
天文保時室 - 日本標準時の基準となる世界時や国際原子時を運用する世界の3極の一翼を担う。NTPサーバーなども設置し報時も実施。
VERA(VLBI観測)観測 - 銀河系内の電波天体の正確な位置の測定。
水沢局と石垣島局、鹿児島入来局、小笠原観測局の電波望遠鏡を結んで三角測量を行い、天体の正確な位置を算出するプロジェクト。2007年、オリオンKLの正確な位置の特定に成功している。
光結合VLBI推進室(OCTAVE, Optically ConnecTed Array for Vlbi Exploration) - 日本国内にある電波望遠鏡を超高速インターネット(SuperSINET)等で接続するVLBI計画。
RISEプロジェクト - 宇宙航空研究開発機構のSELENE計画関連プロジェクト。
石垣島天文台 - 深夜帯における研究観測の管理運営のみ行う。