五山碩学
新井白石が著した『以酊庵事議草』によれば、江戸時代の初めに五山の寺院はその寺領の多さに対して、学問に励む碩学の僧侶に対する支給が乏しく困窮していることを徳川家康が問題視して、寺領のうちの一定部分を割いて碩学の僧侶に与えることにしたこと、南禅寺には不学の僧が1人もいないため、特にそうした制度が設けられなかったことが記されている。
この記述を裏付けるように、慶長19年3月29日(1614年5月7日)に僧録司の以心崇伝が京都所司代の板倉勝重に充てた書状の中に五山において「学文者」のいる塔頭の所領と「無学者」のいる塔頭の所領を入れ替える方針が定まったことを伝え(『本光国師日記』同日条)、実際にその翌日に作成された東福寺の知行目録には総知行高1850石4斗余りのうち、315石分が豊臣政権時代の目録には見られなかった「碩学領」が登場している。
また、同年12月に東福寺に対して宛てた徳川家康の黒印状、以後の代々の江戸幕府将軍が東福寺に宛てた朱印状にはいずれも碩学領(料)に関する記述が記されている(いずれも「東福寺文書」所収)。