沖縄タイムス
2015年(平成27年)、本紙と琉球新報の県内大手2紙が偏向報道体質であると主張する一部の沖縄県民により、「琉球新報、沖縄タイムスを正す県民・国民の会」が設立された。また、放送作家の百田尚樹、沖縄で4年間生活した産経新聞編集委員の宮本雅史も同紙が偏向報道であると主張している。
2017年には同じ沖縄県で発行される八重山日報が、本土の産経新聞と提携して「沖縄本島版」の発行を始め本紙と琉球新報に対抗したが、産経新聞の高木桂一によれば、創刊直後に本紙読者局が店舗に取り扱い禁止を通達したとされ、高木は、八重山日報への露骨な妨害行為が行われたとしている。
本紙記者の阿部岳は、TVの取材に対し自身の立場として「確かに中間中立であるという意識はない」「沖縄の立場に偏っているというのは言えるかもしれない」と述べ、批判を浴びたが、2020年1月11日にtwitterで「私は今も胸を張って同じことを言っています。」「政府が沖縄を差別している中で、中間中立を装うのは単なる差別への加担です。」と発信した。
2020年9月、新型コロナウイルス感染症対策で行われている政府の持続化給付金と緊急小口資金および総合支援資金を、同社の社員と関連会社の社員が不正受給していたことが明らかになった。
その社員は十数人に同様の受給申請を勧めており。派生した不正申請者は40人以上に広がっていた。全国最大規模の詐欺事件に発展する可能性もあり、沖縄県警は、100人規模の特別捜査本部を設置。同社は10月8日には不正受給した2名を懲戒解雇したことと、全ての取締役の報酬についてカットすることをインターネット上で発表したが、自社の紙面では発表していない。2020年11月13日、沖縄県警は、新型コロナウイルス対策の持続化給付金100万円を不正に受け取ったとして、沖縄タイムス社の元社員(この事件で懲戒解雇を受け逮捕時は無職)1人を詐欺容疑で逮捕したと発表した。沖縄タイムスも自らこの問題を報じたが、ウェブ版の記事では犯人の実名報道を行わず、顔写真も掲載しない匿名での報道にとどまり、「ネット情報は長く記録が残るため、当事者が、不利益や迷惑を被る恐れがある等」と実名報道を行わない理由を説明したため「二重基準でではないか」「身内に甘いのでは」という指摘が寄せられたと報じられた。2021年2月24日、那覇地方裁判所は、元社員に対し懲役1年6カ月執行猶予3年の判決を言い渡した。