延岡駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の合計2面3線のホームと留置線数本を有する地上駅で、ホーム間はエレベータ付きの跨線橋で結ばれている。2面のホームはいずれもかつての長大編成に対応したものだったが、駅舎改修工事の際に駅舎直結の1番のりばは北側が大きく削られたほか、現在は最長でも6両編成までしか運転がないこともあり、6両編成に対応した部分の両端に柵が設置され、その先へは立ち入りできなくなっている。
鉄筋コンクリート造りの駅本屋は構内の西側にあり、単式ホームに接して設置されている。直営駅で、みどりの窓口を有する。かつてみどりの窓口は特急列車が出発する時間帯は全て営業していたが2022年3月12日のダイヤ改正で営業時間が短縮された。その救済措置として指定席券売機が設置され、ネットきっぷ等の受け取りが窓口の営業時間外でも可能となっている。
延岡中学校(現・宮崎県立延岡高等学校)に通学した若山牧水が延岡を想って書いた詩が駅舎玄関の大きな柱に書かれており、駅名標のイラストは五ヶ瀬川を渡る鮎が描かれている。
現在は、出改札担当1人・助役1人の計2人(1日当たり)が宿直勤務に従事する。他に信号担当など日勤の設定もある。 現在の出札窓口数は1となっている。
4074列車 北九州貨物ターミナル駅 - (百済貨物ターミナル駅) - 東京貨物ターミナル駅
8076列車 北九州貨物ターミナル駅