二条城
幕府は二条城と称したが、朝廷側はこれを二条亭と呼んだ。
慶長6年(1601年)5月:関ヶ原の戦いで勝利した徳川家康が上洛時の宿所として大宮押小路に築城を決定、町屋の立ち退きを開始する。12月には西国諸大名に造営費用および労務の割り当てを行った(天下普請)。造営総奉行に京都所司代板倉勝重、作事(建築)の大工棟梁に中井正清が任じられた。
慶長7年(1602年):御殿・天守の造営に着工。天守は廃城となった大和国の郡山城から移されたものという。
慶長8年(1603年)3月:落成(天守は慶長11年(1606年)に完成)。2月12日には、家康が伏見城にて征夷大将軍補任の宣旨を受け、3月12日に竣工直後の二条城に入城。同月25日には、室町幕府以来の慣例に基づく「拝賀の礼」を行うため、御所への行列を発した。そしてさらに同月27日には二条城にて重臣や公家衆を招いて将軍就任の祝賀の儀を行った。この手順は慶長10年(1605年)に家康の息子の2代将軍秀忠が、元和9年(1623年)に孫の3代将軍家光が踏襲するが、曾孫の4代将軍家綱以降は行われなくなった。
跡地には、変の直後、秀吉により信忠の菩提を弔うため大雲院が創建されたが、間もなく秀吉の京都改造に伴い寺町四条下ルに移転させられた。
この二条新御所は義昭の二条城跡に設けられたとする説があるが、山科言経が天正4年9月13日(1576年10月5日)に「右大将家二条新邸を見物」、翌14日(10月6日)には「武家古城を見物」し石垣の取り壊し・搬出されている様子を目撃したことが『言経卿記』に記されているから、明らかに別の場所にあったと考えられる。また誠仁親王当時、禁裏「上の御所」に対し「下の御所」と呼ばれていたから二条新御所は禁裏南方にあったと思われ、御所西にあった義昭の二条城跡に築かれたとするのは不自然である。さらに本能寺の変の際、信忠は陣を妙覚寺から二条新御所へ移しているから両者は近傍に在ったと推測される。同じ時、信忠恩顧の小沢六郎三郎は二条新御所に駆けつけたが明智軍に囲まれていたため「町通り(現新町通)二条(二条通のこと)」へ「上が」って御構えに駆け込んだと『信長公記』に記されているから、二条新御所は二条通南方にあったことが明らかであり、この点からも義昭の二条城とは別であったと判断できる。また、先に触れたように乱後、この地に信忠の菩提寺大雲院が建築されていることも有力な傍証となる。
万延元年(1860年):京都地震が発生。御殿や各御門、櫓などが傾くなど、大きな被害を受けた。
文久2年(1862年):閏8月交代制の二条在番は廃止され、代わって常勤制の二条定番が設置された。朝廷の監視および折衝を担当する京都所司代は二条城の北で政務を執っており、二条城は幕府の政庁としては全く使用されていなかった。このため、14代将軍徳川家茂の上洛に備え二条城の改修が行われる。二の丸御殿は全面的に修復し、本丸には仮御殿が建てられた。
文久3年(1863年):3月に家茂が朝廷の要請に応えて上洛。将軍が二条城に入るのは230年ぶり。
慶応元年(1865年):家茂は再度上洛し二条城に入るが、直後に第二次長州征伐の指揮を執るため大坂城へ移る。
慶応2年(1866年):夏に大阪城に移った家茂が死去。その後幕閣によって将軍は一橋慶喜と決定されるが、慶喜は一時就任を拒絶。周囲の度重なる説得の末、12月に二条城二の丸御殿勅使の間において15代将軍拝命の宣旨を受ける。
慶応3年(1867年):詳細は「大政奉還」を参照9月に慶喜が政庁宿所を若狭小浜藩邸から二条城に徳川将軍家居城として拠点を移す。10月には二条城二の丸御殿にて大政奉還についての会議を行い、10月14日に大政奉還の上奏を行う。10月24日には将軍職辞職願を上奏するが勅許され引き続き将軍職を担うが、12月には明治新政府樹立による王政復古 (日本)及びに小御所会議により将軍職辞職の勅許並びに辞官納地命令が二条城に伝達される。
慶長16年(1611年):詳細は「二条城会見」を参照二条城の御殿(現二の丸御殿)にて家康と豊臣秀頼の会見(二条城会見)が行われる。
慶長19年(1614年):大坂冬の陣が勃発。二条城は家康方の本営となり、伏見城から出撃する将軍秀忠の軍勢に続いて二条城から大坂へ駒を進めた。
慶長20年(1615年):詳細は「禁中並公家諸法度」を参照7月17日に禁中並公家諸法度を二条城において公家一同を集めて大御所(前将軍)・徳川家康、二代将軍・徳川秀忠、元関白・二条昭実の3名の連署をもって公布された。
元和元年(1615年):大坂夏の陣において家康の暗殺を目論む陰謀が明らかとなり、徳川方の古田織部の家臣木村宗喜が捕縛、織部は切腹して家財没収となった。
元和5年(1619年):秀忠が娘(和子)の後水尾天皇への入内に備え、二条城の改修を行う。この際の縄張(基本設計)は秀忠自らが藤堂高虎と共に行った。
元和6年(1620年):6月18日に和子が二条城から長大な行列を作り、後水尾天皇のもとへ入内した。