さんとす丸
10月から11月にかけてはフィリピンへの輸送作戦に従事し、SS艇5隻とSB艇1隻、合わせて6隻の機動艇、および護衛の「第102号哨戒艇」、「第38号哨戒艇」とともにタマ31B船団を編成して、11月12日に高雄を出港してマニラに向かう。バタン諸島を縫うように南下し、11月19日夜と20日午前に空襲を受けたが撃退して11月21日にマニラに入港した。
11月23日10時、「さんとす丸」は「第38号哨戒艇」、「第102号哨戒艇」および「第33号駆潜艇」の護衛によりマタ34船団を編成し、高雄に向けてマニラを出港した。このとき、「さんとす丸」は海軍部隊の人員を乗せていた。数は1,300名、1,500名、1,445名と諸説あるが、どの数が正しいにせよ、部隊の中にはレイテ沖海戦で撃沈された戦艦「武蔵」の生き残りが相当数含まれていた。船団は12ノットから13ノットの速力で北上していったが、11月24日23時ごろ北緯20度14分 東経121度50分 / 北緯20.233度 東経121.833度 / 20.233; 121.833サブタン島近海を航行中にアメリカ潜水艦「アトゥル」にレーダーで探知された。「アトゥル」は戦闘配置を令して浮上状態のまま目標に接近し、翌11月25日1時10分すぎに疾走深度を6フィート(約1.83メートル)に設定した魚雷を艦首発射管から6本、艦尾発射管から2本発射。魚雷はまず「第38号哨戒艇」に2本が命中してこれを轟沈させ、間もなく「さんとす丸」にも2本が命中。「さんとす丸」はすぐには沈まなかったが救命ボートなどが破壊され、間を置かずして沈んだ。遭難者のうち700名ほどが「第102号哨戒艇」および「第33号駆潜艇」に救助された。1945年(昭和20年)1月10日に除籍および解傭。
1955年(昭和30年)ごろに移民輸送が一時頭打ちになるが、パラグアイ移民の再開およびドミニカ共和国、ボリビアへの移民が開始されるに及んでキャパシティの不足が懸念されたため、1957年(昭和32年)に改装が行われて新たに三等船客558名を収容できる船室を増設した。翌1958年(昭和33年)には2代目の「あるぜんちな丸」(10,864トン)が就航して華やかさを増すが、1959年(昭和34年)以降は日本において高度経済成長期(第一次)に差し掛かったことや受入国側の状況の変化、それにともなう移民の数の減少、そして「あるぜんちな丸」に関わる高額の諸経費支出によって採算が低迷する。
1963年(昭和38年)に日本移住船(現:商船三井客船)が設立されて「さんとす丸」も移籍したが、経営が不安定だったため親会社の大阪商船三井船舶に傭船に出たりもした。1965年(昭和40年)には移民船としての最後の航海に従事。その後は1972年(昭和47年)にパナマのLiberty Maritime Corp.に売却されて「Winoa」と改名し、2年後の1974年には台湾のSincere Nav. Corp.に売却されて「Hui Hsing」と再改名され、1976年に高雄で解体された。