ホヴァーンシチナ
ホヴァーンスキー公領地内の大邸宅 食堂
女農奴が美しい「草原の小川の傍で夜を明かした」を合唱する傍らで食事を摂っていたホヴァーンスキー公は、湿っぽい歌を歌うなと怒り、陽気な踊り歌「お小姓さん」を歌わせる。気分が乗ってきたところへゴリーツィン公の使者が訪れて、災難が迫っていると伝える。しかし、ホヴァーンスキー公は己の屋敷内でどんな災難が待ち受けるのか、と嘲笑い、使者を馬丁に「御持て成し」させる。興を殺がれた公はペルシャの女奴隷を呼んで踊らせる(ペルシャ奴隷の踊り)。
突然、シャクロヴィートゥイが入って来て、公に、摂政ソフィア様が貴方を呼んでいる、貴方無しでは会議が開けないと仰っている、と伝える。この言葉に喜んだホヴァーンスキー公は、女農奴が公を称える「雌白鳥が泳いで行く」を歌う中、礼服に着替え礼拝を済ませて部屋を出ようとする。その時、戸口に潜んでいた刺客がホヴァーンスキー公を刺し、絶叫と共に公は倒れる。シャクロヴィートゥイは死体に近づき、「白鳥殿に栄光あれ」と嘲り高笑いと共に退場する。
【】内はリムスキー=コルサコフ編曲版では省略されている。
銃兵隊を統制下に置き、ソフィアはロシアに安定をもたらすことに一先ず成功したが、対外政策で失敗したため、失脚することとなる。対ヨーロッパ外交を重視したソフィアは、オスマン帝国に対抗する神聖同盟に加わり、1687年、1689年の二度にわたりクリミア遠征を行った。しかし、補給線を絶たれ、いずれにおいても戦果をあげることができず、虚しく撤退している。事実を隠蔽し、指揮官であるゴリーツィン公を凱旋将軍として褒賞したものの、すぐに遠征失敗が明らかになったため、ソフィアの政府は信用を失った。ナルイシキン派はこれに乗じてピョートルを結婚させ(1689年1月)、ソフィアの摂政としての地位を脅かす挙に出た。対立が深まり、8月には暗殺計画の報も入ったため、ピョートルは至聖三者聖セルギイ大修道院へ避難したが、遠征失敗によりソフィアに失望していた軍、官僚、教会はピョートル支持に廻り、次々にピョートルの避難先へと集結した。敗北したソフィアは、9月に入り自分の顧問官をピョートルに引き渡し、ノヴォデヴィチ女子修道院に幽閉されることとなった。ゴリーツィン公は逮捕された後、北方へ流刑となり、シャクロヴィートゥイは処刑された。
1872年、ムソルグスキーの友人で評論家のウラディーミル・スターソフは『ボリス・ゴドゥノフ』の次の歴史劇の題材として古儀式派について取り上げることを提案した。ムソルグスキーは大いに乗り気になり、スターソフの助言をもとにムソルグスキー自身が台本を製作した。しかしロマノフ朝の皇帝を舞台の登場人物とすることは禁じられていたため、中心人物であるピョートル1世を登場させることができず、勢い筋はわかりにくいものになった。
作曲は断片的に始められたが、1875年には集中して第1幕と第2幕を完成した。しかし第3幕を半分ほど作曲した1876年5月にスターソフは第2幕と第3幕の内容が劇の本筋と無関係であると批判し、改訂を勧める長文の手紙を送ってきた。ムソルグスキーはスターソフの改訂案には従わなかったが、その後は自信を失い、作曲は遅々として進まなくなった。さらに別なオペラ『ソローチンツィの市』の作曲を平行して始めたことも完成を妨げた。作曲者が1881年に他界した時は最終第5幕の古儀式派の最後の合唱の手前まで書かれていた。第2幕の終わりに置かれる予定だった五重唱も書かれずに終わり、また曲の大部分はオーケストレーションが行われていなかった。
作曲者の没後、作曲者の旧友リムスキー=コルサコフによる実用版が作成されたが、この多くの削除や改作、ワーグナー風の重厚壮麗なオーケストレーションなどによって、オリジナルをほとんど書き換えており、帝室劇場がリムスキー=コルサコフ版の上演を拒絶したため、リムスキー=コルサコフの生前にはまれにしか上演されなかった。