よこすか
本船では、「しんかい6500」の運用能力が最重要事項であることから、測位・地形調査関連の各装置を中心として潜航支援システムが構築されている。測位用としては高精度航法装置と音響航法装置が搭載された。高精度航法装置は、NAVSTAR/GPS衛星測位システム、ロランCおよびデッカ航法の情報を統合処理することによる高精度測位機能を備えるとともに、あらかじめ設定された計画航路との比較によりオートパイロットを制御して、自動航行機能も有している。また後にディファレンシャルGPSにも対応した。一方、音響航法装置は、海底に設置されるトランスポンダと「しんかい6500」搭載のレスポンダ、船底の送受波器アレイ、船上処理装置で構成されている。測位方式はスーパーショートベースライン(SSBL)方式とロングベースライン(LBL)方式である。海底トランスポンダは大深度用の7キロヘルツ帯と中深度用の14キロヘルツ帯の2種類を装備しており、最大深度11,000メートルまで対応できる。
海底地形調査のため、船底にはマルチビーム音響測深機(MBES)が設置されている。当初は「かいよう」と同じくアメリカ製のシービームの搭載が要望されたものの、予算上の理由から古野電気製のHS-10とされた。その後、1998年には、この時期に建造されていた「かいれい」「みらい」と同じシービーム2112.004に換装された。
またその他の測地学・地球電磁気学的調査のため、船上重力計やプロトン磁力計、および3成分磁力計も搭載されている。