高崎史彦
さらに、2003年4月から2004年3月にかけては、素粒子原子核研究所の企画調整官にも併任された。2004年4月には高エネルギー加速器研究機構が大学共同利用機関法人として位置づけられたが、その後も引き続き勤務した。同年4月、素粒子原子核研究所の副所長に併任された。また、「国際リニアコライダー計画」に携わっており、国際設計チームのアジア地域ディレクターにも就任した。2006年4月には、小林誠の後任として、素粒子原子核研究所の所長に就任した。また、高エネルギー加速器研究機構の理事も務めた。なお、高エネルギー加速器研究機構などの大学共同利用機関法人によって構成される総合研究大学院大学においては、高エネルギー加速器科学研究科の教授を兼任し、素粒子原子核専攻の講義を担当した。
2009年に素粒子原子核研究所の所長を退任し、後任には西川公一郎が就いた。なお、高エネルギー加速器研究機構の理事としてはそのまま在任し、2012年の任期満了をもって退任した。その後は、素粒子原子核研究所の先端加速器推進部にて、研究員を務めた。また、高エネルギー加速器研究機構より、名誉教授の称号が贈られた。なお、2012年4月1日には、総合研究大学院大学からも名誉教授の称号が贈られている。