波動エンジン
西暦2199年、イスカンダルより送られた設計図を基に製造された(ひおあきら版では、火星に墜落したサーシャの宇宙船のエンジンを参考に開発したとされている)波動エンジンは建造途中のヤマトへ据え付けられ、地球史上初の波動エンジン搭載艦が誕生する。
波動エンジンの始動には外部動力が必要であり、必ず補助エンジンを始動してから波動エンジンに点火するという過程から、補助エンジンをスターターとして始動する。いったん始動すれば、波動エンジン内で膨大なエネルギーが生成される。初回は、地下都市の残り少ない貴重なエネルギーをヤマトへ回して波動エンジンに注入することで始動している。
波動エンジンの試験運転の時間的余裕を取れないまま出航したヤマトには、ワープ航法や波動砲のテストにより波動エンジンのエネルギー伝導管へ強い負荷がかかり、異常加熱や熔融断裂による機関故障や異常暴走などのトラブルが発生するが、土星の衛星タイタンで採集したコスモナイト鉱石から生成した宇宙合金で補修に目処をつけるなど、確実に自己のものとしていく。
内部構造図は各部の名称に若干の変更はあるものの、旧作とほぼ同じである。製造工程に関する設定が再構築されており、イスカンダルの技術供与により製造された次元波動エンジン単体では起動せず、エンジンの核となる「波動コア」が必要である。これは最後のパーツとしてイスカンダルから送られており、「起動ユニットシリンダー」へ装着したうえで次元波動エンジンの「波動コア・コンジットベイ」内へ組み込むことによって、初めてエンジンの起動が可能となる。最初の起動には膨大な電力を必要し、劇中では極東管区の全エネルギーをヤマトに回すが、それでも足りず、全世界が電力をヤマトに送電することで起動に成功している。波動エンジン停止時は、「量子フライホイール」によって多元運動量を保存し、電力を「パワーキャパシタ(コンデンサ)」に充電する。
また、波動エンジンではないが、副機関として「艦本式コスモタービン改」×8基・2軸が存在する。ヤマトの内部図解では「74式推進機関」と表記されており、次元波動エンジンの後方下部に位置し、「波動炉心」と「伝導管」で繋がっている。