鵜城郡
大政奉還後の慶応4年(1868年)4月12日、箱館裁判所(閏4月24日に箱館府と改称)の管轄となり、同年6月末、岡本監輔、箱館府の公議所(裁判所)の官員を派遣し、ウショロ(鵜城)に出張所を設けた。。明治2年(1869年)開拓使直轄領となり、北蝦夷地を樺太州(国)と改称。明治3年(1870年)開拓使から分離した樺太開拓使領は、明治4年(1871年)樺太開拓使再統合により開拓使直轄領に復し、8月29日廃藩置県となる。このころ行われた文明開化期の事象としては、神仏分離令、壬申戸籍編製、散髪脱刀令、平民苗字必称義務令公布などが挙げられる。アイヌは百姓身分だったため、平民となった。明治8年(1875年)、樺太千島交換条約のためロシア領とされたが、同条約第六款において露領時代も日本人の漁業権が認められており、久春内から樺太北端までは北西海岸漁区の範囲に含まれた。
漁場の状況については北海道におけるニシン漁史も参照されたい。
幕末の樺太警固(第二次幕領期)
安政2年(1855年)日露和親条約では樺太方面の国境は確定できず棚上げ先送りされた。同年から樺太を含む蝦夷地全域が再び公議御料となり、秋田藩が鵜城郡域の警固を行い、漁場の番屋に詰める番人を、冬季は武装化して足軽とし警固した。
大野藩準領ウショロ場所
安政5年(1858年)大野藩(藩主:土井利忠)は北蝦夷地西浦のウショロ(鵜城)場所を準領地とし、安政6年(1859年)3月、越前大野藩士・早川弥五左衛門ら30名が、カラフト奥地開発のため藩船「大野丸」でウショロに着任。ウショロ(鵜城)場所の範囲は、鵜城郡域と名好郡域および北樺太ホロコタン(幌渓)までの地域に相当する。拠点の鵜城に会所(運上屋、昭和9年樺太庁が史跡指定)を開設して警固や漁場の開設をおこない、西岸で漁業経営を試みた。また、大坂・箱館・神戸・横浜・岐阜・名古屋・福井・三国の各地に漁獲物問屋「大野屋」を開き、漁獲物の販売も手がけていた。 「大野丸」は栖原家から建造中の洋型帆船(君沢型)を譲り受けたものであったという。ウショロ場所には、南から北樺太のホロコタン(幌渓)付近まで本斗安別線の前身にあたる道も通じていたようである。なお、樺太全土が日露雑居地とされたのは慶応3年(1867年)の樺太雑居条約締結後のことである。