佐渡汽船
新潟港 - 両津港(67km・国道350号海上区間) 1日にカーフェリー5往復、ジェットフォイル7往復(繁盛期はカーフェリー7往復、ジェットフォイル9往復)
上越市直江津地区と佐渡市小木地区を結ぶ直江津航路は、2010年度決算で約5億1000万円の損失を計上しており、年間輸送人員実績も約17万6000人と減少が年々続いている。
直江津航路は上越地方のみならず、長野県や北陸地方、中京圏、近畿地方など各方面から佐渡島へ最短距離で移動できる航路である。しかし観光需要は新潟航路ほど多くなく、上越地方と佐渡市南部とを結ぶ生活航路としての役割が大きい。故に利用者数は新潟航路と比較して少なく、特に近年は慢性的な乗客減少傾向と不採算に陥っている。また航路は地形的に佐渡島の影にならず、佐渡海峡を横断する他の航路に比べ日本海からの荒波を受けやすい。そのため台風の襲来時や冬の荒天時には波が高くなりがちで、安全上の問題から欠航になるケースが多い。これも赤字を増大させた要因の一つである。
直江津航路には1989年から、冬季間を除いてジェットフォイルも就航していたが、2003年10月31日をもって運航を終了。またカーフェリーも2008年3月31日まで「こがね丸」と「こさど丸」の2隻体制で運航していたが、このうち1983年就航の「こさど丸」は老朽化等のため退役し、同年4月1日のダイヤ改正から「こがね丸」1隻のみで運航している。当初は小木港の構造的制約で10,000t級(国際トン)以上の船は入港できなかったため、新潟航路の大型フェリーを転用することが不可能であった。また前述の通り不採算が続いているため、小木港に入港できる9,000t(国際トン)クラス以下のフェリーを新造するメリットも少ない。
30m、ディーゼル1基、機関出力1,800ps、航海速力15ノット、旅客定員662名(臨時定員1,200名)。
えつさ丸(初代) 1958年5月進水、新潟造船建造。1971年3月、粟島浦汽船に売船。 106.97総トン、全長29.04m、型幅5.50m、型深さ2.45m、ディーゼル1基、機関出力300ps、航海速力9ノット、旅客定員49名。
なみじ丸(初代) 1961年4月竣工、新潟鉄工所建造。1974年10月売船。 760.46総トン、全長63.00m、型幅9.30m、型深さ4.10m、ディーゼル1基、機関出力2,000ps、航海速力16ノット、旅客定員814名。
おけさ丸(2代) 1964年3月竣工、新潟鉄工所建造。船舶整備公団共有。1976年5月、三信汽船経由でフィリピンに売船。 919.47総トン、全長65.13m、型幅10.00m、型深さ4.50m、ディーゼル1基、機関出力3,000ps、航海速力15.9ノット、旅客定員946名(臨時定員1,310名)。 佐渡汽船最後の在来客船。
こしじ丸(2代) 1956年9月竣工、新潟鉄工所建造。1968年9月、北海商船より買船、改装。もと「おたる丸」。1974年4月粟島汽船に売船。 304.52総トン、全長37.73m、型幅7.60m、型深さ3.60m、ディーゼル1基、機関出力650ps、最大速力12.0ノット、旅客定員121名(臨時定員196名)。
新潟造船に入渠中の日海丸日海丸(1997年就航) 全長61.2m、総トン数497t。RO-RO船。 元は日本海内航汽船が運航していたが、2013年に同社が佐渡汽船に吸収合併された為、本船も移籍したもの。 新聞やカーフェリーでは輸送できない危険物や貨物を担当し、新潟港を早朝3:30に出港して両津港6:30着、荷役後両津港を11:10に出航し新潟港14:10着のダイヤで運航している。 2013年に移籍してからも日本海内航汽船のマークを維持していたが、2020年の入渠時に佐渡汽船のマークへ塗り替えられた。
所在地はいずれも新潟県。運航の詳細に関する問合わせ先は#外部リンクの佐渡汽船公式ウェブサイトを参照。
自治体や地元住民からのカーフェリー再導入の要望が多く寄せられていたことから宇和島運輸の中古船「えひめ」を購入し、「こがね丸 (4代)」として2023年4月29日より就航。