崩れ
島原天草一揆の後、キリシタンは奇怪な魔力を持つ怪しげな存在というイメージが定着し、怪しげなものはすべてキリシタン的なものとされていた。しかし、江戸時代後期の崩れで摘発された信徒たちは、世俗秩序に従順で、檀那寺の宗教活動や神事・仏事を怠らず、領主への年貢・公役も滞りなく収め、村方の害になるようなことはなく、毎日整然と家業に励んでいた。そして、彼らは信仰しているのは厳禁されている「切支丹」でなく、先祖より伝えられている「異宗」であると主張したため、幕府は摘発するよりも放っておいたほうが秩序維持には有効だと考えて、彼らを「切支丹」と認定しなかった。
一方で、信徒たちは、天草崩れや浦上一番崩れ、三番崩れの取り調べの際の証言から、死後に親兄弟や妻子たちと「ハライソ=天国」に生まれ変われるという来世救済の願望だけでなく、田畑からの収穫が豊かに見込める、諸事うまくいく、さまざまな願望がかなうといった現世利益も求めていたことが明らかにされている。
これは、村社会が変容し、幕藩制秩序に従っていても必ずしも現世利益の願望が達成されなくなってきたころに、長年待望していた宣教師が現れたことがきっかけで、キリシタンたちの来世救済の願望が噴出したと推測されている。
信徒たちの信仰態度の変化に伴って、江戸幕府の対応も江戸時代後期のような黙認から、摘発・改心指導と厳しい拷問へと転換した。
江戸幕府が倒れた後、明治政府は五榜の掲示によってキリシタン禁教の方針を明示し、キリシタンの弾圧を行った。これにより、棄教を受け入れない浦上の村民約3000人が総配流され、五島列島では信徒たちへの弾圧や迫害が行なわれた。欧米諸国の公使は、内政干渉をするつもりはないとしながらも、激しく明治政府に抗議し、政府は彼らに拷問をしないことを約束しながらそれは守られなかった。明治6年(1873年)にキリシタン禁制の高札が撤去され、浦上の村民たちは帰村を許された。しかし、高札撤去はあくまで「法令伝達方法の変更」によるもので、明治政府がキリシタン禁制の解除を宣言したという事実は無い。キリシタン(キリスト教)は解禁されたのでも公認されたのでもなく、あくまで黙認されただけであった。