週刊新潮
1997年よりは、横尾忠則の弟で1989年に長野県北安曇郡松川村に移住した成瀬政博が担当。2004年には安曇野アートラインにある個人美術館「Museum Cafe BANANA MOON」を開館。1F展示室に表紙絵原画を季節ごとに作品の入れ替えを行いながら展示、販売している。
木村は名誉棄損だとして新潮社などを訴えたが、県議会から辞職勧告決議を受け、5月16日に県知事を辞職した。
2004年3月11日号で、「『毎日社長拉致』で新聞が書けなかった『社内抗争』と『ホモ写真』」(ノンフィクションライター森功)との記事を掲載。これに対し、毎日新聞と斎藤明社長が「事実に反しており、全くの虚偽」と厳重抗議し、4900万円の損害賠償請求訴訟を起こす。2006年1月18日の地裁判決では毎日新聞側の請求が棄却された。2006年10月18日の高裁判決では森功に対する損害賠償請求を認めず、新潮だけにタイトル部分の広告に対し100万円の賠償を命じた。2008年2月1日、最高裁が上告を棄却し確定した。
2004年5月20日号で、「首相秘書官の『謀略リーク』に敗れた『福田』」と題して、週刊文春に福田康夫元官房長官の年金未納情報をリークしたのが飯島勲首相秘書官と報じ、飯島が1100万円の損害賠償と謝罪文を求めて提訴する。一審で「記事を裏付ける事実を調査することもなく取材が極めて不十分。重要な部分について真実であることの証明がなく、真実と信じる相当の理由もない」として新潮社に330万円の賠償を命じた。二審も新潮社の控訴が棄却された。
2005年7月21日号で、NHK大津放送局の記者が連続放火事件で警察から事情聴取を受けたと報じた。その記者は4か月後、非現住建造物等放火未遂の疑いで逮捕された。
2005年1月17日号で、NHK番組改変問題に関連した記事「朝日『極左記者』とNHK『偏向プロデューサー』が仕組んだ『魔女狩り』大虚報」を掲載した。これに対し朝日新聞は、見出しが事実に反するとして新聞広告の掲載を拒否した。