畠山持国
持国と細川氏の代理戦争で各大名家でお家騒動が頻発したが、畠山氏も内紛を起こし、弥三郎の死後も弟の政長を擁立する弥三郎派(政長派)と義就派の抗争は止まず、足利将軍家や斯波氏の家督相続問題(武衛騒動)と関係して応仁の乱が発生する。大和でも国人が2派に分かれて激突、応仁の乱終結後も続いていくことになる。
また、関東では勝元が管領に就任すると幕府が採った厳しい対応に危機感を抱いた成氏が関東管領上杉憲忠を殺害し、享徳の乱を勃発させる。
更に文安2年(1445年)、元近江守護六角満綱が嫡男の持綱と共に次男の時綱を擁立した家臣団に自殺に追い込まれる事件が発生。持国は何故か武力介入をしなかったが、勝元が管領に就任すると幕府は3男の久頼を還俗させて同族の京極持清と共に時綱一派を壊滅させた。
大和では大和永享の乱で没落した越智家栄を復帰させ、義教の怒りを買った前大乗院門跡・経覚も復権、先の大乱で幕府方の成身院光宣・筒井順永兄弟と交戦中の嘉吉3年に経覚についた古市胤仙・豊田頼英・小泉重弘に大和の支配権を委ねた。しかし、勝元の後援の元、光宣も反撃するに及んで戦況は一進一退、古市胤仙の急死もあって享徳3年(1454年)に和睦した。
なお、関東では鎌倉公方に復帰した足利成氏には好意的な対応を取っていた。成氏の復権に尽力し、宝徳2年(1450年)の江の島合戦でも仲裁に当たった。また、宝徳2年に守護領国となった山城で守護支配を貫こうとして荘園横領や課税を行い南山城に影響力を持つ興福寺や山城国人と対立、興福寺門跡の尋尊は持国の権勢を評して宝徳3年9月1日条の大乗院日記目録に「近日、畠山権勢無双也」と表現している。