権力分立
一方、裁判所は国会の制定した一切の法律の憲法適合性を審査する違憲立法審査権を有するとされている(日本国憲法第81条)。
内閣から裁判所に対する抑制としては、裁判官の任命権(最高裁判所長官については指名権)がある。最高裁判所長官は天皇が内閣の指名に基づいて任命し(日本国憲法第6条2項)、最高裁判所の長官以外の裁判官は内閣でこれを任命する(日本国憲法第79条1項)。最高裁判所裁判官の任命については、その発足当初、裁判官任命諮問委員会の答申に基づいて任命が行われていたが、内閣の責任を不明確にするものとの批判があったとして廃止された経緯がある。この点については常設的な委員会の設置は憲法の趣旨に反するとみる学説もあるが、公平で非党派的な選考委員会が実質的任命を行うような制度にすべきとの学説が対立し議論がある。なお、現在は、最高裁判所事務総局・最高検察庁・日本弁護士連合会などが最高裁判所裁判官の候補者を推薦し、内閣がこれを追認する形で任命が行われている。また、最高裁判所長官については前任の最高裁判所長官の推薦に基づいて任命が行われている。
下級裁判所の裁判官は、最高裁判所の指名した者の名簿によって内閣で任命する(日本国憲法第80条1項前段)。憲法解釈上は、明白な任命資格要件の欠如の場合を除いて内閣は任命拒否できないと解されている。実務上も裁判官の空席の数に形式的に一人を加えた名簿が作成されて任命が行われており、また実質的に指名された者が任命を拒否された例はないとされている。
20世紀に入り行政国家・社会国家の要請から行政部門は飛躍的に増大化し、行政権が事実上中心的役割を担うようになっている(行政国家現象)。