沖縄県農業協同組合
北谷支店(合併前はJAゆいな北谷支所、統一前はJA北谷)
畜産物および一般雑貨運搬のための貨物フェリー「農協やえやま」(1996年引渡。54総トン、全長20.5m)を保有しており、八重山諸島各島で生産された子牛を出荷拠点である石垣島(石垣市)まで運搬するために、不定期で運航している。
合併前はサンライズ農協(JAサンライズ)、JAサンライズ統一前は西原農協だった
西原支店(JAサンライズまで本社だった) 坂田出張所(2020年10月西原支店に統合) 西原町与那城出張所(JAサンライズまでは与那城出張所だったが、現在は廃止)
合併前までは八重山・大浜支店が八重山郡農協(JA八重山郡)で、かつては竹富町農協もあったが、JA八重山郡への統一とともに旧竹富町農協本店が廃止されJA八重山郡本店に統合、与那国支店が与那国町農協(JA与那国町)だった
八重山支店(石垣市、合併までJA八重山郡の本店、JA八重山郡統一までは石垣農協本店) 西表東部業務取扱所(竹富町) 波照間島業務取扱所(竹富町)
大浜支店(石垣市、JA八重山郡統一までは大浜農協本店)
与那国支店(与那国町、合併まではJA与那国町、2006年に営業所から昇格) - 旧与那国町農協が債務超過により経営破綻したため、当初は支店より下の営業所として引き継がれた。