Doom (小説シリーズ)
海兵隊は、ニュービーが人間に感染しており、DNAと同じレベルに存在していることを発見した。フライは、何かを信じている人間は「感染」し得ないことを理解し、船に反乱を起こした。反乱は鎮圧され、シアーズとローバックは殺され、フライとアーリーンは彼らの魂(または彼らの魂のコピー)をフォボスとデイモスのコンピューターシミュレーションに配置した。
シミュレーションでは、フライはプログラミングが自身の記憶に影響されていることを把握し、自分自身に嘘をつくことによって、彼は何が起こったかを変更することができた。彼はアーリーンを探すためにインプやゾンビなどのデーモンの力を集め、後に彼らは心のシミュレーションに助けられ存在から進化したプログラムの中のニュービーの魂を見つけた。閉じ込められたフライとアーリーンは、彼らが自分自身のためのユートピアを作成し、侵略をフレッドの完全な敗北として覚えようと決めた(これが功を奏したのかは劇中では明らかにされない)。このその場しのぎの軍隊は、最終的に彼らの敵の一つ、「ニュービー」の「本質」を捕捉する。この本質は、基本的な現実に関係のない形にかなり急速に進化する。
船の外では、フライとアーリーンが目を覚ました。「魂を吸う」コンピューターは人間の魂を完全に取り除くことができなかった。彼らの忠実な信者(フライを崇拝する人間達)とシアーズとローバックの遺体とともに、彼らは発進する人間の宇宙船による焼却を免れた。
フライとアーリーンの裏切りを知った十二使徒の会長は、2人に解決のチャンスを与える。ロサンゼルスへの攻撃部隊を率いて重要な情報を回収し、街の周囲に設置されたシールドを無効化し、アメリカ軍が作ったレジスタンスの拠点があるハワイに情報を届ける任が彼らに課せられた。この攻撃部隊には、アルバート・ガラティンとジル・ラブレースが参加している。
西への旅の間、アーリーンはアルバートの宗教に強く反対しならがらも彼を好きになっていく。西行きの列車に忍び込んだ4人はスパイダーマインドと蒸気のデーモンを殺し、人間の人質を救出する。人質のケンは、侵略者によってサイボーグになるように改造されており、グループが取得しなければならない重要な情報源となっている。グループはロサンゼルスの空港に向かい、そこでアルバートはインプによって負傷する。
アルバート、ジルおよびケンはハワイに向かうための航空機を発見、準備し、フライとアーリーンはディズニービル内に収容されているエネルギーシールドの破壊を試みた。彼らはシールドの無効化に成功するが、多数のモンスターによって建物内に閉じ込められてしまう。