那覇バス
この計画に対し、当初は組合などの反対もあり、合意が得られなかったが、事実上法管理下にあり、経営悪化に苦しんでいた同社と琉球バス(現琉球バス交通)、東陽バスの3社は後に同意した。しかし、比較的経営状態のよかった沖縄バスは、残る観光部門のために支払われる資金の少なさに反対を表明。4社の合意による統合を掲げていた統合準備室はこの反対により閉鎖され、統合計画は事実上白紙となった。その後、沖縄バスを除く3社での統合計画案もあったが、資金面などの問題のため実現はしなかった。
前述の退職金問題などにて資金不足となっていた同社は、この統合計画で新会社より入る収入にて、不足していた資金をまかなう予定で、今回の統合計画に会社の生き残りをかけていた。しかし、この計画の白紙化により収入の道を絶たれた同社は、同2003年に事実上倒産することになる。
1980年以降の運賃値上げ、サービス低下などにより利用者が激減し、2003年には民事再生法の適用を申請、倒産した。その後、2004年に第一交通産業に全営業権を譲渡することで合意、2004年7月18日より那覇バス株式会社として営業を開始した。
なお、1990年ごろには琉球バス交通の前身の琉球バスとの合併計画があった。そのころの準備として、両社の観光バスのデザインやカラーをほぼ同じにしたりした(現在でも琉球バス交通に合併準備塗装観光バス車両が存在)が、県や関係機関から猛反対され、合併はなされなかった。那覇交通と琉球バスとの統合は白紙となったが、2006年9月より民事再生手続下にあった琉球バスが、琉球バス交通として第一交通グループに入ったことにより、現在2社のカラーが再び統一されようとしている。
沖縄県内で初めてノンステップ路線バスを導入した会社である。また、沖縄で初めてのバスロケーションシステムを導入した会社である(このシステムは後に琉球バス交通、2013年から沖縄バス・東陽バスを加えた4社共通のシステム「バスなび沖縄」へ拡充した)。
2015年4月27日 OKICA導入(定期券機能はシステム調整のため、同年6月以降の導入)、すべての券種の回数券発売終了(111番高速バス専用回数券は引き続き販売継続)。
2015年8月27日 導入が遅れていたOKICA定期券の運用開始。
2016年3月28日 12番・国場線経路変更。25番・普天間空港線路線延長。94番・首里駅琉大快速線運行再開。
2016年4月1日 前年4月26日までに販売され使用していたすべての券種の回数券の使用終了。(111番高速バス専用回数券のみ、同系統に限り引き続き使用可能。)
2017年7月1日 117番 美ら海直行(高速)運行開始。117番の運行に伴い111番の運行が減便された。
2018年10月1日 新那覇バスターミナル運用開始に伴い、いくつかの路線でダイヤ改正。また、下記路線において大幅な変更。 25番・普天間空港線が25番・那覇普天間線及び125番・普天間空港線に系統分割、さらに97番・琉大線と同時に西原営業所での管轄を開始。 33番・糸満西原(末吉)線及び46番・糸満西原(鳥堀)線を那覇バスターミナルを分岐点とし、333番・那覇西原(末吉)線、346番・那覇西原(鳥堀)線、446番・那覇糸満線に系統分割し運行開始。
2021年1月4日 キャンパスバス実証実験の運行開始。
2021年4月1日 19番・首里駅循環線、233番・西原てだこ線の運行開始。
2022年4月1日 定期観光バスを除く観光部門を琉球バス交通へ統合、また各SNSを除く公式ホームページを琉球バス交通と合同化。 7/8番・首里城下町線を沖縄バスより譲り受け、運行開始。 キャンパスバス実証実験運行終了。正式に路線バスとして297番・沖国琉大快速線運行開始。
那覇バスターミナル→琉球村→万座毛→御菓子御殿(恩納村店)→海洋博公園(美ら海水族館)→ナゴパイナップルパーク(奇数日)/OKINAWAフルーツらんど(偶数日)→那覇バスターミナル 2006年2月10日のリニューアルの際に「国営沖縄記念公園観光」から現在名に改名された。
1番・首里識名線 - 三重城営業所
3番・松川線 - 三重城営業所
5番・識名線 - 三重城営業所
7番・新都心循環線 - 新川営業所
14番・繁多川開南線 - 新川営業所
25番・普天間空港線 - 具志営業所
33番・糸満西原(末吉)線 - 西原営業所・糸満営業所
46番・糸満西原(鳥堀)線 - 西原営業所・糸満営業所
95番・豊見城南高校線 - 具志営業所
真和志線(コミュニティバス実証実験真和志みぐい) - 新川営業所
小禄循環線(コミュニティバス実証実験小禄みぐい) - 具志営業所
那覇空港リムジンバス (琉球バス交通、沖縄バス、東陽バスとの共同運行) - 具志営業所 芭蕉号、花号の運行を行っていた。
浦添市コミュニティバス
那覇市内観光周遊バス - 新川営業所
中城村コミュニティバス「護佐丸バス」 - 西原営業所 伊集回り線 伊集普天間線(東陽バスとの共同運行) 久場琉大線(東陽バスとの共同運行)