倒幕運動
吉田氏 - 吉田東洋、吉田正春
武市氏 - 武市正恒、武市瑞山
宮地氏 - 宮地信貞(坂本龍馬の大叔父)、宮地茂春
大黒氏 - 大黒清勝(無双直伝英信流居合宗家)
池田氏・林氏 - 林政誠、池田政承(無双直伝英信流居合宗家)
谷氏 - 谷秦山、谷干城
本山氏 - 本山茂任
明神氏 - 明神善秀
「長宗我部氏臣下だった者は下士(郷士)で明確に身分が分けられ長年身分の格差に虐げられてきた」とするのは、司馬遼太郎らによる歴史小説の影響(司馬史観)で史実とは異なる。その結果、幕末には土佐の豊かな風土から独特の豪快ないごっそうという気質が生まれ、板垣退助、後藤象二郎、谷干城、武市瑞山、坂本龍馬、中岡慎太郎といった人材を輩出した。藩論は討幕・佐幕に二分され、山内容堂も「酔っては勤皇、覚めては佐幕」と揶揄されたが、武力討幕を推し進める板垣退助が中岡慎太郎の仲介で西郷隆盛と結んだ薩土討幕の密約を承認し、藩の軍制改革、練兵の近代化を図った。
長州藩の場合、関ヶ原の戦いにおいて毛利家は西軍の総大将であったが敗北し、減封という結果に終わった。長州藩は江戸時代を通じて表向きは幕府に恭順の姿勢をとる普通の藩として存在していたが、藩内には幕府に対する怨恨が蓄積するようになった。それが最も爆発したのは吉田松陰という青年が出現した幕末である。松陰は幕府が無勅許で日米修好通商条約に調印し、また安政の大獄によって志士の弾圧が始まった事を知ると、1858年(安政5年)11月11日に老中・間部詮勝の討伐を藩に願い出た。後に幕府はこの動きを知るところとなり、松陰が処刑されると、これを機に長州藩(松下村塾の塾生)は終始幕府への敵対心をむき出しにし、その結果禁門の変を起こし、二度に渡る幕府からの征討を受けた。この間、俗論党という佐幕派勢力によるクーデターも起き、藩論は一時佐幕に傾いた事もあるが、高杉晋作率いる奇兵隊によって俗論党政権は掃討され、再度藩論は倒幕に動くこととなった。
そこで薩摩藩は岩倉具視などと協力し、朝廷における幕府の影響力の排除や、長州藩の復権に務めることとなった。
15代将軍である徳川慶喜はこれら討幕派の動きに対し、討幕の密勅と同日の11月9日、大政奉還を行った。大久保利通ら討幕派は当初、ロンドン覚書の開市開国の期日に基づき、1868年(慶応4年)1月2日に王政復古を行う予定であったが、土佐藩の後藤象二郎の要請により延期して、1月3日に王政復古の大号令を発令した(明治政府)、江戸幕府が消滅したため、討幕運動は名目上は終わったかのように見えた。
しかし、幕府を支える勢力は残っており、1月26日に京都で発生した鳥羽・伏見の戦いを皮切りに、戊辰戦争が始まった。
新政権の議定であった前越前藩主・松平春嶽は、この戦いは薩摩藩と佐幕派との私闘であるとして政府の関与に反対したが、議定となったばかりの岩倉具視は佐幕派の征討に賛成し、征討軍に錦の御旗を与えたことで、佐幕派の勢力は朝敵と見なされることとなった。
5月3日には江戸幕府の本拠地であった江戸城が無血開城し、大阪城から江戸に戻った徳川慶喜は明治政府に恭順し、このことから江戸城は明治政府に接収され、徳川家による政治機構は消滅した。
ただし、佐幕派はその後も東北諸藩と共に甲州や東北地方、蝦夷地にも及ぶ地域で、朝敵とされながらも抗戦を続け、戊辰戦争はその後も続くこととなった。