農林水産省直轄ダム
こうした放流上の問題として1982年(昭和57年)の大迫ダム放流問題があり、集中豪雨に伴う放流で増水した紀の川に流され死亡した河川利用者が出たことで、国会でも問題となった。その後農林水産省は有識者による放流対策委員会を設け再発防止対策を実施した。
一方河川総合開発事業と国営土地改良事業・国営かんがい排水事業が重複することによる事業者間の調整も問題となった。すでに内の倉ダム(内の倉川・新潟県)や日中ダム(押切川・福島県)など元来国営かんがい排水事業目的で計画された直轄ダムに河川管理者が治水事業で参加するケースが増加。こうしたダムについては河川管理者が農林水産省に委託する形で施工を行い、完成後は河川管理者が管理を行う方式が定着していたが、明文化されていた訳ではなかった。こうした問題を解決するため、1989年(平成元年)に土地改良法および土地改良法施行令が改正され、農林水産省直轄ダムなど農林水産省が土地改良事業を行う際の河川改修について新たな規定がなされた。具体的な明文化については同年7月1日に通達された建設省河川局長・農林水産省構造改善局長による建河発第五六号通達および元構改B第六八八号通達で詳細な規定がされている。その主な内容としては、
農林水産省は土地改良事業において農地防災を目的としたダムの建設、および河川・湖沼の堤防建設などを行わない。ただし河川管理者との共同事業としてダム建設を行う場合は、この限りではない。
農林水産省が土地改良事業において行える河川改修は、ため池が決壊の恐れがある場合の緊急補修などに限られる。
農林水産省直轄ダムについては、河川法第44条〜51条の「ダムに関する特則」を遵守する。