チャガタイ家
以後、チャガタイ家はドゥア系が後を継ぐことになるが、後継者争いなどで少なからず混乱し、1326年にケベクが死去すると、東西に分裂した。
西チャガタイ・ハン国ではアミールの権力争いが頻発した。一時は東のトゥグルク・ティムールの侵入を受けて併合されたが、ティムールの反乱とトゥグルク・ティムールの早世で短期で挫折した。トゥグルク・ティムールの死後に西チャガタイ・ハン国で覇権を確立したティムールは、1370年にティムール朝を成立された。以後、チャガタイ王家は傀儡の君主として立てられるが(ティムールにとって弱かったのは、自らがチンギスの血を引いていないという事実であり、このため傀儡を立てたり王女を妃に迎えたりして権威付けをする必要があった)、ティムール朝の支配が固まると、それも立てられなくなった。ちなみに、西チャガタイ・ハン国では51年間の間に15人の君主が立てられるという混乱ぶりだった。
東チャガタイ・ハン国でもアミールらによる争いが頻発した。英主トゥグルク・ティムールが現れて一時的に両ハン国が統一されたが、その早世とティムールの介入による服属で結局は衰退する。なお、トゥグルク・ティムールによって再編された東チャガタイ・ハン国はモグーリスタン・ハン国とも呼ばれる。