エキノキャンディン
カンジダ属ではエキノキャンディン耐性は稀であるが、C. albicans、C. glabrata、C. lusitaniae、C. tropicalis、C. parapsilosisである程度の耐性が生じうることが症例研究で示されている。耐性のパターンとしては、グルカンシンターゼ(Fks1-Fks2複合体)の変化、排出ポンプの過剰発現、キチン産生の増大による細胞壁の強化、ストレス応答経路のアップレギュレーション、DNAミスマッチ修復経路の調節不全などが知られている。また、カンジダ属やアスペルギルス属のいくつかの種や系統では、微量液体希釈法(英語版)による感受性試験において、低濃度では感受性であるが高濃度では耐性を示すというparadoxic effectが報告されている。
非カンジダ属の酵母(クリプトコッカス属、トリコスポロン属、ロドトルラ属、Blastoschizomyces属など)やフザリウム属などの糸状菌、接合菌綱、スケドスポリウム属(英語版)Scedosporiumはエキノキャンディンに耐性を示すことが多い。ヒストプラズマ属、ブラストミセス属、コクシジオイデス属(英語版)Coccidioidesに対する臨床的有効性は極めて小さく、特に酵母型に対して乏しい。
エキノキャンディンは感受性真菌のβ-1,3-D-グルカンシンターゼ酵素複合体を非競合的に阻害し、グルカン合成を妨げる。β-グルカンが破壊されることで浸透力への耐性が失われ、細胞溶解が引き起こされる。エキノキャンディンはアスペルギルス属に対しては静真菌薬として、そしてカンジダ属の大部分に対して抗真菌薬として作用し、フルコナゾール耐性を示す系統に対しても有効である。In vitroでの実験やマウスモデルでの実験からは、エキノキャンディンは抗原性の高いβ-グルカンエピトープを露出させることで宿主細胞による認識と炎症応答を加速させ、宿主の免疫応答を高めている可能性が示されている。