三業惑乱
三業惑乱の背景として、宝暦年間に「無帰命安心」という異安心が北陸中心に広まっており、本山の西本願寺がこれを牽制する必要があったことが挙げられる。無帰命安心は、十劫の昔に阿弥陀仏が成仏したときに、すでに衆生の救済も成就されているのだから、それを忘れないのが信心であるという説であったが、一面には「弥陀の救いをたのむ」という要素が乏しかった。1762年(宝暦12年)に、功存は同説を抑えるため、本山から越前福井御坊に赴いて主唱者の浄願寺龍養を糾明し、1764年(宝暦14年)にこの時の問答を『願生帰命弁』に著した。だが同書は、意業(心による)・口業(口による)・身業(体による)の三業を通して阿弥陀仏に救済を求め、それぞれの業に帰命の相が伴っていなければならないという自力的な要素を含む「三業帰命説」(三業安心説)の立場をとっていた。
功存は1769年(明和6年)から1796年(寛政8年)に死去するまで西本願寺学林第6代能化を務めたが、著書の『願生帰命弁』に対する批判は、すでに彼の存命中である1784年(天明4年)に興正寺学頭・大麟の『真宗安心正偽編』や、1781年(安永10年)に真宗大谷派・宝厳の『興復記』によりなされている。
そして、1797年(寛政9年)に西本願寺学林第7代能化に就任した智洞が、『無量寿経』の講説の中で三業帰命説を唱えたことで紛争が拡大していった。