海上保安庁の歴史
1999年(平成11年)
3月23日:能登半島沖の日本領海内に北朝鮮のものとみられる不審船が侵入する事件が発生。巡視船に特殊警備隊の隊員も乗船して追跡を行ったが、船速の違いから追跡を断念、海上自衛隊に追跡任務を引き継ぐ。(能登半島沖不審船事件)
8月30日:東ティモールでインドネシアからの独立を問う住民投票が行われる。住民投票後の暴動に備え、邦人保護の名目でヘリコプター2機搭載型の巡視船「みずほ」をディリ沖に派遣。特殊警備隊SSTが上陸し、残留邦人を警護しながら「みずほ」に避難させたとされているが、海上保安庁は本件に関して公式には発表していない。
2000年(平成12年)
5月1日:緊急通報用電話番号「118番」運用開始。
2001年(平成13年)
12月22日:九州南西海域工作船事件発生。威嚇射撃したのち不審船の反撃を受ける。銃撃戦の末、北朝鮮工作船は自爆し沈没した。交戦において、巡視艇が被弾して日本の海上保安官3名が負傷した。北朝鮮側の工作員は20数名が死亡した。後に、東シナ海沖の中国のEEZ(経済水域)内に沈没した工作船が引き揚げられた。
2003年(平成15年)
2月1日:海上保安庁公認、日本財団の助成の下、ボランティア自警団海守が発足。
2004年(平成16年)
11月10日:漢級原子力潜水艦領海侵犯事件発生。海上自衛隊と共に中国海軍所属の091型原子力潜水艦の追跡を行い、所属航空機が潜水艦の写真撮影に成功したが、対潜水艦ゆえに海上保安庁の能力では必要な対策が出来ず、海上警備行動の発令となった。
2005年(平成17年)
5月31日:対馬沖の日本の排他的経済水域 (EEZ) を韓国の漁船「502シンプン」が侵犯。