中国回教協会
前述の通り、台湾政府はイスラーム諸国を重視した政策を行っており、そうした国からやってくるムスリム移民や観光客へ配慮したムスリムフレンドリー化を進めている。その中で中国回教協会は政府や台湾観光協会と連携し、観光事業者へセミナーを開いたり指導を行うことでそれに協力している。また、駅や公共施設への礼拝所の設置を政府と共同で行っている。また、中国回教協会は、台北市にある国立台湾科技大学のムスリム学生団体と協力して「Halal.Taiwan」(ハラール台湾)というアプリの提供を開始した。このアプリではムスリム観光客のためにホテルやモスク、レストランなどの情報を提供する。
中国回教協会は、高雄市が打ち出した高雄回教公墓(高雄イスラーム墓地)の移転と公園化に反対の意思を表明した。協議を行った結果、2014年、協会は墓地と公園の併用に同意したが、最終的には墓地が移転されることに決定した。高雄市は「ムスリムだけがムスリムの墓を扱うことが出来る」というイスラームの教義を尊重し、また、高雄市内のムスリムコミュニティに向けて公聴会を行った。2017年、高雄市の葬儀管理事務所はイスラーム教国であるマレーシアを訪問してイスラームの葬儀について学ぶなどムスリムへの配慮を示したが、協会は高雄市の動きが墓地移転の先例となることに懸念を示した。移転は2017年10月に開始され、2018年8月に完了した。
1945年8月、日本の敗戦によって第二次世界大戦、並びに日中戦争が終結した。国民政府が首都を重慶から南京に戻すのに従って、中国回教協会は、本部の所在地は国民政府の首都とするという会則に従って南京にその本部を移した。1945年に日本から中国への台湾が返還された後、協会の南京支部は抗日協会の設立者である王静斎、ムスリムでありイスラーム学者の常子春らと接触し、1947年12月23日に協会の台湾支部準備委員会を設立した。
しかし、1946年に勃発した国民政府と中国共産党との国共内戦において国民政府軍は共産党軍に敗北を重ね、台湾への撤退を余儀なくされた。創設から国民政府の擁護を掲げ、理事長である白崇禧をはじめ上層部に国民党の関係者が多かった中国回教協会は、1949年に国民政府とともに台湾へ移ることとなった。このように中国回教具進会の後を受けて1938年に発足した協会は、10年以上の長きにわたり中国大陸に存続し、およそ全土に21か所の分会、291か所の支会を持つ、最も影響力のある全国規模のイスラーム組織であった。