コードギアス ナイトメア・オブ・ナナリー
マオが女性、それもナナリーと同年代の少女として登場する(また、設定もかなり異なる)。
枢木ゲンブを殺害したのはスザクではない。また、殺害時期もブリタニア侵攻前となっている。
皇神楽耶が日本最大の秘密結社キョウトの指導者として活動している。また、幼少期のナナリーやルルーシュやスザクとも面識がある。
中華連邦やE.U.はまったく登場しない。
ナリタ戦の際、ゼロが自らの正体をスザクに明かす。
本編のギアス嚮団に相当する組織として「エデンバイタル教団」が存在し、皇帝直属の下特権を振るっている。この組織の人間として、ルルーシュと瓜二つの容姿を持つロロ「枢機卿」が登場する(ロロのその他の設定も、本編と大きく異なる)。
C.C.の過去や不老不死となった経緯が大きく異なる。
ワイヤードと呼ばれる、通常のギアスと異なる能力が登場する。この能力は契約や反作用無しにエデンバイタルにアクセスすることができ、その力は契約に縛られる通常のギアスを遥かに上回り「神に匹敵する」とされる。ゼロが言うには「魔王の素質」。本作品ではスザクとルルーシュなどが有している。
この他、細かい点でもアニメとは相違があり、本編とは切り離されたパラレルワールドと考えてよい。
ルルーシュの実妹・ナナリーを主人公として描く、コードギアスのアナザーストーリー。
コミック版コードギアス(アンソロジーは除く)4作品のうち、人型自在戦闘装甲騎としてのナイトメアフレームが登場する2作品のうちの1つ(もう1つは「幕末異聞録」)だが本作品のみ通常のKMFより遥かに性能が高い独自KMFが多数登場する。またギアス能力者(本作品での呼称は「ギアス・ユーザー」)が多数登場するため、ギアス能力を生かした機体も多い。その他の世界観は、基本的にアニメ版と同じである。詳しくはアニメ版を参照。なお最終回では、本作品の世界がアニメ版の世界のパラレルワールドの1つであることが示唆されている。
アニメに比べると兄ルルーシュが物語序盤に行方不明となるなど大幅に環境が違う一方、アニメでは余り語られない彼女の内面や学校生活なども描かれる。
本作品のナナリーは、基本的にルルーシュと同じく自らの無力を嘆いており、その一方で、家柄を鼻にかける同級生のエカテリーナや、ホテルジャックの現場から逃亡するために自分の名を利用しようとする草壁など、高圧的に接してくる人物に対しても全く物怖じしない気丈な性格の少女として描かれている。
英語表記は"CODE GEASS Nightmare of Nunnally"。こちらは「騎士の馬」たる"KnightMare"ではなく、「悪夢」を意味する"Nightmare"なので注意。
例 わずか4m強のナイトメアで巨大なビルを持ち上げ、それを敵部隊に投げつけて下敷きにできる。
ギアスの詳細はアニメ版を参照。
この作品ではルルーシュの妹ナナリーがギアスに覚醒し、それ以外にもギアスをもつ人物が多数登場する。『ナイトメア・オブ・ナナリー』においてはアニメとは性質が異なり、自然の摂理を捻じ曲げる力として描かれており、ギアスを所有している人物は「ギアス・ユーザー」と呼ばれる。また本作品のギアスには致命的な反作用があり、C.C.細胞を移植されて“造られた”ギアス・ユーザーであるアリスやイレギュラーズのメンバーは抑制剤無しではC.C.細胞に侵食されて死んでしまうため、抑制剤の供給元であるブリタニアに逆らうことはできない。逆にC.C.と契約したルルーシュやネモと契約したナナリーには、契約が結ばれて遂行されているうちは反作用がないが、契約に支障が出ると反作用が生じる。生まれながらにしてギアス能力を持つ「ワイヤード」にはまったく反作用が無い。なお、ワイヤードのギアスは特別に「ワイヤードギアス」と呼ばれる。