筑後川
筑後川では治水・利水のための多くのダムが建設されたが、一方で早くから公共事業の進め方に対する問題が浮き彫りとなった。その代表が松原ダム・下筌ダム建設に伴う「蜂の巣城紛争」である。
1957年(昭和32年)よりダム建設は計画されたが、九州地方建設局の住民説明会で生活再建策が何も説明されなかったことに住民が反発、翌年には室原知幸を中心に「絶対反対決議」が為され、建設省に対する徹底抗戦の意思表示として下筌ダムサイト地点に「蜂の巣城」を建設、籠城した。
この間強制執行に対する流血事件や建設差し止めの行政訴訟など、公共事業と基本的人権(憲法第29条財産権)の侵害という問題を室原は行政に突きつけ続けた。蜂の巣城は1964年に落城したものの、室原の抵抗は彼が亡くなる1970年(昭和45年)まで続いた。
だが、この紛争は水没地域の救済制度や河川総合開発事業の不備を行政に認めさせた点で大きなきっかけであった。室原没後の1973年、水没地域の計画的な産業基盤整備・振興を行って地域住民の生活安定・福祉向上を図る目的で「水源地域対策特別措置法」(水特法)が施行され、河川法・土地収用法・特定多目的ダム法の改正も同時に行われた。
この計画では筑後川水系のみならず遠賀川水系、嘉瀬川水系、矢部川水系、六角川水系および菊池川水系を含めて多目的ダムによる大規模総合開発を行い、水不足に悩まされる九州北部の水需要を安定化させ、可能な限り合理的な水利用を図ることとした。
これに基づき計画されたのは筑後川本流の杖立ダムと筑後大堰、玖珠川の猪牟田ダムと玖珠川ダム、花月川の日向野ダムなど三ダム、小石原川の江川ダム(福岡市水道局)、佐田川の寺内ダム、隈上川の合所ダム(ごうしょダム)であり、矢部川には支流の星野川に真名子ダム、嘉瀬川には嘉瀬川ダム、菊池川には支流の迫間川に竜門ダムを建設して佐賀導水や津江分水などで水系間で水を融通し効率的な水供給を図ろうとした。
これを元にダム・用水整備は進められ、1975年(昭和50年)には江川ダムが建設され両筑平野用水事業が完成。1979年(昭和54年)には福岡導水事業の水源として寺内ダムが建設され、1978年(昭和53年)の福岡大渇水において暫定的に運用を開始した。その後福岡導水事業は1983年(昭和58年)に通水したが1985年(昭和60年)の筑後大堰、1993年(平成5年)の合所ダムなどの完成により事業の拡充整備が進み、福岡市・太宰府市・筑紫野市等9市9町に上水道を供給している。
この他ムツゴロウやヤマノカミなどの有明海固有種もII類に指定されている。絶滅したものとしては回遊型のカジカ、及び日本住血吸虫症対策の一環で人為的に絶滅させられた非食用のミヤイリガイがある。
こうした筑後川の河川生態系及び漁業保護に対して、河川行政を担う国土交通省は漁業協同組合からの要望を受けてダムや堰の河川維持放流を実施して生態系と漁業資源の保護を行っている。
利根川河口堰(利根川)や長良川河口堰(長良川)などと同様に、筑後大堰建設に際しては計画発表当初から有明海漁業協同組合連合がノリ・エツ漁への重大な影響を懸念して強固な反対運動を展開。
1979年(昭和54年)には組合員が筑後大堰建設予定地に大挙して押しかけ、水資源開発公団関係者を長時間にわたって事務所に「缶詰」にして抗議活動を行うなどした。しかし翌年の筑後川水害を契機に建設容認へ転換するも、有明海沿岸の漁業保全対策を公団や所管する建設省に要望した。
建設省(国土交通省)はこうした漁業協同組合の要望に沿う形で、管理する松原ダム(筑後川)・下筌ダム(津江川)からエツやアユ漁のシーズン、及び渇水によるノリ色落ちの可能性がある場合に漁協の要請があった時に放流を行い、漁業の円滑化とノリの品質保持を図る方針を取った。
この放流事業は筑後大堰のほか、九州電力が管理する発電用ダムである大山川ダム・夜明ダム(筑後川)においても国土交通省の指示により連携した放流が行われ、現在においても漁協の要請によって継続的に実施されている。
こうした官民一体の施策によって筑後川の河川生態系と漁業資源保護が図られるようになったが、密漁対策や水質汚濁対策なども課題となっており絶滅危惧種の個体数回復までにはまだ遠い状況である。