井伊谷城
親王は井伊谷や遠江国についての歌を多く残しており、井伊谷城跡の山裾には宗良親王と、多遅摩毛理(古事記・日本書紀に登場する男性)とを祀る二宮神社がある。
今川範国が井伊谷を攻め、今川方と井伊一門は井伊城や麓の三方ヶ原で戦闘となる。室町幕府が成立し、1340年(暦応3年)には北朝方(室町幕府)の高師泰・仁木義長らに攻められ井伊谷城は落城した。
宗良親王は駿河から信濃に入り南朝の征夷大将軍となり、新田氏と共に各地を転戦するが足利方に敗走を続ける。この頃、井伊弾正(直秀と伝わる)も討ち死にしている。
今川貞世の鎮西九州攻めに井伊氏も同行する。奥山直朝が敗死。1385年(元中2年)には宗良親王が薨去し、その後南北朝合一が成る。
南北朝合一後、戦国時代までは比較的平穏な時代が続く。斯波氏が武功により室町幕府から井伊谷を含む遠江守護の地位を与えられるが、15世紀末の戦国時代に入ると今川氏親、北条早雲による遠江侵攻が始まる。対する尾張守護斯波義達も遠江に侵攻し両者の鍔迫り合いとなる。井伊直平は斯波方に付き氏親と戦うが、1514年(永正11年)、今川家臣朝比奈泰以に攻められ三岳城が陥落する。これにより井伊氏は今川氏の配下となる。以降、井伊氏は今川方として従軍する事になる。
1542年(天文11年)には井伊直宗が今川義元に従い三河国田原城を攻めるが戦死(異説あり)。1544年(天文13年)には直宗の弟直満、直義が武田氏に内通したとの家臣小野政直の讒言により義元に自害させられる。