田端運転所
またJR貨物所属機が故障した際に代走として貸出されることもあった。現在はJR貨物におけるEF65 1000番台の運用が減少・余剰車両が発生しているため、JR貨物所属機の運用中などに発生した車両故障発生時などの緊急事態発生時以外は牽引することはない。
田端運転所所属機関車などへの田端運転所 - 東海道運用に相互に充当される車両の回送方法に関して(2015年3月13日以前)
田端運転所本所にて東北本線・高崎線方面に使用されるグループと、品川地区(国鉄民営化直前に廃止になった旧東京機関区を引き継いだ品川運転区から田町電車区と統合され田町車両センターに改称。北側にあった検修・機関車留置施設が組織改編にて東京総合車両センター田町センターに改称。)に常駐して東海道本線方面の寝台列車や臨時列車に使用されるグループに分けられ(車両自体はグループ分けされておらず検査等により随時差し替えがあった)、機関車や尾久車両センター所属客車の車両差替えなどで回送をする必要が生じた際は品川 - 尾久間の配給列車、列車番号尾久発回1541列車 - 東大宮(操) - 品川着回4540列車および品川発回4541列車 - 東大宮(操) - 尾久着回1540列車(双方ともに東大宮操車場(現・大宮総合車両センター東大宮センター)での折り返し列車、ファンの間では通称「シナオク・オクシナ」と呼ばれていた)で行っていた。
品川地区の車両常駐は旧東京機関区の留置・検修施設が解体されているため廃止された。
東大宮操車場を経由した理由は、2015年3月14日以降は上野東京ラインが開通しているため直通運転が可能だが、上野東京ライン開業以前東北・上越新幹線の東京駅乗り入れ工事の際に、東京 - 上野間の連絡線を廃止したため線路は秋葉原 - 神田間で分断され、残った線路はそれぞれ東京方、上野方の電留線として使用されていたため列車の直通運行ができない状態であった。
また1998年7月9日、客車「瀬戸」の東京発最終日(翌日より285系電車「サンライズエクスプレス」に置き換え)に下り列車に充当された。これにより1118号機は、瀬戸大橋開通後に東京 - 高松間を運行していた客車「瀬戸」の東京駅発下り列車の一番列車と最終列車を牽引したことになる。
民営化後に運転席屋上に台形状の冷房装置の搭載改造工事(本来扇風機が設置されていた場所である)および乗務員室横の全サッシガラスに冷房効率向上のため濃色スモークフィルム貼付・尾灯LED化工事が施工されている。
東北本線(宇都宮線)・高崎線などで団体臨時列車、工事列車や配給列車など使用される。定期運用は、東北本線方面は1993年(平成5年)12月1日ダイヤ改正の「あけぼの」(東北・陸羽東・奥羽本線経由)の上野 - 小牛田間EF81の置き換えと「八甲田」の臨時列車化により、東海道本線方面2008年3月15日ダイヤ改正での東京 - 大阪間の寝台急行「銀河」が廃止されたことにより消滅し、現在は定期運用はない。
かつては、「銀河」「出雲」牽引時には関西圏発着列車のみではあるが、運用の一部として「彗星」、「なは、あかつき」、夜行急行「ちくま」や、大阪地区の事業用列車および寝台特急の客車回送列車などの列車も牽引していたが、2006年3月18日ダイヤ改正で「出雲」が廃止されたことによりこれらの運用も廃止された。ごくまれに、東海道本線方面寝台特急を牽引するEF66が故障した際に代走することもあった。
JR貨物所属機へのATS-P搭載工事に伴う車両不足に対応した際にはJR貨物高崎機関区に貸し出された上で貨物列車にも使用されていた。
そのため構内は当所管理の線路、尾久駅管理の線路、尾久車両センター(尾久駅管理)の線路、JR貨物田端信号場駅管理の仕訳線4本および貨物線が交錯する配線となっており、公開されている配線図などを参照しないと判断できない部分が多い。なお、2022年4月に運転士のみの所属の現業機関となった際に設備等も尾久車両センターに移管されたかは現時点では不明である。
分割民営化以降もJR貨物との貨物運用委託契約により常磐線方面発着の貨物列車の牽引には当所のEF81やEF510が充当されていたが、2013年3月ダイヤ改正からJR貨物との貨物運用委託契約解除により、JR貨物仙台総合鉄道部所属のEH500を中心とするJR貨物所属機関車に変更された。
所属する運転士が機関車の運行に携わるのは、観光列車として運行されているカシオペアクルーズ・カシオペア紀行の運行、高崎車両センター所属の車両で運行される臨時列車に充当されるときだけである。
2022年4月1日時点での運転士運用としては、前述のカシオペア紀行・工事用臨時列車や電車の検査に伴う入出場回送列車の牽引時および運行列車の故障救援用機関車や乗務員訓練車両として東北本線・常磐線の運行要員として運用されている。