サンフランシスコ・フォーティナイナーズ
SF:サンフランシスコ・49ERS、LA→RAM→StL:ロサンゼルス・ラムズ→セントルイス・ラムズ、ATL:アトランタ・ファルコンズ、NO:ニューオーリンズ・セインツ、CAR:カロライナ・パンサーズ、SEA:シアトル・シーホークス
1982年シーズンはストライキの影響により、地区別成績ではなくカンファレンス上位8チームがプレイオフ進出するルールであったが、ここでは地区別に変換して表記する。
括弧内の数字はプレイオフ出場時のシード順(シード制導入前は表記なし)、文字はv:スーパーボウル優勝、s:スーパーボウル敗退・カンファレンス優勝、c:カンファレンス決勝敗退、d:ディビジョナルプレーオフ敗退、w:ワイルドカードプレイオフ敗退。1982年についてはd:2回戦敗退、w:1回戦敗退。
年表示の背景色が変わっている年はチームがスーパーボウルを制覇した年
2012年、6勝2敗という好成績でシーズンをスタートし、第10週から脳震盪で負傷したQBアレックス・スミスに代わって2011年ドラフト2巡目指名のコリン・キャパニックに先発を交代させると、第11週のシカゴ・ベアーズ戦では243ヤード、2TDパスの活躍で勝利した。第12週にアレックス・スミスは先発できるまでに回復したものの、ハーボーはキャパニックを先発で起用し続けた。当初ハーボーはこの采配を批判されたが、ハーボーは走力のあるキャパニックを先発することでより戦術の幅が広がると考えた。その期待に応えキャパニックはピストル・オフェンスを多用し、第15週のペイトリオッツ戦でも42対31、自身も4TDパスの活躍で勝利した。レギュラーシーズンを11勝4敗1分の成績でプレイオフに進出、ディビジョナル・プレーオフのパッカーズ戦では自慢のランにより181ヤード、2TDを記録し45対31で勝利した。アトランタ・ファルコンズとのNFCチャンピオンシップゲームでは0対17の劣勢から堅守と自慢の攻撃力で逆転し、28対24で勝利し18年ぶりのスーパーボウル出場を果たした。スーパーボウルではジム・ハーボーの兄ジョン・ハーボーがHCであるボルティモア・レイブンズに敗れた。
2013年シーズンは12勝4敗でワイルドカード枠からプレイオフに進出し、NFCチャンピオンシップゲームに勝ち進み同地区ライバルのシアトル・シーホークスと対戦。
日本との関係が深いチームであり、前述のチアリーダー以外にも、後に読売ジャイアンツで活躍する日系アメリカ人の与那嶺要が1947年から2年間在籍。2002年には河口正史が日本人として初めてアメリカ本土でのNFLプレシーズン・ゲームに出場した。また、ジョー・モンタナは49ers在籍時に日本のCMにも出演した。
2010年、同地区のアリゾナ・カージナルスのエースQBカート・ワーナーの引退もあり地区優勝の候補にあげられていたが1979年以来となる開幕から5連敗を喫し、その間3連敗した時点でオフェンスコーディネーターのジミー・レイを解任した。同じく開幕から連敗続きであったカロライナ・パンサーズに敗れた際には球団幹部がシングレタリーヘッドコーチに不信感を持っているという報道も流れたがジョン・ヨークオーナーはこれを否定した。しかし5勝10敗となり、プレーオフ進出の可能性が完全に消滅した後チームはシングレタリーを解任。最終戦はジム・トムシュラが暫定ヘッドコーチとして指揮を執ることになった。
2011年1月7日、スタンフォード大学のHCであったジム・ハーボーをHCに招聘し、5年契約を結んだことを発表した。シーズン前はそれほど期待されていなかったが、第13週までに10勝2敗の成績をあげて8年ぶりにNFC西地区優勝を果たした。TDランを第15週まで相手に1つも許さなかったが、第16週にシアトル・シーホークスのマーショーン・リンチにTDランを許した(これまでのNFL記録は2)。NFC第2シードとなる13勝3敗の成績でシーズンを終えて駒を進めた、ニューオーリンズ・セインツとのディビジョナルプレーオフでは17-0のリードを一時逆転されながらも、残り9秒にアレックス・スミスからバーノン・デービスへの逆転TDパスが決まり36-32で勝利したが、NFCチャンピオンシップではニューヨーク・ジャイアンツに20-17(延長)で屈し、スーパーボウル進出は果たせなかった。