吉都線
2023年3月現在、1日に平日は下り9本・上り8本、土休日は上下8本ずつの普通列車が運転されており、日中は3 - 5時間以上間隔が開く。優等列車の運転はなく、全列車ワンマン運転の普通列車となっている。すべての列車が全線を通して運転されており、一部の列車は都城駅から日豊本線に直通して南宮崎駅まで、吉松駅から肥薩線に直通して隼人駅まで運転される。
2012年4月から、日中に線路修繕工事を実施するため、8月を除く毎月第2水曜日の一部列車が運休となる。それに伴うバスやタクシーによる代行輸送は実施されない。2019年度の修繕工事のための運休は4日の予定である。
列車利用促進のため、宮崎県では平日チャーター補助制度を実施し、「海幸山幸」専用車両を平日に貸し切り、団体専用列車を運行する場合に補助金を交付している。