東京学士会院
日本国内において各専攻分野を代表する研究者らが、東京学士会院の会員として選任された。明治23年に会員の規程を改正して会員を増やしたため、法学者のギュスターヴ・エミール・ボアソナードも客員として参加するなど、お雇い外国人と呼ばれた学者らも東京学士会院に協力した。組織の長は東京学士会院会長とされ、会員の中から選挙によって選ばれた。会長の任期は6か月とされているが、再任は特に妨げられていないため、連続して再任されることも多かった。西周や加藤弘之のように、いったん退任したのちに、再び会長として選出される者もいた。学士会院設立当初から顕在化していた「官民対立」の構造は徐々に不協和音を生み、会長就任当初から「官民調和」を訴えてきた福澤諭吉は、学士会院が文部省や明治政府に寄りかかることを嫌い、明治13年脱退届を提出して、小幡篤次郎と脱会することとなった。次いで栗本鋤雲ら福沢派の学者が抜けて『交詢社』の結成に参加した。第二部会員からは、数学・物理学・天文学の学者が多くなり、菊池大麓、山川健次郎らが台頭した。