グレッグ・ポポヴィッチ
1999-2000シーズン 、 2000-01シーズン は、レイカーズが1999-2000シーズンから2001-02シーズンにかけて3連覇を達成するが、スパーズはこの間プレーオフで2度レイカーズの前に苦杯を舐めさせられた。スパーズの主要バックコートメンバーが高齢化し、ポポヴィッチはチームの再編を迫られた。そこでポポヴィッチが目を向けたのが海外だった。リーグは1990年代からすでにグローバリゼーションが進んでいたが、ポポヴィッチもアメリカ国外の選手の受け入れに積極的だった。それはポポヴィッチが空軍時代のヨーロッパでのプレイ経験が影響していた。またドン・ネルソンのもとでアシスタントコーチをしていた時にはスカウトのため、わざわざドイツで開催された欧州選手権に視察にいっている。
2000-01シーズン 、フランス出身のトニー・パーカーを獲得し、さらに守備職人のブルース・ボウエンやスコアラーのスティーブン・ジャクソンを迎え入れ、ポポヴィッチはチームの再編を開始した。
2002-03シーズン 、更に待ち望んでいたアルゼンチン出身のマヌ・ジノビリが入団しチーム層はより深くなっていった。スパーズは60勝22敗の成績を収め、勝率でリーグ1位となった。ポポヴィッチは最優秀コーチ賞に選ばれた。プレーオフではカンファレンス準決勝で仇敵レイカーズを破ると、カンファレンス決勝では元上司であるドン・ネルソン率いるダラス・マーベリックスを退け、4シーズンぶりにファイナルに進出。ニュージャージー・ネッツを4勝2敗で降し、スパーズとポポヴィッチは2度目の優勝を遂げた。長らくスパーズを支えてきたロビンソンはこの優勝をもって引退し、以後スパーズはダンカン、ジノビリ、パーカーを中心としたビッグスリーと呼ばれるチームとなる。
終盤、補強選手がチームにかみ合うと、シーズン途中42勝16敗となった時点で2年連続18度目のサウスウエスト地区優勝を飾り、残り2試合となった時点で48勝16敗でウエスタンカンファレンスのプレーオフ第1シード権を得た。最終的にレギュラーシーズンを50勝16敗で乗り切り、ロックアウトで短縮されたシーズンであったにもかかわらず50勝以上のシーズン継続記録を13年に伸ばした。また、前回のロックアウトシーズンも含め勝率61%以上(50勝以上相当)のシーズンと、プレーオフ進出は、15年連続となった。このシーズンでは、2度にわたり11連勝後に、ビッグスリーを一度に休ませる策に出て、連勝は伸ばせなくとも、選手全員が、良い体調を維持しプレーオフへ突入する体勢を作り、自身2度目の最優秀監督賞に輝いた。1回戦は、第8シードのユタ・ジャズとの対戦となったが、レギュラーシーズンを10連勝で終えた勢いのままに、4戦連勝し、難なくスイープし、続く2ndラウンドでは、クリス・ポールの加入と、ブレイク・グリフィンの成長により、2006年以来のカンファレンス・セミファイナルへ進出したロサンゼルス・クリッパーズにも4連勝した。カンファレンス・ファイナルでは、ケビン・デュラント、ラッセル・ウェストブルック率いるオクラホマシティ・サンダーとの対戦となり、ホームコートで、幸先良く連勝し、連勝を20に延ばした。しかしながらアウェイでの3戦目を、サンダーのフィジカルなディフェンスにオフェンスリズムを狂わせ大差で落とすと、波に乗ったサンダーの勢いを止める事が出来ず、そのまま4連敗し、2007年以来のカンファレンス優勝を果たすことは出来なかった。
コーチとしてのポポヴィッチは非常に厳格として知られ、、戦術の一つ一つを細かに指導し、気の抜けたプレイを見せればたとえそれがスター選手であってもすぐに交代を言い渡す。「チームバスケット」を標榜するラリー・ブラウンにコーチ術を学んだだけあってポポヴィッチもハーフコートバスケットを中心としたシステマチックなバスケスタイルを好む。攻守共にチーム全体で臨むよう指導しており、ディフェンスではカバーディフェンスを、オフェンスではよりオープンな状態でシュートを打てるよう、もう一本のパスを出させることを徹底させている。特にディフェンスには力を入れており、スパーズの平均失点は毎シーズンリーグ上位にランクされている。ポポヴィッチの方針は彼の部下たちにも引き継がれており、エイブリー・ジョンソンやマイク・ブラウンが率いるチームもディフェンシブなチームである。また対戦チームに合わせて戦術を変える柔軟性も持ち合わせている。ポポビッチの下で選手、アシスタントを務め、その後ヘッドコーチとなった指導者は、P・J・カーリシモ、マイク・ブラウン、モンティ・ウィリアムズ、エイブリー・ジョンソン、ジャック・ヴォーン、マイク・ビューデンホルツァー、ブレット・ブラウン、イーメイ・ユドーカらがいる。なお、ウィリアムズとビューデンホルツァーは2021年のNBAファイナルで対戦し、ビューデンホルツァー率いるミルウォーキー・バックスが、50年振りのチャンピオンに就いている。