モルダヴィア・ソビエト社会主義共和国
1980年代後半からソビエト連邦各地で民族主義が高まると、モルダヴィアSSRでも各民族が運動を行うようになった。最大の住民であるモルドバ人はベッサラビア地方に多く居住しており、1940年代まではルーマニア領であったことから、言語・民族性はルーマニアと変わらない。そのためルーマニアとの再統合を望むようになり、地名をロシア語からルーマニア語へ戻したり、国旗をルーマニアに類似したデザインに変更するといった、民族主義的な政策が実施された。一方でドニエストル川東岸のロシア系住民は再統合に反対し、1990年9月2日に沿ドニエストル共和国としてモルダヴィアSSRからの独立を宣言した。またベッサラビア地方(モルダヴィアSSR南部)ではテュルク系のガガウズ人が1990年8月19日にガガウズ共和国として独立を宣言し、モルダヴィアSSRは分裂の危機に陥った。
1991年8月27日、モルダヴィアSSRはモルドバ共和国として独立を宣言した。ソビエト連邦政府からは承認されなかったが、12月26日のソビエト連邦の崩壊によって独立は事実上達成された。沿ドニエストル共和国はモルドバと戦争になったがこれを撃退し、独立を維持することに成功した。ガガウズ共和国は独立運動が行き詰まり、1995年6月19日にガガウズ自治区としてモルドバに復帰した。
なお沿ドニエストル共和国はソビエト連邦憲法の保持を宣言しており、モルダヴィアSSRの国旗を継承して現在も使用している。