基底関数重なり誤差
「化学ハミルトニアン法(chemical Hamiltonian approach, CHA法)」では、一般的なハミルトニアンから基底関数系の混合に影響を受ける射影作用素を含む項を全て除去したハミルトニアンを用いることにより混合を「予め」防止する。「Counterpoise法(CP法)」では、すべての計算を混合した基底を用いて再計算することによりBSSEを計算し、これを誤差を含むエネルギーから差し引くことにより「後から」誤差を修正する(混合した基底による計算は「幽霊軌道 (英: ghost orbital)」を用いて、すなわち原子核も電子もないところに基底関数のみを導入することによって実行する)。これら2つの手法の考え方は全く異なるが、似たような計算結果を与えることが多い。しかし、CP法を用いた場合は基底関数の中心となる原子の位置に計算結果が大きく左右されることになり、自由度が大きくなってしまう。このため、CP法の方が誤差が大きくなることが多い。