バーチャルコンソール
3DSのバーチャルコンソールの有料ソフト購入の支払いには、ニンテンドープリペイドを使用する。
Wiiと同様に一度購入手続きを行いダウンロードしたソフトは、削除しても無料で再ダウンロードすることができる。ただし、ダウンロードしたソフトを引っ越し機能で別の3DSシリーズ本体に引っ越した場合はニンテンドーネットワークIDおよび、購入権利(ご利用記録、アンバサダー・プログラム)も引っ越し先に引き継ぐため、引っ越し元の3DSシリーズ本体は初期化され、その本体でソフトを再ダウンロードする場合は買い直す必要がある。
選んでいるソフトの下画面に表示されている「説明書」を選択することで、そのソフトの取扱説明書を確認できる。また、プレイ中にHOMEボタンを押して一時中断しても確認できる。
なお、任天堂ハードの配信済みのタイトル(自社タイトル・サードパーティタイトル問わず)については、任天堂の3DSのニンテンドーeショップの「バーチャルコンソール」にある紹介ページでゲーム説明や操作方法を見ることができる。閲覧はPDF閲覧機能のあるアプリケーションがあればパソコン・携帯情報端末(タブレット・スマートフォン・フィーチャーホンどれでも)で可能だが、3DSのインターネットブラウザーにはPDF閲覧アプリケーションがないためブラウザー上からは見られない。
『メタルギア2 ソリッドスネーク』では『メタルギアソリッド3 サブシスタンス』に収録されているバージョンをベースとしているため、実在の俳優をモデルとしていたスネークたちの顔がPS2版のものに差し替えられ、一部アイテム説明文もPS2版と同じ文面に変更。 『忍 -SHINOBI-』ではスパイダーマンをモデルとした敵キャラクターが登場していたが、肖像権の兼ね合いにより、色変更による別キャラクター化が行われている(緑一色に変更)。また、ステージの背景に存在していたアンディ・ウォーホルのイラストも同様の理由で削除されている。 メガドライブの『ザ・スーパー忍』(2回目の修正版以降)ではセガ自体から発売されたスパイダーマンのメガドライブ版との抱き合わせ契約により、スパイダーマンそのものが敵キャラクターとして登場していたが、すでにセガとマーベル社との契約が失効したため、色変更による別キャラクター化が行われている(ピンク一色に変更)。オープニングムービーに登場した千葉真一をモチーフとした顔グラフィックもバーチャルコンソール版から変更。 『バベルの塔』では、タイトル画面のロゴが、「BABEL」から「THE TOWER OF BABEL」に変更。
NINTENDO64のソフトは、オリジナルが240p描画であったものでも480pで描画される。