Shift JIS
半角カナのための領域を確保した関係上、区点番号と符号の相互演算には前述のように煩雑な条件分岐が必要である。 2バイト目に8016未満(ASCIIのコード領域)が現れる。このため、文字の区切りの判定に手間がかかる。ファイルや電文の先頭から文字コードの判定をする場合はよいが、後ろから判定をしようとすると、最悪の場合、先頭までたどらないといけないことがあるため、プログラムの作り方に工夫が必要になる。また、この領域に含まれる一部の文字の扱いのため、マルチバイトのEUC-JP、UTF-8などに比べ、プログラミング上の扱いが難しい(次項を参照)。 JIS補助漢字が表現できない。 文字集合については実装ベンダがJIS X 0208で規定されていない機種依存の拡張を施していることが多く、こういった拡張部分に関してはデータ交換可能性が低い。特に広く普及しているMicrosoftコードページ932はJIS X 0213で拡張されたShift_JIS-2004と併用できない。