ヘンリー・ベイン
ベインはイングランドに戻ると、1639年にノーサンバランド伯アルジャーノン・パーシーと父の援助を得て、イギリス海軍財務官の地位を購入した。この地位にあって、憎まれていた船舶税(英語版)(海軍を支えるためにチャールズ1世が議会の承認なしに課した税金)を集めるという高い利益の出る任務を個人的には嫌っていた。1640年6月、国王チャールズ1世からナイトに叙された。同年7月、クリストファー・レイ卿(英語版)の娘フランシス・レイと結婚し、その後ベインの父が一家の資産の大半をベインに譲ることとした。その中にはケントのフェアローン(英語版)やレイビー城(英語版)が含まれており、ベインはレイビー城を住まいにした。伝記作者に拠れば、フランシスとの関係は精神的な目標を分け合い、親密さとで支えられ、幸福で充足したものだったとされている。
海軍本部とのつながりは、ハル(英語版)を代表する短期議会と長期議会の議員に選ばれることに役立った。ベインは、ジョン・ピムやジョン・ハムデンなど、既にチャールズ1世の政策に反対する著名人との関係を形成しあるいは再開していた。短期議会では「大きな事案を処理する能力がある」と注目され、「洞察力ある判断」と「分かりやすく優雅な話し方」が備わっていると見られた。ナサニエル・ファインズ(英語版)のような者と共に、事態に効果的に対応した長期議会の指導層の中でピューリタンの若い世代を代表していた。
エドワード・ハイド(後のクラレンドン伯爵)がその歴史の中で識別しているように、その世代には庶民院のハムデン、ピム、オリバー・シンジョン、貴族院のベッドフォード伯爵フランシス・ラッセル(英語版)やセイ=シール子爵ウィリアム・ファインズが含まれていた。
1641年、枢密院の顧問官であるストラフォード伯爵トマス・ウェントワースの弾劾と処刑ではベインが主導的に働いた。ベインは父が枢密院の会合で作った秘密のメモを発見し、それをピムに渡した。そのメモにあった文章は、ストラフォード伯がチャールズ1世にアイルランドの陸軍を使ってイングランドを従えることを提案したと解釈できた。だがストラフォード伯に不利な証拠は弱く、弾劾は失敗した。その後方針転換したピムがストラフォード伯に対する私権剥奪法を成立させ、1641年5月に処刑することになった。ピムがメモを取得した違法行為がベインとの間に亀裂を作った。その関係はベインの父が国王に反対するようになって初めて癒されることになった。
1640年から1641年に入るまで、ロンドン市民の請願から始まり、庶民院で議論されたイングランド国教会の監督制廃止を求める根絶請願(通称「根と枝」請願、根こそぎ請願とも)では、ベインはナサニエル・ファインズと同様国教会の急進的改革を要求する立場を支持し、そのために父と対立する立場に置かれた。
詩人ウィリアム・ワーズワースはそのソネット『我々の中にいた偉人』(1802年)の中にベインを引用した。作家のチャールズ・ディケンズは、1850年代初期に一部出版された著作『イングランドの子供の歴史』の中で、残部議会の終わりにおけるベインとクロムウェルの対話を含めた。ラルフ・ワルド・エマーソンは『イングランドの特徴』の中で、ベインをイングランドの歴史的偉人のリストに加えた。現代のイギリスのリバタリアンであるショーン・ガブはベインが信教の自由の問題について先駆者だったと述べている。彼は「小さく容易に敗北した少数派の中に」いたが、その150年後の後継者は「憲法に採用された中でも、市民と信教の自由の最もはっきりと最もしっかりした保護条項となった者である」と述べた。
1897年、王立芸術協会がロスリンヒルに有ったベインの解体された家屋、ベイン・ハウスの跡地にブルー・プラーク(銘板)を立てた。
ウィンスロップの『日誌』を1908年に編集したジェイムズ・ケンドール・ホズマーはベインについて次のように記した。
... 彼の英雄的な生と死、アングロサクソン民族の自由に対する貢献、それは彼を現代にあっても重要な人物にしている。ニューイングランド初期の歴史に触れた最も傑出した人物として見なされることになるかもしれない。彼が自らアメリカに接したことは短期間だったとしても、その人生がアメリカの考えを力強く守るものになった。人民によるまた人民のための政府が、英語を話す人々の特に維持しなければならないと感じる原則であるならば、ベインの生と死はこの考えを普及させるために力強く貢献した。