プライマー (生物)
プライマー対は、それぞれに対してアニーリングが同時に行なわれるため、似た融点を持つ必要がある。融点 Tm が反応のアニーリング温度よりも大幅に高いプライマーは誤分子交雑を起こし誤った場所で伸長するおそれがあり、Tm がアニーリング温度よりも低い場合はアニールに失敗し伸長が全く起こらないおそれがある。
プライマー配列はDNA領域を一意に選択できるよう、近傍の類似配列との誤分子交雑の可能性を避けられるように決める必要がある。普及している手法はBLASTサーチと呼ばれ、プライマーが結合する可能性を持つ領域を表示することができる。ヌクレオチド配列とプライマー配列の両方をBLASTは検索することができる。NCBIによるフリーなツール、Primer-BLAST はプライマー設計とBLASTサーチを一つのアプリケーションに統合しており、同様の商用ソフトウェア製品として ePrime や Beacon Designer(英語版) が挙げられる。プライマー設計を支援するために、PCRの理論的結果をコンピュータシミュレーション(電子PCR(英語版))が行われることもある。
特定のPCR応用用途のプライマー設計向けには多数のフリーなオンラインツールが利用可能である。