土壌汚染
東京都が平成19年5月8日に設置した「豊洲新市場予定地における土壌汚染対策等に関する専門家会議」(平田健正座長)では、深さ方向の土壌汚染調査や地下水汚染調査の不備、鉛の含有量基準超過は自然由来の汚染で無い、PCBやダイオキシン類のデータが不備などについて専門家が指摘した。
今まで比較的低濃度汚染とされていたが、環境基準の1000倍のベンゼン汚染が検出されたことが明らかになり、土壌汚染対策法に沿って10m×10mの単位区画でボーリング調査が追加されることが発表された。
高濃度ダイオキシン類の汚染原因者負担
東京都北区豊島5丁目 - 東京都から「東京都北区豊島五丁目地域ダイオキシン類土壌汚染対策計画」に係る費用負担を公害防止事業費事業者負担法を根拠に求められている。日産化学工業(株)は、工場撤去直前まで、ダイオキシン類を生成する製造工程を稼動させていた。
足立区土地開発公社の土地売買訴訟
1991年3月15日に足立区土地開発公社が日暮里・舎人ライナー建設に伴う移転補償用の用地として、AGCセイミケミカルから土地を購入した。その後の2005年11月頃に土壌汚染調査を行ったところ、当該土地から環境基準、土壌汚染対策法及び東京都条例の規制基準を大幅に上回るフッ素が検出された。
このため、足立区土地開発公社は汚染土壌の対策を行い、その費用を旧土地所有者へ請求するために訴訟を起こした。
一審の東京地裁は請求を退けたが、二審の東京高裁では、「売買契約締結当時は有害であると認識されていなかった場合で、契約後に有害として法規制された場合であっても隠れた瑕疵とみなすことができる。