帝国大学農科大学
前身は、1886年(明治19年)に設立された農商務省東京農林学校であったが、1890年、閣議に農商務大臣、文部大臣連名で農科大学設置の請議文が出される。農商務省にとっては財政の面で高等教育機関を移管すべき時期になりつつあったほか、農林学校側にとっても帝国大学への移管は特に異存はなかった。
一方、帝国大学側自体は一時この合併に猛反発し、帝国大学評議会の評議官が全員の辞表を提出するという事態になった。大学評議会への諮問がなかったことや、東京農林学校の学科水準が帝国大学の分科大学の程度にないという判断がなされ、さらに農林学校予科が、高等中学校の課程より劣っていたため本科生の能力が分科大学生より低水準で、欧米先進国の大学でも農学の学科はという理由などもろもろの判断があった。結局大臣が収拾に乗り出して、1890年に農林学校は文部省へ移管されて帝国大学農科大学となる。
松井直吉 - 帝国大学農科大学学長を歴任
松野礀 - 一時期教授職を歴任
石川千代松 - 1890年(明治23年)から教授
松崎蔵之助 - 1892年(明治25年)から農科大学で教鞭
志賀泰山 - 1893年(明治26年)、農科大学教授
横井時敬 - 1894年(明治27年)、農科大学教授
三宅驥一 - 1906年(明治39年)から農科大学で教鞭
農科大学設置が帝国大学の評議会での決定は遅れ、帝国大学令改正・農科大学設置の勅令公布後となった。
事態は大臣が収拾し落ち着くが、農林学校、農商務省、文部省の3者にとっては互いに望むところとなっていて、この移管案は閣議を無事通過して、農科大学設置の勅令が公布される運びとなる。
帝国大学農科大学発足当時の学科は、東京農林学校のそれをそのまま引き継ぐ形で農学、林学、獣医学の3学科が置かれ、また、実務者育成を目的として設置していた乙科を帝国大学移管の際に「帝国大学実科」として存続させた。さらに付属の「農業教員養成所」、さらに付属の中学校(旧制)を設置した。その後帝国大学実科は、農科大学の東京帝国大学農学部への改組および本郷への移転に伴い、東京高等農林学校という高等農林学校に、さらに農業教員養成所は、東京農業教育専門学校という単独の農学系教員養成の専門学校としてそれぞれ独立していく。