メトロイドフュージョン
銀河連邦の依頼を請け負うバイオテクノロジー会社、およびその研究所である巨大宇宙ステーション。隕石の内部をくり抜いて作られている。ステーションの各セクター内部にはあらゆる生物に適した様々な自然環境が再現されており、主に惑星ゼーベスや惑星SR388の生物が飼育・研究されている。なお、施設の最下層には惑星1つを消し去る程の威力を持つ自爆装置、反物質爆弾が取り付けられている。
銀河連邦政府の依頼でメトロイド絶滅後の惑星SR388の生態系調査のため、原生生物に擬態したXとXが寄生した状態のパワードスーツを持ち込んでしまい、研究員と飼育された生物が全滅するという悲劇に見舞われた。
銀河連邦政府はこの施設でベビーメトロイドから増殖させたメトロイドのクローンたちを極秘裏に研究していた(前述の自爆装置も、この研究の存在を隠蔽するためのものである)。最終的にサムスがステーションの推進装置の軌道を変更し、惑星SR388に衝突後、自爆装置が作動し惑星ごと消滅した。
さらに、相手に対抗するために複数の生物の遺伝子を混ぜ合わせ、様々な生物が無秩序に混ざり合った醜悪な形態に変異した結果、身体の巨大化と引き換えに攻撃パターンの単純化を招き、結果的に弱体化するという本末転倒な結果に終わる事例もある。
いずれも、その行動の原理は至って動物的な本能に依存しており、どのような生物に擬態、知識・情報の獲得をしてもただ種を増やす欲求が常に優先されるため、感情や理性と言った「心」を模写することは決してない。作中のサムスの見解では「Xは、どのような組織であってもとても共存や制御が出来るものではなく、捕獲を試みようものならXは逆にその文明を奪い取って宇宙中に進出、複製したXの軍勢による宇宙規模のバイオハザードを引き起こしてしまう」と推測していた。
最初にXを発見したのは惑星ゼーベスの鳥人族だった。脅威的な擬態・自己増殖能力を有益なクローン技術に悪用するような独裁者の出現を銀河社会に危惧した鳥人族は、秘密裏にメトロイドを創造してXを殲滅しようとした。しかしメトロイド根絶後、それを知らない銀河連邦政府の依頼によってB.S.Lに、原生生物に擬態したXとサムスのパワードスーツに寄生していたXが持ち込まれてしまい、本作の大事件を巻き起こした。
本作で惑星SR388ごと根絶されたと思われたが、その後の時系列である『ドレッド』において再び登場。『メトロイドII(サムスリターンズ)』の出来事よりも前に、惑星ZDRに鳥人族の兵士に擬態して入り込んでいたことが発覚する。
本作ではイージーモードの場合一部の攻撃を使用しない等、難易度によってボスの行動パターンが一部変化する。ボスのほとんどはサムスが持っていた能力のいずれかと類似した攻撃手段を持っている。
セクター4-AQAで飼育・研究されていたウミヘビのような大型水棲生物。定期的に巣に帰る習性を持ち、当初はSA-Xが飼育施設を破壊して脱走を促したと思われていたが、オリジナルはすでにXが捕食しており、実際はXが擬態した個体が暴れていた。
並外れた破壊力と水中を超高速移動する能力(スピードブースター)を持ち、攻撃能力は体当たりのみだが、弱点の頭部にダメージを受けると一定時間無敵状態となり、移動速度が更に加速する。水上の小さな足場と天井の梯子と水中で戦うため戦闘時は一定の移動パターンを把握する必要がある。なお、水中の特定個所に安全地帯が存在する。
本作では敵を倒して擬態を解除した「X」を入手(吸収)することでエネルギーおよびミサイルなどが回復するようになっており、Xは吸収しないとあちこち動き回り、最終的にはマップ外へ逃げ出したり、再度別の生物に擬態してしまう。また倒して吸収したとしても、しばらくするとどこからともなく別個体のXが飛来し生物に擬態する。
サムスの潜在能力の取得も、本作は人類の施設内の出来事であるためアイテムの入手場所としての鳥人像は一切登場せず(Xの擬態による敵として登場はする)、元々所持していた能力を特殊なXを吸収して覚醒させる、もしくはデータルームと呼ばれる施設で能力データをダウンロードすることで入手出来るものになっている。
ステージの舞台は、宇宙ステーションのブロック区域に分けられた様々な環境エリアであり、基本的にナビゲーションルームと呼ばれる施設から各エリアの指令を受け取って物語を進行していく。行動が全てプレイヤーの考えに依存していた前作とは異なり、指令によって次に何を実行するべきなのか明確になるため、メトロイドを初めてプレイする初心者に配慮された仕様となっている。