笹川堯
長男・泰弘(1963年6月2日生)
次男・和弘(1965年1月19日生)
三男・博義(1966年8月29日生)
四男・隆弘(1967年12月20日生)
五男・明弘(上記同)
同年に発足した第2次森改造内閣で総合科学技術会議担当の国務大臣に任命され、中央省庁再編に伴い科学技術政策担当大臣に任命された。
2003年、自由民主党総裁選挙への立候補に熊代昭彦とともに意欲を示したが、最終的には同じ平成研究会に所属する元運輸大臣藤井孝男を支持し、自身の出馬は見送った(藤井は現職の小泉純一郎に大敗)。同年11月、衆議院予算委員長に就任した。
2005年の郵政国会では、小泉首相が成立に執念を燃やす郵政民営化法案に賛成票を投じる(小泉は笹川が郵政政務次官を務めていた当時の郵政大臣であり、郵政族であった笹川は郵便貯金制度をめぐって対立した)。同年の第44回衆議院議員総選挙では群馬2区で7選したが、民主党公認の石関貴史に1,422票の僅差まで詰め寄られ、石関に比例復活を許した。2007年9月、衆議院議院運営委員長に就任。同年10月、日朝国交正常化を目指す議員連盟「自民党朝鮮半島問題小委員会」の立ち上げに参加し、副委員長に就任した。
2008年、麻生太郎自由民主党総裁の下で自由民主党総務会長に起用され、政界入り22年目にして初めて党三役に入った。翌2009年の第45回衆議院議員総選挙では、民主党の石関に敗れ、落選。その後、フジテレビの『新報道2001』に出演した際、政界を引退する意向を表明した。
2012年11月、東京都知事石原慎太郎の辞職に伴い実施される2012年東京都知事選挙に無所属で出馬する意向を表明。13年に及ぶ石原都政を肯定的に評価した上で、石原が推進してきた五輪招致を継承する考えを示したが、大差で落選、供託金も没収された。なお、都知事選と同日に行われた第46回衆議院議員総選挙では三男・博義が群馬3区から自民党公認で出馬し、当選している。