牧荘
『鎌倉大草紙』に拠れば義定を追討したのは加藤景時・加藤景廉で、遠江浅羽荘など義定の遺領は加藤氏に与えられたとされるが、加藤氏と牧荘を結ぶ史料は見られない。なお、加藤氏も正治2年(1200年)の梶原景時謀反に関係して所領を没収されている。
鎌倉時代の在地領主も不明であるが、鎌倉後期には工藤氏の流れをくみ幕府政所執事の二階堂貞藤(道蘊)が甲斐源氏棟梁の武田氏に代わって甲斐守護となり、牧荘の地頭職を得ていたと考えられている。なお、二階堂氏は一族の行貞が甲斐逸見荘の地頭職を得ている。『夢窓国師年譜』に拠れば、嘉元3年(1305年)に貞藤あるいはその父の行藤は夢窓疎石を招き荘内に浄居寺を開創し、『天竜禅寺開山夢窓正覚心宗普済国師碑銘』に拠れば、元徳2年(1330年)にも夢窓を招き荘内に恵林寺を創建している。
貞藤は鎌倉幕府の滅亡後、後醍醐天皇の建武の新政に仕えているが、建武元年(1334年)12月28日に陰謀の疑いで処刑され、翌建武2年1月25日には牧荘の東方が、夢窓が開山となった京都臨川寺に寄進されている。臨川寺は建武3年8月30日に牧荘東方の替わりに加賀国大野荘の地頭職を与えられており、牧荘東方の地頭職は不明であるが、牧荘西方の恵林寺である可能性が考えられている。正平7年(1352年)には臨川寺が再び牧荘の地頭職を得ている。
室町時代には甲斐守護武田氏の勢力が盆地東部に及んでいるが、牧荘と武田氏の関わりは不明。『王代記』に拠れば、寛正6年(1465年)には強盛を誇った守護代跡部氏が山梨市牧丘町西保下の西保小田野城を本拠に武田信昌に対抗しており、跡部氏が牧荘を拠点としていた可能性も考えられている。