巣鴨中学校・高等学校
社会学者であり教育者である遠藤隆吉が私財を投じて1910年(明治43年)5月、私塾「巣園学舎」を設立。「硬教育」による英才教育を唱え、文武の鍛錬と人格陶冶を実践する教育の場とした。1922年(大正11年)4月、旧制巣鴨中学校設立。硬教育による品性の陶冶、学問労働の一致、長幼の序を以て校是とする。2013年に解体されるまで本学園を物語っていた学園本館はこの時に建設されたものである。
堀内政三は長きにわたり第4代校長を務め(1956年6月 - 2007年3月)、巣鴨学園の基礎を築いた。現在の校長は堀内不二夫(第5代校長。2007年4月 -)である。
教育理念は「心身ともに努力主義」であり、誰にでもできる努力を誰にもできないレベルまでやり遂げることによってのみ将来が拓かれることを強く説いている。
その努力主義は少年期の学問、体育を通じて実践され、生徒たちが精神面、肉体面で優れた「真のエリート」になることを教育方針としている。
高校では巣鴨中学からの進学者(中入生)約240名で5クラスを編成、また高校入試を経た他の中学出身者(高入生)約50名前後で2クラスを編成する。
2017年度からは、中2進級時にクラス替えを行い、中3、高1の中入生では1クラスだけ「数学クラス」(数学の成績優秀者を選抜したクラスで、学期ごとに成績下位の者を他クラスと入れ替えている)を設けている。
2015年度入学の高校生までは、中入生は高2から、高入生は高3から文数系(文系のクラス)と理数系に分かれる。2016年度以降の高校生は、中入生・高入生ともに高2から文数系と理数系に分かれる。
携帯電話の所持・使用は登下校中を含めて一切禁止とする。
アルバイトは禁止とする。
頭髪は黒の丸刈りまたは黒の七三分けとする。(今はあまり厳しくなく、地毛で、長すぎなければ基本問題ない)
ピアスは禁止とする。
制服着用時は第一ホックまで留め、登下校中・休憩時間中を含め一切外してはならない。
セーター着用時はセーターの裾をズボンの中に入れる。(あまり知られていない)