ファンタジーゾーンII オパオパの涙
本作で新登場。ツインショットの2倍の威力を持つ、大型のショットを発射。時間制限がなく、ミスあるいは任意で変更しない限り初期装備に戻ることはない。
最初に戦うネノン(虫)は、一部の出現位置が変わった他、3匹目は2体出現するようになった。
もう一人のオパオパは、ブライトエンドおよびノーマルエンドでは「ダークオパ」、ダークエンドでは「ブライトオパ」となり、ダークオパはカラーリングも暗くなっている。ツインショット、追尾ボム、光のリングで攻撃する。
このダークオパ/ブライトオパ戦のみ画面下にパワーメーターが表示され、メーターが空にならない限り、被弾してもミスにはならない(体当たりは除く)。
マークIII版では、1つのラウンドがワープゾーンで繋がった複数のゾーンで構成されていたが、SYSTEM16版では「ブライトサイド(A-ZONE)」と「ダークサイド(B-ZONE)」の2つのゾーンのみという構成となっている。
ゲームスタート時はブライトサイドからスタートし、特定の前線基地を破壊することで出現するワープゾーンに入ることでダークサイドに移ることができる(ダークサイドからブライトサイドに移る時も同様)。前線基地の存在は両サイドで共有しており、両サイドそれぞれで基地を全滅させる必要はない。また、ワープゾーンは一度しか通れない(通ると消失する)ため、両サイド間を移動できる回数は限られている。
ダークサイドは敵の攻撃が激化し(特にボスは攻撃パターンが変化する)、通常ショップは出現せずシークレットショップのみ出現という制約・ハンデがある反面、敵を破壊した際に多くのお金を落としていく。
2014年7月16日に、ニンテンドー3DSダウンロード専用ソフトシリーズ「セガ3D復刻プロジェクト」のラインナップのひとつとして、このSYSTEM16版を立体視対応化して単体で移植、さらにオパオパの弟・ウパウパが主人公のスコアアタックモード「リンク・ループ・ランド」を追加した『3D ファンタジーゾーンIIダブル』が配信された。また、2015年12月23日発売の『セガ3D復刻アーカイブス2』にも、オリジナルのマークIII版(アレンジ移植)と合わせて収録されている。
本編の追加要素として、下画面に惑星名やストーリーの和訳の他、オパオパの状態(どのエンディングに向かうか)が常に表示され、視認しやすくなっている。
SPEED UP - ノーマルエンジン
WEAPON 1 - ビッグショット(ツインビッグショットに差し替え)
WEAPON 2 - ビッグボム
その他 - エクストラシップ以外の全て(オートビーム、シールド、レッドボトル、ブルーボトル、コンテニューゲーム)