フィリピン大気地球物理天文局
1879年7月7日、西インドのイエズス会宣教師とのデータ比較後、同観測所は熱帯低気圧がルソン北部を通過しつつあることを示した警報を発表した。植民地政府は警報の信頼性を根拠として可能な限りの警戒に努め、結果として台風の被害が僅かに抑えられたことで、同観測所の名声は確固なものとなった。これに続いて同年11月の熱帯低気圧のマニラ通過も予測した。1880年には地震と地磁気の観測を開始した。1885年には時報と商船向けの目視(手旗信号)気象警報業務を開始した。1886年には Faura 式アネロイド気圧計を発表。1887年には地磁気観測に専従する課を設置し、その6年後にはフィリピンで最初の地磁気地図を刊行した。1890年には地震業務が公式に設置され、1899年には天文課が業務を開始した。
マニラ気象観測所の名声は外国まで届き、他の観測所も月間の「Boletin del Observatorio de Manila」(マニラ観測所報告)を求めるようになった。同観測所に対する業務上の要請の高まりを受けて、1894年4月21日に勅令が発せられた。この勅令により同観測所はイエズス会の下の公的機関として認められ、スペイン王家からの全面的支援も与えられた。このことがルソン島各地に二次観測網を設置することにつながった。
1986年のフェルディナンド・マルコス追放(エドゥサ革命)後の民主政府の再創立に続いて、コラソン・アキノ大統領は1987年政令128号により、国家科学技術庁(現在の科学技術省)とそれに属するすべての官庁の再編を命じた。そこで PAGASA は主要5部門(天気、洪水予報、気候・農業気象、天文、地球物理・宇宙科学、国家減災)と支援3部門(行政、財務・管理、技術・保守)となった。この組織構造は2008年10月にグロリア・アロヨ大統領が発した2004年政令366号 の合理化計画まで維持された。この政府の合理化計画は公共サービスの有効性と効率性を向上させるため、政府の努力を死活的・中核的な機能に集中させることを狙ったものだった。
2015年11月3日、共和国法10692号「2015年 PAGASA 現代化法」がベニグノ・アキノ3世により署名された。政府は最初にPAGCOR (フィリピン娯楽賭博公社)財源から(3年間で)30億ペソを支出して、国家気象局の現代化の財源とする。現代化計画には装置の取得、従業員の新しい給与体系、将来の気象キャスターの人員訓練、PAGASAデータセンターの設置、その他の計画が含まれる。
2019年8月8日、共和国法11363号「フィリピン宇宙法」により、それまでPAGASAが所掌してきたフィリピンの宇宙計画を管理・運用するフィリピン宇宙局 (PhilSA) が設置された。