町年寄
これにより、秀吉の没後も長崎内町は町年寄が、外町を代官の村山が治める運営方式は引き継がれることとなった。
当初は頭人出身の高木・高嶋・後藤・町田の4人体制だった。寛永年間に町田家が没落した後は高木彦右衛門永貞が町年寄に就任し、元禄10年(1697年)に高木彦右衛門貞親が唐蘭商売元締に任命されると、外町常行司の薬師寺又三郎種政が町年寄に任ぜられた。元禄12年(1699年)に内町と外町の区別が廃止された時に外町常行司の福田伝兵衛重好と久松善兵衛忠辰が加えられて6人制となった。さらに文政5年(1822年)以降は、高木・高島(2家)・後藤・薬師寺・福田(2家)・久松(2家)の9人制となった。
彼らの受用高は70俵5人扶持(受容銀は12 - 29貫目)で、大村町の高島家や西浜町の久松家などは、1000坪以上の大邸宅であった。また、長崎会所調役を勤める場合は他に5人扶持を、年番となった場合は受用銀を25貫目、添年番は受用銀10貫目が支給された。
享保10年(1725年)8月に提出された由緒書によると、三河時代の徳川家康に仕えていたと記され、また奈良屋の先祖は大和国の奈良に住んでいた大館氏の一族で、これが「奈良屋」という屋号の元となった。天正10年(1582年)に本能寺の変で織田信長が明智光秀に討たれた際、家康が伊賀越えで逃れようとした時に従った人物の中に奈良屋の先祖である小笠原小太郎がいたという記録が残っている。
当主は代々市右衛門を名乗っていた。7代市右衛門は享保の改革で問屋仲間結成の事務を中心になって担当し、8代市右衛門は猿屋町会所において札差仕法改正の業務を勤め、猿屋町会所勤務中の帯刀を許される。
10代目の市右衛門は文政4年(1821年)に猿屋町会所の業務によく勤めたとして白銀10枚を与えられ、同7年(1824年)に一代限りの帯刀を許され、天保5年(1834年)に苗字を許され館と称することになるなど、その活躍がもっとも目立つ人物である。
跡式(跡目相続)は、親類や名主・五人組の立合いのもとで生前に遺言状を作成し、町年寄の「遺跡帳」に記入しておくようにと命が出された。さらに、病人などが遺言状の作成を拒んでも親類などが言い聞かせて書かせること、遺言があっても町年寄の帳に記入されていない場合、裁判になれば親類・名主・五人組に過料を命じること、被相続人が頓死した時は筋目を正して相続させるようにと決められている。寛文2年(1662年)の触では被相続人の死後に跡式の問題が発生した場合、遺言状があっても町年寄は確認の記帳をしないとしている。しかし、このような取り決めがなされても、町年寄の遺跡帳への記帳後に公事となる例もあったという。
また、町々での切支丹宗門改に関わる寺手形(寺請状)は、町中連判の手形を町年寄に提出することとなっていた。その内容は、町名主は町内の年寄・月行事の確認を受けて、別途に町年寄へ手形を提出し、家持は名主へ、借家・店借人は家主へ、奉公人は主人へ提出し、それぞれに保管する仕組みであった。
慶応4年(1868年)、鳥羽・伏見の戦いで幕府軍が敗れたと知らされた長崎奉行・河津伊豆守祐邦は、1月14日の夜にイギリス船で江戸に脱出してしまった。河津に後を託された福岡藩聞役の粟田貢は、当時長崎にいた諸藩の者や長崎の地役人の薬師寺久左衛門達と協議し、新政府からの沙汰が下るまでこれまで通りに諸事を取り図ることを決める。諸藩の藩兵や地役人の子弟や地元の剣客で組織された振遠隊が治安の維持に当たり、薩摩藩や長州藩等16藩による協議体が長崎の政務を合議で行うこととなった。長崎奉行所西役所に長崎会議所を設置し、町方係を設け、その下で従来の乙名を肝煎行事と改め、町方行政を担わせた。
同年2月15日、澤宣嘉が長崎に送り込まれ、長崎裁判所総督に着任。即日、長崎の市政に対する新政府の方針が示された。その通達は、地役人の異常な多さを指摘し、代々の家禄を廃止するとともに、当面の外交・貿易事務維持のための暫定的な体制をとるというものであった。肝煎行事は肝煎に改め(後に乙名に改称)、公選制とし、肝煎から選ばれた年番5人が町方の行政事務に当たった。
明治2年(1869年)、乙名は官選となり41名が選任(その内、頭取が1名・年老が4名)、1名が2 - 3町を分担した。同3年(1870年)に町会所は市郷会所と改称。明治4年(1871年)乙名が廃止され、官選の町年寄17名が置かれる。翌明治5年(1872年)に長崎の町を17区に分けて管轄させた。
城代や大坂町奉行所から出された町触は惣年寄たちに伝えられ、町年寄はそれぞれの惣会所で惣年寄から伝達されることになっていた。
町々の町人中から毎月月行司を2人出して町年寄を補佐し、各町の町会所には町代・下役・木戸番・垣内番(かいとばん)・物書・会所守が置かれた。町年寄を助けて町政事務を執ったのが町代で、町人の公事訴訟の代書も行った。各町に町代が1人というわけではなく、規模の小さい町などでは数町を1人の町代が兼務することもあった。
町会所には宗旨巻(しゅうしのまき)や人別帳・水帳・水帳絵図などが保管されていた。宗旨巻とは、大坂三郷の町ごとの宗門人別帳を簡単にして戸主名のみを書いたもので、一部を大坂町奉行所へ納め、一部を町会所に保管した。水帳は屋敷地の台帳であり、一町全体の屋敷図を水帳絵図という。水帳と絵図に登録されたものが町内に家屋敷を所有し居住する町人として、その町の自治に参加できた。町に家屋敷を持ちながら他の町に居住する町人の代理人を家守といい、町人と同様に公役・町役を負担する義務があった。町年寄の選挙権・被選挙権を持つのは、町人や家守たちだけで、借家人は町年寄の選挙を含め町政には一切参画できなかった。
明治2年(1869年)6月2日に大坂三郷は東南西北の四大組に分けられ、その時に惣年寄は廃止され、各大組に大年寄が1人、各町組には中年寄が設けられた。