生物多様性の観点から重要度の高い海域
赤穂・千種川河口周辺
小豆島北東部
小田湾・津田湾周辺
備讃・直島諸島周辺
塩飽諸島周辺
財田川・柞田川河口周辺
高梁川河口周辺
笠岡沿岸
芦田川河口周辺
松永湾周辺
生口島・因島周辺
大崎上島北部
三津口湾周辺
豊島南部
黒瀬川河口周辺
関川河口周辺
高須海岸・河原津干潟
柳原・鹿峰・和田
重信川河口周辺
中島南海岸
倉橋島東部沿岸
太田川・八幡川河口周辺
宮島
錦川河口周辺
周防大島東部
周防大島西部
八島
長島・祝島周辺
大津島・笠戸島周辺
牟岐、出羽島・大島周辺
海部・穴喰沿岸
佐喜浜
室戸岬周辺
浦戸湾・桂浜周辺
土佐横浪
興津・四万十川河口周辺
足摺岬周辺
沖の島・柏島、足摺周辺
宇和島周辺
長浜・肱川河口周辺
豊後水道蒲戸崎周辺
臼杵、佐志生・関崎沿岸
大野川・丹生川河口周辺
別府湾北部
姫島周辺
周防灘南部
豊予海峡
佐伯湾、番匠川周辺
豊後水道鶴御崎周辺
日向灘蒲江沿岸
日向灘土々呂周辺
日向灘中部砂浜
都井岬・志布志湾周辺
佐多岬沖
種子島東部
種子島喜志鹿崎周辺
馬毛島
種子島南部
種子島西部
屋久島
口之島
中之島
諏訪之瀬島
悪石島
奄美大島南西部
奄美大島笠利湾周辺
奄美大島北東部
喜界島
徳之島
沖永良部島
伊是名・伊平屋周辺
沖縄島中北部沿岸
沖縄島中南部
宜野湾沿岸
残波岬・真栄田周辺
名護湾周辺
慶良間諸島
渡名喜島
久米島
宮古島周辺
多良間島
水納島
西表・石垣島
波照間島
錦江湾奥部
西桜島水道
錦江湾中央部
錦江湾前之浜周辺
指宿沿岸・長崎鼻周辺