日本聖教会
1939年に政府の連絡と奉仕の必要のために、基督教連盟に加入した。しかし、信仰上の相違のために福音主義の教派の連合組織として、1939年9月に東亜聖化同盟を結成した。そして、純福音派の合同の可能性を探ったが、教派合同の中で提携を目指すことになった。1940年の「皇紀二千六百年奉祝全国基督教信徒大会」の当日に、臨時総会を開いて合同参加を決定した。日本基督教団が成立する直前の1941年3月23日に函館聖教会の牧師補小山宗祐が獄中死したが、1941年6月24日日本基督教団成立の際には、第6部として加入した。第6部の代表は車田秋次で、常議員は車田と小原十三司と米田豊だった。小原は教団国外伝道局長に選らばれた。
1942年第一次一斉検挙の時と翌1943年4月の第二次検挙あわせて、全部で134名、第6部からは60名が検挙された。134人の内75名が起訴された。最終的に7名が獄死した。そのうちの一人菅野鋭は1943年12月に肺結核で獄中死する。車田秋次と米田豊は実刑判決を受ける。1943年4月に文部省から第6部と第9部の教会設立認可の取り消し処分と、教師たちの辞職の命令の通達がなされ、日本基督教団はそれを獄中にある教師たちに通達して実行される。教会の解散命令によってホーリネス系の信徒たちは散らされた。空襲で淀橋教会は焼失した。