産交バス水俣営業所
佐敷車庫線(平国・大崎経由)(水俣産交-百間町-水俣駅前-旭町商店街-新水俣駅-つなぎ温泉前-赤崎-平国-合串-三ツ島海水浴場-福浦-福浦橋-女島-京泊り-内坪(うつぼ)-大崎-石蕗の里-湯の浦橋-湯の浦駅前-芦北町役場前-佐敷駅前-芦北高校入口-社会教育センター入口)(2015年9月30日付)
福浦線(水俣産交-百間町-水俣駅前-旭町商店街-新水俣駅-つなぎ温泉前-赤崎-平国-合串-三ツ島海水浴場-福浦)(2015年9月30日付)
平国線(水俣産交-百間町-水俣駅前-旭町商店街-新水俣駅-つなぎ温泉前-赤崎-平国)(2015年9月30日付)
旧水俣港線(水俣港-百間町-水俣駅前-旭町商店街-新水俣駅-つなぎ温泉前-赤崎-平国)(2015年9月30日付)
田川線(佐敷駅前-社会教育センター入口-花岡東-五本松-牛淵-田川)(2015年9月30日付)
鶴木山線(佐敷駅前-社会教育センター入口-白岩-計石-佐敷港前-鶴木山-鶴ヶ浜海水浴場-あしきた青少年の家)(2015年9月30日付)
平国線系統は犬瀬崎、三ツ島、女島など県道56号線の海沿いを走行するため当営業所路線でも指折りの絶景区間であったほか、赤崎、平国、福浦地区なども人口や住宅地が多い割に道幅が狭く交通網が発達していなかったため、佐敷、湯浦、津奈木、水俣の各駅からの主要路線の一つとして、また鶴木山線と田川線も町営施設へのアクセスや住民の足、スクールバス代わりとしてその後も残った。
熊本線「快速なぎさ号」(百間港-水俣駅前-旭町-(湯の児温泉)-津奈木役場前-佐敷-田浦駅前-君ヶ淵駐車場-日奈久温泉-八代駅前-宮原-小川四つ角-松橋産交-南田尻-熊農前-迎町-熊本交通センター(現:桜町BT))(1991年3月31日付)
中央営業所(当時)との共同管轄路線。夏季は湯の児温泉を経由していた。利用客低迷のため、1991年4月1日より君ヶ淵駐車場を始発着とした君ヶ淵・日奈久温泉-熊本交通センター線に短縮のうえ「快速ひなぐ号」に改称され八代営業所に移管したが、こちらも1992年4月30日を以って廃止されている。
佐敷港線(佐敷車庫-佐敷駅前-白岩-計石-佐敷港)(佐敷駅前-(直行)-佐敷港)(2005年5月31日付)
佐敷港から発着していた定期航路フェリーへのアクセス路線であったが、フェリーが2005年5月20日の運行を以て廃止されたため翌21日より31日まで直行バスが全便運休扱いとなり、鶴木山線に統合される形で6月1日に全便が廃止された。
大川線(水俣産交 - 水俣駅前 - 桜井町 - 旭町商店街 - 水俣郵便局前 - 総合医療センター - 市役所前 - 田子の須 - 渡野 - 久木野駅前 - 大川)(2006年1月24日付)
水俣市中心部と大川地区を結んでいた路線。大川地区の過疎化に伴う乗客減の悪化に伴い、みなくるバスに移管される形で廃止された。