日吉台遺跡群
しかし、1941年(昭和16年)12月7日に太平洋戦争が勃発すると状況が一変し、日吉キャンパスは戦争末期に旧日本海軍連合艦隊司令部の施設となった。日吉台地下にあり、現在は遺跡群に含まれている日吉台地下壕はこの時期に建造された大規模地下要塞である。その間、キャンパス内は空襲を受けて多くの施設が破壊された。1945年(昭和20年)8月の敗戦以後はアメリカ軍に接収され、1949年(昭和24年)9月末まで米軍管理下にあった。そのためこの間は日吉台遺跡群における考古学的な調査・研究はまったく実施されなかった。
慶應義塾へのキャンパス返還後は、施設復旧が最優先されたため、キャンパス内遺跡調査への関心は著しく低下したものの、1950年代から60年代までは、1951年(昭和26年)の日吉台3号墳(H地区)の再調査や、1960年(昭和35年)の浅間山古墳切り崩しに伴う調査(浅間山地区)、1963年(昭和38年)の新幹線トンネル掘削工事に伴う横穴墓の調査(南東斜面地区)、1966年(昭和41年)の弓道場建設に伴う縄文時代前期と弥生時代後期の貝塚調査(I地区)など、清水潤三を中心とした小規模な調査が続けられた。