特定地方交通線
この選定基準の機械的な運用により、名古屋・四日市方面と南紀(尾鷲・新宮)・伊勢志摩(伊勢市・鳥羽)方面とを短絡する役割を持つ伊勢線が廃止対象になったり、中村線のように予土線と土讃本線を結ぶ窪川 - 川奥信号場間が分断される可能性が生じても廃止対象となったりした。
鉄道評論家(鉄道アナリスト)の川島令三は、第3次廃止対象路線に指定された岡多線(現・愛知環状鉄道線)について「1998年度現在の輸送密度(約5,138人)から見て、第三セクターではなくJR東海の路線となっていてもおかしくない路線である。国鉄は各線の事情をいっさい考慮せず、一律に(特定地方交通線に)指定して(廃止・第三セクターへの経営分離をして)しまうというミスを犯してしまった」と指摘している。また、伊勢線については「伊勢線の営業成績が悪かったのは、伊勢鉄道に継承された時点で普通の運転本数は7往復/日のまま、優等列車も『南紀』4往復/日のままという国鉄の消極的経営の結果であり、名古屋と南紀・伊勢志摩方面の短絡線として積極経営すれば国鉄の重要路線となったはずである」と、当時の国鉄の経営姿勢と伊勢線の第三セクター転換に疑問を投げかけた上で「機械的に地方交通線に指定するのは疑問だという声は大きかった」と述べている。また松本典久は第1次廃止対象路線に指定された勝田線について「起点・吉塚駅が福岡市内 に立地し、沿線も福岡市のベッドタウンや工場がある。国鉄がちゃんとした(経営)策を講じていれば十分生き残ることができたと思われる路線」と指摘している。
国鉄再建法による線区の仕分けは、線区全体での輸送実態で仕分けられたため、線区の一部(いわゆる「名無し支線」)では特定地方交通線とほぼ同等の輸送実態でありながら選定されなかった線区がある。これらの線区(幹線に区分されるものを含む)に対する廃止の取組みもされており、その結果次の線区が廃止されている。ここでは、手宮線などの貨物線を除く。