ガルカイヨ
結局、北ガルカイヨはダロッド氏族、南ガルカイヨはハウィエ氏族が支配することで一応落ち着き、その境界はグリーンラインと呼ばれ、明確な検問などがあるわけではないが、一般市民、特に男性は通行が難しい状況が続いた。1998年にはソマリア北東部のダロッド氏族居住区がプントランドとして事実上独立し、北ガルカイヨもプントランドの一部となった。
2005年1月には国境なき医師団(MSF)が病院経営を始めるが、氏族対立のため南北それぞれに病院を作る必要があった。しかしMSFとプントランド政府との折り合いが付かず、北ガルカイヨでの病院経営は2006年6月に終了している。一方、ハウィエ氏族は2006年8月、南ガルカイヨを州都としてソマリア内の独立地域ガルムドゥグを作った。
この頃、ソマリア南部のイスラーム勢力イスラム法廷会議(ICU)が徐々に勢力範囲を北に広げてガルカイヨに迫っていたが、2006年末にソマリア暫定連邦政府がプントランド軍とエチオピア軍の力を借りて反撃を開始し、ICUがほぼ壊滅するまでに勝利した。この戦闘で国境なき医師団が一時避難していたが、2007年1月には戻ってきている。