富士根駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅である。線路はほぼ南東から北西に走っており、ホームの南側は下り列車が使用する1番線、北側は上り列車が使用する2番線である。
1番線の南側から駅の入山瀬方にかけて側線が1線あり、保線車両用の車庫がこの側線上に設置されている。
駅舎は1番線の南西側に開設されている。開業当初からの木造平屋建て瓦葺での駅舎であり、待合所部分の天井が高いのが特徴である。かつては駅員が配置されていたが1998年(平成10年)に無人駅となり、駅舎内にあった窓口は壁で覆われている。当駅には自動券売機などは設置されていないため、当駅で切符を購入することはできない。駅の管理は、管理駅の富士宮駅が担当している。
かつては当駅でも貨物営業を行っていたが、1980年(昭和55年)に廃止されている。「昭和45年版専用線一覧表」によれば、東洋インキ製造(現・トーヨーカラー)が保有する全長約1kmの専用線が駅に接続していた。