岩国藩
幕末にあっては、三士と呼ばれる東沢瀉、栗栖天山、南部五竹の尊王活動はあったが、藩自体は佐幕的態度を示していた。元治元年(1864年)から慶応元年(1865年)にかけての2度にわたる長州征討に際しては、第12代当主・吉川経幹が長州藩と幕府の間に立って周旋を行い、幕府方の派兵の延期を取り付けたものの、高杉晋作などのようにこれを宗家である長州藩への背信行為と見なした長州藩士もおり、この戦争で功績のあった清末藩に岩国領を加増すればよいとまで言われた。しかし四境戦争においては芸州口で幕府軍と交戦し、これを撃破することに貢献した。
経幹は慶応3年(1867年)3月20日に死去するが、毛利敬親の命令でその死が隠された。大政奉還後の慶応4年(1868年)3月13日、新政府によって岩国藩は独立した藩として正式に認められた。経幹は生存しているものとして城主格兼正式な藩主として認められ、岩国藩初代藩主となった。経幹は明治元年12月28日(1869年2月9日)に長男の経健に家督を譲って隠居した形となった。
明治4年(1871年)7月14日、廃藩置県により岩国県となり、同年11月15日に山口県に編入された。
吉川家は明治2年に華族に列し、明治17年(1884年)の華族令で子爵に叙せられた。
その後、毛利宗家の歴代当主は吉川家当主を陪臣として扱い、将軍に直接御目見することを許さなかった。しかし幕府からは外様大名格として扱われ、参勤交代の義務を負い、当初は居城の築城許可まで与えられていた。ただし伺候席は定められておらず、従五位下の叙位もなかったため、守名乗りもできないという、極めて変則的な状態が江戸時代を通じて続くこととなった。これについては、元々輝元の養嗣子でありながら、輝元の嫡子誕生によって豊臣政権から分知を認められ大名としての資格を得ており、宗家継承権も有していた毛利秀元の長府藩や、輝元の実子である毛利就隆の徳山藩の両藩と、輝元の従兄弟である広家との血縁の親疎を考えた場合、輝元の子を祖とする長府・徳山と庶家の1つでしかない岩国の間に処遇の違いが発生する余地はあり、岩国藩吉川家が冷遇されたというより長府藩毛利家の家格が上昇したと見た方が適切という説がある。