キラ・ヤマト
アークエンジェルがメインの「平成ガンダムルート」を選択すると早めに参入する。メインヒロインのディー・トリエルへの助言をするなど、メインキャラの一人でもある。
一定条件を満たすとザフトの白服を着た彼をスカウトできるようになる。
カガリを式場から拉致するまでの流れは『DESTINY』本編と同じだが、暗殺部隊に紛れて現れた怪しげな戦闘機を調査するため介入行動は行わない。その後、調査中にベルリンでの戦闘においてステラに止めを刺す事なくそのまま救出したことによりシンとの蟠りは発生せずエンジェルダウン作戦の際もシンにフリーダムを撃墜されることなくその場を脱出している。そしてオーブでの戦いにおいて裏でGreAT社が絡んでいることをつかむ。そのあと確信を得るためしばらくLOTUSと別行動をとったのちに正規合流する。
アークエンジェルは議長が行おうとしているデスティニープランを阻止するべく、再び宇宙に上がる。月の自由都市・コペルニクスにてラクスやアスラン、メイリン・ホークと束の間の休息中、ミーアから救いを求めるメッセージを受け取り、罠と知りながらも指定された場所へと赴く。待ち伏せしていた刺客は全て退けたものの、ミーアはラクスを庇って撃たれ、その場で彼女の死を見届ける。
レクイエム中継用コロニーの一つを攻撃した際にイザークらと共闘している。
最終決戦のメサイア攻防戦ではオーブ軍、ザフトクライン派と共に、デュランダルへと挑む。戦闘の最中、立ち塞がるレイの中に、キラはクルーゼと同じものを感じ取る。クルーゼと同じ憎しみ・怒りを向けてくるレイに対し対話と応戦を繰り返し、「その命は君だ、彼じゃない」と諭し動揺したレジェンドを戦闘不能に追い込む。
その後、ザフト軍宇宙要塞「メサイア」に決定打を与えた後で突入し、デュランダルと銃口を向け合う形で対峙し、互いの主張を戦わせた。両者は共に道を譲らなかったが、キラの言葉に明日を欲したレイがデュランダルを撃つ。その場に現れたタリア・グラディスからマリューへの伝言を託され、駆けつけたアスランと共に崩壊するメサイアから脱出した。
『FINAL PLUS』や『小説版』ではラクスと共にオーブへ訪れ、メサイア攻防戦を経て成長したシンとオノゴロ島の慰霊碑にて再会、和解している。
メサイア戦終了後、オーブ軍准将であると同時にザフト軍白服の資格も与えられて、プラントに渡っている。
戦争が終わった後は、ラクスと共にオーブに渡り、カガリより貸与されたオーブ本島近海の島にあるアスハ邸でマルキオ導師と孤児たちと共に日々を過ごし、マリューやバルトフェルド、母カリダと一緒に暮らしていた。戦争による心の傷は深く、世捨て人同然に過ごしていた。ここまでがDESTINY開始までの経緯であり、前作より2年間このような生活をしていたという。
ザラ派残党によるテロ事件が起き、ユニウスセブンの破片が世界中に落下した時、ラクスとともに海辺で空を見上げていた。津波で建物が流されたためにオーブ本島に移住し、ラクスと共に慰霊碑へと訪れた際にシン・アスカと偶然出会っている。
その後、ラクスの命を狙った謎のコーディネイター部隊からの襲撃が起こり、キラはラクスたちを守るために再びフリーダムに乗ることを決意する。その後、オーブにも大西洋連邦との同盟に向けた不穏な動きが始まる。カガリもユウナ・ロマ・セイランと政略結婚させられることになるが、キラはフリーダムで結婚式に闖入し、カガリをアークエンジェルに連れ去る。アークエンジェルはそのままオーブを後にし、行方をくらます。
世界の情勢を見守る中、プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルがラクスの偽者(ミーア・キャンベル)を立てて、彼女を用いたプロパガンダを展開していることをニュースで知り、ラクス暗殺未遂の一件、またその時襲撃部隊が使用したMSがザフトの最新鋭の機体(アッシュ)であったことと関連して、高潔な為政者と評判の高いデュランダル議長に対して疑念を覚える。