阿蘇氏
宇治惟宣
宇治資永
阿蘇惟泰
阿蘇惟次 - (『事蹟通考』によれば承元元年(1207年)に阿蘇南郷から陣ノ内(現在の山都町城平)に移したとあるが、定かではない。)
阿蘇惟義
阿蘇惟忠- (1235年8月27日まで大宮司。1415年出生の阿蘇惟忠とは別人。)
阿蘇惟景
阿蘇惟資- (早世)
阿蘇惟国
阿蘇惟時
阿蘇惟直 - (多々良浜の戦い敗走中、同所付近で交戦、自害。)
阿蘇孫熊丸
阿蘇惟澄 - (南朝勢力最盛期の人物。蛍丸の所有者。)
阿蘇惟村 - (従三位。肥後守護。北朝。大宮司を隠退した後、砥用町の早楠、現・熊本県下益城郡美里町で亡くなった。)
阿蘇惟武 - (南朝大宮司)
阿蘇惟郷
阿蘇惟忠 - (正三位)
阿蘇惟歳
阿蘇惟家
阿蘇惟憲
阿蘇惟長 - (菊池武経 菊池氏の混乱に乗じて、菊池氏より肥後の守護を奪う。後に退位)
阿蘇惟豊 - (阿蘇氏の全盛期。下位 → 従三位 → 従二位と昇格。1549年、朝廷に御所修理料として一万疋を献納し、後奈良天皇から従二位に叙せられた。)
阿蘇惟前
阿蘇惟将(1520年 - 1583年)- 阿蘇惟豊の子、第75代大宮司
阿蘇惟種(1540年 - 1584年)- 阿蘇惟将の弟、第76代大宮司(墓地おたっちょさん 阿蘇氏の没落が始まる頃)
阿蘇惟光(1582年 - 1593年)- 阿蘇惟種の子、第77代大宮司 (島津氏に攻められ、急峻な山間部に逃亡(目丸落ち))
戦国時代に入った1484年、馬門原の戦いで阿蘇惟憲が勝利を収め、ようやく一族を統一した。しかし、惟憲の子の代に阿蘇氏はまたもや分裂する。
1507年、惟憲の子・阿蘇惟長は肥後守護であった菊池氏を乗っ取り(菊池武経と名乗る)、弟の阿蘇惟豊に大宮司職の座を譲る。しかし1513年、島津氏と通じて惟豊を攻撃し、日向国に追放する。惟長は嫡男の阿蘇惟前を大宮司とし院政を敷く。1517年、惟豊は日向の国人甲斐親宣らの助力を得て惟長父子に反撃し、本拠地矢部を奪還する。
惟豊は甲斐親宣・親直(宗運)父子の補佐を得て阿蘇氏を繁栄させた。1523年には惟長父子に堅志田城を奪われ甲佐・砥用・中山も支配下におかれるが1543年に堅志田城を奪還し、30年に及ぶ内部分裂に事実上終止符を打つ。(惟前・惟賢父子は相良氏を頼って逃走、1590年に惟賢が阿蘇惟光への忠誠を誓ったことで抗争は正式に終結)。
阿蘇惟直の死を受けて、当時京都にいた阿蘇惟時が当主に復帰すると、惟時は、娘の婿養子である恵良惟澄(阿蘇惟澄)に接近。恵良家は菊池家とのつながりが濃く、惟澄への接近は、阿蘇家が南朝勢力であり続けることを意味していた。同時期、北朝方の足利尊氏が御教書を下し、惟時の庶子・坂梨孫熊丸を阿蘇家当主に擁立し、これに北朝大宮司職を与えた。そのため、阿蘇惟澄が南朝大宮司として、阿蘇孫熊丸が北朝大宮司として、争い続ける。1341年、惟澄(阿蘇惟澄)が孫熊丸を南郷城にて討ち取り、一時は南朝方の勢いが増した。しかし阿蘇家分裂を好ましく思わない惟時が、北朝方に寝返り、阿蘇惟村(惟澄の長男)を北朝大宮司に据え、惟澄討伐を開始する。足利幕府や大友氏が阿蘇惟村を援護し、戦線は膠着。晩年、惟澄は、北朝方の惟村に、南朝大宮司の職を譲ることで、阿蘇家内紛の集結を試みた。
しかし、惟澄の死後、菊池武光が惟村の弟に「武」の字を与えて、惟武と呼び、南朝勢力の回復とともに阿蘇家分断を画策した。これに呼応して、征西府が阿蘇惟武を南朝大宮司に選んだことで再び家督争いが起きてしまう。その後、1376年、室町幕府から派遣された大内義弘、大友親世が阿蘇惟武を討ち取ると、北朝大宮司が安定して阿蘇一帯を統治するようになる。1451年、惟武の曾孫・阿蘇惟歳が惟村の孫・阿蘇惟忠の養子となることで和解するが、やがて戦国乱世の時代に移行すると、阿蘇氏は再び惟歳・惟家父子と惟忠・惟憲父子の間で当主の座を巡る争いを起こした。