阪急・阪神経営統合
そのため、阪急阪神ホールディングスにとっては、阪神百貨店や阪神タイガースは傘下企業となるが、従来から関係の深い阪急百貨店グループや東宝グループは傘下企業ではないという状態となっていた。
しかし百貨店事業に関してはその後、この経営統合をきっかけとして、翌年の2007年10月には、阪急百貨店が株式交換で阪神百貨店を完全子会社化した上で、持株会社形式による経営統合(「エイチ・ツー・オーリテイリング」の発足)が行われた事により、これまで旧阪急百貨店グループとしては、資本的なつながりの少なかった阪急阪神ホールディングスとも、一定の資本関係を持つことになった。さらにその翌年の2008年10月には、持株会社傘下の百貨店事業会社が合併した「阪急阪神百貨店」も発足した。この百貨店事業の経営統合・合併の詳細については、エイチ・ツー・オーリテイリングを参照のこと。
2006年9月の経営統合直前には、阪急梅田駅で阪神タイガースの広告が、また阪神梅田駅には宝塚歌劇の広告がそれぞれ掲示され、両者の重要なコンテンツを活用しようとする動きもあった。なお、当時の阪神タイガースの経営、および系列百貨店における優勝・応援セールに関する阪神電鉄の見解については、阪神タイガース経営を参照のこと。
統合の形態としては、すでに阪急電鉄グループが持株会社制に移行したばかりであることから、共同の持株会社を新たに設立するのではなく、阪神電気鉄道が阪急HDの傘下に入り、阪急側の持株会社の商号を変更するという形をとった。
経営統合を行った2006年10月1日時点の資本関係は、次のとおりであった。
阪急阪神ホールディングス株式会社(持株会社) - 阪急ホールディングス株式会社から商号変更 阪急電鉄(100%子会社) 宝塚歌劇団(阪急電鉄の一部門) 阪神電気鉄道(100%子会社) 阪神百貨店(阪神電気鉄道の100%子会社)現在はエイチ・ツー・オーリテイリング(阪急阪神百貨店)に統合 阪神タイガース(阪神電鉄の100%子会社) 阪急ホテルマネジメント(100%子会社)現・阪急阪神ホテルズ ホテル阪神(阪急ホテルマネジメントの100%子会社)現在は阪急阪神ホテルズに統合 阪急交通社(100%子会社)現・阪急阪神交通社ホールディングスグループへ再編
当時、阪急ホールディングスとともに阪急東宝グループ(現阪急阪神東宝グループ)を形成していた阪急百貨店と東宝は、阪急ホールディングス傘下ではなかったため、この経営統合には関与しなかった。
経営統合後も基本的に阪神電気鉄道系の人物が要職を務めてきたが、2023年より阪急電鉄出身で阪急阪神ホールディングス社長の杉山健博がオーナーに就任する見通しであることが2022年12月にマスコミで報じられた。
経営統合目前の2006年9月29日に阪神電気鉄道は、阪神タイガースが逆転優勝した場合でも(実際にはこの時点で中日ドラゴンズに次いで2位)、優勝セールを阪急百貨店において実施することは許容しない、との社長見解が公表された。これについては、経営統合の形態が、当時の阪急ホールディングスによる阪神電気鉄道の事実上の吸収合併に等しいと位置付けられていた(実際は買収なので、存続法人登記の問題にすぎないともいえる吸収合併よりも資本比率上はさらに一方的である)ことと見られ、そのことに対する「わだかまり」によるものである、との報道(朝日新聞)もなされた。
その後、2007年10月には百貨店事業の持株会社形式による経営統合(「エイチ・ツー・オー リテイリング」が発足)した事に加え、翌年2008年10月には、持株会社傘下の百貨店事業会社が合併した「阪急阪神百貨店」が発足したこともあり、その合併発足記念セールの一環として、「目指せ日本一!