JR九州787系電車
「きらめき」(2000年3月 - ):1・2・4・5・6・12号 4・12号は6両編成、他は8両編成で運転。
「リレーかもめ」(2022年9月 - ):1・3-5・8・9・12・13・16・21・24・25・28・29・32・33・36・37・40・41・44・57・61・62・64・65号 すべて8両編成で運転。
「かささぎ」(2022年9月 - ):101・103・106 - 109・111・112・114・201・202・204号 101・106・201・202号は6両編成、他は8両編成で運転。
「かいおう」(2001年10月 - 2021年3月、2022年9月 - ):全列車 6両編成で運転、個室は利用不可。
「にちりん」(1993年3月 - 2000年3月、2011年3月 - ):全列車 4・5・6・7・11・12・14・15号は6両編成、他は4両編成で運転。 5・14号は「にちりんシーガイア」として運転。
「リレーつばめ67号」で4両編成2本連結の運用が登場。 9月26日:チャレンジ!おおいた国体開催に伴い、臨時特急「おおいた国体号」を博多駅・小倉駅 - 大分駅間で運行。
2011年(平成23年) 3月12日:ダイヤ改正。 九州新幹線の全線開業に伴い「リレーつばめ」は全て廃止され、「有明」は早朝・深夜の通勤対応として上下7本に減便(787系での運行は3本)。「リレーつばめ」「有明」の門司港駅・小倉駅 - 博多駅間は「きらめき」に編入。 余剰となった787系は「かもめ」「にちりんシーガイア」へ運用復帰、「みどり」「にちりん」「ひゅうが」「きりしま」「川内エクスプレス」での運用開始。「有明」「かいおう」は6両編成のみ充当されるようになる。 それまでの運用区間は鹿児島本線門司港駅 - 新八代駅間、豊肥本線熊本駅 - 肥後大津駅間および福北ゆたか線直方駅 - 吉塚駅間のみであったが、この改正で鹿児島本線川内駅 - 鹿児島駅間、長崎本線の喜々津駅 - 長与駅 - 浦上駅間を除く全区間、佐世保線全区間、日豊本線全区間、日南線・宮崎空港線南宮崎駅 - 宮崎空港駅間にも拡大し、JR九州の交流電化区間の大半で運用されることになった。佐世保線と南宮崎駅 - 鹿児島中央駅間での定期運用は初めてである。逆に、鹿児島本線長洲駅 - 新八代駅間および豊肥本線からは撤退(熊本駅発着の「有明」は2014年まで運行されたが、787系は当初から長洲駅発着の「有明」のみに充当されていた)。 この運用変更に伴い、4両編成は大分鉄道事業部大分車両センターに異動(BM-101〜111→BO-101〜111)。7両編成は全編成6両編成に減車し、繁忙期に「かもめ」「みどり」などでは8両編成に増結することとなった。