HAART療法
HIV-1は突然変異を起こしやすいため、単一の薬剤ではすぐに薬剤耐性ウイルスを誘導してしまう。薬剤耐性変異は、各薬剤ごとに特異的な点変異を生じることがわかっており、薬剤それぞれの耐性変異が重ならないように薬剤を組み合わせて処方される。
核酸系逆転写酵素阻害剤、非核酸系逆転写酵素阻害剤、プロテアーゼ阻害剤は、それぞれ全く異なる場所に耐性変異を生じるため、これら三種類の薬剤から一つないし二つずつ薬剤を選び、組み合わせて使われる。同種の薬剤には耐性変異が同じ場所に現れるものがあり、これを交叉耐性という。例えば核酸系逆転写酵素阻害剤の場合、AZTとd4Tは同じ場所に耐性変異が現れるので、同時に使われることは少ない。交叉耐性はプロテアーゼ阻害剤においても存在するため、薬剤を選択する際には、予想される耐性変異を考慮して組み合わせて処方する。
一度に服用する錠剤の数を減らすため、始めから複数の薬剤を合わせたエプジコム、ツルバダ、トリーメク、ゲンボイヤ、ビクタルビといった合剤が作られており、1日1回1錠投与が一般化している。また、薬剤耐性変異及び副作用が生じた場合は、薬剤の組み合わせの変更がなされる。