楽天ブックス
2006年12月22日発売の「機動戦士ガンダムDVD-BOX1(完全初回限定生産)」を外箱に入れず裸の状態で発送した。このためコレクター商品であるにもかかわらず外装ダンボールに送り状が直接張られ、顧客に断りもなく外装ダンボールを開封し伝票を中に入れたためユーザーのひんしゅくを買った。同時期発売の「るろうに剣心 DVD-BOX全集・剣心伝」でも同じような被害が出ていた。
2007年7月15日から7月26日にかけてシステム障害により出荷遅延があったことを発表した。
2007年12月、商品の価格表記に誤りがあり本来より低額で注文を受け付けていた。これに対し楽天ブックスはすでに商品を受け取った顧客に対し差額分を振り込むよう呼びかけた。
2011年3月4日・5日の2日間にわたり、システムの不具合により楽天バンク決済利用者に対し、商品代金の多重引き落としのトラブルが発生する。週末のため、ユーザーはブックスへの問い合わせも確認もできず、ブックスからの連絡も3月6日昼まで一切なく、返金されるかさえ不明の状態が続く(後に1週間後に返金するとのメールが来る)。また2011年2月末のシステム変更前に3月以降の発売分を予約注文をした複数の顧客への未発送も続いており、ショップレビューにクレームが殺到する。