RNAポリメラーゼI
組換えホットスポットとは、組換えが局所的に増加するDNA配列のことである。酵母のHOT1配列は、有糸分裂時の組換えホットスポットの最も良く研究されている例の1つである。HOT1配列にはPol Iによる転写のプロモーターが含まれる。Pol Iに欠陥がある酵母の変異株では、HOT1の組換え促進活性がみられなくなる。HOT1配列中のプロモーターに依存したPol I転写活性が、近傍での有糸分裂時の組換えのレベルを決定しているようである。
Pol Iはプロモーター領域にTATAボックスを必要としないが、代わりに転写開始点の上流−200から−107塩基に位置するupstream control element(UCE)と−45から+20塩基に位置するコアエレメントに依存する。
二量体のupstream binding factor(UBF(英語版))がUCEとコアエレメントに結合する。
UBFが、TATA結合タンパク質(TBP)と3つのTBP結合因子(英語版)からなる、ヒトではSL1(マウスではTIF-IB)と呼ばれる複合体を呼び寄せて結合する。
UBF二量体はHMGボックス(high-mobility-group box)をいくつか含んでおり、これらが転写開始点の上流領域にループ構造を作り出してUCEとコアエレメントを近接させる。
RRN3(英語版)/TIF-IAがリン酸化されてPol Iに結合する。
Pol IがRRN3/TIF-IAを介してUBF/SL1複合体と結合し、転写が開始される。
この過程は生物種によってさまざまであることに注意が必要である。