BRAF
Pループ
B-RafのPループ(464–471番残基)はATPの結合時、転移が行われないリン酸基を安定化する。具体的には、S467、F468、G469の主鎖のアミドがATPのβ-リン酸と水素結合することでATP分子は固定される。B-Rafの機能的モチーフはPKAとの相同性の解析によって決定された。
ヌクレオチド結合ポケット
V471、C532、W531、T529、L514、A481は疎水的なポケットを形成し、ATPの結合時にファンデルワールス力によってATPのアデニン部分を固定する。
触媒ループ
574–581番残基は、ATPからタンパク質基質へのγ-リン酸の転移の補助を担う領域である。特に、D576はプロトン受容体として基質のセリンまたはスレオニン残基の求核的なヒドロキシル酸素を活性化する作用を果たし、塩基触媒によるリン酸基転移反応を可能にする。
DFGモチーフ
CR1はB-Rafのキナーゼドメイン(CR3)の自己阻害を行い、B-Rafによるシグナルが恒常的に活性化されるのではなく、調節されたものとなるようにしている。155–227番残基はRas結合ドメイン(RBD)を形成し、Ras-GTPのエフェクタードメインと結合してCR1をCR3から解離させ、キナーゼの阻害を停止させる。234–280番残基はホルボールエステル/ジアシルグリセロール結合ジンクフィンガーモチーフを構成し、Ras結合後のB-Rafの膜へのドッキングに関与する。