吐噶喇列島
もっとも、探検家笹森儀助や歴史学者森克己は、上三島の硫黄島の伝承を例に挙げ、これらの末裔と称するは仮冒であり、歴史的知見は一切ないものとみている。むしろ12 - 14世紀に掛け隆盛した熊野水軍による熊野信仰がこの地域に進出した影響をあげている。
15 - 16世紀には種子島氏の勢力も及ぶ。1450年(宝徳2年)、朝鮮の船が難破して臥蛇島に漂着、生存者の内2名は薩摩、2名は琉球王国に連行される。これをもって臥蛇島などが日琉両属体制にあったとする説がある。
中近世(16 - 18世紀)には吐噶喇列島の海域を本拠に薩摩と琉球の間の交易を取り持つ海上交易勢力としての七島衆が現れる。薩摩藩による琉球侵攻では薩摩兵の水先案内人を務め、琉球にも入り死者も出ている。一方で薩摩の内情を琉球王府に伝えるなど、日和見的立場を取っていた。琉球侵攻以降、吐噶喇列島は薩摩藩島津氏の支配地となり、七島地頭(島津家臣)と七島郡司(七島衆)が置かれる。
文政7年(1824年)には宝島にイギリス船が来島し、牛を略奪したイギリス人1名が射殺される宝島事件が起きた。翌年の文政8年(1825年)には異国船打払令が出された。
太平洋戦争後期の1944年(昭和19年)8月、疎開船「対馬丸」が悪石島沖で米軍に撃沈され沈没した(対馬丸事件)。
1946年(昭和21年)8月、引揚者や復員兵を乗せ密航(当時は米軍統治下)した宝永丸が定員超過のため中之島沖で沈没、50人の犠牲者を出した。