東トルキスタン
13世紀に入ると、モンゴル高原を統一したチンギス・ハン率いるモンゴル帝国が強大化し始めた。この頃になるとカラ・キタイがホラズム・シャー朝の勃興により相対的に弱体化していたため、天山ウイグル王国はいち早くモンゴルに服属し、その駙馬王家としてモンゴルの王族に準ずる待遇を得た。
この判断は結果的に正しいものとなり、間もなく中央アジアの全域がモンゴルの勢力下に入ることとなる。
その後、モンゴル帝国は極東から東ヨーロッパに到る大帝国を建設したが、モンゴル帝国支配下の東トルキスタンを大きく分けると、天山ウイグル王国の領域のほか、チンギス・ハンの第三子オゴデイ系の領地(オゴデイ・ハン国)と第二子チャガタイ系の領地(チャガタイ・ハン国)に別れていた。やがてモンゴル帝国は王族間対立などによって徐々に解体へと向かうこととなるが、オゴデイの孫カイドゥは、モンゴル帝国の宗主たる元のクビライに公然と反旗を翻し、帝国の解体に大きな影響を与えた。
その後、モグーリスタン(東トルキスタン)は長らくモンゴル系領主の支配を受けた。
16世紀にウイグル人国家であるヤルカンド・ハン国が成立したが、この支配者もチャガタイ系であった。ヤルカンド・ハン国は、17世紀に北方からやってきたオイラト族のジュンガル部(四オイラトの後継国家)に滅ぼされた。
東トルキスタンにはアルタイ山脈、天山山脈、クンルン山脈といった標高の高い山脈があり、中心部と東部は砂漠に覆われ、タクラマカン砂漠の面積は約500,000平方キロメートルである。
タリム川、イリ川、イルティシュ川、マナス川、ウルングル川、カラシャフル川などの主要河川、二つの大きな湖、サイラム湖とボグダ湖がある。
歴史的に重要な都市に、カシュガル、ホータン、ヤルカンド、アクス、クチャ、ウシュトゥルファンがあり、アルトゥシャフル(英語版)と呼ばれる。
東トルキスタンの住民の約45%はウイグル族が占めているが、他にも漢族、カザフ族、回族、モンゴル族、満族など多くの民族が居住している。
特に、中華人民共和国成立以後は漢族の流入が著しい。北西部には漢族と回族が多く、南西部にウイグル族が多い。