加藤茂明
東京大学が公開した調査報告書には、具体的な証拠や証言がほとんど何も書かれていない。不正データを含む図表番号と、不正行為を行った人物の氏名が断定的に書いてある他は、研究倫理の一般論や研究室の内情についての抽象的な解釈が専らである。2012年に分子生物学会の理事長として東大総長に要望書を送付した小原雄治は「調査報告書を読んでも、なぜ不正があったのか、原因と経過がわからず、本当の意味での再発防止策が立てられない」と2015年4月6日号のAERAにおいて批判した。一方、東大総長の濱田純一は「100人にのぼる関係者にヒアリングして、ていねいな調査をした。時間がかかったのはやむをえない。裁判になったときに名誉毀損にならないように、証拠がないことは推測では書けない。突っ込み不足、物足りない面はあるかもしれないが、ギリギリのところで書いた」と退任前の記者会見で述べた。
調査が長期化したことについても分子生物学会は懸念を表明した。
2020年1月15日、榎木英介は、『研究不正と歪んだ科学: STAP細胞事件を超えて』の出版記念シンポジウムにおいて、東大の調査において最後まで黙秘した者は不正を認定されなかったという情報を提供した。このシンポジウムでは、東京大学の調査報告書は何も書いていないに等しいとの主張がフロアから出た。