阿倍氏
久脩は江戸幕府を開いた徳川家康に重用されたため、朝廷にも復帰が許され、梅小路に大邸宅を与えられた。その息子・土御門泰重(1586年 - 1661年)は天文博士として衰退した家名の再興に尽力し、公卿として従二位にまで昇進した。また弟の泰吉を独立させて倉橋家を創設した。更に朝廷陰陽寮の長官たる陰陽頭の座を巡る安倍氏(土御門家)と賀茂氏(この時代は庶流の幸徳井家)の間での長年の確執は、幸徳井友傳が天和2年(1682年)に35歳で夭折したことで、土御門泰福(1655年 - 1717年)が陰陽頭に任じられて、以降陰陽頭は安倍氏土御門家が独占することで決着することとなる。泰福は天和3年(1683年)、全国の陰陽師の支配・任免を土御門家の独占とすることに成功して、土御門家は唯一の陰陽道宗家として全盛期を迎える。さらに泰福は、神道家山崎闇斎に師事して、陰陽道と垂加神道を融合した土御門神道を創設した。だが、江戸幕府天文方が主導した改暦(貞享暦)に成功すると、改暦の権限を巡って幕府(天文方)と朝廷(土御門家)の間で対立が生じるようになった。泰福の末子泰邦(1711年 - 1784年)は、在野の暦算家の協力を得て宝暦暦を制定し、改暦の権限を再び土御門家に取り戻すことに成功した。しかしながら、宝暦暦の評判は悪く、その後の寛政暦および天保暦への改暦はいずれも幕府天文方によって主導されることとなった。
江戸期の土御門家の墓の多くが京都の真如堂と梅小路梅林寺にある。