システムコマンダー
HDD先頭のMBRと、そこから連続する領域に最低限のチェーンローダとしての機能が書き込まれており、追加機能が有効な場合は、それらを読み込み、ブートメニューに処理を移す。 それらが無効な場合は、エラーコードと共に、基本領域のパーティションIDとブートフラグを表示し、どのパーティションから起動するか選択する画面が表示され、最低限のローダとしての機能が確保される。 システムコマンダー2000迄の場合、本体部分は、最初に認識されるHDDの基本領域にファイルとして書き込まれるため、最初に認識されるHDDには基本領域のFAT16/32の領域が必要になる。 システムコマンダー7以降は、DOS98というMS-DOS/PC DOSのサブセットを含む仮想FAT32のファイルシステムをNTFS領域書き込む事によるインストールもサポートしている為、FATの領域が無いドライブへもインストールが可能になった。