サンマルコス砦
要塞をスペインから受取ると、アメリカ人はその名前をマリオン要塞 に改称した。独立戦争の英雄で、「沼地の狐("The Swamp Fox")」のあだ名で呼ばれたフランシス・マリオン将軍の栄誉を称えたものである。この時期、アメリカ人は要塞にわずかな構造的変更を行なった。貯蔵室の多くは重いドアと窓の鉄格子を取付け檻房(囚人室)に改造された。また堀の一部は埋立てられ、海岸防衛システムの一部として砲台に改修された。元々あったスペインの防潮堤は地面の水準まで剥ぎ取られ、新たな防潮堤が元の防潮堤のすぐ海側に建設された。この時、新設された水際砲台内側にある、堀への取水口区画に焼玉式焼夷弾(hotshot)の加熱炉も建設された。敵の木造船を炎上させるために砲弾は加熱された。
1837年10月、第2次セミノール戦争(英語版)の期間中、セミノールの族長オシーオウラ(英語版)(Osceola) がアメリカ人によって投獄されたのは白旗を掲げて、ペイトン要塞(英語版)近くで行われた和平会談に参加中の出来事だった。 オシーオウラは手下達とともにマリオン要塞に投獄された。その中にはユーチー・ビリー(英語版)およびen:Ee-mat-la(キング・フィリップ)とコアクーチー(英語版)(Coacoochee)父子 等がいた。
その結果、要塞はアメリカ陸軍の基地に指定されマリオン要塞(Fort Marion)に改名された。1942年、連邦議会法(英語版)によってオリジナル名「サンマルコス砦」に戻された。要塞は1924年、ナショナル・モニュメントに指定され、1933年には251年続いた軍による所有も解除された。その後、敷地の内8.3ヘクタール部分は国立公園局に引継がれた。
サンマルコス砦は2度の攻囲戦を経験した:最初は1702年にカロライナ植民地総督ジェイムズ・ムーア(英語版)に率いられたイギリス植民地軍によって、2度目は1740年ジョージア植民地総督ジェイムズ・オグルソープによって。要塞の所有者は4政府の間で、すべて平和裏に6回変わった。4政府とはスペイン帝国、大英帝国、アメリカ連合国(南部連合)、アメリカ合衆国である(スペインと合衆国がそれぞれ2度ずつ)。
1821年から始まる合衆国の支配下で要塞はセミノールを筆頭とする多様な先住民部族のメンバーを投獄するための軍刑務所として利用された。
1763年、英国は武力によらず巧みにサンマルコス砦の支配を手に入れた。七年戦争後のパリ条約の条項で、イギリスは七年戦争中に占領したハバナとマニラをスペインに返還することと引き換えにスペイン領フロリダすべてを獲得した。1763年7月21日、スペイン人総督はイギリス人総督にサンマルコス砦を明け渡した。イギリス人総督はセントオーガスティンを東フロリダ植民地の首都に定めた。東フロリダ植民地はイギリス国王ジョージ3世の1763年宣言によって成立したものである。
イギリス人は要塞にいくつかの変更を施し、聖マーク要塞 に改名した。大英帝国が北アメリカの支配勢力だったので、要塞を最上の状態に維持しようと煩う必要はなかった。この態度はアメリカ独立戦争勃発まで優勢だった。要塞は独立戦争の間、軍刑務所として利用された。投獄された者の中にはサウスカロライナの副総督 クリストファー・ガズデンもいた。ガズデンは大陸会議の代議員でもあり、戦争中は大陸軍(Continental Army)の准将でもあった。彼は11か月後、保釈された。
アメリカ南部に対するイギリスの作戦基地としての新たな役割を与えられて要塞の改良が始められた。