フレグ
ノカチン・エゲチ - 三男ヨシムト、五男タラガイ、六男トブシンの母
ボラクチン
アリカン・エゲチ - 八男アジャイ、五女タラカイの母
アジュジャ・エゲチ - 九男コンクルタイ
イシジン - 十男イェスデルの母
イル・エゲチ - 十二男フラチュ、十三男シバウチの母
メングリ・ゲチ・エゲチ - 六女クトルカの母
※その他側室多数。
この頃ジョチ・ウルスから派遣され西征軍に従軍していた諸将・王侯があいついで謀叛・急死したため、バトゥの跡を継いだジョチ家の当主ベルケはこれを不審視し、フレグとの間に深刻な対立を生じてしまった(ベルケ・フレグ戦争(英語版))。
後継者争いに勝ったクビライが1264年に跡を継ぐと、フレグはクビライのカアン位を支持した。
フレグは当時アーザルバーイジャーン地方の州都であったタブリーズを首都と定め、アルメニアのヴァン湖近辺のアラタグ、コルデスターン州のシヤーフクーフを夏営地に、現在のアゼルバイジャン共和国のクラ川低地地域であるアッラーン地方、バグダードなどを冬営地に選定している。
また、アーザルバーイジャーン地方の古都であるマラーゲに大規模な天文台と複合施設を建造し、当時の大学者であったナースィルッディーン・トゥースィーに『イルハン天文表』を作成させている。
1265年2月8日にマラーゲ周辺のチャガトゥーの地で没し、ウルーミーエ湖湖畔のシャーフー山に設けられた大禁地に埋葬された。同年4月にアバカが後継者として即位する。