巨影都市
声 - 佐藤拓也
本作の男性主人公。発表当時のイメージイラストでは黒い短髪で、しましまのネクタイをつけた破れたビジネススーツを着ており、作中では「会社員」を選んだ場合に同じ髪型とビジネススーツ姿になる。香野ユキの事は「ユキさん」と呼ぶ。彼を主人公に選んだ場合のみ、ユキに膝枕をしてもらう選択肢が出現する。
しかし行く先々で「巨影」に遭遇する事と、「巨影」が彼(彼女)の居る場所にしか出現しない事から、様々な者達に「巨影」を呼び寄せる元凶ではないかと疑われるようになる。その為、「W&Pコンサルティング」に狙われる羽目になり、エヴァンゲリオンと使徒の戦いの余波で気絶しているうちにユキを連れ去られてしまう。その後、土砂降りの中で打ちひしがれていた所を柏木リサに助けられ、共にユキ救出に向かう。
実は冒頭の「紫色の閃光」を目にした瞬間から思念体に記憶を改竄されており、会った事も無い香野ユキを近しい人として認識するようになっていた。無論、待ち合わせなど元よりしておらず、思念体に選ばれたのもたまたま通りかかっただけの偶然である。作中で見せる特殊能力や驚異的な回避力も思念体に力を与えられた為であり、彼(彼女)自身はごく普通の一般人である。最後はユキと共にヘリに乗り遅れてしまうが、ユキ(思念体)に真実を告げられた後に意識を失い、藤原の操縦するヘリの中で目を覚ました。大塚や藤原がユキの事を忘れている中、ただ一人だけ彼女の事を記憶していたが、唯一彼女の証明として残ったブレスレットも失ってしまう。その後は日常に戻ったのか、今回の事件におけるいくつかの逸話だけを残して足取りは不明とされた。
声 - 竹内仁美
「さくら区」のコンビニでアルバイトしている眼鏡の女性店員。鈴村彩の深夜ラジオ番組をチケットを、次のシフトに入っているバイト仲間の森本から受け取るはずだったが、彼が現れないため、カウンターの裏に入り込んで来た主人公に「もし森本に会ったら代わりにチケットを受け取って欲しい」と依頼する。その後は主人公とラジオ局で再会し、互いの無事を喜ぶ。森本の行方も聞こうとしたが、聞けず終いだった。その後、エヴァンゲリオン初号機と第5の使徒の戦闘に巻き込まれる。
声 - 慶長佑香
大学教授。海外で海洋生物の研究を行っており、海外で20代の若さで今の地位を築いた。海洋生物の調査のため、観測船「しばざくら」に乗っている。30歳の時に帰国したが、周囲が年配ばかりで若輩者として見られがちだった為、見返すべく研究に躍起になっていた。海外で一度結婚したが、自分は研究一筋、相手はビジネス一筋ですれ違いが多くなったことで離婚している。予定の調査を終えて帰還する途中にソナーが謎の巨大な影を探知したために急遽影の調査を行っており、それでも船長が接近を許可せず思うように調査ができない事にやきもきするが、最終的にはゴジラの襲撃によって「しばざくら」の沈没に巻き込まれて消息不明となる。
今回の一連の事件の通称。事件収束後から数ヶ月間、世界中の研究機関が巨影出現とその原因の調査を行ったが、結局何も判明せず、ただ紫色の閃光が発生しなくなったことと、事件前から観測されていた宇宙線が確認できなくなったことが発表されただけだった。
声 - 河田吉正
IT企業「ヒヤシンスソフト」の社員。経営陣の逃亡によりやむなく社長になっている。また、負傷しながらも何人かの社員と仕事を続けている。外ではゴジラとキングギドラが戦いを繰り広げる中、「国立宇宙線研究所」の副所長に届けるプログラムを製作しており、柏木に配達を依頼する。
声 - 甲斐田裕子
社会問題やサブカルチャーを取材するジャーナリスト。頭脳明晰で行動派且つ、周囲に気配りが出来る大人の女性。シナリオ序盤で主人公とユキに出会い、協力的に二人をサポートする。かつては大塚とコンビを組んでいた事もあるが、彼の勝手さに愛想を尽かしてコンビを解消し、以来は彼の事を軽蔑している。弟を亡くしており、生きていれば主人公と同じ位の年齢であることから主人公を見ていると彼の事を思い出すと言う(大塚と違って、主人公がミハルの場合は「あなた女の子なのに」と付け加える)。
しかし実は主人公の殺害を柴田達に指示した張本人である。柏木リサという名前は学生時代からジャーナリストとして活動していた際に使っているペンネームで、正体は「W&Pコンサルティング」の代表取締役(社長)の「神尾麗子」である。