コペンハーゲンの海戦
幸いなことにスウェーデンの砲台は沈黙したままだった。
パーカーの行動の遅れによって、デンマーク艦隊は有利な位置を占めており、攻撃は困難であった。デンマーク艦の多くは航海に適しておらず、航海不能な古い船殻と一緒に岸に沿って固定されていたが、まだアマ島の東海岸沖、市街地の前面の「王の水路」の浮砲台として、強大な火力を有していた。その列の北端には68門(すなわち戦列艦1隻とほぼ同じ)の砲を持つ「トロクレナ」(「3つの王冠」 - デンマーク、ノルウェー、スウェーデンのこと)要塞があった。要塞の北、コペンハーゲン港の入り口には、2隻の戦列艦と1隻の大型フリゲートおよび2隻のブリッグが装備を完了して待機しており、ほかに2つの浮砲台もあった。陸上砲台はデンマーク艦の戦列と陸岸の間の海面ばかりか、さらにその先、入口の水路を扼している中央の大きな砂州「ミッデルグルンド」までをカバーしていた。イギリス艦隊には信頼できる海図も水先案内人もなかったため、トマス・ハーディ艦長は3月31日の夜間のほとんどを費やして測深し、デンマーク艦隊までの経路を調査した。しかしそれでもイギリス艦は水路の最深部分を見つけることができなかったので、遠く離れた海上に留まっていた。
陸上の固定砲台はその安定性と、より大きな口径のゆえに、艦砲をその威力において大きくしのいでいた。それに、デンマーク艦隊は戦いながら補給を行い、一時的な艦長の交代さえ可能だった。しかし一方では、彼らの艦は雑多な寄せ集めであり、多くは小型で、もしもネルソン艦隊と渡り合ったら砲力で圧倒されると思われた。
ネルソンが戦いを中止したくても命令なしではそれが出来ない(戦争交戦規則は、すべての将兵に、戦いにおいては敵に対して全力を尽くすよう要求していた。)と考えたパーカーは、午後1時30分、旗艦先任艦長にこう言った
「私は、ネルソンが後退することができるように信号を挙げようと思う。もし彼が戦闘を続けられる状態ならば、それを無視すればよいし、そうでないならば、それを理由に退却することができる。その場合、彼が非難されることはない」
ネルソンはその信号の受信応答はしたが、戦隊への中継はしないように命じた。彼は先任艦長フォーリーを振り向いてこう言った。「フォーリー、君は知っているな、私は片目が見えん。 — 時々盲目になるんだ」、そして望遠鏡を見えないほうの目に当てるとこう言った、「本当に信号が見えんぞ!」。ネルソンの副将であるトマス・グレーブズ少将は信号を中継したが、他のほとんどの艦からは見えず、戦隊はネルソンがマスト上に掲げ続けた「交戦セヨ」の信号に従っていた。しかしネルソン配下の艦長でひとりリューのみがネルソンの旗艦「エレファント」を見ることができず、パーカーの信号に従った。リューはトロクレナ要塞を攻撃していた自らの部隊を引き上げたが、そのため逆に要塞の激しい砲火に身をさらしてしまい、命を落とす結果となった。
戦いがイギリスの優勢に転じたのはまさにこのときだった。それは彼らの優れた砲術によるものだった。列の南側の12隻のデンマーク艦の砲火は、彼らが受けた損害のために静まり始め、戦いの中心は北に移った。イギリスの目撃者の記録によると、デンマークの戦列は午後2時までには静かになったということである。