文民統制
しかしながら、かねてから日本の防衛省(庁)においては、防衛大臣(庁長官)の下に、防衛参事官がおかれ、「防衛省の所掌事務に関する基本的方針の策定について防衛大臣を補佐する」という大きな権限が与えられてきた。そして、官房長・局長は防衛参事官をもって充てるものとされ、幕僚監部が作成する諸計画に対する指示・承認、並びに、幕僚監部に対する一般的監督について、防衛大臣を補佐する権限を与えられてきた。戦後日本においては、行政事務の分担管理原則の下で、行政官庁としての各省大臣に担当行政事務に関する大きな決定権が内閣制度上与えられていたにもかかわらず、実態としては、政務次官制度の非機能化、更に55年体制において派閥均衡に基づく短期ローテーション人事が慣習化するという「軽くて薄い大臣」運用がなされてきた。この為、文民統制を実質化させる為にも「軽くて薄い大臣」の周囲を「固める」必要があったわけであるが、その「固め役」として政治任用された者を就任させるのではなく、高級事務官を就任させるという制度化がなされたのが、上述した防衛参事官制度である。この意味において、防衛省(庁)の高級事務官には、行政官の枠を超えた極めて政治的な役割が、実態面のみならずそもそも制度的にも期待されており、逆にいえば、そこには「政治」家たる大臣が「行政」官たる高級事務官を行政統制する、という発想は見られなかった。このため、制度的・慣習的に内局が幕僚監部より優位に立ち、いわゆる「文官優位」、ないし「文民統制」ではなく「文官統制」の傾向を持つとの指摘がある。2003年3月5日、当時国務大臣の石破茂は「シビリアンコントロールの主体というものは、第一義的にはあくまで私ども選挙によって選ばれた者なのだということは間違えてはいけない。
」と述べている。また、当時の防衛庁内局が制服組を押さえる事だけに腐心し、本来力を入れるべき課題である日米防衛協力・日米共同作戦に関しての内容が丸山曰く「何もない、空っぽ」なまま放置され、日米間の協議から防衛庁が締め出される形で外務省が主導して行われていた事に関して危機感を抱いていた。
三島由紀夫は『檄』において、自衛官らに対し、「諸官は任務を与へられなければ何もできぬといふ。しかし諸官に与へられる任務は、悲しいかな、最終的には日本からは来ないのだ。シヴィリアン・コントロールが民主的軍隊の本姿である、といふ。しかし英米のシヴィリアン・コントロールは、軍政に関する財政上のコントロールである。日本のやうに人事権まで奪はれて去勢され、変節常なき政治家に操られ、党利党略に利用されることではない」と述べている。
1963年に防衛庁の統合幕僚会議事務局は朝鮮半島有事が日本に波及する事態を想定し、自衛隊の防衛出動や戦時立法などを「昭和38年度統合防衛図上研究」として研究した。2年後に日本社会党が取り上げ、当時の佐藤栄作首相も知らされていなかったため、野党は「制服組の独走」などとして追及し、防衛庁は「政府が計画や方針を決定するためではなく、単なる研究だ。研究の結果、何らかの措置が必要なら防衛庁長官に要望が行われ、長官がその処理を判断する。文民統制は確保されている」との見解を示した。(三矢研究)
1978年、当時統合幕僚会議議長の栗栖弘臣が週刊誌のインタビューで「(日本が奇襲攻撃を受けた場合、自衛隊の)現地部隊はやむにやまれず、超法規的行動をとることになるでしょう。