妙法院
近代に入って方広寺と新日吉社は独立したが、三十三間堂は現代に至るまで妙法院の所属となっている。
寛政10年(1798年)7月1日(新暦では8月12日)の夜に方広寺大仏殿に落雷があり、それにより火災が発生し、翌2日まで燃え続け、方広寺大仏殿と京の大仏は灰燼に帰した。火災による大仏殿からの火の粉で類焼も発生し、方広寺仁王門・回廊も焼失した。方広寺の管理者である妙法院は京の大仏再建を試み、宝物の開帳を行うなどして資金調達を行ったが、往時と同様の規模のものが再建されることはなかった。時の妙法院門主の真仁法親王は、方広寺大仏を焼失させてしまったことに、管理者として罪悪感を抱いていたとされ、焼失の翌日より毎日大仏の焼跡に参詣して供養を行い、大仏再建の御祈祷を行い、自身の食事量も減じて、大仏に対し懺悔の意を表した。
妙法院は、幕末には、三条実美ら尊皇攘夷派の公卿7人が京都から追放された「七卿落ち」の舞台ともなっている。当時、土佐藩主の山内家が妙法院を陣所として借り上げていたことから、縁戚関係にあった三条家の実美にとって身を寄せやすかったとみえる。集まった公卿らはここで「妙法院会議」を開いて善後策を話し合い、結果長州藩を頼って西へ落ち延びた。境内西南隅に高さ2.5メートルの巨碑「七卿落碑」が建つ。
1954年(昭和29年)には境内の一部であった庭園「積翠園」(平重盛の別邸「小松殿」の庭園)が日本専売公社に買いとられた。その後、京都専売病院に、2005年(平成17年)からは東山武田病院に、2016年(平成28年)からはフォーシーズンズ・ホテル京都になっている。