日本基督教団
1950年代に入ると、教団はかつて日本が植民地や戦場とした周辺諸国の教会との交流を復活させていったが、その中で、戦争中に教団がこれらの地域で行なった戦争協力(植民地・戦地での伝道、神社参拝の要請など)について厳しい問いかけがなされることとなった。それまで、教団は自身の戦争責任について自覚的ではなく、周辺諸国からの反応は深い驚きをもって受け止められた。しかし、当時すでに、ドイツにおける戦中の告白教会による「バルメン宣言」や、戦後のドイツ福音主義教会による「シュトゥットガルト罪責告白」などはよく知られており、教団としても戦争責任を悔い改めていくべきではないかという声もあって、1966年の教団総会に起草委員の鈴木正久、大塩清之助が作成した建議案が提出された。
1944年の復活節の日に、日本基督教団は大東亜共栄圏のキリスト教徒に、現代の使徒的書翰「日本基督教団より大東亜共栄圏に在る基督教徒に送る書翰」を送った。
合同教会を形成するにあたって、1) 旧教派の組織の存続を公式に認めて「教派連合」的なものとするか、2) 旧教派の組織を公式には解散して一体の教団組織を形成するか、という議論である。1) は教派ごとの教会機能の維持を志向する旧福音ルーテル教会や旧日本基督教会の一部がおもに主張し、2) は自らの教派的伝統・主張に有利な形で教団の全体教会化をめざしていた旧日本基督教会の一部がおもに主張した。一方、旧日本組合基督教会や旧バプテスト教会は、各個教会の主体性に関心が高かったため、その観点から発言していた。また、旧日本メソヂスト教会は会派問題そのものには関心が薄かった。
会派問題は、1950年の第6回教団総会において「会派問題に就いての報告書」が報告、承認され、教団として2)の方針を採ることとなった。
会派問題とともに、新たな合同教会の形成のために何を信仰の柱とするかも課題であった。当然、旧日本基督教会は、戦前からの主張どおり信仰告白の制定を求めるが、1)信仰告白制定の是非、2)信仰告白の内容、3)信仰告白の規範的拘束性、などをめぐって議論がなされた。1)については、信条を重視する旧日本基督教会や旧福音ルーテル教会の強い要望で、制定の方向性が定まった。