教育問題
徴収・管理業務は主に自治体が行うが17.8%、主に学校が行うが21.9%となっている。また未納の保護者への督促を行っている者は、学校事務職員47.1%、学級担任46.0%、副校長・教頭41.0%、校長等 20.3%である。学校給食法により給食運営費以外となる食材料費については保護者が負担するが、かつて学校長徴収であった私費会計処理を世田谷区、千葉市、仙台市などで公会計化している。海老名市では平成24年度より給食センターの私費会計であった給食費を公会計化し、実施1年後の収納率は収納率98.11%となっていた。公会計課した場合に生活保護受給者が不払いであった場合については生活保護法第32条第2項により学校長払いは許されている一方、首長への支払いは許されていなかったが、令和2年10月から第10次地方分権一括法により教育扶助費が学校長等に加え、地方公共団体の長等に支払うことが可能となった。2020年11月の文科省の学校給食費の徴収・管理業務の調査公表では、全国の教育委員会の74.0%が学校に委ねているとの結果となっている。すでに公会計課を導入した千葉市は1校当たり年間で190時間の教職員の業務削減効果があるとしている。
学校徴収金のうち多額を占める修学旅行費については、全国では旅行会社による教育旅行積立を活用して学校徴収の負担を減らす動きもある。PTA費や学校給食費などの学校徴収金については、学校事務職員を初め、関係者による不正流用がしばしば起こる問題がある。2021年1月、明石市では市立小学校の6年生担任男性教諭が修学旅行の積立金、給食費など150万円余りを着服していた。不正流用が相次ぐ背景には、学校に配置される事務職員が少なく、現金管理を実質的に1人に任せがちな現状があると指摘されている。また、熊本県内では県立高校のPTA会費などを横領した容疑で2018年6月、元後援会職員が逮捕されているような事件も起こっている。
給食事故、給食完食強要
給食の完食指導を契機に子供が不登校に陥る場合もあり、小中学校で教員に給食の完食を指導されたせいで不登校や体調不良になったとの相談が延べ1000人以上から寄せられ、訴訟に至ったケースもある。母子家庭において子供が給食の強要指導により不登校となったため、母が仕事を辞めて子供に対応した事例もある。完食指導によって人前での食事に恐怖を感じるようになる「会食恐怖症」の発症要因となることがある。発達障害のある子どもについては感覚過敏やこだわりの強さといった障害の特徴が要因で、限られた食べ物やお菓子しか食べないという極端な偏食を抱えている場合がある。
給食費等の公会計化
東京都練馬区では2019年度予算において、全国初として、保護者への精算金返金の迅速化を図る学校徴収金管理システムを運用開始する。
文部科学省は、学校給食費等の徴収に関する公会計化等の推進に関する通知を令和元年7月に発出し、学校給食費を初めとして、教材費,修学旅行費等の学校徴収金学校の負担軽減を図る取組の推進を呼びかけている。
学校給食費の徴収についての文部科学省の平成28年度実態調査では、公会計は39.7%[前回30.9%]である。