オオアカウキクサ
アカウキクサ科の各種は形態的に類似しており、大胞子と小胞子をつけることが少ないため、分類が困難となっている。アカウキクサ科唯一の属であるアカウキクサ属は、さらにアカウキクサ節(Sect. Rhizosperma)とオオアカウキクサ節(Sect. Azolla)に細分され、オオアカウキクサは後者に分類される。アカウキクサ節に分類されるアカウキクサとも形態的に類似するが、アカウキクサの全形が三角形に近くなることや、小胞子嚢の集まり(マスラ)にあるグロキディウムという突起の先端が尖る、根毛が脱落しない、などの特徴によって区別できる。
オオアカウキクサ節内の分類にも諸説あり、特に日本ではオオアカウキクサを独立した種 A. japonica として扱うが、ニシノオオアカウキクサ(A. filiculoides)の変種やシノニムとして扱う考えもある。
また日本のオオアカウキクサは数タイプに分けられることが知られており、形態の違いや酵素多型、ランダム増幅多型DNA法(英語版)などによる解析によって「但馬型」「大和型」などの複数のタイプがあることが判明した。このうち大和型については、北米などにも分布しているニシノオオアカウキクサ(A. filiculoides)と同種であるとされた。
但馬型と大和型は、植物体全体の形状(大和型がやや小型)や、マスラにあるグロキディウムの形状(大和型にはグロキディウムの隔壁がほとんどない)によって形態的にも区別される。また酵素多型などによる分析でも区別できる。