養殖業
魚種によって生産地はまったく異なるが、生産金額では下記の地域が上位にランクされる。瀬戸内海や有明海などの内海は特に養殖が多く、西九州・四国はいずれもタイ、ブリ類(ハマチ等)、ウナギの養殖が盛んである。なお、海面漁業も含めると北海道が最多である。宮城県・岩手県の三陸海岸は東北地方太平洋沖地震の津波で大きな被害を受けた。
養殖用に他地域から持ち込まれた生物が自然界に逃げ出し外来種として野生化した事例は多く、周辺の生態系を破壊したり、在来種との交雑による遺伝子攪乱が懸念される。また、植物やほ乳類において一般的に行われている F1 と呼ばれる一代雑種の手法を養殖魚の生産性(成長速度)を上げるため、導入することがある。しかし、サケ科魚類の一代雑種では致死性仔魚のみが誕生する組合せが有る。そのため養殖魚が自然界に逃げ出し、さらなる交雑個体が生じないようにするため、不妊化処理を施した生殖能力を持たない3倍体メス(3倍体魚では繁殖力が無くなったため天然魚であれば生殖の為に消費されていたエネルギーが成長の向けられるので短期間で出荷可能な大きさに成長する)を作出することが多い。