紅丸
1932年(昭和7年)から始まった船舶改善助成施設では、船齢が30年を越えていた「鳴門丸」も一度は淘汰の対象となり、1935年(昭和10年)の第二次船舶改善助成施設で大阪商船の新造貨物船「かんべら丸」(6,477トン)の解体見合船としてリストアップされていたが、最終的には対象から外れた。1941年(昭和16年)12月8日の太平洋戦争開戦を経て、1942年(昭和17年)には大阪商船や他の船主の瀬戸内海航路を統合経営する関西汽船が設立されるが、「鳴門丸」は大阪商船に残った。やがて「くれなゐ丸」はフィリピン沿岸航路に供出され、「くれなゐ丸」以降に建造された客船も陸海軍に徴傭されたため、残る「鳴門丸」と「むらさき丸」が別府航路に復帰するも、1945年(昭和20年)3月からの飢餓作戦により瀬戸内海にも機雷が投下され、ついに運航を停止せざるを得なかった。大阪港停泊中の6月26日には空襲で至近弾を受けて損傷を生じるも、8月15日の終戦を浮いたまま迎えることができた。戦後はGHQの日本商船管理局(en:Shipping Control Authority for the Japanese Merchant Marine, SCAJAP)によりSCAJAP-N015の管理番号が付与されたが、同年9月18日に大阪港内で座礁沈没した。1946年(昭和21年)7月8日付の『神戸新聞』の記事では、大阪湾で沈没したままの船の一隻に入っており、記事掲載以降に引き揚げ・解体された。