身延線
準急として残った1往復は「白糸」と改称したが、1968年(昭和43年)10月に静岡駅まで延長されて急行となり「富士川」に統合された。
1969年(昭和44年)にそれまで全線単線であった身延線の富士駅 - 富士宮駅間の複線化工事にあわせて、富士駅 - 入山瀬駅間 の路線付け替えおよび高架化が行われ、同時に本市場駅(柚木駅に改称)・竪堀駅も移設された。これは、1960年(昭和35年)頃から当時創価学会と関係のあった(1991年〈平成3年〉に断絶)日蓮正宗の総本山である大石寺参詣のための団体列車が急増しており、その輸送力増強と、本市場駅付近を通っていた国道1号(現在の県道396号線)との踏切の渋滞が深刻化していたためである。移設後は富士駅から東京側で分岐していたのを静岡側で分岐するように改め、首都圏方面からの団体列車がスイッチバックせずに直通できるように配線が変更され、また高架化されたことで国道1号線の渋滞も緩和された。富士駅 - 富士宮駅間の複線化は1974年(昭和49年)に完成した。旧線部分の約2km(本市場駅付近から現在線路との合流地点まで)は富士緑道として遊歩道化されている。
1980年(昭和55年)代後半頃から利用者が減りはじめ、1両編成車両(123系)の導入や、ワンマン運転の実施、駅の営業縮小(富士宮駅縮小や、夜間および早朝の無人化など)など路線維持費の削減が進められた。
1929年(昭和4年) 2月11日:芦川停留場が開業。 3月10日:沼久保停留場が開業。 3月26日:井出福士停留場(現在の井出駅)が開業。 8月15日:稲子駅・小井川停留場・金手停留場が開業。 12月28日:貨物駅として井出側線駅が開業。
1930年(昭和5年) 月日不明:甲斐下山駅が下山波高島駅に改称。 4月1日:営業距離の単位をマイルからメートルに変更(全線 54.7M→88.1km)。 6月1日:落居停留場が開業。 10月1日:市川本町停留場が開業。 12月25日:源道寺駅が廃止。源道寺停留場が開業。
1931年(昭和6年) 4月1日:甲府住吉停留場(現在の甲斐住吉駅)が開業。 9月20日:井出側線駅が井出福士側線駅に改称。 11月1日:寄畑停留場が開業。 12月1日:井出福士側線駅が第二井出福士駅に改称。
1932年(昭和7年) 4月21日:富士宮大火により大宮町駅舎焼失。多数の避難民が線路上に避難。 5月10日:市ノ瀬停留場が開業。
1933年(昭和8年)9月1日:塩之沢停留場が開業。
1934年(昭和9年) 6月1日:塩之沢停留場が駅に変更。 7月1日:本市場停留場(現在の柚木駅)が開業。
1936年(昭和11年)6月22日認可:十島停留場・井出福士停留場が駅に変更。第二井出福士駅が井出福士駅に統合される。
2001年3月31日をもって、全区間における貨物輸送は廃止された。以前は「工臨」(工事用臨時列車)として、静岡運転所所属の電気機関車EF64形2号機とレール運搬用のチキ5500形で編成される列車が運用されていたが、2008年4月より運用を開始した、名古屋車両区所属の事業用気動車キヤ97系によって置き換えられた。また、この置き換えにより、JR東海所属の電気機関車は消滅している。
線形は25‰の勾配と半径200mの急曲線が連続し、中間の山岳区間では特急でも表定速度が50km/h 程度に落ちる。さらに、列車交換待ちや長時間停車することがあり、88.4kmの全線でも、所要時間は2時間半から3時間半程度かかる。これは、6.5km短い木次線と比較すると、ほぼ同じか少し長い。また、旧富士身延鉄道として建設された当時、狭小トンネルのままで電化されており、以来拡張工事などが行われていないことから、入線できる車両には車高制限がある(詳細は後述)。このためJR東海の全ての車両設計では、当路線よりも車両限界の小さな予讃線(JR四国)を運転する285系を除き、最狭隘となる身延線の車両限界を勘案することになっている。
2008年から、富士宮市の富士宮駅の西側700mの区間で高架化工事が行われた。この区間は路線と静岡県道414号(旧国道139号)が並走しており、県道や市道などの道路が踏切を越えるとすぐに県道414号との交差点に差し掛かり、踏切と交差点の信号機によって慢性的な渋滞が発生しており、これを解消するためである。
373系電車 1995年10月、165系電車で運転されていた急行「富士川」を格上げした特急「ふじかわ」で営業運転を開始した。以後、特急「ふじかわ」以外に、臨時特急「しだれ桜」などの臨時列車にも充当されている。373系は185系電車と同じく普通列車としても運用することを前提に造られており、かつて甲府駅 - 鰍沢口駅間で普通列車として運用されていたが、普通列車への使用は313系導入と引き換えに姿を消し、以後は特急列車に専用されている。なお現在でも臨時列車が多数増発される神明の花火大会のときや、ダイヤ乱れなど運行支障発生時には普通列車としても営業運転に就くことがある。
313系電車 ワンマン運転の列車は3000番台・3100番台(V編成)で御殿場線と共通運用となり、通年で全列車が半自動ドア扱いである。また、2300番台はワンマン準備工事が施工されている。
普通列車は全駅に停車。特急列車の停車駅については「ふじかわ (列車)#停車駅」を参照
線路 ... ∥:複線区間、◇・|:単線区間(◇は列車交換可能)、∨:ここより下は単線(列車交換可能)、∧:終点(列車交換可能)
駅番号は2018年3月より導入。