南条駅
単式ホーム2面2線を有する地上駅。かつては単式ホーム1面2線と島式ホーム1面2線の2面3線を有したが、中央の線路(島式ホーム側)が撤去されて、一部は保線車両の引上線に転用されている。元々単式であった上りホーム側に駅舎があり、ホーム間は地下通路で連絡している(階段のみでバリアフリー非対応)。
福井地域鉄道部管理の無人駅で、駅舎は南越前町商工会館と併設となっている。ICカード専用の簡易改札機、ICカードチャージに対応した自動券売機が設置されている。
開業時の駅名は「鯖波駅」で、これは当駅近隣の宿場町の鯖波から名付けられた。その後、所在地が南条町となって駅名と合ってないことから地元から解消の要望が起こり、鯖江駅と近くて紛らわしいため改称することとなった。
南条西部線
南条東部線 「南越前町役場行き」(※最終便の終点はJR南条駅)として運行するが、駅付近を巡回する路線のため、「JR南条駅」停留所に戻る設定がある。 土曜・日曜・祝日と年末年始(12月29日から翌年1月3日)は運休。