GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊
その直後、人形使いの義体は何者かに拉致されてしまう。この状況を読んでいたトグサとバトーは襲撃者の追跡を開始。更にイシカワの捜査により、外務省が一年前に始めていたプロジェクト「2501」の存在が明らかになる。元々人形使いは外務省が各種工作のために作成したAIだが、自我を持って制御不能になってしまったため、外務省は強引に回収を図っていたのだ。
バトーが追跡した襲撃者たちの車は囮だった。海上へ逃れようとする本命を追った素子は、襲撃者を支援に来た多脚戦車に苦戦を強いられ大破するが、駆け付けたバトーが戦車を撃破したことで事なきを得る。義体を確保した素子はその場で人形使いの電脳にダイブする。人形使いは以前から素子を認識しており、9課に運び込まれるよう図ったのも、彼女に自身との融合を提案するためであった。人形遣いは「死」の概念と自分の子孫(データ)を残す能力を手に入れ、素子はネットと一体化し、自分の殻を解き放った存在となる。しかし直後に2体の義体は外務省の派遣した部隊に狙撃され、破壊される。
20時間後、バトーが庇ったことで損傷を免れた素子の脳殻は、闇ルートで入手された少女の義体に移植され、バトーのセーフハウスで目覚める。一連の事件はテロとして公表され、素子は行方不明扱いになり、一方で外務大臣が辞任、中村を始めとする関係者は査問にかけられることになり、内務省と外務省の痛み分けとして処理された。人形使いと融合を果たした素子はバトーと再会を約して別れ、広大なネットの海へと旅立つのだった。