靖難の変
朱棣は「皇明祖訓」に基づき、建文帝の側近である斉泰と黄子澄の両名を「君側の奸」として討伐することを大義名分にしている。皇帝側は50万の大軍を擁し、はじめは優勢であったが敗退を重ね、斉秦は敗戦の咎により司令官を解任される。李景隆は燕軍に降伏、方孝孺が指揮する軍も大敗を喫し、1402年6月には南京が陥落した。建文帝は宮殿に火を放って自害したとされるが、遺体は発見されなかった。その後、建文帝は南京落城の混乱の中で僧侶に変装し、雲南に逃亡した、とする生存説が流れることになった。
朱棣は南京において皇帝に即位した。簒奪者として即位した永楽帝は、斉泰や黄子澄、服従を拒否した方孝孺らとその一族を処刑し、「建文」の年号は廃して洪武に編入(これは後世になって撤回される)し、洪武帝を継ぐ二世皇帝と称した。1421年には北平へ遷都し、対外遠征や朝貢体制の確立に努めた。
永楽帝の死後にも北京が首都として保たれたが、首都を南京へ戻すべきであるとする議論もあり、南北の関係には後にも影響した。
建文帝は即位後、ただちに藩を削りはじめた。削藩の順序では、斉泰は最も実力のある燕王を先に削らねばならないと考えていた。戸部侍郎の卓敬も、燕王の封地を南昌に改めるべきと上疏した。しかし、黄子澄は反対した。燕王は功があるため、世論の支持を得るため、まずは問題のある親王から手を出すべきとした。建文帝は黄子澄を支持したので、5人の親王を順次廃止した。
洪武31年(1398年)7月、周王朱橚を削藩の対象とした。周王は燕王の同母兄弟であったので、建文帝は彼が燕王と合同することを恐れ、周王を先に廃することにした。周王の次男の朱有爋(中国語版)が、父を謀反の罪で告発した。曹国公李景隆が備辺の名目で開封を経由するように派遣され、周王と家族を南京まで連行した。周王は廃位され、庶民に落とされた上で雲南蒙化に送られた。
建文元年(1399年)4月、斉王朱榑・湘王朱柏・代王朱桂の三親王を削って庶民に落とした。湘王は恥辱に耐えられず、名誉を保つため、自ら宮殿に火を放って家人と共に焼死した。斉王は南京に軟禁され、代王は封地大同に軟禁された。それから二カ月後、岷王朱楩が削られて庶民とされ、漳州に送られた。
建文帝による削藩によって、藩鎮と中央の決裂が表面化し、最強の実力を持つ燕王こそが真の諸王の統率者と目されるようになった。そして、皇帝と燕王の対立は激しさを増していった。