建久七年の政変
頼みとしていた頼朝の支援を失った兼実にとって、唯一の希望は中宮・任子の皇子誕生だけだった。しかし祈祷の甲斐もなく、8月13日に生まれたのは皇女(昇子内親王)だった。兼実の落胆は大きく、当日の記事すら書き残していない。11月10日、兼実の嫡子・良経が内大臣となり次期摂関であることを内外に示した。兼実はなおも任子の再度の懐妊に望みをつないでいたが、12月に通親の養女・在子が皇子(為仁、のちの土御門天皇)を産んだことが明らかとなった。ここに至り、廷臣の大半は兼実に見切りをつけて、皇子を養育している通親の傘下に流れていった。建久7年(1196年)3月23日、兼実の長年の盟友だった左大臣・三条実房が病により辞任するが、兼実は後任を定めなかった。これは次席の右大臣・花山院兼雅が通親派だったこともあるが、兼実の求心力が地に落ちて人事権を行使できなくなっていたことが大きな要因だったと思われる。
11月23日、中宮・任子は内裏から退去させられ、25日には兼実が上表の形式すらなく関白を罷免された。後任の関白には近衛基通が任じられた。『愚管抄』によると通親は兼実の流罪まで行おうとしたが、後鳥羽天皇がそこまでの罪はないと押し止めたという。弟の慈円・兼房もそれぞれ天台座主・太政大臣を辞任した。この政変において兼実を支援する勢力は皆無に等しかった。兼実の家司・三条長兼は「九条殿に参るの人、関東将軍咎を成す。用心すべし」という風聞を記している(『三長記』)。また後鳥羽天皇も兼実の過度な権勢や院近臣家出身の国母七条院(藤原殖子)に対する無礼などに怒りと不信を抱いていたとみられる。兼実の執政は法皇崩御から僅か4年余りで終焉することになった。