国家神道
「国家の宗祀」に相応しくないとされた世襲神職は全て廃止され、以後は国が選任する官吏(公務員)とされた。しかし、1873年(明治6年)には府県社以下の神社の神官の公費からの給与支払いが停止され、1879年(明治10年)には府県社以下の神官の官吏身分を廃止し、僧侶と同様の民間の宗教者と扱われるようになった(その後、1894年(明治27年)に判任官待遇に復帰)。1887年(明治20年)には官国幣社の「神官」という呼称を廃して「神職」と定めた。神職は、当初は「大教宣布の詔」が発令され、宣教使(神祇官時代)や教導職(教部省時代)として布教を担うこととなったが、上述の神社非宗教論採用により、1872年(明治15年)に「神官教導職分離」が行われて神社神道の神職の宗教的活動は制限され、神葬祭とともに布教も禁じられた。なお、そういった宗教的側面は教派神道に引き継がれることとなった。
応仁の乱により、律令制のもとで神社を管掌した神祇官の庁舎が焼失し、以来吉田家・白川伯王家が私邸を神祇官代として祭祀と神社管掌を継続していた。特に吉田家は寺社法度の制定によって江戸幕府より神社管掌を公認され、支配的な勢力となっていた。
幕末になると黒船来航などの外交問題が発生し、朝廷と江戸幕府は全国の有力社寺に攘夷の祈願をおこない、また、民間では国学と復古神道の隆盛から国難打開のために神祇官再興論が浮上していた。特にペリーの来航について幕府は直に朝廷に奏聞し、以後も、幕府は外交問題について朝廷の判断を仰いだため、朝廷の権威が次第に高まるのと相対的に幕府の権威は低下し、尊王攘夷思想・討幕運動と相まって大政奉還及び王政復古の実現へと繋がった。
大政奉還の後、1868年1月3日の王政復古の大号令によって明治維新が始まった。既に平田派国学者の大国隆正と、彼の活躍した石見津和野藩の国学者たちは明治維新の精神を神武創業の精神に基くものとし、近代日本を王政復古による祭政一致の国家とすることを提唱していたが、王政復古の大号令には王政復古と神武創業の語が見え、従来理想として唱えられていた王政復古と「諸事神武創業ノ始ニ原」くことが、実際の国家創生に際して現実性を帯び、「万機御一新」のスローガンとして公的な意義を持つようになった。
明治政府は新政府樹立の基本精神である祭政一致の実現と、開国以来の治安問題(浦上村事件など)に発展していたキリスト教流入の防禦のため、律令制の崩壊以降衰えていた神祇官を復興させ、中世以来混沌とした様相を見せていた神道の組織整備をおこなった。
大日本帝国憲法では、文面上は信教の自由が明記されていたため、仏教各宗派やキリスト教、教派神道その他国家に公認された宗教教団の並立が認められた。しかし、神社を宗教ではないものとする神社非宗教論という公権法解釈に立脚し、“神道・神社を「国家の宗祀」として公的に位置付けることは憲法の信教の自由とは矛盾しない”との公式見解が示された。また自由権も一元的外在制約論で「法律及び臣民の義務に背かぬ限り」という留保がされていた。このように宗教的な信仰と、神社と神社祭祀への敬礼は区分されたが、他宗教への礼拝を一切否定した完全一神教の視点を持つキリスト教徒や、厳格な政教分離を主張した浄土真宗との間に軋轢を生んだ面もある。政府が神社非宗教論の解釈に立った背景として、伊藤博文を中心とする明治政府は、憲法制定にあたって「我が国において宗教の力は微弱であり、神道であっても仏教であっても、一つも国家の基軸たるべきものはない」と考え、皇室を国家の基軸とするべきであると考えた結果、「国教」を立てないアメリカ型の政教分離を導入したことや、長州藩との関係が強かった島地黙雷らの浄土真宗の勢力が、神道の国教化を防ぐため積極的に「神道は未開のアニミズムの類であって、宗教の要件を満たさない」などと神道非宗教論を進言して宗教界から神道を追い出そうとしたことも大きな要因である。
大日本帝国憲法第28条の条文では「日本臣民ハ安寧秩序ヲ妨ケス及臣民タルノ義務ニ背カサル限ニ於テ信教ノ自由ヲ有ス」となっていたが、この「臣民タルノ義務」の範囲は立法段階で議論の対象となっており、起草者である伊藤博文・井上毅は神社への崇敬は臣民の義務に含まれないという見解を持っていた。