アエギュプトゥスのキリスト教化
この時、エジプトのテーベ(現ルクソール)に存在し、最も格式高い神殿であった、イシス崇拝を存続させていたナイル川第一瀑布のフィラエ島のフィラエ神殿での伝統的な礼拝は、異教弾圧のなることとなり、当時の反異教徒の迫害にもかかわらず、少なくとも5世紀に生き残り、キリスト教と共存していた。キリスト教化される頃の最初の司祭はマセドニオスで、神殿に保管されている神聖なハヤブサを殺したと伝説が語るが、現代の専門家はこの記述の歴史を疑問視することが多い。少なくとも、5世紀半ばまでに異教の神殿と共にキリスト教の教会が存在し、共存していた。
その後、ローマ帝国のもとでの不可侵のフィラエ島のユスティニアヌス1世の閉鎖までそのこととなる。 395年1月、ローマ帝国が東西分裂し、アエギュプトゥスはその内の東方領土、即ち東ローマ帝国(ビザンティン帝国)の領土となった。
その後、古代ローマ帝国の分割後は東ローマ帝国に属し、豊かな穀物生産でその繁栄を支えた。また、キリスト教の浸透とともに独自のコプト正教会が生まれた。その一方で、東ローマ帝国の治下約100年間にわたって古代エジプトの宗教は存続した。