ニカイア帝国
テオドロスはまた、その他の小規模な対抗勢力とともにトレビゾンド軍を破ったことで、継承国のなかで最強の国家を預かる身となった。同じく1205年、ニカイアにて彼は自身を皇帝と宣言、即位した。
無数の停戦協定や同盟が形成されてはその数年後に破棄され、東ローマの継承国としてのラテン帝国と、第二次ブルガリア帝国、そしてニカイア帝国と国境を接するコンヤまでに達していたセルジューク朝は互いに争い合った。1211年、マイアンドロス河畔の戦い(英語版)にて、テオドロスはアレクシオス3世アンゲロスによる政権復帰の努力を後押ししていたセルジューク朝の大攻勢を退けた。しかし、この戦闘で受けた損害はリュンダクス川の戦い(英語版)でのラテン帝国の手による敗北につながり、その後のニンファエウム条約にてラテン帝国との国境を画定した結果、ミュシアの大部分とマルマラ海沿岸を失った。1212年、ニカイア帝国のこの領土喪失は、トレビゾンド帝国のダヴィド・コムネノス(英語版)の死亡に伴う、彼のパフラゴニア(英語版)併合により補われた。レオン・スグーロス(英語版)と同盟していたアレクシオス3世はニカイア軍に捕らえられ、1211年ごろに獄中で死亡した。
その後ミカエルは聖ソフィア大聖堂で戴冠式を催し、ヨハネス4世を追放した。その際ヨハネスの目を潰したのは、ニカイアにおり不要となったラスカリス家としての彼が反抗することを妨害することにあり、ここにパレオロゴス王朝が創始された。また、ミカエルは同年に生まれた男児に対しコンスタンティノスと名付けており、かつてのコンスタンティヌス大帝による帝都建設を再起させようとする希望が託されていた。一方、ペラゴニアの戦闘以来捕虜となっていたアカイア公ギヨーム2世・ド・ヴィルアルドゥアンがペロポネソス半島南部の割譲を条件に解放され、これが東ローマ再建の足掛かりとなった。
ギリシア地方を中心に復活を遂げた東ローマ帝国ではあったが、その後のアンドロニコス2世の代などでは1326年にブルサが征服されたほか、娘を半ば人質としてセルビア王国に嫁がせるなど周辺の圧力に悩まされ、14世紀には小アジアに残る領土はほぼ消失した。