滋賀県立水口高等学校
1908年(明治41年)、水口城跡に創立した滋賀県立水口農林学校が前身。 1919年(大正8年)、滋賀県立水口農林学校を廃校にした上で、滋賀県として3校目の県立中学校として、滋賀県立水口中学校が設立された。
1975年(昭和50年)、甲賀郡水口町(当時)に水口東高校が開校され甲賀高等学校から水口高等学校と校名変更された。これは「新設校(現水口東高校)が水口高校を名乗ると、本校の前身である水口農林学校・旧制水口中学校・水口高等女学校の伝統が新設校に引き継がれているかのような勘違いを生む」「甲賀高校は甲賀町(当時)所在の高校と勘違いされやすい」との同窓会からの声があがったため。しかし、変更理由の説明が不十分な上で校名変更が決定したため、生徒会執行部が抗議声明を出すなど当時の在校生などから反発が起こった。ここからは甲賀高校の名称が特に親しまれていたということが窺える。
2008年に創立100周年を迎えた。また、2009年度より鹿深祭(体育祭)と文化祭を7月に合同実施するようになった。