ジョン・エンデコット
1831年、セイラムのブリッグ船ガバナー・エンディコット(船長はH・H・ジェンクス)がスマトラ海岸で胡椒貿易に関わっており、やはりセイラムのフレンドシップ(船長はチャールズ・エンディコット)がマレーの海賊に襲われたときに、その解放を助けたことがあった。エンディコットと士官達がクァラバトーの町で胡椒買付の交渉を行っているときに、海賊が船を乗っ取り、船員数人を殺し、貨物を略奪した。エンディコット船長はガバナー・エンディコットと、ニューヨークのジェームズ・モンロー(船長はJ・ポーター)からの助けを得て、海賊から船を取り戻した。セイラムには1831年7月16日に戻った。
1627/8年3月、ニューイングランドのためのプリマス委員会のために、ウォリック伯爵が「マサチューセッツのプランテーションのためのニューイングランド・カンパニー」に与えた土地払下げ書に署名した7人の1人がエンデコットだった。当時のプリマス委員会は北緯40度線と48度線の間にある北アメリカで、イングランドによる植民地化を監督した親組織だった。
エンデコットは最初の遠征隊を率いる者に選ばれ、50人かそこらの「開拓者と従僕」と共に、1628年6月20日にアビゲイル号に乗船して、新世界に向かった。彼らが組織した開拓地は、土地のインディアン部族から当初ナウムキーグと呼ばれたが、1629年にセイラムと改名されることになった。その地域は既に失敗したドーチェスター・カンパニーの開拓者達が占領しており、その中の数人がニューイングランド・カンパニーにも参加していた。この初期開拓者の集団はロジャー・コナントが率いており、ケープアンの開拓地(今日の グロスター近く)を放棄した後に移って来ていた。エンデコットは非公式にだが新植民地の総督に指名され、1629年に王室勅許が発行されるまで務めた。
ヘンリー・ワズワース・ロングフェローは、『ニューイングランドの悲劇』と呼ぶ3つの劇詩の1つ『ジョン・エンデコット』でウェンロック・クリスティソンの裁判を再現した。クリスティソンは、追放後にマサチューセッツに戻ってきたという容疑でエンデコットが死刑を宣告した最後のクエーカー教徒だった。しかし、その宣告後すぐに法が改正されたので、クリスティソンは処刑されなかった 。作家のナサニエル・ホーソーンは、『ジェントル・ボーイ』の中でエンデコットを登場させており、その表題の人物はウィリアムとメアリーのダイアー夫妻の6歳になる息子だった。「狭い心と不完全な教育を受けた男、その妥協しない偏屈さは激しく性急な熱情によって熱く有害なものとされ、熱狂者(すなわちクエーカー教徒)の死を不作法かつ不当に与えるためにその影響力を行使し、その接触全体は彼らに関して野蛮な残酷さで特徴づけられる」としていた。
ニューイングランドのピューリタン植民地人がイングランドにおけるクロムウェルの統治を支持したとしても、彼らは常にクロムウェルの指示を得ていたわけではなかった。クロムウェルの提案に反応して、ニューイングランド人はアイルランドに移住し、そのプロテスタント人口を増やした。マサチューセッツ議会は丁寧な回答をエンデコットの署名で作成し、その人々は今いるところで幸福であると示唆していた。
その1年後、3人のクエーカー教徒が逮捕され、この法の下に死刑を宣告された。その3人のうちの2人、マーマデューク・スティーブンソンとウィリアム・ロビンソンは絞首刑となり、3人目のメアリ・ダイアーは最後の瞬間に執行延期を受けた。ダイアーは1660年に植民地に戻ってきた。エンデコットや他の判事に質問されたときに、その信仰の撤回を拒否し、植民地からの永久追放にも合意しなかった。ダイアーは1660年6月1日に絞首刑に処された。ダイアー、スティーブンソン、ロビンソン、および1661年に絞首刑になったウィリアム・レドラはボストン殉教者と呼ばれている。これらの処置の厳格さは、植民地人から問題ありと認識され、法が修正されたので、死刑は5回目の違反者に対するものになった。クエーカー教徒やその他宗教の異端者に対するこの愚かな扱いは、1684年に植民地認証を取り消した理由の1つとされている。
クエーカー教徒に対処するときのエンデコットの役割は、ジョン・グリーンリーフ・ウィッティアの詩『カサンドラ・サウスウィック』に残されている。この詩はエンデコットが総督であった間に苦しみを負った別のクエーカー教徒の名によっている。ウィッティアはエンデコットを「暗く横柄な」と表現し、クエーカー教徒に対して「苦々しい憎しみと侮り」を表したとしている。
セイラムの教会は分離主義者の教えに従い、イングランド国教会との完全な決別を求めたのに対し、ウィンスロップなどボストンの植民地指導者の大半が保持した非国教派的な教えはイングランド国教会の内部からの改革を求めていた。1631年にボストンに分離主義を公言するロジャー・ウィリアムズが到着し、この紛争の度合いを高めた。ボストンの当局はウィリアムズを追放し、ウィリアムズは先ずセイラムに行って、エンデコットの介入もあって、地元教会の教師の地位を与えられた。この報せがボストンに届くと、エンデコットが植民地から追放されたはずのウィリアムズを支援したことで非難された。ウィリアムズはプリマスに行ったが、数年後にセイラムに戻り、1634年にサミュエル・スケルトンが死んだことに伴い、教会の非公式牧師になった。ボストンの当局はウィリアムズが反逆的で異端の声明であると見なすものを出したことで、その逮捕を要求した。ウィリアムズは逃亡して、最後はプロビデンスの町を設立した。この期間、エンデコットは、婦人が教会ではベイルを被るべきだと論じ、また地元民兵隊の軍旗について、聖ゲオルギウス十字が描かれているので、ウィリアムズがローマ教皇の象徴であると主張し、それを貶した。