中国大返し
このとき、光秀の軍勢は、光秀直属の家臣のほかに近江衆と丹波衆、そして京都近郊を本拠地とする旧室町幕府衆より構成されていた。このうち近江衆が、変後の近江平定の際に光秀に従った者が多く、総じて士気が低かったのに対し、伊勢貞興、諏訪盛直、御牧兼顕などからなる旧幕府衆は奮戦し、多くが討ち死にしている。
光秀は、山崎周辺に伏せておいた兵を早々に撤収させ、光秀本陣も解いて勝竜寺城に籠もらせたが、そこもまもなく秀吉軍に包囲された。勝竜寺城は堅城ではあったが、数万の軍勢による攻撃を支えることは無理であったため、光秀は近臣を従えて勝竜寺城を脱出して京方面に逃亡した。このため、京都市中は一時混乱を極め、主を失った勝竜寺城内の将兵もまた相次いで逃亡した。日本史学者小和田哲男は、この時の敗走が丹波へ向かう亀山組と近江へ向かう坂本組の二手に分かれてしまったことを指摘し、敗走先を一地点に集中できなかったことが「光秀にとって最大の誤算」と評している。翌朝、兵員僅かとなった勝竜寺城は秀吉軍に降伏を申し入れた。光秀自身は、近江での再起を図るべく、居城坂本城を目指して逃亡した。そして、現代の時法では日付の替わる翌未明、小栗栖(京都市伏見区)の間道へと差しかかったところを土民に襲われて死亡した。光秀の介錯をしたのは溝尾茂朝であったといわれる。
秀吉は13日夜は勝竜寺城包囲を配下に任せ、淀城に宿営している。翌14日、まだ光秀が死去したことを知らない秀吉は近江に進軍して三井寺(滋賀県大津市)に本陣を構えた。