ドミニオン戦争
ドミニオンの脅威が明らかとなり、アルファ宇宙域への侵略を防ぐために諜報機関であるカーデシアのオブシディアン・オーダーとロミュランのタル・シアーの両者が手を組み、ガンマ宇宙域にある創設者の「偉大なる繋がり」を母星ごと破壊し創設者を皆殺しにする計画を実行に移すために連合艦隊を結成する。遮蔽したロミュランのウォーバードとカーデシアの戦艦の連合艦隊は創設者の母星上空に無事着いた。だが、遮蔽を解除し攻撃を開始した瞬間、ジェムハダーの戦闘艇に襲われ一瞬にして連合艦隊は崩壊した。ドミニオンは無慈悲で強力な諜報機関であるオブシディアン・オーダーとタル・シアーを脅威と見なし、創設者の一人がタル・シアーのロミュラン人に変身し内通者として潜り込み、二つの組織をまとめて壊滅させるために連合艦隊を結成させ、ジェムハダーに連合艦隊を壊滅させたのである。これにより創設者は「これでアルファ宇宙域の脅威は惑星連邦とクリンゴン帝国だけだ」とカーデシアとロミュランの事実上の弱体化を示した。
惑星連邦とドミニオンのファースト・コンタクトから、開戦するまでを冷戦期として記す。
2373年、同胞である創設者と交わったオドーは、クリンゴンのガウロン総裁の演説を見て創設者がガウロンに化けて戦争を起こしていると感じ、シスコはクリンゴンに潜り込みガウロンに化けている創設者を排除する計画を実行に移す。だが、オドーにより創設者がガウロンではなくマートク将軍に化けているとわかり、創設者は殺されクリンゴンと連邦との間で和平の模索が始まるが、クリンゴンによるカーデシアへの侵略は止まらなかった。
クリンゴンの侵略により弱体化したカーデシアに不満を持ったガル・デュカットは、ドミニオンと秘密交渉を行い「対等なパートナー」としてドミニオンに加入することを決めた。ワームホールを通ってきた多数のジェムハダー艦隊がカーデシアへと向かいクリンゴン艦隊を撃退し、ガル・デュカットが新しいカーデシアの指導者となり、国民や全宇宙にドミニオンに加入したことを公表する。ドミニオンはカーデシアに橋頭堡を確保し、ついにアルファ宇宙域に進出したのである。これに対して惑星連邦はクリンゴン帝国と再び友好条約を結び、同盟関係を確立しドミニオンとカーデシアに対抗することとなる。ロミュランやアルファ宇宙域のほかの国々も一時DS9に艦隊を集結させドミニオン軍に備えた。