結城友奈は勇者である
神世紀300年、結城友奈の章の戦いが終わったところ物語は始まる。勇者部は新たに加入した園子の「青春を取り戻す」という目標を遂げるためバンドやサバイバルゲーム、キャンプなど日常を楽しんでいた。しかし東郷の家に奉火祭の依頼に大赦神官が現れたことで日常は終わりを迎える。 その2年前、先代勇者の後継者の選抜に勇者候補生として楠芽吹は参加した。そこには弥勒夕海子や三好夏凜も参加していた。芽吹は鍛錬に励み、ついには夏凜に勝てるほどに成長した。しかし後継勇者には夏凜が選ばれた。それから2年経った結城友奈の章の戦い後、芽吹や夕海子、加賀城雀や山伏しずくら32人の少女は防人としてゴールドタワーに召集された。防人の任務は壁の外の調査と壁の外に神樹の苗を植えること。初任務では星屑に苦戦しながら芽吹の指揮の下、勝利を収めた。2回目の任務以降は巫女の国土亜耶が神樹の苗を植えて祝詞を捧げることで壁の外に神樹の領域を拡大させ、防人たちはその護衛にあたった。
最終話でバーテックスを手引きした美森を説得するために満開し、その後はバーテックスを止めようとするが途中で力尽きて散華し、その影響で両脚の自由を失う。それでも再び満開することでバーテックスを止めることに成功する。決戦後は彼女だけ廃人状態になるが後に回復し、両脚の自由を取り戻した美森と入れ替わる形で一時期車椅子生活を送る。
【勇者の章】身体機能も回復し、勇者部の部員たちと平和な日々を過ごしていたが、日常で感じる度重なる違和感から、自分たちから美森に関する記憶が消えていることに園子と共に気付く。
また、1期12話での最後の満開後、体中ほとんどを散華したことが明らかとなった上、大赦から御姿と呼ばれていることが明らかとなる。さらに、天の神の祟りに苦しめられており、この事を話したり、書いたりすると、伝染することも明らかになっている。そして、大赦神官から神婚するよう勧められ、風たちの反対を押し切ってまで神婚することを決意。天の神の襲撃では変身した美森や死んでいった勇者たちの意志により救出され、天の神に立ち向かうために神々しい姿に変身して天の神を撃破した結果、天の神の祟りが消え、仲間たちとの平和な日々を取り戻す。
牛鬼(ぎゅうき) 友奈の1体目の精霊。羽根の生えた牛のような姿で、腰の左右にピンクの花模様がある。牛の精霊であるにもかかわらず、ビーフジャーキーが好物。勝手に出現して他の精霊に噛みつく癖があるため、友奈も手に余している。勇者パンチの発動に関与している。 火車(かしゃ) 友奈の2体目の精霊。火炎を纏った猫のような姿で、腰の背中側に赤い花模様がある。勇者キックの発動に関与している。『勇者の章』では未登場。
声 - 佐藤利奈
『勇者の章』から登場する大赦の女性神官。神託によって友奈が天の神の祟りに苦しめられていることを察知し、彼女に『勇者御記』の執筆を依頼するほか、友奈が神婚の相手に選ばれたことを告げる。
その正体は、『鷲尾須美は勇者である』で須美・園子・銀の担任教師兼お目付役だった安芸先生である。『楠芽吹は勇者である』にも登場。
風や夏凜が所属している組織。神樹を祀るとともにその力を管理している。バーテックスに対抗するため、「勇者システム」を開発・導入している。職員は複数の伝統ある家系と神官が中心となって構成されており、その中でも乃木家と上里家がツートップを成している。全貌は不明だが、総理大臣をしのぐ権勢を持つとされ、神世紀の四国において強大な影響力のある組織であることが描かれている。また、劇中から財力の大きさも察せられる。
制作に当たっては現実における女子中学生の生活や考え方を徹底的に取材して反映させたとされ、登場人物の年代の少女たちに真摯に向き合うことを心がけたという。内容的には、大人の作り上げた秩序と子供が葛藤するというテーマにも解釈できるものとなっている。監督の岸やシリーズ構成の上江洲によれば、それまで自分たちが手掛けてきた作品と比較して、ハイターゲットよりも10代の視聴者の支持が高かったことが、放送後の数値にも現れていたという。
なお、「勇者であるシリーズ」という呼称は『鷲尾須美は勇者である』・『結城友奈は勇者である』・『乃木若葉は勇者である』・『楠芽吹は勇者である』の4作品およびそれらの関連作品の総称であるが、この呼称は2015年7月26日のニコニコ生放送『電撃ホビーウェブ presents 電ホビ.ch in ワンダーフェスティバル2015[夏]』にてタカヒロが公言したものであり、当初から用いられていたわけではない。テレビアニメ版・ゲーム版では「勇者であるシリーズ」の呼称は用いられず、基本的には当作品を中核として、『鷲尾須美は勇者である』・『乃木若葉は勇者である』・『楠芽吹は勇者である』が派生するような形となっている(前述の『鷲尾須美の章』の例や、当作品のゲーム版に『鷲尾須美は勇者である』・『乃木若葉は勇者である』のキャラクターが登場するなど)。
インターネットではMBS動画イズム、Paravi、バンダイチャンネル、TELASA、dアニメストア、Hulu、ひかりTV、U-NEXT、アニメ放題、Amazon Prime Video、FOD、ニコニコチャンネル、TSUTAYA TV、Rakuten TV、ビデオマーケット、GYAO!ストア、DMM.com、GYAO!、ニコニコ生放送、ABEMAにて配信。
バーテックスが攻め込んできた時に神樹が発動させる、四国保護のための防御結界。
樹海化が起こると、四国の内部は勇者以外の時間が止まり、生物も非生物も神樹より伸びる植物に覆われて同化する。バーテックスや勇者の攻撃、封印の儀の継続により樹海がダメージを受けると、現実世界に戻した際に「交通事故」「自然災害」などの不幸という形で悪影響を及ぼす。
樹海の中でも動ける勇者には各々の端末に「樹海化警報」が勇者の端末に表示されアラームが鳴る。
バーテックスを倒した後、勇者は各地に点在する元いた場所に最も近い祠に転送される。
バーテックスの心臓部である「御魂」を引きずり出す勇者システムの機能。
出雲大社教の幽冥神語にちなむ祝詞「幽世大神憐給恵給幸魂奇魂守給幸給」を長々と詠唱するという正式な手順が存在するが、手順を省略することもできる。
御魂の分離と同時にカウントダウンが開始されるが、これは勇者が封印状態を維持できる時間を表しており、終了までに御魂を破壊できなければ勇者はバーテックスを止める術を失い、神樹への到達を許すことになる。