Phredクオリティスコア
クオリティスコアの考え方は元をたどればSCF形式までさかのぼることができる。SCFファイル形式はStadenのグループが1992年に考案したものである。 1995年にBonfieldとStadenは、DNAシークエンシングプロジェクトにおいて塩基単位のクオリティスコアをコンセンサス配列の精度の改善に使う手法を提唱した。
しかし初期の頃の塩基単位でクオリティスコアを予測しようという試みは、あまりうまくいかなかった。
最初に成功を収めたのがPhredというプログラムである。Phredは非常に高い精度でクオリティスコアを算出でき、実際にエラーの確率とよく対応していた。Phredは速やかに主要なゲノムシークエンシングセンターから、各研究室に至るまで広く使われるようになった。ヒトゲノム計画では、そのDNA配列の大部分がPhredを使用して処理されたことになる。
DNAの塩基配列決定において、Phredクオリティスコアが不可欠となった後、Li-CorやABIなどのDNAシーケンサーのメーカーは彼らのベースコール用ソフトウェアで同様のクオリティスコアを出力できるように開発するようになった。