第二次大陸間戦争
一方、既に暗黒大陸を脱出していた鉄竜騎兵団はそのまま中央大陸へと侵攻する。迎え撃つ共和国の本土防衛軍であったが、敵のダークスパイナーによって共和国のゾイドはその大半を無力化され、さらにはゼネバス帝国の復活を掲げる鉄竜騎兵団に呼応した旧ゼネバス領民衆の反乱と破壊活動も続出、主力を欠いた上に後方をかく乱された共和国軍は鉄竜騎兵団の進撃を止められず、わずか7週間の間で共和国軍の防衛線は全て突破されてしまう。鉄竜騎兵団によって包囲された共和国首都ではルイーズ大統領は自らの出自を鉄竜騎兵団の司令官ヴォルフ・ムーロアに明かしてゼネバス派との中央大陸の共同統治も考えたが、共和国民衆のため徹底抗戦を決意し、トミー・パリス大尉のセイバリオンに乗って首都から脱出を図る。追っ手を振り切ったトミーであったが、大統領はハーマンたちへの手紙とあるゾイドのデータを残して忽然と姿を消していた(後にトミーはセイバリオンから振り落とされた不測の事故だったと推測している)。そして共和国首都を制圧し、中央大陸全土をその手に収めたヴォルフはネオゼネバス帝国を建国する。
帝国軍は新たな古代遺跡の探索と制圧のため、OSを搭載した新型ゾイド、ジェノザウラーとレブラプターに南エウロペ大陸の侵攻を命じた。共和国軍も帝国軍の南方進出を察知し、ゴジュラス1機を含む一個大隊を派遣。南エウロペ大陸のエルガイル海岸に防衛陣を構築したが、僅か1時間で防衛陣は破られ、帝国軍はガリル遺跡へ突入する。共和国軍もOS搭載機のブレードライガーをはじめとする新型ゾイド部隊をガリル遺跡へ送り込み、激戦が行われる。最終的に遺跡に存在したオーガノイドシステムの鍵を握るゾイドコアを手に入れたのは帝国だった。この時の戦いでジェノザウラーを駆っていたリッツ・ルンシュテッド中尉と、ブレードライガーのパイロットのアーサー・ボーグマン少佐との因縁が生まれることになる。
戦況はミューズ森林地帯を挟んで膠着状態が続いていたが、OSを搭載した強力な戦闘機ゾイド、ストームソーダーの開発に成功した共和国空軍が制空権を掌握。急激な進撃により伸びきった補給線は分断され、帝国軍は慢性的な物資不足に悩まされた。開戦から一年、共和国は本土防衛に残された最強軍団20個師団を派遣。帝国軍は増援を阻止せんとデルダロス海にシンカー部隊を投入。海上の輸送艦艦隊を撃破後、上空のネオタートルシップに攻撃を仕掛けるが、反撃にあいシンカー部隊は全滅。共和国軍の増援は無事、西方大陸へ上陸を果たした。
クック要塞に集結する共和国軍残党に対し、ネオゼネバス帝国は対ゴジュラスギガ用ゾイドとして超集束荷電粒子砲(ゼネバス砲)を搭載したセイスモサウルスを開発。帝国軍はこのゼネバス砲による超長距離射撃戦法を用いてゴジュラスギガを次々と駆逐し、優位性を失った共和国軍はクック要塞を奪還され、中央大陸から完全に追放されてしまう。しかし、そのころから東方大陸のZOITEC社は態度を硬化させるネオゼネバス帝国への反発を強めており、寄る辺の無い共和国軍を東方大陸へと招き寄せた。そしてZOITEC社は大型ゾイド開発のノウハウと引き換えに共和国への全面支援を決定。ゾイドブロックスの機構を応用したライガーゼロフェニックス、さらに共和国と同盟を結んだガイロス帝国の協力で凱龍輝を完成させる。共和国軍の中央大陸追放から約1年半後、共和国軍は中央大陸に再上陸を果たす。彼らは多数の犠牲を出しながらも旧共和国首都に続くキマイラ要塞都市を陥落させ、さらにウィルソン川水路の渡河とマウントアーサー防衛線を攻略し、旧共和国首都への道の確保に成功したのだった。
帝国軍は失踪したリッツを生死不明と扱った。
一方、ロブ・ハーマン大尉を騎手とするウルトラザウルス・ザ・デストロイヤーおよびデストロイヤー兵団は1200mmウルトラキャノンによるニクシー基地への砲撃を開始。その圧倒的火力の前に基地は瞬く間に壊滅状態に追いやられ、帝国軍は西方大陸からの完全撤退を決断する。最終的に帝国軍は最後の拠点ニクシー基地を陥落され、西方大陸戦争は共和国軍の勝利で終わる。だが、殿となったエレファンダーの尽力で主力部隊の撤退に成功した帝国は、本土決戦に向けた準備をはじめた。ニクシー基地陥落の直前の戦いでは、基地内部では先行突入したシールドライガーDCS-Jを駆る「レオマスター」レイ・グレック中尉と、ティラノサウルス型と思しき未知の新型ゾイドとの戦闘があった。この戦闘でレイは乗機のDCS-Jを破壊されてしまうも、基地にあったライオン型ゾイド(後のライガーゼロ)をその場で鹵獲して応戦する。決着は付かず、未知のゾイドのパイロット・ヴォルフはそのまま基地からの撤退部隊と合流して遁走した。これがレイと、後に新たなヘリック共和国の敵となるヴォルフの因縁の始まりであった。
一方で、玩具商品シリーズでは1999年7月に発売された『RZ-001 ゴジュラス』から、2003年12月に発売された『EZ-072 エナジーライガー』まで商品パッケージや説明書においてストーリーを掲載。また、『ゾイド公式ファンブック4』後のストーリーの続きとして、トミーからは2002年9月に発売された『RZ-064 ゴジュラスギガ』を皮切りに「ゾイドオフィシャルファンブックEX」を付属。こちらは企画・構成・執筆を窪内裕、写真に森文孝、イラストには田川秀樹が参加している。2004年2月に発売された『BZ-022 ジェットファルコン』に付属したVol.8をもって、第二次大陸間戦争のストーリーは完結となっている。
1999~2004年における展開当時において、物語内の戦争の呼称は西方大陸で展開されものを「西方大陸戦争」、その後、暗黒大陸で行われたものを「暗黒大陸戦争」と呼称していた。また、その後、中央大陸で行われたものを「中央大陸大戦」と記述した資料もみられる。