サッカー戦争
第2戦は1週間後の6月15日にエルサルバドルの首都サンサルバドルで行われたが、ホンジュラス代表が宿泊したホテルの周辺では第1戦と同様に群集が周囲を取り巻き、自殺した女性の肖像を掲げ、相手チームを批難した。また、群集はホテルの窓ガラスを破壊し、腐敗した卵や鼠の死骸などの汚物を建物へと投げ入れた。ホンジュラス代表選手の輸送はエルサルバドル軍の装甲車によって行われていたため、暴徒による襲撃を直接に受けることはなかったが、ホンジュラスから応援に駆けつけたホンジュラス代表サポーターは暴徒から殴る蹴るの暴行を受けるなど2人が死亡し、彼らの乗車していた自動車150台が放火される被害を受けた。試合は3-0でエルサルバドルが勝利し1勝1敗の成績で並び、プレーオフへと持ち込まれることになった。
6月27日にメキシコの首都メキシコシティにあるエスタディオ・アステカで行われた最終戦は、会場となったエスタディオ・アステカの収容人数を10万人から2万人に制限。試合の2日前から観戦のために訪れていた両国のサポーターをメインスタンドとバックスタンドに分離して入場させ、緩衝地帯には催涙ガス銃を装備した機動隊員を配置させる、といった厳戒態勢の中で執り行われた。試合は延長戦の末にエルサルバドル代表が3-2でホンジュラス代表を下し、ハイチ代表との最終ラウンドへと進出した。
一方、ホンジュラス政府は同陸軍がエルサルバドルとの国境を越えて領内に侵攻し、北部にある都市に迫りつつある、と発表。同時に政府は、エルサルバドル側の停戦に向けた非協力的な姿勢を批難する声明を発表した。これに応じてエルサルバドル軍もホンジュラス領内の三方面からの攻撃を再開させた。
同日、地上目標に対する機銃掃射の任務に就いていたホンジュラス空軍のフェルナンド・ソト・エンリケス大尉が操縦するF4U-5が、味方機からの要請を受けてエルサルバドル空軍機と交戦。エルサルバドル空軍のF-51D 1機とFG-1D 2機を撃墜した。レシプロ戦闘機同士による世界史上最後の戦いと呼ばれる戦闘での戦果によりソト大尉は少佐に昇進し、ホンジュラスの国民的英雄として扱われただけでなく、世界的な知名度を獲得した。
7月18日朝、OASのガロ・ブラサ事務総長は両政府関係者とOAS平和維持委員会との間で約24時間に渡って行われた三者会談により、戦争を終結させるための4項目からなる和平案について合意が成立したと発表した。この和平案は以下の通りとなっている。
両国の即時停戦。
両国軍が開戦前の地点にまで撤退する。
両国に在住する相手国民の有する財産と保護を保障する。
両国の停戦を監視するため、OASが派遣する軍民合同顧問団を受け入れる。
OASの発表によると両国は、中米時間の7月18日22時から停戦に入り、OASに加盟する3か国で構成される監視団の下で両国軍を96時間以内に撤退させる予定となっていた。両国の停戦受託により、それぞれの戦線では平穏な情勢を取り戻したが、一方でエルサルバドルのエルナンデス大統領は同日に国民に向けた放送において、占領地域からの撤退を拒絶する声明を発表した。
1980年11月に行われた1982 FIFAワールドカップ予選(1981 CONCACAF選手権(英語版))で、両国の12年ぶりの国際試合が実現し、試合は2-1でエルサルバドルが勝利した。両国はともに地区予選を勝ち抜き、2年後の1982年、中米諸国を巻き込んだ中米紛争の最中に揃ってワールドカップに出場した。