ウマイヤ・モスク
634年にハーリド・ブン・ワリード率いるアラブ・イスラーム教徒軍(英語版)がダマスクスの街を包囲し、陥落させる(634年のダマスクス攻囲戦(英語版))。661年からウマイヤ家のムアーウィヤが第5代目のカリフに就き、ダマスクスをイスラーム帝国全土を支配するための首都に選んだ。ムアーウィヤは680年に亡くなるとき、息子のヤズィードにカリフ位を継がせた。ムスリムの総意によって決められるはずのカリフが世襲されたことへの反発からフィトナと呼ばれる内乱が発生する。同年、ウマイヤ家に反旗を翻したとされるフサインがカルバラーで殺害され、フサインの一族の女性たちがフサインの首と共に拘引された先がダマスクスであった。フサインの首は、後にウマイヤ・モスクとなる聖ヨハネ教会堂の東南角にあったムスリムの礼拝所に晒された。
706年にムアーウィヤから数えて6代目のウマイヤ朝カリフ、ワリード・ブン・アブドゥルマリク(ワリード1世)(在位705–715年)は、ダマスクスにモスクを建てる計画を立てた。ここでいう「モスク」は屋根のあるイスラーム教の礼拝所のことである。簡易な礼拝所ムサッラー(英語版))なら、洗礼者ヨハネ聖堂の中庭の南東部に設けられてはいた。ワリードは自ら工事を監督し、カテドラルのほとんどを一旦壊すことを指示した。新しく建設されたモスクは、カテドラルのレイアウトに連関しないものになった。キリスト教会であったときは矩形で仕切られた聖域内の中心にカテドラルが設けられていたのに対し、モスクへの改築後の主たる礼拝空間は、南壁に面する位置に設けられることになった。
スンナ派王朝であったセルジューク・トルコは1078年にダマスクスを手に入れ、アッバース朝カリフの名目的な支配を回復した。セルジューク王トゥトゥシュ(在位1079年-1095年)は1069年に破壊されたモスクの補修を始めた。1082年に宰相アブー・ナスル・アフマド・ブン・ファドル(英語版)は中央ドームを補修し、さらに壮麗にした。ドームを支える2本の柱が強化され、北側のファサードの内側にあったウマイヤ朝時代のモザイクがまっさらに補修された。21世紀現在、モスク北側に存在するリワーク(英語版)(イスラーム建築における柱列廊の1種)は、1089年に再建されたものである。
セルジューク朝からダマスクスの統治を委ねられたアタベグの1人であったトグテキン(英語版)(在位1104-1128年)は、1110年にモスクの北壁を補修し、壁に設けた出入り口2箇所の扉の上方に設置した銘板に、自らの名前を刻み込ませた。1113年には、モスルのアタベグ、マウドゥード・ブン・トゥンテギン(アラビア語版)(在位1109-1113年)がウマイヤ・モスクの中で暗殺されるという事件が起きた。
12世紀中葉になるとダマスクスは十字軍国家との間の戦争が激しくなった。