あきつ丸
太平洋戦争開戦直後の1942年1月に竣工した「あきつ丸」は、南方作戦に投入するべく2月26日に播磨造船所を出港、帝国陸軍船舶部隊の根拠地であり陸軍運輸部の本部(のちに兼船舶司令部)も置かれている母港たる広島県宇品(宇品港)に移動した。 なお、あくまで徴用商船である「あきつ丸」は竣工以降その最期に至るまで、運行などは軍属扱いの民間乗組員により行われている。
「あきつ丸」および「神州丸」は同年1月11日から行われた蘭印作戦に動員。蘭印作戦では「空の神兵」こと第1挺進団の活躍によって、最重要戦略的攻略目標であるパレンバン大油田を2月14日に制圧していたが(パレンバン空挺作戦)、首都バタビア(ジャカルタ)やバンドン要塞を擁しオランダ軍主力・イギリス軍・オーストラリア軍・アメリカ軍のABDA連合軍将兵約8万強が守備するジャワ島の制圧は最終目標となっていた(当時、東南アジアほぼ全域を掌握していた日本軍にとってこのジャワ島上陸作戦は南方作戦の総決算と言えるものでもあると同時に、100隻弱の船団を使用する南方作戦最大規模の上陸作戦であった)。このジャワ上陸作戦において、第16軍(司令官:今村均陸軍中将)司令部が座乗する「神州丸」(当時は秘匿名「龍城丸」を使用)以下はバンタムへ、「あきつ丸」以下はメラクへの上陸に参加する事となった。
2月18日、西部ジャワ島上陸部隊たる「神州丸」は「あきつ丸」等とともに総計56隻の大船団を編成し、仏印のカムラン湾を出港(19日に東部ジャワ島上陸船団38隻はホロ島を出港)。
太平洋戦争中期、アメリカ海軍潜水艦の通商破壊作戦によって日本の輸送船被害が激増すると、海軍よりこれを重大事項として受け止めていた陸軍は船団護衛を目的とする独自の海上航空戦力の構築を検討。まず1943年(昭和18年)6月4日、船舶司令部はオートジャイロであるカ号観測機(オ号観測機)を、対潜哨戒機として使用するための船上発着船試験を「あきつ丸」を用い広島湾にて行った。上述の通り船尾にはデリックが屹立しているため、着船には左舷後方から斜めに進入し甲板上で左に急旋回する方法を取り成功。午後には「あきつ丸」航行中の、さらには対魚雷回避運動中の状態で発着船試験を行い、結果は1分とはかからない好成績であった。なお、写真とともにこの「あきつ丸」船上発着船実験を撮影した記録映像が残っている。
同年8月、陸軍は海軍との協議の中で改造護衛空母の建造を提出。この計画案は戦時標準船D型に航空艤装を施し、先の運用試験で使用されたカ号観測機4機を搭載し運用させるものであったが、「D型戦標船は小さすぎ運用困難」という海軍の反対により頓挫。
当時の「あきつ丸」船上・1Fcsの隊員はかなり自由であり、ある少尉操縦者はよく船内で行方不明となり、船長室で船長と飲酒していた・無線室で寝ていた・医務室で軍医からぶどう糖アンプルを貰い甘味料としていた。また、航行中にベッドで休憩していた週番勤務の古参の曹長を、週番士官であった少尉操縦者が飛行甲板に呼び出し1発張り倒した際には、これが上官による「私的制裁」とされ中隊長寺尾大尉は少尉の行動を咎めている。咎められた少尉は逆に中隊長に反論したが結局この少尉に処分が下される事はなく、この様に中隊長も部下を束縛していなかった。船上・機上にて隊員らによる記念写真撮影も盛んに行われている。
なお、1944年中頃当時の帝国陸軍は「航空胸章(航空に関係する将兵用)」と「航空用特別胸章(航空機に搭乗する将兵用、俗称は空中勤務者胸章)」、船舶部隊に「船舶胸章(船舶に関係する将兵用)」を制定し、佩用資格のある航空部隊ないし船舶部隊の陸軍軍人は軍服の右胸にこれら胸章を佩用していたが、「あきつ丸」の1Fcs操縦者は航空・船舶の両部隊に属する関係から、唯一これら3種類の胸章を佩用する特別な存在であった。