保科百助
同年、貧しさから進学できなかった人間を主に対象とした私塾・保科塾を開塾。半年で140人余りの塾生を抱えるほど発展したが、1906年(明治39年)、突然に閉鎖。閉鎖の理由に関しては諸説あるが、数学の教師が保科に無断で退職したことが引き金だったといわれている。
1907年(明治40年)、筆墨の行商を始める。そのかたわらで、図書館の必要性と書籍の寄贈を説いてまわった。この時自らの蔵書も率先して全て寄贈している。こうして誕生した信濃図書館(現・県立長野図書館)は、保科の行動の甲斐あり、わずか400円の創立費で、当時地方にあった図書館としては最大級の蔵書量を持っていた水戸図書館(創立費12000円)を上回る約3万冊の蔵書を得ていた。
同年、衆議院議員補欠選挙に立候補するが大差で落選。翌1908年(明治41年)も総選挙に立候補し、やはり落選した。同年11月、週刊新聞『信濃公論』を創刊。1910年(明治43年)12月まで発行する。
1909年(明治42年)、「にぎりぎん式教育論」を提唱。「テストを重視するのではなく、例えば地学の授業であれば生徒を実際の鉱物に触れさせるなどし、自主的に考えさせるべきである。教師はその間握り金玉(にぎりぎんたま)でもしていればよい」という趣旨であったが、あまり受け入れられなかった。
1911年(明治44年)6月7日、脳動脈栓塞のため死去。墓所は立科町の津金寺。1912年(明治45年)5月、同寺に「五無斎保科百助碑」建立。1913年(大正2年)7月には、長野市の加茂神社にも碑が建立された。