シーケンスアラインメント
動的計画法は、理論的にはいくつのシーケンスに対しても適用可能である。しかし、n次の時間とメモリ空間を要するため、3配列以上の場合にはそのまま適用されることはほとんどない。標準の動的計画法ではまずすべてのクエリのペアが使用され、アライメントスペース(英: alignment space)を中間的な位置の可能なマッチやギャップを考慮して満たす。やがて2つのシーケンスアライメントの間の基本的なアライメントが構成される。この方式は計算コストが高いが、その全体的な最適解の保証は少数のシーケンスを正確に配置する必要があるときに有用である。 動的計画法の計算コストを減らすためのひとつの方式はそれは「ペアの総計」の最適化関数を信頼するものだが、ソフトウェアパッケージのMSAで実装されている。