月刊少年マガジン
白聖女と黒牧師(和武はざの)
ときめきのいけにえ(うぐいす祥子)
ピーチボーイリバーサイド(原作:クール教信者、作画:ヨハネ)
浅海さんと死んでもイキたい(うらのりつ)
犬になったら好きな人に拾われた。(古川五勢)
アヤナシ(梶本ユキヒロ)
愚者の星(遠藤浩輝)2019年9月号 - 2022年5月号
クソガキ(平川雄一)
グッバイ! 異世界転生(ぱらボら・サイトウケンジ)2019年3月号 - 2020年1月号 ← 『少年マガジンR』より移籍
くろアゲハ(加瀬あつし)2014年1月号 - 2023年1月号
黒猫DANCE(安田剛士)2012年1月号 - 2013年11月号
K.O.(大島やすいち)1988年 - 1989年
激突!ラジコンロック(神保史郎・もろが卓)
ゲゲゲの鬼太郎 鬼太郎地獄編(水木しげる)
ゲタバキ甲子園(小畑しゅんじ)
月マガ大(?)辞典(クロニクル)(宮崎かずしげ)2015年4月号 - 2015年12月号
蹴児 -ケリンジ-(井龍一・千田純生)2010年9月号 - 2011年11月号
恋は世界征服のあとで(野田宏・若松卓宏)2019年11月号 - 2022年12月号
剛球一人(ダイナマイト鉄)
GO!GO!爆走ハイスクール(武田ゆういち)1987年10月号 - 1989年
骨法伝説夢必殺拳(永井豪、監修:堀辺正史)1987年1月号 - 8月号
コンビニお嬢様(松本明澄)2015年12月号 - 2018年12月号
今夜は月が綺麗ですが、とりあえず死ね(榊原宗々・要マジュロ)2017年5月号 - 2021年2月号 ← 『少年マガジンR』より移籍
月マガ基地(げつマガきち)は、本誌の新Web媒体。2023年2月14日に開始。毎週火曜日と金曜日の週2回、更新される。「より多くの読者により多様性のある作品を届ける」よう、「『月刊少年マガジンR』に代わる新しい漫画ポータルサイトとして」開始されている。「あなたの『好き』が見つかる『秘密基地』」を合言葉として掲げている。開始時には『月刊少年マガジンR』からの移籍連載や新連載が掲載された。
宇宙鉄人キョーダイン(石森章太郎)1976年4月号 - 7月号
宇宙の音楽(山本誠志)2022年11月号 - 2023年10月号
88(並木洋美)
えとせとら(なかざき冬)1997年9月号 - 2000年12月号
El Viento(伊藤和史)1996年11月号 - 1997年2月号
MMバタフライ(石川けんじ)
ANGEL BEAT(安原いちる)1989年 - 1996年
Oh!透明人間(中西やすひろ)1982年4月号 - 1987年4月号 ※2015年8月号に創刊40周年企画として『いけない!ルナ先生』とのコラボレーション漫画を掲載
OLC(小川京美)
掟上今日子の備忘録(西尾維新・浅見よう)2015年9月号 - 2017年4月号
おもしろ倶楽部(三浦みつる)
終わりのセラフ 一瀬グレン、16歳の破滅(鏡貴也・山本ヤマト・浅見よう)2017年7月号 - 2022年月3月号 ※『終わりのセラフ』のスピンオフ作品