トランシルヴァニア公国
しかし、ラーコーツィ・ジェルジュ2世は大洪水時代のポーランド遠征に失敗、1660年にオスマン帝国の征討を受けて戦死、同年に起きたオラデアの喪失は、トランシルヴァニア公国の衰退と公国に対するハプスブルク帝国の支配力が増大していく画期となった。ジェルジュ2世の死後後継者争いが勃発、ケメーニ・ヤーノシュ統治下の1661年4月、トランシルヴァニア議会はオスマン帝国からの分離を宣言し、ウィーン宮廷に支援を要請した。しかしハプスブルク・オスマン間の秘密協定の結果、オスマン側のアパフィ・ミハーイ1世が公となり、ケメーニ・ヤーノシュは戦死した。
ミハーイ1世はオスマン側に立ったが、公国に対するハプスブルク帝国の影響はさらに強まって行った。1683年の第二次ウィーン包囲にオスマン帝国が敗退した後、大トルコ戦争でハプスブルク家がハンガリーを占領、トランシルヴァニアにも攻め入り、ミハーイ1世はハプスブルク帝国と協定を結び、公的には自治国家であるトランシルヴァニアはハプスブルク帝国の実質的な支配下に置かれることとなった。一時オスマン帝国に協力したテケリ・イムレがトランシルヴァニア公を称したが、すぐに廃位された。
1692年、アパフィ・ミハーイ2世が廃位されトランシルヴァニアはハプスブルク家治下のハンガリー王国に組み込まれ、皇帝政府の直接統治下に入った(1699年のカルロヴィッツ条約でオーストリアはトランシルヴァニアの宗主権を認められた)。1704年にラーコーツィ・フェレンツ2世がトランシルヴァニア公に即位したが、1711年以後、トランシルヴァニアはハプスブルク帝国に完全に統合され、トランシルヴァニア公は総督に置き換えられた。