希望入団枠制度
希望入団枠制度等による球団選択の自由は、各球団1名(もしくは2名)に限られていた。自由を保障されているものは、アマチュア野球で実績を残した大学生もしくは社会人に限られており、不公平感が残っていた。また、「逆指名制度」時代は、「逆指名なし」、「1位・2位とも逆指名」、「1位のみ逆指名、2位は通常指名」、「2位のみ逆指名、1位は通常指名」という指名も可能だったため、「2位のみ逆指名、1位は通常指名」として、1位指名で逆指名対象外の有力選手(ほとんどの場合は高校生)を指名する「両取り」が可能だった。そのため、「自由獲得枠制度」では自由獲得枠を使用した球団は上位指名に参加できないという制度になった。
2003年12月当時秋田経済法科大付高校3年木村雄太(卒業後東京ガス)に対し、栄養費等の名目で金員を提供することを約し、2004年1月から同年9月までの間、毎月30万円、合計270万円を手渡しまたは口座振込みの方法により供与した
2003年12月当時専大北上高校3年清水勝仁に対し、同選手が早稲田大学に進学を予定していることを知るや、同大学の学費及びいわゆる栄養費の名目で金員を提供することを約し、以後2005年10月までの間、20数回にわたり、合計508万6400円を手渡しまたは口座振込みの方法により供与したほか、2005年10月上記の約を廃棄するに際し、債務不履行相当額を補填するとして、517万1400円を供与した
として制裁金3000万円及び2007年高校生ドラフト上位2選手の指名権を剥奪した。
この件で清水は退部、日本野球連盟の裁定により木村は1年間の謹慎と対外試合出場禁止、東京ガスは対外試合禁止となった。