新島々駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅で、直営駅である。駅前に上高地方面へのバスの発着拠点である新島々バスターミナルを併設している。
自動券売機を設置し、当駅からの鉄道・バスの片道乗車券を発売している。出札窓口はバス窓口も兼ねており、一部駅までの硬券乗車券や長野や東京都区内などJR線連絡の乗車券も購入できる。また改札内には精算窓口があり、当駅までの精算のほか、上高地方面へ向かう旅客には松本からの鉄道・バス乗継乗車券も発売する。
廃止された旧島々駅方面への線路が西へ数十メートル残されており、車両点検・列車交換・夜間留置に使われている。また過去には出発信号機も撤去されずに長らく残っていたが、そのときは使用停止状態となっており横を向いていた。島式ホームはどちらにものりば番号がなく、駅舎側が副本線で日中は車両の留置に使われることが多い。また、2020年にはアルピコ交通創立100周年を記念して、当駅の駅名標デザインを刷新した。長野県のマスコット「アルクマ」、松本市のマスコット「アルプちゃん」、上高地線のイメージキャラクター「渕東なぎさ」(鉄道むすめ、名前は渕東駅と渚駅が由来)がそれぞれ描かれている。
ホーム(2009年12月)
改札(2018年7月)
アルピコ交通バス(松本電鉄バス)の新島々営業所(新島々バスターミナル)が併設されており、バスは駅前の操車場から発着している。
高速バス・特急バス 高山・新穂高温泉・東京(さわやか信州号)方面
一般路線バス アルピコ交通 - 上高地・乗鞍・白骨温泉方面 松本市営バス - 川浦方面