日本ハリストス正教会
1904年に日露戦争開戦。この時ニコライは日本人信徒達から懇請を受け、在日ロシア人達による共に帰国することの勧めを断って日本にとどまり、苦難の下にあった日本人正教徒達を激励し続けた。ニコライは内面では、度重なるロシア軍の惨敗の知らせと停滞する祖国:ロシア帝国の姿に、自らの日記において苦悩を吐露し、ニコライ堂の奉神礼からも主教祈祷から退いているが、それでもニコライは信徒達には「諸君は皇軍のために祈れ」と指導し、あくまで日本人の指導者・日本の正教会の主教という姿を貫き通すことになる。
他方、日本正教会はロシア人捕虜のケアを行い、「日本人のための日本正教会」が「日本人のためだけの日本正教会」ではないことを行動で示した。
だがニコライが個人的な信頼を日本政府内で得ていようと、そして日本正教会が日本政府と協力してロシア人捕虜のケアを行おうと、反露的な機運は日本正教会にも向けられていった。日比谷焼打事件の際には東京復活大聖堂とその関連施設も暴徒に襲撃されるところであり、あわや火をかけられるところであった。この時は戒厳令の下に出動した近衛兵の護衛により教会の各施設も難を逃れた。
こうした逆境にもかかわらず、1911年、ニコライが大主教に昇叙された年には、日本正教会の教勢は教会数265箇所、信徒数31,984名、神品数41名、聖歌隊指揮者15名、伝教者121名に達した。これは当時の日本にあってカトリック教会に次ぐ規模であった。
明治最後の年、1912年に大主教ニコライは永眠、76歳であった。この時、明治天皇から恩賜の花輪が与えられた。外国人宣教師の葬儀に際して時の天皇から花輪が与えられるのは異例のことであった。
大津事件にみられるように日本の対露感情は悪化していく中、ロシア正教会から伝道された日本正教会もまた各地で迫害を受けることになる。
大津事件の際、ニコライ主教は襲撃されたロシア皇太子(のちのニコライ2世)を輔祭河村伊蔵を伴って見舞い、ロシア皇太子の対日感情の緩和に努め、この危機にあたって日本と戦争しないようにくれぐれも父皇帝に伝えるよう願った。ニコライが日本政府内に多くの知己を得ていたことと併せて、このことはロシア人であるにもかかわらず個人としてのニコライは日本政府からおおむね信頼を得る結果となった。
しかしながら日本正教会全体の状況の厳しさは変わらなかった。日本人正教徒達は各地でロシア帝国のスパイであるとの嫌疑をかけられ、住居からの追放や、神父への襲撃、墓石や教会建物の破壊行為が各地で起こった
正教側は、正教はロシア専有の宗教ではなく世界の聖公使徒教会であると主張していたが(これは世界の正教会と共通する見解)、世間からは「露教」と誤解する向きが根強かった。1894年にギリシャ正教会のディオニシオス大主教が来日してニコライ主教と日本人信徒ともに奉神礼を行った事を、「(ギリシャ正教の大主教とニコライ主教と)わが日本正教会信徒が一堂の内にて同一の信仰を保ち、同一の奉神礼を執行し、一の主なる神を讃美し、わが正教会の信仰と奉神礼とはギリシャ正教会のそれと同一であって、世界到るところの正教会、聖にして公たる使徒伝来の基督教会の一枝であることを如実に証明し得た」と記し、「正教会が蒙っていた冤罪を雪ぐべき好機会」であったと記した長司祭三井道郎の回想記の一節にも、当時の日本正教会が置かれた状況が垣間見える。
同年12月 フェオドシイ永島府主教、ルーマニア正教会をテオクティスト総主教からの招待に応え訪問。
1996年9月 フェオドシイ永島府主教、キーウ(キエフ)とチェルノブイリを訪問。チェルノブイリ原子力発電所事故被災者児童を見舞う。
同年12月 ウクライナ救援募金が行われる。
1998年3月 セルビア正教会のニコライ府主教、および香港・東南アジアのニキタス府主教、日本ハリストス正教会を訪問。
2000年5月 モスクワ総主教アレクシイ2世来日。ダニイル主代府主教、首座主教として着座。
2008年11月 ルーマニア正教会が在日ルーマニア正教徒を対象として「日本支部」を設立、「聖ゲオルゲ小教区」(本拠地:東京。静岡・関東などを管轄)と「主の復活小教区」(本拠地:名古屋。愛知・岐阜・関西などを管轄)を設置。
2015年 ルーマニア正教会日本支部の「主の復活小教区」の新任の担当司祭が拠点を美濃加茂市に移動。
当初からニコライは「日本人への伝道」を志して修道司祭となっており、活動を領事館付き司祭の枠にとどめる考えはなかった。ニコライは日本語を熱心に学び、日本人を対象とする布教を積極的に行った。派遣した19世紀後半、および20世紀初頭の開明的なロシア正教会上層部もまた同様の考えであり、「在日ロシア人のための教会」を建設するのではなく「日本人による正教会」を建てることが目指されることとなった。この基本方針はその後のニコライの様々な行動に一貫している。
日本語を奉神礼に用いる現在の日本ハリストス正教会の姿は、現地の言語を大事にする正教会の伝統と、ニコライや日本人伝教者ら伝道に携わった人々・機関の方針の延長線上に位置づけられるものであり、正教会の古代から近世に至るまでの伝統が近現代において実を結ぶ過程であったといえる。
明治時代の日本における、西欧文明・近代化への学習熱を利用する事の出来たキリスト教他教派(西方教会)に比べ、文明を学ぶ対象とはされていなかったロシアから来たニコライと、近代合理主義の影響の薄い正教会には大きなハンデが課されており(現在でこそ近代合理主義の見直しの観点から正教が評価される機会もあるが、当時はこうした事情はハンデであった)、本国ロシアの無理解から支援も滞りがちであったが、伝道にあたってはニコライが育成した日本人信徒が主体となって教会を支え続けた。
府主教ダニエル監修・府主教セルギイ著『東京復活大聖堂と関東大震災』正教時報社(ニコライ堂ほか日本各地正教会で入手可能なブックレット)
ニコライ著/中村健之介 ・中村喜和 ・安井亮平・長縄光男編訳『宣教師ニコライの日記抄』2000年 北海道大学出版会 ISBN 9784832932913 (4832932918)
中村健之介『宣教師ニコライと明治日本』1996年 岩波新書 ISBN 9784004304586
高橋保行『ギリシャ正教』講談社学術文庫 1980年 ISBN 9784061585003 (4061585002)
牛丸康夫『日本正教史』日本ハリストス正教会教団 1978年
松里公孝, 「エッセイ日本正教会見聞録」,『スラブ研究センターニュース』季刊 2012 年春号No.129。(2022年6月24日閲覧)
ルーマニア正教会日本支部, 「日本での活動の歴史」,webサイト『ルーマニア正教会』より。(2022年6月24日閲覧)
「キエフ総主教庁の在日ウクライナ正教会で初の日本人聖職者誕生」,CHRISTISN TODAY,2015年10月29日15時45分。