普通列車
複々線区間において、全駅にホームが設置されている緩行線と少数の駅にのみにホームが設置される急行線(快速線)が別々に運行管理される場合、急行線を走る普通列車は緩行線に対しては複数の駅を通過することになる。
東海道本線・東北本線の大船駅 - 東京駅 - 大宮駅間、山手線の品川駅 - 田端駅間、常磐線の北千住駅 - 取手駅間についての詳細は、それぞれの路線記事を参照。 東北本線のさいたま新都心駅では、上野駅・東京駅方面(上野東京ライン)の普通列車は停車するが、湘南新宿ラインの普通列車は通過する。これは、湘南新宿ラインの列車が走行する東北貨物線にはホームが設置されていないためである。2013年3月15日までは浦和駅も同様の理由で通過したが、こちらは高架化に際してホームが設置された。
京王線の新宿駅 - 笹塚駅間では、京王新線が開業した際に元の京王線にあった初台駅・幡ヶ谷駅が廃止されたため、両駅は新線経由の列車のみ停車し、京王線(本線/旧線)経由の普通列車(各駅停車)はこの両駅は通過となる。
東急電鉄の二子玉川駅 - 溝の口駅間は田園都市線と大井町線が並走しており、途中にある二子新地駅と高津駅は大井町線用のホームがないため、基本的に田園都市線の普通列車(各駅停車)のみが停車する。ただし、大井町線の一部の各駅停車(種別表示が青色の列車)は同区間にて田園都市線の線路を走行し、この両駅にも停車する。
JR西日本では福知山線(JR宝塚線)の普通列車で朝時間帯に大阪駅を発着し、かつ大阪駅 - 尼崎駅間で外側線を走行する列車は塚本駅を通過する。
上越線ではほくほく線直通の全列車が石打駅・大沢駅・上越国際スキー場前駅を通過するほか、同線の塩沢駅および信越本線の黒井駅も一部通過する。これは短い編成でワンマン運転を行うほくほく線の列車では、JR線内での突発的な需要に応じ切れないことが理由にある。
伯備線の布原駅は芸備線直通の列車のみが停車し、伯備線の列車は運転停車することがあっても客扱いを行わず全列車が通過となる。
東海道本線の瀬田駅は1985年のダイヤ改正まで、草津線から直通する客車普通列車が通過していた。
鉄道開業時には、廊下のない個室式の客室構造の車両も見られたが、私鉄統合後の大正期からは車端に手動式の開き戸を備えた、客室仕切り(デッキ)があるクロスシート車が三等車の標準となった。20系客車にはじまる固定編成式以前の客車は特急用に専用の車両が製造される事例があったものの、基本的に優等列車と普通列車の二等車、三等車は共通であった。ただし、優等列車はその性質上、常に状態の良い車両を選定して使用していたため、最新形式、更新工事車などが優先的に使用され、普通列車用の車両は後継車に置き換えられた元優等列車用の車両を含め車齢の高い車両で運用されていた。そのため結果的に優等列車用車両と普通列車用車両では座席や台車の形式の違いによる乗り心地等の格差が見られた。
ただし、鋼体化改造車である60系客車の普通車は木造車置き換え用に、最初から地方線区へ投入されている。
これら、標準的な客車とは異なるものとして、通勤形客車がある。客車列車運用線区でも必要になった通勤・通学輸送に対応するため室内をロングシートに改装して、1963年(昭和38年)以降改造された。
このほか、変則的な車両として、格下車や終戦後車両不足に対処するため暫定的に使用された戦災復旧車、70系客車がある。
格下車は旧式化した優等車を三等車(現・普通車)に格下げしたものである。優等車の格下げ自体は車内設備の陳腐化・老朽化に応じて行われていたが、戦時体制強化による優等列車廃止と1960年代に行われた一等車(三等制時代の二等車、並ロ)の格下では多くの車両が格下げされた。後者の事例では、座席は一等車時代そのままであったため、いわゆる乗り得車両となったが、数年で再改造され消滅した。
北余目駅では、1980年代ごろに朝の下り列車の一部と夜の1本および夕方以降の上り列車の一部が通過していた。
北上線では、 2016年(平成28年)12月1日から、平石駅・矢美津駅の両駅が冬季期間(期間は12月1日から翌年3月31日まで)全列車通過となるが、2022年(令和4年)3月12日ダイヤ改正で廃止された。なお、矢美津駅では、平成初期に日中の一部列車が通過していたほか、国鉄末期から先述の冬季通過実施まで、始発列車が一部駅を通過していた。
信越本線では、国鉄時代に南高田駅と北新井駅の両駅において、一部普通列車が通過していた。
中京圏の東海道本線では、2006年(平成18年)10月1日のダイヤ改正までは、ごく一部の普通列車が一部の駅を通過していた。
高山本線では、国鉄末期の1982年頃(下り)・1984年頃(上り)から2023年(令和5年)3月18日ダイヤ改正までは、高山駅 - 岐阜駅間を運行する始発および最終列車は、高山駅 - 下呂駅間は久々野駅・飛騨小坂駅・飛騨萩原駅のみに停車した。
JR西日本北近畿地区では、2012年(平成24年)3月17日のダイヤ改正時で、普通列車の一部が通過する設定がされたことがあったが、翌年のダイヤ改正で当該列車は快速列車に変更されている。
和歌山線では、和歌山 - 五条間非電化時代、該当区間において、客車列車では、一部の駅を通過していた。
大阪環状線新今宮駅は1964年の開業当初、大阪環状線の電車と関西本線の列車(気動車)が当駅を経由していたが、大阪環状線の電車のみが停車し関西本線の列車は通過していた。1968年の複々線化により関西本線用のホームも完成したがこの時点では関西本線の列車の停車は行われず、1972年になってようやく停車するようになった。また西隣にある今宮駅は1997年に大阪環状線のホームが完成するまでは関西本線の単独駅だった。これらの経緯から天王寺駅と今宮駅の所属路線が関西本線である一方、両駅に挟まれた新今宮駅は大阪環状線の所属となっている。
国鉄の気動車は蒸気動車を含めて、液体式気動車が実用化されるまでは、普通列車用であった。 液体式気動車で普通列車用に製造された車両は一般形(キハ10系、キハ20系)、通勤形(キハ35系)、近郊形気動車(キハ45系)があり、これら普通列車用の車両を一括して一般形気動車と呼ぶこともあるが、車種の分類は資料や文献によって相違しており、国鉄時代の普通列車向け気動車は厳密に車種を特定することは困難であり、制式に分類したものではなかった。実際の運用ではこれに加えて準急形、急行形の車両も使用されたため、塗色や形態、扉の位置や数、座席配置が異なる多種多様な形式が混結して使用されることとなり、そのような列車は「百鬼夜行」と形容された。これは国鉄時代の液体式気動車は特急形を除いて互換性が重視され、液体式変速機を持つものであればどの車両でも連結運転が可能な構造となっていたからできた運用である。もっとも、線区によっては、同一系列や同一形式が集中配置され、統一された編成で運用された例も見られた。
JR発足後に増備された車両の中には、電気指令式ブレーキや密着連結器を採用し、電車並みに性能が向上した車両もあるが、これらの車両は国鉄時代の車両とは併結できないため、在来車と運用が区別されている。
東武鉄道伊勢崎線(東武スカイツリーライン):押上 - 曳舟間
押上駅を介して、東京地下鉄半蔵門線・東急電鉄田園都市線と直通する列車のみが運行される。当該列車は準急・急行のみであるため、「普通」は設定されていないが、乗車券のみで利用できる。
京成電鉄成田空港線(成田スカイアクセス):京成高砂 - 成田空港間
スカイライナーとアクセス特急のみの運行であるため、2015年(平成27年)時点で「普通」は設定されていない。なお、アクセス特急には乗車券のみで乗車できる。
京浜急行電鉄久里浜線:京急久里浜 - 三崎口間
1999年(平成11年)以降「普通」は設定されておらず、快特・特急が各駅に停車して運行されている(いずれも乗車券のみで乗車できる)。
名古屋鉄道名古屋本線:豊橋 - 伊奈間
1991年(平成3年)以降特急・快速特急・急行のみの運行であるため、「普通」は設定されていない。なお、特急・快速特急の一般車と急行には乗車券のみで乗車できる。