内山彦次郎
根拠としては、大坂・京都の斬奸状から在京者の仕業と推測され、永倉が晩年に口述した『新選組顛末記』や、新選組が屯所として利用した京都西本願寺の寺侍・西村兼文が残した『新撰組始末記』などが挙げられる。
しかし今日、新選組犯行説には異論を唱える向きも多い。根拠とされる書物も、後に発見された永倉の『浪士文久報国記事』(『顛末記』以前に書かれた日記)では内山暗殺事件について触れておらず、また『顛末記』には永倉自身ないしはそれが連載されていた『小樽新聞』編集者によると見られる脚色のあとがあり、一方『始末記』の西村は新選組に悪意を持っていたため、共に信憑性を欠くというわけである。
事実、当時の京都・大坂ではいわゆる「尊王攘夷・倒幕」の嵐が吹き荒れており、倒幕派志士による奉行所役人など幕吏の暗殺事件も多発していたことから、そうした志士による犯行説も捨て切れない。
当時の風説集には、内山の暗殺をネタにした小話が多数収録されている。