コミックボンボン
ガンダム、SDガンダム関連ゲーム
コンパチヒーローシリーズ
ワンダースワン
ハロボッツ
ロボットポンコッツ
メダロット
携帯電獣テレファング
ストリートファイターシリーズ(ストリートファイターII、ポケットファイター)
SNK対戦格闘ゲーム(餓狼伝説、サムライスピリッツ)
マリオシリーズ(スーパーマリオブラザーズ、Dr.マリオ)
メトロイドシリーズ
ロックマンシリーズ(ロックマン、ロックマンX)
がんばれゴエモンシリーズ
大貝獣物語
真・女神転生 デビルチルドレン
バーチャファイター サイバージェネレーション
クロスハンター
グランボ
2003年11月号 - 2005年12月号:『愛とグルメの栄養戦士 LaLaLaクッキンガー』:松下幸志
2003年12月号 - 2005年4月号:『太鼓の達人』:おおのじゅんじ
2004年1月号 - 2005年8月号:『SDガンダムフォース』:あおきけい&みかまる
2004年1月号 - 2005年10月号:『棋神伝バトルコマンダー』:津島直人
2004年3月号 - 2005年12月号:『やわらか忍法SOS』:帯ひろ志
2004年4月号 - 8月号:『SDガンダムフォース外伝』:細井雄二
2004年4月号 - 2005年2月号:『バーチャファイター サイバージェネレーション』:松本久志
2004年4月号 - 2006年10月号:『IDATEN翔』:藤原としひろ
2004年4月号 - 12月号:『爆進!スイッチレイダー』:渡辺格
2004年6月号 - 2005年12月号:『ゲゲゲの鬼太郎R 妖怪千物語』:水木しげる(原作)、ほしの竜一
2004年6月号 - 2005年11月号:『武者列伝 武化舞可編』:一式まさと
2004年7月号 - 2005年6月号:『ラクガキ王国 ピクセルの大冒険!!』:コイトデルタ
2004年9月号 - 2006年8月号、2007年1月号 - 12月号:『とびだせ!!ターパン』:やまにのぼる(2006年12月号で再開を発表)
2004年9月号 - 2005年11月号:『スパイダーマンJ』:山中あきら
2004年10月号 - 2005年8月号:『夕焼け!!イヌ番長』:サダタロー
2004年11月号 - 2006年1月号:『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』:高山瑞穂
池原しげと - 聖戦士ダンバイン、重戦機エルガイム、ファミコン風雲児、ロックマンシリーズ
一式まさと - 写ゲキBOYシュート、ウォーウォータンクス!、武者○伝シリーズ
出月こーじ- ロックマン8、ロックマン&フォルテ
今木商事 - プラモウォーズ、ビーストウォーズII、ビーストウォーズネオ、ビーストウォーズメタルス、GEAR戦士電童、アソボット戦記五九 ゴー!ゴー!五九盗賊団
岩本佳浩 - ロックマンX シリーズ、闘神デビルマン、マシュランボー、スパイダーライダーズ 〜オラクルの勇者たち〜
おうたごさく - レスラー軍団大抗争!、聖戦士ロビンJr.
カイマコト - ボンバーマン学校大戦争、バカ殿さまでございます、クロスハンター
かぶと虫太郎 - ベムベムハンターこてんぐテン丸
きのした昭司 - ゲームウルフ隼人
本山一城 - ジュン、スーパーマリオシリーズ
帯ひろ志 - がんばれゴエモンシリーズ、ガンプラ甲子園
神田正宏 - 武者ガンダムシリーズ
きむらひろき - コングルGood、まるごとまんがでたまごっち、機天烈少年'S
クラフト団、やまと虹一 - プラモ狂四郎、超戦士ガンダム野郎
サダタロー - ハダカ侍、閃光シュート!モロキューくん、夕焼け!!イヌ番長
熊倉裕一 - 王ドロボウJING
柴山みのる - やっぱ!アホーガンよ、どすこ〜い!勝五郎
神保史郎、のなかみのる - ラジコンキッド
2002年12月号 - 2005年4月号:『メトロイド サムス&ジョイ』:出月こーじ
2002年12月号 - 2005年12月号:『サイボーグクロちゃん番外バトル』:内田じゅんた
2003年1月号 - 2006年12月号:『天才バカボン』:赤塚不二夫
2003年1月号 - 2007年12月号:『ドクターマリオくん』:あおきけい&みかまる
2003年1月号 - 11月号:『一問必答 怪人ドクヒゲ』:今木商事
2003年2月号 - 2004年3月号:『クラッシュギアNitro』:松本久志
2003年2月号 - 2005年4月号:『メカ沢くん』:ダイナミック太郎
2003年4月号 - 2004年7月号:『サプリビンダーズ』:寺沢大介
2003年4月号 - 2004年11月号:『Qロボ トランスフォーマー』:今木商事
2003年4月号 - 2004年3月号:『不思議あたま動物ウニくん』:くまざわともみち
2003年4月号 - 2004年5月号:『SD頑駄無 武者○伝III』:一式まさと
2003年4月号 - 2004年2月号:『無限戦記ポトリス』:タモリはタル
2003年5月号 - 2004年3月号:『ワンダーベビルくん』:石ノ森章太郎(原作)、山中あきら
2003年6月号 - 2006年3月号:『マジシャン探偵A』:石垣ゆうき
2003年8月号 - 2005年5月号:『おばけへそ町ぽんコチさん』:吉本笑子
2003年10月号 - 2004年1月号:『科学特捜BBR』:きむら繁
2003年10月号 - 2004年9月号:『ガッツキャットニャロメ!』:吉勝太
2007年6月下旬、いしかわじゅんがmixiおよび自身のウェブサイトの日記で休刊を示唆する発言をした。公式な情報でないにもかかわらずニュースサイトや匿名掲示板などで情報が流れ、大きな騒ぎとなった。そして、部数低迷のため同年11月15日発売の12月号をもって休刊することが、同年7月17日に講談社より正式に発表されるに至り、同年11月号の『ボンボン』本誌でも休刊を告知した。最終号となる12月号で連載されていた漫画のほとんどが終了し、『デルトラ・クエスト』などの一部の未完作品の受け皿として『テレビマガジン』の増刊となる漫画誌『テレまんがヒーローズ』を2008年3月15日に発刊、同誌で連載したことのある作家陣もいくらか参加した。また、単行本『ボンボンコミックス』は2009年頃まで引き続き販売されていた。
『ボンボン』の休刊と合わせて、講談社は中学生向け少年漫画誌『月刊少年ライバル』の2008年春の創刊を発表したが、『ボンボン』のコンセプトとは異なり、『ライバル』の編集長はボンボンの後継誌であることを否定している。
本誌に『爆笑戦士! SDガンダム』などを連載しつつも諸事情から編集部側とは敵対していた佐藤元は、休刊発表と同日に自身のブログでいくつかの苦言に織り交ぜて、編集側のやり方に関する非難とともに無念の意を露にしていた。
休刊から数年後、復刊ドットコムの手で『ボンボン』作品が復刊されるケースが増えてきている。この影響を受けてか、講談社サイドでも2012年から『復活ボンボンシリーズ』と銘打ち、直々に『サイボーグクロちゃん』や『真・女神転生デビルチルドレン』などが復刊されている。