ヒメヒコ制
魏志倭人伝における邪馬台国では女性のヒミコ(卑弥呼)が王に共立されて呪術的(祭祀的)支配を行い、男弟が卑弥呼を補佐して政治を執行していた。また、邪馬台国に属する対馬国や壱岐国では大官にヒコ(卑狗)、副官にヒナモリ(卑奴母離)という主副のペア制による統治の記録がある。これらをひとまとめにして「ヒメヒコ制」だとする研究者もいるが、卑弥呼の名を「ヒメ・ミコ」と解釈したとしても、男弟の名を魏志倭人伝が書き留めていない(重要視していない)ため、「ヒコ」とは断定できない。
卑弥呼が閉じこもって祭祀のみ行い、実際の政治を男弟に委ねていたとする説に対しては、『日本書紀』の記述ではワカタケル(雄略天皇)も呉からの使者に面会しておらず、また稲荷山古墳出土鉄剣にも、豪族ヲワケがワカタケルを(男弟が卑弥呼に対したように)「左治」したとあることから、卑弥呼はワカタケルと同質の王であったとの反論がある。
また、近年では姉弟であるから「エオト制」であるとの指摘もされている。ヒコ・ヒナモリは前述の兄夷守と弟夷守の例があるように「エオト制」である可能性が高い。また呪術(祭祀)的首長を意味する「ミミ(彌彌)」は投馬国の「タマ(多模)」は不弥国それぞれの大官であり、副官はそれぞれヒナモリとミミナリ(彌彌那利)であり、これをヒメヒコ制だと唱えることも不可能ではないが、やはり性別不明である以上は一般的なペア制と捉えるべきである。しかしながら、こういった邪馬台国にペア統治体制が数多く見られることから、ヒメヒコ制の起源を卑弥呼と男弟のペア統治に求めようとする研究者は少なくはない。
9世紀に完成した『延喜式神名帳』にはヒメヒコ制の名残と考えられる、ヒメとヒコ(ワケ)が対になって祭られている神社が35地域に知られている(表参照)。
その他、地域名を負ったヒコあるいはヒメが単独祭られている神社は片方のヒメあるいはヒコが何かの理由で欠落した可能性が考えられる。
延喜式神名帳には記載されない神社でも風土記や文書に残されているものに多賀八幡社の祭神となっている伊勢都比古と伊勢都比賣、英賀神社の祭神となっている阿賀比古と阿賀比売などのヒメヒコ神社が点在している。
このようにヒメとヒコを対として祭る神社は北陸、近畿、出雲、播磨、そして伊豆から武蔵地方を中心に点在している。この内、国名をもつ伊予ヒメ・ヒコと越ヒメ・ヒコに関しては、魏志倭人伝における女王国に属する伊邪(イヤ)国および躬臣(コシ)国の統治者の可能性があるとする説もある。