ナタリヤ・ナルイシキナ
しかし同年5月に銃兵隊の反乱が発生し、ナターリアの摂政政府は崩壊した。彼女の2人の兄弟とマトヴェーエフは殺され、実父キリルは修道院へ入った。この機に乗じて政権を奪回したミロラフスキー派は13歳のイヴァン5世をツァーリとし、ピョートルはその共同統治者に格下げされた。イヴァンの姉ソフィヤが新たに摂政政府を組織した。
実権を失ったナターリアは2人の子供を連れて、モスクワ近郊のプレオブラジェンスコエにある夏の離宮に居を構えた。生活は経済的に苦しく、支持者であったモスクワ総主教ヨアキムなど正教会の有力者からの援助を受けていたという。1689年ソフィヤが失脚し、ピョートルが新たな統治者としてクレムリンに迎えられた。ナターリアはこれによって実権を回復し、外務長官(事実上の宰相)に任じた兄弟レフ・ナルイシキンと共に国政を運営した。また総主教ヨアキムも新政府に協力したが、ヨアキムは1690年に死去した。ピョートルは後任に、海外渡航経験をもち数ヶ国語を操るプスコフ主教マルケルスを推したが、ナタリヤは宮廷内の守旧派と結んで頑迷なカザン主教アドリアンを総主教とした。ナターリアは1694年2月に2日間床に伏した直後に急死し、ピョートルが親政を開始した。