アエギュプトゥス
このようにアエギュプトゥスが宗教的にも政治的にも東ローマ帝国から遊離しているときに、新たにイスラム帝国が侵攻してきた。
預言者ムハンマドの政治的後継者である第2代正統カリフのウマルは、新宗教のイスラム教を西側に広めるために、将軍アムル・イブン・アル=アースと4,000名のアラブ人からなる軍を派兵した。イスラム軍は639年にパレスチナからアエギュプトゥスに侵入し、すぐにナイル川の三角地帯まで達した。ローマ側の皇帝駐留軍は町の城壁内に撤退し、そのまま1年間(またはそれ以上)持ちこたえたが、増援を受けたイスラム軍が641年4月にアレクサンドリアを陥した。
アエギュプトゥスの人々は東ローマ帝国の教会から迫害を受けていたため、多くの住民が新しい支配者に代わることを歓迎した。東ローマ帝国はアエギュプトゥスを奪還するために艦隊を組織し、645年にはアレクサンドリアを取り戻したが、646年には再びイスラム軍に奪われた。これによってアエギュプトゥスはイスラム支配下に入り、ギリシア・ローマによる975年間にわたったエジプト支配は終わりを告げた。