牧原出
『内閣政治と「大蔵省支配」―政治主導の条件』(中央公論新社[中公叢書]、2003年)
『行政改革と調整のシステム』(東京大学出版会[行政学叢書]、2009年)
『権力移行―何が政治を安定させるのか』(NHKブックス、2013年)
『「安倍一強」の謎』(朝日新書、2016年)
『崩れる政治を立て直す―21世紀の日本行政改革論』(講談社現代新書、2018年)
『田中耕太郎 闘う司法の確立者、国際法の探究者』(中公新書、2022年)