Cytoscape
一般的には生物学研究用途に利用されているが、 他にもソーシャル・ネットワーク・サービスなどでノードとエッジによるネットワークグラフ可視化分析にも使用できる。 ソフトウェアアーキテクチャの重要な側面は特殊なプラグインを使用することにあり、プラグインは運営者とより大きなユーザーコミュニティによって開発されている。