京都市営地下鉄東西線
その結果、京都市役所前駅の西隣にある烏丸御池駅での烏丸線との接続に問題が生じる結果を招いた。
1999年には京都商工会議所から二条駅まで京津線乗り入れ区間の延長要望が出され、先述のとおり、2008年1月16日の太秦天神川までの延伸開業に併せて太秦天神川駅に変電所を新設し、京阪京津線列車の乗り入れ区間を同駅まで延長することになった。もっとも、乗り入れ区間の延長に伴う余力の捻出のために、当初は京津線列車毎時4本のうち2本が太秦天神川駅まで運転されたが、2018年のダイヤ改正で京津線列車が昼間以降すべて太秦天神川駅まで直通するようになった一方で運転間隔が15分から20分になり、京津線列車の運転本数は東西線開業以前より減便された。
1997年の開業時(京阪京津線の地上区間廃止時)に九条山駅と日ノ岡駅が廃止された。日ノ岡駅が御陵駅に統合される形で残ったのとは違い、代替駅の建設予定がなかった九条山駅周辺住民からは地下鉄駅設置の要望が出ていたが、難工事が予想された上に利用者があまり見込めないことから、計画段階当初より代替駅を建設することは見送られた。2020年3月時点で九条山バス停(九条山駅とほぼ同一場所)から三条京阪方面や山科駅方面には京阪バスが走っているが、日中の三条京阪行きのバスは1時間に1 - 2本であり、1時間に4本の停車列車があった京阪京津線時代に比べて大幅に削減されている。
3kmは京都市・京阪電気鉄道などが出資する第三セクター京都高速鉄道を設立して日本鉄道建設公団(現在の鉄道建設・運輸施設整備支援機構)の施工となった。そして鉄道施設の完成後、京都高速鉄道が日本鉄道建設公団から(建設費など約959億円を)25年間の分割払いで鉄道施設を譲り受けて京都市交通局に貸与し、京都市交通局が醍醐駅 - 二条駅間を一体的に運営することになった。
浜大津は現在のびわ湖浜大津。
御陵 - 太秦天神川間は京阪電気鉄道所属車両も運行されるが、京阪電気鉄道線から京都市営地下鉄線への乗り入れ(直通運転)であり、京阪電気鉄道が第二種鉄道事業(他事業者の線路を借り受けて運送)をしているのではない。このため、交通局から京阪へ車両使用料が発生する。 京都市交通局所属車両は京阪電気鉄道線に乗り入れない。
三条京阪駅 - 御陵駅間は、京都高速鉄道が所有し、京都市交通局が借り受けて旅客運送(第二種鉄道事業)を行っていた。市交通局から京都高速鉄道へ線路使用料が発生していた。
2009年度からは太秦天神川駅 - 六地蔵駅間全線を市が所有(第一種鉄道事業者)。 京阪車の直通運転の形態は変わらない。