特殊作戦執行部
より大型のハドソン輸送機も使用されたが、ハドソンは滑走路長がライサンダーの倍以上も必要であったという。
エージェントを落下傘降下させる時、SOEではしばしばホイットレイ、ハリファックス、スターリングなどの爆撃機を使用した。このうちスターリングが最大の積載量を、ハリファックスが最大の航続距離をもっていた。後にはアメリカ製のC-47輸送機も投入され、主にバルカン半島方面でパルチザン勢力が確保した飛行場への輸送に用いられた。
通常、装備や機材は円筒形のコンテナに収納した上でパラシュート投下された。C型コンテナの長さは69インチ (180 cm)で最大積載量は224ポンド (102 kg)であった。H型コンテナはほとんど同じサイズだが内部に仕切りがあった。一方、毛布やブーツなどはロープで束ねてパラシュートを付けずそのまま投下された。
ステーションIXではパラシュート投下を前提とした折りたたみ式オートバイ、ウェルバイク(英語版)を開発している。ウェルバイクはエンジン音が非常にうるさかった上、荒れた地面の上ではほとんど使い物にならなかったという。
SOEは設立当初からイギリス空軍との衝突に悩まされていた。1941年1月、SOEはヴァンヌ近郊に駐屯するドイツ空軍の先導機部隊である第100爆撃航空団への襲撃を目的とした空挺作戦「サバンナ作戦(英語版)」を立案したが、これは空軍参謀長チャールズ・ポータル(英語版)将軍の「道徳的な理由」に基づく反対によって中止に追い込まれた。後にポータルの異議は却下されサバンナ作戦は実行に移されたものの失敗に終わった。また、爆撃軍団(英語版)司令アーサー・ハリス元帥も、ドイツの都市を破壊する以外の目的に爆撃機を使用することについて強く反発していた。こうした空軍高級将校らの反発の末、1942年4月にはテンプスフォード空軍基地(英語版)を拠点とする第138飛行隊(英語版)および第161飛行隊(英語版)がSOE直属の航空部隊として運用される事が決定した。
これらの航空隊ではライサンダー連絡機などが使用された。ライサンダーは低速な小型機ではあったが、不整地かつ400ヤード (370 m)以下の滑走路長での離着陸が可能であった。ライサンダーを用いて101人のエージェントがヨーロッパに潜入し、また128人のエージェントがヨーロッパから脱出している。
あまりに危険であり、また協力者が不足していたこともあり、ドイツ本国での作戦はごく小数に留まった。SOEにおけるオーストリアおよびドイツ担当の部局は、戦時中のほとんどの期間ロナルド・ソーンレイ中佐(Ronald Thornley)が指揮を取り、PWEの対独活動部門と共にデマの流布や行政上のサボタージュなどを実施した。「Dデイ」後、この部局は再編拡張を経てジェラルド・テンプラー(英語版)少将を指揮官に迎え、ソーンリーはテンプラーの補佐官となった。アドルフ・ヒトラー暗殺を目的としたフォックスレイ作戦、ドイツ国内における大規模な反ナチ抵抗運動の存在をドイツ当局に信じこませることを目的としたペリウィッグ作戦(Operation Periwig、「かつら」作戦)など、大規模な作戦も立案された。フォックスレイ作戦は実行されなかったが、ペリウィッグ作戦はSISやSHAEFの反対にもかかわらず実行に移された。この作戦の元、数人のドイツ人捕虜がSOEエージェントとしての訓練を施され、彼らには反ナチ抵抗運動に接触して破壊活動に従事せよという偽の指令が与えられた。SOEではドイツ人らが降下の後、自主的に投降するかゲシュタポに逮捕されるなどして捕われ、与えられた偽の指令をドイツ側に漏らすことを期待していた。この際、暗号表や通信機といったエージェントの機材もあえてドイツ側に入手させ、この偽の暗号表に従った偽の暗号放送も行われた。
大戦末期、戦時経済相パルマーはSOEの維持または後継組織の設置を強く訴え、「ロシアの脅威」(Russian menace)と「中東にくすぶる火山」(the smouldering volcanoes of the Middle East)への対処にSOEが有用であろうと主張していた。これを受けて当時の外務相アンソニー・イーデンはSOEまたは後継組織がSISと同様に外務省の指揮下に置かれるべきだと主張した。パルマーはこれに反対し、「外務省にSOEを預けるというのは、女子修道院長に売春宿を任せるようなものだ」(To have SOE run by the Foreign Office would be like inviting an abbess to supervise a brothel.)と言い放った。SOEの設置を命じた首相チャーチルは1945年の総選挙の末に退任しており、判断は労働党出身の新首相クレメント・アトリーの手に委ねられた。