空の中
直後に父の殉職の報せを受け、天涯孤独の身になった瞬は、父を失った心の空洞を埋めるかのようにフェイクをまるで家族のように可愛がり、コミュニケーションをとろうとする。
一方、「スワローテイル」の製造元である特殊法人日本航空機設計の春名高巳は、「スワローテイル」が起こした事故の調査委員に任命され、事故当時斉木三佐の編隊員として一緒に飛んでいた武田光稀三等空尉に事故当時の状況の聞き取り調査を行うべく岐阜基地に来ていた。事故当時の唯一の生存者であることから厳しい調査を受けた光稀は当初、事故の話をすることを渋っていたが、高巳の熱心な説得を受け、高巳と一緒に事故空域へ行くことを決心する。そして複座機のF-15DJに乗り込み事故空域に向かった二人は、その空域において奇妙な現象と、後に「白鯨」と呼称される謎の知的生命体に遭遇する。
原因不明の航空機事故と、謎の知的生命体。それらに関わる人々はやがて、ある場所へと集まっていく。