チャド・リビア紛争
首都ンジャメナに対する攻撃が失敗したわずか数か月後、チャド民族解放戦線(FROLINAT)では内部対立の激化により所属各勢力の結束は打ち砕かれ、チャドにおけるリビアの影響力はひどく弱体化した。1978年8月27日夜、火山軍(英語版)の指導者アーマット・アシル(英語版)は、リビア軍の支援のもとファヤ・ラルジョーを攻撃した。これは明らかにカダフィの「チャド民族解放戦線(FROLINAT)の指導者をグクーニからアシルへとすげ替える」という試みであった。この試みは裏目に出ることになり、グクーニは、チャドにいるリビア軍事顧問を全て追放することで応じ、フランスとの和解を探り始めることとなった。
カダフィとグクーニの衝突には、民族的要因と政治的要因の二つの要因があった。チャド民族解放戦線(FROLINAT)は、アシルのようなアラブ人と、グクーニやハブレといったトゥブ族(英語版)に分かれていた。また、人種・民族の違いは、カダフィやその思想「緑の書」に対する姿勢の相違にも表れていた。特に、グクーニおよびその配下は、「『緑の書』をチャド民族解放戦線(FROLINAT)の公式政策に」というカダフィの要請に対し消極的であり、時間をかけたうえで、チャド民族解放戦線(FROLINAT)の活動が完全に再統合されるまでは、この問題を先延ばししようとしていた。
再統合がなされ、カダフィが「緑の書」採用を再び要請すると、チャド民族解放戦線(FROLINAT)の革命評議会(the Revolution's Council)では意見の相違が明らかになった。すなわち、多くの者は、「チャド民族解放戦線(FROLINAT)が発足し、イブラヒム ・アバチャ(英語版)が初代事務総長に就任した1966年当時の活動方針」に従うと明言する一方、アシルほかの一部の者は、カダフィの考えを完全に受け入れるという状況であった。
首都ンジャメナでは、ハブレ首相の北部軍(FAN)とマルーム大統領のチャド政府軍(FAT)の2つの軍隊が同時に存在し、国家の崩壊と北部指導者の台頭をもたらすことになるンジャメナの戦い (1979年)(英語版)の舞台が整っていた。1979年2月12日、小規模な偶発的事件が北部軍(FAN)とチャド政府軍(FAT)の激しい戦闘に発展、2月19日にはグクーニ配下の人民軍(FAP)が北部軍(FAN)側としてンジャメナ入りすると、戦闘はさらに激化することとなった。最初の国際和平会議が開催された3月16日までで、死者は推定2千-5千人、避難民は推定6万-7万人に上った。消耗が激しいチャド政府軍(FAT)は、首都を対立する勢力の手に委ね、ワデル・アブデルカデル・カモゲ(英語版)の指導のもと、チャド南部にて再編成を行うこととなった。
カダフィは「全てのリビア軍の撤退は完了済である」と宣言するが、翌日にはミッテランはそれが真実ではないと認めることとなった。しかしながら、ミッテランはフランス軍のチャド再派遣を命じなかった。
政治学者のサム・ノルチュング(英語版)によると、「1984年のこのフランス・リビア二国間の会談で折り合ったことで、カダフィはチャドの泥沼からの出口を見つける絶好の機会を得、同時に国際的な名声を高め、加えて、リビア代理人を含む和平協定への合意をハブレに強いる機会となった可能性がある。」とされる。しかし実際にはそうではなくて、カダフィは「フランスの撤退を、リビア軍のチャド駐留とリビアによるBET県全体の『事実上の』併合をフランスは許容する意向」と誤って受け取り、これはチャドの全ての諸勢力・アフリカ統一機構(OAU)・国際連合に確実に反対される行動であった。カダフィのこのしくじりは、暫定国民連合政府(GUNT)の造反と1986年の新たなフランス軍派遣に繋がり、ついにはカダフィに敗北をもたらすこととなった。
停戦違反は多かったが、各々の事案は比較的軽微なものであった。チャド、リビアの両政府は、広く予期されていた紛争の再開に備え、国際世論を味方につけるために、複雑に入り組んだ外交工作を直ちに開始した。しかしながら、双方とも、平和的解決の余地を残しておく様にも気を配っていた。フランスとアフリカ諸国のほとんどは平和的解決を支持・推進する一方で、アメリカのレーガン政権は紛争再開をカダフィ失脚に向けた最大のチャンスと考えていた。
カダフィがチャド政府との関係正常化を図りたいと示唆し、この戦争は誤りであったと認めるまでに至り、両国間の関係は着実に改善していた。1988年5月、リビアの指導者は「アフリカへの贈り物として」、ハブレをチャドの合法的な大統領であると承認する、と宣言し、これが10月3日の両国間の外交関係の全面的な再開につながった。翌1989年の8月31日、チャドとリビアの代表がアルジェで会談し、「領土紛争の平和的解決に関する枠組み合意」の交渉を行い、これによりカダフィは、アオゾウ地帯についてハブレと話し合うこと、二国間の交渉が不調に終わればこの問題を国際司法裁判所(ICJ)に提起し拘束力のある裁定を仰ぐこと、に合意した。