二本木駅
開業前年の1910年(明治43年)築の駅舎が修繕されながら供用されており、妙高はねうまラインでは唯一路線開業時の駅舎が現存する駅である。駅舎とホームを繋ぐコンクリート造りの地下通路は、1941年(昭和16年)から1942年(昭和17年)にかけて造られたものであり、戦前で地方で造られたものとしては珍しい。また、長野寄りの引込線を覆う木造の「雪囲い」は1911年(大正11年)に建築されたもので、明治時代のレールを柱として再利用し、壁や屋根を木の板で構築している。2018年(平成30年)には上越市の補助を受け駅舎外観の復元を行った。これによりサイディングを撤去して古い漆喰壁が復元され、屋根とひさしの間の採光用高窓が復活している。
待合室はえちごトキめき鉄道への移管後に一旦閉鎖されていたが、上越市の地域活動支援事業に基づき中郷観光協会が主体となって2015年8月に改修が行われ、2015年11月8日から再び供用を開始した。
待合室には二本木駅のスイッチバックを再現した鉄道模型のジオラマが常設されている。
JR時代の駅舎(2011年8月)
移管当初の駅舎(2016年10月)