ティムール朝
1451年、シャー・ルフの兄ミーラーン・シャーの孫アブー・サイードが、中央アジアのトゥルクマーンとウズベクの支援を受けてサマルカンドを奪取、シャー・ルフ家の王子に代わって第7代君主に即位した。アブー・サイードはイスラム神秘主義教団のひとつナクシュバンディー教団の支持を獲得してその宗教的権威のもとにマー・ワラー・アンナフルの勢力を固め、1457年にはアゼルバイジャンで反乱が起ったためにヘラートを放棄して東イランに帰還せざるを得なくなった黒羊朝と交渉して、ヘラートを含むホラーサーンを始めとするイラン東部を返還されて、シャー・ルフ没以来の10年ぶりのティムール朝の単独君主となった。
アブー・サイードの治世では、反乱やウズベクの侵入に悩まされつつも統一は保たれた。しかし、1467年にアゼルバイジャン方面でトゥルクマーンの白羊朝が黒羊朝を破って勢力を確立すると、これを東部イラン回復の好機と見たアブー・サイードは西方へと遠征を敢行し、1469年に白羊朝の英主ウズン・ハサンの軍によって大敗を喫し、殺害された。アブー・サイードの死後、その長男スルタン・アフマドがサマルカンドで即位するが、もはやマー・ワラー・アンナフルを確保するのが精一杯で、ホラーサーンではヘラートを本拠地とするティムールの次男ウマル・シャイフの曾孫フサイン・バイカラが勢力を確立していた。こうしてティムール朝はサマルカンド政権とヘラート政権の分立の時代に入る。
サマルカンド政権ではウルグ・ベクの知事時代に繁栄の絶頂を極めていた都市文化が衰退に向かいつつあったが、ナクシュバンディー教団の権威のもとで安定が保たれた。
ティムールは生前から、新たに征服した地方は自身の王子たちを知事としその支配を委ねていたため、ティムールの死後、各地に分封されて勢力を蓄えていた王子たちの間で後継者を巡る争いが起った。ティムールは自身に先立って死んだ王子ジャハーンギールの子ピール・ムハンマド・ジャハーンギールを後継者に指名していたが、ピール・ムハンマドは諸王子の中では力が弱く、権力を掌握することができなかった。かわって三男ミーラーン・シャーの子でタシュケント知事のハリール・スルタンが首都サマルカンドを奪い、ティムールの後継者として即位する。しかし、腹心の部下をもっていなかったハリールは、寵姫シャーディ・ムルク(英: Shad Mulk)の政治介入を許して首都での支持を失うと、ホラーサーン地方の知事でホラーサーン駐留の軍団を統御することに成功したティムールの四男シャー・ルフに倒された。
1409年にサマルカンドを征服、ティムール朝の3代君主となったシャー・ルフは、サマルカンドの支配は自身の長男ウルグ・ベクに任せてホラーサーンに帰り、ホラーサーンの主要都市のひとつヘラート(現アフガニスタン西部)を本拠地としてティムール朝の再統一に乗り出した。シャー・ルフは自身の子飼いの部将たちを将軍に登用して権力を固め、王朝発祥の地である中央アジアの遊牧民の軍事力を背景に地方で割拠する三人の兄の子孫たちから次第に権力を奪っていった。
ティムール王家の旗ティムール(1370年 - 1405年)
ハリール・スルタン(1405年 - 1409年)
シャー・ルフ(1409年 -1447年)
ウルグ・ベク(1447年 - 1449年)
アブドゥッラティーフ(1449年 - 1450年)
アブドゥッラー(1450年 - 1451年)
アブー・サイード(1451年 - 1469年)
サマルカンド政権
スルタン・アフマド(1469年 - 1494年、アブー・サイードの長男)
スルタン・マフムード(1494年 - 1495年、アブー・サイードの次男)
バイスングル(1495年 -1496年、スルタン・マフムードの長男)
スルタン・アリー(1496年、スルタン・マフムードの次男)
バイスングル(2回目、1497年)
バーブル(1497年 - 1498年、後のムガル帝国初代皇帝)
スルタン・アリー(2回目、1498年 - 1500年)
ヘラート政権
フサイン・バイカラ(1470年 - 1506年)
バディー・ウッザマーン、ムザッファル・フサイン(共同統治、1506年 - 1507年)