久保田鼎
同年8月から翌年1月にかけては博物館および美術に関する調査のためアメリカ合衆国に渡っている。
1896年3月に帝国博物館理事、5月には古社寺保存会の委員に任命され、また同月から東京美術学校で考案の授業を受け持つようになった。1897年にはパリ万博のために編纂される『帝国美術略史』の事務統括担当となっている。1898年に美術学校騒動が起きて天心が同校を去ると、校長心得になった高嶺秀夫の下で同年5月に幹事に復帰して事態の収拾に当たり、12月に教授兼任の校長心得となった。新設された西洋画科の黒田清輝らは工芸部門を廃してパリのエコール・デ・ボザールのような体制に改組する事を望んでおり、既存の学科との衝突を調整するのに苦慮したという。1899年に帝国博物館工芸部長兼任となり、1900年1月から1901年8月まで美術学校の正式な校長として在任した。
校長退職後は帝国博物館の主事を1907年まで務め、同年12月に奈良および京都帝室博物館の両館長に就任して奈良県に移り住んだ。翌年5月に正倉院宝庫掛、1914年5月に法隆寺壁画の保存法調査委員長をそれぞれ兼任した。同年に京都帝室博物館長に専任となり、1924年に再び奈良帝室博物館長となった。1931年に退官して奈良市水門町に隠居し、1935年に勅任官待遇となって1940年に逝去した。妻は先に亡くなり、実子がなかったため親戚の男女3人を養子としていたという。