ミシェル・アフラク
結局、クーワトリー政権は軍将校フスニー・アル=ザイームのクーデターで打倒された。ザイーム政権は、シリアは自由民主国家になる準備が出来ていないとして、全ての政党を禁止した。アフラクは一旦は、釈放されていたがザイーム政権にも再逮捕され、悪名高いメゼフ刑務所に送られた。しかし、ザイーム政権は短命で1949年8月に倒され、民主的な選挙で選ばれたハーシム・アル=アターシーが大統領に就任した。アターシーは挙国一致政権を志向し、アフラクも教育大臣に任命された。12月まで務めたが、彼が唯一得た政府ポストとなった。アターシー政権も長くは続かず、1951年にアディーブ・アル=シーシャクリーのクーデターにより政権を奪われた。
アフラクは当初、シーシャクリー政権とはアラブ・ナショナリストの価値観を共有しており、協力していけると信じていた。しかし、その分析は間違いであり、シーシャクリー政権はバアス党を含む全ての政党を禁止した。政府からの弾圧を逃れるため、バアス党指導部はレバノンに退避した。レバノンにおいて、ホーラーニー率いるアラブ社会党と合併し、1953年にアラブ社会主義バアス党となった。新生バアス党はシーシャクリー政権への反対勢力の中心となり、他の反政府勢力と協力し、1954年2月にシーシャクリー政権を打倒した。