森尚謙
これとともに、藩内でも光圀派に対する追い落としが始まり、彰考館においても、朱子学者の尚謙ではなく、実学者(陽明学者)の澹泊が1693年に総裁(複名制)の座に上がり、本紀(歴代天皇)以外の修史事業を停止してしまう。1695年には、家老の藤井徳昭までもが柳沢吉保と謀って光圀失脚を企てたとして、光圀は江戸屋敷での能会にて徳昭を暗殺した。1696年に側近の佐々宗淳を彰考館総裁に挙げて反撃を試みるが、1年足らずで降ろされた。このため光圀派は1697年、光圀のいる水戸に移り、新たに水戸彰考館(水館)を開いて、江戸彰考館(江館)が放棄した列伝の作成を続ける。
また、尚謙は藩主の侍医侍講となり、元禄10年(1697年)、光圀の命により、水戸本町の自宅屋敷内に講堂を建てて儼塾(私塾ではなく、最初期の公的藩校のひとつ)を開き、歴史と正名を思想の根本とする水戸学を切り開いて、その教育普及に当たる。また、彼は、朱子の知先行後を重んじ、医術や兵学、剣術にも長けており、文武両道を誇った。くわえて、儒学仏道の学識も高く、その両立を主張した。江館総裁の澹泊は、陽明の知行合一の立場から水館の尚謙を激しく論難し続け、その著作すべてを藩内から焼き払うことを命じたが、水館で澹泊に従う者はいなかった。
尚謙は、国内各地の知識人たちと交流していた。なかでも、同じ侍医でもあった赤穂藩の寺井玄渓とは親しかった。1701年春に起きた赤穂事件において、玄渓はただちに江戸藩邸から赤穂城に戻り、筆頭家老大石良雄の腹心として、善後策の立案実行に奔走した。