大山祇神社
「右へんろ道 阿方村延命寺へ壱里 文政13年(1830年)」と刻まれた遍路石が当島の四国側南対岸の波止浜港の入口にあり、当時、四国八十八ケ所の本式の巡拝者は松山の53番円明寺を打った後、堀江港辺りまたは当港から北上し大三島の南岸に到着、当社を参拝し本地大通智勝如来に参拝納経をして打戻り54番延命寺に向かっていた。
明治4年 (1871年) に近代社格制度において、国幣中社に列格し、大正4年(1915年)国幣大社に昇格された(四国地方では唯一の大社)。
太平洋戦争の終戦直後の一時期には、旧帝国海軍関係の貴重な資料や教材を戦利品として連合国に没収されることを恐れた海軍兵学校から、厳島神社と合わせて約1万点を「奉納」の名目で預かっていた。そして後に自衛隊が創設されると、自衛隊に返還がなされた。また、GHQは刀剣類の異常な多さを問題視し、国宝級を除いて処分を命じたが神社側は密かに土中に秘匿した。
境内摂社
上津社(本殿向かって右に鎮座) 祭神:上津姫、雷神 例祭:なし - 祭典は本社に準じて行われる。 社殿は、本宮本殿と同様に応永年間(1394年-1428年)の再建と推定される。三間社流造で、屋根は檜皮葺。延享年間(1744年-1748年)・文政年間(1818年-1830年)に大改修が行われたほか、昭和43年(1968年)にも解体修理が実施された。愛媛県指定有形文化財に指定されている。
下津社(本殿向かって左に鎮座) 祭神:下津姫、高籠神 例祭:なし - 祭典は本社に準じて行われる。 社殿は三間社流造檜皮葺。
姫子邑神社(ひめこむらじんじゃ)本殿の背後に鎮座 祭神:木花開耶姫命(大山積神の娘)とその御子神(火々出見命・火須勢理命)。例祭:10月26日。
境外摂社
阿奈波神社(あなばじんじゃ) 鎮座地:今治市大三島町宮浦字御串山(北緯34度14分52.
祭神は次の1柱。
大山積神(おおやまづみのかみ、おおやまつみのかみ) 別名として「和多志大神(わたしのおおかみ)」とも、「三島大明神」とも。伊弉諾尊と伊弉冉尊の間の子で、磐長姫命と木花開耶姫命(瓊瓊杵尊の妃)の父。 元は山の神であるが、大山祇神社が瀬戸内海の要所に位置することなどから、大山祇神社では海の神としての性格も強い。 大山祇神社では社名「大山祇」と祭神名「大山積」とは異なる表記が用いられているが、かつては社名も「大山積」と表記されている。
国の天然記念物(指定名称は「大山祇神社のクスノキ群」)。1951年(昭和26年)6月9日指定。境内には多くのクスの古木が残って原生林の名残を留めている。うち38本が指定対象となっている。代表的なものは次の通り。 乎千命御手植の楠 幹周11.1m、根周り20m、樹高約15.6m。神社境内のほぼ中央にある。伝承樹齢2600年。兵火や洪水・落雷により樹勢は衰えているが下枝は葉をつけている。小千命の手植えとの伝承があり、名称はこれに由来する。根本は柵で保護されているがその周りは踏み固められており、やや枯れ枝が目立つ。 能因法師雨乞いの樟(枯死) 幹周17m(現在は10m以下)。神池近くにある。伝承樹齢3,000年。かつて日本最古の楠と言われた。18世紀に枯死し腐朽により徐々に崩壊縮小しているが、1990年頃の調査でも胸高幹周10mとある。