エタノール沈殿
核酸(DNA,RNA)は、極性を持つ高分子であり、水に溶解させることができる。エタノールは常温では、水よりも極性が小さく、任意の比率で水と混合できる液体である。エタノール自体は核酸を溶解させない。核酸水溶液にエタノールを加えると、すでに溶けていた核酸はエタノールに溶けないため、次第に析出する。
しかしながら、核酸はその構成要素リン酸に由来する負の電荷を持つため、お互いに反発し沈殿ができにくい。そのため、エタノール沈殿を行う場合、塩化ナトリウム溶液・酢酸ナトリウム緩衝液・酢酸アンモニウム緩衝液などを核酸溶液に加え、核酸の電荷を中和した後、エタノールを加えて沈殿させる。
上記の沈殿を得やすくするため、低温下で混合液を保管する(-20~-80°C)、グリコーゲンなどの共沈剤を加えるなどの操作が行われることもある。
また、エタノールの代わりに、より極性が小さいイソプロパノールを用いると、より沈殿が得やすい。しかし、イソプロパノールはエタノールよりも揮発性が低いため、最後の乾燥の段階で時間がかかるという欠点がある。またイソプロパノールが残ると、その後の実験に影響が大きい(酵素活性が阻害されるなど)ので、沈殿の洗浄・乾燥に留意が必要である。
水溶性のポリエーテルであるポリエチレングリコール(PEG)を用いたDNAの沈殿法(PEG沈殿)も用いられる。これには高分子量のDNAを優先的に沈殿させる効果があり、プラスミドなどの精製過程でのRNAの除去などに用いられる。これもPEGを除くために再度エタノール沈殿を行う必要がある。