南西方面艦隊
1944年(昭和19年)3月25日、南東方面艦隊より第九艦隊(司令長官遠藤喜一中将、ニューギニア北岸中部以西担当)が南西方面艦隊に編入された。だが第九艦隊はまもなく玉砕し、7月10日に解隊された。
6月18日、南西方面艦隊と第二南遣艦隊司令長官の人事がおこなわれる。南西方面艦隊司令長官は高須中将から三川軍一中将(当時、第二南遣艦隊司令長官)に交代した。後任の第二南遣艦隊司令長官は、河瀬四郎中将であった。 8月15日より、三川中将(南西方面艦隊司令長官)は第三南遣艦隊司令長官を兼任することになった。
また同時期の日本海軍はテニアンの戦いで玉砕した第一航空艦隊を再編し(8月7日、司令長官寺岡謹平中将親補)、8月10日附で南西方面艦隊に編入した。だが寺内中将の第一航空艦隊は9月10日にダバオ誤報事件を起こしてしまう。10月20日より大西瀧治郎中将が一航艦司令長官となった。
10月中旬以降の連合軍反攻作戦および捷一号作戦時(フィリピンの戦い)、ルソン島マニラに司令部を置く南西方面艦隊は麾下部隊を展開し、フィリピン配備の日本陸軍(南方軍・第14方面軍)と共に連合軍を迎撃した。レイテ島地上戦にともなう緊急輸送作戦多号作戦実施中の11月1日、南西方面艦隊司令長官は三川中将から大川内傳七中将に交代した。 11月15日、台湾とフィリピンに展開していた第二航空艦隊(司令長官福留繁中将)が、南西方面艦隊に編入された。この措置により、南西方面艦隊麾下の航空艦隊は3個艦隊(第一航空艦隊・第二航空艦隊・第十三航空艦隊)となった。 12月5日、戦時編制の改定により北東方面艦隊所属の第五艦隊(司令長官志摩清英中将)が南西方面艦隊に編入された。