アイヌ墓地盗掘事件
これを受けて同月13日に大和守は、ワイス自らの責任を認めていない事、3名の刑が軽い事、慰謝料が少ない事、偽の遺骨を返還した事などを挙げて英国側に厳重な抗議を行った。これを受けて英国側はワイスを罷免し、後任としてエイベル・ガウワーを箱館領事に任命した。同月18日にガウワーは奉行所にて大和守と面談を行い、処置について交渉を行った。ガウワーは紳士的な態度で臨んだとされるが、大和守は厳しく追及を行いアイヌに対する慰謝料250両と諸経費の支払いで合意した。2月26日にパークスは外国奉行所に書簡を送付して盗掘事件への謝罪を行い、慰謝料の支払いと森村遺骨の返還を約束した。
同年4月には、ガウワーが森村と落部村にて慰謝料を支払い、法要を行った。なお慰謝料については、森村では遺族に分配された記録が残されているが、落部村では13人の慰霊碑を建立したのみで遺族の子孫は受け取っていないと証言している。一連の交渉を終えた大和守は同年6月に江戸にもどり、後任には杉浦兵庫守が就いた。
しかし、森村遺骨の返還は一向に果たされなかった。兵庫守は慶応3年(1867年)2月27日にガウアーと面談し遺骨返還について問いただした。すると英国側は先に支払った慰謝料によって遺骨を購入したと主張。兵庫守はこれに抗議すると、4月18日にガウアーは「上海にあるアイヌ遺骨を箱館に輸送しているところ」と返答した。翌19日に遺骨の返還が行われ1年7か月に及ぶ交渉が終了した。
アイヌ墓地盗掘事件(アイヌぼちとうくつじけん)とは、幕末に箱館駐在英国領事館員がアイヌの墓地を盗掘して17体の遺骨を持ち去り、外交問題に発展した事件。訴えを受けた箱館奉行小出大和守秀実らが1年7か月におよぶ粘り強い交渉を行い、遺骨の返還と慰謝料の支払いにこぎつけて解決となった。しかし、返還された遺骨は偽物で、盗掘された遺骨の一部はイギリスに持ち出されたと考えられている。