少年忍者風のフジ丸
本作のビデオソフトは、古くは1971年に東映ビデオ第4回発売作品として2万5000円で発売されており、当時はオープンリールの各方式で供給されていた。
1981年頃には東映芸能ビデオから、ミリオンセラー・シリーズとしてカラー版第1話を収録したVHSが1万2800円で発売されていた。
2005年、ウォルト・ディズニー・ジャパン株式会社から本作の第1話(モノクロ版)、第3話、第4話、第27話および「狼少年ケン」、「ハッスルパンチ」を収録したDVD-BOX「東映アニメモノクロ傑作選 Vol.1」が発売された。2006年には「フジ丸」単品でも発売された。
2013年、ベストフィールドから全話を収録したDVD-BOX全2巻が発売された。第1話はモノクロ版のみの収録となっている。本編後の「忍術千一夜」のコーナーは現存する26話分が収録されている。
この他、1986年に東映ビデオから発売された「TVヒーロー主題歌全集 4 アニメ編」(VHS)と、1998年より同じく東映ビデオから発売されたリニューアル版「東映アニメ主題歌大全集」(VHS・レーザーディスク・DVD)に、OPとEDが収録、VHS版はカラー版OP・カラー版第1期ED・第2期ED第3バージョンを収録、LDとDVDはメイントラックに先述の3種類のOP・EDを収録し、ボーナストラックにはモノクロ版OP・モノクロ版第1期ED・第2期ED第1バージョン・同第2バージョン、そして「忍術千一夜」OP(2バージョン有り)を収録している。なおOPには藤沢薬品の提供クレジット(&CMソング)も収録されている。