国土交通省
国土交通省の内部組織は一般的に、法律の国土交通省設置法、政令の国土交通省組織令および省令の国土交通省組織規則が階層的に規定している。なお、他の省の外局の多くや国土交通省でも観光庁や気象庁はそれぞれの省の設置法に規定されているが、海上保安庁は、海上保安庁法という個別の法律に基づいている。
2022年3月31日現在、人事院に登録された職員団体の数は単一体4、支部232の計238団体となっている。うち単一体1、支部9が管理職員がつくる職員団体である。なお、管理職員の職員団体が存在する府省は国土交通省のみである。組合員数は非管理職員が10,299人、管理職員が324人で、組織率はそれぞれ29.9%、5.5%となっている。現存する主な職員団体には国土交通労働組合(国交労組)、全北海道開発局労働組合(全開発)、国土交通省職員組合(国交職組)、国土交通省管理職ユニオン、沖縄国家公務員労働組合気象支部および国総研横須賀職員組合がある。
国交労組は2011年9月に国土交通省労働組合共闘会議が2011年9月に単一化して発足した。共闘会議は国土交通省全建設労働組合(全建労)、全運輸労働組合(全運輸)、全運輸省港湾建設労働組合(全港建)、全気象労働組合(全気象)、海員学校職員組合(全海員)および海技大学校職員組合(海技大労組)の6単組で構成されていた。結成当初の組織人員は公称約1万7000人と国交省内で最大である。加盟単産は国公労連(全労連系)。
国交職組は前身を建設省職員組合(建職組)といい、建設省が国土交通省へ統合されたことに伴い現名に改称した。組合員数は約800人と少数派組合となっている。1960年代の建設省時代に全建労から分裂して結成された旧全官公・同盟系の第2組合を源流とし、現在も単産は国交労組とは異なり国公連合(連合系)に加盟している。ほかに全開発と沖縄国家公務員労働組合気象支部も国公連合に組織されている。
水管理・国土保全局 次長 総務課(政令第91条) 水政課 河川計画課 河川環境課 治水課 防災課 水資源部(政令第2条第2項) 水資源政策課(政令第91条題2項) 水資源計画課 下水道部 下水道企画課(政令第91条題3項) 下水道事業課 流域管理官 砂防部 砂防計画課(政令第91条題4項) 保全課
道路局 次長 総務課(政令第105条) 路政課 道路交通管理課 企画課 国道・技術課 環境安全・防災課 高速道路課 参事官
住宅局 総務課(政令第114条) 住宅経済・法制課 住宅総合整備課 安心居住推進課 住宅生産課 建築指導課 市街地建築課
鉄道局 次長 総務課(政令第122条) 幹線鉄道課 都市鉄道政策課 鉄道事業課 国際課 技術企画課 施設課 安全監理官
物流・自動車局 次長 総務課(政令第130条) 物流政策課 貨物流通事業課 安全政策課 技術・環境政策課 自動車情報課 旅客課 安全・環境基準課 審査・リコール課 自動車整備課
海事局 次長 総務課(政令第140条) 安全政策課 海洋・環境政策課 船員政策課 外航課 内航課 船舶産業課 検査測度課 海技課
港湾局 総務課(政令第157条) 港湾経済課 計画課 産業港湾課 技術企画課 海洋・環境課 海岸・防災課
航空局 次長 総務課(政令第164条) 航空ネットワーク部(政令第2条第2項) 航空ネットワーク企画課 国際航空課 航空事業課 空港計画課 空港技術課 空港業務課 首都圏空港課 安全部 安全企画課 運航安全課 航空機安全課 交通管制部 交通管制企画課 管制課 運用課 管制技術課
北海道局 総務課(政令第182条) 予算課 地政課 水政課 港政課 農林水産課 参事官
政策統括官(2人) 政策評価官
国際統括官 国際交通特別交渉官