日米地位協定
日米合同委員会は、協定の第二十五条で設置される、協定のすべての事項について協議する機関であるが、日米双方の合意がなければ、合意事項を含むすべての議事録は公開されず、行政協定下での合意を含めて非公開であるため、運用の不透明さが指摘されている。
AFN他、米軍無線局には電波法は適用されない。日米両政府の当局間の取極によることになっている。航空特例法(日米地位協定の実施に伴う航空法の特例に関する法律)により、米軍機は自衛隊機と異なり、通常時でも航空法の最低安全高度規制(第81条)、及び迷惑な飛行の規制(第85条)に縛られずに飛行する事が可能である。また自衛隊機(自衛隊法第107条規定)と同様に耐空証明を受ける義務がない。基地内日本人職員の地位には時間外労働に関する三六協定、安全委員会、就業規則などに関する6つの労働基準法関連規定が適用されていない。これらはいずれも地位協定に基づく協議と合意の対象としている。
新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行に際し、在日米軍の検疫や感染拡大防止対策についても日本側の規定が及ばず、米軍側に委ねる根拠にもなっているが、米軍側は2021年9月以降、出入国時の新型コロナに関する検査をしておらず、その事実が日本政府側が把握できていなかったことが同年12月になって判明し、政府の水際対策の抜け穴となる結果となり、さらに米軍兵が入国後に課される行動制限が十分守られておらず、米軍兵が基地外へ外出する際にマスクの着用などが守られていないなどの在日米軍側の杜撰な感染対策が、同年末以降に沖縄県や岩国基地のある山口県、近隣の広島県などで新型コロナウイルスの爆発的な市中感染を及ぼす結果となり、基地が所在する各県知事などが強く批判している。