東京都観光汽船
ヒミコライン(ウォーターズ竹芝経由) 浅草吾妻橋 → 豊洲 → 浜松町(ウォーターズ竹芝) → 浅草吾妻橋 2020年6月19日より、これまでのお台場海浜公園経由の航路から変更されたが、2022年1月21日、東京都にまん延防止等重点措置が適用されたのを受け休航。その後お台場海浜公園経由の航路に再変更された。
御座船安宅丸航路(ショートクルーズは2019年4月12日、その他は2021年5月31日の運航を最後に廃止) ショートクルーズ 日の出桟橋 - 船の科学館前(青海客船ターミナル) ランチクルーズ(団体専用)・アフタヌーンクルーズ 日の出桟橋 -(周遊・お台場付近で折り返し)- 日の出桟橋 サンセットクルーズ 日の出桟橋 -(周遊・羽田空港付近で折り返し)- 日の出桟橋 ナイトクルーズ 日の出桟橋 -(周遊・東京ゲートブリッジ付近で折り返し)- 日の出桟橋
東京ビッグサイト・パレットタウンライン(2020年10月より休航中) 日の出桟橋 - パレットタウン(午後のみ経由) - 東京ビッグサイト - 日の出桟橋
イベント船ハッピードッグクルーズ(使用船舶(遊)の引退により、2011年1月より休航中) お台場海浜公園 -(周遊)- お台場海浜公園 日の出桟橋 - お台場海浜公園 ドッグウエディングやドッグカウンセラーの乗船など、愛犬家向けのサービスが行われていた。
船の科学館・しながわ水族館ライン(2008年9月29日の運航を最後に休航中) 日の出桟橋 - 船の科学館前(青海客船ターミナル) - 大井海浜公園(利用客がいる場合のみ寄港) - しながわ水族館 しながわ水族館休館日は運休。
「カナールクルーズ (Canal cruise)」の通称が存在していた。殆どの案内図では「カナールクルーズ」表記であるが、船内では「キャナルクルーズ」とアナウンスしていた。canal(キャナル)は英語で「運河」の意、カナールはラテン読みによると思われる。 運航当初は、レインボーブリッジ通過後に品川埠頭北側から直接京浜運河へ入るショートカット便や、大井海浜公園から京浜運河を南に通り抜け、城南島南側を通り中央防波堤、船の科学館を経由して日の出桟橋へ運航する大回り便が設定されていた。
葛西臨海公園ライン(2006年3月28日の運航を最後に休航中) 日の出桟橋 - 東京ビッグサイト - パレットタウン - 若洲海浜公園 - 葛西臨海公園
お台場・船の科学館ライン 日の出桟橋 - 晴海 - ガスの科学館(団体予約時のみ) - お台場海浜公園 - 船の科学館前(青海客船ターミナル)
浅草・お台場直通ライン 浅草吾妻橋 → お台場海浜公園 → 日の出桟橋 → 浅草吾妻橋 「ヒミコ」運航開始当初の航路。現在は「ホタルナ」が往復とも日の出桟橋を経由する形で運航している。
ハーバークルーズ 日の出桟橋 -(周遊)- お台場海浜公園 かつてはお台場海浜公園を経由せずに、東京港を一周して日の出桟橋へ戻る運航であった。
江戸川水上バス 葛西臨海公園 - なぎさ公園 - 今井交通公園 - 江戸川スポーツランド 東京都観光汽船が撤退後、海洋商船株式会社により運航していたが、会社倒産により再び休航となる。
小岩菖蒲園ライン 江戸川スポーツランド - ポニーランド - 篠崎公園 - 小岩菖蒲園
竹芝桟橋 - 13号地 (日の出桟橋・台場地区開発前)