瑞巌寺
しかし、1868年の明治維新の際の戊辰戦争で仙台藩を盟主とする奥羽越列藩同盟(東武天皇を擁立した仙台朝廷)が明治天皇を擁立した薩長同盟を中心とする明治新政府に敗れると、同年,新政府は神仏分離令を発令し、これをきっかけとして廃仏毀釈運動が起こった。瑞巌寺は明治政府に所領を没収され、収入を失った瑞巌寺は付属の建物の多く荒廃して失われた。しかし、明治9年(1876年)に明治天皇東北巡幸の際に下賜金があり、その後徐々に財政難を脱していった。
大正12年9月、松島湾で捕れた鰻の供養として地元民の寄付金で鰻塚が建立された。
昭和28年(1953年)に本堂が国宝に指定されたほか、建築物等多くの文化財を有する。昭和43年(1968年)に大書院が完成し、昭和48年(1974年)には宝物館を開設した。宝物館には発掘調査などで出土した円福寺時代の遺物など約3万点が収められている。
平成20年(2008年)11月から平成30年(2018年)まで「平成の大修理」が行われ、2018年6月24日に落慶法要が営まれた。
本堂(元方丈)御成玄関附属
庫裏及び廊下 2棟