藤原忠実
この乱で摂関家は、武士・悪僧の預所改易で荘園管理のための武力組織を解体され、頼長領の没官や氏長者の宣旨による任命など、所領や人事についても天皇に決定権を握られることになる。自立性を失った摂関家の勢力は大幅に後退し、忠実の摂関家の栄華を再び取り戻すという夢は叶わずに終わった(ただし、こうした措置は藤氏長者である頼長が謀反に関わっていたことによる非常措置で、藤氏長者の宣旨における任命もその後の摂関家の分裂によって恒例化したとする見方もある)。
晩年の忠実の元に忠通の後継者となった孫の基実が訪れて故実を語り合っているが(『富家語』第189条)、忠通は父を恨んで中陰の法要すら行わなかったとされる。こういった経緯のためか、忠通の六男の兼実は文治年間になって先の戦乱は忠実を含めた保元の乱の怨霊が起こしたいのではないか?と推測(『玉葉』文治2年2月18日条)し、忠通の十一男慈円は著書『愚管抄』の中で、祖父である忠実が死後に怨霊となって自分達(忠通の子孫)に祟りをなしていると記述している。慈円の記述は兼実の子である九条良通・良経兄弟が相次いで病死した文治以降の状況を反映していると考えられている。このため、良経の子である道家は、寛喜3年(1231年)になって摂関家として初めて忠実の法華八講を大規模に執り行って以後恒例化させている。
永久元年(1113年)には再び関白に転じるが立場の弱さは相変わらずで、永久の強訴では藤氏長者として興福寺の説得を試みるが効果はなく、防御に向かった北面武士が上洛を目指す興福寺大衆と衝突して流血の惨事が起こるといった失態が続いた。事態打開のため、各地に摂関家領荘園を形成して経済基盤の建て直しを図るが、法皇の警戒を招き荘園の拡大は抑制される。
この頃、法皇により長男・忠通と藤原公実の娘・璋子の婚姻の話がもちあがるが、璋子の素行に噂があったことや、忠実が閑院流を快く思っていなかったこともあって、破談になっていた。同時期、忠実は娘・勲子を鳥羽天皇に入内させるよう、法皇に勧められるが固辞している。ところが永久5年(1117年)、璋子は鳥羽天皇に入内する。衝撃を受けた忠実は鳥羽天皇の希望もあって、保安元年(1120年)、勲子を入内させようと工作を始めた。だが、以前入内の勧めを断りながら鳥羽天皇の希望を受けて再度入内させようとしたことに法皇は激怒し、ただちに忠実の内覧は停止された(保安元年の政変)。内覧は天皇に奏上される文書を見る職務であり、この職務を剥奪されることは事実上関白を罷免される事に等しかった。驚いて駆けつけてきた中御門宗忠に、忠実はただ「運が尽きた」と語った(『中右記』)。この時、法皇は忠実の叔父・花山院家忠を関白にするつもりだったが、藤原顕隆の反対により翌保安2年(1121年)、忠通が関白となる。この後、忠実は宇治で10年に及ぶ謹慎を余儀なくされる。なお、次男・頼長が生まれたのはこの謹慎中のことである。