細川清氏
この最中に畠山国清ら諸将と反目した仁木義長が分国伊勢に逃れ追討を受けて南朝に降ると、清氏は幕政の実権を握ったが、将軍義詮の意に逆らうことも多かったという。
同年(康安元年、3月に改元)9月、将軍義詮が後光厳天皇に清氏追討を仰ぐと、清氏は弟頼和・信氏らと共に分国の若狭へ落ち延びる。これについて、『太平記』は清氏失脚の首謀者は佐々木道誉であり、清氏にも野心があったと記し、今川貞世(了俊)の『難太平記』では、清氏は無実で道誉らに陥れられたと推測している。清氏は無実を訴えるものの、10月には斯波高経の軍に敗れ、比叡山を経て摂津国天王寺に至り南朝に降った。12月には楠木正儀・石塔頼房らと共に京都を奪取するが、すぐに幕府に奪還された。
正平17年/康安2年(1362年)、清氏は細川氏の地盤である阿波へ逃れ、さらに讃岐国へ移った。清氏追討を命じられた従弟の阿波守護細川頼之に対しては、小豆島の佐々木信胤や塩飽諸島の水軍などを味方に付けて海上封鎖を行い、白峰城(高屋城とも、現香川県綾歌郡宇多津町、坂出市)に拠って宇多津の頼之勢と戦った。『太平記』によれば、清氏は頼之の陽動作戦に乗せられて兵を分断され、単騎で戦って討死したとされる。子・正氏は清氏の死後も南朝に属して抵抗した。
清氏最期の地となった香川県坂出市には清氏始め被官36名が埋葬された「三十六」や「細川将軍戦跡碑」などがある。