教如
天正8年(1580年)閏3月5日、顕如は正親町天皇の勅使・近衛前久の仲介による講和を受け入れ、大坂本願寺から紀伊国鷺森御坊(現・和歌山県和歌山市)へ退去することになった。教如も講和を受け入れる姿勢を示し、講和条件を受諾した3人の本願寺家老(坊官・奏者)下間頼廉・下間頼龍・下間仲孝の起請文に顕如と共に請文を添えて勅使へ提出した。ところがすぐに講和受諾を撤回して徹底抗戦を主張し、閏3月13日の雑賀衆宛ての手紙で信長への不信感と仏法存続を掲げ抗戦続行を唱え、同じく講和に不満を持つ門徒らと共に大坂本願寺に籠城する(大坂拘様)。これは動揺した父は門徒に教如に味方しないことを書状で伝え、雑賀衆の仲介で父は4月に鷺森へ退去、教如も7月までに大坂を退去することが決められた。教如が何故1度賛成した講和に反対して籠城したのか理由は諸説あり、父子密計説・武力行使による訴訟説・下間仲孝謀略説・雑賀衆協力説などがある。
8月2日、前久の説得に応じ、信長に大坂本願寺を明け渡す。その直後に、大坂本願寺は失火により炎上し灰燼に帰した。ただし大坂退去後も紀伊・美濃・飛騨・越前・越中と各地を転々としながら、甲州征伐に遠征中の織田軍の後方攪乱を狙って越中一向一揆の扇動を図ったとされ、反信長の姿勢を崩していない(小泉義博の論文などによる。
4人の妻との間で3男10女を儲けた。
最初の妻三位殿は天正元年に入輿、1女を儲けたが、天正8年の大坂本願寺退去を機に離別したとされる。
長女:妙空(生没年不詳)
2人目の妻(正室)は久我通堅の娘東之督だが、婚姻・離別の時期は分かっていない。子はいない。
3人目の妻(側室)は新川玄要の娘おふく(教寿院如祐尼)で、2男7女を儲けた。
次女:教証院如頓 - 花山院忠長室、公海の母。
三女:栄寿院教応 - 織田頼長室、後に本瑞寺教映室
四女:教妙 - 本徳寺教珍室
長男:尊如 - 早世
五女:陽寿院宣妙 - 専光寺教授室
六女:如尊 - 興善寺教尊室
次男:観如 - 早世
七女:寿正院教栄 - 教行寺教誓室
八女:光教院宣応 - 早世
4人目の妻(側室)は家女房(妙玄院如空)で、1男2女を儲けた。
九女:光暁院 - 浄興寺教善室
三男:宣如 - 東本願寺第13代門主
十女:玄耀院宣由 - 本誓寺宣英室
阿弥陀堂と御影堂の造営で東本願寺を創立、組織体制や家臣団も整えていく一方、御坊も次々と建立して門徒の信仰拠点・地域教団の中核とした。東本願寺創立前から作られた難波別院・大津別院の他に金沢別院・五村別院・茨木別院・八尾別院・桑名別院など、教如が由緒の御坊は17ヶ所あるとされている。御坊建設に積極的な理由は、自派に結集した道場を中心とする地方信仰共同体を統括する狙いがあり、本願寺の真向御影を各地の御坊へ下したのも、御影の御座所として位置付けた御坊と親鸞上人木像を安置した本願寺との結びつきを編成する意図があった。
西本願寺の准如とは江戸時代になってから争うようになり、慶長8年2月に教如と准如が征夷大将軍になった家康と対面する順番を争い、教如が先に対面した。西本願寺の家臣引き抜きも工作、慶長9年に准如の奏者だった下間頼賑が教如に召し出され、同年から慶長11年(1606年)の間に下間頼良も教如の下へ移った。慶長16年(1611年)3月18日から28日までの10日間にわたり親鸞三百五十回忌法要が行われたが、東西どちらに所属するか迷っていた門徒たちは日中は西本願寺へ、夜に東本願寺へ出仕していたとされ、法要でも東西それぞれが行い、東本願寺は西本願寺の終了後に法要を開始、能や振る舞い料理も別の日に行ったが、参詣者は東本願寺が多かったという。