新義真言宗
江戸時代には復興が許されたものの分散させられた僧侶は根来に戻ることは少なかった。
江戸時代前期、豊臣政権の清算の観点から、徳川家の恩赦を受けて新義真言宗は復興を果たし、根来寺の再興と共に覚鑁は東山天皇より「興教大師」の称号を追贈された。時の将軍徳川綱吉と大きく関わった隆光は長谷寺で修行している。
江戸後期は法住 - 法恕 - 興雅 - 栄性 - 信海 - 真雄 - 児玉浄雄と続き、明治維新後、根来寺に座主称号が復活する。中興第一世座主は豊山派能化、守野秀善が就いたが、これまでの座主は醍醐寺または仁和寺の門跡が就任することが多く、そうした外部の座主とは別に根来寺では学頭を立てるのが慣例であった。
明治政府の宗教政策により、他の真言宗宗派と1879年(明治12年)に合同する。1886年(明治19年)には根来寺を新義派の根本道場として選定した。
1900年(明治33年)9月、新義真言宗智山派(智積院)・新義真言宗豊山派(長谷寺)が真言宗より独立し、新義真言宗智山派及び新義真言宗豊山派の能化が3年交代により大伝法院座主を勤めることとなった。智豊交互に勤める風習は、戦国時代、玄誉 - 日秀 - 頼玄 - 玄宥 - 専誉あたりから見られるものである。第二次大戦後、1953年(昭和28年)、宗教法人法の改正により根来寺を総本山とする新義真言宗が創設されるにいたり現在に至っている。