ブラックマトリクス
四枚の羽根を持つ大天使長。どのルートでも戦う最終ボス。人間を唆して魔界を侵攻させた張本人であり、神の降臨に備え、全ての生命の抹殺を目論む。
羽根を展開している状態では魔法でしかダメージを与えることは出来ない。
白き羽と黒き羽を持つ者。そして人間の3者がそれぞれの領域で暮らす世界。その勢力の拮抗は、人間が魔界に侵攻し、魔王を打ち倒したことにより破られた。強力な魔力の源となる魔王を失い、黒き羽の者たちは追いつめられていた。そんなとき、魔王と共に倒れたはずの1人の男が復活する。
戦闘前のメニュー画面ではBPを使って「儀式」を行なうことが出来る。儀式には「剣血」と「凝血」がある。「剣血」は武器に秘められた「潜在能力」を引き出すものであり、BPを消費することでその武器の潜在能力を使用可能とする。ただし、武器には複数の潜在能力があり、覚醒させても一度に使用可能なのは一種類だけである。変更すると他の潜在能力は使用不可となるため、その都度設定しなければならない。「凝血」は全ての潜在能力を覚醒させた武器にのみ可能。武器のパラメーターを上昇させるが、以降はその武器の潜在能力を変更することが出来なくなる。
BLACK/MATRIX OO(ブラックマトリクス ダブルオー)は2004年5月13日にPlayStation用ソフトとして発売された。日本のPlayStationで発売のソフトでは最後の新作ゲームとなった。シナリオは後に『ドラゴンシャドウスペル』を手掛ける鈴木明日香。ゲームアーカイブスで配信されていたが、『ブラックマトリクスクロス』と同様に2010年12月24日で配信終了となった。
基本的にはBLACK/MATRIX ZEROのリメイクだが、設定やストーリーなどがアレンジされている。開発者曰く「ZEROは劇場版、ダブルオーはTV版といった棲み分けで考えています。ただの移植ではなく、それぞれに違う楽しみを設けています」とのこと。エンディングも複数に分岐し、通常ストーリーだけで4パターンが存在、加えて2周目専用スペシャルエンディング(ハッピーエンド)もある。また、ミニゲームも多数収録されており、それ専用エンディングも存在する。本編の流れから考えれば冗談のような内容だが、開発者曰く「ミニゲームのエンディングも、あり得る世界ではあるんです」。ななど、ミニゲームにはガイウスやアンジェラなど、過去作品の登場人物がゲスト出演している。
本作は、シナリオのサイドストーリーとして、フロンティアワークスよりドラマCD「ブラックマトリクス ダブルオー〜慟哭の爪痕〜前・後編」が発売されている。こちらも、シナリオ、キャラクターデザイン、監修までをゲーム開発スタッフが自ら行っている。
キャラクターイラストはBLACK/MATRIX ZEROと同じ高野裕紀が担当している。
隠しボス。ある条件を満たすことで正体を現す。倒すためには特殊な手順を踏む必要があり、その戦闘力もメルディエズを軽く凌ぐほど。戦闘時とその前後のBGMは前作のものである。