越後線
E129系 - A・B編成が全線で運用されており、2・4・6両編成で運行される。2014年12月6日に吉田駅 - 新潟駅間で、翌年11月28日に柏崎駅 - 吉田駅間の一部列車でそれぞれ運用を開始した。以後も増備が続けられ、2022年3月12日のダイヤ改正以降は、同線内の定期普通列車全てに充当されている。
ただし吉田駅以南方面の列車や弥彦線との接続に関しては、弥彦線が東三条駅で信越本線の普通列車(長岡 - 新潟間、昼間概ね60分間隔)との接続を優先するダイヤを編成している関係から、吉田駅で各方面間との乗り継ぎ時間が延伸した時間帯が生じた。
この社会実験では吉田 - 内野間の1日あたりの平均利用者数を、2011年比で350人増加させることを目標値としていたが、同年9月に速報値として公表された、3月から6月までの4か月間の1日平均利用者数は8,620人で、前年同期比で20人の微増という数値にとどまった。さらに2013年11月8日に公表された、前年8月から7月までの1年間の1日平均利用者数は8,400人で、沿線の高等学校の募集定員削減や通学者の減少などの影響から、実験前の同期比から60人をも下回る結果となった。両市では延伸3往復の定期運行化について可否が判断される2014年秋までに目標値をクリアすることを目指して、沿線市民に対し越後線の利用を促すなどしたが大きな変化はなく、2014年12月、JR東日本新潟支社は目標とした利用者の増加に至らなかったとして、2015年3月14日のダイヤ改正で社会実験前の運行本数に減便し、再び昼間60分間隔とすると発表した。
内野駅 - 新潟駅間はほぼ20分間隔のパターンダイヤが編成されており、2020年3月14日改正時点では、上述の吉田駅(および巻駅・越後曽根駅) - 新潟駅間の列車が1日26.5往復、これに加え内野駅 - 新潟駅間の列車が25.5往復の合わせて52往復運行されており、単線でありながらもラッシュ時・昼間時ともに毎時3本を確保している。関屋駅 - 新潟駅間の区間列車が平日・土曜日の朝のみ1往復設定されている。