コンドル科
これらの結果に応じ、Sibley & Ahlquist (1990) はコンドル科をコンドル亜科 Cathartinae としてコウノトリ科に含めた。アメリカ鳥学会 (AOU) はコンドル科をタカ目 Falconiformes からコウノトリ目に移した。AOU 南アメリカ分類委員会 (SACC) はコンドル科を目未定 incertae sedis とした。
しかし2000年代後半からの分子系統では、コウノトリ科とコンドル科の類縁関係は完全に否定された。コンドル科とタカ亜目の類縁性には若干の不確かさがあるものの、コンドル科はタカ亜目と共に land birds、コウノトリ科は water birds という強く支持された別々の大系統に属し、互いに近縁な可能性はない。初期の分子系統で得られた類縁性は短枝誘引(short-branch attraction、変異速度が遅い種同士がまとまる誤差)が原因のひとつである。AOU は2007年にコンドル科をタカ目 Falconiformes に戻し(その後の版でタカ目 Accipitriformes に分離した)、SACC はコンドル科を incertae sedis からコンドル目とした。