菅直人内閣 (第2次改造)
2012年1月27日、野田内閣は菅内閣が組織した東日本大震災に関する15組織のうち、「原子力災害対策本部」、「政府・東京電力統合対策室」、「原発事故経済被害対応チーム」、「緊急災害対策本部」、「被災者生活支援チーム」、「官邸緊急参集チーム」、「各府省連絡会議」、「経済情勢に関する検討会合」、「電力需要に関する検討会合」、「電力改革及び東京電力に関する閣僚会合」の10組織が公文書管理法が主旨とする議事録を未作成、そのうち5組織では議事概要も未作成または一部作成であったとする調査結果を発表。野田佳彦内閣総理大臣は午前の参議院本会議で「文書で随時記録されなかったのは遺憾。会議の意志決定過程を把握できる文書作成は国民への説明責任を果たすため極めて重要。」と答弁した。2日後の29日に当時内閣官房長官であった枝野幸男経済産業相は「重要会議については、当然、議事録が作られていると思い込みをしていた。事務方に作成の徹底を指示しなかったのは大変申し訳ない。」と記者会見で述べた。
2011年3月11日、東日本大震災(東北地方太平洋沖地震)の発生に対し、菅内閣は菅直人を本部長とする「緊急災害対策本部」「原子力災害統合対策本部」「福島原発事故対策統合連絡本部」、松本龍防災相を本部長とする「被災者生活支援特別対策本部」、湯浅誠を室長とする「震災ボランティア連携室」、枝野幸男官房長官を本部長とする「電力需給緊急対策本部」を設置した。しかし、法律に基づかない組織であったために法的な位置づけ、連動するべき省庁などの役割が不明なため、各組織の連携が取れていなかった。それぞれの組織が機能していないにもかかわらず、3月22日に菅内閣は被災者支援各府省連絡会議を設置したが問題は解消されず、菅総理も首相官邸の対策本部や会議は十分に機能していないことを認めた。ニューヨーク・タイムズは、「日本政府の対応は基本的にパニックだった。」とし、放射能リスクは統計ノイズに埋もれる程度だったが政府の避難誘導が恐怖・パニックを発生させ被害を拡大させたとした