延岡藩
清純の時代の元禄3年(1690年)、郡代・梶田十郎左衛門の圧政に不満を持った山陰村(やまげむら)・坪谷村の領民約1500人が家財を持ち、武器を携えて隣藩の高鍋藩に逃散する山陰・坪谷村一揆が起こった。この百姓一揆は翌年の幕府評定所の裁決により領民の帰参を命じられるまで11ヶ月間に渡って続いた。一揆首謀者の処刑と同時に、元禄4年(1691年)、清純は一旦改易され、改めて陣屋大名に格下げの上、越後国糸魚川藩5万石に転封となった。
元禄5年(1692年)、譜代大名三浦明敬が下野国壬生藩より2万3000石で入封し、以後最南端の譜代大名藩となった。延岡藩歴代中最少の石高であったが、明敬は山陰・坪谷村一揆の後処理、有馬氏時代より続いていた高鍋藩との境界問題・豊後国との国境紛争の解決に尽力した。延岡藩の石高は表高と実高の差が大きいことが以前より問題視されており、三浦氏によってその問題は解決されたと見る。正徳2年(1712年)、明敬は三河国刈谷藩に転封となった。
代わって三河国吉田藩より牧野成央が歴代最高の8万石で入封した。日向国内のみならず豊後国大分郡・国東郡・速見郡を領有した。
第2代藩主・貞通は、奏者番、寺社奉行と累進し寛保2年(1742年)に京都所司代となった。その際、日向国内の3万石分を河内・近江・丹波・美濃の領地に移された。貞道の出世で経費が嵩み藩財政は困窮するに至った。延享4年(1747年)、三方領知替えにより牧野氏は常陸国笠間藩に転封となる。
代わって陸奥国磐城平藩より内藤政樹が7万石で入封した。