小笠原一庵
キリシタン達によって破却された仏教寺院の復興のため、まず慶長9年(1604年)、市内芊原(すすきはら)に真宗の正覚寺を創建した。その一方で、一庵は長崎貿易の管理と市政の円滑な運営の見地から、日本キリシタン教界の頭である司教ルイス・デ・セルケイラ (Luis de Cerqueira)の伏見城における家康訪問を斡旋している。
一庵は長崎の町政にも携わった。長崎の市域が天領と私領である大村藩の外町にまたがって不便であったため、慶長10年(1605年)9月11日付で大村方と立会検地・水帳作成の上、先に収公された浦上村などから都合1,898石余りの地を代地として大村氏に給し、内町に接して人家の建て込んだ海辺の低湿地や村落を天領とした。この替地によって天領長崎の境は確定一円化し、「市中」である内町・外町と「郷」の長崎村・浦上村という体制が成立した(『長崎県史』対外交渉編)。
一庵の辞任は慶長10年(1605年)、または同11年(1606年)とされている。辞任の理由は、『後藤家由緒書』には「一庵様御私欲」とあり、『高島四郎太夫由緒書』では一庵に「不首尾」があったとしている。辞任後は、佐渡奉行になったとされる。あるいは、私曲の発覚により切腹または遠島に処されたともされる。