種痘
これは、1970年代に若干の時期の見直しが図られるまで継続した。接種を受けた者は7日後に検診を受け、接種箇所に発赤・腫脹・膿疱等の病変がみられなかった場合には「不善感」(免疫の効果がついていない)とみなされ、直ちに再接種を受ける事が義務付けられていた。再接種後も再度不善感となった場合は、再々接種を免除された。初回接種では殆どの者に免疫が無いので善感し接種部位には大きい瘢痕が残る場合が大半であったが、第2期・第3期に於いては前回接種時の免疫が残っていて不善感を繰り返して免除となる事例が散見された。定期接種廃止時期から計算すると3回の接種を受けた世代は1963年(昭和38年)度生まれまで、2回の接種を受けた世代は1969年(昭和44年)度生まれまでであるが、再接種により善感した場合でも前回接種時の免疫の残り方によっては局所の病変が軽微で瘢痕形成に至らない場合も多かった。上記理由により、複数回の接種を受けた世代でも必ずしもその回数分の瘢痕が残っているとは限らず、瘢痕の個数から世代を特定する事は困難である。
天然痘の撲滅が確認されたのは1980年(昭和55年)であるが、1976年(昭和51年)6月19日に予防接種法が改正されており、それ以降日本では基本的に接種は行われておらず、1975年(昭和50年)度生まれが定期接種を受けた最後の世代である。したがって1974年(昭和49年)7月(昭和49年度初期)以降の生まれの場合、種痘を受けていない人も存在することになる。
1850年(嘉永3年)、富山に戻った横地元丈は自分の子供に接種した。翌年、藩内で天然痘が藩内で猛威を振るうと、前田利保自ら種痘の有効性を説き、普及に努めた。
江戸では嘉永2年(1849年)3月に、既得権益を守りたい、または用例が未だ少ない蘭方医学に対する不信感を持つ漢方医(多紀元堅ら医学館の関係者)らの働きかけから「蘭方医学禁止令」が布達された影響もあり、普及は遅れた。しかし種痘の需要は、下からの要望という形で増えていく。同年に医師の桑田立斎は『牛痘發蒙』という啓蒙書を出版している。立斎は江戸に牛痘苗が伝わるより前に、人痘法で種痘を行っていた桑田玄真の養子であり、坪井信道の門下生であった。
幕臣で世襲の伊豆韮山代官であった江川英龍は蘭学知識人として知られていた。嘉永3年(1850年)1月、伊東玄朴に依頼して息子江川英敏と娘卓子に種痘を施させた。この結果を良好とみた江川は、部下の医師肥田春安にさらに試行を行わせた上で、伊豆地域の自身の支配領内に『西洋種痘法の告諭』を発した。肥田と助手が村々を回り、領民に種痘を施していった。この「西洋種痘法の告諭」の中で江川は、自身の子供二人にも施したことに触れた上で、当時の民衆の間で流布していた、種痘に対する得体の知れないものへの恐怖、迷信、噂などを打ち消そうとした。
同じく幕府直轄領であった蝦夷地でもアイヌの間に度々大規模な流行があり、1807年の流行の際にはアイヌ総人口の4割強が死亡した、とも伝わる。これを阻止するため、箱館奉行の村垣範正が安政4年(1857年)に幕府に種痘の出来る医師の派遣を要請した。
しかし、のちの研究で牛痘ウイルスと天然痘ウイルスには免疫交差の作用がないことが判明した。実際には牛痘の膿に混じっていた別のウイルスによるものであり、したがってジェンナーが天然痘ワクチンを生み出せたのは偶然によるものだった。由来については長年不明だった。しかし、1902年の天然痘ワクチン試料のDNA分析によって、馬痘ウイルス (horsepox virus) と99.7%類似していることが示され、馬痘ウイルスもしくはその近縁種であったことが判明している。ワクチニアウイルス研究の第一人者であるデリック・バックスビー(Derrick Baxby)は、馬痘ウイルス由来を支持し、馬痘ウイルスに感染し馬の踵の部分にできる炎症で脂肪の「馬のグリース」が由来だとした。馬のグリースに接触し感染した人に免疫ができていることを、実際に天然痘を接種し証明した。しかし、馬痘ウイルスが馬を自然宿主としているのか、他の動物から馬に感染したのかは未だに不明である。