ムーンライトながら
列車番号は上り東京行きが390M、下り大垣行きが391Mであった。なお、東京駅へ到着した上り列車は静岡車両区への帰区を兼ね、静岡駅行下り普通列車となった。また同様に出庫送り込みも兼ねて静岡駅から東京行の上り普通列車も運行されていた。 青春18きっぷの使えない時期は、ビジネスマンや、東海道新幹線の終電に乗り遅れた客の利用が多く、名古屋駅で東海道新幹線に乗り継ぐ利用客も見られ、下りの金曜日から日曜日を中心に満席になることがあった。
しかし、2000年代半ば以降、運輸行政の規制緩和による格安ツアーバスの台頭(後に法改正で高速路線バスと統合してツアーバス自体は消滅)、さらに航空機や新幹線における早朝割引の実施や格安ビジネスホテルの出現によるビジネス客は減少した。青春18きっぷの使用できない時期の利用者は減少傾向にあった。
下り列車は途中の小田原駅から一部自由席、名古屋駅からは全車自由席であり、上り列車は熱海駅から一部自由席であった。このため「ムーンライトながら」の指定席券を取る場合、希望の区間が満席でも下りなら小田原まで、上りなら熱海駅までの指定券は残っている場合もあった。指定券を確保できる確率を増すため、鉄道ファンなどの間ではこの区間の指定券を第2希望として設定する方法が知られていた。また、下りの指定券の確保を行っていない乗客も、一部車両が自由席となっていた小田原駅から乗車することができた。同駅には指定券を入手できなかった客の行列ができることがあった。
大垣駅 - 穂積駅 - 岐阜駅 - 尾張一宮駅 - 名古屋駅 - 金山駅 - 大府駅 - 刈谷駅 - 安城駅 - 岡崎駅 - 蒲郡駅 - 豊橋駅 - 浜松駅 - 静岡駅 - 沼津駅 - 熱海駅 - 小田原駅 - 大船駅 - 横浜駅 - 品川駅 - 東京駅
定期列車は下りは熱海駅・静岡駅・豊橋駅で、上りは豊橋駅・浜松駅・熱海駅(JR2社の境界駅)で運転士が交替していた。
下り列車は、当列車が名古屋都市圏における始発列車を兼ねているため、三河塩津駅と尾頭橋駅を除いて各駅に停車した。三河塩津駅と尾頭橋駅についてはホームの有効長が8両編成分であり、373系9両編成で組成される「ムーンライトながら」が入りきらず、また373系がドアカット機能を持たないため、通過扱いとなっていた。
下り列車の後ろ寄り3両(7号車から9号車まで)は名古屋止まりであり、同駅到着時に切り離されていた。これは、切り離された3両が名古屋駅6時52分発ホームライナー豊橋2号(豊橋駅7時47分着)となり、さらに豊橋駅8時10分発伊那路1号(飯田駅10時38分着)として運用されていたためである。
2013年(平成25年)冬季から廃止まではJR東日本の大宮総合車両センターに所属する185系波動輸送用10両編成が使用された。国鉄時代の1981年(昭和56年)ごろに製造され、同年3月から運用を開始した特急形車両で2021年3月ダイヤ改正で廃止された車両である。全車両が普通車でグリーン車は連結されていなかった。列車は6両編成のB編成と4両編成のC編成をつないだ編成で、編成間に貫通扉や貫通幌がないため、4号車と5号車の通り抜けが出来なかった。夜行列車であるが、車内灯の消灯・減灯は実施していなかった。
臨時列車化されてから2013年(平成25年)夏季までは、JR東日本大宮総合車両センターに所属する183・189系10両編成(元田町車両センター H101、H102)が主に使用されていた。また、185系の波動輸送用10両編成も、大宮総合車両センターに所属していた。
2013年夏季まで使用されていた183・189系(2010年6月 名古屋駅)
臨時列車化から使用されていた185系(2013年12月 浜松駅)
東京駅 - 品川駅 - 横浜駅 - (小田原駅) - 沼津駅 - 静岡駅 - 浜松駅 - 〔豊橋駅〕 - 名古屋駅 - 岐阜駅 - 大垣駅
( )は下り列車のみ停車、〔 〕は上り列車のみ停車。どちらも日付が変わったあとに停車する最初の駅である。
上下列車とも熱海駅に、下り列車のみ豊橋駅・笠寺駅に、上り列車のみ富士駅・国府津駅に運転停車する。
主要駅の川崎駅や豊橋駅 - 岐阜駅間の快速停車駅等は通過となる。
臨時列車化された2009年(平成21年)3月14日時点の下り列車の東京駅発車時刻は、改正前の定期列車と同じ23時10分だが、大垣駅の到着時刻は改正前の「ムーンライトながら」91号と同じ5時55分(改正前の定期列車より約1時間早い)で、停車駅は91号よりも少なくなった。上り列車の東京駅到着時刻は、改正前の定期列車と同じ5時05分だが、大垣駅の発車時刻は改正前の「ムーンライトながら」92号より早い22時48分で、停車駅が削減されているにもかかわらず、所要時間が増えた。
品川駅 - 横浜駅 - 大船駅 - 平塚駅 - 小田原駅 - 熱海駅 - 三島駅 - 沼津駅 - 富士駅 - 静岡駅 - 浜松駅 - 豊橋駅 - 名古屋駅 - 尾張一宮駅 - 岐阜駅 - 穂積駅 - 大垣駅
戦後混乱期は終戦時以上に受難の時代となった。特に1945年(昭和20年)秋 - 1948年(昭和23年)は、戦災による車両や設備の荒廃、車両と乗務員の不足、連合国軍最高司令官総司令部 (GHQ) による車両の接取(連合軍専用列車も参照)、徴兵による労働力不足などが原因の燃料となる石炭不足などで列車が削減され、時刻表に掲載された通りに列車を運転できない事態も多く発生した。
特に1947年(昭和22年)初頭には冬の石炭不足で列車が大幅に削減され、急行列車が全廃されてすべて普通列車になり、東海道本線の夜行列車は東京駅 - 門司駅間の1往復、東京駅 - 沼津駅間の下り臨時列車1本(夜行といえるか否かは微妙な時刻)、そして上りの名古屋駅 - 東京駅間1本のみとなった。
同年6月には、復員兵や引揚者の輸送を兼ねた列車(列車番号8000番台。普段は一般旅客列車として運転するが、復員・引揚客のある時は一般旅客の乗車制限を行う列車。)が登場した。この列車の混雑は激しく、座るためには発車時刻の相当前から始発駅で並ぶ必要があった。しかし、切符が販売制限されていたということもあり、座れるかどうかより列車に乗れるかどうかの方が問題であった。
「ムーンライトながら」は1996年(平成8年)3月16日のダイヤ改正の際、それまで東京駅 - 大垣駅間で運転されていた通称「大垣夜行」を代替する形で設定された。
1889年(明治22年)7月に東海道本線新橋駅 - 神戸駅間が開業したことにより、同区間で運転された1往復の夜行列車が東海道本線の夜行列車の起源といえるが、当時の列車は特に夜行を意識していたものではなく、列車の速度が遅いため、東海道本線の全線を通して運転するとなると、夜間帯に走行する必要があった。
以後、東海道本線を走破する普通列車は多数設定されたが、太平洋戦争以後は東海道本線の電化の進捗に伴って普通列車の電車化が進み、同時に運転系統の分割もあって長距離列車の減少が続き、東海道新幹線開業後の1968年(昭和43年)には1往復となった。
最後まで残った1往復の夜行普通列車も、東海道本線東京駅発着の普通列車で唯一の客車列車となっていたことから、合理化のため1968年10月のダイヤ改正をもって廃止されることが決定していた。その後、廃止反対の要望書が日本国有鉄道(国鉄)本社などに多く寄せられたため、当時の国鉄総裁であった石田禮助の判断により、急行形電車を使用し、運転区間を東京駅 - 大垣駅間に短縮して存続することになり、これが後に「大垣夜行」と呼ばれることになった。