畠山義就
義就派の大和国人の所領横領も問題にされ、義政から国人への治罰の命令が伝えられ、義政へ撤回を求めても聞き入れられなかった。同時に9月には勝元の所領である山城木津にも上意の詐称で攻撃し、次第に義政の信頼を失っていった。翌長禄2年(1458年)9月に宗全と共に石清水八幡宮の八幡神人討伐に赴いた。
長禄3年(1459年)6月、弥三郎派の成身院光宣・筒井順永らが勝元の軍勢に守られ大和へ帰国、越智家栄と交戦したため、義就は援軍を派遣したが、光宣の訴えで細川軍の大和派遣が決まり、合わせて7月23日には弥三郎が赦免となったため義就派は不利となり、越智家栄は敗れて没落、光宣らは勢力を回復した。弥三郎は間もなく死去したが、弟の政長が弥三郎派から新たに擁立され、義就との対立が継続された。
長禄4年(1460年)5月10日、分国の紀伊国で根来寺と畠山軍が合戦を起こし、畠山軍が大敗した。義就は報復のため京都から紀伊へ援軍を派遣したが、9月16日に幕府から政長に家督を譲るよう命じられ、20日に河内へ没落、劣勢の為に政長に家督を奪われた上、綸旨による討伐対象に定められたことにより朝敵に貶められた。10月に大和国龍田で政長・光宣らに敗れたのち12月に嶽山城(大阪府富田林市)に籠城し、討伐に下ってきた政長、光宣、細川軍、大和国人衆らの兵と2年以上も戦った(嶽山城の戦い)。寛正4年(1463年)4月15日に成身院光宣の計略により嶽山城は陥落し、義就は紀伊、のち吉野へ逃れた。
翌寛正5年(1464年)、畠山氏の家督相続を公認された政長は、勝元から管領職を譲られた。