国鉄EF65形電気機関車
旅客会社では寝台列車の廃止による淘汰が進行している。JR貨物では継続使用しつつも、保存車両である1001を除き更新工事未施工の車両が淘汰された。またEF210形の増備により更新工事を受けた車両も全般検査が切れた車両から順次運用離脱し廃車になっている。
ただしダイヤ改正後も、EF65形を下関運転所から関西などに送り込む際には「なは」「あかつき」の牽引機として使用されることもあった。
その後も「ムーンライト山陽」「ムーンライト九州」「ムーンライト高知」「ムーンライト松山」などの臨時列車の牽引に当たることもあったが、近年運転されていない。
運用の減少に伴い、2000年から2007年にかけて1119・1121 - 1123・1127・1129・1136号機がJR貨物に売却された。また、2002年には123号機が、2008年には1125号機が廃車となっている。
下関総合車両所に所属する車両の特徴として、検査入場の際に下回りをグレーに塗装すると同時に、貫通扉上部のわずかな青塗装を省略およびKE70ジャンパ連結器納めを青塗装したものが見られる。これは、気密性確保の観点から貫通扉のみをステンレス製のものに交換したためであり、よく見ると青とクリームの境目が一直線になっておらず、下のクリームが少し上に突き出しているのがわかる。なお、1135号機は2016年3月に全般検査から出場した際、貫通扉上部の青塗装を省略せずに出場したことが確認されている。
2009年11月から2010年9月にかけて映像音声記録装置の取り付けが全車に対して、2010年6月から9月にかけてATS-P保安装置の取り付けが5両(1124・1128・1132・1133・1135号機)に対して下関総合車両所で施工された。
また2015年より、テールランプのレンズが順次クリアレンズに交換され、2016年3月をもって全車への施工が完了した。
JR貨物
2013年3月のダイヤ改正現在、東北本線(宇都宮以南)、高崎線、鹿島線に加えて、岡山運用として東海道・山陽本線岡山以東と予讃線において定期運用を有する。
また、2139・2065号機は、国鉄時代と同じフタル酸エナメル系塗料を使用していたが、フタル酸塗料は耐用年数が4年程度で、2~3年過ぎると色合いが変わることと、民営化直後から採用され、EF200形以降の新製機や更新機で使用されていた、耐候性に優れた「ハイテントップ」と呼ばれるアクリルシリコーン樹脂系塗料が製造中止になったため、2018年2月出場の2066号機以降から使用塗料を変更し、「Vトップ」(正式名称:Vトップ車輌用イノーバNクリーン)と呼ばれるアクリルウレタン樹脂系塗料が採用され、同機以降はこの塗料を使用している。さらに、2065号機以降に国鉄特急色化された同形機は側面ナンバープレート上にJRマークが付き、屋根上のモニターが黒塗装となっている。なお、塗装変更前は青プレートであった2101号機に関しては、他機との識別も兼ねて国鉄特急色と同色(前面がクリーム色、側面が紺色)のものに改められている。
2065号機以降、全般検査と同時に順次塗装を国鉄特急色に復帰させる処置を取ったが、2022年3月の2085号機の出場をもって、本形式の全般検査を終了したため、国鉄特急色復帰施工機は計22機に留まり、前述の6機とそれ以前に全検切れを迎えていた8機を含む14機は、同塗色に復帰しない。
国鉄特急色の復帰施工機は、次のとおりである。
2065 - 2068・2070・2074・2080・2081・2083 - 2092・2096・2097・2101・2139号機