村上武吉
家督を継いだ元吉とその弟・景親らは毛利、小早川勢に従って朝鮮で戦い(文禄・慶長の役)、続く関ヶ原の戦いでは西軍として、伊勢湾沿岸、紀伊沿岸、阿波を攻め、加藤嘉明の伊予松前城を攻めたが、加藤嘉明の老臣佃十成の三津浜夜襲により元吉は討ち死にしている。関ヶ原の戦い後、毛利氏が防長2ヶ国へと減封されたのに従い再度竹原を離れ(これを竹原崩れと称する)、江戸幕府の制海権掌握にともない、ここに村上水軍は壊滅。これ以降は毛利の家臣として元吉、景親の2系統が三田尻で船手衆を務め、朝鮮通信使の警護などを行うことになる。
武吉は慶長6年(1601年)に屋代島(周防大島)の和田に移り住み、慶長9年(1604年)8月22日に69歳で死去。法号は大仙寺覚甫元正居士。家督は孫の元武が継いだ。
現在の山口県大島郡周防大島町内入に館跡と共に墓所(元正寺墓所)があり、武吉の墓である宝篋印塔の背後には慶長12年(1607年)に死去した武吉の妻・華岳正春禅定尼の墓である宝篋印塔が建っている。なお、武吉の宝篋印塔は周防大島町の町指定文化財となっている。
城山三郎『秀吉と武吉 目を上げれば海』(新潮文庫、1990年) ISBN 4-10-113322-0
岳真也『村上武吉 毛利を支えた水軍大将』(PHP文庫、1997年) ISBN 4-569-56993-5
生駒忠一郎『海賊大将軍の埋蔵金 村上武吉の生涯』(KTC中央出版、1997年) ISBN 4-87758-065-4
和田竜『村上海賊の娘』(新潮社、2013年)ISBN 978-4-10-306882-2(上巻)、ISBN 978-4-10-306883-9(下巻)