直江津駅
1987年4月から2015年3月13日まではJR東日本の新潟支社が管理する直営駅で、周辺駅の管理駅(地区駅)として信越本線の関山駅 - 柿崎駅間の直営駅を除く全駅を管理していた。
自由通路に面した「みどりの窓口」は窓口が2つ設けられていた。
北口には旅行センターとして「びゅうプラザ」、ジェイアール東日本レンタリース運営の「駅レンタカー直江津営業所」が置かれていたが、経営分離に伴い2015年3月13日を以って営業を終了し、両施設は新設された上越妙高駅へ移転した。
先代の駅舎は1940年(昭和15年)竣工の3代目で、木骨真壁造(ハーフティンバー様式)が用いられた三角屋根のファサードが特徴的なデザインで、利用者や地域からは「三角屋根の駅」「山小屋風の駅」として親しまれていた。
建て替え前(1997年7月)
JRマークがあった頃の北口(2004年7月)
コンコース(2004年7月)
ホーム(2011年10月)
JR東・JR西の境界駅であった頃の駅名標(2013年10月)
地上3階建ての現駅舎は豪華客船を思わせる外観で、港町直江津の玄関を演出している。
2003年(平成15年)12月1日:自動改札機の運用を開始。
2006年(平成18年)4月1日:JR貨物の駅が廃止され、臨時車扱貨物の取扱終了。結局貨物列車は一度も設定されなかった。
2014年(平成26年)4月1日:ICカード「Suica」のサービスエリア拡大に伴い、新潟エリアとしてサービスを開始(信越本線下り 柏崎・長岡方面のみ)。
2015年(平成27年)3月14日 北陸新幹線・長野駅 - 金沢駅間延伸開業に伴い、信越本線・妙高高原駅 - 直江津駅間および北陸本線・市振駅 - 直江津駅間がえちごトキめき鉄道に移管。 併せて直江津駅・直江津運輸区の施設および設備も同社へ譲渡。駅レンタカーは3月13日限りで営業を終了。 北越急行ほくほく線とえちごトキめき鉄道(越後湯沢駅 - 新井駅間)との直通運転を1往復設定。
2018年(平成30年)3月17日:この日のダイヤ改正であいの風とやま鉄道線・日本海ひすいラインから妙高はねうまライン(泊駅 → 新井駅間)への直通列車が設定された。
2021年(令和3年)4月29日:駅構内に「直江津D51(デゴイチ)レールパーク」がオープン。