銀河鉄道株式会社
主要路線は以下の通り。詳細は銀河鉄道999の鉄道路線を参照。このほかにも様々な路線が存在することが作中で明かされている。オリオン大環状線とアルデバラン環状線は、『物語』でその名が挙げられている。
人命救助の特殊な事例としては、999号は地球行きの上り列車では旅客扱いを絶対に行わないにもかかわらず、TV版最終回及び映画第1作においては崩壊する惑星プロメシュームから鉄郎とメーテルを乗せて脱出し、TV版のラストシーンではプロメシュームからの脱出後に惑星こうもりへ避難し、その際鉄郎が地球へ帰る旨(上りの999号に乗車する)を車掌に告げても車掌は快く受諾している。映画第2作の終盤においても、崩壊する惑星大アンドロメダからの脱出の際にも、999号を避難列車として運用し、鉄郎やメーテルにより解放されたパルチザン達を大勢乗せて緊急発車した事例がある。ラストシーンでは大アンドロメダからの脱出後、惑星ラーメタルに到着。同惑星において、未だ機械帝国の残党勢力の支配下にある地球へ赴く際にも999号が運用されていたので、何らかの超法規的な判断が行われた可能性がある。
一般の乗降客に対してダイヤや旅客取扱の有無、行き先など、基本的な運行情報を伏せることは珍しくない。また、銀河鉄道の列車が発着している事自体を、停車駅である惑星側が知らされていないケースもある。
本社の存在する「運命(ディスティニー)」駅は、銀河鉄道車両以外にはガス星雲を偽装し、たどり着けないように細工をしている。つまり、一般の利用者にとっては、乗り換え以外には使いようのない駅である。
惑星間・恒星間航行については他に公共交通機関がほとんど存在せず、銀河鉄道による独占状態に近いため、自力で移動手段を調達できない場合、銀河鉄道の定めるルールに従わざるを得ない状況が成立している。なお、作者の松本によれば宇宙船は車やバイクに相当するものとのことである。また、乗り物に一切乗らない移動方法としてワープがあるが、時空や重力の歪みでとんでもないところに飛ばされるリスクがあるとのことで、銀河鉄道が「究極の安定したレール」なのだという。