願証寺
天正12年(1584年) - 天正13年(1585年)ごろ、織田信雄に許可され、尾張国清洲に願証寺が再建された。天正14年(1586年)の証如三十三回忌法要には、願証寺は7番目の席次で出座した。この清洲の願証寺は、後に清洲越しで名古屋に移転した。
慶長年間(1596年 - 1615年)には、7世准恵が伊勢国桑名に願証寺を復興し、長島と松阪に通寺を設け、名古屋願証寺も通寺とした。長島の通寺は、寛永11年(1634年)に旧願証寺の門徒らのために建てられ祐泉寺と号し、承応年間(1652年 - 1654年)には誓来寺と改称した。
正徳5年(1715年)桑名願証寺住持琢誓が真宗高田派に転派し、松阪の通寺(現・高田派松坂願証寺)もこれに倣ったが、名古屋と長島の二寺は浄土真宗本願寺派に残って、これ以後長島誓来寺は又木村誓来寺兼帯願証寺として存続した。この騒動により門徒が離散し、江戸幕府によって桑名願証寺と松阪・名古屋・長島の通寺は一旦没収されたが、享保2年(1716年)琢誓の追放後に藩主へと返還された。
名古屋願証寺は、享保3年(1718年)、西本願寺14世寂如のとき西本願寺の坊舎とされて名古屋御坊と称し、1876年(明治9年)に本願寺名古屋別院となった。同年、又木村誓来寺は誓来寺の寺号を捨てて願証寺を称したが、これが現在桑名市長島町又木にある願證寺である。なお、元の杉江の願証寺故地は、明治時代に行なわれた木曽三川分流工事によって、長良川の流路に水没している。
また、証栄が開基したともいう美濃国平尾真徳寺も、安永2年(1773年)に願證寺と改号し、平尾御坊と称されて現在に至っている(岐阜県不破郡垂井町所在)。