本薬師寺
薬師寺が平城京に移されたことについては明治以来論争がある。従来はその伽藍の規模や配置が西ノ京の薬師寺とほぼ一致しており、瓦も同一であるとして、西ノ京の薬師寺に移築されたとする説(移建説)が有力であった。しかし、伽藍配置はほぼ同じだが、回廊が複廊の薬師寺に対して本薬師寺は単廊である。ただし、薬師寺の回廊の発掘から、西ノ京の薬師寺も当初は単廊で造営が進められたことが明らかになっている。そのほか塔や金堂の裳階(もこし)など薬師寺との違いが細部にある。瓦については、創建時の軒瓦のうち軒丸瓦は同笵のものであったが、軒平瓦は同じものではなかった。また、本薬師寺からその創建時の瓦が大量に発掘され、かつ、西ノ京の薬師寺建立後に補修された瓦も発見されている。これらのことから、西ノ京の薬師寺は移築ではなく新築(非移建説〈新建説〉)と考えられているが、西塔の状況からそうではないという説もある。また、金堂の本尊についても、移転により本薬師寺から運ばれたとする説(移座説)と、新たに造られたとする説(非移座説〈新造説〉)がある。
文武天皇2年(698年)にほぼ完成したといわれる。
『続日本紀』文武天皇2年10月に、薬師寺の造営はほぼ完了して衆僧を寺に住わせるとある。また、東塔の建築部材とされる木材の伐採が年輪年代測定により695年(持統9年)であったことが確認され、伽藍が完成したとされる年代と一致する。ただし、大宝 (日本)元年(701年)6月に、造薬師寺司の任命を記していることから、造営は8世紀まで行われていたと考えられる。
養老2年(718年)、薬師寺が和銅3年(710年)の平城京遷都に伴い西ノ京に移る。
『薬師寺縁起』には、養老2年、平城京に伽藍を移すとあり、従来は本薬師寺の伽藍を西ノ京の薬師寺に移築したとする説が有力であったが、今日では伽藍・本尊とも、それぞれの研究により本薬師寺からそのまま移されたものではないとする説が有力である。
その後も、11世紀まで存続が確認できる。
『中右記』や『左経記』などによると、本薬師寺は11世紀まで存続していたとされ、11世紀初頭まで存続していたという結果が発掘調査により得られている。