長崎市長銃撃事件
本島は3期目の任期中であった1988年12月7日の長崎市議会において「天皇にも戦争責任はあると思う。しかし、日本人の大多数と連合国軍の意志によって責任を免れ、新しい憲法の象徴になった。私どももそれに従わなければならない」という趣旨の発言をしたところ、この発言はマスコミ各社によって「天皇の戦争責任はあると思う」という部分だけを強調するかたちで報道された。当時、昭和天皇の容体が著しく悪化しており、天皇を批評するような発言は控えるべきだという考え方があった。
本島の支持基盤であった自由民主党は本島に対して発言撤回を求めたが、本島が「良心を曲げることはできない」として拒否したため、自民党長崎県連は本島を県連顧問から解任した。また多数の保守系組織が本島を非難し、多くの右翼団体(最大62団体80台の街宣車と260名の構成員)が街宣車で長崎市に集結、本島に対して「天誅」を叫ぶなど大々的に抗議活動を行った。脅迫事件も13件発生し、6名が逮捕された。また、市民団体によって本島を支持する署名活動も行われ紛争状態となった。このような右翼による活動の対象は菊タブーと呼ばれるものであり、言論封殺とされるものであった。最終的に本島は右翼からの要求を拒否し、発言を撤回しなかった。発言から1年が経過し、昭和天皇も崩御し右翼団体による抗議活動も終息したかのように見えたため、市長側から要請で長崎県警察による身辺警護を解除してまもなく事件が発生した。