PixelJunk
ステージ中1つしか建設できない。巣の近くを敵が通ると虫が敵めがけて襲いかかる。陸空両用で攻撃も意外に高い。レベルを上げると一気に襲いかかるようになるなど優良なタワーである。建設場所をどこにするかが最大のカギである。
このゲームの根幹となるシステム。ステージ上にはそれぞれ特性を持った液体があり、それらを活用することで活路を見出す必要がある。それぞれの液体は流体物理演算を使用しており、なめらかでリアルな動きを再現している。
水
一般的なフルイド。シップが当たるとシップの温度を下げる。マグマに触れると土になり磁性流体に触れると可燃性ガスになる。また、氷と接していると次第に氷になっていく。
マグマ
煮えたぎる高温のマグマ。シップが近くによるとヒートケージが上昇し、シップが触れると操作不能になる。水に触れると土になるが、土とマグマが触れている状態では土を溶かしマグマにする。ただし、土が水や氷に接触していて温度が低い場合には逆にマグマが土になることもある。ガスに触れると引火し爆発する。氷に触れると氷を溶かすこともできる。磁性流体に触れると双方が消滅しかさが減る。
ガス
可燃性のガス。ガス火山や水+磁性流体の組み合わせで生み出される。マグマや電気に触れると爆発し、ガスが近くにいる場合は連鎖的に爆発する。爆発の影響で土や氷を破壊することもできる。
アイスタワーによる足止めが効かないモンスター。攻撃速度が速いタワーで短期決着を図ることが必要である。 DELUXEより追加された敵
初期体力がアロー1発で倒せるほど低いが、移動が速いためキャノンなどの攻撃速度が遅いタワーでは苦戦を強いられる可能性が高い。
唯一攻撃することが出来ないが、建設するとタワーの場所から一定範囲内のタワーのレベルが上昇する。ただし、一定時間で自動的に崩壊する。その際ジェムも放出する。
コース上を走る黒のライバルカーに当たって撃破させていく。側面からの攻撃は5ダメージ、後方からの攻撃は10ダメージで計算され、時間内に与えた総ダメージ量を競う。ゴーストアタックでは撃破するまでのタイムを競い、撃破に必要なダメージは合計で200である。