伊予親王の変
桓武天皇の第三皇子である伊予親王は父桓武の生前深い寵愛を受けていた一方、外伯父(母吉子の兄)の藤原雄友は大納言として右大臣・藤原内麻呂に次ぐ台閣の次席の位置にあり、政治的にも有力な地位にあった。実際に、平城朝においても、大同元年(806年)から中務卿兼大宰帥を務めて、皇族の重鎮となっていた。兄の平城天皇とも良好な関係を保っており、大同2年(807年)5月には、神泉苑に行幸した平城天皇に対して献物を行い、終日宴会にも参加している。
ところが、同年10月に藤原宗成が伊予親王に謀反を勧めているという情報を藤原雄友が察知し、これを右大臣・藤原内麻呂に報告する。一方、伊予親王も宗成に唆された経緯を平城天皇に報告する。そこで朝廷が宗成を尋問した所、宗成は伊予親王こそ謀反の首謀者だと自白した。この自白を聞いた平城天皇は激怒し、左近衛中将・安倍兄雄と左兵衛督・巨勢野足に命じて、藤原吉子・伊予親王母子を捕縛し川原寺に幽閉した。二人は身の潔白を主張したが聞き入れられず、11月12日にそろって毒を飲んで心中したという。
この事件で藤原宗成は流刑となり、伊予親王の外戚にあたる藤原雄友も連座して伊予国へ流罪に処された。また、この事件のあおりを受けて中納言・藤原乙叡が解任された。この事件により大官が2人も罰せられた藤原南家の勢力が大幅に後退した。
なお、宗成は藤原仲成・薬子兄妹に唆されたともいわれているが、詳細は不明。但し、この事件以降平城天皇と仲成・薬子との結びつきはさらに強固なものとなったらしく、尚侍であった薬子の昇進を考慮して、事件の直後に尚侍の官位相当が従五位から従三位に引き上げられた。
事件の3年後に発生した薬子の変で、藤原仲成は藤原吉子・伊予親王母子を陥れた容疑で有罪とされて処刑されている。
弘仁14年(823年)に藤原吉子・伊予親王母子の無罪が認められて復号・復位が行われ、墓は山陵とされた。
貞観5年(863年)、平安京の神泉苑において無実の罪で殺された人々の魂を慰める御霊会が開催され、藤原吉子・伊予親王母子と母子を追い落としたとされる藤原仲成が共に慰霊の対象とされている。仲成は藤原吉子・伊予親王母子を陥れた罪では有罪とされたものの、妹の薬子のように国政を乱したとまでは認定されなかったために、処刑は不当に重い刑罰であると判断されたと推測されている。