クロムアルベオラータ
しかしクロムアルベオラータ仮説には批判も寄せられた。ここではBodył (2005)に従ってその要点を列挙する。
細胞内共生によるオルガネラ化はそんなに珍しい現象ではないのだから、紅藻由来の共生だけが1回である必然性はない。 プロテオバクテリア由来が1回(ミトコンドリア)、シアノバクテリア由来が2回(一次共生の色素体とPaulinella chromatophoraの色素体)、緑藻由来が3回(ユーグレナ藻、クロララクニオン藻と一部の渦鞭毛藻の色素体)、二次共生藻類由来が少なくとも2回(渦鞭毛藻で見られる三次共生の色素体)など、紅藻由来以外のものだけで8回以上起きている。
色素体の獲得が1回だけとすると色素体の喪失が無数に生じたことになるが、むしろ色素体の完全な喪失のほうが珍しいのではなかろうか。 系統的により原始的な位置を占めるグループ(例えば卵菌や繊毛虫)がみな色素体を持っていないため、共通祖先が色素体を獲得したものが現在まで引き継がれているとすると、色素体の喪失が無数に起きたことになる。