IRTブロードウェイ-7番街線
この時、9系統の列車と千鳥運転は運行を中止した。
96丁目駅のポイント切換に手間取ったものの、9月19日に経路変更が行われた。1系統は3系統からブルックリン区内の運行を引き継いで242丁目駅からクラーク・ストリート・トンネルおよびIRTイースタン・パークウェイ線経由でニューロッツ・アベニュー駅までの各駅停車として運転された。一方3系統はマンハッタン区内のハーレム148丁目駅 - 14丁目駅(深夜帯以外)/チェンバーズ・ストリート駅(深夜帯)間で急行運転を行うことになった。2002年9月15日、1系統は元通りサウス・フェリー駅行きになり、9系統の列車と千鳥急行が再開された。
2005年5月27日、9系統と千鳥急行が廃止された。
2009年3月16日、サウス・フェリー・ループス駅の廃止に伴い同駅に停車する1系統の各駅停車の経路変更が行われ、新しいサウス・フェリー駅(終点)が開業した。これはIND63丁目線の駅が開業した1989年以降に開業した最初の新駅であった。サウス・フェリー駅にあった2つのループ線はどちらも現在でも途中駅で折り返す列車(ブルックリンへ向かわない5系統など)のために使用されているが、プラットホームは客扱いをしなくなった。このループ駅は、2009年に建設された駅がハリケーン・サンディによる被害を受けたため2013年4月に再開され、新駅が営業を再開した2017年6月27日に再度閉鎖された。