紀三井寺
耐震性を考慮して、内部には鉄製の心棒を立て、枠木で像を固定している。寺では、寄木の立像としては日本一のものであるとしている。像は2002年(平成14年)から制作を開始し、2007年(平成19年)に完成、2008年(平成20年)5月21日に入仏落慶供養が行われた。
白龍大明神社
結縁坂 - 本堂へと向かう231段の急な石段。紀伊國屋文左衛門が若い頃、母を背負って観音様にお詣りをしていた時、和歌浦湾を間に挟んで紀三井寺の真向かいにある玉津島神社の宮司の娘「おかよ」と出会い、二人は結ばれた、という話が名の由来となっている。後に、文左衛門は玉津島神社宮司の出資金によって船を仕立て、蜜柑と材木を江戸へ送って豪商となった。
エレベーター - 2020年(令和2年)11月13日完成。山腹の駐車場にあり、これで本堂の横まで上がることができる。
紀三井寺ケーブル - 2022年(令和4年)4月5日に完成したケーブルカー。楼門の下に設けられている。
西国三十三所石仏群 - 西国三十三所観音霊場のそれぞれの札所の本尊を模した33体の石造観音像が、エレベーターとケーブルカーとを結んでいる道に並べられている。
楼門(重要文化財) - 寺伝では永正6年(1509年)に再建。参道正面、境内への入口に建つ楼門。三間一層入母屋造。永禄2年(1559年)に修理されている。下階中央間は開放で扉がなく、正面両脇間に仁王像を安置している。
石造閻魔大王坐像 - 2019年(令和元年)12月造。
祇園社
塔頭 穀屋寺 - かつては本堂の横にあった有力な寺院であったが、宝永2年(1705年)に現在地に移転させられた。 普門院 瀧本院 松樹院 宝蔵院 善壽院
庫裏
書院(御殿、和歌山県指定有形文化財) - 紀州徳川家の御成御殿。
開山堂(和歌山県指定有形文化財)
多宝塔(重要文化財)- 室町時代の建立。三間二層多宝塔造。文安6年(1449年)の勧進縁起が伝来することから同時期の建立と推定される。四天柱内の内陣に五智如来坐像を安置する。各種の絵様、彫刻、須弥壇に室町時代中期の様式を示す。
春子稲荷
三社権現(和歌山県指定有形文化財) - 白山妙理権現、熊野三所権現、金剛蔵王権現を祀る。三つの社を覆い屋が囲っている。
大師堂(和歌山県指定有形文化財)
鐘楼(重要文化財) - 安土桃山時代の建立。重層袴腰入母屋造。寺伝では天正16年(1588年)安部六太郎の再建という。天明元年(1781年)に加修、1937年(昭和12年)に大修理を行った。旧鐘は文禄・慶長の役の折に没収されて筑後国に移されたが現存しない。
六角堂(和歌山県指定有形文化財) - 寛延年間(1748年 - 1751年)に初代・二代目雑賀弥左ェ門による建立。西国三十三所観音霊場のそれぞれの札所の本尊を模した33体の観音像を祀る。
大樟龍王社 - 祭神:樟樹(和歌山市指定天然記念物)
仏殿 - 鉄筋コンクリート造3階建の新仏殿で、建物全体の形は五輪塔に擬している。2000年(平成12年)に起工し、2002年(平成14年)に竣工。高さ25メートル。最上階は展望台となっている。内部には高さ12メートルの木造千手観音立像(寺では「大千手十一面観世音菩薩像」と呼ぶ)を安置する。この観音像は仏師松本明慶の工房の作品で、京都の工房で制作した寄木造の像を現地で組み上げたものである。
1 青岸渡寺 - 2 紀三井寺(護国院) - 3 粉河寺