吉野
その後、1267年(文永4年)の「十津川十八郷庄司等起請文案」(高野山文書)では、野川・中津川の山民が今後、高野山領を犯さないこと、狩猟をしないこと、もし制止して聞き入れないために殺されても遺恨に思わないことを誓わせている。(ここで言う野川、中津川は今日の野迫川村のうちであると思われるが、十津川十八郷に含まれるかは不明)。その後も、この辺りの大和国、紀伊国の境界は未決定のまま入会地として近世まで続くことになる。
大和源氏
大和源氏の源流である源頼親は、藤原道長に仕える侍で、11世紀はじめに大和守に任ぜられた。だが、当時の大和国の大和平野(奈良盆地)北部は興福寺の勢力下にあり、頼親の拠点は大和平野南部が中心となった。国府は高市郡内にあったとされる。一方で大和国の南部といっても吉野川(紀ノ川)より南は修験道の根本であったため、頼親の勢力は高市郡から宇智郡の範囲に限られた。頼親は高市郡と宇智郡に私領を設けている(『前田本右記』)が、この高市郡越智庄と宇智郡宇野庄がのちの越智氏と宇野氏の起源となる。なお、源頼親と子頼房(加賀守)は興福寺と争い頼親は土佐国に、頼房は隠岐国に流されている(『扶桑略記』)。
頼房の子、頼俊(陸奥守)は、摂政家の要職にあり延久蝦夷合戦で活躍した。頼俊は栄山寺領を侵し、その所領を宇智郡から葛上郡に拡げ、その子である頼治は、大和国に居住し宇智郡を中心に一族の土着がはじまった。
吉野川流域からは、縄文時代から弥生時代にかけての土器や遺跡が発掘されており、この時代から人々が居住していた。現在のところ一番上流で発見されている遺跡は川上村の宮の平遺跡である。
宮の平遺跡 - 川上村の 丹生川上神社上社が、大滝ダム建設に伴い水没するため、境内の発掘調査が行われた。本殿跡では11世紀末に遡る自然石を敷き並べた祭壇跡が出土し、周辺からは縄文時代中期から後半にかけての祭祀遺跡と見られる、環状配石遺構が出土している。
また吉野川流域にも多数の古墳が作られているが、完全な形で残っているものは少ない。現在、県の史跡として保存されているものとしては、以下の古墳がある。
五條市:南阿田大塚山古墳
下市町:岡峰古墳
落杣神社(五條市黒駒町) - 現在は御霊神社内
高天山佐太雄神社(五條市大沢町)
高天岸野神社(五條市北山町)
一尾背神社 (五條市北山町)
吉野郡 10座 大5座 小5座
吉野水分神社(吉野郡吉野町吉野山子守) 大和国四水分社の一つ。『続日本紀』によれば、文武天皇2年(698年)4月戊午29日の条に、「芳野の水分峯の神」に黒馬を奉って、雨を祈ったとある(『続日本紀』巻第一)。これが現在の吉野水分神社の源流であると考えられている。この時は現在、神社がある吉野山子守ではなく、分水嶺である青根ヶ峰付近に位置していたとされる。現在の場所に遷座したのは、大同元年(806年)頃と考えられる(神社・寺院の封戸について列記した『新抄格勅符抄』に吉野水分神社に一戸とある)。その後「ミクマリ」「ミコモリ」さらに「コモリ」と転訛して、水の神から子どもを授ける神「子守明神」として平安時代頃から信仰されるようになった。
吉野山口神社(吉野郡吉野町山口) - 貞観元年(859年)正月27日正五位下(三代実録)。
大名持神社(吉野郡吉野町河原屋) - 貞観元年(859年)正月27日正一位下(三代実録)。
丹生川上神社 丹生川上神社中社(吉野郡東吉野村小) 丹生川上神社上社(吉野郡川上村迫) 丹生川上神社下社(吉野郡下市町長谷)
金峯神社(吉野郡吉野町吉野山)
高桙神社(吉野郡吉野町山口) 元は竜門岳山頂に鎮座していたが、正中年間(1324-26)に山麓に。文亀3年(1503年)に現在の吉野山口神社境内の東北に遷宮。
川上鹿塩神社 式内川上鹿塩神社(奈良県吉野郡吉野町樫尾) 大蔵神社(吉野郡吉野町国樔)
伊波多神社(吉野郡天川村和田)
波寶神社(五條市西吉野町夜中)
波比賣神社(吉野郡下市町栃原)