渾作戦
一方、第一航空艦隊参謀淵田美津雄は、米海軍により進められている中部太平洋ルート上に位置するマリアナへの進攻は、ビアク作戦の如何に関わらず実施されるとして兵力の引抜を憂慮していた。
5月28日、南方軍と南西方面艦隊の合同意見としてビアク島へ増援の地上部隊を逆上陸させる構想が連合艦隊に具申された。 連合艦隊先任参謀高田利種は、策定は南西方面艦隊の上申より第16戦隊司令官の上申に強く心を動かされたという。29日早朝、連合艦隊は大本営に対して「渾作戦」を提案。軍令部は現場の意向に従い、陸軍と協議した。
陸軍はホーランジア戦で陸軍第四航空軍隷下の第六飛行師団が壊滅したため、5月2日の御前会議後、南方軍命令により絶対国防圏からビアク島を除く決定をしていた。参謀本部作戦参謀だった瀬島龍三は「兵力を投入してもビアク持久は時間の問題である。「あ号」作戦を放棄することにならないか」と疑念を示していたが、参謀総長を兼職していた東條英機は海軍の要望に賛成した。
5月29日夜、大本営陸軍部も同意し、即刻豊田長官より渾作戦が発令された。軍令部第一部長中沢佑によれば「渾作戦の目的はビアク島確保が第一であり、敵機動部隊を誘致し決戦を生起させるチャンスもあると考えていたが、その後の経過は次第に後者の方を重視する傾向が強くなってきた」という。
6月3日午後2時21分、連合艦隊電令第114号により「第五基地航空部隊指揮官は、直率の第二攻撃集団を春亀方面に集中配備せよ」との命令を出していた。第二攻撃集団はマリアナに配備されていた部隊であったが、この命令を受けて西方に移動を開始した。
ビアク島の戦いの指揮を取っていたダグラス・マッカーサーは急遽この米豪混成の艦隊を日本艦隊の迎撃に向かわせた。この部隊には戦艦はなく、戦艦扶桑と重巡三隻からなる渾部隊には戦力的には劣っていたがマッカーサーは苦悩の末に出撃させた。
一方で連合艦隊司令部は3日、「アメリカ海軍の空母機動部隊がニューギニア方面の海域で行動中の公算大」と報じ、3日夜には部隊は作戦を中止してソロンへ向かうよう命じられた。 4日昼、陸軍の偵察機から空母二隻、戦艦三隻からなるアメリカ機動部隊発見の報告があったためソロンに到着すると陸軍部隊は揚陸され、艦隊はアンボンへ退避を命じられた。この敵機動部隊は実際には上記の重巡「オーストラリア」を中心とする艦隊の誤認であった。その後、海軍の索敵機の再偵察により機動部隊発見は誤報と判明したが、既に陸軍部隊は揚陸済みで駆逐艦も燃料が無く、後の祭りだった。
陸軍第二方面軍司令官の阿南惟幾中将はこれについて「煮え湯を呑まされた感がする」と日記に書きつけた。「扶桑」士官によれば、「扶桑」と「青葉」がいち早く退避したことで司令官は叱責されたという。