能登下村藩
ただし、この体制には村方から不服が唱えられ、古郡文右衛門が正式な陣屋を置いて代官支配とした。高井は、伊狩が領地を受け取って間もなく下村に本格的な陣屋を構えたかは不明であるとし、土方氏の山崎陣屋を利用したか、大庄屋宅の一部を使用した可能性を唱える。高井は、鳥居氏が建設した陣屋を、その移封後に古郡代官が正式な代官所として利用したものではないかと推測する。
「能登天領」の地域内には、元禄年間に2つの小藩が短期間成立した。元禄2年(1689年)から元禄8年(1695年)にかけては49か村が鳥居忠英領(本項の「能登下村藩」)に、元禄11年(1698年)から元禄13年(1700年)にかけては46か村が水野勝長領(西谷藩)になっている。いずれも、改易処分を受けた徳川譜代の名門大名の家名を存続させるために立藩措置がとられたもので、数年後には他国へ領地替えが行われるとともに幕府領に戻されている。なお、高井は西谷藩の陣屋も実際には下村陣屋を用いたものと推測する。
幕府領の村と加賀藩領の村との間では争論が絶えず、享保7年(1722年)に幕府は能登天領61か村1万3573石を加賀藩の「御預地」とし、管理を加賀藩に委ねた。加賀藩は府中村(現在の七尾市役所付近)に役所を設け「御預地」の管理に当たることとなった。