アルファプロテオバクテリア綱
アルファプロテオバクテリアのうち、最も早くに分岐したのはマグネトコッカス目(Magnetococcales)であることはおおむね支持されているが、この目をアルファプロテオバクテリアに含めるかについては議論があり、独立した目(イータプロテオバクテリア[Etaproteobacteria])の設立も提案されている(ただし、2021年現在も認められていない)。2018年の研究では、ミトコンドリアはマグネトコッカス目を除く全てのアルファプロテオバクテリアに対して姉妹群となることが示唆された。これはミトコンドリアにつながる祖先の系統分岐がアルファプロテオバクテリア綱内で非常に早く起こったことを示している。またミトコンドリアの系統が、リケッチア目と近縁ではあるものの、独立した系統群を形成することも示唆している。
下に載せられている系統樹の情報は古くなりつつあることに注意。上述のように、最も早くに分岐した系統群はマグネトコッカス目である。また、ミトコンドリアは必ずしもリケッチア目の一部とは現在見られていない。