萬福寺
池大雅筆の障壁画「五百羅漢図」(重要文化財)が29面ある。
方丈庭園 - 枯山水庭園。
双鶴亭
知客寮
寺務所
五雲居
黄龍閣
黄龍閣別館
典座(大庫裏、重要文化財)
営繕
斎堂(禅悦堂、重要文化財) - 寛文8年(1668年)建立。単層入母屋造、本瓦葺。堂内に緊那羅王菩薩立像を安置している。高脚飯台と腰掛があり、萬福寺僧衆の食堂である。表には、鬼界の衆生に施す飯を乗せる生飯台(さばだい)がある。聯・扁額「禅悦堂」ともに木庵の筆。 緊那羅王菩薩立像 - 范道生作。寛文2年(1662年)造立。木造、像高107.5cm。衆僧の食事を見守る火徳神とされ、斎堂に安置される。文華殿の韋駄天像と同年に造立され、寛文8年(1668年)に斎堂が建立されるまで法堂に安置されていた。 開梆と雲版 - 前方入口の前には、「開梆」(かいぱん、「ぱん」は木偏に邦)という巨大な木製の魚が吊り下げられている。開版、魚梆、魚鼓、飯梆などとも呼ぶ。これは叩いて食事や法要など日常の行事・儀式の刻限を知らせるための法器であり、木魚の原型といわれている。現在掛かっている開梆は3代目であり、文華殿に2代目が所蔵されている。「雲版」は、朝と昼の食事と朝課の時に打つもの。青銅製。
伽藍堂(重要文化財) - 寛文9年(1669年)吉川監物居士の建立。単層入母屋造、本瓦葺。祖師堂と同時期に、同じ大きさで、相対して建立された。伽藍堂とは、伽藍を守護する伽藍神を祀るお堂であり、本尊として華光菩薩像を、両側には三面大黒天と弁財天が安置されている。 華光菩薩像 - 范道生作、寛文3年(1663年)造立。木造、像高163.5cm。文官の服装をしていて三目であり、右手に黄金の山型の持物があるのが特徴。
坐禅やヨガ、書道、華道、禅僧による講演などからなる、年10回の連続講座「黄檗山禅大学」が教学部によって、2009年より毎年開催されている。
明代の伽藍神像の貴重な作例として学術的価値は高い。ただし、華光菩薩の像は、関帝ではなく、明代まで盛んに祀られていた道教における馬元師、仏教では華光と呼ばれる武神であるという説もある。『百丈清規證義記』によると華光菩薩の誕辰は9月28日と記載されており、萬福寺ではその日に法要が行われる。 三面大黒天立像 - 塑像、像高74.0cm。右に毘沙門天、左に弁財天の顔を併せ持つ三面六臂の像。それぞれに特徴のある持物を持ち、俵を台座としている。 弁財天坐像 - 木像、像高74.0cm。八臂で、手に宝珠などの持物を持つ。
鐘楼(重要文化財) - 寛文8年(1668年)建立。重層入母屋造、本瓦葺。鼓楼と相対し、同じ大きさ。長崎の元奉行であった黒川与兵衛が寄進したもの。梵鐘は太平洋戦争中に供出され、戦後再鋳された。2階建てで、階上に梵鐘を吊る。鐘楼前には偈(げ)の書かれた巡照板が下げられている。
聯灯堂(れんとうどう) - 寛政元年(1789年)創建、1972年(昭和47年)再建。本尊は釈迦牟尼仏。千手観音像、室田夫人観音立像が安置されている。過去七佛より西天東土の歴代祖師、及び黄檗宗派の僧侶を祀り、毎月1日と15日、年末年始などに僧侶が集まって礼拝する。近世においては、黄檗宗の流れを受け継いだ末寺の和尚や檀信徒篤志者も祀るようになった。
売茶堂 - 1928年(昭和3年)創建。煎茶の祖であり黄檗僧である月海元昭禅師(売茶翁)が祀られている。月海は京都の鴨川畔に茶屋を開き、各地に煎茶筵を設け茶を売り、売茶翁や高遊外と称された。禅師像は加納鉄哉の作。
有聲軒 - 1928年(昭和3年)創建。煎茶道修行の道場。
伽藍は西を正面とし、左右相称に整然と配置されている。総門をくぐると右手に放生池、その先に三門があり、三門の正面には天王殿、その奥に大雄宝殿、さらに奥に法堂が西から東へ一直線に並ぶ。これら諸堂の間は回廊で結ばれている。天王殿と大雄宝殿の間をロの字状に結ぶ回廊に沿って右側(南側)には鐘楼、伽藍堂、斎堂があり、左側(北側)には対称的な位置に鼓楼、祖師堂、禅堂が建つ。これらの建物は日本の一般的な寺院建築とは異なり、明末期頃の様式で造られ、材料も南方産のチーク材が使われている。「卍字くずし」のデザインによる高欄、「黄檗天井」と呼ばれるアーチ形の天井、円形の窓、扉に彫られた「桃符」と呼ばれる桃の実形の飾りなど、日本の他の寺院ではあまり見かけないデザインや技法が多用されている。これらのほか、三門 - 天王殿間の参道を左(北)に折れたところに開山の塔所である松隠堂と呼ばれる一画があり、開山堂、舎利殿などが建つ。
代表的禅宗建築群として、主要建物23棟、廻廊、額、聯などが国の重要文化財に指定されている。
大雄宝殿(重要文化財) - 寛文8年(1668年)建立。歇山重檐式(けっさんじゅうえんしき)。入母屋造。2階建てに見えるが一重裳階(もこし)付きである。日本の一般的な寺院の「本堂」「仏殿」にあたる建物であり、萬福寺で最大の伽藍。日本では唯一の、チーク材を用いた歴史的建造物。シャム(タイ王国の旧称)産で、隠元隆琦禅師に帰依した豪商の勝性因(かつしょういん)居士と江戸幕府の寄進による。元々は、オランダ人が台湾へ築城用材として運んできたものが、台風のため長崎に漂着したものであったと伝えられている。本尊は釈迦牟尼仏像で、脇侍は阿難と迦葉。
寛文11年(1671年)創建。寛文13年(1673年)移転、1875年(明治8年)現在地に移転。江戸時代、経文が少なく高価であったため、黄檗山第2代目住職木庵の弟子である鉄眼道光が喜捨を募り、隠元禅師が持ってきた一切経を彫刻師に彫り写させた版木4万8千枚余が重要文化財・黄檗版大蔵経(鉄眼版)として保存されている。この版木の字体である明朝体は、現在の活字の見本となっている。また、版木は原稿用紙のルーツともいわれている。
また、2022年からは寺そばとしてラーメンを提供している。