嫡出
母子関係に比して、父子関係の証明は難しい問題とされる。非嫡出子の場合に法律上の父子関係を生じるには、父の認知が必要とされる(779条、784条)。ただし、子供の母が別の男性と結婚しており、後に述べる嫡出推定が働く場合、子供はその夫婦の嫡出子となるので、嫡出否認の訴えが認められるまで認知できない。
父子関係の証明の問題に関連してDNA鑑定による親子鑑定が取り上げられることがあるが、プライバシー保護の観点から諸外国でもこれに慎重な立法例が多いとされ、日本の今後の立法においても遺伝子分析による鑑定のあり方について十分な検討が必要と指摘されている。
2014年7月の最高裁の判例では父子以外の血縁関係がDNA鑑定で証明されても、それを理由として戸籍上の父との親子関係を取り消すことはできないとして、嫡出推定の規定はDNA鑑定に優先するとの判断を示した。
嫡出の否認は子又は親権を行う母に対する訴えにより、親権を行う母がいないときは特別代理人の選任を要する(775条)。胎児に対する訴えはできない。また、子の死亡後は訴えを提起できないとされる(通説)。