ラサ島鉱業所
なお派遣された鉱夫のうち約300名は沖縄県内で募集、採用され、那覇から合流してラサ島に向かった。5年近く放置され破損していた各施設の復旧は、1934年2月頃までかかった。復旧が終わり、月2000トン以上の採鉱体制が確立されてラサ島鉱業所は本格操業再開となった。
操業再開後のラサ島鉱業所で、再開前と大きく変わったのが女性、子どもの在島が認められたことであった。これは1933年までの男性のみの就労形態ではやはり労働者同士のケンカやいざこざが絶えず、また労働者の定着率も悪く、会社としても夫婦でのラサ島出稼ぎを進めることにしたためであった。また出稼ぎ労働者としてラサ島で働くことを希望する男性労働者が減少して採用が難しくなってきたため、女性の労働力に期待せざるを得なくなったことも原因であった。
夫婦、子どもが在島するようになって教育機関が新たに必要となった。ラサ島には小学校があったとの証言があり、生徒が少なかったときは教師1名で、増加してくると教師夫婦2名で教えていたというが、具体的な記録は残っていない。また小学校の他に青年学校もあったとの証言がある。
乾燥場では水分を2パーセント以下にして、大きな塊は2インチ以下に破砕した後、出荷まで貯鉱場で保管された。出荷時は貯鉱場からトロッコで桟橋まで運ばれ、桟橋で艀に積み込み、艀から沖合いに停泊中の輸送船に積み込んだ。通常、一日2000トン前後のリン鉱石積み込みを行っていたといい、一日3000トンという記録を作ったこともある。しかし台風シーズンの7月から10月にかけては輸送がままならないことが多かった。
空前の肥料業界の好況が続く中、当初、輸出用の重過リン酸石灰製造用に建設された設備は、研究によってラサ島鉱業所のリン土を原料として過リン酸石灰の製造が行える目途が立ったため、旺盛な国内需要を満たすべく、一部を除いて過リン酸石灰製造に宛てられることになった。
1919年4月、上野精養軒でラサ島開発10周年の記念祝賀会が開催された。祝賀会には原敬首相を始め各界の著名人が参加し、恒藤社長は得意の絶頂にあった。恒藤は第一次世界大戦中、リン鉱石の輸入が滞る中で農家にリン酸肥料の供給が続けられたのは、国内唯一のリン鉱石産地のラサ島のおかげであり、いささかなりとも国家のために貢献できたのは喜びに堪えないと自負していた。
南鳥島でのグアノ発見後、恒藤は沖縄など南方での調査活動に着手しようと考えていた。しかし当時、日露戦争前で国内は戦時体制が強化されつつあった。そのような緊迫した社会情勢の中で、農商務省内では所属各機関の再構成、改廃が断行され、肥料鉱物調査所は1903年12月5日に廃止された。
恒藤の挫折感は大きかった。南鳥島で有望なグアノ資源が見つかり、これから本格的な南方でのリン資源調査に取り掛かろうとする矢先に、国の調査機関である肥料鉱物調査所が廃止されたことは、国が国富の開発に冷淡かつ無頓着であり、極めて無謀なことであると痛烈に批判した。
肥料鉱物調査所廃止の決定により、恒藤は退官して自力でリン鉱石探査を継続する決意をした。1903年12月5日の肥料鉱物調査所廃止と同日に恒藤は退官し、その後は独力でリン鉱石探査を継続することになった。一民間人となった恒藤のリン鉱石探査のターゲットは南方の島々であった。
鉱山労働者については内地からの労働者は気候に慣れず作業効率が上がらず、病気にもなりやすいとして沖縄県出身者に切り替えていく方針が決定された。そして1912年11月には沖縄の地方紙、琉球新報にラサ島出稼ぎの募集広告が掲載された。
ラサ島で事業を進めていく中で最後まで大きな問題となったのが水問題であった。島内には川や池、湧水は無く、島の中心部で井戸を掘ってみたところ、井戸からは海水が湧き出してしまった。起業開始当初は海水を蒸留して真水を得ていたものの、労働者たちが増えていく中で蒸留では追い付かなくなり、結局雨水を溜めて利用する方法へと落ち着いた。
1913年、ラサ島で沖縄県初のストライキが起こり、3月には首謀者として沖縄県那覇の出身者の上原牛が逮捕、処罰されたと伝えられている。この年、冬から春にかけて数十日間に渡って雨が降らず、ラサ島内の真水は底をついて在島者たちは生命の危機に晒された。琉球新報の報道によれば、深刻な水不足に陥る懸念は在島の請願巡査が会社側に再三警告していたものの、資金不足に悩む会社はなかなか十分な数の貯水タンクを建設できなかった。2月には水不足に苦しむ労働者たち約500名が解決策を求めて駐在所に押し掛ける騒ぎとなった。
ラサ島のリン鉱石が良質なものであっても、恒藤は実際に事業化が可能であるか確証を持てなかった。まず埋蔵量が全く推定出来ていなかった。また報告されていたリン鉱石の産状から考えて、技術的に採鉱や選鉱が難しい可能性もあった。そして絶海の孤島のラサ島でリン鉱山を経営するとなると、貯水池の建設や鉱石輸送用の船着き場の設営など多額の初期投資を行う必要があるため、果たして採算が合うのかどうかについても疑問視していた。恒藤は事業の成立性について慎重に判断する必要性とともに、実際に事業に取り掛かる中で判断せざるを得ないと考えていた。
日本産業商会を立ち上げた恒藤は、1910年11月、ラサ島に第二回の資源探査隊を派遣した。調査隊の隊長は第一回と同じ松岡操が務め、資源調査の上、鉱山開発の開始を目論み、船には3か月分の食料、調査用の機器、資材の他に、飲料水貯蔵用として6尺の酒樽と、水が乏しいラサ島で真水を得るために芋焼酎蒸留用の蒸留器が10台積み込まれた。しかし肝心の船は小型の木造汽船で、船長は11月の荒れた海ではラサ島に辿り着くのは困難であると航海の中止を決断した。