京都大学フィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林
ただ、これらの人々も明治中期までは知井村の人々と交流がなく、由良川上流から杓子が流れてきたことに驚いた灰野の村人が戸長役場に連絡、探検隊を組織してこれらの人々を「発見」し、1889年10月に戸籍を作成した。こうした経過が当時の新聞に「現代の桃源郷」や「明治村」として報道されたという話が残っている。
明治以降はこの地域全体が知井村となり、芦生奥山やおろし山などと漠然と呼ばれていた当研究林のエリアは、地租改正によって山林土地台帳も整備された。しかしながら、従来の九ヶ村惣山が九ヶ村共有林と呼び方が変わったにしてもこの地域における山林利用の形態に大きな変化はなく、従来同様知井や針畑から入山して、製炭を中心に、生活用品の原材料となる雑木を伐採して生計を立てていた。こうした山林利用の形態も明治中期以降から徐々に変化していく。雑木の利用から杉やヒノキといった用材を植林して山林経営を図るといった考え方が入ってくるようになり、面積広大な当研究林のエリアを事業の対象とする思惑が働くようになった。財政基盤の脆弱な知井村では広大な山林を対象とした事業の実施が困難であったことから、銀行の融資を受けて資金を確保しようとしたものの、木材を搬出するにしても交通の便をはじめとした地理的条件があまりにも悪いことから、融資の話もいつしか立ち消えとなった。その後もこの地域における山林経営が村政運営の課題として採り上げられたが、財政面や有力者の思惑などから手付かずのまま推移していった。
財産統合は各市町村内において有力者の利害関係や集落間の強弱関係が錯綜することから当初はなかなか進展しなかったが、日露戦争終了後の各市町村の財政窮乏を期に、明治後期から大正、昭和戦前期にかけて強力に進められるようになった。知井村では1902年に学校基本財産として学校林が設定されていたが、明治末期から部落有林の統一に向けた動きが多くの議論を重ねながら進められていった。
この時期、京都帝国大学においてはそれまでの分科大学制を改めて学部制を採用することとなり、1923年に農学部を設置することが決定されたが、従来から存在する京都帝大の演習林は、台湾・朝鮮半島・樺太といった当時日本の海外領土であった地域にしかなく、国内で演習林を設置することが求められていた。こうしたことから京都府下や滋賀県内を中心に適地の調査が進められ、芦生奥山も候補地の一つであった。調査の過程で芦生奥山は演習林最適地との評価をつけられたほか、行政側においても、広大かつ地理的条件の悪い芦生奥山の管理は、部落有林の村有財産への統一後には知井村の手に余ることが予想されたことから、京都府では京都帝大の持つステータスを考慮して、北桑田郡長の陣頭指揮の下、芦生奥山への演習林誘致に向けた斡旋を進めていった。ここに大学側、行政側の動きが合致したことから芦生奥山が演習林として決定され、1921年4月4日に大学側と土地所有者(代表:知井村長)との間で99年間の地上権設定契約が締結され、ここに京都帝国大学芦生演習林が誕生した。