ファージ
メタゲノミクスにより、以前は不可能だったバクテリオファージの水中での検出を可能にした。
また、バクテリオファージは、河川水系、特に地表水と地下水の相互作用が発生する場所での水文学的トレースやモデリングにも使用されている。ファージの使用は、地下水を通過する際の吸収が著しく少なく、非常に低い濃度で容易に検出できるため、従来の染料マーカーよりも好まれている。汚染されていない水には、1 mlあたり約2×10個のバクテリオファージが含まれている可能性がある。
バクテリオファージは、主に形質導入を介してだけでなく、形質転換を介して、自然環境における遺伝子の水平伝播に広く寄与していると考えられている。メタゲノミクスに基づく研究はまた、さまざまな環境からのウイルス叢(virome)が、多剤耐性をもたらす可能性のある遺伝子を含め、抗生物質耐性遺伝子を保有していることを明らかにした。
バクテリオファージは生物圏に豊富に存在し、それぞれゲノムやライフスタイルが異なる。ファージは、国際ウイルス分類委員会(ICTV)により、形態学と核酸により分類されている。
ピコビルナ科(Picobirnaviridae)のメンバーは細菌に感染するが、哺乳類には感染しないことが示唆されている。
もう一つの提案されているファミリーは、Autolykiviridae(dsDNA)である。