IRTフラッシング線
フラッシング線を運行する系統はラズベリー色で示されている。以下の系統がフラッシング線の一部または全区間を走行する。
フラッシング線は、クイーンズボロ・プラザ駅を境に2つの異なる区間に分かれる。フラッシング-メイン・ストリート駅を出発する時点では、中央に急行用の線路を配置した3線区間である。すぐに地下から出てルーズベルト通りの上に造られた鋼鉄製高架構造に入り、シティ・フィールドとUSTAビリー・ジーン・キング・ナショナル・テニス・センターを通る。メッツ-ウィレッツ・ポイント駅と111丁目駅の間で、緩行線からコロナ車両基地への連絡線路が立体交差している。サニーサイド地区(英語版)の48丁目で、クイーンズ・ブールバード(英語版)に入り、華美な装飾を施したコンクリート製の高架橋が始まる。急行線の線路は33丁目-ローソン・ストリート駅とクイーンズボロ・プラザ駅の間で終わる。
クイーンズボロ・プラザ駅では、東行きの線路が西行きの線路より1階層上にあり、フラッシング線の線路はどちらも島式プラットホームの南側にある。島式プラットホームの北側はBMTアストリア線が使っている。かつては、クイーンズボロ・プラザ駅より東側では、フラッシング線とアストリア線の両方をIRTとBMTの双方が運行していた。プラットホームのすぐ東側で、東行きの線路の間に渡り線がなおも存在しているが、BMT用の車両はIRT用の車両よりも幅が広いため、営業運行に使うことはできない。この渡り線が、フラッシング線と他の地下鉄路線の間にある唯一の線路の接続である。
フラッシング線のもっとも初期の発祥は、ロングアイランド鉄道をニューヨーク・セントラル鉄道に連絡する目的で、1885年2月25日にスタインウェイ・トンネルを通るイースト・リバー・トンネル鉄道が設立された時である。この計画は検討されたものの、実際には実行に向けて何の手段も取られることなく、1887年にニューヨーク・アンド・ロングアイランド鉄道として再設立された。西は42丁目と10番街から、イースト川を渡ってヴァン・アルスト・アベニューまで走り、そこから残りの区間は私有地に建設することが計画された。計画には何度も変更が行われた。1890年にウィリアム・スタインウェイ(英語版)は、近所にある自身の所有地の価値が上昇することを見込んで、トンネルを電化することを会社に提案した。
1892年6月3日に、50番街とバーノン・アンド・ジャクソン・アベニューの交差点付近でトンネルに着工した。しかし湧水で土砂の搬出が妨げられるなど、いくつもの失敗や障害に見舞われて、プロジェクトは1893年2月2日に中断されることになった。1893年から1896年にかけて、何度もプロジェクトを再開しようとの呼びかけがあり、ニュージャージー州まで延長しようとの声もあったが、無駄に終わった。最終的にトンネルは、1915年に地下鉄用に開通することになった。