上田利治
2年目の1996年はオリックスと熾烈な優勝争いを繰り広げ、優勝への期待も高まったが、同年9月9日に突然休養した。9月11日、上田は記者会見を開き、長女と次女が統一教会(現・世界平和統一家庭連合)に入信したこと、2人を脱会させようとして失敗したこと、娘を脱会させることを誓って日本ハムの監督を引き受けた経緯があることなどを明かした。その上で「自分の娘も止められない人間がチームを引っ張っていけるわけがない」と述べ、監督を辞任する意思を表明した。持田三郎社長は「上田監督は球団のイメージダウンになると言うが、そうは考えていない」と述べ、上田に復帰を求めた。その後はオリックスに優勝をさらわれ2位に終わったが、同年オフに、辞任はせずに復帰した。この年、金子誠が新人王を獲得し、以後レギュラーで活躍した。
1997年は獲得した落合博満が期待に反して活躍しなかった。1998年には「ビッグバン打線」と呼ばれる強力打線で8月まで首位を独走するも、後半戦になると打線が低迷して失速し、西武に抜かれ2位に終わりまたしても優勝を逃した。同年にはオリックスの三輪田勝利スカウトが自殺したが、彼のことを「誠意のかたまり」と評した。
1999年は5月23日の近鉄戦(東京ドーム)ではシャーマン・オバンドーのセカンドゴロ併殺打における一塁の判定を巡って塁審・山本隆造に抗議。上田はその際、山本に「ヘタクソ!」と暴言を吐き、野球人生唯一となる退場処分を宣告された。退場を宣告された直後、上田は山本の後頭部に平手打ちをし、2試合の出場停止処分を受ける(山本は一時は刑事告訴も辞さない姿勢を見せたが、その後上田が謝罪し和解。