熊本鉄道事業部
8102は2018年3月17日付で直方へ転出した後、2019年3月11日付で再び転入したが、2021年3月13日付で直方へ再度転出している。
キハ47形 8000番台の2両 (8087, 8159) と、9000番台の2両 (9051, 9082) の計4両が配置されている。 このうち、8159・9082の2両は観光特急「いさぶろう・しんぺい」仕様車、8087・9051の2両は同じく観光特急の「かわせみ やませみ」仕様車となっている。 2017年3月に8087(大分)と9051(直方)が転属してきた(代わりに、当センター所属だった3509・4510・8158の3両が2017年3月に大分へ、9049が同月に直方へ転属したが、3509・4510の2両は2018年3月17日付で大分から当センターに再転属、さらに同日付で8135が上記のキハ40 8102との交換により直方から転属している)。 2019年3月に8129と9031が、同年6月に8076が、同年7月に9041が、それぞれ直方から転属してきた。
キハ147形 0番台の6両(59・61・104 - 106・183)と、1000番台の1両 (1055) の計9両が配置されている。このうち0番台の3両 (59, 61, 183) は保留車となっている。 2021年3月14日付で105・106・183・1055の4両が鹿児島から転属してきた。
熊本乗務センター(くまもとじょうむセンター)は、熊本県熊本市西区の熊本駅付近にある、熊本支社管轄の運転士・車掌所属区所であり、元々は同支社熊本鉄道事業部の管轄であった。2012年度のダイヤ改正より熊本運輸センターを熊本車掌センターと統合の上、現在の名称へ変更となった。
1891年(明治24年)4月1日 - 九州鉄道が熊本延伸にさきがけ熊本機関庫を創設。
1907年(明治40年)7月1日 - 九州鉄道の国有化により官設鉄道の熊本機関庫となる。
1936年(昭和11年)9月1日 - 熊本機関区に改称。
1987年(昭和62年)4月1日 - JR九州発足に伴い、当時の国鉄熊本機関区を組織変更してJR九州熊本運転所に名称変更。
1992年(平成4年)6月1日 - 人吉鉄道事業部が発足。
1999年(平成11年)12月1日 - 熊本鉄道事業部発足。熊本運転所が熊本鉄道事業部の下部組織となり熊本運輸センターに改称。
2004年(平成16年)6月1日 - 人吉鉄道事業部と統合。
2006年(平成18年)3月18日 - 熊本運輸センターの車両部門を熊本車両センターに分離。
2008年(平成20年)4月1日 - 阿蘇鉄道事業部と統合。
2012年(平成24年) - 熊本運輸センターと熊本車掌センターを統合し熊本乗務センターに改称。
2022年(令和4年)4月1日 - 組織改正により熊本鉄道事業部廃止、支社本体に機能を統合。