攘夷実行の勅命
その後も攘夷実行や破約を求める勅書が諸大名に発せられた。6月18日の「無二念打払令」や、西国諸藩に攘夷を督促する「監察使」の派遣(実際に派遣があったのは長州藩・和歌山藩・明石藩)などがその具体的内容である。7月23日には武家伝奏を通じて京都守護職の松平容保に、攘夷を実行しない藩からは官位を剥奪するという勅命が伝えられた。関門海峡砲撃を巡って長州藩と対立した小倉藩に対しては官位剥奪と所領の没収という朝廷の処分が8月にいったん決定された(実行されず)。
しかし、孝明天皇は自身の意思と無関係に急進的な勅書が出ることを憂慮し、8月18日に急進的攘夷論の公家を朝廷の中枢から追放する(八月十八日の政変)。急進的攘夷派が計画した天皇の大和行幸(攘夷祈願後に天皇自らによる攘夷の軍議を開く予定だった)も中止された。孝明天皇は8月26日に、8月18日以前の親書には信憑性に問題があるものが含まれる(26日以降は真の勅書である)とする勅書を発表し、事実上攘夷勅命を無効化した。文久4年(1864年)1月に家茂が再度上京した際には、「無謀の攘夷は実に朕が好む所に非ず」という勅書(薩摩藩の意向が反映したとされる)を出し、天皇と将軍が「父子」のように親密であるべきと主張した。また、「政令二途」に関しては同年4月20日に幕府に下した勅書において「幕府へ一切御委任遊ばされ候事ゆえ、以来、政令一途に出で、人心疑惑を生ぜず候様、遊ばされたく思し召し候」という見解が示され、朝廷から藩に命じることはしないとされた。
もっとも、政変の時点では孝明天皇は戦争は望まなかったものの、「攘夷」自体は放棄しておらず、一橋慶喜は条約の部分修正による横浜の鎖港を幕府内に提案して承認される。
将軍の家茂も幕政改革に着手し、久光とともに江戸に到着した勅使の大原重徳が伝えた天皇の意向に沿い、一橋慶喜を将軍後見職、松平慶永(春嶽)を政事総裁職といった要職に就けた。慶喜と慶永らは就任後の8月に天皇の指示を尊重した幕政を約する文書を提出して、朝廷と幕府の関係は激変した。さらに、大名の参勤交代を大きく緩和したうえに、水戸藩に対しては戊戌の密勅を認めたことで、将軍家の大名統制は低下して、「朝廷から大名への指示」を許す形になった。
「破約攘夷」に転換した長州藩は、朝廷に支援を与えながら急進的攘夷論を浸透させ、朝廷では「公武合体派」と見られた九条尚忠(関白)や岩倉具視らが失脚した。彼らの失脚は朝廷内の急進的攘夷派公家による「四奸二嬪排斥運動」と呼ばれる動きによるものだった。久光は朝廷に「外国と戦争になれば勝ち目はない」と破約攘夷に反対する建白を朝廷に提出したが、受け入れられなかった。京都やその周辺では急進的攘夷派浪士によるテロが7月以降続発する。孝明天皇は閏8月18日に公家たちに攘夷に関する意見を求め、三条実美ら数人は今は軍備拡充を優先すべきとしたものの、即時攘夷を求める公家が8人、その他の多くの公家は天皇の意向に従うとのみ回答し、急進的攘夷論を止めることはできなかった。朝廷では幕府に勅使を出して攘夷実行を命じるべきとする意見が浮上し、長州藩や土佐藩に加えて薩摩藩もこの件に関しては同調し、9月21日に勅使派遣が決定する。