イシガメ科
以前はヌマガメ科に含まれていた。形態から1960年代になりバタグールガメ亜科して分割され、1980年代後半にはリクガメ上科内ではリクガメ科と単系統群を形成すると推定され独立した科とする説があげられた。核DNAやミトコンドリアDNAの全塩基配列を基にした分子系統学的解析でも、本科はリクガメ科と単系統群を形成すると推定されている。
以前は属の上位分類としてBatarurina Gray, 1869が最も古いとされ、それを基に本科をバタグールガメ科Bataguridaeとしていた。後にGeoemydini Theobald, 1868の方が古いことが判明し命名規約上の理由からGeoemydidaeを用いるようになった。
1980年代には骨格を基にした分岐分類学的解析から、以下の水棲傾向や植物食傾向が強く咬合面が幅広いバタグールガメ亜科Batagurinaeと、陸棲傾向や動物食傾向が強く咬合面が狭いヤマガメ亜科Geoemydinaeに分割する説もあった。
バタグールガメ亜科 - カラグールガメ属(後にバタグールガメ属)、カンムリガメ属、クサガメ属(後にイシガメ属)、セタカガメ属(後にコガタセタカガメ属、バタグールガメ属)、ニシクイガメ属、バタグールガメ属、ハナガメ属(後にイシガメ属)、ハミルトンガメ属、ヒジリガメ属(後にオオヤマガメ属)、ホオジロクロガメ属、ボルネオカワガメ属、メダマガメ属
ヤマガメ亜科 - アメリカヤマガメ属、イシガメ属、インドヤマガメ属、オオヤマガメ属、オカハコガメ属(後にハコガメ属)、シロアゴヤマガメ属、ハコガメ属、ヒラセガメ属(後にハコガメ属)、ニセイシガメ属、マルガメ属、ムツイタガメ属、ヤマガメ属