サマリア人
後日サマリア人の指導者が上記の虐殺は冤罪だとピラトゥスの上司のシリア総督に訴えた結果、ピラトゥスは更迭された。
ユダヤ総督がクマノスの時代、エルサレムへ向かうガリラヤ人複数人がサマリアのギナエという村で殺害される事件が発生、クマノス総督の対応が悪いと不満を持ったユダヤ人たちとサマリア人たちとの間に抗争が起き、最終的にクマノスが流刑になるほどの問題となる。
66年、ユダヤ戦争勃発でシケム近郊のサマリア人たちも蜂起し、ゲリジム山に集まるがウェスパシアヌス将軍率いるローマ軍に鎮圧された。
東ローマ帝国のゼノン皇帝の時代、サマリア人が反乱を起こすが鎮圧され、彼らのシナゴーグがキリスト教会に改変される。
現在、ユダヤ人たちとは和睦が成立し、ユダヤ教徒の一派として認められている。
サマリア人の人口は、長年の迫害や同族内での結婚が続いた結果、20世紀初頭には150名程度の集団になってしまった。その後ユダヤ人女性との通婚などで、2007年には700名余りに回復したものの、依然厳しい状況は続いている。特に男性の結婚難が深刻で、近年ではロシアや東欧に新婦となる女性を求める動きが見られるが、伝統的なサマリアの習俗への服従等が足かせとなって、思うようにはいっていないようである。
さらに、ヨルダン川西岸地区の帰趨によっては、サマリア人は聖地を捨ててユダヤ人に同化するか、それともゲリジム山に逼塞して平和を待つかという、厳しい選択を迫られることになる。
『ユダヤ古代誌』第9巻の記述などを見る限り、この時代のユダヤ人がサマリア人を嫌ったのは異教徒や異民族との混血ではなく「自分たちを都合によってユダヤ人と同族扱いしたり、逆に他からの移住者で関係ないとする日和見的な人たちだ」といったように見ていたためらしい(同書290節附近)。
もっとも、ユダヤ人たちもサマリア人を完全に異民族として見ていたわけではなく、前述のヨセフスの『ユダヤ戦記』と『ユダヤ古代誌』でもユダヤ人の領域を上げる際にサマリアが入っていたり、ラビたちもタルムードでサマリア人を異教徒扱いにするかユダヤ人に準ずるかで意見が分かれたり、キリスト教の『マタイの福音書』にもイエスの弟子たち(主にガリラヤ在住のユダヤ人)が、サマリア人を異民族に入れるのか否なのか迷うらしい描写がある。
これ以外にも新約聖書にはしばしば登場し、イエスの福音を受け入れたものも多かった。また、イエスも彼等を迫害の対象とはせず、「隣人」として受け入れていた。
ローマ帝国時代の37年、ユダヤ総督のポンテラス・ピラトゥス(ピラト)が、ゲリジム山に臨時の礼拝に来たサマリア人を暴動目的の集結と思い、軍を用いて強引に鎮圧させ死傷者多数発生。