生物多様性の観点から重要度の高い湿地
鵜原地先沿岸,鯛ノ浦
館山湾
館山波佐間,坂田
東京湾の干潟・浅瀬
水元小合溜
多摩丘陵地帯の湧水湿地
式根島港周辺
八丈島周辺沿岸
小笠原諸島陸水域
小笠原諸島周辺の砂浜海岸および周辺浅海域
二ツ池
三浦半島の湾・入江干潟および沿岸
相模川中流域
相模川の河口部
芦ノ湖
仙石原湿原
真鶴岬周辺沿岸
佐渡島北部沿岸
加茂湖および国中平野の水田地帯
佐渡島南部沿岸
松ノ木平の池および周辺池沼
地本湧水
新潟海岸
信濃川および阿賀野川の下流域
佐潟および鳥屋野潟を含む新潟砂丘湖沼群
柏崎沿岸
魚沼地方のシナイモツゴ生息ため池・池沼群
苗場山周辺湿原
妙高高原周辺湿原
頸城湖沼群
上越市(三和区)のため池群
白馬岳周辺湿地群
河口湖
山中湖
西湖
忍野村湧水群
韮崎市の両生類生息地
初島周辺沿岸
伊豆半島南東部沿岸
伊豆半島西部沿岸
柿田川湧水群
小田貫湿原
猪之頭湧水群
麻機遊水地
大井川中流域
御前崎周辺沿岸
遠州灘海岸
桶ヶ谷沼および鶴ヶ池
浜名湖
浜名湖周辺湧水湿地群
守江湾
小深江漁港周辺干潟
猪の瀬戸湿原
小田の池
金鱗湖周辺の温泉水路
九重火山群湿原
松岡および敷戸のため池群
北川湿原
島浦島を含む日豊海岸
五ヶ瀬川,祝子川,北川と河口部
遠見半島周辺の浅海域
門川湾および御鉾ヶ浦
大淀川水系岩瀬川オオヨドカワゴロモ自生地
大淀川水系中下流域
宮崎市周辺の河口および砂浜海岸
宮崎市の湧水湿地
青島周辺沿岸
日南海岸の汽水域
日南から南郷のため池群
栄松地先沿岸
都井岬周辺沿岸
本城川河口および福島川河口
霧島山系草原の湿地
志布志のカワゴケソウ類の生育河川
鹿児島湾
大隅半島山地の源流域
大隅半島中南部の河川支流
志布志湾沿岸および周辺河川域
大隅半島のカワゴケソウ類の生育地
阿久根地先沿岸
長島周辺沿岸
出水干拓地
川内川中流域
川内川河口の周辺湿地
いちき串木野市羽島地先沿岸
藺牟田池
甑島周辺沿岸
薩摩半島のカワゴケソウ類およびオキチモズクの生育地
鰻池
万之瀬川河口および吹上浜
大浦川河口
種子島の砂浜海岸とサンゴ礁
種子島のマングローブ湿地
一湊川のカワゴケソウ類の生育地
屋久島宮之浦川
屋久島西部海岸
屋久島栗生塚崎
栗生川
屋久島花之江河周辺
笠利湾
奄美大島の川内川および内海
住用湾流入河川および河口部
奄美大島南部の渓流域
奄美大島大和村の湿地
加計呂麻島の海岸湿地群
勝浦川下流域の農業用水系
徳之島山地水域
徳之島神之嶺,カンニシ港