レーゲンスブルクの旧市街とシュタットアムホーフ
世界遺産登録にかかわる中世・近世の歴史を概観する。通史についてはレーゲンスブルクの歴史を参照のこと。
1245年にレーゲンスブルクは帝国自由都市となり、中世後期に交易路が変わるまで交易の中心地だった。1486年には、レーゲンスブルクがバイエルン公国に組み込まれたが、1496年には神聖ローマ帝国によってその独立性が回復された。
1542年にはレーゲンスブルクは宗教改革を受け入れたので、1803年にカール・フォン・ダールベルクのもとでレーゲンスブルク公国(Principality of Regensburg)に組み込まれるまで、市議会はルター派だった。市民の少数派はローマ・カトリックにとどまったが、市民権(Bürgerrecht)は剥奪されていた。とはいえ、レーゲンスブルク市とレーゲンスブルク司教職は混同してはならない。市は宗教改革を受け入れてはいたが、ローマ教会の司教座でありつづけ、修道院も複数存在していた。聖エメラム修道院、ニーダーミュンスター修道院、オーバーミュンスター修道院は、神聖ローマ帝国内で地位を認められていたので、帝国議会に議席と投票権を持っていた。この結果、レーゲンスブルクの町には、プロテスタントの町そのもの、ローマ教会の司教座、上記3修道院という5つの独立した"states"が並存するという独特の状況になった。
1663年から1806年には、都市は神聖ローマ帝国議会が常設された。かくしてレーゲンスブルクは帝国の中心的都市のひとつとなり、多くの訪問者でにぎわった。