日本人バイカル湖畔起源説
松本は上記の研究結果とともに、下記の他の研究者の研究結果等も自身の研究結果と一致している点を根拠に、埴原の「原日本人の南方起源」とする点を中心に異論を唱え、「日本人集団は基本的に北方モンゴロイドに属する」としている(松本2009)。
徳永勝士は、20のモンゴロイド集団が、HLAをベースとした系統樹分析によって、(北と南の)2つの大きなグループに分けられることを認めて日本人が北方のグループに属することを示し、自身のGm遺伝子の研究結果と一致すること。
根井正利が系統樹分析で、3つの日本集団(アイヌ、本土日本人、沖縄人)全てが、北方アジア起源である研究結果を出し、埴原の二重構造モデルを否定するとともに、日本人のベースが北東モンゴロイドであることを示しており、自身の研究結果と一致していること。
篠田謙一や田中雅嗣らによるミトコンドリアDNAによる研究結果でも縄文人も基本的に北方起源であり、ブリヤートの人々と共通因子があるとしており、その点に関して自身の研究結果と一致していること。ただし、松本は南方系との混血率は自身の研究結果と相違があると述べている。
Scienceに発表された論文によると、17のアジア人集団を常染色体のDNAマーカー約640,000の多型分析をした結果、アジア集団が北から南へ位置を変えるに連れて、北方系と南方系の割合が、その緯度の違いで、明確に変化することを示し、加えて、日本人は均質であり、北方の系統をより高い割合でもつことを示しており、自身の研究結果と一致していること。
東京大学理学部の尾本恵市と国立遺伝学研究所の斎藤成也は共同論文の中で、すべての日本人の故郷をバイカル湖畔とする松本の説は、埴原を含め、日本の人類学者らの強い反論に合い、我々もまた、人類の個体群の起源についての判断は単独ではなく多くの遺伝子座の情報に基づくべきであると信じる、と述べている。
しかし同時に松本と同じく埴原の原日本人(アイヌを含む縄文人)の南方起源説には賛成しかねると述べている。
また、松本の研究では「日本人と韓国・中国人との異質性」や「北海道から沖縄に至るまで日本人の等質性」を示している(松本1992)が、斉藤と尾本の共同研究による系統図では「本土日本人はアイヌや沖縄県人、チベットと近く、韓国人、また中国人とは離れている」という研究結果を出している。
ペンシルベニア州立大学のRoychoudhuryと根井正利は、Gmがモンゴロイドを分けるために有意な役割を果たすと述べる一方、フェニルケトン尿症遺伝子の分布が松本の仮説を支持するように見えるが、この見方は、中国の北部と南部のより広い地域で大々的な標本調査が行われない限り受け入れ難く、また、単独の遺伝子座による情報は個体群の違いに歪んだ見方を与え得ることに注意すべきである、と述べている。