後亀山天皇
それでも、阿野実為・公為父子や六条時熙など、わずかな公家が側近として仕えており、吉田兼熙・兼敦父子が神道を進講することもあった。
ところが、応永17年(1410年)11月27日突如嵯峨を出奔して吉野に潜幸し、以来ここで6年を過ごしている。この事件に関して、『看聞日記』には生活上の困窮によるものとするが、当時の幕府が講和条件の一である両統迭立を破って、後小松天皇皇子の躬仁親王(後の称光天皇)の即位を目論んでいたことから、そのような動静に不満を抱く後亀山法皇の抗議行動であったとも考えられる。しかし、その甲斐もなく、応永19年(1412年)称光天皇が践祚。 応永22年(1415年)これに反発した伊勢国司北畠満雅が蜂起するも、説成親王(後亀山の弟か)の調停によって幕府との和睦が成立したため、応永23年(1416年)9月に広橋兼宣らの仲介で法皇は大覚寺に還御した。東国情勢などで不安要素を抱えていた幕府は、旧南帝を吉野の山中に放置しておくことの危険性を熟知していたので、所領回復を条件に後亀山の還御を再三要請したのである。
応永31年(1424年)4月12日、雷鳴のとどろく夜に大覚寺で崩御。宝算は75とも78ともいう。後亀山が果たせなかった皇位回復の遺志は子孫の小倉宮に受け継がれ、やがて後南朝による幕府への抵抗運動を惹き起こした。
後村上天皇の第二皇子。母については、阿野実為の女とする系図があるが、これは世代的に整合せず、あるいは長慶天皇と同母で、二条師基の猶子の嘉喜門院かと思われるものの確証はない。
后妃は一切不詳。一次史料に確認できる皇子女は、次の1皇子のみである。
生母不詳 皇子:小倉宮恒敦(? - 1422年) - 親王宣下の有無は不詳
近世の南朝系図は以下の后妃・皇子女を挙げているが、長慶天皇との混同もあるため、そのままには信頼できない。
中宮:源(北畠)信子 - 北畠顕信女 第三皇子:良泰親王(小倉宮、1370年 - 1443年) 皇子:行悟法親王(1377年 - 1406年) - 実際は長慶天皇皇子 第一皇女:泰子内親王 - 二条冬実室
女御:藤原(二条)教子 - 二条教基女 第一皇子:世泰親王(1360年 - 1377年) - 実際は長慶天皇皇子
典侍:藤原(日野)邦子(権典侍局) - 日野邦光女 第二皇子:師泰親王(長徳寺宮、1362年 - 1423年) 皇子:真阿(1374年 - 1440年) - 十念寺開基
生母不詳 皇子:琮頊(? - 1448年) - 十念寺2世