ぷよぷよBOX
各「復刻盤」では、それぞれのメガドライブ版と同じキャラクターが登場する。ただし、先述通り「ぷよぷよ 復刻盤」ではハーピーとウィッチのぷよ消えパターンの演出が原作のような独自のもの(音符や星)ではなく通常のキャラクターと同じ消え方となっていたり、パノッティの敗北アニメーションでは涙のぶつかる効果音がカット、「ぷよぷよ通 復刻盤」ではマスクドサタン戦の背景が独自のものに変更されて1階延長戦と共通になるなど、一部の演出が変更されている。
「ぷよBOX」モードでは『ぷよぷよ』から『ぷよぷよ〜ん』までのナンバリング4作品に登場したほぼすべての対戦キャラクターが登場するが、対人戦時のキャラクター選択や専用ボイスはないため、基本的に1人用モードでコンピュータが操る敵キャラクターとして登場するのみとなっている。また、『ぷよぷよ』シリーズでは本作が初登場となる敵キャラクターもいる。
相手からのおじゃまぷよ予告を自分の連鎖で発生させたおじゃまぷよで相殺できる。相殺しきれなかった分のおじゃまぷよはぷよを消した直後にすぐ落下する。また、自分のフィールド内のぷよをすべて消すと「全消し!」の文字が次にぷよを消すまで表示され続け、次回の攻撃に全消しボーナスとしておじゃまぷよの発生量が上乗せされる。
3人または4人で対戦するモード。「ふたり」と同様のルールエディットを搭載している他、人数が足りない場合は人間の代わりにコンピュータを戦わせることも可能で、COMの強さを3段階から選択できる。全員をコンピュータに担当させることも可能。また、チーム戦形式を採用しており、試合開始前にAからDまでの4つのチームのどれかを選ぶ。2人以上が同じチームを選んだ場合、そのチームのプレイヤーの連鎖で発生したおじゃまぷよは同じチームの仲間には送られなくなり、チームメンバー以外のプレイヤーが全員敗北すれば勝利になる。
またGBC版で特技により登場していた鉄ぷよ・壁・びっぐぷよ及び組ぷよの代わりに登場していたお助けキャラとしてのカーバンクルは、このぷよぷよBOXでは一切登場しない。 スラッシュ 他のプレイヤーのフィールド内のどこか横1段にあるぷよをすべておじゃまぷよに変える。 ネオスラッシュ 他のプレイヤーのフィールド内のどこか横1段にあるぷよをすべて固ぷよに変える。シェゾ・ウィグィィが使用。 ブレイク 他のプレイヤーのフィールド内で一番低い列にあるぷよを縦1列すべておじゃまぷよに変える。 ネオブレイク 他のプレイヤーのフィールド内で一番高い列にあるぷよを縦1列すべておじゃまぷよに変える。ルルーが使用。 フリーズ 他のプレイヤーのフィールド内にあるおじゃまぷよをすべて固ぷよに変える。ドラゴンが使用。GBC版における「フリーズ」とほぼ同様の特技内容。 ソリチュード 他のプレイヤーのフィールド内で孤立している色ぷよをすべておじゃまぷよに変える。ブラックキキーモラが使用。 ピンポイント 自分を含む全プレイヤーのフィールドに、特技使用時に自分の組ぷよ(軸ぷよ)があった列へおじゃまぷよを1個降らせる。アーちゃんが使用。 ソーラーレイ 自分を含む全プレイヤーのフィールドに、特技使用時に自分の組ぷよ(軸ぷよ)があった列へ太陽ぷよを1個降らせる。