主教戦争
和睦が締結されたものの、両者、特に事実上敗者のチャールズ1世はこれを再挙までの時間稼ぎとしか考えていなかったため監督制について譲らず、スコットランド盟約派もチャールズ1世への不信から拒否の姿勢を続けた。国王は実力行使を決意し、ロードと並ぶ側近のストラフォード伯爵トマス・ウェントワースの進言で軍事費を求めて、1640年4月に11年ぶりに議会を召集した。
この議会は短期議会といわれるように、個人支配(英語版)とも呼ばれたチャールズ1世の専制(無議会政治)に対するジョン・ピムら議員達の激しい非難が相次ぎ、課税どころでは無くなったため何ももたらさず3週間で解散し、財政難に苦しむチャールズ1世は課税代わりに東インド会社から胡椒を後払いで仕入れて売却したり、アイルランド議会の援助で辛うじて軍を出した。しかしストラフォード伯を司令官とする国王軍は前より兵数が少なく3000余という寡兵に過ぎなかった上、ストラフォード伯に人望が無かったため士気も低下、第1次主教戦争より状況は悪化していた。
こうした動きを察知した盟約軍もすばやく動き、国境を越えてイングランド北部に進出、8月28日、ニューバーンの戦いで両軍は激突した。この戦いは盟約軍の圧勝に終わり、ストラフォード伯の督戦も効果無くニューカッスルが盟約軍に占領された。チャールズ1世は自ら和睦を申し出て10月26日にリポン条約が結ばれ、イングランドはノーサンバーランド・ダラム両州の占領、および1日あたり850ポンドの駐留軍維持費を撤兵まで2ヶ月支払うという屈辱をみた。こうして、第2次主教戦争も事実上チャールズ1世の敗北に終わった。
宗教改革の影響はブリテン島にも波及し、イングランドでは監督制による国教会、スコットランドでは長老制が有力であった。そこにチャールズ1世は両国の宗教統一を図りスコットランド人の反感を買い、1633年の戴冠式でスコットランドへイングランド国教会を導入することを明らかにし、1637年には側近のカンタベリー大主教ウィリアム・ロードの勧めで国教会形式の祈祷書を施行した。それに反発する長老派、ピューリタンらは自由祈祷を強調した。国教会と長老制の教会政治の違いは、国王を頂点に大主教・主教と続く階層・階級によって統制された国教会に対し、スコットランドの長老制は宣教長老(牧師)と治会長老(信徒の代表)からなる長老を代表とし、全体教会で議決を行うという点にあった。