サン・バルテルミの虐殺
リヨンでは異なる命令が届き、市政当局者の対応が混乱している間に扇動された群衆によるユグノー虐殺が起こり、著名な作曲家クロード・グディメル も犠牲となった。ボルドーでは9月29日にイエズス会のエドモンド・オージェが扇動的な説教を行い、その数日後に虐殺が発生している。一方で、ユグノー粛清の命令を受けたナントでは、幸運なことに市長が1週間後に国王の名義でまったく逆の命令が届くまで、この手紙の公表を差し控え、虐殺は回避されている。
虐殺後の諸都市におけるユグノーコミュニティの損失は人数的には犠牲者数よりもはるかに多かった。虐殺の翌週、ユグノーに対する明らかに威嚇的な雰囲気に応じて、ユグノーの大量改宗が行われた。数百人が殺されたルーアンではユグノーコミュニティは虐殺やより安全な都市や外国への避難によって16,500人から3,000人に縮小している。暴力が発生していなかった幾つかの都市でもユグノー人口の顕著な減少が見られる。
虐殺から程なく、両陣営は第四次戦争の準備を行い、戦争はこの年末に再開した。