甘粕事件
甘粕の母親は「正彦は特に子供好きでした。罪も無い子供に手をかけるなど有り得ない」と涙ながらに主張したこともあって自白を一部撤回させ、「自分は子供は殺していない。菰筒みになったのを見て初めてそれを知った」と証言を変え、宗一の殺害は否認した。宗一は連行される時から甘粕に懐いており、宗一の死についても便所に行くといってその場を離れており、立ち会っていないと主張した。この供述の撤回によって予審の内容が覆され、塚崎は捜査のやり直しと公判の中止を申請した。陸軍省から宗一殺害の再捜査が命令されると、10月5日になって憲兵上等兵の鴨志田安五郎、本多重雄が共犯として自首し、翌日には憲兵伍長・平井利一も見張り役として関与したことを自白して、被告人は5名となった。鴨志田と本多は宗一殺害を認めたが、甘粕と森が「『上官の命令だからやり損なうな』と会話していた」と証言して波紋を呼んだ。しかし小泉と小山がこの証言を否定した後、以降は軍の上層部が関与した疑惑については追及すらされなかった。結局は森が鴨志田へ「お前がやれ」と命令したとされ、鴨志田と本多が手を下すこととなった。鴨志田と本多は殺害を躊躇していたが命令には逆らえず、鴨志田が首を絞めて本多が押さえつけて殺害した。森は「甘粕大尉が『子供も殺せ』と命令した」と主張し、自分に命令したのは甘粕だと供述したが、甘粕は投げ槍な態度で「森が言うのですからその通りでしょう。私は軍人であります。命令しました」と自分が責任を被ってやると言わんばかりの答弁をして、再度供述を翻した。遺体の処分方法については甘粕と森が話し合い、構外に運び出すと事件が露見するとして森が難色を示し、甘粕は3人が着ていた着物を鋏で切って全裸にて菰に包んで古井戸に落とした。
陸軍内秘密結社説(事件当時の読売新聞陸軍部長・中尾竜夫の説)
甘粕=フリーメーソン説(評論家・三宅雪嶺らの説)
大杉密偵説(吉薗周蔵の説)
これらは大別すると、「憲兵隊または軍が『組織』として主義者の殺害を命令したものの事件後に軍組織の関与を隠蔽し、実行者である甘粕らが命令者の責任を被った」というものと、「実行者ではない甘粕らが命令者と実行者の両方の責任を被った」というもの、または「非公式な組織や個人の命令あるいは指示で甘粕らが実行したもの」などに分けられる。ただし多くが指摘することとして、渋谷と麹町の分隊長を兼任していた甘粕が直属の部下ではない憲兵司令部付曹長である森に命令していた点が挙げられる。甘粕と森の2名に指示が可能な人物は当然ながら甘粕より立場が上の人物でなければならず、これらが小泉や小山、福田が主犯と疑われる理由の一つとなっている。また軍隊内の結社説も、命令系統の無視を理由の一つとしている。