小山車両センター
「日光」「きぬがわ」用の6両編成1本は、253系への置き換えにより、2012年に仙台車両センターへ転出した。
お座敷列車「宴」、「華」は、2015年に高崎車両センターへ転出した。
クモヤ145形
牽引車。構内での入換作業に使用された。
E995系
蓄電池駆動電車システム試験用車両。
愛称は「NE Train スマート電池くん」。
2019年12月18日に長野総合車両センターへ廃車回送された。
クモエ21形
救援車。事故等の際の資材及び重機運搬、人員の休憩所として使用される車両。
クモエ21001が配置されていた。1986年10月25日に廃車され、現在は小山車両センター近くにある「日酸公園」に保存されている。
キハ40形気動車
2017年4月1日時点では1000番台8両(1001-1005, 1007-1009)が配置されていた。
宇都宮線(東北本線)の宇都宮 - 宝積寺間と烏山線で運用されていたが、2017年3月4日のダイヤ改正でEV-E301系に置き換えられ運用を終了、同日付で宇都宮運転所から転入した。2017年4月6日に1001,1003,1008が廃車、同日付で1009が錦川鉄道へ移籍、2017年5月11日に1002,1004,1005,1007が廃車され、配置が無くなった。