霊元天皇
しかし、天皇親政を主張してきた江戸幕府の影響によって霊元に近い筈の宗子や資熙が霊元院政に取って代わる事態は、天皇や基熙から見れば親政実現の障害でしかなく、彼らはこの動きに反発して資熙の排除を幕府に要請するが、京都所司代松平信庸は宗子と資熙のおかげで朝廷運営が幕府の望ましい方向に向かっていると評価していたために全く話が噛み合わなかった(綱吉自身が生母の桂昌院や側用人の柳沢吉保を重用している手前、天皇の生母である宗子や側用人的な立ち位置にある資熙を排除するという選択肢がなかったという見方もある)。しかし、基熙の縁戚にあたる上臈御年寄右衛門佐局を介して天皇の意向が直接綱吉に伝えられたことで、元禄12年(1699年)に幕府より資熙に蟄居が命じられて事態が収拾されることになった。また、東山天皇の男子が早世が多く、霊元上皇と松木宗子が寵愛していた三宮(後の公寛入道親王、母は冷泉経子)に将来の皇位継承への期待が掛けられていたが、同じ頃に三宮の本当の父は京極宮文仁親王であるという噂が流れていた(『基熙公記』元禄13年3月18日条)。この噂を危惧した東山天皇は霊元の反対を押し切って、元禄13年(1700年)に三宮を円満院門跡にする方針を示して幕府の了承を得た。翌年、三宮の異母弟で五宮にあたる長宮(後の中御門天皇、母は櫛笥賀子)が誕生し、宝永4年(1707年)には幕府の了承を得て長宮が儲君に立てられた。結果的に小倉事件と同じように父天皇の意向で皇位継承の最有力者が出家させられて、五宮が次期天皇に立てられることになったが、大きな騒動にはならなかった。この時の一連の幕府との交渉で暗躍したのが、中御門資熙の排除をきっかけに天皇との連携を強化した近衛基熙であった。
後宮:藤原氏(藤式部局)(? - 1746年) - 今城定淳女 第十三皇子:一乗院宮尊賞法親王(1700年 - 1746年) - 興福寺別当 第十一皇女:文応女王(1702年 - 1754年)
後宮:藤原(入江)伊津子(兵衛局)(? - 1763年) - 入江相尚女 第十四皇子:嘉智宮(1709年 - 1713年) 第十二皇女:留宮(1711年 - 1712年)
後宮:安倍氏(中将局)(1691年 - 1753年) - 倉橋泰貞女 第十五皇子:峯宮(1710年 - 1713年)
後宮:秦(松室)敦子(右衛門佐局)(? - 1746年 - ) - 松室重敦女、岩倉乗具猶子 第十六皇子:有栖川宮職仁親王(第5代)(1713年 - 1769年) 徳川慶喜(江戸幕府第15代征夷大将軍)は職仁親王の曾孫(霊元天皇の玄孫)に当たる。 第十三皇女:吉子内親王(1714年 - 1758年) - 徳川家継と婚約 第十八皇子:尭恭法親王(1717年 - 1764年) - 天台座主
後宮:秦氏(少将局)(1702年 - 1728年) - 南相忠女 第十四皇女:八重宮(1721年 - 1723年)
後宮:秦(松室)仲子(少納言局)(1707年 - 1751年) - 松室重仲女、愛宕通晴猶子 第十七皇子:尊胤法親王(1715-1740) - 知恩院門跡