サイエントロジー
また、シーズン1以来の登場キャラクター、“シェフ”の声を担当していたソウル・シンガーのアイザック・ヘイズが、サイエントロジーとサイエントロジストであるトム・クルーズを題材にした第9シーズン第12話「en:Trapped in the Closet (South Park)」(エミー賞ノミネート作品) にて自らが信仰しているサイエントロジーが批判されたことを理由に降板した。なおこのエピソードのエンドロールに流れるスタッフ名は全て偽名が使われている。これを受けた第10シーズン第1話「en:The Return Of Chef」は、シェフがサイエントロジーを連想させる団体に洗脳され、小児性愛者になってしまった末に死亡するという、同教会を暗に批判する内容となった。(この回のヘイズの台詞は過去のエピソードのものを切り貼りして作られた)
2005年7月11日、パリ市議会はトム・クルーズがサイエントロジーのメンバーであることを理由に名誉市民の称号は相応しくないとの決議を採択した。世紀の二枚目俳優(クルーズ)がパリでは「歓迎すべからざる人物」と規定されたのである。また2006年8月には、パラマウント映画がサイエントロジーの擁護などを理由としてクルーズとの14年間に及ぶ契約を打ち切ると発表した。2007年には映画『ワルキューレ』の撮影においてドイツ財務省がクルーズの同国連邦軍施設内への立ち入りを断るといった事態も発生している。