大学院大学
さらに、各国立研究所及び各大学附属研究所の大学研究共同利用法人化に伴い、全ての大学からの研究職員受け入れが透明化され、また、北陸先端科学技術大学院大学、奈良先端科学技術大学院大学の開学に伴い、国内において博士前期課程及び博士後期課程における技術者・研究者養成の大学院大学が開学することになった。
その後、2003年度に専門職大学院の設置が認められたことにともない、大学院は、単なる教育と研究のみを目的する組織に留まらず、高度専門職業人の養成を重視するという側面も持つようになった。専門職大学院には、法科大学院、公共政策大学院、会計大学院などの設置が進んでおり、アメリカ合衆国の制度を参考にしつつ新しい試みが行われている。
特に2003年度以降においては、学部(相当組織を含む)をおくことなく大学院をおく大学が増加しているため、近年では、大学院大学の意味は、「学部を持ちつつ大学院に重点をおく大学」のことではなく、「学部(学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む)をおくことなく大学院をおく大学」こととされる例が増えてきている。
研究教育を行うにあたり、予算を学部から研究科に重点を移した国立大学。よって、学部も存続している。 なお、以下の大学は全学で前期・後期課程の大学院を設置。
北海道大学
東北大学
筑波大学
東京大学
一橋大学
東京工業大学
東京農工大学
東京医科歯科大学
新潟大学
金沢大学
名古屋大学
京都大学
大阪大学
神戸大学
岡山大学
広島大学
九州大学
注)上記の大学以外にも、前期・後期課程を有する大学院を設置する国立大学法人や公立大学法人、特定分野に対して大学院の拡充を行っている国立大学法人もある。