ヤーノシュ・ジグモンド
1556年10月26日、三国民の代表たちはコロジュヴァール (現ルーマニア領クルジュ=ナポカ)で盛大な式典を催してイザベラとヤーノシュ・ジグモンドを迎えた。議会はイザベラに、まだ幼いヤーノシュ・ジグモンドの名において国政を取り仕切る権利を認めた。その後数か月のうちに、トランシルヴァニア外のアバウーイ県(英語版)、ビハル県(英語版)、ギュミュル県(英語版)などの諸県がヤーノシュ・ジグモンドの支配を受け入れた。
イザベラはトランシルヴァニアにおける君主の強力な地位と財力を背景として、ヤーノシュ・ジグモンドの名を用いて外交や高官の任免権を独占し、当時のヨーロッパ中の君主と比べても極めて強力な権力を握り、東ハンガリー王国を統治した。またイザベラが宗教的寛容の方針を取った結果、カルヴァン派信仰が広まった。パルティウムやコロジュヴァールではこの傾向が特に顕著だった。1559年、イザベラはフェルディナーンド1世と改めて交渉を始めた。イザベラは、もしフェルディナーンド1世が娘をヤーノシュ・ジグモンドに嫁がせ、彼のティサ川以東における支配権を承認するならば、ヤーノシュ・ジグモンドのハンガリー王号を取り下げても良いと提案していた。しかしこの交渉が妥結に至らないまま、王太后イザベラは1559年9月18日に40歳で死去した。
1551年8月6日、イザベラとヤーノシュ・ジグモンドは支持者のペトロヴィチ・ペーテルとともにトランシルヴァニアを後にした。彼らはまず上ハンガリーのカッサ (現スロヴァキア領コシツェ)に滞在し、次いで1552年3月にオポーレへ移った。しかし与えられたシレジアの公国群が貧しいのを見て取ると、彼らは4月末までにポーランドへ旅立った。この後、亡命母子はクラクフ、ワルシャワ、サノク、その他ポーランドの都市を転々とした。ヤーノシュ・ジグモンドはよくバイソン狩りに出かけ、叔父のポーランド王ジグムント2世のもとへも定期的に訪れた。しかしヤーノシュ・ジグモンドは健康面が思わしくなく、てんかんや慢性腸疾患に悩まされた。
同時代の歴史家でイザベラの難敵の一人だったフォルガーチ・フェレンツ(英語版)は、イザベラがヤーノシュ・ジグモンドに悪友集団とつるんだり酒を飲んだりするのを放任する「恥さらし」な育て方をしていたと批判している。ただ、ヤーノシュ・ジグモンドの教育には、ハンガリー人のチャーキ・ミハーイ(英語版)やポーランド人のヴォイチェフ・ノヴォポウスキといった人文主義者の学者があたっていた。ノヴォポウスキの影響で、ヤーノシュ・ジグモンドは神学論争に興味を持つようになった。
一方ハンガリー東部では、フェルディナーンド1世が十分な傭兵を送ってこなかったため、防衛体制が脆弱なままであった。1551年後半、カスタルドはフラーテル・ジェルジがオスマン帝国と陰謀をたくらんでいると疑い、彼を暗殺した。