日本鉄道労働組合連合会
2013年12月16日にジェイアール東日本労働組合(ジェイアール東日本ユニオン)とジェイアール労働組合(JR東労組から脱退した構成員が主体)が統一し、JR東日本労働組合(東日本ユニオン)が発足したが、両者が過去に鋭く対立した経緯から各地で大量脱退や仙台地本の委員長や書記長が辞任、新潟地本では統一大会すら開催できないなど組織混乱が発生した。さらに、JR連合はJR東日本労働組合の委員長に制裁を科し、東日本ユニオンの組合員数は1,200人弱に激減した。また、東日本ユニオンはJR連合への正加盟が認められなかった。 その後も東日本ユニオンは正加盟の申請を続けていたが、2015年に正加盟の申請が認められないことを理由にJR連合との関係を一旦白紙に戻すとした。現在は、JR東日本労働組合を脱退した一部組合員が設立した、ジェイアール・イーストユニオンがJR連合に正加盟している。また、2018年以降はJR東日本において会社側が労政をそれまでとは180度転換したことによって、JR東労組は組合員の大量脱退が相次ぐことになるが、JR西労組やJR東海ユニオンがJR連合を結成した頃とは時代が違い、国鉄時代の労使関係を全く知らない若い世代が増え、若者の労組離れなどといった若い世代の価値観の変化もあって、2018年以降にJR東労組を脱退した者はどの組合にも加入しない者が多く、ジェイアール・イーストユニオンなどのJR連合系の労組も、JR東労組脱退者の受け皿にはなりえていないというのが実情である。
JR北海道労働組合(JR北労組)
ジェイアール・イーストユニオン(JREユニオン)
JR東海グループ労働組合連合会(JR東海連合) 東海旅客鉄道労働組合(JR東海ユニオン) その他21関連労働組合
JR西日本グループ労働組合連合会(JR西日本連合) 西日本旅客鉄道労働組合(JR西労組) その他48関連労働組合
JR四国連合 四国旅客鉄道労働組合(JR四国労組) その他3関連労働組合
JR九州連合 九州旅客鉄道労働組合(JR九州労組) その他6関連労働組合
貨物鉄道産業労働組合(貨物鉄産労)
JR連合地方協議会