最大節約法
また、全ての形質について S a a = 0 {\displaystyle S_{aa}=0} 、aと異なる形質bについて S a b = 1 {\displaystyle S_{ab}=1} と定義すると、重みづけを行っていない非加重最大節約法となる。それ以外の場合には重みづけを行っている加重最大節約法となる。この"重み"は、研究者が選択した最節約性の種類に反映される、形質進化の性質に関連する研究者側の仮定を表現している。
別の形質ではそれぞれ異なるステップ数が必要となるため、樹形全体の最小ステップ数Cは全ての形質の最小ステップ数の総和に等しい。ここで、nは配列の長さ、Bは全ての形質状態(DNAの塩基配列の場合はアデニン、チミン、グアニン、シトシンの4塩基)、rootは系統樹の根となる節を指す。
C = ∑ i = 1 n min a ∈ B C r o o t i ( a ) {\displaystyle C=\sum _{i=1}^{n}\min _{a\in B}C_{root}^{i}(a)}
上記の式で系統樹全体の進化数を計算した後、樹形を変化させながらその樹形における最小のステップ数を計算して、最適な樹形を探索していく。この探索は発見的探索法と呼ばれ、Nearest neighbor interchanges(NNI)、Subtree pruning regrafting(SPR)、Tree bisection-reconnection(TBR)などの手法がある。なお、発見的探索法は同じく形質状態法に分類される系統樹推定法である最尤法と共通する。