霞ヶ浦
これは1975年度より西浦の土浦入と高浜入で行われ、1992年度からはその規模が大きくなって、一年間に50億円以上の予算を使い約50万立方メートルを浚渫しているとされている。この計画の合計浚渫量は800万立方メートルで、これは湖底にある全底泥(約4,000万立方メートル)の1/5ほどに相当し、1975年から2000年度までの間に534万立方メートルが浚渫されている。浚渫は窒素やリンを溶出させる底泥を除去しようというもので、比較的リンなどを多く含む表面から30センチメートルの底泥を対象にしている。国土交通省の説明によると浚渫を行うことによって、溶出の速度が1/4になり負荷を減少させることができるとされている。しかし、浚渫をしても新たな堆積物が積もるため、10年後には再び5 - 7センチメートルの底泥表面が新たに形成されてしまう。そのため、広大な霞ヶ浦では汚濁後の水質浄化処理をしたとしても、汚濁原因も併せて改善させない限りその効果は限定的であるという指摘もある。茨城県では、霞ヶ浦流域の住民を対象にした、下水道に接続する工事や浄化槽を設置する際の工事の助成を行っている。
一方で常陸川水門を部分的に開門し、汽水との撹拌で水質を浄化する試みも模索し始められている。この際、利水に必要な取水口の位置と汽水拡大範囲の関係確認などが必要であるが、現在考えられうる最も現実的な湖水浄化の手段である。
(太字は沿岸に接する自治体)
1990年代半ば以降、かつてのようなアオコの大発生は観測されていない。しかし、それは水質が改善されてきたというよりも発生する植物プランクトンが変化した結果と考えられている。なお、2000年代には(アオコの)大きな発生はなかったが,2011年に大発生があった。
こうした霞ヶ浦の水質汚濁の特徴としては、流域が平地で面積も広く水深が浅いので、そもそも自然的に富栄養化が進行するうえに流域での生産や生活活動の増大によって人為的な富栄養化が重なっている点、平均水深が4メートルと浅いために底泥が舞い上がりやすい点。夏季の無酸素状態による窒素・リンの底泥からの溶出。流入河川の総窒素・総リンの濃度が高い点、湖岸植生帯や流域の森林・水路の変化などによっていわゆる「自然浄化力」が低下している点などが挙げられている。
汚濁要因をみてみると、外部要因では生活廃水よりも、山林・田畑・道路などからの流出による面源系のものが多い。具体的には流域で約40万頭に及ぶ養豚、沿岸地帯に約1,700ヘクタール広がるレンコン栽培用の蓮田によるものが特徴的とされている。内部の要因としては底泥からの溶出などがあり、CODやリンで全体の負荷の半分近く、窒素で3割を占めるという。
こうした状況の中で、霞ヶ浦では主に霞ヶ浦を管理する国土交通省(旧・建設省)によって水質浄化対策が行われてきた。その筆頭に挙げられるのは底泥の浚渫事業である。