セオドア・カジンスキー
この新しいプロファイリングによれば、犯人はブルーカラーであり航空機のメカニックということになった。タスクフォースによって捜査情報の提供用に1-800から電話番号が始まるホットラインが設置され、ユナボマーの逮捕につながる有益な情報を提供した人間には100万ドルの報奨金がついた。
『産業社会とその未来』が新聞に掲載される以前から、テッド・カジンスキーの弟であるデイヴィッドは、テッドがユナボマーである可能性について真偽を確かめるよう妻からしつこく言われていた。デイヴィッドは初めのうちこそ取り合わなかったが、1995年9月のマニフェストが新聞に掲載されてから1週間後にやっとその文章を読み、兄との類似について真面目に考えるようになった。彼は家にある古い手紙の山の中を探して、テッドが1970年代に書いた手紙を見つけた。兄がテクノロジーの濫用に対する反論を綴って新聞社に送ったものだったが、そこで使われている言葉遣いはあのマニフェストによく似ていた。
FBIはマニフェストの公開前に記者会見を開いて、あらためて世間にユナボマーの特定につながる情報の提供を求めた。捜査では犯人は爆弾事件を初めて起こしたシカゴ周辺の出身だという説が有力になっていた。そしてソルトレイクシティで働いていたかもしくは何らかの地縁があって、1990年代にはサンフランシスコ・ベイエリアで何か手がかりを残しているはずだった。こうした地理情報を知り、新聞に全文が掲載される前の抜粋を読んだデイヴィッドの妻は、早くマニフェストを読むようにと促した。
FBIの捜査員は1996年4月3日にカジンスキーを逮捕した。小屋にいた彼は、頭がぼさぼさの姿で見つかった。小屋を調べると、貯め込まれた爆弾の部品のほか、爆弾製造の実験作業などについて40,000語余りが記された手書きの日記、ユナボマーの犯罪についての解説書、それからあとは郵送するだけの実際の爆薬の詰まった爆弾も1つ見つかった。このとき『産業社会とその未来』をタイプしたオリジナルと思われる原稿も見つかっている。この時までに、ユナボマーはFBIの歴史において最も捜査に予算がかかった容疑者になっていた。
身柄の確保後に、カジンスキーをゾディアック事件の犯人とする説が持ち上がった。その関連性が疑われたのは、カジンスキーが1967年から1969年までサンフランシスコ・ベイエリアに住んでいたという事実があったからであり、両者ともに高い知能を持ち、爆弾と導線に関心を持っていた。さらにどちらも、新聞社に自分の著作を掲載するように要求する手紙を送っており、それを呑まないのであれば凶行を継続するという脅しをかけていた。
1978年から1995年にかけて、カジンスキーは爆弾を郵送したり時に自ら運んで、爆破させた。爆弾は次第に洗練されていき、最終的に3人の命を奪い、23人に大小の怪我を負わせた。計16個の爆弾が彼のものだとされている。爆弾の仕組みは年ごとに違ったが、初期のいくつかを除いてすべてに「FC」というイニシャルが入っていた。後にカジンスキーはこれが「フリーダムクラブ」(Freedom Club) のことだと説明している。彼はあえて捜査を迷わせるための手がかりを装置に残す一方で、指紋が付くことのないようその扱い自体はきわめて慎重だった。一部の装置に残っていた指紋は、カジンスキーの出した手紙のものとは一致しなかった。