被爆建造物
長崎市は1995年、被爆を視覚的に伝えられる爆風や熱線の跡が残っているものを「被爆建造物」に指定。その中で、重要度や被害状況によりAからDの4ランクに区分した。
しかし、被爆の状況を視覚的に伝えられるものは、広島と比べると極めて少ない。このような状況となったのは、第2の被爆地であること、爆心地が市中心部から離れた浦上地区であり、保存可能な石造やコンクリート建築が比較的少なかったこと、長崎における被爆のシンボルとなりうる浦上天主堂が当事者であるカトリック長崎司教の山口愛次郎と田川務長崎市長の意向により取り壊されたことなどから激しい存続論争に発展せず、市民が存続より復興や土地開発を優先したためである。また爆心地周辺は山際で平野部が狭いため活用できる土地自体が少ないという点もある。更に、両市には反核活動に違いがあり(詳細は怒りの広島 祈りの長崎参照)、市の財政の差もある(政令指定都市の広島市に対し長崎市は中核市)。
1988年に爆心地から0.6キロメートルにあった山里小学校の被爆校舎が解体される際、被爆者や市民から「被爆の証人」として解体を惜しむ声があった。それに対して長崎市教育委員会は新聞上で「形あるものはいずれ風化する。平和教育の一環として、精神面で継承する方が効果的」との見解を示した。同校舎は同年8月より解体され、現在は長崎原爆資料館にて壁の一部と裏門の門柱のみが保存されている。
広島と同様に長崎で保存活動が活発化したのは、1992年長崎刑務所浦上刑務支所跡で遺構が見つかって以降のことになる。
2023年現在、旧城山国民学校校舎、浦上天主堂旧鐘楼、旧長崎医科大学門柱、山王神社二の鳥居が「長崎原爆遺跡」として国史跡指定を受けている。