秦郁彦
不法な虐殺数を十数万から数十万とする大虐殺存在派と、不法殺害をゼロ乃至殆どないものとする大虐殺否定派(まぼろし派)の間に位置する、虐殺の存在を虐殺数数千から数万のオーダーで認める中間派(矮小化派、限定派とも)の立場に立つ。南京事件については自著『南京事件』において、日本軍の不法行為による犠牲者数を「3.8万-4.2万人」とし、以後も被虐殺者数は約4万人程度と推定している。2007年に出した同著の増補版では、「4万の概数は最高限であること、実数はそれをかなり下まわるであろうことを付言しておきたい」と追記しており、週刊新潮2007年12月27日号では、「だいたい4万人」とコメントしている。
歴史学者の吉田裕は、秦のこの推計値に異論を唱えている。吉田の主張は「吉田裕 (歴史学者)#主張」を参照。
百人斬り競争については、行ったとされる旧日本陸軍少尉が故郷鹿児島県において地元の小学校や中学校で「投降した敵」を斬ったと自ら公言していたことを、名簿を頼りに問合せ4人から回答を得て、1991年に日本大学法学会『政経研究』42巻1号・4号にて発表している。志々目彰証言は「戦意を失って投降した敵を斬」ったと言っている。秦自身が語る捕虜の要件は「リーダーがいて、標識を制服につけていて、公然と兵器を携帯しているのが条件で、国際法上の待遇が受けられます」。
また、秦郁彦は、日清戦争時の旅順虐殺事件も乃木旅団長の関与を巡って、対談で中村粲と論争になり、秦によれば、1990年雑誌『自由』の6月号で中村は秦が京大全共闘出身の左翼論客やアメリカ人学者を誘って自分を叩く陰謀を企てたが実現しなかったと書き、対して秦は10月号で両人について心当たりがないから名前を出せ、白昼夢をみたのではないかと反論、12月号で中村は、第三者を巻き込みたくないので名前を出すのは遠慮する、(しかし)こんな具体的で複雑な白昼夢を見ることなどあるか、と躱して此の件は終わったという。
昭和天皇が靖国神社に参拝しないようになった理由は「A級戦犯合祀」であると主張して、首相・三木武夫の「私的参拝発言」原因説を唱える岡崎久彦、渡部昇一、櫻井よしこらを『諸君!』誌上や産経新聞「正論」欄で批判している。
2006年7月に日本経済新聞社紙上で、昭和天皇がA級戦犯の靖国神社合祀に強い不快感を示した記述が含まれる富田メモの存在が報道された。秦はこの真偽を評価する研究委員会委員をつとめ、このメモが本物であると認定した。