佐世保駅
■佐世保線 特急「みどり」発着駅 ■普通 日宇駅 - 佐世保駅
■大村線(当駅 - 早岐駅間は佐世保線) ■快速「シーサイドライナー」・■区間快速「シーサイドライナー」・■普通 佐世保駅 - 日宇駅
完全に高架化された2001年以降、「みどり」は3・4番のりばでの発着に固定されている。2011年3月11日までは「みどり」が当駅で1時間近く滞留するダイヤだったため、3・4番のりばはほぼ「みどり」専用であったが、2011年3月12日のダイヤ改正で滞留時間が15 - 20分程度に短縮され、3・4番のりばに発着する普通・快速列車も若干増加した。
もともと列車本数のわりにホームが多く、6番のりばはごく一部の列車しか使用していなかったが、2018年3月17日のダイヤ改正で普通列車が大幅に削減され、2020年8月8日には5・6番のりばが閉鎖されている(前述)。2022年9月23日のダイヤ改正で、朝の特急みどり2.6号は2番乗り場となっている。
「みどり」は当駅発車時点では座席の向きが進行方向と逆となっているが、これは次の停車駅である早岐駅で進行方向を変えるため、あらかじめ早岐駅から先における方向に合わせているものである。なお早岐駅までは乗車券のみで普通車自由席に乗車可能。