夜中に犬に起こった奇妙な事件
15歳の少年クリストファーは自閉症スペクトラム障害を持っている。父エドはクリストファーに、母ジュディは2年前に亡くなったと言っている。クリストファーは近所の犬ウェリントンが園芸フォークで刺され亡くなっているのを見つける。飼い主のシアーズ夫人は警察に通報し、クリストファーが疑われる。警察官がクリストファーの体に触れると、クリストファーは警察官を殴り逮捕されるが、警告を受けて釈放される。父は他人のことに関わるなと言うが、クリストファーはウェリントンの死について調査する決意をする。自分を取り巻く世界についてクリストファーが行う解釈は、彼自身の恐れや障碍に縛られたものである。クリストファーは自身の冒険に関する経験を「殺人ミステリー小説」としてノートに記録する。調査において、クリストファーは同じ町内に住みながらこれまで知らなかった人々と出会う。その一人である年配のアレキサンダー夫人は、クリストファーの母はシアーズ夫人の夫と長い間浮気をしていたと語る。
父はノートを見つけ、クリストファーと口論となり没収する。クリストファーがノートを探していると、母がクリストファーに宛てた手紙の束を見つける。消印は母が亡くなったとされる日よりも後であり、父が手紙を隠していたのである。父が、母が亡くなったと嘘をついていたことにとてもショックを受け、動くこともできずにベッドに横になるが、何時間も吐いてうめく。父が帰宅し、クリストファーが手紙を読んだことに気付く。父は嘘を認めただけでなく、シアーズ夫人との口論から誤ってウェリントンを殺害したことを明かす。