司法行政権
最高裁判所事務総局は前記の通り司法省を母体として設立された機関であるため、同じく司法省を母体として設立された行政機関である法務省およびその付属機関である検察庁とは現在も親密な関係にあり、事務総局は法務省や検察庁との間で職員の人事交流さえ頻繁に行うなど、戦前の大日本帝国憲法の時代と変わらない形で司法と行政との癒着を積極的に進めていると批判されている。このような司法機関と行政機関との人事交流は、俗に「判検交流」と呼ばれている。このように最高裁判所事務総局と法務省が事実上一体化しており、後述の通り全ての裁判官の人事権を独占している事務総局が全面的に検察の味方をしている現状にあっては、日本の裁判官たちが刑事裁判において無罪判決を出すことは極めて困難であるため、日本の刑事裁判は有罪判決が全体の99.9%以上を占め、その中には明らかな冤罪判決も多数含まれていると批判されている。
日本国憲法第80条第1項では、「下級裁判所の裁判官は任期を10年とし、再任されることができる」等と規定しており、これを行使する権限は事務総局が握っているため、裁判官たちは任官後10年ごとに事務総局からの再任拒否を受ける恐れがある。このため、日本国憲法第76条第3項に定められている「裁判官の独立」は大日本帝国憲法の時代と何ら変わることなく有名無実のままとなっており、日本の裁判所では、人事面や給与面で事務総局から冷遇されることを恐れて、絶えず事務総局の意向を気にしながら権力者側に都合の良い判決ばかりを書く裁判官(通称:ヒラメ裁判官)が大量に生み出されているのが現状であると批判されている。多くの場合、日本の裁判官(最高裁判所長官及び最高裁判所判事を除く。
実際にも日本以外の諸外国の裁判所においては、下級裁判所の裁判官の候補者を指名する権限は各裁判所にあるものと定められており、最高裁判所にはその権限はない。
裁判官は本来、社会の実情を熟知しており当事者の立場から公正に真実を見極めることのできる良心的な人物でなければならず、そのためには弁護士(または法学者)として相応の実務経験を有する社会人を裁判官として任命することが理想的とされる。これを法曹一元制と呼び、日本にもアメリカ合衆国の法曹一元制を模倣した弁護士任官制度が形式的に存在するが、実際の最高裁判所事務総局は権力に従順で扱いやすい若手の司法修習生だけを判事補として採用する現行のキャリア制度に強く固執しており、弁護士任官制度はほとんど機能していない。また、日本の司法界においては、前述の通り「裁判官の独立」とは名ばかりで実際にはほとんど職務上の自由が認められない裁判官への任官を希望する弁護士も少ないのが実情である。瀬木比呂志によれば、司法修習生の中でも優秀な者たちはそうした反民主的な日本の裁判所の実態を知っているため、優秀な司法修習生ほど裁判官を志望する者が少なくなっており、また現職の裁判官たちにあっても、前述のような裁判所組織の堕落と腐敗に失望して退官を余儀なくされる者が続出しているため、現在の日本の裁判所には真面目で正義感のある優秀な裁判官はほとんど残っていないという。
本来、法曹一元制を実現させるためには、裁判官となるにふさわしい優秀な弁護士が多数存在していることが必要前提条件となるが、かつての日本の司法試験は諸外国と比べて合格者が極端に少なく、当然に弁護士の数も少なかったため、法曹一元制を実現させるに十分な人材を確保することができない状態であった。
このような司法行政の問題点についての違憲審査は、本来であれば最高裁判所から独立した憲法裁判所が行うべきところであるが、日本国憲法第76条第2項では、最高裁判所から独立した特別裁判所(憲法裁判所など)の設置を禁じているため、日本の司法行政の問題点について第三者機関による違憲審査は不可能となっており、現行の日本国憲法の下では、司法行政の問題点について違憲であるかどうかの審査は日本国憲法第81条の規定に基づいて最高裁判所自体が行うこととなる。無論、最高裁判所が身内の制度を違憲であると素直に認めることは有り得ず、これらの司法行政の問題点は裁判官の弾劾や忌避の条件にも該当しないため、少なくとも日本国憲法第76条第2項と日本国憲法第81条を改正して、違憲審査の権限を最高裁判所から憲法裁判所へ移行しない限り、日本の司法行政のあり方に対する違憲論は最高裁判所によって完全に封殺される形となっている。
最高裁判所事務総局は内部情報を開示することにも極めて消極的であり、一般国民は事務総局の内部でどのような談合や取引が行われているかをほとんど知ることができない。事務総局は2001年に「司法行政文書開示要綱」を定め、国民の要求に応じて事務総局の内部情報を開示することを形式上は宣言しているが、この「司法行政文書開示要綱」は情報公開の制度としては極めて不十分で、文書の内容によっては事務総局の裁量で文書を開示しない自由もあり、実際に開示される司法行政の文書は全体のごく一部に過ぎない。そのため、全ての日本国民が事務総局の内部の実態を詳細に知り、事務総局が勝手に不正を働くことのないよう監視できる体制を築くためには、事務総局の全ての内部情報の公開を法律で義務付ける「司法行政機関の保有する情報の公開に関する法律(裁判所情報公開法)」(仮称)の早急な制定が必要とされるが、このような法律は未だに制定されていない。