カトリック聖職者のウスタシャへの関与
アロイジエ・ステピナツ大司教はウスタシャ政府を支持した容疑、正教徒のセルビア人への強制改宗を促した容疑、そしてユーゴスラビアでのウスタシャの抵抗活動を励ました容疑で起訴された。フェイヤーはステピナツが(彼は裁判中黙秘したままだった)彼自身を強制改宗を支持した容疑から弁護することが出来たが、残りの二つについては弁護出来なかったと論じる。ステピナツは懲役16年の有罪判決を受けた。彼は自宅軟禁に減刑される前にレポグラヴァ刑務所(Lepoglava prison)で5年間服役した。
ピウス12世は1952年にステピナツを枢機卿会に昇進させた。フェイヤーはステピナツの有罪判決を「見せ物裁判」だとする批判に部分的に同意するとしても、彼がウスタシャ体制を支持していた容疑は当然誰もが知っていて当然真実だったということ、そしてもしステピナツが彼に掛けられていた容疑に応答していたならば、彼の弁護は必然的に瓦解しバチカンが虐殺を行っていたパヴェリッチを支持していたことが必ず明るみに出ていただろう」とフェイヤーは述べている。最も有罪の証拠となったのは、ステピナツはウスタシャの公文書、ウスタシャにとってクロアチアの権力を奪い返す上で決定的となる書類、ウスタシャの戦争犯罪人に対する有罪とする情報を大量に含んでいた書類を彼の教区に蓄えさせていたことだった。
ステピナツは1953年に故郷のクラシッチ村に輸送され、7年後に自宅で帰天した。1998年には、教皇ヨハネ・パウロ2世が彼を列福した。
歴史家マイケル・フェイヤー(Michael Phayer)によると、「ステピナツとバチカンがウスタシャの暴力が殺人へと化した事を知らなかったと信じる事は不可能だ」としている。コーンウェルは「バチカンが残虐行為について知っていた事、パヴェリッチが調停する為の優秀な職員を使い損ねた事、そして北欧で計画されていた最終的解決に対してバチカンの代表団が共謀していたので」、カトリック聖職者の関与が重要だと考えている。
教皇ピウス12世は長期に渡ってクロアチア人のナショナリズムを支持していた。ニコラ・タヴェリッチ(Nikola Tavelić)を聖人にする為に、そして幅広く「ウスタシャの歴史認識を立証する」為に、彼は1939年11月にローマにクロアチア人の巡礼団を招き入れた。ステピナツ大司教との会談で、ピウス12世は、正教徒のセルビア人は本当のキリスト教徒ではないというニュアンスを含んだ、クロアチア人は「キリスト教の前哨地だ」という教皇レオ10世の言葉を反復した。ピウス12世はステピナツに予言した:
"より良い将来の希望はあなた方に微笑んでいる。その将来は教会と国家との関係があなた方の国で調和の取れた行動が両者の優位性へと統制されるであろう。"
国務次官モンティーニ(後の教皇パウロ6世))が「クロアチアとポーランドに関する日々の事柄に責任を有していた」。彼は毎日ピウス12世に報告し、1941年にはウスタシャの残虐行為について聴いていた。1942年3月に、モンティーニはバチカンに来ていたクロアチアの代表団に「これらの残虐行為が発生した可能性はあり得るのか」と尋ねた。