華東政法大学
しかし宗教を否定する共産主義政府の大学として登録することは、キリスト教主義の教育と矛盾すると考えた大学と宣教団は、登録を拒否した。大学は、以後それによる様々な差別と不利益と戦うこととなる。
1952年、ついに大学は終局を迎える。海外の国際機関が運営する教育施設は全て廃止し、国立の教育機関として組み替えられることとなったのだ。聖ヨハネ大学も米国聖公会から完全に独立せざるを得なくなる。中国政府教育部は直ちに聖ヨハネ大学の大々的な解体に着手した。ジャーナリズム科は復旦大学へ、建築科は同済大学へ、経済学部は上海大学の財務・経済学部へ、政治法律学科は華東政法学院(現華東政法大学)へ、中国語・中国文化科は華東師範大学へと移管された。医学部は上海第二医科大学へ移管され、更に2005年に同済大学へ再度移された。上海の教育機関は、聖ヨハネ大学の解体により教育上の多く恩恵を受けた。今は同じ場所に華東政法大学が残るのみとなった。