さいたま車両センター
その後、房総地区で運用されている113系・211系の置換え用として転出が始まり、トイレ設置などの改造が行われた。
500番台 京浜東北線・根岸線運用車両のD-ATC設置工事に伴う予備車確保と導入後の輸送力増強や209系試作車置換えのために当時の習志野電車区および三鷹電車区から10両編成5本(50両)が転入した。しかし、その後のE233系1000番台投入に伴い2008年(平成20年)に4本が京葉車両センターに、2009年(平成21年)に1本が三鷹車両センターにそれぞれ転出した。
900番台 2007年(平成19年)に運用を離脱し、東京総合車両センターに回送され、付随車1両を除き同月に東大宮操車場(大宮総合車両センター東大宮センター)に疎開回送された。その後、長野総合車両センターに回送されたのち、クハ209-901を残して解体。同車は東京総合車両センターの正門付近に保存された。
910番台 2006年(平成18年)に運用を離脱し、東大宮操車場に疎開回送の後、2008年(平成20年)1月に長野総合車両センターに回送され解体された。
920番台 2007年(平成19年)に運用を離脱し、東大宮操車場に疎開回送の後、長野総合車両センターに回送され解体された。
「都サイ」...首都圏本部を意味する「都」とさいたまを意味する「サイ」から構成される。
浦和電車区時代は、大宮支社を意味する「宮」と浦和の電報略号「ウラ」から構成される「宮ウラ」。
E233系電車1000番台(820両)
10両編成82本(101 - 176、178 - 183編成)820両が配置されており、京浜東北線と根岸線で運用される。
209系電車置換え用として2007年9月より配置され、同年12月22日から営業運転を開始した。
川崎駅付近で発生した脱線事故により、177編成のうち損傷の激しかった2両が2016年12月に廃車となり、残る8両も2018年4月7日付で廃車され、同月下旬より東京総合車両センターで解体処分となった。