Dr.MARIO & 細菌撲滅
2つのカプセルをL型に組み合わせた「L型カプセル」が登場するモード。
特効薬ゲージが最大に貯まった後、次のカプセルが出現すると自動で発動する。一定時間、相手のカプセルの落下スピードを速くさせる。
キャラクターの設定、上ボタンで即落下の設定、プレイヤーデータのMiiの変更の3つの設定ができる。
基本的なルールについては「ドクターマリオ」を参照。
Wii本体に登録されている「フレンド」にWiiConnect24を介して「フレンドタイセン限定版 Dr.MARIO」を送信することができる。受信側にはWii伝言板にメッセージが届き、メッセージの右下の「はじめる」を選択するとダウンロードが開始される。Wi-Fiコネクションで登録されている製品版のプレイヤーのみ対戦でき、「オリジナル」と「フラッシュ」の2つのモードから選べる。フレンドタイセン限定版同士での対戦はできない。
ニンテンドー3DS本体を縦に持ち、タッチペンで操作するモード。このモードでは特効薬を使用できない。
『Dr.LUIGI & 細菌撲滅』(ドクタールイージ アンド さいきんぼくめつ)は、2014年1月15日より配信を開始したWii U用ダウンロードソフト。『Dr.MARIO & 細菌撲滅』をベースにしているが、キャラクターがマリオからルイージに代わり、2つのカプセルをL型に組み合わせたL型カプセルが新たに登場する(従来のノーマルカプセルモードもある)。