水雷戦隊
龍田:1934年(昭和9年)11月15日 - 1935年(昭和10年)11月15日
夕張:1935年(昭和10年)11月15日 - 1937年(昭和12年)12月7日 砲艦嵯峨:1937年(昭和12年)1月14日 - 同年1月18日
長良:1937年(昭和12年)12月7日 - 1939年(昭和14年)11月25日 ※解隊 駆逐艦三日月:1938年(昭和13年)1月5日 駆逐艦刈萱:1938年(昭和13年)10月29日 - 同年11月3日 駆逐艦朝顔:1938年(昭和13年)11月22日 - 同年11月28日
名取:1940年(昭和15年)11月15日 - 1942年(昭和17年)3月10日 ※解隊 駆逐艦水無月:1942年(昭和16年)5月26日
11月初頭のブーゲンビル島沖海戦で川内が沈没すると、三水戦司令部は駆逐艦五月雨と天霧を経由して、軽巡夕張に将旗を掲げた。 12月前半は所属艦を修理と休養にあてることになり、12月2日に三水戦司令部は将旗をラバウル陸上に移した。12月16日、三水戦司令官は伊集院少将から中川浩少将に代わった。
1944年(昭和19年)2月になると連合軍の空襲が激化し、三水戦司令官指揮下の駆逐艦は漸次ラバウルから撤退した。2月20日、駆逐艦夕月(夕張が内地帰投中のため、臨時の三水戦旗艦)と水無月は南東方面における最後の駆逐艦輸送をおこない、パラオにむかった。3月10日、三水戦と駆逐艦3隻(松風、秋風、夕凪)は中部太平洋方面艦隊(司令長官南雲忠一中将)に編入された。 4月28日、三水戦旗艦の夕張が潜水艦ブルーギルの雷撃で沈没し、三水戦司令部は駆逐艦夕月に救助されてサイパン島に移動した。日本海軍は、中部太平洋方面艦隊に所属する軽巡洋艦名取を第三水雷戦隊に編入した。名取は6月5日に呉を出発、ダバオ輸送を実施したあとパラオに移動する。この間にサイパン島の戦いがはじまって三水戦司令部はサイパン島から脱出できなくなり、7月8日のサイパン島陥落時に玉砕した。中部太平洋方面艦隊の消滅により、第三水雷戦隊は連合艦隊付属となる。連合艦隊は三水戦を対潜部隊として再建する意向であった。8月15日、三水戦司令官に再び江戸兵太郎少将が任命される。8月20日、三水戦残存部隊を中心に第三十一戦隊(旗艦五十鈴)が新編された。江戸少将(三水戦司令官)が第三十一戦隊司令官に補職されている。
阿部弘毅少将:1940年(昭和15年)11月15日 ~ 1941年(昭和16年)7月21日
梶岡定道少将:1941年(昭和16年)7月21日 ~ 1942年(昭和17年)7月10日