Pre-mRNA スプライシング
第二の反応は書くないmRNA前駆体と同様に遊離したエクソンの3'末端が3'側エクソンの5'末端を攻撃する。こうしてスプライシング反応は終了するが、5'-スプライス部位の分岐部位への結合がないため、排出されるイントロンはラリアット構造にならない。このため、グループIイントロンのスプライシングは線状のイントロンが観測されるのが特徴である。
グループIイントロンはグループIIのそれよりも小さく、特別な二次構造を持つ。それはエステル転移反応の主役となるリボース型のGヌクレオチドやヌクレオシドを化学結合で捕まえ、収容するポケットである。このほか、エステル転移反応を補助する内部ガイド配列があることも知られている。この配列は、5'-スプライス部位と塩基対を形成することで、Gによる求核攻撃が正確に行われるようにするものである。
グループIもグループIIも、自己スプライシング型イントロンはスプライシング反応を成功させるために特定の構造に自身を正確に折りたたむ必要がある。このため、スプライソソームがある場合と異なり、イントロン内の配列の大部分が重大な意味を持つ。塩基配列同士の塩基対形成が高次構造を構築するからである。それだけではなく、自己スプライシング型イントロンは多くのタンパク質と複合体を形成できることもin vitroで明らかになっている。これは、RNAの折り畳みに必要な主鎖同士の接近による、主鎖中のリン酸の負電荷同士の反発を遮蔽により防ぐためである。また、in vitroの研究から遮蔽タンパク質がなくとも、プラスイオンである塩が高濃度あればよいことが示された。
↑ 遺伝子上には3つの塩基による配列(トリプレットコドンまたは単にコドン)があり、それはタンパク質の構造単位であるアミノ酸を一つ指定する。隣り合ったコドンは翻訳されると、各コドンのアミノ酸がその順番通りにペプチド結合したポリペプチドが合成される。遺伝子はいくつものコドンが並んだ構造になっているため、生物は遺伝子を選ぶことで合成するタンパク質の一次構造を指定できる。
↑ 介在配列 intervening sequences:IVS と呼ばれることもあるが、ウォルター・ギルバート Walter Gillbert が名付けたイントロンという名称が一般的である。ちなみに、エクソンも彼が命名した。
↑ 厳密な意味では、エクソンとは完成された翻訳前のRNAに残された領域のことであり、アミノ酸を指定しているかどうかにかかわらない。指定していないエクソンにはmRNAの5'や3'末端にある非翻訳配列やX染色体不活性化調節因子、マイクロRNAのような機能を持つRNAを発現させる領域などがある。
↑ 5'-スプライス部位と3'-スプライス部位はそれぞれ供与部位 donor site 、受容部位 acceptor site という別名があるが、今日ではあまり使われない。
↑ 1986年に行ったYuan ZhuangとAlan Weinerの実験はU1 snRNAの必要性を示唆する。彼らはアデノウイルスのE1A遺伝子にある3つの5'-スプライス部位の一つを変異させ、スプライスの結果を確かめた。
U5 snRNPはイントロン第二の反応を成功させるように、イントロン両側のエクソンと相互作用して接近させる。U5 snRNPにはどのsnRNPともmRNA前駆体とも相補的な配列がない。SontheimerとSteitzの実験によると、第二スプライシング反応で5'末端から39-41番目にあるウリジンが、ラリアット構造とつながっているエクソン5'末端とイントロンから切り離されたエクソン3'末端の両ウリジンに結合するようである。これが接近を引き起こす。