佐世保線
2018年3月17日より、早岐駅 - 佐世保駅間のみで特急列車に乗車する場合、青春18きっぷを含む乗車券のみで普通車自由席に乗車可能とする特例が設けられた(この区間のみで普通車座席指定席やグリーン車に乗車する場合は、指定席券あるいは普通列車用のグリーン車自由席券が必要となる)。なお早岐駅を跨いで特急に乗車する場合は、特急料金などは特例区間外のみで計算される。
普通・快速列車の運行がある線区で、乗車券のみで特急の普通車自由席に乗車可能の特例が設けられるのは、日豊本線・日南線・宮崎空港線の宮崎駅 - 宮崎空港駅間、奥羽本線の新青森駅 - 青森駅間に次いで3例目であるが、従来の2例はいずれも遠距離移動のターミナル駅とその自治体の中心駅との接続を考慮してのものであった。佐世保線の特例はこれとは異なり、2018年3月17日のダイヤ改正で早岐駅 - 佐世保駅間の普通列車が8往復削減された救済措置として設けられたものである。なお「みどり」は従来通り早岐駅 - 佐世保駅間の途中駅では旅客乗降を扱う停車を行わない。
前述のとおり当初の計画では、武雄温泉駅 - 長崎駅間にスーパー特急方式の新線を建設し、武雄温泉駅以東では在来線を改良して活用する計画であった。当線の肥前山口駅(現在の江北駅) - 武雄温泉駅間については複線化および路盤強化を行い、最高速度を130 km/hに引き上げることとされた。この対応にかかる費用はJR九州の試算によれば約120億円となり、国からの複線化補助金が約30億円、残り約90億円を佐賀県とJR九州で分担するとしており、佐賀県によれば県の負担は国とほぼ同額の「30億円プラスマイナスα」にしたい、とされた。また、長崎県・佐賀県ならびにJR九州はこの区間の複線化を「整備新幹線扱い」にするよう国に要望するとしている。実現すれば佐賀県の負担は約22億円に軽減されるほか、JR九州は受益の範囲内で線路使用料を支払うことになり、両者にとって都合の良い案であるが、前例がないほか、国の財源がないため財務省は難色を示していた。武雄温泉 - 諫早間は2007年12月のいわゆる「三者合意」により江北町と鹿島市の長崎本線のJR九州からの経営分離への同意が不要とされ、2008年3月に国土交通大臣による着工認可が下り、4月に着工された。
2022年9月23日に武雄温泉駅 - 長崎駅間が開業した西九州新幹線は、福岡市と長崎市を結ぶ九州新幹線(西九州ルート)の一部である。当初佐世保市寄りのルートで計画されていたが、採算性などの問題から、1992年11月に長崎県は「九州新幹線(長崎ルート)等の整備に関する基本的な考え方」として、福岡市 - 武雄市間は在来線を活用、武雄市 - 長崎市間は建設路線の延長を極力短縮しつつ新幹線鉄道規格新線を建設し、福岡市 - 長崎市間にスーパー特急を設定すること。 さらに、佐世保市が新幹線のルートから外れたことを踏まえて、佐世保線の輸送改善を求めた。具体的には、福岡市 - 長崎市間にスーパー特急を設定するときには佐世保市にも在来線を利用してスーパー特急を設定すること。佐世保線において列車の最高速度を130 km/hに引き上げるための設備改良を行うこと。将来、福岡市 - 長崎市間にフル規格新幹線が運行されるようになったときは、佐世保市にもフル規格新幹線鉄道網への直通運行が可能となるようその実現につとめることを示した。同年11月に佐賀県、長崎県等は武雄市 - 長崎市間の短絡ルートをスーパー特急方式で整備する案を地元案として合意した。