瀬戸大橋線
2020年12月末時点で全国のJR会社境界がある路線の中で唯一、会社間を跨いでICカードを利用出来る路線となっている。また道路部分の債務償還が思うように進まず、鉄道部分の乗車が好調だったことから、児島駅 - 宇多津駅間は「公平性の担保」として、1996年1月10日から加算運賃(2019年10月1日時点で110円)が設定され、2001年に鉄道部分の債務4,900億円の償還完了後からは、道路との瀬戸大橋共用部の維持費として支払われる「本四利用料」や軌道維持費の一部に充当されている。
なお、瀬戸大橋区間には保安上の理由から下窓上昇式窓の車両や、橋上で長時間の緊急停車を余儀なくされる事態を考慮して、トイレ非設置の車両は営業運転できない(例外として、一段上昇窓を持つJR四国のキハ58系の一部には乗り入れ対応車が存在した)。そのため現在JR西日本から乗り入れてくる115系も下段固定窓に改造した車両のみ乗り入れるよう運用が限定されており、当初の「瀬戸大橋ブーム」の際に臨時で乗り入れた165系・167系にも同様な改造がされ、117系も一段下降窓を装備する100番台限定で使用された。またJR四国側も開業当時の普通列車の主力車両だった121系電車は乗り入れできない。このため、当初は東日本旅客鉄道(JR東日本)で廃車になっていた111系、後に113系を購入したり、乗り入れに特化した6000系電車を導入しなければならなったりするといった事情が存在する。
岡山駅 - 高松駅間で運転される快速列車。日中には毎時2本・30分間隔の運転を基本としている。宇野線区間では妹尾駅か早島駅のいずれか一方に必ず停車するが、朝・夜にはこの2駅双方とも停車する列車もある。また早朝・深夜には大元駅・備前西市駅に停車する列車もある。本四備讃線区間・予讃線区間(茶屋町駅 - 高松駅間)では、途中児島駅・坂出駅のみに停車するが、早朝・深夜の列車は本四備讃線区間内が各駅停車、予讃線内坂出駅 - 高松駅間でも一部の途中駅に停車する(駅一覧参照)。
JR四国5000系による快速「マリンライナー」