日本書紀
那珂通世の結論は、推古天皇9年(601年)、辛酉の年を起点として、一蔀遡った前660年、辛酉の年が神武天皇元年として設定されたというものである。
また、初期の天皇の不自然に長い寿命を説明する説として春秋二倍暦説がある。これは古い時代には春夏を1年、秋冬を1年と数えていたが、『日本書紀』編纂時にはこれが忘れ去られていたため天皇の年齢が2倍になったという仮説である。この説は明治時代にデンマーク人ウィリアム・ブラムセンが初めて唱えたもので、戦後には幾人かの日本人学者が『三国志』のいわゆる「魏志倭人伝」の注釈に「其俗不知正歳四節但計春耕秋収為年紀(その俗、正歳四節を知らず、ただ春耕し秋収穫するを計って年紀と為す)」とあることを論拠にこの説を展開した。これとは別に、『日本書紀』には記事がない空白の年が多数あることから、記事がある年のみが実際の紀年であり、記事の空白期間を省くことで実際の年代を復元できるという説(復元紀年説)も存在する。これらの説は、その後の「倭の五王」の時代の編年との接続に問題を抱えており、広く受け入れられてはいない。その他、当時の日本には四倍年暦が存在していたとする説がある。
しかし、この古事記の崩御年干支に基づく年代も『日本書紀』記事中の記録から修正して導き出せる年代とは合致しない。『日本書紀』の応神天皇3年条に百済の阿花王の即位記事があり、これは『三国史記』から392年のことであることがわかるため、阿花王即位を基準に応神天皇元年は390年と導き出せる。しかし、分註崩御年干支に基づく推計では応神41年が394年になる。
雄略天皇については雄略5年が西暦461年にあたることが研究者の間で一致を見ている。これは雄略5年条に百済の武寧王の誕生記事があり、その干支(辛丑)が武寧王陵出土の墓誌の崩御年である癸卯(523年)および年齢(62歳で死亡、辛丑の年から癸卯の年まで還暦を挟んで62年)と整合することによる。
このような問題のため、5世紀頃と推定される歴代天皇の在位期間および絶対年代は現在も完全には確定していない。
『日本書紀』は『古事記』に比して大部なことに加え、中世以降に神代の部分が尊重されるようになっていたことや、近世期における国学の勃興もあり、明治維新の頃は腰を据えた研究がなされる状況にはなかった。そうした中で欧米の方法論を取り入れた研究も少なからず現れたが、例えば久米邦武筆禍事件などに代表されるように、国学的な伝統に抗することは難しい情勢でもあった。やがて明治30年(1897年)を過ぎた頃に出現したのが、飯田武郷『日本書紀通釈』である。これは全70巻に及ぶ『日本書紀』全巻の注釈書で、内容は「近世期における注釈の集大成」という傾向にあるが、後人の加筆を想定するなど旧説を修正している部分も少なからずある。同書は『日本書紀』の基本文献として、全巻を通して諸説を見ることができたほか、刊行当時は『日本書紀』全巻の訓読文を伴う活字本としてほぼ唯一であることなどから、昭和の末年まで版元を変更しつつ重版された。
現存する最古のものは平安極初期のもの(田中本巻第十ならびにその僚巻に相当する巻第一の断簡)。
写本は古本系統と卜部家系統の本に分類される。神代巻(巻第一・巻第二)の一書が小書双行になっているものが古本系統であり、大書一段下げになっているものが卜部家系統である。原本では古本系統諸本と同じく小書双行であったと考えられている。
以下に国宝や重要文化財に指定されているものをいくつかあげる。
古本系統 佐佐木本 9世紀写 第1巻断簡 - 四天王寺本・猪熊本・田中本の僚巻。紙背には空海の漢詩を集めた『遍照発揮性霊集(へんじょうほっきしょうりょうしゅう)』(真済編)が記されている。訓点なし。個人蔵。 四天王寺本 9世紀写 巻第一断簡 - 佐佐木本・猪熊本・田中本の僚巻。紙背文書については佐佐木本と同じ。訓点なし。四天王寺蔵。 猪熊本 9世紀写 巻第一断簡 - 佐佐木本・四天王寺本・田中本の僚巻。紙背文書については佐佐木本と同じ。訓点なし。個人蔵。 田中本 9世紀写 巻第十 - 佐佐木本・四天王寺本・猪熊本の僚巻。紙背文書については佐佐木本と同じ。訓点なし。奈良国立博物館蔵。 岩崎本 10〜11世紀写 巻第二十二・二十四 - 訓点付きのものとしては最古。本文の声点は六声体系。
卷第十 誉田天皇(ほむだのすめらみこと)応神天皇 天皇の誕生と即位 武内宿禰に弟の讒言(ざんげん) 髪長媛(かみながひめ)と大鷦鷯尊(おおさざきのみこと) 弓月君、阿直岐、王仁 兄媛の歎き 武庫の船火災
卷第十一 大鷦鷯天皇(おほさざきのすめらみこと)仁徳天皇 菟道稚郎子の謙譲とその死 仁徳天皇の即位 民の竈の煙 池堤の構築 天皇と皇后の不仲 八田皇女の立后 鷹甘部(たかかいべ)の定め 新羅、蝦夷などとの抗争
卷第十二 去来穂別天皇(いざほわけのすめらみこと)履中天皇 仲皇子(なかつみこ)黒媛を犯す 磐余(いわれ)の稚桜宮(わかさくらのみや) 瑞歯別天皇(みつはわけのすめらみこと)反正天皇
卷第十三 雄朝津間稚子宿禰天皇(をあさづまわくごのすくねのすめらみこと)允恭天皇 即位の躊躇 闘鶏(つげ)の国造り 氏、姓を糾す 殯(もがり)の玉田宿禰(たまたのすくね)と最古の地震記録 衣通郎姫(そとおしのいらつめ) 阿波の大真珠 木梨軽皇子と妹 穴穂天皇(あなほのすめらみこと)安康天皇 木梨軽皇子の死 大草香皇子の災厄
卷第十四 大泊瀬幼武天皇(おほはつせのわかたけるのすめらみこと)雄略天皇 眉輪王の父の仇 市辺押磐皇子を謀殺 即位と諸妃 吉野の猟と宍人部の貢上 葛城の一事主 嶋王(武寧王)誕生 少子部蜾蠃(ちいさこべのすがる) 吉備臣(きびのおみ)たち 今来(いまき)の才伎(てひと) 高麗軍の撃破 新羅討伐 月夜の埴輪馬 鳥養部(とりかいべ)、韋那部(いなべ) 根使王(ねのおみ)の科(とが) 秦のうずまさ 朝日郎 高麗、百済を降す 天皇の遺言