クツコムシ目
多くのクモガタ類と同様、クツコムシ類の系統的位置は明確でない。現生群に限れば、形態学的には同様に3対の脚をもつ幼生の形態に基づいて、ダニ類の近縁群と位置付けられていた。クモガタ類の中で最も基盤的な存在と見られることもあったが、頭蓋その他の派生的な形質が多いことから、むしろ系統的に新しい群であると考えられるようになった。分子系統学的見解でもその位置を明らかにせず、ヒヨケムシ類に近縁、ザトウムシ類に近縁、さらにクモガタ類でないカブトガニ類に近縁など、様々な解析結果が出ている。
ダニ
ヒヨケムシ
ワレイタムシ
また、3つの外骨格に分かれた後体の背板・先端にはさみを持った触肢・凹凸に嵌め込まれた背甲と第1背板の繋ぎ目などの形質は、絶滅したクモガタ類であるワレイタムシ類と共通しており、類縁関係にあることが示唆される。ワレイタムシ類自体は四肺類(クモ・ウデムシ・サソリモドキなどを含んだ系統群)の近縁として広く認められるため、もしクツコムシ類とワレイタムシ類は近縁であれば、クツコムシ類自体も四肺類の近縁と見なされる。この系統仮説に踏まえて、クツコムシ類の亜鋏状に近いはさみ型の鋏角は、クモガタ類として祖先的な鋏状の鋏角と四肺類の折りたたみナイフ型の鋏角の中間形質を表した可能性も挙げられる。