核脚亜目
核脚類(Tylopoda)はIlliger (1811) によって提唱され、Matthew (1908) によって反芻類(Ruminantia)に分類された。以降はSinpson(1945) のように偶蹄目内の核脚亜目に位置付ける説が主流であったが、Romer (1966) のように反芻亜目の下位グループとする説も対立していた。
核脚類を取り巻く現状に関する問題としては、ラクダ様の哺乳類の広範な化石記録が、分岐学的観点からまだ完全に調査されていないことである。核脚類は偶蹄類の中で非常に特徴的な系統群であるものの、現生6種はすべてが非常に近縁で、古くに放散して反映した核脚類の複数の系統群のうち唯一生き残った系統群(いわば「生きた化石」)であるため、核脚類全体の正確な系統関係を把握するのが難しい。最近の研究では、核脚類が伝統的に考えられていたほど反芻類と近縁ではないことが示されており、偶蹄類内での系統的位置は以下となっている。
核脚類の進化は保守的で、4,000万年以上反芻類と同じニッチを占めてきたようである。従って反芻類と核脚類は形態も似ているように見えた理由は、系統的に近いからではなく、偶蹄類の他のグループ(クジラ類やイノシシ類など)が適応放散して形態を多様化させたからである。しかし核脚類が偶蹄類の中で基盤的位置にあることから、核脚類の古いメンバーは形態的に祖先的であり、他の偶蹄類の系統群と区別が付きにくいことを意味している。
以下の偶蹄目の系統群は、時には核脚亜目に分類されることがあるが、偶蹄類の中でのincertae sedisまたは基盤系統と見る研究者もいる。
†Antiacodontidae科
†ケボコエルス科 Cebochoeridae
†コエロポタムス科 Choeropotamidae科 (=ハプロブノドン科 Haplobunodontidae)
†Diacodexeidae科 (側系統)
†レプトコエルス科 Leptochoeridae
一方で、Cebochoeridae科とプロトケラス科(Protoceratidae)は、かつてはよく核脚亜目に含まれたが、現在は反芻類に最も近縁と考えられている。