尾索動物
また、頭部の構造も変化し、体全体を包む筋肉性の膜である被嚢(外套)があらわれる。この被嚢が、尾索動物の別名、被嚢動物の名前の由来である。ホヤ類の被嚢には入水口と出水口の2つの穴があり、被嚢を収縮させることで水流を起こし、被嚢内部のエラに酸素や餌となる微生物を含んだ新鮮な水流を送り込む。
タリア類でも、ホヤ類と同様に尾部が吸収され、体全体を包む被嚢が形成される変態が起こるが、ホヤ類のように海底に固着することはなく、一生をプランクトンとして過ごす。被嚢の出入口は体の前後方向にあり、外見は樽状である。被嚢の筋肉を収縮させることで、被嚢の中に水を通し、濾過して餌を摂ると同時に、ゆるやかな水流を起こして移動する。タリア類では特に、脊索の形成は痕跡的である。
オタマボヤ類では、成熟に伴うわずかな形態の変化はあるものの、基本的に成熟してもオタマジャクシ型を維持し、また脊索を終生維持しており、いわゆる幼形成熟(ネオテニー)をすると考えられている。これがオタマボヤの名前の由来である。オタマボヤ類は、被嚢は形成しないが、ゼラチン質を分泌し、体全体を包むカゴのようなものをつくり、その中で生活する。尾を振ることで内部に水流を起こし、微細なふるい状の分泌物に引っかかったものを餌にし、またその水流で移動する。