バリー・ボンズ
341、45本塁打、90打点を記録。ケントが移籍したこともあり相変わらず勝負を避けられることは多く、61敬遠は前年に自身が記録したものに次いで歴代2位だった。また6月23日のドジャース戦で通算500盗塁を達成したことで、同時に史上初の「500-500」を記録した選手となった(2018年現在においても、ボンズ以外には400-400すら達成者はいない)。前年に続けてチームはポストシーズンに進出したが、地区シリーズでは4試合で8四球(地区シリーズ記録)と歩かされ、敗退した。
2004年は打率.362、45本塁打、101打点を記録。40歳で2度目の首位打者を獲得した。また以前にも増して徹底的な四球攻めに遭い、120敬遠を含む232の四球を記録。出塁率は6割を超え、OPSは1.422を記録し、4つのMLB記録を更新。得点圏では出塁率.754、71打数にして三振がわずか3。9月には史上3人目となる通算700号本塁打を達成した。
2005年は故障でシーズンの大半を欠場。9月になってようやく復帰したが、わずか14試合の出場に終わる。これはジャイアンツにとって大きな誤算となり、1996年以来9年ぶりの負け越しを記録することとなった。
2006年には5月28日のロッキーズ戦で715号を放ち、ベーブ・ルースの記録を更新。シーズン全体では130試合に出場し打率.270、26本塁打、77打点に終わり、更なる体重増加により守備・走塁能力にも衰えは明らかであったが、115四球はリーグトップ、38敬遠、出塁率.454はMLB全体トップを記録するなど、打撃技術は健在であることを示して見せた。