オンネトー
その後もグッピーなどの熱帯性淡水魚が放流され、それらの魚が越冬・繁殖して藻類を食害し、マンガン泥の生成量が減少してしまうことが問題視されるようになった。1999年より毎年ポンプで池を排水して数千匹の外来魚を駆除するなど大掛かりな対策が実施されたが、熱帯魚の根絶には至らなかった。2010年には環境省職員らがティラピア1,800匹、グッピー7,500匹を捕獲している。
環境省は温泉水をホースで迂回させるとともに、沢の冷水を流し込んで、熱帯魚の生息に適さない水温に下げる対策を実施。オンネトー湯の滝における外来魚根絶の判断基準の第1段階を平成29年度(2017年度)末までに達成。平成30年(2018年)10月までに再確認・捕獲がなかったことから、2019年1月22日に開催された評価会にて、第2段階の達成を確認。野外に定着したナイルティラピア、グッピーを駆除事業により根絶させた全国で初めての事例となった。