V・ファーレン長崎
シーズン序盤のスタートダッシュに失敗し一時降格圏に落ちるなどしたが、折り返しの第21節を終えて9勝8敗4分の暫定5位につけたところで、松田浩からクラブ史上初の外国人監督となるファビオ・カリーレへの監督交代を発表。7月2日のアウェー甲府戦より指揮を執ることになった。それまではU18監督の原田武男が暫定的に指揮を執った。8月からは調子を落とし、コロナウイルスで延期されていた第33節の栃木戦を1-1で引き分けたため、残り5試合を残して2位との勝ち点差が16に広まったため自動昇格の可能性が消え、そこから4連敗し、第41節にてプレーオフ出場の可能性も消滅。最終節は大宮に3-3で引き分け、15勝11分16敗(勝ち点56)の11位でシーズンを終えた。
天皇杯は3回戦でJ1のFC東京を破り、前年同様4回戦(ベスト16)まで進んだが、同じくJ1の福岡に0-2で敗れた。
シーズン終了後、2023年1月1日より代表取締役社長として会長である髙田旭人が兼任し、また新たな役職であるC.R.O(クラブリレーションズオフィサー)として高木琢也前監督が就任することが発表された。社長の岩下英樹は退任し関連会社である株式会社リージョナルクリエーション長崎の社長に就任する。
チームスローガン:「100%~予想以上、理想以上。~」
前シーズン途中から指揮を執った松田浩監督の2年目。
玉田圭司が引退、磯村亮太(→栃木)、毎熊晟矢(→C大阪)、亀川諒史(→横浜FC)、フレイレ(→岐阜)、新里亮(→大宮)、徳重健太(→愛媛)がそれぞれ完全移籍で、ウェリントン・ハット(→アトレチコ・ゴイアニエンセ)はレンタル終了、ルアンは双方合意の上退団した。また、期限付き移籍中だった鹿山拓真がそのまま富山に、栃木に期限付き移籍中だった畑潤基は岐阜に、清水より期限付き移籍中だった高木和徹は契約を満了し東京Vに、それぞれ完全移籍することになった。また名倉巧が仙台に期限付き移籍した。一方、原田岳(横浜FM)が前年の期限付き移籍から完全移籍に切り替え、村松航太(北九州)、クリスティアーノ(柏)、高橋峻希(柏)、奥井諒(清水)、櫛引一紀(大宮)、浅沼優瑠(讃岐)、奥田晃也(水戸)が完全移籍で、笠原昂史(大宮)が期限付き移籍で加入。また笠柳翼(前橋育英高校)が新入団、2020年より2種登録されていた安部大晴はプロ契約を締結した。
1月31日、2020年より社長を務めた髙田春奈が、3月15日付けで日本プロサッカーリーグの常勤理事に就任することにともない2月いっぱいで社長を退任することが発表され、後任には長崎ヴェルカの社長も務める岩下英樹が兼任することになった。
グループ3位に順位を落としグループリーグ敗退となった。天皇杯では、2回戦で松江シティFCに0-0の後、延長戦で先制するも追いつかれ、アディショナルタイムのゴールで2-1と辛勝。3回戦では湘南相手に0-0の後、延長戦で先制するもアディショナルタイムに追いつかれ、PK戦で3-4で敗れた。
中断期間中、シドニーFCからヨルディ・バイス、RCDエスパニョールからハイロ・モリージャス、新潟から磯村亮太、徳島から大本祐槻が完全移籍で加入した一方、MFベン・ハロランが家族の事情で双方合意の上契約解除、乾大知、田代真一ら8選手が他クラブに期限付き移籍した。
リーグ再開後の試合を連敗し、中断前から数えて3連敗。第18節・FC東京戦は1-0で勝利したが、翌節からは5連敗含む7試合未勝利と勝ち点を伸ばせず、第23節終了時にシーズン初の最下位に転落。そのまま最下位から抜け出せず、第32節・横浜FM戦に敗北したことで年間17位以下が確定した。この時点ではJ1ライセンス未所持のFC町田ゼルビアのJ2リーグ成績次第 で残留の可能性は残していたが、11月17日に行われたJ2最終節の結果、町田の年間順位が4位で確定した事により、長崎のJ2自動降格が決定した。降格決定2日後の11月19日、高木の今シーズン限りでの監督退任が発表された。第33節、G大阪戦に敗れ、1試合を残してJ1年間最下位が決定した。最終節を引き分け、年間成績は8勝6分20敗の勝ち点30に終わったものの、J1が18チーム体制となった2005年以降の最下位クラブの最多勝ち点を更新した(翌年に磐田が勝ち点31で更新)。