コウマクノウキン門
また腐生性の種では、有機硫黄が必要であることが報告されている。
コウマクノウキン属の Blastocladia ramosa は酸素呼吸せずに発酵によって生育し、通性嫌気性であることが知られており、嫌気的な水底の落枝や果実などに生育している。菌体のミトコンドリアはクリステを欠いているが、遊走子のミトコンドリアは少ないながらもクリステをもつ。コウマクノウキン科の他の種でも、微好気性や低酸素下での生育が報告されている。
コウマクノウキン門の一部は、水生または陸生の無脊椎動物に寄生している。河川や湖沼に生育する双翅類の幼虫や卵には、フシフクロカビ属(Catenaria)やボウフラキン属、Coelomycidium が寄生していることがある。寄生された宿主はふつう変態することなく死亡するが、ボウフラキン属に寄生された雌の終齢幼虫は休眠胞子嚢を散布する不妊の成虫になることがある。他にも動物寄生性コウマクノウキン類は、線虫、カイアシ類、ミジンコ類、カイミジンコ、トビケラ類などから報告されている。ボウフラキン属では、カの幼虫(ボウフラ)とカイアシ類などの間で宿主交代をする例が知られている(上記参照)。このような宿主の中で、寄生性コウマクノウキン類は細胞壁で囲まれたまたは細胞壁を欠く菌体として成長し、配偶子嚢や休眠胞子嚢となって宿主体腔内に充満することがある。
ふつう基底小体の基部側方には、鞭毛を生じない基底小体(中心粒)が斜めまたは直角向きに配置されており、繊維構造で基底小体とつながっている(ボウフラキン属では中心粒は存在しない)。鞭毛につながる基底小体の基端は電子密度が高い構造に覆われ、ここから生じた微小管(ふつう3本ずつ9組)が核-核帽の側面を取り囲んでいる。また基底小体から生じた有紋の繊維性構造 (rhizoplast) がミトコンドリアに伸びている。鞭毛細胞の細胞質内には、着生や細胞壁形成などに関わると考えられている小胞(gamma particle など)などが存在する。
コウマクノウキン類の鞭毛細胞は、正の走光性を示すことがある。またカワリミズカビ属の遊走子では、セルロースやキチン、アミノ酸に対する走化性を示すことが報告されている。カワリミズカビ属では性フェロモンに対する走化性も知られており、雌の配偶子が分泌するセスキテルペンであるシレニン (sirenin) は非常に低濃度(10–10 M)でも雄の配偶子を誘引する。また雄の配偶子が分泌するパリシン (parisin) も雌の遊走子を誘引するが、雌の配偶子の遊泳能は非常に低い。
コウマクノウキン類の独自性の認識は、Petersen (1909) がコウマクノウキン属 (Blastocladia) をコウマクノウキン目 (Blastocladiales) として独立させたことに始まる。その後20世紀後半には、コウマクノウキン目は後方1本鞭毛をもつ遊走子を形成する他の菌類と共にツボカビ綱の1目とされるようになった。ツボカビ類の中でコウマクノウキン類の特異性としては、世代交代や休眠胞子嚢などが挙げられ、また鞭毛細胞の微細構造(核帽の存在など)も特徴的であることが明らかとなった。コウマクノウキン門に分類されている生物の中で最も古くに記載されていたのは植物寄生菌であるフィソデルマ属 (Physoderma) であるが (Wallroth 1833)、鞭毛細胞の微細構造をもとに1980年になって初めて他のコウマクノウキン類との類縁性が認識されるようになった。
その後20世紀末以降の分子系統学的研究により、ツボカビ綱としてまとめられていた生物群が非単系統であることが示唆され、2007年にはコウマクノウキン目を独立門(コウマクノウキン門)とすることが提唱された。コウマクノウキン門は、狭義のツボカビ門に見られる層状のゴルジ体や核分裂時の極窓を欠いており、鞭毛を欠く派生的な菌群(接合菌、担子菌、子嚢菌)と共通している(上記参照)。またコウマクノウキン門に見られる菌糸は、派生的な菌群に見られる菌糸と相同な構造とされることもある。系統的にもツボカビ門よりも接合菌など派生的な菌群に近縁であるとされることもあるが、2022年現在、菌界におけるコウマクノウキン門の系統的位置(コウマクキン門、ツボカビ門、派生的な菌群の関係)は必ずしも明らかではない。