新函館北斗駅
当初の駅名の「本郷」は北斗市の前身の村名からであり、1804年(文化元年)に当地の開拓が始まったことを記念して建てられた、庚申塚の付近を「本の郷」と呼んでいたことに由来する。しかし、本郷村への駅設置は住民の反対運動があったとされており、このため駅は本郷村の隣の市渡(いちのわたり)村に作られ、一方で駅名については本郷が使われた。
一方、駅開業2年前の1900年(明治33年)に本郷村や市渡村などが合併して大野村が発足しており、1942年(昭和17年)には駅名も村名に合わせることとなった。このため、すでに常磐線大野駅が存在することから、旧国名の「渡島」を冠して「渡島大野」に改称された。この「大野」は単に大きい野原という意味の和名であるとされている。
現在の名称は、新幹線計画時からの仮称であった「新函館」に、所在地である北斗市の名を加えたもので、決定に至るまでには所在市名を冠する「北斗函館」を主張する北斗市と仮称通りの「新函館」を主張する函館市の間で論争があった。このほか「函館北斗」などの仮称も見られた。