絶深海のソラリス
倉庫へと逃れたミナトと訓練生一行は施設職員の遺体からカードキーを入手し、マダラ対策に倉庫の銃器で武装する。ミシェルが逃走中に入手した見取り図を便りに潜水艇のコンタクトゲートからの脱出を計画。ゲートの開閉のために中央管制室へ入った一行は、サーバから敵対生命体の情報を入手する。生命体は「アンダー」と呼称され、兵器運用を目的にテリトリーを備え製造された人造生命体であった。ゲートのセキュリティを突破したものの、中央管制室へアンダーランクDの群れが襲来する。その内1体の攻撃からナツカを庇って、ミシェルが致命傷を負う。群れを退け、制御室を介してゲートへ到達したものの、ミシェルは死亡してしまう。ゲートの開閉にこぎつけたミナト、ナツカ、メイファの前へランクAアンダーダイオウイカが襲来する。先程入手した情報を頼りに連携でダイオウイカを追い詰め、メイファがあわや最後の一撃を決めかけたところで突然、マダラの再襲来によってテリトリーが消滅、力を失くしたメイファがダイオウイカに圧殺された。窮地に陥ったミナトを救ったのはナツカだった。アカデミーでは水使いの才能が欠落していると揶揄されたナツカは、実は暴走系と揶揄される特殊なタイプ「感情依存型」の水使いで、精神状態の変動によって力が左右される欠陥を持っていた。クロエらの死によって半狂乱に陥ったナツカのテリトリーは恐ろしいまでに膨張し、ダイオウイカの触手を圧潰した。しかし、感情依存型にはテリトリーの酷使による原理不明の死亡例があった。テリトリーでアンダーを退け、潜水艇で施設を脱出したミナトとナツカだが、ナツカは潜水艇の中でミナトに看取られ死亡する。
春。山城ミナトは18歳でアカデミーの技術教官に就任する。アカデミーにはミナトと同じ自治区出身の幼馴染星野ナツカや、1回生にして史上最高の才能を持つクロエ・ナイトレイ、ミナトの恩師である技術教官のララ・アイシュワリンがいた。ナツカは在学5年目ながらテリトリーの簡単な操作もままならず卒業を危ぶまれ、クロエは才能に恵まれるあまり精神が未熟で、教官陣を悩ませていた。クロエの専属教官に任命されたミナトは、クロエとナツカにパートナー関係を結ばせる。アカデミーで最も優れたクロエの指導でナツカの成績向上を、ナツカへの教鞭によってクロエの精神的問題を克服しようと目論んだのだ。