マー・ワラー・アンナフル
16世紀末にシャイバーニー朝が断絶した後はアストラハン・ハン国のジャーン朝がブハラを首都として支配する。しかし、イランに成立した諸王朝との抗争のため、マー・ワラー・アンナフルの経済力の回復は難しかった。18世紀初頭に成立したコーカンド・ハン国は清、ロシア帝国との交易で大きな利益を上げたが、19世紀に入るとウズベク系の三ハン国はロシア帝国の干渉を受けるようになる。1868年にブハラ・ハン国、1873年にヒヴァ・ハン国がロシアの支配を受け入れ、1876年にコーカンド・ハン国が征服される。1867年にマー・ワラー・アンナフルはロシアによって設置されたトルキスタン総督府の管轄化に置かれ、ロシア帝国の保護下に置かれながらも、1920年にブハラのマンギト朝の君主アーリム・ハーン、ヒヴァのイナク朝の君主サイード・アブドゥッラーがソビエト連邦によって追放されるまで、マー・ワラー・アンナフルにはモンゴル系の政権が存続した。ロシア革命後の1924年に中央アジアで実施された民族・共和国境界画定によってマーワラー・アンナフルは各共和国に区画される。
739年にウマイヤ朝のホラーサーン総督ナスル・イブン・サイヤールはシル川の河畔で突騎施の指導者莫賀達汗を捕らえ、ソグド諸国と和平を締結し、マー・ワラー・アンナフルの奪回に成功した。
ウマイヤ朝のカリフ・ヒシャームの治世にソグド人の反乱が鎮圧され、アラブのマー・ワラー・アンナフル支配は確固たるものになる。そして、751年にアッバース朝がタラス河畔の戦いで高仙芝の率いる唐軍に勝利を収め、中央アジアにおける唐の勢力は大きく後退した。アッバース朝のカリフ・マアムーンの奪権に貢献したサーマーン朝は、マアムーンの委任を受けてマー・ワラー・アンナフルからホラーサーンにまたがる領域を支配した。サーマーン朝の元では、イラン文化の復興が推進される。
サーマーン朝は東方から進出してきたテュルク系のカラハン朝に滅ぼされ、サマルカンドやブハラはカラハン朝の王族たちによって統治された。10世紀末から11世紀にかけてカザフスタンからシル川までの地域に居住していたテュルク系遊牧民族のオグズがシル川を越えて南下し、テュルク系民族の移動はマー・ワラー・アンナフルでの「トルキスタン」成立の契機となる。