伝習隊
同年、2月から4月にかけて、江戸開城時に江戸の旧幕府軍の多くは新政府に帰順したが、2000人から3000人の幕府歩兵隊や新選組などが江戸を脱走、伝習第一大隊(大手前大隊)、第二大隊(小川町大隊)も大鳥圭介に同行して1100名ほどが脱走した。
脱走した伝習隊などの約2000人は、5月4日(4月12日)に下総市川の国府台に集結して、大鳥圭介を総督(隊長)、土方歳三を参謀として部隊を編成した。その後、北関東に向かい、凌霜隊や貫義隊などの合流を受けて兵力を増加し途中の小山で西軍を撃破した。さらに宇都宮へと進軍、宇都宮を奪還した。
更に、別行動を取った草風隊、回天隊などの旗本子弟の部隊約700人も合流(後の伝習士官隊)、北関東から北陸・会津と転戦、激戦となった母成峠の戦いでは大きな被害をだした。その後、歩兵隊指揮は大川正次郎、士官隊指揮は滝川充太郎が行い、北海道松前の二股口の戦いでは新政府軍駒井政五郎の軍を敗走させている。最後は五稜郭へ向かった。
1869年6月27日(明治2年5月18日)、榎本武揚を筆頭とする五稜郭の旧幕府軍の降伏に従い、伝習隊も降伏して解散した。こうして戊辰戦争も終わった。
一方、伝習第三大隊(三番町大隊)を主とする1200人余りは新政府に帰順し、うち2個中隊が長州藩傘下の帰正隊として新政府に編入され、房総半島の鎮撫活動や奥州に転戦し、1869年(明治2年)には箱館に向けて出陣し、脱走幕府軍を攻撃している。