宇宙戦艦ヤマト 完結編
物語冒頭では地球防衛軍司令部に勤務していた。地球に戻ってきたヤマトの艦内で、宇宙服なしでまともに放射線を浴びて倒れている古代を発見。古代が死んだと思い、自らも命を絶とうとするが、真田志郎に止められる。その後、奇跡的に一命を取り留めた古代を看病する。
ヤマト再出撃時に再びレーダー手として復帰する。なお、本作では艦内服が前作までの黄色から白に変更されている。
水没するディンギル星からただ1人ヤマトに救出された少年。名前は不明。救出された後、地球に行くが、ヤマトの再発進時に密航。以降は雪に世話されることになる。実はルガールの実子で、ド・ザールの弟。
冥王星会戦においてヤマトを守ろうとする駆逐艦の行動から、ディンギル人とは異なる価値観を知っていく。
ヤマトの情報からアクエリアスの存在を確認した地球人類は、接近してくるアクエリアスによる水没を避けるため地球からの一時避難を開始するが、ルガールの息子であるルガール・ド・ザール率いるディンギル機動艦隊による攻撃によって避難船団は全滅。迎撃のため出撃した地球艦隊までもがディンギル艦隊のハイパー放射ミサイルの前に全滅させられ、地球人類は地球に封じ込められていく。
帰還したヤマトから奇跡的に生還した古代進は、自分の判断ミスにより多くの乗組員の命を犠牲にした責任を取るため艦長を辞任するが、ヤマトの第一艦橋で聞いた初代艦長「沖田十三」の声に、再びヤマトに乗り組む決意をする。ヤマト出撃の日、新たなヤマトの艦長が沖田十三であるという驚愕の発表がなされる。沖田はイスカンダルへの航海の途中に死亡とされたが脳死には至っておらず、地球を救うためヤマトに戻ってきたのだった。蘇った沖田のもと、ヤマトは修理が不完全なまま、アクエリアスのワープ阻止のため発進し、月面基地に駐留していた数少ない地球艦隊の残存艦艇がこれに随伴した。
冥王星まで進んだヤマト以下地球艦隊はそこでディンギル機動艦隊と交戦。戦いで随伴していた残存艦艇が壊滅しながらも、ディンギル機動艦隊を撃破したヤマトは単身アクエリアスへ辿り着くが、ワープシステムらしきものを発見出来ずにいた。だが、そこに現れた女神クイーン・オブ・アクエリアスから、アクエリアスのワープの原因、そしてそれを引き起こすディンギル星人の正体が太古に地球から脱出した地球人の末裔であるという事実を知らされる。一方、辛くも生き残ったド・ザールはルガールから最後のチャンスとして残存艦隊を指揮してヤマトを襲撃するが、ヤマトはディンギル艦隊の切り札であったハイパー放射ミサイルを対策してこれを無力化し、逆に波動砲によってディンギル艦隊を壊滅させる。
時系列では直前の作品である『宇宙戦艦ヤマトIII』で艦長に就任した古代進は、冒頭で多数の犠牲者を出してしまったことで引責辞任し戦闘班長に降格している。これに伴い、既に亡くなっていたヤマト初代艦長の沖田十三が「死亡は佐渡酒造の誤診で、地球帰還後に手術を受けて密かに療養していた」との理由で復活、再び艦長に就任しており、劇中でも佐渡が自らの誤診を「全国の皆さんに坊主になってお詫びせにゃならんな」と発言するシーンがある。この展開について、沖田役の納谷悟朗は後年の取材で「あれはびっくりしましたよ。なんでおれが生き返るんだって(笑)」と語っている。
古代がヤマトのパルスレーザー砲を「高角砲」と呼んだり、コスモタイガーIIの塗装がそれまでの銀色から大戦後期以後の日本海軍機色(濃緑色、明灰白色)への変更、随伴して出撃した駆逐艦「冬月」を始め、太平洋戦争末期の戦艦大和最後の出撃に随伴した艦と同じ、あるいはそれに近い艦名が使用されている。
また、ヤマトが都市衛星ウルクに着陸して戦闘する描写は天一号作戦において大和が目指した自力座礁して陸上砲台となるという構想を基としているなど、大和の水上特攻をモデルとする演出が多く見られ、ヤマトの最期であることが示されている。