ミッション系大学
中部学院大学 - 岐阜済美学院を母体とするキリスト教主義大学。 中部学院大学短期大学部
茨城キリスト教大学 - キリストの教会(チャーチ・オブ・クライスト、無楽器派)の神学校が母体。
聖学院大学 - ディサイプルス派の神学校が母体。
恵泉女学園大学 - 河井道により、キリスト教の布教のためではなく女性教育の為に設立されたので、ミッションスクールではない。
盛岡大学
長崎外国語大学
東京女子大学
東京基督教大学 - 日本同盟基督教団を中心とする複数の福音派プロテスタント教団による運営。
東京神学大学 - 合同教会である日本基督教団立の神学大学。
聖和大学 - 組合教会系の神戸女子神学校とメソジスト教会系のランバス女学院が合同したもの。
学校礼拝や、キリスト教に関する活動やサークル(ボランティア活動、キャンプ、聖歌隊など)が行われていることが多い。
当初はキリスト教信者ではなかったものの、ミッションスクールで学生として過ごすうちに、キリスト教に興味を持つ者も多い。
「信仰の有無」にかかわらず、教師もキリスト教の行事に参加するよう求められるため、教師も一定の割合でキリスト教信者であるケースが多い(専任教員の3割程度というケースが最も多い)。