オパリナ
一度は否定された繊毛虫とオパリナ類の類縁性であるが、オパリナ類はアルベオラータ(繊毛虫や渦鞭毛藻を含む大分類群)に属すると考える意見が、2000年以降再び提唱されてきた。主な根拠はβ-チューブリン配列を用いた分子系統解析の結果であり、これによればオパリナ類はストラメノパイルではなくアルベオラータに含まれるという。しかし、かつてオパリナ類の 18S rRNA配列に接合菌類のコンタミネーションが見出されたこともあり、分子系統に基づく判断は注意を要する。また細胞構造の点から、Protoopalina のような二核性のオパリナ類が、大核小核を持つ繊毛虫と何らかの系統的関連性を持っているとする説もある。