庄交コーポレーション
2003年3月、庄内交通は財務基盤の強化と収益力の向上を目的に不動産や物販部門を分離し、バス部門に特化する経営方針を打ち出し、かつて11億円あまりの借入金全額の他行肩代わりを実施するなど、経営を支えてきたメインバンクである荘内銀行の主導の下、同年5月庄交コーポレーションを設立。社長には荘銀元副頭取が就任した。
その後、2006年10月に庄内交通、庄交コーポレーションなどを傘下に置く純粋持株会社として庄交ホールディングスが設立され、2017年4月、組織再編によって庄交コーポレーションが庄交ホールディングスを合併した。
2006年(平成18年)10月1日 - 庄内交通とバス事業者4社、生活関連会社を統合する庄交ホールディングスとなった。庄内交通株式会社は、完全子会社として新たに設立された。
2008年(平成20年)6月25日 - 早坂剛エル・サン社長(鶴岡商工会議所会頭)が新たに社長に就任。
2012年(平成24年)4月1日 - 観光バス事業とタクシー事業を再び分社化、庄内交通観光バス(観光バス事業)と庄交ハイヤー(タクシー事業)となる。
2014年(平成26年)4月1日 -庄内交通が庄内交通観光バス株式会社、あつみ交通株式会社、あさひ交通株式会社を再合併。この日付で、すべてのバス路線が庄内交通株式会社の運行となる。
2016年(平成28年) 6月 - 早坂剛社長が退き、國井英夫が新社長に就任。 12月1日 - 庄交コーポレーションの完全子会社として庄交価値創造研究所を設立。
2017年(平成29年) 4月 - 庄交コーポレーションが庄交ホールディングスを合併。 4月1日 - 国土交通省から東京第一ホテル鶴岡他改修事業が全国初となる民間誘導施設等整備事業計画の認定を受ける。 4月3日 - バス運転手の職業訓練事業を手掛ける新会社「庄内運転者育成学園」を設立、同年6月1日より訓練生の受入れを開始した。
2018年(平成30年)4月28日 - 出羽三山神社から湯殿山参籠所の委託運営を開始。