ハインリヒ・フォン・シーボルト
九代目市川團十郎:好古仲間、赤坂のハインリヒ邸で古物会を共に開催。
蜷川式胤:好古仲間、ウィーン万国博覧会の頃にハインリヒと知り合い交遊を深める。
エルヴィン・フォン・ベルツ:お雇い外国人で、ハインリヒの親友、主治医。家族ぐるみでの付き合いがあり、ベルツの日記にはハインリヒ夫婦と子供がベルツの別荘に海水浴に来たことや、ベルツがハインリヒの目黒の別荘に良く訪問していたこと、アレキサンデルやハインリヒ夫婦と共に歌舞伎見物をしたことなどが書かれている。
大隈重信:ウィーン万国博覧会に向け、出品選定をハインリヒに依頼。
ハインリッヒ・エドムント・ナウマン:貝塚を2、3発見し、大森貝塚の存在を伝えたと言われている。
十二代目守田勘彌:親友。後にハインリヒは外交官の仲間を誘い、彼の新富座へ引き幕を贈っている。
イェンス・ヤコブ・アスムッセン・ウォルソー(英語版):ハインリヒの考古学の師。ハインリヒは日本での採集活動の成果をデンマークのウォルソーに送り、指導を受けている。大森貝塚での採取品もこれに多く含まれていたと考えられる。
福沢諭吉:娘の芸事指導を、ハインリヒ夫人の岩本はなに依頼する。
榊原鍵吉:「最後の剣客」と呼ばれた直心影流剣術の名手。ハインリヒとは友人で、フェンシングの名手であったハインリヒは後にベルツと共に彼に入門している。
イザベラ・バード:バードが平取に入る前日に、平取から戻ってきたシーボルトと佐瑠太で会っている。平取の長ペンリウクとバードを引き合わせたとされる。
吉田正春:友人として『考古説略』に緒言を寄せている。
1852年にプロイセン王国領ライン地方のボッパルトで父フィリップ・フランツ・フォン・シーボルトと母ヘレーネ・フォン・ガーゲルンの次男として生まれる。2度の来日を終え、3度目の来日を準備する父の研究資料整理を手伝ったことで、ハインリヒは日本に強い興味と憧れを覚える。