南遣艦隊
平田昇中将:1941年7月31日 - 1941年10月18日
小沢治三郎中将:1941年10月18日 - 1942年1月3日(第一南遣艦隊へ改名後も留任)
近藤泰一郎少将:1942年1月3日 - 1943年1月11日
橋本象造少将:1943年1月11日 - 1944年7月27日
島本久五郎少将:1944年7月27日 - 8月15日(南西方面艦隊参謀副長兼任) - 11月1日
有馬馨少将:1944年11月1日(南西方面艦隊参謀長、第十三航空艦隊参謀長、第31特別根拠地隊司令官兼任) - (降伏)