第三セクター鉄道
万葉線★(加越能鉄道高岡軌道線・新湊港線を転換)
えちぜん鉄道★(京福電気鉄道越前本線・三国芦原線を転換)
ひたちなか海浜鉄道★(茨城交通湊線を転換)
とさでん交通★(土佐電気鉄道を転換)
四日市あすなろう鉄道 (近鉄内部・八王子線を転換)
養老鉄道(近鉄養老線を転換)
伊賀鉄道(近鉄伊賀線を転換)
地方の赤字路線や整備新幹線の開業に伴う並行在来線区間を肩代わりした地区では経営の苦しい事業者も多く、一部は危機的な状況に置かれており、後述のように事業を廃止した会社もある。
経営状況が悪い第三セクター鉄道では、売店など周辺事業への進出、イベント列車の運行や地域密着イベントの開催、新駅の設置、グッズ販売などで増収を図り、列車本数の削減、設備の自動化、人員削減や他事業者の退職者を再雇用するなど合理化を進めてコストを徹底的に圧縮する努力を講じていることが多い。
中には、JR線と直通する特急列車や快速列車の利益で安定した経営実績をあげる第三セクター鉄道も存在するが、伊勢鉄道、智頭急行、北陸新幹線開業前の北越急行といったごく少数に留まっている。
既存の鉄道路線を引き継いだ路線の場合、もともと鉄道の需要が非常に小さいか、整備新幹線の開業により主要な収入源である長距離旅客が失われるなどして経営状況の悪い路線が大半である。かつては収益を上げていた路線であっても、近年進んだモータリゼーションや沿線の過疎化により経営状況が悪化しているものも多い。特に近年進んだ少子化と、地方の過疎化に伴う通学需要の激減は大きな影響を与えている。また、多くの路線で転換時に値上げを伴うほか、既存路線から独立した体系となることで運賃が割高になり、利用者の減少(自家用車・オートバイなどへの移行や、通学手段のスクールバスや自転車への転移など)を招く場合もあり、さらにはこの利用者の減少による減便によって利便性を低下させてさらなる利用者の減少を招く負のスパイラルに陥ることも珍しくない。