ミクロイドS
声 - 田中亮一
第16話から登場する、学のクラスの番長。教育委員長である父親(第18話)の権威を笠に着て、しばしば虐めや悪さを働いては学と衝突する。しかし根っからの悪人という訳では無く、第24話で相撲のコーチをしてもらったことを契機に学とも友情が芽生え、最終話ではギドロンの基地の壊滅にも協力する。広い庭の邸宅に住み、家政婦やお抱えの運転手を雇っていることから、かなり裕福な家庭と推察される(第24、26話)。
漫画版にもマナブの通う中学校の剣道部の主将として、よく似た容姿のキャラクターが登場するが名前は明かされておらず、出番もほんの少しのモブキャラ扱いに終わっている。
声 - 増山江威子
第20話に登場する、かつてヤンマが妹のように可愛がっていたミクロイドの少女。人間に憑りつき、その力を最大限に引き出して操ることができる。また漫画版と異なり(後述)、体をカタツムリの殻状に変形させることで高速飛行が可能。その特徴から、なぜか虫ではないカタツムリ(マイマイ)が元になっていると思われる。ギドロンに人類を憎むようにその罪悪を吹き込まれ、人間を操って社会を混乱に陥れたためにヤンマたちと敵対する。しかし戦いのさなか戦車の砲弾の爆風を受けて致命傷を負い、ヤンマが巻き込まれず無事だったことに安堵の涙を流しながら、その腕に抱かれて息を引き取る。
漫画版にもジガーの配下として登場する。ジガーの下でヤンマ討伐のために暗躍する一方、虫の大群に信号を送って操る能力で一度目の東京大襲撃を指揮した。体のあちこちから7種類の毒の粉を出すことや、人間に寄生して自由に操ることもできる。マナブが避難中に街で出会った少女・ミチコの頭部に寄生して、意のままに操った。人間の大きさにもなれるとも語られているが、その能力は披露されなかった。初登場時に飛翔して現れた姿から、マイマイ蛾をモチーフにしていると思われる。
漫画版にのみ登場する。ギドロンによる東京への大攻勢のなか、街なかを逃げ回るマナブが出会った少女。両親は虫に殺されてしまっていたため、マナブと行動を共にすることになる。年齢は不詳だが、おおよそマナブと同じくらいと思われる。異性が苦手だったマナブは次第に心惹かれていくが、実はマイマイに寄生されていてすでに自我は無く、操られていた(マイマイによれば一度寄生された人間は魂の抜け殻となってしまうので、もう元には戻らないという)。
声 - 辻村真人
第14話に登場。新吉の祖父で炭鉱夫。廃坑の決まった炭鉱の現状を嘆いていたところ、マメゾウと出会ってミミズ型ロボット・ロゴが坑道を利用して基地を建設しようとしていることを知る。落盤事故で閉じ込められた地下でロゴと対峙し、道連れにダイナマイトで自爆して絶体絶命だったヤンマたちを救った。その最期はヤンマに、人間はギドロンに負けないという確信と感銘を与える。
キー局とローカル局での放送時間の差は主題歌と予告編で調整されたため、OPにはキー局用のショートバージョンと、ローカル局用のロングバージョンが存在する。また、キー局では第6話からOPが「ヤンマだ アゲハだ マメゾウだ」に変更されたが、その際OPの45秒の尺に収めるためにアップテンポで再録音され、これに伴いTVサイズのみならずシングルレコードの音源も差し替えられた。そのため放送時に発売されたシングルレコードは、初期盤と再プレス盤とでは収録内容が異なる(型番はどちらも同一〈SCS-513〉のため、実際に聴かない限り初期盤と再プレス盤の判別は不可能)。以降は再録音されたものが正規版とされ、オムニバス盤(CDも含む)に収録される場合もアップテンポバージョンが収録されている。これによって初期版の「ヤンマだ アゲハだ マメゾウだ」は長らく幻となっていたが、2003年になって『手塚治虫の世界』にようやく収録された後、手塚治虫生誕80周年記念「手塚治虫作品集」の一環として発売された『ミクロイドS ORIGINAL SOUNDTRACK』にも収録され、CD化を果たした。ただしいずれもモノラル版であり、2023年10月現在、ステレオ版の復刻はされていない。 なお、この『ミクロイドS ORIGINAL SOUNDTRACK』には、タイトルが『ミクロイドS』に変更となる前にすでに録音が済んでいた『ミクロイドZ』版の主題歌・副主題歌が、ステレオ音声のフルサイズでボーナストラックに収録されている。
2009年4月から7月まで東映チャンネルで再放送されたほか、2013年7月12日(金)深夜0時、NHKBSプレミアム「手塚治虫×石ノ森章太郎 TV作品初回・最終回大集合!」にて、初回と最終回が放送された。