絹本著色後醍醐天皇御像
どちらかといえば、天皇崩御後、五七日供養までの間に、追悼として急遽改作が行われ、文観をはじめ当時の南朝重臣たちが後醍醐に対して抱いていた印象を投影して、神格化がなされたものだと考えられている。
その後、南北朝合一から4年後の応永3年(1396年)8月1日に、旧南朝遺臣の手から、時宗中興の祖である第12代遊行上人(時宗の長)の尊観上人の手に渡る。尊観は亀山天皇(後醍醐祖父)の皇子恒明親王の子で、後醍醐天皇からは又従兄弟に当たる上に、諸国行脚をする時宗の僧侶としての立場上動きやすく、旧北朝の勢力圏である京都にあるよりも安全と考えられたからと思われる。その後、時宗総本山である清浄光寺(神奈川県藤沢市)に秘蔵される。戦国時代の永正14年(1517年)3月21日には、時宗の僧侶である弥阿弥陀仏によって模本である『紙本著色後醍醐天皇御像』が制作され、模本を通じて礼拝が行われていた。この場合は、本地垂迹説によって、天照皇大神を大日如来に、八幡大菩薩を時宗の本尊である阿弥陀如来に、春日大明神を阿弥陀の補佐である不空羂索観音に見立てて崇拝されたと考えられる。
明治33年(1900年)4月7日には、「絹本著色後醍醐天皇御像」として、当時の国宝、後の重要文化財に指定された。
本作品はその目を引く特徴から、しばしば建武政権の王権論と絡めて論じられてきた。
『十二代尊観上人系図』のうち「後醍醐天皇御影事」には、成立時期について、以下のように記録されている(読点は内田啓一による)。
つまり、延元4年/暦応2年8月16日(1339年9月19日)に後醍醐天皇が崩御し、その五七日(いつなぬか、35日目)の仏事として、曼陀羅供(まんだらく)が文観房弘真によって執り行われた。文観は本作品を開眼した。すると、この文書の著者の目には、本作品に奇瑞(めでたいことの前兆となる不思議な現象)があったように見えた。それは、後醍醐天皇が「影向」つまり神仏として姿を現すというものだった。しかし、その奇瑞はこの文書の著者以外には見えなかったという。
よって、本作品が開眼され完成した日付は、後醍醐天皇の崩御日から数えで35日目なので、9月20日(西暦10月23日)となる。
完成したのは没後であるため、本作品の構図や制作が、後醍醐本人の意志・遺志によるものかは確実なところは不明である。内田啓一の推測によれば、本作品の制作は本人の意志ではなく、後醍醐崩御後に南朝に残された先帝を慕う者たちの目には、後醍醐が理想的な王者に見え、そのような周囲からの理想化されたイメージが本作品に投影されたのではないかという。遠山元浩の推測によれば、本作品はもともと後醍醐存命中に、文観の指示で通常の肖像画として描き進められていたが、完成前に崩御したのを文観が惜しみ、追悼の念も込めて、急遽、崇拝対象として神格化された図様に変更したのではないかという。