北越急行HK100形電車
JR東日本上越線(越後湯沢駅 - 六日町駅間)
北越急行ほくほく線(六日町駅 - 犀潟駅間)
JR東日本信越本線(犀潟駅 - 直江津駅間)
なお、ほくほく線はATS-Pを採用しているが、ATS-SNを使用する上越線・信越本線に直通しているため、ATSはP型と、SN形と互換性のあるPs型を搭載する。2023年3月17日までは妙高はねうまラインの直江津 - 新井間にも直通していた。
臨時列車や団体専用列車としては、信越本線柏崎 - 犀潟間や上越線越後湯沢 - 水上間、上越線六日町 - 宮内間、信越本線宮内 - 新潟間への入線実績もある。 また、車輪研削の際は長岡車両センターや新潟車両センターに入場するため、各センターまでを回送列車として走行する。