ヨッシーくん
クッパ軍団一の魔法使いで本作における悪役。豚のような鼻と突き出た前歯が特徴。一人称は基本的に「わし」だが、まれに「オレ様」を使うこともある。原典同様箒を使っての飛行や魔法で敵キャラや物質を巨大化させることが可能。
攫い損ねたマリオを誘拐しよう(カメ一族に災いをもたらす存在ということもあってか話によってはヨッシーもろとも始末しようとすることも)と執拗に付け狙い、何度もヨッシー達の前に現れるが、ヨッシーの活躍で倒されたりヨッシーたちのペースに流されたりして失敗するが多い。また、自身が悪人であることを誇りに思っており、ヨッシーたち(主にピンクヨッシー)から善人として見られたり、親切な行いをすることを非常に嫌い、その都度「わしは悪人だ!!」とツッコミを入れ断言することもしばしば。
一度ヨッシーにマリオの母親と勘違いされたことがある。自分の拠点となる城はいくつか存在するが、その中の一部はヨッシーたちに壊されてしまった。
性別は♀。本作のヒロイン的存在で、横長の顔(緑ヨッシーよりやや小さめ)とサイズの大きいリボンが特徴。愛称は「ピンクちゃん」。
おしゃれ好きで面倒見のいい優しい性格だが、天然な一面も見せる。
緑からは好意を抱かれている。怖いところやお化けが苦手で、悲鳴はお化けが気絶するほど耳に悪い
性別は♂。痩身体型で、垂れ下がった尻尾と縦長の顔、眠たそうな垂れ目が特徴。ヨッシーの中では最長身。
基本的に真面目かつ温厚な性格だが、少々心配性。冷静な言動が多く、何かと暴走しがちな緑のストッパー役を務めることもしばしば。また、とぼけた外見から緑から「おじん臭い」と中年に見られることも多い。体型が正反対の黄とは仲がよく、彼のそばにいることが多い。
たまに彼がマリオを背中に負ぶることがある。基本的にツッコミ担当の常識人。
性別は♂。眉毛の有無以外唯一変わった特徴を持たない。
真面目で男気のある性格だが、ヨッシーほどではないがカッコつけたがり屋。自称「色に似合わぬオトコヨッシー」。
性別は♂。深く垂れた目と笑窪、水色同様の垂れ下がった尻尾が特徴。
渋くて落ち着いた性格で、どことなく年長じみている。渋茶が大好物。
緑ヨッシーにどちらが上手に絵画を描けるかの勝負を挑むが、自分の描いた絵が緑より手本とは異なる点が多かった為敗北。
ルイージがじーっと見てくる。
洞窟に潜んでいるパックンフラワーの子供。緑に食べられ卵にされる(この際、調子に乗ってプチパックンを6匹まとめて口に入れたため、喉を詰まらせた)。