ジョージ・ヒューム・ステュアート
メリーランド州は合衆国から脱退こそしなかったものの、ステュアートの心は南部と共にあり、それは父も同じだった。1861年4月に起きたボルチモア暴動のときはボルチモア市民兵隊の1隊を率いた。その後に北軍がボルチモア市を占領しており、この出来事は南北戦争で最初の武装した者の対戦だったとされている。
ステュアートは1861年4月16日に陸軍大尉を辞任した。アメリカ連合国陸軍に騎兵隊の大尉として入隊した。ステュアートもその父も北軍がメリーランド州を占領するのを阻止するために最善を尽くす覚悟だった。4月22日、ステュアートはボルチモア警察理事長だったチャールズ・ハワードに宛てて次のような手紙を送った。
「もしマサチューセッツの部隊が(アナポリス)に行軍してくるなら、私は明日の朝かなり早くに彼らに対して敬意を払う行動に出るでしょう」
しかし、事態は思い通りには進まず、ステュアートは父に宛てた手紙で
「私がやってきたルートと場所にそって監視していることに嫌悪以外の何も見出せない。
後の1864年夏、ステュアートは捕虜交換の対象となって釈放され、北バージニア軍のジョージ・ピケット少将師団で1個旅団の旅団長に復帰した。ステュアートの旅団はバージニア第9、同第14、同第38、同第53、同第57歩兵連隊で構成され、ピーターズバーグ包囲戦(1864年6月9日-1865年3月25日)のときはジェームズ川北の塹壕を任された。南北戦争のこの段階までに、南軍の物資に関してはリー軍が飢え始めるまでに不足していた。食物泥棒が深刻な問題になっていた。ステュアートは部隊兵の物資が略奪者に盗まれないように、ピーターズバーグの補給所に武装した衛兵を送る必要があった。
1865年3月29日から4月9日までのアポマトックス方面作戦のとき、ピケットの師団にあって、その旅団を率い続けた。4月1日に起きたファイブフォークスの戦い、4月6日に起きたセイラーズクリークの戦いという2つの戦いで、事実上南軍の抵抗が終わった。ファイブフォークスの戦いのときに、ピケット将軍は魚のシャドを焼くために気を引かれており、その間ステュアートが歩兵部隊の指揮を任され、北軍大部隊の襲撃の切っ先を受けることとなった。