ガイナックス
』を制作し好評だったが、同作品も制作費が過大となって負債がさらに拡大した。1989年から1990年にかけては、池沢さとしが「週刊プレイボーイ」に連載した漫画『ビートショット!!』と『サーキットの狼II モデナの剣』のアニメーション制作に参加した。
赤井孝美は、コンピュータゲームのファンがアニメ・特撮のファンと通ずることがあることに気づき、自分たちの技能を生かしてコンピュータゲームを作りたいと岡田に提案する。1989年7月15日、ガイナックスは脱衣ゲーム『電脳学園』を発売。同作は大ヒットとなりシリーズ化された。次に岡田たちは人気漫画『サイレントメビウス』をコンピュータゲーム化し、こちらも成功を収める。パソコン雑誌『I/O』編集部の柏原康雄を迎え入れ、本格的にゲーム制作に乗り出す。1991年の『プリンセスメーカー』は、育成シミュレーションゲームジャンルの先駆けとして大ヒットした。 また、ショップ時代のゼネラルプロダクツの利用者の一人で、当時MSX用ゲームを趣味で開発していたみんだ☆なお(眠田直)を開発スタッフとして招き『バトルスキンパニック』が発売された。ゲームの制作もアニメと同様の体制で行われており、10人ほどのチームの中にグラフィック班とプログラム班に分かれていた。ディレクターはローテーション制であり、グラフィックを作品ごとに分けるということはなかった。また、ゲーム版『サイレントメビウス』のように、社内アニメーターに原画を発注し、出来上がった原画をスキャナで取り込んで調整するというケースもあった。『新世紀エヴァンゲリオン』(以下:『エヴァンゲリオン』)で大ヒットした後も、『エヴァと愉快な仲間たち 脱衣補完計画!』といった性的要素を含むゲームの開発が行われることもあった。
佐々木洋
巻智博
樋口真嗣
高橋けんじ
加藤正人
井上博明
神村靖宏
村松京子
山賀博之
岡田斗司夫
武田康廣
1990年4月放映開始のテレビアニメ『ふしぎの海のナディア』(グループ・タック・世映動画共同制作)は、NHKで全国放送され、アニメ雑誌の表紙や巻頭特集を度々飾り、人気投票でも1位を取るなど話題を集めた。ただし、このアニメにおけるガイナックスはアニメーション協力という立場での参加であるにもかかわらず、制作費が過剰になったことで赤字になった。翌1991年発表のOVA『1982おたくのビデオ』『1985続・おたくのビデオ』は、1970年代末から1980年代前半のアニメブームを背景として活躍したDAICON FILM時代のガイナックスメンバー自身をパロディ化し、こちらも好評を集めた。