八代港
天草観光汽船は経営悪化を理由に2006年限りで運航を休止し、そのまま2011年の廃止まで運航を再開しなかった。天草フェリーラインも2007年11月1日より期限付きで一旦運航を休止(その後2009年4月1日より全便の運航を再開)した。
2009年4月1日には天草宝島ラインが三角港 - 松島合津港 - 本渡港間の観光船「シークルーズ」の運航を開始したために、八代港からの観光需要が薄くなった。
2010年初頭に乗降客数悪化、運行区間の合理化、八代市からの運行補助金の減額を理由に、産交バスが八代港行を含む八代駅発着のバス本数の大幅削減を表明した。利用率が大幅に低迷していた八代駅 - 八代港間直通バスの運行廃止と連絡運輸打ち切り方針も打ち出され、フェリー会社が八代市を交えて産交バスと連絡バスの存続や対策を協議したが打開策が生まれず、結局同年10月1日のダイヤ改正で八代駅 - 八代港直通路線である八代港線・旧産島線・旧君ヶ淵線19往復全てのバスが廃止された。かろうじて産島線は存続したものの、バスの起点が八代駅から八代市役所に変更され、運行本数も7往復に削減された。直通路線バス廃止後に唯一八代駅からの定期直通バスとなった「すーぱーばんぺいゆ」も2011年3月12日の九州新幹線開業までは八代市内間での乗降ができなかった。これらによって八代港はアクセスが一段と悪化し、利用率の低迷に大きな拍車がかかり、フェリー会社の存続にかかわる深刻な問題となった。
その後も輸送需要は減り、木本観光は2011年9月1日より不定期航路(後に休止)になった。
役目を終えた「しいがる3」と「八りゅう丸」はそれぞれの会社の別航路で活躍しているが、2015年現在、天草観光汽船は天草商船株式会社に改称し「しいがる3」も天草商船所属となっている。1984年の設立当時より運航されてきた木本観光の「第十八りゅうまる」は、老朽化のため2012年の運航休止後に引退し、「ブルーライナー」、「ブルーライナー2」、「フェリーまつしま」は休止後直ちに海外へ売却された。大型観光船だった「龍丸」は天草宝島ラインに売却譲渡後、「Vista Bonita」に改造されて2013年3月9日より就航し、「シーガル」も御所浦の共同フェリー株式会社に売却譲渡後に、「フェリーごしょうら」に改装され2013年5月1日より就航している。