美濃太田車両区
0番台+100番台の2両編成5本10両(P1 - P5編成)、1000番台+1100番台2両編成8本16両(P101 - P108編成)の計26両が配置されている。
P1 - P5編成は2015年3月に名古屋車両区からの転入、P101 - P108編成は2014年度の新製配置である。なお、2017年3月に名古屋車両区からM4編成(1012+1112)が転入したが、2019年3月5日付で名古屋車両区に戻っている。
高山本線岐阜駅 - 猪谷駅間、太多線で運用される。全車両がワンマン運転に対応している。
381系電車 クロ381-11 クハ381-1 旧神領電車区P3編成。このうちクロ381-11は老朽化のため2019年6月に浜松運輸区へと陸送され、後に解体された。
165系電車 クモハ165-108 旧神領電車区T8編成。
キハ82系気動車 キハ82 73
オハ47形客車 オハ47 2098