ハビャリマナとンタリャミラ両大統領暗殺事件
現地時間午後8時20分(UTC午後6時20分)の少し前、大統領専用機は晴天の中でキガリ国際空港上空を一周してから着陸への最終アプローチに入った。本来はUNAMIRの兵士を乗せて戻ってきていたベルギーの週次便C-130ハーキュリーズが先に着陸する予定だったが、両大統領の搭乗機を優先することとなった。
地対空ミサイルがダッソー ファルコン 50の一方の主翼に命中し、続いて2発目が尾部に命中した。機体は空中で火を噴いて大統領宮殿の庭に墜落し、地表激突時に爆発した。旅客機には3人のフランス人乗務員と9人の乗客が乗っていた。
この攻撃の様子は多数の人々によって目撃された。空港が位置するカノンベ(Kanombe)地方の家の庭に居合わせたベルギー人士官2人のうちの1人は、まず1発目のミサイルが上空に昇っていく様子、続いて空中の赤い閃光と航空機のエンジンが停止する音、そして2発目のミサイルが昇って行く様子を直に見て聞いた。彼は直ちにルワンダの空挺コマンド大隊に配属されたフランス人部隊(CRAP(en))に所属するド・サン=クエンタン少佐に通報した。少佐はベルギー人の防衛を組織するよう勧めた。
フランスの判事がカガメ大統領が前任者殺害に関与したとして示した証拠は甚だ薄弱であり、しかもその中には、大統領機撃墜に使用されたとされる対空ミサイル関連など、フランス議会の以前の調査により既に棄却された物まで含まれている。
カガメ大統領はまた「虐殺にフランスが関与した証拠の収集を責務とする」ルワンダ人委員会の編成を命じた。2007年11月、この委員会は報告書をカガメだけに提出し、委員長であるジャン・ド・ディユー・ムチョは委員会が「調査が有効か否かカガメ大統領が宣言するのを待つ」と述べた。これによってこの調査の政治性は更に際立った。
2007年、コレット・ブレックマン(en)は、ル・モンド・ディプロマティーク紙掲載記事において、ブルギエール判事による報告書の信頼性には重大な疑問があるとし、ミサイル攻撃の際にルワンダ政府軍の大統領警護隊をフランス軍の人員が直接的に援助したか、または共に行動したのではないかと示唆した。2007年、BBCによるインタビューの際、カガメは公明正大な審問には協力すると述べた。BBCはこれを次のように評した。「果たしてこんな大任を負いたがる判事が居るかどうかは全く別の問題だ」。
ブルギエールはまた、暗殺について尋問するためカガメの側近9人に対し逮捕状を発行した。2008年11月、ドイツ政府はこの欧州向けの逮捕要請に初めて応え、カガメの儀礼局長であるローズ・カブイェがフランクフルトに到着したところを逮捕した。カブエはフランス当局の拘束下に置かれてブルギエールの審問に応じることに同意を示した。
ところが、主要な野党勢力はアガートの起用に反対し、それぞれが二つの勢力に割れた。フツ・パワーの断固護持を訴える強硬派と、講和による戦争終結を求める穏健派である。ウィリンジイマナ首相は連立政権を樹立できなかったので、アルーシャ協定の批准は不可能だった。フツ系政党の中で最も過激な共和国防衛同盟(CDR)は、民族浄化を公に主張し、アルーシャ協定を全く支持していなかった。
1993年を通じて治安状況は悪化した。武装したフツ民兵はツチを国中で襲撃し、フツ・パワーの指導層は治安部隊をジェノサイドに転用する方策がないか検討し始めた。1994年2月、国際連合ルワンダ支援団(UNAMIR)配下の軍事部隊を率いるロメオ・ダレール総司令官は次のように述べた。
「政治的議論の時間は尽きようとしている。今や治安面での僅かな火花が破滅的結果を招きかねない」。
1994年4月初頭、国連安保理において、アメリカと非常任理事国はUNAMIRを巡り鋭い対立を見せた。アメリカの中央情報局(CIA)が2月に纏めた秘密報告は、アルーシャ協定の破綻は50万人の死を招くと予見していたが、米国は先立ってのソマリア内戦の痛手から国連の平和維持活動への積極参加を見直そうとしており、UNAMIRの終了に向けてロビー活動を行っていた。
事件後当初より、襲撃は続くルワンダ虐殺を実行したフツ過激派によるものと考えられてきたが、2000年以降、襲撃を命じたのはRPFを率いて後にルワンダ大統領となったポール・カガメだとする報告が幾つか提出されている。しかしながら、何れの説についても証拠を巡って激しい論争があり、多くの研究機関をはじめ国連も襲撃犯を断定することは避けている。BBCニュースの特派員であり1994年の虐殺をキガリから報道したマーク・ドイル(en)は、「暗殺者の正体は20世紀末最大の謎の1つとなるかも知れない」と2006年に記している。
アメリカ国務省の現在では情報公開された4月7日付諜報秘密報告によれば、身元不明の情報源から米国ルワンダ駐在大使に「軍内のフツ不穏分子...多分大統領警護隊エリート、が撃墜に関与した」と報告があった。CIAとアメリカ国防情報局を含む他のアメリカ政府機関もこの結論を支持した。フィリップ・ゴーレイヴィッチ(en)は、1998年に刊行したルワンダ虐殺を描いたベストセラー「ジェノサイドの丘」(原題:We Wish to Inform You That Tomorrow We Will Be Killed With Our Families(en))の中で、当時の考えを次のように纏めている。
ハビャリマナの暗殺犯は未だ特定されていないが、疑惑の焦点は彼の取り巻きの過激派、なかんずく半ば引退したテオネスト・バゴソラ大佐に絞られている。バコソラ大佐はハビャリマナ夫人と親密であると共に「アカズ」とその処刑部隊の創設者の一人であり、1993年1月にはバコソラ大佐がアポカリプス(訳注:ここでは大破壊などの意)を準備中だと発言している。