つくばエクスプレス総合基地内脱線事故
先述の脱線事故や、TX-2000系72、73編成の吊りレールに亀裂が入ったために3編成が運用を離脱したため、車両不足となった。つくばエクスプレスの予備車は3編成であるため、予備車が0、という状態になってしまった。守谷駅 - 秋葉原駅(直流区間)限定運用には、TX-1000系を積極的に運用に入れるなどの工夫をしていた。しかし、その状態に追い討ちをかけるように、同年6月23日0時ごろ、つくば駅発、北千住駅行きの上り最終列車が八潮駅にて人身事故に巻き込まれてしまった。この編成は車両点検のため6月24日の運用に入れなくなってしまった。通常は予備車を運用に入れるが、車両不足のため、翌日の朝の1往復が運休、区間快速列車が普通列車に種別変更するなど、影響が出た。その後、床下トラブルが解消したこと、新型車両のTX-3000系が5編成導入されたことで、車両不足は解消した。
脱線事故同年5月、脱線事故の当該車両のTX-2000系71編成と同じく2012年に導入された72編成の床下機器と台車をつなぐ、「吊りレール」に亀裂が見つかった。このまま運用に入ると、床下機器が走行中に落下する恐れがあり危険なため、運用を離脱し緊急検査を実施。同時につくばエクスプレス全車両の床下を点検したところ、71、72編成と同時期に製造、導入されたTX-2000系73編成にも亀裂があった。73編成も即座に運用を離脱した。この影響で3編成が運用に入れない状態となった。
運営会社の首都圏新都市鉄道ではこの原因に鑑み、機器吊り用レールの変形部分をすべて除去し、補強材を追加した上で、主変換装置を付け直す作業が実施され、すでに安全性を確認したという。72、73編成は同年7 - 8月中に運用に復帰している。