中世日本紀
中世社会は社会の隅々まで仏教が浸透し、呪術的な信仰が残存する反面、合理的抽象的論理が求められていた。律令国家の時代には主に史官、大学の博士や宮中祭儀の担い手であった祭祀系氏族が担い手であった『日本書紀』解釈は、王朝国家体制のもと、次第に密教僧や歌学者、各神社の神人に移り、仏教思想を基盤とした神話の再解釈が行われ出した。
一例に『高野物語』など密教関連の書物では、天岩戸神話を、衆生本覚の悟りを煩悩の「長夜」が覆い隠していたところを、大日如来の光明により南天竺の鉄塔が開く(仏性を得る寓意)様を著したものと解釈する。更に『古今和歌集序聞書三流抄』に『竹取物語』を「日本紀にいふ」と記されるなど、原本にない説話を『日本書紀』にあるように記載する書物も現れた。