苗木藩
青山景通は剛宗宗戴に対し、5人扶持で教諭として雇用するとの条件で説得したが、これも拒み、黄金300両と苗木遠山氏歴代の位牌と仏具を貰い受けて、下野村の中でも幕府領であったがために苗木藩の廃仏毀釈が及ばなかった地域にあった法界寺の一室に移った。
同年9月27日、苗木藩庁は「支配地廃寺還俗申付候御届」を提出し、支配地一同が神葬改宗したので、管内の15か寺の廃寺と、その寺僧たちに還俗を申し付けたことを、弁官に進達した。
雲林寺を始めとする苗木領内の全ての寺院は取壊されて廃寺とされた。
恵那郡 苗木 雲林寺・仏好寺 福岡村 片岡寺 蛭川村 宝林寺 坂下村 長昌寺 高山村 岩松寺 中野方村 心観寺 姫栗村 長増寺
加茂郡 河合村 竜現寺 飯地村 洞泉寺 黒川村 正法寺 赤河村 昌寿寺 神土村 常楽寺 犬地村 積善寺 切井村 龍気寺
この届け書によると、廃寺は15か寺となっているが、実際には苗木雲林寺の塔頭の正岳院と寿昌院、加茂郡大沢村の蟠龍寺も廃寺となっている。
廃藩置県後の明治4年11月22日(1872年1月2日)、苗木県(旧苗木藩)が岐阜県に吸収され消滅すると、廃仏毀釈は終了した。
美濃国恵那郡 (中津川市)日比野村・上地村・瀬戸村・坂下村・上野村・田瀬村・福岡村・高山村・蛭川村・下野村の一部 (恵那市)中野方村・毛呂窪村・姫栗村
美濃国加茂郡 (恵那市)河合村・飯地村 (八百津町)峯村・下立村・福地村 (白川町)赤河村・切井村・犬地村・上田村・広野村・若松村・名倉村・宇都尾村・中屋村・須崎村・有本村・室原村・久田島村・成山村・徳田村・黒川村・油井村 (東白川村)神土村・越原村・下野村・柏本村・久須見村・宮代村・大沢村 (下呂市)田島村