素粒子原子核研究所
素粒子原子核研究所は、所長の下に副所長と技術調整役が置かれている。また、かつては、その下に物理第一研究系、物理第二研究系、物理第三研究系、物理第四研究系、理論研究系の5つの研究系が置かれていた。さらに、理論研究系の下には、理論グループ、数値理論グループ、ハドロン・原子核・場の理論グループ、宇宙物理理論グループの4グループが設けられていた。また、素粒子原子核研究所運営会議が設けられており、各研究系の研究主幹に加え、高エネルギー加速器研究機構の他の機関の役職員を含む「機構内委員」と、高エネルギー加速器研究機構以外の別の機関の役職員らによる「機構外委員」によって構成されている。
高エネルギー加速器研究機構の電子陽電子衝突型加速器「KEKB」は、電子と陽電子を衝突させ、B中間子、タウ粒子、チャーム粒子を生成していた。この結果を測定するため、測定器「Belle」によるデータ収集と物理解析が行われていた。KEKBとBelleを用いたベル実験においては、B中間子におけるCP対称性の破れが世界で初めて発見された。なお、KEKBは1999年より運転されていたが、「SuperKEKB」への改造を施すため、2010年に運転を停止した。それにともない、Belleによるデータ収集も停止されることになったが、物理解析はその後も続けられている。