龍鳳 (空母)
艦上戦闘機「零戦」18機+艦上攻撃機「天山」7機+予備6機)
当時、第一潜水戦隊は第六艦隊司令長官の直率部隊だった。 翌1941年(昭和16年)1月16日には1日だけ第六艦隊旗艦を練習巡洋艦香取から引き継いだ。 4月10日には第六艦隊・第二潜水戦隊へ編入された。 呉で整備中の5月1日、日本海軍は第一潜水戦隊司令部を新編する(司令官鋤柄玉造少将)。第一潜水戦隊旗艦は特設潜水母艦さんとす丸に指定され、大鯨は5月3日に伊号第七潜水艦より第二潜水戦隊旗艦を引き継いだ。 9月3日、大鯨は軽巡洋艦五十鈴より第三潜水戦隊(司令官三輪茂義少将)旗艦を引き継いだ。 10月3日、第三潜水戦隊旗艦は大鯨から伊号第八潜水艦に変更された。
11月10日、三輪少将(三潜戦司令官)は第六艦隊旗艦香取(司令長官清水光美中将)で真珠湾攻撃の打ち合わせをおこなう。翌11日、三潜戦旗艦を大鯨から伊8に変更する。第三潜水戦隊各艦(旗艦〈伊8〉、第11潜水隊〈伊74、伊75〉、第12潜水隊〈伊69、伊68、伊70〉、第20潜水隊〈伊73、伊71、伊72〉、附属〈大鯨〉)はクェゼリン環礁へ進出した。大鯨が別行動をとったのは、企図秘匿上の措置である。 クェゼリンに三潜戦各艦(大鯨を含む)が終結後、11月20日に三輪少将(三潜戦司令官)は大鯨艦上で初めてハワイ作戦を各潜水艦長に伝達した。参集者の士気は大いに揚ったという。翌日以降、三潜戦各艦はハワイ方面に出撃した。 開戦直前の12月4日、大鯨は呉港に帰港した。その後、横須賀に回航された。
1941年(昭和16年)12月8日に太平洋戦争が勃発する。12月中旬、潜水母艦剣埼の空母改装が完了し、空母祥鳳と改名された(12月22日附)。祥鳳の完成に先立つ12月20日、大鯨は第三予備艦に指定され、横須賀海軍工廠で航空母艦への改装に着手した。