龍王山城
十市遠忠は公家とも頻繁に交際し、和歌、連歌、書を行い文化人としても名を馳せた。しかし、その十市遠忠も1545年(天文14年)急死すると、その子十市遠勝は筒井順昭、筒井順慶の傘下に入った。
1559年(永禄2年)松永久秀が大和国に入国してきた。松永久秀は翌1560年(永禄3年)には大和国の大半を征服した。十市遠勝は1562年(永禄5年)頃までは筒井氏と共に抵抗し、松永久秀と戦っていたが、やがて抵抗が困難となり松永久秀に降り、娘の御料を人質として多聞山城に入れた。しかし永禄の変の後、1567年(永禄10年)松永久秀と三好三人衆は対立した。
この時の様子は東大寺大仏殿の戦い#開戦の経緯も参照。
この時筒井氏は三好三人衆と同盟を結び、これが影響し十市氏家臣団の中で対立がおこり、同年10月龍王山城で謀反がおこり、城衆の一部が退城した。十市遠勝は翌永禄11年(1568年)3月三好三人衆方に寝返ったが、人質がとられたまま目立った動きも出来ず、宇陀松山城より進出してきた秋山直国軍に山内周辺を制圧され、同年7月27日龍王山城を放棄、十市城に移った。しばらくは秋山直国が龍王山城の城主となり、十市城周辺を攻撃していたようである。
この時観音寺城の戦いで勝利した織田信長が上洛を果たすことになる。芥川山城で松永久秀は拝謁すると軍門に降り、織田信長軍の来援を得て筒井軍を圧倒した。
この時の様子は東大寺大仏殿の戦い#戦後の影響も参照。
穴師山城は近年その存在が明確になった遺跡で、南城から南南西に1.5kmにある穴師山の山上にあり曲輪などは全くないが、山頂と北と南西の張り出し尾根基部に大規模な堀切が発見された。北の堀は上幅15m以上、深さ8m、東へ50m以上続いている竪堀となって下っている。このような大規模な堀切は、十市氏が、松永方を迎え撃った時に築城された多武峰城の北側の大堀切跡と酷似しており、穴師山の堀切も十市氏の仕事と推察できる。この堀切は出城としての独立性はないものの、広義としての南城の一部としてとらえる事ができ、南城は十市氏の本城であったと傍証することができる。