エキソソーム複合体
付随タンパクとは別に、エキソソーム複合体と相互作用する多くのタンパクが存在する。これらの緩く結合したタンパクは、複合体の活性と基質特異性を制御すると考えられている。細胞質では、エキソソームはmRNAの分解を制御するAUリッチ領域 (ARE) 結合タンパク(例えばw:KHSRP、TTP)と相互作用する。核ではRNA結合タンパク(例えばMPP6/Mpp6、C1D/Rrp47 それぞれヒト/酵母)が特定の基質を処理するために必要である。
エキソソームと相互作用するタンパク質複合体も存在する。細胞質では、RNAヘリカーゼ (Ski2) を含み、mRNAをエキソソームまで誘導するSki複合体がある。核では、エキソソームによるrRNA、snoRNAの転写後修飾を、RNAヘリカーゼ (Mtr4)、ポリアデニル化 (Trf4) 活性を持つTRAMP複合体が調節している。
真核細胞ではこれらの9個のユニットに加え、さらに2個のユニットが付随することが多い。その内の一つがRNase Rファミリーに属する加水分解リボヌクレアーゼRrp44である。Rrp44はエキソリボヌクレアーゼ、エンドリボヌクレアーゼ双方の活性を持つが、その機能はRrp44内の別々のドメインが担当する。酵母では、Rrp44は全てのエキソソーム複合体に付随しており、その活性に重要である。ヒト細胞にもこのタンパク質ホモログが存在するにもかかわらず、長い間それがヒトエキソソーム複合体に付随するという証拠は得られなかった。2010年になって、ヒトのRrp44ホモログが3つ発見され、そのうち2つが複合体に付随することが分かった。その内1つ (Dis3L1) は細胞質に、1つ (Dis3) は核に局在するため、 異なったRNA基質を分解する。
2つ目のタンパクは、酵母ではRrp6、ヒトではPM/Scl-100とよばれる。Rrp44と同じく加水分解性エキソリボヌクレアーゼだが、このタンパクはRNase Dファミリーに属する。PM/Scl-100は核エキソソームの一部だが、細胞質エキソソームの構成要素とも成り得る。
エキソソームは癌化学療法に用いられるフルオロウラシルで阻害される。これは固形癌に対する最も成功した治療薬である。フルオロウラシルで処理した酵母は、分子生物学的方法でエキソソームを阻害した時と同じく、rRNAの修飾に異常をきたす。rRNAの正しい修飾を欠くことは細胞にとって致命的であり、それはこの薬の代謝拮抗作用を説明する。