アビスパ福岡
長谷部体制3年目。カウエが契約満了、ブルーノ・メンデスは期限付き移籍満了、エミル・サロモンソンがIFKヨーテボリ(スウェーデン1部)、カルロス・グティエレスが栃木、吉岡雅和が山口へそれぞれ完全移籍のため退団。一方、永石拓海と奈良竜樹が完全移籍へ移行、前嶋洋太(横浜FC)、前年J2得点王のルキアン(磐田)、東福岡高校出身の熊本雄太(山形)、アビスパ福岡U-15出身の田中達也(浦和)らを完全移籍で獲得、前年特別指定選手だった井上聖也(甲南大学)が正式加入。
失点こそ優勝した横浜FMより3点多いリーグ3位の38失点にとどめる堅守だったものの、J1リーグ戦全34試合中半分の17試合が無得点であったことに象徴されるように得点力不足に苦しみ、チーム得点王の山岸祐也は10得点を挙げたものの、次に得点の多いフアンマ・デルガド、ジョルディ・クルークスでも4得点、得点を挙げた選手がそれら3選手を含めて10人しかおらず、総得点は同年のJ1リーグ18チームで唯一30を下回る29(うち相手オウンゴール1)。第15節から5戦連続(2分3敗)、第22節からは8戦連続(2分6敗)勝利なしで、変則日程により第30節前時点で一旦J2自動降格圏の17位まで落ちたものの、最終5戦を3勝1分1敗で終え、9勝11分14敗勝点38の14位で、2年連続のJ1残留を決めた。
一方、天皇杯では準々決勝、ルヴァンカップでは準決勝にそれぞれ進出、いずれもクラブ過去最高成績を残したものの、天皇杯ではJ2甲府、ルヴァンカップでは広島と、いずれも優勝を果たしたクラブに敗れた。
チームスローガン:Climb to the top !
松田体制4年目。薮田光教(前神戸)、布部陽功、久藤清一(共に前C大阪)などを補強したが、12節終了時点で1勝6敗5分の16位。5月22日に松田を監督から解任。後任にV川崎と神戸の元監督の川勝良一が就任。
2006 FIFAワールドカップによるリーグ戦中断期間に神戸からバロンを完全移籍、また大宮から佐伯直哉、東京Vから飯尾一慶を期限付き移籍で獲得。シーズン成績は16位。J1・J2入れ替え戦でJ2・3位の神戸に2分ながらアウェーゴール差で敗れ、1年でのJ2降格が決まった。
シーズン終了後に川勝が監督を辞任。5回戦へ勝ち残っていた天皇杯は沖野等が代行監督を務めた。なお、この年に運営会社の商号が福岡ブルックス株式会社からアビスパ福岡株式会社へ変更された。
チームスローガン:¡MAS JUNTOS,PODEMOS MAS!(もっと一丸となれば、もっとやれる)
ピッコリ体制2年目。元韓国代表で広島やC大阪に所属した盧廷潤、元U-23日本代表の松原良香を補強したが、年間成績15位となりJ2へ降格。なお、所属の平島崇が児童買春等禁止法違反で逮捕された(当時は19歳であったため、実名では報じられていない)。
シーズン終了後にオマール・ピッコリが監督を退任。また、三浦泰年らベテランも運営費縮小に伴って、退団した。
1982年に静岡県藤枝市で創部された中央防犯サッカー部が前身であり、1991年に日本サッカーリーグ2部、1993年にジャパンフットボールリーグ1部に昇格した。1994年に中央防犯FC藤枝ブルックスと改名し、同年にJリーグ準会員となったが、当時藤枝市内にJリーグ基準を満たすスタジアムが存在しなかったことなどからJリーグクラブ誘致に動いていた福岡市の要請を受け、1995年に福岡市にホームタウンを移すと共に福岡ブルックスへ改名した。
その間、第13節終了後の8月20日、広島からU-23日本代表の松本泰志が育成型期限付き移籍で加入、また第17節から前が復帰すると、同節から先述の第9節の振替試合を含む8試合を8連勝し9月は無敗で、第23節には長崎を抜き3位に再浮上、さらに10月4日、第24節ホームでの福岡ダービー北九州戦に2-0で勝利し、クラブ新記録の9連勝を達成すると同時に、北九州を抜きシーズン初の2位に浮上する。
昇格圏浮上直後の10月6日、山形から、今シーズンの同チーム得点王である山岸祐也を完全移籍で獲得する。
その後第27節、勝点で並んでいた首位徳島が敗れる中、アウェー群馬戦に1-0で勝利し、連勝を12まで伸ばした時点で、シーズン初の首位に浮上、その後連勝は12で止まったものの、連続無敗記録を15まで伸ばす。しかし第30節アウェー磐田戦に1-2で16試合ぶりに敗れると、同節勝利した徳島に勝点で並ばれ、得失点差で2位となる。その後首位に復帰することはなかったものの、3位長崎に逆転を許すこともなく、第41節アウェー愛媛戦に2-0で勝利、同節長崎が引き分けたことにより、1試合を残して2位以上が確定、2005年、2010年、2015年に続く5年ぶり4度目のJ1昇格が決定し、"5年周期"神話が続くこととなった。
最終節、首位徳島にも勝利し、後半戦は全チーム中トップの14勝5分2敗で勝点47を挙げ、得失点差で徳島に及ばなかったものの、勝点84で徳島と並び2位で終わった。上島拓巳と並びチーム最多の41試合に出場した遠野大弥がチームトップの11得点、フアンマ・デルガドが8得点を挙げた以外は5得点以下ということもあり、チームの総得点は51でリーグ10位ながら、失点は全チーム中唯一30を下回る29という堅い守備で勝ち抜き、25勝のうち実に15勝が1-0の勝利だった。