全日本大学野球連盟
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ルールオプションの細部(金属バット使用やDH制の採用、没収試合の条件など)
試合の運営(総当り戦かトーナメントかの選択。総当たり戦は何校で構成するのか、どのようなブロック構成にするのか、ブロック間での入れ替え戦などの実施の有無、日程編成や使用球場など)
なお、傘下として加盟している各連盟内には全日本大学野球選手権大会への出場枠を持たない連盟・リーグも存在するが、それら自体は全日本大学野球連盟の加盟・承認団体ではないので、各連盟内における支部的な扱いになる。また後述各連盟の枠を超えた連盟やリーグ組織も存在しているが、全日本大学野球連盟の組織・運営とは何ら関わりのない任意の団体となる。
各地区の再編成や独立の経緯や変遷については、全日本大学野球選手権大会の出場枠と完全に連携している(連盟内部での支部運営は除く)ので、当該記事の沿革を参照の事。過去に加盟したCategory:現存しない日本の大学野球組織も参照。