牧野富太郎
1940年(昭和15年)、壽衛の他界から12年後、富太郎が78歳のとき、研究の集大成である「牧野日本植物図鑑」初版を刊行、この本は改訂を重ねながら現在も販売されている。
1945年(昭和20年)、山梨県北巨摩郡穂坂村(現・韮崎市)に疎開。
1949年(昭和24年)、大腸カタルで一旦危篤状態となるも、回復。
1950年(昭和25年)、日本学士院会員。
1951年(昭和26年)、未整理のまま自宅に山積みされていた植物標本約50万点を整理すべく、朝比奈泰彦科学研究所所長が中心となって「牧野博士標本保存委員会」が組織。文部省から30万円の補助金を得て翌年にかけて標本整理が行われた。同年設立された第1回文化功労者の対象者となる。
1953年(昭和28年)、91歳で東京都名誉都民。
1954年(昭和29年)頃から病気がちとなり、寝込むことが多くなった。
1956年(昭和31年)、「植物学九十年」・「牧野富太郎自叙伝」を刊行。同年12月、郷里の高知県佐川町の名誉町民。また、高知県に牧野植物園が設立されることが決定された。
1957年(昭和32年)、死去。享年96(満94歳没)。没後従三位に叙され、勲二等旭日重光章と文化勲章を追贈された。墓所は東京都台東区谷中の天王寺。郷里の佐川町にも分骨されている。
1958年(昭和33年)4月、高知県高知市五台山に高知県立牧野植物園が開園した。また、同年、東京都立大学の一施設として、遺族から寄贈された標本をもとに、牧野標本館が設立された(一部公開)。
2008年(平成20年)、練馬区名誉区民に選定。
アート絵本『まきのまきのレター』(ENYSi社、2019年、イラスト:佐々木香菜子、文・絵本構成:山中タイキ)
草木とみた夢 牧野富太郎ものがたり(出版ワークス、2019年(リニューアル版、2022年11月)、文:谷本雄治、絵:大野八生) - JBBY (日本国際児童図書評議会)で、世界に紹介したい子供の本に選出
池波正太郎 「牧野富太郎」『武士の紋章』(新潮文庫、改版2008年)短編
大原富枝 『草を褥に 小説牧野富太郎』(小学館、2001年 / 新版2023年、河出文庫、2022年)
朝井まかて『ボタニカ』祥伝社、2022年1月。ISBN 9784396636173。