ゴジラ FINAL WARS
一方、ついに東京へ辿り着いたゴジラの前に、隕石が飛来する。その正体はX星人の最終兵器・モンスターXであり、最初こそゴジラはモンスターXを圧倒するが、やがて反撃に膝をついてしまう。そこに、モスラが助けに現れる。X星人の参謀はパワーアップしたガイガンを召喚し、応戦したモスラはガイガンに羽を切り取られ、墜落してしまう。
X星人の参謀は、ミュータントはX星人の祖先と人間の祖先が交わって生まれた種族であるうえ、尾崎は「カイザー」と呼ばれる特別な存在であることを明かす。カイザーとしての力が覚醒していなかった尾崎はX星人の参謀に力を目覚めさせられ、ゴードンたちに襲いかかるが、美雪が持っていたインファント島のお守りの力で正気に戻る。
モスラはガイガンを倒し、一行はX星人に反撃を開始して醍醐や波川も加勢する。尾崎はゴードンたちを逃がし、X星人の参謀との一騎打ちに突入して絶体絶命となるが、カイザーの力を覚醒させて再び立ち上がり、参謀を倒す。参謀は自爆するが、新・轟天号は危機一髪のところで脱出に成功する。
ゴジラに追い詰められたモンスターXは真の姿であるカイザーギドラに変化し、ゴジラのパワーを吸い取っていく。その様子を見た尾崎は、自身のエネルギーを新・轟天号からビームとして発射する。それを吸収したゴジラは覚醒してカイザーギドラを撃破すると、続いて新・轟天号を撃墜する。それでもなお睨み合うゴジラと尾崎たちのもとへミニラと健太、左門が到着し、ゴードンや左門はゴジラを攻撃しようとするが、健太とミニラがゴジラを庇う。その様子を見たゴジラは攻撃をやめ、ミニラと共に海へ去っていく。
夕焼けで赤く染まる海にゴジラの咆哮が轟き、長い戦いの幕は降りた。
興行収入は12億6,000万円という結果となり、観客動員数も歴代ゴジラ28作品中ワースト3位の100万人にとどまり、目標としていた「シリーズ観客動員数1億人」を達成することはできなかった。
2004年の文春きいちご賞第6位を記録した。
2005年12月30日には、ゴジラを除く登場怪獣の初登場時に地名テロップと体裁を揃えた個体名テロップが追加された特別編集版『怪獣キング決定戦! 地上最強シネマスペシャル』としてテレビ東京系で地上波初放映された。
2016年8月3日には『シン・ゴジラ』の上映に関連し、『午後のロードショー』(テレビ東京)の「日米ゴジラ対決!」のファイナルとして放送された。
2019年5月12日には『ゴジラ キング・オブ・モンスターズ』の上映に関連し、『日曜ロードSHOW』(BS日テレ)にてBS初放送された。