竹生島
人が往来する場所は島の南の一部に限られており、定期船が発着する港と、港周辺の数店の土産物店と寺社に集中している。終日無人の北部にはカワウ(河鵜、川鵜、 Phalacrocorax carbo)の大規模なコロニーが形成されている。その数は約2万羽にも達し、糞害 により木々のほとんどを枯死させてしまう景観被害を及ぼしている。今日では「緑樹陰沈んで」と謡曲で謡われた在りし日の竹生島の姿を見ることはできない。水質の汚染も北側で特に顕著であり、近年では南側にも糞害の影響が及び始めている。
元々琵琶湖においてカワウはほとんどいなく、1934年の『琵琶湖に棲息せる鳥類調査』には、カワウの生息数は非常に少なく、沖の白石(高島市)に多くても7、8巣程度と記載されていた。しかし、その3年後の1937年に滋賀県保安課により発表された『鳥獣報告集』にて、竹生島でゴイサギ、アオサギ、ウが増えており、樹木枯死を阻止するため駆除が行われたことが報告されている。竹生島に生息していたサギのコロニーにカワウが侵入したことが初めて確認されたのは昭和52年(1977年)である。
1972年から1973年の滋賀県内植生調査資料によると、当時は、高木層はシイやコジイ、ヤブニッケイ、モチノキなどによって覆われ、亜高木層では、日光があまり注がれない薄暗い環境に適するヤブニッケイやモチノキ、シロダモ、ヤブツバキなどの常緑種を主とし、比較的明るい場所にタラノキが生育していた。低木層ではヤブニッケイやアオキ、ヤブツバキ、チマキザザが多く、林床に生える草本層ではベニシダが多く、次いでヤブニッケイやヤブミョウガ、イタビカズラ、フユイチゴ、アオキ、ジャノヒゲ、イノデなどが生えていた。
カワウの爆発的な繁殖以前にはシラサギの大繁殖地として有名であった。特にシラサギ類(ダイサギ、チュウサギ、コサギ、アマサギ)とゴイサギのコロニーは湖北地方で唯一のものであり、長浜市の鳥にシラサギが選ばれる由縁となっている。現在のコロニーは島の西南斜面にあり、2016年8月の調査では250羽のサギ類がカウントされた。
その他の野鳥として、都久夫須麻神社と宝厳寺の境内に残る照葉樹林にヤマガラやメジロ、コゲラなどが生息している。かつてはハヤブサの繁殖が確認されていたが、カワウの銃器駆除による影響からか、近年は繁殖が確認されていない。