バスケットボール日本リーグ機構
さらにプロリーグ化が日本バスケットボール協会の主要役員や企業チームが反対して一向に進展しなかったため、2004年8月に新潟と所沢ブロンコス(現さいたまブロンコス)は、バスケットボール日本リーグ機構と日本バスケットボール協会を脱退して、独自にプロリーグ「日本プロバスケットボールリーグ(bjリーグ)」を結成するという構想を明らかにした。脱退は2005年4月により認められ、bjリーグは同年秋に初年度のシーズンが開幕した。
1967年に発足したバスケットボール日本リーグは、当初男女共同運営で日本バスケットボール協会が主催して開催されていた。
1995年、日本バスケットボールリーグ発足30周年を前に、将来のプロリーグ化を視野に入れた独立採算方式のリーグ戦のシステムを構築するため、主催統括団体としてバスケットボール日本リーグ機構が設立され、翌1996年に日本バスケットボール協会からバスケットボール日本リーグ機構に主催統括団体が変更された。
1998年、女子のリーグ戦はバスケットボール女子日本リーグ機構(現バスケットボール女子日本リーグ、略称WJBL 一般にはWリーグ)に移管し、男子によるリーグ戦のみとなった。
2000年、1部のリーグの2、3年後のプロ化を前提として、1・2部を「スーパーリーグ」と「日本リーグ」に名称を変更し、ホームタウン制を取り入れた地域密着型運営に着手した。田臥勇太のトヨタ自動車アルバルク入部によるスーパーリーグ参戦時にはマスコミも巻き込むほどの人気だった。ただし新潟アルビレックスなど一部チームを除けば、ホームタウン所在地とは関係ない地域の試合が多く、ホームタウン制は機能していない。