ドクターマリオ
2人でフラッシュ対戦をするモード。
ウイルスのデザインが変更されている。
タッチ操作でカプセルを移動させる。落下中のカプセルは全て移動可能。BGMは原作の曲のオルゴールアレンジ。
2対2でチーム対戦をするモード。味方を攻撃するとハーフカプセルがストックされ、次に敵を攻撃したときに追加して落下させることが出来る。
基本的には以前と同様だが、一部ワザの種類が変更されている。
また、キャラクター強化要素の「スピリッツ」としてウイルスのイラストも登場し、入手時に行われる戦闘では、赤色・青色・黄色のカービィがウイルスに扮している。
ミニゲーム「ウイルスアタッカー」として登場。ゲーム内ではウイルスではなくドクロが登場し、ドクロを消すごとに隠れていたキーワードが現れる。