熊野三山本願所
こうして造営・修造の財源として機能しえなくなった造営料国・造営料所に代わり、三山の造営・修造の財源とされたのが、棟別銭や段米・段銭であった。棟別銭徴収の早い例は、貞治5年(1366年)ごろに播磨国松原荘(石清水八幡社領)などで新宮造営のために徴収された例が見られるほか、『熊野年代記』には三山造営のための「諸国棟別」(応永33年〈1426年〉)、那智造営のための京・和泉・河内での徴収(文明10年〈1478年〉)といった例がある。段米・段銭では、14世紀前半に段米が和泉・美濃などで確認され、次いで15世紀前半からは段銭が見られるようになる。国段銭と安房国衙職をもって新宮遷宮に宛てる旨の応永26年(1419年)の室町将軍家御教書を初例とし、永享5年(1433年)には新宮造営料として紀伊国から段銭を徴収するようにとの御教書が発され、紀伊のほか丹波や伊豆に宛て課されていた。これら15世紀前半から中葉にかけての段銭は造営料国に入れ替わるように出現し、造営料国は史料上確認することができなくなる。
しかし、こうした棟別や段銭による財源の実効性は室町幕府を頂点とする守護体制の実力に依存していたため、室町幕府の支配が弛緩していく15世紀半ばにはほとんど依拠しえなくなる。この時期にも存続した造営料所として、新宮に属した紀伊国高家荘があるが、15世紀半ば以降、畠山家の内紛に巻き込まれるかたちで繰り返し濫妨に見舞われて、ほとんど不知行であったと見られ、延徳元年(1489年)には、新宮の神官らが紀伊国内の所領が有名無実化したと窮状を幕府に訴えている。以上のように、15世紀初までに造営料国を、15世紀後半までに室町幕府支配を背景とした公的保護を失った熊野三山は、以後の造営・修造のための財源をほかに求めなければならなくなったのである。