コルシカ独立戦争
その後、パオリはコルシカ共和国を宣言し、コルシカの独立派を再統合しつつ、破綻した島の経済を再建しようとした。ところが1768年のヴェルサイユ条約で借金返済に困ったジェノヴァはコルシカをフランスに譲渡した。パオリはこの条約の非を評議会で訴えて、喝采を受け、屈辱であるとしてフランスに宣戦布告し、全島に警戒を発した(第4次蜂起)。
フランスは2回目のコルシカ侵攻を開始した。パオリはボルゴで小さな勝利を収めたが、フランス軍の司令官がド・ヴォー伯爵に代わると総勢5万名の侵攻軍に追い詰められ、山間部に逃げ込む。1769年5月7日、ポンテ・ノーヴォの戦いで大敗して、首都コルテを放棄し、逃走。再びゲリラ戦に移行するが、パオリはポルト・ヴェッキからイギリス船に乗って亡命することになった。ド・ヴォーは6月21日までにコルシカ全土を制圧した。40年の長きにわたり続いたコルシカ独立戦争は、パオリの亡命によって事実上、終結した。
1770年、コルシカは正式にフランスに併合されて、その県となった。総督となったマルブフ伯爵は宥和政策(ないし同化政策)を進め、親仏派となったコルシカ人を優遇した。ナポレオン・ボナパルトの父親シャルル・マリ・ボナパルトはフランス側に転向して、マルブフとは個人的な親交を持つようになった1人で、彼がフランス貴族の資格を得たことで、ナポレオンはフランス国籍を持ち、フランス本土の貴族の士官学校へ入ることを許されることになった。些細なことであったが、後世から見れば、これは結果的に皇帝ナポレオンを誕生させることになったという意味でヨーロッパの歴史及び世界の歴史を変える出来事になった(特に現代に続く、政治の基本原則の誕生及び普及)。