室町幕府
管領
評定衆
政所
問注所
侍所
小侍所
奉公衆
地方(じかた)
禅律方
神宮方
鎌倉府
守護職
地頭
奥州探題
羽州探題
中国探題
九州探題
九州探題 渋川氏 : 足利氏一門の名族で足利将軍家・斯波氏に次ぐ家柄の良い一族。肥前の守護職も兼ねた。
九州三人 少弐氏 : 鎌倉時代以来の九州一の名家。 大友氏 : 豊後・筑後の守護職を世襲。 島津氏 : 薩摩の守護職を世襲(今川探題下では守護でなかった時期がある)。
それ以外 菊池氏 : 南朝・後南朝の主勢力であったが室町時代中期に足利将軍家に帰参し肥後の守護職となった。
室町幕府の職制はほぼ鎌倉幕府の機構を踏襲している。基本法として建武式目を制定(1336年)。具体的な法令としては鎌倉時代の御成敗式目(貞永式目)を適用し、必要に応じて「建武以来追加」と呼ばれる追加法を発布して補充している。
幕府開設当初、初代将軍尊氏は武家の棟梁として諸国の武士を統帥して執事高師直がこれを補佐し、政務・裁判は弟直義が総理する二頭体制が取られた。やがて直義と師直の間に確執が生じ、幕府内が尊氏・直義両派に分裂して観応の擾乱へと発展、南朝方や諸国の武士を巻き込んで内乱は長期化した。
尊氏の後を継いだ2代将軍義詮は幕府機構の再建に努め、病に倒れると、細川頼之を管領に任じて幼少の後継者・義満を後見させた。頼之後見期及び義満による親裁期を経て政治機構が整えられていった。
鎌倉時代の将軍は全国の御家人と個々に主従関係を結び、所領(地頭職)を安堵する立場にあり、守護は任国の軍事・刑事の長であり、国内の御家人の監督者に過ぎなかった。
これに対して室町幕府は、守護大名による合議制・連合政権であったと評される。長期の南北朝内乱の間に、守護はその権限を拡大し、任国内の領主層の武士(国人)を被官化するなどして、任国の管理者から領国支配者(大名)となっていく(ただし地域差があるので、詳細は「守護領国制」を参照)。これにより、御家人=将軍直臣という鎌倉幕府の基礎構造は失われ、将軍の諸国武士・所領に対する支配は相当後退し、主に守護を通じて全国支配を行う体制となった。