指揮権 (法務大臣)
また、法務大臣を含めた閣僚に対して大きな影響力を持っている大物政治家にとっては、不文律の権力構造として検事総長への指揮権に影響力を及ぼすと考えられている。法務大臣が指揮権を悪用する事態には衆議院が持つ内閣不信任権によって抑制されることになる。
中央大学名誉教授であり、当時、京都産業大法科大学院教授も務めた渥美東洋は「日本の社会や経済が大混乱に陥る可能性があるとき以外は指揮権を発動してはならない」と指揮権について極めて慎重に扱うべきとした。法務大臣が国会や記者会見などでは具体的な事件に関する質問を受けた時は「個別の事件についての答弁は差し控えたい」として、政治的な圧力を疑われないように検察の判断を尊重するコメントを述べることが殆どであり、指揮権発動について極めて抑制的に考えられている。しかし、造船疑獄での指揮権発動以降、法務大臣と検事総長の間には常に緊張感が漂っていると言われている。ある検事総長経験者は、もし、指揮権が発動されたら指揮には従わず、辞表を出す覚悟だったと証言している。元検察幹部は、指揮権発動があるとすれば大臣との間に「誤解」が生じてしまっているということ、双方の立場をわきまえた上で大臣に極力情報を上げるようにすることが、造船疑獄以降、組織が得てきた教訓だと思うと述べている。