ヨハン・ヴォルフガング・ゲーテ大学フランクフルト・アム・マイン
これによって、例えば以下のような分野で自治権を発揮することが可能となった。
学生の選別
教授の任官
品質マネジメント
学生団体の組織
一方で、基金大学に戻ることについては批判の声も多かった。学生代表や労働組合代表などは、大学の法律上の位置づけが変わることで、大学へ寄付をする個人の篤志家たちの影響が強くなり、結果として研究・教育の自由が制限され、偏ったイデオロギーを植え付けられ、また共同研究者たちの労働条件も悪化する可能性があると懸念した。
2008年1月1日をもって、フランクフルト大学は公法上の基金大学へ正式に回帰した。
2008年6月1日より、大学名の主たる表記として「ゲーテ大学フランクフルト・アム・マイン」(Goethe-Universität Frankfurt am Main) を採用するようになった。大学のロゴもこれに合わせて変更された。これにより、格好悪いと思われていた "JWGU" という短縮形は使用されなくなり、ロゴは「Goethe」の部分がさらに強調されたものになった。この変更は2008年末までの移行期間のうちに順を追って実施された。ただし、正式名称は「ヨハン・ヴォルフガング・ゲーテ大学フランクフルト・アム・マイン」のままで変わっていない。
基金大学への回帰に尽力したルドルフ・シュタインベルクは、学長の任期を1期半務めた後、2008年末に退任した。後任の学長として、ヴェルナー・ミュラー=エスタールが選出された。