全日本大学軟式野球連盟
軟式の部加盟の連盟やチームの多くに「準硬式側主導(詳細については全日本大学準硬式野球連盟を参照の事)で作られた統一新連盟では、L号球軟式野球の将来が危ういのではないか?」という危惧が広まり、現体制の維持か、再独立かを巡って議論沸騰し、度重なる協議・調整を行なった結果、希望するチームやリーグのみが新組織側に残ることで決着。その結果、それを希む連盟やチームの連名での独立宣言により大半が一時脱退したが、関東を中心にした東日本側の連盟やチームの殆どが順次復帰・再加盟した。(詳細は沿革の1993年~1994年辺りを参照)これにより、軟式野球連盟の2団体分裂時代が始まり、軟式と準硬式の再分離(それぞれ「全日本大学軟式野球連盟」と「全日本大学準硬式野球連盟」として独立)が行なわれ現在に至っている。また、再分離・独立した両連盟は、共同で上部組織(全日本大学軟式野球協会)を結成し全日本軟式野球連盟に再加盟した。
このようにな複雑な事情により、現在の大学の軟式野球界は、全国規模での統括連盟とその主催による選手権大会で、2つの系統が並存している。なお、全日本大学軟式野球連盟は、分裂した全日本学生軟式野球連盟と共に、分裂前の全国大会の大会歴を共有して継承している。
※ボールの名称の変遷については、軟式野球のボールの種類についてを参照の事。
)による独立宣言をもって新たな「全日本学生軟式野球連盟」を組織して分離・独立。以後、「全日本大学軟式野球連盟・軟式の部」と「全日本学生軟式野球連盟」の分裂時代となる。その後、首都学生軟式野球連盟から唯一残留した明星大学(日野校舎)が明星大学(青梅校舎)と2校で首都大学軟式野球連盟を結成し、大学軟式連盟・軟式の部に加盟。後になり、東北地区学生(現在の大学)軟式野球連盟が学生軟式連盟を脱退し、大学軟式連盟・軟式の部に再加盟。さらに同年12月になり、東京六大学学生軟式野球連盟が同様に学生軟式連盟を脱退し、大学軟式連盟・軟式の部に再加盟。
1994年 新たに新潟地区大学軟式野球連盟(前年の準加盟から)、信州地区大学軟式野球連盟(前年の準加盟から。現在の長野県大学軟式野球連盟)が加盟。また、東都学生軟式野球連盟(前年の独立・脱退組み)の一部リーグ所属校が中心となり学生軟式連盟を脱退し、新たに東都大学軟式野球連盟を結成、大学軟式連盟・軟式の部に加盟。北海道地区大学軟式野球連盟も同様に学生軟式連盟を脱退し、大学軟式連盟・軟式の部に再加盟。また、北陸地区大学軟式野球連盟も新たに加盟。
1995年 新たに関東新大学軟式野球連盟、南九州地区(現在の九州地区)大学軟式野球連盟、中国地区大学軟式野球連盟が加盟。
東京新大学軟式野球連盟(7) 加盟校:國學院大學二部、駒澤大学、東京都立大学、専修大学神田キャンパス、東洋大学二部、東京理科大学二部、日本大学法学部
関東新大学軟式野球連盟(6) 加盟校:千葉商科大学、中央学院大学、つくば国際大学、帝京科学大学千住キャンパス、東京理科大学理工学部、流通経済大学
新潟地区大学軟式野球連盟(13) 加盟校:敬和学園大学、長岡大学、長岡技術科学大学、新潟大学、新潟大学医学部、新潟大学歯学部、新潟医療福祉大学、新潟経営大学、新潟県立大学、新潟工科大学、新潟工業短期大学、新潟産業大学、新潟薬科大学
長野県大学軟式野球連盟(7) 加盟校:信州大学繊維学部、信州大学長野キャンパス、信州大学松本キャンパス、諏訪東京理科大学、長野大学、長野保健医療大学、松本大学
北陸地区大学軟式野球連盟(8) 加盟校:石川県立大学、金沢学院大学、金沢星稜大学、仁愛大学、富山大学、富山県立大学、福井工業大学、北陸大学
東海学生軟式野球連盟(13) 加盟校:岐阜経済大学、岐阜聖徳学園大学、星城大学、大同大学、中京大学、中京学院大学、中部大学、東海学園大学、名古屋大学、名古屋学院大学名古屋キャンパス、名古屋経済大学、日本福祉大学、名城大学
近畿学生軟式野球連盟(19) 加盟校:大阪大学、大阪青山大学、大阪大谷大学、大阪学院大学、大阪工業大学情報科学部、大阪成蹊大学、大阪体育大学、大阪物療大学、関西国際大学、京都大学、兵庫大学、京都産業大学、神戸大学、神戸医療福祉大学、神戸学院大学、奈良大学、姫路獨協大学、兵庫県立大学、佛教大学