長崎丸 (4代)
振動・騒音の軽減、水中放射雑音の低減のため、推進システムには電気推進が採用された。主発電機4基により発電、推進電動機2基で可変ピッチプロペラ1軸を駆動する。プロペラは炭素繊維強化プラスチック(CFRP)製でキャビテーションの抑制、荒天時の負荷軽減の効果があるとされ、この種のプロペラでは国内最大級である。またバウスラスター、スターンスラスターを備えている。
漁業実習および海洋観測実習のため、漁労設備、各種観測設備を搭載する。漁労設備は巻き網、トロール網、延縄、全自動いか釣機などを搭載している。
各種観測設備の運用のため、船楼甲板船尾左舷側にCTD用Aフレーム、船尾に大型のAフレーム、他に5台の観測ウィンチ、4基のクレーンを装備する。
船内には研究室としてウェット研究室、ドライ研究室が配置されている。本船では船内に無線LANが装備されており航海、調査・研究にかかわるデータを船内でリアルタイムに共有することができる。
また以上の漁業練習船の設備の他、先代の長崎丸が東日本大震災発生時に支援活動に携わった経験を活かし、コンテナユニットやドクターカーの搭載機能を有している。
なお、本船は三井造船玉野事業所で建造されたが、三井造船は2018年4月1日に三井E&Sホールディングスへと社名を変更しており、三井造船の名の下で建造された最後の船となった。