トム・クルーズ
元妻キッドマンとの間には養子が2人(Isabella Jane(1992年生まれ)、Connor Antony(1995年生まれ))
前妻ケイティ・ホームズとの間には娘スリ・クルーズが1人。
最初の妻、ミミ・ロジャース
2人目の妻、ニコール・キッドマン(2003年)
3人目の妻、ケイティ・ホームズ(2009年)
クルーズのスポークスマンは彼と彼女は関係を修復したものの、クルーズの抗うつ薬に対する立場は変わっていないことを確かにした。シールズはクルーズとケイティ・ホームズの結婚式のゲストとなった。ところが後にパキシルを含む向精神薬が傷害事件、自殺などとの因果関係が存在することを認める裁判結果の事例が取り沙汰されている。
『エンターテインメント・ウィークリー』誌上でインタビューを受け、精神医学を「ナチズムの科学だ」と発言し、「メサドンの本来の名前はアドルフ・ヒトラーにちなんでアドルフィンと呼ばれていた」という有名な都市伝説を引用した。『デア・シュピーゲル』誌上で彼は「サイエントロジーにはナルコノンと呼ばれる薬物リハビリプログラムがあり、それは世界中で統計学上ただ一つ成功しているものだ」と発言した。ナルコノンは、その成功率は70パーセントを超えると主張している、その数字の正確性については議論もされている。
サイエントロジーは主流の精神医学に反対していることでよく知られている。
『デイリー・メール』はアンドリュー・モートンによる伝記『トム・クルーズ: 非公式伝記』が2008年1月に発行されることを明らかにして、その本によるとクルーズは名義上、教会の2番目の指揮官に就いたという。この本は元教会のスタッフメンバーのマーク・ヘッドリィーとともに書かれてきたものである。クルーズの弁護士バート・フィールズは「その本は嘘まみれだ」と発言した。
幼い頃から学習障害(LD、失読症(Dyslexia:ディスレクシア、具体的にはbとdが区別できなかった)つまり書かれた文字を読む上での障害を持ち、自身、障害者にかかわる映画(『レインマン』)や、この障害の理解を推奨するための映画(『デイズ・オブ・サンダー』)も製作主演している。また、新宗教であるサイエントロジーの活動(「勉強の技術」の実践)によりこの学習障害を克服したと語っている。この経験から学習障害児への支援活動にも取り組んでいる。『ラスト サムライ』の宣伝のために2003年8月に来日した際、首相官邸の小泉純一郎首相を表敬訪問、日本の若者たちにと教祖であるL・ロン・ハバードの著書、『学び方がわかる本』(ニュー・エラ・パブリケーションズ・ジャパン(株)発行、ISBN 4-931223-22-2)を首相に手渡した。2009年1月スペインの雑誌『XLセマナル』の中で「誰も解決策をくれなかったけれど、大人になってサイエントロジーの教育本を読んだことで完ぺきに読解ができるようになった」と語った。
また、注意欠陥・多動性障害(ADHD)の治療薬のリタリンの使用に米国社会が依存していることを厳しく非難している。トム自身も1970年に投薬治療を勧められたが、母親がこれを断った。のちにこれを飲んでいたら今の自分はないだろうと語っている(1970年当時はまだ正式にADHDという概念はなかった)。
ニューヨーク・ヤンキースファンである。ちなみにトムが父親役を演じた『宇宙戦争』では、親はヤンキースのファン、息子はライバルチームのボストン・レッドソックスのファンという設定だった。
ファンサービスに熱心なことでも知られ、神対応と評されることもある。