アメリカ合衆国探検遠征隊
ウィルクスはピーコックがコロンビア川砂州で座礁したことを聞き、サンフアン諸島での仕事を中断して南に向かった。ピュージェット湾に戻ってくることは無かった。
現在のオレゴン州ポートランド地域からは、ジョージ・F・エモンズが隊長となった陸上部隊が内陸を通ってサンフランシスコ湾に向かった。エモンズ隊はサクラメント川などシスキュー・トレイルを南に向かい、北カリフォルニアではシャスタ山を訪れたアメリカ人最初の公式記録となり、科学的知見も残した。
エモンズ隊は船に戻り、サンフランシスコ湾を南に向かった。船隊はサンフランシスコとその支流を調査し、後に「アッパー・カリフォルニア」の地図を制作した。その後は太平洋に戻り、1841年にはウェーク島を訪れ、フィリピン、スールー諸島、ボルネオ島、シンガポール、ポリネシアと喜望峰を回り、1842年6月10日にニューヨーク港に帰還した。
この遠征はウィルクスとその部下の士官達の間で常に難しい関係があった。ウィルクス自身は大佐と代将の位にあることを宣言し、それに合わせた旗をなびかせ、大佐の征服を着用していたが、実際には大尉に任官されているに過ぎず、同様な地位にある仲間の隊員をひどくいらいらさせた。部下の多くを酷使し、艦隊中のむち打ちなど懲罰にふけったこともあり、アメリカに戻ったときに大きな議論になった。ウィルクスは戻ったときに軍法会議に掛けられたが、その船隊で隊員を不法に罰したこと以外は無罪放免となった。