モンゴル帝国
この時代に西アジアには中国から絵画の技法が伝わって細密画(ミニアチュール)が発達する。中国には西アジアから天文学など世界最先端のイスラム科学が伝えられ、投石機などの優れた軍事技術がもたらされた。逆に中国では、モンゴルのケシク制度に適合しない科挙が廃れるなど、儒教があまり重視されなかったが、儒学の中でも実用性を重んじる朱子学が地位を高め、14世紀に科挙が部分復活したとき正式の解釈として採用されるようになる。
バグダッドの戦いにおける知恵の館の消失によって、モンゴル帝国は文明の破壊者というイメージが付きまとっていたが、フレグはニザール派の文書庫をジュヴァイニーに接収させ、またバグダード攻略前後にもイラク周辺でナスィールッディーン・トゥースィーに書物収集を命じてマラーガに建設した天文台とその足下の図書館に収蔵させ、マラーガは東西の学術交流の一大中心地だったことが認識されるようになり、旧来の「破壊者モンゴル」というだけの人種差別的なビジョンは修正されつつある。
しかし、1260年に、第4代皇帝モンケの死去に伴い皇位継承戦争が勃発し、その次弟クビライが上都で第5代皇帝としてこれを制して即位したが、当時の主要なモンゴル王族であったジョチ・ウルスのベルケ、クビライの実弟フレグ、チャガタイ家のアルグらが相次いで死去したため、モンゴル皇帝を正式に選出する全帝国的な統一クリルタイの開催が事実上不可能になってしまった。そのため、クビライは自らが直接支配できていた中国とモンゴル高原、チベットを中心とする、現在の区分でいう東アジア部分の統治機構を整え、あわせてモンケの死去によって中断されていた南宋遠征を完遂させる事で、モンケの後を継いだ事実上のモンゴル皇帝である事を内外にアピールした。この過程で、中央アジアのモンゴル王族たちとの紛争の前線基地と化していたカラコルムに替わり、1271年に帝国の中国方面支配の拠点のひとつであった金朝の旧都・中都の北隣に大都(現在の北京)を建設し、帝国の東半分の地域は事実上クビライとその子孫が領国として継承する体制ができあがった。他の地域もそれぞれの地域の主要な王族たちが領民と領国を囲い込むようになり、13世紀後半、帝国はモンゴル皇帝による全土支配の時代から、徐々にモンゴル皇帝を盟主としジョチ家、チャガタイ家、オゴデイ家、フレグ家のような各地の主要王族を頂点とする諸ウルスの連合による緩やかな「連邦」化が進んで行った。このうち、クビライはモンゴル皇帝直轄の中核国家の国号を大元大モンゴル国と改称するが、その後も皇帝を頂点とする帝国はある程度の繋がりを有した。
この大連合は14世紀にゆるやかに解体に向かうが、モンゴル帝国の皇帝位は1634年の北元滅亡まで存続した。また、チンギス・カンの末裔を称する王家たちは実に20世紀に至るまで、中央ユーラシアの各地に君臨し続けることになる。
テムジンのもとにはコンギラト、オングトなど周縁部の有力部族集団も服属するようになり、モンゴリアを統一したテムジンは、1206年初春、ココ・ナウルに近いオノン川上流の河源地において開かれたクリルタイ(大集会)において服属した諸部族に推戴される形で即位し、チンギス・カンと称した。
チンギス・カンは、高原の全ての遊牧民を腹心の僚友(ノコル)や同盟部族の王たちを長(ノヤン)とする95の「千人隊(千戸)」と呼ばれる集団に編成し、それぞれの千人隊から1000人の兵士が供出可能な軍事動員制度を整えた。さらに、高原の東部大興安嶺方面には3人の弟、ジョチ・カサル、カチウン(本人は死去していたので代わりに嗣子のアルチダイに分与される)、テムゲ・オッチギンを、西部アルタイ山脈方面には3人の息子、ジョチ、チャガタイ、オゴデイにそれぞれの遊牧領民集団(ウルス)を分与し、東西に向かって一族が広がってゆく基礎を築いた。また、即位したオノン川河源地域に自らの拠点を据えて「大オルド(イェケ・オルド)」と称し、宮廷と武器武具などの軍事物資を生産する工房や貯蔵施設などの体制を整えた。
モンゴル軍の遠征における組織だった軍事行動を支えるためには、敵情の綿密な分析に基づく綿密な作戦計画の策定が必要であり、モンゴルは遠征に先立ってあらかじめ情報を収集した。実戦においても先鋒隊がさらに前方に斥候や哨戒部隊を進めて敵襲に備えるなど、きわめて情報収集に力がいれられる。また、中央アジア遠征ではあらかじめモンゴルに帰服していた中央アジア出身のムスリム商人、ヨーロッパ遠征では母国を追われて東方に亡命したイングランド貴族が斥候に加わり、情報提供や案内役を務めていたことがわかっている。
チンギス・カンの中央アジア遠征の場合、連戦連勝で進んだモンゴル軍はアム川を越えてホラーサーン、アフガニスタンに入るとしばしば敗戦も喫し、無思慮な破壊や虐殺が目立つようになるが、これはホラズム・シャー朝があまりにも急速に崩壊したためにイラン高原以東の展開については事前の作戦計画が立てられないまま戦線を拡大してしまったためと考えられている。
中央アジアの諸都市ではそれぞれで数十万人の住民が虐殺されたとされ、バトゥのヨーロッパ遠征で滅ぼされたルーシの中心都市キエフは陥落後10年経っても人間の姿が見られなかったという。モンゴル軍の残虐さを物語る逸話はユーラシアの各地に数多く残る。日本に対する遠征(元寇)での例では、建治元年(1275年)に書かれた日蓮書簡によれば文永の役において対馬の住民が捕虜となった際に捕らえられた女たちは手に穴を空けられそれに綱を通されて船の側壁にゆわえ付けられたと伝えている。
1264年、クビライがアリクブケを降し単独のモンゴル皇帝(カアン)となったとき、モンゴル皇帝の影響力が直接及ぶのはモンゴル高原、天山ウイグル王国、チベットより東側のみになっていた。モンゴル帝国がバトゥのヨーロッパ遠征、フレグの西征のように帝国の全力をあげて遠征を遂行することは不可能になり、帝国の膨張は東アジアを除いて停滞に向かう。
クビライは帝国の分裂的な状況を追認してフレグのイラン支配を認めるとともに、中国を安定的に支配することを目指し様々な改革を打ち出した。しかしこの間、様々な問題が噴出し、事態は混迷していった。まず、アリクブケの命によってチャガタイ家当主となったアルグは、しかしこれに離反してクビライ支持を表明してアリクブケと戦い、これを破りアリクブケ一党の降服とクビライの勝利を確実にさせた(1266年にはアリクブケ没する)。
1264年、クビライはアリクブケの降服によって帝国中枢の混乱を一旦収束させると、統一クリルタイの開催を帝国全土に呼び掛けた。西方のイルハン朝のフレグとジョチ・ウルスのベルケはカフカス以南での度重なる戦闘で膠着状態に陥っていたため、この呼び掛けに応じた。クビライのカアン位宣言は自己の勢力のみで行ったクーデター同然の無理矢理の即位であったため、モンゴル帝国皇帝であるカアンの即位式は、アルグ、ベルケ、フレグの三者を会してのモンゴル全王家臨席の正式なクリルタイが必要であった。