岡本大八事件
翌慶長16年(1611年)、日本との外交接点を失ったポルトガルは貿易再開を図るため、薩摩藩の援助を得て、国副王代として艦隊司令官マヨールを駿府の家康と江戸の秀忠に謁見させた。このとき先のマカオでの事件の弁明とともに、藤広の罷免、船の賠償を求めたが、幕府側は全てペソアの責任として取り合わず、貿易の再開だけを認めた。
こうした経緯は大八、藤広を通じて家康に報告されていた。
晴信には、龍造寺氏との代々の争いで生じた失地を回復するという肥前有馬氏の悲願があった。ポルトガルへの報復を果たし、伽羅も献上できたことで、晴信は褒賞による領地の回復に期待を寄せていた。一方、先んじて伽羅献上を達成したことから、藤広との間には不和が生じることとなった。藤広は幕府側の先買権を強化するため、有馬氏(晴信)と関係が深かったイエズス会ではなく、対立するドミニコ会に接近したが、こうした動きはますます晴信の不満を募らせた。
藤広は布教に熱心なカトリック系を排斥する一方で、貿易に熱心なプロテスタント系のオランダ人やイギリス人には朱印状を出して通商を許可していた。ロドリゲスに代わって家康に近侍したイギリス人のウィリアム・アダムス(のちの三浦按針)の活躍もあり、肥前の平戸に慶長14年(1609年)にオランダ商館、慶長18年(1613年)にはイギリス商館が立ち貿易が活発化したが、その3年後には明朝以外の外国船の入港を長崎と平戸に限定したため、按針は江戸詰めができなくなり、平戸に没した。これが幕府の鎖国体制の端緒となる。なおイギリスはオランダとの対峙衝突が相次ぎ、アンボイナ事件前後から東南アジアから撤退してインドのムガル帝国経営へ向かい、1623年のアンボイナ事件をきっかけに商館も閉鎖、オランダは台湾を含めてアジア地域との香辛料貿易を独占支配した。