清正公信仰
清正が慶長16年(1611年)に没すると、本妙寺は清正の廟の側に移転して清正の菩提寺としての要素を持つようになる。ところが、清正の子・忠広が、寛永9年(1632年)に改易処分された。新しく領主になった細川氏は関ヶ原の戦いでともに東軍として戦った清正への配慮から本妙寺を従前どおりに庇護したが、藩主の菩提寺としての性格を喪失した。このため、本妙寺は所属する六条門流の本寺にあたる京都の本圀寺の協力を得ながら肥後の民衆の教化に力を注ぐことになった。
清正が信仰の対象となった背景については2つの説があって決着をみていない。圭室諦成に代表される、清正の死後20年ほどで改易されその後直系が断絶したことなどを原因として清正が「祟り神」となりその鎮魂のために祭祀が行われたとする説と、池上尊義に代表される、本妙寺を中心とする六条門流の民衆への布教の反映や清正時代の新田開発や治水事業などの功績によって「顕彰神」として民衆から崇敬されたとする説である。
清正の死から半世紀ほど過ぎた寛文年間に成立した『続撰清正記』には、清正は六十六部回国聖である「清正房」の生まれ変わりで、加藤清正の没後に廟の工事をしていると清正房の遺骸の入った石棺が見つかったとする伝承を紹介している。同書の著者はこの伝承は史実ではないと否定しているものの、清正の没後50年にして清正公信仰が既に成立しており、こうした伝承が伝えられるほどになっていたことを示していると考えられている。