東三条駅
単式ホーム(一部切欠きホーム)1面2線、島式ホーム1面2線を持つ地上駅。両ホームと南口駅舎との間は跨線橋で連絡している。
JR東日本新潟シティクリエイト(JENIC)が運営する業務委託駅で、管理駅は燕三条駅。
1番線に面する正面口駅舎(北側)内には有人改札口とみどりの窓口があり、早朝夜間は無人となる。
正面口の駅舎には自動券売機(タッチパネル式2台、待合室、コンビニエンスストア(Suica電子マネー利用可)、トイレを設けている。
南口駅舎は終日無人であり、自動券売機(タッチパネル式1台)と利用客対応用のインターホン、自動販売機などが設置されている。
なお自動改札機は正面口に3通路、南口に2通路設置されており、全通路でSuicaおよび相互利用を実施しているICカードが利用できる。
また改札内には自動精算機が正面口に1台設置されている。
1997年(平成8年)9月15日:弥彦線 燕三条 - 当駅間高架化により、東三条駅付近のルートを変更。 信越本線をアンダーパスして駅東側4・5番線に入る形態を廃止、直接駅西側のホームに入る形式に変更し、急カーブを解消した。
1998年(平成10年)4月1日:貨物列車の発着が廃止され、自動車代行輸送を開始。
2000年(平成12年)12月12日:駅構内の信号制御盤をてこ式から電子連動装置に交換し、使用開始。
2003年(平成15年)3月:黒姫 - 越後石山間CTC・PRC化。当駅での運転取扱業務がなくなる。
2005年(平成17年)1月27日:自動改札機の供用を開始。
2006年(平成18年) 1月21日:ICカード「Suica」の利用が可能となる。 4月1日:東三条オフレールステーション発足。
2008年(平成20年)3月15日:信越本線 長岡駅および弥彦線でICカード「Suica」の利用が可能となる。
2012年(平成24年)3月17日:トラック便廃止により東三条オフレールステーション営業終了。JR貨物の駅は定期便設定なしの貨物駅となる。
2016年(平成28年) 3月6日:北口外観改装工事完了。 4月15日:北口にてリニューアルセレモニーを開催し本格営業開始。
2021年(令和3年)5月1日:業務委託化。