菌根
アーバスキュラー菌根共生に用いられる遺伝子の少なくとも一部(DMI1, DMI3, IPD3)は陸上植物全体(コケ植物から被子植物)に存在することから、現生陸上植物の共通祖先が菌根共生のシステムをもち、これが陸上植物の起源・初期進化に重要であったことを示唆している。苔類やツノゴケ類のもつこのような遺伝子を被子植物に導入しても、菌根共生に機能することが示されている。
デボン紀前期(約4億年前)の陸上植物の最初期の大型化石であるアグラオフィトン(Aglaophyton)やホルネオフィトン(Horneophyton; 図12)からは、現在の菌根に似た構造(ただしこれらの植物は根をもたない)が見つかっており、このことも菌根共生が植物進化の極めて初期から存在していたことを支持している。詳細な観察からは、ホルネオフィトンの直立茎にはグロムス類が、地下茎にはアツギケカビ類が共生していたことが示唆されている。