竹越與三郎
臺灣統治志(1905年、博文館)
比較殖民制度(1906年、読売新聞社)
三叉演説集 (二酉堂, 1908)
南國記(二酉社, 1910)
惜春雑話 (二酉社, 1912)
読画楼間話(二酉社, 1913)
人民讀本 (富山房, 1913)
三叉文存 (至誠堂書店, 1914)
日本經濟史、1-8(日本経済史編纂会, 1920)
日本經濟史、1-12(平凡社, 1935)
讀畫樓隨筆
陶庵公 : 西園寺公望公伝 (叢文閣, 1933)
『旋風裡の日本』(立命館出版部, 1933) 高坂盛彦解説、中公クラシックス、2014年、ISBN 412-1601475
倭寇記 (白揚社, 1938)
物價史
南洋時事
深憂大患
日本の自画像(白揚社, 1938)
日本の真の姿石井氏還暦記念講演會、1938(昭和13)年11月17日発行
三叉小品 (立命館出版部, 1940)
支那義和団の再発 上海はサラミスである(1937)
磯野計伝
西園寺公 (鳳文書林, 1947)
『民友社思想文学叢書4 竹越三叉集』(西田毅編、三一書房、1985年)、巻末に年譜・参考文献
『明治文学全集36 民友社文学集』(柳田泉編、筑摩書房、1970年)
伊藤博文、陸奥宗光、西園寺公望に見出されて高く評価されたが原敬、桂太郎、大隈重信とは対立した。その後、日清戦争を機に国粋主義に傾倒していった蘇峰を竹越が批判したことから対立し、明治28年(1895年)12月に民友社を退社する。
その後、再び時事新報社に入るが、陸奥宗光・西園寺公望らの世話を受けて、明治29年(1896年)に『世界之日本』の主筆に迎えられた。同年開拓社より、代表作となる日本通史『二千五百年史』が刊行された。伴信友の『史籍年表』などを元にして古代から明治維新までの歴史を描き、神武天皇の東征を天孫人種と土着人種の民俗対立と捉え、南北朝正閏論においては北人(武家方)が苛察収斂な王朝党(南人/公家方)を圧倒して時代精神になったと論じるなど、文明史の立場から皇国史観とは違う視点から日本史を論じて版を重ねた。
大正4年(1915年)の第12回衆議院議員総選挙で大隈信常(大隈重信養子)に敗れて落選した竹越は本野一郎らと「日本経済史編纂会」を結成し、大正8年(1919年)から翌年にかけて上知令を基軸に天保改革を論じ、『日本経済史』全8巻を刊行した。竹越は「歴史の第一原因は経済的要因」にあると唱えた。
大正11年(1922年)に宮内省臨時帝室編修局御用掛に任命され、ほどなく編修官長に転じて『明治天皇紀』編纂の中心的役割を担った(ただし、後に竹越が書いた草稿を読んだ竹越夫人の甥である中村哲は、最終的に金子堅太郎・三上参次らがまとめた現存の『明治天皇紀』との大きな違いの存在を指摘している)。竹越は『記紀神話』の要点を史実として述べ、その中に一流の合理的解釈をはさむという手法を取った。この年貴族院議員に任じられ、政友会系の交友倶楽部に属した。昭和5年(1930年)には西園寺公望の半生を記した伝記『陶庵公』を執筆する。
昭和15年(1940年)には枢密顧問官に転じるが、軍部の圧迫で『二千五百年史』が発売禁止になるなどの圧迫を受けた。更に東京大空襲で蔵書や原稿を焼失した。戦後、枢密院廃止後は一切の公職から退く。昭和22年(1947年)に公職追放処分を受けた。