正中の変
こうして、倒幕計画の証拠は、頼員の「自白」のみが残った。しかし、仮に頼員の主張が正しかったとしても、倒幕の軍事力は国長・頼有・頼員の弱小な3武将にすぎず、疑わしさが残るものだった。そこで、六波羅は同日午後、後醍醐派の公家である日野資朝・日野俊基に出頭を要請して調査を進め、両人はこれに応じて拘禁された。
後醍醐天皇は鎌倉幕府への釈明のため、9月23日に腹心「後の三房」の一人である万里小路宣房を関東に派遣し、10月5日に鎌倉入りした宣房は弁明を行った。一方、宣房と入れ替わりで、邦良派の六条有忠が京都に帰還し、皇太子邦良親王に「吉報」を伝えた。ここから推測すると、9月下旬から10月上旬には、幕府首脳部は後醍醐有罪・邦良即位に決まりかけていたと考えられる。しかし、後醍醐が宣房を通じて幕府に告げたのは、謝罪ではなく、「真の謀反人を捕縛せよ」という命令だった。
10月22日、宣房は帰京し、後醍醐無罪の判決を報告した。これは、幕府側が後醍醐の命令に直接屈した訳ではなく、慎重な調査の結果、本当に後醍醐が冤罪だったと判明したからであると推測される。なぜなら、大覚寺統正嫡である邦良と持明院統に比べれば、後醍醐の立場は脆弱であり、本当に後醍醐が倒幕を計画していたとすれば、幕府が後醍醐に配慮すべき理由は何もないからである。
そもそも、花園上皇は後醍醐天皇と政治的に対立しているが、無礼講を把握していたにもかかわらず陰謀を知らなかった点や、持明院統方にも知られるほど広く認識された無礼講で陰謀の相談をするのは不自然さがある。
『太平記』では「正中の変」で討ち死にした討幕軍の兵数が大げさに表現されているが、現実に正中元年事件に関わった武士は多治見国長・土岐頼有・土岐頼員のわずか3名であり、これで幕府を倒そうと考えるのは無理がある。
最も重大な点であるが、もし後醍醐が本当に討幕計画を企んでいたのなら、なぜ幕府はわざわざ後醍醐に配慮して無罪としなければならなかったのか。大覚寺統の正嫡ではない後醍醐を退位させるのは幕府にとって簡単であり、しかも朝廷でも大覚寺統正嫡(邦良親王)と持明院統の双方から望まれていることでもあり、幕府が後醍醐に配慮すべき理由は見当たらない。『太平記』は、後醍醐に無罪判決が下ったのは、後醍醐に背いた幕臣斎藤利行(史実の斎藤俊幸)が神罰に当たって血を吐いて死んだので、幕府高官たちが恐怖したから、としているが、あまりにも荒唐無稽に過ぎ、討幕説にまともな論拠がないことを『太平記』自ら告白しているようなものである。そもそも、『常楽記』によれば、史実の斎藤俊幸が死去したのは、この事件が終わった後の嘉暦元年(1326年)5月である。
正中元年事件では後醍醐の側が被害者であった。それにもかかわらず、『神皇正統記』によれば、その後、幕府内部に邦良親王派を支持する人物が存在したため、後醍醐は幕府に反感を抱いたという。しかし正中3年3月20日(1326年4月23日)に邦良が急逝。新たな皇太子として、後醍醐は第一皇子の尊良親王を推薦していたが、結局は持明院統の量仁親王(のちの光厳天皇)が立てられたため、大覚寺統邦良派・大覚寺統後醍醐派・持明院統の三者による後継者争いは一旦白紙に戻った。
河内祥輔によれば、後醍醐天皇はこの時点でも幕府との対立を考えず、御産祈祷をし、関東申次西園寺家の出身で正妃である中宮の西園寺禧子との間に皇子をもうけることで、自身の系統存続の望みを繋いだのではないかという。また、兵藤裕己 によれば、後醍醐と禧子の夫婦関係は良好であり、素直に御産祈祷をしたいという意図もあった。こうして邦良薨去からおよそ4年間に渡って、御産祈祷が続けられた。しかし、結果として皇子は生まれなかった。
また、亀田俊和によれば、安産祈祷と合わせて、西園寺家の血を引き聡明でもあった第二皇子の世良親王も有力な後継者として目をかけられていたという。しかし、世良もまた元徳2年(1330年)9月に若くして薨去してしまった。
こうして、元徳2年(1330年)には、邦良の嫡子である康仁親王など、邦良派が次の大覚寺統天皇になる可能性が高くなってしまった。また、この頃の在位期間の平均である10年も超えたため、持明院統からの退任要求も強まってきた。この年(亀田説では特に世良薨去の9月以降)から倒幕計画が進められ、そして翌元徳3年(1331年)に始まる元弘の乱に繋がるのであるという。