スーパーポケモンスクランブル
とつげきフラッグを入手すると出来るようになるバトル。強さの高いポケモンを多く仲間にすることと、ボタン連打が重要になる。3DSの立体視をいかしたバトルである。
不思議なネジで動く646種類のポケモン達が暮らすおもちゃの世界。この世界では最強のポケモンを決める「バトルロイヤル」、「チームバトル」、「とつげきバトル」が行われている。ポケモンたちは戦いで受けた傷を「ひかりのしずく」によって癒していた。しかし突然ひかりのしずくが湧かなくなってしまい、さらにコバルオンが率いる一団が各地から残っていたひかりのしずくを強奪し始めた。主人公のピカチュウは一連の事件を解決するために、旅に出ることになる。
そして、「ひかりのしずく」を生み出すという「せかいのはしら」でコバルオンとの戦いで勝利したピカチュウであったが、そこに突然現れたのは、一連の事件の黒幕「くろのラスト」という滅びの化身だった。