スペースコロニー・アーク
その後エクリプスキャノン砲身にしがみついてアークを落下させようとするファイナルハザードをスーパー化したソニックとシャドウが撃破。
ソニックとシャドウ、2人が力を合わせて発動したカオスコントロールによってアークは元の位置へ引き戻されたが、シャドウはスーパー化に耐え切れず落下してしまう(当初は死亡したと思われたがソニックヒーローズにて記憶は喪失しているものの生還していることが確認されている)。
余談だが、大気圏突入時に、ジェラルドの髭を模したパーツが衝撃に耐えきれずにコロニー本体から分離しているが、元の位置に引き戻された時は何事も無かったかのように元通りになっている。
シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
SA2以降、2番目の登場となる。
SA2以後エッグマンが根城にしていたらしく、アークから自らエッグマン艦隊を出撃させた。
また、シャドウによる回想シーンでは、人工カオス暴走とGUNの侵入が描かれている。
ストーリー分岐によっては、崩壊するアークから脱出するステージも用意されている。
研究に研究を重ね生み出された真の究極生命体。プロジェクトシャドウによって生み出されたハリネズミのような生命体のため、シャドウ・ザ・ヘッジホッグと名づけられた。