二条御所
完成した御所の四周は、「東西の範囲は室町通りと東洞院通り」「北は出水通り(近衛大路)、南は丸太町通り(春日小路)」と現在では考えられている。このうち、西側は室町通りであった考えられる。そのため、義昭の御所はとても巨大なものであった。
元亀3年(1572年)3月、信長は義昭の強い勧めもあってこの城の北方、武者小路辺に自らの屋敷を着工している(未完成)。建築物を奪われることに困った本圀寺の僧侶らは松永久秀に、信長への移築中止の取り成しを頼んだが無理だと断られた。また、1500人の法華信徒らが莫大な品を信長に献上し、さらに望み通りの金銭の提供も申し出て免除を請い、将軍や朝廷にも働きかけたが、信長は取り合わなかった。
ところが、義昭と信長の関係は徐々に悪化し、元亀3年に義昭の信長追討令に応じた武田信玄が西上を開始し、三方ヶ原の戦いで勝利を収めた。そして、義昭はそれを知ると、信長からの離反を決意した。
天正元年(1573年)2月、義昭は二条御所において、信長に対し挙兵した。
3月、信長が入洛したが、義昭は二条御所に数千の兵とともに籠城し続けた(二条御所の戦い)。
4月、信長は上京の町屋を焼き払い(上京焼き討ち)、二条御所を包囲し、義昭に圧力をかけた。だが、御所自体に対しては攻撃を控え、正親町天皇の勅命を得て、和議が成立する。
7月3日、義昭は再び、宇治の槇島城において挙兵した。