1999年の鉄道
7月11日 東京急行電鉄 (運転開始) 300系(世田谷線 三軒茶屋駅 - 下高井戸駅)
7月12日 東海旅客鉄道 (運転開始) 313系0番台(東海道本線 豊橋駅 - 米原駅/大垣駅 - 美濃赤坂駅)
7月16日 東日本旅客鉄道 (運転開始) E26系(臨時寝台特急「カシオペア」)
7月31日 東京急行電鉄 (運転終了) 7000系(こどもの国線 長津田駅 - こどもの国駅)
3月9日 日本貨物鉄道 (第二種鉄道事業廃止) 中央本線 飯田町駅 - 代々木駅 (5.7km) (駅廃止) 飯田町駅(中央本線)
3月10日 相模鉄道 (延伸開業) いずみ野線 いずみ中央駅 - 湘南台駅 (3.1km) (新駅開業) ゆめが丘駅、湘南台駅(いずみ野線)
3月12日 東日本旅客鉄道 (新駅開業) 前橋大島駅(両毛線 前橋駅 - 駒形駅間) (路線休止) 奥羽本線 天童駅 - 新庄駅 (48.2km)(山形新幹線延伸に伴う改軌工事のため)
3月13日 西日本旅客鉄道 (接続駅開業) 厚狭駅(山陽新幹線 小郡駅 - 新下関駅間) (駅名改称) 出雲神西駅 ← 出雲大社口駅(山陰本線)
3月16日 近畿日本鉄道 (ワンマン運転開始) 御所線 尺土駅 - 近鉄御所駅 (ワンマン運転開始) 道明寺線 道明寺駅 - 柏原駅
3月24日 千葉都市モノレール (延伸開業) 1号線 千葉駅 - 県庁前駅 (1.7km) (新駅開業) 栄町駅、葭川公園駅、県庁前駅(1号線)
3月31日 日本貨物鉄道 (第二種鉄道事業廃止) 奥羽本線 羽前千歳駅 - 漆山駅 (3.0km) (第二種鉄道事業廃止) 草津線 貴生川駅 - 草津駅 (21.4km) (第二種鉄道事業廃止) 舞鶴線 梅迫駅 - 東舞鶴駅 (18.2km)
東日本旅客鉄道 E991系電車「TRY-Z」(試験車、試験終了にともなう消滅)
日本貨物鉄道 ホキ2500形貨車 ホキ7600形貨車
札幌市交通局(札幌市営地下鉄) 2000形電車
新潟交通 モハ2220形電車、モハ10・18・19・20・24形電車、クハ45形電車、モワ51形電車、キ100形貨車(路線の廃止にともなう消滅)
蒲原鉄道 モハ31形電車、モハ41形電車、モハ61形電車、モハ71形電車、クハ10形電車、ED1形電気機関車(路線の廃止にともなう消滅)
東京都交通局 6000形電車(都営地下鉄)
東京急行電鉄 7000系電車 (初代)
銚子電気鉄道 デハ100形電車、デハ500形電車
名古屋市交通局 250形電車 700形電車
相模鉄道 3000系電車
上毛電気鉄道 300型電車
大井川鉄道 1000系電車
高松琴平電気鉄道 2000形電車
6月27日 西日本旅客鉄道 (事故) 山陽新幹線 福岡トンネル(小倉駅 - 博多駅間)内を走行中の「ひかり(ウエストひかり)315号」に、トンネルのコンクリート塊が落下し、緊急停止(福岡トンネルコンクリート塊落下事故)。 近畿日本鉄道 (災害・不通) 道明寺線 道明寺駅 - 柏原駅(大雨による線路障害発生のため)
5月6日 東海旅客鉄道 (運転開始) 313系1000番台(中央本線(中央西線)) 名古屋駅 - 中津川駅) (運転開始) 313系3000番台(中央本線(中央西線)・篠ノ井線 中津川駅 - 塩尻駅 - 松本駅)
5月10日 西日本旅客鉄道 (運転開始) 223系2500番台(「紀州路快速」)
5月11日 西日本旅客鉄道 (運転開始) 221系(福知山線(JR宝塚線) 尼崎駅 - 篠山口駅)
2月21日 東日本旅客鉄道 (事故) 山手線(山手貨物線) 五反田駅 - 目黒駅間で、保線作業中の作業員が臨時回送列車に撥ねられ死亡。
2月7日 西日本旅客鉄道詳細は「1980年代・1990年代のJRダイヤ改正」を参照
2月27日 相模鉄道 快速を新設。