なだしお事件
刑事事件として、1990年(平成2年)8月21日、横浜地検が元艦長Xと元船長Yを在宅起訴した。海難審判1審に近く、「なだしお」側に主因があるとした。また、これに先立ち、横浜地検は「第一富士丸」側の船員手帳の船員法違反(保管義務違反)や船舶安全法違反(定員超過など)について、事故との直接の因果関係がないため、この件についてYを起訴猶予処分とした。
1990年(平成2年)9月12日には、海上自衛隊の調査報告書が公表された。内容は高等海難審判庁の裁決を追認しており、なだしお主因説に反論するかたちとなっている。裁判において、X側はヨットAの存在を理由に「二船間での航法規定である横切り船航法は適用できない」とし、海上衝突予防法39条の「船員の常務」(シーマンシップ)(en)を適用し、回避義務はないと主張した。
1992年(平成4年)12月10日、横浜地方裁判所(杉山忠雄裁判長)の判決では、高等海難審判庁のいう「船員の常務」ではなく地方海難審判庁の採った定常航法における「横切り船航法」が採られるべきものとして、避航船である「なだしお」側に主因があると認定した。「なだしお」側の回避行動の遅れ、および、保持船格の第一富士丸側の回避行動の遅れを認め、なだしお元艦長Xに禁錮2年6か月執行猶予4年、第一富士丸元船長Yに禁錮1年6か月執行猶予4年の判決を下した。
控訴期限の12月24日、検察・X・Yともに控訴しない方針を固めたため、判決は確定した。これに伴い、自衛隊法第32条1項2号及び2項に基づきXは失職した。
ここでは主に事実関係を追う。この改竄の本質にかかわる問題点については、後述の残されたままの問題を参照。
1989年(平成元年)11月15日、自衛隊の内部文書や地検の追及を受けたなだしお乗組員の証言からX元艦長らが航泊日誌を書直させ、その中で衝突時刻について2分遅らせ「午後3時40分」としていたこと、かつ原紙を処分していたことが発覚した。海自側は一貫して衝突時刻について「午後3時40分」説を主張したが、後の刑事裁判では海自関係者のこの主張は信頼性が無いとして否定されている。また、書加えも行われていたことも発覚している。
この問題は11月16日の参議院内閣委員会で取り上げられ、日本社会党の山口哲夫らは、X元艦長および航泊日誌に関与した乗員2名の証人喚問を要求した。
この事態を受けて供述を見直す必要があるとの世論の意見が高まる中、海難審判の二審において、関係者の証人尋問の中で、航泊日誌に合わせて、事故の後日にレーダー記録・海図が書換えられていたことが明らかになっていった。艦長は海図の書換えについては部下が勝手にやったことと主張していたが、部下からは航泊日誌の書換えを命じられた、幹部が原本廃却を行ったようだとの証言も現れるに至った。さらには、事故当時、なだしおには第二潜水隊指令が同乗しており、彼の指示で当日の「速力通信受信簿」5枚が司令部に持ち出され、その内の4枚がそのまま紛失したことも明らかになった。まさにマスコミが口裏合わせを行っていたのではないかと批判する事故当日の海上保安庁の調査に応じなかった時間の中で、「なだしお」に同乗していた第二潜水隊指令の指示で当日の「速力通信受信簿」5枚が司令部に持ち出され、その内の4枚が海上保安庁による調査の時点では既に無くなっていたのであり、それを事故当時の副長が証言している。