瀬戸内運輸
おおむね特急系と営業所間をまたぐもの。
特急 大三島(宮浦港) - 今治桟橋 - 今治駅前 - 松山市駅 (今治営業所担当) しまなみ海道開通前は今治-松山間を終日30分間隔で運行していた時代もあった。 今治-大三島間は子会社の瀬戸内海交通が急行便を運行している。 大三島の島内では特急便は宮浦港・大山祇神社・井口港・大三島BS・上浦BSにのみ停車し、瀬戸内海交通が運航する急行便及び島内バス(各停便)よりも停車地が少ない。 伊予鉄バスとの共同運行路線であったが、同社は2006年9月30日を以て路線を廃止、瀬戸内運輸単独運行となった。 2006年10月1日今治駅-松山市駅1,000円などに値下げ。また旧北条市内の経路をバイパス経由に変更。 2008年10月1日より、国道196号(菊間・北条経由)から国道317号(玉川経由)に経路変更。 経路変更時は松山宮浦港間3往復のみであったが、増発や区間便の設定が毎年行われ、2013年8月1日現在、大三島-松山間が1日4往復、他に7往復今治-松山の区間便が設定されている。前述の急行便をあわせ、大三島-今治間は20往復(学校長期休業時を除く平日)となる。 車両は、ハイデッカーの高速・観光仕様車が運用に就く。
特急 新居浜駅 - 新居浜営業所前 - 西条駅前 - 小松総合支所前 - 川内 - 四国がんセンター - 松山市駅 - JR松山駅 伊予鉄バスと共同運行。
三菱ふそう車
大型車両は三菱ふそう・エアロクイーン(スーパーハイデッカー)またはエアロバス/エアロエース(ハイデッカー) で統一されている。新デザインの塗装を施したエアロクイーンには「SETOUCHI QUEEN」の愛称がつけられ車体側面に記されている。またエアロエースには「SETOUCHI BUS」と車体側面に記されている。中型車両は三菱ふそうエアロエースショートタイプ、小型車両はマイクロバスの三菱ローザがある。
瀬戸内運輸担当便は新居浜営業所が担当。 桜三里(国道11号)経由。予讃線に比べると短絡ルート。並行する松山自動車道を利用しない。通過停留所がある上、かつて急行便があった名残で全便特急を名乗る。特急料金は不要。伊予鉄バス川内線ほかと、せとうちバス各線の一般路線の停留所を併用するが、停車しない停留所がある。 2006年9月1日に運賃の値下げが実施された。新居浜駅 - JR松山駅間1,500円など。 2013年10月1日より、(新居浜)市役所前 - 住友病院前間の経路を昭和通りから平和通り経由に変更。これにより、新たにリーガホテル前に停車し、元塚・登道・西原町3丁目には停車しなくなる。新居浜駅の発車時刻が、一部便を除き、毎時20分から毎時30分に変更される。
今治営業所 - 今治桟橋 - 今治駅前 - 河原津 - 小松総合支所前 - 西条駅前 - 住友病院前 - 新居浜駅 (主に周桑営業所担当) かつては急行便として走っていたが今は各停。 2013年10月1日より、(新居浜)市役所前 - イオンモール間の経路を昭和通りから平和通り経由に変更。新たに西高入口・十全病院南口停留所が新設される。この経路変更により、新居浜駅より十全総合病院へ直接アクセスできるようになった。