ヤコプ・フルト
そして1888年、アレクサンドル学校はロシア語学校に改組されるに至り、エストニア民族教育というフルト積年の夢は破綻した(とはいえ、アレクサンドル学校は1906年の閉校まで全生徒がエストニア人であり続け、エストニア語も一教科として残された)。
この事件を契機としてフルトはペテルブルクへの定住を決意し、自身の処遇を現地のエストニア人教会へ委ねた。フルトは、ペテルブルクのエストニア人が民族文化(英語版)を失うことを危惧し、聖ヨハネ教会の中にエストニア人学校を設立した。文化活動への支援・講演を繰り返すという経済的・時間的負担と並行して、フルトは言語学者としての研究も休むことはなかった。ヴィーデマンによる『エストニア語=ドイツ語辞典』(et) の改訂作業に関わる一方、エストニア人による司法を夢見て法文や法律用語をエストニア語で整備した。1886年にはヘルシンキ大学からの学位取得を機に、ドルパート大学へ教授資格の取得を申請したが、ドイツ人の妨害により実現しなかった。
しかし一方で、隆盛するエストニア民族運動は、ロシア化政策を推進する当局や、反エストニア的(英語版)なドイツ人牧師らとの決定的な対立を招いた。1876年には、ドイツ人上流層・聖職者がエストニア民族教育の必要性を公然と否定してアレクサンドル学校を攻撃し、対するフルトらもこれに正面から立ち向かった。やがてフルトらはエストニア農民協会と連携し、民族運動を拡大させた。
1878年3月にヤコプソンによって『サカラ(エストニア語版)』紙が創刊されると、エストニア民族運動はさらなる高まりを見せるかに見えた。ところが、急進的な『サカラ』は保守的な聖職者を批判するに留まらず、宗教全体を批判し、フルトの個人的な宗教観までも繰り返し紙面で侮辱するに至った。そもそも、エストニア人の政治的・経済的発展を求めるヤコプソン派と、その道徳的・精神的・文化的向上を志向するフルト派は、目的においてまったく噛み合うところがなかった。
その後もフルトは民俗学研究に専念し、1901年には牧師職から自由になることを許された(ただし、名誉牧師の籍はペテルブルクに残された)。1904年にはフィンランド文学協会(フィンランド語版)によって、フルトの『セトゥ民謡集』が刊行された。フィンランド・カレリア・エストニア民謡の比較材料を豊富に提供したこのコレクションは、カールレ・クローン率いるフィンランド学派の歴史地理的方法論に大きく寄与することとなった。
しかし、長期に渡る不休の研究生活の負担から、フルトは1904年から1905年の食中毒による盲腸炎を悪化させた。そして、『セトゥ民謡集』第3巻刊行を間近に控えた1907年1月13日(ユリウス暦1906年12月31日)に世を去った。遺体は故郷へ運ばれ、ユーリエフのラーディ墓地(ロシア語版)内聖マリア墓地 (et) へ葬られた。