秋葉原駅
総武本線については、中央・総武線各駅停車と、新宿駅方面と千葉駅方面を直通する特急列車(「成田エクスプレス」を除く)の一部が停車するが、旅客案内では単に「総武線」と案内されている。
特定都区市内における「東京都区内」および「東京山手線内」に属している。
京浜東北線:電車線を走行する東海道本線・東北本線の近距離電車。横浜駅から根岸線への直通運転も実施している。
山手線:電車線を走行する環状路線
総武線(各駅停車):総武本線(支線)を走行する近距離電車。錦糸町駅から総武本線の緩行線に乗り入れ、隣の御茶ノ水駅から中央本線の緩行線に乗り入れる。
東京メトロ日比谷線は、終着駅である北千住駅より、東武伊勢崎線(東武スカイツリーライン)を経由して日光線南栗橋駅まで相互直通運転を実施している。
なお、JR秋葉原駅の事務管コードは、▲441001となっている。
地上の貨物設備をやりくりして高架工事のスペースを生み出し、さらに御徒町付近の高架下を利用して仮設新南ホームを設置し、新北上家を建設して従来の北上家を撤去し、11月1日には第2期高架工事も開始された。西側の高架貨物扱い施設が完成すると、当初の構想では一部の貨物扱いを高架上に移転して、地上の貨物扱い設備をしばらく併用の予定であったが、荷役能力が低い問題があり、さらに東京駅から客車の編成を田端操車場に回送する構想から早期に上野 - 秋葉原間の高架完成を求められたことと、上野駅の改築工事の都合から地上の貨物線存置に支障があったことから、全部の作業を同時に高架上に移転させることになった。そこで未使用の電車線ホームを一時的に貨物ホームにし、さらに北側に仮貨物ホームを整備することになった。1928年(昭和3年)3月に西側高架橋が完成し、4月1日に全面的に使用を開始して、地上の貨物扱い設備と、上野と秋葉原を結ぶ地上貨物線が廃止となった。地上貨物線の用地は元の道路に戻された。
1928年(昭和3年)7月からは地上の貨物設備を撤去して第3期・第4期高架線工事に着手した。1931年(昭和6年)4月初旬に設備が竣功し、4月10日から使用開始した。同時に仮高架設備は廃止となった。この時点で駅の西半分は旅客駅として使い、東半分を貨物駅としていた。この名残りで駅の北側(蔵前橋通りの辺り)で線路が若干曲がっている。また、この付近の線路沿いの道も東西で対称となっている。地上時代の貨物線は道路に戻されており、上野駅前ではマルイシティ上野店の東側の通りが貨物線の跡である。
高架貨物ホームは2面存在し、全長180メートル、幅9 - 12メートルであり、旅客ホームとともに総武本線の高架を突き抜けていた。
2019年(令和元年)5月から、将来の8両編成化に対応するためのホーム延長工事が開始されている。また、要人などの休憩場所や視察者への説明会場として使用する目的で、つくば駅と共に「TXルーム」と称する待合室がある。通常は駅会議室としても使用されている。
当駅では、氷蓄熱システムを利用して施設の空調を管理している。
2008年(平成20年)4月17日には、駅ビルとして阪急阪神ホールディングスと共同でTX秋葉原阪急ビル(AKIBA TOLIM・remm秋葉原)を開業した。
地上面からホームまでの深さは33.6mであり、つくばエクスプレスの全線で最も深い地下駅である。これは駅の北側で蔵前橋通りを交差する線形となっており、その直下に埋設されている上水道幹線および下水道幹線を避けるためである。また、当駅から東京駅まで延伸される計画があるため、駅の南側にあるワシントンホテルの支持杭への干渉を避けるためでもある。構造物は8両編成に対応しており、車止めはホームの先端部から少し先に設置されている。
アトレ秋葉原1 - 3階のアトレ1改札口が総武線ホームと直結。
ホテルメッツ 秋葉原
秋葉原クロスフィールド 秋葉原ダイビル 秋葉原コンベンションホール 東京都立大学サテライトキャンパス 秋葉原UDX 秋葉原UDX内郵便局 アキバ・イチ アキバ・スクエア 秋葉原UDXパーキング 三菱UFJニコスカードギャラリー 東京タイムズタワー 東京消防庁神田消防署 東京消防庁消防技術試験講習場
警視庁万世橋警察署
CHABARA AKI-OKA MARCHE
2k540 AKI-OKA ARTISAN
千代田区万世橋区民会館 千代田区万世橋出張所
昌平童夢館 千代田区立昌平小学校 千代田区立昌平幼稚園 昌平まちかど図書館 千代田区立神田児童館
神田郵便局
ワテラス
神田明神
講武稲荷
国道17号
松住町架道橋
万世橋
住友不動産秋葉原ビル ベルサール秋葉原 DAIKEN 東京ショールーム カスペルスキー日本法人本社
JR神田万世橋ビル ステーションコンファレンス万世橋
マーチエキュート神田万世橋(旧:万世橋駅遺構)
秋葉原ラジオ会館 K-BOOKS
AKIBAカルチャーズZONE AKIBAカルチャーズ劇場
秋葉原ラジオセンター
オノデン
エディオン
ラオックス
AKIBAビックマップ ビックカメラ ソフマップ
九十九電機
アニメイト
コミックとらのあな
まんだらけコンプレックス
ドン・キホーテ 秋葉原店 AKB48劇場