アンナ・コムネナ
ニケフォロス・ブリュエンニオスとの間に4人の子が確認されている。
アレクシオス・コムネノス
ヨハネス・ドゥーカス
エイレーネー・ドゥーカイナ
マリア(姓不詳)
ギリシャ人は長男には父方の祖父の名、次男には母方の祖父の名、長女には父方の祖母の名を付ける、という命名法が普通であり、東ローマ帝国時代の姓は夫婦別姓であったが、子供には父方の姓が優先されることが多かった。ところが、長男アレクシオスはアンナの父アレクシオス1世、次男ヨハネスはニケフォロス・ブリュエンニオスの父から、と一般的な命名法とは逆に母方の祖父の名前が優先され、長女エイレーネーは父方の祖母(ニケフォロス・ブリュエンニオスの母親)ではなく、母方の祖母(アンナの母)であるエイレーネー・ドゥーカイナから取られたと推定されている(アンナ自身の名は、父方の祖母アンナ・ダラセナから取られている)。また、アンナの子供たちは母方の皇室の姓コムネノスあるいは母方の祖母の姓で前王朝であるドゥーカスを名乗り、父方の姓ブリュエンニオスを名乗っていない。
なお、コンスタンティノス、アンドロニコスという2人の子がおり、計6人であったという説も出ている。コンスタンティノス、アンドロニコス、マリアは幼くして死亡したと推測される。