第一航空艦隊
機動部隊においては「一航艦の中で一番練度未熟な五航戦が、最精鋭の米空母と互角に戦って勝利を得た。一航戦・二航戦なら鎧袖一触である」という驕りが見られるようになった。
4月下旬、南雲機動部隊はインド洋から内地に帰還した。5月5日、大本営は大海令第18号と大海指第94号により、連合艦隊に対しミッドウェー島およびアリューシャン群島西部要地攻略を命じた。同日、連合艦隊は命令作第12号により、第二段作戦計画を明らかにする。ミッドウェー攻略を終えた後は、10月を目途にハワイ攻略の準備を行う予定であった。5月12日、連合艦隊命令作第14号により、ミッドウェー作戦とアリューシャン作戦の詳細な作戦要領が下令された。機動部隊はミッドウェー島攻略を行う「第一機動部隊」と、アリューシャン方面に向かう「第二機動部隊」に分割された。5月14日、五航戦から珊瑚海海戦の戦死者の報告が送られ、翔鶴と瑞鶴の両艦とも次期作戦に使えないことが判明した。そこで五航戦は第一機動部隊に復帰し、内地での修理・整備・再建を命じられた。第一機動部隊のうち作戦に参加する空母は4隻(一航戦〈赤城・加賀〉、二航戦〈飛龍・蒼龍〉)、第二機動部隊の空母は第四航空戦隊の2隻(龍驤・隼鷹)となった。
大海令第18号から出撃予定日まで一か月もなく、機動部隊は開戦以来五ヵ月におよぶ作戦行動を終えて内地に帰投したばかりで、休養と整備が必要であった。
1942年(昭和17年)4月10日、艦隊編制改訂で、一航艦の麾下部隊として第十戦隊(軽巡洋艦長良・駆逐艦12隻)が新設され、固有編制の直衛駆逐艦部隊を持つようになった。将来的には大航続力と防空能力を備えた秋月型駆逐艦16隻(駆逐隊4隊)で統一する予定だったが間に合わず(1番艦の秋月は6月11日竣工)、当分は航続距離の長い甲型駆逐艦(陽炎型駆逐艦・夕雲型駆逐艦)で充当することになった。 この時点でも、まだ固有編制だけで作戦を行うことができず、引き続き第二艦隊から第三戦隊第2小隊(霧島・榛名)と第八戦隊(利根・筑摩)に護衛されていた。
この艦隊編制改訂と同時に、連合艦隊は第二段第一期兵力部署を発令した。第五航空戦隊(翔鶴、瑞鶴)はポートモレスビー攻略に伴うMO作戦に参加のため、南洋部隊(指揮官:井上成美第四艦隊司令長官)に編入された。当初、派遣される空母は加賀だったが、南洋部隊より空母増勢の要請があり五航戦に変更となった(他に第五戦隊、第7駆逐隊、第27駆逐隊を増援)。5月上旬にポートモレスビー作戦を実施したあと、五航戦は6月のミッドウェー作戦には一航艦に戻って参加する予定だった。5月7日-8日の珊瑚海海戦において、日本側は軽空母祥鳳が沈没、翔鶴が大破、瑞鶴も航空隊の被害甚大で、翔鶴の修理と航空隊の再建には三ヶ月が必要と見込まれた。連合軍側は空母レキシントンが沈没、ヨークタウンが損傷した。
角田覚治中将:1943年7月1日 - 1944年8月2日(戦死)
寺岡謹平中将:1944年8月7日 - 1944年10月20日
大西瀧治郎中将:1944年10月20日 - 1945年5月10日
志摩清英中将(兼務):1945年5月10日 - 1945年6月15日(※本務は高雄警備府司令長官)
5月1日、第一航空戦隊・第一航空戦隊より第34駆逐隊がのぞかれ、最新鋭の陽炎型駆逐艦4隻(浦風・磯風・浜風・谷風)から成る第17駆逐隊を第一航空艦隊に編入した。 7月18日、第17駆逐隊は第一水雷戦隊に編入された。それまで第一水雷戦隊所属だった吹雪型駆逐艦4隻の第7駆逐隊(朧・潮・曙・漣)が第一航空艦隊・第一航空戦隊に編入された。 8月26日、第一航空艦隊旗艦は、竣工したばかりの翔鶴型航空母艦翔鶴に変更された
9月1日、新編の第五航空戦隊(特設航空母艦春日丸〈瑞鶴竣工に伴い四航戦へ転出〉、翔鶴型1番艦翔鶴、翔鶴型2番艦瑞鶴〈9月25日、五航戦編入〉、吹雪型駆逐艦朧〈9月1日、五航戦に異動〉、陽炎型駆逐艦秋雲〈9月27日、五航戦編入〉)が第一航空艦隊に編入された。 9月8日、第一航空艦隊旗艦は翔鶴から赤城に変更された。
第一航空艦隊はハワイ作戦(真珠湾攻撃)に参加予定だったが、各航空戦隊に付属する少数の旧式駆逐艦を除けば空母だけの編制であったため、固有編成のままでは作戦ができなかった。そこで第一艦隊や第二艦隊から支援部隊(第三戦隊第一小隊〈比叡・霧島〉、第八戦隊〈利根・筑摩〉)・警戒隊(第一水雷戦隊から軽巡洋艦阿武隈と第17駆逐隊〈谷風・浦風・浜風・磯風〉、第二水雷戦隊より第18駆逐隊〈不知火・霞・陽炎・霰〉)を軍隊区分で臨時編入し、史上初の用兵思想となる「機動部隊」が編成された。