ジョー・モンタナ
2試合合計で503ヤード、6TD、インターセプトなしの活躍を見せた。デンバー・ブロンコスとの第24回スーパーボウルではパス29回中22回成功、297ヤード、当時のスーパーボウル記録となる5TDパス(ライスへ3TD、ブレント・ジョーンズとジョン・テイラーにそれぞれ1TD)を決めて55-10と勝利、史上初の3回目のスーパーボウルMVPに選ばれた。この年のスーパーボウルは、史上最多得点差のついたゲームとなった。プレーオフ3試合で彼は800ヤードを投げて、11TDパス、インターセプト0であった。
1990年、ファルコンズ戦で自己ベストの476ヤード、ジェリー・ライスへの5本を含む6TDパスを記録した。このシーズン彼はチームをNFLトップの14勝2敗に導いた。この年彼は3,944ヤード、26TDを投げたが、一方でキャリアワーストの16インターセプトを記録した。スポーツ・イラストレイテッドより年間最優秀スポーツマンに選ばれている。史上初のスーパーボウル3連覇を目指したニューヨーク・ジャイアンツとのNFCチャンピオンシップゲームでは、第4Qにレナード・マーシャルにサックされた際に胸骨、右手の骨折及び脳震盪を起こし負傷退場、チームも13-15で敗れた。
1991年のプレシーズンゲームでひじを痛めてしまい、その年は全試合に欠場した。
1992年、開幕戦を前に早くても10月まで復帰できない故障者リスト入りした。最終週デトロイト・ライオンズ戦の後半から出場しパス21回中15回成功、126ヤード、2TDをあげてチームは24-6で勝利した。しかしこの時点でスティーブ・ヤングがモンタナから完全に先発QBの座を確保していた。
1987年、4月にナイナーズはタンパベイ・バッカニアーズからドラフト2巡指名権とトレードでスティーブ・ヤングを獲得した。ストライキでNFL選手会に所属する大部分の選手がピケを張って欠場し、多くの代替選手が代わりに出場した際もチームメートのロジャー・クレイグ、ドワイト・クラークやローレンス・テイラー、マーク・ガスティノー、ランディ・ホワイト、トゥー・トール・ジョーンズ、スティーブ・ラージェント、リン・スワン、トニー・ドーセット、ハウィー・ロングなどとピケ破りを行い試合出場を続けた。彼はこの年、自己最高の31TDパスを13試合の出場であげ、22本連続パス成功のNFL記録も作り、3,054ヤード、NFLトップのQBレイティング102,1の成績をあげた。チームは13勝2敗とNFLトップの成績をあげて、プレーオフ初戦で8勝7敗でシーズンを終えたミネソタ・バイキングスと対戦した。バイキングスのジェリー・バーンズヘッドコーチのゲームプランはモンタナを徹底的にマークし、ライスとのホットラインを絶つことにあった。この試合で彼は4サックされ、24-36と敗れシーズンを終えた。なおスティーブ・ヤングはこの年8試合に出場、QBレイティング120.8の成績をあげた。
1988年にはレギュラーシーズンで不調となり、一時スティーブ・ヤングにポジションを奪われた。ヤングは11試合に出場、モンタナをトレードに出すべきという声も聞かれた。ロサンゼルス・レイダースに敗れて6勝5敗、地区3位となり、プレーオフ出場も危ぶまれたところで先発QBに復帰、最終週のロサンゼルス・ラムズ戦では、ケビン・グリーンに4.