吉野丸
1941年(昭和16年)12月に太平洋戦争が始まっても、「吉野丸」は引き続き陸軍徴用船として行動した。日本軍占領地であるフィリピンやマレー、ビルマ方面への輸送任務に従事する。1942年(昭和17年)5月には、占領地行政要員を派遣する特別任務のため、同じ元ドイツ商船の「大洋丸」とともに第109船団(輸送船5隻・護衛艦1隻)に加入し、門司から出航から間もなく「大洋丸」が撃沈されるが、本船は残存船を率いて台湾の馬公に入港できた。6月7日にシンガポール到着後、負傷兵の後送を任務としてラングーン(現在のヤンゴン)、マニラ、香港などを結んで航海を続けた後、同年9月17日にシンガポールを発って、同年10月6日に宇品に帰着した。
1942年(昭和17年)10月、「吉野丸」は三菱重工業広島造船所において陸軍病院船として改装され、白色塗装や赤十字標識が施された。病院船となった「吉野丸」は、大連方面の患者輸送を手始めに、1943年(昭和18年)に入ってからは台湾やフィリピン、パラオ、ニューギニア島、ラバウルなど南方からの患者輸送に従事した。
1944年(昭和19年)7月、輸送船不足に対処するため、「吉野丸」は三井玉造船所で軍隊輸送船に改装された。「吉野丸」はフィリピン増援任務の関東軍将兵4個大隊5012-5063人と、軍需物資4000立方メートルを搭載。