アフガン難民
しかし日本はアフガン難民の受け入れには消極的で、1999年からの3年間で132人のアフガン難民が難民申請を行ったにもかかわらず、難民認定したのは9人だけだった。在留特別許可ですら厳しく、1999年からの3年間で17人しか受ける事が出来なかった。アフガン難民の中にはアリ・ジャンやアブドル・バセルのように難民不認定処分の取消しを求めて訴訟を行う者も居たが、なかなか上手く行かなかった。同年8月、在留特別許可で日本に滞在していたアフガン難民のユノス・タヒリが妻子の空爆死を知って自殺した。
その後2003年までにパキスタンから約190万人のアフガン難民が帰還した。2004年、パキスタン政府は治安上の理由により難民キャンプの閉鎖を始めた。同年3月にシャルマン難民キャンプ、7月にスピンボルダック国内避難民キャンプが閉鎖された。イランでもサルヴェスタン難民キャンプが閉鎖された。日本も日本人と婚姻関係にある等の6人のアフガニスタン人に在留特別許可を出しただけで、消極的な方針は変えなかった。結局、2006年までにパキスタンから約270万人のアフガン難民が帰還した。