ペルー海軍
Grifffon 2000 TDS型×0(2隻建造中)
同年に戦争はペルー・ボリビア連合の敗北で終わり、連合は解体されてペルーは独立、ペルー海軍も元通りペルーのものとなった。
1857年に起きたエクアドルとの紛争では、再びグアヤキルの封鎖と占領に従事した。1864年にスペインとの間でチンチャ諸島戦争(スペイン語版、英語版)が勃発すると、チリ海軍と協力してスペイン海軍と交戦し、アブタオの海戦(英語版)やカヤオの海戦(英語版)などを経験した。この戦争のためペルー海軍の増強が行われ、装甲艦「ワスカル」と「インデペンデンシア」などが購入された。もっとも、2隻の装甲艦の到着は戦争末期で余り大きな活躍はなかった。1877年には「ワスカル」が反乱をおこし、イギリス艦隊と交戦している(パコーチャの海戦(英語版))。
1879年に太平洋戦争が起きると、ペルー海軍は、チリ海軍と戦うことになった。ペルー海軍の艦船は質・量ともにチリ海軍に劣り、整備状態も練度も悪かった。そこで、ミゲル・グラウ艦長の率いる装甲艦「ワスカル」が中心となって、奇襲や通商破壊などの遊撃戦を展開し、イキケの海戦やアンガモスの海戦を戦った。半年に渡ってチリ側の海上作戦を妨害したものの、アンガモスの海戦で「ワスカル」は拿捕されてグラウ艦長も戦死し、ペルー海軍はその戦力の中核を失った。最終的に首都リマの陥落時に残存艦艇は自沈して、ペルー海軍は全滅した。
旧・蘭「アムステルダム」
タクナ(ARL-158 Tacna) - 2014年再就役
2011年6月現在。『Jane's Fighting Ships 2011-2012』より。
伊改ルポ級×2
モンテロ(FM53 Montero) - 1984年
マリアテギ(FM54 Mariátegui) - 1987年
ルポ級×4
アギーレ(FM55 Aguirre) - 2005年再就役
パラシオス(FM56 Palacios) - 2005年再就役
ボログネシ(FM57 Bolognesi) - 2006年再就役
クイニョネス(FM58 Quiñones) - 2007年再就役
コルベット
浦項級×2
フェッレ(CC27 Ferré) - 2018年再就役
ギース(CC28 Guise) - 2021年再就役