グループIIイントロン
そのため、グループIIイントロンと核内のスプライソソームとが系統学的に関係しているという仮説が立てられている。この関係を支持するさらなる証拠として、スプライソソームRNAのU2/U6ジャンクションとグループIIイントロンのドメインVは構造的に類似しており、この領域には触媒を担うAGC triadや活性部位の心臓部の大部分が含まれている。そのほか、5'末端と3'末端の保存配列も共通している。
LtrA(英語版)を含む多くのIEPには、共通して逆転写酵素(RT)様ドメインと「ドメインX」(Domain X)と呼ばれる領域が存在する。こうしたIEPとある程度の類似性を示すタンパク質としてはMatK(英語版)があり、植物の葉緑体に存在する。MatKはin vivoでのグループIIイントロンのスプライシングに必要であり、葉緑体ゲノムのイントロンもしくは核ゲノムにコードされている。