流星のロックマン2
ツカサとヒカルとジェミニの残留電波が電波変換した姿。_W(ホワイト)と_B(ブラック)の2体がいる。_Wはツカサ本人で_Bはヒカルである。前作ではHP表示がBにしか表示されていなかったが、今回は両方にHP表示がされている。よって、両方とも倒さなければ勝つことはできない。片方が倒されるとジェミニサンダーが使えなくなる代わりに、残った方がパワーアップする。電気属性。
前作にあったリンクアビリティ、スターフォース、電脳世界が廃止され、代わりに次のようなシステムが導入されている。前作から存在していた設定も一部変更がなされている。
バミューダラビリンス
滅びてしまったゲレンデ。管理者はイエティ・ブリザードIF。
チャージの速度が速い、スピード重視の装備。
バトル中にブラザーカードを使うことで行う、第一段階の変身。ブラザーカードのバージョンに関係なく、自分自身のバージョンに対応した変身となる。専用アビリティを装備すれば、この段階に変身した状態でバトルを開始することが可能。またウェーブコマンドカードを使用すれば他のバージョンの変身もできる。さらに、戦闘中にAボタンを押し続けるとバトルカードをチャージし、さまざまな効果を得られる。ただし、暗転しないスタンダードクラスのカードでしか効果を発揮しない。チャージ時間はウォーロックの武器によって変わる。
サーチを強化してそれぞれ炎、木、電気、水属性の敵が出やすくなる。2つ以上同時に使用することはできない。
隠しボスの一人である少年。キャンサーと電波変換しキャンサー・バブルになる小学3年生。釣りが趣味で腕前は名人級。
スカイボードのマテリアルウェーブ。ノリがいい性格。
上記のトライブたちが残した遺産。オーパーツ・ベルセルク、オーパーツ・シノビ、オーパーツ・ダイナソーの3種類が存在する。ガイドのマテリアルウェーブ曰く、下記のマテリアルウェーブに近い物らしく、ウォーロックによれば強力な武器だったらしい。強力な力を秘めており、制御できないと種族たちが体を乗っ取ろうとし、誰が敵で味方かも分からなくなってしまう。 オーパーツ・ベルセルク オーパーツの一つで、ベルセルクの遺産。大剣の形をしている。 オーパーツ・シノビ オーパーツの一つで、シノビの遺産。手裏剣の形をしている。 オーパーツ・ダイナソー オーパーツの一つで、ダイナソーの遺産。恐竜の頭蓋骨のような形をしている。
第二形態時で使用する。ためこんで巨大レーザーを発射する攻撃。対インビジブル性能と風性能を備えていてなおかつ10ヒットする。
ロックマンのいる列に突進してくる。ブレイク性能あり。
TKタワー2の電波
ナンスカ村の村長とコンドルが電波変換した姿。地上絵の鳥と戦闘機を合わせたような姿をしており、ミサイルやレーザー、高速の体当たり攻撃でロックマンの行く手を阻む。なお、このボスとはタテ2マス×ヨコ3マスのフィールドで戦うため、ボスがいるところにはパネルがない。スーパーアーマーと「ステータスガード」持ち。木属性。身長800cm、体重は400kg。
ロックマンの目の前に移動し、すばやい動作で剣を斬りつけてくる。
EX以降が使用する、雪玉を連続で落下させる攻撃。
ラ・ムーにのみ存在するグレード。
上記のボスたちとは違い、戦わなくてもシナリオクリア可能なボスもいる。これらは人間と話しかけたあと、以下の場所に登場する。話しかけることでバトルを申し込める。これらのボスとの戦闘後はHPが全快される。