オープンリーディングフレーム
ORFikは、オープンリーディングフレームを見つけ、次世代シークエンシング技術を用いてORFの正当性を確認するためのBioconductor内に含まれるRパッケージである。
長いオープンリーディングフレームだけでは、遺伝子の存在を示す決定的な証拠にはならない。一方で、タンパク質コード遺伝子の典型的な特徴を欠いている幾つかの短いORF(sORF)が、(ncRNAとmRNAの両方から)機能性ペプチドを生成できることが証明されている。哺乳類のmRNAの約50%の5'-UTRには、1つまたは複数のsORFが存在することが知られている。実験的に発見されたsORFの翻訳開始部位の64-75%はヒトとマウスのゲノムに保存されており、これらの要素が機能していることを示す可能性がある。しかし、sORFは多くの場合、mRNAのマイナーな形でのみ見つかるため、選択を避けることができる。開始部位の高い保存性は、関連遺伝子のプロモーター内のそれらの位置と関係している可能性がある。これは、たとえばSLAMF1(英語版)遺伝子の特徴である。