膜貫通型タンパク質
8つのβストランドからかるβバレルで、「せん断数」が10 (n=8、S=10)。次が含まれる。 OmpAのような膜貫通型ドメイン (OmpA) 病原性関連外膜タンパク質ファミリー (OmpX) 外膜タンパク質Wファミリー (OmpW) 抗菌ペプチド耐性および脂質Aアシル化タンパク質ファミリー(PagP) リピドAデアシラーゼPagL 透過性ファミリーポリン (NspA)
オートトランスポータードメイン (n=12、S=14)
FadL外膜タンパク質輸送体ファミリー、脂肪酸輸送体FadL (n=14、S=14) を含む
三量体ポリンとして知られる一般的な細菌ポリンファミリー (n=16、S=20))
マルトポリン(英語版)、またはシュガーポリン (sugar porins) (n=18、S= 22)
ヌクレオシド特異的ポリン (n=12、S=16)
外膜ホスホリパーゼA1 (n=12、S=16)
TonB依存受容体とそのプラグドメイン。それらは、リガンド依存性外膜チャネル (n=22、S=24) であり、コバラミン輸送体BtuB、Fe(III)-ピオケリン受容体FptA、受容体FepA、ヒドロキサメート鉄吸収受容体FhuA、輸送体FecA、およびピオバジン受容体FpvAを含む
外膜プロテアーゼOmpTおよびアドヘシン/インベイシンOpcAタンパク質を含む外膜タンパク質OpcAファミリー (n=10、S=12)
外膜タンパク質Gポリンファミリー (n=14、S=16)
注: nとSは、それぞれβストランド数とβバレルの「せん断数」である。
膜貫通型タンパク質には2つの基本的なタイプ、αへリックス型とβバレル型がある。αヘリックス型タンパク質は、細菌細胞の内膜や真核生物の原形質膜に存在し、時には外膜にも存在する。これは膜貫通型タンパク質の主要なカテゴリーである。ヒトでは、全タンパク質の27%がαへリックス膜タンパク質であると推定されている。βバレル型タンパク質は、これまでのところグラム陰性菌の外膜、グラム陽性菌の細胞壁、ミトコンドリアや葉緑体の外膜にしか存在しないか、あるいは膜孔形成毒素として分泌されることがある。すべてのβバレル膜貫通型タンパク質は、最も単純な上下のトポロジーを持っており、これは共通の進化の起源と同様のフォールディング(折り畳み)メカニズムを反映していると考えられる。
タンパク質ドメインに加えて、ペプチドによって形成された珍しい膜貫通要素も存在する。代表的な例は、二量体の膜貫通型βヘリックスを形成するペプチドであるグラミシジンA (Gramicidin A)である。このペプチドは、抗生物質としてグラム陽性菌によって分泌される。膜貫通型ポリプロリンIIヘリックスは、天然タンパク質では報告されていない。しかし、この構造は、特別に設計された人工ペプチドで実験的に観察されている。