大学病院
一方、指定管理者となった医科大学側としては、単に医師派遣をしている系列病院とは違って経営にも携わることになり、管理する病院は大学病院と系列病院の中間的な位置づけとなっている。このような病院は一部の私立医科大学が先行していたが、2008年(平成20年)には高知大学医学部が国立大学法人として初めて公立医療機関の指定管理者となり、広がりを見せ始めている。また、金沢医科大学氷見市民病院を設置する氷見市のように、条例で公立医療機関に指定管理者名を入れる自治体もある。
2015年(平成27年)4月1日より一部改正した医療法を施行した。これは近年、大学病院の臨床・教育・研究の3つの機能のうち、臨床の比重の高まりに伴って研究の低下が顕著になっており、教育病院化してしまうことを危惧した国が、臨床研究等の国際的競争力を持った病院(大学病院に限定せず)を改正された同法第四条の三第一項に基づいて「臨床研究中核病院」として承認するものである。
2015年(平成27年)9月28日公布の改正医療法 によって創設された地域医療連携推進法人に参画することを目的に、大学から大学病院を分離して別法人化することが2017年(平成29年)4月2日より可能になる。
大学病院は、文部科学省の管轄である大学の設置者(学校法人)が設置する病院であるが、病院を含む医療行政全般は厚生労働省の管轄であるため、両者の影響を大きく受ける。
その他としては自治医科大学が自治省(現:総務省)、産業医科大学が労働省(現:厚生労働省)の関与によって設立された学校法人が設置する医科大学であるため、それらの大学病院はこれらの省の関与もある。一方、防衛医科大学校は大学(学校)ではなく、防衛省の文教研修施設(省庁大学校)であるため、防衛医科大学校病院は防衛省の管轄である。