チェーザレ・ボルジア
グイチャルディーニは反乱が起こった理由について、「(反乱者は)チェーザレの際限のない支配欲を恐れ、反乱者達の領土が全て教会領に属することから、将来チェーザレから攻撃される可能性を恐れたため」としている。
反乱軍(「マジョーネ連合」)はウルビーノで決起して、旧ウルビーノ公国領土を制圧した。更にベンティヴォーリオ率いるボローニャが反乱に呼応して、チェーザレが滞在するイーモラへ向けて進軍した。反乱軍が制圧したウルビーノでグイドバルドが、カメリーノでジャンマリーノがそれぞれ当主に復帰した。10月17日にフォッソンブローネでオルシーニ軍がチェーザレ軍を打ち破り、チェーザレ軍のミケロット・コレッラ(英語版)は敗走、ウーゴ・ディ・カルドナ(スペイン語版)は捕虜となった。
当初の戦局を優位に進めた反乱軍であったが、反チェーザレを標榜した反乱軍内部の意思疎通は欠けていた。ヴィテロッツォやオルシーニ党がチェーザレ軍に属した時期にフィレンツェを攻撃した件をフランス王から弁明を求められたにも拘らずこれを黙殺したことから、フランスはチェーザレ側へと組した。
1501年5月、チェーザレはフィレンツェ共和国との国境沿いまで進軍したが、アレクサンデル6世の要請やルイ12世の仲裁もあってフィレンツェ攻略を断念し、資金面での提供を受けること等を条件として和約を結んだが、チェーザレがフィレンツェを去った後を任されたヴィテロッツォ・ヴィテッリは、フィレンツェ南方のキアーナ渓谷一帯を略奪すると共に同地区での反乱を煽動した。6月、ルイ12世の要請により、ナポリ王国攻略を目指すフランス軍にチェーザレは協定に基づいて参加した。カプアの攻撃を任されたチェーザレは、7月に陥落させた。なお、フランス軍は8月までにナポリ全土を征服しており、ナポリ王家(アラゴン家)は没落することとなった。
1501年9月、ナポリ王家の結びつきを背景としてローマ近郊に勢力を保っていたコロンナ家やサヴェッリ家が、アラゴン家の没落により影響力を失いつつあったことから、これらを駆逐するべく、チェーザレはカステル・ガンドルフォ等のコロンナ家の所領を攻撃してこれを征服し、ボルジア家(及び教皇領)の所領に組み入れた。同じく9月、フィレンツェの南にあるピオンビーノを攻撃してこれを征服した。12月、フェラーラ公アルフォンソ1世・デステとルクレツィアの結婚式が行われ、これによりフェラーラからの脅威が抑えられることとなった。1502年5月にピサ、6月にアレッツォを影響下に収めた。
1502年6月、チェーザレはそれまでの戦争で傭兵としてチェーザレ軍として従軍していたウルビーノ公国を電撃的に包囲した。ウルビーノ公グイドバルド・ダ・モンテフェルトロは抵抗することなくマントヴァへと落ち延び、チェーザレはウルビーノに入城した。