第五青函丸
工期も従来の半分の6ヵ月に短縮し、竣工予定の1943年(昭和18年)度末よりはるかに早い1943年(昭和18年)中に、竣工間近となった。しかし、船が浮き上がり過ぎ、車両積み込み時の横傾斜(当時建設中の函館有川の函館第3第4岸壁、青森第3岸壁の新型可動橋では4度まで許容、当時稼働中の在来型可動橋は1度50分程度まで許容)が、ヒーリング装置で補正してもなお8度に達し、これにより可動橋のねじれが過大となり、2軸貨車が3点支持となって脱線することが鉄道省/運輸通信省鉄道総局監督官の調査で判明した。これでは車両渡船としては使用できず、しかも二重底廃止で二重底への海水注入もかなわず、結局鉄道省/運輸通信省鉄道総局側からの提案で、ボイラー室前隣の、両舷にヒーリングタンクを抱える第3船艙を深水タンクに改造し、600トンの海水を入れ、さらに機械室後ろ隣の車軸室船底に150トンの砂利を積み込んで重量を確保し、どうにか使える形で完成させた。造船所もこれに懲り、W2(第六青函丸)以降はこのような過剰な軽量化は行われなかったが、第3船艙の深水タンクと車軸室のコンクリートブロックとなった死重は引き継がれた。
しかしその後のさらなる戦況の悪化により、W6(第十青函丸)までは戦時中に竣工できたが、W7(第十一青函丸)とW8(第十二青函丸)は建造中の浦賀船渠で終戦を迎え、H型もH1(石狩丸(初代))が三菱重工横浜造船所で建造中終戦を迎えた。それ以降のW型H型は着工には至らなかった。
しかし終戦約1年後の1946年(昭和21年)7月に至り、W型およびH型戦時標準船の基本設計を引き継ぎながら、二重底復活やボイラー6缶への増強などの改良を施した、W9(北見丸)とW10(日高丸(初代))のW型2隻と、H2(十勝丸(初代))とH3(渡島丸(初代))のH型2隻の建造がGHQに承認され、4隻とも1948年(昭和23年)に竣工している。
国鉄部内では、W型戦時標準船にこれら戦後新造のW型2隻も加え「青函型船」または「W型船」と呼び、石狩丸(初代)、十勝丸(初代)、渡島丸(初代)の3隻を「石狩型船」または「H型船」と呼んで分類する場合もあった。またボイラー6缶、煙突4本の車両渡船という括りで戦後建造された北見丸、日高丸(初代)、十勝丸(初代)、渡島丸(初代)の4隻を北見丸型と呼ぶこともあったが、H型はW型より車両積載数がワム換算2両少なく、これを明確にするため、北見丸、日高丸(初代)を北見丸型、十勝丸(初代)、渡島丸(初代)を十勝丸型と分類することもあった。この分類の曖昧さは、これら各船の多くが後述する大きな改修工事を重ね、属するグループが時期により異なったためと推察される。
車両甲板の船内軌道は可動橋と接続する船尾端では3線、中線はすぐ分岐し、車両甲板の大部分で4線となる第一青函丸以来の車両渡船の配線が踏襲され、従来通り左舷から順に船1番線~4番線と付番された。船内軌道船首側終点は、外側の船1番線と船4番線は第四青函丸と同位置であったが、内側の船2番線と船3番線は車両甲板船首中2階の部分甲板が縮小されたため、第四青函丸よりさらに約2m前方へ伸び、外側の2線より約4m前方に位置した。しかし積載車両数は第四青函丸と同じワム換算44両で、航海速力も同じ15.5ノットとされた。
第四青函丸までの車両甲板下は、錨鎖庫後ろに隣接する車両甲板下第1船艙第二甲板にあった機関部員居室、車両甲板船首部の普通船員用厨房・食堂、その中2階、部分甲板の甲板部員居室などが、第二甲板廃止に伴い、全て廃止され、船橋楼甲板の甲板室へ集約された。しかし甲板室の拡張はなく、高級船員を含む全船員の居住環境は著しく悪化した。
W型戦時標準船では、船底単底化の代償として第1船艙が隔壁で前後に2分割され、この2区画を前側から第1船艙、第2船艙とした。このため、その後ろに隣接する両舷にヒーリングタンクを抱えた従来の第2船艙は第3船艙となり、船体軽量化代償の深水タンクとなった。この後ろにはボイラー室、機械室、車軸室、操舵機室の各水密区画が続いた。
1944年(昭和19年) 3月30日 - 大本営政府連絡会議で承認報告され、前年12月公表の「改7線表」に盛り込まれた W6 12月23日 - 起工
1945年(昭和20年) 5月19日 - 竣工 6月1日 - 就航 7月14日 – 3時10分 99便として函館第4岸壁到着し貨車卸し後、5時05分発の92便として出航準備中の5時10分空襲警報と疎開命令を受け、貨車卸し空船とし上磯沖の分散疎開錨地へ向かうため5時50分同岸壁を離岸。6時05分函館港防波堤内でアメリカ軍機の爆撃を左舷船尾と左舷後部に受け、機械室、車軸室への浸水はなはだしく、右舷に傾斜しながらも、航路封鎖を避けるため防波堤外へ進み、6時30分、防波堤灯台北北西600mの防波堤外に右舷に50度傾いて沈没した。乗組員76名全員生存。
これらの実務は海軍省令第7号により「長さ50m以上の鋼船の主要資材の需給調整」と「海軍管理工場における造船修繕監督権行使 - これによる艦艇工事との競合調整」を海軍大臣直属の海軍艦政本部が、上記以外の船舶については引き続き逓信省外局の海務院が海軍大臣指揮下で担当した。
このように造船事業の管理権の一部を1941年(昭和16年)末には実質的に所管していた海軍艦政本部であったが、計画造船を全面的に推進するにはこの程度の管理権では不十分であると感じた。このため鋼船造船事業の管理主体を海軍に移し、海軍の力で造船に対する全面的国家統制と推進を行うこととし、1942年(昭和17年)7月29日、先の勅令第68号を改正した勅令第619号「昭和17年勅令第68号造船事務に関する所管等の戦時特例に関する件改正の件」を公布し、長さ50m以上の鋼船の造船、修繕、検査の監督事務の大部分と、長さ50m未満の船舶の主要資材需給も海軍の所管とし、海軍艦政本部がこれらの実務を担当することとした。
逓信省により1941年(昭和16年)12月に立案されていた戦時造船計画「第1次線表」は、このように造船事業管理権の一部を引継いだ海軍艦政本部により「改1線表」「改2線表」「改3線表」と改訂を重ね、1942年(昭和17年)4月「改4線表」として公表された。これが国家的に承認された最初の具体的な戦時造船計画であった。この「線表」とは工場ごとの建造日程の予定を線にしてカレンダーに書き込んだ図表で、海軍ではこれを「線表」と呼び、具体的な建造予定表の通称として広く用いていた。
「改4線表」に沿った商船大量建造のため、新規建造は海軍艦政本部選定の10種類の戦時標準船に限定され、それ以外の特殊目的の船は政府が認めたもののみ、その規格も政府が決める、とされた。