奇蹄目
従来の説においては、奇蹄目と偶蹄目は約6000万年前に顆節目を祖として分岐、進化したとされてきた。
しかし2006年、分子生物学の見地から、奇蹄目は食肉目、翼手目などと近縁とされ、ローラシア獣類の一目に位置づけられた。さらにその後複数の系統解析により、現生群の中では偶蹄目(鯨類も含む)に最も近縁であることが明らかになっている。奇蹄類と偶蹄類で真有蹄類(Euungulata) を成す。
絶滅した滑距目のマクラウケニアと南蹄目のトクソドンは、化石に残った分子情報による系統解析から、奇蹄目と姉妹群を成すことが明らかになっている。奇蹄目、南蹄目、滑距目などを纏めて「汎奇蹄類」(Panperissodactyla)とする分類が提唱されている。
臼歯のうち大臼歯は祖先的なグループでは丘状歯(ブノドント)であるが、より進化したグループでは畝状歯(ロフォドント)となっている。また、進化したグループでは、最前列を除く小臼歯が大臼歯とほぼ同じ形となっている。また進化につれ、高歯冠化が著しい。
胃は単室であるが、イヌやネコ、ヒトなど草食への特殊化をしていない単純な形態のものとは異なり、食道へと繋がる入口(噴門部)付近に憩室を備え、発酵室の機能を備えつつある傾向を持つ。下部消化管に関しては、結腸が発達し、食物を発酵・分解するためのタンクとしての役割を果たしている。また、結腸ほどではないが盲腸が長く発達している(ウマで約1.2m)。胆嚢が無いことも草食に適している。しかしながら大腸を発酵タンクとする方法は、反芻が行えない、肛門に近いため面積の確保が難しいなどのデメリットが挙げられる。また単胃で容量不足のため頻繁に採食しなければならず、反芻獣に比べて捕食されるリスクが大きいとの指摘もある。