神戸新交通ポートアイランド線
1月24日より、神戸税関前から市民病院前駅(現:みなとじま駅)までの暫定代替バスが運行、震災直後は15 - 30分、2月5日より増便され10 - 20分間隔で運行されていた。震災の混乱により周辺道路は渋滞が慢性化し、神戸大橋を渡るのに1時間近くかかることもあった。2月20日からは、停車場が神戸税関前から三宮駅前へと変更され、さらなる増便により朝ラッシュ時最短5分間隔の運行と運行時間帯の延長がなされた。3月27日からは、三宮駅前バス停ではさらなる増便に対応できなかったことから、停車場を市役所前へと変更し、朝ラッシュ時最短3分間隔の運行がされた。なお、ポートアイランドまでのバスはこれとは他にK-CAT行きのリムジンバスや航路があった。代替バスは、全線復旧する前日である7月30日をもって廃止した。
路線上で走行していた車両は、地震発生直後に急停車し車両自体に大きな損傷はなかったものの、駅施設関係では、高架橋や柱に大きな被害を受け、橋桁が落下したり桁ずれなどが発生した箇所もあった。特に国道2号線直下の橋桁は宙吊りになっていたほか、新港第4突堤の橋脚が余震のたびに傾斜が進んでいる状況であった。ポートアイランド内でも、液状化現象による基礎の損壊や地盤の軟弱化が確認された。また、車両基地でも損傷を受けたほか、三宮駅とポートターミナル駅では駅舎が傾斜、特に大きな損傷が見られた。案内軌条や電気設備にも大きく損傷した箇所があり、復旧には相当な日数がかかるとされた。
市内のJR神戸線を初めとした私鉄各線が、当初見込みを大幅に短縮して復旧されていく中で、ポートアイランド線は、全線高架構造で高さ30mに及ぶところもあり、安全上仮支柱で仮復旧させることができないこと、仮復旧で営業を始めると本復旧が困難になること、落下等による橋桁の損傷が激しかったこと、在来鉄道に比べて集電装置が小さく、ミリ単位の高い精度が要求されること、全線が高架で幅員の狭い構造物であるため、同時並行作業が困難であったことなどにより、大幅な工期短縮が困難であった。