五稜郭駅
コンテナ貨物と臨時の車扱貨物の取扱駅である。コンテナ貨物は、JR規格の12フィートコンテナ、20フィート・30フィートの大型コンテナ、ISO規格の20フィート・40フィート海上コンテナを取り扱う。取扱品は、発送貨物では野菜や紙、食料工業品、積合せ貨物(宅配便など)など、到着貨物では積合せ貨物、紙、薬品などが主なもの。駅における産業廃棄物の取扱許可を得ており、それらが入ったコンテナの取り扱いも可能である。
本線(1978年11月1日廃止) 鉄道工場前停留場 - 五稜郭駅前停留場
函館市交通局(現・函館市企業局交通部、函館市電)の五稜郭駅前停留場は、1955年(昭和30年)11月27日の鉄道工場前 - 当停留場間の路線延伸の際に開設された停留場である。所属は本線で、湯の川線始発ではない系統(1系統の五稜郭駅前始発、4系統)の始発であった。1978年(昭和53年)11月1日の本線の一部区間(当停留場 - ガス会社前間)廃止に伴い、亀田町・大野新道・鉄道工場前の各停留場と共に廃止され、後に本線は函館駅前までに短縮された。
当駅はJR北海道函館本線と道南いさりび鉄道線が乗り入れる。道南いさりび鉄道線の列車はすべてJR函館本線函館駅まで直通運転する。JR貨物は両路線における第二種鉄道事業(他者の線路を借り受けて運送)を行う。
札幌方面の特急「北斗」、新函館北斗発着の新幹線アクセス列車「はこだてライナー」の全列車が停車する。かつては優等列車の停車は一部のみだったが、のちに津軽海峡線(かつての海峡線経由の在来線系統)の快速・特急列車がすべて停車するようになり、函館本線の特急列車も停車列車が増加した。2002年(平成14年)12月1日のダイヤ改正で津軽海峡線の列車がすべて特急となり、停車列車が大幅に削減された。2013年(平成25年)11月1日のダイヤ修正で函館本線の特急がすべて停車するようになった。2016年(平成28年)3月26日の北海道新幹線開業に伴い、津軽海峡線の定期旅客列車の運行は終了し、当駅から本州方面へ直通する旅客列車はなくなった。