玄米
白米食と比べ、玄米食は糠を摂取することになることから、糠に含まれる栄養成分のほかにも、ヒ素などの健康に悪影響を及ぼしうる成分もより多く摂取しうる。ただしこうした成分が健康に害を及ぼすか否かは量による。日本においては、玄米の摂取による健康への害は報告されておらず、また長年の食用経験があることから、バランスの取れた食生活において健康に害を及ぼす食品とは考えられていない。
米は食事におけるヒ素の主要な摂取源として知られており、玄米にはより多くのヒ素が含まれる。米に含まれるヒ素の約9割は無機ヒ素であり、玄米と比べ白米ではヒ素量は約6割となる。農林水産省は、糠を落とすことでヒ素の摂取量を減らせるとする一方で、玄米は栄養面で優れた食品としており、「バランスの良い食生活を心がけていただければ、玄米やぬか漬けを食べていただいたとしても、食品を通じてヒ素を摂取することによる健康への問題はありません」と説明している。一方でスウェーデン食品庁(英語版)は、ヒ素の摂取量を減らす助言として、米を食べる時は常に玄米を選ぶべきでない(また米自体を毎日食べるべきでない)としている。
玄米の残留農薬の約8割は糠に含まれている。ただし愛知県衛生研究所によって1992年 - 2001年に実施された市販玄米150検体の調査では、食品衛生法の基準値を超えた例はなく、基準値に対する濃度は平均値7%、中央値3%と非常に少ない値であった。東京都健康安全研究センターによって1995年 - 2005年に実施された市販の日本産玄米252検体およびオーストラリア産玄米3検体の調査においても、食品衛生法の基準値および計算上の一日摂取許容量(ADI)を超える例はなく、通常の食事において問題とはならないと評価されている。
東南アジアの米品種は日本の現代の米品種に比べて糠層が薄いことが知られている(星川清親の調査によると、糠層の厚さに比例する糊粉層の平均層数は日本のモチ米(4.7層)、日本のウルチ米(4.4層)、ジャワ・スマトラ(3.1層)、フィリピン・ベトナム・ラオス(2.9層)、中国(2.7層)、インド・パキスタン(2.4層)であった)。
日本では籾摺り後の玄米を米選(米選機で小径の未熟米やクズ米を取り除く工程)して流通・保管することが一般的だが、東南アジアなどの長粒種地域では乾燥籾の状態で流通・保管することがほとんどで籾摺りと精米を行うことが多い。中小規模の施設や個人では小型の籾摺り精米一体機が使用されてきたが、米選の機構(あるいは米選の概念)がないため、不均一な状態のままの玄米を精米して食べることが多かった。しかし、嗜好の変化により、オーガニックの長粒種玄米の販売や玄米を小型の家庭用精米機で精米して食べる例もみられる。