X (ゲーム)
各ミッションはそれぞれ異なったクリア条件があり、それを満たすとミッションを完了できる。逆にゲームオーバー条件もあり、これに当てはまるとVIXIVのシールドが残っていてもゲームオーバーとなる。
遂行中に集めたアイテムは次のミッションに引き継げる(トレーニングモードからミッション1への引き継ぎも可能。またシールドは新たなミッションが始まるたびに全回復する)。それ以外の、基地や敵軍などの状態は次のミッションが始まるとリセットされる。そのため、1つのミッションで破壊したものが次のミッションでそのままになっていることは無い(各ミッションにしか無い物を除く)。
前作とシステムが幾つか変更された部分があり、例えば前作では☆の数がコンティニューで必要だったがRETURNSではセーブされた地点から条件無しで再開できるようになった他に、惑星間を繋ぐトンネルでは出口までに到達するには制限時間内で突破しないとゲームオーバーになる。金網の他に新たに三角錐のようなトラップも加えられた。敵も配置され、タイムロスとなる障害物となっている。舞台設定はゲームボーイ版『X』から20年後とされている。主人公や教官はコールドスリープに就いていた同一人物だという設定である。
一部の建造物をハッキングするとその情報を読み取ることが可能で、攻略のヒントやストーリーの背景を窺い知る事ができる。