奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
沖縄島北部においては、登録範囲の南東面(伊湯岳南東麓)で全長約25キロメートルにわたり緩衝地帯が設定されていない。一帯は在日米軍の北部訓練場残余地のため治外法権により立ち入りが制限されており、実質的に緩衝地帯の代用を果たしている。また隣接地は福地川に設けられた福地ダムによる福上湖(ダム湖)の貯水水位が各支流にまで入り込み、完全に自然な状態での水辺環境が保たれていないが、険しい地形もあり開発の手が及ばないため緩衝地帯にはなっていない。
西表島は南東部の大原港から北西部の白浜港を結ぶ沖縄県道215号白浜南風見線沿道の海岸線と集落地域を除き、島の約9割が登録範囲という濃密さで(そのため上掲地図からは割愛)、緩衝地帯がわずかに付随する。島の南部から西部にかけては海岸まで登録範囲であり、緩衝地帯が設定されていない。