万寿寺 (大分市)
このうち、1586年(天正14年)には、島津軍の豊後侵入(豊薩合戦)により、府内の街もろとも焼失し、その後長らく再建されることはなかった。なお、信頼性に劣る資料であるが、江戸時代の軍記物『両豊記』によれば、1570年(元亀元年)正月に、嫌疑をかけられた大友家の家臣を万寿寺がかくまったため、大友義鎮(宗麟)が万寿寺を焼き払うよう下知したという。また、『大友記』でも、キリスト教に改宗した義鎮(宗麟)が魔宗である豊後国中の大寺、大社を破却するように命じ、万寿寺に火をかけたとしている。
中世の府内中心部に位置する大友氏館跡及び旧万寿寺跡は近年発掘調査が進んでおり、旧万寿寺の遺構からは、「紅地金襴手宝相華文碗」(こうじきんらんでほうそうげもんわん、国内初出土)や「褐釉陶器水注」(かつゆうとうきすいちゅう、国内で2例目の出土)といった希少な陶磁器等が発掘されている。2005年(平成17年)には、すでに国の史跡に指定されていた大友氏館跡に、万寿寺跡が追加指定されるとともに、史跡の名称が大友氏遺跡に変更されている。