マグロ
マグロは長距離を遊泳すること、大型の魚で成熟に時間が掛かること、小さな傷が死につながるほど皮膚が弱いことなどがあり、捕獲したマグロの稚魚や若魚を養殖する「蓄養」が中心で、卵から成魚まで育てる「完全養殖」の技術確立が急がれている。
マグロ価格高騰と天然物の漁獲量低下の追い風もあり、蓄養による養殖の出荷量は増加している。低コスト化・安全性向上の他、トロの割合を多くし価値を高める研究も行われている。クロマグロの蓄養は、幼魚が黒潮に乗って回遊してくる西日本各地で行われている。蓄養マグロの出荷量は、1位の鹿児島県が2位の長崎県以下を大きく引き離している。完全養殖による生産は始まったばかりであり、現在流通している養殖のマグロはほぼ蓄養によるものである。これに対し(前述の乱獲問題にも連なるが)、稚魚の乱獲になるという批判もある。
メチル水銀の場合アメリカのアメリカ食品医薬品局 (FDA) は、2003年に妊婦や授乳中の女性および子供のマグロ摂取量制限の勧告を行っている(6オンス=約170 g/週)。ニューヨーク市では、2007年、幾つかの寿司料理店において基準値を超す水銀が検出されたが、世界で水銀汚染が進んでいるということではなく、健康被害はないものの調査研究を行うこととなっている。
それらの騒ぎが発生する前に、厚生労働省による見解が2003年と2005年に示されている。2003年の発表において海外の調査報告が行われ、2005年の発表では妊婦の摂取に関して言及している。そこでは便宜的にメチル水銀を単に水銀と表記している。
欧州食品安全機関 (EFSA) は、2014年12月19日『魚介類/水産物中のメチル水銀 (methylmercury) のリスクと比較した魚介類/水産物摂取の便益に関する声明書』を採択し、その声明のなかで「出生前の神経発達の毒性に基づき、メチル水銀のTWIである1.3μg/kg体重/週を設定した。また、幼児、小児及び妊娠可能年齢の女性については、メチル水銀含有量の少ない魚種の摂取を増やすことによって魚食の便益を得ることが望ましい」などとした。