恵比寿駅
埼京線の列車が当駅を終着駅としていた時期は(ATOS未導入の時期でもある)、埼京線各駅において当駅行の電車を「渋谷方面恵比寿行き」という言い回しで案内していた。また、3番線を乗車専用、4番線を降車専用(ホリデー快速を除く)としていたが、湘南新宿ラインの運転開始に伴って目黒方にホームが延伸され、乗車・降車専用の扱いはなくなった。
サッポロビール恵比寿工場が付近にあった時は貨物扱い施設も設置されていた。工場の廃止後、埼京線延長前の1987年から1993年頃までこの施設を利用して行楽シーズンに九州や北海道方面へのカートレインが発着していた(後に浜松町駅発着に変更)。サッポロビール恵比寿工場の跡地は再開発され恵比寿ガーデンプレイスとなった。
自動券売機、多機能券売機、指定席券売機が設置されている。なお、1995年11月から導入されている、JR東日本の傾斜式・タッチパネル式自動券売機については、当駅東口が最初の導入場所だった。導入当初はディスプレイが小さい四角形で、かつ目の不自由な利用者のためのテンキーが設置されていなかったが、後の小改良で設置された。また、同じタイプのボタン式自動券売機も設置されていた。2010年時点では、ディスプレイが大きい四角形のものに交換されている。
1901年(明治34年)2月25日:日本鉄道の貨物駅として開業。ビール出荷専用の駅であった。
1906年(明治39年) 4月16日:約300 m渋谷駅側に移転。 10月30日:旅客営業開始。 11月1日:日本鉄道が国有化、官設鉄道の駅となる。
1909年(明治42年)10月12日:線路名称制定により山手線の所属となる。
1927年(昭和2年)3月29日:玉川電気鉄道(後に都電へ併合)の恵比寿駅前電停が開業。
1945年(昭和20年)5月24日:太平洋戦争中に空襲を受け、駅舎が全焼。
1964年(昭和39年)3月25日:帝都高速度交通営団(営団地下鉄)日比谷線の駅が開業。
1967年(昭和42年)12月9日:都電恵比寿駅前電停が廃止。
1974年(昭和49年)7月1日:営団地下鉄日比谷線の駅に自動改札機を設置。
1982年(昭和57年)11月15日:国鉄恵比寿駅の貨物取り扱いを廃止。同時にサッポロビール東京工場専用線も廃止。
1986年(昭和61年)11月1日:カートレインの発着駅が汐留駅から変更される。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化に伴い、国鉄の駅は東日本旅客鉄道(JR東日本)の駅(山手線所属)となる。
1990年(平成2年) 11月17日:JR東日本の東口に自動改札機を設置。
同曲は、2004年10月21日から12月25日までの間にも、期間限定で使用されていたが、編曲は現在のものと異なっていた。
2007年(平成19年)3月18日:東京地下鉄でICカード「PASMO」の利用が可能となる。
2008年(平成20年)2月25日:カラー電子ペーパーを使用した広告実験を開始。
2010年(平成22年)6月26日:山手線ホームで、JRグループの在来線としては史上初となる可動式ホームドアの使用を開始。
2013年(平成25年)11月15日・11月22日:駅ビル「アトレ恵比寿」の3階がリニューアル。
2014年(平成26年)10月:駅ビル「アトレ恵比寿」の5階がリニューアル。
2016年(平成28年)4月15日:駅ビル「アトレ恵比寿西館」が開業。駅ビル「アトレ恵比寿本館」がリニューアル。
2018年(平成30年)2月 - 5月:駅ビル「アトレ恵比寿」がリニューアル。
2020年(令和2年) 2月7日:日比谷線ホームに発車メロディを導入。 6月6日:日比谷線ダイヤ改正より、THライナーが当駅終着で設定される。
2021年(令和3年)2月1日:JR東日本の駅が業務委託化。
2023年(令和5年) 1月27日:東京メトロの定期券発売所が営業を終了。 8月31日:みどりの窓口の営業を終了。
JR東日本ステーションサービスが駅業務を受託している渋谷駅管理の業務委託駅。
山手線と埼京線・湘南新宿ライン(山手貨物線)でそれぞれ島式ホーム1面2線ずつ、2面4線を有する高架駅である。
ホーム上の大部分は駅ビル「アトレ恵比寿」に覆われており、1階に西口、3階に東口、それぞれの改札口が設置されている。なお、現行の駅舎が建設される前は、西口・東口とも地平部に駅舎があり、東口とホームは山手貨物線を跨ぐ橋で連絡していた。
エスカレーターは改札内コンコースとホームを連絡するほか、東口には出入口と改札外コンコースを連絡するものも設置されている。エレベーターは西口改札内コンコースとホームを連絡している。
2010年6月26日初電より、山手線ホームにてJR東日本の在来線としては初となるホームドアの運用が開始されている。なお、7号車・10号車部分は当時一部のE231系編成で6ドア車が4ドア車に変更されていなかったため、全編成が4ドア車に変更された後に設置された。
発車案内の上部に列車の現在位置を表示する大型の液晶ディスプレイが2006年10月から2007年2月まで試験的に設置されていた。試験終了後は改札口付近に異常時の運行情報を表示するものとして移設されている。