北見丸
22時17分には前方で錨泊中の十勝丸(初代)から無線電話で、「本船浸水はなはだしくなり、缶も焚けず、電気も消え、沈没寸前にあり、本船に近寄るな」との連絡が入り、風波のため操船が思うようにできない日高丸(初代)は、この前方の十勝丸(初代)を避航できそうにないため、22時25分、 防波堤外の西防波堤灯台から磁方位西約0.9海里付近に錨泊。右舷錨を投錨中、左舷側方50m付近に船首部船底を海面上に出して転覆している沈船(後に第十一青函丸と判明)を発見、全速後進して錨鎖を全長の250mまで伸ばしきってこれを避けた。
しかしこの沈船に接近し過ぎるため、機関を使用して船首を風波に立てることができず、浸水量はますます増加し、横傾斜は右舷約20度で、船首が若干突込み体勢となり、使用可能缶も2缶となった。防波堤内に戻るも、七重浜に座礁させるもボイラー使用可能なうちの揚錨が必要なため、23時00分、錨を捨てる決断をし、23時35分頃、錨鎖庫の止め金具を外して錨鎖切断し、機関全速前進発令したが既に機関は停止状態であった。これと前後する23時34分、SOSを発信し、全員退船命令が発せられ、23時43分頃、積載車両右舷側へ転倒とともに右舷へ転覆、沈没、函館港西防波堤灯台より真方位264度1530m、水深20mの地点であった。乗組員76名中56名が亡くなった
従来から、ボイラー室、機械室、車軸室、操舵機室の間の3枚の水密隔壁には交通用の開口が設けられており、非常時にはこれらを閉鎖する手動式水密辷戸(すべりど)が設置されていたが、増設された前後部ボイラー室間の水密隔壁にも水密辷戸が設置され、計4ヵ所となった。この開閉を手動式から操舵室からも遠隔操作で開閉可能な電動式に改められたが、1955年(昭和30年)5月11日に発生した紫雲丸事件を受け、機械室の前後(後部ボイラー室と車軸室)の隔壁には発電機停止による交流電源喪失時にも、蓄電池で駆動できる直流電動機直接駆動方式水密辷戸が設置され、残る2ヵ所は檜山丸型と同じ交流電動機直接駆動方式水密辷戸が設置された。
車両甲板面の水密性向上のため、車両甲板の石炭積込口を含む機関室への開口部の敷居の高さを61cm以上に嵩上げのうえ、鋼製の防水蓋や防水扉を設置し、車両甲板から機関室への通風口も閉鎖して電動通風とし、発電機も250kVA 2台に増強のうえ、容易に水没しないよう機械室中段に設置した。車両甲板船尾側面には放水口が設置され、船尾扉はなく、入渠甲板も設置されなかった。
同時期、ほぼ同様の修復工事を受けた十勝丸(初代)と同じく、操舵室を含む甲板室前面は各層とも前方に丸みを持たせ、一層ごと後退する形とし、船体塗装でも外舷上部も白く塗装されたため、檜山丸型を4本煙突にしたような印象となった。車両積載数はワム46両のままで、1956年(昭和31年)4月1日 再就航した。なお、船尾損傷の激しかった十勝丸(初代)では2枚舵で修復されたが、日高丸では1枚舵のままで、汽動式の操舵機が引き続き使用された。日高丸(初代)は十勝丸(初代)とともに、津軽丸型7隻就航後の、青函連絡船最盛期まで運航され、1969年(昭和44年)9月20日終航となった。