東日本旅客鉄道新幹線統括本部
国鉄時代、東海道新幹線と山陽新幹線を管轄していた新幹線総局の組織肥大化が問題視されていたことから、東北新幹線ならびに上越新幹線の開業にあたっては、輸送指令業務のみ国鉄本社直轄の東北・上越新幹線総合指令本部が所管し、それ以外の施設ならびに現業機関を各区間に対応する在来線所管の鉄道管理局の管轄とした。国鉄分割民営化によって両路線を引き継いだJR東日本においてもこの体制を踏襲し、輸送指令のみ新幹線運行本部が、施設・現業機関は各区間に対応する在来線所管支社が管轄することになり、民営化後に開業した北陸新幹線に対しても同様の扱いが採られた。
しかし民営化から30年以上を経てこの体制を大きく見直すことになり、リスク対応力向上、人材育成、新幹線特有の技術の維持・向上、迅速な意思決定を目的として、2019年(平成31年)4月1日付で、本社ならびに各支社の新幹線部門と、新幹線運行本部を統合し、本組織が発足した。
これによりJR東日本の新幹線路線についても、駅施設の管理・営業業務は在来線所管支社が主導する一方で、それ以外の新幹線に関わる業務は新幹線専門の組織が主導する、東海道・山陽・九州新幹線同様の体制へと移行する。