キモトリプシン
初めは爆発的な段階で、次は安定な段階というミカエリス・メンテン式に従う反応である。またこれはピンポン機構とも呼ばれる。この反応は基質のアシル化が進み、アシル基 - 酵素複合体という反応中間体が形成される。その後、脱アシル化が進み、酵素は元に戻る。これは触媒三残基とともにある時に反応が起こる。アスパラギン酸とヒスチジンのN-δ位の水素原子の間の水素結合によってε位の窒素原子のpKaが上がり、セリンが脱プロトン化できるようになる。このためセリンの側鎖が求核剤として働き、タンパク質の主鎖にある電子不足であるカルボニル基の炭素原子に結合することができるようになる。イオン化されたカルボニル基の酸素は主鎖の2つの水素原子による水素結合により安定化される。この反応はオキシアニオンホール(英語版)内で起こる。これにより四面体付加が起こり、ペプチド結合が開裂する。セリンに結合したアシル - 酵素複合体は、開裂して新たにできたタンパク質のN末端と結合し、セリンから離れる。反応の第2段階では、水分子が塩基性のヒスチジンに活性化されて求核剤として働くようになる。水分子中の酸素原子がセリンに結合したアシル基のうちのカルボニル基の炭素を攻撃すると、第二の四面体付加が起こって、セリンのヒドロキシ基が再生する。そして、プロトンが解放され、同時にタンパク質が新たにできたC末端と結合する。