証如
その後、本願寺勢は畠山義堯を滅ぼし、河内国で滞陣中の三好元長を襲撃する。更に三好元長を堺まで追い立てて敗死させたものの、蜂起した門徒は暴走を続けて大和国へ乱入し、興福寺の塔頭などへも襲撃を行った。本願寺勢と晴元勢との戦闘も各地で発生し、目的以上の破壊力を保持した一向一揆を恐れた晴元は、7月に本願寺と決別して京都の日蓮宗教団や六角定頼、室町幕府将軍の足利義晴と手を結び、証如と敵対した。証如は室町幕府から謀反人と認定され、天文に改元後の8月24日には当時の本願寺の本拠地であった山科本願寺が六角勢と法華宗徒によって攻撃され焼亡した(山科本願寺の戦い)。
山科本願寺を追われた証如は、居所を大坂御坊へ移して大坂本願寺とし、新たな教団の本拠地とした。一方で、細川晴元との争いは天文4年(1535年)11月まで続いた。本願寺勢は内衆下間頼秀を中心に各地の坊主衆や門徒衆で構成され激しい合戦を行った。天文4年9月に入ると、後奈良天皇の意向などもあり和睦交渉が進展、同年11月末から翌年11月にかけて本願寺と対立していた諸勢力と和議が結ばれた。証如は義晴からも赦免され、自身の地位も保持することができたが、敵対した勢力へ多額の賠償金を支払わなければならなかった。また、享禄の錯乱以降、軍事面を主導した下間頼秀、頼盛兄弟も追放された。
その後は晴元の養女(三条公頼の三女・如春尼。