湘南新宿ライン
列車特定区間の規定における運賃計算経路の選択 赤羽駅以遠(川口駅方面) - 池袋駅以遠(目白駅方面)の各駅との相互間は、湘南新宿ライン乗車(東北本線及び山手線経由)でも途中下車しない場合は、赤羽線(埼京線)経由で運賃及び料金を計算できる。普通運賃及び料金は電車大環状線の規定が適用されるため、湘南新宿ラインでは実質定期運賃のみに適用される規定である。旅客営業規則には記載がないため、原則通り田端駅経由の定期券を購入することもできる(この場合湘南新宿ラインと京浜東北線・山手線に加えて埼京線にも乗車でき、東十条駅 - 大塚駅の各駅でも乗降できるが、十条駅・板橋駅での乗降はできない)。
特定分岐区間の規定に基づく、区間外乗車を認める特例 西大井駅以遠(武蔵小杉駅方面) - 品川駅以遠(高輪ゲートウェイ駅方面)の各駅との相互間の乗車券において、分岐駅(品川駅)を通過する列車(湘南新宿ライン)に乗車する場合に、大崎駅で途中下車をしない限り大崎駅 - 品川駅間の乗車が認められる。この場合、区間外となる大崎駅 - 品川駅間は運賃計算に含めない。
大崎駅と横須賀線の間に短絡線を新設し平面交差を解消する構想。2007年1月に環境アセスメント計画書を提出、2007年3月に審査意見書を受け付けている。
新前橋電車区(現在の高崎車両センター)所属車両(10両編成/15両編成)が宇都宮線 - 横須賀線直通列車と高崎線 - 東海道線直通列車の両方に使用された。全列車がE231系化された2004年10月16日のダイヤ改正で撤退した。運用時にはE231系とは違い「○○線直通」が先頭車の前面上部のみに表示されていたほか、字幕式の行先表示器を使用していたことから快速などに使われる「新宿経由」の赤文字が側面のみに表示されていた。
工事などの理由で大宮駅 - 大船駅間の直通運転が中止された際は、田町電車区(のち田町車両センターを経て、現在の東京総合車両センター田町センター)所属の211系が新宿駅 - 東海道線区間の運転を行ったことがある。