チャイロサナギガイ
本種のなかには隠蔽種が含まれている可能性もあり、将来は複数の種に分けられるかも知れない。殻口の歯の数や強さ、殻の大きさや厚さ、その他に変異があり、各地のものに複数の変種名や亜種名が付けられてきたが、それらの多くは後にチャイロサナギガイの単なる変異型と見なされて異名とされた。しかしそのうちの一つ Pupilla pratensis (Clessin, 1871) は詳細な形態比較やミトコンドリアDNA(COI・CytB)を用いた分子系統解析からチャイロサナギガイとは独立した別種であることが明らかにされた。その結果、従来チャイロサナギガイとして報告されているもののうち、湿度の高い環境に棲息するやや大型のものは P. pratensis である可能性があるとされるが、永く混同されて来たために正確な分布範囲はまだ十分にわかっていない。
他にも北米のチャイロサナギガイでは殻口に歯のないものが圧倒的に多いことなど欧州産とは異なる傾向もあり、分子を用いた再比較が望まれるとともに、中欧の第四紀から多く報告されている化石亜種 Pupilla muscorum densegyrata Lozek, 1954 なども詳細な形態比較の必要性が指摘されている。
その他の Pupilla 属の種にもチャイロサナギガイによく似た種類が多く、それらとの系統関係も十分には明らかになっていない。