バスタ新宿
三島エクスプレス:三島駅・大平車庫行(東海バスオレンジシャトル・東海バス)
御殿場プレミアム新宿号:御殿場プレミアム・アウトレット行(小田急ハイウェイバス)
伊勢・鳥羽線:近鉄四日市・津駅前・松阪駅前・鳥羽バスセンター行(西武観光バス・三重交通・三交伊勢志摩交通)
WILLER EXPRESS:名古屋駅行、名古屋南ささしまライブ行(WILLER EXPRESS・ベイラインエクスプレス・ニュープリンス高速バス)
WILLER EXPRESS:東岡崎駅南口・名古屋駅・長島リゾート行(ベイラインエクスプレス)
WILLER EXPRESS:近鉄四日市駅・白子駅西口・津駅東口・松阪駅北口・伊勢市駅前行(ベイラインエクスプレス)
グレースライナー:名古屋南ささしまライブ行(グレース観光)
アミー号:名古屋南ささしまライブ行(武井観光)
NETWORK:名古屋南ささしまライブ行(泉観光バス)
さくら高速バス:東岡崎・三河豊田・金山・名古屋南ささしまライブ行(桜交通・AT LINER)
散策バス:金山・名古屋南ささしまライブ行(AT LINER)
キラキラ号:名古屋南ささしまライブ行(桜交通)
キラキラ号:浜松駅行(桜交通)
ミルキーウェイエクスプレス:名古屋南ささしまライブ行(さくら観光バス)
VIPライナー:名古屋VIPラウンジ行(平成エンタープライズ)
JAMJAMライナー:豊橋駅東口・名古屋南ささしまライブ・近鉄四日市駅西口・白子駅西口行、東岡崎・名古屋南ささしまライブ行(ジャムジャムエクスプレス)
ゴーゴーライナー:名古屋南ささしまライブ行(ユタカコーポレーション)
3階にはロータリーがあり、タクシー乗車場が3台分、降車場が2台分、タクシープールが30台分設けられている。これに伴い、国道20号上のタクシー乗車場は廃止された。また、新宿4丁目交差点から西新宿1丁目の間は終日駐停車禁止となり、タクシーの乗降ができなくなった。
国道20号上には、新宿4丁目方面からの車両に対しては道路の左側に、西新宿1丁目方面からの車両に対しては中央分離帯に、それぞれタクシープールの満空表示器が設置されており、バスタ新宿に進入する前にタクシープールの空き状況が分かる。また、タクシープールの先頭車両の位置にはモニターがあり、乗車場の状況が確認できる。
長野線:長野バスターミナル・長野駅行・善光寺大門・ホテル国際21行(京王バス・アルピコ交通)
さわやか信州号:上高地行(京王バス・アルピコ交通) 季節運行
長岡・新潟線:長岡駅東口・新潟駅前・万代シテイバスセンター行・佐渡汽船ターミナル行(越後交通・新潟交通)
上越線:柏崎駅前・高田駅前・直江津駅前行(西武バス)
千曲線(軽井沢線・佐久線・上田線):富岡・軽井沢駅前行・軽井沢プリンスホテルスキー場行、佐久インター南・佐久平駅前・中込橋場・駅入口・臼田行、富岡・佐久インター南・上田駅前・上田営業所行(西武観光バス・千曲バス) 軽井沢プリンスホテルスキー場へは冬季のみ運行。冬季以外は軽井沢駅前止まり
WILLER EXPRESS:長岡駅大手口・燕三条駅三条口・新潟大学前・新潟駅南口行(WILLER EXPRESS)
WILLER EXPRESS:東部湯の丸サービスエリア・長野駅東口行(WILLER EXPRESS)
アミー号:長岡駅大手口・新潟駅行(ウエスト観光バス)
NETWORK:新潟駅南・新発田駅・月岡温泉・五頭温泉郷行(泉観光バス)
花バス観光:トラビス駒ヶ根インター・トラビス飯田インター行、トラビス諏訪インター・松本駅お城口・トラビス安曇野行、アンビエント蓼科行、清里駅・野辺山駅行(トラビスジャパン)
花バス観光:トラビス佐久インター・上田駅温泉口・西上田行、上信越道屋代・トラビス長野インター・トラビス須坂インター行(トラビスジャパン)
キラキラ号:長岡駅大手口・燕三条駅三条口・新潟駅南口行(桜交通)
どっとこむライナー:軽井沢駅北口・長野駅・昌栄交通 須坂インター・ターミナル行(昌栄交通)