フランスのマルタ占領
騎士団の評議会は、最終的に停戦を求めることに決めた。当初バタヴィア共和国領事ド・フレモーがフランス軍に書簡を届けることになったが、高齢だったため、代わりに部下のメランが、6月11日9時にフランス艦隊の旗艦ロリアンに停戦を求める書簡を届けた。彼はナポレオンから使者を送る旨の言質をとって帰還し、12時ごろにジュノー将軍が少数の代表団を率いてやってきた。彼の元には親フランス派の騎士が集まり、その中には投獄され間もなく脱走したRansijatもいた。
ホンペシュと評議会員は代表団を受け入れ、交渉のために24時間の休戦を結ぶとともに、交渉の続きをロリアン上で行うことに同意した。6月12日、ナポレオンと騎士団の代表団は、騎士団がヴァレッタと諸要塞を降伏させてマルタの支配権をフランスに譲る、という協定に署名した。フランス側は、総長に代償として公国を与えること、騎士やマルタ人の私有財産を尊重することを約束した。
フランス軍の上陸が成功すると、マルタの中枢グランド・ハーバー沿いのヴァレッタやコットネラには動揺と混乱、そして不満が広がった。総長と評議会、数名の騎士たちはヴァレッタのマルタ騎士団総長館にこもって協議を続けていた。聖職者たちは聖パウロの像を掲げて、慈悲を求める祈りを捧げながら練り歩いた。街中では、フランス軍侵攻への関与を疑われた2人のフランス人が殺された。奴隷の牢獄でも収監されていた囚人たちが恐怖にかられ、暴動を起こした。またコットネラでは2人の若い騎士が殺害される事件が起き、騎士団はマルタ人が騎士団に対し反乱を起こす恐怖にも駆られることになった。
街は親フランス派と反フランス派で真っ二つに割れた。騎士団内でも一部のフランス人団員は共和主義を学び、ナポレオンを支持していた。騎士団の指揮官の一人で財務長官も務めていたJean de Bosredon de Ransijatは、フランス軍と戦う意思がなく、個人的に中立の立場をとるなどという書簡をホンペシュ総長に送ったため、聖アンジェロ砦に投獄された。またナポレオンと和平を結ぶようホンペシュに圧力をかける団員もおり、マルタ人の代表も総長に停戦するよう陳情してきた。
一方、グランド・ハーバー沿岸の諸要塞はフランス軍への抵抗を続けていた。リカソリ砦とマノエル砦は何度も攻撃に耐え、騎士団が降伏するまで戦い抜いた。フランス軍は6月11日と12日にティニエ砦に繰り返し砲撃を仕掛けた。守備兵は防戦を続けたが、すでに水面下で騎士団幹部とフランス軍が交渉に入っていることを知らなかった。ティニエ砦は12日から13日にかけての夜に放棄され、間もなくフランス軍に占領された。