足利義昭
一方、義昭は二条御所に数千の兵とともに籠城し、動く気配を見せなかった(二条御所の戦い)。
3月30日、義昭は先制攻撃を仕掛け、信長の京都奉行である村井貞勝の屋敷を包囲させた。貞勝は辛くも脱出したが、信長はなおも講和を求め、義昭の赦免が得られるなら、息子の信忠とともに出家し、武器を携えずに謁見すると申し出た。
4月1日、信長は吉田兼和を呼び出し、義昭の行動に関して、御所や公家衆はどう思っているか尋ねた。兼和は信長に対し、致し方ないことだと思っている旨を述べた。
4月2日、信長は柴田勝家らに命じ、下賀茂から嵯峨に至るまでの128ヶ所を焼き払わせた。このとき、信長から御所に和平交渉の使者が派遣されたが、義昭は拒絶した。
4月3日夜から4日にかけて、信長はさらに上京の二条から北部を焼き払わせた(上京焼き討ち)。その結果、焼け出された市民が避難し、大井川で多数溺死した。さらに、信長は二条御所の周囲に4つの砦を築き、その糧道を断ち、城兵の戦意を喪失させた。
信長は義昭に降伏を勧告するため、朝廷を動かし、勅命による講和を義昭に求めた。義昭は進退窮まった結果、朝廷を頼り、正親町天皇の勅命講和を求めざるを得なかった。両者の間を斡旋したのは、関白・二条晴良ら3人の公家であった。
4月7日、義昭と信長は正親町天皇の勅命により、講和した。翌8日、信長は義昭に謁見することなく、京都を出発し、岐阜へと帰還した。一方、義昭が頼りにしていた武田信玄は病のため、4月12日に本国に引き上げる帰途で死去していた。
飯尾昭連
石川昭光
一色昭国
一色昭孝(秋孝とも、のち唐橋在通に改名、唐橋在数の孫か)
一色昭辰
一色昭信
一色昭秀
大舘昭氏
大舘昭長
京極昭成
朽木昭貞(三淵昭貞)
朽木昭知(三淵昭知)
朽木昭長(三淵昭長)
渋川昭直
宗昭景(義智)
畠山昭賢
畠山昭清
細川昭賢
細川昭経
細川昭元
真木島昭重
真木島昭光
大友義統
大友義乗
島津義珍(義弘)
宗義純
山名義親(昭豊)
三好義堅(十河存保)
大和では、多聞山城城主・松永久秀に一国の支配が委ねられた。山城国には守護を置かず、三淵藤英を伏見に配置するなどして治めた。これらの守護補任は三好氏による京都侵攻を阻止するため、軍事的に非常に大きな意味を持った。
義昭は二条昭実(二条晴良の嫡子)らに自身の偏諱を与えたほか、領地を安堵し、政権の安定を計った。幕府の治世の実務には、兄の義輝と同じく摂津晴門を政所執事に起用し、義昭と行動を供にしていた奉行衆も職務に復帰して幕府の機能を再興した。また、義昭は伊勢氏当主も義栄に出仕した伊勢貞為を廃し、弟の貞興に代えさせて仕えさせた。また、当時の記録(『言継卿記』・『細川両家記』など)には、義昭期の奉公衆として三淵藤英・細川藤孝・和田惟政・上野秀政・曽我助乗・伊丹親興・池田勝正の名前が確認できる。さらに、兄の義輝が持っていた山城の御料所も掌握した。
このように幕府の再興を見て、島津義久は喜入季久を上洛させて黄金100両を献上して祝意を表したほか、相良義陽や毛利元就らも料所の進上を行っている。
11月、義昭は近衛前久を、兄・義輝の殺害及び足利義栄の将軍襲職に便宜を働いた容疑で追放し、12月に二条晴良を関白に復職させた。他方、近衛家は義昭の生母であった慶寿院以来、将軍の御台所を輩出してきたが、前久追放による関係の冷却化によって正室を迎えることが出来なくなった。