第2次伊藤内閣
伊藤は2度の内閣で森と井上それぞれの教育政策を支持、実学を通した人材育成を重視したが、官僚養成機関である帝国大学にも目を向け、1893年2月の和衷協同詔勅で行政改革が約束されたのを機に帝国大学と私立法学校卒業生が進む官僚への道を改めた。10月に文官任用令を制定してどちらの大学生も官僚になるには高等文官試験を受けるべきとし(それまで帝国大学は無試験で官僚に採用された)、試験に合格しても試補という資格で3年間試用期間を過ごす慣習を廃止し、合格者は直ちに官僚になる、辞職した官僚も政府に再登用される余地を残す(資格任用)など官僚採用枠を広げる制度を推し進めた。それでも帝国大学から猛反発を受け1894年に学生がボイコットする騒動が起きるが、1895年以降試験は実施されて順調に滑り出し、西園寺公望文相による京都帝国大学設置提案(1897年(明治40年)6月に創立)もあって官界の門戸は拡大していった。
一方の対外硬派は団結をすすめ、1896年3月1日、改進党を中心に進歩党(大隈重信党首)を結成した(国民協会は参加せず)。
4月14日には自由党の板垣総裁が内務大臣として入閣、星元議長が駐米大使となり、その他内務省ポストに自由党人が就任するなど、自由党の与党化が進んだ。更に、大隈党首の外相就任による進歩党の与党化も図ったが、板垣が反発する。更に政府内でも、政党との連携を快く思わない勢力が山縣元法相を中心に反発を強めていた。また、松方元蔵相を筆頭とする薩摩閥も進歩党と提携して、伊藤と反目した。伊藤はこれ以上の政権維持は困難であるとみて8月31日に辞職した。伊藤の辞職後は黒田枢密院議長が臨時首相を務め、9月18日に松方が首相復帰、進歩党を与党に迎えて第2次松方内閣が成立する。
結局、井上毅が詔勅による政府と議会の和睦の呼びかけにより事態打開を狙うべきとの提言が採用され、2月10日、明治天皇より「和衷協同」詔勅が出される。その後、内廷費300万円と官吏の俸禄1割削減を条件に政府と議会は妥協を成立させ、改めて両者協議の末に歳出8113万円に訂正した予算案を通過させ、28日に閉会、軍艦建造費を確保した政府と発言権を拡大した議会の痛み分けに終わった。
以降、伊藤は民党と連携し、議会に地盤を築くことが安定的な政権運営には不可欠であると認識し、とりわけ自由党(板垣退助総裁)との接近を模索する。自由党側も、単なる政府批判を不毛と考え、板垣総裁と幹部星亨・河野広中・松田正久らは会議で党の基本方針は政府と対決しつつ、政策との一致点があれば協力もすると決議した。一方民党のもう一つの雄である立憲改進党(大隈重信総裁)は引き続き反政府の姿勢の堅持を標榜、自由党を含む民党連合構想を掲げており、両党の足並みがそろわなくなってゆく。
また、官吏の俸禄など憲法第67条に規定されている政府の同意が必要な歳出はしばしば政争の焦点になっていたが、和衷協同詔勅による削減と3272人にもおよぶ大幅な人員削減などの行政整理で170万円捻出した結果、67条論争は止んだ代わりに憲法に書かれていない事柄は政府と議会の協議が暗黙の了解となる慣習が作られ始めた。この慣習の構築には、自由党の政府への接近も絡んでいた。