明応の政変
政元が義材に反逆した最大の原因は、義材が政元に政務を任せると約束しながら、その反対を無視して六角征伐と河内征伐と2度も大規模な軍事作戦を行ったことであった。これは政元自らが朝廷に報告したことや、尋尊の記録からうかがい知ることができる。
そもそも、河内征伐は義材が畠山政長の求めに応じて決めたことであった。先述したように、政元にとって畠山氏の再統一は阻止しなければならない話であったが、義材はその反対を無視した。義材としては政元一人に対する依存を減らすために政長に接近、ここで彼に恩を売ってその忠誠を獲得するという思惑があった。そして、基家は滅亡寸前にまで追いやられ、もはや畠山氏の再統一は目前に迫っていた。父の代から勢力を削ぐことに注力してきた畠山氏が畿内の有力大名として復活するのは時間の問題であり、政元は挙兵してでも河内征伐を実力で中止に追い込む必要があった。そのことが、政元が裏で基家と結託したことに繋がったと考えられる。
また、義材は政元の排除を計画していたとされ、尋尊は政変の原因に関して、義材が自分の政策に反対する政元を討とうとしたことが原因であると記している。実際、義材は政元の対抗馬として、細川一族の最有力庶家・阿波細川氏の当主細川義春を急速に重用していた。例えば、延徳3年6月、義材は義春に将軍家通字の「義」の字を与え、「義春」と名乗ることを許している。