ハイスループットスクリーニング
1つまたは複数のプレートにわたる化合物の配置をうまくすることで、プレートあたりのアッセイ数を増加させたり、またはアッセイの結果のばらつきを抑えたりできる。この技法は、簡素化された仮定のもとに成り立っていて、それは、同じウェル内の任意のN個の化合物は、互いに、またはアッセイの標的と相互作用せず、真の「ヒット」を検出するアッセイの能力に影響しないということである。
例えば、次のプレートを想像してみる。化合物Aをウェル1-2-3、化合物Bをウェル2-3-4、化合物Cをウェル3-4-5に入れるとする。このプレートを、ターゲットに対して行うアッセイをして、ウェル2、3、4で「ヒット」があったとすると、それは、化合物Bが、最も可能性の高い薬剤であることを示す。このアプローチを用いるのであれば、どの2つの化合物も複数のウェルを共有しないようにし、化合物のペアどうしの干渉の可能性を減らす。
オートメーションつまり自動化は、HTSの有用性における重要な要素である。典型的には、1つ以上のロボットからなる統合されたロボットシステムは、アッセイプレートを移動させたり、サンプルおよび試薬を添加、混合、インキュベーションをしたりして、最終的に検出のための場所に動かすことをする。HTSシステムは、普通、同時に多くのプレートを、準備、インキュベート、分析、データを収集するため、これらのプロセスを高速化することができる。一日10万の化合物のテストができるHTSロボットが、現在、存在している。 自動コロニーピッカーは、ハイスループット遺伝子スクリーニングのために、微生物のコロニーを数千もピックアップできる。 uHTSという用語があり、(超ハイスループットスクリーニングultra-high-throughput screeningの略)、は一日10万以上の化合物のスクリーニングが可能なものを指す(2008年頃)。