比較発生学
子孫が先祖の発生をたどりながら、途中で脇道にそれることもあり、その場合には分岐するところまでの発生が一致する。
これはベールの法則の進化論に立った見直しでもあり、ほとんどヘッケルの反復説(1866)と同じであり、後者は極端に言えば個体発生など特殊な用語で置き換えただけ、とも言えるものである。
エルンスト・ヘッケルもやはり進化論の影響を強く受け、比較発生学を推し進めた一人である。彼の反復説は比較発生学を進化的に説明したことで有名であるが、上記のようにその内容は先行研究者によるものの焼き直しに近い感がある。具体的内容においてはむしろベールの法則の方が正確といわれることもある。しかしその魅力的な表現とはっきりした方向性のために多くの目を引いたことは事実である。その後の研究から、この説には多くの批判が集まることとなったが、これはむしろこの説の影響力を示すといってもよい。しかしヘッケルの業績は、反復説と胚葉説をも結びつけ、これを動物全体の系統論としたことにある。彼はごく初期の発生にまで反復説を当てはめ、胞胚や原腸胚の形を多細胞動物の初期の形と見なした。これをガスツレア説といい、長く多細胞動物の系統論の定説であった。ガスツレア説に関しても多くの批判や疑問が集まったが、それらはむしろこの説を補強修正する動きとなり、多くの研究がその後約50年にわたって続く。
比較発生学は発生学の主流からは離れた格好であるが、進化系統論がなかなか決着のつきにくい分野であり、また個々の記載はそもそもの基本である。その後も多くの努力がその方向に向けられ、それが絶えたことはなかった。
他方で、比較しているものが本当に比較可能なものであるか、というのはやっかいな問題である。動物の各群の体制を比較する場合、相同関係を調べることは重要だが、比較解剖学においては仮定された相同性が妥当であるかの判断には根拠が乏しかった。比較発生学はそれらに対して発生の経過によってその根拠を与えたが、改めて考えると、それが与えた根拠とは何か、はやはり不明確であり、それが系統関係に由来するとの判断は全くの推察にすぎない。しかし、20世紀後半の遺伝学の発達により、ホメオティック遺伝子といった直接に形態に関わる遺伝子が発見されたことは重要である。これによって、比較発生学は新たな武器を手に入れたことになる。系統論については分子系統がより直接的に系統関係に関する情報を与えてくれるが、それは単なる分岐図を与えてくれるにすぎない面があり、特に各個の器官の相同性などに関しては比較発生学は現在も大きな役割を持っている。
発生学においても比較解剖学と同様に比較的方法が重要であると説いたのは、カール・フォン・ベールである。彼は「発生学の父」とも言われ、19世紀前半における最大の発生学者と言ってよい。彼はその主著『動物発生学』においてこのことを強く主張し、それによって動物の発生に関する一般原則が導き出せるとした。
彼は主として脊椎動物の発生を対象に研究を行った。その重要な業績としては胚葉説とベールの法則がある。これについては以下に個別にまとめるが、このような流れの中で、発生の過程を比較する研究は広く行われるようになり、1860年代にはすでに当時知られていたほぼすべての動物門において発生の研究に手がつけられている。