賊軍
当初「賊軍」に指定されていたのは、偽勅を乱発して孝明天皇の怒りを買い八月十八日の政変で駆逐され、それを不服として禁門の変で御所へ向けて発砲し侵入した長州藩であり、孝明天皇の命によって幕府を主体とする「官軍」による長州征伐が行われた。
しかし、第14代将軍徳川家茂の死去と孝明天皇の崩御による混乱が原因で第二次長州征伐が失敗に終わると、明治天皇の外戚中山忠能と通じていた長州藩は討幕派の岩倉具視と長州征伐の失敗に至る過程で幕府を見限っていた薩摩藩の工作により赦免され、また岩倉らによって製作されたいわゆる「討幕の密勅」(詔勅と称するが、その要件である御画可、御璽を欠き、太政官の主要構成員の署名が無い)を獲得した。第15代将軍徳川慶喜が大政奉還を行ったことにより討幕の名分が失われると、討幕派は相楽総三ら天狗党残党に命じて江戸市中での強盗殺人を繰り返させて幕府を挑発した。そのため幕府は「君側の奸」である薩摩などを討伐するとして京都に向けて進軍し、慶應4年1月3日に江戸の薩摩藩邸を焼き討ちし、鳥羽・伏見で薩長軍との交戦を開始した(鳥羽・伏見の戦い)。この際に岩倉が以前に作らせておいた錦旗を朝廷から薩長軍に授与したことで、薩長軍が「官軍」、幕府軍が「賊軍」と認定されることになり、長州征伐の時と官・賊の関係が逆転した。
「勝てば官軍、負ければ賊軍」という諺があり、「道理はどうあれ勝った側が正義である」という意味である。多くは幕末の長州藩を念頭に置いて語られる言葉のため、承久の変など始終一貫して「官軍」の地位にあった側が負けた例もあり、必ずしも勝った側が最終的に「官軍」として認定されるわけではない。また明治政府により「正統」とされた南朝から「賊軍」とされたが最終的な勝者となった足利尊氏とその子孫は、もともと北朝からすれば「官軍」「皇軍」であり、南北朝時代のような「官軍」対「官軍」という状況も場合によっては発生しうるものであった。
大日本帝国の「官軍」が、対外戦争である大東亜戦争で「賊軍」であるはずの連合国軍(国際連合)に敗れて降伏したことで、国連憲章に敵国条項に日本が記載され、不当に憲法が改正され軍隊が解体されたと称するのは、自分は正当だが戦争で負けたため、正当性を封じ込められているのであるという敗軍側による自己中心的な「負け惜しみ」「自己正当化」の一例である(歴史修正主義)。