アレックス・スミス
12月11日には彼は故障者リストに入れられシーズンを終えた。
2008年のトレーニングキャンプで彼はショーン・ヒル、J・T・オサリバンと先発QBの座を争った。ジム・ホストラーオフェンスコーディネーターは解任されており、デトロイト・ライオンズやセントルイス・ラムズでオフェンスコーディネーターやヘッドコーチを務めたマイク・マーツが新しいオフェンスコーディネーターに就任しており、彼にとっては4年目で4人目となるコーディネーターであった。過去3年間と大きく攻撃システムに変更がされておりライオンズ時代に控えQBとしてマーツのシステムに精通していたオサリバンの方がプレシーズンゲームで好成績をあげて先発QBに指名された。この決定を聞いた元NFLヘッドコーチのジム・E・モーラはスミスをバスト(期待はずれ)と呼び、フォーティナイナーズは2005年のドラフト全体1位で彼を指名するべきではなかったと評した。9月10日に彼は故障者リスト入りし肩の再手術を受けることとなった。サラリーキャップの問題もありフォーティナイナーズGMのスコット・マクルーハンは彼を2009年シーズン開幕前に解雇したいことを明らかにしたが10月21日にマイク・ノーランヘッドコーチを解任した後、チームはスミスに契約見直しをさせたい意向を示した。2009年3月スミスとチームは合意に達し彼はチームに残留することとなった。
2009年の先発QB争いでもヒルに敗れたが第7週の試合、0-21とリードされた第3Qに交代出場を果たし3タッチダウンパスを成功し21-24と惜しくも勝利を逃す活躍を見せた。