北千住駅
2015年7月、千代田線ホームの駅名標を交換した際、製作側のミスで駅名を「北干住」と誤表記するミスがあった。 東京メトロは応急的に「千」のシールを該当部分に貼って対応、翌月中に正しい表記のものに更新されている。
駅の南側にJR常磐線の北千住一丁目踏切 と東武伊勢崎線の第22番踏切が並んでいる。これらの踏切はいわゆる開かずの踏切となっており、あわせて大踏切と呼ばれることがある。
あいみょんの楽曲「ハルノヒ」の歌い出しに「北千住駅のプラットホーム」という歌詞がある。これは、タイアップしている『クレヨンしんちゃん』の登場人物である野原ひろしがプロポーズをした場所のため。
なお、北改札口のコンコースは東側は東武、西側はJRの駅舎で、各出入り口の駅の社章(ロゴ)はそれぞれのものしか掲出されていないが、コンコース間はそのままつながっており通り抜けられる。つくばエクスプレス線の改札口は、JR・東武線の間に割って入るように存在している。
東武・東京メトロの階層を基準にすると、B2階は千代田線(JR常磐緩行線)のホーム、B1階は千代田線(JR常磐緩行線)の改札・コンコース階、1階はJR常磐快速線と東武伊勢崎線ホーム、2階はJR・つくばエクスプレス・東武・日比谷線の改札・コンコース階、3階は東武伊勢崎線(各駅停車)・日比谷線のホームとなる。JR・首都圏新都市鉄道の階層基準は並立するLUMINEと同じで、2階はJR常磐快速線のホーム、3階は改札・コンコース、4階はつくばエクスプレス線のホームとなる。
東京メトロ千代田線のみホーム・改札口が地下にある。なお、ホームの番号は連続しておらず、管理社ごとに1番線から振っている。
このような駅の構造上、ICカードを利用して大手町駅や表参道駅まで乗車する場合に千代田線経由か東武線・半蔵門線経由か区別できないという現象が生じている。この場合、運賃は前者のものとみなされて計算される。また、同様にして当駅から中野駅以遠まで乗る場合に東西線経由かJR線経由か区別できなくなっている。この場合、入場駅・出場駅がいずれも共用駅(改札内を共有する駅、綾瀬・北千住・中野)でないJR線の駅の場合は後者、いずれか一方でも共用駅の場合は前者とみなされる。また、西船橋駅以遠のJR線まで乗車する場合でも、東西線経由の運賃が適用される場合がある。
東武鉄道は1899年(明治32年)に当駅より久喜駅まで開業したため、当駅に0キロポストが設置されている。当駅からの下り列車の本数は、東京メトロ日比谷線からの直通列車が加わるため浅草発の本数に比べて2倍近くに増え、東武伊勢崎線の都心側拠点駅(ターミナル駅)となっている。
当駅は東京メトロ日比谷線の起点でもあり、東武スカイツリーラインと東京メトロ日比谷線は、当駅を境に相互直通運転を行っている。
駅の管理は東武が行っており、駅名標もすべて東武のフォーマットに準拠している。別に設置されている東京メトロの券売機で東京メトロの乗車券(片道乗車券・回数券・連絡乗車券・一日券)も発売しているが、ICカードのチャージには非対応で綾瀬駅までの乗車券(150円)は発売していない。押上経由地下鉄半蔵門線方面の乗車券は東武の券売機での発売となる。前述の通り、改札内が東京メトロ千代田線(JR常磐緩行線)のりばとつながっているため、ICカードによる入場時の必要残額(最低)は146円となっている。
1・2番線(1階東武スカイツリーライン下り)の小菅方には特急列車の乗車専用ホームを備える。
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する地上駅で橋上駅舎を有している。上下線の間に上下共用の待避線を1本設けており、1番線が単式ホームで2・3番線が島式ホームとなっている。このタイプは、東京都区内のJR駅では同駅が唯一の例である(その他の地域では君津駅や相模湖駅など多数の例が存在する)。原則として下り列車は1番線、上り列車は3番線に停車するが、当駅で通過列車を待ち合わせる場合は上下とも2番線を使用する。朝ラッシュ時間帯は東京方面では通過待ちがない場合でも一部の電車は2番線に停車する。
地上のJR改札口の自動券売機では綾瀬駅までの乗車券を発売しておらず(JR東日本では当駅から綾瀬駅までの乗車券を発売しない)、千代田線乗り場で購入するよう案内されている。ただし、便宜上150円区間の乗車券(南千住までの運賃が同額)を使用することは可能である。
JR東日本: 常磐線(快速)(■中距離列車も含む) - 駅番号「JJ 05」。事務管コードは▲441103。「東京都区内」に属する。2015年3月14日より、上野東京ラインの開通に伴い、東海道線の品川駅まで乗り入れるようになった。
東京メトロ 日比谷線 - 駅番号「H 22」 千代田線 - 駅番号「C 18」。当駅 - 綾瀬駅間は、運賃計算上の特例により 常磐線(各駅停車)と扱われることがある。
東武鉄道: 伊勢崎線 - 駅番号「TS 09」。「東武スカイツリーライン」の愛称で案内される。伊勢崎線(東武スカイツリーライン)は起点である浅草駅のターミナル機能が弱く、当駅が実質的なターミナル駅として機能している。当駅は伊勢崎線のみならず、本線系統の駅で最も利用者数が多い。
首都圏新都市鉄道: つくばエクスプレス - 駅番号「TX05」
東京メトロは日比谷線、千代田線の2路線が乗り入れている。日比谷線は当駅を経由して東武スカイツリーラインと直通運転を行っており、千代田線は常磐線(各駅停車)と小田急線との3社直通運転を行っている。また東武スカイツリーラインは日比谷線以外にも、押上駅・渋谷駅を経由し、東京メトロ半蔵門線および東急田園都市線との直通運転も行っている。