コモロ
暫定政権はすぐに大統領選挙の実施に取りかかり、1996年にはモハメド・タキが選挙で勝利して大統領に就任した。しかしタキもまた経済問題を解決することができず、また出身であるグランドコモロ島優遇政策をとったため、1997年にはついにアンジュアン島及びモヘリ島が独立を宣言すると同時に、フランスに再植民地化を嘆願する状況となった。これに対しタキはアンジュアン島に鎮圧軍を差し向けたものの敗北し、また全閣僚を解任して独裁を進めたが、1998年に急死した。タジディン(英語版)が大統領代理に就任したものの、翌1999年にはクーデターが勃発し、アザリ・アスマニ大佐が政権を掌握した。
2001年にはフォンボニ協定(コモロ和解に関するOAU枠組合意)の署名がおこなわれて新憲法が採択され、「コモロ連合」に国号が変更された。このとき、連合大統領は3島から輪番制で任命されることとなった。2002年の大統領選挙ではグランドコモロ島からアザリ大佐が当選し、2006年の大統領選挙ではアンジュアン島のアフメド・アブドラ・モハメド・サンビが当選した。しかしアンジュアン島政府はコモロ当局に反発し、独自に自島の大統領選挙を実施したため中央政府との関係が悪化し、2008年にはアンジュアン島にアフリカ連合の部隊が武力介入して同島の支配権をコモロ政府に奪還した。これを受け、2009年には各島の自治権の縮小と連合政府の権限強化、サンビ大統領の任期1年延長を柱とする憲法改正が国民投票で承認された。2011年にはモヘリ島からイキリル・ドイニン大統領が選出され、2016年にはグランドコモロ島からアザリ・アスマニ大統領が就任。2018年には大統領再任許可を柱とする憲法改正が国民投票で承認され、2019年にはアザリ大統領が再選された。
コモロ最大の空港はモロニ北郊のハハヤにあるプリンス・サイード・イブラヒーム国際空港であり、他2島への国内便のほか、国際線も発着している。このほか、アンジュアン島北部のワニと、モヘリ島北岸のバンダル・エス・サラームに空港が存在する。
コモロは島嶼国家であるが、海運はそれほど発達していない。主要港はモロニとムツァムドゥである。以前は大型船の入港ができる港が存在しなかったが、1985年にムツァムドゥ港が深水港として整備されて大型船入港が可能となった。一方で首都港であるモロニ港は目立った改修が行われず、大型船の接岸は不可能である。この海運インフラの不足は、コモロの経済に大きな悪影響を及ぼしている。
通貨はコモロ・フランである。一人あたり国民所得はわずか1610ドル(2022年)にすぎず、後発開発途上国の一つである。ほぼ農業しか産業がない状況にもかかわらず、人口密度は1kmあたり344人(2015年)と非常に高く、しかも人口増加率も非常に高いため、人口過剰が深刻な問題となっている。政府は輸出産物の多様化や観光振興に取り組むが、外国からの援助および在外コモロ人からの送金に頼る状況である。
農業はプランテン・バナナ、キャッサバ、豆類、パンノキ、タロイモなどを組み合わせた小規模の自給農業が主である。植民地時代はバンバオ植民地会社をはじめとするフランスの農園企業が島のかなりの土地を占有しプランテーションを経営していたが、独立前夜の1960年代以降こうした農園企業はほぼ撤退し、大農園も衰退の一途をたどった。