X-ファイル シーズン1
1990年代初頭、クリス・カーターはFOXからテレビドラマの製作を持ちかけられていた。当時、カーターはウォルト・ディズニー・ピクチャーズでコメディ番組の製作に関わっていたが、ディズニーでの仕事に意義が見出せなかったため、FOXからの依頼を受けることにした。370万人のアメリカ人がエイリアンに誘拐された可能性があるという報道や、1974年のテレビドラマ『事件記者コルチャック』、ウォーターゲート事件といったものを手がかりに、カーターは『X-ファイル』の構想を練り上げていった。1992年にはパイロット版の脚本を書き上げた。
カーターの最初の企画書はFOX重役によって没にされた。数週間後、カーターはコンセプトを一新した企画書を持ち込み、パイロット版作製の許可を得た。パイロット版をさらに深く掘り下げるにあたって、カーターは当時『NYPDブルー』の製作を務めていたダニエル・サックハイムに協力を仰いだ。
シリーズの製作が始まった頃、製作スタッフは番組が長期化するという見通しを持っていなかった。そのため、シリーズ全体の見通しが不透明であった。シリーズの根幹はエイリアンをめぐる陰謀であったが、製作陣はそれだけではシリーズ全体の勢いが持たないと判断し、モンスターや幽霊のエピソードを加えることにした。また、本筋とは関係のない形でエイリアンが登場するエピソードも執筆された(シーズン1第9話「宇宙」など)。
シーズン1の放送が終了する前に、製作スタッフは「ミソロジー」の主要概念の多くを考案していた。こうした概念はシリーズ全体を通して使われることになった。シーズン1では、シリーズ最大の敵、シガレット・スモーキング・マンが登場した。また、モルダーの妹、サマンサの誘拐事件に関しても早い段階から真相をほのめかすような描写がなされた。「ミソロジー」がはっきりとした形で視聴者に提示されたのはシーズン1最終話の「三角フラスコ」以降のことである。「三角フラスコ」はシーズン2が製作されるかどうかがまだ不透明だった1994年初頭にその脚本が執筆された。そのため、X-ファイル課の閉鎖が盛り込まれた。
『X-ファイル』のシーズン1(全24話)は1993年9月10日にFOXでの放送が始まり、1994年5月13日に放送が終了した。