イサキオス・コムネノス (アレクシオス1世の兄)
宗教会議の参加者の中でイサキオスに反抗したのはヨハネス・メタクサスという名の輔祭だけで、彼はイサキオスを嘲りさえした。貴金属没収が始まると、宗教会議に出席していなかったカルケドン府主教(英語版)が公然とその政策やイサキオス本人を非難した。しかしレオーンは1086年1月に元老院(英語版)議員と高位聖職者の両者による法廷にかけられ、地位を追われた。
アンナ・コムネナによれば、イサキオスはその教養の深さを生かし、1082年2月に行われた新プラトン主義哲学者ヨハネス・イタロス(英語版)の異端審問を担当した。イサキオスはヨハネスが正統教義に反した教えを説いているという罪で、彼を教会裁判へ引き渡した。1083年、イサキオスは高級な礼服をペトリツォス修道院に寄進した。この修道院は、将軍グレゴリオス・パクリアノス(英語版)が創設したものである。1087年、バルカン半島をペチェネグ人が荒らした際、再び教会財産の没収が実施された。オクセイアのヨハネスによれば、一部の頑なな僧たちが貴重な祭具を隠そうとしたが、彼らは鞭打たれたり投獄されたりした。カルケドンのレオーンも再びこの政策を非難したので、この時も弟に代わりコンスタンティノープルを支配していたイサキオスは、1087年後半に彼をトラキアの黒海沿岸のソゾポリスもしくはメセンブリア(英語版)への流刑に処した。
1092/1094年、イサキオスの息子でデュッラキオン(英語版)のドゥクスに任じられていたヨハネス・コムネノス(英語版)が、アレクシオス1世に対する陰謀を企てたとしてオフリド大主教テオフィラクトに告発された。