ぷよぷよクロニクル
次に操作できる組ぷよを表示する「NEXTぷよ」が4手先まで表示されるルール。左から3列目最上段までぷよが積み上がると敗北で、出現する組ぷよは2個組のみ。このほかの仕様は上記の「ぷよぷよ通」ルールに準拠しており、相殺しても予告おじゃまぷよが残っている場合はその残りが相殺した直後に降る。
各キャラクターはそれぞれ異なる「スキル」を持っており、バトル中に組ぷよを操作しているときにMPを消費して任意に発動できる。このスキルの要素は『ぷよぷよ〜ん』における「特技」、『ぷよぷよ!!クエスト』における「スキル」に類似しており、フィールドにあるぷよの色を変える、こうげきりょくを上げるなどといった様々な効果がある。