将軍山城
義賢は直ちに追撃戦を展開しようとしたが、蒲生賢秀が大軍を持って追撃することの不可を説き、追撃戦を中止させた。翌永禄5年(1562年)正月に六角軍は三好軍に攻撃し何名かの兵を討ちとった。同年3月5日、久米田の戦いで三好実休が討ち取られるという報が伝わると、三好・松永軍は勝竜寺城まで引き揚げ、13代将軍足利義輝には岩成友通を警護につけ石清水八幡宮へ移した。六角軍は上洛し、「敵方江内通之輩」(『鳩拙抄』)とし、三好長慶軍をかくまう者、宿を提供した者は罪科とし京の人々を威圧した。
その後の状況については教興寺の戦いを参照。
永禄12年(1569年)1月6日、三好長慶没後の戦乱の結果、京都を追われていた三好三人衆(三好長逸・三好宗渭・石成友通)らは、織田信長が擁する15代将軍の足利義昭を京の六条本圀寺に襲撃したが(本圀寺の変)、この二日前の同月4日に三人衆は東福寺近辺に陣を置くと、翌5日に洛東や洛中周辺諸所に放火して将軍の退路を断ち、準備を整えた上で6日に将軍らの籠る本圀寺を攻めた。この5日に将軍山城も放火されているため、この時点では有事の際の将軍の詰の城、織田方の詰の城などの役割を果たしていたと推測される。
最後は、元亀元年(1570年)9月から12月まで行われた志賀の陣に際し、明智光秀がこの城に入って数カ月延暦寺を牽制したが、織田信長の京都支配が確立するとその軍事的意義を失い、廃城になったと見られている。