長野総合車両センター
長野総合車両センター:キハ110系、HB-E300系
小海線統括センター:キハ100系、キハ110系、キハE200系
えちごトキめき鉄道:ET122形、ET122形1000番台
上記の担当形式の他にも改造・機器更新等と同時に検査を行う場合がある。
2015年までは新潟車両センター所属車も当センターが検査を担当していたが、北陸新幹線が開業したことにより長野駅 - 直江津駅間がしなの鉄道北しなの線・えちごトキめき鉄道妙高はねうまラインにそれぞれ経営分離されたことから、回送経路が全線JR線の大宮総合車両センターへ移行されている。
115系 1986年から2019年まで1000番台が配置されていた。 長野総合訓練センターに3両編成(N15編成)1本が配置されていたが、2019年10月15日付で廃車され、配置が無くなった。 2015年3月14日のダイヤ改正までは中央本線(立川 - 塩尻 - 中津川・岡谷 - 辰野 - 塩尻間)、大糸線(松本 - 信濃大町間)、篠ノ井線(全線)、信越本線(篠ノ井 - 柿崎間)、飯田線(飯田 - 辰野間)およびしなの鉄道線(篠ノ井 - 軽井沢間)の普通列車で運用された。しかし、同日のダイヤ改正において信越本線長野 - 妙高高原間がしなの鉄道北しなの線へと移行されたことにより、C編成を除く115系の長野支社管内での定期運用は終了。また、しなの鉄道区間への当車両センター所属115系の乗り入れも終了した。さらに211系の導入が進んだことで、2015年10月をもって、C編成を含む115系の定期運用が全て消滅。 C編成は2007年3月に松本車両センターから転入した車両で、主に中央東線で運用されていた。また2010年(平成22年)12月のダイヤ改正までは、通常時は豊田車両センターM40編成を充当していた快速「むさしの号」代走運用に投入されたケースがある。 N1 - 16編成は東海旅客鉄道(JR東海)管内である中央西線・飯田線やしなの鉄道線への入線が可能で、2007年にJR東海所有の115系が全廃となった後も引き続き2012年のダイヤ改正まではJR東海区間へ乗り入れていた。 全編成がセミクロスシートである。ただしN29編成は一時期、ロングシート化された。 塗装は基本的には長野色であったが、最後まで残った訓練車は湘南色であった。