南島原市
小豆島町(香川県) 1983年(昭和58年)3月1日 - 旧南有馬町が旧内海町と姉妹町盟約
島原の乱後、小豆島から多くの移住者があった縁。島原手延べそうめんのルーツには諸説あるが、この時の移住者によって小豆島のそうめん製造技術が伝えられたとする説がある。
南有馬町長らが「祖先の地」小豆島を訪問、その後1年余りで内海町との姉妹町盟約に発展。2006年、平成の大合併に伴いそれぞれ南島原市と小豆島町が発足するが、新市町の姉妹都市関係として継承された。
与論町(鹿児島県) 2006年(平成18年)3月11日 - 旧口之津町が姉妹町協定締結 2006年(平成18年)6月7日 - 南島原市が姉妹盟約締結
1899年(明治32年)より与論からの集団移住が行われた縁。与論島は1898年(明治31年)の台風で壊滅的な被害を受けて飢饉に見舞われたため、多くの島民が港湾労働者募集に応じ、口之津(当時口之津港は三池炭鉱の石炭を積み出す日本最大の石炭積出港であった)に移住した(その後三池港が整備されると、与論出身者は大牟田(福岡県)・荒尾(熊本県)へと移住していく)。中学校の修学旅行やスポーツ行事などを通じての交流が行われている。移住の歴史を記憶・記念する施設として、口之津の「口之津歴史民俗資料館・海の資料館」には「与論館」が設けられている。