ニック (DNA)
DNAポリメラーゼがDNA複製時の娘鎖への塩基の付加活性がニック部位で低下したり停止したりする過程は、nick idling(ニックアイドリング)と呼ばれる。これは二本鎖DNAの複製の際のラギング鎖の岡崎フラグメントと特に関係している。ラギング鎖では複製の方向はDNAポリメラーゼの進行方向と逆であるため、複製は小断片(岡崎フラグメント)ごとに行われ、ポリメラーゼ複合体は各断片の合成後に停止して再配置を行う必要がある。アイドリングはその際に複合体を停止させる役割を果たしている。
一本鎖ニックが導入された際には、DNAの構造が変化する。ホスホジエステル結合の切断によってDNAの巻き戻しが可能となり、ねじれやパッキングによって蓄積したストレスに対して強力に抵抗することができなくなるため、DNAの安定性は低下する。この安定性の低下のため、ニックが入ったDNAは分解に対する感受性が高くなる。
リーディング鎖では連続的な複製が行われるため、こちらの機構は少し複雑である。複製時には複製酵素によってリボヌクレオチドが付加され、こうしたリボヌクレオチドにリボヌクレアーゼH2と呼ばれる酵素によってニックが入れられる。ニックとリボヌクレオチドの存在によって、リーディング鎖はDNAミスマッチ修復装置に容易に認識されるようになる。
ニックトランスレーション(英語版)においては、DNAポリメラーゼが損傷した可能性のあるヌクレオチドを切除して置換するためのマーカーとして一本鎖DNAニックが機能する。修復過程を完了するためには、DNAポリメラーゼが作用した断片の末端部において、DNAリガーゼがDNA骨格を修復する必要がある。実験室的条件下では、この過程を蛍光標識ヌクレオチドやその他の標識ヌクレオチドを導入するために利用することができる。In vitroでDNAに部位特異的に一本鎖ニックを生じさせ、ニックが入ったDNAをDNAポリメラーゼと標識ヌクレオチドが豊富に存在する環境に添加する。DNAポリメラーゼは、一本鎖のニックの部位から順にDNAヌクレオチドを標識ヌクレオチドに置換していく。