大村線
電化区間である早岐駅 - ハウステンボス駅間には、博多駅 - ハウステンボス駅間の特急「ハウステンボス」が平日5往復、土曜・休日8往復運転されている。ピーク期やハウステンボスでのイベント時にはさらに増発されることもある。「ハウステンボス」はピーク期やハウステンボスでのイベント日の臨時列車の一部を除いて、大村線以外の区間で佐世保線佐世保駅発着の特急「みどり」に併結されて運転され、「みどり」に併結される列車は大村線内でワンマン運転が行われている。また、かつて「ハウステンボス」が5往復運転の日には、「ハウステンボス」のうち運転されない2往復の時刻で、早岐駅で「みどり」に接続するシャトル列車「ハウステンボスリレー号」が早岐駅 - ハウステンボス駅間に運行されていたが、2017年11月30日限りで運行を終了している。
非電化区間であるハウステンボス駅 - 諫早駅間には2022年9月23日現在毎日運行される優等列車はない。かつて長崎本線の一部だったこともあり、大村線を経由して博多駅や本州と長崎駅を結ぶ優等列車が設定されていたが、1988年3月13日に唐津駅 - 長崎駅間で運行されていた急行「平戸」が廃止され優等列車が消滅した。1999年に佐世保駅 - 長崎駅間を大村線経由で運行する特急「シーボルト」が設定されたが、後述の「シーサイドライナー」とさほど所要時間が変わらないことなどから利用が振わず2003年3月15日に廃止され、再び非電化区間から優等列車が消滅した。2022年9月23日からはD&S列車である特急「ふたつ星4047」の午後便が長崎駅 → 武雄温泉駅間で運行を開始しており、週末を中心に上り1日1本のみであるが、19年半ぶりに非電化区間の優等列車が復活している。