後白河天皇
鹿ケ谷の陰謀により、高倉帝退位工作と延暦寺攻撃は吹き飛んだ。失意の後白河院にさらなる追い討ちとなったのが、滋子の一周忌における法華八講の挙行を巡る紛糾である。高倉帝は閑院を里内裏としていたが、清盛の意向で八条殿に行幸していた。後白河院は閑院に戻って法華八講を行うことを命じるが、兼実邸を訪れた日野兼光は「無断で閑院に戻ると清盛が内心どう思うか分からない。八条殿で挙行しても問題はない」と語り、決定は先延ばしにされた(『玉葉』安元3年6月21日条)。後白河院は妻の冥福を祈る仏事の場所すら自由に決められなくなっていた。
後白河院の政治力低下に反比例するように、17歳となった高倉帝が政治的自立の傾向を見せ始める。「今度の除書一向に内の御沙汰たるべし。院知ろし食すべからざるの由これを申さると云々」(『玉葉』治承元年11月15日条)と後白河院が全く政務に関与しないこともあった。もっとも弱体化したとはいえ院政も継続していたため、かつての二条天皇の時と同じく二頭政治となった。
治承2年(1178年)正月、後白河院は園城寺で権僧正・公顕から伝法灌頂を受けることを計画するが、灌頂の賞により園城寺に戒壇が設立されることを恐れる延暦寺は、末寺荘園の兵士を動員して蜂起、園城寺を焼き払う構えを見せる(『玉葉』『山槐記』正月20日条)。後白河院は僧綱を派遣して延暦寺を譴責するとともに、平宗盛を福原に向かわせて清盛を呼び出す。しかし清盛は呼び出しに応じず、後白河院は園城寺御幸と灌頂を断念せざるを得なかった(『山槐記』正月25日条、『百錬抄』2月1日条、『玉葉』2月5日条)。この事件は大きな遺恨となり、5月になると後白河院は報復措置として最勝講への延暦寺僧の公請を停止する(『玉葉』『山槐記』5月16日条)。
地頭職の設置範囲・摂関家領の分割が合意に達したことで、朝幕関係は文治3年(1187年)になると改善に向けて動き出した。皇居である閑院内裏は元暦2年(1185年)の大地震で破損が著しく、大江広元が上洛して幕府の全面的支援により修理作業が行われた(『吾妻鏡』6月21日条、『玉葉』7月14日条)。修理は10月25日に完了し(『吾妻鏡』同日条)、11月13日に後鳥羽天皇の遷幸が実現する(『玉葉』同日条)。同じ頃、京都では群盗の出没が大きな問題となっていた。検非違使庁の機能低下もあり、後白河院は治安回復のため京都守護・一条能保に「勇士等を差し、殊に警衛する」ことを命じた(『吾妻鏡』8月12日条)。能保の報告を受けた頼朝は、ただちに千葉常胤・下河辺行平を上洛させて、群盗鎮圧の任務に当たらせている(『吾妻鏡』8月19日条)。
文治4年(1188年)4月13日、院御所・六条殿が焼失する(『玉葉』同日条、『吾妻鏡』4月20日条)。六条殿は院政の拠点であり、院分国・公卿知行国・幕府が分担して再建工事が進められた。元の六条殿は平業忠の邸宅で四分の一町と手狭だったが、新造御所は一町に拡張された壮大なものとなり、院政の威信を示した。頼朝の所課の屋々は特に丁寧であり、後白河院を大いに喜ばせた(『吾妻鏡』12月12日条、30日条)。各地の農業生産も「万民の悦びなり、今年惣べて第一の豊作なり」(『玉葉』7月9日条)と回復の兆しを見せ始め、荒廃した京都も戦乱・地震の打撃から徐々に復興していった。