真菌学
菌類の生態学は、扱いのむずかしい分野である。菌類は培養を行ってはじめて観察できる場合が多く、野外での存在や活動を把握するのが困難だからである。しかしながら、その自然界における役割の重要性は明らかである。一般には菌類は多くの微生物と共に分解者と考えられ、自然界における生物遺体や排泄物の分解を行う役割を担うものとされている。細部についてみると、特に植物遺体の主成分であるリグニンやセルロースの分解に関しては、菌類の働きが大きいと考えられる。その点では生態系における炭素循環においての役割は重要である。また、菌類には他の生物との共生関係を結ぶものが多い。地衣類は藻類と菌類の密接な共生によって、一見独立の生物となっている。また、菌根は一部の高等植物と菌類だけの特殊な関係と考えられていたが、アーバスキュラー菌根の研究の進歩によって、ほとんどの地上植物に見られるものであること、様々な肥料成分の運搬にかかわることなどがわかり始めており、その方面の実用への研究も進められている。