CUBE!
タイトルになっている「キューブ」とは、作中に登場する魔法にかかわった小さな石である。魔法を習得した者が用いることによって、それぞれの「キューブ」に備わった属性に応じた魔法を発動させることができる。しかし「クリスタルキューブ」は、他の「キューブ」と異なり属性をもたず、空間への干渉が可能という特性がある。
学園の魔法科に通う主人公の少女アルトは、長期休暇の際に「クリスタルキューブ」を探すという課題を与えられ、友人であるミントやマリネとともに探索を始める。そして彼女たちは深刻な事件に巻き込まれ、自分たちに与えられた課題の意味を知ることになる。