檜山丸 (初代)
主機械には、従来の蒸気タービンに比べ操縦性が高く、重油を燃料とすることで車両甲板の石炭積込口廃止ができ、機関室の水密性が確保できる ディーゼルエンジンが採用された。
ディーゼルエンジンの製造には最短でも6ヵ月を要したため、1954年(昭和29年)12月開催の“青函連絡船設計委員会”で新造車両渡船はW型船よりやや大型との方針が出されたのを受け、竣工目標の1955年(昭和30年)9月上旬から逆算した6月末進水にエンジン完成を間に合わせるため、船体発注に先立つこと1ヵ月の1955年(昭和30年)1月11日、国鉄は新三菱重工神戸造船所へ2隻分4台のディーゼルエンジンを発注した。
在来の蒸気タービン船同様、青森 - 函館間下り4時間30分、上り4時間40分運航可能な航海速力14.5ノットを確保するため、定格出力2,800制動馬力で、主軸を直結駆動できる毎分250回転の2サイクル低速ディーゼルエンジンが2台搭載された。このエンジンはシリンダー口径48cm行程70cmで高さが4m弱と高く、車両甲板によって主機室の天井高さが制約される車両渡船への搭載のため、ピストン抜き作業は、車両甲板に設けたボルト締めの水密ハッチの蓋を開けて行う必要があり、車両積載時にはできなかった。
船員居住区、車両甲板、各船艙、操舵機室、倉庫などには、区画ごとの天井に細い銅管を張り巡らし、その銅管内の空気が火災などで急加熱されると、管内の空気が膨張して電気接点を押して警報を鳴らし、同時に操舵室の火災警報表示盤に出火場所も表示する空気管式火災警報装置が設置されたが、この装置は洞爺丸型にも装備されていた。
ディーゼルエンジン採用による、燃料の重油化に伴い、機関室諸室の油火災に備え、機関室用の固定式炭酸ガス消火装置が装備された。炭酸ガス消火装置は機関室火災発生時、当該機関室を密閉のうえ、ボンベに貯蔵した液化炭酸ガスを機関室内に気化放出し、機関室内の空気中の酸素を急速に排除して窒息消火するもので、液化炭酸ガス気化時の断熱冷却もあり、迅速な消火が期待できた。
この装置は、31kg入り液化炭酸ガスボンベ20本を主機室の2区画後ろの第3船艙に置き、炭酸ガス配管はここを起点にいったん船楼甲板まで上がり、前方に進み甲板室内で各行先区画(主機室、発電機室、ボイラー室、ポンプ室)直上に位置するそれぞれの分岐弁に達し、そこから車両甲板下の各区画に至って炭酸ガスを放出する仕組みであった。この強力な消火装置は、その後建造された連絡船には装備されなかった。しかし、1970年(昭和45年)10月26日発生の十勝丸(2代)機関室火災事故を経験した国鉄は、当時運航中の青函、宇高の全連絡船の機関室に固定式炭酸ガス消火装置を装備するに至った。
出入港時は船尾扉開放状態となるため、上げた船尾扉で視界が妨げられ、船楼甲板からは船尾全体の監視ができず、このためポンプ操縦室屋上から両翼に張り出す入渠甲板が設けられた。建造途中で船尾扉装備を断念した檜山丸(初代)でもこれは設置され、就航後も使用された。なお、「ポンプ操縦室」は船首舵の廃止された第三青函丸以降でも「後部船橋」や「後部操舵室」、「後部操縦室」などと呼ばれてきたが、青函連絡船では、この檜山丸型から「ポンプ操縦室」と呼ばれるようになった。
船楼甲板の下が車両甲板で、全幅が車両格納所に充てられ、車両の積卸しをする可動橋が架かる船尾端では船内軌道は3線、中央の軌道は船尾近くで分岐し、車両甲板の大部分で4線平行のまま船首ギリギリまで敷設され、各線の船首側軌道端には自動連結器付車止めが設置された。各線の有効長(( )内は空知丸の数値)とワム換算積載車両数は、左舷の船1番線から順次90.0m(87.8m)11両、99.0m(96.5m)12両、72.2m(72.3m)9両、90.0m(87.7m)11両で、空知丸では船尾扉装備のため船3番線以外の各線では2.2m程度短くなった。しかし、車端用の乙種緊締具の長さを短縮する改良もあり、両船ともワム換算で合計43両の積載が可能であった。とはいえ、船首フレアーが大きく船首まで車両甲板幅の広かったW型船では当時、各線に12両、13両、9両、12両の計46両、フレアーを縮小したH型船でも11両、13両、9両、11両の計44両積載できたのに比べ、少なかった。なお、車両甲板船首部分の軌道敷設できなかった三角のデッドスペース部分には中2階の船首中甲板が設置され、甲板部の倉庫として使用された。