アンゲラ・メルケル
CDU党首とCDU/CSU連邦議会議員団長というショイブレのポストは党首がメルケルに、議員団長がフリードリヒ・メルツCDU財務担当にと別々に引き継がれたように、旧東独出身のプロテスタント、女性であり、しかも離婚歴のあるメルケルは、CDUでは「リベラル派」とみなされ、保守本流からは、懐疑の目で見られていた。
トップのヤミ献金疑惑にショックを受けたCDUの地方党員・一般党員が、保守本流からは外れるメルケルを党首に押し上げた。実際のところ、州首相の経験もなく、連邦議会議員団長でもなかったメルケルは連邦首相への通例のコースからは外れており、党内権力基盤も弱かった。「コールのお嬢さん」(Kohls Mädchen) と呼ばれていたのがその証拠の一つで、内閣の旧東ドイツ出身者と、女性の割合を増やすための数合わせに過ぎないと、コール政権時代は見られていた。
しかしメルケルは、その後着々と権力基盤を確実にしていく。2000年の時点で、保守本流を代表し将来の首相候補と嘱望されていたのは、1999年にSPDの強かった「赤いヘッセン州」で、ハンス・アイヒェル州首相を破ったローラント・コッホであったが、コッホが率いるヘッセン州CDU支部自体が、2000年にヤミ献金問題の直撃を受け、全国レベルで保守陣営を代表できなくなった。
2002年の総選挙でメルケルは、2大政党初の女性党首、初の東独出身候補として選挙を戦った。
2017年9月24日に行われた総選挙ではCDU/CSUは246議席を獲得して第1会派を維持したが改選前より議席を減らした。また極右政党「ドイツのための選択肢」(AfD)の台頭を許したことから、「2015年の難民受け入れによる結果である」とロイターに報じられた。過半数に届かず連立協議が開始されたが難航したため、メルケル政権は「権勢を落とした」「レームダック化」したとロイターやBBCなどで報道された。
2018年3月になってようやくSPDが党員投票を経て再び連立政権に入ることとなり、3月14日に第4次メルケル内閣が発足した。
しかし同年10月14日のバイエルン州10月28日のヘッセン州での州議会議員選挙でCDUは苦戦を強いられ連敗。10月29日にメルケルはCDUの会合にて、首相職を2021年の任期限りで勇退し政界からも引退する意向を表明した。
2019年6月18日、ウクライナのゼレンスキー大統領を迎える屋外の式典で発作が起き、30°C近い気温だった為「水分不足だった」とコメントしている。同月28日、大阪市で行われるG20首脳会議に出席のため来日。 7月10日にもまた、フィンランドのリンネ首相をベルリンに迎える式典で発作が起きた。
2020年には新型コロナウイルス感染症の流行への対応が評価され、支持率は一転回復。メルケルが科学者であったことが役に立ったとも指摘された。ただ2021年になると与党CDUでメルケルの後継党首となったアルミン・ラシェットが2021年ヨーロッパ洪水の被災地で談笑する姿が批判を浴びたことなどから、与党支持率が過去最低まで下落した。結果的に同年の総選挙ではCDUは敗北し、メルケルの退任とともに野党に転落することになった。
1994年10月の連邦議会選挙により成立した第5次コール政権では環境・自然保護・原発保安担当大臣に就任。前任者クラウス・テプファーの環境保護政策は経済優先のCDU党内や連立相手の自由民主党 (FDP) に受けが悪かったが、メルケルは就任3か月目にテプファー以来の事務次官を更迭してこれに応えた。なお東ドイツ時代の知人は彼女がその性向から同盟90/緑の党に参加すると思っていたので、CDUへの入党に驚いたという。ちなみに彼女の母は統一後は社会民主党 (SPD) の熱心な支持者になり、牧師である父もCDU支持者ではないという。
1998年の連邦議会選挙で歴史的な大敗を喫したコール政権が終幕を迎え、CDUは野党に転じる。コールを継いでCDU党首に就任したヴォルフガング・ショイブレの提案により、彼女は同党幹事長に就任。1999年11月に同党のコール政権時代のヤミ献金が発覚すると、メルケルはいち早く『フランクフルター・アルゲマイネ』紙に寄稿してコール元首相を批判、彼から距離を取ることを党員に訴えた(その後、コールとは和解している)。2000年2月にヤミ献金問題によりショイブレCDU党首が辞任すると、4月の党大会で承認されCDU党首に就任した。