村井秀夫刺殺事件
僕も内心、殺されるのではと思っていた」と供述している。また麻原は法廷で井上に対し、「何のために村井が死んだのか考えろ」と意味深な発言をしている。
麻原は『巨聖逝く 悲劇の天才科学者 村井秀夫』で村井の霊と対話したと主張し、村井の死を自身の超能力の誇示と喧伝に利用している。
麻原の娘である松本麗華は当時の村井の警備担当信者から、刺殺の瞬間の直前にオウム信者から羽交い締めされ、村井を守れなかったとの話を聞かされた。ただし、松本麗華はオウムが殺したという説とは逆に、村井が「全部自分の指示で尊師は関係無い」と証言するのを防ぐため殺されたとのではとも考えている。
1995年5月2日放送の「ザ・フレッシュ!」では本事件の映像を分析する特集が組まれ、2人の信者が村井の逃げ場を遮る動きをしていた疑いがある、と報道した。映像では眼鏡をかけたチェックのワイシャツの信者が、腕を伸ばして村井の進路を遮り、警護していた信者を羽交い締めする様子が記録されているが、裁判で検証されることはなかった。
村井が自ら口封じをしたという説もある。元教団幹部の中川智正や野田成人は個人的な見解として、村井ならやりかねないと述べている。ただし、野田はブログのコメントで「憶測に過ぎない」と付け足している。また、野田は北朝鮮関係の陰謀説は週刊誌が儲けるためのガセネタにすぎないと主張している。
伊藤芳朗は2018年7月6日放送の「金曜プレミアム」で村井の口の軽さを指摘し、事件は教団内部の犯行としか考えられないと断言している。