欧州のための憲法を制定する条約
このことから、外交・安全保障分野における欧州議会の位置づけにより連合の軍事化が進められているということが第3の批判となっている。
ニース条約では欧州連合の基金を軍事目的で使用することを明確に禁止していたが、欧州憲法条約では連合の軍事的選択権が財政の面においても保障されている。
第I-6条では、連合の法律は加盟国内の法律に優先するということが定められている。ドイツ基本法では侵略戦争を禁止し、そのような行為は処罰される。欧州憲法では第I-41条において連合の軍事的な統制についてうたい、軍事機関(「防衛能力、研究、調達、軍備の分野における発展のための機関:欧州防衛機関」)と中核ヨーロッパの概念(「常設の制度的協力」)を持つ適切な機構の構築を定めている。さらに軍事力の向上についての加盟国の義務(第I-41条第3項)と連合の軍事的使命の拡張、軍事行動の要件緩和(個別の加盟国および連合の防衛にとどまらず、原材料や軍事市場といった権益が絡むものも対象とする)に対して批判されている。
第III-376条では欧州司法裁判所は連合の軍事行動について管轄しないということが定められている。
さらに第III-177条で規定されている開放的な自由競争市場経済の原則についても、新自由主義的な経済政策に委ねるものだという批判がある。
欧州人権条約の加入については、とりわけ欧州評議会の考え方に関連して連合の政治的価値の定義に言及した1961年のビルケルバッハ報告以来数十年にわたって議論されてきたが、その間欧州人権条約に加入することはなかった。もっとも欧州連合が欧州人権条約に加入するには、欧州憲法条約によって付与されることになる独自の法人格が必要である。
また欧州連合が人権条約に加入するには、人権条約の第59条第1項の欧州評議会の加盟国にのみ開放されているという規定を修正する必要がある。この修正は人権条約の第14議定書でなされることになっているが、ロシアが批准を完了していないために議定書はいまだ発効していない。
結局のところ欧州連合が欧州人権条約に加入しようとするには特別な国際条約についての協議がなされなければならず、またそのためには欧州連合理事会において加盟国が全会一致で批准を決議しなければならない。最終的に欧州憲法条約が発効してもそれぞれの加盟国が具体的な加入条件に反対することができるため、加盟国は欧州連合が欧州人権条約に加入することについての拒否権を持つことになる。
批判でも多くを占めるのが、欧州憲法条約は社会の利益や民主主義に反し、軍事化を進めるというものである。
また基本権憲章における社会権はただ単に一般的な原則とみなされているものに過ぎない、つまり発効しても裁判で主張できたり法的な拘束力を持っていたりするようなものではないため、基本権憲章自体やそのあとの部で具体的に規定されている。最重要である労働者の権利は実際には域内における国境を越えて行使できるようなものではない。確かに第III部第3章第2節(社会政策)の第III-210条第1項には以下のように規定されている。
(d) 雇用契約が終了した労働者の保護
(f) 共同決定を含む労使の利益の代表と集団的防衛
しかし同条の第6項において、同条は賃金、団結権、ストライキ権、ロックアウト権については適用しないとしている。第1項の (d) と (f) は規則や指令、あるいは欧州司法裁判所の判断によって初めて有効となり、第III-211条、212条で連合全体として対応することになる。
欧州憲法条約では、意思決定や法案作成について欧州議会と欧州理事会や欧州委員会の間での権限の関係が変更されておらず、民主的参加の機会や連合における確固とした権力分立の導入が軽視されている。
第III-304条では、欧州議会は連合の軍事行動について質問を行うことを認めているが、決定を行うことはできない。
これにより欧州理事会の活動の効果が向上することになる。従来の「半年間の議長」制は議長の交替ごとに政治方針の重心や考え方が変化することが起こるために不都合であり、また他方で欧州理事会議長は自国の首脳としての役割を同時にこなすために二重の負担となっていた。常任議長のもとでは任期が延長されたことにより、欧州理事会の会合に向けた各国首脳間での効率的かつ継続的な調整を行うことができるようなる。さらに常任議長は欧州連合の主要な機関のひとつとしての欧州理事会の「顔」となり、国際紛争や重要な内部決定などにあたって、メディアや市民に対して欧州連合としての行動についての説明を行う役割を担うことが期待された。
ところが欧州理事会および議長は日常的な政策や立法過程に介入することはできない。これらは欧州委員会、欧州連合理事会、欧州議会がそれぞれ扱うものである。この点については欧州憲法条約の起草段階で、全加盟国首脳が背後にいる欧州理事会議長と欧州委員会委員長とが競合するという批判がなされていた。
欧州憲法条約でも第III部はもっとも分量があるものになっている。第III部は従来のローマ条約の規定に替わるものであり、内容面の修正のほかに既存の条文の整理を行って条約が見通しやすくなるよう調整・構築されている。また第III部は第I部で示された原理の過程や詳細を規定している。つまり第III部は欧州連合の通常の業務における基本的な規定がまとめられている。
しかしながら依然として予算総額を独自に増額したり欧州連合としてのあらたな税を導入したりすることはできない。これは歳入についての権限が欧州連合理事会に付与されているためである。
欧州憲法条約では加盟国ごとの欧州議会議員の人数の割当に関する規則について、欧州理事会で決定することとしている。議席配分は逓減比例の原則によって決められており、人口の多い国ではその人口1人当たりの欧州議会議員数が人口の小さい国のそれよりも少なくなっている。全体の定数については、2009年の選挙で選出された欧州議会においては750を下回るようにしなければならないと定められた。
欧州議会における採決方法は欧州憲法条約においても変更がなされなかった。立法、欧州委員会委員長の選任などの通常の採択には投票数の絶対過半数、立法についての第2読会では選任された議員の絶対過半数、欧州委員会に対する不信任決議などの一部の例外では3分の2以上の多数がそれぞれ必要となる。