藻岩山
昆虫は藻岩山で数千種が確認されている。チョウ類は藻岩山・円山に約90種が生息する。日本の国蝶であるオオムラサキが一部で観察され、多くのミドリシジミ類(ゼフィルス〈Zephyrus〉)をはじめ、ウスバシロチョウ類(パルナシウス(英語版)〈Parnassius〉)を含むアゲハチョウのほか、本州では高地に生息するチョウも見られる。
1926年(大正15年)8月4日に藻岩山で採集された1雌の標本より、1935年(昭和10年)に新種として発表されたエゾムモントゲヒゲトラカミキリ Grammographus jezoensis (Matsushita & Tamanuki, 1935) は、その後一度も見つかっておらず、そのタイプ標本も行方不明のため正体不明とされる。また、札幌農学校出身で藻岩山・円山を研究調査地とした昆虫学者の松村松年らにより、多くの昆虫に採集地の藻岩山にちなんだ和名・学名がつく。
樹木は100種余り(高木41種、低木54種、つる植物12種、計107種)の数多くの樹種が認められる。冷温帯性の落葉広葉樹林が最も多く、伐採の影響が見られない北・東斜面などにはイタヤカエデ(エゾイタヤ)・シナノキ林が広がり、ミズナラやホオノキなどが多様に混生しており、山頂付近にはダケカンバ林が見られる。尾根沿いや伐採の影響より再生した二次林は若いミズナラ林となる。軍艦岬の沢沿いなどにはカツラ林がある。
発見地などにちなんだ和名・学名が以下の植物につく。