佛光寺
一方の本願寺は、当時は青蓮院の末寺に過ぎず、第8世法主蓮如の時代の寛正6年(1465年)1月9日に、比叡山延暦寺西塔の衆徒により大谷本願寺が破却されるまでに荒廃していった。しかし、佛光寺も興隆していくにともない天台宗・延暦寺からの弾圧が強まっていく。応仁元年(1467年)、第13世光教の時に応仁の乱が起こる。京都の街は戦火に巻込まれ、佛光寺も諸堂を焼失する。乱のさなかの文明3年(1471年)、蓮如は越前国吉崎で布教活動を再開し本願寺教団は急速に発展していく。
文明13年(1481年)には第14世経豪(後の蓮教)が、なんと本願寺の蓮如に帰依してしまい、山科西野に「興正寺」という名の寺院を建立し、佛光寺派の有力末寺48坊のうちの42坊を引き連れて本願寺に宗旨替えし、真宗興正派を形成してしまうという大事件が起きてしまう。佛光寺の寺勢は急激に衰え、代わって本願寺が台頭するところとなる。残った有力末寺6坊は経豪の弟経誉を知恩院からよび戻し、新たな佛光寺第14世とした。以上の経緯から経豪は佛光寺歴代に数えられていない。
天正14年(1586年)に豊臣秀吉の懇請により、寺基を五条坊門の龍臥城(現在地)に移す。「仏光寺通」という通りの名前にもなっている。秀吉による移転は、従前の佛光寺の敷地を方広寺大仏(京の大仏)・大仏殿造立のための用地に充てるためである。
住職は、室町時代以降二条家の猶子となり、妙法院門跡の許で得度する慣習があった。やがて准門跡に列せられ、僧正位を代々受ける。明治になり苗字公称が義務づけられると、渋谷姓を名乗った。1896年(明治29年)6月9日、管長渋谷隆教が男爵を授かって華族に列せられた。
現門主は2016年(平成28年)に就任した渋谷真覚。