享禄・天文の乱
更に急遽山科本願寺に戻った下間頼秀の報告を受けた蓮淳は実顕の行為はあくまでも法主の命令に従ったものであり、その命に逆らうものは法主への反逆であるとして超勝寺と全国の門徒に対して賀州三ヶ寺の討伐命令を証如の名で発したのである。
6月には東海地方・畿内の門徒が山科に結集して、実如の子である実円と下間頼盛に率いられて出陣し、門徒として知られていた飛騨の内ヶ島氏の支援を受けて飛騨山中から加賀に侵入した。これを見た賀州三ヶ寺側の門徒の動揺は激しく、「仏敵」になることを恐れた寝返りが相次いだため、松岡寺と本泉寺はたちまち超勝寺と援軍を主力とする本願寺軍の手に奪われた。これに対して本願寺に打撃を与える機会を狙っていた越前の朝倉孝景が賀州三ヶ寺の支援のために加賀へ出兵。続いて能登畠山氏の一族で蓮能の実兄・畠山家俊も甥である実悟救援を理由に主君畠山義総の許しを得て加賀へ出兵した。名目上の加賀守護で富樫泰高の孫の富樫稙泰・泰俊父子も賀州三ヶ寺側に参戦した。
9月26日、加賀手取川において朝倉教景(宗滴)・賀州三ヶ寺連合軍が本願寺軍を一旦は破るものの、11月の津幡の戦いでは逆に本願寺側の反撃によって畠山家俊らが討ち死にして潰滅し、賀州三ヶ寺最後の光教寺も陥落した。
細川政元の死とその後の2年間の亡命生活は実如にとっては大きな打撃であった。同時に教団を維持するための守りの姿勢を固める重要性も出てきた。そこで実如は寺の実務を次男で後継者となっていた円如と自分の同母弟で蓮如の6男にして円如の舅でもあった近江顕証寺・伊勢願証寺両寺の住持を兼ねていた蓮淳に教団運営を任せることにした。以後、円如と蓮淳は実如の意向を受けて教団の改革に乗り出した。
まず蓮如の著した「御文」と呼ばれる文書の中から80通を選んで5帖に編集し宗門信条の基本とした。続いて永正15年(1518年)、新たな3法令を定めた。1つ目は俗に「三法令」と呼ばれているもので、
武装・合戦の禁止
派閥・徒党の禁止
年貢不払いの禁止
の以上3つであり、北陸各地の門徒達から偶々病気治療のために上洛する蓮誓に誓約書を託させて提出させた。
2つ目は新しい坊(寺)の建設禁止と既存の坊の整理統合を命じたもので、同時に寺号付与の権利を本山である本願寺法主のみが保持することになった。これにより寺の設置廃止の全てを本願寺の統制下に置いた。
最後に翌16年に定めた「一門一家制」の制定である。これは従来「一家衆」と呼ばれていた本願寺の一族寺院の間に家格を定めたことである。すなわち、
連枝 - 法主の子供・兄弟。
一門 - 連枝の嫡男(第二世代)。
一家 - 連枝の次男以下と蓮如以前に分かれた一族。「末の一家衆」とも。
これにより「親鸞の御血の道」と呼ばれた直系が継承する法主に権限を集約し、その藩屏たる連枝・一門の優位が定められたのである。