G.I.ジョー バック2リベンジ
師匠の復讐を果たすべく、ストームシャドーはスネークアイズ達と同行する。
その頃、ザルタン扮する大統領は核保有国であるロシア・イギリス・フランス・イスラエル・中国・インド・北朝鮮の首脳をサムター砦に招いてサミットを開催していた。ザルタンは核軍縮に消極的な各国首脳に対して核兵器の放棄を提案し、これを拒否するのであれば宣戦布告と見做すと通告、彼らの目の前で核のフットボールを通じアメリカが保有する全核ミサイルを発射する。これに対応すべく各国も続々と核ミサイルを発射するが、それを確認したザルタンは発射した核ミサイルに自爆指令を送って自爆させ、他の首脳にも核ミサイルの自爆を促す。それに応じた各国の首脳は自国の核ミサイルに自爆指令を送って自爆させるが、それを狙っていたザルタンは首脳たちに秘密兵器「プロジェクトゼウス」の存在を明かす。プロジェクトゼウスは衛星軌道上に配置した7つの人工衛星から目標に向けタングステン製ロッドを投射して破壊するもので、核よりもクリーンで強力な恐るべき大量破壊兵器だった。ザルタンはデモンストレーションとしてロンドンをプロジェクトゼウスを用いて破壊し、そこに現れたコブラコマンダー達は各国首脳に対しコブラに屈服するよう要求、応じなければプロジェクトゼウスで各国の首都を破壊すると脅迫した。
世界の危機が迫る中、G.I.ジョーは二手に分かれ本物の大統領救出と各国首脳の救出に向けコブラに戦いを挑む。