大陸戦争 (ACE COMBAT)
ストーンヘンジではUTO指揮下の12機の航空機と警備隊員が防衛に携わっていたが、エルジア軍により制圧された。エルジア軍はストーンヘンジの運営に携わるスタッフを捕らえ、ストーンヘンジを動かすための人材を確保した。スタッフに関して、エルジア当局は健康な状態で軍の保護下にあると発表した。ストーンヘンジの管理は、エルジア空軍の下部組織にあたるミサイル防空局がミサイル防空軍に名称を変更した上で格上げされ担当することとなった。また、エルジア陸軍もストーンヘンジの運用に関わったとされ、運用に携わったシューティングスター隊などの部隊章が残されている。
エルジアの占領下に置かれたサンサルバシオン市民の生活は次第に変化していった。学校で学ぶ言語は変えられ、地元警察は姿を消しエルジア軍の憲兵がこれに変わった。軍用を除くインターネットが遮断されたため、市民は鉱石ラジオを使うことになった。パラボラアンテナを掲げることで見られたノースポイントからの放送は、そのうち見ることができなくなった。ガソリンの配給が滞ったため、街から自動車が姿を消し荷馬車が復活した。また民間人のレジスタンスが抵抗運動を開始し、エルジアは秘密警察によって不穏分子の摘発に当たった。
2010年9月、環太平洋戦争が勃発し、オーシアとユークトバニアが戦争状態に入った。ユージア大陸も間接的に影響を受け、後述する自由エルジアが再び蜂起する一因となる。
2011年、オーシアのハーリング政権はユージア大陸の復興のため、国際軌道エレベーター公社(ISEV)を設立した。国際軌道エレベーターの建設地は旧エルジア領だったセラタプラで行われることとなった。エルジアでは市民の反対運動が激化したが暫定自治政府には拒否する権利がなかった。エルジアは暫定自治から脱却し、王政復古によりエルジア王国と国号を改めた。これを受けてIUNは停戦協定の履行を監視するため国際停戦監視軍をユージア各地に派遣したが、その戦力の大半はオーシア軍によって構成されていた。国際停戦監視軍は軍事演習を繰り返しており、軌道エレベーターの存在も併せて、エルジアとその周辺国ではオーシアに対する不満が蓄積していき、オーシアによる支配からの脱却を唱える運動が活発になっていった。エルジア軍内の急進派(推進派)と呼ばれる派閥はオーシアへの攻撃を主張し、そして2019年5月、エルジア側によるオーシアへの宣戦布告が行われ、第二次大陸戦争(灯台戦争)が勃発することとなる。
戦争終結後も大陸各地では依然としてISAFへの降伏を受け入れない旧エルジア軍の残党勢力が抵抗を続け、ISAFと衝突を繰り返した。ISAFは残党勢力と砲火を交えるも、もともと旧エルジア軍が強大な軍備を有していたため、決定打を与えられずにいた。
2006年9月下旬、残党勢力のうち旧エルジア空軍将校を中心とする一派が自らを「自由エルジア」と称し、大陸各地の残党勢力に徹底抗戦を呼び掛ける事態が発生した。その結果、これまで個別に抵抗を続けていた残党勢力は続々と自由エルジアへと合流し、膨れ上がった戦力を持って自由エルジアは国連管理下にあった軍事工廠を襲撃し、多数の兵器を強奪した。これを重大視したISAFは自由エルジアの討伐を目的にカティーナ作戦の実施を決定した。終戦後に退役したISAF空軍最強のエースパイロットであるメビウス1をカティーナ作戦の要として呼び戻し、空中管制機と共に、調査により判明した自由エルジアの根拠地であるホワイトバレー湾の軍港島へ向けて出撃させた。
メビウス1と自由エルジアは各地で戦闘を繰り広げ、自由エルジアは陸海空のあらゆる戦力を展開してメビウス1に攻撃を仕掛けたものの、メビウス1を撃墜することは叶わなかった。メビウス1は軍港島で空母を含めた自由エルジアの部隊に大打撃を与えた。自由エルジアはX-02で編成された部隊を投入してメビウス1の迎撃に当たらせたが全機が撃墜された。自由エルジアの中心メンバーはISAFによって身柄を拘束され、自由エルジアは壊滅した。また、前々から謎に包まれていたエルジアの無人戦闘機の開発データもISAFによって回収された。
具体的な交戦期間は不明であるが、2006年内に紛争は終結した。