ネオカリマスチクス綱
ネオカリマスチクス類は小さなグループであり、2023年現在で約22属、50種ほどが知られる。これらは、分子形質、および遊走子の鞭毛数、菌体の構成、胞子嚢の発達過程や形態などに基づいて分類されている。真核生物では種レベルの分子形質としてリボソームDNAのITS領域 (internal transcribed spacer) が広く利用されているが、ネオカリマスチクス類ではこれに大きなゲノム内変異があるため、代わりに大サブユニットリボソームRNA遺伝子 (28S rDNA) が用いられる。また環境DNAを用いた調査からは、ネオカリマスチクス類がより大きな多様性をもつことが示されている。
ネオカリマスチクス類は1綱、1目、1科に分類されていたが、2023年にこれを4科に分けることが提唱されている(下表1)。系統的には、多鞭毛(16本以上)の遊走子をもつ属(Aestipascuomyces, Feramyces, Ghazallomyces, Orpinomyces, Pecoramyces, Neocallimastix)、および球根状の付着器をもつ属(Caecomyces, Cyllamyces)はそれぞれ単系統群を形成することが示唆されている(下図7)。
一方、Piromyces などでは、2方向に発芽し、一方は仮根に、もう一方が遊走子嚢になる (exogenous thallus development)。また Capellomyces などでは、両方の発生形式が見られる。Orpinomyces などでは、発芽した部分から、複数の遊走子嚢がつながった仮根状菌糸体を形成する。Caecomyces などでは遊走子シストが発芽して球根状付着器となり、ここから1個または複数の遊走子嚢が形成される。
ネオカリマスチクス類は絶対嫌気性であるが、酸素存在下でも生存できる休眠細胞を形成する。ただし、いくつかのネオカリマスチクス類から、それぞれ異なるタイプの休眠構造が報告されており、詳細はわかっていない。ネオカリマスチクス類において有性生殖は報告されていないが、休眠細胞形成において、有性生殖が関わっている可能性が示唆されている。またゲノム調査からは、ネオカリマスチクス類の栄養体が単相(染色体を1セットのみもつ状態)であることが示唆されている。
知られている限りでは、ネオカリマスチクス類のゲノムサイズは 71–193 Mbp(1 Mbp = 100万塩基対)と菌類の中では比較的大きく、1万から2万個の遺伝子をもつ。また、ゲノムのGC含量が極めて低い。