核酸の二次構造
RNAの二次構造は、X線結晶構造解析によって得られる原子座標(三次構造)から決定することができ、多くの場合蛋白質構造データバンク(PDB)に登録される。現行の手法には3DNA/DSSRやMC-annotateも含まれる。
シュードノットは少なくとも2つのステムループ構造を含み、一方のステムの片側の鎖は他方のステムの両鎖の中間に挿入されている。シュードノットは結び目(ノット)型の三次元構造へフォールディングするが、実際に結び目が形成されるわけではない。シュードノット中の2つのステムの塩基対は入れ子型になっていないため、両者の一次配列上の位置は重複する。このことが、標準的な動的計画法による核酸配列中のシュードノットの存在の予測を不可能にしている。これらの手法では塩基対形成するステムの同定のために再帰的なスコアリングシステムを利用するため、入れ子型でない塩基対を一般的なアルゴリズムで検出することはできない。しかし、限られたサブクラスのシュードノットのは修正された動的計画法によって予測することが可能である。確率文脈自由文法といった新たな構造予測技術もシュードノットを考慮することはできない。
シュードノットは触媒作用を持つさまざまな構造を形成することができ、重要な生物学的過程のいくつかはシュードノットを形成するRNA分子に依存している。例えば、ヒトのテロメラーゼのRNA要素は、その活性に重要なシュードノット構造を含んでいる。D型肝炎ウイルスのリボザイムは、活性部位にシュードノット構造を持つ触媒RNAの良く知られた例である。DNAもシュードノットを形成することができるが、標準的な生理的条件下では一般的に存在しない。