海峡植民地
1826年、イギリス東インド会社はこれら3植民地を統合して海峡植民地とし、インドのベンガル総督府の管轄下でペナンに海峡植民地知事が駐在した。行政府となったペナンの人口は1860年には125,000人(ウェルズリーを含む)を数え、海峡植民地中首位であった。ただし、19世紀のシンガポールの経済的成長はめざましく、1832年以降はシンガポールが行政府となる。
しかし、シンガポールの経済的発展とはうらはらに、東インド会社にとって海峡植民地はあまり利益をあげない「お荷物」であることが明らかになっていった。1826年の成立以来、海峡植民地は自由港だったために関税収入が見込めなかったうえ、当初期待された香料取引による利益も、香料自体の価格の暴落によって、期待できないものとなったからである。1805年にペナンが英領インドの4番目の管区に指定されて以来、海峡植民地はそれを受け継いでいたが、1830年にはとうとうその地位が剥奪され、レジデンシーに降格されてしまった。なお、降格後も行政の長の職名は「知事(Governor)」とされる慣行が続いたが、英領インドの行政官の秩序の中では、ほぼ閑職扱いであった。
他方で阿片戦争以来、海峡地域には中国からの移民が流入し労働力を提供したが、その秘密結社が治安上の問題となることもあった。それにもかかわらず、インド政府側は海峡植民地の治安や公共政策への出費に積極的でなかったため、シンガポールを中心に活動していた海峡商人たちの間で不満が高まる要因になった。