カバ科
従来このグループはペッカリー科に近縁であるとされていた。以前は猪豚亜目に分類されていた。1999年には本科と旧鯨目CetaceaからなるクレードをWhippomorpha(Whippo=whale+hippo)とする説が提唱された。同年に発表されたSINE法による分子系統解析では、本科は猪豚亜目の他科ではなく旧鯨目と姉妹群であるという解析結果が得られた。
カバの姉妹群はクジラ類である可能性が示唆され、「鯨偶蹄目」という分類群が創設された。しかし、始新世に現れたクジラ類との間には長いギャップがあり、カバの先祖は不明であった。この間を埋める存在とされたのが、アントラコテリウム科である。このグループは、下顎や歯列などカバと類似した形態を持っていたため、カバの祖先であると推定された。アントラコテリウムは始新世の終わりに出現した、小さな頭のカバのような姿をした半水棲の偶蹄類である。