馬英九
学習指導要領の改訂を進める際に、17世紀の鄭成功一族の台湾統治(南明)を「明鄭統治時期」と変更し、台湾と中国の一体性を強調する意図があるとして、台湾教育省に高校生らが突入する事件がおきた。
自身の出生地でもある香港を3度訪問しており、香港行政長官の董建華は香港礼賓府に馬を招いた。董長官は、返還前に海外へ移住した香港人が戻って来ていること、外資系企業の投資も増えていることなどを理由に挙げて「一国二制度は成功している」と説明し、友好的な態度をアピールした。4日間の滞在中、容姿端麗な馬がホテル周辺を早朝ジョギングする姿が話題となり、「香港にも市民の選んだ市長を」とあこがれる傾向も見られた。ところが、2005年1月には入境を拒否された。馬は香港大学での講演を要請されて香港訪問を申請したものの、特区政府はビザを発給しなかった。当時、全国人民代表大会の開幕を目前に中央政府は「反分裂国家法」の制定準備を進めていた。この法律には台湾独立を封じる狙いがあり、馬がこれに反対する論説を発表したため、中央政府の不評を買って香港入境を差し止められたと推測されたが、このとき特区政府は子細を明らかにせず、あいまいな態度が非難を浴びた。
総統選挙では「三不」(台中統一・台湾独立・武力行使のいずれも行わない)をスローガンに掲げていた。しかし、総統に就任した後には「統一という選択肢を排除するものではない」と発言した事もある。
総統選挙中の2008年3月18日、チベットで発生した大規模暴動について中国当局を批判し、自らが総統に当選した際には北京オリンピックをボイコットする可能性を示唆した。また党綱領から「統一」の文字を削除して「台湾」の文字を新しく盛り込み、党規約に「台湾主体」を明記している。
一方で、2008年5月に訪中して中台与党党首会談も行った当時の国民党主席呉伯雄の北京オリンピックの開会式への出席を認め、チベットのダライ・ラマ14世が台湾訪問の意向を示したところ拒否するなど、中国への一定の配慮は維持している。更に総統選挙に向けて懸案事項である経済問題の重視を打ち出し、経済上重要な存在である中国との間に欧州連合(EU)加盟国同士並みに関税、資金、労働力の自由流通を目指す「両岸共同市場」を提唱した。
総統就任後の2008年12月15日には、中国との間で「三通」を実現させた。学生には奨学金の返還を求めない措置を講ずると言い、旅行業者には三通(中台間の通信、通商、通航の直接開放)で空と海の直行便を定期化し、年間360万の中国人観光客を呼び込んで商売を繁盛させると呼びかけた。同年12月23日には中国からジャイアントパンダの團團(オス)と圓圓(メス)が台北市立動物園に寄贈された。
2010年には中華人民共和国と事実上の自由貿易協定である両岸経済協力枠組協議(ECFA)を締結し、1970年の大阪の日本万国博覧会以来40年ぶりに参加した万博である上海国際博覧会に台湾は出展した。
2012年には国民党中央委員会に中国共産党第十八回全国代表大会へ初めて祝電を打たせ、習近平が総書記(中国最高指導者の役職)に選出された際は馬自ら異例の祝電をおくった。
中台関係の改善
国民党公認の馬英九が総統となった事で中台関係の雪解けが期待され、台湾国内でも毛沢東のペーパーウエートが発売され、中国国内でも同年に制作された国策映画の建国大業で蔣介石の愛国的一面が描かれたことに蔣介石の孫で当時国民党副主席の蔣孝厳(中国語版)が「客観的な歴史評価」と称賛 して国民党本部で毛沢東の孫と面会 するなど中台の友好ムードが高まっていった。
中台関係の停滞と世界金融危機で低迷していた景気の回復などを期待して、当選直後に台湾ドルが10年ぶり高値を付けた。馬英九本人も政権発足後から直ちに中台関係の改善と経済政策の重点化を掲げて、前政権時代に制限されていた台湾企業の中国進出を緩和する意向なども示した。2009年7月26日に行われた国民党の主席選挙にて28万5354票(得票率93.8%)を得て当選し、同年10月17日に正式に第6代主席に就任した。台湾経済の回復を進め、政権初期の高支持率に繋がった。
台風被害と支持率の低下
2009年8月、台風8号が台湾を直撃するという過去最悪の台風による災害が起き、500名以上の死傷者が発生する事態となった。この際に政府の被災地での救援活動が遅れ、台湾国民からの厳しい批判にさらされた。馬英九は救援活動の不手際を認め、総統職の退任は否定したが、責任問題の追及には同意した。被災者が避難生活を送る寺院を訪れた際には、被災者の一人が「総統と劉兆玄(行政院長)は今すぐ辞任すべきだ」と叫ぶと、会場から大きな拍手が沸いた。
1998年の台北市長選に国民党公認候補として出馬。多くの票を獲得して当時の現職・陳水扁(民主進歩党公認・前総統)を破り当選した。2002年に再選され、2006年12月の任期満了まで同職に留まった。台北市長時代は台北市全域の無線LANの整備、下水道整備の普及、スポーツ施設整備などのインフラ整備に力を注いだ。また、士林官邸、七海官邸、孫運璿旧邸、李国鼎旧邸、嚴家淦旧邸、錢穆旧邸などの文化財保護事業に力を注いだ。また国民党主席の連戦が辞任を表明すると、党内の高い期待を背景に2005年7月16日に行われた国民党主席選挙に出馬(二回目の党員による直接選挙だが、対立候補が出たのは初めてであった)して、37万5056票を獲得、対抗馬の王金平立法院長(14万3268票を獲得)に大差をつけて第4代国民党主席に選出された。
党主席兼任後2005年末の23県市長選挙では国民党が14、親国民党系も含めると17ポストを獲得するなど地滑り的な勝利を得た。国民党内では若手政治家の筆頭となった馬英九を次期総統選挙で候補に立てる意見が高まったが、出馬意思を表明した2007年2月13日に台北市長時代の首長特別支出費の一部支出について横領容疑で起訴される事件が発生した。これを受けて馬英九は党への影響を避ける為に国民党主席を辞任したが、裁判については争う姿勢を示した。一審の台北地裁(同年8月17日)では無罪判決が下され、同年12月28日の二審(台湾高裁)でも無罪判決が下された。二審までの無罪判決を受け、馬英九は2008年1月3日に起訴した検察官を不当な政治妨害を行ったとして告訴した。
2008年4月24日、台湾の最高裁が検察の上告を棄却したことにより馬英九の無罪が確定した。
2014年3月18日、海峡両岸サービス貿易協定に反対する大学生が立法院を占拠する事件『ひまわり学生運動』が発生。300人ほどの学生が立法院の議場を占拠し、立法院の周りにも数千人から数万人の支持者が集まった。大学生たちは協定の審議やり直しと馬英九との公開討論を求めているが、馬英九政権は応じていない。
2015年11月7日午後3時過ぎ(現地時間)、シンガポールのシャングリ・ラ・ホテル・シンガポールで馬は中国共産党の習近平総書記と史上初の中台首脳会談を行った。中華民国と中華人民共和国はお互いに自らが中国で唯一の合法政府だとの立場を取るため、「両岸の指導者」同士として会談を行った。馬と習は「国家主席」、「総書記」と「総統」の肩書を使わず、日本語で「さん」を意味する「先生」(xian sheng)と呼び合った。首脳会談では、中国と台湾が不可分の領土であるという「一つの中国」の原則を確認し、交流を拡大することなどで一致した。 台湾海峡情勢を安定させるため、当局間のホットラインを開設することも合意した。一方、同日、総統府前では中台首脳会談に抗議する市民のデモが行われた。
2016年3月、民進党の政権復帰が決まったことを受けて中華人民共和国はそれまで見送ってきたガンビアとの国交を樹立した。民進党の陳水扁前政権に対しては6カ国も台湾と国交断絶させたのに対して国民党政権になると中華人民共和国は馬の掲げる外交休兵(中国語版)に配慮して中華民国と断交する国はそれまでなかった。