水俣病
2002年2月2日、チッソは最終処分場(いわゆる八幡残渣プール)の外周道路および護岸を水俣市に寄付を申し入れた。さらに2002年10月7日、水俣市は寄付を受入れ、所有権移転登記した(出典:有印公文書がブログで公開されている)。現在では、八幡プールの外周道路へは、自由に出入り可能である。
2014年5月16日、国と熊本県に対し、食品衛生法に基づく被害実態調査と違法性の確認を求める行政訴訟が起こされた。
厚生省(当時)は、「すべての魚介類が汚染されているわけではない」などとして食品衛生法の適用を見送った。一方で、東日本大震災後の福島第一原子力発電所事故による食品への放射性物質の汚染に対しては、これと同様に、全ての食品が汚染されているわけではないにもかかわらず、食品衛生法に違反するものとして解釈を示し、都道府県等に対して販売されないよう処置されたいと通達しており、両者の解釈に齟齬が生じている。
同年11月11日、清浦は「有機アミン説」を通産省に報告。
同年11月12日、食品衛生委員会常任委員会は、「水俣食中毒特別部会」の中間報告に基づいて、渡邊良夫厚生大臣に「水俣病の原因は有機水銀化合物である」と答申。翌13日、渡邊が閣議で紹介すると、池田勇人通産大臣は「チッソ社が原因だとするのは尚早だ」と反論し、結局、閣議了解事項とならず、通産省に押し切られた厚生省は同日、「水俣食中毒特別部会」を解散させるに至った。水俣病の有機水銀原因説に対して、新日本窒素肥料や日本化学工業協会などは強硬に反論している。
同年12月25日、水俣工場は、汚水処理装置「サイクレーター」を完成。工場排水による汚染の問題はなくなったと宣伝したが、のちに「サイクレーター」は水の汚濁を低下させるだけで、排水に溶けているメチル水銀の除去には全く効果がないことが明らかにされた。
同年12月30日、新日本窒素肥料は水俣病患者と家族でつくる「水俣病患者家庭互助会」と見舞金契約を結んだ。少額の見舞金を支払ったが、会社は汚染や被害についての責任は認めず、将来水俣病の原因が工場排水であることがわかっても新たな補償要求は行わないものとされた。
このほかこの年には、新日本窒素肥料は、排水停止を求めていた漁業組合とも漁業補償協定を締結した。これらの一連の動きは、少なくとも当時、社会的には問題の沈静化をもたらし、水俣病は終結したとの印象が生まれた。実際には、それまで水俣湾周辺に限られていた患者の発生も、1959年初め頃から地理的な広がりを見せており、その一方、声を上げることのできない患者たちの困窮はさらに深まっていった。