三木鉄道三木線
三木市内区間の跡地利用については、市が検討のための諮問機関「三木鉄道跡地等利用検討委員会」を設置し、2008年のほぼ年間にわたって検討が行われた結果、街づくりの観点から重要な用地と位置づけられ、鉄道の歴史継承や観光振興のほか、災害対策強化なども盛り込んだ計画が策定された。計画では「三木駅周辺エリア」と「軌道敷エリア」に大別され、前者では路線バスの結節点など地域交通の拠点として、後者では踏切跡の交通障害除去(道路拡幅)のほか一部の鉄道施設について保存・活用をはかる内容となっている。なお、後者のうち鉄道営業当時の景観を保存した遊歩道を整備するとしていた加古川市境付近の区間において、約80メートルにわたるレールや枕木の盗難が2011年6月に明らかとなった。
三木市域の廃線跡は「別所ゆめ街道」として整備され、2018年5月13日に完成式典が行われた。石野-西這田間の花尻川橋梁および国道175号の立体交差付近-三木鉄道記念公園間以外は遊歩道として歩行者の通行が可能になっている。石野・別所の両駅はホームと線路を生かした休憩施設となっており、老朽化した駅舎は解体されて跡地に駅舎風の休憩所が建てられている一方、三木鉄道時代に開業した駅は完全に撤去され跡形もない。これに対し、加古川市域の廃線跡は線路・駅施設・橋梁などの設備を撤去したのみで放置状態である。
経営改善を狙い、北海道旅客鉄道(JR北海道)が開発中の線路と道路の両方を走れるデュアル・モード・ビークル (DMV) を導入して、三木線の終点三木駅から約800m離れている神戸電鉄三木駅の間を直通することも検討していたが、2006年に三木市の財政再建のため「三木鉄道の廃止」を公約に掲げ市長に当選した薮本吉秀が2007年3月1日の市議会で全線の廃止を正式決定し、早ければ2007年度中に廃線とする方針を表明した。4月26日には三木鉄道の取締役会でも廃線が決定された。
7月23日、市長が廃止届けを提出し、2008年4月1日に廃止する予定を表明した。
この決定によって予定通り全線が廃止され、特定地方交通線から鉄道として存続した路線では7例目、うち第三セクター鉄道として存続した路線では5例目、さらにそのうち会社の名前も消滅する全線廃止のケースでは4例目となった。