Cytus II
「バロー」のメンバー。口が悪く、喧嘩っ早い。「マッドドッグ」という別名を持つ。南宮薫誘拐の張本人。
物語はこの状況下、大人気歌手のPAFF、人気実況者のNEKO#ΦωΦ、ロボットのROBO_Head、A.R.C.で働くギタリストXenon、古代楽器の演奏家ConneR、新生バンドのボーカルCherry、バーを営む元ベーシストJOE、ROBO_Headの製作者Nora、全ての真実を知る存在Ivy、"外"の世界の探査隊の隊長Sager、Sagerの部下の謎多き研究員Rin、SagerとRinのペットであるBo Bo、世界の中心となる機能を持つ存在Vanessa、そして「復興阻止計画」と深い関連のあるアーキテクトIlkaの13人と1匹を中心として進んでいく。さらにコラボレーションキャラクターとして、Xenonが「チップの世界」で出会った不思議な少女Alice、ピアノの名手Hans、バーチャルアイドルのMiku、バーチャルYouTuberのKizuna AI、バーチャルシンガーのKaf、「Arc Nights」のAmiyaも外伝的にストーリーに関与する。また、謎のキャラクターGraff.Jの正体とは...。
Ver.3.4.5追加有料キャラクター。Deemoとのコラボレーションキャラクター。Xenonが解析したチップの中の映像に登場する少女で、Deemoとのコラボレーションキャラクター。イメージカラーはダークブラウン。ストーリーは基本的にDeemoのものになぞられているが、今作で新しく追加された部分もある。iMのアカウントは持っていない。楽曲はDeemoで登場した曲。
Crystal PuNKのベーシストであったJOEは、現在は「JOEZ Cafe」というバーを経営している。10年以上前、バーは「Saxo Cafe」として、JOEとSaxon、そして迷い犬のZarkとともに平和に過ごしていた。
しかし、バーの裏の姿はヤクザたちと取引し、彼らの仲介を行う場所だった。JOEもNode 08で活動するそういった人物たちと、Saxonの手伝いをしていた10代の頃から関わりがあった。だが、取引内容はあくまでも法的にグレーゾーンの部分のみで、違法行為には触れないよう注意を払っていた。
だが、JOEに仕事が引き継がれた後の裏社会は、絶妙に保たれていた均衡が次第に崩れ始める。ヤクザグループの2番手「バロー」が、人身売買のような犯罪行為を行い始め、JOEもその現場を目撃してしまう。さらにSaxon亡き後、バローは1番手の組織であった「アンドー」を管理局に密告し、アンドーは壊滅状態となる。
フルネームは「ViVian Rose」。Tower017から転倒して落下しかけるも、Ivyによって助けられる。
Eagle-01隊員。Sagerとは腐れ縁。コードネームは「ジャッカル」。人を小馬鹿にするような発言が多く調子に乗りやすいが、命令には忠実で身体能力は抜群。危険を嗅覚で察知できる第六感を持っている。
「土竜」の筆頭。フルネームは「水名月 龍」。普段はめったに表に出てこない。「土竜」と手を組むことを条件に、Phoenixに研究場所を与える。
Helenaの婚約者。フルネームは「Noah Black」。Aroma・Helenaとは同居している。A.R.C.に勤めており、かつてはPhoenixの部下であった。気さくな性格であるが、感情的になりやすい一面がある。Aromaには過去にとある罪を犯しており、今でもその罪悪感に捕らわれている。
この研究所の所長・矢澤安の娘が本物の「矢澤凛」である。10号機もある時「半覚醒者」として自我に目覚め、凛と交流を深め、やがて親友になる。しかし退役事件の際に他のアーキテクトに操られる形で人間と敵対した10号機は制止しようとした凛を攻撃。それでも逃げずに自身の記憶を思い出させようとした凛の強い言葉で感情を取り戻す。彼女の最期を看取り、遺体を連れて絶望の中Shelterへ避難し自らをシャットダウン。その間に凛の情報がインプットされていき、Sagarに発見されたときの10号機は当時の「矢澤凛」の容姿になっていた。
目覚めた時に凛の名前を叫んだため、Sagarから仮の名前で「Rin」と名付けられた。シャットダウンの間に凛とのかつての記憶が失われている。A.R.C.の上層部やSagarにはアーキテクトであることが知られているが、目覚めた後は「Sagarの同僚の『人間』」という建前で生活するようになる。ちなみに眼鏡をかけているのは、目覚めた後の調査で視覚システムが損傷しているのが判明したため。
Ivyらと同じく、500年以上前に自我を持ったアーキテクト。
研究者で、Noraの父親役。フルネームは「Phoenix Wyle」。A.R.C.を追われた後、Node03でヤクザと手を組み、人体実験を行っていた。肉体の改造にも成功していたようである。部下には常に冷酷で、間違いを許さない。Noraには特別な感情を抱きつつも、研究に没頭し放任主義に近い育てをしていた。Kimにより殺害される。