ゾルゲ諜報団
特別高等警察は1930年代より、日本での共産党関係者の検挙者の情報や、アメリカ連邦捜査局(FBI)の資料などからアメリカ共産党の日本人党員の情報を収集し、アメリカ共産党党員である宮城与徳やその周辺に内偵をかけていた。宮城や、同じアメリカ共産党員で1939年に帰国した北林トモなどがその対象であった。これらの共産党関係者に内偵をかける中でスパイ網が発覚し、その後の捜査開始につながったとされている。
また、無線電波が都内から中国、ソ連方面に送られていることを察知していた日本の特別高等警察は、スパイの内定を進めていた。なお、満州国の憲兵隊からソ連が押収してロシア国内で保管されていた内務省警保局の「特高捜査員褒賞上申書」には、ゾルゲ事件の捜査開始は「1940年6月27日」であったと記されている。1941年4月にはソビエト連邦と大日本帝国との間で日ソ中立条約の締結が成功したが、ドイツはそれでもソ連に進攻し独ソ戦が勃発した。
1941年9月27日の北林の逮捕を皮切りに、特別高等警察に事件関係者が順次拘束・逮捕された。10月10日には、ゾルゲの自宅には日本語教師という名目で、また、大阪朝日新聞の元社員で近衛内閣嘱託の尾崎の自宅には娘の絵の教師として出入りし、両者の連絡役をおこなっていた宮城が麻布区龍土町の下宿先で逮捕され、築地警察署に連行される。この際に行われた家宅捜査で数多くの証拠品が見つかり、事件の重要性が認識された。
さらに、宮城宅を視察することによって10月13日には九津見房子、秋山幸治が逮捕された。宮城は特別高等警察の取り調べ中に2階の取調室の窓から飛び降りて自殺を図ったが、聖路加病院に搬送されて手当を受け、逮捕3日目に取り調べは再開された。以後は陳述を始め、この陳述から尾崎や、ドイツの「フランクフルター・ツァイトゥング」紙の記者をカバーとして、東京府に在住していたゾルゲなどがスパイであることが判明した。
捜査対象に外国人、しかも友好国のドイツ人かつオットー大使とも非常に懇意なゾルゲがいることが判明した時点で、警視庁特高部では、特高第1課に加え外事課が捜査に投入された。