神領車両区
牽引車。パンタグラフ取り付け部を低屋根化改造した800番台と車体更新車の100番台が所属していた。
国鉄時代の1982年11月まで中央本線急行「きそ」・「つがいけ」用の8両編成が配置されていたが、同列車の廃止、運用移管により全車他区へ転出したため配置がなくなっていた。その後1989年3月に大垣電車区の中央本線・篠ノ井線・関西本線用の車両が移管され、再配置された。一部は静岡運転所からの転入車も存在した。
最大で3両編成15本が存在したが、車両の老朽化、運用減により3本が早期に廃車され12本(T1 - T12編成)が残ったが、1996年3月にT9編成が廃車され、代わって静岡運転所から3両編成が1本転入しT13編成となり、最終的にT1 - T8・T10 - T13編成の計36両が所属していた。
中央本線・篠ノ井線(中津川 - 松本間)や関西本線の普通列車を中心に運用され、松本 - 名古屋間の直通の普通列車も存在したほか、1990年冬からは東海道本線(東京 - 大垣間)の臨時夜行列車に、1992年末からは飯田線の臨時急行「伊那路」にも充当された。313系の導入に従って1999年7月に定期運用を終了したが、その後も廃車を免れた車両は東海道本線(東京 - 大垣)間「ムーンライトながら」の救済臨や快速「さわやかウォーキング号」等の臨時列車にも使用された。
2001年5月、最後まで残っていた編成が廃車回送され、当区の165系は全廃された。2008年時点で元T8編成が美濃太田車両区に保存されていたが、のちに先頭車のクモハ165-108はリニア・鉄道館に再整備の上展示されている。
8000番台は夕方のホームライナーや中央本線(名古屋 - 中津川間)の普通・快速列車に原則として2編成併結の6両編成を基本として運用されていた。また、ホームライナー以外では211系と併結した運用も設定されていた。 2013年3月のダイヤ改正までは3両単独、もしくは6両で「セントラルライナー」に運用されていた。
1100・1600番台、1700番台はそれぞれ2006年度に登場した増備車(3次車)であり、前者は当区の113系の置き換え用として2006年11月から、後者は飯田線および篠ノ井線で使用されていた静岡車両区の115系置き換え用として2007年3月からそれぞれ運用を開始した。 2011年7月に4両編成の第6編成(B6編成)が配置された。これ以前は211系5000番台が代走として313系の運用に入ることがあり、2021年まででもまれに同じ両数での代走が相互に行われる場合があった。 2017年3月の東海道線安城駅 - 西岡崎駅間の衝突脱線事故による車両不足により、1100番台4両編成1本(B6編成)が大垣車両区に転属したが、2020年10月1日付で当区へ戻っている。
2021年より、1300番台のB400編成がB500編成同様にワンマン運転に順次対応化している。
2022年3月12日のダイヤ改正及び315系の投入に伴い、1500番台、1600番台、1700番台は神領車両区から大垣車両区に、8000番台が静岡車両区に転属した。全て3両編成である。また、2023年より1000番台が順次、大垣車両区に転属した。