新発田藩
同じく落人の土橋弥太郎を迎え入れる。土橋家は後に溝口姓を与えられ、溝口伊織家の祖となる。元和4年、村上周防守が跡継ぎなく除封となると、その遺臣、下長門守本国を迎え入れる。下家は、越後国奥山庄(その中でも関川村の辺り)の中世からの国人領主の家柄で、本国の父の代から上杉家の家臣として庄内の代官を勤め、そののち最上義光に仕え、のち村上周防守に仕えていた。
寛永4年(1627年)、会津の蒲生忠郷が除封されると、その遺臣、寺尾、仙石らを迎え入れる。寛永19年、村上堀家が断絶すると、堀主計直浄、河村、大岡らを迎え入れる。主計直浄は堀直清の次男で、主馬助直正の兄に当たる。正保元年(1645年)、会津の加藤明成が没すると、その遺臣、佐治、君、七里、梅原、赤佐らが加わる。
そのほかにも、徳川忠長、松平直矩(村上藩時代)、細川忠興、福岡藩、島原藩、会津藩、米沢藩などから、仕官変えしてきたものもいた。徳川忠長が改易されると、堀三政が来藩、堀勘兵衛、堀善大夫の祖となる。細川家から高久、黒田家から里村、村上藩の松平家から宮北、米沢から山庄、島原から高力隆長の遺臣、板倉、渡辺、小野寺らが新発田藩へやってきた。
以上に挙げられた氏は物頭(武頭)以上の家系で、家老、城代、用人、組頭、奉行などの役職も勤めた。
(以上)
6月16日、藩士中野磯平が半兵衛の密命を受け、京都へ発った。26日夜、京都に着き、27,28と滞在。7月10日に新発田へ帰ってきた。彼は滞在中、在京の窪田平兵衛と連絡をとり、新発田藩の立場を新政府に弁明し、その指示を仰いだ。新政府は「新発田藩の行動は微力な藩としてはやむをえないものと太政官も了承した。官軍に敵対しても、時を得て勤王の実効を表せば、お家のことは案じなくても良い」と回答した。
7月、在野の民兵隊の方義隊は西軍の与板藩兵と柿之木山を守っていた。その方義隊の一員である新保長三郎は新発田領鵜森組庄瀬の庄屋で、7月20日ころ隊へ休暇を願い出て、それっきり帰らなかった。彼は対岸の溝口半左衛門隊に接触し、その命を帯びて、西軍の長岡本営に出頭し、新発田藩出兵の事情の申し開きをしたという。新発田藩は新保に1代3人扶持の恩賞を与えた。
6月3日、米沢藩主上杉斉憲が自ら1000人余の兵を率い米沢を出発、6日に越後下関(関川村)に到着。これに先立ち5日、斉憲の使者として、軍監大滝新蔵が新発田へ急行。直正に下関に来てもらい軍議を開きたいと申し入れてきた。1000人余の米沢兵のいるところへ出て来いということは、人質となれということである。6月7日、直正、溝口内匠、少数の藩士が城を出た。しばらく進むと、竹槍を持った領民たちが道を塞いでいた。城下の町民や、五十公野、浜通、新発田、岡方などから集まった農民だった。領内島潟村大庄屋小川五兵衛ら村役人たちが群衆を指揮している。さらに群衆の中には、変装した新発田藩士も混じっていた。直正の籠は清水谷の別邸に入り、9日まで滞在し、帰城した。
新発田藩は、諸藩への申し開きのために領民を扇動した首謀者を捕えて見せねばならなかった。首謀者として、折笠泰助、阿部求之丞を縄にかけ、下関へ護送していった。米沢の取調べは峻烈だった。しかし、2人は新発田へ送り返されてくる。真犯人が小物ではないことを見抜いていたからか。藩では彼らを投獄したが、西軍が上陸すると釈放している。
領民蜂起の裏には多くの藩士がいたようである。溝口伊織は5月頃、家臣田宮余一を酒癖を理由に追放した。田宮は姿を消したが、実は伊織の密命を受けていたという。6月7日の領民蜂起のとき、あちこち飛び回って、なにか指揮している田宮の姿があった。溝口内匠の家臣小川作兵衛も田宮の同志で、二人は領民の間に地下運動を組織していたといわれる。
1598年、豊臣秀吉の命を受けて、それまで越後一国を領していた上杉景勝が会津に移封された後、越後は福島30万石に堀秀治、坂戸2万石に堀直寄、村上(本庄)9万石の村上義明、そして新発田の溝口秀勝といった具合に配置された。
秀勝は1600年の関ヶ原の戦いのとき、徳川家康の東軍に与して越後に在国し、越後で発生した上杉旧臣の一揆を鎮圧した功績により、家康から本領を安堵され、新発田藩6万石が成立した。越後国の譜代大名・親藩のひしめく中に位置する外様大名であった。
秀勝の子・溝口宣勝の時に弟の溝口善勝に1万石を分与したため、溝口家は総石高が5万石となった。そのうえ、宣勝の子・溝口宣直の時代には3人の弟にそれぞれ分与する。なお、分家に交代寄合旗本で陸奥国岩瀬郡横田領主の溝口家がある。
藩の領域は現在の新発田市の領域に加え、現在の新潟市東部・阿賀野市・加茂市・南蒲原郡にまで及ぶ広大なものであったが、その領域の大半を占める蒲原平野は、阿賀野川・信濃川下流域に広がるその名の通り、蒲のような水草の生い茂る低湿地帯であり、そのままでは農耕に適さない土地であった。新発田藩とその領民は代々干拓や治水に力を入れ、新田開発を進めていった。その結果、この地域は穀倉地帯となるまでに開発が進み、その収穫は石高の数値を大きく上回るまでになり、内高40万石という説もある。