トゲウオ科
日本ではイトヨ属がイトヨ、ニホンイトヨとハリヨ、トミヨ属ではエゾトミヨ、トミヨ属淡水型、トミヨ属雄物型、トミヨ属汽水型、ムサシトミヨ、ミナミトミヨが報告されている。このうちムサシトミヨ(Pungitius sp.)は、現在では埼玉県の一部(熊谷市)にしか生息しない日本の固有種である。また、関西地方に分布していたミナミトミヨ(P. kaibarae もしくは P. sinensis kaibarae)はすでに絶滅したとみられている。
日本のイトヨ(Gasterosteus aculeatus)には生活史多型が存在し、生涯を淡水域で送る淡水(陸封)性の個体は北海道(阿寒湖など)と本州(福島県・栃木県・福井県など)の内陸部に、海で成長して産卵期に河川に遡上する遡河回遊性の個体が北海道の太平洋側に分布する。また、ニホンイトヨ(G. nipponicus)は遡河回遊性の生活史を持ち、北海道から九州以北の日本海沿岸部、千葉県銚子付近までの太平洋沿岸部に生息する。ハリヨは滋賀県ならびに岐阜県に分布し、後者の生息地はトゲウオ科魚類の南限の一つとみなされている。
トミヨ属では、エゾトミヨが北海道、トミヨ属淡水型は太平洋側では岩手県以北、日本海側では福井県以北の本州および北海道に分布する。トミヨ属雄物型は秋田県雄物川水系と山形県のみに、トミヨ属汽水型は北海道東部に生息する。トミヨ属淡水型、雄物型、汽水型はそれぞれが独立した分類群である可能性が指摘されているが、適用すべき学名も和名も持たない。