堅田 (大津市)
しかし、2年後に今度は延暦寺と堅田の南にある坂本との衝突が起きると、延暦寺側が譲歩して延暦寺に多額の礼金を上納することを条件に堅田の再興が許されることになった。この戦いで対延暦寺戦で大敗を喫した殿原衆は権力を失墜させて逆に全人衆は彼らと対等な発言力を獲得することになった。
その結果、人口の多数を占める全人衆の多数が組織していた堅田門徒の発言力が高まり、堅田衆の指導的地位を獲得するようになった。ところが、5代目住持明宗の代で戦国時代に入ると、堅田門徒の指導的地位を得ていた本福寺は大津の門徒を率いていた本願寺10世証如の後見人蓮淳(蓮如の6男で証如の外祖父でもある)の讒言によって、3度にわたる破門を受けて、門徒の指導権も所領・財産も悉く蓮淳傘下の称徳寺(後の慈敬寺)に奪われてしまうことになった(堅田本福寺破門事件参照のこと)。その結果、慈敬寺が指導的地位に立つことになった。本福寺は後に再興されて、本願寺派(西本願寺)に属していた江戸時代中期の11代住持明式(千那)は、松尾芭蕉の門人としても著名である。
戦国時代には、湖上水運によってルイス・フロイスによって「甚だ富裕なる町」と評された堅田であったが、織田信長の上洛後に起きた信長包囲網の蜂起に際しては、本願寺や延暦寺及び交易相手であった朝倉氏との関係から反信長陣営に立っていた。