箱館府
それでも清水谷府知事らは、兵力を持たずに着任したのに、奥羽諸藩から攻撃を受けずにすみ、5月末には軍需物資を秋田方面に輸送することができた。7月から8月にかけて、東北諸藩は次々と任地を放棄して引き上げ、松前藩だけが兵力を留めた。箱館府は、官吏と徴募兵で府兵二個小隊を作ったが、その戦力は期待できなかった。
やがて奥羽の戦線が新政府軍の勝利のうちに終息すると、榎本武揚の率いる旧幕府の艦隊が北上をはじめ、10月20日に蝦夷地に到来した。箱館府の官吏は、来援したばかりの諸藩兵とともに、25日に箱館を出航して本州に退いた。
清水谷府知事は青森口総督を兼務して箱館戦争を戦い、明治2年 (1869年) 5月17日に箱館に入って府務の再開を触れた。戦後の箱館府は、焼失した町・村・怪我人などへの米や金の給与や貸付、困窮者の免税、榎本政権の発行した通貨の回収などの戦後処理にあたった。
戦争中に政府は蝦夷地の統治機構を一新する案を練りはじめ、戦後の7月8日に箱館府に変わるべきものとして開拓使を設置した。しかし、人事面の難航から、開拓使が実効を表すのは7月24日からであり、新しい職員の着任は9月にまでずれこんだ。この間、7月17日から7月24日まで箱館府は箱館県と改称していた。