明眼院
1868年(明治元年)にかけて発せられた神仏分離令や、1874年(明治7年)に施行された「医術開業の試業規則」によって、古代以来の僧医(僧侶が医師としての医療行為を行う者)が禁じられると、檀家を持つことなく医療行為の報酬と藩からの援助によって成り立っていた寺院経営は困窮することになった。当時の住持は還俗して西洋医学を学び直し、後に名古屋で眼科医として開業している。また、今日、「馬嶋」姓を名乗る眼科医が多いと言われているのは明治以後に医療活動を禁じられた明眼院の僧侶の中に西洋眼科学を学んで眼科医としての活動を再開し、その際に明眼院の所在地であった「馬嶋」を姓として名乗ったからだという説もある。
明治以降の寺勢の衰えによってかつて「尾張名所図会」などにも描かれた境内は縮小。さらに1891年(明治24年)の濃尾地震や1959年(昭和34年)の伊勢湾台風の影響で古くからあった建物の多くが取り壊された。寛保元年(1741年)に再建された本堂は地震には耐えたが伊勢湾台風で屋根瓦が飛ぶなどの被害を受け、1977年(昭和52年)に解体されて、翌年に鉄筋コンクリートで建て替えられた。天井・壁・襖に描かれた狩野派の絵で知られた客殿も地震で荒廃し、地元住民の寄付によって1952年(昭和27年)に大修理が行われたが伊勢湾台風で再び大きな被害を受けて解体されている。
なお、東京国立博物館の裏庭にある応挙館は寛保2年(1742年)に明眼院の書院として建てられたものを衰微期に三井財閥の益田孝によって引き取られて、品川区御殿山の益田邸に移築し、後に博物館に寄贈されたものである。同館内の円山応挙作の襖絵は応挙が治療の御礼に描いたものであると言われている。朝顔狗子図杉戸はこの書院の廊下の引き戸であった。