JIN-仁-
「を組」の町火消し。消火活動中に煙を吸い気道熱傷に倒れるが、仁に命を救われる。慶喜に付いて京に上った辰五郎の留守を預かり、仁友堂にも様々な形で力を貸す。
女房を病で亡くしたバツイチ男で、幼なじみのお駒を憎からず思っていたが振られてしまう。自棄になって食べたフグにあたり、生死の境をさまようが、仁の治療とお駒の寝ずの看病で命を救われる。後に彼女と祝言を挙げた。なお千吉のフグ毒中毒治療の経験は、後に坂本龍馬を治療する際に役立てられた(フグ毒を筋弛緩剤の代用として用いる)。
慶応元年・閏5月-7月
その1 母と子
その2 結晶
その3 紙飛行機
その4 夫婦
その5 血
その6 摘出
その7 お初
その8 消滅
その9 いね
その10 お志津の心
その11 帝王切開
吉原の鈴屋彦三郎抱えの呼び出し花魁。鈴屋の命を救った仁に心酔する。さる大名の隠居に落籍される予定だったが、乳癌の手術により破談となる。術後は吉原を出て仁友堂の雑用をこなしていたが、仁が投獄された際にツル(牢屋で慣例化されていた賄賂)を工面するため、フランス人貿易商ジャン・ルロンに身受けされ、仁友堂を去る。その後は横浜で元遊女たちのためのホスピスを開くなどの慈善活動を展開。ルロンとの新婚旅行のため日本を発つが、転移した癌で余命が長くないことを自覚している。後に男児・ジュリアン(ドラマでは女児・安寿)を出産。
ドラマ版では友永未来と容姿が似ていることや、彼女の治療に当たることで、元の世界より持ち込まれた写真が大きく変化することなどから、未来の先祖だと仁は推察している。
本作品の主人公。東都大学附属病院脳外科医局長。11月15日生まれで、物語開始時点の年齢は、原作(漫画)では34歳(2000年当時)テレビドラマでは38歳(2009年当時)。頭蓋骨内に奇形腫瘍を持っていた謎の男性患者との接触により文久2年(1862年)の江戸にタイムスリップ。歴史を変えることになると自覚しつつも、医者としての使命感から江戸の人々を近代医療で救う。西洋医学所とコレラの対策を行ったり、原始的な方法によるペニシリンの抽出・精製を行ったりと、幕末の医療技術を飛躍的に進歩させたことで、蘭方医だけでなく漢方医や外国人医師たち、幕閣や雄藩の武士層からも一目置かれる存在となっている。緒方洪庵死後、医学所と距離を置き仁友堂を開業した。数多くの難病の治療を成功させ続けたが、その一方で彼の存在と功績を妬み、恐れる者の陰謀により度々手術の妨害を受け、ついには命を狙われ始める。やがて、歴史を変えてしまうことに躊躇しつつも、親友となった坂本龍馬の命を救うために奔走する。
原作とドラマで、終盤の運命が大きく異なる。
原作では、三隅の陰謀により負傷した咲を救うため現代に帰還するが、タイムパラドックスも絡んだ結果、幕末〜明治時代に残る南方仁と現代の平成時代に戻る南方仁の2人に分かれた。前者は咲との結婚により「橘仁」と姓を改め、仁友堂(順天堂がモデル)を医療機関兼教育機関として発展させ、後に東京大学医学部の設立の際に出仕する。後者はかつて自身が存在していた世界とは異なる歴史を持つ世界へと移動。