海軍総隊
直属:第5戦隊:(羽黒)、足柄 ※羽黒は書類上の在籍(1945年5月16日戦没、同年6月20日除籍)。 第25根拠地隊 第27特別根拠地隊 第28根拠地隊
第1南遣艦隊
第2南遣艦隊
第13航空艦隊
附属:(五十鈴)、南海 ※五十鈴は書類上の在籍(1945年4月7日戦没、同年6月20日除籍)。 第33、105防空隊、第36、201~203、224、232設営隊