アクリジンオレンジ
この方法は、リソソームの空胞化、オートファジー、およびアポトーシスを研究するための安価で簡単な方法である。アクリジンオレンジの発光色は、生細胞の酸性液胞で pH が低下すると、黄色からオレンジ色、赤色へと変化する。イオン強度と濃度の特定の条件下では、アクリジンオレンジはスタッキング相互作用によって RNA に結合すると赤色の蛍光を発し、インターカレーションによって DNA に結合すると緑色の蛍光を発する。アクリジンオレンジの濃度によっては、核は未処理の細胞では黄緑色の蛍光を発し、クロロキンなどの化合物によって RNA 合成が阻害されると緑色の蛍光を発することがある。アクリジンオレンジは、臭化エチジウムまたはヨウ化プロピジウム(英語版)と組み合わせて使用して、生細胞、アポトーシス細胞、壊死細胞を区別することができる。さらに、アクリジンオレンジを血液サンプルに使用すると、細菌の DNA が蛍光を発し、髄膜炎などの細菌感染症の臨床診断に役立つ。