水野忠元
忠元の父・水野忠守が城主を務めていた緒川城跡に程近い愛知県知多郡東浦町の乾坤院には、寛文10年(1670年)に岡崎城主となっていた水野忠善により、水野家歴代の位牌を祀る「堅雄堂」が設けられた。この寺には水野家四代(水野忠政、忠守、忠元、忠善)の墓所も設けられている(「水野家四代の墓所」として東浦町指定文化財)。
忠元末裔の水野家(水野監物家、山川水野家などとも呼ばれる)は数度の転封を受けたが、はじめて大名に取り立てられた「藩祖」忠元の墓所がある山川の万松寺を代々の葬地とした。このため、天保の改革で知られる水野忠邦の墓が山川にある。万松寺は安政2年(1855年)に焼失し、再建されないまま明治4年(1871年)に廃寺となった。現在は寺の跡地に「山川水野家墓所」のみが残されており、忠邦まで歴代の墓がある(「山川水野家墓所」として結城市指定史跡、「水野越前守忠邦の墓」については茨城県指定史跡)。
山形県山形市にある豊烈神社は、忠元を主祭神のうちの一柱「豊烈霊神」として祀る。文政4年(1821年)、浜松藩主水野忠邦が浜松城内で藩祖の忠元を祀り、この際に朝廷より「豊烈霊神」の神号を与えられた。弘化5年(1848年)には忠邦の子・水野忠精が山形藩に移されたことから、山形城内に遷座。明治3年(1870年)には忠元ゆかりの地である下総山川に遷座している。その後、山形市の現在地に分社が造営され、大正2年(1913年)に本社が山川から山形に遷座し分社と合併した。なお、浜松城で忠邦が忠元を祀った際に打毬を奉納したことが由来となり、山形の豊烈神社は古式打毬を伝えていることでも知られている(「豊烈神社の打毬」として山形県無形民俗文化財)。
正室の子であるが二男の忠久は別家を立て、のちに忠善から新田領を分与されて5000石の大身旗本となり、書院番頭を務めた。
二女が嫁いだ水野重良は水野重央の子で、忠元の叔父(忠守の弟)とされる水野忠分の孫にあたる。
鎌倉にあった寿延山高松寺は、同寺の梵鐘の銘(『新編鎌倉志』所引)によれば忠元の正室である三浦氏(高松院日仙)が創建した尼寺である。『新編相模国風土記稿』によれば、高松院が没した翌年の寛永19年(1642年)に水野重良が追福のために創建した。なお、高松寺は関東大震災による全壊などを経て、昭和初年に宮城県栗原郡(現在の宮城県栗原市若柳)に移転している。