リガンド
平衡透析(equilibrium dialysis)
ゲル電気泳動(gel electrophoresis)
ファーウェスタンブロット解析(far western blot)
蛍光偏光異方性(fluorescence polarization anisotropy)
電子常磁性共鳴(electron paramagnetic resonance)
マイクロスケール熱泳動(microscale thermophoresis)
分子シミュレーションによる解析法
スーパーコンピュータやパソコンの計算能力が飛躍的に向上したことで、タンパク質とリガンドの相互作用を計算化学的に研究することが可能になった。 例えば、がん研究のために100万台以上の一般的なパソコンを世界規模でグリッド化した「grid.org」 (日本では「UDがん研究プロジェクト」とも)というプロジェクトは2007年4月に終了したが、その後、World Community Grid、Folding@home、Rosetta@homeなど様々なプロジェクトが進んでいる。