日本占領時期のフィリピン
日本軍によるフィリピン占領は積極的で成功した地下及びゲリラの活動に対抗され、その活動は年々増加しついには国の大部分を占めた。これらのゲリラに対抗するのは日本人で作られたBureau of Constabulary(後に第二共和国時代に古い警察隊を名乗っている) 憲兵、マカピリであった。戦後の調査では約26万人がゲリラ組織に所属し、反日の地下部隊はそれよりも多くいたことが分かっている。そのことは終戦までに日本が48の州のうち12の州しか支配できていないということでもあった。
フィリピンのゲリラ活動は、それに対する日本軍の戦闘にもかかわらず増え続けた。ルソン島と南の島々でフィリピン人は様々な集団に加わり、日本軍と戦うことを誓った。これらの集団の指揮官は互いに接触し、誰がどこを担当していたかを議論し、アメリカ軍が島へ戻ってくる支援をする計画を策定し始めた。彼らは重要な情報資料を集め、それを米軍に秘密裏に流した。流すのに何か月もかかることもあった。マッカーサーはゲリラを支援する内密の作戦を作成した。彼は海軍少佐チャールズ・"チック"・パーソンズに銃、ラジオ、物資を潜水艦で密輸させた。ゲリラは次々に武器や爆発物の積み荷を積み上げ、日本の通信ラインを妨害し、日本軍を後方から攻撃することによりマッカーサーの侵入を支援する計画を作成した。
降伏を拒否したU.S. Armed Forces in the Far East (USAFFE)から市民軍まで群島全体に作られた様々なゲリラ勢力は、当初侵略により起きた混乱で引き起こされた略奪行為に対抗するために組織された。ビサヤ諸島のいくつかの島にはパナイ島のMacario Peralta大佐、ボホールのIsmael Ingeniero少佐、ネグロス島のSalvador Abcede などのフィリピン人将校の率いるゲリラがあった。日本占領の中心地から最も遠いミンダナオ島には、3万8000人のゲリラがおり、最終的にはアメリカの土木技師の大佐Wendell Fertigの指揮の下、統合された 。FertigのゲリラにはWilliam F. Sharp少将の下ミンダナオに派遣された多くのアメリカとフィリピンの軍隊が含まれていた。WainwrightがSharpの軍に降伏を命じたとき、この命令に従うのがいいと考えた。多くのアメリカやフィリピンの将校の多くは、現在脅迫される可能性のある捕虜であるWainwrightに、Sharpに命令を出す権限はないと考えていたため、降伏するのを拒否した。いくつかの理由により何人が降伏しなかったかは不明であるが、おそらく100から200人のアメリカ人がFertigのゲリラとなった。