ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊
前作同様倒すことにより一定の確率で仲間になるが、『ともだちエリア』システムが廃止された。そのため前作よりは仲間を作りやすくなっている。
前作との相違点は仲間になったあと同じダンジョン内で「チームからはずす」を選んでも「チリーン編成所」に送られることと、チーム編成の条件(体の大きさの☆6まで)を超えても仲間になることは可能(チリーン編成所に送られる)なことである。
その他にも依頼をこなすと依頼主が仲間になることや、依頼の報酬により受け取るタマゴから生まれたポケモンを仲間にできることもある。
オス。ネイティオ鑑定所を経営している。
1回150ポケでダンジョン内で手に入る「たからばこ」を開け、中身を鑑定してくれる。
メス。ギルドのメンバー編成所運営兼ギルドの食事係。
プクリンの眼を開けたまま寝る姿を「ステキ」と評しているなど、若干の感性のズレとともにプクリンに憧れている様子を多々見せている。
キマワリの日記によると意外とイタズラ好きらしい。
特殊な力を持つ6つ歯の歯車型の道具で、周辺の時間を制御する秘宝。全部でいくつ存在するのかはわかっていないが(本編には4つ、『空の探検隊』のスペシャルエピソード「チャームズさんじょう!」に出る守護者が説明するときには、本編の4つ以外に1つ、場所不明の時の歯車があった)、そのうち4つは守護者となるポケモンが存在を隠しているため、設置場所を知る者はほとんどいない。これを所定の位置から取るとその地域の時間が止まってしまい、そのため悪党であってもこれを盗ろうとする者はおらず、もし盗るならそれは相当な大悪党だとされている。ジュプトルはある目的のためにあえてこれを集めている。
前作と大きな相違点はない。
ザングース・ストライク・サンドパンのトリオ。オス。
未開拓の所を開拓するのが得意。見た目は怖いが正義感の強いチーム。自分たちのカマやツメが自慢。
後述のアニメ版では、ゲームとは違いやや意地の悪い性格となっている。
一部のキャラは前作とキャストは一緒。
チリーン - 佐々木日菜子
ヨノワール、オニゴーリ - 三宅健太
ヤミラミ - 古島清孝、阪口大助、伝阪勉
ラプラス - 江森浩子
ナレーション、イワーク - 山寺宏一
メス。お世話屋ラッキーを経営している。
依頼のお礼などでもらえるタマゴのお世話をしてくれる。メス。
ポケモンになった主人公と最初に出会うポケモン。ギルドに入門を希望する勇気が持てず浜辺で思い耽っているところで倒れている主人公に出会う。
伝説が大好きで、不思議な模様の描かれた「いせきのかけら」という石を持っている。またパートナーがナレーションをする時が多い。
とても臆病な性格だが、主人公のことを非常に頼りにしており、主人公と共に冒険していくうちに徐々に成長していく。
ナエトル・ヒコザル・ポッチャマ、フシギダネ・ヒトカゲ・ゼニガメ、ピカチュウ、チコリータ・ヒノアラシ・ワニノコ、キモリ・アチャモ・ミズゴロウの中からプレイヤーの選択によって選ばれる。主人公と同じタイプを持つポケモンはパートナーに選べない。
性別はチコリータとアチャモのみメスで他のポケモンはすべてオス。メスは口調が女の子らしくなり、オスの場合は種類によって一人称など若干口調は違うが、性格やセリフはどのポケモンでもほぼ同じ。
『空の探検隊』では前記に加え、パートナー候補にゴンベ、ニャース、エネコ、リオル、ゴマゾウ、コリンク、イーブイ、ロコンが加わった。追加パートナー候補はエネコ、イーブイ、ロコンがメスになっている。