特殊作戦執行部
パルマーはアトリーにSOEが依然として世界規模の通信網と協力者を保有している旨を報告したが、アトリーは「イギリスのコミンテルン」(British Comintern)に望むものはないと語り、48時間以内に全てのネットワークを閉鎖するように命じたのである。1946年1月15日、SOEの公的な解散が宣言された。SOE職員らは省庁や企業、あるいは軍部隊など、SOE配置前の勤務に戻されたが、280名の職員のみMI6の特殊作戦部門(Special Operations Branch)へ移った。彼らは現場のエージェントとしても活動したが、MI6ではSOE出身の訓練要員や研究要員のほうに興味を抱いていた。コードネームCことMI6部長スチュワート・メンジーズはこうした下位部局の存在は任務に支障を及ぼすと判断してMI6本体への統合を行わせている。
英国放送協会(BBC)もまた、SOEの通信に協力していた。戦時中、枢軸国占領地ではそれがしばしば逮捕の要件にされていたにもかかわらず、BBCは広く聴取されていた。BBCは番組の中に「個人的なおたより」というコーナーを作り、詩の一部や無意味な単語などを放送していたが、これらはレジスタンス運動の活動家や潜伏中のエージェントに対する指示や連絡の為の暗号放送であった(ノルマンディー上陸作戦の際、ヴェルレーヌの詩「秋の歌」の一節が“連合軍の反攻が始まる。準備せよ”の合図としてフランスに向けて放送された事はよく知られている)。
1941年のユーゴスラビア侵攻により、ユーゴスラビア王国は事実上崩壊した。クロアチアではウスタシャのような親枢軸派が勢力を拡大したが、その他の地域では2つの主要な対独抵抗運動、すなわちドラジャ・ミハイロヴィッチ率いる王党派のチェトニックとヨシップ・ブロズ・チトー率いる共産派のパルチザンが活動を開始した。
最初に連合国側との連絡を試みたのはミハイロヴィッチで、SOEでは1941年9月20日に連絡員として"マルコ"・ハドソン少佐("Marko" Hudson)を派遣している。ハドソン少佐はまた、チトーのパルチザンに対しても協力を図っていた。当初、SOEでは英国に亡命していた王党派政府に従ってチェトニックを支援していた。しかし戦争が進むにつれてチェトニックが決して有力な組織ではないばかりか、一部が枢軸側に協力さえしていることが明らかになり、1943年のテヘラン会談までにSOEは支援対象をパルチザンへと転換している。
第二次世界大戦から戦後までを通じて、ユーゴスラビア側と連合国側の関係は複雑なものであり続けた。
前述のとおり、SOEには多くの女性職員が所属していた。Fセクションでは39人の女性エージェントをフランスへと派遣し、そのうち13人が未帰還となった。1991年5月6日、ビギーによる潜入から50周年を記念してアンドル県・ヴァランセにてヴァランセSOE記念碑(英語版)が設置された。この記念碑にはフランス解放の為に殉職したSOE職員104人(男性91人、女性13人)の名前が記されている。
1944年6月の「Dデイ」(ノルマンディー上陸作戦決行日)に先立ち、SOEを含む連合国諸諜報機関によりジェドバラ作戦(英語版)が実行された。同作戦はフランス各地にてレジスタンス組織に大規模な支援を行うことを想定しており、SOEエージェントは3人が投入された。ジェドバラ作戦においては最終的に100人の要員と6,000トンもの軍需物資が投下された(同年中の同作戦以前の累計投下量4,000トンを上回る)。またこれと同時に、EU/Pセクションを除く全ての対仏活動セクションは名目的にフランス国内軍参謀本部(État-major des Forces Françaises de l'Intérieur, EMFFI)の指揮下に入った。
セクションT(Section T)ではベルギーにいくつかの活動ネットワークを構築しており、そのうち1つはエドウィン・ハーディ・アミーズ(英語版)中佐が率いていた。アミーズの本職はファッションデザイナーで、符号としてファッションアクセサリーの名前を使用していた。彼の指揮下のエージェントには特に冷酷かつ残忍な者が多いと言われていた。ノルマンディーへの侵攻の折、イギリス軍によるベルギー解放は1週間以内に達成された為、レジスタンスによる活動も短期間に留まった。レジスタンスらはイギリス軍の後方援護とドイツ軍守備隊への襲撃を行い、アントワープの確保に向けて協力した。
ブリュッセル解放後、アミーズは解放直後のベルギーにて雑誌『ヴォーグ』向けの撮影を行い、上司を激怒させたという。1946年、彼はベルギー政府から王冠勲章(英語版)騎士級を授与されている。