ペプチド合成
ネイティブケミカルライゲーション
チオエステルとシステインからアミド結合を生成するネイティブケミカルライゲーションと呼ばれる方法がある。この方法では側鎖の官能基の保護は必要がないが、ライゲーション部位のN末端アミノ酸はシステインである必要がある。ペプチドのC末端チオエステルに対して、N末端がシステインであるペプチドを加えると、システインのスルフヒドリルがカルボニル基を求核攻撃しチオエステル交換反応が起こる。続いて隣接するアミノ基がカルボニル基を求核攻撃しスルフヒドリル基が脱離してペプチド結合が生成する。
上記のネイティブケミカルライゲーションをシステイン以外のN末端にも適用できるようにした改良法として補助基を用いた方法がある。これはN末端のアミノ基上に補助基としてスルフヒドリル基を持つ置換基を導入する方法である。
目的のアミノ酸配列をコードしたDNA断片の調製方法には大きく分けて2種類ある。
1つは化学的にDNAを合成する方法である。現在では自動合成装置が市販されており、これを用いて望み通りの塩基配列を持つDNAを合成することが可能である。合成するDNAの塩基配列には目的とするアミノ酸配列をコードする翻訳領域の他に、ベクターと結合させるための制限酵素認識部位が必要である。また、できたペプチド鎖を酵素などで切り出すためのアミノ酸配列に対応する塩基配列を組み込むこともある。自動合成では塩基がうまく結合せず塩基配列の一部が欠損したDNAが生成し、その割合は塩基数が多くなるほど増える。そうすると完全な塩基配列を持つDNAを精製して取り出すのが困難になってくるので、合成できる配列の塩基数には上限がある。
もう1つは目的とするペプチドの翻訳元であるmRNAから調製する方法である。