クロノアイズ
侵略大帝が開発した機体。極限まで軽量化したフレームに軟質素材の外装を付けている。羽衣状の装甲はリアクティブアーマーになっているほか、破壊されて砕けた破片が空中に残留して障害物になる。戦闘後にクロノアイズに回収され2号ロボとして運用される(ペル曰く、妹ができたみたい)。
アトランティスでの戦いの後、クロノアイズの追手から逃げる最中にペルセディアとはぐれ、開発者である侵略大帝の元に戻った。その後、改造を施された後にタイキと四大幹部の移動手段となるが、改造時にクロノス専用機の航時システムを盗んで組み込んでいた為、5次元空間に飛び出す事ができた。最後は最良解のクロノアイズ本部に墜落して大破し、AIユニットは新たなペルセディアに組み込まれた。
310世紀には地球より10万光年離れた宙域に情報惑星ファウンデーションを建造し、地球の歴史を監視している...という事になっているが、これも全てそう思わせる為のブラフである。
幹にあたる部分(本来の歴史)は「最良解」と呼ばれ、一度も時空犯罪が成立せず平和が保たれている。本編の舞台となる時間枝は、ある少女が未来からの干渉によって時間犯罪者ハデスへと変貌した事で最良解から分枝したとされる。
何らかの要因で一時的に分岐した時間枝が、その原因(改変によって発生した遺物など)が消滅することで元の流れに合流する「部分分岐」も存在する(本来死ぬ人物が改変で生き残っても、その人物が歴史上重要な人物でなければ部分分枝で終わる)。
初期型の航時機に乗って姿を消したキャサリンの遺したデータに記された事実は最重要機密事項とされ、クロノアイズを作った初代局長・クロノスと、そのクローンである歴代のクロノスのみに伝えられる。しかし第2部ではグランサーという職業が成立していたり、この事実を知った上で悪事を働く時間犯罪者も存在するなどかなり周知されており、タイキ達も殆ど隠そうとしていない。作中でタイキたちと出会う前のグリーナムと「グリーナムと出会った後のタイキたち」が出会い、本編の時空改変の切っ掛けになっているなど、タイムパラドックスこそ起きてはいないが、因果関係は複雑極まりないものとなっている。
どこかの国の日本大使の娘で、大きなロイド眼鏡を掛けた少女。推定年齢は11歳前後。ゲームセンターにいた所をタイキ達に雪辱戦を挑んできたジャギィとの戦いに巻き込まれるが、タイキに助けられた(ジャギィの出現はイレギュラーであり、本来の歴史ではタイキは不良の投げた缶からキャサリンを守るはずだった)。本来の歴史では翌年に海でタイキと再会し、恋仲になるはずであり、アナ達は「タイキの死亡原因」と称していた。その事実は物語の全ての引き金に繋がっている。
実は難病を患っており、将来的な治療技術の確立を見込んだ冷凍睡眠を受けることを親から勧められていた。しかし、病気が治ったとしても見知った者が一人もいない世界に生きることを怖がり躊躇していたが、タイキとのデート中に起きた地震で手抜き工事のビルが崩落。足場を保つために自ら犠牲となったタイキとの再会を願って眠りについた。治療技術が確立した23世紀末期に一度蘇生されるが、戦争によって再凍結され彼女が目覚めたのは28世紀だった。一度蘇生された際を含めて頭脳に当時の知識を刷り込まれており、3つの時代の知識を得たことで活性化した頭脳は多方面の研究に成果を見せ、ついには「航時理論」を生み出し、完成させた航時機で姿を消した。その後の消息に関してはクロノスは冷淡に「戻れたという報告は聞かない」と語るが、タイキはクロノスの所持していた眼鏡を見てキャサリンの至った答えと、クロノスとキャサリンの関係性を悟った。
人間とビメイダーが戦争を続けている時間枝“人形の巣”出身のビメイダー。第1部に登場したものとは同型の別個体。時間が分枝する事など知らず、第1部の個体同様に人間を唆して歴史改変を目論んでおり、この個体はじぇえん本田を利用していた。“人形の巣”におけるビメイダー側指導者のコピー体であり、第1部の個体を含めて1947体が送り出された事、そして千界の王がその処分に動いている事が千界の王自身から明かされる。19世紀にて少女時代のアナを狙った際にタイキ達と遭遇し、そのまま戦うことになるも最期は千界の王に致命傷を負わされ、タイキ達に自分の時代(人形の巣)の座標データを渡して息を引き取る。
オリジナルである指導者は、最終的に人形の巣における人間とビメイダーが手を取り合い、黒幕である千界の王を退けた事で人間と和解。タイキ達と対面を果たし、ペルの願いは叶えられた。
ハデスサイズ側のクロノダイバー。基本的にビメイダーのみが搭乗する。ペルセディアの素体であるクロノダイバー「メディア」に類似しており、様々な装甲(ドレス)を装着して能力をカスタマイズする。パペッティアが装着したドレスは以下の通り。 白雪姫(スノーホワイト)2100年代の宇宙開発時代のクロノアイズ向けに開発された空間機動戦闘用装備だが、ファウンデーションの防衛部隊にも配備されている。スカート部に搭載された無人攻撃機「セブンドワーフス」を用いてオールレンジ攻撃を行う。またペルセディアと同様の変形も可能。パペッティアが装着したものは可変機構を持たない代わりにセブンドワーフスが改良されていた。 ラプンツェル対鉱物生命体用の装備。10万本の特殊合金製の「髪」で敵を切り裂く。 赤ずきんパペッティア専用に作られたドレス。対クロノダイバー戦用に格闘戦能力と機動性を極限まで高めている。またリミッターが「壊れる」ことで狼型に変形する。最後はペルがリミッターをフル解除させたペルセディアに圧倒され、本体ごと完全に破壊された。

なお、パペッティアの技術をフィードバックすることで性能を高めたトーイを「デラックス・トーイ」と呼び、以下の機体が確認されている。
アトランティスの王であり、クレオの夫。歴史上滅びる定めにある自国と50万人の国民の命を救う為、クロノアイズに反旗を翻す。タイキ達を拘束し、更にハデスサイズとも取引する事で、歴史の節目である21世紀そのものを人質として自国民の移住を認めさせようとした。しかし交渉はクロノアイズ、ハデスサイズの双方とも決裂し、不可知バリアーの内部から21世紀を一方的に攻撃するという強硬手段に出るが、タイキ一行、クロノアイズ、ハデスサイズ、アトランティスの四つ巴の戦いにより事態は混迷していく。やがてハデスにオルハリオンの制御を奪われ、不可知バリアーが消えた状態からミサイルが撃たれる事で21世紀との全面戦争の危機に陥るが、タイキ達に阻止される。その後、アトランティス消滅を目論むクロノアイズの攻撃衛星をタイキ達と共に破壊した。
最後はメデューサの瞳でアトランティスの時間を一千億倍に加速させ、冷凍睡眠を繰り返しながら270年掛けて(外界の経過時間は一瞬)クレオと共に航宙技術を完成させ、民を連れて宇宙に旅立って行った。その際にクレオとは離縁し、タイキ達の元へ帰している。
それより、本来アトランティス崩壊を生き延びて後の歴史の礎となるはずだった1万5千人ものアトランティス人が歴史上消失した事になる為、クロノアイズはコピーとなる人造人間を送って歴史通りに振る舞わせるという苦肉の策を採った。その結果、未来に影響が無かったという事がハデスが野望を実行に移す引き金となった。