エル・ピナカテ・イ・グラン・デシエルト・デ・アルタル生物圏保護区
この地を最初に探検したヨーロッパ人たちの記録もいくらか残っている。最初にピナカテの山々を見た白人はメルシオル・ディアス(Melchior Díaz)とされており、それは1540年のことだった。1698年には、アリゾナ州のツーソン南部に聖ザビエル伝道教会(Mission San Xavier del Bac)を設立したエウセビオ・キノの一団がこの地を訪れ、それからも時折戻って来た。彼らはピナカテ火山の最高峰、サンタ・クララにも登った。彼らはサンタ・クララの名付け親でもある。
この地の最初の学術的探検とされているのは、1907年のマクドゥーガル(MacDougal)、ホーナデイ(Hornaday)、サイクス(Sykes)の調査隊によるものである。
NASAは1965年から1970年に、宇宙飛行士をアルタル大砂漠に派遣したことがある。月の地表に似た地面で月面歩行の練習をするためであった。
最初にこの地に住んだのはサン・ディエギト人(San Dieguito people)と呼ばれる狩猟採集民で、山々からカリフォルニア湾へと食料を求めて移り行く途上、この地にも一時的に住んだ。しかし、この最初の定住は、2万年前の氷期の開始によって食料不足に陥って山々から立ち去ることを余儀なくされ、終焉を迎えたらしい。
サン・ディエギト人の2度目の定住は氷期の後期に始まり、この集団は山々に戻ってきて、先祖がしたのと同じように暮らした。ティナハ(英語版)(Tinaja, 原義は「大甕」)と呼ばれる水のたまったくぼ地は、この時期の頼れる水源だったに違いない。この2度目の定住は、9,000年前に後氷期が到来し、環境の変化によって再び土地から離れることを余儀なくされて終わりを告げた。
現代から見て最も近い時期にピナカテ火山とアルタル大砂漠に定住したアメリカ先住民は、Hia C-eḍ O'odham(「砂丘の人々」を意味する先住民族)に属するピナカテーニョ(Pinacateño)の一群であった。先史時代のサン・ディエギト文化のように、ピナカテーニョはその宿営地をティナハ沿いに集中させつつ、食料を求めてピナカテ火山を彷徨し、海にも繰り出した。そうした旅の途上に、彼らは、ティナハからティナハへの道路網やその水源近くで見つかっている石器や土器片など、自身が存在した痕跡を残した。