在日米軍
2002年4月横須賀で、空母「キティホーク」乗組員の在日米軍兵が在日オーストラリア人女性を強姦した。加害者は逮捕される前になぜか“名誉除隊”で帰国し逃走した。依然刑事処分を受けていない。また逆に被害者が、日本の神奈川県警察による事情聴取の段階で6人の警察官たちからセカンドレイプを受け、事件から8年間は人とご飯を食べられないなどのPTSD(心的外傷後ストレス障害)に苦しんできた。
2004年8月13日午後2時15分頃、在日米軍普天間基地所属の大型輸送ヘリコプターCH-53Dが訓練中にコントロールを失い、沖縄国際大学1号館北側に接触、墜落、炎上した。搭乗していた乗員3名は負傷したが、1号館内にいた大学職員20数名、他民間人に負傷者は出なかった。この墜落事故により同大学は電話・インターネット回線等を切断され、また接触した1号館はローターによる損傷と炎・ススによる被害を受け、またその周辺の木々も焼かれてしまった(沖国大米軍ヘリ墜落事件)。
2006年1月3日午前6時半頃、神奈川県横須賀市で、空母「キティホーク」1等航空兵で非番だった兵士(犯行時21歳)が、通勤途上で路上を歩いていた女性パート(当時56歳)に道を尋ねるふりして近づき、バッグを奪おうとしたところ抵抗されたので女性の顔面を殴打、近くの雑居ビルに引きずり込みさらに約10分間にわたり女性を殴る蹴るして内臓破裂で失血死させ、現金約1万5000円を奪った強盗殺人事件が発生。防犯ビデオ映像を基に神奈川県警察が在日米軍に照会し、米軍が調査した結果リースの身柄を拘束、日本側への起訴前の身柄引き渡しに同意した。
沖縄県の在日米軍基地については、沖縄県の面積が日本の国土面積に対し占める割合は1%以下と小さいのにもかかわらず、 在日米軍専用施設面積の74%(なお、この場合の『米軍専用施設』の定義については、#施設を参照)が、沖縄県に集中している事で、本土と比べて不公平だとする意見や、在日米軍基地の必要性についても疑問視する意見が、沖縄県には多数ある。また、在日米軍基地近隣の騒音問題がある。
2010年5月に、毎日新聞と琉球新報が、沖縄県民を対象に行ったアンケートによると、海兵隊の駐留については、「必要ない」が71%で、「必要だ」は15%になった。在日米軍専用施設の約74%が沖縄に集中していることに関しては、「整理縮小すべきだ」が50%、「撤去すべきだ」が41%だった。日本駐留を定めた日米安保条約については「平和友好条約に改めるべきだ」が55%、「破棄すべきだ」14%、「維持すべきだ」は7%だった。なお2012年にNHK放送文化研究所の河野啓が行った調査では「沖縄への基地集中はおかしい」と考える県民は全体の78%または86%にものぼった。
横田基地、厚木基地、嘉手納基地などをはじめとして、多くの基地が住宅地域の付近にあるため、付近住民らは航空機の騒音や、地域住民に対する様々な犯罪に対する不満を表明している。また、軍需品横流しや基地内売店の商品の転売も問題となっている。