長万部駅
在来線ホームの西側に島式ホーム2面4線で3階の位置に配置される計画である。計画当初は相対式ホームの2面2線、通過線2線の計2面4線の地上駅となっていたが、北海道および長万部町より「駅は街の中心地にあり、街が分断される」などとして高架化を要望したため、2017年6月30日に高架構造への変更が正式決定した。これに関連し、現在の駅舎は取り壊される予定になっている。長万部市街は線路によって街が分断されていたが、新幹線開業時に東西自由通路も建設される。
島式ホーム2面4線を有する地上駅。ホーム間の移動は跨線橋で行う。なおエレベーター等は設置しておらず、バリアフリー化はされていない。
社員配置駅。長万部ブロックの主管駅でもある。みどりの窓口・自動券売機・旅行相談室設置。
普通列車は3・4番のりばから発着するが、朝の倶知安駅発の列車1本のみ2番のりばへ到着する。
管理駅として函館本線の国縫駅-熱郛駅と室蘭本線の静狩駅-大岸駅間(小幌駅を除く)を管理下においている。