アクア・トトぎふ
アマゾン川エリア
ピラルクー、レッドテールキャット、シルバーアロワナ、オキシドラス、ピラニア・ナッテリー、デンキウナギ、マタマタ、アマゾンツリーボア、ヤドクガエルなど。
特別企画展用スペース
ゾウガメひろば
アルダブラゾウガメ
カピバラテラス
カピバラ
屋外ステージ
元アシカ・ショーのステージ。アシカ・ショーが2021年(令和3年)11月に休止後はアシカのトレーニングエリアとして2023年(令和5年)7月まで使用された。
清流ふれあいプール
長良川に生息する魚たち(ウグイ・オイカワ・カワムツ・コイ・ニゴイ・ヤリタナゴ・ギンブナなど)に直接触れることが出来るプール。魚は入れ替えがあり、長良川に生息しない魚(チョウザメなど)もいる時もある。
エントランスホール テーマ水槽
季節等のテーマにあわせた生物の展示。クリスマスのデンキウナギの発電で点灯するクリスマスツリー、正月の黄金ナマズ(アルビノ個体のナマズ)など。
トト・ラボ
多目的ホール
AROWANA GARDEN(カフェ・レストラン)
Fish Tank(ミュージアムショップ)