神宮丸太町駅
島式1面2線のホームを持つ地下駅である。駅ホームのカラーリングは水色。
地下2階建てとなっており、地下1階に改札・コンコース、地下2階にホームがある。なお、改札口は1か所のみとなっている。改札前のコンコースには陶板画「平安神宮絵図」(製作・作画は西協友一による)が揚げられている。
また開業時から身障者対応エレベーター2基(地上とコンコース・改札内コンコースとホームに各1基)・多目的トイレ・点字案内図および料金表が設置されるなどのバリアフリー対応がなされており、地上-コンコース間のエレベーターは京都大学医学部付属病院・京都府立医大に近い5番出口に設置されている。
当駅の2番出口(川端丸太町交差点南東側・恵美須ビル前に出る)の地上へ出る階段の途中にライブハウス「京都クラブメトロ」(恵美須ビルB1F)の入口がある。