63丁目線
ノーザン・ブールバードに提案されていた駅では、クイーンズ・プラザ駅とつなぐ乗換コンコースにより、各駅停車、急行、そしてバイパス線の列車の間で乗換ができることになっていた。
ノーザン・ブールバードの下でクイーンズ・ブールバード線の緩行線に接続する。この案はもっとも早い1993年までに完成し、もっとも距離が短く(29丁目とノーザン・ブールバードの間で1,500フィート、約450メートル)、2億2200万ドルともっとも安価であるとされた。しかし、地下鉄網でもっとも混雑しているクイーンズのE系統、F系統は、こうした接続ではまったく輸送力を増強することができず、63丁目線は線路容量の3分の1ほどしか列車を走らせられず、加えて路線の将来の延長可能性を減じてしまうことになる。さらに、G系統の列車を、クイーンズ・ブールバード線の緩行線に直通して運行していたのを、コート・スクエア駅で打ち切る必要が出る。この案に似たものが最終的に採用され、F系統は混雑緩和のために63丁目線経由に変更され、G系統はコート・スクエア駅以北で打ち切られることになった(下記参照)。
63丁目線をサニーサイド車両基地(英語版)経由でロングアイランド鉄道モントーク支線に乗り入れ、ジャマイカのアーチャー・アベニュー線下層に直接向かう。クイーンズのモントーク支線は現状貨物輸送に用いられており、旅客輸送は1998年に廃止されたが、この案では改良と電化工事が実施されることになっていた。モントーク支線は、121丁目駅のすぐ西のルファーツ・ブールバードでBMTジャマイカ線に合流し、BMT側のアプローチ線を使ってアーチャー・アベニュー線に入ることになっていた。
INDクイーンズ・ブールバード線への連絡線の計画は1990年12月に始まり、1992年12月に最終設計契約が結ばれた。緩行線のみに接続するというものと、緩行線と急行線の両方に接続するという、2件の選択肢が評価された。このプロジェクトの目的は、クイーンズ・ブールバード線の容量を33パーセント増やし、21丁目-クイーンズブリッジ駅の行き止まり線を除去することであった。またサニーサイド車両基地を通じたバイパス線を将来建設できるように、準備工事も実施された。
1994年9月22日に着工した。21丁目-クイーンズブリッジ駅からクイーンズ・ブールバード線への残りの区間は6億4500万ドルがかかった。2000年12月に、建設のために63丁目連絡線の列車の迂回が開始された。この連絡線は2001年1月までに開通すると見込まれた。しかし、2001年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件によって開業は遅れることになった。
この区間は、上にある地下鉄トンネルを支えるという構造上の理由で、完成させるべきであるとした。これは、「どこにもつながらないトンネル」であると表現された。
1979年にニューヨーク市交通局と運営委員会は新路線計画の再検討を開始した。クイーンズ交通代替検討が実施され、18の計画を評価し、そのうち5つの計画をさらに詳しく評価するべきであるとした。MTAは1983年の春に地域コミュニティに5つの案を公表した。提案は、この路線をそのままにしてロングアイランドシティに終点を置くものから、1960年代の当初の計画通り63丁目線をロングアイランド鉄道本線につなぐというものまでさまざまで、後者は当時で費用が10億ドルに達すると推定された。21丁目-クイーンズブリッジ駅では、地下鉄網への接続ができなければ、1984年の時点での利用客数推定は1時間当たり220人であるとされた。連邦都市交通局とMTAは1984年5月に、代替評価/概略環境影響明細として公式にこれらの評価を行った。MTAは、この路線をより有用なものとするため、4つのオプションを検討していた。
クイーンズ急行線: 63丁目線をロングアイランド鉄道本線に沿ってフォレスト・ヒルズ-71番街駅まで延長する。1998年に完成し、9億3100万ドルかかる。これは1968年のプログラム・フォー・アクションの計画において提案されていた当初案である。これはまた、E系統とF系統の急行の旅客と輸送力の双方を増やす唯一の案であるとMTAは考えていた。