ムーンライトながら
大垣駅では、「ムーンライトながら」の到着ホームと乗り継ぎ(大垣以西)列車の発着ホームが異なるため、青春18きっぷが有効な期間は、「ムーンライトながら」が到着すると、米原方面へ向かう列車の席を確保するため同駅内を走って乗り換える乗客が多発していた(通称「大垣ダッシュ」)。このため、他の乗客との衝突などを防止するために、改札前や階段には「危険 走らないでください」の看板が掲げられていたものの、乗り継ぎ列車が4両編成と短い上に乗り換え時間も3分程度と短いため、大半の乗客は守っていなかった。ただし2016年(平成28年)3月のダイヤ改正以降、接続列車は米原止まりの8両編成となり、2019年(平成31年)3月から、大垣駅の到着時刻が5時50分から5時45分と5分早くなった結果、乗り換えに余裕ができた。
2018年12月にムーンライト信州が事実上の廃止となってからは、運行されている夜行列車では唯一「ムーンライト」を名乗る列車となった。
2021年1月22日、高速バスの台頭や新型コロナウイルス感染症の流行による利用客の行動様式の変化により、列車の使命が薄れてきたことに加えて、使用車両の老朽化を理由に正式に廃止が発表された。2020年の夏季と冬季は新型コロナウイルス感染症の影響で運転されなかったため、同年3月29日大垣発の上り列車が事実上の最後の運行となった。ムーンライトながらとしては24年、夜行列車としては東海道線が全通した1889年(明治22年)より130年あまり続いた歴史に幕を下ろすと同時に、国内で「ムーンライト」を冠する列車は全廃となった。
近年では、インターネットオークションでの指定席券の転売行為や、1人で2席分(A・B席、もしくはC・D席)の指定席券を購入する行為のほかに、キャンセルすると払い戻し手数料340円(2020年時点)が必要だが指定席券が530円(通常時。2020年時点)のため面倒さと戻る金額の少なさからキャンセルせずそのままとするケースもあり、指定券完売で満席のはずが実際は多くの空席を抱えたまま運行している場合が存在することが指摘されている。
運行の基本としては、2009年3月13日まで、東京駅 - 大垣駅間を運行していた「ムーンライトながら」91号・92号が基となった。しかし、豊橋駅は上りのみ、小田原駅は下りのみの停車となるなど、停車駅がムーンライトながら91号・92号より少なくなった。全車・全区間が指定席であった。
臨時列車化当初より、春秋大型連休および秋の乗り放題パスが利用出来る毎年10月14日(鉄道の日)前後の2週間においては運転されなかった。
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