日本のコンテナ輸送
これらの内航コンテナの荷役作業は多くの場合、 埠頭に在るジブ・クレーンまたはトラッククレーン車や、船に装備しているクレーンで、入港時に積み下ろしをする。
一方、大小無数の島々が散らばっている瀬戸内海地区は日本一の離島地区であるが、東側より明石海峡大橋ルート ・ 瀬戸大橋ルート ・ しまなみ海道ルートで主要な島々の多くが結ばれていて、地理的環境にも恵まれているので、内航コンテナによる貨物輸送は主流ではない。これは橋が掛かっていない島々の多くは無人島であり、また有人の島でも最寄の本土の港から遠くても一時間程度で渡れるような比較的狭い範囲に点在しているため、かつ内海で波も穏やかなことにより、昔から小型フェリーのほか、乗用車が2 - 3台位しか積載出来ない小型の自家用船や渡し船などの流通手段が多く、逆に専用コンテナを利用するほうが時間や維持管理費の方が高く付くと言った事情があるためである。
これらの瀬戸内海地区特有の事情により、一部の例(豊島 (香川県)で産廃を管理輸送するために専用コンテナが特別に作られた事例や、積荷の関係で他方からの内航コンテナがトラックに載せられて配達で来島したり、元々のコンテナの利点を生かした倉庫代わり、物品の冷凍・冷蔵での保管等で設置されているなど)を除き、流通していないに等しい。
ウィキメディア・コモンズには、内航用タンクコンテナに関するメディアがあります。
航空機用コンテナは、その飛行機と言う脆弱かつ繊細な構造的な要素や、全ての機体が航空管制されているために例えば、海上用コンテナのように国際用と国内用での違いがある訳ではなく、航空コンテナ(ユニット・ロード・デバイス)として管理されている。
日本全国では、典型的な海洋国家ゆえに、62港もの港で国際用海上コンテナが扱えるので、コンテナを利用する利便性は、ある意味では非常に高いと言える。しかしその反面、これらの港夫々には、東京湾 ・ 伊勢湾 ・ 大阪湾(その内、名古屋港 ・ 飛島南コンテナターミナル(2005年使用開始)および、東京港 ・ 大井コンテナターミナル(2006年使用開始)の両地区は、施設が自動化されているので迅速な荷役作業が出来る。)のように、世界中ほぼすべての地域を結ぶと言う非常に便利性の高い港もあれば、近海のごく限られた航路で、しかも週に一便程度の定期船しか入港しないような港もある。
さらに、例えば通常の貸切トラックなどによる専用輸送で、帰りが空車となる片道輸送の場合には、荷主に対して利用したその車両の帰り便(いわゆる、回送料)としての運賃自体は、特段の契約条項がない限り基本的にはほぼ徴収されない。しかしトレーラーによる海上コンテナの輸送料金(いわゆる、配達料金)では、配達先でそのコンテナ自体までを降ろさない(稀にコンテナ本体が荷主の所有物で、配達先の設備を使って積荷と供に降ろす事例もある。)限り、配達が終わっての帰路時にも基本的には牽引しているシャーシ上に、空のコンテナと言う数トンの貨物を輸送している事になる。この軽量ながらも帰り荷状態という特殊な事情と運転手の待遇改善ために、先に述べた貸切トラックなどでの往復輸送時によく適用される、『帰路時にも帰り荷ありで半額割引』なる割引もない国交省認可特例での配達料金が加算される事により、往復共で二倍となる輸送料金が掛かる。またそのほかに、高速道を利用すれば往復のこれらの諸経費が掛かり、結果的には国内での陸上輸送費が非常に高くなると言う、日本国内特有の事情がある。
2018年7月5日 ( 平成30年 ) から岡山県や広島県及び、山口県内の各地で発生した「平成30年7月豪雨」の影響により、三県内の山陽本線で複数個所において、線路喪失を含む大規模な輸送障害が三ヶ月以上にわたり発生した。 これに伴い、元々岡山県内の拠点となっている「JR貨物岡山(タ)」が今回の輸送障害区間では、事実上の東側の終着点駅となった。この影響で福山通運の30 ftコンテナのみを一列車貸切っている「福山レールエクスプレス号」積載したすべてのコンテナを始め、全国からの九州地区向けの大口宅配や冷凍などで大量に扱われていた20 ft及び、30 ftの大型コンテナをすべて「岡山(タ)」で臨時に取り扱うこととなった。「岡山(タ)」では、これらの大型コンテナを最優先輸送させるために、広島や山口へのトラック代行輸送する臨時のトラック便が県内外から一気に集中し、荷役能力の逼迫となってしまった。 また岡山県内の水島臨海鉄道の拠点コンテナ駅である 東水島駅への関東からの定期列車は、本来はこの「岡山(タ)」で一部のコンテナの取り卸と、機関車を付け替えてから東水島駅へ中継輸送していたので、この関東便に関してはさほど問題は無かったが、 通常の東水島駅から 岡山(タ)」で中継して九州向けのルートが絶たれてしまった。