ルドルフ・フェルディナント・ヘス
当時、私はそれに何らかの熟慮を向けようとはしなかった。私は命令を受けた。だから実行しなければならなかった。」と書いている。
彼は直ちにアウシュヴィッツへ戻り、アウシュヴィッツに来たアドルフ・アイヒマンと共に虐殺の実行方法について話し合ったものの使用ガスの決定にまでは至らなかった。しかし、ヘスが公務旅行中に所長代理のカール・フリッチュが大量のソ連軍捕虜を使ってチクロンBによるガス殺実験を実行した。その報告を受けたヘスは他の絶滅収容所で使われていた一酸化炭素よりチクロンBの方が効果的であると判断し、これをガスとして使用する事を決定した。1941年10月からアウシュヴィッツ収容所でユダヤ人ガス虐殺が開始された。また1941年から1942年にかけてビルケナウ収容所の建設工事が進み、その中で1942年1月にビルケナウ周辺の農家にガス室が設置された。
アウシュヴィッツに到着したユダヤ人は労働できる者とできない者に選別され、労働力にならない者はガス室へ送られた。アウシュヴィッツでガス殺されたユダヤ人の犠牲者数については諸説あって定かではない。多い物ではソ連政府やポーランド政府が主張した400万人説から最小では63万人説まである。ヘスは250万人とニュルンベルク裁判で証言している。現在では約100万人ほどであろうというのが通説となっている。いずれにしてもアウシュヴィッツはホロコーストの最大の絶滅地であった。
1943年秋、SS調査委員会がアウシュヴィッツ強制収容所政治局に対して恣意的な囚人殺害や汚職の容疑で捜査を行った。ヘスは直接関与していなかったというが、管理責任を問われ、1943年11月10日に「ラインハルト作戦」の完了とともにアウシュヴィッツ所長を退任することになった。