グロムス門
例外的に、ゲオシフォン(Geosiphon pyriformis)では菌根形成が知られておらず(ただしその可能性は示唆されている)、代わりに菌糸が棍棒状に膨潤した構造(管状菌体; bladder; 成長すると長さ1–2ミリメートルほどになる)を形成し、この中にシアノバクテリア(藍藻)のネンジュモ属が細胞内共生している(そのため藻菌地衣ともよばれる)(図4)。ネンジュモ属は、1枚の膜に包まれた状態で存在し、この細胞内構造はシンビオソーム(symbiosome)とよばれる。
グロムス類の細胞内には細菌が共生しており、endohypal bacteria (EHB; "菌糸内の細菌") ともよばれる。グロムス類の共生細菌は、植物に共生する前のグロムス類の生育を補助し菌根形成を効率的にすること、ビタミンや抗生物質などの産生に関わることが報告されており、mycorrhiza helper bacteria (MHB; "菌根を補助する細菌") ともよばれる。グロムス類の共生細菌としては、主に2系統の細菌、Candidatus Glomeribacter gigasporarum (ベータプロテオバクテリア綱) と Mollicutes 類 (モリクテス綱) が知られている。前者はグロムス類の細胞内で膜に包まれており、退化的なゲノムをもち、グロムス類に大きく依存していることが示されている。一方、後者はより普遍的であり、bacterium-like organism (BLO) ともよばれ、グロムス類の細胞内では膜に包まれていない。