有用微生物群
1989年にはJA岐阜が養鶏場にEMを導入して慎重な試験を繰り返して、県内全域から「無毒鶏」として出荷できるようにした。1992年には岐阜県可児市で生ゴミのリサイクルにEMが応用され、日本の十数県の自治体でも生ゴミ処理や浄水に応用された。1982年から年一回の公開研究会が実施され、EMの万能性ゆえ、研究会は農業、畜産、水産、建築、医学、生活など分科会が設けられ、同時に開催される展示には国内外からの一般参加者が参加した。
比嘉照夫の主張するところでは、EMは、光合成細菌・乳酸菌・酵母を中心とし、様々な抗酸化物質を産生する微生物の複合体である。EMは誰でも簡単に増やすことができる。支持者は、増やした液を農業や環境浄化のみならず、生活のあらゆる場面(掃除、洗濯、トイレ、お風呂等)で使用することにより居住環境や衣服も抗酸化的になり、病気にならない場を作ることができ、EMを水や空気のように使う生活を徹底すれば、健康や環境問題の多くは自然に解決されていくということである。
日本中毒センターに提出されたEM1号のデータでは、大腸菌を検出せず、ヒメダカ、マウスでの単回・連続投与の急性毒性は確認されていない。
中国新聞2012年12月31日19面では、「暁の星 広島県科学賞高校生物部門 紅葉の効用で準特選 有用微生物増殖 桜で実証」などと、紅葉の葉はほかの葉よりも肥料へと分解するアオカビやEM菌の増殖を促すことが分かった研究が評価された。というように教育機関で取り入れている事例もある。
環境教育として、EMが河川やプールの水質を改善するという教育も行われている。
EMの関連組織であるNPO・環境学習ネットワーク(EL-net)は約500の小中学校に対し、2013年10月までに「明日からできるEM環境学習」などを「環境学習資料」として約25,000冊を提供した。EMを使用したプール清掃を推進し、夏時点での調査結果では全国で1618校が実施しているとした。EMに基づく環境ボランティアとして社会参加する主婦は少なくない。
「EMボカシネットワーク大阪」は、EMにサトウキビから作った糖蜜とぬかを混ぜた通称“元気玉”を河川に投入し、EMの水質浄化効果を啓発する活動などを主婦目線で行い、小中学校での環境教育にも関わっている。
山形大学理学部物質生命化学科准教授の天羽優子によれば、このネットワーク大阪による「地球上で最初に生まれた生物が光合成細菌。2000度でも死にません」という説明は、「環境教育に一役かいたいという気持ちはわかるけど、インチキを広めてはいけない。2000°Cで死なない菌など存在しない」と指摘している。また天羽は、本来EMが環境教育に適切かどうかは科学の問題で、学会等の場で結論を出すべきことであるが、EM推進派は十分な実験的根拠を欠いたまま、政治活動によりトップダウンで行政を動かしていると述べている。
EMは1994年に提唱、ということだが、1996年に日本土壌肥料学会のシンポジウムでいくつかの報告が行われた。タイで研究者に肥料の議論があったため活発な研究が行われたとした。山口大学農学部の丸本卓哉は、救世EM-1を使用しホウレンソウの生育や収穫量(収量)に変化は見られなかったことを報告した。
バンコクのカセットサート大学研究開発研究所では、小さな39のプロジェクトが1994年から14か月にわたって実施され、100人近い研究者や職員を総動員して行われた研究が紹介された。その時点で農業利用のための文献は乏しい。
性質では、EM試料には、光合成細菌やactinomycetes(いわゆる放線菌)は含まれないことが特徴的であった。
抗微生物活性はない。病原性細菌やカビを抑制せず、10種類の害虫に効果なし、植物の成長促進効果なし(イネ、トウモロコシ、トマト、ソルガム、ヤードロングビーン)。
豚の汚水をEMで処理し植物肥料とした場合、マリーゴールド以外、化学肥料よりも収量が減少した。
酵素活性では普通の化学肥料で十分な活性が与えられる。
藍藻に対する試験では、適切なEM濃度を維持すれば窒素固定率が増加するが、それより高濃度では逆に減少した。また、EM処理によって、植物の生長に寄与するVA菌根の量が減少する事が確認された。
豚やナマズの飼料として与える実験では何の効果も見られなかった。
EMと化学物質で処理された水の比較では、平均して農業目的や環境への影響の調査ではそれほどの違いがない。
EMにはメチルパラチオンやカーボフランのような残存する毒性物質の分解能力はない。
と、総じて否定的な報告が行われた。