SAMtools
一般的なUNIXのコマンドと同様にSAMtoolsはストリームの入出力に対応しているので、コマンドからコマンドにパイプを利用してデータを渡して処理させることができる。この性質を利用するとデータ処理をパイプライン状につなげることができる。最終的に出力されるファイルは複雑な構造のものにはなるが、SAMtoolsでは何個かの簡単なコマンドの組み合わせ方を覚えるだけでよい。入力ファイル、出力ファイルが指定されなかった場合は、SAMtoolsは標準ストリーム(stdin、stdout、stderr)が既定で使用される。stdout(標準出力)に出力されたデータは画面に出力されるので、ファイルに保存したい場合はUNIXのリダイレクト(>)の仕組みを利用してファイルに保存したり、別のコマンドに出力を渡す場合にはパイプ(|)を利用する。