新丸山ダム
まず洪水調節については21通りの案が示され、費用対効果や実現性の面で可能性に乏しい案を除外した。結果河道掘削単独案、堤防かさ上げ案、三派川に洪水調節池を建設する案、日本ライン狭窄部を可児・犬山間のバイパストンネルで迂回する放水路案、雨水貯留施設や雨水浸透施設を整備する流域対策案が挙げられた。これらの案には全て河道内の樹木伐採がメニューとして入っており、放水路案以外では河道掘削を合わせて行う。流水の正常な機能の維持についても13通りの案から笠置・大井および秋神ダム(秋神川)をかさ上げて不特定容量を確保する案、長良川河口堰に供給目的を振り替え、岩屋ダムの貯水容量配分変更と笠置ダムをかさ上げして容量を確保する案、丸山ダムを改築して予備放流方式を導入する案が挙げられた。
これら代替案を基に、関係する流域自治体や利水事業者と再検証を行った。洪水調節代替案では、河道掘削を伴う案は飛騨木曽川国定公園に指定された日本ラインの景観や化石林などを破壊するとして岐阜県や美濃加茂市など流域自治体が反対し、堤防かさ上げは中山道太田宿の街並み景観が壊されるとして美濃加茂市が反対。河道掘削を伴わない放水路案では総事業費の試算が7,000億円以上と高額になった。流水の正常な機能の維持代替案についてはダムのかさ上げによる不特定容量の新設について管理する関西電力・中部電力が水力発電への影響から難色を示し、岐阜県はダムかさ上げに伴う貯水池拡大で生じる新規の水没移転について過疎化を懸念し否定的姿勢を示した。