ダークサムス
惑星エーテルのフェイゾン回収に派遣されたスペースパイレーツの戦艦コロッサスにて、フェイゾン貯蔵庫に積載されていた全フェイゾンを吸収して復活。前作隠しエンディングの時点ではエネルギー体としての復活であったが、充分な量のフェイゾンを得た影響から新たな力と実体を伴っての復活となった。乗組員の30%を抹殺した後、残りの兵士や拠点である惑星ウルトラガスのパイレーツ達を残らずフェイゾン汚染により自らの配下とする。
『ダークエコーズ』では手足の爪や皮膚などにおいて生物としての容姿を強く残していたが、今回はよりサムスのパワードスーツに近い機械的な形態となっている。また復活後のダークサムスは、意思を込めたフェイゾンを送り込み相手を汚染してその精神を支配する事が可能であり、体内に内包したフェイゾンエネルギー量も過去最大となっている。
銀河連邦との戦いに向けて、多くの拠点惑星をスペースパイレーツを利用して制圧。更に精神感応能力を持つ有機コンピュータ・オーロラユニット313を奪い、全てのフェイゾンの原産地惑星フェイザの核と同調して自由に操る能力を得た。しかしそれは自身とオーロラユニット313の破壊により、惑星フェイザを含む全てのフェイゾンが連鎖爆発で消滅するようになった事も意味しており、単身潜入したサムスとの再戦に敗れた事で、生み出した全てのフェイゾン諸共連鎖爆発により完全に消滅した。