建久七年の政変
政権基盤の脆弱な通親が頼朝と敵対したらひとたまりもなく、また大姫死後も頼朝は次女三幡の入内工作を進めており、三幡は通親の主導する朝廷から女御の宣旨を受けている。御家人統制に王朝権威を利用し始めた頼朝にとって朝廷統制は不可欠であって、その最も直截的な方策こそ娘の入内と外孫の即位であり、入内の頓挫は頼朝自身と三幡の相次ぐ病死という想定外の事態によるものに過ぎない。3度目の上洛が実現していたら頼朝は三幡を後鳥羽の後宮に送り込むことに成功していただろうとする見解もある。
良経は後鳥羽上皇の意向で正治元年(1199年)に篭居のままで左大臣となり、正治2年(1200年)には出仕を許され朝廷に復帰するが、通親の権勢の前には無力だった。その後、後鳥羽院政が確立すると摂関はほとんど名目的な地位と化し、摂関家は近衛家・九条家ともに上皇に従属することになる。