インドネシア共和国革命政府
1958年1月、スンガイ・ダレー近くで軍民の指導者が出席する会合が開かれた。参加者には以下の者たちが含まれている。
アフマド・フセイン中佐(バンテン委員会議長)
マルディン・シンボロン大佐(ガジャ委員会議長)
バリアン中佐(ガルーダ委員会議長)
フェンチェ・スムアル中佐(マングニ委員会議長、プルメスタ政府長官)
ズルキフリ・ルビス(インドネシア語版)大佐(元陸軍参謀次長、軍事情報部部長)
ダーラン・ジャンベク(インドネシア語版)大佐(元陸軍参謀長副官)
モハマッド・ナシール(元首相・情報通信相)
シャフルディン・プラウィラヌガラ(英語版)(元臨時政府首相、インドネシア銀行総裁)
ブルハヌディン・ハラハップ(英語版)(元首相)
スミトロ・ジョヨハディクスモ(英語版)(元蔵相・工業通商相)
会議の初日に、参加者たちは「破壊的でない」「違憲行為を働いた指導者達に対する矯正運動」を立ち上げることで合意した。
ナスティオンは、PRRIとの戦闘によって7146名の一般市民が殺され、そのほとんど(6115名)は「PRRI側によるもの」であったと記した。サーフルッディン・バハール退役陸軍准将は、短期間に終わったPRRI反乱の犠牲者は、独立革命におけるオランダとの戦争の犠牲者よりもはるかに多かったと述べている。
紛争は3年ほど続いたが、中央軍はPRRI軍を山間部へ追い込むことに成功していた。PRRI軍は本部を置いていたコトティンギをはじめとする都市を奪われ、独立戦争以来のゲリラ戦に徹することとなった。
通常の軍事行動に加え、中央政府は交渉の一環として、PRRIへ参加した兵士たちに対し、降伏してインドネシア共和国と中央軍へ復帰し再び忠誠を見せるよう働きかけた。この行動は「プマンギラン・クンバリ(召還)作戦」と呼ばれる。作戦は功を奏し、1961年5月28日には、運動の指導者とみられていたアフマド・フセイン自身が指揮下の兵士ら約2万4500名をともなって降伏した。さらに中央政府は、PRRIへ参加した市民や軍関係者に対して特赦を発し、1961年6月22日の「1961年大統領令第332号」によって公式に宣言された。この中央政府側の声明に応えて、多数のPRRI指導者らが投降したが、一部は徹底抗戦をはかり、結局1961年9月28日にモハマッド・ナシールらが降伏するまで組織的抵抗は続いた。
実際にはここで約束された特赦は罠にすぎなかった。何年もの間、PRRIの政治・軍事指導者は隔離され、一般社会においても大学生およびその他の学生たちは周囲の圧力を感じることになった。
「テガス作戦」はカハルッディン・ナスティオン(インドネシア語版)中佐の指揮下にあり、中部スマトラのプカンバル確保を目的としていた。この地域で産出される石油をいち早く抑えるとともに、リアウ近辺のPRRI勢力がマレーシア・シンガポール方面に支援を求めたり、撤退することを防ぐためでもあった。作戦は2月22日に発起され、3月22日に作戦行動を開始した。PRRI側の盗聴を防ぐため、作戦中の通信ではもっぱらジャワ語が用いられた。リアウは短期間で制圧され、また空港では荷下ろしされたばかりのPRRI軍火器を押収した。
「ムルデカ作戦」は当初、4つの「サプタマルガ作戦」で構成されていた。「サプタマルガ1作戦」はスマルソノ(インドネシア語版)中佐が指揮し、中央スラウェシ地域でプルメスタ軍と戦っている地元勢力を支援するため派遣された。彼はフランス・カランガン率いる親中央政府民兵を補佐し、またプルメスタ勢力へ降伏を呼びかける任務にあたった。「サプタマルガ2作戦」は中央スマトラのゴロンタロ周辺を制圧する目的で立案され、先んじて新たな第1軍管区司令官ジャミン・ギンティン(インドネシア語版)中佐(PRRI外相となったシンボロン大佐の後任で、シンボロン時代には軍管区参謀長であった)の命により陸・空軍特殊部隊がシボルガやパダン・シデムプアン、タルトゥンなど一部都市を制圧した。部隊はアグス・プラスモノ中佐に率いられ、3月19日に行動を開始してほどなく市街および周辺地域を支配下に置いた。「サプタマルガ3作戦」はスラウェシ沖のサンギヘ諸島・タラウド諸島を奪還するため行われ、マグンダ中佐の指揮下で3月23日に始まり、難なく達成された。