東新潟機関区
それまでJR東日本に委託していた貨物業務を解消するために、JR東日本に出向していた乗務員を中心として2005年4月1日に開設された。
白新線の上沼垂信号場〜東新潟駅〜大形駅間に隣接しており、付近には新潟貨物ターミナル駅が広がる。
日本海縦貫線を中心に運転業務を行う他、日本海縦貫線の富山県以東の主要駅と関連線区で運用されるディーゼル機関車が集中配置されていたが、列車自体の廃止や他区所属機運用への置き換えにより、2021年(令和3年)3月までに当区所属機の定期運用は終了し、2023年(令和5年)までに機関車の配置も廃止された。以後は、機関車に関しては他区所属機の仕業検査・給油等を行っている。
貨車の交番検査も所管しており、新潟貨物ターミナル駅に貨車の検修施設(旧東新潟貨車区)を設けている。
また、新潟県長岡市に南長岡派出(みなみながおかはしゅつ)が設置され、運転士が所属している。