京阪5000系電車
こうして全編成が5500形5550番台(制御車:Tc) - 5100形5150番台(中間電動車:M1) - 5200形5250番台(中間電動車:M2) - 5650形(付随車) + 5100形(中間電動車:M1) - 5200形(中間電動車:M2) - 5600形(制御車)に統一の上で7両固定編成化された。これにより5000形が形式消滅した。 電動発電機は編成両端の5500形5550番台(制御車:Tc)と5600形(制御車:Tc)に移された。
車内は、7200系や9000系に準じた化粧板・座席モケット・床に変更されたほか、LED式の車内案内表示器も取り付けられた。また、各車両に非常通報装置、車椅子スペースが設置された。このほか、ドア開予告の車内自動放送も設置された。
各編成の更新竣工日は次のとおりである。
5553F - 1998年(平成10年)3月26日
5554F - 1998年(平成10年)9月16日
5552F - 1999年(平成11年)3月29日
5551F - 1999年(平成11年)9月30日
5555F - 2000年(平成12年)3月28日
5557F - 2000年(平成12年)9月20日
5556F - 2001年(平成13年)3月28日
途中から転落防止幌の取り付け工事も追加されており、この工事は、更新工事施工後に追加で施工された2002年(平成14年)3月20日竣工の第3編成をもって完了した。
2017年、京阪は京橋駅におけるホームドア整備計画を発表した。これによって、他の車両と扉の位置が異なる本系列は早期の置き換え対象となり、ホームドア整備前に全廃される旨が報じられた。
「引退記念イベント」として、3月27日より5551Fにヘッドマークが掲出された。当初は2021年6月での運転終了が予定されていたが、同月になって代替新造車である13000系の新造及び各種整備作業が遅延していることを理由に、運転終了時期を同年9月頃へ延期すると発表した。同年9月4日、最後まで残っていた5551Fが営業運転を終了し、本系列が発祥である多扉通勤車は日本国内から消滅した。
編成ごとの詳細な廃車日は以下のとおりである。
5557F - 2016年(平成28年)6月30日
5552F - 2018年(平成30年)9月12日
5554F - 2018年(平成30年)9月25日
5553F - 2021年(令和3年)2月17日
5556F - 2021年(令和3年)3月11日
5555F - 2021年(令和3年)3月30日
5551F - 2021年(令和3年)9月5日
5557Fの電動車が装備していたKW-31台車と主電動機は、叡山電鉄デオ710・730形に転用されることになっており、2017年10月にデオ711の台車と主電動機が交換されている。
台車は制御車と付随車を住友金属工業FS-399A(1000系とほぼ同じ)、電動車を川崎重工業KW-31に変更。RPU-2206Hによるヒートポンプ暖房を半導体ヒーターとする。第7編成のみ試験的にマイコンによる冷暖房制御を導入した。このほか車内の荷物棚の網が繊維製から金属製に変更された。