日本トランスオーシャン航空
10月:持株会社日本航空システム(のちに日本航空に社名変更後、日本航空インターナショナルに吸収合併)発足に伴い、当社は日本航空インターナショナル(現・日本航空)の子会社となる。
2003年 1月:ロゴ・航空機塗装デザインを変更(JALにあわせて"JTAノ"ロゴに。変更初号機就航は同年2月より)。 7月17日:大阪/伊丹 - 石垣線 就航。同時に石垣発大阪/伊丹行きが宮古経由となるため宮古→大阪/伊丹線(宮古発の片道のみ)も就航。それに伴い石垣発大阪/関西行きの経由地が那覇空港となる。(いずれも2007年3月で運休、ただし石垣発大阪/関西行きの那覇経由は6月まで継続)。
2006年 3月16日:那覇 - 北九州線 就航(2010年5月5日で運休)。
2007年 4月1日:日本トランスオーシャン航空、日本航空インターナショナル、日本アジア航空、JALウェイズ、JALエクスプレス、ジェイ・エアが『ワンワールド』に正式加盟・サービス開始。 7月1日:神戸 - 那覇線(JAL便の一部を移管)、神戸 - 石垣線(石垣発神戸行きは那覇経由、これにより石垣発大阪/関西行きの経由地が那覇空港から再び宮古空港となる)を就航。
2008年 7月1日:神戸 - 那覇線を全便JALより移管(一部はJAL機材・乗務員によるJTA便としてウェットリース運航)。東京/羽田 - 那覇線 深夜便運休。