大日本帝国海軍
新造空母をはじめとする敗戦時に残存した艦艇の多くは外地からの引き揚げに使用されたほか、多くの水上戦闘艦がソ連や中華民国、アメリカに賠償艦として渡った。また、作戦用航空機のみでも約7500機、陸軍機と併せると1万機以上の作戦用航空機が敗戦時に残存していたが、これらの航空機は連合国軍の研究用に一部が持ち出された後に破壊された。
敗戦後、武装解除に伴い海軍省が第二復員省に改組され、海軍の元艦船・元乗組員も復員事業に従事し、旧軍令部メンバーは極東国際軍事裁判対策などに従事した。なお、太平洋戦争の開始から作戦指導の誤り、敗戦、極東国際軍事裁判に至るまでについては戦後に海軍の高級幹部OBが行った海軍反省会に証言記録が残されている。
第二復員省は1946年(昭和21年)に復員庁第二復員局へ、1948年(昭和23年)に厚生省第二復員残務処理部となり、水路部、保有艦艇、掃海部隊などは運輸省(海上保安庁)へ、海軍病院は国立病院(現国立病院機構)へ移された。その後復員事業は厚生省外局の引揚援護庁へ統合される。引揚援護庁は1954年(昭和29年)閉庁。また、1952年(昭和27年)には海軍再建を目指す山本善雄、吉田英三などの旧海軍軍人(海軍兵学校・海軍機関学校出身者)主導で海上保安庁内に海上警備隊が発足し、その後独立した現在の海上自衛隊では帝国海軍の伝統と文化を重んじる傾向にある。
海軍省:内閣に属し軍政を担当。
軍令部:天皇直属の帷幄の機関。作戦・戦略といった軍事行動に加え、時期によって諜報・暗号制定・戦史編纂などに従事した。
海軍省外局:主なものに海軍艦政本部、海軍航空本部、海軍教育本部、水路部など、多数の外局がある。
海軍の軍需工場としては、海軍工廠、空廠、火薬廠、燃料廠、衣糧廠、療品廠がある。管轄鎮守府および艦政本部や航空本部など担当部署に隷属。
海軍大臣直属の教育組織としては、海軍大学校の他、海軍兵学校・海軍機関学校・海軍経理学校(いわゆる「海軍三校」)などがある。
術科学校は管轄鎮守府および教育本部・海軍省教育局に隷属する。
鎮守府:海軍の地方組織。艦艇の保全・軍人軍属の育成・内戦作戦に従事する。鎮守府司令長官は天皇に直隷する。
警備府:後述する要港部を改編した海軍の地方組織。鎮守府と同格だが、固有の戦力を保有しない。
要港部:鎮守府より小規模な、海軍の地方組織。要港部司令官は、鎮守府司令長官と同様に天皇に直隷する。
海軍病院:衛生に従事。呉海軍病院・横須賀海軍病院などがあり、海軍省医務局に隷属する。
艦隊の司令長官は天皇に直隷する。 連合艦隊は2個艦隊以上の艦隊からなり、海軍作戦の主力となる。 支那方面艦隊は連合艦隊に比肩する大艦隊で、連合艦隊に属さず、中国大陸での海軍作戦に従事する。 海上護衛総司令部も連合艦隊に比肩する部隊で、連合艦隊に属さず、船団護衛に従事する。 鎮守府部隊・警備府部隊も独立した部隊で、管轄海域の防衛に従事する。