商船旗
日本国の商船旗は、1870年(明治3年)制定の太政官布告第57号商船規則によって日章旗と定められた。日本においてはこれ以後この商船旗が慣習的に国旗と扱われていたため、当然ながら日本の国旗と商船旗は同一である(のちの1999年に国旗及び国歌に関する法律として法制化)。また船舶法(明治32年3月8日法律第四十六号)においても商船などの日本の船舶には日本の国旗を掲げる事が明記されている。
第二次世界大戦後の占領下の日本では、連合国から日章旗の掲揚を禁止された期間においては国際信号旗の"E"の旗を基にした商船旗が用いられた。同様に、アメリカ占領下の沖縄では国際信号旗の"D"の旗を基にした商船旗(琉球船舶旗)が用いられた。
一方、現在の日本の自衛艦旗(軍艦旗)は旭日旗であり、商船旗と異なるデザインである。
日本の商船旗である日章旗
日本の軍艦旗・自衛艦旗である十六条旭日旗
被占領期に用いられた日本商船管理局旗(SCAJAP)
琉球船舶旗