ツノホコリ類
アメーバ細胞の形態や微細構造学的特徴から、原生粘菌はいくつかの系統群に分けられると考えられていたが、そのうちツノホコリ属は、Protosporangium や Clastostelium とともに系統群を構成していると考えられ、この系統群は Group Va とよばれていた。形態形質からは、原生粘菌の中で Group Va が変形菌に最も近縁であることが示唆されていた。
その後、2010年以降の分子系統学的研究より、原生粘菌が複数の系統群からなることが確認され、そのうち Group Va (ツノホコリ属、Protosporangium、Clastostelium) が変形菌の姉妹群であることが示された。この系統群に対しては、プロトスポランギウム目 (学名: Protosporangiida) の名が与えられていたが、ツノホコリ属をあわせてツノホコリ綱 (学名: Ceratiomyxea、Ceratiomyxomycetes)、ツノホコリ目 (学名: Ceratiomyxida、Ceratiomyxales) に分類することが提唱されている。2017年現在、ツノホコリ綱には3属9種が知られる。