越後長岡藩
幕末には河井継之助が郡奉行に就任したのを機に、それ以後、藩政改革を行って窮乏する藩財政の立て直しをはかるとともに、兵制を改革してフランス軍に範を取った近代的軍隊を設立した。慶応4年/明治元年(1868年)、戊辰戦争が起こり藩論が佐幕か恭順かで二分すると、家老に就任した河井は藩主の信任のもと恭順派を抑える一方、佐幕派にも自重を求め、藩論の決定権を掌中に収めた。さらに、新政府軍からの献金・出兵要請を黙止し、会津藩などからの協力要請に対しても明言を避け、中立状態を維持した。新政府軍が小千谷に迫ると、河井は陣地へ赴き、平和的解決のための調停役を願い出た。しかし、密偵や草莽の情報により長岡藩を会津側とみなしていた新政府軍は、これを詭策と判断し一蹴した(小千谷会談)。会談が決裂したため、ここにきて藩論を戦守と定め、奥羽列藩同盟に加わり新政府軍との戦闘を開始した(北越戦争)。激戦の末、陥落した長岡城を一時は奪還したものの、火力・兵員共に圧倒的に上回る新政府軍に押されて再び陥落し、領民や藩士たちは会津へと落ち延びた。
長岡藩は多くの戦死者(309人説が有力)を出した。これは会津藩23万石(内高40万石強)、仙台藩62万石(内高100万石)、二本松藩10万石(内高14万石)に次ぐ戦死者で、藩の規模・戦闘員の員数を考えると、長岡藩7万4000石(内高14万石)の犠牲は大きなものであった(藩の実際の実力は、表高ではわからず内高が重要である。
知行実高は表高を遙かに上回るようになり、新潟湊の運上金収入もあいまって藩は豊かになった。また信濃川水運の船問屋利権も有していた。その後は次第に諸経費が増加する一方で、年貢収納率は逆に低下したために藩財政は逼迫しはじめ、また9代忠精以降は藩主の老中・京都所司代への任用が増えて藩の経費もかさみ、さらに天保年間に新潟湊が幕領として上知され、その一方で軍事費の増強の必要性が高まると財政問題は根本的解決が迫られた。その結果、幕末の河井継之助の藩政改革の断行へ進むことになった。
しかし、改革半ばにして明治維新の動乱に接し、徳川家処罰反対の立場をとった長岡藩は戊辰戦争に巻き込まれ、慶応4年5月(1868年新暦6月)河井の主導のもと奥羽越列藩同盟に参加を決定、同盟軍側(東軍)として長州藩・薩摩藩を中心とする維新政府軍(西軍)に抗戦したが敗北した。明治元年12月22日(新暦1869年2月3日)に赦免されて24,000石(牧野家)で復活、まもなく財政窮乏などの理由で藩主牧野忠毅は明治3年10月22日(1870年11月15日)に城知を返上して柏崎県に併合され、長岡藩は廃藩となった。
(この節の出典)
林鳳岡の高弟・岡井碧庵を江戸藩邸に招いたり、延宝7年(1679年)に林家の斡旋で、弘文院門弟を召抱えており、当初は幕府が官学として定めた朱子学の方の影響が強かった。
しかし、江戸後期の藩主・牧野忠精が京都所司代となったり、家老の山本精義や家臣高野永貞も古義学を支持した縁で、京から古義学の伊藤仁斎の曾孫となる伊藤東岸を招聘し、荻生徂徠派の古文辞学の秋山景山と同時に藩校・崇徳館の都講に任命される。
これにより藩学の主流は、古義学と徂徠学の2系統並立体制という独特のものとなり、崇徳館内に古義学と徂徠学の講堂がそれぞれ設立された。また、両派ともに寛政異学の禁で「風紀を乱す学」とされた古学であり、これを譜代大名で幕府首脳に所属する藩が藩学とした点でも特殊である。
秋山が引退すると徂徠学は廃され、朱子学がこれに代わるが、なおも古義学との2系統並立がとられた。しかし、河井継之助の藩政改革の一環により古義学が廃され、朱子学に一本化された。ただし、朱子学の講義を担当した高野松陰は佐藤一斎門下であるために、公式上の藩学の朱子学の講義ついでに陽明学を教授していた。このために後世に「陽明学が藩学の主流であった」という誤解を招いているが、公式上の藩学は朱子学で、実態は朱子学と陽明学の並立である。
このように古学や陽明学に寛容であったが、藩校で修学できる身分を士分に限定したり、安政5年(1858年)に洋学の修学を制限したりしている。