胡藍の獄
官僚粛清のために、洪武帝は監察機関も強化した。胡党に掌握されていた御史台は廃止され、1382年新たに「都察院」を設け、官僚に対する監視を強めている。はじめは正七品衙門に過ぎなかったが、翌年には正三品、さらに翌年には正二品衙門と六部尚書と同格にまで陞格されており、洪武帝からいかに重視されていたかがうかがえる。この都察院と、法務省にあたる刑部(六部の一つ)、最高裁判所にあたる大理寺は「三法司」と称され、刑獄を管理した。
洪武15年(1382年)4月には、禁軍(近衛軍)の一つ「親軍都尉府」が改組され、「三法司」とは別に官僚の監察と刑罰を受け持つ皇帝直属の特務機関「錦衣衛」が設置された。従来からの皇帝の護衛任務に加えて「巡察緝捕」というスパイ任務が与えられ、約500人の緹騎が皇帝の耳目として、日夜官民に対し監視の目を光らせる恐怖政治の世が現出したのである。正規の朝廷機関である三法司とは別に、独自権限を持って捜査・裁判を行う錦衣衛に一度でも摘発されれば、それは即処刑につながるため、人々は「錦衣衛の獄」「詔獄」と呼び、彼らを恐れたという。
洪武帝による恐怖政治の矛先は、官僚層のみならず庶民へも向けられた。
当時16歳とまだ幼い皇太孫が即位した際、建国の功臣や江南官僚層たちは新皇帝にとって障害となりかねない。趙翼が『廿二史箚記』で「洪武帝はこの時すでに60歳を超え、皇太子は柔仁で、その死後皇太子となった孫はさらに幼弱であり、自分の死後の配慮をせざるを得ず、2回の大獄(胡惟庸・藍玉)を起こしたのであろう」と述べているように、洪武帝は将来の危険の芽を摘む目的で、あえて大規模な粛清を行ったものと思われる。
とはいえ空印の案にはじまり、胡惟庸の獄を経て、藍党の粛清に至る足かけ18年間に渡った「胡藍の獄」は、合計十万人とも言われる犠牲者を出して終了した。わずかに残った功臣がことごとく処分された藍玉の獄をもって、ようやく大粛清の嵐に終止符が打たれることになる。同年9月、洪武帝は胡党および藍党への追及を禁止し、粛清の終了を宣言した。ただし個別の功臣への処罰はこの後も続き、洪武27年(1394年)には傅友徳、洪武28年(1395年)には馮勝がそれぞれ罪を得て死を賜っている。結局、洪武末年まで命を長らえた功臣は、わずかに湯和・耿炳文・郭英のみであり、彼らも洪武帝の機嫌を損ねぬように、死ぬまで謹慎同様の生活を送り、錦衣衛(特務機関)におびえる余生を過ごしたのである。
空印の案では陳寧と共に、洪武帝に媚びて率先して処罰を行ったことで、さらに諸人の恨みを買う。洪武12年(1379年)には、ベトナム南部の占城(チャンパ)からの朝貢使節が到着したにもかかわらず、胡惟庸が掌握する中書省はこれを洪武帝に報告しなかったため、洪武帝は中書省に不満を持った。しかし中書省・御史台を側近で固めた胡惟庸に死角はないように見えた。
ところが洪武13年正月2日(ユリウス暦:1380年2月8日)、胡惟庸と陳寧が突如逮捕されてしまう。罪名は謀叛であった。『国榷』や『明史紀事本末』では、計画の暴露することを恐れた胡惟庸が、洪武帝を自邸に招いて暗殺しようとしたが、陰謀に気づいた西華門内使の雲奇が、洪武帝に急を報じ、帝は急遽宮城に戻って高楼から眺めたところ、胡惟庸邸に多数の武装兵士が隠れていた、とする。一方、『明実録』『明史』では、彼らの徒党であったという御史中丞の涂節の密告によって発覚したとする。洪武帝自らの尋問を受けた胡惟庸は、逃れることはできないと悟り、すべてを「自白」し、わずか4日後に陳寧らとともに処刑された。密告者の涂節も処刑されている。これが、以後10年に及ぶ大粛清事件となった胡惟庸の獄の開始である。
明朝の公式記録である『明実録』(「実録」は次代王朝が正史を編纂する際に素材となる記録)の記載によれば、取り調べの結果判明した胡惟庸らの反乱計画とは以下のようなものである。
朝廷で専権を極め、洪武帝すらも凌駕する権力者と化した胡惟庸は、故郷定遠県から上がった「枯れていた井戸に水が貯まった」「先祖の墓が毎晩光った」など数々の奇瑞(主に皇帝の聖徳を称えるために作為される)の報告を元に、帝位まで伺うようになった。