メリーランド方面作戦
マクレランはその87,000名の軍隊を率いてワシントンを出て無気力な追跡に入った。マクレランは根っから慎重な将軍であり、12万名以上の南軍に対するものと考えていた。また、ワシントンの政府との議論を続けたままであり、首都を防衛する部隊が彼の元に出頭するよう要求していた。ポトマック軍は9月13日にフレデリックに到着した。そこで、北軍兵士が3本の葉巻を包んだまま誤って置き忘れられていたリーの詳細な作戦計画(特務191号)の写しを発見した。この命令書では、リーが軍隊を分け、地理的に分散した地点(ハーパーズフェリーとヘイガーズタウン)に派遣していることを示しており、それぞれの部隊が孤立して個別撃破される可能性があった。マクレランはこの情報の利点を活かすための決断をするまでに18時間も費やした。その遅れによりリー軍を打ち破る機会を逃した。
シャンティリーの戦いからわずか2日後の9月3日、リーはデイヴィス大統領に宛てて、大統領が反対しなければポトマック川を渡ってメリーランド州に入る決断をしたと書いた。同じ日、リーはシャンティリーから北と西のリーズバーグに向けて自軍の移動を開始した。9月4日、リーズバーグ近郷でポトマック川渡河点を確保するための騎兵同士の会戦、ミルヒルの戦いが起こったあとで、北バージニア軍の1隊がラウドアン郡からポトマック川を越えてメリーランド州内に入った。北バージニア軍の主力部隊は9月7日にメリーランド州フレデリックまで進軍した。総軍55,000名の軍隊は、リッチモンド守備に就いていたD・H・ヒル少将とラファイエット・マクローズ少将の各師団とジョン・G・ウォーカー准将の2個師団によって補強されたが、これはブルランやシャンティリーで失われた9,000名を補充したに過ぎなかった。
リーの侵攻と時を同じくして南軍による他の戦略的攻勢も始まった。ブラクストン・ブラッグとエドマンド・カービー・スミス両将軍は同時にケンタッキー州への侵攻を始めた。ジェファーソン・デイヴィスは3人の将軍達に空白を残した大衆向け声明文を送っており、その空白には南軍侵攻軍が到達したどの州でもその名前を記入できるように考えていた。デイヴィスは大衆に(さらには間接的にヨーロッパ列強に)、なぜ南部がその戦略を変えているように見えるか説明する文章を書いた。