バイオハザード0
護送されていた元海兵隊少尉ビリー・コーエンがMPを殺害して逃走したと判断し、隊員たちは散開して周辺捜索を開始する。新入隊員レベッカ・チェンバースは奇妙にも森の中で停車している“黄道特急”と記された列車を発見し、逃亡犯が隠れている可能性から車内に侵入する。
列車内には、ゾンビ化した乗員や乗客が無数に徘徊していた。レベッカは恐怖に耐えながら列車内を探索するが、その最中に逃走中のビリー・コーエンと遭遇する。レベッカはビリーを逮捕しようとしたが、ビリーは脱出のため協力しようと主張する。後に危ないところを助けられたレベッカは、しぶしぶビリーと協力することにした。
探索中に突如列車が発車したため、2人は列車を止めるために奔走する。途中巨大なサソリ・スティンガーに襲われるも、辛くも列車の停止装置を作動させ、側線の先のトンネルに入った列車は横転して停止した。列車から降りた2人がトンネルの先の施設に進むと、そこはアンブレラの幹部養成所であった。レベッカとビリーは協力して入り組んだ養成所内を探索するが、レベッカは危ないところを何度もビリーに助けられ、徐々に本当にビリーは凶悪犯なのか疑問を抱くようになる。
養成所とその地下を舞台(一部行けなくなっているところがある)に、レベッカとビリーがヒルのオブジェを回収するというゲーム。オブジェを集めた個数に応じておまけ要素が解放される。
オブジェは緑と青の2色がある。緑はレベッカのみ、青はビリーのみが拾得でき、一度拾得したものはアイテム画面で交換したり地面に置くことができない。
オブジェは緑と青それぞれ50個ずつあり、10個ごとにアイテム欄を1つ占領する。そのため、全部拾得しても各キャラで1つずつアイテム欄に空きが残る。
正面玄関から任意のタイミングで脱出できる。脱出すると、この時双方が持っているオブジェの合計数がクリアランクになる(経過時間・敵撃破数・被ダメージなどは無関係)。
どちらか一人でも死亡すると、ゲームオーバーとなり強制終了。この場合、死亡したキャラが持っていたオブジェは無効となり、生き残ったほうのキャラが持っていたオブジェの数が、クリアランクになる。
敵の配置は固定(追加配置あり)だが、オブジェを含むアイテムの配置は5種類のパターンの中からランダムで決められる。
クリアランクはA~Eの5種類で、Aから順に「武器弾数無限」「マグナムリボルバー(列車に配置)」「無限猟銃」「無限ハンドガン」「サブマシンガンの弾」。上位のランクを取るとそれより下位のランクの要素も全て解放されるが、GC版とWii版ではクリアランクの要素のみ解放される。
プレイヤーはS.T.A.R.S.の新人隊員レベッカと囚人ビリー・コーエンを操作する。ボタン1つでプレイヤーキャラをチェンジすることができ、非操作キャラは常に追尾するかどうか、攻撃体勢か待機するか、をステータス画面で設定できる。2人が別々の場所にいても交代が可能だが、この場合、ステータス画面を開かないときは若干切り替えに時間がかかるのが難点。別のエリアでパートナーが敵の攻撃を受けている際は、無線機から救難信号がでる。無論、操作していないキャラが死亡してもゲームオーバーとなる。
同行状態の場合操作側が扉を開ければ、パートナーは攻撃を受けてひるんでいない限りどんなに離れていても次の部屋にワープする仕様になっている。