日本ホーリネス教団
我等は従来日本基督教団の中に在りてホーリネスの群を形成し、聖潔の証を立てて来たのである。今回一教団として自主的行動をとる必要を痛感して、同志の協力を得、旧新約聖書を神の言と信じ四重の福音を骨子とする日本ホーリネス教会を組織し、もって日本教化の大業に任ずべきことを宣言する。昭和二十四年六月六日日本ホーリネス教会代表 車田 秋次外 五十三名
第二次世界大戦中に、日本ホーリネス教会の流れを汲むホーリネス系の団体である日本基督教団第六部(旧日本聖教会)と九部(旧きよめ教会)などは弾圧を受けて、政府より解散させられた。(ホーリネス弾圧事件)
1945年、第二次世界大戦が終わると信仰の自由は回復され、ホーリネスの伝道者たちも日本基督教団の教職に復職した。旧日本聖教会に所属する教会は、戦後もしばらく日本基督教団の中でホーリネスの群を組織していたが、合同教団内にあっては、聖書信仰、四重の福音、中でも明確なる聖潔の旗印は、ボヤかされるおそれがあった。そのことを痛感しつつあった車田秋次のところに、当時、レテー・カウマン(′′荒野の泉′′その他の著者)が第2代総理となっていた東洋宣教会の本部(米国)より、ホーリネス教会再建に関する申入れが寄せられた。
これにより車田は、1949年6月6日東京台東区の桂山まさ宅に集まり、「日本ホーリネス教団」を設立して、日本基督教団を離脱する宣言書を発表した。さらに、同年10月、日本基督教団ホーリネスの群の年会において、「日本基督教団離脱」と「ホーリネス教会復興の決意」を発表し正式に教団として発足した。
最初は、日本ホーリネス教団の趣旨に同意する旧日本聖教会の関係者は少なかったが、のちに各地より参入者が起こった。車田秋次、山崎亭治、尾花晃が指導者になった。