総裁政府
ドイツとイタリアの占領地が次々と奪還されていく中、フランスは内部混乱のために有効な手を打つことができなかった。まず財政は破綻していた。政府の反宗教方針によりフランス各州は反乱寸前だった。道路の破壊と盗賊の増加により、商流は滞った。この当時のフランスに政治的自由はなかったが、かといって独裁による政治的速断もほとんどなされなかった。五百人会は過激派が占め、人質法(英語版)、反革命容疑者法といった極端な法律が作られた。累進課税制も採用された。ジャコバン派が再び結成され、かって不遇の死を遂げたジャック・ルネ・エベール、ジャン=ポール・マラーの再評価が行われた。
この頃、シエイエスはジョゼフ・フーシェを警察担当長官に再任した。フーシェは辣腕であり、ジャコバン派を解散させ、何人かのジャーナリストを追放した。シエイエスもまた、権力を強化するため、軍を利用しようとした。
彼はジュベールを将軍に任命し、戦局を好転させるためにイタリアに派遣した。1799年8月15日、ジュベール将軍はノーヴィで同盟国軍のスヴォーロフと遭遇、ジュベール将軍は初期に戦死し、フランス軍は敗北した。
この敗戦の後、フランスはジェノヴァの生命線ともいうべきアルプス山脈南部の占領地の防衛が手薄になった。ロシア及びオーストリアはスイスからフランスを侵略することで合意した。一方、イギリスとロシアの連合軍は、オランダを攻撃した。しかし同盟国側もまた、自国の見栄と利益にこだわったため、強かったとはいえなかった。同盟国軍は1799年9月26日-27日、第二次チューリッヒの戦いでフランスのアンドレ・マッセナに敗れ、スイス侵攻が遅れた。10月にはイギリス・ロシア連合軍はオランダから撤退した。これにより、フランス周辺での当面の脅威は無くなった。
フランス内部が動揺する一方で、総裁政府は周辺諸国への干渉をやめなかった。1797年12月、議会は将来のドイツ侵攻に備えて、国境の都市ラシュタットを占領した。占領の成功は、フランスの世論に好影響を与えた。
総裁政府はベルン獲得のため、ギヨーム=マリ=アン・ブリューヌにスイスを侵攻させた。さらに1797年12月28日にフランス軍司令官デュフォーが殺された報復として、ルイ=アレクサンドル・ベルティエに命じてピウス6世が治める教皇領を侵攻させ、ローマ共和国を建国した。その際、ピエモンテ州を事実上フランスに併合した。これらの侵攻の際には略奪行為も数多く行われた。
一方で、ナポレオンの功名心と、総裁政府が国民に人気のあるナポレオンを遠くに追いやりたいとの思惑が一致し、共和国軍と司令官のほとんどを引き連れてのエジプト遠征が実現した。1798年5月19日に兵5万と船舶232を率いてまずは地中海の島国マルタを目指した。6月8日にはマルタを占領し、7月1日にはエジプトのアレクサンドリアについた。近代兵器を有するフランス軍は早くも7月24日にエジプトの中心都市カイロを占領した。
戦線が広がるにつれ、軍は恒久的な人手不足となり、1798年夏、近代になって初めての国民皆兵に関する法律が可決された。実施に反対して、ベルギーでは農民の反乱が起こった。この時は聖職者8000人が罪に問われて流刑されそうになったが、民衆の支援を得てほとんどが逃亡した。政府の指導力が低下しており、徴兵できた兵士は極少数であった。
このような状況の中、1798年8月1日、いわゆるナイルの海戦において、イギリスのネルソン提督がフランス海軍を大いに破った。この勝利でイギリスは地中海の制海権を決定的にし、エジプトのフランス軍は孤立した。