建武の新政
鎌倉時代末期の社会不安により、為政者の間で「徳政」つまり古代の聖人・賢者に学んで徳に従った改革を行うという思想が普及し、その過程で、儒学の新解釈である宋学と、『孟子』が朝廷に普及した。最も積極的だったのが、(後醍醐とは敵対派閥である)持明院統の花園天皇で、量仁親王(後の光厳天皇)に宛てた『誡太子書』では、易姓革命の思想を説き、たとえ天皇といえども勉学と仁政を疎かにしては位を失う可能性があると訓戒している。一方、後醍醐天皇側でも、「後の三房」吉田定房・万里小路宣房・北畠親房ら側近たちが率先して宋学と『孟子』を学び、彼らの文章には『孟子』の引用が見られる。こうした公家徳政の思想は、朝廷では訴訟制度の改良という方向で形を為すことが多く、建武政権が様々な面で訴訟制度を整備したのも、この延長として捉えることができる。
才人を取り立てるという儒学思想に基づき、定房の弟吉田冬方や、中流貴族日野家のさらに傍流である日野俊基を、宋学研究の頭として抜擢した(『花園天皇宸記』元応元年(1319年)9月6日条)。学問偏重の傾向は、平惟継など風流好みの公卿からは批判された一方で、公家としてはそこまで身分が高くない日野俊基を取り立てた事件は、敵の持明院統のリーダーである花園天皇からすらも、賢才が立身出世できるなら良いことだと称賛された。
後醍醐天皇は、禅風においても禅と宋学の一致を試みた宋朝禅を好み、そのため宗峰妙超や夢窓疎石といった日本の禅林の基礎を築いた禅僧を取り立てたのも、後醍醐の宋学受容上の功績の一つである。
中世最大の寺社勢力は、顕教の四箇大寺(延暦寺・園城寺・興福寺・東大寺)と密教の三門真言(延暦寺・園城寺・東寺(醍醐寺・仁和寺))で、顕教四箇大寺は僧兵による軍事力に支えられていた。中でも強大だったのが比叡山延暦寺で、四箇大寺と三門真言に両方に数えられている。
当時の延暦寺の中核となったのが三門跡(皇族・公家が住職となる寺院)だが、後醍醐天皇はそれらの長を
梶井(現在の三千院):実子の尊雲(護良親王、大塔宮)、のち天台座主(ざす、最高位の僧侶)、征夷大将軍
妙法院:実子の尊澄(宗良親王)、のち天台座主、南朝征夷大将軍
青蓮院:叔父で亀山天皇皇子の慈道、のち天台座主
と全て親族で固めさせ、武士より質で劣るとはいえ、無視できぬ軍事力を手にした。
元弘の乱では、還俗した護良親王が寺社勢力を率い、正成の千早城の戦いへの後詰(籠城を支援する部隊)として活躍し、鎌倉幕府打倒に貢献した。建武の乱でも、第二次京都合戦に敗れた後醍醐と新田義貞は比叡山に籠城し、最終的に近江の戦いで敗北して降伏したとはいえ、2ヶ月間も足利軍の攻撃に耐えている(『梅松論』下)。
また、後醍醐は三門真言のひとつ東寺にも一定の影響力を有した。
後醍醐は八省の長官である卿を、前関白左大臣二条道平や右大臣鷹司冬教といった高位の上級貴族に兼任させた。これは、八省の管轄事項が上級貴族の合議体を通じて天皇に伝えられる律令制以来の体制を解体して、後醍醐が八省の長官となった上級貴族を通じて八省を統括することで天皇親政の強化に繋げる目的であったが、位階の伝統を無視した動きに公卿達は反発した。