トランスロコン
トランスロケータはまた、ポリペプチド (プロテアソームを標的とする損傷したタンパク質など) を小胞体内腔から細胞質基質に移動させることができる。ERタンパク質は、26Sプロテアソームによって細胞質基質内で分解される。これは小胞体関連タンパク質分解(英語版)として知られるプロセスであるため、適切なチャネルで輸送される必要がある。このレトロトランスロコン(retrotranslocon)は未だに謎に包まれている。
当初、Sec61チャネルがこの逆行性トランスポートに関与していると考えられ、これはSec61を介した輸送は常に一方向性ではなく双方向性である可能性があることを意味した。しかしながら、Sec61の構造はこの見解を裏付けるものではなく、いくつかの異なるタンパク質がER内腔から細胞質基質への輸送に関与していることが示唆されている。