メタルギアアシッド
ネオテニー(アリス=No.16)による網陣の触媒となる薬。「Acid Cell Under Alice(アリス支配下の不機嫌な細胞)」の略語。投与された「名を識る者」はネオテニーの操り人形(他者の記憶を植え付けたり、ありもしない幻を見せることができる存在)となる。一定量以上投与された「名を識る者」は自我が崩壊し、ネオテニーの完全なる傀儡と化す。ゲーム後半、この薬を投与されたACUA兵がザコ敵として現れる。
本作は「メタルギアシリーズ」の戦略諜報アクションのシステムとトレーディングカードゲームのシステムとの両方のシステムがミックスされており、「戦略諜報カードゲーム」という独自のシステムになっている。
マップを移動し、さまざまなアクションを駆使し、なるべく敵に見つからないように任務を達成(特定の地点まで移動する、ボスを倒すなど)するのが目的。ステージ内を巡回している兵士には「視界」が設定されており、敵の視界に入ると通信によって仲間を次々と呼ばれ不利になる。このため敵兵に発見されないようにやり過ごしたり、発見される前に倒したり、眠らせたりしながら進むことが重要になる。この辺りは「メタルギア」のシステムを継承している。ただし、このゲームではアクションは全て「カード」の形になっている。
ゲーム本編はデッキの編成を行う「インターミッション」と実際にゲームを行う「ミッション」の2つの流れがある。
「★」のマークが表示される。パンチやグレネードなどで「転倒」すると手札を1枚失うが、これによって手札が0枚になると気絶状態になり、一定コストが経過するまで行動不能になる。敵兵をこの状態にすることで気づかれずに先に進める。
CIA所属の捜査官で、ロジャーの部下。カナダ・トロント出身。以前から独自にBEAGLEを追っており、今作戦に乗じてベールに包まれているBEAGLEの実体を暴こうとする。
だが、彼こそが本物のハンス・ディヴィス(エミリオ)であり、今回の事件の元凶。万が一に備えて以前より「ヴィゴ=エミリオ」という偽の証拠を各所に散在させており、今回の事件はアリスがそれに踊らされた結果起きたものである。既に死に体のBEAGLEには利用価値は無くなったと考えており、今回の事件を利用してBEAGLEを潰すべく行動すると同時にスネークを俯瞰し、「バディ」と名乗ってスネークに助言を送っている。事件後は思惑通り、ヴィゴ・ハッチに全ての責任と汚名を押しつけて偽装を図った。今回の事件で目を付けたソリッド・スネークを使い、No.16以上のネオテニーを作ろうと目論む。 エミリオ 巨大複合企業BEAGLEの幹部で、絶大な力を持っているとされる。その正体はチャールズの別名。 ハンス・ディヴィス ロビト理化学研究所の所長で、フレミングとともに機密の研究に関わる。テリコの父の殺害にも関与した。その正体は全くの謎で、スネークの二重存在として彼の意識に干渉、混乱させる。 その正体はエミリオ同様、チャールズの別名。研究所には時々現れていたとされるが誰にもその姿を見せず、アリスも顔を知らなかったがために偽情報を信じてヴィゴ・ハッチであると思い込んでいた。ちなみにスネークの意識に干渉してきたハンスはアリスの創り出した疑似意識であり、ハンス自身ではない。スネークがエブロ・タワーで出会ったのは、変装したフレミングだった。