ブルガリア正教会
このようにして、エクザルフ教区の境界は、オスマン帝国における全てのブルガリアの領域を含むこととなった。
コンスタンディヌーポリ総主教庁はこうした変化に対して反対し、即座にブルガリアのエクザルフ教区を分離派と断じてその追随者に異端宣告を行った。
最初のブルガリアエクザルフであったアンティム1世は、1872年2月、エクザルフ教区の聖シノドによって選出された。彼はオスマン帝国政府から突如として露土戦争の勃発後の1877年4月24日に解任され、アンカラに流刑に処された。後継となったイオシフ1世は、ブルガリア公国、すなわち東部ルメリア、マケドニア、アドリアノープル州における、教会・学校の展開を図った。1885年、タルノヴォ憲法により、ブルガリア正教会は公式に公国の国教と定められた。バルカン戦争の前夜には、マケドニアおよびアドリアノープル州において、ブルガリアエクザルフ教区には7つの主教区、1218の教会、1212人の教区司祭、64の修道院、202の小聖堂があり、1373の学校に、2266人の教師、78854人の児童が居た。
第一次世界大戦後、平和条約により、ブルガリアのエクザルフ教区はそのマケドニア、エーゲ海沿いのトラキアにおける教区を失った。1913年、エクザルフイオシフ1世は座所をイスタンブールからソフィアに移した。イオシフ1世が1915年に永眠してから、ブルガリア正教会は30年間、自身の首座を選ぶ事が出来なかった。
972年4月5日、東ローマ帝国皇帝ヨハネス1世ツィミスケス(イオアンニス1世ツィミスキス)はプレスラフを攻略して焼き払い、ブルガリアのツァールボリス2世を捕えた。ダミアン総主教は、当初は西ブルガリアのスレデツ(ソフィア)に逃亡した。続く時代、ブルガリア総主教の居住地はコミトプリ(Comitopuli)と呼ばれる君主制支配と東ローマ帝国の間の戦争の展開に密接に影響を受けた。総主教ゲルマンは断続的に、モグレン、ヴォデン(エデッサ、現北部ギリシャ)、プレスパ(現北マケドニア南部)に居住した。990年頃、次代の総主教フィリップはオフリド(現北マケドニア南西部)に居住地を移し、ここが総主教の座所となった。
1018年、ブルガリアが東ローマ帝国の支配下に服すると、ヴァシリオス2世(バシレイオス2世)ブルガロクトノス(「ブルガリア人殺し」を意味する異名)はブルガリア正教会の独立正教会位を承認した。特別条例(royal decrees)により、帝国政府はブルガリア正教会の領域・教区・財産・特権を認めるとした。ブルガリア教会は総主教位を剥奪され、大主教区に格下げされた。最初の大主教イオアンはブルガリア人であったが、後継者達およびその後の全ての高位聖職者達は例外なくギリシャ人に占められた。しかしながら修道士や普通の司祭は依然として主にブルガリア人であった。大半において大主教区は民族的性格を維持し、スラヴ語奉神礼を保持し、ブルガリア文学の発展に貢献し続けた。オフリド大主教区の独立正教会位は、ビザンティン時代、ブルガリア時代、セルビア時代、オスマン帝国時代の間、尊重され続け、1767年の不法な廃止まで存続した。