Hitman: Codename 47
間もなくしてダイアナからの連絡で、標的達が4人ともベトナム戦争時代にフランス外人部隊に所属していたことと、更に各暗殺の依頼主が実は同一人物であったことが判明する。本来ICAには権力に加担しない規則が存在するのだが、この謎の依頼主はICAに対して強い影響力を有しており、再び同じ依頼主からの暗殺依頼が出される。ICAはこの人物からの依頼を受けるのはこれを最後とした上で、依頼主の強い要望に従い47に任務を担当させた。標的の居場所はまさに47が最初に脱走したルーマニアの病院であった。病院に潜入した47はいつものように標的を暗殺するが、その間際に、相手が自分の幼年時代に人体実験をしてきた人物の一人であることを思い出す。謎の依頼主の正体はこの病院の院長オルトマイヤーであり、彼の罠により病院に特殊部隊が突入してくる。オルトマイヤーは優秀な遺伝子によるクローン人間を作り出す研究をしており、47が暗殺した4人はそのDNAを提供した人物達で、47こそがその研究から生み出されたクローン人間であった。オルトマイヤーはわざと47を逃亡させ、秘密を知る4人の暗殺と共に、それを通して自分の作り出したクローンの性能調査を行っていた。
特殊部隊の襲撃を切り抜けた47はCIAエージェントの助けを借りて、病院地下のオルトマイヤーの秘密研究所に侵入する。オルトマイヤーは、47のデータを踏まえ更に強化して自我も失わせた「被検体48」と呼ぶクローンのチームで迎え撃とうとする。しかし47は返り討ちにし、最後に48を装ってオルトマイヤーに近づく。追い詰められ、ようやくそれが47だと知ったオルトマイヤーは「自分の息子」を識別できなかったことを後悔し、47の手で殺されることを受け入れ、47は彼の首の骨を折って暗殺する。