羽田空港発着枠
こうした新規航空会社への発着枠配分を受けて、35年ぶりの新規参入として、1998年9月にスカイマークエアラインズ(現・スカイマーク)、続いて12月に北海道国際航空(現・AIRDO)、2002年8月にスカイネットアジア航空(現・ソラシドエア)が就航を果たした。
なお、2005年4月の、5年に一度の発着枠配分見直しでは、ローカル線を保護するために稚内、中標津、紋別などの1日3便以下の16路線は回収対象から外されている。このうち、10路線を運航する全日本空輸は「路線固定化では自由な経営ができない」と反発、このため、これら16路線をひとつのグループとしてグループ内での便数の増減を認めつつ、完全撤退には歯止めを加えた。
羽田路線は1便あたり20億円の価値があるとされるので、大手2グループ、特にJALにとってはかなりの痛手であった。逆に重点的に配分された新規会社にとっては、獲得した発着枠の運用が今後の成功につながるといえる。一方、ANAはコードシェアを含めると便数が増加する結果となり、2009年末にはSKYなどから批判が上がった。これは新規参入会社のうちADO・SNJ・SFJと協業関係にあったからである(ADOは2003年、SNJは2006年、SFJは2007年からコードシェアを開始した。特にADOとは経営再建に協力した経緯からひときわ緊密な関係を築いていた。なお批判したSKYはその後経営再建に伴い、コードシェアこそ実施していないが、ANAから出資を受けた)。
記者会見した国土交通省の平岡成哲航空事業課長は、行政が現在の状況を放置すれば、航空業界の中期的な競争環境に歪みが生じる恐れがあるため、発着枠の傾斜配分によって是正すると説明し、航空局は2012年8月10日に出した「日本航空への企業再生への対応について」という文書(いわゆる8.10ペーパー)を盾に2016年度までの投資や路線計画を監視対象とし、2013年3月増枠国内線、2014年3月増枠国際線、2016年10月増枠国際線の3度にわたるANAへの傾斜配分を実施したうえ、その後の東京五輪前配分でもANAとその提携先に優先配分し、配分後国際的な感染症による需要減退もありIATAによるU/L(Use it or Lose it)ルール一時凍結時期もあったが、感染症収束後の需要回復した配分3年経過後も就航未定発着枠を保持していて逆に歪な状況になっていて、このことは米国デルタ航空やKLMオランダ航空のような日系提携先ないスカイチームの羽田乗り入れの障害にもなり外航の不満にも繋がっている。
また、アメリカ合衆国とは2012年(平成24年)4月の非公式会談以来、路線開設に向け複数回航空交渉を行っているが、交渉は暗礁に乗り上げていた。その理由は、米国の3大航空会社のうち、デルタ航空とユナイテッド航空が路線開設に消極的なため、米当局が本腰を入れて交渉しないことにある。
平成26年7月8日、首都圏空港機能強化技術検討小委員会から中間とりまとめが発表された。まず実測値を元にした現ルートの最大発着回数が示され、続いて新ルート案の最大発着回数が推定されている。その数値は以下の通りである。
なお北風時と南風時では回数が異なるが、風向により遅延等を発生させないために、少ない方を発着容量とするのが一般的である。よって現ルートでは離陸42回、着陸41回が時間値となる。同様に北風・南風1案では離陸42回・着陸42回、北風・南風2案では離陸46回・着陸44回となる。
平成27年1月21日に開催された首都圏空港機能強化の具体化に向けた協議会では、国から北風・南風2案の提案がなされている。ただし都心上空の飛行については騒音影響が見込まれるため、国際線の離着陸が集中する15時~19時への限定を想定している。