孝謙天皇
孝謙天皇には、自らに反抗したものに、卑しい名前をつけることをしばしばおこなった。
橘奈良麻呂の乱では
道祖王 - 麻度比(まどひ=惑い者の意)
黄文王 - 久奈多夫禮(くなたぶれ=愚か者の意)
賀茂角足 - 乃呂志(のろし=鈍いの意か)
不破内親王の呪詛事件(これは誣告であった)では
不破内親王 - 厨真人厨女(くりやのまひとくりやめ=台所の下女の意か)
氷上川継 - 志計志麻呂(しけし=穢れる、荒れるなどの意。林陸朗の説)
宇佐八幡宮神託事件では
和気清麻呂 - 別部穢麻呂(わけべのきたなまろ)
和気広虫 - 別部狭虫(わけべのさむし)または、別部広虫売(わけべのひろむしめ)
など。
孝謙上皇は律令上は大臣任命の権限はないものの淳仁天皇が直ちにそれを認めたことで、孝謙上皇の影響力の大きさを明示するとともに仲麻呂にとっても光明皇太后亡き後も上皇と天皇からの二重の信任を受けていることを明示する意味合いを持っていた。
天平宝字4年(760年)7月16日に光明皇太后が崩御すると、孝謙上皇と仲麻呂・淳仁天皇の関係は微妙なものとなった。同年8月に孝謙上皇・淳仁天皇らは小治田宮に移り、天平宝字5年(761年)には保良宮に移った。ここで病に伏せった孝謙上皇は、看病に当たった弓削氏の僧・道鏡を寵愛するようになった。天平宝字6年(762年)5月23日(6月23日)に淳仁天皇は平城宮に戻ったが、孝謙は平城京に入らず法華寺に住居を定めた。ここに「高野天皇、帝と隙あり」と続日本紀が記す孝謙上皇と淳仁天皇・仲麻呂の不和が表面化した。6月3日に孝謙上皇は五位以上の官人を呼び出し、淳仁天皇が不孝であることをもって仏門に入って別居することを表明し、さらに国家の大事である政務を自分が執ると宣言した。ただし、この宣言がどこまで実効性があったかは研究者の間でも議論があり、実効性が発揮できなかったためにその後も混乱が続いたとする見方もある。不和の原因には道鏡を除くよう淳仁天皇と仲麻呂が働きかけた事や、皇統の正嫡意識を持つ孝謙上皇が淳仁天皇に不満を持ったことなどがあげられている。また、天皇の軍事指揮権の象徴である鈴印が光明皇太后の崩御後、直接淳仁天皇に引き渡されたことは、淳仁天皇に皇統の正嫡意識を持たせ、反対に孝謙上皇の不満を強めて皇統嫡流を争い始めたとする見方もある。
天平宝字7年(763年)から天平宝字8年(764年)には道鏡や吉備真備といった孝謙派が要職に就く一方で、仲麻呂の子達が軍事的要職に就くなど、孝謙上皇と淳仁天皇・仲麻呂の勢力争いが水面下で続いた。
一方で『続日本紀』では、政治と刑罰が厳しくささいなことで極刑が行われ、冤罪を産んだと評されている。神護景雲3年(769年)5月には称徳天皇の異母妹・不破内親王と氷上志計志麻呂が天皇を呪詛したとして、名を改めた上で流刑にされている。同じく称徳天皇の異母妹・井上内親王を妻としていた中納言・白壁王(後の光仁天皇)は天皇の嫉視を警戒し、酒に溺れた振りをして難を逃れようとしていた。ただし、天皇と井上内親王との関係は良好だったと推測され、淳仁天皇期に行われた保良宮設置の際に稲十万束(淳仁天皇の兄弟である船親王・池田親王と同額)を与えられ(『続日本紀』天平宝字5年10月壬戌条)、称徳天皇即位後も新羅船との交易代金として真綿が貴族たちに支給された際に夫の白壁王が既に大納言に対する相当額として一万屯が与えられているにもかかわらず、後日内親王個人に対しても同量が与えられる(『続日本紀』神護景雲年10月甲子・庚午条)など、破格の厚遇を受けている(これは天皇と対立関係であった姉妹の不破内親王にそうした待遇がなかったことからも特殊性がうかがえる)。
神護景雲3年(769年)、大宰府の主神(かんづかさ)中臣習宜阿曾麻呂が「道鏡が皇位に就くべし」との宇佐八幡宮の託宣を報じたとされた。これを確かめるべく、和気清麻呂を勅使として宇佐八幡宮に送ったが、清麻呂はこの託宣は虚偽であると復命した。これに怒った称徳天皇と天皇の地位を狙っていた道鏡は清麻呂を改名した上で因幡員外介として左遷し、さらに大隅国へ配流した(宇佐八幡宮神託事件)。10月から11月にかけては造営した由義宮に行幸し、同地を西京とする旨を宣した。神護景雲4年(770年)2月、称徳天皇は再び由義宮に行幸した。