軍務局
樺山資紀中将:1886年1月29日(海軍次官兼任)
井上良馨少将:1886年6月17日(1889年3月8日付で第一局長に改称、同日退任)
伊東祐亨少将(のち、中将):1889年3月8日(海軍省第一局長)
伊藤雋吉中将:1893年5月20日 (海軍次官兼任、1893年5月20日付で軍務局長に改称)
山本権兵衛少将(のち、中将):1895年3月8日
諸岡頼之少将:1898年11月10日
斎藤実少将:1900年5月20日
上村彦之丞少将:1900年10月25日
出羽重遠少将:1902年10月29日
中溝徳太郎少将:1903年10月27日
斎藤実少将:1904年2月3日(海軍次官兼任)
加藤友三郎少将:1905年12月20日
加藤友三郎少将:1906年1月8日(自身の海軍次官任命に伴う海軍次官による事務取扱)
武富邦鼎少将:1906年11月22日
中溝徳太郎 中将:1908年5月15日
栃内曽次郎少将:1909年12月1日
江頭安太郎少将:1912年4月20日
野間口兼雄少将:1913年1月10日