日本書紀
現代では、継体天皇以前の記述、特に、編年は正確さを保証できないと考えられている。それは、例えば、継体天皇の没年が記紀で三説があげられるなどの記述の複層性、また、『書紀』編者が、『百済本記』(百済三書の一つ)に基づき、531年説を本文に採用したことからも推察できる。
百済三書とは、『百済本記』・『百済記』・『百済新撰』の三書をいい、『日本書紀』に書名が確認されるが、現在には伝わっていない逸書である(『三国史記』の『百済本紀』とは異なる)。百済三書は、6世紀後半の威徳王の時代に、属国としての対倭国政策の必要から倭王に提出するために百済で編纂されたとみられ、日本書紀の編者が参照したとみられてきた。それゆえ、百済三書と日本書紀の記事の対照により、古代日朝関係の実像が客観的に復元できると信じられていた。三書の中で最も記録性に富むのは『百済本記』で、それに基づいた『継体紀』、『欽明紀』の記述には、「日本の天皇が朝鮮半島に広大な領土を有っていた」としなければ意味不通になる文章が非常に多く、また、任那日本府に関する記述(「百済本記に云はく、安羅を以て父とし、日本府を以て本とす」)もその中に表れている。
また、『神功紀』・『応神紀』の注釈に引用された『百済記』には、「新羅、貴国に奉らず。
後に中国大陸を統一した唐は外国からの朝貢使の受け入れにあたり国情聴取を制度として実施していた。実際に日本の遣唐使の使節が「日本国の地理及び国初の神名」を問われたことが『日本書紀』の記録に見え、このような外交の場のやりとりは、各国に自国の成り立ちを意識させることになったであろう。推古朝に入り、日本は唐に先立つ隋への遣使(遣隋使)を始め、中華王朝との外交関係の構築に手をつけている。唐の場合と同じく、隋代の外交の場でもこのようなやり取りが必要であり、対外交渉を通じて日本は「自国史」を意識するようになっていった。こうして推古朝において修史が開始されたと考えられる。
『日本書紀』の記録によれば、皇極天皇4年(645年)の乙巳の変(いっしのへん、おっしのへん)において中大兄皇子(天智天皇)、中臣鎌足らによって蘇我本宗家が滅ぼされた際、蘇我蝦夷は私邸に火を放って自害した。この時、蝦夷の私邸に保管されていた 『天皇記』『国記』も珍宝と共に焼かれたが、『国記』は船史恵尺によって火の中から取り出され中大兄皇子に献上されたとされる(皇極天皇4年6月13日条)。 これに関連する情報は『新撰姓氏録』の序文にもあり、『国記』が焼かれたために各氏の出自が失われ偽る者も現れたが、船史恵尺が焼かれようとする『国記』を奉ったとある。しかし、これらの伝承が事実であったとしても、『国記』は『天皇記』と同じくに現代には伝わっていない。
『日本書紀』は全30巻、系図1巻(系図は現存しない)からなり、天地開闢から始まる神代から持統天皇代までを扱う編年体の歴史書である。神代を扱う1巻、2巻を除き、原則的に日本の歴代天皇の系譜・事績を記述している。ただし神功皇后など天皇とはされていない人物を1巻全体で取り扱う9巻や、事実上壬申の乱の記述に全体を費やす28巻などの例外も含む。全体は漢文で記されているが、万葉仮名を用いて128首の和歌が記載されており、また特定の語意について訓注によって日本語(和語)で読むことが指定されている箇所がある。このような漢文中に現れる日本語的特徴、また日本語話者特有の発想による特殊な表現は現在では研究者によって和習(倭習)と呼ばれている。『日本書紀』は伝統的に純漢文(正格漢文)の史書として扱われる場合が多いが、この和習を多々含むためその本文は変格漢文(和化漢文)としての性質を持つ。
太歳を用いた干支紀年、和歌の採録数の多さ、分註の多さなどは後世『日本書紀』に続いて編纂された日本の正史、いわゆる六国史の他の書籍と比較した場合際立って目立つ『日本書紀』の独特な特徴である。また、『日本書紀』は単独の人物ではなく、複数の撰者・著者によって編纂されたと見られ、この結果として全体の構成は不統一なものとなっている。
天皇の名には、天皇在世中の実名である諱(いみな)、在世中に奉られる尊号、没後に奉られる諡(おくりな)がある。現在普通に使用されるのは『続日本紀』に記述される奈良時代、天平宝字6年(762年)〜同8年(764年)、淡海三船により神武天皇から持統天皇までの41代(弘文天皇を除き神功皇后を含む)へ一括撰進された漢風諡号であるが、『日本書紀』の本来の原文には当然漢風諡号はなく、天皇の名は漢風諡号の前に書かれた本来の名のみであらわされていたと考えられる。この名は漢風諡号との対比から「和風諡号」と呼ばれることが多いが、諡号であるという根拠はなく、どのような名前なのかは不明である。天皇ではないが壬申の乱の功臣・三輪子首が「大三輪真上田迎君」と諡されたのが『日本書紀』に明記された唯一の諡(謚)である。
15代応神天皇から26代継体天皇までの名は、おおむね諱、つまり在世中の実名であると考えられている。その特徴は、ホムタ・ハツセなどの地名、サザキなどの動物名、シラカ・ミツハなどの人体に関する語、ワカ・タケなどの素朴な称、ワケ・スクネなどの古い尊称などを要素として単純な組み合わせから成っている。また、確実性が増してからの『書紀』の記述による限り、和風諡号の制度ができたのは6世紀半ばごろであり、それ以前で和風諡号風の名前を持つ天皇は、後世架上された天皇であると考える説がある。
第十五 白髪武広国押稚日本根子(しらかのたけひろくにおしわかやまとねこのすめらみこと)清寧天皇 星川皇子の叛 天皇の即位と億計(おけ)、弘計(をけ)の発見 飯豊皇女 弘計天皇(をけのすめらみこと)顕宗天皇 弘計、億計兄弟の苦難 二皇子身分を明かす 皇位の譲り合い 弘計王の即位 老婆置目の功績 復讐の思い 任那、高麗との通交 億計天皇(おけのすめらみこと)仁賢天皇 億計天皇の即位 日鷹吉士高麗に使す
卷第十六 小泊瀬稚鷦鷯天皇(おはつせのわかさざきのすめらみこと)武烈天皇 影媛(かげひめ)と鮪(しび) 武烈天皇の暴虐
卷第十七 男大迹天皇(おほどのすめらみこと)継体天皇 継体天皇の擁立 任那四県の割譲 己汶(こもん)帯沙(たさ)をめぐる争い 磐井の反乱 近江毛野の派遣 近江毛野の死 継体天皇の崩御
卷第十八 広国押武金日天皇(ひろくにおしたけかなひのすめらみこと)安閑天皇 天皇即位と屯倉(みやけ)の設置 大河内味張の後悔 武蔵国造の争い及び屯倉 武小広国押盾天皇(たけをひろくにおしたてのすめらみこと)宣化天皇 那津(筑紫)官家(みやけ)の整備
卷第十九 天国排開広庭天皇(あめくにおしはらきひろにはのすめらみこと)欽明天皇 秦大津父(はたのおおつち) 大伴金村の失脚 聖明王(せいめいおう)、任那(みまな)復興の協議 任那日本府の官人忌避 任那復興の計画 日本への救援要請 仏教公伝 聖明王の戦死 任那の滅亡 調伊企儺の妻大葉子 難船の高麗使人
卷第二十 渟中倉太珠敷天皇(ぬなくらのふとたましきのすめらみこと)敏達天皇 烏羽(からすば)の表 吉備海部直難波の処罰 日羅の進言 蘇我馬子の崇仏 物部守屋の排仏