南蛮貿易
マカオ・日本間の定期航路が開設されて、司令官であるカピタン・モールの商船が往来した。島原に最初に来航したカピタン・モールはフェルナンド・メネゼスだった。これ以降は、カピタン・モールの管理貿易による定期船と、私貿易の個人商船が並立した。薩摩国には1570年までに18隻のポルトガル船が来航しており、倭寇のジャンク船を含めればそれ以上の数となった。
定期航路によって平戸への来航が増えると、平戸の近隣の領主である大村純忠は日本初のキリシタン大名となって、永禄4年(1561年)に起きた宮ノ前事件の間隙を突き、横瀬浦を開港して貿易で繁栄する。のちに戦火での焼失が原因で横瀬浦から福田浦、そして長崎へと貿易港が移り、純忠は長崎を教会領としてイエズス会に寄進して、貿易を求める日本商人が長崎に集中するようになった。大村氏は長崎を直轄にしようとしたが、長崎は教会領の自治都市として発展し、周辺の領主と合戦を繰り返した。織田信長と豊臣秀吉は、基本的に南蛮貿易を推奨した。信長は安土楽市令において、道路通行の強制や宿場町での積み替えを強制しており、当時のヨーロッパの絶対主義国家による都市振興策と共通点をもつ。このため、信長の政策にはイエズス会士から得た情報が影響したという説もある。秀吉は貿易の利益を望みつつも、キリスト教に対してはバテレン追放令を発布して長崎を直轄領とした。江戸幕府の成立後は、長崎は幕府の直轄領となった。
南蛮貿易に関係する貨幣単位としては、日本や中国では金・銀の重量単位としてタエル(両)、ポルトガルはレイス、スペインはペソが用いられた。