スペイン・ブルボン朝
窮地に陥ったゴドイは啓蒙改革派を登用することで打開を図ったが、国内の啓蒙改革派とフランスの圧力によって失脚させられ、新たにホベジャーノス(スペイン語版、英語版)が政権を担うことになった。
その頃、フランスでは1799年にナポレオン・ボナパルトが政権を掌握した(ブリュメールのクーデター)。ゴドイはナポレオンに取り入り、1800年に復帰する。権力の座に戻ったゴドイは徹底的に反動政治を行うなど、権威を振るったが、これはナポレオンの傀儡と化したことを意味していた。それを象徴するのが、ナポレオンが皇帝となった翌1805年に起きたトラファルガーの海戦である。この海戦にフランスと共に参加したスペインの主力艦隊は、ホレーショ・ネルソンによって完膚なきまでに叩きのめされた。
ゴドイの専横に対して、国内の自由主義者たちは苦々しく思い、アストゥリアス公フェルナンド王子の下に集結した。ゴドイをひたすら寵愛する父母に幻滅したフェルナンドもこれに同調し、両者は1807年にクーデターを企てる。それ自体は失敗に終わったが、人々からの支持は大きかった。そしてフェルナンドと自由主義者に再び好機が訪れた。ナポレオンは大陸封鎖令に違反したポルトガルを討つために、フランス軍をスペインへ送った。その際、カルロス4世とゴドイはナポレオンと共にポルトガルを分割することを約束したが、むしろフランスの行為を脅威と思い、密かに脱出しようとした。これを好機とした自由主義者は1808年にクーデターを起こし、ゴドイとカルロス4世を失脚させた。フェルナンドはフェルナンド7世として即位したが、カルロス4世も退位を撤回して両者はナポレオンに裁断を仰いだ。ナポレオンは両人を捕えて、自分の兄ジョゼフをスペイン王に就けた。こうしてブルボン朝は最初の中断を迎えた。
新たに「スペイン王ホセ1世」になったジョゼフ・ボナパルトは、異端審問を廃止するなど進歩的な改革を行い、自由主義者たちの支持を得た。これに対して聖職者は、スペイン継承戦争と同じくカトリック信仰を呼びかけることで叛旗を促した。この策は成功を収め、多くの民衆がボナパルト体制に異議を唱えてゲリラ戦を行った。また、イギリス・ポルトガル軍もフランス支配打倒のために軍を派遣した。ナポレオンは大軍を投じたが、民衆のゲリラ活動、そしてウェリントン侯率いる連合軍の前に敗北を喫した。1813年にジョゼフは退位し、同年のヴァランセー条約でフェルナンド7世の復位が認められた。
スペイン独立戦争は多くの物資をいたずらに消耗し、ナポレオン失脚の遠因となった。ナポレオン自身も後に「スペインの潰瘍が私を滅ぼした」と語っている。戦場となったスペインはもっと深刻であった。戦争の結果、産業・農業が完全に破壊されたのである。破壊活動はフランス軍のみならず、味方であるはずのイギリス軍とポルトガル軍、さらにはゲリラやスペイン正規軍も行っていた。加えて敵味方問わず、略奪を頻繁に行ったため、多くの美術品が散逸することになった(ウェリントンもどさくさに紛れて美術品を多数横領している)。
議会は当然のことながら非難したが、アルフォンソ13世はむしろこれを支援した。国王の支持を得たプリモ・デ・リベラは憲法を停止し、議会を廃止させて実権を掌握した。軍事政権の始まりである。その基盤として結成されたのがプリモ・デ・リベラを首班とする愛国同盟である。そして1925年にプリモ・デ・リベラを首相とする内閣が発足した。プリモ・デ・リベラは共産党を徹底的に弾圧する一方で、社会労働党からの支持を得ることに成功し、彼らの主張にも沿った政策を行っている。懸案のモロッコ問題も1926年に解決している。また、国内産業の保護育成(経済的ナショナリズム)、積極的な公共投資によって経済を発達させた。1929年のバルセロナ万国博覧会は、その象徴ともいえる。アルフォンソ13世はプリモ・デ・リベラを「我がムッソリーニ」と呼んで信頼した。しかし、世界恐慌の影響がスペインにも及ぶと、地主や資本家、また軍内部からも反発が出て、プリモ・デ・リベラは1930年に辞任した。