五千円紙幣
日本銀行券では日本銀行行章は裏面にのみ入っているものが多い中、このE五千円券は表面の額面金額の文字に重なっている所にも日本銀行行章が入っている数少ない例の一つである。
偽造防止技術にはD二千円券に新たに採用されたもののほとんどが採用されたのに加え、新たに表から見て右側に用紙を薄くしてすき入れした「すき入れバーパターン」と、見る角度によって像(金属箔に刻まれた絵柄)が変わる「ホログラム」が採用された。E五千円券には肖像の右側付近に縦棒のすき入れが2本入っており、ホログラムの像は光の入射角により桜花、日本銀行行章、額面金額の「5000」の数字などが確認できる。特殊発光インキについては表面の印章および地紋の一部に紫外線発光インクを採用しており、ブラックライトを照射すると表面の印章「総裁之印」がオレンジ色に発光する他、表面の地模様の一部がオレンジ色に、裏面の地模様の一部が黄緑色に発光する。ミニ改刷後のD号券と異なり裏面の印章「発券局長」は発光しない。なおD二千円券で採用された光学的変化インクは使用されていない。
公式に発表されていないが、表面と裏面に「ニ」「ホ」「ン」(日本)の片仮名がシークレットマーク(暗証)として入っていることが確認できるほか、D二千円券に引き続いてユーリオンも採用されている。さらにホログラムの上下にも漢字で「日」「本」の文字が刻まれている。
視覚障害者が触覚で券種を識別できるようにした識別マークについてはD一万円券、D五千円券、D千円券で採用されていた透かしによるものから変更され、紙幣の表面下端の左右に深凹版印刷によりインクを盛り上げて凸凹を感じられるようにした方式が取られている。