無神論論争
(少なくともフィヒテは神は存在しないといったことは述べていない)
当局(ドレスデン宗教局)は、ただちに調査をし、ザクセン選帝侯も該当雑誌の没収を命じ、問題が表面化した。フィヒテはこれに対し「公衆への訴え」という反論書もかいた。当時は政治家でもあったゲーテも政府の公正さと冷静さの欠く対応を批判し、シラーやヴィーラントなどもフィヒテを擁護した。
その後のフィヒテの答弁の中で、自分の論文は終始一貫して非の打ち所がなく、スピノザ主義で、自分よりもずっと無神論的な学者(ヘルダーのこと)がいるのに、なぜ自分だけが責められるのかという不満をさらけだす。
さらに、友人の学者フォイクトにうちあけた私信でフィヒテ自身はもしこのような不満が公然と通るのであれば、大学教授の辞職でもって抗議する。この抗議に賛同してくれている同僚も多いので、彼らとともにあらたな研究所を作るだろうとする旨を打ち明けた。このフィヒテの自信満々とも言える私信は、あっという間に広まり、選帝侯から処分しなければ、イェナ大学の入学を禁止にするという脅しもあって、とうとう大学当局も、フィヒテの解雇を決定した。(なお、この時点で不服ながらも非を認める旨を示していれば、また変わった判断がされたかもしれない)。
この決定の通告に対しても、学問の自由と自分の信念を貫き通したかったフィヒテは決して猛然と反論せず、学生たちの嘆願署名も、もはや焼け石に水であった。このような一貫した姿勢に人々は心証を悪くし、かつては行動をともにしてくれる約束をしてくれた同僚も離れてしまい、フィヒテの味方をしてくれるものはもはやおらず、フィヒテはイェナを去る以外道は残されていなかった。1799年の4月のことであった。