コードシェア便
2014年4月22日には、大韓航空の日本発着路線の全便が、JALとのコードシェア便となった。2016年12月1日からマイレージの提携も開始。当初は那覇発着を除く日本-韓国間の路線における特典航空券利用に限られ、大韓航空便名でのJMBへのマイレージ加算はできなかったが、2018年12月より日本-韓国間に限り同社便名でのJMBへのマイレージ加算が可能となった。併せて那覇発着路線の特典利用も可能となった。なお、日本-韓国間直行便以外での同社特典航空券利用とJMBへのマイレージ加算はできない。
2017年10月にはアエロメヒコ航空、同年11月にはアエロフロート・ロシア航空とのコードシェア提携に合意した。コードシェアとマイレージ提携は2018年以降実施予定。
2018年に入り、スカイチーム加盟である中国東方航空およびガルーダ・インドネシア航空との間で共同事業を行うことを検討していることを相次いで公表した。 なお、共同事業の対象は中国東方航空が日本・中国本土間、ガルーダ・インドネシア航空は日本・インドネシア間である。中国本土(香港除く)とインドネシアはワンワールド加盟の航空会社が存在しない国である。 ガルーダ・インドネシア航空についてはこれまでANAと提携していたが、2018年10月以降はJALともコードシェアを実施、その後順次対象路線の拡充が進められ、マイレージの提携も今後実施される予定。ANAとの提携も当面の間は継続され、1年後を目処にガルーダ・インドネシア航空はJAL・ANAとの中で日本での共同事業の相手を選択する見込み。
国内の航空会社同士においてもコードシェアが行われ、この場合は大手航空会社が新興航空会社または地方に拠点を置く地域航空会社の便を、自社便として販売することが多い。日本航空(JAL)は格安航空会社(LCC)のジェットスター・ジャパンともコードシェアを実施しているが、同社運航便はJAL国際線との乗り継ぎの場合に限って利用できる。大手航空会社にとっては低コストで就航地・便数を増加させることが、コードシェア相手の運航会社にとっては販路が強力な大手経由で、一定数の座席確保が可能となる。利用客にとっても一社に集約して、マイレージサービス加算できることや、利用する時間帯や路線を選択できる幅が広がるなどのメリットがある。一部を除いて、大手航空会社のマイレージ特典航空券で利用することも可能である。JALの場合は、同社とコードシェアしているフジドリームエアラインズおよび天草エアライン、オリエンタルエアブリッジ便をJAL便名の特典航空券として利用できる。ジェットスター・ジャパンについてはJAL便名では利用できないが、JJP単独で利用可能な特典航空券も別途用意されている。全日本空輸(ANA)の場合は、同社とコードシェアしている国内の航空会社全てをANA便名の特典航空券で利用できる。