大宰府
建武期・南北朝時代の動乱に博多・大宰府周辺を含む九州一円が巻き込まれる。足利方・探題と、肥後国の南朝方征西府の菊池氏と戦いとなり、中央や足利氏、更に少弐氏自身の内紛などで一時混迷するも、少弐氏も加わって大宰府を巡り一進一退の攻防となる(浦城の戦い 針摺原の戦いなど)。やがて幕府足利義満が今川貞世(了俊)を九州平定に派遣すると、少弐冬資が謀殺され、南朝方が連敗し駆逐されるなどした。やがて南北朝合一が成り、応永2年(1395年)に了俊が探題職を解任されると、一時的に少弐氏は大宰府を回復するが、戦国時代には大内氏に追われ少弐氏は滅亡。天文5年(1536年)には大内義隆が大宰大弐に就くも、大内氏自身が大寧寺の変により滅亡する。
太宰府天満宮(当時は安楽寺天満宮)の本殿が再建されるのは、時代が下って安土桃山時代の天正19年(1591年)、小早川隆景による。
江戸時代末期、幕末の政変で、公家五卿が安楽寺延寿王院に一時滞在した。大政奉還により京都に戻った。
保元3年(1158年)に平清盛が大宰大弐に就任(赴任せず)。1166年には弟の平頼盛が大宰府に赴任する。平氏政権の基盤の一つとなった日宋貿易の統制のため、やがて北九州での政治的中心地は、大宰府から20キロメートル北の博多(福岡市)へ移る。
宋・明州(江省寧波市一帯)の長官と後白河法皇と平良盛との間で「公式」な交易関係が結ばれ、貿易が隆盛を極めるとともに、古来の渡海制・年紀制などの律令制以来の国家による貿易統制が形骸化していく事に繋がった。これにより鎌倉時代に至るまで大宰府権門は直接的な交易実益を喪い没落、名誉職としての大宰権帥としての権威付け及び有力国人が権帥、大弐への就任する形態に遷移していく。1173年(承安3年)には摂津国福原の外港にあたる大輪田泊(現在の神戸港の一部)を拡張し、博多を素通りさせ、福原大輪田泊まで交易船が直輸した。
源平合戦期には平家武人が大宰府に一時落ち延びた。北九州に平定のため入国した天野遠景が文治2年(1186年)九州惣追捕使・鎮西奉行に補任され大宰府権門を掌握する。しかし10年ほど過ぎた後、天野は頼朝に解任され、鎌倉へ召喚された。
平安時代を通して大宰府現地官人の土着化、土豪化が進んだ。