セルビア共和国 (1992年-2006年)
クロアチア、ボスニア・ヘルツェゴビナにおける一連のユーゴスラビア紛争において、ミロシェヴィッチはこれらの国々からの分離を望むセルビア人の自治国家を支援した。この支援によって後にミロシェヴィッチは、セルビア人の分離主義者らによる戦争犯罪行為を支援しているとの批判を受け、国際社会において多くの政治家らから非難を受けた。
1995年、ミロシェヴィッチはボスニア・ヘルツェゴビナ紛争を終結させた和平合意であるデイトン合意にて、ボスニアのセルビア人の利益を代表して参加し、署名した。ミロシェヴィッチはその後も1997年までセルビアの大統領職に留まり、その後ユーゴスラビア連邦共和国の大統領となった。これに代わって1997年には、ユーゴスラビア連邦の大統領であったミラン・ミルティノヴィッチがセルビアの大統領となった。
1996年から1999年にかけて、セルビアの中でアルバニア人の多く住むコソボ・メトヒヤ自治州の情勢は不安定となった。コソボ・メトヒヤではコソボ紛争に突入し、1999年にはセルビアとモンテネグロはNATOによる空爆を受けた。空爆では、ベオグラードを含む複数の都市への戦略爆撃も行われた。その後、ベオグラードの政府はコソボの統治権中止に同意し、コソボは国際連合の国際連合コソボ暫定行政ミッション(UNMIK)の統治下となり、セルビアの統治が及ばなくなった。
ユーゴスラビア紛争の余波は、セルビアの経済的苦境につながっていた。