後土御門天皇
生母である伊与局の出身身分が低く、当初は将来は出家させるつもりで父である後花園天皇の実家である伏見宮家にて育てられていたが、後花園天皇に他の男子が生まれなかったために、生母を公卿である大炊御門家の養女ということにして、皇位継承者として定められた。
長禄元年(1457年)12月19日に親王宣下、寛正5年(1464年)7月19日に後花園天皇の譲位を受けて践祚(即位日は、寛正6年(1465年)12月27日)。文明2年(1470年)まで後花園上皇による院政が行われた。
践祚後ほどなく応仁の乱が起き、寺社や公卿の館は焼け、朝廷の財源は枯渇して朝廷は衰微した。また、天皇自らも「赤疹(おそらく、当時の京で流行していた麻疹)」にかかるなど、災難に見舞われた。乱を避けるため、足利義政の室町第に10年の間避難生活を強いられた。避難生活中には、義政正室の日野富子に仕える上臈の花山院兼子と密通して皇女を出産している(『親長卿記』文明5年10月22日条)。屋敷内での密通は本来であれば室町第の主人である義政や兼子の主人である富子によって厳罰に処せられる行為であったが、その当事者の身分ゆえに天皇・兼子ともに不問にされている。また、その富子との密通も噂されていた。
典侍:庭田朝子(近衛局・三位局、1437年 - 1492年) - 庭田重賢女 第一皇子:勝仁親王(後柏原天皇、1464年 - 1526年) 第二皇子:尊敦親王(尊伝入道親王、1472年 - 1504年) - 青蓮院 皇子(1475年、即日没)
典侍:勧修寺房子(阿茶局・新大典侍、生没年不明) - 勧修寺教秀女 第一皇女(大慈光院宮・岡殿、生没年不明) 皇女(1485年、即日没) 第四皇女:智円女王(1486年 - 1513年) - 安禅寺 第五皇女:理琇女王(1489年 - 1532年) - 宝鏡寺
宮人:花山院兼子(上臈局、1448年 - 1513年) - 花山院持忠女 第二皇女(保安寺宮、1473年 - 1533年) - 和泉宝安寺 第三皇女:応善女王(寿岳恵仙、1476年 - 1497年) - 安禅寺 第三皇子:仁尊法親王(仁悟法親王、1482年 - 1515年) - 円満院 第四皇子(法蓮院宮・下河原宮、1484年 - 1494年) - 上乗院
母不詳 皇女:慈勝女王(1470年 - 1509年) - 大聖寺
猶子 伏見宮邦高親王