イレギュラーハンターX
通常 - ブーメランのように飛ぶ、アイテムを回収できるカッターを発射する。斜め上に1回転するように飛んで手元に戻ってくる。敵に当たらずに戻ってくれば飛ばした時に消費したエネルギーが回復する。発射した高さによって上か下に軌道が変化する。3発まで連射できる。 チャージ - 四方向に巨大なカッターを発射する。エックスを中心とした様々な角度の斜め四方向へランダムに広がる・戻る動きを4回繰り返した後に、画面外へ飛んでいく。
制限時間はダメージを受けると減りが早まり、武器エネルギーを取ることで回復させることもできる。
XモードのOPステージでボスとして登場した際は、必ず敗北しなければならなかったオリジナル版と異なり、倒さなければならない(ライフエネルギーゲージも表示される)。また、シグマパレスでの戦いのタイミングがステージ1の序盤からステージ3のボス戦直前に変更されている。
VAVAモードの場合、自分より格下のエックスがシグマに脅威として扱われる様を見て反抗の意を抱き、一人でクーデターを起こし、反乱軍と戦う道を選ぶ。しかし、エックスとゼロを撃破寸前まで追い詰めるも、最後にはエックスとゼロの思わぬ不意打ちによって倒されてしまう。そして意識を失う寸前、彼は自分こそが本当の脅威となりえるということ、そして何より自身の存在を証明させるために、今まで戦っていたことを認識する。シグマの指示でボディは回収されたようだが、その後の去就は不明。
シグマパレスの各ステージの最深部で待ち受けるメカニロイド群。上記同様、細部のデザインがオリジナル版から一部変更されている。
なおVAVAモードでは、シグマパレス3最深部手前に登場するエックスとゼロとの戦闘が最後となるため、D-REX以降のボスとは戦闘にならない。
緊急加速システム「ダッシュ」が装備される。単純な高速移動から、姿勢を低くしての敵弾の回避、ダッシュからのジャンプで飛翔距離を伸ばす「ダッシュジャンプ」などエックスの移動性能を格段に向上するほか、壁蹴りで特定のブロックを破壊することも可能になる。
上記の通り、オリジナル版のように入手が必須ではなくなった。
21XX年。ライト博士が研究未完成なため数十年前に封印したロボット、エックスが主人公の物語。人間と、人間に近い思考回路を持つロボット「レプリロイド」が共存する世界(以前のように人間に使われるだけのロボットも存在し、そうしたロボットは「メカニロイド」と呼ばれる)。そんな世界で、人間が犯罪を犯すのと同じく、レプリロイドやメカニロイドも故障し犯罪を犯すものが現れていた。「イレギュラー」と呼ばれるそれらを速やかに破壊・抹消すべく組織された特殊機関が「イレギュラーハンター」である。
ケイン博士に発見され、封印から目覚めたエックスは、この機関の第17精鋭部隊にBクラスハンターとして所属する。エックスは先輩であり親友でもある特Aクラスハンター・ゼロと共に日夜イレギュラーの排除に務めていた。
だがある時、エックスたちの上官であり最強のイレギュラーハンターであるシグマが、突然人間に対して反乱を起こした。彼はレプリロイドたちに進化を促すため、さらに、以前から興味を抱いていたエックスの秘められた力を見出すために、戦いを生み出したのである。
イレギュラーハンターの組織は混乱し、シグマ側に付く隊員も現れる中、エックスとゼロに出動命令が下り、2人はシグマの計画を打ち止めるための戦いを開始する。