シティナイトライン
同年9月24日には「コメート」(Komet, チューリッヒ - ハンブルク)が加わり、その後もドイツとスイスを中心に多くの国際夜行列車がシティナイトラインとなった。
一方で、1996年にオーストリア連邦鉄道はDACH社への出資を取りやめ、同年9月29日からヴィーナー・ヴァルツァーはユーロナイトに戻った。1997年には社名をシティナイトラインCNL株式会社 (CityNightLine CNL AG) に変更した。1999年にはスイス連邦鉄道も出資を取りやめたため、シティナイトライン社はドイツ鉄道の100%子会社となった。ただし本社はチューリッヒにおかれたままであった。
1999年から一部の列車にドイツ鉄道から購入した簡易寝台車が連結されるようになった。2001年からは荷物車に自転車を積み込むサービスを始めた。
2002年にはオランダのアムステルダムへ乗り入れ、2006年にはデンマークのコペンハーゲンへも乗り入れた。また2004年にはミュンヘン - ドレスデン間の「オリオン」(Orion) が国内列車としては初めてシティナイトラインとなっている。
2007年12月9日のダイヤ改正から、DBアウトツークの運行していた夜行列車であるDBナハトツーク (NachtZug, NZ) と、季節夜行列車のウアラウプスエクスプレス(UrlaubsExpress: UEx,「休暇急行」の意)がシティナイトラインに統合された。