ホヴァーンシチナ
ヴァシーリー・ゴリーツィン公の屋敷の書斎 - 夏の夕刻
ゴリーツィン公が摂政で愛人関係にある皇女ソフィア・アレクセーエヴナからの恋文を読んでいる。公は気紛れな皇女を信頼しきることができず不安な気持ちを抱いている。続いて母親の手紙に目を通すが、心身ともに潔白であれ、という文言が気になり物思いにふける。
【腹心のヴァルソノフィエフが現れ、ルター派の牧師が面会に来たことを告げる。牧師は公にエンマの保護を求め、色好い回答を得る。調子に乗った牧師はモスクワのドイツ人居住区に教会を建てることも請願するが、にべもなく断られすごすごと退場する。ゴリーツィン公は牧師の退場後、彼を罵倒する。】
ヴァルソノフィエフが現れ、ゴリーツィン公が会いたがっていた魔法使いの女(マルファ)が到着したことを告げる。マルファが登場し、ゴリーツィン公は彼女に先行きが見えない現状についてこぼす。すると、マルファは水占いにより未来を予言して見せようと言う。占いの準備が出来ると、マルファは次第にトランス状態となり霊の言葉を伝える。それはゴリーツィン公の失脚と辺境への流刑という未来であった(マルファの予言の歌「公よ、貴方を待ち受けるは失脚と辺境への流刑」)。激怒した公はマルファを下がらせ、ヴァルソノフィエフを呼ぶと、手下を使ってマルファを沼に沈めろ、と命じる。マルファはこれを耳に挟みながら退場する。
一人残ったゴリーツィン公が予言の内容に絶望していると、横柄な態度でホヴァーンスキー公が書斎に入って来る。
底本にショスタコーヴィチ版を使うが、プレオブラジェンスキイ行進曲以下はカット。その代わり古儀式派教徒の合唱の音楽がブラスによって重々しく奏されて、悲劇的に終わる(ゲルギエフ盤のCD)。演奏時間は約3時間15分。
モスクワ川右岸にある銃兵隊居住区 - 正午
古儀式派教徒が唱和しながら通り過ぎた後、マルファが登場しアンドレイのことを思いながら歌う(マルファの恋の歌「若い娘は歩き回った」)。その歌を聞いた古儀式派教徒の老女スサンナは、マルファが世俗的な愛を断ち切っていないことを非難し、魔女裁判にかけて処刑してやると脅す。続いてドシフェイが登場しスサンナを諭すが、聞き入れられないとわかると彼女を叱責し追い払う。マルファは自分がアンドレイとともに炎の中で焼かれ浄化する幻を見たと訴え、ドシフェイはそれを慰めながらともに退場する。
入れ替わりにシャクロヴィートゥイが登場し、銃兵隊に蹂躙された祖国を思い歌う(シャクロヴィートゥイのアリア「ああルーシよ、あなたは呪われている」)。そこへ酔っ払った銃兵たちが登場、シャクロヴィートゥイはお前たちの世も長くはない、と捨て台詞を残して退場する(酔い覚ましの合唱「起きろ若いの!」)。