中村粲
林は応答しなかったが、翌年、また中村らを名指しで批判し、中村は反論を執筆、両者の論争が繰り返され、応酬は足掛け3年、往復8回に及んだ。林健太郎の生涯最後の論争は、小堀桂一郎との論争とされたが、中村との論争が最後である。この論争は、『別冊正論 Extra.04』』(ISBN 459460465X)に収録されている。
1998年、「南京を考える」シンポジウムを開催したが、壇上で藤岡信勝から自説を批判された。後に雑誌『正論』誌上で藤岡と論争(1999年3月号、5月号)。近年、保守論壇およびその支持者の間では東中野修道らの南京事件虐殺ゼロ説が勢いがあるが、中村は戦時国際法を独自に検討、研究し、日本軍による不法殺害は遺憾ながら少数あったという説を展開している(前述の如く、「南京事件の数的研究」という英語論文を、昭和史研究所ホームページでダウンロードできる)。
2001年、テレビ朝日『朝まで生テレビ!』に出演、大東亜戦争肯定論の立場から発言する。この模様は『日本はなぜ負ける戦争をしたのか。―朝まで生テレビ!』(ISBN 4756138594)という書籍になっている。