ロンドンの大疫病
死亡表には疫病死として報告されなかったため、市政府は何の対策も講じなかったが、1665年の最初の4か月以来、ロンドンでの死亡数は明らかに増加を示した。4月の終わりまでに記録された疫病死はセント・ジャイルズ教区の2例の他はわずか4例であったが、週当たり死亡数は290から398に上昇した。
4月に公式に報告された疫病死は4例あり、従来この水準であれば特段の公的対応は行われていなかったが、市民議会は家屋に対する隔離を実施した。ミドルセックス州の治安判事は疑わしい死亡例が出た場合には、結果がでるまで調査と隔離を行うことを指示した。それから間もなく、同様の指示がロンドン市とその自由区域にも発行された。初めて家屋が隔離された時、セント・ジャイルズ教区では暴動が発生し、群衆が戸を破壊して中の住人を解放した。暴徒は逮捕され、厳しい処分を受けた。患者が治療するか死ぬまで、他の人々から隔離して治療を行う隔離病院であるペストハウスの建造を命じる指示も発行された。政府の対応からは、数例の報告例であっても、すでに疫病の大流行の予兆と考えていたことが示唆される。
気候が温暖になると、疫病が蔓延し始めた。5月2日~9日、セント・ジャイルズ教区で3人、近隣のセント・クレメント・デーンズ教区では4人、セント・アンドリュー・ホールボン教区とセント・メアリー・ウールチャーチ・ハウ教区ではそれぞれ1人の疫病死が報告された。