日琉同祖論
近年の研究では、日琉同祖論の起源となる源為朝琉球渡来伝説は、16世紀前半にはすでに日本において文献に現れていることが明らかになっている。現在確認されているその初出は、京都五山の臨済宗僧侶・月舟寿桂(1470年 - 1533年)の「鶴翁字銘并序」においてである。
そこで、月舟は信憑性は分からないがと断りながら、「日本には、源為朝が琉球へ渡って支配者(創業主)となったという伝説がある。そうであるなら、その子孫は源氏であるから、琉球は日本の附庸国である」という内容を記している。このことから、源為朝琉球渡来伝説が16世紀前半には日本において、特に京都五山の僧侶の間である程度流布していたことがわかる。なお、この段階で琉球側にも源為朝琉球渡来伝説が流入していたかどうかはわからない。
この源為朝琉球渡来伝説は、日琉間の禅宗僧侶の交流を通じて琉球へもたらされた可能性のほか、袋中の『琉球神道記』や島津氏の外交僧である南浦文之が起草した「討琉球詩並序」が琉球に伝来、1650年の羽地朝秀による『中山世鑑』によってこの伝説が完成されたとする。