ニューモシスチス・イロベチイ
その後の研究により、ヒトから分離したニューモシスチス株はラットなどの実験動物に感染させられないこと、またラット由来株とは生理学的差異や病原性因子の違いがあることが分かり、1976年にフレンケルからヒト病原性株は1つの独立種であるという論文が出された。彼はこの種をPneumocystis jiroveci(ニューモシスティス・イロヴェチ)と名付けた(現在は「イロベチイ」P. jirovecii と改称。詳しくは#学名の由来参照)。ヒト感染株を「イロベチイ」と改称することには長年の議論があり、現在でも論文上は両者が混在している。その一方で、「イロベチイ」という名前はヒト病原体に限って使われているものの、「カリニ」という名前は様々な動物種の病原菌の名前として扱われていた。フレンケルをはじめとした研究者たちは、当初ニューモシスチスを原虫と考えていたが、1988年にはリボソームRNA解析から真菌類と示唆されるなど、再分類が考えられるようになった。その後1999年までには真菌であることが確実となり、国際藻類・菌類・植物命名規約に基づく学名へと変更された。最近の研究では、酵母などと同じ子嚢菌門の、特殊でごく原始的な属であることが分かっている。ヒトを含めた霊長類各種で、種固有に感染するニューモシスチスが見つかっており、このことから別種に交差感染はできないこと、またそれぞれの宿主生物と共進化してきたことが推測されている。ニューモシスチス属で学名が付けられたのは、ヒト感染するイロベチイ、ラットに感染するカリニ、マウスに感染する P. murina、ラット由来の別種 P. wakefieldiae、ウサギ由来の P. oryctolagi である。