日根野電車区
クモハ103形は当初、京浜東北線・根岸線から転入した車両が配置されていたが廃車整理で消滅し、2012年現在はすべてモハ103形の先頭車化改造(片町線長尾駅 - 木津駅間の電化開業による改造)車のみである。このうちクモハ103-2504(L101編成)はワンマン運転専用でクモハ103形では播但線・加古川線用ワンマン車以外で唯一体質改善工事が施工されている。 2007年からクハ103-1とクハ103-2が国鉄時代の京浜東北線・根岸線以来同じ編成に組み込まれ、趣味者の話題を呼んだが、2011年3月に運用を離脱した。このうちのクハ103-1は京都鉄道博物館で展示されることになっている。 2011年3月以降、森ノ宮電車区で余剰となった体質改善30N工事車中心の編成が転入し、延命未施工車及び延命N40工事車中心の編成を置き換える配置換えが発生している。また、2011年3月12日のダイヤ改正では日中の鳳駅以南では基本的に運用されなくなった。 国鉄末期までは8両編成も存在したが、これらは浦和電車区(現在のさいたま車両センター)からのクモハ103形ユニットとクハ103形500番台転入により4両編成に組み替えられ、代わりに中間車が浦和電車区へと転出した。 この他、1983年からは関西本線にも101系の置き換え目的で投入されたが、奈良電車区が開設されるまでは一時的に日根野電車区に配置されていた。
関空快速・紀州路快速などの快速列車を中心に、紀勢本線(きのくに線)・大阪環状線内の普通でも運用されている。紀勢本線(きのくに線)での定期運用は和歌山駅 - 周参見駅間のみだが、臨時列車としてJR神戸線(ウエスト関空号)や白浜駅(熊野古道ホリデー号)までの入線実績もある。 1994年4月から1999年5月までは6両編成(基本編成)と2両編成(付属編成)を構成し、基本編成は1995年4月に運転が開始された関空特快「ウイング」の指定席に対応するため車内に指定席/自由席の表示切替板が取り付けられた。付属編成は大阪シティエアターミナル (OCAT) でのチェックインサービスに対応するため、1996年3月にクモハ223形100番台の乗務員室後部に荷物室が設置された(この場合関西空港行のクモハ223形100番台は指定席)が、1998年10月のサービス終了後は客室に復元された。 0番台の登場当時は付属編成の2本連結(2両+2両)で普通列車に運用した実績もある。この当時の阪和線内での運用区間は主に天王寺 - 日根野間で、朝の区間快速や深夜時間帯の快速に限り和泉砂川駅までの運用もあった。 1999年5月から2008年3月までは紀州路快速の運転開始に伴い2500番台を追加し、5両編成(基本編成)と3両編成(付属編成)に組み替えられた(基本編成に取り付けられた表示切替板は組み替え時に撤去)。朝夕ラッシュ時は基本編成が紀州路快速に、付属編成が関空快速、その他の時間帯は基本編成が関空快速に、付属編成が紀州路快速で運転された。