総合研究大学院大学
文化科学研究科 地域文化学専攻 - 大阪府吹田市 比較文化学専攻 - 大阪府吹田市 国際日本研究専攻 - 京都市西京区 日本歴史研究専攻 - 千葉県佐倉市 メディア社会文化専攻 - 千葉市若葉区 日本文学研究専攻 - 東京都品川区
物理科学研究科 構造分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 機能分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 天文科学専攻 - 東京都三鷹市 核融合科学専攻 - 岐阜県土岐市 宇宙科学専攻 - 神奈川県相模原市
高エネルギー加速器科学研究科 加速器科学専攻 - 茨城県つくば市 物質構造科学専攻 - 茨城県つくば市 素粒子原子核専攻 - 茨城県つくば市
複合科学研究科 統計科学専攻 - 東京都港区 極域科学専攻 - 東京都板橋区 情報学専攻 - 東京都千代田区
生命科学研究科 遺伝学専攻 - 静岡県三島市 基礎生物学専攻 - 愛知県岡崎市(2005年4月分子生物機構論専攻名称変更) 生理科学専攻 - 愛知県岡崎市
先導科学研究科(生命体科学専攻・光科学専攻を改組) 生命共生体進化学専攻 - 神奈川県三浦郡葉山町
大学本部事務局 - 神奈川県三浦郡葉山町 葉山高等研究センター - 神奈川県三浦郡葉山町