東日本フェリー
10月26日:冬季の厳しい海象が予想される中でのサービス維持を理由に、高速フェリーの冬期航海時間を1時間45分から2時間15分に変更とする。 11月1日:函館 - 青森航路の在来フェリー配船を一部変更。「びいな」に代わり、引退した「ばにあ」が復活。
2008年 5月2日:函館 - 青森航路に2隻目の高速フェリー「ナッチャンWorld」が就航、高速船の所要時間を2時間から2時間5分とする。本船就航に合わせ青森港高速船ターミナル(現・青森港津軽海峡フェリーターミナル)が竣工。 6月1日:QRコードを使用した新乗船システム「スマートチェックイン」システム開始。 6月16日:金沢 - 釜山航路を開設。 10月:リベラホールディングスが新たにフェリー部門の持株会社として「ブルーオーシャン株式会社」を設立し、同社の傘下となる。 10月29日:金沢 - 釜山航路を休止。 11月1日:高速フェリー「ナッチャンRera」「ナッチャンWorld」の運航を休止。 12月1日:函館 - 青森航路、函館 - 大間航路および室蘭 - 青森航路を廃止。前者2航路およびフェリー4隻を道南自動車フェリーへ承継。 函館 - 大間航路は暫定的な運航継続。
2009年11月1日:道南自動車フェリーに吸収合併され、解散。
リベラによる吸収合併後は事業名称として東日本フェリーの名称が使われていたが、2006年に新たに出資のうえ(新)「東日本フェリー株式会社」を設立した。前項のリベラが吸収合併した初代東日本フェリーの事業を2007年に譲渡させ、事業分割を行った。
札幌市のグループ本社ビル「蔦井ビル」の売却や、共同運航の航路を共同運航先へ譲渡させるなど航路の集約といった合理化や、青函航路への高速フェリー「ナッチャンRera」「ナッチャンWorld」導入、函館・青森港のターミナルビル改築、国際航路への進出といった新施策と合わせての収益強化を計画していた。
函館港 - 大間港 (国道279号・国道338号の海上区間。)(1964年 - ) 2008年11月30日の運航をもって廃止。同年12月は自治体の支援なしで運航し、2009年1月から自治体の支援で1年間の暫定運航を行った。
函館港 - 青森港(1967年 - ) 高速フェリーは2008年10月31日、在来フェリーは同年11月30日の運航をもって廃止。高速フェリーも夏期繁忙期限定で運航(2009 - 2012年)。
びるご(VIRGO、2代目)
6,706総トン。全長134.6 m、航海速力20ノット。
旅客定員600名。車両積載数:トラック96台、乗用車20台。三菱重工業下関造船所建造。
船名の由来は、和名おとめ座にあたる名称(諸説あるが、東日本フェリー公式サイトによると「王ゼウスと女神テミスの間に生まれた清純な女神の名前」となっている)。2007年9月以前は室蘭 - 青森航路に就航していたがのちに青函航路に復帰。道南自動車フェリー譲渡後、2014年まで運航。
びなす(VENUS、2代目)
7,198総トン。全長136.6 m、航海速力20ノット。
旅客定員800名。車両積載数:トラック95台、乗用車20台。三菱重工業下関造船所建造。
船名の由来は、ギリシャ神話のアプロディーテー(美の女神、名称はローマ神話由来のウェヌス)より。2007年9月、高速フェリー「ナッチャンRera」就航にともない青函航路から室蘭 - 青森航路へ転配。道南自動車フェリー譲渡後は再び青函航路に転配され2017年まで運航。
ばあゆ(VAYU)
1,529総トン。全長83.4 m、航海速力16.3ノット。
旅客定員470名。車両積載数:トラック23台または乗用車58台。内海造船瀬戸田工場建造。
船名の由来は、インド神話のヴァーユ(風の神)より。道南自動車フェリー譲渡後、2013年まで運航。