天草エアライン
2019年には、機長の一人が病気療養により乗務不可となり、補充や代替のパイロットが手配できず欠航が増えた。同年4月26日には、一機しか無い機材においてエンジン交換が必要なトラブルが発生し、整備に時間がかかるとして4月27日~5月5日の間全便欠航となった。期間中は、協力関係にあるJALが大阪(伊丹)熊本線において機材変更(大型化)ならびに臨時便の設定により対応した が、5月5日以降も欠員を補充出来ず根本的な対応が見通せない状況となった。5月31日には、8月以降大阪(伊丹)熊本線でJAL(運航はJ-Air)とコードシェアを開始すること、および年内12月を目途にJACによる運航乗務員の短期出向派遣/受入や訓練の受委託に関する検討を進め、AMXの運航乗務員(機長)不足の解消に向け取り組むことを発表した。病気療養していた機長は9月初旬に復職、失効した機長資格の再取得のために任用訓練に入り、11月16日以降に乗務に復帰できる見込みがたった。そのため、12月以降はJAL (J-Air)運航便とのコードシェアを終え、大阪(伊丹)熊本線の自社運航再開と、2020年4月以降にJACからの出向機長が就業する見通しを明らかにした。
2019年8月1日、天草空港に駐機していた運航機材で燃料タンク内温度の高温を警告する計器が点灯し、空港配備消防車による機体散水により燃料タンク冷却を試みたが、運航可能温度まで冷却できずに天草/熊本/天草/福岡/天草/福岡/天草の計6便が欠航した。同社は前述の運航乗務員の病気療養によって減便運航しており、同日から天草空港で該当機がおよそ3時間駐機する状況になっていた。