ガンダム無双
そして、それぞれの戦いに決着を告げるべく、一騎討ちを申し出る。プルは彼らの戦いを邪魔する敵を倒すため、行動を開始。かつて対立したパイロット達もプルに協力するのだった。
ヒイロ・東方不敗・ジェリド編
ヒイロと東方不敗は惑星に向かう途中ティターンズと交戦、これを撃破し、惑星の中枢に向かっていた。そこへ、ジェリドが合流、カミーユを倒す力を手にするため、2人に同行することに。地下堂で武者ガンダムを撃破したが、惑星の降下は止まらなかったためティターンズと共闘し惑星の統一を目指す。ヒイロは、無意味な戦いを続ける東方不敗に疑問を感じつつも、彼の情報に頼らざるを得ない状況に焦りを募らせていた。ジェリドは確実に自分が強くなっていることに手ごたえを感じ、カミーユとの対決を待ち望んでいた。そして東方不敗はある野望を達成するため、その機会を待っているのだった。
ロラン・エマ・プルツー編
小惑星の調査に来たものの、カミーユとはぐれてしまったエマとヘンケンは、同じく仲間とはぐれていたプルツー、単機で調査にあたっていたロランと合流する。様々な勢力が各々の思惑で戦闘を続けている中、ロランはあくまで話し合いによる解決・戦闘の停止を繰り返し呼びかけるが、応じる者はおらず、エマ・プルツーから考えの甘さを叱咤される。結果的に味方を危機に晒してしまった彼は自らと“ホワイトドール”の存在意義を見つめ直し“機械が人の役に立つ世界”を目指す、という強い決意で戦いに身を投じる。敵となったカミーユ、ジュドー、プル等を仲間に加えることに成功するが、武者ガンダムとその力を利用しようとするパイロット達が立ちふさがる。単独で武者ガンダムを止めようと出撃したロランを案じるエマたちも合流。
最終決戦の幕が上がる。
武者ガンダム・武者ガンダムMk-II編(『Special』のみ)
地下礼拝堂奥深くで武者ガンダムと武者ガンダムMk-II、二つの機体が起動した。武者ガンダムは地球に永遠の繁栄と支配をもたらす為に、手始めに地下堂に集まった敵達を迎撃する。一方武者ガンダムMK-IIは仮主人を武者ガンダムと設定し、武者ガンダムと共に戦闘を開始する。武者ガンダムと武者ガンダムMK-IIは意志を持っており、パイロットなしでも動く事ができる。
武者ガンダムは強い敵と戦うことでリアルタイムで戦闘力を高める事が出来る為、自身の力を高めるために別の戦場へと向かう。武者ガンダムMK-IIに地球降下の障害となる敵の排除を命じる。しかし武者ガンダムMK-IIの真の目的は自分に搭乗する優れたパイロットを探す事であり、武者ガンダムの命令をこなしながら自分の搭乗者となる人物の選定、そして人類の調査を密かに行う。武者ガンダムMK-IIは武者ガンダムの地球の支配によって人類の未来と可能性が脅かされると感じ、地球降下の直前に反旗を翻す。武者ガンダムMK-IIの裏切りに遭いながらも武者ガンダムは軌道エレベーターを使用せず単機で地球に降下し、武者ガンダムMK-IIもエレベーターで先に地球へと降下する。
争いや力こそが人類を強くし、更なる高みへと人類を導いていき、それこそが自分の宿命と考える武者ガンダム。人類の可能性を信じ、自分の搭乗者を探す事も重要だが、自分の搭乗者を生む可能性のある地球の未来を守る事が自分の最大の任務と考え、未来の主人のために戦う決意をする武者ガンダムMK-II。二体の武者はそれぞれの宿命のために最後の決戦を始めようとしていた。
2008年2月28日にPS2版として発売。
PlayStation BB UnitのHDDにインストールすることでロード時間を短縮できる。
ハード性能の制約から画面に表示されるMSの数が減っている。
各マップには、複数のフィールドが存在している。味方フィールドは青、敵フィールドは赤、第三勢力のフィールドは黄色、占拠されていないフィールドは灰色で表記されている。 各フィールドには耐久ゲージが存在しており、敵を撃墜するごとにゲージが減る。ゲージを0にした地点で「制圧」となる。ただしフィールドによっては敵の守備隊長機や敵エース機が現れたり、フィールド内にいた敵エース機が守備に就く場合がある。この場合これを撃墜して初めて制圧したことになる。 ミッションの勝利条件を満たした地点でミッションクリアとなる。 自機の耐久値が0になり撃墜されるか敗北条件を満たした場合ゲームオーバーとなる。 本作には戦艦戦の概念はなく、フィールドに同じゲージが存在しており所属MSを撃墜してゲージを0にすると守備隊長が登場するので、これを倒した地点で「撤退」したことになる。