阿倍氏
明治維新の混乱に乗じて、時の当主土御門晴雄(1827年 - 1869年)は旧幕府の天文方を接収して、天文観測や地図測量の権限を手中に収めた。これによって、西洋の近代的な天文学が事実上排除されるという「逆転現象」が生じた。更に晴雄は西洋の太陽暦(グレゴリオ暦)の導入の動きを察して、太陽暦導入を阻止して従来の太陰太陽暦の維持を図るために明治改暦を提唱した。しかし、晴雄の急逝により挫折した。
王政復古の波により以上のような逆転もひとときはあったものの、政府の大方針である富国強兵のためには、近代的な天文や測量が陸海軍の円滑な運営に欠かせず、また西洋近代国家に伍するため合理主義に基づく迷信排斥・家学廃止の方針から、陰陽道と陰陽師の世襲は近代化の妨げとなる旧弊であるという認識を政府が持つようになり、陰陽寮は解体される流れとなった。晴雄の嗣子(養子)晴栄が幼少であることを幸いに、明治3年(1870年)に陰陽寮の廃止と陰陽道の公的分野からの排除が行われて、続いて天文や暦算分野も大学校天文暦道局や海軍水路局、文部省天文局、天文台に移管されることとなった。
晴栄以降の土御門家は東京に移住し、華族制度導入後、子爵に叙せられている。また、倉橋家(土御門久脩の末裔・安倍氏庶流)も子爵に叙せられている。
大正4年(1915年)、土御門家が保有していた天文記録や当主の日記などが宮内省に献上されて、その多くが現在でも宮内庁書陵部に保管されている。
平安中期以降、安倍氏は安倍晴明を輩出した系統が主流となり、中世からは土御門家と名乗り、代々陰陽道の家として知られるようになる。
ただし、実際は晴明の系統が阿倍氏本流であるかは不明である。摂津国出身という説から、阿倍氏と同じく大彦命を祖とする難波忌寸、あるいは吉師(吉志)氏といった渡来人の系統が称した安倍氏の出身ではないかという指摘もある。
安倍晴明以後、安倍氏が賀茂氏とともに陰陽道ことに天文道を司った。しかし、官位的には晴明も息子吉平(954年 - 1027年)も極位が従四位上であって、先祖である兄雄と比べれば格下であるのは明白である。その後、吉平の長男時親は天文密奏宣旨授与者、次男章親は天文博士、3男奉親は天文権博士と、天文道に関する地位を独占した。以後、代々天文博士・陰陽頭に任じられたが、その一方でその地位や学説を巡る一族間の対立も激化していき、時親の子有行を祖とし孫の泰親に引き継がれた嫡流にあたる家系(俗に「泰親流」)、同じく時親の子国随を祖とし孫の晴道に引き継がれた家系(同じく「晴道党」)、時親の弟奉親を祖とし孫の宗明およびその子広賢引き継がれた家系(同じく「宗明流」)の3系統に分立して激しく争った。