ヤーノシュ・ジグモンド
かつてヤーノシュ・ジグモンドは危篤に陥った1567年夏に、大法官(英語版)チャーキ・ミハーイや財務長官ベケシュ・ガーシュパール(英語版)が立ち会う場で遺言をのこしていた。快復した後に実際に死去するまで数年の間があったが、ヤーノシュ・ジグモンドは遺言を修正しなかった。彼の遺言に基づき、遺産の大半は叔父のポーランド王ジグムント2世や3人の姉ゾフィア、アンナ、カタジナが相続した。またヤーノシュ・ジグモンドは自身の蔵書をジュラフェヘールヴァールのプロテスタント学校に遺贈した。
ヤーノシュ・ジグモンドは生涯結婚せず子も持たず、彼をもってサポヤイ家は断絶した。後継者については、彼は遺言で、議会が新君主を選ぶ権利を擁護するとしていた。トランシルヴァニア三国民の代表は、カトリック教徒のバートリ・イシュトヴァーンをトランシルヴァニアのヴァイダ(英語版)(ヴォイヴォダ)に選出した。ベケシュ・ガーシュパールがミクシャ1世の支援を受けて対抗しようとしたが、内戦の結果バートリ・イシュトヴァーンが勝利し、トランシルヴァニアを支配する地盤を固めた。
1569年10月20日から25日にかけて、ナジヴァーラドでカルヴァン派と反三位一体派(ユニテリアン)の最大の神学討論会が開かれた。勝敗は決しなかったものの、ヤーノシュ・ジグモンドはこの討論会を経て反三位一体論を受け入れた。これにより、ヤーノシュ・ジグモンドは史上唯一のユニテリアン君主となった。
ヤーノシュ・ジグモンドが改宗した後、彼の廷臣の多くもユニテリアン主義になびいた。歴史家のパルダ・ガーボルによれば、この改宗には、キリスト教世界に留まりながらも距離を置く、というヤーノシュ・ジグモンドの政治的意図も含まれていた。また歴史家のケウル・イシュトヴァーンによれば、「神は唯一である!」という簡明な考え方が、ユニテリアン主義がトランシルヴァニアで、特にセーケイ人の農民やコロジュヴァールの都市民に受け入れられた背景にある。1569年、狂信的な宗教運動家カラーチョニ・ジェルジに先導されたパルティウムの農民たちが、オスマン帝国に対する「聖戦」を起こそうとした。彼らは1570年前半にデブレツェンに向けて行進したものの、その郊外で周辺地域の貴族により壊滅させられた。
両者は内戦を収めるために、1538年2月24日にヴァーラド条約を結んだ。これにより、両者はその時点で両者が保持している領土の支配権を互いに認めた。また、まだ子が無かったサポヤイ・ヤーノシュは、自分の死後にフェルディナーンド1世がハンガリー中部・東部を併合してハンガリー王国を統一することを認めた。またヤサポヤイ・ヤーノシュは、もし今後息子ができた場合は、その子はサポヤイ家代々の世襲領(王位ではない)を相続すると明記していた。しかし結局のところ、フェルディナーンド1世にはサポヤイ・ヤーノシュの領域をオスマン帝国から守り抜く力が無かった。1539年3月2日、52歳になっていたサポヤイ・ヤーノシュは、ポーランド王ジグムント1世の娘である22歳のイザベラ・ヤギェロンカと結婚した。同時代の人文主義者パオロ・ジョヴィオやアントゥン・ヴランチッチ(英語版)によれば、イザベラはこの時代で屈指の高い教育を受けた女性であった。