恐竜惑星
バーチャル大陸は初期状態になり、全てが元に戻されたはずだった。だが、ハルからの通信が入ったことなどから、恐竜人類世界が健在であったことが判明。恐竜人類の世界はバーチャル大陸が生んだ未来ではなく、別次元の確固とした世界だった。彼らのバーチャル世界とメディアステーションのバーチャル大陸が重なり、さらに暴走によって現実の過去の世界にもなってしまっていたのだ。この事態を受け、美沙は再び萌としてバーチャル大陸に向かう。レイやフォロルのフィラと再会した萌はやがて、ギラグールの進める「宇宙の眼計画」に巻き込まれていく。特定の恐竜達の脳を集め、バーチャル大陸全体を管轄できる「絶対的な観察者」を作り「過去を好きなように見られる=好きなように世界を改変できる」という宇宙の眼計画阻止のため、萌達は恐竜時代を駆けめぐることになる。