日本サッカー協会
先述したJFAの収入でJFAの全活動の費用(年代別日本代表、フットサル、ビーチサッカーの各日本代表及び大学選抜などの監督他代表スタッフおよびA代表選手の給料(サッカー日本代表#プロ化後、サッカー日本代表#プロ化後 2の項参照)、協会役員及び職員の給料、各日本代表の国内および海外遠征費と滞在費等代表関連事業、1種(年齢制限なし)から育成年代までの競技会開催、JFAアカデミーなどの育成事業や指導者および審判養成やJFAこころのプロジェクト等の指導普及事業等) が賄われている(JFAは独立採算制)。2018年7月26日、2020年東京五輪に出場するU-23日本(2018年時点ではU-21日本)監督の森保一が、日本五輪代表監督を兼任したまま、ロシアW杯日本代表コーチから昇格する形で、日本代表監督に年俸約1億5000万円 で4年契約で就任した(なお、東京五輪男子代表監督就任時の年俸は4800万円だった)。日本A代表監督と日本五輪代表監督を兼任するのは、フィリップ・トルシエに次いで2人目で、日本人監督としては初めてである。また、初の外国人日本代表監督のハンス・オフト以降では、W杯後の新日本代表発足時に日本人監督が就くのは初めてである。
マーケティングパートナーとは、JFA活動(主に各日本代表)の放映権及びマーケティング・宣伝等に携わる企業のことである。日本がプロ化する前から広告代理店の電通と契約している。電通とは、テレビ放映権等で2001年頃は約60億円(複数年総額は不明)、2007年から2015年まで8年間総額240億円(1年間30億円)で契約していた。その後の契約については非公開である。2012年時点では、サッカー日本男子A代表の放映権料は1試合当たり1億5000万円である。なお、ワールドカップアジア最終予選の放送権やマーケティング権がJFAにないため(つまり、W杯アジア最終予選の放送権収入なし)、ワールドカップ本大会前年のJFA収益は下がる傾向にある。
JFA会長は、法人法及び公益認定法とその整備法に基づく代表理事である。JFAを代表し、その業務を執行する。理事会を招集し、議長として主宰したり、事案の決裁及び専決に関する細則に定めるもの(各規約等に書かれている会長の職務)を執り行う。例えば、事務局では、事務局組織運営規則に基づき、事務局の事務局長及びその他の職員の任免を会長が行っている。また、日本代表監督の任免の“最終決定”を行う(技術委員会は日本代表監督を推薦するだけで、承認・決定するのは理事会)。3か月に1回以上、会長は自己の職務の執行の状況を理事会に報告する義務がある。 2014年以前のJFA会長は、JFA役員選考委員会が推挙した候補者を理事会が承認し、評議員会が追認する手続きを経て選ばれていた。2013年5月30日、FIFA総会でFIFA規約が修正され、傘下の全サッカー協会(2018年時点では211)は「FIFA標準規約」(会長選挙を必ず実施する等の内容)に準拠した規約制定を義務づけられた。2013年9月2日、FIFA加盟協会委員会で、「規約がFIFA標準規約に準拠しておらず、且つ直近に会長選挙予定の協会」として日本を含む13協会に選挙までに規約を改訂すべきと決議された。
JFAの諸規定等に対する違反行為のうち、競技及び競技会に関するもの以外の違反行為について、調査、審議し、懲罰を決定する。
但し、Jリーグに関しては、Jリーグ規約 に従う。
また、ドーピング禁止に関する違反行為に対する懲罰については、日本ドーピング防止規律パネル が決定する。 委員長:山田秀雄(弁護士) 委員:早稲本和徳(弁護士)、小西隆文(弁護士)、根本清史(茨城県サッカー協会 規律委員長)