シンザン
有馬記念を前に、武田はそれまで中山競馬場のレースに出走したことがなかったシンザンのスクーリングと、天皇賞(秋)からのレース間隔が開くことを避けるために、オープンに出走したあと連闘で有馬記念に出走することを決めたが、栗田はこれに強く反対した。武田の長男であり平場のレースでシンザンの鞍上を務めていた武田博が騎乗したオープンでは、シンザンは伸びずにクリデイの2着に敗れた。勝ったクリデイが関西では無名の馬であったことに栗田はショックを受け、深酒を煽り泥酔した末に倒れて病院へ搬送される事件を起こした。この一連の出来事に「私の信頼できない男を、シンザンに乗せるわけにはゆかない」と激怒した武田は有馬記念で栗田を降板させ、松本を騎乗させることを決定した。さらに、のちに行われたシンザンの引退式でも栗田ではなく松本と武田博が騎乗した。
なお、シンザンのローテーションをめぐる両者の対立は前年の東京優駿の前にも起こっており、このときは東京優駿へ向け、武田が調教だけでは仕上がらないとしてオープンへの出走をはさむことを決定したのに対して、栗田はシンザンの能力を考えれば出走は不要と主張し、出走が決まったあとにはレース直前の調教で武田の指示よりも遅く走らせた。
1963年11月3日のデビューを予定していたが、その新馬戦に評判の関東馬ウメノチカラが出走するため、デビューを1週間遅らせた。11月10日、京都競馬場での新馬戦(芝1200メートル)でデビューし、3コーナーで先頭に立つとそのまま2着に4馬身差をつけて初勝利。その後も連勝し、当時の関西3歳選手権競走・阪神3歳ステークスへの出走が可能になったが、武田厩舎からはプリマドンナとオンワードセカンドが出走し、シンザンは回避させられ、3歳中距離特別に進み、3連勝とした。
母ハヤノボリは競走馬として5勝をあげた。母の半妹には優駿牝馬優勝馬ジツホマレ、甥に皐月賞優勝馬カズヨシがいる。牝系(ファミリーライン)は1907年にイギリスから小岩井農場が高額で輸入したビューチフルドリーマー系(参照:小岩井農場の基礎輸入牝馬)に属する。ビューチフルドリーマー系はほかにテイエムオーシャン、メイヂヒカリなど多数の名馬を輩出している。
シンザンの尻尾の付け根には白色の毛が混じっていたが、これは母の父の父にあたるセフトの遺伝といわれている。また、調教師の武田は初めてシンザンを見たときに母の母の父にあたるトウルヌソルの特徴が強く出ていると感じた。
1月に厩務員の中尾はシンザンの右後ろ脚の爪が出血しているのを発見した。原因は後ろ脚の脚力が増した結果踏み込みが深くなり、後ろ脚が前脚の蹄鉄にぶつかっていることにあると判明し、武田が対策を考えた。
対策として、当初は後ろ脚にゴムテープや革が巻かれたが、前者は馬場を歩くだけでとれてしまい、後者は水分を含む馬場に弱かった。試行錯誤の結果、装蹄師の福田忠寛とともに、後ろ脚の蹄鉄に通気穴の空いたスリッパのようなカバーを付けて後ろ脚の蹄を保護し、かつカバーがぶつかる衝撃から前脚の蹄鉄を守るため、前脚の蹄鉄に電気溶接によりT字型のブリッジを張った「シンザン鉄」と呼ばれる蹄鉄を考案した。
通常の蹄鉄の耐用期間は3週間ほどであったのに対し、シンザン鉄は1、2週間ほどで溶接部分がはがれ、使用ができなくなるという特徴があった。シンザン鉄の交換は、シンザンが武田厩舎にいるときにはその都度行われたが、シンザンが厩舎を離れて遠征するときには、あらかじめ作成した複数のシンザン鉄を中尾が持ち運んだ。
このシンザン鉄は通常の蹄鉄に比べ2倍以上の重量があったため、脚部に負担がかかり故障を招く恐れがあったが、シンザンはリスクを克服した。また、この特殊な蹄鉄の重さゆえにシンザンは調教で走らなかったという説もある。