松本奎堂
職制を定め中山を主将とし、松本は吉村、藤本とともに三総裁の一人となる。趣意書、軍令書、布告など天誅組が公にした文書はほとんどが松本の手にものとされる。教養と文章力は天誅組の中で随一であった。
だが、天誅組の挙兵の直後に八月十八日の政変が起きて京都の政情は一変。攘夷派公卿は失脚し、大和行幸は偽勅とされた。
孤立した天誅組は十津川郷士1000人余を募り、高取城を攻撃するが失敗。9月に入り、周辺諸藩の大軍が動員され、天誅組は善戦するも各地で敗退。十津川郷士が離反するに及び、中山は兵の解散を命じ、残党は脱出すべく山中の難路を彷徨った。松本は窮状から右目の視力が低下し、左目と合わせて盲目となっていた。吉村も負傷して歩行困難になり一行から脱落している。
9月24日、天誅組残党は鷲家口(奈良県東吉野村)で紀州・彦根藩兵に捕捉され、壊滅した。失明していた松本は混乱の中で一行とはぐれてしまう。主将の中山は脱出するが、他はほとんどの者が戦死するか捕縛された。
翌25日、紀伊藩兵に銃殺された(または自刃とも)。享年33。同日には総裁の中で唯一五体満足で脱出していた藤本が、鷲家口へ引き返してきて、紀州藩本陣に突撃した末に、壮絶な戦死を遂げている。松本の首は京都に運ばれ、翌10月、同じく鷲家で無念の最期を遂げた吉村、藤本ら12名の同志の首と共に粟田口に晒された。
辞世の歌は「君が為め 命死にきと 世の人に 語りつきてよ 峰の松風」。法名は天誅院殿忠誉義烈奎堂居士。
明治24年(1891年)、従四位が追贈された。
生誕地の旧屋敷跡に建つ松本奎堂碑(愛知県刈谷市)
亀城公園に建つ松本奎堂碑(愛知県刈谷市)
十念寺にある松本奎堂の墓(愛知県刈谷市)