ウォーレン委員会
オズワルドの単独犯行説は、委員会内部でもラッセル議員から単独犯行についての疑義が出されている。彼は「大統領暗殺の共謀者や共謀集団と結びつける明白で決定的な証拠は一切存在しないとする答申には完全な確信を持って判断できないいくつかの側面がある」「共謀者がいたとする微かな可能性すら存在しない」と示唆するのは間違いだと主張した。ラッセル議員は銃撃犯はオズワルドであったことには同意するが、背後に陰謀の可能性まで排除することには反対であった。そこでフォード議員からの案で「陰謀は存在しなかった」ではなく「陰謀の証拠は発見できなかった」に書き換えられた。これで、ウォーレンは「全員一致の報告書」になったと安堵したが、スタッフはいつか明らかになる可能性を未解決のままにしたと感じた。後に大統領となったジェラルド・フォードは、政界引退後の回顧録で「スタッフたちは国際的にも国内的にも陰謀は一切なかったと主張したが、ラッセル、ボッグス、そして私はそういう表現は強すぎると考えて、他のメンバーを説き伏せて、僅かだが非常に重要な意味を持たせるように表現を変えて、「陰謀の証拠は見つからなかった」という表現に落ち着いた」と述べている。
しかし暗殺の時点まで彼がFBIの監視下に置いていたのは事実だ。」 事前にシークレットサービスにオズワルドがダラスにいることを警告しなかったことについて―「暗殺の時点までこの男が危害を及ぼす危険人物であることを示すものは何もなかった。脅威だとは思えなかったので警告する必要はなかった。FBIは何も重大な過ちは犯していない。」 陰謀の可能性について―「大統領暗殺に関する国外及び国内の陰謀を示す証拠はひとかけらも見つけることができませんでした。」
フーバー長官は暗殺事件の4日後にFBIの危険リストにオズワルドが載っていなかったことを知って「我々は仕事を最後までやり遂げなかった。これは我々全員の教訓としなければならない」と述べた。そして以後に上院司法委員会委員長ジェームズ・イーストランド上院議員から「オズワルドはFBIへの秘密情報提供者だった」と非難される立場に立たされることになった。
ジョン・マコーン(1964.5.14)CIA長官 政府の工作員説について―「彼は工作員ではない。」 何か陰謀に関わっていたか―「証拠は持ち合わせていない。」 オズワルドのメキシコ行きについて―「9月に彼がメキシコへ旅行に行ったことについてCIAで徹底的に調査したが、メキシコで共犯者がいたことを示すものは何もなかった。」
「CIAは国家安全保障の上からジョンソン大統領とウォーレン委員会にその多くを隠していた」、と言われる。1963年11月22日の暗殺事件直後に、CIA内部で世界中のCIA支局に打電してどんな些細な情報も含めて情報収集に取りかかった。すぐにメキシコからの情報ファイルに前月の10月1日午前10:45にオズワルドと名乗る男がメキシコシティのソ連大使館に電話して申請した旅行ビザはどうなっているのか、と尋ねたことを記録したファイルが見つかった。
1968年ラムゼイクラーク司法長官が設置した委員会
1975年のロックフェラー委員会(米国内のCIA活動に関する米国大統領委員会)
1976年の下院暗殺特別委員会(HSCA) ウォーレン委員会はケネディ暗殺をオズワルドの単独犯行と結論を下したが、13年後の1976年に下院で暗殺調査委員会が設置され、この下院暗殺調査委員会は2年後に調査結果を発表して、「2人の銃撃者が大統領に発砲する可能性を排除するものではない」と結論付けた。
上記の3つの米国政府の調査委員会はいずれも、ウォーレン委員会の結論である「2発の銃弾がJFKを背後から襲った」ということに同意している。
今日、ウォーレン委員会は上下両院とテキサス州の暗殺調査の機先を制するために急遽設置されて、オズワルドの単独犯行を確定させるための委員会であったとする意見は根強い。ジョンソン大統領にとってオズワルドの単独犯行が最も都合が良く、もしソ連やキューバなどの外国勢力が関わっていたことが明らかになると国家安全保障上極めて困難な状況になると考えられたからである。委員会は報告書と同時に膨大な26巻に及ぶ別巻の資料を刊行し、多くの聴聞会記録、物的資料の写真、現場検証の実験結果などが順不同で索引なしで掲載されている。だが詳細な調査資料はいずれもオズワルドに関するものだけであり、彼以外に関するものは「間違い」「勘違い」「証拠不十分」として実に簡単に処理されている。1963~1964年の時点では全貌を明らかにすることは不可能で、全ての真実が見えてくることももはや遠い彼方のことであるかもしれない。2039年に全てのウォーレン委員会の資料が公開されるが、驚くべき真実が出てくる可能性は低いとされている。