スーパーロボット大戦EX
同一時間で進行している3つの章の辻褄を合わせるシステム。一方の章での選択が他の章に影響する仕組みであり、ストーリー分岐や仲間になるユニットなどに影響する。
例えば、マサキの章でリューネと出会ったデータをISSで参照し、リューネの章をプレイすると、自動的にマサキと出会うルートが選択される。これを利用すると、マサキの章とリューネの章のメンバーが合流し4体の魔装機神が一堂に会する、といった通常のプレイとは異なるストーリーに変化していく。
また、シュウの章でネオ・グランゾンを出現させているデータにISSを使っていると、他の章でシュウと遭遇し、通常のプレイではグランゾンと戦う場面で、ネオ・グランゾンと対決することもできる。