北海道新幹線
1987年(昭和62年) 4月1日:国鉄分割民営化に伴い、JR各社が発足。新幹線鉄道保有機構が発足し、東北新幹線(東京駅 - 盛岡駅)、上越新幹線、東海道新幹線、山陽新幹線の鉄道施設を保有し、JR各社に有償で貸し付け。 11月:青函トンネル完成。
1988年(昭和63年) 3月13日:海峡線開業に伴い、青函トンネル供用開始。青函連絡船廃止。 8月31日:「整備新幹線の取扱について」政府・与党申合せにおいて整備新幹線着工優先順位決定。
1989年(平成元年)1月17日:「平成元年度予算編成にあたっての整備新幹線の取扱について」により整備新幹線の旧財源スキーム策定。
1990年(平成2年)12月24日:「整備新幹線着工等について政府与党申合せ」により、並行在来線をJRから経営分離することを明記。
1991年(平成3年) 6月20日:東北新幹線 東京駅 - 上野駅間開業。 10月1日:新幹線鉄道保有機構が解散し、鉄道整備基金設立。
1996年(平成8年)12月25日:「新幹線の取扱いについて 政府与党合意」により新幹線の新財源スキーム、新規着工区間など決定。上下分離方式により、JRは受益の範囲を限度とした貸付料を支払うこととされる。北海道新幹線は新青森(石江) - 札幌間の駅・ルート公表および環境影響評価、新青森(石江) - 新函館(仮称)間の工事実施計画認可申請、町境トンネル難工事推進事業、新函館駅(仮称)部調査の実施を決定。
1997年(平成9年)10月1日:鉄道整備基金が船舶整備公団と統合し、運輸施設整備事業団設立。
1998年(平成10年) 1月21日:政府・与党整備新幹線検討委員会検討結果公表。
2005年(平成17年) 4月20日:新青森 - 新函館(仮称)間の工事実施計画追加認可申請。 4月27日:新青森 - 新函館(仮称)間の工事実施計画追加認可。 5月22日:新青森 - 新函館(仮称)間起工式。
2010年(平成22年) 5月19日:新青森 - 新函館(仮称)間の工事実施計画(その2)認可。 12月4日:東北新幹線 八戸駅 - 新青森駅間開業。
2011年(平成23年)12月26日:「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申し合わせにおいて新函館(仮称) - 札幌間の新規着工を決定。
2012年(平成24年) 6月12日:新函館(仮称)- 札幌間の工事実施計画追加認可申請。 6月29日:新函館(仮称)- 札幌間の工事実施計画追加認可、着手。
2013年(平成25年)1月18日:新青森 - 新函館(仮称)間の工事実施計画変更認可。
2015年(平成27年) 1月14日:「整備新幹線の取り扱いについて」政府・与党申し合わせ。「新函館(仮称)- 札幌間の開業時期を当初計画の平成47(2035)年度より3年前倒しし、平成42(2030)年度末とする」ことで合意。 12月24日:新青森 - 新函館北斗間の鉄道施設工事の完成検査が合格。また、新青森 - 新函館北斗間の特別急行料金の上限設定を国土交通省が認可。
2016年(平成28年)3月25日:新青森 - 新函館北斗間の年間貸付料について、年額1.14億円として認可。なお、北海道新幹線 新青森 - 新函館北斗間の営業開始により生じる受益について、JR東日本は年額22億円を支払う。
函館駅 - 長万部駅間については、沿線自治体の多くが旅客路線としては大部分を廃線、並びにバス転換したい意向を示している。しかし、同区間は北海道と本州間を結ぶ貨物列車も運行しており、仮に同区間を廃線にした場合、物流網が寸断され、道内の地域経済(特に農水産業)に大打撃となる恐れがある。日本貨物鉄道(JR貨物)社長の犬飼新は北海道発着の貨物列車が廃止になった場合、「全てのコンテナ輸送量の4分の1に相当する年約413万トンが消失する」と主張している。
JR貨物北海道支社長の小暮一寿は2022年(令和4年)5月に同区間の存廃について、本州を結ぶ鉄道物流の大動脈となっていることから存続を求めるものの「自社のみでの貨物路線の保有は困難」として、「第三セクターなどによる鉄道維持が望ましい」との見解を出している。
国土交通大臣の斉藤鉄夫はこの問題について、沿線自治体による並行在来線の存廃協議とは別に国土交通省(国)・北海道庁・JR貨物・JR北海道の4者で協議する機会を設ける方針を2022年9月に発表した。
2023年(令和5年)7月26日、前述の4者が札幌市内で開いた協議会において、該当区間における鉄道貨物機能を維持する方針を確認した。これにより、新幹線延伸に伴う並行在来線では初めて貨物専用路線として残る可能性が高くなった。
北海道新幹線開業までは普通乗車券のみで特急「白鳥」・「スーパー白鳥」の普通車自由席に限り、蟹田駅 - 木古内駅間を追加料金無しで乗車できる特例が設けられていた。これは同様の特例が存在する石勝線に準じたもので、「青春18きっぷ」や「北海道&東日本パス」といった普通列車専用の特別企画乗車券にも適用されていた。この特例とは別に「北海道&東日本パス」では急行「はまなす」を急行券別途購入で、「白鳥」・「スーパー白鳥」の新青森駅 - 函館駅間を普通車自由席に限り、自由席特急券別途購入で利用可能であったが、新幹線開業後はこれらの在来線列車が廃止され、かつ北海道新幹線に自由席が導入されなかったため通常の乗車券における特例は廃止。これに伴い「青春18きっぷ」などの企画商品についても適用除外となった。そのため「青春18きっぷ」では「青春18きっぷ北海道新幹線オプション券」の購入により、また類似の「秋の乗り放題パス」では「秋の乗り放題パス北海道新幹線オプション券」の購入により、北海道新幹線 奥津軽いまべつ駅 - 木古内駅間で普通車の空席、および道南いさりび鉄道線木古内駅 - 五稜郭駅間の普通列車がオプション券1枚につき片道1回利用可能になった。また「北海道&東日本パス」では、特定特急券または「北海道&東日本パス北海道線特急オプション券」を購入すれば北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間で普通車の空席が利用可能になった。
各駅のホームには可動式安全柵が設置されている。また、ホーム有効長は10両分(263m)となっている。
標準軌・狭軌を共用する三線軌条区間(新中小国信号場 - 木古内駅間)のうち、奥津軽いまべつ駅と湯の里知内信号場においては部分的に狭軌だけが副本線側に分岐・待避する形態となっている。なお、前記の構内図には狭軌部分は含まない。
新函館北斗駅は、将来の札幌方面行きホームとなる12番線の反対側に1線増設出来るスペースが用意されており、札幌延伸時には2面3線となる予定である。
接続路線はその駅で接続している路線(正式路線名)のみ記載する。
新青森駅はJR東日本の管轄駅。
新中小国信号場(大平分岐部) - 木古内駅(木古内分岐部)間は在来線(海峡線)との共用区間(三線軌条)。
青函トンネル内(竜飛定点 - 吉岡定点間)
この他、青森県の東津軽郡蓬田村・北津軽郡中泊町、北海道渡島管内の亀田郡七飯町を通過するが、駅・信号場の設置はない。
新青森駅と新函館北斗駅は全列車が停車。奥津軽いまべつ駅と木古内駅は通過列車あり。