後花園天皇
女院:藤原(大炊御門)信子(嘉楽門院、1411年 - 1488年) - 藤原孝長女、大炊御門信宗養女 第一皇女:観心女王(1434年 - 1490年) - 安禅寺 第一皇子:成仁親王(後土御門天皇、1441年 - 1500年)
典侍:藤原(日野)郷子 - 日野秀光女 皇女(真乗寺宮、? - 1482年) - 真乗寺
後宮:藤原(三条)冬子(1441年 - 1489年) - 三条実量女
生母不詳 皇女:照厳女王(? - 1464年) - 大聖寺門跡
もっとも、後花園天皇は崇光皇統(伏見宮)との関係を断ち切ったわけではなかった。実例は以下のものが挙げられる。
庭田幸子を実母として院号宣下した。
貞成に対し、兄弟の例としながらも錫紵(実の親に対する天皇の喪服)を着用する新儀を行った。
伏見宮家を優遇し、伏見宮家の永世の存続を約束した。
また、後花園の皇子後土御門は崇光皇統を意識し伏見殿を般舟三昧院に改めて、こちらも近世まで御寺とされてきた。皇統の崇光院流皇統と後光厳院流皇統との二面性は、後花園以降も継続していくこととなる。 貞成親王の尊号宣下に代表される、後花園天皇の後光厳院流皇統後継者として振る舞いつつ伏見宮を優遇する態度は、後小松の遺詔(後光厳院流皇統の継続を命じた)と足利義教の政治路線(貞成を後花園の実父として扱った)の間で、後花園が後光厳院流皇統の存続と崇光院流皇統の温存を遂げるためであった可能性が指摘されている。