ImageJ
1/8/16ビット整数グレースケール、32ビット浮動小数グレースケール、および24ビットRGB/32ビットRGBAカラー画像を編集、解析、画像処理、保存、および印刷することができる。同時に処理できる画像の数は、物理メモリの搭載量およびOSのアプリケーションメモリ空間の制限に依存する。
TIFF、PNG、GIF、JPEG、BMP、DICOM、AVIなどの画像フォーマットに対応。
さまざまな顕微鏡メーカー、カメラメーカーの特殊な画像フォーマット (例えばZeissの.lsm、Leicaの.lif) にも対応している。これらの特殊なフォーマットの対応情報は、Loci Bioformatsのページで確認することができる。
3次元のスタック画像 (multi-tif画像) に対応。
マルチスレッド処理が実装されており、複数の処理を並行して行う。特にスタック画像ではマルチコアCPUによる並列処理の威力を発揮する。