幕末尽忠報国烈士伝 -MIBURO-
大政奉還後は御陵衛士残党による襲撃で負傷した近藤に代わり、鳥羽・伏見の戦いで局長を代理して戦うが敗退。近藤と沖田が療養する大阪城に退転して榎本武揚の軍艦で江戸に向かう。甲州勝沼の戦いで敗北を喫した後に五兵衛新田、流山へと移転。流山で新政府軍の有馬藤太に包囲され、近藤を失う。
個別ルートでは旧幕府軍の大鳥圭介と合流し、宇都宮城の戦いで有馬藤太と対決。有馬に手傷を負わせるが自身も負傷。そのまま会津戦争へと参戦するも、会津は同盟諸藩に裏切られるなど形勢は不利のまま推移する。土方は仙台藩へ援軍を要請しに向かい、そこで旧幕府海軍指揮官の榎本武揚と出会う。仙台は新政府に恭順したために榎本、大鳥らと新たな政権を作るために蝦夷へ向かう。
蝦夷にて、旧幕府軍は五稜郭と松前城を落とし、函館政府を樹立させる。しかし松前藩攻略の際、榎本率いる海軍の主力艦・開陽丸が沈没。当初海軍力で優っていた函館政府は制海権を失うという痛手を負う。さらに新政府がアメリカ建造の装甲艦・甲鉄を入手したことで戦力差を付けられてしまう。土方は雪解けと共に蝦夷攻略に乗り出した新政府軍の猛攻を退けるが、味方の大鳥たちに足を引っ張られる形で防衛は失敗。ついに新政府軍が五稜郭に迫った際、健に多摩にいる家族の元に向かうよう命令する。陸軍奉行並の役職を辞して単身で新政府軍に討ち入り、今は亡き新撰組隊士のことを思いながら死ぬ。