延岡藩
当藩の始まりは、豊臣秀吉の九州征伐後の天正15年(1587年)に豊前国香春(福岡県田川郡香春町)周辺の領主高橋元種が延岡南部の松尾城5万石に封ぜられたことに始まる。慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いにおいて元種は、当初は西軍方であった。しかし、九州南部の小領主である秋月種長・相良頼房らと密謀し東軍へと寝返った。これにより江戸幕府より旧領を安堵され、県藩の成立をみた。慶長6年(1601年)、元種は県城(延岡城)を築城して松尾城より移り、以後明治維新までこの城が藩政の中心となった。慶長18年(1613年)、幕府の罪人水間勘兵衛を高千穂に匿ったとして改易処分となり、陸奥棚倉藩主・立花宗茂預かりとなった。
慶長19年(1614年)、肥前国日野江藩より有馬直純が5万3000石で入封した。
第2代藩主・康純は縣(延岡)城を修築して城下町を整備。康純の統治38年間に今日の城下町延岡の原型が完成した。1656年(明暦2年)6月、今山八幡宮に梵鐘を寄進(初代「城山の鐘」、内藤記念館蔵)。そこに記された「明暦二年丙申六月吉日...日州延岡城主有馬左衛門佐...藤原朝臣康純」が延岡地名の初見である。寛永18年(1641年)には、弟の純政に3000石を分知し旗本としている。
第3代藩主・永純(転封後に清純と改名)は弟の純息に1800石、純富に1000石の新田をそれぞれ与えている。
延岡藩(のべおかはん)は、日向国北部と現在の宮崎市の北部を領有した藩で、牧野氏以降明治維新までは豊後国等の一部をも領有した。また、有馬氏期までの延岡は縣(県)と称していたので縣(県)藩(あがたはん)とも呼ばれる。藩庁は縣城(延岡城)(宮崎県延岡市)。