短鎖散在反復配列
SINE はその様々なモジュール、すなわちその配列上のセクション分けによって特徴づけられる。SINEは、必ずではないが頭部、体部、尾部からなる。頭部はSINEの5’末端にあり、RNAポリメラーゼIIIにより合成されたリボソームRNAや tRNAに由来する。頭部にはそのSINEがどの内在性要素に由来して転写機構を寄生的に利用したかについての情報が含まれる。たとえばAlu配列 は、大量にあるリボヌクレオタンパク質であるSRPのRNA要素であり、RNAポリメラーゼIIIにより転写される7SL RNAに由来する。SINEの体部の起源はあきらかではないが、対応するLINEとの相同性を保っている場合が多く、そのためSINEがLINEによりコーディングされる(特定のモチーフを認識する)エンドヌクレアーゼと寄生的に共選択することが可能となっている。SINEの3’末端側はさまざまな長さの短く単純な反復配列からなる。2つ(もしくはそれ以上)のSINEがこの単純反復サイトで結合し2量体を形成することがある。頭部と尾部のみを持つ SINE は単純SINEと呼ばれ、体部も持つものおよび複数のSINEが結合したものは複合SINEと呼ばれる。
SINEの起源は、真核生物のゲノムへの寄生であると考えられている。SINEは進化的時間スケールにわたって何度もの自己複製および変異を経ており、さまざまな系統を形成しているが、多くの真核生物の系統にSINEがあまねくみられることは、SINEが真核生物の進化的初期段階に起源をもつことに由来する。
Alu要素は長さおよそ300ヌクレオチドのSINEで、ヒトゲノムに1000000コピー以上存在し、全ヒトゲノムの10パーセント超を占める、ヒトゲノム上で最も一般的なSINEである。このことは他の種でも珍しいことではない。Alu要素のコピー数の違いにより、霊長類の種の判別および系統分類を行うことができる。イヌの犬種の違いをもたらしているのは、SINEC_Cfというイヌに特有なSINEの反復の有無のみが違うアレルが主である。SINEC_Cfは転写されてスプライスアクセプターサイトとなる場合があり、ある配列がエクソンとなるかイントロンとなるかを左右し、各犬種の違いをもたらしている。
哺乳類以外にも、SINEのコピー数が多い種は軟骨魚類(ゾウギンザメ)や一部の魚類(シーラカンス)など多数存在する。植物では、ごく近縁の種だけにみられるSINEが多く、進化の過程で頻繁に出現・減衰・消失しているが、Au-SINEやAngio-SINEなど、類縁関係のない多くの植物種に広くみられるSINEファミリーも例外的に存在する。
さらに、SINEは YY1ポリコームタンパク質に対応するモチーフを持つことが多い。YY1は、発達やシグナリングに関わる様々な遺伝子の転写抑制因子として働くジンクフィンガータンパク質である。YY1ポリコームタンパク質はヒストン脱アセチル化酵素およびヒストンアセチル基転移酵素の活性に影響すると考えられており、これによりクロマチン再構成が促され、しばしばヘテロクロマチン(遺伝子沈黙状態)の形成へとつながるとされる。したがって、クロマチン再構成を通じたポリコーム依存遺伝子群沈黙化において SINE が「シグナルブースター」として機能することが示唆される。弛緩しており転写機構が接触しやすいユークロマチンと緊密で転写機構が一般に接触できないヘテロクロマチンとの間の違いをもたらすのは様々な種類の相互作用の累積的な結果であるが、SINEはこの過程における一定の進化的役割を果したと考えられる。
クロマチン構造への影響の他にも、SINEが遺伝子発現に関与する機構はいくつも考えられている。たとえば、長いノンコーディングRNAが直接転写リプレッサーおよびアクチベーターと相互作用することによりその機能を減衰もしくは変更することがありえる。ほかにも、転写されたRNAが共調節因子として転写因子に直接結合する形や、転写因子に結合した共調節因子の働きを RNA が調節・変更するといった形の機構も考えられる。