保存配列
保存配列は、BLASTやHMMER、Infernalなどのツールを用いた相同性検索によって同定することができる。相同性検索ツールは、個々の核酸またはタンパク質の配列をインプットとして用いてもよいし、既知の関連する配列の多重アラインメントから生成された統計モデルを用いてもよい。プロファイルHMMや構造情報を組み込んだRNA共分散モデルのような統計モデルは、より関連性の低い配列を検索する場合に有用である。入力された配列は、関連個体または他の種の配列のデータベースに対してアラインメントされる。その結果は、一致するアミノ酸の数や、アラインメントによって生じたギャップや欠失の数に基づいてスコアリングがなされる。許容される保存的な置換は、PAMやBLOSUMのような置換行列に基づいて同定される。高スコアのアラインメントは、相同配列からなるものと推定される。
最も高度に保存された遺伝子は、すべての生物に見つかる遺伝子である。それらは、主に転写や翻訳に必要とされるノンコーディングRNAやタンパク質であり、全生物の共通祖先 (LUCA) から保存されていると考えられている。
普遍的に保存されていることが判明している遺伝子もしくは遺伝子ファミリーには、GTP結合型翻訳伸長因子、メチオニルアミノペプチダーゼ2、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、ABC輸送体が含まれる。RNAポリメラーゼやヘリカーゼといった転写装置の構成要素や、rRNA、tRNA、リボソームタンパク質といった翻訳装置の構成要素もまた、普遍的に保存されている。