アブドゥルマリク
また、ムアーウィヤ1世の死によって失墜したウマイヤ朝の権威が崩壊へ至ったことで、分権的なスフヤーン家の統治体制の維持が困難であることを悟った。ブランキンシップによれば、ウマイヤ朝はイスラーム教徒の敵対者たちを打倒したにもかかわらず、国内的にも対外的にも不安定な状態にあったため、自らの存在を正当化する必要があった。アブドゥルマリクは以前のカリフたちが抱えていた厄介な部族間の対立を解決するために権力の中央集権化を図った。同時にウマイヤ朝による支配の開始時まで遡り、内乱の勃発とともに頂点に達した東方正教会のキリスト教の復活や、イスラームの宗教勢力による批判への対応としてイスラーム化政策を実行へ移す必要に迫られた。アブドゥルマリクが確立した中央集権的な統治体制は後の中世におけるイスラーム国家の原型となった。ケネディは、アブドゥルマリクによる帝国の官僚組織化と中央集権化はさまざまな点において印象的な成果であったが、その治世中にイスラーム社会の中で生じた政治的、経済的、および社会的な分裂は、後のウマイヤ朝にとって解決が困難な遺産であることを証明することになったと指摘している。
ヴェルハウゼンによれば、後世のアッバース朝のカリフたちの統治下におけるほどではなかったにせよ、アブドゥルマリクの統治下では政府が「明らかにより専門的で階層組織的」なものになった。アブドゥルマリクはスフヤーン家のカリフの下での放任型の統治手法とは対照的に、役人を厳しく管理し、役人との交流も大抵において形式的なものにとどめた。
軍隊が主としてシリア軍で構成されるようになったのはこの反乱の鎮圧以降のことである。さらにこの変化を決定づけたのは軍人の給与制度の抜本的な改革であり、俸給を支払う対象は現役の者に限られるようになった。これは正統カリフのウマル(在位:634年 - 644年)によって確立された初期のイスラーム教徒による征服活動の兵役経験者とその子孫に俸給を支払う制度に終止符を打つものであった。イラクの部族の有力者はこの俸給を伝統的な権利と考えていたが、一方でハッジャージュは自分とアブドゥルマリクの行政権や軍隊内の忠誠者に報いるための財政能力を制限する障害とみなしていた。クライシュ族を含むヒジャーズの住民に対しても同様に支払いが停止された。このような政策によって、アブドゥルマリクの治世下で税収を俸給の財源とする職業的な軍隊が確立された。しかし、その一方でアブドゥルマリクの後継者たち、特にヒシャーム(在位:724年 - 743年)はシリアの軍隊に依存したため、その軍隊のほとんどがシリアから遠く離れたイスラーム国家の多数の孤立した戦線へ分散することになった。この結果、国家の外敵がシリアの人々に与える負担と損害は増していき、軍隊内の派閥も増えていったために軍の弱体化が進んだ。そして750年にはウマイヤ朝の支配が崩壊するに至った。
内乱における勝利にもかかわらず、630年代にイスラーム教徒が征服した時点から政治的に混乱していたイラクの支配と統治はアブドゥルマリクにとって大きな難題であり続けた。アブドゥルマリクはシリア軍を撤退させ、ハワーリジュ派の脅威からバスラを防衛する役割をイラクの人々に委ねていた。東洋学者のハミルトン・ギブによれば、ほとんどのイラクの人々は「苦難と損失以外ほとんど何ももたらさなかった」ハワーリジュ派との戦いに「疲れ切っていた」。特にクーファの出身者は出身地における豊かで快適な生活に慣れてしまっており、家族から離れて長期の軍事行動の任務に就くことに抵抗を感じていた。そしてこのような状況はそれまでのイラクの統治者が常に抱えていた問題でもあった。当初、カリフは弟のビシュル(英語版)をクーファの総督に任命し、もう一人の近親者のハーリド(英語版)をビシュルの管轄下に置かれるまでの間バスラの総督に据えた。両者とも総督としての役割を全うするには至らなかったが、最終的にイラクの人々は692年から693年の間にヤマーマでハワーリジュ派の一派であるナジュダ派(英語版)を倒した。ペルシアにおけるもう一つのハワーリジュ派の一派であるアズラク派はさらに手強い存在であり、イラクの軍隊はビシュルが死去した後の694年にラムホルモズ(英語版)でアズラク派の軍隊に敗れて敗走した。
結局、アブドゥルマリクの一族によるイラク統治の試みは失敗に終わり、アブドゥルマリクは694年にアル=ハッジャージュ・ブン・ユースフをイラク総督の地位に据えた。クーファとバスラはハッジャージュの下で一つの地方に統合され、ハッジャージュは統治開始当初から効果的にイラクを統治することへの強い意志を示した。