日吉台遺跡群
日吉台範囲外の矢上台等にも分布する。
港北区No.36遺跡(日吉矢上古墳※日吉台の範囲外)
港北区No.43遺跡(観音松古墳※日吉台の範囲外。矢上台遺跡に含まれる)
港北区No.45遺跡(日吉台1号墳)
港北区No.48遺跡(日吉台2号墳)
港北区No.49遺跡(日吉台3号墳・円墳跡)
港北区No.51遺跡(日吉台5号墳)
港北区No.54遺跡(円墳跡※諏訪下北遺跡範囲内。)
港北区No.126遺跡(日吉台4号墳)
浅間山古墳(※遺跡番号なし)
2006年(平成18年)のA地区における「独立館」建設計画発表に際して、安藤広道ら文学部民族学考古学研究室は、独立館建設予定地が1931年(昭和6年)に柴田常恵が調査した日吉台1号墳や、1940年(昭和15年)に清水潤三が調査した弥生時代建物群の地点に重複しており、遺跡が残存している可能性が高いとして2007年(平成19年)3月~8月にかけて発掘調査を実施した。これにより複数の竪穴建物等の遺構が検出された。2006年(平成18年)以降、文学部民族学考古学研究室はこれ以外にも桜並木アプローチ建設やスポーツ館建設工事、日吉記念館建替え工事など、大学関係施設の工事に伴い発掘調査や工事立会調査を実施している。2006年(平成18年)から2008年(平成20年)にかけて各地区で行われた発掘調査等により、残存する弥生時代~古墳時代前期にかけての遺構が発見され、建物跡以外にも、土坑や方形周溝墓、集落を囲む環濠と見られるV字形の溝等が検出された。
また、先史・古代の遺構だけでなく、日吉台地下壕など近代以降の戦争遺跡群についても日吉台遺跡群に含め、測量などの調査を行っている。
このように2000年代後半以降、慶應義塾大学による日吉台遺跡群の考古学的調査は復活したが、同研究室は既に同遺跡群の先史・古代の遺構については90パーセント以上が破壊されたと推定しており、今後、パッチ状に残存している僅かな箇所を注意深く調査してゆくべきとしている。
しかし、1970年代以降から、大学内部では日吉台に存在していたこれらの遺跡は、大部分が既に破壊されたとする認識が広まったとされ、キャンパス内の工事に際して事前の発掘調査が行われなくなっていった。また文化財保護法に基づいて埋蔵文化財の保護やその取扱いを指導する行政(横浜市教育委員会)側も同様の認識が定着し、保護措置を行うように指導することがなくなっていった。
そのため、1970年代から90年代にかけて、キャンパス内で校舎建替えや新校舎建設などの大規模工事が次々に行われ、中には工事現場で竪穴建物などの遺構が学生らによって目撃されていたにもかかわらず、2000年代初頭に至るまでキャンパス内での発掘調査が全く行われない状況が続いた。2005年(平成17年)以降、日吉台遺跡群の調査および過去調査資料の整理・再検討を行っている慶應大教授の安藤広道(文学部民族学考古学研究室)は、この状況を「異常な事態」と評している。