先コロンブス期
紀元後最初の千年紀までに、南アメリカの広大な熱帯雨林、山岳、平原および海岸には1,000万人が住むようになっていた。中には恒久的開拓地を形成した集団もあった。そのような集団には、チブチャ(あるいはムイスカ)、バルディビアおよびタイロナがいた。コロンビアのチブチャ、エクアドルのバルディビア、ペルーのケチュアおよびボリビアのアイマラが、南アメリカで最も重要な4つの定住型インディアン集団だった。
先コロンブス期に南アメリカとポリネシアの間の南太平洋を越えて接触があったという学説は幾つかの証拠をもとに支持を受けているが、確たるものと言えるほどではない。ユウガオ(ラゲナリア・シセラリア)や甘藷(イポモエア・バタタス)など南アメリカ固有の植生が先コロンブス期のオセアニアにあったということの説明として、人間的作因による伝播があったという説がある。しかしこのような先コロンブス期接触と移動について考古学的証拠は無い。2007年に「米国科学アカデミー紀要」に掲載された論文は、先コロンブス期後期までに家禽がポリネシアを通って南アメリカに導入されたことを示すDNAや考古学的証拠を示した。これらの所見は同じ雑誌にその後に掲載された論文で批判されており、使われた年代推定に疑問を投げ掛け、別のmtDNA解析を使ってポリネシアに遺伝学的起源があることに不同意を表している。この起源と年代の問題は解決されていない。昔ポリネシア人とアメリカ人の交流が起こったかどうかはともかく、その接触による人類の遺伝子、考古学、文化あるいは言語的遺産について確認できるものは無い。
古代にアジアの狩猟採集民がベーリング地峡(ベーリンジア)、現在のベーリング海峡とおそらくは北アメリカ北西部海岸を伝ってアメリカ大陸に入ってきたと考えられている。アメリカインディアンの母系で継承されたミトコンドリアDNA(mtDNA)に見付けられた遺伝学的証拠によって、アジアから多様な遺伝子を持った人々が移住してきたという学説を裏付けている。ただしこれは単一民族の移住という考え方を排除するものではない。数千年の間に、パレオ・インディアンが北アメリカと南アメリカ中に拡がっていった。アメリカ大陸に正確にいつ最初の人々が移住してきたかについては多くの議論の対象となっている。最も初期に識別できる文化の一つはクローヴィス文化であり、およそ13,000年前のものとされている。しかし、2万年前にまで遡ることのできる遺跡の存在が主張されている。遺伝学的研究では、アメリカ大陸への移住を4万年から13,000年前の間のこととしている。