SMILES記法
結合は一重から順に-、=、#で、芳香環(1.5重結合)では:で表される(ただし一重結合-は通常省略される)。OpenSMILES 拡張で四重結合は$ である。二重結合=につながっている一重結合の向きを/、\で表すことでシス-トランス異性体を区別する。たとえばC/C=C\C、C/C=C/Cはそれぞれシス・トランス2-ブテンである。結合がないことは.で表現される(たとえば過酸化水素OOに対しO.Oは水2分子)。
環構造ではつながっている原子の後ろに数字でラベル付けする。たとえばプロパンとシクロプロパンをSMILESで表すとそれぞれCCC、 C1CC1となる。 ラベルの数字は1つの原子に1つが原則だが、あるラベルがすでに2箇所に現れ、その2箇所のペアが同一の原子であることを示す役目を終えた場合は、その数字を別のペアのために再利用してもよい。 ラベルは一桁の数字とみなされ、たとえばC12はラベル1、2につながっている炭素である。二桁のラベルを表すには%を前置する(たとえばC%12はラベル12)。
芳香環を構成する原子(炭素、窒素、酸素、リン、硫黄、ヒ素、セレン;OpenSMILES 拡張ではさらにホウ素)は小文字にする。例えばシクロヘキサンC1CCCCC1に対しベンゼンはc1ccccc1である。