別所温泉駅
単式ホーム1面1線の地上駅。元は頭端式ホーム2面2線だったが、現在は1線が撤去され駅本屋側ホームのみ使用されており、反対側旧ホームは花壇などになっている。また構内には、後付付随車入換用に緩い勾配の側線があったが、現在本線のポイントは撤去され線路は切断されており、1986年10月の架線電圧1,500V昇圧まで運用されていたモハ5250形「丸窓電車」が保存されている(かつては2両あったが、うち1両は2011年にさくら国際高等学校へ移設)。上田丸子電鉄時代からの駅舎が使用されており、当時の社紋が残る。
駅舎には駅事務室・待合室・トイレがあるほか、別所温泉観光協会・旅館組合観光案内所が入居している。以前は駅隣の駐車場側からそのままホームに入ることができたが、その後ホームに柵が設置され、入口は駅舎内の改札口1か所に集約した。また、2021年には別所線開業100周年を記念して当駅にストリートピアノが期間限定で設置され、同年6月19日にYouTuberピアニストのハラミちゃんがこのピアノで演奏した。
近年の一日平均乗車人員の推移は下記のとおり。
■別所線 八木沢駅(BE14) - 別所温泉駅(BE15)