ニンテンドーネットワークID
そして、一度ニンテンドー3DSシリーズにニンテンドーネットワークIDを登録すると、他のニンテンドー3DSシリーズから「ソフトとデータの引っ越し」にて引っ越しを行うことができなくなる。そのため、他のニンテンドー3DSシリーズから引っ越しを行う場合は、ニンテンドー3DSシリーズ本体の初期化を行い本体の登録を解除するか、ニンテンドーネットワークIDを作成する前に、引っ越しを済ませる必要がある。
一度作成したニンテンドーネットワークIDは変更することができず、IDを消去する必要がある。
現在、無料のダウンロードソフトや体験版をダウンロードするには、ニンテンドーネットワークIDの登録が必要になっている。3DSのポケットモンスターシリーズは逆に、ニンテンドーネットワークIDを所持していなくてもオンラインサービスに接続できる。
ニンテンドーネットワークと3DSは完全に結び付けられてしまうため、本体引っ越しなどによる本体の初期化以外でユーザーデータを削除することはできない。そのため、万が一本体を初期化する前に3DS本体を壊してしまった(あるいは、なくしてしまった)場合は、本体型番とnnidの一部情報を任天堂お問い合わせセンターに知らせることで壊してしまった3DSのnnid登録を解除することが可能である。