村山等安
また、元和2年(1616年)には台湾(高砂国)征討のため、次男・村山秋安を司令官とする13隻の船団を台湾に派遣したが、これは暴風のため失敗に終わった。一方で、アビラ・ヒロンの『日本王国記』によると、等安は多くの妾を持ち、そのため妻子と不和に陥り、また多くの人々を殺害した。その際は江戸幕府長崎奉行・長谷川藤広のとりなしで、かろうじて息子らと和解したという。
しかし、長崎の指導者層である頭人のグループや新興商人らと衝突することとなった。等安は長崎の外町に影響力を持つスペイン系の托鉢修道会に近付いた一方、末次平蔵たちはポルトガル系のイエズス会が占める内町を勢力の基盤とし、両者の対立は内町対外町、イエズス会対托鉢修道会、ポルトガル対スペインの権力争いでもあった。元和4年(1618年)の末次平蔵の訴えにより、キリシタンを擁護したことと、徳川氏が敵対していた大坂の豊臣氏と通じたという嫌疑で、元和5年(1619年)10月26日に江戸で斬首、一族も長崎で処刑された。彼の死後、長崎の代官業務は末次平蔵政直が継いだ。
大坂方と通じた嫌疑とは、大坂夏の陣の時、等安が息子の1人に浪人を添えて大坂城に石火矢や玉薬を運び込ませたこと、またキリシタンでドミニコ会系の司祭であった三男フランシスコ等安が流罪になったのを、密かに長崎港外の高鉾島で下船させ、豊臣方として加勢に送りこんだというものであった。これを平蔵政直に伝えたのは等安の料理人の三九郎という者で、自分の娘が等安に手打ちにされたのを恨み、政直に告げたのだという。