対馬丸
対馬丸も、この命令に基づいて兵員輸送と疎開活動に当たっていた輸送船の1隻であった。対馬丸の1944年(昭和19年)8月の行動はおおよそ判明している。8月1日3時、対馬丸はモ05船団に加入して門司を出港する。この時の対馬丸には船舶工兵第二十六連隊第一中隊の将校以下211名を乗せており、護衛には敷設艦白鷹や駆逐艦「響」などがあたっていた。また、船団の顔ぶれの中には、陸軍輸送船和浦丸(かずうらまる 三菱汽船、6,804トン)および暁空丸(拿捕船、6,854トン)の姿もあった。
8月5日に嘉手納沖に到着したモ05船団は陸軍部隊の揚陸を行った後、対馬丸と暁空丸、和浦丸は上海方面に回航された後、沖縄防衛に充てられる第六十二師団(本郷義夫中将)の兵員や馬匹を搭載して8月16日に呉淞沖を出港して那覇に向かう。対馬丸は兵員2,409名と馬匹40頭を搭載しており、609船団は道中大過なく8月19日に那覇に到着した。この時の護衛には駆逐艦蓮や栂、砲艦宇治がいた。モ05船団にしろ609船団にしろ、対潜水艦作戦能力としては十分ではない面もあったが、ともかくここまでは何事もなかった。
8月21日18時35分、対馬丸と暁空丸、和浦丸で構成されたナモ103船団は台風接近による激しい風雨の中、蓮と宇治の護衛を受けて長崎へ向けて那覇を出港する。対馬丸には民間人および那覇国民学校の児童と介添者を合わせた1,661名(1,667名、1,788名の説もある)、上海から転送中の乾繭1,775梱とゴマ1,000梱を乗せていた。また、当時の乗組員は86名であった。他の2隻も疎開者を乗せており、船団最優秀船の和浦丸には学童疎開者だけ1,514名、鹵獲船の暁空丸には一般疎開者だけ約1,400名が乗船した。
対馬丸の乗客の多くは、軍隊輸送船として兵員収容区画へ改装されていた船倉に居住することになったが、階段一つと緊急用の縄梯子があるだけの出入り困難な状態であった。児童たちの対馬丸船内での様子はさまざまで、「まるで修学旅行でも行くかのように」、甲板に出て和浦丸を眺めたり、「先生、ヤマトに行くと雪が見られるでしょう」とまだ見ぬ雪に思いをはせる者、船酔いになるも一晩で回復した者、一晩中寝ずに騒いだ者などもいた。手空きの対馬丸乗組員も児童たちとつきあい、「戦争の話や、前に遭難して助かった話などをした」。
一方、アメリカ潜水艦ボーフィン (USS Bowfin, SS-287) は7月16日に6回目の哨戒で真珠湾を出撃して東シナ海で行動しており、8月10日朝には南大東島に停泊中の機帆船2隻を雷撃で破壊していた。その後は奄美大島、徳之島、伊平屋島、与論島近海で哨戒を行った。
日本郵船が貨物船隊の改善のために、1912年(明治45年/大正元年)から整備を開始したT型貨物船のうち、欧州航路向けの第1期船6隻のうちの一隻として、グラスゴーのラッセル造船所で高田丸とともに建造される。船価は9万4500ポンドを計上した。T型貨物船はプロトタイプや鈴木商店が建造した同型船を合わせて26隻におよび大所帯であるが、プロトタイプの徳島丸(6,055トン)および鳥取丸(6,057トン)を除けば、対馬丸と高田丸のみが総トン数の面で7,000トンを割り込んでいる。竣工後は第一次世界大戦真っ只中の欧州航路などに就航して、連合国向けの軍需品や食糧輸送で成果を収め、特に対馬丸は1916年(大正5年)6月21日、再開されたパナマ運河を経由する貨物船として、横浜~東回りニューヨーク航路第1便として横浜を出航するという栄誉に輝いた。しかし、時代が下って大阪商船の畿内丸型貨物船など高速の新鋭ディーゼル船が就航すると、T型貨物船シリーズ以下日本郵船の貨物船隊は劣勢を強いられることとなり、船舶改善助成施設および優秀船舶建造助成施設を活用してN型貨物船、A型貨物船およびS型貨物船の新鋭船隊を整備。これに伴い、対馬丸など低性能の船隊は入れ替わるようにメインルートからは撤退し、新たに開設された中央アメリカやメキシコ湾岸方面への新航路などに転じたり、他の船会社に売却されていった。対馬丸に限って言えば、1937年(昭和12年)度はカルカッタ線に就航していた。