学園都市Z
人類が宇宙に進出した時代、宇宙ステーションの一つである名門女子校・学園都市Zは淑女育成の一環として、生徒一人一人に巨大ロボットを配布し、パイロットとしての教育を施していた。
この学園都市では毎年紅白対抗戦が行われており、今年の種目は学園の守護神である巨大ロボ・ストロンガーZの起動キーである5つのクリスタルを集めたうえで、ストロンガーZを起動させるというものだった。ところが、対抗戦直前、赤組の激励会で食中毒が発生したため、激励会を欠席していた1年生のアヤとメカニックのユキエを除く、赤組の生徒たちは大会に出場できなくなる。赤組2人に対し白組は約1万人と圧倒的な戦力差があったため、生徒会長のアスカの提案により「白組から選出した5人にクリスタルを託し、赤組がそれを奪う」という方式に変更される。
ロボットの操縦に慣れていないアヤは、ユキエやアスカ、滝沢先生の助けを受けながら、白組に立ち向かう。