秋田総合車両センター南秋田センター
E3系
2014年3月に秋田新幹線からは撤退。その後も東北新幹線「やまびこ」「なすの」の増結車として運用される0番台6両編成2本(R21 - R22編成)が残存していたが、2019年3月16日付で新幹線総合車両センターに転属した。
485系 485系電車(主に1000番台) 特急「つばさ」「たざわ」「かもしか」用として多数の編成が配置されていたが、山形新幹線や秋田新幹線の開業によりその数を減らした。最後は「かもしか」用の車両が残存していたが、2011年度までに全車両が廃車された。
719系 719系電車 0番台:2両編成2本(H10・H13編成)が配置されていた。 元磐越西線用で「あかべぇ」をあしらっており、2017年3月に仙台車両センターから転入した。 奥羽本線(院内 - 追分間)で運用されたものの、老朽化のため2020年3月14日付で廃車された。