幌延深地層研究センター
1998年の計画では、調査研究に係る期間を20年間程度としていた。2014年9月18日に原子力機構が北海道に示した資料では、「研究終了までの工程やその後の埋め戻しについては、第3期中期計画期間中(平成27年~平成31年度)に決定する」こととされ、2015年4月に認可された第3期中期計画でも、「平成31年度末までに研究終了までの工程やその後の埋戻しについて決定する」とされた。
しかし、2019年8月2日、原子力機構は1998年の3者協定に基づき「令和2年度以降の幌延深地層研究計画(案)」を北海道と幌延町に提出し、研究期間等の変更協議を提起した。それによると、2021年度までの第3期中期目標期間および2022年度から2028年度までの第4期中期目標期間に、人工バリアの適用性確認、処分概念オプションの実証及び地殻変動に対する堆積岩の緩衝能力の検証といった研究課題に取組むとした一方で、埋戻しの具体的な工程は、「国内外の技術動向を踏まえて、地層処分の技術基盤の整備の完了が確認できれば」示すこととされた。これに対し北海道新聞が「約束違反だ」とする社説を掲載するなど反発は大きく、1998年の3者協定に基づく確認会議が同年9月から11月まで5回にわたって開催され、同年12月6日には、鈴木知事、野々村町長、児玉理事長による会談が行われた。この会談で、研究期間が2028年度までであると示されたこと等を踏まえ、12月9日には幌延町が3者協定の順守を前提に計画案の受入れを表明し、翌2020年1月24日には北海道も、3者協定に則った研究の実施や、確認会議を毎年度開催して状況報告すること、積極的な情報公開等を申入れたうえで、計画案を受入れることを回答をした。