鳥羽・伏見の戦い
慶喜は、緒戦での敗退の報とともに、新政府軍が錦の御旗を掲げた事を知った。これにより「徳川家と薩摩藩の私戦」という慶喜が描いていた構図は崩れた。開戦に積極的でなかった慶喜は自身が朝敵とされる事を恐れ、表では旧幕府軍へ大坂城での徹底抗戦を説いた。
総大将が逃亡したことにより旧幕府軍は継戦意欲を失い、大坂を放棄して各自江戸や自領等へ帰還した。際して会津藩軍事総督の神保長輝は戦況の不利を予見しており、ついに錦の御旗が翻るのを目の当たりにして慶喜と容保に恭順策を進言したとされ、これが慶喜の逃亡劇の要因を作ったともいわれる。だが長輝にとっても、よもや総大将がこのような形で逃亡するとは思いもしなかったという向きもある。陣営には長輝が残ることとなったが、元来、主戦派ではなかったため、会津藩内の抗戦派から睨まれる形となり敗戦の責任を一身に受け、後に自刃することになる。
1月7日、朝廷において慶喜追討令が出され、旧幕府は朝敵とされた。 9日、新政府軍の長州軍が空になった大坂城を接収し、京坂一帯は新政府軍の支配下となった。 1月中旬までに西日本諸藩および尾張・桑名は新政府に恭順する。
21日、新政府軍はそれまで幕府領だった大和国(現在の奈良県)に、軍事基地兼役所として大和鎮台を設置した。欧米諸国は25日には局外中立宣言しており、朝廷はまだ国際的に承認された唯一の公式政権として承認していなかったと知る事ができる。旧幕府は国際的に承認された唯一の公式政府としての地位を失った。
イカルス号事件の処理に時間を用した後藤象二郎は、9月2日、ようやく京都へ戻るが、翌9月3日、京都で赤松小三郎が門下生・中村半次郎、田代五郎左衛門によって暗殺されるなどの事件が起きる。その間に薩土両藩は思惑の違いから亀裂が生じ、9月6日(太陽暦10月3日)、薩土盟約は破綻。両藩は再び薩土討幕の密約に基づき討幕の準備を進めることになった。
9月2日付、木戸孝允が龍馬に宛てた書簡(当時、既に木戸と龍馬は薩土密約の存在を承知している)によれば、桂は「狂言」によって(大政奉還)が成されようが、成されまいが「大舞台(幕府)の崩れは必然と存じ奉り候」と指摘。さらに、その後の幕府との武力衝突も想定し、土佐藩の乾退助と薩摩藩の西郷隆盛に依って締結された薩土討幕の密約の履行が「最も急務である」と説いている。(龍馬はこの手紙をもらった後、独断で土佐藩に買い取らせるためのライフル銃を千丁以上購入。9月24日(太陽暦10月21日)帰藩し、藩の参政・渡辺弥久馬(斎藤利行)に討幕の覚悟を求めている。詳細後述)
イギリス東インド会社は清(大清帝国)との貿易で利益を得るため、インド産の麻薬アヘンを清へ密輸した。結果、清でのアヘン輸入は激増、麻薬中毒患者による公衆衛生上の重大問題が発生し、また茶、絹などの輸出でそれまで清側に黒字だった外国銀琉球は、巨額の銀流出での清側の甚大な経済損失にかわっていた。清では雍正帝以来アヘン禁止が祖先伝来のしきたりとされていた。1839年、道光帝はアヘン厳禁論者・林則徐を欽差大臣として広東に赴任させ、イギリス商人のアヘンを没収・廃棄した。イギリスはその外務相ヘンリー・ジョン・テンプル (第3代パーマストン子爵)の主導で対清開戦に傾いていき、10月1日にメルバーン子爵内閣の閣議で清への遠征軍派遣が決定された。こうして1840年から2年間にわたりイギリスによる清への侵略戦争として行われたアヘン戦争で、欧米列強による植民地主義の脅威を受け、日本列島の隣国・清は敗北した。1842年8月29日、南京に停泊したイギリス戦艦上で、清国の全権大使は戦争をおわらせるためイギリス使節団との屈辱的な南京条約に調印し、清国の半植民地化が確定した。
慶喜には初めから戦意がなく、将校・兵士らが北進のあとも、一度も大阪城を出ず、この数日、風邪をひいていて寝巻のまま、ほとんど布団のなかにいた。鳥羽・伏見の戦いが開戦した報せを聴くと、慶喜は万事休すと決心し、ことさらに内にこもっていた。4日、開戦の報せにともなって、帰京する福井藩士・中根雪江へ託し、慶喜は直書を尾張藩主・徳川慶勝、福井藩主・松平春嶽、土佐藩主・山内容堂、紀州藩主・徳川茂承、宇和島藩主・伊達宗城、熊本藩主・細川護久らへ連名で送って、「奏聞(天皇へ申し上げること。慶喜の先供として入京したと伝えること)の次第はあっても、輦轂の下(天皇のおひざ元)で武器・防具は動かさぬよう、かねて兵隊らへ申し諭しておいたのに、相手からすでに発砲されてしまったからにはこの後の形勢は心配である。くれぐれも鳳輦(天皇ののりもの。間接表現でうやまった天皇のこと)を守護していただくよう、厚くお頼み申す」と書いた。やがて錦旗が掲げられたのを聴くと、慶喜はますます驚いて「あわれ、自分は朝廷に対し歯向かう意思などつゆばかりも持っていないのに、賊名を負うにいたったのは悲しい事だ。最初に、たとえ家臣の刃にたおれても命のかぎり会桑(会津藩、桑名藩)をさとし帰国させておけば、ことここに至ることはなかったろうに。
11月から12月にかけ、薩摩藩士・鯉渕四郎ら数十人は相模国へいくと、荻野山中藩主・大久保教義が甲府城の勤番のために留守にしていた荻野山中陣屋へ放火し、武器や軍用金を強盗した。薩摩浪人・竹内啓(武蔵国出身)ら数十人は下野国へいくと、薩摩藩と称し大平山、岩舟山、出流山(出流山事件)などによって尊王・討幕と称する集団での騒擾行為をおこなった。また一群の浪人らは上総国、下総国、常陸国水戸へ赴いたが消息をつかめなくなった。薩摩浪人・上田修理らの一群は、甲府城を焼こうとして八王子にやってきたが、江川太郎左衛門の配下に逮捕された。
旧幕府方は壬生藩、館林藩、足利藩ら諸藩に命じ賊徒を追討させ、宇都宮藩には真岡陣屋を警護させた。足利藩兵は関東取締出役・宮内左右平の兵とともに、竹内啓らの賊徒を撃破し、捕縛・斬刑した。12月18日、旧幕府方は歩兵一中隊を戸塚へ派遣して、また似た様な暴行をしている浪人らを追討させた。
伏見では本来鳥羽街道方面の指揮官であった陸軍奉行・竹中重固が伏見に転じて指揮を執っていた。竹中重固は伏見奉行所を本陣とし、会津藩兵が奉行所の北西に位置する東本願寺伏見別院を駐屯地としており、旧幕府軍部隊はこの二箇所を中心として市街地に配備されていた。伏見における旧幕府軍の兵力は総兵力がおよそ4,000名であり、その内訳は幕府陸軍歩兵隊2個大隊および伝習隊1個大隊の3個大隊、砲兵若干、新選組150名、遊撃隊50名、会津藩1陣(4隊)と砲8門および別撰組1隊であり、さらに高松藩、鳥羽藩、浜田藩の部隊が後詰めとして控えていた。会津藩兵の一部(林権助指揮下の砲隊)は奉行所にも位置していた。1月3日、朝廷より伏見の守備を命じられた薩摩、長州、土佐の部隊が伏見に配備された。薩長土の部隊は大手筋を境に旧幕府軍と対峙し、最右翼に土佐軍4個小隊が堀川(現在の濠川)のやや東に位置し、その左(東側)に長州軍2個中隊、その左に薩摩軍の外城四番隊の半隊、小銃二番隊、小銃三番隊が配備され、御香宮を角として直角に曲がり南に薩摩軍小銃四番隊、小銃一番隊、外城四番隊の残りの半隊が展開していた。また砲兵は砲5門が奉行所より高台にある御香宮に配備されて南の奉行所方向を狙い、薩摩軍の左翼陣地では砲2門及び臼砲2門の計4門が丘陵に配備されて西を狙っており、高所より旧幕府軍に十字砲火を浴びせられるようになっていた。伏見における薩長土の総兵力はおよそ1,200名であった。鳥羽街道で旧幕府軍の入京を巡って問答が繰り返されていた頃、伏見でも午後2時頃より通行を巡っての問答が繰り返されていた。
京都市伏見区。新政府軍が陣所とし、眼下の伏見奉行所を攻撃した。近鉄京都線桃山御陵前駅より徒歩四分。京阪本線伏見桃山駅より徒歩七分。現存。
1月2日、旧幕府軍は大坂を発ち京都へ向けて北上した。会津藩兵等は船で淀川を上ってその日のうちに伏見に上陸した。その他の部隊は陸路で北上し、淀で宿営した後、翌3日に鳥羽街道方面と伏見方面の二手に分かれて行軍した。伏見では以前から奉行所に新選組や一部の歩兵部隊が駐留しており、伏見到着後、それらの部隊と合流した。
これを見た旧幕府軍は薩長軍を追撃し、余勢を駆って富ノ森の陣地を奪還した。これらの経緯から当初旧幕府軍主力が富ノ森の陣地から撤退したのは薩長軍を待ち伏せに誘い込むための計略であった可能性を指摘する意見もある。薩長軍はさらに後退し、旧幕府軍はこれを追撃したが、薩摩軍の小銃三番隊と二番砲隊が増援として到着し、射撃を行って友軍の退却を援護すると、旧幕府軍はそれ以上の追撃を止めて富ノ森の陣地に入った。すでに日没近くでありこの日の鳥羽方面の戦闘はこれで終わった。
5日朝、薩長軍は再度攻勢に転じた。薩摩軍小銃三番隊、小銃五番隊、小銃六番隊、外城二番隊、一番砲隊、二番砲隊、長州軍第三中隊が鳥羽街道方面の部隊として編成された。午前7時頃、薩長軍の小銃隊が富ノ森の旧幕府軍陣地への攻撃を開始した。これに対して旧幕府軍は砲と小銃により全力で射撃を行って抵抗し、薩長軍には弾丸が雨のように降り注いだ。薩長軍は苦戦し、小銃五番隊監軍椎原小弥太、小銃六番隊隊長市来勘兵衛もこの戦闘で戦死した。小銃隊のみによる陣地攻略が困難なことから、砲兵による支援が要請され、大山弥助(大山巌)率いる二番砲隊砲6門が第一線に進出し、砲撃を開始した。この間、二番砲隊は旧幕府軍の歩兵が集結して逆襲に出る兆候があることを発見し、急遽取り寄せた臼砲による射撃でこれを阻止した。しかし、二番砲隊も旧幕府軍の激しい射撃を受け、敵弾を避けるために一時は伏せながら戦闘を行わざるを得なかった。旧幕府軍はさらに反撃を行ない、薩長軍左翼の薩摩軍小銃三番隊の左側面へ会津兵が数度の白兵突撃を行ったが、この時には薩摩軍は旧幕府軍の白兵突撃対策として剣士と狙撃兵からなる掩護隊を配備しており、これによって会津兵の突撃は撃退された。
御三家の一つ第9代水戸藩主・徳川斉昭(おくり名・烈公)は、同2代徳川光圀(おくり名・義公)以来代々勤皇の水戸学を哲学してきた家柄で、また正妻の皇族・吉子女王との間にうまれたのちの江戸幕府第15代(最後の)将軍徳川慶喜(幼名・七郎麿)の父だった。佐賀藩士・大隈重信『大隈伯昔日譚』によると、烈公は「天下の望みを繋いだ水戸の藩主で、一代の名君と称せられ、三百諸侯の泰斗と仰がれ」、中津藩士・福沢諭吉『福翁自伝』によると「そのとき、中津の人気はどうかといえば、学者はこぞって水戸のご隠居様、すなわち烈公のことと、越前の春嶽(松平春嶽)さまの話が多い」「学者は水戸の老公と云い、俗では水戸のご隠居様と云う。御三家の事だから譜代大名の家来は大変に崇めて、かりそめにも隠居などと呼びすてにする者は一人もない。水戸のご隠居様、水戸の老公と尊称して、天下一の人物のように話していたから、私もそう思っていました」というほど全国の尊敬や信望を集めていた。烈公は尊王の志が厚く、義公がそうしていたよう、毎正月元旦に江戸城登城前に庭上におりたつと遥か天皇のおわす方を拝むのが常だった。歴代水戸藩主は定府で江戸住みが常だったが、烈公は都会の軽薄な風紀(社会風潮、世の習わし)がこどもの幼い心に伝染するのを恐れ、かつ、付き人の雇い扶持や服飾代までも都心では子育てに無駄な費用がかさむことから、幕府へ特別にたのんで、公子らをくにもとの常陸国水戸で育てた。