コンフェッショナリズム
また、最も激しい対立を示したのはフランスであり、ヴァシーの虐殺を機にユグノー戦争(1562年-1598年)という激しい内戦へと発展したが、そのなかからカトリックに対抗するカルヴァン派の抵抗権理論が発展して「モナルコマキ」を主張する暴君放伐論者が現れ、一方では主として知識人のなかから宗教的寛容を説く思潮が生まれた。
宗教対立の原因は実は単純であって、それは自身が真理の所有者であることを確信し、そこに内発的な反省や懐疑をともなわないとき、他者は異端となってただちに迫害や抗争の対象となる、という見方がある。こうした見解にしたがえば、キリスト教(を含む一神教)はもともと宗教的寛容と相容れない側面がある。真理は神によって啓示されているのであり、人間はこの真理を受容するのみであるということを前提するからである。こうしたなかでは、この真理が見えない異端者に対しては強いて見せる必要があるという動機が生じやすく、政治闘争をまねくと考えられるのである。