西日本旅客鉄道和歌山支社
橋本鉄道部 - 2009年6月1日に廃止され、支社直轄に移行。
新宮鉄道部 - 2010年6月1日に廃止され、支社直轄に移行。
2009年2月、和歌山支社はJR西日本グループの建設会社に委託して、紀勢本線の線路沿いに落石防止ネットの設置工事を行っていたが、その際、和歌山県すさみ町内に存在する世界遺産・熊野古道にある江戸時代に造られたとみられる石垣を、工事用モノレールの設置の際に破損していたことが発覚した。和歌山支社がすさみ町教育委員会に対し、届出を行わず無断で工事を行っていたことも判明している。
和歌山保線区(担当線区 : 阪和線 日根野駅(構内除く) - 和歌山駅、和歌山線 五条駅(構内除く) - 和歌山駅、紀勢本線 紀伊由良駅 - 和歌山市駅(両端駅構内除く)) 和歌山保線管理室 箕島保線管理室 粉河保線管理室
田辺保線区(担当線区 : 紀勢本線 鵜殿駅 - 広川ビーチ駅(両端駅構内除く)) 田辺保線管理室 御坊保線管理室 古座保線管理室