ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS
ゴジラ:喜多川務
メカゴジラ(機龍):中川素州
以前のようなスタジオいっぱいにミニチュアセットを作り込む手法は取りづらくなっていることから、本作品ではミニチュアを段階的にスケールダウンさせることで縦方向に広がりを出し、ワンカットごとに奥行きをつける表現を行っている。これにより当時の特撮では少なくなっていた引きの画を見せることができたが、浅田はパンすることはできず、ワンカットごとにセッティングを変えなけなければならない大変さもあったと述懐している。一方で、レールによる横移動での撮影も多用することで、シネスコ画面を効果的に用いている。
モスラとF-15とのドッグファイトシーンでは、スピード感を出すため雲の表現を従来用いられていた綿やドライアイスではなく、CGで描写している。『超全集』では、F-15、雲、ミサイルのすべてをフルCGで描写したと紹介しているが、江口は実際にはミニチュアも用いており、ごちゃまぜに繋がっているのでわからなくなっていると証言している。
ゴジラが原潜を襲撃するシーンでは、セットでスモークを焚いて撮影している。リアルな深海をイメージしてスモークの濃さを1メートル先も見えない状態としたが、横からのライトの光が棒状に映ってしまい光源がバレてしまうため、上から光を当てている。
P-3Cの飛行カットは『ゴジラvsデストロイア』、海上自衛隊艦隊の発砲カットは『ゴジラvsビオランテ』、品川開発区上空を飛行するヘリのパイロットは『ゴジラ2000 ミレニアム』の東海村シーンの反転、ゴジラを品川埠頭で攻撃する90式戦車の乗員は『×メカゴジラ』の館山戦のカットが流用されている。
前作の主人公。特自二尉。29歳。
1年前のゴジラとの戦いで機龍に直接乗り込み、引き分けた。研修のため葉山や関根と共にアメリカに派遣される。
派遣前夜の壮行会後に機龍のドックで義人に会った際、彼と似た部分があると感じると同時に、「機龍を残して日本を離れるのは残念」「機龍はもう戦いたくないのかもしれない」と思いを語り、機龍の後見を託した。 手塚は、演じる釈由美子が前作の撮影時よりも優しい顔つきになっていて戸惑ったが、機龍が戦いたくないと語る茜には合っていたと述べている。
ゴジラと3式機龍の死闘から1年が経過した2004年。43年前にインファント島を調査し、モスラの日本襲撃の際に尽力した中條信一の元に小美人が現れる。彼女たちは死んだ生物に人間が手を加えてはならないとして、ゴジラの骨を海に返すよう訴え、その代わりにモスラが命を懸けてゴジラを食い止めることを約束する。しかし、その場に居合わせた信一の甥・義人にとって、それは受け入れられない要請だった。義人は機龍の整備士であり、機龍に対しては並々ならぬ愛着を抱いていたのである。
信一が旧友でもある五十嵐隼人首相に直接、この件を進言したことから、事態は問題化することになる。政府にとって機龍はゴジラ対策の要であり、モスラは日本を襲撃した外敵に他ならないからだった。政府は機龍の代わりにはならないとしてこの請願を棄却し、先の対ゴジラ戦で大きく損傷した機龍の整備を急がせる。
ゴジラの脅威は再び日本に迫りつつあった。九十九里浜ではほかの巨大生物に襲われたと推測される巨大生物カメーバの死体が打ち上げられ、グアム島沖ではアメリカの原子力潜水艦がゴジラに撃沈される。政府と特生自衛隊は1年前に対ゴジラ戦で破壊し尽され、再開発途中の品川地区でゴジラを迎撃することを決定する。
やがてゴジラが東京に上陸した。その進路上には機龍のいる八王子駐屯地がある。一方、信一の孫・瞬はモスラを呼び寄せるため、学校の校庭に机を持ち出してインファントの紋章を描く。ゴジラが品川埠頭の防衛ラインを突破したその時、どこからともなくモスラが飛来、ゴジラと激突する。
詳細は「小美人#『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS』」を参照
五十嵐は機龍の出動を待機させるも、モスラはゴジラの攻撃に傷ついていく。その姿を見た五十嵐はモスラ援護のため機龍の出撃を決定し、同時にこれを機龍最後の出撃とすることを決意する。ゴジラとの死闘の中、モスラが倒れ、機龍もゴジラとの近接戦闘で回路を破壊され起動停止に陥るが、義人の修理により再起動を果たす。しかし作業中に受けたダメージでハッチが損傷し、義人は機龍のメンテナンスブースに閉じ込められてしまう。
そんな中、親モスラの遺していた卵から孵った双子の幼虫が東京に上陸し、口から吐く大量の糸でゴジラの動きを封じた。小美人が人間たちにゴジラの骨を海に沈める(=機龍を海に沈める)よう訴えたその時、機龍が再び暴走を始め、ゴジラを抱えて日本海溝に向かって飛行し始めた。義人は機龍と運命を共にしようとするが、しらさぎで追尾してきた梓が損傷したハッチを吹き飛ばすと、機龍は義人を逃がすかのように脱出路を開く。機龍は義人にメンテナンスブースのモニターを介して別れのメッセージを表し、それを見た義人は機龍へ別れを告げ、義人は機龍から脱出する。そして、機龍はゴジラを抱えたまま海へ身を投げ、2頭のゴジラは静かに海底深くへ沈み眠りに就いた。そして、小美人とゴジラもインファント島へと帰っていく。
だが、ゴジラを含む巨大生物のDNAが保存されている特生自衛隊・特殊生物研究本部のとある研究施設では、巨大生物のDNA保管庫の扉が閉まり、その前を研究員と思わしき白衣姿の男性が通り過ぎる中、バイオ細胞による再生実験開始の時刻を知らせるアナウンスが流れていた。
詳細は「東宝特撮映画の登場兵器#しらさぎ」を参照