南彦根駅
1981年(昭和56年)6月30日:日本国有鉄道(国鉄)東海道本線の彦根駅 - 河瀬駅間に新設開業。旅客扱いのみ。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道(JR西日本)の駅となる。
1988年(昭和63年)3月13日:路線愛称の制定により、「琵琶湖線」の愛称を使用開始。
1990年(平成2年)1月4日:駅前駐車場の使用を開始。
2001年(平成13年)12月13日:エレベーターの設置工事を開始。
2002年(平成14年)4月2日:エレベーターの使用を開始。
2003年(平成15年)11月1日:ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。
2006年(平成18年)10月1日:JR京都・神戸線運行管理システム導入。
2007年(平成19年)3月18日:駅自動放送を更新。
2010年(平成22年)12月11日:列車非常停止警報装置の運用を開始。
2015年(平成27年)3月12日:入線警告音の見直しに伴い、接近メロディ導入。
2018年(平成30年)3月17日:駅ナンバリングが導入され、使用を開始する。
2019年(平成31年) 3月16日:みどりの窓口の営業を終了。 3月17日:みどりの券売機プラスを導入。