ロストック海軍司令部
ヴァーネミュンデでは、旧第4艦隊を母体に沿岸警備隊(Küstenwachgeschwader)を編成した。これは各種の任務に対応する事を見越し、2隻のフリゲートと何隻かの掃海艇、及び高速艇と駆潜艇で編成されていた。沿岸警備隊の規模は500人に限られており、1991年末に解体された。
当初、ロストック海軍司令部はシュトラウスベルクに設置された連邦軍東部司令部(Bundeswehrkommando Ost)の隷下に置かれていた。1991年4月からはヴィルヘルムスハーフェンの海軍支援司令部(Marineunterstützungskommando)に移管される。司令官には連邦海軍の准将(Flottillenadmiral)が充てられ、最後の人民海軍司令官だったヘンドリク・ボルン(ドイツ語版)中将は助言を行うに止まった。