水草
一つは、特に平地での水辺環境が近年非常に激しく変わったことが挙げられる。
水田には、水田雑草と呼ばれる一群の植物が生育していた。湿地性の種も、沈水性の種もあった。浮遊性の種は水面を塞いで水温上昇を妨げるので嫌われたこともある。これらの植物が現在では激減しており、除草剤の影響が大きいものと思われる。
また、水田周辺の水路は、圃場整備などによって三面コンクリートに固められ、多くの水中動物と共に、水草の成育環境が失われた。
水田耕作の関係により、日本各地に多数のため池があったが、都市開発などの中で埋め立てられたものが多数ある。また、農業用水の整備で使われなくなった場所では、ため池が放棄され、場合によっては産業廃棄物の不法投棄などに使われている。
同じように生育環境が失われた例として、河川の周辺湿地がある。本来、河川は平野部では次第に流れの位置を変えながら、その周辺に氾濫原である湿地を付属させていた。それらは、農耕の進歩や河川改修などにより、次第に狭められ、あちこちの河川に部分的に残されるような形になっていた。しかし、近年、その残りわずかな地域が、一気になくなる例が増えている。今まで放置されていた河川内部にまで改修が入ることが多くなったためである。
また、都市化などによる下水の増加、農地からの肥料の流入などにより、各地で淡水湖の富栄養化が問題になっている。そのために水質が悪化し、水草が成長できなくなったところもある。比較的大きな湖沼では、深い部分に様々な車軸藻類の生育する部分があることが一部で知られていたが、詳しい調査が行われる前に、消滅してしまうのではないかとの危惧の声さえ出ている。
観賞用に持ち込まれた海外の水草が国内で増殖する例が多い。代表的なのは、ホテイアオイ、ボタンウキクサ、オオカナダモ、コカナダモ、オオフサモなどである。ホテイアオイは世界中の熱帯、亜熱帯で大増殖をして問題になっている。国内では、オオカナダモ、コカナダモが人里近くの、やや汚れた水域で大増殖をするのがよく見かけられる。そのため、本来そのような場所に生育していたクロモやマツモなどの沈水性の水草が生育場所を追われた形で、ほとんど見かけなくなってしまった。水の中は植物の種類も少なく、競争も意外に激しいようで、その減り方は陸生の植物より激しい。にもかかわらず、海外の水草を持ち込み、野外に放棄するものは後を断たない。そのほか、水質浄化用としてホテイアオイを利用する例、アイガモ農法において、雑草だけでは栄養が足らないといって、海外産のアカウキクサを栽培する例などがある。特に後者二つの例などは、環境に配慮しての事と言われるだけに、より広い視点での配慮を求められている。
環境省・農林水産省により2005年6月以降、2種類の外来性の水草が輸入禁止とされた。また、2006年2月にはさらに1種が追加された。詳細は以下。