オートファジー
細胞内に侵入する細菌が宿主細胞に侵入しエンドソームに損傷を与えて生じる膜断片は、宿主に選択的オートファジーを行わせる。この時、細菌の性質によりその後が異なる。
結核菌などはエンドソームに包まれた後にユビキチン化され、オートファジーにより殺菌される。赤痢菌などは、オートファジーを回避し、エンドソームから細胞質に脱出する。レジオネラなどは、オートファゴソームとリソソームの膜融合を遅らせ、オートファゴソーム内の栄養を利用し増殖する。