免疫寛容
負の選択はT細胞成熟の過程で行われ、上記の通り胸腺細胞全般に発現している自己抗原と反応するT細胞をアポトーシスさせる現象であるが、これには自己免疫制御因子AIREとFEZF2が関与している。AIREやFEZF2は組織特異的な自己抗原を胸腺髄質上皮細胞に発現させる転写制御因子である。言葉を換えれば、本来特定の組織以外には発現しないはずの分子がAIREやFEZF2によって胸腺にも発現するということである。AIREないしFEZF2によって転写・産生されたタンパク質はMHCクラスIやMHCクラスII分子によって提示される。末梢性免疫寛容については制御性T細胞の項が詳しい。このページでも簡単に述べておくと、先述した中枢性免疫寛容をもってしてもそれをかい潜るT細胞は存在してしまうので、胸腺以降でも自己抗原反応性のあるT細胞をアネルギーないしアポトーシスに誘導する必要が出てくる。制御性T細胞は自己抗原特異的なT細胞受容体を持ち、同じく自己抗原特異的なT細胞受容体を持つヘルパーTへと活性化・エフェクターT細胞の増殖を阻害するサイトカインを放出する。このように中枢性免疫寛容、末梢性免疫寛容によって自己抗原特異的なT細胞はおおむねヒトの循環系から除去されるはずである。