研究所
医薬基盤研究所
宇宙航空研究開発機構 宇宙科学研究所
海上技術安全研究所
海洋研究開発機構
経済産業研究所
建築研究所
交通安全環境研究所
港湾空港技術研究所
国立環境研究所
国立がん研究センター 研究所
国立国際医療研究センター 研究所
国立精神・神経医療研究センター 神経研究所 精神保健研究所
国立成育医療研究センター 研究所
国立長寿医療研究センター 研究所
国立特別支援教育総合研究所
国立文化財機構 奈良文化財研究所 東京文化財研究所
産業技術総合研究所
酒類総合研究所
情報通信研究機構(通信総合研究所と通信・放送機構が統合) 光ネットワーク研究所 ワイヤレスネットワーク研究所 ネットワークセキュリティ研究所 ユニバーサルコミュニケーション研究所 未来ICT研究所 電磁波計測研究所 テストベッド研究開発推進センター 脳情報通信融合研究センター 耐災害ICT研究センター テラヘルツ研究センター サイバー攻撃対策総合研究センター
森林総合研究所
WHO健康開発総合研究センター
三菱重工業株式会社総合研究所
株式会社東芝 研究開発センター 生産技術センター ソフトウェア技術センター
株式会社アシックススポーツ工学研究所
株式会社アンデルセン・パン生活文化研究所
株式会社DIMS医科学研究所
株式会社トリケミカル研究所
株式会社本田技術研究所
株式会社オートネットワーク技術研究所
株式会社神戸製鋼所神戸総合技術研究所
株式会社石油産業技術研究所
株式会社双日総合研究所
株式会社東京海上研究所
株式会社片山さつき政治経済研究所
東京化成工業株式会社基礎研究所
株式会社国際電気通信基礎技術研究所 (ATR)
株式会社ソニーコンピュータサイエンス研究所
株式会社富士通研究所
株式会社KDDI総合研究所
株式会社超高温材料研究所
株式会社ミサワホーム総合研究所
株式会社デンソー先端技術研究所
株式会社豊田中央研究所
株式会社高速道路総合技術研究所(NEXCO総研)
三菱化学生命科学研究所
日本たばこ産業#研究所 医薬総合研究所 (日本たばこ産業) JT たばこ中央研究所
NTT研究所
株式会社NTTドコモ・モバイル社会研究所
ABACポール研究所
タイ科学技術研究所
タイ国立遺伝子生命工学研究センター
タイ国立科学技術開発庁
タイ国立金属材料技術研究センター
タイ国立電子コンピューター技術研究センター
タイ国立天文学研究所
タイ国立ナノテクノロジー研究センター
タイ国家計量標準機関
タイ国家原子力技術研究所
タイ・シンクロトロン光研究所
タイ有機プリンテッドエレクトロニクスイノベーションセンター
国連大学サステイナビリティと平和研究所
国連訓練調査研究所 (UNITAR)
国連軍縮研究所 (UNIDIR)
国連社会開発研究所 (UNRISD)
国連地域間犯罪司法研究所 (UNICRI)
領域ごとに組織構成が異なる。
一般論としていえば、研究所では、研究テーマごとに各研究室に分かれ、通常は学生はいない。ここでは、技術または見習いスタッフ→研究員(または研究官)→主任研究員(または主任研究官)、室長→部長→副所長→所長という階層構造を採用している機関が多い。
ただし文部科学省所管の研究所では、大学の講座と同様に、教授、准教授、助教(または、技官や学生)により構成されている。