南西方面艦隊
1943年(昭和18年)4月15日、海軍は戦時編制の改定を実施する。まず第21航空戦隊を南西方面艦隊からのぞき、第11航空艦隊に編入した。また第二南遣艦隊司令部を設置し、岩村清一中将が第二南遣艦隊司令長官に任命された。高須中将は南西方面艦隊長官専任となった。 9月20日、日本海軍は第23航空戦隊と第28航空戦隊で第十三航空艦隊(基地航空艦隊)を新編し、南西方面艦隊に編入した。高須中将(南西方面艦隊長官)が第13航空艦隊司令長官を兼任した。また連合艦隊の軍隊区分により、第13航空艦隊で第3基地航空部隊を編成した。
11月15日、海上護衛戦を統轄する海上護衛総司令部(司令長官及川古志郎大将)が新編されると、第一海上護衛隊は南西方面艦隊からのぞかれて、海護総司令部の麾下となった。 11月30日、日本海軍は第二南遣艦隊を二分割し、東インドネシアに第四南遣艦隊(司令長官山縣正郷中将)を新設した。第二南遣艦隊の担当は、蘭印地区にかわった。第四南遣艦隊も南西方面艦隊に編入され、連合軍の北上に備えた。しかし連合軍は直接フィリピンに上陸、第三南遣艦隊隊のみが迎撃する事態となった。