エジプト・シリア戦役
ピラミッドの戦いに勝利したフランス軍は南進し、翌日カイロ市はフランス軍に降伏した。7月25日、ナポレオンはカイロに入城し、上陸からわずか3週間でエジプト征服をほぼ完了した。しかし、エジプトを掠め取られた格好になるオスマン帝国は当然のようにフランスに対して宣戦を布告して第二次対仏大同盟に参加し、さらにカイロ征服からわずか1週間後の8月1日に、ホレーショ・ネルソン率いる地中海艦隊がアブキールを守っていたフランスの艦隊を殲滅(ナイルの海戦)、フランス軍の補給と退路を奪いつつあった。また、上エジプト(エジプト南部)ではカイロから逃げ去ったマムルークたちが再起をはかり、抵抗を続けていた。
フランス軍はアレクサンドリアの占領後にアラビア語による布告を出し、住民に向けて自らが「解放者」であることを広く宣伝した。しかし、カイロ入城からわずか3か月後の10月21日にはカイロで暴動が起こってフランス兵300名が暴徒によって殺害され、エジプト人も2,500人以上が殺された。鎮圧のためにアズハル・モスクなどの宗教施設に攻撃を加えたこともエジプト人の反感を高めた。フランス軍は地元の名士を集めたディーワーン(評議会)を組織するなど懐柔にも努めたが、軍による物資の略奪は農民の抵抗や逃散につながり、宗教的マイノリティーであるコプト教徒を統治機構で重用したことや兵士の飲酒は反感に拍車をかけた。このようにフランス軍とカイロ市民らエジプト人との関係は、布告にあったような解放者と被解放者のようなものにはならなかった。ディーワーンの一員で歴史家として知られるジャバルティーは、フランス支配を批判的に年代記に書き残している。