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1879年(明治12年)の教育令以降は、1941年(昭和16年)の国民学校令までは、市町村長の許可を必要とするなどの条件(時期により異なる)を満たすことで、別途普通教育を受けることが可能な者は学校に入らなくても良い旨が規定されていた。例えば、1900年(明治33年)の第3次小学校令であれば、第36条第1項但書の規定により、保護者は義務教育として「家庭又ハ其ノ他」において尋常小学校の教科を習得させることができた。
2016年に成立した義務教育の段階における普通教育に相当する教育の機会の確保等に関する法律、通称教育機会確保法によって「不登校児童生徒が行う多様な学習活動の実情を踏まえ、個々の不登校児童生徒の状況に応じた必要な支援が行われるようにする」ことを自治体の責任とすることが明記された(第三条)。
不登校児童生徒等の実態に配慮して、出席日数に関する規定などの教育課程の基準によらず、特別の教育課程を編成して教育を行う学校である不登校特例校の設置が現在計画されており、それは2023年から5年後までに、すべての都道府県や政令指定都市に設置し、将来的に全国で300校設置する計画である。