国公関連労働組合連合会
連合結成・総評解散を終着点とする1980年代の労働戦線再編は、それを民間労組が主導したため民間同士の組合統合が進んだが、官公労はかつての厳しい対立もあり統合はほとんど進まなかった。国家公務員の労働組合(国公労)も同様に、旧総評系の日本国家公務員労働組合総連合会(略称:国公総連、1989年10月結成)と旧同盟系の全日本官公職労協議会(全官公)加盟国公労が連合内で分立した。前者には全農林や全開発などが加盟し、後者のグループには国税労組や税関労組などが属した。一方、全国労働組合総連合(全労連)の国公労は国公労連に結集していたため、国公労連は国公産別として連合系より相対的に大きな勢力を有していた。
連合結成から10年近く経過した1990年代末から、連合加盟労組間の交流による対立緩和や勤務条件の悪化を背景として、連合および国公労働運動における影響力拡大のため、連合の国公労間で組織統一の動きが活発化する。公務員共闘(旧総評系)や全官公、連合中央機関の「公務員連絡会」の3官公労共闘組織の協力もあり、2001年10月26日、ついに連合加盟の国公労が結集して国公関連労働組合連合会を結成した。連合との加盟関係の面では、個別直加盟から国公連合を通じた一括加盟に移行した。結成に参加した組合は国公総連や国税労組等、国家公務員を主体とした組合にとどまらず、隣接分野の特殊法人系の政労連と駐留軍関係の全駐労も加わった。当初の公称組合員数は13万5,000人達して国公労連を抜き、国公労働運動における首位組織に躍り出る。国公連合結成後最初の労働組合基礎調査によると、2002年6月現在、国公連合の組合員数は約12万8000人、国公労連は11万2000人となっている。
国交職組
国土交通省の単一労働組合。1970年2月28日結成された建設省職員組合が、2001年1月6日に国土交通省職員組合となった。
沖縄国公労
沖縄にある国の出先機関と独立行政法人の単一労働組合。。旧加盟ナショナルセンターは総評。また、国公総連に2011年10月の解散まで加盟していた。
財務職組
財務省本省の単位・単一労働組合組。2009年度を最後に労働組合基礎調査の結果が公表されていない。全大蔵労連に加盟。旧加盟ナショナルセンターは総評。また、国公総連に2011年10月の解散まで加盟していた。
金融庁職員組合(略称:金融庁職組)
金融庁の労働組合。2000年6月に結成。国公総連にオブ加盟していたが、活動休止に。2011年9月28日に定期大会が開かれ再建を果たし、同年10月13日の国公連合定期大会にて、他の旧国公総連加盟単組とともに国公連合に正式加盟した。
全環境省職員労働組合(略称:全環境職組)
環境省の労働組合。発足間もなく2014年10月の国公連合第14回定期大会で国公連合に加盟した。
国公ユニオン
国公労働者全般を組織対象とした合同労働組合。2004年7月20日結成。