ニホンジカ
2006年(平成18年)には南日本の個体群のみを種C. nipponに残し、大陸の個体群をC. hortulorum、台湾の個体群をC. taiouanus、北海道を含む北日本の個体群をC. yesoensisの4種に分割する説が提唱された。2015年(平成27年)現在IUCNでは種の分割を認めず、12亜種(基亜種と亜種ツシマジカ。以下に英名のある10亜種)のみを認めている。
ミトコンドリアDNAの分子系統解析では日本の個体群は北海道から兵庫県にかけての系統と、対馬・屋久島なども含めて兵庫県から西の系統に分かれるという推定結果が得られている。
以下の亜種の分類はGrrub (2005) に、分布・和名は三浦 (1986) に、英名はIUCN (2016) に従う。ただし、基亜種の命名者についてはFeldhamer (1980)・谷戸ら (2022) に従った。
マゲシカの群れ(鹿児島県 馬毛島)。日本(馬毛島)
2個体を基に記載されたが、種子島の個体群を含んだり分類上の位置は明確でない。