長崎鉄道事業部
佐世保車両センター(させぼしゃりょうセンター)は、長崎県佐世保市にある九州旅客鉄道(JR九州)長崎支社管轄の車両基地であり、元々は同支社長崎鉄道事業部の管轄であった。早岐駅に隣接している。
前述のとおり、2014年3月15日に長崎車両センターから基地機能が移管された(配置車両の車体に記される略号も変更されず、旧・長崎車両センターの表記のまま使用している)。
有田陶器市開催時は上有田駅までの乗り入れ。 2001年(平成13年)10月に直方気動車区(現・直方運輸センター)から全車が転属した。 100番台の2両は台車交換により、もとの番号からプラス100が付与されたものである。 2015年(平成27年)春にキハ66 4+キハ67 4が運用離脱し、2016年(平成28年)2月に廃車された。 2020年3月のダイヤ改正でYC1系が投入されたことに伴い、キハ66・67形各0番台の2両編成9・13 - 15が運用離脱し、8月には5・11が運用離脱。これらの6本12両は、2020年6月から2021年1月にかけて廃車された。 2021年6月30日をもって運用終了。その後、川尻電留場と八代へ疎開回送された。
YC1系気動車 0番台・1000番台の2両編成1本、100番台・1100番台の2両編成2本、200番台・1200番台の2両編成21本、増結用1100番台4両の計52両が所属している。 2020年3月のダイヤ改正で投入。佐世保線(早岐 - 佐世保間)・大村線・長崎本線(諫早 - 長崎間)で運用を開始し、キハ66系・キハ200系を順次置き換えた。 2022年9月23日からは、佐世保線の江北 - 早岐間、長崎本線の小長井 - 諫早間でも運用を開始した。