黒船 (山田耕筰)
弁天島。舟唄の独唱で始まる。吉田達がお吉に対する怒りを爆発させ、二人とも殺してしまうことに決める。そこにお吉と領事が二人きりで幸福そうに登場する。しかしお吉はこの時点では領事を殺すことに決めており、いざ刺そうとした瞬間激しい暴風雨が二人を襲う。領事はお吉のために荒波の中を泳いで小舟をとってきて、お吉を救う。
玉泉寺。「南無阿弥陀仏」という読経の合唱で始まる。領事が一人で過ごしているとお吉がやってきて、領事に「あなたを殺そうとしていました」と告げ、詫びる。しかし領事は驚きもせず、優しくお吉を受け入れる。二人の間に愛が芽生える。奉行がやってきて交渉の大進展を告げ、領事とお吉の愛の二重唱が始まり、大団円を迎えようとしたのもつかの間、犬の吠え声とともに吉田が登場。二人を切ろうとする。だが、天皇の「外国人を襲ってはならない」という勅命がくだり、吉田は己の勝手さを恥じて切腹する。領事は吉田の忠誠心を称賛し、彼の流した血によって、日米間の将来は約束されたと歌い、幕を閉じる。