入植 Part.2
身柄の交換が終わった後、サマンサはバウンティハンターにつかみかかった。この隙を突いて狙撃手がバウンティハンターを撃ったが、2人とも川に落ちてしまった。呆然自失となったモルダーだが、妹を守れなかったことを両親に謝罪する。父親はモルダーにサマンサからのメモ書きを渡した。そこにはメリーランド州にある病院の住所が書かれていた。モルダーはサマンサが生きていることを願っていたが、スカリーからの電話でサマンサの死体が見つかったことを知る。スカリーが電話を切った後、サマンサの死体は溶けて緑色の液体になっていた。
その頃、モルダーはメモ書きにあった病院にいた。そこで、モルダーはサマンサのクローンたちに会った。クローンたちはそこで研究員として働いていたのである。クローンはモルダーに「私たちのうちの1人をサマンサと称してあなたの下に送り込んだの。せめてオリジナルのクローンだけでも守りたかったから。」「私たちはサマンサがどこにいるのか知っているわ」と明かす。自分が騙されていたことを知ったモルダーは、怒りのあまりクローンの頼みを断りその場を去ろうとした。しかし、その途中でバウンティハンターに殴られ気絶してしまった。クローンたちを殺したバウンティハンターは病院に火を放った。駆け付けた消防隊によって、モルダーは救出された。焼け跡を調べても、クローンが殺された証拠はもちろん、クローンが存在した証拠も出てこなかった。
ジョン・F・ケネディ・センター。モルダーはミスターXと会い、彼からバウンティハンターの居場所を聞き出そうとした。Xはバウンティハンターが乗っていた宇宙船はボーフォート海で見つかったが、アメリカ海軍によって既に隠滅されたと告げる。
アメリカ海軍所属の原子力潜水艦、USSアレジエンスはボーフォート海を航行中に、海底で信号を発信する物体を発見した。アメリカ太平洋軍の命令を受けたアレジエンスはその物体を破壊しようとした。しかし、その物体は突如高周波を発し、アレジエンスを操舵不能に陥らせた。
スカリーは自分の部屋にやって来たモルダーが偽物だと見抜くが、モルダーに変装したバウンティハンターに殴られて気絶してしまう。本物のモルダーがスカリーの部屋に駆け付けるも、一歩遅かった。サマンサによると、バウンティハンターはスカリーと自分の身柄の交換を求めてくるという。また、バウンティハンターを殺すには首の付け根を突き刺すしかなく、もしそこを外してしまうと、エイリアンの有毒な血液が噴出して周囲の人間が死ぬのだという。さらに、サマンサは中絶医として勤務していたクローンたちが、実はエイリアンの遺伝子を受け継いでいることを明らかにした。彼らは人間の胎児の組織を得るために中絶医として勤務していたのである。エイリアンは1940年以降、地球への入植を目指しているのだという。しかし、エイリアンはクローン作製を自らの種の純潔を汚すものとみなしたため、バウンティハンターを送り込んでクローンを抹殺しようとしているのだという。
そのとき、スキナー副長官が2人に生存していたクローンたちが行方不明になったことを告げに来た。そこに、スカリーから電話がかかって来る。サマンサの言う通り、バウンティハンターはスカリーとサマンサの身柄の交換を要求してきたのである。モルダーとサマンサはベセスダにある橋へと向かった。その橋の近くには、スキナーとFBIの狙撃手がバウンティハンターを仕留めるために身を隠していた。