熊本藩
代わって同年豊前国小倉藩より細川忠利が入封し、検地による高直しで朱印高は54万石となる。以後廃藩置県まで細川家が藩主として存続した。国人の一揆が多く難治の国と言われていた熊本入部に際しては、人気のあった加藤清正の統治を尊重し、清正公位牌を行列の先頭に掲げて入国し、加藤家家臣や肥後国人を多く召抱えたという。
細川家は、手永(てなが)という独自の地方行政制度を敷いた。年貢は概ね五公五民で惣庄屋(そうじょうや)と呼ばれるその手永の長が「改帳(あらためちょう)」を記録している(惣庄屋としては天保の大飢饉に活躍した「矢部手永」の布田保之助が知られる)。
この手永制度により農民への締め付けは厳しく、『永青文庫』の『松井家文書』などによると江戸時代を通じて80余件(加藤家2件・細川家82件)の百姓一揆が発生した。82件は全国的に見ても多発地(島原の乱の天草を持つ唐津藩より多い)になる(全国で3000件余なので大小名を勘考しない単純計算でも、三百諸侯で割ると各藩の平均は10件)。
一揆の代表例を挙げる。
延宝2年(1674年)、手永仏原村一揆 - 手永制への不満。53人捕縛(うち13人死罪)
延宝5年(1677年)、下千田村一揆 - 強引な年貢取り立てに抵抗。17人が走り百姓(逃散先の記入なし)。
貞享2年(1685年)、五家荘騒動 - 細川綱利と五家荘大地主・左座一族との紛争。幕府は五家荘を天領とする(無高のため朱印高54万石に変化なし)。