ボリビア独立戦争
一方、一部で「南米のナポレオン」と呼ばれたシモン・ボリバルとホセ・デ・サン=マルティンはラテンアメリカ各地の解放に注力していた。アルゼンチン出身のサン=マルティンはすでにチリを解放しており、ペルーに移っていた。彼はラテンアメリカにおけるスペイン統治を完全に終わらせるためにはペルーの王党派を撃破する必要があると考えた。当時、チャルカスがペルー副王領の一部だったため、ペルーの解放はチャルカスにつながる。サン=マルティンはスペインが制海権を保持している限り、大陸での足場も維持されると考えたため、1819年にチリ軍に従軍したトマス・コクランを指揮官に艦隊を編成した。サン=マルティンは1821年7月にリマを落とし、そこでペルーの独立を宣言した。その後、サン=マルティンは残留した王党派の強い抵抗を受けた。彼の軍勢が疫病と脱走により徐々に解体していったため、彼はボリバルに助けを求めるしかなかった。ボリバルとサン=マルティンは会談したが、解放した国で設立すべき政体について合意できなかった。会談が物別れに終わった後、サン=マルティンはペルーに戻ったが、ペルーに残っていた者に国家運営の能力がなかったためリマで革命がおこっていた。サン=マルティンは失望してペルー護国卿から辞任した。ボリバルは南米大陸からスペイン人を追い出すことが自身の務めであると信じてリマに向かった。1823年9月1日にリマに到着すると、彼はすぐに指揮を執った。
1824年9月のアヤクチョの戦い(英語版)でアントニオ・ホセ・デ・スクレ率いる大コロンビアとペルー軍5,700人が王党派軍勢6,500人を撃破、王党派の指揮官ホセ・デ・ラ・セルナ・エ・イノホーサ(英語版)を捕虜にした。これにより、独立戦争は新たな動力を得た。
例えば、先住民族はスペイン人を全て追い出し、アンデス人の楽園を作り出そうとしたが、クリオーリョは単純にスペインに対しより自由でいたいだけだった。クリオーリョが先住民族を差別したため、クリオーリョと先住民族がスペインに対抗するために手を組むことはなかった。
革命思想の多くはチュキサカの大学から広まったものだった。1780年代初期には大学生がチャルカスで小冊子を配った。この小冊子はスペイン当局に反対するものであり、官僚を「盗賊」とまで呼んだ。独立という概念自体は政治について記述した神学者トマス・アクィナスに由来するものだった。アクィナスは統治者が暴君である場合、人民には反乱を起こして政府に反抗する権利があると記述した。統治者が教皇の下にあるため、人民は国王に反乱することができたが、神に反乱することはできないとした。大学生のうち革命や急進派の指導者になった者はいないが、ハイメ・デ・スダニェス(英語版)、マヌエル・デ・スダニェス(スペイン語版)、ベルナルド・デ・モンテアグド(スペイン語版)の3人が影響力を発揮した。ハイメ・デ・スダニェスはアウディエンシアの官僚であり、アウディエンシアが下す決定を影響したが、彼の行為を反逆的と疑うものはいなかった。その兄弟であるマヌエル・デ・スダニェスも官僚であり、チュキサカ大学でも高位にあった。ベルナルド・デ・モンテアグドは貧しい出自の作家であったが、彼の中傷戦術は大きな影響力を発揮した。3人ともプレシデンテのラモン・ガルシア・レオン・デ・ピサロ(英語版)の追放に賛成した。