都営バス巣鴨営業所
2006年4月より南千住営業所と共管になったため、出入庫便のうち数本は南千住営業所担当便が運行していた。滝野川営業所時代には、乗継車として、字幕としては浅草寿町を表示していたが、乗継車の看板をぶら下げて、営業所の車庫構内に入って行き、中ドアと中ドアを合わせて停車し、乗客を乗り換えさせて、乗務員と車両を交換するダイヤが存在していた。また、滝野川車庫前行とは別に、昭和町車庫前行も設定されていた。
2003年に両系統とも経路変更が実施された。草63系統は2回行われ、前者は浅草寺などの浅草中心部へのアクセス改善、後者は草64系統と乗り場が異なるなどの問題を解消するためと思われる。草64系統も浅草周辺で経路変更を行い、浅草界隈のルートが大きく変更されたが、2010年4月1日から草63系統の経路が元に戻り、草64系統は南千住営業所との共管を解消した。
2015年3月30日から、豊島区役所新庁舎最寄りバス停となる東池袋一丁目発着の草63-2系統が設定され、池袋駅東口発とげぬき地蔵前行のLED表示に地蔵が表示されるようになった。
雷門一丁目の乗車用停留所は、かつて滝野川営業所と担当が分かれていた当時は浅草寿町の池袋駅東口行きの停留所であり、名前の変更のみで場所の変更はない。しかし、草64系統の乗り場が移動したため、同じ場所での乗り継ぎは出来なくなっている。
東京都交通局は地域交通網を拡大することや日暮里・舎人ライナーが何らかの理由で運行停止になった際の代替輸送目的もあって、当系統を維持する意向を示したため、深夜バスはこのときに廃止されたものの、概ね毎時2本で存続している。同時に南千住営業所との共管となった。
2012年4月1日、王46系統を廃止統合する形で加賀団地発着便を新設、同時に北営業所が加入し、巣鴨・南千住・北の3営業所体制となる。1990年7月から2006年3月までは千住営業所との共管としていたが、2018年4月に南千住営業所の担当分が移管されることで再び千住営業所が参入、巣鴨・千住・北の3営業所体制となっている。
近年は並行する日暮里・舎人ライナーの朝ラッシュ時の混雑が著しく、足立区は里48系統への利用分散を呼び掛けているが、定時性確保などが課題となっている。
東京女子医科大学附属足立医療センター開院に伴い、2022年1月4日にダイヤ改正・系統新設(里48-3)・経路変更(里48-2)を実施した。日中帯は全曜日で里48-2、里48-3のみの運行となり、里48は朝と夕のみの運行となった。これに合わせて北営業所が撤退した。