胆道閉鎖症
また、これらの検査では、新生児肝炎など肝内胆汁鬱滞を来す疾患、先天性胆道拡張症やアラジール症候群(英語版)、母乳性黄疸の遷延などを完全に鑑別することはできない。
これらの検査で胆道閉鎖症が否定できなかった場合、また疑い例となった場合は、早期に手術的な胆道造影(開腹ないし腹腔鏡、胆嚢経由で実施)を行って確定診断とする。胆道造影不能例では、手術時の肉眼所見で病型を決定する。現在日本では、肉眼所見・胆道造影所見を組み合わせ、基本型分類・下部胆管分類・肝門部胆管分類を行う胆道閉鎖症病型分類が広く用いられている。日本では1989年以来、胆道閉鎖症全国登録制度として発症例の登録が行われている。この結果をまとめた「胆道閉鎖症全国登録2018年集計結果」によれば、1989年から2018年までに3,478例が登録され、基本型分類ではIII型(肝門部閉塞)が2,968例、下部胆管分類ではb1(総胆管索状閉塞だが、総胆管組織は元々存在するもの)が2,039例、肝門部胆管分類ではν(結合織塊)が2,364例とそれぞれ最多である。
病型によっては出生前診断できるが(肝門部嚢胞を来した例の出生前診断について報告がある)、多くは生後の便色異常で気付かれる。胎便の色が正常であったり、当初は黄疸や便色異常がはっきりしなかったりという例も多い。平成24年度より、母子手帳への便色カード掲載が義務化され、早期発見が試みられている。カードの1〜3番は明らかな異常として小児外科医への早期紹介が求められている。同様の便色カードは台湾でも実施・活用されている。
胆道閉鎖症の3徴として、「新生児期から乳児期早期に出現する便色異常、肝腫大、黄疸」が挙げられる。胆汁が腸管排泄されないため、ビリルビンによって便が着色されず、灰白色便となる。しかしながら、微量ではあるものの胆汁排泄が起きている場合(胆管が完全閉塞していない場合)は、淡黄色〜黄色便となることもある。胆汁鬱滞により、肝は腫大し、治療が遅れた例では肝硬変を来す。また、肝外胆管の閉塞により閉塞性黄疸、直接ビリルビン優位の高ビリルビン血症を来たし、この結果濃褐色尿となる。
胆汁に含まれる胆汁酸は脂質の吸収に不可欠であるため、患児では脂溶性ビタミン(ビタミンA・D・E・K)の吸収障害を来す。うちビタミンKは凝固系に必須の栄養素で、不足すると出血傾向を来す(ビタミンK欠乏性出血症)。患児の約4%は頭蓋内出血で発症し、神経学的後遺症を残すだけでなく時に死亡することもある。2次性ビタミンK欠乏性出血症の2〜3割が胆道閉鎖症児であるとの報告もある。患児にビタミンKを補充する際は、経口摂取ではなく静脈注射や筋肉注射することが望ましい。