関甲新学生野球連盟
これをもって現在の連盟の発足年とする
1996年 明治神宮野球大会の出場枠が再編され東部地区大学野球連盟からは隔年の出場となる。同年は東部地区の代表権なし
2003年 淑徳大学国際コミュニケーション学部硬式野球部がリーグへの加盟を打診するが、最下部構成の運営事情を理由(当時の3部は既に6校構成)に加盟要請を拒否する(淑徳大学国際コミュニケーション学部硬式野球部は東京新大学野球連盟へ加盟する)
2004年 明治神宮野球大会において、上武大学が連盟代表として初の出場
2005年 明治神宮野球大会における出場枠再編成に伴い、関東地区5連盟(関甲新、千葉県、東京新、首都、神奈川)による関東地区大学野球選手権大会に出場
2013年 全日本大学野球選手権大会(第62回)において上武大学が連盟初の優勝。
2014年 タイブレーク制を導入(春季は1部のみ)。秋季に対戦形式を変更。形式は後述
2015年 春季に対戦形式を従来の3部制に再編成。
2020年 新型コロナウイルスの影響により春季は中止。秋季もリーグ戦形式を変更して実施。
2021年 新型コロナウイルスの影響により秋季は1部·2部ともに1回戦総当たり制で実施、1部から2部への降格はなしとした。
この北関東甲信越大学野球連盟がいつ頃発足したのかは資料不足の為詳細不明だが、北関東甲信越大学野球連盟時代の全国大会への出場については、長い間、対象エリア内の全校が集まってのトーナメント大会で連盟代表を決定していた。後年になって、エリア別の予選リーグとその代表校による決勝リーグという方式に移行し、更に数年後には現在のような1部~3部の形に再編成した。この3部制を導入した時期をもって現連盟の発足とし、連盟名称も現在のものに改めた。
1991年に全日本大学野球選手権大会の代表枠再編に伴い東部地区大学野球連盟が解消され、晴れて連盟単独の代表権を獲得(ただし当時は連盟名称の改称前で、公式としては現連盟の創設前)したが、関東地区・東部地区時代の39年間は2度しか代表を送り出せていない。
なお、現在の連盟名称の由来について改称当時の連盟事務局員の談によれば、「"関甲新"の新は、新潟の新と新しいという意味の新を掛けている」とのことである。
各部のリーグ戦の終了後に1部リーグの最下位校と2部リーグの優勝決定戦勝利校による入れ替え戦を行う。対戦方法は2戦先勝方式。