本田技研工業フットボールクラブ
2002年、「本田技研工業サッカー部」から「本田技研工業フットボールクラブ」に改称(呼称は「Honda FC」、以下同表記または「Honda」)。この年から12年間、選手は社員のみであること、毎年の補強が高校卒業(ユースからの昇格も含む)か大学卒業の新卒選手のみとなる。並行して、所属選手がプロ選手としてJリーグに挑戦する際には快く送り出すこれまでの方針は変わりなく維持されることとなる。
なお、このシーズンも優勝し、前身時代から含めての連覇を決めている。これは、横浜FC(1999・2000)に続いて、JFL史上2チーム目。JFL5回優勝(初代1回、2代目4回 2010年現在)は1992年のリーグ再編後では最多となる。
以後、12年間社員選手だけで構成されてきたものの、毎年上位につける実力を有する他、年末の天皇杯では、たびたびJリーグチームを脅かし、時には勝利することもある。また、Jリーグの関係者をして「Jリーグチームにも匹敵する」などと言わしめたこともあり、いつしか『Jへの門番』という新たな異名で呼ばれることとなる。
2006年、向島満が引退し、これ以降、7年間は元Jリーガーの在籍選手は居なくなることになった。
これを受け、翌97年にはホンダ本社所有のスタジアム(Honda都田サッカー場)に50億円を投じ、改築することで懸案だったスタジアム問題を解決する見込みを立て、浜松F.CとしてJリーグ準会員となった。この時、ホンダ本社は浜松F.Cの株式約6割を引き受けて筆頭株主となった他、ダイドードリンコなどが大口スポンサーとして名を連ねた。
しかし当時は史上最悪の製造不況および通貨危機前夜の時期であったため、産業都市である地元・浜松市内では地元紙などの影響からホンダサッカー部のJリーグ参戦に対し否定的な見方が支配的であった。故に浜松F.Cの経営陣は大きく動揺し、最終的に「時期が悪い」との判断に達したことから一連の構想を白紙撤回した。その後、ホンダ本社の方針もあり、プロ契約選手を減らし、選手全員がホンダの社員として社業にも従事する、いわゆる「完全なアマチュアチーム」へと徐々に移行し始めた。
後半、アグレッシブになり且つ日程の関係で温存していたレギュラー選手4人を投入してきた横浜FMの猛攻を受けて、同22分にエウベルに決められ振り出しに戻る。互いに決め手が無いまま延長戦に突入し、延長前半終了間際にレオ・セアラに得点されてしまい逆転されるが、延長後半開始直後に人数をかけつつ、横浜FM側のキックオフで始まったボールを川畑隼人のプレッシングで奪って左サイドに張っていた中島郷までへと回し、その中島がアシストとなるグラウンダーのクロスを供給、これを八戸がスルーし、その後方でフリーとなっていた岡﨑優希が決めて同点にし、試合を振り出しに戻す。結局延長でも決着が付かず、PK戦へ突入する。PK戦では楠本が横浜FMの1人目のキッカーであるチアゴ・マルチンスのシュートを止めた一方、Hondaのキッカーは5人全員が決めきって勝利し、3回戦に駒を進めた。3回戦はJ2で首位を走るジュビロ磐田との4年振りの対戦及び天竜川決戦となったが、開始直後、ファビアン・ゴンザレスにゴールされて磐田に早々と先制を許してしまう。その後Hondaは、自分たちのプレーを心がけようとするものの早々と先制された影響もあり、2回戦とは打って変わって動きが縮まってしまう。逆に磐田は先制したことで余裕を持てるようになった故に試合を優位に動かしていったことで、Hondaは27分、35分と小川航基に立て続けに得点されてしまい、前半を0-3で折り返す。後半、Hondaは前半と比べて動きが変わり、同12分には鈴木雄也の得点で1点を返したのを皮切りに相手陣内へと押し込めるようになっていくが、中々追加点が奪えない焦りで徐々に攻撃が単調になっていく。結果、終盤にカウンターで磐田に追加点を奪われ、1-4の完敗となり、Hondaは3回戦で姿を消すこととなった。