深坂トンネル
前述のように、敦賀側で上り列車に対する勾配を緩和するループ線の工事は1953年(昭和28年)9月に中止されていた。しかし1961年(昭和36年)になり、線増工事として再着手した。中止前に殉職事故を起こした区間の隣では、再着手に当たって慎重に工事を行ったものの、再び大音響とともに砂が流出して既に掘削されていた区間を埋めて作業員1人が殉職する事故となった。地上から陥没した箇所を埋め、モルタルの注入などを行って、ようやくこの区間の工事を完了した。
また、既に供用している本線の疋田トンネルの上を約3.2メートルの被りで立体交差する市橋トンネルがあり、疋田トンネル施工時点で交差部のアーチに補強のレールを挿入してあったため、火薬量を制限することで安全に施工できた。
1963年(昭和38年)9月30日に鳩原ループ線が開通し、新疋田 - 敦賀間が複線化された。これにより、上り列車に対して25パーミルの勾配が除去され、双方向に対して最大の上り勾配が10パーミルとなった。この際に、新疋田から鳩原信号場で旧線に合流して敦賀へ向かう線路は下り線となった。
柳ヶ瀬線は、鳩原信号場で北陸本線に合流して敦賀へ向かっていたが、そのままでは北陸本線の下り線に柳ヶ瀬線の上下列車を運転しなければならず、運転保安上の問題が出るとともに北陸本線の線路容量を制約する問題もあった。そこで、この日から柳ヶ瀬線は疋田駅で折り返しとなり、疋田 - 敦賀間はバス代行となった。しかしこの措置により柳ヶ瀬線利用者は激減し、翌1964年(昭和39年)5月11日に柳ヶ瀬線全線が廃止となって、国鉄バスが運行されるようになった。
疋田口は導坑の掘削を開始し約200メートルを掘った時点で断層粘土帯に遭遇し、数回の土砂流出を起こしたのち大崩壊となった。この部分の突破に相当の時間を要することは確実であったため、工事計画を変更し本坑口の南約700メートルの追分集落付近から別途先進導坑を掘削することにした。この先進導坑は、本坑付近に取り付いたのち本坑に平行して先進することで、地質の調査や斜坑を通じた連絡で本坑の換気に役立てる構想であったが、掘削中に崩壊と土圧によって導坑が押し潰されたことがあり、その間に本坑の工事が進捗してきたために先進導坑を断念した。
疋田口本坑は、断層で崩壊などの問題が生じる地点に迂回坑、試掘坑、水抜坑などを設けて突破していった。坑口から1キロメートル付近、1.5キロメートル付近、2キロメートル付近に大きな断層があり、特に2キロメートル付近のものは大断層であった。この断層帯は、迂回坑によって水を良く抜いて突破し、 1943年(昭和18年)3月29日 に疋田側から2,932メートル地点において貫通した。その後切り広げと覆工をおこなっていたが、戦局の急迫に伴い1944年(昭和19年)11月に工事が中止となり、わずかな要員が現場に残存してトンネルの保守作業を行った。