自公連立政権
2006年(平成18年)、安倍晋三自民党総裁が首相に就任し第1次安倍内閣が誕生すると自民党は、年金記録問題や閣僚のスキャンダルが相次ぎ、その逆風を公明党もまともに受けた。2007年(平成19年)の第21回参議院議員通常選挙では自民党・公明党が議席を大きく減らし、民主党に参議院での比較第1党を許した。選挙後、安倍晋三・太田昭宏ともに代表辞任を否定した(後に安倍は辞任)。公明党は、選挙区で落選者を出し2勝3敗と負け越したため、支持母体の創価学会より執行部への責任論が浮上、支援者から責任を取れ、辞任しろという厳しい声まで上がった。
その後も自民党と公明党は連携し政権を運営するが、安倍晋三、福田康夫、麻生太郎と三人続けてネガティブキャンペーンとして示された安倍おろし・福田おろし・麻生おろしなど、自民党内の権力闘争の問題から自民党の支持率が低下すると公明党は、早期解散を希望するようになる。
任期満了に近い状態で2009年(平成21年)8月に実施された第45回衆議院議員総選挙では、自民党・公明党ともに大敗。民主党・社会民主党・国民新党による民社国連立政権の成立を許すことになった。同年9月16日に麻生内閣は総辞職し、自自公、自公保を含め、約10年間にわたる連立に終わりを告げた。総選挙で落選した太田は当初代表続行を宣言したが連立内閣樹立直前の9月8日付けで公明党代表を退き、後任には山口那津男が就いた。