エコキャップ推進協会
先述の通り、協会がエコキャップ専用袋を20枚1,400円で販売しており、これにキャップを詰めて協会に送付するのに送料が430円かかる。いずれも提供者負担であり、一袋当たりの負担額は500円となる。キャップが10kg入ったエコキャップ専用袋を一袋提供したときの売却費は150円、うちJCVへの寄付額は100円であり、これだけでも寄付額の5倍の経費がかかっている。さらに、JCVの活動費も差し引かれるため、ワクチンに換えられる金額はもっと少なくなる。
協賛する企業がプラスチック製のキャップ回収ボックスを販売しているが価格が5,000円以上であり、60Lサイズのものは6,500円である。
インターネット個人制作番組にて「ポリオ撲滅運動」の一環としてキャップ収集活動を行っていた田村淳は、協会に対してツイッター上で怒りを露わにし、キャップ集め参加者に謝罪した。今後、協会に対して質問状を提出する予定だという。6月13日、田村はツイッター上で協会理事長と面会したことを公表したが、理事長側からの回答が腑に落ちるものではなかったと不信感を示した。
JCVへの寄付が停止されていた問題を受け、エコキャップの回収を中断する企業・団体も出ている。全日本プラスチックリサイクル工業会はこれまで、学校などで集めたキャップの売却益20円/kgをエコキャップ推進協会に支払ってきたが、今後は各会員の判断で別のNPO法人かJCVに直接寄付する方針に転換した。