国土交通省直轄ダム
しかし1981年(昭和56年)の台風14号と寒冷前線による豪雨は石狩川流域で過去最悪となる大洪水を引き起こし、治水計画は根本からの見直しが図られた。この結果、全ての主要支流においてダム計画が立案され、定山渓ダム(小樽内川)、滝里ダム(空知川)、忠別ダム(忠別川)、夕張シューパロダム(夕張川)が完成、新桂沢ダム(幾春別川)、三笠ぽんべつダム(奔別川)が計画・施工されている。このうち夕張シューパロダムは大夕張ダム、新桂沢ダムは桂沢ダムのダム再開発事業として施工されており、夕張シューパロダムは北海道最大規模のダムとして2015年(平成27年)完成した。ただし夕張シューパロダム完成に伴い大夕張ダムは水没し、桂沢ダムも新桂沢ダムが完成すれば水没する運命である。
石狩川以外では日本第4の大河である天塩川水系で本流に岩尾内ダムが1971年(昭和46年)に、支流名寄川流域にはサンルダム(サンル川)が2019年(平成31年)にそれぞれ完成。十勝川水系では電源開発による十勝糠平系電源一貫開発計画により糠平ダム(音更川)などの水力発電事業が先行していたが、1962年(昭和37年)の大水害を契機に十勝川水系の総合開発計画が実施され、本流に十勝ダム、支流札内川に札内川ダムが完成したほか、十勝川中流部の洪水流下阻害要因となっていた千代田堰堤地点の流下能力強化を図るため放水路である千代田新水路と、水路の水位調節を図る千代田分流堰が2006年(平成18年)に完成した。またオホーツク海に注ぐ常呂川では北見市などの治水安全度と上水道供給向上を目的に鹿ノ子ダム(常呂川)が、日高では沙流川流域に二風谷ダム(沙流川)、清流として知られる後志利別川には美利河ダムがそれぞれ完成している。
残る3ダム(城原川・本明川・立野)は何れもダム事業再検証対象ダムとなったが、全て事業が再開している。一方宮崎県が管理する岩瀬ダム(岩瀬川)については、バイパストンネルを建設して放流能力を増強し治水安全度を向上させる岩瀬ダム再生事業に国直轄事業として着手している。
ダム事業と移転住民の軋轢については1958年から1971年(昭和46年)まで13年間続いた蜂の巣城紛争が著名である。松原・下筌ダム建設に際して建設省が取った高圧的な姿勢に室原知幸ら移転住民が反発し、下筌ダム右岸に「蜂の巣城」という砦を築いて頑強に抵抗。流血事件や法廷闘争にまで発展したこの反対運動は公共事業と基本的人権(生存権)の整合性を世に問い、水源地域対策特別措置法(水特法)を始めとするダム関連法規の改正など河川行政に多大な影響を与えた。
なお、管内の一級河川において大野川、番匠川、五ヶ瀬川、小丸川、大淀川、肝属川の各水系には直轄ダムが建設されていない。何れも流域自治体により補助多目的ダムや補助治水ダムといった国庫補助を受けたダム事業が小丸川では本流、他は支流で実施されている。ただし肝属川水系には支流串良川に高隈ダムが建設されているが、同ダムは南九州特定地域総合開発計画に基づき大隅半島にある笠野原台地に対する灌漑を目的として建設された農業用ダムであり、治水目的は有していない。
猪牟田ダムは1973年(昭和48年)より事業に着手したが、灌漑用水供給域である国東半島の灌漑計画が進捗せず、さらにダム予定地の地質問題が解決できなかったことで2000年(平成12年)中止された。現在ダム予定地跡に石碑が建立されている。このほか久留米市を流れる支流・高良川上流に高良川ダムの計画構想が1980年代初頭に持たれていたが、立ち消えとなっている。
緑川水系では高遊原(たかゆうばる)地下浸透ダム(加勢川)と七滝ダム(御船川)が中止されている。高遊原地下浸透ダムは直轄ダムでは唯一となる地下ダム計画で、加勢川の洪水調節と水源を全面的に地下水に頼る熊本市への上水道供給を目的とした事業である。上益城郡益城町、阿蘇くまもと空港付近を流れる加勢川の支流・木山川と布田川に堰を設け、堰より導水した河水を透水性の高い溶岩台地・高遊原に浸透させて地下ダムに貯水して治水・利水を図る計画だった。1989年(平成元年)に事業は着手されたが、2000年に中止されている。七滝ダムは1988年(昭和63年)御船川の水害を機に治水および熊本市などへの上水道供給を目的に計画されたが、水道事業者である熊本市などが需要性に乏しいとして事業から撤退。
これに対処すべく1964年(昭和39年)筑後川水系は水資源開発促進法に基づく水資源開発水系に指定され、以降水資源開発公団(現在の独立行政法人水資源機構)が河川総合開発を主に担当し江川(小石原川)、寺内(佐田川)、筑後大堰(筑後川)、大山(赤石川)といったダム・堰を施工・完成させた。一方建設省は公団事業とは別に筑後川と佐賀県を流れる嘉瀬川を連結する導水路・佐賀導水事業に1974年(昭和49年)より着手した。これは筑後川、城原(じょうばる)川、巨勢川、嘉瀬川を水路でつないで内水氾濫防除を含む洪水調節と、流域市町村に対する上水道供給、さらに水質汚濁が進行した佐賀市内の河川へ河川浄化用水を供給するなどの目的を持った、河川の流量を用水路で調節する「流況調整河川事業」である。佐賀導水事業の中で、巨勢川や周辺の中小河川の洪水を貯留し、ポンプで嘉瀬川へ排水する治水目的を有した巨勢川調整池が建設され、2009年(平成21年)導水路と共に完成した。また日田市への上水道供給や筑後川の流量改善を図る目的で1977年(昭和52年)より松原・下筌ダム再開発事業が行われ、1986年(昭和61年)に完成している。
北海道開発局において、中止となった直轄ダム事業としては鵡川本流に計画されていた赤岩ダムと、石狩川本流に計画されていた石狩ダムがある。
赤岩ダムについては1950年代、鵡川上流にある景勝地・赤岩青巌峡の一番瀬付近に高さ103メートルの重力式コンクリートダムを計画。治水と日高電源一貫開発計画に沿った形での水力発電目的を以って計画が行われていた。完成すれば総貯水容量が3億5000万立方メートルに達し朱鞠内湖を越える大人造湖が出現するが、トマム・ニニウを含め占冠村の大部分が水没するため占冠村官民挙げて反対運動が巻き起こった。最終的に1961年(昭和36年)に開発局が計画を白紙撤回し、中止された。
一方石狩ダムは大雪ダムの前身として、北海道電力との共同事業として1960年代より層雲峡に計画されていた。高さ118.2メートル、総貯水容量1億4200万立方メートルの中空重力式コンクリートダムとして計画され、完成すれば石狩川水系最大規模の多目的ダムであったが、その後の計画変更により現在の大雪ダム地点にダム計画が移転し、1975年(昭和50年)に現在の規模で完成している。
中部地方整備局管内では既設ダム・堰7基、工事中・再開発・再生事業中ダム6基の13基を直轄管理・施工している。ただし、河川法第17条の兼用工作物として丸山ダム(木曽川)は関西電力と、新豊根ダム(大入川)は電源開発と、櫛田川可動堰(櫛田川)は三重県との共同事業として建設されている。また、中部地方を流れる河川のうち富士川水系は関東地方整備局、信濃川水系、神通川水系、庄川水系は北陸地方整備局が管理する河川である。
管内を流れる木曽川水系、大井川水系、天竜川水系、矢作川水系は北陸地方の河川と同様に水力発電に適した河川として、大正時代から福澤桃介や松永安左エ門などにより大井ダム(木曽川)などの水力発電用ダムが建設され、治水は木曽三川(木曽川・長良川・揖斐川)の分流工事など堤防整備を中心とした改修が行われていた。しかし戦後の水害頻発や食糧・電力不足を補う必要が生じたため多目的ダムによる河川開発が木曽川水系と天竜川水系で計画され、それぞれ木曽特定地域総合開発計画、天竜東三河特定地域総合開発計画として1951年閣議決定されて本流・支流に多数の多目的ダムが計画された。直轄ダムとしては木曽川水系において日本発送電が施工し関西電力に継承された丸山ダムが治水目的を加えた多目的ダムとして1955年(昭和30年)に完成。