鹿児島車両センター
キハ28形・キハ58形気動車 末期には2両編成6本、計12両が配置されていた。
キハ80系気動車 1967年(昭和42年)から1980年(昭和55年)にかけて、「有明」・「にちりん」・「おおよど」等に運用された。
キハ125形気動車 廃止となった高千穂鉄道より、元トロッコ列車用車両のTR400形気動車2両を2009年9月30日付で車籍編入。臨時の観光特急「海幸山幸」の専用車として車両形式もキハ125形400番台に改番・改造された上で同年10月1日に営業運転を開始した。 運行開始当初は当センター配置だったが、2011年4月1日の宮崎車両センター発足に伴い、宮崎へ転属された。
キハ220形気動車 特別快速「なのはなDX」仕様に改造された1100番台1両 (1102) が配置されていたが、2011年3月のダイヤ改正で営業運転終了となり、6月に小倉へ回送されて再改造され、10月1日付で熊本に転属している。
ED76形電気機関車
DD16形ディーゼル機関車
当センター配置の電車は415系を除き、全車両がワンマン運転に対応している。
415系(FK編成) 500番台の4両編成5本 (FK513 - 517) 20両が配置されており、全車両が保留車となっている。全車両がロングシート仕様である。日豊本線(都城 - 鹿児島間)ならびに鹿児島本線(鹿児島 - 川内間)で運用されていた。 FK513 - 517編成は2007年(平成19年)2月から3月にかけて南福岡電車区(現・南福岡車両区)から転属し、同年3月18日のダイヤ改正から運用開始されている。 なお、これまで当センター所属だったFK520編成は2022年3月31日付で大分車両センターへ転属している。 2022年9月23日のダイヤ改正で鹿児島地区での運行を終了した。
713系 (LK編成) 0番台の2両編成4本 (LK1 - 4) の計8両が配置されている。現在はLK2・4のみ宮崎に常駐しており、「サンシャイン」の愛称で日豊本線(延岡 - 西都城間)ならびに宮崎空港線(日南線の南宮崎 - 田吉間を含む全線)で運用されている。 713系は全編成が当センターに所属している。いずれの編成も製造時から900番台を名乗っていたが、主回路更新工事にともない0番台に改番された。 LK1・3 編成は2022年9月23日のダイヤ改正で定期運用から離脱しており、いずれも保留車となっている。
817系 (VK編成) いずれも2両編成で、0番台12本 (VK002, 003, 005, 007 - 011, 014, 019, 025, 027)、500番台9本(504, 506, 513, 515, 517, 518, 521, 523, 529)、1000番台4本 (VK101, 103, 104, 108)、1500番台2本 (VK1502, 1505, 1506, 1509, 1510, 1512) の計31編成・62両が配置されている。