第五十一戦隊
1945年6月1日時点での編制。
潜水艦 - 呂68潜、呂500潜
海防艦 - 「保高」、「伊唐」、「伊王」、「波太」、「高根」、第75号、第79号、第87号、第124号、第156号、第158号、第200号、第225号
その任務は、対潜艦艇の乗員教育訓練及び対潜戦闘の実験・研究と定められ、同任務に関しては海軍対潜学校長の区処を受けた。引き続き佐伯が拠点として利用されたが、日本本土空襲の激化のため1945年3月には佐伯での訓練継続が困難となり、空襲の危険が小さい日本海に移動することになった。日本海のうち舞鶴軍港に艦艇が集中すると攻撃目標となるおそれがあったため、七尾港が新拠点に選ばれた。同年4月上旬、対潜訓練隊の所属艦艇は、途中の関門海峡で海防艦1隻が機雷で損傷した他、無事に七尾へ回航された。
終戦3ヶ月前の1945年5月5日に至り、特設対潜訓練隊は解隊されて同時に第五十一戦隊が新編され、舞鶴鎮守府部隊に編入された。実質的な任務の変化はなかったが、これにより第十一水雷戦隊(新造駆逐艦の教育訓練部隊)や第十一潜水戦隊(新造潜水艦の教育訓練部隊)と並ぶ司令部を有する建制の教育訓練部隊が、護衛艦艇についてもようやく誕生することになった。実戦機能も期待され、同年6月にアメリカ海軍潜水艦が日本海に侵入したバーニー作戦では対潜掃討に参加し、潜水艦「ボーンフィッシュ」の撃沈に関わった。
建造直後の新造護衛艦艇に対する就役訓練および練度不十分な既存護衛艦艇の教育訓練が行われた。
教育期間は兵力不足のため短期間に限られており、呉防備戦隊対潜指導班が設立された当初で15日間であった。戦隊司令官を務めた西岡茂泰少将によれば新造艦艇の初度教育に最低3か月を要すると主張したが、軍令部から期間1か月と指定され、実際には短縮されて15-20日になってしまっていた。1945年1月以降に指導官を務めた中島千尋少将によると実質的な訓練期間は1週間程度であり、爆雷投射訓練も1回程度しかなかった。
術科教育訓練は、基礎訓練としての停泊訓練と仕上げの出動訓練から構成された。うち出動訓練ではソナー教育を最重要項目とする対潜訓練だけでなく、対空戦闘訓練も行われた。操艦の訓練のため、指導官や戦隊司令官がほとんど毎日乗艦して指導を行った。精神教育は戦隊司令官が自ら担当した。
実地訓練を兼ねて、佐伯沖の豊後水道付近において、有力部隊出撃時の対潜警戒・掃討の実戦任務にも投入されている。日本海の七尾港への移動後も、アメリカ海軍潜水艦が日本海に侵入したバーニー作戦に対応するなど実戦参加している。