蓮花寺駅
単式ホーム1面1線を有する地上駅である。ホームは大型のU字ブロックとコンクリート板で組み合わされたもので、ホーム下部に待避可能である。北勢線で唯一、電車接近表示灯が設置されている。駅舎は平屋建てで線路の南側にある。駅舎西側部分の改札内にはトイレ(多目的トイレのある男女別の水洗式)が、ホームに面した駅舎東側に待合室がある。
駅舎には、自動券売機(1台)、自動改札機(2通路、うち1通路は車椅子対応のワイド型)、自動精算機(1台)が備えられており、普通券・回数券の購入が可能であるが、定期券の購入はできない。監視カメラが備えられ東員駅からの遠隔監視駅である。駅員は配置されていない。
駅前広場は従前からある在良地区市民センター駐車場を拡充する形で整備されたものである。駅前には車の停車スペースが備えられており、キスアンドライドが可能であるほか、駅前広場南東側および線路北側には31台分(うち駅前舗装部分19台、線路北側未舗装部分12台)の鉄道利用者用無料駐車場があり、パークアンドライドも可能となっている。このほかに、在良地区市民センター利用者専用駐車場が37台分設けられている。駅前広場にはロータリーは無いが、駐車場での車の転回は可能である。また、駅前広場北西側のホーム壁面に面して44台分の無料駐輪場がある。
駅前広場・駅舎・ホーム等の施設について バリアフリーに対応している。
現在の駅は2008年(平成20年)に移転・新設されたもので、それ以前は当駅から約130m桑名方に位置した。旧駅はホームと小規模な駅舎だけの簡素な設備を有していた。当駅建設に係わる用地取得、駅前広場整備は地元の桑名市が行った。
■北勢線 西別所駅 - 蓮花寺駅 - 在良駅
1944年(昭和19年)7月1日まで、西別所駅との間に稗田前駅があった。