マクロスM3
ステージ数 - 3
2022年、惑星ニュー・エイジアにて、バイオハザード事故で放棄された統合軍生物研究施設を破壊する。無人防衛システム、巨大な昆虫型生物兵器と交戦する。このエピソードよりモアラミアが選択可能になる。
リガード
グラージ
ヌージャデル・ガー
クァドラン・ロー
バリアブル・グラージ - ゼントラーディ巨人兵仕様。
デストロイド トマホーク ディフェンダー スパルタン ファランクス モンスター
声 - 竹田えり
ダンシング・スカル隊のパイロットで、マックスの妻。もとはゼントラーディ軍のエースパイロットで、大戦中にマックスと惹かれあい、史上初の星間結婚を成し遂げた。コードネームはクリムゾンスカル。
詳細は「ミリア・ファリーナ」を参照
ステージ数 - 2
2028年、惑星スーシアにて、統合軍兵器研究プラントの移設作業を支援し、ゲリラ組織「鉄の規律」の攻撃を阻止する。地上での防衛戦のあと、上空で大型爆撃機を迎撃する。
エンディングで表示されるURLから翔泳社の本作公式サイト(現在は閉鎖)内のクイズページにアクセスし、一定数正解するとパスワードを取得できる。これをゲームのインターネットモードで入力すると、『マクロスプラス』に登場する高性能機YF-19かYF-21のいずれかが使用可能となる。フリーミッションモードのみだが、段違いの基本性能を持つ機体でのプレイができるようになる。