全日本学生自治会総連合の歴史
警職法闘争が反対派の勝利に終わったのち、政府は日米安全保障条約改定に動き始めた。全学連は1959年4月2日の安保改定阻止青年学生共闘会議(青学共闘)の結成に参加した。全学連内部では安保改定を日本帝国主義の復活とみなす中執派と対米従属を深めるとみなす日共系とに分かれ、また中執派も革共同系と共産同系とに対立したまま闘争に参加することとなった。6月5日の第14回大会では唐牛健太郎を委員長とし中執を共産同系が独占し、社学同内でも共産同がイニシアチブをとった。この大会では唐牛、清水丈夫ら平均21歳という史上最年少の指導部が成立した。日共系の学生は、全学連指導部を「学生戦線を平和民主勢力の前線戦から孤立させる役割を果たした」として批判する提起を行ったが、のちの構造改革派につながる発想を含んだものであった。8月26日革共同が分裂し(第二次分裂)、革共同全国委は共産同と組み主流派に残留した。11月27日、全国ゼネストに2万人の学生が参加、警官隊を突破して国会に突入し構内集会を行った。社共はともに遺憾の意を表明し、日共は「トロツキストの挑発」と非難した。
1960年1月16日、全権団渡米阻止のため羽田空港ロビーを占拠し、唐牛以下76名が逮捕。このことは無駄な犠牲を出したとの批判を受けたが、同時に安保に対する国民の関心を高める役割もあった(これに影響されて日本社会主義青年同盟(社青同)全国学生班協議会とマルクス主義学生同盟(マル学同)が結成された)。
前述の早稲田大学の全学自治会結成をモデルとして11月、学生自治会連絡会は改組され学生自治会の連合体である全国学生自治会連合が発足した。
1946年秋になると、電産争議を境として生産管理闘争は弾圧により下降線をたどるようになり、労働運動は共産党指導下の全日本産業別労働組合会議(産別会議)に組織されたストライキ闘争として闘われるようになった。この中で、学生党員らは2・1ゼネストの敗北まで労働運動の中にオルグとして動員され、学生社会での運動は二の次のものとなっていた。ゼネスト前日の1月31日には、「人民広場」と称されていた皇居前広場において関東連合学生大会を開き、40校2万9千から3万人がデモを行った。2・1スト敗北後まもない2月7日、占領軍民間情報教育局(CIE)は「学生が自治の実験室から乗り越えて学校行政に不当介入することは排除されねばならぬ」との覚書を発した。これはGHQがこれまでの方針を転換し、文部省の政策に同調して学生自治を「実験室」に抑え込むことを支持するということを意味していた。各大学では学生の処分、反政府的な教職員の排除が行われ、これをもって学生運動は戦後初めての退潮期を迎えることとなる。この敗北による挫折感と弾圧の開始は学生活動家にも大きな影響を与え、授業料値上げ反対の学生大会すらお流れになるというような状況も現れていた。この間、日本共産党は学生党員に「学園へ戻れ」との召喚令を出していた。