薬師寺
正面41m、奥行20m、高さ17mあり、伽藍最大の建造物である。以前の大講堂は享禄元年(1528年)に戦火で焼失後、嘉永5年(1852年)に再建されたものであったが、今回の再建にあたって解体されている。本尊の銅造三尊像(重要文化財)は、中尊の像高約267センチの大作だが、制作時期、当初はどこにあった像であるかなどについて謎の多い像であるが、大講堂に安置される直前には西院弥勒堂で弥勒三尊像として祀られていた。大講堂に安置後は金堂本尊と同様に「薬師三尊像」としていたが、今回の大講堂の再建後に弥勒三尊像に復している。堂内には仏足石(国宝)や仏足跡歌碑(国宝)も安置されている。
食堂 - 2017年(平成29年)再建。本尊「阿弥陀三尊浄土図」を祀る。
東僧坊
西僧坊
鐘楼
中門 - 1984年(昭和59年)再建。
東回廊
西回廊
東院堂(国宝) - 鎌倉時代の弘安8年(1285年)再建。境内の東側、回廊の外に建つ。元明上皇の冥福を祈るために娘の吉備内親王が養老年間(717年 - 724年)に建立した東禅院が前身である。当初は南向きであったが、享保18年(1733年)に西向きに建て変えられた。堂内の厨子に本尊の聖観音立像(国宝)を安置する。
龍王社
勧進所
休ヶ岡八幡宮若宮社(重要文化財) - 鎌倉時代末期築。
弁財天社
平木大明神社
不動堂
與樂門
唐院 - 北受付となっている。
聚寶館
大宝蔵殿
南門(重要文化財) - 室町時代の永正9年(1512年)建立。境内南正面にある小規模な四脚門。元は薬師寺西院の門だったが、後に現在地である南大門の跡地に移築した。
骨組み部分は鉄の釘で接続されていたが、各階の間などでは釘は用いられず木組みだけで構成されていた。解体修理にあたり、9割の木材は再利用され、残りは補修または新材を用いた。基壇は後世改修されているが、2009年から開始された東塔の解体修理工事の際に基壇の発掘調査が行われている。その結果、創建当初の版築による基壇が良好に遺存していることが確認された。また、裳階柱の礎石は明治時代に据え直された可能性があるものの、心礎、四天柱、側柱の礎石は当初位置から動いていないことも確認された。基壇の下から和同開珎4枚が出土した。創建当時の基壇は保護され、それを鉄筋コンクリートで覆って新たな土台とした。また心柱の内側は根元から2mほどが蟻害にあっており、不要な部分を取り除き新材で埋めた。天井画の調査においては、木材の陰になった部分の顔料が非常に良い状態で残っていた。
前述のような特徴的な姿から、この塔を評してしばしば「凍れる音楽」という表現が用いられる。なお、明治時代に本寺を訪れたアーネスト・フェノロサが、この塔を指して「凍れる音楽」と表現したと説明されることが多いが、複数の文献が「凍れる音楽」をフェノロサの言葉とするのは誤りだと指摘している。佐佐木信綱と会津八一はそれぞれ東塔を題材にした短歌を残しており、両人の歌碑が薬師寺境内に建立されている。
柱上の組物に着目すると、雲肘木と雲斗(くもと)を用いた飛鳥様式の塔と異なり、薬師寺東塔の組物は後世の仏堂や仏塔と同様の肘木と斗(ます)を用い、壁面から3段に持ち出した三手先(みてさき)である。二手目の肘木と斗の上に尾垂木が掛かり、尾垂木の先端近くに三手目の斗が乗る。垂木は地垂木と飛檐垂木(ひえんたるき)からなる二軒(ふたのき)で、地垂木を円形断面、飛檐垂木を角形断面とした、「地円飛角」と呼ばれる形式である。このように、組物を三手先とする点、垂木を二軒とする点は飛鳥様式より進んだ要素である。一方で、支輪(壁面と軒裏を斜めに繋ぐ材)を用いず、軒天井を張ること、二手目の肘木は先端に1個の斗しか乗らないこと(後世の塔では2個の斗が乗る)、丸桁(がぎょう、垂木を支える軒桁のうち最も外側のもの)の断面を円形でなく方形とすること、鬼斗(隅肘木上に用いる特殊形状の斗)を用いないことなどは、後世の塔とは異なる、古い要素である。奈良時代末期建立の當麻寺東塔は、支輪と鬼斗を用い、丸桁は円形断面となり、二手目の肘木には2つの斗が乗っている。一方、海龍王寺五重小塔は、支輪と鬼斗は用いないが、丸桁は円形断面となり、二手目の肘木には2つの斗が乗るなど、薬師寺東塔と當麻寺東塔との過渡期的な形式をもっている。このほか薬師寺東塔の建築様式の特色としては、尾垂木が直線形であり、先端を垂直方向に断ち切っていること、三手目の斗と丸桁の間に実肘木を用いないこと、高欄の架木(ほこぎ)や平桁に反りがなく、かつ、これらの両端を垂直に断ち切っていることなどが挙げられる。
主要伽藍の北側にあり、1991年(平成3年)に建てられた。
玄奘塔 - 玄奘三蔵坐像と玄奘の頭部の遺骨であるご頂骨・真身舎利を祀る裳階付き八角円堂。このご頂骨は、太平洋戦争中の1942年(昭和17年)12月23日に中華民国の首都・南京で日本陸軍が土木作業中に偶然、かつて破壊された玄奘の墓を発見したことにより、中華民国と協議して1944年(昭和19年)にその遺骨の一部を日本仏教会に分けてもらった。戦後、さらに蒋介石からもその持ち出しの許諾を得ている。その後、ご頂骨は埼玉県岩槻市(現・さいたま市岩槻区)の慈恩寺に祀られていたが、1981年(昭和56年)に薬師寺に分骨された。扁額「不東」は高田好胤和上の筆。不東とはインドに着くまでは一歩も東(唐)に帰るまいという意味である。
大唐西域壁画殿 - 日本画家平山郁夫が30年をかけて制作した、縦2.2メートル、長さが49メートル(7場面、計13壁面の合計)からなる『大唐西域壁画』が祀られている。壁画は絵身舎利とされ、なかでも中央の3面は本尊、西方浄土、須弥山となっている。扁額『大唐西域壁画殿』は平山郁夫の筆。
東経蔵
西経蔵
礼門