OTU
近年においてOTUは最も一般的な多様性の単位であり、特に16S (原核生物の場合)または18S rRNA (真核生物の場合 )遺伝子配列のデータセットを分析する場合に多用されてきた。
DNA配列は他のDNA配列と互いの類似性に基づいてクラスタリングすることができる。OTUは個々の研究者が設定する類似性の閾値に応じて定義され、一般には97%の類似度を示す配列が同一のOTUに属するものとして扱われる。ただし、100%一致する配列のみを同一のものとして扱うこともあり、これはアンプリコン・シーケンス・バリアントとも呼ばれる。微生物種の系統や生態を、一般的に使用されるこの方法がどれだけうまく再現するかについては議論の余地がある。OTUは、異なるアルゴリズムまたはしきい値を使用する複数の方法で得られるが、Schmidtら (2014) による最近の研究によると、微生物のOTUは一般に、生息環境やOTUの取得におけるクラスタリング手法によらず、生態を矛盾なく反映するとされる。なお、OTUの数はDNAシーケンシングにおけるエラーによって過剰に見積もられる可能性がある。