ニホンイシガメ
森林伐採や護岸整備による生息地の破壊、水質悪化、ペット用の乱獲などにより生息数・生息域ともに減少している。産卵場所の温度環境が制限されることによる性差の偏り、人為的に移入されたミシシッピアカミミガメとの競合、クサガメやハナガメとの交雑による遺伝子汚染、アライグマによる捕食などの理由でも生息数の減少が懸念されている。地域によっては絶滅する可能性が高い場所もあるが、種としての絶滅の可能性は低いと考えられている。2013年にワシントン条約附属書IIに掲載された。
準絶滅危惧(NT)(環境省レッドリスト)
ペットとして、江戸時代以前から飼育されている。野生個体、飼育下繁殖個体共に流通する。幼体がゼニガメの商品名で流通することもあるが、近年ではゼニガメという商品名はクサガメの幼体に用いられることが多い。アクアテラリウムで飼育される。日本国内に分布するため、スペースや日照が十分に確保できる利点から野外の池で飼育されることもある。野外で飼育する場合は、脱走に気をつけるようにする。水質の悪化に弱く、塩素を中和していない水道水で頻繁に水替えを行うと真菌性の皮膚病を患うことが多い。そのため水質が清涼かつ安定した状態を維持して、飼育する必要がある(水量を多くする・濾過を機能させる・植物プランクトンが繁殖している水<グリーンウォーター>を用いるなど)。陸場を用意し、屋内で飼育する場合は暖房器具を設置して皮膚や甲羅を完全に乾かすことのできる環境を作った上で、紫外線を含む照明器具を照射する。餌付きの良い個体が多いが、大型の野生個体は餌付きにくいこともある。飼育下では、配合飼料にも餌付く。
そのためイシガメ属にクサガメ属Chinemysとハナガメ属Ocadiaを含める説や、本種をハナガメ属に含める説もある。
関東地方から種子島にかけての43地点238頭のミトコンドリアDNAのシトクロムb・制御領域の分子系統推定では、全部で34のハプロタイプに分かれそれらは大きく2つのグループに分かれるという解析結果が得られた。これらは一方は主に中部地方から近畿地方・四国に、もう一方は主に九州に分布し、中国地方(島根県・広島県)で隣接あるいは同所的に分布する。これらのうち主要あるいは祖先型と考えられるハプロタイプはそれぞれ近畿地方と九州で多く見られ、限られた地域でのみ隣接・同所的に分布することから最終氷河期に近畿地方・九州に取り残された個体群が氷河期の終結・温暖化に伴いそれぞれ分布を中国地方まで拡大したことが示唆されている。