マニラ大虐殺
その趣旨としては、「現状をもって推移すれば対米戦を待たずに自滅に至る」との説明があり、「住民にしてゲリラに協力するものはゲリラとみなし粛清せよ。責は兵団長が負う」とも徹底された。
粛清の対象は男性の成人だけにはとどまらなかった。ゲリラ討伐命令を出した第17連隊長の藤重正従大佐は、戦後のBC級軍事裁判にて責任逃れすることなくその事実を認めたが、「小銃を持つ女が自分の部隊にかなりの損害を加えた例が少なくなかった」「自分が車に乗ってる時、子供が自分に手榴弾を投げた。自分は部隊に、もし、武器を所持した女子供から攻撃されたときは、もちろん彼等をやっつけなければならないと命令した」と供述しており、女性や子供もゲリラの疑いがあれば殺害するように命じたことを認めている。女性も討伐対象となる中で、憲兵リパ(英語版)地区の分遣隊長が部下の士気高揚のために「敵が上陸するまで女は我慢しろ。上陸したら強姦してもかまわん。ただし済んだ女は必ず殺せ」と訓示するなど、一部で非行行為を煽る者まで現れた。それでも、軍律が保たれている間は、実際に暴行に出るものはごく一部に限られていたが、リパ地区でもアメリカ軍の侵攻で守備隊が敗北すると、日本軍の組織が崩壊して、死を意識した敗残兵による性的暴行が横行することとなった。
ルソン島にアメリカ軍が迫る頃には、日本軍はフィリピン人に対して疑心暗鬼に陥っており、戦後に虐殺の罪を裁くために開廷されたマニラ軍事裁判にて、第14方面軍司令官山下奉文大将のアメリカ軍人の弁護人が「事実上、地方のすべての住民が、彼等(日本人)に対して銃をとり、昼間、彼等に微笑を送るおだやかなフィリピン人が、夜になると、彼等を裏切って彼等に危害を加えるように思ったのは不思議ではない」と述べた程であった。