国務会議 (イングランド)
1653年12月16日、統治章典公布によりクロムウェルは護国卿に就任、国務会議も統治章典で復活した。
仕事内容は第1期と変わらず行政と外交を受け持ったが、組織の役割がやや異なる。第1期は議会の付属機関に過ぎなかったが、第2期は護国卿と共に立法・行政を行う機関として位置付けられ、委員人数は22人と減少したが任期は終身に変更、議会閉会中に護国卿が軍事・外交を行う場合は国務会議の同意が必要、国務会議は後任護国卿指名権を持つなど権限が強化され、護国卿の牽制も兼ねていた。ただし、委員は建議要目と統治章典の起草者ランバートを始めとするクロムウェルの支持者や身内が大勢選出され、サーローやブロッグヒル男爵ロジャー・ボイル、ジョージ・マンクなど委員ではない外部協力者も国務会議の周りを固めたため会議はクロムウェルの諮問機関と化し、護国卿牽制どころか支持基盤強化に繋がった。外交は1654年4月にスペインとの戦争に突入(英西戦争(英語版))、それに伴う12月のウィリアム・ペン艦隊の西インド諸島遠征(失敗に終わる)、1655年にフランスと貿易協定(後にパリ条約に進展)を締結したことが挙げられる。
1654年9月3日に第一議会開会が予定されていたが、それまでの9ヶ月間はクロムウェルが国務会議の同意を得た上で独自に法を発布、国務会議も彼と協議し財政・法・行政改革を実現しようと幅広い問題の解決に努めた。ところが、第一議会が始まるとクロムウェルと国務会議の改革姿勢は見向きもされず、議会は統治章典を始めとする護国卿体制批判を行い(統治章典に書かれた議会の権限が弱いことなどが批判の根拠)、政府と議会の方向性が違うことが明らかになるとクロムウェルと国務会議は議会と対立、混乱が収まらないため1655年1月22日にクロムウェルは議会を解散させた。