日本におけるCOVID-19ワクチンの接種
東京・大阪の自衛隊による大規模会場と同じモデルナ製ワクチンを使用する。実際には同月13日から全日本空輸(ANAホールディングス)、14日から日本航空や読売新聞社といった一部の企業が前倒しで職域接種を開始。その後、職域接種の申請が想定を上回るペースで行われたことで、使用するモデルナ製ワクチンの供給が不足する可能性が出てきたことから、6月25日17時をもって申請の一時休止を政府が発表。職域接種用のモデルナ製ワクチンの1日の配送可能量が上限に達し、それがボトルネックとなりワクチンが不足する可能性が出てきた事が主な原因である。また、企業などが従業員らの数より過大な量を申請したケースもあるとみて精査したが、結論として同月30日に菅首相はワクチン接種などの進捗に関する関係閣僚会議で職域接種申請の新規申し込みを事実上一時休止すると表明。この時期には、自治体が実施する大規模接種についてモデルナ製のほかファイザー製でも対応することを検討しているが、ワクチン供給の見通しが立たず、予約の受け付けを中止する自治体も出始めていた。
また、厚生労働省は血栓症発症の副反応リスクがあることから公的接種での使用を見送っていたアストラゼネカ製ワクチンについて、60歳以上を対象に公費接種を認める方向で調整を進めていたが、同年7月30日に原則40歳以上を対象に公費接種の対象に追加することを決め、8月3日より正式に追加された。
大会前の日本のワクチン接種率は15.2%と低く、オリンピック期間中は東京に非常事態宣言が出されていた。
7月30日、アストラゼネカのワクチンが、ワクチンの供給不足により原則40歳以上を対象に公費接種のワクチンに追加された。 5月21日にモデルナ製と同時に薬事承認されたが、ごくまれに血栓症が起こることから国内では使われてこなかった。
8月3日、モデルナのワクチンの接種対象が、これまでの16歳以上から12歳以上に拡大された。
8月26日、厚生労働省はモデルナ製ワクチンの一部に異物混入が同月16日以降相次いで見つかったことをうけ、異物混入が疑われるロットの同社製ワクチン約163万回分の使用見合わせを発表。9月1日、モデルナ社による調査の結果、異物は製造機器の組立て時の不具合により混入したステンレスの破片であったことが分かり、問題のロットの製品は企業により自主回収されることとなった。また、回収対象のロットとは別のロットの製品に、ゴム片が混入しているものが見つかっているが、製造や採取の過程で蓋のゴムの一部が混入したと考えられる場合は、接種の継続は可能だとしている。
9月7日、厚生労働省はアメリカの製薬企業・ノババックスから技術移管を受けてワクチンの日本国内製造・流通を予定する武田薬品工業と日本国内での薬事承認を前提に1億5,000万回分のワクチン供給を受ける契約を締結した。
10月8日、厚生労働省がファイザー製ワクチンについて、2022年1月から1億2,000万回分の追加供給を受ける契約を締結した。
11月11日、ファイザーの18歳以上の3回目接種(追加接種)が薬事承認され、 12月1日に接種が開始された。
12月16日、モデルナの18歳以上の3回目接種(追加接種)が薬事承認された。
ロイターなどメディアはファクトチェックを行い、「安倍元首相は2020年9月に退陣したため、ワクチンの接種にはほとんど関与していない。日本はワクチン接種を義務づけていないが、2021年6月頃からの積極的なワクチン接種キャンペーンにより、人口の80%以上がワクチンを接種している。2021年8月にモデルナ社のワクチン163万本の使用を停止したのは一部のバイアルに汚染物質が混入したとの報告を受けための予防措置である。イベルメクチンは、日本政府や厚生労働省からCOVID治療薬として承認されたことはない」と否定をした。
2022年7月13日、鳩山由紀夫元首相は自身のTwitter投稿で、「(COVID-19)ワクチンを打つと入院確率が3倍になるとWHOが認めた」「ファイザーは大量のデータを削除した内部告発も発表」「ワクチン利権が陰謀論と切り捨てられないことが明らかになった」とツイートし、2022年8月12日時点で2万7000リツイート、5万いいねを集めるなど拡散された。しかし、そのような事実はなく、WHOの発表もファイザー社の内部告発に関する大手メディアの記事なども存在しない。元新型コロナワクチン接種推進担当大臣の河野太郎からは「ワクチンデマ」と批判され、専門家からは「国民の命・健康と生活に関わる情報については特に、情報の真偽と発信が及ぼす影響について、発信者も十分に注意することが大切であり、元首相のように影響の大きな人物は自らの発する情報の正確性には十分注意してほしい」と求められた。
5月14日、政府がアメリカ合衆国の製薬企業・ファイザーと、2021年第3四半期(7月〜9月)に約5,000万回分のワクチンの追加供給を受ける契約を締結。
5月21日、アストラゼネカとモデルナのワクチンを薬事承認した。モデルナの接種対象は18歳以上とし、アストラゼネカは接種後ごくまれに血栓が生じる事例が報告されており、承認後も当面接種は見送られた。
5月23日、大阪の防衛省運営の大規模会場で、自衛官や民間看護師など接種業務対象者にモデルナ製ワクチンの国内初接種を行う。
5月24日、東京・大阪の防衛省運営の大規模接種会場などで65歳以上の高齢者に対するモデルナ製ワクチンの接種開始。
5月24日、ジョンソン・エンド・ジョンソン(ヤンセンファーマ)のワクチンが薬事承認された。ただし、申請時点では、ファイザー・モデルナ・アストラゼネカのような日本政府との供給契約は結んでいない。
6月1日、ファイザーのワクチンの接種対象が、これまでの16歳以上から12歳以上に拡大された。
6月9日、菅首相は党首討論で、「10月から11月にかけて必要な国民には全て終えることを実現したい」と述べた。
7月20日、厚生労働省がモデルナ製ワクチンについて、5,000万回分の追加契約を締結した。
7月23日 – 8月8日、1年間延期されていた2020年東京オリンピックと、8月24日 – 9月5日に2020年東京パラリンピックが開催された。約93,000人の選手・役員が来日した際、地元住民と隔離された場所(バブル)にいることを条件に検疫が免除された。これらのバブルに出入りする約30万人の現地スタッフやボランティアのグループには2万人分のワクチンしか割り当てられなかったため、大会中とチームの帰国後の両方でCOVID-19が蔓延することが懸念された。
10月13日報道によれば、人口二百数十万人(同年)を抱える名古屋市で、大規模会場などで予約枠が100%埋まらず、一部時間帯では予約なし接種対応が可能になっている一方で、三重県桑名市では、三重県から供給されるファイザー製ワクチンの供給が先細り、10月17日以降、接種の対応ができず予約不能の状況に陥っているとのことで、自治体間の接種対応の格差が表面化しつつある。また、福島県郡山市や広島県広島市でも、同年10月にかけてファイザー製ワクチンの供給枠確保が国・県から示されないため、同社製ワクチンの予約受付を一時停止し、モデルナ製を推奨する状況になっている。
接種率の上昇の一方で、若年層の接種率の低迷が問題となっている。大阪府では10月15日報道時点で、20代と30代の若年層の1回目接種率がようやく50%台に到達した状況となっている。
接種率の上昇とニーズの低下を背景に、自衛隊による東京と大阪の大規模接種センターについて、11月一杯での終了が報道された。5月24日の開設以降、約196万回(国内の全接種回数の約1%)の実績を残した。