ヴェネツィア領クレタ
14世紀以降、カンディアなどの都市部でもギリシア人の居住者が増加して多数派を占めるようになり、また農村部においても初期には明白であったヴェネツィア人入植者の居住地とギリシア人の居住地の境界は次第に曖昧になった。またヴェネツィア人入植者とギリシア人家系との間の通婚も時代と共に進行した。このようなヴェネツィア人入植者の現地化(「クレタ化」)は、新たにやってくる本国からの入植者やヴェネツィア当局との利害関係や社会的関係を変質させ、相互の間に緊張関係をもたらした。時間と共にヴェネツィア人入植者とギリシア人との関係が密接になる一方、ヴェネツィア本国と入植者の距離は遠ざかり、14世紀にはヴェネツィア人入植者とギリシア人が連携してヴェネツィア本国に対抗するサン・ティートの反乱(英語版)(聖ティトゥスの反乱)のような事件も発生した。この反乱は新税の導入を切っ掛けに発生したが、これはクレタ島の統治を含むヴェネツィアの交易網の維持コストを負担するのは植民地か本国か、という問題の表面化でもあった。
ただし、婚姻、友情、雇用、商業によって密接に結びついて行ったにもかかわらず、「ヴェネツィア人」と「ギリシア人」という区分を超えた「クレタ人」というアイデンティティが共有されることはなかった。
ヴェネツィア人は自身の獲得した権利を現実の権力として行使するため、クレタ島の沖合にあるスピナロンガ島に小規模な軍を上陸させた。しかし既にクレタ島に植民地(colony)を持っていたジェノヴァは迅速に行動した。ジェノヴァはエンリコ・ペスカトーレ(英語版)の指揮と現地の民衆の支持の下で間もなくクレタ島の東部と中央部の支配権を握った。1207年のラニエリ・ダンドロ(Ranieri Dandolo)とルッジェーロ・プレマリノ(Ruggiero Premarino)が指揮する最初のヴェネツィアの攻撃は排除され、続く2年間にペスカトーレはいくつかの孤立したヴェネツィアの守備隊の駐留地を除き、島全体を支配下に置いた。ペスカトーレはクレタ島の正式な王としての承認を得ることを試み、ローマ教皇に請願さえした。しかし、ヴェネツィアはクレタ島を占領することを決定し、ペスカトーレはジェノヴァ本国からほとんど支援を受けることができなかった。1209年、ヴェネツィアはカンディア(ギリシア語:ハンダクス、Χάνδαξ。現代のイラクリオン、Ηράκλειον)にほど近いパレカストロ(英語版)の占領に成功した。クレタ島からペスカトーレを排除するには更に1212年までかかり、その副官(lieutenant)のアラマンノ・デ・コスタ(英語版)は更に長い期間、島に踏み止まった。クレタ島を巡るヴェネツィアとジェノヴァの戦争は、1217年5月11日の条約においてヴェネツィアがクレタ島を所有することを確定して終わった。
エフェソスがトルコ人に陥落させられた際にクレタ島へと逃れた同時代の年代記作家Michael Louloudesは、アレクシオス・カレルギスを「クレタの主(Lord of Crete)」と呼び、ビザンツ皇帝アンドロニコス2世の直後に言及している。カレルギスは以降、和平条約の条項を断固として遵守し、明瞭にヴェネツィアに忠誠を保ち続けた。ヴェネツィア当局の機能を停止させた1303年の破滅的な地震(英語版)の後に続く新たな反乱は、アレクシオス・カレルギスの仲介によって阻止された。その後、1311年に、クレタ公はアレクシオス・カレルギスに手紙でスフィキアでの反乱扇動者の情報収集を依頼した。1319年に別の反乱がスフィキアで発生した時、アレクシオス・カレルギスはジョスティニアーニ(Giustiniani)公と反乱軍の間を取り持ち、それを終結させた。同じ年、ヴラストイ家(Vlastoi)とバロウチェス家(Barouches)の別の小規模な反乱も発生したが、これもまたアレクシオス・カレルギスの仲介によって終了した。ヴェネツィア人はカレルギス一族をヴェネツィア貴族として『Libro d'Oro』に記載し、その功績に報いたが、アレクシオス・カレルギスのヴェネツィアに対する忠誠は別の偉大なクレタ貴族家系からの敵意を呼び、ミュロポタモスで彼の暗殺が試みられた。アレクシオス・カレルギスはその晩年を1321年の死亡まで安全を求めてカンディアで過ごした。彼の敵対者たちは暗殺の企てを続けたが、アレクシオス・カレルギスの暗殺はついに成功せず、ただ彼の息子アンドレアス・カレルギスをその側近の大半もろとも殺害することのみ成功した。