能生駅
1962年(昭和37年)6月30日には、能生駅を含む区間が単線自動閉塞を施行された。さらに当駅と筒石駅の間に1962年(昭和37年)9月28日に百川信号場が、浦本駅との間に1964年(昭和39年)9月22日に木浦信号場が、それぞれ設置された。
糸魚川 - 直江津間の北陸本線は、地すべり・雪崩・積雪・風水害などの災害が相次ぐ区間であった。1963年(昭和38年)3月16日16時過ぎ、能生町小泊において大規模な地すべりが発生し、能生駅を出発した直後であった敦賀発直江津行き7両編成の普通列車が崩壊区間に突っ込む事故が起きた。地元の住宅約30戸が地すべりに巻き込まれて全壊し、死者2名、行方不明者2名を出し、機関車は日本海まで押し流されたものの、列車の乗員乗客約150名は全員が無事であった。この災害により20日間にわたって北陸本線が不通となった。
こうした防災上の問題点を抱えていたことに加え、この当時北陸本線の輸送需要が増加しつつあって線路容量の低いこの付近が隘路となっていたことから早期の複線化が望まれ、1963年(昭和38年)6月14日に複線化ルートの調査が開始された。
築堤上に島式ホーム2面4線で待避設備を有する高架駅。プラットホームの有効長は220メートルある。側線を数本持ち、構内には小さな車庫も設けられている。駅の筒石方はすぐに頸城トンネル、浦本方は木浦トンネルがある。このためこの駅のホームは駅舎や駅の外部から見ると高い場所に位置している。
駅舎はコンクリート造り二階建て、延べ床面積666.7平方メートルで、築堤北側(下り線側)、直江津寄りの地平部分に存在する。
駅機能は1階に集約されており、コンコースには窓口・有人改札口・近距離切符専用のタッチパネル式自動券売機のほか、屋内待合室が設置されている。
駅舎とホームは地下連絡通路で接続しており、駅舎の2階はホームと高さが同じで、駅舎の2階からホームの脇に職員専用の通路が延びている。
北陸新幹線金沢延伸前まではJR西日本金沢支社の糸魚川地域鉄道部が管理する業務委託駅で、ジェイアール西日本金沢メンテックが駅業務を受託していた。
JRからの移管後もしばらくは業務委託駅として運営されていたが、現在は直営駅となっている。
移転前の構内は単式ホーム・島式ホーム2面3線に側線を有する構造であった。
昭和50年代には海水浴客向け臨時列車「かもめビーチ号」が長野方面から当駅まで運転されたこともあった。
複線電化工事を記念した工事碑および25名の殉職者を祀る慰霊碑が能生駅構内に設置されている。駅移転時に貨物ホームが駅の南側に設けられ、高床ホーム34メートル、地平14メートルが用意された。