曼荼羅
この場合、神の本体である仏のことを「本地仏」と言い、本地仏が神の姿で現れたものを「垂迹神」と言う。特定の神社の祭神を本地仏または垂迹神として曼荼羅風に表現したものを垂迹曼荼羅と言う。これにも多くの種類があり、本地仏のみを表現したもの、垂迹神のみを表現したもの、両者がともに登場するものなどがある。代表的なものに熊野曼荼羅、春日曼荼羅、日吉山王曼荼羅などがある。それぞれ、和歌山県の熊野三山、奈良の春日大社、比叡山の鎮守の日吉大社の祭神を並べて描いたものである。
宮曼荼羅 - 本地仏や垂迹神を描かず、神社境内の風景を俯瞰的に描いた作品にも「曼荼羅」と呼ばれているものがある。これは神社の境内を聖域、浄土として表したものと考えられる。この他、仏教系、神道系を問わず、「曼荼羅」と称される絵画作品には多くの種類がある。
チベットでは、「密教の経典・儀軌に基づく曼荼羅」ではない仏菩薩・歴代の論師・宗祖が集会(しゅうえ)するツォクシン(ཚོགས་ཤིན། ཚོགས་ཞིང་།)というタイプの仏画がある。仏陀から根本ラマ(རྩ་བའི་བླ་མ་)に至る師資相承の系譜を図示したもので、三世の諸仏・守護神(イダム)・護法神(チューキョン)などがこれを囲繞する。六加行法の第4次第「聖衆の世界の観想」(ཚོགས་ཞིང་གསལ་བདབ་པ་�)に置いて使用される。