キネトプラスト類
キネトプラスト類は、その名の通りキネトプラスト (kinetoplast) を持つことで特徴づけられる。キネトプラストはもともとフォイルゲン染色によって鞭毛基部の付近に観察された核酸顆粒であり、その実体は非常に発達したミトコンドリア核様体である。光学顕微鏡では観察できない種もあるが、電子顕微鏡を用いれば繊維状の構造として観察できる。キネトプラストは典型的には単一の顆粒だが、それ以外に複数の顆粒が散在する場合や不明瞭になる場合がある。ミトコンドリアは単一で細胞中を管状ないし網状に伸びており、団扇型のクリステを持っている。
基本的には先行鞭毛と後曳鞭毛を1本ずつ持っているが、先行鞭毛を欠く場合や、時期によって鞭毛が縮退して機能しない場合もある。また後曳鞭毛が細胞に付着して波動膜 (undulating membrane) を形成する場合がある。鞭毛には非管状の小毛がある場合がある。
分子生物学的な観点から珍しいシステムを多数用いていることでも特徴的である。
全てのmRNAに共通に行われるトランス・スプライシング
ミトコンドリアにおける複雑なRNA編集
ポリシストロニックな遺伝子配置
またキネトプラスト類に特徴的なオルガネラとして、グライコソーム (glycosome) がある。これは解糖系の酵素などが局在化するマイクロボディ系のオルガネラである。