南遣艦隊
直属:球磨・八重山 第21航空戦隊:鹿屋海軍航空隊・東港海軍航空隊・葛城丸 第23航空戦隊:高雄海軍航空隊・第3航空隊
第31特別根拠地隊 第17・18号掃海艇・第31駆潜隊
第32特別根拠地隊 武昌丸
附属:讃岐丸・日祐丸・第36共同丸 第31航空隊・第2測量隊
1942年(昭和17年)3月10日、蘭印作戦の目途がついたことで日本海軍は第三艦隊(司令長官高橋伊望中将)や麾下の第五水雷戦隊(司令官原顕三郎少将)等を解隊・再編・改称し、第二南遣艦隊を新編した(司令長官高橋伊望中将)。 4月10日、日本海軍は第二段作戦方針に基づき戦時編制の改定を実施する。この中で、南西方面全体を統轄する南西方面艦隊を新編した。南西方面艦隊は、三個艦隊(第一南遣艦隊、第二南遣艦隊、第三南遣艦隊)を麾下に置き、また軍政も担当した。第二南遣艦隊司令長官高橋伊望中将が南西方面艦隊司令長官を兼務した。
南西方面艦隊発足後も、第二南遣艦隊は東印部隊として引き続きインドネシア方面の作戦に従事した。重巡洋艦足柄と第十六戦隊(名取、鬼怒、長良、五十鈴)が発足当初の主力艦艇だったが、はやくも4月に長良が第十戦隊旗艦に転用され、9月下旬には五十鈴も第二水雷戦隊旗艦に引き抜かれてしまった。 最初の1年間は、南西方面艦隊司令部の直卒部隊として司令部を兼任していた。9月15日、第二南遣艦隊司令長官(南西方面艦隊司令長官兼任)は高橋中将から高須四郎中将に交代した。