日本独立リーグ野球機構
北海道ベースボールリーグについても、加盟に向けて調整中と2021年4月に報じられた。しかし前記の通り、早期加盟を目指した球団は同年シーズン終了後にリーグを脱退して北海道フロンティアリーグを結成している。
2021年9月にルートインBCリーグからの離脱球団で結成が表明された日本海オセアンリーグは、当時ルートインBCリーグ代表の村山哲二が加入予定と取材に対して述べ、リーグCEOの黒田翔一は2022年1月26日に自身のTwitterアカウントで加盟に必要な書類の提出が完了したとツイートした(その後該当ツイートは削除)。しかし、2022年2月28日時点で加盟申請の結果が発表されず、2022年シーズンは非加盟となった。関西独立リーグと日本海オセアンリーグは、2022年2月28日に機構が開催した運営責任者の合同会議(オンライン)には、加盟各リーグとともに参加したと報じられた。
日本海オセアンリーグは2022年シーズン終了後に構成球団と活動地域を全面的に変更したベイサイドリーグとなった。同時にリーグを離脱した2球団が結成した日本海リーグは前記の通りその後加盟を承認されている。
ライターの阿佐智は、機構が2022年から新規加盟リーグに対して約半額は供託金として将来還付する前提の「加盟費」(数百万円単位)を課していることをウェブコラムで紹介した。