ビッグコア
オリジナルステージだけに登場し、デザインはAC版のビッグコアMk-IIを小型化させたような外観。コアが二つあり、カバーを閉じた状態ではレーザーのみだが、カバーを開いてコア付近の砲門からリップルレーザーを2回発射する。
『グラディウスNEO』のみに登場する最終ボス。断面が細長い台形のようなタワーに3つのコアが配置されており、ひし形状の4つの護衛火器を浮遊させている。
同作からある程度攻撃を受けるとコアが赤くなるようになった。
南極ステージのボス。
雪の結晶をベースにした感じのデザインで、触手が6本になっている。攻撃パターンはクリスタルコアをベースにしているが、一度に大量の弾をばら撒いたり、90度回転して隔壁またはコアに撃ちこみにくい姿勢になったり、触手をたたんで突進するなどオリジナルよりパターンに富む。低難易度でも隔壁を破壊すると撃ち返し弾が来るが、大部分は触手や本体に阻まれて消滅するためこれはあまり脅威にならない。なお触手はレーザー系の兵器ならば敵味方問わず屈折する。
登場時はオリジナル同様に画面後方から登場するが、自機より3D画面の手前を通過するため、登場時に画面後方にいてもぶつかってダメージを受けることはない。
ステージ8(ボスラッシュステージ)の1番目に登場。機体に4つのサーチライトを持ち、背景を照らしながら無数のミサイルで攻撃する。サーチライトはその色によりライトの移動とミサイル攻撃のパターンが変化する。黄色はライトにビックバイパーが入るとミサイルが発射され、赤はライトめがけて次々とミサイルが飛んでいき、そして紫はライトを自分を囲むようにして動かし、結果としてミサイルがバニシングコアの周囲を飛び回る形となる。黄色以外はミサイルの軌道がでたらめなので、避難しつつミサイルを破壊することを意識しないと被弾してしまう。
SFC版ステージ7(高速面)のボスで、遮蔽板を持たない代わりに5つのコアを持つ(前方4つのコアが実質遮蔽板の役割) 武器は4門のイオンレーザー砲と地形で反射するボール(コアと同じグラフィック)。『V』ではステージ7の高速エリアの中ボスとして登場するが、SFC版『III』とはほぼ別物と言えるほどのパワーアップが成された。長く尾を引く反射レーザーと本体から真正面に発射されるレーザーの複合攻撃は逃げ場を失いやすく、見切りづらい。また、うねる地形を蛇行しながら通常弾を乱射し、機雷を投下して逃げ道を塞ぐといった動く地形を生かした攻撃も行ってくる。