コムネノス家
コンスタンティノープル陥落の数週間前、コムネノス家の一分家が故地のパフラゴニアに逃れ、そこから黒海東部のポントス山脈奥地に隠れた。そしてアンドロニコス1世の孫にあたる者が皇帝アレクシオス1世コムネノスを名乗り、トレビゾンド帝国を建国した。大コムネノス家として知られるこの皇帝家は1461年まで250年以上にわたりトレビゾンドを支配した。最後の皇帝ダヴィド・コムネノスはオスマン帝国のメフメト2世に敗れ、処刑された。このメフメト2世もまた、ビザンツ皇帝アレクシオス1世コムネノスの孫ヨハネス・ツェレペス・コムネノスの、ひいてはコムネノス家の後裔を名乗っていた。またメフメト3世の時代にキリスト教徒でありながらオスマン帝国の帝位を請求してモンテネグロで反乱を起こしたヤフヤー(英語版)(1585年生)は、トレビゾンド皇帝家の傍系の出であるとされている。
また1204年に派生した別の家系として、エピロス専制侯国を建てたものがある。初代のミカエル1世コムネノス・ドゥーカスは、ビザンツ皇帝アレクシオス1世コムネノスの曽孫だった。またこの家系から出たテッサリアの君主ヨハネス1世ドゥーカスの娘ヘレナ・ドゥーカイナ・コムネナがアテネ公ギヨーム1世ド・ラ・ロッシュ(英語版)と結婚した。これにより、フランク系国家のアテネ公国ド・ラ・ロッシュ家(英語版)にもコムネノス家の血統が入ることになった。
マヌエル1世の後のコムネノス朝は以前の諸王朝と同様に、陰謀が飛び交い混乱していった。コムネノス朝で初めて未成年の内に登位したアレクシオス2世コムネノスは、わずか3年でアンドロニコス1世コムネノスに簒奪された。そのアンドロニコス1世も2年後にアンゲロス家のイサキオス2世アンゲロスに打倒され、イサキオス2世も弟のアレクシオス3世アンゲロスに退位させられ目を潰された。その後、イサキオス2世とその息子アレクシオス4世アンゲロスが第4回十字軍の支援を受けて権力を取り戻した(コンスタンティノープル包囲戦 (1203年))が、半年でドゥーカス家を名乗るアレクシオス5世ドゥーカスに殺された。そしてこの皇帝の時代、1204年にビザンツ帝国は再び第4回十字軍の攻撃を受け、一時滅亡した。(コンスタンティノープル包囲戦 (1204年))。