靖国神社問題
ブッシュ大統領が対テロ戦争協力への返礼の意も込めて靖国神社への参拝を申し出る。戦勝国であるアメリカの大統領が参拝すれば批判の根拠を失う可能性もあったが、当時の政府はそれを決断できず、日本側から要請して明治神宮への参拝に変更。
社としての公式見解は、靖国神社に対する批判派、靖国神社参拝は反対派。
国家的な常設の戦没者追悼施設は必要だが、靖国神社では歴史的・宗教的・国際的などの問題があると考える立場からは、靖国神社に代わる国立の追悼施設を設置するという提案されており、それへの反対意見を含め、議論が存在している。
靖国神社は常設の施設であるが、戦後は一宗教法人であり、国立ではなく、神道の神社であり、戦前の国家神道や戦後のいわゆるA級戦犯合祀問題への議論が存在している。靖国神社を国家管理の施設に復活させる案として靖国神社法案が国会に提出されたが、宗教色を薄める内容への反対もあり廃案となった。A級戦犯の「分祀」は「不可能」として靖国神社が拒否している。
隣接する千鳥ケ淵戦没者墓苑は国立の無宗教形式の施設であるが、納められているのは引き取り手がない無名戦士の遺骨のみであり、戦死者全体を追悼・慰霊する場ではない。
1952年以降、全国戦没者追悼式が毎年開催され、特定の宗教によらない形で天皇、内閣総理大臣、衆参議長、最高裁判所長官なども出席している。対象は民間の空襲被災者なども含むが、常設の施設ではない。なお1964年は靖国神社で開催されたがスペースの問題もあり、以後は日本武道館で開催されている。
以上の現状を前提に、国が公式に戦士・戦没者を追悼する常設の施設が必要との立場からは、新たな国立追悼施設が必要との意見があり、その中には千鳥ケ淵戦没者墓苑の拡充案もある。なお国立追悼施設設置論は靖国神社廃止論ではない(そもそも民間の一宗教法人を国家が廃止するなど信教の自由上不可能である)。
1975年の日本国内メディアから政教分離という内政理由の批判から始まり、1985年の中曽根康弘首相による公的参拝発言による日本国内の自民党・社会党の政争の具となり、1985年以降から戦争被害を受けた中国や、日本による支配(韓国併合)を受けた韓国は、「靖国神社にA級戦犯が合祀されているから」と主張しているが、中韓国民は調査からそもそも戦前の日本軍人を慰霊することに反発しているから、1985年の朝日新聞による靖国批判報道で靖国神社自体を知ったから反発しだしただけであることが指摘されている。以降、中韓政府は日本の政治家による参拝が行われる度に批判反発している(諸外国の反応の詳細については後述の#日本国外の見解を参照)。実際に、1979年4月にA級戦犯の合祀が公になってから1985年7月までの6年4月間、大平正芳、鈴木善幸、中曽根康弘が首相在任中に計21回参拝をしているが、1985年8月に中曽根が参拝するまでは、非難はされていなかった。1985年の参拝に対しては、それに先立つ同年8月7日の朝日新聞が『靖国問題』を報道すると、一週間後の8月14日、中国共産党政府が史上初めて公式に靖国神社の参拝への非難を表明した。一方で、1979年のA級戦犯以降も戦没者を慰霊追悼・顕彰するため、外国の要人も訪れている。
なお、戦没者を慰霊追悼・顕彰するための施設及びシンボルとする解釈が現在だけでなく戦前からも一般的だが、神社側としては「国家のために尊い命を捧げられた人々の御霊を慰め、その事績を永く後世に伝える」場所、および「日本の独立を誓う場所」との認識が正しいとのことである。
1889年、大日本帝国憲法第28条では「信教ノ自由」を記載したが、明治政府は神社神道を「国家の祭祀」であり宗教ではないとし、臣民の義務とした(いわゆる国家神道)。1891年、植村正久はキリスト教徒の靖国神社参拝問題を提起した。さらに1932年、上智大生靖国神社参拝拒否事件が発生した。
1946年、靖国神社は宗教法人となり、1947年の日本国憲法第20条では信教の自由と政教分離原則が規定された。このため1964年以降の靖国神社法案は、国家護持の代わりに宗教色を薄める案となり、議論となった。
靖国問題に関する訴訟では、原告側の多くは玉串料の公費支出や、首相などの参拝、遺族側の意思に沿わない合祀、政府による合祀への協力などを、信教の自由や政教分離原則に対する侵害であると主張している。これに対して靖国神社側などは、社会一般に認められた範囲内であり合憲である、神社側にも宗教の自由があり国からの強制は受けない、合祀は遺族の不利益とは言えない、などと主張している。
社としての公式見解は、靖国神社に対する肯定派、靖国神社参拝は賛成派。『産経新聞』では、社説「主張」にて首相の靖国神社参拝(特に終戦の日の参拝)を強く要望しており、参拝しなかった歴代首相や参拝に否定的な政治家を批判している。2009年(平成21年)に麻生太郎首相が終戦記念日の参拝を見送ったことについても批判し、「再考を求めたい」と要望していた。同年8月31日におこなわれた第45回衆議院議員総選挙で自民党が大敗した際には、「麻生首相が靖国神社を終戦の日に参拝しなかったことへの国民の失望は大きかった」と論評した。また、国立追悼施設の建設に対しても反対の立場を取っている。