土讃線
讃岐山脈・四国山地を越え、香川県・徳島県・高知県の県境を挟むこの区間は、特急列車が1時間あたり1本確保されているのに対して普通列車の本数が少なく、琴平駅 - 阿波池田駅間は1日6往復、阿波池田駅 - 大歩危駅間は1日7往復、大歩危駅 - 土佐山田駅間は1日5往復の運転であり、7時間以上間隔が開く時間帯がある。特にスイッチバックになっている坪尻駅・新改駅に関しては、阿波池田駅行きは両駅ともに午前中の停車が皆無となっている。普通列車は基本的に阿波池田駅発着で運行されているが、琴平駅・阿波池田駅 - 大歩危駅間の区間列車も一部設定されている。また、多度津駅から阿波池田駅と高知駅で列車番号を変更して伊野駅まで直通する列車も1本存在する。阿波池田駅 - 土佐山田駅間の一部列車を除いてワンマン運転が行われている。なお、この区間の最終列車は下り・上りともに特急列車より早く運転が終了する。
この区間は大雨になると運転見合わせになることがある。2011年3月のダイヤ改正で、この区間のホームの嵩上げが行われ、徳島線からの乗り入れがある佃駅 - 阿波池田駅間以外の区間でも、一部列車が1000形・1200形・1500形で営業運転が行われるようになり、2016年3月のダイヤ改正で、この区間の普通列車は1000形に統一された(徳島線系統を除く)。