信楽高原鐵道列車衝突事故
有田鉄道などでは従来行ってきたJRへの定期列車乗り入れを廃止した。
また、鹿島臨海鉄道とJR東日本の間における「ビーチイン大洗ひたち」号(当初予定の大洗駅までの直通を水戸駅での接続・乗り換えに変更)など、臨時列車におけるJRと私鉄・第三セクター鉄道間の直通運転も、不測の事態への対処がしにくいということで、事故を契機に多くが中止された(投資の割に利用客が少ないという、費用対効果の面もあったとされている)。
さらに直通運転に関しては、周到な用意と訓練を行うことが求められるようになり、また従来は直通運転の相手先まで乗務員がそのまま乗務していることもあったが、事故後は自社線のみ乗務することが多くなった。
この乗務の一例を挙げると、2005年日本国際博覧会の輸送ではJR東海・中央本線 - 愛知環状鉄道線直通列車(エキスポシャトル)に関し、高蔵寺駅にて業務交代を行った。また、事故当時、北近畿タンゴ鉄道(現・京都丹後鉄道)では、乗り入れ時に運転士の交代を行っている例として、マスコミの取材を受けていたことがあった(JR宮津線時代から山陰本線との乗り入れ運転が多く、この事故後も特急は北近畿タンゴ鉄道・JR双方が相手側線区との乗り入れを継続して行っている)。
信号システムの供用開始前からトラブルはあったものの上層部への報告はなかった。また閉塞取り扱い違反や信号故障、列車遅延ならびに運休について、所轄の運輸局への報告が義務付けられているにもかかわらず、両社は必要な報告を怠った。輸送力増強の要請を受けた直後から乗り入れにあたり、JR西日本と信楽高原鐵道は会合の場を持ち、それに必要な契約は交わしたものの、写しを現業部門に交付することもなく、また契約の詳細に至るまで乗務員に周知徹底されることはなかった。それに加え両社の運転取扱心得の比較対照も行われなかったことが、後に裁判において指摘されている。教育訓練の拙さもあり、JR西日本の運転士の中には「信楽高原鐵道線内での運転取扱心得はJR西日本のものと同じ」という言葉を信じたままの者もいた。教育訓練が不十分な中で信号トラブルが相次いだが、彼らは信楽高原鐵道の信号トラブルも、また職員の代用閉塞取扱の規定違反も上役に報告することなく、その場限りとなってしまっていた。
運転指令と各列車間の連絡手段については列車無線の周波数が違うことから、JR西日本の乗務員と信楽駅ならびに対向する信楽高原鐵道の乗務員とでは、無線通話が行えなかった。このためJR西日本側では、信楽高原鐵道線への入線時に無線の電源を切り、代わりに車載の可搬式の列車電話を使うこととなっていた。
事故現場近くには慰霊碑が建てられ、事故発生日には遺族とJR西日本、信楽鐡道などによる追悼法要が行われている。事故から30年目の2021年5月14日の法要では、犠牲者の数と同じ42本の蝋燭が灯され、鉄道2社の社長が「安全の鐘」を鳴らした。JR西日本社長の長谷川一明は「事故を風化させず、教訓を引き継いでいきたい」と述べた。