広九直通列車
1993年1月、仏山~九龍直通列車の運行が開始された。当時の列車番号は九龍行きが191/194、仏山行きが192/193であった。更に1995年3月28日には仏山直通列車は肇慶まで延伸され、列車番号も九龍行きが101/104、肇慶行きが102/103に変更された。
1994年、広深線准高速化改良工事が終了し、1995年3月27日に160km/h対応の25Z系客車(中国語版)が導入された。准高速化によって、九龍~広州間所要時間は1時間45分に短縮されたが、定員が624人に減少したため、広九直通列車の切符の入手が困難となった。また、この改正の際に1日4往復の速達タイプ列車の列車番号には准高速列車を示す「“Z(准)”」の字がつけられた。同年10月8日には、東莞市内の常平駅(常平駅は1997年12月23日、東莞駅に改称されたが、2013年6月20日に常平駅に戻された)停車が開始された。これ以降広九直通列車の常平駅停車列車は増加し、(2015年10月)現在、広九直通列車の大部分は常平駅に停車する。
1996年、広九直通列車の広州での終点が天河区の広州東駅に変更された。1997年の香港返還時、広九直通列車は毎日6往復運行され、年間に輸送した旅客人数は7148万人であった。
そして2012年12月21日、25T系客車が導入されたことにより、広九直通列車の全列車が汚物タンク設置済みとなった。
2011年2月10日午後、中国政法大学資本研究センター主任の劉紀鵬が、広九直通列車に乗車して香港から中国本土に帰った際、香港区間内で劉紀鵬含む3人の乗客がトイレを利用できず、乗務員に抗議したものの聞き入れられなかった。劉紀鵬はこの出来事を自身のテンセントウェイボー(中国語版)上でつぶやき、「高速鉄道は建設できるのに、汚物処理問題を解決することはそれほど難しいことなのか?」と指摘した。このつぶやきはインターネットユーザーの注目を集め、「南方都市報(中国語版)」、鳳凰衛視等のメディアでも報道された。この問題について中国国鉄の広九客運段は2月11日、「広九直通列車のトイレ改造について現在計画中であり、また今回の事件の原因について早急に対処する」と回答し、同年4月からトイレ改造車を投入することを発表した。