雲のむこう、約束の場所
もし佐由理が目覚めれば、この宇宙はまたたく間に平行宇宙に飲み込まれるだろう。数日後、富澤は拓也を眠る佐由理に引き合わせる。絶句する拓也に、富澤は「佐由理は数日中にアメリカ本土に移送される」と語る。貴重なサンプルを戦火から守るためだ。塔をめぐるアメリカとユニオンの軍事的緊張は極限に達しており、近々、本格的な軍事衝突に発展すると予想されていた。
浩紀は青森に戻り、拓也と再会する。浩紀は拓也に「ヴェラシーラに佐由理を乗せ、塔に連れていく。そうすれば佐由理は目覚める。」と伝え、協力を求める。佐由理の目覚めはこの宇宙の消失とほぼ同義であることを知る拓也は、一度は協力を拒絶するが、葛藤の末、佐由理を軍の病院から連れ出してきた。再び団結した浩紀と拓也はヴェラシーラの完成を急ぐ。やがてアメリカがユニオンに宣戦を布告し、津軽海峡で戦争が始まる。浩紀は佐由理を後部座席に乗せ、ヴェラシーラを発進させる。
戦闘の混乱にまぎれ、浩紀のヴェラシーラは塔に接近する。夢の世界では、佐由理が目覚めの予兆に震えていた。佐由理は、夢が消えたら、夢の中で気づいた浩紀への想いも消えてしまうと悟り、この気持ちだけは失くしたくないと懸命に祈るが、目が覚めると夢でのことは全て忘れてしまっていた。そして富澤の予想通り、平行宇宙の侵食は急激に拡大し、世界は暗闇に飲まれていく。浩紀はウィルタに託されたPL外殻爆弾を投下し、塔を壊して宇宙の消失を食い止める。だが約束の場所も永遠に失われる。
十数年が経ち、大人になった浩紀は故郷の津軽半島に足をはこぶ。思い出の廃駅は昔と変わらずそこにあったが、北の空に塔はなく、そして浩紀の隣には誰もいなかった。