箱根山戦争
これに対して、駿豆鉄道は「新しい船の建造を自粛するという覚書の内容に反する」として、関東海運局に反対陳情をした。これが受け入れられないと知った駿豆鉄道は関東海運局を相手取り、横浜地方裁判所に箱根観光船の建造許可を取り消すことを求めて訴訟を起こした。それと同時に箱根登山鉄道に対しては、1956年3月10日に「自動車専用道路への乗り入れ協定を破棄する」と通告した。
これを受けた箱根登山鉄道は1956年5月2日、乗り入れ協定の破棄は無効であるとして横浜地方裁判所小田原支部に訴訟を起こした。同年5月31日には駿豆鉄道から同支部に対して箱根登山鉄道バスの運行禁止を求める仮処分を申請、それに対する箱根登山鉄道では駿豆鉄道の実力行使を想定し、箱根登山バスの運行妨害排除を求める仮処分の申請を行った。
しかし、裁判での争いだけでは済まなかった。乗り入れ協定が切れた1956年7月1日、駿豆鉄道は自動車専用道路の入口に遮断機を設置し、箱根登山鉄道の運行を実力で阻止したのである。この時点で、まだ前述した自動車専用道路の早雲山線への箱根登山バスの路線免許の問題は解決していなかった。しかし、箱根観光船の大型船が運航を開始し、このままでは箱根登山鉄道バスの路線免許が下りてしまうことを危惧した駿豆鉄道が、実力行使に出たものであった。
これによって、小田急は上場基準に達していない西武鉄道の株式を購入したことになるため、小田急では株式購入代金の返還交渉を行い、2005年(平成17年)1月にコクドから小田急に対して全額が返金された。しかし、一方の小田急でも西武の名義株問題を受けて調査した結果、上場基準への影響はないものの、グループ内に名義株問題があることが判明した。さらに、小田急は西武との代金返還交渉に影響が出ることを恐れてすぐには公表せず、同年6月になってようやく公表し、利光は小田急の会長職を引責辞任することになった。
歴史的とも言われた業務提携の発表から2年弱で両社のトップが辞任する事態となり、一連の騒動から両社間にしこりが残ってしまった可能性も指摘され、フリーパスの統合についても先行きが不透明な状況と見られていた。しかし、その後も提携の打ち切りには至らず、2009年(平成11年)には小田急電鉄、箱根登山鉄道、西武鉄道がスルッとKANSAI協議会と提携して資材の共同購入を開始し、2010年(平成22年)には箱根地区での路線バスにおいて両社共通の系統記号が設定されるようになった。また、小田急グループが行うイベント「箱根スイーツコレクション」には西武グループのプリンスホテルも参加している。
2007年3月18日よりサービスが開始されたICカード乗車券「PASMO」については、伊豆箱根鉄道、箱根登山鉄道ともにサービス開始当初からの事業者となったため、PASMOを利用することで両社のバスにも乗車することが可能になった。