マツモ科
マツモ属は特異な葉や花をもち、古くから独立のマツモ科に分類されていた。水生植物であることや形態的特徴(多数の雄しべなど)から、スイレン科に近縁であると考えられ、ともにキンポウゲ目(新エングラー体系)やスイレン目(クロンキスト体系)に分類されていた。しかし最も初期に行われた被子植物の分子系統学的研究 (Chase et al. 1993) からは、現生被子植物の中でマツモ類が最も初期に分岐したことが示唆された。ただしこのような系統的位置が高い信頼度で示されたわけではなく、その後の分子系統学的研究からは、単子葉類の姉妹群、センリョウ科の姉妹群、ANA(アンボレラ目+スイレン目+アウストロバイレヤ目)を除く被子植物の姉妹群、などのさまざまな結果が示されている。2020年現在では、マツモ類が真正双子葉類の姉妹群であるとする仮説が最も広く受け入れられているが(APG系統樹参照)、必ずしも確定的なわけではない。