ハリー・S・トルーマン
トルーマンは広島への原爆投下について1958年のCBSのインタビューで「まったく心が痛まなかった」と語り、公式的な場でも原爆投下を正当化し続けていた。だが、トルーマンは原爆投下直後に深い後悔の念を抱いていたこと、トルーマン自身が一般市民を犠牲にする行為に反対していたこと、トルーマン政権と軍の間に知られざる攻防があったことが近年明らかになった。
原爆による最大の破壊効果を得るために選ばれたのは東京湾から佐世保までの17か所であったが、その中でも広島と京都が有力候補に上がっており、「マンハッタン計画」で原爆計画の責任者を務めていたレスリー・グローブス准将は京都を推した。グローブスは「京都は外せなかった。最初の原爆は破壊効果が隅々まで行き渡る都市に落としたかった」と述べていた。しかし、陸軍長官のヘンリー・スティムソンはかつて京都を2度訪問し、原爆を投下すれば夥しい数の市民が犠牲になること、そして文化的・宗教的重要性から日本人の対米感を決定的に悪化させ、戦後政策に重大な影響を及ぼすことを認識していたためこの案を却下した。一方、グローブスはスティムソンとの面会から1か月後、京都に軍事施設があるという報告書を作成し、京都駅や絹織物の糸を作る紡績工場を軍事施設として報告していた。京都への投下は国益を損なうと考えていたスティムソンはグローブスの提案を認めようとはしなかった。
1945年7月16日、ニューメキシコ州で世界初の原爆実験が成功した。
タフツ大学の歴史家マーティン・シャーウィンは「トルーマン大統領がジョセフ・グルーの助言を受けていれば、アメリカ軍兵士と日本人の犠牲者の数は大幅に削減されたことであろう」と語っている。グルーは、皇室維持条項を含む最後通告を1945年5月の段階で発していたなら、日本は6月か7月に降伏していたので原爆投下は必要なかったと述べている。
映画監督のオリバー・ストーンは、トルーマン政権内では多くの軍幹部が空襲を受けて疲弊し、降伏寸前だった日本に原爆を使っても意味が無いと進言していたが、それでも耳を貸さなかったのは、対日参戦へと動いていたソビエト連邦を牽制するためでは無かったのかと批判している。
オリバー・ストーンと共に『オリバー・ストーンが語るもうひとつのアメリカ史』を手掛けたピーター・カズニック歴史学教授によると、年配の世代の人たちはトルーマン大統領は英雄だったと信じているのは「原爆投下によって、戦争を早く終わらせ、100万人のアメリカ兵の生命が救われた」という「原爆神話」を信じているためであり、同教授が講演で第二次世界大戦当時の7人のアメリカ軍最高幹部のうちの6人までが原爆投下は不要か道徳的ではないと言っていたと話すと、これを聞いた退役軍人らは衝撃を受けると述べた。またカズニックは前述のウィリアム・リーヒ同様に、トルーマンが日本がソ連に和平仲介したことを意図的に無視したことを批判している。広島・長崎に原爆を投下した真の狙いはソ連が参戦する前に日本の降伏を促すため、またソ連に対して「第二次世界大戦後のアメリカの勢力圏を守るという時にはアメリカは歴史上最も残虐な行為も厭わないということ」を警告するためであり、原爆が勝利をもたらしたというのは「神話」であり実際にはソ連対日参戦が日本が降伏する決定打だったと主張している。
私はこのような戦い方を訓練されていないし、女性・子供を虐殺して戦争に勝ったということはできない」と述べている。またリーヒはトルーマンに対して無条件降伏に固執せず、被害を大きくするべきでは無いと意見していた。
ジェームズ・フォレスタル海軍長官、ジョージ・マーシャル陸軍参謀総長、ジョン・マクロイ陸軍次官補も無警告の原爆投下には反対をしていた。海軍作戦本部長のアーネスト・J・キングも反対をしていた。1945年7月12日にシカゴ大学冶金研究所で、原爆の対日使用に関するアンケートがあった。それによると、科学者150人のうちの85%が無警告での原爆投下に反対を表明している。7月17日にもシラードら科学者たちが連名で原子爆弾使用反対の大統領への請願書 (シラードの請願) を提出したが、原爆投下前に大統領に届けられることは無かった。しかし実際には、レスリー・グローブス陸軍少将らが請願書を手元に置き、大統領には届かないように妨害した。
ジョセフ・グルー国務次官とジョン・マクロイ陸軍次官補は、天皇による統治(国体護持)の保証があれば日本に降伏する用意があることを知っており、ソ連に対する威嚇のために原爆投下を強行に主張するバーンズと正反対の路線であった。マクロイはトルーマンに、日本への原子爆弾投下という暗黙の脅しと国体護持の保証をセットにした降伏条件を提示するよう助言した。そうすれば、日本への本土侵攻を回避するために原爆投下が必要になったとき、アメリカが道徳的に優位に立てると主張したのである。しかし、マンハッタン計画の責任者の一人だったバーンズ国務長官はポツダム会談に向かう船の中で、マクロイの助言を無視するようトルーマンを説得した。