後三条天皇
中宮:馨子内親王(西院皇后)(1029年 - 1093年)- 後一条天皇第二皇女
東宮御息所(贈・皇太后):藤原茂子(滋野井御息所)(? - 1062年) - 藤原公成女、藤原能信養女 第一皇女:聡子内親王(1050年 - 1131年) - 一品准三宮 第一皇子:貞仁親王(白河天皇)(1053年 - 1129年) 第二皇女:俊子内親王(樋口斎宮)(1056年 - 1132年) - 二品、伊勢斎宮 第三皇女:佳子内親王(富小路斎院)(1057年 - 1130年) - 二品、賀茂斎院 第四皇女:篤子内親王(1060年 - 1114年) - 賀茂斎院、堀河天皇中宮
女御:源基子(1047年 - 1134年) - 源基平女 第二皇子:実仁親王(1071年 - 1085年) - 白河天皇皇太弟 第三皇子:輔仁親王(1073年 - 1119年)
女御:藤原昭子 - 藤原頼宗女
掌侍:平親子 - 平経国女 皇子:藤原有佐(? - 1131年) - 藤原顕綱の養子として育つ
陵(みささぎ)は、宮内庁により京都府京都市右京区竜安寺朱山の龍安寺内にある圓宗寺陵(円宗寺陵:えんそうじのみささぎ)に治定されている。宮内庁上の形式は円丘。
また皇居では、皇霊殿(宮中三殿の1つ)において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。
後三条天皇は桓武天皇を意識し、大内裏の再建と征夷の完遂を打ち出した。さらに大江匡房らを重用して一連の改革に乗り出す。1069年(治暦5年/延久元年)には画期的な延久の荘園整理令を発布して記録荘園券契所を設置し、1070年(延久2年)には絹布の制、1072年(延久4年)には延久宣旨枡や估価法の制定等、律令制度の形骸化により弱体化した皇室の経済基盤の強化を図った。特に延久の荘園整理令は、今までの整理令に見られなかった緻密さと公正さが見られ、そのために基準外の摂関家領が没収される等(『後二条師通記』に記載有り)、摂関家の経済基盤に大打撃を与えた。この事が官や荘園領主、農民に安定をもたらし、『古事談』はこれを延久の善政と称えている。一方、摂関家側は頼通・教通兄弟が対立関係にあり、外戚関係もなかったために天皇への積極的な対抗策を打ち出すことが出来なかった。
大江匡房は『続本朝往生伝』において「聖化被世、殆同承和延喜之朝」「和漢才智、誠絶古今」「文武共行、寛猛相済」の評語を下し、わずか5年の間に国家を淳素に戻し人に礼儀を知らしめ、民は今日に至るまでその恩沢の賜りを受け、太平の世近きにおいてはかの世に見ると叙述した。