鴨緑丸
翌12月14日未明に航行を再開した「鴨緑丸」は前述のように第38任務部隊艦載機の猛攻により沈没した。茶園義男の調査によれば、「鴨緑丸」空襲時の死者492人・オロンガポ待機中の死者10人・サンフェルナンドでの殺害15人・台湾到着までの死者8人・「江ノ浦丸」空襲時の死者400人・門司到着までの死者75人となっている。また、都子野大尉の手記によれば、「鴨緑丸」からの捕虜退去中に激しい空襲を受けた際、捕虜が乗船中であることを示そうとシーツで甲板に“PW”(捕虜の略語)の文字を書いたが爆撃と機銃掃射は続き、捕虜とともに大声を上げて手を振るなどするうちに、艦載機のうちの1機が気付いて翼で僚機に対して合図を送り、これによりようやく「鴨緑丸」への攻撃が止んだ。待機場所のオロンガポには陸軍部隊が不在で、海軍部隊と交渉を重ねて若干の米と塩を借用し、炊事が空襲で妨害されるためやむを得ず生の状態で捕虜に支給したという。ヒ72船団における輸送船「楽洋丸」(南洋海運、9,418トン)やマタ30船団における輸送船「阿里山丸」(三井船舶、6,886トン)での事例とは異なり、「鴨緑丸」からは多くの捕虜が脱出に成功したが、脱出した捕虜の前途には数々の苦難が待ち受けていた。
沈没時、「鴨緑丸」には日本人乗船者のほかに、1619名あるいは1622名の連合軍兵士などの捕虜が乗船していた。内訳は以下のとおりであった。
アメリカ軍兵士および抑留中のアメリカ国民:1556名
イギリス軍兵士:35名
オランダ軍兵士:15名
アメリカ軍協力者:16名
それより先のレイテ島の戦いが始まったころ、これまでカバナツアン(英語版)とダバオにいた捕虜および抑留者が、日本への最終輸送を目的としてモンティンルパのニュー・ビリビッド刑務所に集合させられた。最終的に日本へ輸送する段階になった時、捕虜らは長時間かけて徒歩によりビリビッドからマニラに移動する。比島俘虜収容所本所所長、第十四方面軍兵站監として捕虜の処置に関わっていた洪思翊陸軍中将は、のちにマニラ軍事法廷で徒歩で移動させたことを認めているが、一部はトラックで輸送したことも証言している。長期の徒歩による連行の末にマニラに到着した捕虜らは、マニラ港第7桟橋から「鴨緑丸」に乗船した。この由来から、マニラ港第7桟橋は「ミリオンダラー・ピア」との俗称がつけられた。
一連の「捕虜虐待」は、連合国軍によりBC級戦犯事件として裁かれた。洪中将はマニラ軍事法廷で起訴され、「鴨緑丸」撃沈時の捕虜60名に対する虐殺・虐待の訴因につき有罪判決が下り、絞首刑に処せられた。現場責任者の都子野大尉も「鴨緑丸」への空襲から門司到着までの一連の虐待行為について横浜軍事法廷で起訴され、判決では大部分の訴因につき無罪となったものの、サンフェルナンドでの16名の捕虜殺害につき有罪と認定され、死刑が宣告された。都子野とともにサンフェルナンドでの虐殺に加担した和田通訳も処罰された。和田は捕虜に十分な食糧、水および医療を施すことを上司の圧力によって無視し、結果的に多数の捕虜を死に至らしめたことが有罪となった。和田は裁判で重労働の刑を言い渡され、その他捕虜の警戒にあたっていた高砂義勇隊の兵も懲役刑に処せられた。船長とされた者に関しては、「残虐行為を防ぐための機会がなかった」として無罪となった。茶園義男によれば、横浜軍事法廷では都小野以下9人が「鴨緑丸」関係で起訴されたうち、死刑2人・終身刑1人・有期刑3人・無罪3人となっている。都子野は1948年(昭和23年)8月21日に巣鴨プリズンで絞首刑に処された。
山本は「鴨緑丸」の一件が、洪中将をめぐる裁判において「検察側・弁護側の攻防戦の中心」になったと見ている。