シン・ゴジラ
演 - 加藤貴宏
泉政調副会長公設第二秘書。
ロケ地となった東京都大田区では、本作品の公開に合わせた地域PR施策が行われた。大田区商店街連合会によるゴジラモチーフのフラッグ掲出、区内銭湯でゴジラシリーズのポスター展示がされ、銭湯・大田黒湯温泉第二日の出湯では2016年7月から11月初旬までの期間限定で、銭湯ペンキ絵師田中みずきによるシン・ゴジラをモチーフとしたペンキ絵が壁面に描かれた。
演 - 鶴見辰吾
統合幕僚副長。市ヶ谷の中央指揮所においてゴジラ対策の現場指揮・検討に携わる。
演 - 野口雅弘
気象庁次長。
演 - 久ヶ沢徹
統幕防衛計画副部長。
演 - 中田裕一
46歳。里見臨時内閣の農林水産大臣兼海洋政策担当大臣に就任する。
はやなみ型巡視艇「はまなみ」 - 羽田沖で漂流中のプレジャーボートの救援に向かう。
ユーロコプター EC 225「いぬわし」 - 羽田沖の水蒸気煙の状況をヘリテレ装置で撮影する。
演 - 谷口翔太
防衛省統合幕僚監部防衛計画部防衛課長。同「厄介者」。
ゴジラ撃退のための作戦立案・部隊運用計画を担当する。
ヤシオリ作戦決行時は矢口と共に前線に参加している。
正式名称は巨大不明生物特設災害対策本部。泉修一の力を借りて矢口蘭堂が設立した、民間や各省庁のエキスパートが結集した巨大不明生物(ゴジラ)に対応する組織である。首相官邸機能の立川への移管後は、名称が巨大不明生物統合対策本部へと変更された。
演 - Gil
横田基地司令官。
演 - スミス・スティーブン
米軍大佐。
演 - 鳥山昌克
第32普通科連隊長。九段の科学技術館屋上において、ヤシオリ作戦の陣頭指揮を執る。
演 - 小林健一
演 - 塚本晋也
国立城北大学大学院生物圏科学研究科准教授。同「学界の異端児」。
生物科学の専門家として、ゴジラの生態解析を担当する。立川のゴジラに対する数々の疑問を足掛かりに次々とゴジラの生態や性質を解明、「ヤシオリ作戦」の目処を立てるのに立川と共に大きく貢献した。パソコンなどの電子情報機器を使わず常に一人中央の卓で作業していた。
演 - 神尾佑
里見臨時内閣の内閣総理大臣臨時代理秘書官(外務省)。
米軍の爆撃で得られたゴジラの組織片の分析より、今後ゴジラは無性生殖により個体増殖してネズミ算式に群体化する可能性や、個体進化により小型化や有翼化して大陸間を超えて拡散する可能性などが示唆されたほか、2週間後には活動を再開することが予測される。活動を再開すれば米本土への上陸も有り得るとのデータを受け取った米国は、国連での外交工作を行い、国連安保理はゴジラの処理の管轄を米国がするとともに、ゴジラの処分に熱核兵器の使用を決議、多国籍軍による核攻撃プランの策定が開始される。同時に、人道的配慮によって住民360万人の疎開が行われる。
巨災対は熱核攻撃ではなく矢口プランによるゴジラ停止の完遂を切望するが、ゴジラの細胞膜の分子構造には元素変換能力があり、熱核エネルギー変換生体器官を内蔵した混合栄養生物であると推測され、血液凝固剤を無力化される懸念が生じてしまう。その直後、それまで謎だった牧の解析表の解読の糸口が見つかり、解読・解析結果からゴジラの細胞膜の活動を抑制する極限環境微生物の分子構造が得られる。それを抑制剤として血液凝固剤と併せて経口投与することで、性質を維持して活動凍結することが可能であった。国連軍の熱核攻撃開始が間近に迫る中、矢口プランは「ヤシオリ作戦」と改名され、日米共同作戦として開始される。まず、無人運転の列車を使った爆弾(N700系新幹線を使用した無人新幹線爆弾、E231系およびE233系を使用した無人在来線爆弾)でゴジラを覚醒させ、次にエネルギー消耗のみを狙った米軍の無人攻撃機群による攻撃が、ゴジラが熱線を出せなくなるまで続く。熱線が途切れたところを付近の高層ビルをゴジラに向けて爆破・倒壊させ、ゴジラを転倒させる。
無人新幹線爆弾 - 「ヤシオリ作戦」第1段階で陽動として使用。新幹線N700系電車を流用
ホイールローダー - 「ヤシオリ作戦」最終段階で使用。
コンクリートポンプ車 - 「ヤシオリ作戦」最終段階で使用。
タンクローリー - 「ヤシオリ作戦」最終段階で使用。
無人在来線爆弾 - 「ヤシオリ作戦」最終段階で全車投入される。E231系・E233系電車を流用。
演 - 大迫一平
内閣広報官。