SSCP
試料DNAは二本鎖DNAが乖離して、それぞれのDNA鎖が高次構造を形成することから、電気泳動法では2種類の産物が別々に検出される。
完全に同じ配列の一本鎖DNAは同じ高次構造を形成するため電気泳動における移動度は等しくなる。 一方、僅かでも塩基配列が異なると、その一本鎖DNAが形成する高次構造は著しく変わり電気泳動における移動度も異なる。 すなわち、塩基配列の全長(塩基数)が同じであっても、その配列中に僅かな差異(変異・多型)があると、 電気泳動における移動度の差異、すなわち電気泳動パターンの違いにより検出することができる。
完全に同一の塩基配列を持つDNAであっても、その高次構造は温度、緩衝液の種類などの条件により変化することから、 SSCPによる遺伝的変異、多型性の検出においては温度制御の可能な電気泳動装置を使用することが必要である。