滝乃川学園
このとき、慈善事業に理解が深かった渋沢は、「石井さんには、園児たちの教育に専念してもらい、学園の経営は私たちで何とかする」と言ってみずから理事長の職を引き受けたのであった。
その後、1928年には、成人した学園生が自活のために働ける農場を提供するため、現在地の北多摩郡谷保村(現・東京都国立市)の大隈重信が別荘予定地としていた8,000坪近い土地を新たに取得し、法人本部事務所と児童研究所など一部の施設を残して、再移転した。この移転は、園児や園生に最適な環境を提供したり、無医村であった当地に常勤医と診療所を有する学園が移転したことで地域医療に貢献した一方、新たな土地の購入資金とするはずであった巣鴨の土地の売却が難航し、学園の財政に過大な負担を生じさせることになった。
1934年には学園本館において日本精神薄弱児愛護協会(現・日本知的障害者福祉協会)が創立され、学園長の石井が初代会長に選出された。1937年には秩父宮雍仁親王と勢津子妃が学園を訪問し、事業を視察した。
しかし、皇室や篤志家からの支援を受けても学園の経営状況は好転せず、1929年頃から始まった昭和恐慌により、先述の土地取引の失敗など、学園は多額の負債を抱えることとなり、理事長の渋沢栄一も死去する。さらに、秩父宮夫妻来園の年、創立者で初代学園長の石井亮一も死去し、学園は再び大きな困難に直面する。この頃、学園は金融機関や教団(日本聖公会)からの借入金の返済に窮しており、後任の学園長についても、候補者に次々に固辞される有様であった。学園の存続はたちまち危機に瀕したが、亮一の死から4ヵ月後の10月16日、やむなく夫人の石井筆子が夫の遺志を継いで、第2代学園長に就任、存続を決定した。筆子は、事実上破綻状態に陥っていた学園の経営を、「他の方にお願いするわけにもいかない」と、みずから学園長就任を決断した。
戦時中は、食糧難で園児たちにも餓死者が出たほか、職員や軽度障害の園生が徴兵され、出征、戦死するなどの苦難があった。さらに終戦の前年、第2代学園長の石井筆子が死去し、学園の経営に追い打ちをかける。しかし、皇太后(貞明皇后)をはじめ、支援者たちの尽力により、戦時下の危機を乗り切った。しかし、筆子亡き後、第3代学園長の渡辺汀が程なくして他界し、第4代理事長の沢田廉三、第4代学園長の渡辺八郎が相次いで公職追放に追い込まれる事態となる。学園当局は、沢田理事長の妻・沢田美喜に学園長就任を打診するも、美喜はエリザベス・サンダースホームの開設準備に追われており、学園からの要請を辞退した。