宗教系旧制専門学校
敗戦後の1945年12月、占領軍による改革のなかで前記の文部省訓令12号は廃止され、宗教系学校における宗教教育が公認され、学校内での祈りや説教が許容されることになった。また1949年の学制改革により多数の新制私立大学の設立が認められることになった。このような動きのなかで、既存の宗教系大学は戦前は認められなかった神学部・仏教学部を次々に設置し、また宗教教育を維持していたがために旧制大学への昇格を阻まれていた専門学校のほとんども新制大学への昇格を果たした。
先述の通り神道系学校は制度上「宗教学校」とはみなされてはおらず、その点でここまで述べてきたようなキリスト教系・仏教系とは性格が異なる。
神宮皇學館(官立)(神道・1882年4月・皇學館大学(私立)) 内務省所轄学校として設立。 1903年8月:専門学校令に準拠。 1940年4月:大学令による神宮皇學館大学(官立・旧制)に昇格。
皇典講究所(神道・1882年8月・國學院大學) 神道教導職により設立。 1890年7月:高崎正風により國學院に改組され設立。 1904年4月:専門学校令に準拠。 1906年9月:國學院大學と改称(専門学校令)。 1920年4月:大学令による國學院大學に昇格。
上智学院(イエズス会・1911年4月・上智大学) 1913年3月:上智大学に改称。専門学校令に準拠。 1928年5月:大学令による上智大学(旧制)に昇格。