System Shock
野望を阻止されたSHODANは、乗組員に対して用いた遺伝子を変異させるウイルスを地球に送り込もうと企むものの、主人公がウイルス培養ポッドを廃棄したため、行動は失敗に終わる。
またもや主人公によって野望を阻止されたSHODANは、自身を地球のコンピュータネットワークにダウンロードすることを企むが、Rebeccaが機転を利かせたこともあって、転送用のアンテナを破壊される。その直後、彼女はTriOptimum 社に宇宙ステーションの破壊を打診したことを伝え、主人公に破壊方法を教える。必要なコードを入力した主人公は、Citadel Stationの自爆装置を起動させ、脱出用ポッドの場所へ向かう。しかしそこにはSHODANによって強力なサイボーグとなったDiegoが立ちはだかっていた。Diegoを倒した主人公は脱出しようと試みるが、SHODANにポッドの射出を妨害される。SHODANは主人公を閉じ込めようとするものの、ブリッジがSHODANごと安全な場所へと射出される。Rebeccaは主人公にブリッジに行けば大丈夫だと言われるが、SHODANが通信を妨害する。主人公がブリッジへ向かった直後にステーションは爆発する。脱出時、SHODANの妨害信号を分析していた技師から通信が入り、SHODANのメインフレームは堅いシールドで守られているため、SHODANは仮想空間でしか倒せないと教えられる。主人公はメインフレームの近くにターミナルを設け、SHODANと戦う。戦いの後、 TriOptimumに入社しないかと持ちかけられるが、主人公は、ハッカーとしての自由な生活を送りたいとしてその頼みを断る。
本作は、3DCGで構成された世界をプレイヤーが一人称視点で動き回るというシステムになっている。なお、3DCGが用いられているのは主に地形であり、敵などのグラフィックは2Dで制作されている。このゲームのインターフェースは、「自由に動かせるマウスカーソルの存在(ポイント・アンド・クリック)」、「プレイヤーの視界を担うヘッドアップ表示装置」という点で共通するUltima Underworld: The Stygian Abyss(英語版)としばしば比較される。この表示装置はプレイヤーの操作するハッカーの動きに合わせて上下左右に動き、落ちているアイテムを拾って自分のものにできたり、近づいてくる者を知らせてくれる。また、これ以外にも表示装置の画面上には、計測器や地図といったウィンドウがいくつか存在する。
ゲームの主な舞台であるCitadel Stationは何層にも分かれた宇宙ステーションで、プレイヤーは探検しながら敵を倒したり、パズルを解いていく。プレイヤーは音声ログを聴き、記録用ディスクを読み、電子メールを受け取りながら情報を得る。NPCがプレイヤーに直接通信することはない。ゲーム中には仮想空間に入れるコンピュータのターミナルが存在する。