イナズマイレブン3 世界への挑戦!!
前作では秘伝書が存在せず、覚えられる選手も限られる必殺技が多数存在したが、本作ではほぼ全ての技に秘伝書が存在する。また、前作にはパートナーがほぼ固定されている技が存在したが、本作ではそのような制限は撤廃され、代わりの条件が決められている。 「ワープドライブ」や「シグマゾーン」など、前作ではほぼエイリア学園の選手しか覚えられない技は威力の割に消費TPが非常に低い傾向にあったが、本作では撤廃され、威力相応のTPになっている。 「バーニングフェーズ」の時間が大幅に減少。
オープニング - 気合いでハリケーン 歌:T-Pistonz+KMC エンディング ‐ マジカルフューチャー 歌:Berryz工房
対戦トーナメントを追加。3回勝利して優勝すれば、さまざまなアイテムを獲得できる。 ルシェの超次元トーナメントが追加。また、瞳子のいる場所が「サッカー協会」から「星の使徒研究所駐車場」に移動。 セントラルパークに「経験値アップコース」追加。さらにパスワードを入力することで「スーパー経験値アップコース」が開放される。