ユカタン共和国
1841年10月1日にクーデターでアナスタシオ・ブスタマンテ大統領を排除したサンタ・アナは、メリダ出身のアンドレス・キンタナ・ロー(英語版)に依頼して、ユカタンをメキシコに復帰させるための交渉を行わせた。キンタナ・ローの交渉は成功し、1841年11月28-29日に条約が締結されたが、それによればユカタンは独自の税関と関税を維持し、ユカタン共和国の港には引きつづき自由に品物を通関させることを認める、などの特権が認められた。
しかしメキシコ中央政府はこの条約を無視し、ユカタンがメキシコに統合されてタクバヤ綱領を完全に認めることを要求した。ユカタンはサンタ・アナによって制定されたすべての法に従属する必要があった。また当時メキシコはテキサス共和国との戦争中であったため、ユカタンがテキサス共和国との関係を断ち切ることを要求した。いくつかの外交的交渉が行われたがすべて失敗した。
メキシコは武力に訴え、1842年8月に4隻の軍艦によってカルメン島(テルミノス湖の島、今のカンペチェ州カルメン)を占領した。ここを根拠地として(当時はメキシコとユカタンを結ぶ陸路は存在しなかった)メキシコ軍はチャンポトン(英語版)を占領し、ついでカンペチェを取ろうと試みたが失敗したため、州都メリダへ向かった。
1617年にヌエバ・エスパーニャのユカタン総監領 (es:Capitanía General de Yucatán) が成立したが、副王のもとで多少の自治が認められていた。その範囲は今のユカタン州、カンペチェ州、キンタナ・ロー州、タバスコ州のほか、グアテマラのペテン県北部とベリーズに相当する地域が含まれていた。1786年にブルボン改革の一環としてインテンデンシア制が導入され、同地域はユカタン・インテンデンシアになった。
1810年にミゲル・イダルゴがドロレスの叫びを発し、メキシコ独立革命戦争がはじまった。1821年にアグスティン・デ・イトゥルビデおよびビセンテ・ゲレロはイグアラ綱領を発して新国家の目標を「宗教、独立、統一」の3つの保証と定めた。1822年7月21日にイトゥルビデはメキシコ第一帝政の皇帝アグスティン1世として即位した。
しかしメキシコシティから遠く離れたユカタン地方では独立革命の影響は限定されていた。ユカタンの知識人はメリダのサンフアン教会でスペインからの独立のための会議を定期的に開き、教会の名前からサンフアニスタ (es:sanjuanistas) と呼ばれた。1812年にカディス憲法が公布されると、サンフアニスタの勢力も増大した。しかし1814年にフェルナンド7世はカディス憲法を破棄し、サンフアニスタは粛清されて逮捕・投獄された。