アステラス製薬
2005年 4月1日 - 山之内製薬と藤沢薬品工業が合併し、アステラス製薬株式会社に改称。併せて、山之内製薬・藤沢薬品工業のグループ会社の統合や業務移管による再編、社名変更を行った(なお、富山フジサワ株式会社〈後のアステラス富山株式会社〉と静岡フジサワ株式会社〈後のアステラス静岡株式会社〉の社名変更は同年10月1日に行われた)。 5月16日 - 旧藤沢薬品工業から展開していた医療関連製品(研究用試薬・臨床検査用試薬)事業からの撤退を発表(臓器保存液「ビアスパン」の取り扱いは継続)。 9月30日 - 医療関連製品事業撤退に伴い、研究用試薬の販売を製品毎に日本ベクトン・ディッキンソン社並びにアボットジャパン株式会社へそれぞれ移管。
2006年 4月1日 - 原薬関連事業を分社化し、アステラスファーマケミカルズ株式会社を設立(2011年4月にアステラス富山株式会社と共にアステラス東海株式会社へ合併され、アステラス東海株式会社はアステラスファーマテック株式会社に商号変更)。 4月13日 - ゼファーマ株式会社を第一三共株式会社に譲渡、医療用医薬品に特化(ゼファーマ株式会社は2007年4月1日に第一三共ヘルスケア株式会社へ吸収合併)。
2008年10月1日 - つくば研究センター(御幸が丘)新研究棟竣工。
2013年 4月 - 本社を日本橋アステラス三井ビルディング(東京都中央区日本橋本町二丁目5番1号)へ移転。 5月29日 - 世界最大の独立バイオテクノロジー企業であるアムジェン社との間で、日本国内における戦略的提携に関する契約を締結。
2022年4月1日 - アステラスファーマテック株式会社及びアステラスグリーンサプライ株式会社を吸収合併。
アステラスビジネスサービス(人事総務設備部門)
藤沢ビジネスサービスを存続会社として、藤沢設備サービスを吸収合併し、旧山之内製薬の関連会社4社(山之内東京テクノビジネス・山之内筑波テクノビジネス・山之内ライフビジネス・山之内情報センター)の人事総務設備関連部門を継承。
アステラス総合教育研究所(研修部門)
フジサワプログロースが山之内東京テクノビジネスの研修部門を継承し、アステラス人材開発サポートに商号変更。後に現在の社名に変更。
アステラスリサーチテクノロジー(研究サポート部門)
藤沢テクニスが山之内東京テクノビジネスと山之内筑波テクノビジネスの研究サポート部門を継承し、アステラスリサーチサービスとなる。2007年10月に現在の社名に変更。
アステラス営業サポート(営業サポート部門)
山之内情報センターを存続会社として、旧藤沢薬品の関連子会社2社(ビジネスフォース・診療新社)を吸収合併。
ロータスエステート(不動産部門)
アステラス分析科学研究所(分析部門)
アステラス・アムジェン・バイオファーマ
2013年5月に当社とアムジェン社との戦略的提携に基づいて同年10月に事業を開始した当社とアムジェン社の協同によるバイオ医薬品の開発を行う合弁会社。
2016年6月、英国製薬産業協会(ABPI)は、アステラス製薬が「意図的に処方薬コード実務機構(PMCPA)を錯誤させた」との訴えを受け、英国内で1年間の営業停止処分を下した。特に「真正諮問委員会」と説明した会議の性質を明確にしなかったことが問題とされた。
2017年5月、ABPIはアステラス製薬が看護師の監督と訓練を適切に行わず、医薬品の処方情報を完全に提供ていなかったことを把握して、営業停止をさらに12か月延長した。また、6月には、8種類の製品について、「重篤副作用や一般的副作用、警告、予防措置に関する必要な処方情報が含まれていない大量の宣伝資料を作成し、何年ものあいだ使用した」として懲戒処分を受けた。
2018年12月、PMCPAは、アステラス製薬が英国の病院の上級臨床医に「研究資金を不適切に与え」て投薬手順を採用させ、芳しくない臨床結果を齎して、3年も経ないうちに病院がその手順を放棄せざるを得なくなったという訴えを受け、調査を行った 。