PL学園中学校・高等学校
2013年4月9日には、高野連・西岡宏堂審議委員長より2013年2月23日午後10時頃、2年生4人が、1年生1人を寮内にて殴る蹴るの暴行を加えたため救急車が出動し、病院送りにしたことが明らかにされた(学年は共に事件当時)。これにより日本学生野球協会審査室会議にて2013年2月24日から8月23日までの6ヶ月間の対外試合禁止処分が決まった。河野は2001年の活動停止処分を受けた際の監督でもあったがその後退任し、4月16日付でPL教団職員に異動した。
かつての教団や教祖であり野球ファンだった御木徳近(1983年に死去)は名門野球部を広告塔として最大限に支援していたが、PL教団は度重なる不祥事や教団幹部の代替わりによる内部の運営体制の変化により次第にトラブル続きの野球部に対して厳しい態度で臨むようになり、野球部の体質改善を積極的に行った。まず、野球部専用の寮であった「研志寮」が2001年のいじめ問題発覚後に「閉鎖的な野球部寮に問題がある」という理由で2002年3月末限りで廃止され、同年4月以降は野球部員も一般生徒と同じ寮で生活している。また全寮制の廃止もあり、通学可能な地域に居住している部員は自宅から通学している。研志寮の建物はPL学園小学校の「小学SC寮」に転用され改装されたが、老朽化に伴い2019年に解体された。
2022年度現在、高校は3学年合わせて75人、中学校も同じく43人しか生徒がいない状況である。
入学に際しては、生徒本人と保護者に対してパーフェクト リバティー教団への入会と信仰が必須条件になる。ただ、以前は入学と同時に名目的に入信し、教団のアミュレットを購入する程度でも問題がなかったものが、2016年度より大きく方針を転換し、一般的な仏教における仏壇に相当する「お神霊(みたま)」を自宅に持つ家庭の生徒以外の受験を認めない方針となった(なお、学校側では「入試制度に変更があったわけではありません」としている)。古くからPL学園を取材するジャーナリストからは、入学希望者の急減の理由の一つにこの方針転換があると指摘されており、OBからは「教団は学園を布教師の育成学校にしようとしている」との声もある。
校舎や寮の老朽化も問題となっており、2号館/4号館/図書館/剣道場/金剛寮/葛城寮の6施設が耐震性の基準を満たさないとして文部科学省及び大阪府から改善を求められ、学校側は「寮を除く4施設については2022年度をもって未使用化する」ことを決めている。ただ寮についてはフロアを限定しつつも使用を継続しており、建て替えの予定もない。