JR九州787系電車
JR九州の鉄道事業本部長(当時)として本形式の開発に携わった川﨑孝夫によれば、デザインを担当した水戸岡は当初、本形式の名称を「RED EGG EXPRESS」とし、愛称として「REE」(リー)を採用する意向を示していたという。車体の塗装もJR九州のコーポネートカラーである赤色になる予定であった。
これに対し、当時のJR九州社長である石井幸孝は肯定的な反応を示したが、川﨑は「RED EGG EXPRESS」は日本の列車名としては考えにくい名前で、英語名ではスラングになる可能性もあると考えていた。そこでアメリカ合衆国総領事館に問い合わせたところ、「その英語はスラングではないが、なぜ日本の列車なのに英語名を使うのか」との返答があり、これが列車名を日本語に転換する契機となった。
その後、JRグループ各社から了承を得て「つばめ」の名称を復活させることが決定すると、本形式の塗装も変更されることになった。水戸岡は黒色を主張していたが、視認性の問題を考慮した結果、最終的にはグレーが採用された。
普通鋼製で、屋根上など腐食しやすい箇所についてはステンレス鋼を使用している。乗降扉の横幅は783系から200mm拡大され900mmとされた。駅ホーム高さの低い路線にも入線するためステップは引き続き設置された。バリアフリー関連設備が設計変更されたモハ787形200番台および300番台では乗降扉の幅が1,000mmに拡大されている。
塗装はグレー濃淡のツートンカラーとなり、各所に「TSUBAME」のロゴが配置されている。また車体側面の車両形式・車両番号表記も、「数字または文字を1文字毎に四角で囲む」表記が初めて採用され、これが以降の水戸岡デザインの特徴となる。ただし、妻面の配置区所・形式・自重・定員表記などは従来どおり国鉄書体で表記されている。
前面は2次車以降では運転席正面の窓下に手すりが取り付けられている他、根元の部分に窪みが見られる。手すりは後年、1次車にも追加で取り付けられた。
なお、1999年(平成11年)以降に落成した車両には当初から車端部に転落防止幌が設置されていたが、それ以前の車両についても後年設置されている。