両統迭立
13歳の後伏見にはまだ皇子がなく、伏見の第4皇子富仁親王(5歳)が皇太子となった。2つに分裂した王家がさらに分裂する可能性が生じ、伏見は持明院統の分裂を防止するため富仁を後伏見の猶子とする措置をとっている。大覚寺統では、すでに後二条には正安2年(1300年)に第1皇子邦良親王が生まれて将来の皇位継承が予定されていたにもかかわらず、亀山が乾元2年(1303年)に生まれた自分の皇子恒明親王を偏愛するあまり、邦良に代えて恒明を皇位につけることを後宇多と伏見に約束させて、さらなる皇統分裂の種を蒔いた。
嘉元2年(1304年)に後深草が62歳で死去、翌嘉元3年(1305年)には亀山が57歳で死去し、両統迭立は第2世代の時代に入った。それに先立つ正安4年(1302年)、伏見は2年前に死去した室町院より相続した持明院を新たな御所とした。一方、後宇多は徳治3年(1308年)になって大覚寺を再興して自らの御所とした。近藤成一の研究によれば、後深草・亀山両院の存命中はそれぞれ冷泉富小路殿と冷泉万里小路殿を拠点としており、「持明院統」「大覚寺統」の名称の由来となった持明院と大覚寺は自己の系統を新たな皇統として位置づけることに成功した伏見と後宇多という第2世代を象徴する殿舎であったと指摘している。
両統迭立の影響は芸能面にも見られるようになる。豊永聡美の研究によれば、後鳥羽天皇が愛好した影響により、鎌倉期よりそれまでの笛に代わって琵琶が天皇の教養として必須の楽器となっており、後深草もその例に倣って琵琶を習得していたのに対し、亀山は笛を重んじた。これは亀山が皇位継承者として浮上する以前から笛を習得していたことに加えて何らかの政治的判断も働いた可能性がある(後深草も亀山の了承を得た上で、持明院統の笛説を天皇家代々の藤井流から地下官人の大神氏に伝わる大神流に切り替えている)。
クウェートは、サバーハ家が首長(アミール)の称号を名乗り統治している君主国である。現在の地に建国され初代サバーハが首長に選出されたのは1756年である。もとはオスマン帝国の宗主権の下にあったが、1899年、第7代首長ムバラクがイギリスの保護国となることでオスマン帝国の支配を脱した。ムバラクはサバーハ家中興の英主とされ「大アミール」と尊称される。その後1961年にはイギリスの保護下から離れ独立国となっている。
ムバラクのあと、長男ジャービルが第8代、次男サリームが第9代の首長となり、さらにジャービルの息子アハマドが第10代を継いだ。その後、ジャービルの子孫とサリームの子孫がほぼ交互に首長の位につくことが慣行となってきた。歴代の首長の出身家系は次のとおりである。
2006年に首長ジャービルが長い闘病の末に死去、皇太子サアドがただちに首長位を継承したものの、サアドもすでに高齢かつ病身で、首長としての公務に耐えられる状態ではなかった。もともと近年クウェート政界ではサリーム系王族よりもジャービル系王族の方が優位に立ちつつあったが、サアドの即位にあたって、ジャービル系王族を中心に、執務不可能を理由にサアドに退位を求める声があがった。
新立荘園の停止、貨幣流通の促進、物価の公定などの新政策が次々に打ち出された。さらに関白である以上は当然のこととして太政大臣を兼ねていた頼忠は、太政大臣は一上となることができない慣行のため、練達の左大臣源雅信が一上として太政官の実務を切りまわすことを阻止できず、その権威をさらに失墜させた。
しかし、花山は父の血を受け継いだのか、性格に異常なところがあった。それは特に女性関係に現れた。特定の女性に執着して異常に深く寵愛しながら、やがて飽きて別の女性に寵愛を移す、ということが繰り返された。寛和2年(986年)、当時花山の寵愛をほしいままにしていた女御藤原忯子(為光の娘)が病死した。忯子は妊娠中であったが、出産準備のため実家に戻ろうとしたのを花山が無理に引き止めたため体調を崩して死に至ったものである。花山の悲しみは尋常ではなく、出家遁世を考えるほどであった。花山の幼なじみであった藤原道兼(兼家の三男)の教唆もあって花山はついに出家を決意、夜陰に乗じて内裏を抜け出し、道兼に付き添われて山科の元慶寺(花山寺)に赴き剃髪した。出家により花山は自動的に退位したことになった。道兼の行動はもちろん父兼家と示し合わせてのものであり、花山が元慶寺へ向かう道筋は兼家が派遣した武士たちにより警備されており、道兼が花山とともに出家させられそうになったときは武士たちが実力で救出する手はずになっていた。兼家自身は天皇不在の内裏に深夜参入し、大急ぎで譲位の手続きを進めて翌朝には皇太子懐仁(一条天皇)を践祚させた。
亀山は、朝廷の訴訟処理機構の整備を進め、また公家社会の身分秩序を律する「弘安礼節(弘安書札礼)」を制定するなど、意欲的に政務に取り組んだ。この時期を「弘安の徳政」とも呼ぶ。同じころ幕府でも安達泰盛が主導する徳政が行われており、亀山と泰盛とのあいだには文化交流など個人的なつながりもあることから、公武両徳政には密接な連関があるものと考えられている。
しかし、弘安8年(1285年)に泰盛とその与党が平頼綱らのクーデターである霜月騒動により殺害・追放されて幕府の政策が転換すると、その影響が朝廷にも及び、亀山の院政は動揺した。このころ後深草も後嵯峨は亀山を後継者に指名してはいない旨を幕府に申し入れるなどの工作を行っている。亀山が倒幕を考えている、という噂が立つなどの政情不安のなか、結局、弘安10年(1287年)になって幕府は治天・天皇の交替を要求し、皇太子煕仁(23歳、伏見天皇)が践祚して後深草による院政が開始された。正応2年(1289年)にはこれも幕府の指名により伏見の第1皇子胤仁親王(2歳)が皇太子に立てられ、さらに同年後深草の皇子久明親王が鎌倉殿として幕府に迎えられた。後深草はこれを見届けると正応3年(1290年)に出家(48歳)し、治天の政務も伏見に譲って引退した。この時点では、まだ両統迭立が完全には定着しておらず、貴族たちもいずれか一方の皇統にのみ仕えて派閥を形成するということはなかったため、それまで大覚寺統の治天に仕えていた貴族たちはそのまま持明院統の治天に仕えることになり、大覚寺統は一気に勢力を失った。亀山は失意のうちに正応2年に出家(41歳)し、翌正応3年に霜月騒動で所領を失った武士浅原為頼らが内裏に乱入し伏見を殺害しようとする事件が起きると関与を疑われ、起請文を幕府に提出して身の潔白を主張しなければならなかった。