アメリカ合衆国における政教分離の歴史
1605年の火薬陰謀事件でカトリック教徒が議会に爆弾をしかける王と議員の暗殺未遂が起こり、メアリー1世時代の新教徒迫害を描いたジョン・フォックスの『殉教者の書』の影響、またスペインやフランスなどカトリック大国の脅威などによって反カトリック意識が高まった。三十年戦争ではプロテスタント側に立って参戦することが期待されたが、財政難などのため参戦せず、議会で王はスペインへの従属的な態度が非難され、王は反カトリック意識の標的とされていった。
チャールズ1世は1625年にフランスからカトリックの王妃ヘンリエッタ・マリアを迎え、親カトリック政策を展開し、議会の同意を得ずに外交や課税を強行し、国王大権を行使したため、1628年に議会は権利の請願を提出した。王は議会を解散し、反対派を投獄、以後11年にわたって専制政治を敷いた。ロンドン主教ウィリアム・ロード(後にカンタベリー大主教)とアイルランド総督トマス・ウェントワース(後にストラフォード伯)は、国王大権裁判所(星室庁と高等宗務官裁判所)を用いて反対派やピューリタンを弾圧した。1637年、長老派を国教とするスコットランドに対して、チャールズ1世は国教会の儀式を強制するとスコットランドは反発し、1639年には主教戦争となり、イングランドは敗北した。議会は専制政治の支柱であったロードとストラフォード伯を逮捕して処刑し、専制政治を制限する諸法を制定した。
1641年のアイルランド反乱(英語版)でイングランド人数千人が虐殺されると、「20万人から30万人の大虐殺」であると誇張されたデマが流され、反カトリック意識が高まった。同年、議会派は国王、主教、イエズス会を「迷信を重んじている者」として批判した大抗議文を提出した。
ジョン・ロックは「寛容論」(1667年)や「寛容書簡」(1689年)で政教分離を論じた。王政復古時代の1666年、シャフツベリ伯アントニー・アシュリー=クーパーと出会ったロックは、翌年にロンドンのシャフツベリ伯邸に居を移し、『寛容論』を執筆した。ロックは統治者の政治権力を世俗的な事柄に限定し、「統治者はただ人々を、他者によって侵害や危害を被ることが護るだけなのだ(これが完全な寛容である)」と主張し、また立法者は道徳上の徳性や悪徳とはまったく関係がない、と論じた。さらに、「統治や社会には全く関係がない」ような思弁的意見や、神への礼拝は、絶対的な寛容への権利を持つと論じた。
1682年にシャフツベリ伯は王位排斥問題で失脚してオランダに亡命、ロックもシャフツベリ伯を追って翌年にオランダに亡命した。シャフツベリ伯は同年に死去したが、ロックはオランダに1689年まで住み、神学者リンボルクと交流し、「寛容に関する書簡」を執筆した。ロックは、自己の信仰や教義の防衛義務を主張するコンフェッショナリズムの立場を克服し、信条の対立が政治的闘争となるコンフェッショナリズム の原因を「教会と国家との一致」に見て、「教会と国家の分離」すなわち政教分離を主張し、政治秩序の安定を図った。
ロックによれば国家は世俗的善の保全を目的とするのに対して、教会は「神をおおやけに礼拝するため、人々が自発的に結びついている自由な集まり」であり、教会は「国家からも世俗の事柄からも全く区別され、切り離されて」いる、とした。
ただし山岡龍一によれば、ロックは政治と宗教の分離という意味での政教分離は主張しておらず、また国教会制度そのものを批判してもいないし、すべての宗教に対して中立なのでもない。ロックはユダヤの国家はテオクラシー(神権政治)として建設されたが、「福音のもとでは、キリスト教国家(respublica Christiana)というものは絶対にありえない」と寛容書簡で述べている。
またロックは「宗教的集会において、公共の平和に反するようなことが行われるならば、それは定期市で起こったときと同様に、しかも寸分たがわぬ仕方で阻止されるべきです」として、「謀反人、殺人者、刺客、盗人、強盗、姦夫、中傷者、誹謗者」はどんな教会に属していようと処罰されるべきであるとした。そして、「異教徒でも、マホメット教徒でもユダヤ人でも、宗教のため国を追われるべきでない」とした。
他方でロックはカトリック教徒を寛容の対象から除外して、カトリック教徒は教皇の無謬性を盲信しており、非カトリック教徒との約束不履行を正当化しているので、市民社会のメンバーに適さないとも主張した。