2000年代のJRダイヤ改正
東海道・山陽新幹線では、新大阪発着の「のぞみ」の一部を広島駅・博多駅発着に変更したほか、臨時列車として運転していた「のぞみ」の一部を定期列車に格上げした。これに伴い、名古屋駅 - 博多駅間の「ひかり」が広島駅発着に見直され、16両編成かつ東海道新幹線直通の「ひかり」の博多乗り入れが一旦廃止された。これにより「のぞみ」は1時間の最大で東京発で新大阪行きが9本、広島行きが5本、博多行きが4本運転可能になった。また広島発着の「のぞみ」をN700系で運転し、博多発着のN700系使用の「のぞみ」とあわせ東京駅 - 広島駅間では1時間本がN700系となった。朝の時間帯で新大阪 - 博多間を従来「ひかりレールスター」として運転していた列車を「のぞみ」に変更したほか、「ひかりレールスター」も増発した。また、早朝には名古屋発東京行き「のぞみ」が初めて設定された。
東日本の各新幹線では、上越新幹線大宮駅 - 越後湯沢駅間のデジタルATC化に伴い、「とき」「たにがわ」と長野新幹線「あさま」の大部分で所要時間を短縮した。東北新幹線では仙台駅発着の「はやて」を増発したほか、「はやて・こまち」の全列車を大宮駅へ停車させるダイヤに変更した。
東日本では新幹線のダイヤを大幅に改正。
アーバンネットワークでは日中時間帯の草津駅折り返しの新快速が野洲駅折り返しに延長された。また、奈良線東福寺駅には、快速・区間快速が停車するようになった。
特急列車・快速列車の増発を行うとともに、「リレーつばめ」・「有明」にそれまでより一層充実させた設備を持つグリーン車の「デラックスグリーン席」を連結開始した。
関門トンネルを通過する普通は全列車下関駅で乗り換えとなり、本州内の在来線ではJR九州の車両による定期運用は寝台列車を除いて消滅したほか、関門トンネルを通過する気動車の定期列車も消滅した。
直前の9月23日、筑肥線に九大学研都市駅が開業した。
特急「はくたか」の一部列車の最高速度がほくほく線内で160km/hに引き上げられ、西日本所属の485系による定期運用は消滅した。
姫新線や因美線で行われていた月1回の保守点検の運休を地方交通線を中心に大幅に拡大した。ワンマン運転の拡大、無人・簡易委託駅化や列車本数の削減(主に早朝・深夜・昼間の列車の削減)など合理化を図った。このダイヤ改正がJR西日本では初の減便改正となった。その後一部の路線では月1回の保守点検の運休の実施要項を見直した。 アーバンネットワーク JR神戸線では、西ノ宮駅に平日朝晩の快速が停車するようになった。朝の大阪発姫路方面行きの快速1本の運転経路を見直し、須磨駅・垂水駅・舞子駅に停車するようになった。平日朝に大阪発姫路行き、夜に姫路発大阪行きの新快速が増発された。 JR京都線では朝ラッシュの終わりの快速を京都駅 → 高槻駅間で普通に変更した。琵琶湖線では朝の大阪方面の新快速の各駅停車を通過運転に変更し、夕方の快速は安土行きを米原行きに延長した。 JR宝塚線・福知山線の篠山口駅での接続改善が行われた。 湖西線では朝夕の快速を雄琴駅(現在のおごと温泉駅)に停車させた。 学研都市線(片町線)では快速の停車駅に星田駅が追加された。松井山手駅 - JR三山木駅間の輸送改善工事が完成し、増解結実施駅が松井山手駅から京田辺駅に変更された。これに伴い207系(2000番台)が24両(3両編成4本・4両編成3本)追加投入され、一部の列車が京田辺駅発着に変更された。
JR東海は、イメージキャラクターにアイドルグループTOKIOを起用し、タイアップ曲「AMBITIOUS JAPAN!」と共に様々なキャンペーンを行った。 東海所有の700系C編成の先頭車側面客室窓下に「AMBITIOUS JAPAN!」と書かれたステッカーでラッピングした。(2005年9月25日まで) 東海所有の300系J編成の一部の乗降口横の車体側面にも「のぞみは、かなう。」と書かれたステッカー(丸形)が貼付けられた。(2005年10月頃まで) 東海所有の300系・700系の車内チャイムにオルゴール調にアレンジした「AMBITIOUS JAPAN!」を使用。 2007年7月に登場した同社保有のN700系もこれを使用 ダイヤ改正と同日の10月1日にタイアップ曲「AMBITIOUS JAPAN!」をリリース(オリコンチャート初登場1位) 「のぞみは、かなう。」のキャッチコピーとCMソングとして「AMBITIOUS JAPAN!」を使用しテレビCMを放映。 のちに「のぞみはいつも、そこにある。」のキャッチコピーも使用された。
JR西日本も鬼束ちひろの「いい日旅立ち・西へ」を中心にキャンペーンを行った。 JR西日本保有の新幹線車両の車内チャイムに「いい日旅立ち・西へ」を使用 2007年7月に登場した同社保有のN700系もこれを使用 「DISCOVER WEST」キャンペーンを開始
ホームライナー的性格を持った特急列車の「ミッドナイトEXP高松」・「ミッドナイトEXP松山」が新設された。
札幌駅 - 稚内駅間の夜行特急「利尻」及び札幌駅 - 網走駅間の特急「オホーツク」の夜行便(9・10号)が季節臨時列車に変更(「利尻」は「はなたび利尻」に改称されて夏季のみ、夜行「オホーツク」は81・82号として冬季のみ運行)された。この結果北海道内相互発着の定期夜行列車は、札幌駅 - 釧路駅間の特急「まりも」のみとなった。
東京駅 - 出雲市駅間の寝台特急「出雲」が廃止された。この関係で、「サンライズ出雲」・「サンライズ瀬戸」の停車駅に上郡駅が代替で加わった。
大阪駅発着の寝台特急「日本海1・4号」は、青森駅 - 函館駅間が区間廃止され、3・2号とともに青森駅発着となった。
この時のダイヤ改正は直通運転・接続の関係もあり東武鉄道(伊勢崎線系統)をはじめ、東京急行電鉄(田園都市線・東横線)・小田急電鉄・樽見鉄道などを除いた第三セクター鉄道などでも同時に行われるなど、かなり大規模のものになった。
北海道ちほく高原鉄道ふるさと銀河線は4月21日の廃止を控えていたこともあり、ダイヤ改正は行われず、帯広直通列車の時刻にも変更はなかった。
山手線にE231系500番台が投入され、4月21日より営業運転を開始した。また常磐線(上野駅 - 取手駅間の快速)にもE231系が投入され、直前の3月3日より営業運転を開始した。
小田急電鉄の大規模ダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 営団地下鉄(現在の東京メトロ)千代田線でダイヤ修正が行われた。日中の相模大野駅発着列車(小田急線内準急)を唐木田駅発着(小田急線内多摩急行)に変更した。
磐越西線の特急「ビバあいづ」は、土曜・休日は特急「ホリデービバあいづ」の名称で運転されるようになった。
九州でダイヤ修正。
九州新幹線では、鹿児島中央駅北側の薩摩田上トンネルで騒音対策工事による徐行運転(195km/h → 120km/h)に伴い、川内駅 - 鹿児島中央駅間の所要時間を1分追加するダイヤ修正を実施した。原則として下り(鹿児島中央行き)の鹿児島中央駅着時刻を1分繰り下げ、上り(新八代方面行き)の鹿児島中央駅発時刻を1分繰り上げるダイヤとし、鹿児島中央駅で接続する在来線の一部列車でも時刻変更が行われた。
西日本の芸備線でダイヤ変更。広島発志和口行きの最終が繰り下がり、志和口駅への到着が日付変更後になった。この影響で三次駅の最終の広島駅到着が繰り上げになった。
九州を中心にダイヤ改正を実施。