トカゲ
分子系統解析から、トカゲ亜目は有鱗目のうちヘビ類(ヘビ亜目)とミミズトカゲ類(ミミズトカゲ亜目)を除いた側系統群であることが判明している(以下の分岐図のうち薄緑色に示す範囲が旧来トカゲ亜目、ピンク色がミミズトカゲ類、薄青色がヘビ類)。単系統群のみを正式な分類群として認める立場では、「トカゲ亜目」は成り立たない。