ジャフナ大学
そして、ヴァリカマム(英語版)地域の全住民に対して半島の他の地域またはヴァンニ(英語版)地区への退避令が出された。その結果、大学事務局はキリノッチにある農学部キャンパスへの移転を余儀なくされた。政府軍による奪回作戦は成功し、翌年には元のキャンパスに戻ることができた。しかし、作戦の影響によりティルネルヴェーリ・キャンパス内の施設は甚大な被害を受けた。また、1996年にはヴァンニ地区で戦闘が激化し、その影響を受けて農学部は複数回の移転を余儀なくされた。大学は農学部の移転を決め、1997年8月から農学部はジャフナで活動を再開した。
1997年3月26日、バブニヤにあった北部州立ユニバーシティ・カレッジ(NPAUC)を昇格させ、ジャフナ大学バブニヤ・キャンパスとすることが発表された。NPAUCは1991年に設立され、数学、会計学、財政学などのコースを提供していたため、バブニヤ・キャンパスには応用理学部と商学部が設置された。1999年には人文学部から経営学・商学部が独立した。また同年には大学院の設置も行われた。
2009年に内戦が終結した後、キリノッチにおいて新農学部棟の建設が始まった。学部の教員たちは2013年の移転を望んでいた。2011年4月には大学側がキリノッチにある農学部の隣に工学部を設置することを認めた。2012年9月から学生の移動が始まる予定である。
2016年にはテクノロジー学部が設置された。この学部は同年末から学生を受け入れる予定で、キリノッチ・キャンパスの農学部、工学部の隣に設置される予定である。