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2022年までは当駅には営業キロが設定されておらず、当駅での乗降における運賃計算には、赤塚以遠の駅から当駅まで乗車する場合、発駅から水戸駅までの営業キロ・運賃計算キロに基づく運賃が必要となっていた。また当駅から水戸以遠の駅まで乗車する場合、赤塚駅から着駅までの営業キロ・運賃計算キロに基づく運賃が必要となっていた。
一方、上記の運賃計算方法にかかわらず、途中下車の認められた乗車券で当駅での途中下車は可能である。ただし、現在は途中下車が認められない東京近郊区間が拡大し、常磐線浪江以南・水戸線全線・水郡線水戸 - 常陸大子・常陸太田間が対象に含まれるため、これらの駅間の切符では原則途中下車は不可。2013年より使用可能になったSuicaなどのIC乗車カードにも、途中下車の取り扱いはない。
そのため、2022年までは上野方面からの下り列車に水戸駅までの切符で乗車した場合に限り、偕楽園駅で精算済券を受け取ることで、再度偕楽園駅から水戸駅まで乗車可能であった。
2023年の開設時から当駅に営業キロが設定されたことに伴い、当駅発着の乗車券・特急券・グリーン券が発券出来るようになったものの、当駅は下り線のみの駅のため仙台方面からは赤塚 - 偕楽園間の折り返し乗車が、当駅から東京方面に向かう場合偕楽園 - 水戸駅間の折り返し乗車が認められている。