瀬戸内海
瀬戸内海は、20世紀後半まで家船(えぶね)に乗った漁民が活動していたことでも知られている。家船とは木造の小型の漁船に簡易な屋根を装備し、布団や炊事道具など生活用具を積み込んだ船のことである。瀬戸内海の漁民の中には、こうした家船に夫婦単位で乗り込み、生涯を海の上で暮らす者も多かった。彼らの出自については、豊臣秀吉によって解体された村上水軍の末裔なのではないかとの説もある。
別府温泉では、持ち舟で寝泊まりしながら浜脇温泉や別府温泉に通う湯治の習慣が古くから見られ、戦後しばらくまでは続いていた。春には波止場に係留される舟は100艘近くにのぼり、湯治舟とよばれて季語にもなるほどの別府の春の風物詩となっていた。
2015年10月2日に瀬戸内海環境保全特別措置法が改正され、同年2月に瀬戸内海環境保全基本計画が変更され、従来の瀬戸内海の「水質を保全」する考え方から「水質を保全・管理(地域性や季節性に合わせて水質を管理)」する考え方に改め、干潟や藻場の再生を行っていくなど瀬戸内海を取り巻く環境を整備することで生物多様性・文化的に「豊かな海(里海)」へすべく調査・研究・対策が行われることになった。
2018年、兵庫県は県環境審議会の小委員会では、窒素濃度の下限を設定する新基準案を提示。窒素濃度の低減を目指してきた行政の転換点となった。藤原建紀(京都大学名誉教授)は、(下限として提示される)窒素濃度0.2 mg/l以下はダイビングに適するほどの透明度。瀬戸内海では海藻だけでなく、アサリや小魚などにも影響が出ているとコメントしている。
兵庫県は2019年、日本水産資源保護協会の基準を参考に窒素とリンの下限を設定した条例改正を行ない、政府も瀬戸内海環境保全特別措置法の2021年改正で「きれいな海」から「豊かな海」へ政策目標を変更した。ただ、瀬戸内海へ流入する窒素やリンの量は陸域からの流入より太平洋との海水交換の影響が大きいとの見解もあるほか、赤潮の再発を懸念する地域もある。
鎌倉時代から戦国時代にかけては、伊予国の越智氏や河野氏ら沿海部や島嶼の武士たちが瀬戸内航路に勢力を張り始めた。河野氏や村上氏らは海賊大将軍を名乗って海賊衆(水軍)を組織し、瀬戸内航路を制御下に置いた。戦国末期には織豊政権と三好氏、石山本願寺、毛利氏、長宗我部氏などとの抗争の舞台ともなった(第一次木津川口の戦い、第二次木津川口の戦い、四国攻めなど)。