集約畜産
動物の餌と羽が表流水を取りこむ植物の望ましい成長を妨げ、病気を引き起こす微生物に栄養素を与えてしまう場合もある。人間の健康に有害なヒ素や銅などの微量元素が表流水を汚染する可能性もある。
集約畜産が有害な病気の進化および蔓延をより容易にしてしまう場合もある。伝染性の動物疾病の多くは密集した動物集団を介して急速に広がり、群れが遺伝子再集合の可能性をより高める。ただし、2009年新型インフルエンザの世界的流行で起こったように、小規模な家族経営畜産では鳥類の疾病を取りこんで人間達に伝染してしまうケースがより頻繁に起こる可能性が高い。
欧州連合(EU)では、安全レベルを定める方法がないとの根拠で成長ホルモンが禁止されている。英国は予防的アプローチを遵守するため、将来いつの日かEUが禁止を終わらせる際には個別事例で安全証明された特定のホルモンだけ導入を検討すると語った。1998年、EUは人間の健康にとって有益であると判明した抗生物質の動物給餌を禁止した。さらに2006年、EUは成長促進目的で使用される家畜用のあらゆる薬物を禁止した。これら禁止の結果、畜産物やヒト集団内で抗生物質への耐性レベルが低下したことが示された。
畜産物の国際間貿易は、豚熱、狂牛病、口蹄疫、鳥インフルエンザといった病原性疾患の世界規模感染のリスクを高める。
米国では、家畜への抗生物質使用が依然として一般的である。