アニメシアターX
12月 - コンピュータソフトウェア著作権協会に入会。
2013年 2月28日 - スカパー!プレミアムサービスでのSD放送が終了し、HD放送に完全移行。 6月7日 - 第三者による改ざんが判明したため、公式サイトの一部ページを一時的に閉鎖。 6月12日 - 改ざんされた内容の修復と対策を施したため、公式サイトの該当ページの閉鎖を解除。 11月29日 - 「AT-X SHOP」の全サービスを終了。
2014年 4月1日 - 消費税率引き上げに伴い視聴料金を1,944円に改定。 4月30日 - 「AT-X SHOP mini」と題して、自主制作番組のソフトなどオリジナルグッズ販売をキャラアニ.comに委託。
2015年 4月1日 - 番組構成の大規模な改編を実施。開局から存在していたベルト枠が撤廃され、日曜日は「スペシャルサンデー」と題してテレビシリーズやOVA、長編作品などの一挙放送が行うようになった(前述のように「人気作の新シリーズ放送前の一挙放送」の企画もある)。 10月1日 - スカパー!オンデマンドにてアニメ声優専門チャンネル『ST-X』を開設。オリジナルバラエティ番組を中心としたオンデマンド配信を開始した。
2016年 7月 - 毎週日曜日の一挙放送の時間が最大13時間から9時間に縮小した。
フィギュア17 つばさ&ヒカル(後にテレビ東京でも放送)
アーケードゲーマーふぶき ☆
戦闘妖精雪風 ☆(後に日本映画専門チャンネルやアニマックスでも放送)
ゲートキーパーズ21 ☆
コゼットの肖像 ※/☆
エルフェンリート ※(後に独立U局で編集版を放送)
GANTZ(第2期)※
トップをねらえ2! ☆(後にBS11でも放送)
カレイドスター OVAシリーズ ☆
AIKaシリーズ AIKa R-16:VIRGIN MISSION ※/☆ AIKa ZERO ※/☆
ストレイト・ジャケット ※/☆
スレイヤーズEVOLUTION-R
無限の住人 ※(後にテレ玉・時代劇専門チャンネルでも放送)
瀬戸の花嫁 OVA ☆
絶対衝激 〜PLATONIC HEART〜 ※/☆
かのこん
れでぃ×ばと!
侵略!!イカ娘
マジでオタクなイングリッシュ!りぼんちゃん 〜英語で戦う魔法少女〜