アーバスキュラー菌根
一方で、植物は光合成に由来する糖類(グルコース)および脂質を菌根菌に供給する。このような物質交換は、樹枝状体において行われる(上図2)。
上記のように、アーバスキュラー菌根における植物と菌根菌の関係は、基本的に相利共生である。しかし、植物と菌根菌の組み合わせや環境条件によってはほとんど影響が見られないことや、負の影響が見られることもある。また、植物の中には光合成能を欠き、有機養分も含めほとんどの栄養分をアーバスキュラー菌根菌(およびこれを介してつながっている他の植物)に依存している植物もいる(菌従属栄養植物; 下記参照)。
アーバスキュラー菌根における菌根菌との共生は、土壌栄養分の効率的な利用を可能にし、植物の成長を促進する。また下記のように、ほとんどの陸上植物はアーバスキュラー菌根を形成している。そのため、アーバスキュラー菌根は、陸上生態系において極めて重要な存在であり、その炭素およびリン循環に大きな影響を与える。また、アーバスキュラー菌根共生は農作物にとっても重要であり、効率的な農業生産のためにアーバスキュラー菌根菌を微生物資材として利用することが広く行われている。特にアーバスキュラー菌根菌によるリン供給は重要であり、リン肥料の節約などが可能になる。
一方、温帯域から亜寒帯域の森林の優占種であるマツ科やブナ科、カバノキ科の植物はふつう外生菌根をもつが、アーバスキュラー菌根をもつ種もいる。ラン科やツツジ科は、アーバスキュラー菌根ではない特殊な菌根をもつ。また、カヤツリグサ科、タデ科、ナデシコ科、スベリヒユ科、ヒユ科、アブラナ科などでは菌根を全くもたない種が比較的多い。コケ植物の蘚類もアーバスキュラー菌根共生を持たないことが知られているが、アーバスキュラー菌根共生に必要な遺伝子を欠くことが報告されている。
アーバスキュラー菌根共生に関わる遺伝子の少なくとも一部は陸上植物全体(コケ植物から被子植物)に存在することから、現生陸上植物の共通祖先がアーバスキュラー菌根共生のシステムをもち、これが陸上植物の起源・初期進化に重要であったと考えられている。デボン紀前期(約4億年前)の陸上植物の最初期の大型化石(ただしこれらの植物は根をもたない)からアーバスキュラー菌根の樹枝状体に似た構造が見つかっていることも、このことを支持している。