田屋川原の戦い
従来の「田屋川原の戦い」をめぐる議論の中で、最も研究者の注目を引き議論が分かれてきたのが「闘静記」の「山田川のことなるか西は安養寺領と定ける、川東は瑞泉寺領也」という一文である。そもそも、戦後日本の歴史学の中では階級闘争史観に基づいて一向一揆の領主化運動を研究する流れがあり、その最も早期の事例として「田屋川原の戦い」が注目されてきた背景があった。
「闘静記」は「田屋川原の戦い」を経て「利波郡は瑞泉寺領と成」ったとするが、この記述の意味するところについて研究者の見解は分かれている。当初、新行紀一らはこの記述をそのまま受け入れ、「田屋川原の戦い」によって砺波郡にも加賀一向一揆のような門徒領国制が確立したと論じた。
これに対し、新田二郎は「闘静記」以外の同時期の砺波郡に関わる史料を精査し、 実証的に新行説を批判した。まず、新田は文明18年(1486年)の書状などを挙げて文明18年以降も砺波郡内では荘園領主の代官が一定の得分を持つ記録が残るが、逆に一向宗勢力が荘園の動向に関わったことを伝える史料がほとんどないことを指摘した。また、「官知論」の「長享二年加州土賊蜂起」に関わる記述に越中の国人が「放生津・吉江・運沼」に集結したとあることに注目し、国人が砺波郡内の吉江(石黒家の拠点である福光の東に隣接する地域)・蓮沼に集結したことは長享2年に至っても石黒家の旧領が国人側の有力拠点と位置付けられていたことを示すものであると述べた。
加賀国守護の富樫氏こそが先述したようにこの戦闘を引き起こした張本人であり、直接戦闘には加わらなかったものの、本泉寺など加越国境地帯の真宗系寺院が瑞泉寺に協力しないよう働きかけていたとされる。
なお、越中国本来の守護である畠山氏は田屋川原の戦いに一切関わっていないかに見えるが、これはこの問題の核心が加賀にあって、越中の国内問題とはみなされていなかったためと推測されている。
惣海寺・福光城ともに主力は田屋川原方面に出払っていたために防御の兵はないに等しく、まず惣海寺が陥落し、48の寺院は放火によって燃え尽きてしまった。福光城も女童ばかりで防ぐ者がなく、こちらも城下町が焼き払われた。
田屋川原において瑞泉寺方と激闘を繰り広げていた石黒軍は、物見の報告によってまず医王山の山谷より煙が立ち上がっていることに気づいた。更に福光城からも火が上がるのが見えると石黒・惣海寺軍は遂に戦意を喪失し、石黒勢1600名は挟撃を恐れて我先にと逃げ出した。瑞泉寺方は逃れる石黒方を追撃して700名余りの首を取り、馬具などを奪って野尻方面(現砺波市・南砺市境の一帯)にまで進出した。
石黒光義はこの地方で最も由緒の古い安居寺 (旧福野町西部)に逃れたが、瑞泉寺方はここまで押し寄せ、光義主従16名は全員腹を切り、 その首は獄門にかけられたという。この一戦後、利波(栃波)郡の国侍・地頭は残らず降参して井波に降ったため、「利波郡は瑞泉寺領と成」ったという。ただし、後述するようにこの時点で瑞泉寺による砺波郡支配が確立したかどうかについては、異論がある。