コンティグ
BACコンティグは、既知の重複領域を持つようなBACをさまざまな方法で整列させることによって構築することができる。一般的な戦略の1つは、シーケンスタグ付きサイト(STS)のマッピングを使用して、BAC間で共通のDNAサイトを検出することである。オーバーラップの程度は、2つのクローン間で共通のSTSマーカーの数によって概算できる。すなわち、共通するマーカーが多いほど、オーバーラップが大きくなる 。しかしながらこの戦略は、オーバーラップについての非常に大まかな見積もりしか推測することが出来ない。そのため、より正確にクローンのオーバーラップを測定するために、制限酵素処理による切断断片分析がよく利用される 。この戦略では、クローンを1~2種程度の制限酵素で処理し、得られたフラグメントをゲル電気泳動で分離し、そのバンドのパターンを調べる。もし2つのクローンで多くの制限サイトが共通していた場合、電気泳動によって得られるバンドパターンもまた部分的に共通することが期待される。すなわち、共通するフラグメント数と共通しないフラグメントの長さがわかるため、オーバーラップの程度を高い精度で推定できる。