がんばれゴエモン3 獅子重禄兵衛のからくり卍固め
条件を満たすとエピローグ中に登場する隠しボスで本作の真の黒幕。
その正体は、はぐれ町を襲ったからくり用心棒が復活・進化を遂げた姿で、前作・前々作にも登場した「カブキ・リターンズ」こと「つづら助六」。
リベンジを果たすべく改造を重ねた末に未来の時代でからくり用心棒となり、ビスマルの命により過去の大江戸を襲撃したものの、誰にも正体に気づかれなかったため、未来へ向かったゴエモンたちを追って未来へと戻った末、パワーアップして復活し、再びゴエモンたちに襲い掛かる。未来へ向けてタイムワープ中のゴエモンインパクトを襲撃した「後ろから迫る何か」の正体である。
漫画版でも最後の敵として登場。名称は「カブキフォーエバー」。重禄兵衛との戦いが終わった直後、ゴエモンに復讐するべく正体を明かして襲い掛かって来る。ゴエモンと一進一退の戦いを繰り広げるが、重禄兵衛がゴエモンに加勢したことで敗色が濃くなり、最後は先祖と子孫のツープラトン「バックドロップ」で頭部を破壊されて爆発四散した。
「からくりタワー」を守るボス。手のひらの形をしたからくりメカで、かなりの熱血漢。
「しし砦」を守る、獅子頭を模したからくりメカ。壁伝いに移動し、小型の獅子メカを放って攻撃してくる。ロープの反動で獅子メカを跳ね返してダメージを与える。
物知りじいさんが過去と未来の両方で製作した、一人乗りの搭乗型からくりマシン。当初は耐久性に難があり、木にぶつかったり低い崖から落下するだけで大破していたが、未来の技術で改良が施された新型はその問題をクリアしている。未来の拠点ステージに点在する鳥居型のチューンアップ装置を利用することで新たな機能が追加される。ダッシュボタンの長押しで縦、横いずれかの高速直線移動が可能。初期状態ではエネルギー上限は300だが、「燃料タンク」の入手によって最大500まで増加する。エネルギーは追加機能の使用で減少し、0になると使用不可となり、敵の落とすエネルギーボールかよろず屋で販売されているエネルギー缶の購入での補給が必要となる。搭乗時のダメージはキャラクターのダメージに反映される。
PUNCH(パンチ):標準機能。パンチを繰り出す。
FIRE(ファイア):追加機能。火炎放射器を使う。1秒毎にエネルギーを1消費する。
ICE(アイス):追加機能。液体窒素を噴射する。敵を凍らせて足場にする事ができる。1回使う毎にエネルギーを2消費する。
未来から襲撃してきたビスマル達に無残に破壊されたはぐれ町。住民達ははぐれ山に避難している。「からくり用心棒」との戦闘を経て、激震インパクトステージに移行する。
シリーズ御馴染みの大江戸の町。旧作とは構造が大きく変わっているが、ほろほろ寺や職業紹介所など所々に面影は見られる。但し、前作・前々作と違ってアルバイトはできない。南西には山賊が蔓延るはぐれ山が存在する。
からくり盗賊団の牢獄。ヤエとサスケが囚われ、ゴエモンとエビス丸が救出に向かう。ここでほら貝を奪われてしまう。ボスは「からくり達磨 ころんだ」。
J-スカイ、iモード、EZweb各社の携帯電話用サイト「がんばれゴエモン」において、全8話12本(一部の話に前編・後編が設定されている)のアプリがコナミモバイル・オンラインから配信された。この携帯電話版では、1つのアクションステージや一連のインパクトステージが1つのアプリとなっており、クリアすることで順次次の話に相当するアプリがダウンロードできる仕様となっている。また、ダウンロードページにおいて各アプリの間の話を読むこともできる。
アクションステージにおいては使用可能なキャラクターが各ステージにつき2人設定されており、その2人のメイン・サブ武器を使い分けて進むことになる。大半のステージのマップは一部簡略化されているが、後半のステージでは一部マップが追加されている。
各話のクリア時やゲームオーバー時にゲーム中で獲得した小判をサイトに送ることで、待ち受け画像や着信メロディの他、以下の5本のおまけゲームと交換し小判を増やすことができる(下3本についてはプレイにもゲーム中の小判を必要とする)。
なお、J-スカイに限り、この他にゴエモンインパクト風のロボットを育成する『ゴエモンコンパクト』も配信されている。
伊賀の山奥に住む天才発明家。今回はタイムマシンを作り上げ、その試運転と称して未来のギャルを追っかけに出向いた所をからくり盗賊団に拉致される。その後、洗脳されてからくり盗賊団のメカを数多く開発させられる。敵本拠地では洗脳状態でゴエモンたちに襲いかかってくる。