松橋事件
捜査が始まると、被疑者はすぐに浮上した。1月5日夜、被害者宅で将棋仲間4名による宴会が行われており、その席で些細なことから被害者と将棋仲間Aとの間で激しい口論となった末にAが被害者宅を追い出されていたことが判明したのである。そして、6日以降、被害者を見かけた者はいなかった。
警察は遺体が発見された8日夜からAの事情聴取を始めた。Aは被害者と口論になったことは認めたが、そのまま帰宅しただけだとして事件への関与を否定した。Aへの事情聴取は同月11日を除いて14日まで連日のように行われた。18日にはポリグラフ検査で陽性反応が出たことで追及を強めたが、Aは追い詰められたような態度になったものの否認を続けていた。しかし、19日には殺害について曖昧な供述をするようになり、「否認したまま逮捕してくれ」などと訴えた。そして20日は見たいテレビ番組があると出頭を拒否したAに対して、警察の提案にAも同意したため自宅での取り調べを行うことになった。その20日の自宅での取り調べでAはついに犯行を自白し、犯行に使った凶器として切り出し小刀を提出。同日逮捕された。翌21日付の熊本日日新聞には、取調室と思われる場所で逮捕状を執行される瞬間のAの写真が掲載された。
1月20日から2月4日にかけて、Aは以下のように供述した。
1月5日夜の宴会で、親戚のことについて被害者と口論となったが、被害者に「俺には暴力団が一杯ついとるから、お前を殺すのはわけなかぞ」と脅されたため謝り、そのまま自転車で自宅に帰った。
再審開始決定の決め手の一つとなったのは、Aが自白の中で犯行後に燃やしたとしていたシャツの左袖部分が発見されたことであった。その左袖部分は、起訴直後の1985年(昭和60年)2月14日には警察に領置されており、その時点で、起訴状に記載され確定判決が認定した起訴事実は破綻していた。この左袖部分が確定審に提出されていれば、確定判決に影響した可能性がある。にもかかわらず、検察は、裁判でその事実を伏せたままAの有罪を主張し続けていた。それが意図的なものであったとすると、検察側の姿勢には大きな問題があるとされる。門野博弁護士は、「捜査側は保管していた新証拠の『布片』にもっと早い段階で気付き、『被告は無罪だ』と立証すべきだった」と述べた。
検察は、再審請求審第一審で、「検察官が、本件シャツを確定審に証拠として顕出しなかったのは、凶器に巻き付けられた布切れが本件シャツの左袖であったとは断定できず、本件シャツを証拠として顕出する意味はないものと判断したからにすぎない」とする意見書を提出している。これに対して弁護団の菅一雄弁護士は、「検察官は、被告人の自白が内容の一部に明らかな虚偽を含むことを知り、その証拠も持ちながら、確定審裁判所にはその証拠を隠し、裁判所が被告人の自白の信用性を慎重に吟味する機会を奪った。これは被告人に対する防御権の侵害であると同時に、裁判の中立公平性とそれへの国民の信頼の破壊でもある」と強く批判している。