函館運輸所
キハ281系気動車(15両) キハ281形6両(1 - 3, 5, 6, 901)、キハ280形6両(1 - 3, 105, 106, 110)、キロ280形3両(2 - 4)の計15両が配置されている。 特急「北斗」で運用され、2022年9月30日に定期運用を終了、同年10月23日には臨時運用も終了した。 2022年7月29日付でキハ281形1両(4)とキハ280形3両(4, 104, 107)、同年9月7日付でキハ281形1両(902)とキロ280形1両(1)、同年10月5日付でキハ280形3両(101, 108, 901)、同年11月18日付でキハ280形3両(102, 103, 106)が廃車された。
キハ261系気動車(80両) 函館方先頭車を含むユニット2両編成11本(ST-1107 - 1115, 1124, 1125)、札幌方先頭車を含むユニット2両編成11本(ST-1207 - 1215, 1224, 1225)、増結車(キハ260形1300番台)27両(1309 - 1335)、増結車(キハ260形1400番台)9両(1401 - 1409)の計80両が配置されている。