JR九州813系電車
過去には熊本・佐世保地区での運用があったが、熊本地区は2008年3月改正で、佐世保地区は2018年3月改正でそれぞれ撤退した。
南福岡車両区所属の車両は、日豊本線小倉 - 中津間のワンマン運転開始に伴い、日豊本線を3両で運用する場合は専らワンマン対応車両(3000・3100・3400番台)が充当されるようになった。ワンマン運転できる編成は20編成あり、日中は同区間を中心に運用されている。直方運輸センター所属の車両は導入当初、福北ゆたか線では整理券方式の運賃収受を行っていたために昼間での運用が存在しなかったが、2006年3月改正で駅での運賃収受に変更となったために終日運用に入ることが可能となった。
2022年9月ダイヤ改正にて、肥前浜駅より先の電化廃止により長崎本線の肥前山口(当ダイヤ改正により江北駅へ名称変更) - 肥前大浦間から撤退した一方、415系のほとんどが運用から撤退したことや大分地区における815系4両編成の運用が車外確認カメラを設置した編成に限定されて運用が減少したことにより本系列の日豊本線での運用が増加し、これまで定期運用の実績がなかった宇佐 - 佐伯間での運用を開始した。また小倉 ー 中津間では、6両編成でのワンマン運転を開始した。
1994年に落成した0番台9本は南福岡電車区(現・南福岡車両区)に配置された。当初は421系が配置されていた大分電車区(現・大分鉄道事業部大分車両センター)の運用をそのまま引き継いだため、常に2本の編成を連結した4両単位で使用され、専ら普通列車で運用されていた。翌1995年に100番台が登場すると、0番台も含め運用が大きく変更され、811系との併結運転を開始するとともに、快速列車にも充当されるようになった。又、同時に半自動の幌解結装置の使用も開始した。また、同年4月20日のダイヤ改正から長崎本線鳥栖 - 肥前山口間および日豊本線での運転が開始され、1996年6月4日からは長崎本線の肥前山口 - 長崎間でも運転が開始された。その後も増備が進められ、運転区間がさらに拡大されている。
1997年には200番台の大量増備があり、423系の置き換えだけではなく、北九州・福岡都市圏の鹿児島本線普通列車に充当されていた415系の運用も置き換えたため、同年11月改正では、同都市圏の鹿児島本線は、日中のほとんどの普通・快速列車が811系・813系の運用とされたが、同時に日豊本線では、日中のほとんどの普通列車が下関まで直通していたために、デッドセクションを通過できる415系での運用とされ、後に小倉を境に系統分割されるまで、本系列は朝・夕方以降の運用が中心とされた。