FCポルト
同シーズン終了後はモウリーニョ監督や主力選手が軒並み他国クラブに移籍したが、最後の開催となった同年12月のインターコンチネンタルカップでも南米代表オンセ・カルダスをPK戦の末に降して、2度目の世界一の座に輝いた。ちなみに、それまでFCポルトの本拠地だったエスタディオ・ダス・アンタスの代わりとして、またEURO 2004開催のために2003年、現在のホームスタジアムであるエスタディオ・ド・ドラゴンが完成した。こけら落としとなった2003年11月16日のFCポルト対FCバルセロナの親善試合では、FCポルトが2-0で勝利した。
2008年5月、2003-04シーズンに自国リーグで審判の買収を行っていたことが発覚。これに対する処分として、2007-08シーズンに獲得した勝ち点から6ポイント剥奪するとともに罰金15万ユーロを科せられた (ただし、勝ち点を剥奪されてもまだリーグ優勝はFCポルトとなるほど大差をつけていた) 。さらに、欧州サッカー連盟はFCポルトの来季UEFAチャンピオンズリーグ出場権を剥奪すると発表したが、後に撤回された。処分撤回を不服とするSLベンフィカとヴィトーリアSCがスポーツ仲裁裁判所に対して訴えを起こしたが、同7月に退けられた。
2010-11シーズンはポルトガル人のアンドレ・ビラス・ボアスが監督に就任。