熊本電気鉄道
交通センター - 林原 - 七城役場前 - 水辺プラザ - あんずの丘
蓮台寺入口 - 熊本駅 - 桜町BT - 通町筋 - 藤崎宮 - 三軒町 - 北津留 - 清水ヶ丘 - 岩倉台団地(一部の便が経由) - 山の下 - 北高入口または麻生田小 - 楠団地 - 武蔵ヶ丘中央 - ゆめタウン光の森 - 光の森駅・武蔵ヶ丘車庫 - 泉ヶ丘 - 下群・杉並台 県会議事堂 - 県庁 - 水前寺公園 - 水道町 - 藤崎宮 - 三軒町 - 北津留 - 清水ヶ丘 - 山の下 - 北高入口 - 楠団地 - 武蔵ヶ丘中央 - 武蔵ヶ丘車庫 - 泉ヶ丘 - 下群・杉並台 (朝のみの運転)
2017年(平成29年) 2月22日: 藤崎宮前駅発御代志駅行き列車が、藤崎宮前駅を発車した直後に御代志方の1両が脱線した(熊本電鉄藤崎線脱線事故)。この影響で当日は藤崎宮前駅 - 御代志駅間が終日運休となり、翌23日の始発列車から黒髪町駅 - 御代志駅間で運転を再開した。事故が発生した藤崎宮前駅 - 黒髪町駅間は調査と原因究明のため当分の間運休となった。 3月7日: 脱線現場付近の復旧工事が完了し、始発列車より約2週間ぶりに全線で運転再開。
2019年(平成31年) 1月9日: 藤崎宮前駅 - 黒髪町駅間で再度列車が脱線。藤崎宮前駅 - 御代志駅間が終日運休となる。 1月11日: 夕方から黒髪町駅 - 御代志駅間の運転が再開。藤崎宮前駅 - 黒髪町駅間は引き続き運休。 2月3日: 全線で運行再開。 4月4日:上熊本駅 - 北熊本駅間で元東京メトロ03系の03形電車が営業運転開始。
2021年(令和3年)4月1日:路線バス事業において九州産交バス、産交バス、熊本バス、熊本都市バスと共に路線バス事業の共同経営を実施。
2022年(令和4年) 4月11日:菊池線・藤崎線でダイヤ改正を実施。全線において夜間ダイヤの見直しと金曜日・土曜日の深夜列車の増便、北熊本 - 上熊本間の始発列車繰り上げ、パターンダイヤ化などを実施。 10月10日:合志市の御代志地区土地区画整理事業に伴い、菊池線の再春医療センター前駅および御代志駅を移設。
山鹿線
交通センター - 林原 - 来民 - 山鹿(月 - 土曜のみ)
6000形 - 元東京都交通局6000形。1995年から2001年にかけて5編成10両が導入された。老朽化のため置き換えが進んでおり、2022年4月現在は2編成4両(6111A+6118A、6211A+6218A)が在籍している。
01形 - 元東京メトロ01系。5000形の代替車両として第1編成の01-36が2015年2月21日に搬入され、3月16日より営業運転を開始した。第2編成の01-35も2016年1月13日に搬入され、同年3月1日から営業運転を開始した。2017年10月現在、2編成ともくまモンのラッピング車となっている。
03形 - 元東京メトロ03系。2018年に3編成の導入が発表され、2019年4月4日から最初の編成が営業運転を開始した。
1000形 - 元静岡鉄道1000形。2021年2月18日、静岡鉄道が1000形電車1編成(1009号編成)を熊本電気鉄道へ譲渡すると発表。翌2022年2月1日未明には、改造を終えた当該車両が北熊本車両基地に搬入されたのち本線上で試運転開始。同年3月27日から運用開始した。また、2023年2月16日に静岡鉄道が1012号編成を譲渡すると発表した。
6000形(2022年1月)
01形(2017年9月)
03形(2022年1月)
1000形(2022年3月)
日中時間帯の一部に辻久保折り返しの便がある。 蓮台寺入口 - 熊本駅 - 桜町BT - 通町筋 - 藤崎宮 - 男女共同参画センター - 堀川 - 御代志 - 辻久保 - 泗水 - 富の原 - 菊池プラザ - 菊池温泉 桜町BT - 通町筋 - 藤崎宮 - 男女共同参画センター - 堀川 - 須屋駅 - 御代志 - 辻久保 - 泗水 - 富の原 - 菊池プラザ