リボソーム
真核生物では、リボソームはミトコンドリア(ミトリボソーム(英語版)ともいう)や葉緑体などのプラスチド(プラストリボソームともいう)に存在する。また、それらは大小のサブユニットが複数のタンパク質によって結合された1つの70S粒子を構成している。これらのリボソームは細菌のリボソームと類似しており、これらのオルガネラは共生細菌(英語版)に由来すると考えられている。中でも葉緑体リボソームは、ミトコンドリアのものよりも細菌のものに近い。ミトコンドリア内では、リボソームRNAの多くの断片が短縮されており、動物や菌類では、5S rRNAが別の構造に置き換わっている。特に原生生物であるリーシュマニア・タレントラ(Leishmania tarentolae)は、ミトコンドリアrRNAの集合体を最小限に抑えている。一方、植物のミトコンドリアは、細菌と比較して、拡張したrRNAと追加のタンパク質、特に多くのペンタトリコペプチドリピート(英語版)タンパク質の両方を持っている。
クリプト藻やクロララクニオン藻は、真核生物の痕跡核に似たヌクレオモルフ(退化した共生体の核)を持っている可能性がある。真核生物の80Sリボソームは、ヌクレオモルフが含まれる細胞内区画に存在する可能性がある。