慈恩寺 (寒河江市)
また明治5年(1872年)に修験禁止令が出されて慈恩寺修験の諸行事は行われなくなり、一山は困窮の極みに達する。困窮した坊は帰農し、神仏習合の典型であった修験は姿を消すことになった。しかし、明治14年(1881年)に「行者会」を結成し、年1回当番宅へ集まり山伏の服装をしてお経を唱え山伏料理を出して修験の遺風を今日に伝えている。
明治43年(1910年)法令改正により、華蔵院は智山派総本山智積院の本寺、宝蔵院も智積院の末寺、最上院は比叡山延暦寺の末寺となる。同年、陸軍大将乃木希典が拝観し、招魂碑を揮毫した。三重塔脇に石碑が残る。昭和27年(1952年)、慈恩寺は天台真言両宗慈恩寺派として独立することになり、昭和47年(1972年)に慈恩宗大本山慈恩寺として独立した。各院坊の住職は、真言方は宝蔵院・華蔵院で修行し位階を取得、天台方は最上院で修行して山寺立石寺で伝法灌頂(でんぽうかんじょう)を受けて僧侶としての位階を取得する。昭和35年(1960年)、明治5年以来88年間途絶えていた柴燈護摩会(さいとうごまえ)が復活した。以前の作法を元にしながら、宝寿院流に則った方法で行っている。