官軍
後鳥羽上皇:隠岐島に配流、上皇の持っていた荘園はすべて没収。
順徳上皇:佐渡島に配流。
貴族で上皇方についた6人:源実朝の妻の兄「坊門忠信」一人が流罪となり,他は処刑(死刑)。
上皇方についた武士:ほとんどが処刑(死刑)、領地はすべて没収。
この他、乱に関与していなかった土御門上皇が自ら望んで土佐(のちに阿波)に流され、仲恭天皇(乱当時4歳)が廃位された。
『日本書紀』の記す日本の歴史においては、神武天皇が即位前に、現在の宮崎県から東征し各地の豪族を鎮撫平定し、あるいは戦地を切り抜けて大和国に入り、橿原に都を定めて日本を建国したと説明され、天皇が親しく軍隊を指揮したと記述されている。その後も崇神天皇の時代に四道将軍が遣わされた。