ジョーダン・グランプリ
しかしギアボックスには新技術を採用し、F1では初となる前後の押し引きでギアチェンジができる「シーケンシャル」タイプを導入し、ギアチェンジにかかる時間が通常の物より速くなるとの触れ込みで大いに期待された。開幕前テストの時点ではドライバーのモデナから「シャーシーのフィーリングは良い」という感想も聞かれていたが、トランスミッションにはこの時点でトラブルが多い前兆が出ていた。
実戦が始まると、V8からV12への搭載エンジン変更が裏目となり、エンジンの重量増によるシャシーバランスの悪化、V12になったことで増えた発熱量に対してラジエーターの容量不足が露呈するなど、搭載エンジン変更に起因する多くのマシントラブルに悩まされた。そして新ギアボックスの信頼性不足もあり、ジョーダン2台ともに前年のような速さを見せる場面がないままシーズンを過ごし、モデナは予選落ちを4度喫する不振、グージェルミンは予選落ちこそなかったもののノーポイントでシーズンを終了。チームもポイント獲得がモデナによる最終戦オーストラリアGPでの6位入賞(1ポイント)1度のみと失速、2年目のジンクスに填まる。ヤマハとの関係も悪化し長期契約は同年限りで破棄され、両ドライバーも揃って同年を最後にF1シートを失う最悪の結果となった。
タイトルスポンサーのDHLが前年で撤退し、これまでチーム規模を拡大してきていたことも災いして、一気に財政危機に陥る。ホンダエンジンも供給先をB・A・Rに一本化し、それにともない佐藤もB・A・Rへ移籍。これによりホンダからの大幅減額が廃止されたことで使用継続を断念し、使用料が安い(実質無料とも言われた)フォード・コスワース・RS1を使用することとなった。ドライバーはフィジケラが残留し、佐藤に代わってフォーミュラ・ニッポン前年チャンピオンのラルフ・ファーマンと契約した。イギリス人のファーマンと契約することでベンソン&ヘッジス社からの支援額が若干上乗せされはしたものの、資金不足は改善せず、EJ13はバランスが良いオーソドックスなマシンだったが、資金不足と非力なカスタマーエンジンでは苦戦、ミナルディと最下位を争う位置まで後退してしまう。その苦境の中、ブラジルGPでは雨絡みの荒れた展開の中でフィジケラが奇跡的なF1初優勝を達成。この優勝はチームにとって最後の優勝となった。この勝利以外は入賞2回で、前年を上回る13ポイントを獲得したがランキングは9位に後退した。
アイルランド出身のエディ・ジョーダンが、それまで自らレーサーとして参戦していたイギリスF3選手権で1979年の終わりに設立したプライベートチーム「エディ・ジョーダン・レーシング (EJR) 」が前身。ジョーダンはレーサーとしては引退し、1983年に前年F3ランキング4位のマーティン・ブランドルを新たに起用。ブランドルはシリーズ2位を獲得するとF1に昇格した。1987年にはF3での二年目となるジョニー・ハーバートを採用するとこの年7度のポールポジション、5回の優勝を挙げ、イギリスF3を制覇した。
1988年からハーバートと共に国際F3000選手権にステップアップ。当時ジョーダンは新興コンストラクターであるレイナードとのつながりが深く、F3・F3000ともにレイナードシャシーで参戦。1988年の国際F3000開幕戦はチームとハーバート、レイナードにとってもF3000へのデビュー戦であったが、ここでハーバートはポールポジションからのF3000デビューウィンをチームにもたらした。1989年には新たに起用したジャン・アレジがチャンピオンを獲得するなど国際F3000選手権の強豪チームに成長する。