パラケルスス
また当時の大学教授は赤い帽子を被り、ガウンを着て、指に金の指環をはめて講義を行っていたが、パラケルススはこの規則を破って黒いベレー帽を被り、薬品で汚れた服で講義を行ったり、同年の6月24日にはギリシャの医学者ガレノスや『医学典範』で知られたペルシャの医学者イブン・スィーナー(ラテン語名ではアヴィケンナ、アヴィセンナ)、スペインの哲学者イブン・ルシュド(ラテン語名ではアヴェロエス)など、権威ある医学書、ルネサンスに入って再評価されつつある重要な学者たちの書いた本を学生の前で燃やしたため、一気にバーゼル中を巻き込んだ大問題となったという逸話が残っている(真偽は不明)。
二年後の1528年2月には大学を追放され、バーゼルからも追放されたため、ライン川やドナウ川方面へと放浪を続けた。その間に書かれた主な著作に「パラ三部作」と呼ばれるうち、2番目に書かれた『パラグラヌム』などが挙げられる。
1541年9月24日にザルツブルクにて満47歳で没した(48歳とも)。亡くなった理由としては単に病死した説や、居酒屋で喧嘩をして殺されたという説や、暗殺されたという説が挙げられた。遺体はザルツブルクにある聖セバスチャン墓地に埋葬された。
19世紀はじめにドイツの解剖学者サミュエル・トーマス・フォン・ゼンメリング(英語版)がパラケルススの遺体を掘り出して死因について調査を行ったところ、頭蓋骨の後頭部に外傷が見受けられ、暗殺されたという説を裏付けたとされるが、その後にカール・アバーレという人物が四回にも渡ってパラケルススの遺体を調査した結果、後頭部の外傷はくる病によるものだと診断された。
彼の実証的であると同時に神秘主義的哲学的医術は、医師・占星術師・数学者・宇宙研究家でヘルメス的カバラ(英語版)・薔薇十字団の支持者として知られるロバート・フラッド (医師)などに影響を与えた。パラケルススの死後には、医化学派、パラケルスス派が形成され、パラケルスス派の思想は全ヨーロッパに広まった。(パラケルスス派はカトリックだったパラケルススと異なり、プロテスタントだった。)パラケルススの名を冠する偽書も書かれた。
ヘルモント父子に影響を与え、「アルケウス」という考えは後にフランドルの医師ヤン・ファン・ヘルモントに受け継がれた。息子はフランシス・メリクリウス・ファン・ヘルモント(英語版)。
ドイツの神秘思想家ヴァレンティン・ヴァイゲルとヤーコプ・ベーメは、パラケルススの神秘思想に影響を受けた。
「世界初の化学工学者」と呼ばれるドイツの薬剤師ヨハン・ルドルフ・グラウバーはウィーンで発疹チフスに罹患し、ノイシュタットの泉の水がチフスに効果があると住民から聞いて治癒した。この時、パラケルススも以前にノイシュタットの泉の水を研究していたことを知ったグラウバーは感銘を受け「パラケルススの後継者」になることを目指した。
17世紀ドイツ人科学者のヨハン・ベッヒャーに影響を与えた。ベッヒャーは、燃焼を説明する理論「フロギストン説」の起源とされる。(詳細はフロギストン説#前史を参照)
心理学者カール・グスタフ・ユングは、パラケルススの思想には「無意識の心理学」の萌芽があると考え、『長寿論』(長寿の書、De vita longa)を分析した。
代替医療の一つ「ホメオパシー」は、パラケルススの思想・医学に着想を得たといわれる