ムスリム同胞団
2013年7月2日、軍は3日夕方までに政治的対立が解消されなければ介入すると警告した。ムルシーは「命を懸けて正統性を守る」と演説して退陣を拒否、大統領府は各政治勢力が参加する暫定内閣の設置を呼び掛けた。軍を率いるシーシーは反政府デモ拡大による混乱の収拾を図るため、事実上のクーデターを敢行、カイロの大統領支持派の拠点に装甲車を出して道路の封鎖を行った。3日の夜、シーシーは国民に向けてテレビ演説を行い、ムルシーが制定した憲法の停止を宣言、ムルシーの権限を剥奪し、最高憲法裁判所長官アドリー・マンスールが暫定大統領に就任したと発表した。さらに憲法改正や大統領選挙を約束して、国民に事態収拾の道筋を示した。タハリール広場には反大統領派の人々が集まり、花火を打ち上げて歓喜の声を上げた。一方、同胞団は「明らかなクーデターであり、選挙に基づく人々の意思を損なうものだ」と抗議する声明を発表した。シーシーのテレビ演説には反大統領派連合の代表エルバラダイ、コプト教会教皇タワドロス2世(英語版)、アル=アズハル大学幹部などが同席し、リベラル派・キリスト教会・スンニ派宗教権威が「クーデター」を支持していることが示された。
同胞団らモルシー支持派はデモに繰り出し、各地で座り込みを行った。
ヨルダンにおいても、同胞団は社会慈善活動を軸として強固なネットワークを形成しており、同国の同胞団の政治部門であるイスラム行動戦線(IAF)は政権入りした経験を有する政党である。
1980年代以降、同胞団は人民議会の選挙に参加している。1984年に人民議会選挙(全454議席、その内10議席は大統領の指名)に非合法組織(宗教政党は禁止されている)ながら無所属という形で候補者を擁立した同胞団は、新ワフド党と連合を組んで8議席を獲得した。1987年には、「イスラーム協約」として社会主義労働党・自由党と連合して36議席を獲得し、実質的な野党第一党となった。1984年に内科医師職能組合で25議席中7議席を獲得てから、各種職能組合で勢力を急拡大した。
1990年代の同胞団はイスラムの理想と現実との落差に悩まされ、国家や新興イスラム勢力からの攻撃に晒された。湾岸危機が生じると、ムバーラクは統制下にあるイスラム勢力に、エジプトの外交政策を支持する声明を出させた。一方の同胞団は湾岸危機への対応を巡って分裂し、国際的にも孤立した。湾岸戦争が終わると、スーダンの支援を受けたとされるイスラム集団やジハード団によるリベラル派・コプトへの襲撃が相次ぐ。ムバーラクはこの事態を受けて同胞団の主張を逆手に取り、エジプトを「宗教国家」であると宣言して、モスクの国有化に乗り出す。国の管理が強化されたモスクでは急進派や同胞団が排除された。また、選挙のたびに同胞団に対する締め付けが行われ、同胞団系の無所属議員は選挙のたびに人数を後退させ、与党・国民民主党(NDP)の議席が増加した。しかし、2000年選挙では17議席を獲得し、復調傾向を見せた。
第7代最高指導者ムハンマド・マフディー・アーキフは就任直後の2004年に「改革イニシアティヴ」を発表し、シャリーア(イスラーム法)施行やイスラームの教えに基づくエジプトの包括的改革を訴え、エジプト国内で大きな反響をもたらした。
パレスチナ - 1987年にはアフマド・ヤースィーン(Åhmad Ḁsmáoíl Hasan Iásín、1937年-2004年)が同胞団パレスティナ支部の武装闘争部門としてハマースを結成している
リビア - 1949年に同胞団が設立されたが、カダフィ政権崩壊まで公の活動はできなかった。カダフィ大佐死後の2012年3月3日に同胞団系の政党として公正建設党を設立している。
バーレーン
イラン
イラク - イラク・イスラーム党 クルド自治区 - クルドイスラム連合(英語版)
イスラエル
クウェート
サウジアラビア - 同国ではテロ組織に指定されている。
レバノン - イスラム集団
イエメン - イエメン改革会議
アルジェリア
モーリタニア
モロッコ - 公正発展党
ソマリア
チュニジア - ナフダ
インドネシア - 別名の関連組織がある
インド - 別名の関連組織がある
パキスタン - 別名の関連組織がある
マレーシア - 別名の関連組織がある
アフガニスタン - 別名の関連組織がある
モルディブ - 正義党
タジキスタン
ロシア - 同国ではテロ組織に指定されている。
イギリス
アメリカ