上熊本駅
小野田セメント(現在の太平洋セメント)のサービスステーション及び施設への専用線が存在し、金田駅からセメント輸送貨物列車が運行されていた。このほか、構内の一部が熊本製粉の専用線になっていた。
1999年(平成11年)3月31日:駅レンタカー営業所営業終了。
2002年(平成14年):熊本市電の車両基地が移転(作業用自動車庫・電車留置線は交通局に残された)。
2005年(平成17年)4月1日:JR貨物の駅(貨物の取扱)が廃止。
2006年(平成18年)1月21日:駅機能を仮駅舎に移設。
2011年(平成23年)3月12日:九州新幹線全線開業に伴うダイヤ改正により、特急が無停車となる。
2012年(平成24年)12月1日:JR上熊本駅で交通系ICカードSUGOCAの供用開始。
2015年(平成27年) 3月14日:鹿児島本線連続立体交差化一部完成、高架化によるJRの新駅舍供用開始。 4月1日:熊本電鉄上熊本駅で交通系ICカード・くまモンのIC CARD対応。
2016年(平成28年)12月11日:JR上熊本駅、駅ナカ商業施設「えきマチ1丁目 上熊本」オープン。
2019年(令和元年)10月1日:熊本電鉄が駅ナンバリング導入。熊本市電の停留場名を上熊本駅前停留場から上熊本停留場に改称
上熊本線(3系統新町・辛島町経由)は2面1線、坪井線(4系統広町・白川公園前経由)は単式1面1線であった。