岩井食品
今回の事故に関してそれぞれ別々に保健所を持つ北海道と札幌市の連携不備による発表の遅さも指摘された。札幌市保健所へ最初に高齢者施設より食中毒発生の連絡が入ったのが2012年8月7日で、8月9日には岩井食品の製品が感染源とする可能性が高いと判断していたが、「"可能性が高い"というだけでは発表できない」としてすぐには業者名が発表されず、浅漬けの製品と患者の便から検出された菌の遺伝子が一致した8月14日に初めて公表された。札幌市保健所は問題となった製品「白菜きりづけ」の札幌市内での流通先を8月14日に公表したが、札幌市外の流通先は北海道に委ねる形となり、北海道による発表は8月15日と1日遅れる形となった。食中毒の感染源や患者が広範囲に渡った場合の連携に関して、両者に取り決めは無かったという。北海道知事の高橋はるみは「タイミングが合わなかった事は反省する」「二重行政の弊害のようなことが出てきた」と述べたのに対し、札幌市長(当時)の上田文雄は「二重行政とは違う」「情報の精査に時間がかかるタイムラグの問題」と否定する一幕もあった。
札幌市保健所が2008年10月に岩井食品の製品の抽出検査を行った際にも基準を上回る細菌が検出されており、食材の殺菌方法の改善を指導していた。その後2009年1月に岩井食品より提出された改善報告書には、殺菌効果を高める為に白菜を従来より細かく切る、塩素濃度を上げて適宜測定し数値を記録に残す、などの報告がなされていた。しかし、今回の事故による調査で岩井食品には塩素濃度を記録した帳簿が見つからなかった。作業自体は改善報告書に則っていたとしているが、消毒液の交換時期などの具体的に基準は決めておらず、ほぼ従業員の判断で行なっていたという。また、岩井食品では週に1回外部の業者に委託して製品の検査を行なっていたが、その検査項目にO157は含まれていなかった。民間業者へのO157の検査は高額であり1回1万円程かかるため、コスト削減のために項目を外したとされている。
漬物の製造において、たくあんや福神漬けなどはパック後に熱湯による加熱が施されることや、ぬか漬けやキムチなどの「伝統的」な漬物は高い塩分や乳酸菌発酵により菌が死滅することも有るが、昨今の浅漬けは「減塩志向」により塩分濃度が低い調味液に漬けられただけのものが多く発酵がされないこと、お湯に通すと食感が損なわれるため一般的に加熱殺菌は行わないことなどが原因であるとの指摘もされた。
2012年8月7日、札幌市内及び苫小牧市内の複数の高齢者施設にて下痢・血便などの症状を呈した入居者が発生していることが明らかになり、8月11日 - 12日にかけて女性入居者計2名が腸管出血性大腸菌感染症により死亡する。札幌市保健所が調査したところ、各高齢者施設で共通して8月1日に岩井食品の浅漬け製品「白菜きりづけ」が提供されていたことが判明し、その製品及び有症者の便を検査したところ、双方に同じ遺伝子型の腸管出血性大腸菌(O157)が検出された。札幌市保健所は「白菜きりづけ」を原因とする食中毒事件であると断定し、岩井食品に対して8月14日からの営業禁止を命じた。また、保健所は8月9日の段階で既に岩井食品を原因の一つとして疑い、製造施設の調査を開始しており、8月10日には「白菜切りづけ」が原因である可能性を同社に指摘し、8月11日に自主休業及び販売先へ原因となった商品「白菜きりづけ」の回収依頼をしている。