はやぶさ型ミサイル艇
当初、想定される敵水上艦艇の最大速力、および不法行動を行う高速船の速力を32~33ノットと見込んで、これに対し6ノット以上の優位を確保し得るよう、02PGと同様40ノット以上の速力が求められ、主機関は2基とされていた。しかしその後、能登半島沖不審船事件を受けて要求速力が40ノットから44ノットに引き上げられ、主機関の搭載数は3基とされた。
主機関はアメリカのゼネラル・エレクトリック社が開発し、石川島播磨重工がライセンス生産しているLM500-G07ガスタービンエンジン(出力5,400馬力)を3基搭載している。各エンジンは船体に並列に並べられ、それぞれ一基のウォータージェット推進のノズルに接続されている。LM500-G07エンジンはミサイル艇1号型に搭載されているものと同型であるが出力が400馬力向上している。最大速力は44ノットに達する。
ウォータージェット推進器としては、1号型では荏原製作所300CDW型が採用されたのに対して、本型では三菱重工業のMWJ-900Aとされている。これは海自で初めて操舵後進機構を備えたウォータージェット推進器であった。
機械室前方の補機室には発電機2セットが設置されている。その原動機としては新潟鐵工所の6NSE-Gディーゼルエンジン(380馬力)、発電機としては東芝製の出力200キロワットのものが用いられている。
ウォータージェットノズル
高速航行
上記の経緯により、02PGの反省から、耐航性と独立行動能力の確保が最大の留意事項となった。まず船体が大型化され、02PGが50トン型であったのに対し、本型では200トン型となった。
船型としては、02PGの水中翼船型にかえて、滑走型案が2案検討された。1つは全く新しい双胴型で、もう1つは魚雷艇で実績のあった単胴型であった。平成11年度概算要求時の完成予想図ではどちらともつかない曖昧なラインが描かれていたが、部内では、1998年の時点で双胴型が採択されていた。しかしその後、1999年の能登半島沖不審船事件を受けて要求速力が40ノットから44ノットに引き上げられたのを受けて、主機関の搭載数が2基から3基に強化されたため、機関区画の配置上、双胴型の採用は困難となった。これを受けて船型は単胴型に変更されたが、予算要求成立後にこのような大きな変更が行われたのは海自創設以来初めてのことであった。
船体断面としては、技術研究本部第1研究所の水槽試験によって、単胴型の角形・丸形・V形を比較・検討した結果、船体抵抗が少なく、動揺特性の優る角形が選定された。艇尾船底は、ウォータージェットの海水吸入口を設けたためフラットな形状になっており、浅海面への進出を容易とするとともに推進効率を高めている。一方、艇首部は、凌波性を確保するために断面形状をV形とし、側面部はダブルナックル、いわゆるコーナーを2段つけて、高速時の艇首衝撃を下部チャインで緩和し、ピッチングに対する影響を低減させる船型とした。
戦闘システムの中核として戦闘指揮所に配置される戦術情報処理装置はOYQ-8B(12・13PGではOYQ-8C)とされている。これは1号型で装備されたOYQ-8の改良型で、電子計算機は新世代のAN/UYK-44とされた。OYQ-8と同様にリンク 11の運用能力を備えているのに加えて、データ通信付加装置を連接することで海上作戦部隊指揮管制支援システム(MOFシステム)にも対応している。MOFシステムは、艦橋構造物後方に配置されたNORA-1衛星通信装置を通じてSUPERBIRD B2通信衛星と接続して、各種司令部から攻撃命令や攻撃に関する情報資料を受け取ることができる。
兵装については、艦対艦ミサイル(SSM)は02PGと同じで90式艦対艦誘導弾連装発射筒2基を搭載した。一方、砲熕兵器については、02PGでは20mm多銃身機銃を搭載していたのに対し、本型では62口径76ミリ単装砲に変更された。これは、不法行動等対処任務の付加に伴って、小型武装船舶への対処に有効な武器として、一般的に小型武装船舶が保有すると見積もられる武器よりも射程が長く、相手に対して威圧可能な武器が求められたためであった。
その高速性と武装を生かし、日本近海に出没する他国艦艇の監視によく駆り出されており、特に北海道の余市に配備される第1ミサイル艇隊所属艇と、長崎県の佐世保に配備される第3ミサイル艇隊所属艇については、外国から日本領域への玄関口になるうえ重要な海峡が存在するために、京都府の舞鶴に配備される第2ミサイル艇隊所属艇に比べると任務従事比率が高いものとなっている。 また、不審船対処訓練については、地勢上の理由から第2ミサイル艇隊および第3ミサイル艇隊の従事比率が高い。
今後は順次退役し、代替としてもがみ型護衛艦(FFM)が複数、就役する予定である。ただし同護衛艦については、地域配備護衛隊(2桁護衛隊とも)の護衛艦、地方隊配備掃海艇、そしてはやぶさ型ミサイル艇と3艦種の後継であり、どの艦種から代替していくのかが発表されていないため、具体例な除籍時期は不透明になっている(2022年に2隻が就役したが、同年7月に至るも代わりに除籍された自衛艦はない)。