堀之内貝塚
その後、1949年(昭和24年)から翌年にかけて立教大学などが行った3度の発掘調査でこれまで注目されていなかった貝塚より下層の関東ローム層を発掘したところ竪穴建物跡が検出された。
1954年(昭和29年)には日本人類学会70周年記念事業として、早稲田大学・慶應義塾大学・明治大学の合同発掘調査が行われて初めて本格的な地形測量が行われた。更に1963年(昭和38年)の明治大学の調査でほぼ全容が明らかにされた。また、1960年(昭和35年)に堀之内貝塚の貝の性格について、日常生活において食用などに用いられた貝であるとする芹沢長介と、貝塚を加工用の剥き身場と推定して干貝などの形で他の地域に移し出したとする後藤和民が論争を行っている。1967年(昭和42年)には貝層全体が国の史跡に指定された。
現在、貝塚に隣接して市川考古博物館が建設され、姥山貝塚など周辺の貝塚とともに出土品が公開されている。また、その隣接地には市川歴史博物館も開設されているが、こちらは堀之内貝塚の約2キロメートル南の下総国府設置以後の歴史を取り扱っている。
説明板付近から貝塚域を望む
竪穴建物跡1949年に立教大学が発掘調査実施。