Snake's Revenge
アウターヘブンを陥落後、ある要塞であらゆる地形に対応できる核搭載二足歩行戦車が開発されているという情報を入手。FOXHOUND隊員・ソリッド・スネーク大尉に潜入任務が依頼される。任務は敵要塞内に仲間と共に潜入、メタルギアを破壊することであった。
スネークは海軍情報局出身。ジョン・ターナー、海兵隊員・ニック・マイヤーと共に敵要塞内に潜入任務を遂行する。そしてメタルギア格納庫にて量産型メタルギアを破壊し脱出しようとするが、ニックが消息不明になり、母体メタルギアはまだ破壊されていないことがわかった。
こうしてもう一度要塞メインベースに戻り、謎のコードネーム「your Person」とコンタクトを取るために潜入を再開する。