どんどん焼け
京都御苑自体は焼失を免れたが、市中が荒廃しきったため、明治天皇が東京に行幸する動機の1つとなったとされる。
同時に勤皇派に協力的な勢力への弾圧が行われ東本願寺、本能寺など多くの寺院も焼失した。
西本願寺は敗残兵を匿ったがそれを目撃した新選組や会津兵が放火を示唆し恫喝を行った。一橋家が仲介して放火は免れたが、西本願寺は新選組屯所として北集会所や太鼓楼等の提供と移転費用の全額負担を認めさせられた。この新しい新選組屯所は不動堂村へ移転するまでの2年間利用された。
火災は、京都経済を支えてきた町衆に大きな打撃を与えた。町衆主導で行われてきた祇園祭は翌年中止、翌々年には復活するものの規模は縮小された。多くの山鉾が焼失するといった事情のほか、経済的な事情も大きかったものといわれる。その後30年ほどかけてほとんどの山鉾は復興したが、菊水鉾・綾傘鉾・大船鉾等、復興に非常に長い年月を要したものがある。鷹山に至っては196年後の2022年に復興した。なお、布袋山はいまだ復興がなされていない。
六角獄舎に捕縛されていた囚人たち(平野国臣、水郡善之祐、古高俊太郎などもそのうちの1人)は、獄舎が類焼し逃亡することを恐れた役人により、判決が出ていない者が多数いたにもかかわらず斬首された(結局獄舎が火災に遭うことはなかった)。
幕府は京都市民の救済のために米を用意し払い下げを行ったが救済としての効果は低く、被災市民は幕府に不満を募らせることとなった。一方、騒乱を起こし敗残兵を匿うことで大火の原因となった長州藩に対しては恨む声よりも同情する声が強まった。京都から逃走中に尼崎で自害した長州藩士山本文之助は残念さんとして祀られ畿内から参詣人が相次いだ。幕府はこうした長州同情論を抑制すべく長州藩の罪状を記した制札を建てて長州藩を批判するとともに市民の長州藩への協力を禁止したが、後にこの制札が三条制札事件の要因となった。