長鯨 (潜水母艦)
同時期の長鯨は原隊の第11潜水戦隊に復帰しており、瀬戸内海において伊号第四十七潜水艦や伊号第五十八潜水艦などの新造潜水艦と共に訓練を実施した。
12月19日、特殊水上攻撃機晴嵐を搭載できる伊号第十三潜水艦が第十一潜水部隊(旗艦長鯨)に編入された。 12月30日、日本海軍は伊十三と伊号第四百潜水艦により第一潜水隊を編制した。翌31日、第一潜水隊は第十一潜水部隊に編入された。長鯨麾下の各隊・各艦は瀬戸内海で訓練に従事した。
1945年(昭和20年)1月中旬、長鯨は呉海軍工廠で25mm単装機銃を装備した。 3月19日の呉軍港空襲では、小数機による空襲を受けたが被害はなかった。長鯨の付近にタンカー「さばん丸」(三菱海運、10,241トン)が停泊しており、米軍機はこちらに攻撃を集中して大破着底に追い込んだ。
5月以降、空襲の激化にくわえて瀬戸内海がB-29が投下する機雷で封鎖される。長鯨をふくめ第十一潜水戦隊も日本海側に移動することになった。 6月1日、長鯨は呉を出発する。伊予灘を経由して、4日舞鶴港に到着した。だが日本海側もB-29の空襲や機雷作戦により、安全地帯ではなくなっていた。 6月8日、長鯨は舞鶴港外で触雷して軽微な被害を受けた。機雷敷設のため、舞鶴周辺の長鯨と第17駆逐隊(雪風、初霜)も、ほとんど行動できなくなる。7月30日、伊根湾で敵艦上機の攻撃を受け、長鯨は艦橋に直撃弾を受け中破する。戦死者100名以上、負傷者100名以上を出した。
1941年(昭和16年)12月8日の開戦時、長鯨は引き続き第三艦隊麾下の第六潜水戦隊(司令官河野千萬少将)旗艦であった。 第六潜水戦隊はカムラン湾に進出する。第六潜水戦隊の一部兵力(長鯨、伊123、伊124)は比島部隊潜水部隊として、フィリピン攻略(比島作戦)や蘭印攻略(蘭印作戦)を支援した。当時の長鯨は艦首部分に白波を描き、艦側面には魚雷発射管を描くなど、迷彩を施していた。 長鯨はミンダナオ島のダバオ(比島作戦時)やスラウェシ島スターリング湾(蘭印作戦時)等に停泊し、潜水艦作戦を支援した。
1942年(昭和17年)3月10日、第四潜水戦隊(旗艦鬼怒)の解隊にともない、鬼怒は第十六戦隊へ、第18潜水隊は呉鎮部隊へ、第19潜水隊は第五潜水戦隊へ、第21潜水隊は第六潜水戦隊に編入される。この時点での第六潜水戦隊は、母艦長鯨、第13潜水隊(伊121、伊122、伊123)、第21潜水隊(呂33、呂34)であった。 4月1日、長鯨は佐世保に帰投した。その後、呉に移動した。 4月10日、日本海軍は第二段作戦に対応して戦時編制の改訂を実施する。これにともない第六潜水戦隊は解隊された。長鯨は予備艦となる。呉鎮守府(司令長官豊田副武大将)部隊に編入され、練習艦兼警備艦に指定される。以後、海軍潜水学校練習艦として訓練に従事した。
8月31日、日本海軍は戦時編制の改訂により伊34・伊35・さんとす丸で呉潜水戦隊を編成し、呉鎮守府部隊に編入した。同部隊は新造潜水艦の訓練と練成を主任務としていた。 12月15日、呂号第百潜水艦は呉潜水戦隊から第八艦隊麾下の第七潜水戦隊に編入される。呂百型潜水艦の配備にともない、酸素魚雷の調整設備をもった長鯨の第七潜水戦隊編入がきまった。