日本飛行機
1990年4月に専務の自宅が放火される日本飛行機専務宅放火殺人事件が発生し、家族が殺害された。中核派革命軍が犯行声明を出した。これは日本飛行機が防衛庁、アメリカ軍の航空機を整備していることが関連していると言われた。
2003年5月に防衛庁が発注したYS11等の自衛隊機の整備事業で労働時間を水増しし、約86億円を不正請求していたことが発覚。この他にも、ボーイングとのボーイング777の共同開発事業に財団法人日本航空機開発協会を通じて政策投資銀行からの融資を受けたが、開発費を水増しし、結果として国の補助金約1,000万円を不正に受給したことも発覚した。防衛庁に対しては2004年2月27日に遅延損害金を加えた約123億円を返還した。
2014年2月、大雪のため航空機整備施設が損壊し自衛隊航空機等10機が損傷し、70億円以上の損害を与えた。損壊した整備施設は2017年に再建された。