京都大学フィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林
一方、残された灰野までの区間については、この区間に道路がないことから、今後も軌道を使用するため、1973年にたびたび水害で流されてきた由良川橋梁を鉄筋コンクリート製の橋に架け替えたほか、枕木を一部コンクリート製のものにするなど軌道の整備が行われた。整備区間は年々奥へと延伸され、1993年には灰野橋が鋼鉄製の桁橋に架け替えられたことにより、整備区間が灰野の先まで延伸された。最近では由良川橋梁に、歩行者の転落防止のために手すりが取り付けられている。
車両は東京大学演習林軌道が大規模な伐採事業を行っていたことから本格的なガソリン機関車やディーゼル機関車を所有していたのに対し、当研究林では、当初、トロッコを人力や馬力で押し上げ、下りはブレーキを操作しつつ滑走していた。その後機関車を導入して作業の効率化を図ったが、機関車といってもトロッコの台枠に農業用のエンジンを搭載し、その上に簡単な屋根を乗せただけのものだったので、屋台形機関車と呼ばれていた。機関車以外にもトロッコの台枠にミゼットのエンジンを搭載した自走式人車もあり、こちらは林内の巡視などに使用されていた。また、大規模伐採時期には業者が機関車やトロッコを持ち込んで使用していたが、こちらの実態については不明である。
現在の森林軌道は林内の巡視などのために灰野までの区間で極めて不定期ながら運行されている。灰野から先は落石や倒木、あるいは赤崎の大Ωループ橋のように朽ち果てて倒壊した木橋などが連続しており、軌道の復活はおろか歩行も困難を要する。また、国土地理院の1/25,000地形図「中」では1979年修正、1981年5月発行版まで「特殊軌道」の記号で表されていたものが、1991年修正、1992年5月発行版では「徒歩道」の記号で表されている。
当研究林には後述の通り由良川源流沿いに森林軌道が設置されている。日本の大学研究林(演習林)で森林鉄道が設置されたのは、奥秩父の山中にある東京大学秩父演習林内に設置された東京大学演習林軌道の他に例を見ない。
演習林開設以前、この地域には道らしい道が整備されていなかったことから、演習林の開設と同時に林道の整備を開始した。主要な林道はなるべく自動車の通行が可能なように整備されたが、止むを得ない場所については軌道で整備されることとなり、演習林事務所から由良川源流に沿って中山に至る区間に軌道を敷設することが計画された。工事は1927年に事務所から大蓬までの軌道敷開削工事が完成、翌1928年には七瀬まで完成した。当初完成したのは路盤だけであったが、軌道の敷設工事も行われ、1934年には事務所 - 赤崎間にレールを敷設、1936年には大蓬まで延伸された。敷設された軌道の軌間は762mmで、レールの重さは6kgないし4kg、枕木は伐採された栗材やブナ材に腐食防止用のクレオソート油を塗ったものを使用した。しかし、当初計画区間のうち七瀬 - 中山間については路盤工事も行われず、歩道として整備されるにとどまった。その後、太平洋戦争が始まると林産資源確保のために小野子谷への軌道延伸が計画され、1942年に由良川を渡る橋が完成、1943年には小野子東谷にあった作業所まで軌道の延伸が行われ、七瀬までの本線区間が本谷軌道と呼ばれたのに対して小野子仮軌道と名づけられた。1944年には小野子仮軌道の途中から分離して小野子西谷を遡上する区間が延伸されたが、この区間は仮軌道とは言いながらも線路を内務省の由良川堰堤工事事務所から借用したものを使用するなど、路盤も線路も本谷軌道より高規格のものが使用された。