フラニョ・トゥジマン
大統領に就任したトゥジマンは、事実上の独立宣言とも言える『クロアチア民族の自治権に基づく〝クロアチア人の為の純潔国家〟の樹立』を内外に宣言。この宣言に対し、「クロアチアは連邦内に留まるべき」と主張しクロアチア独立に反対するクロアチア共和国内のセルビア人組織は強く反発した。結果としてセルビア本国の民族主義者より支援を受けたクロアチア共和国内のセルビア人組織は、クロアチア共和国内に新たにクライナ・セルビア人自治区と東スラヴォニア・バラニャおよび西スレム・セルビア人自治州と言う二つの自治国家を樹立し、自治国家内に居住する多くのクロアチア人住民を国外へ追放(初期段階における民族浄化)、トゥジマン政権と対決した。
1990年12月21日、トゥジマン政権が提案し共和国議会の承認を経て、クロアチア共和国憲法が改正された。この改正はユーゴスラビア連邦からの離脱権、クロアチア人の民族自決に基づくクロアチア人国家の創設等を明記していた。中でも「クロアチア文化に基づく統合政策(主な内容としては、共和国内に居住する非クロアチア人もクロアチア語を公用語として使用する事、セルビア正教・ムスリムの信者はローマ・カトリックへ改宗する事、クロアチア共和国へ忠誠を誓わない者に対してクロアチア共和国発効の身分証明書を発行しない等)」は、クロアチア共和国内に存在する二つのセルビア人自治国家、いわゆる二重国家体制の解消を意図した物であったが「共和国内に在住するセルビア人に対する露骨な同化政策である」とセルビア本国の民族主義者は強く反発、クロアチア共和国内に在りながら自治国家に参加していない(親クロアチア的)セルビア人からも「トゥジマン政権からの最後通牒」と受け取られる厳しい内容であり、クライナ・セルビア人自治区内のセルビア人からは、トゥジマン政権を「第二次世界大戦中の傀儡国家・クロアチア独立国を指導したクロアチア人組織・ウスタシャの復活である」と激しく非難を受けた。
これはトゥジマン政権としては東欧諸国の共産政権が崩壊し、西側諸国による冷戦の勝利が明らかとなる国際情勢下において、国際的にも独立に対してある程度の賛同を得ているクロアチアに対し、ユーゴスラビア連邦が軍事力による本格的な独立阻止の行動を取るとは想定していなかった為である。正規軍であるユーゴ連邦軍とユーゴスラビアに重火器等の軍事支援を受けたセルビア人勢力に対し、士気旺盛ながら装備的に劣るクロアチア警察軍とクロアチア人民兵組織は各地で激しく抵抗した。しかし首都ザグレブの陥落は免れたものの、連日の砲撃に焦土と化した地方都市の惨状は惨憺たる物となった。
1991年11月、EU(ヨーロッパ連合)の仲介を受け両軍は停戦に合意したが、軍事的にはクロアチア警察軍、クロアチア人民兵組織の完全な敗北であった。停戦監視の為に国際連合保護軍 (UNPROFOR) が派遣される中、1991年12月、クロアチア共和国内のセルビア人勢力(クライナ・セルビア人自治区、スラヴォニア・バラニャ・西スレム自治組織)が統合されクライナ・セルビア人共和国として独立を宣言。事実上の敗戦により、クロアチア共和国はその国土を大きく喪失する事となった。
1992年1月、クロアチア共和国軍とユーゴスラビア連邦軍の停戦が正式に発令し、クロアチア共和国は名実共に完全独立を果たす。
1992年、直接選挙によりトゥジマンはクロアチア共和国大統領に再任された。しかし独立は果たしたものの、セルビアによるクロアチアの再統合を標榜するクライナ・セルビア人共和国内の民兵組織は依然として軍事的な脅威であった。