繊毛虫
旋毛綱 Spirotrichea 被甲亜綱 Armophorida メトプス目 Armophorida プロトクルジア亜綱 Protocruziida プロトクルジア目 Protocruziida 少毛亜綱 Oligotrichia コレオトリカ目 Choreotrichida ハルテリア目(少毛類) Oligotrichida 下毛亜綱 Hypotrichia ユープロテス目 Euplotida 棘毛亜綱 Stichotrichia アンフィシエラ目(棘毛類) Stichotrichida 櫛口亜綱 Odontostomatida ディスコモルファ目(櫛口類) Odontostomatida ファコディニウム亜綱 Phacodiniida ファコディニウム目 Phacodiniida
梁口綱 Nassophorea ナスラ亜綱 Nassophoria ナスロプシス目(単膜類) Synhymeniida ナスラ目 Nassulida ミクロトラクス目 Microthoracida レプトファリンクス目 Propeniculida
層状咽頭綱 Phyllopharyngea 層状咽頭亜綱 Phyllopharyngia キルトス目 Cyrtophorida アンキストロコマ目(有吻類) Rhynchodida 漏斗亜綱 Chonotrichia キロドコナ目(外生胚類) Exogemmida アクチニコナ目(内生胚類) Cryptogemmida 吸管虫亜綱 Suctoria - スイクダムシ類(吸管虫類) ハリヤマスイクダムシ目(外生芽類) Exogenida ボンボリスイクダムシ目(内生芽類) Endogenida ハナエダスイクダムシ目(外転芽類) Evaginogenida
繊毛虫門として独立させる考えやアピコンプレクサ門に属させる考えなどあって、定まっていない。下位の分類群についても、現在も大きく変動しているようで、今後も大きな見直しがあるかも知れない。以下に示すのは、その1例と考えていただきたい。
繊毛虫門 Ciliophora
原始大核綱 Karyorelictea トラケロネマ亜綱 Protostomatia トラケロネマ目(原口類) Protostomatida ロクソデス亜綱 Loxodidia ロクソデス目 Loxodida Protoheterotrichia亜綱 Protoheterotrichida目
異毛綱 Heterotrichea 異毛亜綱 Heterotrichia ラッパムシ目 Heterotrichida - ラッパムシ (Stentor) クリーブランデラ目 Clevelandellida プラギオトマ目 Plagiotomida リクノフォラ目 Licnophorida ペリトロムス目 Peritromida
リトストマ綱 Litostomatea 毒胞亜綱 Haptoria シオカメウズムシ目(毒胞類) Haptorida - シオカメウズムシ Didinium アンフィレプツス目(側口類) Pleurostomatida アクチノボリナ目(咽頭類) Pharyngophorida 毛口亜綱 Trichostomatia パランチディウム目(有口庭類) Vestibuliferida エントディニウム目 Entodiniomorphida