葉圏
葉は空気中に曝されているため、大気汚染物質は葉圏面積に付着しやすく、葉圏微生物と接触しやすい。葉の表面には汚染物質の低分子フェノール化合物が大気中の10倍以上の濃度で蓄積されている。このフェノール化合物は葉圏の常在菌により分解されている。Sandhu(2009)は、葉圏細菌の汚染物質の分解は大気の浄化に少なからず影響していることを指摘している。
個々の葉圏細菌の相対的な細胞数やコロニー数は植物種によって異なる。葉圏細菌の群集構造は同種植物の葉圏で類似し、異種で大きく異なる傾向がある。例えばカンキツ類では、系統的に近しいネーブルオレンジ(Navel orange)とバレンシアオレンジ(Valencia orange)で群集構造は非常に似ており、同じ生育場所・環境でも、系統的に遠いオロブランコ(Oro Blanco)とは明確に異なる。