藤氏長者
久安6年(1150年)、藤原忠実は嫡男の関白・藤氏長者忠通と不仲になり、その弟の頼長を関白と藤氏長者とするよう鳥羽法皇に求めたが拒絶された。忠実は「氏長者我譲、無有勅宣、然則取長者授爾何有所怖憚矣(氏長者は私が勅命なしに譲ったものだ。これを取りあげて頼長に授けてもなんの恐れ憚ることがあろうか)」と述べたという。忠実は武士に命じて氏長者の印たる朱器台盤を剥奪して頼長に授け、忠通との対立は保元の乱の一因となった。
保元の乱後、忠実・頼長父子は謀反人とされ、忠通が後白河天皇の宣旨をもって藤氏長者に任じられた。これは現任の長者である頼長が逃亡中(後に死亡)であったことによる特殊な経緯に基づくもので、その後も藤氏長者が必ずしも宣旨によって任じられた訳ではなかった。しかし、鎌倉時代に入って摂関家が分裂し、親子間での継承が行われなくなると、長者の交代に際して前任者と後任者の間でトラブルが頻発するようになり、後任者が天皇にその地位の保証を求めるために宣旨を得ることになったのが故実化して、藤氏長者が天皇の宣旨によって任じられる地位になっていった。
慶応3年12月9日(1868年1月3日)、「王政復古の大号令」により摂関は廃止された。慶応4年2月22日、左大臣九条道孝が氏長者の宣旨を受けた。3月19日の太政官布告により、藤氏長者は他の氏の長者と同様に春日大社からの執奏の権限を失った。また律令制の廃止に伴い、氏爵推挙の権能も失った。明治4年10月12日(1871年11月24日)の太政官布告「公用文書ニ姓尸ヲ除キ苗字実名ノミヲ用フ」により、公的な場で藤原氏の氏は用いられなくなり、藤氏長者の地位は形式上も意味を持たなくなった。