ヒトマイクロバイオーム
腸管はヒトの体の他の部位と比べても多様性に富んだ微生物が生息する部位である。もっとも、門レベルでは一部の分類が優占し、ほとんどの細菌がバクテロイデス門とフィルミクテス門に属する。また、他にもメタン生成菌や酵母に代表される真核生物、主にファージによって構成されるウイルスも生息する。腸内マイクロバイオームの主要な構成がヒトの間で共有されているにも拘らず、構成生物の組成はヒトの間でも大きく異なる。腸管の微生物叢については特に3つのエンテロタイプと呼ばれる微生物叢のグループが提唱されている。3つのエンテロタイプはそれぞれに特有な細菌の系統によって特徴付けることができ、これらの特徴的なグループは地域に依存せずに存在する。
年齢は腸内の微生物叢に変化を与える要因の一つである。特に生後3年までの間は腸内の微生物叢の構造が変動しやすい。その間に腸内微生物叢は多様性と安定性を徐々に大きくしてゆく。他にも宿主であるヒトの遺伝情報や食文化、外部環境など様々な要素がヒトの腸内微生物叢と関連している。また、近年の研究成果から疾患と細菌叢の関係が明らかにされてきた。例えば肥満とそれに伴う2型糖尿病のような生活習慣病は、ヒトの遺伝情報だけではなく、腸内細菌叢を構成する細菌種の割合とも関係していることが、疫学調査や動物実験から明らかにされた。環境が清潔だとアレルギー性疾患に罹患しやすいとする衛生仮説も微生物叢との関連から説明され得る。経済的に豊かな富裕国では、病原性のない(または病原性の弱い)寄生虫や真菌、乳酸菌といった常在性の微生物に感染する機会が失われている。