シソ目
APG植物分類体系では、ムラサキ科とレンノア科は系統がかなり異なるとしてシソ目から外された。かつての体系では、ゴマノハグサ科・ノウゼンカズラ科・モクセイ科・キツネノマゴ科などはゴマノハグサ目、オオバコ科はオオバコ目に含まれていた。また、アワゴケ目のアワゴケ科・スギナモ科はオオバコ科の中に含められている。
これらは形態的には多様であるが、系統的にはいずれも比較的近縁であることが明らかになり、また従来の形態などに基づく分類は系統分類になっていないため、再編成されている。たとえばクマツヅラ科の一部はむしろシソ科に近いためそちらに移され、ゴマノハグサ科はオオバコ科やハエドクソウ科に近縁なものなど複数のグループ(科)に分割されている。
プロコスペルマ科 Plocospermataceae - 1属1種
カールマニア科 Carlemanniaceae - 2属5種
モクセイ科 Oleaceae - 24属615種
テトラコンドラ科 Tetrachondraceae - 2属3種
キンチャクソウ科 Calceolariaceae - 2属260種
イワタバコ科 Gesneriaceae - 約147属3460種