ローマ字
原則として、「カ、サ、タ、ナ、ハ、マ、ヤ、ラ、ワ、ガ、ザ、ダ、バ、パ」行子音を「k, s, t, n, h, m, y, r, w, g, z, d, b, p」で表す。拗音(開拗音)は「子音字 + y + 母音字」で表す。
旧ヘボン式および修正ヘボン式では英語発音への近似性から「シ」を「shi」、「チ」を「chi」、「ツ」を「tsu」、「フ」を「fu」、「ジ」を「ji」、サ行拗音を「sh-」、タ行拗音を「ch-」、ザ行拗音を「j-」で表す。
日本式では現代仮名遣いまたは歴史的仮名遣いの厳密翻字に基づき、「ヂ」「ヅ」「ヲ」を「di」「du」「wo」と表記するが、訓令式とヘボン式では表音主義(表音式仮名遣い)に基づき、「ヂ→ジ」「ヅ→ズ」「ヲ→オ」と置換したように訓令式では「zi」「zu」「o」で、ヘボン式では「ji」「zu」「o」で表記する。
英語版ウィキペディアにおいては日本関係記事のスタイルマニュアルにおいて、他の表記法が一般的な場合を除き、ローマ字表記に修正ヘボン式を用いることが推奨されている。特に、日本語の発音を専用テンプレート等で表す際は、必ず修正ヘボン式が用いられる。このため、例として en:Tempura(天ぷら)の項目のローマ字表記が tenpura となるなど、記事名と本文中のローマ字表記に差異が生じることがある。
英語圏では訓令式は「文部省式」(Monbushō system)という通称でも知られるほか、後述の「ISO 3602」という規格名で呼ばれることもある。
内閣告示第1号第2表でヘボン式(1 - 5行目)と狭義の日本式(6 - 9行目)も認めた が、それらは「国際的関係その他従来の慣例をにわかに改めがたい事情にある場合」に限られるとされる。 狭義の日本式のうち、「ぢゃ dya、ぢゅ dyu、ぢょ dyo、くゎ kwa、ぐゎ gwa、を wo」が本表に記載されず第2表に記されている。これは昭和21年(1946年)の第11回国語審議会答申の「現代仮名遣い」に準拠したからである。
なお、第2表に従って修正ヘボン式および日本式でローマ字をつづる場合にも「そえがき」を適用する。そえがきには「はねる音『ン』はすべてnと書く」とあり、旧ヘボン式の撥ねる音を「m」と書く表記は規格外となる。