日本占領時期のインドネシア
敗戦後の日本兵の扱いは、戦争中に拘束された捕虜、戦争後に拘束された降伏日本軍人(英語版)(JSP)、そして戦争犯罪容疑者に分類される。ほとんどの日本軍兵士および植民地管理の文民が戦後日本に送還された。数千人以上の肉体労働や治安維持活動といった戦争犯罪に関する選別および約1038人の個人に対する戦争犯罪裁判を経て、彼らは残りの日本の船で日本に送還された。約1,000人の日本人兵士が、当時は連合軍の指揮下だった自分達の部隊から脱走し、現地のコミュニティに同化した。これら兵士の多くはTNIや他のインドネシア軍事組織に加わり、アブドゥル・ラクマン(市来龍夫)をはじめインドネシア独立戦争で死んだ者もいた 。脱走した日本兵のうち独立戦争に参加したのは八百数十名とされている。
1949年までに、オランダ当局は1038人の容疑者(蘭印占領に関与した拘束日本兵)に対して448件の戦争犯罪裁判を行った。そのうち969人(93.4%)が有罪となり、うち236人(24.4%)が死刑判決を受けた。
1943年11月に緊急食糧対策要綱を定め、米の多収穫品種導入や稲作技術指導、未墾地と休閑地の利用、企業農園の米作転換、勤労奉仕の強化などを行なったが、具体的な効果はなかった。日本と異なる気候や土壌で短期間に指導員を要請することは困難だった。加えて籾の強制供出制度で農民の生産意欲は減退しており、建設工事のために農村から徴用したために労働力が不足していた。米の増産は失敗し、それにも関わらず大量の米を日本軍が徴発したため、インドネシア各地で食料不足が起きた。日本軍政監部は、米不足を補うための代用食を住民にすすめた。この代用食を宣撫関係者は「闘争メニュー」(menu perdjuangan)と呼び、サツマイモ・キャッサバ・糠を混ぜた「闘争粥」、ヤシ砂糖と糠を使った「東亜パン」、トウモロコシ・キャッサバ・大豆の粉を混ぜてパンにする「アジア粉」などがあった。物資の不足につれてバナナの木の根や幹、パパイヤの葉、キャッサバの葉、タロイモの根なども代用食になった。1944年から1945年にかけて、ジャワでは約240万人が食料不足で死亡したとされる。
オランダ政府は日本に協力していたスカルノを日本の傀儡とみなして交渉をせず、独立を認めなかった。第二次世界大戦前のオランダの国民所得の15%はインドネシアにあり、植民地の利益の継続が重要とされていた。オランダでは、「インディエがなくなると災難が生まれる」(Indië verloren, rampspoed geboren)というスローガンも使われた。
初代首相となったスタン・シャフリルは、日本軍政に非協力だったため、スカルノの代わりにインドネシア政府の代表としてオランダと交渉した。1946年にはリンガジャティ協定が結ばれるが、この協定を根拠としてオランダが植民地支配の復活を進めたため、シャフリルは国内で批判されて退陣した。次のハッタ首相はオランダ政府から主権委譲を受けようとした。しかしオランダ政府はインドネシア独立を認めず、再占領と再植民地化を試みて共和国軍との戦闘が開始され、インドネシア独立戦争となった。独立戦争では、数万から数十万の人々が死亡した。