土山駅
単式・島式の複合型2面3線のプラットホームを持つ中線待避構造の橋上駅になっている。ホームの東側は明石市の市域である。
停車列車が主に使用する上り本線は1番のりば、下り本線は3番のりばである。2番のりばは上下線共用の中線である。駅の北東には保線車両などの留置線が2線敷設されている。
かつては南側に別府鉄道のホームがあり、3面5線の広大な構内だった。また、駅ホームの南側には貨物輸送のために留置線が2線設置されていたほか、山陽本線とも線路は直接つながっていた。
直営駅(加古川駅の被管理駅)。アーバンネットワークエリアに属しており、ICOCA及び提携ICカード利用可能駅である。