梵字
ラン llaṃ とキシャ kṣa を含めないと四十九字門となる)である。また、別摩多を字母に含めない伝承もあり、この場合はラン llaṃ を含めるか否かによって四十六字門ないしは四十七字門となる。
以上とはまったく別な四十二字門(最初の5字をとってアラパチャナとも言う)という配列も『大般若経』などに見られる。『華厳経入法界品四十二字門』(不空訳)に従うと以下の順である。
a ra pa ca na la da ba ḍa ṣa va ta ya ṣṭa ka sa ma ga tha ja sva dha śa kha kṣa sta ña rtha bha cha sma hva tsa gha ṭha ṇa pha ska ysa śca ṭa ḍha
「ṅa・jha・ha」がなく(『大般若経』では rtha と bha の間に ha があり、43文字になっている)、また ysa のように通常のサンスクリットに存在しない音があるため、本来はサンスクリットではなく別の言語のための配列であったと考えられる。リチャード・サロモンは四十二字門がカローシュティー文字で書かれたガンダーラ語の文字配列に由来すると考えている。
文殊菩薩の真言「oṃ arapacana dhīḥ」は、四十二字門の最初の5字に基づく。