久保田藩
5代藩主隆韶以降は仙台藩主伊達氏から養子を取っており、佐竹氏との血縁関係は無くなった。
慶応4年(1868年)の戊辰戦争では、当初奥羽越列藩同盟に加盟したものの、12代藩主隆邦は朝廷の上洛命令に奥羽諸大名の中で唯一従い明治天皇に拝謁したほどの勤王派であったことから、久保田藩などとともに同盟を離脱し奥羽鎮撫隊(新政府軍)側についた。しかし、先鋒として最前線で酷使されたこと、監軍・山本登雲助(山口藩士)の横暴な振舞いに耐えかねたこと、庄内軍の猛攻に怖気づいた山本が本荘・亀田を見捨てて秋田へ退却したことにより、亀田藩は庄内藩と和議を結んで再度列藩同盟に加入し、久保田藩を攻撃した。結果的に朝敵となったため、山本に命じられた久保田藩兵の放火によって亀田城は焼失したが、降伏嘆願書を受領した黒田清隆によって難儀な事情を考慮され、隆邦の隠居と2,000石の減封という寛大な処分で済まされた。