ナバーラ内戦
1479年にフアン2世が死に、レオノールが即位したが、彼女は即位後15日で死去した。フランスの後ろ盾を持つ幼い孫のフランシスコ・フェボが、母マドレーヌ・ド・フランスの摂政の下で即位した。カトリック両王は、フランシスコ・フェボの妹であるカタリナをアストゥリアス公フアンと結婚させようと圧力をかけるが失敗した。1483年にフランシスコ・フェボが夭折すると、カタリナが即位し、ジャン・ダルブレと結婚した。
1486年、フェルナンド2世はナバーラの前線に軍隊を送った。1488年にナバーラ王とカトリック両王によって結ばれたバレンシア条約では、カタリナ女王の同意なしに貿易のため国境が開かれること、スペイン軍のナバーラ駐留が決められた。カタリナとジャン・ダルブレの戴冠式は、カトリック両王の妨害で実現が遅れた。ナバーラとガスコーニュは独自の軍を持つことが禁じられ、ナバーラの知事や兵士たちはカトリック両王に忠誠を誓うよう強制された。カトリック両王の許可なしに、ナバーラ王の息子の結婚が決められないとされた。国内にスペイン軍が駐留した状態で、1494年1月13日、女王カタリナとジャン・ダルブレの戴冠式が挙行された。
1500年以降、ナバーラ王家の子孫とカトリック両王の家族との結婚が模索された。寡夫となったフェルナンド2世は、後添えとしてナバーラ王家の血を引くジェルメーヌ・ド・フォワ(レオノールの孫の一人でカタリナの従妹、フェルナンドの姪孫にあたる)を選んだ。
1512年、フェルナンド2世はベアウモンテセス派と同盟し、ナバーラ王国のピレネー南麓へ侵攻し、短期間で占領した。ナバーラ内戦の矛盾は、イサベル1世の死後カスティーリャ摂政となっていたフェルナンド2世が、かつてベアウモンテセス派が王と認めず反乱を起こしたフアン2世と2度目の妃フアナ・エンリケスの息子であったことである。もう一つの矛盾は、アラゴン王であるフアン2世からナバーラ王国の独立を守ろうと立ち上がった人々が、フアン2世の死後にカスティーリャの同盟者となったことである。カスティーリャによる占領後、アグラモンテセス派は多数が弾圧された。1515年にブルゴスで開かれたカスティーリャのコルテスにおいて、ナバーラの併合が決定された。
その後、フランスの支援を受けたアグラモンテセス派はナバーラを奪還しようと、1512年、1516年、1521年の3度試みた。最後の1521年のパンプローナ蜂起では、ベアウモンテセス派貴族も含め幅広く参加した。このとき、ナバーラ王国全体の解放が確定する寸前まで至った。しかしパンプローナ近郊のノアインの戦いで、カスティーリャ軍は再びナバーラを平定した。
ピレネー北麓のナバーラ王国はフランスの保護下で存続することとなった(バス=ナヴァール)。