コインブラ大学-アルタとソフィア
それらは19世紀には閉校されることになるが、かつてソフィア通りには、そうしたコレジオとその教会がいくつも存在していた。現存するコレジオには、コレジオ・ド・カルモ (Colégio do Carmo)、コレジオ・ダ・グラサ (Colégio da Graça)、コレジオ・デ・サン・ペドロ (Colégio de São Pedro)、コレジオ・デ・サン・トマス (Colégio de São Tomás)、コレジオ・デ・サン・ベルナルド (Colégio de São Bernardo)、コレジオ・デ・サン・ボナヴェントゥラ (Colégio de São Boaventura)、コレジオ・ダス・アルテスなどがある。
18世紀には、王国の大臣だったポンバル侯爵セバスティアン・デ・カルヴァーリョが、当時の啓蒙主義に影響を受けた反教会権力的な信念に基づき、特に科学教育方面での抜本的な大学改革を行なった。コインブラ大学植物園をはじめとする自然科学系の施設、研究機関などには、この時期に設立されたものがいくつもある。
創立された1290年からエヴォラ大学(英語版)が開学した1559年まで、およびそれを運営していたイエズス会が追放されてエヴォラ大学が一度閉校となった1759年からリスボン大学とポルト大学が開学した1911年までのあわせて数百年に及ぶ期間、コインブラ大学はポルトガル唯一の大学の座にあった。