マスターチーフ
幾つもの不運を潜り抜け辛くもこの作戦に成功したチーフはヘイローを破壊し、オータムに搭載された長距離爆撃機に乗って地球へと帰還する。
かくして、人類と、ヘイローを「人類を死滅させる最終兵器」と信じて疑わないコヴナント、その本能に従い生命体を襲い尽くすフラッド、そしてそのフラッドを外界へと放出しないようヘイローを起動させようとするモニターたちとの四つ巴の戦いは幕を閉じた。 この戦いで生き残ったのはジョンとコルタナのみであった。
奇しくもこの行為が敵対者であるコヴナントの命までも助ける事となったのだが、真実を知らない彼らにとって、宗教的シンボルの破壊により、人類に対してさらなる憎悪を抱いてしまう結果となったのだ。
なお、『Halo: Combat Evolved』を最高難易度でクリアーすると黒人軍人であるジョンソンが最後を悟り、敵エイリアンの一人と和解して抱擁したまま爆死するが、後の『Halo 2』、『Halo 3』では最重要人物の一人として登場するためパラドックスが発生している。故にジョンソンの脱出の経緯は描かれていないものの、実際にこの戦いで生き残ったのはチーフ・コルタナ・ジョンソンの三人である。
チーフは惑星メリディアンのアポジステーション内部の鉱山、ガーディアンの手前でチーフを拘束するために追ってきたオシリスらと出会い一戦交えるも、ガーディアンに乗り込み惑星ジェネシスへやってきた。そこでコブナント、プロメシアンとウォーデン・エターナルの三つ巴を突破、コルタナと再開する。彼女はダイダクトの船に取り残され、船がスリップスペースジャンプをしてジェネシスにたどり着いたのだった。そしてAIが7年を超えると発症する「ランパンシー」が、フォアランナーの全銀河系をつつむネットワークシステム「ドメイン」につながったことにより直ったのだとチーフらに説明した。コルタナを追い、探索を続けるチーフらだが、その間にチーフはコルタナの継承(AIによる人類の支配)への手伝いをさせられていたのだった。会話を重ねるうちにコルタナが危険であることを感じ、任務をチーフらの身柄確保から救助に切り替え追ってきたオシリスの一人ロックとも和解するが、ウォーデンとコルタナにより人工冬眠装置「クリプタム」に囚われる。しかし、オシリスに救出され、その後惑星サンヘリオスへ帰還しアービターやハルゼイ博士と再会、「遅かったわね」と言われた。
マスターチーフが地球に帰還すると、戦いの事情はかなり変わっていた。コヴナントの一角を成すサンヘイリ族(UNSCコードネーム:エリート族)がコヴナントから離反し、人類と手を結んでいたのである。彼らと協力して「真実の預言者」を倒すことになるのだが、その間もチーフの視界には宇宙の彼方に置き去りにした相棒コルタナの姿が映り止まない。感情を露にしない彼が、明らかに彼女の安否を気にしているということである。真実の預言者はアフリカで発掘した巨大な遺跡に陣取り、それを囲むように軍を配備。ハリネズミのような防除陣地であったが、チーフはエリートの調停者「アービター」や海兵隊員たちとともにこれを突破。防衛線に穴を開けることに成功する。すかさずテレンス・フッド卿率いるUNSC艦隊の生き残りは預言者の船に総攻撃を仕掛ける。だが、預言者の船は遺跡上空に出現した異次元へのホールを潜って何処かへ消えてしまう。
物語はコヴナント視点により、コヴナントの聖なる宇宙船都市ハイチャリティにて幕を開ける。 前作で聖なるヘイローをみすみす破壊されて逃げ帰ってきたコヴナント軍の司令官が、裁判にかけられていた。彼は異端者として焼印を刻まれ、死刑と同等の厳しい判決を言い渡される。 しかし、彼の有能さを知っていた預言者たちは、預言者直属の兵士「アービター」となることで救済をすることを約束し、彼はそれを受け入れることになる。
一方、ヘイローでの戦いを終えてマスターチーフは地球へと帰還するが、コヴナントの指導者の一人『悔恨の預言者』が率いる艦隊が地球への攻撃を開始する。 アフリカのニューモンバサの地中深くにはヘイローに関連する遺物「ポータル」が埋まっており、このポータルは銀河系に7つ存在するすべてのヘイローを遠隔操作できるための鍵であるとコヴナントは信じていた。 コヴナントの最高指導者は3人いるが、そのうちの一人である悔恨の預言者の独断による勇み足であった。
地球の軌道上には300近くの防衛プラットフォームがあるものの、コヴナントは歩兵搬送艦でステーションの制圧に乗り出したため、マスターチーフは配備されていた海兵隊員たちと共にステーション・カイロを防衛する。 戦闘の過程で隣接する宇宙ステーションのアテネ、マルタが破壊されるが、それはAIコルタナの分析によりコヴナントが内部で爆弾を使用したことが判明する。 チーフは早速ステーション・カイロ内部で持ち込まれた爆弾を発見し、宇宙空間へ飛び出して爆弾をコヴナントの戦艦に返送した。