フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ
作曲:伊福部昭 / 歌:キップ・ハミルトン
劇中で外国人歌手が歌う。本作品に主演したラス・タンブリンは、自身のファンだという音楽グループ・DEVOと会った際にこの映画の話をされ、この曲をソラで歌えると言われて相当驚いたと語っている。
戸川アケミ役の水野久美は、別役ではあるものの「幼少期のフランケンシュタインを知る研究者」という前作とほぼ同様の役柄を演じている。
当初、スチュワート博士役にはタブ・ハンターが予定されていた。実際にスチュワート博士を演じたラス・タンブリンは、定時の撮影後は共に来日した妻とホテルへ直帰し、食事などの交歓の誘いも一切断わるなど、ニック・アダムスがスタッフや俳優たちと積極的に交流したのとは対照的な姿勢をとった。撮影現場でもまったく演技を合わせようとせず、土屋嘉男によれば、水野久美はタンブリンの態度に怒ってヒステリーを起こしたこともあったという。
タンブリンは娘のアンバー・タンブリンが2007年日本公開の『呪怨 パンデミック』に出演した際に妻と共に来日し、40年ぶりに東宝のスタジオを訪れて撮影を見学した。また、2014年にハリウッドのイベント「モンスターパルーザ(英語版)」でタンブリンと再会した佐原健二は友好的に会話し、同じ作品に出演した同志であることを感じた旨を語っている。
詳細は「東宝特撮映画の登場兵器#サーチライト車」を参照
嵐の夜、三浦半島沖を航行する漁船・第三海神丸が大ダコに襲撃され、沈没する。唯一生き残った男性が「仲間は全員、タコに続いて海から現れたフランケンシュタインみたいな怪物に食われた」と繰り返したうえ、噛み砕かれて吐き出されたかのような乗組員の衣服が引き上げられたことを受け、海上保安庁はフランケンシュタインの研究で有名な京都のスチュワート研究所へ連絡する。
スチュワート博士は「研究所で育てられ、1年前に富士で死んだはずのフランケンシュタインが生き返り、漁船を襲ったのではないか」との問いに「仮に生き返ったとしても海にいたり人間を喰うことはあり得ない」と答え、サンダと名付けられたこのフランケンシュタインを世話していた所員の戸川アケミも「サンダはおとなしく素直だった」と答え、疑いを全面否定する。
しかし、その後も三浦半島付近では海の怪物による被害が相次ぎ、スチュワート博士とアケミはフランケンシュタインの目撃報告をもとに谷川岳へ、間宮博士は山中湖へ、それぞれ向かう。その結果、引き上げられた漁船からは海棲生物の細胞組織が、山中では巨大な足跡がそれぞれ発見された。間宮の持ち帰った細胞組織がフランケンシュタインのものと判明した直後、曇天の羽田空港に巨大なフランケンシュタインが現れ、女性事務員を食らう。雲間から太陽が覗くと、フランケンシュタインは慌てて海へ姿を消した。
一連の事件がフランケンシュタインによるものと判明し、スチュワート博士とアケミは対策会議に出席するために上京する。スチュワート博士は、山と海にそれぞれ別のフランケンシュタインがいるのではないかと想像する。