藤井システム
藤井自身も模索を続けており、2008年には矢倉も実戦で試すようになった(ただし通常の矢倉の定跡手順ではなく、相振り飛車も視野に入れたものである)ため、当時の『週刊将棋』紙に「矢倉党に転向」と紹介されたこともあった。藤井自身、藤井システムを「ファーム落ち」と表現しているが、藤井システムを捨てたわけではなく「いつ一軍で投げさせるか、わかりませんよ」としている。事実、藤井は2012年に先手後手の双方で複数回藤井システムを指し、第53期王位戦では、挑戦者決定リーグで高橋道雄と牧野光則を、挑戦者決定戦では渡辺明を破って羽生王位への挑戦権を得た。2014年5月12日の王位戦で居飛車穴熊の木村を終盤もたつきはあったものの撃破。A級から陥落したものの、研究は怠っていないところを見せた。 その後、2015年頃から後手番藤井システムが復権傾向にあり、2016年には第24期銀河戦で藤井が優勝する原動力となり、第64期王座戦五番勝負第2局など、他の対局でも現れるようになっている。
このような変遷を経た現在での四間飛車対策では、穴熊や急戦に加え上述のミレニアム囲いや増田康宏が多用し注目された銀冠穴熊などで藤井システムを警戒することで開発された戦法が増えている。特に高く構える左美濃では2五歩から4五歩で攻めの取っ掛かりを与えることになるので、陣形の不備を補う手段として飯島流引き角戦法をはじめ陣形を低く構える角道不突左美濃型が開発されていった。この他相振り飛車も定跡が整備され角道を止める振り飛車への有力な対策とみなされるようになるなど、藤井システム以前の穴熊一辺倒だった時代から比べるとかなりの多様化を見せている。
藤井は相手の穴熊模様の将棋において杉本の指し方をヒントに前述の1992年銀河戦の神崎戦で、▲3九玉-3八銀型に構えて▲3七桂から2五桂、そして▲4五歩と角の利きで攻める指し方を披露しているが、こうした藤井システムに類似した居飛車穴熊に対する振り飛車の仕掛けでは、羽生善治の例が知られる。1995年10月の全日本プロトーナメント、▲真田圭一対△羽生戦で、後手の羽生は四間飛車△7一玉-7二銀型から△7三桂に構え、△4五歩~6五歩の急戦を仕掛けている。また、出雲大社で行われた 1995年11月の竜王戦第3局、▲佐藤康光対△羽生戦では前記同様の△7一玉-7二銀型に△9三桂~8五桂で7七の角をどかして戦端を開く指し方をみせている。
この他、藤井が穴熊に対してシステムを指す前に、久保利明が井上慶太相手に類似の戦型を一週間前に指しており、久保は奨励会時代に▲4八玉型で▲2五桂からの端攻めを愛用していたという。
藤井が穴熊相手に初披露したのは、1995年12月22日の順位戦B級2組対・井上慶太戦であり、47手の短手数で井上を投了に追い込んだ(右図は途中図)。この時穴熊は早くの▲3七桂上がりから▲4五桂の筋を警戒した△6二銀型で、この穴熊について藤井は独自に研究をしていた。
また近年では、本来の四間飛車だけではなく、三間飛車においても居玉のまま戦う藤井システム調の戦法が採用されることがある。
2009年8月30日に放映されたNHK杯戦において、後手番を引いた久保利明が採用したのが初号局(右図)である。その後佐藤和俊が2016年度NHK杯戦においてこの戦法を採用し屋敷伸之・羽生善治・橋本崇載といった強豪棋士を相次いで倒し準優勝したことで大きく注目された。佐藤はその後将棋フォーカスに講師として出演しこの戦法を解説した。
この戦法の特長としては、四間飛車藤井システムに比べて角頭を狙う急戦に強い点、および△5二金左を保留することにより展開によっては袖飛車・右四間飛車・中飛車などへ振り直し居飛車調の戦いへ転換することが容易である点が挙げられる。一方で△4五歩の威力が減じていることや、ミレニアム模様で▲6八角と▲2四歩の仕掛けを狙われた場合に△2二飛と受けることを強要されるなどのデメリットがある。
5筋の歩を突かない居飛車穴熊に対して、角筋で相手玉を睨みつつ自玉側の桂馬と香車で一気に端攻めを狙う三間飛車は「トマホーク」として知られる。2016年に奨励会の三段リーグで山本博志が藤井聡太に対して採用し快勝した例などがある。
「トマホーク (将棋)」も参照
藤井システムが広く知られるようになる前、居飛車側は対振り飛車戦において急戦に自信がない場合、左美濃・居飛車穴熊で玉を固く囲う戦法が有効とされていた。これらの囲いは振り飛車側の美濃囲いと堅さが同じかそれ以上で、しかも持久戦模様になると居飛車側からのみ仕掛けの権利があった。これに対して振り飛車側の有力な対策がなく、振り飛車を指す棋士が減少した。青野照市はこの頃の状況を、森下卓の言葉を引用して「矢倉の研究が忙しいから、振り飛車には穴熊と左美濃を交互にやってればいいんだ」と表現した。藤井自身も「居飛車党は矢倉の研究が忙しいので、振り飛車には左美濃と居飛車穴熊を交互にやっておけばいい、という言葉があったくらいだ」と当時を回顧し述懐している。
振り飛車(四間飛車)党であった藤井も居飛車穴熊と左美濃への対応には苦慮し、対左美濃戦において振り飛車側も銀冠を見せて、その囲いの途中(2七銀・3九玉・4七金・4九金の状態)で飛車を右翼に戻して左美濃の玉頭に殺到する構想を試したことがある(1995年全日本プロ将棋トーナメント(のちの朝日オープン将棋選手権)、藤井猛対行方尚史戦)。この将棋は河口俊彦の『新対局日誌』に取り上げられており、藤井はこの構想を林葉直子が指していたものだとしている。これは藤井システムが登場する前の将棋であるが、左美濃の玉頭を攻める構想は共通している。
参考局面1は左美濃対四間飛車の一変化で、初出は1993年10月1日のJT将棋杯 日本シリーズ、先手郷田真隆対後手羽生善治戦である。