ヒヨケムシ
ヒヨケムシは雌雄とも後体の生殖孔内側にある1つの房室(genital chamber)から対になる生殖腺が後方に続く。雌性生殖腺は1対の短い卵管(oviduct)と、大小の卵母細胞(oocyte)が密生した長大な卵巣(ovary)からなる。雄性生殖腺は1対の肥厚な精管(vasa deferens)とその末端から2つに枝分かれた2対の精巣(testis)からなり、一部の種類は房室の左右に1対の嚢(lateral pouch)がある。雄成体の精巣は萎縮し、成体になるまで生成された精子を精管に蓄えている。精子は丸みを帯びた単調な形で、鞭毛がない。これら構造は雌雄とも種類によってやや異なる場合があり、例えばヒヨケムシ科の卵管は複数の分岐を有し、サメヒヨケムシ科の精子は他の科より細長い。
ヒヨケムシの消化系は発達で、順に前腸・中腸・後腸に分けられる。前腸は口上板などに覆われる咽頭と、脳の間(食道孔 oesophageal foramen)を貫通する食道からなる。中腸は脳の後方から後体の末端直前まで長大に伸ばし、前体と後体の境目でくびれている。両筋に発達した消化腺(diverticula)が並び、特に後体のものは体腔を充満した数多くの分岐に枝分かれている。肛門直前の後腸は、排泄物を一時的に貯まる用の嚢を背面にもつ。
ヒヨケムシの呼吸器は気管系(tracheal system)であるが、クモガタ類にしては異様に発達で、その構造は全体・細部とも昆虫のものを彷彿とさせる(収斂)。前体2つ(1対)と後体5つ(2対+1つ)の気門に繋がる気管は全身を貫通して所々に分岐と連合があり、鋏角・触肢・脚にも及ぶ。少なくとも大型種(知られる限りサメヒヨケムシ科とスナハシリヒヨケムシ科)は、鋏角内部の気管が数対の気嚢(air sac)に発達する。また、前体と後体の境目は1枚の横隔膜(diaphragm)に分かれ、これも呼吸に関与する構造だと考えられる。ヘモシアニンなどの呼吸色素をもたない。
後縁の周辺には細かな外骨格(parapeltidium)が数枚あり、順に両前方の「anterior arc」(arcus anterior)・中央の「median plagula」・両後方の「posterior arc」(arcus posterior)に分かれるが、種類により融合と発達具合が異なり、それぞれ特定の体節に対応するとも考えられる。後半2枚の背板(mesopeltidium と metapeltidium)は柔らかく、第5-6体節(第3-4脚)に対応する。このように第4-5体節の間から分節し始めた前体は、コヨリムシ・胸板ダニ類(Acariformes)・ヤイトムシにも見られる。
背甲の前端中央はやや盛り上がった眼丘(ocular tubercles)で、中眼(median eye)由来の単眼が1対ある。なお、一部の種類は、鋏角と関節した両前端に痕跡的な側眼(lateral eye)と思われる構造も1対以上兼ね備えている。