マルグリット・ドートリッシュ
1501年12月2日、シャルル8世の従弟にあたるサヴォイア公フィリベルト2世と再婚したが、ここでマルグリットはイサベル譲りの政治的手腕を発揮した。夫フィリベルト2世は政治に無関心であったため、国政の実権はフィリベルトの庶兄ルネ・バタールが握っており、貴族が利権を占有するなど政治的に腐敗し国民は重税に苦しんでいた。彼女は内政の事情を把握するとルネの悪政を暴き、彼の権限を剥奪して国外へ追放した。さらに既得利権を占有する貴族を政治から排除し、スペインの行政に倣って官僚制度を導入した。こうした政治改革により、彼女は経済的に困窮した公国を苦境から救った。今度の結婚でも夫婦仲は優れて円満だったというが、フィリベルトは1504年9月2日に催された狩猟大会の折、生水にあたったことが原因で9月10日に死亡した。
1495年、兄フィリップとカスティーリャ=アラゴン王女フアナ、マルグリットと王太子(アストゥリアス公)フアンの二重婚姻が決まった。1497年3月4日にスペインのカンタンテル港に着き、4月3日にブルゴスのサンタ・マリア聖堂で結婚式が執り行われた。フェルナンド2世、イサベル女王を始めスペイン国民は、健康でしっかりした王太子妃ができたことを大変喜んだ。夫婦仲はとても良かったが、フアンは結婚後わずか半年で病死した。彼女は第1子を懐妊中に未亡人となり、さらにその後男児を死産した。これについて父マクシミリアン1世はフランス王家の陰謀だと疑ったといわれる。
その後イサベル1世の厚意もあり、マルグリットは3年余りスペインにとどまったが、1499年の秋に帰国許可が下りると兄フィリップの統治するヘントへ向けて出発し、1500年3月4日に帰国した。