上原元秀
しかし、上原氏の金策の裏側では領国で久我家や鷹司家ら公家の荘園や寺社領から代官を廃して自らを代官と自称し不当に収入を横領したり、在地の旧内藤家臣の地頭職などの中間搾取層の権限を剥奪して自身に権力と金を集中させようとするなど横暴な政策が執られており、上原父子に対する不満が高まっていた。延徳元年(1489年)には位田晴定、荻野氏 ・大槻氏・須知氏らが現地の牢人らと共に「上原親子への訴訟」と称して謀反を起こし、位田城に立てこもる位田の乱が勃発。
この一揆は大規模なもので元秀は鎮圧を父に一任して、更に細川家に応援を要請し、年を跨いだ延徳2年(1490年)7月3日には但馬国、摂津国、備州など13か国から集められた大軍をもって鎮圧を図り、須知氏などを討ち位田城に迫るが、位田城だけは陥落させる事が出来ず逆に攻め手方に数百人の死者が出るなど苦戦を強いられた。結局、一揆の大部分を叩いたものの短期での完全な鎮圧には至らず軍はそれぞれ国へと戻ってしまう。
同年11月10日には一揆側自ら位田城に放火して一度野に下り身を隠したが、翌延徳3年(1491年)には一揆軍が再起して位田城など含めた7つの城を占拠し上原軍と位田城に籠る荻野・大槻両氏の間の抗争は泥沼化し、明応元年(1492年)に位田城が陥落し荻野一族ら一揆の首謀者達が自害するまで決着を見なかった。