宇和島運輸
さらに独占禁止法の制定に当たって、沿岸航路の盛運汽船と陸上交通の宇和島自動車を分離するなど、きわめて厳しい状況に直面した。一方、1948年(昭和23年)5月、関西汽船への出資が還元され、戦禍を免れた「あかつき丸」ほか4隻が返還となり、旅客航路の運航が再開されることとなった。
終戦直前に国鉄予讃本線が全通し、宇和島発着の瀬戸内海航路は旅客航路としての競争力を失っており、戦後は四国 - 九州連絡航路を中心に、阪神航路は四国沿岸を結ぶ貨物航路として運営、ほかに広島 - 別府航路を瀬戸内海汽船と共同運航するようになった。
1960年代には戦後初の新造客船「べっぷ丸」が就航するが、この頃から全国的に自動車航送船(フェリー)が台頭し、四国 - 九州航路においても、同社をはじめ、日本道路公団、青木石油などが航路開設を計画していた。同社の八幡浜 - 臼杵航路は九四フェリーボートとともに認可され、1964年(昭和39年)九四フェリーボートが運航を開始、宇和島運輸は翌1965年(昭和40年)に新造フェリー「おれんじ」が就航し、以後激しく競合するようになった。また、八幡浜 - 別府航路にも1967年(昭和42年)にフェリーが就航し、1973年(昭和48年)には運航全船のフェリー化が完了した。
フェリー化の波は広島 - 別府航路にも及び、1970年(昭和45年)2月、瀬戸内海汽船との共同出資により広別汽船を設立し、旅客船2隻の運航を新造フェリー1隻による運航に置き換えた。