X-ファイル シーズン2
ところが、スカリーがバウンティハンターに誘拐されてしまい、モルダーはサマンサの身柄とスカリーの身柄の交換を強いられることになる。モルダーはバウンティハンターの殺害を試みるが、サマンサが死んでしまう。その死体が溶けていく様子から、サマンサもエイリアンのクローンの一体であることが判明した。ミスターXの協力を得て、モルダーはバウンティハンターを追って北極海へ向かった。モルダーはハンターの有毒な血液を浴びて死にかけるが、スカリーの治療で生還する。
あるハッカーがモルダーに一本のデジタルテープを送って来た。そのテープの中にはロズウェル事件の真相があるという。ところが、そのテープに入っているデータはナバホ語で記述されていた。シガレット・スモーキング・マンはテープの所在を探しまわり、モルダーの父親、ウィリアムの元を訪れる。ウィリアムがモルダーにすべての真実を打ち明けようとしていると察したスモーキング・マンはクライチェックにウィリアムを殺害させた。モルダーとスカリーはニューメキシコ州を訪れ、第二次世界大戦で米軍の暗号を作成したナバホ族の老人、アルバート・ホスティンに会い、テープの翻訳を依頼する。ホスティンの孫はモルダーにエイリアンの死体が入った貨車を見せる。スモーキング・マンはモルダーに追いつき、貨車をモルダーごと焼きはらってしまった。