遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX
刺客のうちの一人、仮面のデュエリスト・ダークネスは明日香が探していた行方不明の兄、天上院吹雪だった。十代に敗れたことでダークネスの力から解放された吹雪は正気を取り戻し、アカデミアに復学する。吸血鬼カミーラとのデュエルでは、これまで十代を敵視し生徒に辛くあたっていたクロノスが生徒のために自ら危険なデュエルを買って出て、命がけで生徒にデュエルの理を説いた。これ以降、クロノスの態度は軟化していき、生徒たちの良き理解者としての側面を覗かせるようになっていく。
セブンスターズの最後の一人として錬金術師のアムナエルが十代に立ちはだかる。アムナエルの正体は、オシリスレッドの寮長の大徳寺であり、彼は黒幕を倒すための後継者を育成するために学園で活動をしていた。十代との戦いに敗れた大徳寺は、自らが研究を費やした錬金術の秘伝書「エメラルド・タブレット」を十代に託し、消滅する。彼の魂はレッド寮に住む猫ファラオに飲み込まれたために、天に召されず、この後も十代の協力者として力を貸すことになる。
セブンスターズが全滅した後、セブンスターズを裏で操っていた学園の理事長・影丸が本性を現す。影丸は三幻魔のカードを使用して、デュエルモンスターズの精霊から力を吸い上げ、若返った。十代は世界を征服せんとする影丸と戦う。影丸の操る三幻魔に苦戦を強いられるが、大徳寺の残した秘伝書から生まれたカード「サバティエル」の力を借りて勝利する。三幻魔は校長の鮫島の手によって、二度と悪用されないように再び封印された。
十代は全ての元凶であるユベルがかつての自分のカードだったことを知り、自分の責任だと思い詰めるが、仲間たちに励まされ、ヨハンを助けるために再び異世界へと向かった。その場に居合わせた亮、エド、クロノス、アモンの同僚のエコーもそれぞれの思惑を秘め異世界へ飛んだ。
十代達が飛ばされた世界は、以前の異世界とは違っていた。その世界は「暗黒界」のモンスターが支配しており、デュエルの敗北は死に繋がる生死を賭けた戦いそのものであった。十代はヨハンを早く助け出そうとして、一人で先走るようになり、その結果、仲間達から不信感を抱かれるようになる。 暗黒界の狂王ブロンと戦う十代だったが、ブロンは魔法カード「邪心教典」により明日香、万丈目、吹雪、剣山の魂を次々に奪い去ってしまう。仲間を奪われた十代は怒りと憎しみに身を震わせ、ブロンを倒すが、生き残った仲間達との不和は決定的なものとなり、見捨てられてしまう。頼るものを全て失い消沈する十代の手に、ブロンが生贄を捧げて完成させようとしたカード「超融合」から異世界の支配者「覇王」の声が不気味に囁くようになる。
単身、異世界を放浪していた翔は、おジャマイエロー、亮と再会し、十代の全てを見届ける決意をする。一方、ジムとオブライエンは行方不明の十代を探し、各地でデュエリスト狩りを繰り返す覇王軍の根城に乗り込むが、そこに待ち受けていたのは覇王と化した十代であった。ジムとオブライエンは己の命をかけて覇王にデュエルを挑み、彼らの犠牲によって十代は元の人格を呼び覚ます。