ボホール島
スペイン人とボホール島民との最初のはっきりとした接触は1565年に起こった。この年の3月25日(ユリウス暦3月16日)、スペインの探検家で征服者(コンキスタドール)ミゲル・ロペス・デ・レガスピは金とスパイスを求めてボホールに寄航した。彼は地元の領主たちに「自分たちはポルトガル人ではない」と説得した後、彼はダトゥ(領主)・シカトゥナと和平を結んだ。この和平は二人の間の血の盟約によるもので、互いに腕を切って流れた血を杯にいれ飲み合ったのだが、サンデュゴ(Sandugo、一つの血)と呼ばれるこの血盟を祝うサンデュゴ・フェスティバルが毎年開かれている。またサンデュゴは州章のデザインにもなっている。
これに続くスペイン植民地時代、二つの大きな反乱がボホールで起こっている。一つは1621年のタムブロットの反乱で、地元のシャーマン(Babaylan、ババイラン)であるタムブロット(Tamblot)という人物が起こしたものである。もう一つはフィリピン史上名高いダゴホイの乱(Dagohoy Rebellion)で、フランシスコ・ダゴホイ(フランシスコ・センドリヤス)という人物が率いた反乱は山岳部などを舞台に、1744年から1829年までの85年間も続いた。
この期間、ボホールはセブ地方に属していた。1854年7月22日、ボホールは分離してシキホル島とともに軍政が敷かれた。1879年の調査では、ボホールでは34の町に25万3,103人の人口があった。
2013年10月15日、ボホール島サグバヤン町付近を震源とするモーメントマグニチュード(Mw) 7.2の直下型地震が発生。フィリピン国内の死者数は198人以上のうち、ボホール島の死者数は185人以上と集中した。震源付近では長さ5km以上、高さ3mに及ぶ断層崖が出現し、地震の大きさを裏付けるものとなっている。