棒二森屋
だが、2017年(平成29年)4月、アネックス館4階で営業していた無印良品が本町地区・旧グルメシティ五稜郭店跡地にオープンした再開発ビル「シエスタハコダテ」に移転したことや、本館の耐震補強工事には多額の費用が見込まれること並びに棒二森屋自体の売上の低迷から、同年6月には閉店も今後の方針の一つとして俎上に載り、検討されていると各報道機関が報じた。これを受け、同年11月には工藤壽樹函館市長がイオンの岡田元也社長を訪ね、閉店となった場合でも、跡地の活用を検討するよう要望していた。
2018年(平成30年)3月、イオンは閉店を計画している棒二森屋について、本館とアネックスを建て替えた上で、本館跡の建物には低層階にスーパーや金融機関が入り、上層階にはマンションを設けるほか、アネックス跡の建物にはシティーホテルなどの宿泊施設を設ける計画案を同年3月17日に市や、商工関係者に伝えたと報じられた。
同年6月29日、2019年(平成31年)1月31日をもって閉店することが正式に発表された。
2019年1月31日、18時をもって閉店。18時30分より閉店セレモニーが行われ、多くの函館市民や元従業員が見守る中、小賀雅彦店長が閉店の挨拶を述べた。北海道函館西高等学校の吹奏楽部による「蛍の光」の演奏が流れる中、18時54分に正面玄関のシャッターが下り、150年に及ぶ歴史に幕を閉じた。