学寮 (西本願寺)
しかし、1797年(寛政9年)に第7代能化に就任した智洞が三業帰命説を唱えると、安芸の大瀛、河内の道隠ら在野の学僧(古義派)が批判を挙げ、全国の門徒が混乱して流血の紛争へと発展した(三業惑乱)。最終的に寺社奉行の裁定に持ち込まれ、智洞の説が誤りとされて事態は収拾したが、門主をも凌ぐと言われた能化の権威は崩壊し、西本願寺は能化職を1807年(文化4年)に廃止し、1824年(文政7年)に任期1年の勧学職を置いて集団指導体制に転換する。
学林は幕末の1864年(元治元年)、禁門の変に巻き込まれて炎上し、本山の北集会所を講堂に転用したが、同所も新選組に占拠されたため、南集会所に移転した。学林町に復興を目指すも大政奉還を迎え、1871年(明治4年)に新政府より学林の敷地を上納せよという官命が出され、さらに廃仏棄釈で本山も危機に陥る。こうした中、第21代門主・明如はヨーロッパの大学制度を採り入れ、1876年(明治9年)に学林を「大教校」に転換した。これより以後の歴史は龍谷大学を参照。