毎日新聞
日本維新の会幹事長の馬場伸幸は10月29日の衆議院本会議にて、毎日の記事は「大誤報」であるとし、(毎日に追随した)他のメディアは既に訂正記事を出していると述べた。毎日新聞社は、記事は大阪市への適切な取材に基づいており、代表質問後に市が説明を変えたものであったとして、馬場の発言に対し遺憾の意を表明した。
2021年5月17日、新型コロナウイルス感染症の高齢者を対象とした大規模集団接種会場のウェブ予約で、架空の接種券番号でも予約ができる状態になっていることを検証するため、毎日新聞と朝日新聞出版の記者が架空の接種券番号で予約をし、システムに不備があると報道。これに対し会見で岸信夫防衛大臣は会見で「不正な手段による虚偽予約を完全に防止するためには、各自治体が管理する個人情報を防衛省が把握する必要があり、短期間でそうしたシステムを実現するのは困難である」と説明したうえで、毎日新聞と朝日新聞出版の両社に対して「ワクチン接種を希望する高齢者の機会を奪い、ワクチンそのものが無駄になりかねない悪質な行為である」と抗議した。
2021年6月5日朝刊で、毎日新聞社の元社員で客員編集委員でもあるイラストレーターのよこたしぎ(横田詞輝)が1998年から連載している「経世済民術」という風刺漫画のコーナーに「エリック・カールさんを偲んで... はらぺこIOC」と題した風刺漫画を掲載した。この風刺漫画では、国際オリンピック委員会(IOC)のトーマス・バッハ会長らをあおむしに見立て、「放映権」の文字が書かれたリンゴならぬ「ゴリンの実」を食べる姿が描かれた。
TBSホールディングス(TBSHD) / TBSテレビ・TBSラジオ(TBS) - 放送事業が民間に開放される動きを察知した毎日新聞社は、いち早く民放ラジオ局開設に向けて動き出した。結局電通や読売新聞社、朝日新聞社との合弁となりラジオ東京(JOKR)が設立されたが、同社設立までの間積極的に動いていたのは毎日系だけだった。このため開局当初から関係が深く、出資比率がほぼ同じであったはずの新聞各社よりも実際は結びつきが強かった。1961年以降、新聞出身者の同社常勤役員は毎日系だけとなる。1973年12月20日には出資新聞各社の合意に基づき新聞資本の統一が行われることとなり、1974年2月25日に読売新聞社や朝日新聞社から株式を購入して筆頭株主になったものの、TBSは毎日新聞社が筆頭株主になる事で経営に介入される事を警戒した。しかしながら直後に毎日新聞社の経営が悪化。毎日新聞社は経営体質改善のため、TBS株の売却益で累積損失の圧縮を図る事を決断した。こうした両者の思惑が一致して、1977年度中に毎日新聞社はTBSの持株の大部分を毎日放送他に売却して資本関係を薄めるとともに、新聞発行を行う毎日新聞株式会社(新社)に出資を行った。その一方で歴代社長を同社非常勤役員に派遣。友好関係は維持して現在に至っている。
MBSメディアホールディングス / 毎日放送・MBSラジオ(MBS) - 大阪地区でも、毎日新聞社が阪急電鉄、日本電気と提携し、新日本放送(NJB)を設立。
1969年12月12日の朝刊トップで、前年に発生した三億円事件の12,301人目の被疑者として、捜査線上に浮かんでいた元運転手の存在を単独報道した。毎日紙面に載ることを知った警視庁は、容疑者の逃亡を防ぐため、新聞配達前に急遽任意同行を求め、別件で逮捕して取調べを行った。他のマスコミによる後追いも含め、実名や顔写真も入りで生い立ちや現在過去の人間関係を暴くなどの犯人扱いの報道が行われた。ところが、犯行当時のアリバイが成立した事件と無関係と判明。翌日釈放された。この被疑者は別件逮捕で職を失い一家は離散、「三億円事件のただ一人の逮捕者」との周囲の偏見や、マスコミ関係者の「あの人は今」的な取材に悩まされノイローゼ状態となり、2008年9月に自殺していたことが明らかとなった。詳細は「三億円別件逮捕事件」を参照
1971年の沖縄返還協定に関する日米間の密約情報を、毎日新聞政治部記者の西山太吉が外務省の女性事務官との肉体関係を利用して入手した。この密約情報が社会党に渡り、国会で政府を追求して大問題となり、2人は逮捕された。密約の内容よりも肉体関係を利用した手口などに関心が集まり、報道の自由がどこまで許されるのか物議を醸した。西山と女性事務官は国家公務員法の守秘義務違反で有罪となった。この西山事件により毎日新聞は不買運動に悩まされ、第一次オイルショックの影響も受けて経営が悪化、前述のように新旧分離方式での再建をやむなくされる。詳細は「西山事件」を参照
1976年10月12日、民社党は河村勝衆議院議員に関する毎日新聞のロッキード事件報道に反発。毎日新聞の不買運動を起こすことを決定し、党員や支持母体に協力を要請する方針を示した。
詳細は「大淀病院事件」を参照 この事件に関して毎日新聞は2006年10月22日「支局長からの手紙」において「何度足を運んでもミスや責任を認めるコメントは取れませんでした」と、医療訴訟などが何も起こされていない段階で医療ミスであったと主張している。しかし2008年12月18日「記者の目」(東京社会部・清水健二)において「誰かに強引に責任を押しつけるような報道は慎むべきだが、報道がなければ関係者は危機感を共有できず、再発防止策も立てられない」と社としての意見を翻すとともに、自らは口を挟むのみで、「関係者」が問題対策に関わるべきであるとしている。大淀町と遺族の裁判は結審しており、裁判所は新聞で報道されたような事実は全くないうえ、医療ミスはないと認定している。
2006年9月、佐賀県知事の公式記者会見において、佐賀支局の記者が「今回の行事に天皇と皇后が佐賀に来ることの意味って何ですか」「非常にお金も人もかかりそうなんですけれども、この2人が佐賀に来るということで、そこまでする価値があるんですかね」といった質問を行う。この様子が、佐賀県の公式サイトで公開され、それを視聴した読者などから、毎日新聞社に抗議が殺到した。翌年の年頭に毎日新聞は釈明記事を掲載した。
2007年1月1日の朝刊から『ネット君臨』の年間企画掲載を始め、インターネットの負の側面を強調した紙面を展開し、インターネットユーザーから紙面や取材方法について、疑義が呈された。
2008年3月3日の「酸いも辛いも」で、特別顧問の玉置和宏が、「大阪人の暴挙と快挙」とのタイトルで、京都にある国立国会図書館関西館の場所を大阪だと誤って記述した。「大阪人は東京マスコミからすると扱い難い部類に属し、彼らはとにかく東京と同じでなければ気がすまない。