ぷよぷよ〜ん
アルルはカーバンクルを連れて初めてサーカスを見に行く。ところが、カーバンクルが団長のマジックで消えたままサーカスが終わってしまう。アルルはカーバンクルを探すために話を聞き回り、各地を巡って冒険する。
本作は前作までよりも組ぷよの落下アニメーションがスムーズになったが、ぷよを横向きに置き、片方が落下した時(ちぎり)の落下速度が遅くなった(水中ステージではさらに遅くなる)。
エディットルールでは、ちぎり速度を3段階から選択することが出来る。
DC版、N64版に搭載。『ぷよぷよ通』の一部機種に収録された、4人で対戦を行うモード。スーパーファミコン版『す〜ぱ〜ぷよぷよ通』2種の「みんなでぷよぷよ」のように、画面下部を4分割して小さいフィールドで対戦する。使用キャラクターやルールは選択できず、特技も使えないため、ルールは『ぷよぷよ通』準拠となる。DC版では常に対人戦のみだが3人のみでの対戦も可能で、この場合は画面下部が3分割になる。N64版では必ず4人対戦になるが、プレイヤー人数が足りない場合は残りをCPUに担当させることができる。
対戦をせずに、1人でぷよをひたすら消し続けるモード。GBC版以外はフィールドのサイズが選択可能で、4列×7段の「おおきいぷよぷよ」、6列×12段(標準)の「ふつうのぷよぷよ」、10列×16段の「ちいさいぷよぷよ」から選択可能。さらに、DC版に限り16列×26段の「す〜ぱ〜ちびぷよ」も存在する。このモードでは画面右側の掲示板に予告ぷよ・レベル・消去数・最大連鎖・連鎖の得点・得点が表示される。また今作の対戦モードでは廃止された、ゲーム画面上におけるカーバンクルのアクションが実装されており、DC版では消したぷよの数に応じてカーバンクルがぷよまんを食べ続ける演出が存在する。連鎖ボイスはDC版・PS版・携帯アプリ版では出力されず、N64版はアルルの連鎖ボイスで固定、GBC版では事前におぷしょんで指定した任意のキャラクターを使用できる。本作からは1人プレイのみとなり、前作まで一部機種を除いて可能だった2人同時プレイは廃止された。
開始前に選んだ辛さによってぷよの色数が変化し、「甘口」は3色、「中辛」は4色、「辛口」は5色になる。また、DC・N64・PS版では時間制限がある「タイムアタック」形式も選択でき、こちらは必ず4色で、「おおきいぷよぷよ」は5分以内、「ふつうのぷよぷよ」は10分以内、「ちいさいぷよぷよ」は20分以内、「す〜ぱ〜ちびぷよ」は30分以内のスコアを競う。前作までと異なり、ランキングは「タイムアタック」形式の場合のみ記録される。
DC版とPS版はタイムアタック形式を除いてレベルの概念が無く、ぷよの落ちる速度が変化しない。
PS版とDC版では「中辛」選択時に特定のコマンドを入力することで、最大連鎖のデモンストレーションを見ることができる(DC版は「す〜ぱ〜ちびぷよ」のみ)。
全消しボーナスは『ぷよぷよSUN』ではなく、『ぷよぷよ通』と同様の形式(次回の相手へのおじゃまぷよ攻撃にボーナス追加)へ戻された。また、DC版以外は特技で直接ぷよを全て消した場合は、全消し扱いにならない(特技を起点として、2連鎖以上起こした場合は適用)。
以下のキャラクターは、DC・N64・PS版ではデモや「とことんなぞぷよ」などに登場する。
前作『ぷよぷよSUN』と同様に、おじゃまぷよを相殺すると日輪相殺となり、「太陽ぷよ」が両プレイヤーのフィールドに降る。太陽ぷよのルールは、前作であるゲームボーイ版『ぽけっとぷよぷよSUN』と同じシステムがそのまま採用されており、アーケード版他の『ぷよぷよSUN』にあった落下位置の予告や発生までのタイムラグは無く、相殺に反応して間髪入れずに落下する。また、全消し時には太陽ぷよと相手へのおじゃまぷよボーナスが同時に発生する。フリー対戦モードと通信対戦モードでは出現しない設定にも変更できる。
声 - 後藤邑子 特技:ホーミングシュート ランダムに12個のぷよを消去する。 この特技で起こした連鎖の攻撃力はDC版では等倍だが、PS版では2倍、N64版では4倍になる。