松平容保
容保は慶喜の命により、これに随行することになる。これは慶喜による策(君臣一体となっては戦うことになる会津藩士から容保を引き離す)であるが、容保にとっては大切な家臣たちを戦場に残し逃げる形となってしまう。家臣の誰一人にも告げる暇もなく大阪湾上の開陽丸に連れられたという。
2月4日、容保は大坂脱出の責任を取るため藩主を辞任し、家督を養子である喜徳(慶喜の実弟)に譲る。2月15日、容保は藩兵全員を江戸の和田倉邸内に集め、鳥羽伏見戦争における奮戦を慰労、同時に自身の大坂城脱出を大いに恥じて謝罪、会津を回復したいと藩士を励ました。
2月16日、会津・桑名を朝敵とする勅命が下り、慶喜より江戸城登城の禁止と江戸追放を言い渡される。容保は江戸を発し、会津へ向かう。江戸詰めの藩士や婦女子も、会津の人間のほとんどが江戸を後にした。2月22日、会津に到着する。容保は謹慎して朝廷の命を待つ。会津藩内は武装防衛と降伏嘆願の2派に別れていたが、武装防衛派は容保の命と偽って降伏嘆願派の神保修理を切腹させ(2月22日)、武装防衛派が優位になる。
3月、奥羽鎮撫総督九条道孝は参謀世良修蔵らとともに、東北諸藩に対して会津・庄内の征討を命じる。4月25日、奥羽鎮撫総督府は会津藩を寬典に処するの意思を伝え降伏を勧告するも、会津は返答を引き延ばした上、閏4月15日に文書で「謝罪仕間敷覚悟」(謝罪をするつもりはない覚悟)と返答した 。
文久2年12月24日、会津藩兵を率いて上洛する。この日は道の両側にその行列を見る市民が、蹴上から黒谷まで隙間なく続いた。容保は宿舎より先に本禅寺を休息所として旅装を礼装に改め、関白近衛邸にて天機(天皇の御機嫌)を伺い着任の挨拶をした。その後、金戒光明寺に入った。この行動が折り目正しいと、都人から好感と評価を得ることになった。
文久3年(1863年)29歳
1月2日、参内。小御所にて初めて孝明天皇に拝謁し、天杯と緋の御衣を賜う。「陣羽織か直垂に作り直すがよい」と恩詔がある。これは前年に幕府へ意見した「勅使待遇の礼を改め、君臣の名分を明らかにすること」に尽力した功であり、武士で御料の御衣を賜るのは古来稀有のことであった。
次に京市中の治安維持にとりかかる。京都守護職は夜中巡邏の制度を作り、暴徒の警戒を行った。その頃、京は過激な論を唱え暗殺と脅迫を手段とする攘夷派浪士が横行する巷と化し、治安の最も下がった状態にあり、日に2、3度は暗殺が行われ、その首や耳や手が脅迫文書と共に公卿の屋敷に投げ込まれるといった事態であった。これは攘夷派による過激な手段の幕府批判であり、邪魔となる者への殺戮と脅迫であった。しかし容保はすぐには鎮圧にはあたらず、「言路洞開」の方針を打ち出した。
8月2日、将軍家上洛を促すため家臣野村直臣、広沢安任を江戸へ派遣した。しかし老中の面々からは謁見の許しも出ず。
8月19日、容保は再び書面にて関東に提出。「...なにとぞ一刻も早々御進発あそばされ候よう仰望奉り候。万一御遅延に相成り候ようにては、自然気勢相弛み、顧慮、傍観の念を生じ候やも計り難く、兵は拙速を貴ぶともこれあり、くれぐれも急速に御進発...」
8月28日、江戸へ派遣中の家臣柴太一郎よりの報告には「着後は御城にて御目付衆に申し上げ候までにて未だ閣老方へ拝謁も仕らず、遂に激論に及び候えども、いつも空しく帰り候次第。せっかく諸藩憤発候とも瓦解の懸念あり」
9月2日、容保の病気を心配した孝明天皇より「天下多事の今日、一日も早く全快するよう」と内々に煎薬と菓子を賜わる。
9月5日、孝明天皇より禁門の変の戦功として勅賞と御剣を賜わる。
9月6日、孝明天皇は内侍所へ出向き容保の病気が早く治るよう祈り、その洗米を容保は賜わる。
9月17日、将軍家進発は幕府の死活に関わると考える容保は、老中の人々が形勢にうとく征長を重要視しないことを深く憂え、将軍徳川家茂に直に書を奉った。以下抜粋「...禁門へ発砲致し候程の者を御征伐のための御進発御遅緩に相成り候ては、天朝御尊崇筋へも相響き、せっかく一心一致して勇躍奮起仕り諸藩も追々瓦解致すべく、中興の御大業いかがあらせらるべきかと...」
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総督府や明治新政府、その中でも木戸孝允ら長州閥が、会津藩への恨みから藩主である容保の首級を要求したという説は、後世の創作による誤解である。『仙臺戊辰史』によると、慶応4(1868)年4月29日仙台藩・米沢藩と会津藩が降伏条件を協議した際、仙台藩の重臣であった但木土佐が「鳥羽・伏見の戦いの首謀者の首級を差し出すべき」と主張し、強い説得の末、会津藩家老の梶原平馬はその提案を受け入れたとされる。この場合の首謀者とは、藩主ではなく家老格のことである。容保の処分については、『仙臺戊辰史』によると、4月25日に「松平肥後守容保、その罪を悔い改め、服罪する姿勢を示して、天朝の慈悲を仰げば、寛大な処分にする場合があるので、その旨を心得違いせぬように」との通達を総督府が出したとある。 梶原の降伏案承諾を受けて仙台藩・米沢藩は会津救済嘆願活動を続けたが、会津藩の総督府への回答は上述の通り「謝罪仕間敷覚悟」だった。
閏4月12日、仙台藩・米沢藩による会津救済嘆願があったものの、前述のように閏4月15日に会津から拒否されていることを受け、世良ら総督使はあくまで武力討伐せよという強硬姿勢をとったため、会津救済の可能性は失われた。そのため、東北諸藩は薩長の軍門に下り会津征伐に向かうか、奥羽越列藩同盟の名において薩長に宣戦布告するかの選択を迫られる状態となった。横暴な態度が目立ち、奥羽の反感を買った世良は、仙台藩士に襲われ殺害される。戦争は不可避となった。