ペプチドワクチン
ペプチドワクチン全体は抗原のエピトープを模倣するものであるため、エピトープの設計はワクチン開発の最も重要な段階であり、目的の免疫原性タンパク質のアミノ酸配列に対する正確な理解が必要である。設計されたエピトープは、病原体に対して強力で長期間の免疫応答を起こすことが期待される。エピトープを設計する際に考慮すべき事項は次の通りである。
非優性エピトープは、優性エピトープよりも強い免疫応答を引き起こす可能性がある。例: 鉤虫に感染した人の抗体は、アメリカ鉤虫(英語版)(Necator americanus)APR-1タンパク質という抗原の優性エピトープを認識できるが、鉤虫に対する防御を誘導することができない。ただし、APR-1タンパク質上の他の非優性エピトープは、鉤虫に対する中和抗体の産生を誘導する能力を発揮する。したがって、非優性エピトープは鉤虫症に対するペプチドワクチンのより良い候補である。