中央線快速
ほかの路線と比較して自殺、事故を含めた人身事故が多いとされているが、正確な統計が公開されていないため真偽は不明である。ただし、1997年から1998年にかけて、事故や気象によるトラブルが重なった上に人身事故による列車遅延が頻発したことによってマスメディアに盛んに取り上げられるようになった。
自殺が多いとされることの原因については諸説あるが、自殺の名所というイメージが定着することによる負の連鎖反応によるものなどがあげられている。JRでは一部の駅でホームの両端に柵を設ける、照明を増やす、死角となる壁や柱を作らない、ホームの表面を明るい色にするなどの対策を行っており、荻窪駅では自殺を思い留まらせる目的でホームの向かい側に鏡を設置している。
荻窪駅と西荻窪駅では2009年9月15日より、自殺防止を目的として、ホームの端の蛍光灯を青色のものに変え、10月以降、東京駅 - 高尾駅間の24駅と、立川駅 - 八王子駅間の18の踏切に、青色LEDの照明を順次導入した。
三鷹駅を発車すると左手に三鷹車両センターが見えてきて、跨線橋をくぐると間もなく高架線をのぼる。再び武蔵野市に入り、左手の日本獣医生命科学大学を過ぎると武蔵境駅に到着する。甲武鉄道開業時からの駅であり周辺には商業施設も多いが、三鷹・吉祥寺の両駅に近く商業地帯としてはあまり大規模なものではない。
西武多摩川線の高架が地上に降りて左手に分かれると間もなく小金井市に入る。東小金井駅周辺は東京農工大学や法政大学など実に大学6校と高校3校が所在する文教地区だが、北口・南口共に大規模な商業施設はなく、少し閑散とした様相である。駅前ロータリーから50mほどのところに畑があるなど、近隣の他駅と比べ郊外然とした雰囲気が特徴である。
武蔵小金井駅の手前(地上)には、開かずの踏切である東京都道15号府中清瀬線(小金井街道)の踏切があった。同駅を発車すると高架線から電車庫に通じる線路が分かれて下っていく。駅北西方向には東京学芸大学がある。右手に豊田車両センター武蔵小金井派出所(旧武蔵小金井電車区)を見ながら間もなく国分寺市に入る。
東京経済大学を左手に見ながら高架線を下りると、間もなく東京都道133号小川山府中線(国分寺街道)を跨いですぐ掘割となり、国分寺駅に到着する。元々快速と各駅停車のみの停車駅であったが、駅周辺の再開発によって大きく変貌し、現在では特別快速・通勤快速・通勤特快の全電車と成田エクスプレスが停車するようになった。
以下同じ〉は吉祥寺駅)から先は各駅に停車するため、各駅に停車する区間では駅・車両(E233系)ともに種別表示が消え、「各駅停車」または「普通」(高尾駅より先)と案内される。上り電車に関しては、御茶ノ水駅・神田駅では種別名を表示せず単に「東京行」のみの案内であり、快速以上の種別の停車駅がすべて同一となる新宿駅・四ツ谷駅においては、快速以上の種別はすべて「快速」と案内される(例外的にホリデー快速のみ四ツ谷駅までそのままの種別・列車名で案内される)。中野駅においては案内の統一などは行われていない。
なお、急行線を走行する東京駅・新宿駅発の下り列車は特急列車も含め三鷹駅まで追い越しや待避がない。上り列車も、平日の一部快速電車が中野駅で特急・通勤特快の待避を行う以外は三鷹駅から終点の東京駅まで追い越し・待避がない(輸送障害時を除く)。
国鉄時代より高尾駅で運行系統が分断されているが、中央本線普通列車(中距離列車)の新宿駅への乗り入れ縮小(その後廃止)と引き換えに1986年11月1日の改正より大月駅までの直通運転が増えている。高尾駅を越えて大月方面に直通運転する列車は、高尾駅 - 大月駅・河口湖駅間では末尾が「M」の列車番号となり、高尾駅以東の種別に関係なくすべて「普通」(中距離列車)である。冊子の時刻表でも「東京・高尾間快速」などと注記されている。ただし上り列車の場合、駅・車両では同区間でも高尾駅以東の種別(快速など)を掲示している。
臨時列車や普通・特急等は上表の対象外。
東京駅–神田駅間は東北本線、代々木駅–新宿駅間は山手線に属し、その他の区間は中央本線である。国鉄時代はこれらの2区間が重複所属であったが、民営化後に変更された。マルスシステムの経路表示は「中央東線」と称して区間は「東京–神田–御茶ノ水–代々木–新宿–韮崎–」としており、東京駅–神田駅間が「東北線」と重複して「山手線」の代々木駅–新宿駅間は分断されている。当該区間のうち、御茶ノ水駅–中野駅間は国鉄時代に早くから複々線化されたことや、複々線の両方に旅客列車が走行し急行運転を行ってきたことから、現在も快速電車や長距離列車などが走る線路の正式な呼称は「中央本線」である。
かつて、現在の快速電車は急行電車と称していたが、松本・甲府方面の準急が急行列車(有料)に格上げされたことから、料金不要の急行電車は快速電車と改称された。
この際に信号トラブルが発生し、工事終了予定時刻(朝6時頃)を過ぎても8時間あまり同区間が不通になる状態が続いた。詳細は「#第1回切り替え工事の問題」を参照
2004年(平成16年) 7月19日:高架化工事のため、武蔵小金井駅付近の下り線が仮線化。 11月7日:高架化工事のため、国分寺駅・東小金井駅・武蔵境駅付近の下り線を仮線化。三鷹駅 - 国分寺駅間は上下線とも仮線となった。
2005年(平成17年) 9月5日:女性専用車両が再設定。 9月25日:高架化工事のため、西国分寺駅 - 立川駅間の上り線が仮線化。
2006年(平成18年) 10月9日:高架化工事のため、西国分寺駅 - 立川駅間の下り線を仮線化。西国分寺駅 - 立川駅間は上下線とも仮線となった。 12月26日:E233系の運用開始。
2007年(平成19年)7月1日:三鷹駅 - 国分寺駅間の下り線が高架化。
2008年(平成20年) 3月15日:ダイヤ改正でライナーにおける183系・189系の運用が終了。東京駅発箱根ケ崎駅行が運行開始(平日のみ)。 4月10日:国分寺駅西側にある変電所にて火災が発生。午前8時 - 午後3時の約7時間にわたり東京駅 - 高尾駅間(一時は東京駅 - 甲府駅間)で運転が見合わされ、約50万人に影響がでる。同区間を併走する京王線のダイヤが混乱、さらに沿線の教育機関や企業にも影響を与えた。
2009年(平成21年) 1月11日:西国分寺駅 - 立川駅間の下り線が高架化。 12月6日:三鷹駅 - 国分寺駅間の上り線が高架化。