ワンダースワン
ワンダースワンシリーズの展開中の時には当時の子会社であった旧バンプレスト(後のバンダイナムコエンターテインメント)とベック(後のB.B.スタジオ)は一時的はセカンドパーティーになっていた。
特にバンダイナムコエンターテインメントとは同一法人にあたる旧ナムコ(ソフトウェア開発部門は現在のバンダイナムコスタジオ)は最大のセカンドパーティーであり、開発側の意向で例外的にサードパーティとして自社で発売した『ミスタードリラー』を除いた全タイトルが該当していた。このことから2005年にバンダイと旧ナムコが経営統合し、バンダイナムコホールディングスを発足するきっかけの一つとなった。
PlayStationシリーズのハードメーカーであるソニー・コンピューターエンタテインメント(SCE)も2001年から本機のセカンドパーティーとして関わっている。2タイトルの供給のみに留まったが、それが縁でPlayStationシリーズ初の携帯ゲーム機であるPlayStation Portable(PSP)の開発陣は本機の開発スタッフをバンダイやコトからヘッドハンティングの形で携帯ゲーム機のノウハウが無かったSCEに移籍したメンバーが多く関わっていたため、事実上の後継機として扱われている。
コトが開発協力として関わったベネッセのカートリッジ交換式の電子教材「ポケットチャレンジV2」はワンダースワンのOEMとみられる(本体の形状は幾分異なるが、カートリッジの形状がワンダースワンのそれによく似ている)。また、実際にポケットチャレンジV2のカートリッジは操作こそ出来ないがワンダースワン上で動作する(ただしカートリッジを削るか本体のカバーを外して挿し込む等工夫が必要、また逆も本体のカバーを外すと表示されるが遊べない)。
ワンダーウェーブ
ワンダーウェーブとPocketStation
赤外線通信アダプタ。プレイステーションにとりつけたPocketStationとの通信も可能(両機種版の『デジモン』でデータの連携が可能、など)。