南京中医薬大学
臨床医学部 第一臨床医学部 第二臨床医学部 第三臨床医学部
中医学院·中西医結合学院 (中国語)
薬学院 (英語)(挂牌新中薬学院、康縁中薬学院)
医学院·整合医学学院
鍼灸推拿学院·健康回復学院 (中国語)(挂牌豊盛健康学院)
看護学院 (中国語)
衛生経済管理学院(挂牌先声商学院)
人工智能与信息技術学院
国際教育学院(与国際合作与交流処合署)
継続教育学院
マルクス主義学院·医学人文学院
公共外語教学院
体育部
国際経方学院
南京中医薬大学常州附属医院(常州市中医医院)
南京中医薬大学無錫附属医院(無錫市中医医院)
南京中医薬大学徐州附属医院(徐州市中医院)
南京中医薬大学蘇州附属医院(蘇州市中医医院、上海中医薬大学と安徽中医薬大学の総合養成研究生基地)
南京中医薬大学昆山附属医院(昆山市中医医院、上海中医薬大学、山東中医薬大学、安徽中医薬大学、揚州大学の教学医院、国際教育基地)
南京中医薬大学塩城附属医院(塩城市中医院)
南京中医薬大学泰州附属医院(泰州市中医院)
南京中医薬大学附属中西医結合医院(江蘇省中西医結合医院、中国中医科学院江蘇分院)
南京中医薬大学南通附属医院(南通市中医院、南通大学附属南通中医院)
南京中医薬大学常熟附属医院(常熟市中医院、天津中医薬大学、蘇州大学の教学医院)
南京中医薬大学揚州附属医院(揚州市中医院)
南京中医薬大学江陰附属医院(江陰市中医院、上海中医薬大学、安徽中医薬大学、江西中医薬大学の教学医院)
南京中医薬大学姜堰附属医院(泰州市姜堰中医院)
南京中医薬大学張家港附属医院(張家港市中医院)
南京中医薬大学連雲港附属医院(連雲港市中医院)
南京中医薬大学鎮江附属医院(鎮江市中医院)
南京中医薬大学武進附属医院(常州市武進中医院、安徽中医薬高等専科学校の教学医院)
南京中医薬大学太倉附属医院(太倉市中医院)