長州征討
晋作は意見を撤回して諸隊は山口へ入った。
16日、萩城に毛利将監以下の諸士が登城した。敬親に拝謁した一同は諸隊を武力で征討する不可なる旨を上申した。正義派にも俗論党にも組しない中立派は「鎮静会議員」と称し運動を始めた。一方で、元純は諸隊との休戦工作のため、21日に萩と山口を結ぶ往還の集落佐々並において諸隊と協議した。元純は双方が萩と山口へ撤退する方針で打診したが諸隊は拒否。23日に萩から討伐軍に対して撤退命令が出され、28日までの休戦協定が結ばれて会見は終わった。
ところが、2月10日、山口を訪れた鎮静会議員3名が帰路の明木で俗論党(選鋒隊)により暗殺されると、諸隊の仕業であると誣告する俗論党への排斥運動は高まり、一方で処罰された正義派への大赦が続いた。14日、奇兵隊、八幡隊は東光寺に、御盾隊は大谷に入り、15日には玉江へ遊撃隊が入り、癸亥丸は海岸に近づいて再び空砲を鳴らし続けた。14日、椋梨藤太は萩から逃亡したが津和野で捕縛され俗論党は崩壊、長州藩の内訌戦は正義派の勝利に終わった。
内乱の最中の12月27日、征長軍は解兵令を発したが、1月5日に幕閣は徳川慶勝へ藩主父子及び五卿を江戸まで拘引せよとの命令書を与えた。命令書を受け取った慶勝は「征長について将軍から全権を委任され、降伏条件と解兵は総督府を通じて幕府へ報告した。命令の実行は解兵した現在では不可能である」と断って、その上で処罰を受けるなら受け入れると回答した。幕府は長州処分は江戸で行うため慶勝は京都に入らず上府するように命令したが、朝廷も慶勝へ上洛せよとの命令を出した。板挟みのため、1月16日に大坂に着いた慶勝は所労と称して滞坂することにした。
7月23日、朝廷は幕府に対して長州追討の勅命を発した。幕府は長州藩主・毛利敬親と養嗣子の定広(後の元徳)に京都で禁門の変を起こした責任を問い伏罪をさせるため、尾張藩・越前藩および西国諸藩から征長軍を編成した。動員された藩の数は最終的に35藩、総勢15万人とされる。8月13日、諸藩の攻め口が定められ五道(芸州口、石州口、大島口、小倉口、萩口)から、萩城のある萩ではなく藩主父子のいる山口へ向かうと決定した。
征長総督は尾張藩の前々藩主である徳川慶勝(7日に紀州藩主・徳川茂承から変更)、副総督は越前藩主・松平茂昭がそれぞれ任命された。総督は征長について将軍から全権委任を受け征長軍に対する軍事指揮権を掌握する。
10月22日、大坂城にて征長軍は軍議を開き、11月11日までに各自は攻め口に着陣し、1週間後の18日に攻撃を開始すると決定した。広島の国泰寺には総督府、豊前の小倉城には副総督府を置くことになった。将軍が最終的に長州藩へ処罰(公裁)するが、総督は長州藩への降伏条件の決定、征長軍の解兵時期について権限を持つ。幕府は朝敵となった長州の藩邸を没収し、藩主父子に謹慎を命じた。しかし、どのような条件で長州藩に謝罪をさせるかについては決めず、幕府や征長軍内においては厳罰的な案を含めていくつかの案が出された。
この時、征長軍に参加して萩口の先鋒を任されていた薩摩藩は独自の動きを見せた。
2月20日、藩主父子は祖先の霊に対し藩内の擾乱を謝罪するとの名目で祭祀を布告して全ての藩士も参加をさせられた。28日、毛利敬親は湯田に入り巡視を行い民心を安堵させ、3月16日に諸隊は正式に藩の軍隊とされた。23日、敬親は山口に集まった支藩主へ「天朝へ忠節、幕府へ信義、祖先へ孝道之事」の遵守を伝えたが、吉川経幹は山口へ参集しなかった。26日、敬親は世子の定広を残して萩へ帰還した。4月25日、敬親は山口に戻り、経幹は閏5月6日に山口へ出た。20日に藩主父子、支藩藩主、経幹は会議を開き、幕軍が攻めてくれば周防・長門の二州は一致してことにあたると決議された。
4月4日、晋作はグラバー、ラウダとの会見後に長崎から下関に戻り、長府藩と清末藩から下関を取り上げて長州藩直轄として開港しようとした。ところが22日に藩内に情報が洩れたため藩庁は開港はないと声明を出し、晋作は下関出張を免じられた。同月下旬、攘夷派と長府清末藩の藩士から命を狙われた晋作と井上馨は藩外へ逃亡、伊藤博文も対馬へ逃亡しようとしたが26日に亡命していた桂小五郎(後の木戸孝允)が下関に入り、事態を収拾させたため長州藩へ戻り、後に晋作と井上も逃亡先から戻った。5月13日、小五郎は山口で敬親に拝謁した。抗幕体制のため長州藩は一般政務を管掌する国政方、財政民政を管掌する国用方が政事堂の下に置かれた。