ヴィクトリア湖
探検がほぼ終了すると、まもなくこの地域もアフリカ分割の対象となった。きっかけはヴィクトリア湖のはるか北、スーダンで起こったマフディー戦争であった。1881年にムハンマド・アフマドが起こした反乱は1885年にはハルツームを落とすまでになり、エジプトはいったんスーダンからの撤退を余儀なくされる。しかしその撤退地域のさらに奥、エジプト最南端の赤道州の州都ゴンドコロ(現在のジュバ)には総督エミン・パシャが残留しており、孤立しながら何とか独立を保っていた。エミン・パシャは本名をシュニッツァーというドイツ人であり、彼を救出すると称してイギリスとドイツがそれぞれ軍を派遣したのである。北からはマフディー軍によって近づけないため、この救出作戦は南のヴィクトリア湖方面から進められた。救出作戦自体はヘンリー・モートン・スタンリー率いるイギリス隊に軍配が上がり、1889年にエミン・パシャは「救出」されて赤道州政府は滅亡した。これに対してドイツ隊は出遅れたが、代わりにブガンダ王国と友好条約を締結するなどしてこの地域に進出を図った。このドイツの行動に対し以前からブガンダと接触を持っていたイギリスは反発したが、結局1890年8月10日、ヘルゴランド=ザンジバル条約により南緯1度の線に両国の境界線が引かれ、ブガンダなどのヴィクトリア湖北部はイギリスの勢力範囲、それ以南はドイツの勢力範囲となり、ヴィクトリア湖は南北にほぼ二分された。これに基づいて、イギリスはブガンダ王国やブニョロ王国、トロ王国、アンコーレ王国といったヴィクトリア湖周辺の国々と条約を締結し、1894年にはウガンダ保護領が成立した。同時にドイツも南岸の攻略を進め、19世紀末にはドイツ領東アフリカが成立した。