クビワオオコウモリ
開発による生息地の破壊および食物の減少により生息数が減少し、人為的に移入されたノネコによる捕食、ダイオウヤシやワシントンヤシの葉に絡まり脱出できずに死亡する例もあり生息数の減少が懸念されている。台風による直接の被害および食料の減少などによる生息数も懸念されている。南大東島での1993年における亜種ダイトウオオコウモリの生息数は300頭と推定されている。亜種オリイオオコウモリの琉球大学キャンパス内での2001-2002年における推定生息密度に対して2008-2009年の推定生息密度は3倍、やんばる地域での2004-2005年における推定生息密度に対して2008-2009年の推定生息密度は2.7倍に増加しているとされ、これは2005年以降の沖縄島への台風の上陸数が減少したことが原因だと考えられている。