内閣府特命担当大臣（科学技術政策担当）
中央省庁等改革基本法に基づく中央省庁再編により、2001年1月6日に内閣府が設置された。それにともない、科学技術庁科学技術政策局などが所管していた科学技術政策に関する業務のうち、全省庁に跨るような総合的な政策立案は内閣府に移管されることになった。また、それ以外の科学技術政策に関する業務は、科学技術振興局や研究開発局の所管する業務とともに、文部科学省に移管されることになった。同時に、特命担当大臣の制度が設けられた。同日付で第2次森改造内閣(中央省庁再編後)が発足し、衆議院議員の笹川堯が「科学技術政策担当大臣」に任命された。以降、科学技術行政を担当する特命担当大臣として、「科学技術政策担当大臣」の職が継続して設置された。
2003年9月22日に発足した第1次小泉第2次改造内閣では、「内閣府特命担当大臣(科学技術政策担当)」と呼称が変更され、衆議院議員の茂木敏充が任命された。それ以来、「内閣府特命担当大臣(科学技術政策担当)」の職が継続して設置されている。