GTPアーゼ活性化タンパク質
カリウムチャネルが活性化されると、カルシウムイオンが放出されてカルモジュリンに結合する。カルシウムが結合したカルモジュリンはGAPに対し、PIP3と同じ部位に競合的に結合してPIP3と置き換わる。それによってGAPは再活性化され、Gタンパク質のシグナル伝達経路はオフ状態になる。このプロセスでは、調節因子によってGAPの阻害と活性化の両方が行われることが示されている。他のシグナル伝達経路の要素によってGAPの活性が制御される、クロストークも存在している。
また、いくつかの知見はGAP間のクロストークの可能性を示唆している。近年の研究で、p120Ras-GAPはDLC1 Rho-GAPの触媒ドメインに結合することが示された。Ras-GAPのRho-GAPへの結合はRho-GAPの活性を阻害し、それによってRho Gタンパク質が活性化される。このようなGAP間のクロスレギュレーションの理由はまだ明らかではないが、1つの仮説は、GAP 間のクロストークによってGAPによるオフシグナルの全てが減衰する、というものである。p120Ras-GAPが活性化されると特定の経路は阻害されるが、他のGAPを阻害するため細胞内の他のプロセスは継続される。これによってシステム全体が1つのオフシグナルによってシャットダウンされないように保証されている可能性がある。GAPの活性は極めて動的であり、他のシグナリング経路の構成要素と多く相互作用している。
GAPは、Gタンパク質中のGTPを求核攻撃の基質に適した状態にし、加水分解反応の遷移状態のエネルギーを低下させると考えられている。例えば、低分子量GTPアーゼのGAPの多くは、保存されたフィンガー様ドメイン(多くはアルギニン残基のフィンガー)を持っており、これによってGタンパク質のGTP結合状態のコンフォメーションが変化し、GTPが水分子による求核攻撃を受けやすい状態へ差し向けられる。同様に、GAPはGタンパク質に結合したGTPの電荷の分布をGDPに似た分布へと変化させているように思われる。GTPの電荷の分布が反応産物であるGDPとリン酸のものに似たものとなり、求核攻撃のために分子が開いた状態となることで、遷移状態へのエネルギー障壁が下げられ、GTPは加水分解されやすくなる。
GAPがGタンパク質のタイマーを加速させて不活性化することと、GEFの不活性化によって、Gタンパク質のシグナリングはオフ状態に保たれる。それゆえ、GAPはGタンパク質の調節に極めて重要である。