原腸胚
原腸胚期の終わりには、個々の細胞は特に分化した姿にはなっていないが、すでに分化の方向は決定していることが知られている。シュペーマンはイモリの原腸胚初期と後期に胚の予定表皮域と余地神経域の間で交換移植実験を行い、初期には移植先にあわせて分化するのに対して、後期では移植元の予定運命にあわせて分化が起こることを見いだし、この間に分化の方向が決定づけられることを示した。彼はこれが原口背唇部の誘導によることを明らかにした。
なお、中胚葉そのものも誘導によって分化することが知られており、これは中胚葉誘導と呼ばれる。両生類の場合、これは植物極側の細胞によって動物極側が誘導を受け、その時期は原腸胚以前の胞胚期であるらしい。
原腸胚期は原腸の形成と同時、あるいはその後に胚葉が分化する。基本的には、原腸の壁が内胚葉、外側に残った細胞層が外胚葉となるから、この二つの分化が最低限は起こっている。この両者の間に発達するのが中胚葉であるが、その生じ方は様々である。
大まかに言って、それ以外の細胞層から卵割腔内に遊離した細胞が成長増殖して形成される場合と、原腸の壁の一部が区分されて卵割腔内で発達する場合がある。それらが真体腔を形成する場合、前者を裂体腔、後者を腸体腔といい、それぞれ前口動物と後口動物に見られるもの、との判断もあったが、実際にはかなり錯綜している。前者の典型は環形動物に見られ、そこでは原腸の陥入の際に二個の大きな細胞が出現し、これが中胚葉を形成するもとになる。この細胞を端細胞という。後者の例ではウニでは原腸の一部が卵割腔内に入り込んで区切れ、これは水管系などに発達するので、いわゆる腸体腔であるが、間充織の名で呼ばれる部分は個々に卵割腔内に入り込んだ細胞に由来し、これは骨格などを形成する。
ウニにおける原腸胚の形成は、この時期の一つの典型とされ、またわかりやすいものであるが、実際には様々な動物群でかなり異なった型が見られる。
ウニの場合、胞胚期に孵化が行われるので、原腸胚の時期は遊泳する幼生の段階となる。ただし外見的にはやや三角っぽくなる程度で、特別に目立った形は取らない。
動きはまず、植物極側で始まる。そのほぼ中央にあたる部分の細胞が卵割腔に潜り込むように入り込み、その周辺の細胞もそれについて入り込み、卵割腔の内部に袋を作る。ちょうどソフトテニスのボールを指先で押して、その壁を内部に押し込んだような形である。このとき指の入っているところ、およびその周りのゴム層が原腸、指のつっこまれているところが原口である。
これと前後して外側の細胞層から若干の細胞が卵割腔内に入り込み、小さな集団を作る。これは間充織と呼ばれ、次第に骨片を作り始める。また、原腸の側面からは左右1対の隆起が卵割腔内に向かって生じ、これはその基部で切り離され、後に真体腔の主要な部分に発達する。