苫小牧運転所
18両(28 - 45)が所属している。2021年(令和3年)3月13日のダイヤ改正より、室蘭本線(長万部 - 苫小牧間・室蘭 - 東室蘭間)の普通ワンマン列車に使用されている。同日の改正時点で室蘭 - 苫小牧間は66本中43本、長万部 - 東室蘭間は全普通ワンマン列車が当形式にて充当されていたが、2023年(令和5年)5月20日の時刻修正以降室蘭 - 苫小牧間での運用は減少している。
キハ40 789(廃車)
キハ40 1772とキハ40 1783
キハ40 357
キハ143(写真は札沼線で運用されていた頃の様子)
キハ150-110