富士川の戦い
甲斐源氏の武田信義が駿河、また安田義定は遠江へと本格的に進出し、駿河・遠江は甲斐源氏の勢力下に収まることになる。一方、頼朝はこのまま平家方を追撃して上洛しようと望むが、上総広常、千葉常胤、三浦義澄がこれに反対して東国を固めるよう主張した。頼朝は東国武士たちの意志に逆らうことができず、まだ頼朝の傘下に入っていない同盟軍武田信義が駿河、安田義定が遠江と坂東と都を結ぶ東海道の途上を制圧しているので、彼らの意向を無視して上洛することもできなかった。
結局、頼朝は鎌倉へ帰還したが、その帰還の途上、相模国府において本領安堵と敵から没収した領地の新恩給付を行なった。これは頼朝が反乱軍として出発したためできたことで、律令体制の下にある平氏政権とは別個の形で行ない得た事項であり、頼朝の権力の源泉の一つとなる行為であった。
その後、頼朝は佐竹秀義、志田義広、足利忠綱ら反対勢力を討って、東国の制圧に専念することになる。
一方、官軍を派兵して大敗を喫したのは平安初期の蝦夷征伐以来なかったことで、この敗戦に平清盛は激怒した。 富士川の戦いの官軍敗北は畿内、北陸、四国などの反乱勢力の挙兵を誘発し、戦乱は東国のみの反乱に留まらず全国規模の内乱に発展していくこととなった。