西日本旅客鉄道阪奈支社
大阪電車区(運転士)
尼崎電車区(運転士)
森ノ宮電車区(運転士)
天王寺電車区(運転士)
京橋電車区(運転士)
鳳電車区(運転士)(旧日根野電車区鳳派出所)
奈良電車区(運転士)
王寺鉄道部(運転士)
かめやま運転区(運転士)
大阪車掌区(車掌)
天王寺車掌区(車掌)
あべの車掌区(車掌)
京橋車掌区(車掌)
奈良車掌区(車掌)
2007年(平成19年) 7月1日:新幹線現業機関であった大阪新幹線運転所および大阪西車掌所(現在の大阪新幹線車掌所)が、同日より発足した新幹線管理本部(現在の新幹線鉄道事業本部)に移管される。 12月21日:片町線貨物支線(城東貨物線)放出駅 - 八尾駅間が廃止。
2008年(平成20年) 3月15日:おおさか東線 久宝寺駅 - 放出駅間が開通、新加美駅・JR長瀬駅・JR俊徳道駅・JR河内永和駅・高井田中央駅が開業。 10月1日:大阪環状線・桜島線(JRゆめ咲線)の全駅が全面禁煙化。
2009年(平成21年)3月31日:関西本線貨物支線(阪和貨物線)八尾駅 - 杉本町駅間が廃止。
2010年(平成22年) 3月13日:桜井線で「万葉まほろば線」の愛称使用開始。 12月1日:京都支社・神戸支社と統合して近畿統括本部が発足し、大阪支社は統括本部の下部組織に変更。
2011年(平成23年)5月4日:大阪ステーションシティがグランドオープン。
2018年(平成30年)3月17日:おおさか東線に衣摺加美北駅が開業。
2019年(平成31年)3月16日:おおさか東線 放出駅- 新大阪駅間の延伸により、JR野江駅・城北公園通駅・JR淡路駅・南吹田駅が開業。片町線(学研都市線)の東寝屋川駅が寝屋川公園駅に改称。
2022年(令和4年)10月1日:組織再編に伴い、支社名称を阪奈支社に変更。