小葉植物
現生小葉植物のうち、ヒカゲノカズラ目は単一の形態を持つ胞子をつくる同形胞子性、ミズニラ目およびイワヒバ目は大胞子(雌性胞子)と小胞子(雄性胞子)をつくる異形胞子性である。
異形胞子性は化石小葉植物のリンボク目およびゾステロフィルム植物のバリノフィトン Barinophyton でも見られる。リンボク目では同形胞子性のものと異形胞子性のものがあるため、最節約的には異形胞子性のものから同形胞子性のものが生じたと考えられる。化石植物であるリンボクの胞子嚢穂は普通レピドストローブス Lepidostrobus と呼ばれ形態属として扱われるが、異形胞子性のものはフレミンギテス Fremingites として区別されることもある。レピドフロイオス Lepidophloios では異形胞子性が極めて発達して大胞子嚢穂が種子のようになりレピドカルポン Lepidocarpon と呼ばれる。
大葉植物の大葉シダ植物のサンショウモ目(薄嚢シダ亜綱)とロボク科(トクサ亜綱)、種子植物でも別々に見られ、異形胞子性は少なくとも5回独立に同形胞子性から進化した。
古い部分では基部から脱離し、痕が浅いくぼみとして残る。スティグマリアも地上茎や葉を出していた形跡はない。Stubblefield と Rothwell (1981)はリンボク目のレピドフロイオス Lepidophloios は胚の時期に二又分枝し一方が地上茎に、もう一方がリゾモルフになると考えた。現生のミズニラ目は根を生じる器官で、内原型の原生木部をもつ球茎(塊茎、corm)をもち、West と Takeda (1915)により特有の器官 organ sui generis である担根体 rhizophoreとして報告された。Rothwell と Erwin (1985)は二又分枝するスティグマリア様のリゾモルフからプレウロメイア Pleuromeia やパウロデンドロン Paulodendron の塊状のリゾモルフが進化したと考え、Template:Harxtxtはプレウロメイア目のナトルスティアナ Nathorstiana の根の発生がミズニラ目に似ていることを示唆した。そして、これらのいずれも根を形成する分裂組織を持つリンボク類のスティグマリア、パウロデンドロンやナトルスティアナのリゾモルフ、ミズニラ属の塊茎の下半分は相同かもしれないと考えられている。そのため、ミズニラ類の球茎の下半分に対してもリゾモルフという語が用いられる。
現生小葉植物については、ヒカゲノカズラ綱#下位分類も参照。
現生属は旧来ヒカゲノカズラ属 Lycopodium、フィログロッスム属 Phylloglossum、イワヒバ属 Selaginella、ミズニラ属 Isoëtes、スティリテス属 Stylitesの5属に分けられていたが、のちにスティリテス属がミズニラ属に内包され、また分子系統解析の結果からヒカゲノカズラ属 Lycopodium s.l.はヒカゲノカズラ属 Lycopodium、ヤチスギラン属 Lycopodiella、コスギラン属 Huperziaに分けられた。この分類では特異な形質を持つフィログロッスム属がコスギラン属に内包されてしまうため、フィログロッスム属を維持するためにより細分化された。
大分類は主に『岩波生物学辞典 第5版』に基づく。化石植物の分類は諸説あり、分類体系によってその分類は大きく異なる。以下は大きくはKenrick & Crane (1997)、Gensel & Berry (2001)に基づき、ミズニラ目の分類はDiMichele & Bateman (1996) により追記した。現生属はPPG I (2016)分類体系に基づく。
シュート系は基本的に二又分枝を行う。
ヒカゲノカズラ目では、Lycopodium lucidulum のように二又分枝した枝は同等であるものもあるのに対し、不等になることもあり、ヤチスギラン亜科やヒカゲノカズラ亜科ではシュートが主軸と側軸に分かれ、単軸分枝様の成長(不等分枝)を行う。つまり同一個体内で伸長の早い強勢な茎(主軸)は単軸状に、弱小な茎(側軸)は二又状の分枝を行う。不等分枝は主軸が根茎上に匍匐する種でよく発達する。なお、茎頂分裂組織の分裂(不等二又分枝)により分枝を行うため、真の単軸分枝ではない。
イワヒバ目では、直立性もしくは茂みとなって、同形等大の葉をつける等葉性をもつもの、平らとなり匍匐性で背腹性を持ち不等葉性のもの、根茎上の茎が丈夫に発達して葉状の側枝が直立し不等葉性のものの3つがみられる。分枝はやはり茎頂が2つに分かれる二又分枝であるが、結果的に不等分枝となる。
ミズニラ目は軸が短く直立し、球茎(塊茎)となる。若い植物の基部は溝で2つに分かれ、種によっては成長するとさらに溝ができて3もしくは4のふくらみを持つようになるものもある。