フアン・デ・スマラガ
翌1531年に新しいアウディエンシアがヌエバ・エスパーニャに到着し、不在のグスマンは別として、第1アウディエンシアの聴訴官であったマティエンソやデルガディーリョは捕えられてスペイン本国に送られた。
政敵に非難されたスマラガはスペイン本国に戻って自らの身の潔白を弁護する必要が生じた。スマラガは1532年に出発した。スペインでスマラガは名誉を回復し、1533年4月27日にバリャドリードにおいて司教の叙階を受けた。1534年10月に3隻の船に多くの技術者を連れてメキシコに戻った。
スマラガはメキシコで初代オアハカ司教フアン・ロペス・デ・サラテ、初代グアテマラ司教フランシスコ・マロキン、初代ミチョアカン司教バスコ・デ・キロガらを叙階した。
1542年にバルトロメ・デ・ラス・カサスの有名な新法が成立し、先住民の奴隷化が禁止された。しかしこの法は当時植民地にいたほぼすべてのスペイン人の利益に反するものであったため、スマラガは新法の実行の保留を願い、結局先住民に対する暴行は止めるがスペイン人に重い負荷がかからないような妥協が成立した。
スマラガは学校、アメリカ大陸初の印刷所、病院などを設立し、農業や手工業などの産業を振興した。有名なコレヒオ・デ・サンタ・クルス・デ・トラテロルコ (Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco) は1536年に設立された。バスコ・デ・キロガらと同様、スマラガもエラスムスやトマス・モア『ユートピア』の影響を受けていた。
1548年6月3日にメキシコシティで没した。
1546年にメキシコ大司教区(英語版)が成立すると、スマラガが初代大司教に任命された。1548年7月8日に教皇勅書が届いたが、その1か月前にスマラガは没していた。