ATA over Ethernet
一般に、ハードディスクはその上でファイルシステムを構築して利用される。つまり、ハードディスクから見た唯一のユーザーはファイルシステムになる。ext3、XFS、HFS+、NTFS といったファイルシステムは、そのような前提で設計されている。
ATAoE を使うと、イーサネットには複数のコンピュータが接続されているため、この前提が崩れる可能性が生じる。従来型のファイルシステムではこれは危険であり、ファイルシステムの中身が壊れたり、OSがダウンする事態を引き起こす。
クラスターファイルシステムは、あるブロックデバイスにアクセスできるコンピュータを1台に制限することで、これを回避する。複数のコンピュータが協調動作して安全にブロックデバイスを共有することを可能にする。
このようなクラスターファイルシステムの例として GFS や OCFS2 がある。
ストレージエリアネットワーク(SAN)のファイルシステムではこれとは異なった回避方法をとっているものもある。Tiger Technology Sarl の MetaSAN では、NTFSなどの通常のファイルシステムを構築したディスクドライブを複数のコンピュータで共有可能であり、ATAoE もサポートしている。