ケルンのブルーノ
そのさなかに、ブルーノの弟子、シャティヨンのユードがウルバヌス2世として即位した(1088年)。ウルバヌス2世は、前任者グレゴリウス7世が始めた教会改革を続け、また対立教皇ラヴェンナのグイベルトやその擁立者・神聖ローマ皇帝ハインリヒ4世と対抗するために、有能で信頼できる協力者を必要としており、1090年に師であるブルーノをローマに召喚した。
ブルーノがローマでどのような地位を占めていたか、同時代の事件にどのような影響力を及ぼしたかは、機密の壁に隠されていて、ほとんど知られていない。ローマでは、ラテラン宮殿に教皇とともに住み、側近との秘密の会合に近侍し、助言者として働く一方、ローマ内外の敵対者や教皇庁内の権力闘争からは巧みに身をおいた。ブルーノは徹底して黒子に徹した。ウルバヌス2世が第一回十字軍を呼びかけたクレルモン教会会議にすらブルーノは出席していない。一方、ベネヴェント教会会議(1091年3月)には、ブルーノも出席したようである。
ブルーノがローマに到着した直後にハインリヒ4世が南下してきたため、教皇側は南イタリアへの疎開を余儀なくされた。南への疎開中、ブルーノはレッジョ・カラブリアで注目を集めた。この土地はちょうど大司教アルヌルフを喪ったばかりであった(1090年)。そこで教皇とプーリア公ルッジェーロは、ブルーノの推戴を強力に支持し、受諾するようブルーノに圧力をかけた。