2018年に発覚した医学部不正入試問題
2019年1月12日、2018年度の入試で合格ラインに達しながら不合格とされた9人(AO入試8人、編入試験で1人)の計9人を追加合格としたと発表した。
2019年2月14日、2018年度の一般入試でも合格ラインに達しながら、得点調整により不合格になった元受験生9人を追加合格とした。
2019年1月9日、2018年度の一般入試と学士編入試験で合格ラインを上回りながら不合格とされた計8人を追加合格とし、2019年4月の入学を認めると発表した。対象は一般入試7人、編入試験1人。学内調査委員会が1月4日にまとめた調査報告書では、一般入試の7人より総合評価が低かった1人が繰り上げ合格していた点を「7人を不合格と判断する要素が乏しく不利益な取り扱いだった」と指摘。編入試験で同大歯学部出身者を優遇していたことは「募集要項に記載がなく、公平な選抜とは言えない」と結論付けた。
2018年12月10日、2018年度の医学部医学科の一般入試の繰り上げ合格で、補欠者に連絡する際、男子や現役生を優先する不適切な取り扱いがあったと発表した。補欠合格の電話連絡を成績順位順ではなく、男子や現役生を優先して補欠合格の電話をしていた。男子の合格者の辞退率が高いことや、現役生の方が厳しい授業に耐えられると判断したためとしている。2018年9月の文部科学省の調査に対しては不適切な扱いはないと回答していたが、その後に同省の訪問調査を受け、12月4日付けで不適切だと指摘された。
2018年12月28日、北里大学は不適切な得点調整により、2018年度入試で10人が不利な扱いを受けて不合格になっていたと発表。10人に対しては追加合格とし、希望者は2019年度に1年生として入学を認めるとした。
2019年2月19日、内部調査結果を公式サイト上で発表し、「性別や浪人回数などで一律に加点するなどの事実は認められなかった」とした。
2019年2月21日、厚生労働省は同大学の内部調査結果に対し、「疑いは解消されていない」として、第三者委員会で再調査するよう行政指導した。
2019年2月28日、「第三者委員会」の設置を決定したと発表した。文部科学省が2018年12月に公表した緊急調査結果によると、聖マリアンナ医科大学の入試では各高校が作成する受験生の調査書などを点数化する際、男子の平均点が女子の1.8~2.6倍、現役生の平均点が21歳以上と比べて3.5~15倍になっていた。