熊本市交通局
熊本市営バスの路線では、SUNQパスが当初は利用できなかったものの2006年(平成18)10月1日から利用できるようになった。また、同日から熊本城周遊バスの運行が九州産交バスへ移管された(さらに2011年〈平成23年〉10月1日から熊本都市バスに再移管)。
一方、熊本電気鉄道は2004年(平成16年)7月に藤崎宮前駅と市電の接続計画を発表した。電鉄全線を市電に合わせて改軌した上でLRT化、国道3号のバスレーンに軌道を敷設して市電に接続、熊本駅方面へ直通させるもの。総事業費は100億円以上と見込まれ、電鉄では負担しきれないことから、公的支援を要請した。また、受け入れられない場合は2008年(平成20年)3月に鉄道事業を廃止するとして、自治体側を強く牽制していた。
電鉄は2005年(平成17年)10月に計画を市に譲り渡し、その後、熊本市は熊本県と合志市と共同で、電鉄案(電鉄から熊本市に譲渡した)のほかにも、市電を藤崎宮前まで延長して電鉄と同一ホーム乗り換えを行うという形も含めて検討することとし、委員会を設けて事業計画の策定を行うことを2007年(平成18年)3月に決定した。これを受けて熊本電鉄側では廃止案を撤回している。しかし、交通渋滞を引き起こす可能性があることや、採算性の問題などで、計画は一時凍結となった。その後、熊本県・熊本市・合志市は電鉄案のほか、市電の藤崎宮前までの延長と同一ホーム乗り換えという形も含め、都心結節計画検討委員会を設けて事業計画を策定し、2008年3月、鉄道を廃止して線路敷をバス専用道に転用し、連節バスやガイドウェイバスを走らせる新バスシステム導入を軸に検討を進める方針を決めた。その後、同年6月に熊本電気鉄道が7か年での経営再建計画を発表し、LRT(超低床電車)などの新規投資ができる環境にないことから、8月に検討委員会は計画検討の凍結を決定した。