廃仏毀釈
慶応4年3月13日(1868年4月5日)に、政府より「神仏分離令」「神仏判然令」と通称される太政官布告、および明治3年1月3日(1870年2月3日)に出された詔書「大教宣布」など、仏教による国民負担の軽減策が出された。
こうした軽減策は、当初は神道と仏教の分離が目的の行政改革であり、仏教排斥を意図したものではなかった。しかし、結果として長年仏教に圧迫されてきたと考える神職者たちによって廃仏運動が惹起され、平田派国学者の神職や民衆によって仏像や仏具が破棄される廃仏毀釈運動が全国的に発生することとなった。
他にも廃仏運動が広がった原因としては、黒船来航以来の西欧列強の外圧による危機的状況、水戸学や平田派国学の発展、仏教国教化権益や僧侶特権への反感、地方官が寺院財産の収公を狙ったこと、政治・文化の近代化、信教の自由、産業革命の影響など、当時の様々な社会的・政治的理由がある。
廃仏毀釈運動の広まりに対して、政府は「社人僧侶共粗暴の行為勿らしむ」ことと、「神仏分離が廃仏毀釈を意味するものではない」との注意を改めて喚起した。しかし、廃仏希釈のおかげで江戸期の特権を寺院が喪失することにも繋がり、仏教界に反省を促し、仏教寺院を近代的宗教団体へ脱皮させる近代化に結びついたとする意見もある。この点に関連して尾鍋輝彦は、近代国家形成期における国家と宗教の問題として、同時期にドイツ帝国首相オットー・フォン・ビスマルクがカトリック教会に対して行った文化闘争との類似性を指摘している。