ビックスバーグ方面作戦
北軍はビックスバーグに集結し、ペンバートン軍を囲んだ。グラントは5月19日と22日の2回、南軍の強固な堡塁を突破することを試みた。2回目の攻撃では当初マクラーナンド軍団がいくらかの成功をみたが、3,200名の損失を出して撃退された。ジョンストンはペンバートンに対して、町を放棄して軍隊を救うよう命令を出したが、ペンバートンは安全に撤退するのは不可能と考えた。ジョンストンはグラント軍を攻撃してペンバートン軍を救出しようと作戦を練ったが、その手配が間に合わなかった。グラントは南軍に対して包囲戦を布いた。7月4日、ビックスバーグの兵士と市民が食糧の補給が無く常に砲撃を受けた6週間の後に、ペンバートンは市と軍隊と共に降伏した。
グラントは前面のペンバートン軍に加えて後方の南軍の動きを心配しなければならなかった。ビッグブラック川橋の近くに1個師団を置き、遥か北のメカニクスバーグまで偵察させ、どちらも本隊を守るようにさせた。6月10日までにジョン・G・パーク少将の第9軍団がグラントに指揮下に送られてきた。この軍団は、キャントンに軍隊を集めたジョンストンが包囲を破ろうとする動きを抑える特別任務の中核になった。シャーマンがこの任務を与えられ、6月22日には第15軍団にあったフレデリック・スティール准将が交代した。ジョンストンは最後にペンバートン軍解放の動きを始め、7月1日にビッグブラック川に到達したが、現実に対応が難しいシャーマン軍と遭遇することになって、ビックスバーグ守備軍救出には遅すぎ、その陥落後にジャクソンに引き返した。
ビックスバーグ包囲戦の間、その近郷で他に3つの戦いが起こった。
シャーマンは北東からビックスバーグ陣地に近付くためにヤズー川のジョンソン・プランテーションに3個師団を上陸させた。12月27日、北軍は強固に守られているウォルナットヒルに向けて湿地を通ってその前線を押し上げた。12月28日これら陣地を巡って数回の無益な攻撃が行われた。12月29日、シャーマンは正面攻撃を命じ、大きな損失を出して撃退されその後に撤退した。
この期間、陸路を行くグラントの半分の部隊もしくじっていた。その通信線はヴァン・ドーンとネイサン・ベッドフォード・フォレスト准将による襲撃で妨害され、ホーリースプリングスの大きな補給所も破壊された。グラント軍はこれらの物資が無くては存続できず、陸路の前進を中断した。
1863年1月初め、マクラーナンドはジョージ・W・モーガン准将指揮下に徴兵した軍団(第13軍団)と共にメンフィスに到着し、ミシシッピ川を下る作戦を開始した。1月4日、シャーマンの第15軍団をその遠征隊に付属させるよう命令し、その32,000名の合流軍をミシシッピ軍と呼ばせた。このことはグラントに対する直接の挑発であったが、シャーマンは上官の命令に従った。シャーマンは初めに、ミシシッピ川とアーカンザス川の合流点からアーカンザス川を遡ること50マイル (80 km)のアーカンソー・ポストにあるハインドマン砦に対する海陸合同作戦を提案した。この砦は川の北軍艦船を攻撃する南軍砲艦の基地になっていた。この遠征はグラントに報せること無く始められた。
グラントはチャタヌーガで包囲されていた北軍に向かいこれを救出し、その後ハレックに変わって北軍の総司令官の地位に就き、そのころ復活されたばかりの中将の位に昇った。戦争全体の究極の成功にも拘らず、ビックスバーグは想像力に富んだ、大胆な、容赦ない操軍の傑作として、その最良の作戦と考えられている。
歴史家スティーブン・E・ウッドワースは、ペンバートンが「南部で最も憎まれた男という肩書きに強い主張をしたが、確かに南軍の制服を着るのを嫌がられた者だった」と書いた。適当な物資は手近にあったはずであり、降伏したのは彼の裏切りに過ぎないという告発があった。南軍の将軍リチャード・テイラーは戦後、「彼は南部を売る目的を発現するために南部に加わり、ヤンキーの神聖な日である7月4日に降伏したという事実でそれが明らかに証明されている」と書いた。
ビックスバーグを失ったことに対する責めはジョン・ペンバートンだけでなく、過度に慎重なジョセフ・ジョンストンにも行った。ジェファーソン・デイヴィスはこの敗北に付いて「そうだ、内部の食糧の不足と外部の戦おうとしなかった将軍のためだ」と言った。包囲されて飢えに苦しめられた兵士や市民はジョンストンが救援に来てくれるという望みを持っていたが、彼は来なかった。1862年の半島方面作戦依頼ジョンストンを悩ませた臆病という告発は、シャーマンに対する1864年のアトランタ方面作戦まで追いかけてくることになった。しかしビックスバーグ方面作戦の時にジョンストン軍は数で遥かに負けていた。ジョンストンはグラントが尊敬する数少ない南軍の将軍だったが、ジョンストンは戦術で負けていた。