神慈秀明会
神慈秀明会の方針変更の兆しは、1995年から徐々に現れていた。1996年にMIHO MUSEUMが開館する際、館長に予定されていた梅原猛より、「母体がこの状態では館長には就任できない」という通告があり、この時に小山弘子会長が、それまでの過激な布教献金体制への見直しをおこない、1997年から新体制として会の方針を一新した。それ以後は、過激な布教、献金活動は沈静化した。
新体制発足時の1997年1月号の会報に、教団幹部から教団トップの小山弘子会長に対しての謝罪文が掲載された(信者に向けての謝罪文ではない)。夏休みを利用して日本中で布教活動を一斉に展開する#夏期布教、#カレッジ、エリート会と言った勉強会、拠点に合宿して布教をする自己放棄など、旧体制時代の神慈秀明会を特徴づけていたさまざまな活動や企画が1997年で一挙に中止、禁止された。
新体制となったことで、旧体制時に末端信者に行ってきた指導は誤りであったと気づいて反省し、自主退職した教師職員がわずかだが存在した。また、新体制に伴い、教団の人事が一新した。各部の部長職は、それまで布教経験や信仰年数が長いものが選抜される傾向があったが、それに限らない選抜が行われるようになった。
観音行(かんのんぎょう)は、 教祖岡田茂吉が書いた教えで、聖教書には載っていないものを数十篇収めてある書籍。この書物は新体制になってから発行されたものであるが、聖教書からは排除されていた神慈秀明会の旧体制時代の過激な活動と矛盾した教えが書かれている。この教えは、教団教師でも初めて知る内容であり、この教えと、旧体制時代の活動との矛盾を、教団教師ですら満足に説明できない状態を生み出している。そのため、信者の信仰上の混乱や旧体制の活動への批判の再燃となる可能性を危惧し、末端信者への配布を慎重にしている。資格者、助教師、世話人といった役職の上位順に配布され、末端信者への配布は現時点では見合わされている。
教祖殿に続き建設。主に信者の宿泊、研修、食事、祭典具の販売を行う。後に第2研修棟が追加で建設された。
講堂棟
大型の大ホールがあり、教祖殿に入りきれない信者の参拝や、講演、演劇などが行われる。建物の最上部はスクエアと呼ばれる大きな広場になっている。
宗務棟
各部事務所や会議室、信者の休憩施設がある。
半田富久の彫刻。球形のモニュメントである。会主小山美秀子、初代会長小山荘吉の功績を記念した記念碑であり、墓所でもある。
朝夕の「礼拝」を行う。
「浄霊行」(手かざしによる他者への魂の浄化)を行う。
聖教書(岡田茂吉執筆物の一部とされる)「拝読」を行う。
本支部出張所への「参拝」を行う。毎日参拝することも推奨されており、それを「日参(にっさん)」と呼ぶ。
参拝所の清掃や事務などの手伝いをする「奉仕」を行う。神慈秀明会における奉仕は、単なるお手伝いではなく、魂が向上する信仰的な意味がある事とされている。
信者は教団の活動を経済的に支援する「献金」を行う。一般社会における献金とは単なる寄付であり、それ以上の意味はないが、神慈秀明会における献金は、単なる寄付以上の、宗教的な意味合いを持つ。献金を行うことで、魂が向上し、奇跡が起こり、不幸が幸福に変わっていくとされている。
離脱の神意に反する態度とは、世界救世教に好意的感情を持つ事、小山美秀子や小山荘吉、小山家の人物を批判する事、離脱の神意を批判し、神慈秀明会の正統性を批判する事などである。
離脱の神意に従い、神慈秀明会では、信者に以下のように考えるようにと教育が行われ、実際に以下のような行動が行われてきた。信者は、世界救世教に関するもの(美術館などの施設、信者、出版物や品物。世界救世教が関わっているEM推進などの社会活動)を嫌忌、または恐怖する。信者は、世界救世教に関する品物、施設、人物は、すべて邪悪な気(邪気)が出ており、接触することで魂が穢れるとし、決して接触しようとしない。信者は、世界救世教には、神慈秀明会で起こるような奇跡は起こらず、世界救世教の信者は全員、不幸のどん底で地獄にいると信じている。離脱の神意の教義では、会主小山美秀子を、信者が神として崇められている教祖岡田茂吉が、天国からただ一人選んだ後継者的存在であるとしている。そのため、会主小山美秀子はいかなる過ちや間違った判断もするはずがなく、神に近い完璧な人間であると信じられている。その小山美秀子が率いる神慈秀明会であるので、この教団はいかなる過ちも犯さず、完璧であり、社会から愛され、永久に発展する宗教団体であると信じられている。
離脱の神意の教義を説くとき、当時の世界救世教の幹部や、秀明教会の離脱についてこなかった信者の話をする際、その個人名を隠すどころか、名前を明らかにして説明し、しかも、信者には、教義の一環として、それらの氏名を記憶させる。