パズル&ドラゴンズ
Ver.6.0で追加されたシステム。一部のモンスター(主に進化後や究極進化前のモンスター)は「覚醒スキル」という特殊能力を持っており、覚醒スキルが解放されていれば、リーダースキルのように常時効果を発揮する。1体につき2〜9個の覚醒スキルを所持しており、ステータス画面でどのようなスキルを所持しているかを確認できる。覚醒スキルを発動させるには、能力覚醒用モンスターか、合成元と同じモンスターを「パワーアップ合成」で合成させる必要がある。
魔法石を5〜20個使用して引けるガチャ(後述)で、強力なモンスターを入手できる。
『パズル&ドラゴンズ』とは違い、スキルはダンジョン中に出る特別なドロップをタッチして使う。このドロップには種類があり、どの種類が出やすくなるかはきせかえで決まる。アバターは頭、胴体、下半身につけることができフレンドと合わせて2体でダンジョンに挑む。同じアバターを入手するとレベルが上がる。
ゲーム内でフレンドとショートメッセージをやり取りできる。この機能を使って運営から特別イベント時のプレゼントや障害の補填等も受け取れる(運営への連絡はできない)。
本ゲームの課金アイテム。後述のパズドラパスを除き、課金する場合はこの魔法石を購入して、それを対象の箇所で使用することになる。無償で配布されることも多い。
他のユーザーとスコアを競い合い、順位(参加者全体に対する割合区分)に応じた報酬がもらえる。上位1~10%(開催ごとに変わる)に入ると王冠が手に入り、その数によってユーザー名の横の属性アイコン形状が変化する。
月額980円で自動更新される有料サービス(サブスクリプション)。魔法石の購入ではなく、サービスに対して直接課金する。iOS版、Android版でのみ利用可能。初回のみ1週間無料お試しができる。
パズドラパス専用ダンジョンが利用できる、チーム編成枠が5枠追加される、獲得するランク経験値が5%アップする、降臨ダンジョンや曜日ダンジョンが常に配信されて挑戦できる、「コスト∞バッジ」にドロップの操作時間が3秒延びる効果が追加されるという特典が得られる。
パズドラパス専用ダンジョンは有効期間中日替わりで配信され、日によってレアな素材が確定でドロップしたり、特殊なガチャを引ける権利を獲得したり、大量のコインやランク経験値、モンポ、プラスポイントがもらえたりできる。また、どのダンジョンでもクリア報酬として魔法石1個がもらえる。イベントとして特定日のダンジョンクリア報酬に豪華報酬が追加される場合がある。