鉄道管理局
地方自動車局(関東地方自動車局・中部地方自動車局・近畿地方自動車局・中国地方自動車局)
地方自動車部(東北地方自動車部)
地方資材部(関東地方資材部・関西地方資材部)
工場(大宮工場・大井工場・大船工場)
工事局(東京第一工事局・東京第二工事局・東京第三工事局・大阪工事局)
工事事務所(信濃川工事事務所)
建築工事局(東京建築工事局)
給電管理局(東京給電管理局)
電気工事局(東京電気工事局・大阪電気工事局)
システム開発工事局(東京システム開発工事局)
(旧北海道支社管内)
北海道旅客鉄道(JR北海道)および日本貨物鉄道(JR貨物)北海道支社に承継
新幹線総局(幹総局)は東海道・山陽新幹線のうち、輸送指令業務のほか、駅を除く路線と現業機関を管轄し、各駅の場内区間と構内、営業業務は、新幹線の各区間に対応する在来線の地元鉄道管理局が管轄した。
山陽新幹線岡山開業直後の1973年、国鉄本社は「鳥飼事故」などの重大なトラブルが多発していた幹総局に対し、その後も予定されていた全国新幹線網の拡大にともなって見込まれる組織の肥大化と、国鉄部内における彼らの権限の際限ない拡大を問題視した。本社は山陽新幹線博多開業(1975年3月10日)に合わせて、西日本の各区間に対応する在来線を管轄する岡山以西の各鉄道管理局に同区間の路線および現業機関も管轄させ、幹総局から業務と権限を切り離す「輪切り」 を実施することを検討し、岡山、広島、門司の各鉄道管理局内に新幹線開業準備室を設置して調整にあたった。
しかし本社と3鉄道管理局による改革の試みは、1974年4月20日付で広島管理部(福山・三原間-新下関・小倉間管轄)および九州管理部(新下関・小倉間 - 博多管轄)を幹総局の下に設置する形にとどまり、幹総局は所管を山陽新幹線全線に拡げることになった。
本社がねらった幹総局肥大化阻止はのち、東北・上越新幹線を幹総局に所管させない形で実現した。国鉄内部の幹総局閥の介入を防ぐため、本社直轄として人事の時点から完全に幹総局から切り離した東北・上越新幹線総合指令本部が輸送指令業務を所管するほかは、全区間を各区間に対応する在来線所管の鉄道管理局の管轄とした。