6つのトリオ・ソナタ
1727年から1732年にかけて作曲されたと考えられており、右手パート、左手パート、足鍵盤パートが、完全に独立した3つの声部となっており、バロック音楽における室内楽合奏曲の一分野であったトリオ・ソナタ、すなわち2つの独奏旋律楽器と通奏低音の3パートの合奏形式で作曲されたものをオルガン1台で演奏するという、野心的な試みがなされている。この曲は息子のヴィルヘルム・フリーデマン・バッハの音楽教育用に作曲されたと言われている。各曲は急-緩-急の3楽章構成で作曲されているが、第4番のみ、第1楽章の冒頭にアダージョの序奏部が加えられている。
室内楽曲としてみても非常に魅力的な音楽であるため、この曲を敢えて通常のトリオ・ソナタの形式に編曲し直して、ヴァイオリン、フルートと通奏低音(チェンバロと、チェロまたはビオラ・ダ・ガンバ)などの組み合わせで4人で演奏することもしばしば行われ、そのような編曲の録音も行われている。