毛利水軍
天正10年(1582年)6月に本能寺の変が発生すると、羽柴秀吉は謀反人明智光秀を山崎の戦いで撃滅し、翌11年(1583年)の賤ヶ岳の戦いで織田家重臣の柴田勝家を討ち破り、信長の実質的な後継者として天下人となった。毛利氏は秀吉の天下統一に積極的に協力し、毛利水軍も天正13年(1585年)の四国征伐、天正14年(1586年)の九州征伐に出動した。しかし、反骨精神を発揮した村上武吉が四国攻めに協力しなかったため、小早川隆景の追討を受けて能島から竹原に強制移住させられた。能島村上氏は、天正16年(1588年)にも海賊停止令に違反したと詰問され、息子の村上元吉が弁明のために大坂城まで赴いている。
天正18年(1590年)の小田原征伐でも、毛利水軍は兵員・兵糧の輸送部隊として豊臣軍の兵站を支えた。また、北条方の伊豆水軍拠点である下田城攻めにも加わっている。
天正20年(1592年)から始まる文禄・慶長の役では、毛利水軍は朝鮮へ渡海するために主力として出動し、九鬼水軍や来島村上水軍、塩飽水軍を主力とする豊臣水軍や、坊津水軍を主力とする島津水軍とともに、兵站や海上輸送を担い、李舜臣らの朝鮮水軍と海戦を行った。