二尊院
本堂(京都市指定有形文化財) - 永正18年(1521年)、三条西実隆によって再建。本堂に掛かる勅額「二尊院」は後奈良天皇の宸筆である。
前庭
庭園「六道六地蔵の庭」 - 本堂の裏にある。
書院
庫裏
茶室「御園亭」 - 後水尾天皇の第6皇女賀子内親王の御化粧之間が二条家に移され、それが後に当院に移築されたもの。
御霊屋
弁天堂
鐘楼 - 慶長年間(1596年 - 1615年)に再建。梵鐘は「しあわせの鐘」と呼ばれる。
角倉了以像
八社宮(京都市指定有形文化財) - 伊勢神宮、松尾大社、愛宕神社、石清水八幡宮、熱田神宮、日吉神社、八坂神社、北野天満宮。表鬼門の社。室町時代に建立。
勅使門(唐門) - 永正18年(1521年)、三条西実隆によって再建。勅使門に掛かる勅額「小倉山」は後柏原天皇の宸筆である。
黒門
湛空上人廟 (京都市指定有形文化財)- 法然上人廟でもある。室町時代末期に建立。碑は建長5年(1253年)に宋の石工によって彫られたと思われる。
時雨亭跡 - 藤原定家の小倉山荘「時雨亭」跡とされる場所。定家が小倉百人一首を作成した場所とされている。当院の南にある常寂光寺にも時雨亭跡とされる場所がある。
角倉了以・角倉素庵父子の墓
鷹司家の墓
三条西家の墓
三帝陵 - 土御門天皇、後嵯峨天皇、亀山天皇の分骨を安置する。
伊藤仁斎・伊藤東涯父子の墓
四条家の墓
二条家の墓
冨田溪仙の墓
三条家の墓
嵯峨家の墓
阪東妻三郎・田村高広親子の墓
西行法師庵跡
総門(京都市指定有形文化財) - 慶長18年(1613年)に伏見城の薬医門を角倉了以が貰い受けて寄進・移築したものと伝わる。
本堂
勅使門
総門
紅葉の馬場
八社宮
弁天堂
伊藤仁斎の墓
西行の庵跡