三宝院
永久3年(1115年)、左大臣・源俊房の子で醍醐寺14代座主勝覚が灌頂院(かんじょういん)として開いた。改名後の三宝院という名は、勝覚が定賢・義範・範俊という三人の師(三流)から「法」(本尊・聖教・重宝)を伝えられた由緒によるという説がある。康治2年(1143年)には鳥羽上皇の御願寺となっている。勝覚が村上源氏の出身であったことから、初期には代々源氏の寺院とみなされていた。
鎌倉時代から南北朝時代にかけて、成賢(7世)・憲深(11世)・定済(13世)・賢俊(21世)と高僧を輩出し、足利尊氏から厚く保護された。
成賢は朝廷や鎌倉幕府の信任が厚く多くの弟子を育成したが、亡くなった後に弟子の道教が三宝院、同じく弟子の憲深が極楽房(後の報恩院)を継承した。ところが、道教が急死したことから、朝廷では三宝院の再建のために憲深を三宝院門跡に任じた。このため、憲深と亡くなった道教の弟子が対立した。だが、火災によって三宝院は焼失してしまい、三宝院を再建したのは憲深の弟子の定済であった。だが、憲深の他の弟子達もこれに反発したために、三宝院の後継を巡る争いが続いたが、定済の流れを汲む賢俊が足利尊氏の庇護を背景に三宝院のみならず報恩院・理性院・金剛王院も支配下に置いて他派を圧倒した。