本国艦隊
ホランド中将坐乗の「フッド」が轟沈し、就役したばかりで戦闘力の低かった「プリンス・オブ・ウェールズ」は、艦橋への被弾で多数の士官が死傷し、被弾と故障で主砲のほとんどが沈黙して戦闘継続困難に陥り、戦場離脱を余儀なくされた。
イギリス海軍を挙げての追跡戦の結果、空母「アーク・ロイヤル」の雷撃機が「ビスマルク」を雷撃し、舵を破壊して行動不能にした。ビスマルクは、本国艦隊司令長官ジョン・トーヴィー大将坐乗の戦艦「キング・ジョージ5世」と「ロドニー」他に撃沈された。(ビスマルク (戦艦)#ビスマルク追撃戦)
本国艦隊の作戦区域は特に区分けされておらず、所属艦艇も非常に柔軟に他の地域へ分遣された。しかし、北海南部とイギリス海峡については、より小回りの利く部隊のために別々の司令部が設置された。また、大西洋の戦いが苛烈さを増した結果、ウェスタンアプローチ管区が設置された。1944年にドイツ戦艦「ティルピッツ」が行動不能となったことにより本国艦隊の優先度が下がり、大部分の主力艦が引き抜かれて極東へと送られた。
第二次世界大戦中の司令長官は以下の通り
チャールズ・フォーブス(1939-1940)
ジョン・トーヴィー(1940-1942)
初代フレーザー・オブ・ノース・ケープ男爵ブルース・フレーザー(1942-1944)
ヘンリー・ムーア(1944-1945)