村井駅
1902年(明治35年)12月15日:国鉄中央線塩尻 - 松本間の開通時に開業。一般駅。
1922年(大正11年):駅舎改築。
1982年(昭和57年)10月31日:専用線発着を除く車扱貨物の取扱を廃止。
1985年(昭和60年)3月14日:荷物の取扱を廃止。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、JR東日本・JR貨物の駅となる。
2005年(平成17年)12月17日:自動改札機稼動開始。
2014年(平成26年)4月1日:東京近郊区間に編入される。
2017年(平成29年)4月1日:ICカード「Suica」の利用が可能となる。
2022年(令和4年)3月1日:新駅舎の建設を開始。
2023年(令和5年)秋:東西自由通路が完成(予定)。
2024年(令和6年)秋:新駅舎が完成(予定)。
JR貨物の駅は、通年休止駅(車扱貨物の臨時取扱駅)となっており、2014年3月時点で定期の貨物列車の発着はなくなっている。
かつては、駅の東側にJX日鉱日石エネルギー松本油槽所があり、その荷役設備へ至る専用線(荷役線)が2本分岐していた。この専用線は油槽所への石油輸送に使用されているため、当駅には南松本駅からの1日2往復の専用貨物列車が停車し、貨車の連結・解放を行っていた。ただしタンク車の発駅は根岸駅で、南松本駅で別の列車から継走されていた。
2011年3月に貨物取り扱いが終了。油槽所は解体され、跡地は松本国際高等学校となっている。
また共同石油や大協石油松本油槽所の荷役設備へ至る専用線も分岐していた。また、民営化前は駅舎の南側に貨物ホームが設置されていた。
貨車の入換作業はJR貨物の関連会社のジェイアール貨物・信州ロジスティクスが受託している。構内には同社の松本営業所村井分室があり、コンテナを改造した小さな詰所が置かれていた。小屋状の貨車移動機用機関庫もあったが、2020年頃に撤去、残った側線も新駅舎建設に伴い、2022年3月までに全て撤去された。