トゲウオ目
ヨウジウオ亜目 Syngnathoidei には2下目4上科が設置され、7科62属264種で構成される。トゲウオ亜目とは異なり、上顎を突き出すことはできない。口は小さく、筒状に長く突き出た吻の先端にある(チンヨウジウオ属を除く)。腹鰭は腹部に位置する。肋骨をもたず、前方のいくつかの椎骨が大きく伸長し、長い頭部を支えている。一部の種類の腎臓は糸球体を欠く。
ウミテング上科・ヨウジウオ上科はヨウジウオ下目 Syngnatha に、ヘラヤガラ上科・ヘコアユ上科はヘラヤガラ下目 Aulostomoida にそれぞれまとめられている。ヨウジウオ下目(およびインドストムス科)の仲間はすべて、独特な分葉構造を示す鰓弁をもち、総鰓魚類と総称されることもある。また、ヨウジウオ下目の頭部・体部は板状の、尾部は環状の骨板によって完全に覆われる。鰓孔は小さく円形で、頭の後背側に開口する。口は小さく、歯をもたない。
ヘラヤガラ下目の鰓弁は他の真骨類と同様、細長い櫛状となっている。歯は小さいか、あるいはない。
インドストムス科 Indostomidae は1属3種からなり、いずれも東南アジアに住む淡水魚である。本科は1929年にミャンマーのインドージ湖(Indawgyi Lake)から初めて記載された、最大3.3cmの小型魚類である。以前はヨウジウオ亜目に所属していたが、詳細な解剖学的解析に基づきトゲウオ亜目に移動された。Indostomus paradoxusが、パラドックスフィッシュの名で観賞魚として流通する。
体は細長く、骨板に覆われる。他のトゲウオ亜目の魚とは異なり、上顎を突き出すことはできない。鰓蓋には5-7本のトゲがある。鰓弁は分葉構造をとり、ヨウジウオ下目の魚類と類似している。背鰭の前半部は5本の独立した棘条からなる。腹鰭は4本の軟条からなり、棘条はもたない。肋骨を欠く。
インドストムス属 Indostomus
トゲウオ亜目 Gasterosteoidei は4科9属14種で構成される。インドストムス科以外の仲間は、上顎を前に突き出すことができる。雄は腎臓から接着剤のような物質を分泌し、巣作りに利用する。後擬鎖骨を欠き、鼻骨と頭頂骨を有する。椎骨は伸長しない。