近藤勇
八月十八日の政変により京都政局は公武合体派が掌握し、一橋慶喜・松平容保(会津藩主)・松平定敬(桑名藩主)の三者による「一会桑政権」が形成され、新選組はその一角を担った。元治元年(1864年)正月15日には将軍徳川家茂が入京し二条城へ入った。松平容保は陸軍総裁職・軍事総裁職となり、2月25日には福井藩主・松平慶永が京都守護職に就任している。幕府では新選組を松平慶永に預ける案が浮上したが、近藤はこれを断っている。5月7日に将軍家茂は江戸へ帰還するが、近藤は将軍の在留を求めて憤激する書簡を残している。
同年5月末ごろ、近藤の養父周斎宛の書簡によれば、近藤は備中国松山藩主・板倉勝静の家来で新選組隊士の谷三十郎から弟の昌武(周平)を養子に迎えたことを伝えている。なお、周平は慶応3年(1867年)に養子関係を解消し旧姓に戻り、翌年に江戸へ戻る途中で脱走している。
元治元年6月1日、新選組は熊本藩士・宮部鼎蔵下僕である忠蔵を捕縛し、ほか不審者二名を捕縛した。拷問により謀反の計画を知り、四条通小橋西入ル真町(京都市下京区)で薪炭商・枡屋喜右衛門(古高俊太郎)を捕縛した。古高の供述から中川宮邸放火計画を知った新選組は直ちに探索を開始し、6月5日(1864年7月8日)に一味が潜伏していた池田屋に突入して宮部一派を壊滅させた(池田屋事件)。この働きにより、新選組は朝廷と幕府から感状と褒賞金を賜った。
禁門の変出動を経て、近藤は隊士募集のために帰郷する。ここで伊東甲子太郎ら新隊士の補充に成功した。