ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序
初号機は腹を使徒の触手で貫かれつつも、ナイフを使徒のコアに突き立てその殲滅に成功する。命令無視をミサトに咎められたシンジはミサトの家を出るが、追跡していたNERVの保安部によりNERV本部へと連行される。「誰のためでもなく、自分の意志で乗るのかどうか決めなさい」とミサトに言われたシンジは、改めてその意味を考える。
その後、第3新東京市に第6の使徒が襲来。シンジは初号機で出撃するが、遠距離から使徒が放った加粒子砲の光線により負傷する。破損した初号機が回収された後、使徒はジオフロントに向け地表装甲盤の掘削を始める。攻防ともに強力で守備範囲の広大な使徒に対し、ミサトは超遠距離からエヴァの陽電子砲による狙撃作戦「ヤシマ作戦」を立案・実行するが、死ぬ思いをしたシンジはエヴァへの搭乗を拒む。ミサトはシンジにジオフロント最深部L-EEE(トリプルイー)層に置かれている第2の使徒「リリス」を見せ、リリスと使徒との接触による「サードインパクト」を防ぐため、職員全員が使徒と刺し違える(最悪の場合は本部ごと自爆する)覚悟でいると言い、シンジは再びエヴァに乗ることを了解する。囮として使徒への集中砲撃が行われる中、日本全土の電力を接収しての陽電子砲の一撃は、使徒に命中するが、致命傷とはならず反撃される。シンジは恐怖に震え、ゲンドウはシンジが役に立たないと判断、砲手をレイに変えようとするが、ミサトは彼を信じ託すべきと主張しそれが認められる。2射目の準備を始めるシンジを、再度使徒の光線が襲うが、レイの乗る零号機が盾でこれを防ぎ、初号機の撃った陽電子砲の2射目によって第6の使徒は殲滅された。
一方、月面では渚カヲルが棺から目覚めていた。