チベットの歴史
クビライは1288年に宣政院を設立し、サキャ派の長の帝師がここで指導し、チベットを支配した。一方、チベット側の史料ではポンチェンと呼ばれるサキャ派の俗権首長が統治を行ったと記すが、ポンチェンと宣政院の関係については諸説ある。パクパが1280年に死んでからも75年ほど、サキャ派はサキャ寺院を僧院都市として、モンゴル帝国が衰退するまで中央チベットを支配した。また、チベット全域に対しても大きな権限を持った。
モンゴルはチベットを13地域に分け、それぞれの領主を万戸長(ティポン)に任命して支配していたが、1285年に、ラサ北東100kmほどの位置にあるディグンの万戸長が「上手のホル(恐らくカイドゥ・ウルス)」と結んで反乱を起こした(ディクン派の乱)。最初は勝ち進んだが、1290年にはテムル・ブカ率いるモンゴル軍の協力を得たサキャ派の軍隊に破れ、本山ディクン・ティルを焼き討ちされている。
10代目座主のデチェン・サンポ・ペルの子供クンガ・ロデが8代目帝師となり、1347年、コン氏をシトク家、ラカン家、ドゥムチョー家、リンチェンカン家の4ラプダンにわけ、受け継いだ遺産も分割した。後にこの4ラプダンが対立し、代わりにカギュ派の支派パクモドゥ派が力を付けていった。サキャの小さな町は内乱寸前となり、モンゴルは1320年代末に宣政院を廃し、モンゴルとサキャ派の絆はなくなった。
漢代より羌・氐の名でチベット系と思われる民族の記述がみられる。羌の源は姜氏(炎帝)で氐は蚩尤の裔と言われる。 羌族は中央アジア東部から中国の西北部外縁にかけて移動生活する遊牧民であり、後代の文献資料や言語学の研究から、紀元0年前後にチベット高原南部から進入したチベット人の祖となる部族集団が、東北部から中央部へと進出し定住したと考えられている 。遊牧民の進入と定住は6世紀まで断続的に続き、チベット中央部に多くの君主制国家が形成された。
また、パクパの弟チャクナはコデンの家系の王女を娶っている。
以後のモンゴルとチベットの関係を、単純に西欧的な意味での「宗主国・属国」という関係で見ることはできない。フビライは手紙の中でパクパに「私はあなたの保護者であり、ブッダの教えを広めることはあなたの務めである」と語っている。これはあくまでも個人と個人の関係である。皇帝は政治的な保護の権力を行使し、帝師はチベットだけでなく中国を含む全モンゴルに宗教的な影響を与えている。これ以後も1911年の辛亥革命まで、中国とチベットの関係は概ねこのようであった。チベットから見ればチベットの守護者観音菩薩と中国皇帝文殊菩薩は同格である。しかし中国から見れば中国皇帝と同格ということは定義上ありえず、両者の関係はチベットからみるか中国から見るかで大きく異なる。
この時期のチベットには、モンゴル帝国の王子が率いる駐屯軍が配置され、帝国を覆う駅伝網が展開され、またチベットの諸侯・教団の代表となっていたサキャ派の管長は、チベットの地をはなれ、「帝師」・「国師」(「ハーンの仏教の師」の意)や「宣政院」(モンゴル帝国の仏教徒とチベットの地を管轄する機関)の長官職に任命されて、ハーンに随行して帝国の首都大都(現北京)に駐在していた。
1420年代、タクパ・ギェルツェンの次男サンギェ・ギェルツェンはリンプン家の娘と結婚した。タクパ・ギェルツェンが死亡すると後継者争いが起き、リンプン家の支援を受けたサンギェ・ギェルツェンが1432年に6代目パクモドゥ派の長に即位した。しかし翌1433年には罷免され、リンプン家の妻との長男タクパ・ジュンネがデンサ・ティル寺院から戻って7代目として即位した。リンプン家はチベット中西部のツァンを支配し、シガツェ東部のリンプンを首都とした。一方、パクモドゥ派の本山デンサ・ティル寺院は政界とは別に僧正位が支配していたが、1444年に僧正位の僧が死ぬとこれを空位にし、リンプン家がネドンをも支配した。パクモドゥ派の長の領土はラサ周辺のウーのみとなった。
1480年代、ラサでゲルク派とカルマ派が対立して寺院を焼き打ちする事件が起こる。これを機会にリンプン家の長トンユ・ドルジェはカルマ派の摂政シャマル派と結び、ウーに侵攻し、パクモドゥ派の長クンガ・レクパは首都ネドンから追放された。トンユ・ドルジェはチベットを支配するようになるが、1506年に彼が死ぬとネドンは無政府状態となった。
これは現在のインドアルナーチャル・プラデーシュ州である。のちに中国はこのマクマホンラインがインド側への不法編入であるとして抗議し、この地域を南チベットと呼んだ。なお、英国はすでに1912年には、地元の族長たちと合意を締結していた。
シムラ条約は3者の代表団によって締結されたが、北京政府は外チベットと内チベットの間の国境を書くことに対する不満からすぐに合意を撤回した。このため、マクマホンとチベット人代表はこの合意に示された全ての事柄において中国のいかなる主張も拒絶する通牒の付託されたこの条約を、英蔵相互条約としてサインを行った。
英国の運営していたインド政府は最初は英露協商(1907年)に矛盾するとしてマクマホンの相互条約を拒絶した(英露協商は1917年にロシアが、1921年には英国が破棄)。その後、マクマホンラインは英国政府および独立後のインド政府にとって国境と捉えられた。中国からすれば、この地域は中国領であり、またシムラ条約を締結していないために条約は無効であり、インドによるこの地域の併合は不当であった。この問題はのちの1962年、中印国境紛争をもたらした。
ゲルク派は他の宗派に倣って転生活仏制を取り入れ、精力的な活動によって16世紀半ばにはチベット最大の宗派を形成した。後にダライ・ラマ3世となるソナム・ギャンツォは1578年にモンゴルのトゥメト部長アルタン・ハーンと会見してお互いの称号を交換し合い、「ダライ」称を使用するようになった。 17世紀半ば、ゲルク派の有力な化身ラマの名跡ダライラマを信仰するオイラトの指導者トゥルバイフがチベット高原の大部分を制圧し、ダライラマ政権が成立した。