琵琶湖線
「サンダーバード」については湖西線の強風による迂回運転時には京都駅 - 長浜駅間の琵琶湖線全線での運行に変更され、米原駅に運転停車する以外は、琵琶湖線内は無停車で運行される。米原駅 - 長浜駅間には名古屋駅および米原駅と北陸を結ぶ特急「しらさぎ」が名古屋駅・米原駅 - 金沢駅間で運転されている。
寝台特急「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」(東京駅 - 高松駅・出雲市駅間) - 但し、琵琶湖線内では米原駅に運転停車するのみで、客扱いを行う停車駅はない。
特急「びわこエクスプレス」(米原駅・草津駅 - 大阪駅間)
特急「はるか」(野洲駅・草津駅 - 関西空港駅間)
特急「ひだ」(高山駅 - 大阪駅間)
これらの特急の自由席を米原駅 - 京都駅間で利用した場合、同区間を東海道新幹線の自由席を利用する場合と比較して特急料金が高くなる(特定特急券の項目も参照)。
通勤客向けの座席定員制のホームライナーとして1987年10月に運転を開始し(1988年3月から定期列車化)、特急「雷鳥」の間合い運用として米原駅 - 大阪駅間で休日をのぞいて1往復設定されていたが、2003年6月1日の改正で特急「びわこエクスプレス」に置き換えられ廃止された。車両は485系が使用されていた。
381系:大阪発着の特急「しなの」で使用。
383系:大阪発着の特急「しなの」で使用。