木下杢太郎
没後 『葱南雑稿』(随筆集、遺稿)、東京出版(1946) 『日本の医學』(太田正雄名)、民風社(1946) 『黴毒』(太田正雄名)、全国医科大学合同出版会(1947) 『秀吉と伴天連 キリスト教伝来四百年記念』、キリシタン文化研究会編・白鯨社(1949) 『賣りに出た首-美術随想集』 角川書店(1949) 『木下杢太郎詩集』 河盛好蔵編、岩波文庫(1952、復刊1980) 『木下杢太郎詩集』 野田宇太郎編、新潮文庫(1952、復刊1966) 『南蛮寺門前・和泉屋染物店 他三編』岩波文庫(1953、復刊1987・2001)ISBN 9784003105320 『木下杢太郎詩集』 日夏耿之介編、弘文堂アテネ文庫(1954) 『木下杢太郎 百花譜』 岩波書店(上下)(1979)、大著 『百花譜 百選』 澤柳大五郎選、岩波書店(1983、復刊1990・2000)ISBN 9784000080156 『新百花譜 百選』 前川誠郎選、岩波書店(2001)ISBN 9784000080767 『新編 百花譜百選』 前川誠郎編、岩波文庫(2007)ISBN 9784003105337 『きしのあかしや-木下杢太郎随筆集』 上田博編、日本図書センター(2002)ISBN 9784820556459 『木下杢太郎随筆集』 岩阪恵子編、講談社文芸文庫(2016)ISBN 9784062903035 『木下杢太郎 荒庭の観察者』 平凡社:STANDARD BOOKS(2022)ISBN 9784582531824。選書判
その間の1922年(大正11年)、医学博士号を得た。
1924年(大正13年)、帰国して、愛知県立医学専門学校(現・名古屋大学医学部)教授となり、1926年(大正15年)、東北帝国大学医学部教授に転じて、皮膚病黴毒学講座を担当した。引き続き、医真菌学の研究を行い、1930年(昭和5年)、日本ミコロギー学会を設立し国内外の専門家との交流に勤めた。
1934年(昭和9年)、皮膚科学会総会で『中毒疹』を報告した。
1937年(昭和12年)、東京帝国大学医学部教授となって皮膚科学講座を担当した。伝染病研究所(現・東京大学医科学研究所)の研究員をも兼ね、癩病の研究を進め次第に世界的権威と目されるようになった。また、思想弾圧を受けた学生たちに心のより所を与えるため、「鷗外の会」を作って指導した。
1938年(昭和13年)、『眼上顎褐青色母斑』を独立疾患として発表した。太田の名に因み『太田母斑』とも呼ばれている。
1941年(昭和16年)、日仏交換教授として、当時日本軍が強行進駐していたフランス領インドシナへ出張し、レジョン・ドヌール勲章を受けた。
1943年(昭和18年)、『百花譜』と自ら呼んだ植物写生を始め、872枚を描いた。1944年(昭和19年)、上海・南京の医学会に出席した。
1945年(昭和20年)、4月に『わらい蕈』を、5月に『すかんぽ』を、『文芸』誌に掲載した。6月より腹部の変調を訴え、10月15日、胃幽門の癌のため、東大病院柿沼内科で没した。戒名は斐文院指学葱南居士。墓は多磨霊園にある。
妻・正子は、太田教授の教え子に心筋梗塞の看護を受けたのち、1980年(昭和55年)に亡くなった。
裁判官・弁護士の斎藤直一、社会運動家で静岡県議をつとめた太田慶太郎は甥にあたる。