美濃国
国分寺の南西約1km(現:垂井町平尾)に建立されたとされており、平成16年から発掘調査が行われ尼寺建物の基壇の一部が見つかっている。
大和郡山藩柳沢家 柳沢吉保:武蔵川越藩主・甲斐甲府藩主・側用人 柳沢信鴻:大和郡山藩第2代藩主。柳沢吉保の孫 柳沢保泰:郡山藩第4代藩主
その他 青木一新:摂津麻田藩第8代藩主 青木一興:麻田藩第12代藩主 板倉勝武:備中松山藩第2代藩主 植村家貴:大和高取藩第11代藩主 遠藤胤城:近江三上藩第6代藩主、和泉吉見藩主 大岡忠恒:三河西大平藩第3代藩主。大岡越前守忠相の孫 織田信就:上野小幡藩第4代藩主 織田信邦:小幡藩第7代藩主 木下利潔:備中足守藩第6代藩主 黒田長溥:筑前福岡藩第11代藩主 土井利見:下総古河藩第2代藩主 遠山友寿:美濃苗木藩第11代藩主 遠山友禄:苗木藩第12代藩主 内藤正弼:信濃岩村田藩第3代藩主 内藤正国:岩村田藩第5代藩主 南部利剛:陸奥盛岡藩14代藩主 堀親広:信濃飯田藩第12代藩主 本多忠政:伊勢桑名藩第2代藩主、播磨姫路藩初代藩主。本多平八郎忠勝の長男 本多忠民:三河岡崎藩第5第藩主・老中 松平勝房:下総多古藩第2代藩主 松平信興:常陸土浦藩主、大坂城代 毛利高誠:豊後佐伯藩第9代藩主 森忠賛:播磨赤穂藩第7代藩主
郡上市の一部(白鳥町石徹白)
厚見郡(57村・41,543石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、旗本領、加納藩、尾張名古屋藩、陸奥磐城平藩 各務郡(41村・20,532石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、尾張名古屋藩、高富藩 羽栗郡(63村・21,375石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、尾張名古屋藩、陸奥磐城平藩 中島郡(32村・14,565石余) - 幕府領(美濃郡代・名古屋藩給人毛利源内預地)、旗本領、尾張名古屋藩、尾張犬山藩 海西郡(25村・11,750石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、高須藩 石津郡(77村・26,373石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、旗本領、高須藩、大垣藩、尾張名古屋藩、今尾藩 多芸郡(61村・34,408石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、大垣藩、今尾藩、尾張名古屋藩、尾張犬山藩、高須藩 不破郡(45村・37,212石余) - 幕府領(大垣藩預地)、旗本領、大垣藩、尾張名古屋藩 安八郡(152村・81,850石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、旗本領、大垣藩、尾張名古屋藩、今尾藩、尾張犬山藩、岩村藩 池田郡(67村・18,973石余) - 幕府領(大垣藩預地)、旗本領、大垣藩、尾張名古屋藩、備中岡田藩 大野郡(122村・50,037石余) - 幕府領(大垣藩預地)、旗本領、大垣藩、野村藩、尾張名古屋藩、岩村藩 本巣郡(71村・35,899石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、旗本領、大垣藩、陸奥磐城平藩、尾張名古屋藩 席田郡(9村・5,726石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、旗本領 方県郡(54村・33,795石余) - 幕府領(美濃郡代・大垣藩預地)、旗本領、陸奥磐城平藩、高富藩、尾張名古屋藩、大垣藩 山県郡(50村・26,330石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、岩村藩、尾張名古屋藩、高富藩 武儀郡(135村・33,827石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、尾張名古屋藩、岩村藩、今尾藩 郡上郡(164村・30,274石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、郡上藩 加茂郡(116村・42,818石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、尾張名古屋藩、苗木藩、今尾藩 可児郡(95村・32,444石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、尾張名古屋藩 土岐郡(44村・19,895石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、尾張名古屋藩、岩村藩 恵那郡(81村・35,233石余) - 幕府領(美濃郡代)、旗本領、岩村藩、苗木藩、尾張名古屋藩
高山市、飛騨市、大野郡白川村の全域
下呂市の大部分(馬瀬惣島・西村・門原・保井戸・瀬戸および金山町中切・渡・下原町・大船渡・中津原・福来より北東の地域)
現在の愛知県豊田市の上切町・上中町・下中町・下切町・島崎町・一色町は、元は三河国加茂郡足助庄仁木郷であったが、室町時代にこの地域を支配する領主が、隣接する美濃国恵那郡南部の領主であった明知遠山氏へ娘を嫁がせる際に美濃国恵那郡に化粧料として割き与えたと伝えられている。しかし1955年(昭和30年)4月1日にこの地域に存在した岐阜県恵那郡三濃村が岐阜県と愛知県に分裂し、愛知県東加茂郡旭村に越県編入された。