ユーグレノゾア
鞭毛軸糸に沿ってパラキシアルロッド(paraxial rod)が存在する。
鞭毛に小毛を持つ(場合がある)。この小毛は不等毛藻とは異なり、非常に細い非管状小毛である。
3系統の微小管性鞭毛根(dosal root; 背側鞭毛根、intermediate root;中間鞭毛根、ventral root; 腹側鞭毛根)を持ち、それらの生じる位置に相同性がある。捕食性の種では、腹側鞭毛根は捕食装置へ向かって伸びる。
解析対象として代表的な分子である18S rRNAによる系統解析を初めとして、多くの分子種でユーグレナ植物とキネトプラスト類の単系統性が支持されている。