有年駅
相対式2面2線のホームを持つ地上駅であり、橋上駅舎を有している。
旧駅舎時代は直営駅(相生駅の被管理駅)、窓口にて乗車券類を発売していたが、橋上駅舎の使用開始と同時に無人駅となった。旧駅舎は兵庫県現存最古の駅舎とされていた(現在は1894年(明治27年)の播但線香呂駅と鶴居駅)。
橋上化後は無人駅となっているものの、駅事務室・窓口と有人改札のスペースが施錠してカーテンを閉じた上で確保されている他、ICOCAなどの交通系ICカードへの入金に対応した自動券売機と、簡易型自動改札機が設置されている。
2012年夏より橋上駅舎の建設が始まり、2015年ごろの竣工が見込まれていたが工期が遅れ、2017年10月より全面的に使用開始となった。工事期間中は2013年3月から上り本線外側に新設されたホームが使用開始、2016年には旧2番のりばを転用した下り線のりばが完成した。2017年7月の時点ではまだ橋上駅舎の自由通路南口側階段と駅事務室・改札口のスペースが完成していなかったため、1番のりばには従来の駅舎への仮設通路が設けられていた。
上りホームは線路に併せカーブしており列車がホーム側に傾いて入線する。
当駅は米原駅 - 上郡駅間の駅では唯一、自動放送が「JR京都・神戸線運行管理システム」対応型になっておらず(近江塩津駅 - 坂田駅間は、長浜駅のみ運行管理システム対応型放送)、永楽型の自動放送となっている。