Encephalitozoon cuniculi
現在のところ、ウサギのE. cuniculi感染を生前に確定診断することは難しい。 暫定診断は、多くの場合、臨床徴候に矛盾がなく、抗体値が高いことに基づいて行われる。 IgG抗体を検出するための血清検査はしばしば実施され、陰性の場合は除外診断の根拠となる。 ただし、IgG抗体価が陽性だったとしても、今まさに感染している状態と、以前の感染または無症候性キャリアの状態と区別することはできない 。IgM抗体検査も利用可能だが、同じく陽性結果は活動性感染と潜伏感染とを区別できない 。
ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR)は、ヒトにおいて微胞子虫の検出のための標準的な方法として昔から確立されており、これをウサギに適用しようとする試みがある。 液化した水晶体材料のPCRはウサギのE. cuniculiによるブドウ膜炎を診断する上で信頼できる手段だが、ウサギの尿と脳脊髄液の PCR結果は信頼できないことが研究により知られている。