日本フットボールリーグ
第15回大会(2013年)までは天皇杯においてJFL所属チームに対する「シード枠」があり、第17節終了時の1位チームは都道府県予選が免除されていた。シード権が獲得できなかったチームは所属する都道府県の予選大会に出場し、天皇杯出場を目指すことになる(2011年は前期第7節から11試合終了時点での上位2チームが予選を免除され、本戦2回戦から参加した)。
2014年の第94回天皇杯からは、シード枠が「前回の天皇杯に出場したアマチュアチームで、最も成績が優秀だったチーム」に置き換わったことから、JFL所属チーム限定のシード枠が一度は消滅した が、2015年度第95回 から2019年度第99回まで、アマチュアシードは大学との隔年交替制となっていた。2020年度第100回以降はJFLから前年の成績を基に1チーム選出される。
2022年シーズン終了後にJ3が20チームとなり、Jリーグの設定した「J1/J2/J3のチーム数が60チーム」に達したことから、2023年よりJ3リーグとJFLの入れ替えを行うこととなり、Jリーグの入会条件が変更となった。
2022年までの条件は、JFLのリーグ戦の最終順位が4位以内でJリーグ百年構想クラブ上位2位以内のチームだったが、2023年からはJFLのリーグ戦最終順位が2位以内でクラブライセンス交付判定を受けているチームに変更されている。なお、JFL2位以内のクラブがJリーグ入会のためのクラブライセンス交付判定を受けていない場合、3位以下のクラブが繰り上がることは無い。
その上で、J3とJFLの入れ替えについて、以下のように定められている。
JFL・1位のクラブはJ3に自動的に入会。この場合J3・20位のクラブはJリーグ会員資格を喪失しJFLに編入。
JFL・2位のクラブはJ3のクラブとJ3・JFL入れ替え戦(ホーム&アウェーの2戦)を行い、2戦合計で勝者がJ3入会もしくは残留。なお入れ替え戦はアウェーゴールは無し。 JFL2位以内にクラブライセンス交付判定を受けているチームが2チーム入った場合、対戦相手はJ3・19位のクラブ。JFL1位のクラブがクラブライセンス交付判定を受けていない場合はJ3・20位のクラブとの対戦になる。
JFL1位、2位のクラブがともにクラブライセンス交付判定を受けていない場合はJ3とJFLの入れ替えは行わない。
枠内が■色は入れ替え戦勝者(=翌年JFL所属)
括弧内は試合会場