警視庁失踪課・高城賢吾
半年に一度実施される課長査察の直前に、室長の阿比留が拳銃を所持したまま姿を消してしまう。査察までの限られた時間の中で内密に阿比留を捜索し始めた高城たちは、これまで本人が隠してきた阿比留の私生活に切り込んでいくことになる。
一方、阿比留が姿を消した同日、失踪した女子大生の捜索を恋人が依頼に訪れる。本人の写真、家族、実家といった失踪者に関する情報がない中で法月、醍醐らは捜索を開始する。 鈴木美知 - 失踪した女子大生。なぜか恋人にも写真を撮られるのを嫌がり、家族や実家のことも話していなかった。 広瀬哲司 - 美知の恋人。失踪課に捜索依頼を届け出る。 鈴木孝弘 - 阿比留の夫。山梨県に在住している陶芸家。 尾花遼子 - 交通部交通規制課の管理官。阿比留とは同期で、今でも月に一回程度会うほど親しい。阿比留のプライベートを知っている人物。 光村弘道 - 刑事部のNO.2である参事官。高城の捜査一課時代の課長。高城にとって気の置けない相手であるが、頭の上がらない人間の一人。 井本健太 - 美知の元彼。 浜岡浩介 - 連星会構成員。 横山英彰 - 連星会構成員。浜岡とは高校の同級生。 菊池大介 - 自動車修理工場勤務。高校時代に中川と共に「日本のコロンバイン高校事件」と呼ばれる事件を起こし逮捕された。 中川敏行 - 新聞販売店勤務。高校時代に菊池と共に爆破未遂事件を起こし、殺人予備で逮捕された。
今岡勝(物理学者、大学教授) - 近藤芳正 エドガー大友(大友克博、自称超能力者) - 白井晃 田代清美 (大友の助手)- 国分佐智子 ミラクル横井(横井晋作、大友の先輩マジシャン) - 伊藤正之 今岡美咲 (今岡の娘)- 佐々木りお 涼子(美咲の担任)- 渡部彩 その他 - 松本大卒(マジック・バー従業員)、吹上タツヒロ、ガンビーノ小林(ハッピーローンの社員)、大塚麻希子、岡田和美、川島鈴遥(子役)
※登場人物の年齢等は第一作時点のもの
自身の家族に関する過去が明るみに出て、捜査一課へ戻る出世の道を絶たれた阿比留は仕事への熱を失い、三方面分室は空中分解状態になった。異動が決まった法月から、5年前に交通事故の現場から姿を消したロボット工学者・野崎健生に関する事件の解決を託された高城は、明神と共に捜査を開始する。5年というこれまでにない長い月日が経過した失踪事件を失踪者の生存という形で解決できれば、高城の娘・綾奈の失踪事件にも一条の光が射すのではないかという思いを抱かせるが、野崎が勤務していた会社で爆破事故が発生し、状況が一変する。 野崎健生 - 5年前に事故現場から失踪したロボット工学者。主に、歩行アシストシステムの開発研究を行っていた。 野崎詩織 - 健生の妻。港学園大学の米文学の准教授。 野崎満佐子 - 健生の母。交通事故で脊椎を損傷し、30年以上車椅子生活を送っている。健生の開発のモチベーションになっていた。 野崎武博 - ビートテク社長。 野崎清吾 - 武博の兄。大日本技術総研会長。 新井啄郎 - 健生の同僚。詩織と共に捜索願を出したビートテク社の社員。 住田貴章 - 住田製薬前会長、現相談役。六条の母の従兄弟。醍醐が1年だけ在籍していた球団の当時副代表。 日吉徳雄 - 小金井市の老人ホーム「桜園」の住人。ビートテクの歩行アシスト機器で妻が怪我をしたと話す。 灰田 - ビートテク社のライバル企業ハイダの社長。 篠 - 独立行政法人「高度自立システム研究所」総務部長。 畠山省吾 - 科学捜査研究所研究員。文書鑑定の専門家。大学及び大学院では書誌学を専攻し、自宅の蔵書は1万数千冊に及ぶ。自他ともに認める本の虫。