佐世保市交通局
黒髪 - 山祇町 - 京町 - 総監部前 - おしの浦分道
矢峰 - 松浦町 - おしの浦分道
木風町 - 佐世保駅前 - 松浦町 - おしの浦分道
西門口行きと同様、平日のみ早朝に3本設定されているSSK通勤バス。おしの浦分道では転回できないため、最寄転回場の赤崎団地まで進み、赤崎団地発便として戻る運用が組まれている。矢峰発と木風発はオーソドックスなルートで運行されるが、黒髪発は山祇循環大回り経由で国道を横断し、京町から平瀬橋を経て総監部前でようやくSSKバイパス経由のルートに合流する。京町 - 総監部前間は片道1便のみ運行の最閑散区間であり、平瀬橋バス停は上下の系統がまったく異なるおしの浦分道行きと新みなとターミナル前行きがすれ違う異色のバス停となっている。
逆に最も少ないのが、土日祝日運休路線を除くと、山祗経由黒髪→おしの浦分道便(土日祝日運休)が通過する京町ー総監部前間、土日祝日便の尼潟経由矢峰→下原橋便が通過する大岳台東口 - 卸本町間、土日祝日便の新みなと発商業高校行きの起点となる新みなとターミナル前 - 戸尾町間の各1本である。また、海上自衛隊佐世保教育隊の敷地内にも乗り入れている。
ダイヤは平日ダイヤ・土曜ダイヤ・日曜祝日ダイヤの三本立てである。日曜祝日ダイヤは土曜ダイヤの間引き運転で、平日ダイヤとは減便だけではなく系統の大幅な組み換えが行われる。土日祝日に運休となる路線は市街地・郊外を問わず存在する。駅裏地区では、前畑循環・市街地循環・みなと口経由矢峰行・山祗経由おし分行が運休となり、新みなと発商業高校行のみが運行される。山祗地区では山祗町―木風町入口を通過する山祗循環大回り4本がすべて運休する。西部地区では閑散線の動植物園経由パールシー便や九文高校便が運休する。東部地区では、早朝の大岳台団地周回便と朝夕の卸団地会館前便が全休となり、会館便が専用に運行している日宇バイパスも運休する。平日の通勤通学時間帯に運行されている、矢峰・大野―船越・相浦地区間の直通も大幅に減便され、特に相浦循環は全便運休となる。
松浦町以遠 -(西小島 又は SSK中央口)- おしの浦分道 - 赤崎団地
平日赤崎団地行8便・発11便、土曜7・8便、日祝ともに6便が運行される。平日は朝に矢峰・佐世保商業高校行、夕方に大野車庫発がある。7時35分から40分の5分間に3便連続が出発するほか、7便が午前中に発車するため、昼2便と夕方2便の間に3時間以上の空白がある。一方、赤崎団地行は毎時1本のペースでコンスタントに運転され、午前中はSSKバイパス経由、午後は西小島経由に切り替わる。佐世保商業高校行は土曜にも運行され、西部地区と佐世保商業高校間を唯一直結する。大多数が黒髪・食品団地会館前発着で、佐世保駅前発着は少数派だが、土日祝日は佐世保駅前着が圧倒的に増える。
1994年(平成6年)7月 西海パールシーリゾートオープンに伴い、観光船事業を第三セクター「西海パールシーリゾート」に委譲。
2001年(平成13年)3月 ワンステップバスの導入。
2002年(平成14年)1月 全国初共通ICカード長崎スマートカード導入。
2003年(平成15年)3月 ノンステップバスの導入。
2004年(平成16年)3月 定期券を長崎スマートカードの機能と一体化する(定期券のICカード化)。
2009年(平成21年)4月28日 100%出資子会社の「させぼバス株式会社」を設立。
2009年(平成21年)12月1日 矢峰営業所の所属車両・路線をさせぼバスに譲渡および管理委託化。
2012年(平成24年)12月1日 黒髪営業所の所属路線をさせぼバスに管理委託化。
2015年(平成27年)3月31日 定期観光バスを廃止。
2016年(平成28年)12月 同年6月から試験導入していた液晶運賃表示機の本格導入を開始。
2019年(平成31年)3月23日 - 佐世保市交通局としての運行最終日。子会社のさせぼバスは存続、翌日より西肥自動車とさせぼバスの2社による運行体制となる。
2019年(平成31年)3月31日 - 佐世保市交通局が廃止。
天神系統は、天神循環が3系統あり、西側で海自教育隊発着便、東側で東浜・十郎原発着便が絡んでくるため、山手系統に次ぐ複雑なルートが構成されている。
高島真珠線(エコスパ佐世保 - 高島真珠前間)
高島真珠本社工場への通勤路線だったが、2002年に倒産廃業したため、1区間手前のエコスパで打ち切りとなった。エコスパは利用者の増加が見込まれ、市バス・西肥の競合路線となっている。
ジョスコー線(SSK西門口 - ジョスコー入口間)
米軍赤崎貯油所・SSKへの通勤路線だったが、従業員のマイカー化やSSKのリストラ等により2005年廃止。通勤バス停は西門口に集約された。
船越名切線(下船越 - 船越名切間)
俵ヶ浦半島北岸の閑散路線で、乗客数減少のため2006年廃止。船越便確保のため、下船越以遠打ち切りとなる。
下宇戸線(スポーツの里入口 - 下宇戸町間)
烏帽子岳の尾根筋を縦貫する閑散路線で、乗客数減少のため船越名切線と同時に廃止。スポーツの里で分岐する烏帽子岳線も閑散路線のため、駅前から全区間廃止となり、スポーツの里までの区間は大減便となった。
長畑町線(早岐駅前 - 長畑町間)
西肥バス川棚線と重複する閑散路線。1958年の宮村合併の際に、僅差で合併を果たした名残の政治路線で、昭和末期には宮津町発着だったほか、戸尺浜海水浴場への季節便も設定された。2008年、早岐駅前で分岐する下の原橋線増便に充てるために早岐駅前以遠を打ち切り、以遠は西肥に譲渡し、シルバーボウル―宮津町線の増便に充てられた。
赤木町線(桜木岩下 - 赤木町間)
烏帽子岳中腹に登る桜木線末端区間の閑散路線。赤木町に所在する障害者福祉施設は独自に送迎車を持つため、路線バス利用者は少なかった。長畑町線と同時に廃止。桜木線確保のため、桜木岩下以遠打ち切りとなる。
知見寺線(天久保 - 知見寺耳切間)
西肥バス世知原線と重複する山越えの閑散路線。
(東浜 - )十郎原 - 天神町 - 福石小学校上 - 東大和 - 日宇新田 - 桜馬場 - 黒髪
平日・休日とも、時間帯は違うが7往復設定されている。大和町西龍橋 - 福石小学校上間は幹線経由が最短距離だが、幹線から天神方面への上り坂180度ターンが困難であることや、乗降客が望める佐世保中央病院や郊外ショッピングセンターへの利便性を考慮して、沖新線を経由して天神二丁目に上がる迂回ルートを取る。平日始発は東浜発で十郎原に立ち寄り、早朝で佐世保中央病院が開いていないこともあり、大和町西龍橋を通らず国道に直通して白岳町入口から幹線に合流し、黒髪に向かう。以後は大和町西龍橋と大和町中央病院前(現・中央病院入口)への連続停車を含めながら、十郎原 - 黒髪間を往復する。東浜発を含む黒髪行始発2本は回送送り込み、十郎原行最終の2本は回送帰庫となる。休日は始発黒髪発から最終黒髪着まで、すべて大和町連続停車を含むシャトル運転となる。
佐世保駅前以遠 - 日野峠 - 木宮町 - 相浦 - 水産市場前
毎日、朝と昼に水産市場行2便・水産市場発3便を運行する閑散路線。ほぼ相浦桟橋便と同じ経路をたどり、相浦バス停より大潟町経由のルートに入り、直進して水産市場に至る。土曜祝日も本数には変化がないが、平日昼過ぎの最終便1往復が土日祝日は昼前に繰り上げられ、運転間隔が詰まる。平日は相浦桟橋から回送した片道運用の水産市場発木場入口行を挟んで佐世保駅前 - 水産市場間の2往復が運転されるシンプルな運用だが、土日祝日は、始発が木場入口発食品団地会館前行、最終が佐世保駅前発木場入口行に変わり、全便が黒髪地区までの通し運転となる。末端の水産市場入口 - 水産市場前以外のほぼ全区間で西肥と競合するが、西肥は市場入口バス停を設定していないため、競合区間は1区間縮んで築町以北となる。西肥も大潟町経由は閑散区間で、運転時間帯も水産市場前便とずれているため影響は少ない。