仮説
化学反応のしくみやダイナミズム(さらに化学反応の反応速度はどのようなしくみで決まるのか?という問題) :ハモンドの仮説 / 局所平衡仮説 / 準平衡仮説 / 非再交差仮説
ゲイ=リュサックの気体反応の法則とジョン・ドルトンの原子説の間の矛盾:アボガドロの仮説
生命の起源(生命はどのように誕生したのか?):超自然説(創造説) / 自然発生説 / 化学進化説 / DNAワールド仮説 / RNAワールド仮説 / プロテインワールド仮説 / パンスペルミア仮説 / ID説
進化(生物の形が世代とともに変化していることのしくみ: 用不用説 / 自然選択説 / 今西進化論 / 中立進化説
隔離分布(同一生物が大きく離れた地域に分布している理由): 陸橋説 / 大陸移動説 (生物地理学)
化石が存在すること(すでに滅びた生物の痕跡が地層から発見され続けること):天変地異説 / 斉一説
発生のしくみ : 前成説 / 後成説(発生学)
人類の進化(サルからどのようにして人が生まれたか?):狩猟仮説 / キラーエイプ仮説 / マキャベリ的知性仮説 / アクア説
周期ゼミ(素数ゼミ)の寿命がかっきり13年か17年である理由:「交雑する可能性が最小限になるからだ」説 / 「捕食者の生活周期との一致を最小限にするようになっているのだ」説 / 「素数になっているのは偶然で、まったく意味はない」説
赤の女王仮説(進化、集団遺伝学)
ジャンゼン・コンネル仮説(生態学、植物学)
中規模撹乱仮説(生物多様性、生態学)