雲仙岳
6月3日15時30分以降、小・中規模の火砕流が頻発し、15時57分には最初の大規模な火砕流が発生した。この火砕流と(火砕流から発生する)火砕サージは報道陣が取材に当たっていた「定点」には至らなかったものの、朝から降り続いた降雨に加えて火砕流から発生した火山灰が周囲を覆ったため、「定点」付近の視界は著しく悪化した。
6月3日16時8分、溶岩ドーム底部が地すべり的に崩壊を起こし、それまでで最大規模の火砕流が発生した。火砕流は高温爆風(火砕サージ)を伴いながら、谷の出口から真東に進み、火口から約4.3kmの島原市北上木場にまで達した。火砕流は赤松谷川方面にも流れたが、南からの突風で火砕サージは「定点」方面に流れたため、この方面の住民と消防隊員、さらに撮影スタッフもカメラを据え置いて即座に風上に逃げたこともあり難を逃れた。
一方、火砕流の襲撃を受けた「定点」の報道関係者は不測の事態に備えて即座に逃げられるよう、チャーターしたタクシーや社用車を南に向けてエンジンをかけたまま道路に止めていたものの視界が悪く、逃げ道となるべき風上からも、前述の赤松谷川方面から流れてきた火砕サージの襲撃を受けたため、ほとんど退避できなかった。「定点」から数百m離れた農業研修所の消防団員は火砕流の轟音を土石流が発生したものと判断し、水無川を確認するため研修所から出たところを火砕サージに襲われ、多くの団員はそのまま自力で避難勧告地域外へ脱出したものの、重度の熱傷と気道損傷を負った。
結果、戦後初の大規模な火山災害となる、43名の死者・行方不明者と9名の負傷者、焼失建物179棟(うち住家49棟)の惨事となった。
前兆現象が観測されていたため事前に対策会議が開かれており、関係機関の関係はおおむね良好であった。特に長崎県、島原市、被災者救助のために派遣された陸上自衛隊(第16普通科連隊など)、地元出身の太田一也が所長だった九大島原火山観測所との関係は極めて緊密であった。報道、学術、防災機関の全てが火砕流で犠牲になったため、当時唯一火山近傍で行動できる能力を保有していた自衛隊への期待は高く、自衛隊も救援活動のため観測所などの指導を受けつつ協同で火山観測を行い、その成果を関係機関及び地元住民への24時間のリアルタイムな情報提供したことで、民心の安定と復旧作業の進展および火山研究に大きく貢献した。自衛隊は火山観測と地元に対する支援のシンボルとして以降1995年(平成7年)12月まで1,653日間(史上最長)にもわたり災害派遣を継続した。また消防ヘリコプターが眉山に取り残された放送局員10名をホイスト救助した。
9月10日には千本木町も警戒区域に追加された。
だが警戒区域が設定された地域は外部から様子を窺い知ることが出来なくなったため、これ以降、住民の間では「窃盗団が警戒区域に侵入して狼藉している」等、多くの流言飛語が飛び交うようになった。避難生活を送る住人にとって最大の関心事は「火山活動の見通し」と「警戒区域の解除時期」であり、その情報源としてはテレビと新聞が頼りであった。そのため、それまで興味本位的な報道が多かったことに加え、避難勧告地域内での取材マナーの悪さから評判が悪かった報道関係者に住人は次第に期待するようになった。報道関係者も6月3日に多大な人的被害を出したことにより、これまでの取材活動への自省が生まれ、以後は災害実態を正確に報道するよう徹したこともあって、住人の評判は徐々に好転していった。
その後、ルポライターらが許可なく警戒区域内に侵入し週刊誌で現地リポートを発表した結果、書類送検される事例があったが(後に不起訴)、容易に窺い知れない警戒区域内の様子が分かったことで、ルポライターに感謝する住人の声が寄せられたという。
大災害から20年後の2011年6月5日に雲仙市で開かれた「2011雲仙集会」(新聞労連、長崎マスコミ・文化共闘会議など主催)の中で、日本テレビの谷原和憲映像取材部長は「土石流撮影用の無人カメラを設置するため、外に電源があった家から電気を引いた。住んでいる人の許可を得ようと断り書きのメモを置き、避難所を探し回ったが、見つけられなかった」と弁解し、「住民に『マスコミがいるから安全』との誤解を与え、消防団に『報道陣よりも後ろにいては地域の安全は守れない』と思わせたことなどが、犠牲者を増やす結果になった」と謝罪した。
梅雨前線の活動が一時的に弱まったことで土石流発生が小康状態となり、さらに「火砕流の出てきた地域は傾斜の急な地域で、緩やかな下方までには至らない」と判断され、6月1日、駐在していた白谷町の他、天神元町、札の元町の避難勧告が解除された。そのため避難勧告が解除されなかった上木場地区より下流側にあるこれらの町に留まる事は消防団の立場的に許されなかった。
5月29日、梅雨入りに備えて、それまで一旦中止されていた水無川の土砂除去作業が再開されたが、土石流発生を知らせるワイヤーセンサーが相次ぐ火砕流で5月26日に切断され復旧の目途が立たないため、目視による水無川上流部の監視は必要不可欠になっていた。それには南上木場町の消防詰所より高台にある北上木場町の農業研修所が有利だった。
6月2日、数社のテレビ局クルーが、避難して留守になっている民家に無断で侵入したり、電話やコンセントを借用したり、周囲にゴミを散らかしたりするといった事例が島原警察署長の記者会見により発覚したため、「定点」により近い農業研修所が報道陣の行動を監視するには便利だった。また5月26日以降も住人が自宅から家財道具を持ち出したり、さらに家事や農作業を行ったりするため上木場地区にしばしば立ち入っており、いざという時は彼らの避難誘導を行う必要があると考えられていた。
6月2日は日曜日であったことから、上木場地区消防団の20人全員が農業研修所で寝泊まりしたが、翌3日は会社勤めの者が一旦引き揚げたため、農業従事者らが引き続き農業研修所に残り、警戒を行っていた。
平成新山については、何度か調査登山が行われ(警戒区域のため一般者は登山禁止)、溶岩ドームの詳細な観察が実施されている。現在でも山頂数箇所から活発な噴気を観察することができる。
2016年に、普賢岳の溶岩ドームに「ようこそ溶岩ドームへ」などの落書きがされているのが発見された。島原市は、地元警察に文化財保護法違反容疑での被害届を提出することを検討している。