メサルギアソリッド
ある日のこと、特殊な訓練をうけて戦闘に特化した「ピポサル兵」が米軍の最新兵器「メサルギア」を強奪し、とある基地に立てこもるという事件が発生した。ピポサル兵達は、72時間以内にバナナ100億本を用意することを要求し、「時間内に要求が受け入れられない場合は、メサルギアから“ナマケモノ砲”を発射し、全世界の人間を怠け者にする」と言う。
事態を重く見た合衆国政府は、ロイ・キャンベルに協力を依頼し、伝説の傭兵・ソリッド・スネークを派遣するが、その後連絡が途絶え、消息不明となってしまう。これに困り果てたキャンベルは彼のハイスクール時代の友人であり、ピポサルの研究の第一人者でもあるハカセに協力を求め、ピポサルの捕獲を手伝ってもらうことに。しかし、ピポサルのスペシャリストであり、これまでに数々の事件を解決してきたカケル・ヒカル・サトル・サヤカの4人は夏休みで林間学校に行ってしまい、おまけにゲットアミも故障していて使用不可能。
そこでハカセはスネークの戦闘データをインプットしたピポヘルをかぶせたピポサルを現地に派遣した。彼のコードネームは「ピポ・スネーク」。そして彼には2つの任務が与えられた。一つは、ソリッド・スネークの捜索。そしてもう一つは、ピポサル兵達を武装解除しメサルギアを破壊することである。
世界の平和を守るためピポスネークのミッションが今、幕を開ける。
本作にも、「メタルギアシリーズ」ではおなじみの小ネタが存在する。
タイトル画面が『MGS3』とそっくりで、L1ボタンを押すとタイトルの色が変わる。
無線の周波数が036.03(おさるさん)。
ゲームオーバーの画面が『MGS』及び『MGS2タンカー編』の物とそっくりである。また、下の「CONTINUE」「END」の文字が先述の通りそれぞれ「つづける」「やめる」になっている他、そのゲームオーバーの画面では本家同様、主人公の仲間たちがランダムに叫んでいる(この作品で叫んでいるのはソリッド・スネーク、ハカセ、キャンベルの3人)。
劇中に、ピポサルのグラビアポスターが登場する。
ソリッド・スネークが捕まり拷問されるシーンで、スイカボム・パイナップルボムを爆発させるとソリッド・スネークが死亡しゲームオーバーになる。
同じくソリッド・スネークのつかまっている部屋に、メサルギアと『サルゲッチュ』の主人公・カケルとナツミ、ソリッド・スネークのフィギュアがおいてある。この内、ナツミのフィギュアは『サルゲッチュ3』本編の「ひみつのしゃしん」にも写っている。
ソリッド・スネークは原作と同じく迷彩柄のズボンを履いているが、本作ではその迷彩の柄がバナナになっている。
一定の条件を満たした状態でストーリーをクリアすると、次周回プレイからピポ・スネークが怪獣キャップを被った状態(『MGS3』のワニキャップを被ったスネークのオマージュ)で登場する。怪獣キャップは『MGSシリーズ』に登場する無限バンダナの役割がある。
敵兵士がドッグタグならぬモンキータグを持っており、全て集めると秘密のパスワードがもらえる。
最終ボス。乗っているのはピポ・オセロット。ピポサルが匍匐している形の機関車のような姿をしており、『MGS3』に登場するシャゴホッドを思わせる。ミサイルやパイナップルボム、突進攻撃でピポスネークを追い込んでいく。なお、手前に崖になっており、急いで倒さなければ崖から突き落とされ、どんなにピポスネークのライフが残っていても即ゲームオーバーとなる。メサルギアを倒すとピポ・オセロットとの1対1の最終決戦が始まる。
ちなみに、前述の「猿蛇合戦」にも、建造途中のものが登場している。