46億年物語
5章に於いては、4章の最終進化によって完全に二つの系統に分割され、片方は歴史通りの進化を辿り、片方は完全に架空生物のみ(リザードマンや恐竜人、ノーム等)の進化を辿ることになる。ティラノサウルス等に進化させてしまうと5章で後者の進化のルートが確定してしまうので注意が必要である。5章で架空生物のみのルートが存在する理由については、物語の核心に触れてしまうので割愛する。
なお、5章の架空生物ルートにおいて「カワマータン」(原案の川又千秋から)、「スギヤマン」(音楽のすぎやまこういちから)、「ナカムーラン」(ゲームシナリオの中村賢治から)、「アサミン」(原画のあさみつよしから)等の開発者をモデルにしたユニークな生物が登場し、他の章の架空生物の解説が「このキャラクターは、ゲーム用に創られたもので実在しません」と表示されるのとは異なり、全ての生物の設定が実在するかのように定められている(スギヤマンのオスは求愛の為にメスに歌を歌う等)。また、スギヤマンの特殊攻撃では「ロトのテーマ(序曲)」をアレンジしたBGMが流れる、あるバッドエンドではスライムが出てくるなど、同じエニックスのゲームであるドラゴンクエストシリーズをパロディ化した要素も入っている。