プロトカルチャー (マクロスシリーズ)
2009年を舞台とする『超時空要塞マクロス』は、ふたつの勢力に分かれたプロトカルチャーが残した「ゼントラーディ軍」と「監察軍」の長年にわたる争いに地球人が巻き込まれるというかたちで物語が始まる。1999年に飛来した監察軍の艦(のちのSDF-1 マクロス)よりプロトカルチャー由来の技術 (OTM) を手に入れた地球人は、同艦に残されたブービートラップの発動によりゼントラーディ軍と争うことになる(第一次星間大戦)。プロトカルチャーという言葉は、戦争中捕虜となった地球人の文化的活動を見たゼントラーディ軍第118基幹艦隊司令長官ボドルザーの口から発され、ゼントラーディ人は地球人を「文化を持つ敵」すなわち「プロトカルチャー」として驚愕をもって怖れるようになり、これが基幹艦隊による地球人類の絶滅という決定へとつながり、同時に戦争終結の糸口ともなる。
大戦終結後、新統合政府に帰順したゼントラーディのエキセドル・フォルモらの調査により、人類もまた彼らの言うプロトカルチャーの創造物であり、本質的にゼントラーディ人と同じ存在であることが示され、両者の種族的・文化的融和が図られることとなる。
劇場版『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』では基本設定が変更され、遺伝子工学の発達により単性生殖が可能になったプロトカルチャーが男と女の勢力に分かれて争いを起こし、男の勢力ゼントラーディと女の勢力メルトランディが互いに巨人を創造し、残された巨人同士で争いを繰り広げてきたとされる。
地球人とゼントラーディの争いの途上、荒廃した地球に飛ばされた一条輝と早瀬未沙は、かつて地球を訪れた異星人が残し、海底に沈んでいた都市宇宙船「アルティラ」を発見する。2009年2月のゼントラーディ襲来を、異星人の帰還と誤認した都市の制御コンピュータが都市を海上に浮上させるが、マクロスを狙ったボドル基幹艦隊の攻撃により消滅する。この戦争はボドル機動要塞が捕獲していたメモリープレートに記録されたメロディとアルティラで発見された歌詞をあわせて完成した歌「愛・おぼえていますか」により巨人たちが文化を呼び覚まされ、終結へと導かれる。この歌の正体は早瀬未沙により、プロトカルチャーの間での流行歌・ラブソングであると語られる。
なお、テレビ版『超時空要塞マクロス』と劇場版『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』は、ともに作品世界内で歴史的事実をもとに制作されたフィクションであるという見解がのちに示されており、どちらか一方が正確な歴史を描いているというわけではないが(別項目参照)、後述の『マクロス7』にあわせて発表された年表では『愛・おぼえていますか』は作品世界における2031年に公開された映画とされ、年表内の記述はテレビ版で描かれている出来事に沿ったもので、ゼントラーディの敵対勢力もメルトランディではなく監察軍とされている。