マンコ・インカ・ユパンキ
しかし、スペイン人の傀儡に過ぎないことに気付き、1536年ピサロが新首都となったリマに行きアルマグロがチリ方面の探検に出ている間に、宗教儀式の実行に見せかけクスコを脱け出し、10万人に及ぶインカの戦士を集め、クスコに進撃した。この戦役は10カ月続いたが、クスコは落ちず、その間インカの戦士の多くが天然痘により死亡した。
マンコ・インカは、1537年、ビルカバンバ(Vilcabamba)に後退した(新しい「ビルカバンバ(Vilcabamba)のインカ帝国(スペイン語版、英語版)」は1572年にトゥパック・アマルが死ぬまで新帝国の首都であった)。翌年、スペイン人は、マンコ・インカの姉妹にして妻のクラ・オクリョを捕らえ、殺害した。
1541年、アルマグロ一派による総督ピサロ殺害が起き、暗殺者とマンコ・インカは合流した。しかし、彼らは新総督からの指示をうけ、マンコ・インカをも暗殺。サイリ・トゥパックが後を継いだ。没年齢は27~28歳。