コーカンド・ハン国
新疆の保持のために多大な負担を余儀なくされていた清は、19世紀初頭に入るとコーカンドの進出と強大化を警戒し、新疆におけるコーカンド商人の活動を規制しようとした。最盛期を迎えたコーカンド・ハン国は、清のコーカンド商人敵視に対する反発もあって清の支配するカシュガルへの野心をふたたびあらわにし、清の征服以前にカシュガルを支配していたホージャ一族の末裔を利用してこの地方に干渉しようとした。
1826年、ウマル・ハンの子ムハンマド・アリーは、カシュガル・ホージャ家のブルハーヌディーンの孫ジハーンギールを支援してカシュガル、ヤルカンドに直接出兵した。ジハーンギールの侵入は清にとって数十年ぶりの大規模な新疆における反乱に発展し、清はコーカンドと断交してなんとかこれを撃退した。しかしこの反乱は清に大きな衝撃を与え、コーカンドとの関係を妥協せざるを得なくなった。1830年、清はコーカンド・ハン国と講和を結び、コーカンド・ハン国がアクサカル(長老)と呼ばれる一種の領事を新疆各地のオアシス都市に派遣する特権を認めた。アクサカルは新疆でのコーカンド商人を保護するだけでなく新疆に居住するコーカンド商人からの徴税までをも行い、新疆における東西交易の利潤をコーカンド・ハン国に独占させることを可能にした。
ジハーンギールの侵入の失敗後も、コーカンド・ハン国のカシュガルに対する潜在的な野心は衰えておらず、たびたびホージャ一族の復権運動を支援して新疆への介入を続けた。
ハン国を建国する前のコーカンドの統治者、滅亡後の反乱指導者も含む。
シャールフ・ビー(1710年頃 - 1721年)
アブドゥッラフマーン(1721年 - 1739年頃)
アブドゥルカリーム(1736年頃 - 1746年頃)
エルデニ(1746年頃 - 1770年)
スライマーン(1770年頃)
シャールフ2世(1770年頃)
ナルブタ・ビー(1770年 - 1800年)
アーリム・ハン(1800年-1809年) - 最初にハンを称する。
ムハンマド・ウマル・ハン(1809年-1822年) - アーリム・ハンの弟。最盛期を現出。
ムハンマド・アリー・ハン(1822年-1842年) - ウマル・ハンの息子。ブハラ・アミール国により処刑される。
シェールアリー・ハン(1842年-1845年) - アリー・ハンの息子。
ムハンマド・フダーヤール・ハン(1845年-1858年、1862年-1863年、1866年-1875年) - シェールアリーの息子。ブハラへの逃亡と復活を繰り返し、最後はロシアにより軟禁された。
ナースィルッディーン(1875年-1876年2月19日) - フダーヤールの息子。反乱指導者によりハンに推戴されたがロシアにより倒され、タシュケントに追放。