アパラチン会議
その人脈を他のマフィアから頼られることもあり、コステロは「暗黒街の首相(The Prime Minister of the Underworld)」と呼ばれるに至った。デューイのルチアーノに対する恩赦にも関わっており、1946年のルチアーノの国外追放後は、コステロが正式にファミリーのボスとなり、「ボスの中のボス(capo dei capi)」となった。
逃亡の身であったジェノヴェーゼは大戦中にアメリカに連行され、1945年6月2日に改めてボッチア殺害の件で起訴された。しかし、有力な検察証人が殺害されたことで証拠不十分となり、1946年に釈放された。コステロはジェノヴェーゼの復帰を迎え入れ、いくらかの金銭や地位の補償を行ったが、ボスの座はおろか、副ボスの地位も与えなかった。ここからコステロとジェノヴェーゼの確執が始まるが、当初、ジェノヴェーゼはコステロの命令に従っていた。
1950年代からコステロとジェノヴェーゼの権力闘争は激しくなり、1951年、自前の戦力に乏しいコステロは掟に反するボス殺しが疑われていた盟友のアルバート・アナスタシアのマンガーノ・ファミリーのボス就任を積極的に後援し、ジェノヴェーゼを牽制した。一方で、同年にコステロの右腕で副ボスであったウィリー・モレッティが暗殺され、その後任としてジェノヴェーゼが副ボスに復帰した。また、ジェノヴェーゼはボスとなったばかりのルッケーゼ・ファミリーのトーマス・ルッケーゼと手を組んだ。1956年には組織重鎮で2人の緩衝役であったジョー・アドニスが国外追放され、他の古参幹部も一線を退くなど、2人の争いを止められる者がいなくなっていた。