神奈川中央交通
1999年、神奈中では田村車庫・本厚木駅から羽田空港へ向かう空港連絡バスの運行を開始、好調となった。以降は町田・相模大野・港南台・辻堂・藤沢の各駅から羽田空港・成田空港を結ぶ路線も運行を開始した。
一方、夜行高速バスでは乗車率が高いにも拘らずコスト割れする路線もあり、生活路線でない赤字路線の運行を続ける理由はないとの見地から、広島・和歌山・奈良への路線は廃止され、盛岡への路線は岩手県交通の単独運行となった。
その他の路線は子会社の運行コストであれば存続可能と判断され、湘南神奈交バスに移管された。後に横浜神奈交バスに再移管されたが、2017年1月の事業再編で神奈川中央交通本体の運行に戻されている。
沿線の見どころやバスに関するお得な情報、神奈中の歴史など、地域に密着した情報を提供するフリーペーパーとして2002年(平成14年)に発行開始。バス車内などで配布していたが、情報提供媒体の多様化などを鑑み、一定の役割を終えたとして、2018年春号(No.65)をもって発行終了となった。
京浜急行バスとの共同運行で、1999年6月14日より運行開始。神奈中側は2016年8月16日より湘南神奈交バス(現:神奈川中央交通西)に運行移管。東名大和バス停は、2018年9月1日から停車。
弘明寺営業所 - 神奈川県横浜市(1954年12月21日に移転の上横浜営業所に改称)
上溝営業所 - 神奈川県相模原市(1958年9月22日に移転の上相模原営業所に改称)
厚木営業所半原操車所 - 神奈川県愛甲郡愛川町(1982年5月16日廃止)
藤沢営業所長後操車所 - 神奈川県藤沢市(現 長後駅前サービスセンター。1988年12月24日廃止。営業所機能は綾瀬営業所に移行)
横浜営業所笹下操車所 - 神奈川県横浜市港南区(2001年12月16日廃止。営業所機能は管轄の本郷操車所に移転)
神奈中ハイヤー観光バス 新横浜営業所 - 神奈川県横浜市港北区(2004年廃止) 元は県の第三セクター神奈川県観光の営業所。同じ神奈中ハイヤー観光バス(当時)の平塚・町田・戸塚営業所へ統合し廃止。詳細は神奈中観光を参照。
藤沢営業所 - 神奈川県藤沢市(2005年4月16日に茅ヶ崎営業所へ統合し廃止、操車所化)
津久井営業所 - 神奈川県津久井郡津久井町(2005年4月16日に相模原営業所へ統合し廃止、操車所化) 津久井営業所城山操車所 - 神奈川県津久井郡城山町(2005年4月16日に相模原営業所に移管)
戦時体制に入ると、陸上交通事業調整法の公布により、バス事業者は極力統合する方向となった。1942年に東京横浜電鉄は京浜電気鉄道と小田急電鉄を統合して東京急行電鉄(東急)となっていたが、東急は1943年に藤沢自動車の経営権を京王電気軌道から譲受して傘下に収めた上で、伊勢原自動車を買収した。一方、1942年には陸運統制令に基づく鉄道省通牒により強制統合が進められる事となったが、この時に神奈川県では横浜市・相模・地区外という3ブロックに分けられることとなった。この時、町田地区は東京の調整区域から外されて相模ブロックに編入されることになった。相模ブロックの統合主体は東海道乗合自動車が選定され、1944年(昭和19年)5月31日に東海道乗合自動車は藤沢自動車と伊勢原自動車を合併して、6月16日に神奈川中央乗合自動車に商号を変更した。
なお、江ノ島電気鉄道のバス路線については、既に一部の路線が東海道乗合自動車に譲渡されており、残った路線も1944年までには全ての路線が運休となっていたことから、事実上のバス事業廃止となり、11月28日に神奈川中央乗合自動車に譲渡された。この時点では相模鉄道のバス部門はそのままであったが、既に相模鉄道自身も東急の傘下にあった上、鉄道線が国鉄に買収され、神中線も東急に経営委託(事実上の統合)していたため、鉄道業における実体がなくなっていた。同社バス部門も江ノ電と同日の1944年11月28日に神奈川中央乗合自動車に譲渡された。この時点で相模ブロックの統合が完了したのである。
この時期までに統合されたバス事業の概要は以下の通りである。
1980年代に入ると、日本のバス事業全体の傾向としてモータリゼーションと道路渋滞による走行環境の悪化と利用者減少に見舞われるが、神奈中の営業エリアは人口増加が続き、バス利用者も増加した。人口増加や企業・学校の郊外移転などで、鉄道からのフィーダー輸送の役割が求められたためである。1980年代以降は沿線に大学の新設や移転などが続いたため、通学輸送の増強も行われる事になった。既に1971年には相模原市に北里大学が移転していたが、1980年代初頭には相模原地区における輸送の要となっていた。
1981年に会社創立60周年を迎えたが、この時に先人達の苦労を伝えるという意味で薪バス「三太号」を復元した。薪バスは沿線各地で展示なども行われた。同年、平塚市の本社の改築が終了したが、それまで本格的なレストランがないという声が地元からあったため、本社に併設された平塚グランドホテルの地下にレストランもオープンさせた。
また、1983年にはデジタル式運賃表示器を、1985年(昭和60年)には大型方向幕を導入するなど、路線車両のサービス改善にも積極的に取り組んだ。特に1987年(昭和62年)4月には一挙に300台もの新車導入が行われ、同年5月には全車両の冷房化を達成した。1988年にはそれまですべてを人手に頼っていたバスダイヤの作成を自動化すべく、バスダイヤ自動作成システム「AIDIA」も稼動開始し、日本のバス業界の注目を集めた。
2006年 1月30日 - 横浜市営バスから一部路線を完全移譲される(同年3月27日にも実施)。 3月27日 - 伊勢原営業所管内全路線の乗降方法を「前乗り・前降り」から「中乗り・前降り」に変更。 5月1日 - 上大岡駅発着路線でGPSを利用したバスロケーションシステムの運用を開始。 11月17日 - 昼行高速バス「新横浜駅線」の運行を開始。
2007年 3月11日 - 藤野町の相模原市合併に伴い、藤野町営バス路線を子会社の津久井神奈交バスが譲受。これにより神奈中撤退区間が復活。 3月16日 - 相模原・多摩・町田の各営業所管内及び大和営業所の町田市内乗入路線において、GPSを利用したバスロケーションシステムの運用を開始。 3月18日 - 戸塚営業所の全路線とツインライナーにてPASMO運用開始。 3月22日 - 京成バスと共管の成田空港連絡バス、辻堂駅 - 藤沢駅 - 戸塚バスセンター - 成田空港を運行開始。 4月1日 - 横浜市営バスから一部路線を移譲される。 12月9日 - 茅ヶ崎・綾瀬の各営業所の全路線と藤沢神奈交バス(藤沢)にてPASMO運用開始。
2008年 1月20日 - 多摩・町田の各営業所の全路線にてPASMO運用開始。 2月4日 - 厚木バスセンター - 厚木アクスト線にツインライナー導入。同時に同路線にてPASMOの運用開始。 2月12日 - 横浜市営バスから一部路線を移譲される。 2月17日 - 大和営業所と藤沢神奈交バス(大和)の全路線にてPASMO運用開始。 3月1日 - 昼行高速バス「新横浜駅線」を廃止。