有機農業
特定農薬は、安全性の明らかなものと定義されており、通称「特定防除資材」と呼ばれる。しかし、定義が安全性の明らかなものとされているのに農薬という呼称をつけるのはどうかとの批判がある。とはいえ、有機JASにおいては、緊急の際に特定農薬や、許可された天然に存在する物質に由来する農薬が使用されることがある。また、2009年(平成21年)8月27日の改正により、遺伝子組み換え作物に由来する堆肥の使用は当分の間、許可されることとなった。
2006年12月、「有機農業の推進に関する法律」 が制定・施行された。またそれを受け、2007年4月には「有機農業の推進に関する基本的な方針」が公表された。これにより、日本の法制度のもとでは規制の対象としか見られてこなかった有機農業が、法律によって推進されることとなった。
有機農産物認定事業者の数は、2002年(平成14年)6月時点で3639戸、平成15年5月時点で4273戸、平成16年3月時点で4453戸、平成17年3月で4664戸、平成18年3月時点で4611戸、平成18年9月時点で5104戸と、増加傾向にあるといえる。
日本政府は2021年5月にまとめている「みどりの食料システム戦略において、有機農業を営む農地を2050年までに全体の25%に拡大する目標を掲げた。2020年4月時点の有機JAS圃場は全耕地の0.27%にとどまる。農薬などを使う慣行栽培への信頼度が高いこと、見た目の不揃いが出やすいことへの消費者の理解などが課題として指摘されている。
人工知能による病原菌発生の予測や検査キットを活用し、病気が広がる前に最小限の農薬で対処する試みもある。
有機JAS規格では、以下のような天然に存在する物質の使用が許可されている。
有機肥料の他に、様々な無機肥料が認められる。それらは、草木灰、炭酸カルシウム(苦土炭酸カルシウムを含む。)、塩化加里、硫酸加里、硫酸加里苦土、天然りん鉱石、硫酸苦土、水酸化苦土、石こう、硫黄、生石灰(苦土生石灰を含む。)、消石灰、微量要素(マンガン、ほう素、鉄、銅、亜鉛、モリブデン及び塩素)、岩石を粉砕したもの、塩基性スラグ、鉱さいけい酸質肥料、よう成りん肥、塩化ナトリウム、リン酸アルミニウムカルシウム、塩化カルシウムなどであり、有機肥料しか有機農業に用いられていないということは誤解である。
使用可能な農薬は、使用条件付きもあるが、除虫菊乳剤及びピレトリン乳剤、なたね油乳剤、マシン油エアゾル、マシン油乳剤、大豆レシチン・マシン油乳デンプン水和剤、脂肪酸グリセリド乳剤、メタアルデヒド粒剤、硫黄くん煙剤、硫黄粉剤、硫黄・銅水和剤、水和硫黄剤、硫黄・大豆レシチン水和剤、石灰硫黄合剤、シイタケ菌糸体抽出物液剤、炭酸水素ナトリウム水溶剤及び重曹、炭酸水素ナトリウム・銅水和剤、銅水和剤、銅粉剤、硫酸銅、生石灰、天敵等生物農薬、性フェロモン剤、クロレラ抽出物液剤、混合生薬抽出物液剤、ワックス水和剤、展着剤、二酸化炭素剤、ケイソウ土粉剤、食酢の30種類である。
その他、有機JAS規格によれば、本来は種苗や防除資材や肥料などに組換えDNA技術を用いたものを利用できない。しかし、附則(平成18年10月27日農林水産省告示第1463号)により、特例として遺伝子組換え作物に由来する有機質肥料である堆肥を有機栽培に用いることが許可された(「遺伝子組み換え作物#遺伝子組換え作物と有機栽培」参照)。