モスラ3 キングギドラ来襲
また、白亜紀で怪獣と恐竜を対比させることによりその違いを明確化し、ゴジラを生物としてリアルに描いていた『GODZILLA』との差別化も意図している。当初、末谷は江戸時代へタイムスリップさせることを想定していたが、富山の要望により変更された。
モルが死亡するという展開について、末谷は1作目から想定していたといい、1人が欠けることでバランスが崩れた姉妹の関係性を描いている。ロラとベルベラが剣で対決する展開について、末谷は以前からエリアスを剣で戦わせたかったといい、前作でもモルとベルベラが戦うシーンを描写していたが不採用となっていた。
少年主人公の成長も本作品の主軸の1つとして描かれているが、本作品では大人と子供の中間にいる世代と位置づけ、両親と弟妹とに挟まれた立場の苦しみを描いている。不登校という設定は末谷の案によるもので、「勇気」のメダルを持つベルベラと重ね合わせることを意図しているが、米田はモスラ映画の中で扱うには限界があるとして、不登校そのものについては深く掘り下げていない。また、脚本では「パパ」「ママ」と呼び合う両親に対し、「父ちゃん」と呼ぶ子供たちとすることで、両親の思い描く家族像と子供たちの感情とのギャップを示していたが、末谷は両親の気持ちを上手く描けなかったと述べている。
ガルガルIIがベルベラによりさらに改良され、よりロボット的な外観となっている。右目に生物などを分析するスコープが取り付けられた。性能は向上したが改造しすぎて耐用限界が近づいているため、故障することも多く、胸部には非常用エンジンスターターも装備されている。武器は口から吐かれる紫色の光線シュビビンビーム'。
デザインは酉澤安施が担当。ベルベラが自分の手で改造したという想定で、リコイルスターターなどレトロ感を表現している。当初は前作の造形物が使用できないという予定であったため、デザインを一新したロボット型や乗り物として描かれていた。
造形物は、1作目から引き続き使用している大型モデルを改修している。