長崎自動車
長崎市コミュニティバスの式見線、伊王島線、三和線、香焼三和線、野母崎線の運行を行なっている。
都市間バス
大分・別府行き「サンライト号」〈長崎県交通局・大分交通・大分バスと共同運行〉 長崎バス担当は1往復。なお、長崎バスは九州の高速バス予約システム「@バスで(ハイウェイバスドットコム 旧:楽バス)」に参加していないため、サンライト号の窓口業務を行っていない(「@バスで」での予約自体は可能)。長崎側の発券業務は長崎県交通局が担当。
空港リムジンバス
長崎市内 - 長崎空港線「エアポートライナー」 ココウォーク茂里町 - 長崎駅前ターミナル - 大波止 - 中央橋 - 新地中華街 - (ながさき出島道路経由) - 長崎空港 〈長崎県交通局と共同運行〉 ココウォーク茂里町から新地中華街までは各停(空港行きは江戸町は通過)。空港行きは乗車のみ、長崎行きは降車のみ可能。 新地中華街から空港までは無停車で、この区間の所要時間は35分。
廃止路線
高速バス「ウィンドミル号」 - 福岡市と長崎オランダ村を結んでいた路線(西鉄バスと共同運行) 1日2往復(1往復は冬期運休)、所要時間:2時間7分
高速バスのみ運行の市町村を除く。
長崎市
西彼杵郡 長与町・時津町
西海市 西彼町 長崎バスとしての路線は北西部が樫山まで、北東部が大串まで。残りの西彼杵半島一円はさいかい交通が単独運行を行なっている。 かつては西海橋を経由して佐世保市方面にも乗り入れていた。
全長7メートル弱の車両を使って運行される路線で、ミニバスと呼ばれている。路線にはそれぞれ愛称が付けられている。
ながさき観光ルートバス
長崎駅前(交通広場)を起点に右回りで循環運行され、長崎市内の観光スポット(グラバー園・大浦天主堂、オランダ坂、長崎新地中華街、出島等)の観光地を結ぶ路線である。全区間160円で乗車することができる。またバス停の時刻表は長崎観光ルートバス専用の時刻表が用意されている。車内放送は日本語だけでなく、英語、韓国語、中国語でも流される。観光ルートバスの車両は空港線などで使われるいすゞ・ガーラの車両で運行されている。
快速シャトルバス『プレミアムライナー』
令和3年4月6日(火)より、平日朝夕の通勤時間帯に、長崎北部地区(滑石・横尾・時津)~長崎市内中心部間を結ぶ快速シャトルバス『プレミアムライナー』の運行を開始した。
長崎北部地区~長崎市内中心部間を約30分で結び、空港線などで使われるいすゞ・ガーラの車両で運行される。運賃のほかに座席料金として100円が設定されており、ゆったり快適に利用できる快速シャトルバスとして運行されている。