MikuMikuDance
nanoem - WindowsとmacOS対応のソフト
MikuMikuPengin - Windows対応のMikuMikuDanceのクローンソフト
MikuMikuMoving - Windows対応のMikuMikuDanceのクローンソフト
3.01以降はマルチモデル化され、他のVOCALOIDのキャラクターも扱えるようになった。またMMDにあらかじめ用意されているキャラクター以外にも、ユーザーの手により東方ProjectやTHE IDOLM@STER、その他既存商業作品のキャラクターなどを元にした、ユーザーモデルと呼ばれるMMD対応の3Dモデルが多数公開され、MMDは実質的にはVOCALOIDだけでない、より汎用的な3Dツールとしての発展も見せている。ただし、ユーザーモデルについては、使用されているキャラクターの権利関係が必ずしもクリアになっていないという問題も抱えており、そのことがMMD自体へ悪影響を及ぼす恐れもあることから、樋口自身はユーザーモデルについては一切関知しないという姿勢をとっている。2010年末にはNVIDIAの3D Vision対応による立体視や、Xbox 360向けのゲームデバイスKinectを応用してのモーションキャプチャの利用も可能となった。3D Visionの対応についてはNVIDIA社の日本スタッフからの働きかけを受けてのものだが、樋口はNVIDIAからの機材支援の申し出は断ったという。これは対応できなかった場合を考慮したこと、手持ちの機材でも一応は立体視の表示・確認が可能であったこと、MMDの活動を匿名で行なっているため第三者に住所を明かしたくなかったことからだという。