ヘンドリック・ドゥーフ
港内の和船を焼き払うと脅迫までしてきたイギリス船を前に、動員令を受けたがしかし泰平に慣れ過ぎていた鍋島藩や福岡藩らの兵ではイギリス船を追い払うことが出来ず、長崎奉行松平康英はそれでも交戦も止む無しと考えていたが、ドゥーフの説得により幕府側は英国船に食料や飲料水を供給、オランダ商館も食料として豚と牛を送ったことから2名は無事に保釈され、フェートン号は長崎を去った。しかし、国威を辱めた責を感じた松平康英らが切腹するなど、日本の幕府側でも混乱が続いた。
1811年にイギリスがオランダ領東インドを制圧してから1815年にオランダが再独立を果たすまでの間、出島商館は滅びたはずのオランダ国旗を掲げ続けた。この間は、イギリス船の出現が相次いだため、長崎奉行とオランダ商館は連携して臨検体制の改革を行い、連絡には秘密信号旗を用いるなど外国船の入国手続きが強化された。江戸幕府も事態を注視しており、フェートン号事件は幕府が1825年に異国船打払令を発令する遠因となった。
オランダ再独立の2年後、1817年にオランダ船が長崎港に入港し、ドゥーフは国の名誉を守ったとして、オランダより最高勲章「オランダ獅子士勲章(英語版)」を賜わり、17年ぶりに故国オランダへ帰国した。他のカピタンが長くても数年で帰国している中、17年もの長期間、亡国の国民でありながら故国人としての誇りを失わずに、他国の責任官として勤め上げたドゥーフは、当時の日本人にも敬意を持たれたと伝わる。