藤本英雄
結局、シーズンではチーム84試合中の46試合に先発し、34勝、防御率0.73、253奪三振で最多勝・最優秀防御率・最多奪三振の三冠、さらに勝率.756で最高勝率を受賞し、19完封もリーグ1位で、1937年春の沢村栄治、1938年秋のヴィクトル・スタルヒンに次ぐ日本プロ野球史上3人目の投手五冠を達成した。防御率0.73、19完封は現在も日本プロ野球記録として残っている。このシーズン藤本は投手として圧倒的な成績を残すが、最高殊勲選手はリーグで唯一の三割打者であった呉昌征が選ばれたため、惜しくも選に漏れた。なお、この年に結婚して中上家の婿養子となるが、選手としての登録名は「藤本英雄」のまま引退まで通している。
1944年は投手ながら3番を打ち、監督と主将も兼任。人員不足の戦中にあってチームを支えた。25歳での監督就任は日本プロ野球史上最年少記録であり、これは未だ更新されていない。選手は産業戦士として午前中は東芝府中工場で働き、午後は野球の練習を許されたが、グラウンドはどこも芋畑になっていて使えなかったため、時々ではあったが藤本のつてで代田橋にあった明治大学グラウンドを借りて練習していたという。この状況の中で同年の春期シリーズでは、11勝3敗の勝率.786で阪神と同率首位となる。藤本は選手としても須田博(スタルヒン)の6勝に次ぐ5勝(2敗)、打率.320を記録して陣頭指揮でチームを牽引した。しかし、夏季シリーズでは国籍を理由に須田が出場できなくなり、負担がかかった藤本は調子を落として5勝6敗に終わる。チームも8勝11敗と負け越し、主力選手がほとんど残っていた阪神に優勝を掠われて巨人は7連覇を逃した。
1946年途中まで監督を兼任し、同年シーズン途中に中島治康が兼任監督として巨人に復帰したのを受けて選手専任に戻る。この年は近藤貞雄(23勝)に次ぐ21勝を挙げ、防御率2.11で再び最優秀防御率を獲得。しかし、藤本が巨人と再契約する時に受け取った5,000円の契約金について、球団代表・市岡忠男からの「シーズン後にまた返すから一旦返してほしい」の求めに応じて返還したが、シーズン後になっても返還されなかったことで球団に不信感を抱く。そのような状況の中で中部日本ドラゴンズ球団代表の赤嶺昌志の勧誘を受け、1947年に中日へ移籍する。中日への移籍については、中島との監督交代に伴う感情問題が原因ともされる。当時中日には清水秀雄・杉浦清といった明大出身の主力選手がいたが、明大関係での勧誘ではなく、かえってお互いをライバル視してしまい、簡単に団結はできなかったという。中日では17勝、防御率1.83(リーグ2位)を記録し、清水秀雄(23勝)・服部受弘(16勝)とともに中日の2位躍進の原動力となる。しかし、シーズン後半に肩を故障。8月上旬以降5連敗してしまい、勝ち星を伸ばせないまま9月末で戦列を離れた。
1948年に三原修総監督の要請で巨人に復帰するが、巨人は中部日本に対して6万円の移籍金を払ったともされる。シーズン初めは主に外野手として出場。
今度は足を故障し、投手へと戻らざるを得なくなった。幸い、外野手に転向している間に投球ができる程度に肩は回復。投手復帰に向けた練習をしていた頃、同じく肩を痛めて二軍にいた宇野光雄とキャッチボールをしていたところ、藤本の投げたボールがぱっと右へ切れたことを宇野が指摘。これをきっかけに、ボブ・フェラーの投球術の本『ハウツウ・ピッチ』(あるいはハル・ニューハウザーの『ハウ・トゥ・ピッチング』)を参考にしてスライダーを習得。肩の故障で球威は落ちたものの復活し、1949年にはラビットボール導入でリーグ全体の投手成績が悪化する中、リーグでただ一人防御率1点台(1.94)を記録。自身3度目の最優秀防御率のタイトルを獲得し、勝利数も24勝(リーグ2位)を挙げるなど安定した成績を残した。
1950年6月28日の西日本戦(青森)では蟹の食べ過ぎで腹痛を起こした多田文久三に代わって先発を務め、日本プロ野球史上初の完全試合を達成。藤本自身も前夜「青森での登板はないだろう」と判断して、函館から青森に移動する青函連絡船の中で徹夜マージャンに興じ、ほとんど睡眠をとらない状態で登板しての記録達成だった。しかし、この試合に新聞記者は4人いたがカメラマンがいなかったため、達成時の写真がないという華々しさが残らない結末となった(梅雨を避けての東北・北海道遠征の最中で前日の函館での試合のあと、遠征に帯同していた記者たちのほとんどが東京に戻ってしまっていたという)。