ニシキゴイ
自然の河川や池やそれらにつながる用水路などに景観美化の目的などでニシキゴイが放流されることもあるが、ニシキゴイを含むコイは貪欲に在来の水棲生物を捕食する。このため、生態系を破壊する行為としての批判もあり、駆除が求められる事もある。コイ#コイによる生態系の破壊問題も参照。
文化、文政の頃、二十村郷では真鯉のほかに緋鯉、白鯉を飼育し、両者を交配して赤白の色鯉を作出した。その後さらに研究を重ね完成度を高めた。明治8年(1875年)頃には色鯉が大流行して飼育する者も増大し、高価な逸品も出したが、新潟県が投機的事業であると問題視して観賞用養殖を禁止したため、一時大打撃を被った。しかし、業者の請願によって、ほどなくして禁令は解除された。当時の色鯉には、紅白、浅黄、黄写等があった。
小千谷市や山古志村を中心とする地域で錦鯉の養殖が盛んになった背景に、1.冬期の非常食用として休耕田に鯉を養殖する習慣があり、2.山間部ゆえに隠田が多く存在し、比較的裕福であった、という2点が挙げられる。余裕のある農家の趣味として錦鯉の交配が進み、質の良い個体が売買されるようになった。それ以降も養殖は進み、20世紀までには数多くの模様が開発された。最も顕著なものは、赤と白の「紅白」と呼ばれるものである。
当時は、まだ錦鯉という呼称はなかった。代わりに斑鯉(まだらごい、しまごい)、変鯉(かわりごい)、色鯉、模様鯉等と呼ばれていた。阿部正信の『駿国雑志』(1843年)には、駿河国(現・静岡県)には浅黄、紫、赤、白の鯉のほかに「斑鯉(これを鼈甲鯉とも言う)あり」と記されている。おそらく突然変異による二色もしくは三色の鯉のことと思われるが、江戸時代の錦鯉の記録として貴重である。
また、明治33年(1900年)には、香川県高松市の栗林公園に三色鯉がいて、当時の値段で1尾1千円以上の価値があったという。
ほとんど黒で、赤、茶色、青のアクセントが入ったもの。
この鯉のタイプとしては大和鯉が知られている。大和鯉は金魚の養殖で有名な郡山藩(奈良県大和郡山市)の養殖鯉のことであり、在来コイに比べて体高が広く、美味として江戸時代から有名であった。同種の鯉には京都、大阪の淀鯉(淀川の鯉)や信州鯉(淀鯉を江戸時代に信州佐久地方に移入したもの)がやはり体高が広く美味として知られていた。大和鯉は養殖に向いているとして、明治以降、琵琶湖をはじめ、全国の湖や河川に放流されたため深刻な遺伝汚染を引き起こし、在来コイは絶滅寸前になっている。錦鯉もこの大和鯉(外来コイ)の系統であるが、ミトコンドリアDNAの解析から、在来コイ(野生型)の母系統の遺伝子も含まれていることが明らかになっている。
なお、ユーラシアコイのうち、東アジア型は以前はC. c. haematopterusとして亜種として扱われていたが、近年はCyprinus rubrofuscus(アムールコイ)の学名の下で別種として扱っている。日本の外来コイもCyprinus rubrofuscusに属すると考えられており、それゆえ将来錦鯉を含め学名がCyprinus carpioからCyprinus rubrofuscusへ変わる可能性がある。
浅黄と鏡鯉との交配により、生み出された品種。体色は浅葱色で部分的に鱗がついた浅黄の変種。初代秋山吉五郎が作出。