オオノガイ目
20世紀末から21世紀にかけての生物分類には分子系統解析や分岐分類学が取り入れられて旧来の形態学的な分類が見直されるようになっており、従来のオオノガイ目も単系統ではないと見られるようになっている。Taylor 他(2007)はリボソームRNAの18Sと28Sを用いた系統解析結果から、キヌマトイガイ科 Hiatellidae(マテガイ科 Solenidae と姉妹群となる)およびツクエガイ科Gastrochaenidae(正確な位置は不明ながらオオノガイ目には入らない)は従来のオオノガイ目から除外され、逆に従来マルスダレガイ目のマゴコロガイ上科に分類されていたカワホトトギス科 Dreissenidae はオオノガイ上科やニオガイ上科と同じクレードに属するとしている。
※以下は従来のオオノガイ目の分類
ツクエガイ上科 Gastrochaenoidea ツクエガイ科 Gastrochaenidae - 岩や貝殻、サンゴなどに穿孔する。
キヌマトイガイ上科 Hiatelloidea キヌマトイガイ科 Hiatellidae - 足糸で他物に着生するものがある。
オオノガイ上科 Myoidea オオノガイ科 Myidae - 砂泥底などで埋在生活する。 クチベニガイ科 Corbulidae - 砂泥底などで埋在生活する。
ニオガイ上科 Pholadoidea ニオガイ科 Pholadidae - 岩や他の貝殻などに穿孔するほか、泥に深く埋在するものもある。キクイガイ亜科 Xylophagainae を独立のキクイガイ科 Xylophagaidae とする場合もある。 フナクイムシ科 Teredinidae - 木材や岩その他に穿孔する。