清澄丸 (特設巡洋艦)
次いで12月には「愛国丸」および特設巡洋艦「護国丸」(大阪商船、10,438トン)とともに、第五師団(山本務中将)の一部をラバウルへ輸送することとなった。12月2日、昭南を出港し12月12日にラバウルに到着するも、輸送した部隊もろともマダン、ウェワク攻略の「ム号作戦」にそのまま転用される。12月13日付で第八艦隊(三川軍一中将)の指揮下に入り、12月16日にラバウルを出撃。「清澄丸」は軽巡洋艦「天龍」とともにウェワクに向かい、「愛国丸」と「護国丸」はともにマダンに向かった。マダンに向かった部隊は「護国丸」が爆撃を受けて損傷し、マダン行きに転じた「天龍」がアメリカ潜水艦「アルバコア」の雷撃で沈没するなどの被害を受けたが、ウェワク行きの「清澄丸」は無傷で部隊を揚陸させ、12月21日にラバウルに帰投した。
1943年1月から2月にかけて陸軍部隊の輸送(丙号輸送)が行われる。「清澄丸」は丙二号輸送と丙三号輸送に参加することとなった。丙二号輸送は「清澄丸」のみによる飛行第二百八戦隊の横須賀からラバウルへの輸送であり1月6日に「清澄丸」は横須賀に着いたが、飛行第二百八戦隊の到着が間に合わないことから1月7日に丙二号輸送は中止となった。そのため、「清澄丸」は1月10日から1月17日まで横須賀・青島・佐世保間の海軍省の輸送に従事した。丙三号輸送は第四十一師団主力の青島からウェワクへの輸送であった。「清澄丸」は「浮島丸」とともに第二輸送隊となり、1月28日に青島を出発して2月5日にパラオに到着。そこで編成替えが行われ、第二輸送隊は「清澄丸」、「愛国丸」、「護国丸」、駆逐艦「朝雲」、「五月雨」となった。また、パラオでは追加で陸軍部隊が乗せられた。