JR線
逆に、路線の所有権は別会社にあっても、JR旅客6社が第二種鉄道事業者として列車を運行している場合は、一般にJR線と認識される。
JR東西線(関西高速鉄道)
関西空港線の一部(新関西国際空港株式会社)
成田線の一部(成田空港高速鉄道)
おおさか東線(大阪外環状鉄道)
只見線の一部(福島県)
また、東京メトロ千代田線の北千住駅 - 綾瀬駅間は東京メトロの路線であるが、同区間は当初常磐線として建設され、日暮里・上野方面と直通していた歴史的経緯などの関係で常磐線各駅停車としての機能も果たしており、同区間と他のJR線を連続して利用する場合など、一部例外を除き運賃計算上JR線とみなされる場合がある。西日暮里もしくは北千住でJR線から東京メトロ千代田線へ乗り換えて綾瀬以降の亀有、金町、松戸などへ行く場合や、その逆などの場合はJRとして計算される。