タジキスタン内戦
生き残った者はアフガニスタンへ難民となった。
アフガニスタン国内で反政府勢力は態勢を建て直し、イスラム協会(Jamiat-e Islami)の支援を受け、アフマド・シャー・マスードが反政府勢力を後援した。 反政府勢力はタジク野党連合(UTO)を結成した。
山岳国家であるタジキスタンでは中央政府の統制が及ばなくなり、1994年に国際連合タジキスタン監視団(UNMOT)が派遣された。 内戦の当初の段階ではタジキスタンの南部が戦場となったが、1996年から反政府軍の標的はドゥシャンベに駐留しているロシア軍部隊に変わった。アフガニスタン北部から出撃してきたイスラム過激派は、タジキスタン国内でもロシア軍を相手に戦いを続けた。
1997年、国連主導の停戦協議が進行され、UTO側の捕虜交換、および政権に野党勢力を入れる、という再三の要求が最終的に受け入れられ合意が成立し1997年6月27日、モスクワのクレムリンでエモマリ・ラフモン(1994年にタジキスタン大統領に就任)、UTOのサイイド・アブドゥッラー・ヌーリー、ロシアのボリス・エリツィン大統領の間で和平協定が調印された。ロシアのエフゲニー・プリマコフ外相はイラン、カザフスタン、トルクメニスタンの各外相とも和平協定を協議した。
停戦までにタジキスタンは内戦で疲弊荒廃し、120万人が難民となった。人々は国際的な援助団体からの支援で生き延びた。この内戦では内外のジャーナリストも標的にされ、数十人のジャーナリストが殺されていた。監視団に派遣されていた秋野豊筑波大学助教授をはじめ、外国人も標的となり犠牲になった。また優秀な人材が国外へと流出した。