遺伝子汚染
遺伝子組み換え作物は、「生物の多様性に関する条約」に従って、その利用に規制が掛けられている。しかしながら、遺伝子組み換え作物を屋外で商業的に栽培する場合には、花粉・種子の区域外への移動を防ぐ設備などは存在しない。このことから、組み換え作物の花粉・種子により自然界に存在しない遺伝子型の拡散が起きる可能性が指摘されている。
なお、日本国内での遺伝子組み換え作物の栽培は、2006年の時点では、安全性確認のための実験的栽培が主流であり、商業的大規模栽培はない。
ニホンヒキガエルとアズマヒキガエル 主に、東京で問題視されている。元々東京に生息していたアズマヒキガエルと国内外来生物のニホンヒキガエルとの交雑。 東京では、すでに8割もの個体が雑種である。 サケ科魚類の例 日本でのサケの一例を挙げると、これまで北海道産のサケを漁業資源確保や天然個体の増殖目的で、本州の広範囲にわたる各都府県の河川に移植放流してきた経緯がある。そのため今後、他地域産稚魚の放流を一切中止してもこれまで頻繁に行われてきた移植により、移植先に生息していたサケ個体群はもとよりスニーカーも含めたサクラマスやアマゴなどの交配可能なサケ科魚類との間で複雑に交雑してしまっているものを除去することはほぼ不可能であるため、手遅れとなっているのが実情である。サケに限らず、渓流釣り場などでの三倍体などの処理をせず繁殖能力を除去されていない他地域のイワナ、ヤマメ、アマゴなどの放流でも同様の問題が懸念される。また、繁殖能力を除去する処理をしても、そのうちの数%(あるいは1%以下)に処理が不完全な個体が混入していれば、長い年限を経て交雑個体が徐々に拡散する可能性も懸念される。
以上の他にも以下のような例がある。 ニホンザルとタイワンザル、アカゲザル マガモ、カルガモとアヒル、アイガモ リュウキュウヤマガメとセマルハコガメ ホンドヒラタクワガタとツシマヒラタクワガタ