古丹別駅
廃止時点で、単式ホーム・島式ホーム(片面使用)複合型の2面2線を有する地上駅で、列車交換可能な交換駅であった。互いのホームは、駅舎側ホーム中央部分と島式ホーム北側を結んだ構内踏切で連絡した。駅舎側単式ホーム(東側)が上りの1番線、待合所が設置された島式ホーム(西側)が下りの2番線となっていた。島式ホームの外側1線は、側線として残っており、そのほか1番線の留萌方から分岐し駅舎南側の切欠き部分の貨物ホームへの貨物側線を2線有していた。
職員配置駅となっており、駅舎は構内の東側に位置し、単式ホーム中央部に接していた。
古丹別線(39km)
古丹別駅から古丹別川上流(霧立地区)に至る。
三毛別線(27km)
古丹別線から分岐して三毛別川上流(三渓地区)に至る。「三毛別森林鉄道」とも呼ばれた。