細菌の細胞構造
リボソームは生体内でタンパク質合成を行い、大部分の細菌では最も数の多い細胞内構造である。真核生物では細胞質内に、より大きい80Sリボソームを持つのに対して、全ての原核生物は70Sリボソームを持つ。70Sリボソームは、50Sと30Sのサブユニットから構成される。50Sサブユニットは、23Sと5SのrRNAを含み、30Sサブユニットは16SrRNAを含む。これらのrRNA分子は、真核生物とは大きさが異なり、多数のリボソームタンパク質と複合体を形成する。その数や種類は、生物によってかなり異なる。リボソームは最も一般的に見られる細菌内の多タンパク質複合体であるが、顕微鏡下では他の大型のタンパク質複合体も見ることができる。
グラム陰性菌の細胞壁は薄く、グラム陽性菌とは異なり細胞膜に隣接した薄いペプチドグリカンの層を含む。外膜のリポ多糖の化学構造は、しばしば細菌の亜種に特異的なものであり、株の抗原性に大きく寄与している。内毒素とも呼ばれるリポ多糖は、多糖と、グラム陰性菌の毒性の多くを担っているリピドAから構成されている。
細菌微小区画は、様々な酵素の周りを脂質膜ではなく多面体状のタンパク質の殻で囲んだ、広く分布した膜結合細胞小器官である。これらの「多面体小器官」は、細菌の代謝を局在化、区分けする機能を持つが、このような機能は、真核生物では膜結合細胞小器官が持つものである。
カルボキシソーム
カルボキシソームは、藍藻等の多くの独立栄養生物が持つ微小な区画である。これは炭素固定に必要な酵素、特にRuBisCOと炭酸脱水酵素を含むタンパク質性の構造であり、形態的にはファージの頭部に似ている。この部位には酵素が高濃度に局在しているため、炭酸脱水素酵素による炭酸水素塩から二酸化炭素への素早い変換により、細胞質内よりも高速で効率的な炭素固定が行われていると考えられる。これと類似した構造で、補酵素B12を格納するものが知られている。これはグリセロールデヒドロゲナーゼを含み、サルモネラ等の腸内細菌科においてグリセロールの1,3-プロパンジオールへの発酵に必要である。
マグネトソーム
マグネトソームは走磁性細菌で見られ、これらの生物が磁性を感じ取り、磁場に沿って並ぶことを可能にする。