科学の甲子園
※第5回のみ実施。
第1位 第5回 学研賞
実技競技3のプレゼンテーションにおける最優秀校に贈られる。
筆記・実技競技など競技別に上位1~2校が表彰される。
各分野において優秀と認められた学校に対して表彰される。なお、第2回までは「企業賞」という分類であった。