松本空港
エアポートシャトル(空港連絡バス、航空便に接続運行) 松本バスターミナル(松本駅) - (直行) - 信州まつもと空港
空港・今井線(一般路線バス) 松本バスターミナル - 神林高速バス停 - やまびこドーム - 信州まつもと空港 - 下今井
信州まつもと空港・白馬線(特急バス)※冬季限定運行 信州まつもと空港 - 五竜エスカルプラザ - スノーピークランドステーション白馬 - 白馬八方バスターミナル - 白馬岩岳マウンテンリゾート - 栂池高原
このため、福岡方面への利便性が低下することから、日本航空側では引き続き毎日運航される大阪線を利用して福岡へ乗り継ぐ乗客に対し、運航時刻の調整や乗継割引の導入で便宜を図ると説明している。札幌線と福岡線は便数を減らすことによって、大阪線は乗り継ぎ客を見込むことによって、松本空港における全体的な座席供給数は減るものの、利用率と収益性においては改善が図れるとしている。このダイヤ改正により2005年度の利用率が42.3%と低迷している大阪線の利用者が増加した場合、増便させる考えもあると説明している。ただし、これらの措置の詳細については今後検討することとされている。長野県と日本航空との合意には、羽田再拡張に伴う機材配備が整う時期を目途として早期の復便を誠意を持って検討する、という内容が盛り込まれている。
なお、減便当月の2007年10月の利用者数は7136人(前年同月比6168人・46.4%減)。路線ごとの利用者数・利用率の内訳は以下の通り(括弧内は前年同月比)。
札幌線 2301人(週7往復 定員134人→週4往復 定員74人)・88.8%(12.6ポイント増)
福岡線 1230人(週7往復→週3往復)・69.3%(12.7ポイント減)
大阪線 2691人・61.6%(2.2ポイント増)
国際チャーター便 914人
2016年度の年間利用客数は124,240人(国内線124,232人・国際線8人)で、着陸回数は日本の空港で第49位、旅客数は第62位となっている。
以下に定期便とチャーター便を合計した乗降客数を示す。マウスポインタを棒グラフの各要素に合わせると、該当年度の数値がポップアップする。
国内線
国際線
2020年、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行に伴い、4月14日より一部の日において福岡線の1往復を減便を行い、4月28日よりFDAが全ての運航便を運休させたことにより当空港を発着する旅客便は全て運休となった。その後6月1日より福岡線の1往復が運航を再開(奇しくもこの日はFDAの当空港就航10周年であった)、6月12日より神戸線が再開、7月1日より札幌(新千歳)線と福岡線の1往復が再開され運休前の便数(3路線8便)に回復した。
また、7月20日には悪天候時の就航率向上のためRNP-AR進入方式を導入した。
2021年6月8日、長野県は現在の空港運用時間である8時30分 - 17時を19時までに2時間延長する運用時間延長の条例改正案を県議会6月定例会に提出すると明らかにし、その後県議会にて可決された。運用時間が延長されるのは2010年以来となる。8月27日より施行され、FDAにより松本 - 神戸線を複便化し18時台に松本空港を離着陸する夜間便が就航した。
10月30日と11月3日には日本トランスオーシャン航空(JTA)の那覇空港とのチャーター便がボーイング737-800機「さくらジンベエ」(JA06RK)で運航された。JTA及び那覇空港発の当空港とのチャーター便が運航されたのは初めて。