太湖汽船
琵琶湖鉄道汽船時代、以下の路線を有していた。※詳細は、後身の各路線記事を参照。
石山(現・石山寺) - 浜大津(現・びわ湖浜大津) - 三井寺 - 坂本(現・坂本比叡山口) 京阪電気鉄道石山坂本線の前身。石山 - 三井寺間は大津電車軌道から継承。三井寺 - 坂本間は琵琶湖鉄道汽船時代に延長。
近江八幡 - 新八日市 湖南鉄道から継承。八日市鉄道を経て近江鉄道八日市線となる。
1879年(明治12年)、工部省鉄道局が鉄道開通に先立ち「長濱丸」を就航させたほか、長浜港の浚渫など整備を行ったこともあって、各社の競争はなお活発となった。しかし、鉄道連絡輸送を安定的に行いたいと考える鉄道局のほか、競争の激化を危惧する滋賀県当局の意向もあって各社が合同する機運がおこり、関係者が依頼した藤田伝三郎率いる藤田組と江州丸会社・三汀社が合同し同年5月、政府と民間の出資により太湖汽船(初代)が設立された。なお、初代頭取には藤田が就任した。
この新会社は湖上交通の9割を占めたほか、鉄道局から連絡船運航の許可を得るとともに運航回数などについての要請を受けている。のち、同年9月には真宗社および航運社の買収をもって北湖(堅田以北)の航路は運航会社が統一された。なお、県当局の裁定により、同社が北湖を、湖南汽船が南湖を営業テリトリーとすることになった。
一方で、新造船の建造費用のほか、船舶の運航にあたっては鉄道連絡に伴う制約が多いことが原因となって経営を圧迫したことから、資本金を増加するとともに一部株式の政府引受を要請、これに対し政府は補助金の上限を設けることや運航回数などについて政府の命令に従うことのほか、東海道本線の全通(鉄道連絡の終了)後は交付しないことを条件として補助金の給付を決定した。
1889年(明治22年)7月、東海道本線が全通し連絡船の運航が終了した。
1889年建造。1926年12月末までに売却または廃船。
湖龍丸 - 1894年11月建造。1924年3月廃船。
【外】金剛丸 - 1897年買収。大阪-九州航路に就航。1903年3月、台風による荒天のため島根県の日御碕沖で沈没し、乗員27名死亡。
【外】吉生丸 - 1903年12月購入。北海道-朝鮮航路に就航。翌年、御用船となる。1905年1月、病院船となる(同年12月解除)。1907年以降、大阪商船などへたびたび貸与される。1926年12月末までに売却または廃船。
第6太湖丸 - 1904年3月、試験運航を実施。
八景丸 - 1907年8月建造。
竹生島丸(初代) - 1909年建造。262.1総トン。1926年12月末までに売却または廃船。
多景島丸 - 1909年9月建造。122.7総トン。
【外】伏木丸 - 1910年2月、日本郵船から購入。翌月より三井物産(現・商船三井)などへたびたび貸与される。1926年12月末までに売却または廃船。
日吉丸(初代) - 1911年7月、アメリカの海運会社から購入し改名。76.7総トン。元・コーロン号。1914年11月、御用船となり凱旋部隊の輸送にも従事。1926年12月末までに売却または廃船。
白石丸 - 1913年8月建造。178.7総トン。
日吉丸(2代) - 1920年6月建造。
みどり丸
1922年4月10日進水、1950年退役。458.2総トン、全長45m、速力約12.5ノット。
旅客定員:約1,000名。三井物産(現・三井造船)玉造船所建造。
1922年の初航海にてイギリス皇太子が乗船した。
舞子丸 - 1923年9月建造。166.4総トン
竹生島丸(2代) - 1925年6月建造。