京都所司代
定員1名。3万石以上の譜代大名から任命、役料1万石が給され与力30騎(後50騎)同心100人が付属。京都の統治、朝廷・公家の監察、西日本諸大名の監視,五畿内及び近江、丹波、播磨の8カ国の民政を総括した。特に初期は徳川家康、徳川秀忠、徳川家光の歴代将軍が度々上洛し所司代体制と将軍上洛の不可分の関係がみられた。所司代の役所や住居は、二条城の北に隣接した場所に設けられ、二条城は使用されなかった。また、支配下の京都とその周辺の行政のために京都郡代が置かれたが、後に町中を担当する京都町奉行と周辺部やそこにある皇室領・公家領を管理する京都代官に分離するようになった。
元禄元年(1688年)に、京都支配など民政上の権限を京都町奉行に譲った。また、享保7年(1722年)に大坂町奉行なども含めた上方の幕府役職の権限再編が行われた結果、更に権限が縮小されてこれまでの自立性が否定されて老中の監督下に置かれた(ただし、この再編の現地責任者は当時の所司代松平忠周であり、実際の所司代の権限縮小は忠周が老中に転任した1725年以降と推測される)。
以後は寺社奉行や奏者番などを歴任した後に京都所司代に就任するというように、老中への出世コースの通過点となり、地位のみが高く、幕政上の政治力は急激に低下した。このため、幕末には所司代の無力さが指摘され、京都守護職がその上位機関として設置された。最後の京都所司代の松平定敬は京都守護職・松平容保の実弟で、寺社奉行や奏者番などを一切歴任しないままで京都所司代に任命された異例の人事となった。王政復古の大号令で、京都守護職とともに京都所司代の廃止が宣告された。