敦賀地域鉄道部
国鉄時代は敦賀第一・第二機関区であった。民営化に伴い、2つの機関区組織を敦賀機関区として統合した上車両検修部門および旅客関係の乗務員部門が敦賀運転所として独立し、JR西日本の所属となった(敦賀機関区はJR貨物に所属)。鉄道部制度の発足後は福井地域鉄道部の一組織となり、敦賀運転センターとなっていた。その後、2010年に敦賀地域鉄道部が発足し、小浜鉄道部を合併して現在に至る。
敦賀駅、小浜駅、敦賀運転センター、敦賀施設管理センター、敦賀施設管理室、小浜施設管理室、敦賀電気管理センターから構成される。
2008年度の組織変更以降、福井県内のJR現業機関は、北陸本線の県内全区間と越美北線を管轄する福井地域鉄道部と、小浜線を管轄する小浜鉄道部の2鉄道部制となっていた。しかし、2010年6月1日に行われた組織改正により、敦賀駅・敦賀運転派出・敦賀施設管理室は福井地域鉄道部と切り離して、小浜鉄道部と合併し、敦賀地域鉄道部が新設された。
これにより、福井県内のJR現業機関は、県嶺北エリアの福井地域鉄道部と県嶺南エリアの敦賀地域鉄道部の2鉄道部制となった。
2024年に予定されている北陸新幹線の敦賀駅延伸に伴う北陸本線敦賀以東の経営分離に伴い、福井地域鉄道部とともに廃止されることが決まったが、敦賀運転センターは敦賀列車区、保線部門は敦賀保線区、電気部門は敦賀電気区に改組し、残りは支社直轄の体制に移行する予定である。
419系電車 3両編成(D編成)1本が所属していたが、2011年3月12日のダイヤ改正で運用を外れ、2012年9月29日付で廃車された。
DE15形ディーゼル機関車 2016年4月時点では1両 (1532) が所属していたが、2017年3月4日付で金沢総合車両所富山支所へ転出した。
DD15形ディーゼル機関車 2016年4月時点では1両 (10) が所属していたが、2017年3月31日付で廃車された。
DE10形ディーゼル機関車 2017年4月時点では1両 (1119) が所属していたが、2017年5月16日付で金沢総合車両所富山支所へ転出した。