法隆寺金堂釈迦三尊像
しかし、前述のとおり、現存する金堂は7世紀末頃の再建であり、それ以前に釈迦三尊像と薬師如来像がどこに安置されていたのかは不明である。また、これら2組の像の光背銘については、文中の用語の解釈などをめぐってさまざまな説があり、上記の造立年代の信憑性を疑う説もある。特に薬師如来像については、銘文中の用語と像自体の作風・技法の両面から、この像を文面どおり607年の作とする考えは今日ではほぼ否定されており、釈迦三尊像(623年銘)よりも年代的には下る制作とみなされている。天平19年(747年)作成の『法隆寺伽藍縁起并流記資財帳』(以下、『法隆寺縁起』または『資財帳』と略称)の仏像を列挙した部分では、冒頭に薬師像と釈迦像の記載があり、両像が遅くとも8世紀(奈良時代)には金堂内に安置されていたことがわかる。なお、「西の間」の阿弥陀三尊像は、光背銘によれば、もとの像が平安時代末期に盗難に遭った後、貞永元年(1232年)に制作されたものである。
薬師如来像の光背銘には、「病を得た用明天皇は、丙午年(586年)に寺(「法隆寺」と明記はされていない)と薬師像を造ることを発願したが、それを果たさないうちに崩御したので、遺命を奉じた推古天皇と聖徳太子が丁卯年(推古15年・607年)に像と寺とを造った」という意味のことが記されている。