モロタイ島の戦い
日本軍は、第7飛行師団などの陸海軍航空部隊と潜水艦による反撃を行ったが、大きな成果は得られなかった。連合軍の被害は、呂41潜の攻撃によって護衛駆逐艦「シェルトン」が沈んだ程度であった。
ハルマヘラ島からは船舶工兵第18連隊の舟艇により、第32師団の逆上陸部隊が「斬込隊」として送られ、連合軍飛行場への妨害活動を行った。まず9月26日夜に歩兵第211連隊と212連隊からの3個中隊が出発し、うち2個中隊が成功した。10月上旬には歩兵第210連隊の主力550名が、大発動艇10隻に分乗して逆上陸を行ったが、2隻は空襲で撃沈された。11月16日には歩兵第211連隊主力の守田義輝連隊長以下500名が、軍旗とともに無事に上陸した。守田大佐は、後続の第10派遣隊の1個大隊(180名)など1500名を11月末までに掌握して戦闘したが、12月中旬に戦死した。そのため、歩兵第210連隊長の大内競大佐が1945年1月10日にモロタイ島へ進出し、新たな現地指揮官となった。
航空機による飛行場への妨害攻撃や小規模な逆上陸は、その後のフィリピン各地の戦いの間も続けられた。レイテ島での義号作戦の一環として空挺部隊の降下も検討されたが、実行はされなかった。ハルマヘラ島からの最後の補給舟艇が到着したのは1945年5月下旬、最後の日本軍による空襲が行われたのは1945年6月23日であった。