エルコンドルパサー
1998の2月に再来日した折、渡邊と再会したトニーは渡邊から「エルコンドルパサーが強くなって遠征する際にはよろしくお願いします」と言われていたという。
21日に二ノ宮から初戦をイスパーン賞(G1)とすることが正式に発表された。なお、フランス滞在に当たっては、タイキシャトルのフランス遠征にも随行した多田信尊が現地スタッフとの調整を担当するマネージャーとして起用され、二ノ宮不在の際には現場監督としての役割も担うことになった。
調教開始後、エルコンドルパサーは日本より遥かに丈の長い芝に苦労し、1ハロンごとを15秒というごく軽い調教でも疲れた様子を見せ、より盤が緩む降雨の日などは「めちゃくちゃなフォーム」で走っていた。しかしやがてそうした馬場に合わせた走法に変化していき、それに伴い筋肉の付き方も変わり、胴長で細身の馬体となっていった。それでも、調教助手の佐々木幸二はこの頃の状態について「もともと調教では動く馬なのに、とにかく動かなかった」と述べている。
イスパーン賞、サンクルー大賞
5月23日、イスパーン賞を迎える。当日は地元馬を抑えオッズ2.75倍の1番人気となった。レースでは中団追走から最終コーナーで3番手に位置を上げ、最後の直線で先頭に立つ。しかし2番人気のクロコルージュにゴール前で外から差され、4分の3馬身差の2着と敗れた。競走後、蛯名は「手応えは充分にあったし、追い出しも待って待って、残り200メートルまで仕掛けを我慢したんだけど。でも、初めての馬場も上手に走っていたし、次は楽しみになった」とし、二ノ宮は「落ち着いていたし、力は出せたと思う。頭数も少なく、理想的な流れだったが、久しぶりもあった。
二ノ宮敬宇はエルコンドルパサーが顕彰馬に選定されたことを受けて、「エルコンドルパサーが凱旋門賞への扉を少しでも開ける一助となれたことに、我々の行ったことが無意味ではなかったと証明されたように思います」と語った。
1999年のインターナショナル・クラシフィケーションで得た134というレートは、2018年時点で、日本調教馬に与えられた史上最高の数値である。合田直弘はレーティングの数値について「115あれば一流馬、125あればチャンピオン級と言われる」とした上で、2010年時点で史上2位の127というレートを付されたディープインパクトを引き、「12ハロンという距離区分では1.5ポンド=1馬身が換算基準だから、エルコンドルパサーは2番手以下に4馬身半の差をつける、断トツの日本最強馬なのである。彼がディープより4馬身半強かったと断じるつもりもないが、エルコンドルパサーが世界的にこれだけ高い評価を受けていることを、日本の競馬人はもっと知るべきであろう」と述べている。なお、『優駿』が2012年に行った「距離別最強馬」アンケートにおいて、エルコンドルパサーは「2400メートル」部門でディープインパクトに次ぐ2位となっている。
なお、2010年には二ノ宮が管理するナカヤマフェスタが蛯名、佐々木、クラウトといった「チーム・エルコンドル」の布陣で凱旋門賞に臨み、イギリスのワークフォースから頭差の2着となった。ヨーロッパ調教馬のみに優勝経験がある凱旋門賞で、他地域の調教馬が複数回2着になったのはこれが初めてのことだった。2012年と2013年の凱旋門賞ではオルフェーヴルが2着となっている。