門司の歴史
7月3日、長州軍は2度目の上陸作戦に出た。奇兵隊が門司に上陸、大里に進軍し(大里の戦い)、小倉藩は幕府軍や他藩の応援が得られないまま赤坂まで退却を強いられた。7月27日、それまで傍観していた熊本藩が長州藩に砲撃し、幕府方は初めて勝利を収めたものの、熊本藩は一転して撤退し、小笠原長行も戦線から逃亡するに至り、小倉藩は8月1日に小倉城を自ら焼いて田川郡香春まで撤退を余儀なくされた。
1866年(慶応2年)、将軍を継いだ徳川慶喜は、小倉口の敗戦を受けて長州征討の撤兵を布告した。小倉藩は、薩摩藩、熊本藩に長州藩との仲介を依頼し、企救郡を長州藩が預かるという内容で和議が成立した。
明治維新後の1869年(明治2年)8月、長州藩が版籍奉還を行い、企救郡は日田県の直轄地となった。しかし、長州藩は撤退せず、支配を続けていた。香春藩(旧小倉藩)は新政府に企救郡の返還を願い出たが、受け入れられなかった。この年11月、企救郡新道寺村で一揆(企救郡百姓一揆)が起こり、門司方面まで騒動が広がり、居宅や家財の打壊しも発生した。長州藩は、このこともあって、1870年(明治3年)2月、企救郡から引き揚げた。日田県知事松方正義の企救郡巡視が行われるなど、新政府による行政が始まった。