西暦1999 ファラオの復活
遥か昔、エイリアンが地球侵略として、エジプトに到着。人類を制圧し、人類を奴隷とし、帝国を築き上げた。奴隷と化した人類はエイリアンに対して反乱を起こし、強い霊力を持つラムセスが単身でエイリアンの本拠地であるエジプトに乗り込み、激しい戦いの末にエイリアンを倒し地球に平和が訪れる。しかし1999年にエイリアンの子孫であるキルマートが地球に襲来。人類は地球中から軍隊を結集し、エイリアンと戦うが、敗北し、キルマートは帝国を築き上げた。特殊部隊の兵士である主人公はエイリアンを倒す為、拠点があるエジプトのカルナック付近に派遣される。しかし、主人公が乗っていたヘリが撃落され、通信機(トランスミッター)を失い、主人公はカルナックからキルマートの手下となったミイラやアヌビスの兵士、バステットの兵士、サソリなどを倒し、ラムセス王に導かれながらキルマートを倒すためステージを進む。