福岡 - 宮崎線
運行開始当初は、福岡 - 宮崎間における運賃体制は片道6,000円、往復10,000円の運賃設定で、運行開始以来、2007年12月6日までは1クラス制運賃で、1度も運賃改定を行っていなかった。ただし、4枚綴り回数券「フェニックスきっぷ」(19,200円)を使用する事で、福岡 - 宮崎間の1回あたりの乗車が4,800円で利用する事も出来た。
2007年12月7日に、従来から運行している3列シート車の通常便とは別に、4列シート車を使用し、学生証提示により福岡 - 宮崎間が片道3,000円、往復6,000円で乗車可能な「学割フェニックス」を別系統により運行開始。一般客は通常便の運賃を支払う事により乗車可能とされた。
2008年7月より「学割フェニックス」に代わり「皆割フェニックス」の運行を開始。学生に対しては「学割フェニックス」の学生割引運賃で利用可能な他、一般客も福岡 - 宮崎間が片道3,300円、往復6,000円の格安運賃で利用可能となる。さらに1日1便のみ女性専用便が組まれ、運賃も「皆割フェニックス」と同額。同年10月以降、学生割引運賃の設定は廃止され、「皆割フェニックス」は学生・一般客とも福岡 - 宮崎間片道3,300円、往復6,000円にて統一。
2011年4月13日、JR九州バスが「フェニックス号」の運行から撤退し、「たいよう」として運行開始。運賃も「フェニックス号」より割安な片道4,500円、往復8,000円とする、当時台頭していたツアーバスに対抗しての運賃を設定したのを契機に、「フェニックス号」においても大幅な変遷を迎える事になる。