清和源氏
平家の追討に成功した頼朝は、乱の中で他の源氏一門(源義広・佐竹秀義(常陸源氏)、新田義重(上野源氏)、武田信義(甲斐源氏)、多田行綱(多田源氏)、弟の源義経・源範頼)を滅亡や衰退させ、奥州藤原氏を討ち勢力基盤を固めた。武家政権の台頭を嫌いその勢威を抑制してきた後白河法皇が崩御すると、建久3年(1192年)に征夷大将軍に任ぜられ、今日でいう鎌倉幕府が成立した。これにより、清和源氏が武家の棟梁であると名実共に認められた。
ただし源頼朝の系統は、頼朝の子・源実朝が兄源頼家の子・公暁に殺害される。その公暁も捕らえられて処刑、公暁の異母弟・禅暁も加担を問われ殺され、さらに禅暁の同母兄・栄実が泉親衡の乱に擁立されるが乱が失敗し自害、そして男系男子で最後まで残っていた頼朝庶子・貞暁が天福2年(1231年)に死去して断絶、また男系女子でも頼家の娘・竹御所が1234年死産により死去したことで、完全に断絶した。
また、鎌倉幕府において源氏一門は、血統や功績などにより源姓を称することが許される「御門葉」と、源姓を称することが適わず、名字を称するものに区別された。御門葉には信濃平賀氏(信濃源氏)、大内氏(信濃源氏)、安田氏(甲斐源氏)、加賀美氏(甲斐源氏)などの新羅三郎義光の系統、足利氏、山名氏などの源義国の系統が名を連ねたが、平賀氏、大内氏は、承久3年(1221年)の承久の乱により得宗家に敗れ没落した。