ビザンツ帝国内乱 (1341年-1347年)
この対立は公然とした武力衝突に発展し、ベネツィア人とトルコ人で構成された軍隊の支援を得たヨハネス5世は1352年にマタイオスへの攻撃を開始した。カンタクゼノスは10,000人のオスマン軍とともに息子を支援し、オスマン軍はトラキアの諸都市を奪い返したが、その過程でこれらの都市を自由に略奪した。1352年10月にオスマン軍はステファン・ドゥシャンがヨハネス5世に提供した4,000人のセルビア軍とデモティカで衝突(英語版)し、これを打ち破った。これはオスマン帝国にとってヨーロッパにおける最初の勝利であり、ビザンツ帝国にとっては不吉な前兆であった。2年後に起こったガリポリの攻略はオスマン帝国によるバルカン半島征服の開始を告げ、その征服活動は100年後のコンスタンティノープルの陥落で頂点に達する。一方でヨハネス5世はテネドス島に逃れ、1353年3月にそこからコンスタンティノープルの奪取を試みたものの失敗に終わった。カンタクゼノスはマタイオスを共同皇帝として戴冠させることで対抗したが、ヨハネス5世はジェノヴァの支援を得るとともにカンタクゼノスの評判の下落を利用して1354年11月にコンスタンティノープルへ入城することに成功した。最終的にカンタクゼノスは退位し、引退して修道院に入った。マタイオスは1357年までトラキアで抵抗を続けたものの、結局はマタイオスも退位し、ヨハネス5世が生き残った国家の唯一の主人となった。
カンタクゼノスが10年間正帝となり、その後はカンタクゼノスとヨハネス5世が対等の立場で統治するという合意が1347年2月8日に成立し、内乱は正式に終結した。また、カンタクゼノスは自分と戦ったあらゆる者に対する赦免を約束した。この合意の証としてヨハネス5世はカンタクゼノスの娘のヘレネと結婚し、カンタクゼノスは5月13日にブラケルナエの聖マリア教会(英語版)で改めて戴冠した。ドナルド・ニコルは、「これは5年前に合意できたはずの条件であり、そうすれば帝国に多大な苦しみ、憎悪、そして破壊をもたらさずに済んだはず」であったと述べ、長期に及んだこの紛争は結局のところ無意味なものだったと指摘している。
カンタクゼノスがこの合意で示した節度と寛容さにもかかわらず、和解が広く受け入れられることはなかった。パレオロゴス家の支持者は依然としてカンタクゼノスに不信感を抱いており、一方でカンタクゼノスの支持者もパレオロゴス家を完全に権力の座から追放してカンタクゼノス家(英語版)を王家に据えたいと考えていた。カンタクゼノスの長男のマタイオスもヨハネス5世が有利となる形で後継者候補から外されたことを根に持ち、トラキア西部の大部分を占める半独立的な領地を与えることで宥めなければならなかった。その一方でこの領地の創設はステファン・ドゥシャンが支配するセルビアに対する国境管理の役割も兼ねていた。
カンタクゼノスはそれでも公式にはヨハネス5世より下位の立場であり、ヨハネス5世の代理として行動しているに過ぎないと主張したが、帝位請求の権利を主張したことから、事実上カンタクゼノスが内乱を始めることになった。カンタクゼノスはまだ交渉によって事態を解決する希望を抱いていたものの、自分の使者はすべて投獄され、カンタクゼノスとその支持者は総主教によって破門された。そして摂政政府側はカンタクゼノスの帝位の宣言に対して1341年11月19日にヨハネス5世を正式に戴冠させることで対抗した。
カンタクゼノスの宣言に対するさまざまな反応はビザンツ社会に亀裂を引き起こすことになった。農村地帯を支配している裕福で影響力のある土地を所有する貴族(伝統的にデュナトイ(英語版)と呼ばれる)は素早くカンタクゼノスの支持に回り、一方でしばしば悲惨な環境と過酷な徴税に苦しんでいた民衆は皇太后と総主教を支持した。アポカウコスはカンタクゼノスとその支持者の屋敷や私有地から没収した莫大な富を広く喧伝し、この社会の分裂を利用して極めて素早く貴族に対する民衆の嫌悪感を煽った。ドナルド・ニコルの言葉を借りれば、「民衆が立ち上がったのはカンタクゼノス本人とカンタクゼノスが大富豪や大土地所有貴族として象徴している全てのものに対してであった。「カンタクゼニズム」はこれらの民衆の戦意高揚や不満を表すスローガンとなった」。