上田駅
■しなの鉄道線 特別快速「しなのサンセット号」発着駅、特別快速「しなのサンライズ号」「軽井沢リゾート号」・観光列車「ろくもん」停車駅 □快速 大屋駅 - 上田駅 - (一部坂城駅) - 戸倉駅 ■普通 信濃国分寺駅 - 上田駅 - 西上田駅
相対式ホーム(下り本線)と島式ホーム(中線と上り本線)の2面3線を持つ地上駅。相対式ホームは北陸新幹線建設にあわせて新設されたものであり、島式ホームはかつての下り本線と中線ホームであるので、両者は高さや構造が違っていたが、島式ホームは嵩上げ工事を行い、同一の高さとなった。
終日社員配置駅。乗車券類は出札窓口、窓口横自動券売機で購入できる。また窓口横にはしなの鉄道関連グッズなどを販売するコーナー(売店)がある。駅構内に待合室、コインロッカー、真田幸村グッズなどの土産コーナーなどがある。待合室には藤城清治の影絵作品が展示されている。トイレは改札内のみ。2008年12月より、1・2番線ホーム、3番線ホームに向かうエレベーターの使用を開始した。2019年2月には本改札の隣のコンコースにセブン-イレブンがオープンした。
新幹線工事の際(JR信越本線時代)に線路が全体的に南側に移転となりその際、1番線がかつての2番線、2番線がかつての3番線、3番線は留置線を転用する形で新設された。
発車メロディは東洋メディアリンクスで信越本線時代からの発車メロディをそのまま利用している。1番線が「Water Crown」、2番線が「Gota del Vient」、3番線が「Cielo Estrellado」。なお、以前は全ホームで「Water crown」の短縮版を使用していた。ただし、ワンマン運転の場合は発車メロディは取り扱わず発車ベルが用いられる。
原則として上りは1番線、下りは3番線を使用する。2番線は当駅始発の長野方面の列車と、普通列車への接続を行う「しなのサンセット号」が使用している。
相対式ホーム2面2線を有する高架駅。北陸新幹線の軽井沢駅 - 長野駅間における唯一の高架駅である。待避線がないため可動式安全柵を装備している。当初計画では島式2面4線とする案もあったが、開業後の需要予測から軽井沢と長野の待避設備で対応可能と判断され、現在の相対式2面2線となった。
直営駅で、自動改札機(モバイルSuica用リーダ・ライタ付属)が設置されている。乗車券類はみどりの窓口、みどりの窓口内指定席券売機、同えきねっと券売機、みどりの窓口横タッチパネル式自動券売機で購入することができる。
ホームに向かうエレベーター、エスカレーターが設置されている。2007年3月からのJR東日本新幹線・特急列車禁煙化に伴い、ホーム上に喫煙ルームが設けられた。
駅構内に待合室・自動体外式除細動器(AED)がある。トイレは改札内にある。
事務管コードは信越本線時代は▲411107を使用していた。