本草綱目
『本草綱目』は医薬学のみならず、植物学や動物学、鉱物学、化学に大きな影響を与えた。王世禎は『本草綱目』の序で本書を「実性理之精微、格物之通典、帝王之秘録、臣民之重宝也」としている。日本では白井光太郎が全訳本の『国訳頭注本本草綱目』の序で「為本草学上空前絶后的大著」と述べている。
『本草綱目』は他の歴代本草と異なり、その基底には博物学的思考があるとされ、エミール・ブレットシュナイダー(Bretschneider,E.)もそれを指摘している。
一方、本書に限らず明代医書の通弊として先人の説が当然のように刪改されている点も指摘されている。『本草綱目』の構成上、各論はすべての記事が釈名、集解、正誤、修治、気味、主治、発明、附方に分けられているが、先人の文が切離されてしまい文意が通じかねたり意味が逆になっている例もみられる。また漢薬の歴史は古く、中国は地域も広大であるため、同名の漢薬が時代や地方によって異なるものが多いが、時珍は同一平面のものとみる傾向があるという指摘もある。これらの問題点は楊守敬や森立之などから批判され、中尾万三も本書に批判的であったため上海自然科学研究所には全く所蔵されなかったという。
岡西為人は「巻帙の尨大さから云えば本草としては絶後とは云えないにしても確かに空前の名に恥じないものである。又それが及ぼした影響の宏大なことも比類稀」としつつ「少くとも時珍の意見は明人の見解を代表するものとして尊敬すべきであり、殊に此書だけに記載された新しい薬の種類も少くないから、之を全面的に無用視するのは穏当でないと思う。」としている。