光子魚雷
フェイザーと比較した短所としては「反物質を詰め込んだ弾頭兵器」である性質上、艦内に魚雷を安全に保管するための専用格納庫を必要とし、積載量に限界がある点がまず挙げられる。U.S.S.エンタープライズNCC-1701-Dのような大型艦は250基、巨大な宇宙ステーションであるディープスペースナインは5000基もの光子魚雷を積載できるが、U.S.S.ヴォイジャーNCC-74656のような中型の科学艦の場合、光子魚雷は最大36基しか積載できない。U.S.S.ディファイアントNX-74205はヴォイジャーより小型であるものの戦艦という性質上、少なくとも40基以上の量子魚雷を積載でき、かなり大量の魚雷を積み込めるようである。劇場版第10作目「ネメシス」に登場したレムス人の戦艦ウォーバードのシミター号は、27室もの光子魚雷格納庫を持ち、桁外れの火力を持っていた。
またVOY89話「戦慄!オメガ破壊指令」で光子魚雷を艦内で自作するシーンがあるが、そのためには部品製作にエネルギー消費の大きいレプリケーターの使用、組み立てにクルーの労働が必須であり、フェイザーより燃費の悪い武器である。
さらに魚雷ランチャーは艦首と艦尾にしかないためフェイザーのように多方位へ向けて同時発射といった柔軟な射撃は不可能である。
また通常速度下では、光速伝播のフェイザーより弾速が著しく遅いために命中率が低い欠点もある。ただしVOY163話「人間改造惑星クアラ 後編」とPIC23話「17秒」では、あらかじめ発射した光子魚雷を自らのフェイザーで撃ち抜き、爆発による光衝撃波を発生させて敵艦を無力化させるという戦術がなされた。