メタルギアオンライン
2チームに分かれて、ステージ内にあるケロタンとガーコを巡っての奪い合い。ケロタンかガーコを入手し、自陣にとどまり続けるとカウントが減っていき、先に0にしたチームの勝利。両陣にターゲットを設置するとカウントがリセットされる。延長ルールが有効の場合はリセットされず、カウントが止まるのみ。二つのターゲットを自陣に置くとカウントが減る速度が速くなる。
2009年3月17日に追加された。美鈴と同様、敬礼動作をすることでポーズを取り、周囲の兵士の視線を釘付けにする。男性と女性ではポーズが異なり、それぞれ3種類が用意されている。
プレイヤーはスネーク1名と敵兵側に分かれる。スネークは制限時間内に、2つあるマイクロフィルムのうち1つを奪取して、2箇所あるゴールのどちらかにフィルムを届ければ勝利。対する敵兵はスネークの任務遂行を阻止し、制限時間までマイクロフィルムを守りきるかスネークを倒せば勝利となる。スネーク1人に対して守備兵は最大7人と人数に差があるが、装備や能力の面ではスネークが有利になっている。
戦闘訓練施設のステージ。周回する渡り廊下が建てられた地上と、南北に通じる地下通路で構成され、多数のコンクリートブロックが点在している。
GENEエクスパンションパック追加ステージ
上記のマップとユニークキャラとして雷電とヴァンプが使える様になる。購入していなければパックセットの中に含まれるマップやキャラが含まれたゲームは選択出来なくなる。※GENE EXPANSION , MEME EXPANSION 購入者のみ購入可。
2008年11月25日に追加された新ルール。休憩時間として扱われ、いかなるプレイも戦績に反映されることはない。
本編では敵兵にのみ適用されていたスタミナダメージだが、オンラインモードではスネークを含む全キャラクターに適用され、スネークが敵の攻撃で気絶する場面も見られる。
運営側の企画によって、プレイヤー参加型のゲーム内イベントも実施されている。
世界選手権
各国の代表プレイヤーを選出し、クラン戦と個人戦における世界一を競った。
ザ・要人警護
ユニークキャラクターを護衛し、生存させることを目的とした特別ルールによるチーム戦。
プリセット無線の音声変化
2009年4月1日午前9時から、2009年4月2日午前9時まで、プリセット無線時の音声が男女逆転する現象が起きた。トラブルなどの発生時同様、ゲーム内オンラインニュースで状況が発表されていたが、後に、小島プロダクションによる音声ブログ「HIDECHAN! ラジオ」のVol.240にて、エイプリルフールのイベントであることが明かされた。
荒廃した町の一角を舞台にした。ステージは十字路形で、半壊した建物が入り組んだ地形を構成する。