ジョアン3世 (ポルトガル王)
しかし、内実は様々な負の要素が垣間見られ、異端審問で迫害された中産階級の新キリスト教徒はオランダ(ネーデルラント)・フランス・ドイツなどに亡命、本国から植民地への移民も増加してインドへの移民は16世紀前半に毎年推定2000人から2400人、16世紀後半にはブラジルへの移民も見られ、17世紀前半までの毎年の移民は推定3000人から5000人とされている。香辛料貿易は衰退していき、制海権を維持するための莫大な費用、紅海からの貿易ルートや西アジアの隊商路など旧来のルートの復活による香辛料独占の破綻、それによる外国商人の進出と港からの関税収入の減少などが起こり、財政難からモロッコのサフィ、アルカセル・キビールなどの都市からの撤退を余儀無くされた。貿易による王侯貴族と少数の商人たちの利益独占はポルトガルの産業育成を阻み、出版は異端審問所の検閲にかけられ、劇作家ジル・ヴィセンテの作品が1547年と1551年に発禁処分にされ、閉塞状態のポルトガルは他国の経済・科学の進歩に後れを取ることになる。
1557年、55歳で心臓麻痺で死去した。王妃カタリナとの間に9人、庶子2人がいたにもかかわらず、いずれも亡くなっており、五男ジョアン・マヌエルと姪ジョアナ・デ・アウストリアの息子でわずか3歳の孫セバスティアン1世が王位を継いだが、幼少のため初めカタリナ、続いて弟エンリケが摂政を務めた。