懐疑的化学者
ボイルは初めに火は全てのかたまりを要素に分割する普遍的で十分なものではないと主張した。この主張はジャン・ベガンとジョゼフ・デュシェーヌのものとは対照的である。これを証明するために転向し、ヤン・ファン・ヘルモントを支援した。彼のアルカヘストは普遍的に要素に分割できると評されていた。
ボイルはまた、アリストテレスの四元素説 (地、空気、水、土) 及びパラケルススの三元素説 (塩、硫黄、水銀) を取り除いた。第5部までで元素の古典的な考えと化学原理について議論した後、第6部では近代的な概念により近づくために化学元素を定義している。
私は化学派のいう原質のいみと同じように、元素をある原初的な単一のすなわちまったく混合していない物体をいっているのです。それは何かほかの物体でつくられているのではなくて、完全な混合物体といわれるものを直接つくりあげている成分のことであって、混合物体は窮極的にはその成分へと分解するのです。
上の発言から近代的元素概念を示したと言われているが、そうではない。上の発言は「元素はすべての物質につねに例外なく見出されるものである」という主張に対し批判を加える時のものを切り取ったものであり、ボイルの真意は、仮に一定数の元素があったとしてもいくつかの元素がある物質をつくりまた他のいくつかが他の物質をつくることも可能だろう、ということにある。旧元素概念を批判したもののボイル自身は新たな元素概念は提示しなかった。 しかし、「完全に混ざり合ったもの」にはすでに知られている物質が対応しているということは否定した。彼の見地では、すでに知られている物質すべてが化合物であり、そこには金、銀、鉛、硫黄、炭素も含まれていた。