Doom 3: Maelstrom
小説は前作の終わりの数日前における地球の海底に位置するバラード研究所の行動の描写から始まる。小説は、科学者達が非常に荒れ果てた地域での生活を可能にする奇妙な細菌を研究していると説明している。UACの火星への関心のために基地は資金不足に陥っており、UACのトップ、イアン・ケリハーが研究をキャンセルするのではないかと危惧されていた。
以降、小説はさまざまな人々についてのさまざまな物語で構成されているが、定期的にそれぞれに戻る。この本では、イアン・ケリハーが、衰えて厳密には引退したUAC創設者で彼の父親のトミーのもとを訪れる様子が描かれている。トミーは自身の息子に対し、お前は自分でも制御できない力でマーズシティで神のようにふるまっていると警告した。彼はまた、バラードは基本的に研究室を救うことが不可欠であるとイアンに告げる。