吉野
治承・寿永の乱(1180年(治承4年)から1185年(文治元年))の後、兄源頼朝と対立した源義経は、京を落ちて九州行きを図る。1185年(文治元年)11月6日には摂津国大物浜から九州へ船出しようとしたが、途中暴風に遭い難破し軍兵のほとんどと離散し、義経は摂津に吹き戻されてしまう。義経郎党と愛妾・静御前らは頼朝の捜索網をくぐり抜け、吉野山に身を隠したが、ここでも追討を受け義経は静御前と別れて、義経らは東国へと脱した(『吾妻鏡』)。(吉野山での出来事は静御前を参照)。
この逸話は後世、江戸時代中期に「義経千本桜」として劇作化された(詳しくは義経千本桜を参照)。また義経縁の地には、様々な伝承を残している。その一つとして、義経が牛若丸と称した幼少の時に、平治の乱に敗れて、父源義朝は東に敗走した。この時、牛若丸は生母の常盤御前に抱かれて、母の郷なる龍門郷牧の地(現在の宇陀市大宇陀牧)にしばしば落ち延びたという伝承がある。
さらに頼治の孫、親治(名乗りは「宇野七郎親治」)は、保元の乱の顛末を描いた軍記物語『保元物語』に登場する。
源頼俊の外孫で、源師任(父、源師時)という武士が宇智郡に所領を有していたが、師任は頼俊から譲られた所領を興福寺に寄進した。しかし、興福寺の課役が厳しく、改めて金峯山寺に寄進するという二重寄進の結果になった。この頃、興福寺と金峯山寺は争っており、憤慨した興福寺僧兵が、金峯山寺を攻めた。師任は金峯山を下り、宇智郡に潜伏するが、これを知った金峯山寺衆徒は、師任を捕らえようと、1146年(久安2年)に宇智郡に乱入し、郡司藤原頼金と戦ったとされる(『本朝世紀』)。この後の動静は明らかではないが、金峯山寺勢力が宇智郡に浸透し、栄山寺領をも横領していた例証が残っている(『栄山寺文書』)。
1180年(治承4年)に以仁王と源頼政が打倒平氏のための挙兵を計画し、諸国の源氏や大寺社に蜂起を促す令旨を発したが、準備不足のために露見し、追討を受け以仁王と頼政は宇治平等院の戦いで敗死、早期に鎮圧された(詳しくは以仁王の挙兵を参照)。この時、金峯山寺は源氏に味方している。また親治の子である宇野氏の宇野太郎有治、次郎清治、三郎義治、四郎業治らが源氏に味方した(『源平盛衰記』)。敗れた頼政一党の一部は吉野に逃れたが、平清盛による頼政一党の捜索はきびしく、相次いで捕らえられている。
なお、宇野氏は宇野頼基(親治の四男)の頃に最盛期を迎えるが、宇野氏は一族同士の争いもあり鎌倉時代の半ばには衰退する。また、この後も金峯山寺と宇野庄との関係は複雑に続いていくことになる。