石垣港
E/F岸壁には、かつて石垣港と沖縄本島や本土を結ぶ長距離フェリーが発着しており、フェリー用の石垣港ターミナルが整備されている。フェリーの運休後は貨物船や大型クルーズ船用に利用されていたが、大型クルーズ船の発着は2018年(平成30年)4月21日に暫定供用された新港地区(南ぬ浜町)の専用岸壁に一元化されている。
有村産業(沖縄カーフェリー)「クルーズフェリー飛龍、飛龍21」(2008年6月に運航を休止) 名古屋港 → 大阪港(南港フェリーターミナル) → 那覇港 → 平良港(宮古島) → 石垣港 → 基隆港(台湾) → 那覇港 → 石垣港 → 平良港 → 那覇港 → 名古屋港 ※週1便、大阪を日曜日(土曜日深夜)に出発していた。 名古屋港 → 大阪港(南港フェリーターミナル) → 那覇港 → 平良港 → 石垣港 → 高雄港(台湾) → 那覇港 → 名古屋港 ※週1便、大阪を木曜日(水曜日深夜)に出発していた。
琉球海運「わかなつ おきなわ」(2006年9月18日で旅客営業を廃止) - 那覇港 - 平良港 - 石垣港 ※旅客営業終了に伴い、就航船はRO-RO船に代替されている。