オトメディウス エクセレント!
声: 金元寿子
ステージ7および8のボス。大宇宙の破壊の意志そのものであり、バクテリアンの母親とも言える存在。プレイヤーが直接交戦するのは幼生状態であるが、この状態でも高い戦闘力を持つ。
ステージ7では第1形態は天使達の戦闘騎を模した「ブラックバイパー」、第2形態は「デスブリンガー」。ステージ8では武装は装着せず、生身の状態。
声:佐藤利奈
2011年12月13日に追加されたEX-1ステージ「聖グラディウス学園」のボス。『コナミワイワイワールド』からのゲスト出演で、『スクランブル』の自機を操る。本作では秘密時空組織「G」の教官という設定。
声: 伊藤静
前作「ゴージャス!」にて、戦局打開のためポイニーと共に他時空より送り込まれたエリート天使。その後聖グラディウス学園に編入学した模様であり、作中ムービーでは制服姿も見られる。キャラクターモチーフはグラディウス外伝のジェイドナイトであり、搭乗する戦闘騎もジェイドナイトである。初期状態では使用できず、ある条件を満たすことで使用可能となる。
パワーアップゲージは「スピード→レーザー→オプション→ダブル→ミサイル→?」。オプションは非実体型の「スネークオプション」であり、最後に入力したスティック/方向ボタンの方向に一直線に展開される。最大4体装備可能。前作と異なり、ある程度の距離移動を行わないと再展開が行われない。本作においてもラウンドレーザーとパルスレーザーは専用装備である。
プラトニックブレイクは「リングレーザー」。自機を中心に巨大なラウンドレーザーを発射するもの。 レストラン制服 Ver.エスメラルダ ダウンロードコンテンツにて使用可能となる別バージョン機体。エンディングムービーで見られるファミレスの制服を着用した姿。性能は通常のエスメラルダと同一であるが、初期装備として「磁気イオン砲」(雷のような形状の、貫通性能を有する巨大なショット。連射性能はきわめて低いが威力が高い。レーザーカテゴリ)を装備しており、購入後は通常バージョンでも使用可能となる。
各ゲームモードで使用可能な追加キャラクター。一人当たり400MSP。また、オンライン協力プレイやリプレイ閲覧用の「カタログ」もあり、こちらは無償。
「ストラーフ」が2011年6月24日配信開始。「ココロ・ベルモンド」が2011年10月4日配信開始。詳細は後述。
オープニングムービーを中心にゲーム画面を織り交ぜた構成となっているトレーラームービー。無償。