J3リーグ
2008年6月発表の『J2リーグの将来像』について、「J2の参加クラブ数は最大22とする」「J2の参加クラブ数が22に達したシーズン以降はJ2とJFLの入れ替え制度を導入」といった昇降格要件等についてはいずれも2012年シーズンをもって達成されたが、その一方で「全国で100以上のJリーグを目指しうるクラブが活動することを、将来目標とする」という部分、ならびに「日本サッカー協会(JFA)が、並行して検討する事項」として付記された「JFL(=日本フットボールリーグ)の活性化、およびJ2から降格したクラブへの支援施策」などについては途上段階にあった。
加えてJリーグ側の現状認識として、「Jリーグは40クラブと準加盟6クラブまで拡大したものの全国に広がっているとは言えない」「サッカーファミリー拡大のためには『Jリーグを目指す』と意思を表示したクラブをできるだけ広くJリーグの『仲間』として受け入れて、地域に根づいた、経営基盤の整ったクラブになることをサポートすることで、Jリーグの理念を推進するクラブを日本に多く作ること」と考えられていた。
J3は創設当初、運営面において、J1・J2との差別化を図っていた。
クラブの参加要件が緩和されている ほか、リーグの名称が(発足当時J1の正式名称が「Jリーグ ディビジョン1」の名称であったのに対し)発足当初より正式名称を「J3リーグ」とすること、ロゴマークもJ1・J2で使用する「J」のマークを黒い縁取りの白抜きに、3部リーグを示す3を組み合わせたもの を使用している。ロゴについては、J3もJ2間との入れ替え制度が導入されるため「Jリーグ」の一員とみなしてリーグ戦の名称やロゴもJ2以上と同じものを使うことを予定していたが、「希少性が失せてしまう」として、J3は独自性を強めるためにロゴや名称を一部異なるものとしている 他、公式サイトについてもJリーグの公式サイトとは別に、J3専用の公式サイトも独自に設けられていた が、Jリーグ公式サイトのリニューアルに伴い、2015年2月1日からはJ's GOALを含めてJリーグ公式サイトに統合された。