斯波氏
その後、秀吉の小田原征伐に参陣し最上郡・村山郡20万石余の大名として所領を安堵され、また羽柴姓・羽州探題職を与えられた。秀吉の死後は徳川家康に接近し、関ヶ原の戦いでは東軍に加わったため西軍の上杉景勝から攻撃され窮地に立たされたが、関ヶ原本戦での西軍敗北の報が届くと上杉軍は撤退し、庄内地方の奪取にも成功(慶長出羽合戦)。この功により、最上家は最上郡・村山郡・庄内地方および由利郡を有する58万石の大大名に列せられた。しかし、孫の最上義俊の代にお家騒動(最上騒動)が起こり、江戸幕府の命により改易とされ、出羽国内所領を失い、大名としての最上氏の終焉のきっかけとなった。
義俊は改めて近江に1万石を与えられたが、義俊の死後、子の義智が幼少であったため5,000石に減ぜられ名目としての大名の地位も失ったが、子孫は交代寄合として続いた。義俊の叔父で御家騒動の原因でもあった山野辺義忠は徳川頼房に取り立てられ、子孫は水戸藩家老の山野辺家として続いた。また、義忠支持派の中心で義光の弟の楯岡光直は細川氏にお預けの身となったが、子の忠直が取り立てられ、子孫は前述の津川氏とともに熊本藩の重臣として続いた。
義健没後、一門である大野斯波家からの養子義敏と、同族渋川氏出身の義廉とが家督を巡って争った(武衛騒動)。この争いや将軍家・畠山氏の家督相続が原因となって応仁元年(1467年)の応仁の乱が起きる。義廉は西幕府の管領として西軍の主力となった。一方東軍に属した義敏も越前に下ってその一円支配を目指したが、越前守護代の朝倉氏に守護職を奪われ、また遠江も駿河守護今川氏に侵食され、尾張で義敏の子孫が守護代の織田氏に推戴されて存続するのみとなった。
なお、義廉の子義俊は、将軍家連枝(もしくは越前に在国した斯波一族)とも伝わる鞍谷公方家(今立斯波家)を継ぎ、形式的な越前国主として朝倉氏に推戴された(朝倉氏滅亡まで鞍谷家は続く)。