三十年戦争
アウクスブルクの和議は幾人かの改宗司教が彼らの教区を放棄することを拒み、加えてスペインと神聖ローマ帝国におけるハプスブルク家及び他のカトリック君主達がこの地域にカトリックを復活させようと図ったために崩れ始めた。1570年代初めになるとカトリック側がイエズス会を支柱とした宗教改革への本格的な反撃を開始し、新旧教対立は深刻化した。バイエルンではアルブレヒト5世によって新教派は潰滅し、1574年にはマインツ大司教も反宗教改革に乗り出した。イエズス会は大学教授に就職して教会再建のために後進を育成し、また帝国の司法もカトリックに支配された。
1577年、ケルン大司教領主のゲプハルト・トゥルホゼス・フォン・ヴァルトブルク(ドイツ語版)がカルヴァン派に改宗してアグネス・フォン・マンスフェルト=アイスレーベンと結婚すると言い出した。
この一連の戦況によって和平会議は一気に進展した。国際会議にはイングランド、ポーランド、ロシア、オスマン帝国を除いた全てのヨーロッパ諸国が参加していた。しかし1646年に皇帝軍がバイエルンに合流することを恐れたスウェーデンが、バイエルンに再度侵攻する。フランスはこれを越権行為として、スウェーデン牽制のためにテュレンヌ将軍を派遣した。両者に挟まれたマクシミリアン1世は翌1647年に屈服・休戦したが、バイエルン軍の将軍ヨハン・フォン・ヴェルト(英語版)が反乱を起こして皇帝軍に合流し、ヤンカウの敗戦で打撃を受けた皇帝軍は驚異的な復活を成し遂げる。
1648年1月31日、ミュンスター講和でスペインとネーデルラントの個別講和が行われた。
劣勢を挽回した皇帝・バイエルン連合軍は、1648年にアウクスブルク近郊のツースマルスハウゼンでカール・グスタフ・ウランゲル(英語版)とテュレンヌの率いるスウェーデン・フランス連合軍との戦闘に臨んだが大敗する(ツースマルスハウゼンの戦い)。しかし、スウェーデンはなおボヘミアの征服とプロテスタント化を諦めず、1648年7月26日以降もプラハでは戦闘が続いた。今やカトリックの最後の砦となったプラハは激しく抵抗し、降伏には応じなかった。
デンマーク王クリスチャン4世は、オランダからボヘミア・プファルツ戦争への支援を要請されていたが中立を守った。しかし、デンマーク王はもともと北ドイツへの勢力拡大とバルト海、北海の覇権確立を狙っており、王国参事会の反対を無視して介入を決定した。1625年、デンマーク王がニーダーザクセン帝国管区(クライス)長官として、長らく空位になっている2つの帝国内の司教職に自分の息子を就任させる要望を出したところ、ティリー伯の軍がニーダーザクセンに進駐して皇帝に露骨に拒絶された。これによりデンマーク王は介入への口実を得た。ハーグ条約によって、イギリスとオランダからの支援を受けた。
反ハプスブルク家のプロテスタント連合は、さらにトランシルヴァニア侯ガブリエル・ベトレン、オスマン・トルコ、カトリックのフランスと共鳴して、ブラウンシュヴァイクのクリスティアンがウエストファリアと下ラインラントのウィッテルスバハ家所領を制圧し、デンマーク王はニーダーザクセンを奪取し、連合軍最高司令官マンスフェルトがハンガリーからのベトレンと合流してボヘミアとシュレジエンとモラビアに侵入する計画であった。
スウェーデンは同盟による支援を受けて1625年5月に主戦場ニーダーザクセンに進軍した。
これに対して皇帝軍は、ティリー率いるカトリック連盟軍に加えて、ボヘミアの傭兵隊長ヴァレンシュタインを皇帝軍総司令官に登用し、10万人の軍を率いた。
1640年頃から皇帝は和平に向けた動きを見せ始めるが、その高圧的な態度に応じる勢力はいなかった。しかもスペイン軍は、この時期からフランス・オランダの前に敗退を重ね、没落の兆しを見せていた。なおこの年、スペインのくびきを脱したポルトガル王国が独立し(ポルトガル王政復古戦争)、さらにカタルーニャも反乱をおこし、スペインは苦境に立たされた。またフランス軍がピレネーに進出し、ドイツ方面へ軍を派遣できなかった。帝国等族は皇帝軍からどんどん脱落していき、1640年にはブランデンブルク選帝侯ヴィルヘルムがスウェーデンと休戦条約を交わした。バイエルン公は同年ニュルンベルクで選帝侯会議をひらき、翌年のレーゲンスブルク帝国議会では皇帝と諸侯にフランスとスウェーデンとの交渉を委任した。1641年12月には、フランス、スウェーデンとの講和会議が決定されたが、調停や権利要求で紆余曲折をして、議事は進まなかった。
1642年、皇帝軍はブライテンフェルトの戦い(ドイツ語版)で再びスウェーデン軍に敗北、さらに逼迫した皇帝は和平の道を模索し始めた。この頃になると、帝国全体で厭戦気分が蔓延するようになる。
一方スウェーデンは、ドイツで転戦するスウェーデン軍を背後から脅かすデンマークと戦端を開いた。皇帝軍に敗北したデンマークは、皇帝軍に度々勝利して勢力を拡張するスウェーデンに対して、影響力の復活をもくろみ、皇帝へ接近したり、エーアソン海峡税を引き上げるなどしてスウェーデンを牽制していたため、両者の緊張が高まっていた。海峡税の引き上げはオランダとスウェーデンの接近を許すこととなった。1643年、スウェーデンはユランに侵攻、オランダ海軍も味方につけて、スウェーデン・オランダ連合艦隊はデンマーク艦隊を屈服させ、1645年8月のブレムセブルー講和条約でデンマークはノルウェーの一部やゴットランド島を割譲することとなり、バルト海の覇権をスウェーデンに奪われた。またこの戦争でグスタフ・ホルン将軍が復帰している。皇帝軍はデンマークの支援に駆けつけたが、惨敗した。この戦争はスウェーデン軍指揮官トルステンソン(トシュテンソン)の名前からトルステンソン戦争と呼ばれる。