キューバ危機
このエクスコムの会議には14〜15人が集まり、主な顔ぶれはジョンソン副大統領、ラスク国務長官、ボール国務次官、マクナマラ国防長官、ギルパトリック国防次官、マコーンCIA長官、ロバート・ケネディ司法長官、ディロン財務長官、スティーヴンソン国連大使、テイラー統合参謀本部議長、バンディ補佐官、オドンネル大統領特別補佐官、ソレンセン大統領顧問、アチソン元国務長官、ラヴェット元国防長官などであった。この席でケネディは直面する危険とこれに対処するあらゆる行動を即時徹底的に調査するように命じた。そして徹底した機密保持も命じた。この10月16日から13日間が歴史に深く刻まれ核戦争の寸前までいったキューバ危機の期間である。
大統領顧問であったソレンセンが1965年に書いた著書「ケネディの道」の中で、この16〜19日までの96時間が午前・午後・夜間を問わず会議の連続であったという。その間に新しい空中写真の分析が進み、近距離用攻撃用ミサイルが配置された地点が6カ所に上り、中距離用ミサイル(IRBM)用の基地にするために掘られた個所が3カ所見つかった。
ケネディは、クレマンソーの言葉「将軍たちに任せておくには、戦争は重要すぎる」を頭に置いて外交的解決を目指し、過ちや誤解、伝達ミスが予想外の事態を引き起こし、多くの国家が結果の予測もつかないうちに世界大戦に突入した第一次世界大戦への道筋を描いた「八月の砲声」(バーバラ・タックマン)を読み、自分が「十月の砲声を演じる気はない」と言っていたという。
なぜフルシチョフが、キューバからの弾道ミサイル撤退を受け入れたかについては様々な説がある。一説に拠れば、ケネディが演説に先立って行った教会での"礼拝"を、歴代アメリカ大統領が開戦を告げる前に行ってきた礼拝と勘違いしたフルシチョフがアメリカが遂に開戦を決意したと勘違いしてミサイル撤退を決意したというものである。 しかし、当時は情報機関の間では様々な不確実な情報が飛び交っており、ソ連のアレクサンドル・アレクセーエフ(英語版)駐キューバ特命全権大使の所には「数時間以内にアメリカが武力侵攻するという確実な情報」が届けられ、これを知って激高したカストロは、フルシチョフにアメリカを核攻撃するように迫った。しかし、老練なフルシチョフは、この情報はアメリカの情報機関がソ連の情報機関に意図的に流したデマだとして取り合わなかったという。ケネディが教会で礼拝をするという話を聞いて、フルシチョフがあわててミサイル撤退を決意したなどというのは、ゴシップ誌の報道に過ぎない。
この日エクスコムの会議は午前10時と午後6時に開かれて「キューバへの攻撃用兵器引き渡し差し止め」宣言の内容を討議し、ケネディは戦時国際法を適用解釈して、キューバ海域近辺の公海上に設定された海上封鎖線に向けて航行するソ連の貨物船に対して、アメリカ海軍艦艇が臨検を行うことの命令書に署名した。臨検に従わない貨物船に対しては警告の上で砲撃を行うこと、さらにこれらの貨物船を護衛する潜水艦による攻撃や、アメリカ海軍艦艇や航空機に対する銃撃などの敵対行為を取ってきた場合は即座に撃沈することを併せて指示した。この時に他の議題としてキューバ上空を地対空ミサイル(SAM)の射程圏内となる低空偵察飛行を許可し、もし万一ソ連に撃墜されたらそのミサイル基地を爆撃することも決定した。これは4日後に大きな波乱を呼ぶこととなった。