偽菌類
菌類はキノコを中心として捉えられた生物群であり、そこへ次第にカビや酵母が取り込む形で認められた。当初はそれらは植物に含まれるものと認識されていたが、次第に1つの群と認められるようになった。特に重要なのはホイッタカーの五界説で、彼はまず生物の進化に3つの傾向があることを主張した。光合成で独立栄養を行う植物と捕食によって従属栄養を営む動物と、それらに対して第3の方向として動物と同じ従属栄養ではあるが、捕食ではなく接触面で分解吸収を行う方向に進化したのが菌類であるとした。この説は細部では様々な問題や疑問はあったものの影響は大きく、特に菌類が動物や植物とは独立した生物群であるとの認識が定着する上で大きな力となった。
そのような形で1つの界と考えられるようになった菌界であるが、その構成は20世紀半ばでは以下のようなものであった。
菌界 変形菌門 アクラシス綱(細胞性粘菌) 水生変形菌綱(ラビリンチュラ類) ネコブカビ綱 変形菌綱 真菌門 鞭毛菌亜門 ツボカビ綱 サカゲカビ綱 卵菌綱 接合菌亜門 接合菌綱 トリコミケス綱 子嚢菌亜門 担子菌亜門
ただしこれらの扱いは広く同意が得られてはいたものの、問題点を指摘する声もまた多かった。1つは変形菌門が真菌門と近縁であるかどうか、という問題であり、上記のウェブスターの書でもその類の解説の冒頭にこの類縁性が「疑問で」あり、「たぶん原生動物にずっと近縁」であろうとしている。もう1つは鞭毛菌亜門の中のサカゲカビ綱と卵菌綱が異なる系統に属するものではないか、という問題点である。ウェブスターも鞭毛菌類が「多系統である」ことを指摘している。