刺激惹起性多能性獲得細胞
緑色蛍光および赤色蛍光の分離検出、DAPI、E-カドヘリン、Oct3/Oct4の多能性細胞特異的分子マーカーの遺伝子発現の確認を行った。
しかし、小保方実験、検証チーム実験とも成果は乏しく、理化学研究所として「細胞塊が有する緑色蛍光を自家蛍光と区別することも困難で、その由来を判定することは出来なかった。」と帰結する結果だった。
実験手技要旨に加え、理化学研究所は2014年3月5日に、より詳細な実験手技解説を公開した。なお、アーティクル論文とレター論文の取り下げに伴い、この実験手技解説も7月2日付けで取り下げられている。
このプロトコル・エクスチェンジには、「単純に見えるが、細胞の処理と培養条件、さらに細胞個体群の選択に、とりわけ慎重さを要する」という「注意書」があり、カリフォルニア大学デービス校准教授のポール・ノフラーは、これは「STAP細胞は作るのがきわめて難しい」と同義だと指摘した。また、ウォール・ストリート・ジャーナル紙も、プロトコル・エクスチェンジが、元の論文と矛盾するとした。
“Refined protocol for generating STAP cells from mature somatic cells.” (PDF) (2014年3月20日). 2014年10月23日閲覧。(機械的刺激を伴うハーバードのプロトコル)
Charles A. Vacant, Koji Kojima (2014-09-03) (PDF), REVISED STAP CELL PROTOCOL. 09.03.14., https://research.bwhanesthesia.org/site_assets/51520d191eea6679ce000001/cterm/Revised_STAP_protocol-28bcd7e61d02a23624eb590717e241fe.pdf 2014年10月23日閲覧。 (訂正されたハーバードのプロトコル)
“NGS 解析データの SHA1 チェックサム一覧”. 2014年10月14日閲覧。(著者らが公開していた遺伝子解析データの一覧)