日本民営鉄道協会
財団法人(札幌市交通事業振興公社(札幌市電)・青函トンネル記念館・神戸住環境整備公社)や宗教法人(鞍馬寺)も未加盟である。
大手私鉄でも西日本鉄道(西鉄)が、自社の経営格差および地域格差が関東・関西の大手私鉄と隔たりがあったことを理由に1969年6月に脱退していた。また、名古屋鉄道も同様の理由で1971年に脱退していたが、協会側の対応の変化を見て西鉄と名鉄は1982年8月に復帰している。その後京成電鉄が自社の経営危機に突入した1980年3月に脱退したが、同社も1990年4月に復帰した。2005年に開業した首都圏新都市鉄道や、旧大阪市交通局の鉄道・軌道事業を2018年に民営化した大阪市高速電気軌道の2社も、規模的には大手私鉄の一角と認められるレベルであるが、2023年4月現在は未加盟である。国土交通省の資料でも静岡県の2大私鉄である静岡鉄道と遠州鉄道とともに中小民鉄に区分されている。
関連組織に地方毎の鉄道協会(東北鉄道協会・関東鉄道協会・中部鉄道協会・関西鉄道協会・中国地方鉄道協会・四国鉄道協会・九州鉄道協会)があり、そちらには第三セクターの多くも加盟しており、総加盟者数は本協会より多い。
京福電気鉄道(京都府京都市中京区)◎
叡山電鉄(京都府京都市左京区)◎
嵯峨野観光鉄道(京都府京都市右京区)●▲◎
北大阪急行電鉄(大阪府豊中市)★◎
泉北高速鉄道(大阪府和泉市)◎
水間鉄道(大阪府貝塚市)◎
和歌山電鐵(和歌山県和歌山市)▲
紀州鉄道(東京都中央区)
能勢電鉄(兵庫県川西市)◎
神戸電鉄(兵庫県神戸市兵庫区)◎
山陽電気鉄道(兵庫県神戸市長田区)◎