大群獣ネズラ
さらに、ネズミの大量飼育に起因してノミやダニ、シラミなどが大量発生した。撮影現場には常にダニと殺虫剤が埃となって舞い、撮影スタッフはガスマスクを装着して撮影に挑まなければならなかった。肝心のネズミたちもずさんな衛生管理の問題で死んでしまったほか、ついには共食いや脱走までに至った。撮影所や大映系映画館の近隣住民からの苦情も殺到したうえ、保健所から警告が届いた果てに組合問題にまで発展した結果、制作は400フィート撮影されたところで中止された。組合委員長で、本作の制作に反対していた特撮チーフ助監督の小嶋伸介は、この顛末を経て大映を退社し、ピープロのスタッフとなった。
最終的には保健所の指示により、大量のネズミを夢の島にて処分することとなったが、「石油をかけての焼却処分風景は、特撮以上にすごかった」という関係者の話も残っている。撮影で死んだネズミのため、スタッフは撮影所そばの寺社で供養を行っている。
予告編フィルムは湯浅が編集したが、徳間大映が角川大映へ資本変更される際に破棄されたため、後年では断片的なスチル写真が残されているのみである。
平山亨によれば、美術スタッフの三上陸男はネズミダニによるダニアレルギーで、瀕死の入院にまで至ったという。この経験からネズミアレルギーになった三上は、のちに造型会社エキスプロダクションに参加して請けた『仮面ライダー』などの特撮テレビドラマでは、ネズミの怪人だけは嫌がって関わらなかった。