井伊谷城
1560年(永禄3年)には伝・直宗の子直盛が桶狭間の戦いで戦死。家督を直満の遺児・直親が継ぐが、小野政直の子小野道好の讒言により今川に謀反を疑われ掛川で朝比奈泰朝の襲撃を受け討死。直親亡き後の井伊谷は直親後見役の中野直由が治めるが、曽祖父の直平、重臣新野親矩ら共々、今川配下として戦いに出て戦死。直親の遺児・虎松(のちの井伊直政。徳川四天王の一人)が城主となるまでの期間、出家していた伝・直盛の娘井伊直虎が還俗し城主を務めた。
城の南にある龍潭寺は井伊谷城の防衛の役割もあり、直虎は井伊家を任されてからも身を寄せていた龍潭寺に留まることはできたが、井伊谷城に移る決断をした。理由は井伊家を継ぐのが確実な虎松に武将としての振る舞いを城できちんと学ばせる為と、城が醸し出す「戦場の一部」という雰囲気に慣れさせるためだと考えられている。
今川で直虎への反感を持つ者が多くなった事と、甲斐国の武田氏が駿河国に侵攻してきたことによって、今川寄りの家臣小野道好が今川氏真から、虎松を殺害して井伊谷を掌握し、その軍勢を率いて加勢せよとの命を受け入れたことで、直虎は城主の座を奪われてしまい、直虎と虎松は龍潭寺に追いやられてしまう。
1568年(永禄11年)、「次郎法師」(直虎説が有力)と関口氏経の連名で井伊谷に徳政令が発布される。しかし同年末には武田氏の駿河侵攻が起こり戦国大名としての今川氏は滅びる。