神学部
明治学院大学(神学部・1890年設置・1930年日本神学校(のち日本東部神学校、日本基督教神学専門学校を経て東京神学大学)の設立に伴い分離・廃止。)
東北学院大学(神学部・1891年設置・1937年日本神学校(のち日本東部神学校、日本基督教神学専門学校を経て東京神学大学)の設立に伴い分離・廃止。文学部基督教学科・1964年設置・2001年キリスト教学科に改称・2011年総合人文学科に改組。)
青山学院大学(神学部・1894年設置・1943年日本東部神学校(のち日本基督教神学専門学校を経て東京神学大学)の設立に伴い分離・廃止。文学部基督教学科・1949年設置・1961年から1976年まで文学部神学科・1977年廃止。)
関東学院大学(神学部・1959年設置・1973年廃止。)
四国学院大学(文学部基督教学科・1962年設置・1967年人文学科に改組・2010年メジャー制度導入・改組。)