国家衛生研究院
呉成文(中国語版) (1996年 - 2005年)
梁賡義(中国語版) (2006年1月1日 - 2006年6月30日)
伍焜玉(中国語版) (2006年7月1日 - 2012年8月31日)
王陸海(中国語版) (2012年8月31日 - 2012年12月21日)
龔行健 (2012年12月21日 - 2015年12月31日)
余幸司 (2016年1月1日 - 2017年12月6日)
梁賡義(中国語版) (2017年12月6日 - 現任)
前身の行政院衛生署署長およびその後身組織の衛生福利部部長がトップ(董事長)を務めることが慣例となっている
がん研究所
細胞システム医学研究所
グループ健康科学研究所
バイオテクノロジーおよび製薬研究所
分子遺伝医学研究所
生物医学工学とナノ医学研究所
感染症とワクチン研究所
国立環境医学研究所
免疫学研究センター
神経精神医学研究センター