ミズーリ州の歴史
組織的な軍隊の戦闘以外にもミズーリ州ではゲリラ戦が行われた。この苦痛を伴う2つに分けられた州内で、隣人たちはしばしば戦争という言い訳を使って憎しみを培い、その隣人に武器を向けた。クァントリルの襲撃者のような流浪の部隊やブラッディ・ビル・アンダーソンの兵士たちが田園部を怯えさせ、軍事施設や民間人開拓地を襲った。ゲリラ戦が大きく拡がったために、また境界郡部の市民からの支持もあったので、北軍指導者は1863年に将軍命令11号を発し、ジャクソン、カスおよびベイツの各郡を疎開させた。彼らは住民たちを除いてゲリラに対する支援を減らした。
ミシシッピ川は北軍の支配下に入って商業が止まった。戦争が終わったとき、南部の繁栄は一時的に崩壊した。何百という蒸気船が破壊された。さらに、西部との商売の多くはニューオーリンズからミシシッピ川を通ってという経路から、五大湖を通って大西洋岸へという経路に変わり、急速に多ルート化する鉄道の新線に移っていった。もちろん、戦後直ぐにミシシッピ川を使った商業は復活したが、南西流路の出口にある砂州に妨げられた。1879年に南流路の出口にイードの突堤を設けることで解決策が得られたが、荷物を運ぶための設備は鉄道に比べてはるかに劣ったものであり、蒸気船の会社が繁栄を取り戻すことはなかった。
1865年、ミズーリ州は奴隷制を廃止した。アメリカ合衆国憲法修正第13条の採択前に即時解放の条例を発することで実行した。ミズーリ州は新憲法を採択し、元南軍の支持者には選挙権を否定し特定の職業に就くことも禁じた。