高山本線
有人駅のうち、岐阜駅・美濃太田駅・下呂駅・高山駅・飛騨古川駅の5駅はJR東海直営駅、鵜沼駅は業務委託駅(東海交通事業)、白川口駅・飛騨金山駅・飛騨萩原駅の3駅は簡易委託駅である。
JR西日本管内は2011年3月11日まで)。改造車では1978年(昭和53年)にキユニ28 1 - 3が美濃太田機関区に配置された。 キハ91系 - 急行「のりくら」(1973年7月20日より1976年9月3日まで) キハ55系 - 急行「ひだ」「のりくら」「こがね」「しろがね」「おくみの」、準急「ひだ」「こがね」「しろがね」などや普通列車 キハ20系 - 普通列車(1980年頃まで) キハ10系 - 普通列車 キハ11形(JR東海美濃太田車両区) - 普通列車(1989年3月11日より2015年3月13日まで) キハ40系(JR東海美濃太田車両区)- 普通列車(1979年頃より2015年6月30日まで)
特急「ひだ」で使われたキハ80系気動車
特急「ひだ」で使われたキハ85系気動車
急行「北アルプス」で使われた名鉄キハ8000系気動車
特急「北アルプス」で使われた名鉄キハ8500系気動車
キハ58系気動車 2011年3月11日まで運転
キハ82系特急「ひだ」とキハ91系急行「のりくら」
岐阜駅:名鉄岐阜市内線(岐阜駅前駅)
飛騨小坂駅:小坂森林鉄道
猪谷駅:三井金属鉱業鉱山鉄道・神岡鉄道神岡線
笹津駅:富山地方鉄道笹津線(地鉄笹津駅)
富山駅:富山港線(富山ライトレール転換後は富山駅北停留場)