日本貨物鉄道
7月1日:EF200形電気機関車が営業運転開始。 11月26日:敦賀ターミナルを設立。
1993年(平成5年) 3月10日:DF200形ディーゼル機関車が営業運転開始。 3月18日:ダイヤ改正。 4月19日:サービスマーク「JRF」を制定。 10月29日:オー・エル・エスを設立。
1994年(平成6年) 11月10日:山陽フレートサービス(現在のジェイアール貨物・山陽ロジスティクス)を設立。 12月3日:ダイヤ改正。 12月9日:ジェイアールエフ・エンジニアリングを設立。 12月21日:ジェイアール貨物・不動産開発を設立。
1995年(平成7年) 2月14日:東北フレートサービス(現在のジェイアール貨物・東北ロジスティクス)を設立。 3月6日:カーラックコンテナで自動車を輸送するカーラックシステムが営業開始。 10月6日:クリーンかわさき号運行開始。
1996年(平成8年) 3月16日:ダイヤ改正。タキ1000形を使用した高速石油輸送列車を新設、一部区間のコンテナ輸送をトラック輸送で代行する自動車代行駅制度を開始。 4月3日:ジェイアールエフ・ホテルを設立。 12月25日:国際鉄道システムを設立。
1997年(平成9年) 3月22日:ダイヤ改正。車扱貨物輸送が削減され、飯田町駅も休止された。 12月5日:EF210形電気機関車が営業運転開始。
1998年(平成10年) 2月1日:「ホテルメッツ田端」が営業開始。 7月6日:ジェイアール貨物・リサーチセンターを設立。
社歌は会社発足20周年を記念して2006年に制定された『春夏秋冬』(歌詞は社内公募で選ばれたものに三浦徳子が補作、作曲と編曲は服部隆之)で、俳優の山本耕史が歌う非売品のCDが存在する。2017年3月29日にキングレコードから発売された『JNR to JR〜国鉄民営化30周年記念トリビュート・アルバム』で廣田あいか(私立恵比寿中学・当時)がカバーした。 2019年には日本経済新聞社が主催する社歌コンテストである「NIKKEI 全国社歌コンテスト」で「心に残る音楽賞」を受賞した。
日本運輸倉庫(100%) 大阪鉄道倉庫 - 日本運輸倉庫に吸収合併 飯田町紙流通センター - 日本運輸倉庫に吸収合併 北海道農産品ターミナル 日本オイルターミナル(58.1%) 関西化成品輸送(50.0%) セメントターミナル(50.0%)