武田八幡宮
永禄3年(1560年)に信玄が国中の諸社に対して甲府の府中八幡宮への参勤を命じた際、武田八幡宮は甲斐国一宮の浅間神社など10社とともに参勤を免除されている。天正10年2月19日(1582年3月23日)には、織田信長の甲州征伐に際して、武田勝頼の妻・北条夫人が勝頼の武運を祈って祈願文を捧げた。この祈願文は掛軸に仕立てられ、県指定の有形文化財となっている。
武田氏の滅亡後、甲斐の領主となった徳川家康は、天正11年4月18日(1583年6月8日)に社領を安堵している。また、社記によると天正年間に、平岩親吉に命じて当社の造営を行なったとされる。慶長9年3月23日(1604年4月22日)には境内での樹木伐採や放放、諸役の賦課などが禁止されている。1622年(寛文2年)に甲府徳川家の家老が巡見として由緒を調査し、修復料が支払われた。また、柳沢吉保は甲府藩主の時代に修復を行なっている。安永年間には社殿が大破して修理を行い、1853年(嘉永6年)にも修復されている。将軍や国主の代替りの際には巡見役や役人が参詣し、国内が不穏な場合には国主からの神事執行が依頼されたという。柳沢家からは旱魃の際に雨ごいの祈祷が依頼され、初穂料として金・300疋が支払われている。社記によれば正月や祭礼の時には神主が甲府城の楽屋曲輪まで祈祷札を届け、甲府勤番が追手門まで出迎えたという。