長等山トンネル
その後は最大許容値を超えることなく、非補強区間との距離が離れるに連れ振動が減少してきたため、同16日のキロ程2km630m付近からは再び導坑を1度に爆破することとし、掘削が進められた。
その一方、キロ程2km632mまでの岩石は主に粘板岩で、2km635m以降は石英斑岩となり、粘板岩から石英斑岩の岩塊に入った際に伝わる振動が急に大きくなることが事前に分かっていた。そのため、掘削工事が琵琶湖疏水との交差部に差し掛かった際には補強区間に伝わる振動が最大許容値の20,000galを超える懸念があったため、振動が大きくなる区間からはプレ・スプリッティング工法で施工されることとなった。また、どの程度振動が減少するのかを検証するために予備実験が行われ、同19日からこの工法で施工が進められた結果、予想よりはるかに小さい値に振動を抑え、掘削を進めることができた。
このようにして、最も接近している下り線と第1疏水との交差部の掘削は無事通過し、第1疏水より更に地下へ2m離れている第2疏水にも影響を与えることなく通過した。導坑掘削後の上部半断面の掘削でも、最終的に非補強区間に与えた振動が最大400gal、補強区間に与えた振動が最大5,000galと導坑よりも小さな値で施工が進められた。また、この交差部の掘削を終えた後に、琵琶湖疏水のトンネル内で詳細な調査が行われたが、特に異常がないことが確認された。
琵琶湖疏水の第1トンネル(長等山トンネル)は、大津市と京都市山科区の間にある全長2,436mのトンネルであり、長等山を貫いている。
工期短縮のために切羽を増やすための竪坑(シャフト)が2か所にあり、大津側の坑口(トンネル入口)から1,695mの位置に第1シャフト(深さ47m)、2,136mの位置に第2シャフト(深さ20m)がある。また、京都方向へ1/3,000の下り勾配となっている。
湖西線の長等山トンネル(前述)の建設にともない、一部区間の改修や経路変更が行われている。 詳しくは、#琵琶湖疏水との交差部分および琵琶湖疏水#湖西線建設による改築を参照。