ウォーシップガンナー2 鋼鉄の咆哮
超高速巡洋戦艦「ヴィルベルヴィント」 「鋼鉄の咆哮2 ウォーシップガンナー」から引き続き登場する超兵器。最大速力が80kt近い巡洋戦艦。アルケオプテリクスと共にアメリカ太平洋艦隊に大打撃を与えた。本作では艦橋付近を攻撃することにより煙突が破壊され、速力が大幅に落ちる。また、損傷箇所を攻撃すると大きなダメージを与えられる。
超巨大潜水戦艦「ドレッドノート」 Windows版「鋼鉄の咆哮2 ウォーシップコマンダー」から登場する超兵器、大口径砲を搭載する潜水艦であり、浮上して砲撃戦を挑む能力を持つ。今までの作品では一度浮上すると再び潜航はしなかったが、本作では浮上と潜航を繰り返す。艦尾を破壊することにより潜航不可能にさせることが可能で、損傷箇所への攻撃が有効。
超巨大双胴強襲揚陸艦「デュアルクレイター」 旧作から登場する超兵器。揚陸艦の機能に加え、戦艦にも匹敵する兵装を持つ揚陸艦。物語序盤ではハワイを占領、後にスカパフローに奇襲をかけた際にシュルツ達と交戦する。旧作と同じく艦尾ウェルドックから小型艇を発進させるほか、旧作とは異なり積極的に航空機を運用する。開放した艦尾ウェルドック内部への攻撃が有効だが、本作では艦橋を破壊することによりハッチが常時解放状態になり、艦載艇が発進しなくなる。
超巨大爆撃機「アルケオプテリクス」 大口径砲や速射砲を搭載する双胴式の超巨大爆撃機。ヴィルベルヴィントと共にアメリカ太平洋艦隊に襲撃を行い、カリフォルニアの基地を空爆するなどして大打撃を与えた。 その後は欧州方面で出現し、ロンドンへ戦略爆撃を行うために飛来したところでシュルツと交戦する。主翼の翼端と尾翼部が破壊可能となっている。
そのため浮遊鏡を破壊するとチャージ時間が延びる。PS2版では機関後進していれば当たらないバグがある(PSP版では修正)。シュルツ達が戦闘するまでは海域に霧が発生しており、行方不明艦(恐らくヘルアーチェに撃破された艦)が続出していたが、ナギがヘル・アーチェを確認すると晴れる。このため、ヘル・アーチェも天候を操る能力を持っていると思われる。 前記したフォーゲル・シュメーラ及びドーラ・ドルヒと、後記するフィンブルヴィンテルは米村孝一郎デザインだが、ヘル・アーチェは別人物によるデザインとのこと。 なお、太陽光凝集砲に類似する攻撃手段として「アルキメデスの熱光線」が存在する。
超巨大航空戦艦「リヴァイアサン」 ヴァイセンベルガーが本国に隠していた超兵器。出現とともに周辺海域の波高を上昇させていることから、津波を引き起こすことができると目される。トリマラン型船体の後部にアングルドデッキを有する飛行甲板を装備した航空戦艦で、荷電粒子砲と各種のミサイルを主兵装としており総合的に高い性能を誇る。艦橋を破壊するとグロースシュトラールと同じように暴走し、光子榴弾砲を用いて攻撃を行う。登場ムービーでは大型レールガンのハッチを開放する場面があるが、戦闘中は閉じており、そもそもレールガンなどの電磁兵装を装備していない。これは旧作「鋼鉄の咆哮3」においてレールガンを装備する超兵器であった名残である。
超巨大潜水戦艦「ノーチラス」 リヴァイアサンを撃沈されたヴァイセンベルガーが、北極への逃走用に使用した超兵器。明言はされていないが、旧作と同様ドレッドノートの同型艦とされる。本作では最初は浮上しており、一定ダメージを与えると潜航・逃走するイベントが発生し、ステージは強制クリアとなる。