小山駅
2005年秋に発表された小山市の総合計画で、駅中央部に新東西自由通路を駅ビル内を貫通する形で新設し、中央改札口を設置する方針が示された。なお、現東西自由通路については自由通路としての設備のみ維持する方針が示されている(南口改札口は廃止)。新聞報道によると新東西自由通路は市とJRの間での工費負担割合についての協議が難航しており、当初予定されていた2008年(平成20年)度の供用開始がずれ込む見通しとなった。
その後、小山市は2008年度 - 2011年度を事業予定期間とし中央自由通路の建設に向けJR側と調整を進めていたが、2010年7月にJR東日本上信越工事事務所と施工協定を締結、同年10月12日に着工した。その後工事は順調に進み、2012年6月に自由通路が開通した。なお、本通路の愛称は公募により「さくら道」と命名されている。通路部分は小山市道であり、エレベーターを使用して自転車での通行も可となっている。
中央自由通路は、中央コンコース南側に駅舎を貫く幅10メートル、延長約90メートルの通路とし、西口と新東口の駅前広場を結ぶ。南口改札は廃止し、西口改札を移転した中央改札口に統合。東口、西口双方にエレベーターとエスカレーターを整備し、バリアフリー化を進める。
旧西口改札(2006年6月)
旧南口改札(2011年12月)
また、南側にある南部材料線と水戸材料線はモーターカー等の保守用車の基地線となっており、旅客用車両は使用しない。
ホーム上では1950年代前半から小山市内の企業がそば店の「きそば」を開業していた(その後は近隣の駅にも展開)。1991年には委託運営会社となった中沢製麺が営業を引き継ぎ立食いそば店『きそば』となった。かつては8・12・15番線ホームの3店舗が存在したが、8・15番線ホームの店舗は2015年3月14日をもって閉店。12番線ホームの店舗もJR東日本のグループ会社再編に伴う委託契約終了により2022年1月14日で閉店した。なお、小山駅構内の「きそば」の閉店後、中沢製麺から公認を受けたいくつかの店舗が栃木県内で開業している。
(出典:JR東日本:駅構内図)
新幹線1番線ホーム(2021年11月)
新幹線4・5番線ホーム(2021年11月)
在来線6・8番線ホーム(2022年3月)
7番線跡地。奥に見えるのは6番線と中部電留線(2020年3月)
在来線9・10番線ホーム(2022年3月)
在来線12・13番線ホーム(2022年3月)
在来線15・16番線ホーム(2022年3月)