カティプナン
この状態を解決すべく開かれたテヘロス会議においてボニファシオはカティプナンにおける主導権を喪失する。マグダロ派のメンバーが学問のないボニファシオの指導力に疑問を呈したときに、ボニファシオは会議を放棄、議決の無効を宣言したためである。その後、ボニファシオはカティプナンの指導権を掌握したアギナルド将軍の指示で逮捕され、1897年5月10日に粛清された。
1897年のビアクナバト協定においてアギナルド将軍はスペイン政府と休戦協定を結び、他のメンバーと共に香港へ去った。その後、和平協定は長持ちせず、フィリピンは再び騒乱状態に陥った。アギナルドは米西戦争の勃発を受けてフィリピンへ戻った。アギナルドはアメリカ合衆国がフィリピン独立運動を支持してくれると信じており、1898年6月12日にマニラでフィリピンの独立を宣言したが、アギナルドたちの夢はすぐに打ち壊された。アメリカ合衆国が領土欲しさの本心をあらわにしたパリ講和会議でフィリピン代表団が出席を拒否されたのである。そこでアギナルドはフィリピンがスペインからアメリカ合衆国へ2000万ドルで割譲されたことを知った。
怒ったアギナルドらはすぐさまアメリカに対する独立闘争を開始するが、抵抗空しくイサベラ州パラナンでアギナルドが捕らえられ、全カティプナンメンバーへの闘争の停止と降伏の呼びかけを行わされた。アギナルドの呼びかけにメンバーたちは次々に降伏していったが、マカリオ・サカイ(英語版)など数少ないメンバーだけが地下へ潜伏して抵抗を続けた。
カティプナンの歴史はここに終わった。フィリピンの真の独立は1946年を待つことになる。