インターネットイニシアティブ
1992年(平成4年)12月3日 - 株式会社インターネットイニシアティブ企画設立。 取締役社長はアスキー出身の深瀬弘恭、もう1人の取締役は後に社長となる鈴木幸一で、取締役は2人のみだった。
1993年(平成5年) 5月 - 商号を株式会社インターネットイニシアティブに変更。 7月 - UUCPサービスを開始。 11月 - インターネット接続サービスを開始。
1994年(平成6年) 2月 - 旧電気通信事業法に基づく特別第二種電気通信事業者に登録。 6月 - ダイアルアップ接続サービスを開始。
1998年 2月1日 - 株式会社アイアイジェイ東海、株式会社アイアイジェイ北陸、株式会社アイアイジェイ中四国、株式会社アイアイジェイ九州及び株式会社アイアイジェイ東北を合併。 10月 - 株式会社クロスウェイブ コミュニケーションズを設立。
1999年8月4日 - 米NASDAQにて株式公開。
2003年8月 - 株式会社クロスウェイブ コミュニケーションズ(当社の持分法適用関連会社)及びその連結子会社である株式会社クロスウェイブ ファシリティーズが会社更生手続開始を申立。
2005年12月2日 - 東証マザーズに株式公開。
2006年 2月1日 - コナミと共同でインターネットレボリューション設立。 12月14日 - 東証1部指定替え。
1990年代の創成期より、国内外の主要なインターネットエクスチェンジとのピアリングも積極的に推進し、電信電話系ではないIP通信専業のISP事業者としては国内最大規模の主要都市間を接続するインターネットバックボーンを独自に構築している。また、アジア太平洋地域の国際バックボーンであるA-Boneの構築にも関与するなど、インターネット接続環境の整備にインフラ面で大きな貢献を果たした(1995年に株式会社アジア・インターネット・ホールディングを設立。2005年に吸収合併)。
主要な顧客層は官公庁と法人で、11,000社以上を抱える。特に、高度・大規模なシステムインテグレーションを必要とする大企業に対するシェアは圧倒的で、各業界トップ10企業の半数から、セクターによっては大半の主要企業を顧客とする。
IIJ自体が村井純・吉村伸を始めとするWIDEプロジェクトのメンバーが中心となって設立された企業である関係から、現在もWIDEプロジェクトやEPCglobalを始め、インターネットに関する研究・調査・実証実験・標準化等の活動に積極的に参画している。ISP事業者の中では、研究投資の比率は比較的高い方である。
1998年、トヨタ自動車およびソニーと合弁で、クロスウェイブコミュニケーションズ(CWC)を設立、当時としては画期的な広域イーサネット・サービスを開始したが、折りからの競争激化とインターネット・バブル崩壊により行き詰まり、CWCは2003年8月に会社更生手続き開始を申し立てた(同社の事業は、2003年12月にNTTコミュニケーションズに営業譲渡)。この特別損失で大幅赤字となり、第三者割当増資によりNTTグループが合計約30%を出資する株主となっている。