サマンサ・モルダー
1973年11月27日の夕方、マサチューセッツ州マーサズ・ヴィニヤード。自宅にいたサマンサ・モルダー(当時8歳)は兄のフォックス(当時12歳)の目の前でエイリアンに誘拐された。この一件がきっかけとなって、モルダーは生涯をかけてエイリアンの陰謀と戦うことになった。『X-ファイル』の多くのエピソードにおいて、モルダーは妹のサマンサの行方を捜し続けたが、その試みは悉く失敗に終わった。
1995年にサマンサを名乗る女性がモルダーの目の前に現れた。モルダーは彼女が本当にサマンサなのか自信を持てずにいたが、「アブダクションの後記憶を失ってしまった。1979年に地球に戻ってきた後、私は養父母の手で育てられた。」という彼女の主張を偽とする証拠もなかった。彼女がモルダー一家にコンタクトを取ったのは、突然記憶が戻り始めたからだという。しかし、この人物はサマンサのクローンの一人に過ぎなかった。それでもなお、モルダーは彼女たちを守ろうとしたが、バウンティハンターの手で皆殺しにされてしまった。
その後、モルダーはジェレマイア・スミスに連れられてアルバータ州の養蜂場を訪れた。そこで彼が見たのは、サマンサのクローンの集団であった。彼女たちの姿は1973年に誘拐された当時のままであった。クローンたちはエイリアンとシンジケートのブラックオイル拡散計画に従事させられていた。しかし、またしてもバウンティハンターに襲撃され、クローンたちは皆殺しになってしまった。
シーズン4中盤、モルダーはジョン・リー・ローチという男が起こした事件の捜査を担当することになった。かつて、モルダーはローチのプロファイリングを担当したことがあり、13人の少女を殺害した容疑で彼を逮捕するのに貢献した。