神祇官
福羽美静:慶応4年5月12日(1868年7月1日) - 明治2年4月12日(1869年5月23日)
同年閏4月21日(6月11日)、古代の律令制に基づく官制に倣って政体書が公布され、太政官制がしかれた。神祇官も正式に復興して太政官の下に置かれた。
明治2年(1869年)6月には、神祇官は太政官から独立して、行政機関の「筆頭」に置かれた。
明治の神祇官の職掌は古代の神祇官と同様の祭祀、祝部、神戸などのほか、新たに諸陵と宣教が加えられた。諸陵は天皇陵など陵墓を管轄する業務で、古代の官制では、継嗣、婚姻、祥瑞、喪葬、外交などを司る治部省の諸陵司が担ったが、明治になり神祇官の下の諸陵寮の管轄となった。神事を司る中枢の神祇官が、従来、死者の穢れがあり神事から遠ざけるべきだとされた、天皇陵の祭祀を行うようになったのである。一方、もう一つの新しい職掌である宣教では、神祇官のもとに宣教使という役所が置かれた。宣教はキリスト教防御と維新後の国の在り方を国民に宣布することが主目的であった。だが、官員同士で教導の方法や内容を巡って深刻な対立があり、また神祇官の規模と能力も全国的な宣教には不足したため、成果を挙げられなかった。
また、本来の職掌である国営の祭祀を行うための八神殿の造営が神祇官内で提案された。中世以来本来の姿を失った八神殿の復興は祭政一致の具体的な実現を意味した。特に平田派出身の官員は強く造営を主張したが、当時権勢を振るった津和野藩出身の福羽美静は新時代の祭政一致のモデルは天皇親祭にあるとし、八神殿の復興には消極的だった。