サヤミドロモドキ綱
Harpochytrium は当初は無色の藻類として扱われていたが、ツボカビ類とする意見もあった。その後、鞭毛細胞の特徴などからサヤミドロモドキ類との類縁性が示唆され、このことは分子系統学的研究からも支持されている。また Hyaloraphidium も無色の藻類として扱われていた生物であり、また鞭毛細胞を形成しないためサヤミドロモドキ類との類縁性は想定されていなかったが、分子系統学的研究からサヤミドロモドキ類の最初期分岐群であることが示されている(下図3)。そのため2022年現在では、(サヤミドロモドキ類全体をサヤミドロモドキ門として)Hyaloraphidium を別綱(ヒアロラフィディウム綱 Hyaloraphidiomycetes)に分類することもある。
淡水産の藻類に寄生する単心性の菌類である Sanchytrium や Amoeboradix はツボカビ類に似ているが、鞭毛が運動能を欠くなど特異な点もある。分子系統解析に基づいて、発見当初はこの菌群 (Sanchytriaceae) はサヤミドロモドキ綱に分類された。しかし解析に用いられた遺伝子の進化速度が極めて速かったため、その系統的位置は明らかではなかった。その後大量の分子データに基づき、この菌群はサヤミドロモドキ類とは近縁ではなく、コウマクノウキン門の姉妹群であることが示されている。