足利義栄
変後、公家や奉公衆が三好方に抵抗することもなく、義継ら三好氏の目論見は成功したかのように見えた。だが、松永久秀が調略にはまり、7月28日に義輝の弟・一乗院覚慶(足利義昭)を南都興福寺から逃がすことになった。
8月27日、久秀の弟で丹波の支配を行っていた内藤宗勝が戦死し、三好方は丹波を失ってしまった。義昭は各地の大名らに上洛の支援を求め、反三好側の陣営はにわかに活発になった。
11月16日、三好長逸は三好宗渭や岩成友通とともに飯盛山城に入り、義継に失態続きの松永久秀を見放すように迫った。これは阿波三好氏の三好康長と打ち合わせた上で行われたものであった。
義継は要求に応じざるを得ず、松永久秀・久通父子は三好方から追放された。これにより、久秀の地位は岩成友通に受け継がれ、三好本宗家は三好三人衆が当主・義継を支える新体制になった。だが、松永久秀・久通は追放された後、足利義昭を旗頭とする織田信長や畠山秋高、武田義統、上杉輝虎(謙信)、朝倉義景の陣営に入った。
永禄9年(1566年)2月、三好方と松永久秀、畠山秋高方との間で戦いが始まった。三好方は京都や堺、芥川山城、飯盛山城を確保したが、全体的には劣勢になった。また、久秀の守る筒井城には、尾張の国衆、つまり信長の援軍が籠城していた。
4月21日、対立候補の義昭が義栄の先を越す形で、朝廷から従五位下・左馬頭に叙任された。