ホリデイジャンクション
一部の配列では2つのコンフォメーション間の平衡状態となるが、他の配列ではどちらかのコンフォメーションが強く好まれる。特に、ジャンクション地点をまたいで A-CCの配列を含むジャンクションは、2つめのシトシンとジャンクション部位のリン酸との間で水素結合が形成されるコンフォメーションを強く好むようである。多くの研究はジャンクションに最も近接した4つの塩基に焦点を当てているが、そこから離れた塩基も明らかにスタッキングしたコンフォメーションに影響を与えうる。
対称的な配列を持つジャンクションでは分岐点は可動的であり、ランダムウォーク過程で移動する。分岐点移動の速度はイオン濃度によって大きく変動し、1ステップの移動にかかる時間は、イオンの非存在下では 0.3−0.4 msであるが、10 mM Mg存在下では 270−300 msまで増加する。速度変化は非スタッキング構造に対するスタッキング構造の形成比率と相関している。
ジャンクション地点にニック(一方の鎖の切断)を有するホリデイジャンクションは直交した配向となり、ニックがらせん型の鎖ではなく交差鎖側に位置するスタッキング型コンフォメーションが常に好まれる。
RNAからなるホリデイジャンクションは、高マグネシウム濃度では逆平行方向にスタッキングしたコンフォメーション、中程度の濃度では直交したスタッキングコンフォメーション、低濃度では平行方向にスタッキングしたコンフォメーションになると推定されるが、一方カルシウムイオン存在下では低濃度でも逆平行型コンフォメーションが好まれる。
それぞれの過程のアニメーションをこのサイトで見ることができる。
細菌では、DNAの二本鎖切断はRecBCD経路によって修復される。DNA鎖の一方のみに切断が生じている場合はRecF経路(英語版)によって修復されると考えられている。RecBCD経路もRecF経路も、2つの交差した二本鎖DNA分子の間で一本鎖DNAが交換される分岐点移動の過程と、交差したDNA分子が切り離されて通常の二本鎖状態にもどる解消過程を伴う。細菌では、分岐点移動はRuvABC(英語版)複合体またはRecGタンパク質によって促進され、これらはATPの加水分解エネルギーを利用してジャンクションの移動を行う分子モーターである。RuvAとRuvBは分岐点移動タンパク質であり、RuvCはジャンクション解離酵素である。
相同組換えはいくつかのウイルスのグループでも生じる。ヘルペスウイルスなどのDNAウイルスでは、組換えは細菌や真核生物と似た切断-再結合(break-and-rejoin)機構で起こる。一部のRNAウイルス、特にレトロウイルスやピコルナウイルス、コロナウイルスといった一本鎖プラス鎖RNAウイルスでは相同組換えの証拠が存在する。インフルエンザウイルスなどの一本鎖マイナス鎖RNAウイルスでも相同組換えが起こるどうかに関しては議論がある。