門司港駅
それ以降の当駅は、本州と九州を連絡する鉄道輸送の流れから外れることになった。
第二次世界大戦に際しては、1945年3月5日に米軍の空襲を受け、駅構内で3名が死亡した。21世紀になってからの駅舎復元工事の際には、駅舎に残されていた機銃や爆弾の痕跡が発見された。
門司港駅が輸送の流れから外れた後も、門司鉄道管理局や国鉄九州総局などは引き続き門司港駅のそばに置かれた。国鉄分割民営化後に発足したJR九州では異例の福岡と北九州の2本社体制となり、門司港駅脇に北九州本社が引き続き置かれていたが、しかし福岡本社への統合に伴い2000年に北九州本社は閉鎖された。この建物は旧三井物産門司支店として現存する。
それ以降は門司港レトロへの観光客などが利用する駅となっている。
2012年より、開業当初への復原・耐震工事を行うために一度仮駅舎に移行し、2019年に工事完了した。