妙寺駅
単式2面2線のホームを持つ行違い可能な地上駅。駅舎側のホームが1番(下り)のりば、無蓋跨線橋を渡った先が2番(上り)のりば。2番のりばは元島式であったが、中線の部分の線路は取り外されている。また、王寺方・和歌山方ともに安全側線が設置されている。
橋本駅管理の無人駅であるが、かつて駅員が配置されていたため駅舎が有り、現在はこの駅舎に「観光物産センター・妙寺駅マルシェ」が入居している。トイレは、改札外にある。