藤戸
しかし、これが今からおよそ八百年前の藤戸合戦の頃になると、かなり浅くなっていた。元暦元年(1184年)12月7日、佐々木盛綱が浅瀬を騎馬で渡り、対岸の平氏軍に先陣をかけた。この時に盛綱に浅瀬を教えた浦の男の悲劇を扱った謡曲『藤戸』、および『平家物語』で藤戸の名は全国的に知られることになる。浅瀬は月の初めと終りでは変わり、その時は海面は約10町、浅い所は膝の高さであったという(平家物語より)。藤戸から西方の粒江にかけては、合戦に由縁の史跡が残る。
『源平盛衰記』には、二段(現在の二町)ばかり深い処があって、盛綱が馬を泳がせて渡ったことが記されている。それでも、このとき平家は軍船を南岸に浮かべて源氏に対抗したことを考えると、まだまだかなり航行できる程度の深さはあった。また、高倉上皇の『厳島御幸記』に、上皇が藤戸にお泊まりになったことがでているのをみても、それを知ることができる。
その後も土地の隆起と堆積とが絶えず進んで、海が浅くなっていった。それは足利尊氏が九州から東上の途次、直義の陸軍が福山城 (備中国)に拠っていた大井田氏経を攻めたとき、水軍を率いた尊氏は、その軍船を藤戸海峡に進めて福山城攻略の支援をすることができず、下津井に碇泊して、戦況を身守っていたことで知ることができる。この頃の軍船はかなり大きくなっていたが、そのような船は、もはや藤戸海峡を通過することが出来なくなっていた。