日立 世界・ふしぎ発見!
2017年4月22日に放送した『ジョブチューン アノ職業のヒミツぶっちゃけます! 人気司会者&俳優女優が集結!テレビの裏側ぶっちゃけ3時間SP』(TBS)で、通常版が放送される21時台になって「視聴率」に関するコーナーで放送された。草野はこの回の『ジョブチューン』にゲスト出演したが、このコーナーだけはネプチューンに代わって司会を担当した。ミステリーハンターは白石みきが担当。
2016年10月6日に放送された『秘密のケンミンSHOW 10年目突入SP!東西焼きそば対決&大阪新世界の謎』(読売テレビ)内で放送。タイトルも本家にほぼ似せたものが使われたほか、VTR中のBGMは本家で使われるものが流れた。
2008年3月19日に放送した『水曜どうでしょうClassic』(北海道テレビ放送)・「5泊6日テント生活 ユーコン160キロ(6)」内で放送。大泉洋が、ミステリーハンター・草野・黒柳・板東のモノマネで番組のフォーマットそのままに道中で発見した「ふしぎ」を紹介する。
』(日本テレビ)の書き問題、「マジカルミステリー劇場」で所ジョージが板ちゃん人形(板東を模した人形)を出して板東に怒られた後、「驚くのはまだ早い」と言い、スーパーヒトシ君人形を出して板東を驚かせた。所はこの時、「他局(TBS)から借りてきたんだ」と話した。
1994年5月7日に放送した「バンコク発 南タイゆき熱帯雨林エクスプレス」と2021年11月6日に放送した「新!世界遺産 グレート・スパ 湯と炎と熱 大地に眠るミステリー」で解答者全員がトップ賞を獲得した。
2005年8月6日に放送した「第七の大陸 マダガスカル大冒険!」で野々村が初のパーフェクトを達成し、感涙した。このパーフェクトを祝う記念パーティーは同年9月20日に帝国ホテルの孔雀の間で開かれた。このパーティーにはTBSの社長(当時)や野々村家の家族も参加している。
2011年4月23日に放送した「セーシェル 楽園に埋められた海賊の財宝!」で全員全問不正解という珍事が発生した。
伊藤文
神威アンジェラ
佐々木有美
藤川尚樹
前田悠利
山崎理美
衣装の基本的なデザインは初代と同じだが、2頭身から3頭身に変更され、頭が揺れるデザインでなくなった。また、ガリンペイロを背負わなくなった、服のボタンの色が黒から赤に変わった、ボディビルのダブルバイセップスのようなポーズから、草野が行う「ふしぎ、発見!」のポーズになったりするなど、大きくモデルチェンジした。先述通り、ルール変更により「金・銀・銅のヒトシ君人形」の登場したため、2012年1月21日まで長らくオープニングなどのCGアニメーションのみの登場となっていた。1月28日にルールが戻された事により、ようやく新たな2代目フィギュアが製作された。
これまでのクイズ形式から大幅リニューアル。以前同様にクエスチョンが出題されるものの、筆記解答から、挙手か草野からの指名者が答えを言ってパネラー全員で口答で答えを出し合うディスカッション方式に変更された。それに伴い、トップ賞を競う形式が2008年3月以来再度廃止となった。ヒトシ君人形・スーパーヒトシ君人形は各パネラーのテーブルに1個ずつ置きものとして置かれるだけとなった。放送最後の電話を用いた視聴者プレゼントは二択問題方式に変更となった。