タケミナカタ
本地垂迹説が広まると、上社の男神は普賢菩薩、下社の女神は千手観音の垂迹とされていた。『画詞』によると、
諏訪盆地の地形が胎蔵界曼荼羅の中核をなす中台八葉院と比定され、諏訪湖(=中尊の大日如来)の東南にある上社の地点には右上の普賢菩薩、その北西にある下社には左下の観音菩薩が配された。上社と下社をそれぞれ胎蔵界と金剛界とみたてることもあった。
諏訪に本地垂迹説が入った時代に、上社本宮には4つの別当寺(神宮寺・如法院・蓮地院・法華寺)ができ、守矢氏の神長は両部神道を学び祭事に密教要素(真言・印相など)を導入して、天皇の即位灌頂や神道灌頂を参考にして大祝の即位式を密教風にした。また、上社本宮の拝幣殿の奥には南天鉄塔をもとにした「石之御座多宝塔」(「お鉄塔」とも)と呼ばれる石製の仏塔が安置され、大祝のほかに神体に相当するものとして篤く崇敬された。毎年1月15日にこの塔に『法華経』を納める仏事が行われていたが、納められる経巻は龍神(諏訪明神)が受け取りに行くため、次の年には全部なくなっていると信じられていた。また、諏訪明神の本地仏を祀る「普賢堂」は上社神宮寺の奥の院として多くの参拝者を集めた。
明治の神仏分離の時、上社と下社の仏教寺院のほとんどが取り壊されてしまい、破壊されなかった仏像・仏具は他の寺に移された。「お鉄塔」は温泉寺(諏訪市湯の脇)に移動され、現在は境内の多宝塔に安置してある。
『信重解状』には諏訪明神と守屋大臣が「藤鎰」と「鉄鎰」を持ち出し、「懸此処引之(此処に懸けて之を引く)」とある。『解状』本文では「鎰()」に「ヤク」と振り仮名をしてあるため、「鑰(鉤、かぎ)」の代用字と考えられる。つまり、この文は「明神と守屋は土地(守屋の所領)に鉤を引っ掛けて綱引きのように引き合った」と解釈できる。ほかには、「鎰(ここでは祭祀権を象徴する「鍵」と解されている)」での引き合いは「祭祀権の争奪戦」を表しているという見解や、「鎰」による争いを「呪術比べ」を象徴するという見方もある。
前述の通り、『画詞』では「藤鎰・鉄鎰」が「藤の枝・鉄輪」に変わっている。これは、『画詞』が書かれた時代には「藤鎰」と「鉄鎰」がどのようなもので、それによってどのような葛藤があったのか分からなくなったためと考えられる。「輪」を「鑰」の誤字(写し間違い)とする説もある。
前述の通り、上社大祝を務めた神(諏訪)氏の由来については意見が分かれており、下社大祝家となった金刺氏の分家とする説や金刺氏とは異なる家系とする説がある。
1956年に歴史学者の田中卓が発見した『阿蘇氏略系図』(『異本阿蘇氏系図』とも)と1884年に大祝家に見つかった『神氏系図(大祝家本)』をもとに、金井典美らは神氏を金刺氏の分家とする説を唱え、これは一時期主流説となった。しかし、1990年代後半に入るとこれに対する反論が出て、その上『異本阿蘇氏系図』や『大祝家本神氏系図』を偽書とする見方まで出たのである。
寺田鎮子・鷲尾徹太はこの説に対して
国造という政治的支配者の金刺氏が「下社」という一見従属的な位置にあると思われる社壇の大祝となっていること
上社には「神氏と守矢氏の二重体制」という複雑な仕組みがあること
本家であるはずの金刺氏が務めている下社が神階昇進においてしばしば上社の後を追っていること
上社と下社の信仰内容が異なること(上社の祭事はミシャグジ信仰と狩猟を中心とし、下社のは水霊信仰と稲作を中心とする)
を指摘して、「こうした要素を無視して、一つの「系図」によって「金刺氏創祀」説を唱えることは、非常に疑問を覚えざるを得ない」という批判の声を上げている。
金刺氏のほか、神氏は大神氏出自とする説もある。塩尻市柴宮で大神氏に関係する部族がいたと思われる三河・遠江国に見られる三遠式銅鐸の出土があり、天竜川経由での人(大神氏の同族集団か)の移動があったことを示唆する。「祝(ほうり)」という神官の呼称、「ミワ」という氏族名、または蛇信仰の存在等といった大神氏や三輪山(大物主神)信仰との共通点も指摘されている。
タケミナカタは『日本書紀』における国譲り神話、または『出雲国風土記』や『出雲国造神賀詞』に録されている出雲国の伝承に一切登場せず、『古事記』でも大国主神の子でありながらその系譜に名前がみられない。この理由から、本居宣長は『古事記伝』で「書紀に此建御名方神の故事をば、略()き棄てて記されざるは、いかにぞや」と疑問を発した。この理由から、近代に入るとタケミナカタは国譲り神話に挿入されたという説が主流となった。
津田左右吉は、「古事記にのみ見えるタケミナカタの神は、オホナムチの命の子孫の名の多く列挙して此の書のイヅモ系統の神の系譜には出ていゐないものであるから、これははるか後世の人の附加したものらしい」と推考し、諏訪と結びつけたのは「此の地に古くから附近の住民の呪術祭祀を行ふ場所があつて、それが有名であつたためであらう」と書いていた。
松村武雄(1925年)によると、タケミナカタが登場する場面は「国土譲渡の交渉譚に添加せられた一挿話であつて、本原的なものではないであらう。」この説においては、タケミナカタは諏訪地方にいた「皇祖側に対抗する一勢力」の代表者であって、その話が逆用的に国譲り神話に持ち込まれたとされている。辻春緒(『日本建国神話之研究』)も同様の説を立てていた。
太田亮(1926年)はこの説話を「根拠なき虚構の神話」と考え、中臣氏が信奉していた鹿島神(タケミカヅチ)の神威を高めるために挿入された、皇室にはどんなに抵抗するとも勝てないという教訓のあるものとしていた。
郷土史家の栗岩英治は、国譲りの葛藤は出雲だけでなく他所(伊勢・美濃・信濃など)にも起こり、これが一つにまとまったのが『古事記』の国譲り神話とした。
一方「南宮()」の由来についてはいろんな説がある。
諏訪明神は南閻浮州(人間が住むこの世界)に示現した法性神とされたことから
諏訪社は美濃国の仲山金山彦神社(南宮大社)や伊賀国の敢國神社(南宮大菩薩)とは関係があったことから
『梁塵秘抄』の中で「南宮()の本山は 信濃の国とぞうけたばる さぞまうす 美濃の国には中の宮 伊賀の国にはおさなき 稚()の宮」と歌われるように、中世においてはこの三社が「南宮三社」として知られていた。(敢國神社は甲賀三郎伝説にゆかりのある神社でもある。)
諏訪明神は帝の王宮の南面の守護神とされたことから
諏訪社は信濃国の南部(南信地方)にあることから
諏訪上社は諏訪湖の南方に位置することから
諏訪上社は下社に対して南にあることから
『延喜式』神名帳に書かれている「南方刀美神社」から
中世の写本では「南方刀美()」の「南方」には「ナンハウ」「ナハウ」の傍訓がついている。そこから転じて、「南宮」という呼称が生まれたのかもしれない。