文保の和談
さらに伏見は、産まれたばかりの自分の皇子胤仁親王(後伏見天皇)を立太子し、正応3年(1290年)に浅原為頼による伏見暗殺未遂事件が起こると、黒幕と疑われた亀山の地位は急速に低下。永仁6年(1298年)には後伏見が即位し伏見の院政が始まった。
このことは大覚寺統の反発、鎌倉幕府への巻き返し工作を招き、邦治親王が皇太子となり、後伏見天皇は即位3年で邦治に譲位させられた。ここに後宇多の院政が開始されたが、持明院統の後伏見の弟富仁親王(花園天皇)が後伏見の猶子として立太子された。これは皇統の再分裂を避けるためであったとされている。その一方で、鎌倉幕府は後二条の即位後、即位前年に生まれた皇子(邦良親王)を立太子すれば大覚寺統嫡流(後二条の子孫)への皇位継承が確定した筈であったのに、7か月も立太子を先送りさせて持明院統の傍流である花園を立太子させた結果として皇統の統一が困難になり、確固たる方針も問題解決の術も失ったまま、無策のままにその場限りの解決策を採り続けることになったとする指摘もある。