納本制度
国立国会図書館の納本制度に対する利用者の側からの不満としては、「全ての出版物が所蔵されているはずなのにない」という納本漏れの問題がしばしばあげられる。
納本制度は法律で定められた義務であるが、国立国会図書館自身による呼びかけ以外に周知される機会が少なく、また納入に対する経済的負担も決して小さくないために、地方公共団体の一部の出版物や、小出版社・地方出版社の刊行書や自費出版で出された本などは納本から漏れやすく、特に東京以外の地方にある出版社からの納入は7割程度しか行われていないとされる。そのため、実際に国立国会図書館に納本される図書は日本国内全ての出版物のおよそ8割程度と推定されており、実際には国立国会図書館に所蔵されない図書・逐次刊行物が多数ある。
出版物の種類や流通経路、ジャンルによって納本率にばらつきがあることも事実である。国立国会図書館が2007年に行った調査によれば、取次を通じて納入される図書の納本率は88%であるのに対し、雑誌は72%(巻号単位)、CDやDVDなどの音楽・映像資料では39%に留まっている。また、森川嘉一郎や藤本由香里はサブカルチャー(マンガ、アニメ、ゲーム)分野の納本漏れの多さを指摘している。また、中堅出版社ではコミックスについては納本しないのが慣行となっているとする報道もある。特に成人向け漫画は、納本率が20%に満たないとする研究もある。
出版者によっては、戦前の納本が検閲のために行われていたという経緯から、納本をしていないのではないかという意見がある。
納本の対象となる出版物は、図書、小冊子、逐次刊行物(雑誌や新聞、年鑑)、楽譜、地図、マイクロフィルム資料、点字資料およびCD-ROM、DVDなどパッケージで頒布される電子出版物(音楽CDやゲームソフトも含む)などである。これらのうちCDやDVD、CD-ROMなどのいわゆるパッケージ系電子出版物は、2000年の国立国会図書館法改正によってはじめて法定納本の対象となったものである。なお、映画フィルムも納本の対象としてうたわれているが、国立国会図書館の発足当初から当面の納本は猶予するとされており、現在まで実際の納本の対象とされたことはない。日本国内で作成された映画フィルムは、東京国立近代美術館フィルムセンターが非制度的な網羅収集を行っており、納本図書館の役割を事実上代替している。
出版物が発行されたときは、国の機関やそれに準ずる機関(独立行政法人や一部の特殊法人等)及び地方公共団体やそれに準ずる機関(地方独立行政法人、土地開発公社等)が出版者の場合は直ちに、民間の出版者の場合は発行日より30日以内に、最良かつ完全な状態の出版物を法定の部数分だけ国立国会図書館に納入しなければならない。