別府港
南北縦列に2隻まで接舷可能。ボーディングブリッジが1基設置されターミナルからの直接上下船が可能だが、複数隻が停泊する場合ターミナル側の1隻以外はタラップが横付けされターミナルへの移動は構内連絡バスを用いていた。ターミナル内には出札窓口のほか、待合所などの施設がある。2022年に関西汽船時代からの県営3号上屋ターミナルビルの北側にフェリーさんふらわあによる暫定施設となる新ターミナルが竣工し2023年の「さんふらわあ くれない」就航の2023年1月14日より運用を開始、第2船「さんふらわあ むらさき」就航に伴い2023年4月13日を以て旧ターミナルの運用を終了。将来的には宇和島運輸と集約した新ターミナルビルへの移転を予定する。フェリーさんふらわあ移転後も県営3号上屋は解体されず、フリーマーケットなどのイベントスペースや貸しホールとして活用されている。
埠頭を利用する定期船が1日3便だった頃は、3隻目が埠頭南端に東西向きに接岸していた。
フェリーさんふらわあ さんふらわあターミナル(別府) - 大阪南港 さんふらわあターミナル(大阪)第1ターミナル
埠頭北側に1隻が接舷可能。フェリーターミナル内には宇和島運輸の出札窓口のほか、待合所や飲食店(軽食・立ち食いそば・喫茶)などの施設がある。また、2階には早朝入港便の乗客のための仮眠施設がある。交通センター(後述)まで徒歩1分。
かつては埠頭の南側にも1隻を接岸させて、広別汽船が埠頭を共用していた時期もあった。
宇和島運輸 別府国際観光港 - 八幡浜港 (1日6往復、所要2時間30分 - 2時間40分)