博物館動物園駅
『サイゴーさんの幸せ』(ふくやまけいこ) 心を得て動き出した西郷さんの銅像の物語。劇中では博物館動物園駅はまだ営業しており、物語の重要な舞台となる。
『こちら葛飾区亀有公園前派出所』95巻収録「幻!?の博物館動物園駅の巻」(秋本治) 日暮里方面から都美へ行く目的で下車する設定。ホームの端やペンギンの絵など当駅を忠実に描写している。
『三ツ星カラーズ』「巨大ロボを探せ〜前編〜」(カツヲ) 隠された巨大ロボを探すため当該駅を通過する電車に乗る設定。入口の様子が描写されている。
『新幹線変形ロボ シンカリオンZ』 第15話「リーダーの資格!怒りのZグランクロス」 ダークシンカリオンが停車していた駅として登場。駅舎とホームが描写されている。