ガイナックス
2000年代後半、ロボット物のオリジナルテレビシリーズおよび劇場用アニメの企画が立ち上がった。その後、仕切り直しとなり、劇作家の中島かずきが起用されたことから、若手スタッフの一人である今石洋之が監督に立候補し、『天元突破グレンラガン』が制作された。当時、主力のスタッフはガイナックス創立20周年記念のOVA『トップをねらえ2!』シリーズを制作していたため、テレビシリーズの制作は当初若手スタッフが中心となって行い、ガイナックス初の単独元請テレビシリーズとして2007年にテレビ放映されヒット作となった。
同作の第4話放映後、一部の視聴者から、批判的な意見が公式ブログなどに投稿された。これらの意見に反発した女性社員が、mixiの日記に視聴者に対しての批判的な意見を書き込んでいたことが発覚し、批判はより大きくなった。さらに、この日記に同調するコメントをつけたmixiユーザーの中に、取締役の赤井がいた事が判明し、最終的に赤井が取締役を辞する事態へと発展した。
今石は2010年放送の『パンティ&ストッキングwithガーターベルト』も手がけたが、翌2011年8月、今石と大塚雅彦はガイナックスを退社してアニメ制作スタジオ「トリガー」を設立した。これに追随する形で庵野退社後の主力スタッフだったすしお、吉成曜、貞方希久子、山口智、錦織敦史、上村泰らが同年秋までに退社した。
ガイナックスは2011年、赤井孝美の出身地鳥取県米子市に、赤井が代表を務める「ヨナゴフィルム」を開設し、同市主催の映画祭『米子映画事変』の事業を始めた。さらにこれを母体に2014年、子会社「米子ガイナックス」(代表赤井孝美)を設立したのを皮切りに、2016年にかけて「支部」と称する新会社を役員らの出身地やゆかりの地にあたる福島県三春町(福島ガイナックス、代表浅尾芳宣)、神戸市(GAINAX WEST、代表武田康廣)、新潟市(ガイナックス新潟、代表者非公表)、京都市(GAINAX京都、代表武田康廣)に立て続けに設立した。
ガイナックスはカラーからの貸金返還請求訴訟と自社の経営悪化が明るみに出た2016年12月、すでに5社から資本を引き上げて各社とガイナックス間に資本関係は存在せず、経営上は無関係であると表明した。