アブドゥル・ハリス・ナスティオン
1952年10月17日、ナスティオンとシマトゥパンは傘下の部隊を動員して示威行動に出た。文民が軍事部門に容喙することに抗議して、部隊に大統領宮殿を包囲させ、戦車の砲身をその建物に向けた。ナスティオンとシマトゥパンは民衆のデモを動員して、国会解散をスカルノに要求した。宮殿から出てきたスカルノは、その名高い弁舌の才のみをもって兵士と民衆を説得し、帰途につかせることに成功した。敗れたのはナスティオンとシマトゥパンだった。
ナスティオンとシマトゥパンはその後、司法長官スプラプトに尋問を受け、1952年12月、両者ともに国軍内での地位を失い、公職から追放された。
1956年以降、ナスティオンは陸軍内の汚職を根絶しようと努力してきた。1945年憲法への復帰によって彼はこの問題に取り組む決意を新たにした。彼によれば、軍は社会の人々に手本を示すべきであった。スカルノの7月5日大統領令からほどなくして、ナスティオンはスンコノ准将を派遣して、第4地域軍管区(ディポヌゴロ師団)とその司令官スハルト大佐の取引帳簿を調査させた。
スンコノの調査が明らかにしたのは次のようなことだった。スハルトは地方司令官在職中に地域住民を扶助するための財団を設立した。しかし、これらの財団は、生産業者やサービス業に対する課税によって得られた資金(業者がすすんで寄付した資金ではない)によって設立されたものだった。スハルトは非合法のバーター貿易にも関与していた。密かに砂糖を輸出し、タイ王国から米を輸入していたのである。
ナスティオンはスハルトを処罰し、実際に彼を陸軍から追放しようと考えていた。しかし陸軍参謀副長ガトット・スブロトが仲裁に入った。ガトット・スブロトはディポヌゴロ師団の司令官時代からスハルトの才能を気にかけていたので、スハルトを庇護してきた。ガトットは、スハルトの才能はさらに伸びるから彼を追放しないようにと、ナスティオンに頼んだ。ナスティオンはガトットの頼みを聞き入れ、スハルトを現職から更迭し、陸軍指揮幕僚学校 (Sekolah Staf Komando Angkatan Darat, 略称SESKOAD) に送る、という決定を下した。
ナスティオンは陸軍参謀長を解任されていた時期に『ゲリラ戦要諦』と呼ばれる本を書いた。この本は、ナスティオン自身の独立戦争時代の経験、ゲリラ戦の戦法、組織論に基づいて書かれている。初版は1953年の出版だが、同じテーマで書かれた毛沢東の諸著作とともに、ゲリラ戦について最もよく研究される一冊となった。
ナスティオンはヤニに対する敵意を膨らませはじめた。ナスティオンもヤニも反共主義者だった。しかしスカルノに対する姿勢が違っていた。ナスティオンは、スカルノが PKI の後ろ盾となり、これを支持していることに批判的だった。一方のヤニは、スカルノの忠実な僕として柔軟な姿勢を取っていた。ナスティオンはこうしたヤニの姿勢を批判し、二人の軍高官は共に歩むことができなくなった。さらに両者の関係を悪化させたのは、ヤニがナスティオン派の地域軍管区司令官をことごとく更迭し、ヤニ派の軍人たちをその後任にしたことだった。
1965年1月13日、ナスティオン派とヤニ派を代表する軍高官たちが会合を開いた。二人の不和を修復するための話し合いだった。ヤニにスカルノとの距離を取らせるという会議の目論見は不成功に終った。しかし、将官が昨今の政治的情勢と政治における軍の役割について話し合うセミナーを開くことが合意された。
その年には興味をそそられる文書が暴露された。ギルクライスト文書(アンドリュー・ギルクライストはイギリスの元特殊工作員で、1962年から1966年まではジャカルタ駐在の外交官だった)と称されるその文書は「現地の陸軍内にいるわれらの友人」について語っており、そのことからすぐさま、陸軍が政権転覆を目論んでいるとの疑念が投げかけられた。スカルノから詰問されたヤニは即座にこれを否定した。PKI は、「将軍会議」がスカルノ排除を計画しているとの中傷キャンペーンをはじめた。その「将軍会議」のメンバーの一員であるとして、陸軍内で最高位にあるナスティオンとヤニの名前が挙っていた。
スハルトは10月1日の時点で時の人となっていたが、この時点では多くの陸軍将校がナスティオンのリーダーシップを頼りにしており、この状況にさらなる決断力を持って対処することを彼に期待していた。しかしナスティオンは決断が鈍いと見られた。ナスティオンへの支持は確実に彼のもとから去っていった。彼の覇気が失われたように感じられたのは、10月6日に亡くなった愛娘、アデ・イルマを悼んでいたからであろう。
9月30日事件後の数週間は、ナスティオンはスカルノと交渉を続けて、スハルトを陸軍司令官に任命させようとした。スカルノは10月1日以降もプラノトを陸軍司令官にしたがっていた。そしてスハルトについては、治安秩序回復作戦司令部 (KOPKAMTIB) 司令官にとどめおけばよいと考えていた。
しかしナスティオンの粘り強い働きかけにより、スカルノはついに折れ、1965年10月14日、スハルトを陸軍司令官に任命した。
最高の機会がナスティオンに訪れたのは1965年12月、先の見通せないこの時期に、スカルノを補佐する副大統領の地位に彼を就けるという話が挙ったときだった。しかし、ナスティオンはこの機会に乗らず、何の動きも見せなかった。政治的な勢いを得たスハルトは主導権を握って、1966年初頭、空席となっている副大統領職を無理して埋める必要はないとの声明を出した。
1966年2月24日、ナスティオンは内閣改造とともに国防治安大臣の地位を失った。
同時に、海軍司令官マルタディナタ、海兵隊司令官ハルトノ、警察長官スシプト・ユドディハルジョにも連絡を取り、首都ジャカルタへ通じるすべての道路を封鎖し、首都の安全を確保するよう、命令を出した。同様の命令が空軍に出されなかったのは、空軍司令官オマール・ダニが9月30日運動の同調者と見られていたためだった。
スハルトはすぐにこれらの命令を彼の首都治安作戦計画に取り入れた。午後2時頃、9月30日運動側が革命評議会の設立を発表すると、ナスティオンは別の命令をスハルト、マルタディナタ、ユドディハルジョに下した。その命令の中で、ナスティオンはスカルノが誘拐され、9月30日運動本部のあるハリム空軍基地に連れて行かれたに違いない、と語っている。そこでナスティオンは国軍に対し、大統領救出、ジャカルタの治安確保を命じ、そして(最も重要なことだが)スハルトに作戦の全指揮権を与えた。作戦実行にスハルトが取りかかり始めた頃、ハリム空軍基地にいるスカルノからメッセージが届いた。スカルノはプラノト・レクソサムドラ少将を陸軍司令官に任命することを決心し、プラノトにハリム空軍基地まで出頭するよう求めた。スハルトはプラノトにスカルノの元に行くことを許さなかったが、彼はまた、スカルノがプラノトの呼び出しを決して諦めないであろうと先を読んでいた。そこでスハルトは、交渉力を強化するため、ナスティオンに KOSTRAD 本部に来てくれるよう頼んだ。
ナスティオンが午後6時頃にKOSTRAD 本部に到着したちょうどその頃に、スハルトは9月30日運動からジャカルタの治安を守るためにサルウォ・エディ・ウィボウォ指揮の部隊を派遣するところだった。