黒塚古墳
その後に戦国時代には古墳に、1575年(天正3年)に松永久秀が柳本城を築き、後に織田信長臣下になり乱死。江戸時代信長の弟織田長益(有楽斎)の5男尚長が分知で柳本藩に。寛永年間に柳本城址に柳本陣屋を構築し柳本藩藩庁とした。その一部に黒塚古墳を取り込んだ。堀を転用し石垣も造成。江戸時代末まで続く。1998年調査で、後円部墳頂に長方形の本丸、前方部に向けて壇状に平坦面の曲輪を墳丘を削り数段造成。後円部の周囲には幅の狭い平坦面の帯曲輸を巡らせ、前方部の一番低い箇所に幅6.8メートル、深さ3.4メートルの堀を新たに掘削し、城砦としての機能を持たせていた。戦国時代から近世・幕末まで、武家以外は黒塚古墳には自由に立ち入れなかったため、その後の盗掘も防いだ説がある。
明治時代から、陣屋跡の大部分は、天理市立柳本小学校敷地となり、古墳は天理市によって整備が行われ、柳本公園となっているほか、古墳に隣接して竪穴式石室の実物大模型や全銅鏡のレプリカなどを展示する「天理市立黒塚古墳展示館」が設けられている。平成13年(2001年)1月29日国の史跡に指定された。また、出土品も平成16年(2004)に「奈良県黒塚古墳出土品」(奈良県立橿原考古学研究所所蔵)として重要文化財に指定されている。