リボスイッチ
インビトロでの結合試験としては、"in-line probing"(RNAの自然分解パターンの違いによりリガンド結合による二次構造の変化を検出する方法)のようにリボスイッチの構造に基づく方法、またゲル濾過試験(リボスイッチを結合した膜を放射標識したリガンドが通過しないのを利用する)や平衡透析試験(放射標識したリガンドがRNAを含まないチェンバーよりもRNAを含むチェンバーに高濃度で存在することを利用する)がある。現在では、基礎的な比較ゲノミクスの手法で自動化が進んでいることもあり、バイオインフォマティクスが重要となりつつある。Barrickら(2004)はBLASTを用いて枯草菌Bacillus subtilisのすべての非翻訳領域(UTR)に相同なUTRを見つけ出した。これらの相同配列の一部につき保存された構造があるか調べたところ、10種類のRNA様モチーフが見つかった。そのうち3種類は後に実験的にglmS、グリシン、PreQ1-Iの各リボスイッチとして同定された。次いで他の細菌群も含め、改良されたコンピュータアルゴリズムを用いた比較ゲノミクス研究により、その他のリボスイッチも同定された。
最近、アプタマーを用いた人工的なリボスイッチが設計されている。人工的リボスイッチの開発により遺伝子発現やその他の生物機能に関するいろいろな調節が可能になる。