丸子船
琵琶湖の伝統的木造船は船体の断面形状により、丸船と艜舟(ヒラタブネ)の2種に大別されていた。艜舟は船体断面が矩形になる船で漁船・田舟として使用された。一方で丸船は船体の断面が丸みを帯びる船で、いわゆる丸子船である。丸子船は、他の弁才船などと比べると極めて喫水が浅く、琵琶湖の遠浅の湖底と真水の比重の軽さに適応して発達したと考えられる。また、丸子船も北湖(長浜流)と南湖(堅田流)で形状が若干異なり、長浜流の方が船体が細長く喫水が深かった。
丸子船の最大の特徴といえるオモギについて、その機能は明らかになっていない。丸子船に積荷を満載すると、オモギはほぼ全てが水面下に沈むため抵抗になるが、船頭には「オモギが大きくフリカケが小さい船が安定して良い船」と言い伝えられており、船の安定性に関係する働きがあると考えられている。牧野は双胴船は丸木舟よりも安定性に優れるとした上で、それと同様に浅い喫水で積載量を増やしつつ安定性を向上させるアウトリガーと同様の働きがあったとし、近森正は幅広な船体には過剰な復元力が働くとした上で、復元力に対する抵抗となって船体のローリングを抑えるビルジキールと同じ役割を果たしたとしている。また用田は、松井の証言から安定度に加えて浮力を稼ぐ役割もあったとしている。
もうひとつの特徴となっているヘイタ構造について河野通明は、織田信長による大船建造をきっかけとして幅の広い船を建造する目的で考案された構造と推測し、当初はヘイタを鎹で留めていた名残がダテカスガイであるとしている。