ペーパーマリオ スーパーシール
コース上で敵キャラクターと接触すると、画面が切り替わり「バトル」が始まる。バトルでは、マリオと敵が順番に行動するターン制で進行し、バトルシールやモノシールを使って攻撃を行う。ただし、手持ちのシールが無い場合は、「にげる」しかできない。また、コース上で敵キャラクターを踏みつけたりハンマーで叩いたりすると、先制攻撃ができる。なお、今作では、一般的なRPGにおける「経験値」「レベル」というような概念は無く、バトルで敵を倒しても経験値(過去作にあった「スターポイント」など)は得られず、マリオのレベルが上がるというようなシステムはない。ただし、マリオの体力の最大値は、コース内で「体力UPハート」を入手すると増やせる。このほか、バトルでは以下のようなシステムがある。
キノピオたちがくらす街。『マリオストーリー』のキノコタウンや『スーパーペーパーマリオ』のハザマタウンに近いポジション。シールを売買できるショップのほか、「シール博物館」「モノなげや」の施設がある。
マリオの宿敵。ロイヤルシールを求めるあまりに「シールフェスタ」に乱入し、ロイヤルシールにイタズラして世界中にばら撒いた張本人で、クッパ自身もロイヤルシールの力により正気を失う。本作ではロイヤルシールの影響もあり、ルイージと同様、ゲーム内で言葉は発しない。自己紹介は終盤戦でされる。
ボス戦では4形態に渡り部下を繰り出してくるが、いずれも苦手とするモノシールがあるため、最終形態まではほとんど反撃を受けずに攻略が可能。そして、最終形態ではペーパーシリーズでは珍しい超巨大化形態も披露する。最終決戦後半のBGMは「スーパースター」のアレンジ。