斐太神社
その後、斐太神は延喜の制で越後国頸城郡の小社に列し、事代主命は河原の鎮護として矢代川上流の岡沢山の奥に鎮座して矢代川にその名を残し、建御名方命は青田南葉山山頂に鎮座し、時期不明ながら斐太神社に合祀されたと伝え、山頂にその跡が現存するという。
戦国時代には上杉氏からの崇敬を受け、当神社西方の山上に鮫ヶ尾城を築城した際には当神社を近郷128箇村の総社と定め、宮内、神宮寺、乙吉、籠町、雪森、青田、稲荷、十日市、飛田の各村を神領として寄進したといい、天正2年には上杉謙信が矢代明神を合祀し(旧社地に石祠が残る)、3神を鮫ヶ尾城の鬼門鎮護の神として崇めたというが、天正7年(1579年)の鮫ヶ尾城落城の兵火に罹って炎上し、また明暦2年(1656年)にも火災に遭っており、その際に社殿と共に古文書類も焼失したために詳しい由緒沿革は不明である。
江戸時代になると天和3年(1683年)の検地で5石3合の除地を与えられ、榊原氏が越後高田藩の藩主として入封してからは同家による代々の崇敬を受けた。なお、宮内地区に南接する神宮寺地区は上越市寺町にある神宮寺があったために付けられた集落名で、同寺は当神社の神宮寺であったが、江戸時代に上越市へ移転されたという。
明治6年(1873年)12月に村社に列し、昭和17年(1942年)11月3日に郷社に昇格、同20年11月3日には県社昇格の予定であったが敗戦のために沙汰止みとなった。昭和33年(1958年)5月11日には火災により社殿が全焼している。
倉科氏が世襲する。同氏は本姓藤原氏で、順徳天皇が佐渡国へ配流された際に京都との連絡役として信濃国更級郡倉科村(現長野県千曲市倉科)へ下向、土着し、その後越後へ移って当神社の神職となったという。