庄氏
両者の間には度重なる因縁が生じており、さらに在地の守護被官とも確執が生じていたことも想像される状況では(守護の相伝領も存在する地域)、庄元資の行動は本格的な反乱を意図するものではなく、鬱憤晴らしに近いものであった可能性も推測される。
同年11月10日 進発備中退治庄伊豆守御暇之事 12月2日勝久進発、との記事がある。 在京していた勝久は、翌年の明応元年(1492年)に軍勢を引き連れて備中に入国し、備前の援兵(浦上氏)を受け、庄元資らと合戦におよびこれを打ち破った。延徳4年(1492)4月6日の記載では、元資捨城没落。元資に合力した香西五郎左衛門尉は切腹の顛末(てんまつ)となった。勝久は元資らをいったんは国外へ追い出したが、庄氏一門や彼らにくみする者たちは侮りがたく、6月頃両者は講和したようである。そして勝久は乱後の鎮撫(ちんぶ)に努めていたようだが、 明応2年(1493年)頃に死去したようである。
勝久は後継に、阿波守護家から細川成之の次子である之勝を迎えていたが、之勝は長享2年(1488年)の実兄・政之の死去により阿波守護家の家督を継ぎ、延徳3年6月には将軍・足利義材より一字を与えられて義春と称している。備中守護家の後継には、細川駿河守(人名不詳)が就任したようである。元資の子・庄兵庫助は、反動か守護と結び家勢拡大に重点をおいたようである。兵庫助は政元被官人領を押領し、元資ら京兆家被官とは対立を深めたようである。政元は京兆家の備中国被官に対して、自重するような意の手紙を出している。 明応3年、元資らは遂に兵を起こし、戦乱が再開された。
すると備中では、庄氏の一族である穂井田(穂田とも)実近が、三村氏と争いを起こした。三村家親は毛利元就に助けを請い、これが毛利氏の備中侵入のきっかけとなった。毛利氏は備後平定を図り、天文18年(1549年)には神辺城を支配下に置いた。三村家親もまた一門を糾合し、次第に勢力を増していくのである。
同22年(1551年)に、毛利元就・隆元は井原に陣をすえ、吉川元春が出陣し、三村家親を先陣に猿掛城を攻めたが、穂井田実近は勇敢にも城から打ち出すと、家親を追い立て毛利勢に打撃を与えた。その上で庄氏は毛利氏に講和を申し入れ、家親の子元祐を穂井田実近(もしくは庄為資)の養子とすることで庄・三村両氏の和睦が成立したのである。この結果備中の大半は毛利氏の幕下に入ることになり、いよいよ尼子氏の勢力は限定的なものとなった。さらにこのころ備前の浦上宗景(宇喜多氏 )も尼子氏に従う兄の政宗と袂を分かち、対立勢力として毛利氏の庇護を受けるようになっている。
月山富田城にこもる尼子氏が、毛利氏に降伏したのは永禄9年(1566年)のことである。永禄6年(1563年)には毛利隆元が備中守護に任じられているが、その後は誰も任命を受けることはなかった。
やがて次第に庄氏をしのぐ勢いとなった三村氏と、宇喜多直家(浦上氏)との対立が深まり、永禄6年(1563年)頃に戦が始まった。宇喜多直家が、三村家親を除いた手段は鉄砲による暗殺であり、このことは両氏の間に遺恨として続いた。
永禄11年(1568年)、備中の軍勢が毛利氏の九州進攻に参加していた隙をつき、宇喜多直家が備中に侵攻した。
大久保山遺跡は、庄氏の中世城館跡とされており現在は早稲田大学・本庄キャンパスとなっている。校地建設に際して大規模な発掘調査が行われている。その詳細は、『早稲田大学本庄校地文化財調査報告(早稲田大学出版部)』を参照されたい。
備中庄氏の庶流とされる穂井田氏(ほいだし)は、宗家と興亡をともにし、後に毛利元就の四男元清が家名を継承するが、実子・秀元が毛利輝元の養嗣子になったために、元清一家も毛利氏に復姓して消滅した。元清・秀元の系統は後の長府藩となる。