抗原不連続変異
インフルエンザウイルスの株は表面抗原であるヘマグルチニンとノイラミニダーゼ(en:neuraminidase)(ウイルス・ノイラミニダーゼ)の型により呼称を与えられる。例えば、3型のヘマグルチニンと2型のノイラミニダーゼではH3N2と呼ばれる。2つの異なる株のインフルエンザウイルスが同時に同じ細胞に感染した時、カプシドとエンベロープは取り除かれてRNAが露出し、mRNAへと転写される。宿主の細胞では抗原の混合により新たなウイルスが形成される。例えば、H3N2とH5N1ではH5N2が形成されることがある。ヒトの免疫系ではこの新たなウイルスを認識することは困難であるため、新しいインフルエンザウイルス株は非常に危険なウイルスとなり得る。1957年のアジアかぜ(en:Asian Flu)、1968年の香港かぜ(en:Hong Kong Flu)、1976年の豚インフルエンザ(en:Swine Flu)の流行は抗原不連続変異が原因となり発生した。最近まで1918年に発生し、4千万-1億人に死者を出したスペインかぜは抗原不連続変異を原因とする株によるものと信じられていたが、最近の研究ではトリのインフルエンザウイルス株の抗原連続変異によりヒトに対して効果的に感染できるようになったために発生したものであることが示唆されている 。トリのインフルエンザウイルスとヒトのインフルエンザウイルスとの抗原不連続変異がますます危惧されている。この抗原不連続変異は高病原性のウイルスを形成する可能性がある。