MDPI
2011年4月、MDPIの雑誌Nutrients(英語版)に、 Jennie Brand-Miller(英語版)らによる論文『The Australian Paradox: A Substantial Decline in Sugars Intake over the Same Timeframe that Overweight and Obesity Have Increased』(オーストラリアのパラドックス:太りすぎと肥満の増加と同時に糖質摂取量が大幅に減少)が発表された。本論文には多くの批判が寄せられたが、使用された数式の誤りと用いたデータの偏りが指摘され、2014年4月に著者のJennie Brand-Millerから該当論文のCorrectionが発表された。詳細はオーストラリアン・パラドックス(英語版)を参照されたい。なお、『The Australian Paradox』の論文の議論をきっかけにオープンアクセス学術出版社協会(OASPA)はMDPIの出版体制への調査を行った。2014年、オープンアクセス学術出版社協会はMDPIは引き続きOASPAメンバーシップの基準を満たしていると結論づけた
2011年12月、MDPIの雑誌Life(英語版)に、Erik D. Andrulisの論文『Theory of the Origin, Evolution, and Nature of Life』(生命の起源、進化、および性質の理論)が掲載された。
MDPIは多くの物議を醸しているものの、その規模はめざましく拡大している。2019年時点で世界で5番目に出版論文数が多い学術出版社となり、また多くのジャーナルにおいて2015年から2019年の4年間で引用指数が上昇した。また、2019年に出版された論文の投稿から公開までの日数の中央値は39日であった。