ジョン・ホーキンス
2度目の航海は、成功だった。1564年、女王エリザベス1世はホーキンスと提携し、700トンの巨大キャラック船ジーザス・オブ・リューベック号(Jesus of Lübeck)を提供した。ホーキンスは3隻の小型船と共に、1回目よりも長期間でより遠くまでの航海を開始した。ホーキンスは海賊行為を働きながら、バルブラタ(Borburata)に向かった。バルブラタに到着するまでに、彼は400人程の奴隷を捕まえていた。バルプラタの後、リオ・デ・ラ・ハチャ(Rio de la Hacha)に向かった。スペイン当局者は、税をかけてホーキンスが奴隷を売ることを妨害しようとした。ホーキンスは税の支払いを拒み、「町を燃やすぞ」と脅した。奴隷を売却した後、彼は休息のため、フロリダのフランス人植民地に向かった。 1566年9月、イングランドに帰還した。遠征は成功し、彼に投資した人たちは60%の利益を得た。
1567年にホーキンスは3度目の航海を開始した。彼はポルトガルの奴隷船マドレ・デ・デウス号(Madre de Deus)を捕らえ、多くの奴隷と積荷を得た。彼は大西洋で約400人の奴隷を捕らえた。サン・フアン・デ・ウルア(現在のベラクルス)で、彼は新しい副王マルティン・エンリケス・デ・アルマンサを植民地に運んでいる強大なスペイン軍に遭遇した。サン・フアン・デ・ウルアの戦い (1568年)(英語版)が勃発し、2隻のみが破壊から免れた。イングランドへの帰路の航海は惨めなものであり、後のアルマダの海戦までに従兄弟のドレークとともに雪辱を期すことになる。
ジョン・ホーキンスは、奴隷貿易への投資のため、富裕商人のシンジケートを組織した。1562年、彼は3隻の船でシエラレオネを経由し、カリブ海に向かった。彼らはポルトガルの奴隷船を乗っ取り、カリブ海諸国で301人の奴隷を売買した。スペイン当局に2隻の船は捕らえられたが、彼はサントドミンゴで奴隷を売り、ロンドンの投資家に払う利益を得た。このことが原因で、スペインはすべての英国船に対して、西インド諸島で貿易を行うことを禁じた。1563年、彼が最初にアフリカからカリブ海諸国と南アメリカに奴隷を運んだ。