コミケ幕張メッセ追放事件
コミケは晴海に戻ってからは、4年間晴海で開催された。晴海会場は有明への移転のため1996年3月に閉鎖となった。コミケもほかの展示会や見本市と同様、同年4月に開場した東京ビッグサイトに移り、以降はそこでの開催が定着している。
メディアでの報道や開催が定着していることから同人誌即売会への風当たりも事件当時に比べれば弱まっており、幕張メッセでは1997年頃より同人誌即売会が開催されるようになっており、1998年には前述のコミックシティも幕張メッセでイベントを開催している。
2015年3月28日・29日には定期開催以外のコミケットとなる「コミケットスペシャル6」が幕張メッセで開催された。この件に関して昼間たかしは発表直後、「2020年東京オリンピックで東京ビッグサイトがその会場として使用される事は決定事項のため、その代替会場として幕張メッセを使用するための布石か」との見方をしていた。実際には2020年夏に開催予定だったコミックマーケット98(C98)は東京ビッグサイトの使用を継続しつつ初夏のゴールデンウィーク期間に前倒しして開催する運びとなったが、前年からの新型コロナウイルス感染症の世界的流行により C98 は史上初の中止(欠番)となった。開催予定期間だった同年初夏には運営サイドの主導により Twitter 上で代替イベント『エアコミケ』が開催され、エアコミケはその後も同年冬の『エアコミケ2』、翌年初夏の『エアコミケ3』まで計3回開催された。なお東京オリンピック・パラリンピックも同じく感染症大流行を受けて翌年夏への延期を強いられている。