ココカラファインヘルスケア
セイジョー(87店舗)
展開地域:茨城県、群馬県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、静岡県
セイジョー薬局(8店舗)
展開地域:埼玉県、東京都、神奈川県
ドラッグセガミ(79店舗)
展開地域:埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、愛知県、大阪府、兵庫県、奈良県、岡山県、広島県、山口県、徳島県、香川県、愛媛県、福岡県、長崎県、熊本県、大分県、沖縄県
福岡県の長住店は「セガミ薬品」の屋号となる
パワードラッグワンズ(5店舗)
展開地域:埼玉県、大阪府、香川県、愛媛県、高知県
セガミ薬局(29店舗)
展開地域:埼玉県、千葉県、東京都、大阪府、兵庫県、奈良県、岡山県、福岡県、熊本県
ジップドラッグ(69店舗)
展開地域:岐阜県、静岡県、愛知県、三重県、滋賀県、奈良県、和歌山県
店舗によっては「ジップドラッグ白沢」・「ジップドラッグ東洋」・「ジップドラッグシーズ」・「白沢ドラッグ」・「ファミリードラッグ シーズ」・「アーパス」の屋号の店舗もある
ジップファーマシー(10店舗)
展開地域:岐阜県、愛知県、奈良県
愛知県内の2店舗は「シーズ調剤薬局」、奈良県は「東洋薬局」で、残りの店舗は「ジップファーマシー白沢」
ライフォート(55店舗)
展開地域:京都府、大阪府、兵庫県
ライフォート薬局(9店舗)
展開地域:京都府、大阪府、兵庫県
マルゼン(4店舗)
展開地域:大阪府、兵庫県
マツノキ(1店舗)
展開地域:京都府
ホップス(3店舗)
展開地域:京都府
神薬堂/シンヤクドー(10店舗)
展開地域:鳥取県、島根県
鳥取県の倉吉昭和店のみカタカナ表記の「シンヤクドー」、それ以外の店舗は漢字表記の「神薬堂」
合併前の各会社が展開していた店舗ブランドはそのまま当社の店舗ブランドとして引き継がれる。この為、地域により展開する店舗ブランドが異なるほか、複数の店舗ブランドが存在する地域もある。なお、従来からの店舗ブランドのみで出店している地域もあり、群馬県は「セイジョー」のみとなる。
合併後に新規開業する店舗は2012年5月から合併前の各会社(メディカルインデックスを除く)で実験店(パイロットショップ)として展開していた「ココカラファイン」の店舗ブランドで展開される。
また、2013年6月より従来からの屋号で営業している店舗にも、店舗入口などに「ココカラファイン」ロゴの看板が順次掲げられている。なお、従来からの屋号で営業している店舗の一部は改装のタイミングで「ココカラファイン」に屋号変更している店舗があり、宮城県・山形県・福島県・山梨県・長野県・佐賀県においては「ココカラファイン」への店舗ブランド統一を完了している。
カッコ内は2022年5月時点のブランドごとの店舗数(セイジョー・ジップドラッグ・ジップファーマシーは派生業態を含む)
ココカラファイン(804店舗)
展開地域:北海道、宮城県、山形県、福島県、茨城県、栃木県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、新潟県、山梨県、長野県、岐阜県、静岡県、愛知県、三重県、滋賀県、京都府、大阪府、兵庫県、奈良県、和歌山県、鳥取県、島根県、岡山県、広島県、山口県、徳島県、香川県、愛媛県、高知県、福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県、大分県、沖縄県
ココカラファイン薬局(256店舗)
展開地域:北海道、宮城県、栃木県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、新潟県、岐阜県、静岡県、愛知県、三重県、滋賀県、京都府、大阪府、兵庫県、奈良県、島根県、広島県、山口県、福岡県、長崎県