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市域南部の低地への本格的な定住は弥生時代以降であると考えられている。弥生中期の高町遺跡は同時期に特徴的な集落遺跡で、祭祀遺構や遺物、墓域などが見られず、短期間に存続した小規模な集落遺跡が分布する特徴を持ち、市域南部の低地へ進出した勢力の拠点集落であると考えられている。市域南部の低地は長年の洪水による土砂の堆積や市街化により遺跡分布の把握が不十分であるが、微高地上に立地する上石田の上石田遺跡は安定した定住痕跡が見られ、内陸部の河川・湖沼における漁業に用いられた土錘なども出土している。
弥生時代の遺跡では隣接する甲斐市大下条に弥生中期から後期の金の尾遺跡が所在し、山梨県内ではじめて発見された大規模弥生集落として知られる。甲府市域では把握が不十分であるものの弥生時代の遺構には乏しく、断片的に発見されている遺物が中心となっている。 弥生後期では荒川扇状地の榎田遺跡が同時期の集落遺跡として知られ、住居跡や方形周溝墓などが検出されている。榎田遺跡の遺物は自然堤防や微高地上に分布し、東海系や北陸系などの様々な特色をもった土器が発見されていることから、複数経路で導入されたと考えられている。また、榎田遺跡からは水田跡などは検出されていないが、増坪遺跡から炭化米が発見されている。