甲斐の黒駒
山梨県では八ヶ岳南麓地域を中心に方形竪穴状遺構が多く分布する。方形竪穴状遺構は全国的に12世紀から確認され、地面を掘り窪めた建物跡である。その用途は不明であるが一部で鉄滓が出土することから鍛冶遺構とする説のほか、現代の聞き取り調査や民俗事例との比較から、これを馬小屋とする説もある。
古代・中世には集落遺跡からの出土が増加し、甲府盆地の北縁や西部、東部をはじめ、盆地以外の北巨摩や郡内にも馬の出土事例が分布する。一般に西日本では牛が多く東日本では馬が多いことが指摘されているが、山梨県では古代には牛と馬がほぼ同率で出土するのに対し、中世には牛の出土が激減し、馬が増加する。また、甲府市朝気の朝気遺跡から出土した平安時代の馬遺体など、馬は丁重に埋葬された事例が多いことも指摘される。
中世の八田牧(八田荘)の前身集落と考えられている南アルプス市百々(どうどう)の百々遺跡からは多数の牛馬骨が出土し、平安時代の馬の全身骨格四体が出土している。百々遺跡出土の馬は4歳前後の若齢で、体高125センチメートル±10センチメートルと推定されている。『延喜式』に拠れば御牧から貢納されていた馬は4歳前後と記されており、死馬の皮革や骨の利用も行われていたという。百々遺跡の馬は若齢であることから、基準に満たない馬を処分して、皮革を利用したとも考えられている。
中世には武家居館周辺の集落と考えられている南アルプス市の大師東丹保遺跡から馬が出土しており、これらは10歳前後の年齢構成で、同遺跡から水田遺構が検出されていることから、農耕馬としての利用であったと考えられている。