コミックマーケットが抱える問題
2000年以降、サークル通行証とも呼ばれ、(また正式名称ではないが)「サークルチケット」とも呼ばれる「出展サークル専用通行証」および「サークル駐車券」がインターネットオークションなどにおいて高額で販売(転売)されていることも問題となっている。
コミックマーケットのサークル通行証は当選したサークルごとに3枚ずつ 配布されるため、3人が開場前に入れることになる。しかし元々3人もおらずまた準備に3人必要ないサークル、そしてダミーサークルであれば通行証が余る。
一方、一般参加者よりも先に入場することができ、大量の列ができる大手サークルにいち早く並ぶことができる 通行証や、自家用車での来場が可能になる駐車券は高額の金銭を支払ってでも欲しい人が多いため、サークル通行証はネットオークションの中でも人気の高いアイテムとなっており、サークル通行証の発送された直後(開催日の約2か月前)、すぐ出品されるにもかかわらず1万円〜2万円以上の高値で落札されることがままある。
特に販売規模の面では、複数の大手同人サークルが参入した作品や、製作規模と販売規模の大きい著名な映像作品系などのサークルが手掛けた二次創作作品では、トータルの経済で見た二次創作作品の経済規模が著作権者側が黙認して放置できない程のスケールになるケースがある。これは特にアダルトゲームや深夜アニメなどではより顕著である。
もっとも、準備会も漫然と放置してきたわけではなく、過去には広報誌「COMIKET PRESS」で特集したり著作権についてシンポジウムを開いて漫画批評家の夏目房之介らを招いての討論イベントも実施している。
現状ではロゴの模写や日本音楽著作権協会(以下、JASRAC)などの音楽著作権管理組織が扱う管理楽曲をアレンジ・カバーして、その曲を収録したCDを権利担当の管理組織に申し出せずに頒布する行為 など完全に禁止された事項もあるが、それ以外は一次創作物の丸写しでもない限り二次創作であることを理由とした規制はコミケットでは行われていない。このことから、著作者の定めるガイドラインに逸脱する二次創作を頒布したサークル関係者が著作権者から告発を受け、逮捕者が出ているとの未確認情報も流れている。コミックマーケット準備会では、本項目に関連した頒布禁止物として「法令に触れる物。ワイセツ図画および児童ポルノ、著しく知的財産権(著作権・商標権等)を侵害する物。」と定めている。
「徹夜組」(または「深夜来場者」)とは、当日の公共交通機関の始発便の最寄駅への到着時間(コミックマーケットの場合、従前は準備会が指定しているツアーバスが東京駅に到着する時刻である4時30分とされていたが、そうしたバスの運行が既に廃止されていたため、C89より「一般的な電車の始発時間」と改訂された)よりも前、さらには前日の段階から会場周辺地域に乗り込んで、会場前に徹夜で並ぶ、あるいは会場周辺を徘徊するなどして開場時間を待つ一部の参加者のことを指す。ただし一般的に持つ「徹夜」または「徹夜行為」の意味が曖昧の為、準備会では主に「深夜来場者」という表現を利用する(例えば「深夜から会場前で列に並んだが、列内で睡眠を取ったから“徹夜”ではない」などという主張を防ぐため)。また、この表現は「徹夜組は規約違反者であるためコミケットの参加者とは言えず、会場周辺での徹夜行為はイベントの妨害である」という考えを持つ者が、徹夜行為を行わない普通の参加者と区別する意味で用いる事例もある。
準備会ではこのような徹夜行為を禁止しているにもかかわらず、毎回コミケット開催期間中の会場周辺では数千人規模での徹夜行為が繰り返されており、準備会も警告を行っている。
また、これらの徹夜問題の対策として、開催日前日の夕方から最終日当日の朝まで夜通しでスタッフや警備会社を大規模に動員しての警備活動などを実施せねばならず、これだけでも莫大な費用や人的負担が発生する。また、準備会が徹夜を認めていない以上、直接徹夜組を管理する立場にはないものの、警察の強い指導によりやって来てしまった徹夜組を収容せざるを得ない状況である。さらに徹夜組のトラブルを防止するために、夜間に多数の警備員を巡回させて深夜来場者を収容場所に誘導している。その諸経費は主催者を通じて実質的にサークル参加者や企業参加者が負担する形となっており、徹夜組が「一方的にサークル参加者や企業参加者に負担を強いる」行為であることを準備会は示唆している。そしてC99では、新型コロナウィルス感染症拡大防止対策および徹夜組排除の観点から、入場料の徴収を実施し、フリー入場の中止および入場時間のランダム化を実施することとなった。
この様なコミケット会場周辺で起こされている直接の問題や主催者が負わされる過剰な負担以外にも、電子掲示板やSNSなどのインターネット上のコミュニケーションの場において、「徹夜組」常習者が同じコミュニティ内のコミケット参加者に対して徹夜行為を勧誘するなどといったことも起きており、これも当事者たちの間でモラルを巡ったトラブルとなり問題視されることがある。