クモ綱
クモガタ類の後体付属肢は退化的で、それに由来と思われる器官が全く見当たらない群もある。付属肢由来の器官として、群によって蓋板(がいばん、operculum, 書肺と生殖器を支える板状器官)・糸疣(spinneret, クモの出糸器官)・櫛状板(pectine, サソリの感覚器)・生殖肢(gonopod, ウデムシとサソリモドキの生殖器)などをもつものがある。カブトガニ類の能動的な蓋板とは異なり、クモガタ類のそれはまるで腹板のように体節と密着し、一見では付属肢とは思えないほど高度に特化していた。
生殖口(gonopore)は他の真鋏角類と同じく後体第2節の腹面に開き、多くの場合は同じ体節の蓋板由来の生殖口蓋(genital operculum)もしくは腹板由来の生殖板(genital sternite)に覆われている。他の鋏角類の対になる生殖孔とは異なり、クモガタ類の生殖孔は癒合して単一の開口となっている。
カブトガニ類
ウミサソリ類
カブトガニ類、および古生代から知られる化石真鋏角類であるウミサソリ類(ウミサソリ目 Eurypterida)とカスマタスピス類(Chasmataspidida)は、古典的に節口類(節口綱 Merostomata)というクモガタ類と対になる分類群にまとめられた。しかし20世紀後期以降、ウミサソリ類は、主に蛛肺類に似た呼吸器と精包の受け渡しに適した生殖器を基に、クモガタ類と単系統群(Sclerophorata、カスマタスピス類まで含むと Dekatriata)になる説の方が主流となっている。この場合、ウミサソリ類は一般に単系統群のクモガタ類の姉妹群とされるが、もしクモガタ類は非単系統群であれば、ウミサソリ類は蛛肺類の姉妹群とされる。ウミサソリをクモガタ類のサソリに最も近縁とする説もあったが、誤解釈や不確かな相同性を踏まえたため広く認められず、両者の大まかな類似も収斂進化の結果、もしくは Dekatriata 類の祖先形質とされる。
上述のウミサソリの主流な系統位置を踏まえて、カブトガニ類は一般に他の真鋏角類より早期に分岐したとされる。これは多くの形態学と一部の分子系統解析に支持されるが、それを覆し、クモガタ類がカブトガニ類に対して非単系統な分系統解析結果も出している。この場合、カブトガニ類は主にクツコムシに近縁とされるが、蛛肺類に近縁とされる結果もある。
多くのクモガタ類は陸上で生活するが、クモやダニ類では水棲の種もいる(ミズグモ、ミズダニなど)。ほとんどのクモガタ類は肉食性である。ダニには非常に多くの例外があるが、それ以外のものはザトウムシに雑食性とキノコ食のものが存在する程度で、基本的には昆虫などの小動物を捕食する。また、液体状の物質しか摂らず、ある程度の体外消化を行うものも多い。このようにその食性に多様性が低いのは、前体付属肢のうちほとんどが歩行用で、能動的な口器として機能する部分は鋏角以外にほぼなかったからと考えられる。
ハエトリグモの求愛ダンス
卵嚢を身につけてるコモリグモ
幼生を背負うサソリ
多くのものは真の交尾を行わず、代わりに精包の受け渡しを通じて行った交接をする。その際に、雌雄で一種のダンスを行うなど、特殊な配偶行動が見られる例が多い。ザトウムシや一部のダニ(コナダニ・ハダニなど)では真の交尾が行われる。
産卵した卵を自分で守ったり、卵や初齢の幼生を自分の体に乗せて保護するといった育児行動が見られるものも多い。