准如
退隠したはずの教如だが、本願寺境内の北に広大な屋敷を建てて移り住んだ。「北ノ御所」と称されたこの屋敷で門徒たちへ父や親鸞の御影を下付したり、支持者たちを集めたり本願寺再興を画策するなど、隠居生活を送らず門主同然の振る舞いを続けた。これに対抗するため准如も御影を下付したり、家臣から誓詞を提出させて基盤固めに奔走した。誓詞提出は侍衆や絵師・尊像の表装を担当する表具師にまでおよび、下間頼廉の文禄2年10月5日付の誓詞提出に始まり、文禄4年(1595年)10月23日付の侍衆18人の連判誓詞提出で一段落(提出は翌文禄5年(1596年)3月まで続いた)、奏者は下間氏から下間頼廉・下間頼純・下間頼賑を任命して体制を整えた。とはいえ他の家臣や門徒たちは教如と准如の間で去就に迷い、両方に分裂する家も少なくなかった。
同年閏7月13日に発生した慶長伏見地震で本願寺本山が大きな被害を被り、阿弥陀堂は無事だが御影堂や諸堂が倒壊、寺内町にも被害がおよぶ災難に見舞われ、翌慶長2年(1597年)に再建した御影堂へ移徙した。同年、大坂楼の岸にあった坊舎を移転し津村別院を創設した。他にも福井別院・岐阜別院・堺別院・尾崎別院・御所御坊など多くの別院を創設・整備、地方教団の統制に重要な役割を果たす別院は准如の頃に基礎が形成された。