真ゲッターロボ
早乙女博士もゲッタードラゴンを自分で掘り返そうとするが、次第にゲッターの力に取りつかれていった。まもなく、早乙女博士は研究室に一人こもり、滅ぼしたはずのゴールやブライと語り始めるなど、狂気へ足を踏み入れていく。
ゲッターの未来を目の前にして、あえて対峙せず己の人生を全うしようとする竜馬と、むしろ人間としてその飽くなき好奇心をゲッター線の解明に捧げようとする隼人は、お互いの道が違うものになったことを実感するが、多くの戦いを乗り越えてきた2人の友情に変わりはなかった。
一方、地中深くもぐったゲッタードラゴンは繭を作り、その中でゲッター核分裂を起こしながら進化していた。そして、再び現われた敵との死闘の末、地中から進化後の姿で出現した真ゲッタードラゴンにより敵は撃退できたが、早乙女研究所は壊滅して早乙女博士ら所内の人々は行方不明となり、竜馬と隼人だけが生き残った。
突如、宇宙から巨大な隕石が飛来した。竜馬達はゲッター1やゲッタードラゴンで破壊を試みるが失敗し、隕石は地表へ激突する。その正体はかつて倒したはずの敵、百鬼帝国のブライ大帝であった。
ゲッターチームはブライ大帝に苦戦を強いられるが、早乙女博士が実験中の真ゲッターロボの使用を決断する。その圧倒的な力の前に敗れ去ったブライ大帝は、最後に「自分はゲッターに怨みを持つ何者かによって復活させられた」と言い残す。その後、ゲッタードラゴンの実験中にブライを操っていた敵が正体を現した。「遠い未来からゲッターを破壊しに来たのだ」と言う敵のギィムバグ軍曹によれば、未来の世界は宇宙は進化したゲッター軍団やゲッターの究極進化体ゲッターエンペラーによる、侵略と虐殺が行われているという。
この戦いでゲッタードラゴンに乗り込んだ弁慶は、暴走した機体と共に地中深くにもぐってしまう。
本作は『ゲッターロボ號』以降に執筆されたため、『號』執筆時点での記述と矛盾する箇所が散見される。本作最終章「進化の果て」にて描かれた早乙女研究所の壊滅は『號』における15年前の悲劇に相当すると思われるが、同作内における神隼人の供述並びにその回想画面と、本作の終了状態が異なる点を以下列挙する。
『號』におけるこの事件はゲッターの出力を最大にあげるテスト中の突発事故とされており、神隼人は政府の要請で東京に出張・不在とされていた。本作においては研究所上空に亜空間転移してきた巨大宇宙戦艦を破壊するため真ゲッタードラゴンの力が発動した結果とされている。この時神隼人は流竜馬と共に真ゲッターに搭乗し敵戦艦内に突入して交戦状態であった。その結果、ゲッターに搭乗していた2名のみが生き残る形となった(『號』記述における犠牲者数280名)。なお、後日談である『ゲッターロボアーク』には敷島博士と伊賀利三佐(アニメのみ)が再登場するため、この2人は難を逃れていなければならない。
惨劇後の研究所は『號』の描写において至る所がコンクリートで固められており、高濃度のゲッター線が溢れた危険地帯であった事が示されている。真ゲッターは所内格納庫にゲッター1状態で保管されていたが、本作の終了時点では廃墟となった研究所の側に真ゲッターが着地しており、この危険区域に真ゲッターを収めるという難作業が程なく強行されたと想像される。
かつては恐竜帝国を指揮していたがゲッターロボとの戦闘の果てにブライ大帝より屈辱的にトドメを刺され死亡した。そんな恨みを忘れたのか当のブライ大帝と共にゲッター線に囚われた霊体となり、早乙女博士に付きまとう。