長鎖散在反復配列
L2およびL3要素は、ヒトゲノムに痕跡のみを残しており、これらが活動的だったのはおよそ2〜3億年前と推定される。L1要素とは異なり、L2要素には隣接する標的部位重複がみられない。L2およびL3要素は共にCR1クレード Jockeyに分類される。
最初のドラフト版ヒトゲノムでは、ヒトゲノムに占めるLINEの割合は21%、コピー数は85万だった。この内訳はL1、L2、L3要素がそれぞれ51万6千、31万5千、3万7千であった。L1要素に依存して増殖する非自律的レトロトランスポゾンであるSINEは、ヒトゲノムの13%を占め、およそ150万のコピー数を持つ。SINEの起源はRTEに分類されるLINEに由来することが推定されている。最近の推定では、典型的な人間のゲノムには潜在的に可動性のあるL1要素が平均100個含まれるとされるが、分散が大きく多数の活動的L1要素を持ち、L1誘引変異導入の可能性が高い個体も存在する。
L1のコピー数の増加は統合失調症患者の脳にも見られ、LINEがいくつかの神経疾患に役割を果たす可能性を示唆している。
J. Adams et al. 1980により、およそ6.4 kb長のLINE由来配列が初めて記載された。