東大寺盧舎那仏像
当時の日本では金は産出されないと考えられており輸入に頼っていたことから、大仏の鍍金のために全国で探索が行われていた。天平21年(749年)に陸奥国遠田郡涌谷で金が採掘されると、聖武天皇は神仏の奇跡であるとして天平から天平感宝へ改元した。遠田郡を治る陸奥国守の百済王敬福が大仏の鍍金料として金900両(約13kg)を献上した(『続日本紀』)。産金関係者には位が授けられたが、その1人である日下部深淵は自身が神主であった神社を黄金山神社と改めた。
大仏と大仏殿の2回目の焼失は永禄10年(1567年)、松永久秀と、松永と対立関係にあった東大寺にあえて布陣した三好三人衆軍の戦いの最中に焼失した。この火災の原因について、大仏殿を狙った攻撃、夜襲の際の失火、三好三人衆軍の陣中にいたキリシタンによる放火、などの諸説があり定かではない。
前回の焼失の際とは時代背景も違い、復興事業はなかなか進まなかった。豊臣秀吉は奈良の大仏に代わる、新たな大仏の造立を計画し、京都に方広寺大仏(京の大仏)が造営されたが、東大寺大仏再建への着手は行わなかった。なお京の大仏は地震等の被害のため何度か再建されているが、寛政10年(1798年)に落雷で焼失するまでは、規模(大仏の高さ、大仏殿の面積と高さ)で、現在の東大寺大仏・大仏殿を上回っていた。
東大寺大仏殿は仮堂で復興したが、それも慶長15年(1610年)に大風で倒壊した。大仏の頭部は銅板で仮復旧されたままで、雨ざらしの状態で数十年が経過した。
貞享元年(1685年)、公慶は江戸幕府から大仏再興のための勧進(資金集め)の許可を得て、ようやく再興が始まった。こうして元禄4年(1691年)完成し、翌元禄5年(1692年)に開眼供養された大仏と、宝永6年(1709年)に落慶した大仏殿が現存する。大仏殿は創建当時と比較して約4分の3の規模になっている。
前述のように宝永6年(1709年)から寛政10年(1798年)までは、奈良(東大寺)と京都(方広寺)に、大仏・大仏殿が双立していたが、方広寺大仏は寛政10年(1798年)に落雷で焼失した。