三好政長
また、賢治が大和・河内・摂津などで高国派を征討しながら元長派の国人を排除をした時も協力、享禄2年(1529年)に失望した元長が阿波へ帰国すると代わりに阿波勢を率いる立場に置かれた。しかし、享禄3年(1530年)に高国が播磨から挙兵して賢治が暗殺され、堺公方府が危機に陥ると晴元と相談して元長を復帰させた。晴元の命令で元長は東進する高国軍を迎え撃ち、翌享禄4年(1531年)の中嶋の戦い・大物崩れで高国を討ち取り政局を安定させた。
高国敗死後に元長が台頭すると木沢長政・茨木長隆らと結託して再び元長と対立、享禄5年(1532年)に長政が居城の河内飯盛山城を元長と結んだ畠山義堯軍に包囲されると、晴元に進言して一向一揆を起こさせて義堯・元長を討った(天文の錯乱)。以後は長政・長隆らと共に細川政権の重鎮となり、摂津榎並城主として室町幕府料所河内十七箇所を元長に代わって代官として統治した。
山下真理子は、政長による天文7年(1538年)の山城下郡への段銭賦課の事例を遡及させ、政長は天文年間の初期から京都を支配していたと推察していたが、馬部隆弘は、これは誤りであると指摘し、政長の京都支配は天文7年以降であることを明らかにした。