海上護衛総司令部
第一海上護衛隊は内地からシンガポール間、第二海上護衛隊は内地からトラック間の航路の護衛を担当した。護衛戦力は旧式の駆逐艦や商船から改造した砲艦などが少数配備されていた。
同時期、陸軍からは前線輸送向けに輸送専用に設計された潜水艦(1942年9月)、資源輸送の防護用として英国のMACシップ類似のTL型油槽船に全通飛行甲板を設けた簡易な護衛空母の建造(1943年)を提案されているが、海軍は前者は潜水艦は艦隊攻撃に専念させたい事、後者は陸上基地からの直掩機で用が足りる事を理由として、当初はいずれの提案にも反対した。前者は結局陸軍が三式潜航輸送艇(まるゆ)として単独で開発・生産を行う事となり、海軍で同様の輸送潜水艦の生産が本格化するのは陸軍暁部隊のまるゆ隊の活動開始より1年以上後になってからであった。後者についてはミッドウェー海戦以降急速に低下した連合艦隊の空母戦力の補助として、陸軍の配当船より高速な油槽船を配当される事を条件に最終的に特TL型の改装に同意したものの、就役はやはり1945年の終戦間際であった。
1943年(昭和18年)ごろからアメリカ海軍の日本に対する通商破壊作戦が本格化して日本の海上交通の損害は激増した。海上交通が被った大きな損害は南方からの日本本土への資源輸送を大きく低下させ、作戦部隊への補給、日本国内の工業生産力や、国民生活にも重大な影響を及ぼした。
海上護衛戦の失敗の要因として、護衛用艦艇の絶対数の不足により大規模な護送船団を編成することができなかったことも被害を増加させる要因の1つとされる。しかし、アメリカ太平洋艦隊潜水艦部隊司令官チャールズ・A・ロックウッド中将は日本の輸送船団が定期的に発信する通信を傍受することで行動、状況、位置が全て手に入ったことをあげ、「潜水艦作戦の成功に極めて重要な役割を果たしたと断言できる」「これらの情報がなければはるかに多数の潜水艦がなければ広大な太平洋をカバーできなかった」と指摘している。また海上護衛を指導する日本の幕僚が広大な太平洋で幸運や好判断だけで撃沈されていると考え、通信情報なしにそのような撃沈結果を出すにはアメリカの資源でもまかなえないほどの潜水艦が必要であるという計算をしなかったことは信じられないという指摘もある。そもそも、日本海軍の潜水艦に対する認識は艦隊決戦に偏重したものであり、極めて長大な航続力や酸素魚雷など優位面はあったものの、通商破壊戦術の研究は不十分でそれに対抗する対潜水艦戦闘の備えも未熟なものとならざるを得なかった。アメリカ太平洋艦隊司令長官のチェスター・ニミッツ元帥は、日本海軍の潜水艦の運用方法について「古今東西の戦争史において、主要な兵器がその真の潜在威力を把握理解されずに使用されたという希有の例を求めるとすれば、それはまさに第二次大戦における日本潜水艦の場合であろう」とまで断じている。