海上保安庁
海上保安庁長官は海上保安庁法第10条ただし書により「国土交通大臣以外の大臣の所管に属する事務については、各々その大臣の指揮監督を受ける」とされており、例えば、漁業関連の取締りでは農林水産大臣の、出入国関係の取締りでは法務大臣の指揮監督を受ける。
海上保安庁法第25条の「軍隊」とは、日本国憲法第9条第2項に規定され日本が保持を許されない「陸海空軍その他の戦力」に該当しないのみならず、「自衛隊」のような「国家の自衛権を行使する為の武力行使を担う必要最小限度の実力である国際法上の軍隊」にも該当しないと解されている。よって、海上保安庁は国際法上、一般警察機関としての文民の沿岸警備隊(Coast Guard)ないし海上警察(Maritime Police)と分類され、その構成要員及び装備・施設は武力紛争の相手方軍隊の攻撃から保護される「文民」ないし「民用物」として扱われ、これを攻撃する事は国際法違反を形成する。
しかしながら、文民・民用物たる海上保安庁が、敵対国軍隊に対し「敵対行為への直接的参加」ないし「軍事目標の定義を満たす」場合は、文民としての保護が消滅し、軍隊からの国際法上合法的な攻撃対象となる事が想定される。いかなる場合に文民としての保護が消滅するかについては沿岸警備隊・海上警察であることによる特殊性は無く、他の文民機関と同様であるとされ、「海上での武力紛争に適用される国際法に関するサンレモ・マニュアル」によれば、商船が合法的な軍事目標となり得る敵対行為の例として「機雷敷設・掃海、海底パイプライン切断等の破壊工作、中立国商船への臨検、他の商船への攻撃」、「軍隊の輸送、軍艦への補給等の海軍補助船舶としての活動」、「当該国の軍事系情報システムに統合されている場合又はそれを支援する場合(偵察、早期警戒、監視、C4ISRに係る任務への従事)」、「軍艦又は軍用航空機の護衛下で行動する場合」、「停船命令を拒否、拿捕に積極的に抵抗する場合」、「軍艦に損害を与える程度に武装する場合、ただし個人携行用の軽火器やチャフ等の回避システムを除く」、「軍事物資の輸送等、軍事活動に効果的に貢献する場合」が例示されている。