水の旋律
声:小西克幸
出自不明の水季の主治医。
正体は八咫一族の長、遮那である。一謡と九艘の双方を滅ぼすため、長きに渡って暗躍してきた。
声:岸尾大輔
九艘一族の巫女の家系の跡取りだが、やる気を見せずに遊び歩いている。特定の人間の居場所を察知する「影見の力」(かげみのちから)を持つ。
声:下野紘
柏木高校1年。無邪気で草花が好き。きらと同じ柏木ホームの出身で、彼女とは姉弟のように育った。
正体は遮那の弟、普賢である。式神を使って身代わりを立てているため、好春と普賢が戦う組み合わせもありうる。
前作の2年後、手塚京輔と同じ孤児院「柏木ホーム」で育った柏木きらが主人公。両親が殺害された現場のホテルに向かったきらが、その近辺の祠で偶然一振りの太刀を手にしたところから、一謡と九艘、八咫と呼ばれる一族を巡る戦いに巻き込まれていく。
前作で主人公の敵だった設楽優とサブキャラクターだった加々良水季の2人が攻略対象に昇格した。また、前作のクリアデータがあれば、キャラクター毎のデータ引継ぎが可能。引継いだ場合、作中で引継ぎキャラと白石陽菜の恋愛模様を垣間見られる。ただし、トゥルーエンドの引継ぎとなる他キャラクターと異なり、手塚京輔のみ、2のシナリオと矛盾が生じないようにグッドエンドの引継ぎとなる。
主人公の強さを表現するため、そして敵への怒りをキャラクターと共有することで感情移入しやすくするため、戦闘システムが導入されている。
作品のテーマは「結局八百比丘尼ってなんだったの?」である。比丘尼の愛した者はみな人生を狂わされており、その運命を正したいという意思を主人公たちが受け継いでいる様子を劇中で描いている。