有田芳生
提言を依頼したが断った人物として、作家の佐多稲子、哲学者の久野収らをあげ、「以前共産党に攻撃されたことなどを理由に寄稿を断る文化人は多かった。」と明かしている。
オウム真理教・テレビコメンテーター
1990年代中盤からは、統一教会に加え、「オウム真理教に詳しいジャーナリスト」としてTVの報道番組に出演しだし、日本テレビ系列の『ザ・ワイド』ではレギュラーのコメンテーターを務めていた。しかし、本来有田はオウム事件発生以前からオウムを取材していたわけではなく、当時一緒に酒を飲むほど親しくしていた江川紹子にオウムの話ばかりを聞かされ、詳しくなった背景がある。1995年3月22日のオウム施設への強制捜査以降、しばらくの間平均睡眠時間が3-4時間になった。
「赤旗」による呼び捨てでの批判コラム掲載
1995年5月の麻原彰晃元死刑囚が逮捕された翌朝の「赤旗」に、「反共を売り物にする」「有田芳生」と呼び捨てで批判するコラムが載った。当時の心境について、有田芳生は「共産党は除名した人を反党分子だと攻撃する」と久野収が日本共産党を糾弾していたことを思い出したと語っている。
新日本出版社から追放された後、フリーランスのジャーナリストとなる。1986年に『朝日ジャーナル』の霊感商法批判キャンペーンに参加する。同誌休刊後は『週刊文春』で統一教会報道に携わる。
『日本共産党への手紙』による日本共産党除名
事前に上田日本共産党副委員長に相談すると、「いい企画だ」と賛意をもらったため、党内外の自由かつ建設的な議論の種を蒔くつもりで共産党への提言を加藤周一ら文化人15人にもらった『日本共産党への手紙』(教育史料出版会)を1990年に出版した。この編集を手掛けたことで、小田実との対談記事掲載以来の査問が有田へ始まり、党規律違反として除籍処分を受ける。有田は2022年に小田実対談記事掲載の時よりも日本共産党の対応は硬直的だったとし、「赤旗」から3回連載で『日本共産党への手紙』を批判されたこと、賛同していたはずの上田副委員長が「だから(出版を)やめろと言っただろう!」と掌返ししたことで言葉を失ったとし、「これが、『政治的人間』というものか」と思ったと明かしている。
しばき隊と男組に対して「ぎりぎりまでやってくれる」と賞賛し、既存の市民運動について「既存の運動や政党は合法主義のあまり、闘わなくなった。きれい事と口先だけの人権派ばかりだ」と批判している。これについて、ニューズウィーク日本版は、「法をないがしろにすると受け止められかねない発言」であり、「『良識の府』である参議院の議員とは思えない言葉だ」と批判している。
2017年7月16日、瀬戸弘幸らが川崎市中原区でおこなったデモに対し、有田やしばき隊など約400人の反対派が集結し、デモ隊に向かって「神奈川県警はデモをさせるな」「ヘイトをやめろ」などと声をあげた。数十人からなるデモ隊は約400m程行進した後撤収した。有田は「コソコソ。あいつらに見つからないうちに早く、早く、うわっ、見つかった。バスに逃げ込め、痴的でシュール。カウンターの勝利」などと「勝利宣言」し、瀬戸は「正式に許可されたデモで、その集合場所に向かう人たち達の足を止めるなどと平然と言い放ち、それが不法行為であり犯罪であることを隠していません」などと有田らの行為を批判した。
2019年6月11日、しばき隊が投稿した ツイート をリツイートしたことをめぐり、名誉を毀損されたとして加藤清隆を提訴。
この時、有田は「一年間も閉じこめられていて、よく耐えられましたね」と小出が監禁状態であった事を事前に知っていた発言をしたと小出は証言している。これに対して有田は小出に会った事は認めたが発言は否定し、監禁されているようには見えなかったと弁明している。また、月刊タイムスの座談会記事 においても有田は改宗拉致について「一部では確かに行き過ぎもありました。」と拉致監禁の要素も一部あった旨の認識を示している。
神戸連続児童殺傷事件の事件の犯人がオウム真理教で使われていた言葉の日本語訳を犯行ノートに記していたことを元にオウム真理教事件が影響していると推測している。また犯人の精神鑑定を担当した精神科医も同様の見解を示しているという。有田は、神戸連続児童殺傷事件の犯人である元少年Aが匿名で2015年に出版した本『絶歌』について、「まさに飛ぶように売れています。」「事件の社会的教訓はまだまだです。」とツイートした。また、種々の批判を「感情的批判は「外在」にすぎない。」と、「週刊文春」に寄せられた関川夏央の「『正義』を自称する『集合的悪意』は野放図に肥大化するだろう」という言説を引用した。