ジェイ・アール北海道バス琴似営業所
琴29:JR琴似駅 - 地下鉄琴似駅前 - 山の手橋 - 宮の沢3条3 - 宮の沢駅前 手稲営業所が担当。札樽線 (ジェイ・アール北海道バス)#その他方面を参照。
52:札幌駅前 - 北5条西7丁目 - 北5条西13丁目 - 北5条西15丁目 - 桑園駅 - 札幌場外市場 - 八軒1条東4丁目 - JR琴似駅 - 札幌酒精前 - 発寒中央駅 - 発寒13条3丁目 - 琴似工業高校 2006年(平成18年)4月1日、系統番号を札幌市営バス運行時の西52から52に変更。 2020年(令和2年)4月1日、北7条西15丁目・競馬場正門前経由から現経路に変更。
軒32:二十四軒駅前 - 二十四軒2条1丁目 - 八軒1条東4丁目 - 南新川 - 北高校前 - 北24条駅前 2006年(平成18年)4月1日、系統番号を札幌市営バス運行時の西32から軒32に変更。
62:JR札幌駅 - 円山第一鳥居 - 北6条西26丁目 - 二十四軒駅前 - 発寒南駅前 - イオンモール札幌発寒 2010年(平成22年)4月1日新設(平日のみ運行)。2012年4月より北1条通りに経路変更。2016年(平成28年)4月1日、廃止。
2023年(令和5年)10月1日現在。下記の他、他営業所が主担当の路線を運行する場合や、下記路線を他営業所が運行する場合がある。
「宮の沢駅前」停留所は宮の沢バスターミナル内に設置する。「JR札幌駅」停留所(札幌駅バスターミナル)は再開発事業に伴い一時閉鎖となり、2023年(令和5年)10月1日から2028年(令和10年)度までの予定で「札幌駅前」路上停留所発着となる。従前より路上停留所に発着する路線は乗り場番号以外変更ない。
札幌市交通局(札幌市営地下鉄)との連絡運輸(乗継割引)は、地下鉄駅最寄(同名)停留所乗継にて全区間で適用。さっぽろ駅は札幌駅前・北5条西7丁目、大通駅は大通西4丁目・大通西3丁目・時計台前・北1条西4丁目、西11丁目駅は西11丁目駅前・北1条西11丁目、円山公園駅は円山公園駅前・大通西25丁目、麻生駅は麻生駅前・麻生町5丁目となる。乗継割引に関する概要は札幌市営地下鉄#乗継割引を参照。
琴似エリア外だが琴似営業所が担当する系統、琴似エリアだが他営業所が担当する系統は以下がある。