根圏
エチレンの合成前駆体を分解する。この植物ホルモンは果実の成熟と老化を促進したり、葉や花、果実を落としたり、茎の伸長成長を阻害したり、茎の横方向への肥大を促進したりなどする。根圏細菌によるエチレン前駆体の分解は植物の成長速度を安定維持する。
植物に対する重金属ニッケルの毒性軽減
一部の根圏細菌は抗生物質を生産し、植物病原性の真菌の病原性を抑える。
Acinetobacter calcoaceticus P23はウキクサと相利共生し、その表層でフェノールを分解する。鈴木ら(2013)はP23株をウキクサ科のコウキクサに接種したところ、その葉状体数、湿/乾燥重量、葉のクロロフィル量が増加した。接種を受けた双子葉植物のレタスでもクロロフィル量は増加した。いずれの場合も、特に貧栄養条件でこの効果は顕著であった。
バイオフィルムの形成による病原微生物の繁殖抑制 Bacillus subtilisは植物の根にバイオフィルムを形成し、病原菌から根を保護する 。