クライオ電子線トモグラフィー
実際的には、約60–70°以上の傾斜角では十分な情報が得られないため、利用されない。その結果、最終的なトモグラムには"missing wedge"と呼ばれる情報のない角度が存在することとなり、電子線に平行な方向の分解能は低下する。
1つまたは複数のトモグラムに複数コピー存在する構造体に関しては、サブトモグラム平均化(subtomogram averaging)によってより高い分解能(1 nm以下)を達成することも可能である。単粒子解析と同様、サムトモグラム平均化では同一の物体の画像を計算的に組み合わせることによってS/N比を高める。
Cryo-ETにおける大きな課題は、複雑な細胞環境内で目的の構造を同定する方法である。解決策の1つとして、クライオ蛍光顕微鏡や超解像顕微鏡(cryo-PALMなど)をcryo-ETと組み合わせる光電子相関顕微鏡法(英語版)がある。これらの手法では、蛍光タグを付加した目的タンパク質を含む試料を急速凍結し、試料を結晶化温度より低温(−150 °C以下)に維持することが可能な特殊なステージを備えた光学顕微鏡でまずイメージングを行い、蛍光シグナルの位置を同定する。そして試料をcryo-EMへ移し、cryo-ETによってその場所の高分解能でのイメージングを行う。
クライオ電子線トモグラフィー(クライオでんしせんトモグラフィー、英: cryo-electron tomography、略称: cryo-ET)は、生体高分子や細胞などの試料の高分解能(およそ1–4 nm)三次元画像の作成に用いられるイメージング技術である。Cryo-ETはクライオ電子顕微鏡(cryo-EM)の特殊な応用であり、試料を傾けながらイメージングを行うことで一連の二次元画像を取得し、それらを組み合わせて三次元再構成を行う、CTスキャンと似た手法である。他の電子線トモグラフィー(英語版)の手法とは異なり、試料は非晶質(「ガラス状」"vitreous")の氷中に固定され、低温条件(−150 °C以下)でイメージングが行われる。この手法を用いることで、生体構造を破壊したり歪めたりしてしまう可能性のある脱水や化学固定などの過程を経ることなく、イメージングを行うことが可能となる。