泉岳寺
攘夷の風潮の中、異国人を居住させたということで墓を杖や棒で殴打されるなどの被害が続き、浅野家以外の檀家であった大名の離去を招く。
明治維新で、藩閥・反幕公卿の新政府(鍋島家も吉良の姻戚である)により荒廃を余儀なくされたが、住職・泰然は墓や義士像の周囲に柵(竹矢来)を設け、破壊から守った。それでも浅野長矩と瑶泉院(阿久里)の墓は法名の一部が破損した。 1879年(明治12年)、赤穂義士の百七十五回忌を開いた際には、東京帝国大学(旧東京大学)総長・加藤弘之から批判・弾圧された。
1891年(明治24年)、『オッペケペー』で人気を博した川上音二郎は、赤穂義士の墓が荒れ果てているのを見て、貧者救済の名目で寄付をした。寺は「首洗いの井戸」を整備した。当初は井戸の後方に川上の墓が建っていたが、今は檀家墓地に移されている。
大正に入ると圓頓住職が荒れた墓地を整備、煉瓦造りの宝物館(現在の義士木像館に相当)を創設した。1916年(大正5年)には中央義士会が誕生、泉岳寺と連携して義挙の公布に勤める。
1923年(大正12年)、関東大震災により建物や墓が倒壊。1945年(昭和20年)には東京大空襲によって本堂が焼失した。1953年(昭和28年)に本堂が再建される。
1989年(平成元年)、「宿なし興道」の名で移動叢林した澤木興道の銅像が本堂前に建立された。 2001年(平成13年)に赤穂義士記念館が装いも新たに落慶した。(下画像参照)
2020年(令和2年)、破損していた長矩と瑶泉院の墓の修復が完了した。
加えて、当該住職は怠惰で義士の墓所も放置してしまい、「泉岳寺の墓地には草が丈高く生い茂って、墓が並んでいるのも見えない」と同時代人の記録が残る。徳川吉宗の治世までは、江戸の墓参者が殆ど無かったと書かれている。「江戸開帳年表」にも1750年まで泉岳寺の記述は無い。 江戸三座での歌舞伎『仮名手本忠臣蔵』上演もあって、人が来るようになったので金銭を徴収することにし、金の無いものは門番が入れないようにした。
1752年(宝暦2年)に赤穂義士の五十回忌の法要が営まれ、赤穂義士子孫で唯一、富森正福(富森正因の長男)が参列している(大石良恭も生存しているが参加した記録がない)。
また、江戸城で刃傷を受けた細川家との関係悪化により、寄進された梵鐘を鐘楼から除去し、のちに寺から放出した。(但し21世紀になって、細川重賢により処分された熊本藩邸の義士切腹地から欠けた皿が出土、細川綱利が義士墓に供えた遺品の可能性が指摘されている)。文化3年(1806年)の丙寅の大火(泉岳寺大火)で高輪の薩摩藩邸が全焼、島津家との関係も悪化した。山号の萬松山は松平の松より(「松萬代に栄ゆる」の意)、寺号の泉岳寺は「源の泉、海岳に溢るる」と徳川(源氏長者)に由来するため、徳川家の力が弱まると毛利家も支藩の菩提寺使用を止めている。
1832年(天保3年)、住職・貞鈞により山門が再建、天井に「銅彫大蟠龍」が嵌め込まれている。1836年(天保7年)には、梅庭和尚の勧進で中門が完成する(都史跡)。
幕末には高輪接遇所(英国公使館)が泉岳寺の門前および境内にあったため、尊王攘夷の志士にしばしば攻撃された。