仁科氏
その後、『二木家記』や『小笠原系図』に名前が見られる盛能(道外)は信濃守護となった小笠原長時に従って縁戚関係を結んでおり、天文年間に本格化した甲斐国守護武田氏の信濃侵攻においては小笠原氏や村上氏と同調して武田に抗していた。しかし盛能は、天文17年(1548年)の塩尻峠の戦いを前に戦線離脱し、この戦いで小笠原長時が武田方に大敗する原因となった。
武田方の史料である『高白斎記』によれば天文19年(1550年)に仁科上野介(仁科盛政か)を介して諏訪郡高島で駒井高白斎と会談し、武田氏に臣従している。武田方に帰属した仁科氏は千国街道の流通など支配権益を保障され、道外の孫である盛政の頃には武田被官化するが、永禄4年(1561年)の第四次川中島の戦いの折に一族の間で内紛が発生し、さらに盛政自身も上杉氏に寝返ったとして処刑されたとされる(『甲陽軍鑑』)。しかし永禄10年(1567年)に武田氏配下の諸将が生島足島神社に提出した起請文に「仁科盛政」のものが含まれている。いずれかの理由で仁科氏の正統は絶えた。
武田信玄は信濃攻略において、諏訪氏、海野氏など信濃名族に対して実子に名跡を継がせ親類衆に列して懐柔する方法を行っているが、仁科氏も五男に名跡を継がせた(仁科盛信)。以降仁科氏は平姓を改め、「清和源氏・義光流・武田氏支流」として源姓を名乗った。一方、「仁科氏系譜」によると、仁科盛政の子、盛孝と盛清は信玄の許しを経て飯縄神社の神主「千日次郎太夫」の養嗣となり、天正6年(1578年)に武田勝頼から「仁科勘十郎」を世襲名として与えられ、江戸幕府からも地位と社領を安堵され、神官として明治維新まで存続した。。
仁科氏(にしなうじ)は、日本の氏族。系統は桓武平氏繁盛流(信濃平氏)、清和源氏頼季流乙葉氏族(信濃源氏)の仁科氏の諸説もあるとされる。