核酸構造
GpC配列では塩基のスタッキングの大きな重なりがみられるが、CpG配列では重なりは小さい。Z-DNAの主鎖がジグザグしているのは、グアニンのグリコシド結合の立体配座をシトシンの立体配座が補償しているためである。グアニンの立体配座はsyn型、C2'-endo型で、シトシンではanti型、C3'-endo型である。
直鎖状のDNA分子は回転する自由端が存在し、二重らせんの2本の鎖が互いに何回回転するかを変化させることで、細胞内でのさまざまな動的過程の変化を調節している。DNA分子の一部は環状で、そのため位相的な制約が存在する。近年、環状RNA(英語版)も自然に広く存在し、多くの生物で発現していることが記載されている。共有結合によって閉じた環状DNA(cccDNAとしても知られる)の構造には位相的な制約が存在し、鎖が互いに対し何回回転しているかを変えることはできない。cccDNAは超らせん構造を形成していることもある。超らせんはリンキング数(linking number)によって特徴づけられる(詳細はDNA超らせんを参照)。細胞内のDNAは負の超らせんを形成して巻き戻りやすい傾向があり、超らせんを形成していないDNAよりも鎖の分離が容易である。超らせんDNAの構成要素にはソレノイド型とplectonemic型がある。plectonemic型の超らせんは原核生物で見られ、ソレノイド型の超らせんは主に真核生物で見られる。