ナイル川
ただ、この探検でも謎は残ったままで、論争はさらに続いた。1864年9月には両者の討論会が予定されていたが、その前日にスピークは銃の暴発事故で死亡した。この死には不明な部分が多く、さらに論争の一方の当事者が死去してしまったため、ナイル源流論争はさらに混乱した。その上、サミュエル・ベーカーとフローレンス・ベーカーのベーカー夫妻が1864年3月14日にアルバート湖を発見し、1866年にその結果を発表したため、混乱は頂点に達した。
これらの論争を受けて、デイヴィッド・リヴィングストンがこの地域を探検した。彼はベーカーよりもさらに南のルアラバ川と、その源流のザンビア領内のバングウェウル湖がナイルの源流であろうと考え、探査を行った。この探検の途中でリヴィングストンはヨーロッパとの連絡が一時途絶え、アメリカ合衆国の新聞社が派遣したヘンリー・モートン・スタンリーと、ウジジの村で邂逅するなど困難を重ねたが、源流の確定には至らず客死した。その跡を継いだヘンリー・モートン・スタンリーは1875年に、リポン滝を確認した後で湖を周遊し、これによってヴィクトリア湖がナイル川の源流であると確定された。
ただ、その後も、ヴィクトリア湖に流れ込む川の探検が続けられ、カゲラ川やその支流のルヴィロンザ川などが、ナイルの源流とされるようになってきた。
しかし、真の源流の探索は21世紀に入っても依然として続けられており、2006年にもブラジルとニュージーランドの探検家が新しい源流を発見した。
ナイル川、特に白ナイル川は全般的に勾配は緩やかなものの、何ヶ所か急流や滝が存在するため、河川全域を通じての通航は不可能である。しかしその部分を除けば、船舶の航行は可能であり、河口からアスワンの第1急流までの間は、古来より交通路として非常に重要な地位を占めてきた。古代エジプト文明の時代より、エジプト人はナイル河畔に居住していた。特に第1急流までの間は河川交通によって密接に結ばれており、河口からここまでが「エジプト」として認識されていた部分であった。
その後、エジプト文明が強力になるにつれて、その影響力は徐々に上流側の急流の場所にまで伸びていった。エジプト中王国期のエジプト第12王朝時代には、第2急流のすぐ下流にまでエジプトの南限が達した。急流部分には町が作られ、交通の結節点として機能した。こうしてナイル川を河川交通路として利用した事により、エジプト文明の影響力は最盛期には現在のエチオピアなど上流部にまで及んでいた。また、冬季においては季節風を利用して、帆掛舟により、川の遡行が可能であり、これも利用された。現在でも、ファルーカと呼ばれる帆船が、交通手段として利用されており、観光船の運航も行われている。
アスワンの南の第1急流にはアスワンハイダムが建設され、できたナセル湖にはアスワンとスーダン最北の街ワジハルファの間に定期船が就航している。ナセル湖にはアブ・シンベル神殿などの観光遊覧船も就航し、多くの観光客を集めている。