四次構造
オリゴマー複合体中のサブユニット数は -mer (ギリシャ語で)を接頭辞に付けて表現する。正式のギリシャ=ラテン語名は十量体まで用いられることが多いが、二十量体までの複合体に使用可能である。二十量体より複雑な複合体では、サブユニットの数をアラビア数字で -mer の前に持ってくることが一般的である。
*現在未発見の多量体
九量体以上の複合体が確認されることは滅多にないが、重要な生体物質にも例外はある。ウイルスのカプシドは60個から成るタンパク質複合体で構成されていることが多い。数種の分子機械もまた細胞内で確認される。その一つ、プロテアソームは4つの七量体環から成るため、合計すると二十八量体ということになる。その他の分子機械に、転写複合体、スプライソソームなどがある。リボソームは恐らく最大の分子機械で、多数のRNAとタンパク質分子の集合体である。
時々、タンパク質同士が会合して更に大きな複合体を形成することがある。このような場合、「二量体の二量体(dimer of dimers)」「二量体の三量体(trimer of dimers)」といったような命名法を使用する。これにより、タンパク質の複合体が単量体に乖離する前に、小規模の部分複合体に一旦乖離する可能性を示唆することができる。
タンパク質の四次構造は、様々な実験条件下にあるタンパク質試料に対応した多様な実験手法により決定することができる。これらの実験はしばしば天然タンパクの推定質量を与え、各サブユニットの質量や立体化学についての既知情報と協同して、ある程度の正確性を以って四次構造を予測することができる。しかし様々な理由により、正確なサブユニット組成が必ず決定できるとは限らない。
タンパク質複合体に含まれる多くのサブユニットは、無傷のままの複合体(天然溶液条件を要する)の質量や流体力学的分子体積を測定することによって決定できることが多い。折り畳まれたタンパク質では、質量は偏比容 0.73 ml/g を用いて体積から推測できる。しかし、体積測定は質量測定に比べて信頼性に欠ける。それは「折り畳まれていない」タンパク質は折り畳まれたタンパク質よりずっと大きな体積があるように見えてしまうからである。タンパク質の折り畳みがほどけているか、それともオリゴマー複合体を形成しているかを調べるなど更なる実験が必要である。