アスパラギン酸プロテアーゼ
アスパラギン酸プロテアーゼには5つのクラン(スーパーファミリー)が知られており、それぞれ同じ活性部位と機構が収斂進化したものである。各クランには類似した配列からなるいくつかのファミリーが含まれる。MEROPS(英語版)分類では、アルファベット順による系統名が与えられている。
クランAA(ペプシンファミリーなど)
クランAC(シグナルペプチダーゼII(英語版)ファミリーなど)
クランAD(プレセニリンファミリーなど)
クランAA(GPRエンドペプチダーゼ(英語版)ファミリーなど)
クランAA(オムプチンファミリーなど)
ぺプスタチンはアスパラギン酸プロテアーゼの阻害剤である。
真核生物のアスパラギン酸プロテアーゼには、ペプシン、カテプシン(英語版)、レニンなどがある。これらは、祖先での重複の結果生じた2つのドメインからなる構造を持つ。レトロウイルスやレトロトランスポゾンのプロテアーゼはずっと小さく、真核生物のアスパラギン酸プロテアーゼの単一ドメインと相同のようである。双方のドメインのアスパラギン酸残基が触媒に関与し、活性部位は2つのドメインの間の溝に位置する。一方のドメインは、もう一方のドメインから太古の遺伝子重複によって進化したものである可能性が高い。現代の酵素では、立体構造は極めて類似しているものの、アミノ酸配列はずっと多様化している。しかしながら、触媒部位のモチーフは非常に保存されている。ジスルフィド結合の存在とその位置は、アスパラギン酸プロテアーゼで保存されている他の特徴の1つである。