西肥自動車
(ノンストップ) 1999年に廃止
佐世保駅前 - 松浦町名切グラウンド前 - 花園町 - 山手町 - 高梨町 - 山祇町
H176 ※廃車済日野・ブルーリボン(U-HT2M系)「つばき5号」。車体に旧奈良尾町の町章があしらわれ、同町発着路線限定で運行されていた
F460 ※廃車済三菱ふそう・エアロスターM
N758/N757 ※廃車済日産ディーゼル・UA(西工ボディ)元長崎空港特急バス専用車両。一般路線転用後に中扉設置改造を行ったものもあった
Z908いすゞ・エルガ ワンステップ新上五島営業所に所属
N724 ※廃車済日産ディーゼル・RM(富士重工ボディ)一般路線旧塗装車
F690三菱ふそう・エアロスター ワンステップさせぼバス委託車両神奈川中央交通からの移籍※2023年現在は両側に広告ラッピングが施されている。
F518 ※廃車済三菱ふそう・エアロバスかつて運行されていた夜行高速バス「コーラルエクスプレス」
F649三菱ふそう・エアロエース130th SASEBO 2019(艦これラッピングバス)※2023年現在は波佐見町ラッピングへ変更
F650三菱ふそう・エアロエースBUS with YOU! 100周年デザイン※2023年現在はデザインが解除され、高速バス用塗装(HIGHWAY Express)へ変更
N829 ※廃車済日産ディーゼル・スペースアローRA(西工ボディ)「旅は佐世保へ」
2021年(令和3年)6月30日 : 併用利用していた長崎スマートカードベースの佐世保市敬老パス・福祉パスの最終有効期限到来に伴い、長崎スマートカードのサービスを全て終了。
2022年(令和4年) 3月24日 : 五島地区を除く各地区において一般路線バスのダイヤ改正を実施。 4月1日 : 新上五島町内の予約型乗合タクシー「smart GOTO」の若松島内への導入に伴い、若松島内線の運行から事実上撤退。 8月2日 : 紙券で発売されている1日乗車券をスマートフォンアプリ「my route」上でデジタルチケットとして販売開始(クレジットカード決済のみ対応)。 11月1日 : 社会実験の一環として、期間限定で相浦駐屯地線の運行を開始。
2023年(令和5年)2月28日 : スマートフォンのアプリやパソコンから運賃・時刻検索に加えて現在位置情報や運行状況の確認が可能なサービス「西肥バスナビ」と拡大表示機能を備えた停留所時刻表に加え、路線バスや高速バス※長崎県営バスはバス追跡不可(西鉄バスさせぼ号のみバス追跡可)の現在位置情報や最新の運行情報の表示が可能なデジタルサイネージ式バス停「スマートバス停」の運用を開始。
また、平日は始発便以外は学休日運休となるが、北松農業高校の学校行事によりダイヤが変更される。 佐々バスセンター発田平港行は2022年3月のダイヤ改正によって新設された路線。平日・土日祝を問わず1日1本朝に運行されており、北松農業高校前を経由するため、通学便を兼ねる。 学休日を除く平日には平戸営業所 - 江迎間も1日1往復運行されているが、田平港を経由するのは平戸営業所発江迎行のみとなる。
(芳の浦)佐々バスセンター・北部営業所線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 皆瀬局前 - 本山 - 芳の浦 - 佐々バスセンター( - 北部営業所)
(楠泊)大加勢・江迎線
(小春 - 佐々役場 - )佐々バスセンター - 口石別道 - 小佐々支所 - 楠泊 - 神崎入口 - 褥崎入口 - 大加勢 - 鹿町郵便局前 - 橋の元 - 鹿町工高前 - 江迎 2012年10月1日の改正から佐世保駅前ではなく佐々バスセンターを始発・終点とする便が多くなり、2022年3月24日の改正から佐世保駅前までの直通系統が廃止され、佐々バスセンター - 江迎間が主体となった。大加勢を発着地として佐々バスセンターや江迎を結ぶ区間便も設けられており、平日には江迎発小春行が朝に2本運行されている。 4月 - 5月の長串山公園つつじまつり期間には公園への登り口に臨時停留所が設置される。
長崎国際大学・ハウステンボス線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - バイパス中央 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋( - 長崎国際大学) - ハウステンボス( - ウインズ佐世保) - ハウステンボス西門
重尾 → 広田三丁目 → イオンタウン早岐 → 早岐駅東口前 → 花高四丁目 → 花高一丁目 → 早岐支所シルバーボウル前 → 早岐駅前 → 宮崎橋 → 長崎国際大学 → ハウステンボス → ハウステンボス西門 朝には花高団地や長崎国際大学を経由する重尾発の便や前述した柚木発長崎国際大学行の通学ダイヤが1本ずつ設けられている。土日祝のハウステンボス西門行(佐世保駅前以遠発の便のみ)は中央競馬開催時のみ、夕方以降の2本を除きウインズ佐世保を経由する。長崎国際大学行は2019年3月23日以前は大宮町を経由していたが、以降は藤原橋経由に変更されている。 ハウステンボス開業以来、ハウステンボス西門までの運転だったが、2010年に園内一部無料化にともない同年7月17日から園内のハウステンボス港町まで路線延長された。しかし、場内でイベント開催時はハウステンボス西門までの運行となる。 2012年10月1日のダイヤ改正より、一部の便の発着を針尾米軍住宅まで変更して運行開始した。 2015年5月1日より、園内の全面再有料化に伴いハウステンボス港町までの便はハウステンボス西門まで路線短縮された。また、4月30日をもって、ハウステンボス港町・ホテルヨーロッパ前の両停留所は廃止となった。
(佐世保駅前 - )佐々バスセンター - 清峰高校 - 神田 - きらめきの里 2012年4月1日廃止。
1990年以降に廃止された主な路線・区間。(※長距離路線、および廃止代替バス等が運行されている路線・区間)
嬉野バスセンター
2015年2月1日のダイヤ改正で、高速道路経由の長崎空港行1本が試験場前を経由するようになった。 2015年3月29日のダイヤ改正で、高速道路経由の実証実験終了に伴い、全便空港特急に変更となった。 2015年12月1日のダイヤ改正で、長崎空港行2便が佐世保駅前始発に、佐々バスセンター行2便が松浦町国際通りまでに短縮になった。 2018年3月25日のダイヤ改正で、佐々発着の便が大幅に佐世保市内発着に短縮され、ハウステンボス - 長崎空港間の区間便が新設された。 2023年10月29日のダイヤ改正で、彼杵本町と試験場前の間に新大村駅前が新設され、同時に、所要時間維持を図るため、彼杵本町 - 新大村駅前間が長崎自動車道(東そのぎIC - 大村IC)経由に変更された。 2023年10月のダイヤ改正時点では発着地は佐々(長崎空港着はインター発、長崎空港発はバスセンター着)又は佐世保駅前となる。また、長崎空港行の始発便を除く全便がハウステンボスを経由するため、ハウステンボス区間便は運行されていない。
有田駅前 - 黒牟田 - 竜門口 2000年に廃止。有田コミュニティーバスに代替されたが、2016年7月で廃止された。
伊万里市
西松浦郡有田町
武雄市
嬉野市
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - 長崎県立大学 - 木宮町 - 小野町 母ヶ浦循環線の新設に伴って廃止。