ゼノギアス
エルドリッジ墜落から約6,000年後、本編から約4,000年前のエピソード3にあたる時代。エルドリッジの遺跡の発掘・解析が進んで高度に発達していた文明。終盤に訪れる事が可能な遺跡は、本作品発売当時の新宿がモデル。文明としてはピークに達してはいたが、ゼボイムのヒトには遺伝子的欠陥が蔓延しており、平均寿命は30代、先天的に子を為す能力がないヒトも多かった。また、世界情勢的にもいつかは自滅する可能性が高かった。やがてデウス復活の材料に不適と判断したミァンが核戦争を引き起こし、全人口の90%の命を奪って文明を滅ぼした。そのため、地殻変動が発生し、海底プレートが大きく動いた他、逃走した実験動物の繁殖により、チュチュをはじめとするヒト亜種の母体が誕生する。ミァンがヒトを滅亡させてふるいにかけ生き残りから再スタートさせるのはこれが3度目(1度目は原初の人種、2度目はゼボイムの前の文明だが具体的なことは不明)。
人間の脳神経部分。死後、保管して機械と融合させて生前の記憶を持った人格データとして再生可能。
開発チームは既に『クロノ・トリガー2』チームとして発足していたチームだったが、高橋哲哉の『FFVII』案を採用した開発コードネーム「Project“NOAH”」(後のゼノギアス)に変更され、開発担当には当初のスクウェア開発旧3部(聖剣伝説シリーズなど)や開発旧4部(クロノ・トリガーなど)から参加したスタッフの他に、当時『FFVII』を開発中だったスクウェア開発1部からもプログラム2本柱のうちの1本やグラフィックチームの温存戦力が開発チームに参加した。ゼノギアス開発終了後、加藤正人の希望により製作された『クロノ・クロス』との多くの類似はスタッフの重複だけでなく当初は『クロノ・トリガー2』だった事も関係している。初期案では牧歌的な内容であり、またその後、500年前を舞台にしたストーリー(エピソードIV)と今作のストーリー(エピソードV)の2本立てが考えられていた時期もあった。
ストーリーは、比較的多数の伏線があり、臨床心理学、パンスペルミア説、生物学、多くの科学用語、ニーチェ、ユング、キリスト教、ユダヤ教、社会問題、SF、映画、アニメ(特にロボットアニメ)、特撮などの様々な価値観や概念を織り交ぜた構成となっており、それらがストーリーにも深く関係するため非常に難解なものとなっている。またプレイステーション作品でありながら、キャラクターボイスや、クオリティの高いプロダクション・アイジー制作のアニメーションムービーが合計30分以上採用されている。
デウス復活の部品となるため原初の時代に作られた構築人種(スファラディー)。アニムス原体を元に生体素子維持プラントで多くのヒト原体が作られて繁殖によりヒトが増えていった。ヒトはゲーティアの小鍵発動によって本来の部品としての機能に適したスファル人に変異するようできている。また福音の刻までにデウスが復活できない場合は、ヒトを部品として復活する計画そのものを失敗とみなして、ゾハルの信号によって全人類が崩壊して滅びるようタイムリミットも組み込まれている。本来はアニムス同様にゾハルにアクセスする機能を持たないが、ヒトの中にはいつしかゾハルからエネルギーを得てエーテルを使える者が現われるようになった。アニムスである原初のヒトから作られたためアニムス因子を持っているが、500年前の崩壊の日以降、滅びかかった人類を存続させると共にガゼル法院の肉体に調整するための高いアニマ同調率を持つヒトを作るために、再度アニムス因子がヒトに組み込まれている。
50万もの惑星が集い連邦制で形成された国家。星間戦争が起こっており、プロジェクトゾハルを推し進めていたと思われる。年号はT.C.(Transcend Christ)を使用(エルドリッジ墜落当時の年代はT.C.4767年)。