江差線
起点は五稜郭駅であり、五稜郭から木古内(および木古内 - 江差間廃止前は江差)方面に向かう列車が下りであるが、海峡線の開通に伴い本州との接続駅が函館駅から木古内駅に変わったため、五稜郭から木古内方面(木古内 - 江差間は江差方面)に向かう列車に本来上り列車に付けられる偶数の列車番号が付けられるようになった。
青森信号場から五稜郭駅(函館貨物駅)へいたる津軽海峡線の一部として、木古内駅 - 五稜郭駅(函館貨物駅)間でJR貨物による貨物列車が運行されている。コンテナ車で編成された高速貨物列車のみ運転され、専用貨物列車は定期列車としては存在しない。本数は下り(五稜郭方面行き)・上り(木古内方面行き)ともに21本である。貨物駅である函館貨物駅をのぞき、駅における貨車の連結作業はない。
牽引機は、五稜郭機関区に所属するED79形電気機関車とEH800形電気機関車、仙台総合鉄道部に所属するEH500形電気機関車である。
なお、五稜郭駅(函館貨物駅) - 木古内駅間で列車交換設備のある駅は青函トンネル開業に際し、貨物列車との待ち合わせを考慮して構内待避線を延伸した。旅客ホーム有効長はそれ以前のままとなっている。
五稜郭駅を発車したJR貨物のEH500形機関車牽引の貨物列車。(2013年10月)
区間ごとの輸送密度は以下の通り。
同年4月26日にJR北海道が国土交通省に廃止届を提出して2014年(平成26年)5月12日付で廃止することを発表し、予定通りに廃止された。
2014年(平成26年)11月12日、JR北海道は、2015年(平成27年)度よりカーブのカントを小さくする工事を実施することを発表。これは2012年(平成24年)4月から2014年(平成26年)6月にかけて3度貨物列車が脱線したことに加え、新幹線開業後は通過列車のスピードが低くなることを見据えたもの。2014年(平成26年)現在のカントは、特急電車が70-80 km/h で通過することを想定して80-100 mmで設定してあるが、新幹線開通後は低速な貨物列車と普通列車が中心となるため最大80 mm 程度に落とすこととなる。
五稜郭駅 - 木古内駅間で運行されている夜行列車(後節参照)に関しては北海道新幹線開業時に廃止が示唆されており、2015年(平成27年)3月12日(大阪・札幌発とも)を最後に臨時寝台特急「トワイライトエクスプレス」の運行を終了、同年3月14日のダイヤ改正で「北斗星」の定期列車としての運転を終了した。また、臨時寝台特急「カシオペア」と急行「はまなす」は、2016年(平成28年)3月21日を最後に運行を終了し、新幹線開業日である同年3月26日をもって廃止となった。