アチェ戦争
しかしジャカルタのジャワ人に偏重した新政府に不満を抱いたアチェ人は、今度は自治権を求めてインドネシア政府に対する闘争を始めた。北スマトラのバタック人キリスト教徒もジャワ第一主義に不満を持っていた。統一政府はアチェに経済的・政治的な恩恵を与えず、ムスリムが求めたシャーリアの導入にも失敗した。こうした不満を背景に、1953年にダウド・ブルエがアチェ・イスラム共和国を建設した。この組織自体はインドネシア軍によって鎮圧されたが、抵抗は1959年まで続き、アチェの自治権を勝ち取った。しかしその後も、アチェ人をはじめとするスマトラ人たちは、政府や軍の要職をジャワ人が独占していることに強い不満を示していた。1976年に成立した自由アチェ運動は30年近くに及ぶ武力闘争を展開したが、2004年のスマトラ島沖地震・津波により大きな被害を受け、2005年のヘルシンキ和平合意でインドネシア政府と和解した。
バンダアチェのアチェ津波博物館に隣接するカークホフ・ポーカット墓地には、アチェ戦争による2200人のオランダ軍の死者が埋葬されている。その中にはオランダ人兵士のほか、アンボンやマナド、ジャワ島出身の兵士、また数人の将軍も含まれている。この墓地は、オランダ国外のオランダ軍墓地としては最大規模である。