西海区水産研究所
以下の6部構成となっている。
日本栽培漁業協会の水産総合研究センターへの統合により、八重山・五島・奄美事業場は八重山・五島・奄美栽培漁業センターと改称。
2006年: 八重山栽培漁業センター(現・八重山庁舎)を石垣支所に統合。
2011年: 改組により2部3センター体制となる。五島・奄美栽培漁業センターを統合。石垣支所を亜熱帯研究センター(石垣庁舎・八重山庁舎)に改編。
2013年: まぐろ飼育研究施設が稼働開始。
2015年: 法人名称が「国立研究開発法人水産総合研究センター」となる。
2016年: 水産総合研究センターが水産大学校を統合し、国立研究開発法人水産研究・教育機構となる。これに合わせて組織改編が行われた。
2017年: 石垣庁舎を廃止し八重山庁舎に統合。
2020年: 水研機構の体制改革により、他の8研究所とともに水産技術研究所および水産資源研究所へと改組され、水産技術研究所の本所となる。
珊瑚礁域における資源評価や生態系の研究と養殖技術の開発