文部科学省
おかしいでしょう。」と発言した
2020年 - 週刊アサヒ芸能、産経新聞は下記の記事を掲載した。 「北朝鮮スパイリスト」を韓国警察が押収。中身は一般人に身分を偽装した工作員のリストで、慰安婦問題など負の歴史を通じ反日思想を刷り込む工作などに関わっていた。リストに名前が載るNは文部科学省の教科書調査官で、令和3年度(2021年)から使われる中学歴史教科書の検定に、主任として関わっていたことが分かった。産経新聞によると、Nが「従軍慰安婦」記述を復活させ、左翼が忌み嫌う「新しい歴史教科書をつくる会」の教科書を検定不合格にした張本人だという。韓国での講師経験しかない、毛沢東礼賛本しか書いていないNが、なぜ「教授、准教授の経歴またはそれに準じる高度に専門的な学識」を有する者と認められ、調査官に任命されたのか。しかも学位を法学で取得したNに地理歴史科の調査官を任せるなど、"文科省の闇" が指摘されている。
2021年 - 当時文部科学副大臣だった亀岡偉民と官房長だった藤原誠が、国から補助金を受けている学校法人から繰り返し接待を受けていたと、しんぶん赤旗が報じた。文部科学大臣の萩生田光一は、しんぶん赤旗の報道翌日の会見で、補助金を受けている学校法人との会合に藤原氏が同席したことを認めた。
2022年8月 - 全日本私立幼稚園連合会をめぐる業務上横領事件に関連し、供応接待を受けるなど国家公務員法や倫理規程違反があったとして、矢野和彦官房長ら6人を減給とする懲戒処分を発表した。
文部科学省は他省の「○○地方~局」に相当する、全国を分割網羅する地方支分部局を持たない。かつて、地方にある大学や地方教育委員会の施設整備に関する補助金交付事務を行う「○○地方工事事務所」が国立大学の敷地内に存在したが、国立大学の法人化に伴い廃止された。補助金交付事務は本省で行えば足り、教育行政は完全な地方分権であるため必要がないというのが理由である。元科学技術庁の機関であった水戸原子力事務所が唯一の地方支分部局であったが原子力規制委員会設置法(平成24年法律第47号)により平成25年3月31日に廃止された。