海上護衛隊
山口次平 大佐/少将:1942年4月20日 - 1943年1月21日
堀江義一郎 大佐/少将:1943年1月21日 - 1944年5月18日
堀内茂忠 大佐/少将:1944年5月18日 - 1944年12月10日 (第一護衛艦隊に改編後も留任)
堀内茂忠 少将:1944年12月10日 - 1945年1月1日
杉浦矩郎 大佐:1945年1月1日 - 1945年4月1日
後藤光太郎 少将:1945年4月1日 - 1945年4月10日
(兼)後藤光太郎 少将:1945年4月10日 - 1945年7月10日 (本職:第七艦隊参謀長)
(兼)鳥越新一 少将:1945年7月10日 - 1945年8月25日 (本職:舞鶴鎮守府参謀長)
潜水母艦駒橋 (特攻戦隊に転籍後、1945年7月28日戦没)
敷設艇成生 (1945年2月16日戦没)
第14号駆潜艇 (特攻戦隊に転籍後、1945年7月28日戦没)
第46号哨戒艇 (1944年11月10日戦没)
第26掃海隊 (特攻戦隊に転籍後、1945年7月31日解隊。残存艇は伊勢防備隊に編入) 特設掃海艇第1京仁丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存) 特設掃海艇第2京仁丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存) 特設掃海艇第18播州丸 (特攻戦隊に転籍後、1945年7月28日戦没) 特設掃海艇第10昭和丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存)
伊勢防備隊
朝凪
隠岐、福江、平戸、天草、御蔵、能美
第2、3号海防艦
鵯、鴻
長運丸
茂泉慎一 少将:1942年4月10日 - ※本職は第四根拠地隊(カロリン諸島防衛)司令官
武田盛治 少将:1942年6月15日 - ※本職は第四根拠地隊司令官
若林清作 少将:1943年7月15日 -
有馬馨 少将:1944年2月19日 - ※本職は第四根拠地隊司令官
辻村武久 少将:1944年3月1日 - 1944年7月18日解隊(1944年7月8日サイパン島で戦死) ※本職は第五根拠地隊(マリアナ諸島防衛)司令官
岸福治 中将:1944年12月10日 - 1945年4月10日
(兼)岸福治 中将:1945年4月10日 - 1945年7月10日 (本職:第七艦隊司令長官)
(兼)田結穣 中将:1945年7月10日 - 1945年8月25日 (本職:舞鶴鎮守府司令長官)