RNAポリメラーゼIII
プロモーター上においてポリメラーゼ複合体が構築される。Pol IIとは異なり、Pol IIIは遺伝子上流に制御配列を必要とせず、その代わりに通常は内部制御配列(internal control sequences)に依拠する。内部制御配列とは、転写される遺伝子セクション内部の配列である。ただし、上流配列が見られることもあり、例えばU6 snRNA遺伝子はPol IIプロモーターと同様上流にTATAボックスを持つ。
Pol IIIの開始は、5S rRNA、tRNA、およびU6 snRNAの開始に対応して3つに分類される。すべての場合において、プロセスは制御配列に転写因子が結合することにより開始され、ポリメラーゼIIIB転写因子(TFIIIB)が複合体に組み込まれ、Pol IIIを組み立てることにより終了する。TFIIIBはTATA結合タンパク質(TBP)、TFIIIB関連因子(BRF1(英語版)または脊椎動物における一部のPol III転写遺伝子の場合は BRF2(英語版))、Bダブルプライムユニット(BDP1(英語版))の3つのサブユニットから構成される。全体的な構造はPol IIのものと類似する。
細菌のσ因子や、Pol II転写における基本的な転写因子のほとんどとは異なり、TFIIIBはPol IIIによる転写開始後もDNAに結合したまま残る。このため、Pol IIIで転写される遺伝子の再転写開始は高い速度で行われる。
U6 snRNA遺伝子における典型的な開始段階(クラスIII)は以下のように進行する。
核内低分子RNA活性化タンパク質複合体(SNAPcまたはPBP、もしくはPTFとも)が、転写開始サイトのおよそ55塩基上流を中心とする近位配列要素(PSE)に特異的に結合する。この集合体、転写開始サイトの少なくとも200塩基上流のエンハンサー様遠位配列要素(DSE)に結合する、Pol II転写因子Oct1およびSTAFによって大きく刺激される。これらの因子とプロモーター要素は、Pol IIによる転写とPol IIIによる転写の間で共有される。
SNAPcは転写開始サイトの26塩基上流を中心とするTATAボックスにおいてTFIIIBを構築するよう作用する。TATAボックスが存在することにより、snRNA遺伝子がPol IIではなくPol IIIにより転写されることが指定される。
SNAPcは、転写開始部位の上流26塩基対を中心とするTATAボックスでTFIIIBを組み立てる働きをする。 snRNA遺伝子がPol IIではなくPol IIIによって転写されることを指定するのは、TATAボックスの存在である。
U6 snRNA転写用のTFIIIBには、Brf1のより小さいパラログであるBrf2が含まれる。
TFIIIBが転写開始点におけるPol III構築を誘引する転写因子である。配列保存から、Brf2を含むTFIIIBもプロモーター開放の役割を果たすと予測されている。