Doom II
3つに分かれたエピソードを別々にプレイしていた前作とは違い、本作はストーリーが進展する際の幕間を伴いつつも1つの巨大なエピソードを攻略することになる。これは、ゲーム全編を通して、プレーヤーが死亡しない限り手持ちの武器と弾薬などをリセットされなくなったことも意味する。(Doomのオリジナルのエピソードと違い)マップ上のプレーヤーの進行状況は画像で表示されなくなり、各ステージ間の画面は単に背景を表示する(このスタイルは前作の小売向け再販版『The Ultimate Doom』に追加されたエピソード4に受け継がれている)。
本作は非ボスのモンスターの種類を2倍にし、前作のDoomではボスとして登場したモンスターも通常の敵として途中のステージに登場させたことに加え、新しい武器「ダブルバレルショットガン」(ゲームではスーパーショットガン、あるいはコンバットショットガンなどと呼ばれていた)および、隠し部屋に配置される新しいパワーアップ「メガスフィア」が追加されている。