ファミリーコンピュータMagazine
これによって、毎日コミュニケーションズから既に刊行されていた『The 64DREAM』(現『Nintendo DREAM』)とはライバル誌から兄弟誌になる。しばらくは共に刊行されていたが、『Nintendo DREAM』に統合される形で2002年6月21日発売の同年8月号にて事実上休刊となる。
また、『超絶大技林』も2000年1月発売の2000年冬版をもって徳間書店からの刊行を終了し、『広技苑』に改題した上で2000年3月発売の2000年春版から発行元が毎日コミュニケーションズとなる(その後、2008年夏版まで刊行)。なお、『広技苑』も『大技林』と同じく、実在する汎用国語事典のパロディタイトルである。
『Nintendo DREAM』は、2010年11月20日発売の2011年1月号より発売元を毎日コミュニケーションズから徳間書店へ変更。徳間書店としては約11年振りのゲーム雑誌再参入であると共に、ファミマガの系譜を組むゲーム雑誌の「里帰り」が実現することとなった。『超絶大技林』も2011年8月に再び徳間書店から刊行された。
2016年11月14日には、同月10日にファミコンの復刻版である「ニンテンドークラシックミニ ファミリーコンピュータ」が発売されるのを記念して、『ニンテンドークラシックミニ ファミリーコンピュータMagazine』のタイトルでムック形式の「TOWN MOOK」として発売された(ISBN 978-4-19-710478-9)。
一時期はゲーム雑誌の代表格であったが、新作情報を中心とした総合情報誌へと編集スタイルを移行させた『ファミ通』が次第にシェアを拡大。また、PlayStationの登場に端を発するゲームハードの多様化により任天堂ハードが劣勢となったことも、任天堂色が強いと見做されていた当誌にとって不利な要素となり、部数を激減させることになる。こうした中、てこ入れ策として1996年にNINTENDO64中心の『ファミマガ64』と誌名変更し更に新たに週刊の総合ゲーム情報誌『ファミマガWeekly』を刊行する。だが『ファミマガWeekly』は半年で廃刊となり、『ファミマガ64』も任天堂劣勢の状況と徳間書店の経営危機の影響を受けて隔週刊から月刊にペースダウンし1998年3月発売の同年5・6月合併号をもって休刊した。一般的に、雑誌の休刊号には休刊の旨が読者に告知されるが、『ファミマガ64』最終号に休刊の告知は一切無かった。しかし、合併号であった上、次号予告等も行われておらず、勘の良い者には休刊号とわかる体裁であった。