変形菌
胞子が発芽すると、1個の核をもつアメーバ細胞 (粘菌アメーバ、粘液アメーバ myxamoeba) または鞭毛細胞 (myxoflagellate, flagellate cell, swarm cell) が生じる (右図2)。アメーバ細胞は糸状の副仮足をもつ。一方、鞭毛細胞はふつう2本鞭毛性であり、細胞頂端から前方へ伸びる長鞭毛と、後方へ伸びる短鞭毛をもつ。長短鞭毛とも小毛を付随しない (むち型)。発芽後のアメーバ細胞と鞭毛細胞の間は、水分条件などによって変換することがある (水分が多いと鞭毛細胞になる)。ただし鞭毛細胞を欠く例も知られている。
アメーバ細胞や鞭毛細胞は、細菌などの有機物粒子を捕食、または可溶性有機物を吸収する。アメーバ細胞は、二分裂によって増殖する。この二分裂において、核分裂は開放型 (核膜が消失する) であり、極には中心体が存在する。染色体は小さく、確認が難しい。核ゲノム塩基配列はモジホコリ (モジホコリ目) の無菌株においておおよそ解読されているが、繰り返し配列が多く、解析を困難にしている。
変形菌は熱帯から寒帯域まで世界中に分布しており、おもに子実体の観察に基づいた分布情報が充実している。このことは、そのような情報がほとんどない他の多くの原生生物とはかなり異なっている。ただし変形菌の実際の栄養体であるアメーバ細胞や鞭毛細胞の分布は、子実体から推定される分布よりもかなり広いものと考えられている (下記のように子実体形成能を欠いているものもあると考えられている)。広い分布域をもつ温帯性の種や熱帯性の種が知られており、ヨーロッパの温室で熱帯性の種が子実体を形成することもある。一方で、非常に限られた分布を示す種もいる。ただし広域分布種とされる例の多くは、実際には地域ごとに遺伝的に分かれていることが示されている。
変形菌は基本的に陸上環境に生育しており、特に森林で多く見られるが (右図7a)、草原、耕作地、さらには砂漠に生育するものもいる。変形菌の分布を決める主な要因は温度と湿度である。またpHにも影響され、例えばエダホコリ属 (ムラサキホコリ目) の一部の種は酸性の樹皮にのみ見つかる。一般的に、陸上植物の多様性・生物量が大きい場所ほど、変形菌の多様性も大きい傾向がある。都市緑地でも子実体が発生することがあり、環境指標への利用の可能性も指摘されている。
例外的に、変形体・子実体形成を行わない単細胞性鞭毛アメーバである "Hyperamoeba" は (上記参照)、淡水や海からも見つかり、またウニの体腔内からも報告されている。"Hyperamoeba" に限らず、変形菌は、水中では子実体形成を行わない。