木沢長政
義堯と元長からは2度に亘って居城の飯盛山城を攻撃され劣勢であったところを、享禄5年(1532年)6月には晴元の要請により蜂起した一向一揆の来援を得て撃退。(飯盛城の戦い)。しかも、この時の一向一揆の進撃は、義堯を自刃させたばかりか、畿内における三好氏の根拠地・和泉顕本寺まで襲って元長も自害に追い込み、堺公方を消滅させている。
しかし、一向宗と法華宗の対立を利用して政敵の排除に成功したものの、一向一揆軍はそのまま大和へ転進し、興福寺などの他宗派との衝突や暴動を起こすなど新たな騒乱を巻き起こしてしまう(天文の錯乱)。そのため、将軍義晴の下で管領となった晴元、管領代茨木長隆の命令を受けて、長政はその対応と鎮圧に追われることになる。そこで今度は一向一揆と対立する法華一揆と結び、その力で一向一揆を追討した。一向一揆の勢力を弱めることに成功すると、今度は法華一揆が邪魔になったため、天文5年(1536年)にこれを打倒した(天文法華の乱)。
その後、本願寺10世法主証如や証如の後見人蓮淳、下間頼慶などと書簡や進物のやり取りを盛んに行い、一向宗との関係修復に努めた。 天文3年(1534年)には元長の遺児である三好長慶と晴元の仲介も果たし長慶を晴元の家臣に組み入れた。また、この時期、細川晴元が山城守護の任にあったが、上三郡(南山城)守護代として他家の家臣である長政を任じている。これは、細川京兆家の前の守護である畠山氏の被官として同国内に持っていた長政の人脈を生かしたいという思惑があったと考えられている。
こうして長政は畿内の実力者の1人として認識されるようになる。