副反応
20世紀後半に、アメリカではワクチン傷害を主張する訴訟が行われるようになった。多くの公衆衛生関係者が傷害の主張には根拠がないとするにもかかわらず、ある家族は同情的な陪審員により多額の賠償金を獲得した。これに対して、いくつかのワクチンメーカーは生産を止め、公衆衛生が脅かされたため、ワクチン障害の訴えから生じる責任からメーカーを保護する法律が作られた。
日本には1976年の予防接種法の改正により、万が一の副反応に対する国による救済制度が設けられている。日本の医療制度の上では、「定期接種」に指定されているものは日本国政府が補償し、「任意接種」は医薬品医療機器総合機構 (PMDA) の救済制度が適用される。
インフルエンザワクチンは「ギランバレー症候群」を誘発する可能性が指摘されているが、これは100万回に1例程度の非常に稀なものである。インフルエンザを発症するとそのリスクは何倍にもなり、ワクチンの接種はそのリスクを減らすことができる。
インフルエンザウイルスを不活化させる際にホルムアルデヒドを使うことがあるが、ワクチンに残存する可能性のあるごく微量(最大で307.5μg)では、人体に自然に存在する量よりはるかに少ないため、健康への影響は無視できるものと結論づけられている。リンゴ1個には428.4 - 1,516.4μgのホルムアルデヒドが含まれ、平均的な新生児は常に約575 - 862μgのホルムアルデヒドが体内で生成されて血液中を循環している。さらに、人体は、ワクチンに存在する少量のホルムアルデヒドと同様に、自然発生するホルムアルデヒドを分解する能力があり、ワクチンに存在する少量のホルムアルデヒドへのまれな暴露と癌を関連付ける証拠はない。