野戦鉄道提理部
また戦争終結により輸送は兵站輸送から一般輸送に切り替わり、名称のみ「野戦鉄道」としたまま、普通鉄道として運営が始まった。実際には一般輸送は引き渡し完了以前の1905年10月21日より奉天以南で軍事輸送の合間を縫って開始され、11月25日に昌図まで拡張。1906年1月4日に軍事輸送の必要がなくなってからは一般輸送に切り替わっており、それを追認した形となった。
この一般輸送が開始された頃、陸軍より臨時鉄道大隊が建設した安東(現在の丹東)-奉天間の安奉軽便線と奉天-新民屯間の新奉線の業務継承が提案されることとなった。
安奉軽便線は、第一軍が1904年5月1日に鴨緑江会戦に勝利、鳳凰城(現在の鳳城)に進撃した際、手押式の軽便鉄道建設が計画されたものを、将来朝満間の鉄道を連結する必要があるとして、京義線建設を行っていた「臨時鉄道大隊」を7月12日に転任させ、蒸気動力の軽便鉄道として建設開始したものである。11月3日には安東-鳳凰城間、さらに延伸工事が進められ1905年2月11日には鳳凰城-下馬塘間を開業させた後、遼陽に向かう予定であったのを変更し、奉天に向けて工事を開始した。
しかし7月15日になると臨時鉄道大隊は新奉線の工事に転任、建設業務は「臨時軍用鉄道監部」が継承した。そして12月15日には、下馬塘-奉天間を竣工し全通させている。奉天への接続は提理部と協議を重ねた結果、蘇家屯経由ではなく野戦鉄道撫順支線と平面交叉を行い、まっすぐ奉天入りすることになった。
この運営も野戦鉄道提理部と同じように、1906年4月1日から軍需品輸送の合間を縫って、建設した臨時軍用鉄道監部が一般営業を行っていたのであるが、同監部が復員することになったため、既に鉄道事業者として経験を積んでいた提理部に引き継ぐことになったのである。
提理部がダルニーに上陸する頃には、日本軍はロシア軍を各地で撃破、北進を続けるとともに、ロシアの重要戦略拠点である旅順要塞の攻略も目前に迫って来た。
軍事作戦支援のために、提理部は直ちに東清鉄道を接収、野戦鉄道への改修に着手した。最初の改修対象となったのは本線と旅順支線、そして柳樹屯支線であった。作業は改軌が中心で、ロシア標準の1,524 mm軌間で敷設されていたものを、日本標準の1,067 mmにするというものであった。その上で日本より輸送した鉄道車両を用いて、兵器・物資・軍需品といった物資や、部隊・傷病者・捕虜などの人員輸送を行うことにしたのである。
この作業により、7月18日には旅順支線のダルニー-南関嶺-後革鎮堡間が開通、日本より輸送して来たB6形蒸気機関車2両により運転を開始した。
さらに提理部は改修を進め、7月26日には本線・南関嶺-金州間と柳樹屯支線が開通、8月1日には本線・金州-普蘭店間と旅順支線・後革鎮堡-営城子間、8月8日には旅順支線・営城子-長嶺子間、8月12日には本線・普蘭店-瓦房店間、8月24日には本線・瓦房店-龍王廟間が開通し、迅速に改修を進めて行った。これはロシア軍が撤退を一時的なものと考え、再占領した際の鉄道整備作業を考慮し各施設を破壊することなく撤退したことから、簡単に改修を行うことが出来たことが大きな要因である。
日本軍の進撃により、東清鉄道は機関車を北方に避難させ、客車のみが取り残された。