リポ多糖
LPSはリピドAと呼ばれる脂質に、多分子の糖からなる糖鎖が結合した構造をとる(右図参照)。糖鎖部分は、コア多糖(またはコアオリゴ糖)と呼ばれる部分と、O側鎖多糖(O抗原)と呼ばれる部分から構成される。グラム陰性菌細胞壁のいちばん外側の部分には、外膜と呼ばれる脂質二重膜が存在しており、LPSは、リピドAの部分が、この脂質二重膜の外層を形成する分子として脂質層に入り込み、糖鎖の部分が細胞外に突き出す形で、グラム陰性菌の細胞表面に存在する。
O側鎖多糖は、3-5種類ほどの6炭糖(ヘキソース)や5炭糖(ペントース)からなる基本構造が、4-40回繰り返した構造を持つ。淋菌や髄膜炎菌など、菌種によっては特に短いO側鎖を有し、この場合はリポ多糖 (LPS) の代わりにリポオリゴサッカライド(リポオリゴ糖、LOS)と呼ぶことがある。O側鎖多糖の構造は、同種の細菌の中でも菌株ごとに異なり、菌体表面の親水性や抗原性に大きく関与する。O抗原と呼ばれる、細菌の表面抗原の本体であり、菌株の分類や鑑別に利用される。例えば大腸菌では約170種類の異なる型のO抗原が知られ、O抗原の違いからどのような病原性を持つ菌株か(O157など)を判別することができる(ただし、病原性自体はベロ毒素によるものであり、LPSの作用ではない)。また、O側鎖はファージに対する受容体にもなり、その菌に対してどのファージが感染しうるかを決定する因子として、ファージ型(phagovar)の決定にも関与する。