DNAメチル化
RLGS法は、複雑で現在はほとんど使われない。メチル化および非メチル化CpG部位を区別する制限酵素を用いる方法で、HELPアッセイと概念が類似している。
この配列の両側に隣接する3塩基対もまた、DNA-Dam結合に影響している。Damは、DNAミスマッチ修復や、DNA複製のタイミング、遺伝子発現などのバクテリアプロセスにおいていくつかの重要な役割を果たしている。DNA複製によって、E. coliゲノムのGATC部位は完全にメチル化された状態から半分がメチル化(ヘミメチル化)された状態になる。これは、新たなDNA鎖に導入されるアデニンがメチル化されていないためである。再メチル化は 新規DNA鎖の複製エラーが修復される間の2-4秒以内に起こる。メチル化あるいはメチル化の欠如によって、細胞の修復装置は鋳型と新生鎖を区別することができる。バクテリアのDam活性の変化によって、自発的変異発生率が上昇することが明らかにされている。バクテリア生存能力は、dam変異体で危険にさらされている。dam変異体で、他の特定のDNA修復酵素活性も欠いていることは、DNA修復におけるDamの役割についてのさらなる証拠となっている。
ヘミメチル化状態を長い間保持しているDNAの一領域は、GATC部位が豊富に存在する複製起点である。これは、バクテリアのDNA複製タイミングの機構の中心に位置している。SeqAは複製起点に結合し、隔離することによってメチル化を妨げている。