鹿島アントラーズ
その後、8月末からの強行スケジュールのツケがコンビを組む三竿とシルバ、得点源のセルジーニョが次々と離脱する形で回り、リーグ戦では28節にてヤンマースタジアム長居でのアウェー・C大阪戦に1-0で勝利し首位になりながらも29節にて降格の危機に瀕していた松本にサンプロアルウィンで引き分けてしまい勝ち点で神戸に3-1で勝利した当時2位のFC東京に並ばれたばかりか、最後に敗れた8月17日のC大阪戦から5試合無敗で追い上げてきた横浜FMに勝ち点差1で迫られると、31節でルヴァンカップ準決勝で敗れたリーグ2連覇中の川崎に0-2で落とし、首位から陥落したのに加え、磐田に勝ったFC東京だけでなく札幌に勝った横浜FMにも躱されて3位に転落する。その後は横浜FMが3連勝しFC東京が湘南、浦和と残留争いを強いられたチーム相手に引き分ける中、エディオンスタジアム広島で広島にスコアレスで引き分け、ホームで神戸に1-3で敗れリーグ優勝の可能性が消滅。4シーズン連続でACL出場権獲得するのが関の山だった。天皇杯では2016年以来3大会ぶり新国立競技場での決勝に進出したが、元日に行われた神戸との決勝では前半18分に永木がペナルティーエリア付近で酒井高徳に奪われるとルーカス・ポドルスキのシュート性のボールをクォン・スンテの弾いたボールが犬飼に当たってしまいオウンゴールで追う展開になると、38分に移籍した西の折り返しがまたしても犬飼がクリアしきれなかったボールをシーズン開幕戦で大分の一員として鹿島スタジアムで2ゴールを奪った藤本憲明に押し込まれて移籍元である大分時代から合わせてシーズン4発目を喰らい勝負あり。0-2で敗れ2002年以来17年ぶりの準優勝、国内3大タイトル3年連続無冠となった。シーズン終了後、大岩剛監督の退任が発表された。
また、アウェイの浦和戦でリーグ史上最速となるリーグ通算300勝を達成。
なお、FIFAクラブワールドカップ2007に本来であれば「開催国枠」として出場する予定だったが、AFCチャンピオンズリーグ2007で浦和が優勝し、大会規定「1カ国2チーム以上出場出来ない」規定によりこの大会への出場は出来なかった。
ナビスコカップは、準決勝でG大阪に1勝1敗ながらアウェーゴール数の差で敗退。
天皇杯は、J2降格が決まっている広島との決勝で勝利し、2度目となるリーグ戦との2冠を達成した。
1月9日、鹿嶋市から11冠達成を称え特別功労賞が贈られ、2月1日には茨城県から県民栄誉賞(2000年度以来2度目)を授与された。
7月29日には前年に引退した本田泰人の引退試合が、1993年のJリーグチャンピオンシップの出場メンバーを中心にした「鹿島アントラーズ1993対ヴェルディ1993」としてカシマサッカースタジアムで開催された。
クラブハウス店(茨城県鹿嶋市・アントラーズクラブハウス1階)
スタジアム店(茨城県鹿嶋市・カシマサッカースタジアムコンコース売店 試合開催日のみ営業)
12節から11年ぶりの7連勝を記録するなどようやく9月ごろから調子が上がっていき、名古屋・C大阪とのACL出場権争いに食い込んでいく。しかし差は詰めるものの29節の名古屋との直接対決で敗れるなどして追い越すことができず、ACL出場権を得ることができる3,4位の可能性を残した5位のまま最終節を迎えた。最終節は勝ち点1差の4位・セレッソ大阪との直接対決となり、勝てば4位以上・引き分け以下で5位が確定するところだったが、拮抗した試合展開の中で83分に松田陸に被弾し先に失点。7分で2点が必要となった中90分にエヴェラウドの得点で追いつき、なお猛攻を仕掛けてラストプレーではエヴェラウドと上田綺世の2人で3本シュートを放つも、相手GKキム・ジンヒョンの2度の好セーブと右ポストに阻まれ、クリアされたところで試合終了。1-1の引き分けに終わって5位となり、5年ぶりにACL出場権を失うこととなった。
ACLはプレーオフからの出場となったが、前述の通り短いオフで戦術が浸透しないままメルボルン・ビクトリーFCとの勝負に挑むこととなり、昨年まで浦和に在籍していたアンドリュー・ナバウトの得点に屈して0-1で敗戦、日本のクラブで初となるプレーオフ敗退となった。
ルヴァンカップはACLプレーオフ敗退によりグループステージからの参加となる。新型コロナウイルス感染拡大により4チームの1回総当たり制に変更となったグループステージで、名古屋と川崎に連敗して敗退が決まった。
なお、本山雅志が7月27日のJ1第17節・浦和戦で、クラブ通算500試合を在籍最長の17シーズン目で達成。また、8月9日のJ1第19節・名古屋戦での山本脩斗の得点で、クラブ公式戦通算100人目を達成。さらに、9月27日のJ1第26節・徳島戦でカイオが、クラブの高卒初年度リーグ戦最多得点となる6得点、赤崎秀平が11月29日のJ1第33節・C大阪戦で、クラブの大卒初年度リーグ戦最多得点となる5得点を更新した。
ヤマザキナビスコカップは9年ぶりに予選リーグで敗退、天皇杯はソニー仙台にPK戦で敗れ、1994年大会以来の初戦敗退となった。
なお、このシーズンをもって中田浩二が現役引退、ルイス・アルベルト、宮内龍汰が契約満了、ジョルジ・ワグネルがECヴィトーリア、前野貴徳が新潟に完全移籍となった。なお1998年のフランス大会以降毎回チームからは日本代表がワールドカップメンバーに選出されたが、大迫が2013年のオフに1860ミュンヘンに移籍した為、チーム史上初めてワールドカップメンバーが誰一人選ばれなかった。