ラミル・サファロフ
取調べが始まると、サファロフはマルガリャンの殺害およびマクチャンに対する殺害の意図を認めた。犯行の動機について聞かれた時、サファロフは以下のように答えた:
私は今までの14年間ずっと軍隊にいますが、もし私が民間人だったらアルメニア人を殺せるかどうかは分かりません。私はそんなことについては考えませんでした。〔ママ〕私の仕事は彼らを皆殺しすることで、彼らが生きている限り、我が同胞がずっと苦しみます。 ..
クティ・バラージュによると、この語学訓練コースが始まった時、知り合ったばかりの参加者たちは様々な国際問題について話し合ったが、そのうちに誰もそれを話さなくなった。また、クティはマルガリャンとアゼルバイジャン軍士官の関係について、何の対立もなかったと言った。マクチャンの隣室に泊まっていたサウルス・パウルス(Saulus Paulus)士官もマルガリャンとサファロフとの間に何の変な雰囲気も現れなかったと言った。他の参加者たちも同様に、アルメニア人とアゼルバイジャン人の間には何の争いもなく、むしろコミュニケーションが全くなかったと証言した。アルメニアに帰国した後、マクチャンが新聞紙「イラヴンク・デ・ファクト」のインタビューで、マルガリャンも彼もアゼルバイジャン軍の士官たちとは一度接したこともなかったと答えた。「彼らはコミュニケーションできるタイプではありません。彼らはいつも、授業が終わると真っ直ぐに自分の部屋に戻っていました」とマクチャンは語った。
また、なぜマルガリャンを先に襲ったのかを聞かれると、サファロフは、マルガリャンがよりたくましくて、スポーツ選手のような体形だったからであると答えた。
一方、裁判では弁護側が殺人の動機について、被害者のマルガリャンがアゼルバイジャンの国旗を侮辱したことが直接な原因であると主張していた。この主張にはいくつかのバリエーションがあり、アゼルバイジャンのメディアやサファロフの擁護者の間で流布していた。例えば、マルガリャンあるいはマクチャンがアゼルバイジャンの国旗に対して小便したり、その国旗を靴磨きに使ったりしたという話や、「アゼルバイジャン人の婦女子の苦しむ声」を収録したオーディオを流したという話があった。しかし、法廷でそれらの嫌がらせ行為を裏付ける証人は1人も呼ばれなかったので、検察側はそういった行為の有無について大きな論争を起こした。サファロフは、取調べに際しても公判でもそれらの主張について触れず、マルガリャンを殺害した原因は単に彼がアルメニア人だったためである、と一貫して主張していた。根拠がないにもかかわらず、国営放送機関を含むアゼルバイジャンのメディアは、国旗に関するバージョンを一日中に放送し、サファロフを国民的英雄に化せた。
サファロフの弁護士たちは裁判で、犯行当時サファロフが不安定な精神状態であり、さらにPTSDも患っていたと主張し、陪審の説得を試みた。さらに、サファロフはナゴルノ・カラバフ戦争によって心的外傷を負っており、彼の家族も故郷のジャブライルではアルメニア人による残虐行為の対象とされていた、とも主張した。