丹後国分寺
鎌倉時代の様子について成相寺の『丹後国田数帳』では、与謝郡に「金光明寺 散在十九町二段卅八歩 御免」、同郡石河庄に「十五町三段十八歩 国分寺」・「十三町六段百九十八歩 国分寺領無現地」の記載が見える。
『丹後国分寺再興縁起』によれば、鎌倉時代末には荒廃して本尊の金銅薬師も盗難に遭っていたが、嘉暦3年(1328年)から建武元年(1334年)にかけて律宗西大寺派の宣基上人によって再建されたことが知られる(中世国分寺)。現在残る金堂礎石群はこの再建時の設計図と一致することが認められている。また再建後の堂宇は雪舟の「天橋立図」(16世紀初頭、文亀元年(1501年)頃か)からも知られる。
その後は再び荒廃したと見られ、永正4年(1507年)の若狭武田氏による大規模な兵乱(府中城侵攻)の際に戦火を被ったとする説があるほか、『国分寺略縁起』では天文11年(1542年)の府中での兵乱による炎上を伝える(他史料でこの兵乱は知られない)。現在残る礎石群にも火熱痕が認められるため、少なくとも火災によって建武期伽藍は失われたと推定される。
江戸時代に入り、天和3年(1683年)に洪水で失われたのち、高台上に再建された(近世国分寺:現国分寺)。焼失(戦国期)から洪水(天和3年)までの伽藍は記録上・遺構上とも詳らかでないが、一帯の小字名から建武期・近世期とは配置を別とする再々興伽藍を想定する説が挙げられる。