U.S.S.ディファイアント
【出生地】 地球 北アメリカ大陸 ニューヨーク北部
【両親】 ヘンリー・アーチャー、サリー・アーチャー
高名なワープドライブ研究者ヘンリー・アーチャーの息子。ジョナサン・アーチャーは宇宙艦隊初となるワープ5での航行が可能な宇宙艦エンタープライズNX-01の船長に任命された。探検家として、また平和の使者として、惑星連邦で彼の名を知らぬ者はいない。エンタープライズの先駆的な航海は、アーチャーの時代の地球人が知らなかった何十もの星の子供たちが学校で学んでおり、後の歴史家ジョン・ギルは彼のことを「22世紀の最も偉大なる探検家」と絶賛した。彼はその生涯で数回の勇敢勲章、スタークロス賞、プレンタレス・リボン賞、惑星連邦名誉表彰といった数々の褒賞を受けた。また2164年にアンドリア人のシュラン将軍により、アンドリア防衛軍の名誉士官にも選ばれた。アーチャーはその栄誉を称えられてガンマトライアンギュリ星域のアーチャー星とおおぐま座61番星のアーチャー4号星の、2つの惑星の名前になった唯一の地球人である。アーチャー4号星はこの有名な探検家が最初に発見したMクラス(地球タイプ)惑星であったが、その惑星は大気中に含まれる毒性花粉のため22世紀中は居住ができなかった。