MLBコミッショナー
彼の任期中にはブラックソックス事件の関係者以外にも、チームメイトに八百長を持ち掛けたハル・チェイスとヘイニー・ジマーマン、賭博師と繋がりがあったジーン・ポーレット、他チームの選手に八百長をしないかと持ち掛けたジミー・オコンネルとそれをけしかけたコジー・ドラン(コーチ)、野球の試合を賭博に利用したウィリアム・コックス(オーナー)、試合を投げ出したいと他チーム選手へ手紙を送ったフィル・ダグラス、盗難車販売の告発を受けたベニー・カウフと数多く永久追放された。
時には慎重な姿勢も見せたために、ランディスに次ぐ権力を持ち、不正の追及に積極的だったアメリカンリーグ会長のバン・ジョンソンとは対立することも多かった。1926年にデトロイト・タイガースのタイ・カッブ、クリーブランド・インディアンスのトリス・スピーカー両監督が八百長試合を取り決め、行った疑惑が浮上した際には2人は潔白だとの考えを示した。オーナーたちからの支持を取り付け、カッブとスピーカーを告発したジョンソン会長から権力を奪うことに成功している。
ニグロリーグの黒人選手への門戸を開くことには否定的だった。ランディスは亡くなる1944年までコミッショナーを続けた。命令は絶対であり、「野球暴君」として恐れられた。彼の功績を称え、MVPの正式名称は「ケネソー・マウンテン・ランディス賞」と呼ばれている。
ボウイ・キューンはフリーエージェント(FA)の導入には否定的であり、選手会会長のマービン・ミラーとは激しく対立した。1969年オフにカート・フラッドが認めるように願い出たFAの申請を拒絶。 選手の自由移籍を禁止する保留条項を独占禁止法違反だと主張したフラッドの提訴によってフラッド対キューン裁判は最高裁まで争われることになった。激化した労使間対立は1981年に発生した50日間に及ぶストライキでピークに達した。
賭博行為への関与と拳銃の不法所持が発覚したデトロイト・タイガースのエース、デニー・マクレインを1970年に(のちに開幕から3カ月の出場停止に変更)、カジノで顧客担当として働いていたウィリー・メイズとミッキー・マントルを1983年にそれぞれ永久追放処分にしている。
オーナー寄りのコミッショナーと見られていたが、オークランド・アスレチックスのチャーリー・O・フィンリーオーナーとは対立した。フィンリーは1973年のワールドシリーズで失策を連発したマイク・アンドリュースに強制的に診断書を書かせて故障者リスト(DL)入りさせたが、キューンはこれを撤回するように命じている。また、1976年にボストン・レッドソックスとニューヨーク・ヤンキースに350万ドルで数選手を売却しようとした時には試合に悪影響を与えるという理由で契約を阻止した。
ボウイ・キューンは労使双方から攻撃されて契約の更新に失敗。ピーター・ユベロスが1984年10月1日に第6代コミッショナーに就任した。
ユベロスは1985年に2年前に永久追放処分を受けたウィリー・メイズとミッキー・マントルを復権させた。また、ピッツバーグ薬物裁判に関連してコカインを所持または販売に関与していた11人の選手を1986年2月に条件付きの出場停止処分にしており、ブラックソックス事件に次ぐ厳しい処分と言われた。
表面上は労使協調をうたいながら、オーナーとゼネラルマネージャーたちに対してFAとなった選手たちと契約しないよう共同謀議を働いたとされている。調停委員会の調査によって共同謀議が認められ、最終的に1990年12月に労使間の和解が成立。経営者側が被害を受けたとされる選手側に対して総額2億8000ドルを支払うことになった。
テレビ放映権を三大ネットワークの一つ、CBS放送に1990年からの4年間総額10億6000万ドルで売却するなど、MLB経営の大幅な黒字転換に成功したにもかかわらず、共同謀議の調査結果の発表後、1989年シーズン開幕前に辞任した。