日本基督教団
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1944年11月に日本基督教団の信条委員会は『日本基督教団信仰問答』を作成した。「総説」は以下の通り。
問い二、日本基督教団の本領は何処にあるか。
答え、我が教団の本領は皇国の道に則りて、基督教立教の本義に基き国民を教化し以って皇運を翼賛し奉るにある。
問い三、皇国の道に則るとは如何なる意味であるか。
答え、皇国臣民の自覚に立って万古不易なる国体を奉戴し、忠孝一本の大義に循つて臣節を全うし、光輝ある肇国の理想を世界に宣揚することである。
問い四、基督教立教の本義とは如何なる意味であるか。
答え、イエス・キリストによって啓示せられ、聖書の中に証示せられ、教会に於いて告白せられたる神を信じ、その独り子イエス・キリストを救主と仰ぎ、聖霊の指導に従い、心を尽くして神と人とに仕え、以って臣道を実践し、皇国に奉ずることである。
また、日本基督教団では教師となると信徒としての教籍(信徒籍)を喪失して、教師としての教籍(教師籍)を得て籍の上では信徒とは区別される。
こうした、二種教職制や信徒籍/教師籍の区別は、信徒と牧師、あるいは牧師同士に職分ではなく身分としての「区別」を与えるものであり、「万人祭司(全信徒祭司)」に代表されるプロテスタントの理念に反するという批判がある。批判・抗議の意思を表すため、あえて正教師試験を受けない補教師や、補教師試験を受けない信徒伝道者が存在する。(信徒伝道者そのものの伝統を持つ旧教派・教会もあるので、現にいる信徒伝道者が全てこれにあてはまるわけではない。)また、誰もが各個教会の信徒であり、その中から牧師を立てるという伝統のある教会・グループの中には、運用上、教師も信徒として各個教会の会員名簿に載せているところもみられる。その他、教会・教区として補教師の聖礼典執行を容認することが出来るかどうかの議論(兵庫教区等)や、日本基督教団紛争下で教団内グループが独自に執行した按手礼は有効かといった議論がある。
補教師(伝道師)は教団の教憲教規上、聖礼典(洗礼・聖餐)の執行ができないことになっている。一方で、補教師の主任担任教師としての招聘、赴任そのものは制度上も認められており、こうした教会では日常的に聖礼典の執行が行なえない(聖礼典執行の際は外部から正教師資格を持つ牧師を招かねばならない)という矛盾が生じる。教師に正教師と補教師が存在する二種教職(二重教職とも)制は、第二次大戦下の宗教団体法が、日本基督教団統理者(現在の日本基督教団議長)と教会主管者(現在の主任担任教師)の双方を「教師タルヲ以テ充ツベシ」と規定していたことから、もともと各教派ごとに異なる教師制度であった(教師をおかない教派もあった)ものを、1941年の日本基督教団成立時に二種教職制とすることで対応した制度制度が、戦後もそのまま残存したものである。また二種教職制については、按手をうけていない補教師が正教師の執行する聖礼典の伝統や作法を継承するためにあえて存続の意義を見る考えもある。
この総会での決定・付託に基づき、常議員会で内容が検討・採択され、1967年3月のイースターに、教団総会でも議長を務めた鈴木の名で「第二次大戦下における日本基督教団の責任についての告白(通称:戦争責任告白)」が発表された。
しかし、教団内でも戦争責任の有無やとらえ方にさまざまな立場があり、1941年の教団成立の経緯の理解も含めて、戦争責任告白の存在を「日本基督教団信仰告白」の地位をおびやかすものだと考える人々も一部にあるなど、その評価は必ずしも一定していない。
若い世代には比較的支持されたが、歴代の日本基督教団総会議長や教団の幹部たちから、当時の時世を思うと、平和な時代に生きる人たちが一方的に戦争責任を問い、これを非難することは許されないし、神の摂理によって設立された教団の存在意義を否定することになるとして、鈴木に反対意見が提出された。戦争責任告白を巡る対立収拾の為に5人委員会が設けられた。この反対の為に、教団名義ではなく、総会議長・鈴木の名で発表されたと言われている。