西日本旅客鉄道
福井地域鉄道部
敦賀地域鉄道部
2000年(平成12年) 3月11日:山陽新幹線「ひかりレールスター」が運転開始。 3月31日:鷹取工場が閉鎖。4月1日より網干総合車両所に継承。 8月17日:新幹線で専門職としては初の女性運転士が誕生。
2001年(平成13年) 4月1日:七尾線 穴水駅 - 輪島駅間(のと鉄道が第2種鉄道事業者)の第3種鉄道事業廃止。 6月22日:改正JR会社法が公布(成立は2001年6月15日)。本州3社が本法の適用から除外され、JR西日本の純粋民間会社(非特殊会社)化が実現。 7月1日:山陽本線(和田岬線)兵庫駅 - 和田岬駅間が電化。 7月7日:山陰本線 安来駅 - 益田駅間の高速化事業が完成。キハ187系・キハ126系気動車が営業運転開始。 10月1日:旅行業部門 (Tis) が日本旅行に譲渡される。
2002年(平成14年) 7月1日:大阪環状線・片町線(学研都市線)で、関西では初めて女性専用車が試験導入される。 10月1日:大阪環状線・片町線(学研都市線)で女性専用車が本格導入。 10月5日:「広島シティネットワーク」の呼称が使用開始。 11月6日:東海道本線塚本駅 - 尼崎駅間で救急隊員死傷事故が発生。1名死亡、1名重傷。 12月2日:女性専用車がJR京都線・JR神戸線などへ拡大。
2003年(平成15年) 3月15日:小浜線 敦賀駅 - 東舞鶴駅間が電化。 4月1日:会長に南谷昌二郎、社長に垣内剛が就任。 10月1日:宇野線・本四備讃線(瀬戸大橋線)で運行されている快速「マリンライナー」を223系5000番台とJR四国の5000系電車に置き換えて運行開始(岡山エリアでの新型列車投入は約20年ぶり)。
また、京阪神地区でも一部で国鉄車両が残存しており、大和路線(関西本線)・奈良線・加古川線・播但線では2023年6月時点でも国鉄車両が運行されている。福知山線では2015年まで、大阪環状線・桜島線では2019年まで、阪和線では2020年3月、おおさか東線では2022年3月、草津線・湖西線では2023年4月まで国鉄車両が運行されていた。大和路線の国鉄車両201系は221系への置き換えにより2023年度までに運行を終了する予定である。
かつてはJR旅客6社で唯一、自社が保有する営業車両が他のJR旅客5社すべてに乗り入れている会社であったが、2015年に臨時寝台特急「トワイライトエクスプレス」が廃止されたため、JR北海道への乗り入れはなくなった。その他4社へはその後もJR西日本が保有する営業車両が乗り入れている。他社エリアの都道府県では、東海道新幹線および在来線で岐阜県、愛知県、静岡県、神奈川県、東京都に、在来線で香川県に、北陸・九州新幹線でさらに群馬県、埼玉県、佐賀県、熊本県、鹿児島県に乗り入れている。JR旅客6社の中で自社車両が乗り入れる他社エリアの都道府県の数はJR西日本が最も多い。
車両は大部分が近畿車輛と川崎重工業にて製造されており、一部に日本車輌製造、日立製作所、新潟トランシス 製が存在する。電車の制御装置は三菱電機、東芝製が大多数を占め、一部に日立製作所、東洋電機製造製のものが存在する。気動車のエンジンは小松製作所のSA6D125系・SA6D140系を標準としている。なお、JR西日本では電車の制御装置や台車には社内形式が存在するものの、ディーゼルエンジンに社内形式を付与していない。
宇野郁夫 - 元社外監査役
梅原利之 - 元金沢支社長、元鉄道本部長
曽根悟 - 元社外取締役
筒井義信 - 社外取締役
野村明雄 - 元社外取締役
11月1日:ICカード「ICOCA」のサービスが開始。 12月1日:可部線 可部駅 - 三段峡駅間が廃止。
2004年(平成16年) 3月12日:独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が保有していた株式が全て売却され、完全民営化。 7月18日:福井豪雨で越美北線が不通になる。 8月1日:こどもICOCAのサービスを開始。ICOCAとSuicaの相互利用が開始。 12月19日:加古川線 加古川駅 - 谷川駅間が電化。
2005年(平成17年) 2月18日:山陽新幹線に自動改札システムが導入。 3月1日:桜井線全線へICOCAが導入。 4月25日:福知山線(JR宝塚線)尼崎駅 - 塚口駅間で、運転士と乗客を合わせて、107名が死亡し、562人が重軽傷を負う列車脱線事故(JR福知山線脱線事故)が発生。尼崎駅 - 宝塚駅間が不通となる。この事故によりJR西日本にある様々な問題点が明らかになり、日本の鉄道業界にも大きな影響を与えた。同区間は6月19日に運転再開。 10月1日:ICOCA電子マネーのサービス開始。 12月1日:321系電車が運転開始。
2006年(平成18年) 1月6日:JR羽越本線脱線事故を受け、列車運転見合わせの風速規制値を30m/s以上から25m/s以上に強化。 1月21日:ICOCAとPiTaPaの相互利用開始。 1月24日:伯備線で保線作業中に作業員をはねる伯備線保線作業員死傷事故が発生。3名死亡、2名軽傷。 2月1日:社長に山崎正夫が、倉内憲孝が会長就任前提で顧問に就任。J-WESTカードサービス開始。 3月1日:富山港線廃止。富山ライトレールに移管(同年4月29日開業)。 4月1日:「経営理念」が廃止されて、新たに「企業理念」および「安全憲章」が制定。
2021年度の1日平均の運輸取扱収入額は以下のとおりであった。
1位 広島駅 - 7935万6千円
2位 新大阪駅 - 7861万6千円
3位 大阪駅 - 7694万1千円
4位 岡山駅 - 6383万1千円
5位 博多駅 - 6337万円
6位 京都駅 - 5047万円
7位 新神戸駅 - 4224万4千円
8位 姫路駅 - 3474万6千円
9位 金沢駅 - 3096万7千円
10位 小倉駅 - 2685万円4千円