上杉氏
長尾上杉家以外の系統も江戸時代まで血統が続いた。深谷家嫡流の上杉氏憲の嫡男・憲俊は氏憲と共に久保田氏に改め、氏憲の弟・吉次の子孫は旗本として存続し、幕末ペリー来航時に80代の高齢にもかかわらず、大目付・海岸防禦御用掛を兼務した上杉盛房を子孫から出した。宅間上杉家も旗本になったといわれる。
上杉満定の男系子孫である加々爪家は江戸幕府譜代大名となった。上条政繁(上杉入庵)の次男・上杉長員の子孫は、旗本(高家)上杉家として存続し、領地は下総国印旛郡・千葉郡などである。長男・景広の子孫は能登畠山氏として上杉家に仕え、三男・義真の子孫も旗本(のち高家)畠山家、元禄赤穂事件で上杉綱憲の挙兵を止めたのがその末裔である畠山義寧(千坂や色部だというのは俗説)である。
また米沢藩士としても山本寺家など上杉家の庶流が存続した。上杉氏には数多くの分家があり、上杉頼重、上杉憲房の子の代で分かれた以下の系統が著名である。室町時代は隆盛したが、戦国時代以降の混乱によりいずれも没落しており、その末裔は前記のように旗本や諸藩士になる者が多く、江戸時代に大名として存続したのは三条長尾家から上杉謙信を養子に迎えた山内上杉宗家のみである。また、庶流の加賀爪上杉家は一時的に大名となったが改易された。
藤原高藤(勧修寺流)-定方-朝頼-為輔-説孝-頼明-憲輔-盛実-顕憲-盛憲-清房-上杉(藤原)重房
上杉景勝は織田信長の横死後、信濃・越中に侵攻、天正12年(1584年)には、富山の役に先立ち越中衆が佐々成政に奪われた複数の城も奪還した。翌年に成政が秀吉の大軍の前に降伏し、大坂に留めおかれると、前田利長とともに越中内に城将を置き、佐々遺臣の蜂起に備えた。天正14年(1586年)6月、上洛して秀吉と会見し、養子の畠山義真(当時は上杉姓)を人質として差し出して臣従する。その際、越後5郡(岩船・蒲原2郡は新発田ら揚北衆が自立)・越中半郡(富山城は破却されており、天神山・宮崎など数城のみ)・信濃4郡(小県と上野の吾妻・利根2郡は真田が豊臣大名として独立)を安堵され、左近衛権少将に任じられる。
天正15年(1587年)に下越の新発田重家らを攻略して越後をほぼ再統一(津川城のみ1595年まで伊達のち蒲生領および豊臣直轄)。同年、秀吉から惣無事令にかかわらず、佐渡・出羽両国は上杉家の切り取り勝手とされる。
戦国時代には関東における覇権を新興勢力である後北条氏に押され、山内上杉家の15代当主上杉憲政は、越後の守護代であった三条長尾家の長尾景虎(後の上杉謙信)に上杉家の家督を譲った。景虎は山内上杉家の家督を継いで上杉政虎(輝虎)と名乗り、関東管領に就任した。これにより再び上杉氏は勢いを取り戻し、謙信晩年には能登・加賀まで勢力を伸ばす。
謙信の家督を継いだ上杉景勝(越後長尾氏の上田長尾家の出身)は豊臣政権の五大老を務め、会津藩120万石、江戸時代は米沢藩30万石(実高51万石)を領した。
後に無嗣の危機に瀕したこともあり15万石(実高33万石)に減知されたが、幕末まで 大名としての地位を維持した。明治維新後は華族に列し、伯爵(分家の米沢新田藩は子爵)を授けられた。
ほかに江戸幕府の旗本にも上杉氏4家(上条・深谷・加賀爪・宅間)があり、上条上杉は高家となる。加賀爪上杉と深谷上杉からは、江戸南町奉行・大目付・勘定奉行などを務める当主が出ている。