琵琶湖の固有種
魚類の生息数を把握することは難しいが、漁獲高でみると1980年代をピークに減少が続いている。固有種のワタカ・ヒガイの仲間・ナマズの仲間は、1950年代以降は回復する兆しがなく、これらの減少は1960年代以降の内湖の干拓の影響が大きいと考えられる。一方で、固有種のフナの仲間は1970年以降に進められた湖岸堤の建造に伴う湖と水田との分断、固有種ホンモロコは1992年以降の瀬田川洗堰による水位操作の影響により減少していると考えられている。
また外来魚の増加の影響も指摘されている。オオクチバス・ブルーギルに加えて2010年代からはコクチバス・アメリカナマズも増加しており、それらによる食害のほかヌマチチブと固有種イサザの産卵場所の競合も影響がある可能性が指摘されている。