丸井今井
2005年6月24日に発表された再建計画の中で、当店は基幹3店舗の一つとして新設会社の2代目丸井今井に引継がれ、有名ブランドを導入を含む改装や駐車場整備などの投資を行って、ファッション重視の都市型百貨店としての性格を強めた。
2009年の3度目の再建計画でも存続店となり、7月31日に新会社「函館丸井今井」に事業を譲渡し、8月1日に新体制で営業を開始した。
函館を中心とした道南地方の景気は道内でもとりわけ厳しいため、函館店の経営の先行きについて厳しい見方がされていた。その後は黒字転換して、2012年3月期で売上高が前期比2.3%減の約100.15億円と、減収は続いているものの、最終損益は約2.29億円と前期比14.5%増、売上高営業利益率も3.47%で、札幌丸井三越の0.91%を大きく上回るなど、厳しい環境下で健闘している。
旧店舗跡は函館市が1970年から2002年まで、末広町分庁舎として使用した後、外観保全および安全性確保のため、改装工事を実施。2007年4月より「函館市地域交流まちづくりセンター」として活用されている。
明治の終わりごろに、創業者今井藤七が出身地の新潟県三条に今井家の離れ座敷として建設し、後に三条店として地場物産の仕入れ拠点や地元新潟県採用の社員育成の教育機関として使用されていた。
4代目社長今井春雄の時代の拡大路線の失敗を受けて、2000年春に売却するとの報道が流れたため、三条市内の有志らが集まって「保存市民の集い」を設立して募金活動を展開した。その募金の寄付を受けて三条市が当社より譲渡を受け、2002年4月に三条市の保存条例により、丸井今井邸保存会が市の委託を受けて管理運営する丸井今井邸として地域文化や教育活動に使われる市民のための公共文化施設となっている。
2006年6月22日に隣接する精肉店工場から出火、延焼し邸宅の一部が焼けたが、2007年初頭までに改修を終え、活用を再開している。
また、創業者出身地としての縁から2004年7月13日に発生した新潟・福島豪雨(7・13水害)では、丸井今井から三条市に対し義援金を寄付した。