二次構造
The Dictionary of Protein Secondary Structure(略称DSSP)は、一文字表記を使ってタンパク質二次構造を記述するために一般的に用いられている。二次構造は1951年(タンパク質構造が実験的に決定されるよりも前)にポーリングらによって提唱された水素結合パターンに基づいて割り当てられる。DSSPが定義する8種類の二次構造は以下の通りである。
G = 3-ターンヘリックス(310ヘリックス)。最小長は3残基。
H = 4-ターンヘリックス(αヘリックス)。最小長は4残基。
I = 5-ターンヘリックス(πヘリックス)。最小長は5残基。
T = 水素結合したターン(3、4、5ターン)
E = 平行あるいは逆平行βシート配座の伸長鎖。最小長は2残基。
B = 孤立したβブリッジ(単一ペアのβシート性水素結合形成)残基
S = ベンド(唯一、水素結合に基づかない割り当て)
C = コイル(上記のいずれにも該当しない残基)
「コイル」はしばしば ' '(空白)、C (coil)、または '–'(ダッシュ)と表記される。ヘリックス(G、H、I)およびシート配座は全て妥当な長さを持つことを必要とする。これは、タンパク質構造中の2つの隣接した残基同じ水素結合パターンを形成しなければならないことを意味する。ヘリックス性またはシート性水素結合パターンが短かすぎる場合は、それぞれTまたはBと指定される。