七尾線
特急「能登かがり火」の列車番号は3000番台が付番され、下りが3001Mから始まる奇数、上りが3002Mから始まる偶数となっている。特急「花嫁のれん」の列車番号は8000番台が付番され、下りが8011Dから始まる奇数、上りが8012Dから始まる偶数となっている。特急「サンダーバード」の列車番号は金沢駅で列車番号を変更し、IRいしかわ鉄道線内と七尾線内は北陸本線内の列車番号から2000を差し引いた2000番台が使われる。エル特急「しらさぎ」と特急「はくたか」の列車番号も3000番台が使われていた。いずれも金沢駅で列車番号が変更され、エル特急「しらさぎ」は単純に3050を足した列車番号が使われていたが、特急「はくたか」は金沢駅 - 越後湯沢駅間とは奇数・偶数が逆転した独自の列車番号が使われていた。
金沢駅 - JR七尾線(高松駅発着を含む)間の普通列車の列車番号は、上りが820M、下りが823Mから始まる番号が運転区間にかかわらず順番に付番され、かつての小松駅発着を含めて、直通先のIRいしかわ鉄道線内でも列車番号の変更をしない。