自然哲学の数学的諸原理
真空中の物体の運動法則
当初、王立協会は同書の出版について資金提供などを行うと確約していたが、編纂が終了し、いよいよ出版という段になって王立協会が深刻な予算難に陥り(全くといっていいほど売れなかった書籍のために費やされてしまっていたといわれる)、王立協会からの資金提供を受けられなくなってしまったことから、已む無くエドモンド・ハレーが出版費用を工面した上での自費出版にせざるを得なかった。
出版に際し、ロバート・フックから剽窃であるなどと批判を受けた。この件について執筆するきっかけを作ったエドモンド・ハレーが仲裁に入り、ニュートンにフックへの謝辞を同書に載せるよう勧めたが、ニュートンがこれを拒否し、該当部分に注釈が入るに留まった、というエピソードがある。