海峡線
2013年(平成25年)11月11日:竜飛海底駅の見学コース終了に伴い、竜飛海底駅が全列車通過となる。
2014年(平成26年)3月15日:竜飛海底駅・吉岡海底駅・知内駅が廃止。竜飛海底駅、吉岡海底駅はそれぞれ竜飛定点、吉岡定点となり、知内駅は知内信号場となる。
2015年(平成27年) 4月3日:青函トンネル内を走行していた特急「スーパー白鳥34号」の車両下で発煙する事故が発生し、青函トンネル開業後初めて、乗客・乗員が竜飛定点を経由して地上へ避難する事態になった。同月10日にはこの事故を受け、避難誘導マニュアルの改訂がなされる記者会見がなされた。また、7日に社内委員会を設置したと発表された。 8月10日:北海道新幹線関連工事に伴い、同日限りで津軽今別駅が全列車通過となる。 8月21日:EH800形電気機関車の故障が発生。札幌貨物ターミナル駅行きの貨物列車運行において知内町側の出口まで約5 km地点のトンネル内で緊急停車し、電圧の変換装置を電流停止の応急処置後に運転再開、木古内駅へ到着後にJR貨物社員が故障を確認した。JR北海道の発表では、この故障の障害の影響で特急列車4本が最大53分遅延した。