光厳天皇
一行は劣勢を極め、近江国番場宿(現:滋賀県米原市)にて、佐々木道誉が差し向けたとも言われる2、3000人余りの野伏に進路を阻まれた。
そして5月9日、番場麓の辻堂(現在の蓮華寺)にて、行く手を阻まれ最期を悟った仲時ら武士430余人は、光厳らの御前で自害した。この際、危うく光厳らも巻き込まれるところだったが、仲時の一言で難を逃れた。『太平記』では、光厳らの様子を次のように記している。
光厳は両上皇・康仁とともに捕らえられ、幽閉された長光寺にて剣璽や累代の御物を没収された。翌日、伊吹山太平護国寺に移される。そして、5月17日、伯耆国船上山に移徙していた後醍醐の詔勅によって、光厳在位中の元号(正慶2年→元弘3年)、補任、立太子、院号宣下(崇明門院→禖子内親王)などが取り消されてしまう。『光厳天皇―をさまらぬ世のための身ぞうれはしき』(深津 2014)の著者であり、国文学者である深津睦夫は、光厳は天皇としての政治的行為のすべてを無かったことにされ、「光厳天皇」の存在そのものを全否定されたとしている。5月25日、後醍醐の詔によって光厳は退位した(廃位)。
その後5月28日に帰京し、持明院殿に遷御した。帰京より1カ月程した6月26日、持明院統の当主であった後伏見が失意のあまり出家し、光厳にも文書を出して出家を勧めた。
(→#治世)
ところが、足利将軍家の内訌である観応の擾乱が起き、観応2年(1351年)11月、尊氏が南朝に降伏して正平一統が成ると、北朝は一時的に廃止された。崇光は廃位され、光厳院政も停止された。さらに翌年には、南朝によって大和国(奈良県)の山奥である賀名生に拉致されてしまう。(→#正平一統と三上皇拉致)
程なくして北朝は復活することとなるが、皇子である弥仁王践祚の計画に失望して幽閉中に出家し、禅宗に帰依した。延文2年(1357年)2月、帰京。晩年に持明院統の相続を定め、その後の伏見宮の成立や存続に深く関与している。(→#出家と帰京・#伏見宮との関係)
その後丹波国山国(現:京都府京都市右京区)に常照皇寺を建立し、同地で修行して悟りを得た。貞治3年(1364年)7月7日、常照皇寺にて崩御。宝算52(満51)。(→#晩年・崩御)
南北朝合一以降も、自身の皇統が独占して天皇を輩出していくことになるが、明治44年(1911年)、自身の子孫である明治天皇が世論の煽りを受けて南朝の天皇を正統とした結果、『皇統譜』から除外され歴代天皇の地位を消失した。(→#歴代天皇からの除外)
その生涯は、始終乱世に翻弄され、さらに最終的には二度も皇位を否定されるなど、天皇としても数奇なものであった。しかし、そのなかでも花園上皇の教えを守り、真摯に政務に向かったとされる。光厳は、治天の君として民衆を思いやり、生涯にわたって君主としての責任を果たそうとした天皇と評価されているが、「したたか」な為政者像も提示されている。(→#人物評)
岩佐は、この御製と次の風雅集471番の御製を風雅集光厳院詠の極北としている。勅撰集に撰ばれた歌の中で、燕を詠んだものはかなり少ない。

内裏の乞巧奠は清涼殿の庭に九本の燈火を立てるが、それを詠んだものとされる。
光厳は治天の君として正式に院政を開始する。
一方、比叡山に立て籠もっていた後醍醐は、10月に比叡山より下山し、11月2日に光明天皇に三種の神器を譲与し、光明天皇より尊号宣下がなされた。そして、「後醍醐上皇」との融和策の一環として、後醍醐の皇子である成良親王が光明天皇の皇太子となった。しかし、「後醍醐上皇」は12月21日に京都を脱出して大和国吉野に拠り、皇位の回復を宣言した。そして、京都の朝廷では成良親王が廃太子され、光厳の第一皇子である興仁親王(のちの崇光天皇)が立太子した。ここに南朝と北朝の天皇が並立する、南北朝時代が始まる。
なお、国文学者である岩佐美代子は、光厳の次の御製はこの時期に詠まれたものと考えている。
建武3年(1336年)11月7日に『建武式目』が制定される。こうして新たな武家政権である室町幕府が成立し、正則な伝統への回帰が志されることとなる。治天の君光厳のもとでも、公家社会の平常な姿を取り戻すべく努力が開始され、朝廷と幕府とが並び立ってそれぞれの役割を果たす体制の回復も試みられることとなった。
建武4年(1337年)12月28日、太政官庁にて光明天皇の即位礼が行われ、光厳は門前に車を立てて見物している。暦応元年(1338年)11月19日に、光明天皇の大嘗祭が行われた。
吉野に拠った後醍醐は、暦応2年(1339年)8月に崩じたが、それまでに後醍醐の主だった武将も相次いで戦死してしまう。南北朝の初期段階で、早くも北朝の優勢が決した。