伏見宮
宝暦10年(1760年)、他の宮家とは異なり、伏見宮は邦忠親王まで全て実系で宮家を継承してきたが、邦忠親王が王子を残さず薨去すると、世襲親王家との血縁を近くしたい天皇の意向もあって、桃園天皇の皇子である貞行親王が伏見宮を嗣いだ。貞行親王が夭逝したのちも、朝廷はまだ誕生していない後桃園天皇の皇子を伏見宮の後継者とするように定めた。ところが、崇光天皇以来持明院統の嫡流であり、しかも実系で宮家を継承してきたという矜持を持つ伏見宮家側は、幕府との血縁を利用して、実系継承に戻すよう幕府に工作する。そして、邦忠親王の弟である寛宝法親王を還俗させ、邦頼親王として家督を継承させることに成功した。伏見宮は15年ぶりに崇光上皇以来の実系に戻ったのであった。
歴代当主はその時々の天皇の名目上の養子(猶子)として親王に任ぜられ、皇位継承権を有した。そして、江戸中期から幕末にかけて、実際に天皇の候補とされた当主も2人おられる。
さらに、宮家に当主不在の時は天皇の皇子(貞行親王)が伏見宮家に入ったり、天皇の皇女2人(福子内親王、秋子内親王)が伏見宮家に降嫁している。
しかし、江戸時代においては朝廷内においては五摂家が圧倒的な力をもっており、天皇の血筋まで受け継いで(皇別摂家)席次は四世襲親王家よりも五摂家の方が上であった(「禁中並公家諸法度」第二条)。 *但し、皇別摂家が皇位継承権を有したことは一度もない。
幕末には伏見宮出身の輪王寺宮公現法親王が奥羽越列藩同盟の盟主として「東武皇帝」として即位していたという説もある。
)消沈した栄仁親王は出家入道してしまった。近臣庭田経有朝臣は「凡そ天照大神以来一流の御正統、既に以て失墜、言語に絶するものなり。只、悲涙に溺れおわんぬ」と述べている。また、伏見御領を後光厳天皇皇統の皇位継承を支持する足利義満に没収された。義満の死後に亡き光厳法皇の命令をもとに伏見御領は返還され、崇光の子孫も主に伏見殿に住む。
後光厳天皇皇統の断絶によって、伏見宮貞成親王の第一王子彦仁王が後小松上皇の猶子として即位した(後花園天皇)。後小松上皇の崩御の際には、正嫡である崇光天皇皇統が皇位継承するべきとする貞成の本望が叶わず、後花園天皇が後光厳天皇皇統の後継であると再確認された。しかし、後小松院の「遺詔」に「旧院仙洞は伏見宮の御所たるべからず」「貞成に尊号(太上天皇)あらば後光厳院の御流、たちまちに断絶せんか。尊号の御沙汰あるべからず」とされていたにもかかわらず、貞成親王は将軍足利義教の申し出で京都の旧後小松上皇御所の隣の邸宅に移住し、やがて後花園の「兄」として尊号宣下がなされ、貞成は皇位を踏まずして太上天皇となった。その後、貞成の第二王子で後花園天皇の実弟にあたる貞常親王が4代目となったが、貞常親王は後花園天皇から永世「伏見殿」と称することを勅許され、伏見宮には天皇との「水魚」の関係、すなわち天皇を支える立場となることが期待された。