マックス・フォン・ペッテンコーファー
1876年にロベルト・コッホは炭疽菌を発見し、これが動物の炭疽の原因であることを証明した。さらに1882年に結核菌を発見したことによって、ヒトにおいても細菌こそが病気の原因であり、それがいわゆるコンタギオンとして伝染しているという「細菌=病原体説」が提唱され、細菌学が一気に医学分野の最先端として隆盛を迎えた。しかし病気の原因が環境汚染にこそあると考え、公衆衛生の重要性を第一に考えていたペッテンコーファーは、この説に異論を唱え、しばしば細菌学研究者と論争を起こした。例えば、1888年にはパリの灌漑農場拡張事業の是非を巡って、病原細菌が灌漑地に蓄積される危険性を指摘し反対の立場をとったルイ・パスツールに対して、「細菌学者の机上の理論でしかない」と反論し、灌漑賛成の立場をとった。
ペッテンコーファーが行った論争のうち、最も有名なものはコレラに関するものである。ペッテンコーファー自身は、上述したように、コレラ発生の原因として複合病因説を提唱して、自他ともに認めるコレラ研究の第一人者になっていたが、1883年にコッホがコレラ患者からコレラ菌を分離し、本菌こそがコレラの病原因子であると主張したことで、ヨーロッパ医学界を二分する大きな論争に発展した。
また、ペッテンコーファーは、衛生学の第一人者として細菌学者らと論争しただけでなく、同じ衛生学の分野でも論争を起こしていた。
美術品に用いられていた古代ガラス(アヴェンチュリンやヘマチンなど)のイミテーションを作るために必要な色素を開発した。この業績によって、芸術を愛したことでも知られるルートヴィヒ1世に認められたといわれる。
例えば、これに対してイリヤ・メチニコフは梅毒に対するカロメル(甘汞、塩化水銀I)軟膏の治療効果を確認するために、メチニコフ自身ではなく志願した学生に梅毒を感染させる実験を行い、非難の対象となったことがある。
なぜペッテンコーファーがコレラ菌を飲んでも発症しなかったのかという正確な理由は不明である。たまたまペッテンコーファーが飲んだコレラ菌が、実験室での培養を繰り返すうちに弱毒化していたのではないかという説や、あるいはペッテンコーファーが病気にかからないという信念を持っていたことによるプラセボ効果ではないかという説まで、さまざまな説があるが、一般には、何らかの理由によってペッテンコーファーがコレラ菌に対して抵抗性を持っており、発症したエメリッヒはその抵抗性が弱かったためだという、宿主側の抵抗性によって説明されることが多い。ペッテンコーファーは若い頃に一度、コレラに罹患したことがあったため免疫を獲得していたのではないかということや、また血液型がO型の人間はコレラ菌に対する抵抗性が弱いということが後に明らかになり、このことが一連の実験結果に影響していたのではないかということも指摘されている。いずれにせよ、それまでのコッホの細菌病原論においては、病原体である細菌の特性のみが注目されていたが、実際の病気の発症には、病原体側だけでなく宿主側の要因も大きく関与していることが、その後の研究から明らかになった。そのため、コッホが最初に提唱したコッホの原則が絶対的な原則ではないことが明らかになり、それが日和見感染症などの発症メカニズムの解明にもつながった。