ハラフシカブトガニ類
Dunlop & Selden (1997) が列挙した上述の形質の有効性は Lamsdell (2011) を初めとして疑問視され、ハラフシカブトガニ類は必ずしも他のカブトガニ類に類縁とは限らない可能性が浮かび上がる。Lamsdell (2013) によって行われる再検討では、上述の形質とその他の共通点は全てが次の通りカブトガニ類以外の分類群(主にウミサソリ類とカスマタスピス類、および基盤的な真鋏角類オファコルス)にも見られ、カブトガニ類の共有派生形質にはなれず、むしろ真鋏角類か節足動物全般の祖先形質である可能性が高いことを指摘していた。
背甲の側部隆起線はウミサソリ類とカスマタスピス類の palpebral lobes(複眼の内側を走る隆起線)と同じ位置にあり、相同性が示唆される。
背甲の心葉はウミサソリ類とカスマタスピス類を通じて広く見られる。
軸部と肋部に区別された背板は節足動物として一般的であり、オファコルス、カスマタスピスなどの化石鋏角類や、鋏角類ですらない三葉虫などにも見られる。
退化的な後体第1節はウミサソリ類とカスマタスピス類全般に見られ、前者は背板が見当たらないほど退化し、後者は「microtergite」として表れる。
9-11節の後体はハラフシカブトガニ類とカブトガニ類に共通しているが、基盤的な真鋏角類オファコルスとダイバステリウムもこのような後体をもつ。
ウミサソリ類
カスマタスピス類(左下:カスマタスピス)
背甲の左右に側部隆起線がある。
背甲の後縁中央に心葉がある。
後体の背板は軸部と肋部に分かれている。
後体第1節(=第7体節)は退化的である。
また、そのごろハラフシカブトガニ類はシルル紀中期(約4億3,000万年前)からデボン紀(約4億年前)の種類のみによって知られ、カブトガニ亜目も知られる最古の種類は石炭紀前期(約3億5,000万年前)のものであったため、Dunlop & Selden (1997) は、カブトガニ亜目に至る系統はデボン紀 - 石炭紀ごろでハラフシカブトガニ類から分岐していると考えていた。しかしこの見解は2008年を初めとして、カブトガニ亜目によく似通う姿をしたオルドビス紀後期(約4億4,500万年前)のカブトガニ類ルナタスピスとオルドビス紀前期(約4億8,000万年前)の未記載ハラフシカブトガニ類の発見によって覆されていた。もし本群はカブトガニ亜目のみに至る系統だとしても、シルル紀とデボン紀のハラフシカブトガニ類はカブトガニ亜目の祖先を含まず、単にオルドビス紀ですでに分岐した基盤的なカブトガニ類の生き残りだと示される。