イレギュラーハンターX
アーマー・アルマージを撃破することで入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。 デッドスターハグ 地面を転がるエネルギー弾を発射。壁に接触すると跳ね返る。 敵の弾を消せない以外はエックスのローリングシールドに近い。 ホットアイシクル - スティング・カメリーオ 上方向に発射され、天井に着弾後、天井に沿って下向きにエネルギーの柱が次々と発生する。そのため、天井の無い場所ではほとんど威力を発揮できない。 ソードブーケットを上下逆さまにしたような動きをする。水中でも使えるが、水中で天井が存在する箇所はほぼ存在しない。 ソードブーケット - バーニン・ナウマンダー 地面に着弾後、地形に沿って上向きにエネルギーの柱が次々と発生する。壁に接触すると消滅する。 外見・性能共にエックスのチャージ版ファイヤーウェーブに近いが、こちらは水中でも使える。
ピースアウトローラー - スパーク・マンドリラー 地面に着弾後、2発に分裂して左右に直進する、電撃のエネルギー弾。床なら左右、壁なら上下に分裂する。坂に当てると、登り側は斜めに、下り側は真横に分裂する。 床の場合、分裂して進んだ先に上り坂がある場合、その地形に沿って進む。 また、電撃を使った攻撃なのでアーマー・アルマージの鎧を剥ぎ取ることができるが、この兵装の入手にはアーマー・アルマージを撃破する必要があるため、初戦で鎧を剥ぎ取る事は不可能。 外見・性能共にオリジナル版やエックスモードで、エックスと戦うヴァヴァが使用してくる電撃に類似する。 スタボーンクロウラー - ブーメル・クワンガー 天井を除いて完全に地形に沿って移動する、究極の対地用兵装。消費エネルギーは多めだが、弾速が速い。 防御状態のメットールを倒すことができる。また、ピースアウトローラーと同じ電撃を使う兵装のため、アーマー・アルマージの鎧を剥ぎ取る事ができる。