丸物
建て替えられる京都駅ビルへは当社が出店したいとしていたが、これは実現せず、1997年(平成9年)にJR西日本と伊勢丹の合弁でジェイアール京都伊勢丹が開業することが決定した。大丸や髙島屋といったライバルも増床を行っているため、当社でも対応策が必要となり、近鉄百貨店阿倍野店の増床・リニューアルを成功させた髙田多喜男が社長に就任した。1995年(平成7年)3月4日 には京都店の大規模増床が完成し、「心に華のある暮らし」と生活好感百貨店をテーマにして固定客の増加に取りくんだ。これまで京都南部に限られていた商圏が一時は四条通周辺に拡大し、1996年2月期の売上高は約470億円を記録している。
区画整理で立ち退いた露天商などが開いた「新宿百貨店」(社長:斎藤林蔵)は地上3階・地下1階で延床面積1200坪と小規模なこともあって赤字が続いていた。このため、丸物が資本金や約1億円とされる負債の肩代わりと約200人の従業員の引継ぎを条件として買収し、東京進出1号店となった。
株式会社新宿丸物が運営する大衆百貨店として再オープンし、高級品は置かない戦略を取り、東京丸物開業までの間は社員養成にも使われることになった。しかし、ルーツの関係もあって入居していたストリップ劇場の『新宿ミュージックホール』を追い出せずに営業した為、「ストリップ劇場がある百貨店」となってイメージが低下した。さらに、営業面積も伊勢丹や当時あった三越新宿店より狭いこともあって売上が低迷し、10年ほどで閉店と会社清算に追い込まれた。
東京都新宿区新宿3丁目(靖国通沿い)
計画未達とはいえ、来店客数・売上とも回復しつつあったため、最後の京都近鉄百貨店社長だった小山禎三は近鉄百貨店の人材とノウハウを活用し、京都店について「丸物」の経験や発想に頼らない大胆な改革を行うことを期待していた。しかし、岐阜のように京都周辺にも郊外型商業施設も続々開業したほか、草津近鉄百貨店のように滋賀県内でも商業集積が進み、京都店の売上高は再度減少し、2005年(平成17年)2月期の売上は最盛期の半分の254億円となった。累積赤字が130億円とかさんで黒字回復のめどがつかなくなったこともあって、同年には京都店に関する不動産をヨドバシカメラに売却した。2年後の2007年(平成19年)2月28日に同店は閉店して、「京都物産館」以来87年の歴史に幕を閉じた。
さらに、近鉄傘下で開業している枚方店も、枚方市内に2店舗を構える京阪百貨店との競争、リーマン・ショックによる急激な売上の低迷、あべのハルカス近鉄本店オープンへの経営資源集中などを理由に2012年(平成24年)2月29日に閉店している。これをもって近鉄百貨店の運営する旧丸物の店舗が消滅し、「近鉄百貨店」は「京都近鉄百貨店」子会社が出店した草津店のほか、「丸物」の法人格と上場資格のみ(権利能力)を引継いだ存在として残ることとなった。
この当時は商社がメーカーから百貨店・小売業までを傘下に入れて流通産業の支配をもくろんでいた。その一環で伊藤忠商事が当社に資本・業務提携を持ち掛け、1962年(昭和37年)に応じている。丸物と伊藤忠は合弁でスーパーマーケット「マックストア」の展開などを行ったものの、業務提携はうまく行かなかった。伊藤忠は出資の引き上げを考えたが、丸物では単独での経営再建が難しいので新たな提携先を求めた。
一方、近畿日本鉄道は沿線に百貨店を大阪に2店舗(直営の阿倍野店と上本町店)、三重県に1店舗(株式会社四日市近鉄百貨店)展開していたが、京都には店舗がないため、丸物との関係を求めた。同社は伊藤忠の株を引き取る形で1966年(昭和41年)4月に丸物への資本参加を行っている。近鉄が単身赴任させた橋本達吉が2年後に丸物本店の店長に就任し、丸物の再興に取り組んだ。
1975年(昭和50年)4月1日には近畿地方初の本格的な支店として、大阪府枚方市の京阪枚方市駅前に「ひらかた丸物」をオープンしている。