ボヤカの戦い
やがて19世紀を迎え、スペイン本国がナポレオン戦争でフランスに侵略されたのを機に、ナポレオン・ボナパルトに支配されたスペイン政府への服従をよしとしない植民地で独立運動が活発化した。
1810年7月20日、アントニオ・ナリーニョがヌエバ・グラナダ副王を追放してクンディナマルカ共和国の独立を宣言した。これがコロンビアの独立記念日である。
その後、ナリーニョを中心とするボゴタの独立派は中央集権を主張し、カミロ・トーレスを中心とするカリブ海沿岸地帯の独立派は連邦制を主張。両派の対立と混乱に付け込む形で1814年2月、スペイン本国のフェルナンド7世が即位して絶対王政が復活した。独立派は各地で敗退を重ね、ボゴタ政権は崩壊。ナリーニョは捕らえられ、スペインの監獄に投獄された。
カルタヘナの共和国政府はボリバルを独立軍の最高司令官に任命し、クンディナマルカの奪還を要請した。ボリバルはその年の暮れにはスペイン軍との降伏協定を取りつけ、ボゴタを解放するが、翌1815年2月、フェルナンド王はパブロ・モリーリョ将軍の鎮圧軍1万を派遣。カルタヘナでの4ヵ月に及ぶ激戦の末に独立派は敗北。ボリバルはジャマイカに亡命した。亡命先のジャマイカでボリバルは南米独立の大義を訴えた「ジャマイカからの手紙」を記す。