ステゴサウルス科
1877年、マーシュはステゴサウルス・アルマトゥス Stegosaurus armatus を発見・命名し、1880年、それに基づきステゴサウルス科を設立した。
最初にウエルホサウルス、およびファヤンゴサウルス属のもとで記載されたステゴサウルス科の標本は、2010年にメイドメントらによってそれぞれステゴサウルス・ホムヘニ Stegosaurus homheni および Stegosaurus mjosi の名称でステゴサウルス属として再記載された 。更にその後、多くのステゴサウルスの種は以前は異なる種だと思われていたものが全てアルマトゥス種に統合された。この標本の再分類は、標本間の全ての差異が、種間変異によって説明され得ることを見出した後になされた。
ステゴサウルス科の構成についてはしばらく議論されている。しかし、2017年現在までに行われたステゴサウルス類の最も広範な2つの系統分析では、ステゴサウルス類内の類似の系統発生関係を示している(下記参照)。よく解明された系統発生では、新しく発見された首の長いミラガイアおよびダケントルルスを姉妹分類群とし、ダケントルルス亜科を構成する 。マテウスらはミラガイアとダケントルルスについて、共に頸肋骨が後方に突出し、前方の突起は背腹部に深く、側面視でその前端部に背側突起を有すると記載している。その系統樹はまた、細長い頸肋骨後部に突出する頸椎上の前関節突起の共有によって、ダケントルルス亜科とステゴサウルス属の間の姉妹群関係も示唆している。ダケントルルスは以前は基盤的ステゴサウルス類と考えられていたが、ミラガイアの発見と研究により派生的なタクソンであることがわかった。
首から尾にかけてならぶ骨のプレートの役割は血管の痕跡を根拠に体温調節という説明をされることが多いが、2001年のカーペンターらによるヘスペロサウルスの研究結果では血管はプレートを覆う角質の鞘の為のもので、角質は構造的に普通の表皮よりも断熱性が高いため、主な役割は防御やディスプレイだったと言われている。体温調節は二次的に行われた可能性はあるとされ、この事はステゴサウルスのような他の剣竜類でも同様だったとされる。