世良修蔵
その後は薩摩の黒田清隆、長州の品川弥二郎に代わり、薩摩の大山格之助と共に新政府の奥羽鎮撫総督府下参謀となり、戊辰戦争においては、同年3月、会津征伐のために総督・九条道孝以下五百余名と共に派遣され、3月23日、仙台藩の藩校養賢堂に本陣を置いた。会津藩に同情的で出兵を躊躇う仙台藩に対して強硬に出兵を促し、また仙台藩士を嘲り、傍若無人な振る舞いもあるなど、次第に周囲からの反感を高めていく。
4月25日、総督府は会津藩を寬典に処するの意思を伝え降伏を勧告するも、会津は返答を引き延ばした上、閏4月15日に文書で「謝罪仕間敷覚悟」(謝罪をするつもりはない覚悟)と返答した 。
総督府や明治新政府、その中でも木戸孝允や世良ら長州閥が、会津藩への恨みから藩主である容保の首級を要求したという説は、後世の創作による誤解である。
(閏でない)4月29日、仙台藩家老の坂時秀・但木土佐・真田喜平太、米沢藩家老の木滑要人・片山仁一郎・大瀧新蔵が、会津藩家老の梶原平馬と会談し、会津藩の降伏条件について議論した。その時、但木土佐は「鳥羽・伏見の戦いの首謀者の首級を差し出すべき」と主張し、強い説得の末、会津藩家老の梶原平馬はその場では承諾したものの、最終的(閏4月15日)に会津藩はこの降伏案を拒否した形となった。
閏4月12日、仙台藩・米沢藩による会津救済嘆願があったものの、前述のように閏4月15日に会津から拒否されていることを受け、世良ら総督使はあくまで武力討伐せよという強硬姿勢をとったため、会津救済の可能性は失われた。そのため、東北諸藩は薩長の軍門に下り会津征伐に向かうか、奥羽越列藩同盟の名において薩長に宣戦布告するかの選択を迫られる状態となった。