スターフォックス コマンド
ステージをクリアする度に行われる会話シーンでの選択肢によってその後のストーリー展開が変化するようになっている。そして今作ではマルチエンディングを採用しており、シナリオの進め方によって最終的に9種類の結末に分かれる。なお、1周目はシナリオの進め方に関係なく固定のエンディング(事実上のバッドエンド)が展開される。
ストーリーはベノムより飛来したアングラー皇帝率いるアングラー軍と戦うものとなっているが、最終ボスがアングラー皇帝とは限らず、アングラー皇帝がプレイヤー以外のキャラクターに倒されてエンディングを迎える場合もある(アングラー皇帝が倒されるのはどのルートでも共通)。
ディラン・カスバートによれば、本作はこれまでの作品とは別の世界線のストーリーとして作られており、公式(canon)であるかどうかは個人の自由だとされている。
本作の主人公。やとわれ遊撃隊「スターフォックス」のリーダーであったが、メンバー達が次々と離れていったため現在はナウスと2人で行動している。チームから追い出してしまったクリスタルのことを気にかけている。
シナリオによってはスターフォックスを解散して仲直りしたクリスタルと家庭を築いたり、スターフォックスを辞めレーサーに転職するといった結末を迎えることがある。また、とあるエンディングでは故郷「パペトゥーン」に行きつけの店があることが判明する。
専用機はアーウィンII。シールドも普通でブースト性能も長くボムも2個所持できる、主人公らしい扱いやすい機体。一方でレーザー、ロックは共にシングルで決定力に欠けるが、シナリオ展開によっては仲間によってツインやマルチに強化され、レベルの高い高性能機に進化する場合がある(ただし本人は双方ともシングルのスタイルが気に入っているらしく、改造に関して肯定的な反応を見せない)。
元スターウルフのメンバー。『アサルト』でアパロイドに侵され、スターフォックスに倒されて死亡したと思われたが、巨大メカと一体化して生き延びていた同時に自我も取り戻している。4つの立方体で出来ているため、段ボールと言われるのを嫌っている。スターフォックスにやられたことを恨んでおりファルコ達の邪魔をしてくる。
ペッピーの娘。かつては父への憧れからパイロットを志願していたが、現在はフィチナで宇宙物理学の教師をしている。ルートによってはフィチナにてフォックス達と共闘し、その後ペッピーを救出すべくコーネリアに向かう。
母親(ペッピーの妻)の名前はビビアン・ヘア。病によって数年前に亡くなっている。
専用機はスカイバニー。ピンク色のカラーリングで、ハートマークと6番のナンバリングが施されている。シールドは低く、ブーストもやや短いが、レーザーはプラズマで見た目とは裏腹に攻撃的な機体である。
古代文明の兵器や防衛システムが今もなお稼働をし続けている禁断の惑星。アンドルフの遺した浄化装置を巡って、装置を護るバイオウェポンとの戦いが行われる。サイクロン、石柱などといったトラップが戦闘を妨害してくる。
ステージは4種類(いずれもフォックス、ファルコが登場し、ボス戦で大型バイオウェポンが登場する)で、ボスは「キラー・ビー」、「サンドワーム」、「モナーク・ドドラ」、「ゴリランナー」、いずれもアンドルフの装置を守る大型バイオウェポンである。