ヘンリー・ベイン
貴方達は議会でないと敢えて言おう。貴方達の議席を終わらせてあげよう」と言った。ベインが「これは正直でない。道徳に反し、共通の誠実さに反している」と言って抗議したが、クロムウェルは「おー、ヘンリー・ベイン卿、ヘンリー・ベイン卿、神はヘンリー・ベイン卿から私を派遣した」と叫んで応じた。これが共和国の終わりとなり、クロムウェルは7月にベアボーンズ議会を召集したが12月に解散、以後は護国卿として統治を始めた。ベインは「日々彼の援助が無ければ困るし親しみたい」と言ってクロムウェルの評議員になるよう招かれたが、ベインは拒否した。
ベインは事実上引退し、1655年には主にクエーカー教徒や第五王国派主義者の間で、クロムウェルに対する反乱を扇動しているという噂の中で『引退した者の瞑想』を書いた。この著作はベインが聖書の文字と象徴的解釈の間で彷徨う隠語に満ちた宗教論文であり、同時代の者達やデイヴィッド・ヒュームなど後代の分析家から、「絶対的に不明朗で」あり、「ぼんやりとした形態」だと扱われた。同年、クロムウェルがその政府を改良できる方法を検討する断食日を要求した後で、ベインは『癒しの質問』を書いた。この注意深く構成された政治的な作品で、ベインは新しい形態の政府を提案し、以前のように議会の軍隊に対する優位を主張していた。ベインは、その作品をクロムウェルに見せていたチャールズ・フリートウッドから出版を勧められた。ベインはその後書きに「良く古き側のために」という言葉を記しており、ベインの共和主義者集団において、その後の数年間に鬨の声となる言葉となった。
id=7WADAAAAMAAJ&printsec=frontcover&redir_esc=y&hl=ja Three volume history of the English Civil War.
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マサチューセッツから移動した開拓者がコネチカット川沿いに設立したばかりの開拓地をピクォート族が報復のために攻撃、ウィンスロップの息子が設立したセイブルック植民地も襲われた。1637年4月、表面上は平和主義者のベインは植民地議会を開会し、戦争を継続するために植民地民兵隊が他のニューイングランド植民地を支援することを認めさせた。その結果ピクォート族全体の破滅に繋がった。
1637年の選挙で、ベインは長老のウィンスロップに敗れ、総督の地位を譲った。その論争の多かった選挙は、ハッチンソンの別の支持者ジョン・ウィールライトの扱いを巡る意見の鋭い対立によって彩られた。選挙が行われた場所がケンブリッジに変えられ、ベインの支持があるボストンの力が弱められたこともあって、ウィンスロップが当選した。
選挙後ハッチンソンが裁判に付され、最後は植民地から追放されると、その追随者の多くが選挙後に真剣に退去を検討した。ハッチンソンを含むこれら人々の幾らかがウィリアムズの勧めもあって、ナラガンセット湾のアクィドネック島にポーツマスの開拓地を設立した。ここは後にロード島と命名され、プロビデンスと合流して、ロードアイランドとプロビデンス・プランテーション植民地を形成した。ベインはイングランドに戻ることを決心した。このとき植民地の管理を行うために王室からの総督任命を得られるという思い付きがあった。ベインは出発前に『ある宣言に対する簡潔な答』を出版しており、それはウィンスロップの排除法弁護に対する反応だった。この法は選挙後に成立したものであり、植民地の宗教的正統性に一致しない移民の制限を行うものだった。
ベインとウィンスロップはその政策に違いがあったにも拘わらず、その後は文通を行う関係を発展させた。
1642年前半の6か月間、国王と議会の関係が完全に壊れ、双方とも支持する者達が武器を取り上げた。議会はベインを海軍財務官の地位に復帰させ、チャールズ1世が1641年12月に大逆罪でピム・ハムデンら5人の議員を逮捕させようとした後では、海軍に議会を支持させるようにその地位を利用して仕向けることができた。1642年6月、チャールズ1世は第一次イングランド内戦が勃発する前に議会が行った最後通牒である19か条提案を拒否した。同じ月にハル包囲戦(英語版)で武力対立が始まった後、ベインは安全委員会の委員に任命され、議会派の軍事行動を監督することになった。
根絶法案が失敗した後、1643年の議会はウェストミンスター会議に集まり、俗人政治家、貴族、聖職者が教会による統治を改革することを目的にしていた。ベインも1648年まで定期的に開催されたこの会議に独立派の俗人代議員として出席した。
7月に開催された第1回会合から間もなく、ベインはスコットランドの国民盟約(盟約派)から軍事的支援を求める議会の使節の長として派遣された。第一次イングランド内戦が始まる前から宗教問題で主教戦争(1639年 - 1640年)でチャールズ1世に対抗していた長老派主流のスコットランドは、イングランド議会がイングランドに教会政治の長老制拡大を認めるならば、進んで議会を支援する意向だった。
しかし統治でき矯正できるあらゆる力が現れる起源は、人民の意思あるいは自由な贈り物からくるのであり、人民はその力を自分たちの中で貯めているか、その臣従を諦め、別の者の手にあろうとするかである」と記していた。国王と人民は「基本的な制度あるいは誓約」で制約されるのであり、国王が違背した場合、人民は最初の権利と自由に戻ることもできるとしていた。
ベインがシリー諸島に移動したことに続いて、騎士議会が1661年11月に裁判のためにベインをロンドン塔に戻すことを要求する決議を行った。チャールズ2世はぐずぐずしており、議会は1662年1月に再度要求を更新した。ベインは1662年4月にロンドン塔に戻され、6月2日、チャールズ2世に対する大逆罪で法廷に召喚された。裁判は6月6日に王座裁判所で始まり、ロバート・フォスターを首席とする4人の判事によって裁かれ、国王の検事総長ジェフリー・パーマーが検事を務めた。反逆罪で告発された者の常として、ベインは弁護士の同席を否定された。ベインは内戦中に国王に戦争を仕掛けたという告発に対して、議会の主権を主張して自己弁護した。1659年に国王の死を想定したことを告発され、王冠を持っていない国王に対して反逆を犯すことは不可能であると論じた。検察が国王は常に正統な所有者であると論じると、ベインは、チャールズ2世がその権限を行使しないようにしておくことを考えたという告発をそれが無効にすると指摘した。判事はそれが見当違いであると指摘するところまで踏み込んだ。陪審員は王党派で占められており、30分間の議論後にベインを有罪とした。