動乱時代
1598年、フョードル1世が没してリューリク朝が断絶したため、後継者問題が発生した。このとき、フョードルの義兄にして側近であり、既に精神を病んでいたフョードルに代わり摂政として統治にあたっていたタタール系の「大貴族」ボリス・ゴドゥノフが、当時の身分制議会であるゼムスキー・ソボル(全国会議)によって後継者に選ばれた。リューリク朝の血をひかないゴドゥノフの短い在位期間(1598年 - 1605年)には、病弱なフョードルの治世よりも、さらに統治が困難に陥った。
この頃、南米のワイナプチナ火山が大噴火し、その噴煙が大気圏上層に達することで世界的な異常気象を引き起こしていた。ロシアでは1601年から1603年にロシア大飢饉(英語版)として知られる極端な凶作となり、夏でも夜の気温が氷点下に達し、作物を全滅させた。飢餓は広がり、やがて大飢饉となった。政府は金銭や食糧をモスクワの貧民に配給したが、結局それは難民の首都への流入を招き、経済的混乱を加速させることになった。 寡頭制の一角を率いていたロマノフ家は、これ以上大貴族に従うことは恥辱であると考えた。陰謀が横行し、地方は飢饉とペストによって荒廃していった。武装した無法者の大集団が国中で跋扈し、あらゆる残虐行為が行われた。前線に立つドン・コサック軍は休むことなく動員され、政府は秩序維持不能を露呈していた。
やがて、ゴドゥノフの擁立に反対した有力な貴族たちの影響下で、ゴドゥノフを皇位簒奪者として敵視する不満の声が上がり始めると、先帝の弟で本来の皇位継承者であり、既に死んだはずのドミトリーが、実は生きていて身を潜めている、という噂が広まるようになった。
ロシアの民衆は、ニジニ・ノヴゴロドの商人クジマ・ミーニンと、ドミトリー・ポジャルスキー公に率いられて立ち上がった。旧暦10月22日(新暦11月1日)のモスクワの戦いの後、侵略者側はクレムリンに撤退し、旧暦10月24日から27日(新暦11月3 - 6日)には、近くにいたポーランド軍も撤退を余儀なくされ、クレムリンに残った軍勢はポジャルスキーに降伏した。ロシアでは現在でも、11月4日を国民団結の日(英語版、ロシア語版)として祝日としている。
1613年2月11日(新暦2月11日)、ロマノフ家出身のロストフ府主教フィラレート(後のモスクワ総主教)の息子、ミハイル・ロマノフが、ゼムスキー・ソボル(全国会議)によって皇帝に選ばれた。彼は結婚を通してリューリク朝に連なっており、伝説によれば、勇敢な農夫イワン・スサーニン(英語版)によって敵から救われた人物であった。権力を掌握した新しいツァーリは、偽ドミトリー2世の3歳の息子を縛り首にし、獄中のマリナ・ムニシュフヴナを窒息死させた。
スウェーデンとのイングリア戦争は、1617年のストルボヴァの和約まで続いた。ロシア・ポーランド戦争は、1619年のデウリノの和約まで断続的に続いた。こうした条約によって平和はもたらされたが、ロシアと接する両国に対し、ロシアは領土面の譲歩を強いられた。もっとも、その後の歴史の中で、ロシアはこの頃に失った領土のほとんどを回復した。最も重要だったのは、危機的な状況を通して、ロシア社会の諸階級がロマノフ朝のツァーリを中心に一致団結し、強力なロシア帝国の基礎を築いたということであった。