両統迭立
候補者には、2歳年下の為平親王と9歳年下の守平親王の2人がいた。結局、康保4年(967年)に守平が皇太子に立てられた。為平が源高明の女婿であることから、藤原氏の貴族たちに忌避されたとするのが通説であるが、冷泉と年齢の近い為平を皇太子とした場合、冷泉の在位が短期間になりすぎることに配慮したものとする説(保立道久)もある。また、村上の意向は憲平(冷泉)の直系子孫への皇位継承であって、仮に冷泉の弟を皇太子を立てるとしてもその者は冷泉の皇子が成人するまでの「一代主」でなければならなかったとする説(沢田和久)もある。この説が説くところでは、冷泉と年齢の近くかつ既婚の為平を皇太子とした場合、為平の男子が冷泉の皇子の対抗馬になる可能性が高くなるために「一代主」には相応しくなく、仮に男子が生まれても年齢的に冷泉の皇子の対抗馬にはなりにくい若年の守平の方が「一代主」に相応しい、とする政治的判断があったとしている。なお、この説を唱えた沢田はこの判断は村上の遺命の形で行われ、藤原氏の貴族たちも知らなかったとみている。
安和元年(968年)、懐子が冷泉の第1皇子師貞親王を出産した。このことは、かえって冷泉の譲位を早めることになった。冷泉が譲位しても、引き続き冷泉の子孫が皇統を維持する見通しが立ったからである。
伏見天皇の頃より、非参議のまま二位・三位に叙される者、参議に任官された直後に辞退する者(参議への形式的任命)、参議から短期間で中納言に昇進する者(ただし、これは有能な人材抜擢の要素も持つ)が急激に増加するが、こうした叙位・任官の濫発は大覚寺統に対して劣勢であった持明院統が公家たちの自派への取り込みのために行ったと考えられるが、大覚寺統でもこれに対抗して同様の人事を行うようになっていった。また、政務の交替とともに朝廷の高官・要職が一斉に入れ換えられ、一方の皇統の治天が下した訴訟の判決が他方の皇統の治天によって安易に覆されるなどの混乱も生じ、朝廷そのものの権威はかえって地盤沈下してゆくことになった。更にこの混乱は幕府へも思わぬ影響を及ぼした。治天が下した判決を執行するための警察力・軍事力を欠いていた朝廷では、六波羅探題にその執行を命じる勅命(違勅綸旨・違勅院宣)を送ってその検断権に基づく執行を命じたからである。この結果、敗訴した側は朝廷に逆らう「悪党」として討伐の対象となり、一方的に「悪党」と認定された側も激しく抵抗した。ところが、治天の交替によって判決がひっくり返されると、今度は対立していた側が同様の目に遭わされた。このため、訴訟当事者たちの朝廷に対する怒りが六波羅探題とその後ろにいる幕府にも向けられた。しかも、訴訟当事者の中に御家人がいた場合でも六波羅探題や幕府は勅命や院宣に逆らってまで彼らを保護することが出来なかった。このため、悪党の活発化や御家人の幕府への不信を招く結果となり、幕府の権威もまた傷つく結果となったのである。
両統迭立の方針に基づき、次の皇太子は持明院統から出すこととされた。