伊賀流
山を1つ隔てた場所に存在する甲賀流と異なる点は、甲賀忍者が1人の主君に忠義を尽くすのに対し、伊賀忍者は金銭による契約以上の関わりを雇い主との間に持たない点であるとされる。伊賀郷士はしばしば雇い主が敵同士の場合でも、依頼があれば双方に忍者を派遣する実例をも持つ。そのため他の郷の忍者よりも一層、たとえ仲間であろうと即座に処断できるような厳酷な精神も求められた。「抜忍成敗」はその極みとも言うべきもので、裏切りや脱走はいかなることがあっても認めないというものである。しかし、江戸時代になると状況は一変し、無足の俸禄支給の経費を節減するため、むしろ忍者を抜けて帰農することが歓迎されたようである(後述)。
また、伊賀流の訓練法は独特さをもって知られており、例えば顔の半分を紙で覆い、紙を顔から落とすことなく1里以上を走りぬく等、幼少の頃から厳しい訓練のもと、優れた忍者を育てることを伝統としてきた。このため、伊賀忍者は体術に優れていると評された。