日本アニメーション
1980年1月に版権や輸出で商社の伊藤萬と業務提携を結ぶ。2月に東京国税局から架空経費の計上などによる1億3600万円の所得隠しで摘発を受け、6900万円の追徴課税を受けた。
1990年代には『ちびまる子ちゃん』が大ヒット。その後は『南国少年パプワくん』や『魔法陣グルグル』の好調もあったが、経営の柱となっていた代表シリーズ『世界名作劇場』が1997年に終了(2007年BSフジにて再開)。
1998年6月に自社キャラクターを活用したテーマパーク「日本ファンタジー・ワールド」の開発構想を発表。日本アニメーションの他、日立製作所、三井造船、NTTなど大手企業が300億円を投資するというプランで東京都内が候補に上ったが、実現せずに流れている。
2001年から東京駅一番街に、日本アニメ企画が運営する公式ショップ「ラスカルと世界名作劇場ショップ」を出店。
2010年10月26日、事実上の創業者で代表取締役社長の本橋浩一が骨髄異形成症候群により死去。本橋浩一の娘である石川和子が代表取締役社長に就任。
2016年4月、多摩市と地域活性化に関する連携協定を結び、本社最寄りの聖蹟桜ヶ丘地区の観光イベント開催に協力するなど、自治体と提携して地域活性化に協力している。また同じ多摩市内にサンリオピューロランドが所在することから、市内に日本アニメーションのあらいぐまラスカルとサンリオのハローキティのキャラクターマンホールが設置され、マンホールカードも配布されている。