溜池山王駅
銀座線・南北線ともに島式ホーム1面2線を有する地下駅である。改札口は銀座線ホームの直下と南北線ホームの直上にある。銀座線は当駅の設置を予定していなかったために地下浅い部分を通過しており、線路と地上との間にコンコースを設けるスペースが確保できないためにこのような構造となった。また同様の理由により、銀座線は駅建設時に本線をやや外側に移動し、旧本線部分に島式ホームを建設したため、ホームの幅員が広く取られている。銀座線ホームは港区、南北線ホームは千代田区に位置する。銀座線と南北線の乗り換え通路は、銀座線ホームの渋谷駅寄りと南北線ホームの目黒駅寄りを結んでいる。
南北線は六本木一丁目駅から都道412号(六本木通り)の地下を通り、溜池交差点の手前で港区道下を通って当駅に至る。しかし、この区道は道幅が11 mと極めて狭く、作業方法の変更や作業時間に制限がされたことから、中柱のない特殊な2層構造の開削トンネルの施工を行った。地下2階部は本線トンネル(目黒開業前は折り返し用の引き上げ線)として利用し、地下1階部は10 - 13番出入口方面(後に14番出入口を新設)への地下通路として使用している。また、この通路の終端部(13番出入口付近)は狭くなっており、ここには南北線六本木一丁目 - 当駅間のトンネル中間換気室(赤坂福吉換気室)が設けられている。このほか、銀座線側の外堀通り地上部に8・9番出入口を新設したほか、山王パークタワーと千代田線国会議事堂駅へ連絡する地下通路を新設した。