化石戦争
一方のマーシュも、発見物を協力者と分け合うことを拒んだり金払いがだらしなかったため、ウィリストンらかつての忠実な部下からも敬遠されるようになっていた。
コープがマーシュの弱みにつけ込む機会が1884年に訪れた。米連邦議会が地質学調査の進捗状況を調査しはじめたのである。コープはプリンストン大学比較解剖学教授をしていたヘンリー・フェアフィールド・オズボーンと友人になる。オズボーンは多くの点でマーシュとよく似た人物、つまり行動は遅いが論理的な思考の持ち主であったが、後にマーシュにダメージを与える存在となる。コープは、パウエルとその調査にたいして不満をもちそれを声高に非難する人物をさがした。当面の間、パウエルとマーシュは首尾よくコープの非難に反論しており、コープの指摘は主だったメディアではとりあげられなかった。やがてオズボーンが反マーシュ運動に嫌気がさしてきているとみたコープは、「ニューヨークからきた新聞記者」のウィリアム・ホセア・バロウを新たな協力者とした。マーシュを米国科学アカデミー会長の座から引きずり下ろす工作をしていたコープであったが、幸運にもペンシルベニア大学で教職の地位を得ることに成功し、財政面で大いに助けとなった。この直後コープがマーシュのキャリアに致命的な一撃をくらわす機会が訪れた。
コープは、長年の間マーシュとパウエルが犯したミスや悪行をつづった詳細な記録をつけ続け、それを書き貯めて机の引き出しの下段にしまっていた。これを元にバロウは第一弾記事を企画した。
ヘイデンの下で働くのがいやになったコープは、陸軍工兵部隊で賃金が稼げる仕事を見つけたが、この仕事には制限があった。コープは部隊の調査についていかないといけないのに対し、マーシュはどこでも好きな場所で化石収集を行えたのである。
1870年代中頃、2人の視線はサウスダコタに注がれるようになった。サウスダコタ州とワイオミング州の州境にある山地ブラックヒルズで金が発見されネイティブ・アメリカンと合衆国軍との緊張が高まっていた。マーシュは、そうした場所で見つかった化石を欲し、やがて軍とインディアンの政治に巻き込まれていった。化石調査のためスー族のレッド・クラウドの支援を得ようとしたマーシュは、レッド・クラウドに対して収集した化石に金を払うことと、ワシントンに戻りインディアンへの不当な扱いについてレッド・クラウドらの代わりにロビー活動をすることを約束した。
結局マーシュは、マーシュ自身の言葉によれば(多少美化されているだろうが)荷車何台分もの化石を手に入れ、敵対的なミネコンジュー(英語版)族の一隊が来る少し前にキャンプを後にした 。次はマーシュが約束を果たす番であった。マーシュはレッドクラウドの代わりにアメリカ内務省と政権政府に働きかけた。だがその真の動機は、不人気のグラント大統領政権に対抗する事で自身の名声を高めることにあった。以降1875年までの間、コープとマーシュは化石発掘に経済的負担を感じていた上に手つかずの収集物を整理する必要もあったため、化石収集を一時停止した。だが1870年代が終わりさしかかろうとしたころ、とある新発見により2人はまた西部に戻っていった。
1870年代、コープとマーシュは大きな化石が発見されたと噂された米国西部に目を向けた。コープは、ワシントンでの影響力を使い、地質学者フェルディナンド・ヘイデン率いる合衆国地質調査団の一員としての地位を認められていた。調査団員は無給ではあったが、西部で化石を収集し論文を執筆するには絶好の機会であった。ヘイデンとしても、公式調査報告書に大衆向けの要素を加味する必要があり、文章を大げさに書く才能があったコープはこれにうってつけであった。1872年6月、コープは彼自身初めてワイオミングで始新世の化石層を調査することのできる探検調査に参加することができた。だがこの件でコープとヘイデンそしてライディの関係にひびが入った。コープが調査団に参加するまでの間、ヘイデンの調査隊で数多くの化石を発掘してきたのはライディであったが、新入りのコープはライディが発掘を行っているまさに同じ場所で発掘をしようとしたのだった。ヘイデンはことを穏便におさめようとライディに次のような手紙を書いた。
「私はコープに、あなた(ライディ)が行こうとする場所には行かないよう告げたのですが、『場所を限定するなんて馬鹿げてる』と笑い飛ばし、私の支援があろうとなかろうと自分の行きたいところへ行くと言いだしたのです。私は、我が隊の名誉となる人物に協力してもらうことを切に望みます。コープに給料を払っているわけでも遠征費用を肩代わりしているわけでもないのでコープがどこを発掘場所に選ぶか口出しする権限はありません。他人との競争というのものは楽しいものではありませんが、ほとんどはやむを得ないものです。