佐世保基地 (海上自衛隊)
平瀬地区(長崎県佐世保市平瀬町18番地)
佐世保地方総監部
(佐世保衛生隊) 佐世保衛生隊診療所
佐世保システム通信隊
佐世保地方警務隊
佐世保音楽隊
(護衛艦隊) 第2護衛隊群司令部 第2護衛隊 (第1護衛隊群) 第5護衛隊 (第4護衛隊群) 第8護衛隊 第13護衛隊
崎辺地区(佐世保市崎辺町無番地)
佐世保教育隊
佐世保警備隊 第3ミサイル艇隊
佐世保弾薬整備補給所
陸上自衛隊崎辺分屯地(相浦駐屯地隷属。配備部隊については相浦駐屯地の項を参照。)
立神地区(佐世保市立神町無番地)
佐世保造修補給所
佐世保磁気測定所
干尽地区(佐世保市干尽町9-1)
佐世保基地業務隊
(掃海隊群) 第2掃海隊
佐世保海上訓練指導隊
佐世保衛生隊
海上自衛隊佐世保史料館(佐世保市上町8-1)