宇都宮藩
戸田忠盈と入れ替わりで、松平忠祇が6万6000石で宇都宮藩に入部する。忠祇は宝暦12年(1762年)に25歳で実弟の忠恕に家督を譲った。深溝松平家は島原藩から宇都宮藩への引越しで約6万8500両の費用がかかって財政が困窮していたため、豪商から御用金を借り、家臣の俸給を借り上げて幕府から借用したりもしたが一時しのぎにしかならず、明和元年(1764年)に忠恕は百姓に増税を申し付けたため、9月12日に籾摺騒動と称される農民一揆が起こった。この一揆を忠恕は、藩兵300人をもって武力で鎮圧、一揆の首謀者を逮捕処刑した。
籾摺騒動と同年に大洪水が宇都宮を襲い、240戸が流出して約300人が死亡した。明和3年(1766年)6月18日にも大洪水が襲って230戸が流出、118人が死亡し、田畑は大いに荒れた。このため忠恕は幕府から6000両を借りてしのごうとしたが、安永2年(1773年)3月に城下の西にあった鍛冶屋から出火し、41町が被害を受けて1295戸が焼失、他にも寺院などが被害を受けて合計1813戸が焼失し、45人の死者を出すなど天災続きであった。安永3年(1774年)、再び同じように入れ替わる形で島原藩に移封されるが、この際にも引越し費用が約4万両かかった。
県は大橋のもとで学んだ人物である七日の後、県は、郷土の先人蒲生君平の記した『山陵志』をもとに、天皇陵を修補し奉る山陵修補事業を提案した。この案は、幕府への忠誠を尽くし、尊王の大義をも果たす窮余の一策として考えられたものであった。忠至は当初、水戸藩の徳川斉昭が皇紀2500年を記念して山陵修補のことを天保5年(1834年)、同11年(1840年)の2度にわたり進言し運動を試みたが幕府の許可がなく失敗しており、これによって幕府の疑いを受ける恐れがあるとして難色を示したが、宇都宮藩中で当時有力者だった広田執中が県の発想に賛成して忠至を説得し、宇都宮藩は山陵修補の建白書を幕府に提出、文久2年(1862年)8月14日に幕命を受けるに至る。こうして宇都宮藩による「文久の修陵」が始まった。朝廷では、正親町三条実愛以下を山陵御用係に、忠至を山陵奉行に任命した。文久3年(1863年)2月21日に神武天皇陵工事が開始された。
山陵修補工事の方針は、堤や堀の破壊を修理し、堤上に柵を巡らし、扉付きの鳥居、御陵名の石標を建てる程度にし、みだりに私見を加えないで、旧形の保存を第一とするものであった。文久3年(1863年)2月に神武天皇陵着工、8月に天智天皇陵、9月に文武天皇陵以下4陵、10月には開化天皇陵以下5陵、11月には成務天皇陵以下4陵が着工になった。12月に神武天皇陵を竣工した。文久4年(1864年)正月、神武天皇陵の修復成功により、朝廷から恩賞があり、忠恕は従四位下に叙任され、忠至は御剣を拝領する。
しかし戸田家の家臣の中にも尊攘派で過激な者が多く、忠恕や県の制止を振り切って天狗党に同調する者がいた。また県も天狗党との関係の嫌疑を受けて御役御免・謹慎に処せされた。県が不在になったことで藩内では意見が全くまとまらなくなり、忠恕の意思も空回りして天狗党の乱を鎮圧することはできずに宇都宮領内を通過させてしまった。宇都宮藩は藩始まって以来の危機に直面したが、この中にあって忠至は山陵修補事業に専念し、足かけ4年の歳月を費やした。
乱後、忠恕は幕府から乱を鎮圧できなかったことへの叱責を受けた上、元治2年(1865年)1月には隠居謹慎とともに2万7855石の減封の上、同族の忠友を養子として5万石で継がせるという沙汰を受けた。3月8日には陸奥棚倉藩への移封命令が出されたが、棚倉は懲罰的な移封先としての歴史が長く、この頃の戸田家が幕府から相当に睨まれていたことがわかる。折しも慶応元年(1865年)5月22日、長州征伐のため上京参内した将軍・徳川家茂に、山陵御修補の功により褒詞があり、徳川秀忠・家光に対しては神号追贈があった。そこでその機を捉え、この危機に復帰した県が正親町三条実愛や忠至を経て朝廷に訴え、朝廷も山陵奉行として貢献する戸田家の危機として幕府に撤回を求めた。当初、幕府は移封は撤回しないまま忠至に3万石を与えるとしたが、忠至は拒否し、朝廷も再度処置の撤回を求めたため、10月に幕府は移封命令を撤回した。
忠至は山陵修補ならびに移封回避の功績として、慶応2年(1866年)3月に戸田宗家から1万石を分与され、支藩の高徳藩を立藩した。
正純改易後は、古河藩に移されていた奥平忠昌が11万石で再封した。忠昌の時代は46年続いたが、その期間に徳川将軍家の日光社参が13回行われた。これは江戸期で行われた将軍家の社参19回の内の大半が忠昌期に行われたということであり、その対応に奥平家は追われ、百姓町人は負担の大きさから生活が逼迫した。
忠昌は寛文8年(1668年)2月19日に病死し、嫡子の昌能が跡を継いだ。しかし忠昌の死に際して寵臣杉浦右衛門兵衛が殉死、これが5年前に殉死を禁じた幕府の法令に触れてしまう。また忠昌の二十七日法要で不祥事(宇都宮興禅寺刃傷事件)が起こり、これは後に江戸三大仇討ちと呼ばれる浄瑠璃坂の仇討にまで発展することになった。8月に奥平家は殉死禁制違反の咎から2万石減封の9万石で出羽山形藩に移封させられた。