有明海
有明海で生産される海苔は日本全体の約4割を占める。主な用途は贈答用となっている。海苔産業は、太平洋戦争後の高度経済成長そして贈答品市場の歴史と重なる。工場用地確保のために、浅草海苔などの海苔の名産地が埋め立てられていく中で、質が良く、機械化等により生産体制を整えた有明海苔は主に贈答品市場でシェアを伸ばしていった。海苔産業は、生産量を増やすための設備投資のコストが増える一方で、流通サイドからは価格競争力を理由に買い取り価格を上げてもらえなかったという問題点を抱えている。
海苔養殖面積の増加とともに、色付けをよくするための酸の大量ばらまきが有明海の環境破壊を招いている(後述)。
2000年代に入ると、赤潮などにより海苔の不作が続くようになる。不作の要因の一つとして、諫早湾干拓事業を挙げる意見もある。2022年の不作は少雨による河川からの栄養塩の流入不足が原因という推計もあり、佐賀県有明海漁業協同組合は、栄養塩不足対策としては肥料を、赤潮対策としては原因となる植物プランクトンを餌とするカキをそれぞれ有明海に投入する対策を試みている。
哺乳類ではスナメリやミナミハンドウイルカをはじめとする小型鯨類が棲息する。これらを観察対象とする専用の観光事業も行われているが、有明フェリー等の船上からも観察する事ができる。また、湾奥部の小長井町に坐する長戸鬼塚古墳からは捕鯨の様相を描いた線刻画が発見されており、かつて有明海や天草灘一帯には、コククジラやセミクジラ、ザトウクジラやニタリクジラなどの沿岸性の鯨が見られたと思われる。実際に、1740年には六角川にコククジラが迷行・座礁した記録がある。2014年にはセミクジラが天草沿岸に現れており、どちらも九州西岸では希有な確認である。