薩土密約
坂本龍馬、中岡慎太郎の死後、海援隊士らは犯人をいろは丸沈没事故で多額の賠償金を支払わされた紀州藩であると考え、慶応3年12月7日(1868年1月1日)、十津川郷士・中井庄五郎や、沢村惣之丞、陸奥宗光、岩村精一郎、大江卓ら海援隊・陸援隊士総勢16名が、紀州藩士・三浦休太郎を襲撃し、警固していた新撰組と交戦に及ぶ(天満屋事件)。この日、御香宮の祠官・三木善郷が御香宮門前に「徳川氏陣営」と書かれた立札を発見。御所に報告し、翌日、薩摩藩士・吉井友実の手で立札を撤去した。
乾退助らが土佐に帰国するのと入れ違いに、6月13日(太陽暦7月14日)、後藤象二郎と坂本龍馬が上洛。(かつてはこの頃『新政府綱領八義』の草案にあたるものが坂本龍馬によって船中で起草されたと考えられていた)中岡慎太郎、乾退助らによって薩藩とは討幕の密約を結んだものの山内容堂は徳川宗家への強い恩顧意識があり、心中の揺れ動きの幅が大きく、討幕への意欲が不安定であったため、更に幕府の力を段階的に削ぐための方策として、6月22日(太陽暦7月23日)、京都三本木料亭「吉田屋」において、薩摩の小松帯刀、大久保一蔵(大久保利通)、西郷吉之助、土佐の寺村道成(日野春章)、後藤象二郎、福岡藤次(福岡孝弟)、石川誠之助(中岡)、才谷梅太郎(坂本龍馬)との間で、大政奉還の策を進めるために薩土盟約が締結される。この薩土盟約は、更なる雄藩連合推進のため、同年6月26日(太陽暦7月27日)、長州藩の隣の安芸藩を加えた薩土芸三藩約定書に拡大発展するが、強固なる武力討幕を目指す乾退助へは当初、薩土盟約の存在が伏せられ、また、穏健に将軍家を維持する方策を模索していた、寺村道成、後藤象二郎へは反対に薩土討幕の密約の存在が伏せられていた。6月28日(1867年7月29日)、乾退助・本山只一郎双方の親族にあたる乾正厚(本山楠弥太)が、土佐藩主・山内豊範の御納戸役を仰せ付けられる。
慶応3年5月(1867年6月)江戸にいた土佐藩の乾退助(後の板垣退助)は、在京の中岡慎太郎より四侯会議の不発を嘆く手紙を受け急ぎ旅装を整え、5月18日(太陽暦6月20日)上洛。同日、京都の料亭「近安楼」で乾と福岡藤次(孝弟)、船越洋之助らと中岡が会見し、武力討幕を密談した。 翌日、乾退助は山内容堂に拝謁を請うが許可されず、この日、中岡慎太郎は薩摩藩・西郷隆盛と乾を会見させようと奔走する。 慶応3年5月21日(1867年6月23日)、京都の料亭・大森で再び乾と中岡が策を練り以下の書簡をしたため西郷に送った。
(慶応三年)五月廿一日 清之助 再拝
この中岡の仲介により、同日夕方、室町通り鞍馬口下る西入森之木町の近衛家別邸(薩摩藩家老・小松帯刀の寓居「御花畑屋敷」)において、土佐藩の乾・谷干城・毛利恭助・中岡らと、薩摩藩の西郷吉之助(隆盛)・吉井幸輔(友実)・小松帯刀らが会談し、乾は「戦となれば、藩論の如何に関わらず、必ず30日以内に土佐藩兵を率いて薩摩藩に合流する」とその決意を語り、薩土討幕の密約(薩土密約)を締結した。この時、乾が江戸築地の土佐藩邸(中屋敷)に独断で匿っていた水戸浪士・中村勇吉、相楽総三、里見某らを、彼らの安全確保のため薩摩藩邸への収容を依願し、西郷は即諾した。(この浪士たちが、のちに庄内藩などを挑発し戊辰戦争の前哨戦・江戸薩摩藩邸の焼討事件へ発展する)
翌12月10日(1868年1月4日)、徳川家親族の新政府議定の松平春嶽と徳川慶勝が使者として慶喜のもとへ派遣され、この決定を慶喜に通告した。慶喜は「謹んで受ける」としながらも「配下の気持ちが落ち着くまでは不可能」と曖昧な返答を行い、12月12日(1868年1月6日)深夜には「朝廷に恭順の意思を示すため」と称し京都の二条城を出て、翌13日に大坂城へ退去。春嶽はこれを見て「天地に誓って」慶喜は辞官と納地を実行するだろうという見通しを総裁の有栖川宮熾仁親王に報告する。ところが大坂城に入った徳川慶喜は連絡を断ち、12月16日(1868年1月10日)、徳川慶喜は大坂城黒書院にフランス、イギリス、イタリア、アメリカ、プロイセン、オランダの公使を集め「各国との条約の締結や外交の権限は、今後、天皇陛下ではなく慶喜が掌握する」と宣言。朝廷に対し公然と反旗を翻した。
2月16日(1868年3月9日)、松山征討軍総督・深尾左馬之助、四国取締が丸亀・大洲両藩に変更となったことを高松からの早飛脚で知り、国許に書状で伝える。
2月20日(太陽暦3月13日)、高松藩の謝罪嘆願を御嘉納あらせられ、天守閣入口の封印を解かれ「土州御預地」の高札が撤去さる。
2月23日(太陽暦3月16日)、高松征討軍撤収。
2月26日(太陽暦3月19日)、松山征討軍総督・深尾左馬之助が、国許の山内下総に援軍派遣を要請。三津浜における長州藩士の一部による非行事件もあわせて報告。
2月28日(太陽暦3月21日)、土佐藩を通して松山藩が謝罪歎願を提出。これに伴い土佐藩兵の松山出兵理由を「征討」から「警固」に改定。
2月30日(太陽暦3月23日)、松山に進駐の福山藩兵が撤兵。
3月3日(太陽暦3月26日)、松山に進駐の長州藩兵が撤兵。
2月18日(1868年3月11日)、乾退助の率いる迅衝隊が、美濃大垣に到着。次の進軍路の甲府は幕領であったが、圧政に苦しみ徳川藩政を快く思わず、武田信玄の治世を懐かしみ尊敬する気風があった。退助は岩倉具定の助言を容れ軍略を練り先祖・板垣信方ゆかりの甲州進軍に備え、名字を板垣に復し「板垣正形」と名乗る。名将・板垣信方の名に恥じぬよう背水の陣で臨んだ。