マトリックス支援レーザー脱離イオン化法
MALDIには多くの場合TOF型(Time of Flight、飛行時間質量分析計)の分析部が組み合わされる。生成したイオンは加速電圧(20 - 25kV前後)を印加されて運動エネルギーを生じ、イオン検出器まで飛行していく。イオンが受け取るエネルギーは電荷量のみに依存する為、電荷に対する質量(質量電荷比)が大きい分子は低速で、逆に小さい分子は高速で飛行する。この差異により、検出器に到達するまでの時間差からサンプルの質量を割り出す事が可能となる。TOFの場合、原理的には検出時間を延長すれば質量に検出上限は無く、実際に分子量数百 - 数十万の幅広い質量に対応した測定が可能である。
最近ではTOFの実装はイオン反射装置であるリフレクトロンを伴うものが多く、飛行距離を伸ばすと共にイオンの運動エネルギー誤差を相殺し、より高精度の分析が可能となっている。また、混晶にレーザーを当てた直後の数百 - 数十nsは加速電圧を印加せず、その後一斉に加速すること(delayed extraction、遅延引き出し)で初期状態の違いによる検出時間のバラつきを抑える事が可能である。
実際には、タンパク質をそのまま質量分析するのではなく、トリプシンなどの消化酵素でペプチドに分解してから、それらをまとめて分析に掛け、ペプチドの分子量を変数としらスペクトル分布を読む取る方法で、質量分析をする仕組みが一般的である。