Pre-tRNA スプライシング
一方5'末端にはカイネースによってリン酸基が付加され5'-Pとなる。ここでようやく5'-Pと3'-OHという一般的な末端が与えられ、2つのRNA分子はtRNAライゲースによって再結合されることができる。しかし、連結部の2'には余剰のリン酸基が残るため、2'-フォスフォトランスフェレースがこれをNADへ転移させることによって全ての反応が集結する。古細菌ではイントロンの存在する位置に明確な規則は見られないが、スプライスサイトの構造にある程度の保存性が見いだされており、これが認識に関わる可能性が示唆されている。脊椎動物では5'-OHと2',3'-Pを直接結合する経路の存在も知られる。
また、酵母pre-tRNAスプライシングに類似した機構が、ある種のmRNAで発現制御に使用されている例も知られている。このスプライシングの制御は蛋白質のコンフォメーション異常に反応するシグナル伝達経路の一部を構成している。転写因子であるHac1pのmRNAは、カイネース活性も持ち合わせている膜蛋白質Ire1pのヌクレアーゼ活性によってイントロンが除去される。また、tRNAライゲースによって連結されることが示されている (Sidrauski and Walter, 1997; Gonzalez et al., 1999)。この一連の過程によってHac1mRNAの翻訳活性が増大し、Hac1p蛋白質が大量に合成されて、下流の遺伝子群の転写活性化が起こると考えられている。