井上哲次郎
関皐作編 『井上博士と基督教徒 一名「教育と宗教の衝突」顛末及評論』 哲学書院、1893年5月 / 1893年7月続編 / 1893年10月収結編 関皐作編 『井上博士と基督教徒』 飯塚書房〈教育宗教衝突論史料〉、1982年10月[正]・続編・収結編 関皐作編 『井上博士と基督教徒 正・続』 みすず書房〈Misuzu reprints〉、1988年11月、ISBN 4622026864 / 関皐作編『井上博士と基督教徒 収結編』 みすず書房〈Misuzu reprints〉、1988年12月、ISBN 4622026872
巽軒会著 『青桐集』 大倉広文堂、1933年7月
巽軒会編 『井上先生喜寿記念文集』 冨山房、1931年12月
塩谷温ほか編輯 『巽軒井上先生米寿祝賀集』 友枝高彦、1943年12月
『巽軒年譜』 井上哲次郎生誕百年記念会実行委員会、1954年11月
東京都立日比谷図書館編 『井上文庫目録 付書名索引』 東京都立日比谷図書館、1964年10月
東京大学百年史編集室編 『加藤弘之史料目録・井上哲次郎史料目録』 東京大学百年史編集室、1977年2月
平井法、佐尾裕子 「井上哲次郎」(昭和女子大学近代文学研究室著 『近代文学研究叢書 第54巻』 昭和女子大学近代文化研究所、1983年4月)
真辺将之 「井上哲次郎」(伊藤隆、季武嘉也編 『近現代日本人物史料情報辞典 2』 吉川弘文館、2005年12月、ISBN 4642013466)
大原敏行『明治長編詩歌 孝女白菊 -井上哲次郎・落合直文から ちりめん本、鷗外、画の世界までー』(創英社、2015年)
杉山亮『井上哲次郎と「国体」の光芒 官学の覇権と〈反官〉アカデミズム』(白水社、2023年)
井上の漢詩『孝女白菊詩』は、狩りにいって行方不明になった父を慕う孝女を詠った詩である。これは、西南戦争の済んで間もない1880年から1881年頃、井上がドイツ留学をはばまれ憤懣やるかたなく、空想のおもむくままに書いたフィクションの詩であり、1884年(明治17年)発行の「巽軒詩抄(金編)」に採録されている。
これに刺激を受け、落合直文が『孝女白菊の歌』を作り、全国的に感涙を呼んだ。独訳英訳もされた。現地の阿蘇には碑や墓などが、関係ない処に作られている。
井上は、ドイツ留学時代にゲオルク・フォン・デア・ガーベレンツ宅で知り合ったカール・フローレンツにも『孝女白菊詩』の解説をした。フローレンツは井上の勧めで来日して東京帝国大学のドイツ語教師となり、ドイツにおける日本学研究者としても活躍した。