函館運輸所
1987年(昭和62年)5月12日 - 津軽海峡線開業準備のため五稜郭準備運転区として発足。それ以前に配置されていた機関車は、暫定的に函館運転所所属とされていたが、発足に伴いすべて当区所属となった。
1988年(昭和63年)3月13日 - 青函運転区に改称(EC・EL運転士を配置)。
1990年(平成2年)3月12日 - 青函運転所に改称。
2002年(平成14年)7月1日 - 函館運輸所 青函派出所に改称。運転士は函館運輸所へ移管。
2005年(平成17年) - 貨物列車の牽引から撤退。
2016年(平成28年)3月26日 - 同日のダイヤ改正により廃止。設備・業務をJR貨物五稜郭機関区へ移管。