ウルヴァリン:SAMURAI
1945年、日本の長崎にいたローガン(ウルヴァリン)は原爆の爆発から青年将校・ヤシダ(矢志田市朗)を身を挺して助けた。
それから、数十年。『X-MEN:ファイナル ディシジョン』の最終決戦にて、ローガンは愛していた仲間のジーンを殺さなくてはいけなかった罪悪感とその悪夢に苛まれ、カナダの山奥に暮らしていた。日本の大企業グループ「矢志田産業」の総裁となっていたヤシダは、部下の女性ユキオ(雪緒)を使ってローガンを日本に招待する。老いて病の床にあったヤシダは「助けてもらったお礼にローガンを不老不死の生き地獄から解放する」と告げ死去する。
葬儀の中、ヤクザ軍団の襲撃を受けるヤシダの孫娘のマリコ(矢志田真理子)を守って、東京から長崎へ逃避行するウルヴァリンだが、ヤシダの言葉通りにDr. グリーンによって体の回復能力を奪われ本来の力が出せず、いつしか愛し合う関係になったマリコをヤクザに奪い去られてしまう。
ユキオの協力のもとマリコ救出に満身創痍の体で挑むウルヴァリンの前に、マリコの父親のシンゲン(矢志田信玄)、弓の名手ケンイチロウ・ハラダ(原田剣一郎)率いる忍者軍団、ヴァイパー、そしてパワードスーツ「シルバーサムライ」が立ちはだかる(原作と異なり、ハラダ自身はミュータントではない)。
全てを終えた2年後、空港でローガンの前にある2人組が現れる。