北大人骨事件
山本がラジオ番組で語ったところによれば、頭骨を持ち出したアイヌ民族の男性から話を聞いた山本が、自身のもとに頭骨を持ってくるよう要請し、それらが本物であると思われたためアイヌ民族方式のカムイノミを行ったのだという。話し合いの末、山本から文学部に頭骨は一旦返却されることとなった。
吉崎は、調査委員会が行った事情聴取で、当初は前任者である名取武光助教授から引き継いだものである可能性が高い、自身も引き継いだものを全てチェック出来ておらず、頭骨の存在については知らなかったと述べていた。しかし、その後証言を変化させ、1969年に大学封鎖のバリケードが解除された後、箱を開けて、その中に複数の頭骨があることを確認したが、研究対象としては関心がない新しい頭骨であったため、そのままにしておいたと証言している。
北海道大学文学部古河講堂「旧標本庫」人骨問題調査委員会は当初から、調査によって頭骨の関係者が判明すれば、その関係者に返還することを基本方針としていた。「韓国東学党」と墨書きされた頭骨は東学農民革命軍指導者遺骸奉還委員会に、「オタスの杜・風葬オロッコ」と張り紙がされた頭骨は一時的に北海道大学で保管された後、田中了の尽力によってサハリンに返還された。一方、「日本男子20才」と書かれた貼り紙がされていた頭骨と「寄贈頭骨出土地不明」と書かれた貼り紙がされていた頭骨は返還先が見つからず、2006年に札幌市の浄土真宗本願派大乗寺に、焼骨を行わずに納骨するという形で仮安置された。