アハルテケ
いくつかの遺伝子疾患がアハルテケ・ブリーダーに懸念される。この品種の遺伝的多様性は 30 – 50% AVK と比較的低く、これら形質の保有個体の増加への対処や、インブリーディングによる衰弱への若干のリスクにさえ懸念をひき起こす 。現在のところ、これらの状況に対する DNA 鑑定方法は存在しない。
正確な遺伝パターンはまだ確かめられていないが、 Naked Foal Syndrome または Hairless Foal Syndrome は恐らく常染色体で、劣性致死遺伝子である。ベルジアンと、同様な性質で別の状態が識別されるアメリカン・サドルブレッドで見られる繋表皮水泡症( JEB )とは同一ではないが、類似した臨床徴候が現れる 。この疾患は、仔馬が被毛、たてがみ、尾なしで生まれる原因となる。場合によっては前歯が出生時から、あるいは臼歯が正常なあごから異常に成長する。他の徴候には、持続性の下痢、頻繁な消化障害、蹄葉炎に似た治療困難な蹄骨のねじれがある。正常な皮膚保護の不足による二次徴候に、夏の日焼けのひどい状態に似た鱗片、乾燥、皮膚炎、冬の間の頻繁な肺感染症がある。NFS は致命的で、稀には2歳まで生き残るが大部分の仔馬は誕生後数週間以内に死ぬ。通常初期の死亡は消化器の問題に起因するが、年上の馬は蹄葉炎によって誘発されるひどい痛みのため、安楽死させる必要がある。この症例は1938年という早い時期にアハルテケ種において記録された。限られた育成数にもかかわらず、裸の仔馬はこの品種が見られるあらゆる国で生まれた。