神と人道
板垣は、天体の公転・自転、惑星の距離などの宇宙の法則が存在する以上、万物の創造主である「神」は存在すると認めている(理神論)。しかし、『聖書』と交わる思想はその一点のみで、その他の聖書の記載に関しては、「神が人を作ったのではなく、人が神(の概念)を作った」とし、天国・地獄も含めて古代人の空想的迷信の産物と断じた。尚且つ、その宇宙の法則を司る「神」とは人間とは全く異なる次元もので、人の行為に関して「何々をしなさい」とか「何々をするな」などと干渉するものではなく、また人が祈って、それを叶えるという類いのものでも無いと述べている。
その一方で、板垣自身の体験として戊辰戦争時における「虫の知らせ」や「予感」などの概念は肯定した。「心だに 誠の道に 叶ひなば 祷らずとても 神や守らん」と詠んだ和歌を引用し、儀礼的に神を奉らなくとも、「良心」に従って行動すれば、自ずと道は開けるとし、理性を介して己と向き合い、赤誠の心を持つことを尊んだ(「至誠通天」の思想)。
また、先祖や過去の偉人を敬い、これを「神」と奉り、未来永劫に顕彰することは「人としての当然の感情の発露」として、これを推奨した。実際、板垣退助は亡妣の五十回忌の法要を行ったり、武市瑞山の贈位にあたっては、靖國神社で祭文を奏上している。
板垣の認める万物の創造主たる「神」を板垣は「造化の神」とも呼んでおり、「別天神」として「造化の三神」があったことは『古事記』や『日本書紀』にも記載があり、その点で言えば板垣は純然たる神道の史観より、哲学的要素を踏まえて語っているとも解釈可能である。