全日本農民組合連合会
結成当初でこそ農民運動の統一的な組織体を目標としたが、1960年に日本社会党から民主社会党が分裂すると同党に近いグループが「新農村同志会」を結成、更には全日農からも脱退して全国農民同盟を結成した。加えて1980年代から日本共産党に近いグループが独自の動きを見せ始め、1989年には農民運動全国連合会(農民連)を結成。この結果、全日農は日本社会党→民主党・社会民主党との関係が濃くなっている(ちなみに元・全日農会長の谷本巍は元社民党参議院議員を務めた)。民主党がTPP加盟を容認してからは造反組のみどりの風や生活の党を支持することもあった。
自由民主党に対しては一貫して批判的であるが、実際の活動では自民党の支持基盤の一つでもある農協系の組織と共闘することも多い。