ロックマンゼロ
サイバーエルフを積んだ特急列車に搭載されている人工頭脳。パンテオン(エックスを機械的に劣化コピーした量産型のレプリロイド・ソルジャー、汎用性に富む)の頭部が模されている。侵入者に対し極めて高度な演算処理による精密な攻撃を仕掛けてくるが、逆を言えば正確さ故の脆さを持ち合わせている。
声 - 風間勇刀
本作の主人公。忘却の研究所に封印されていたが、シエルの手によって目覚めさせられ、弾圧されるレプリロイド達の為に戦う。過去の記憶を失っており、性格はXシリーズよりも冷静になっている。
通常攻撃とEX技の強化。
エリア - 秘密基地
ボス - ブリザック・スタグロフ
砂漠の秘密基地に捕らわれているレジスタンスのメンバーを救いに行く。
その後、「ハッキングをそしせよ」が遂行可能になる。
分身技は本物に攻撃を当てても反撃するようになった。さらには攻撃パターンや攻撃範囲が増している。
ロックマンゼロシリーズの第一作目で、ロックマンシリーズ15周年記念作品。ロックマンXシリーズのゼロを主人公に置きつつも、従来のシリーズとは一線を画すキャラクターデザインや世界観、「正義」と「悪」が曖昧なストーリーとなっている。
アクション部分は基本的にXシリーズのものを継承しているが、繋がりを持ち徒歩で移動可能なマップ、サイバーエルフという新たな強化システム、レベルアップする複数の武器と3種類のエレメントチップを使用する戦闘スタイル、ステージ序盤や中盤に発生する変則的なボス戦、捕らえられた仲間の救出や爆弾の解除といった特殊な目的が存在するただボスを倒すだけではないステージもあり、様々な試みがなされている。
エリア - 辺境の廃工場
ボス - 隠将ファントム
工場に仕掛けられた時限爆弾を3分以内にすべて回収する。
なお、このミッションでは開始直後にボスと戦い、その後主要活動を行うという異例の形式がとられている。
打撃攻撃の追加。EX技の変更。
シエルのサイバーエルフ。ゼロのプロテクトプログラムを解除して使命を終えた。