スーパーメトロイド
オープニングの舞台で、ここのみ惑星ゼーベスではない。宇宙科学アカデミーがベビーメトロイドを研究していた施設。サムスが訪れた時には、既に宇宙海賊によって荒らされていた。
水中における抵抗や重力をコントロール可能なボディスーツ。紫を基調とし、防御性能はバリアスーツの更に2倍に相当する(ノーマルスーツの4倍)。水中でも地上のように自在に行動可能になる他、マグマに侵入してもダメージを受けない等、酸とトゲ以外の地帯ダメージを全て無効化するという、本作では最も強力なスーツ。
惑星SR-388でのメトロイド殲滅の任務を遂行しクイーンメトロイドを撃破したサムスは、殲滅後に発見した卵から孵化し刷り込みによって自分を親だと思ったメトロイド最後の生き残り・ベビーメトロイドを連れ帰っていた。銀河連邦の宇宙科学アカデミーに持ち込まれたベビーメトロイドは、その生態構造を研究されることとなった。その研究の結果、メトロイドが持つ優れたエネルギー特性は人類にとって非常に有効であること、さらにメトロイドが本来、平和的活用を目的として創りだされた人工生命体である可能性があると報告された。その後もメトロイドの平和利用の研究は進められ、銀河に平和と秩序が戻ってきたと思われ、サムスも気ままなハンター稼業に戻っていた。ところがそんなある日、サムスに宇宙科学アカデミーからの救難信号が届く。アカデミーに到着したサムスが見たものは、何者かに襲われ壊滅した研究施設と無残に殺害された研究員たち。そしてベビーメトロイドの姿もなかった。廃墟の奥に気配を感じたサムスはアカデミーを進み、ベビーメトロイドを発見する。しかし、闇の中からサムスとの戦いで壊滅したはずの宇宙海賊の最高司令官リドリーが姿を現した。サムスの健闘むなしくリドリーはベビーメトロイドを奪い逃走し、サムスは命からがらアカデミーを脱出する。宇宙海賊と惑星ゼーベスの再建を知ったサムスは、再び惑星ゼーベスへ向かうことを決意する。宇宙の未来を賭け、メトロイドをめぐるサムスと宇宙海賊の最後の戦いが始まる。
基地の中枢。ノルフェアよりも深い惑星の最深部にて再建された。他のエリアの大ボス全てを倒すと道が開かれる。マップルームは存在しないがある程度進むと戻れない。
それぞれ対応したアイテムで破壊することができるブロック。また、敵の助けがないと壊せないブロックも一部に存在する、ビームブロックとボムブロックはスクリューアタックでも破壊できる。
体力の上限が1ゲージ分(100ポイント)増える。