飛鳥寺
以降200年あまりの歴史は定かではない。『元興寺安居院縁起』(1699年)には、江戸時代の寛永9年(1632年)に今井の篤志家によって仮堂が建てられ、ついで天和元年(1681年)に僧・秀意が草庵をつくり安居院と号し、傷んだ釈迦如来像を補修したとある。江戸時代中期の学者・本居宣長の『菅笠日記』には、彼が明和9年(1772年)に飛鳥を訪ねた時の様子が書かれているが、当時の飛鳥寺は「門などもなく」「かりそめなる堂」に本尊釈迦如来像が安置されるのみだったという。しかし、近世中頃から名所記や地誌に名が挙げられ、延享2年(1745年)には梵鐘を鋳造(昭和に軍に供出され現存せず)、寛政4年(1792年)に参道入口に立つ「飛鳥大仏」の石碑、文政9年(1826年)に大坂の篤志家の援助で現本堂の再建など法灯を守る努力が重ねられてきた。
また1956年(昭和31年)からの発掘調査によって、創建当初の伽藍が明らかになった。現在の飛鳥寺本堂の建つ場所はまさしく馬子の建てた飛鳥寺中金堂の跡地であり、本尊の釈迦如来像(飛鳥大仏)は補修が甚だしいとはいえ飛鳥時代と同じ場所に安置されていることが分かり、1966年(昭和41年)には飛鳥寺跡として国の史跡に指定された。
なお、当寺の西には蘇我入鹿の首塚がある。