ナヤン・カダアンの乱
クビライは反乱鎮圧のための軍の招集を始めたが、この時の様子について『東方見聞録』は次のように記述している。
クビライの意図は、マルコ・ポーロが語るように直属の軍団のみを以て、短期間に叛乱を鎮圧することにあったと見られる。この記述を裏付けるように、この時の遠征軍では華北(マルコ・ポーロの言うカタイ国)各地に駐屯する諸軍ではなく、クビライ直属の侍衛親軍が主力となっていた。ただし、先述したように侍衛親軍以外でこの戦いに参戦した軍勢の多くは反乱勃発以前から北方に駐屯していたのであり、その他の軍団が「諸国平定に従事するため京師を離れて出軍し」ていたため招集できなかったのは事実の一側面しか伝えていないと考えられている。なお、この時マングト部のボロカン(建国の功臣クイルダルの子孫)が「かつてチンギス・カンは東方の地の20分の9を東道諸王に与え、同様に20分の11をジャライル部・コンギラト部・イキレス部・マングト部・ウルウト部らの「五投下」に与えた。今五投下の兵を徴発すれば、それで東道諸王に対抗するに十分でしょう」と進言したとの逸話が残されているが、クビライは結局直属軍の招集を行っている。
反乱の首謀者たるナヤンが敗れて捕らえられたとはいえ、未だ各地で反乱軍は活動中であり、それらを糾合して大元ウルスへの反抗を続けたのがカダアンであった。「カダアン」の乱については『集史』『東方見聞録』ともに言及がなく、「ナヤンの乱」に比べると漢文史料の断片的な記述しか残されていない。そのため、カダアンが抗戦を続けるに至った理由について記した記録もないが、クビライによる戦後処理の中で自らの息子ではなく甥に当たるチャクラが新たなカチウン家当主に任命されたことに不満を抱いたためとする説、またカダアンはカチウン家の人間ではなくナヤンの息子であり父の意思を継いで抗戦を続けたのだとする説などがある。
「ナヤンの乱」時においてカダアンがどのように行動をしていたか不明であるが、カダアン率いる軍団はナヤンの捕殺後も大元ウルスに投降せずに現在のノン川西岸沿いに北方に向かって逃走していた。これを追撃したのがセチェゲンで、セチェゲン軍はノン川西のコシューン(火失温)の地でカダアン軍を捕捉したが、抗戦したカダアン軍は逆にセチェゲン単を打ち破ってしまった。これを聞いたクビライは援軍としてイキレス部のクリル率いる200の軍勢を派遣し、援軍を得た元軍は遂にカダアン軍を破り、カダアン軍は「巣穴(本拠地)」に退却せざるをえなくなった。
東道諸王側は中核をなすオッチギン家・カサル家・カチウン家と、これに呼応したコルゲン家・コデン家などから成り立っていた。ただし、これらの王家の中でも反乱軍に靡かずクビライに味方する者がいるなど、決して一枚岩ではなかった。
この時のクビライ軍対ナヤン軍の戦闘については、『東方見聞録』が最も詳細な記述を残している。
『元史』などの漢文史料も断片的ながらこの戦闘の苛烈さを伝えており、『元史』巻156によると一時クビライの乗る戦象にナヤン軍の矢が集中し、漢人部隊を率いる董士選らが突撃し敵軍を突き崩したためクビライは難を逃れる場面があったという。ナヤン軍が総崩れとなるとナヤン自身も逃れようとしたが、アスト人将軍ウワズらの追撃を受けて捕らえられた。クビライは後述するように投降した者達は寛大に扱った一方、叛乱の象徴たるナヤンに対しては速やかなる処刑を決定し、『東方見聞録』によるとナヤンは「絨毯に包まれた上で所構わず打ちのめされて殺された」という。このような「血を出さずに殺す(モンゴル語: Čisu ülü γarγan ala' ul)」処刑方法は古くからある「貴人は血を流して処刑してはならない」というモンゴルの慣習に則ったもので、チンギス・カンのライバルであったジャムカや、皇后オグルガイミシュが同様の方法で処刑されたことが知られている。
こうしてクビライ軍が「短期間に3戦して(サラルドゥ、ブルグトゥ・ボルダク、シラ・オルド)3勝し」ナヤン本軍を粉砕した結果、各地で反乱軍の別働隊が未だ活動していたとはいえ、戦いの趨勢は完全に決した。ナヤン軍との決戦を終えたクビライ軍がシラ・オルドにおいてナヤン軍の輜重を接収し終えたのが6月乙亥日のことで、クビライの出陣から僅か1か月余り後のことであった。
このような遼陽行省の強大な権限はあくまで東北地域の安定化のためのものであり、東道諸王と大元ウルスとの仲が安定し、また大元ウルス内における高麗国の地位が高まると前述のセチェゲン、チェリク・テムルは解任された。
一方、ナヤンの処刑後にクビライによって新たに当主に任じられた東道諸王は概してクビライとその後継者テムルに対して好意的で、特にカサル家のバブシャとカチウン家のエジルはカイシャンの指揮下に入ってカイドゥとの戦いで尽力し、クビライ家との友好関係は従来通りに復活した。オッチギン家については、ナヤンに代わって当主となったナイマダイの後、ナヤンの子であったトクトアが当主となったが、父同様に驕慢で元朝を侮る言動が屡々みられたという。しかし、トクトアは「天暦の内乱」においてカサル家の斉王オルク・テムルに殺害されており、建国以来の東道諸王内での強い結束も失われてしまったようである。
総じて、強大な権限を持つ遼陽行省の設置と東道諸王の勢力分散と当主交替によって黒竜江流域の諸地域は叛乱勃発以前の安定した状態に戻ったといえる。
その夜、クビライが李庭に敵軍の動きについて尋ねると、李庭は「敵軍は今夜中に必ず退却するでしょう」と答え、その夜に夜襲をかけることになった。洪茶丘は衣服や馬の尾を裂いて旗に見せかけ、また材木を蔽って兵のように仕立て、実際よりも兵数を多く装って夜襲に臨み、また李庭は壮士10名と「火砲」を持って敵軍に夜襲をかけた。李庭らが敵陣に入って火砲を放つと、敵軍は混乱して同士討ちを始め、遂に潰散してしまった。後にクビライが李庭に夜襲が成功した理由を尋ねると、李庭は「敵兵は数は多いが紀律がなく、陛下の車駕がここにあるというのに攻勢をかけてきませんでした。(このような消極性から、)敵軍の背後には更なる大部隊があって、敵将はそちらに退却しようとしているのだと疑ったのです」と答えたという。
敗走したタブタイ軍はマングト人のボロカンが追撃し、両軍は2日に渡って転戦した後、大いに反乱軍を撃ち破ったボロカンは敵将のクリル・キュレゲン(駙馬忽倫)を斬る功績を挙げた。また、この時に洪万とチェリク・テムルが別のナヤン軍の将軍を「黄海」にて破っている。更に別行動を取っていたウズ・テムル率いる軍団がこの時合流し、クビライは主力の騎兵部隊をウズ・テムルに、漢人部隊を李庭にそれぞれ率いて進軍するよう命じ、元軍は遂にタブタイを捕虜とした。このようにして緒戦はクビライ軍の勝利に終わったが、李庭が推察したようにナヤンの本軍は近くにまで迫ってきており、この緒戦からほどなくして主力軍どうしの会戦が行われることとなった。