崎津集落
天草下島南部は室町時代より豪族の天草氏が領有し、1569年(永禄12年)に天草鎮尚が南蛮貿易目的でルイス・デ・アルメイダを招き布教が行われた。自身も1571年、洗礼を受けドン・ミゲルと称して、領内には教会も建てられた。﨑津は一般的ルートではないが遣唐使船が寄港するなど古くからの良港で、ルイス・フロイスの『日本史』には「Saxinoccu(サキノツ)」の記述があり、西洋にも知られていた。その後、キリシタン大名の小西行長が天草を含む肥後南部を支配することになり、豊臣秀吉のバテレン追放令後も宣教師を庇護した。
江戸時代になり1613年(慶長17年)の禁教令によりキリシタンは潜伏化し、1621年(元和7年)にはコンフラリア(ポルトガル語版)が組織された。1629年(寛永6年)には アントニオ・ジャノネ神父が﨑津で潜伏布教を行ったが、1637年(寛永14年)の島原・天草の乱によって天草は荒廃。だが、﨑津を含む下天草の人々は参戦しなかったことで、処罰されずに済んだ(﨑津は外界と隔絶していたため乱を知らなかった)。乱後に天草は天領となり、代官の鈴木重成が定浦制度を設け、次代の重辰が1659年(万治2年)に定浦を17ヶ所に増やした際に﨑津も指定されたことで漁業(キビナゴ漁)が盛んになるきっかけとなった。定浦制度とは御用(幕府公用)船と荷子(水夫)を調達させる代わりに漁業権を与え、運上の安定を図るもの。
活動成果として国土交通省の社会資本整備総合交付金(旧街なみ環境整備事業)や経済産業省のコト消費空間づくり分担金の交付が受けられ、世界遺産登録へ向けた環境整備に充てることで地域の負担軽減につながった。これは全国の重要文化的景観選定地自治体が参考にしている。
世界遺産に求められる法的保護根拠など完全性(インテグリティ)は文化財保護法の重要文化的景観以外に、景観法・屋外広告物法や自然公園法による雲仙天草国立公園の一部として、さらに漁港漁場整備法の適用で港湾部の現状変更が制限され、急傾斜地の崩壊による災害の防止に関する法律により集落後背山斜面の樹木伐採が禁じられることで景観の保護につなげる珍しい応用も試みられ、都市計画法の第一種低層住居専用地域も視野に入れている。
熊本地震 (2016年)をうけ、町並景観を守るための耐震工事の検討と、鎌倉の世界遺産登録事前調査でイコモスから津波対策への甘さの指摘があり天草でも江戸時代の島原大変肥後迷惑のように津波が襲った歴史もあるので、地域での防災への自発的取り組みが始まった。