永田方正
また、1900年(明治33年)8月、方正は函館美以教会(現・日本基督教団函館教会)にて山鹿元次郎牧師(山鹿素行別家七代目)より洗礼を受け、キリスト者となった。
この間、1892年(明治25年)に北海道師範学校教諭・岩谷英太郎とともに北海道教育会より「旧土人教育取調委員」に任命され、翌年の『北海道教育雑誌』9号にて報告書「あいぬ教育ノ方法」を共同発表した他、1896年(明治29年)発刊『札幌沿革史』の編集委員を務め、1899年(明治32年)頃には札幌の創成川の前身「大友堀」開削者・大友亀太郎の伝記「大友亀太郎伝」(未公刊)を執筆。さらに、人類学者・坪井正五郎らが創設した東京人類学会の機関誌や田口卯吉主幹の史学雑誌『史海』、京華日報社『世界』や樺太の雑誌『北斗』等々に、独自のアイヌ語・地誌研究に基づく多くの論考を晩年まで寄稿し続けた。
1909年(明治42年)3月末に遺愛女学校を辞し、東京市麻布区に転居。同年12月より、坪井正五郎の推薦で私立の東京高等女学校(棚橋絢子校長)にて国語の嘱託教師を務めた。
1911年(明治44年)7月、持病の脚気と心臓病が悪化、8月22日、日本橋病院にて死去。享年68(数え)。遺骨は函館市住吉町の市営墓地に埋葬されたが、現存せず「永田方正之墓」と確認できる写真が残されているという。方正の多くの遺稿はその後、実業家小熊幸一郎の尽力で市立函館図書館に寄贈された。