5SリボソームRNA
ミトコンドリアや色素体(共生細菌に由来する細胞小器官)の翻訳装置と関連する細菌の翻訳装置は多くの特徴を共有しているが、一方で顕著な差異も存在する。細胞小器官のゲノムは例外なく小サブユニットと大サブユニットのrRNAをコードしているが、5S rRNAの遺伝子(rrn5)に関してはそうではない。大部分の色素体のゲノムではrrn5は容易に同定される。対照的に、ミトコンドリアのrrn5は当初は植物と一部の原生生物に限定されていると考えられていた。配列組成バイアスや構造的な変化に関する情報を組み込んだ特殊な共変化モデルによって、さらに多様な細胞小器官で5S rRNAが同定された。この解析により、5S rRNAの遺伝子は大部分の原生生物のミトコンドリアゲノムだけでなく、特定のアピコプラスト(トキソプラズマToxoplasma gondiiやコクシジウムEimeria tenellaなどの病原性原生動物の非光合成性色素体)のゲノムにも存在することが示された。
ストラメノパイルのミトコンドリアの5S rRNAは、二次構造の多様性が最も大きい。
真核生物では、リボソームタンパク質L5(英語版)は5S rRNAと結合して安定化し、細胞質にも核にも存在するプレリボソームリボヌクレオタンパク質粒子(pre-ribosomal RNP)を形成する。L5の欠乏は5S rRNAの核への輸送を防ぎ、リボソームの組み立ては低下する。