三千院
東の間には玉座が設えられ、襖には下村観山の虹の絵が描かれ「虹の間」とも呼ばれる。西の間は歴代住職(法親王)を祀った内仏。本尊薬師如来像は非公開だが、2002年(平成14年)9月8日–10月8日に開扉されたことがある。西の間に安置されていた木造救世観音半跏像(重要文化財)、木造不動明王立像(重要文化財)は円融蔵に移された。
客殿 - 客殿は平安時代、龍禅院(りゅうぜんいん)と呼ばれ、大原寺の政所であった。慶長年間(1596年 - 1615年)に、豊臣秀吉により禁裏修復として建て替えられた旧御所の旧材を用いて建てられた。障壁画は1906年(明治39年)に望月玉泉、今尾景年、鈴木松年、竹内栖鳳、菊池芳文など、当時の京都画壇の画家たちによって描かれて奉納された(障壁画は保存のため円融蔵に移動)。
中書院
庫裏
庭園「有清園(ゆうせいえん)」(京都市指定名勝) - 池泉回遊式庭園で宸殿前から往生極楽院にかけて広がる。有清園の名称は中国南朝・宋の詩人謝霊運の「山水有清音」という句に由来する。 わらべ地蔵 - 石彫刻家の杉村孝氏の手によるもので数体置かれている。
庭園「聚碧園(しゅうへきえん)」(京都市指定名勝) - 池泉観賞式庭園で客殿の周囲に広がる。
江戸時代の茶人・金森宗和(かなもりそうわ)の作庭と伝えるが確証はない。有清園と聚碧園の境は生垣と石垣で区切られている。 老木「涙の桜」 - 西行法師とも陵阿(りょうあ)上人のお手植えともいわれる桜。
往生極楽院(重要文化財) - 12世紀末の建立。解説は既述。
弁天池
朱雀門 - 江戸時代の再建。かつては極楽院の正門であった。
あじさい苑
弁財天 - 「京の七福神」のうちの一つ。
金色不動堂 - 1989年(平成元年)4月建立の根本道場。智証大師円珍の作と伝える金色不動明王を本尊とする。
観音堂 - 1998年(平成10年)建立。身の丈3メートルの金色の観音菩薩立像が祀られている。 北小観音堂 - 小観音像を安置する。 南小観音堂 - 小観音像を安置する。
石庭「二十五菩薩慈眼(じげん)の庭」 - 補陀落浄土を再現した庭。
勝手神社
売炭翁石仏 - 阿弥陀石仏。
西方門
南門
円融房 - 写経場。
円融蔵 - 2006年(平成18年)秋に完成した収蔵庫兼展示施設。三千院に伝わる仏像、仏画、障壁画、典籍文書類などを収蔵展示する。また、往生極楽院の「舟底天井」を原寸大で復元し、天井画と壁画の復元画を展示する(オリジナルの絵画は剥落・褪色が著しい)。
御殿門