フェルディナンド・マゼラン
その推薦の見返りにフォンセカは自分の意に沿う者たちをマゼランの艦隊の幹部に据え、主導権を握ろうと画策する。それはマゼランの航海技術のみをもとめ、その艦隊を自分の統制下におき、利益はマゼランではなくフォンセカとアロで握ろうとしたものである。マゼランの盟友である天文学者ルイ・デ・ファレイロも艦隊から外され、これに反発したマゼランはスペイン王に交渉し自分の親族や自分の意に沿うポルトガル人を幹部に入れることに成功するが、しかし、それでも艦隊幹部の大半はフォンセカの息のかかった者たちであり、艦隊に同行し世界周航の記録を書いたアントニオ・ピガフェッタはその記録のなかでマゼランの指揮下の船長達は何故か最初からマゼランを憎んでいたと書いている。マゼランの母国ポルトガルでは、ポルトガル人のマゼランがポルトガルの利権を危うくするスペインの企画を指揮することに反発し、ポルトガルの駐スペイン大使はマゼランを説得や脅しを行い、果ては暗殺まで考え航海を止めさせようと試みる。また、ポルトガルはマゼランの航海を妨害しようと様々試みた。
スペイン王の秘書トランシルヴァーノが航海直後、フアン・セバスティアン・エルカーノら乗組員3名からの聞き取り調査をまとめたもの。マゼラン寄りのピガフェッタがマゼランとスペイン人の対立に関しては言葉を濁しているのに比べ、パタゴニアでは反乱側であったエルカーノではあるが、トランシルヴァーノの調書は反乱に関しては赤裸々に書いている。トランシルヴァーノの調書も岩波文庫2011年でピガフェッタの記録とあわせて和訳刊行されており、2011年岩波文庫版で78ページの記録である。
有能な商人であるアロは、マゼランが艦隊の指揮を執ることに決まると、資金調達に奔走する。結局は艦隊の費用の大半をアロとアロが代理を務めるフガー商会が出したと言われる。東洋交易に通じ、商務に長けたアロは船そのものの調達や艤装、艦隊の装備品、武器、食料、交易品などの調達をすべて指揮したと言われる。マゼランとアロが用意した船と装備品・物品のリストは明細で現在に残っている。艦隊は旗艦トリニダード号(110トン)以下、サン・アントニオ号(120トン)、コンセプシオン号(90トン)、ビクトリア号(85トン)、サンティアゴ号(74トン)の中古船5隻に人員は約270人、食料はたっぷり2年分を用意し、主食である航海用ビスケット(堅パン)は21万3800ポンド(約100トン)、塩漬牛肉7万2000ポンド(30トン強)、塩漬豚肉5万7000ポンド(約25トン)、エジプト豆1万80ポンド(5トン弱)、ほか塩漬魚、アンチョビ、干し豆、干しぶどう、干しイチジク、米、蜂蜜、ナッツなど。
リオ・デ・ジャネイロ地方を後にした艦隊は香料諸島へ通じる海峡を探して南アメリカ東岸を南下する。ソリスも探索しおそらくは海峡でなく川であろうと結論したラプラタ川をマゼランは探るがやはり海峡ではなく、さらに南下しパタゴニアのサン・フリワン湾に到達する。厳しいパタゴニアの冬を迎えしばらく停泊している艦隊にマゼランは食料の節約を命ずる。しかし、豊かで友好的な交流を持ったリオ・デ・ジャネイロ地方での良い経験に比べ厳しく寂しいパタゴニアでの停泊に船員達には不満がつのっていった。その雰囲気の中でスペイン人幹部が反乱を起こす。航海出発早々マゼランと衝突し逮捕された艦隊の総監察官でサン・アントニア号の元船長でもあるスペイン人カルタヘナは同じスペイン人のガスパル・デ・ケサーダが船長を務めるコンセプシオン号に囚われていたが、ケサーダおよびサン・アントニオ号の前船長のスペイン人コカと謀ってサン・アントニオ号を急襲、ポルトガル人船長メスキータを拘束し副長を殺してサン・アントニオ号を手中にする。さらにビクトリア号のスペイン人船長も加わって5隻の内3隻が反乱側に付く事態となった。しかしスペイン人幹部は反乱は起こしたもののスペイン王の信任で総司令官の地位にあるマゼランを完全に退けることも躊躇しているうちに、マゼランはすばやく反撃、ビクトリア号の船長を刺殺して反乱を制圧する。反乱の首謀者カルタヘナと加担した司祭は追放、ケサーダを斬首、その他反乱側は鎖につながれ船の補修作業に従事させ反乱を収めた。
バスコ・ダ・ガマが初めて喜望峰回りのインド航路を開いた1499年からマゼランが帰国した1513年までのわずか14年の間にポルトガルは安定したインドへの航海ルートを確立していた。マゼランが8年の勤務を終え帰国したポルトガルは香料貿易が栄え、16世紀まで香料貿易を独占していたヴェネツィアからその地位を奪い大海洋国(ポルトガル海上帝国)としての地位を固めていた。香料貿易を独占し遠洋貿易を独占する勢いのポルトガルにはヨーロッパ中の有力商人とくにイタリア商人とドイツ商人とが取引を希望してその商権を争う状態であった。ドイツの大商人であるフガー商会はその代理人としてクリストバル・アロをリスボンにおいていた。クリストバル・アロは優れた商人であり、バスコ・ダ・ガマの喜望峰回りのインド航路発見以前、コロンブスの新世界発見の直後から西回りでのアジアへの航海ルート探索に関心を持っていた。アロはポルトガルが開拓している喜望峰回りでの東洋交易の詳細も把握し、インド交易に多額の投資を行うのに加え、アロは自身がスポンサーとなり西回りの東洋交易ルート開拓の探検隊を派遣するまでになっている。しかし、アロはイタリア人商人の中傷によってポルトガル王マヌエルの信任を失い、1516年スペインに活動の場を移す。アロは後に1519年からのマゼランの世界周航に大きな役割をはたすことになる。