ニンジャ・アサシン
伝説の中の存在と思われていた「忍者」は、現在もまだ影の中に生きており、暗殺を続けている......。かつて内臓逆位であったため忍者に襲われても生きながらえた老人の話を一笑に伏すヤクザ(サン・カン)たちは、次の瞬間、影から現れた忍者によって惨殺された。
ユーロポールの科学捜査官ミカ・コレッティ(ナオミ・ハリス)は世界中で頻発する要人暗殺事件の背後に忍者の一族がいると推理し、同僚のライアン・マスロー(ベン・マイルズ)と共に調査を開始する。ミカは暗殺された元KGB局員アレクセイ・サバディンが残した忍者にまつわるレポートを手に入れ、彼が最後に対面したという青年の存在を突き止める。青年は忍者でありながら、同じ忍者と壮絶な戦いを繰り広げていた。
その青年(Rain(ピ))は孤児であったが役小角(ショー・コスギ)に「雷蔵」の名前を与えられ、残酷な訓練の末に暗殺者(刺客)へと仕立て上げられた過去を持っていた。だが雷蔵は訓練の中で心を通わせた女忍者霧子の脱走の誘いを拒否し、囚われた彼女が兄弟子の武(リック・ユーン)に処刑される瞬間を目の当たりにする。やがて刺客となった雷蔵は脱走者の処刑を迫られたことで小角の一族から離反し、同門であり兄弟でもあった忍者達との殺し合いに身を投じた。
そして現在、役小角を狙いベルリンに潜んでいた雷蔵は、忍者の秘密に迫ったため忍者に襲われたミカを助け、ユーロポールへ協力を求める。