TOP1
切断された一本鎖DNAの3'末端に対しTOP1が一過的に共有結合的に結合した構造は、TOP1-DNA cleavage complex(TOP1cc)と呼ばれる。TOP1ccはTOP1阻害剤の特異的標的である。TOP1を標的とすることが最初に示された阻害剤の1つが、イリノテカンである。イリノテカンは、細胞毒性を持つ天然アルカロイドであるカンプトテシンのアナログである。カンプトテシンはカンレンボクCamptotheca acuminataから得られる。イリノテカンはその代謝産物であるSN-38を介して特に有効性を示す。イリノテカンとSN-38はTOP1ccの一部、+1位のDNA配列がグアニンである複合体を捕捉することで作用する。イリノテカンまたはSN-38は、トポイソメラーゼによって誘導された切断部位に隣接する塩基対に対してスタッキングし、TOP1酵素を不活性化する。