特別快速
中央特快は、平日(通勤ラッシュ時を除く)および土休日に、主に東京駅 - 高尾駅間を運行している。一部は大月駅発着・富士山麓電気鉄道富士急行線河口湖駅発着で運行されている。
設定当時は、中野駅 - 立川駅間の快速運転を行うために設定され、昼間時のみの運行であった。運行時間帯を拡大したのは1986年のことである。本数は、新宿駅基準で上下ともに、早朝に2本、朝以降は1時間に1~4本(土休日のみ)、日中は4本、夕方~深夜は1~4本である。平日夕方の下り方向では運行されず、後述する通勤快速が代わりとなる。とくに日中は、青梅特快と合算すると、1時間に平日は上り5本、下り4本、休日は上下とも6本となる。
かつて平日深夜には、下り列車に新宿始発の列車があった。この列車は中野駅を通過し、三鷹駅まで無停車で運行された。これは中央本線の長距離普通列車が新宿駅まで乗り入れていた時代に、新宿の次の停車駅が三鷹であった名残りであった。こちらの設定は1986年11月1日から2017年3月3日までで、当初は通勤快速として運転されていた。
青梅特快は、中央線東京駅 - 青梅線青梅駅間を中心に運行している。また一時期は五日市線武蔵五日市始発・八高線高麗川始発で、拝島駅で両者を連結し、青梅線経由で乗り入れる列車が土休日朝に1本存在した。
品川駅 - 新橋駅 - 東京駅 - 上野駅 - 日暮里駅 - 北千住駅 - 松戸駅 - 柏駅 - 取手駅 - 藤代駅 - 龍ケ崎市駅 - 牛久駅 - ひたち野うしく駅 - 荒川沖駅 - 土浦駅 取手 - 土浦間は各駅に停車するため、通過駅を伴うのは取手以南の常磐快速線内のみとなっている。 上野以北の停車パターンは、むしろ複々線化前から直後の時期までの普通列車に近い(最も少ないものは、取手から我孫子・松戸・日暮里・上野)。なお、柏駅は1972年から1980年までは日中のみの停車。
また、「快速」と、2006年3月17日まで平日朝ラッシュ時の上りのみ設定されていた通勤快速の中間に当たる種別である(下りの通勤快速は2005年7月に廃止されている)。中央線では通勤快速より特別快速の方が上位だが、常磐線は逆であった(通勤快速は上野-取手間の停車駅は当時の特別快速と同一だったが、取手-土浦間では牛久駅のみ停車、土浦駅以北は各駅に停車し、最遠で高萩駅まで運行していた)。
下り列車で途中通過駅がなくなると案内が「普通」に変更される快速や通勤快速とは異なり、通過駅がなくなる取手以北(下り)でも案内は「特別快速」のままである。また、運行障害が発生している際には特快運転を中止し、取手 - 上野間を快速として運転することがままある。この場合、駅の発車標では種別が「特別快速」のままになっており、また大幅な遅れでなければ特快の通過駅ではダイヤ上の通過時刻が表示される。取手 - 土浦間は各駅に停車するため、所要時間は普通列車と大差ない。
2022年3月12日のダイヤ改正で、日中時間帯の特別快速の運行は取りやめ、1日あたり2往復に減便された。 上りは土浦駅9:00、10:00発の2本で、いずれも土浦駅着の上り列車から接続を受ける。10時台と土休日9時台は取手駅始発の快速と接続、北千住駅で快速(10時台は中距離列車)と相互に接続し追い抜く。
2004年10月16日より湘南新宿ラインを介して高崎線高崎駅 - 東海道線小田原駅間を運行している。小山車両センターと国府津車両センターのE231系またはE233系(E231系とE233系の併結運転もあり)で運転され、グリーン車を2両連結する。これは2001年の湘南新宿ライン運行開始時より高崎線発着列車は横須賀線区間で西大井・新川崎・保土ケ谷・東戸塚を通過(横須賀線内を快速運転)する快速列車として運行されており、特別快速は「快速」が各駅に停車する東海道線・高崎線内でも通過運転を行う、高崎線(・横須賀線)内を快速運転して東海道線内は各駅に停車していた快速列車の廃止と同時に新規設定されたことの2点の事情からこれら2種類の列車の上位種別として、特別快速と称されることとなった(特別快速は上記に加えて恵比寿駅も通過する)。よって、横須賀線内の各駅に停車する宇都宮線 - 横須賀線系統の湘南新宿ラインには特別快速が設定されていない。最高速度は120km/h。運転開始前後、巨大な屋外看板や電車内のドアに貼付した広告等で新宿-横浜間最速27分運転をアピールしていた。
高崎線側は従来より上野駅・池袋駅 - 籠原駅・高崎駅・前橋駅間で運行されていた快速列車「アーバン」のうち、日中の列車を全て置き換える形で運行されている。一方、東海道線側では、従来より東京駅 - 小田原駅・熱海駅で運行されている快速「アクティー」とは別に増発の形で運行されている。なお、新宿駅 - 小田原駅の所要時分は74 - 78分で、小田急ロマンスカーとほぼ同等の所要時分である。