In situ ハイブリダイゼーション
DNAプローブよりもRNAプローブの方が同じ配列でTm値の高いプローブを設計出来る。さらに、RNAプローブよりもPNAプローブの方がより感度特異度の高い短いプローブを設計出来る。 プローブ分子は,合成時に放射性同位体を取り込ませたり(放射性標識プローブ)、ジゴキシゲニン (digoxigenin, DIG) 、フルオレセインイソチオシアネート(fluorescein isothiocyanate; FITC)などの分子(抗原)を取り込ませたり(非放射性標識プローブ)することで標識する。放射性標識プローブはオートラジオグラフィーによって、DIGやFITCなどによる非放射性標識プローブは抗DIG抗体や抗FITC抗体等を用いて免疫組織化学的に検出する。歴史的には放射性標識プローブの方が先に確立したが、近年では非放射性標識プローブを用いた in situ ハイブリダイゼーションの感度が向上しており、蛍光多重染色も可能であることから、よく用いられるようになってきている。
非放射性標識プローブの検出は、標識物に対する免疫染色そのものであり、蛍光物質で検出する蛍光 in situ ハイブリダイゼーション法やアルカリフォスファターゼを用いNBT/BCIP等で発色する免疫組織化学で検出する方法がある。ペルオキシダーゼで行うことも可能であるが、感度がアルカリフォスファターゼ系に比べ劣るためISHの免疫組織化学的検出法ではアルカリフォスファターゼ系の方が一般的である。