蛋白質構造データバンク
別の人々は、構造データを共通のデータベースで利用できなければ、生体高分子の構造に関する問題について研究者間の会話が成り立たないと、考えている。
PDBから提供される構造データには、それぞれ PDB ID という4文字のアルファベットからなる識別子が、割り当てられている。 PDB ID は、生体高分子の識別子として使うことはできない。 なぜなら、同じ一つの分子が環境/状況に応じて異なる複数の3次元構造をとるということが、蛋白質などの分子ではよくあるためである。 その場合、一つの分子がそのとり得る構造ごとに、複数の PDB ID を割り当てられる。
wwPDBでは、生物学者により蛋白質や核酸の構造データが登録されると、wwPDBのスタッフがその構造データを検証し注釈(アノテーション)をつける。 その後、データはソフトウェアにより妥当性を検証される。 この妥当性検証ソフトウェアのソースコードは、無償で公開されている。 先述したとおり、wwPDBでも、実験的に決定された構造データの登録のみを受け付け、蛋白質構造予測により理論的に推定された構造データは受け付けていない。
現在、さまざまな配分機関や自然科学系学術雑誌が、自分たちが関わって決定した構造データをPDBに登録する科学者を必要としている。