えきねっと
JR東日本管内の新幹線の指定席(グリーン車・グランクラスを含む)をえきねっとで予約の上、指定席券売機で受け取ると、えきねっと割引が適用されていた。この割引制度は、新幹線の特急料金から100円から最大で700円を割り引くというもので、乗車券と自由席特急券には適用されず、みどりの窓口などでは適用されない。また、えきねっと割引は、トクトクきっぷとの併用(ウィークエンドパスなどとの併用は可能だった)、ジパング倶楽部割引、乗継割引など、他の特急券対象の割引との併用はできなかった。
しかし、割引を受けるには、えきねっとで予約したうえで特定の券売機で受け取るなど、煩雑な点が多かった。また、割引率も200km以下は100円と低く、JR東日本管内完結でないと適用されないため、関東から東北・新潟・長野へ行く場合を除いてあまり意味がなかった。
また、他の割引と併用できない性質上、特に割引率の大きい、新幹線と在来線特急列車との乗継割引(在来線の特急料金が半額となる)が適用される区間を使う場合、えきねっと割引を適用すると却って割高になってしまう。このため2つの列車を乗継ぐ申込については「2列車の乗継申込」をすることで、乗継割引適用のきっぷが申し込めるようになったが、一部列車や区間に限られている、3列車以上の乗継申込ができないなどの問題があった。
えきねっと割引より乗継割引を適用させた方が割安となるが「2列車の乗継申込」では申し込めない場合、予約を1列車ずつ行い、券売機ではなく窓口で受け取り、その際に乗継割引利用の旨を申し出ることで適用される。他の割引制度についても、窓口で受け取れば適用される。なお、「乗換案内から申込」を利用すると、このケースに該当する場合に「きっぷ受取に注意」の案内が表示される。
2021年6月26日購入分までは、ポイント付与条件を満たすとえきねっとポイントが付与された。付与されたポイントはSuicaカードやびゅう商品券、JRE POINTなどに交換ができた。
2021年6月27日購入分からは、ポイント付与条件を満たすとJRE POINTが付与される。また同日以降にえきねっととJRE POINTを連携させておくことで、貯まったJRE POINTで新幹線eチケットやチケットレス特急券にポイントを使用できるようになった。