万朶隊
小川は出撃する重爆隊指揮官丸山義正大尉を呼ぶと、同じ重爆撃機の特攻隊であった「富嶽隊」の攻撃失敗を例に出して「徒らに死に急ぎせず、慎重に機会を待て、戦闘機に出会ったら直ちに退避せよ」「乗員をできるだけ少なく」と指示し、丸山は「必ずご期待にそうようやります」と答えたが、重爆隊隊員の士気は極めて高く、また敵戦闘機との交戦も予期していたため、丸山は小川の指示をまもることはなく、8名の定員を1名減の7名に減らしたに止めた。小川の指示にもかかわらず、丸山以下隊員らは初めから生還は考えておらず、全員遺品を整理し下着を取り替え、縛帯(救命胴衣)を脱ぎ捨てて決死の覚悟を固めると、死を覚悟しながらも冷静に作戦を検討し「一番大きな敵船を攻撃しよう。まず私が爆撃をしかけるので、前方射手は機銃を全弾撃ち込んでくれ。爆撃後、敵船を飛び越して海面スレスレを飛ぶから、今度は後部射手が機銃を全弾、撃ち込んでほしい。それでも敵船が沈まなかったら、反転して突っ込むから覚悟してもらいたい」と決めている。
重爆撃機特攻隊は「菊水隊」と命名された。「万朶隊」佐々木の戦後の回想によれば、このとき佐々木はたった1機で「菊水隊」に同行を命じられたとしており、このことは小川から丸山ら「菊水隊」の特攻隊員にも伝えられたという。実際に丸山から出撃命令を受けた飛行第95戦隊の中村真によれば、丸山からは「それぞれ確実な方法で敵を撃沈せよ」という訓示があり、戦闘機60機と「万朶隊」の残りも合流するという話もあっている。
「台湾沖航空戦」は空母19隻撃沈破などとする大戦果の虚報が日本中を驚喜させたものの、実際には殆ど戦果がない惨敗であった。アメリカ海軍の勝因は、トラック島を空襲のさいに、日本軍雷撃機の夜間雷撃で正規空母イントレピッドに魚雷1発が命中して損傷するなど、日本軍機の夜間雷撃による損害が絶えなかったため、1944年8月以降に空母部隊の夜間戦闘能力の向上を図っており、日本軍陸海軍航空隊に殆ど攻撃できる隙を与えない体制を構築していたからであった。アメリカ海軍は各空母に4-6機の夜間戦闘機を配置するとともに、正規空母エンタープライズと軽空母インディペンデンス(硫黄島の戦いのときは正規空母サラトガ)に夜間戦闘機の専門部隊を配置、夜間戦闘専門の空母群である第7夜間空母群(英語版)を編成して万全の夜間防空体制を整えており、「台湾沖航空戦」の時点では、飛躍的に夜間や日没直後といった視界不明瞭時の航空雷撃対策を強化していた。「台湾沖航空戦」に圧勝した第3艦隊司令のウィリアム・ハルゼー・ジュニア提督は、日本軍機によるアメリカ軍艦隊に対する夜間攻撃を「それほど激しいものでも正確なものでもなく、よく訓練されたアメリカ軍の航空隊にとっては深刻な脅威ではなかった」と振り返っている。
第4航空軍の特攻に痛撃を受けたミンドロ島攻略部隊は、特攻機をかわすため陽動作戦を行い、ミンドロ島に直接向かうのではなくパラワン島に針路を向けた。富永はこの陽動作戦にひっかかり、アメリカ軍の目標はパラワン島もしくはネグロス島と誤認し、慌てて第5飛行団の一〇〇式重爆撃機での全力特攻を命じた。第5飛行団の100式重爆撃機は陸軍対艦攻撃の専門部隊として、北海道で跳飛爆撃の猛訓練を積んで意気揚々とフィリピンにはせ参じていたが、他の跳飛爆撃部隊と同様に戦果を挙げること無く損失だけが増えて、当初56機あった一〇〇式重爆撃機が12月13日には9機にまで減っていた。つい先日の12月9日にも、レイテ島のオルモック湾に来襲した連合軍上陸艦隊を7機で攻撃して、戦果もないまま2機を損失したばかりであった。今までの戦績も踏まえて、参謀長の隈部正美少将が鈍重な重爆を特攻に出しても敵戦闘機の餌食になるだけだと反対意見を述べたが、富永は併せて60機の戦闘機を護衛に付けることを命じて作戦は強行された。富永の命令を受けた第5飛行団団長小川小二郎少将は、今までの戦歴により重爆による艦船攻撃は非常に困難であったと痛感させられており、重爆の特性を理解しない航空用法に反発したが、しかし、どうせ全滅する飛行団であれば、特攻で潔く散るのも一案と思い直して、指揮下の飛行第95戦隊と飛行第74戦隊に全力出撃を命じた。
指摘された命中率の高さについては、アメリカ軍の公式資料によれば、フィリピン戦の期間中、航空機による通常攻撃の命中率はわずか3.3%に過ぎなかったが、特攻の命中率は31.9%と高い水準であり、実に通常攻撃の約10倍であった。この命中率は、アメリカ海軍の対空装備の射程範囲内に入った航空機の命中率で、艦載機に撃墜された航空機も母数に入っているが、実際に攻撃してきた特攻機の命中率はさらに向上し、1944年10月から1945年3月までの平均で56%にも上っている。
特攻開始前に陸軍ではその有効性に対して激論が交わされており、「軽量の飛行機が重量の軍艦に突入すれば、それによるエネルギーは、軍艦を貫通するより先に、飛行機自体を破壊してしまうことは明らかである」「急降下で突っ込んで、体当たりするとしても、飛行機の速度は爆弾の落速の半分である」「体当たりでは船は沈まない、卵をコンクリートにたたきつけるようなもの」などという反論が反対派から出され、「万朶隊」の隊長岩本も「体当たり機は、操縦者をむだに殺すだけではない。体当たりで、撃沈できる公算はすくないのだ。こんな飛行機や戦術を考えたやつは、航空本部か参謀本部か知らんが、航空の実際を知らないか、よくよく思慮のたらんやつだ」などと痛烈に非難したと言われることもあるが、実際に特攻が挙げた実績や、戦中戦後の日米両軍の調査、分析により、結果的にいずれも事実誤認であったことが判明している。
その他にも海軍の「零戦」がリバティ輸送船「マーカス・デイリー (英語版)」(海軍戦死者65名 負傷者49名、乗船していた陸軍兵士200名以上死傷)を大破させ、「ジョン・エバンス」(負傷者4名)に軽微な損傷を与えている。
11月27日に「八紘隊」(一式戦闘機「隼」)が戦艦「コロラド」、軽巡洋艦「セントルイス」、軽巡洋艦「モントピリア」に突入して大きな損害を与え、駆潜艇「SC-744」を撃沈。11月29日、「靖国隊」(一式戦「隼」)が戦艦「メリーランド」、駆逐艦「ソーフリー」、駆逐艦「オーリック」に突入し、これも大きな損害を与えている。なかでも、靖国隊の一式戦「隼」が40.6cm砲(16インチ砲)の主砲塔に突入した戦艦「メリーランド」は大破炎上し、修理のために翌1945年3月まで戦列を離れている。「メリーランド」に突入した「隼」は、雲の中から現れて急降下で同艦に突入する寸前に機首を上げて急上昇をはじめ、尾翼を真下に垂直上昇してまた雲に入ると、1秒後には太陽を背にしての急降下で「メリーランド」の第2砲塔に突入した。その間、特攻機はまったく対空射撃を浴びることはなかった。その見事な操縦を見ていた「メリーランド」の水兵は、「これはもっとも気分のよい自殺である。あのパイロットは一瞬の栄光の輝きとなって消えたかったのだ」と日記に書き、その特攻機の曲芸飛行を見ていた「モントピリア」の艦長も「彼の操縦ぶりと回避運動は見上げたものであった」と感心している。
アメリカ軍の戦闘記録によれば、「アキレス」は歩兵揚陸艇4隻、「エゲリア」は歩兵揚陸艇2隻、中型揚陸艦1隻をそれぞれ横付けさせて修理中で停泊していた。13時になって、そこに「ジーク」こと「零式艦上戦闘機」複数機が来襲し、「アキレス」にそのうち1機が命中、エンジンが主甲板を貫通、航空機の機体は甲板室まで到達して爆発、耳をつんざくような爆音ののち、甲板上を航空燃料により生じた火災がなめ尽くした。甲板上で作業をしていた水兵多数が死傷し、戦死者33名、負傷者28名という大きな人的損失と甚大な損傷を被ったが沈没には至らず、1945年2月まで修理のために戦線離脱した。他の1機がタンカー「カリブー(タンカー)」(英語版)に突入しようとしたが、対空砲火により方向転換し、3隻の艦を修理中の「エゲリア」に向かってきた。修理のため横付けしていた3隻のうち、歩兵揚陸艇の「LCI-430」が「零戦」に向けて対空射撃を行い、「零戦」は「エゲリア」の25フィートの至近距離で撃墜されたが、搭載されていた爆弾の爆発で横付けされていた歩兵揚陸艇の「LCI-364」側面に大穴が空き、その衝撃で「エゲリア」も軽微ながら損傷を被って21名が負傷した。大破した「LCI-364」は、そのまま沈没することを防ぐために、他の揚陸艇に曳航されて浅瀬に座礁させられている。以上の様に「アキレス」と「エゲリア」の損傷については詳細な戦闘記録が残されており、「万朶隊」の戦果ではない。
しかし、この訓練を視察していた鉾田陸軍飛行学校校長今西六郎少将(のちに中将)は「本戦法は鈍重、低速機に適しない。波が高いときは、波の山に当たれば40mから50mの高さに跳飛して船を飛び越え、谷に落ちれば跳飛しないことがある」「波が静かなときは、目標から100mから200mに投下して百発百中である。いずれの場にも効果があるのは、舷側迄水面下を直撃するように投下することである。編隊のまま攻撃するのは相互に妨害して不利である」と穏やかな海面でしか十分な効果が発揮できないという感想を抱いた。8月には、少し厳しい環境での実験として、沖縄の那覇で風速10mから15mの風が吹いている環境下で沈没船を目標として実験を行った。このときは全体での命中率が60%に低下したが、岩本はただ一人ほぼ全弾命中という驚異的な結果を残したという。この一連の実験で、陸軍作戦機の殆どで実施可能という長所があると判ったが、一方で、投下爆弾が海面でのバウンドで減速するために、爆弾衝突時の速度が他の攻撃法と比較して著しく遅くなり重装甲の軍艦には通用しないことと、また爆撃機の行動を軽快、優速に保つため、大重量の大型爆弾を装備できないことが判明したが、これらは攻撃の成果に重大な懸念を抱かせる致命的な欠陥と言えた。
また、鉾田陸軍飛行学校で岩本らとともに「跳飛爆撃」の研究に携わっていた倉澤清忠少佐が、同時期に「反跳爆撃」の研究を行っていた海軍航空隊の横須賀鎮守府の横須賀海軍航空隊を訪ねて訓練を見学をしたところ、海軍の陸上攻撃機や艦上攻撃機の数機が目標の模擬航空母艦に向けて同時に高度1,000mから急降下、その後に水平飛行に移行し、海面スレスレの高度で各方向から一斉に目標に襲いかかる光景を見て、海軍航空隊の訓練の凄まじさに言葉を失い「目標が海上を動いているだけに、跳飛弾訓練は難しい。