阿波戦争
この選挙では1区に回った後藤田、2区の山口がいずれも当選したことで引き続き県内の小選挙区を自民党が独占し、比例単独に回った福山も当選した。しかしながら「比例優遇は2回まで」という自民党の内規があり、福山は次の衆議院選挙で選挙区での立候補を模索するようになり、福山と後藤田はどちらも同じ石破派の所属にもかかわらず、徐々に両者の間に溝が生じ始め、後述の「令和の阿波戦争」の発端ともなる重要な分岐点となっている。
なお、2017年に行われた第48回衆議院議員総選挙でも、前回に引き続き1・2区とも自民党が独占し、比例四国ブロックで連続立候補となった福山も登載順位上位(2位)に優遇され、議席を確保したことで表向き平穏を保った。
一方、参議院徳島県選挙区では1989年の第15回、1998年の第18回、2007年の第21回の3回にわたり自民党公認候補が敗れており、このうち第18回では三木武夫の実娘である高橋紀世子が野党統一の無所属候補として、自民党公認の現職であった松浦孝治を破ったことが特筆される。高橋は議員任期中は常に野党陣営に身を置いており、みどりの会議を経て、結局1期6年の任期限りで次期参議院選挙に立候補せず、政界から引退している(2020年7月死去)。
また、2004年の第20回で当選した元徳島市長の小池正勝は当選時は自民党公認であったが、次期参議院選挙(第22回)の候補選定を巡って対立し、2010年に自民党を離党、その後新党改革に入党した。
2019年の徳島県知事選挙と2020年の徳島市長選挙は保守分裂選挙となり、自民党徳島県連の推薦する候補と後藤田正純の推薦する保守系無所属候補の激しい選挙戦となった。NHKはこれを「令和の阿波戦争」と報じた。
2019年の徳島県知事選挙では自民党県連推薦の現職、飯泉嘉門が158,972票を獲得したのに対して後藤田の支援する岸本泰治は122,779票であり、飯泉が再選を果たした。翌2020年の徳島市長選挙では後藤田が支援する現職の遠藤彰良と徳島県連所属の自民党国会議員である福山守や山口俊一らが支援する新人の内藤佐和子の一騎打ちとなり、遠藤の39,248票に対し、新人の内藤が41,247票で僅差で遠藤を破って初当選を果たした。
また2018年の徳島市阿波おどり総踊り中止騒動の際、後藤田は総踊りの中止を進める遠藤市長側に付いたため、総踊りを強行する阿波おどり振興協会が2020年の徳島市長選挙で内藤を支援するなど、分断は地域を巻き込み深刻化しつつあった。
これにより同年7月の第22回参議院議員選挙で自民党公認の新人である中西祐介が当選(小池は新党改革公認で立候補し落選)するまで、参議院の徳島県選挙区は一時自民党議員が不在という事態になった(新党改革所属の小池と民主党所属の中谷智司が選出議員。ただし徳島県連所属としては参議院比例区に中村博彦がいたため、完全に不在という訳ではなかった)。
この参議院徳島県選挙区は、2015年の公職選挙法改正による定数是正によって高知県選挙区との合同選挙区(徳島県・高知県選挙区)となり、2016年の第24回参議院議員通常選挙から適用された。2016年は徳島県側の現職であった中西祐介が同選挙区で当選したが、次回の2019年の第25回参議院議員通常選挙では高知県側の現職であった高野光二郎が同選挙区で当選しており、徳島・高知の順に回ごとに交互に候補を同選挙区に擁立し、一方で選挙区に擁立しない県側は比例区に候補を擁立したうえで、第25回から適用を開始した「特定枠」を用いて優先的で当選させる配慮がなされている。これにより第25回は徳島県側の現職であった三木亨が比例特定枠候補1位として再選している。2022年の第26回参議院議員通常選挙では引き続き中西祐介が徳島・高知選挙区に立候補して当選している(高知県側は新人の梶原大介が比例区特定枠候補2位で当選)。