義務教育学校
中高一貫教育(中等教育学校制度等)との整合性がない。一つの自治体の中に小学校、中学校、中等教育学校、義務教育学校が併存することになる。
施設一体型では学校統廃合が伴う。前身となる小学校・中学校は廃校の上で義務教育学校へ統合される。それに伴い学区が広域化することで通学距離が長くなる場合もある。品川区では18校の小学校、中学校が統廃合されて6校の小中一貫校になった例がある(実質12校の廃校)。
世間一般に「義務教育学校」という名称に馴染みがない。また、正式名称として「学園」のみ(「学校」という文言を含めない)の名称を用いると、一般に認識されている他の政策的施設(福祉施設、児童自立支援施設等)と判別がしにくくなる。