ニホンカワウソ
北海道と四国以外では、富山県黒部川源流域に1969年(昭和44年)もしくは1980年代後半までニホンカワウソが棲息していた可能性が指摘されている。また、2016年(平成28年)に哺乳類学会誌「哺乳類科学」で発表された論文によると、1980年代初頭まで長崎県の五島列島福江島ではニホンカワウソが棲息していた可能性が指摘されている。
2017年(平成29年)2月に琉球大学が対馬で撮影したビデオの中に、カワウソと思われる生物が撮影されており、日本国内で生きた野生のカワウソの姿が確認されたのは38年ぶりとなった。7月には環境省による調査が行われ、島内には少なくとも2匹が棲息していることが判明し、また糞からはユーラシアカワウソのDNAが検出されている。
2018年(平成30年)4月に、栃木県那須町沼野井地区にて、カワウソの目撃情報が相次いでいることから、調査隊が編成されたが、2020年現在、未だ見つかっていない。
2020年には、高知市職員らによるグループが、高知県大月町でニホンカワウソらしき動物の姿を撮影した動画や写真を発表した。グループは食痕や巣穴などの証拠や写真解析を行った結果「ニホンカワウソ以外に考えられない」との結論を出す一方で、「画像が不鮮明でありニホンカワウソとの確証はない」との意見もでている。
人間にとって身近な存在であり、河童伝説の原型になったと考えられているほか、カワウソそのものも伝承に登場する。また、アイヌ語では「エサマン」と呼ばれ、アイヌの伝承にもしばしば登場している。七十二候の一つ(雨水初候)で獺祭魚(春になりカワウソが漁をはじめ魚を捕らえること)とある。
江戸時代の料理書『料理物語』には、「獣の部」において「川うそ」の名が記載されており、かつては食用となっていたとみられる。
ニホンカワウソは保温力に優れている毛皮や肺結核の薬となる肝臓を目的として、明治から昭和初期にかけて乱獲が進んだ。そのため北海道では、1906年(明治39年)当時年間891頭のカワウソが捕獲されていたが、12年後の1918年(大正7年)には年間7頭にまで減少した。このような乱獲が日本全国で行われたため、1928年(昭和3年)にニホンカワウソは日本全国で狩猟禁止となっている。
1954年(昭和29年)の時点で、ニホンカワウソは北海道、紀伊半島と愛媛県の瀬戸内海から宇和海にかけての沿岸部、高知県南西部の沿岸部および室戸岬周辺にわずかに棲息域を残すのみとなったが、農薬や排水による水質悪化、高度経済成長期における周辺地域の開発、河川の護岸工事等により、棲息数の減少に更なる拍車がかかった。さらに、漁具による溺死や生簀の食害を防ぐための駆除も大きな打撃となった。最後の個体群は当初猟師だけが知っていたもので、細々と密猟されていた。
須崎市の市民憲章には「のこそう かわうそのまち すさき」と謳われており、須崎市ニホンカワウソ保護基金条例を制定するなどしている。同市のマスコットキャラクター(ゆるキャラ)であるしんじょう君(新荘君)は、ニホンカワウソもモチーフにしている。
絶滅(環境省レッドリスト) 昭和まで棲息していた哺乳類が「絶滅種」に指定されたのは初めて。なお愛媛県は2014年10月に更新した独自の「愛媛県レッドデータブック2014」で、絶滅していないことを前提とする「絶滅危惧種」に引き続き指定している。
日本国指定特別天然記念物(1965年6月24日)
ワシントン条約附属書I