根圏
根細胞が呼吸をすることにより、二酸化炭素が根圏に排出される。酸素は植物の地上部から通気組織を通じて根圏に供給される。湿地帯の水生植物は特に通気組織を発達させている。根圏微生物はこの酸素を利用することができる。
植物の根はある種の無機イオン(炭酸HCO3、OH、H)を分泌している。ルイボス茶(Aspalathus linearis L.)といった少数の植物は低pHの土壌(pH3〜5)でHCO3やOHを分泌し、土壌pHの改善を行っている。