サンエー (沖縄県)
同時に「ハンビータウン」をリニューアル。
2006年(平成18年) 1月 - 「マツモトキヨシ」とフランチャイズ契約を締結。 2月 - 東京証券取引所第一部に上場。 7月 - 食品加工センターがISO 22000認証を取得。 7月29日 - 初の県外出店として熊本県熊本市の「ゆめタウンはません」内に「和風亭」と「ピッツェリア・マリノ」同時オープン。 10月24日 - 糸満市潮崎町に「しおざきシティ」オープン、同社運営のドラッグストア「マツモトキヨシ」1号店が開店。
2007年(平成19年) 2月28日 - サンエー第1号店である「那覇店」が「那覇メインプレイス」と統合のため閉店。同年10月に「マツモトキヨシ」に転換し開店。同日、「真栄原ホームセンター」閉店。 3月 - 熊本県菊池郡菊陽町に「ピッツェリアマリノ光の森店」オープン。 8月31日 - 那覇市前島「ホテルニューサンワ」を閉店し、翌月10日をもって売却。
2008年(平成20年) 2月 - プリペイド型電子マネー「サンエーEdyカード」(楽天Edy)を導入。 11月19日 - 浦添市経塚に「経塚シティ」オープン。
2009年(平成21年) 1月21日 - コンビニエンスストアを展開するローソンと沖縄県内での業務提携を行うことに合意。 6月11日 - 外食チェーンを展開するイートアンド(大阪府)と業務提携を行い、「具志川メインシティ」に「大阪王将」がオープン。
ドラッグ部としてマツモトキヨシ(30店舗)の県内における独占的なエリアフランチャイズ展開を行う。