市ケ谷駅
有楽町線、南北線それぞれに島式ホーム1面2線を有する地下駅で、有楽町線のホームには可動式ホーム柵が、南北線のホームにはフルスクリーンタイプのホームドアが設置されている。構内に南北線 - 有楽町線間の連絡線が存在し、南北線および乗り入れ先の埼玉高速鉄道の車両が、検査で綾瀬工場などへ回送される際に使用される。なお、当該連絡線設置に伴い2番線の停止位置目標は麹町側に移動した。有楽町線と南北線の間は号車によって差が出る上に、エレベーターが完全に整備されていないこともあり、極力隣の飯田橋での乗り換えの方がよい。(飯田橋だと号車による距離に差が出ない上に、エレベーターが整備されている)
有楽町線の池袋方向に留置線(旧・二代目飯田橋検車区)があり、2008年6月14日のダイヤ改正以前に設定されていた当駅始発・終着の列車が使用していた。現在は終電後に池袋駅から回送される1編成が夜間留置を行い、翌朝初電の当駅始発和光市行に使用される。
南北線側には有楽町線への連絡線部分に、入出庫用の引き上げ線1線と南北線用の留置線が4線あり、収容力が小さく5編成しか留置できない王子検車区を補完している(市ケ谷留置線)。
市ケ谷留置線の線路自体は5線あるが、1線は器材線(保線車両留置用・延長128 m)である。また、四ツ谷駅寄りの本線上に両渡り線があるが、四ツ谷駅 - 溜池山王駅間の延伸開業までは折り返しを当箇所で行なっており、当駅 - 四ツ谷駅間は単線並列運転を行っていた。
南北線の駅構築は市ケ谷留置線との一体構築となっている。南北線開業時には、7番出入口の新設と新宿区提供の保険会館新館・国井記念館敷地内にエレベーター出入口の新設が行われたほか、既設の有楽町線5・6番出入口を南北線との共用に改造した。南北線ホームのエレベーターはホームの四ツ谷側端部に設置されている。6両編成の停車しない位置にあるため、8両化対応工事が実施されるまでは、ホームの未供用部分の一部に最低限の整備を施し通路として暫定供用していた。2021年10月に四ツ谷方階段の増設工事が完了し、同時にホームとしての全面供用も開始された。
有楽町線ホームと南北線ホームを結ぶ連絡通路には、JR中央線と都営新宿線の乗り換え口側に動く歩道が設置されている。
南北線のコンコース中央には江戸城外濠跡の石垣や江戸期古地図、遺跡展示コーナーなどからなる「江戸歴史散歩コーナー」が設置されている。