長崎県病院企業団
1992年(平成4年)4月1日 - 整肢療育園を一般会計に移行。
2002年(平成14年) 1月 - 県立島原温泉病院を移転新築、県立島原病院に改称。 11月 - 長崎県は経営状態が悪化していた病院事業の改革基本方針を策定。一部病院の民間委譲、専門病院化、地方公営企業法全部適用等の方針を定める。
2004年(平成16年)4月1日 県立病院事業について地方公営企業法全部適用、病院局を設置。 県立大村病院を病床数削減の上、「県立精神医療センター」に改称。
2005年(平成17年)4月 - 県立成人病センター多良見病院を日本赤十字社に経営委譲(日本赤十字社長崎原爆諫早病院)。
2006年(平成18年)11月 - 長崎県は外部有識者による「県立及び離島医療圏組合病院あり方検討懇話会」を設置。
2007年(平成19年)11月 - 検討懇話会の議論を元に県と5市1町による共同体設立の基本方針を当時の金子原二郎県知事が発表。
2008年(平成20年)12月 - 総務大臣 による長崎県病院企業団の設立許可。
2009年(平成21年)4月1日 長崎県病院企業団が発足。
長崎県五島中央病院(五島市) 奈留医療センター(五島市)
長崎県富江病院(五島市)
長崎県上五島病院(新上五島町) 有川医療センター(新上五島町) 奈良尾医療センター(新上五島町)
長崎県対馬病院(対馬市):2015年(平成27年)5月17日に長崎県対馬いづはら病院と長崎県中対馬病院が統合され開院。
長崎県上対馬病院(対馬市)