木古内駅
木古内駅前バス停が設置されており、函館バスが「快速松前号」「木古内〜松前線」(JR松前線廃止代替バス)、「江差木古内線」(JR江差線代替バス)および「函館〜知内線」を運行している。鉄道が廃止された福島町、知内町、松前町など道南最南部との交通結節点となっている(一部の路線は、道南いさりび鉄道線とほぼ並走して函館市中心街とも結ぶ)。
なお、2016年1月13日より新バスターミナルに移転し、「道の駅みそぎの郷 きこない」内にバス待合所が設置される。
木古内町の中心駅であり、北海道新幹線「はやぶさ」「はやて」合計13往復のうち、8往復16本が停車する。また、当駅で上下の貨物列車が交換を行っており、下り貨物列車の大半が当駅に運転停車する。
在来線は道南いさりび鉄道線、新幹線は北海道新幹線を所属線としており、これらに海峡線を加えた3路線が乗り入れる。当駅は線路名称上での道南いさりび鉄道線・海峡線の終点であるが、海峡線は2016年(平成28年)3月21日をもって定期旅客列車の運行を終了しており、以降は貨物列車と団体専用の臨時列車(四季島)のみの運行となっている。道南いさりび鉄道線の旅客列車は、全て気動車による普通列車として当駅以東でのみ運転される。また、道南いさりび鉄道線にはsh01の駅番号、北海道新幹線 乗換駅の副駅名が導入されている。
海峡線を走行する列車は、当駅で自動列車保安装置をATS-SN形とDS-ATCの間で切り替える。
新幹線改札口(2018年4月)
新幹線ホーム(2018年4月)
新幹線駅舎は在来線駅舎とは反対側の線路北側に設置され、高架下に駅本屋1,850平方メートル、ホーム上屋6,410平方メートルがある。デザインコンセプトは「波と森のプロムナード 〜北の交流発信地〜」で、過去から未来につながる町の歴史と、木古内町が面する津軽海峡から打ち寄せる波のリズムを間隔を変えて垂直性を強調したリブ状の壁面で表現する。壁面は高さ約20メートルで、細長いガラスが間隔を変えてはめ込まれている。天井や窓枠などに道南スギ材を多用しており、総工費は22億5750万円とされている。
北海道新幹線は一部の「はやぶさ」と全ての「はやて」による1日16本が、道南いさりび鉄道は1日9本が発着する。