ロンドンの大疫病
1665年7月になると、疫病はロンドン市内でも流行し始めた。国王チャールズ2世とその家族や宮廷を含む富裕層は逃げ出した。ソールズベリーに逃げ出し、そこでも数例の疫病が報告されると、9月にオックスフォードへと移動した。 参事会員と大多数の市政府の人間は市内に残留することを決断した。ロンドン市長ジョン・ローレンス卿もまた市内に残留した。店は閉鎖され、商人や職人もまた市外へと逃亡した。 デフォーは、「荷物、女性、召使い、子供で満たされた荷車や馬車、立派な服を付けた人でいっぱいの馬車、その御者が急ぎロンドンから去ろうとする以外、何も見えなかった」と書いている。 疫病は夏の間中流行し、さらに増加しつつある膨大な犠牲者に対応するためにほんの少数の牧師、医師、薬剤師だけがロンドン市に残った。「ロンドンにおける恐るべき疫病の襲来」を著したエドワード・コーツは、「今後は、私たちを見捨てる医師がこれほど多く出ることのないといいのだが。」との希望を述べている。
より貧しい人々も疫病の伝染に気づき、一部は市を去ったが、市外に脱出した場合の生活に見通しがないことから、居宅を放棄することは容易ではなかった。市の城門を出る前には市長が発行する健康証明書を保有する必要があったが、その入手は次第に困難となった。 時がたつにつれ疫病の犠牲者はさらに増加し、ロンドン市外の町村は健康証明書があろうとなかろうとロンドンの住民を受け入れることはなくなり、避難民を送り返すようになった。避難民たちは引き返したが、町を通り抜けることは許されず、野原を横切ることを強いられ、路上で寝泊まりし、盗みや残飯あさりに頼らざるを得なくなった。1665年の暑い夏のため、多くは飢餓や脱水等の悲惨な状況に陥り死亡した。
ロンドンの大疫病で被害を蒙ったのは貧民が中心であった。富裕層は郊外の不動産や、親族を頼って避難することができたためである。翌年のロンドン大火では多くの商人やその保有不動産が失われた。 この結果として、1666年のロンドン再建法が可決され、ロンドンの大半は再構築された。 ロンドンにおける街路の計画は比較的保守的だったが、いくらかの改良点が見られた。道幅は拡大され、舗装され、開渠は廃止され、木造の建築や張り出した破風は禁止され、建造物の設計と建築とが規制されるようになった。煉瓦造りまたは石造が義務付けられ、優雅な建造物が多数建造された。ロンドンは単に回復しただけでなく、より健康的な都市へと変化した。ロンドンの住民は1665年と1666年のこの災害以降、共同体意識をより強く持つようになった。
再建は10年以上にわたって続けられ、ロバート・フックにより監督された。
ロンドン大火も参照。 1665年の晩秋になると、ロンドン市とその郊外の死亡者数は減少し始め、1666年2月になると、比較的安全と考えられるようになり国王とその廷臣がロンドン市に帰還した。国王が帰還すると、他の市民も帰還し始めた。判事はウィンザーからウェストミンスター・ホールに戻った。議会は1665年4月に延期されていたが、再開されたのは1666年9月だった。交易は推奨され、店舗や工房は活動を始めた。ロンドンはひと財産作ろうともくろむ人たちの波の終着点であった。1666年3月の終わり、大法官であるクラレンドン伯爵は以下のように述べている。「通りは混雑し、証券取引所は込み合っている。いまだかつてないほど、どこも人であふれかえっている...」.
疫病は1666年半ばまで、ほどほどの発生率で散発的に発生した。9月になるとロンドン大火でロンドン市の大半は破壊され、火災が疫病を終わらせると信じる人々も一部にいた。現代では、大火が起こる以前から疫病はほぼ終息していたものと考えられている。流行後期の症例はほとんどが郊外での症例であり、 ロンドン市は大火で破壊されたからである。
死亡表によれば、1665年のロンドンでの疫病死は68596人である。