最後の猿の惑星
シーザーが主導した人間への反乱は核戦争への発展を経て、地球の支配者は人間から猿に移行していた。2003年、シーザーは原野に新たな集落を築き、人間を召使としてだが共存して暮らしていた。補佐役である人間のマクドナルドは人間と猿の対等な関係を求めるが、シーザーは過去の経緯から人間の解放に慎重な態度をとっていた。ある日、シーザーは「死んだ両親の記録が壊滅した都市に保管されている」とマクドナルドから聞き、彼とヴァージルを連れて核戦争で壊滅した都市に向かう。地下の記録保管庫で両親の記録テープを見たシーザーは、「猿が世界を滅ぼす」という母ジーラの言葉に衝撃を受ける。
同じ頃、核戦争を生き延びて都市の地下で潜伏していたコルプらミュータントたちは、シーザーが自分たちへの侵略に来たと思い込み、強硬策に出る。コルプは偵察隊を派遣してシーザーの村を探し当て、先制攻撃を仕掛けるため、戦闘部隊を率いて出撃する。一方、人間を敵視するアルドーは配下のゴリラと共にシーザーへの反乱を計画するが、偶然密議を聞いていたシーザーの息子コーネリアスに気付き、「猿は猿を殺さない」という猿の掟を破って彼の口封じを試みる。