カスパーゼ-3
通常条件下では、カスパーゼは基質中の4ペプチド配列を認識し、アスパラギン酸残基の後のペプチド結合を加水分解する。カスパーゼ-3とは類似した基質特異性を持ち、Asp-x-x-Aspという4ペプチドを認識する。C末端側のアスパラギン酸は絶対に必要であるが、他の3つの位置の多様性はある程度許容される。カスパーゼの基質特異性は、阻害剤や薬剤のデザインに広く利用されている。