酵母ディスプレイ
他のin vitro進化法に対する酵母ディスプレイの利点は、真核生物による発現とプロセシング、真核生物の分泌経路の品質管理メカニズム、最小限の結合活性効果、およびFACSによる定量的ライブラリースクリーニングなどである。酵母は真核生物であり、他のディスプレイライブラリーでは提供できないタンパク質への複雑な翻訳後修飾を可能にする。
欠点としては、代替方法と比較して変異体ライブラリーのサイズが小さいことや、哺乳類細胞と比較して酵母でのグリコシル化が異なることが挙げられる。これらの欠点は、これまでに報告されている最高の一価リガンド結合親和性を持つ人工タンパク質(Boder, E.T. 2000)の操作など、多くの用途における酵母ディスプレイの成功を制限するものではない。ただし、現在、Boderが作成した酵母ディスプレイライブラリは、IPの問題でInvitrogen社のINVSc1細胞株が利用できないため、利用できなくなった。
生体外(in vitro)におけるタンパク質進化の代替方法は、哺乳動物ディスプレイ、ファージディスプレイ、リボソームディスプレイ(英語版)、細菌ディスプレイ(英語版)、およびmRNAディスプレイ(IVV)がある。