江戸幕府日記
その他の幕府諸機関においても記録が作成されたが、その大半が散逸したとされる。残っている記録としては「幕府書物方日記」、「言次」(表右筆組頭の日記)、奥坊主小道具役の日記などが知られる。
内閣文庫には、江戸幕府から引き継がれた二千冊を超える幕府日記が残されている。これらは国立公文書館デジタルアーカイブにて公開されている。その他に、東京国立博物館所蔵の一橋家旧蔵本は「御用部屋日記」の写本として知られる。姫路酒井家本「江戸幕府日記」(姫路市立城郭研究室所蔵)は、江戸幕府初期の「右筆所日記」を伝える写しとされる。
江戸幕府日記は二次史料である『徳川実紀』の典拠となった史料でもあるため、一次史料として利用することで江戸期の政治史研究に大きな進展をもたらした。一方で、「右筆所日記」などは記録が作成される過程で、目付などによって書き残す内容の確認作業や取捨選択が行われており、単純には一次史料と言えない側面も持っている。
以後、大目付と目付を中心とした作成体制が続けられた。宝暦年間(1751年 – 1764年)には、大目付と目付が任じられる日記掛が創出された。大目付の日記掛は毎月各役職から書付を受け取り、その書付は日記掛から表右筆日記方に渡され下書きが作られた。その後、日記掛の大目付や目付の自宅で読み合わせなどが行われ、最終的には表右筆も含めて記録の確認がなされた。
日記の保管は基本的に紅葉山文庫や多聞櫓で行われた。例えば、宝永元年(1704年)9月には、寛永8年(1631年)から元禄12年(1699年)までの「右筆所日記」が紅葉山に預け置かれている。将軍家の先例調査などで記録が必要になった際には、ここから提出された。
複製は数度行われており、寛政3年(1791年)には日記掛の上申によって、「右筆所日記」の副本と複本の作成、傷んだ日記の書き直しがなされている。この複製作業は幕末まで続けられた。しかし、「御用部屋日記」や「右筆所日記」以外の日記の多くは、転写本が作られることはなかった。