瀬戸内海
19世紀になると、シーボルトが瀬戸内海の風景を絶賛した。また明治時代にはトーマス・クックやユリシーズ・グラントなどの欧米人が来日し、近代的な「観光のまなざし」(この概念についてはジョン・アーリを参照のこと)によって瀬戸内海を再編していった。すなわち近世以前の瀬戸内海観光が文学作品を媒介とした「名所」訪問や、由緒ある神社仏閣への参拝という形式を持っていたのに対し、欧米人は瀬戸内海各地で(当時)当たり前のように見られた風景(多島海、段々畑、白砂青松、行き交う和船など)に注目し、これらに観光資源としての価値を与えていった。言い換えるならば、近代の訪れとともに、瀬戸内海観光は「意味」を求める観光から、「視覚」による観光へと変質していったのである。
第一瀬戸内海は新生代新第三紀の中期中新世を中心に形成された。この海は現在の広島県北部から長野県南部まで広がっていて、東西約500kmで南北約80kmと広大であり、現在の瀬戸内海と同じ多島海であったと考えられている。第一瀬戸内累層群からは、陸棲哺乳類からなる平牧動物群や海棲哺乳類からなる戸狩動物群という化石群集が産出している。平牧動物群にはキロテリウム(サイ科)やゴンフォテリウム(長鼻目)などの大型草食動物が含まれ、これらを捕食していた大型肉食動物の存在も確実視されている。戸狩動物群にはデスモスチルス(束柱目)やユーリノデルフィス(クジラ)および鰭脚類が含まれる。陸棲哺乳類はヨーロッパやアジアの動物群との共通性が高く、また温暖で水の豊富な森林が広がっていたことが示唆される。一方で海棲哺乳類は北方系の動物から構成される。
第一瀬戸内海は、瀬戸内区全体の隆起に伴い、中新世の末(約1000万年前)には陸化して消失した。陸の時代は鮮新世初頭に至るまでの500万年以上続いた。またこの間に構造運動の顕著な変化があった。第一瀬戸内海の時代に明瞭であった4亜区の区別が難しくなり、またそれまで卓越していた本州方向の構造運動に代わって、南北方向の波曲的運動が支配的になった。この構造運動を受けて西南日本は再び沈降を始め、湖沼が形成されるようになった。
現在の状況からは想像しがたいが、かつてニホンアシカやクジラ、ウミガメやサメ類の一大生息地でもあり、沿岸性であるコククジラやセミクジラ、ウバザメやジンベイザメ、ホホジロザメ、オニイトマキエイ、マンボウなどの大型魚類やオサガメなど、現在では絶滅危惧種となっている大型の生物も多く見られたとされる。たとえば周防灘や別府湾などは鯨類にとって育児海域になっていたとする意見も存在する。瀬戸内海の各地に小規模な捕鯨会社が設立されるなどの狩猟と漁業による圧力や、高度経済成長期に急速に拡大した護岸を含む沿岸開発と環境破壊、海洋汚染などを経て、これらの動物は瀬戸内海からは江戸時代から昭和時代初期にかけて激減または地域個体群絶滅を迎えた。前述の絶滅危惧種はほぼ消え去ったが、たとえば他種のクジラならば現在でも稀に迷入することがある。
土佐湾に定住するニタリクジラ(カツオクジラ)はかつて豊後水道や大阪湾、瀬戸内海にも普通に生息していたとされ、近年でも芸予諸島や宇和海などに短期間定着した例がある(瀬戸内海周辺には多数の鯨類に関連する昔話や鯨塚が残っており、芸予諸島には『まんが日本昔ばなし』でも紹介された「くじらのお礼参り」という民話や、豊後水道には「鯨の背比べ」と呼ばれる、鯨類の海面での繁殖行動を連想させる話が伝わっているが、大型鯨類のこれらの地域での過去の生態がどの程度であったのかは不明瞭である)。
同じく土佐湾や豊後水道でよく見られるハンドウイルカ、オキゴンドウ等も比較的頻繁に目撃されている。豊後水道には現在、少なくともハンドウイルカ、ミナミハンドウイルカ、ハセイルカの3種類が季節的または年間を通して定住していると考えられている。