第4航空軍 (日本軍)
武藤は第14方面軍の司令部はバギオに転移するので、富永も体調が許す限り速やかに北方に移動するように勧めると、前回の面談時にはマニラ撤退を強硬に拒否していた富永が、心身ともに衰弱しきっていたこともあって素直に武藤の勧めを聞いていたという。富永と武藤は再会の機会があるかもわからないことを認識したうえで別れたが、実際にこの後2人が再会することはなかった。
連合軍は特攻が有効と日本軍に悟られないため、いくら損害を出しても進むことを命じられていた。1月5日に偵察機から、22隻の空母に護衛された600隻の大船団が100kmに渡って北上中という報告を聞いた富永は、連合軍がリンガエン湾上陸を意図しているのは明らかであると判断、第30戦闘飛行集団などの残存兵力で全力を挙げての特攻を命じ、自らは今まで主張してきたマニラでの玉砕を撤回し、「山下大将の名誉を傷つけぬ」と述べて、1月7日にエチアゲへの撤退を決めた。富永がマニラ放棄を決めたのは、心身的に限界に達しつつあったこと、第14方面軍参謀長の武藤や、、第3船舶輸送司令官稲田正純中将らから、台湾に撤退して体勢を立て直せという提案があったこと、また、想定以上に陣地の構築が進んでいなかったことも大きな要因となった。富永と一緒に声高にマニラ死守を主張してきた岩淵率いる海軍部隊は、富永に梯子を外された形となり、さらに意固地となって、バギオの第14方面軍司令部に「マニラを死守せんとす。所見あらば承りたし」という強硬な電文を打電し、引き続きマニラに立てこもり、マニラの戦いで壊滅した。
南方軍総参謀長の沼田多稼蔵中将も台湾で富永と面会し、第4航空軍の現状をつぶさに視察して大本営に「1.第四航空軍ニ対スル部下ノ信頼ナシ 2.実質的ニ司令部ハ解消セリ 3.戦術上航空軍司令部ヲ置ク理由ナシ 4.司令部解消スルモ大ナル害ナシ」との報告を行っている。その報告のなかで「富永の台湾撤退の責任は南方軍にある」「富永は決戦を呼号しながらその行動は相応しくない」との指摘も行っている。視察後の2月13日、大本営は第4航空軍司令部の解体を発令したが、富永については上部組織の追認があったことから、軍紀違反にはあたらないとして処分は待命にとどまった。この処分は厳正を欠くという批判も多かったが、富永の病状は正常な判断能力がない水準にあるという、人事当局の判断から決定された処分であった。富永は待命後に台湾で2ヶ月以上も静養していたことによって、病状もかなり回復し、精神状態も落ち着いており、5月5日予備役編入の処置がとられ、日本へと帰国した。予備役編入については、富永が待命になっているときに、人事局長に昇進していた額田を台湾に呼びつけて「東京に帰ってもあばれんから、早く予備役に帰してくれ」と要求し、さらに親しかった額田に富永が、台湾に撤退する前に何度も大本営に提出していた辞任申請を活かして、「マニラにおいて辞任」していたような工作を依頼したとの推測もあるが、額田は著書で、富永の処分については直接関わっていないので詳細は知らないと記述している。