ヴィリニュス
しかし、翌1940年にリトアニアはリトアニア・ソビエト社会主義共和国となり、事実上ソ連に併合されて内務人民委員部(NKVD)によって市民4万人以上が逮捕・殺害され、極東シベリアのグラグに連行された。さらに市内の工場にある機械は全て外部に持ち出された。ナチス・ドイツがバルバロッサ作戦を開始するやヴィリニュスはナチスに占領され、大きなユダヤ人社会のあったヴィリニュスには二つのゲットー(ヴィリニュス・ゲットー)が作られユダヤ人が隔離された。最終的に多くのユダヤ人の命が奪われた(詳細は、en:Ponary massacre及びリトアニアにおけるホロコーストを参照。)。1944年には再び、ヴィリニュスはソ連の支配するところとなり、多くのアールミヤ・クラヨーヴァ(波: Armia Krajowa、略称: AK)が処刑された。また今度はインテリ階級が逮捕・強制連行され、シベリアのグラグ送りとなった。1949年、なおもソ連から独立闘争を続けるリトアニアは、「人民の敵」とソビエト連邦共産党から認定され、一般市民まで数十万人がシベリア・中央アジアに強制連行された。
1990年、ヴィリニュスの共和国最高会議議長に就任した非共産党員のヴィータウタス・ランズベルギスは、ソヴィエト連邦を構成する共和国で真っ先に独立を宣言し、リトアニア共和国が復活した。1991年1月にゴルバチョフ政権は、テレビ塔や放送局を急襲、14人を殺害、独立阻止を企てた(血の日曜日事件)。8月、ソ連8月クーデターでリトアニア共和国の独立が認められた。リトアニア共和国憲法は第17条で、リトアニアの首都はヴィリニュス市であると規定している。
大洪水時代である。ロシア・ポーランド戦争では、ヴィリニュスはロシア帝国およびザクセン公国軍に占領され放火・略奪・大虐殺の甚大な被害を受ける。1710年にはペストの大流行で1700人を超える市民を失い、さらにたび重なる大火で、市は18世紀を通して衰退を極めた。さらに、ポーランド・リトアニア共和国は、プロイセン王国、ロシア帝国、ハプスブルク君主国の三列強により3度にわたって分割される(ポーランド分割)。特に、1795年の第3次分割で、ヴィリニュスはロシア帝国に編入され、ヴィリニュスにはヴィルナ・グベールニヤの庁舎が置かれた。ロシア帝政下で、ヴィリニュスの城壁は破壊された。
1812年ロシア戦役では、モスクワ攻略に向かうナポレオン・ボナパルトによって、ヴィリニュスは再び破壊された。しかし、ナポレオンの大陸軍は当初、市民には歓迎された。1831年、第1回反ロシア蜂起(11月蜂起)が起こるとヴィリニュス大学は閉鎖され、ヴィリニュスは圧政下に置かれた。1863年に始まる第2回反ロシア蜂起(1月蜂起)は激しい市街戦となり、鎮圧したロシアはリトアニア語とポーランド語を禁じるロシア化政策を強行、リトアニア人がヴィリニュスをそしてリトアニアを離れることになった。