NSシステム
並行して並列ベクトル機の研究開発が開始され、1993年には第2世代数値シミュレータNSIIとして、VPPシリーズがベースの、世界初の分散主記憶型ベクトルスーパーコンピュータ「NWT(Numerical Wind Tunnel、数値風洞)」が稼働を開始し、1993年11月と1994年11月~1995年11月のTOP500で世界一を記録した(その後、SR2201・CP-PACSにより引き続き日本勢の世界一が続いた)。NSIIでは、100万格子点規模の粘性流計算を10分程度で行うことを可能としたが、それでも導入後3年目以降には稼働率90%という状態が続き、航空宇宙における計算需要を十分に満たせなくなった。NWTは、実用計算機としては数少ないGaAsトランジスタの使用例である。前述の三好甫は、当世代の開発まで官民を先導し、1993年の当所退官後も地球シミュレータ(初代)のリーダーをつとめるなど、日本のHPCを先導した。
第3世代数値シミュレータNSIIIは2002年に導入され、128個のCPUを搭載した「富士通PRIMEPOWER HPC2500」14台を高速インターコネクトInfiniBandで接続することにより、ベクトルからスカラーへの移行であったものの、従来システムと比較した演算性能は30倍以上(理論ピーク性能9.3TFLOPS)、主記憶容量は80倍以上(3.6TB)となった。