船上城
天正13年(1585年)に播磨国明石郡に6万石を与えられた高山右近は、高槻城から一旦枝吉城に入城し、船上城の築城と城下町の建設に取り掛かった。この時旧来の林ノ城を改修したのか、全く新しい城を築城したのかについては、『ひょうごの城紀行』では「新しい資料が発掘でもされない限りは決着されそうにない」としている。天正14年(1586年)には城と城下町は完成したのではないかと考えられている。
高山右近は武将で茶人で名築城家でもあったが、キリシタン大名でもあった。高槻城の周辺では領民のみならず僧侶までもがキリシタンとなっていたため、明石郡の寺院はなくなってしまうのではと危機感を覚えた僧侶達は、仏像を船に運んで秀吉の母大政所がいる大坂で窮状を訴えた。この時の様子をルイス・フロイスの『日本史』では、秀吉は「右近は領主としてそこで自由に振舞ってしかるべきである」と取りあわず、仏像は天王寺に移され、僧侶達は明石から追放されたとしている。城内にあったと思われている宝蔵寺は空き家となり教会として使用され外国人宣教師が数人常駐していた。『郷土の城ものがたり』によると高山右近が船上城に在城中に二千名が信者となったとある。