バルト諸国占領
1939年10月11日、NKVDはエストニア、ラトビアおよびリトアニアから反ソビエト分子をロシアに追放するために001223命令を出した
1939年10月18日、最初の赤軍部隊がエストニアに入る
1939年11月13日、フィンランドはソ連の要求を拒否
1939年11月30日、ソ連軍のフィンランド侵攻(冬戦争)
1939年12月1日、ソビエトのフィンランドにおける傀儡政権であるフィンランド民主共和国がレニングラード近くの国境のテリヨキ郡に設立される
1939年12月14日、国際連盟はソ連軍のフィンランド侵攻を理由にソ連を除名。
1940年1月29日、ソ連がテリヨキ政府を「忘却」
1940年3月13日、冬戦争終結、モスクワ条約締結
1940年4月9日、ドイツがデンマークとノルウェーに侵攻
1940年6月10日、ドイツがノルウェーを占領
1940年6月14日、ドイツにパリ陥落
1940年6月14日、ソビエトによるエストニアの空路・海路閉鎖が開始
1940年6月14日、タリン発ヘルシンキ行のフィンランド旅客機「カレヴァ」が海上でソ連空軍に撃墜される。
1940年6月14日、ソ連はリトアニアに最後通告を渡し、新政府設立と赤軍の自由な駐留を求めた。リトアニア大統領のアンターナス・スメトナは武装して抵抗することを提案したが政府と軍隊のいずれからも支持されず、彼は占領を合法化するために利用されないように国を離れることを決める。
1940年6月15日、ソ連はリトアニアを占領した。スメトナ大統領はドイツを手始めにスイス経由で1941年アメリカに逃れ、1944年1月9日、クリーブランドで亡くなる。
多くのユダヤ人教会は火を放たれ、続いて夜にはさらに2,300人が殺された。」1941年11月までパネリアイのような場所で多くのユダヤ人が殺害されている(パネリアイの虐殺)。生き残っていた4万人のユダヤ人はヴィリニュス、カウナス、シャウレイ、およびシュヴェンチョニースのゲットーと強制収容所に集められ、そこで飢餓あるいは病気で多くの人々が死んでいる。1943年、ゲットーはドイツによって取り壊されるか、強制収容所に変えられ、5,000人のユダヤ人は絶滅収容所に移された。
1941年から1942年までにあった最初に殺害が集中した期間、ロマ、共産主義活動家と疑われたもの、および精神障害者も対象とされている。さらにドイツ当局による意図的な放置のため、ドイツの監禁の中でソビエトの捕虜の多数が死んだ。
戦後、リトアニアのユダヤ人の10%から15%が生き残ったが、その多くは1941年のドイツの侵攻の期間にソ連側に脱出したことによる。リトアニアにおけるユダヤ人の大量虐殺率は、95%から97%とヨーロッパで最も高かった。これには顕著な例外はほとんどなく、リトアニア社会の全ての階層でリトアニア人の広範囲にわたって占領者ドイツに行われた協力が主な原因である。 ユダヤ人は以前のソ連体制を支援したと広く信じられていた。反ユダヤの姿勢は、リトアニアの民族主義の中で反ソビエト感情として強められ、既存の伝統的な反ユダヤ主義を際立たせた。
ラトビアでは1943年8月13日、地下組織としてのラトビア国家主義者中央会議が成立した。1943年11月25日、類似の組織としてリトアニア解放最高委員会が誕生。1944年3月23日にはエストニア共和国の地下国民委員会が設立された。エストニアは国として東方占領地域(Reichskommissariat Ostland)のドイツ行政区に組み込まれた。ナチスに味方する気持がない数千のエストニア人はソ連と戦うためにフィンランド軍に加わっている。フィンランド歩兵連隊200(Finnish Infantry Regiment 200)はフィンランド国内のエストニア人志願兵で編成され、世間では「フィンランド・ボーイズ」(エストニア語: soomepoisid)として知られた。1944年1月にはロシアの前線は以前のエストニア国境近くまで進んでいた。ナルヴァから退避が行われた。1940年にソ連によってエストニア共和国が併合される前の同国憲法に従えば最後の合法的首相だったユーリ・ウルオツはエストニア共和国の地下国民委員会の長となり、1904年から1923年までに生れた健康な男性に兵役に応ずるよう懇願するラジオ演説を行った(その前にはウルオツはエストニア人の動員に反対していた)。この呼び掛けは国中からの支持を得て、3万8千人の志願兵で受付は混雑した。ソビエトの進軍に対してエストニアを守る任務に従事するため新規に編成された領土防衛軍(Territorial Defense Force)に加わるためにフィンランド軍に加わっていた数千のエストニア人はフィンランド湾を渡り帰国している。
1940年9月22日、ドイツがノルウェー北部とボスニア湾の港の区間の部隊と物資輸送の権利をフィンランドから得る。
1940年11月12日、ドイツはベルリンにおける交渉でソ連が求めたソ連が意図するままにフィンランドに対することができるとする権利の要求を拒否
1940年12月16日、ロシア・ソビエト連邦社会主義共和国の刑法がエストニアにおいて1940年6月21日以前に行われた行為に遡及して適用となる
1941年1月10日、ソ連とドイツは、遅くなったラトビアとエストニアからのバルト・ドイツ人の移住について合意
1941年6月14日、最初の大規模な追放が行われる。エストニアから1万人、ラトビアから1万5千人およびリトアニアから1万8千人がシベリアに送られる。
1941年6月15日、ニューヨーク知事ハーバート・リーマン (Herbert H. Lehman) は、6月15日をバルト三国の日と宣言
1941年6月22日、バルバロッサ作戦(ソ連の大祖国戦争)開始、ドイツがソ連に侵攻
1941年6月24日- 6月25日、ライネイ虐殺(Rainiai massacre)により投獄されていたリトアニア政治家が処刑される
1941年6月25日、ソ連がフィンランド国内のドイツ軍施設のみならずフィンランド固有の施設も空爆、継続戦争勃発
1941年7月2日、ソ連は国内で総動員を発表
1941年7月4日、エストニアの島々から大規模な国外追放
1941年7月7日、ドイツ軍が南エストニアに到着
1941年7月9日、ソ連当局は199人の政治犯を処刑してからタルトゥを去る