ミシュトン戦争
アルバラードは軍の増強を拒絶し、1541年6月に400人のスペイン人と不明な数の同盟先住民によってミシュトンを攻撃した。テナマストレとサカテコ人のドン・ディエゴが率いる推計15000人の先住民が攻撃を撃退し、10人のスペイン人と多くの同盟先住民が殺害された。その後のアルバラードの攻撃も失敗に終わった。6月24日にアルバラードは馬の下敷きになって重傷を負い、7月4日に死亡した。
勇気づけられた先住民たちは9月にグアダラハラを攻撃したが撃退され、ノチストランほかの本拠地に退却した。反乱が広がることを恐れたスペイン当局は450人のスペイン人と3万から6万のアステカ・トラスカラ他の先住民を集め、副王アントニオ・デ・メンドーサのもとカシュカン人の地に侵攻した。この大軍によってメンドーサは先住民の本拠地を、降伏を許さずにひとつひとつ潰していった。1541年11月9日、メンドーサはノチストランを陥落させ、テナマストレを捕えたが、テナマストレは後に逃亡し、1550年までゲリラ活動を続けた。1542年にミシュトンの本拠地がスペイン人の手に落ちて反乱は終結した。先住民側敗北の結果、「何千人もが鎖をつけて鉱山に送られ、生き残り(大部分は女と子供)は故郷を離れてスペイン人の農場やアシエンダに運ばれた。」副王の命令により、男・女・子供は捕えられて処刑された。ある者は砲撃により、あるものは犬によって八つ裂きにされ、ある者は刺殺された。先住民の民間人に対する極端な暴力の報告により、インディアス枢機会議は副王の行為について密かに調査を行った。