アメリカ国立生物工学情報センター
Proteinデータベースは、NCBIリファレンスシーケンス(RefSeq)プロジェクト、GenBank、PDB、UniProtKB / SWISS-Protなどのさまざまなリソースから派生した個々のタンパク質シーケンスのテキストレコードを維持している。タンパク質レコードは、FASTAやXMLを含むさまざまな形式で存在し、他のNCBIリソースにリンクされている。タンパク質は、遺伝子、DNA / RNA配列、生物学的経路、発現と変動のデータ、文献などのデータと関連付けられているほか、BLASTで計算された各配列と類似なタンパク質に関する情報も提供します。NCBIの構造データベースには、NCBIによってインポートされた、PDBで実験的に決定された構造の3D座標セットが含まれている。タンパク質の保存ドメインに関するデータベース(CDD)には、タンパク質配列内の高度に保存されたドメインを特徴付けるシーケンスプロファイルが含まれている。また、SMARTやPfamなどの外部リソースからのレコードもある。BLASTに基づく配列間最大アラインメント情報を利用して作成されたタンパク質配列クラスター化をデータベース化した、Protein Clustersデータベースも存在する。
NCBIのPubChemデータベースは、分子と生物学的アッセイに関する情報を纏めたデータベースである。PubChemは、Entrez情報検索システムによってアクセスと検索ができる。
Geneデータベースは、遺伝子に関する情報を特徴付けて整理するために、NCBIで実装されている。配列情報、タンパク質機能、構造、ゲノム上の位置、発現、および配列類似性に関する情報を蒐集している。一意のGeneIDが各遺伝子レコードに割り当てられており、改訂の経歴をたどることができる。既知または予測された遺伝子のレコードがここで確立され、マップ位置やヌクレオチド配列によって画定されている。Geneには、NCBIの他のデータベースとの統合の改善、分類範囲の拡大、Entrezシステムによって提供されるクエリと検索の拡張オプションなど、前身のLocusLinkに比べていくつかの利点がある。