アーケオプテリクス科
身体の構造は軽量なつくりをしている。頭骨は小型で三角形をなし、歯も小型で鋸歯を持たず、総数も少なかった。体骨格では、現生鳥類に見られる胸骨と胸肋骨は持たず、また鉤状突起も存在しない。四肢は細長く、鉤爪も小型である。
鳥群と見なす場合、アーケオプテリクス科は1888年に Max Fürbringer により命名された分類群である始祖鳥目で唯一の科であり、アーケオプテリクス属を含んだ。2011年には徐星らによって系統学的に定義され、イエスズメやドロマエオサウルスよりもアーケオプテリクスに近縁な全ての動物の系統群とされた。
伝統的に非鳥類型獣脚類と考えられていたドロマエオサウルス科をアーケオプテリクス科に含む研究者もいるが、その場合このグループは分類学的には側系統群になり、ドロマエオサウルスやヴェロキラプトルおよびデイノニクスやサウロルニトレステスなどの恐竜はアーケオプテリクスよりも現生鳥類に近縁となる。原始的な形質が多数発見されたことで初期の鳥類の類縁関係は混乱しており、ヴェロキラプトルとデイノニクスは祖先である飛翔性鳥類から進化した鳥類と考えられることもあり得る。古生物学者グレゴリー・ポールはこれらの理由でドロマエオサウルス科をアーケオプテリクス科の下位分類群としたが、アーケオプテリクス科の最終的な分岐学的定義ではドロマエオサウルス科は彼らから除外されている。
アンキオルニス科(英語版)のいくつかあるいは全ての属種をアーケオプテリクス科に含める体系的研究も複数ある。以下のクラドグラムは Cau (2020) の系統解析の結果を示す。
アーケオプテリクス科の類縁関係は様々な系統解析の結果が得られている。Hartman et al., 2019ではデイノニコサウルス類に、Cau, 2020では鳥群に位置付けられている。