伊弉諾神宮
『淡路国司庁宣』から、国衙が当社と二宮である大和大国魂神社の祭礼などを管轄しており、両社の法華会・桜会で舞楽が催されたと考えられる。 また、『淡路国大田文』の記述から、鎌倉時代初期には神宮寺があったとわかる。
当社の別当であった妙京寺の記録では、弘安3年(1280年)に坂上田村麻呂の子孫という田村仲実が社殿を再興した。大永5年(1525年)の棟札によれば、田村氏は一宮神主であり領主であった。
天正9年(1581年)田村経春は、織田信長より武田勝頼との戦いで先陣を命じられたが従わず切腹となり、田村氏は滅んだという。
江戸時代には徳島藩主の蜂須賀家に崇敬され、元和7年(1621年)の黒印状で一宮供領10石を得た。また、石上氏が世襲で神職を勤め、当社の祭祀は社家と寺家の両部に司られたが、両部は幾度か争いを起こしている。
寛文元年(1661年)には当社の縁起である『二柱尊縁起』が作成された。縁起は領主・巡見使の参拝時に面前で読まれるため、社家と寺家のいずれが勤めるかで争いが起こった。『郡家物語』には、宝暦年間に起こった6年に及ぶ『一宮の唯一騒動』の記載がある。
宝暦2年(1752年)の『郡家物語』により、檀家を持たず一宮領分を配分して祭礼を勤める社家6坊と、別当の妙京寺末の寺家6坊の存在がわかり、この社家6坊が神宮寺と考えられる。
左右神社 - 祭神:天照皇大神、月読尊
鹿島神社・住吉神社 - 農業守護、武運長久の神として祀られる。
摂神社・竈神社 - 酒造・醸造の守護神。災難除、火防の神として祀られる。
岩楠神社 - 祭神:蛭子命。樹齢約900年の夫婦(めおと)の大楠(兵庫県指定天然記念物)の根本に鎮座している。子授け・安産の神とされる。平安時代中期から奉祭されている。
淡路祖霊社 - 祭神:淡路島出身の先覚者、賢人功労者の御霊8,000余柱。1876年(明治9年)建立。
延壽宮
境外社 濱神社(浜之宮) - 祭神:伊弉諾尊、伊弉冉尊。摂社。 大事忍男神社 - 祭神:大事忍男神 陰陽石
竈神社・根神社
住吉神社・鹿島神社
左右神社
岩楠神社
淡路祖霊社
濱神社(浜之宮)