ヤマト運輸
080香川(宇多津町。香川県全域、愛媛県四国中央市・新居浜市を管轄)
082徳島(松茂町。徳島県全域、高知県東洋町を管轄)
083高知(南国市。東洋町を除く高知県全域)
084・085愛媛(松山市。四国中央市・新居浜市を除く愛媛県全域。084=中予地方・南予地方、085=今治市・西条市・上島町)
※ 2003年(平成15年)3月31日まで四国ヤマト運輸という別会社だった(航空貨物(エキスプレス)部門は除く)。その翌日、愛媛県北東部を管轄していた85新居浜支所を閉鎖して80香川主管支店に統合された。なお、同社は元々は四国高速運輸(徳島市)というヤマト運輸との資本・人的関連が一切ない会社で、宅急便は同社がフランチャイズで行っていた。そのためクール宅急便など四国では使えないサービスもあった。1991年(平成3年)にヤマト運輸が子会社化して四国ヤマト運輸となり、宅急便事業以外の部門は或る休眠子会社を四国高速運輸に社名変更した上で移管している。
※以前は082徳島主管支店の管轄のうち東洋町が083高知主管支店の管轄だった。
2007年(平成19年)9月以降、従業員に対しサービス残業を命じ賃金を支払っていない事例が複数発覚している。
また、通販需要が過多によるサービス残業もあり、2017年度3月期決算には最終利益見通しが340億円黒字から190億円へと大幅な下方修正をした。
060大阪(大阪市住之江区。大阪市の住之江区・住吉区・浪速区・港区 ・大正区・西成区・堺市・松原市・大阪狭山市・泉州(阪南市、岬町を除く)を管轄。ベース店は160東大阪のうち、大阪市阿倍野区・東成区・天王寺区・生野区・東住吉区・平野区、68関西ゲートウェイのうち城東区も管轄。元々から現在の場所にあったがターミナル建て替えのため、2005年(平成17年)11月から2007年(平成19年)6月まで兵庫県尼崎市に建屋を新設し一時移転していた)
160東大阪(東大阪市。大阪市阿倍野区・東成区・天王寺区・生野区・東住吉区・平野区・東大阪市・八尾市を管轄。ベース店は存在しない。60大阪と68関西ゲートウェイから分離)
061西大阪(兵庫県尼崎市。大阪市中央区・西区 ・福島区・此花区・西淀川区・兵庫県尼崎市、伊丹市、西宮市、芦屋市、神戸市東灘区を管轄。2007年(平成19年)10月に伊丹市から現在の場所へ移転した。なお、現在の場所は60大阪主管支店が仮の建屋として一時使用していた)
161新大阪(茨木市。大阪市の北区 ・淀川区・東淀川区と豊中市、吹田市、箕面市、池田市を管轄)
062京都(久御山町。
2008年(平成20年)4月1日に分社化されたので、ヤマトグローバルエキスプレスを参照されたい。 ただし、沖縄県は沖縄ヤマト運輸が従来通り担当する。(担当店コード:098-080)
098沖縄(糸満市。沖縄ヤマト運輸(株)が担当)
021茨城(土浦市。下記の135流山管下を除いた茨城県全域)
022栃木(鹿沼市。栃木県全域)
023群馬(前橋市下佐鳥町。群馬県全域)
024埼玉(上尾市瓦葺。上尾市・さいたま市全域・加須市・北足立郡伊奈町・北葛飾郡杉戸町・久喜市・幸手市・蓮田市・白岡市・羽生市・南埼玉郡宮代町を管轄 ベース店のみ、124越谷管下の越谷市・春日部市・北葛飾郡松伏町も管轄)
034東松山(旧・西埼玉。東松山市。埼玉県の南西部、北西部、秩父地方と桶川市・北本市・行田市・鴻巣市・川島町を管轄 ベース店のみ、024埼玉管下の加須市・久喜市も管轄)
135流山(流山市西深井。千葉県我孫子市・柏市・流山市・野田市・松戸市、茨城県古河市・猿島郡五霞町・猿島郡境町・常総市・つくばみらい市・取手市・坂東市・守谷市を管轄。ベース店のみ131城東管下の東京都葛飾区、124越谷管下の草加市・三郷市・八潮市・吉川市も管轄。024埼玉と035船橋と021茨城からそれぞれ分離)
2003年(平成15年)3月31日まで075島根主管支店があり、隠岐諸島を除く島根県全域を管轄していたが、075島根主管支店は071三次主管支店へ統合された。その後、鳥取県全域と島根県松江市、安来市、隠岐諸島は岡山県の077津山主管支店、その他の島根県は広島県の071・075三次主管支店の管轄になった。一時期、島根県松江市、安来市、隠岐諸島は広島県の071・075三次主管支店の管轄になっていたが、現在は岡山県の077津山主管支店の管轄に戻っている。
※ 一時期、福山市は072広島主管支店を経て071・075三次主管支店の管轄になっていたが、現在は070岡山主管支店の管轄に戻っている。
※ 一時期、尾道市・三原市・竹原市・大崎上島町は072広島主管支店の管轄になっていたが、現在は071・075三次主管支店の管轄に戻っている。
※以前は072広島主管支店の管轄のうち岩国市・和木町が073山口主管支店の管轄だった。
(1999年10月より愛知主管支店発足に伴い管轄変更)。
※56小牧主管支店(2代目)の管轄全域は2018年3月31日まで57愛知主管支店の管轄だった。(初代小牧主管支店の管轄地域は愛知県小牧市、一宮市、尾西市、稲沢市、犬山市、春日井市、西春日井郡、葉栗郡、岐阜県全域。初代小牧主管支店の建屋を取り壊した後、現在の建屋になり、ベース機能は愛知法人営業支店と現在の小牧主管支店の建屋がある場所に小牧ベース店が存在した。津島市、海部郡は54名古屋主管支店管下)。
※51東静岡主管支店の管轄のうち富士市は以前は50旧静岡支店の管轄だった(旧静岡支店は新静岡主管支店管下のベース店)。新静岡主管支店(当時の名称)発足前は、富士市以東のベース機能店として沼津支店(仕分けコード頭2桁は旧51)が存在した。新静岡主管支店及び新静岡ベース店(いずれも当時)機能開始に伴って沼津支店を廃止しベース機能を移行した。大井川以東のうち、藤枝市、焼津市・掛川市・菊川市・御前崎市・牧之原市・焼津市・榛原郡は52浜松主管支店管轄であった。
※58岐阜主管支店の管轄全域は56小牧主管支店(初代)の管轄だった。開設した1999年10月から現在地に移転する2005年10月まで旧小牧主管支店(初代)の跡地に置かれていた。
018川口領家ベース(川口市領家。124越谷主管管下のうち、春日部市・川口市・北葛飾郡松伏町・越谷市・草加市・戸田市・三郷市・八潮市・吉川市・蕨市を管轄。ベース店のみ、020城北管下の足立区、北区 124越谷管下の川口市を管轄。2021年に埼玉県川口市に川口領家ベースが置かれるまでベース店は存在せず、埼玉ベース店・流山ベース店・ならびに東京支社管下の北東京ベース店が集荷を分担していた。024埼玉から分離)
017埼玉三芳ベース(入間郡三芳町上富。134所沢管下のうち、朝霞市・入間郡三芳町・入間市・川越市・狭山市・志木市・所沢市・新座市・富士見市・ふじみ野市・和光市を管轄。所沢主管支店の場所は、039武蔵野主管と同一。2021年に入間郡三芳町に埼玉三芳ベースを置かれるまでベース店は存在せず、西埼玉ベース店及び東京支社管下の埼京ベース店が集荷を分担していた。39埼京と34西埼玉からそれぞれ分離)