ジョホール王国
マフムード・シャーはムラカ南方のムアルに逃れて再起をはかったが失敗し、そこを追われてマレー半島東岸で王国の属領であったパハン(現マレーシア・パハン州)に移った。さらに海上民が多く住むビンタン島(現インドネシア・リアウ諸島州)で体勢を立て直し、1512年以降5回にわたってムラカを攻略したが成功しなかった。それに対し、ポルトガルは1526年、ビンタン島を攻撃して、ここで徹底的な略奪をはたらいた。
マラッカ海峡に臨む港市は対ポルトガル連合を組んだが、結局、ポルトガルからムラカを奪還することができず、マフムード・シャーは逃亡先のスマトラ島のカンパルで失意のうちに世を去った。その次男であったアラウッディン・リアヤト・シャー(英語版)は、1528年、マラッカ王家の分流にあたるパハン王家の助力を得て、カンパルからマレー半島南端のジョホールに移り、ジョホール川上流のプカン・トゥアで王国を再建した。これがジョホール王国である。このとき、マフムード・シャーの長男ムザファルはペラク王国(現マレーシア・ペラ州)を建てている。
ジョホール王国の政庁はジョホール川河口のサヨン・ピナンに置かれた。王国はこのほかビンタン島を本拠として近隣の島々へも支配権をおよぼし、カトリック国ポルトガルに対抗した。ジョホール王国は、首都の位置が変わったというだけで、実質的にはマラッカ王国そのものであった。ジョホールの一派はさらに、シャリーフ・カブンスワン(英語版)を中心としてミンダナオ島(現フィリピン)にムスリム国家のマギンダナオ王国を建国した。
1509年、ディオゴ・ロペス・デ・セケイラの率いるポルトガル王国の遠征隊が海上貿易で繁栄するムラカ(マラッカ)に初めて到着して通商を要求、当初、マラッカ王国のスルタン、マフムード・シャー1世はポルトガルに交易と商館の建設の許可を与えた。しかし、インドにおけるポルトガル勢力のムスリム迫害を聞きおよんでいたイスラーム商人がマフムード・シャーにポルトガル人の排除をはたらきかけたため、王国は奇襲によりポルトガル人約60名を殺害した。これに対し、ポルトガル艦隊は24人の捕虜をムラカにのこしてインドに帰還した。
この報せを聞いたポルトガルのインド総督アフォンソ・デ・アルブケルケ(アルバカーキ)は1511年7月、16隻の艦隊を率いてムラカに来航し、マラッカ王国に対して捕虜の釈放と要塞建設の用地の提供、さらには賠償金の支払いを要求したが、マラッカ王国側は捕虜の釈放をのぞいた諸条件の受け入れに難色を示したため、アルブケルケの軍は上陸してムラカの港市に攻撃を加えた。マラッカ王国は中国やシャム(タイ王国)、ビルマ(ミャンマー)、さらには地中海地域より輸入した火砲と自国で生産した鉄砲で応戦した。マームド・シャーの軍隊はポルトガル船隊の15倍の兵力を有していたといわれ、攻防戦は熾烈をきわめた。しかし、マラッカ王国の兵は火器の使用法について必ずしも熟知しておらず、性能もポルトガルのものに劣っていた。また、インドのグジャラート出身の人びとはポルトガルに徹底抗戦したものの、国内のジャワ商人は当初からアルブケルケに協力的で、中国商人やクリン人のなかにはポルトガルと内通した一派があって統率を欠いていた。最終的に華僑がポルトガル側についたことで勝敗が決し、同年8月、ついにムラカが陥落した。
外国商人の立場からすれば、ジョホールの王侯貴族と結ぶことでオランダが課した交易上のさまざまな拘束からまぬがれることができたのである。
ジョホールのスルタンは交易従事者が必要とするすべての施設を提供した。ジョホールは、スマトラ島の胡椒や金、マレー半島の錫を主な交易品として、外来商人たちを引きつけ、ジョホール王国自身もインド綿布を購入するため、オランダ公認の下でインド東部のベンガル地方や南東部のコロマンデル海岸に船舶を派遣し、さらには中国の南シナ海沿岸に船舶を派遣して交易の振興に努めた。また、香辛料を輸入するため、さかんにマカッサル王国とも交易をおこなった。こうした努力により、中国南部や台湾からの商人、ベトナム・カンボジア・シャムの商人、また、アラブ人、インド人の商人がジョホールの王都に多数逗留し、さらにポルトガル人、イギリス人、デンマーク人らも寄港した。17世紀後半、ジョホールは東西の中継貿易港として、オランダ領ムラカをしのぐ繁栄をきずいている。1695年にスコットランドのアレクサンダー・ハミルトンがジョホール王国を訪れたとき、1,000家族におよぶ中国人の職人や商人が居住し、アラブやスーラト(現インド・グジャラート州)出身の宗教家も多数活躍していた。リアウはとくに、かつてのムラカと同様、イスラーム研究と教育の中心地であった。特別の宗教用宿舎が設置され、正統派の多数の学者を収容し、タリーカ(スーフィー教団)による伝道がさかんになされた。