沖縄科学技術大学院大学
学校法人の意思決定機関として理事会が設置されている。
理事会は大学院大学の学長を選任し、学長は学校法人の理事長を兼務する。大学の日常的な運営は理事会より学長に委任されている。さらに、理事会は、学園の副理事長を兼ねる大学院大学の上級副学長を任命する。初代学長兼理事長には国際的な物理学者であり、SLAC国立加速器研究所(旧スタンフォード線形加速器センター)名誉所長のジョナサン・ドーファンが就任している。