後楽園駅
丸ノ内線は地上2階に相対式ホーム2面2線を有する高架駅で、駅ビル「メトロ・エム後楽園」の中を貫通するように線路とホームが設けられている。また、2番線(池袋方面行)ホームには本郷三丁目方に駅ビル直結の改札口がある。開業当時から1980年代末頃までは蒲鉾形とも形容される格納庫のような高架ホームがあった。駅舎改築にあたって一般的な相対式ホームの上屋を取り付けて旧来の屋根を取り外し、新駅舎・駅ビルが建設された。また合わせて、南北線建設に伴う基礎補強の必要性などから、1993年11月21日には駅東側の高架橋(後楽園第2架道橋)を早朝列車運休の上で架け替える工事も実施されている。
茗荷谷側に留置線が2本あり、池袋方面の線路とつながっている(画像参照)。この留置線は、丸ノ内線の新宿延伸開業に伴う車両の大幅な増備時に、小石川車両基地の拡張工事が未完成で、車両の留置場所が確保できないことから設けられたものである。1958年(昭和33年)7月末に完成し、同年8月5日に使用を開始した。
2019年までは早朝の当駅始発池袋行および朝ラッシュ後の新宿方面からの当駅終着列車(土曜・休日は新宿終着列車の折り返しとなる回送)が設定され、留置線を出入りしていたが、2019年7月5日のダイヤ改正で隣駅の茗荷谷駅まで延伸され、当駅終着列車は消滅した。現在は方南町終着列車の折り返し回送で入庫している。
南北線は地下6階に島式ホーム1面2線を有している。
各年度の1日平均乗車人員数は下表の通りである。
文京区コミュニティバス Bーぐる「千駄木・駒込ルート」 白山下・千駄木駅・南北線駒込駅 方面行