イワナ
下記自治体ではイワナを自治体の魚として指定している。
秋田県 東成瀬村
長野県 楢川村、青木村
遊漁者による捕獲やアマゴとの生息域の競合、遊漁目的に放流されたニッコウイワナ型の地域個体群との交雑、土砂流入による河床の平坦化により生息数は急激に減少している。1992年から2004年まで行われた三重大学大学院生物資源学研究科、奈良大学らのチームによる調査によれば、「キリクチはアマゴとの種間関係において劣勢にある可能性が示唆され、サケ科魚類が遺伝的多様性を維持し存続するための最低個体数は2500尾程度とされているが、2004年の生息数は1000尾程度と推定される」としている。
IUCN レッドリストでは、キリクチを、英名 Kirikuchi char、学名 Salvelinus japonicus として、他のイワナとは別種として取り扱っており、単独で絶滅危惧種に指定している。また、環境省の絶滅のおそれのある地域個体群と1962年には奈良県の天然記念物に指定されている。2003年以降キリクチ個体群の保護及び増殖を目的とし、禁漁区の設定、密猟者の摘発、河川での淵(深み)の造成、競合するアマゴの除去などの施策が順次実施され、生息数の増加が報告されている。