ロックマンゼクス
運び屋ジルウェ・エクスプレスに所属するヴァン(エール)は、ガーディアンの司令官から依頼を受け、謎の荷物(ライブメタル)を先輩ジルウェと共に運ぶことになった。ヴァン(エール)が合流地点の近くまで来ると、ライブメタルを狙ったイレギュラーたちの襲撃を受け、ジルウェとも別れてしまう。攻撃を受け崖下まで落下したヴァン(エール)だが、そこでガーディアン司令官・プレリーに遭遇する。しかし、先のイレギュラーの親玉に見つかってしまう。ガーディアンも応戦するが、全く歯が立たない。プレリーは必死でライブメタルを守ろうとする。そんなプレリーを守るべく、ヴァン(エール)は前に出るが、なすすべが無い。その時、ライブメタル・モデルXの呼びかけでヴァン(エール)はロックマン・モデルXへと変身(ロックオン)し、ひとまずイレギュラーを退ける。モデルXの「適合者」となり力を得たヴァン(エール)は、世界を、全てを守る戦いを始める。
ガーディアンへの指示やミッションの説明などを伝えるオペレータ。
ボス:ギガアスピス
近接エリア:B、C、M、J
物語が始まるエリアで、主人公が初めてロックオンした。運び屋である彼らは、イレギュラーの襲撃を受け、プレリーたちと出会う。エリアは「インナー」に分類され、大半のメカニロイドは変身を解除すると襲ってこない。
ライブメタルを装備していない、ヴァン(エール)の通常形態。身体能力も低く、上記のような能力も無く、攻撃力は皆無(攻撃手段が存在しない)。民間人と会話するには、この姿である必要がある(ロックオンしていると警戒されてまともに話が通じない)。また、インナーに分類されるエリアの敵キャラクターはこの姿の状態だと警戒せずに、攻撃してこない。しゃがんで狭い通路に入り込める。また、水中では自由に活動できず、自動的に上昇する。
ボス:ジルウェ
近接エリア:C、G、O
セルパンカンパニー本社がある道路。背景が夜景、巨大ハエ型メカニロイドの中ボスが複数配置されている。
ヴァンとエールがライブメタルによって変身したロックマンの姿。全モデル共通で、ダッシュ、壁蹴りといった能力を使える。敵が所有するモデルVは使用不可。
ボス:フランマール
近接エリア:C
フィストレオ撃破後に散策可能。触れると即死する溶岩だけでなく、間欠泉も吹き出ている。特定のアイテムを入手する必要がある場合、ロープウェーを利用して同じルートを数回通過する必要がある。
声 - 松山鷹志
モデルFの持ち主。各部のバーニアを利用して攻撃する独自の拳法「霊央拳」を扱う。
頭部にモデルFを半分取り込んでいる。
限界の先にある強さを求め、ある計画に協力している。弱者には興味がない。デザインモデルはライオン。
弱点である頭部が剥き出しになっている為、攻撃がライブメタルに当たりやすく、回復技も持つため、LV4達成は至難の技。