保元新制
これに続いて、翌10月には記録荘園券契所が復活され、荘園に関する審査が実際に行われた。更に保元2年3月17日には新制の実施意図の徹底のために既に第一条から第五条までがほぼそのままで改めて太政官符として改めて発令された。続いて同年10月8日には荘園整理以外の分野にも広げた第二次の新制35ヶ条が出された。ただし、この35ヶ条に関する記録は伝わっておらず、後世の新制や記録から12ヶ条程の内容が判明しているに過ぎない。それによれば寺社規制に加えて、京都市中の犯罪取締や過差取締による治安・風俗規制、朝廷公事の振興などの政治・治安の再建政策が中心であったと考えられている。また、同年には内裏の再建が行われたが、その時の造営費用は全ての公領・私領の支配者である後白河天皇の宣旨に基づく一国平均役として公領・私領の区別なく賦課され、違反する荘園には没収や領家の交替を行うことが布告された。
この新制が後白河天皇の親政及び院政の基調となる法令であり、その後の治承新制・文治新制・建久新制と並んで後白河天皇(法皇)を中核とする朝廷政治の基本路線とされたが、だが保元新制が出された当時、鳥羽法皇が後継に指名した後白河の皇太子守仁親王(二条天皇)こそが正統な治天の君であり、崇徳・後白河ともに治天の君の資格を最初から持っていないという見方もあった。治天としての安定性に欠けた後白河の政治的立場が安定して院政を軌道に乗せるためには平治の乱や二条天皇崩御などの諸事件を経る必要があった。