明倫博物館
1904年(明治37年)7月9日の台風で研究館の建物が大破。学校の予算では修繕できなかったため、1905年度から博物館は尾張徳川家の直営となって修繕が行われ、動物飼育を止め、植物園経営の拡大を目指した。
1909年(明治42年)3月、再開館し、翌4月16日に拡張された植物分科園・草花園とあわせて、再び明倫中学校の附属機関となった。
同年発行の市立明倫中学校の校友会誌『明倫』第15の「博物館沿革」によると、敷地面積は818坪で、研究館と陳列館の2棟があり、陳列館では鉱物約1340種、植物約1600種、動物約2000種、その他歴史風俗・工業品等の資料約2000点を収集していた。
博物館は明倫中学校の生徒のほか、一般の参観者や他校の団体参観を受け入れ、名古屋博物学会などへの会場提供も行なっていた。また研究機能を有していたことは当時としては画期的な運営だった。
1912年(大正元年)9月23日には、濃尾平野を襲った暴風雨により、博物館に再び大きな被害が出たため、明倫中学校は予算剰余金から修繕費用を支出した。