日暮里駅
3面2線のホームを持ち、1階が地上にある上りホーム(1面1線)、2階がコンコース、3階が高架にある下りホーム(2面1線)の三層構造である。橋上駅舎を有している、駅長配置駅。改札口は北口と南口がある。そのほか、京成とJRの間には中間改札があり、構内乗り換えが可能である。
京成本線における都心のターミナル駅となっていて、「スカイライナー」を含むすべての列車が停車する。京成本線の本来のターミナルは隣の京成上野駅だが、その位置がJR・東京地下鉄(東京メトロ)上野駅より南西に離れており、当駅を利用する旅客は京成上野駅より多い。そのため、京成電鉄は当駅を京成上野駅と並ぶターミナル駅と位置付けている。なお、当駅は京成電鉄最西端の駅でもある。
2010年の成田スカイアクセスの開業に合わせてJR側と同時進行で駅全体の改良工事も行われ、従来は上り線・下り線で共有していた1階ホームを上り線専用ホームとし、下り線は新設の3階専用ホームへ移設して3層構造の駅となり、同時に南側にも改札口が新設された。
各年度の1日平均乗車人員は下表の通りである。
サンマークシティ日暮里 - 3棟のビルからなる
荒川区立日暮里図書館
荒川区役所日暮里区民事務所 荒川区日暮里区民事務所ひろば館
日暮里駅前郵便局
ホテルラングウッド 日暮里サニーホール
大藤
エスカレーター:南口・北口 - 山手線・京浜東北線、常磐線ホーム
エレベーター:北口 - 山手線・京浜東北線、常磐線ホーム
多機能トイレ
北改札口(2019年6月)
南改札口(2019年6月)
北口(2021年7月)
西口(2021年7月)
北改札口付近(2016年6月)
3・4番線(常磐線)ホーム(2019年6月)
5 - 8番線は全列車が通過となる(2009年11月)
9・10番線(山手・京浜東北線)ホーム(2019年6月)
11・12番線(山手・京浜東北線)ホーム(2019年6月)