寛永寺
本堂(根本中堂) - 東京芸術大学音楽学部の裏手にある。上野公園内の清水堂、弁天堂などのにぎわいに比し、本堂周辺は訪れる人もまばらである。現在の堂は、寛永寺の子院・大慈院のあった敷地に、明治12年(1879年)、川越喜多院の本地堂を移築したもので、寛永寺本来の建物ではない。内陣には厨子内に秘仏本尊薬師三尊像を安置する(堂内は非公開)。
書院 - 本堂裏手にあり、徳川慶喜が水戸退去の前に、2か月ほど蟄居していた部屋(葵の間、あるいは蟄居の間)が保存されている(非公開)。
旧本坊表門(北緯35度43分00秒 東経139度46分39.9秒 / 北緯35.71667度 東経139.777750度 / 35.71667; 139.777750 (寛永寺旧本坊表門)) - 重要文化財。通称黒門。東京国立博物館東側の輪王寺にある。寛永年間の建造物で、もとは博物館正門の位置にあった。
清水観音堂(北緯35度42分45.4秒 東経139度46分24.8秒 / 北緯35.712611度 東経139.773556度 / 35.712611; 139.773556 (清水観音堂)) - 重要文化財。上野公園内、西郷隆盛銅像の近くにあり、千手観音を祀る。寛永8年(1631年)の建築で、当初は摺鉢山古墳の位置にあったが、中堂建立に伴い現在地に移築された。
現在は、以下の19か院。
真如院
寒松院
林光院
吉祥院
泉龍院
修禅院
現龍院
見明院
福聚院
本覚院
元光院
東漸院
覚成院
春性院
等覚院
※以上15か院は、東京国立博物館東側に所在。
養寿院(寛永寺本堂裏手)
津梁院(寛永寺本堂裏手)
円珠院(東京芸術大学音楽学部の西側)
護国院(東京芸術大学美術学部に隣接) 昭和2年(1927年)、東京市立二中(旧制第二東京市立中学校、現在の東京都立上野高等学校)の創立にあたり護国院境内地の大半を東京市立二中へ譲渡。