加古川鉄道部
1・1001の2両は配置されていたが、1999年11月7日付で後藤総合車両所に転属した。
電化開業直前の2004年4月1日時点では18両(キハ40形:8両、キハ47形:10両)が所属していたが電化によって余剰となり、津山鉄道部や富山鉄道部、後藤総合車両所などに転属した。