斎藤妙純
7月1日に合戦があり、石丸方が敗れ、形勢不利と見た利光は、7日に船田城に火をかけ近江へと逃れた。石丸方が敗れたことで責任を感じたのか、成頼は城田寺城に隠居、政房に家督と守護職を譲った。
明応5年(1496年)5月、妙純が尾張の織田寛広支援のために出陣中に、利光は近江の六角高頼、尾張の織田寛村、伊勢の梅戸貞実らの援助を得て、4000の兵で伊勢、尾張を通り、成頼の居る城田寺城に入った。妙純方には近江の京極高清、尾張の織田寛広、越前の朝倉貞景の援軍が集まった。27日に合戦が始まるが、石丸方は劣勢で29日には城田寺城は包囲され、30日に利光は自害した。成頼は妙純が元頼を許さないため、城から出ようとしなかったが、政房が出向いて説得し6月16日に漸く城を出た。20日、城田寺城に火がかけられ元頼は自害した。利藤も間もなく隠居させられることとなった。
同年8月、法印権大僧都となり、嫡男の利親に家督を譲った。
同年9月、妙純は京極高清の求めに応じ、先に石丸方に味方した六角高頼を討伐するため、近江に出陣、緒戦で京極政経を打ち破る。しかし、六角方は蒲生貞秀・延暦寺や北畠政郷らの支援を受けた上に大きな合戦もなく戦線は膠着し、和議を結び美濃へ撤収することとなった。12月7日、撤収準備にかかったところ、突然、長期の侵攻に不満を蓄積していた郷民・馬借による土一揆が蜂起し、不意をつかれた美濃勢は具足太刀を奪われ、妙純以下1000余りが戦死、妙純の嫡男利親らも戦死し、持是院家は大打撃を受けることとなった。
孫の勝千代は幼少の為、次男の又四郎が後を継いだ。