沖縄基地隊
1972年(昭和47年) 5月15日:沖縄返還、臨時勝連施設管理隊が新編。 7月16日:臨時勝連施設管理隊が廃止。臨時沖縄基地派遣隊が新編。 12月21日:第35掃海隊、第23輸送艇隊を隷下に編入。
1973年(昭和48年)10月16日:臨時沖縄基地派遣隊が廃止。「沖縄基地隊」が新編(本部・第35掃海隊・第23輸送艇隊)。
1974年(昭和49年)9月30日:第23輸送艇隊が廃止。
1977年(昭和52年)12月27日:沖縄水中処分隊を新編。
1983年(昭和58年)1月27日:第35掃海隊が廃止。第48掃海隊を編入。
1987年(昭和62年)3月24日:第48掃海隊が廃止。第49掃海隊を編入。
1993年(平成05年)11月9日:第49掃海隊が廃止。第13掃海隊を編入。
1997年(平成09年)3月19日:隊番号の改正により第13掃海隊を第46掃海隊に改称。
2003年(平成15年)3月14日:「水中処分母船6号」を編入。
2005年(平成17年)2月9日:第46掃海隊「もろしま」が除籍、「あおしま」を編入。
2006年(平成18年)2月8日:第46掃海隊「ひこしま」が呉地方隊第42掃海隊に編成替え、「ししじま」を編入。
2007年(平成19年)2月23日:第46掃海隊「ゆりしま」が除籍、「くろしま」を編入。
2013年(平成25年)3月29日:大型えい船が配備。
2018年(平成30年)3月27日:第46掃海隊「あおしま」が函館基地隊第45掃海隊に編成替え。
2019年(平成31年)3月22日:港務科が新設。