無菌箱
使用する際には、事前にまず内部の滅菌を行う。滅菌は殺菌灯を使うか、適当な消毒薬を用いる。例えば『菌類研究法』では操作の前日に5%石炭酸液を噴霧し、その後殺菌灯を用いる方法を紹介している。
実際に操作する場合には、まず無菌箱を置いてある部屋の窓を閉め、扉の開け閉めも注意する。これは室内の空気の動きを少なくし、無菌箱の無菌性を維持しやすくするためである。操作は操作用の窓から手を突っ込んで行う。その際、滅菌された手袋を着用するとよいが、素手の場合には消毒薬で十分に消毒してから行う。手袋が取り付けられている場合はこれに手を突っ込んで使用する。
内部での操作に際しては、滅菌操作の各種手順を守る。火炎滅菌のためにはアルコールランプなどを用いる。ただし、あまり火を使うと内部の空気が攪拌されるので注意を要する。
いずれにせよ、無菌箱はあらかじめ無菌化することは可能であるが、それを維持する機能を持たないため、せめてそれが維持されやすいように操作することが大事である。その点でいったん無菌化すればそれを維持できるクリーンベンチなどに比べ、信頼性では大きな差がある。
微生物などを培養する場合、雑菌混入は常につきまとう困難である。これを避けるために様々な滅菌操作およびそれに関する機器が開発されている。その中で、作業のための無菌化されたスペースを提供するものの1つが無菌箱(clean box)である。これは、要するに単なる箱であって、内部を見るための大きな窓と手を突っ込むための小さな窓があり、作業をする際にはあらかじめ内部を滅菌してから行う。
同様の目的の機器として無菌実験台(クリーンベンチ)や無菌室があるが、それらは内部を無菌とするだけでなく、特殊なフィルターを通して無菌化された空気を吹き込み、これを作業空間に吹き付けることで外部からの雑菌混入を積極的に避ける仕組みを持っている。無菌箱はこれを持たないために、これらに比べると無菌操作もその可能な作業も大幅に制限される。しかし簡便なだけに安価であり、持ち運びも可能である。現在ではクリーンベンチの普及によって使われることは少ない。