神真都Q
同年6月2日、3月29日に東京都新宿区にあるワクチン接種会場に、ワクチン接種を中止させる目的で侵入したとして、警視庁公安部は建造物侵入の疑いで、自称リーダーを含むメンバーの男女5人を再逮捕した。再逮捕された容疑者は、医師や看護師に「ワクチン接種は犯罪だ」「違法な接種を直ちにやめろ」などと執拗に迫っていたとしている。 同月22日、東京地検は再逮捕していたメンバー5人を建造物侵入罪で追起訴した。
同年7月13日、警視庁公安部は新型コロナウイルス感染症のワクチン接種会場だった東京ドームに侵入したとして、建造物侵入罪で倉岡を含むメンバー8人を逮捕した。
メンバーに対する一連の捜査は、カルトや新興宗教団体などを担当する警視庁公安部公安総務課が指揮を執った。1990年代にオウム真理教事件を捜査・逮捕したのもこの公安総務課であり、ある全国紙の記者によれば、「公安部ではオウムの二の舞いを避けたいという思いから、部内でも精鋭が集まる公安総務課が早めに動いたのでしょう。神真都Qを国家公安を害する陰謀論集団だと認識し、事前に芽を摘みたいという考えがある」とされる。
同年11月8日、大阪府警察本部警備部は団体への寄付金などで収入を得ながら、大阪市此花区から堺市へ、さらに9月には静岡県に転居したことを隠し、此花区から生活保護費などとして4回にわたり計約51万円を詐取したとして、代表の村井を詐欺容疑で逮捕した。神真都Q会はホームページなどで寄付金を募り、口座には同年2~7月の約半年間で1044回、計7192万5635円が入金されていたという。村井は同年4~6月に6回にわたり計約620万円を引き出しており、村井自身が転居したことに伴い、引き出した金で新居で必要な電化製品などを買っていたとみられている。
此花区は村井に対し、9月分の生活保護費についても返還請求をしている。同月28日、大阪地検は村井を詐欺罪で起訴した。村井はこの件について容疑を否認している。
同年12月1日、3月13日に静岡県焼津市内にある新型コロナウィルス感染症のワクチン接種会場に侵入したとして、静岡県警察本部警備部公安課と焼津警察署などは、建造物侵入容疑で神真都Q会理事を含む計8名を逮捕した。同月5日、静岡県警は静岡本部の他、関係する複数の活動拠点を家宅捜査している。その後、同月21日に8人が略式起訴され、静岡簡易裁判所からいずれも罰金10万円の略式命令を受けた。
同月22日、東京地方裁判所で開かれた倉岡ら5名の判決公判で、「接種会場の平穏を大きく害した」として倉岡に懲役1年6か月・執行猶予3年、3か所に侵入した二人には懲役10か月・執行猶予3年、2か所に侵入した二人には懲役1年・執行猶予3年のいずれも有罪判決を言い渡した。判決では倉岡らを「ワクチン接種を中止させるという意見を押し通すため犯行に及んだ」と非難、特に主導的役割を果たした倉岡の責任は最も重いとした一方、罪を認めて退会届を提出したことなどを考慮した。
2023年3月17日、大阪地方裁判所にて村井大介被告の初公判が行われた。 村井被告は起訴内容の認否を「よく分からない」として留保したが、弁護側は「反ワクチン運動を弾圧する目的の国策捜査であり、公訴権の乱用だ」として起訴内容を否認した。 弁護側は口座は団体のもので、支出は全て団体の活動に使われたと反論。堺市には団体の活動拠点を移転させただけとして「収入や転居の事実はない」と述べた。 さらに、「殺人ワクチンだ」「人口削減のためだ」「被告を狙い撃ちにした立件だ」と持論を展開した。
2022年1月、渋谷・原宿・代々木で1000人規模を動員してデモを行い、新型コロナウイルスに関する誤情報やワクチン忌避の言説を訴えた。渋谷で行われたデモには、元グラビアアイドルの小出広美が参加した。3月に入ってからは、ワクチン接種会場へ倉岡自らメンバーと共に出向き、ワクチン接種の妨害を行うなどの過激な行為が増加した。
神真都Qは、ノーマスクで月1,2回全国同時デモを行っており、日本国内における反ワクチン団体の中では最も規模が大きいとされる。