MKウルトラ計画
本作の重要要素としてMKウルトラ計画が登場している。本作に登場するテリー・アイブスという女性は、自身の妊娠に気づかずMKウルトラ計画に被検者としてLSD等の薬を投与され、その後出産する。そのテリーの娘こそが超能力を操る本作のヒロイン、エルことイレブンである。
MKウルトラ計画をモチーフにしたアイテム「MK型治療器」が登場する。
副主人公の1人であるマーヴィンは、「政府機関の極秘プログラム」の過酷な実験に耐え抜いた数少ない人物の1人という設定。その結果、超人的に研ぎ澄まされた感覚と記憶力を得たが、代償として人格が破綻し、いかなる些細なリスクも排除しようとする危険人物になってしまった。娯楽性を重視した作品であるためコミカルに誇張されているが、劇中の台詞やDVDの映像特典などでMKウルトラ計画をモチーフにしていることが判る。