光厳天皇
そこで、伏見は富仁立太子にあたって、後伏見に将来嫡男が生まれた場合は富仁の猶子とするとした上で、その系統への皇位継承を厳命した。
7年後の徳治3年(1308年)8月、後二条が24歳で崩御し富仁(花園天皇)が践祚するが、この時点でも後伏見の嫡男の量仁は生まれておらず、また大覚寺統嫡流の邦良親王(後二条皇子)も未だ9歳で病弱でもあった。そこで、後二条の弟で21歳の尊治親王(後醍醐天皇)が中継ぎ的に立太子することとなった。
その後、ついに持明院統の正嫡として量仁が誕生する。しかし、文保2年(1318年)2月に花園は大覚寺統の尊治親王(後醍醐)に譲位。皇太子には19歳に達した大覚寺統の邦良が立った。この譲位に先立って、幕府を介した両統の皇位継承に関する話し合いが行われ、幕府から、邦良が皇太子になり量仁親王を邦良の次の皇太子に立てるという提案がなされた。しかし、大覚寺統が圧倒的に有利なこの提案に持明院統は納得できず、持明院統側は拒否した(文保の和談)。こうして、量仁の立太子は先送りとなる。
常照皇寺に入る前の延文3年(1358年)9月に光厳は病によって一度重態になっており、貞治3年(1364年)4月に春屋妙葩へ宛てた書状にて自ら「目の所労以下窮屈、墨蹟いよいよ狼藉過法候」と記すほど衰弱していた。同時期より再三病気になり、その後ものが食べられなくなった。同年6月上旬にも病に罹り、一時回復したが、6月26日に再発し、7月7日、遺誡と遺偈を遺し、午前1時ごろ(丑の刻)、常照皇寺にて崩御した。宝算52。
遺誡には、次のようなことが記されている。 第一条には、
人手を煩わせないために、通常の葬儀は行わないこと
松柏が自然と生え、風雲が往来するのは大変うれしいので、裏山に埋葬すべきこと
山民村童が小塔を作ってくれるのなら、禁止すべきでもないこと
皆の労力を省くためならば、火葬もまたよいこと
一切の法事は無用であること
第二条には、
中陰の仏事は、一箇所に集まって行う必要はないこと
仏道修行は全て追善に繋がること
堅く仏戒を守る人は、全て私を追福する人であること
追善報恩の念があるものは、日常の中で修行を行うことが望ましく、供養はこれで十分であること
檀家よりお布施があれば、仏と僧に施し、余ったら寺の経営に回すこと
多くの供え物をすることによって、追善報恩をした気になってはいけないこと
これをよく理解して仏道に励むべきこと
遺偈は次の句であった。
一方で深津は、『誡太子書』で説かれる君主は民を導く存在でなければならないという花園の教えを光厳は生涯忘れることはなかったとするが、光厳法皇の遺誡の「もし其れ山民村童等、聚砂の戯縁を結ばんと欲し、小塔を構ふること、尺寸に過ぎざれば、またこれを禁ずるに及ばず」と民の好意を率直に受け入れようとする記述から、晩年の光厳は、「民」を治める対象としてではなく、心を通わせ得る一人ひとりの人間として見ることのできる境地に至っていたのではないかと推測。そしてその生涯について、「貴種として生まれ、生涯にわたってその責任を果たそうと努めつつ、一人の人間としても見事に生を全うした人であった」と評した。
また、「日吉山王七社和歌」(光厳天皇御真筆和歌懐紙)も、このころに納められたものと考えられている。(→#「日吉山王七社和歌」)
院宣を得た尊氏軍は、湊川の戦いで後醍醐天皇方の新田義貞・楠木正成らを破ると、都へ攻め上った。5月27日、後醍醐は比叡山に避難するにあたって光厳・花園・豊仁親王(光厳の弟)らにも同行を求めるも、光厳はそれを断わって京都に留まり、その後尊氏と合流した。『太平記』や『皇年代略記』に光厳と尊氏合流の経緯が記されている。それらによると、後醍醐に比叡山御幸を要請された光厳らは、護衛とともに比叡山へと向かうが、北白河のあたりで光厳は急病と称し(仮病)、法勝寺九重塔の前で輿を止めさせて時間を稼ぐ。そうする間に尊氏が攻め入り、護衛が光厳を置いて花園らを連れて先に行くと、光厳は、光厳を探していた尊氏と運良く合流することができたという。
やがて光厳・花園・豊仁親王は、尊氏より石清水八幡宮に迎えられ、6月14日に上皇らは東寺に入った。同日、光厳は延元元年を建武3年に復した。さらに6月21日には、高野山金剛峯寺に旧領を安堵し、天下安全の祈祷を命じている。このころより光厳院政は実質的に開始されたと考えられている。
建武3年(1336年)8月15日、尊氏の要請により、神器無しで、かつ譲国詔で践祚した後鳥羽・光厳の先例を用いて、光厳は譲国詔で弟の豊仁親王(光明天皇)を践祚させた。
仙洞である持明院殿では、頻繁に歌合などが行われていた。貞和3年(1347年)4月、南北朝の厳しい情勢でなかなか行えなかった石清水八幡宮への御幸を実現させ、次いで賀茂社への御幸を企画している。
宗教面では、暦応2年(1339年)10月5日に院宣を夢窓疎石に下し、大覚寺統の御所であった亀山殿を、夢窓を開山として、後醍醐の菩提を弔うための寺院に改めた。尊氏・直義兄弟の要請を受けてのことであった。これが霊亀山天龍資聖禅寺、すなわち天龍寺である。なお、天龍寺の寺号は当初光厳の院宣によって「霊亀山暦応資聖禅寺」(暦応寺)と定められたが、その後院宣を以って「天龍寺」と改められている。辻善之助は、延暦寺から年号を寺号とするのは延暦寺だけの特権であり、禅寺には許されないという抗議があったためと推測している。さらに、天龍寺が勅願寺となる気配があると延暦寺衆徒は嗷訴に及び、天龍寺落慶供養に光厳が臨幸しようとするとそれを阻止する集会を開き、その後神輿動座に及んだ。これは、延暦寺衆徒が落慶供養が勅願の儀式になる事を危惧したためであったが、その際光厳は、「天龍寺供養は勅会ではなく、もともと仏事に密かに臨幸があるのはよくあるところ、それなのにまだ勅願によるものだと疑うのなら、私は当日は行かない。翌日に参詣する。だから早く日吉七社の神輿を帰座させなさい」という院宣を、天台座主尊円親王に送り付け収束を図った。
夢窓疎石の勧めで造営が決まった安国寺利生塔の建立にも深く関与しており、貞和元年2月6日に、院宣によって寺号を安国寺、塔を利生塔と定めた。この安国寺利生塔は、元弘の変以降の戦没者の慰霊のために建立されたものであったが、光厳は何度も天下泰平を祈願させていた。
治天の君としての光厳に関して飯倉晴武は、「院政をはじめてからの光厳院は、すべてにわたって真摯に立ち向かっていた。公家に対しても、武家にも仏教界にも強く応じていた。仁徳をもってあたるという花園上皇の教えを固く守っていた」としている。日本中世史学者である石原比伊呂は、光厳を、家長として北朝天皇家(持明院統)をよく取り仕切ったと評価した。深津は、為政者としての光厳を、民を思いやることを第一に心がけたとしつつ、「誠実に政務に励むと同時に、意外なほどにしたたかな為政者であり、また、確かな歴史認識の目を有する指導者でもあった」と、「したたか」な為政者像を提示している。
光厳天皇の生涯について岩佐は、「生まれながらにして、この国の天皇たるべく教育され、不幸にも土崩瓦解の乱世の中に立って、誠実にその天命を果さんとし、類い稀な流離と幽囚を味わい、最後に民の不幸を我が責任として戦死者の慰霊贖罪を果たした上、身分も愛憎もすべて捨て去って、山寺の一老僧として生涯を閉じた」とまとめた上で、「我が国歴代中、自らの地位に対して明白に責任を取る事を、身をもって実現した天皇は、光厳院一人であったと言っても過言ではない」と評した。
『風雅和歌集』 - 花園法皇監修のもと光厳上皇が編纂した、17代目の勅撰和歌集。花園法皇監修とされる。古来、花園法皇の親撰とされてきたが、和田英松が花園法皇監修・光厳上皇親撰という説を出した。石田吉貞はこれに反対して改めて花園法皇親撰を主張したが、現在は花園法皇監修・光厳上皇親撰が定説となっている。
『光厳院御集』 - 光厳上皇が編纂した家集。もとは花園法皇の御集と考えられてきたが、戦後原田芳起によって光厳院詠が主である『光厳院御集』であることが解明された。この御集は康永元年(1342年)11月以前に編纂されたと見られ、岩佐美代子によれば、「作者自身、好むところに従って自由に、自ら楽しんで編み上げた、甚だ個性的な自撰集」であるという。宮内庁書陵部には『花園院御集』と題した冊子本が存在するが、これは後西天皇が書写したものである。