金峯山寺
なお、二天門は焼失したが蔵王堂は無事であった。
この後、後醍醐天皇が吉野に移って南朝を興したが、後村上天皇の時、貞和4年(1348年)1月28日に足利尊氏の家臣・高師直によって焼き討ちされ、全山焼失している。
蔵王堂は後に再建されたが天正14年(1586年)に焼失し、天正18年(1590年)に豊臣秀吉の寄進によって再建された。境内にある威徳天満宮は慶長年間(1596年 - 1615年)に豊臣秀頼によって再建されている。
慶長19年(1614年)、徳川家康の命により、天台宗の僧である天海(江戸・寛永寺などの開山)が金峯山寺の学頭になり、金峯山は天台宗の日光・輪王寺の傘下に置かれることとなった。
明和9年(1772年)には国学者本居宣長が吉野を訪れ、3月8日に金峯山寺に参拝し、蔵王権現立像三躯を実見した。「三体とも同じに見え、特別な違いは分からない」と日記に書き記している(菅笠日記)。また塔の九輪の残骸が境内に置かれており、かつては立派な塔があったのだろうとも書き記している。