IND2番街線
この時点で、2013年末までには新線で旅客営業を開始できるだろうと発表されていた。建設費の増大のため、着工直後に路線のいくつかの要素が削減された。とりわけ、72丁目駅は2面3線の駅構造であったのが、1本の島式ホームを備えた2線の駅へと縮小され、これと合わせてブロードウェイ線との連絡線が単純化された。この設計変更は、実際の建設工事が始まる前に実施された。またMTAは、完成期日を2014年へと遅らせた。MTAの2008年の資本改善予算提案では、第1段階の完成をさらに2015年へと遅らせ、2009年にはさらに2016年へと再延期した。
2009年に、96丁目駅の駅部の契約および86丁目駅周辺の掘削工事の契約が結ばれた。トンネルボーリングマシンが2010年に96丁目駅から南へ向かって西側のトンネルを掘削開始した。これに続くトンネルの契約はレキシントン・アベニュー-63丁目駅および72丁目駅の掘削に関するもので、2010年に契約が結ばれた。翌年、86丁目駅の掘削に関しての契約が結ばれ、またレキシントン・アベニュー-63丁目駅の建設契約も結ばれた。トンネルボーリングマシンは1日約50フィート(約15メートル)の速さで掘削し、2011年2月5日に計画されていた65丁目の下の終点で掘削を終え、続けて東側のトンネルの掘削を開始した。
翌年、クイーンズからの連絡を含んだ改定案が立案された。ニューヨークの有権者は、1951年にこの建設のための市債発行を承認し、市は何とか建設に必須となる5億5900万ドルの資金調達に成功した。しかし、当時進行中の朝鮮戦争により建設資材価格の急騰を招いており、酷いインフレーションが始まろうとしていた。1951年の市債発行によって調達された資金は新車の購入、プラットホームの延長、老朽化しつつあるニューヨーク市地下鉄の部品の保守作業などに振り向けられた。5億ドル以上の市債発行額のうち、22パーセントの1億1200万ドル(2019年の11億ドルに相当)のみが2番街線に振り向けられた。この時点で建設は1952年から1957年の時期に開始されることになっており、もっとも早ければ1958年に完成することが見込まれていた。
この地域で唯一の高架線となっていた、IRT3番街線は1955年5月13日に廃止され、1956年に解体撤去された。IRTレキシントン・アベニュー線がイースト・サイドにおける唯一の地下鉄となって、混雑の激化を招いた。1957年までには、1951年の市債発行額はほとんど完全に他のプロジェクトによって使われ、ニューヨーク・タイムズ紙は、今までに建設された2番街線に絶望した。ある記者は「2番街線は、間違いなくさらに5億ドル以上がかかり、新たな債券発行が必要だろう」と書いた。
2か所の掘削によって建設されたトンネルは、岩盤中の25.9メートルから27.4メートルの深さにある。用いられた工法は、駅の上部にある建築物に関する問題を緩和するためのもので、2本の立坑のみで掘削された。
地下の障害物について、アラップの建設担当重役のデービッド・カイデンは「トンネル、配管、電線、ケーブル類のスパゲッティだ、私はこんなものを今まで見たことがない」と述べた。工事を複雑にすることに、以降の段階では2番街線のトンネルは、他の地下鉄線、アムトラックの鉄道線、マンハッタンとクイーンズを結ぶクイーンズ-ミッドタウントンネルなどの上や下を通さなければならない。これに加えて、第1段階の建設途中には地質的な特異点があった。マンハッタンの地質は地下鉄の路線に沿って変化しており、岩盤から砂、シルト、粘土などからなる軟弱地盤がマンハッタン片岩の上に載った地質へと変化し、断層、剪断帯(英語版)、断裂などが存在していた。直径6.7メートル、長さ450フィート、485ショートトンの硬岩層用トンネルボーリングマシンが第1段階のトンネル掘削に用いられ、1日約20メートルの進捗であった。125丁目付近のトンネルは、軟弱地盤を貫通するだけでなく、既存のIRTレキシントン・アベニュー線の下を掘削しなければならない。この軟弱地盤トンネルは、92丁目以南の硬岩に掘削されたトンネルおよびそれ以北の開削工法で建設されたトンネルと対照をなす。92丁目の北でマンハッタンの岩盤が急激に落ち込むためにこのような構造となっている。
3番街にあるレキシントン・アベニュー-63丁目駅への入口は、第1段階の一環として建設されたが、2016年12月30日に使用開始された。何人かの上層部関係者を乗せた儀式的な初列車が大みそかに運転され、定期旅客列車は翌2017年1月1日の正午から運行開始された。地下鉄網の他の駅から乗車してこの路線に乗って帰っていった人を除いて、1月1日には48,200人の旅客が新駅に入場した。
第1段階の開業により、レキシントン・アベニュー線の68丁目-ハンター・カレッジ駅、77丁目駅、86丁目駅、96丁目駅の2017年1月の利用客は、2016年1月に比べて減少した。2番街線の3駅および改修されたレキシントン・アベニュー-63丁目駅は、1月末には平日平均15万人以上の利用を記録するようになった。72丁目駅は新駅の中で最も利用者が多く、1日平均44,000人の利用がある。4月には、路線開通前に比べてこの地域のタクシー利用が20パーセント以上減少した。2018年2月には、平日1日あたり19万人の利用者があり、環境影響書で推定された1日20万人の利用者に比べて5パーセントの誤差の範囲内であった。ラッシュ時の利用者も見積もりの2パーセント以内の誤差であった。2017年11月、輸送需要の増加のために、Q系統がラッシュ時に1本ずつ増便され、また北行きのR系統がINDクイーンズ・ブールバード線から経路変更された。この列車は帰りはQ系統となる。
第3段階、第4段階では、63丁目から路線を南に伸ばして、それぞれハウストン・ストリートとハノーバー・スクエアへ到達する。第3段階の一環として、IND63丁目線との連絡線が建設され、クイーンズ方面への非営業列車の運行ができるようになる。この連絡線は、掘削と発破により建設される。レキシントン・アベニュー-63丁目駅の東側にこの連絡のための準備坑口が用意されている。2番街線南側区間は、路線の他の区間と同じように、おおむね複線で建設される。しかし21丁目から9丁目までは、本線の両側に2本の追加線路が建設され、最大8編成の留置を可能とする。この地域は十分な深さがあるために留置線の場所として選ばれた。第3段階区間は、63丁目トンネル、60丁目トンネル、53丁目トンネル、42丁目のスタインウェイ・トンネル、32丁目および33丁目のイースト川トンネルなど、何本ものイースト川のトンネルの上を通ることになる。
第1段階同様、この区間の駅間はおおむねトンネルボーリングマシンで建設され、一方駅部は開削工法によって建設され、駅の空間や入口の建設ができるようにする。5か所で隣接路線にある近接駅と2番街線の駅との間での連絡が計画されており、旅客にとって移動の選択肢が増えることになる。グランド・ストリート駅の乗換は、既存の駅の下に改札階を建設する必要があり、これにより垂直方向での乗り換えができるようになる。既存の駅は、利用客の増加に合わせて改造する必要がある。ハウストン・ストリート駅のIND6番街線2番街駅への乗換は、既存駅での建設工事が必要となる。
第2段階では、2番街線を96丁目駅から北へレキシントン・アベニューの125丁目駅まで延長する。120丁目より北では、トンネルボーリングマシンを使って建設することになっている。トンネルボーリングマシンの発進基地は2番街の121丁目と122丁目の間に位置する。トンネルボーリングマシンは北へ向けて発進し、イースト川側の建物の下をいくぶん東に向きをいったん変えてから、西に向きを変えて125丁目へ入り、レキシントン・アベニューを横断して、最後はレノックス・アベニューの東325フィート(約99メートル)または西275フィート(約84メートル)の位置で留置線を設けて終わる。レノックス・アベニューに駅を建設したり、125丁目に沿ってさらに西へ路線を延伸したりすることを妨げないように設計されている。
120丁目の南では、110丁目から120丁目まで1970年代に建設されたトンネルを活用する。この区間には路線の他の区間同様、線路だけでなく様々な基本的な設備が設置される。