生物多様性の観点から重要度の高い湿地
下北半島大間崎周辺沿岸
尻屋崎周辺沿岸域
猿ヶ森砂丘と後背湿地
小川原湖湖沼群
仏沼
陸奥湾
宇曽利山湖
川内川上流域
十三湖および岩木川河口
屏風山湿原池沼群
津軽平野ため池群
八甲田山湿原群
十和田湖
安家川
北上川上流域の染田川
八幡平周辺湿原群
南八幡平山稜湿原群
春子谷地湿原
焼石岳北面雪田
一関市のため池群と周辺湿地
栗駒山湿原群
三陸リアス海岸の湾奥沿岸
三陸沿岸の外洋性藻場
広田湾
気仙沼舞根湾
南三陸海岸
南三陸志津川湾
万石浦
仙台湾および仙台海浜
伊豆沼・内沼および周辺湖沼群
蕪栗沼および周辺水田
平筒沼
相野沼
化女沼
旧品井沼周辺ため池群
北上川河口部および長面浦
田谷地沼,かば谷地,すげ沼湿地池沼群
蔵王山周辺湿原群
米代川河口および周辺湖沼群
男鹿半島沿岸
八郎潟を含む秋田平野湖沼群
塩曳潟
雄物川中流域湖沼群
横手市から仙北郡にかけてのため池群
仙北および平鹿地方の湧水群
田代岳湿地
和賀岳・朝日岳の雪田
苔沼
虎毛山湿地
加田喜沼
鳥海山北麓湿地群
鳥海山湿原群
月光川・日向川水系および周辺湖沼群
鮭川・泉田川水系および周辺湖沼群
飛島周辺沿岸
最上川河口
最上川・赤川水系のウケクチウグイ生息河川
河島山麓堤群
乱川扇状地の湧水湿地
大山上池・下池
月山・湯殿山湿原群
朝日連峰湿原群
飯豊連峰湿原群
吾妻山周辺湿原群
松川浦
雄国沼湿原
裏磐梯湖沼群
猪苗代湖とその流入河川
赤井谷地湿原群およびため池群
矢の原湿原
駒止・宮床湿原
田代山湿原
尾瀬ヶ原および尾瀬沼
会津駒ケ岳周辺湿原群
高野池
小名浜・塩屋崎の周辺沿岸
鮫川河口
沖永良部島の浅海域
百合ヶ浜礁池
麦屋湧水地のシマチスジノリ生育地
伊平屋島田名湿地帯
やんばる河川群
沖縄本島東沿岸
慶佐次マングローブと流入河川
喜如嘉の湿地帯
塩屋湾
大浦川および河口部
屋我地(羽地内海を含む)
アミスガー
瀬底島の小湿地および周辺沿岸
塩川
水納島周辺沿岸
慶武原川
大久保ガー
漢那ダム
億首川流域
屋嘉田潟原
瀬良垣海岸
残波岬周辺沿岸
伊計島東岸地先
藪地島周辺沿岸
中城湾
大山湿地
漫湖
育徳泉
具志干潟から大嶺岬周辺沿岸
与根干潟および豊崎干潟
米須海岸
斉場御獄
コマカ島
屋富祖井
慶良間諸島渡嘉敷島の山地水域
慶良間諸島周辺沿岸
渡名喜島周辺沿岸
久米島の渓流・湿地
久米島の干潟および河口
南大東島の池と洞窟群
八重干瀬
池間湿原と周辺サンゴ礁
島尻入江
宮古島中北部の湿地
宮古島の洞窟群と湧泉群
宮古島東部(東平安名崎)沿岸
嘉手刈入江
与那覇湾および周辺
伊良部島の入江
平久保半島北東沿岸
嘉良川
吹通川河口および沿岸
川平湾,米原地先沿岸
カビラ湧水および川平の水田
御神崎から石崎地先沿岸
名蔵湾および名蔵川集水域
宮良湾および宮良川集水域
白保海岸とその沿岸
石西礁湖
西表島の山地陸水域
西表島の平地部の陸水域
仲間川
後良川,相良川,前良川
由布島および干潟
小浜島(細崎からアカヤ崎)
船浦湾と流入河川
浦内川
西表島南西部海域および河口
与那国島の湿地・河川