古虫動物
古虫動物の分類学的配置については、依然として議論の余地がある。ある研究者は、古虫動物はおそらく後口動物の初期の側枝であり、このことは、頭索動物と脊椎動物の分節化が、前口動物と後口動物の共通の祖先に由来する可能性を示唆していると主張している。しかし、ユタ州中部カンブリア紀のスケーメラを記載した研究者は、ウェツリコラと親和性があるとしながらも、節足動物の特徴を持っているとしており、古虫動物の後口動物への割り当てを混乱させていた。DominguezとJefferiesは、形態学的分析に基づいて、ウェツリコラ(および暗に他の古虫動物も含む)は尾索動物であり、おそらくステムグループの幼生であると主張している。しかし、尾索動物と幼生との関係を疑問視する声もある。というのも、尾索動物では幼生・成体を問わず、古虫動物の分節に匹敵する分節の証拠がないこと、尾索動物の肛門はオタマジャクシでいう胴体の部分(幼生の頃は開口しない。成体になると被嚢内に開く)にあるが、古虫動物の肛門は尾の末端に位置すること、そしておそらく最も重要なことは、ウェツリコラには呼気サイフォンやそれに類する構造が見られないことである。 しかし、最近の研究では、古虫動物が尾索動物に近い位置にいることが確認されている。後口動物の単系統は強く支持されていない。後口動物が傍系統であるとすれば、咽頭スリットは恐らく左右相称動物の共通祖先に存在していたと思われ、古虫動物は祖先の咽頭スリットを保持したステムグループの前口生物である可能性がある。もしそうだとすれば、咽頭スリットを持たないように見えるバンフィア類は、古虫動物よりもクラウングループの前口動物と近縁なのかもしれない。