裸子植物
近年の分子系統解析の結果から、現生裸子植物は単系統であることは確実視されている。そして現在では現生裸子植物の系統関係は、ソテツ類とイチョウ類は姉妹群となり、残るマツ目、グネツム目、ヒノキ目がクレードをなし、それら2つの系統が姉妹群をなすとする系統関係が有力である。
初期の裸子植物はシダ種子類(シダ種子植物、シダ状種子植物、Pteridospermatophyta、英: seed ferns)と呼ばれるが、これは人為的にまとめられた群で、現生種子植物、現生裸子植物、被子植物のそれぞれの祖先群を含む多系統群である。石炭紀からペルム紀にかけてのシダ種子類はカラモピティス目、ブテオキシロン目、リギノプテリス目、メズロサ目、カリストフィトン目の5群が認識されているが、これも人為分類である。