マニラの戦い (1570年)
ミゲル・ロペス・デ・レガスピはポルトガル海賊によりセブ、ついでイロイロから追い出されたのち、スペイン植民地の首都に適した町を探していた。1570年、マルティン・デ・ゴイティ(英語版)とフアン・デ・サルセードが食料不足に悩まされていたある日、2人はルソン島にスルタン国を見つかり、その利用価値に着目した。カヴィテで上陸したデ・コイティは平和裏に支配しようとして、そのスルタン国マニラ王国(英語版)に使者を送った。王国のスルタンスライマーン3世(英語版)は友好条約を締結したが、結局相互不信により宣戦布告した。その結果、デ・ゴイティは1570年6月にマニラを攻撃した。激しい戦闘の後、スライマーン3世は破れて山に逃げたが、スペイン人が去るのを見るやすぐに戻った。
1571年、レガスピはスペイン人280人と現地人600人の全軍を率いて上陸した。数万人のムスリム民兵の抵抗を打ち破ってマニラを占領し、同地に居留地を築いた。5月19日、レガスピはマニラ植民地に「市」の称号を与え、1572年6月19日に正式に裁可された。このとき、マニラ市の人口は250人程度であった。
パンパンガ族(英語版)はなおもスペインに抵抗したが、バンクセイ海峡の戦い(英語版)で大敗、首領のタリック・スライマーン(英語版)が戦死した。その後、抵抗は終息へ向かった。
ビサヤ地方のバランガイ(パナイ、ボホール、セブ)はスペインに征服されることはなかったが、協定、平和条約、相互同盟によってスペインの勢力圏に組み込まれていった。
スペイン帝国に従属する道を選んだビサヤ、ルソン、ミンダナオのバランガイの領主、王族、ラジャナート、マギノー等の支配階級は、スペイン領フィリピンの世襲貴族であるプリンキパリアとなり、納税を免除され投票権を持ち(貴族にだけ認められる)ドンまたはドニャの称号で呼ばれることを許された。プリンキパリアは各地域の首長、判事、知事であるゴベルナドルシーリョ等の任期2年の役職を歴任するようになり、スペイン帝国の一端を担っていく。