伏見城
御陵の為立入りが出来ない部分が多いが、立入れる範囲で確認出来る遺構は、弾正丸の土塁、水堀(治部池、紅雪堀)、北堀公園の堀跡、土橋がある。 立ち入りが出来ない部分には、御舟入り近くに石垣、石垣が残る土橋、一部石垣が残る天守台、空堀、が残る。
同年10月には殿舎が完成し、翌1595年(文禄4年)に秀次事件が起きると、同年7月には破却された聚楽第からも建物が移築され、宇治川の対岸にある向島にも伏見城の支城、向島城が築城された。
また、1594年(文禄3年)末より城下町の整備も行われた。「今日惣之屋敷割、浅弾、民法、増右、長大、山橘、我等躰に仰付けられ候」(『駒井日記 文禄二年閏九月二十六日条』)とあり、浅野長政、前田玄以、増田長盛、山中長俊の家臣団屋敷、大名屋敷があった。
翌文禄5年(1596年)閏7月12日深夜から13日にかけて地震が起こった。このころ近畿地方は大小の地震が頻発しており、豊臣秀吉も「なまつ大事」とし伏見城の地震対策に力を入れていたが、のちに「慶長伏見地震」と呼ばれることになるこの地震はそれを上回る大地震となり、天守の上二層が倒壊する大きな損害を受けた。『慶長記』によると明使節は閏7月18日、つまり慶長伏見地震から6日後に馬揃えを行う予定だったが中止となった。この時豊臣秀吉は伏見城におり、『当代記』によると女﨟73名、中居500名が死亡したが豊臣秀吉は無事で、建物としては台所施設が健在だったらしくそこで一晩をすごした。夜が明けて指月伏見城から北東の1kmにある高台、木幡山に仮の小屋を造り、豊臣秀吉もそこで避難生活を送っている。この地が木幡山伏見城となる。なおこの災害を契機としてこの年10月27日には「慶長」に改元された。