日本学術会議会員の任命問題
10月4日 - 立憲民主党の枝野幸男代表は除外した行為を「明確な違法行為だと断言する」と強く非難した。そのうえで、「これだけ大きなことをやっておいて、説明責任を果たさないで逃げることはないと期待したい」と述べ、菅義偉首相が国会の閉会中審査で経緯を説明すべきだとの考えを示した。
10月5日 - 菅首相は内閣記者会のインタビューで、任命を拒否した理由を「(日本学術会議の)総合的、俯瞰的な活動を確保する観点から判断した」と説明したが、一方で判断の具体的な理由については明らかにしなかった。
10月7日 - 衆議院 の閉会中審査が行われ、任命しなかった理由について内閣府は「総合的・俯瞰的」と説明。
10月9日 - 菅首相はマスコミ3社とのインタビューで、6人を除外する前の推薦者名簿は「見ていない」と述べた。
10月16日 - 菅首相が日本学術会議の梶田隆章会長と会談した。梶田会長は、6人の速やかな任命と、任命しなかった理由の説明を求める要望書を首相に渡した。
11月2日 - 衆議院予算委員会で菅首相は、会員の選出方法について「閉鎖的で既得権益のようになっている」と発言した。
12月11日 - 立憲民主党は杉田和博官房副長官が6人の除外を指示したとみられる政府の内部文書を公表した。文書には「外すべき者(副長官から)」と手書きで記されており、その下は黒塗りとなっている。
2021年(令和3年)
10月7日 - 10月4日に発足した第1次岸田内閣は、松野博一内閣官房長官の記者会見で、菅義偉前内閣と同様に会員候補6人を任命しない方針を示した。
学術会議はそれに対して、「軍事研究を行わない」という過去2回の声明を継承するという声明を改めて出していた。その一方で、日本学術会議に関係する研究者が中国軍の「国防7校」に所属していたことが2021年(令和3年)1月に報じられている。
こうした学術会議の安全保障問題に対する姿勢には、かねて自民党内で強い不満があり、今回の背景になったという。たとえば、自民党の柴山昌彦幹事長代理は10月25日のNHKの番組内で、「(学術会議が)軍事研究を行わないという提言を盾に、デュアルユースの研究が進まないとの問題も指摘されている」と発言している。最近は、政府主導で軍事技術の推進につなげるため、政府の「総合科学技術・イノベーション会議」に権限を集中させるべきだとの意見も出ている。甘利明税調会長は2020年(令和2年)6月の民放番組で「世界はデュアルユース(軍民両用)で、最先端の技術はいつでも軍事転用できる」と発言していた。同年11月17日には、井上信治科学技術担当相が学術会議に「デュアルユース(軍民両用)」研究を検討するよう伝えたことが明らかになった。任命拒否された6人のうちの一人、芦名定道は「政府は大学で軍事研究を推進したい。それに(学術会議は)明確に反対声明を出した。戦前における学術と戦争の関係への反省に基づいて、今の学術会議ができている」と指摘した。