霊元天皇
しかし、朝廷運営の実質的な主導者は、後光明天皇の遺志を後水尾院に伝えた三条西実教であった。実教は武家伝奏でもなく、年寄衆や当官の公卿ですらなかったが、幕府の信任や奥向への影響力を背景に朝廷内で大きな権力を振るった。
寛文8年(1668年)には、天皇が寵愛していた藤大典侍坊城房子と、実教が推薦した女官・田内小路局(西洞院時良の娘)の二人が懐妊した。実教は田内小路局を女御同様の扱いにしようと画策し、後水尾院が一時的に実教ら関係する五卿の出仕を停止する。霊元天皇は実教を排斥しようと小倉実起を通じて中院通茂に密命を下したが、中院は時節を待つように諫言している。結局寛文9年(1669年)2月と3月に生まれた両者の子はいずれも皇女であり、天皇と近習、中院通茂、京都所司代板倉重矩らの間で起請文が取り交わされ収拾が図られた。幕府は禁裏の奥向を統制する必要に迫られ、関白鷹司房輔の妹の鷹司房子を入内させることとした。しかしこの入内は天皇の本意ではなかったと見られ、8月14日には実教を排斥するよう板倉重矩に要求し、聞き入れなければ譲位すると迫った。これを受けて実教は所司代より蟄居を命じられた。
江戸幕府は鷹司房子が生んだ皇子が次の皇位を継承することを望んでいた。そのため、天皇と房子の関係が上手く言っておらず、反対に寛文11年(1671年)8月に中納言典侍(小倉実起の娘)が皇子(一宮)を生んだことに神経を尖らせ、武家伝奏の中院通茂・日野弘資と幕府から派遣されていた禁裏附は一宮と翌年源内侍(愛宕福子)が生んだ二宮は事実上皇位継承から外すとする合意を取り決めた。