カサゴ目
カジカ亜目 Cottoidei はカジカ上科・ダンゴウオ上科の2上科の下、11科149属756種で構成される。淡水から海溝の深部まで、多様な生息範囲をもつグループである。本亜目の単系統性および内部の類縁関係は多くの研究者によって否定されており、カジカ類全体をスズキ目ゲンゲ亜目と並置する見解もあるなど、その位置付けはなお流動的である。
コメーポルス科・アビュッソコットゥス科の2科はバイカル湖(ロシア)に固有で、独自の種分化を遂げたグループである。両科すべてをカジカ科カジカ属に含める見解もある。
セミホウボウ亜目 Dactylopteroidei は1科2属7種を含む。本亜目の位置付けに関しては議論があり、独立の「セミホウボウ目」としてカサゴ目の後に設置する見解や、スズキ目キツネアマダイ科との類縁関係を示す報告などがある。
アイナメ亜目 Hexagrammoidei は1科5属12種で構成される。