日本トランスオーシャン航空
グループ会社に移管した路線も含む
沖縄/那覇 - 福島、富山、名古屋/小牧、神戸、松山、高知、北九州、大分、鹿児島、沖永良部、与論、伊江島、南大東(旧)、北大東、粟国、下地島、多良間(旧)
宮古 - 大阪/伊丹、大阪/関西(以上の路線は石垣発の経由地としての片道のみ運航)、石垣、多良間
石垣 - 大阪/伊丹(石垣発は宮古経由)、神戸(石垣発は那覇経由)、多良間、波照間、与那国
名古屋/小牧 - 山形
沖縄美ら海水族館とのタイアップ ジンベエジェット:JA8939→JA05RK さくらジンベエ:JA8992→JA06RK
憩うよ、沖縄。:JA03RK 沖縄観光コンベンションビューロー(OCVB)が発表した「憩うよ、沖縄。」誘客キャンペーンに協賛し、キャンペーンロゴを使用したデザイン。2020年10月1日から就航。