ニザール・ブン・アル＝ムスタンスィル
これに反発したニザールはカイロを脱出してアレクサンドリアに逃れ、そこで支持者を得てアル=ムスタファー・リッ=ディーニッラーフ(アラビア語: المصطفى لدين الله, ラテン文字転写: al-Muṣṭafā li-Dīn Allāh)の即位名を名乗るとともに反乱を起こした。しかし、1095年末には敗れて捕らえられ、カイロで監禁された末に死亡した。
12世紀に入るとニザールの息子、あるいは子孫と称する者たちがファーティマ朝に対し反乱を起こしたが、いずれの反乱も失敗に終わった。その一方で特にペルシアのイスマーイール派の共同体はムスタアリーの継承を認めず、ニザールを正当なイマームとみなした。その結果、ニザールの支持者たちはファーティマ朝との関係を断ち、ニザールの子孫であると主張する独自のイマームを擁するニザール派を形成した。ニザール派は一時期ペルシアで国家を築くまで発展し、そのイマームの地位は今日に至るまで後継者たちによって継承されている。
これらの出来事の一方でニザールは少数の従者を連れてアレクサンドリアに逃れた。現地の総督であるトルコ人のナスル・アッ=ダウラ・アフタキーンはアル=アフダルと対立していたためにニザールはすぐにアフタキーンの支援を得ることができた。同様にニザールは現地の裁判官(カーディー)、住民、そして周辺地域のアラブ諸部族を味方に引き込んだ。そしてアル=ムスタファー・リッ=ディーニッラーフ(「神の信仰のために選ばれし者」の意)の即位名を名乗り、イマームとカリフの地位を宣言するとともに反乱を起こした。1994年にはこの即位名が刻まれたニザールのディナール金貨が発見され、ニザールがカリフとして即位名を名乗り、その名を刻んだ硬貨を鋳造していたことが明らかとなった。ウォーカーによれば、ニザールが支持を得るまでの速さとマクリーズィーによって記録されている他のいくつかのエピソードは、ニザールがムスタンスィルの後継者になることへの期待、あるいは希望を抱いていた比較的大きな派閥の存在を示唆している。
ニザールの反乱は当初は成功裏に進んだ。1095年2月に行われたアル=アフダルによるアレクサンドリアへの攻撃は容易に撃退され、ニザールの軍隊はカイロの郊外まで進撃した。
また、ウォーカーはこの時カイロに残された名前の不明な未成年の息子を1060年に誕生が公表されたアブル=カースィム・アフマドと同定しており、この時点ではまだ生まれていなかった(同じアブル=カースィム・アフマドの名を持つ)ムスタアリーでないことは明らかであると指摘している。そしてこの年長のアブル=カースィム・アフマドは、恐らく1074年にムスタアリーが生まれる前に死去したためにムスタアリーに同じ名前が与えられたと述べている。
『アル=ヒダーヤ・アル=アーミリーヤ』やその他の記録では、ムスタンスィルがムスタアリーの結婚式の祝宴で、あるいは死の床でムスタアリーを後継者に選んだという話や、ムスタンスィルの姉妹の一人がムスタンスィルから密かに呼び出され、遺産としてムスタアリーの指名を聞き届けたとする話を伝えることによって、ムスタアリーによる継承の正当性をより強力に主張している。ファルハード・ダフタリー(英語版)などの現代の歴史家は、これらの話について、ほぼ間違いなくアル=アフダルによる事実上のクーデターを遡及的に正当化しようとする試みであったと考えている。
しかし、マクリーズィーはアル=アフダルの行動が実際に周到に準備されたクーデターであったのかを疑わせる別の記録も残している。