ジョン・ロミータ・Jr
1998年7月にロミータはダン・ユルゲン(英語版)と共に『ソー』、1999年1月にはハワード・マッキー(英語版)と共に『ピーター・パーカー: スパイダーマン(英語版)』をリランチした。
2001年にロミータはスパイダーマンに復帰し、ライターのJ・マイケル・ストラジンスキーと共に『アメイジング・スパイダーマン』第2期第30号(2001年6月)より参加した。このクリエイティブチームはアメリカ同時多発テロ事件への犠牲者への追悼の物語である第36号(2001年12月)を執筆した。2004年から2005年にかけては『ウルヴァリン』、『ブラックパンサー』、『セントリー(英語版)』、『アルティメット・ビジョン』を手がけた
2006年、ロミータはジャック・カービーのエターナルズを再解釈したライターのニール・ゲイマンによる全7号のミニシリーズを手がけた。2007年にはグレッグ・パク脚本によるマーベルの大型クロスオーバー・リミテッド・シリーズ『ワールド・ウォー・ハルク』のアートを担当した。
2008年にロミータは再び『アメイジング・スパイダーマン』に復帰した。他にマーベルのアイコン・コミックスより出版されたマーク・ミラー脚本の『キック・アス』を手がけた。これは後に映画化され、ロミータはプロデューサーの1人を務めた他、映画の中のアニメーションによる回想シーンを監督した。
2014年2月、DCコミックスはジェフ・ジョンズ(英語版)脚本による『スーパーマン(英語版)』の第3期シリーズの作画をロミータが手がけることを発表した。ロミータの『スーパーマン』ではクラウス・ヤンソンがインカーを務める
2, #1-3, 6-12, 14-17, 19 (1999–2000)
The Punisher War Zone #1-8 (1992)
Scarlet Spider #2 (1995)
Sentry vol. 2 #1-8 (ミニシリーズ, 2005–2006)
The Spectacular Spider-Man #50, 121 (1981-1986)
Spider-Man: The Lost Years #0, 1-3 (ミニシリーズ, 1995)
Star Brand #1-2, 4-7 (1986–1987)
Thor vol. 2, #1-8, 10-13, 16-18, 21-25 (1998–2000)
Ultimate Vision #0 (2007)
Uncanny X-Men #175-185, 187-197, 199-200, 202-203, 206-211, 287, 300-302, 304, 306-311, Annual #4 (1980–1994)
Wolverine vol. 3, #20-31 (2004–05)
World War Hulk #1-5 (2007-2008)
X-Men: Legacy #208 (2008)
X-Men Unlimited #7 (1994)