ZXE-D
ゼクシードを構成する各パーツ(上半身・左腕・右腕・下半身)にはそれぞれ「耐久値」が設けられている。この内、相手の“上半身の耐久値”をゼロにした方が勝利となる。ただし通常攻撃では、相手の両腕・下半身いずれかの“部位パーツ”にしかダメージを与えられない。
「耐久値」がゼロになったパーツは破壊され、そのパーツに割り振られた「必殺技」などは使用不能となる。また、破損部位に追撃を受けた場合、ダメージは上半身に及ぶ。つまり相手上半身への“致命的な攻撃”を加えるには、相手部位パーツを少なくともひとつ破壊し、そこへ更なる打撃を与えなければならない。ただし、「必殺技」の中には上半身へ直接攻撃可能なものもある。
対戦開始後、一定時間が経過すると、インターバルとして両プレイヤーに「パーツチェンジタイム」が与えられる。ここでは、相手に破壊され使用不能になったパーツ(上半身以外)の交換や、必殺技、コンボ(後述)の再設定などが行える。制限時間、パーツチェンジタイムの回数などはオプションで変更できる。
パイロットや機体などを設定できるもののストーリーらしいものは一切なく、1Pモードではランダムに構築された敵機を相手に延々と戦い続けることしかできない。