妙心寺
天正11年(1583年)創建。蘭叔玄秀による酒茶論の軸、曽我直庵筆の鷹図、鑑真伝来と伝わる鉄鉢を所蔵する。東海派に属する。
大雄院 - 開基は石川光忠、開山は慧南慧譲。石川氏の菩提寺として慶長8年(1603年)創建。現在の方丈は享保2年(1717年)に改築されたものである。柴田是真筆による郭子儀図を含む襖絵を所蔵する。東海派に属する。
桂春院 - 開基津田秀則が妙心寺73世水庵宗掬を開山とし、慶長3年(1598年)に見性院として建立。寛永8年(1631年)石川貞政が再興時に桂春院に改めた。杉苔とツツジの植え込みが見どころの庭園は史跡・名勝に指定。東海派に属する。
蟠桃院 - 開基は前田玄以。開祖は一東黙宙。慶長6年(1601年)創建。伊達政宗が大檀越に加わり伊達家菩提寺となる。東海派に属する。
長慶院 - 豊臣秀吉の正室である北政所の姉妹長慶院(木下家定娘)が慶長5年(1600年)に創建。開山は妙心寺71世東漸宗震。1878年(明治11年)に相楽郡の妙法寺と合併して妙法寺を名乗っていたが、1905年(明治38年)旧称に復した。聖澤派に属する。
雲祥院 - 開基千坂景親(宗策居士)、開山海山元珠。「亀仙庵」(千坂景親の法名「鶴齢院殿亀仙宗策居士」からの由来)として慶長3年(1598年)創建。その後、方広寺鐘銘事件で祥雲寺にいた海山元珠が徳川家康の思惑に沿わない見解を述べたため、家康から祥雲寺が没収されるに至ったが、その際に海山元珠は師の南化玄興と豊臣秀吉遺児鶴松(棄丸)の木像を背負って妙心寺に帰ったと伝えられている。
雪江宗深は住持の期間を3年と定め、その4人の法嗣、景川宗隆、悟渓宗頓、特芳禅傑および東陽英朝は、師亡き後交代で妙心寺の住持を務めてそれぞれ妙心寺四派の龍泉派、東海派、霊雲派及び聖澤派の祖となった。各々の派は現在まで続いており、妙心寺派の寺院は全て四派のいずれかに属している。永正6年(1509年)、後柏原天皇から紫衣勅許の綸旨を得る。この勅許状には大徳寺と位が等しい旨が記されており、これをもって妙心寺は大徳寺から独立したとみなされている。12月には悟渓宗頓に帰依していた利貞尼が仁和寺領の土地を購入して妙心寺に寄進し、境内が拡張された。利貞尼は関白一条兼良女で美濃国加納城主斎藤妙純の室である。永禄年間(1558年 - 1570年)希菴玄密により、住持の期間が3年から1年に改められる。天正6年(1578年)には南化玄興や快川紹喜、虎哉宗乙ら三十六師連名で妙心寺壁書(規則)を定めた。また妙心寺住職の妹の慈徳院が織田信長の嫡男・織田信忠の乳母となり、その後に信長の側室になり、六女の三の丸殿(豊臣秀吉の側室)を儲けた。本能寺の変で信長が討たれると、信長の妹のお市の方が信長の百箇日法要を妙心寺で執り行った。
その後の妙心寺は戦国武将などの有力者の援護を得て、近世には大いに栄えた。関ヶ原の戦いで敗れた石田三成の嫡男の石田重家は妙心寺に入って出家し、命を助けられた。江戸時代に隠元隆琦が訪日すると、龍渓性潜らが臨済宗の正統を継ぐ師の到来として妙心寺へ迎えようとしたが、当時の重鎮愚堂東寔によってその案は峻拒された。1871年(明治4年)に管長職を設け、名古屋市徳源寺の鰲巓道契が妙心寺派初代管長となっている。
龍泉庵 - 妙心寺四派のうち龍泉派の本庵。妙心寺10世景川宗隆が文明13年(1481年)に創建した。重要文化財・長谷川等伯筆「枯木猿猴図」を所蔵(実物は京都国立博物館に寄託)。本堂、庫裏、書院、鐘楼及び表門が京都府指定有形文化財となっている。
衡梅院 - 妙心寺六祖、雪江宗深により創建された。年代は文明元年(1469年)と文明12年(1480年)の2説がある。慶長9年(1604年)天秀得全が中興した。霊雲派に属する。雪江宗深の塔所があり、その頂相を所蔵する。
長興院 - 滝川一益が天正9年(1581年)に創建。開山は妙心寺56世九天宗瑞で、創建当初は暘谷庵と称していた。津田秀政が慶長11年(1606年)に中興し、その没後に法号に因んで長興院に改めた。元禄5年(1692年)妙心寺の塔頭であった大雲院と合併した。聖澤派に属する。
養源院 - 妙心寺四祖、日峰宗舜が文安5年(1448年)に細川持之の援助により創建した。応仁の乱にて焼失した後、雪江宗深によって再興される。近世に至り、剛宗宗紀により中興。今日の客殿はこの中興時の建立で、妙心寺山内の現存客殿中で建立年次を明確にしている建物としては最も古い。霊雲派に属する。
東海庵 - 妙心寺四派のうち東海派の本庵。開祖は妙心寺11世悟渓宗頓で文明16年(1484年)の創建。慶長4年(1599年)石川頼明により中興された。庭園は史跡・名勝に指定されている。方丈前庭は築地塀で囲まれた一画に白砂を敷き詰め、帚目を付けただけのシンプルな庭。書院南庭は白砂に7個の石を並べた抽象的な庭である。