IRES
これまでのところ、ウイルスのIRESのメカニズムの方が細胞性のIRESよりもよく分かっており、細胞性のIRESのメカニズムについてはまだ議論がある。C型肝炎ウイルス (hepatitis C virus, HCV) 型のIRESは、40Sリボソームサブユニットに直接結合し、mRNAのスキャニングなしに開始コドンをリボソームのP部位に配置する。これらのIRESは、翻訳開始因子のうちeIF2、eIF3、eIF5、eIF5Bを利用するが、eIF1、eIF1A、そしてeIF4F複合体は必要とされない。それに対し、ピコルナウイルスのIRESは40Sサブユニットには直接結合せず、代わりにeIF4G上の結合部位にリクルートされる。多くのウイルスのIRES(と細胞性のIRES)はその機能発現のために、IRES trans-acting factors (ITAF) として知られる、他のタンパク質を必要とする。IRESの機能におけるITAFの役割についてはまだ研究が行われている最中である。