古市古墳群
特に高句麗古墳群は推薦書の他国類似例比較として日本の古墳を引き合いに出して差別化を図っており、その検証との重複を避けなければならない
墳丘上の植生の管理方法に関する調査、管理方針を明確化する ↳古墳増築当初の様相が判る実例が欲しいが、古墳の植生が自治体の緑化財産であったり、自然保護や二酸化炭素吸収源としての観点から伐採が困難
両古墳群間の移動について実効性を持った計画を練る
さらに推薦候補に決まった後も、百舌鳥古墳群と古市古墳群を一体化して捉える理由が不明確であるとも指摘している。
また、世界遺産推薦に際し完全性(インテグリティ)として法的保護根拠が求められ、国内の既存文化遺産の大半が文化財保護法を拠り所としてきたが、天皇陵・陵墓参考地は国有財産法に基づく皇室用財産のため文化財指定が困難であり(世界遺産条約では「当該国内法令に定める財産権は害さない」とし、所有権とその権利の行使は認めている)、このことはひいては秘匿性(菊タブー)を高めることになりかねない危惧もある。
こうしたことをうけ構成資産の見直しが図られ、古市古墳群からは赤面山古墳、割塚古墳、衣縫塚古墳、宮の南塚古墳、唐櫃山古墳、松川塚古墳、稲荷塚古墳を除外することを決定。法的保護根拠は景観法を中核とし、両古墳群間の移動に関してはレンタサイクルの活用を推進する。
この他、濠の水の波で墳丘部が崩れたり、濠に産業廃棄物が捨てられる、大量発生したアオコが腐り異臭を放つといった問題も報告されている。