JR西日本125系電車
F編成14両が所属しており、敦賀支所に配置されている。主に小浜線において運用されている。最大4両で運転される。
通常の営業運転において、客用ドアは常時半自動扱いである。ドアチャイムは、1次車は全自動扱い時のみ、3次車は半自動扱い時にも鳴動する。このうち後者は北陸本線(琵琶湖線区間を含む)での運用時にのみ使用される。
3次車の投入により、小浜線の朝ラッシュ時に1往復設定されていた113系4両編成を使用した運用がなくなり、同線の列車はすべて本系列に統一されたが、2009年3月14日から2010年3月12日までは521系も運用されていた。また、その後も代走などで521系での運用が見られる(521系での代走の場合の運用の列車は車掌が乗務する)。そのあとATS-Pの車上装置をトイレの後方に搭載する改造を受けた。これに伴い、座席定員が2名分減ったほか、外観ではトイレの横の窓がステンレス板で塞がれた。
2015年(平成27年)より2020年(令和2年)まで、F18編成(クモハ125-18)に沿線のご当地キャラのラッピングが施された「おばませんキャラ号6」が運用されていた。
2023年3月18日から17年ぶりに西舞鶴〜福知山間での運用が再開された。