コクシジウム
伝統的に、まずアピコンプレックス門における生活環の3大要素(メロゴニー、ガメトゴニー、スポロゴニー)に注目して以下の3目に分類し、その上で真コクシジウム目をさらに2亜目に分ける分類がされてきた。1990年頃から、真コクシジウム目の代わりに、アデレア目、アイメリア目のように格上げした体系を発表する研究者が増えてきている。しかし今のところ真コクシジウム類以外ではほとんど分子情報がないため、いずれにせよこうした体系の妥当性は今後の検証が待たれる。
コクシジウム類では、接合子が被嚢したオーシスト (oocyst) になり、その中におのおの数個体のスポロゾイト(種虫、sporozoite)を含む複数のスポロシスト(胞子、sporocyst)ができる。まず接合子が被嚢しただけの段階をスポロント (sporont) と呼び、その後細胞分裂によって複数のスポロブラスト (sporoblast) と外残体 (extraresidual body) ができる。スポロブラストは再び被嚢してスポロシストとなり、その後細胞分裂によって内部に複数のスポロゾイトと内残体 (intraresidual body) ができる。スポロシストは厚い壁に覆われていることが多く、さまざまな環境条件に抵抗性を持ち、次の個体への伝播に役立っている。オーシスト中のスポロシストの数、およびスポロシスト中のスポロゾイトの数は様々であり、属レベルの分類形質としてよく使われている。