日本長期信用銀行
当初、1998年(平成10年)9月末時点での金融監督庁検査では、有価証券の含み損を含めて債務超過額は3,400億円とされていた。しかし、その後の資産査定の結果、債務超過は国有化時点で2兆円を上回っていたことが判明する。その後、投入された公的資金は約7兆9,000億円、そのうち債務超過の補填分約3兆6,000億円は損失が確定。さらに、前述の瑕疵担保条項の行使で、預金保険機構を通じ国が買い取った債権も将来的には損失が予想され、最終的な国民負担額は4-5兆円に達するとされる。
1999年(平成11年)6月、東京地方検察庁特別捜査部は、粉飾決算容疑で、大野木元頭取ら旧経営陣3名を証券取引法違反容疑で逮捕した(長銀事件)。2002年(平成14年)9月、一審・東京地裁は有罪判決。2005年(平成17年)6月、二審・東京高裁は控訴棄却、大野木被告は懲役3年・執行猶予4年、元副頭取の鈴木克治・須田正己両被告はいずれも懲役2年・執行猶予3年とした。しかし、2008年(平成20年)7月18日、最高裁は1審及び2審の判決を破棄し、当時においては新しい基準において関連ノンバンクに対する引当をすることが求めているか不明確であったなどとして、関連ノンバンクについては従来の会計基準にしたがっても違法ではなかったとして無罪を言い渡した。
1997年11月の三洋証券の経営破綻以降、山一證券や長銀の設立に関係していた北海道拓殖銀行が経営破綻した。このような、日本の金融機関をめぐる経営環境が日々悪化する中で、1998年(平成10年)3月、金融機能安定化措置法案に基づく金融危機管理審査委員会の決定により、1,766億円の公的資金が注入される。しかし、1998年3月期決算において大野木克信頭取ら経営陣は粉飾決算に手を染めた(長銀粉飾決算事件)。不良債権処理に約8,000億円が必要と認識しながら、実際には約6,000億円の処理にとどめ、結果として71億円を違法配当し有価証券報告書に虚偽記載をすることになる。
1998年、長銀はスイス銀行(旧:SBC・現:UBS)と提携し活路を見出そうとする。この時、長銀は「不良債権の抜本処理に必要な額は5,000億円」と説明していたが、スイス銀行は、その粉飾を見抜き9,200億円が必要と主張、交渉は膠着し進展を見なかった。結局、合弁の証券子会社である長銀ウォーバーグ証券を乗っ取られ逆に市場で長銀株を空売りされるなど、この提携は局面を打開するには至らなかった。