ウイルスタンパク質
一部のウイルスのカプシドは、ウイルスエンベロープと呼ばれる膜に包まれている。ほとんどの場合、ウイルスエンベロープは、ウイルスが出芽と呼ばれるプロセスを通じて宿主細胞から出て行くときに、宿主細胞の細胞膜からカプシドによって得られる。ウイルスエンベロープは、ウイルス糖タンパク質を含む、ウイルスタンパク質が埋め込まれた脂質二重層で構成されている。これらのウイルス糖タンパク質は、宿主細胞の膜上にある特定の受容体や共受容体と結合し、ウイルスが標的となる宿主細胞に付着することを可能にする。これらの糖タンパク質の中には次のようなものがある。
インフルエンザウイルス内のヘマグルチニン、ノイラミニダーゼ、およびM2タンパク質(英語版)
ヒト免疫不全ウイルス(HIV)内のgp120とgp41サブユニットから構成されるgp160(英語版)
ウイルス糖タンパク質は、ウイルスと細胞の融合において重要な役割を果たす。ウイルス糖タンパク質が細胞の受容体に結合すると、ウイルスと細胞の融合が始まる。
感染細胞に対する宿主の免疫応答は、ウイルス非構造タンパク質の免疫調節特性によって調整することができる。巨大DNAウイルスの多くの種は、宿主の免疫応答を阻害するタンパク質をコードしており、ウイルスの増殖を可能にする。このようなタンパク質は、炎症性免疫メディエーターを阻害することが証明されているため、ヒトの炎症性疾患に対する新しいバイオ医薬品の開発につながる可能性を秘めている。ウエストナイルウイルスのウイルス非構造タンパク質NS1は、補体制御タンパク質であるH因子と結合することで補体の活性化を防ぐ。その結果、感染細胞に対する補体認識が低下し、感染細胞は宿主の免疫系によって傷つけられずに済む。