森忠政
慶長5年(1600年)3月には川中島へと入領。入領してすぐに天正壬午の乱の際に兄である長可を裏切った高坂昌元の一門を探し出して磔に架けるなど当初から強硬な姿勢で臨んだ。また居城となった海津城を「待城」と改名している。4月頃になると石田三成が森家の大坂方参陣を促すべく川中島を訪れ会談が行われた。忠政は対外的にはまだ豊臣家の家臣の体をとっていたがこの席で豊臣家批判とも取れる言動を繰り返し破談。以後は家康支持の立場を明確なものとし、本姓である森姓を再び名乗った。三成はこの時の忠政の態度に強く憤り、真田昌幸に宛てた書状の上で「忠政との遺恨格別」「秀頼様を騙し領地を掠め取った」などと名指しで批判している。
同年の関ヶ原の戦いでは東軍に与し、7月21日に家康の会津出兵に先立って宇都宮に着陣し合流を待ったが、7月24日に真田昌幸が西軍と通じ上田へと帰国した事を受けて忠政と石川康長両名は真田への抑えとして領国へと帰還するよう命じられている(この為、小山評定や以後の中山道隊の行軍には加わっていない)。離脱後も盛んに家康や徳川秀忠と書状を交わし情報交換を行っている。その後も家康の命で川中島在中であり、9月の第二次上田合戦の際にも出馬はせず、出馬要請なども無かった事から行った軍事行動は井戸宇右衛門ら少数の軍勢を上田の北にある地蔵峠付近へと派遣するに留まっている。
結局、秀忠率いる中山道隊は上田城を本格的に攻める前に上洛命令を受け、先を急ぐことになったが忠政は秀忠の意向で仙石秀久らと共に真田の備えの為に領地に残し置かれた。
そもそも一揆の目的は防衛線を固め、森家の美作国への侵入を防ぎつつ迎え撃ち、進退極まった森家が和議を申込んだところでこれまでと同じ既得権益を認めさせる事に有ったという。しかしながら、既に忠政の入国を許してしまった事から、早く森家に降伏して取り入ることにより権益の保持を狙うものが続出。離脱者の相次ぐ一揆勢は徐々に体を成さなくなり崩壊し、占拠していた林野城も森家に明け渡され一揆の指導者と目された難波宗守も自害して果て、森家に従うことを良しとしない者達は美作国を去り、一揆は殆ど森家と交戦する事も無く終息へと向かった。
乱後、有元氏や、菅納(菅)氏、福島氏、佐藤氏など早くから従う姿勢を見せた者には地主としての権利の保持や森家への仕官などが認められたが、それ以外の後から降った者達は期待したような待遇は無く、逆に士分を剥奪され帰農する事を強制するなど厳しく対応している。ここでも急激な石高の高増しがみられるが後に反対を受けて戻している。