八重山列島
2008年の有村産業によるフェリー航路の運航休止(事実上の廃止)以降、八重山列島内と域外の間の公共交通機関による移動は航空路線のみに限られている。
八重山諸島の各島間に架橋は存在しておらず、島を跨ぐ移動はもっぱら航路または航空路線に頼っている。
低地の隆起珊瑚礁には、熱帯要素の強い植物群落が成立する。内湾や河口域にはマングローブ林が発達するが、その種数は日本の他地域より多く、たとえばマヤプシキは日本ではこの地域でしか見られないし、より熱帯域では普通種であるニッパヤシやゴバンノアシもわずかに観察される。より内陸の低地でもウラジロアカメガシワやオオイワガネなど、いずれも熱帯域に広く分布するもので、日本ではこの地域でしか見られないものである。
石垣島、西表島には標高500メートル程度の山塊があり、水条件もよいため、その多くは照葉樹林に覆われていた。ただし、特に石垣島では開発のためにその面積を大きく減じている。このような森林はオキナワウラジロガシなどを主体としたもので、ヒカゲヘゴなどの木生シダを多く含んでいる。また着生植物にとみ、リュウキュウセッコクやリュウキュウトリノスシダ(英語版)の大株にアマモシシラン (Vittaria zosterifolia) がさらに着生して樹状に大きな塊を作り、またツルアダンが多数這い上る姿は、日本の他地域では見られない特徴となっている。
この地域はカンムリワシ、サキシマハブ、イシガキケブトハナカミキリなど、固有種が多く、その多くは石垣島、西表島に分布する。イリオモテヤマネコのように西表島にのみ分布するものもあるが、多くは両島に分布するものである。