イスラム教徒ミンダナオ自治地域
政治的対立や混乱の中、ミンダナオ島西部・南部一帯の州と市で、新設される「イスラム教徒ミンダナオ自治地域」(ARMM)への加入に賛成するかどうかの住民投票が行われた(バシラン州、コタバト州、ダバオ・デル・スル州、ラナオ・デル・ノルテ州、ラナオ・デル・スル州、マギンダナオ州、パラワン州、南コタバト州、スルタン・クダラット州、スールー州、タウィタウィ州、サンボアンガ・デル・ノルテ州、サンボアンガ・デル・スル州の13州、コタバト、ダピタン、ディポログ、ゼネラル・サントス、イリガン、マラウィ、パガディアン、プエルト・プリンセサ、サンボアンガの9市)。
しかしARMMへの加入に賛成多数だったのはラナオ・デル・スル州、マギンダナオ州、スールー州、タウィタウィ州の4州だけであった。不完全な自治にすぎないというMNLFによる反発の中、ARMMはこの4州だけで1990年11月6日に発足した。式典は自治地域の首都とされたコタバト市で行われた。
2001年、以前の住民投票でARMM入りを否決した州や市へARMMを拡大するための新法が成立したが、マラウィ市とバシラン州(イサベラ市を除く)だけがARMM入りを希望した。また2006年11月、マギンダナオ州北部からシャリフ・カブンスアン州が分離し発足したが、2008年に最高裁によりARMMには州や市を新設する権限がないとされ州創設は無効となった。