コミックマーケットが抱える問題
加えて、こうした「徹夜組」常習者の中にはグループで徹夜・深夜来場行為を行い、徹夜・深夜来場行為を率先して指導・先導する者も複数おり(俗に『仕切りたがり』などと呼ばれている)、先導者として振舞っているうちに身勝手な正義感やプライドが芽生え、正規のコミケットスタッフや警備員の指示と異なる独自の行動をとったり、「お前たちに代わって自分たちが徹夜組を管理してやっているんだ」などといった理屈を振りかざして徹夜・深夜来場行為を正当化しようとする者もいる。また、複数の「仕切りたがり」たちが深夜に各自で勝手に待機列や待機集団を形成した挙句「どちらが先に入場するか」で仕切りたがり同士で揉めたり、あるいは自らが形成した待機列が肥大化しすぎて制御しきれなくなり、管理を放棄して逃走したり、スタッフや警備員に丸投げするなどの問題も発生している。
C99では、上述したとおり、新型コロナウィルス感染症拡大防止対策および徹夜組排除のため、アーリーチケットの導入、チケットの入場時間指定、フリー入場の廃止などを行った結果、徹夜組がいなくなり、始発ダッシュも見かけなくなるほど大きく改善した。このため、C100以降でも時間指定チケットによる完全有料制を継続することを決定した。
同人誌の売買と共にコミックマーケットの参加様態の一つであるコスプレに対しては、事前登録制、参加が可能な制服の制限、撮影区画の制限、コスチュームのままでの入退場禁止、突起物(衣装の装飾、キャラクターの武器など)や肌の露出に規制などの対策が施されている。またコスプレの内容はスタッフによってチェックされ、スタッフの判断によってはコスプレ可能区画の制限(これを受けると、サークル参加者がそのコスプレで自分のサークルスペースなどに滞在することもできなくなる)や修正の要請(追加でタイツやシャツなどの着用を求められる、装飾品の除去を求められるなど)、あるいは登録不許可となる可能性もある。露出以外では、学生運動を模した「放火犯」と書かれたTシャツが反社会的であるとして不許可になったケースがあった。2011年からはコミケ自体のルールの見直しに伴い、コスプレの規制についても従来までの物による規制から、行動に対しての規制に変更・緩和されている。
しかし過度に露出の多いコスプレ(特に女性)が警察当局からも指導を受けるなど一部で問題視される事もあるほか、一部のローアングラーなどの来場者が盗撮行為を行い、それらの写真がインターネットでアップロードされることも多いため、写真全てを取り締まれないなどの問題も残している。「写真撮影を他のイベント同様に登録制にしてはどうか」という提案も出ているが、コスプレイヤーやサークル参加者、同人誌を買いに来た参加者だけでなく企業ブースを目当てに来た参加者、さらにはコスプレ撮影のみを目当てに来た来場者などあらゆる参加者及び「偶然の来場者」も登録対象にする必要があり、その処理を行うだけでも膨大な時間や人員が必要となるため、簡単には実行に踏み切れない事情もある。