石山本願寺
「要害の地に占め、寺院とはいえ堀と土居に囲まれ、まさに堂々とした城郭であった」とされている。石山本願寺は、「門前町」が栄える本山・本願寺ではなく、本山・本願寺を中心に濠や土居で囲まれた「寺内町」を有する一種の環濠城郭都市であった。
石山本願寺は鉄砲を兵器として数多く使用したが、文献上の初見は天文20年(1551年)12月6日の事で、証如の側近が雁を鉄砲で撃ち落とし証如に献上し、本願寺の北殿で雁汁がふるまわれたと『私心記』に見える。この下りは狩りの道具として使用されたが、本願寺はこの時代より鉄砲を所持しており、堺や雑賀衆を通じて容易に調達できる事が推察されている。
蓮如は延徳元年(1489年)に法主を実如に譲り、自身は山科本願寺の南殿に隠居した。しかし、布教活動は引き続き盛んに行い、大坂周辺へも年に何回か行き来し、明応5年(1496年)9月に坊舎(大坂御堂)の建設が開始され、これが後に石山本願寺となった。
建設は堺の町衆、摂津、河内、和泉、北陸の門徒衆の援助を得ながら、翌明応6年(1497年)4月に上棟があり、同年11月には総石垣の扉御門が出来、要害の寺院が完成した。蓮如は今までいくつかの坊舎を建設したが、『日本都市史研究』によると、その中でも大坂御坊がもっとも美しいものであったという記録がある、としている。なおこれに伴い建設された寺内町が現在に繋がる大坂の町の源流になったとされる。
生玉荘と呼ばれていた当地が、なぜ「石山」と呼ばれるようになったのか、理由は明確になっていないが、蓮如の孫である顕誓が永禄11年(1568年)に書いた史料によると、
と記されている。これによると、そのまま礎石に使える大きな石が土中に多数揃っていたという不思議な状況に因んで、石山と呼称したようになったのであろうとしている。なお、後年の発掘調査の結果、大坂城址一帯は難波宮の比定地にもなっている。
これに対して、吉井克信が「石山」の名称が用いられるようになったのは石山本願寺が無くなった後の近世(江戸時代)以降の表現であり、「大坂本願寺」が当時用いられていた名称であるとする説 を唱えており、これを支持する研究者の間では「石山戦争」を「大坂本願寺戦争」と呼び変える動きがある。
しかし、その前に立ちはだかったのが織田信長である。信長は上洛直後の永禄11年(1568年)に石山本願寺に対して矢銭5千貫を要求した。また元亀元年(1570年)正月に石山本願寺の明け渡しを要求したと言われている。これに対して顕如は全国の門徒衆に対して、石山本願寺防衛のため武器を携え大坂に集結するように指示を出した。同盟軍で三好三人衆軍が織田軍と戦っている最中に、打倒信長に決起したのが同年9月12日であった。
ここから石山合戦が蜂起し、これ以降石山本願寺と織田信長の戦いは、連続した戦闘だけではなく、和睦戦術を交え途中断続し、両勢力とも同盟勢力の拡大をはかりながら11年間続いた。
まず、織田信長は、天正元年(1573年)8月20日に「一乗谷城の戦い」において朝倉義景率いる朝倉軍を追撃して滅亡させる。同年9月1日には、「小谷城の戦い」において、居城の小谷城に籠城した浅井長政を滅亡させる。本願寺勢力は同盟関係にある朝倉義景と浅井長政を失うことによりより苦しい状況に追い込まれる。
続いて信長は、一向一揆に対して殲滅戦を開始する。天正2年(1574年)9月に長島一向一揆を平定、天正3年(1575年)8月に越前一向一揆を平定する。信長によるこれらの殲滅戦によって、石山本願寺は次第に追いつめられていった。