ヒト免疫不全ウイルス
nefにコードされているタンパク質は、宿主の細胞膜に局在し、宿主の細胞表面でCD4抗原の発現を抑える働きがある。またNefはMHC-1を抑制することから、ウイルスのエピトープが細胞表面に提示されず、感染細胞がキラーT細胞(CTL)によって傷害されなくなる。このことから、AIDS発症に重要な役割をしていると考えられている。実際にnefを欠損したHIV-1感染者では、病態の進行が遅く、長期にわたってAIDSを発症しないことが確認されている。
HIV感染症関連の顔面神経麻痺はベル麻痺に似ているという研究がある。
tatは転写活性因子をコードする遺伝子である。5'末端のLTR内にあるTAR (Trans Activation Responsive region) に結合し、ウイルス遺伝子の転写を促進させる。遺伝子はイントロンを持ち、転写後スプライシングされ翻訳される。