プリモディーネ
明けて1999年、3月6日のチューリップ賞に出走。レースでは逃げたエイシンルーデンスが後続を抑えて1着となり、プリモディーネは4着に敗れた。
4月11日の第59回桜花賞では、阪神3歳牝馬ステークスを制したスティンガー、シンザン記念と4歳牝馬特別を連勝したフサイチエアデール、さらにはトゥザヴィクトリー、ウメノファイバーなどの好メンバーが揃った中、プリモディーネは4番人気に推された。スタートで1番人気のスティンガーが大きく出遅れる波乱の展開の中でじっと後方に待機、4コーナーまで動かず、他馬が動いて進路が開くのを見極めてスパートをかけ、出走馬で最速のラスト3ハロン35秒7で一気に差し切ってGIタイトルを獲得した。騎乗した福永祐一はGI挑戦25戦目で初の制覇となった。
桜花賞と同じコンビで優駿牝馬(オークス)へ向かう予定だったが、福永は桜花賞の翌週の4月17日に中京競馬場で落馬、左肋骨2本骨折、左腎損傷という重傷を負ってしまったため、藤田伸二に乗り替わることとなった。
5月30日、第60回優駿牝馬に出走。父が短中距離系のアフリートであることから距離適性が不安視されて3番人気だった。1番人気はトゥザヴィクトリー、2番人気は前走出遅れて力を出し切れなかったスティンガーであった。レースはエイシンルーデンスがスローペースで逃げる展開の中、折り合って後方から追走、直線で追い込むが0.1秒差届かず、ウメノファイバーの3着に敗れた。
桜花賞を勝ち、優駿牝馬でも僅差の3着と強さを見せ、秋華賞やエリザベス女王杯に向けて期待されていたが、右前脚の蹄に蟻の巣状に穴があく蟻洞という病気を発症、完治するには健康な蹄が伸びてくるのを待つしかないため、長期間休養することとなった。