上野駅
出口は、地上の中央改札正面の「広小路口」「正面玄関口」や同左手の「浅草口」、中2階の不忍改札からは地上の「不忍口」「山下口」、3階の入谷改札からは2階の「東上野口」、3階の「パンダ橋口」、地上の「入谷口」などが利用できる。同じく3階の公園改札からは3階の「公園口」に直結していて、上野恩賜公園へ歩行者空間が直結されている(公園改札移転と同時に外の広場も再整備され、駅舎と公園の間に通っていた車道を南北でそれぞれロータリー化して分断し、歩行者空間が作られた)。正面玄関口および広小路口の出口からは、国道4号(日光街道)などを跨ぐ歩道橋が利用できる。2000年10月、駅を東西に跨ぐように「上野駅東西自由通路」(長さ 220m 、幅 20m )が架けられ、自由に歩くことができようになり、2001年、愛称が「パンダ橋」に決まり、2002年に橋の西端下に、「パンダ橋」と彫られた、高さ 1.3m 、幅 2.5m の稲田石(白御影石)の石碑が建てられた。駅構内にはジャイアントパンダの像は2つあり、実物の倍の大きさはある巨大なジャイアントパンダ像はパンダ橋口を出て右の所に、もう一つの小パンダ像は、大連絡橋コンコースにあったが、2017年12月に小パンダ像も大パンダ像のある場所に移設された。
京成電鉄の京成上野駅へは不忍口を経るように案内サインが設置されている。JRと京成線の連絡は、山手線・京浜東北線で北側に2駅進んだ日暮里駅が通常利用されている。
12月15日:公園口に自動改札機を設置し、供用開始。
1991年(平成3年) 2月2日:中央口に自動改札機を設置し、供用開始。 6月20日:東北新幹線が東京駅まで延伸。
1993年(平成5年)11月4日:営団地下鉄で継続定期券発売機を導入。
1995年(平成7年):新幹線ホーム周辺の地下水上昇対策として、同ホームに37,000トンの鉄塊を設置。
1997年(平成9年) JR東日本の駅が「関東の駅百選」に認定される。選定理由は「いつの時代にもふるさとへの郷愁をそそる、首都圏の北の玄関口」。営団は認定対象外。 10月16日:新幹線乗換改札口に自動改札機を導入(JR東日本管内の新幹線各駅で初導入)。
1999年(平成11年) 3月31日:駅レンタカー営業所営業終了。 9月11日:地平ホーム18番線が廃止。
2001年(平成13年)11月18日:JR東日本でICカード「Suica」の利用が可能となる。
2002年(平成14年)2月22日:JR東日本の駅がリニューアル。商業施設「アトレ上野」が開業。
2003年(平成15年)10月12日:新幹線でSuica FREX定期券およびSuica FREXパル定期券の利用が可能となる。
2004年(平成16年)4月1日:営団地下鉄の民営化に伴い、銀座線・日比谷線の駅は東京地下鉄(東京メトロ)に継承される。
2007年(平成19年)3月18日:東京メトロでICカード「PASMO」の利用が可能となる。
空いた枠を使って、高崎線方面の「草津」の到着1本・「スワローあかぎ」の発車1本が使用していたほか、2018年3月17日改正からは宇都宮線・高崎線の普通・快速列車の一部も16番線を使用している他、17番線も含めて宇都宮線・高崎線・常磐線の普通・快速列車の到着扱いの列車が数本が設定されている。かつては特急専用ホームであり、ホーム入口に有人の中間改札口が設けられ、乗車券・特急券・入場券の検札を行っていたが、2015年3月13日に撤去された。 このような経緯から、当ホーム上には屋内型の喫煙コーナーが現在も設置されている。新幹線を除く首都圏の鉄道駅コンコース内に喫煙可能な設備を有しているのは当ホームと新宿駅9・10番線の2箇所のみである。 13番線は、寝台列車待ちの際に休憩所として利用できる「五つ星広場」があった(後述)。 13番線と14番線の間(13番線ホームの向かい側)に、荷物を積み降ろしする専用ホームが存在していたが、これを2017年5月1日から運行を開始したクルーズトレイン「TRAIN SUITE 四季島」の乗降専用ホームに改築し、通称「新たな旅立ちの13.5番線ホーム」として整備した。このホームは中央改札側から、同列車(E001形)のエントランスドアがある5号車付近までの長さが取られている。また、同列車専用ラウンジ「プロローグ四季島」が13番線に整備され、列車帰着後に「この旅がまだ続く旅」である事を実感させるフェアウェルパーティを行う。
南満洲鉄道の大連駅と函館本線の小樽駅、および樺太庁鉄道(後の樺太西線→ロシア鉄道シャフタ=サハリンスカヤ─アルセンチェフカ線)の真岡駅(ホルムスク南駅、1992年に解体)は当駅を模したとされる。
コンコースは、地上と、(旧)公園口通路(3階南側。かつて公園口改札が西端にあったためそう呼ばれていたが、後述の通り公園口が移転され、その頃から公園口通路とはあまり呼称されなくなった)、大連絡橋通路(3階北側)、大連絡橋連絡通路(公園口通路と大連絡橋通路を連絡する)、新幹線地下コンコース(地下)がある。新幹線コンコースは、地上の中央改札から入場して右側の新幹線改札を経て向かう。
改札は、中央改札(1階)、不忍改札(中2階)、公園改札(3階・大連絡橋通路西端)、入谷改札(3階・旧公園口通路東端)の計4か所である。このうち、不忍改札と公園改札にはお客さまサポートコールシステムが設置されており、一部の時間帯はインターホンによる案内となる。かつては、期間・時間が限定された臨時改札として、Suica専用(簡易Suica改札機設置)の公園臨時改札があったが、2020年3月20日に新しい公園口駅舎が供用開始され、公園改札が(旧)公園口通路西端から大連絡橋通路西端の公園臨時改札跡地へ移設された。改札内改札として先述の新幹線改札があり、以前はそれに加え、在来線特急乗換(16・17番線入出場)改札が地上および3階にそれぞれあったが、元々寝台特急は13番線などを利用していたほか、2014年3月15日のダイヤ改正から高崎線特急が14・15番線に、2015年3月14日の改正(上野東京ライン開業)から常磐線特急のうち東京方面に乗り入れる列車が8・9番線を発着するようになり、特急列車の発着ホームが分散されたため、2015年3月13日を以て廃止され、自由に出入りできるようになった(8・9・14・15番線ホーム上に高崎・常磐線の当日分専用指定席券売機が設置された)。