美浦トレーニングセンター
しかし、その後の2011年にも実に9名もの美浦トレセン所属の調教師が定年前に厩舎解散を決断して「勇退」している。
また、現在の美浦トレセンで発生している、システムで自動的に割り当てるべき調教師が存在しない馬房が数多く存在している「空き馬房問題」についても、2009年以降は調教師の馬房自主返上や「勇退」の続出、調教師の死去による厩舎解散などにより深刻なものとなっている。調教師は割り当てられた馬房数に応じて規定された人数の厩務員を雇用しなければならない規則である為、管理馬房の空きはそのまま余計な人件費に直結する。JRAにとっても管理する厩舎の無い「空き馬房」の発生は厩務員の所属・雇用の問題にそのまま直結し、厩務員春闘などにも悪影響を及ぼしかねないものである。この「空き馬房問題」は発生する都度にJRAが事態収拾に追われることになっている。
これらの結果、厩舎経営にも優勝劣敗の法則を導入してトレセンの活性化を促すという発想で2004年に導入した「メリットシステム」については、美浦トレセンでは成績優秀調教師に対して加増する馬房について、調教師の定年・勇退による厩舎解散や自主的な返上で発生した返還馬房を原資とするシステムへの変更を迫られ、成績下位者からの馬房削減は当面の間は見合わせるなど、大幅な方向修正を余儀なくされている。
美浦所属厩舎群の低迷により、調教師に若い人材を育成できる経済的な余裕が無く、自厩舎に縁故の無い騎手候補生・見習騎手について、所属厩舍の決定を巡って難航する事がある。
関東馬低迷の最大の要因として「坂路コース」問題が挙げられる。
1985年に栗東トレーニングセンターに坂路コースが設置された。調教ノウハウの確立と共に、坂路で鍛えられた関西馬たちが東京・中山など東日本開催の競馬で活躍したことで、坂路コースが競走馬の強化に効果があると言われるようになった。そのため、美浦の厩舎関係者もその効果を求め、坂路コース設置を要望し始めた。しかし、美浦トレセンは関東平野東部のほとんど平坦な土地に立地していたこともあり、そのまま坂路コースを設置できるような自然の丘や地形がなかった。また、開場から10年超を経て敷地内や周辺地の利用・開発が進められており、ほぼ直線の坂路コースを設置する空間もなかった。大規模な工事が必要になることから、JRAはこの要望について「検討中」としながらも、実際には消極的な姿勢を数年間に渡って取り続けた。当時は折しもオグリキャップと当時台頭した武豊に牽引された中央競馬ブームの真っ只中であり、JRAにとっては座していても売り上げが伸びてゆく時代であった。
しかし1990年代に入り、美浦所属馬の不振が競馬マスコミやスポーツ新聞などにより幾度となくクローズアップされる様になると、その原因として栗東にしかない坂路コースが象徴的存在となった。
1993年に南コース側の一角に坂路コースが完成し、2004年には坂路コースの改修と拡張が行われた。