農林水産省直轄ダム
1964年(昭和39年)に河川法が大幅改訂された。骨子は河川を水系単位で上流から下流まで一貫して建設省および都道府県知事といった河川管理者が管理を行うというもので、物部長穂の理論を法体系化したものであった。この時点で治水事業は河川管理者の専管事項となるが、農地防災事業を行っている農林省との調整が問題となった。既に多目的ダムにおいては1957年(昭和32年)の特定多目的ダム法において建設省が管理する特定多目的ダムについては所有権が建設大臣に一元化され、農林省が灌漑事業で参入する場合は使用権を建設省の許認可で保有する決まりになっていた。しかし洪水調節と同義である農地防災を主目的とする農地防災ダムについては明確な線引きがなされず、また既存の農林省直轄ダムについても洪水時の操作をどのようにするかが課題となったのである。
農業用ダムや発電用ダムといった利水専用ダムの洪水時の運用について建設省は1965年(昭和40年)の河川法施行令および1966年(昭和41年)の建設省河川局長通達において細則を定めた。これは河川法第44条〜51条の「ダムに関する特則」をさらに具体的にしたもので、洪水発生時における利水ダムの運用について規定した。このうち河川局長通達では洪水時の放流が下流域に与える影響を考慮した分類を定め、利水ダムを第I類から第IV類に区分けした。農林省直轄ダムでは大夕張ダム(夕張川・北海道)が第I類に分類されたのを始め、多くのダムがそれぞれの分類に指定され細かなダム操作を要求された。このため治水の責務はなくても洪水時には細心の注意を払う必要が生じた。
古来より稲作を中心に農業を発達させた日本ではあるが、稲作に必要な農業用水の確保は最も重要な課題であった。概ね河川より直接取水する方法で用水路を整備していったが、旱魃になればその水源は容易に涸れてしまい、水の確保を巡って流域内において水争いが絶えず、鎌や鍬を持って流血の惨事となることも希ではなかった。また、ため池建設の際に水神を鎮める目的で人身御供も行われ、各地で悲話が伝えられている。こうした水問題を解決すべく大規模なダムによる用水補給の必要性が問われたが、技術的問題や慣行水利権の問題で導入には至らなかった。太平洋戦争の敗戦後、日本は極度の食糧不足に陥り餓死者や栄養失調に苦しむ国民が急増した。こうした不満を背景に食糧メーデーなどデモが頻発。治安上にも悪影響を及ぼしていた。背景にある日本共産党の活動に危惧を抱いた連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)はデモを弾圧する一方で国民の不満を逸らすために緊急食糧援助を行う傍らで、早急な食糧増産態勢を敷く必要に迫られた。
1947年(昭和22年)GHQの指令を受けた農林省は慣行水利権に捉われない広域にわたる大規模新規開墾計画として国営農業水利事業を開始した。これは大河川を水源に利用してダム・ため池や頭首工、用水路などを系統的に建設して新規水利権と農業用水を確保し、これを大規模に整備した水田・畑地などの圃場(ほじょう)に供給することで農業生産力を高め、早期に食糧自給率を回復することを目的とした事業である。事業発足と同時に大井川(静岡県)・九頭竜川(福井県)・野洲川(滋賀県)・加古川(兵庫県)の四河川流域が対象地域に指定され、その根幹事業として水源であるダムが建設された。
土地改良事業を構想するに当たっては、必ず河川管理者に説明を行う。
といったものであり、治水事業たる河川改修については河川管理者の専管事項であることを再確認したものであった。これにより農林水産省は農地防災という治水を目的とした新規のダム建設を単独で行うことが不可能とされた。これにより農地防災目的でダムが建設されることは皆無となり、当初灌漑目的のみで計画されていたダムに洪水調節目的が付加した場合は、施工中より河川管理者に事業を移管することとなった。こうした例としては大夕張ダム再開発事業としての夕張シューパロダム(夕張川・北海道)、忠別ダム(忠別川・北海道)、世増ダム(よまさりダム。新井田川・青森県)や荒砥沢ダム(二迫川・宮城県)などがある。またダム建設における水没地対策としては水源地域対策特別措置法の適用が定められ、呑吐ダム(志染川・兵庫県)や大志田ダム(平糠川・岩手県)、世増ダムなどが指定されている。
こうした経緯により、現在施工・管理されている農林水産省管理ダムは一部を除き、概ね灌漑専用ダムとなっている。しかし減反政策や第一次産業人口の減少により農業用水の余剰化が問題となっており、永源寺第二ダム(愛知川・滋賀県)のように「ムダな事業」として批判を受けているダム事業や、農業用水の不法転用問題が表面化している。また大蘇ダム(大蘇川・大分県)のように施工ミスが原因の運用問題など、課題も抱えている。さらに中止したダム事業も少なからず存在しており、「公共事業」に近い性格である土地改良事業に基づく農林水産省直轄ダム事業は、他のダム事業と同様に岐路に立たされている。