金村別雷神社
その後『上郷村明細帳』は、村民が社殿を造立し、寛文10年(1670年)の検地の際に曽根五郎左衛門が現在の社地を賜って遷座した、と記述している。
江戸時代には神仏習合のため、境内に明光院の別当が置かれていた。別当職は豊田氏が権勢を振るっていたうちは豊田氏一族または重臣が務め、神社の管理もしていたと見られる。文化12年(1815年)、竹垣直温の頌徳碑(しょうとくひ)が境内に建立される。江戸時代後期になると参道沿いの約250mにわたって鳥居前町が形成され、1960年代まで続いた。
明治時代になると廃仏毀釈によって明光院が廃寺となり、神社から仏教色が除かれた。1980年(昭和55年)3月27日に当時の豊里町が拝殿など計3棟を「金村別雷神社(拝殿,神楽殿,回廊)」として町指定文化財に指定、つくば市の市制施行に伴い市指定文化財となる。1991年(平成3年)1月25日には茨城県が本殿など計2棟を「金村別雷神社本殿(附棟札1枚)・本殿覆屋」として県指定文化財となった。
祭神の別雷大神は雷を支配する神であり、荒魂・和魂双方の性格を有する。荒魂としては、雷の威力によって降水をもたらすと同時に病害虫を駆除する農業神として崇められた。和魂としては恵みの雨をもたらし、万物に生気を与える神である。特に関東では雨乞いの神として崇敬者を集め、家内安全・無病息災が祈願された。雷除けや疱瘡(ほうそう、天然痘のこと)治癒の神としても信仰されている。ほかに養蚕神社など境内社が10社ある。
最も重要な御利益は降雨祈願(雨乞い)であり、境内の井戸はその聖性の象徴とされ、1960年代頃まで儀式に用いられた。