トラチウアルテペトル
おそらく後古典期の初期に最後の第4段階の工事が行われ、底辺が400メートルまで拡大された。しかしこの段階の工事が完成したかどうか明らかでない。文献では1200年ごろにメキシコ盆地からトルテカ・チチメカ人がやってきてチョルーラを征服したとされ、このために工事が突然中断した可能性がある。
トルテカ・チチメカは大ピラミッドを放棄し、その北西隣を新たな祭祀の中心とした。ここにケツァルコアトルのピラミッドが建設された。この神殿は現存しないが、文献によればテノチティトランのテンプロ・マヨールよりも大きかったという。この新たな祭祀場を建設するために、放棄された大ピラミッドのファサードが素材として再利用された可能性がある。
16世紀にスペインのコンキスタドールであるエルナン・コルテスがチョルーラを訪れたとき、大ピラミッドはすでに放棄され、その上に雨の神であるチコナウキアウィトル(9の雨)の神殿が建っていたとされる。コルテスらのスペイン人は彼らを歓迎したチョルーラの貴族たちを虐殺した。ケツァルコアトルのピラミッドは破壊され、スペイン人はその後にサンガブリエル教会を建設した。大ピラミッドの上にはレメディオスの聖母教会 (Iglesia de Nuestra Señora de los Remedios, Cholula) を建設した。
後古典期のチョルーラはケツァルコアトル信仰の中心地だった。現在も重要な巡礼地であり続け、大ピラミッドの頂の教会で開催される毎年の祭りには35万人が訪問する。