清浄華院
その後、清浄華院は14世紀中頃の玄心の時に土御門室町(現・京都市上京区元浄花院町付近)に移転する。この移転は三条坊門殿に住んでいた足利直義が、暦応2年(1338年)に持仏堂的な寺院として等持院を建立、邸宅に隣接していた清浄華院の敷地を接収したためと考えられている。ただし、等持院は暦応4年(1341年)に足利尊氏が後醍醐天皇の供養のため創建したとの説もあり、また清浄華院の敷地が接収されたのは等持院の鎮守御所八幡宮創建時であったなど諸説あるが、少なくとも観応2年(1351年)には土御門室町の地に移転を果たしていたことが分かっている。移転先は昭慶門院が世良親王に譲った御所、土御門殿跡と伝えられている。『増鏡』に昭慶門院の「土御門室町にありし院」が「この頃は寺に成りて」という記事が見え、この「寺」は浄華院のことを指すと考えられている。
いずれにしろ清浄華院は室町時代を通して京のメインストリートであった室町通に面して境内を営み、土御門東洞院殿や室町第に程近い政治と文化の中心地に伽藍を構えた。応安元年(1368年)には八世・敬法の弟子の良如が越前敦賀の西福寺を建立しており門末寺院を擁する一山組織を形成していたことがうかがえる。また天台僧であった隆尭は向阿の著作に感銘を受け一条派に帰し、応永20年(1413年)に近江金勝阿弥陀寺を建立、一条派の僧として執筆活動を盛んにおこなっており、京都のみならず地方にも教線を伸ばした。
京都での立地も幸いして室町時代には皇室や公家はもちろん、幕府や武家の帰依を受けるようになり、特に称光天皇と足利義教より篤い帰依を受けた佛立恵照国師等熈は鎮西派浄土宗初の香衣と国師号の勅許を得ている。
法然房源空(1)→聖光房弁長(2)→然阿良忠(3)→礼阿然空(4)→向阿是心(5)→玄心(6)→証法玄教(7)→敬法(8)→僧然定玄(9)→等凞(10)→僧尋良秀(11)→良尊(12)→聖深阿縁(13)→玄秀(14)→等胖(15)→僧海等珍(16)→僧禿良玉(17)→皎月等皟(18)→如月良真(19)→暉玉玄照(20)→玄珍瑞鳳(21)→善誉秀馨(22)→満誉良周(23)→淳誉良元(24)→戒誉等俊(25)→願誉寿光(26)→風誉荀才(27)→閑誉三休(28)→全誉大拙(29)→麟誉亮叡(30)→竜誉良休(31)→道残源立(32)→縁誉休岸(33)→恭誉良安(34)→賢誉良久(35)→良光牛越(36)→善誉良随(37)→性誉良覚(38)→原誉良道(39)→信誉良阿(40)→法誉良聖(41)→永誉良存(42)→単誉良故(43)→高誉義天(44)→天誉雲竜(45)→超誉恢竜(46)→章誉了秀(47)→竜誉哲冏(48)→厳誉秋白(49)→浄誉顕照(50)→誓誉貞俊(51)→商誉良義(52)→法誉碩巌(53)→蓮誉知覚(54)→仰誉聖道(55)→忍誉知音(56)→契誉貞道(57)→昭誉徳定(58)→観誉竜応(59)→沢誉舜了(60)→延誉賢従(61)→元誉貞也(62)→徴誉祥真(63)→安誉貫務(64)→斉誉大周(65)→民誉良祐(66)→厚誉了寛(67)→念誉弁承(68)→仏誉賢融(69)→念誉仏定(70)→暢誉法音(71)→願誉智海(72)→浄誉鏡心(73)→性誉真哉(74)→椎尾弁匡(性誉)(75)→石橋誡道(教誉)(76)→長谷川善務(高誉)(77)→高畠寛我(明誉)(78)→江藤澄賢(善誉)(79)→大田秀三(昭誉)(80)→伊藤唯真(願誉)(81)→真野龍海(宣誉)(82)→飯田実雄(善誉) (83)