タンパク質構造データベース
生物学において、タンパク質構造データベース(タンパクしつこうぞうデータベース英: protein structure database)とは、実験的に決定されたさまざまなタンパク質構造をモデル化したデータベースのことである。ほとんどのタンパク質構造データベースの目的は、タンパク質構造を整理してアノテーション(注釈)を付け、生物学コミュニティに実験データに対する便利な方法でのアクセスを提供することである。タンパク質構造データベースに含まれるデータには、多くの場合、3次元座標のほか、X線結晶構造解析で決定された構造の単位格子の寸法や角度などの実験情報が含まれる。ほとんどのデータベース(この場合、タンパク質またはタンパク質の特定の構造決定)では配列情報も含まれていて、一部のデータベースでは配列に基づいた問い合わせを実行する手段も提供しているが、構造データベースの主な属性が構造情報であるのに対し、配列データベースは配列情報が中心で、ほとんどのエントリには構造情報は含まれていない。タンパク質構造データベースは、構造に基づく薬物設計などの計算生物学の多くの取り組みにおいて、計算手法の開発と、タンパク質の機能に関する洞察を得るために一部の手法で使用される大規模な実験データセットの提供の両面で、重要な役割を果たしている。
蛋白質構造データバンク(PDB)は、実験的に決定されたすべてのタンパク質構造データの中央アーカイブとして1971年に設立された。現在、PDBは国際蛋白質構造データバンク (wwPDB)と呼ばれる国際コンソーシアムによって維持されている。wwPDBの使命は、世界中のコミュニティが自由に利用できる高分子構造データの単一のアーカイブを維持および公開することである。