上京焼き討ち
また、内裏や相国寺などにも火の手は回っていない。
また、人的な被害も甚大であり、百姓・町人に多数の死者が出た。『兼見卿記』4月4日条では、「洛中洛外において町人・地下人数知れず殺害」と記されていることこから、人々を死に追いやったのが炎ではなく、信長の軍勢による殺戮であったことを示している。
「町人・地下人」殺害の具体的な例としては、以下に詳しく記されている。『年代記抄節』では、信長の軍勢が「京都辺土」で殺戮を繰り広げ、「取り物ども山のごとくなり」と記されており、乱妨狼藉によって殺害されたことがわかる。『日本耶蘇会年報』では、「美濃・尾張の兵士」が「上の都」(上京)の人々を捕らえ、「小児」まで殺害したと記している。
また、避難した市民の中には、川で溺死する者も多かった。 東光寺光明過去帳では、「上下の人びとの道俗・男女・子供」が逃げるさなか、信長の軍勢に追いやれ、「大井川や桂川の川流れ」で「打ち死に」した、と記されている。『日本耶蘇会年報』では、「捕えられことを恐るるのあまり、水流のはげしくて深きをわすれ、川に入りて足の立たざるところまですすみ、たちまち水に流され、漁夫が魚を取らうるために設けた柵にかかりて死んだ」と記されている。
「町人・地下人」を死に追いやったのは、信長の軍勢による乱妨狼藉に他ならなかった。このとき、京都においてすさまじい暴力の嵐が吹き荒れたことは、洛中・洛外の人々に深く刻みこまれた。
義昭は依然として、二条御所に籠っていた。だが、これを見た義昭側は、「同所(上京)で聞いた恐怖なり不断の喚声に圧倒された彼らの驚愕は非常なもの」であったとされ、信長との和平交渉を開始した。