メトロイド (架空の生物)
ミッション17にて、惑星バイオンの古代種族が遺していた巨大化技術を元にスペースパイレーツが独自に開発した『ヒュージネートビーム』により、パイレーツ兵士と同様に巨大化させられたメトロイドが登場。惑星タルバニアの機械文明の研究所跡地にてパイレーツによって増殖が進められており、これを爆破して研究所もろともメトロイドを全て殲滅するのがこのミッションの主な内容となる。なお、本作でメトロイドが敵として登場するのはこのミッションのみとなっている。また、プライムシリーズにおいてフェイゾンによる遺伝子操作、変異が施されていないメトロイドが登場するのは本作が初となる。
その後、フェデレーションフォースによりメトロイドの卵が研究所より持ち帰られるが、事件後、何者かの手により強制的に孵化、持ち去られている。
第1作目『メトロイド』を題材としたモード「キャッチ」に登場。テトリミノ(テトリスのブロック)に混じって画面上部からメトロイドの入ったカプセルが下降してくることがあり、プレイヤーが操作するブロックの塊にぶつかるとブロックの一部を破壊させると共にプレイヤーがダメージを受ける。基本的にはプレイヤーが避け続けなくてはならないお邪魔キャラだが、4×4のブロックの塊を作った際に発生する爆風に巻き込むことで破壊することが可能。
入手できるMii用の帽子として、メトロイドを模した「メトロイドの帽子」が登場する。Miiの頭部とほぼ同等の大きさをしたメトロイドの模型で、被るとMiiの頭部にメトロイドが噛み付いた格好となる。一度入手した帽子はすれちがいMii広場全体で使用可能。
遺伝子操作により、携帯エネルギー源として生み出されたターロンメトロイドの特殊な幼生体。青色の皮膜に1つのエネルギーコアを持ち、エネルギー吸収能力が未成熟なため普段はほとんど危険性が無いものの、フェイゾンと接触する事で急速に成長、成体化する。
『II』や『スーパー』等で登場するベビーメトロイドとは別物である。