スーパーロボット大戦J
開始時のほかに、ゲームを1回クリアするたび新たに3作品をお気に入りに選択できるようになり、全作品をお気に入りに指定すると、最大改造段階が15から20に伸び、同時に獲得できる資金と経験値が全作品一律1.5倍へと増える。
全3作品のお気に入り指定枠は『スーパーロボット大戦MX ポータブル』や『スーパーロボット大戦W』『スーパーロボット大戦K』にも引き継がれた。また、本作にはフル改造ボーナスが存在するが、お気に入りの指定で改造段階の上限が伸びても非指定の時の改造上限まで改造すればフル改造ボーナスを得られる。
戦艦に搭載されたユニットの精神コマンドも使用可能となり、同時に戦艦搭載ユニットへの精神コマンドも使用可能になったほか、強制出撃以外のユニットを出撃していないユニットと交代することも可能。ただし、一度出撃したユニットをもう一度交代で出撃させることはできない。
『スーパーロボット大戦ORIGINAL GENERATION2』ではバリアを無効化し、援護攻撃が可能だった合体攻撃が、本作ではバリアが発動する上、援護攻撃も不可能になった。