いろは丸
その後、龍馬らは鞆の浦に上陸した。龍馬は紀州藩の用意した廻船問屋の桝屋清右衛門宅や対潮楼に4日間滞在し賠償交渉を行った。紀州藩側は幕府の判断に任せるとしたが、龍馬は当時日本に持ち込まれたばかりで自身が精通している万国公法を持ち出し、紀州藩側の過失を追及した。
一度目の衝突に至るまでのいろは丸の操船は、当時の国際ルールに照らしても重大な過失があったとする説が現在では有力であるが(いろは丸の取舵は右側通行を原則とする行き合い船の航法に違反しており、さらにいろは丸は衝突前に明光丸を進路の右手前方に見ていた蓋然性が極めて高い。これを横切り船の航法に当てはめると、いろは丸こそが回避義務を負う避航船で、より大型で操船自由度が低い明光丸は保持船に相当したということになる。したがって、いろは丸の取舵が、史実通りの面舵か進路の保持で事故を回避できたはずの明光丸との衝突を招いたと言える。また、いろは丸側の主張は高柳家に残された『明光丸ト土佐藩之汽船伊呂波丸ト衝突事件応接筆記』や紀州藩の歴史書『南紀徳川史』での記録と真っ向から対立しており、位置関係上明光丸の紅灯が見えるべきところ緑灯を発見して舵を切ったとするなど不自然であることから、自己の立場を有利にするための偽証であったと目される。
なお、紀州藩側はいろは丸が相手に自船の向きを伝える役割をする舷灯を点灯していなかったと主張しているが、証拠となるいろは丸船体が水没したために立証できなかった)、紀州藩は龍馬の交渉術に翻弄された。
明光丸船長の高柳に対し、龍馬は「万国公法に基づき非は明光丸にある」と一方的に主張し、急場の難を救うためとして1万両を要求した。動揺を隠せない高柳は明光丸に搭乗している勘定奉行の茂田一次郎と相談した結果、「金一封(千両)を出す」と返答したが、強気の龍馬はこれを拒絶した。藩命を受けて長崎に向かわなければならず焦る高柳は「1万両を立て替えるから、返済期限を決めよ」とさらに提案するも、龍馬は「1万両は賠償金の一部。それを返済期限を明示せよとは何事か」と反発した。交渉は決裂し、明光丸は長崎に向けて出港し、龍馬は停泊中の長州藩船に乗り込んでその後を追った。
慶応3年5月15日に長崎で交渉が再開された。初日は土佐藩から龍馬・小谷耕蔵・腰越次郎・岩崎弥太郎ら、紀州藩からは高柳楠之助・岡本覚十郎・成瀬国助・福田熊楠らが出席したとされる。龍馬らはミニエー銃400丁など銃火器3万5630両や金塊など4万7896両198文を積んでいたと主張し、航海日誌や談判記録をもとに万国公法にのっとり判断すべきとしたが、紀州藩側は長崎奉行所の公裁を仰ぐべきと反論した。龍馬は「船を沈めたその償いは金を取らずに国を取る」と民衆を煽り紀州藩を批判する自作の俗謡を花街で流行らせた。