日琉祖語
上代日本語のwとj(ヤ行子音)の起源を、半母音*wと*jとするか、南琉球語群での反映に基づき有声破裂音*bと*dとするかについては意見が分かれている。 韓国語や他の北東アジア言語との遺伝的関係を主張する者を含む多くの著者は、南琉球語群のbと与那国語のdは日琉祖語の有声破裂音*bと*dが残ったもので、他の言語では子音弱化してwとjとなったと主張する。
南琉球語群ではbが上代日本語のwに対応し、例えばba「私」、bata「腹」は上代日本語のwa、wataに対応する。また、富山湾周辺の2つの方言には、他の日本語方言のwに対応するbがある。
与那国語には、上代日本語のjに対応するdがある。例えば、da「家」、du「湯」、dama「山」は、上代日本語のja、ju、jamaに対応する。
しかし多くの言語学者は、日琉祖語の*wと*jが強化されて南琉球語群のbと与那国語のdになったとする説を支持している。w > b のような強化は珍しくなく、複合語にbが現れないことから、bのほうが新しいと考えられる。また、与那国語では z|ʑ > d が起こっており、j > ʑ という自然な変化を新たに認めるだけで十分である。また、与那国語: sabaɴ「茶碗」、与那国語: dasai「野菜」のように、漢語でもw :: b や j :: d という対応が存在する。15世紀末の韓国の年鑑『成宗実録』には、与那国島の地名を吏読で「閏伊是麼」と記されており、中期朝鮮語の読みはzjuni simaで、本文ではsimaは日本語の「島」であることが説明されている。これは強化 *j- > *z- > d- の中間段階の直接的な証拠であり、現代のdunaŋ「与那国」につながるものである。
五十嵐陽介は、日琉語族の下位系統に拡大東日本語派と南日本語派を提案し、そのどちらにも属さない諸方言が分布する北陸・近畿から九州北東部のどこかに、日琉語族の源郷(homeland)があったとみている。
一方、日琉語族が日本列島で話されるようになるより前の段階については、日琉語族の話者(弥生人)が紀元前700年~300年頃に朝鮮半島から日本列島に移住し、最終的に列島先住言語(縄文語)に取って代わったとする説が広く受け入れられている。
朝鮮半島における日琉語族話者の集団は無文土器文化の担い手であったという説が複数の学者から提唱されている。これらの説によれば、古代満州南部から朝鮮半島北部にかけての地域で確立された朝鮮語族に属する言語集団が北方から南方へ拡大し、当時朝鮮半島中部から南部に存在していた日琉語族の集団に置き換わっていったとしている。この過程で南方へ追いやられる形となった日琉語族話者の集団が弥生人の祖であるとされる。
この朝鮮語族話者の拡大及び日琉語族話者の置き換えが起きた時期については諸説ある。ジョン・ホイットマンや宮本一夫らは山東半島から朝鮮半島南部に移住した日琉語族話者が無文土器時代の末まで存続し、琵琶形銅剣の使用に代表される朝鮮半島青銅器時代に朝鮮語話者に置き換わったとしている。一方でヴォヴィンは朝鮮半島の三国時代において高句麗から朝鮮語族話者が南下し、百済・新羅・加耶などの国家を設立するまで朝鮮半島南部では日琉語族話者が存在していたとするまた、別の発表では、日琉語族とオーストロアジア語族またはタイ・カダイ語族の間に接触の痕跡があることから、日琉語族の(朝鮮半島よりさらに過去の)故地は中国南部であり、“Altaic”ではないと主張している。
日琉語族と他の語族との関連性は立証されていないが、文法など類型的には、朝鮮語およびアルタイ諸語との関連性が高いとする見方が有力である。