遠藤誠一
松本サリン事件、滝本弁護士サリン襲撃事件、 駐車場経営者VX襲撃事件、池田大作サリン襲撃未遂事件の実行犯、地下鉄サリン事件のサリン製造係として事件に関わった他、生物兵器培養、化学兵器製造、違法薬物製造などを行った。
そして1986年12月、麻原彰晃の著作『超能力秘密の開発法』に出会う。冬休み、帰省のために札幌へ向かう船の中で、麻原の本を読みながら眠ると麻原にエネルギーの注入をされる夢をみた。目が覚めるとそのとき風邪をひいていたはずが、熱が下がったという経験をした。その後さらに神秘体験を重ねて麻原彰晃への興味を深めると、オウム神仙の会(オウム真理教の前身。当時はヨガサークル)の大阪支部を訪ね、1987年3月、宗教団体という認識は持たずに入信。入信直後、幽体離脱を経験し、さらに宗教的神秘への確信を深めた。これらの神秘体験を経て、「生命の本質は遺伝子ではなく魂であり、それは仏教でいう『真我』である」と確信するにつれて、遺伝子工学がもたらすような科学的世界像より魂を本質とした宗教的世界像を優先するようになった。こうして「超能力や神秘体験などは全く信じない」という理系の人間だったはずの遠藤は、オウムの思想体系に傾倒していく。
1988年に麻原が出版した著書『マハーヤーナ・スートラ 大乗ヨーガ経典』の広告に、「京都大学大学院生」として推薦文を寄せている。その中で遠藤は、「一切のものは原因と結果の連続に過ぎない」という麻原の言葉に、長く心を縛り付けていた重荷から解放されるような安らぎを感じ、ここまで真理を公開した麻原に何とか報いなければならないような気がしたと述べている。
オウムに入信してからというもの「インドでヨガの修行をする」と言い残して大学から3ヶ月ほど姿をくらますことがあった。
結局遠藤は自身の研究棟であるジーヴァカ棟内のドラフトが設置された部屋(ドラフトルーム)においてジフロからサリンを生成することとなり、土谷の助言を得てサリンの生成方法を決定した。こうして土谷の指導のもと同月19日に中川とともにサリン5,6リットルを生成。このとき遠藤は土谷に対し「東京に行かないように第二厚生省のメンバーに伝えてくれ」「国会図書館とか、地下鉄を使うような所とかね」と零したとされる(これが後に遠藤が生成したサリンの用途について認識していたことの裏付けとなった)。遠藤は完成したサリンをナイロン袋に注入して二重袋にした上で村井に引き渡し、サリン散布役らが予行演習に使用する水入りナイロン袋を製作して、これも提供した。さらに実行犯らに対してサリン中毒の予防薬を渡すなど、主に地下鉄サリン事件の最終準備作業に関与した。翌20日の昼過ぎ、第6サティアンの3階にある自室にて東京の地下鉄にサリンが撒かれたことを知った。
1994年、中川に「はっきり言って出ていってほしい」と告げ、中川を研究施設から強引に追い出し、土谷を自身の部下にした。その後、遠藤は土谷とともに違法薬物である幻覚剤LSDの合成を成功させた。のちに口も聞かない間柄になる二人だが、中川によると「この頃の二人は仲が良かった」とのこと。
土谷正実が出家した背景として、遠藤の生物兵器開発が失敗を重ねたことで化学兵器に目をつけた教団が、化学の素養を有する土谷に有用性を見出し、強引に土谷を出家させたということがある。これは「遠藤が無能なせいで教団の悪事に加担させられた」として土谷が遠藤に恨みを募らせる遠因となった(土谷正実#遠藤誠一との対立も参照)。
1994年6月に教団における独自の省庁制が発足すると、CMI・AFIの責任者であった遠藤は厚生省大臣、土谷は厚生省次官に任命され、土谷は正式に遠藤の部下となった。その後、遠藤は土谷に対するそれまでの態度を一変させ、高圧的に振る舞うようになり、さらには土谷に「僕の許可なく尊師と直接会ってはダメだからな。今後はすべて僕に報告するようにしてくれ。僕が尊師に上げるから」と申し向け、土谷と麻原の接触を絶つなどした。土谷の化学兵器に対して自身の生物兵器がことごとく失敗していったことから、功名心の強い遠藤は土谷に対して激しい嫉妬をぶつけ、さらには部下に八つ当たりを起こすようになる。遠藤は機嫌が悪いと部下に物を投げつけたり、口汚く罵ったりすることから畏怖嫌厭され、省内で孤立していき、土谷との関係は修復不可能なものになっていった。
1994年6月27日に教団が起こしたテロ・松本サリン事件において、長野県松本市内にサリンを撒くことについて当初の謀議から関与し、中川とともに現場周辺を下見した上、犯行に使用する長野県松本ナンバーのワゴン車をレンタカー社より自身の名義で借り入れ、犯行当日は(共犯者が被曝した場合に備えて)医療役の一員として犯行現場まで同行した。その際に使用したワゴン車が犯行現場で接触事故を起こし、借りた車体に傷をつけてしまったことから、犯行後には松本市内で故意に接触事故を起こして警察より交通事故証明書を受け取るなど、罪証隠滅工作を行った。
このように様々な職責を担い、仕事をこなすことで、遠藤は麻原の寵愛をものにしていく。その象徴として遠藤は麻原4女・松本聡香の許婚とされ、将来的に麻原の義理の息子となることを確約される栄誉にあずかった(すなわち政略結婚)。1989年、遠藤が麻原の妻・松本知子の出産に立ち会い4女を取り上げた。寝ている4女の様子を見に行った際、4女の体から青い光が出て、自身のアナハタチャクラ(胸のあたり)に入ってくる神秘体験をし、4女に対し「恋心のようなもの」を抱いたという。4女は遠藤について「とても子供っぽい人」と評しており、それを示すエピソードとして、遠藤が4女とトランプをする際は自身が勝つまでやり続けたことなどを挙げた。遠藤は逮捕された時「最後にもう一度、さとちゃんとババ抜きがしたかったよ」と語ったともされる。
1989年11月に「大師」の称号と、古代インドで名医・医王と尊称された、釈迦牟尼の医師の名に因むホーリーネーム(祝福名)「ジーヴァカ」を得る。
1990年、政界進出を目論んだ教団はオウムの宗教政党である真理党を結成し、第39回衆議院議員総選挙に立候補する。遠藤は渋谷周辺地区の選対リーダーを任され、自身も候補者の一人として旧千葉4区から出馬するが落選。これによって息子のオウム入信を知った母親は、周囲の人に対し「息子は勘当した」と話した。