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その際、函館新聞社が主張していた、新聞のタイトルには地名+新聞、日報、タイムスなどのきわめて制限されたものしかない、同一地区で同じ新聞社が別の題字の新聞を発行していることは認められないといった主張を全面的に認定した。
1998年2月に公正取引委員会は北海道新聞社の行為が独占禁止法の3条前段(私的独占の禁止)に違反するとして「函館対策と称する一連の行為と同様の行為により、函館新聞社の一般日刊新聞の発行に関する事業活動を排除しないこと」と排除勧告をしたが、北海道新聞社はこれに応じず審判手続が行われた。審判手続は2000年2月に北海道新聞社が勧告の同意審決を申し出て終結し、道新の行為が独禁法に違反することが確定した。
この事件は、道新と資本関係のある北海道文化放送とテレビ北海道でのテレビCM放映拒否や、時事通信社の提携拒否、大手製紙会社による新聞用紙納入拒否 など遺恨を残し、新聞業界の閉鎖性と新規参入の困難さを証明する結果となった。その後2002年4月に函館新聞社は北海道新聞社に損害賠償を求め提訴、裁判所からの和解勧告により北海道新聞社が2億2,000万円の賠償額を支払うことと函館新聞社が訴訟を取り下げることで2006年10月24日に和解が成立した。
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支社 札幌市中央区、東京都中央区。いずれも十勝毎日新聞社の支社と同じ場所にある。 取材拠点として江差町、木古内町に支局を有する。