アフガニスタン・イスラム首長国
日本国政府はタリバン政権側も北部同盟側も承認せず、1989年から駐カーブルの大使館は閉鎖されたままであったが、国際機関を経由して経済援助は行ってきた。1997年7月には来日したアッバス保健相代行が都内で外務省の登誠一郎・中近東アフリカ局長と会見。外務省側は北部同盟との和平促進を促したが、ターリバーン側は難色を示した。アッバス保健相らはNGO団体(国際医療ボランティア)のAMDAの招きにより他にも複数回来日し、1998年には、全ての子どもにワクチンを打ち終わるまで北部同盟との戦闘を停止するとの「ワクチン停戦」に署名している。この「ワクチン停戦」には別の時期に北部同盟側のアブドラ外務次官らも来日して署名している。アッバス保健相は、政権崩壊直前の2001年4月にも来日して、アフガニスタンへの医療支援を訴えている。
タリバーンはカンダハールから広がり、1996年に最終的にカーブルを占領した。2000年末までに、タリバーンは、主にバダフシャーン州の北東隅にある野党(北部同盟)の拠点を除いて、国の90%を支配した。 タリバンの直接の支配下にある地域は、主にアフガニスタンの主要都市と高速道路だった。 部族のカーンと軍閥は、事実上、さまざまな小さな町、村、および農村地域を直接支配していた。タリバーンは、アフガニスタン全土に、法と秩序を確立し、イスラムのシャリーア法の厳格な解釈を、ムッラー・ムハンマド・オマルの宗教的勅令とともに課そうとした。
イスラム首長国の5年間の歴史の中で、タリバーン政権はハナフィー学派のイスラム法学とムッラー・オマルの宗教的勅令に従ってシャリーアを解釈した。タリバンは、豚肉とアルコール、音楽、テレビ、映画などの多くの種類の消費者向け技術、および絵画や写真などのほとんどの芸術形態を禁止した。男性と女性の参加スポーツではサッカーやチェスを含む凧揚げや鳩や他のペットの飼育などの娯楽活動も禁止されており、タリバンの判決に従って鳥は殺された。映画館は閉鎖され、モスクとして再利用された。西洋とイランの新年のお祝いは禁じられていた。タリバーンは偶像崇拝の一形態と見なしていたため、写真を撮ったり、写真や肖像画を表示したりすることは禁じられていた。女性は働くこと、学校や大学に通うことを禁じられ、パルダを観察し、男性の親戚が家の外に同行するように求められた。これらの制限に違反した者は罰せられた。
1996年にターリバーンがカブールを支配した後、アフガニスタン軍は解散し、代わりにターリバーンが指揮する独自の軍隊が創設された。ターリバーンは、400台のソビエト製T-54・T-55およびT-62主力戦車と、200台以上の装甲兵員輸送車を保有していた 。ターリバーンは自分たちの軍隊と指揮官の訓練を始めた。 その中にはパキスタンの軍統合情報局(ISI)によって訓練されたものさえあった。ISIは、1990年代にアフガニスタンを征服するための彼らの推進において、パキスタンの同盟国としてタリバンを支援し続けた。軍は少年兵を使用しており、その多くは14歳未満であった 。40万人の現役要員と5万人の予備要員がいた。
タリバーン下の空軍は5機のMiG-21MFと10機のSu-22戦闘爆撃機を中心に、6機のMi-8輸送ヘリコプター、5機のMi-35攻撃ヘリコプター、5機のL-39C攻撃機、6機のAn-12輸送機を保有していた。また、民間航空サービスでは、ボーイング727、Tu-154、5機のAn-24、およびDHC-6を保有していた。
これらの航空機はすべて、2001年のアフガニスタンでの戦争中に米軍によって破壊された。MIG-21のほとんどはアフガニスタンの廃品置き場で終わりを迎えた。