国策捜査
元東京地検特捜部副部長の堀田力は国策捜査批判の多くは誤解にもとづくものだとする。まず、堀田は、社会的地位の高い人物の摘発は、その人物と利益が相反する立場にある人物を結果的に利することがほとんどだとして、検察に特段の意図はないと主張する。また、捜査に無理があるとの批判についても、行政犯については取り締まりの必要性が時代の進展とともに変化するので、それに応じて検察が積極的に取り締まりをおこなうようになるのは当然だという。もっとも、時代に応じた取り締まりの必要性を判断するのは、本来は検察でなく立法機関たる国会の役割である。佐藤優は、政治家という「フォワード」がだらしないので、検察官という「ゴールキーパー」がどこでも手を使おうとする状況があるとして、罪刑法定主義や三権分立への違背を指摘している。
また、国策捜査といえども、最終的には裁判所で公正な裁判がおこなわれる建前なのだから、そのような批判はむしろ日本の裁判所ないし裁判制度全体の現状に向けられるべきものであるとの指摘もある。つまり、本来は一方の当事者に過ぎないはずの検察官が、99.9%が有罪と判決を下されてしまうという異常に高い有罪率になっている日本の裁判制度のもとで、訴追する/しないによって人の有罪/無罪を決定できてしまうということで、事実上の裁判官となってしまっている現状にこそ問題があるというのである。加えて、最大の情報源たる検察を批判できないマスメディアが、被疑者・被告人の有罪を前提に、一方的かつ情緒的な一極集中報道で世論をミスリードすることの責任を指摘する声も大きい。もっとも、そのような裁判をめぐる諸々の現状すら、検察がみずから招いた側面があるという主張も一部にみられる。