スペースパイレーツ
フェイゾン汚染を免れていた残党部隊が登場。バミューダ系の惑星タルバニアの廃棄された工業都市を隠れ蓑に暗躍していた。プライム2に登場した部隊に似た容姿をしている。また、今作では惑星バイオンの古代種族が遺していた巨大化技術により全員がプレイヤーの搭乗するメックやオメガパイレーツと同等の大きさにまでに巨大化している。
空中戦闘兵。『プライム3』のように、分離式の飛行ユニットを装着した一般兵が戦闘を行う。飛行ユニットのみを破壊することが可能で、その場合は機動力が著しく低下する。 エリートフライングパイレーツ 飛行ユニットを装着したエリートパイレーツ。
BIOLOGIC宇宙生物研究所B.S.L.にて、寄生生命体Xが擬態・自己強化したゼーベス星人・キハンター星人・ネオリドリーが登場する。
スペースパイレーツ軍の下級歩兵。劣悪な待遇で酷使させられ、旧式のビームガンとブレードといった最低限の装備で前線配備される。