成田エクスプレス
渋谷駅 - 千葉駅間(品川駅経由で53.2キロ)は50キロ以下のA特急料金と同額となる。列車特定区間が適用され50キロ以下に抑えられる新宿駅 - 千葉駅間のA特急料金より高くなるのを防ぐためである。
特急料金は、同区間を運行するほかの特急列車が低廉な「B特急料金」を適用するのに対し、成田エクスプレスは伊豆方面の「サフィール踊り子」と同様に割高な「A特急料金」が適用される(ただし、JRE POINTをチケットレス特急券に交換する場合は他の列車と同じ料金体系となる)。
グリーン料金は200km以内のみの設定で一律2,800円と他列車とは別体系を採用しており、成田空港駅・空港第2ビル駅 - 東京都区内間などが該当する100km以下ではJR東日本の他の列車より高額となる。
国際線利用客を主眼とした空港連絡列車であること、全車座席指定席の特急列車であるため、長らく定期券と特急券との組み合わせを一部を除き原則として認めていなかったが、2021年10月1日から普通車での指定席特急券と定期券との組み合わせを認めるようになった。
また、全座席指定席であることから、座席指定特急券か、満席時に発売される立席特急券による乗車が行われたが、2015年3月14日から販売方法が変更。立席特急券の発売は取り止めとなり、座席指定特急券のほかに、常磐線の特急「ひたち」「ときわ」などと同様に乗車日と乗車区間のみ指定して列車と座席は指定しない座席未指定券が新たに発売される。
全ての列車が、鎌倉車両センター所属のE259系により運転される。運行開始当初は253系が使用されていたが、2009年10月1日より後継車両の本形式が投入され、2010年6月30日をもって253系での運転は終了した。
定期列車27往復のうち16往復は、東京駅で分割・併合を行う。これは運行開始当初より行われており、当初は東京駅 - 成田空港駅間は6両編成を基本とし、号車番号は1号車からではなく4号車から付番されていた。横浜方面列車と新宿方面列車が併結して運転する列車の場合、上下ともに横浜方面編成が前にくるようになっている。すなわち、成田空港行きは1-6号車が新宿方面発、7-12号車が横浜方面発となり、逆に空港発の列車は1-6号車が横浜方面行き、7-12号車が新宿方面行きとなる。2019年3月のダイヤ改正の時点では新宿方面発着のみの17・18・21・22号が6両での運転とされていたが、2020年3月のダイヤ改正以降は全列車が12両で運転されるようになった。横浜方面と新宿方面に分かれる列車は東京駅以東を、それぞれの方面に単独で向かう列車は全区間で12両で走行する。
全列車が全席座席指定席である。
区間内・経路上に様々な特例が存在する。また、運賃・料金のどちらにも適用されるもの、いずれかのみの適用となるもの、適用の可否を選択出来るか否かも特例により異なる。このため、運賃計算経路と料金計算経路が異なる場合もあるので、注意が必要である。例示しているものは実際の乗車経路と異なる経路の適用により低廉となる主な例。