半索動物
細長い体形の柔軟性に富む肉質の体をもち、浅海の砂泥中に生息している。体長は数cmから2m程度まで。欄干の飾りである擬宝珠(ぎぼし)に前体部が似ていることから、ギボシムシの名前がついた。英語ではこの部分をドングリ(acorn)にみたて、acorn wormと呼ぶ。
フサカツギに類似した構造の棲管をもち、フサカツギ綱に属するとされる場合もある。示準化石として知られる筆石は、この棲管部である。