日本学術会議
1955年には日本学術会議の勧告で東京大学に附置原子核研究所が設立される。さらに東京大学応用微生物研究所、東京大学物性研究所、大阪大学蛋白質研究所など多くの共同利用研究所の設立を勧告により実現させた。なお1953年に京都大学基礎物理学研究所が設立されているが、これは京都大学と日本学術会議が湯川秀樹のノーベル物理学賞受賞の記念事業として設置させた、湯川記念館が前進である。
一方、実験地学研究所(のちに固体地球科学研究所)構想は難航した。1963年、実験地学研究所設立問題をめぐってシンポジウムが開催される。その後1965年(昭和40年)の第44回総会で「固体地球科学研究所」として採択され、12月に政府に勧告される。その後名古屋大学の附置研究所となること、豊川市に用地を確保するなど具体化して概算要求を重ねていったが、計画はなかなか認められなかった。
立命館大学教授の大瀧仁志は2001年の電気化学会の会誌に、「勧告された研究所を全部設立させると、当時の国家総予算を上回る経費が必要」になるような「到底良識のある『学者の国会』と呼ばれるには相応しくない、無節操な政策」が提案されたとし、「政府当局の顰蹙をかったことは事実のようである」と記しており、文部省の原現吉はいつの間にか消えてしまった研究所案も多かったと指摘している。