ぷよぷよ〜ん
自分のフィールドのおじゃまぷよをすべてランダムな5色のぷよに変える。
しばらくの間、相手に送り込むおじゃまぷよに壁が混じる。ただし、その他に降るおじゃまぷよがすべて太陽ぷよに変わり、個数も減る。
画面外は前作『ぷよぷよSUN』と同様、画面外2段目(対戦の場合、フィールド全体から見れば14段目)まであり、対戦の場合、敗北条件との関係上左から3列目の14段目が使えないことを除けば、最大83個のぷよが置けることになり、理論上20連鎖まで可能である。
プレイヤー2人で対戦を行うモード。使用キャラクターやステージ(ルール)を自由に選択できるほか、7段階のハンデを付けることが可能で、それに伴って出現するぷよの色数やおじゃまぷよの発生量に補正が掛かる。ただし、特技を使用不能にする設定は無い。当モードではSPの増加量が「ひとりでぷよぷよ」とは異なる設定となっており、さらに「ひとりで」でのSP増加量は機種ごとに設定が異なっているのに対して、「ふたりで」ではSPの増加量がDC版・N64版・PS版で共通となっている。
GBC版ではさらに細かくハンデを設定(連鎖の攻撃力補正を×0.10から×4.0までの範囲で変更)できるほか、戦績に合わせて自動でハンデ設定されるモードもある。前作までのようなルールエディットやコンピュータとの対戦はできず、通信対戦専用モードとなっている(CPU対戦は「トレーニング」に統合されている)。この他、旧作である『ぽけっとぷよぷよ通』や『ぽけっとぷよぷよSUN』と通信対戦できるモードも搭載しているが、対戦ルールはそれぞれの旧作に準じ、『SUN』との対戦時は互いの作品に登場しない使用キャラクターは類似した者に変換される。
携帯アプリ版ではハンデ設定の機能が搭載されておらず、キャラクターも選択できず1P側か2P側を選択する形式となり、それぞれ自分の端末では自分側のキャラクターがアルル、相手側がカーバンクルに固定されるが、相手側の連鎖ボイスは無い。iアプリ版では「iアプリタッチ対戦」と「Bluetooth対戦」から選択可能。
声 - こおろぎさとみ 特技:変わるわよ〜 フィールドにある全てのおじゃまぷよを、ランダムに4色の色ぷよに変化させる。 この特技で起こした連鎖は、DC・PS版では攻撃力が半減、N64版では0.4倍になる。
声 - 本井えみ
声 - 間宮くるみ
隠しキャラクター。 特技:ぐっぐぐー(カーバンクルビーム) フィールドにある全てのぷよを、ランダムに3色の色ぷよに変化させる。ハーピーの強化版。 N64版のみ、この特技で起こした連鎖は攻撃力が3分の2になる。
声 - 緒方賢一 特技:のほほ〜んスロット フィールドを縦回転スロットに変える。止まる位置はランダム。 N64版のみ、この特技で起こした連鎖は攻撃力が1.25倍になる。
ゲームボーイカラー(GBC)版『ぽけっとぷよぷよ〜ん』のみ、他機種とは異なる独自のルールが採用されている。
今作はゲーム中にSTARTボタンを押してゲームを一時停止した際に表示されるポーズメニューが新たに導入され、途中でゲームを中止してタイトル画面に戻ったり、メニュー画面に戻れるようになった。
前作まではCPUに敗れたり、対戦モードで一定の勝敗が付いてゲームオーバーになった際のコンティニューはカウントダウン形式だったが、今作は時間無制限でポーズ時と同様のメニューが表示される形式に変更された。
なお、GBC版に関してはポーズメニューは無く、コンティニューも前作までと同じくカウントダウン形式となっている。
チャレンジ(GBC版のみ) ランダムに出現する23体のキャラクターすべてと戦う、前々作の一部機種に存在した「通モード」や、後の『ぷよぷよBOX』の「ごちゃまぜぷよぷよ」における「ひとり」に類似したモード。事前におぷしょんで指定した任意のキャラクターを使用できる。それぞれの敵には「撃破率」が設定されており、敵を倒したときの結果に応じて数値が変動していく。撃破率は基本的に0%から開始するが、ストーリーで既に倒している敵は60%からスタートできる(ストーリーで戦えないアルル、カーバンクル、ハニービー、インキュバス、ラグナス、ミノタウロスは必ず初回0%から開始)。撃破率はチャレンジモードをプレイする度にセーブデータに記録されていき、累積して100%を超えればその敵が持つ特技を獲得できる。この場合で特技を獲得すると全消しの効果音が鳴り、「100パーセントをこえた! とくぎ かくとく!」とメッセージが表示され、獲得した相手の特技番号と特技名が表示される。ただし、その特技が既に解禁されている場合、該当キャラクターの撃破率を100%以上にすると、専用メッセージ「100パーセントをこえたが あいてのとくぎはもっていた」が表示される。アルルの特技・おじゃまバリアはデフォルトで解禁されているため、彼女の場合は確実にこのメッセージが表示される。撃破率は最大200%まで溜まり、好成績で勝利した場合は稀にランダムで新たな特技を貰え、この方法でしか手に入らない特技もある。この場合も全消しの効果音が鳴り、「せいせき ゆうしゅうにつき とくぎ 1つ かくとく!」と表示される。このモードで獲得した特技は全モードで恒久的に使えるようになる。