アメベロドン科
長鼻目のうちゾウ亜目は大まかに4つの分類群に分けることができ、マムート科(英語版)・ステゴドン科(英語版)・ゾウ科に加えて広義のゴンフォテリウム類がある。この広義のゴンフォテリウム類は、猪豚亜目のものに類似する典型的な丘状歯をなす発達した臼歯を持ち、丘状の咬頭に補助的な小咬頭が備わり、摩耗した際にシロツメクサに類似した三叉の模様をなすことが多いことが特徴とされ、これを根拠としてゴンフォテリウム科(英語版)として扱われていた。その後の分岐学的研究では、コエロロフォドン科とアメベロドン科の2科がゴンフォテリウム科から区別されている。アメベロドン科の解剖学的特徴としては、下顎の切歯が扁平でかつ発達していることが挙げられる。
アメベロドン科はコエロロフォドン科よりも派生的な分類群とされる。アメベロドン科の起源はアフリカ大陸にあるものの、中新世から鮮新世にかけてユーラシア大陸と北アメリカ大陸へ分布を拡大した。特に2000年代以降において中華人民共和国甘粛省からはアメベロドン科の化石が数多く報告されており、中央アジア域における放散過程が明らかにされつつある。アジア域では他にもインドやパキスタン、ミャンマーなどでアメベロドン科の化石が産出している。
本科の内部の系統関係としては、プラティベロドンとプロトアナンクス(英語版)は派生的であり、またアルカエオベロドン(英語版)は基盤的な位置に置かれる。