澤柳事件
これに対し澤柳総長は、教授の地位を保つのはその実であって制度的保障はなく、また現行制度においても教授の任免に教授会の同意は必要でないと反論した。この罷免に関して、奥田文相は教授内職問題なども関係していると述べ、文部省は澤柳総長の独断行動ではなく、任免については久原総長時代からの問題と表明した。法科教授らは、同月に教授会に基づく任免権などを求める意見書を作成、同年12月には京都日出新聞等を介して地域に広く訴えた。
文部省並びに総長と法科の対立は激化し、1914年(大正3年)1月14日に法科教授・助教授は抗議の連帯辞職を敢行した。法科学生や東大法科の首脳も教官を支持した。1月23日、奥田は「教授ノ任免ニ付テハ総長カ職権ノ運用上教授会ト協定スルハ差支ナク且ツ妥当ナリ」と法科の主張を認めた。これを受けて教官は辞職を撤回。同年4月28日に澤柳総長が依頼免官したことから、医学博士の荒木寅三郎教授が総長事務取扱となる。同年8月19日より後任総長は山川健次郎東京帝大総長が兼任した。新総長の山川と枢密院顧問の旧総長・菊池大麓が候補者を選定するが、教授会は排斥して応じず、総長事務取扱の荒木が総長選挙規則を作成して選挙を行った。1915年(大正4年)6月に当選した荒木寅三郎が総長に就任した。