ミゲル・ロペス・デ・レガスピ
1569年末、300人のスペイン兵、騎兵、数名の現地人の兵士たちがマルティン・デ・ゴイティに率いられセブ島を出発し、フィリピン中部、ビサヤ諸島の北部の探検から開始した。彼らはパナイ島に到達し、ミンドロ島で中国人の海上貿易商人と遭遇し紛争になった。ゴイティとサルセードはミンドロ島東岸の中国人海賊たちと戦い、彼らを破り島から追い出した。スペイン人植民者たちは後にこの海岸に入植地を築く。
1570年5月8日、スペイン人植民者らはマニラに到達し、マニラ湾に入ったが、中国や東南アジアと交易するマニラ港の規模や豊かさをその目で見て圧倒された。彼ら一行はムスリムとなっている現地人たちに歓迎された。当地のムスリムの王、ラジャ・スリマン (Rajah Suliman) と同盟を結ぶふりをする間、ゴイティの兵士たちはマニラ郊外で数週間キャンプを張った。植民者たちがわざわざキャンプを張ったのは、現地人を騙して彼らの来訪と滞在があくまで短期間に過ぎないと思わせるためでもあった。
5月24日、スペイン人たちと現地人たちの間に争いが起こった。これを契機に、スペイン兵たちはマニラ近郊のトンドにあったムスリム居住区とマニラの街に進軍し、スリマンの兵士たちとの戦闘が開始された。重武装のスペイン兵はスリマンの兵を破り一帯を制圧した。こうして、マニラはスペインによって征服された。
そして1564年初頭、副王ルイス・デ・ベラスコは、ロペス・デ・レガスピに対し、太平洋に出航し香料諸島(モルッカ諸島)への遠征の指揮を執るよう任命した。香料諸島は高価なスパイスを産出するため羨望の地となっており、1521年にはフェルディナンド・マゼランが、1543年にはルイ・ロペス・デ・ビリャロボスがスペインの艦隊を率いて太平洋を横断しこれらの島々に到達していたが、インド周りで航海するポルトガル人によって先に征服されようとしていた。
この遠征はスペイン王フェリペ2世(ビリャロボスは1543年の探検で、皇太子時代の彼を称え、現在のフィリピン諸島にフェリペナスと名づけていた)によって命令されたものであった。1564年7月に副王は亡くなるが、副王の下のアウディエンシア(司法官)とロペス・デ・レガスピはすでに遠征の準備を完了していた。1564年11月21日の早朝、5隻からなる艦隊と500名の武装した兵士、聖アウグスチノ修道会の修道士で航海士のアンドレス・デ・ウルダネータやフランシスコ会からの修道士を連れて、ロペス・デ・レガスピは現在のメキシコ西海岸・ハリスコ州にあるバラ・デ・ナビダード(Barra de Navidad)の港を出航した。
同じ頃、更なる援軍がメキシコからセブ島に到着していたが、これに刺激されたロペス・デ・レガスピはセブを去ることにした。彼は250人のスペイン兵と600人の現地人兵を連れてレイテ島やパナイ島を探検した。ロペス・デ・レガスピはゴイティとサルセードがマニラを征服したと聞き、彼らの後を追い、翌1571年マニラに着いた。
マニラでは、ロペス・デ・レガスピは地元のムスリム共同体の評議会、ラジャ・スリマン、マタンダ、ラカンデュラら、有力者たちと平和条約を結んだ。両者は、2人の市長、12人の評議員と1人の書記からなるマニラ市評議会を形成することで合意した。ロペス・デ・レガスピは1571年6月24日、ついに恒久的な入植地をマニラに成立させた。そして城壁都市イントラムロスの建設も指示した。彼はこの街がフィリピン諸島の首都であり、西太平洋におけるスペイン政府の恒久的な領土になったと宣言した。
聖アウグスチノ修道会およびフランシスコ会の宣教師の助力により、彼はフィリピン諸島に政府を樹立した。彼は最初のフィリピン総督になり、現地人をローマ・カトリックに改宗させていった。彼の支配に反抗する者たちは拷問され処刑されたが、彼らを支援した者たちは功績を称えられ、エンコミエンダ制によりエンコメンデロに任命された。彼らは土地と現地人を委託され、現地人のキリスト教化や保護をする代わり、彼らを労役のため徴発し税を取り立てる権利を得た。