側節足動物
しかし21世紀以降では、主に分子系統学の進展により、環形動物はこれらの動物群よりも軟体動物や腕足動物などに近縁で、共に冠輪動物として区別されるようになった。同時に残りの節足動物と側節足動物の動物群は、環形動物よりも線形動物や鰓曳動物などに近縁で、脱皮を行うという共通点に因んで脱皮動物としてまとめる説が有力になった。分子系統解析に根強く支持されるこの系統関係は、後に判明した環形動物と他の体節動物の発生学と遺伝子発現の違いにも補強され、両者の体節制という共通点はお互いに別起源で、収斂進化の結果であることが示唆される。
上述の体節動物だけでなく、側節足動物も後に系統関係を反映できない多系統群として解体され、そこに含まれた動物群の位置付けが更新された。舌形動物は精子の構造と分子系統解析の両面から、独立した動物門ではなく、系統的に節足動物に含まれ、とりわけ鰓尾類に近縁で極端に特化した甲殻類であると考えられている。一方で、有爪動物と緩歩動物はそれぞれ、節足動物に近縁な独立の動物門とされている。有爪動物、緩歩動物、節足動物の3群は単系統群になると考えられており、これを汎節足動物(Panarthropoda)と呼ぶ。汎節足動物のなかでは、緩歩動物が節足動物にもっとも近いとする説、有爪動物が近いとする説、緩歩動物と有爪動物が単系統群となり、節足動物はその姉妹群になるとする説をそれぞれ支持する意見がある。