EXEフォーマット
また、上記のほかにも多くの特殊なEXEフォーマットが存在する。Microsoft Windows 3.xの386エンハンスドモードのカーネルであるWIN386.EXEや、Microsoft Windows 95等のカーネルであるVMM386.VXDでは特殊な拡張ヘッダで内部に存在するプロテクトモードのカーネルコードや仮想デバイスドライバ等へのオフセットを保持しており、リアルモードでの初期化を普通のDOSプログラムとして行った上で、そのヘッダにあるプロテクトモードのコードを実行していた。(WIN386.EXEではW3, VMM386.VXDではW4という識別子。W3 (LEファイルのコレクションでWIN386.EXEのみで利用された)とW4 (LEファイルの圧縮されたコレクションでVMM32.VXDのみで利用された)のほかにも DL、MP、P2、P3 (最後の3つはPhar Lap DOSエクステンダで使われていた)が存在していた。
16ビットと32ビットのWindows実行ファイルがWindows上で実行されるとき、NEまたはPEから実行が開始され、DOSスタブと呼ばれるMZコードは無視される。DOSではスタブは"This program cannot be run in DOS mode"、もしくは同様のメッセージを終了前に表示するためファットバイナリの最小フォームを形成している。レジストリエディタや古い WinZIP 自己解凍形式ファイル等のいくつかのデュアルモード(MZ-NE または MZ-PE)のプログラムにはより多くのDOSプログラムが含まれていた。