ゴジラアイランド
怪獣の脳波を狂わせ凶暴化させる電波を発信させる装置。「キングギドラ編」でザグレスがゴジラアイランドに仕掛け、怪獣たちを大喧嘩させた。トレマの故郷・トレンディル星はこの作戦で古代生物を凶暴化させられ、滅亡へと追い込まれた。
トレマは、かつて仲の良かった古代生物を自分の手で撃ち殺した悪夢で目を覚ます。それと時を同じくして、夜の有楽町でゴジラが大暴れし、東京湾に姿を消した。
ゴジラアイランドの沖合いに姿を見せたゴジラに対し、地球政府はゴジラへの逮捕命令を出す。司令官はスーパーX2を出動させ、ゴジラを拘束すると、「怪獣裁判」を開廷し、トレマにゴジラの弁護人を依頼した。
裁判の結果、ゴジラのアリバイは立証できず、鉄格子の中に閉じ込められてしまう。そんな中、メガロとバトラがゴジラアイランドへ攻め込んできた。司令官はモスラ、ラドン、モゲラ、メカゴジラを出動させ、激しい空中戦の末に追い返す。
だが今度はゴジラが脱走し、新宿の街で暴れだした。地球政府はゴジラに抹殺命令を下すが、トレマはそれを阻止するために新宿に飛び立つ。
新宿のゴジラはトレマの宇宙船パンナトルテを熱線で撃墜。しかし、そこにもう1匹のゴジラが現れる。新宿を破壊していたのは、ザグレスが送り込んだ偽者だった。ゴジラはにせゴジラを撃退し、トレマと共にゴジラアイランドへ帰っていった。 『三大怪獣 地球最大の決戦』『ゴジラ(1984年版)』のライブフィルムが使用された。このエピソード以降、映画からの流用映像は一切使用されない。 このエピソードで、トレマの宇宙船の名前が判明した。
怪獣たちの健康診断の日、ふざけて遊んでいたバラゴンとゴロザウルスの不注意で、ジュニアがアンギラスのトゲに触れて怪我をした。その姿を見たアンギラスは深く傷つき、浜辺で落ち込んでしまう。「ハリネズミのジレンマ」に陥るアンギラスを心配するミサト。
そのころ、ゴジラアイランドに何か秘密があるのではないかと探っていたランデスは、宇宙の彼方からゴジラアイランドにサボテンを送り込む。アンギラスはそれを目撃し警戒するが、楽観的な司令官は、島に生えたサボテンの周りを怪獣たちの遊び場にしようとサボテン広場と名付ける。
夜間、サボテンに近づいたアンギラスは、サボテンから攻撃を受ける。すかさず反撃するアンギラスだったが、寝起きの司令官に「同じ針を持つ者に嫉妬するな」とひどい言葉を浴びせられ、再び落ち込んでしまう。ミサトはそんなアンギラスを励ますが、自らの殻に閉じこもってしまったアンギラスは、聞く耳を持たない。
翌日、広場のサボテンは怪獣たちにトゲを飛ばし始めた。これこそ、ランデスが送り込んだサボテン怪獣ゴロリンだった。
すると、ゴロザウルスとラドンが同じガバラ池の水を飲んでいたことがわかった。すかさずガバラ池の水を調べたミサトは、池の水に毒が混入されていたことを突き止める。
そして基地をスペースゴジラの悪霊が襲ってきた。直ちに対獣レーザー砲で迎撃する司令官だったが、悪霊にレーザーなど通用しない。ゴジラがすかさず現われ、熱線で攻撃するが、実体を持たない相手には戦いようが無かった。
その時、ミサトがタルトクープで現われ、霧の中から映写機のようなものを発見。それをレーザーで破壊すると、悪霊は姿を消してしまう。悪霊の正体は、映写されたトリックだった。しかし翌日、ナオは足の生えた本物のスペースゴジラを見たと主張し続ける。
その言葉通り、本物のスペースゴジラが出現。突然の事態に驚くミサト。それこそ、暗黒大皇帝がランデスの失敗を見越してゴジラアイランドに潜入させておいた最強怪獣「スーパースペシャルスペースゴジラハイグレードタイプ2」、略してスペゴジ2だった。
スペゴジ2に立ち向かっていくゴジラだが、赤い熱線を吐く敵の猛攻に苦戦を強いられる。すると、ミサトは消防ジェットジャガーに乗り込み、消火剤を散布。消火剤をスクリーンにして、空に超巨大ゴジラを映した。その大きさに圧倒されるスペゴジ2。
ゴジラはその隙を突いてスペゴジ2の結晶体を破壊、熱線を浴びせる。怯んだスペゴジ2は宇宙へ逃げ去ってしまった。
ミサトがスペゴジ2を撹乱させるために、空に超巨大ゴジラを映し出した。