南禅寺
しかし、文安4年(1447年)の南禅寺大火で焼失してしまっていた。江戸時代に造営された際、以心崇伝は施主の藤堂高虎および総奉行の吉田貞右衛門と緊密に連絡を取り、相国寺および知恩院の三門を調査し参考にするように申し付けており、これらの三門には構造形式や組物の構成に共通点がある。形式は五間三戸二階二重門、入母屋造、本瓦葺、西面で、両山廊(各切妻造、本瓦葺)付である。上層は「五鳳楼」といい、釈迦如来と十六羅漢像のほか、寄進者の藤堂家歴代の位牌、大坂の陣の戦死者の位牌などを安置する。天井画の天人と鳳凰の図は狩野探幽筆。知恩院三門、東本願寺御影堂門とともに、京都三大門の一つに数えられている。
石灯籠 - 寛永5年(1628年)に佐久間勝之が奉納したもの。俗に佐久間玄藩の片灯籠と呼ばれている、高さは6メートルあり、東洋一の灯篭である。
勅使門(重要文化財) - 寛永18年(1641年)に明正天皇より御所の「日の御門」を拝領し、移築したものという。
中門 - 慶長6年(1601年)、細川家の家老・松井康之によって伏見城内の松井邸の門を勅使門として寄進がなされたもの。日の御門の拝領に伴って現在地に移された。幕末までは脇門と呼ばれていた。
拳龍池
南禅会館 - 宿坊。
綾戸神社
南禅院方丈庭園
方丈庭園「虎の子渡しの庭」
方丈庭園「如心庭」
南禅寺の復興が進んだのは、江戸時代になった慶長10年(1605年)に以心崇伝が入寺してからである。翌慶長11年(1606年)には豊臣秀頼によって法堂が再建されている。
以心崇伝は徳川家康の側近として外交や寺社政策に携わり、「黒衣の宰相」と呼ばれた政治家でもあった。塔頭の金地院に住した崇伝は、江戸幕府から「僧録」という地位を与えられている。これは日本全国の臨済宗の寺院を統括する役職である。以後、金地院の住持は金地僧録と呼ばれ、絶大な権勢を誇った。慶長16年(1611年)には、豊臣秀吉が天正年間(1573年 - 1593年)に建てた女院御所の対面御殿が下賜され大方丈とされた。
1875年(明治8年)、境内に日本初の公立精神科病院「京都府療病院付属癲狂院」(現・川越病院)が設立されている。
1888年(明治21年)に建設された、当寺の境内を通る琵琶湖疏水の水路閣は田辺朔郎の設計によるもので、テレビドラマの撮影に使われるなど、今や京都の風景として定着している。