サンフランシスコ・ジャイアンツ
その後も本塁打・四死球数を伸ばしていったボンズは2004年9月17日のサンディエゴ・パドレス戦でついにベーブ・ルースの通算本塁打記録を抜いたが、薬物疑惑スキャンダルに見舞われる事となる。翌2005年には故障でシーズンの大半を欠場、バリー・ジトを迎えた2007年シーズンにハンク・アーロンのメジャー通算本塁打記録を破る事が注目され、8月7日に本拠地のワシントン・ナショナルズ戦でついに塗り替えた。
しかし、この頃は「メジャーリーグの中のシニアリーグ」と揶揄されるほど高齢のベテランばかりのチームとなっていると指摘されるなど、2005年以降は3シーズン連続負け越し、2007年にはついに3地区制シーズン(1993年~)では1996年以来11年ぶりとなる4位以下に転落した。また、シーズン中の9月21日には、年俸の高さ、チームの低迷、チームの若返りの方針などにより、来期以降のボンズとの契約を延長しない意思を彼に伝え、ジャイアンツを退団する事となった。
2008年は2年目となるティム・リンスカムが、防御率2.62、18勝5敗、265奪三振という成績を収め、最多奪三振とサイ・ヤング賞に輝くなど、大ブレイクを果たす。他にもリンスカムと同世代のマット・ケインやパブロ・サンドバルなどの若手選手もレギュラーとして好成績を収めた。しかし、この年は72勝90敗と前年に続き負け越した。
2009年はリンスカム、ケインを2枚看板とした投手陣がリーグ2位となるチーム防御率3.55を記録するなど、投手陣がチームを引っ張り、88勝74敗と5年ぶりに勝ち越してシーズンを終えることとなった。
ジャイアンツ対ドジャースの戦いは、ヤンキース対レッドソックスまたは、カージナルス対カブスと同様に、MLB屈指の人気を誇る対戦カードの1つである。両チームの対戦日には、球場にファンが押し寄せて入場券は完売することも多い。本拠地で行なうドジャース戦では、ジャイアンツファンによる“BEAT LA”(ロサンゼルスを叩け)の大合唱が起こる。
NPBの読売ジャイアンツの名とユニフォームは、このチームが元である。1935年に前身である大日本東京野球倶楽部がアメリカ合衆国に遠征した際、対戦チーム(AAA級サンフランシスコ・シールズ)の監督だったフランク・オドールから、ニックネームがあったほうが良いと提案され、強豪チームだったジャイアンツの愛称を取り、「東京ジャイアンツ」と名乗ったのが由来である。
本拠地球場であるオラクル・パークは、2000年の開場以来4度も名前を変えているが、これはネーミングライツを持つオラクル社が買収、合併のたびに企業名を変更しているためである(パシフィック・ベル→SBC→AT&T→オラクル)。
2005年にはMLB球団として最初の『10000勝』に到達している(2021年シーズン終了時点で11301勝9775敗.536)。
2010年は、新人王を獲得したバスター・ポージーの活躍やマディソン・バンガーナーの台頭などもあり、7年ぶりのナショナルリーグ西地区優勝、8年ぶりのワールドシリーズ進出を果たし、4勝1敗でテキサス・レンジャーズを下して1954年以来56年ぶり6度目、サンフランシスコ移転後は初となるワールドシリーズ優勝を果たした。
2011年はポージーの故障離脱もあり、西地区2位に終わり、ポストシーズン進出はならなかった。
2012年にはポージーが開幕から復帰。6月13日にはケインがアストロズ戦で完全試合を達成。8月には首位打者だったメルキー・カブレラが禁止薬物使用の疑いで50試合出場停止となる(その後、シーズン終了まで出場せず)も、ポージーが繰り上がりながら首位打者を獲得(と同時にカムバック賞も獲得)するなど、94勝68敗で地区優勝。ディビジョンシリーズのレッズ戦、リーグチャンピオンシップシリーズのカージナルス戦とも、先に相手に王手をかけられたところからの3連勝で、チーム22度目のリーグ優勝を果たした。デトロイト・タイガースとのワールドシリーズではポストシーズンの勢いそのままに無傷の4連勝を飾り、2年ぶり7度目のワールドシリーズ優勝を果たした。ジャイアンツが4連勝でワールドシリーズ制覇をしたのは、1954年のニューヨーク・ジャイアンツ時代以来、実に58年ぶりの出来事だった。
2013年はレギュラーシーズンではロサンゼルス・ドジャースに地区優勝を許し、勝率も5年ぶりに5割を切るなど低調なシーズンだった。