2018年に発覚した医学部不正入試問題
2018年10月26日、10月11日に厚生労働省による訪問調査を受けたが「不適切と考えられるような事案はない」と発表。慶應大学の2012年-2018年の過去6年間の入試では男子の合格率が女子の1.37倍であったが「公正な審査の結果だ」としている。
柴山昌彦文部科学大臣(当時)は閣議後の記者会見で「落ち度がないのに不安定な状況に置かれ、その上で不合格となった方がいるのは大変残念だ」とコメントした。
2018年12月14日、大学ホームページ上で、問題発覚後に就任した学長や病院長ら計5人を除く理事11人が不正入試問題の責任をとって12月21日付で引責辞任すると発表した。
2018年12月25日、文部科学省が2019年度入試の定員超過を特例的に認めると発表したが、東京医科大学は、定員に達したことを理由に「再不合格」とした5人については「合否を変えることはない」と発表した。
2018年12月29日、第三者委員会は2013年~2016年の医学科の入試では、女子や多浪の男子を不利に扱う得点操作で計109人が不正に不合格となった可能性があり、2017年、2018年の計69人と合わせると6年間で計178人(男子57人、女子121人)が不正に不合格になった可能性があるとの調査結果を発表した。また、一般推薦入試において、試験問題の漏洩に対し「合理的な疑いの余地を残す」と指摘した。入試の不正に関しては当時の入試を担当する学務課職員の証言から、当時の学長が同課に指示して導入させたと認定した。2016年当時の学務課職員は「男子を増やす案を考えろと学長から言われた。男女だけでなく現役浪人と合わせた話だった」と証言した。
また、寄付金と裏口入学の関連性を疑わせる文章、証言や資料も明らかになった。
2018年文部科学省から女性差別があったと指摘された4大学(順天堂大学、東京医科大学、北里大学、聖マリアンナ医科大学)の2019年度入試の女子の平均合格率が13.5%と男子の12.12%を1.38%上回ったことが2019年6月18日読売新聞により報道された。全81大学でも2018年度入試は男子11.51%、女子9.46%と2.05%の合格率の開きがあったものが、2019年度入試は男子11.86%、女子10.91%と合格率差は0.95%に縮小した。また、昭和大学、日本大学、山梨大学など計26大学で女子の合格率が男子の合格率を上回る結果となった。読売新聞が全81大学に行った年齢別の受験者数と合格者数の質問には63大学から回答があり、それによると3浪以上の合格率は2018年度の5.56%から2019年度は8.34%と1.47倍に増加している。面接試験では全日本医学生自治会連合が2019年3月に実施した医学生に対するアンケートで女子の15%が体験したと回答した「出産に関する質問」も2019年6月時点で報告例はないという報道もなされた。
2019年6月25日、柴山昌彦文文部科学大臣(当時)は閣議後記者会見で、性別による差別をはじめとする不適切な事案があった9大学と、「不適切である可能性が高い」とされた聖マリアンナ医科大について今春の入試で改善が確認されたと発表した。
※2019年度入試は2018年度入試と比較して受験者数が6000人減少したため合格率は全体に上昇している。