日本鯨類研究所
捕鯨調査費用の大半は販売収入でまかなわれているが、日本鯨類研究所予算書によると、鯨肉の販売収入である「副産物収入」は、調査捕鯨の妨害による捕獲減による影響で、2008年度実績は約64億円、2009年度は約54億円、2010年度は約45億円と年々、減少しており、調査費用の不足分として年間約5億円から8億円の補助金が国庫から支出されている。そのため、捕鯨継続にこだわるのは農水省の省益のためであるという見解もある。なお、年々過激化する反捕鯨団体の妨害活動への対策費用や原油価格の高騰などにより、近年の補助額は約9億円に増加しており、2010年度の反捕鯨団体の妨害費用は8億円、同年の債務超過は8億7千万円であったが、これは同年の東北地方太平洋沖地震の震災復興費用で補填している(後述)。
また、利益が見込めない上に同盟ないし準同盟国の大衆を敵に回し、調査捕鯨における鯨肉の流通が国内零細捕鯨業者の鯨肉と競合する事で苦境に追い込む状況(後述)やIWCで四分の三の賛同を得るのが絶望的である状況を鑑みて、税金投入を続けて調査捕鯨を強行することは、如何に日本の捕鯨論理が正当であっても、国益のバランスを欠く行為であるとの主張もある。
国際的な批判は「調査捕鯨は擬似商業捕鯨である」という内容が主となっている。国内世論においては調査捕鯨賛成が過半数を占める。
また基本的に日本の領海での商業捕鯨の再開を前提とした、公海上での調査捕鯨の停止或いは縮小を主張する意見もある。2019年のIWC脱退により、公海上での調査捕鯨を行う術を失い、領海内での商業捕鯨が再開され、結果的にこれは実現する。