シンボリクリスエス
古馬となった2003年の時点で、この年限りでの引退と、種牡馬入りを見据え、社台グループに所有権の半分が譲渡されていた。引退後は、北海道安平町の社台スタリオンステーションに繋養され、翌2004年から種牡馬として供用。初年度から200頭を超える繁殖牝馬を集め、2015年まで年間三桁の交配数を保った。2016年からは、北海道日高町のブリーダーズ・スタリオン・ステーションに移動した。2019年に41頭の繁殖牝馬と交配した後、高齢に伴う受胎率の低下と、体調を考慮して種牡馬を引退。千葉県成田市のシンボリ牧場にて功労馬として余生を過ごした。2020年9月に蹄葉炎を発症、12月7日には起立不能となり、翌日に安楽死処置が取られた。21歳没。
2007年に初年度産駒がデビュー。8月11日、小倉競馬場の未勝利戦でギンザフローラルが産駒初勝利。1年目は出走68頭中18頭が勝ち上がり、ファーストシーズンチャンピオンサイアーとなった。
東京優駿の後は、北海道沙流郡門別町のファンタストクラブで夏休みを過ごす。秋は9月22日、菊花賞のトライアル競走である神戸新聞杯(GII)で復帰、単勝オッズ2.1倍の1番人気に推された。以降人気は、ノーリーズン、宝塚記念3着のローエングリンと続いた。スタートから中団を追走、最終コーナーでは、先行馬群に阻まれ、進路を確保できず追い上げることができなかった。直線で前が開いて進路を得ると、他すべて差し切り、大外からノーリーズンの追い上げに2馬身半差をつけて入線。重賞2勝目を挙げた。鞍上だった岡部はこのレースについて後年、「(今までは)背中が弱くてゲートをフワッとしか出ていかなかったのに、神戸新聞杯のときは自分から出て、自分からハミをかんでいった。(今まで)そんなことはできなかった馬が前向きになって走り、こちらから見えていたマイナス面をまったく見せなかった(カッコ内補足加筆者)」という。
その後については、神戸新聞杯参戦前の時点で選択肢は二つ存在していた。3歳馬のみが出走を許されるクラシック最終戦で、芝3000メートルで行われる菊花賞。そして、秋の古馬王道GI路線の初戦であり、出走馬のほとんどを古馬が占め、芝2000メートルで行われる天皇賞(秋)である。藤沢は神戸新聞杯決着直後、検量室でシンボリクリスエスの鞍を外していた際、和田孝弘に「この馬は相当強いから、天皇賞に持って行きましょう」と提案。孝弘はすぐに承諾し、次走が天皇賞(秋)に決定する。
藤沢は後年、「彼(シンボリクリスエス)は、距離が延びても押し切れるだけのパワーも持っていたが、明らかに2000メートルがいい馬で、古馬相手でも天皇賞のほうが勝てる可能性は高い(カッコ内補足加筆者)」と考えていた。
秋は11月2日、東京競馬場の天皇賞(秋)で始動、再びペリエに乗り替わった。単勝オッズ2.7倍の1番人気に推され、人気はヨーロッパ遠征帰国初戦のローエングリン、香港を含むGI級3勝のエイシンプレストン、アグネスデジタル、ツルマルボーイと続いた。
不利とされる大外枠から発走する。ローエングリンとゴーステディがハナを争う一方、馬群の外側、中団に位置した。ハナを争った2頭は、後続に20馬身差をつける大逃げとなり、1000メートルを56.9秒で通過するハイペースを形成。直線では、逃げる2頭が失速し、追う後続が優勢となった。シンボリクリスエスは、進路を外から内に切り替えて末脚を発揮、他の後続勢を上回る脚で抜け出した。以後、先頭を守って入線。最後方で待機し大外から追い込んだツルマルボーイに、1馬身半差をつけて勝利した。
GI3勝目、史上初めて天皇賞(秋)連覇となった。また走破タイム1分58秒0は、コースレコードを樹立。
共弘は日本の牧場を廃業して霊園に転向することなどを検討していたが、孝弘がコンピューター会社を退職して跡を継ぎ、3代目となった。共弘の亡くなった1994年以降、孝弘はヨーロッパに偏る状況から、共弘の嫌ったアメリカ流の配合や血統を積極的に牧場へ導入するようになる。1995年にアメリカケンタッキー州、レキシントンで繁殖牝馬を購入。アメリカで生産した仔は、日本に渡り、シンボリインディが活躍した。シンボリインディは、美浦トレーニングセンターの藤沢和雄厩舎に入厩している。
シンボリ牧場は、購入したティーケイをアメリカ、ケンタッキー州のミルリッジファームに預託。1999年1月21日、ミルリッジファームにてティーケイの2番仔(後のシンボリクリスエス)が誕生する。孝弘は2番仔の父、種牡馬のクリスエスについて「跳ね返ってくるような強烈な雰囲気があったんだ」、また「中・長距離向きで、精神的にも落ち着いており、日本の競馬に合うだろう」と見立てていた。