赤軍
赤軍の作戦概念は依然としてトゥハチェフスキーの縦深作戦理論に基づく攻撃的なものであり、防御に対する指揮と作戦計画を怠っていた。またスターリンの一寸の土地も渡すなという政治的な方針で、赤軍は国境線に沿った要塞防御に拘り、ロシア内戦期のような流動的な機動防御が封じられた。各指揮官も処罰を恐れて全ての地点に均衡に戦力を配置し、重要地点への兵力集中を怠った。要塞地帯もポーランド占領により国境が西に移動したため、防衛線の書き直しを余儀なくされ、開戦までに新しい要塞線の建設は間に合わなかった。ジューコフは旧国境での防衛を主張したが許されず、やむをえない判断で一部の予備兵力のみを配置した。またドイツの装甲集団のような単独で敵を突き破る機甲兵力単位を欠き、機械化軍団も各師団が防衛を支援する名目で分散して配置された。縦深作戦を実施しようにも機械化軍団は各地に分散されて集中が困難であり、兵站面でも作戦の実施は不可能だった。各機械化軍団の装備も定数を充足した軍団はほぼなく、旧式の軽戦車のみであり、T-34やKVのような新鋭戦車が配備された軍団も、異なった車種が混雑し連携は困難だった。1941年6月当時、赤軍は過渡期にあり、組織・指揮・装備・配置・防衛計画のどれもが途次にあった。赤軍の戦力が最も脆弱だったその時に、絶頂期にあったドイツ軍が攻撃を仕掛けてきたのだった。
東部ヨーロッパ地域の「解放」において、赤軍は残忍で大規模な殺戮・略奪・強姦を行った。これはソ連領内で行ったドイツ国防軍やナチスの親衛隊による住民や投降した兵士への残虐行為と対を成す物だったが、赤軍兵士の凶暴化は1945年4月のベルリン攻防戦でその頂点に達した事が、当項目の英語版で出典として用いられたヨーク大学教授のリチャード・ベッセルの"Germany 1945: From War to Peace"などで指摘され、自らもその一員となったドイツ人女性ジャーナリストの著書『ベルリン陥落1945』では強姦被害者を200万人と推測している。世界難民問題研究会協会のドイツ課長にあたるライヒリンク博士によれば、ソ連赤軍がベルリンまで侵攻してくる間に、190万人の女性が強姦されたという。また、第二次世界大戦末期にソ連が日ソ中立条約を一方的に破って千島列島や南樺太、満州から朝鮮半島に侵攻したソ連対日参戦時も、ソ連赤軍は満州・南樺太・朝鮮半島などに住む多数の日本人女性を集団的に強姦した。これらの行動は、戦後の日本・西ドイツ両国政府の外交政策およびソ連圏に組み込まれた東ヨーロッパ諸国の民衆における対ソ感情を険悪・拒絶の方向へ大きく導いた。
全縦深の突破を担う快速の機動部隊であり、基幹は旅団。主に戦術単位での最遠方で敵と戦い、戦術次元で運用される。遠距離行動戦車群の任務は敵陣地帯の後方に突入して、敵の予備隊、司令部および主力砲兵群を叩き、敵主力の退路を遮断することにある。基本的には歩兵と歩兵支援戦車群が敵陣地帯第一線を突破し、防御火力に混乱が生じた時に投入される。投入時は大隊ごとに砲兵火力の支援をうけられる。敵陣地が堅固な場合は、歩兵が敵陣地帯第一戦を制圧し、戦車の進撃路を確保してから投入される。また砲兵支援火力を欠いた上での投入は固く禁じられている。
海軍は、海軍人民委員部に所属していた。
北方艦隊
バルト艦隊
黒海艦隊
太平洋艦隊
北太平洋小艦隊
アムール小艦隊
カスピ小艦隊
ドナウ小艦隊
ピンスク小艦隊
赤軍は職業軍隊の組織と階級を帝政の遺産として放棄したため、個人的な軍階級は否定された。階級に変わって、役職の略称である職位制度が導入された(連隊司令官など)。1935年に軍階級が復活し、1940年にはチモシェンコ改革の一環として将軍の階級が復活した。ロシア帝国の階級章を修正した階級章が1943年に再導入された。
1941年6月22日時点での組織。
1939年11月から1940年3月まで続いた冬戦争の失敗により、ソ連は全力をあげて赤軍の点検と改革を実施した。まず国防人民委員ヴォロシーロフが更迭され、冬戦争で結果を出したチモシェンコが後任に就任した。大粛清以来抑制されていた将校の権威と特権が復活、階級制が再導入され、政治将校の権限が低下し指揮系統が一元化された。また粛清で途絶えた機械化部隊の再建も実施され、新任の機甲兵総監ヤーコフ・フェドレンコ(英語版)中将は機械化軍団の復活を要求。スターリンは8個機械化軍団の創設と、独立戦車師団の追加を了承した。機械化軍団は2個戦車師団と1個自動車化師団から成り、3万人の人員と1000両の戦車を持つ。またハルハ川やフィンランドで功績を上げた有能な将校達が次々と抜擢された。グリゴリー・クリークやキリル・メレツコフ、ヴォロシーロフといった古株の将校は一線をひき、ゲオルギー・ジューコフやミハイル・キルポノスといった新世代の将校が軍の中心にたつことになる。