日本ハリストス正教会
アレクシイ2世は、函館・東京・京都を訪れている。アレクシイ2世は京都では京都正教会のほか、二条城も訪れた。東京では明仁天皇と会談。東京復活大聖堂(ニコライ堂)ではアレクシイ2世司祷のもと、ダニイル主代郁夫の府主教選立式及び首座主教着座式が挙行された。着座式にはアレクシイ2世総主教とダニイル主代府主教のほかに、ロシア正教会の主教2人、アメリカ正教会の主教2人、日本正教会の主教1人(仙台の主教セラフィム辻永)も参加した。
東京の大主教および全日本の府主教ダニイル主代は西日本の主教を兼任している。
現在、ダニイル主代府主教の下で伝道活動の復興が図られている。特にダニイル主代府主教は毎週日曜日に自らの執筆によるトラクトを配布し、数々のブックレットを発行するなどして、正教会の精神性についての啓発に力を入れている。代表的なものに『聖神入門』(2005年、日本ハリストス正教会教団発行)、『聖ディオニシオス・聖マキシム・新神学者シメオン』、『聖師父のこころのあゆみ』がある。
モスクワ総主教庁の直接の管轄下にあって日本正教会と微妙な関係にあったモスクワ総主教庁駐日ポドヴォリエとの関係はソビエト連邦の崩壊後、フェオドシイ永島府主教によってポドヴォリエの聖堂が成聖されるほどにまで関係が改善した。ダニイル主代郁夫府主教に日本正教会の首座主教が代わり、モスクワ総主教庁駐日ポドヴォリエ管轄下にある修道院でダニイル府主教も参加した聖体礼儀が行われ、2008年9月12日には目黒の新聖堂である聖義徳大公アレクサンドル・ネフスキー聖堂の成聖式には、府主教ダニイル主代郁夫も参加した。
1916年の函館ハリストス正教会の再建の際に設計監督にあたったのは、輔祭(のち司祭)として日本正教会に奉職していたモイセイ河村伊蔵である。河村は豊橋ハリストス正教会の設計監督にも当たった。
モイセイ河村の息子である内井進は建築を本業とし、金成ハリストス正教会と小田原ハリストス正教会の両聖堂、およびニコライ堂のイコノスタスの設計に関わっている。
内井進の息子であるガウリイル内井昭蔵も建築家であり正教のクリスチャンである。皇居:吹上御苑の新御所、世田谷美術館、浦添市美術館などを手がけた。著書『ロシアビザンチン 黄金の環を訪ねて』(丸善)は建築家としての視点と正教徒としての視点の両方から黄金の環・キエフ・サンクトペテルブルクに存在する、主に正教会の聖堂を中心としてロシア建築を概観していくという珍しい書物である。埋葬式はニコライ堂で盛大に行われた。永眠のほぼ直前の時期に、ニコライ堂のイコノスタスに新品のイコンを献納している。
ロシア系正教会の伝統を継承しているため、日本正教会の聖堂内には長椅子がほとんど使用されていない。身体障害等の事情がない限り、正教会の奉神礼は復活を象徴する姿勢として立って行うことが基本であるためである。長椅子ではない椅子が若干数置いてあったり壁際に長椅子がわずかに置かれていたりすることもあるが、多くは高齢者のためのものであり、参祷者が多く聖堂が混雑する際にはほとんどが片付けられるか折りたたまれるかされることが多い。
一方、ギリシャ系正教会やアメリカの正教会には椅子や長椅子が置かれていることが多い(例:ギリシャ・テッサロニキの聖デメトリオス(ディミトリオス)聖堂)。しかしこのような事例でも、本格的なイコノスタシスがそなえられていることが多いために、ほとんどの場合で西方教会の内観とはかなり異なった情景を呈していることに注意が必要である。また長椅子が置いてある地域の教会であっても、西方教会よりは圧倒的に参祷者が起立姿勢を維持する時間は長い。
稀にロシア系正教会、その流れを汲む日本正教会の内観に、長椅子とカトリック教会のような祭壇を設定し、西方教会とほとんど異ならない情景描写を行う各種映像・画像媒体(映画・漫画など)があるが、こうした表現には初歩的な考証が欠けていると言える。日本正教会やアメリカ正教会など、ロシア系の伝統を引く正教会の聖堂を描写するに際しては、西方教会と大きく異なる内観を多くの正教会の聖堂が有していることに留意して考証を行う必要がある。
1868年(明治元年)、箱館(北海道函館市)で三人の日本人が信徒になったのがはじめ。箱館は当時外国人に公開されていた港のひとつであり、帝政ロシアの領事館が置かれていた。キリスト教はまだ禁止されていたが、領事館の附属礼拝堂付の司祭であるニコライを沢辺琢磨・酒井篤礼・浦野太蔵の三人が秘密裡に訪れ、1868年、教理を学び洗礼を受けるに至った(後に沢辺は初の日本人司祭となり、酒井も司祭になる。浦野は医師となり曹洞宗に改宗)。
最初の日本人信徒のうち、沢辺琢磨はニコライのもとを訪れた当初、「『異国の邪教を広める者』を斬ろう」としていたようである。だがニコライの説諭を聞き、正教の教えを受けるに及んで正教信仰を受け入れるに至った。この経緯を使徒パウロ(スラヴ語読み:パウェル)になぞらえて「パウェル」の聖名を与えられた。
亜使徒大主教聖ニコライとして列聖されたニコライ・カサートキンについて、その日記が存在していたことそのものは日本正教会の内部にも知られていたものの、おそらく関東大震災で散逸し失われたものと思われていた。ところが1979年9月、中村健之介により、レニングラード(現サンクトペテルブルク)の中央国立歴史古文書館に保管されていた聖ニコライの日記の全てが発見された。
2007年7月20日、日本語の全訳版が教文館より出版された。この出版にあたっては日本財団から助成もなされた。
全国を行脚していた聖ニコライによる詳細な日記の記述は、日本正教会史に新たな一級史料を提供するのみならず、全国各地を訪れた聖ニコライによって観察された各地の習俗についての貴重な記録となるものでもあると評価されている。