つくば号
大人片道1,180円、小児片道590円、3枚綴り回数券3,200円、東京トク割回数券(上り専用/3枚綴り)2,000円、ミッドナイトつくば号大人片道2,100円、小児片道1,050円となった。
2016年(平成28年)7月13日 - この日の出発便より、交通系ICカードSuica、PASMOを導入し、定期乗車券の利用を開始。ミッドナイトつくば号を除き、交通系ICカードの決済で下りつくば行が1,130円、上り東京行が950円と運賃が割引となる。これに伴い、7月12日を以て、回数券、東京トク割回数券の発売を終了し、回数券等の利用期限を10月31日に延期する。
2017年(平成29年)10月1日 - この日より、上り東京行が八潮パーキングエリアに停車し降車扱いを行うようになった。これに伴い、ICカード利用時に限り上り線を800円で利用できる企画を開始した。この企画は2018年(平成30年)3月31日までの予定であったが、2019年(平成31年)3月31日まで延長された のち、さらに2020年3月31日まで、2021年3月31日まで、2022年3月31日まで、2022年9月30日まで延長となった(ただし、消費税増税による運賃改定により2019年10月1日より820円に変更された)。
2018年(平成30年)12月1日 - この日より、上り便が日曜祝日に加え土曜日も都営浅草駅、上野駅に停車せず、東京駅直行となる。
東京都内および茨城県内のみの乗車はできない。
東京都内 東京駅 - (東京駅構内 / 乗車は八重洲南口JRハイウェイバス2番のりば、降車は日本橋口)
埼玉県内 八潮パーキングエリア - (首都高速6号三郷線 / 上りのみ経由、降車専用)
つくば市内 下広岡 - (国道354号 / 広岡交差点付近) 並木大橋 - (学園東大通り / 茨城県立並木中等教育学校/並木ショッピングセンター入口) 並木二丁目 - (学園東大通り / 産業技術総合研究所 (AIST) つくばセンター前) 並木一丁目 - (学園東大通り / 宇宙航空研究開発機構 (JAXA) 筑波宇宙センター、物質・材料研究機構 (NIMS) 並木地区前 / 一般路線バスの「物質材料研究機構」) 千現一丁目 - (学園東大通り / 物質・材料研究機構 (NIMS) 千現地区前) 竹園二丁目 - (学園東大通り / 茨城県立竹園高等学校入口) つくばセンター - (つくば駅構内/バスターミナル7番のりば) 筑波大学病院 - (筑波大学筑波キャンパス内 / 一般路線バスの「筑波大学病院入口」) 大学会館 - (筑波大学筑波キャンパス内 / 一般路線バスの「大学会館前」) 筑波大学 - (筑波大学筑波キャンパス内 / 一般路線バスの「筑波大学中央」)