新潮45
死刑判決を受けた元暴力団組員が、まだ明るみに出ていなかった3件の殺人事件(上申書殺人事件)を告白する手記を2005年11月号に掲載し、同時に警察へも通報し、茨城県警察には元暴力団組員の上申書を提出した。発売と同日に『NHKニュース7』が取り上げ、各新聞も後追い報道をする反響を呼ぶ。3件の殺人の主犯と名指しされた不動産ブローカーは『週刊文春』に実名と写真入りで登場して反論したが、2007年1月26日にこの不動産ブローカーを含む8人が逮捕。1件のみが起訴され、不動産ブローカーは無期懲役が確定した。この事件の担当記者は2008年から編集長も務めた宮本太一。2009年出版の『凶悪 ある死刑囚の告発』を原作に『凶悪』として2013年に映画化され、宮本がモデルの主役は山田孝之が、中瀬ゆかりがモデルの編集長を村岡希美が演じるなど『新潮45』をモデルとした『明潮24』編集部が登場している。
2006年9月号「昭和&平成芸能史『女と男』13の修羅場」で、藤あや子の私生活に関する記事を掲載。藤はプライバシーを侵害されたとして、発行元の新潮社などに対し3300万円の損害賠償を求めて訴訟を起こした。新潮社側は「記事内容は多数の週刊誌で既に報じられている」と主張したが、一・二審ともプライバシー侵害を認定し、新潮社に132万円の支払いを命じた。2009年1月13日、最高裁判所は一・二審判決を支持し、新潮社側の上告を棄却した。
2013年3月号で宗教学者の山折哲雄が皇太子徳仁親王の皇位継承に関する問題提起をした「皇太子殿下、ご退位なさいませ」を掲載、『週刊文春』3月7日号、『女性セブン』3月14日号などの週刊誌で反響を呼び、『朝日新聞』3月25日付ではインタビューが掲載され、『文藝春秋』2013年6月号では対談記事が組まれた。