沖縄総合事務局
2006年(平成18年)4月1日:陸運事務所宮古支所及び八重山支所が宮古海運事務所及び八重山海運事務所に統合し、宮古運輸事務所及び八重山運輸事務所となる。
2007年(平成19年)4月1日:総務部会計課庁舎管理室を廃止し、総務部庁舎管理官を設置。開発建設部防災対策官を廃止し、開発建設部防災課を設置。開発建設部流域調整室を流域調整課に改称。開発建設部防災・情報システム室を情報システム室に改編。羽地大川農業水利事業所を廃止。
2008年(平成20年) 4月1日:開発建設部港湾管理室が港湾空港防災・危機管理課へ組織変更。 10月1日:沖縄船員地方労働委員会の廃止に伴い、運輸部総務調整官を廃止し、海事振興調整官を設置。