葉圏
葉圏微生物の群集構造は、宿主植物に由来しない物理的な環境要因からも影響を受ける。トウモロコシでの構造はUV照射によって、シダ植物での構造は乾燥時と非乾燥時で変化する。したがって、宿主植物の生息地域や気候も群集構造決定の要素であると考えられている。
微生物に対する目的のものでなくとも、農業活動で使用される薬剤や農業資材も群集構造に影響を与える。農薬を散布されたリンゴの葉は、されていない葉に比べて微生物数が10~10,000分の1に減少する。スイスのリンゴ(ゴールデンデリシャス)の果実表面において、農薬使用の慣行栽培でよりも無農薬の有機栽培で真菌類の細胞数が有意に多く、種数が豊富であった。殺虫剤のシペルメトリン(cypermethrin)の施用はピーマン常在性の細菌数を増加させ、その群集構造を大きく変える。酸化チタンの噴霧は微生物にスーパーオキシドジスムターゼの発現を誘導させ、群集構造を大きく変える。BCAは土着の葉圏微生物に影響があることがいくつかの例で明らかになっている。BCAのBacillus thuringiensisはコショウに定着せず、葉圏微生物の総重量(バイオマス)を変化させないにもかかわらず、群集構造を著しく変える。
糸状菌によるうどんこ病は疾患葉圏の優占種を特定の細菌種に変える。優先化させる細菌種はうどんこ病の病原菌によって異なる可能性が指摘されている。