海洋研究開発機構
深海巡航探査機「うらしま」
無人探査機「ハイパードルフィン」
無人探査機「かいこう」
深海曳航調査システム「ディープ・トウ」
深海潜水調査船支援母船「よこすか」
海洋地球研究船「みらい」
海底広域研究船「かいめい」
東北海洋生態系調査研究船「新青丸」
学術研究船「白鳳丸」
有人潜水調査船「しんかい6500」
地球深部探査船「ちきゅう」
地球フロンティア研究システム - 1997年10月に宇宙開発事業団(NASDA)、国立環境研究所地球環境研究センター(CGER)との共同研究として発足。スーパーコンピュータの地球シミュレータが海洋開発研究機構に設置されたことを発端とする。
地球観測フロンティア研究システム - 1999年8月、宇宙開発事業団(NASDA)との共同研究として発足。地球温暖化や異常気象をはじめとする地球規模の変動現象の解明と予測を目指す研究を行っている。
人・自然・地球共生プロジェクト - 地球シュミレータの運用に関連して2002年に発足。東京大学、国立環境研究所、気象研究所と連携して研究を行っている。