内在性レトロウイルス
顎口上綱に属する生物のゲノム中によくみられ、例えばヒトのゲノム(ヒトゲノム)においては少なくとも1%、おそらくは5%から8%を占めると考えられている。
ERVはトランスポゾンと呼ばれる転移性遺伝要素の一種で、パッケージ化されてゲノム内を移動することができ、遺伝子発現および調節において不可欠な役割を果たす。研究者によると、レトロウイルスはERVを含むレトロトランスポゾンと呼ばれる遺伝要素から進化したことが示唆されている。
これらの遺伝子は、突然変異によりゲノム内を移動するだけでなく、外在性を獲得してゲノムから離れて移動したり、あるいは病原性を獲得して他の個体に感染したりすることがある。このことから、必ずしも全てのERVがレトロウイルスによる遺伝子挿入の結果とはかぎらず、逆にレトロウイルスの源となった遺伝情報もあるかもしれない。ウイルス DNA が生殖系列に組み込まれる際、宿主の遺伝子プールに定着して ERV を生じる可能性がある。
ERVはまた、recombinational deletion と呼ばれる、新たに組込まれたレトロウイルスと隣接する同一の配列との組み換えによりウイルスゲノム内部のタンパク質コーディング領域が削除されるプロセスにより、部分的に切除されることもある。
一般的なレトロウイルスゲノムは、侵入、複製、脱出、ゲノム拡散に重要な3つの遺伝子、すなわちウイルス核の構造タンパク質をコーディングする gag、逆転写酵素、インテグラーゼ、プロテアーゼをコーディングする pol、ウイルス外殻を構成する外皮タンパク質をコーディングする env から構成される。これらのウイルスタンパク質はポリプロテインとしてコーディングされている。レトロウイルスは生活環をおくるにあたって宿主細胞の機構に大きく依存している。プロテアーゼはウイルスポリプロテインのペプチド結合を切断し、別々のタンパク質として機能させる。逆転写酵素は宿主細胞の細胞質中でウイルス RNA からウイルス DNA を合成し、これらが宿主細胞核に侵入する。インテグラーゼはウイルス DNA の宿主ゲノムへの組み込みを導く。
時が経つにつれ、ERV のゲノムは点突然変異を起こすだけでなく、他の ERV とシャッフルされたり再結合したりする。env 外皮タンパク質遺伝子が損傷した ERV は拡散しやすい。