建久七年の政変
兼実失脚後に朝政を主導することになった通親は、兼実の門閥重視で硬直した公卿人事を見直し、兼実執政下で不遇だった貴族を次々に昇進させた。吉田経房・葉室宗頼は権大納言に、山科実教は中納言に、一条高能は参議となった。兼実のかつての側近であった宗頼は通親の義妹・卿局を妻に迎え、通親の嫡子・通光を婿とするなど完全に通親派に鞍替えした。内大臣・良経は九条家で一人だけ廟堂に留まったが、篭居を余儀なくされた。建久8年(1197年)に大姫が死去し、建久9年(1198年)に土御門天皇が即位して通親が権勢を極めると、頼朝は朝廷における代弁者であった一条能保・高能父子が相次いで病死したこともあり、遅ればせながら危機感を抱いて兼実に書状を送り再度の提携を申し入れたといわれる。兼実は頼朝の上洛と支援に期待をかけたが、翌年の頼朝急死でその望みは潰えた。
だが、頼朝が兼実に再度の提携を申し入れたとの話は、通親と敵対した兼実の日記『玉葉』やその弟慈円の『愚管抄』にのみ見られるものであり、通親は実際には頼朝や頼家に最大限の配慮をしているため、反幕的公卿の指摘は当たらないとする見解もある。