バニラ・エア
2013年(平成25年)6月10日に、エアアジアとの提携解消の報道が各社より行われ、同年6月25日、親会社であるANAホールディングスとエアアジアが正式に合弁の解消を発表。提携解消発表後の6月28日、ANAホールディングスがエアアジアの所有していた全株式を購入し、100%子会社化した。
提携解消の背景には、日本流ビジネス文化に対する双方の親会社の意識の溝があったとされている。エアアジア側が日本国外で成功していたビジネスモデルを持ち込みたいのに対し、ANA側は日本に適したサービスを求め、双方の意見の溝は埋まらなかった。消費者に価格破壊をアピールしてすべての航空会社に対して競争姿勢を貫くエアアジアと、傘下の航空各社との棲み分けを図りながら外資系格安航空会社の日本国内での増長を阻止しようとするANAとでは、合弁に対する目的自体が根本から異なっていた。
提携解消発表時、ANAは今後も成田空港を中心とした格安航空事業は続ける方針であるとし、10月31日まではエアアジア・ジャパンとして運航するとしていた。 提携解消発表直前でも、搭乗率は53%と、採算ラインの70%を下回っていた。
2017年(平成29年)6月5日、奄美空港発関西国際空港着の便で、脊椎損傷による半身不随のため、車椅子を利用している身体障害者である男性搭乗者に対して、階段式のタラップを車椅子から降ろし、自からの腕力のみでタラップを這い上らせる事件が発生した。往路である6月3日に、関西国際空港の搭乗カウンターで写真が提示され、「奄美空港で降機する際、タラップになるため歩けない人は搭乗できない」ということを案内されたため、男性は「同行者の手助けで上り下りする」と答えて、降機の際は、同行者が男性を担いでタラップを下りた。帰省する同5日に関西国際空港行きの便に搭乗する際、バニラ・エアから業務委託されている空港職員から「往路で車椅子を担いでタラップを下りたことは同社の規則違反であった」と発言があった。その後、「同行者の手伝いのもと、自力で階段昇降をできるなら搭乗可能」と説明されたため、同行者が往路と同様に車椅子ごと担ごうとしたが奄美空港の職員が制止した。男性は車椅子を降りて、階段を背にして17段あるタラップの一番下の段に座り、腕の力を使って一段ずつずり上がり、3分から4分かけて上ろうとした。その際、空港職員は「それもだめです」と発言した。その後にそのまま黙って誰も手伝わなかったと報道された。しかし、空港職員に駄目だと言われた後も、同行者に男性が足首を持ってもらって腕で上っている途中で、バニラエアの客室乗務員が機内から駆け下りて来て、ドアの前で小型の機内用車椅子に乗り移って搭乗出来たと書いている。同社はその後「やり取りする中でお客様が自力で上ることになり、こんな形での搭乗はやるべきでなく、本意ではなかった。