ダライ・ラマ
ダライ・ラマはゲルク派において最重要の化身ラマであるが、ダライ・ラマに次いで重要な化身ラマであるパンチェン・ラマと併せて、ゲルク派の二大ラマとか二人の最高指導者とみなす場合もある。この二人の化身ラマの密接な関係を、チベットの人々は太陽と月になぞらえた。パンチェン・ラマは阿弥陀如来の化身とされ、ダライ・ラマに比肩しうる智慧をもつ高僧と考えられていた。カルマ派ではシャマルパという化身ラマがあり、法王たるカルマパの死後、その転生者に選ばれた次の法王が成人するまでの空白を補う副法王の役割をもっているが、ダライ・ラマとパンチェン・ラマもこれと似た正副法王に当たり、相互に師弟関係にあった。ただし、パンチェン・ラマはシガツェに常駐していることが多く、ダライ・ラマ未成年時に摂政として政務を代行したのは、多くの場合ラサにいる別のラマであった。
パンチェン・ラマはダライ・ラマとは異なり、原則的に世俗的な政治権力は有していなかった。ダライ・ラマはガンデンポタンの長としてウー地方のラサを基盤としていたのに対し、パンチェン・ラマはタシルンポ寺の座主としてツァン地方のシガツェ周辺を所領としていた。1727年、清朝はゲルク派内の勢力均衡を図るため、パンチェン・ラマの政治権力を強化させようとして、ツァンと西チベットをパンチェン・ラマの領地と定めた。この措置の政治的効果はさほど大きくなかったものの、その後の時代においてダライ・ラマとパンチェン・ラマの間で(あるいはラサとシガツェの間で)幾度か軋轢が生じる遠因となった。
なお、チベット亡命政府は、パンチェン・ラマの地位に関する中華人民共和国の主張に対する反論の中で、シガツェやタシルンポ寺の行政もダライ・ラマ政庁の任命した行政官が担っていたことを強調している。
ダライ・ラマの名跡は、ゲルク派の宗祖ツォンカパの高弟ゲンドゥンドゥプを初代とし、代替わりが進むにつれ、ラサ三大寺のセラ・デプン両寺の座主職を兼任するようになるなど、ゲルク派内の地位を高めていった。また、同派のモンゴル布教の最前線に立ち、1578年第三世スーナム・ギャツォが当時のモンゴルの最高実力者アルタン・ハーンとチョ・ユン関係(施主・福田)を築くなど、モンゴルに対する大きな影響力をも持つようになった。
1636年、後金の王ホンタイジが、ボルジギン氏(チンギス・ハーンの子孫)ではないにもかかわらずハーンの地位に即位(即位と同時に国号を大清と変更)するという事態が起きたとき、ハルハとオイラトの諸部は友好使節団を派遣して愛新覚羅氏による「ハーン」位継承を追認したが、この使節団は名目上、「清朝によるダライラマへの使者派遣に、自分たちの使者も同行させてほしい」ことを申し入れることを目的としていた。
ホシュート部の指導者グーシ・ハーンは、清朝に使節団を派遣した1637年よりチベットの征服に着手、オイラト軍を率いて1642年までに中央チベット・アムド・カムなどチベットの大部分を制圧した。
その後、7世の代にダライ・ラマ政権が清朝の保護下に入ると、ダライ・ラマは宗主たる清朝皇帝のために祈願する義務を負った。
中華人民共和国の一白書では、ダライ・ラマの称号とチベットの政教一致体制の確立は1653年に清朝皇帝がダライ・ラマ5世に尊称を贈ったことに始まるかのように記述している。チベット亡命政権はこれに対し、ダライ・ラマの称号はそれよりずっと前のダライ・ラマ3世とモンゴルのアルタン・ハーンとの関係から始まるものであること、また、ダライ・ラマ5世の政治的権威は清朝成立とは無関係にグーシ・ハーンとの関係において確立したものであるという事実を挙げて反論している。また、ダライ・ラマと清朝皇帝との「帰依処・檀越」の関係は個人的なものであったと主張し、清帝国の一部ではあっても支配層ではなかった漢人が清朝皇帝とダライ・ラマの関係に介在したことはないため、中国がチベットに対して主権を主張することに歴史的正当性はないとしている。