指定金融機関
小規模な市や町村では、本庁舎内に店舗は無く、公金の出納のみを行う「派出」の形で行員が派遣される形態となる。なお、庁舎内に派出を置くことは制度上必須ではなく、2020年3月末で本庁舎の派出を閉鎖した室蘭市(北海道)、指定金融機関の派出撤退に伴って指定代理金融機関の派出を置いた期間が過去にある庄内町(山形県)や瀬戸市(愛知県)のような例もある。
指定金融機関をめぐる手数料の問題とは、指定金融機関としての業務を金融機関が行うために生じる費用に対して、地方公共団体が支払う手数料の額が釣り合わず、不採算となっていることを指す。
例えば、指定金融機関が納付書や口座振替による収納を行っても、地方公共団体が支払う手数料は無料か1枚(件)当たり10円以下であるのが一般的という状況が続き、このような手数料では収納手数料部分だけを見れば明らかに採算割れの状態になる。
この問題の端緒は、指定金融機関の制度が設けられた昭和39年の契約書において、経費はすべて金融機関側の負担にすると明記したことにあるとされている。
かつては、地方公共団体の指定金融機関になることは、地域における信用力を補完し、またコストをかけずとも、巨額の公金預金や地方債引受が確保できることなどから、各金融機関とも指定獲得競争を展開した。2000年以降になっても、岐阜県のように指定金融機関を巡って地域銀行間が競争をする事例や(大垣共立銀行#岐阜県指定金融機関論争)、北九州市のように2行輪番制としていたところにさらに2行が参加して4行輪番制となる事例、長久手市(愛知県)のように他の金融機関よりも手数料を値引きして新たに指定金融機関となることを希望する金融機関が現れた事例もある。