63丁目線
1987年まで、MTAの契約業者はトンネルは構造的に健全であると結論を出したが、連邦政府の資金は再開されないままであった。1987年2月6日に、MTAは1989年10月までにトンネルが開通させる新たな計画を承認した。また当局は、5億5000万ドルをかけて、INDクイーンズ・ブールバード線急行線・緩行線の双方につなぐ1,500フィート(約450メートル)の連絡線を提案した。この計画では、クイーンズ・ブールバード線は逆方向の信号を出せるようにされ、朝ラッシュ時には4本の線路のうち3本をマンハッタン行きの列車に使い、夕ラッシュ時には逆にすることになっていた。計画のこの部分は1990年代以前には始まらないことになっていた。
1987年6月に、連邦政府はプロジェクトの評価を完了した。政府の雇った検査官がトンネルは健全であると判断し、63丁目線とアーチャー・アベニュー線に6000万ドルの最終的な資金を解放することになったことから、「先週、MTAの63丁目トンネル『どこにもつながらないトンネル』の出口にわずかながら明かりが見え始めた」とタイムズ紙が報じた。
この延伸線を最初に走った列車は、レールの研削を行う非営業車両で、1989年8月1日のことであった。
20年に及ぶ建設の末に、1か月の試運転が始まり、8億9800万ドルのかかった双方の路線は1989年10月29日に、レキシントン・アベニュー/59丁目、ルーズベルト・アイランド、21丁目-クイーンズブリッジの新駅とともに開業した。
予算委員会は1965年1月14日に、63丁目への変更を予算2810万ドル、工期4年で承認し、地下鉄網への接続の仕方については1966年半ばに完了することが予定されていた検討を待つとした。タイムズ紙では、マディソン・アベニューや2番街の下の新線など「何種類もの接続が検討中である」とした。当局の会長であるジョセフ・オグラディは、「トンネルの建設には、接続線の建設より少なくとも1年以上長くかかる」ので、トンネルと地下鉄への接続線は最終的に同時に完成するだろうと述べた。
1966年に市長のジョン・リンゼイは、61丁目よりも63丁目の建設計画を良いとして承認した。リンゼイ市長は、63丁目にレキシントン・アベニュー/59丁目駅と商業施設内の地下アーケードでつながる新駅を建設することを提案した。しかし、この計画に反対するグループもあり、レキシントン・アベニュー/59丁目駅との乗換がしやすい61丁目のルートを良いとした。63丁目の経路が良いとするグループもあったが、こうした乗換接続を建設すると、既にひどいレキシントン・アベニュー線の混雑がさらに悪化すると述べた。
1966年4月に3番目の線路がトンネル計画に追加された。この線路はロングアイランド鉄道の列車をイースト・ミッドタウンに乗り入れさせるためのもので、ペンシルベニア駅の列車過密を緩和するものであった。