ヒョウモンガメ
以前は形態からインドホシガメやビルマホシガメに近縁と考えられ、リクガメ属Geochelone亜属とされていた。核DNAやミトコンドリアDNAの塩基配列を決定して分子解析を行い最大節約法や最尤法で系統樹を推定したところ、本種は同じアフリカ大陸に分布するヤブガメ属と単系統群を形成すると推定された。そのため本種をヤブガメ属に含める説もあったが、ヤブガメ属は甲長20センチメートル未満と小型であることや頭骨の差異を重視して、本種のみでヒョウモンガメ属を構成する説が有力である。本種とヤブガメ属からなる単系統群は、同じアフリカ大陸に分布するソリガメ属やヒラセリクガメ属からなる単系統群に近縁と推定されている。
ナミビア南部と南アフリカ共和国西部を除いた個体群を、亜種バブコックヒョウモンガメG. p. babcockiとして分割する説もある。一方で分布の境界線が不明瞭なこと、明確な識別形態がないこと、中間型の個体が多く広域分布することから、亜種を無効とする説が有力である。