アリー・スィースターニー
しかしこのようなスィースターニーの非政治的経歴にもかかわらず、イラクにおける高位シーア派ウラマーの一人として、たびたびバアス党による干渉を受け、たとえば湾岸戦争直後の1991年のシーア派反乱の際には収監されている。また1990年代には数回にわたって、暗殺の標的ともなった。
1992年、フイーが亡くなると、スィースターニーは同輩の認知による通常の手続きにしたがって、大アーヤトゥッラーに昇格した。広く崇敬を受けた師の葬儀にあたっては導師を務めて、フイーの後継者の立場を象徴的な形で強化し、フイーの築き上げたネットワークを引き継ぐことになった。その後の大アーヤトゥッラー・ムハンマド・ムハンマド・サーディク・アッ=サドルらイラク在住の高位ウラマーらの死去により、イラクにおいて他に群を抜くシーア派ウラマーとなってゆく。スィースターニーはナジャフの中心的アーヤトゥッラーとして、数百万ドルにおよぶ資金を管理し、これを宗教学校の振興、社会福祉事業に投じている。
バアス党による迫害で多くのシーア派ウラマーらが殺害されてゆくなかで生命を保ったものの、スィースターニーのモスクは1994年に閉鎖され、アメリカの侵攻によるバアス党政権の崩壊まで再開されることはなかった。