シンガポール州
シンガポール政府とマレーシア連邦政府は、経済面において対立していた。マレーシア協定では、シンガポールは共通市場化を進める引き換えに、連邦政府に総収入の40%を拠出し、サバ州とサラワク州にはほぼ無利子で融資を行うことで合意していた。しかし1965年7月、マレーシアのタン・シューシン財務相は、拠出金を60%に引き上げることを提案し、「シンガポールが引き上げに同意しない限り、共通市場の実現は遠のく」ことを示唆した。これに対し、シンガポールのゴー・ケンスイ財務相は、クアラルンプールがシンガポール製品に関税を課していると非難して、提案を拒否した。両者は融資についても対立したが、これは世界銀行の仲裁に委ねることで合意した。
1965年8月7日、マレーシアのトゥンク・アブドゥル・ラーマン首相は、マレーシア国会に対し、シンガポールをマレーシアから追放する投票を行うよう進言し、さらなる流血を防ぐためには避けられないとした。リー・クアンユーらPAPの指導者は、シンガポールを連邦の一員として留まらせようと最後まで交渉を続けたが、1965年8月9日、シンガポール議員を欠席させた国会において投票が行われ、126対0で追放が可決された。その日、リーは涙ながらにシンガポールが主権国家として独立したことを宣言し、新国家の首相に就任するとともに、次のような演説をした。「私にとって苦渋のときだ。私は生涯を通じて、すなわち大人になってからもずっと、2つの領土は合併、統一できると信じてきた。地理、経済、そして血縁で結ばれた人民なのだ」。
これまでシンガポールがクアラルンプール政府によって一方的にマレーシアから追放されたことが定説であったが、近年機密解除されたアルバトロスファイル(ゴーが1980年代のインタビューでマレーシアとの合併を「首に掛けたアホウドリ(アルバトロス)=目の上のたんこぶ」と評したことからとられた)の文書から、1964年7月の時点で、シンガポール側PAPと連邦政府との間で交渉が始まっていたことが明らかになった。