皇室財産
北海道弟子屈町にあった旧御料地1万8800ヘクタール(町の面積の24%)は「宮内大臣」の名義で登記されたままであった。宮内庁管理部が「弟子屈町に所管財産は存在しない」として北海道財務局などによる処理を求め、2001年(平成13年)12月、財務局・北海道庁・弟子屈町などによる協議会により、摩周湖を含め大半が所有者のない不動産となった。
山城国紀伊郡のうち - 5村(411石余) ○▲塔森村、●★下三栖村、★■吉祥院村、○石原村、●★深草村の各一部
山城国宇治郡のうち - 28村(7,356石余) ●御陵村、●北小栗栖村、●四宮村、●西野村、●南小栗栖村、▲五ヶ庄の各一部および●東野村、●大宅村、●北花山村、●上花山村、●日岡村、●川田村、●八軒町、●髭茶屋村、●挑灯町、●行燈町、●《音羽村/小山村》立会新田、●小山村、●椥辻村、●音羽村、●厨子奥村、●上野村、●竹ヶ鼻村、●大塚村、●栗栖野新田、●西野山村、●三室戸村、●志津川村
山城国久世郡のうち - 1村(1,001石余) ○寺田村の一部
山城国綴喜郡のうち - 31村(6,725石余) ●水主村、●南興戸村、●○江津村、●天王村、●○出垣内村、●上村、●高木村、●奈島村、○井手村の各一部および●宮口村、●水取村、●郷口村、●老中村、●名村、●切林村、●熱田村、●符作村、●荒木村、●糖塚村、●大道寺村、●平岡村、●岩本村、●禅定寺村、●長山村、●湯屋谷村、●川上村、●宮村、●茶屋村、●栢村、●多賀村、●奥山新田
その後、承久の乱に伴う鎌倉幕府による皇室領の大量接収(後に後高倉院に対して返還される)や皇統分裂に伴う皇室領の分裂などを経て、明徳の和約による南北朝の統一によってその大半が持明院統の嫡流とされた伏見宮家の元に集中された。だが、同家と嫡流の地位を争っていた後小松天皇が伏見宮家から所領をことごとく奪い、室町幕府を巻き込んだ内紛となるが、後小松系統の断絶と伏見宮家への皇位継承(後花園天皇)によって漸く安定した。また、これによって院政が中断したために仙洞領が天皇の下に統合された。この時期になると、室町幕府の公方御料と区別する意味で・禁裏御料・皇室御領などと呼ばれるようになる。また、南北朝時代から室町時代にかけて諸司領や、率分関・供御人制度が設けられてそこから上納される金銭収入で不足を補うようになっていった。だが、戦国時代に入ると山国荘などのように禁裏御料であった各地の荘園が地元の戦国大名や国人領主に侵奪され、収入の滞った皇室では後土御門天皇の葬儀が1か月以上も開けずに遺体が放置されるなどの深刻な状況となった。