二条御所
義輝の弟・義昭は織田信長の武力を後ろ盾として、永禄11年(1568年)に上洛、将軍就任後は六条本圀寺を居所としていた。だが、翌12年(1569年)1月に三好三人衆による襲撃を受けた(本圀寺の変)。この時は京都にいた信長家臣団および義昭の側近らの奮戦により、三好軍を撃退し、防戦に成功した。
信長はこの戦いを受けて、さらに防備の整った御所の必要性を認識し、義昭のために城構えの居館を造営することを決めた。また、三好氏に焼き払われた「光源院(義輝)御古城」を再興する必要もあった。
御所の創建は、かつて義昭の兄・義輝の御所があった地が選ばれた。そのため、この地にあった真如堂には「替地」が与えられ、普請の準備が進められた。また、御所は義輝の武衛陣の跡地を中心に北東に拡張して、約400メートル四方の敷地に2重の堀や3重の「天主」を備える城郭造の邸宅とすることにした。
2月2日、普請が「石蔵積み」から始められ、畿内のみならず、その近国の武士も参加して進められた。その数は8万人余に及んだという。この城の石垣には、京都中から集められた墓石や石仏も使われた。山科言継は石蔵に驚嘆しており、この御所が初めて本格的に石垣を積んだ城であったことを示している。
信長自身が普請総奉行として現地で陣頭指揮を執り、3ヶ月の間在京し、奉行として普請にあたった。