真宗大谷派大垣別院開闡寺
1602年(慶長7年)、本願寺が分立した際に、美濃国安八郡三塚村の「真徳寺」(現、浄土真宗本願寺派)の住職・栄寿が、美濃国不破郡平尾村に「(平尾)真徳寺」を別立し、教如を十二代法主とする本願寺教団に属したのが始まりである。栄寿は大垣藩第3代藩主の石川忠総より大垣城の城下町東側に寺地を寄進され、掛所を建立し「真徳寺掛所」となる。
1624年(寛永元年)3月、大垣藩初代藩主の岡部長盛による大垣城城下町整備により、城下町北東側に3反の代替地を得て移転する。その代替地は現在の大垣市伝馬町で、「大垣別院開闡寺」の現所在地である。
1743年(寛保3年)、本寺の「平尾真徳寺」が「平尾御坊真徳寺」へ改称したことにより「平尾御坊掛所」に改称。
1747年(延享4年)、「大垣御坊」に改称。
1773年(安永2年)、「平尾御坊真徳寺」が「平尾御坊願証寺」(元々、真徳寺は長島願証寺と繋がりがある)と改称したのに伴い「大垣御坊願証寺」に改称。安永年間より大垣藩藩主戸田氏(大垣戸田家)の菩提所となり、大垣御坊願証寺は戸田氏の保護を受ける。
1812年(文化9年)、堂宇が焼失。1823年(文政6年)に再建。
1852年(嘉永5年)、大垣藩第9代藩主の戸田氏正の申し入れにより、本山(東本願寺)は「大垣御坊願証寺」の分離独立を許可する。この際、本山より「開闡寺」と寺号を賜わる。