東京都福祉保健局
健康安全対策の企画調整、安全性情報の提供、食品の安全確保対策、食中毒対策、薬事関係免許、薬物乱用防止対策、医薬品等の許認可、薬事法等に基づく監視指導、医薬品の広告の適正化、毒劇物・違法ドラッグ対策、国有ワクチンの供給調整、環境に係る健康影響対策、アレルギー・花粉症対策、各種生活衛生対策、動物愛護管理、動物由来感染症対策、水道施設の認可、感染症・結核・後天性免疫不全症候群等の予防対策、感染症・食品・医薬品・水質・環境汚染物質等の試験検査・調査研究・大規模食品製造業・広域に流通する食品・輸入食品等の監視指導・建物衛生対策、薬用植物・有毒植物等の栽培研究・知識の普及啓発、市販生薬の監視指導に必要な標本の整備、都内の卸売市場内に流通する食品の監視指導・試験検査、牛・豚等のと畜に関する検査、輸入食肉や移入枝肉の監視及び検査、犬・猫の捕獲・収容・引取り・譲渡、動物愛護思想の普及啓発、動物取扱業の監視指導、犬・猫の終末処理に関する事務を行っていた。
指導検査の総合調整、社会福祉法人設立認可、介護保険事業者、養護・有料老人ホーム障害福祉サービス事業者、保護施設、保育所、保険医療機関及び保険薬局等への指導検査に関する事務を行っていた。
感染症対策部は、東京都における2019年コロナウイルス感染症の流行への対応のため、2020年に設立された。併せて、7月13日付で感染症対策部と健康安全部を専管する健康危機管理担当局長も新設された。