垂井線
関ケ原・米原方面の下り普通列車はすべて垂井線経由で運行される。関ケ原駅発着列車のうち、関ケ原始発は朝上り2本(土休日は1本)、関ケ原終着は夜下り2本(土休日は1本)である。朝の関ケ原発は、浜松行き新快速(全日)と豊橋行き区間快速(平日のみ)、夜の関ケ原行きは、特別快速(全日)と区間快速(平日のみ)で、いずれも豊橋発である。なお、上り関ケ原始発は、前述の通り関ケ原駅2番線から、垂井駅手前まで垂井線を走行する。また、垂井駅2番線は上り本線側からの列車の入線も可能であり、2016年(平成28年)3月25日までは特急(ワイドビュー)しなのの通過待ちで使われていた。
なお、2016年(平成28年)3月26日のダイヤ改正までは特急形車両がホームライナーとして当線を走行していたが、これ以降の特急形車両の入線はない。
1884年(明治17年)5月25日:官営鉄道大垣駅 - 関ケ原駅開業
1944年(昭和19年)10月11日:東海道本線大垣駅 - 関ケ原駅間に新垂井駅経由の下り線専用新線(新垂井線)開業。同日新垂井駅開業および南荒尾信号場 - 垂井駅 - 関ケ原駅間の下り本線廃止
1946年(昭和21年)11月1日:廃止された下り本線(垂井線)が復活。ただし、この区間は普通列車のみ運行
1986年(昭和61年)11月1日:新垂井駅廃止。これ以降普通列車は全て垂井駅経由での運行となる