日本の地下鉄
JR東日本東北新幹線は上野駅付近が地下化されており、1つの地下駅を含む地下区間。
JR東日本埼京線・川越線は大宮駅付近が地下化されており、1つの地下駅を含む地下区間。
JR東日本京葉線東京駅 - 潮見駅間は、3つの地下駅を含む地下区間。
JR東日本横須賀・総武快速線の錦糸町駅 - 東京駅 - 品川駅間は、途中に4つの地下駅を含む地下区間。
JR東日本東海道貨物線(相鉄線直通系統)は相鉄新横浜線に接続する羽沢横浜国大駅付近が地下化されており、1つの地下駅を含む地下区間。
京成電鉄本線の京成上野駅 - 日暮里駅間は、1つの地下駅を含む地下区間。途中に2つの廃止された地下駅が存在する。
小田急電鉄小田原線の新宿駅付近は、各駅停車用の線路のみが1つの地下駅を含む地下区間である。
京王電鉄京王線の京王八王子駅付近は、1つの地下駅を含む地下区間。
東急電鉄東横線渋谷駅付近および田園調布駅付近は、途中にそれぞれ1つの地下駅を含む地下区間で、東白楽駅 - 横浜駅間も2つの地下駅を含む地下区間である。
東急電鉄田園都市線中央林間駅付近は、1つの地下駅を含む地下区間。
東急電鉄池上線の荏原中延駅付近および長原駅付近は、途中にそれぞれ1つの地下駅を含む地下区間。
東急電鉄大井町線の大岡山駅付近は、途中に1つの地下駅を含む地下区間。
東急電鉄東急多摩川線の多摩川駅付近は、1つの地下駅を含む地下区間。
東急電鉄東急新横浜線は、終点の日吉駅を除く全線が2つの地下駅を含む地下区間。
東京モノレールは整備場駅 - 羽田空港第2ターミナル駅間の空港敷地内に3つの地下駅を含む地下区間を持つ。このほか天空橋駅付近も途中に1つの地下駅を含む地下区間である。
東京臨海高速鉄道りんかい線の国際展示場駅 - 大井町駅間は、5つの地下駅を含む地下区間。
京浜急行電鉄空港線は穴守稲荷駅 - 羽田空港第1・第2ターミナル駅間の空港敷地内に3つの地下駅を含む地下区間を持つ。このほか大鳥居駅付近も途中に1つの地下駅を含む地下区間である。
京浜急行電鉄大師線の大師橋駅付近は、途中に1つの地下駅を含む地下区間。
横浜高速鉄道みなとみらい線は、全線が6つの地下駅を含む地下区間。
相模鉄道相鉄新横浜線は、起点の西谷駅を除く全線が2つの地下駅を含む地下区間。
相模鉄道本線の大和駅付近は、途中に1つの地下駅を含む地下区間。
相模鉄道いずみ野線の湘南台駅付近は、1つの地下駅を含む地下区間。
長野電鉄長野線の長野駅 - 善光寺下駅間は、市街地道路下に4つの地下駅を持つ地下区間がある。
北陸鉄道浅野川線の北鉄金沢駅 - 七ツ屋駅間は地下化されており、1つの地下駅を含む地下区間。
愛知高速交通東部丘陵線の藤が丘駅 - はなみずき通駅間は、1つの地下駅を含む地下区間。
名古屋では大阪同様、都心部においては碁盤の目状に張り巡らされた大通りの地下に沿って建設された。路線同士の交差部では必ず駅が設けられている。市内最大の繁華街である栄やターミナル駅である名古屋駅を結び、最初に建設された東山線が主力路線となっている。
名古屋市営地下鉄では6路線のうち初期に開業した3路線(東山線・名城線・名港線)が第三軌条、比較的新しい3路線(鶴舞線・桜通線・上飯田線)が 名古屋鉄道等への直通運転を考慮した架空電車線方式を採用しており、うち2路線(鶴舞線・上飯田線)は名古屋鉄道と直通運転を行っている。
日本の地下鉄において、ニューヨーク市地下鉄のように緩急分離運転の可能な複々線で敷設された路線はなく、緩急接続・待避が可能な地下駅も限られているため、優等列車の設定のある路線でも地下区間での追い越しを行わない路線も多い。地下区間で待避を行うのは、東急新玉川線(現・田園都市線)急行の桜新町駅での事例が最初(ただし上記定義の (2) には相当しない区間である)。一般に地下鉄と呼ばれる区間では都営地下鉄新宿線岩本町駅・大島駅・瑞江駅、東京メトロ副都心線東新宿駅も同様の構造を持つ。
このほか特殊な事例として、東京メトロ千代田線・有楽町線から小田急小田原線経由箱根登山鉄道線直通による、狭義の地下鉄では初となる有料の特急列車の運行(小田急ロマンスカー#他社からの乗り入れを参照)、東京メトロ日比谷線から東急東横線経由みなとみらい線直通による「みなとみらい号」(多客期のみ・運行終了)。一方、日本の地下鉄では唯一特別料金不要の Osaka Metro堺筋線から阪急京都本線経由嵐山線直通による臨時特急(阪急京都本線#嵐山線直通臨時列車を参照)の事例がある。いずれも、地下鉄区間から観光地への利便性を図ったものであり、他路線における緩急分離運転とは目的が異なる。