魔法少女まどか☆マギカ
贈賞理由では、アニメオリジナル作品である点を高く評価すると共に、ジャンルの根幹をも揺さぶる批評的な罠を仕掛けたこと、1週間経たないと続きが分からないテレビ放送のメディア特性を活用したことなどを評価点としてあげており、「何かを変えてみたいという変革のエネルギーが満ちあふれている。時代を変える触媒となる期待をこめ、大賞を贈る」としている。審査委員の古川タクは、「映像面で凝らなければいけない所に手が掛かっており、説得力がある」とし、本作品スタッフの今後に期待を寄せた。
2015年3月に開催されたSUGOI JAPAN AWARD 2015でグランプリを受賞。2005年から2014年の約10年間に発表されたマンガ、アニメ、ライトノベル、エンタメ小説をファン投票によって上位10作品に選出し、全部門を通じて最多得票の7万7631票を獲得したアニメ部門1位の本作品が初代グランプリとなった。
また、フランスでもAnime & Manga 19th Grand Prixで最優秀エスポワール(希望)賞を受賞している。
2017年3月10日には東京アニメアワードが「日本のアニメーション史に残る100作品」を発表したが、2010年代のテレビアニメでは本作品が唯一選ばれた。
2017年5月3日に行われたNHKによる特集「ベスト・アニメ100」では、約1万タイトルの中から本作品が男性票1位、総合3位を獲得した。
芸術新潮は2017年9月号で日本アニメ100年の歴史で最も重要な10作品、「日本アニメベスト10」という批評家からの投票を行ったが、本作品が5位となった。
Yahoo! JAPANは2019年3月に「Yahoo!ニュース編集部が選ぶ平成30年史」を発表し、平成の印象的な出来事として21世紀のテレビアニメでは本作品が唯一挙げられた。
第16回アニメーション神戸賞作品賞・テレビ部門
ニュータイプアニメアワード2011 作品賞(テレビ放送作品) キャラクター賞(女性) - 暁美ほむら キャラクター賞(マスコット) - キュゥべえ 主演女優賞 - 悠木碧 助演女優賞 - 斎藤千和 主題歌賞 - コネクト 劇伴賞 監督賞 シナリオ賞 キャラクターデザイン賞 撮影賞 美術賞 色彩設定賞 エフェクト賞
第32回日本SF大賞ノミネート
ネット流行語大賞2011銅賞 - 「僕と契約して、○○になってよ!」
第15回文化庁メディア芸術祭アニメーション部門大賞
第11回センス・オブ・ジェンダー賞シスターフッド賞
アニメージュ第34回アニメグランプリ グランプリ Editors Choice
東京国際アニメフェア2012・第11回東京アニメアワード テレビ部門優秀作品賞 個人部門監督賞 - 新房昭之 個人部門脚本賞 - 虚淵玄
第6回声優アワード 主演女優賞 - 悠木碧 助演女優賞 - 加藤英美里
日刊スポーツ第1回日刊アニメグランプリ クイーンオブヒロイン賞 - 鹿目まどか ワーストダークキャラ賞 - キュゥべえ ベストテレビアニメ賞 ベストアニメ楽曲賞 - コネクト MIP女性声優賞 - 悠木碧
第32回パリ・ブックフェア第19回アニメ&マンガ大賞最優秀エスポワール賞
Licensing of the Year 2012 in JAPAN選定委員特別賞
第43回星雲賞メディア部門
SUGOI JAPAN AWARD 2015 グランプリ アニメ部門1位
NHK「ベスト・アニメ100」 男性部門1位 総合3位
平成アニソン大賞 2010-2019年作品賞 - コネクト
コンビニエンスストアチェーンのローソンでは、2011年6月21日から7月18日までの期間限定で、指定商品の購入者を対象に抽選で本作品のキャラクターグッズが当たるという内容のキャンペーンが行われた。好評を受け、9月27日から10月10日には第2弾も行われた。また2012年2月には十六茶にまどか☆マギカのキャラのストラップをつけた限定品を販売するキャンペーンが行われた。ローソン広報部によれば、通常の10倍近くが売れたという。また2014年11月4日にキュゥべえをイメージした中華まん「キュゥべえまん」と、ローソンオリジナルグッズの描きおろしクリアファイルフォルダーを発売した。
2011年12月に東京、2012年2月に大阪、3月に名古屋、2013年3月に広島で名シーンに沿って世界観を再現したり、設定資料や蒼樹うめによるキャラクター設定やイラストの原画などを展示したり、物語の内容を元にしたアトラクションなどを設けたりした『魔法少女まどか☆マギカ展』が開催された。また『魔法少女まどか☆マギカ[新編]劇場版公開記念特別展』として2013年9月21日にりんくうタウンで、『劇場版 魔法少女まどか☆マギカ展』として2014年5月に東京と大阪、7月に新潟、9月に名古屋で開催された。
第15回文化庁メディア芸術祭の2012年2月22日から3月4日まで作品展示を開催するのに伴い、サテライト会場のメルセデス・ベンツコネクションにて、本作品のイラストをラッピングしたスマート エレクトリック・ドライブが展示された。
本作品をメインで取り扱うコンサートが日本国内で2件開催された。
虚淵へのオファーは、プロデューサーの岩上が『Fate/Zero』を読んだことをきっかけとする推挙であったため、虚淵もどういう作風を求められているのかは明白だったといい、物語を組み立てる際には同作での経験を生かしたとしている。その一方でキャラクター原案が蒼樹うめだと聞いたときには戸惑いがあったといい、蒼樹のキャラクターを自らの作風に取り込むとどうなるのかを考えるために『ひだまりスケッチ』を何度も読み返したという。
虚淵は企画会議でゴーサインが出た直後から構成案に取り掛かり、2回目の会議までに全13話構成のあらすじをA4用紙2ページ分にまとめた構成案を提出している。そして、構成案が出た会議にて1話を減らして全12話になることが決定された。構成案ではさやかが絶望して魔女となってしまう理由が未定であるなど、第6話から第8話までの内容が煮詰められていなかったが、伏せられた事実を段階的に明かしていくという構成が既に決まっており、基本的な構成はほとんど変更されていない。虚淵は本作品の構成について、自身が参加した2009年のテレビアニメ『Phantom 〜Requiem for the Phantom〜』においてシリーズ構成を担当した、黒田洋介の手法を参考にしており、第3話に最初の山場を設ける構成も黒田から学んだことであるとしている。
2011年9月25日には、認定特定非営利活動法人全国盲導犬施設連合会と、民間ボランティア盲導犬普及支援の会・パストーネとの協力により制作された年次の盲導犬育成ボランティアの募集・啓発ポスター、「盲導犬普及支援オリジナルポスター」先行公開【特別版】(B3サイズ)に、本作品とキャラクター佐倉杏子が起用される。原画は本作品のキャラクターデザインを手がけた岸田隆宏、美術イメージボードは本作品のOP美術を手がけた稲葉邦彦が参加。盲導犬候補生のラブラドールレトリバー「メロゥ」と朝の公園を歩行訓練する情景となっている。先行公開【特別版】は、福岡県福岡市の小・中学校、および一部公共機関で掲示。また、同年12月30日には第2弾として暁美ほむらを起用したポスターを制作したことが発表された。今回のポスターは「子犬との別れもパピーウォーカーの大切な役目」をコンセプトに、盲導犬候補生の黒いラブラドールレトリバー「アプリ」と夕暮れ時にともに過ごした楽しい思い出を回想しながら佇む情景となっており、原画を総作画監督の谷口淳一郎が、美術を東地和生が手がけている。
2011年9月27日にネクソンによるオンラインゲーム『テイルズウィーバー』とコラボレーションを行う。また2014年9月24日に『劇場版 魔法少女まどか☆マギカ [新編]叛逆の物語』としてタイアップを実施した。
2012年4月12日にNHN PlayArtによるオンラインゲーム『チョコットランド』とタイアップを行う。また2012年10月4日と2014年11月5日にも実施された。
2012年7月中旬よりサンリオのキャラクター、マイメロディとのコラボレーショングッズが発売される。まどかとマイメロディ、ほむらとクロミがそれぞれコラボしたキャラクターのぬいぐるみやプチタオルが販売されている。
2012年8月より、オリエントコーポレーションが本作品とタイアップしたクレジットカード「魔法少女まどか☆マギカMasterCard UPty」の発行を開始している。券面には最終話エンドカードのイラストが用いられ、会員特典としてオリジナルプレミアムカードがもらえるほか、映画の劇場鑑賞券の抽選プレゼントも行う。
2012年9月28日から1か月間、水道橋駅西口にある芳文社本社ビルの壁面で本作品と『ひだまりスケッチ』とのコラボレーションによる壁面広告が掲出された。本作品劇場版映画公開と『ひだまり』のアニメ4作目放送開始によるもので、芳文社によれば平成元年以降一切の看板掲出などがなく、24年ぶりの掲出になるという。
2012年10月16日より、報知新聞社は自社が発行するスポーツ新聞・スポーツ報知と本作品とのコラボレーション企画として「スポーツ報知 魔法少女まどか☆マギカ特別号」を発売した。総監督新房昭之をはじめとするスタッフ・キャスト陣へのインタビューや、芸能・スポーツ業界のファンによる本作品の解説などが掲載されている。
イラスト入りハンコを手掛ける痛印堂は2013年4月25日、11月14日、12月25日、2014年10月30日に本作品とコラボレーションしたハンコを発売した。実際に銀行印として利用可能。
2013年5月28日、三ツ矢サイダーとコラボした限定缶が、一部コンビニなどで数量限定で発売。デザインは全4種類。
2013年10月10日からロッテリアとコラボで、劇場版放映記念くじが開催された。
2013年10月25日から同年11月26日まで、ナムコとコラボする形でクレーンゲームキャンペーンが実施。