崇福寺跡
瓦は数が少ないものの白鳳時代まで遡る瓦が出土している。北尾根からは紀寺式軒丸瓦、重弧文軒平瓦が出土。中尾根からは川原寺式軒丸瓦と輻線文縁複弁八葉蓮華文軒丸瓦、重弧文軒平瓦、鬼瓦も出土している。南尾根からは平安時代の瓦が出土しているが、崇福寺跡から南東に550mほどの位置にある長尾瓦窯跡で焼かれたことが分かっている。
塼仏は小金堂と塔の北斜面から出土。いずれも破片であるが、復元すると縦16cm横12cm程度の独尊塼仏で、火焔のような後背をおい蓮弁に乗る如来坐像である。定印を組むものと胸で合掌するものの2種類が確認されているが、日本では如来の合掌像は珍しく、初唐様式に類似するとされる。釘穴や背面に残る壁土などから堂内の壁面を荘厳していたと考えられる。また塑像は丈六如来像の螺髪や45cmほどの小像の一部が出土している。
泥塔は弥勒堂付近から多数出土した。高さは10cm前後。どのように用いたものか不明であるが、承保3年の塔供養に用いられた可能性が指摘されている。
いくつかの金属片も出土している。中尾根の東斜面からは梵鐘と水煙(相輪の一部)と思われる金属片が見つかっている。梵鐘片は平安時代の特徴を有するものだが、鋳造に用いられた砂が残るなど実用されたと考えにくく、坩堝や鞴羽口、銅滓なども見つかっていることから、ごく短期間に利用された鋳造工房跡と考えられる。また発掘調査以前に近隣住民が見つけ出していた遺物として仏具と思われる金属椀などが伝わっている。
他に陶器類、陶硯、古銭(皇朝十二銭が全て出土するが宋銭はない)などが出土しているが、いずれも平安末期から降るものは出土しておらず、肥後は平安末期の火災で焼失したのちに崇福寺が当地を離れた可能性を指摘している。
一方で昭和16年に石田茂作は出土した舎利容器の格狭間の様式などから塔心礎納置品を平安時代のものとする説を発表。それらを理由に梅原が撤回した滋賀里山中遺跡を梵釈寺跡、南滋賀遺跡を崇福寺跡とする説を再び取った。これにより梅原と石田の間で崇福寺・梵釈寺論争と称される激しい論争が起きた。梅田は石田が根拠とした格狭間の様式について奈良時代の遺物が極めて少ない点から根拠として薄弱としたうえで朝鮮半島の慶州皇福寺の石塔(706年建立)から出土した舎利容器との類似性を指摘。また瓦、塼仏、鏡の様式、地下式塔心礎、瓦積基壇などを総合的に判断すれば白鳳寺院であることは疑いないとした。これに対し石田は出土した白鳳期の瓦が著しく少ないことや塼仏、鏡の年代観について根拠が薄弱としたうえで、白鳳期に山岳寺院の例がない事、嵯峨天皇の行幸は崇福寺を経て梵釈寺に至ることから崇福寺が麓で梵釈寺を山中とする説などを根拠にした。 こうした論争が交わされている昭和17年に塔心礎納置品の旧国宝指定を進めていた文部省国宝調査室から発表前の指定解説書が流出。そこに平安朝と記されていた事から滋賀県が抗議し、旧国宝指定が見送られる騒動になった。
天喜5年(1057年)の崇福寺再興の折に崇福寺別当を務めた大僧正明尊が後に園城寺長吏になったことを先鞭に、園城寺の高僧が崇福寺別当に補される記録が散見され、この頃から園城寺の関係性が強くなった事がうかがえる。長寛元年(1163年)には延暦寺と園城寺の抗争に巻き込まれて、崇福寺梵釈寺も類焼する記録がある。これも含めて創建から平安末期に至るまでに5回の罹災が記録されており再興もされたようだが、これにより崇福寺は荒廃していったと考えられる。
寛喜2年(1230年)の勅により崇福寺は園城寺の中北両院に付属させられた。この頃、中北両院は園城寺南院と激しく争って互いの堂宇を焼き討ちするなどして荒廃しており、崇福寺を中北両院に付属させたのはその復興のためであったと考えられる。また鎌倉末期成立の『延暦寺護国縁起』には「崇福寺の往時の面影はその跡に無く」とあり、この頃までに崇福寺は崇福寺跡から場所を移していたと考えられる。
永和3年(1377年)の文書に法勝寺の再興を助成する目的で毎年料足を納める寺院の中に崇福寺の名がみえる。他の寺院と比べて多いことからある程度の寺勢を保っていたと思われる。また西教寺に伝わる『刀八毘沙門祭文』の奥書に寛正5年(1464年)に崇福寺で書写したと書かれており、この頃まで法灯を保っていたことが確認できる。