波照間海運
石垣-波照間では、従来、波照間海運のみが定期航路を運航していた(安栄観光も旅客船・貨客船を運航していたが、不定期運航扱いであった)ため、離島航路補助制度による補助を受けてきた。しかし、安栄観光が波照間航路について一般旅客定期航路事業の許可を取得し、2011年1月1日から定期運航を開始したため、波照間航路は同制度の対象から外れることとなった。
波照間海運は、補助を受けられなくなったことや、燃料費の高騰などを理由に、2011年12月11日より、旅客船、貨客船(フェリー)の全便を運休した。しかし、住民の要望を受け、12月24日から臨時に貨客船(フェリー)のみ運航を再開したが、6月より貨客船(フェリー)も運休し、石垣港離島ターミナルの事務所を撤去した。