大分ホーバーフェリー
当期純損失9300万円、繰越損失約3億0900万円で、5000万円の債務超過に陥る。2009年度も運航を継続した場合、1億円超の赤字(純損失)と2-5億円の債務超過が予想された。加えて旅客用ホバークラフトは世界的に衰退傾向にあったことから、船体の建造元である三井造船は2016年限りで交換部品の製造・供給を打ち切ることを大分ホーバーフェリーに通達した。
これらを受け、大分ホーバーフェリー株式会社は、2009年9月30日に、大分地裁へ民事再生手続開始を申し立て、同日保全命令が下りた。負債総額は2009年8月31日時点で5億7300万円。
38年間にわたるホバークラフトの運航は、2009年10月31日をもって終了(形式上「休止」だが実質的に廃止)され、その後、4隻あった船体は売却。所有する事務所、乗り場、保守基地の建屋も解体撤去された。その後、2010年10月28日に会社の再生計画認可が決定したが、最終的には2011年に法人解散となった。
2020年3月4日、大分県知事の広瀬勝貞が記者会見の席上で、大分空港海上アクセスとしてホバークラフト航路を復活させ、2023年にも運航を始めたい意向を表明した。かつての大分ホーバーフェリーのように、運航会社が船舶を保有して運航する形態ではなく、県が船舶購入費や港の関連整備を負担し、公募した民間事業者に船舶を貸し付けて運航を委託する方法(鉄道等でいう「上下分離方式」)で航路再開を目指す。最終的に第一交通産業グループの大分第一ホーバードライブが運航事業者となり、2023年度を目処に運航を開始する方針である。