常陸府中藩
1602年(慶長7年)、出羽国の豪族であった六郷政乗は、関ヶ原の戦いで東軍に与して武功を挙げたため、常陸国府中に1万石を与えられて府中藩を立藩した。1623年(元和9年)、政乗は出羽本荘藩へ移され、その後に皆川広照が入る。広照は松平忠輝の後見人を務めていたことで有名であるが、広照は忠輝の家臣・花井吉成と対立し、さらに忠輝の不行状による責任なども取らされて、浪人となっていた。しかし幕府からやがて赦免され、再び所領を1万石与えられたのである。広照の後は、その子皆川隆庸が自分がすでに領していた5000石と父の遺領を併せて1万5000石を領する。ただし、弟の皆川宗富に1070石を分与したため、1万3930石を領することとなった。1633年(寛永10年)、隆庸は近江国浅井郡に4000石を加増され、約1万8000石を領する大名となる。隆庸の後は子の皆川成郷が継ぐ。このとき、成郷は弟の皆川秀隆に5000石を分与している。しかし成郷は1645年(正保2年)6月に死去。嗣子が無かったため、皆川氏は断絶し、改易となる。そしてしばらくの間、府中藩は廃藩となった。
1700年(元禄13年)、徳川頼房の五男・松平頼隆(保内藩主)が幕府から新たに常陸・陸奥国内において2万石を加増されたため、府中に陣屋を置いて府中藩を立藩する。この時、保内2万石は水戸藩に返還した。ただし藩の所領の大半は陸奥国のほうにあったため、陸奥長沼にも陣屋を置いていた。しかし所領が分散していたこと、所領の生産力が低かったことから財政難が起こり、藩財政を早くから逼迫した。
1869年(明治2年)の版籍奉還で石岡藩と改称する。1871年(明治4年)の廃藩置県で石岡藩は廃されて、石岡県となった。