形態形成
Bicoid、Hunchback、Caudalタンパク質濃度勾配の他の重要な機能は他の接合子性に発現したタンパク質の転写調整にある。それらの多くが発生コントロール遺伝子の"gap"(ギャップ)ファミリーに由来するタンパク質生成物である。hunchback、krüppel、giant、tailless、knirpsは全てギャップ遺伝子(gap genes)である。それらの初期胚での発現パターンは母性効果遺伝子の産物により決定され、その様子は左の図に示した。ギャップ遺伝子は分節遺伝子(segmentation genes)と呼ばれる大きなファミリーの一部である。前後軸に沿った胚の分節化ボディープランを確立させるのがこれらの遺伝子である。分節遺伝子は最終的な体節に密接に関連した14の「擬体節」を特定化する。ギャップ遺伝子は分節をコントロールする遺伝子カスケードの第一層である。
ショウジョウバエ初期胚のシンシチウム胚盤葉内で作用するBicoidの様なタンパク質はモルフォゲンといわれる。これら細胞内モルフォゲンは核に入り、ギャップ遺伝子の発現をコントロールする為の転写因子として働く。
ショウジョウバエの形態形成の胞胚期において4タイプの核の特異化がみとめられる:
前部(頭部と胸部)
後部(腹部)
背腹
末端(胚の分節化されていない特別な構造)