土浦駅
関東鉄道 18:つくばテクノパーク大穂行
キララちゃん A-1・A-2:市民会館循環
(出典:JR東日本:駅構内図)
上野方面からの当駅止まりの列車は、日中時間帯の当駅発水戸方面の列車に接続するものについては2・3番線に到着し、その後折り返し上野方面行きとなる。それ以外のものは1番線に到着する。
水戸方面からの列車は、特急が主に2番線に着発する。普通列車については、当駅での付属5両の連結を行なわず、短時間のみ停車する場合は主に2番線、特急列車の通過待ち及び接続がある時は3番線へ着発する。
2022年3月12日のダイヤ改正より、日中時間帯(下りは9 - 14時台、上りは11 - 15時台)の当駅以北の列車は5両編成での運転となり、2番線で折り返す。基本的には同一ホーム上での乗換を可能としている。他に、上野方面からの15両編成の列車の基本編成(10両)を切り離す列車が3本あり、このうち2本は2番線着発で、残った基本編成が折り返し上り列車となる。
2・3番線ホームに特急列車用の指定席券売機が設置されている。
1番線ホームと2・3番線ホームのグリーン車乗車口付近に1台ずつ計2台Suica専用のグリーン券自動券売機が設置されている。
各ホームの上野方面寄りに喫煙ルームが設置されているが新型コロナウイルス感染拡大防止により2020年以降は使用中止である。
1番線ホームと2・3番線ホームの水戸方面寄りに待合室が設置されている。なお、1番線の待合室は近年改装され、電源コンセントも整備されており、スマートフォンの充電などが可能になる。
中央改札付近にみどりの窓口・指定席券売機・自動改札機が設置されている。
直営駅であり土浦営業統括センター所在駅。管理駅として藤代駅 - 羽鳥駅間の各駅を管理している。
水戸オフレールステーションとの間に1日2往復運行されている。
JR貨物の設備は旅客駅の東側に並行している。コンテナホームは1面でホームの西側に着発線荷役方式(E&S方式)に対応する着発荷役線(上り2番線)1線、東側に留置線1線が接している。ホームの東側にある留置線は、首都圏新都市鉄道つくばエクスプレス車両の搬入用に使用されていた。構内には、営業窓口であるJR貨物土浦営業所が設置されている。
上下線の間の渡り線(片渡り線)は荒川沖駅方面・神立駅方面ともに設置されているが、荒川沖駅方面にある渡り線は荷役線を発着する列車は使用できないため、下り列車は下り本線から荷役線へ直接進入することができない。そのため列車は一度中線に入線し下り方(水戸方)にある入換線へ引き上げ、推進運転で荷役線へ入線している。