カミツキガメ科
1980 - 2000年代には頭骨や上腕二頭筋の形態・ミトコンドリアDNAのシトクロムbおよび12s rRNAの分子系統解析などから、オオアタマガメ科を本科と単系統群を形成するとしてカミツキガメ上科に含む説が提唱された。脊椎骨の形態や核形の比較からオオアタマガメ科はイシガメ科やリクガメ科に近縁とする説もあり、2000年代後半に行われた核DNAやミトコンドリアDNAの全塩基配列の分子系統推定ではオオアタマガメ科はリクガメ上科に含まれるとする解析結果が得られた。
カミツキガメ属は以前はカミツキガメC. serpentinaのみで構成されていたが、1996年にミトコンドリアDNAの制限酵素領域の解析から遺伝的的距離が大きいとして3種に分ける説が提唱された。ワニガメ属は以前はワニガメM. temminckiiのみで構成されていたが、2014年にジョージア州とフロリダ州のSuwannee川流域の個体群がM. swanniensisとして新種記載する説が提唱された。