ゴーマニズム宣言
2005年6月に刊行した本書では沖縄米軍基地問題を描き、沖縄に関心を持とうとしない本土の人間の無関心さを批判した。左翼勢力が強いとされる沖縄では批判的な評論が多いが、反面小林の主張に共感を寄せる県民も少なからずいるようでベストセラーとなった。作品内で日本沖縄同祖論がDNA鑑定により立証されたと主張。2005年8月14日、宜野湾市の沖縄コンベンションセンターで小林よしのりの沖縄論講演会が開かれた際、現在の沖縄の同調圧力の強さ、中国共産党によるチベットへの侵略、台湾への恫喝などを語り、「自国内で平和平和と言ってて、それで平和が来ますか?」と問いかけた。
大東亜論 『ゴーマニズム宣言SPECIAL 大東亜論 巨傑誕生篇』(2014年・小学館)ISBN 9784093897471 『ゴーマニズム宣言SPECIAL 大東亜論第二部 愛国志士、決起ス』(2015年・小学館)ISBN 9784093897624 『ゴーマニズム宣言SPECIAL 大東亜論第三部 明治日本を作った男達』(2017年・小学館)ISBN 9784093897730 『ゴーマニズム宣言SPECIAL 大東亜論最終章 朝鮮半島動乱す!
EXTRA(『わしズム』にて連載) 『ゴーマニズム宣言EXTRA 1』(2004年・幻冬舎) ISBN 9784344006591 『ゴーマニズム宣言EXTRA 挑戦的平和論 上巻』(2005年・幻冬舎) ISBN 9784344010857 『ゴーマニズム宣言EXTRA 挑戦的平和論 下巻』(2005年・幻冬舎) ISBN 9784344010864 『ゴーマニズム宣言EXTRA パトリなきナショナリズム』(2007年・小学館) ISBN 9784093890571
出版業界に対し差別表現を巡って安易で軟弱な姿勢から起こる自主規制に対して批判を加えており、後に部落解放同盟の関係者との対談等につながった。そこから『ゴーマニズム宣言・差別論スペシャル』の題名での書き下ろし本への出版となった。なおこの本の出版にあたっては書き下ろし漫画の表現を巡って小林側と部落解放同盟側と対立する一幕も見られた。