清水谷公考
11月27日に青森口総督に任命されたが、実際の軍事指揮は参謀達がとった。陸軍参謀黒田清隆が注目されるのは、明治2年(1869年)5月11日の箱館市中戦の作戦立案者で、この戦いの勝利により黒田が降伏交渉等を指揮したためである。同年4月28日、清水谷は、蝦夷地江差に上陸し、旧幕府軍が5月18日に降伏すると、翌19日に箱館へ戻って箱館府知事として政務に復帰し、戦後処理にあたった(清水谷公考青森総督日記抄録[国立公文書館蔵])。
同年7月8日に開拓使が誕生すると、清水谷は24日に開拓次官に発令されたが、同日箱館府が廃止された為、その事情を確認すべく8月中旬上京し、結局そのまま次官を辞任、箱館戦争の恩賞として250石を賜った。箱館には9月25日、開拓長官東久世通禧が赴任して、翌10月1日から開拓使が行政を担当した。
後に学問に従事し、明治4年(1871年)からロシアへ留学。明治8年(1875年)に帰国し、同年3月10日、家督を継ぐ。明治15年(1882年)死去。従三位授受。享年38。家督は長男・実英が継いだ。