大学入試センター試験
個別音源方式でトラブルが発生した場合、試験監督者は機械の不具合なのか、それとも試験者の虚偽申告なのかを判断することができない。そのため、大学入試センターはすべての受験者からの申告を信用し、例外なく再テストが受験できるようにしている。
再テストでは、音声が中断してから以降の設問のみを答えられる、と決められている。しかし、試験終了後にプレーヤーの不具合を申し出ても、再テストを受けることはできない。また、大学入試センターは、テスト中に大きな音が発生しても、監督者からの指示がない限り、そのまま回答を続けるよう説明している。加えて、くしゃみや咳などの、周囲の受験者が発する音によってテストに影響が出たとしても、イヤホンで試験が実施されていること、音声は2回繰り返して再生されること、音量はテスト中に自由に調節できることなどを理由に、救済措置は行わない姿勢を示している。
大学入試センターは、機密事項であることや情報の漏洩を防ぐことを理由に、ICプレイヤーがどこのメーカーのものであるかを公表していない。大学入試センターの関連文書では「製造関係業者」とだけ記載されている。
大学入試センターより志願票内容を確認する「大学入試センター確認はがき(出願受理通知)」が志願者宛に届く。ただし卒業見込者には学校単位で届く。
センターでは「高校3年間の学習到達度を測るという趣旨も考慮し、解答とは異なる部分のミスに限定して教育的配慮をした」と説明している。
この救済措置について当時、文部科学大臣を務めていた小坂憲次は、「何年も受験のためにがんばってきた努力を、たった1つのマークミスですべてを失わせるのは、受験者の大半が現役生であることを考えるとあまりにも酷過ぎる」と、センターの対応に理解を示した。一方で文科省は「大学受験生を大人とみて自己責任を負わせるべきなのか、それとも子どもと見て手を差しのべるべきなのか、判断が難しい」とコメントしている。
なお、2007年以降の試験については救済について明示されるようになった。受験科目が複数ある教科(外国語を除く)については、採点者が受験者の回答科目を半ば推測的に判断することになるため、受験科目欄の塗り忘れを救済していない。ただし外国語は、別冊子配付希望を出していない受験生に限り「英語」とみなして採点を行う。同様の理由で、大問ごとに解答欄が設けてある科目(数学など)の解答欄を間違えた場合など、答案に直接関係のある部分のマークミスについては、実際にマークされた内容のまま採点が行われる。一方、答案に直接関係しない「試験会場コード」「受験番号」のマーク漏れ・マークミスは、個人が特定できた場合に限り救済が行われる。
1998年度の本試験「英語」第5問で虫歯治療に関する英文が出題されたが、その内容が現在の歯科技術に全く反するものであるとして、全国保険医団体連合会歯科協議会会長が大学入試センターに意見書を提出した。
2001年度の本試験「英語」第6問の小説文が、三友社出版発行の高等学校英語教科書掲載の文章と出典が同じで、ストーリーも酷似していたことが指摘された。ただし、この教科書がシェア0.25%(採択部数:4,000部)と少なく、さほど大きな問題とはなることはなかった。
2004年、東北大学教授の森田康夫が、センター試験の数学の問題は「計算力」で解けてしまうため「数学力」の判定にはならないという批判を朝日新聞に寄稿した。森田の調査によれば、東北大学が独自に行う二次試験の数学の成績とセンター数学の成績に特に強い相関関係は見られなかったという。
2004年度の本試験「世界史」について、新しい歴史教科書をつくる会は「強制連行」などを確定的事実として扱っており公正であるべきセンター試験がイデオロギー的に偏向していると批判し、同年7月には当時の受験生が原告となって大学入試センターを提訴した。また、藤岡信勝は過去のセンター試験の日本史・世界史の問題25年分を検証し、類似の問題点を含む出題が多数あることを指摘している。なお、訴訟は2005年10月25日に原告請求を棄却する旨の判決が確定している。