富良野川
一方こうした動きに対抗し、上富良野では富良野土功組合設立と同じ年に富良野水田用水組合会が組織されたとの記録もある。前述の通り、早い段階から水利権を設定していた上富良野側にとってはこうした動きは既得権侵害と受け止められた。中富良野・下富良野側も開拓進展による水量減少に悩まされており、上流部における無願造田や気象条件次第で水門が閉められてしまうことに対し不満が募っていた。
1923年(大正12年)7月、水利権を巡って両者が衝突する「三十一号の石合戦」が起きた。乾天続きで富良野川・ヌッカクシ富良野川が減水し、初旬に下富良野の組合員が上富良野にあった水門を破壊した。上富良野側は修繕を繰り返し水門番を置いたが両者の交渉は止まず、下旬には負傷者が出る事態となった。7月26日に水の分配を時間交代で行う旨の協定が行われ沈静化したが、水利権を巡る対立の深さを示す事例となった。紆余曲折を経て1925年(大正14年)4月には、上富良野・中富良野の水量配分の円滑を目的に草分土功組合が設立され、組合対立は和解に至った。