新宿歴史博物館
地上3階、地下1階の構造で、1階部分の入口付近には1913年(大正2年)の開通当時から1991年(平成3年)まで使われていた四谷見附橋の高欄が展示されている。常設展示室・企画展示室共に地下1階にあり、常設では5つのコーナーに分けて、旧石器時代から昭和時代初期までにおける展示が行われている。そこでは、内藤新宿の復元模型、江戸時代の商家、昭和初期の文化住宅の復元家屋や、都電11系統(新宿駅前-月島通八丁目)・12系統(新宿駅前-両国駅)を走っていた5000形のレプリカなども展示されている。
企画展示は、常設展示室の脇の小部屋で年に数回行われる。休憩所では、小田急ロマンスカー3100型NSEの座席や運転台等が保存されており、実際に座る事も可能。地下1階部分には庭もある。
2階には講堂、3階には図書室があり、一般の者も利用可能である。図書室の資料の一部は新宿区立図書館のOPACで検索が可能である。
2002年(平成14年)、新宿歴史博物館の所蔵品 林芙美子の書簡7点が競売入札にかけられていることが発覚。新宿区はこれを27万円で買い戻すとともに、盗難届を出して内部調査を開始。8月23日、新宿区役所環境保全課の職員(犯行時には新宿歴史博物館学芸課に勤務)がこれら所蔵品の横領と転売の容疑で逮捕された。この時期には夏目漱石の『道草』草稿など20点の所在も不明である。
2014年(平成26年)12月9日に区内喜久井町出身の作家・夏目漱石の著作や関連書籍などを集めた「漱石文庫」を館内に開設した。「漱石文庫」の開設時点での資料点数は約200点であった。