日本フットボールリーグ
日本サッカーのリーグ構成の最上位カテゴリである日本プロサッカーリーグ(Jリーグ)とJFLとの関係については、Jリーグの3部に当たるJ3リーグ発足時の2013年12月の公表資料において、JリーグとJリーグ以外のアマチュアリーグは別のヒエラルキー構造とした上で、J3リーグをJFLと同格と位置づけている。また、JFL自身も公式サイトにおけるリーグ構成を示した資料において同様の認識を持っていた。このことは、2023年から始まるJ3とJFLの入れ替え制度導入時のレギュレーションにおいても「Jリーグに入会」「(Jリーグ)会員資格を喪失」という表現が用いられ、「J3へ昇格」「JFLへ降格」という表現は用いられていない。
一方で、2015年4月に改定されたJリーグの公表資料「Jリーグ入会(J3リーグ参加)の手引き【新たに入会を目指すクラブ向け】 (PDF) 」では「JFLからJ3へは最大2クラブが昇格します」「J3での順位が悪かったとしてもJFLに降格することはありません」と、JFLをJ3より下位のリーグ(即ち4部リーグ相当)と見做す表現が用いられている(但し、同資料においてもJリーグとJFL以下のアマチュアカテゴリーのヒエラルキー構造は別である旨が明記されている)。
1999年、Jリーグの2部制移行と同時にジャパンフットボールリーグ(旧JFL)が1998年をもって終了。第7回ジャパンフットボールリーグに参加したチームのうちJ2に参加しなかった7チームおよび前年10月に日本サッカー協会によって参加が承認された横河電機 の計8チームで日本フットボールリーグ(JFL)は発足した。その後、横浜FCが特例としてJFLから準会員扱いでスタートすることが認められたため、1999年の第1回大会は9チームによってリーグ戦が行われた。チーム数は第2回(2000年)は12チーム、第3回(2001年)は16チーム、第4回(2002年)は18チームで開催された。第5回(2003年)に16チームに減少したが、第8回(2006年)から、アルテ高崎が退会した影響で17チームとなった第14回(2012年)を除いて、第15回(2013年)まで18チーム体制であった。
2クラブ以下である場合は4位以内に入ったそのクラブが昇格の対象となる。) 1試合平均入場者数が2,000人を超えており、かつ3,000人に到達することを目指して努力していると認められること。 年間事業収入が1億5000万円以上になり、かつ債務超過ではないことが、合理的に見込まれること。
なおJ3ライセンスを保有し、なおかつ4-1の順位案件をクリアしていても、上記4-2・4-3の案件をクリアできなかった場合、特例がなければJ3入会ができない事例 もある。
また上記の通り、当面はJ3リーグからJFLへの降格は、J3ライセンス未交付によりJリーグを除名・退会せざるを得ない場合を除き基本的には行われないが、2017年1月の信濃毎日新聞との記者会見に応じたJリーグチェアマン(取材当時)の村井満は、将来的なJ3の成績によるJFL降格の制度を採り入れる可能性を示唆しており、2017年6月に行われたJリーグ理事会でも、J3リーグのあり方(全国リーグの維持等)に関連してJ3からJFLへの降格(入れ替え)制度の導入を含めて議論が行われている。
2020年度と2021年度は上記の4-2と4-3の案件に関しては、新型コロナウィルスによる、入場者数制限(無観客含む)が行われていることなどから、一時的にこの項は削除されており、順位案件のみとなっていたが、2022年度から入場動員案件が再開された。
1999年・第1回 旧JFLに代わる新たなアマチュアの全国リーグとして9チームで開始 11月、Jリーグ理事会で水戸ホーリーホックのJリーグ入会が承認される
2000年・第2回 参加チームが増加(9チーム→12チーム) リーグ戦が3回戦総当りから2回戦総当りへ変更 12月、Jリーグ理事会で横浜FCのJリーグ入会が承認される
2001年・第3回 参加チームが増加(12チーム→16チーム) 延長Vゴールの廃止
2002年・第4回 参加チームが増加(16チーム→18チーム) この年のみリーグ戦が2回戦総当りから1回戦総当りへ変更(2002 FIFAワールドカップ開催による臨時措置) JFL・地域リーグ間での入れ替え制度を導入
2003年・第5回 参加チームが減少(18チーム→16チーム) 10月、ジヤトコサッカー部がシーズン終了後のJFLから退会
2004年・第6回 12月、Jリーグ臨時理事会で大塚製薬サッカー部(→徳島ヴォルティス)、ザスパ草津のJリーグ入会が承認される 12月、国士舘大学サッカー部がJFLから退会
2005年・第7回 12月、Jリーグ臨時理事会で愛媛FCのJリーグ入会が承認される
2006年・第8回 参加チームが増加(16チーム→18チーム) 9月、佐川急便東京SCと佐川急便大阪SCが合併し、翌シーズンより佐川急便SCとしてJFLに参加することを発表
大学チームは旧JFL時代の1998年に国士舘大学サッカー部が試験的に参加しており、このテストの結果を受けて1999年の第1回JFL開幕以後、大学サッカー連盟の推薦を得れば参加できるレギュレーションが定められた。これまでに国士舘大学、静岡産業大学、流通経済大学が参加した。
当初は大学チームは社会人リーグと大学リーグで選手の二重登録(掛け持ち)が認められていたが、2010年の規約改正に伴い二重登録が禁止された。このため、2010年シーズンの流通経済大学は個別のクラブチーム「流通経済大学フットボールクラブ」を編成した上で参加した。また、全国地域サッカーリーグ決勝大会についても、2009年までは大学生チームの参加希望があった場合、全国大学サッカー連盟の推薦が得られれば推薦枠として出場することが可能であったが、2010年の規約改正により推薦出場は不可能となった。