上野市駅
伊賀神戸方面の一部列車は1番のりば発着に変更となる(※1番のりばは両方向の到着・出発に対応している)。
上野市車庫との入出庫は2番のりば側しかできない(※駅ホームから入出庫することができないため、駅東側でスイッチバックを行って上野市車庫へ入出庫する)。
側線(1線)を有している(※こちらも駅ホームから入出線することができないため、駅西側でスイッチバックを行わないといけない)。
当駅を境に運転系統が分かれており、伊賀神戸方面と伊賀上野方面を通して乗る場合は、基本的に乗り換えを必要とするが、直通する列車も設定されている。
当駅は伊賀鉄道線で唯一の夜間滞泊設定駅となっている。