船舶警戒部
所要の人員及び兵器は、各鎮守府に陸上保安警戒を任務として設置されていた海軍警備隊(海兵団の職員で構成)に所属した(昭和17年内令第1136号)。例として横須賀鎮守府の横須賀海軍警備隊では、同年7月8日から民間船に船舶警戒隊の配乗を開始し、7月中に22隻、8月中に29隻に配乗させている。
太平洋戦争後期になるとアメリカ海軍潜水艦の通商破壊が激しくなったため、1943年(昭和18年)11月、日本海軍は海上交通保護の専門組織として海上護衛総司令部を創設。これを契機に、1944年(昭和19年)2月1日、民間船舶の自衛武装を統一的に管理運用するため、海上護衛総司令部の下部組織として船舶警戒部が設置された(昭和19年内令第275号)。船舶警戒部は横浜港に本部を置く外、11箇所の内地港湾と6箇所の外地・占領地港湾に支部を置いた。そして、終戦に至るまで、民間船舶の自衛武装を運用する船舶警戒兵の兵員教育や人事、派遣、給与などの一切を所管した。