ファゴソーム
ファゴソームは組織の恒常性を維持するため、老化細胞やアポトーシスを起こした細胞を分解する。赤血球は体内で最もターンオーバー率が高いものの1つであり、肝臓と脾臓のマクロファージによる食作用を受ける。胚での死細胞の除去過程はよく特徴づけられてはいないが、マクロファージや他の造血幹細胞に由来する細胞によって除去されているわけではない。アポトーシスを起こした細胞に対して専門食細胞が食作用を行うのは成体のみである。炎症過程は特定の病原体関連分子パターン(PAMP)やダメージ関連分子パターン(DAMP)によってのみ開始されるため、老化細胞の除去は炎症反応を促進しない。
ファゴソームはリソソームと融合してファゴリソソームを形成する。ファゴリソソームはさまざま殺菌作用を有する。ファゴリソソームには活性酸素種や活性窒素種(英語版)、加水分解酵素が含まれる。また、この区画は膜を越えてHを輸送するプロトンポンプ(V-ATPase)の作用のために酸性であり、このことも細菌タンパク質の変性に利用される。
ファゴリソソームの正確な性質は食細胞のタイプによって異なる。樹状細胞のファゴリソソームは、マクロファージや好中球のものよりも殺菌作用は弱い。また、マクロファージは炎症促進性の"killer"型のM1と"repair"型のM2に分けられる。M1マクロファージのファゴリソソームはアルギニンを反応性の高い一酸化窒素へ代謝することができるが、一方でM2はアルギニンをオルニチンの産生に利用し、細胞増殖と組織修復を促進する。
ファゴソームの膜は細胞膜の融合によって形成されるため、両者のリン脂質二重層の基本的組成は同一である。その後、特に取り込まれた粒子が寄生虫などのように非常に大きなものである場合、エンドソームとリソソームがファゴソームに融合し、その膜構成に寄与する。また、これらはさまざまな膜タンパク質もファゴソームに運搬し、構造に変化を加える。
人工的な低密度ラテックスビーズを取り込ませ、スクロース密度勾配遠心によって精製することで、ファゴソームの構造や組成の研究が行われている。さまざまな時点でファゴソームを精製することで、その成熟過程の特徴づけが行われる。初期ファゴソームはRab5の存在によって特徴づけられ、後期ファゴソームへ成熟するにつれてRab7へと移行する。