ワンダービートS
ホワイトペガサスが最初に建造した特殊体内出動艇。マンボウ形をしている。出動の際には上部に5本の透明パイプ(途中で1本の合流)を伝って上下するエレベーターによって乗り込み、機体に抗体保護液を吹き付け、黄→オレンジ→赤の特殊な光を使って焼き付ける、これにより体内に入った際にリンパ球や白血球などの抗体から2450秒間(約40分)のみ活動が可能となる。だが抗体保護コーティングは制限時間を過ぎてしまうと次第に効力が薄れてしまい、切れると体内の異物として消滅させられてしまうため、タイムリミット内でしか潜行出来ないのが弱点だった。発進の際には機体後部に加速用ブースターが接続され、ミクロ化を行うためのエリア「マイクロ・ループ」突入までの間、加速に必要な分の推力を得ている。第14話でマユミの大脳内に侵入したメドロモンスターの罠にはまり、航行システムを破壊され行動不能になるが、クルーはタイムリミット寸前に救助に来た2代目ワンダービート号によって救出された。そして第15話の最後で、ドクター・ミヤの「体内に異物となったワンダービート号を残すわけにはいかない」という(やむを得ない)非情な決断で、2代目ワンダービート号のレーザー・キャノンによって破砕された。 主な装備 エンザーペリットガン(酵素弾丸銃) ワンダービート号の主要装備の一つ。酵素を泡状にして細胞に発射し、その部分を一時的に拡張させ進路を開くことが出来る。
ビジュール星人が人体侵入のために使用する深緑の船。ワンダービート号をはるかに上回る大きさで、人体侵入する際には海底にある秘密基地「ストーンヘッド」よりワープ航法によって行われる。 主な武装 エネルギー衝撃波(青色) 破壊用衝撃波(赤色) 第13話においてワンダービート号に対して使用、機体装甲に亀裂が発生し、操縦コンソールがショートするほどの大ダメージを与えた。大量のエネルギーを消費するらしく、これ以降使用されなかった。