日米核持ち込み問題
2010年(平成22年)3月に政府調査報告書では佐藤がニクソンと交わした、有事の際に沖縄への核持ち込みについて、事前協議が行われた際には日本側が「遅滞なく必要を満たす」ことを明文化した密約の文書が確認されたが、外務省の中で引継ぎがされた形跡がないという理由から日本政府として米国政府と密約したことは確認できないと結論づけた。一方で内閣は鈴木宗男からの質問主意書に対して「発見された佐藤・ニクソン会談議事録は真正文書であると考える」旨の答弁書を閣議決定している。
2010年9月1日に日本社会党(現:社会民主党)所属の村山富市元首相は核持ち込みについて、「私が総理をやっているときには、全然、問題になったこともありませんしね。これは、全然、私は聞いたこともありません。だからこれはわかりませんけれどもね。その程度の話ですね」、「あまり関心もなかった。後からいろいろ出てきて、ああ、こんなこともあったんじゃな、というようなことは思いましたけれどもね。その程度の話ですね。」と述べている。
日米首脳会談で沖縄返還に合意した3日後の1969年11月24日付のリチャード・ニクソンからヘンリー・キッシンジャーに宛てたメモによると、「大変満足できる内容の秘密合意を日本と結んだ」「佐藤栄作との約束に背かない範囲で」「外部に漏れたら密約の存在は否定する」日本政府から秘密裏に「沖縄の基地使用に関する際保証」を得ている事を上院の民主党の有力議員2人に伝えるように指示した事が機密解除され分かり、「核抜き本土並み」の返還のはずが骨抜きにされていたことをニクソン自身が明らかにしていた。
なお、この密約を公開したとして毎日新聞社政治部の西山太吉記者らが国家公務員法違反で有罪となった西山事件が起きた。