吉野水分神社
さらに、「みくまり」が「みこもり」と訛り、「御子守り」として、平安時代中期頃から「子守明神」と呼ばれるようになり、藤原道長の日記『御堂関白記』や清少納言の『枕草子』にも「子守明神」として登場している。また、道長は寛弘4年(1007年)に、金峰山山上の子守明神に金銀五色等を奉ったと記録に残り、当時の権力者からも崇敬を受け子授けの神が信仰を集めていたことが分かる。
12世紀ごろには神仏習合により、水分神は地蔵菩薩の垂迹とされ(子守権現)、金峰山の蔵王権現(金峯山寺)に属する神社として修験道の行場の一つとなっていた。
豊臣秀吉が文禄3年(1594年)に吉野の花見で吉水院(現・吉水神社)を本陣とし5日間滞在したが、そのおりに当神社を訪れ子授けを祈願し、秀頼を授かったと伝わる。現在の社殿は秀吉の意志を継いだ秀頼によって慶長10年(1605年)に再建され桃山建築の華麗な様式を伝えている。作事奉行を務めたのは豊臣家臣で尼崎郡代の建部光重である。
本居宣長は、父・定利が子守明神へ祈誓し授かった子であると、子供の頃に母から度々聞かされたため、のちに宣長は『菅笠日記』で自身を水分神社の申し子と記し、また、他にも水分神社を歌にも詠んでいる。
明和4年(1767年)、紀の川の難所ザタブチ(ザッタブチ、座頭淵)において年々死者が出たため、筏乗り達が相談の末、水分神社に高さ61段の石段を献納し、それから1人も水難が無かったため、「筏乗りの神様」と崇められたという伝説がある。
明治の神仏分離によって金峯山寺より独立し、村社に列格した。
文献によっては再建年が「慶長9年(1604年)と慶長10年(1605年)の2説がある。その一例を上げると信頼性が高いと考えられる文化庁設置の「国指定文化財等データベース」があるが、その中の「紀伊山地の霊場と参詣道」の構成資産「吉野水分神社」の説明文で、「吉野水分神社社殿は本殿・拝殿・弊殿・楼門・回廊からなり、1604年に再建されたもの」とあるが、同じデータベース内の重要文化財「吉野水分神社」を見ると「1605年」となっている。同じ文化庁のデーターベースでさえ2説が混同されている。考えられる理由として、豊臣秀頼が吉野水分神社へ奉納した神輿に「慶長九年九月」の墨書銘があり、釣灯籠・鰐口・柴灯籠などの銘文、本殿長押の墨書にも慶長9年(1604年)とあるが、本殿棟札は慶長10年(1605年)となっている。そのためそれらが混同され、文献によって再建年の違いが出ていると考えられる。ここでは本殿棟札が慶長10年(1605年)であることを根拠に社殿再建年を慶長10年(1605年)として扱う。