柳生心眼流
この伝承はのちに、広島県に伝えられ、少なくとも明治期に至るまで、同地で柔術などが多くの若者に教授された。現地には現在も奉納額が残されている。なお、この麻田藩の伝承はさきの小山左門の系統に連なるものと思われ、幕末期から明治にかけて活躍した後藤柳生斎は、江戸、大阪を中心に広くその技を伝えている。この流れは一名「後藤派柳生流」とも称せられ、合気道創始者・植芝盛平が堺で中井正勝よりこれを学び、その師と思われる坪井政之輔名義の、初段・中段が一つになった巻物を得ている(現在、合気会より一般公開された免状からは初段の表記だけが確認できる)。なお、当時大阪では坪井の他、後藤門下と思われる二人の師範がそれぞれ柳生流柔術(一部に剣術も。なお、さきの中井正勝は鏡新明智流の剣術家でもあった)を教授していたことが確認されている。
江戸伝に連なる後藤柳生斎の次代となる大島一学正照は、江戸末期から明治にかけて同流を教授したが、江戸期の伝承は関西方面(兵庫)と江戸(小伝場町近辺)でそれぞれその伝承が確認される。その後、先述のとおり新徴組に参加してのち、明治となって、山岡鉄舟の援助で東京に道場を開き同流を教授。これを学んだ星野天知は明治文壇で活躍した人でもあり、女子武道を工夫して、明治女学校などで教授している。なお、星野には『柳生心眼流 練武の秘伝も語る』という著書がある。星野の修行時代とほぼ同時期、のちの講道館柔道創立者である嘉納治五郎が、大島の元でわずかな期間、棒術の手ほどきを受けたことが嘉納自身の手記によって明らかとなっている。
東北伝においては、戦国時代、羽州庄内出身の羽州帯刀が神眼流を開き、これを奥州仙台の竹永隼人が学んだ。竹永隼人は神眼流・首座流・神道流・戸田流を学んだ後、江戸に出て柳生宗矩より柳生新陰流を学び柳生心眼流を開いたと伝えられる。
江戸時代の仙台藩では複数の系統に分かれて伝承され、剣術流派となった系統や槍術流派となった系統、柔術や棒術を伝えて捕手術の流派となった系統など、伝える武術も系統により異っていたようだ。また、仙台藩以外に、盛岡藩や支藩の八戸藩にも剣術を中心とする系統と甲冑組打を中心とする系統が伝わり、八戸と三戸には同流の奉納額が納められており、現在も拝観することができる。この伝は少なくとも幕末のあたりまで伝承されている。また、後者の江戸時代末期から明治にかけての伝承者である新渡戸十次郎は、『武士道』の著者そして旧五千円札紙幣の肖像の人物として著名な新渡戸稲造の父親である。
当流継承者である小山左門が江戸にて伝えた流れは江戸(浅草)に伝承され幕末に至って新徴組に属した大島一学が出ている。講道館柔道創始者・嘉納治五郎も一時期大島に学んだ(正式入門であったかは不明)。この系統は現在、神奈川県及び東京都に伝承されている。
伊予史談会文庫所蔵の1827年(文政10年)頃に作成された剣術英名録『撃剣名家録』には、摂津国の麻田藩(某誌で「原文では「播州麻田藩」と記されているが摂州の誤り」とあるのは誤り。原文の摂州の崩し文字が読めなかっただけ。現在の大阪府豊中市あたり)の家中に柳生心眼流の剣術家がいたことが記されている。