つくばセンター
つくバスの上郷シャトルと南部シャトルが発車する。つくば駅改札外エレベーターの地上出口前に位置する。
筑波大学 筑波キャンパス西・南・中・北地区 - [C10](右回り)「筑波大学病院入口」以遠、又は[C10](左回り)「メディカルセンター病院」以遠の各停留所下車。
筑波大学 筑波キャンパス春日地区 - [C10](右回り・左回り)「筑波大学春日エリア前」下車。
筑波技術大学 天久保キャンパス(産業技術学部) - [C8][18]「筑波技術大学産業技術学部」下車、又は[C10](左回り)[C8A]「合宿所」下車徒歩5分。
筑波技術大学 春日キャンパス(保健科学部) - [C10](右回り)「平砂学生宿舎前」下車。
茨城県立筑波高等学校 - [HB][OB]「筑波交流センター」下車。
茨城県立竹園高等学校 - [11][11B][12][19][71]「竹園高校前」下車徒歩4分。
茨城県立並木中等教育学校・並木高等学校 - [21A][C22][71]「学園並木」下車、又は[CG](右回り)「並木大橋」下車。
茗溪学園中学校・高等学校 - [CG]「茗渓学園」下車すぐ、又は[31][31A][32A]「環境研究所」下車徒歩5分。
茨城県立つくば特別支援学校 - [OB]「つくば特別支援学校」下車、または[C10]「一ノ矢学生宿舎前」下車徒歩20分。
2008年7月からの再整備工事以前は、外周部と中央部にバスバースが、南寄りにターミナルビルの「つくばターミナル」やタクシープールがあった。バスの出入口は北(学園中央通り)側と南(つくばクレオスクエア(現:トナリエつくばスクエア)「Q't」)側の2ヶ所であった。開設当初からバスレーンへの一般車乗り入れは禁止されており、別に一般車乗り付けスペースを設置していた。
各バス乗り場をつなぐ橋上駅のような陸橋(階段)が設置されており、2階にあたる階層はペデストリアンデッキとつながる「つくばセンター広場」と同じであった。ターミナルビルは同広場の階層と同じ2階にも出入口があった。これは路線数の関係上ほとんどのバスが外周部分からの発着となるためあまり利用されていなかったが、つくば駅開業後はこの陸橋の一番北の階段(8番乗り場)が駅へのエスカレーター(A3出入口)と事実上接続する形となり、駅からデッキ、つくばセンタービル方面へ移動する通行者が若干増加した。ターミナルビル横には「つくばセンター広場」に上る専用エスカレーターもあった。