日ユ同祖論
つまり、Y染色体にAlu配列(YAP+因子)を持つ者が一定頻度で存在する地域は、アフリカと地中海沿いの中東からイタリア南端にかけてとチベットと日本のみであり、日本人のY染色体の30〜40%については、DNA塩基配列が近縁関係にあるものは周辺国等にほとんどなく、チベットやアンダマン諸島、アフリカ、中東のY染色体と近縁関係にある。なお北アフリカでのEグループの存在率は約75%、エチオピアのユダヤ人とされる集団でのEグループの存在率は約50%とされている。また、Eグループの中でも特にE1b1bは、ヘブライ語、アラビア語、エジプト語などを含むアフロ・アジア語族に関連するとされている。
現代ユダヤ人におけるY染色体ハプログループはDoron M. Behar博士の研究では、次のような割合とされている。
スファラディ・ユダヤ人(欧州系)
J(28%)、E(19%)、R(33%)、他(20%)
アシュケナージ・ユダヤ人(欧州系)
J(38%)、E(20%)、R(19%)、他(23%)
両者ともに、Eが20%程度と高頻度であることがわかる。Rは、ヨーロッパ人との混血で入ったものといわれている。Jが多いことや、コハニム(祭司系)にJが特長的であることから、Jが古代ユダヤ人の固有ハプログループではないかという議論もある。
まずユダヤ教では旧約聖書への理解、子孫への伝承は必須条件とされるが日本ではその内容は口伝すらされていない。
旧約聖書のアブラハム(紀元前17世紀)の孫はヤコブ(別名イスラエル)であり、ヤコブの12人の息子を祖先とするのが、イスラエル12支族である。12支族はアシェル族、エフライム族、ガド族、ベニヤミン族、イッサカル族、ルベン族、マナセ族、ダン族、ナフタリ族、ゼブルン族、ユダ族、シメオン族に分かれているとされる。孫のヤコブ(ヤアコブ)の時代にエジプトに移住した後に、子孫はやがてエジプト人の奴隷となる。400年程続いた奴隷時代の後に紀元前13世紀にモーセ(モーゼ)は民族をエジプトから連れ出し、イスラエル12支族はシナイ半島を40年間放浪し定住を始め、200年程かけて一帯を征服して行く。カナンの地に住み、ダビデ王(紀元前1004年‐紀元前965年)の時代に統一イスラエル王国として12部族がひとつにされる。ソロモン王(紀元前965年‐紀元前930年)の死後、南北に分裂して、サマリヤを首都に10部族による北王国イスラエルと、エルサレムを首都にする2部族による南王国ユダに分かれた。北王国は紀元前722年にアッシリアにより滅ぼされ、10支族のうち指導者層は虜囚としてアッシリアに連行された。この10支族の行方は文書に残されていないため、2部族によって「失われた10支族」と呼ばれた。アッシリアに征服された後、信仰を深めるため、信仰を邪魔されない場所に移るとして、消息不明になったとされる(エズラ第4書13:39〜47)。
宗教学者の大田俊寛は、同祖論普及の背景には、聖書に出てこない日本が神の救済対象に含まれているのかという不安があったと論じている。
この他、反ユダヤ主義から親ユダヤに転向した酒井勝軍は、逆説的に、日本民族がユダヤ人含む全人類の起源であると主張した。近年では、イスラエル・アリエル大学のアビグドール・シャハン博士や、ユダヤ人研究家のジョセフ・アイデルバーグなども、古代イスラエルと日本の文化伝統の類似、ヘブル語(ヘブライ語)と日本語の類似などを説いている。DNAは類似していないにも関わらずユダヤ同祖論を強弁する、日ユ同祖論者はトンデモ論者とされている。
学術的には偽史運動のひとつとされている。ユダヤだけでなく日本人シュメール起源説などこの手の起源説はオカルト等では人気のジャンルである。20世紀の終わりには、日ユ同祖論に関する多くの本が販売され、世界のユダヤ人支配を主張した数多の理論と説明が出回った。これらの本は「トンデモ本」と呼ばれ、オカルトとタブロイドのような推測の要素を含んでいた。なお、日ユ同祖論自体は、日本とユダヤの祖先が同じであるとの主張であり、「親ユダヤ的な主張」もある一方、祖先が同じであるがゆえに「ユダヤも日本と同じく民族の誇りを回復して、世界を睥睨する地位に就かんとしている」と警鐘を鳴らす反ユダヤ主義的な主張でもあり、内田樹は日ユ同祖論には「親ユダヤと反ユダヤが矛盾なく同居している」特徴があるのだと説明する。
紀元前722年、北イスラエル王国はアッシリアに滅ぼされ、10部族は各地に離散、その後南王国も預言者から滅亡すると言われ、イザヤ一行は神の契約の箱とともに国を飛び出した。 『旧約聖書第一イザヤ書』に「アモツの子、イザヤ」と書かれている。 一方、日本の伊弉諾尊(いざなぎのみこと)の父は、「面足尊(おもだるのみこと=日本書紀、古事記では於母陀流神)」であるが、「面」は訓読みでオモ、「足」は中国語でツまたはジュと発音するので、オモツ、アモツとなり、イザヤの父の名前に似る。依って、アモツ=面足尊、イザヤ=伊弉諾尊ではないか、との説がある。