ロングアイランド鉄道本線
本線の全区間のうちイースト川トンネルへを往来可能な区間はジャマイカ駅の西からハロルド信号場の間の区間までしかないため、ペン・ステーションへ向かうすべての列車はこの区間を通る。ハロルド信号場からロングアイランドシティ駅までの区間は、ロングアイランドシティ駅やハンターズポイント・アベニュー駅が始発・終着の列車が使用する。
ジャマイカ駅の東はヘンプステッド支線、オイスターベイ支線、ポートジェファーソン支線、ロンコンコマ支線(電化区間の東端であるロンコンコマ駅が終点)の全列車が使用する。モントーク支線の列車のうち数本はベスページ駅の東で分岐しセントラル支線を経由しバビロン駅へ行くために本線を使用する。各支線の分岐駅はそれぞれ、クイーンズ・ビレッジ駅(ベルモントパーク支線)、フローラル・パーク駅(ヘンプステッド支線)、ミネオラ駅(オイスターベイ支線)、ヒックスヴィル駅(ポートジェファーソン支線)、ベスページ駅(モントーク支線)である。
なおモントーク支線の列車の停車駅はジャマイカ駅以東ではミネオラ駅とヒックスヴィル駅など数駅しかない。
本数は少ないが、scootsとして非公式に知られているディーゼルのシャトルトレイン (shuttle train) がロンコンコマ駅からグリーンポートの間で運行している。また週末のみ運行の列車がメモリアルデーからコロンブス・デーの間にロンコンコマ駅以東に限り列車を運行しているが、2014年から約10週間延長される予定である。