FC東京の下部組織
優勝した2006年のベルリン・ユースサッカー大会、2016年のIBER CUPはいずれも2年生が出場。
「深川」「むさし」それぞれの選手からなる混成チーム。
同年のプレミアリーグでは、コンサドーレ札幌U-18(同年優勝)に次ぐ堅守の一方で、中軸であるMF橋本拳人・MF野澤英之のポジションを固定できずに得点が伸び悩み9位に終わり、関東リーグへの降格を喫した。
2012年より、実戦機会確保のため、Bチームだけで新たにリーグ戦に参加している。
2014年、プリンスリーグ関東で2位になり参入戦を勝ち上がり、プレミアリーグへ再昇格した。
2016年からU-18は育成部から離れ強化部に組み込まれた。また、「FC東京U-23」発足に伴ってU-18の各選手は「トップチーム」「U-23」「U-18Aチーム」「U-18Bチーム」の4チームのいずれかに振り分けられることになった。選手によっては複数チームの兼ね合いによって負担が増すものの「今までは環境が整備されすぎたところもあった」(立石敬之GM) と過密日程への対応も踏まえた育成を進めている。 クラブユース選手権、Jユースカップとカップ戦で強さも見せ、プレミアリーグ戦では2位の好成績でシーズンを終える。
2017年はクラブユース選手権を2年連続で優勝し、プレミアリーグEASTも優勝。チーム史上初のチャンピオンシップを獲得した。
2019年、プリンスリーグ関東を優勝し、参入戦でも勝ち1年でプレミアリーグに復帰を決める。