スーパーロボット大戦COMPACT2
新規参戦は第1部に『破邪大星ダンガイオー』『忍者戦士飛影』、第2部で『マシンロボ クロノスの大逆襲』の計3作品。第3部には第1部、第2部の全作品が登場。ワンダースワンのメインのユーザーが20代前後であることを踏まえ、1980年代の作品をメインにすえている。また、登場作品に明記されていないが『超獣機神ダンクーガ』はOVA『超獣機神ダンクーガ 白熱の終章』のストーリーが主軸となっており、『聖戦士ダンバイン』もOVA『New Story of Aura Battler DUNBINE』から一部のキャラクターやユニットが登場する。
『忍者戦士飛影』は原作での飛影の神出鬼没かつ圧倒的な強さが再現されており、『マシンロボ クロノスの大逆襲』は原作通り主人公のロム・ストールが登場時に決め台詞を放ち、その際には専用カットインとBGMが用意されている。
そのほかに、これまでのガンダムシリーズ主導のストーリーのマンネリを打破するため、あまり描かれることのなかったスーパーロボットの敵キャラクターが多数登場し、掘り下げられている。また、第2部にはゲッターロボシリーズが登場しない。これは本シリーズ初。さらに第3部においては『真ゲッターロボ(原作漫画版)』の主役ロボットである真ゲッターロボは、条件を満たさないと登場しない。その条件も第2部主人公機の後継機の入手条件と相反しており、どちらか一方しか入手できない。
SDで表現されたロボットたちが競演するクロスオーバー作品「スーパーロボット大戦シリーズ」の一つ。シリーズ内シリーズであるCOMPACTシリーズの2〜4作目にあたるが、前作『スーパーロボット大戦COMPACT』とはストーリー的に関係のない独立した作品である。
本作はシリーズ初の3部構成であり、下記のタイトルで3つのカセットに分けて順番に発売された。スーパーロボット大戦シリーズで初めてサブタイトルがつけられた作品でもある。
『スーパーロボット大戦COMPACT2 第1部:地上激動篇』(-ちじょうげきどうへん)
『スーパーロボット大戦COMPACT2 第2部:宇宙激震篇』(-うちゅうげきしんへん)
『スーパーロボット大戦COMPACT2 第3部:銀河決戦篇』(-ぎんがけっせんへん)
ステージ数は第1部が全31話(分岐を入れると35話)、第2部は全31話(分岐を入れると34話)、第3部は全30話(隠しステージを入れると31話)となっており、『COMPACT2』全体では全92話(分岐や隠しステージを含めた場合、全100話)もの長大なストーリーが特徴である。
戦闘時に隣接する友軍ユニットが援護を行うシステム。1997年発売の『スーパーロボット大戦F』に存在した精神コマンド「みがわり」(指定した友軍機が攻撃された際、代わりに被弾する)を発展させたもの。攻撃時に追加攻撃を行うサポートアタック(援護攻撃)と、被弾時にダメージを肩代わりするサポートガード(援護防御)の2種類が存在。本作では援護されるユニットと援護するユニットが同じ高度にいる必要があり、飛行可能なユニットであっても地上から空中には援護できない。また援護可能な場合は必ず援護行動を取り、援護攻撃時の武装も自動的に選択される。
サポートアクションシステムは以降の作品でも「援護システム」と表記を変えて定着し、標準的なシステムとなる。2001年発売の『スーパーロボット大戦α外伝』および『スーパーロボット大戦A』では援護行動のキャンセルが可能になり、2002年発売の『スーパーロボット大戦R』で完全にプレイヤーが援護行動をコントロール可能になった。