宮藤官九郎
続く、『木更津キャッツアイ』『タイガー&ドラゴン』の脚本を担当し、人気脚本家の一人となる。
2003年度第41回ゴールデン・アロー賞特別賞を受賞する。
2005年、しりあがり寿の漫画の映画化『真夜中の弥次さん喜多さん』で映画監督デビューを果たす。同年、第1子(長女)が誕生。
中学時代は河合その子と斉藤由貴のファンだった。2006年には、斉藤由貴を主演に起用した『吾輩は主婦である』で、はじめて昼ドラの脚本を手がけている。
2006年、アニメ映画『鉄コン筋クリート』に、声優として参加。舞台挨拶では「自分の声が嫌いである」と語った。
2006年11月に出版された枡野浩一の『ショートソング』に短歌を寄稿。
2013年上期の連続テレビ小説『あまちゃん』の脚本を担当し、第78回ザテレビジョンドラマアカデミー賞作品賞・脚本賞や2013年新語・流行語大賞のほか、複数の賞を受賞した。
2017年、テレビドラマ『ゆとりですがなにか』の脚本による成果が認められ、第67回芸術選奨文部科学大臣賞を受賞。スピンオフドラマにおいては、インターネットドラマの脚本をはじめて手がけた。
2019年、NHK大河ドラマ『いだてん〜東京オリムピック噺〜』の脚本を担当。
2020年3月31日、新型コロナウイルスに感染したことを明らかにした。腎盂炎の治療を受けていたところ、同日に感染が判明したもので、症状について、発熱はしているものの、肺炎や風邪症状はないことを宮藤自身がコメントしていた。4月7日に退院。5月11日、パーソナリティーを務める『ACTION』(TBSラジオ)にリモート出演で復帰。6月1日、スタジオ復帰。
ティンポン(2002年) - 『ピンポン』DVD映像特典として制作された短編映画
木更津キャッツアイ 日本シリーズ(2003年) - 部分演出
真夜中の弥次さん喜多さん(2005年) - 長編劇場映画デビュー作。
少年メリケンサック(2009年)
中学生円山(2013年)
TOO YOUNG TO DIE! 若くして死ぬ(2016年)