化学データベース
前処理には、普通、分子のフラグメント構造の有無を表現するビット列に展開する作業も含まれる。検索構造がフラグメントにあるかどうか見つけるには、探索される分子構造と ABAS 比較される際に検索構造を表すフラグメント存在し得ないものを除外する必要がある。この除外操作はスクリーニングと呼ばれ、それを実装するのにビット列が使用され、それは構造キー(structural keys)とも呼ばれる。このようなキーの検索効率はフラグメントを選択に使用するキーの組み立て方とデータベース中の分子構造にそのキーが存在する確率に依存する。他の種類のキー構築方法にフラグメントから算術式で導出されるハッシュ値を元にする方法が使用されている。この方法はフィンガープリントとも呼ばれるが、時としてこの語は構造キーと同義語のように使用される。構造キーやフィンガープリントを格納するのに必要な記憶容量は折りたたみ処理により低減され、キーの比較する部分をビット単位操作で比較するのであり、ビット列全体で比較しないことで高速化される。
多くの化学データベースは反応の過程で一過性に現れる様なものではなく、安定している分子の情報を格納する。化学構造の表現は、伝統的には、原子と化学結合を表す線分とを使用して、平面上に描かれる(2D構造)。この抽象化された表現は化学者向けの表現であり、この表現は計算化学や、特に検索や格納についていうならば適当な方式ではない。
化学データベースは、そのデータ構成により化学物質データベース(化合物データベース)と化学反応データベースとに分けることができる。化学反応は「反応物の化学物質」と「生成物の化学物質」を反応条件等で関連付けたデータ構成になるため、化学反応データベースは化学物質データベースの技術を基に構築されるのが普通である。
巨大な化学データベースは幾百万の化合物をテラバイト級のストレージに格納している(2005年時点で CAS は2,500万項目の化合物を格納している)。