アメリカ連合国の国旗
南軍兵士の顕彰のための退役兵パレードには南軍旗が大量に飾られたほか、1913年に開催されたゲティスバーグの戦い50周年の南北退役兵による現地集会(1913 Gettysburg reunion)は南軍旗が国民的行事に受け入れられたように見える転換点となった。1915年公開の大ヒット映画『國民の創生』も南軍旗を大きく取り扱っており、南軍旗を広めるうえで影響があった。
第二次世界大戦中、アメリカ軍の南部出身兵士からなるいくつかの部隊は南部旗を非公式のエンブレムとした。また南軍旗などを戦場に持ち込む兵士もあった。沖縄戦の後、首里城の上には海兵隊第5連隊A中隊(自称「レベル・カンパニー」)の兵士が掲げた南部旗が翻った。この旗は遠くからも見えたため、すぐさま引き降ろされて星条旗に代えられた。黒人兵士達が南部旗に対して不満を訴えることが増えた後、南部旗を使用した兵士は調査の対象になった。第二次大戦の終わりまでに軍内での南部旗使用は激減した。
国旗のほかに、様々な旗が南北戦争中に使用された。有名なものでは、1810年にスペイン領フロリダの植民者が反乱し西フロリダ共和国を建国したときに作られた青地に白星の『ボニー・ブルー・フラッグ』が非公式の旗として、また南部の抵抗の象徴として南北戦争初期の1861年の数ヶ月間使われている。
議会で、この白い部分を赤で縁取るのがいいか、青い線を入れるのがいいかという議論が出た際、トンプソンは、白地に何かを足すことはデザインの意図に妥協を加えるものであり反対すると述べている。ウィリアム・ポーチャー・マイルズも、国旗は派手で分かりやすい方がいいので南軍旗のデザインは入れるべきであろうが、同時に国旗は可能な限り簡明であるべきであるとして、トンプソンの白い旗の案を支持した。自分の案が国旗に選ばれると、トンプソンは自分の新聞で、「この旗は、我々の戦う理由である『優秀な人種と高度な文明が、無知や野蛮と戦う』ということをよく表している。同時に、今や悪名高いヤンキーの野蛮人の旗とまったく似ていないことも利点である」と自賛する記事を掲載している。
この旗の初使用は、トマス・J「ストーンウォール」ジャクソン将軍の葬儀の際に棺を覆う旗だったために、「ストーンウォール・ジャクソンの旗」とも呼ばれる。
しかしこれにも欠点があった。戦場の泥で汚れやすいうえに、戦場に風が吹いていない場合、旗が垂れ下がると南軍旗部分が隠されて白い部分が多くなりすぎるこのデザインは、降伏の白旗とよく見間違えられたのである。当初は好意的に迎えられたこの国旗も、主に軍人たちから「白すぎる」という批判が上がるようになった。
アメリカ連合国陸軍の軍旗(南軍旗とも呼ばれる)『バトル・フラッグ』は正方形で、部隊によって様々なサイズのものがある。歩兵隊は48インチ角、 砲兵隊は36インチ角、騎兵隊は30インチ角である。この旗は1861年11月から降伏までの間、戦闘時に用いられた。南軍旗のX型十字の青は、海軍旗の明るい青とは違い、濃紺を使っている。最初の国旗であった『スターズ・アンド・バーズ』は、戦闘時の硝煙と土煙の中では星条旗と見分けがつかなかったため、友軍への誤射など深刻な軍事上の失敗を引き起こした。これを直すため、バージニア陸軍大将P・G・T・ボーリガード達はより良いデザインを探し、ボーリガードはウィリアム・ポーチャー・マイルズ(後述)のデザインを旗に採用した。マイルズの長方形のデザインは、戦場で巻いて持ち運びやすいように正方形に直された。この旗は、歴史家にはバージニア戦線で北部のポトマック軍と激戦を演じたロバート・E・リー大将率いる北バージニア軍の軍旗としてもよく知られている。
この旗はあまりにも有名となったため、1863年以降の二番目の国旗のデザインのもととなった。マイルズの長方形の旗よりも、この旗の正方形の方がより堂々として独特であるとして好む者も多い。
「南部連合旗」や「南軍旗」(実際には、南部海軍旗であるレベル・フラッグ)は今でも広く認識されているシンボルである。しかし、この旗が実際何のシンボルであるかについては意見の一致が見られないため、この旗を掲示することは論議を起こし非常に感情的な問題となる。
合衆国南部の白人の多くにとっては、この旗は南軍兵士ら南部のために戦った祖先たちに敬意を表して掲げられる旗であり、単に地域の誇りであり歴史遺産にすぎない。あるいは古き良き南部、高潔で高貴な南部の象徴でもある(「南部の失われた大義」を参照)。しかしその他の人々にとっては、この旗は南部連合政府が守ろうとした奴隷制のシンボルであり、南部復興後の各州で制定され1世紀近くの間人種隔離を強制したジム・クロウ法のシンボルでもある。
南北戦争に関する歴史家で南部人のシェルビー・フートによれば、この旗は伝統的に、北部による政治支配に対する南部の抵抗を表現していた。それが1960年代の公民権運動の期間に、南部の抵抗意識が突如、北部のリベラルたちに抗して人種隔離を維持するという方向に向かってしまったため、南部の旗は人種問題の焦点となる旗に変わったという。人種隔離維持派がデモなどを行うときに高らかに南部連合旗を掲げて行進したりしてしまったためその映像を見た多くのアメリカ人にとってマイナス・イメージは決定的となってしまった。今でもクー・クラックス・クランなどの白人至上主義者団体が集会などに於いて南部連合旗を掲揚している場合があり、旗のイメージをさらに悪化させてしまっている。
2000年4月12日、サウスカロライナ州上院は、州議会議事堂のドームの上から南部連合の軍旗(バトル・フラッグ)を撤去するという法案を多数決で可決した。