ぷよぷよBOX
「ぷよBOX」は、本作のメインとなるモード。3種類のゲームモードが存在するが、プレイ人数によって「ひとり」「ふたり」「みんな」に分かれており、さらにその中のそれぞれで選べるモードが異なる。
一部のキャラクター(主に『ぷよぷよ〜ん』でコスチュームがリニューアルされたキャラクター)は衣装が異なるバージョンが別キャラクター扱いで収録されている他、ドッペルゲンガーや同族モンスターなどの扱いでグラフィックを改変したバージョン違いのキャラクターを登場させているケースもある。対戦中の顔グラフィックは『ぷよぷよ通』で使われていたものが多く使用されているが、『ぷよぷよ通』に未登場のキャラクターは新たに顔グラフィックが描き下ろされている。
本作より追加されたキャラクターは、ドッペルゲンガーシェゾ、ブラックキキーモラ、ダークウィッチ、サキュバス、ビーストドラコ、やきナスグレイブ、むほほ、グレイウルフ、バーニングソウル、メロウ、ウッドハンター、つじぎりモール。追加敵キャラクターのほとんどは既存キャラクターの色違いで、『魔導物語』や『わくわくぷよぷよダンジョン』など『ぷよぷよ』シリーズ以外の作品からの出典であるが、一部本作オリジナルのキャラクターも存在する。