徳島インディゴソックス
10月24日のドラフト会議で、東弘明がオリックス・バファローズから育成1位で指名を受けた。NPB指名者は2年ぶりである。
2年ぶりの出場となったグランドチャンピオンシップは前回と同じ石川と対戦。初戦に勝利してグランドチャンピオンシップ初勝利を記録した(IL勢として3年ぶりの勝利)。しかしそのあと2連敗し、王手をかけられた第4戦は9回表2死まで1-0でリードしていたものの同点に追いつかれて延長戦に突入、13回に3点を奪われ、1点を返したが及ばず、前回に続く敗退となった。
シーズン終了後、長内コーチがオリックス・バファローズのコーチに、森山コーチが愛媛のコーチに、それぞれ転出する形で退任した。守備走塁コーチについては12月30日に元大阪近鉄バファローズの武藤孝司、野手総合打撃コーチには2014年1月12日に中島輝士の就任がそれぞれ発表された。
1月30日、前年限りで引退した元選手の橋本球史が野手コーチに就任することを発表。NPBに所属経験のないコーチは、香川の近藤智勝(2012年 - 2019年、2020年より監督)に次いでリーグで2例目となる。また、前年守備走塁コーチだった駒居鉄平がヘッドコーチに就任することも同日発表された。
前期は序盤より敗戦が先行し、ホームでの初勝利は開幕から1月あまりを経た5月3日でその時点で4勝10敗4分と大きく出遅れる。5月2日には元社会人野球選手の谷田成吾が入団したが、その後も成績は上向かず、勝率.281で2期連続の最下位となった。前期はチーム防御率・打率ともにリーグ最下位である一方、盗塁数はリーグトップだった。
後期は開幕5試合目から8連勝を記録して優位に立ち、8月20日には優勝マジック12が点灯した。しかし、8月末から5連敗を喫して優勝マジックは消滅、終盤に猛追した愛媛との優勝争いとなる。直接対決の最終戦(9月19日)に勝つか引き分ければ後期優勝であったが、この試合に3-7で敗れ、3期ぶりの半期優勝を逃した。鎌田光津希ら投手力の回復(後期の防御率は前期より0.81改善の3.59)や失策の減少、打線の向上が躍進の原動力となったが、クローザーの層の薄さから後半は逆転負けが増え、最大6.0ゲーム差を覆される要因となった。個人タイトルは、岸潤一郎が最多盗塁を獲得した。
10月25日のプロ野球ドラフト会議で、鎌田光津希が千葉ロッテマリーンズから育成1位で指名を受けた。指名は6年連続で、本年はリーグで唯一の指名者となった。
10月31日、東北楽天ゴールデンイーグルス2軍コーチ就任に伴い、石井貴が1シーズンで監督を退任することが発表された。
1月31日、球団代表の谷田が同日付で退任することを発表。後任は未定。
前期は、序盤に先行した愛媛を追う形になり、4月末に一度首位になりながら後退したものの、5月下旬に再び首位に立つ。そのまま首位を譲らず、6月3日に対香川戦に勝利して2期連続となる前期優勝を達成した。
後期も9月15日に優勝し、前後期連覇を達成した。半期優勝は3期連続となり、2013年後期 - 2014年後期の球団記録に並んだ。個人タイトルは、野手部門では井上絢登が2年連続となる最多打点と最多本塁打の2冠、増田将馬が最多盗塁、投手部門では藤田淳平と池戸翔太が最優秀防御率(同成績)を、それぞれ獲得した。
年間勝率2位の愛媛と対戦したリーグチャンピオンシップは初戦に勝利して、前後期制覇によるアドバンテージ1勝を含めた2勝の成績で3年ぶりとなるリーグ年間総合優勝を達成した。前後期制覇に加えた年間総合優勝は2014年以来9年ぶりとなる。
4年ぶりに出場したグランドチャンピオンシップ(昨年からトーナメント制)は、準々決勝の富山GRNサンダーバーズには勝利したが、準決勝の埼玉武蔵ヒートベアーズには序盤より失点を重ねて敗退した。
10月26日のNPBドラフト会議では、椎葉剛が阪神タイガースから2巡目で、宮澤太成が埼玉西武ライオンズから5巡目で、井上絢登が横浜DeNAベイスターズから6巡目で、また育成ドラフトではシンクレアジョセフ孝ノ助が埼玉西武ライオンズから1巡目で、谷口朝陽が・埼玉西武ライオンズから2巡目で、藤田淳平が福岡ソフトバンクホークスから7巡目でそれぞれ指名を受け、一度の指名者数として球団史上最多(6人)となるとともに、NPBドラフト指名は11年連続となった。