水圏生態系
池は、浅く静止した水、低湿地、水生植物のある淡水の小さな水域である。池はさらに、植生域、開水域、底泥、極表面水の4つの水域に分けることができる。池の大きさと深さは時期によって大きく変化することが多く、多くの池は春の河川氾濫によって作られる。食物網は、浮遊性の藻類と水生植物の両方に基づいている。いくつか例を挙げると、藻類、カタツムリ、魚、カブトムシ、水生昆虫、カエル、カメ、カワウソ、マスクラットなどを、通常、多様な水生生物がいる。頂点の捕食者には、大型の魚、サギ、またはワニなどがいる。魚は両生類の幼生を捕食する主要な捕食者なので、毎年干上がって生息する魚が死んでしまう池は両生類の繁殖のための重要な避難場所となる。毎年完全に干上がってしまう池はバーナル池として知られている。ワニの穴やビーバーの池など、動物の活動によって作られた池もあり、景観に重要な多様性を与えている。
河川生態系の主要水域は、河床の勾配や流速によって決まる。動きの速い乱流水は、一般的に溶存酸素濃度が高く、水たまりのように動きの遅い水よりも生物多様性を支えている。これらの区別は、河川を高地の河川と低地の河川に分けるための基礎を形成している。河岸林内の河川の食物基盤は、ほとんどが樹木に由来するが、より広い河川や林冠のない河川では、食物基盤の大部分が藻類に由来する。溯河性魚種も重要な栄養源となっている。河川に対する環境の脅威には、水の損失、ダム、化学汚染、外来種などがある。ダムは負の影響をもたらし、それは流域にも波及する。最も重要な悪影響は、湿地帯にダメージを与える春の洪水の減少と、三角州の湿地帯の損失につながる土砂の滞留である。
湖の生態系は区分できる。一般的なシステムでは、湖を3つの水域に分けている(図参照)。1つ目の水域である沿岸域は、汀線近くの浅い水域である。ここでは、根を張った湿地植物が生息している。沖合はさらに、開水域と深水域の2つの水域に分かれる。開水域(または有光層)では、太陽光が光合成藻類とそれを餌とする種を支えている。深水域では太陽光が利用できず、食物網は沿岸域と有光層から入ってくるデトリタスを基礎とする。一部のシステムでは他の名称を使用する。沖合の水域は沖帯と呼ばれ、無光層は深底帯と呼ばれることもある。沿岸域から内陸部には、湖の存在によって影響を受ける植物が存在する水辺を確認できる。湖全体の生産は、沿岸域に生育する植物の生産と、開水域に生育するプランクトンの生産が組み合わさっている。
湿地は、ほとんどの湖岸に沿って自然に形成されているため、止水域の一部と言えて、 湿地と沿岸帯の幅は、汀線の傾斜や年単位の水位の自然変化の程度に依存する。枯れた木は、湖岸の風倒木や洪水の際に運ばれた丸太などで、この水域に集められることが多い。この流木は、魚類や営巣する鳥に重要な生息地を提供するだけでなく、湖岸線を浸食から保護している。
湖には2つの重要な副分類があり、一般的には湿地との移行途中の小さな湖である池と貯水池である。長期間にわたって、湖やその中の湾は徐々に栄養分を蓄え、有機物の堆積物でゆっくりと満たされていく。人間が流域を利用すると、湖に流入する土砂の量がこの過程を加速させることがある。湖へ堆積物や栄養素を加えることは、富栄養化として知られている。