森友学園問題
上記の「不起訴不当」議決を受け、大阪地方検察庁特捜部は10名について再び捜査を行った。しかし、5ヶ月後の同2019年(令和1年)8月、全員を再び「不起訴処分」とした。
検察官が不起訴にし、検察審査会がそれを"不起訴不当"と議決し、検察官が再度不起訴の判断をした場合、検察審査会が二度目の審査を行うことはない。二度目(第二段階)の審査が行われるのは、一度目に"起訴相当"と議決した場合のみである。(検察審査会法第四十一条の二)
これにより、本事件の捜査は終結した。
翌2018年(平成30年)3月2日、朝日新聞が「森友文書 書き換えの疑い」と報じた。報道内容は「2016年6月の売買契約の当時の文書には記載されていた『特例』などの文言が、翌2017年2月に疑惑が発覚した後に財務省が提出した文書からは削除または改竄されている」というものであった。
さらに7日後の同月9日、同紙は続報として「当時の決裁文書では1ページにわたって記載されていた項目が削除されている」と述べた。
その同日である3月9日、佐川宣寿が国税庁長官を辞任した。理由は「決裁文書の国会提出時の担当局長だった」こととされた。
2021年(令和3年)6月22日、公文書改竄に関して、2018年3月7日に自殺した赤木俊夫が記録していた情報が新たに一般に公開された(詳細は上述)。
同日、これについて麻生太郎副総理兼財務大臣はさらなる調査の可能性を否定し、「財務省としてできる限りの調査は尽くしている」と述べた。
2021年9月に行われた自由民主党総裁選挙の候補者ら4人は、共同記者会見の場で「この問題を再調査すべきか否か」という質問に対し、それぞれ意見を述べた。
岸田文雄(前政務調査会長)は「行政、司法において様々な調査、報告が行われている。その上で国民の納得感で足りないことがあれば、政治の立場から丁寧に説明をしていきたい」と述べるにとどめた。
高市早苗(元総務大臣)は、「現在、ご遺族が国などを相手取って提訴しているので、この点についてはコメントができない、するべきではない」と述べ、明確な回答を控えた。
河野太郎(行政改革大臣)は「すでに様々な司法まであがっているものですから、再調査の必要はない」と述べ、明確に否定した。
野田聖子(幹事長代行)は「アプリオリ(自明)に調査をする必要がある」「公文書の隠蔽、偽造、改ざん、廃棄。これは絶対にあってはならないこと」と述べ、4人の中では唯一再調査へ前向きであった。その理由として「多くの国民が納得していない」「起き得ないことが起きたことは、しっかりと知るべきだ」と語った。
籠池夫人の激高もあり、会談は平行線のまま終了。会談後に近畿財務局から大阪航空局に対して「実感していただいたと思うが、本日の回答では相手方対応がもたないと考えるし、国土交通本省を巻き込んで一歩踏み込んだ対応が必要であると考える」と要請。大阪航空局も了承。
11月10日、安倍昭恵総理夫人付の内閣事務官の谷査恵子が近畿財務局に電話。以下の会話が行われた。
[当方] 国有地を介護施設向けに定期借地で減額するというのは、介護離職ゼロの実店に向けて政府として議論がされているなか、財務省として国有地の活用の面から、関係省庁と連携の下、検討を進めているもの。国有地の売却や貸付けに係る優遇措置は、法令に基づくものであるが、財政状況が厳しくなってきた中で、運用を厳格化してきたところであり、本件については、介護施設整備に限定して検討しているもので、学校施設まで対象とするものではない。
[先方] 了解した。本件は、大阪の学校法人森友学園からの照会を受けてしまったため、お手数をおかけしたものである。財務省がよく対応してくれているものと理解しているが、何点か確認させてほしい。1土壌汚染や地下埋蔵物の撤去の期間について貸付料を免除して欲しいとの要望であるが、これは契約書に免除請求しないと明記されており、難しいと思うが`一般的な取扱いなのか。2土壌汚染や地下埋設物の撤去のための費用について` 27 年度中に大阪航空局が支払うことになっていたが、28年度まで支払えないと言っているがどういうことなのか。
[当方] 森友学園に対する国有地の貸付け・売り払いについては、 財務省として現行ルールのなかで最大限の配慮をして対応しているところであるが、なかなか先方が理解してくれないところ。
2020年3月25日までに総務省の情報公開・個人情報保護審査会は財務省近畿財務局が2017年に「文書不存在」を理由に不開示とした行政文書を開示するよう答申した。財務省に問い合わせた際、回答が得られず、2017年10月の諮問から答申まで2年5カ月かかったことを問題視し、「審議に多大な支障を生じさせた」と異例の批判を盛り込んだ。
2017年2月9日以降、日本のマスメディアの報道を受け、野党によって追及された。