南北戦争の信号司令部
南北戦争が勃発したとき、マイアーはワシントンD.Cに戻り、信号任務にあたる人員がいないことを訴えた。その唯一の選択肢は他の任務にある士官から選抜して説得に当たることだったが、そのことはマイアー自身もあるいは昇進の機会が無くなることを恐れる他の士官達にも満足のいくものとは考えられなかった。マイアーは陸軍長官サイモン・キャメロンに法案を提出し、信号司令部は彼自身と、7名の信号士官、40名の准士官、および通信線の構築と補修を行う40名の信号技術兵で構成されるべきと提案した。マイアーは陸軍が最終的に50万名規模になると想定し、各師団が専門の無線および電磁気電信の支援部隊を持つことになることを目指した。アメリカ合衆国議会はこの法案を検討することなく休会になった。その年の秋、マイアーは陸軍信号士官長の任務に加えて新たに結成されたポトマック軍の先任信号士官も務めており、モンロー砦やワシントンD.Cのジョージタウンにあるレッドヒルで選抜された将兵の訓練施設を起ち上げた。ワシントンD.Cの訓練施設は1862年の半島方面作戦やその後の期間も活動を続け、この期間にマイアーは議会や新しい陸軍長官エドウィン・スタントンに働きかけを続けて、恒久的司令部を作ろうとした。
マイアーの努力が実って、エイブラハム・リンカーン大統領は1863年3月3日に諸々の民生用予算法案に署名し、この中で「現在の反乱」の間、信号司令部を組織化することを認めていた。
第一次ブルランの戦いでは、南軍のエドワード・ポーター・アレクサンダー大尉が、史上初めて戦闘中に信号旗を使い遠くまで伝言を送った。アレクサンダーはマナサスの「シグナルヒル」頂上に信号所を構え、北軍の動きを観察して、ネイサン・"シャンクス"・エバンス大佐指揮の旅団に「「貴部隊の左に気をつけろ。陣地に回りこまれている」」と信号した。これは左翼から攻撃される危険性を意味していた。ボーリガード将軍とジョセフ・ジョンストン将軍は類似した伝言を受け取って、時宜を得て援軍を送り、戦闘の趨勢を南軍側に引き寄せた。
北軍側では、アルバート・マイアーがマナサスで軍用観測気球を用いようとしており、この戦争初期に信号司令部には人員が足りなかったので第26ペンシルベニア連隊から20名の兵士を借りたが、これらの未訓練兵を急がせたために、気球は木に衝突して損傷し、戦闘には使えなかった。