上九一色村
南部については、協議過程で上九一色村と河口湖町、勝山村、足和田村との間で意見がまとまらなかったため、3町村が2003年11月15日に合併して富士河口湖町となり、北部の甲府市などとの合併時に南部を分離して富士河口湖町に編入する方針となった。
だが、甲府市などの法定合併協議会では中道町が住民投票の結果を受けて離脱し、芦川村も同調して合併協議は崩壊した。さらに南部でも「富士河口湖町」の名称決定に不満を持つ住民による、合併の見直しを求める請願があり、これが議会で採択された後、村議会で全域での甲府市との飛地合併が検討されるようになった。
全村での甲府市との合併は、南部の住民の間で反対が根強く、2004年6月10日に集計された住民アンケートでは「甲府市との合併」が、「分割して、北部は甲府市と合併、南部は富士河口湖町と合併」を上回ったが、僅差であったために甲府市長は慎重な姿勢をとり、2004年11月28日に「甲府市との全域合併の是非」を問う住民投票を行った結果、反対多数となり、全域合併を断念した。
その後、南部については、村議会は鳴沢村との合併を打診したが、同村が合併しない方針を取り続けたために断念し、富士河口湖町との合併協議を再開することとなり、2005年1月4日に上九一色村長が富士河口湖町に合併協議の再開を申し入れて、2005年1月31日に富士河口湖町との法定協議会を設置した。
1989年(平成元年)から村に進出したオウム真理教は、開拓農民が手放した元国有地の富士ヶ嶺地区の各所に、サティアンと呼ばれる多数の出家信者が居住する施設を建設し、サリン製造などオウム真理教事件を起こした犯罪の拠点となった。さらに村民の住宅から、オウム真理教が仕掛けたと思われる盗聴器が多数発見された。
1995年(平成7年)3月20日、東京都の営団地下鉄(現東京メトロ)の通勤電車を対象にした地下鉄サリン事件が発生し、2日後の3月22日、サティアンに警視庁の強制捜査が行なわれ、同年5月16日に開祖である麻原彰晃が逮捕されるに至り、サティアンはことごとく取り壊され、翌1996年(平成8年)10月31日限りで最後まで村に残っていた信者らが、教団の破産管財人の退去勧告に基づき、教団が決めた退去期限を迎えると共に退去、7年ぶりに教団の撤退が実現した(捜査対象として残っていた、第7サティアンの「サリンプラント」を除く)。