インドネシア共和国革命政府
1958年3月12日に開始された中央軍の作戦は、PRRI側がカルテックス社のプカンバル油田を破壊する前にこれを妨害したことで、すばやく勝利をおさめた。この勝利はまた、飛来したPRRI軍が放棄していった多数の装備品が米国製であったことから、この反乱をアメリカ合衆国が支援していると中央軍に確信させるものであった。合衆国政府なかんずく中央情報局(CIA)は、局内のアジア専門家であったデズモンド・フィッツジェラルドの反対にもかかわらず、1958年からPRRIを支援していた。米国がこの危機に直接介入する姿勢をとったと考えられたため、中央軍は同年3月、スマトラのPRRIが支配する都市部で奇襲的な上陸作戦を行った。
3月から5月にかけて軍事バランスは急速に中央軍へと傾き、アフマド・フセイン中佐は撤退と内陸部でのゲリラ戦を選ばざるを得なかった。これにより、米国がPRRIへ国家承認を与えることも難しくなった。後述のアレン・ポープ事件によって米国によるPRRIへの支援は打ち切りへ向かい、今度は紛争の勝者と考えられるジャカルタ中央政府が米国やCIAの支援対象となっていった。