ユピテル・オプティムス・マキシムス、ユーノー、ミネルウァ神殿
アッピアノスによれば、紀元前83年、イタリア半島に戻ってきたルキウス・コルネリウス・スッラが、当時の両執政官を下してローマに迫る中、スッラに合流しようとする元老院議員たちを、グナエウス・パピリウス・カルボが公敵宣言したとき、カピトリヌスの丘が焼失し、カルボの仕業とも、スッラ派によるとも言われていたという。このとき、シビュラの書なども焼けてしまった。争乱の後に独裁官としてローマの実権を握ったスッラは、直ちに神殿の再建を指示し、その際、工事が停止していたアテナイのオリンピエイオンから輸送された石材を、神殿の柱として使用したことが知られている。再建された神殿は紀元前69年、クィントゥス・ルタティウス・カトゥルス・カピトリヌスが奉献した。
紀元前57年、キケロの追放取り消しの議題のため、ユピテル神殿に元老院議員417人が集まったことは有名で、同年9月には、食糧不足解決のため、グナエウス・ポンペイウスに穀物供給の任を与えるかどうかが神殿で話し合われ、マルクス・アントニウスはカエサル暗殺後の紀元前44年、独裁官廃止を決めるための会議や、オクタウィアヌスに公敵宣言をするための会議を召集しており、重要な議題をユピテル神の前で扱うという、劇的な政治的効果を狙って、元老院の議場に選ばれる傾向があったようだ。
帝政ローマ時代に入ると、元老院が召集されることは滅多になくなり、カリグラ暗殺後の44年と、ゴルディアヌス1世死後の238年の2回だけである。神殿は、ウェスパシアヌスの武装蜂起に際し(69年)、ウィテリウス帝によって、ウェスパシアヌスの兄であるフラウィウス・サビヌスとともに焼き払われた。ウェスパシアヌスが再建させたが、これも80年の火災によって破壊され、ドミティアヌス帝によって神殿は再建された。その後400年間以上、完全な状態で保持され続けたと考えられる。しかし、5世紀以降の神殿の記録はなく、ガイセリックの侵略時、あるいはゴート戦争時に神殿は焼失し、そのまま放棄されたようである。