ボストン暴動
10人の牧師がこれに同意し、インクリースをイングランドに送って、アンドロスの悪政をの個々の事例を主張させることにした。自治領の事務官であるエドワード・ランドルフ(英語版)が、起訴に踏み切ることも含めて繰り返し引き止めようとしたにもかかわらず、1688年4月、インクリースはこっそりイングランド行きの船に乗り込んだ 。インクリースと他のマサチューセッツ代表はジェームズに歓迎され、ジェームズはその年に10月に植民地の問題を処理すると約束した。しかし名誉革命により、植民地を改善するための計画は頓挫した。
そこでマサチューセッツの代表は、そしてローズ・オブ・トレード(Lords of Trade、商務委員会(英語版)の前任組織で植民地の問題を監督していた)にマサチューセッツ勅許状の復活を嘆願した。さらにインクリース・マザーは、ローズ・オブ・トレードに、名誉革命をアンドロスに通達するのを遅らせるように約束を取り付けた。マザーは既に、前のマサチューセッツ総督であるサイモン・ブラッドストリートに、マサチューセッツ勅許状の無効化は違法であり、行政長官は「変化に向けて住民に覚悟をさせよ」という、名誉革命前に準備された報告が盛り込まれた手紙を送っていた。正式な知らせが届く前に、ボストンでは何人かが名誉革命についての噂を耳にしていた。この後の暴動で目立った働きをすることになる、ボストン商人ジョン・ネルソン(英語版)は、3月末の日付の手紙でこの革命について触れている。この手紙は、マサチューセッツの反アンドロス派の古参の政治家や、宗教指導者たちの会議を推し進めることになった。
アンドロスが、最初に自分の支配に対する暴動が差し迫っているとの警告を受け取ったのは、フランスとインディアンの連合軍の攻撃からメインのペマキッド砦を守るため、攻略のために遠征軍を率いている途中のことであった。
1680年代初頭、イングランド王チャールズ2世は、ニューイングランドの複数の植民地の再編成策を講じ始めた。1684年に、植民地内改革に関して王の要求したことの実践を、ピューリタンの統治者が拒否し、その後マサチューセッツ湾植民地の勅許状は無効化されていた。その時チャールズは、小規模な植民地の行政を合理化して、本国の支配の元により密接にしようとしていた。チャールズは1685年に亡くなり、後継者であるカトリック教徒のジェームズ2世がこの仕事を継続させ、ついにニューイングランド自治領が創設された。
1686年、ニューヨーク植民地の前総督サー・エドマンド・アンドロスはニューイングランド自治領の総督を委任された。この自治領はマサチューセッツ湾、コネチカット、ニューハンプシャー、そしてロードアイランドの各植民地により構成されていた。1688年には、ニューヨーク、イーストジャージー、そしてウエストジャージーにまでその管轄が及んだ。
ニューイングランドにおけるアンドロスの統治ははなはだしく不評であった。アンドロスは各植民地の代表を無視して、マサチューセッツにおける土地所有権の効力を否定した、この所有権はかつての勅許状に定められたものだった。他にも町民議会を規制し、ピューリタンが多くを占める地域に積極的に聖公会を推し進めた。また、ニューイングランドで確立された交易習慣を脅かす、好ましからざる法である航海条例を強制した。ボストンにはイギリス本国の部隊が駐留し、その士官には聖公会か、やはり不遇を強いられていたカトリックの信者もいた。アンドロスの政府の支持者と考えられていた一部の士官は、自らの指揮する民兵隊を酷使した。