本圀寺
元和元年(1615年)に徳川家康は本国寺の寺領を安堵している。水戸藩主徳川光圀が当寺にて生母久昌院の追善供養を行うと、貞享2年(1685年)に光圀は自らの名から一字を本国寺に与え、本国寺は本圀寺と改称した。
正徳元年(1711年)には徳川家宣の襲封祝賀のため来日した朝鮮通信使の宿舎となっている。天明8年(1788年)の天明の大火では経蔵(現存)を除いた本堂や五重塔など伽藍を焼失する。
文久3年(1863年)には鳥取藩士による本圀寺事件が起き、また水戸藩主徳川慶篤に率いられた尊攘派藩士が駐屯し、皇室や徳川慶喜の警固に当たって本圀寺勢(本圀寺党)と呼ばれた。