Mass Effect 2
エデン・プライムから始まるゲスとの戦いは、その背後に潜む存在「リーパー」による侵攻の序章でしかなかった。
元スペクター、サレンによるシタデル侵攻から少し後、ノルマンディー号は突然何者からかの襲撃を受け、船は壊される。シェパード少佐は宇宙に放り出されそのまま死亡するが、別の何かが彼の遺体を回収していた。それから2年後、シェパードは医療施設で目を覚ます。彼を助けたのは人類の地位向上のためならばどんな卑劣なことでも行う秘密組織「サーベラス」によるものだった。
サーベラスの長であるイルーシブマンはシェパードが眠っている2年の間に、コロニーから突然人類が失踪する事件が相次いでいること、その真実はサーベラスのみが知ると伝え、協力を要請する。懐疑的ながらも真実を追究するために協力することになったシェパードにサーベラスは彼専用の新しい船を授ける。軍を辞めサーベラスに加入したジョーカーと共に船を『SR-2 ノルマンディー号』と命名する。
手始めについ最近、失踪事件があったフリーダムプログレスへ向かうシェパード。そこで唯一の生存者であるクォリアンのヴィトールを見つける。彼の撮った映像にはコレクターと呼ばれる謎の多い種族が写っており人間達を拉致していた。その技術力の高さから背後にリーパーの存在があると考えるイルーシブマンはコレクターの調査をシェパードに依頼する。コレクターの本拠地はオメガ4リレイと言われるマスリレイの先にあるとわかっているがそこを通った船は戻ってこないと言われる為、まず安全に通過する方法の捜索と突入の為の部隊を編成することにしたシェパード。