ゲル抽出
ゲル単離の欠点は、紫外線光を使って物理的に識別できないとバックグラウンドを除去できないことである。2つのバンドが非常に接近している場合、汚染なしにそれらを分離するのは難しい場合がある。目的のバンドを明確に識別するために、さらに制限消化(英語版)が必要な場合がある。類似サイズの不要なバンドに固有の制限部位は、これらの潜在的な汚染物質を分解するのに役立つ。