ハーパーズ・フェリーの戦い
カーショーは9月13日午前6時半頃に攻撃を始めた。カーショーは自隊で直接北軍の胸壁を攻撃し、その間にバークスデイルのミシシッピ旅団に北軍の右側面を衝かせる作戦だった。カーショー隊は逆茂木に対して2回突撃したが大きな損失を出して撃退された。経験の足らないニューヨーク連隊が持ち場を守っていた。その指揮官フォード大佐は病気に罹り、前線から2マイル (3 km)後方に留まり、2番目の上級士官であるエリアキム・シェリル大佐に戦闘指揮を任せていた。シェリルは自部隊を鼓舞しているときに頬から舌に銃弾を受けて戦場から担ぎ出されねばならず、新兵達の部隊は恐慌に捕らわれた。バークスデイルのミシシッピ旅団が側面に接近すると、ニューヨーク連隊が崩れ後方に逃げ出した。シルベスター・ヒューイット少佐が尾根に沿って残っていた部隊を立て直す命令を出したが、午後3時半にフォード大佐からの退却命令が来た(この命令を送るときに、フォードは明らかに斜面の途中で予備隊として待機していた第115ニューヨーク連隊900名を送ることを無視した)。撤退する部隊はその砲台を粉々に砕き、舟橋を通ってハーパーズ・フェリーまで戻った。フォードは後にマイルズから撤退命令を出す承認を得ていたと主張したが、審問では「十分な理由無くその陣地を放棄した」と裁定され、軍隊からの解任を推奨された。
メリーランド高地での戦いの間に他の南軍部隊が到着した。ウォーカーは午前10時にラウダン高地の麓に、ジャクソンの3個師団(北にジョン・R・ジョーンズ准将、中央にアレクサンダー・R・ロートン准将、南にA・P・ヒル少将の各師団)が午前11時にボリバー高地の西に着いた。