フィリピン国鉄
しかし、2010年6月29日、フィリピン国鉄の長年の補修作業により、マニラのトゥトゥバン駅からナガ駅を結ぶ夜行列車ビコール・エクスプレスの運行を再開した。
2010年8月には同年の台風被害のため、一時運行が停止したが、同年9月には再開され、1日2往復の運行がなされていたが、2012年10月にルセナ南方の地点で大雨による路盤崩落が起こり、ナガ行きビコール・エクスプレスが脱線転覆するという事故が発生した。線路や車両は復旧したが運輸通信省からの運転再開許可がないことを理由に、現在も運休が続いたままである。フィリピン国鉄公式サイトでは運休中とあるだけで、許可が下りない理由は明らかにされていない。
マニラ近郊の国鉄線については、2007年以降次第に面目を一新していった。2009年7月中旬、マニラ近郊のメトロ・コミューターでは韓国現代ロテム社製の新型ディーゼルカーが営業運転を開始している。また、南部のビコール半島でも近郊通勤路線構築の動きがある。2009年12月、ナガを中心としたビコールコミューター(Bicol Commuter)が運行を再開した。この区間では台風15号(Milenyo)での被害があまりなかったことから、台風でナガに取り残された5両の12系客車を整備して1日2往復運行されていたが、ほどなく廃止になった模様。
フィリピン国鉄の車両
現代ロテム社製のメトロ・コミューター用DMR1気動車
GE社製の900形ディーゼル機関車と国鉄203系電車の編成
FIL-ASIA社製のハイブリッド・エレクトリック・トレイン
INKA社製のメトロ・コミューター用新型気動車
南方線は都市間列車であるビコール・エクスプレス(運休中)と、通勤列車であるメトロ・コミューターおよびビコール・コミューター(運休中)が運行されている。
南方本線
マニラ首都圏からラグナ州、ケソン州、南カマリネス州、アルバイ州までを結ぶ。アルバイ州レガスピから南にソルソゴン州マトノグ(英語版)まで延伸する構想がある。現在、カランバから先が不通となっている。
サン・ペドロ - カルモナ支線
ラグナ州サン・ペドロ内の支線。カビテ州カルモナの名が付いているが、カルモナ駅はサン・ペドロ市内である。
ママティド - ブントグ支線
ラグナ州サン・ペドロとカランバ(英語版)を結ぶ。
カランバ - バウアン支線
ラグナ州カランバからバタンガス州バウアン(英語版)までを結ぶ。
カレッジ - サンタ・クルス支線
ラグナ州ロス・バニョス(英語版)のカレッジ駅からサンタ・クルスやパグサンハン(英語版)までを結ぶ。