中央・総武緩行線
列車番号は、上2桁(時間帯によっては1桁)が始発駅の発車時間帯(24時制)を表し、下2桁が運用番号となる方式を採用している。運用番号は西行は2桁の奇数の番号である。東行が中央本線基準で上り扱いのため、当該運用番号から1を減じた偶数を用いて列車番号とする。
運用番号が100を超え2桁の数字だけでは表しきれないため、運用番号100未満は末尾に「B」を加えた形、運用番号100以上は下2桁の数字の末尾に「C」を加えた形で表される(01B - 99B、01C - 11C)。2019年までは、このアルファベットはB運用とC運用という異なる運用を表しており、使用される車両が区別されていた(ただし、ダイヤの乱れや車両の検査入場など、運用上の都合でB運用割当車両によるC運用や、C運用割当車両によるB運用が発生する場合もあった)。2004年までは、B運用は三鷹電車区あるいは中野電車区所属車両(主に201系電車や205系電車)、C運用は習志野電車区所属車両(主に103系電車及び209系電車、E231系電車)が割り当てられていた。
1982年(昭和57年)には101系置き換えのため201系電車が投入された。
1990年代末期に当路線を走る103系の車両故障が頻発したため、老朽車両ばかりを走らせているとマスメディアから批判された。この影響から、1998年(平成10年)に209系500番台電車、2000年(平成12年)にE231系電車が導入されると、103系などの旧型電車は短期間で置き換えられた。なお当路線に在籍していた201系や205系はこの時点ではさほど老朽化しておらず、問題になっていた車両ではなかったが、他路線に残っていた103系の置き換えや209系・E231系に統一させることで整備の合理化を図るため、京葉線・青梅線・五日市線などに転出した。
2020年(令和2年)3月13日の終電までは、早朝・深夜帯は中央本線と総武本線の直通運転は行わず、本来の分岐駅である御茶ノ水駅で分離した運行形態となっており、御茶ノ水駅 - 高尾駅間の中央本線区間は中央線快速用の電車の一部がLED表示を黄色にして東京駅発着の各駅停車として運行し、黄色い帯の中央・総武緩行線車両は千葉駅・津田沼駅 - 御茶ノ水駅間の総武本線区間のみを運行していた。同年3月14日のダイヤ改正で、終日にわたり中央本線と総武本線を直通するダイヤに変更された。
2021年(令和3年)1月20日に、新型コロナウイルス感染症の拡大に伴う緊急事態宣言の発出および国・関係自治体からの要請に伴い、以下の列車を運休した。
東行:津田沼駅を1時06分以降に発車する列車を運休。終電が全区間で最大20分程度繰り上げ。
西行:中野駅を0時57分以降に発車する列車を運休。終電が中野駅 - 三鷹駅間で20分程度繰り上げ。平日ダイヤの終電が千葉駅 - 津田沼駅間で14分程度繰り上げ。
国鉄時代からの車両が引退し、さらに2003年12月には全車両が三鷹電車区に移籍したため、2004年のダイヤ改正からB運用が6扉車両を連結するE231系電車、C運用が6扉車を持たない209系電車という割り当てに変更された。この区別の意味合いを表す例として、朝ラッシュの最混雑時間帯の西行列車がB運用のみとなっていたことが挙げられる。中央緩行線区間は混雑率が低いのに対して、総武緩行線区間では激しく混雑するためである。6扉車両や編成の置き換え等に伴い、2018年3月17日のダイヤ改正よりB運用とC運用の区別が事実上消滅し、2019年3月16日のダイヤ改正より現在の形となった。
東西線直通電車の列車番号末尾のアルファベットは、東西線内で快速運転をする電車(通勤快速を含む)についてはA、東西線内で各駅に停車する電車についてはYを使用する。運用番号は東西線内と共通である。ただし、東西線内での列車番号下2桁は西船橋方面、中野方面ともに運用番号のままですべて奇数である。
かつて早朝・深夜に運転された東京駅発着の中央線各駅停車は、朝 - 夕方ラッシュ時間帯に快速で運用されている車両がそのまま運用されたため、末尾のアルファベットはTまたはHとなり、運用番号も快速で使われるものと共通であった。