スクウェア・エニックス
2001年に、旧エニックス、旧スクウェア、ナムコとの間で業務提携が結ばれ、エニックスオーナーの福嶋康博、スクウェアオーナーの宮本雅史、ナムコオーナーの中村雅哉との間で各社の株式の4-5%程度を相互に持ち合う事となった。その結果、スクウェア・エニックスのキャラクター商品をナムコがプライズゲーム用に商品化するなどの協力関係が築かれている。スクウェアの格闘ゲーム『エアガイツ』のアーケード版をナムコが制作した事がある。ナムコのアーケードゲーム『太鼓の達人7』において、ドラゴンクエストの楽曲を使用するなどのコラボレーションが実現している。
エニックス出版部門は過去にエニックスお家騒動によってマッグガーデン、一迅社(旧一賽社)に分裂している。
合併前の旧エニックスには『ドラゴンクエスト』シリーズを制作するためだけの専門部署として「ドラクエ課」が存在した。「ドラゴンクエスト課」ではなく「ドラクエ課」が正式名称。かつて『ドラゴンクエストVI 幻の大地』が発売された頃に同作品の特集としてテレビ番組で放送され、その珍名部署が広く世に知られることとなった。課の表札も「ドラゴンクエスト課」ではなく「ドラクエ課」となっていた。後年「第9開発事業部」に再編され、珍名として知られた「ドラクエ課」の名称は消滅した。その後、更に再編されており、2021年現在の後継部署は「第2開発事業本部」である。
2011年9月12日から2014年1月30日まで、WEBラジオ番組『スクエニChan!』を、公式サイト内・音泉・HiBiKi Radio Station・ニコニコ動画・YouTubeにて毎週木曜日に配信していた。メインパーソナリティは、安元洋貴。
その後、2001年3月期決算が創業以来初めての赤字、また店頭公開依頼初めての無配転落の責任を取る形でスクウェアの副社長を務めていた坂口博信が2001年2月に辞任、社長であった鈴木尚も同年12月に社長を辞任した。後任として社長に就任した和田洋一は成長戦略の一環として任天堂との取り引きを再開。2003年8月には、山内が設立した基金「ファンドQ」を用いて制作された『ファイナルファンタジー・クリスタルクロニクル』を発売、2005年10月には開発をスクウェア・エニックス、発売を任天堂が担当した『マリオバスケ 3on3』が発表され、スクウェア・エニックスから「これからも任天堂とがっちりコラボレートしていこうと思っている」との旨が語られた。その後もニンテンドーDS用ソフト『ファイナルファンタジーIII』(リメイク作品)などのヒット作が生まれ、一時は断絶関係にあった任天堂とスクウェア(現スクウェア・エニックス)の関係は修復している。
一方で、ドラゴンクエストシリーズがPSで発売された『ドラゴンクエストVII』、PS2で発売された『ドラゴンクエストVIII』のリメイクや、『ドラゴンクエストIX』以降のナンバリング最新作を任天堂ハードでも発売する中、ファイナルファンタジーシリーズはリメイク作品である『ファイナルファンタジーI・II アドバンス』、2019年にはNintendo Switch向けの移植として『ファイナルファンタジーVII』『ファイナルファンタジーIX』『ファイナルファンタジーX』『ファイナルファンタジーXII』などを発売してはいるが、『ファイナルファンタジーVII』以降のナンバリング最新作の任天堂ハード発売は大きく時期を隔てた。尚、『ファイナルファンタジーVIII』のリマスター版は他機種と同時発売している。
2014年1月 - 同社出身でスタイルウォーカー元代表、タイトー元取締役本部長の庄司顕仁が独立し、ディライトワークスを設立。
2014年5月 - 『月刊ビッグガンガン』の連載漫画「ハイスコアガール」作中でのゲームキャラクター無断使用を巡り、SNKプレイモアとの間で法的係争が始まる。本社家宅捜索、役員を含む書類送検に発展し、法学者らから刑事手続の適用に反対声明が出されるなど話題になった。詳細はハイスコアガール#著作権侵害問題・刑事告訴事件を参照。
2015年8月24日 - 「ハイスコアガール」に関する刑事及び民事紛争について、SNKプレイモアの大株主であるLedo Millenniumとの間で紛争解決について合意。SNKプレイモアとの和解が成立。
2022年11月17日 - 元従業員2名が『ドラゴンクエストタクト』公表前に開発元のAimingの株を買い付けるインサイダー取引を行ったとして金融商品取引法違反の容疑で東京地方検察庁に逮捕。翌18日、同事件に関わっていたとして元所属の中裕司が逮捕。
2023年4月1日 - スクウェア・エニックスおよびスクウェア・エニックス・ホールディングスを対象として、正社員の基本給を平均10%、新卒者初任給を平均27%への引き上げを実施。
2023年5月1日 - 子会社のLuminous Productionsを吸収合併し、同社の全事業を承継。
2023年6月 - 桐生隆司が代表取締役社長に就任。