肉質鞭毛虫門
鞭毛虫と肉質虫を内包し、さらに位置付けに定説がなかったオパリナ類も含んでいる。1964年の体系では肉質鞭毛虫亜門に3上綱を位置付け、1980年の体系では以下の通り肉質鞭毛虫門に3亜門と格上げされた。
肉質鞭毛虫門 Sarcomastigophora Honigberg & Balamuth, 1963 鞭毛虫亜門 Mastigophora Diesing, 1866 オパリナ亜門 Opalinata Corliss & Balamuth, 1963 肉質虫亜門 Sarcodina Schmarda, 1871