めだかボックス
名瀬夭歌がこの階の住人。病院のようなフロアで、改造手術室などがある名瀬の実験工房。
生徒会執行部の時計台地下施設視察の直後、理事長の独断により過負荷(マイナス)の転校生により形成されるクラス「-十三組(マイナスじゅうさんくみ)」が新設される。めだかと中学時代から因縁があり、過負荷達のリーダー格である「負完全」球磨川禊が現生徒会にリコールを宣言したことで生徒会戦挙が勃発する。
参加者に配られた学園の見取り図とそれの裏に書かれた暗号文を解き、示される場所に向かうというもの。難易度はめだかによると「B」で、五分以内に解けなかったら「帰っていい」とのこと。
善吉がこの関門を最後まで解けなかったことが、後の対立の原因となった。
集英社のヴォイスコミック「VOMIC」として、ジャンプ専門情報番組『サキよみ ジャンBANG!』にて2010年2月に原作第1箱にあたるストーリーが放送された。各3分、全4話。また十三人の十三組編の序章として、原作第26箱以降にあたる話が2010年7月に放送された。各3分、全5話。2010年3月から2011年11月までVOMIC公式サイトで配信された。
また、2012年3月にはアニメ版の声優を中心とした新たな原作第1箱のストーリーが配信された。
箱庭学園理事長が秘密裏に推し進める「フラスコ計画」なる非人道的な陰謀が発覚。「天才を人為的に生産する」という壮大な目的のもと、「十三組の十三人(サーティン・パーティ)」と呼ばれる異常(アブノーマル)の特待生達が本格的に活動を始め、彼らの本拠地である時計台地下の施設を視察することとなる。
門番は飯塚食人と米良孤呑。場所は時計塔11階。飯塚が用意した「今日が旬の食材」を使い料理を1食作り、米良に「おいしい」と言わせたら勝利。なお、満漢全席をはじめとするコース料理も1食とみなされる。複数人の通過権を賭けて誰か一人が代表として勝負を受けることも可能。