琵琶湖線
ダイヤは基本的に、京都駅 - 大阪駅 - 姫路駅間のJR京都線・JR神戸線と長浜駅 - 近江塩津駅・敦賀駅間の北陸本線の直流電化区間と一体的に組まれている。琵琶湖線内の列車種別は、一部の駅を通過する「新快速」と各駅に停車する「普通」が中心である。この2種別によるパターンダイヤが組まれており、日中は15 - 30分ヘッドの等時隔ダイヤとなっている。このほかに一部特別料金を必要とする優等列車も走る。
土曜・休日ダイヤの7時台に米原駅から野洲駅までを普通、野洲駅で新快速に種別を変更する京都・大阪・神戸方面行きの列車があった。2011年3月11日までは平日朝に草津駅 → 米原駅間・京都駅 → 野洲駅間でそれぞれ普通となる新快速が設定されていた。また、2007年3月3日までは平日午前中に米原駅 → 野洲駅間で普通列車となる京都・大阪・神戸方面行きの列車があった。2021年10月2日より長浜駅 - 米原駅間の新快速が日中時間帯1時間に1本の運行となった。
以下の区間で新駅を設置することが検討されている。
瀬田駅 - 石山駅間
山科駅 - 京都駅間
篠原駅 - 野洲駅間
このほか、南草津駅 - 瀬田駅間にも新駅設置が計画されていたが、草津市が新駅の設置計画を凍結する方針を2013年10月28日までに固めた。
現在、定期列車はすべて電車で運転されている。
225系(0・100番台)(網干総合車両所) 0番台は2010年12月1日から、マイナーチェンジ車の100番台は2016年7月7日から、新快速・普通(途中の駅から快速・新快速になる列車も含む)で営業運転を開始した。湖西線・草津線に直通する列車にも使用されている。6両編成は性能的には他と変わらないが、新快速は8両または8+4の12両で運行されるので非常時を除いて新快速には使用されないほか、湖西線・草津線での運用もない。
223系(1000・2000・6000番台)(網干総合車両所)、(2500・6000番台)(吹田総合車両所京都支所) 1000・2000番台は新快速・普通(途中の駅から快速・新快速になる列車も含む)に使用されている。湖西線・草津線に直通する列車にも使用されている。6両編成は性能的には他と変わらないが、新快速は8両または8+4の12両で運行されるので現在では非常時を除いて新快速には使用されないほか、湖西線・草津線での運用も無い。 2500・6000番台は車両の性能を221系に合わせて固定され、221系と共通運用することを前提としているため、新快速には使用されていない。