公安調査庁
白書に準じる年間報告書として、毎年12月に「内外情勢の回顧と展望」(以下、回顧と展望)を公表している。「回顧と展望」は、同庁公式サイトから閲覧できる。
2004年12月に公表された2005年版「回顧と展望」では、北朝鮮情勢について、「一般住民の間で体制への不満や批判が増大し、権力基盤に亀裂が生じることも考えられる」と分析した他、Alephについては、「依然として危険性を有し、規制強化を求める声も寄せられている」として、「徹底した調査、検査を推進する」と引き続き同教団を注視する必要性を強調している。
また、2年に一度、国際テロ問題をまとめた日本政府の行政組織で唯一の資料と言われる「国際テロリズム要覧」を公表している。同庁公式サイトでは、「国際テロリズム要覧」の要約版をみることもできる。なおこの「国際テロリズム要覧」は、内外の各種報道、研究機関等が公表する報告書等から収集した公開情報を取りまとめたものであって、公安調査庁の独自の評価を加えたものではない。
なお、「内外情勢の回顧と展望」、「国際テロリズム要覧」ともに書店での販売はされていないが、国立国会図書館や一部の都道府県立図書館などには蔵書されており、公安調査庁と関わりの無い人でも内容を知ることが出来る。
日本共産党は「公党たるわが党を監視する事自体が憲法違反であり、不当極まりない」と批判している。
オウム真理教脱会者の集まり・カナリヤの会の代表で弁護士の滝本太郎は「破壊活動防止法は人権を侵害するのだったら反対する」としている。
守備範囲の重なる公安警察からは、「調査目的で警察がマークしているマル対(捜査対象者)に接触し、警察やマスコミの動きなど、マル対を利するようなことを平気でしゃべり、その結果、マル対が逃亡することがしばしば起こっている。いったい、誰に雇われているのか」という批判があるという。
日本経済新聞記者であった杉嶋岑が、公安調査庁の要請に応じて提供した写真やビデオ、供述資料等が、ことごとく北朝鮮情報当局に渡っており、公安調査庁の情報は北朝鮮に筒抜けであったという。杉嶋岑は北朝鮮当局によってスパイ容疑の罪で逮捕され、2年2か月間にわたる長期の拘束を余儀なくされた(「日経新聞記者北朝鮮拘束事件」を参照)。
公安調査庁は、国際テロリズムの潮流及び各種組織の実態を把握し、整理するため、1993年から「国際テロリズム要覧」を発刊している。2022年のウクライナ侵攻において、ウクライナ側の一部隊である『アゾフ大隊』は、ネオナチであるという話題があった。「国際テロリズム要覧」(2021年)に記載されていたため、駐日ロシア大使館にもSNSで「公安調査庁がネオナチと認定」と引用された。これに対し、本庁は記述が「独自の評価を加えたもの」ではないとしたが、「事実と異なる」「誤った情報が拡散されている」などとして、該当部分を削除した。削除の経緯などは明らかにせず、要覧に記載されている他の組織との差も明らかにしなかった(例えば、ターリバーンは記載されているが、根拠元の米国はあくまで「外国のテロ組織リスト」に載せていない)。