碇シンジ
主人公。EVA初号機のパイロット(”第3の少年”)。一人称は「僕」。父は碇ゲンドウ、母は碇ユイ。
新劇場版では、シンジはレイをはじめ周囲の人々とより能動的に関わり、守ろうとする姿勢が描かれるようになっていく。これはシンジの性格設定が変更されたわけではなく、鶴巻からも「序のシンジは旧世紀版第壱話〜第六話と同じ」とコメントされている。違いが見られるのは、旧世紀版に比べ、ミサトがシンジと向き合うようになったことをはじめ、周囲の人間の対応が変わったことによりシンジの反応も変化したためである。
しかし、3作目である『Q』になってからは、14年前(『破』)にサードインパクトの元凶に意図せずになってしまったことから、人間関係は一気に悪化。一時の友情を育んだカヲルも自身を守るために命を落としてしまったことから、原作の終盤と同じく、深く心が傷付くことになる。
2004年に行われた初号機の起動実験において目の前で母を失い、その後まもなく父により「先生」と呼ばれる人物の元に預けられる。そして作中舞台となる2015年、突如、父により、NERV本部がある第3新東京市に呼ばれて初号機の専属パイロットに命じられる。上司である葛城ミサトと同居生活することになり、EVAのパイロットとして使徒殲滅の任務に就くかたわら、同市内の市立第壱中学校に通うことになる。
度重なる使徒との戦い、父との確執、ミサトをはじめ、同パイロットである綾波レイや惣流・アスカ・ラングレー、そして友人となる鈴原トウジや相田ケンスケとの出会い・交流の中で、シンジは苦悩・葛藤し、傷つきながらも少しずつ成長していき、自分の存在意義を求めていく。
しかし、次第に状況は過酷なものとなり、度重なる悲劇からシンジは精神的に疲弊していく。そんな中、渚カヲルを自らの手で殺したことで心を完全に閉ざし、ゼーレによりその不安定な精神を人類補完計画発動の依り代とされてしまう。リリスと融合したレイの意思により全ての決定権を委ねられ、一度は他者の存在しない裏切りや傷つきのない世界を望むが、最終的には「もう一度皆に会いたい」という想いから、補完計画を破綻させた。また、テレビ版では自己の存在を肯定することで補完を破綻させる。
!」と檄を飛ばされ、さらにアムロから「エヴァに乗りたくないなら戦いが終わってからネルフの人たちに相談するんだ」、「だがその前に、なぜきみがエヴァに乗っていたのか、戦っていたのか、自分自身でよく考えてみてくれ」と諭されパイロットを続ける決意をする。また彼は「昔のアムロと似ている」と称されている。
『スーパーロボット大戦α』では家出して街を彷徨っていた時にロンド・ベル隊のパイロットに遭遇し、彼らの会話から再びエヴァに乗り込むことを決断する。『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』では『α』の戦いを戦い抜いたことによる確かな自信を持ち、性格も強気になっている他、戦うことに悩んだり地球降下後にフレイ・アルスターを巡ってフレイの恋人であるサイ・アーガイルに暴力を振るったキラ・ヤマトを諭す場面もあった。
『スーパーロボット大戦L』以降は新劇場版の設定で登場。招集され第3新東京市に転校するまでは御崎町に住んでおり、早瀬浩一の後輩として設定されている。