FreeDOS
MS-DOS用に書かれたほとんどのアプリケーションはFreeDOSでも動作する。実行ファイル形式としては、以下のものがサポートされている:
旧式の .COM 実行形式
標準的な 16ビット .EXE 実行形式
ボーランドによる16ビットのDOS プロテクト・モード・インターフェイス (DPMI) 実行形式
以下のDOSエクステンダを使用した 32ビット DPMI実行形式: DOS/32A Causeway DOS/4GW GO32/CWSDPMI その他
またHX DOS Extenderを使用することにより、多くの Win32コンソールアプリケーションや、QEMUやBochsなどいくつかのGUIプログラムも FreeDOS 上で動作する。
FreeDOSは、MS-DOSと互換性をもっており、従来MS-DOS上で動いていた旧式のMicrosoft WindowsであるWindows 1.0/Windows 2.0/Windows 3.xシステムもFreeDOS上で動作する。
FreeDOSはいくつかの点でMS-DOSよりも改善されており、例えば国際化や省電力管理、統合化されたASPIなど、マイクロソフトがMS-DOSのサポートを打ち切った当時には存在していなかった新しい標準規格や技術に対応している。またマイクロソフトからスタンドアローンで出ているMS-DOS (バージョン6.22まで)では公式にサポートされていなかったLBAとFAT32ファイルシステム (FAT32からの起動も含む) もサポートしている。