只見特定地域総合開発計画
漁業資源については、階段式にダムが建設されたことにより、アユやサケなどの回遊魚が、日本海から只見川上流まで遡上することが出来なくなった。
特に只見川には、奥只見・大鳥・田子倉・本名・宮下といった高さ50メートルを超えるダムもあり、魚道の設置にも限界がある。その反面で陸封魚となったイワナなどが巨大に成長し、それが新たな漁業資源を生み出している。特に奥只見湖と大鳥貯水池、田子倉湖では60センチメートルを超えるイワナが多数棲息しており、独自の河川生態系を生み出した。
この奥只見湖に惚れ込んだのが、小説家で釣り好きとしても知られた開高健であり、当時密漁が問題となっていたイワナの保護に乗り出そうと、1975年(昭和50年)に「奥只見の魚を育てる会」を結成させた。この会を通じて、奥只見湖の一部が永年禁漁区に指定されたほか、現在ではブラックバスの密放流に対抗するため、漁業権を管理する魚沼漁業協同組合と共に新潟県に働きかけ、「外来魚リリース禁止」条例を制定させるまでに至った。その後も、バス推進派である日本釣具振興会企画のバス釣り大会を拒否するなど、生態系保護のために活動を続けている。
また只見川・阿賀野川については大井川や信濃川などのように水力発電による河川流水の途絶、すなわち「川枯れ」問題は起こっていない。河川本来の水量が豊富なこと、只見川・阿賀野川の発電方式が「川枯れ」を起こした河川における方式と異なることが理由として考えられる。
福島県は吉田派であった農林大臣・広川弘禅の力が強く、これに対抗するため新潟県は鳩山派に傾斜するといった具合であった。さらに両県の対立は、後述する水利権問題の遠因になった。
政府は妥協点を探るため度々電源開発調整審議会を開催、電源開発により奥只見・田子倉などの只見川上流開発を行う方針を固めて地域紛争を排除し、かつ新潟県が納得する妥協点を探った。こうした度重なる協議の末、佐梨川への導水を廃止する代わりに奥只見ダムから信濃川水系黒又川に只見川の水を分水し、黒又川に黒又川第一ダム・黒又川第二ダムを始め合計4箇所の水力発電所を建設。ダムに貯水した水で越後平野のかんがいを行うという「黒又川分水案」を提示し、1953年(昭和28年)7月28日、吉田首相が首相官邸に大竹福島県知事と岡田正平新潟県知事を招いて「黒又川分水」による妥協案に同意するよう求めた。これに対し大竹福島県知事は県幹部・県議会議員と協議をして緒方竹虎副総理に了解の旨を伝え、岡田新潟県知事もこれ以上の反対は却って分流案に不利になるとして即座に同意。8月5日に「黒又川分水」を含めた奥只見・田子倉発電所の着工が決定した。
新潟県と福島県が激しく争った只見川分水問題の解決策として導入された黒又川の分水計画は、黒又川第一ダム・黒又川第一発電所(出力6万1500キロワット)と黒又川第二ダム・黒又川第二発電所(出力1万7000キロワット)を中心に、黒又川第三・第四発電所の四発電所を建設する計画となった。
四発電所のうち黒又川第二発電所、及び黒又川第四発電所は揚水発電を行うのが目的で、副次的に奥只見ダムの水を只見川の水が豊富な時に黒又川に導水し、黒又川第四発電所から放流して黒又川第一ダムに貯水し、越後平野への灌漑用水補給を図るのが狙いであった。最後に黒又川第三発電所を建設してこの流域の水力発電事業は完成する予定であった。
まず黒又川第一ダムと発電所が1958年2月17日に運転を開始し、続いて第二ダムと発電所の建設が行われた。ところが第二ダムが当初の有効貯水容量を1000万立方メートルから5000万立方メートルに拡張したことで、越後平野へ供給する灌漑用水が黒又川単独で賄えることになった。このため新潟県は1961年9月、電源開発に黒又川第四発電所と奥只見ダムからの分水計画の中止を申し入れ、第34回電源開発調整審議会で了承されたことで只見川からの分水計画は中止され、只見川の水は全て本流で一貫して利用されることになった。こうして、新潟県長年の課題であった「只見川分流案」は、思わぬ形で解決したのである。同時に黒又川第三発電所計画も中止になり、黒又川の水力発電計画は1964年1月14日に第二ダムが完成したことで終了した。なお、第二発電所の揚水発電は後に廃止され、一般水力発電所になっている。
宮下発電所の建設を進めていた日本発送電東北支店は、1946年に只見川・阿賀野川の総合的な水力発電計画を企図し政府の指示を得ずに自主的な調査を開始した。南会津郡伊北村 に調査所を設置し23名にて只見川の気象・水文などを調査した。さらに翌1947年(昭和22年)には商工省が只見川・尾瀬原・利根川総合開発計画を策定し只見川流域の調査を委託。その結果只見川調査所も上流部と下流部に分離・拡大して調査を続行した。1948年(昭和23年)10月には「東北地方電力復興計画案」をまとめ北上川、十和田湖、田沢湖、猪苗代湖と共に只見川が重要な開発地点にあげられ、特に只見川は復興計画にある水力発電計画の87パーセントに及ぶ約247万キロワットを新規に開発できると報告した。この間只見川の水力発電計画の骨子として1947年3月に「只見川筋水力開発計画概要」が発表された。
これによれば只見川と阿賀野川に連続して15箇所のダム式発電所を建設、既設5発電所 の出力を増強させることで新規に増加する発電出力は235万キロワットに及び、年間増加発電量は55億キロワット時にも上るとしてその開発の有用性を主張した。この中で根幹事業として只見川最上流部に4箇所、伊南川に1箇所の巨大ダムを建設し大容量貯水池を建設するとした。ここにおいて初めて奥只見ダムと田子倉ダムの二大ダム計画が登場した。また尾瀬原ダムはこの計画で揚水発電から一般水力発電に修正され、利根川の分水も無くなりダムの規模も縮小された。
只見川・阿賀野川の水力発電事業は1910年(明治43年)の岩代水力電気発起人・太田黒重五郎らによる水利権使用許可の申請に始まる。その後電力会社の開発競争や日本発送電による国家統制などを経て1951年(昭和26年)、只見特定地域総合開発計画の開始により奥只見・田子倉などの大規模ダム・発電所を筆頭に多くの水力発電所が建設された。その後も再開発事業や新規水力開発が行われ、今も続いている。
ここでは水力発電事業とそれに関連した事象、及び周辺の動向を含めて年表形式でまとめる。