関西科学大学
設置認可申請の手続きの中で、申請書類のうち開学を決めた理事会の議事録に、当時既に死亡していた理事や退任していた理事の氏名があることが判明した。これについて文部科学省は虚偽記載であると指摘し、奈良学園に対して新大学の設置認可は困難と伝達した。
2006年11月17日に奈良学園は設置認可申請を取り下げたことを明らかにし、大学案内を送付していた 約740の高校に対し、ファクシミリで謝罪文を送った。また、奈良学園は指定校推薦によって事実上入学が内定していた高校生231人に対し、新たな進路を支援する「教育支援金」名目で一律30万円払うことを決定。更に、これとは別に生徒が浪人した場合は予備校費用などを負担することを決めると同時に、他の私立大や専門学校などに生徒の受け入れを依頼した。
なお文部科学省は、当該不備は悪質な不正行為であるとして、2007年度、2008年度に再申請があっても受理しないことを通知している。