真核生物
かつては細菌、アーキア (古細菌)、真核生物の3ドメインは共通の祖先から別個に誕生したとも考えられていたが、現在では古細菌の中から真核生物が進化したとする説が有力になりつつある(かつてのエオサイト説に近い)。特に、アスガルド古細菌から進化した事が分子系統解析から示唆されている。アスガルド古細菌は2010年代にその存在が確認され、真核生物と多くの類似性を有することが知られている。
真核生物には、実際のところ古細菌だけでなく、細菌など他の生物由来の要素も多く含まれている。真核生物は少なくとも2種以上の生物が合体して誕生したことがほぼ定説となっており、例えばミトコンドリアは、真核生物の母体となった古細菌にαプロテオバクテリアが細胞内共生を経て取り込まれて変化したものであるとする説が有力である。ミトコンドリアと同様に、葉緑体はシアノバクテリアが細胞内共生をへて真核生物に取り込みまれたものであると考えられている。