DNA-DNA分子交雑法
比較する2つの種から抽出したDNAを600-800塩基対程度に切断、あるいは特定の部分のみをPCR法などで増幅し、加熱あるいはアルカリ溶液中に入れることで一本鎖にする。これを冷却したり中性にすると相補的な一本鎖の間でA-T,G-C結合が再生する。このとき、2つの種から由来した相補的なDNA同士が結合し、ハイブリッドを作る。ここで、双方の類似性が高いほど結合に寄与する塩基対が多いため、強固に結合している。すなわち、類似性が高いDNA同士ほど結合を切り離すために、より大きなエネルギーが必要である。ハイブリッドを再度加熱し、一本鎖に戻る温度を評価することで、双方のDNAの類似性を定量的に評価することが出来る。
かつては、ハイブリッド形成した二本鎖を安定同位体を用いた密度勾配遠心で同定していたが、現在は蛍光を発する塩基を用いた蛍光顕微鏡観察が行なわれている。この蛍光塩基を用いることで更に交雑法は簡便になったといえる。