新宿警察署
警務課(警務係、教養係、厚生係)
会計課(会計係、遺失物係)
留置管理課(留置係)
交通課(交通総務係、交通執行係、交通捜査係、交通事故鑑識係)
警備課(警備係、災害対策係、公安係、外事係)
地域課(地域総務係、地域第一係、地域第二係、地域第三係、地域第四係)
刑事課(刑事総務係、強行犯捜査係、知能犯捜査係、盗犯捜査係、鑑識係)
生活安全課(生活安全総務係、生活安全経済係、保安係、少年係)
組織犯罪対策課(組織犯罪対策係、暴力団対策係、銃器薬物対策係)
他に、署庁舎内に第二機動捜査隊、第二自動車警ら隊、通訳センターの分駐所、警視庁職員信用組合新宿支店等がある。