プネウモキスチス
タフリナ菌亜門に含め、この1属でプネウモキスチス綱プネウモキスチス目プネウモキスチス科を立てる。これは主として分子系統による判断に基づくが、またこの生物の生活環が分裂酵母のそれによく一致するという指摘もある。また、減数分裂の様子はタフリナのそれに類似する。
種については上記のように長く単一の種のみ認められた。現在は宿主特異的な複数の種があると考えられているが、その数は不明である。形態的には宿主が異なってもこの生物の形態はほとんど差が見られない。