カウロバクター・クレセンタス
これらすべての操作の根底にあるのは、タンパク質と構造成分の生成およびエネルギー生成のメカニズムである。「ハウスキーピング」な代謝や異化サブシステムとして、タンパク質合成や細胞壁構築、細胞にエネルギーと分子原料を提供するものなどがある。そのため、ハウスキーピング機能は、細胞周期制御システムに双方向で結合されている。しかしそれらは、細胞周期制御ロジックとは多少独立しており、利用可能な栄養源の組成や量の変化に適応することができる。
カウロバクター細胞周期制御システムのタンパク質は、アルファプロテオバクテリア全体で広く共保存されていますが、この調節システムの最終的な機能は種によって大きく異なる。これらの進化的変化は、フィットネス戦略と生態学的ニッチにおける個々の種間の大きな違いを反映している。たとえば、 Agrobacterium tumefaciensは植物病原菌、 Brucella abortusは動物病原菌、 Sinorhizobium melilotiは土壌細菌であり、カウロバクター細胞周期制御のほとんどのタンパク質である窒素を固定する植物の根の小結節に侵入して共生しているが、このような種においても同様な細胞周期制御システムが見られる。細胞周期制御ネットワークのタンパク質成分と回路の下流の読み出しとの間の特定の結合は、種ごとに異なる。すなわち、ネットワーク回路の内部機能はよく保存されているが、特定の細胞機能を制御するタンパク質への調節装置の「エッジ」での結合は、種によって大きく異なる。