大山寺 (伊勢原市)
室町時代においても、当初、大山寺は室町幕府・鎌倉府の庇護を受けていたと考えられるが、やがて顕密系地方山岳寺院の当時の一般的状況として、地域領主層や勧進唱導活動等で一山の経営を支えるようになった山内宗教者集団の発言権が増していったであろうと想像される。文明18年(1486年)の冬に大山に登った聖護院門跡道興准后は、『廻国雑記』に雪の大山山内に宿泊し、「その夜の大山は寒くて眠れなかった」などの漢詩と和歌を詠んでいる。ここから、当時の大山寺に、近衛摂関家の貴種であり全国山伏の棟梁一行を迎えるだけの山伏集団が存在していたと考えられる。なお、室町時代の後期のころに、『大山寺縁起絵巻』が成立した。
戦国時代に、大山は小田原の北条氏の支配下に入り、北条氏は大山の宗教勢力を利用しようとしたことが諸史料からわかっている。なお、大山の山伏集団は本山派の院家勝仙院(のちの住心院)の霞下であったと考えられる。天正18年(1590年)に豊臣秀吉が小田原を攻略した際には、大山の宗教勢力は北条氏に与して、激しい戦いを繰り広げた。
明治初期の廃仏毀釈・神仏分離で大山の廃仏と神社化が図られ、大山中腹にあった不動堂は破却されて、現在の大山阿夫利神社下社となった。その後、明治9年(1876年)、現在地(元の来迎院の跡地)にて不動堂の再建が着手され、明治18年(1885年)に明王院という寺名で再興された。大正4年(1915年)、明王院は観音寺と合併し、ようやく大山寺の旧寺号が復活した。