日本通運
日通名古屋支店では2011年3月の桜通線延伸開業以来、利用者が少ないと見込まれる一部の駅(名港線と桜通線の一部。桜通線は徳重駅を除く延伸区間にある各駅を開業時から)の業務を受託して運営している。
日本郵政とは宅配便事業で業務提携をすることが2007年10月5日に報じられた。2008年6月に、郵便事業と折半出資で新会社・JPエクスプレスを設立し、2009年4月にペリカン便事業は、JPエクスプレスが譲受した(しかし、JPエクスプレスは会社解散に追い込まれ、結果的に見れば日本通運の宅配事業ペリカン便が市場から撤退という結果になった。)なお、引越し事業においては、郵便局が行う生活関連取次ぎサービス に、日本通運の引越しサービスが含まれている。
学校法人日通学園 - 流通経済大学(茨城県龍ケ崎市)、流通経済大学付属柏中学校・高等学校(千葉県柏市)の運営。
公益財団法人日本通運育英会 - 大学生への奨学金の貸与
物流博物館(公益財団法人利用運送振興会、東京都港区) - 日本通運社内の「通運史料室」に収蔵されていた、物流に関する歴史的資料を一般公開するために設置された博物館。財団法人を通じて寄付、運営への協力を行っている。