水郡線
早朝と深夜に上菅谷駅 - 常陸太田駅間に回送列車が設定されている。
水戸駅 - 上菅谷駅間は、水戸駅 - 郡山方面の本線筋の列車のほかに、水戸駅 - 常陸太田駅間の支線方面の列車も走行するため、水郡線において列車密度が一番高い区間である。1時間に朝ラッシュ時は3本、日中は1本運行されている。
福島県の郡山側では、前述の全区間運行列車のほかに常陸大子駅 - 郡山駅間の区間列車が下り3本、上り2本(水戸行きに連絡)と途中の磐城石川駅で翌朝まで留置される磐城石川駅 - 郡山駅間の列車1往復がある。また、上りは夜21時台の郡山発磐城棚倉行きでそのまま留置され、翌朝6時過ぎに磐城棚倉発常陸大子行きとなる運用がある。日中時間帯に常陸大子駅 - 郡山駅間で1往復増発される日(土休日および沿線学校の変則時間割の日など)がある。
列車は1 - 4両編成で運行されており、ラッシュ時は3 - 4両編成が多い。また、列車によっては平日と土曜・休日で編成が異なる場合がある。水戸駅 - 常陸大子駅・常陸太田駅間は主に2 - 4両編成、常陸大子駅 - 郡山駅間は1 - 3両編成で運行されている。かつては5両編成も存在していた。
最終列車は周辺路線と比べると早く、水戸発の下りは水戸線(22時半の下館行き)を除く路線が23時台に設定されている中、常陸大子行き(上菅谷駅で常陸太田行きに接続)の22時半であったが、2017年10月14日のダイヤ改正で45分ほど繰り下げられ、23時台に常陸大宮行き列車が設定された。上り列車の水戸着は21時台で変わっていない。
各年度の平均通過人員は以下の通り。
以下の各急行列車が運行されていた。いずれも1966年まで準急列車。
1958年 - 1985年:急行「奥久慈」(上野駅 - 常陸太田駅・磐城石川駅間)
1964年 - 1968年:急行「久慈川」(上野駅 - 福島駅間)
1964年 - 1968年:急行「スカイライン」(水戸駅 - 福島駅間)