S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky
前作のBar, Wild Territory, Prypiat, 各種地下研究所は登場しない。
Swamps(沼地) 本作のスタート地。Zoneの南西に位置し、Clear Skyの基地もこの沼地に存在している。
Cordon Swampsから向かえるZone南端だが、進入時にはMilitaryの機銃掃射に晒される。前作同様Stalkerたちのルーキーキャンプが存在する。
Garbage 放射性廃棄物が捨てられた地区。Banditsの制圧地域であり、各所の検問所では通行料を要求される。
Dark valley 廃墟が点在する沼沢地帯。北部の廃工場はFreedomの拠点となっている。
Agroprom Research Institute 軍施設と廃工場が存在する地区。軍施設はDuty、廃工場はStalkerたちの拠点となっている。地下通路CatacombにはStrelokの拠点が存在するが、ミュータントが大量発生している。
Yantar 本作ではAgroprom Research Instituteから進入する地区。前作同様、Scientistsの移動研究所が存在する。
Red Forest 本作ではYantar方面から進入する地区。
放射能除去や(各種属性耐性増加/出血抑制/体力自動回復量増加/持久力快復速度向上/重量制限緩和)+放射能蓄積と、メリット/デメリットが簡略化されている。前作では一定時間毎にアーティファクトが無限に出現したが、本作では予め定められた位置のみに出現し、一度でも取得した位置に再度アーティファクトが生成される事は無い。また、サブクエストの報酬や隠し場所、一部の例外を除き出現するアーティファクトが変化する(新規ゲーム開始時にランダムで決定される)。
アーティファクト検知器 アーティファクトを検知し、可視状態とする機械。手に持っていないと効力を発揮しない為、使用する際には素手/ナイフ/ハンドガン/ボルト等の片手が空く装備を選択しなければならない。3種類の検知器が存在しており、初期型は距離により音の間隔が変化するのみだが、第2世代品ではアーティファクトの存在する方向が表示され、第3世代品では方、距離が分かるようになる。ガイガーカウンター機能やアノーマリーに反応しアラームを鳴らす機能が備えられているが、これはどの世代も同一の性能である。
ボス戦 Destroyed Hospitalに登場するヘリコプター、Chernobyl NPPに登場するStrelokとの戦闘時にはライフゲージが表示され、これを倒さなければイベントが進行しない。また、Strelokには通常の武器が効かないので特殊な武器を使用する必要がある。
凶悪なミュータントやアノーマリーが蠢く危険な森。前作の同名エリアとはかなり異なる構造となった。
Army WareHouse 本作ではRed Forest方面から進入する地区。南東の軍倉庫はMilitaryの拠点となっている。北東部からはMonolithが侵攻してくるうえ、奥に進み過ぎるとブレインスコーチャーに脳を破壊されてしまう。
Limansk Red Forest西の橋を渡った先に位置する存在を隠された街。北部には巨大なアンテナ(en:Russian Woodpecker)が存在しており、何らかの研究が行われていたとも言われるが、現在はMonolith兵に掌握されている。なお、ゲームの仕様上、Limanskへ足を踏み入れた時点でRed Forestへ戻る事は不可能となる為、注意が必要である。
Destroyed Hospital(廃病院) Limanskの北に位置する廃墟と化した病院。多数のMonolith兵に占拠されているうえ、Militaryが出撃させた戦闘ヘリが空襲を仕掛けてくる。
Chernobyl NPP 二度の爆発事故により放棄された原子力発電所跡。Zone最深部へ向かうStrelokを止めるべく最終決戦が繰り広げられる。