孫崎享
国際政治学者の細谷雄一は『歴史認識とは何か』において、孫崎の「学者やジャーナリストの人たちは、世間で『陰謀論』といわれるような国際政治の闇の部分にふれることがほとんどない」という主張に対して、孫崎がインテリジェンス史の飛躍的な発展や日本の学者による新史料の発掘の努力を無視しているとし、「そこでは、『陰謀』という不明瞭で非学術的な用語は使われていない。陰謀とインテリジェンスは異なる」と批判した。
潮匡人は、中国への批判が見られない、「朝まで生テレビ!」で共演した際に批判したところ暴言を吐くなど短気な性格である、著作の内容が陰謀論であるなどと批判した。
安倍晋三銃撃事件について、真犯人は別にいるとツイッターで主張している。
ジャーナリストの佐々木俊尚は、朝日新聞2012年10月21日付朝刊の書評で著書『戦後史の正体』を「ロッキード事件から郵政民営化、TPPまで、すべては米国の陰謀だったという本」、「本書は典型的な陰謀史観でしかない」などと批判した。
孫崎からの抗議により朝日新聞は当該問題部分に事実誤認があったとして訂正を行い、謝罪した。
2002年から防衛大学校の教授となり、公共政策学科の学科長、人文社会科学群の学群長を歴任した。2009年3月に退官した。