トレイン・オン・トレイン
2016年の北海道新幹線開業時以降、実際に用いられている方法である。新幹線の速度を在来線並み(140km/h以下)に落とすことで、ダイヤ競合問題および安全性の問題は、少なくとも現在の在来線並みまで緩和されることになる。貨物列車締め出しによる時間短縮は16分程度に留まると予想され、青函トンネルにおける貨物輸送の役割の重要性から新幹線側が譲った形となっている。
また、すれ違いの時だけ新幹線を減速する方法も考えられているが、新幹線を高速走行させるためには軌道の安全性を確認する必要があり、信頼性の劣る貨物列車を同時に走行させるためには障害物(コンテナからの落下物など)の検知装置などの開発が必要になる。また貨物列車がトンネル内走行中に260km/hの新幹線が同一トンネル内へ進入することにより微気圧波が生じ、貨物列車運転士の気圧変化による影響が懸念される。さらに影響度によっては貨物機関車の改造等が必要である。
開業後の動向は北海道新幹線#青函トンネル内の高速化を参照。