日本の両生類一覧
また、それを担保するために、兵庫県豊岡市と京都府京丹後市の2箇所の生息地が、生息地等保護区に指定されている。また民間によるトウキョウサンショウウオのビオトープの創出も成果をあげている。その他、上記の天然記念物に指定されている3種も文化財保護法に基づく規制がかけられており(天然記念物#を参照。)、国際的な商取引を規制する目的で、オオサンショウウオが国際希少野生動植物種に指定されている。加えて、国の天然記念物等に指定されていなくても、都道府県や市町村の条例に基づく天然記念物や希少野生動植物種に指定され、保護されている種もいる。
2005年の外来生物法の施行を契機に、外来両生類の駆除や調査なども進められており、例えば沖縄県においてはオオヒキガエルやシロアゴガエルを対象とした事業が行われており、また、チュウゴクオオサンショウウオ及びオオサンショウウオとの雑種個体の除去も実施されている。また、2015年3月には、『我が国の生態系等に被害を及ぼすおそれのある外来種リスト(生態系被害防止外来種リスト)』が作成され、外来生物法に基づく特定外来生物の対象外や国内外来種の対策も進められている。
ニオイガエル属 Odorrana Fei, Ye et Huang, 1990 - 6種 アマミハナサキガエル Odorrana amamiensis (Matsui, 1994) - 【固】; 【島(奄美諸島;奄美大島、徳之島) / 【EN】 / 【II類】 アマミイシカワガエル Odorrana splendida Kuramoto, Satou, Oumi, Kurabayashi et Sumida, 2011 - 【固】; 【島(奄美諸島;奄美大島)】 / 【IB類】 オオハナサキガエル Odorrana supranarina (Matsui, 1994) - 【固】; 【島(八重山諸島;石垣島、西表島)】 / 【EN】 / 【準絶】 オキナワイシカワガエル Odorrana ishikawae (Stejneger, 1901) - 【固】; 【島(沖縄諸島;沖縄島)】 / 【EN】 / 【IB類】 コガタハナサキガエル Odorrana utsunomiyaorum (Matsui, 1994) - 【固】; 【島(八重山諸島;石垣島、西表島)】 / 【EN】 / 【IB類】 ハナサキガエル Odorrana narina (Stejneger, 1901) - 【固】; 【島(沖縄諸島;沖縄島)】 / 【EN】 / 【II類】
バビナ属 Babina Thompson, 1912 - 2種 オットンガエル Babina subaspera (Barbour, 1908) - 【固】; 【島(奄美諸島;奄美大島、加計呂麻島)】 / 【EN】 / 【IB類】 ホルストガエル Babina holsti (Boulenger, 1892) - 【固】; 【島(沖縄諸島;沖縄島、渡嘉敷島)】 / 【EN】 / 【IB類】
ハラブチガエル属 Nidirana Dubois, 1992 - 1種 ヤエヤマハラブチガエル Nidiana okinavana (Boettger, 1895) - 【島(八重山諸島;石垣島、西表島)】 / 【EN】 / 【II類】
2012年8月に公表された第4次環境省レッドリストでは、66種(亜種を含む。以下同じ。)の評価対象種のうち、22種が絶滅のおそれのある種(絶滅危惧IA類、IB類、II類の合計)、20種が準絶滅危惧種、1種が情報不足と評価している。第3次レッドリストでは、評価対象種62種のうち、絶滅のおそれのある種が21種、準絶滅危惧種が14種であったが、この増加した要因として、『レッドデータブック2014』では、分類の再検討による独立種の増加をあげるとともに、種が細分化されたことにより、細分化前よりも絶滅リスクが高まるおそれがあることも指摘している。また、日本人にとってカエルの代表種とも言えるトノサマガエルが、その生息環境である水田等の減少に伴い影響を受けているとして準絶滅危惧にランクインしている。2000年に発行された『改訂版レッドデータブック』では、両生類の生息環境となる湿地や小川等の淡水環境や森林環境が開発され、あるいはペットブームによる密猟が絶滅の危機や個体数減少の要因であると述べているが、2014年に刊行された『レッドデータブック2014』でも生息環境の急激な悪化と愛好家や業者の乱獲を指摘している。