配列アセンブリング
配列のアセンブルには大きく分けて2種類の方法がある。
de-novo(デ・ノボ、新規): 読み取った断片(リードと呼ばれる)をアセンブルして、それまでに未知のゲノム配列の再構築する
マッピング: 既存のゲノム配列を背骨に見立てて、それにリードをマッピングしていくやり方。
デ・ノボのアセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、大量のメモリを必要とし計算時間もかかる。これはデ・ノボのアセンブルを行うには全てのリード同士の組み合わせを網羅的に比較する必要があるためであり、その計算量はO(n^2)か、工夫によってO(log(n))になる程度である。