琵琶湖の固有種
一方では琵琶湖の固有種が他地域に侵入して様々な問題を起こす事もある。湖産アユは1912年に多摩川に放流されたのを始まりとして、1950年代から1970年代にかけ漁業用・遊漁用として他河川に盛んに放流された。湖産アユは固有種とはされていないが、一般的なアユのように海に流下せず塩分耐性が弱い一方で、縄張り争いが強く交雑種が降海後に死滅するなどの要因により、在来アユが減少しているとされる。
また琵琶湖固有種が、湖産アユの稚魚に紛れて偶発的にあるいは意図的に放流されることもあり、固有種のゲンゴロウブナ・ワタカ・スゴモロコなどが他地域で定着する例も確認されている。