門跡
子弟らは荘園を所有しておりその経済力を背景とした政治力をもって、受け入れた寺院内の支配権を掌握するようになり、各門流を継承するようになった。これらが慣例化してやがて、「門跡」自体が「貴族」出身者によって継承される特定の院家・寺院を指す称号へと変化した。
そして室町時代になると、寺格としての「門跡」が確立し、室町幕府には、門跡寺院に関する政務を執る門跡奉行が置かれた。さらに江戸幕府では、宮門跡(親王門跡)・摂家門跡・清華門跡・公方門跡(武家門跡)・准門跡(脇門跡)などに区分して制度化した。禁中並公家諸法度(第13条)では、天皇の皇子・連枝(兄弟)である宮門跡は摂家出身の摂家門跡よりも上とされ(宮中内では摂家は親王の上とされていたことから反対の扱いとなる)、同格であればその修行期間の長さに基づいた。この規定によって天皇の孫以下(具体的には宮家出身者)は宮門跡にはなれないと解されたが、宮家出身者が天皇の猶子になった場合の解釈は曖昧のまま残された。実際に天和元年(1681年)に後陽成天皇の孫で伯父の後水尾天皇の猶子となっていた良尚入道親王(八条宮家)が門跡に列せられ、18世紀の末には宮門跡は全員天皇の猶子となった宮家出身者が占めてこの状態で明治維新を迎える事になった(安永8年(1780年)には皇統断絶により閑院宮家から光格天皇が即位しており、天皇の皇子・連枝を出家させる余裕は失われていたのである)。