スター・ウォーズ クローン大戦
惑星ハイポリに墜落したスター・クルーザーの残骸の中でグリーヴァスを相手に戦うジェダイ達を救出するため、フォードー指揮下のARCトルーパー部隊はシャークマウスを施した一機の共和国攻撃用ガンシップに乗り込み彼らの元へ向かう。後にグリーヴァス将軍の強さを知ったジェダイ評議会は、異例ではあるがアナキンをパダワンからジェダイ・ナイトへ昇格させる事を決めた。
歳月が流れ、オビ=ワンとアナキンが率いる第3軍は勝利を続けていた。そこへグリーヴァス将軍が惑星ネルヴァンにいるとの情報から、偵察に向かう。行きがかり上、アナキンはネルヴァンの民のやり方で彼らの災厄を取り除くため旅立った。そこで見たものは人体改造されたネルヴァンの戦士達だった。彼らを救出するための正義の行動により、次第にアナキンは自身の怒りをコントロールできなくなってしまう。
戦いがアウターリムと呼ばれる辺境域に偏っていた頃、惑星コルサントの白く霞んだ空が、突如パルパティーン最高議長を誘拐しに来たグリーヴァス将軍率いる多数の戦闘機の大群で埋め尽くされる。パルパティーンを守るためシャク・ティ、ファル・ムダーマ、ロロン・コロブの3人のジェダイの騎士は、彼に付き添い避難させようとした。しかしグリーヴァス将軍と、彼のボディーガードであるマグナガード達が目の前に現れ、4人はどんどん追い詰められていく。激しい地上戦が繰り広げられる中、ヨーダとメイスは議事堂とジェダイ聖堂が無傷である事に気付き、敵の真の目的がパルパティーンであることに気付く。そしてメイスはパルパティーンを誘拐したグリーヴァス将軍の下へと急ぐ。
一報を受けたアナキンらは、ハイパードライブを準備して戦地となってしまった首都コルサントへと向かう。