マリオ&ルイージRPG
マリオの宿敵。いつものようにピーチをさらいにやってきたものの、ピーチ姫のバクダン声で城を壊されてはかなわんと、真相を知らずにピーチの声を取り戻すべくマリオを連れてマメーリア王国に向かう。マリオたちを愛機「カメジェット」に乗せ共にマメーリア王国へ向かうが、ゲラコビッツの襲撃に遭いカメジェットが墜落。その先で大砲にはまって発射されてしまい行方不明となる。その後、中盤に記憶喪失となってパーニョの子分になったり、ストーリー中盤でゲラゲモーナに体を乗っ取られ「ゲラクッパ」と化す、最終的には城を爆破されて吹き飛ばされてゲーム画面に激突する等、今作ではルイージ以上に不憫な扱いを受けている場面が多い。
『マリオ&ルイージRPG1 DX』では記憶喪失になった原因が明らかになり、パーニョの部下になった経緯も描かれている。
星くずヶ原にあるキノコ王国とマメーリア王国の国境を監視している2人組。ミニゲーム「コッキョージャンプ」の主催者。
『スーパーマリオブラザーズ3』で初登場したクッパ軍団の7人衆。クッパ城にて、クッパに乗り移ったゲラゲモーナの命令によりマリオたちと戦う。登場順は『スーパーマリオワールド』の時と同じく、イギー、モートン、レミー、ルドウィッグ、ロイ、ウェンディ、ラリーの順に戦うことになる。
原作では個別の台詞は無く、ゲラクッパからは「コクッパ軍団」の総称で呼ばれている。彼らは同じくGBAで本作の4ヶ月前に発売されたリメイク作『スーパーマリオアドバンス4』に引き続いての登場となる。
『マリオ&ルイージRPG1 DX』では『マリオ&ルイージRPG ペーパーマリオMIX』と同様の設定と姿で登場しており、自らを「クッパ軍団7人衆」の総称で名乗る。本作ではクッパの子供ではなく、『New スーパーマリオブラザーズ Wii』や『マリオカート8』以降の設定に準じて部下という設定になっている。それぞれ個別の台詞やボイスが追加されたほか、攻撃技も追加されている。「クッパ軍団RPG」では彼らもカメジェットに搭乗していたことが明らかになり、墜落後にクッパを探していたが、その際にゲラコビッツに洗脳されてしまったことが明かされている。「クッパ軍団RPG」での登場順はラリー、イギー、ウェンディ、モートン、ロイ、レミー、ルドウィッグの順で、イギーとモートンの順番以外は『スーパーマリオブラザーズ3』と同じ。軍団の幹部という立ち位置であり、当初は軍でも最下位クラスの立ち位置のクリボー隊長を酷く見下していたが、ゲラコビッツに洗脳された自分達や他の軍団のメンバー達を救いだした事で、クリボー隊長の事を認めるようになる(特にルドウィッグとロイはその傾向が顕著)。
本作の黒幕でラストボスである魔女。笑い声は「ゲヒャヒャヒャヒャ!」。世界征服の野望を果たす為にスタービーンズを入手しようと企み、スタービーンズを目覚めさせる事が可能なピーチの声を奪った。
執念深い性格で、マメラ女王やアハハアハデミーの研究員をモンスターに変えたり、何度出し抜かれても懲りずに上空からマメーリア国を爆撃したりと非道な行いを繰り返す一方で、間の抜けた一面が目立つ。 ゲラクッパ 物語中盤でマリオブラザーズに敗れ、魂だけとなったゲラゲモーナが気絶したクッパに乗り移った姿。クッパの意識は無く、完全にゲラゲモーナが身体を支配しており、その顔つきも以前のゲラゲモーナの顔に変化している(ちなみに本人は一応女性なのでクッパの体に胸もできている)。 『マリオ&ルイージRPG1 DX』の「クッパ軍団RPG」では詳細が掘り下げられており、顔は普通のクッパの時と切り替えられるようで、クッパ軍団に乗っ取りを悟られぬよう指示を出し思いのままに利用していた。ただし後述のクリボー隊長には口調が違う事で感づかれ、クッパでない事を見抜かれた。
ハンマー職人のカナンとズッチにハンマーを作ってもらうとできるアクション。主に障害物の破壊に使う。ストーリーが進むとカナンとズッチにハンマーをパワーアップしてもらうことができるようになり、破壊可能な障害物が増えていく。なお、本作のハンマーはフィールドとバトルとでは大きさが異なる。フィールドでは軽々と持てるサイズだが、バトルになるとカウンターをすると最後まで持てないくらい重くなる。
マメーリア王国の王子。母マメラ女王の指示の下、ゲラゲモーナの企みを阻止するため単独行動していた。登場シーンでは必ずまばゆい光を浴びながら格好を付けたポーズをとる(プスラノドン曰く「無駄に輝くこの人」)ナルシスト風な人物間抜けな一面もあるが、卓越した剣技の持ち主で、アハハ・アハデミーにいたゲラコビッツを所持するレイピアで吹っ飛ばした。ゲラゲモーナがピーチ姫の声を奪いにいくことを事前にキノコ王国に伝えたり、終盤マメーリア王国が再度襲われた際は単独でピーチ姫をリトルキノコへ避難に導く等、王子としての風格や責任感と行動力も持ち合わせた聡明な人物である。決めポーズの際に笑い声はアルファドリームの野口暁(本作のグラフィックデザイナー)が担当している。
デヘヘバレーの北側にある、キノピオ達が暮らしているにぎやかな街。キノコ大使館がある。