核局在化シグナル
hnRNP A1の酸性のM9ドメイン、酵母の転写抑制因子Matα2の KIPIK 配列、U snRNPに存在する複雑なシグナルなど、他のタイプのNLSも多く存在する。これらのNLSの大部分は、インポーチンα様タンパク質の介在なしに、インポーチンβファミリーの特異的受容体によって直接認識されているようである。
大量に産生され輸送されるリボソームタンパク質には特異的なシグナルが存在するようであり、特別なインポーチンβ様核内輸送受容体が伴っているようである。
近年、PY-NLSとして知られるタイプのNLSが、Leeらによって提唱されている。このPY-NLSモチーフは、その名前はプロリン-チロシンのアミノ酸ペアが存在することに由来するが、インポーチンβ2(英語版)(トランスポーチン、カリオフェリンβ2としても知られる)に結合し、積み荷タンパク質を核内へ輸送する。インポーチンβ2へ結合したPY-NLSの構造が決定され、核内輸送の阻害剤が設計されている。