ゴジラ (架空の怪獣)
冒頭、登場人物の書く小説の中という劇中劇の場面で、1959年ごろ(作中の現在)の東京を破壊するゴジラ(フルCGで、スーツ〈着ぐるみ〉は使用されていない)が描かれる。本体自体は十数秒しか映らないが、尾を振り回して建造物を粉砕したり放射熱線で東京タワーを粉砕したりするなどの暴れぶりを見せる。
ゴジラのデザインは、GMKゴジをベースにした独自のものとなっている。
2020年10月16日放送分に、ゴジラを恋愛対象としている13歳の女子中学生からの依頼に応え、平成VSシリーズに準じた姿の等身大ゴジラが登場。収録当時、ニジゲンノモリにて開催されていた「ゴジラ迎撃作戦」でのデートを楽しんでもらう様子が放送され、局長(司会)の松本人志を困惑させつつも感心させた。
『ゴジラ FINAL WARS』で用いる、螺旋状の熱線。地球に迫るモンスターXの潜む巨大隕石を爆破する凄まじい破壊力を持つが、数秒のチャージ時間が必要なことやエネルギー消費が激しいことから、連続発射はできない。また、反動を防ぐために足と尻尾を地面に突き立てて、発射体勢を取る必要がある。
その後、かつて自身を崇拝していた人類が建設した古代文明の神殿にして海底洞窟内の、大量の放射能やウランが発生している住拠で核エネルギーを吸収しながら回復を図っていた。地球支配を謀るギドラへの対抗手段として用いようと考えたマーク・ラッセルは、ゴジラを復活させるために核兵器の使用を提案し、芹沢たちと共に潜水艦で住処へ向かうが、トラブルによってミサイル発射システムが発射不可能な状態に陥ったため、芹沢が単身で核弾頭を携えて住処へ赴き、自らの命と引き換えに起爆させる。その結果、核エネルギーを吸収してさらに強靱な姿となって復活したゴジラはボストンへ向かい、そこで三度ギドラに挑む。序盤こそモスラの加勢も得て戦いを優勢に進めるものの、先の核エネルギーの吸収量が過剰だったためにあと数分で核爆発を起こす状態に陥っており、予想外のギドラの強力な攻撃に加え、モスラがラドンに妨害されたこともあって劣勢となり、満身創痍の状態に陥る。しかし、ギドラの攻撃でモスラの身体が爆散した際に降り注いだ粒子を吸収し、それによって体内の核エネルギーの制御に成功すると、周囲の建築物を溶解させるほどの高熱を発しながら、モスラの体模様を模した体内放射でギドラのほぼ全身を焼き尽くし、最後に残った首の1本をも放射熱線で消滅させる。
水中での移動速度は魚雷と同等で、米原潜の3倍。
無性生殖によって一度に200個のベビーゴジラの卵を産卵するため、倒し損ねれば数年で人類を滅ぼす恐れがあると分析される。しかし、砲弾で出血するうえ、魚雷で深手を負い(小説版)、最後は主人公たちが乗るタクシーに誘導されてブルックリン橋のワイヤーに絡め取られて動けなくなったところでF/A-18C編隊が発射したハープーンミサイル攻撃によって絶命するなど、肉体は過去作品の登場個体と違って脆弱である。マディソン・スクエア・ガーデンにおいて孵化したベビーゴジラの大群や多くの卵も同じようにF/A-18Cのハープーンミサイルによる空爆で全滅するが、エンディングでは残っていた卵1個からベビーゴジラが誕生する(ベビーゴジラのその後については「ゴジラ ザ・シリーズ#ゴジラ」を参照)。
日本版と本作品のゴジラは共に製作時点における恐竜の復元図を元にしているが、恐竜研究の進歩に伴って復元図も大きく変化しており、両者のデザインが大きく異なった要因の一つとなっている。
本作品のゴジラは、怪獣ではなく動物であるとされている。怪獣であると人間にとって悪役になってしまい、ニューヨークには子供を産む巣作りのためにやってきただけであり、自分からは攻撃せず、ある意味では悪役だが、むしろ核によって生まれた悲劇的なキャラクターであるとしている。また、タトプロスがゴジラに対して最初は驚愕し、次第に共感していくものの、人間が共存するためにゴジラを殺さなければならない、と葛藤する「感情の旅」を観客に感じてほしかったため、本作品では『ゴジラ』のみならず、『キングコング』や『フランケンシュタイン』という3大モンスター映画に共通する精神を大切にしたという。