伊賀鉄道伊賀線
200系 東京急行電鉄(東急)で運行されていた1000系電車を譲り受けたもので、2009年12月24日から営業運転を開始した。第1編成はラッピングが施されて松本零士デザインの「忍者列車」となった。東急からの新車導入にあたり、車体の幅が従来車よりも広くなり建築限界に支障するため、ホームを削る工事が昼間に列車を運休して行われた。なお、200系は伊賀鉄道初の自社所有車両である(2017年の公有民営方式移行後は、伊賀市が車両を保有し、それを借受けている)。2011年度までに2両編成5本が導入された。導入時は前述の第1編成をはじめ全車ともラッピングが施されていたが、2017年に広告の契約期間が満了したことで第3編成に施されていたラッピングが解除され、ほぼ東急時代と同じステンレス地に赤い帯のみとなっている。 伊賀線で運用を開始した後も制御方式はVVVF制御、マスコンはワンハンドルのままである。伊賀線で使用されていた近鉄の車両には見られなかった伊賀線初のVVVF制御車、ワンハンドル車となった。
5000系
赤字路線のため、2005年12月に近鉄から経営形態の見直しが示唆されていたが、上下分離方式で近鉄が線路や駅舎などの施設を保有して保線などの管理を行い、近鉄や沿線自治体が出資する伊賀鉄道が運営・運行することで存続が決定した。新会社への移行は当初2007年(平成19年)4月を目指していたが、10月1日にずれ込んだ。
この伊賀鉄道へは近鉄が98%、伊賀市が2%を出資し、2007年度(平成19年度)から2016年度(平成28年度)までの10年間、伊賀市は年間最大約0.6億円もしくは赤字額から資本費を控除した額の半額を支援する。赤字額の残りは近鉄等が負担する。なお、2017年度(平成29年度)以降の支援額については関係者間で改めて協議することとしている。その後、同年度より近鉄と伊賀鉄道が保有する施設や車両を伊賀市が譲り受けて維持管理し、それらを伊賀鉄道に貸与する公有民営とすることが検討された。
これとは別に、市側は合併特例債により車両の更新を計画した。2009年4月1日号「広報いが市」によると、この更新は2009年度から3か年で実施する予定で計画され、2011年度までに後述の200系が導入され旧来の車両を置き換えた。
2015年3月に、伊賀線を公有民営方式での運行に移行することに、近鉄・伊賀市・伊賀鉄道が合意したことが発表され、2017年4月1日に実施された。