Encephalitozoon cuniculi
E. cuniculi感染はウサギで最初に確認されたが、今までにヒトを含む20種以上の哺乳類での感染が世界中で報告されている。 ペットのウサギの有病率は高く、23〜75%がE. cuniculiに対する抗体を持つとされる。 健康な犬の研究では、有病率は0〜38%であった。 猫はE. cuniculiに対して比較的耐性があると思われるが、 猫白血病ウイルスに感染した子猫への実験的感染は報告されている。 E. cuniculiはげっ歯類にも感染し、さらにペットの鳥の13%では糞から検出されている。 健康な人のごく一部もE. cuniculiに対する抗体を有しており、以前暴露したのではないかと考えられている。 免疫不全の人、および熱帯の国に住んでいる、または訪れた人では、血清陽性率は高い。 しかし、ほとんどの感染では臨床的疾患にまでは至らない 。
E. cuniculiの胞子は通常尿中に排泄されるが、感染した動物の糞便や呼吸器の分泌物にも見られることがある。 胞子は、感染後38〜63日の間尿中で検出され、その後も断続的に排出される。 主な伝播経路は胞子の経口摂取だが、胞子の吸入も起こり得る。 ウサギでは経胎盤および子宮内感染が報告されている。