モスラ対ゴジラ
しかし、純子の必死の訴えを聞き入れたモスラは、寿命が近づく身を押して日本へ飛び立つ。
ゴジラは、金銭トラブルから熊山を射殺してしまった虎畑が滞在する浜風ホテルを破壊し、彼もその際に逃げ遅れて死亡する。ゴジラがモスラの卵の孵化器が設置されている静之浦の西浜に迫ったところへモスラが飛来し、寿命と引き換えの武器である毒鱗粉をも用いた戦いを繰り広げるが、ゴジラへの決定的なダメージとはならず、逆にゴジラに放射能火炎で羽を焼かれてしまったモスラは最後の力で卵をかばうように着地し、死亡してしまう。
モスラに勝利したゴジラに対し、自衛隊は3,000万ボルトに達する人工雷作戦で挑む。ゴジラは超高電圧による大電流にもがき苦しむが、装置は限界を超えた放電を強行したために故障してしまったうえ、ゴジラの反撃によって特車隊も壊滅させられる。無敵となったゴジラが分教場の教師と生徒たちが残された岩島に迫り、小美人たちが祈りの歌を歌う中、モスラの卵が孵化し始める。孵化した双子の幼虫モスラは岩島に向かうと、ゴジラに繭糸を吹きつけて動きを封じていく。やがて、歩行すらままならなくなったゴジラは、岸壁から海へ転落する。ゴジラの脅威が去り、無事に教師と生徒たちを救出した酒井たちは、インファント島へ帰っていく幼虫モスラたちと小美人たちを見送りながら、人間不信のない社会を作ることを決意するのだった。