阪神高速32号新神戸トンネル
ウエスト神姫(山崎 - 三ノ宮線)
神姫バス・淡路交通(三ノ宮 - 西浦線・三ノ宮 - 洲本線・三ノ宮 - 福良線)
神姫バス・とさでん交通 神戸 - 高知
神姫バス・伊予鉄道 神戸 - 松山
四国交通 神戸 - 阿波池田
神姫バス・山陽バス・阪神バス・徳島バス 神戸 - 徳島
日本交通 弁天町・なんば ‐ 鳥取・倉吉・米子
全但バス 神戸 - 湯村温泉・浜坂駅、神戸 - 城崎温泉
京都交通・日交シティバス 神戸 - 福知山、神戸 - 舞鶴
神姫バス・両備バス・中鉄バス 神戸 - 岡山・倉敷線
神姫バス・広交観光「神戸エクスプレス」 神戸 - 広島
西日本ジェイアールバス「有馬エクスプレス神戸号」 神戸 - 有馬温泉
阪急観光バス・西鉄バス「ムーンライト号」 京都・大阪・神戸 - 福岡
中国バス「神戸ライナー」 神戸 - 福山・府中・尾道
近鉄バス・防長交通「カルスト号」 京都・大阪・神戸 - 山口・萩
神姫バス・中国ジェイアールバス「ポート・レイク号」 神戸 - 松江・出雲
これ以外の高速バスでも、第二神明道路や阪神高速3号神戸線で通行止めや大渋滞が発生した場合は、阪神高速7号北神戸線経由、または一般道から新神戸トンネルに迂回することがある。
鉄道トンネルである神戸市営地下鉄北神線の北神トンネルが並行している。同トンネルは先行して貫通した第二新神戸トンネル工事で使用した先進坑などを活用する事により建設費用を圧縮している。
トンネル内の換気は、第二新神戸トンネル(南行)はジェットファンで行われている。新神戸トンネル(北行)ではかつて横流換気方式で行われていたが、2012年(平成24年)12月に同種構造での笹子トンネル天井板落下事故)を受けて阪神高速が実施した取付ボルトなどの緊急点検において異常は無かった事が報告されたものの、長期的な経年劣化と自動車排ガスの低減により他換気方式への転換が可能になったことから、同トンネルの天井板を2014年度(平成26年度)の緊急修繕事業として撤去された。同トンネルの天井板は一般に用いられるアンカーボルトにより吊り下げるものではなく、自立式の鉄筋コンクリートであり比較的堅牢である一方で、作業時間が夜間通行止めのみに限られてたこと合わせて撤去工事の難易度が高くなったとされる。
トンネルからの湧水は、神戸市の上水道の水源としても利用されている。また、対面通行時代の南行き車線側に天然水が湧出しており、過去には一般利用者も汲む事が可能だったが、後に利用できなくなった。
第二新神戸トンネルは、市町村道のトンネルとして、また、トンネル用信号機が設置されていないトンネルとして、さらに、原付二種が通行出来るトンネルとしては日本一長い。