構造式エディタ
MarvinSketch(ChemAxon) ,Windows, Mac OS X, Linux, FreeBSDなどで利用可能。Java、.netで実装。非営利組織での使用はフリー。
ISIS/Draw (MDL)
MolWorks (Beyond Computing), 基本機能はフリー。
ACD/ChemSketch (ACD/Labs), 非商用向け機能限定版はフリー。
BKchem, OS非依存。Pythonで記述。
JChemPaint Javaで実装。
Smormoed, Mac OS X, Linux, FreeBSDで利用可能。
XDrawChem, Windows, Mac OS X, Linuxで利用可能。
XyMTeX, TeX/LaTeXで利用可能。テキスト形式で構造を記述する。
Molview, ブラウザ上で実行できる。