明清交替
1644年以前から漢人と満洲人は婚姻の伝統があり、遼東半島の国境地帯の漢人兵は、しばしば漢人以外と結婚した。満洲人は移住した漢人兵を受け入れて同化し、遼東半島出身の漢人兵は、満洲式の名前を使用した。ヌルハチの部下のダハイ(達海)は、その一人であったかもしれない。
初期の清は、帰順した漢人と満洲人の結婚を支援した。満洲に亡命した漢人の将軍は、しばしば王族のアイシンギョロ家の女性と結婚した(英語版)。満洲人のアイシンギョロ家の王女も漢人官吏の息子と結婚した。ヌルハチは、撫順で投降した李永芳の孫と結婚した。他のアイシンギョロ家の女性は、漢人の耿継茂(英語版)将軍や尚可喜将軍、呉三桂将軍の息子と結婚した。
帰順した漢人の兵士は、しばしば王族以外の満洲人と結婚した。1632年には、満漢の融和を奨励するために1000組を数える漢人の将軍や官吏と満洲人の女性の結婚が克勤郡王(英語版)ヨト(岳托)とホンタイジにより準備された。この政策は1644年の侵攻以前に始まり侵攻後も続けられた。
清の艦隊の圧力を受けて、鄭は1661年4月に台湾に逃げた。明の皇族である寧靖王朱術桂(中国語版)と、魯王朱以海の世子朱弘桓(中国語版)らは、鄭成功に同行した。 鄭成功は台湾で鄭氏政権を樹立し、ゼーランディア城包囲戦でオランダを破った。鄭成功軍は軍規が厳しく、兵士に対して非常に厳格で容赦のない懲罰を課した。鄭成功は部下の施琅が命令に背き、清に投降したことを理由に施琅の家族を処刑した。戦闘で失敗すると、鄭成功から無慈悲な死刑を課される可能性があった。他方で清は投降者を寛大に扱い、裏切った者でも清の階級に戻すことを許したため、大量の投降者を得た。
清は鄭成功を孤立させるために遷界令を施行した。遷界令によって漁船や商船は海に出ることを禁止され、人々は海岸から30里離れた内陸に移住させられた。このため鄭成功軍は本土との接触ができなくなり、台湾へと移住した。ここから満洲人は水を怖れるという俗説が生まれた。福建省のほとんどの沿岸民は、戦争から逃れるために丘か台湾に逃げ、福州は清軍が入城した際には空になっていた。鄭成功は1662年に死去した。
清は漢軍八旗に加えて、漢人の兵で構成される緑営を組織した。緑営は日々の軍事統治を提供し、前線の戦いで武力を供給する部隊であった。漢軍八旗や蒙古八旗、満洲八旗は、反乱などの緊急事態に対応した。清の治世初期、漢人の多くは満洲人に隷属したが、後に漢人の中でも出世して権力を持ち、奴隷を所有するようになった者もいた。
ドルゴンは「清の征服の黒幕」、「大マンジュ事業の主建築家」など様々に表現される。彼の統治の下で、清は直隷地域を抑えて山東省の郷紳や官吏を降伏させ、山西省や陝西省を征服した。その後ドルゴンらは長江下流域の南にある江南の豊かな商業地域や農業地域に目を転じた。清に北京を占領されたのちの明は、福王の弘光政権、唐王の隆武政権、魯王の監国政権、桂王の永暦政権があり、南明政権と呼ばれる。しかし清軍に対抗するための協力をせず、永暦政権以外は短命に終わった。
ドルゴンは強権的な手腕で中央集権化を進めたが急死し、順治帝はドルゴンの死後に彼を反逆者として扱った。清は順治帝が即位時6歳、康熙帝が即位時8歳と若い皇帝の即位が続いたが、順治帝の母で康熙帝の祖母にあたるボルジギト氏らが宮廷を安定させた。女性が政治的権威を発揮した点は、満洲人の特徴でもあった。
1649年1月、山西省大同府の知事姜瓖(中国語版)は、ドルゴンが権限を制限しようとしているかもしれないと脅威を感じ、明に転向して反乱を起こした。ドルゴンは反乱鎮圧のために自ら指揮して進軍した。陝西省楡林府の司令官である劉登楼と、陝西省延安府の最高司令官である王永強も反乱を起こした。年末までに反乱はボロと呉三桂の指揮する清軍に敗れ、明一派の要する汾州は虐殺にさらされた。同時期、明の王族と関係があると主張する朱森滏は、1万の部隊を擁する地元のお尋ね者の趙栄貴の後援を得て四川省近くの陝西省階州で秦王子を自称したが、呉三桂の部隊に鎮圧された。混乱の中で多くの山賊集団が奇襲を拡大した。張五桂という山西省のお尋ね者は、明の階級と文書を与えて手勢を集めて決起した。張五桂は1649年に五台県を攻撃したが撃退され、1655年2月に殺されるまで山西省を略奪し続けた。
ヌルハチ時代の重要な戦闘にサルフの戦いがある。撫順の陥落を知った明政府は衝撃を受け、ヌルハチに対して大軍を派遣した。装備と数で勝る明軍はヌルハチの居城ヘトゥアラへ進軍し、ヌルハチは野戦に打って出た。後金軍は4路に分かれていた明軍を1つずつ攻撃し、5日間の激戦で明軍を破った。イェヘ支族は、金台石(英語版)のもとで明軍に協力したが、金台石はサルフの戦いで敗れて1619年に死去した。日本海沿岸に住み毛皮をとって生活していた野人女真のワルカ(瓦爾喀)の人々も、1599年から1641年まで支配された。
ヌルハチはサルフに居城を築いたあと、遼東の平野に進出する。1621年の夏までに、遼東半島にある明の要塞都市である瀋陽と遼陽は、明内部の裏切りや離反が起きて後金の手に渡った。ヌルハチは瀋陽を後金の首都として宮殿を建設して、瀋陽はムクデン・ホトン(mukden hoton、盛京)と呼ばれた。
トゥ族は明の皇帝に任命された土司である。1642年のチベットの暴動や李自成の反乱に対しては明を支援したが、多くの土司長が李自成の軍に虐殺された。1644年以降にアジゲと孟喬芳の指揮する清軍が順軍と戦った際には、速やかに清側に加わった。その間に明軍は設備を十分に整えて、7万を数える軍で鳳翔県の都市を占領しながら、明の司令官だった孫守法(中国語版)や賀珍(中国語版)、武大定(中国語版)の指揮により西安の南の山で合流しようとした。明軍が西安に向けて進軍すると、孟喬芳のもとで清に帰順した人々に側面を攻撃された。賀珍の叛徒は主に盗賊であり、森林や山岳では砦柵ごとに10から15の小部隊が作戦を続けた。大衆の支援を受けた叛徒は、地域の情報を得ながら山岳の拠点に撤退したが、任珍が率いる部隊に制圧された。
1646年後半、米喇印(英語版)として知られるムスリム指導者の集めた軍が甘州で清に反乱を起こした。丁国棟(中国語版)という別のムスリムも参加し、没落した明を復興したいと表明しながら蘭州などを占領した。この反乱はムスリム以外の中国人と協力しており、イスラム国家の建国は意図していなかったことを示唆している。清政府は反乱を鎮圧するために、陝西省長で明の元官吏の孟喬芳を派遣した。米喇印と丁国棟は1648年に捕えられて殺され、1650年までにムスリムの反乱は制圧された。ムスリムの明一派は、チャガタイ・ハン国やハミ、トルファン汗国(英語版)に支援され、ハミは敗れた後で清に服従した。もう一人の叛徒である馬守応は、李自成と順に協力した。