エストニアとロシアの領有権問題
その一方、同年8月末には退役ロシア軍人への居住許可発給と引き替えに、駐留ロシア軍がエストニアからの撤退を完了した。「占領期」の終了を体感したエストニアはロシアとの関係正常化を指向するようになり、ラールに代わって首相に就いたアンドレス・タラント(ロシア語版)も、あくまで個人的な見解と断ったうえで、係争地の放棄を容認する意向を示した(しかし、タラントのこの発言は国内から批判を浴びた)。
翌1995年夏には、エストニア側は国境交渉においても態度を軟化させ、国境条約中にタルトゥ条約の意義を明記しながらも、国境線についてはタルトゥ条約で定められたものに代わり、新たな境界線を策定することを提案した。しかし、このエストニア側の大幅譲歩にもかかわらずロシア側は、タルトゥ条約はすでに失効済みである、として国境条約でタルトゥ条約に言及することを断固拒否した。
しかし、同時期にはヴァヒ政権(エストニア語版)における連合党(英語版)(ティート・ヴァヒ(英語版)首相)と改革党(シーム・カッラス外相(英語版))の連立が崩れ始めた。翌1996年9月にヴァヒの秘書は、消極的で成果を上げないカッラスに代わって、ヴァヒが直接に対露交渉を指揮する可能性がある、という異例の発表を行った。
国際社会から孤立したロシアは、「今は条約を妥結させる雰囲気ではない」として批准プロセスを凍結させ、エストニア議会の側も、「ロシアの出方を窺う」として同じく批准プロセスを凍結させた。さらには同年9月5日、ロシア側によるエストニア治安当局者拘束事件(エストン・コフヴェル事件(ロシア語版))が発生し、両国の関係は一層の冷え込みを見せた。
翌2015年1月21日にはラヴロフが、条約批准に向けてすぐさま動く用意があると述べて議論を呼んだ。秋にはエストニア外相マリーナ・カリュラントとの間に、両政府が両国議会に対して国境条約を提出するとの合意を結んだ。これを受けてエストニア議会は同年11月に条約を第1読会で通過させたが、ロシア側はその後もエストニアの「反露感情」について抗議を繰り返し、2020年に至っても批准プロセスを進行させていない。
度重なる国境交渉頓挫を受け、エストニアの世論は二分されている。ウクライナの轍を踏まないためにも早急に国境条約を締結すべき、という意見と、国境が画定していたはずのウクライナにまで侵攻するようなロシアとの国境条約は無意味、とする意見である(後者の意見は領有権放棄反対派に強い)。また、ロシア系住民の存在を理由としたウクライナ危機を見れば、ロシア人が人口の大多数を占める係争地はむしろ手放すことが国益に適う、との見方も強まっている。