アメリカ合衆国における政教分離の歴史
また、周辺の植民地から領土的な野心に狙われたプロビデンスで自衛軍の訓練が必要になった時、バプテストは良心を理由として応じなかったため、ウィリアムズは船上では各宗派の自由が認められているが、進路を決定し船内の正義と秩序を守るのは船長であり、船長や士官への反抗、船員の義務の不履行などに対しては権力が正当に行使されなければならないと反論したが、良心的兵役拒否の問題はその後も鎮まることなく、ウィリアムズは「私たちが求めているのはただの放縦(Licence)にすぎません」と批判した。
1660年、マサチューセッツ植民地が警告を無視して再入国したクエーカー教徒を絞首刑に処し、ニューイングランド植民地連合はロードアイランド植民地にもクエーカー弾圧を行うように要請したが、ロードアイランド植民地は拒否した。一方、ウィリアムズはクエーカーの創始者ジョージ・フォックスを批判し、クエーカー教徒がすべての人に上下の別なく汝(Thou)と呼んだり、男性が長髪にしたり、女性が公衆の前で裸になること、国家や法廷に敬意を払わないこと、挨拶もしないことは反社会的な行為であり、これへの市民的制裁は宗教的迫害でなく、神が課した責務であり命令だとした が、それまでの寛容思想と矛盾していると批判された。1663年、ロードアイランド植民地はイングランド本国より正式な自治権を認可され、信教の自由も特許条に明記された。ウィリアムズは晩年、
と国家への服従と租税義務を主張した。