機動戦士ガンダムSEED 連合vs.Z.A.F.T.
今まではプレイヤーとそのペアが連邦側ならば連邦に属するキャラクターのみ指定することが可能であったが、今作では連合、ブルーコスモス、ザフト、オーブ、三隻同盟の所属を問わず、それぞれ他勢力のキャラクター同士での編成が可能となった。その一方、別勢力カラーを表す鹵獲機カラーは削除されている(PS装甲設定によるカラーリングの制約のため。ただしPS装甲の概念自体は本作には最終的に採用されなかった)。
TS-MA2mod.00 メビウス・ゼロ(コスト:210 ★1)
FX-550 スカイグラスパー(エール)(コスト:210 ★1)
FX-550 スカイグラスパー(ランチャー)(コスト:210 ★1)
FX-550 スカイグラスパー(ソード)(コスト:210 ★1)
ZGMF-X10A フリーダム・(ミーティア)(コスト:700 ★5)
ZGMF-X09A ジャスティス・(ミーティア)(コスト:700 ★5)
AMF-101 指揮官用ディン(コスト:280 ★2.5)
TFA-2 ザウート(コスト:210 ★1)
TMF/A-802 バクゥ(ミサイルポッド装備)(コスト:280 ★2.5)
TMF/A-802 バクゥ(レールガン装備)(コスト:280 ★2.5)
TMF/A-803 ラゴゥ(コスト:420 ★3)
UMF-4A グーン(コスト:270 ★2)
UMF-5 ゾノ(コスト:420 ★3)
ZGMF-600 ゲイツ(コスト:280 ★2.5)
ZGMF-600 指揮官用ゲイツ(コスト:420 ★3)
ZGMF-X13A プロヴィデンスガンダム(コスト:560 ★4)
ZGMF-X10A フリーダムガンダム(コスト:560 ★4)
ZGMF-X09A ジャスティスガンダム(コスト:560 ★4)
ZGMF-X56S/α フォースインパルスガンダム(コスト:450 ★3.5)
ZGMF-X56S/β ソードインパルスガンダム(コスト:450 ★3.5)
ZGMF-X56S/γ ブラストインパルスガンダム(コスト:450 ★3.5)
今作では星の数がコストとなっている。星の数が少ないほどコストは低い。(※今作でも攻略本やネットでは数値で示している。ちなみに総コストは1000で機体のコストは各機体を参照)
ルナマリア・ホーク(声 - 坂本真綾)
レイ・ザ・バレル(声 - 関俊彦)
アスラン・ザラ(Destiny / FAITH)(声 - 石田彰)
イザーク・ジュール(Destiny / 白服)(声 - 関智一)
ディアッカ・エルスマン(Destiny / 緑服)(声 - 笹沼尭羅)
スティング・オークレー(声 - 諏訪部順一)
アウル・ニーダ(声 - 森田成一)
ステラ・ルーシェ(声 - 桑島法子)
キラ・ヤマト(Destiny / オーブ服)(声 - 保志総一朗)