マルタ包囲戦 (1798年–1800年)
ジェネリューが捕獲されて間もなく、エルフィンストーンはクイーン・シャーロットに乗ってイタリア沿岸へ帰った。しかしエルフィンストーンが岸におりている間に火事が起き、彼の旗艦は700人の兵の命と共に失われた。出発する前、エルフィンストーンはネルソンにパレルモへ戻らぬよう、シチリアに帰るとしてもシラクサまでだときつく言いつけていた。しかしネルソンはこの命令を無視して3月下旬までにはパレルモに帰り、公然とエマ・ハミルトンと交際していた。ネルソン不在中はトラウブリッジが封鎖艦隊を指揮し、トラウブリッジはさらに一時的にマンリー・ディクソン大佐に指揮をゆだねた。5月31日、デクレ率いるフランスの戦列艦ギヨーム・テルがマルタの封鎖を突破しヴァレッタに入ろうとした際、マンリー・ディクソンは艦隊を率いて応戦に向かった(1800年3月31日の海戦)。フリゲート艦HMS ペネロピ(ヘンリー・ブラックウッド艦長)に捕捉されたギヨーム・テルは北方へ逃げたが、まずペネロピ、次いでディクソンのHMS ライオンに追いつかれた。ギヨーム・テルはこの2艦を何とか追い返したものの、自身も酷い損傷を負った。間もなく強力なフードロヤント(エドワード・ベリー艦長)が到着し、ギヨーム・テルは絶望的な状態で2時間応戦した末に降伏した。船体はぼろぼろでマストを失っており、戦闘中に200人以上の乗組員が死傷していた。