ソフトウエア興業
その後は保有する不動産を売却しつつ任意整理を進めていたが、ソフトウエア興業と関連会社6社(ソフトメーカ、ソフトハウス、蒲田ソフトウエア、大阪ソフトハウス、ソフトウエア製作所、ERPソフトハウス)は2014年4月25日に債権者から破産を申し立てられ、ソフトウエア興業、ソフトメーカ、ソフトハウス、蒲田ソフトウエア、大阪ソフトハウスの5社が2014年6月11日に、ソフトウエア製作所が同年7月2日に、ERPソフトハウスが同年8月22日にそれぞれ東京地方裁判所から破産手続開始決定を受けた。
千代田区神田須田町にあった旧本社ビルは野村不動産へ売却後解体され、跡地にはPMO神田岩本町が建設されている。千代田区外神田にあった旧神田事業所のビルも不動産競売によって第三者が落札し、アキバCOビルと名称が変更され、グッドスマイルカンパニー本社などが入居している。
破産手続開始決定を受けた7社の内、ソフトメーカとソフトハウスは2016年10月12日に、蒲田ソフトウエアは同年10月20日に、ソフトウエア興業は2017年11月13日に、大阪ソフトハウス、ソフトウェア製作所、ERPソフトハウスは同年11月20日にそれぞれ法人格が消滅した。
2011年6月24日 関連会社「ソフトウエア興業設備」(2016年12月に法人格消滅)を介し、取引先の建設会社に社員寮建設費を水増しして発注するなどの手口で約3億7900万円の所得を隠し、約1億1300万円を脱税したとして、丸山三郎社長、原子誠一取締役、鈴木一夫元常務など4人が逮捕され、東京都千代田区の本社などが東京地検特捜部の捜索をうけた。
2012年3月13日 法人税法違反罪に問われた丸山三郎元社長に懲役2年、執行猶予3年、罰金3千万円(求刑懲役2年、罰金3500万円)の判決が下った。最終的に、平成21年3月期までの3年間に計約2億3500万円を脱税したとされている。