徳島線
なお、高度経済成長期には自動車便や本四連絡ルートの主体となりつつあった岡山・高松ルートに対抗して、小松島駅(小松島港仮乗降場)・徳島駅 - 高知駅間に準急(後に急行)「阿佐」や「よしの川」が運行され、阪神・和歌山 - 小松島・徳島航路とともに本四連絡ルートを形成していたが、1972年の山陽新幹線岡山暫定開業後は京阪神 - 高知県の旅客流動が山陽新幹線・岡山経由にシフトしたこともあり、徳島線と土讃線をまたぐ流動が減少したため、1980年に徳島線優等列車の高知直通は廃止された。1985年の小松島線廃止後しばらくして「よしの川」は全列車徳島 - 阿波池田間運行となり、また一部列車の快速への格下げが行なわれ、1999年に廃止されるまでJR四国最後の定期急行列車として推移していた。1996年に特急「剣山」が新設され、一部高知直通が復活したが、2000年に徳島線 - 土讃線間の直通運転は再び解消され、以後は阿波池田駅で土讃線の特急「南風」と徳島線の特急「剣山」が接続するダイヤ編成を採っている。1998年から1999年までには、徳島 - 阿波池田間に臨時特急「あい」も毎日運転されていた。
かつては前述の通り、急行の格下げによる快速列車が設定されていた時期があり、列車により停車駅は変わっていたが、おおむね戦後に開業(再開)した小駅を通過する程度であり、特急「剣山」新設で廃止された。