自作パソコン
また、同じパーツメーカーの製品だとしてもパーツ同士の相性が出ることがある。
Windows(Microsoft Windows XP以降)では、アクティベーションによるライセンス認証の手続きが煩雑。メーカー製PCとはライセンス認証の条件が異なるため、パーツの交換で「ハードウェアの構成が大幅に変更された」場合、再認証の手続きを行う必要がある。場合によっては電話での有人対応になる場合もあり、DSP版Windowsの場合、マザーボードやCPUの交換といった大幅な変更を行った場合、マイクロソフトから再認証を拒否される場合もある。
メーカー製パソコンの場合、ソフトウェアトラブルの発生時に購入時の状態に回復するための手段(リカバリー)が用意されているが、自作パソコンでは自分でバックアップなどをしない限り、OSのセットアップやライセンスの再認証からやり直す必要がある。
故障時の分析・交換・修理は基本的に全て自力で対処しなければならない。
故障した場合でも、本体丸ごとではなくパーツ単体で修理に出すことが可能で、一時的に代替できるパーツがあればパソコン自体はそのまま使用できるというメリットがあるものの、日本の電機メーカー製のパソコンと比較した場合、大半のパーツメーカーの日本国内アフターサポート体制は小規模で、購入した小売店で故障修理の手続きをしても、そこから輸入代理店を介してメーカー工場へ国外発送となれば修理・交換の完了までに数カ月単位の長期間を要することが一般的である。
パーツメーカーや輸入代理店と小売店の販売契約の内容如何によっては、明確な初期不良であっても小売店が店舗独自の判断による店頭での即時交換という形でのパーツの交換対応を一切できない場合や、そもそも初期不良であっても販売店での対応が取れず、全て輸入代理店での対応になる場合がある。
パソコン本体の単体購入目的で比較すると、OEMと規模の経済の効果を最大限に利用しているホワイトボックスパソコンに比べて、自作パソコンは近年において総合的なコストメリットに乏しく、標準的な構成の場合には同等性能の完成品のホワイトボックスパソコンを単体購入するよりも割高になる場合がある。詳しくは#自作パソコンの流通史を参照。
資源の有効な利用の促進に関する法律(通称リサイクル法)に基づくリサイクル料金を自腹で負担する必要がある。メーカー製パソコンの場合、リサイクル料金も販売価格に含まれており、ステッカー(「PCリサイクル」マーク)が貼付されている。これに対し、基本的に自作パソコンは「メーカーが定まらないパソコン」として扱われ、処分の際はJEITAの関連組織であるパソコン3R推進センターへ回収を依頼することが義務付けられている。
会社で業務用に使用するパソコンとして自作パソコンを導入し、何か問題が起きて会社に損害を与えた場合は、導入した者が全責任を負わされることになる。会社の業務用には、一流メーカー製パソコンを導入し、強力なサポート契約を締結するのが良い。
自作パソコンを他人に譲渡した後に、組み立てミスやプリインストールプログラムの異常動作に起因する問題が起きたことによって譲渡先に損害を与えた場合は、製造物責任法上の損害賠償義務が生じる恐れがあるため、パーツ単位で譲渡することが望ましい。
デスクトップパソコンの販売不振、メーカー製PCの低価格化、BTOパソコンの台頭などの要因により、「小さなショップでも1日1000万円以上売れた」という1990年代に比べ自作パソコン市場は低迷している。2010年11月29日にはT-ZONEの運営会社が親会社の経営問題などもあり廃業。一時は全国に展開した同社も、親会社が二転三転し店舗の閉鎖が相次いだ末、最後には秋葉原にT-ZONE PC DIY SHOPの1店舗のみを残す状態となっていた。
さらに2008年に発生した秋葉原通り魔事件による影響以外にも、2011年にはSandy Bridge対応マザーボードのリコール問題、タイの大規模洪水によるハードディスクの価格暴騰が発生。
モバイル用途の省電力技術をデスクトップ用CPUやチップセット全般に拡大適用し、OSもそれに対応したことにより、平均的な消費電力や発熱量が抑制されたため、相当に高い処理能力が要求される一部のハイエンドのパソコン(ゲーム用途など)を除いて、冷却や静音化の問題は解決に向かった。CPUのマルチコア化や64ビット化が徐々に進み、HDDより高速なSSDが普及する一方で、HDDは大容量化した。
2005年 - Microsoft Windows XP 64ビットが発売された。Athlon 64 X2が人気で、デュアルコアCPUが登場し、低消費電力CPUやi-RAMに注目が集まった。
2006年 - Core 2 Duoが人気で、クアッドコアが登場したが主流は低消費電力CPUだった。垂直磁気記録方式のHDDが登場した。
2007年 - Microsoft Windows Vistaが発売された。メモリ価格は大暴落で、デュアルコアCPUが値下がりしクアッドコアCPUも普及し、1TBのHDDやSSDやハイブリッドHDDが登場した。
2008年 - 1TB HDDやDDR2 SDRAMやSSDの価格が暴落し、第2世代のCore 2 Duoや第1世代Intel Core iシリーズ(Nehalem)が登場した。
2009年 - Microsoft Windows 7が発売された。SSDが普及しLGA1156やUSB 3.0が登場した。Seagate製HDDに不具合が見つかる一方で、ATIのRadeon HD 5000シリーズが人気を博した。