Visual Molecular Dynamics
1998年、John StoneがVMDの主開発者となり、VMDをその他多くのUnivオペレーティングシステムへ移植し、最初のフル機能OpenGLバージョンを完成させた。Microsoft WindowsプラットフォームのためのVMDの最初のバージョンは1999年にリリースされた。2001年、Justin Gullingsrud、Paul Grayson、John Stoneが触覚フィードバック・デバイスのためのサポートを追加し、双方向性の分子動力学シミュレーションを行うためのVMDとNAMDとの間のインタフェースをさらに発展させた。続く開発において、Jordi Cohen、Gullingsrud、Stoneはグラフィックユーザインタフェースを完全に書き直し、容積データの表示および加工のためのビルトインサポートを追加し、OpenGL Shading Languageを初めて使用した。