マルタ護送船団の海戦
エルフィンストーンはその後リヴォルノに向かったが、そこで突然の火災で旗艦が焼失し、700人以上の乗員が死んだ。しかし彼はその時乗艦していなかった。3月の始めには、ネルソンは海上封鎖の任務にうんざりしており、エルフィンストーンの命令に反して再びパレルモへ向かった。封鎖の指揮には「カローデン」とトマス・トラウブリッジ艦長を残しておいた。3月、ネルソンはパレルモで休暇中であったが、この時ナイルの海戦の最後生き残りで、フランスの戦列艦ギョーム・テルがマルタを脱出し、1800年3月31日の海戦でフードロイアントのベリー率いるイギリス戦隊に負けた。ネルソンは4月に短期間引き返したが、艦上にはハミルトン夫妻が乗っており、多くの時間をマルサ・シロッコで、情事の「随行員」としてエマと過ごした 。
「ジェネリュー」の艦長シプリアン・ルノーダンと、「ヴィユ・ド・マルセイユ」のジョゼフ・アルマンは、共に艦を失ったかどで自動的に軍法会議にかけられたが、無罪放免された。フランス海軍はその後それ以上マルタに近づこうとはせず、その後の試みではフランス艦は封鎖にあい、わずか1隻のフリゲート艦だけが封鎖を破ってフランスに戻った。ペレーの船団の物資が届かなかったため、駐屯隊の間に飢餓と病気が蔓延し、8月の終わりには1日に着き100人もの兵が死亡した。9月4日、ヴォーボワは最終的に条件付きの降伏をし、島をイギリスに明け渡し、その後164年間にわたりこの島はイギリス領となった。