紋別空港
2006年(平成18年)度夏期の札幌線の運航は11月30日をもって終了した。利用率は37.1 %と採算ライン70 %を大きく下回り、前年の丘珠線をも下回った。満席は1便だけで、紋別行35便、紋別発53便が一桁の乗客数だった。赤字補填は約5,300万円となり、紋別市議会では路線維持の是非が議論された。HACは今後の運航については未定で紋別市との協議次第とした。紋別市は2007年(平成19年)2月の流氷観光期運航は赤字補填なしを提示したが、HACは受け入れられないとし運航されないことが決まった。2007年(平成19年)度の運航についても赤字補填の見直しを含めて協議が行われたが、HACは受け入れず丘珠線と新千歳線の廃止を届け出た。座席数が少ない機材であることから採算ラインはクリアできるという紋別市の予想は外れ、多額の税金が注ぎ込まれた。一方で道央圏との航空路線を期待する声は根強く、紋別市は路線再開へ向けて協議を続けている。
2020年(令和2年)2月には北海道による航空ネットワーク調査研究事業として、紋別 - 丘珠にてトライアルチャーター便を土曜・日曜に運航し、需要実態や今後の事業化などの調査が行われた。紋別観光振興公社にて航空券を販売。北海道エアシステムのSaab340が使われた。2021年(令和3年)2月も運航を予定していたが中止となった。
一方の新千歳線はジェット機就航直後こそ好調だったものの、乗客数は増加したが利用率は45 %前後に低迷した。2001年(平成13年)4月1日より機材小型化を兼ねて、YS-11による丘珠線に変更されたが、高速バスの所要時間短縮などが影響しさらに低下した。2002年(平成14年)7月1日にはANKからエアーニッポンネットワーク(現: ANAウイングス、以下AKXと表記)に移管され、旅客定員56名のQ300に変更された。所要時間は短縮したが利用率は向上しなかった。2003年(平成15年)9月30日、紋別行23名、紋別発19名の旅客を運び、翌10月1日付で横浜訓盲学院の不定期便就航以来37年に渡った遠紋圏と道央圏を繋ぐ路線はなくなった。
紋別市などは札幌線の復活に力を注ぎ、2004年(平成16年)は流氷観光と道都大学受験者の利便を図るため、AKXが2月限定で新千歳線を再開させた。これを足掛かりに北海道や航空各社に働きかけたが、2004年(平成16年)度は季節便も就航はなかった。2005年(平成17年)度はJALグループの北海道エアシステム(以下HACと表記)が赤字補填の条件付で、土曜・日曜を除く7月4日から11月まで丘珠線に就航することが決定した。運航機材は旅客定員36名のSaab340で、紋別市では市民を対象とした助成を行い利用率確保に努めたが、土曜・日曜休航では団体旅行も組みづらく低調に推移した。HACは機材整備の都合としてもっとも利用率の低い紋別線の運航を11月15日限りで打ち切った。
新空港建設は順調に進んだ。総事業費130億円を掛け、約3倍の125万4,646平方メートルに2,000メートルの滑走路を建設。5年あまりの工期をかけ1999年(平成11年)8月に竣工した。開港日はぞろ目を狙い11月11日、開港式開始は午前11時(平成11年11月11日午前11時)とすることを決定した。紋別空港は11月10日をもって運用を終了し、翌日付ですべての機能を新紋別空港へ移管し廃止された。運航は引き続きANKが担い、丘珠線はジェット機が就航できないことから休止とし新千歳線を再開した。機材大型化による利用率低下が心配されたが、同年の利用率は11月10日まで旅客定員64名のYS-11が就航した丘珠線が46.1 %であったのに対し、旅客定員126名のB737-500で62.4 %と、2か月弱の数値であるが好調な滑り出しを見せた。