福岡市交通局
2009年3月7日よりICカード乗車券「はやかけん」を導入している。
九州旅客鉄道(JR九州)のICカード「SUGOCA」のほか、西日本鉄道のICカード「nimoca」および、東日本旅客鉄道(JR東日本)のICカード「Suica」とも互換性を持たせる方向で、2008年2月「九州IC乗車券・電子マネー相互利用に関する協議会」を発足させ、2010年3月13日に相互利用を開始した。
2013年3月23日には交通系ICカード全国相互利用サービスが開始、北海道旅客鉄道(JR北海道)のKitaca、首都圏私鉄などのPASMO、中京圏私鉄などのmanaca、東海旅客鉄道(JR東海)のTOICA、西日本旅客鉄道(JR西日本)のICOCA、関西私鉄などのPiTaPaとの相互利用が開始された。
他には全日空 (ANA) と提携し、2009年12月16日より「ANAはやかけん」を発行している。
2023年8月1日現在、福岡市地下鉄全線全駅と、JR九州鹿児島本線・香椎線の一部区間、西鉄天神大牟田線の一部区間で、クレジットカード等の非接触型決済による改札乗車の実証実験が行われている。なお、事業者ごとに対応するカードブランドが異なる。また、おサイフケータイ対応スマートフォンにiDまたはQUICPayで登録されたカード等は、この実験用端末では利用できない。
空港線ではJR九州筑肥線との相互直通運転が行われている。福岡市交通局の車両は筑肥線の姪浜駅 - 筑前前原駅間に乗り入れる。過去には一部が同線の筑前深江駅まで乗り入れていたが、2021年9月現在、福岡市交通局の車両で筑前深江駅まで乗り入れる列車はない。JR九州の車両は唐津線西唐津駅から筑肥線を経て空港線全線に乗り入れる。福岡市交通局・JR九州の車両ともに、地下鉄線内はすべてATOによるワンマン運転を行い、筑肥線の姪浜駅 - 筑前前原駅間ではワンマン運転(ATOは不使用)、筑前前原駅 - 唐津駅・西唐津駅間ではJRの車掌が乗務しツーマン運転を行う。
箱崎線および七隈線では他社との相互直通運転はない。幾度か箱崎線と接続する西鉄貝塚線との相互直通運転が検討されたが、費用対効果の面から凍結される見込みとなった。