土塔
13層目には、『行基菩薩行状絵伝』(家原寺蔵)に露盤と宝珠が描かれているが、発掘調査では、それらを裏付ける遺構は発見されなかった。しかし土嚢様に固められた粘土塊列が直径6 メートルの円状に配置されていることが判明し、塔頂部の形状のみが円形だったと考えられている。しかし築造時の状況を復元するには至らなかったが、出土した不明須恵器、瓦質製品があり、少破片ではあるが組み合わせて復元を試みると、陶製の相輪を考えさせるものでだった。
土塔に用いられている土は、この地域に広く見られる赤褐色の粘性土や砂礫混じり土による盛土により築造され、基壇や各層の前面に目印となるような黒褐色粘土や灰白色粘土の粘土塊(ブロック状)を積み重ね並べられ、その間に盛土を入れ水平に突き固めながら盛り上げている。また大量の瓦が使用されているが、瓦を焼いたと考えられる瓦窯が土塔から北西約170 メートルの場所で2基重なって見つかり、大野寺瓦窯と命名されている。