3式機龍
背部に装備される、重火器と大出力ブースターを内蔵したユニット。改修後はブルーからグレーのカラーリングに変わり、改修前を上下反転したようなイメージに変わっている。茜の機転により、破損したユニットを強制排除する際にゴジラにぶつけた戦法が有効と評価されたため、改修後には大きく屈まなくても射出できるうえ、左右の片方ずつ撃ち出せるようにもなっており、自爆させることができる。1発目はゴジラの放射熱線で撃ち落とされるが、時間差で撃ち出された2発目が直撃して大爆発を起こし、ゴジラを一時ダウンさせた。
当初は『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』(2000年)の続編とする案も存在したが、同作品では初代ゴジラが死んでおらず、ゴジラの骨の設定が使えないため、不採用となった。両作品の監督を務めた手塚は、機龍をメカゴジラではなくゴジラとして描いたと語っており、『東京SOS』はゴジラ同士が戦い、共に生まれた場所へ帰っていく物語であると述べている。
富山は、メカゴジラに搭乗して操縦するのはありがちでアニメ的になってしまうとの考えから、遠隔操縦という設定とした。また、三村は『vsメカゴジラ』との差別化も意図していたことを語っている。DNAコンピューターなどの設定は、三村が当時の科学記事などをもとに発想した。手塚は、メカゴジラが自力で飛行して現場まで向かうのはエネルギーを消費しすぎるとの考えから、運搬する輸送機を設定した。
『×メカゴジラ』の画コンテでは、機龍のOSの名称が「KIRIKO」となっていたが、完成作品では採用されなかった。
『東京SOS』では、前作で痛手を受けて事実上弱体化した状態であるが、手塚は雑誌『テレビマガジン』などでは「パワーアップ」と紹介されており困惑した旨を語っている。
『東京SOS』の脚本を手掛けた横谷昌宏は、モスラのピンチに駆けつける王道のヒーローというイメージであったと語っている。初期案では、義人のミスにより機龍がシステムダウンし修理が長引くという展開が予定されていたが、話がダレるとの判断からカットされた。