999号
↑ 運転区間(地球⇔トレーダー⇔アンドロメダ) 全9種類の車両中、最高速度が最も速く、推力も最も強い車両である。そのためか最も距離の長い(行先不明の謎の外銀河線は除外)大銀河本線に充当されている。この列車には他の列車にあるような「○○9号」といった別名はなく、そのまま「スリー・ナイン号」と呼ばれている。鉄郎やメーテルの所有している999号の定期券(地球⇔アンドロメダ)には「オリオン・プレアデス経由」と表記されているが、999号の停車シーンは存在せず、停車駅を公式に定めた『銀河鉄道大時刻表』においても、オリオン及びプレアデスには停車しない。また109話・110話「メーテルの旅(前後編)」では、ワープした際に別の時代の999号と遭遇している。
↑ 999号よりはるかに大型、高速の武装貨物列車で映画版2作目に登場。モデルはアメリカのユニオン・パシフィック鉄道4000形蒸気機関車(通称ビッグボーイ)や、ナチスドイツの囚人護送用列車(ロマンアルバム 『さよなら銀河鉄道999 アンドロメダ終着駅』 徳間書店および、宝島社『完全版 銀河鉄道999 PERFECT BOOK』の記述より。
食堂の座席は固定式ボックスシートである。8時から営業している。鉄郎たちがよく食べているのはビフテキやラーメン。さまざまな元素から、食物、食事のメニューを再現する調理器が搭載されている。なお床下には、軌道保持装置が搭載されている
作中の外見は通常の客車と変わらず、普通存在しない客用乗降扉もついている。マイクロエースのセットではマシ49形、2008年のTV版セットではスシ47形といった3軸台車の実在形式モデルになっている。
調理は調理器に転送されてくる資源から分子レベルで料理を再現する。鉄郎はこれを「結局合成か」と言っていたが、車掌曰く「合成なんて生易しいものではなく、完全に本物を再現することができる」とのこと。
本来ウェイトレスが乗務しているが、原作及びTV版では初期にクレアが殉職して以来、ほとんどの期間食堂車専従要員は乗務していない。食堂車に来客があると機関車が車掌を呼び出して接客を指示していることから、車掌が代行していると思われる。劇場版ではクレアが死亡するのは第1作終盤である。また第2作ではメタルメナが既に着任している。