掃海隊群
この時期、護衛艦や潜水艦などその他の装備品の価格も高騰する一方、日本経済は安定成長期後の低迷期を抜け出せずにおり、防衛予算の抑制が求められたこともあって、結果的に、掃海艦艇数の更なる減勢が図られた。
08中期防では、従来2個あった掃海隊群が1個に集約され、量的には削減される一方、2個掃海隊群に分散していた司令部要員を統合して、群司令部幕僚長の新設や幕僚の増員などで陣容を強化するとともに、機雷戦術や水路調査に関するデータを管理して対機雷戦の作戦支援を行なう掃海業務支援隊を新設するなど、質的には向上が図られている。これにあわせて、英称が"Minesweeper Flotilla"から"Mine Warfare Force"に変更され、平成17年度からは群司令職も指定職将補配置に格上げされるなど、護衛艦隊や潜水艦隊と同列で、自衛艦隊を構成する4つの艦隊(Force)の一つとなった。
編成(2002年4月)
掃海隊群 うらが ぶんご 第1掃海隊(呉) - とびしま、ゆげしま、ながしま 第2掃海隊(佐世保) - おぎしま、なおしま、とよしま 第3掃海隊(横須賀) - すがしま、のとじま、つのしま 第51掃海隊(横須賀) - やえやま、つしま、はちじょう 第101掃海隊(呉) - やくしま、ははじま 掃海業務支援隊(横須賀)