ヤルカンド・ハン国
1648年から1649年にかけて甘粛で発生したムスリムの反乱の後、一時的に東トルキスタンと清の交流は断絶するが、1655年から貿易が再開される。
1678年にジュンガルのガルダン・ハーンによってハミ、トルファンが占領され、1680年にカシュガル、ヤルカンドが陥落する。ガルダンはイスマーイールを廃位し、従軍していたトルファンの総督のアブドゥッラシードをハンに擁立した。ガルダンの侵攻の前、カシュガルから追放されたヒダーヤットがチベットに行き、ダライ・ラマ5世の親書を携えてガルダンの元に赴いたことがイスハーキーヤ側で編纂された史料に記されている。アブドゥッラシード・ハン2世がジュンガルによってイリに拉致された後、兄弟のムハンマド・アミーンがハンに擁立されるが、1692年にムハンマド・アミーンはアーファーキーヤに殺害される。
ジュンガルの支配下に置かれた後もイスハーキーヤを支持するハンとアーファーキーヤの抗争は続き、ムハンマド・アミーンの次にハンとなったムハンマド・ムミーンは1696年・1697年にアーファーキーヤとの戦闘で陣没する。また、1696年にガルダンが清軍に敗れた後、イリのアブドゥッラシード2世は清に降伏した。北京に移住したアブドゥッラシードの子孫を除いてモグーリスタン・ハン国の王統は途絶え、モグーリスタン・ハン家の王女を祖母に持つヒダーヤット・アッラーの孫のアフマドがハンを称した。