木曾氏
越後上杉氏の支援を受けた小笠原洞雪斎の侵攻を受け、木曽谷へと戻ることになった。
その後は、徳川家康と盟約を結び本領を安堵され、天正12年(1584年)の小牧・長久手の戦いで豊臣秀吉に味方するが、戦いの後は徳川家に帰参。天正18年(1590年)の小田原征伐後、徳川家の関東移封に伴い、下総国海上郡阿知戸1万石(現在の千葉県旭市)に移封された。
文禄4年(1595年)阿知戸城において義昌は死去。その後を嫡男の義利が継ぐが、義利は叔父の木曾義豊(上松蔵人)と不和となり殺害するなど粗暴な振る舞いが多く、慶長5年(1600年)頃に改易となった。なお、義昌が木曽から阿知戸1万石に移封された事に関しては「実質的な減封」、義昌の死去に対しては「失意のうちに」と表されることが多い。ただ江戸時代に木曽谷を実効支配した木曽代官の山村家(木曽氏の旧重臣)が7千5百石(一説には一万石)とされている点から、石高上は減封ではない。それが「実質的な減封」と伝えられる理由にはいくつか説(環境の激変や当時の阿知戸は実質6千石程度だったなど)があり、また義利の改易に至った振る舞いも、「実質的な減封」に由来する不満からとの説がある。
関ヶ原の戦いで家康は下野国小山の陣に木曾氏遺臣の山村良勝、千村良重、馬場昌次を召しだし、豊臣方の石川光吉が抑える木曽路を平定するよう命じた(関ヶ原合戦前後の徳川家康文書)。
木曾義長(葦原検校) ... 江戸幕府の奥医師。
阿知戸を退去した後の義利に関しては、確たる史料に基づく消息は残っていない。改易に際しても、「下総国に流罪」とする説と単に「追放」とする説がある。また、寛永16年(1629年)に伊予松山で没したとする説もあるが、確証は無い。 義利の子の玄蕃義辰(よしとき)は後の伊予松山藩主松平家に仕えたが後に故あって浪人し、その子らは最終的に元の木曾家臣で親族であった千村氏・山村氏を頼り美濃・尾張また江戸にて秩禄を喰んだ。 義昌には他に二男義成と三男義一(義通)がおり、義成は豊臣秀頼に仕えて大坂夏の陣で戦死、義一は母の真竜院と共に木曽谷で隠遁したとされるが、その後や子孫に関しては伝わっていない。
この後、木曾氏に関する同時代史料は途絶えているが、江戸時代後期に至り、江戸幕府の奥医師、葦原検校(木曾義長)が木曾氏末裔を称し、子に祖先の事蹟を執筆させた『木曾氏家禄』が群馬県渋川市北橘村の子孫の家に伝わっている。これによれば、寛文3年(1663年)義辰が松山で死去後、次代義徳は寛文6年(1666年)江戸に出て尾張藩への仕官を求め、その養子義近が尾張藩に800石で取り立てられた。次代義敦は享保末頃浪人となり、次代義忠、その次代義富と仕官を求めて剣術師範として諸国を遍歴した。