クモ綱
クモの書肺(断面)
サソリモドキの書肺(l)
サソリの気門(stg)
カニムシの気管系
呼吸器として書肺(book lung)と気管系(tracheal system)が知られている。通常では片方のみをもつが、クモの中では両方をもつものがあり、またコヨリムシや一部のダニは呼吸器官をもたず、体表のみを通じてガス交換を行う(皮膚呼吸)。呼吸器の開口、いわゆる気門(spiracle, stigma)は通常では後体の腹面に配置されるが、前体と後体の両方に開口(ヒヨケムシ)、前体だけに開口(クツコムシ、一部のダニ)、もしくは背面に開口(アシナガダニ)する群もある。
一方、節口類の単系統性を支持する解析結果もわずかにある。この場合、節口類はクモガタ類より早期に分岐、もしくは上述のクモガタ類のカブトガニ類に対する非単系統性を踏まえて、クモガタ類が節口類全体に対して多系統群とされる。
クモガタ類に対して祖先形質とされる性質の多いカブトガニ類やウミサソリ類は水棲動物であるため、鋏角類の共通祖先は水棲で、クモガタ類の陸棲的性質はそこから進化したものと考えられる。しかしその経由(上陸の回数、書肺の起源)は、前述のクモガタ類の系統仮説によって解釈が変わる。もしクモガタ類は単系統群であれば、その陸棲的性質は同じ共通祖先で1回のみ起源し、書肺のないクモガタ類は、クモガタ類の内部系統で書肺を退化したと考えられる。代わりに、もしクモガタ類はカブトガニ類やウミサソリ類に対して非単系統であれば、クモガタ類は多系統群で複数回の上陸がなされ、書肺のないクモガタ類は、蛛肺類・ウミサソリ類・カブトガニ類とは別系統の水棲祖先に起源する可能性が高い。
クモガタ類のカブトガニ類に対する非単系統を踏まえて、陸棲性が単一起源のクモガタ類を側系統群とし、カブトガニ類などを「二次的に水棲化したクモガタ類」とする見解もある。しかしこれは解剖学と古生物学的証拠に相容れず、特にその数多くの水棲性質(書鰓・複眼・顎基など)は最大節約法から二次的とは考えられにくく、真鋏角類の祖先形質であった可能性の方が高い。
10万種以上の現生種が記載されており、節足動物の綱の中でもクモガタ類は昆虫の次に種数が多い。ダニ類が最大で約5万5,000種以上、クモは4万3,000種と大きく、ザトウムシは約6500種、カニムシは約3,400種、サソリは約2,000種、ヒヨケムシは千種を越える程度である。特にダニ類はその形態・習性・生育環境等が非常に多様で、その多様性はほぼ昆虫に匹敵するとも言われる。逆に他の群は多くても数百種ほどにすぎない。
大まかに言えば、クモガタ類は昆虫に先立って上陸し、肉食動物として進化したにもかかわらず、昆虫などの進歩発展の中でついて行けずに衰退し、一部が遺存している群とされる。その中でクモは糸と網を駆使して昆虫を餌とすることで、ダニは小さな体で多様なニッチに進出(動植物への寄生、昆虫食・植物食・腐植食など)したことで成功したと見られる。
ダニ類を目階級と扱えば、現生のものでは以下の11の目がある。単系統性が疑問視されるダニ類を除き、それぞれの目の特徴は明確で、紛らわしい部分、あるいはその位置に悩む種などはほとんど無い。一方、綱内部の目の間の関係については、上記の通り蛛肺類以外のものでは明らかになっていない。多くは熱帯を中心に分布する。日本に分布する種が存在しない目は、クツコムシ目、ウデムシ目とヒヨケムシ目の3つがある。
クモガタ綱 Arachnida ダニ類(ダニ目もしくはダニ亜綱、後者の場合は以下の2上目6目含む)Acari 胸穴ダニ上目 Parasitiformes アシナガダニ目 Opilioacarida マダニ目 Ixodida カタダニ目 Holothyrida トゲダニ目 Gamasida 胸板ダニ上目 Acariformes ササラダニ目 Oribatida ケダニ目 Prostigmata コヨリムシ目 Palpigradi ザトウムシ目 Opiliones クツコムシ目 Ricinulei ヒヨケムシ目 Solifugae カニムシ目 Pseudoscorpiones サソリ目 Scorpiones クモ目(真正クモ目) Araneae ウデムシ目(カニムシモドキ目、無鞭目) Amblypygi サソリモドキ目 Thelyphonida ヤイトムシ目 Schizomida