あいの風とやま鉄道
あいの風とやま鉄道で取り扱う乗車券の発売範囲・連絡運輸については、区間・駅によって範囲が異なっている。なお、普通乗車券の小児運賃は大人運賃から半額であるが、JR線が関係する場合のみ10円未満切り下げ、その他は10円未満切り上げとしている。
凡例
○...自社窓口・券売機で取り扱い 但し、無人駅設置の券売機では、設置駅から到着駅までの自社と連絡運輸先の営業キロが合計100km以内の乗車券のみを取り扱っている。
△...自社線を通過しないため、自社各駅での取り扱いなし。乗車駅を管轄する他社(IRいしかわ鉄道・えちごトキめき鉄道)で取り扱いあり IRいしかわ鉄道#連絡運輸、えちごトキめき鉄道#連絡運輸も参照。 いずれも無人駅のため、自駅での窓口発券はなし(倶利伽羅駅は券売機を設置)。
×...自社での取り扱いなし。
※...自社線を通過しないが、各接続駅(高岡駅・富山駅)のみ、あいの風とやま鉄道で取り扱いを行う。
沿線の大部分の南側が立山連峰、北側が富山湾を望む立地にちなんで、ホーム上に設置する駅名標のデザインは、山側は富山県の豊かな自然を表現したグリーンを、海側は富山湾の神秘さを表現したブルーを、それぞれメインに使用したデザインとしている。この山側をグリーン、海側をブルーをメインとしたデザインは、後述の521系電車のカラーリングにも反映されている。
管轄駅のうち、高岡駅の城端線ホームに設置されている駅名標については引き続きJR西日本デザインのものが使用されているが、JR西日本のロゴ、あいの風とやま鉄道のロゴどちらも当該の駅名標には使われていない。
中学生を対象に、週末・休日や夏休みなどの長期休暇期間に、富山県内区間の往復運賃を半額とする割引乗車券。購入・利用時は生徒手帳など中学校に在学している証明書の提示や携帯が必要となる。
なお、泊駅では2017年4月1日からえちごトキめき鉄道の特別企画乗車券「トキめきホリデーフリーパス」(2020年4月1日からは「トキ鉄ツアーパス」に変更)の取り扱っているが、自社線内は有効区間に含まれていない。このほか、沿線各地の祭り・催事などに合わせた割引乗車券が発売されている。
移管3年目となる2017年3月末より、旧北陸本線で一体となっていた指令システムを自社独自のシステムへ移行し、自社で業務を行っている。これに伴い、同年4月1日より新旅客案内システムを導入し、「各駅独自の接近・入線メロディ(富山駅と高岡駅については独自の発車メロディも設定)を設定・実施している。
開業当初の2年間については、運行管理と指令業務はJR西日本金沢支社の金沢総合指令所において、当社が自社路線とあわせ、IRいしかわ鉄道とえちごトキめき鉄道から業務を受託し、金沢駅 - 直江津駅間にわたってIRいしかわ鉄道線・あいの風とやま鉄道線・えちごトキめき鉄道日本海ひすいラインの計3路線の指令業務を行った。
車掌、運転士等の乗務員は、全てJR西日本の旧・富山運転センターを引き継いだ「あいの風運転管理センター」に所属している。乗務範囲は、会社の管轄を越え、IRいしかわ鉄道の金沢駅 - えちごトキめき鉄道の糸魚川駅間となっている。