自衛隊前駅
2面2線相対式ホームの高架駅。1階に改札口、2階にホームがある。南北線南端部分の高架区間で唯一の対向式ホームであり、それぞれのホームと改札の間にはエレベーターが設置されている。また、前述の通り当駅の南側には南車両基地への出入庫線と、南行きから北行き方への片渡り転轍機がある。
駅は南北に長く、東出入口と西出入口がある。精進川と斜めに交差する位置にあり、ホームの南半分が川の上にかかっている。以前は、ホームへ上る階段をさらに上がると南北線乗務区があった。
東側(南行)ホームの外側にシャッターで閉じられた階段があり、さっぽろ雪まつり期間中はこれを降りたところに臨時改札口が設けられた。この階段は真駒内駐屯地が雪まつり会場として使用されなくなってからは出入口が資材搬入口に用いられ、2015年(平成27年)の駅耐震工事に伴い撤去された。
精進川を挟んで南側の高架下には札幌市交通資料館が設けられ、旧型のバスや電車やかつての制服・きっぷなど、市営交通の歴史を物語る資料が展示されている。