特殊作戦執行部
フランスにおける作戦は、ロンドンに拠点を設置する2つのセクションが主に担当した。すなわちイギリス側が管轄するFセクションと、自由フランス側が管轄するRFセクションである。フランス出身のエージェントは大半がRFセクションに所属していた。そのほか、在仏ポーランド人コミュニティに関する活動を担当するEU/Pセクション、エージェントの脱出経路策定を担当するDFセクションもフランスへの展開に関与した。1942年後半にはAMFと呼ばれる部局がアルジェにて新設されている。AMFは南仏での活動を担当した。
1941年5月5日、フランス出身のジョルジュ・ビギー(英語版)が、ドイツ占領下のフランスに降下した最初のSOEエージェントとなる。彼は通信拠点を確保し、後続部隊の降下に備えた。ビギーが降下した1941年5月から1944年8月までの間に、Fセクションから400人以上のエージェントがフランスへ送り込まれた。RFセクションからもほぼ同数が送り込まれ、AMFからは600人以上(SOE職員以外も含む)が送り込まれた。EU/PセクションおよびDFセクションからはそれぞれ数十人程度が送り込まれた。
エチオピア帝国はSOEが最も初期から活動を行い、また最も成功を収めた地域の1つである。SOEは追放された皇帝ハイレ・セラシエ1世を支援し、オード・ウィンゲートを派遣してエチオピア国内にゲリラ組織を設置させた。ギデオン・フォース(英語版)(Gideon Force)と名付けられたこの部隊は、占領軍であるイタリア軍への襲撃とイギリス軍の攻勢支援を行った。ウィンゲートはこの経験を活かし、後にビルマにてチンディットの編成を行っている。
ベーメン・メーレン保護領および後のスロバキア共和国において、SOEは数多くの作戦を遂行した。中でも最も有名なのは1942年のプラハにおけるラインハルト・ハイドリヒSS大将の暗殺計画(エンスラポイド作戦)であろう。1942年から1943年にかけて、チェコスロバキアはバッキンガムシャーのチチェリー・ホール(英語版)に独自の特殊訓練学校を有していた。1944年、SOEはスロバキア民衆蜂起に支援要員を派遣した。
ハンガリー王国の摂政ホルティ・ミクローシュが枢軸国への参加を表明した時点で、SOEはハンガリー国内にほとんど連絡網を確立できていなかった。これに加えて距離的に離れていたこともありSOEはほとんど活動を行えなかった。ハンガリーから外交官ラースロー・ベレス(László Veress)が密使として連合国側に送り込まれた折、SOEは彼に無線機を渡した上で帰国させたものの、まもなくハンガリー全土がドイツ国防軍に制圧され(マルガレーテ作戦)、ベレスも国外逃亡を余儀なくされた。
1942年末よりエージェントのバジル・ダビッドソン(英語版)がユーゴスラビア北東部からハンガリーへ潜入し、パルチザン運動の支援を行った。