士林派
政権を担うことになった士林派であったが、1575年に金孝元を中心とする東人と沈義謙を中心とする西人とに分裂後、派閥間で激しく対立する朋党政治を繰り広げていくことになる。こうなった原因は、士林派の政界掌握で官職にのぼる資格者が多くなったものの官職の数は限定されており、必然的に官職を巡って党派を分かれての争いを招くようになったからであった。
1591年には東人が政権を握るが、東人はさらに李山海を中心とする強硬派の北人と禹性伝を中心とする穏健派の南人に分裂した。当初は宰相柳成龍を擁する南人が優勢であったが、1602年に文禄の役で和議を申し出た柳成龍が失脚し、柳成龍の配下の武将李舜臣も排除されて元均が後任になった。
政権の座についた北人は、光海君を推す老壮を中心とする大北と永昌大君を推す少壮を中心とする小北に分裂し、1608年に大北が光海君を擁立して政権を握ると、永昌大君や綾昌大君(朝鮮語版)を謀殺し、小北は少数党派として存続した。大北はさらに「骨北」「肉北」「中北」の3つの派閥に分かれた。
大北の党争は15年間続き、南人と西人は協力してこれに対抗した。