神宮文庫
豊宮崎文庫設立から約40年後の貞享3年(1686年)、内宮周辺の自治を行なっていた宇治会合年寄(うじかいごうとしより)らが中心となり、内宮に豊宮崎文庫と同様の文庫を設立する計画を立てた。山田奉行岡部駿河守勝重が江戸幕府から150両の下付を受け、翌貞享4年(1687年)に五十鈴川西岸の丸山(現在の宇治今在家町の内宮前駐車場)に内宮文庫(ないくうぶんこ)が設立された。しかし丸山は多湿で文書の保管に不適切と判断され、3年後の元禄3年(1690年)に丸山の北に隣接する林崎に移転、林崎文庫と改称した。しかし林崎文庫は豊宮崎文庫と違い経営主体を整備せず幕府の援助に頼ったため、100年経たないうちに荒廃してしまう。
この状況に嘆き立ち上がったのが国学者の谷川士清の娘婿で、内宮権禰宜兼副物忌父職を勤めていた蓬莱(荒木田)尚賢である。国学者の賀茂真淵にも学才を認められていた尚賢は天明2年(1782年)に書庫・講堂・塾舎などを整備、江戸・京都・大坂に献本の取次所を設けるなど尽力した。古くから尚賢と交友関係にあった本居宣長は『林崎のふみくらの詞』を著し林崎文庫の存在を称揚するなどで協力、京都で古書販売を営んでいた勤思堂の村井敬義は尚賢に感銘し、延宝9年(1681年)2月写の『一代要記』などの多くの貴重図書を含む2,602部を寄贈した。最終的には林崎文庫の蔵書は10,978冊を数えた。
古文書 皇太神宮儀式帳 残巻 1帖 鎌倉時代 (昭和53年6月15日) 等由気太神宮儀式帳 1巻 鎌倉時代(昭和53年6月15日)
書跡 古事記裏書(応永31) 1冊 室町時代 (昭和34年12月18日) - 卜部兼文が著した古事記に関する注釈書で、現存するなかでは最古とされる。 神宮法楽和歌(霊元天皇以下歴代天皇宸翰) 16巻 江戸時代 (昭和38年7月1日) - 伊勢神宮の大神(天照大神、豊受大神)の心を慰めるために両宮に奉納された霊元天皇、桜町天皇、桃園天皇、後桜町天皇、光格天皇の自筆の和歌。
歴史資料 渋川春海天文関係資料 12種 1括 昭和53年6月15日) - 江戸時代前期の天文暦学者渋川春海(1639-1715)が貞享暦を考案する前に行なった天体観測などの資料。