UFJ銀行
前述の巨額赤字決算は自己資本を大きく毀損し、このままでは国際業務に必要な自己資本比率8%の維持が困難となった。このため、2004年5月21日に持株会社のUFJホールディングスはUFJ信託銀行を住友信託銀行へ3000億円で売却すると発表せざるを得なくなった。しかし、この売却でようやく繰延税金資産の自己資本への組み入れが監査法人に認められ、2004年3月期の自己資本比率割れをなんとか繕っている形であり、UFJの不良債権処理は体力的に難しい問題を抱えていた。特に問題になった債権は ダイエー、双日で貸付の規模は1兆円を上回っていた。この発表からわずか3日後の5月24日、UFJホールディングスの2004年3月期決算がUFJ信託銀行の売却でも埋められない大幅赤字となることが判明する。
この売却発表から2か月も経たない7月14日、持株会社経営陣はUFJ信託銀行の住友信託銀行への売却の撤回と、三菱東京フィナンシャル・グループ (MTFG)とUFJホールディングス(UFJHD)の経営統合で大筋合意し、翌7月16日にMTFGと経営統合に向けての協議を開始すると発表した。
室町の後任は秘書室長経験者だった寺西正司(大阪大学卒)であった。寺西は幹部層を岡崎副頭取、中村正人企画部門担当常務、末席の執行役員から抜擢した松本靖彦秘書室長(慶應義塾大学卒)ら阪大・慶大出身の側近で固める一方、対立派閥に属し三和銀行時代にフィナンシャルワンを立ち上げるなどかつて頭取候補と言われた杉山淳二常務(東京大卒)をアプラスに転出させ、また東海で合併を担当した藤田泰久常務(京都大卒)に事実上退行を迫るなど、より側近政治・派閥抗争を悪化させる。
前述の金融庁特別検査の結果、2004年5月に寺西頭取が退任。沖原隆宗が取締役付きでないにもかかわらず常務執行役員からいきなり頭取に就任するという異例の昇進をした。この時沖原は「(2005年3月期の)上期中に大口融資先の対応について布石を打つ」「十指に満たない融資先の債権の処理を念頭に置いている」「UFJ銀行の問題は一言で言えば大口融資先の問題に尽きる」などと述べ不良債権処理の断行を示唆した。
しかし、人事面で見れば寺西と共に退任を余儀なくされた岡崎副頭取を日本信販会長へ、常務の中村をJCB専務への転出を決定、また松本秘書室長も常務執行役員に昇格させ、松本を筆頭に直属の部下である佐野極(秘書役、京都大卒)・企画部長・広報部次長のいわゆる「4人組」を側近に据えた。
こうした旧態依然たる人事施策は再び金融庁の逆鱗に触れ、これらの人事が撤回させられたばかりでなくUFJ消滅への遠因となった。その後、すでに優秀な人材は流出していたUFJ内部は疲弊、派閥抗争の余裕すら失っていくこととなった。
1999年(平成11年)- 東洋信託銀行と三和信託銀行が合併。
2001年(平成13年)4月2日 - 三和銀行・東海銀行・東洋信託銀行が株式移転により株式会社UFJホールディングスを設立し、これら三行はUFJホールディングスの完全子会社となる。同年7月、東洋信託銀行と東海信託銀行が合併。
2002年(平成14年)1月15日 - 三和銀行が東海銀行を合併し、株式会社ユーエフジェイ銀行となる。
2003年(平成15年)10月1日 - 個人顧客サービスの24時間営業化を図る「UFJ24」が開始。「UFJちょっとコール」を「UFJ銀行コールセンター」に改称し、24時間有人対応を開始。
2005年(平成17年)10月1日 - 三菱東京フィナンシャル・グループ(MTFG)が UFJホールディングス(UFJHD)を合併し、三菱UFJフィナンシャル・グループ(MUFG)が発足。東京三菱銀行及び当行は、MUFGの傘下に入る。
2006年(平成18年)1月1日 - 東京三菱銀行に合併し消滅、三菱東京UFJ銀行が誕生する。