小田急60000形電車
車両の情報を管理するシステムとしては、4000形と同様のシステムであるTIOS(列車情報小田急型管理装置)が採用されている。「自動遮断スイッチ」、「車両転動防止支援装置」、「停車予告」 など、実装されている機能は基本的に4000形と同様であるが、MSE車独自の機能として、停車駅表示と同時に編成両数も表示されること、3号車と8号車に搭載したAEDの収納箱扉を開いた場合に警告を発する といった機能が追加されている。
MSE車では分割・併合に対応する機器としてEXE車と同様に「自動ほろ装置」を設置した が、6両固定編成が単独で地下鉄線内に乗り入れる運用を考慮し、通路幅は地下鉄線内で脱出用通路となる場合を想定して、EXE車よりも50 mm拡大した600 mmとした。また、6号車の運転台では、電源がない状態でも自動ほろ装置を手動扱いによって貫通扉の開放と渡り板の展開が可能な構造とした。
保安装置は小田急線内で使用するOM-ATS装置・地下鉄線内で使用する車内信号式自動列車制御装置 (新CS-ATC) のほか、小田急線内で新しく採用されたD-ATS-P装置も準備工事として搭載した。ただし、4両固定編成が単独で地下鉄線内に乗り入れることは運用上想定していない ため、7号車の運転台には新CS-ATCは搭載していない。また、御殿場線への入線を想定して、御殿場線乗り入れに対応する保安装置の準備工事 が施されていたが、2011年度に6両固定編成全編成に、御殿場線内で使用する保安装置が設置された。
同年夏には江ノ島線へ直通する臨時特急「湘南マリン号」に使用され、2009年(平成21年)1月1日には「ニューイヤーエクスプレス」に運用される など、臨時列車にも使用されるようになり、2009年(平成21年)2月には地下鉄直通の臨時特急として、臨時特急「メトロおさんぽ号」も運行された。また、VSE車が検査を行う際にはVSE車の運用に入った ほか、2009年9月13日には、ブルーリボン賞受賞記念として、新宿発の箱根特急の運用に入った など、愛称の "Multi" の意味そのままに多彩な運用が見られるようになった。団体専用列車では、MSE車で新しく実装された「任意愛称表示」の機能を使用して、「○○幼稚園号」のように団体名を愛称として表示の上運行することがある。2009年には6両固定編成が1編成増備された。
列車内のカフェカウンターは、「メトロはこね」や他形式運用の代走など、箱根特急運用時のみの営業で、ワゴン販売中はカフェカウンターは営業しない。
2010年(平成22年)1月中旬より、LSE車とHiSE車は部品の一部に不具合が見つかったことを理由として 全面的に運用から離脱していた。その最中の同年1月14日には本来LSE車・HiSE車で運行される「ホームウェイ」 や箱根特急 などにMSE車が使用された。