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決済はクレジットカード(J-WESTカード・JCB・VISA・MasterCard・UC・DC・UFJ/MUFG・Diners Club・American Express・Discover(2020年4月より。国内での発行なし)のいずれかのブランド)が必要である。クレジットカードを利用せずに予約のみも可能であるが、その場合はJR西日本、四国旅客鉄道(JR四国)、九州旅客鉄道(JR九州)発着の列車に限定される。
2017年5月からは、クレジットカード以外の決済手段(主要コンビニエンスストア、Pay-easy対応の金融機関、みどりの窓口・みどりの券売機での現金決済)も利用可能になった。
乗車券類の受け取りはJR西日本・JR四国・JR九州・JR東日本・JR東海各社の窓口(一部を除く)および券売機に限定される(JR東日本は、北陸新幹線停車駅もしくは東京23区内の各駅(ただし、東京メトロが管理している綾瀬駅を除く)、成田空港駅、空港第2ビル駅でのみ、JR東海は自社エリアを含む予約に限り受け取り可)。そのため米原駅・京都駅・新大阪駅ではJR西日本とJR東海で、東京駅・品川駅ではJR東日本とJR東海で受け取りができる内容が異なり、金沢駅・富山駅・糸魚川駅のJR西日本以外の窓口や、一部取扱商品などに制限がある簡易委託駅扱いのみどりの窓口(福光駅など)や、有人駅であってもJR西日本の窓口や受け取りに対応した券売機がない和歌山市駅(紀勢本線、南海電気鉄道の管理)・津幡駅(七尾線、IRいしかわ鉄道の管理)・高岡駅(城端線・氷見線、あいの風とやま鉄道の管理)・南小谷駅(大糸線、東日本旅客鉄道(JR東日本)の管理でえきねっとのみ受け取り可)では受け取ることができない他、亀山駅(関西本線)はJR東海の管理のため同社エリアを含む場合(別途エクスプレス予約も取り扱い)のみ受け取りが可能である。