地中海作戦戦域
アイゼンハワーは、AFHQの指揮を陸軍元帥 ヘンリー・マイトランド・ウィルソン(Henry Maitland Wilson)に引き継いだ。ウィルソンの役職は、地中海作戦戦域最高指令となった。ウィルソンは、突然死亡したジョン・ディル陸軍元帥のポストである統合参謀本部の長を引き継ぐため、1944年12月にワシントンに戻るまでの1年間指揮をとった。ウィルソンの後任は陸軍元帥ハロルド・アレキサンダーで、戦争終了まで最高司令官とAFHQ司令を勤めた。
管理上では、合衆国の部門は1943年2月14日から合衆国陸軍北アフリカ作戦戦域司令部(NATOUSA)の配下にあった(NATOUSAは1944年11月1日に合衆国陸軍地中海作戦戦域、MTOUSAとなった)。イギリスの部門は、1945年9月1日より、中央地中海戦力総司令部(CMF)の配下にあった。
MTOUSAの司令部とCMFの総司令部は正式には1945年10月1日にAFHQから分離し、AFHQは統合司令部の解散に必要な活動のための少数の人員のみ残した。AFHQは1947年9月16日のAFHQの一般命令24(General Order24)により、9月17日に解散した。