マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝
見滝原市の魔法少女暁美ほむらは、親友の鹿目まどかが迎えてしまう悲惨な運命を変えるべく、自身が持つ「時間操作」の能力を使って幾度となく同じ時間を繰り返して戦っていた。
そんなほむらの元に、ある日突如として謎の少女が現れ、「運命を変えたいなら神浜市へ来て。この町で魔法少女は救われるから」とだけ告げると、姿を消してしまう。ほむらは今までになかった出来事に動揺すると同時に、その言葉にまどかを救う可能性を感じる。
最初に過去に向かったのは鶴乃とさな。そこは1540年頃、相磨の国と呼ばれていた戦国時代の神浜一帯だった。そこで現代においてやちよと鶴乃がドラマで演じた「梶の葉伝説」の主人公である、水名の当主水名正綱の娘、戦神子の水名露と出会う。
露によれば相磨の国は守護の隅谷とその一門が悪政をしき、それに反発する正綱は対立、縁組みの話を断ったことから外様扱いを受け、本来の水名から北養に配置換えされ、代わりに守護代の熊井が水名の地を治め、あわせて隅谷が狡猾だった先代から臆病な当代に代替わりした事で相磨全体も代わって統括していた。また、当時飢饉も起こり、農民達は徳政を求め一揆を起こすまでに困窮していた。さらに水名は「泰党」と呼ばれる東側の山賊団が妖魔(魔女)を操っているとされることから何百年も対立関係にあった。
そんな折り、露は鶴乃・さなとともに凪津の浜辺で妙な声が聞こえるという噂を調べにやってきた。そこで妖魔の気配を感じるとともに、泰党の頭領万守山右衛門の娘である戦神子の千鶴に出会う。露と千鶴は妖魔を巡って対立するも、落ちていた貝殻から不思議な声が聞こえたことで興が冷め、千鶴は去って行く。2人が仲違いしたままでは史実と異なる結果になりタイムパラドックスも起きかねないため、伝承上のカササギに成り代わって2人の仲を取り持つべく行動を起こし始める。
しばらくして、戦いの中で露と千鶴が直接相まみえることになるが、消耗の果てに露が拾った貝殻から声が再び聞こえたことで、千鶴は山右衛門が燃やそうとした書状を露に託す。
メインストーリー「偽りに彩られ神浜」 遊園地での計画を邪魔されたことで手段を選ばなくなったマギウスたちは、羽根たちを使って神浜の魔法少女たちを襲撃する。彼女らの目的が魔法少女の殲滅だと知ったいろはたちは、手分けをして魔法少女たちを保護し、調整屋へと避難させることにする。当初は中立の立場であるからと協力に難色を示すみたまだったが、ももこの説得を受けて覚悟を決め、集まった魔法少女たちにいま神浜で起こっていることと、「魔法少女の真実」を告げる。 一方、羽根たちの暴走にはウワサが絡んでいると考えたやちよは、十七夜と合流して異常の原因を知るべく黒羽根たちの後を追い、マミと戦闘になっていた。多勢に無勢で苦戦を強いられるやちよたちだったが、そこに鶴乃・フェリシアが駆けつけ、フラワースピーカーのウワサを倒すことで羽根たちの暴走を止める。マミと一対一となったやちよは死闘の末にマミからウワサを剥がすことに成功し、マミから剥離した神浜聖女のウワサも、増援に来た魔法少女たちによって倒される。 やちよたちの戦いと時同じくして。
まばゆが目を覚ますと生きているどころか元の時間に戻っていることに気づく。さらに時間停止の現状も再び発生していた。再び原因を探ろうとしたときにキュゥべえから声をかけられ、勧誘されるのかと思ったところ実はまばゆは既に魔法少女だったこと、そしてキュゥべえにもまばゆが契約した際の記録が無いことを知らされる。
時間停止の原因はほむらの固有能力による物だと知る一方で、自らがどのような願いで魔法少女になったかわからないまばゆだったが、試行錯誤の末自分の固有能力が光への干渉と気づく。これを応用して身を潜めながらまどかたちの動向を探るうちに、魔法少女の魂がソウルジェムになっている事、そしてソウルジェムが穢れきった末に魔法少女は魔女へと化すという真実を知ることになる。
ワルプルギスの夜との死闘もむなしくまどかとほむらは敗れ、まどかはほむらに自分の意志を託すとともに魔女になる前に殺すよう告げた。まばゆはそれを見届けるとともに、ほむらの3周目という発言から、自分は1周目を知らないことに気づき、次の周回に賭ける形でほむらの時間遡行で元の時間へと戻っていった。
みたまが探ると微弱な反応があり、指示された空間をやちよが切り裂くと結界が出現するが、そこにいたのは使い魔だけだった。倒すと調整の際に使う魔力の塊を落とすことから、みたまとリヴィアは調整が元で特定の魔女の魔力反応に気づけなくなっている可能性があると推測。それとともに使い魔を倒したことで概念が戻ったことから、以前からその魔女によって概念が奪われている可能性が浮上し始めた。さらにかごめがみことからの情報として、この魔女は古代から存在し、株分けの魔女も世界中で数を増やしながら広がってきたこと、親の魔女は自分の分体を作り出し、それを時間を超えて操りながら自身が生き抜く力を得ようとしていること、時間に干渉し続けたことで力を消耗しているため歴史を改変できる力までは持ち得ていないこと、そして水名城の地下に巣くって魔女化した露を喰らい、今もなお生き続けている魔女がいることを告げる。
この魔女がいろはの概念を奪っていたと断定したやちよとフェリシアは桜子を伴い、他の魔法少女たちとともに魔女を倒すため水名城へ向かい、魔女を倒し概念の回収に成功。また万年桜には過去へ向かっていた各チームが戻っており、概念も揃ったところでいろはが姿を現し再会を果たす。それもつかの間、魔女の本体にいろはとやちよは取り込まれ、過去の分体を吸収したことで巨大な姿を現し、辺りは魔女の結界と化していた。
一方、南凪区のコンテナターミナルではキモチを巡る戦いの末、ユニオンと時女一族が連携してキモチを倒し、ちはるが石を得ることに成功していた。宝崎市でメンバーを増やしたネオマギウスがそこに現れ、プロミストブラッドとの決別を宣言。新たなリーダーとなったひめなは静香に手を組むことを持ちかけるが拒否される。ひめなの指示のもと、羽根の神楽燦と遊狩ミユリがちはるの腕を切り落とし、石を強奪する。 那由他は伯父である灯花の父に手はずを整えてもらい、同じく父の行方を探っている離婚した母と再会。父に関する調査資料を入手し、「湯国市」に手がかりがあるとわかって行動しようとする。その矢先に届いた父からの手紙には「魔法少女を救う手立てはどこにもない」という諦めの一文が記されていた。 アナザーストーリー「安全圏の苦悩」 観鳥令の死の翌日、ピュエラケアのヨヅルと月出里はリヴィアから、前日の出来事の調査と出会った魔法少女のケアを指示される。二人はその過程で、ユニオンとプロミストブラッドの衝突や、キモチによる魔法少女の選抜を知る。二人が立ち寄った喫茶店で出会った保澄雫は、令の死へのショックを隠しきれず、ソウルジェムを濁らせドッペルを発動させてしまう。二人は雫の友人である毬子あやかと言葉を交わし、今の雫に対し自分たちができることはないと悟る。一方、市外でキュゥべえと会っていたリヴィアは、かごめの動向を見張るよう依頼される。
ユニオン内のグループチャットで他の魔法少女同士と連絡を取り、知り合いの動画配信者がいる莉愛から協力は得られたものの、沙優希は事務所の意向により断られてしまう。 美雨からはハッシュタグとトレンドの利用を提案されるも、関連づけ可能な話題が見つからない。その時、水樹塁から工匠区の橋の近くに魔女に操られた人々が東を迫害してきた罪悪感から自殺を図ろうと集まっていることを知らされ、一同は人々を抑える中で彼らの心の弱さや東への無知を知り、魔法少女たちはその強さや東西関係なく互いに交流し知識を得ていたことから、自然と東西の問題を回避していたことに気づかされる。 魔女が倒され、解放された人々は東の人を傷つけた罪滅ぼしのために署名サイトへアクセスし、さらに沙優希が自身のゲリラライブをファンに拡散させ、これに関連づけて署名サイトも拡散させたことでアクセス数の急増に繋がった。この時タグに使われた沙優希の新曲「#私も一緒、私が一緒」は莉愛が配信で語った「東西間での人それぞれに大きな差は無い、私も一緒」がヒントとなって思いついた曲名だったが、莉愛がこのように語ることができたのも「価値観の変化で容姿が良いだけではCMが取れなくなってきている」という現実から、「『美貌が欲しい』という自分を守るための願い・欲求が無自覚に他人を傷つける価値観となっていた」ということに気づかされたからだった。
時女一族に同行する旭を除いた午前0時のフォークロアの3人は、モンゴル帝国の侵攻を受けている13世紀のチベットを訪れる。歴史上ではラクシャーシーと呼ばれる人物によって戦いが終わりチベットはモンゴルの支配を受けるが、被害が最小限に済むよう取りはかられた上にチベット文化も尊重された。このことからいろはの概念回収の手がかりとして魔法少女と思われるラクシャーシーの動向を追うことになった。
しかし、魔女に操られたモンゴル軍の襲撃に遭い、アレクサンドラとうららは捕らえられ、ラビとねむはラクシャーシーがいると思われる尼僧院の町に逃げ込む。そこで院長を務める少女僧のドルマから親友のヘルカがラクシャーシーになるのを阻止し、モンゴル軍を倒すよう頼まれる。ヘルカからもモンゴル軍の脅威の前に諦念に囚われており、過去に唯一救えたドルマを守るよう頼まれることになる。
だが、ねむによればいろはの記録上では少女僧は存在していなかった。さらに尼僧院がラクシャーシーの育成機関になっていたことや、尼僧院に侵入し捕らえられたモンゴル兵からは「ラクシャーシーが最初にモンゴルを攻めてきた」と発言したことから、後世に伝わる正しい歴史とのずれが生じている事が判明。現代への影響を避けるべく「ヘルカがラクシャーシーとしてチベットの平和を守る」という本来の結末へ導くよう歴史への干渉を行うことになった。
ねむたちは「魔法少女を魔女化の運命から救うために、エンブリオ・イブを羽化させることを目指している」と語るが、犠牲を厭わないそのやり方・考え方をいろはたちは受け入れられず、話し合いは平行線で終わる。 戦いを終え、再び5人で揃うことができたいろはたちは「チームみかづき荘」としての結束を新たにする。そしていろはは記憶に残る万年桜のうわさの調査を、マギウスたちはワルプルギスの夜の利用を考えて動き出す。 アナザーストーリー「みんなで分かち合えるなら」 まどかたちが「魔法少女の真実」について思い悩む最中、見滝原に突如として多数の魔女が現れる。それらを手引きしていたのはマギウスの翼だった。彼女らと相対したまどかたちはその理由を問いただそうとするが、そこに現れたマミとアリナによって、拘束されてしまう。 一方、単独でマギウスの翼に近付こうとしていた杏子は、無事に組織への侵入を果たしていた。杏子は事が順調に進みすぎていることに警戒心を覚えるが、そのまま潜入を続ける。
メインストーリー「結ぶ永久の彩り」 大勢の魔法少女を救うべく自動浄化システムを広げようとした矢先、みことと一体化し完全体となった鏡の魔女が結界を広げ、コピー体による攻撃によって作戦の要である小さなキュゥべえが消滅した事で阻止されてしまう。駆けつけたかりんや直後出現したアリナによれば、みことは現代との矛盾を修復できない程に過去を変え、タイムパラドックスを起こして宇宙ごと滅ぼそうとしているという。 みことの目論見を阻止するため、一番奥にある巨大な鏡の中に魔女がいると考えた一行はバリアを形成する他の鏡の破壊に乗り出し、倒れた魔法少女から合成能力で力を借りたひめなが一斉に破壊したが、もう1枚のバリアがあることが分かった。さらにかごめとアルちゃんの尽力やキュゥべえからの情報提供で、みことの真意は過去に遡って人類が誕生しない世界を作り上げること、そして巨大な鏡は過去へ向かうための入り口である事が判明する。 巨大な鏡を守るリーダー格のコピー体も苦戦しつつも、それぞれの元の魔法少女が倒したことでバリアを消すことに成功。ういによって回収されたエネルギーを使ったいろはの一撃で巨大な鏡の破壊に成功したが、その瞬間魔女によってういが殺され、自動浄化システムとういの持つ回収能力も魔女の手中に落ちてしまう。 ういを失って絶望するいろはだったが、かごめの説得によって与え合う優しさの大切さを思い出し目を覚ます。一方ヨヅルと月出里は二人の固有能力を用いてコピー体を従わせる事に成功し、コピー体からかりんがいつの間にか魔女になりかけの使い魔から奪っていた手鏡が、過去や別次元を繋ぐ役割があることを知る。いろははこの手鏡を使って過去からういと小さなキュゥべえを連れ、再び三人で融合して魔女を倒そうと決める。
ある日みふゆとアリナ、居合わせたみかげと月出里がミラーズ内を探索していたところ、鏡が無数にある隠し部屋を発見。さらに魔力が集まることで強化された、他の地域から来たであろう魔女と遭遇することになる。 灯花とねむ、かごめは魔法少女の実態についてSNSなどを通じて拡散する計画を立てる。そして太助の助力を得るため、彼を探す那由他の協力を取り付ける。那由他はラビと共に、父の手がかりを求め湯国市へと向かう。また灯花とねむは、かごめが今後戦いに巻き込まれる危険を考え、彼女に憑依している風の伝道師のウワサを強化し、かごめは対話の末にウワサを完成させる。 魔法少女たちがそれぞれの思惑で動くその一方で、神浜では市長選挙も行われていた。その最中、演説中の灯花の父に観衆が石を投げつける騒動が起きる。 アナザーストーリー「善悪に惑う」 ひめなから「ネオマギウスと時女一族は魔法少女を特別視しているという点で似ている」と言われたちはるは、自分たち時女一族は人を見下してなどいないと憤る。他者が時女一族に抱く印象について思い悩む静香だが、同盟解消直後の神浜マギアユニオンには相談できなかった。静香は友人の空穂夏希に励まされ、人々の日常を守りたいという自身の思いが一族外の人に伝わっていたことを知る。さらに水徳寺の住職から性善説について説かれ、静香は誤解に対しても胸を晴れる自信を取り戻す。 時は流れキモチの石奪還後、静香は旭に、ひめなを射殺した件が本当に最善の手だったかを問いただす。しかしその行動が、静香が抱いたひめなへの殺意を旭が理解していたゆえだったということに気づき、静香はひめなの言葉によって再び苦悩することになる。
これらは通常のストーリークエスト同様にクエストを攻略して進める形式だけでなく、物語上で出てくる選択肢を選んでストーリーが分岐する形式や、クエストに定められた条件を満たすことで先に進むことができる形式、複数のプレイヤーが協力して戦い敵を倒した数に応じてストーリーが進むレイド形式、ログイン時にストーリーが表示される形式など、様々な形態で展開されている。2019年12月からはメインストーリーに登場した「キモチ」と戦うレイドイベント「キモチ戦」も開催されている。
クリアしたストーリーは、「アーカイブ」メニュー内にある「ストーリー」において再び見ることが可能である。2019年8月より、アイテム「追想の欠片」を使うことで、クリアしていないイベントのストーリーを閲覧できるようになっている(一部イベントを除く)。また、2022年3月7日からはクリアしたメインストーリーで表示されるイラストを鑑賞できるギャラリー機能が追加されている。
「魔法少女まどか☆マギカ scene0」は進行のシステムが異なり、デイリーミッションを達成することで得られる「リコールランプ」を集めて消費することで、まばゆの視点で進行するメインストーリーを見ることができるほか、ログインボーナスで得られる「ドアプライズフィルム」を使うことで、メインストーリーを別の視点から描いたサイドストーリーがランダムで解放される。いずれもアドベンチャーパート形式でストーリーが進行するのみでバトルパートは設けられていないが、その代わりにストーリーに登場する魔女とのチャレンジバトルが別途用意されている。