精密司法
しかし近年、そのような運用においては、取り調べるべき証拠が多くなり、ひいては刑事訴訟の期間が長くなってしまう、検面調書による立証に頼りがちになる(「調書裁判」)という批判もなされるようになり、特に当時導入予定であった裁判員制度(2009年5月に導入)においては短期間の公判で判決に至る必要があることと両立しえないのではないか、という深刻な懸念も生じた。
かかる批判を受け、検察実務においては、裁判所に提出する証拠は必要最小限のものに限る運用がなされるようになり、また公判前整理手続において公判前に争点・証拠を絞ることとされるなど、運用および法制の両方において改革がなされており、このような新たな刑事訴訟のあり方は「核心司法」という言葉で表されるようになっている。
いっぽうでこのような運用に対しては、公判に提出される証拠が少なくなったことから、検察官の証拠開示義務がないことと併せて、被告人を不利な立場においている等の批判もなされている。