要法寺
諸国を遍歴していた日尊が、延慶元年(1308年)に京に法華堂を開いた。これが当寺の始まりであるという。正慶2年/元弘3年(1333年)の春、日尊は師の日目に随って天奏(天皇に仏法を説くこと)にのぞむこととなり京に向かっていたが、その途中美濃国垂井で日目が遷化した。しかし、日尊は師の意志を継いで入洛を行い、翌元弘4年/建武元年(1334年)の春に後醍醐天皇に天奏を行った。その功績によって皇室より六角油小路に寺地を寄進され、延元元年/建武3年(1336年)に日尊は六角油小路に法華堂を開いている。これが後の上行院である。興国3年(1342年)10月13日、日尊は会津の実成寺から弟子の日印を招いて上行院を授けている。
興国6年(1346年)5月8日、六角上行院の開山である(要法寺4代)太夫阿日尊が81歳で寂す。
正平17年(1362年)に日尊のもうひとりの弟子・日大が、冷泉西洞院に法華堂を建立する。これが後の住本寺である。上行院と住本寺は同じく日尊の弟子が住職を務めたが、当初から犬猿の仲であったとされる。
天文5年(1536年)に、比叡山延暦寺によって行われた天文法乱により、上行院や住本寺を始めとする法華宗の21本山が焼き討ちされて全焼した。法華宗徒は京を追われ堺へ避難した。
しかし、天文17年(1548年)に法華宗徒の京への帰洛が許されると、それぞれ焼失した寺院の再建に取り掛かっている。この際、住本寺の広蔵院日辰が上行院と住本寺を統合することを提案して新寺法条目15個条を定めて新たな寺院を建てることとなり、天文19年(1550年)に五条坊門堀川に要法寺が建立された。