東京拘置所
1878年(明治11年)、内務省は囚人に与える苦役の一つとして煉瓦の製造に従事させることができるのではないかと判断、県庁跡に小菅集治監を設置した。翌1879年(明治12年)、刑務作業としての煉瓦製造が始まる。その後、小菅監獄を経て1922年(大正11年)、小菅刑務所と改称した。
第二次世界大戦終結後の1945年(昭和20年)10月、東京都豊島区西巣鴨(当時。現・東池袋4丁目の「サンシャインシティ」と「東池袋中央公園」)にあった東京拘置所の施設が、GHQに接収された。このため一時期、小菅刑務所に東京拘置所が同居する状態となっていた(東京拘置所の職員が小菅刑務所の職員を兼務)。A級戦犯は1956年(昭和31年)までに処刑または釈放され、B・C級まで含めた戦争犯罪者とされた者も1958年(昭和33年)5月までに全員釈放され、東京拘置所は巣鴨に復元された。
所長の下に4部を持つ4部制施設である。
総務部(庶務課、会計課、用度課)
処遇部(処遇部門、指導部門)
分類部
医務部
総務部に調査官1名を置く。