新潟車両センター
全車が新潟市秋葉区の総合車両製作所新津事業所において製造されており、いわゆる「地産地消」の形が実現した。2014年から2017年2月までに当初計画の160両すべてが出揃い、新潟支社管内の普通電車の約8割が本系列で運行されることになった。さらに2017年12月にA編成2本、2018年2月にB編成1本が、2022年2月にA編成2本、2022年3月にB編成1本が、それぞれ新製された。
2両・4両単独運転のほか連結して2+2両、2+4両の編成でも運転されている。運用区間は以下の通りである。 信越本線:直江津駅 - 新潟駅間 白新線:全線 羽越本線:新津駅 - 村上駅間 越後線:全線 弥彦線:全線 上越線:水上駅 - 宮内駅間
また以下の区間ではA編成を使用する一部の列車でワンマン運転が行われている。 信越本線:直江津駅 - 長岡駅間、新津駅 - 新潟駅間 白新線:全線 羽越本線:新発田駅 - 村上駅間 越後線:全線 弥彦線:全線 上越線:越後中里駅 - 宮内駅間
A編成は2014年12月6日より、B編成は2016年2月14日より運用を開始した。デビュー当初の運用区間はE127系の運用だった信越本線の長岡駅 - 新潟駅間、白新線の全線、羽越本線の新発田駅 - 村上駅間、越後線の吉田駅 - 新潟駅間であったが、その後115系を置き換えに運用を拡大していき、2016年7月9日の羽越本線新津駅 - 新発田駅間への投入によって、予定されていた新潟支社管内の直流電化区間全線での運用を開始した。
HB-E300系(4両)
4両編成1本が配置されている。
2019年10月5日に運行開始した臨時快速列車「海里」で運用される。
主な運行区間は、きらきらうえつを引き継ぎ、新潟駅 - 酒田駅間である。
水上駅 - 宮内駅間ではATS-Pの設置に伴い、他線区よりひと足早い2016年3月26日のダイヤ改正時より、従来115系が使用されていた列車すべてがE129系の運用となった。
ワンマン運転に対応しているほか、車内はE127系以来地元通勤・通学客から要望が大きかったロングシートと、長距離利用客にも配慮するためのクロスシートの両方を兼ね備えたセミクロスシートとなっている。
E127系電車(2両)
0番台2両編成1本(V13編成)が配置されている。 当初は2両編成13本が配置されていたが、2008年9月に越後線で発生した踏切事故による火災でV3編成が廃車となり、また2015年3月14日に開業したえちごトキめき鉄道妙高はねうまライン用に10編成(20両)が譲渡され、さらに2023年6月1日にV12編成が鎌倉車両センター中原支所に転属したため、現在の配置数に至る。
ワンマン運転に対応しているほか、座席は通勤・通学需要を考慮して全席ロングシートとなっている。
2015年3月までは信越本線(長岡駅 - 新潟駅間)、越後線(吉田駅 - 新潟駅間)、白新線(全線)、羽越本線(新発田駅 - 村上駅間)で普通列車を中心に運用されていた。 その後2022年3月までは弥彦線を中心とする運用(後述の115系Y編成の運用の代替)に入っていた。 2022年3月以降、定期運用はなく、E129系の代走として上越線や越後線で運用されていた。