足利義晴
一方、堺幕府の内部でも争いが起こっていた。高国の死により、足利義維が上洛し、新たな将軍になるかと思われた。だが、享禄4年8月には晴元の御前衆である木沢長政と細川持隆の支援する三好元長の争いが原因で、堺で晴元と持隆の両者が互いに籠城して争うという事態が発生した。
天文元年5月、義維方の抗争は止むことなく、畠山義堯は細川晴元への接近を図る自身の内衆でもある木沢長政を飯盛山城に包囲した。これに対して、晴元が山科本願寺法主の証如に援軍を依頼し、6月には一向一揆が畠山義堯を討ったばかりか、20万の軍勢が堺を包囲した。一向一揆に攻められた元長は顕本寺で自害し、義維も同寺で自害しようとしたが、晴元に捕らえられた。
10月20日、義維が堺を出て淡路に没落したことで、和睦の障害が消え去った。そして、11月7日に義晴と晴元の間で和睦が成立した。
天文3年6月、義晴は桑実寺から坂本に移った。すでに、六角定頼と細川晴元との間にも和睦が成立していた。入京を目前にして、奉公衆や奉行衆は政務の再開を連名で義晴に依頼し、8月から義晴は政務を再開した。
9月、義晴は六角定頼とともに入京したが、定頼は京に留まらなかった。定頼は在京中に国内の有力国人が伸長すること恐れており、在国しながら幕府政治への意見を望んだ。
他方、晴元もまた、三好長慶や木沢長政らとともに上洛し、義晴を擁立する政治体制が開始された。