エドワード・エルリック
さらにはウロボロスの入れ墨を持つ謎の集団(ホムンクルス)や国家錬金術師の命を狙う「傷の男(スカー)」の介入も受ける。イーストシティでは、親しくなった少女ニーナが、その父親のショウ・タッカーによって飼い犬と合成される悲劇にも見舞われ、この一件は後々まで尾を引く。偶然出会った元国家錬金術師で元軍医のティム・マルコーの情報を元に「賢者の石」の正体が生きた人間を素材としたものであること、さらにはその非人道的な実験に軍上層部が関わっていることを知る。南部へと向かい師匠イズミとの再会によって「賢者の石」以外を用いる新たな道を模索しようとする中で、ホムンクルスの一味から離反したグリードと出会う。これは結果としてデビルズネスト掃討戦に至り、ホムンクルスの一味の手がかりを失う。しかし、軍の動きに疑念を持ったエドは首都セントラルシティに向かうことを決める。
道中では東の大国シンからやってきたというリン一味と出会い、彼らに付きまとわれつつ、セントラルに着くとホムンクルスらの陰謀に巻き込まれたと思われる恩人ヒューズが殺害されていたことを知り、強い後悔に苛まれる。ヒューズ殺しに絡んだホムンクルスらの罠が張られる中で、エドは東の国境沿いのクセルクセス遺跡に赴くことになり、そこで偶然からウィンリィの両親殺しの犯人が「傷の男」だと知る。またセントラルに戻る道中で故郷に寄った際にホーエンハイムと再会し、反発しつつも彼の助言から母を人体錬成したモノを墓から掘り起こし、最大のトラウマと向き合う。そこで死者は生き返らせることができないという真理を確認し、別方向から自分と弟の身体を取り戻す方法を考え始める。