おんたけ交通
自主運行を廃し、自治体へ移管された路線。
木祖村コミュニティバス
2006年4月より木祖村コミュニティバスに移管された路線。
菅線 藪原駅前 - 大平
小木曽線 藪原駅前 - 細島
王滝村営バス
2006年6月より王滝村営バスに移管された路線。詳細は当該記事を参照。
王滝・田の原線(黒沢・王滝線)2022年は運休。 合同庁舎前 - 木曽福島駅前 - 王滝 - 田の原(御嶽山登山口)
木曽町生活交通システム
2006年6月より木曽町生活交通システムに移管された路線。詳細は当該記事を参照。
御岳ロープウェイ線 木曽福島駅前 - 御岳ロープウェイ
きそふくしまスキー場・開田高原線 木曽病院前 - 木曽福島駅前 - きそふくしまスキー場 - 開田支所 - 神田宮前
明神温泉線 開田支所 - 明神温泉
木曽駒高原線 木曽病院前 - 木曽福島駅前 - 大原上
一の萱線 木曽病院前 - 木曽福島駅前 - 一の萱 - 折橋
屋敷野線 合同庁舎前 - 木曽福島駅前 - 赤岩巣
永井野線 合同庁舎前 - 木曽福島駅前 - 三岳倉本
南木曽町新交通システム
2007年4月より南木曽町新交通システムへ移管された路線。
妻籠・蘭・保神線 南木曽駅前 - 妻籠 - 保神
妻籠・馬籠線 南木曽駅前 - 妻籠 - 馬籠
上松町コミュニティバス
2007年7月より上松町コミュニティバスに移管された路線。詳細は当該記事を参照。
上松・倉本線 合同庁舎前 - 木曽福島駅前 - 上松駅前 - 池の尻 実際はバス回転場まで
焼笹線 上松駅前 - 焼笹 - 赤沢