Bonjour
Bonjourにはもちろん欠点や制限も存在する。まずBonjourは、基本的にLAN内でしか利用することができず、原則的にルータを越えることができない。ただしこれは、DHCPとダイナミックドメインネームシステム(DDNS)を用いることで解決可能であり、その二つを用意すればルータを越えた運用が可能になる。ただし、IPv6ではこの限りではない。 なお、Mac OS X v10.5においてBack to My Mac(どこでも My Mac)と呼ばれる機能が導入され、MobileMeのアカウントを持つユーザは広域でもホスト/サービスを参照できるようになった。実際この機能はDDNS等の技術を用いて実現されている。
またBonjourは、イベント制御の機能が弱い。例えばUPnPではきめ細かいイベント制御が可能になっているものの、Bonjourではこの部分にマルチキャストDNSやDDNSしか利用できないため、細かなコントロールを行うことができない。プリンタの制御についてはIPPやLPRを用いることが決まっているが、その他の機器についてはまだ仕様が策定されておらず、検討中となっている。
対応機器の少なさも悩みである。UPnPと比べ、Bonjourは対応している機器が少ない。