サスケvsコマンダー
赤色と緑色の装束を着たザコ忍者。ゲームが始まると画面の左右から現れ、やや斜め下に滑空飛来しながら手裏剣を飛ばしてくる。サスケに撃たれたザコ忍者は真下に落下してくるが、この撃ち落とした敵に当たってもミスとなるため、ビデオゲームにおけるシューティングゲームでは初の撃ち返し弾とされている(ゲーム雑誌『ゲーメスト』に記述)。初回は赤が登場し40点、全滅させると今度は緑が登場し80点と、色と点数以外はまったく同じである。面が進むと飛来するスピードも速くなり攻撃も激しくなる。
赤と緑のザコ忍者を全滅させると、雷鳴とともに現れるボスキャラクターの忍者。このボス忍者はゲーム名のコマンダー(司令官)に由来する。デザインは侍・君主風と虚無僧の2種類があり、面ごとに異なる多彩な忍術で攻撃してくるのが特徴。ボスの耐久力はカワリ身の術 以外は1発だが射撃や回避が著しく困難な状況であり、忍術を上手く回避しつつ狙う必要がある。画面下部の赤いゲージが無くなるまでに倒せば面クリアとなり、プレイヤーは残りタイムに応じたボーナスが得られる。なお時間内にボス忍者を倒せないと強制的に次のステージへ飛ばされボーナスが得られない。なおサスケがボス忍者にやられると、両端から赤と緑のザコが踊りながら登場してサスケを挑発するというコミカルな演出がある。この場合はボスと再戦せずに残機を消費して次のステージへと進む。 ボスの使用忍術 火炎の術 分身の術 飛竜剣の術 変身火炎の術 カワリ身の術 (3回当てる必要あり) 春花の術 変身分身の術 変身春花の術