東小金井駅
下り方面が単式ホーム1面1線、上り方面が島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する高架駅である。
地上時代は橋上駅舎で、相対式ホーム2面2線を有していた。かつて当駅西側に改札を新設するよう請願もあったものの実現しないまま高架化に至ったが、2014年1月27日にnonowa東小金井およびnonowa口改札開業に伴い、実現された。ただし、nonowa口はSuica等のICカード乗車券専用改札で、改札口付近には千円紙幣のみ利用可能なチャージ機が設置されている。
開業した頃は、武蔵境寄りに自動車を積み下ろしするための設備が設けられていた。
JR中央線コミュニティデザインによる業務委託駅で、三鷹営業統括センターが当駅を管理している。指定席券売機・自動券売機・自動改札機が設置されている。みどりの窓口は2018年6月30日をもって営業を終了した。