深坂トンネル
1キロメートルほど掘削していた先進導坑を再利用する方式
斜坑を設ける方式
先進導坑再利用と斜坑設置を組み合わせる方式
の4案が検討された。予定工期はそれぞれ36か月、33か月、31か月、27か月とされた。しかし、深坂トンネルの先進導坑は長期間放置されていたため支保工が崩壊していて、再利用には新設とほとんど変わらない費用がかかると見込まれたこと、斜坑を建設する方式は、地形上約420メートルと長い斜坑が必要になるにもかかわらず斜坑から掘削できる本坑が1,500メートル程度にしかならず、斜坑の建設費に見合わないとされて、1案の両口から単純に掘削する方式が採用されることになった。
1963年(昭和38年)2月に新深坂トンネルに着工した。沓掛口側の第1工区延長2,772.5メートルは西松建設、疋田口側の第2工区延長2,400.5メートルは間組が、それぞれ担当した。深坂トンネルが難工事であった理由は、断層や真砂土の区間に大量の水が付随したためであったが、深坂トンネルによってある程度水が絞られていると判断したため、新深坂トンネルでは可能な限り全断面掘削を行うことになった。沓掛口では途中から下りで掘削しなければならないが、約200メートルおきに深坂トンネルに通じる排水坑を掘削し、ポンプによる排水は切羽から最寄り排水坑までに限定した。
1974年(昭和49年)7月20日に湖西線山科 - 近江塩津間が開業した。翌年のダイヤ改正から、関西地方と北陸地方を結ぶ優等列車はほぼすべてが湖西線経由となり、大幅な時間短縮が実現された。北陸本線の米原 - 近江塩津間はこれらの優等列車が通らなくなったが、近江塩津より北にある深坂トンネルは、湖西線からの列車も引き続き走行した。
北陸本線は交流電化となっていたのに対し、東海道本線や湖西線は直流電化となっており、直通する列車は高価な交直流電車を必要としていた。このため直通する普通列車の運転本数が限られていた。1991年(平成3年)に、北陸本線の長浜までを直流化して京阪神からの新快速列車が直通するようになり、長浜の経済・観光に大きな効果が出た。これを受けて直流電化のさらなる北への延長が要望されるようになり、深坂トンネルを抜けて敦賀駅までを直流化することになった。2006年(平成18年)9月24日に電化方式の直流への切り替えが実施され、10月21日にダイヤ改正が行われて新快速列車の敦賀乗り入れが実現された。
深坂トンネル(ふかさかトンネル)は、北陸本線の近江塩津駅-新疋田駅間(上り線)にある全長5,170メートルの単線トンネルである。北陸本線が建設された当初からの柳ヶ瀬トンネルを経由するルートが急勾配であったことから、勾配を緩和し輸送力を増強する目的で第二次世界大戦前に着工されたが、開通は戦後にずれ込んだ。さらにこの区間の複線化のために後に下り線用の全長5,173メートルの新深坂トンネル(しんふかさかトンネル)が建設された。
実際に掘削すると、1か所の断層突破に1か月以上を要した場所が4か所になり、薬液注入や迂回坑が必要となった。しかし、全断面掘削を採用した決断はおおむね良かったと総括された。
1966年(昭和41年)10月にトンネルが完成し、11月30日に開通した。深坂トンネルが上り線専用に、新しく開通した新深坂トンネルが下り線専用となった。
木ノ本 - 新疋田間の複線化では、新しく建設した線路が基本的に下り列車進行方向に対して左側に位置し、開業後に下り線となり、従来からの線路が上り線となった。しかし近江塩津駅と沓掛信号場の間については、従来線の左側は谷になっていてこちら側に増設すると大きな盛土工事が必要となるため、反対側に増設し、従来線が下り線、新設線が上り線となった。新疋田 - 敦賀間は前述のように1963年(昭和38年)に複線化されており、それ以外の区間も順次複線化が進み、1965年(昭和40年)8月9日に近江塩津 - 沓掛信号場が複線化されてこの時点で沓掛信号場は複線と単線の接続点となり、さらに1966年(昭和41年)11月30日に沓掛信号場 - 新疋田間が複線化されたことで、沓掛信号場は廃止となった。