ヌクレオソーム
ヒストンH1とそのアイソフォームなどのリンカーヒストンはクロマチンのコンパクト化に関与しており、これらはヌクレオソームのDNAの入口と出口の近傍に位置してリンカー領域のDNAと結合している。リンカーヒストンを含まず凝縮していないヌクレオソームの電子顕微鏡像は、DNAのひもでつながったビーズ(beads-on-a-string)のような外見をしている。より高次の構造についての理解は未だ進んでいない。
テトラヌクレオソーム(4ヌクレオソーム)の結晶構造が解かれ、それをもとに30 nm繊維の二条らせん(two-start helix)構造が提唱された。このモデルは近年の電子顕微鏡データとは相容れず、いまだに一定の論争がある。これ以上のクロマチンの構造についてはほとんど理解されていないが、古典的には、中心となるタンパク質の足場に沿って30 nmの繊維がループ状に配置され、転写活性のあるユークロマチンを形成すると考えられている。さらに圧縮されると、転写不活性なヘテロクロマチンとなる。