中華民国空軍
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1 2 盧 1974, p. 62.
1 2 3 戦史叢書74 1974, p. 13.
しかしこの間、南京、武漢、杭州、南昌、広州といった沿岸部が日本軍の攻撃により陥落。また、高志航、劉粋剛、李桂丹、楽以琴など初期に活躍したエースパイロットも次々と命を落としていった。中国空軍は国民政府とともに奥地に逃れ、梁山飛行場(中国語版)、重慶白市駅飛行場(中国語版)、懐化芷江飛行場(中国語版)などを拠点とし防御に努めたが、次第に物量的に圧倒されることとなる。加えて、零式艦上戦闘機の登場とソ連の支援終結は中国空軍に大打撃を加えた。同時期に行われた重慶爆撃など奥地への空爆に対しては奥田喜久司大佐乗機の撃墜など多少の戦果はあったものの、「積極防空」を果たすほどの力はなかった。消耗した中国空軍は日本軍の戦闘機との戦闘を避けざるを得なくなり、この時期は中国空軍の「避戦時期」「暗黒時代」と呼称される。
この間、1939年夏に戦闘機としてカーチス・ライト CW-21、輸送機としてビーチクラフト D17Rとデ・ハビランド DH.89を少数導入している。
第二次世界大戦終結後は米国から供与されたP-38やP-51を運用し、共産党を相手に国共内戦を戦った。当時、共産党空軍はまだ航空戦力が乏しかったため対地攻撃が主で、東北民主連軍航空学校の練習機を破壊したり、共産党に寝返った巡洋艦「重慶号」を使用不能に追い込んだりするなどの功績を挙げた。たが、米国大統領ハリー・トルーマンが中華民国軍への支援縮小を決定したために支援が減少し、共産党の人海戦術に圧倒されて敗北。中華民国政府とともに台湾へ移動する。また、蔣経国が蔣介石の度重なる催促を受け、1949年1月に突貫工事で完成させた舟山群島の定海飛行場を拠点として、上海付近からの湯恩伯系部隊の撤退を支援した。
3軍の中では遷台を早期に完了させたため、陸海軍のような部隊単位での反乱は起こらなかったが、パイロットが飛行機に乗って共産党に寝返る事件が戦後~1949年までの間に27件起こった(中華民国国軍と人民解放軍間の空軍機脱走事件(中国語版))。1950年以降、上海の発電施設等に空爆を行ったが、民間人も多く犠牲になったとされる(上海空戦(中国語版))。
1949年以降の冷戦時代には、中華民国空軍の航空機は台湾海峡の両岸を巡航し、中国人民解放軍空軍と何度も戦った。 この時期、中華民国空軍はアメリカ合衆国からF-86、F-100、F-101、F-104など多くの装備を支援として受け取った。中華民国空軍はまた、アメリカ合衆国が技術をテストするためのプラットフォームとなり、史上初めて空対空ミサイルを使用して敵機を撃墜することに成功した。この時期、中華民国空軍はアメリカ空軍やCIAとも協力し、U-2偵察機を運用する黒猫中隊を含め、中国大陸への偵察、空挺降下、空挺任務を行った。