キリスト教学校教育同盟
1899年(明治32年)8月3日の「文部省訓令第12号」により、宗教教育を禁じる法令が発令。聖書・礼拝を中心とするキリスト教学校にとっては存立をおびやかす政府の圧迫となった。キリスト教教育を続けることは、各種学校の取り扱いとなり、それによって上級学校への進学や徴兵猶予の特典を失うことになる。それは男子校にとってはある意味で死活の問題でもあった。しかし、各学校はさらに密接な連絡を取り合い、その特典を捨てても、キリスト教教育を守ることに徹した。
一方、その間に、本多庸一(青山学院長)、井深梶之助(明治学院長)などが文部省に訓令の撤回や適用除外の運動をし続けた結果、1901年(明治34年)5月、前述の上級学校への進学・徴兵猶予等の特典を回復することができた。
この時の各学校の協力を契機に1910年(明治43年)4月、男子校10数校が「基督教教育同盟会」を組織し、第1回総会を同志社で開催した。第1回総会座長は原田助(同志社社長)である。
一方、女子校も1913年(大正2年)10月、全国から20数校が普連土学園に集まり「女子基督教教育会」を組織した。初代会長はクララ・A・カンヴァース(捜真女学校長)である。
石坂正信(青山学院長)、C.B.デフォレスト(神戸女学院長)等が中心となって、1922年(大正11年)11月、両会とも同志社で総会を開き、合同が成立した。名称は男子の「基督教教育同盟会」を継承した。会長は石川角次郎(聖学院長)、加盟校数は63校となった。