彦根藩
直政が死去すると、跡を継いだ直継(直勝)と付人の対立や付人同士の対立などで藩政は混乱し、家康は家臣を統制しきれない直継を当主としての器量がないと判断して、病弱を名目に藩主の差替を図ったと考えられている。直孝の下で藩政の混乱は収拾され、井伊家中に残った付人は彦根藩の重臣層を形成することになる。
直孝は幕閣の中枢としての活躍を認められ、元和元年・元和3年(1617年)・寛永10年(1633年)の3度にわたりそれぞれ5万石の加増がなされた。よって30万石の大封を得る大大名となった。さらに幕府領の城付米預かりとして5万俵(知行高換算5万石)を付与され、35万石の格式を得るに至った。
彦根藩井伊家は幕閣の中枢を成し、酒井雅楽頭家・本多家など譜代有力大名が転封を繰り返す中、一度の転封もなく石高も譜代大名中最高であった。江戸城内の伺候席は会津松平家・高松松平家と共に将軍の執務空間である「奥」に最も近く、臣下に与えられた最高の席であった「溜間」である。また、直興・直幸・直亮・直弼と4代5度(直興が2度就任。直孝・直澄が大老になったかどうかは諸説ある。詳細は大政参与の項を参照)の大老職に就いた。文字通り譜代筆頭と言えよう。
歴代藩主の中で最も有名なのが、幕末に藩主となった直弼である。嘉永3年(1850年)、兄直亮の死去により藩主となった。13代将軍徳川家定の将軍継嗣問題で南紀派に属し、一橋慶喜ら一橋派と対立し徳川家茂の14代将軍就任に貢献する。