エックス・メン チルドレン オブ ジ アトム
声 - ジョージ・ブザ
本作の中ボス。アーケード版では使用はできないが、家庭用移植版では対戦モードでのみ条件を満たすことで使用可能。
元々は人間でミュータントではなく、偶然に魔法の宝石を手に入れたことで、巨体と怪力を身に付けた。力は強いが、頭は良くない。
巨体ゆえに相手の攻撃を喰らいやすいという弱点を持つが、その攻撃力の高さは本作中随一。Xパワー「サイトラックパワーアップ」でさらに攻撃力を上昇させることもできる。弱パンチはリーチが長いうえに隙が小さく、強パンチは攻撃が出るまでの隙がかなり大きい代わりに食らった相手を吹き飛ばす。ガードの上から通常技で体力を削り取り、ステージに刺さっている鉄骨を掴んで振り回す攻撃は威力・リーチともに優れている。不完全ながらも常時「スーパーアーマー」状態にあり、打撃で仰け反りにくい。ハイパーX「ジャガーノートヘッドクラッシュ」は、攻撃発動までが遅い代わりに、相手を一気に画面端へ捻じ込む。
声 - カハル・J・ドット
いたって陽気な男で、氷を操る。一部の飛び道具に対し、ガードした際の削りダメージを無効化する「レーザー耐性」を持つ。必殺技はいずれも遠隔攻撃で隙が大きいが、ダッシュからの強パンチを組み込んだ連続技は、相手を一気に気絶に追い込む破壊力を秘めている。中パンチボタンでの投げ技は相手を凍結させて行動不能にする。ハイパーX「アークティックアタック」は、パンチボタンを連打するとヒット数が大幅に増える。相手を画面端に追い詰めてから技を発動し、密着状態でヒットさせると真価を発揮する。
00 1P側:選択画面で、まずサイクロップスにカーソルを合わせ、1秒待つ。その状態から右、右、下、右、上、左、左、右、右の順に入力し(ここまでに間違いが無ければ、カーソルはセンチネルに合っているはずである)そしてまた1秒待つ。最後に強パンチ・弱キック・強キックボタンを同時に押して決定する。 2P側:選択画面で、まずストームにカーソルを合わせ、1秒待つ。その状態から右、右、下、左、左、右、右、右、右の順に入力し(ここまでに間違いが無ければ、カーソルはスパイラルに合っているはずである)そしてまた1秒待つ。最後に強パンチ・弱キック・強キックボタンを同時に押して決定する。 アーケード版Ver2.00以降・家庭用移植版 1P側:選択画面で、まずスパイラルにカーソルを合わせ、1秒待つ。その状態から左、左、左、左、右、上、右、右、下の順に入力(ここまでに間違いが無ければ、カーソルはシルバーサムライに合っているはずである)そしてまた1秒待つ。最後に強パンチ・弱キック・強キックボタンを同時に押して決定する。 2P側:選択画面で、まずストームにカーソルを合わせ、1秒待つ。その状態から右、下、左、左、左、左、下、右、右の順に入力する(ここまでに間違いが無ければ、カーソルはスパイラルに合っているはずである)そしてまた1秒待つ。最後に強パンチ・弱キック・強キックボタンを同時に押して決定する。
声 - ダン・ヘネシー
対ミュータントに作られた、巨大なミュータントハンターロボットであり、ミュータント根絶のために動く。センチネル自体は原作にも登場するが、本作のセンチネルは、カプコンがデザインしたオリジナルモデルであり、原作には登場しない。その身体は全身が武器の塊で、地上での中パンチ・強パンチ攻撃は、レーザー、ロケットなどの飛び道具。歩行速度が鈍重で機動力に欠けるが、攻撃力は非常に高く、通常技でもガードの上から敵の体力を削り取る。Xパワーで「飛行」が可能。ハイパーX「プラズマストーム」はパンチボタンを連打することで衝撃波が充電され、攻撃がより強化されるが、溜めているあいだのセンチネル本体は無防備状態。