FC東京
チームスローガン:攻めて取る。攻めて獲る。
原体制4年目。ケリーが退団したが、若手へシフトする意味で大きな補強はしなかった。
開幕直後はそれまで苦手とした磐田に勝利し首位に立つなどしたが、それ以後は4-3-3の新布陣や新加入MFダニーロの不発などでチームワーストの6連敗を喫し、優勝戦線から早々に脱落。5月には原の監督解任が現実味を帯びた時期もあり、9月の横浜FM戦(日産スタジアム)で石川直宏の負傷退場(膝靭帯完全断裂により復帰まで約8か月を要した)、直後のルーカスの意識不明・救急車搬送による試合終了等もあった。終盤戦は12試合負けなしの成績も残して、年間順位は10位。最終節(右図)ではC大阪の優勝を阻止した。シーズン終了後に、原が監督を退任。また、加地亮がG大阪へ移籍した。
なお、この年は7月9日の東京ダービー(東京V戦、FC東京主催試合)の試合前、FC東京サポーターによる傷害事件が発生した(FC東京側のサポーター約200名がコンコースにて東京Vサポーターに向け挑発行為に及んだ際、FC東京サポーター1名が場内に設置されていた灰皿のフタを東京V側の群衆に投げつけて、東京Vのクラブ職員、警官、一般人を負傷させ傷害罪で逮捕)。この試合の管理責任者として、FC東京にはJリーグから1000万円の罰金が科せられた。
チームスローガン:Moving Football 〜観ている人の心を動かせ〜
城福体制2年目。福岡から中村北斗、水戸から平松大志を獲得した。序盤戦は低迷するが、MF今野泰幸をCBにコンバートし、ブルーノ・クアドロスとコンビを組ませ、またボランチに梶山陽平と高卒ルーキー米本拓司を固定した頃から守備が安定。更に、石川直宏の24試合で15得点を挙げる大活躍によってリーグ戦の順位も上がり、ACL出場圏内入りは逃したものの5位に入った。また、長友佑都と石川がJリーグベストイレブンに選出された。2名が受賞したのはクラブ初。また、GK権田修一がリーグ戦の年間完封試合数タイ記録を打ち立てた。
ナビスコカップは決勝で川崎Fに勝利して優勝。また、この試合で先制点を挙げた米本はニューヒーロー賞とMVPを獲得した。この年より、マスコットの『東京ドロンパ』が登場。
Jリーグの他チームは背番号の上にスポンサー・下に選手名を表記しているが、FC東京は2009年 - 2016年は反対(背番号の上に選手名・下にスポンサー)表記だった。
タイトル獲得チームであるが、タイトル獲得を表す星は入っていない。
男子バレーボールチームのFC東京バレーボールチームと連携しており、2002年度からバレーボール教室を実施していた。
2006年7月より、プロ野球・東京ヤクルトスワローズと共同で東京のスポーツ振興を図ることになった。双方のファンの来場を促進するキャンペーンなどを展開し、東京ドロンパとヤクルトのマスコット・つば九郎が互いの試合を訪問したり、平山相太や、今野泰幸、東慶悟がヤクルトの始球式に登板するなどの交流イベントが行われている。
2009年夏にはTOKYO MX後援のサッカー・野球・競馬のコラボレーションイベント『ワッショイTOKYO夏ラリー!』で、共にイベントを盛り上げた。
日本プロバスケットボールリーグ(bjリーグ)の東京アパッチと、上述のヤクルトの三者で提携していた。
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