竹一船団
これは、3月の計画に比べて950 km 以上の戦略的撤退であった。阿南第2方面軍司令官はこの決定にも反発し、中央の意向に関わらずヘルビング湾を死守すべき旨の方面軍命令(輝参電第306号)を5月12日に発するなど、大本営や南方軍との深刻な対立を生じた。
6月、竹一船団の行動がなぜ探知されたのかを調査するため日本海軍の参謀たちがマニラへ派遣された。彼らは「暗号解読はされていない」と信じており、原因は他に求められた。代わりに「原因」として挙げられた事情としては、通信量増加により船団の行動が察知されたこと、マニラ所在の士官の一人が偶発的に情報漏洩してしまったこと、マニラ港湾労働者に潜入したスパイが船団の編制や目的地などを通報していたことなどがある。最終的に、スパイによる通報が原因であると結論付けられてしまい、日本の軍事暗号が変更されることは無かった。
竹一船団後も、増援部隊や軍需物資の輸送のため、ハルマヘラ島までの竹輸送は続けられた。竹二船団(別名:H25船団。輸送船8隻・護衛艦3隻)は5月15日にハルマヘラ島ワシレ着、竹四船団(別名:H27船団。輸送船9隻・護衛艦5隻)は6月5日にワシレ着、竹五船団(別名:H28船団。