奈良の鹿
1957年(昭和32年)9月の天然記念物指定は、春日大社が所有者として「天然記念物指定申請書」を、奈良市長と市観光協会会長は「要望書」を提出して主導し、県・市教育委員会は「副申書」を書いた。春日大社と奈良市は、農業被害補償特定のためと指摘されるが、具体的な指定範囲と面積を記入していたが、現実の指定は「奈良市一円」であった。県は、その地域から出たシカが保護されなくなるという弊害防止のためと言い、文化庁は、「『奈良のシカ』とは、主に春日大社境内、奈良公園及びその周辺に生息し、古来、神鹿として春日大社と密接にかかわり、人によく馴れている等の...シカという意味である。その生息する場所(地域)を特定して制限を加えたものではない。また、『奈良のシカ』は分類学上、本州に広く生息しているホンシュウジカであり、『奈良のシカ』という特別の『種』が存在するわけではない」としている。また、地域指定のためには当該地域の全ての地権者の同意が必要であるが、困難で実現できてないため、という理由もある。文化財保護委員会の規定では、「奈良公園及びその周辺に生息している人馴れしたシカ」となるが、範囲指定のない天然記念物指定は多くの問題や論議となる。
1981年(昭和56年)2月、奈良市民2人が、高円山頂上付近の山林で、角伐り跡のある鹿1頭を銃殺し、奈良地方検察庁が文化財保護法違反で起訴した。
2023年1月、福島大学、山形大学、奈良教育大学の合同研究チームは、紀伊半島に生息するニホンジカのうち、奈良公園のニホンジカが独自の遺伝子集団を形成していることを明らかにした。大規模な遺伝子研究の結果、紀伊半島に生息するシカからは18種類のミトコンドリアDNA遺伝子型が検出された一方で、このうち奈良公園のシカからは紀伊半島の他の地域に生息するシカには見られない1種類だけの遺伝子型が検出された。奈良公園のシカが紀伊半島のシカ集団から遺伝的に分化したのは約1400年前であり、春日大社が造営された768年に遺伝学的にかなり近かった。この研究結果は、1000年以上前から日本人たちが春日大社の主神のタケミカヅチの使いとしてこの地域のシカを保護してきた結果、この地域のシカが集団を代々に渡り維持できたことを裏付けるものであるという。