村山藩
天和2年(1682年)2月22日、遠江国横須賀藩5万石の藩主であった本多利長(48歳)は、13か条の咎めを受けて所領を没収された。『寛政重修諸家譜』は横須賀藩の改易について、領内の失政、先年の巡見使への不適切な対応という理由を掲げる。
利長の失政とされる事柄には、領民の困窮が挙げられる。これについては、横須賀藩領の浅羽地域(現在の静岡県袋井市)を取り囲む、全長14kmにおよぶ浅羽大囲堤の建設が背景にある。浅羽地域では延宝8年(1680年)の「延宝の高潮」で多くの犠牲者が出たため、利長は柳原十内を奉行として大囲堤の建設を命じた。防災や農政の見地からは高い評価もある一方、建設のための労役や徴税の過酷さも伝えられている。
領地を没収された利長であるが、本多家の父祖の忠勤にかんがみ、改めて出羽国村山郡内で1万石が与えられ、大名としての存続が認められた。なお、同日付で同族の播磨明石藩6万石の藩主本多政利も、家政がよくないことに加え、巡見使への不適切な対応があったという理由で領地を没収され、陸奥大久保藩(岩瀬藩)1万石に移されている。
元禄3年(1690年)頃に成立した『土芥寇讎記』では、本多利長が村山藩主として評価の対象とされている。利長は学問を鼻にかけ勇をもっぱらにするあまり、横須賀藩時代には領民につらい政治を行っていたが、村山藩に移されて以降は民にも哀憐の心を見せるようになった、という人物評がなされている。
利長は元禄5年(1692年)12月16日に58歳で死去した。跡を養嗣子の本多助芳が継いだ。助芳は元禄12年(1699年)6月13日に越後国糸魚川藩に移封され、これにより村山藩は廃藩となった。なお、助芳は糸魚川から信濃国飯山藩に移転し、最終的に石高を3万5000石にしている。