仁賀保駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する地上駅。互いのホームは跨線橋で連絡している。駅舎は西側にあり、2001年にヨーロッパの宮殿をイメージしたものに建て替えられた。
羽後本荘駅管理、TDKの子会社「TDKサービス」受託の簡易委託駅。駅舎には窓口や「TDKサービス秋田旅行センター」(JTB総合提携店)がある(にかほ市唯一の旅行代理店)。有人窓口があり、全国のJR指定券、乗車券の購入が可能(現金のみの取り扱い)。なお「TDKサービス秋田旅行センター」は2022年3月1日より「TDKサービス秋田営業所」へ移転した。