南都焼討
そして来日していた宋人陳和卿らの技術協力によって文治元年(1185年)6月に大仏の修復が完了し、同年8月に行われた開眼供養会では後白河法皇が自ら大仏の開眼を行った。続いて大仏殿の再建が始まったが、戦乱による諸国の疲弊や用材の伐採予定地の地頭の妨害などによって再建は難航した。建久3年(1192年)3月に後白河法皇が崩御した後は東大寺復興に強い関心を抱く源頼朝が再建支援の中心となり、鎌倉幕府による協力のもと完成した大仏殿は建久6年(1195年)3月に後鳥羽天皇や源頼朝も臨席して落慶供養が行われた。東大寺の復興事業はその後正治元年(1199年)には南大門が再建され、建永元年(1206年)に重源が没した後も安貞元年(1227年)に東塔、嘉禎3年(1237年)には講堂が再建されるなど、半世紀以上にわたって続けられた。
一方、興福寺も実検使の派遣直後から復興に向けた体制が整えられ、過去の再建の例にならって朝廷・藤原氏(氏長者・藤原氏有志)・興福寺の分担による再建が決定し、罹災の約半年後、治承5年6月に再建工事が開始された。その間、文治2年(1186年)9月、当時逃走中だった源義経を捕縛するため、京都に駐在していた鎌倉の御家人比企朝宗が兵を率いて再建工事中の興福寺に乗り込み、義経を匿った僧らの住坊を襲撃した事件や、翌文治3年(1187年)3月、東金堂に所属する大衆が当時仁和寺の末寺であった飛鳥の山田寺に乱入し、講堂本尊の薬師三尊像を強奪して東金堂の本尊とした事件、さらにその翌年、文治4年(1188年)3月には再建中の南円堂が大風により倒壊するなどの事故はあったものの、建久5年(1194年)には主要な建物やそこに安置される仏像の多くが完成した。