DSSP (水素結合推定アルゴリズム)
これに基づいて、8種類の二次構造が割り当てられる。310ヘリックス、αヘリックス、πヘリックスは記号G、H、Iを持ち、残基がそれぞれ3、4、5残基離れた水素結合の反復配列を持つことによって識別される。βシート構造には2種類が存在する。βブリッジは記号Bを持ち、βバルジは記号Eを持つ。記号Tはらせんに特有の水素結合を持つターン構造に用いられ、Sは高い曲率( C i α C i + 2 α → {\displaystyle {\overrightarrow {C_{i}^{\alpha }C_{i+2}^{\alpha }}}} と C i − 2 α C i α → {\displaystyle {\overrightarrow {C_{i-2}^{\alpha }C_{i}^{\alpha }}}} との間の角度が少なくとも70°)の領域に用いられ、空白は適用される規則がない時に用いられループを表わす。これら8種類は通常3つのクラスに分類される: ヘリックス(G、H、I)、ストランド(E、B)、ループ(S、T、C; Cは空白で表わされることもある)。
2002年、連続的なDSSP割り当てが複数の水素結合閾値を導入することによって開発された。新たな割り当てはタンパク質の運動と相関していることが明らかにされた。
バージョン2.1.0からヘリックスの割り当てが変更され、πヘリックスがαヘリックスに優先されるようになった。