触媒三残基
1990年代から2000年代にかけて、プロテアーゼを構造的に関連(英語版)した酵素スーパーファミリーに分類したMEROPS(英語版)分類システムは、20以上のスーパーファミリーにおける三残基の収斂進化のデータベースとしての役割を果たしている。進化に対する化学的制約が、どのようにして同じ三残基の幾何形状に非常に多くの酵素ファミリーの収斂のにつながったのかを理解することは2010年代に発展した。
それらの最初の発見以来、酵素の正確な触媒機構について詳細な研究が増えた。1990年代と2000年代には、低障壁水素結合が触媒作用に寄与しているのか、それとも通常の水素結合で機構を説明するのに十分なのか、ということが特に議論された。触媒三残基が使用する電荷リレー型共有結合触媒に関する膨大な研究の結果、生化学の中で最も特徴的な機構が解明された。