コナミワイワイワールド
BGMはすけのみや藤尾らが担当した。最終面である内臓ステージ以外のアクションステージでは、キャラクターをチェンジすると、BGMもキャラ固有の曲に変わる。コナミマン、コナミレディ、モアイは本作オリジナルのBGMだが、それ以外のキャラクターの使用時はそのキャラクターが出演していたゲームのBGMが流れる。最終ボスのワルダー(内臓)のBGMは同社の『魂斗羅』の最終ボスのBGMと同じ。
同じコナミの音楽ゲーム『pop'n music』シリーズには原作ゲームのBGM楽曲やキャラクターが複数登場しており、アーケード版『pop'n music 15 ADVENTURE』のエキスパートモードではそれらの楽曲で構成された「コナミゲームコース」が登場、そのコースカードのイラストが本作のパッケージイラストを模したものとなっていた。
『ワイワイワールド2』とは異なり長年サントラ化はされていなかったが、発売から25年以上経った2014年5月19日にプロジェクトEGG(EGG MUSIC RECORDS)により『2』とのカップリングで2枚組CD『ワイワイワールド1&2 サウンドコレクション』として初のサントラ化を果たした。本作についてはDISC1にファミコン版、携帯電話版(FM音源)、携帯電話版(PCM音源)の3バージョンが収録されている。ただし、権利上の問題等からマイキーおよびコングがそれぞれキャラクター「M」、キャラクター「K」と名前を伏せられている。
マイキーの代わりに登場し、同じく狭い場所を通ることが可能。マイキーとは違い、しゃがむことができないが、常に地面を這う低い姿勢のままなので当たり判定が小さい。しかし、マイキーなら伏せればかわすことができた敵のムチや炎には当たってしまう(当たり判定の高さはマイキー立ち>ウパ>マイキーしゃがみ)。元のゲームや続編『ワイワイワールド2』とは違い、ガラ=スウォード(ガラガラ)による通常攻撃に特殊効果はない。 通常攻撃:ガラ=スウォード 飛び道具:音符 - 発射直後のみ敵を貫通する。 出演作品:『バイオミラクル ぼくってウパ』
ver.1.0.5にあった一部の表記の誤りが修正された。
上記以外の変更点は以下の通り(ver1.0.8現在)。
難易度選択が追加され、EASY、NORMAL、HARDの三段階から選べるようになった。敵の出現数と耐久力、受けるダメージ量が変わり、NORMALがファミコン版と同様の設定に相当する。
データの記録がパスワードではなくセーブ方式となった。ゲーム中、ポーズメニューを開けばいつでもセーブ可能。ステージの途中でセーブして中断した場合は、体力が全回復してステージの最初に戻される(ただし死亡したキャラはそのまま)。ファミコン版ではパスワードを取るためにステージを戻って研究所まで行かなければならなかったが、携帯電話アプリ版ではこれを利用してセーブして再開しなおせばすぐにステージから脱出できる。ただし、内臓ステージで最終ボスを倒して脱出中に中断した場合は、ボスを倒す前の状態に戻される。
一部のマップや敵の配置、攻撃方法などが細部で変更されている。
各キャラクターの攻撃判定がかなり大きくなり、敵に攻撃が当たりやすくなっている。内臓ステージに登場する白血球のような敵「ホワイトアメーバ」にまとわりつかれてもそのまま殴れば倒せるようになったため、難易度が大幅に減少した。
各キャラクターの横方向へのジャンプ力が上がり、ファミコン版ではギリギリ端にまで行かなければ飛び越せないような隙間も楽に越せるようになった。
ver.1.0.4までの多数の不具合が修正され、キーコンフィグに関する不具合も修正された。
ダメージを受けた・与えた時、虹色に光る演出ではなくただの点滅になった。
マップ上に置いてある固定アイテムが光らない。
マップ上の固定弾丸を入手しても5個しか増えない(ファミコン版は100個)。
一人専用ゲームのため、転送装置からワープする際はキャラクターが装置の中央に乗る演出になった。
ゴエモンのBGMなど、一部のBGMのイントロがカットされている。また、どのBGMもポーズして再開すると再び冒頭から流れるようになった。
機種によってはBGMがループする瞬間、一瞬音が途切れてしまう。これはクリア後に出現するサウンドテストでも同様。
ファミコン版での誤表記「ビッグバイパー」が「ビックバイパー」に修正された。
ファミコン版にはあったシナモン博士の台詞が一部カットされている(キャラクターが死亡した時や、アイテムのヒントなど)。また、新たにウパとペン太用のメッセージが追加された。
内臓ステージから脱出する際のタイムカウントの初期値がファミコン版の5000から2000に下がった。その代わりタイムの減少するスピードは遅くなっている。
エンディングのコナミの社名ロゴマークは、当時のものではなく最新のものに変更されている。
また、最新版であるver.1.0.8では全て修正されているが、携帯電話アプリ版の過去のバージョンでは以下のような数々の不具合が存在した。