森吉山
裾野にはブナ林を中心とした広葉樹林が広がり、標高1,000mを超すとオオシラビソが優占する。この広葉樹林は樹齢約250-350年に達し、ツキノワグマやニホンカモシカ等の哺乳類、クマゲラやイヌワシなどの鳥類の希少種の生息地となっている。このため、1973年(昭和48年)11月1日に、国指定森吉山鳥獣保護区(希少鳥獣生息地)に指定さた(面積6,616ha、うち特別保護地区1,573ha)。また、森吉山一帯は県立自然公園に指定されている。
6月頃は稜線には数多くの高山植物が咲き、ミズバショウ、ザゼンソウ、チングルマ、ヒナザクラ、イワイチョウ、イワカガミ、ウラジロヨウラク、ツツジ、シラネアオイなどが咲き乱れる。1月上旬から3月上旬頃は、阿仁ゴンドラ山頂駅舎から5分のところにある樹氷平で、日本三大樹氷の巨大な樹氷群が見られる。