ウィザーズハーモニー
本ゲームの主人公。3rd。ウィザーズアカデミーのマスター。デイルの嫌がらせを受けながらも、アカデミー存続のため、部員の育成に励む。お人好しで明るい性格で、誰とでも仲良くなれる気さくな好青年。デイルや個性的なアカデミーメンバーなどの他人に振り回されがち。
声 - 安藤計
学年:3rd / 性別:男 / 種族:ライカンスロープ
狼のような容貌の種族の青年。実家は道場で、ござる口調を話す忍者。気がよくお人よしで、比較的シオンと似た性格。料理と裁縫が趣味であり、レシピを教えて欲しくて飲食店に通いつめるほど。男性キャラクターでありながら非常にシオンへの初期好感度が高い。
声 - ちび
1st。エルフ族。女性ということを隠して男性として振舞っている。身体のラインを隠すためにややだぼっとした服装をしていることが多い。個性的な他のメンバーに比べると、比較的常識人でルーファスに近い性格。自分の意見をはっきり言えず、他人に振り回されることが多いが、本人はあまり気にしていないらしい。実はルーファスを慕ってこの学園にやって来ており、シンシア、ミュリエルと並んで初期好感度が高い。
声 - 小清水智子
誕生日 5月20日 / 年齢 16歳 / 血液型 O型 / 身長 156cm / 3サイズ B78・W57・H83
1st。怪しげな「魔法のステッキ」を持つ少女。「魔法が全て」という価値観を持つ魔法マニア。手に負えない魔法まで使いたがる。知識ばかりが先行しており、本人の魔力はそれほど高くない。ただし、魔法知識が抜群に高い。やや自己中心的で、ルーファスのスカウトを受けたときにすぐアカデミーマスター(部長)になろうとするなど、身の程知らずな行動をとることがある。内向的なミュリエルと相性が良い。
『ウィザーズハーモニー2』の製品に同梱されているアンケートを返送した全員に送られた特典。
声 - 阿久津智美
誕生日 10月8日 / 年齢 19歳 / 血液型 A型 / 身長 177cm / 3サイズ B86・W60・H87
3rd。ルーファスとは元クラスメートで腐れ縁。嘘や曲がったことが嫌いで「凛々しい」「かっこいい」といった表現が似合う少女。さっぱりした大和撫子。長身(177cm)で、彼女もアリシアと同じくルーファスよりも年上である。刺繍や料理といった女の子らしい趣味を持っているが、自分の容姿とのギャップを気にして周囲に知られまいとしている。
今作では任意に同時に育成する人数が3人となっている。インターフェースも一新されており、主人公と8人のスケジュールや主人公と選んだ3人の相関図(相関図は友人の能力値表示に部分切り替えが可能)をメインに設置されるようになった。
これにより一覧として見やすくなったが、続いて主人公たちの行動選択に移るため、「友人選択、週間行動選択」と二段構えになっている。
変更点は従来の詳細な魔法ステータスなどが一括して魔法スキルとされているなど、呼称が変更されている。
基本的なシステムは前作とあまり変わらない。まず主人公シオンは春休みの間に5人の新入部員をスカウトしなければならない(勧誘パート)。シオンは集めたメンバーとともにウィザーズアカデミーの再出発を図ることとなる。
しかし、アカデミーを勝手に敵視している生徒会長・カインからは、年3回行われる魔法試験(各々の火・水・風・土の4つの魔法能力を審査し、ランク付けしていく試験)をアカデミーメンバー全員が受験し、それで一定以上の成績を収めなければ即廃部という条件を突きつけられる。カインの企みを阻止し部を存続させるため、シオンはメンバーたちと魔法能力の研鑽の日々を送ることになる(育成パート)。
そして、そのなかで突然事件に巻き込まれることもあり、その際は自らの魔法能力を生かして事件解決を図ることとなる(イベントパート)。
前作『ウィザーズハーモニー』から5年後の冒険者養成学校「スキル・アンド・ウィズダム」 (SKIL&WIZDOM) が舞台。「ウィザーズアカデミー」のアカデミーマスター、シオン=シェルナーグの召喚魔法の実験の失敗が原因で、他の部員全員が退部。アカデミー顧問・シリウス教官の悪行に業を煮やしていた学園生徒会はこれを理由に廃部にしようとするが、シリウス教官の猛反対に遭い、新学期開始から一週間以内に5人以上の部員を集めて、年3回の魔法検定試験に一定以上の成績で合格することを存続の条件にした。
声 - 小沢真美
誕生日 8月4日 / 年齢 17歳 / 血液型 A型 / 身長 159cm / 3サイズ B85・W59・H88
2nd。教会の娘で、信仰心が厚い。生真面目な優等生タイプのキャラクター。その反面、ほとんどを教会で過ごしてきた影響から、世間知らずを通り越した天然ボケが激しく、冗談が通じない。基本的には穏やかな性格をしており、滅多なことでは怒らない。帽子集めが趣味。シンシアやラシェルと仲が良い。
声 - 奈月
1st。炎の民出身の青年。次期族長である兄を尊敬しており、その兄を越えることを目標としている。人付き合いが苦手で、ついそっけない態度を取ってしまう。ぶっきらぼうではあるが決して内向的や人見知りなわけではなく、普通に人との関わり方がよく分からないだけである。そのためゲームが進むと、ルーファスに対して気さくに話しかけられるようになっている。シンシアと仲が良い。
声 - 浜口正勝
純和風の青年。女性ばかりの家庭で育った為か、古風で礼儀正しく、温和な性格。武士と貴族を足して2で割ったような雰囲気を持つ。真面目な性格で、日々、剣の鍛錬を欠かさず行っている。エンディングを見る限りでは女性にモテているようだが、その割に特に仲の良いキャラクターがいない。
誕生日 9月2日 / 年齢 17歳 / 血液型 ? / 身長 163cm / 3サイズ B79・W56・H77
2nd。イベントに出現する病弱な少女。ある秘密を持っており、「病弱」である事もその秘密と関係している。隠れヒロインの一人で、条件を満たす事でエンディングに到達できる。
声 - 水野愛日
人間:女:14歳
歌手を目指す少女。ミーハーで噂好き。
声 - 広瀬由佳理
学年:2nd / 性別:女 / 種族:人間
純和風の箱入りお嬢様。のんびりでマイペースな性格で、ワンテンポずれた感覚の持ち主。
声 - 桃井はるこ
エルフ:女:16歳
関西弁を使うエルフ。孤児院出身でお金にがめつく、儲けのためには手段を選ばないが、人情に篤く結局損をすることも。いつか自分の店を持つことが夢。
声 - 高瀬麻里子
人間:女
ルポライターで、ナッツの先輩。何かとナッツをこき使う。