タンパク質立体構造分類データベース
SCOPは、1994年にイギリスのケンブリッジにあるタンパク質工学センター(英語版)とMRC分子生物学研究所で作成された。これは、2010年に閉鎖されるまではタンパク質工学センターのAlexey G. Murzin氏と彼の同僚によって維持され、その後は分子生物学研究所に引き継がれた。
SCOPバージョン1.75の作業は、2014年に終了した。それ以降、カリフォルニア大学バークレー校のSCOPeチームは、自動化された方法と手動の方法を組み合わせて、互換性のある方法でデータベースを更新する責任を持っている。2019年4月時点で、最新リリースはSCOPe 2.07(2018年3月)である。
2020年初頭、新たなデータベース「Structural Classification of Proteins version 2(SCOP2)」がリリースされた。新しいアップデートの特徴は、データベーススキーマの改善、新しいAPIの導入、最新のウェブインターフェイスである。これは、SCOPバージョン1.75以降のケンブリッジグループによる最も重要な更新であり、SCOP2プロトタイプからのスキーマの進歩に基づいている。
2020年1月にリリースされたSCOPバージョン2には、SCOPバージョン1.75での3,902ファミリーと1,962スーパーファミリーと比較して、5,134ファミリーと2,485スーパーファミリーが含まれている。その分類レベルは、504,000以上のタンパク質構造を表す41,000以上の非冗長ドメインを編成している。
2014年に公開されたタンパク質ドメイン進化的分類データベース(Evolutionary Classification of Protein Domains、ECOD)データベースは、SCOPバージョン1.75のSCOPe拡張版に類似している。互換性のあるSCOPeとは異なり、「クラス - フォールド - スーパーファミリー - ファミリー」階層を「アーキテクチャ - X - ホモロジー - トポロジー - ファミリー」(architecture-X-homology-topology-family、A-XHTF)分類に変更し、最後のレベルは主にPfamによって定義され、また未分類の配列についてはHHsearch(英語版)クラスタリングによって補完される。ECODは、3つの後継システムの中で最も広くPDBを網羅している。つまり、すべてのPDB構造を網羅し、隔週で更新されている。Pfamへの直接マッピングは、Pfamのキュレーターが「クラン」(clan)分類を補足するために、ホモロジーレベルのカテゴリーを使用する際に有用である。