崖の上のポニョ
声 - 天海祐希
ポニョの母で、フジモトの妻。フジモトにとって頭が上がらない存在である。公式設定では海なる母とされており、海全体の女神のような存在。海中での光り輝く姿を見た船員らからは「観音様」と呼ばれていた。大きさを人間大から大型船超まで自由自在に変えることが出来ていて、ポニョ曰く「とても怖い」。神であるため、美しい容貌のまま何時までも歳を取らない。フジモトとは対照的にポニョの人間への興味を支持しており、ポニョからもよく慕われている。ポニョは彼女の血を引いているため、強い魔力を持っている。
また、公式設定では、正体はチョウチンアンコウであり、他にも男がいるとされている。チョウチンアンコウの交尾はオスがメスに噛み付き、一体化するため、他の男はグランマンマーレに吸収されたか別に暮らしていると考えられる。
人魚姫 - 映画全体のモチーフとなった。
ニーベルングの指環 - ポニョの本当の名前の由来となったブリュンヒルデが登場する。宮崎は映画の構想中に楽劇『ニーベルングの指環』4部作の2作目「ワルキューレ」を聞いていたとのこと。また、映画ではワルキューレの第3幕の音楽「ワルキューレの騎行」を模した曲が使用されている。なお、同曲はフランシス・コッポラの映画『地獄の黙示録』でも使用されている。
ポンポン船 - この映画のキーアイテムである。
ノーチラス号 - フジモトが乗り組んでいた潜水艦。本編には登場しない。
フジモトの乗っている鰭がついた船はカレル・ゼマンの『悪魔の発明』から。
鞆の浦 - この映画の舞台のモデルになったと言われている、広島県福山市の観光地。スーパー「2TOMO(鞆の津)」、「本瓦造船本社工場」、「沼名前神社」の幟、鞆の浦観光鯛網を髣髴とさせる場面などが劇中に登場する。鞆の浦埋立て架橋計画問題では、宮崎は「賛成派、反対派という立場では臨みたくない」と発言を避けてきたが、広島地裁判決での住民勝訴について「開発でケリがつく時代は終わった」とコメントを寄せた。
チキンラーメン - 袋麺を椀に入れ、熱湯を注いで3分。具材はネギ、ゆで卵、ハム。1958年発売。
スカイ・クロラ The Sky Crawlers - 鈴木敏夫の提案で同時期に公開した映画。ポニョが海を、スカイ・クロラが空を描き対比させている。
三菱・ミニカトッポ - リサの愛車。他の車種ではないかとの意見も存在する。