三条坊門殿
足利尊氏・義詮の京都復帰後、義詮は三条坊門殿を再建せずに仁木頼章の邸宅などを利用していたが、義詮が2代将軍に就任した後の貞治4年(1365年)2月11日になって、元の三条坊門殿の東隣に造営した新しい邸宅に移り住み、以後ここが三条坊門殿と称されるようになった。一方、直義以来の旧三条坊門殿の跡地には直義の霊を「大倉二位明神」として祀ることと新しい三条坊門殿の鎮守としての目的を有した三条坊門八幡宮が造営され、貞治6年(1367年)9月28日には、三宝院光済が三条坊門八幡宮別当に補任された。これが現在の御所八幡宮の起源と考えられている。
新しい、三条坊門殿は義詮の子3代将軍足利義満が新たに室町殿(花の御所)を造営して、永和4年(1378年)に室町殿に移転するまで用いられた。以後、義満は室町殿に居住し、出家後は子の4代将軍義持に室町殿を譲って、自らは北山殿を新たに造営して移り住んだ。一方、室町殿移転以後、三条坊門殿は用いられずに荒廃していった。ところが、義満と不仲であった義持は、義満没後の翌年である応永16年(1409年)になって義詮の先例に倣って三条坊門殿を再興して移り住んだ。