フジテレビの深夜アニメ枠
フルメタル・パニック? ふもっふ(2003年8月 - 11月)
放送当時に発生した事件の影響で未放送分あり。後にCSではフジテレビ721やAT-Xで、2008年にはBS11と独立局(後にキッズステーションでも放送)などで全話放送。
クロノクルセイド(2003年11月 - 2004年6月)
GANTZ 〜the first stage〜(2004年4月 - 6月)
全話完全版が後日AT-Xにて視聴年齢制限付きで放送された。
GIRLSブラボー first season(2004年7月 - 9月)
当時のフジテレビが表現規制を突如厳格化した影響もあり、続編『GIRLSブラボー second season』はWOWOW(現:WOWOWプライム)にてR-15指定で放送された。
阿貴的家族 アークエ・ファミリー全員集合!(2001年10月10日 - 2002年9月18日) - 2時05分枠
台湾アニメ。5分枠。
ラーゼフォン(2002年4月 - 9月) - 1時55分枠
また、『クロノクルセイド』は全24話(毎週1話ずつ放送すれば約6ヶ月間で放送終了)という話数に対し、2003年11月25日 - 2004年6月9日の放送に29週間(7ヶ月強)かかった(途中、改編期を挟んだ都合で放送枠の移動あり)。同作を含む火曜未明(月曜深夜)の番組枠においては、2003年1月 - 2004年6月の6クール(1年半)の間に5クール(1年3ヶ月)分の作品しか放送出来なかった。
『あにめ缶』レーベルは約1年で消滅し、2004年9月の『GIRLSブラボー first season』と『サムライチャンプルー』の放送終了をもって、フジテレビの深夜アニメ枠自体も一時消滅した。
2005年4月には新たな深夜アニメ枠として、金曜未明(木曜深夜)に『ノイタミナ』枠を創設し、当初は女性向けの作品を中心にラインナップするなどしてイメージを一新させた他、それまでの関東ローカル主体の放送から系列局にもネット局を順次拡大している。また、同年10月には『ノイタミナ』とは別に日曜未明(土曜深夜)にも番組枠が設けられ『DO!深夜アニメ劇場』枠として、2008年10月には古巣の木曜未明(水曜深夜)に移動した上で『NOISE』枠として、2009年9月までの計4年間に渡り2本体制の深夜アニメ枠が展開された。
永久少年 Eternal Boys(2022年10月11日 - 火曜 2:20 - 2:35)
半年間の『ノイタミナ』枠のみの体制を経て、2010年4月 - 2015年3月の5年間は『ノイタミナ』枠自体が2本体制に拡大されたが、同年4月以降は久々に1本体制に戻った。
2018年10月には、フジテレビ系のBS局であるBSフジも製作に参加する『+Ultra』枠が創設。『NOISE』枠の最終作品である『青い花』が終了した2009年9月以来、9年振りに古巣の木曜未明(水曜深夜)の深夜アニメ枠が復活した。2022年現在は一部の例外を除いて、『ノイタミナ』と『+Ultra』の2レーベル・2本体制で作品を継続して放送している。2022年10月には2004年9月以来、実に18年振りに火曜未明(月曜深夜)2時台の深夜アニメが復活する。
BSフジでも『ノイタミナ』などの各枠を含む一部の作品(製作に参加している『+Ultra』枠については全作品)が放送されている他、フジテレビ系の専門チャンネルであるフジテレビワンツーネクストの各チャンネル(主にフジテレビ721→フジテレビTWO)や、アニマックスおよびAT-X(テレビ東京系)などのアニメ専門チャンネルでも遅れて放送されることがある。