ミシェル・アフラク
1963年10月に第6回党大会が開催され、アフラクは、かろうじて事務総長の地位は維持したが、シューフィーとアリ・サリーフ・アッ=サディ率いるマルクス主義勢力が最大勢力となった。また、アフラクの同期は役職を得られず、例えば、ビータールは民族指導部の席を失った。古くからの市民中心の指導層に代わり、軍人中心の指導層が徐々に成長していった。シリアからはジャディードとアミーン・アル=ハーフィズ、イラクからはアフマド・ハサン・アル=バクルとサーリフ・マフディー・アンマーシュが、民族指導部に選ばれた。軍事委員会は市民指導者に取って代わりつつあったが、それに対する批判にも敏感であり、プロパガンダパンフレットには社会主義の再建が成し遂げられたならば、市民と軍人の共生が重要であると書いた。
当時外部からは、バアス運動はシリアとイラク両国で成功しているかのように映っていたが、イラク・バアス党は既に権力を失いつつあった。ナセル主義者のアブドッサラーム・アーリフ大統領や軍と対立が起き、1963年11月イラククーデターでイラク・バアス党は政権から追放された。
アラブ社会主義バアス党のスローガン「統一、自由、社会主義」は、アフラクのバアス主義思想の主要な信条である。統一の意味は、アラブ人が一つの「アラブ国家」のもとに統合することである。アフラクはアラブ国家の形成が、直接アラブの発展に結びつくと考えていた。つまり、アラブ国家の形成が、アラブ・バアス(再生)を主導するということである。統合されない限りはアラブ諸国は減退する一方で、その国々は「封建制、セクト主義、分離主義、反動主義」という病気を抱え込んでいるという主張をした。アフラクは、アラブを治療する唯一の方法は革命運動であるとした。アフラクは、マルクス主義の影響を受けており、アラブ国家の形成にも前衛党が必要であると考えていた。
自由もバアス主義の要素の一つだが、自由民主主義の意味としては使っていなかった。アフラクは思想の多元主義を強く支持していたが、逆説的にではあるが、投票における多元主義は認めていなかった。理論上、バアス党は、移行期間中は人々に相談せずに統治を行うとしていた。なぜなら、党が正しいことを知っているとしていたからである。
社会主義であるが、これも西欧の社会主義とは違う、アラブ社会主義を掲げていた。アラブ社会主義は彼が作った造語で、社会主義の変異体とした。アフラクは社会主義はムハンマド時代のアラブ社会に原型があったとする。アラブ社会のポイントは、国家介入の強弱や経済的平等ではなく、アラブ人を抑圧と奴隷化から守り、徐々に自立した個人を作り出すことであった。
アフラクは、マルクス主義の弁証法的唯物論に批判的であった。アフラクは共産主義と資本主義のどちらにも批判的だったが、冷戦下で2つの陣営が均衡した状態にあるのが、権力の分立が成り立つので望ましいと考えていた。
バアス党とナセル主義者の関係は悪化していた。バアス党がイラクとシリアで政権に就いたことで、ナセルのアラブのリーダーとしての資格を弱めることになった。ナセルはバアス党への辛辣なプロパガンダ攻撃をはじめた。アフラクは、ナセルによって、「ローマ皇帝の傀儡」や「キプロス人のキリスト教徒」などと喧伝された。アフラクは怒りをみせ、反ナセル主義者となった。その結果、ナセルとの関係修復を目指すビータールと仲間割れすることになった。
ナセルとの対立は、バアス党の旧来の指導者層を弱体化させ、軍事委員会に拡大の余地を持たせた。軍事委員会は理論的指導を模索するため、かつてのようにアフラクのもとへ向かうことはせず、ハムード・アッ=シューフィー率いるマルクス主義派と連絡を取った。バアス党シリア地域大会では、軍事委員会はアフラクや旧来の指導者の穏健な社会経済政策に反対し、指導者層と対等な地位にあることを証明した。特にアフラクについては、古い世代で脆弱になっており、指導者の地位から外すべきだと考えていた。