保守本流
平成研究会(茂木派)
宏池会(岸田派)
志公会(麻生派)
有隣会(谷垣グループ)
その一方で、金丸信ら竹下派を舞台とする東京佐川急便事件、宏池会の議員が関与した共和汚職事件など疑獄事件が繰り返され、政官財トライアングルの癒着、公共事業における談合、腐敗が明らかになり、利益誘導政治が批判された。また最大派閥竹下派による「数の支配」は厳しい批判の対象となり、とくに竹下、金丸、小沢一郎の三者による政治指導は金竹小と呼ばれた。この経世会支配は、党内においても反発を呼び、加藤紘一(宮澤派)、山崎拓(中曽根派)、小泉純一郎(三塚派)らが派閥横断的な提携関係により経世会支配に対抗しようとした(YKK)。こうして政治改革が最大の課題となり、これをめぐる混乱のなかで保守本流の流れを汲む2派閥は、経世会は政治改革をめぐって小沢一郎、羽田孜らが離脱、改革フォーラム21を結成(羽田派)、ついで離党した後、小渕恵三を会長とする平成研究会となり、橋本龍太郎、小渕恵三の2代の総理大臣を出した。また宏池会は宮澤喜一の後継会長をめぐって、河野洋平、麻生太郎らが離脱、ついで派閥会長加藤紘一が支持率の低迷する森喜朗内閣の倒閣を狙ったいわゆる加藤の乱で、古賀誠を中心とする古賀派と加藤に従った小里貞利ら小里派(のちに谷垣派)に3分裂した。また森喜朗の後継首相、小泉純一郎は旧経世会の支持基盤である郵政事業の解体、道路などの公共事業の削減を進めると同時に、派閥最高幹部である野中広務、青木幹雄のうち参議院議員を掌握する青木と提携することで平成研の分断をはかり、さらに日歯連闇献金事件をきっかけに橋本が政界引退を余儀なくされ、有力な総裁候補がいないこともあり平成研(津島派)は弱体化した。