日豊本線
宮崎線
1913年(大正2年)10月8日:谷頭駅 - 都城駅間が宮崎線として開通(現在の吉都線が全通)。都城駅が開業。
1914年(大正3年) 2月11日:都城駅 - 三股駅間が延伸開業。三股駅が開業。 8月15日:三股駅 - 山之口駅間が延伸開業。山之口駅が開業。
1915年(大正4年)3月20日:清武駅 - 宮崎駅間が開業。大淀駅が開業。都城駅方面、佐伯駅方面ともに未接続のため宮崎県営鉄道に営業を委託。
1916年(大正5年)3月21日:山之口駅 - 青井岳駅間が延伸開業。青井岳駅が開業。 4月10日:清武駅 - 大久保駅間が延伸開業。大久保駅が開業。 10月25日:青井岳駅 - 清武駅間が延伸開業し、宮崎線吉松駅 - 宮崎駅間が全通。田野駅が開業。大久保駅が廃止。
宮崎県営鉄道妻線
1913年(大正2年)12月15日:宮崎駅 - 福島町駅間が宮崎県営鉄道妻線として開業。広瀬駅(初代)・次郎ヶ別府駅・蓮ケ池駅(初代)・花ヶ島駅が開業。
1914年(大正3年) 4月26日:福島町駅 - 佐土原駅(初代・後の西佐土原)間が延伸開業。 11月20日:宮崎駅 - 川口駅間の貨物線が開業。
1917年(大正6年)9月21日:宮崎県営鉄道妻線の買収により、吉松駅 - 宮崎駅間を宮崎本線とし、宮崎駅 - 広瀬駅 - 妻駅間が妻軽便線になる。
停車駅 普通...全旅客駅に停車 快速(上りのみ運転)...●印の駅は停車、↑印の駅は通過。 特急(ソニック・にちりん ほか)...各列車記事参照
日出町は中山香駅 - 杵築駅間でも通るが、この間に駅はない。
JR九州の直営駅:行橋駅、中津駅、別府駅、大分駅、佐伯駅、延岡駅
簡易委託駅:築城駅、椎田駅、東中津駅、今津駅、中山香駅、大神駅、日出駅、暘谷駅、豊後豊岡駅、東別府駅
上記以外の駅はJR九州サービスサポートの業務委託駅もしくは無人駅である。
また、「きりしま」、「にちりん」、「ソニック」のルートを踏襲した全席グリーン車の特急「36ぷらす3」が2020年10月16日より運行されている。
日豊本線を走る昼行特急列車は以下のとおり。途中駅発着列車は一部省略。
ソニック:(博多駅 - 鹿児島本線直通) - 小倉駅 - (一部)中津駅 - 大分駅 - (一部)佐伯駅
にちりん:(一部)小倉駅 - 大分駅 -(一部)佐伯駅 - 南宮崎駅 - ((一部)宮崎空港駅)
にちりんシーガイア:(博多駅 - 鹿児島本線直通) - 小倉駅 - 南宮崎駅 - (宮崎空港駅)
ゆふ・ゆふいんの森:別府駅 - 大分駅 - (久大本線方面直通 - 博多駅)
九州横断特急:別府駅 - 大分駅 - (豊肥本線直通 - 熊本駅)
あそぼーい!:別府駅 - 大分駅 - (豊肥本線直通 - 熊本駅)
ひゅうが:延岡駅 - 南宮崎駅 - (宮崎空港駅)
きりしま:宮崎駅 - 鹿児島駅 - (鹿児島中央駅)
海幸山幸:宮崎駅 - 南宮崎駅 - (日南線直通 - 南郷駅)
36ぷらす3:(鹿児島中央駅) → 宮崎駅、(宮崎空港駅) → 宮崎駅 → 別府駅、大分駅 → (門司港駅 → 博多駅)
西大分駅 (0.0km) - (貨)大分港駅 (2.0km)