支那方面艦隊
支那方面艦隊に戦力が集中していることを憂慮した軍令部は、支那方面艦隊から従来の三個艦隊を除き「支那方面艦隊ハ本事変中対支作戦(警備)ニ専念セシムルノ要アルハ勿論 近キ将来ニ於テ第三国ト開戦スル場合ト雖モ 対支警備並ニ処理上其ノ大部ヲ支那方面ニ常駐スルノ要アルモノト認ム 従ッテ聯合艦隊ト別個ノ艦隊トシ 且其ノ内容ヲ実情ニ即セシムルヲ主眼トシ編制スルヲ要ス」と結論づけた。さしあたり第四艦隊を独立艦隊とし、第三艦隊・第五艦隊・第六艦隊は有事の際に新編することになった。 1939年(昭和14年)11月15日附で実施された編制替で、支那方面艦隊(司令長官及川古志郎大将)隷下の三コ艦隊は次のように部隊名称を変更した。
第三艦隊 ⇒ 第一遣支艦隊(1CF)
第四艦隊 ⇒ 第三遣支艦隊(3CF)
第五艦隊 ⇒ 第二遣支艦隊(2CF)
一方で、第一根拠地隊を上海方面根拠地隊に改編、第一聯合特別陸戦隊・横一特・佐世五特を統合して青島方面特別根拠地隊を新編、第二根拠地隊と第三防備隊で広東方面特別根拠地隊を新編、第三根拠地隊・横二特・第一防備隊で厦門方面特別根拠地隊を新編、第四根拠地隊を海南島根拠地隊へ改編、第四防備隊を漢口方面特別根拠地隊に改編するなど、陸上戦力を大幅に増強した。
1940年(昭和15年)5月1日、支那方面艦隊司令長官は及川中将から嶋田繁太郎中将に交代した。
第二遣支艦隊・・・副島大助中将 嵯峨、舞子、初雁 香港方面特別根拠地隊 厦門方面特別根拠地隊
海南警備府部隊・・・松木益吉中将 第254海軍航空隊 海南警備府 横須賀鎮守府第4特別陸戦隊、舞鶴鎮守府第1特別陸戦隊、佐世保鎮守府第8特別陸戦隊 第15、16警備隊
上海海軍特別陸戦隊
上海方面根拠地隊 鳥羽、安宅、宇治、興津 栗、栂、蓮 舟山島警備隊、南京警備隊、上海港務部
揚子江方面特別根拠地隊 須磨、多々良、勢多、堅田、保津、熱海、二見、伏見、隅田、比良、鳴海 九江警備隊
青島方面特別根拠地隊 首里丸
附属:第256海軍航空隊