海禁
日明貿易における利潤は通常10倍程度であったと推定されているがこの時期には100倍に上ったともされ、沿海部住民は家業を棄て密貿易に走り、漁船は交易品を積んで沖合で密貿易船と接触、大商は様々な口実を設けては大船を建造して出海し、郷紳達は密貿易船に自身の旗を掲げて政治力を楯に官憲の干渉を防いだ。多くの社会的階層に属する者が参加して密貿易は急速に大規模化し、王直や徐海ら頭目が束ねる大勢力も出現した。舟山諸島双嶼港や章州月港などの中国東南沿海部各地には密貿易拠点が出現し、博多商人やポルトガル人なども来航する国際貿易港となっていた。
明朝はこれらの者達を倭寇(後期倭寇)と見なしていたがその大半は中国人であった。彼等は密貿易に止まらず武装して官兵に抵抗し、時に各地を襲撃して回った。沿海部住民のうち直接密貿易に関わらない者も物資の提供・貨物の運搬等各種サービスを通じてその恩恵を受けており、倭寇に通じて行動を共にした。こうした事態に明朝は1547年に朱紈を浙江巡撫に任命し厳格な海禁を実施させた。朱紈は双嶼港を襲撃して壊滅させ、李光頭や許棟を逮捕処刑するなど海上粛清を断行し、東南沿海地区を閉鎖した。しかし海商・郷紳等と気脈を通ずる中央官僚の弾劾を受けて1549年に罷免され、自殺に追い込まれる。朱紈失脚後、強圧的な取り締まりに対する民衆の反発は嘉靖大倭寇という形で現れ、後期倭寇は最盛期を迎え各地で猛威を奮った。
しかし永楽帝が没し、明朝の政策が財政緊縮・対外消極的に転ずると海禁にほころびが出始める。土木の変に象徴されるモンゴルの脅威に北辺防備へ注力を迫られる中、国家財政を圧迫された明朝は北辺を除く朝貢貿易に関し「厚往薄来」から経費削減へ政策の転換を余儀なくされる。朝貢国は貿易の規模や貢期(入朝頻度)、附搭貨物買取価格を抑制され、さらに弘治年間(1488年 - 1505年)からは関税まで徴収された。こうした明朝の姿勢は朝貢国の離反を招き、15世紀末時点で入朝を続ける国は日本・朝鮮・琉球等わずか6ヶ国にまで減少していた。1509年からは、広州に外国商船の来航が認められたことから朝貢貿易はさらに衰退していった。洪武期に民間貿易が禁止されてこのかた、在外華人が安全に貿易を行うためには朝貢貿易への参加が必要不可欠であり、朝貢貿易は少なからず彼等により支えられていた。しかし明朝が関税収入目当てに広州を開港すると、煩雑な制約を受けずに合法的に貿易を行う道が開かれ、在外華人は朝貢貿易から撤退していった。
朝貢貿易の衰退とともに密貿易が盛んになっていった。15世紀半ばより海禁を犯し出海する者は増加していたが、15世紀後半より郷紳層が参加を始め、組織化も進んでいた。また出海者の行動も凶暴化を始め、密貿易に止まらず海賊行為も行う者も出現していた。16世紀に入ると中国沿海部では商品経済が急速に発展し、商品作物の栽培や手工業が盛んになり、生産された商品の多くは密貿易を通して海外へ輸出されていた。