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地下鉄中央線とJR大阪環状線の連絡は、地下鉄とJRのそれぞれのコンコースを歩廊橋で結ぶ形となっているが、岩村潔『大阪市地下鉄の歩み』によると、地下鉄弁天町駅の設計時、大阪市交通局は大阪環状線のホームから直接地下鉄のホームへと連絡できるような歩廊橋を計画していた。日本国有鉄道(国鉄)に提出された設計図によれば、大阪環状線の内・外回り両ホームから南側へ20メートルにわたり幅員6.5メートルの連絡通路が延び、階段を上った先で両通路が合流、大阪環状線を跨いで幅員12メートルの通路となるものであったが、この計画は国鉄側が反対したため採用されなかった。なお、設計図は大阪市公文書館に保管されている。
なお、2025年日本国際博覧会(大阪・関西万博2025)が、2025年に夢洲を中心とした関西地方で開催されるにあたり、中央線が夢洲に乗り入れる関係もあり、JRの南北改札の間に新駅舎・改札口を設けるほか、段差のないバリアフリータイプの連絡通路を整備することで、JRと大阪メトロの接続を強化する事を目指している。万博開催までに工事を完成させる予定である。
※長らくのりば番号が存在しなかったが、2006年10月中にのりば番号が付与された。
「大阪環状線改造プロジェクト」の一環として、2015年3月22日からアメリカ民謡の「線路は続くよどこまでも」が発車メロディとして使用されている。かつて駅前に交通科学博物館があったことに因んでいる。