微生物生態学
微生物は17世紀から研究されてきたが、この研究は生態学的な視点というよりは、主に生理学的な視点から行われていた。たとえば、ルイ・パスツールとその弟子たちは、陸と海の微生物分布に興味を持っていた。マルティヌス・ベイエリンク(Martinus Beijerinck)は、環境から微生物を研究する基本的な方法である集積培養法を発明した。彼はしばしば、「すべてが至る所にあるが、環境がこれを選択する('everything is everywhere, but, the environment selects')」という微生物の生物地理学的考えを表す文句で誤って引用されることがあるが、本来これはローレンス・バース=ベッキング(Lourens Baas Becking)によって述べられた言葉である。セルゲイ・ウィノグラツキー(Sergei Winogradsky)は、医学的文脈の外で微生物を理解しようと試みた最初の研究者の1人であり、微生物生態学に取り組んだ最初の1人である。彼は化学合成を発見し、その過程でウィノグラツキーカラムを開発した。
一方でバイジェリンク(Beijerinck)とウィンドグラツキー(Windogradsky)は、微生物の生息地やその生態学的相互作用ではなく、微生物の生理学に焦点を当てた。現代の微生物生態学は、ウシ第一胃の生態系を調査したロバート・ハンガテ(Robert Hungate)と同僚たちによって開始された。第一胃の研究でHungateは嫌気性微生物を培養する技術を開発し、また環境中に生息するそれぞれの微生物種や異化経路がどの程度相対的に寄与しているのかを調べる定量的アプローチを開発した。