アイマン・ザワーヒリー
1994年以降、ジハード団内部の抗争が激化、ザワーヒリーはスーダンを離れ東アジアや東南アジアを回った。1996年にはチェチェンに入るがロシア国境を越えたところで逮捕され翌年釈放された。
ザワーヒリーらはアルカーイダの拠点があったアフガニスタンのジャラーラーバードに入り、両者は統合された。1997年にはイスラム集団が起こしたルクソール事件にも関与した。この事件でザワーヒリーは1999年にエジプトの軍事法廷で被告人不在のまま死刑判決を受けた。1998年2月23日、ユダヤ・十字軍に対する聖戦のための国際イスラム戦線の名前で、ビン・ラーディン連名でファトワーを宣告した。同年6月24日、ビン・ラーディンと共にアルカーイダの会合を開催した。同年8月、ケニア・タンザニアでアメリカ大使館爆破事件を起こし、この頃から国際的な注目を集めるようになった。2000年に米艦コール襲撃事件を起こすと、ビン・ラーディンとザワーヒリーはアメリカの報復を逃れるためにアフガニスタンのカーブルに移動した。