2000年代のJRダイヤ改正
九州で筑豊本線・篠栗線の電化に伴う改正が行われた。
博多駅 - 直方駅間に特急「かいおう」が設定された。筑豊地区での運転系統の再編が行われた。817系も運転を開始した。50系客車による定期各駅停車列車の運行が廃止された。
電化された筑豊本線の折尾駅 - 桂川駅間および篠栗線に「福北ゆたか線」、非電化区間の若松駅 - 折尾駅間に「若松線」、桂川駅 - 原田駅間に「原田線」の愛称がそれぞれ与えられた。
これに伴い、後藤寺線から筑豊本線・篠栗線方面への直通列車が消滅した。
北海道・東日本 でダイヤ改正。
和田岬線が電化され、列車の増発が実施された。
常磐線ではE653系が追加投入(4両編成1本)され、特急「フレッシュひたち」の上下各3本が7両編成から11両編成に増強された。
山手線では4月17日にE231系500番台に統一され、205系が撤退した。
越後線に内野西が丘駅が開業した。
日豊本線の小倉駅 - 中津駅と佐伯駅 - 延岡駅間の普通列車でワンマン運転が開始された。これに合わせて、佐伯駅 - 延岡駅間の普通列車は気動車(キハ220形)に置き換わり、大分駅 - 佐伯駅間の一部普通列車も出入庫の関係で気動車での運転に変更された。
東日本・東海・西日本でダイヤ改正。
西日本では、奈良駅周辺の高架化工事進捗(大和路線部分が高架線に切り替え)に伴い、大和路線・奈良線・桜井線などでダイヤ修正を実施した。同時にJR宝塚線に223系6000番台が投入された。
北海道で改正。旭川方面から新千歳空港方面へ直通するエル特急が「スーパーホワイトアロー」に変更された。
東日本では、東北本線(仙台地区)に国府多賀城駅が開業した。
青函トンネル内における北海道新幹線建設工事の本格化に伴い、津軽海峡線を経由する夜行寝台列車の削減や時刻変更を行ったほか、特急「オホーツク」の臨時夜行便が廃止された。
ダイヤ改正後も臨時列車として運転を続けていた夜行特急「まりも」も8月31日に廃止され、北海道内相互発着の夜行列車は消滅した。
札幌都市圏では、快速「エアポート」や普通列車を増発した。
西日本の紀勢本線でダイヤ改正。和歌山駅 - 紀伊田辺駅間の普通が朝晩を除いて御坊駅で系統分割され、御坊駅 - 紀伊田辺駅間を往復する列車として113系2両編成によるワンマン運転が設定された。
山陽新幹線で「ひかりレールスター」用の700系7000番台の所定の編成がそろったため、「ウエストひかり」の運転が終了した。これに伴い、0系のグリーン車が運用を離脱した。
九州新幹線が新八代駅 - 鹿児島中央駅(開業と同時に西鹿児島駅から改称)間で部分開業した。愛称名はそれまで在来線特急列車に使われていた「つばめ」が採用され、新八代駅で接続する連絡特急列車が「リレーつばめ」として新設された。これにより、並行在来線となった鹿児島本線の八代駅 - 川内駅間が第三セクターの肥薩おれんじ鉄道に転換された。これにより、この区間を走る特急は消滅した。
上越新幹線に本庄早稲田駅が開業し、越後湯沢駅まで16両が入るようになった。東北新幹線では仙台駅 - 盛岡駅間の定期列車は盛岡駅発着のMaxやまびこ2往復を除き、すべて時速275キロ運転のE2系とE3系に統一され、到達時間が短縮された。東北・上越新幹線では200系車両のF・H編成の全編成とK編成のうちリニューアル改造を受けていない編成は原則的にすべて定期運用から離脱した。