奉公衆
藤原南家乙麻呂流二階堂氏
曽我氏
肥田氏
大草氏
大舘氏
土佐田村氏
三上氏
進士氏
大原氏
垪和氏
長沢氏
葛山氏
湯川氏
竹原小早川氏
近藤氏
東常縁
毛利貞元
矢部定利
中条詮秀
遠山直景
三淵藤英
真木島昭光
川勝継氏
美濃佐竹氏
波々伯部氏
13代将軍足利義輝が殺害された永禄の政変後、阿波から14代将軍になった足利義栄には義稙以来の奉公衆に加えて義輝の奉公衆だった者が加わる一方、越前に逃れた足利義昭の将軍擁立を図る奉公衆もいた。義昭は織田信長の支援で15代将軍になったが、義栄に味方した奉公衆の多くは追放されたために、安見宗房のように新たに奉公衆に取り立てたり、奉公衆とは別に創設されていた足軽衆の整備が図られた(明智光秀も元は足軽衆の出身であったと考えられている)。
天正元年(1573年)、足利義昭は織田信長によって京都から追放されるが、義昭と行動を共にした奉公衆は全体の2割ほどであったと伝えられ、多くは信長に従ったとされる。また、そもそもの話として、義昭期の奉公衆に対する待遇の悪化と信長が彼らの保護策を義昭に求めたことも対立の一因として考えられている。義昭が京都から追放された後も将軍職は解任されておらず、身分の称号としては存在し続けていたものの制度としての奉公衆は完全に崩壊し、その称号自体も義昭が豊臣政権に従って将軍職を正式に辞任したことで廃止されることになった。
しかし、番の結束力は固さは幕府終末期まで続き、その後も明智光秀の中心的な家臣として石谷氏(斎藤利三)、肥田氏、進士氏など旧奉公衆が参加している。