振遠隊
しかし、慶応4年(1868年)、鳥羽・伏見の戦いで幕府軍が官軍に大敗したことを正月10日に知った長崎奉行・河津伊豆守祐邦は1月14日にイギリス船に乗船し、翌早朝には長崎を脱出して江戸に逃れ、隊は指導者を失った。
奉行が退去した後の長崎奉行所西役所には、土佐藩の佐々木三四郎や海援隊の者が集まり、遊撃隊の襲撃に備えた。一時両者の間に緊迫した空気が流れたが、薩摩藩の松方助左衛門が遊撃隊の下に赴いて説得したことで、遊撃隊と彼らとの戦闘は回避されることとなった。また、奉行の長崎退去を受け、長崎町年寄や各藩の聞役達は、朝廷から派遣される責任者が来るまでは長崎の地役人や駐留している諸藩の人間が申し合わせて、諸事をこれまで通りに取り図るという申し合わせをし、各藩兵や遊撃隊が市内の治安維持に当たることになった。
慶応4年(1868年)2月15日、九州鎮撫総督澤宣嘉が下向し、長崎裁判所が置かれ、奉行所の扱っていた事務を引き継いだ。それに伴い、遊撃隊は明治元年4月19日に振遠隊と名を改め、長崎裁判所に所属することとなった。