原生動物
伝統的には、
鞭毛虫綱(ミドリムシなど)
肉質虫綱(アメーバ、有孔虫など)
胞子虫綱(マラリア原虫など)
繊毛虫綱(ゾウリムシ、テトラヒメナなど)
が置かれてきた。鞭毛虫綱と根足虫綱をまとめて有鞭肉質虫綱などとしたものもある。胞子虫綱は後に細分された。
これらのほとんどは、現在では、いくつもの界に分散して分類されている。
鞭毛虫類には、光合成能のあるものも含まれており、これを植物性鞭毛虫と称していた。従ってそこには、実質的に、ほとんどすべての藻類にまたがるものが含まれていたことになる。同様に、今では繊毛虫類以外の分類群は、いずれも多系統であると考えられている。生物の分類を参照のこと。
1993年、キャバリエ=スミスは、ミトコンドリアを持つ真核生物である Metakaryota のうち、(ほぼ)単系統と思われた動物・植物・真菌・クロミスタを除いた残りの、(ほぼ)側系統を原生動物と定義し、8界説を唱えた。なお、残りの3界はアーケゾア・真正細菌・古細菌である。彼の原生動物は、クロミスタという大きなグループが含まれないものの、「進化した生物を除いた残り」というコンセプトは従来の原生生物に近い。