東京大学大気海洋研究所
海洋研究所は6研究部門16分野に加え、3つの附属施設、2つの学術研究船を有していた。また、気候システム研究センターは2研究部門6分野で構成されていた。気候システム研究センターの各研究部門は、主に大気海洋研究所の気候システム研究系へ受け継がれている。
研究部門 海洋物理学部門 - 海洋大循環分野、海洋大気力学分野 海洋化学部門 - 海洋無機化学分野、生元素動態分野 海洋底科学部門 - 海洋底地質学分野、海洋底地球物理学分野、海洋底テクトニクス分野 海洋生態系動態部門 - 浮遊生物分野、微生物分野、底生生物分野 海洋生命科学部門 - 生理学分野、分子海洋科学分野、行動生態計測分野 海洋生物資源部門 - 環境動態分野、資源解析分野、資源生態分野
附属研究施設 国際沿岸海洋研究センター - 沿岸生態分野、沿岸保全分野、地域連携分野 海洋科学国際共同研究センター - 企画情報分野、研究協力分野 先端海洋システム研究センター - 海洋システム計測分野、海洋システム解析分野
学術研究船
共同利用研究船 淡青丸(海洋研究開発機構運航)
共同利用研究船 白鳳丸(海洋研究開発機構運航)