TSV1860ミュンヘン
翌2000–01シーズンにはUEFAインタートトカップに出場し準決勝へ進出した。
この当時には元ドイツ代表のトーマス・ヘスラーやブンデスリーガ得点王となったマルティン・マックスらを擁していたが、2002-03シーズン終了後にヘスラーとマックスが退団すると2003-04シーズンは下位に低迷し、17位という成績で2部に降格した。
2005年にバイエルン・ミュンヘンと共にホームスタジアムをミュンヘン・オリンピアシュタディオンからアリアンツ・アレナへ移転した。2005-06シーズンはブンデスリーガ2部においても13位と低迷したが、新スタジアム効果により2部4位に終わった2004-05シーズンの2万人弱や現状1部での最後のシーズンとなった2003-04シーズンの2万8000人強を大幅に超える、ブンデスリーガ2部で1位となる4万2000人弱の平均観客動員を記録した。なお、このシーズンのTSV1860ミュンヘンの平均観客動員数はブンデスリーガ1部を含めても8位に入る好調さであった。
その後もブンデスリーガ2部に定着をしており、2005–06シーズンと2007–08シーズンのDFBポカールでの準々決勝進出が目立った成績となっている。
しかし、2016-17シーズンは16位となり3部3位とになったSSVヤーン・レーゲンスブルクとの入れ替え戦にも敗れ、1993年以来24年ぶりに3部へ降格。会長・CEOが引責辞任した。その後3部でのプレーに必要なライセンス費用の支払いを大株主が拒否したことから、6月9日にアマチュアリーグであるレギオナルリーガ (4部)へ降格処分を受けた。またホームスタジアムであるアリアンツ・アレナの使用契約を2017年7月12日付で解約したことが明らかになった。