南宮崎駅
島式ホーム2面4線と車両留置用側線7本を有する地上駅で、鉄筋コンクリート2階建ての橋上駅舎を有する。1階は食堂・トイレ、2階が改札口となっており、ホームとは跨線橋とエレベーターで連絡する。
JR九州サービスサポートが駅業務を行う業務委託駅で、みどりの窓口が設置されている。業務委託開始後から2017年9月までは構内進路の操作のため、駅長および本体の輸送職員が配置されていた。
1973年(昭和48年)製の継電器連動装置を使用し、PRC未導入のため構内の進路変更は全て手動で行われていたが、2017年10月1日に電子連動装置へ更新、2018年2月4日PRCが導入された。同時に2017年10月より接近放送が導入された。構内PRC化以降、宮崎乗務センター傘下の南宮崎指令がPRCの制御・日南線所属駅の駅管理を行うこととなり、駅長職廃止、本社職員の配置が廃止され完全な委託駅となった。
IC乗車カード「SUGOCA」の利用が可能(相互利用可能ICカードはSUGOCAの項を参照)で、簡易SUGOCA改札機が設置されている。SUGOCAはみどりの窓口や自動券売機(無記名式のみ)で購入できる。