小金井良精
父・小金井儀兵衛 - 長岡藩寺社奉行・町奉行・郡奉行等を歴任。
母・小金井幸子 - 小林又兵衛の長女、兄は小林虎三郎、弟の小林雄七郎は英学者・衆議院議員。
兄・小金井権三郎 - 時事新報記者、衆議院議員。
弟・小金井寿衛造 - 陸軍少佐、日露戦争で戦死。
先妻 - 病気により死別。
後妻・小金井喜美子 - 1870年(明治3年)11月29日 - 1956年(昭和31年)1月26日。森鷗外の妹にして随筆家・歌人。著書としては『鴎外の思い出』『森鴎外の系族』岩波文庫、訳詩集「於母影」他。
子・小金井良一 - 海軍軍医少将、昭和医専(現昭和大学医学部)教授。妻の小金井素子は哲学者桑木厳翼の娘。
長女・柿内田鶴子(1893年生) - 東大教授柿内三郎の妻。
子・星せい(精子) - 星一(星製薬社長、参議院議員)の妻。星新一(SF作家)は子、星マリナ(翻訳家)は孫。
帰国後9月11日より当時の解剖学教授であったヂッセに替わり、解剖学講義を行った。翌1886年(明治19年)東京帝国大学医学部教授に任じられた。
1888年(明治21年)に坪井正五郎と、その翌年の夏には妻・小金井喜美子と、北海道でアイヌの墓地から166の頭骨と副葬品を持ち去り、その骨格を調査して以来、人類学を専攻。アイヌ研究に基づいて、日本石器時代人はアイヌであるとし、坪井正五郎の唱えたコロボックル説を激しく批判した(コロボックル論争)。また、アイヌと日本石器時代人の研究過程で上顎と下顎の位置が現代人と異なる事に気づき「人間の咬合についての論文」を発表した。小金井の研究姿勢は「日本民族の人類学上の問題に専ら心を潜めて来ておられるけれども、その立場は飽くまでも解剖学者として立っておられた」と評され、あくまでも一解剖学者としての論理を貫いた。その後1893年(明治26年)から1896年(明治29年)には帝国大学医科大学学長を務め、1893年に日本解剖学会を創設した。1902年(明治35年)東京学士会院会員。1921年(大正10年)に定年を迎え、その後は教授職を退いていたが精力的に研究活動を続けた。