機動戦士ガンダム ガンダムVS.ガンダム
GN-001 ガンダムエクシア(2000/刹那・F・セイエイ/GN-002 ガンダムデュナメス)
当初はアナザールートにおいて、敵機やCPU僚機としてのみ登場するCPU専用機として登場していた。その後、9月1日の第6次解禁より使用可能となった。試作2号機に輪をかけた格闘機体であるが、射撃武器がビームライフルなので、ある程度距離が離れていても戦える(ただし、弾は3発)。またブーストの減り具合が少ないため比較的長時間の空中移動が可能。弱点は中距離戦だが、アシストであるデュナメスのGNスナイパーライフルのビームの速度がかなり速く、うまく使えば弱点を補うことも可能になる。
本作のCPU戦はまずノーマル、ハード、アルティメット、タイムアタック、アナザーからコースを選び、その後ノーマルは4ルート+ランダム、ハードは2ルート+ランダムからルートを選ぶ(アルティメット、タイムアタック、アナザーは一本道)。 ステージクリア後には戦果画面の左上に諸処の条件によって各種のマークが表示される。基本的にノーマルとアナザーは7ステージ、ハードは8ステージ、アルティメットは9ステージをクリア後にラストボスとの対決になるが、特定の条件をクリアするとラストボスの前に「EXTRAステージ」が登場する。このステージでも一定の条件をクリアすればもう一つの「EXTRAステージ」が登場する。タイムアタックはその名の通りタイムを競うため、EXTRAステージは存在せず8ステージクリアで終了。タイムアタックコースは難易度が低めで、ノーマルコースより簡単と評される場合もある。このコースのCPUはコスト3000の機体の耐久力が低く、コスト1000の機体の耐久力、攻撃力が高くなっている(コスト2000の機体は敵機として登場しない)。
F91 ガンダムF91(2000/シーブック・アノー/RGM-109 ヘビーガン)
機動性の高さと機体の小ささにより非常に回避性能の高い機体。隙の少ないライフルモードと射程の長いヴェスバーモードの使い分けによりどの距離でも戦えるマルチロール機であるが、いささか火力不足気味。最大の特徴は一定時間機体性能の変化するMEPEで格闘を交えたコンボで大ダメージを与えられることが可能なうえ、発動中は敵からのあらゆる攻撃が誘導してこなくなる(残像に向かって攻撃が飛ぶ)ので、発動時に攻撃されることは少ないが、使用中は被ダメージが2倍になる。コスト2000帯最低の耐久力とあいまって一瞬で撃墜されかねないハイリスクハイリターンな機体である。
XM-07 ビギナ・ギナ(1000/セシリー・フェアチャイルド/XM-05 ベルガ・ギロス)
ブースト量は少なめだがビームライフルをはじめとする射撃武器が豊富、また、アシストの追尾能力が高く非常に強力である。ちなみに、原作では装備していないショット・ランサーを使うことが出来る。
機体選択時や戦闘終了後、作品毎に蓄積されていく数値。ゲームオーバーになると表示される「タイトル活躍ランキング」の算出の参考となる。
GAT-X105 ストライクガンダム(2000/キラ・ヤマト/TS-MA2mod.00 メビウス・ゼロ)
前作のエール・ソード・ランチャーの3機のストライクガンダムが1機にパッケージングされており、戦闘中に換装を行うことで形態変化させることができる。3種の換装を使い分けることであらゆる状況に対応できるが、個々の性能は格闘特化・砲撃特化といった専門の機体にやや劣る。
GAT-X303 イージスガンダム (1000/アスラン・ザラ/GAT-X103 バスターガンダム)
前作のイージスガンダムをコスト相応に弱体化した性能であり、基本は変形可能な万能機。今作では相手に組みついて機体を自爆させる大技を使用可能。アシストのバスターガンダムは優秀。