日本医師会
特に新規開業をしようとする医師が、地域の「~市・群医師会」医師会への入会を希望した場合に、地区医師会が入会を認めないことや高額な入会金の要求等での入会条件を困難にすることで新規開業を不当に制限したりすることは私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律(独占禁止法)における違反事項と公正取引委員会にて勧告されている。
特に各学校や国及び地方自治体からの予防接種・健康診断・がん検診事業は、基本的に営利事業ではないとされていることより、医療機関個々の公募入札で依頼選定されるのではなく、各都道府県医師会や各地区医師会への依頼委託となっている場合がほとんどであり、医師会会員の医師でほぼ独占委託となっており、特に開業医が医師会に入会して会員になる大きなメリットとされている。ただ過去にはインフルエンザ予防接種料の価格カルテルで公正取引委員会から排除措置命令が出された地区医師会もある。近年の新型コロナウイルスワクチンの予防接種では国及び地方自治体から医師会へ集合委託契約がなされ医師会会員でのほぼ事業独占とされている。
勤務形態で以下のように階級分類されている。またさらに日本医師会の「日本医師賠償責任保険」加入の有無にて区分されている。
A会員(A(1)会員):医療施設の開設者・管理者、およびそれに準ずる会員
B会員(A(2)会員B):勤務医および大学(医育機関)医師
C会員(A(2)会員C):医師法に基づく研修医
日本医師会館には事務局職員が勤務しており、事務局長は新村和哉。日本医師会の事務局職員は厚生労働省等の官僚出身者もおり、一部職員は、経団連同様、官僚になぞらえて「民僚」とも呼ばれている。
欧州日本人医師会(JMAE)は、日本医師会のヨーロッパの活動を行う組織。
日本医師会総合政策研究機構は、1)国民に選択される医療政策の企画・立案、2)国民中心の合意形成過程の創出、3)信頼ある情報の提供を達成することを目的として活動している。
日本医師連盟は、日本医師会会員相互の全国的連絡協調の下に、日本医師会の目的を達成するために必要な政治活動を行うことを目的として活動している。