ダース・シディアス
なお、この宣言とほぼ同時に、以前からパルパティーンへの権力集中を危惧し、その独裁に異議を唱えていた元老院議員達は、一方的に「国家の敵」とのレッテルを貼られ、全員身柄を拘束されたとされる。シディアスは歴代のシス卿達が果たせなかった、ジェダイの殲滅と銀河系支配の確立とを、合法的に行うことに成功したのである。
こうして、長きに亘り共和国の平和と秩序を守って来たジェダイ騎士団が壊滅し、銀河系の経済に大きな影響力を持つ通商連合等の巨大企業(分離主義勢力を構成)の巨頭達が命を落とし、更に、自らに異議を唱える元老院議員達を排除したことで、シディアスの銀河支配の障害となる存在の大半は消滅した。
しかし、銀河皇帝となったパルパティーンの下へ、ジェダイ・マスターヨーダが単身乗り込んで来る。彼は「オーダー66」から逃れたジェダイの一人であり、銀河唯一のグランド・マスターの称号を持つ実力者であった。ヨーダは「お前の支配は今日限りだ」と宣告し、皇帝もこの最後の障害を取り除くべく全力で迎え撃った。だがシスの暗黒卿の力は、ヨーダの予想を遥かに上回っていた。激闘の末にもはや勝ち目は無いと悟ったヨーダは、クローン・トルーパーによる捜索の手を逃れ、密かにベイル・オーガナ議員の手引きによって元老院ビルから脱出した。とうとう決着を付けることは出来なかったが、皇帝は最後の障害を取り除くことに成功したのであった。
一方同じ頃、ムスタファーではダース・ベイダーがもう一人のジェダイの生き残りオビ=ワン・ケノービと戦って敗北し、サイボーグになることを余儀なくされた。シディアスはそれより少し前にベイダーの危機をフォースで予見し、ヨーダの捜索をクローン・トルーパーに任せ、自ら救援隊を指揮して彼の命を救った。
ジェダイ評議会はこれを渋々承認するが、逆にアナキンに対してパルパティーンのことをスパイするよう命じた。評議会はパルパティーンの独裁的な姿勢に疑問を持ち、彼の近くにシスがいるのではないかと疑っていたのである。アナキンはパルパティーンへのスパイ任務を承諾したが、評議会への不信感を抱くようになる。反対に長年父のように慕い、常に自分の実力を評価し、励ましてくれるパルパティーンをアナキンはこれまで以上に信頼するようになっていた。また、評議員に加えながらマスターの地位は与えないというジェダイ評議会の決定もスパイ任務と同様にアナキンのジェダイに対する不信感を増大させた。
そんなアナキンの立場を見透かしたかのようにパルパティーンはアナキンに繰り返し助言し、シスには人を死から守る術(ダース・プレイガスの秘技)が存在すると吹き込んだ。そしてアナキンが分離主義者達の最後の柱であったグリーヴァス将軍と共和国軍が交戦状態に入ったと報告に現れた時、パルパティーンは自分がシスの暗黒卿「ダース・シディアス」であることを暴露し、自分の弟子になれと提案する。自分の人柄に心酔し、最愛の妻であるパドメ・アミダラの死を恐れ死を欺く術を会得したがっているアナキンが既に弓を引くことができないとの確信があったからである。
アナキンから報告を受け、ジェダイ・マスター、メイス・ウィンドゥは、同行を申し出たアナキンをジェダイ聖堂に留め置き、エージェン・コーラー、セイシー・ティン、キット・フィストーらジェダイの騎士と共にパルパティーンを拘束するため、彼の元へ乗り込んだ。メイス達と対面したパルパティーンは、自分が逮捕されることを聞くと、長い間溜め込んでいたジェダイに対する憎悪を開放するかのごとく奇声を上げて跳躍しながらジェダイに襲い掛かった。
数年後には、アナキンのオビ=ワンに対する表現は「父」から「兄弟」へと変化するようになる。以前にアナキンがタスケン・レイダーを虐殺したこともパルパティーンは知っており、ジェダイはおろか、妻のパドメよりも多くの事をアナキンから打ち明けられる立場となっていたのである。
そして時が過ぎ、彼のクローン大戦への布石が漸く効果を発揮する。共和国と度々衝突していた通商連合等を始めとする大規模な企業グループから成る独立星系連合が、惑星ジオノーシスで大量のバトル・ドロイド等の兵器を量産し、共和国との開戦が可能になっているとの報告がもたらされたのである。これを受け、「分離主義者達との戦争は最早避けられない状況であり、非常時には強力な権力が必要である」として、元老院のジャー・ジャー・ビンクス代議員(パドメの代理)からパルパティーンに対し、非常時大権を与えるとの内容の動議が提出され、結果満場一致で可決された。だが実際には、パルパティーンがジャー・ジャーの人の良さに付け込んで根回しをし、無理やり提出させたと言っても過言ではないものであった。パルパティーンはこの権限をあくまで一時的なものとは断りながらも、早速共和国軍の創設を宣言し、手に入れたばかりの非常時大権を行使して、クローン軍を共和国の正規軍として採用し、こうして創設された共和国軍は、激戦地のジオノーシスで独立星系連合軍と交戦し勝利した。この戦いを発端に、後世に至るまで銀河史上まれに見る壮大な戦いとして歴史家に認識されているクローン大戦が勃発した。