水からの伝言
科学ライターの松永和紀は、2005年に小学五年生の娘の道徳の授業で本書の米での試みの話が使われた事を記している。娘の話では、疑問を口にした男児を「頭が固い」教師は無視した上、見学していた別の教師が、関係ない話をするなと叱責したという。教師の話は娘を含め、他の児童も信じていなかったという。
この他にも同書が小学校などの道徳教材に使われる事例が多数報告され、問題となった。TOSSが運営する教員向けウェブサイト「TOSSランド」にて、同書を基にした道徳授業の実践例が掲載された事が全国に広まる要因になったと見られている。この事態に教育関係者や科学者からは本書とTOSSへの強い批判が起きた。学校でオカルトを教えることへの批判のみならず、善し悪しの判断を水に委ねる事自体が思考停止であるとの指摘もされた。また「画一的美的感覚の押しつけ」であるとの指摘も行われた。
江本は、日本ではオウム真理教の影響で「波動」がカルトと見なされたお陰で、『水からの伝言』が児童向けの教育として受け入れられていないと述べている。また、本書の絵本版を2006年から2015年にかけて約500億円の予算で6億5000万部を印刷し世界中の子供たちに配布すると公言していたが、実際には、2016年時点で絵本版の印刷・配布部数は全世界累計で約50万部しか配布されていない。