Cytus II
Sagarの父。Node13の探査隊「Wolf-01」の隊長であったが、封鎖エリアの遺跡探査中にアーキテクトからの襲撃を受け、命を落とす。
一方で、PAFFの所属事務所は、突如彼女が病院から失踪したことを明らかにした。それが数週間前の出来事だと知らされると、PAFFの不調後の事務所の不誠実な対応に不満を抱いていたファンたちは怒りを爆発させる。
管理局に捕らわれていたNEKOは、XenonとCherryの尽力によって釈放された。しかし、3人が一緒にいる場面を週刊誌「Daily 08」にスクープされ、Xenonは二股交際をしているという根拠のない烙印を押されてしまい、iM上では心無い言葉をかけられるようになる。
11月18日...KAIとJOEが初めて実際に出会う。
研究者で、Phoenixの部下。対人態度の悪さから、たびたびトラブルを起こしていた。Phoenixに一向に実験成果を認められないうえ、クビを宣告されたことにより、復讐心に燃えることになる。ROBOにより殺害される。
14年前、A.R.C.の研究員であったPhoenixは、自身の研究が社内で問題となり解雇される。新たに研究拠点としてNode03を選んだ彼は、ヤクザグループ「土竜」の手を借り、「玖凰會」という組織を結成して研究を進める。彼らは、かつて人類を滅ぼした「終焉ウィルス」の研究材料として、市民から買い取った乳幼児を使う、倫理に反した人体実験を行っていた。
実験に失敗した実験体009番は終焉ウィルスの蔓延する「封鎖エリア」に廃棄されるが、翌日まで生き延びていたことで、再び研究所に戻される。特異体質の持ち主と判断したPhoenixによって「Nora」と名付けられた彼女は、研究所で経過観察の対象となる。成長しても未だ発話や感情表現ができなかったが、高い頭脳でそれらを補い、4歳で代理会話ロボット「ROBO_Head(初号機)」を発明し、作曲も行うようになる。将来を見込んだPhoenixから、実験で失った足の代わりとして電動車いすを与えられ、研究員たちと過ごす中で感情も豊かになっていく。Phoenixは父親のようにNoraに接し、2人の間に奇妙な信頼関係が生まれる。
Noraには世界中のあらゆる機械のデータにアクセスできる不思議な力があった。「ホルスの目」と呼ばれるその能力を土竜に買われ、彼女は情報屋として利用される。
iMの投稿はキャラクター選択画面から閲覧可能。PAFFやJOEのように、自身の所属団体のアカウントの他に自身個人のアカウントを持っているキャラクターもいれば、Monoのような団体がアカウントを持っているケースもある。中には、実在の団体が宣伝に使うためのアカウントまである(リンクも存在する)。主要キャラクター以外の会話も更新されていくが、中には主要キャラクターが全く干渉しないものもある。フィルターを使って主要キャラクターや主要でないキャラクターの投稿のみを表示させることも可能。
一方で、iMではなく「OS」と呼ばれるログに格納される会話記録やメール、録音、映像などによって進行するストーリーもある。(プレイヤーが”「OS」を見ることができる”こと自体がストーリーの進行上重要な役割を果たしている。)Ver.1.4以降は、PAFF・NEKO#ΦωΦ・ROBO_Headの3キャラクターにもこのログが追加され、現在ではすべてのキャラクターにOSのログが存在する。OSのログは各キャラクターの楽曲選択画面から閲覧可能。lvy・Graff.J・Miku・RinのOSには一部、正しい指令コードを推理し、入力しなければ閲覧できないログが存在する。なお、Ver.3.0よりOSの表示レイアウトをバージョンごとに変更した。
Ver.3.4.5より、探索画面「OA(Object Analysing)」が追加された。一部のキャラクター(Ver.4.
陸上航空母艦「ロドス」の乗組員。
Mikuを作ったプログラマー。フルネームは「古畑 一樹(フルハタ イツキ)」。
雑誌「Daily08」の記者。フルネームは「楠 隼人(クス ハヤト)」。幼馴染であり、行方不明になっているKaoriを探している。
Ver.4.2.5追加有料キャラクター。バーチャルシンガー・花譜とのコラボレーションキャラクター。歌を歌うことが大好きな少女。一風変わった風貌をしており、フードが付いた衣装を身に着けている。居住地はNode03の都市部。「cyTusに出現する巨大クジラ」の都市伝説と関連がある。名前の由来は、本人の本名である「花梨(かりん)」と、あるきっかけで共に音楽活動をすることになった「F」を合わせた「Karin and F」から。イメージカラーはサファイアブルー。iMについては、本人の投稿は存在しないが、OS内で自らのiMをチェックしていることから、アカウントは持っていると推測される。楽曲は花譜のボーカル曲。
本作に登場する学校のこと。学年はアルファベット、クラスは成績の順に1から数字で表記され、進級テストの成績で決まる。優秀者は「模範生」と呼ばれ、退学もある(XenonとNEKO#ΦωΦが一度退学した後復学している)。プログラムによる授業、外部教師(ConneRもこれにあたる)による授業が確認されている。主要キャラクターも含め、多くのキャラクターがここに通っている(通っていた)描写が確認される。
1月29日...AromaがNoahから《Arc Nights》というバーチャル空間に入れる指輪をもらう。そのバーチャル空間内でAmiyaと出会う。
1月29日...Aromaが陸上航空母艦「ロドス」内でKal'tsitとExusiaiに初めて出会う。
3月29日...AromaがMonophonic Entertainmentから契約を持ちかけられる。
5月25日...Cherry、JOE、KAIがバンド名をChristal PuNKに決める。
5月26日...Xenon、Crystal PuNKに加入。
6月13日...ConneR、古代楽器に関する論文を発表。
7月2日...Chrisが8月15日に行われるイベントスケジュールに関するメールをAromaとHelenaのアドレスに送る。
8月14日...Aroma、Helena、Noahがレストランで外食する。
8月15日...AromaはNoahの車でMONOに向かうが、途中でエネルギー車の爆発事故に巻き込まれてしまう。
8月16日...Helenaが目を覚ます。
8月28日...Christal PuNKのライブに、Saxonが観客としてやってくる。