セクショナリズム
ちなみに、戦後発足した自衛隊の兵器開発については、旧軍の轍を踏まない様、防衛省直轄「技術研究本部」にて完全一本化している。
発足当初の航空自衛隊における旧陸軍飛行戦隊出身者グループと旧大日本帝国海軍航空隊・海軍航空本部出身者グループ
海上自衛隊と海上保安庁
公安調査庁と公安委員会・警視庁公安部、自衛隊情報保全隊、内閣情報調査室
旧通産省と旧郵政省 - コンピュータ(特に情報通信分野)に関わる許認可権限を巡り、長年対立していた。
旧文部省と旧厚生省 - 幼稚園制度と保育園制度の統合が阻まれ続けてきた原因とされている。
文部科学省旧ISAS(宇宙科学研究所)と独立行政法人旧NAL(航空宇宙技術研究所)と特殊法人旧NASDA(宇宙開発事業団) - 2003年10月1日付けでJAXAに集約統合。
旧全日本テコンドー協会と旧日本テコンドー連合 - シドニーオリンピックテコンドー競技銅メダリスト岡本依子のアテネオリンピック出場が危ぶまれる元にもなった諍い、および和解の後、2005年に社団法人全日本テコンドー協会として統合された。