南海和歌山港線
和歌山市・和歌山港以外の駅はすべて無人化されていたため、無人駅(久保町・築地橋・築港町・水軒)が存在していた頃における運賃・乗車券の取り扱いは次の通りとなっていた(ここはあくまで「スルッとKANSAI」導入以降、すなわちワンマン化後について述べることにする。)。なお、途中の無人駅で下車せずに和歌山市駅 - 和歌山港駅間を乗車する場合は、磁気カードがそのまま使用できた。ちなみに、2012年4月以降は和歌山港駅も無人駅化されたが、自動改札は引き続き設置されている。
南海四国航路が開設された1956年(昭和31年)に和歌山市駅 - 和歌山港駅(初代、後の築港町駅)間が開業し、1971年(昭和46年)には和歌山港の移転と和歌山県が計画した木材輸送のため築港町駅 - 水軒駅間が延長された。しかし、延伸開業時にはすでに木材輸送がトラック輸送に切り替わっており、一度も木材輸送のための貨物列車が運行されることがなかった。
延長区間のうち、和歌山港駅 - 水軒駅間には、前述の通り和歌山市駅からの旅客列車が一日わずか2往復だけ運転されていたが、「同区間にある踏切が交差道路拡張の障害になっている」との理由で、2002年(平成14年)に廃止された。水軒駅廃止直前の同年4月28日には臨時で特急「サザン」が難波駅から水軒駅まで運転された。また、同駅最終営業日の5月25日には、和歌山市駅から水軒駅まで2往復の定期列車に加えて5往復の臨時列車も運転された(「水軒駅」も参照)。
なお、開業当初から難波発着の南海四国航路連絡列車が運転されている。当初は1551系を使用した急行「あわ」が運行された。のちに特急「四国」が運行開始され、1985年(昭和60年)からは「サザン」となっている。
2005年11月には途中の3駅(前述)が廃止され、和歌山バスの160系統などが事実上途中3駅周辺の代行輸送を担っている。
和歌山港駅 - 水軒駅
久保町駅(和歌山市 - 和歌山港間、2005年11月27日廃止) ※現在は県社分界点となっている。
築地橋駅(同上)
築港町駅(同上)