ムーンライトながら
2007年3月18日のダイヤ改正により、9両編成の全車指定席区間が下りは東京駅 - 豊橋駅間(豊橋駅 - 大垣駅間は全車自由席)に、上りは大垣駅 - 東京駅間の全線に拡大したことから、このダイヤ改正以降は事実上、首都圏 - 中京圏の移動の際は指定券なしに「ムーンライトながら」へ乗車できなくなった。あわせて9両編成全車が全区間禁煙車となった。
東京駅では下りの発車時刻が33分繰り上がり(23時43分発が23時10分発に)、上りの到着時刻が23分繰り下がった(4時42分着が5時05分着に)。接続列車の一例を挙げると常磐線についても接続する列車が上りは早く(ただし佐和駅以北については変化なし)、下りは遅くなった。そのため普通列車(中距離列車)に限ると、初電が上野駅5時10分発のため本列車からの乗り継ぎは出来ず、次の列車まで30分以上待つため、常磐線各駅への到着時間は改正前より遅くなった。その代表的な例が仙台駅の到着時刻であった。改正前には始発から水戸駅・いわき駅方面へ乗り継いで北を目指す場合、正午前後には仙台駅へ到着出来たものが、改正以後の到着時間は14時近くとなった。
その後も他の夜行定期普通列車が次々と廃止される中、途切れることなく運転され、国鉄がJRに移行した後も東日本旅客鉄道(JR東日本)・東海旅客鉄道(JR東海)両社に引き継がれ(車両はJR東海)、夜行定期普通列車として唯一運転が続けられた。前述の1996年(平成8年)3月16日改正で373系電車に置き換えられ、全車指定席(一部区間で自由席あり。後述)の快速「ムーンライトながら」となった。
JR化以後には、「青春18きっぷ」のシーズンを中心に「臨時大垣夜行」、のちに「ムーンライトながら91号・92号」の増発列車も運行される盛況が見られる時期もあった。
2002年(平成14年)にバス事業関係の規制が緩和され、低料金の高速バスなどが台頭して利用者が減少した。2009年(平成21年)3月14日からは、定期運用を廃止して青春18きっぷが使用できる夏休みや冬休みを中心とした臨時列車扱いとなり、使用する車両も変更された。2013年(平成25年)8月までは、JR東日本所有車両である183系・189系(全車普通車8M2T編成)で運行されていた。その後、大宮総合車両センター所属の185系が沼津運輸区、富士運輸区、静岡車両区、浜松運輸区、大垣車両区および名古屋地区で乗務員訓練を実施。2013年(平成25年)12月からはJR東日本が所有する185系電車(全車普通車、4両 + 6両編成)に変更された。これに伴い、4号車と5号車との間の通り抜けができなくなった。