持明院統
後二条天皇が崩御した後、富仁が即位したが、この際に後宇多上皇の幕府への工作によって、大覚寺統の尊治親王が皇太子となる。尊治が即位すると、大覚寺統の邦良親王が皇太子となり、後宇多上皇、後醍醐天皇(尊治)、邦良親王と、治天の君・天皇・皇太子がすべて大覚寺統に占められてしまう。しかし、邦良親王が薨去すると、持明院統の量仁親王(後伏見の皇子)が皇太子となり、後醍醐天皇が倒幕運動に失敗すると即位した。皇太子は、大覚寺統で後二条天皇の孫である木寺宮康仁親王。
しかし、後醍醐天皇が倒幕に成功すると、光厳天皇(量仁)は廃位され(特例として上皇となる)、木寺宮康仁親王は廃太子のみならず親王号を剥奪された。この際、後伏見上皇は出家し、光厳らにも出家を勧めたが、拒絶されている。元弘3年(1333年)、後醍醐天皇による建武の新政により、一時は皇統が大覚寺統の後醍醐天皇流に統一されたかに見えたが、新政は2年半にして崩壊する。
足利尊氏に院宣を発給して手を組み、建武の新政を崩壊させ見事治天の君に返り咲いた光厳上皇は、足利尊氏の要請によって弟の光明天皇を即位させる。後醍醐天皇は吉野に逃れ、皇位の回復を宣言し、南北朝時代が始まった。吉野の朝廷を南朝 (日本)、京にある持明院統の朝廷を北朝 (日本)という。
もっとも、持明院統の朝廷である北朝が京都を制圧したため、後醍醐天皇流以外の大覚寺統の皇族も北朝を支持するなど、北朝が終始優勢を誇った。
後光厳天皇と光厳法皇は不仲であったという。
光厳法皇が崩御すると、後光厳天皇は自己の子孫に皇位を継承させたいと願い、室町幕府にその意向を示した。管領として足利義満を庇護していた細川頼之は、幼少の将軍では判断が難しい事を口実として、天皇の聖断に従う意向を示した。これに従って後光厳天皇は実子の後円融天皇に譲位。これに崇光上皇は激しく反発して実弟や甥と対立した。ここに、伏見院以来当主のもとに結束していた持明院統は、崇光天皇の崇光院流皇統、後光厳天皇の後光厳院流皇統の二つに分裂したのである。 更に11年後に後円融天皇は実子の後小松天皇に譲位した。この際、既に成人していた義満はこれに同意し、後光厳院流が皇位を継承することを支持する態度を示した。崇光上皇は失意のうちに崩じた。崇光院流の後継者で本来であれば将来の皇太子に予定されていた栄仁親王は、祖父の光厳法皇から伝えられていた持明院統相伝の所領のほとんどを後小松天皇に奪われ、失意のうちに出家した。親王の子孫は、光厳の配慮のおかげでなんとか残った伏見御領の「伏見殿」に住み、「伏見殿」や「伏見宮」と呼ばれるようになった。