線路使用料
この補填分を貨物調整金と呼んでいる。これにより、平成21年度決算では並行在来線事業者のうちIGRいわて銀河鉄道の旅客収入は約17.0億円であるのに対して、線路使用料収入は約13.4億円とかなりの額を占めるに至っている。
一方、同時に青森県側で並行在来線を引き受けた青森県(青い森鉄道線)についても同じ措置が講じられているが、旅客運送を行っている青い森鉄道も施設保有する青森県に対して線路使用料を支払う立場にある。ただし、青い森鉄道に対する経営支援として東北新幹線新青森開業までの間は線路使用料の大幅な減免措置が講じられており、その額は平成21年度決算では約2.9億円であった。2017年度(平成29年度)に青い森鉄道は初めて線路使用料の減免措置なしに約4億8900万円の線路使用料を納めることになった。
こうした線路使用料の補填措置は、その後開業した九州新幹線鹿児島ルートの並行在来線を引き受けた肥薩おれんじ鉄道に対しても適用されている。肥薩おれんじ鉄道では自社旅客列車の運行を気動車とすることで、JR九州から引き継いだ電化設備を貨物専用とし、その利用に対して応分の負担を求めることで、さらに線路使用料の増額を図る方式となっている。年間の線路使用料は、開業から10年間は毎年最低2.8億円が保証されている。
この整備新幹線並行在来線事業者に対するJR貨物の線路使用料を補填する方式は、鉄道建設・運輸施設整備支援機構の旧日本国有鉄道(国鉄)清算業務における利益剰余金を一部活用することで、さらに増額されることになっている。
日本において鉄道事業者は第一種から第三種に分けられており、このうち第二種は第一種または第三種の鉄道事業者から線路を借りて営業する形態となっている。このため第二種で鉄道事業を営業している事業者は、第一種、第三種の事業者に対して線路使用料を支払っている。ただし、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が保有している鉄道線路については、鉄道事業法59条の規定により第三種とはならず、列車を運行している鉄道事業者が第一種を営んでいるものとみなされる。