ツブリネア綱
古典的には肉質虫亜門根足虫綱のうちアメーバ目、有殻アメーバ目、プロテオミクサ目にばらばらに所属していた。分子系統解析による分類体系では、アメーボゾアに含まれる3つの主要な系統の1つに位置づけられている。
2019年時点での下位分類は以下の通り。
Corycidia(亜綱) Kang et al., 2017 Corycida(目) Kang et al., 2017 柔軟な革状の外被をまとった有殻アメーバ。
エキナメーバ亜綱 Echinamoebidia Cavalier-Smith, 2004 エキナメーバ目 Echinamoebida Cavalier-Smith, 2004 形態は円柱状または扁平。棘状の亜仮足を持つ事もある。
Elardia(亜綱) Kang et al., 2017 真アメーバ目 Euamoebida Lepşi, 1960 sensu Smirnov et al., 2011 全体的に円柱状の形態をしている。外被はない。 レプトミクサ目 Leptomyxida Pussard & Pons, 1976 sensu Smirnov et al., 2017 扁平ないし網状に拡がった形態と、円柱状の形態の2型を行き来する。外被はない。 ナベカムリ目 Arcellinida Kent, 1880 堅い外被(殻)に覆われた典型的な有殻アメーバ。