週刊文春
1993年9月23日号「美智子皇后のご希望で、昭和天皇が愛した皇居自然林が丸坊主」、1993年9月30日号「宮内庁VS防衛庁に発展か 天皇、皇后両陛下は『自衛官の制服』がお嫌い」と題して、当記事について1993年9月末に宮内庁から抗議され、当時編集長だった花田紀凱は「小誌の記事が美智子皇后バッシングといわれるのは本意ではありません。強いていうならば、宮内庁批判のつもりです。」とコメントを出した。
2008年1月31日号で、「雅子さまと小和田夫妻『元日おせち事件』」と題して、「陛下が皇太子の頃、正田夫妻が東宮御所へ食事に招かれたことは一度もなかった」との文章を掲載。明仁上皇が皇太子時代に、皇太子妃の両親である正田英三郎夫妻を東宮御所へ食事に招いたことは一度も無かったとした。これに対し宮内庁は、「昭和天皇の時代、正田様ご夫妻が、お正月に東宮御所で当時の皇太子同妃両殿下とお食事を共にされるということはありませんでしたが、両殿下それぞれのお誕生日に際しては、お招きにより東宮御所にあがられ、殿下方とお食事を共になさいました。」として、文春に対し記事内容に誤謬があることを指摘した。
2014年7月10日号で「愛子さま衝撃のお言葉『先生大嫌い。私の言うこときかないから』」と題して、愛子内親王が学習院初等科の教師に対して「初等科の先生大嫌い」「私の言うこときかないから」と発言したとする内容の記事を掲載。これに対し宮内庁東宮職は、記事内容は事実無根であるとして、文春編集部へ抗議。記事内容の訂正を要望した。宮内庁は、学習院初等科からも当該記事に掲載された発言は事実無根であるとの報告を受けたとしている。
2002年9月26日号 - 10月10日号の3週にわたって、「テレビゲームのやりすぎで子どもが若年性痴呆症になる!」というタイトルで、森昭雄の「ゲーム脳」仮説を大々的に取り上げた。『週刊文春』での報道以降、各マスメディアが追随したことで、科学的根拠が乏しいにもかかわらず、この説は広く科学的な説と誤って認知された。このため、2008年時点でも、いくつかの教育委員会や日本PTA全国協議会などでは森を支持する活動が行われているが、多くの科学者や有識者から疑似科学であるとの反論も多く出されるようになっている。なお、「ゲーム脳」がマスメディアに登場したのは、『週刊文春』ではなく、2002年7月8日に毎日新聞1面トップで報道されたのが初出である。
2001年5月31日号で「仰天内部告発 化粧品会社DHC社長『女子社員満喫生活』」。DHCから提訴され、東京地裁は2002年10月15日、名誉毀損を認めて170万円の支払いを命じた。 2003年9月9日、東京高等裁判所は「記事の大部分は真実ではない」として、地裁判決を支持し控訴を棄却。賠償金を増額して550万円支払いを文春側に命じた。 2004年2月26日、最高裁第一小法廷(裁判長判事・泉徳治)は、550万円の支払いを命じた二審判決を支持し、上告棄却。文春の敗訴が確定した。
2004年に日本放送協会(NHK)紅白歌合戦のチーフプロデューサーによる横領をスクープ。NHK受信料の不払い、海老沢勝二の会長退陣へと至る流れ、NHKの不祥事への契機となった。NHK問題は『週刊新潮』の十八番であり、ライバルの鼻をあかした形となったが、国会でも追及されたNHKの『プロジェクトX』展の協賛金問題は全く記事化されなかった。
これ以後、俊夫が遺したファイルは「赤木ファイル」と一般に呼ばれるようになった。
2020年5月20日、週刊文春電子版で、東京高検検事長の黒川弘務が同年5月1日に産経新聞社会部記者2人、朝日新聞の元検察担当記者1人と賭けマージャンをしていたことが報じられた。黒川は法務省の調査に事実関係を認め、22日付で辞職した。文芸春秋は5月22日、5月21日発売の「週刊文春」が完売したと発表した。
2020年5月28日発売の6月4日号が、立憲民主党所属の埼玉県議会議員の井上将勝の不倫問題を報じた。井上はこれを受けて5月28日、議員を辞職した。
2020年6月11日発売の6月18日号が、「渡部建<アンジャッシュ>「テイクアウト不倫」」という見出しで渡部建の不倫スキャンダルを報じた。渡部は記事発売の2日前にテレビ各局に対し、自身の番組出演を今後、自粛する意向を申し入れた。
2020年7月29日、週刊文春電子版で、新型コロナウイルスの対応に当たっていた厚生労働副大臣の橋本岳と厚生労働大臣政務官の自見英子が不倫関係に陥り、連日夕刻に退庁後、デートを重ねていることが報じられた。この報道を受けて、菅義偉官房長官は7月30日の記者会見で、加藤勝信厚労相が同日までに2人に注意をしたと述べた。同年8月19日、小川淳也は衆議院厚労委員会で橋本と自見に事実関係の説明を求めたが、両人はともに答弁を拒否した。