下部温泉駅
島式ホーム1面2線と北側の側線1本を有する地上駅。木造駅舎を有する。線路はほぼ北東から南西に走っており、駅舎は南東側にある。駅舎から1番線、2番線の順で、1番線に富士方面、2番線に甲府方面の列車が発着する。
富士・身延方面からの入線および発車は1番線・2番線共に可能であり、当駅止まりで折り返し身延駅留置となる回送列車や、逆に身延駅から回送されて当駅始発富士・静岡方面行きの臨時列車が逆線で到着・出発することがあるほか、かつて早朝に定期列車で設定されていた当駅始発上り東海道線経由静岡行きの普通電車も、当駅留置線から入れ替えた後に1番線からの発車となっていた。
駅舎からホームへは、遮断機・警報機つきの構内踏切を利用する。この構内踏切は駅の外、波高島方にある県道の踏み切りと並行しており、県道から直接構内踏切をへて駅の内部へ入ることのできる構造だが、踏切近くには、駅には駅舎を通って入るよう掲示がある。
開業当初からの駅舎は木造平屋建ての建築物で、黒い瓦が特徴的である。旅客が立ち入ることのできる部分はほとんどが待合所となっており長いすが多数置かれている。
身延駅管理の無人駅。2012年3月16日まではJR東海の直営駅であり、JR全線きっぷうりば・自動券売機が設置されていた。現在は駅構内では乗車券類の購入はできないため、予め別箇所で購入するか、列車乗車後に車内で購入する形となる。ワンマン列車の場合は整理券を取り、下車駅または乗りかえ先の列車内で精算となる。
駅の構内甲斐常葉方の線路脇にはJR東海の下部乗務員休憩所があるが、現在は使用されていない(過去に夜間滞泊が1本設定されていたが、2013年3月16日のダイヤ改正を以って廃止された)。