機動戦士ガンダムSEED DESTINY
ステラは生体CPUであり、肉体的限界が近かったところに撃墜時の傷も負ったため命を落とし、シンはフリーダムへの復讐心を抱くようになる。
デュランダルは、ベルリンの被害を受けて世界に緊急放送を行う。一連の事件や、これまでの戦争が地球連合さえをも陰で操る軍需産業複合体ロゴスの陰謀であり、これを打倒する事を世界に宣言する。これに呼応した民衆は武装蜂起を開始し、地球連合軍と衝突。民衆の手によって殺害されるロゴスのメンバーも現れる。また、デュランダルは武力介入を繰り返したアークエンジェルらの掃討作戦「エンジェルダウン」も敢行する。これによって復讐に燃えるシンがキラと激突。アークエンジェルは海中へ潜行後に第1エンジンを切り離して爆破し、轟沈したように見せかけることで難を逃れるも、フリーダムは大破し、キラは重傷を負う。
キラとアークエンジェルの処遇、そしてデュランダルに疑念を抱いたアスランは、彼と衝突するも逆に憲兵を差し向けられ、成り行きで同行することになったメイリン・ホークと共に量産機のグフイグナイテッドに乗ってザフトから脱走を図る。そこへシンが駆るデスティニーガンダム(デスティニー)、デュランダルの腹心であるレイ・ザ・バレルが駆るレジェンドガンダム(レジェンド)の最新鋭2機が追撃する。間もなく戦闘となるが、量産機では最新鋭機に敵うはずもなく、圧倒的な機体性能差によりグフイグナイテッドは大破させられる。メイリンは無事だったが、アスランは重傷を負う。
地球圏内の反ロゴス機運は留まる事を知らず、脱出したロゴスメンバーは連合軍基地ヘブンズベースに退避。その逮捕を名目として、地球連合軍からの離脱勢力とザフトの反ロゴス同盟軍がこれに攻撃を加え、ヘブンズベースは陥落。
監督の福田己津央は放送開始前のインタビューでは「本作で戦争はなぜ起こるのかを描いていく」と発言していたが、放送終了後のインタビューでは「DESTINYは戦争がテーマの作品ではない。競争が否定されがちな世情において、生命の進化が生存競争と適応である事を改めて考え直し、子供たちが厳しい現実と向き合いながら戦う事をテーマとした」といった旨の発言している。また、福田は後年のインタビューにおいて『SEED DESTINY』は準備期間が短かった事と、『SEED』のスペシャルエディションを挟んだために、製作がタイトになっていた事で自分の演出が一部スタッフやキャストに伝わらず、分かりづらくなった旨を明かしている。
主人公については媒体によってシン・アスカだけではなく、放送開始後は「ガンダムSEED DESTINYの二人の主人公」「もう一人の主人公キラ・ヤマト」など双方を主人公とする表現も用いられる。放送開始後、福田は「一つの物語に三軸の主人公を据えて、三つの視点から描くことに挑戦してみたかった」と述べている。福田はシンのキャラクター設計とその顛末、シン、アスラン、キラの順番でシナリオのスポットを当てる事は当初の予定通りだったとしつつも、キャラクターの心情を説明するためにストーリーを割いたことと、初期に想定していたキャラクター像が製作するにつれ変遷していった旨を明かし、「一番ブレなかったのはキラ、ラクス、デュランダル」と評している。
2011年5月8日にロフトプラスワンにて開催された「とことんSDガンダム!! in ロフトプラスワン」に登壇したプロデューサーの佐藤弘幸は、本作の動画枚数について、第50話の4800枚が最高であると述べた。
かつて公式サイト内に掲載されていた大野木寛によるスペシャルコラムにおいては、脚本の決定稿から放送までの期間が短かった旨の説明がなされていた。
20周年記念オフィシャルブックにて収録された福田・森田繁・吉野弘幸の対談によれば、本作の話は2003年の夏頃から存在したとあり、その前から『SEED』の後は映画を一本製作して終わりにしようという話が製作上層部で行われていたところ、毎日放送から映画ではなくTVシリーズとして続編を注文されたため本作を製作したと語っている。また、当対談内で吉野は本作の話が出たことで『SEED』の最初の企画書に書かれていた「キラとアスランが最後に命を懸けて戦う」展開が変更されたのではないかという疑問を福田へぶつけており、福田は「あの時の勢いだと、本当にキラを殺しそうだったもんね」「続編の話がなければキラはいなくなっていたかもしれないと思っちゃいますよね」と返答している。
本作は商業的には成功を収めた一方で上記のような理由から制作上ではトラブルがあり、劇場版の制作にも大きな影響を及ぼした。
他作品に登場する様々なロボットと共演するテレビゲームソフトのジャンル。下記の作品群に登場(参戦)している。