神社非宗教論
同年、朝廷の神道家の内部で神学論争が勃発し、神道家は分裂の危機に陥る。きっかけは、大教院の解散を受けて神道事務局が設置されたことにある。事務局の神殿に祀る神について、当初は造化三神(天之御中主神、高御産巣日神、神産巣日神)と天照大神の四柱を祀る予定であった。これに対して一部の神官が、大国主大神を加えた五柱にすべきと意見した。前者は伊勢神宮大宮司の田中頼庸ら「伊勢派」、後者は千家尊福ら「出雲派」が中心となって激しい論戦となる。最終的に政府首脳が調停を行い、明治天皇の勅裁で伊勢派が勝利したが、出雲派はこれをきっかけに分裂、教派神道の一つである出雲大社教として独立するに至った。
真宗側はこの内紛をとらえて、渥美契縁、赤松連城等々の理論家が、朝廷の中で神道をつかさどる神官による論争、宗教活動に制約を加えるべきであると主張した。すなわち、先の黙雷の理論である、朝廷内の神道と在野神道を区別する考えでゆくと、今回の神官の論争は、前近代の在野の神道家たちの言論活動、一私論の間の対立である。対して、朝廷内の神道は、唯一無二の「朝廷による統治者の教え(治教)」を奉じ、それに基づいて宮中祭祀、あるいは官国幣社における祭祀を淡々と行うべきであり、朝廷内の神官による論争や分裂は論外である、と批判した。そして、これら神官による、講義、多宗教批判、葬儀の執行を禁じるべきだ、とした。
祈祷、祈願、神札授与などの通常の業務までがやり玉にあがり、しまいには、神社の祭神のうち、観念神や自然神など、神道特有のアニミズムに基づくものを「邪神」と呼び、その禁止を政府に迫った。これらの批判に従うと、人物神などの「正神」(主に、国家の功労者など)を顕彰するだけの施設と化してしまい、神道とは全く異なる代物になってしまうため、在野の神職会らは反論に努めたが、神社局は自制を求めるのみであった。
在野の神道学者からは、神社局により神道精神の希薄化に対する批判が加えられ続けた。筧克彦は、「新党は世界最高の宗教である」ち、"神社宗教論"をとり、「惟神の大道を国教とする」ことを主張した。他に、川面凡児、今泉定助らが類似の主張を行った。
これらの動きを受けて、1929年12月9日に内務省に設置された神社制度調査会で、神道の取り扱いを巡っての議論が行われた。これは、それまで内務省神社局からの通達によって行われた神社法規について、基本的な法規制定を目的としたものであったが、この幹事会の席上で神社非宗教論の見直しが検討されたものである。議論では、「神道を宗教と認めても、政府は神道を国教として特別扱いできるのでは」と、まとまりかけたが、今まで非宗教と言い切ってしまっていた手前、下の委員会ではなかなか議論が収束しなかった。