南硫黄島
しかし、2004年(平成16年)6月14日に広島市の医療法人せのがわが保有するプレジャーボート「WATATSUMI(わたつみ)」が北東岸に座礁、乗員12名のうち9名が上陸、残り3名はボートで救助を待った。この9名が結果的に22年ぶりに南硫黄島に上陸した人間となった。この乗員12名は全員無事救助された。
ここ数年になって「北硫黄島・硫黄島・南硫黄島三島周遊クルーズ」が、小笠原海運主催で所属船おがさわら丸を使い数回実施されている。また、飛鳥などの大型クルーズ客船が、旅のイベントの一つとして、航路の途中で本島や沖ノ鳥島、南鳥島に立ち寄って島を周回したこともある。ただし、いずれの場合も島を船上から望見するのみで、上陸はしない。以上のように南硫黄島と人間との関わりはまだ浅く、上陸も数えるほどしかない。
2007年(平成19年)6月18日に、国土地理院による呼称が「みなみいおうじま」から「みなみいおうとう」に変更された。詳細は「硫黄島 (東京都)#島の名称」参照。また、同年には世界遺産登録のために、東京都と首都大学東京による調査が行われている(後述)。2010年に、小笠原諸島として世界遺産に登録された。
2014年(平成26年)6月、国土地理院の上陸測量が行われ、南硫黄島南岸に一等三角点「南硫黄島」(標高3.97m)および三等三角点「南硫黄島南」(標高3.99m)が設置された。
2017年(平成29年)6月、東京都、首都大学東京、日本放送協会の合同による南硫黄島学術調査が実施された。立ち入り困難な場所も多いため、科学者らはロッククライミングの専門家から事前に指導を受け(調査にも同行)、マルチコプターによる空撮も使用された。これらの映像は、2018年のNHKスペシャル『東京ロストワールド』で放送された。