癸亥丸
文久3年5月11日、長州藩は攘夷を決行。「癸亥丸」と「庚申丸」がが11日午前2時に出撃し、潮待ちのため九州田野浦沖に停泊していたアメリカ商船「ペンブローク (Pembroke)」を砲撃した。2隻は12発発射し、3発が「ペンブローク」に命中した。その後逃走する「ペンブローク」を追ったが、相手の方が速かったため逃げられた。5月23日、長州藩の砲台が関門海峡を通過するフランス通報艦「キャンシャン」を砲撃。「癸亥丸」と「庚申丸」は海峡を抜けた「キャンシャン」を追跡するもこの時も逃げられたが、「癸亥丸」は「キャンシャン」の小艇を捕獲した。続いて長州藩は5月26日にオランダ艦「メデューサ (Medusa)」を攻撃。「癸亥丸」も「メデューサ」と交戦し、マストの根元に被弾した。6月1日、アメリカ艦「ワイオミング」が報復に現れる。「ワイオミング」は下関港内にあった「庚申丸」、「癸亥丸」と「壬戌丸」を攻撃。「庚申丸」と「壬戌丸」が撃沈され、「癸亥丸」も大損害を受けた。この戦闘時、「庚申丸」か「癸亥丸」の砲弾1発が「ワイオミング」に命中し、戦死3名負傷4名という被害を与えている。一方で、1発を味方の「壬戌丸」に誤って命中させてしまう不手際もあった。
下関戦争後、本艦は復旧工事を受けて再就役した。
第二次長州征討では慶応2年6月17日に「丙寅丸」、「丙辰丸」とともに田ノ浦を襲撃した。
戊辰戦争でも、鳥羽・伏見の戦い前に長州藩兵を輸送するなどの活動を行った。