五稜郭駅
2007年(平成19年) 3月:窓口営業時間・改札時間延長のため、営業要員の泊まり勤務を復活。 10月1日:JR北海道の駅が駅番号表示を開始。
2009年(平成21年)5月24日:貨物駅構内に置かれていたコンテナが多数物色され、中に入っていた砂糖などが盗まれているのが発見される。この事件を受けJR貨物は、夜間に貨物駅構内の照明を行うことや、パトロールの強化を実施することになった。
2010年(平成22年)12月4日:特急「北斗」・「スーパー北斗」のうち、15号を除く全列車が停車するようになる。
2011年(平成23年) 3月12日:貨物駅を函館貨物駅に改称。 8月5日:開業100周年を記念して駅舎の外装をリニューアルし、あわせて駅名標を五稜郭をモチーフにした星型に変更。
2013年(平成25年)11月1日:特急「北斗」・「スーパー北斗」全列車が停車するようになる。
2016年(平成28年) 3月26日:北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間開通に伴い、函館本線の当駅 - 新函館北斗駅間が電化(交流20,000V・50Hz)。江差線の当駅 - 木古内駅間がJR北海道から経営分離され、道南いさりび鉄道に移管。路線名が同社の道南いさりび鉄道線に変更。五稜郭駅はJR北海道と道南いさりび鉄道の共同使用駅となる。 10月14日:指定席券売機の使用開始。
2022年(令和4年)度:話せる券売機を設置。
2024年(令和6年)春:JR北海道の駅でICカード「Kitaca」の利用が可能となる(予定)。
五稜郭駅は旧亀田市の代表駅であった。駅前を国道5号が通っており、駅裏側にはポールスターショッピングセンターや市立函館病院が立地している。
コジマ×ビックカメラ函館店
五稜郭駅前郵便局
ヤマダデンキテックランド函館店
北海道銀行亀田支店
函館バス、高速はこだて号、北海道バス函館特急ニュースター号「五稜郭駅前」停留所
スターバックスコーヒー 函館五稜郭駅前店
北海道によると、JR北海道提供の乗車人員(特定の平日の調査日)平均は以下のとおりである。 2013 - 2017年(平成25 - 29年):916.4人 2014 - 2018年(平成26 - 30年):848.0人
『函館市統計書』によると、2019年度(令和元年度)の乗車人員は681人である。近年の推移は以下のとおりである。