鉄道建設・運輸施設整備支援機構
東京支社:東京都港区芝公園二丁目4番1号 芝パークビルB館 神奈川東部方面線、都市鉄道等に関する調査(東日本地域)など 全国の電気・機械関係の設計・施工など 北陸新幹線(上越妙高駅以東の区間) 東北新幹線(盛岡以北の区間)
北海道新幹線建設局:札幌市中央区北2条西1丁目1番地 マルイト札幌ビル
北陸新幹線建設局:福井市大手二丁目7番15号 明治安田生命福井ビル 北陸新幹線(上越妙高駅以西の区間)
九州新幹線建設局:福岡市博多区祇園町2番1号 NBF博多祇園ビル
関東甲信工事局:横浜市港北区新横浜二丁目5番地11 金子第1ビル リニア中央新幹線の一部区間(中央アルプストンネルなど)
2006年1月27日、JRTTが技術開発・建造を進めてきた電気推進船「スーパーエコシップ」 (SES) の第1船として、JR西日本の宮島連絡船(現在はJR西日本宮島フェリーによる運航)に投入される「みやじま丸」が竣工した。SESは、エンジンで発電機を回してその電力でモーターを回して推進する船で、窒素酸化物 (NOx)や二酸化炭素の排出を減らすと共に燃費を改善することができる。さらに従来型の船では巨大なエンジンを船の後部のほぼ決まった位置に搭載しなければならず設計上の制約が大きかったものが、自由なレイアウトを採用できるようになり船室スペースの増加や積載効率の改善にも寄与するといった特徴がある。「みやじま丸」を皮切りに貨物船などにも続々と採用されている。
国鉄清算事業本部(現在は本部制廃止)が進めてきた資産処分については、2004年3月12日にはJR西日本、2006年4月10日にはJR東海の全株式の売却がそれぞれ完了し、両社は完全民営会社となった。2016年10月25日には、JR九州の全株式の一括売却が完了し、JRTTが株主となっているのは、JR北海道・JR四国・JR貨物の3社である。なお、日本国有鉄道が東京都と共同で出資者となっていた帝都高速度交通営団については、国鉄分割民営化の際に国鉄清算事業団が承継したが、財務省(旧・大蔵省)に引き継がれた。
2008年4月1日には、2012年度までの第2中期計画が始まった。