プラストキノン
プラストキノンは、光化学系II内でQAとQBとして知られる2つの特定の結合部位に存在する。一次結合部位であるQAのプラストキノンは非常に強固に結合しているが、二次結合部位であるQBのプラストキノンは非常に容易に取り除かれる。QAには1つの電子しか伝達されないため、QBがストロマから2個のプロトンを受け取って他のプラストキノン分子に置換されるには、QBへ2度電子を伝達しなければならない。プロトン化されたQBはチラコイド膜の遊離プラストキノン分子のプールに加わる。遊離プラストキノン分子は最終的に水溶性のプラストシアニンに電子を伝達し、光化学反応を継続させる。光化学系IIにはさらなるプラストキノン結合部位(QCとおそらくQD)があるが、それらの機能や存在は完全には解明されていない。