承久の乱
承久の乱後も院政が存続し、幕府がその下で諸国守護権を行使した点では変わりはない。これに対し平安後期以来の院政の終滅として承久の乱の意義を高く評価する研究者も存在する。
乱によって、具体的に何が変わったかについては、北条氏嫡流が朝廷を存続させながら、皇位継承者の決定権、摂関以下公卿の人事権を掌握することになったのである。また朝廷は幕府に従属した。幕府は朝廷を監視して皇位継承も管理するようになり、朝廷は幕府をはばかって細大漏らさず幕府に伺いを立てるようになった。院政の財政的基盤であった八条院領などの所領も一旦幕府に没収され、治天の管理下に戻された後もその実質的な所有権は幕府に帰属した。承久の乱には鎌倉と京都の二元政治を終わらせて武家政権を確立する意義があったとする指摘もある。
鎌倉幕府の御家人で源氏一門(御門葉)の重鎮だった大内惟信は敵方である後鳥羽上皇に味方して敗北後、逃亡して10年近く潜伏を続けたが寛喜2年(1230年)に捕らえられて西国へ配流となり、源頼朝が最も信頼を置いていた平賀氏と大内氏は没落することになる。
その後、その影響を受けた鎌倉幕府編纂の『吾妻鏡』や『承久記』の一部の本がこの鎌倉幕府側から見た視点に基づいて「承久の乱」を描いた。さらに『太平記』や『梅松論』などもこれを受け継ぐ形で承久の乱に触れるという形で広まりを見せた。
これに対して『百錬抄』『皇代暦』など京都で編纂された歴史書の中には、院宣や官宣旨の内容を受けて北条義時討伐の戦いとして承久の乱を描いた書が存在していたが、室町時代に入ると京都でも朝廷の事務方を担う外記のトップであった清原業忠および養子の宣賢が『御成敗式目』の注釈において『吾妻鏡』の解釈に基づいて「後鳥羽上皇の挙兵は「関東」・「武家」の「退治」が目的であった」とする解釈を行なった。
『吾妻鏡』および清原氏による『御成敗式目』の注釈は戦国時代に知識人の間で広く読まれており、承久の乱を討幕目的とする見方の一般化に大きな影響を与えた。こうして、14世紀から16世紀にかけて承久の乱が実在の文書から裏付けられる事件の実態から乖離した討幕事件として変容・再構成されたと考えられ、それがその後においても大きな影響を与えているとみられている。
また倒幕説を採用した場合、疑問として残されるのは、「何故、九条三寅(後の頼経)の鎌倉下向を後鳥羽上皇が認めたのか?」という点である。仲恭天皇の母九条立子は三寅の伯母であり、何事もなければ仲恭天皇の治世を祖父である後鳥羽上皇と外戚である九条家がこれを支え、九条家出身の将軍を擁した鎌倉幕府もその影響下に置かれるからである。つまり、後鳥羽上皇と彼を頂点とする「王家」は外戚政策を介して鎌倉幕府の包括に向かって進んでいたと言えるのに倒幕説はこの流れに矛盾することになり、この説明が求められることになる。