水産庁
広域漁業調整委員会(法律第40条) 太平洋広域漁業調整委員会 日本海・九州西広域漁業調整委員会 瀬戸内海広域漁業調整委員会
農林水産省が主管する独立行政法人のうち、水産庁所管は2022年4月1日現在、水産研究・教育機構である)。水産研究・教育機構は2001年4月1日に、各独法の個別法により水産庁から分離され独立行政法人化された水産総合研究センター、水産大学校及びさけ・ます資源管理センターが順次統合されたもので、まず2006年4月にさけ・ます資源管理センターが、水産総合研究センターに統合され、更に2016年4月水産総合研究センターと水産大学校を統合して水産研究・教育機構となったものである。また、北方領土問題対策協会を内閣府と共管している。
農林水産省が主管する特殊法人(2022年4月1日現在)、特別の法律により設立される民間法人(特別民間法人)、認可法人、地方共同法人及び特別の法律により設立される法人で水産庁が主管するものはない。
水産政策審議会(法律第39条) 企画部会(水産政策審議会令第6条・水産政策審議会議事規則第11条) 資源管理分科会 漁港漁場整備分科会(水産政策審議会令第5条)
水産庁は、農林水産省設置法第23条に基づき、農林水産省に置かれている外局である。農林水産省法第23条及び第36条から第41条(第4章第4節)、政令の農林水産省組織令(第2章第2節)、省令の農林水産省組織規則(第2章第3節)が重層的にその任務、所掌事務及び組織を規定している。任務は「水産資源の適切な保存及び管理、水産物の安定供給の確保、水産業の発展並びに漁業者の福祉の増進を図ること」である(農林水産省法37条)。この任務のため、水産資源の確保や水産物の安定供給、漁港整備など漁業に関係する事項全般を管轄する。
1948年7月1日に、水産庁設置法(昭和23年7月1日法律第78号)により農林省(1978年、農林水産省へ改称)水産局を廃止して設置された。これは、国家行政組織法及び農林省設置法の制定施行に先立つものであった。中央省庁等改革基本法などにより、2001年4月1日に、9つの水産庁研究所、さけ・ます資源管理センター及び水産大学校(山口県下関市)が独立行政法人として水産庁(施設等機関)から分離した。その際、9水産庁研究所は統合され、独立行政法人水産総合研究センターとなった。