潜水艦隊
潜水艦隊司令部は船越地区(神奈川県横須賀市船越町7-73)におかれており、潜水艦隊司令官は海将をもって充てられている。
2006年(平成18年)の統合幕僚監部の発足以降は自衛隊全体で統合運用が始まり、フォースユーザ―(事態対処責任者)とフォースプロバイダー(練度管理責任者)の考え方が導入されたため、現在の潜水艦隊司令官はフォースプロバイダ―として隷下部隊の練度管理を行い、フォースユーザーの自衛艦隊司令官に部隊を提供する役目を担っている。
潜水艦隊編成以前の海上自衛隊の潜水艦部隊は、第1潜水隊群(呉市)と第2潜水隊群(横須賀市)が自衛艦隊隷下に編成上並列に存在、また潜水艦の作戦運用は群司令部相互間により調整を実施しており、指揮・運用が二元化されていた。そのため、両潜水隊群の上位組織として潜水艦隊が設けられることとなり、「防衛庁設置法等の一部を改正する法律」(昭和55年11月29日法律第93号)により、1981年(昭和56年)2月に新編された。なお、作戦行動中の潜水艦の指揮は潜水艦隊司令部が一括で受け持っていたため、潜水隊群司令部は人事、教育訓練、艦の維持といった機能にとどめ、潜水隊は廃止すべきという意見もみられていた。これは潜水艦は単艦での作戦行動が主体で、不要な中間指揮結節を置くべきではないという考えに起因している。