青巌寺
関ヶ原の戦い後、慶長6年(1601年)徳川家康より一山の寺領の配分が定められ、青巌寺は当山検校職永代の精舎とされ、学侶方の支配寺院に決した。寺領三千石の内訳は賄方一千石、修理料一千石、碩学八人に一千石となっていた。なお元和3年(1617年)には家康像が主殿に安置され、本尊となった。寛永7年(1630年)10月、壇上伽藍の大塔に落電し、当寺も炎上した。続いて、慶安3年(1650年)3月に五之室谷より出火して累災し、延宝5年(1677年)11月に再建がなった。宝暦8年(1758年)紀伊中納言徳川宗将の逆修法号を院号とし、菩提心院と名付けられた。
「続風土記」によれば、主殿・玄関・厨・総山奉行詰所・寝所・真然堂・勅使門・護摩堂・経蔵・上門・鐘楼・供待・下門長屋・鍵取部屋があった。
なお、青巌寺の名跡は一度廃されたが、その後復活、現千手院谷の北隅西側に準別格本山として存在する。