中央新幹線
同月28日には、静岡新聞社の取材に対し、大井川流域の川根本町と島田市だけでなく水資源を利用している8市2町(焼津市、掛川市、藤枝市、袋井市、御前崎市、菊川市、牧之原市、吉田町)の首長は大井川利水に関して準備工事を認めると本体工事も容認したように受け取られかねないと警戒し、水の全量確保や水質問題に万全を期すようにと意見を述べている。リニア建設に賛同する首長もおり、袋井市の原田英之市長は「国全体として考えるならリニアは必要だ」とした上で、「JRは、地域の人を納得させるプロセスをきちんと踏むべきだ」とも訴えている。
同年7月18日には、難波喬司静岡県副知事が山梨県庁を訪れ、若林一紀山梨県副知事と面会し、山梨県側からは「静岡県の懸念は理解した。JR東海と静岡県が課題の解決に向けて互いに真摯に話し合うことを願っている」とのコメントがなされた。
同年8月29日には、新美憲一中央新幹線推進本部副本部長は2018年(平成30年)10月にJR側がトンネル湧水の全量を大井川に戻すという方針を「工事終了後の認識」と釈明し、工事中を含む全量回復の方針を事実上撤回した。
2020年1月17日には、国土交通省は「トンネル湧水の全量の大井川表流水への戻し方」「トンネルによる大井川中下流域の地下水への影響」の2点についてJR東海側の説明が静岡県側において納得が得られていないと考えており、この科学的・工学的な課題については三者協議とは別に設置した有識者会議の検証結果を踏まえた助言や指導を行うことが考えられるとし、JR東海に対しては責任ある説明を求め、地元の不安を払拭して適切な方法で工事を進めることが大切であると指導、監督を行いたいとする旨の回答を公表した。
2018年9月14日の第11回口頭弁論では、山梨実験線の環境影響報告が未だに不十分であることや静岡県でのJR東海の工事計画について指摘している。裁判長も「この工事の認可が抽象的な議論で認可された。」と感想を述べており、国の認定が甘い判断と基準で行われたとの印象を明らにした。
2018年11月30日の第12回口頭弁論では、愛知県・岐阜県での亜炭鉱跡やウラン鉱床を巡るアセスメントの違法性を指摘した。そして、長野県・東京都・神奈川県におけるアセスメントについても反論したいと申し出があったと述べられた。また、原告の適格についても調整・整理しており、次回の口頭弁論の際に主張する予定とした。報告集会では、山梨県立大学の当時の前学長(前理事長)である伊藤洋が講演でインパール作戦の例を挙げ、この中央新幹線の計画が無謀であることも指摘している。
2019年2月8日の第13回口頭弁論では、リニア工事の安全性は沿線住民に不安を与えるものであり、原告適格性の許容範囲を幅広く認めるべきと訴えた。次回の公判は2019年5月17日に決定した。弁論後の報告集会では初鹿明博、本村伸子、畑野君枝、井上哲士の国会議員(当時)4名から連帯の挨拶があり、その内の本村伸子、畑野君枝、井上哲士の3名で報告集会に参加しており、武蔵野大学工学部教授・阿部修治が「中央新幹線~限界技術のリスク」と題して講演を行った。
2020年12月1日には当初の原告781人のうち532人について原告適格がないとして訴えを却下する中間判決が言い渡された。残る249人の原告適格は認められ審理が継続される。
2023年7月18日には、認可に違法性がないとして訴えを棄却した。原告側は控訴する方針である。
トンネルの建設工事に伴い、建設費が膨らむことも予想されるが、JR東海は諏訪地域を通るBルートで建設するより用地買収費が安くなるとしている。なお、中央自動車道は当初、東京から南アルプスを貫通して愛知県に至るルートで計画され、一部建設を開始していたが、建設費の増大や、当時の技術力不足などを理由に現在のルートに変更された経緯がある。現在の中央自動車道富士吉田線は、その旧計画による先行建設部分である。
2007年12月25日に、JR東海は超電導リニア方式による東海道新幹線バイパスとして首都圏 - 中部圏間の中央新幹線を全額自己負担で建設することを発表した。路線距離は約290 km、総事業費は約5.1兆円、具体的な資金調達方法は未定としたが、試算では開業8年目には2007年度と同水準の長期債務残高に戻り、自力(東海道新幹線の黒字と、借入金による資金調達)で建設しても財務の健全性に問題ないとの説明を行った。また、全額自己負担での建設が実現した場合、民間企業が独力で開業する初の新幹線となるが、地元の要望で建設される途中駅については、地元に建設費用の負担を求めるものとした。今後、実用化・建設にあたっては全国新幹線鉄道整備法に則る方向も打ち出した。
2007年12月28日に、JR東海がこれまで「首都圏」としてきた中央新幹線の乗り入れ先を、東京駅、品川駅、新横浜駅の3駅に絞り込んでいること、「中部圏」での乗り入れ先を名古屋駅と見込むことを明らかにした。これには、既存の東海道新幹線と接続し、利用客が東海道・中央の両新幹線を容易に選択できるようにすることで利便性を高める狙いがあることも示した。
「リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会」の試算によると、経済効果は最大21兆円になるとされる。総投資額約8.3兆円から9.9兆円といわれる資金調達は明確ではないが、2017年には東海道新幹線施設購入費の支払いがほぼ終了するという見通しを示している。また建設費を圧縮するため、山梨リニア実験線では延伸工事に合わせ、より経済的な設計の軌道や駅設備等を設置して実証する予定である。
JR東海は首都圏 - 中部圏間を超電導リニアによる東海道新幹線バイパスとして、地元自治体に建設資金を負担させる中間駅を除くインフラを全額自己負担で建設する計画を発表している。事業費のうち約3兆円は日本国政府から財政投融資(年利0.8%強)で借り入れた。ただし、静岡県によるトンネル着工反対で品川 - 名古屋の2027年開業が遅れると、収入の逸失と金利や設備関連の負担が毎年発生する。
鉄軌道方式で建設される可能性も存在した。JR東海は鉄軌道での高速試験車両として955形新幹線高速試験電車(通称300X)を開発し、1995年から7年間にわたり走行試験を実施した。リニアには及ばないものの、東日本旅客鉄道(JR東日本)の新幹線E5系電車は2013年3月から最高速度320 km/hで営業運転を実施している。また、鉄軌道方式であれば山陽新幹線への直通、および東海道新幹線との共通運用も可能になる。
このような理由から鉄軌道方式を推す意見も一部にあったものの、事業主体であるJR東海は自己負担による超電導リニア方式(超電導磁気浮上方式)での建設を発表し、国土交通省はJR東海に対し超電導磁気浮上方式による建設を指示した。なお、2009年に発表されたJR東海の試算には、超電導リニア方式との比較のため、在来型新幹線方式の試算も併記されている。