山科川
山科川が現在のように京都市伏見区桃山与五郎町と桃山町伊賀の境で宇治川に合流するようにされたのは昭和になってからで、それまでは豊臣秀吉の宇治川と巨椋池の分離を図り槇島堤が造られた結果、対岸の六地蔵・木幡周辺は旧水域が拡大して木幡池をはじめ西ガ池・奈良町池などの沼や湿地が広がる排水不良地で、山科川も木幡池に流れていた。 その結果1917年(大正6年)9月‐10月の「大正大洪水」で被災、これを受けて大規模な河川改修が行われたが1934年(昭和9年)9月の室戸台風・その翌年の6月と8月の京都大水害・1953年(昭和28年)9月の台風13号・1959年(昭和34年)8月13日の豪雨・1961年(昭和36年)9月の第2室戸台風・1965年(昭和40年)9月の台風24号などでは溢れた宇治川からの逆流や盆地特有の低地に水が集中して木幡池は溢れ醍醐石田から六地蔵地区・宇治川合流部にかけて浸水する水害多発地帯であったが、1953年の南山城水害と13号台風の被害受けての水害対策「淀川水系改修基本計画」で天ヶ瀬ダムの建設と宇治川・山科川の堤防建設と強化、京阪電鉄六地蔵駅の堤防上への移設、排水ポンプ場の設置などようやく水害対策が完了した。
しかし、特別警報の発令された2013年(平成25年)9月の台風18号では、支流の安祥寺川が越流して京阪京津線から市営地下鉄東西線への乗り入れ口から推計15600トンの水が流れ込み御陵駅が浸水して3日間東西線が不通になり。下流の小栗栖団地では排水ポンプが停止して内水氾濫が発生、最大2m浸水で250件以上の家屋と約270台の駐車車両が水に浸かった。