サリー・ヘミングス
この論議は別の面から熱を帯びることになった。1998年アメリカ合衆国議会はビル・クリントンに弾劾を実施し、ピュリッツァー賞受賞歴史家のジョセフ・エリスは、以前にも『ニューヨーク・タイムズ』の全面広告にも他の歴史家たちと登場していたが、クリントン弾劾について反対意見を表明し、ジェファーソンと比べることでクリントンを擁護した。エリスは以前1996年に書いた『アメリカのスフィンクス:トマス・ジェファーソンの性格』で、ジェファーソンがヘミングスと性的関係を持ったのはその性格から有り得ないものだと書いていた。エリスは後に、自著が出版された後に出たDNA鑑定の結果で確信を抱いたときにこの声明を撤回し、この関係があったことが証明されたと考えた。エリスは次のように書いた。
エリスの主張は曲解という告発を受けた。
トマス・ジェファーソン自身は公にはこの問題についてコメントすることがなかったが、その発言は間接的な否定と解釈されてきた。例えば、ジェファーソンは異人種間結婚に対する反対意見を公衆の前で「彼ら(黒人)の他の色との混血は、この国を愛する者、人間の性格の優秀さを愛する者は誰も無意識に認めようとはしない退廃を生むことになる」と述べた。
海軍長官ロバート・スミスに宛てた1805年7月1日付けの私的書簡では、ジェファーソンは連邦党の新聞で書かれた「告発」を全て否定し、ただし、1つだけ結婚する前に隣人のベッツィ・ウォーカーとの情事があったことは認め、ウォーカーの告発は「私に対する申し立ての中で唯一事実に基づくものだ」と言った。
ジェファーソンは1806年にウィリアム・デュアンに宛てて、「私が恐れたり偽装したりするような事実は金輪際無い。しかし、秘密の中傷はそれが秘密だから武器を取り上げることはできない」と書いた。
後に1816年、ジェファーソンはジョージ・ローガンに宛てて、大衆の注意が増えている事柄を否定し、「私は自分で半分罪があるように思うべきかも知れない。新聞の嘘に対する反論を見下したように書くか、私からの注釈で尊敬を引き出すかだ」と書いた。
1826年、ジェファーソンはヘンリー・リーに宛てて、「私が恐れるか全世界に知られないで欲しいというような真実は存在しない」と書いた。