モルガヌコドン目
当初モルガヌコドン目は、「三錐歯目」の基底に置かれ、その祖先群とされていた。その根拠となったのが三つの咬頭を持つ臼歯の形態であるが、これはトリナクソドンなどキノドン類にも見られるものであり、祖先的な形態を残しているに過ぎないことが明らかになり、三錐歯目から外されている。
モルガヌコドン目を真の哺乳類として分類するべきか、それとも哺乳綱の外にあるクレードとみなすべきなのかについては、科学者の間でも未だ論争となっている。哺乳綱に含めない根拠としてよく主張されるのは、モルガヌコドンが耳小骨を持たず、代わりに二重関節を持っている(上記を参照)という事実である。