日本国憲法第7章
第89条では「公金その他の公の財産は、宗教上の組織若しくは団体の使用、便益若しくは維持のため、又は公の支配に属しない慈善、教育若しくは博愛の事業に対し、これを支出し、又はその利用に供してはならない。」と規定しており、この規定により私学助成は憲法違反にあたるのではないかという指摘がある。