電子ジャーナル
現在読むことのできる電子ジャーナルの多くは、冊子体の雑誌が電子化されたものである。実際には冊子体の印刷工程において電子ジャーナル用のデータも同時に作成している。したがって、紙で出版された論文と電子ジャーナルの PDF はまったく同一のものと考えることができる。しかし中には冊子体がなく、オンラインのみで出版されている電子ジャーナルもある。また、冊子体はあっても、電子版のほうが先に出版される、早期公開電子論文もある。冊子体は論文の取りまとめ、印刷、郵送などに時間がかかるので、電子版早期公開はいち早く論文を読む手段として研究者に喜ばれている。
またほとんどの PDF は電子データから直接作成されている (ボーン・デジタル) が、中には一旦紙で出版されたものをスキャナで電子化したイメージ PDF もある。過去に出版された雑誌の電子ジャーナル論文は典型的なイメージ PDF である。このようなものとして、国立情報学研究所 (NII) が提供する NII-ELS (電子図書館サービス) や株式会社メテオが提供するメディカルオンラインがある。