超純水
実際には、超純水がユースポイントで使われて二次純水が減った分だけ、一次純水がシステムに補給されるようにして、一度超純水となった水を有効に活用しようとする場合が多いが、業界ではこの一次純水以降の超純水製造・供給システムを、二次純水が循環することを指した呼び名である「サブシステム」と言い表すことが多い。
設備のメンテナンスや送水先の都合で設備を停止させる場合は、再起動前に殺菌洗浄が必要となる。殺菌法として、加熱法、過酸化水素法、次亜塩素酸ソーダ法、フッ酸法等があるが、新鋭の装置の主となる方法は加熱(40°C程度)+過酸化水素法である。
最近の半導体素子や液晶パネルなどの大規模な工場では、コスト節減や省資源化による環境保護を目的として、二次純水はもとより、原料の純水を造る際に逆浸透膜などから排出された水や、ユースポイントで洗浄に使用された超純水も全て回収・再利用し、排水の放流を極限まで減らすようにしている(ゼロエミッション)例が多い。