多賀大社
金咲稲荷神社
熊野新宮・天神神社・熊野神社
聖神社・三宮神社
竈神社・年神神社
子安神社
天満神社
愛宕神社
秋葉神社
日向神社 - 式内社。
神明両社
夷神社
境外社 山田神社 - 摂社。 高松神社 楫取神社 祖母神社
金咲稲荷神社
熊野新宮・天神神社・熊野神社(左)、聖神社・三宮神社(右)
竈神社・年神神社(左)、子安神社(右)
天満神社
愛宕神社・秋葉神社
日向神社(式内社)
神明両宮
夷神社
調宮神社(奥宮の1つ)
戦国時代の明応3年(1494年)には神仏習合が進み、神宮寺として天台宗の不動院が近江守護六角高頼によって建立された。神宮寺配下の坊人は全国にお札を配って信仰を広め、当社は中世から近世にかけて伊勢神宮・熊野三山とともに庶民の参詣で賑わった。
「お伊勢参らばお多賀へ参れ お伊勢お多賀の子でござる」「お伊勢七度熊野へ三度 お多賀さまへは月参り」との俗謡もあり、ここに見る「お多賀の子」とは、伊勢神宮祭神である天照大神が伊邪那岐命・伊邪那美命両神の御子であることによる。なお、当社に残る垂迹曼荼羅(すいじゃくまんだら)は坊人が国を巡行して神徳を説く際に掲げたものである。また、多賀社が隆盛したのは、近江国が交通の結節点だったことにもよる。
多賀大社庭園 - 2020年に追加指定・名称変更(旧名称:多賀大社奥書院庭園)
多賀社は特に長寿祈願の神として信仰された。
鎌倉時代の僧である重源に以下の伝承がある。東大寺再建を発念して20年にならんとする61歳の重源が、着工時に成就祈願のため伊勢神宮に17日間参籠(さんろう)したところ、夢に天照大神が現れ、「事業成功のため寿命を延ばしたいなら、多賀神に祈願せよ」と告げた。重源が多賀社に参拝すると、ひとひらの柏の葉が舞い落ちてきた。見ればその葉は「莚」の字の形に虫食い跡の残るものであった。「莚」は「廿」(「卄」を異体字とする。wikt:廿参照。)と「延」に分けられ、「廿」は「二十」の意であるから、これは「(寿命が)二十年延びる」と読み解ける。神の意を得て大いに歓喜し奮い立った重源は以後さらに20年にわたる努力を続けて見事東大寺の再建を成し遂げ、報恩謝徳のため当社に赴き、境内の石に座り込むと眠るように亡くなったと伝わる。今日も境内にあるその石は「寿命石」と呼ばれている。また、当社の神紋の一つ「虫くい折れ柏紋」はこの伝承が由来である(今一つに三つ巴がある)。
天正16年(1588年)には、多賀社への信仰篤かった豊臣秀吉が「3年、それがだめなら2年、せめて30日でも」と母・大政所の延命を祈願し、成就したため、社殿の改修を行わせようと大名に与えるに等しい米1万石を奉納した。現在残る庭園(国の名勝)は、秀吉が奉納した1万石をもとにして築造されたものである。また、境内正面の石造りの太鼓橋(不動院大僧正慈性により寛永15年(1638年)造営)は「太閤橋」の雅名でも呼ばれる。