盛岡車両センター
キハ100系完全置き換え前は釜石線、山田線釜石 - 宮古間および三陸鉄道北リアス線でも運用され、1994年(平成6年)12月のダイヤ改正までは東北本線北上 - 盛岡間、1996年(平成8年)3月のダイヤ改正までは田沢湖線、2002年(平成14年)12月のダイヤ改正までは東北本線(現・いわて銀河鉄道線)好摩 - 沼宮内間でも運用されていた。花輪線・山田線へのキハ110系列投入によって、2006年度中に15両、2007年度中に4両がそれぞれ廃車され、ジョイフルトレイン「Kenji」とキハ58 75を除いた同センターのキハ58系は全廃となった。
2007年度まで残存していた車両については、すべて車体更新・近郊化工事(車端部座席のロングシート化)が施工されていた。
最後まで保留車ながら車籍を残していたキハ58 75も、2020年11月30日付で廃車され全廃となった。
キハ58系気動車「Kenji」編成
臨時・団体列車で運用されていたジョイフルトレイン「Kenji」3両編成(キハ58-650, 1505、キハ28-2010)が配置されていた。
JR線で営業運転に使用されたキハ58系列の車両としては最後の編成。2018年9月8日の団体臨時列車運用をもって引退。同年9月25日に秋田車両センター(現・秋田総合車両センター南秋田センター)へと自力回送され、翌26日に廃車となった。
キハ52形気動車
17両が配置されていた。