センス (分子生物学)
5′-CGCTAT-3′と書かれた配列は、3′-TATCGC-5′と書かれた配列と等価である(5′端と3′端が記載されている限り)。末端にラベルが表示されていない場合は、慣習的に両方の配列が5′から3′方向に書かれていると想定する。「ワトソン鎖」(Watson strand)は5′から3′の上側の鎖(5′→3′)を指し、「クリック鎖」(Crick strand)は5′から3′の下側の鎖(3′←5′)を指す。ワトソン鎖もクリック鎖はどちらも、それらから作られる特定の遺伝子産物に応じて、センス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかになる。
たとえば、アメリカ国立生物工学情報センター(NCBI)データベースで使用されているURA3遺伝子の別名である「YEL021W」という表記は、この遺伝子が酵母(Y)のV番染色体(E)の左腕(L)のセントロメアから21番目のオープンリーディングフレーム(ORF)にあり、発現コード鎖がワトソン鎖(W)であることを示している。「YKL074C」は、XI染色体のセントロメアの左側にある74番目のORFであること、コード鎖がクリック鎖(C)であることを示す。また「プラス」と「マイナス」の鎖を指す別の紛らわしい用語も広く使われている。鎖がセンス(正)であるかアンチセンス(負)であるかにかかわらず、NCBI BLASTアライメントにおけるデフォルトのクエリ配列は「プラス」鎖である。
核酸ポリマー間の塩基対合は相補的な性質を持つため、二本鎖DNA分子は互いに逆相補的な配列を持つ2本の鎖から構成される。分子生物学者が各鎖を明確に識別するために、2本の鎖は通常「センス鎖」と「アンチセンス鎖」として区別される。DNAの個々の鎖は、そのヌクレオチド配列が、アミノ酸の配列に翻訳された、または翻訳可能なRNA転写物の配列に直接対応する場合、ポジティブセンス(ポジティブ(+)または単にセンスとも)と呼ばれる(ただし、DNA配列のチミン塩基が、RNA配列のウラシル塩基に置換されている場合)。二本鎖DNA分子のもう一方の鎖は、ネガティブセンスと呼ばれ(ネガティブ(-)またはアンチセンスとも呼ばれる)、ポジティブセンス鎖とRNA転写物の両方に逆相補的である。実際には、RNAポリメラーゼがRNA転写物を構築する際に鋳型として使用されるのはアンチセンス鎖であるが、核酸の重合では相補的な塩基対が形成されるため、RNA転写物の配列は、RNA転写物がチミンの代わりにウラシルを使用していることを除けば、センス鎖と同じになる。
ネガティブセンス(3′-to-5′)ウイルスRNAは、ウイルスmRNAと相補的であるため、翻訳に先立ち、RNA依存性RNAポリメラーゼによってポジティブセンスRNAが生成される必要がある。DNAと同様に、ネガティブセンスRNAはそれがコードするmRNAと相補的なヌクレオチド配列を持っているが、DNAとも同様に、このRNAはタンパク質に直接翻訳することはできない。その代わりに、それは最初にmRNAとして機能するポジティブセンスRNAに転写されなければならない。一部のウイルス(例:インフルエンザウイルス)はネガティブセンスゲノムを持っているため、ビリオン内にRNAポリメラーゼを運び込む必要がある。