V・ファーレン長崎
出典: 各年度のJクラブ決算一覧 2011、 2012、 2013、 2014、 2015
金額の単位: 百万円
出典: 各年度のJクラブ決算一覧 2016 2017 2018 2019 2020 2021
金額の単位: 百万円
またハイロ・モリージャスが両者合意のもと契約解除で退団となった。
2月8日、10日にハワイ州のアロハ・スタジアムで開催された「パシフィック・リム・カップ2019」に初出場し、初優勝した。
リーグ戦は、開幕戦で横浜FCに勝利し5位に付けたのがシーズン最高順位となり、7節には20位まで落ちる。その後持ち直し4連勝した16節ではプレーオフ圏内の6位まで戻すがその後勝ちきれず、25節以降は二桁順位から浮上することなく最終順位12位でシーズンを終える。呉屋がJ2記録タイの7試合連続ゴールを上げ、得点ランキング3位になるなどの活躍を見せたが、17勝20敗5分(勝ち点56)と負け越したシーズンだった。
YBCルヴァンカップでは2勝2分2敗で札幌に次ぐ2位で初のグループリーグ突破。プレーオフステージではG大阪と対戦し、第二回戦を2-0で勝利するもトータル3-4で惜敗した。
天皇杯では二回戦で高知に延長の末2-1で勝利、第三回戦では三重に延長でも決着つかずPK戦で勝利、第四回戦ではJ1仙台に2-1で勝利し初の準々決勝に進出。準々決勝では同じJ2の甲府に2-1で勝利したものの、準決勝でJ1鹿島に2-3で敗れ、国立競技場のこけら落としとなる決勝への進出を逃した。
シーズン終了後の2020年1月1日をもってに社長の高田明が退任し、後任に長女でジャパネットホールディングスの関連会社の社長を務めていた高田春奈が就任することが発表されている。