イザーク・ジュール
イザークはこの時点では反旗を示すような事はせず慎重に事態を見つめていたが、明確に反デュランダルを唱えたアークエンジェルとエターナルが進攻してくると、母艦のボルテールを戦線の後方で待機しておくよう厳命し、ディアッカと共に出撃する。そこで再会したアスランを問い詰めようとするも、ディアッカが取り成し、エターナルが元ザフト艦であるのを理由にしてザフトの立場を保持しながら協力するという知略で間接的に各ステーションの排除戦闘を援護。最終的には前作のような過ちを繰り返さないため、他にも反旗を翻した者達と共にオーブ軍・クライン派同盟に加勢した。 特にネオジェネシスをデュランダルの命令でザフト軍が発射した際は、ザフト軍全軍に直前に通告された退避勧告をエターナルに密告して回避を促し、アークエンジェルとクサナギなど含むオーブ軍側の艦艇の回避に寄与した。
「FINAL PLUS 選ばれた未来」と「スペシャルエディション完結編 自由の代償」で追加されたエピローグでは、ラクスの隣に立ち、議会へと向かっている。
「機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX1」初回限定版に、特典として封入された両澤千晶書き下ろしの新作ドラマCD「OMAKE quarters Vol.1」では、第二次大戦の停戦後にザフトも階級制を導入することになったため、イザーク・ジュールは少佐となっており、参謀本部に配属されている。
かつてのクルーゼ隊長と同じ白服へ昇格した姿で登場し、ボルテールを旗艦とするジュール隊の指揮官として旧知のディアッカやシホなどを率いた。 ユニウスセブン落下テロ事件の際は、自らも専用のザクファントムに搭乗し出撃する。その戦場で偶然再会したアスランに食って掛かりながらも、ディアッカも加えた連携でテロリストやファントムペインのMSを退ける。
その暫く後、アスランの護衛としてニコル達の墓参りに同行。そこで自分が今でもザフトに属して地球軍と戦う理由を語り、アスランのザフトへの復隊を強く勧めた。
プラントと地球連合との開戦後は、プラント本国の防衛のため地球には降下せず、宇宙で地球連合軍との戦闘を続けていた。しかし、デュランダル議長によってロゴス打倒宣言が成されると、ただ連合と戦っていたこれまでよりも遥かに難しい局面の到来を感じつつ、その一方的な流れ(暗黙の誘導)自体に疑問も感じるようになり、「明かされたロゴスの企業製品の不買運動でもするんじゃないのか」等と今後議長が取るかもしれない策を茶化した会話をする年上の副官級らを「少しは自分でも考えろ!」と怒鳴り付けるほどの苛立ちも抱え始める。