A列車で行こう3D
2016年12月1日に発売。Newニンテンドー3DS本体の処理能力向上に合わせてゲーム内の処理も高速化・最適化などに対応させたもので、ゲーム内容に変更はない。無印とのデータ互換性はある。「NEW」専用ではなく従来の3DSでも遊べるが高速化の恩恵はない。
経過時間の高速化、地図の回転や3Dカメラモードの操作の快適化。
セーブ、ロードの時間短縮。
有料DLCの追加シナリオ(8シナリオ分)が最初から収録されている。
「New 3DS」に追加された新しいボタンに対応したショートカット機能。
従来の利用者(無印)には無料でアップデートが提供される。但し、有料DLCの追加シナリオは追加されない。