蟠竜丸
徳川慶喜を駿府に移送する際の乗艦として使用したのち、8月19日深夜(20日)には松岡磐吉を艦長として開陽丸・回天丸・神速丸・咸臨丸などとともに幕府海軍が投錨していた品川沖を脱出した。その際台風に巻き込まれて沈没寸前になったが、1ヶ月をかけて榎本海軍と合流を果たし、蝦夷地に渡り、箱館戦争においては榎本(箱館政府)海軍の主力艦となった。 寄贈した英国が「Emperor(寄贈当時、日本のトップは帝ではなく将軍であると認識されていたので、将軍を指す)」と命名していることからわかるように、将軍用遊覧ヨットとしての寄贈だったと思われるが、世情がそれを許さず軍艦に組み入れられ、実際に将軍(大政奉還後ではあるが)が初座乗したのが駿府へ移送される時だったというのは皮肉である。
一連の箱館戦争では、敵味方双方の文書に松岡艦長の操艦の巧みさと冷静な指揮ぶりが記録されている。艦砲射撃で松前城攻めなどを援護したのち、明治2年(1869年)3月25日の宮古湾海戦では、暴風雨に遭い、僚艦とはぐれた時に落ち合う約束だった鮫港(八戸)で待機したため参戦には至らなかった。この暴風雨の際も「艦長松岡磐吉は操船の名手で、ロープ1本損なわれなかった」と、乗っていた林董が書き残している。この帰路、新政府軍の甲鉄艦の追撃を受け、速力差(機関力の差)で逃げ切れないと観念し、一艦で接舷攻撃を挑もうと戦闘準備をするが、甲鉄艦の射程に入ったあたりで絶好の順風が吹き始め、帆走で追撃を振り切って箱館に戻った。
同年5月11日の箱館総攻撃(箱館湾海戦)では弁天台場や、機関故障のため走れず浮き砲台となった回天丸に援護されながら、一艦で新政府軍艦隊に応戦。