二重構造モデル
以上のように、先行する研究を踏まえつつ考察と仮定を重ねて二重構造モデルは構築された。二重構造モデルが1991年に発表されると、各方面に驚きをもって迎えられた。特に埴原は渡来人の影響を強く認め、その集団規模を100万人に及ぶ可能性があると指摘したため、考古学界から反発を呼んだ。いっぽうで埴原自身が「たたき台」と称したように、二重構造モデルは反証可能な作業仮説であり、各方面で研究・検証が活発に行われるようになった。尾本惠市は二重構造モデルが日本人起源論の新しい起点として受け入れられた理由について、研究者の直感に頼っていた人骨計測にコンピュータ解析による客観的な分析を採り入れたこと、渡来人の流入人口についてシミュレーションを行ったこと、分子人類学をはじめ多分野の研究を踏まえていることの3点を挙げている。また、溝口優司も統計学的な手法を日本人起源論争に持ち込んだ点を高く評価している。
後続した様々な研究のなかでも、2000年代以降に急激に発達したDNA分析技術は、日本人起源論に新しいデータを提供している。現代日本人に特有のミトコンドリアDNAハプログループのうち、N9bは北方系、M7aは南方系とされており、祖先集団は南北それぞれに起源をもつことが明らかになっている。またN9bとM7aはいずれも縄文人からも確認されており、縄文人を均質な存在とした二重構造モデルの前提を否定する結果となっている。