力場 (化学)
Forcefield_PTM - Chris Floudasと共同研究者によって開発されたタンパク質における一般的なアミノ酸の翻訳後修飾のモデリングのためのAMBERベースの力場およびウェブツール。ff03電荷モデルを利用しており、量子力学的回転表面に合うようにパラメータ化された複数の側鎖のねじれ補正を含む。
Forcefield_NCAA - ff03電荷モデルを使用した凝集相シミュレーションにおける一般的な非天然型アミノ酸のモデリングのためのAMBERベースの力場およびウェブツール。電荷は、対応する側鎖アナログの水和自由エネルギーと相関していると報告されている。
力場の基本関数形式は、共有結合で結ばれた原子と関係する結合項ならびに長距離静電力およびファンデルワールス力て描写される非結合項を含んでいる。これらの項の具体的な分解は力場に依存するが、加法的な力場における全エネルギーに対する一般的な形式は E total = E bonded + E nonbonded {\displaystyle \ E_{\text{total}}=E_{\text{bonded}}+E_{\text{nonbonded}}} と書くことができる。共有結合および非共有結合の寄与は以下の総和で与えられる。
E bonded = E bond + E angle + E dihedral E nonbonded = E electrostatic + E van der Waals {\displaystyle {\begin{aligned}E_{\text{bonded}}&=E_{\text{bond}}+E_{\text{angle}}+E_{\text{dihedral}}\\E_{\text{nonbonded}}&=E_{\text{electrostatic}}+E_{\text{van der Waals}}\end{aligned}}}