RCDマジョルカ
1990-91シーズン、マジョルカはベスト8でバレンシアCFを、準決勝でスポルティング・デ・ヒホンを下してアトレティコ・マドリードとのコパ・デル・レイ決勝に進出した。クラブとしては史上初めての決勝進出となったが、延長111分のアルフレド・サンタエレナの決勝ゴールによってタイトル獲得を逃した。
1997年、クラブの監督にまだ欧州での指導経験が皆無だったアルゼンチン人のエクトル・クーペルを招聘した。クーペルは前年にアルゼンチンのCAラヌースでコパCONMEBOL優勝を果たしていたことを買われての就任だった。就任1シーズン目のコパ・デル・レイでは、クラブ2度目となる決勝進出を果たしたものの、PK戦の末FCバルセロナの前に敗戦し、またもメジャータイトルに手が届かなかった。リーグ戦では好調を維持し続け、5位でフィニッシュした。また、コパ準優勝により出場権を得たスーペルコパ・デ・エスパーニャでは因縁の相手バルセロナに2戦合計3-2で勝利し、クラブ創設以降初めてとなるメジャータイトルを獲得した。翌1998-99シーズン、バルセロナがリーグ戦とカップ戦の2冠を達成した影響を受け、リーグ戦5位だったマジョルカにUEFAカップウィナーズカップ出場権が回ってきた。この大会では、KRCヘンクやチェルシーFCを下して決勝に進み、SSラツィオとの試合に臨んだ。7分にクリスティアン・ヴィエリのゴールで失点するも、直後の11分にダニ・ガルシアのゴールで試合を振り出しに戻した。同点のまま試合終了と思われた81分、ラツィオの中心選手だったパベル・ネドベドのゴールを許し、1-2で敗戦を喫した。
2012-13シーズン、リーグ最終節のバジャドリード戦で4-2で勝利したものの、17位のセルタに勝ち点1及ばず、リーグ最終節にしておよそ17シーズンぶりのセグンダ・ディビシオン降格が決定した。セグンダ降格後のマジョルカは資金難に苦しんでおり、2015-16シーズンは満足いく補強が出来ずにいたため、セグンダ・ディビシオンB降格の危機が迫っていた。2016年1月6日、NBAに所属するフェニックス・サンズのオーナーでもあるユダヤ人実業家ロバート・サーヴァーがマジョルカの株式を購入し、正式にマジョルカのオーナーとなった。買い取り額は2000万ユーロと報じられ、株式保有者には元NBAプレーヤーでカナダ代表選手だったスティーブ・ナッシュらがいる。
2017年6月4日、リーグ戦1試合を残して1981年以来となるセグンダB降格が決定した。2017-18シーズン、新たにビセンテ・モレノを招聘したマジョルカはセグンダ昇格を賭けたプレーオフでCFラージョ・マハダオンダを下し、1シーズンでのセグンダ復帰を決めた。翌2018-19シーズンには続投したモレノ監督の下、躍進を続けて2部2位でシーズンを終えた。2位で終えたことでデポルティーボ・ラ・コルーニャとの昇格プレーオフに臨み、2戦合計3-2で2シーズン連続の昇格を成し遂げた。ラ・リーガ残留を目標に掲げて参戦した2019-20シーズンだったが、その願いも虚しくわずか1シーズンで再びセグンダへと降格した。2020-21シーズン、再びセグンダに降格したマジョルカはクラブの監督をルイス・ガルシアに据え、リーグ最終節にUDアルメリアがFCカルタヘナに敗れたことで1シーズンでのラ・リーガ復帰を成功させた。