核膜孔
有糸分裂の期間中に、核膜孔複合体は段階的に解体されるように見える。核膜孔複合体のの解体は、まず周縁部に位置するNup98の解離を契機として開始され、核膜孔複合体の核を形成する足場タンパク質に先駆けて、周縁部のサブユニットの解離が起こるようである。この周縁部の解体は大部分がリン酸化によって駆動されるものであると考えられている。この部分的な解体に伴う構造の変化によって核膜孔複合体の透過性が増加し、細胞質のチューブリンなどの核膜の解体に関与するタンパク質や、有糸分裂の調節因子が核内に進入することが可能になる。糸状菌 Aspergillus nidulans のような semi-open型有糸分裂 (核膜の完全な解体は起こらないが、核膜孔の変化は起こる) を行う生物では、NIMAやCdk1キナーゼの活性化によって30種類のヌクレオポリンのうち14種類が核となる足場構造から解離し、核膜孔が広く開き、有糸分裂調節因子が核内に進入する。完全なclosed型の有糸分裂を行う生物でも、有糸分裂期に核膜孔の透過性の変化が起こるが、その機構は不明である。
RNAの核外輸送には、RNAの種類ごとにさまざまな経路が存在する。RNAの核外輸送は、輸送に関与するRNA結合タンパク質に存在するNESのシグナルによって媒介される (ただしアダプタータンパク質を持たないtRNAは除く)。mRNA以外の細胞のRNA (tRNA、rRNA、U snRNA、miRNA) やウイルスRNAの輸送はRanGTPに依存する。mRNAの核外輸送には、保存されたmRNA核外輸送因子が必要である。核外輸送因子はMex67/Tap (大サブユニット) とMtr2/p15(英語版) (小サブユニット) である。高等生物では、mRNAの核外輸送はスプライシング依存的であると考えられており、TREXと呼ばれるタンパク質複合体がスプライシングを受けたmRNAへリクルートされる。RNA結合能が非常に弱いTAPに対するアダプターとしてTREXは機能する。ヒストンのような特別なmRNAには、スプライシングに依存しない代替的なmRNA核外輸送経路が存在する。近年の研究結果から、分泌タンパク質やミトコンドリアのタンパク質をコードする遺伝子の転写産物に関しては、スプライシング依存的な核外輸送経路と代替的な経路との連携が行われていることが示唆されている。