熊本総合車両所
2021年(令和3年)4月1日現在の配置車両は以下のとおり。
800系電車(48両) 0番台の6両編成5本(U001 - U004・U006編成)、1000番台の6両編成2本(U007・U009編成)、2000番台の6両編成1本(U008編成)が配置されている。U009編成をのぞき、すべて川内から転属したものである。 「つばめ」を中心に運用されるが、一部の「さくら」にも使用される。 U005編成は2016年(平成28年)4月14日に発生した熊本地震で被災、2018年(平成30年)3月18日付で廃車となっている。
N700系電車(88両) 8000番台の8両編成11本(R1 - R11編成)が配置されている。全車が新製時からの配属である。 「みずほ」「さくら」を中心に運用されるが、一部の「つばめ」「ひかり」「こだま」にも使用される。
このほか、構内専用としてアント工業製車両移動機が配置されている。