第一次コンゴ戦争
東部の民族間の緊張は、数世紀にわたって続いていた(特に、土着の農耕民族とルワンダから度々移住する半遊牧のツチとの間のものが知られている)。加えて、ツチの一部は東部の原住民でもあり、コンゴ自由国設立以前の1880年代には既に移住していたが、さらにベルギーの植民地となった1908年以降、労働者として強制移住の対象ともなっていた。これに加えて、1959年に万聖節の騒乱(英語版)(ルワンダ革命)によってフツがルワンダで優勢となって以降に新たに流入していた。コンゴ共和国として独立を果たす1960年までに流入したツチは、バニャムレンゲとされ市民権を与えられた。独立後の流入者はバニャルワンダ(英語版)として知られたが、ザイールにおいて両者はしばしば区別されず、バニャルワンダと同様にバニャムレンゲもまた外国人として考えられていた。
1965年のモブツ政権樹立後、少数民族であるバニャムレンゲを優遇することでより多数派の民族による反政府活動を抑え、東部支配の礎とすることをもくろんだ。これは民族間の緊張を悪化させるものであり、様々な機会にそれは露呈していた。1963年から1966年にかけて、北キヴ州でフンデ語(英語版)及びナンデ語を使用する複数の民族がルワンダから流入したフツ・ツチの双方と戦ったルワンダ人戦争(英語: Kanyarwandan war)でいくつかの虐殺が発生した。
1981年には市民権の制限が行われ、バニャムレンゲ及びバニャルワンダの市民権と全ての参政権が抹消された。
しかし、ルワンダの真意は不明瞭であった。何人かはキャンプの解体に続いて国籍を問わずツチをルワンダに強制送還したことから、難民キャンプの解体は、虐殺によって枯渇したルワンダの労働力確保の目的があったことを指摘している。介入の動機には、幾分かは報復の意味合いがある。ルワンダ軍とAFDLは共にフツの難民キャンプで知られているだけでも数回の虐殺を行っている。一般に指摘される要因としては、 キガリに新政府を樹立したばかりのルワンダ愛国戦線がツチ国家の守護者であり、ザイールの同胞に対してもその一部であると自らを見なしたことがある。別の可能性として、ルワンダがザイール東部を欲した可能性がある。1994年から2000年まで大統領を務めたパストゥール・ビジムングは、アメリカ合衆国の駐ルワンダ大使ロバート・グリビン(Robert Gribbin)に、「大ルワンダ構想」を語ったことがある。これは、古代ルワンダがザイール東部を領有しており、この地域がルワンダ領になるべきとするものであった。ただし、ルワンダが現実的な領土要求を行ったことは無い。コンゴの紛争の歴史においてしばしば資源の違法取得が行われてきており、ルワンダもまた略奪により富を得てきたが、この目的はルワンダの動機としては大半の人々に否定されている。