長命寺
三重塔(重要文化財) - 高欄擬宝珠銘から慶長2年(1597年)の再建と判明する。こけら葺きで全面丹塗(にぬり)とする。和様の一般的な三重塔であるが、初重の両脇間に連子窓を設けず板壁とすること、初重に和様には珍しく腰貫を用いる点が特色である。初重内部は須弥壇を設け、胎蔵界大日如来像(安土桃山時代)と四天王像(鎌倉時代)を安置する。大日如来像は像底の銘から天正17年(1589年)、七条大仏師康住とその子の大弐の作とわかる。本堂の東方、やや小高くなったところに建つ。
納札堂
三仏堂(重要文化財) - もとは元暦元年(1184年)に佐々木定綱が建立したもの。今の建物は永禄年間(1558年 - 1570年)の再建と推定されるが、江戸時代の寛政5年(1793年)に改造されている。堂内に釈迦如来立像・阿弥陀如来立像・薬師如来立像の三仏を安置する。本堂のすぐ西側に建つ。入母屋造、檜皮葺き、丹塗の堂。
渡廊下(三仏堂・護法権現社拝殿の重要文化財附として) - 三仏堂と護法権現社拝殿とを繋ぐ。永禄年間(1558年 - 1570年)の建立。
護法権現社 - 本殿は一間社流造で江戸時代後期の建立。長命寺の草創説話にかかわる武内宿禰を祀る。
天神詞
護法権現社拝殿(重要文化財) - 入母屋造檜皮葺。
長命寺本堂へは、湖岸から808段の石段の参道を登る。登りには約20分を要するが、現在は本堂近くまで自動車道が整備されている。主要堂宇は屋根を瓦葺きでなく檜皮葺きまたはこけら葺きとしており、独特の境内風景を形成している。本堂裏の「六所権現影向石」や「修多羅岩(すたらいわ)」をはじめ、境内各所に巨岩が露出しており、かつての巨石信仰の名残と考えられている。
本堂(重要文化財) - 寺の文書から室町時代・大永4年(1524年)の再建と判明する。入母屋造、檜皮葺き。桁行7間・梁間6間の和様仏堂である(ここでいう「間」は長さの単位ではなく、柱間の数を意味する)。手前の奥行3間分を外陣、後方の奥行3間分を内陣及び後陣とする。内陣須弥壇中央には秘仏本尊を安置する厨子を置き、厨子外の向かって左に毘沙門天立像(重要文化財)、右に不動明王立像が立つ。厨子も堂と同時代の造営で、重要文化財の附(つけたり)指定となっている。渡廊下で三仏堂と繋がっている。
六所権現影向石 - 武内宿禰がここに祈りを捧げ、三百歳の長寿を得たという。
閼伽井堂
護摩堂(重要文化財) - 屋根上の露盤の銘から慶長11年(1606年)の再建と判明する。本堂と三重塔の間に建つ宝形造、檜皮葺き、方三間の小堂。