デストロン (トランスフォーマー)
ヘッドマスターズと呼ばれる新種のTFが参入。当初は今までと同じくガルバトロンが指揮を執っていたが、彼が行方不明の後戦死、その後釜としてメガザラックが全軍を掌握する。
デストロンは、軍事用ロボット群「ミリタリー・ハードウェア」を祖先とする種族であり、サイバトロンとの対立は1000万年前からに及ぶ。トランスフォーム能力を得たのはサイバトロンより後である。
開戦当初、デストロンは軍事用ロボットを祖先にしており、サイバトロンを圧倒する火力を搭載していた。しかし、指揮系統の欠如によりその能力を活かすことができずにいた。それが980万年前にメガトロン/Megatronの誕生で激変した。彼は各地のデストロンを力で屈服させ、自らを頂点とする強力な指揮系統、支配体制を築き上げた。これにより、弱点の解消されたデストロンはさらに威厳を増し統率の取れた「デストロン軍団」へと変貌し、飛躍的に勢力を拡大させていくこととなった。
400万年前、メガトロン率いる一団がサイバトロンのエネルギー探索の阻止を図った際、サイバトロンともども地球に不時着し、1985年(番組スタート時を舞台をしているため、アメリカ版は1984年)まで機能を停止、軍団覚醒後は地球でのエネルギー奪取を主目的とするようになる。
しかし、この機能を停止している間、サイバトロン、デストロン内の他のトランスフォーマーでの戦い(『ビーストウォーズ 超生命体トランスフォーマー』、『ビーストウォーズメタルス 超生命体トランスフォーマー』)が行われ、同作品では、スタースクリーム、サウンドウェーブなどが休止状態で出演している。この時はG1からの遺伝子であるジャガーが出演した。
なお、メガトロンらが旅立った後のセイバートロン星では、防衛参謀レーザーウェーブの率いる軍団が戦局の維持にあたり、デストロン優勢の状態が続いている。
サイバトロンが地球人との関係を良化していったこと、デストロンの暴虐により、デストロンは地球人から敵視されている。しかし、ショーン・バーガーやDr.アーカビルなど、少数ながらデストロンに味方する地球人も存在する。その後、『マスターフォース』における人間と機械体が融合するTF=ゴッドマスターの誕生により、地球人でありながらデストロン兵士となった者も出現している。
ただし、ダニエルと親交を結んだシックスショットや地球の街で土建業者を始めた恐竜戦隊のように、中には地球人と和解した例もある。