ベルナティオ
利用率や利益率などは高く、2006年に年間9万6千人が宿泊。しかし、第三セクターゆえ、平成17年度からの「固定資産の減損会計に係る会計基準」が導入され、約300億の土地購入・施設設備等の投資のうち、土地等について資産計上時のままとなり、時価と簿価の含み損が拡大。約100億を越す損失処理を行い、財務状態の健全化、収益体制の強化を図る必要に迫られた。そのため2008年(平成20年)4月、「ホテルインターコンチネンタル東京ベイ」を運営する株式会社ホスピタリティ・ネットワークに運営を委託することになった。
ホテル開業14年目の2009年8月26日にホテル宿泊者100万人を達成。2009年利用実績では年間宿泊は 90,200人、ゴルフ場 21,100人、その他来場(宴会等) 118,300人、イベント来場 35,500人の合計 265,100人が来場するリゾート地に発展している。
2011年3月19日より、長野県北部地震、東日本大震災、福島第一原子力発電所事故により避難した被災者への温泉の無料開放、救援物資、ホテルでの宿泊受け入れなどの支援策を実施。
2014年4月1日より運営会社を株式会社ナクアホテル&リゾーツマネジメントに移換。2015年度には宿泊人数が10万人となった。
2016年10月運営委託を終了し直営化する。2016年度には、宿泊人数12万人となった。