自衛隊情報保全隊
なお、外国籍の配偶者に関する個人情報を情報保全本部が収集することについては、その配偶者が外国の諜報員だという可能性もある事例も想定されるためであり、いわゆるハニートラップ対策としての性格も含まれているとされる(近年、日本の情報コミュニティにおいては、この種の事案に対する対策が強化される方向にある)。直接の要因は海上自衛隊における特別防衛秘密流出事件でアメリカから防諜体制の不備が懸念され、航空自衛隊のF-X選定や、ミサイル防衛の中核を担う海上自衛隊のイージス艦のアップデートに支障が出た事が大きいとされる。
紆余曲折を経て、防衛省は陸海空自衛隊の情報保全隊を防衛大臣直轄の常設統合部隊として新設することを2008年度予算編成で認められたが、当該年度中には実施されなかった。また、名称は情報保全本部から自衛隊情報保全隊(自衛隊指揮通信システム隊と同列の部隊)に改められた。第171回国会閉会の2009年7月21日付で同隊の設置を含む自衛隊法施行令が改正され、8月1日付で統合幕僚長から隊旗授与、編成を完結した。隊司令には将補が、中央及び地方部隊の長には1佐が充てられている。なお、派遣隊等内部組織の詳細については公表されていない。また、情報保全本部構想時の「防諜委員会」は同日、統合幕僚監部運用部運用第1課内に「カウンターインテリジェンス室」として設置された。
田母神俊雄や佐藤正久の講演会に現職自衛隊員が参加していたかどうかを調査するため、当該講演会に保全隊員が潜入し監視を行ったことや、「隊友会」など自衛隊OBらが多数出席する新年会(賀詞交換会)において、自由民主党総裁の谷垣禎一が出席時間を遅らせるよう要請された上祝辞を後回しにされるように保全隊が関与したことが判明。これら一連の行為は民主党政権下の2010年11月に発出された事務次官通達以降に行われたため、自由民主党と公明党は、民主党政権による言論統制及び思想の自由侵害にあたるとして、防衛大臣・北澤俊美の問責を含め、第177回国会において徹底追及する構えを見せた。
当時の「陸上自衛隊情報保全隊」が様々な市民活動を監視していた問題についても差し止め訴訟に発展している。
本部は陸自各方面総監部所在駐屯地に所在。隊長は1等陸佐(二)。防衛大臣の承認を得て、情報保全派遣隊を部隊等又は施設等機関等の所在地に配置。