モスラVSバガン
大森一樹によって検討稿が書かれたあと、キャラクターデザインも発注され、特撮監督の川北紘一によってストーリーボードも用意されていた。しかし、『vsビオランテ』では新怪獣ビオランテのキャラクターの弱さが東宝社内で指摘され、「スター怪獣ゴジラでも対決物興行が難しい」という結果が出た以上、さらに新怪獣とモスラの組み合わせではキャラクターが弱かろうとの判断が下された。また、ゴジラを登場させる意見も根強く残った。この結果、代わって企画されたのが、一方の男児のアンケートで人気NO.1のキングギドラとゴジラを対決させる内容の『ゴジラvsキングギドラ』(1991年)だった。
ゴジラシリーズとの関連性を持たせるため、『vsビオランテ』に登場した三枝未希の再登場も予定されており、本作品の名残から『vsキングギドラ』以降の平成ゴジラVSシリーズに彼女が登場し続けることとなった。大森は、ストーリーのイメージとして東南アジアが舞台である山田正紀の小説『謀殺の弾丸特急』を参考にしたという。
この『モスラVSバガン』の企画を大改稿したのが後の『ゴジラvsモスラ』(1992年)であるが、本来はモスラを『モスラVSバガン』で復活させ、ラストで復活したゴジラとモスラが戦う『ゴジラvsモスラ』へ続ける予定であった。
その後も『ヤマトタケル』(1994年)の続編企画や平成モスラシリーズでのバガンの登場が検討されたが、いずれも実現には至っていない。