インドネシアによる東ティモール侵攻
1976年4月までに、インドネシアは東ティモールに35,000人の兵士を、さらに1万人をインドネシア領西ティモールに待機させた。これらの兵力の大部分はインドネシアの精鋭部隊で構成されていた。これに対し、フレティリンは正規兵2,500人、非正規兵7,000人、予備役1万人の計2万人を動員した。
1976年7月17日、スハルト政権は東ティモールをインドネシアの「第27番目の州(東ティモール州(英語版))」として併合することを公式に宣言した。この併合は国際的には無視されたが、1978年1月にオーストラリアが留保付きで承認した。
スハルトは8月に「フレティリンはまだ力を持っている」と認め、インドネシア情報機関は9月、フレティリンのゲリラがまだ5,000人いると推定した。
1977年、アメリカ製の対ゲリラ攻撃機OV-10がインドネシア軍によって導入され、東ティモール側はますます劣勢となった。1977年9月から1979年3月にかけては「包囲殲滅作戦」と称した徹底的な軍事作戦を展開した。
1978年12月31日、侵攻初日より東ティモール第2代大統領を務めていたニコラウ・ドス・レイス・ロバト(英語版)がインドネシア軍により殺害された。優秀な司令官でもあったロバトを失った東ティモールの軍事行動はこれ以降、かろうじて拠点を有する山岳地帯に限られることとなった。