和牛
また、中国在来牛(チベット青海黄牛)のハプログループでは、北方系牛(Bos taurus)型が多数を占めるがインド系牛(Bos indicus)型やヤク型も含まれ、Bos taurus型のうち、やはりT3は62%と優勢であると報告されている。このように東アジアの現生牛でT4が優勢を占めているのは日本だけである。
さらに日本短角種の約46%で、希少なハプログループPも検出されている。Pは絶滅したヨーロッパのオーロックスで多く検出されているが、現生の家畜牛では、データベースに存在する数千個体のうち、中国牛1と韓国牛2の合計3個体でしか見つかっていない。
日本短角種は南部藩領(南部藩と八戸藩)で飼育されていた南部牛にアメリカから輸入したショートホーン等を交雑させて作られた品種だが、ショートホーンからはPは検出されておらず、南部牛に由来すると考えられている。
内村兵蔵『旧南部産馬由緒考目録』(1899年)に、「或曰(あるいわく)」として、享徳3年(1454年)、田名部領主・蠣崎蔵人信純が謀反を企て、家臣・峯ノ坊を蒙古、韃靼、魯西亜(ロシア)へ派遣して、翌4年(1455年)正月、各国の大都督と共に帰国し、軍馬数百頭(数千頭とも)、牛畜百頭を輸入し、盟約を結んだとある。南部牛の祖先はこのとき輸入された牛とする見解がある。
しかし、これの出典になったと思われる『東北太平記』には、輸入の記述は見当たらない。
2018年7月に和牛の受精卵と精液を中華人民共和国に不正に持ち出そうとしたとして、大阪府内の焼肉店経営者らが家畜伝染病予防法違反容疑で2019年3月に大阪府警察に逮捕された。徳島県の畜産農家がこの経営者らに受精卵を提供していた模様である。
『続日本紀』に、「出雲牛、農耕に適す」、「五島牛、農役に適す」、「但馬牛、耕転、輓用、食用に適す」との記述があるという説が広まっているが、『続日本紀』にはそのような記述はなく、これは戦後広まった誤説である。
平安時代、牛の用途は、まず輓用(ばんよう)、すなわち牛車を引くことであった。この用途に優れた牛は駿牛(すんぎゅう)と呼ばれ、名牛として知られる牛もあった。弘安2年(1279年)頃に成立したと見られる『駿牛絵詞』は、世界最古の牛の専門書とも言われている。同書では駿牛として52頭の牛の名が記されている。産地別に列挙すると、筑紫14、越前10、丹波4、大和4、御厨3、但馬2、河内2、出雲・相良・周防・京各1、不明9である。
当時、駿牛としては筑紫壱岐島産の牛の評価が高かったが、元寇の際に蒙古軍が牛を殺して食用にしたため、一時壊滅的な被害を被った。
『駿牛図』(13世紀)には、当時の名牛10頭が描かれていたが、現在は断簡に分かれ、そのうち8頭の絵が伝わる。また『国牛十図』には、品種とまではいかないが、10頭の牛が産地別に描かれている。
鎌倉時代から室町時代にかけて、西日本を中心に牛馬耕がさかんになり、農業の発展に大きく寄与した。応永30年(1423年)の公文(荘官)の非法を述べた農民の訴状に、「百姓我牛にて我地をすき候時」とあり、農民が牛を所有して牛耕を行っていた様子がうかがえる(『高野山文書』)。