ハリサウルス亜科
エオナタトルとハリサウルスがごく近縁であるとの記載により、2属は新たにハリサウルス亜科に分類された。彼らの研究はハリサウルス亜科がより派生的なモササウルス科の姉妹群であることを支持した。エオナタトルの記載以降、ハリサウルス・オルトリエビとハリサウルス・ワルケリはそれぞれフォスフォロサウルスとプルリデンスとして独立した。
2017年5月に Tiago R.Simões が行ったモササウルス科の主要な系統解析では、ハリサウルス含むハリサウルス亜科はモササウルス科全体ではなくモササウルス亜科の姉妹群された。これはハリサウルス亜科はがラッセロサウルス類(ティロサウルスやプレシオプラテカルプスなどの属)よりもモササウルス亜科に近縁であることを示している。
以下のクラドグラムはフォスフォロサウルス・ポンペテレガンスの記載の間に行われた小西卓哉らの2015年の解析に基づき、当解析ではハリサウルス内におけるフォスフォロサウルス・ポンペテレガンスの系統的位置関係が示された。この研究においては疑問名のハリサウルス・オンコグナトゥスとプルリデンスは除外されている。