昌平坂学問所
前述のように、昌平黌は維新政府に引き継がれ「昌平学校」と改称された後、1871年(明治4年)に閉鎖されたが、教育・研究機関としての昌平坂学問所は、幕府天文方の流れを汲む開成所、種痘所の流れを汲む医学所と併せて、後の東京大学へ連なる系譜上に載せることができる。
1790年(寛政2年)、いわゆる「寛政異学の禁」により幕府の教学政策として朱子学が奨励された。その一環として、聖堂を林家の家塾とする従来の位置づけを改めることとし、1797年(寛政9年)までに「聖堂学規」や職制の制定など制度上の整備を進め、幕府の直轄機関「昌平坂学問所」(昌平黌)を設置した。
1792年(寛政4年)9月に湯島聖堂の仰高門内に講舎が落成すると、旗本や家人を問わず幕臣とその子弟の学問吟味を行うこととされた。
1817年(文化14年)には学問奨励のため17歳から19歳までの者に対して毎年素読吟味を行うこととされた。昌平坂学問所の教師は林門に限られていたが、やがて林門以外の儒者による講義も行われるようになった。外部から招聘された者に尾藤二洲や古賀精里がいる。また、聴講入門も幕臣に限られなくなり、陪臣・浪人・町人にも許可された。