綾瀬川
20世紀半ばまでホタルが飛び交うほどのきれいな川であったが、高度成長期には生活排水や工業排水が流入し水質が悪化した。近年は徐々に回復し、コイやフナ、サッパ、スズキなどが増えてきている。2007年にはアユも確認された。上流域では用水堰が設けられ、農業用水としての利水もある。
1980年から15年連続で全国の一級河川水質ランキングのワースト1位にランキングされ、水質の改善は進んではいるが、2004年の調査で日本一汚れた川(2010年の調査では2年連続でワースト1位)となるなど、他の河川と比べると更なる改善が必要とされている。現在、埼玉高速鉄道線のトンネルを活用して荒川の水を引き込み、芝川などと同様、綾瀬川に注ぐことで水質を改善する工夫が行われている。
2006年には、公共用水域環境基準を超えるダイオキシン類が環境省により検出され、対策が検討されている。支流の古綾瀬川の底質ダイオキシン類対策についても先進的な取り組みがなされている。
原市沼川
深作川
大橋井堰用水
新堀排水路
黒谷川
末田落
五才川
一の橋放水路
末田用水
出羽堀
綾瀬川放水路
古綾瀬川
伝右川
毛長川
垳川
花畑運河
古隅田川