JR四国1000形気動車
土讃線:全線
土佐くろしお鉄道ごめん・なはり線:全線
高知地区ではトイレ設置の有無で運用が分かれていたが、トイレが全車に設置された現在は共通運用となっている。
高知地区の運用は高知以西中心の運用であったが、徳島地区への1500形配置に伴って2006年(平成18年)6月1日・2008年(平成20年)10月15日に合計13両が高知運転所に転配され、後免 - 土佐山田間の運用が増加している。2016年3月26日のダイヤ改正以降、須崎 - 窪川の普通列車は全列車1000形に統一された。土讃線のホームかさ上げ工事の完成に伴い、2011年3月12日のダイヤ改正より、琴平 - 佃・阿波池田 - 土佐山田間でも運用が開始された。
牟岐線の阿南駅以南では2008年度 - 2009年度に嵩上げ工事が行われ、2010年3月13日より運用を開始した。2008年に一時期、阿南駅 - 桑野駅でも使用されていたが、当時は阿波橘駅のホームが嵩上げされていなかったため、通過していた。また、鳴門線でも2010年度にホームの嵩上げ工事を行い、2011年3月12日から運用が開始された。
2012年3月17日のダイヤ改正では、徳島運転所から1010、1011が高知運転所に転属している。
高知配置車の2次車以降と徳島配置車の一部の車両には「アンパンマン」のキャラクターステッカーが前面に貼付されていたが、後に剥がされている。
2016年3月26日のダイヤ改正において、徳島運転所から1008・1009が高知運転所に転属している。また、土佐山田以北の国鉄型がすべて置き換えられた。
2018年3月17日のダイヤ改正において、1008が再度徳島運転所に転属している。これにより徳島線から国鉄型運用が消滅した。
2019年3月に1009が、2021年3月に1002が高知運転所から徳島運転所に転属している。
サンライズ瀬戸が琴平まで延長運転を行う場合、電力容量の問題から1200形が高松 - 琴平で運用されることがある。
2022年11月27日より、1200形気動車の1両が阿佐海岸鉄道DMV(デュアル・モード・ビークル)をデザインしたラッピング車両となり約1年間の期間限定で高徳線・牟岐線・徳島線・鳴門線で運行を開始した。
2023年3月18日のダイヤ改正において、徳島運転所から1002が再度高知運転所に転属している。これにより、土讃線土佐山田 - 高知と伊野 - 須崎から国鉄型車両の運用(定期列車に限る)が消滅した。(土佐一宮 - 高知については高知運転所までの回送列車が平日のみ運転されている。)