君臣共治
だが、実際の歴史の流れにおいて、より大きな変化を見せたのは臣下の方であった。古代においては、臣は朝廷に仕えて人民を支配する豪族及びその後身である貴族階層のみを指すと考えられてきた。だが、次第に武士が台頭するようになり、武家の棟梁として仰がれた軍事貴族が幕府を開き、武士が幕府を通して君臣共治に参画するようになる。『愚管抄』や『神皇正統記』が非難した武士による天皇廃立も武士の側から見れば、武士こそが治者として「悪王」を排斥して「正統」を擁護する立場を自覚させるに至った。幕府の崩壊後に成立した明治政府は、大日本帝国憲法によって表面上は君臣共治を否定して天皇を万世一系・神聖不可侵と定義したが、中正派が求めた天皇親政論を排除するという複雑な経緯を辿った。和辻哲郎は論文「日本の古来の伝統と明治維新後の歪曲について」(1959年)の中で明治維新が天皇制の伝統を否定して「天皇の軍人化」を進めたと批判したが、実際に明治維新が進めた王政復古が旧来の朝廷のあり方を否定(「朝廷の解体」)して、皇位継承の法制化を進めた(これは皇位継承の安定化を進めたが、一方で君臣共治の原則において存在していた天皇にも資格を有するという概念を排除することになった)。一連の矛盾を天皇主権に反しない形で論じたのが天皇機関説であった。そして、主権在民を定めた日本国憲法の制定においてもその根拠を「君臣共治」に求める(1946年8月24日の衆議院における北昤吉の賛成意見)など、近世・近現代に至るまで影響を与えた。