中世における異端審問
12世紀ごろから、聖職者の違法な婚姻をはじめとした腐敗が目立つようになったのを背景として、新たな「異端」運動が広がりを見せた。中世における異端審問の最大の目的は、こうした新たなセクトを根絶することにあった。それゆえ異端審問の開催地は、カタリ派とヴァルド派という二大異端が活発なイタリアとフランスに集中した。
異端活動の告発を審議する権限は常に司教にあったが、何が異端であるかという定義が明確でなかったため、司教たちは他の司教と協議したり、ローマに助言を求めたりした。それに対して教皇庁は、教皇特使(英語版)を派遣して対応した。この特使は当初は司教に助言する立場に過ぎなかったが、後に異端審問を行う上で重要な役割を担うようになった。
インノケンティウス3世の時代、カタリ派やヴァルド派の拡大を阻止すべく、プロヴァンスやライン川沿いのドイツの各地に教皇特使が派遣された。グレゴリウス9世の時代から、異端審問の手続きが正式に取り決められ始めた。
インノケンティウス3世は、これらの修道会を己の異端に対する戦いへと組み込んだ。1231年、グレゴリウス9世はドミニコ会士やフランシスコ会士を中心に教皇異端審問官 (Inquisitores haereticae pravitatis)を任命し、ヨーロッパ中いたる地域に派遣した。この任に当たった托鉢修道士(英語版)たちは旅慣れしていた。むやみやたらに行われた司教審問の段取りと異なり、教皇審問は徹底的かつ組織的に行われ、詳細な記録が残された。そうした教皇審問の記録の中には、中世の農民が語った言葉がそのまま残されている文書も存在する。このような法廷はフランスやイタリア、またドイツの一部でも開かれていたが、14世紀前半までに姿を消した。
グレゴリウス9世は当初、カトリックの教えから外れた信仰を持つ者を拾い集め、正統教義に導くための例外的な法廷を意図していた。そこでは、異端が己の考えの誤りに気づき、ローマ・カトリック教会に復帰することが期待されていた。ただグレゴリウス9世もカトリックのコミュニティを異端の伝播から守る必要があることは認識しており、もし頑なに異端的考えを捨てないものがいれば、世俗権力のもとに引き渡した。世俗の法も教会法と同じく、異端を公共に対する罪と見なしていたからである。世俗権力は不服従を貫こうとする異端に、火あぶりを含むそれぞれ独自の処罰を与えた。数世紀にわたり、何世紀にもわたって、裁判は様々な形で行われ、魔術を含む様々な異端を調査し、撲滅していった。
英仏百年戦争中の1429年春、神の声が聞こえてそれに従っていると称する女性ジャンヌ・ダルクが現れ、フランス王太子シャルル(7世)の軍を率いて、オルレアンの解放を皮切りにパテーの戦いなどで目覚ましい勝利を重ねていった。しかし彼女の進撃はしばらくして行き詰まり、ジャンヌは1430年春にイングランドの同盟者ブルゴーニュ公の軍によって捕らえらえた。12月、ジャンヌの身柄は、イングランド王ヘンリー6世が大陸における戦争の総司令部を置いていたルーアンへ移された。そしてピエール・コーション司教のもと、ジャンヌは異端の嫌疑をかけられ教会法廷で裁かれることとなった。
ジャンヌの異端裁判は政治的な思惑に左右された。コーションはフランス人ながら1418年以来イングランドに仕えており、フランス陣営で活躍したジャンヌに敵愾心を抱いていた。他の裁判にかかわった者たちも同様であった。彼女の名声を貶めイングランド軍の士気を高めるべく、ジャンヌの勝利は悪魔の仕業であるという論理がたてられた。そのためジャンヌは異端審問に委ねられることとなったのであるが、異端審問官たちはこの裁判を自ら始めたわけではなく、実際のところ裁判の期間を通して乗り気でなかった。
ジャンヌには70の罪状が突きつけられた。その中には、異端や男装(兵士の服や甲冑を着るなど)の罪も含まれていた。