社会科学の哲学
しかし、こうした精緻な研究にもかかわらず、実証主義は「科学主義(scientism)」という概念と長く混同されてきた。科学主義とは、自然科学の方法論が哲学、社会科学、その他の別を問わず、あらゆる学問分野に適用可能だとする主張である。
現代では、社会科学者や歴史家の間で、正統的実証主義の人気が廃れて久しい。今日、社会科学や物理科学の研究者は観察者バイアスと構造的制約によって研究結果が歪みを帯びるという事態に自覚的である。この種の懐疑主義が促進されたのは、トマス・クーンのような哲学者の仕事や批判的実在論、ネオプラグマティズムといった新たな哲学的運動によって科学の演繹的説明モデルが弱められてきたことによる。
実証主義はまた、科学技術による社会発展の必然性を信じる所謂「テクノクラート」らによって擁護されてきたとされ、ユルゲン・ハーバーマスは純粋な道具的合理性を「科学的思考法がイデオロギーそのものに似た何かへと変貌した」ことを意味するものだとして批判した。
デュルケーム、マルクス、ウェーバーの三者は現代の社会科学の父祖としてたびたび引用される。心理学では、実証主義が行動主義に好まれてきたという歴史がある。