台湾出兵
台湾出兵に対しては、政府内部やイギリス公使パークスやデロングの後任のアメリカ公使ジョン・ビンガム(John Bingham)などからは反対意見もあった。特に、参議木戸孝允らの長州系は「征韓論を否定しておきながら、台湾への海外派兵をおこなうのは矛盾である」として、4月18日に木戸は参議の辞表を提出して下野してしまった。そのため、政府は一旦は派兵の中止を決定した。
しかし、西郷従道は独断での出兵を強行し、長崎に待機していた征討軍約3,000名を出動させた。
国立公文書館が所蔵している公文書によると1874年4月4日、三条実美により台湾蕃地事務局が設置される。(以後の任命は当時太政大臣であった三条実美からの奉勅となっている)同年4月5日、台湾蕃地事務都督に西郷従道が任命される。同年4月6日、谷干城と赤松則良に台湾蕃地事務局参軍と西郷従道を輔翼し成功を奏する事を任命される。同年4月7日、海軍省から孟春艦、雲揚艦、歩兵第一小隊、海軍砲二門と陸軍省から熊本鎮台所轄歩兵一大隊砲兵一小隊の出兵命令が命じられる、という経緯になっている。
5月6日に台湾南部に上陸すると台湾先住民とのあいだで小競り合いが生じた。5月22日、台湾西南部の社寮港に全軍を集結し、西郷の命令によって本格的な制圧を開始した。6月3日には牡丹社など事件発生地域を制圧して現地の占領を続けた。戦死者は12名であった。しかし、現地軍は劣悪な衛生状態のなか、亜熱帯地域の風土病であるマラリアに罹患するなど被害が広がり、早急な解決が必要となった。マラリアは猖獗をきわめ、561名はそれにより病死した。
1871年(明治4年)10月、宮古島から首里へ年貢を輸送し、帰途についた琉球御用船が台風による暴風で遭難した。乗員は漂流し、台湾南部に漂着した。船には役人と船頭・乗員合計69名が乗っていた。漂着した乗員66名(3名は溺死)は先住民(現在の台湾先住民パイワン族)に救助を求めたが、逆に集落へ拉致された。
先住民とは意思疎通ができず、12月17日に遭難者たちは集落から逃走。先住民は逃げた者を敵とみなし、次々と殺害し、54名を斬首した(宮古島島民遭難事件)。12名の生存者は、漢人移民により救助され、台湾府の保護により、福建省の福州経由で宮古島へ送り返された。明治政府は清国に対して事件の賠償などを求めたが、清国政府は管轄外として拒否した。翌1872年(明治5年)、琉球を管轄していた鹿児島県参事大山綱良は日本政府に対し、責任追及の出兵を建議した。1873年(明治6年)には備中国浅口郡柏島村(現在の岡山県倉敷市)の船が台湾に漂着し、乗組員4名が略奪を受ける事件が発生した。これにより、政府内外で台湾征討の声が高まっていた。