ガルーダ・インドネシア航空
また、アメリカ連邦航空局(FAA)も、全てのインドネシアの航空会社は安全面の水準がICAOの基準に合わないとされ、2007年4月頃にはガルーダ・インドネシア航空の搭乗予定者(特に米国人)に注意を呼びかけていた。更にスカイチーム加盟航空会社との提携も旅客・貨物ともすべて中止していた。
ジャカルタまたはデンパサールを起点に、2009年をめどに再びロンドンやアムステルダム、フランクフルトへの3路線への就航を計画し、2008年2月にボーイング社に最新機材を大量発注した上、2007年以降に大きな事故がないことからEU域内への乗り入れ禁止解除を要望していた。しかし、2008年7月24日のリリースで「安全対策がまだ不十分」として却下されたが、1年後の2009年7月14日のリスト更新で同社の管理体制が国際基準の安全性を満たしているとして、他3社と同時に2年ぶりに禁止が解除され、2010年6月よりジャカルタ - ドバイ - アムステルダム線に再就航した。
創立時からほぼ、全世界の主要都市に乗り入れていたが、1997年のアジア通貨危機により、マニラ・ホノルル経由ロサンゼルス便率いる北米線と欧州線のほとんどが廃止された。
2代目塗装の復刻塗装(2011年に撮影)
スカイチーム塗装
2代目塗装から3代目塗装へ移行する際に作られた特別塗装機
3代目塗装の復刻塗装(インドネシア政府専用機)
同社は一部の長距離便で、独自の入国審査プログラム「機内入国審査プログラム」を実施していたが、2015年1月7日で終了した。これは、搭乗前にインドネシアの査証代金を支払い、機内にて到着査証の発給と入国審査を同乗する入国審査官が行い、到着後は専用ブースを通ってインドネシアに入国できた。