天正4年興福寺別当相論
ただし、処分者に関して甘露寺経元は処分を免じられている説(『公卿補任』異本)や広橋兼勝(広橋家当主・日野輝資の兄)が処分されたとする説(『東大寺大仏殿尺寸并私日記』)もある。信長は6月29に誠仁親王に瓜を進上するにあたって、烏丸光康・飛鳥井雅教両大納言に充てた書状には自分の意向が天皇に伝わらずに禁裏(天皇)の御外聞を失わせたことで信長も面目を失ったと、無念の思いを記している。前述の親王の瓜の御礼と共に出された謝罪の書状の背景はこうした信長の心情を前提にしたものと考えられる。
兼深は翌天正5年(1577年)9月に興福寺に戻ることが許されている。その年の12月に13年ぶりに開かれた維摩会で兼深が探題を務め、一方講師を務めた尋憲は師匠である尋円の譲りを受けて209代別当に任じられた。しかし、天正13年(1585年)11月20日に尋憲が急逝すると、兼深は再び別当に立候補する。当時の藤氏長者である近衛信輔やその弟である一乗院尊勢への働きかけが功を奏したことや兼深が探題を務めたことで異論を挟む余地がなくなったこともあり、同年12月2日に兼深が210代別当に任じられた。
この事件における信長の姿勢について、信長が朝廷の訴訟に介入して、公家の処罰を行っていることから、信長が朝廷全般に介入してその権限を犯していく過程と捉える見方が強い。しかし、朝廷側の不手際によって信長が介入せざるを得なかったとする見方もある。また、本件で重要なことは信長はあくまでも伝統に則った正しい手続で人選と任命が行われることを一貫して求めており、最終的にそれに則した形で解決をみていることである。