ドミニオン戦争
2370年、シスコは息子のジェイクとフェレンギ人のクワークとノーグと共にガンマ宇宙域の惑星でキャンプをするが、ボルタ人のエリスがドミニオンの兵士であるジェムハダーに追われている所に出くわしシスコとクワークは捕まってしまう。ジェムハダーが地球人やフェレンギ人ではなく戦闘種族のクリンゴン人と会いたかったと発言するなど、アルファ宇宙域の世界について詳しいことにシスコは驚かされる。シスコを捕らえたジェムハダーはワームホールを超えてDS9の司令室に出現し、ドミニオンのテリトリーを犯すガンマ宇宙域への探索や進出を辞める様に警告するが、惑星連邦の士官は探索を辞めるつもりはないとこれを拒否する。ドミニオンはガンマ宇宙域探索の拠点であるベイジョーの植民星で虐殺を行ったと告げ、今までに撃墜した宇宙船のリストを副司令官のキラ少佐に手渡し「もう二度とワームホールの向こう側に来るな」と言った後にビーム転送で消え、船でワームホールの向こう側へと消えた。エリスの協力で脱出したシスコは連邦の宇宙艦隊に助けられるが、その際U.S.S.オデッセイがジェムハダーの戦闘艇の自爆突撃により撃墜される。DS9に戻ったシスコはエリスがドミニオンのスパイであり、今までの出来事は全て仕組まれていたと気づきエリスを拘束しようとするが「これから何が起こるのかお楽しみね」と言い残してドミニオンの技術を使った長距離ビーム転送で逃げてしまう。シスコ達はドミニオンが技術力と強力な軍隊を持っている事を認識し、ワームホールを超えてやってくるのなら、最初の戦場がDS9になるだろうと確信し決意を固める。
しかし、付近の月に武器ステーションのエネルギー発生機が設置されていたことを突き止めたディファイアントは、キラ・ネリス少佐指揮の下、他の宇宙艦隊・クリンゴンの艦と編隊を組み発生機の破壊に向かう。月に設置された強力な防御グリットに攻撃が阻まれ、逆に武器ステーション等から攻撃を受け、数隻の艦が破壊されるものの、マイルズ・オブライエン・チーフの提案で、発生機のエネルギーマトリックスに惑星連邦のワープサインを付けたうえで、武器ステーションの標的システムを狂わせ、発生機を攻撃、月ごと破壊させることに成功する。エネルギーの発生源を失った武器ステーションは、起動を停止。同盟軍は、武器ステーションを破壊しつつ、チントカ星系への侵攻を成功させ、地上軍の投入を準備する。しかし、侵攻作戦は成功したものの、ディファイアントの帰還したDS9では、ワームホールの消失及び他の全ての発光体の変色により預言者に見放されたのではないか、との動揺がベイジョー人の間に広がっていた。また、シスコは、艦隊士官として初めて職責を果たせなかっただけでなく、預言者の警告を無視してカーデシアに赴いたためにデュカットを阻止できず、部下で友人でもあったジャッジアを失い、ワームホールを消失させてしまったのではないか、との自責の念を感じていた。シスコはワームホールを元に戻すための方法や自己の行く末について考えを整理するため、息子ジェイクと共にDS9を後にし地球の実家に帰省するのであった。