本駒込駅
島式ホーム1面2線を有する地下駅である。地上への出入口は3か所ある。東大前側の出入口からは改札まで若干の距離がある。ホーム階と改札階およびコンコース階と地上をそれぞれ連絡するエレベーターが設置されている。当駅の建設工事は、延長268 m、最大幅員14 m、最大掘削深さ21 mにも及ぶ大規模な開削工事となった。
目黒駅寄りの出入口は、当時ビルの建設計画があったことから、本駒込SOビル(地上11階・地下1階建て・1991年建築)との合築方式となっている。また、エレベーター出入口用地は、文京区から提供された文京区立駒本小学校の用地を使用している。