船の科学館
2011年10月より展示休止中。
建物自体が英国のクルーズ客船「クイーン・エリザベス2号」をモチーフにした大型客船の形をしている。展示内容も実物の船の構造にあわせ、1階が機関関連展示及び船の歴史、ブリッジを模した構造の6階が操舵室関連展示になっていた。1階の中心に設置された巨大な船舶用ディーゼルエンジンは実物で、館建設の過程で搬入設置したものである。船の煙突・マストに相当する部分は展望台になっており、航海訓練所の練習船や南極観測船の出港に際して展望台への信号旗掲揚 (UW旗)と汽笛吹鳴での見送りが行われていた。
また、東京港内の信号所を制御して航行管制を行う東京海上保安部交通管制室が本館3階にあり、開館中は業務風景をガラス越しに見学できた。
6F - 展示室(操舵室)、操船シミュレーション
5F - 多目的ホール「ホールマーメイド」
4F - レストラン「海王」、多目的ホール「マリンホール」
3F - 展示室(日本の船の歴史)、ラジコン船コーナー、東京海上保安部港内交通管制室
2F - 展示室(船の役割)、潜水艦コーナー
1F - 展示室(船の歴史・構造)、多目的ホール「オーロラホール」
B1F - 展示室(海洋開発)
2011年10月1日以降も南極観測船「宗谷」と屋外展示物の公開を行っており、2017年までは体験教室プールで各種イベントを開催していた。また、2012年1月2日からは新設されたMINI展示場にて本館収蔵資料の展示公開を開始し、2020年現在「別館展示場」と呼んでいる。2016年には隣接地での東京国際クルーズターミナル建設に伴い、「宗谷」の展示場所を対岸桟橋に移動した。
宗谷、別館、屋外展示ともに入場無料。