西肥自動車
相浦駐屯地 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - 佐世保市総合医療センター入口 - 松浦町国際通り - 佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 鹿子前入口 - 日野中央 - 沖田自衛隊入口 - 相浦駐屯地 佐世保市による「佐世保市地域公共交通持続化実施計画」における利便性向上策の一環として、同市からの委託により、循環運行と相浦地区 - 中心市街地間の速達運行を一体化した社会実験として、2023年3月31日までの期間限定で運行された。 愛宕町 - 佐世保市総合医療センター入口間は西九州自動車道(相浦中里IC - 佐世保中央IC)、佐世保市総合医療センター入口 - 鹿子前入口間はSSKバイパスを経由するが、SSKバイパスについてはさせぼバス委託運行便とは異なり、ミニッツパーク入口 - 鹿子前町間は停車しない。西九州自動車道から周るルートとSSKバイパスから周るルートがあり、1日5往復の運行となる。西九州自動車道を経由するため、長崎空港線と同じトップドア車両(立席なし・シートベルト着用)での運行であった。
平戸桟橋 - 平戸口桟橋 - 松浦駅前 - 伊万里 - 唐津大手口 - 前原 - 博多バスターミナル(快速特急) 1992年まで昭和自動車と共同運行していた。かつてYOKAROが代替路線バスを運行をしていたが、現在はさつき観光が運行している。
伊万里市と西松浦郡有田町のコミュニティバスも受託運行している)
佐世保駅前営業所 させぼバスを参照
矢峰営業所 させぼバスを参照
黒髪営業所 させぼバスを参照
この他に、北部営業所管轄は柚木・大加勢・佐世保駅前バスセンター(いずれも佐世保市)に、東部営業所管轄は島地(佐世保市)、川棚(東彼杵郡川棚町)、嬉野(嬉野市)に、平戸営業所管轄は草積(平戸市)に、伊万里営業所管轄の松浦・福島(どちらも松浦市)に、新上五島営業所管轄の有川・奈良尾(どちらも南松浦郡新上五島町)に現地出退勤の車庫がある。以前は相浦・江迎・世知原・西海橋(いずれも佐世保市)、内海(波佐見町)、志々伎(しじき。平戸市)にも車庫があった。
かつては、早岐・大野(どちらも佐世保市)・平戸口(旧北松浦郡田平町)・大村(大村市)・武雄(武雄市)にも営業所があったが、順次廃止された。このうち早岐営業所(現・宮崎橋バス停)は現在の東部営業所に移転、跡地はイオンタウン早岐になった。大野営業所(現・大野バス停)は現在の北部営業所に移転、跡地は大野モールになった。平戸口営業所は、路線・車両は大野・平戸・伊万里の3営業所にそれぞれ移管され、跡地は平戸市役所田平支所になっている。大村営業所跡地はパチンコ店ダイナム、武雄営業所跡地はマックスバリュを経てザ・ビッグ武雄店になっている。
2014年10月より、佐世保市内からの路線については新たに行先・経由番号を表示するようになった。 方面をアルファベット、行先を番号で表示し、さらにハイフンの後に経由番号を表示する形となっている。(例えば、日野峠経由相浦桟橋行の行先表示番号は"M1-1")
西肥バスの行先・経由番号については、外部リンクを参照されたい。
青方-江の浜・頭ヶ島教会線
(青方 - )有川港ターミナル - 有川 - 赤尾 - 友住 - (江の浜) - 頭ヶ島天主堂 頭ヶ島天主堂を発着する便は平日1日3往復・土休日1日2往復の運行となっている。 有川港ターミナルから青方へ足を延ばす便、また青方から江の浜へ向かう便も運行されている。
有川-阿瀬津-鯛の浦線
有川港ターミナル - 有川 - 箒山 ( - 阿瀬津) - 鯛の浦
青方 - 上五島高校前 - 箒山 ( - 阿瀬津) - 鯛の浦 - 干切(ひぎれ)
有川-太田線
有川港ターミナル - 有川 - 太田
有川-高井旅-奈良尾線
(有川港ターミナル - )青方 - 相河桟橋 - 今里 ( - 今里峠) - 浜の浦入口 - 郷の首 - 白魚(しろお)入口 - 高井旅 ( - 奈良尾幼稚園)( - 奈良尾医療センター)( - 奈良尾港ターミナル) - 奈良尾支所前 - 奈良尾車庫前 国道384号の道路改良により一部区間の経路変更や短絡化が行われているが、旧道の今里峠を経由する便もある。 旧奈良尾町内では経由地が複数存在するため、奈良尾幼稚園入口・奈良尾医療センター・奈良尾港ターミナルを経由しない便、また通過バス停の順番が前後する便もある。 2022年3月31日までは平日のみ1日1往復、上五島病院前 - 青方 - 白魚入口 - 若松港ターミナル間を結ぶ便も運行されていたが、2022年4月1日より予約制乗合タクシー「Smart GOTO」の導入に伴い運行休止となった。
奈良尾-浜串線
(平戸口駅 - 平戸桟橋 - 川内 - 紐差 - ふれあいセンター入口 - 平戸市民病院 - 平戸高校前) - 下中津良 - 前津吉入口 - 志々伎 - 宮の浦 平戸島内を縦断する路線である。昭和時代は平戸桟橋 - 志々伎間に急行も運転されるなど、島内の主要路線となっていた。 2021年9月30日をもって末端部の平戸高校前 - 宮の浦間が廃止され、平戸ふれあいバス(前出)に代替された。
(江迎 - )口の里 - 大屋( - 大加勢) 2009年10月1日廃止。