島原港駅
単式ホーム1面1線を有する地上駅。無人駅であり、自動券売機の設置はない。
1997年(平成9年)の交換設備廃止前は相対式ホーム2面2線であった。使用されなくなったホーム・線路は現存しているが、駅舎との間の構内踏切が埋められているため立ち入りできず、線路も分岐器部分が撤去・分断されている。
2008年(平成20年)5月現在、列車停止標識が駅構内の終端部(かつての加津佐方)に設置されている。旧加津佐方面はカーブしており見えにくいが、車止めが設置されている。また、当駅以南の廃止以前は折り返し設備がなく列車の折り返しができなかったため、諫早方から来た当駅止まりの列車は深江駅まで回送されて折り返していた。
早朝・夜間の列車は車庫のある島原船津駅発着となるため、島原鉄道の他の駅と比べて初列車が遅く、終列車が早い。
駅舎(2013年撮影、旧駅名時代)
旧駅舎(2007年撮影)