第一次ネオ・ジオン抗争
降下したネオ・ジオンにより、地球連邦政府のあるダカールは占拠された。グリプス戦役によって戦力が疲弊しきっていたエゥーゴと地球連邦軍はこれを食い止めることが出来ず、ネオ・ジオンは旧ジオン公国軍残党やティターンズ残党の一部をも配下に収める勢いを見せる。さらには、ミネバを担ぎ上げたパレードやパーティーを行い、力を見せ付けた。
一方、地球に降下したアーガマは、ダカールを挟撃しようとしているカラバと合流するため待機。ガンダム・チームは一足先に別行動を取ることとなる。ガンダム・チームは迂回中に、砂漠で一年戦争終結時よりザビ家復興を待ちつづけていたロンメル隊と交戦、撃破してダカールに着く。ダカールでジュドーはリィナと再会するが、ハマーンの銃撃から盾となって庇ったリィナが負傷。出撃するジュドーを送り出すためリィナはプルに案内されて小屋に避難するが、撃墜機の落下爆発に巻き込まれたリィナが生死不明となってしまう。
劇場版『機動戦士Ζガンダム A New Translation』では、グリプス戦後にアクシズの指導者ハマーン・カーンが事態が沈静化するまで艦隊を地球圏から撤退させると宣言している。このため、『機動戦士ガンダムΖΖ』の冒頭エピソードとは整合性は取れておらず、事実上のパラレルワールドになっていると考えられる。
統率者を失ったネオ・ジオンに於いて、連邦軍に投降しなかった部隊は各地に潜伏。あるものは反連邦系セクトらと結託しゲリラ化した。生き残った正規軍のうち最大派閥であるダンジダン・ポジドン少将を中心とする一派は、のちの「シャアの反乱」(第二次ネオ・ジオン抗争)まで多数の戦力を温存することとなる。一方、地上に残された戦力は宇宙への脱出を試みるべく各個に撤退を開始した。それを阻む連邦軍との激戦が各地で勃発している。
また、これとは別にハマーンの妹セラーナ・カーン外務次官を中心とする穏健派勢力は、連邦政府との和平交渉に臨んだとされている。しかし和平交渉は決裂、セラーナは追撃してきた強硬派との戦闘で行方不明になったという。
エゥーゴ所属部隊は地球連邦軍の正規部隊として組み入れられる形で発展的に解散した(主にロンド・ベル隊に配属されたと言われている)。 カラバは、ハヤトが第一次ネオ・ジオン抗争で戦死し、アムロ・レイは第一次ネオ・ジオン抗争に参戦せず地球連邦軍のロンド・ベル隊に属している。
なお、主人公ジュドーはこれらの政治的動きにかかわることなく、ルーとともにグリプス戦役後中断していた木星エネルギー輸送船団に参加。生きていたリィナや仲間に見送られつつ「巣立って」いった。
グリプス戦役終了から7日後、宇宙世紀0088年2月29日、アクシズはミネバ・ラオ・ザビを戴き、新たなるジオン「ネオ・ジオン」を僭称。各コロニーへ進軍、制圧を開始する。彼らにとって最大の障害は、パイロットの大半を喪失したとはいえ、未だ健在であるエゥーゴの旗艦アーガマであった。アーガマ追討命令はハマーン・カーンへの個人的忠誠心の強いマシュマー・セロを指揮官とするムサイ級新造艦(新訳Ζガンダムではアクシズの主力艦として既に実戦配備されていた模様)エンドラ隊に下される。カミーユ・ビダンの個人的事情(精神疾患)を知らないネオ・ジオンにとって彼とΖガンダムは戦局を一変させかねない力を持っているとみなされた。マシュマーはΖガンダムの撃墜または鹵獲とアーガマ撃沈を当初の作戦目標とする。
雑誌企画『ガンダム・センチネル』では、このコロニー進軍前後(つまり宣戦布告前後)に地球連邦軍教導隊の一部将校が起こした「ペズンの反乱」において、月のエアーズ市から脱出したニューディサイズを回収、保護して廃棄予定だったモビルアーマー、ゾディ・アックを譲渡した上でニューディサイズを追撃してきたα任務部隊の足止めを行っている。
ネェル・アーガマはサイド3宙域でネオ・ジオンに襲われる難民船を救助する。だが、この船にはジュドーに興味を抱いていたハマーンが自ら潜入していた。ネェル・アーガマは手近な中立コロニー、タイガーバウムに入港するが、そこで好色な総監スタンパ・ハロイに女性メンバーとハマーンを含む女性難民を拉致される。ジュドーたちはスタンパが個人的に収集していた旧ジオンのMSでかつてのジュドーたちのような地元の不良少年ルナンたちと協力して彼女達を取り返すが、そこでアッガイを駆るハマーンと直接対峙、一戦を交える。