ムハンマド・ムルシー
エジプト革命後に行われる大統領選挙には当初、自由と公正党は同胞団副団長だったハイラト・シャーテルを擁立した が、シャーテルは2011年3月に服役を終えたばかりであった。大統領選挙出馬のためには刑期終了から6年以上経過している必要があるとして失格とされ、異議申し立ても却下された。
その結果、シャーティルが失格となる可能性があったことから、念のため立候補の届け出をしていたムルシーが、自由公正党の候補となった。5月22日及び23日に行われた第一回目の投票で1位(得票数5,764,952票、得票率24.78%)となり、上位二人による決選投票へ駒を進めた。
第1回の得票率は25パーセントに満たなかったが、決選投票では、世俗、リベラル、左翼の諸勢力も、反アフマド・シャフィークのために結束。決選投票翌日の6月18日には独自集計により勝利宣言を行った(対立候補のアフマド・シャフィーク元首相はこれを認めず)。6月24日、選挙管理委員会により大統領選挙の勝者と正式に認定された。得票数は13,230,131票(得票率51.73%)。この当選に伴い、ムスリム同胞団及び自由と公正党から脱退した。
2% との比較から見ればさほど低いものではない。また、比較的反対派(世俗派)が強い都市部中心に行われた第1回投票で賛成票が多数を占め賛成派の勝利が確定的となったことから、イスラーム主義の支持が強い地方部中心の第2回投票での投票率が伸び悩んだ可能性もある。
経済・財政
大統領としての任期中に2000億ドルの直接投資を受け入れるとの公約を掲げていたが、達成には程遠い状況となった。大統領就任後の9か月間での直接投資はわずか14億ドルにとどまり、公約との間で極めて大きな乖離が生じていた。また、燃料の安定供給を図るとの方針を打ち出したが、外貨不足により実現できず、燃料不足による停電が頻発、給油所には長蛇の列が生じるなど国民生活にも影響が及んだ。さらに、ムバラク政権下の警察国家により抑えられていた政府活動、宗派対立、通常犯罪が増加し、治安が急速に悪化し、観光業収入や直接投資の急激な落ち込みで外貨不足となった。ムルシー政権下では、初めて外貨準備が150億ドルを下回り、輸入額の3倍を割り込む危機的状況となった。財政再建にも踏み切れなかったため国際通貨基金からの援助も得られないまま、通貨が急落し、食料品などの価格が急騰した。その結果、物価水準が一年で10%も上昇するなど混乱が生じ、失業率の上昇、経済成長率の鈍化、など経済指標は悪化の一途をたどった。経済成長率は、ムバーラク政権崩壊直後にマイナス4.3パーセントまで落ち込んだのちも大きな改善を見せなかった。
政権末期の2013年には既に危機的状況になっていた外貨準備がさらに悪化し、インフレーションも加速した。また、ポピュリズム政策として少なくとも70億円に及ぶ債務免除を「国民へのプレゼント」として農民に対し行い財政状況をさらに悪化させたり、最低賃金を急激に上昇させ、経済的混乱に拍車をかけた。
以上のような報道や指摘があるが、インフレ率はムルシー政権成立前の2008年から2011年は全て10%以上の上昇を示しており、ムルシー政権成立後に上昇しているわけではない(2012年に限れば7.1%と改善している)。また、GDP成長率は、会計年度2012/13の1-3四半期(ムルシー政権発足後9ヶ月間)の成長率は2.3%であり、前年度同期の1.8%より上昇している。さらに、観光客数は2012年は前年比17.1%増、2013年1-3月期は政権発足以前の前年同期比で14.6%増となり 観光収入も政権発足後9ヶ月間で前同期比で約14%増加し、2013年上半期の輸出額は、前年同期比17%増となり 貿易赤字も縮小ており、国際収支赤字は、政権発足後の9ヶ月(2012年7月-2013年3月)で、前年同期比81.2%縮小する など、改善していた。また、外貨準備は、政権発足時の2012年6月(大統領就任は6月30日)の時点ですでに155.3億ドルの水準まで下落していたのであり、2013年5月には外国からの支援もあって160億ドルの水準を回復していた。また、歳出規模から見れば70億円は大きな額ではない。公務員の最低賃金引き上げが行われたのは、ムルシー政権発足1年も前の2011年6月のことである。
これに対して、反大統領派からは「新たなファラオと化した」(立憲党のエル=バラダイ)など独裁化を懸念する批判の声があがり、翌23日にはこの決定に反発する抗議運動が各地で行われ、いくつかの都市では自由公正党の事務所が襲撃された。新条項の内容は、大統領決定の憲法例や法令に異議申し立てが出来ず、司法機関から上院に当たる諮問評議会と憲法制定委員会の解散権をはく奪。また、大統領が国家と革命を守るために必要な措置を講じることが可能というもの。
新条項は、2011年から2012年にかけた行われた人民議会選挙でイスラーム主義勢力(同胞団だけでなくヌール党やワサト党も含む)が約7割を占める圧勝した結果としてイスラム主義者で起草委員が占められた新憲法起草員会に対し、裁判所が違憲判決を出すことを防ぐ目的であったが、新憲法案の採決及び大統領の承認の手続きを済ませたため当初の目的を達し有名無実化。 12月8日には、大統領令が司法判断の対象になるとする新たな憲法令を出し、11月に出した憲法令を撤回した。 しかし裁判所の介入を強権的に回避して作成された新憲法案に反発したリベラル派やコプト教徒、野党連合が拒否する中で、新憲法案への国民投票を強行。
その後、憲法起草委員会で採決された新憲法案が12月15日及び22日に国民投票にかけられ、63.8%の賛成を得て承認された ものの、リベラル派やコプト教徒、野党などは憲法起草のやり直し及び大統領退陣を求め、国民投票を拒否しており、投票率は33%にとどまったと指摘する者があるが、実際には反対派は直前になりボイコットから反対投票への呼びかけに戦略を転換しており、33%という数字も2011年の憲法改正投票における投票率の41.