宇佐山城
その間、宇佐山城は坂本で連合軍の攻撃を受けていたが可成の家老である各務元正らが城兵を指揮して抵抗。24日に信長が大津から坂本に兵を進め救援に現れるまでついに落城しなかった。24日の戦いで浅井・朝倉連合軍に死者1千名以上が出たという。この時信長は宇佐山城に入城したと思われ、翌25日追いつめられた浅井・朝倉連合軍は、壺笠山城や比叡山などに封じ込まれる格好となった。
その後、信長は延暦寺の僧を呼び寄せ、山門領の返還を条件に懐柔を試みるが、これを受け入れることは無かった。これが比叡山焼き討ちを起こす原因になったと『信長公記』に記されている。長期戦になるかと思われたが、同年12月14日浅井・朝倉連合軍と織田軍は和議を結ぶことになる。『戦国の大津』によると、
陣払い小屋悉く放火 — 言継卿記
とあることから、「これは推定にしか過ぎないが、このとき信長は陣所の宇佐山城を焼き払い退陣したと考えられる」として、和議の条件として宇佐山城の破却があった可能性を示唆している。
しかし比叡山焼き討ち前には、明智光秀がこの城を拠点に土豪の懐柔策を進めており、湖西地区の重要な役割を果たしていた。比叡山焼き討ち時には、宇佐山城に信長が入城したようである。比叡山焼き討ちで武勲をあげた光秀は坂本の地を与えられ、坂本城を築いて移ったため宇佐山城は廃城となったのではないかと考えられている。