マルコス・アロンソ・ペーニャ
現役を引退後、アロンソはすぐに指導者に転身した。指導者キャリア初の仕事は、1994年から始まり、当時アトレティコ・マドリードの監督を務めていたホルヘ・ダレッサンドロのアシスタントコーチだった。翌年の1995年10月、ラージョ・バジェカーノから監督就任の打診を受け、自身初となる監督に就いた。シーズン途中就任だったが、序盤こそ安定した成績を残すも、4月からの4連敗などもあって、5月5日のレアル・バリャドリード戦を最後に解任された。
1996-97シーズンは、古巣ラシン・サンタンデールを指揮。フルシーズンを戦い42試合11勝17分14敗とまずまずの結果を残した。1998年には当時セグンダ・ディビシオンに降格していたセビージャFCの監督に就任。プリメーラ復帰が絶対条件だったクラブにおいて、昇格プレーオフを経て、セビージャをプリメーラ復帰に導いた。翌シーズンもセビージャの指揮を執ったが、2000年3月に解任された。
2000年10月、当時セグンダに落ち、低迷していたアトレティコ・マドリードの監督に就任した。リーグ第6節からの采配となり、昇格が期待されたが、4月に成績不振によってまたもや解任されてしまった。その後アトレティコは立て直し、CDテネリフェと同点の勝ち点74を稼いだが、テネリフェとの得失点差1によってプリメーラ昇格を逃してしまった。
アトレティコ・マドリード退任以降は、レアル・サラゴサやレアル・バリャドリード、マラガCFを率いたが、2008年のグラナダ74CF解任以降は監督業から離れた。
2シーズン目は、自身のキャリアハイ、そしてキャリア唯一のリーグ2桁得点となる12ゴールを叩き出し、チームトップの得点数を稼いだ。翌1984-85シーズン、バルセロナは実に9シーズンぶりとなるリーガ優勝を達成したが、アロンソ自身はスティーブ・アーチボルドの加入などもあって出場機会を減らした。出番の減少はその後も続き、1986-87シーズン終了後にバルセロナを退団した。
1987年7月、古巣のアトレティコ・マドリードに復帰した。加入当初こそリーグ26試合で2ゴールとまずまずの成績を残したものの、2年目に膝に大怪我を負い、シーズンわずか3試合の出場、3年目には冬の1月までリーグ戦出場が皆無になるなど、構想外のような扱いを受けた。その1989-90シーズンの冬の移籍市場でアトレティコを去り、CDログロニェスに加入した。しかし、ログロニェスでも状況が好転せず、シーズン終了後およそ半年でログロニェスを退団した。
1991年4月、フリーとなっていたアロンソは自身がプロデビューを果たしたクラブ、ラシン・サンタンデールに加入した。当時セグンダB所属と、低迷した古巣への復帰となったが、怪我の影響などもあって満足いく出場機会が得られず、シーズン終了時にクラブを去り、31歳で現役を引退した。一方、ラシン・サンタンデールはセグンダBで優勝を果たしてセグンダ昇格を決めている。