ラビリンチュラ綱
不等毛藻がもつ色素体の起源は、クリプト藻やハプト藻がもつ色素体の起源と同一であるとする仮説があり (クロミスタ仮説)、この仮説ではラビリンチュラ類の祖先も紅藻由来の色素体をもっていたがそれを二次的に失ったとされる。しかし2020年現在、ラビリンチュラ類が色素体をもっていたことを明らかに支持する証拠は得られておらず、ラビリンチュラ類が光合成生物に由来したか否かは明らかではない。
ラビリンチュラ綱の中には、ラビリンチュラ目とヤブレツボカビ目が認識されている。ヤブレツボカビ類のいくつかの属 (Schizochytrium, Ulkenia など) について分類学的再編成が行われ、その過程でヤブレツボカビ類は単系統群ではないことが示唆されており、一部の属 (Aplanochytrium, Oblongichytrium) はヤブレツボカビ目から除かれるようになった。また糸状仮足をもつアメーバ類として扱われていたいくつかの生物が、ラビリンチュラ綱を構成する別の系統群 (アンフィトレマ目、アンフィフィラ目) であることが示唆されている。このようなラビリンチュラ綱内の分類については、分子系統学的解析や生活環のパターン、微細構造、多価不飽和脂肪酸やカロテノイドの組成などに基づいて行われている。また環境DNAの研究からは、ラビリンチュラ類の中に実体不明の系統群が多数存在することが示されている。既知種の系統仮説の一例と、2021年現在の分類体系の一例を下に示す (下図、下表)。
2020年現在では、これらの生物を合わせてラビリンチュラ綱 (ラビリンツラ綱 Labyrinthulea;ラビリンチュラ菌綱、ラビリンツラ菌綱 Labyrinthulomycetes) に分類することが一般的となっている。さらに独立の門 (ラビリンチュラ門、ラビリンツラ門 Labyrinthomorpha;ラビリンチュラ菌門、ラビリンツラ菌門 Labyrinthulomycota) として扱われることもある。一方で多数の遺伝子塩基配列に基づく系統解析からは、捕食性鞭毛虫である Pseudophyllomitus がラビリンチュラ類に近縁であることが示唆されており、両者をあわせてサゲニスタ門または亜門 (Sagenista) に分類することもある。また環境DNAの研究からは、実体不明であるいくつかの系統群 (MAST-4, 7, 8, 9, 10, 11, 20) がラビリンチュラ類に近縁であることが示唆されている。ストラメノパイルの中には、菌類的な吸収栄養生物であるグループとして他に卵菌類が存在するが、ラビリンチュラ類と卵菌類は近縁ではない。
ストラメノパイルの中では、不等毛藻は紅藻由来の色素体をもつが、ラビリンチュラ類や卵菌、オパリナ、ビコソエカ類などそれ以外のグループは全て従属栄養性であり色素体をもたない。