灘駅
1917年(大正6年)12月1日:国有鉄道東海道本線の灘駅(初代) - 三ノ宮駅間に新設開業(旅客営業のみ)。同時にその初代「灘駅」は東灘駅に改称。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化によりJR西日本の駅となる。
1988年(昭和63年)3月13日:路線愛称の制定により、「JR神戸線」の愛称を使用開始。
1995年(平成7年) 1月17日:阪神・淡路大震災により、営業休止。 2月20日:当駅 - 神戸駅間が営業再開。 4月1日:住吉駅 - 当駅間が営業再開。これにより、JR神戸線は全線で営業再開。
1997年(平成9年) 3月8日:JR神戸線標準接近メロディ「さざなみ」導入。 11月29日:自動改札機を設置し、供用開始。
2002年(平成14年)7月29日:JR京都・神戸線運行管理システム導入。
2003年(平成15年)11月1日:ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。
2006年(平成18年)11月:駅舎建て替え工事着工。
2009年(平成21年)9月23日:橋上駅舎およびエレベーター、エスカレーター、多目的トイレが供用開始。
2012年(平成24年)3月19日:折り返し設備が供用開始。
2015年(平成27年)3月12日:入線警告音の見直しに伴い、接近メロディをJR神戸線標準接近メロディ「さざなみ」の音質見直し版に再び変更する。
2018年(平成30年)3月17日:駅ナンバリングが導入され、使用を開始する。
2022年(令和4年) 9月30日:みどりの窓口の営業を終了。 10月1日:みどりの券売機プラス稼働開始。
旧駅舎(1942年)
旧駅舎北口の印象的なデザイン。新駅舎のモチーフに取り入れられている。
旧駅舎南口
自動改札機と自動精算機は新型のもの(JR西日本アーバンネットワーク内の2008年以降の新規開業駅と岡山・広島エリアに設置されているもの)に置き換えられたが、液晶画面型の発車標とみどりの券売機は旧駅舎の南改札にあったものが、券売機は南北の改札のものがそれぞれ流用された。
工事は二期に分けて行われた。第一期工事は2009年秋に完了し、改札を含む新駅舎の使用開始と同時に仮駅舎と跨線橋の使用が終了された。自由通路は2009年9月22日正午から、改札内施設は9月23日始発から、一部の飲食店舗は10月26日から使用が開始された。第二期工事は、仮駅舎と跨線橋の撤去およびホーム屋根などの改良、物販店舗や自由通路の一部(東側の階段・エスカレーター)などで、コンビニエンスストア、飲食店舗、クリーニング店、銀行ATMなどが2010年12月20日に、自由通路東側の階段、エスカレーターが2011年3月26日に使用を開始した。南側の西にJR灘駅ビルが完成し、1階にドラッグストアの他、2階から4階は医院などが入る。また今まで南側になかったエスカレーターが設置された。