根本敬
『花ひらく家庭天国』青林堂、1983年
『Let's go 幸福菩薩』JICC出版局、1985年
『固い絆のブルース』青林堂、1985年
『学ぶ 村田藤吉学級日誌』河出書房新社、1986年
『生きる 村田藤吉寡黙日記』青林堂、1986年
『生きる2』青林堂、1986年
『天然・甲篇』青林堂、1988年
『天然・乙篇』青林堂、1988年
『怪人無礼講ララバイ』青林堂、1990年・青林工藝舎(改訂版)、1999年
『龜ノ頭のスープ』マガジンハウス、1990年・河出文庫、1996年・青林工藝舎、2005年
『豚小屋発犬小屋行き』青林堂、1991年・青林工藝舎、2010年
『饅邁(という字によく似た造語)』トムズボックス、1992年
『黒寿司』ブルース・インターアクションズ、1997年
『天然(完全版)』水声社、1998年
『心機一転土工! 父ちゃんのやきいもがきこえる』青林工藝舎、2000年
『生きる(増強版)』青林工藝舎、2001年
『学ぶ(テレグラフ版)』テレグラフファクトリー、2003年
『命名「千摺」と書いてたろうと読む。』青林工藝舎、2004年
『生きる2010』青林工藝舎、2010年
蛭子能収 - 根本は蛭子ウォッチャーの第一人者として知られ、蛭子の本質(無意識過剰と評したこともある)を掴んでいる。また、2008年には、蛭子劇画プロダクションという蛭子との漫画共作ユニットを結成。雑誌の企画でそれぞれの画風・作風を真似て競作するなど、関係は深い(根本いわく蛭子は根本の漫画を「読んでくれてない」そうだが)。
山田花子 - 高校時代から根本の漫画に傾倒し、根本が主宰していた「幻の名盤解放同盟」のイベントにもしばしば参加。また、自分で購入できない根本の作品が載っているエロ本は、父親に依頼して購入してもらうほどのめりこんでいた。
村崎百郎 - フリーライター。根本によるゴミ漁りのインタビューでメディアに初登場する。1990年代後半に「鬼畜系」を標榜し、電波系にまつわるエッセイやゴミ漁りルポなどを書いたが、そのような表現にひきつけられた読者により2010年に殺害された。根本との共著に『電波系』(太田出版)がある。
山野一 - 漫画家。根本とは旧知の仲であり、鬼畜系サブカルチャーにおいて根本と山野は同列に語られることが多い。また山野は『四丁目の夕日』や『どぶさらい劇場』に村田藤吉を客演させている。
佐川一政 - パリ人肉事件の犯人で小説家。根本が東京圏西部の新興住宅地のマンションに引越したところ、すぐ近所に佐川が住んでおり、以来親交を結んだ。
長井勝一 - 青林堂創業者にして『ガロ』初代編集長。根本の漫画を投稿一作目で採用した。
町山智浩-幻冬舎文庫から出版された人生解毒波止場の文庫本にて解説を担当した。
勝新太郎
奥崎謙三
内田裕也
横山剣 - クレイジーケンバンドのアルバム名などに現れる「電波」「因果」は、根本からの影響。
『ディープ・コリア 観光鯨狩りガイド』(湯浅学、船橋英雄との共著)ナユタ出版会、1987年
『お岩』(マディ上原との共著)青林堂、1993年
『電波系』(村崎百郎との共著)太田出版、1996年
『パリ人肉事件 無法松の一政』(佐川一政との共著)河出書房新社、1998年
『時代の体温 - 陰核・混沌の隣人たち』(CDブック、作画:根本・作音:湯浅学)水声社、1999年
『バリの空の下、人は流れる』(船橋英雄の初のメイン著書、根本は湯浅学とともにサポート的に参加)水声社、2000年
『豪定本 ザ・ディープ・コリア』(湯浅学、船橋英雄との共著)ブルース・インターアクションズ、2002年
『亀 コロ』(絵本、文はクレイジーケンバンドの横山剣、根本は挿絵を担当)ブルース・インターアクションズ、2009年
『ドントパスミーバイ』(湯浅学との共著)河出書房新社、2011年、FM番組の書籍版、スタジオの模様を収録したDVD付
『元祖 ディープ・コリア』(湯浅学、船橋英雄との共著)K&Bパブリッシャーズ、2013年
『ディープ歌謡 The dark side of Japanese pops』ペヨトル工房、1993年
『定本 ディープ・コリア 韓国旅行記』青林堂、1994年
『夜、因果者の夜』ペヨトル工房、1997年
『幻の名盤百科全書』水声社、2001年
『お色気ディープ東京』ブルース・インターアクションズ 、2002年