台東県
清は施琅を派遣し、台廈道経理およびその下に一府三県を設置したが、台湾東部に関しては統治を行うための知識を得ていなかった。当初は鄭政権の統治体制を踏襲し、1696年には卑南覓など65社が入貢し、大清子民としての地位を与えられ、卑南王に冊封ことで台湾東部の名義的な統治権を維持していた。清の官人が実際に東部に進出するのは1721年、朱一貴の反乱に際してである。清はその残党と追捕するため、台湾東部に鄭惟蒿、林天作および通訳の章旺を卑南覓に派遣し、現地の社の協力を得て朱の残党を捕らえている。
嘉慶年間になると、台湾の人口は200万人を超え、西部平野部は開発されつくされ、それ以降は台湾東部への進出が主となった。1804年に屏東小琉球の陳必先が火焼島(現在の緑島)に上陸し、公館を建設したのが漢人による東部開拓の始まりである。1820年ころになると、小琉球の漁民30余名が火焼島に上陸し、中寮という集落を形成するなど、地道な入植が進められた。1860年頃になると水底寮(現在の屏東県枋寮郷)の商人である鄭尚開が台東平野に入植し稲作を開始、また宝桑庄という拠点を築き、これが現在の台東市のルーツとなった。その後も猴仔蘭(カワラン)、知本(テポル)、呂家(リカ)、卑南(ピユマ)、里壠(リラン、現在の関山鎮)、成広澳(現在の成功小港)への入植が進み、1873年には打狗(現在の高雄市)の間に便船が設けられた。
1871年、台風にて台湾東部に琉球漁船が漂着し、66名が恒春半島の八瑤湾に上陸したが、牡丹社の住民により殺害された(牡丹社事件)。