モロ紛争
これらの反乱グループ、特にアブ・サヤフはいくつかのテロ攻撃、すなわち2002年10月のザンボアンガ爆破事件、2004年2月スーパーフェリー14爆破事件、2006年10月の中央ミンダナオでの同時爆破事件、2007年7月のフィリピン海兵隊員数人の斬首、2007年11月のバタサンパンバンサ爆破事件、2009年のミンダナオ島爆破事件などのいくつかのテロ攻撃を実行してきた。
ウンブラ・カトの指揮下にある1000人のMILF反政府勢力が、北コタバト州の35の村の支配権を握った。8月9日、ヘリコプターと大砲と共に2000人のフィリピン軍が制圧された地域に派遣され、村が反政府勢力から解放された。MILFは北コタバトをイスラム教徒ミンダナオ自治区に含めることを望んでおり、政府とMILFはミンダナオ自治区に州を含めることを交渉していたが、最高裁判所はこの地域の地元のキリスト教指導者からの懸念を聞いた後、提案を無効にしていた。
反乱勢力は彼らの指揮官からこの地域を去るように命じられたが、カト配下の部隊は占領していた村を去ることを拒否し、代わりに塹壕を掘った。フィリピン陸軍は8月9日に砲撃を行った。翌日、政府軍は村を奪還するために移動し、反政府勢力から2つの村を取り戻した。
2009年6月14日の衝突で10人の反政府勢力が殺害されるなどフィリピン陸軍と反政府勢力グループの間で多数の衝突が発生した。
2002年から2015年の間にフィリピンとアメリカ合衆国は「フィリピンにおける不朽の自由作戦」として知られるイスラム過激派によるテロに対する共同軍事作戦を行っていた。これは対テロ戦争の一部である。
MILFとMNLFは、平和へのコミットメントと47年間に渡る反乱を最終的に終わらせることを表明している。一方、アブ・サヤフや他の分離グループに対する攻撃は続いており、ホロ島、バシラン州、ミンダナオ州の他の地域で小規模な衝突が起きている。2016年9月にダバオ市で爆破事件が発生し15人が死亡し、2017年5月23日にはマウテ・グループがマラウィを攻撃した。ロドリゴ・ドゥテルテ大統領は宣言216号を発令してミンダナオ島全体を戒厳令下に置き、ヘイビアス・コーパスの権利を停止した。イスラム過激派がフィリピン政府軍と戦ったマラウィの戦いは2017年10月まで続いたが、その間に過激派グループによるキリスト教徒の違法殺害が行われるなど暴力行為は激しく、政府軍はアブ・サヤフとマウテの位置に砲撃と空爆を行った。2018年には、アブ・サヤフとBIFFが関与する2つの爆破事件(一件目はバシラン州ラミタン市で一回、二件目はスルタン・クダラット州のイスランで複数回発生)が起きている。
フェルディナンド・マルコス政権下でフィリピン軍の兵士によって、コレヒドール島で少なくとも11人のイスラム教徒の軍事訓練生が殺されたと主張された。訓練生は、今後の反乱の一員になると考えられていた。それまでにフィリピン大学のヌル・ミスアリ教授は、11人のフィリピン人イスラム教徒の殺害容疑を非難し、武力でバンサモロ国家を設立しようとするためにモロ民族解放戦線 (MNLF)を設立した。
1969年にMNLFが設立され、フィリピン政府に対する武力闘争を開始した。1974年の反乱の激戦でスールーのホロは広範囲に被害を受け、この悲劇のニュースは世界中のイスラム教徒を刺激し、紛争にさらに注意が向けられた。フィリピン軍が焦土作戦でホロの自治体の多くを焼き払った際に恐らく多くの民間人が殺害された。2年後、フィリピン政府とMNLFはトリポリ協定に署名し、双方が停戦を宣言した。合意はミンダナオがフィリピンの一部であり続けるが、ミンダナオの13の州はバンサモロの人々のための自治政府の下になるという内容であった。