ジュンディーシャープール
サーサーン朝は、638年にイスラム帝国のアラブ軍に敗れた。学院は統治者の交替を生き延びて、高等教育のイスラム学院として、数世紀の間存続した。それは後に、アッバース朝の首都バグダードに設立された学院と競合した。832年に、カリフのマアムーンは、有名な知恵の館(バイト・アル=ヒクマ)を設立した。そこでは、ジュンディーシャープールの方法が模倣された。実際に、知恵の館は、元のジュンディーシャープール学院の卒業生を職員にしていた。知恵の館は、マアムーンの後継者のムタワッキルの下で解散されたと信じられている。しかし、その頃までには、アッバース朝の知的な中心は、はっきりとバグダードに移っていた。ジュンディーシャープールの大学や病院は、以後は文献にほとんどでてこない。
学院の重要性は、徐々に減少した。LeStrangeの1905年のアラブの地理学者の解説「The Lands of the Eastern Caliphate」によると、10世紀の作家ムカッダスィーは、ジュンディーシャープールは廃墟になったと述べている(LeStrange、1905、238ページ)。