種麹
麹の胞子着生が進むと黄色がかった緑色の胞子を形成することから黄麹と呼ばれる。上記品種による分類の中では、ニホンコウジカビ、ショウユコウジカビ、タマリコウジカビが該当する。味噌、醤油、清酒の製造に用いられ、近年では焼酎に使用するメーカーもある。なお、通常の醸造食品の製造工程で麹として用いられる段階では、麹の外見は白色であり、黄色ないし緑色がはっきり確認するまで胞子の着生を進めることは稀である。また、アルビノ固体として、白菌と呼ばれるものがあり、麹を特に白く仕上げたい場合に用いられるが、それは後述する白麹菌とは異なり、黄麹菌に属するニホンコウジカビである。
現在でも酒造メーカーでは種麹のことを「もやし」と呼ぶ習慣がある。なお、味噌や醤油など他の醸造メーカーではこのような習慣は見られない。これは、歴史的に酒造メーカーは早くから外部の種麹業者から購入している歴史があったためと考えられる。なお、平安時代から乾燥・保存した種麹を売る「種麹屋」があったことが文献に残っている。
従来、沖縄で泡盛の製造に用いられてきた菌種で、近年では焼酎だけでなく、その機能性から様々な食品にも使用されている。その名の通り黒褐色の胞子を形成する。クエン酸を生成することが特徴であり、温暖な地域において仕込み時の雑菌汚染防止に役立っている。但し、現在流通している黒麹焼酎に使われている黒麹菌は泡盛用の黒麹菌とは、別品種である。