山形藩
正保元年(1644年)に前橋松平家の松平直基が越前大野藩5万石より10万石加増の15万石で山形に入部した。直基は徳川家康の次男結城秀康の五男である。郷村支配のために大庄屋制を定めた。これは移封が極端に多かった山形藩では地元の土豪など有力者を登用することで藩政に妥協的体制を図り、なおかつ地元に精通する役人が少ない譜代大名にとっては特に有効となった。ただ、保科家の時代より山形藩領が5万石少なくなって村山郡の幕府領は山形より大きくなり、また諸藩の領地にも分割されることになった。
直基は慶安元年(1648年)6月、播磨姫路藩に転封となった。
松平直基と入れ替わる形で、石高も15万石と同じで奥平松平家の松平忠弘が入部した。忠弘は家康の重臣奥平信昌と徳川家康の長女亀姫との間に生まれた四男松平忠明の子である。寛文8年(1668年)8月、下野宇都宮藩に移封された。
堀田正仲の後、豊後日田藩7万石より松平直矩が10万石に加増移封されて入部する。直矩は以前に山形藩で15万石を領した松平直基の長男で、実際に山形に入部したのは元禄3年(1690年)であり、山形への結びつきは非常に薄い藩主だった。元禄5年(1692年)7月、直矩は5万石加増の15万石で陸奥国白河藩に転封された。
3年間公儀御料(会津藩預かり)となり、明和4年(1767年)に秋元家が入部、4代78年間と最も長く在封した。弘化2年(1845年)上野国館林藩に転封し、その際に漆山に4万6千石が館林藩領(漆山陣屋)として廃藩置県まで残る。
最終的に同年に遠江国浜松藩より水野家が入部し明治維新を迎えた。水野家は、天保の改革に失敗した水野忠邦が失脚したことによって、子の忠精が山形藩に左遷されたものだった。
幕末に山形藩は、周辺の米沢藩、仙台藩などとともに奥羽越列藩同盟に加わったが、同盟の主要な藩が降伏するなか山形藩も慶応4年9月17日(1868年11月1日)に新政府軍に降伏。2代藩主・忠弘は時に13歳と若年だったため、分家出身で当時26歳の家老・水野元宣が一切の責任を負って処刑された。明治3年(1870年)近江国朝日山藩に5万石で転封、以後は明治政府直轄の天領となったため、ここに山形藩は終焉した。