日本野球連盟
2005年に四国アイランドリーグ(現・四国アイランドリーグplus)が発足した当時、連盟はリーグ在籍経験者をアマチュア選手と同じ扱いとし、社会人野球チーム在籍者が独立リーグに入る場合も制限を設けていなかった。しかし、2009年2月25日に制定した「国内の独立リーグに関する取扱要領」において在籍経験者をNPBと同じプロ野球経験者とし、登録者数制限(1チーム3名以内)の規定を適用するとともに、社会人野球チームの在籍者は大卒の場合2年、高卒の場合3年は独立リーグと契約できないとした。さらに2010年1月からは、独立リーグ退団者は退団の翌年度中の選手登録を認めず、大卒2年・高卒3年以内の社会人野球チーム在籍者は、チームが円満退部の書面を発行した場合には独立リーグと契約可能としたが書面なく契約した場合は社会人野球へ復帰できないとし、独立リーグの入団テストを受ける場合は事前に所属チームの承諾が必要とした。2014年11月、日本野球連盟は、独立リーグ在籍経験者をプロ野球経験者の登録者数制限適用外とし、日本独立リーグ野球機構所属リーグ(アイランドリーグとベースボール・チャレンジ・リーグ)在籍経験者については退団翌年度の登録制限適用外とする「取扱要領」の改正をおこない、独立リーグ退団者の選手登録制限を緩和した。
また2013年10月28日より、連盟所属チームが独立リーグと試合をおこなうに当たっては、連盟とリーグの間で協定書を締結することを必須とした。2014年現在、四国アイランドリーグplusとベースボール・チャレンジ・リーグとは協定書が締結されているが、BASEBALL FIRST LEAGUE(現・さわかみ関西独立リーグ)とは未締結となっている。