由加神社本宮
第二次世界大戦後の国家神道解体により、形式的には分離したままながら、僧職が本殿で祈祷を行う等事実上明治以前の形態に復し、蓮台寺により一体的に運営されていた。このため由加神社としての宗教法人資格は一応保持、神職を配置しつつも、事実上休眠状態に近かった。
1997年3月3日、由加神社が一部の建物を占拠し、宗教法人としての独自活動を開始した。これ以降蓮台寺と由加神社は対立関係となり、蓮台寺が建物の明け渡しを求めるなど裁判沙汰にもなるが、由加神社側が独自の宗教活動を開始した経緯は当時の兄(蓮台寺住職)と弟(由加神社宮司)の間の対立が原因とされている。
江戸時代には、瑜伽大権現(瑜伽山蓮台寺)と讃岐国の金毘羅大権現(金光院松尾寺)を両方参拝するという両参りといわれる慣習が成立。そのため、由加山南方の港町である田ノ口地区は、由加山の門前町の様相も呈していた。