与那国島の防衛問題
1990年代より沖縄近海では、外国籍と思われる船舶の活動が確認されていた。
1996年、中華人民共和国が中華民国(台湾)の総統選挙に軍事的圧力をかけたことから、第三次台湾海峡危機が発生。台湾に面した与那国島の沖合に、中国人民解放軍が威嚇目的で放った弾道ミサイルが弾着したことから、地元漁師は操業を一時見合わせることを余儀なくされた。
1998年、第11管区海上保安本部は、尖閣諸島付近で領海侵犯したとされる中国漁船について、1,547隻の確認を発表した。
1999年には、海上保安庁と海上自衛隊が、日本の排他的経済水域で、中国の軍艦と海洋調査船合計45隻を確認したとされる。中国船は中国海軍の4,200トンの旅滬型駆逐艦も確認されている。またこの年、ロシアによる情報収集艦と、台湾の海洋調査船もそれぞれ1隻ずつ確認された。中国の海洋調査船は、船尾から出したケーブルを曳航したり、海底の泥や海水を採取する作業を行っていたとされ、日本の巡視船が国際電波で交信した際に当該船は「中国政府の指示により調査活動をしている。日本の排他的経済水域に同意していない。」と返答している。
2000年代に入っても、中国籍と思われる船が沖縄近海において頻繁に確認されていく。その一部は、中国人民解放軍海軍による10隻編成の艦艇が、日本最南端の沖ノ鳥島にまで到達していることが確認されたり、奄美大島近海の日本の排他的経済水域内では、中国海監の海洋監視船が、海上保安庁の測量船に接近し、約3時間45分にわたって追跡していたことが発表された。