クロムウェルのアイルランド侵略
ゴールウェイの陥落はクロムウェルの侵略に対する組織的抵抗の終結を表していたが、議会派に対して小規模のアイルランド人部隊がゲリラ戦を開始したため戦いは続いた。
ゲリラ戦への移行は1650年後半から始まっており、1651年にアイルランド人と国王派の連合軍が敗北したにもかかわらず、議会派に対抗する兵士はまだ30,000人ほどいると推測された。トーリー(Tories。アイルランド語の単語tóraidheから「ならず者」の意)はアレン湿地帯やウィックロー山地、そしてドラムリンといった移動の難所から数か月内で活動し、議会派は大規模行軍を除いては極めて危険な状態になった。アイアトンは1650年にトーリーを鎮圧するためウィックロー山地へ征討を行うが、成功しなかった。
1651年前半には、イングランドの輜重隊は軍事拠点から2マイル以上行軍する場合安全ではなかったと報告された。それにこたえて、議会派軍はトーリーを支援していると考えられた一般人を強制的に追い立て、食糧供給源を破壊した。ジョン・ヒューソン(英語版)はウィックロー県とキルデア県で組織的に食糧備蓄を破壊し、ハードレス・ウォーラー(英語版)もクレア県のバレン(Burren)で同様に、クック大佐もウェックスフォード県で同じことを行った。その結果、アイルランドのあちこちで飢饉が発生、腺ペストの流行が状況をさらに悪化させた。