ヘッジホッグシグナル伝達経路
具体的には、この過程においてSmoothenedとCostal-2が直接相互作用をし、Ciタンパク質を含む複合体がCiの分解を防ぐミクロドメインへ隔離されるようである。Hhが結合したPatchedがいかにしてSmoothenedの働きを強化するかはよく分からないが、少なくともHhとPatchedの結合に伴い、その結合がないときに比べてSmoothenedの発現が大きく増加することがわかっている。加えてSmoothenedのリン酸化が、HhによるSmoothenedの制御に関わっていることが示唆されている。
HhによりPatchedが活性化された細胞では、CiRが減って全長のCiが細胞質内に蓄積し、デカペンタプレジック(Dpp)(BMPファミリーの1種)のような遺伝子が活性化される。Dppの場合はCiRが減少するだけで発現できるが、他の遺伝子はCiRの減少に加えて全長のCiが発現に必要である 。Costal-2は通常Ciタンパク質の折りたたみに必要であるが、SmoothenedとCostal-2の相互作用がCiの核内移行をある程度可能にする。Fused(Fu)はCostal-2に結合するキナーゼでありSupressor of Fused(SUFU)を抑制し、いくつかの細胞ではそれによってCiとの相互作用を可能にし転写を調節するとされる。
SHHは霊長類からヒトにいたる進化の過程で発達していったが、このおかげでより複雑なタンパク質の制御が可能になり、大きくて複雑なヒトの脳につながって行ったのではないかとも考えられている。
Wnt受容体であるFrizzledファミリーはヘッジホッグシグナル経路を構成するSmoothenedと類似性があるが、Gタンパク質はSmoothenedの機能とはうまく結びつけられていない。実際、Smoothenedは配列の類似性からGタンパク質共役受容体(GPCR)スーパーファミリーの一員のように思われるし、Wntシグナル伝達経路とヘッジホッグシグナル伝達経路とのその他の類似性も概説されている。これらの類似性から、Wntシグナルとヘッジホッグシグナルの共通のルーツとして、脂質修飾を受けたタンパク質と特定の膜輸送体による古いシグナル伝達経路があったのではないかとも考えられている。
Smoothenedの下流に関しては無脊椎動物と脊椎動物の間でかなり違いが生じていることが指摘されており 、例えば、ショウジョウバエのSuppressor of Fused(SUFU)はたいした役割を持っていない一方で、脊椎動物ではその役割が増しており、その代わりショウジョウバエではCostal-2が重要な役割を担っている。プロテインキナーゼであるFusedはショウジョウバエではSUFUの制御因子であるが、脊椎動物ではほとんど働いていないともいわれる。また、脊椎動物ではヘッジホッグシグナルが繊毛と強く結び付いている点も無脊椎動物と異なっている。
ヘッジホッグ伝達経路の究極的な起源は、バクテリアがもつホパノイド(ステロイドの類似物質)の制御経路にまでさかのぼるという仮説が出されている。