メトロイドフュージョン
セクター2-TROで飼育・研究されていたプランクトンのような大型生物。細長い半透明な身体に巨大な単眼と5本の触手を持つ。
高い跳躍能力(ハイジャンプ)を持ち、相手の頭上に覆いかぶさる形で下部の口から獲物を丸呑みにする。高硬度の外皮は全ての攻撃を受け付けないが、捕食時に口の真下から直接内蔵組織を攻撃する事でダメージを与える事ができる。また、一定のダメージを受けるたびに体の節が一段ずつ減っていき、移動スピードがアップするうえ口の大きさが小さくなって内蔵組織に攻撃を当てにくくなる。
SA-X(Samus Aran-X) サムス・アランに寄生した際に得たDNA(遺伝子)情報と切り取られたパワードスーツのバイオ素材から得た情報を基に、ベストコンディションのサムス・アランに擬態した最強のX。寄生元の生物の存在を許さないXの生存本能と天敵のメトロイドの存在を感知したため、サムスを周到に付け狙う。後に、アダムはXの自己増殖能力によって少なくとも10体にまで増殖していると推測していた(実際、劇中においてSA-Xが一体消滅するものの、引き続き別個体のSA-Xが登場している)。 能力を喪失する以前の完全なサムスに擬態しているため、基本的にダメージを与えることが出来ない他、Xに対する耐性と同時に、メトロイドの低温に弱い体質をも受け継いでしまったサムスにとって、アイスビームは凍結して動けなくなってしまう上に致命打となる。そのため、対抗する術を持たない内は追跡を振り切るまで逃げ続ける以外に対処法が存在しない。基本的に視界内に入ると攻撃し追跡してくる。SA-Xが現れる場面の大半では隠れられる場所があり、上手く隠れられれば回避できるが、1カ所だけ必ず発見されて追われる場面がある。 当初は銀河連邦政府も、Xの危険性を危惧して唯一Xに対抗できるサムスに協力を惜しまなかったが、鳥人族の懸念通り連邦政府の上層部はX、特にSA-Xの可能性に惹かれ、Xを研究材料にしようと捕獲を断行する。サムスはこれを阻止するため自らの命と引き換えにB.S.L.を自爆させようとするが、アダムの意外な指令によって最終ミッションに進んで行く。 名称はアダムいわく「Samus Aran X(サムス・アランのX)」の頭文字から。
銀河連邦からも依頼が舞い込む凄腕の女性バウンティハンターであり、シリーズの主人公。本作冒頭ではかつて惑星SR388に足を運んだ経験を買われ、バイオテクノロジー企業B.S.L.の警護を依頼される。その際謎の寄生生命体Xに中枢神経を冒されてしまい、帰還中に意識不明の状態となる。コントロールを失ったスターシップはアステロイドベルトに突入、自動的に脱出装置が作動したものの、スターシップは大破してしまった。
メトロイドワクチンで一命を取り留めるが、応急処置としてスーツの大部分をX諸共切除された事で能力の殆どを喪失してしまう。回復後は、B.S.L.で起こった謎の爆発事故に言い知れぬ不安を感じて自ら調査を申し出る。その際、メトロイドワクチンの投与によりメトロイドと同じようにXを吸収し取り込むことができるようになり、唯一Xに対抗できる存在となっていたサムスは、新たなスターシップを銀河連邦に提供してもらい、Xとの戦いに身を投じる事となる。
なお本作で投与されたメトロイドワクチンは、その後の時系列である『メトロイド ドレッド』において重要なキーアイテムとなる。
サムスのパワードスーツのエネルギー・ミサイル・パワーボムを最大値まで全回復する事ができる。
セクター6-NOCに出現した強化型コアX。サムス・アランに対する防衛本能により、バリアスーツデータを自らの意思でダウンロード(吸収)した結果、通常のコアXに比べて外殻が肥大化している。
擬態していないため弱点は全身だが、周囲には小型のコアXがバリアのように旋回しており攻撃・防御の両方に利用している。また、通常のコアXとは逆にミサイル攻撃を無効化し、チャージビーム攻撃でのみダメージを与える事ができる。ある程度ダメージを受けると、大きさが小さくなり元のコアXに戻ってしまう。
レディー」(コドモ向けモードでは「わかったな? レディー」)という言葉を発している)。サムス本人はこの奇妙な再会に複雑な気持ちを抱いていたようである。
『ドレッド』にも引き続き登場し、サムスに指示を与えていく。また本作を通して「アダム」という名前が完全に定着しているようである。 アダム・マルコビッチ サムスが銀河連邦軍に在籍していた頃の上司であり、友人でもあった人物。サムスと絶対的な信頼を持ち、任務発令の際には必ず「異論は無いな? レディー(コドモ向けモードでは「わかったな? レディー」)」とあえてサムスの神経を逆なでするような言葉で同意を得ていた。後にある任務で、サムス1人を残して帰らぬ人となる(彼の殉職については「行くべき者が行き、残るべき者が残る」という判断に基づく)。詳細は『メトロイド アザーエム』も参照。