水軍
ガレー船主体の沿岸海軍である水軍は鎖国前の南蛮貿易時代でも積極的な外洋進出は見られず、国内の安定化に伴い活躍の場所を失っていった。
江戸時代には、幕府や海辺に領地をもった大名は船手組、船手方、船手衆などと呼ばれる水軍をもち、幕府では向井氏、長州藩では能島氏、尾張藩では千賀氏のようにかつての海賊衆の末裔たちが世襲して維持したが、戦争の絶えて久しい平和な時代にあっては領内の海上交通を管理したり、領内巡察や参勤交代などで大名が船旅するときに船を出したりする程度の役割でしかなかった。そのような中で、瀬戸内海の塩飽諸島を拠点とした塩飽衆は「人名」という地位・身分を得て幕府から保護され、いずれの大名にも属さない自治が認められていた。彼らは高度な航海技術を有し、幕末には咸臨丸の水夫としても活躍している。
幕末に至って欧米諸国を範に幕府や雄藩は近代的な艦隊の創設に向かうが、そのときにはすでに海軍という用語が用いられ、水軍の名は過去のものとなる。しかしながら、幕末の海軍創成期には、先の塩飽諸島出身者をはじめとした水夫達のかなりの人員が水軍の伝統ある地方の出身であった。
瀬戸内方面に於いては、摂津国渡辺津(現・大阪市中央区)を本拠地とし、瀬戸内海の水軍系氏族の棟梁だった渡辺党、その一族で13世紀の元寇に奮戦したことで知られる九州の松浦党、10世紀の藤原純友追討に伊予の水軍を率いて活躍した橘遠保や、保元の乱後から戦国時代まで東は塩飽諸島から西は防州上関まで瀬戸内を勢力圏とした村上氏(村上水軍)はその代表的なものであった。
紀州方面に於いては別当氏に代表される熊野水軍が代表格であり、治承・寿永の乱に於いては湛増などが壇ノ浦などで活躍している。これらは後に、九鬼水軍へと引き継がれていく。
また、安芸の小早川氏、伊予の越智氏や河野氏、三浦半島の三浦氏、関東御免船として活動した津軽の安東氏 などは、陸の武士であると同時に支配下の沿海土豪からなる水軍を擁した海賊衆でもあった。
中世の海辺の小土豪が結合して軍事力をもつようになった海上勢力を海賊衆といい、九州や瀬戸内海、紀伊半島、伊勢湾、江戸湾など日本各地で見られた。海賊衆は陸の悪党と同様に徒党を組んでの略奪行為を行った他、海上関を設けて帆別銭などの通行料の徴収や金銭を代償に取った船舶航行の警護を行い、幕府などの公権力の統制を無視して海上で独立した軍事力として活動した。
彼ら海賊衆は14世紀には活動を活発化させ、南北朝の動乱には南北それぞれの側に分かれて戦った。
中国では「南船北馬」という言葉があるように、長江を中心に水路が入り組んだ南方において水軍が発展した。魏晋南北朝時代、五代十国時代、南宋時代のように中国が南北の勢力で分割されたとき、水路が入り組んだ南方江南の諸国は水路を天険の守りとし、強力な水軍を養成してしばしば北方の騎馬兵力を擁して軍事的に優越した華北諸国の軍を撃退することに成功した。
水軍(水師)の駐屯地は水師営と呼ばれる。
一方海上についてみると、中国の東方には広大な海が広がるが、歴代の統一王朝は首都を内陸の関中や河南に置いたことから明らかなように国家の目は内陸に向いており、本格的な海上兵力を養成して海外に直接国家が乗り出していったことはあまり多くない。しかし唐以来、漸次南方の沿岸に海外から交易に訪れる外国の海上勢力が増すにつれて中国においても海のもつ経済的な重要性が上昇し、元においては南宋治下の江南で養成された水軍を活用して、日本や東南アジアに対して積極的な遠征が行われた。江南から河北への物資の海上輸送が大々的に開始されたのも元代のことである。
14世紀に元を滅ぼした明においては、当時中国の沿岸部で跳梁していた倭寇と呼ばれる海賊勢力を遠ざける必要もあって、王朝を脅かす怖れのある海上勢力の禁圧策がとられた。具体的には民間には海外進出を禁じ、公的には貿易のルートを朝貢のみに限定、海禁政策を守り倭寇を打ち破るため、明においては強力な水軍が養成された。