豊臣政権
また、秀吉は当初は征夷大将軍への就任に意欲を示したとも言われているが実現せず、代わって偶発的事情から得た関白の地位を武家である豊臣氏による世襲制度(公家である藤原氏の五摂家を排除)に変更して、幕府制度に代わる武家関白制(ぶけかんぱくせい)とも言うべき体制を導入しようとしたと考えられている。豊臣秀次への関白位譲渡も引退を目的としたものではなく、関白位の豊臣氏世襲を宣言するものであり実権は依然として秀吉が保持した。更に豊臣氏宗家以外の諸家にも公家の家格に準じた仕組(武家清華家など)を導入して統制しようとしていたとする説もある。しかし秀吉には子がほとんどできず、また数少ない親類である豊臣秀長・豊臣鶴松・豊臣秀保・豊臣秀勝らが次々に死去したことは、豊臣政権の藩屏となる親族勢力が極めて弱体化する結果を招いた。秀吉は甥である豊臣秀次を関白に就任させるなどし、これを名実共に後継としていたが、実子である豊臣秀頼の誕生ののち、秀次とその家族を粛清した。秀吉が死亡した段階で、豊臣家の一族と呼べるものは高台院の親類である木下氏のみであったが、木下氏の各人はそれぞれが高い知行を得ているわけでもなく、政治・政権に深く関与しているわけでもなかった。
豊臣政権では、国政の執行官僚としての奉行は当初から存在していたが、体制を定めた体系的な法令は政権末期まで存在しなかった。これは鎌倉・室町・江戸の三幕府においても初期はそうだったのであり、最初に職務とそれに従事する担当者が存在し、その職務担当者が後任によって継承される事によって、はじめて職務に名称がつき、奉行などの職名として定着する。しかし豊臣政権においては、後任になるべき位置にある秀次とその家臣団が存在したものの、秀吉自身が秀次事件で殺害・解体してしまった。そしてその後、体制を固め直すだけの時間的猶予が存在しなかったのである。豊臣政権に続く江戸幕府は、慶長10年代には江戸では後継となる秀忠の元、既に年寄(後の老中)・留守居・老中(後の若年寄)・町奉行らの職制が成立していた。
他大名の政権への統合過程や統合後の統制では取次と呼ばれる役割の者が政権と各個の大名の間に立って統治を仲介した。文禄4年(1595年)に豊臣秀吉は豊臣秀次を謀反を企てたとの理由で切腹させ秀次の部下も粛清した。この権力の空白と幼君の秀頼補佐のために後の五大老の連署を受けて同年「御掟」五箇条と「御掟追加」九箇条を公布し政権機能を制定した。五大老・三中老が置かれ、行政、司法、財政、土木、宗教の担当官として五奉行を設置、また訴訟の受理・聴取を担当する十人衆が設置された。
そして、関ヶ原の戦後処理(恩賞)により全国にあった222万石の内、約4分の3が削減された豊臣家の領地は摂津・河内・和泉の3カ国、65万石に減少した。これは関ヶ原の戦後処理で諸大名の領地替えを行った際に、家康が豊臣家の蔵入地を分配してしまったためである。もっとも、全ての蔵入地が直ちに消滅した訳ではなく、豊臣恩顧である加藤清正の領国であった肥後国には関ヶ原の戦い以降も3万石の蔵入地が(少なくても清正死去まで)存続していたことが知られている。
戦後、大老格の家は、宇喜多秀家は改易、毛利・上杉は大幅に減封されたため外され、徳川に従属する前田と小早川のみとなったため家康の政治権力が確定した。また、前田玄以を除く五奉行も粛清された。
慶長8年(1603年)、諸大名を国替えしたことにより関東・東海地方を掌握した徳川家康は朝廷から征夷大将軍に任命される(江戸幕府)。徳川氏は全国の大名を臣従させていったが、豊臣氏は従わず、独立を維持しようとした。このため、慶長19年(1614年)からの大坂の陣において、徳川氏により滅ぼされた。
また、秀吉による大名編成は「家格」方式も採用された。公家において摂関家・清華家・羽林家・名家と家格制があるように、羽柴関白家・武家清華家(「清華成」)を形成し従五位侍従の国持大名からなる「公家成」やその下に置かれた豊臣譜代の諸将や小大名からなる「諸大夫成」とは格差を付けた。1588年(天正16年)初頭の武家公卿は一族の秀吉・秀長・秀次を除くと、織田信雄・足利義昭・徳川家康・宇喜多秀家。以後、権威確定にともない主家筋の織田信雄・足利義昭が失脚すると徳川家康・宇喜多秀家に加えて毛利輝元(1588年)・上杉景勝(1588年)・前田利家(1591年)・小早川隆景(1596年)が清華成(清華家並の家格を得ること、大臣まで昇進可能な家格となる)した。これらの格差が後の五大老制に通じることとなった。豊臣政権において秀吉が武家を清華成させた意義としては、「天下統一への恩賞」、「摂関家である豊臣宗家との格差明示」、「当初は家格の高かった足利将軍家・織田信雄家・徳川家康家を他家の引き上げにより埋没させるため」、「摂関家参加の宴席には武家は原則参加できなかったため、これら中世の慣習に対応」などである。