緑色植物亜界
ただし分子系統解析からは、このアーケプラスチダの中に一次植物3群以外の真核生物が含まれる可能性も示唆されている (2019年現在)。そのような真核生物として、クリプチスタ、ピコゾア、ロデルフィス属 (Rhodelphis) がある。これらの生物からは一次共生由来の色素体が見つかっていないが (ロデルフィス属はこれをもつ可能性がある)、一次共生由来の色素体を二次的に失ったのかもしれない。
なお、緑色植物以外でクロロフィル a と b をもつ真核生物に、ユーグレナ藻やクロララクニオン藻、渦鞭毛藻の一部がある。これらの生物は、緑色植物 (緑藻) が細胞内共生 (二次共生) することによってクロロフィル a と b を含む葉緑体を獲得した生物 (二次植物) であり、その本体 (宿主) は緑色植物とは全く別の系統に属する。
また原核緑藻とよばれる一部の藍藻も、クロロフィル a と b (または類似色素) をもつ。古くは、原核緑藻が一次共生することによって緑色植物はクロロフィル a と b をもつ葉緑体を獲得したと考えられたこともあった。しかし前述のように、緑色植物、灰色植物、紅色植物の葉緑体の起源となった一次共生は共通の現象であったと考えられており、その際の共生者がクロロフィル a と b をもっていたとは考えにくい。分子系統解析などからも、原核緑藻と緑色植物の葉緑体をつなぐ証拠は見つかっていない。唯一、原核緑藻 (の一部) がもつクロロフィル b 合成酵素が、緑色植物のそれと相同性が高いものであることが示されている。この遺伝子の水平伝播によって原核緑藻 (または緑色植物) がクロロフィル b 合成能を獲得した可能性がある。