サン・カルロス・デ・グアテマラ大学
カトリック教会は先住民を聖職者として訓練するためにアメリカに大学を設立すべきだと主張した。サン・カルロス・デ・グアテマラ大学より早く設立された大学は5校ある。1551年にペルー副王領のリマに創立したのがアメリカでもっとも古い大学で、今の国立サンマルコス大学に相当する。2番目は同年ヌエバ・エスパーニャのメキシコシティに設立され、メキシコ国立自治大学の前身にあたる。3番目はサントドミンゴに作られ(1558年認可)、サント・ドミンゴ自治大学の前身にあたる。1622年には今のアルゼンチンにコルドバ国立大学の前身が設立された。1636年にはイギリス領マサチューセッツにハーバード大学の前身が設立された。ハーバードを別にして、これらの初期の大学はヨーロッパの、とくにサラマンカ大学をモデルにして設立された。
初代グアテマラ司教のフランシスコ・マロキンは1548年に当時のグアテマラの首都だったサンティアゴ・デ・グアテマラ(今のアンティグア・グアテマラ)に大学の設立を願ったが、実現しないままマロキンは没した。17世紀にはドミニコ会、イエズス会、フランシスコ会によっていくつかのコレヒオが建設された。1660年にはふたたび大学設立の願いが出され、1676年に大学設立が許可された。大学は1681年に実際に開校し、第1期の学生総数は60名だった。1688年には教皇庁立大学の地位を得た。