修学院駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。両ホームはほぼ全体が上屋に覆われている。無人駅であるが、出町柳方面ホームには自動券売機が設置されている。かつては上下ホーム入り口にスルッとKANSAI共通カード対応自動改札機(ゲートのないタイプ)が設置されていたが、2016年1月31日をもってスルッとKANSAI共通カードへの対応を取り止めた際に運用を停止した直後に撤去されている。出入口は北の北山通側(宝ケ池駅側)にある。八瀬比叡山口・鞍馬方面ホームの南側には男女共用のトイレがある。
なお、平日朝ラッシュ時間帯には上りホームに駅係員が配置され集札業務を行う。
下りホームには改札横のスロープ通路から、上りホームにはホーム裏から下記運輸課への入口を介して車椅子等での移動が可能なバリアフリールートが確保されているが、運輸課の定期券販売所やトイレへのバリアフリールートは確保されていない。
ホーム有効長は上下線ともにぎりぎり3両分の長さがあり、1990年代までは単行と2両編成の電車の車両交換が行われていた。長く駅員の手旗合図によってきたが、末期には代用の色灯信号も設置されていた。現行ダイヤでは当駅での車両交換は実施されていない。必要な場合は出町柳まで回送して交換している。
出町柳行きホーム隣のローズマンション2階には叡山電鉄の運輸課があり、定期券販売所では定期券のほか各種乗車券を発売している。大人用回数券については駅前のセブンイレブン京都修学院駅前店でも発売。
当駅で乗務員の交代が行われる列車がある。
駅東側の地名「修学院」は現在では「しゅうがくいん」と読むが、駅開設当時は「しゅがくいん」と読んでいた。変遷の経緯や時期には諸説あるが、現在でも修学院離宮をはじめ「しゅがくいん」と発音するものもある。
京阪電気鉄道との初乗り相互区間同士の乗継割引適用は当駅までであった(2023年(令和5年)4月1日廃止)。
駅名の「修学院」は駅付近の地域名(旧愛宕郡修学院村)に由来する。修学院離宮が有名なため離宮の名前を採って地名としたと思われがちだが、離宮のほうが地名を採って修学院と称したものであり、地名はかつて当地に存在した比叡山下の寺院である修学院に由来する。