鹿子木荘
これに対抗して願西と娘の通子は建春門院(平滋子)の口添えを貰い、後白河上皇の下文を手に入れ荘園の回復に成功した。ところがこの行動は他の子女の反発を招いた。このいざこざは子女の一人が地頭領主職を東寺に寄進してしまい、同寺が口を挟むことで鎌倉時代まで続く泥沼へと陥った。鹿子木荘の縁起を伝える文書『鹿子木荘条々事書』は東寺の立場から書かれた、元寇後の徳政令の風潮に乗り同寺が開発領主権を継承しているという政治的主張を述べたものであった。この文書には「当寺の相承」という文言があるが、日本史の教科書では「当時」の誤記という解説がされていたが、実際には「当寺」(=我々の寺=東寺)こそが正しい解釈であった。
鎌倉時代に入ると大友氏の庶流で地頭の詫摩氏の勢力が拡大し、現在の熊本市本荘付近に本拠を構え、坪井川流域に当たる鹿子木東荘を支配下に収めた。一方井芹川流域の西荘には筑後の三池氏の一派が移り、旧北部町楠原を拠点に鹿子木氏と姓を改めて土着した。このような武士の進出が進み、室町時代には荘園としての実態は失われた。