南遣艦隊
直属:重巡洋艦足柄・機雷敷設艦厳島
第16戦隊:名取・鬼怒・五十鈴・長良・球磨(1942年9月10日、第十六戦隊編入)
第21特別根拠地隊(ジャワ島防衛。司令部はスラバヤ) 第8・11・12号掃海艇・第1~3号駆潜艇 第932海軍航空隊・第21通信隊・第21潜水艦基地隊・第1港務部
第22特別根拠地隊(ボルネオ島防衛。司令部はバリクパパン) 第16号掃海艇・第4~6号駆潜艇 第2警備隊・第2港務部
第23特別根拠地隊(セレベス島防衛。司令部はマカッサル) 蒼鷹・新興丸・第54駆潜隊 第3・6警備隊
第24特別根拠地隊(スンダ列島・ニューギニア防衛。司令部はアンボン) 友鶴・雉 第934海軍航空隊・第4警備隊・第24通信隊
附属:筑紫・山陽丸・第2砲艦隊 第35航空隊・第1測量隊・横須賀鎮守府第1・3特別陸戦隊
第21特別根拠地隊 第3警備隊 第4警備隊 第5警備隊 第6警備隊 第21潜水艦基地隊 第1港務部 第21通信隊
第22特別根拠地隊 第2警備隊 第2港務部
第23特別根拠地隊 第8警備隊
附属 第7特設輸送隊
所属艦艇
潜水艦:2隻
他軍艦:2隻
駆潜艇:第1号駆潜艇、第2号駆潜艇、第3号駆潜艇、第4号駆潜艇、第5号駆潜艇、第56号駆潜艇
哨戒艇:第2号哨戒艇、第36号哨戒艇、第106号哨戒艇、第109号哨戒艇
掃海艇:第8号掃海艇
上陸用舟艇:2隻
輸送船:2隻
特設艦船:4隻
通信艦艇:2隻