ショーン・ペイトン
フリーエージェントでQBドリュー・ブリーズを獲得、この年チームはパス攻撃で1位、得点で5位となり、10勝6敗でNFC南地区で優勝、チーム史上2度目となるプレーオフ勝利をあげた。NFCチャンピオンシップゲームではNFC第1シードのシカゴ・ベアーズに14-39で敗れたが、2007年1月、ペイトンは50票中44票を獲得し、NFLコーチ・オブ・ザ・イヤーに選ばれた。
2007年は7勝9敗に終わった。
2009年、レギュラーシーズンを13勝3敗で終えたセインツは、第44回スーパーボウルでインディアナポリス・コルツを31-17で破り優勝した。
2011年10月16日のタンパベイ・バッカニアーズ戦でタックルを受けた相手TEジミー・グラハムと接触し脛骨とMCLを負傷した。
2012年、セインツが相手チームの選手に怪我を負わせた守備選手に報奨金を支払っていたことが明るみに出て、チーム並びに多くのコーチ、選手が処分を受けた。ペイトンは1年間の活動停止処分となり、その年は息子の学校のコーチを務めた。この年のペイトンの行動に基づき、Netflixが2022年に映画『ホーム・チーム』("Home Team")を公開した。
2013年、セインツと複数年の契約延長を果たした。
2016年3月23日、セインツと5年の延長契約に合意した。同年12月24日の勝利でジム・モーラ・シニアのヘッドコーチとしての勝利数記録を更新する94勝目をあげた。
2017年、11勝5敗でチームは4年ぶりに勝ち越しワイルドカードでプレーオフに進出した。ディビジョンライバルのカロライナ・パンサーズを破り、ディビジョナルプレーオフでミネソタ・バイキングスと対戦した。