紀和鉄道
開業時は、10両の二軸客車が用意された。この時点の内訳は、上中等合造車1両、中下等合造車1両、下等車6両、下等緩急車1両、郵便荷物車1両である。関西鉄道合併時には37両を有し、内訳は上中等合造車5両、中等車4両、下等車24両、郵便荷物車4両である。関西鉄道では334-336、349-381、緩急車に82-85と付番された。製造所は月島工場、天沼工場、梅鉢製作所、日本車輌製造、自社和歌山工場など。3等車は中央に20の座席を設け窓側は立席のみにするなど、新機軸の採用があったという。関西鉄道の国有化により、全車が鉄道院に引き継がれている。
このため、紀和鉄道の起点を五条から分岐点の位置に変更して、二見への貨物線の途中から分岐する形態を恒久的な形態とすべく、南和鉄道と交渉を開始した。この交渉は難航したが、関西鉄道の社長鶴原定吉が仲介を行ってついに合意が成立し、1901年(明治34年)7月1日付で紀和鉄道が南和鉄道の五条 - 分岐点間を借り受けて営業することで契約が成立した。同年10月9日逓信大臣の認可を得て、紀和鉄道の起点が正式に分岐点に移転された。
1902年(明治35年)6月3日付で分岐点にあたる五条起点79チェーン(約1,589 m)地点に二見駅(後の大和二見駅)が開設され、同日従来の二見駅は川端駅に改称された。五条 - 二見間は南和鉄道の路線のままで、川端駅に発着する貨物列車も南和鉄道が運行していたが、旅客列車については紀和鉄道側が運行を行い、列車運行費用を南和鉄道が紀和鉄道に支払うことになっていた。また二見駅は紀和鉄道側の管理とされていた。
11月19日の南海鉄道の臨時総会および12月10日の継続総会において、仮契約にある社債での支払いについて、利率を5.5パーセントに変更するべきとの意見となり、社長名で紀和鉄道側に通知が行われた。これに対して紀和側では紛糾し、南海と再交渉を求めるもの、関西鉄道に売却すべきというもの、外資を導入してでも独立経営を続けようとするものなど、さまざまな意見が現れた。紀和鉄道と南海鉄道は、翌1904年(明治37年)2月25日まで交渉を続けたが、結局妥結しなかった。この間関西鉄道に対して打診したところ、南海鉄道より好条件で買収するとの返答を得たため、南海鉄道に対して売却拒否の通知を行うとともに2月25日付で関西鉄道との間で売却の仮契約を結んだ。その条件は南海鉄道に対する仮契約と同一条件に加えて、引き渡しが遅れた場合は営業委託を行いそれ以降の現金および社債に対する利子を支払い、貯蔵されている物品を時価で購入し、営業委託期間中に損失が発生した場合は関西鉄道が負担する、という紀和鉄道にとってより有利なものとなった。これに対して南海鉄道は2月26日に、元の仮契約の条件で買収を行うと申し入れてきたものの、紀和鉄道側はこれを断った。南海鉄道はさらに契約履行を求めて3月9日に和歌山地方裁判所に提訴および譲渡禁止の仮処分申請を行った。しかしこれは4月13日に原告敗訴の判決となった。
こうして両端の区間で営業が行われるようになった。しかし当初資本金140万円で発足したが、両端の区間をまだ建設中であった明治30年度下半期の時点で支出済みの額と未払い金を合計すると110万7708円78銭7厘に達しており、負債は49万4851円になっていた。工事予算は55万円を追加して総額195万円と臨時株主総会に報告され、借入で賄うか増資をするかが問題となった。中間区間の工事は中断し、役員も相次ぎ交代し体制は安定しなかった。経営再建のために、1899年(明治32年)3月26日に日本生命保険副社長の片岡直温が社長として招かれ、以降会社の清算まで片岡が経営を行うことになった。
中間区間の未着工路線に着手するためには増資が必要であり、そのためには既に悪化していた会社の会計を整理して損失金を減資により滅却する必要があるとし、1899年(明治32年)4月30日の株主臨時総会で欠損金の処分案が可決された。これに基づき5月27日に欠損金22万4190円83銭4厘のうち22万4000円を減資することを決定し、7月24日に株主へ通知した。実際には減資の割合に応じて、株数を減らせる株主からは株数を減らし、端数が出る株主からは現金を追加徴収する形で処理され、発行済み株式数は元の2万8000株から4437株が控除されて2万3563株となり、資本金は140万円から減資された22万4000円を差し引き補填された現金2150円を加えて117万8150円となった。1899年(明治32年)10月1日付で減資が実行され、この際に従来仮株券のままであった株券を本株券に交換した。
1893年(明治26年)8月30日 - 五条-橋本-和歌山31M余りの鉄道建設を出願
1894年(明治27年)7月3日 - 五条-和歌山仮免許、本社を五條町に、出張所を和歌山に設置
1895年(明治28年)10月4日 - 会社の創業総会を大阪市で開催、社長は桜井徳太郎
1896年(明治29年)4月30日 - 本免許
1897年(明治30年) 3月14日 - 五条-橋本着工 6月 - 和歌山-船戸着工 7月27日 - 桜井社長辞任 8月5日 - 土居通夫社長就任
1898年(明治31年) 2月28日 - 望月右内社長就任 4月11日 - 五条-橋本6M1C開業、五条-南和鉄道接続点78Cを共用とする、五条駅・隅田駅・橋本駅開業 5月4日 - 和歌山-船戸仮駅6M69C開業、和歌山駅・岩橋駅・船戸駅開業 8月1日 - 濱田篤三郎社長就任 8月 - 本社を五條町から和歌山市嘉家作町に移転
1899年(明治32年) 1月1日 - 船戸仮駅位置変更、路線延長46C増加 1月15日 - 岩橋駅を田井ノ瀬駅に改称 3月26日 - 片岡直温社長就任 4月1日 - 南和鉄道への五条-橋本の営業委託を解除し直営とする 5月3日 - 布施屋臨時停車場開業 9月18日 - 二見臨時停車場開業 10月1日 - 資本金140万円を117万8150円に減資、布施屋駅正式開業、二見臨時停車場廃止 12月9日 - 船戸-橋本着工
8号は1902年米ボールドウィン・ロコモティブ・ワークス製0-6-0 (C) 形タンク機関車で、7号とほぼ同じ形式である。関西鉄道引き継ぎ後は形式87「鵯」(ひよどり)と名付けられ、番号は87号となった。国有化後鉄道院1370形1370号となった。
優先株発行後も、払込は遅れがちで低調であった。
この増資は将来的な優先株の発行認可を当てにしたものであり、いつのことになるかは当初は予測できなかった。一方で、18か月の工事施行期限延長認可を得ていたとはいえ、未成区間の完成期限は目前に迫ってきていたことから、一時的に借り入れを行って未成区間の工事費に充てざるを得なかった。このためまず1899年(明治32年)5月26日に10万円を徳川茂承(旧紀伊藩主)から、20万円を日本生命保険から借り入れた日本生命は明治32年4月18日付けで「有体動産売買契約書」「物件賃貸借契約証書」を締結し、機関車1号他車両を融資金額相当で譲受け同時にリースバックした。。さらに優先株発行の遅れと工事の予算超過のために、1900年(明治33年)9月26日に20万円を日本生命保険から、有価証券10万5000円を徳川茂承から借り入れた。債務総額は60万5000円となり、結局優先株発行で得られる資金は工事に費やすのではなく、この借入金の償却に充てられることになった。さらに1901年(明治34年)8月と10月には水害があって線路に被害を受け、復旧工事に多額の費用を費やし、建設費は結局総額215万円を費やすことになった。その不足を補うためもあり、1902年(明治35年)1月に徳川久子(徳川茂承の娘、徳川頼倫夫人)から7万2000円の追加借り入れを行った。予算の超過によって発生した借入金の利子を少しでも抑えるため、社債の発行を行うことになり、1901年(明治34年)10月28日の臨時株主総会に提案し32万円の社債発行承認を受け、1902年(明治35年)3月21日逓信大臣に申請し5月30日承認を受け、10月8日募集に着手、10月20日募集完了し10月29日に発行手続きを完了した。