五能線
現在は、一般の快速・普通列車が秋田総合車両センター南秋田センター所属のGV-E400系、「リゾートしらかみ」が同センター所属のHB-E300系とキハ40系気動車改造の専用編成で運行されている。
GV-E400系は2020年12月12日から営業運転が開始された。キハ40・48形も使用されていたが、2021年3月12日限りで定期運用を終了し、すべてGV-E400系に置き換えられた。
かつてはキハ58系が主に快速「深浦」(かつての急行「深浦」)を中心に運用されていた。また、1980年代まではキハ22形が、それ以前ではキハ11形100番台が運用されていた。客車列車が運転されていた当時は混合列車の運用が存在したことから、五能線管理所所属の60系客車には冬期の暖房対策として床下にウェバスト式暖房装置が取り付けられていた。最後まで残ったオハユニ61 107が碓氷峠鉄道文化むらに保存されている。
キハ40・48形
HB-E300系 「青池」編成
HB-E300系 「橅」編成
キハ40系 「くまげら」編成
GV-E400系