黒島亀人
第一航空艦隊はそれを受けておらず黒島は戦後自分のミスであったと反省している。また連合艦隊は全部隊へ東京からの甘い状況判断を流し続けたままであった。そのため第一航空艦隊は周囲に敵機動部隊はいないものとして行動しており、攻略のための攻撃が不十分と知ると待機を指示された攻撃隊を使用した。
ミッドウェー海戦において、日本軍はミッドウェー島攻撃中に敵機動部隊から攻撃を受け、第一航空艦隊の主力空母4隻他を喪失する大敗北を喫する。第一航空艦隊が米軍艦載機の奇襲で壊滅すると、黒島ら連合艦隊司令部は、パニックに陥り、それまで山本や黒島から無視されていた参謀長・宇垣纏が事態を収拾した。黒島は、空母「赤城」が炎上しつつ沈んでいないことを知ると、米軍が鹵獲してワシントンD.C.で展示されることを恐れる一方で、「といって陛下の御艦を魚雷で沈めるのは、私にはできません」と混乱した。結局、山本が決断し、「赤城」は随伴駆逐艦の魚雷で自沈処理された。翌日の昼に、ミッドウェー島を砲撃する案を渡辺が作り、黒島はそれに同意して提出したが、山本はそれを却下した。
黒島によれば、敗退後、戦艦「大和」に報告にきた南雲艦隊のメンバーが下手なことを言おうものなら艦橋でブッタ斬ってやるような気持ちで舷梯から揚がってくる彼らを睨んでいたが、「即時待機していた半数の飛行機はどうした」という黒島の問いに、彼らはただ「すみませんでした」と謝るばかりで、連合艦隊の作戦計画や指導に触れなかったという。
これらの回想から特四式内火艇は藤森の発想をマーシャル在泊の米機動部隊攻撃のために黒島が採り上げ実験するに至ったものと推測されている。
1944年(昭和19年)2月15日、兼第四部長(8月19日免兼)。
4月4日、黒島は「作戦上急速実現を要望する兵力」と題する特攻兵器を含む各種提案を行った。内容は、飛行機増翼(民間の佐藤五郎考案、航続力増加で戦力4倍を見込むとするもの)、体当たり戦闘機、小型潜水艇(水中での戦闘機)、局地防備用可潜艇(甲標的丙型)、装甲爆破艇(震洋)、自走爆雷艇、1名速力50節航続4万米の大威力魚雷(回天)であり、軍令部で検討後、水中兵器の各種緊急実験を海軍省に要望し艦政本部は特攻兵器の特殊緊急実験を開始した。これを受けた作戦部の部長中澤佑少将は「マリアナ失陥後の新情勢に対処するには戦理上在来兵器では尋常の勝負ができないので特殊兵器の採用となった。新兵器は軍令部二部長のイニシアティブで採用となったもので、作戦部が作戦上から要求したものではなかった。第二部長は戦備の見地から特殊兵器を研究していたが、同兵器の整備には熱心で専門的に研究していたように記憶する」「作戦部は部長以下一般に特殊兵器の採用には冷淡であったが、第二部長が特攻部長(大森仙太郎)と連絡して推進していた」と証言している。
8月、大田正一発案の「桜花」が海軍省航空本部より持ち込まれると黒島はそれも承認して研究が開始された。1945年には人間機雷「伏龍」も黒島の発案で開発が始まった。
1945年(昭和20年)5月27日、軍令部出仕兼部員。11月20日予備役。