北門義塾
明治5年(1872年)9月、3年間の予定年限に達し、当初予算も超過したため、東京の新塾は山東・松本に自立経営が託されたが上記内紛により閉塾、函館の郷塾もその役割を終え、敷地建物は官に買上げられ閉塾した(前年10月に官立函館学校が松陰町に開校)。
なお、山東直砥は同年中に神奈川県七等出仕、さらに権参事に就任した。一方の松本順はすでに明治4年3月に大学出仕兼兵部省御用掛となり、蘭疇社のオット・シセルも明治5年11月から軍医寮学舎の英独語教師に雇われた。
その後、柳田は育英義塾(校主は有栖川宮熾仁親王:皇族華族他が経営)より旧北門社施設の貸与を要請されると、自身も経営陣に加わり、新暦1873年(明治6年)6月に育英義塾が早稲田に移転開校した。しかし、経営難により翌年2月には閉校解散したという。
北門社新塾の敷地は1874年(明治7年)に大隈重信別邸(のち本邸、大隈庭園が現存)となり、その後、隣接地に東京専門学校(現・早稲田大学)が創立された。