菅直人内閣の政策
民主党参院議員喜納昌吉の著書「沖縄の自己決定権 地球の涙に虹がかかるまで 」(ISBN 9784624301149)によると、2009年の政権交代直後、菅は「基地問題はどうにもならない」「もう沖縄は独立した方がいい」と述べたとされる。多くの中国メディアは菅首相の発言を報じ、中国人に賞賛されている。
この発言が報道された6月以降、中国では「沖縄独立論」と唱える中国人学者があらわれた。菅直人首相は中国人に「沖縄独立論」を勢いづかせた。尖閣諸島漁船衝突事件後の2010年10月、中国では「解放沖縄」の文字が躍るゲートフラッグを掲げ反日デモが起きた。
緊急事態に備え義務づけられている塩の備蓄を10万トンから4万トン以下に削減するとした。10万トンについて財務省の説明者は「災害等で製塩工場が操業できない場合を想定したもの」としている。これに対して仕分け人は「その根拠がない」「塩は輸入が大半であり、その輸入を維持することのほうが大事だ」と指摘している。
2011年3月17日および27日、東北地方太平洋沖地震による津波の影響で福島県いわき市小名浜の製塩工場が操業停止したことを受けて、財団法人「塩事業センター」は削減後の備蓄4万トンの18%にあたる合計7200トンを追加供給すると発表した。
菅直人内閣は鳩山政権から再任された閣僚が多い。国務大臣、内閣官房副長官・内閣法制局長官、内閣総理大臣補佐官、副大臣、大臣政務官のいずれも半数以上を占めている。
岡崎トミ子が改造内閣の国家公安委員会委員長になったが、平成15年2月に韓国のソウルで行われた日本大使館への抗議デモに参加し、当時も「反日デモに国費で参加した」と批判されたため、野党から「日本の治安のトップにいることは不適切だ」と批判された。岡崎は、2010年10月14日の参院予算委員会で「戦争の被害者に向きあうことが大切」、2010年10月22日の衆院法務委員会で「私の活動が『反日』だといわれたことが誤解だ」、「国益にかなうものだった」と反論している。
2010年6月 - 菅直人内閣発足
2010年6月11日 - 国民新党代表亀井静香郵政改革金融相は、第174回国会での郵政改革法案の成立が見送りになった責任をとり辞任。後任は同党の自見庄三郎幹事長となった。
2010年9月17日 - 菅直人首相は内閣改造を行った。この改造では、不祥事を起こしたり代表選挙で小沢一郎を支持していたりした閣僚などが退任となった。詳細は「菅直人内閣 (第1次改造)」を参照
2010年11月22日 - 国会軽視とも取れる発言が引き金となり柳田稔法相が辞任。千葉景子から法相を引き継いで約2ヶ月での辞任となった。法相は仙谷由人官房長官が兼任する。
日本とロシアの間に北方領土問題がある。ロシアでは1998年に提出された対日戦勝記念日制定法案が、日本政府に配慮した当時のエリツィン大統領の拒否権により成立を阻止されたが、2010年7月25日にメドベージェフ大統領は、日本が第2次世界大戦の降伏文書に署名した9月2日を記念日に制定する法案に署名した。北方領土返還を求める日本を牽制するものとされる。メドベージェフ大統領は2010年11月1日、旧ソ連・ロシアの国家指導者として初めて北方領土の国後島を訪問した。11月2日、前原誠司外相は9月にロシア側へ訪問への懸念を伝えていたことを明らかにし、河野雅治駐ロシア大使を一時帰国させると発表。翌3日、日本政府は河野大使を一時帰国させた。訪問への抗議とみられている。一方、元島民らは日本政府の外交姿勢を厳しく批判した。
ロシア紙コメルサントは2010年11月15日、ロシアは1956年の日ソ共同宣言に基づき平和条約締結後に歯舞、色丹の2島引き渡しに応じるつもりだったが、これを撤回したことが明らかになったと報じた。
北方領土の日の2011年2月7日、菅は「北方四島の帰属の問題を最終的に解決して平和条約を締結するという基本方針に従い、引き続き、強い意思を持ってロシアとの交渉を粘り強く進めていく考えであります」と述べるとともに、大統領の国後島訪問を「許し難い暴挙」と批判した。