エストニアの独立回復
同月26日の連邦最高会議幹部会に出席したエストニア最高会議幹部会 (et) 議長アルノルト・リューテルも、エストニアの主権宣言は連邦を維持するためであると表明した。しかしゴルバチョフは、この動きを「エストニアの経済的孤立主義という取り返しの付かない道を歩ませ、我が国〔ソ連〕の統一経済を破壊する政治的冒険主義」であると激しく非難した。一方でゴルバチョフは「エストニアが直面している数多くの現実的問題は正当である」と認めもしたが、結局、連邦最高会議幹部会はエストニアの主権宣言を無効であると決議し、ゴルバチョフに対するエストニア側の不信は高まっていった。
同月30日にリューテルは連邦最高会議で「連邦であるならば各共和国が拒否権を持つのは当然」と反論し、12月7日にエストニア最高会議は拒否権を再決議した。13日に最高会議は、エストニア語を国家語とする憲法第5条の改定案を承認し(賛成204票・反対49票・棄権4票)、翌1989年1月18日にはその細則を定めた言語法が採択された(憲法採択時の言語法案について、賛成329票・反対10票・棄権4票)。
1月中旬には保守派の共産党イデオロギー担当書記レイン・リストラーン (et) が穏健派のインドレク・トーメ(英語版)およびティトマにすげ替えられ、2月19日には著名な作家・芸術家・アスリートなど40人が『ソビエツカヤ・エストニア』(ru) 紙上で、エストニアの「自主管理」と「自由で自治を持つ機構」の強化を訴える声明を発した。同月1日のタルトゥ条約締結記念日のデモは当局に妨害されたが、24日の独立記念日(エストニア語版)のデモは黙認された。
4月1日から2日にかけて開催された創作家諸同盟合同総会 (et) では、トーメも出席するなかで、タブーであった国内の民族構成問題について率直に議論が交わされた。その中には、新たに「共和国籍」を導入すべきとの提案も含まれていた。総会決議は、エストニアではエストニア語とエストニア文化が優先されるべきとの考えを強調し、その経済的・文化的独立を保障するために共和国の立法機関が指導的役割を果たすこと、連邦構成共和国の主権と平等というレーニン主義の原則に立ち戻ること、などを求めてエストニア指導部を強く批判した。
モスクワが歴史認識問題について揺さぶられる一方、7月20日にはエストニア最高会議幹部会の側も、科学アカデミー(英語版)副会長アルノ・キョールナ (ru) を長とし、サヴィサール、ティトマ、ラウリスティンら18人による「1940年の出来事に関する歴史的・法的評価を行う委員会」を設置した。9月25日、調査委員会は、1939年から1940年にかけてエストニア=ソ連間で結ばれた条約は一切「法的にはゼロ」であり、エストニアのソ連への加盟は「侵略・軍事占領・併合」であったと結論した。11月12日に最高会議はこの報告に基づき、1940年7月22日にエストニア議会が発したソ連加盟宣言を、エストニア人民の自由意志に基づかない無効なものであったと認定した。しかし、ロシア人議員ら43人はこの議決に反対して途中退出している。
その後、11月27日には連邦最高会議がバルト三国に対し、国内財政・金融機関の指導・価格決定について、各共和国の権限を認める固有の経済的規約を発した。12月24日には第2期人民代議員大会 (ru) が秘密議定書の存在を認め、その無効性を宣言した。しかし人民代議員大会は、三国はあくまでも秘密議定書とは無関係にソ連へ自発的に加盟した、として併合の正当性を譲らなかった。この決議に対しては、総投票数2250のうち三国の代表などが252の反対票と264の無効票を投じたが、1432の賛成票によって可決された。