インドガビアル上科
しかし、後のDNAシークエンシングを用いた研究ではブレヴィロストレス類は棄却され、アリゲーターよりもガビアルとクロコダイルが互いに近縁であることが判明した。2003年には新しい系統群としてLongirostres (en) が命名された。
さらに、マレーガビアルおよびそれに近縁な化石種が実際にはインドガビアル上科インドガビアル科に属することも、DNA研究により示唆された。マレーガビアルはインドガビアルと外見が類似していながら遠縁と考えられており、マレーガビアルの属するトミストマ亜科は伝統的にクロコダイル上科に分類されていた。これも形態学的研究に基づくものであった。
2018年に発表されたLeeとYatesの研究では、形態情報・分子情報・層序からワニ目内の類縁関係が示され、2021年にはHekkalaらが絶滅したヴォアイ(英語版)のDNAを抽出して解析を行ってこれを拡張した。LeeとYatesの解析では、トラコサウルスやその他の化石属がインドガビアル上科から除外された。