長崎県指定文化財一覧
国指定史跡には、島原藩の史跡として旧島原藩薬園跡が挙がっている。前述のとおり石田城は早々に破却されたが、五島氏の庭園が造営されており、こちらも国指定史跡となっている。藩主墓所としては、対馬万松院の宗家墓所に続き、大村本経寺の大村家墓所も国指定を受けている。
国指定重文に指定されている仏具は、対馬多久頭魂神社の梵鐘(観音堂から移設)と金鼓(朝鮮から伝来)、同じく対馬旧清玄寺の梵鐘(のちに万松院に移設)の計3件である。