UFO研究
イギリス国防省は1967年より公式に調査を行いその後同様の報告書を発表したが、同じくその存在自体については否定していないし肯定もしていない。またその後1980年に、ロンドン郊外にあるNATOのベントウォーター基地周辺で基地関係者や近隣住人によって目撃されたUFOについても、イギリス空軍が正式な調査報告をしその証言自体を認めているが、「どこから飛来したか」という点については結論を出せていない。そもそも未確認の飛行物体であるから、どこから飛来したかはわかるはずがない。基地周辺で飛行した研究中の新型軍用機であった場合、その正体は軍事機密に属し組織的に隠蔽される。
イギリス国防省にはUFO係の部署があったが、1968年を最後にまともな調査は行われなくなっており、主に電話や電子メールのUFO目撃情報に対応するだけとなっていた。この部署は、2009年に経費削減のため閉鎖されている。
1967年にハイネックは「空軍のUFOプログラムは不十分なものだった」とインタビューで答えた。また、プロジェクト・ブルーブックの研究に対して、ハイネックは1968年に書簡の中で厳しい批判をしている。1つは「UFOに危険性はない」と空軍は判断しているが、それは将来もUFOは敵意を示さないことを意味するものではない、ということ。そしてもう1つはブルーブックの研究方法についてである。プロジェクト・ブルーブックは「スタッフが非科学的で、充分なトレーニングを受けていないのに専門的な科学用語を使って説明しようとしていた」「重要な事例を十分調査することもせずに、ありきたりの誤認例に必要以上の時間を費やした」「UFO情報の分類法に手を加え、殆どの識別不能事例を既知現象の誤認だと見られるようにした」「プロジェクト内部の将校同士で話し合うだけで、科学者や研究所と協力しようとしない閉ざされた体制を築いた」点などをハイネックは批判した。端的に言って「プロジェクト・ブルーブックはいつでもUFO報告を自然現象・幻覚・でっちあげで説明できた」とハイネックは述べた。また、コンドン委員会の研究が発表された際には、ハイネックは「お粗末な作品」とコンドン報告書を評し、特にプロジェクトに経験のない科学者を参加させた人選を厳しく批判した。
研究者のジェームズ・E・マクドナルドは「長年の間、なぜ信頼できるUFO報告を公表せず、科学界に警告しなかったのか」と当時空軍にいたハイネックに批判的に詰め寄った事があり、後に「すがすがしい気分だった」とハイネックが語ったというエピソードがある。
トゥルー誌はドナルド・キーホー退役海兵隊少佐による「空飛ぶ円盤は実在する」という記事を掲載し注目を浴びた。トゥルー誌は続けてマクラフリン海軍中佐(Commander R. B. McLaughlin)による記事「科学者はどのようにフライングソーサー(UFO)を追跡したか」を掲載した。マクラフリンは米国公式の調査であるプロジェクト・グラッジを批判し、「時速25200マイルで飛行する銀色の物体を科学者が観測したこと」を発表した。キーホーとマクラフリンの記事は、全米誌で「地球外仮説」を指示し、公式の空軍の調査に反論した最初の事例であった。
1953年、キーホーは著作「Flying Saucers from Outer Space」を発刊した。この著作は反響を呼び、キーホーはUFO民間研究者として不動の地位を得たが、その直前にキーホーは空軍から著作を出版することに対しての圧力を受けており、その事をきっかけにキーホーは空軍の隠蔽工作説を唱え始めた。また空軍の方はキーホーの説を否定するプレスリリースを行い、陰謀論は泥沼に陥った。キーホーの著作に対して、空軍は「プロジェクトブルーブック特別報告第14号」を発表し、UFOが「今日の科学的知識外の進歩したテクノロジーを観測したものということは殆どあり得ない」と結論した。この報告に対して、キーホーを含む民間のUFO研究者は、この報告が「最も良質の事例を分析しておらず、空軍のファイルに『識別不能』としてリストされている多くの事例を避けている」と批判した。しかし特別報告14号は空軍のUFO問題に対する基本理念となった。こうした方針によるプロジェクト・ブルーブックの研究は後に空軍内部にいたアラン・ハイネックから批判された。
プロジェクト・サイン
米国でのUFOの目撃例は1945年から増加が相次いでいた。しかし当時の米国には公式なUFO調査機関は無く、AMC(航空資材コマンド)のみが目撃報告を収集していた。AMCのネイサン・トワイニング司令官は陸軍に「空飛ぶ円盤」の本格的な研究機関を設置してほしい、と書簡を送った。その書簡には「航空機に匹敵する」大きさの「円盤状の物体」が存在していること、その物体は「猛烈なスピードや機動性」をほこり、「友軍機やレーダーが目撃あるいは接触した際に回避行動を取る」「編隊を組んで飛行する」ため「自動、あるいは遠隔で操縦されている可能性がある」ことなどが記されていた。米国はソ連と冷戦の最中であったため、米国空軍はUFOがソ連の秘密兵器である可能性と考え、1947年に「プロジェクト・サイン(英語版)」と名付けたUFO調査プロジェクトをスタートさせた。
プロジェクト・サイン創立の2週間前にマンテル大尉事件が起こり、スタッフはより熱心に数多くのUFO問題について調査するようになった。その結果プロジェクト内でも誤認説、自然現象説と地球外起源説を唱えるグループに派閥が分かれ、一時的には後者が有力となり、地球外起源説に研究の焦点が当てられた。続く1948年には識別能力のあるパイロットが葉巻型UFOを目撃するというイースタン航空事件が起こり、スタッフは「UFO現象は地球外起源のものであることを示している」と結論をつけた調査結果をまとめた。その調査は空軍のホイト・バンデンバーグ長官に「根拠に乏しい」と判断され焼却された。