毛利輝元
広長は、益田元祥が幕府より独立大名として処遇するという勧誘を受けていたことから、逆に自ら幕府に接近しようとしたと考えられている。
他方、輝元は広長の出奔を理由として、慶長10年に吉見氏に対して厳しい処分を下し、広長の父・吉見広頼は同心していなかったとして隠居料を安堵したが、家臣らに対しては広長補佐の役割を果たさなかったとして追放処分を科し、あわせて防長二国への入国禁止、違反した場合は成敗するとまで言い渡していた。また、吉見氏を毛利氏に吸収するため、慶長17年(1612年)に吉川広家の次男である彦二郎(後の毛利就頼)に広頼の娘を娶らせて吉見氏を相続させるなど、両者の対立が深刻化していた。
輝元は広長との不和に対して、幕府から家中騒動の嫌疑を掛けられ、ひいては毛利氏の改易に繋がることを恐れていた。そのことが、輝元に広長の追討に踏み切らせることに繋がった。輝元は一度裏切った者は絶対に許さないという冷酷さを以て、家中統制を行った。
天正13年3月、秀吉は根来衆などを討伐するため、紀州攻めを行った。このとき、輝元は秀吉に協力し、毛利水軍を紀州へと派遣している。
慶長20年(1615年)4月17日、輝元は本多正純から届いた奉書によって、徳川方と豊臣方が手切れとなった際には摂津国の兵庫、西宮、尼崎付近へ出陣する準備を命じられると、直ちに秀元を毛利軍の先鋒とし、宍戸元続、毛利元倶、毛利元宣、毛利元鎮らを従軍させると決定した。
4月18日、家康が二条城に入り、4月21日には秀忠が伏見城に入ったことで、本多正純は毛利氏への出陣を要請した。これにより、4月28日に先鋒としてまず秀元が出陣し、5月4日に秀就は吉川広正や宍戸元続をはじめとする毛利氏の主力を率いて周防国三田尻を出航したが、秀就は大坂城陥落には間に合わなかった。しかし、家康はそもそも毛利氏へ出陣命令を出すことが遅れたことが原因であるとして、これを不問としている。
大坂夏の陣においては、内藤元盛(佐野道可)、烏田通知、幸田匡種、笠井重政など、豊臣方に加わった毛利氏旧臣がいたが、輝元の母方の従兄弟で重臣の内藤元盛が「佐野道可」と名乗って大坂城に入城したのは輝元、秀就、秀元、宍戸元続らの謀であるとする説がある。
大坂夏の陣後、5月に内藤元盛が京都郊外で捕縛されると、取調べの担当である大目付の柳生宗矩から輝元の命によって元盛が大坂城に入城した疑惑を問い詰められたが、元盛は独断で入城したと主張し、21日に自刃したことにより毛利氏への嫌疑は不問となった。その後、内藤元盛の息子である内藤元珍と粟屋元豊が家康に謁見し、元盛とは無関係であるとの釈明を認められて帰国したが、輝元は帰国した二人を自害させた上、内藤元珍の息子・元宣を幽閉した。
防長2ヶ国において、毛利家中に留まることを選んだ家臣らの領地は5分の1に減知されたが、家の維持が困難になることもあったので、一律に5分の1にはされず、削減比率には軽重がつけられた。
例として、一門の毛利元康、安芸の有力国人・天野元嘉、阿曽沼氏らは5分の1になっているが、備前の有力国人・三吉氏は10分の一以下にされている。中規模家臣では、減知率が縮小しており、また加増された家もある。このような比率の差に関しては、輝元との親疎や、輝元からの期待感を反映したものと考えられる。
他方、減知された家臣の中には、不満を抱いて藩から出奔する者もいた。だが、実際には、家の規模を維持するため、他大名への仕官を選択したものと考えられる。出奔した家臣の中にはのちに帰参した者もおり、『萩藩閥閲録』といった由緒書などにはやむなく家中を離れたと記されている。
出奔する家臣が大勢出る中で、輝元は上方に留まりながら、混乱に対処しなければならなかった。輝元は出奔する家臣の続出により、自身や毛利氏が侮られることや、家康の機嫌を損ねることを恐れていた。そのため、輝元は国許を統括する佐世元嘉を通して、問題の対処にあたっている。
他方、輝元は有能な者は家中にとどめておく必要があるが、そうでない者は財政再建の支障になると考え、ある程度の出奔者はむしろ好ましいと考えていたようである。