超鞭毛虫
超鞭毛虫綱 Hypermastigia ロフォモナス目 Lophomonadida Joeniidae Lophomonadidae Kofoididae Rhizonymphidae Microjoenidae Deltotrichonymphidae トリコニンファ目 Trichonymphida Hoplonymphidae Staurojoeninidae ケカムリ科 Trichonymphidae Eucomonymphidae ナガケカムリ科 Teranymphidae Spirotrichosomidae スピロトリコニンファ目 Spirotrichonymphida Spirotrichonymphidae Holomastigotoididae Holomastigotidae
20世紀末になると分子系統解析によって超鞭毛虫の単系統性が否定された。そのうちロフォモナス類は比較的構造が単純で、トリコモナス類のうちDevescovinidae科とCalonymphidae科のものと細胞構造が類似していることから、クリスタモナス目(Cristamonadida)としてまとめられた。
クリスタモナス目 Cristamonadida (ロフォモナス類を含む)
トリコニンファ目 Trichonymphida トリコニンファ亜目 Trichonymphina スピロトリコニンファ亜目 Spirotrichonymphina
つづいて2010年にパラバサリア全体が系統関係を反映するよう6綱に改編され、そのうち3綱3目に超鞭毛虫は散在している。
クリスタモナス綱 Cristamonadea クリスタモナス目 Cristamonadida (ロフォモナス類を含む)
トリコニンファ綱 Trichonymphea トリコニンファ目 Trichonymphida
スピロトリコニンファ綱 Spirotrichonymphea スピロトリコニンファ目 Spirotrichonymphida