天誅組の変
事件の収束後、天誅組に関しては罪人扱いされ、明治維新後もしばらくは忘れ去られていたが、土佐脱藩の隊士については、明治16年(1883年)に靖国神社に合祀され、明治21年以降、他の隊士についても合祀されるようになった。明治24年、吉村虎太郎、松本奎堂、藤本鉄石らの隊士が贈位されたのを始めとして、以後、隊士に対する贈位が行われるようになる。
明治27年、当時小川村となっていた鷲家口の住民梶谷留吉の尽力により、隊士の墓所として「明治谷墓地」、「湯ノ谷墓地」が建立された。
明治28年、小川村の宝泉寺において天誅組三十三回忌法要が営まれ、田中光顕、北畠治房(平岡鳩平)、土方久元、土方直行、山縣有朋らが出席し、以後9月25日を命日とし毎年法要が営まれるようになった。
天誅組の数少ない生き残りの一人で、後に男爵となった北畠治房(平岡鳩平)は引退した後、墓碑建設を支援したり顕彰碑の建立を行うなど、天誅組の顕彰活動を盛んに行なった。
失敗に終わったものの、倒幕運動における初めての組織的な武力蜂起という点で維新後に再評価されることになり、現代でも「維新の魁(さきがけ)」とする評価がある 。
総兵力1万4,000人に及ぶ諸藩兵は各方面から進軍、樺の木峠や広橋峠などで戦闘が繰り広げられ天誅組は善戦するものの、主将である忠光の命令が混乱して一貫せず、兵達は右往左往を余儀なくされた。9日には白銀岳の本陣に彦根藩兵が迫ったが撃退に成功する。同日夜、彦根藩の拠点となっていた下市を夜襲することになり、橋本若狭らの一隊が下市の町を襲って放火した。不意を突かれた彦根藩兵は大混乱に陥り、夜襲は成功、橋本隊は武器などを奪って引き上げた。この焼き討ちで下市の民家約300件が焼失、住民は逃亡した。下市夜襲に成功した橋本隊は援護部隊の水郡隊と合流して白銀岳本陣に戻るが、本隊は大日川村方面に援軍に出動して陣にはおらず、何の連絡もなく取り残された形となった水郡らは憤慨したが、その後本隊に合流した。大日川の陣地は津藩の攻撃を受けていたが、下市夜襲で彦根藩が損害を受けたため、総攻撃は延期されることになり津藩は一時退却した。忠光の本隊は再度、十津川方面へ退去することを決め、11日朝、天の辻へ退却した。しかし、水郡ら河内勢にはそれは知らされず、再三に渡って置き去りにされ、献策も受け入れられないなどの冷遇を受けた水郡は天誅組からの離脱を決意。忠光らの待つ本陣に戻る事なく、高野山から河内方面へと撤退していった。こうして忠光が統率力を失いつつある事は一目瞭然で、水郡ら河内勢以外にも脱走する者が相次ぎ、天誅組の士気は低下する。
14日、紀州・津の藩兵が天の辻に迫り、抗戦が難しいと判断した天誅組は本陣としていた庄屋に火を放って放棄すると、十津川郷へ退却を決定する。忠光ら本隊が先行し、吉村らの後続隊も津藩が迫ると退却した。