ImageJ
ImageJはオープンソースでパブリックドメインの画像処理ソフトウェアである。Javaの仮想マシン上で動作し、プラグインやマクロによる拡張性が高い。科学研究における画像解析に広く利用され、生物学ではデファクト・スタンダードの解析ツールとなっている。
デジタルカメラで撮影した写真などの画像処理に用いられる写真編集ソフトウェアでは、誰でも使える直感的な操作性を重視するため、逆に内部の演算がわかりにくくなることがある。これに対してImageJでは、各種画像処理に用いられる数値計算のパラメータが分かりやすいユーザーインターフェイスを備えており、ピクセルの数値を元に再現性の高い計算処理を行うことが可能である。ユーザーによって書かれたプラグイン群は、さまざまな画像処理・解析の課題に対応している(#拡張性の項を参照)。同時にその拡張性の容易さゆえ、画像処理の教育の現場でもポピュラーである。また、オープンソースであるため、処理過程をすべて確認することができる。計算過程にブラックボックスがない、という点でも科学研究での使用に適している。ソースコードはGitHubで公開されている。