絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律
魚類4種:ミヤコタナゴ、スイゲンゼニタナゴ、イタセンパラ、アユモドキ
昆虫類10種:ベッコウトンボ、ゴイシツバメシジミ、ヤンバルテナガコガネ、ヤシャゲンゴロウ、オガサワラハンミョウ、オガサワラシジミ、オガサワラトンボ、オガサワラアオイトトンボ、ハナダカトンボ、ツシマウラボシシジミ
貝類14種:小笠原陸産貝類14種
植物16種:キタダケソウ、レブンアツモリソウ、ハナシノブ、チョウセンキバナアツモリソウ、ムニンツツジ、ムニンノボタン、アサヒエビネ、ホシツルラン、シマホザキラン、タイヨウフウトウカズラ、コバトベラ、ウラジロコムラサキ、ヒメタニワタリ、コヘラナレン、シマカコソウ、ウチダシクロキ
また、2019年3月現在、東京都、佐渡市、大町市等の地方公共団体等が事業主体となり、ツシマヤマネコ、トキ、ライチョウ、ヤシャゲンゴロウ、レブンアツモリソウなど計14種(延べ38件)について保護増殖事業が確認または認定を受けて実施されている。