水中処分隊
地方隊の警備隊または基地隊の隷下で、海上における危険物(不発弾など)の探知・処分や水中機材の調査、艦艇に対する潜水作業などを行う。なお、対機雷戦は行わない(後述)。 また、災害派遣として水辺での行方不明者捜索、水害時の孤立住民輸送・行方不明者捜索にも従事する。 各警備隊または基地隊に配備された水中処分母船1号型を拠点として活動を行う。
なお、水中処分隊以外にも、1965年(昭和40年)8月には2個掃海隊群司令部にそれぞれ7名編制の水中処分班が配備され、昭和42年度計画で整備を開始した380トン型掃海艇より水中処分員が定員として認められることになっている。これは、イギリス海軍のトン型掃海艇で確立された、二周波数の機雷探知機と水中処分員による機雷掃討システムの導入に伴うものであった。
2008年(平成20年)3月26日、海上自衛隊体制移行に伴い、掃海隊群司令が地方隊掃海隊及び地方隊水中処分隊の水中処分班に対しても練度管理統括者として部隊を育成、向上させる役割を担うこととなった。
先述したように、掃海艇にも水中処分員(水中処分の職種資格を保持した隊員)は乗り組んでいるため、水中処分隊は平時における機雷以外の水中爆破物対処および水中処分員や潜水員の各種訓練支援を主眼としており、水中処分母船により対機雷戦に投入されることはない。それ故に同船は自衛艦ではなく支援船籍となっている。