総合研究大学院大学
日本初の博士課程のみの国立大学院大学として1988年10月に開学した。5年一貫制博士課程および5年一貫制博士課程の3年次に編入する博士後期課程(一部については、博士後期課程のみ)を設置している。
教育研究組織は、基盤機関(大学共同利用機関である人間文化研究機構、自然科学研究機構、高エネルギー加速器研究機構、情報・システム研究機構の4つの大学共同利用機関法人に属する18の研究所および国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究所を本学では基盤機関と称する)および大学本部(葉山キャンパス)で構成され、 世界最先端の研究拠点を教育の現場として、高い専門性を持った博士人材を育成する。 入学定員は、5年一貫課程58名・後期課程62名の計120名。
数物科学研究科 構造分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 機能分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 加速器科学専攻 - 茨城県つくば市 放射光科学専攻 - 茨城県つくば市 統計科学専攻 - 東京都港区 天文科学専攻 - 東京都三鷹市(1992年4月設置、1992年4月学生受入開始) 核融合科学専攻 - 名古屋市千種区(1992年4月設置、1992年4月学生受入開始) 極域科学専攻 - 東京都板橋区(1993年4月設置、1993年4月学生受入開始)
生命科学研究科 遺伝学専攻 - 静岡県三島市 分子生物機構論専攻 - 愛知県岡崎市 生理科学専攻 - 愛知県岡崎市
文化科学研究科 地域文化学専攻 - 大阪府吹田市 比較文化学専攻 - 大阪府吹田市 国際日本研究専攻 - 京都市西京区(1992年4月設置、1992年4月学生受入開始)
先導科学研究科 - 神奈川県三浦郡葉山町(1997年4月設置、1999年4月学生受入開始) 生命体科学専攻 - 全基盤機関による共同設置(1997年4月設置、1999年4月学生受入開始) 光科学専攻 - 全基盤機関による共同設置(1998年4月設置、1999年4月学生受入開始)
大学本部事務局 - 神奈川県三浦郡葉山町(1995年2月葉山キャンパス開設)