カンボジア特別法廷
第1・第2事件以外の被疑者を訴追すべきか否かについては、カンボジア側と国際側の検察官の間で意見が分かれた。国際側検察官ロバート・ペティットが、クメール・ルージュ政権下の犯罪の包括的解明につながるとして訴追を主張したのに対し、カンボジア側検察官は、国民和解の必要性などを理由として訴追に反対した。内部規則71条による共同検察官意見不一致の場合の手続に従い、共同検察官は公判前裁判部に裁定を申し立てた。しかし、公判前裁判部では裁定に必要な多数(判事4人以上)を満たさず、内部規則71条4項(c)の規定により、一方の検察官(この場合国際検察官)の請求した司法捜査開始の申立てが維持されることとなった。
こうして、2009年9月7日、国際側検察官から共同捜査判事に対し5人の被疑者に対する司法捜査開始の申立てが行われた。これが第3事件と第4事件とに分割された。被疑者の氏名は公開されていない。
第3・第4事件については、2009年9月、フン・セン首相が訴追への反対を公言し、また、2010年6月には共同捜査判事間の意見の不一致が報じられた。
国際捜査判事がブルンクに交代した後の2011年4月29日、共同捜査判事は、共同検察官に対し、第3事件について捜査の終了を通知した。一方、国際検事のケイリーは、ブルンク捜査判事の第3事件についての捜査が不十分であり、現地検証を含めた捜査を続行すべきである旨を述べ、両者の対立が明らかになった。NGO等からは、第3・第4事案の訴追を望まないカンボジア政府の意向に迎合してブルンクが不起訴に終わらせようとしているのではないかとの批判が巻き起こった(後述#政治介入への批判)。
第4事件については共同捜査判事の捜査が継続中である。