東京 - 新潟線
西武バス:8往復※ 池袋発:1・7・13・19・21・23・25・27便 新潟発:2・8・10・12・14・16・30・32便
※池袋発:27便・新潟発:16便を西武観光バスが担当することがあった。
越後交通:4往復 新宿・池袋発:3・11・17・31(もしくは29)便 新潟発:6・18・24・28便
新潟交通:4往復 新宿・池袋発:5・9・15・29(もしくは31)便 新潟発:4・20・22・26便
長岡新潟線
西武バス=1往復 新宿発:53便 新潟発:52便
越後交通・新潟交通=両社で1往復 新宿発:51便 新潟発:54便
しかし、運賃設定が新幹線に比べて低価格であることなどが奏功して利用者の確保に成功し、のちの全国的な長距離高速バスブームの発端となるなど、高い利用率を維持し続けた。開設当初は1日2往復と本数が少なかったが、その後段階的に増便し、2006年春より1日16往復に増便され、昼行便は1時間ヘッドでの運行となった。西武バスでは新宿・池袋 - 新潟線もしくは新潟線、越後交通と新潟交通では新潟 - 池袋・新宿線、池袋・新宿線もしくは東京線として案内が行われてきた。
2012年10月1日からは夜行便に限り、東京側の発着地が新宿駅西口バスターミナルまで延伸された。なお、昼行便は同日以降も池袋発着のままの運行となっていた。2016年4月4日より新宿での発着場所がバスタ新宿に変更された。
前述の再編後より、新たに昼行便1往復が新宿発着となるとともに、週末等の多客期のみ定期増発便の運行を開始した。この定期増発便は長岡市内で一般道を経由する。