ヨタカ目
ヨタカ目の4科にアマツバメ目(ズクヨタカ科を含む)を加えた5系統間の系統関係はあまりわかっていない。系統が確定しない現状ではこれ以上の分類の修正は難しく、鳥類の目の中でヨタカ目は唯一、単系統でないと判明したまま残されている。
現時点で最も包括的な分子系統は下図のようになっているが、BS値は非常に弱く、不確実である。
一方、形態やmtDNAからの異論があり、Mayr (2009; 2011) は次のような系統樹を求めている。
Mayrは単型のアブラヨタカ目 Steatornithiformes(新設)とガマグチヨタカ目 Podargiformes(Mathews 1918 の復活)を置き、他にもいくつかの分類群を置いた(ただし、Cypselomorphae の名はStrisores の系統に当てる説もある)。ただし、彼らはズクヨタカ科についてはズクヨタカ目に分離する説を採ったが、ここでは広義のアマツバメ目で記した。
伝統的には、ヨタカ目はヨタカ亜目 Caprimulgi とアブラヨタカ亜目 Steatornithes(アブラヨタカ科のみ)に分けられていた。ヨタカ亜目は昆虫食・3前趾足・雛は就巣性、アブラヨタカ亜目は椰子の実を食べ皆前趾足・雛は晩生性という違いがある。
夜行性という共通点、およびそれによる収斂進化に由来すると考えられる共通点がフクロウ目との関係において指摘されてきた。分子生物学的にも、Sibley分類では広義のフクロウ目にヨタカ亜目 Caprimulgi として、フクロウ亜目 Strigi(通常のフクロウ目)・ズクヨタカ亜目 Aegotheli(ズクヨタカ科のみ)と共に属していた。
Livezey & Zusi (2007)は、大枠で伝統分類を踏襲したが、ヨタカ目とアマツバメ目を姉妹群とし Incessores 亜節(単型亜節)Cypselomorphae 上目にまとめた(Cypselomorphae の定義は通常と異なる)。ヨタカ目は Sibley et al. 同様、ズクヨタカ亜目とヨタカ亜目に分けた。