二千円紙幣
発行開始当初は一部の自動販売機メーカーなどが当分の間自動販売機の二千円紙幣対応を行わないことを明言するなど、発行開始当初の紙幣取扱機器の対応状況は十分と言えるものではなかった。金融機関の現金自動預け払い機(ATM)や自動販売機での利用環境が整わず使用できなかったことや、一般商店のレジにも二千円紙幣を収納する場所が存在せず釣銭として払い出されなかったことなどが二千円紙幣の普及を阻害する要因となったとされる。
以降の紙幣取扱機器の状況については、後述の「#紙幣取扱機器の対応状況」を参照のこと。
二千円紙幣は2000年(平成12年)の発行開始以降継続して発行中の現行紙幣であるため、銀行等の金融機関では、二千円紙幣の在庫があれば窓口で出金・両替する際に入手することができる。みなと銀行では支店によっては定期的に新券を補充している。
また、日本銀行の本支店窓口において損傷現金引換や国庫金納付の釣銭等で一般客が現金を受け取る場合、最小枚数となる組合せで支払うルールとなっているため、その金額によっては二千円紙幣が含まれることになる。
なお、二千円紙幣を含む日本銀行券には日本国内で法定通貨として無制限に通用する強制通用力が付与されていることから、代金や釣銭として支払われた二千円紙幣を「見慣れない」、「機械が対応していない」、「取扱いが面倒」等の理由によって受取拒否することはできない。
視覚障害者が触覚で券種を識別できるようにした識別マークについてはD一万円券、D五千円券、D千円券で採用されていた透かしによるものから変更され、紙幣の表面下端の左右に深凹版印刷によりインクを盛り上げて凸凹を感じられるようにした方式が取られている。D二千円券には点字の「に」を模した「丸印が縦に3つ」の識別マークが施されている。また国立印刷局によりスマートフォンで金種の判別・読み上げができるアプリ「言う吉くん」を提供されている。
透かしは表面の図柄と同じ守礼門だが、別の角度から見たものとなっている。さらに守礼門に掲げられた扁額に記された「守禮之邦」の文字が透かしによるマイクロ文字となっている。
D二千円券発行開始当時の五千円紙幣であるD五千円券と比較すると、長辺の長さの差は1mmしかない。これは1984年(昭和59年)のD号券登場時には二千円紙幣の登場を想定しておらず、寸法の余裕を持たせていなかったことによるものである。2004年(平成16年)から発行されているE五千円券との長辺の長さの差は2mmとなっているが、これは二千円紙幣導入後に発行開始されたE五千円券ではD二千円券との識別性を考慮し、D五千円券よりも寸法が若干拡大されたためである。