伊古奈比咩命神社
上記のように伊古奈比咩命神社祭神は5柱と定められているが、この制は江戸時代には遡りうるものである。主祭神の伊古奈比咩命(いこなひめのみこと)は、三嶋神の后神とされる。『続日本後紀』の記述を基にすると、三嶋神の正后が阿波咩命(神津島の阿波命神社祭神)、後后が伊古奈比咩命神社にあたるとされる。また、『伊豆国神階帳』に見える「一品当きさの宮」や『三宅記』に三嶋神の后として見える「天地今宮后」もまた、伊古奈比咩命に比定される。後述のように、夫神の三嶋神には歴史的に事代主命説・大山祇命説があるため、伊古奈比咩命にも三嶋溝樴姫(事代主命妃)説・大山祇命妃説があった。これらに対して伊古奈比咩命神社社誌では、記紀神話との比較はせず「伊古奈比咩命」という独立の神格を見ている。神名の由来は明らかでないが、『日本三代実録』に見える遠江国の伊古奈神(所在不明)との関連が指摘される。
相殿神のうち、筆頭の三嶋神(みしまのかみ)は、現在の三嶋大社の祭神を指す。上記のように現在伊古奈比咩命神社では、この三嶋神を記紀神話に見える事代主命にあてる。