喜光寺
しかし、元亀年間(1570年 - 1573年)に再び兵火にあって本堂以外の堂宇を焼失した。
江戸時代の中期には貫光戒月や寂照といった僧によって本堂が修理されている。
明治時代には神仏分離によって鎮守社の菅原天満宮が独立し、一乗院も廃寺となったことから当寺は薬師寺の末寺となった。現在は薬師寺が属する法相宗唯一の別格本山である。
1992年(平成4年)からは「いろは歌」を書写する「いろは写経」が行われている。
2019年(平成31年)1月28日、奈良大学(奈良市)は、2005年(平成17年)に額安寺から購入した木造四天王像のうち広目天像と多聞天像の2体を2014年(平成26年)から解体修理する過程で、計7カ所から「行基大菩薩御作菅原寺」などと記された墨書銘文が見つかったと発表した。四天王像は明治の神仏分離を受けて奈良時代の僧の行基が最期を迎えた菅原寺(喜光寺)から額安寺に移されたとする伝承があったことから、同大は「説が裏付けられた」としている。これを受けて2019年5月2日から9月2日まで「おかえり法要」として本堂で奈良大所蔵の四天王像が特別公開される。