野田城・福島城の戦い
三人衆軍には27日、篠原長房が中心となり、細川真之、三好長治、十河存保ら、阿波・讃岐の兵2万からなる大援軍が兵庫浦に上陸、翌28日、織田軍に属していた瓦林城、越水城の城主・瓦林三河守を討ち取り、10月1日に野田城・福島城に入城する。ここに至って信長は、三人衆、本願寺、浅井長政、朝倉義景、六角義賢ら連合軍との和睦を模索する事になる。義昭は三人衆に対しては敵対心があったようではあるが、顕如に対しては開戦当初から一貫して和平を求めており、信長はこれを利用し朝廷工作を実施し、正親町天皇より「講和斡旋を希望す」という言を得て、11月30日に各陣営で話し合いが行われ、12月14日に和睦が成立し、長政、義景、六角連合軍も撤兵する。この時、三人衆と篠原長房は、旧敵であった三好義継、松永久秀とも和睦しており、その後、両者は共闘することとなった。この戦い以降、信長は浅井・朝倉・六角連合軍の討伐にしばらく忙殺される事になる。
開戦当初は織田軍に属していた雑賀・根来連合軍であったが、石山本願寺と同じ浄土真宗の門徒であったため、石山本願寺が参戦後、すぐには入城しなかったが、本格化な籠城戦となっていくと、鈴木孫一らが率いる傭兵雑賀衆と行動を共にし、石山本願寺へ入城し信長の敵対勢力となっていく。