森友学園問題
2016年6月、近畿財務局は小学校の開設を計画した学校法人森友学園に当該国有地を随意契約で売却した。連帯ユニオン議員ネットワーク副代表の木村真大阪府豊中市議は、同年9月に近畿財務局に売却価格の情報公開法による開示請求を求めたが、近畿財務局は「法人側の事業に影響がある」との理由で非開示とした。これを不服として、2017年2月8日、国に対して決定の取り消しを求め大阪地方裁判所に提訴した。2月9日、毎日新聞は朝刊でこの事実関係を簡潔に報道した。
籠池泰典の証人喚問は、2017年3月23日午前10時から参議院予算委員会で14時50分から衆議院予算委員会で行われた。補佐人には山口貴士が選任された。西田昌司に促され、籠池は「はい。そうですね。もう九分九厘でき上がっていて、高げたを外された、はしご段を外されたという思いですね。」、はしごを外したのは「松井一郎大阪府知事というふうに思っています。」と証言。「誰がこのはしごをかけたのですか」と質問した浅田均に対して(はしごを)「掛けたのは私ですが。」と答えた。下地幹郎は「松井さんがはしごを外したというんじゃなくて、松井さんはあなたが学校ができるようにはしごをかけて、はしごから落ちたのはあなた自身なんですよ。はしごを外したんじゃないんですよ。あなたが自分で、みずからがはしごから落ちたんです。そこの認識をしっかり持たなきゃだめだということを一点申し上げたい。」と非難した。この下地の発言について、翌日の予算委員会で西田昌司は「下地議員が『松井さんははしごをかけてあげた』と言われたが、ここは(はしごを)かけたら駄目。
この報告書では、改竄の目的は国会審議において森友学園案件が大きく取り上げられる中で、更なる質問につながり得る材料を極力少なくすることであり、財務省の職員たちが連日の国会審議への対応のほか、説明要求や資料要求への対応により疲弊していたことが背景にあったと述べている。また、P43に、当時の近畿財務局統括国有財産管理官の配下職員について"一定の作業に従事していたものの、本省理財局からの指示に明確に反発して幹部職員にも相談していた経緯を踏まえ、責任は問わないこととする。"との記述がある。この幹部職員とは近畿財務局管財部長と近畿財務局管財部次長と思われる。
また、この報告書を取りまとめた、財務省職員の服務に関する業務を担当する大臣官房秘書課の伊藤豊秘書課長(当時)は、2018年10月、自殺した職員の妻に、改ざんを行った者について「炎上している国会をさらに炎上させたくないっていう、間違いですけど、そういう動機ではあったとは思います。」と話している。
2018年7月20日、政府は再発防止策として、「公文書管理の適正の確保のための取組について」を閣僚会議決定。この決定には、"一旦決裁が終了した後の決裁文書の修正は認めないこと、修正が必要な場合は、新たな決裁を取り直すことを再確認しルール化する。"と書いている。決裁文書の修正についてこれまでルール化されていなかった(規則がなかった)。
2022年2月10日、内閣府大臣官房公文書管理課長は、「公文書管理の適正の確保のための取組について」(平成30年7月20日行政文書の管理の在り方等に関する閣僚会議決定)に基づき、「決裁終了後の決裁文書の修正について」という通知(課長通知)を出した。この通知では、決裁の修正手続に関する文書取扱規則のモデル規定を提示し、各行政機関の文書取扱規則をモデルと同様に改定し適切な運用をすることを求めている。
3月16日、参議院予算委員会の現地調査で民進党の舟山康江が記者団に「(籠池氏が)安倍(晋三)首相から、(昭恵)夫人を通して100万円をもらった、と語った。時期は2015年9月ごろ」と説明を行った。この発言に対して、菅義偉官房長官は同日午後の記者会見で「(安倍総理大臣は)自分では寄付していない。昭恵夫人、事務所等、第三者を通じても寄付していない」と籠池泰典の発言を否定した。野党が求めていた籠池の参考人招致について、3月17日、衆参両院の予算委員会は全会一致で籠池の証人喚問を可決した。3月18日、文筆家の菅野完が安倍晋三総理大臣が森友学園に100万円を入金した記録と説明する受領証があると発表し記者会見を行った。菅野は記者たちの前で籠池氏の長女にも電話をして経緯を説明させ、入金の時期を2015年9月5日に安倍昭恵が幼稚園の講演会に参加した後、その日は土曜日で、現金は金庫で保管し、月曜日の7日に幼稚園の別の職員が郵便局で入金手続きを取ったと話した。同日、菅義偉官房長官は午前の記者会見で「安倍事務所を通じて夫人に確認したところ、領収書等の記録もなく、夫人個人としても寄付は行っていないということだった。」と発表した。籠池泰典の息子の籠池佳茂は、100万円の領収書の発表は菅野完の提案によるものであると著書で語っている。安倍本人からの聞取りによる『安倍晋三回顧録』において、安倍は「籠池の長男が寄付があったことを否定した」と語ったとされているが、籠池佳茂は寄付の有無までは知らず、そこまでの否定はしていない。
また、この自公会談では野党が求める麻生財相の辞任については話題にもならなかったという。
財務省は、文書の差分が存在するのはドラフト(バージョン違い)だと説明し、"書き換え"と表現し、"改竄"(不当に書き改めること)とは表現していなかった。また、内閣や会計検査院も"書き換え"と表現してきたが、2018年3月26日、第196回国会参議院予算委員会第13号で、安倍総理は、「それは改ざんではないのかと言われれば、これは当然改ざんという指摘を受けてもこれは私はやむを得ないのではないかと、このように思っております。」と発言した。野党、マスコミ、政府に批判的な者は、書き換えを改竄(不正)と呼び、政府に改竄だと認めるよう求めていた。この頃から、内閣は"改竄"とも表現するようになった。
ただし、のちに検察は(#検察による不起訴処分の項目参照)財務省職員を文書変造の罪などの疑いで捜査するが、「虚偽の内容の文書が作られたことを認めることは困難」として、全員を不起訴にしている。
財務省による調査が行われていた最中、4月18日に福田淳一財務事務次官が麻生財務相に対し「職責を果たすのが困難になった」として辞意を表明し、矢野康治官房長が事務次官の代行となった。福田淳一は女性記者にセクハラをした疑惑が12日からかかっていた。
2018年6月4日、財務省は、森友学園案件に係る決裁文書の改ざん等に関する調査報告書をとりまとめた。"書き換え"の経緯や目的が明らかになったことから、この頃から財務省も"改竄"と表現している。
この不起訴処分について、大阪や東京の市民団体などは検察審査会に審査の申し立てを行った。翌2019年(平成31年)3月、大阪第一検察審査会は、不起訴には納得できないという「不起訴不当」を議決した。
同審査会は、不起訴となった38人のうち、財務省近畿財務局および国土交通省大阪航空局の職員4名を「背任罪」について、また佐川ら財務省の職員6名を「有印公文書変造・同行使と公用文書毀棄の罪」について、合計10名を「不起訴は不当である」とした。