グレートバリアリーフ
陸上の保護地区同様に、海洋地区でも生物多様性が何世代にわたって保護されている状態をつくりだす。海洋保護区は、オーストラリア・ニュージーランド環境保全評議会によって作成された「国家による海洋保護地域体系創設のためのガイドライン」(いわゆる「ザ・ガイドライン」)に書かれた基準を元に設定される。
このガイドラインは、「連邦水域の海洋保護区に対する国家的地域体系の設立に関する目標と原則」に要約され、オーストラリアの国策として地方にまで認識され、実行される。これらの政策が適切に実行される中で、海洋保護区はそれぞれの情報が慎重に評価され、NRSMPAに加えられる。これらの優先順位は人間や環境が与える脅威の度合いを基本に設けられ、海洋の地域生態系計画がこの優先順位に基づいて策定される。異なる領域の優先順位設定には3つの方法が用いられ、先ず最初に地域生態系の概略が作成される。次に地域生態系計画が立案され、三番目にこれが纏められる。これらの計画は纏められた後でも、他の地域に脅威となるような影響を与えるような場合には、制限が加えられることがある。
2001年、GBRMPAはグレートバリアリーフにおける水質悪化に関する報告書を発表し、この問題の重要性を解説した。この報告では、リーフの水質改善に向けてオーストラリア国政府とクイーンズランド州政府が共同して主導性を発揮する点に重きを置いている。2003年には国と州は流入する水の質向上に着手した。過去150年間、開発による水質悪化はサンゴ白化現象や藻類の異常繁殖および農業汚染の原因となってきた。
また、大陸に近接する島々には越冬するチョウの大群が訪れることもある。グレートバリアリーフの島々は知られているだけで2195種にものぼる植物の生育地となっており、固有種も3種が見つかっている。北部の島々に繁る300から350種の植物は樹木が多く、南部の200種は草本中心という傾向がある。ウィットサンデー地区は最も植生が豊かな場所で、1141種が根付く。植物の伝播には鳥が貢献している。
ウミヘビ科は17種が水深50m未満の暖かい海水の領域に住み、北部よりも南部でよく見られる。世界遺産登録区域のウミヘビには固有種は見つかっておらず、絶滅の危惧も無い。
魚は1500種以上が暗礁で生活し、クマノミやバラフエダイ、アマミフエフキ(英語版)、数種のフエダイ科やスジアラ(英語版)などが知られる。49種が固まりで産卵(英語版)するが、他の84種は放卵を行う。
ホヤの仲間は少なくとも330種が水深1-10cmの暗礁に生存しており、外肛動物は300から500種がいる。
サンゴは約71属400種。イシサンゴの仲間もウミトサカの仲間も見られる。ほとんどが配偶子で生殖する種類であり、春や夏の水温上昇や月齢、および日周期の影響を受けて配偶子を一斉に放つ行動を取る。グレートバリアリーフでは10月に、満月の後の週にこれらが見られ、礁の外では11月や12月に行われることもある。通常のウミトサカは36種が生息する。ほかにはカイメン、イソギンチャク、海生ワーム類(英語版)、甲殻類も生息している。海草や海藻は500種が暗礁で生育し、その中には石灰質(英語版)上に長さ100mにもなる群をつくり、その様子が多雨林にも比されるサボテングサ属(英語版)13種もある。
グレートバリアリーフ(英: Great Barrier Reef)は、オーストラリア大陸北東岸に広がる世界最大のサンゴ礁地帯。漢字表記は大堡礁(だいほしょう)。南緯10度から24度にかけて広がり、2600km(1,600マイル)を超える長さに2,900以上の暗礁群と約900の島を持ち、総面積は344,400km以上となる。地理的な位置は、クイーンズランド州沿岸の珊瑚海に存在する。
国際連合教育科学文化機関(ユネスコ)により1981年に世界自然遺産として登録され、人気の高い観光地でもあるが、白化現象によるサンゴの死滅が著しい。グレートバリアリーフは、様々な自然に恵まれている。