司法院
司法院に属する裁判所のほか、「軍法審検機構」(軍事裁判所と検察署)が行政院国防部の中に設けられている。軍事検察署は各法院に対応する形で、検察署が設けられている。(最高軍事法院には、最高軍事法院検察署。各地方軍事法院や分院には、同検察署が設置されている。)
最高軍事法院 高等軍事法院 高等軍事法院高雄分院 北部地方軍事法院:馬祖分庭を含む 北部地方軍事法院桃園分院 中部地方軍事法院 南部地方軍事法院:澎湖および金門分庭を含む 東部地方軍事法院
だが、洪仲丘事件によって、2013年8月に立法院は軍事裁判法を改正し、軍人が非戦時に陸海空軍刑法を犯す時、軍事裁判ではなく、普通法院(裁判所)がそれを裁判、そして処罰する。今の軍事裁判はただ刑事賠償案件しかしない。