九州新幹線 (整備新幹線)
この合意では、武雄温泉 - 長崎間が完成する2022年度に、この区間にフル規格車両を投入し、博多 - 武雄温泉間を走行する在来線特急との対面乗換方式により開業すること。および、これに関わる施設は整備新幹線スキームで整備すること。佐世保線肥前山口 - 武雄温泉間の複線化事業を整備新幹線スキームで段階的に行い、2022年度の開業時までに大町 - 高橋間の複線化を行うことなどが示された。
2017年(平成29年)7月25日、JR九州の青柳俊彦社長は、「フリーゲージトレインによる運営は困難」だとして、長崎新幹線へのフリーゲージトレイン導入を断念すると発表。一般の新幹線より車両関連費が2倍前後かかり、全面導入すればJRにとっては年間約50億円の負担増につながると試算されたため「前提である収支採算性が成り立たない」とし、また安全性も「まだ確立できていない状態」であることを理由に述べた。同時に、博多 - 長崎間の全線フル規格での整備を求める考えも示した。
1973年(昭和48年)に新幹線整備計画が発表された時点では「九州新幹線長崎ルート」という名称を用いていたが、2005年(平成17年)10月に沿線自治体である長崎県 と佐賀県 が独自に「九州新幹線西九州ルート」へと名称を変更した。建設に難色を示す佐賀県への配慮に基づくもので、JR九州も自主的にこれに対応した。建設を行う鉄道建設・運輸施設整備支援機構も2016年の時点で「西九州ルート」表記を用いている ほか、2019年時点では、政府も「九州新幹線(西九州ルート)」を使用している。
ニュースサイトの見出しについては、発行元の判断により、複数の表記が見受けられる。公共放送局である日本放送協会(NHK)は新幹線整備計画発表当時の「九州新幹線・長崎ルート」、地元紙の長崎新聞や佐賀新聞は「新幹線長崎ルート」という表記を主に採用している。全国紙やブロック紙では「長崎新幹線」「長崎ルート」「九州新幹線」などの表記が用いられる。
2021年4月28日、JR九州は武雄温泉 - 長崎間の路線名称を「西九州新幹線」に決定したことを発表した。未着手となっている武雄温泉以東の区間はこの発表に含まれていない。