神道の歴史
正親町公通の没後は、その弟子であった玉木正英が後を継ぎ、正親町公通の著した『持授抄』を最高奥秘とする一重・二重・三重・四重の秘伝を組織立て、垂加神道の組織化に取り組むとともに、正英は橘家神道という神道説も形成した。このような秘伝化の動きに対しては、若林強斎などからは「闇斎の真意が見えなくなる」とする批判も出た。
また、この垂加神道の影響を受けて家伝の神道説を垂加神道流に教義化・体系化する動きも広がり、上述の橘家神道の他、伯家神道、土御門神道などが垂加神道の影響を受けて組織化された。
玉木正英の門弟の一人であった吉見幸和は、『五部書説弁』を著して神道五部書が中世の偽書であることを論証して伊勢神道や吉田神道を批判するとともに、同じく五部書を教典としていた垂加神道をも批判し、同時期に契沖門下の国学者へと転じた。この動きは、主流の神道説が垂加神道から国学へと移る時代の動きを表しており、事実、玉木正英以降垂加神道は思想的には停滞し始め、主流の座を国学へ明け渡していくことになる。
こういった排仏的な思想動向と連動して、儒家神道を受容した各藩の一部において神仏分離の動きが広がるようになった。水戸藩では徳川光圀が1696年(元禄9年)に神仏習合色の強い神社の由緒などを調べ、仏教色を払拭させる整理を行った他、会津藩の保科正之も同様の寺社整理を行った。また、岡山藩の池田光政は日蓮宗不受不施派や天台・真言両宗の僧侶の還俗を進めて寺院の数を減らすとともに、神葬祭を推奨した。垂加神道を受け入れた出雲大社は、1647年(正保4年)に松江藩主・松平直政主導のもと仏教的な要素が排された。
このため、神社にとっては大きな経済的なプラスとはならなかった。
さらに、内務省神社局の神社行政も、極めて消極的なものであった。神社局は、「神道は非宗教である」との訓示を力説し、神道独自の宗教思想の表明を制禁することに努め、神葬祭や布教活動などの神職の宗教的活動については喧しく拘束した。また、外来の宗教も全て国体精神と同化しているから論難を行なってはならないとして、神道と他宗教の論戦の抑制にも努めた。神道家の葦津珍彦は、以上のような事情に基づき、神社局は、神道の脱イデオロギー化を徹底し、神道精神を空白化して神道独自の思想表明を放棄させるとともに、仏教、キリスト教など一切の合法的宗教との妥協に神経を労し、国家神道制度を政教分離に矛盾なく存在させることがその主たる業務であったと評している。神社局自体も、内務省内の三等局として扱われており、局長も、地方の県知事や有力局の局長になる前のポスト待ちの場とされ、任官するまで祝詞も神道古典も読んだことの無いような者が来て、1-2年で別のポストへ移る通過駅のような存在になっていった。
1940年(昭和15年)に入って神社局は神祇院へと改組されたが、有効な政策が実行されないまま敗戦により解体した。
時代が進むと、神仏習合思想はさらに展開し、神は仏が衆生を救済するために仮に現れた姿であるとみなす「本地垂迹説」が生じ、菩薩や権現といった仏教的神号の使用や、神体である鏡の裏に本地である仏の像を刻む御正体の作成などが行われるようになる。
他方、朝廷や神宮においては神仏隔離の思想も見られるようになる。『貞観儀式』『儀式』などの規定によって、大嘗祭の期間は中央及び五畿の官吏が仏事を行うことが禁じられ、中祀および内裏の斎戒を伴う小祀には、僧尼の代理への参内を禁じ、内裏の仏事が禁じられた。平安時代中期以降には、新嘗祭、月次祭、神嘗祭などの天皇自らが斎戒を行う祭においては、斎戒の期間中内裏の仏事をやめ、官人も仏法を忌避することとなった。伊勢神宮でも、境内では「仏」を「中子」、「僧侶」を「髪長」に言い換えるなどの忌詞の制が敷かれ、斎宮でもこれに準じて忌詞が用いられた。このように、神仏習合は信仰ベースで進みつつも、祭祀儀礼は神道と仏教が別体系で存在したのである。