利己的遺伝子
つまり、進化の営みの中で、数を増やしたり、減らしたりする実質的な単位は遺伝子と言える。このことは、生物の起源をさかのぼることで理解することが出来る。生命の誕生以前の地球には水、二酸化炭素、メタン、アンモニアなどの単純な化合物があった可能性が高い。これらの物質を、フラスコに入れ紫外線や電気花火などのエネルギー源を2週間ほど与え続けることでアミノ酸を作ることが出来る。さらに、実験室での原始の地球を模した実験ではプリンやピリミジンといった有機物を作ることにも成功している。これらはDNAの構成物質である。原始の地球において長い時間をかけて発生したアミノ酸やタンパク質は海や水溜りの中で凝集していきより大きな分子となっていった。ある時点で自分の複製を作れる特異的な分子が発生した。それが自己複製子であり、DNAである。この自己複製子が漂っている周りには複製子の構成分子も漂っていた。構成分子は自分と同じものと親和性があったので、元のDNAに同じ順序で結合していきDNAは複製されることとなった。その後、自己複製子のある水溜りは生産性、寿命、複製の正確性が優れている自己複製子によって占められていくようになった。ある自己複製子は自分の回りをタンパク質で囲むようになり、この自己複製子はそのおかげで他の自己複製子よりも安定になり、プールの中でより大きな割合を占めるようになっていった。現在の生物の個体とは、このDNAの周りを囲むタンパク質が長い時間の進化を経て複雑に、高度になったものである。したがって、進化の単位は個体ではなく、個体の中にある遺伝子に働くものと考えられる。
現代の進化生物学の考えでは、かつて30~40億年前の海洋──原始のスープ──において、分子レベルの化学反応が数億年かけて繰り返される中で、自らを複製する分子──すなわち、自己複製子としての分子──が偶然現れた。自己複製子の内、淘汰を免れて化学的な外被をまとった分子が、現代生物学では遺伝子と呼ばれている。
自己複製子が行う自己複製は完璧ではなく、誤りが発生することがある。特に発生当初の未発達な自己複製子は、今よりも誤りが多かったと考えられている。「原始のスープ」において、不正確な複製をされて変異した分子は、オリジナルより自己複製しにくい仕組みを持つ分子もあり得たし、しやすい仕組みを持つ分子もあり得た。そうして分子がさらに増えていくと、分子を構成する資源をめぐって、分子同士の物理的な競争(であるかのように見える行動)が発生した。(もちろん、分子に感情や知能は無い。)
結果的には、より自己複製に有利な行動をする分子ほど、より自己複製しやすく存続しやすい。そのため、自己複製のための自己維持に有利な仕組み──外界から身を守る化学的な(タンパク質の)外被──をまとった分子が現れると、この分子はさらに自己複製していった。現代では、この分子を覆う仕組みが生存機械の、つまり生物の始まりであると考えられている。
同書は重要な点として遺伝子がその定義上、コピーの形でほぼ不滅であると述べている。生存機械と違って遺伝子は老衰せず、不滅と言えるに近いものとして定義されている。(生物の寿命と対照的に遺伝子の寿命は、1万~100万年単位で推計されている。)