タイムトラベラーズ
いわゆるバッドエンド。主人公の身に何らかのトラブルが起き、ストーリーが中断してしまった状態である。こうなった場合、タイムトラベルチャートを使って選択肢を正しいものに選び直すか、PCEを成功させるかすれば「TIME STOP解除」と表示され、ストーリーが読み進められることができる。
各主人公のストーリーは互いに影響を受け合っているため、どの主人公のどの選択がTIME STOPの原因になっているのかを推理する必要がある。ただし、終盤までは(選択ミスやPCE失敗の場合を除いて)TIME STOPに遭遇すると、その原因となるシナリオに自動的に切り替わり、正しい選択肢を選ぶ流れになっているため、推理が必要な場面は多くはない。
声 - 細谷佳正(小学生時代 - 瀧本富士子)
『高校生編』の主人公。18歳。緑ヶ丘高校3年生。科学部部員で、学業スポーツともに学年トップの優等生。みこととは幼馴染で、破天荒な彼女の行動に振り回されることがしばしば。普段は笑顔を見せることは少なく「クールで知的」と「地味で根暗」と両極端な評価を受けている。
アメリカンジョークを使ったコミュニケーションに自信を持っているが、いつも心の中だけで終わっており、実際にみことに受けたことはない。
18年前のシリンダーラボでの実験では、赤ん坊だった際に事故に遭っており、その際に助けてくれた人物が亡くなってしまったことがある種のトラウマとなっている。
本編のエンディングにおいて、36歳になった有理は帝都大学の教授になっており、18歳の美命は教え子という関係になっている。
修正された歴史では有理は36歳で大学教授となっており、甲斐美命は2031年生まれの18歳で、帝都大学沖縄校でタイムトラベル研究に打ち込んでいた。そこに『どこでもドア』のような扉と共に、アービター・ペトロニウスが現れて「18年後に美命が私を作る」と告白し、「最後のピースをはめに行くぞ」と過去へのタイムトラベルを促す。
声 - 成田剣
ESS専任管理官。43歳。階級は警視。冷徹な性格で、神谷とは行動方針の違いで対立することが多いが、その実お互いを信頼し合っている。悪を激しく憎む激情家の面も持っており、マル暴時代は「どっちがヤクザが分からない」と言われるほど過激な捜査を行っていた。
序盤にテロリストに協力していることが判明し、神谷の妻と息子を人質にして脅迫するようになる。