有用微生物群
比嘉の言では、朝日新聞にて、上記の福島での見解を支持した四日市大学の環境関係教授の談話が掲載され、2012年には非科学的という菊池誠のコメントが掲載されたが、その掲載2日後に熊本日日新聞は、EMで河川浄化してホタルやアユを復活させたこと活動に賞が贈られたことが報道されているとして、朝日はEMを十分に評価できなかったとした。批判者は「検証されていない」ということを強調するが、それは以前の状況であり査読論文も増えてきていると主張している。
比嘉の言では、EMの本質的な効果は波動によるものであり、通常の科学法則であるエントロピーの法則に従った科学教の狂信者が、追試もせず比嘉を批判してくるため、それに愛想を尽かし「独自の活動の展開」をすることになったとしている。
老舗のEM製造社のサン興産業は、EMに効果がないと思われることがある原因には、甘酸っぱい匂いではなく、悪玉菌に負けた臭い匂いのする活性液を作っている一部のメーカーや自己培養にあるとしている。同社は2014年にまた、放射能を除染すると主張する比嘉に対して、先に効果を確認すべきで無責任で品位を疑うとした。(同社の意見であり1990年代から研究が実施されている。#放射能除去も参照。)
これに対して岡山大学の岸田芳朗は、救世教の分裂問題に分け入ってあえて学会で取り上げたことや、世界各地で研究される好機を締め出そうとしている閉鎖性に対して、日本の農学への信頼性を傷つけることになるとして憂いた。
比嘉によれば、発酵食品をうまく作るようにEMを増殖させる必要があり、その善し悪しが研究結果の有無につながってくる、発酵食品を上手に作ったか程度の話で学会で騒ぐことではない。しかし2004年まででも、国際誌も含む様々な学会誌で効果ありという論文が増えた。
琉球大学の比嘉自身も含め、鹿児島大学、宮崎大学、九州大学の多くの分野の研究者が参加した研究(1999年)では、
EMが土壌改良剤として効果が顕著で、さらに稲作では品質・収量が慣行法より増加する。
畜産への応用では、悪臭防除と病気予防の効果が確認される。
などの様々な有用性が確認されたことを報告したし、生物多様性の増加(2000年)、ダイオキシン類の減少(2000年)、下水処理(2000年)、池の浄化(2002年)、EMを添加した石鹸によって対照と比較しての4日目からの付近の水質改善や界面活性剤の分解促進(2002年)など、比嘉も含む関係者の研究結果も継続して報告されてきた。ほかにも、EM発酵物質EMXに鉄を浸した際の赤さび防止と重量減少抑制効果を確認し、その防錆効果の物質をX線回折によって構造決定した(1997年)。
世界救世教による救世自然農法国際会議(1995年第4回)で、同教団も参加した研究で、家庭排水の浄化槽にEMを活用。結果、臭気、汚泥量が減少し、COD等に見られる水質の改善が確認された、と報告された。
北海道大学の学生の吉野航一によると、沖縄県農林水産部はEMの効果について否定的な報告をしている。しかし、沖縄県の大田昌秀知事(1990年12月10日 - 1998年12月9日)と稲嶺惠一知事(1998年12月10日 - 2006年12月9日)は、EMを沖縄発の有望な技術として期待していた。当時の県商工労働部産業政策課と県教育委員会も「科学的に有用な資材である」と信奉していた。沖縄の経済発展を希求する県上層部にとって、EMへの科学的評価は政策における重要な判断材料ではなかった。国政レベルにおいても、EMへの批判的な検証を行なうことなく、比嘉が語るEMの「科学」に沖縄の経済発展の希望が見出されていた。沖縄本島中部にあった具志川市(現うるま市)で、EM推進派の市長と反市長派市民団体の対立があった。監査請求では行政側によるEMの科学的有効性の立証責任は問われず、裁判ではたとえ科学的な立証がなくてもEMに期待した政策判断は行政が持つ不可侵の聖域として認められた。
逗子市は10年以上もEM事業に最大年200万円もの予算を費やしてきたが、「顕著な差が見られず、EM菌の効果が不明だった」ことから2015年に全面廃止した。