東京基督教大学
1989年 千葉県印旛郡印西町(現:千葉県印西市)に移転される。
1990年 東京基督教大学に改組。神学部のみの単科大学であるが、学科として神学科及び国際キリスト教学科を設置した。
2008年 神学部国際キリスト教学科を神学部国際キリスト教福祉学科に名称変更。国際キリスト教学専攻及びキリスト教福祉学専攻を設置し、キリスト教福祉学専攻において介護福祉士の養成を始める。
2010年 神学部神学科に「教会教職課程」設置。東京基督神学校学生募集停止。日本基督教短期大学卒業生への証明書等発行業務を引き継ぐ。
2011年 教会音楽専攻科(1年制)設置。
2012年 大学院神学研究科修士課程設置。
2014年 大学院神学研究科修士課程を博士前期課程に課程変更。博士後期課程設置。
2021年 神学部の神学科と国際キリスト教福祉学科を統合し、総合神学科へ改組(予定)。
短大時代は日本同盟基督教団立の神学校だったが、現在は超教派(日本同盟基督教団を含む)プロテスタント数団体で運営されている。
校章の盾は信仰を、盾の中の未完成の円は地球を表している。その円の「破れ口」にキリストを表すX(キー)とP(ロー)のギリシャ文字が組み合わされている。円の中心には開かれた聖書があり、そこにはギリシャ語で「パンタ・クリストス」と書かれている。
教会音楽専攻科
1950年 日本同盟聖書学院世田谷区代沢に開校(当時の学生8名、校長はG.W.ラウ師)
1951年 世田谷区等々力、等々力教会の付属教会館に移転
1953年 杉並区高井戸に新校舎設立。ウォレン・アダムズ校長就任。
1955年 日本クリスチャン・カレッヂ開校。校長はドナルド・ホーク師。
1963年 校舎を東京都国立市に移転。
1965年1月 学校法人東京キリスト教学園・東京キリスト教短期大学神学科(三年制)が文部大臣より認可される。
1966年 東京都国立市に東京キリスト教短期大学が開学する。短期大学でありながら3年課程であり、1学年の定員が神学科神学専攻20名・教会音楽専攻10名となっていた。小規模短期大学の一校だったといえよう。
1970年 神学専攻科が加えられる。
1980年度 神学科に神学専攻と教会音楽専攻が設置される。
1981年度 東京基督教短期大学と学名変更される。共立女子聖書学院、日本基督神学校、東京キリスト教短期大学の三校が合同する。