国土交通省直轄ダム
関東地方整備局管内で中止されたダム事業は、旧建設省時代を含めると17事業18ダムに上るが、そのほとんどは利根川・荒川水系で計画されたものである。
中止ダムのうち利根川本流の沼田ダム計画は利根川の治水、赤城山・榛名山麓の大規模農地灌漑、東京都への水道供給そして出力130万キロワットの水力発電を目的とし、ダムにより誕生する人造湖は総貯水容量が9億立方メートルと仮に完成していれば日本最大の多目的ダムとなっていた。しかしダムにより群馬県沼田市において2,200世帯が水没し移転を余儀なくされ、多大な犠牲を蒙る沼田市は市議会で建設反対決議を全会一致で可決。さらに神田坤六群馬県知事以下群馬県当局・群馬県議会も建設反対を表明し群馬県が官民一体で反対運動を繰り広げ、最終的に第1次田中角栄内閣の建設大臣であった木村武雄が1972年(昭和47年)に計画中止を表明するまで地元に大きな混乱をもたらした。広地(白砂川)、鳴瀬(温川)、高沼(四万川)、本庄(烏川)、山口(鏑川)、跡倉(南牧川)の6ダムは利根川改訂改修計画や利根特定地域総合開発計画において利根川治水計画の一環で検討されたものの立ち消えとなっており、このうち四万川にのみ四万川ダムが群馬県営の補助多目的ダム事業として完成している。また利根川改訂改修計画で計画された坂原ダム(神流川)はその後神ヶ原ダム計画を経て下久保ダムとして完成している。
一方1990年代以降の公共事業見直しで中止になった事業も多い。
近畿地方整備局管内における中止したダム事業は、旧内務省・旧建設省時代を含め11事業に上る。
日本における最初期の直轄ダム事業として計画された猪名川ダム(猪名川)は太平洋戦争の激化により事業が中断され、戦後も再開されることはなかった。猪名川流域における多目的ダム事業は1968年(昭和43年)の一庫ダム着工まで行われなかったが、猪名川支流の余野川に余野川ダムが1980年より計画された。これは猪名川流域の洪水調節と上水道供給に加え、深刻な水質汚濁が慢性的に続く猪名川の水質改善を目的にダムより河川維持放流を行い、下流に設けられる河川浄化施設と連携することで猪名川の水質を改善させる計画であった。しかし2005年の淀川水系流域委員会答申で余野川ダムの中止が勧奨され、2008年には中止方針が決定された。
一方、吉野熊野特定地域総合開発計画の中で旧建設省は、新宮川水系において十津川・紀の川総合開発計画とは別個に熊野川総合開発計画を立案。本流筋に3箇所、支流北山川筋に4箇所の多目的ダムを建設し、治水、灌漑および水力発電を行う計画を検討した。
四国地方整備局管内では管理中のダムが7基、施工・ダム再開発事業・再生事業中のダムが3基、合計10基のダムが管理・施工されている。なお、管内の直轄ダムの型式は全て重力式コンクリートダムであり、地方整備局では唯一である。
四国地方における直轄の河川開発は、四国最大の河川である吉野川において開始された。1949年(昭和24年)に内閣経済安定本部は日本の主要10水系において、大規模治水計画の策定を旧建設省に求めた。10水系に吉野川水系も対象として挙げられ、吉野川改訂改修計画が成立する。この時に吉野川水系でもダムによる治水計画が導入され、吉野川本流に現在「四国のいのち」と称される四国最大のダム・早明浦ダムが、支流の銅山川に柳瀬ダムが計画された。さらに翌1950年(昭和25年)には、治水のみならず灌漑や水力発電といった吉野川水系の河川総合開発計画が立案され、経済安定本部、建設省、農林省(現在の農林水産省)、通商産業省(現在の経済産業省)、電源開発、四国電力および四国四県が参加する吉野川総合開発計画が開始された。
近代における吉野川水系の水利用については、1855年(安政2年)に伊予国宇摩郡の庄屋が慢性的な水不足を解消するため今治藩三島代官所に銅山川疏水を陳情したのが発端となり、1914年(大正3年)の旱魃を機に法皇山脈を貫くトンネルで銅山川の水を宇摩地方(現在の四国中央市)へ導水し、灌漑に利用する計画が具体化。1919年(大正8年)に農商務省が銅山川疏水の調査を発表した。その後水力発電目的も加わったが下流部の慣行水利権を持つ徳島県が愛媛県への分水に猛反対し事業は停滞、1936年(昭和11年)と1945年(昭和20年)、1947年(昭和22年)の三度にわたる愛媛・徳島両県の分水協定を経て銅山川疏水と水源である柳瀬ダムの建設が1948年より開始された。
内閣府沖縄総合事務局管内では既設ダム9基が直轄管理されている。
沖縄県は九州地方整備局の管轄外であり、直轄ダムの施工と管理は沖縄総合事務局が行っている。1972年(昭和47年)の沖縄返還により沖縄の施政権は琉球列島米国民政府より日本政府へと継承された。しかし日本本土に比べ沖縄県のインフラストラクチャー整備は遅れており、本土とは別に国の強力な支援による一体的な措置を講じる必要性が生じた。復帰前年(1971年)に現在の沖縄振興特別措置法の前身に当たる沖縄振興開発特別措置法が成立し、沖縄返還後の1972年5月15日には沖縄開発庁と地方支分部局である沖縄総合事務局が設置され、2001年(平成13年)の省庁再編により現在の内閣府沖縄総合事務局となった。沖縄総合事務局は北海道開発局と同様に道路、河川、農地開発などの施策を一体的に実施する役割を持ち、国土交通省地方整備局の業務は沖縄総合事務局開発建設部が担当している。
沖縄県の河川は全て二級河川であり本来特定多目的ダム法の適用範囲外であるが、先の理由もあり沖縄振興特別措置法第107条(沖縄の河川に係る特例)を設けて対処した。すなわち河川法第10条の特例措置として二級河川であっても沖縄県では必要に応じて国土交通大臣が直轄で河川改修を実施できると定め、直轄ダムについては第107条第6・7項に準拠し河川法第10条や特定多目的ダム法の特例として二級河川であっても国土交通大臣が事業者である特定多目的ダムの施工・管理が可能であることが定められた。