第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ
『伝説巨神イデオン』・『トップをねらえ!』の2作品がαシリーズ最終作の本作に登場することは、『α』開発当初から決めていたという。また、一度クリア以降限定ではあるが、『伝説巨神イデオン』本編のラストを再現した特殊エンディングも存在する。
『マクロス7』も『第2次α』の製作時点で、すでに本作での登場が決まっていた。同作は設定上『超時空要塞マクロス』から30年以上の時間の隔たりがあり、マクシミリアン・ジーナスやミリア・ファリーナ・ジーナスなど、両作品に跨って登場するキャラクターや、ジーナス夫妻の娘であるミレーヌ・ジーナスも登場。本作ではゼントラーディとの戦い(『α』)からさほど時間が経過していないため、マクロス7船団だけ30年以上の時間が経過していることに独自の理由付けをしている。
『第2次α』の終盤において、『機動戦士Ζガンダム』および『機動戦士ガンダムΖΖ』のハマーン・カーンと休戦するかどうかという選択肢があったが、「地球へ落とされたのはアクシズ(休戦した場合は『ブレンパワード』のオルファンが落とされる)」・「最終話でハマーンが霊として現れる(休戦した場合は死亡しない)」といった点から、本作では休戦しないルートが正史となっている。また『第2次α』ではゲームの進め方次第で『ゲッターロボ』の巴武蔵を生存させることができたが、本作では死亡したことになっている。
『第2次α』では関連人物のみの登場にとどまっていた『超機大戦SRX』のメインキャラクターが再登場。なお前作『第2次α』同様に名義は『バンプレストオリジナル』である。
ここでは、本作特有のシステムや新規追加・変更されたシステムについて解説する。シリーズ共通のシステムについてはスーパーロボット大戦シリーズのシステムを参照。
本作のシステムは、ほぼ『第2次α』を引き継いでいるが、クリアしたシナリオのチャートが見られる「シナリオチャート」や、会話シーンの読み返し、戦闘デモの早送り、精神コマンドを指定し一括で使用できる機能などがさらに追加された。
サラマンダー・ファクトリー
前作『第2次α』と同様のストーリーが異なる4人の中からの選択制。
4人のうちクスハ・ミズハのみが前作『第2次α』から引き続いての登場で、他の3人は『第2次α』の主人公3人のストーリーをそれぞれ引き継いだ新登場のキャラクター。『第2次α』の主人公も対応したシナリオにそれぞれ登場するが、ゼンガー・ゾンボルトのみ全てのキャラクターのシナリオに登場する。
なお、本作の各主人公には、スーパー系、リアル系という区分はされていない。