月刊少年ガンガン
GET!(東まゆみ) 1998年4月号 - 1998年10月号
激闘!!一番(峰岸とおる) 1991年4月号 - 1992年6月号
けんけん猫間軒(梶原あや) 1995年2月号 - 1997年No.6
幻想世界魔法烈伝 WIZバスター(原作:岡田芽武、作画:てんま乱丸) 1996年3月号 →『ガンガンWING』に移籍
GOGO!ぷりん帝国(くぼたまこと) 1996年No.2 - 2000年4月号
コード・エイジ アーカイヴズ〜最後におちてきた少女〜(製作:WARHEAD、構成:AIYAH-BALL) 2005年3月号 - 2006年3月号
恋するみちるお嬢様(若林稔弥) 2012年4月号 - 2013年5月号
コインランドリー(魔神ぐり子) 1999年4月号-11月号
護衛神エイト(吉崎観音) 1996年No.13 - 1998年No.5/6
ごちそうシネマした!!(IKARING) 2009年7月号 - 2011年3月号
この勇者、元魔王につき(原作:天那光汰、作画:雨本明之、構成:沢田ふろぺ)2022年2月号 - 2023年7月号
ごめんなさいお嬢様、俺はメイドが好きなんです(原作:日之影ソラ、作画:明日かかん)2022年3月号 - 2023年1月号
2010年、『鋼の錬金術師』の連載が終了し、『月刊少年ガンガン』の売上が減少し始める。ヤングガンガンで連載している『咲-Saki-』のスピンオフ作品『咲-Saki-阿知賀編 episode of side-A』、『スパイラル 〜推理の絆〜』の城平京が原作の『絶園のテンペスト』、『ソウルイーター』の外伝作品『ソウルイーターノット!』、『とある魔術の禁書目録』関連の作品などを連載するも、全国出版協会の推定値によると、2004年に37万部、2010年時点で15万部だった発行部数は、2015年現在2万部にまで落ち込んでいる。2016年5月号で創刊25周年となり、ロゴや使われている紙などを変更しリニューアルを行った。2017年3月号より電子版の配信を開始した。 2021年、創刊30周年となった。12月10日、荒川弘が『黄泉のツガイ』の連載を2022年1月号より開始した。
1991年3月12日に小学校高学年から中学生を対象として創刊。発売前であった『ドラゴンクエストV 天空の花嫁』の最新情報を毎号掲載しており、創刊時の売りは『ドラゴンクエストV 天空の花嫁』カセットの読者プレゼント企画だった。創刊半年後の発行部数は30万程。当初は『ドラゴンクエスト列伝 ロトの紋章』、『南国少年パプワくん』が人気を集める。また『ハーメルンのバイオリン弾き』、『突撃!パッパラ隊』、『魔法陣グルグル』等長期に渡り『少年ガンガン』を引っ張っていく作品も登場する。
それまで20年間ほど月刊漫画雑誌の創刊で成功といえるものが無かったため、出版関係者からの驚きの声があった。評論家・編集者の大塚英志は1994年頃からゲーム系の漫画雑誌が続々創刊したのは、エニックスの成功に刺激を受けたためだとしている。創刊からの好調の要因は主に『ドラゴンクエスト』の要素を前面に出してゲームユーザー向けにしたことと、『ドラクエ』の新作情報を取り上げたことが挙げられている。
エニックス系の作品が人気を出している中、現状の方向性などで編集部内での反発・対立が起き、2001年に『月刊少年ガンガン』および周辺雑誌の編集長を務めた保坂嘉弘が退社し、新会社・マッグガーデンを立ち上げる。そしてエニックスの漫画雑誌から編集者と漫画家・作品が引き抜かれてしまうお家騒動が発生する。周辺雑誌では打ち切りの作品が相次ぎ、『月刊少年ガンガン』でも多くの漫画の連載が終了。人気のあった『まもって守護月天!』『新撰組異聞PEACE MAKER』『魔探偵ロキ』はそのまま新雑誌に移ることになり、編集長だった飯田義弘も移籍してしまう。この混乱時期を支えたのは『ジャングルはいつもハレのちグゥ』『東京アンダーグラウンド』『スパイラル 〜推理の絆〜』といった以前から残った連載作品と、連載終了と入れ替わりの新連載群である。後に『月刊少年ガンガン』の中心となる『鋼の錬金術師』もその際の新連載の一つであった。お家騒動中の2001年9月に編集長を就任した松崎武吏は、再び少年漫画を中心とした方向転換を目指したと語っている。