ニホンウナギ
親魚のもつ卵、および精子の成熟条件や仔魚・稚魚期の餌が解明された結果、2010年には実験室レベルではあるが、水産総合研究センター(現・水産研究・教育機構)が養殖した親ウナギに産卵させ、孵化したレプトケファルスを親ウナギにする技術(完全養殖)に成功したことが発表された。しかし、飼育費用が高額であるため、商業化には至っていない。
2009年(平成21年)から2012年(平成24年)にかけ、日本にて採捕されるシラスウナギが減少したことから、同年6月に日本の農林水産省は、日本の伝統的な食品として重要なウナギ資源の保護を主軸とする「ウナギ緊急対策」を定めた。
これにより、ニホンウナギを利用する主要国・地域によるウナギ類の保存対策協議へ進展し、同年9月6日には長崎市にて日本、中華人民共和国、中華民国の3か国間による「ニホンウナギの国際的資源保護・管理に係る非公式協議」が開催された。その後、大韓民国が参加するところとなり、2014年(平成26年)に、東アジアの4か国と地域にて、養殖を目的とした池入れ稚魚量の上限について検討された。
この間、日本ではニホンウナギの個体数がシラスウナギの密漁で著しく減っているため、2013年2月1日に環境省のレッドリストで情報不足から絶滅危惧IB類へカテゴリー変更が行われている。
絶滅危惧IB類 (EN)(環境省レッドリスト)

また、以下の都道府県により、レッドリストの指定を受けている: