チベット仏教
以来、ダライ・ラマを法王として戴くチベット中央政府、即ちガンデンポタンが確立された。これにともない、ダライ・ラマが元来所属していたゲルク派は、グシ・ハン王朝のみならず、隣接するハルハ、オイラトなどの諸国からもチベット仏教の正統として遇され、大いに隆盛となる。一方、覇権争いに敗れた他宗派勢力は辺境に勢力を確保し、ブータンにカギュ派系のドゥク派政権、シッキムにニンマ派政権が成立した。
モンゴルと交流のあった女真族(満洲族)から出た清朝は、モンゴルの諸ハーン王朝の後継者としてチベット仏教の保護者を以て任じ、雍正帝によるグシ・ハン王朝滅亡後は、ダライ・ラマ政権の直接的バックボーンとなった。一方で、チベットの内外政の他、法王位の継承なども清朝の干渉を受けるようになった。しかし清皇族をはじめとする満洲族にはチベット仏教に篤く帰依する者も多く、宗教活動自体は保護を受ける面が強かった。
王朝が滅亡して統制がなくなると、チベット仏教も一時退廃を見せた。僧伽の活動は衰退し、当時インドで流行していた性瑜伽(性的修行法)や呪術的修法を説く在家密教、すなわち、タントラ主義が横行した。吐蕃王家の亡命政権の1つである西チベットのグゲ王国は、王朝時代の伝統保存と仏教復興の担い手となった。
11世紀になると、インドから入国して仏教界を指導したアティシャ(在位:982年 - 1054年)とその弟子のドムトン(英語版)らによって戒律復興運動が起こり(カダム派(英語版))、出家教団が再興された。般若経の解釈学、唯識や如来蔵思想の研究、中観思想の二派の論争など、顕教の哲学研究が盛んになった。
他方、マルパ(中国語版、英語版)訳経師とミラレパらによって新たにインドのナーローパ(中国語版、英語版)やマイトリーパ(英語版)直伝の後期密教(ナーローの六法)がもたらされた(カギュ派)。アティシャも、戒律に違犯した行法は禁止したが、密教を学ぶことは容認したため、密教化した大乗仏教が排除されて、初期仏教の本流に近い上座部仏教が徹底されたスリランカや東南アジアとは異なり、チベットでは相互に矛盾する見解を持つような、あらゆる学派の顕教や、密教が総合的に学習される傾向が生じた。