分島問題
琉球処分の断行前の1876年12月10日、向徳宏(幸地朝常)、蔡大鼎(伊計大鼎)、林世功(名城世功)らは日本政府の進貢・冊封の禁止命令について清側に伝える密命を帯び、琉球を密かに出発した。琉球処分後も向徳宏らは日本側から出されていた帰国命令に従うことなく福州に留まっていた。向徳宏は琉球処分断行前後に琉球に書簡を送り、日本政府が琉球王国を廃絶させるような実力行使を取る前は徹底抗戦すべきとしながらも、廃絶させた後は衝動的かつ強硬な抵抗は避けながら時間稼ぎを行って清の救援を待つよう指示し、旧琉球王国指導者クラスは向徳宏の指示に従い、歩調を合わせる方針となった。
琉球処分の断行を知らされた向徳宏は、早速李鴻章のもとへ蔡大鼎らを送り、琉球処分について伝えた。その後1879年6月6日に、向徳宏は廃絶された琉球王国の世子、尚典から、至急北京に赴いて琉球復活に向けた請願活動を行うべしとの密書を受け取る。
日本側全権の宍戸は、まず条約の改正についての協議を優先させ、目途が立った時点で琉球分島問題について協議したいとの意向を示した。そのため9月11日の第四回交渉、9月25日の第五回交渉では条約改正について協議が進められた。日本側と清側と間に意見の相違はあったが、宍戸の強硬な交渉姿勢を前に清側は日本案を受け入れる方針を固め、9月30日には第五回交渉の席で日本側から提示された条約草案を改めて取り寄せて、正式な条約案の検討を開始した。清側が日本案を受け入れる方針を固めた背景には、後述のようにイリ問題による対ロシア関係の緊張があった。
10月7日に行われた第六回交渉では、まず清側から日本の条約草案について原則合意すると伝えた。日本側からは第三回交渉で清側から提起された、宮古列島と八重山列島の土地や人口等に関する資料が手渡された。
第六回、第七回交渉で焦点となったのが旧琉球王国の王族である尚氏の引き渡し問題であった。琉球王国を復活させるという建前上、清は旧琉球国王の尚泰ないしその子息を宮古列島と八重山列島に迎え入れて国王にするもくろみであった。しかし日本側にとってみれば引き渡した後、宮古列島と八重山列島の扱いを清に任せるのはやむを得ないとしても、いったん滅亡させた琉球王国を明確な形で復活することは体面上認め難かった。