後白河天皇
熊野詣は以後34回にも及んだ(実際に記録で確認できるのは28回)。熊野詣の最中の11月23日、美福門院が崩御した(『山槐記』同日条)。即位以来、美福門院派との協調に神経を遣っていた後白河にとっては束縛からの解放であり、二条を抑えて政治の主導権を握ることも夢ではなくなった。法住寺殿の造営も順調に進み、永暦2年(1161年)4月13日、完成した御所に移り住んだ(『山槐記』同日条)。
二条親政派にとって、後ろ盾の美福門院を失ったことは大きな打撃だった。一方「清盛モタレモ下ノ心ニハ、コノ後白河院ノ御世ニテ世ヲシロシメスコトヲバ、イカガトノミオモヘリ」とあるように、後白河院が政務を執ることに不安を抱き、否定的な見解をする者が少なくなかった。後白河院には芸能に堪能な側近が多い反面、鳥羽院政以来の伝統的貴族や実務官僚とのつながりは希薄で、その支持基盤は必ずしも強固なものではなかった。後白河院の寵愛は、もっぱら上西門院の女房・小弁局(平滋子)にあり、皇后・忻子や女御・琮子は全く無視されていた。三条公教(琮子の父)・徳大寺公能(忻子の父)も相次いで死去しており、後白河院と閑院流の関係は疎遠になっていたと考えられる。この時期の状況として『平家物語』には「院の近習者をば、内よりいましめあり。内の近習者をば、院よりいましめらるるの間、上下おそれをののいて、やすい心なし。ただ深淵にのぞむで、薄氷をふむに同じ」とあり、両派の緊張関係がうかがえる。
頼朝の圧力が恐れていたほど苛烈なものではないと見た後白河院は、文治2年(1186年)になると巻き返しに転じた。2月には熊野詣の費用を捻出するよう北条時政に院宣を下し(『吾妻鏡』2月9日条)、3月には平家没官領である丹波国五箇荘を院領にするよう命じた。また頼朝追討宣旨を奉行して解官となった葉室光雅が朝廷に復帰し、高階泰経も後白河院の宥免要請により配流を取り消された(『吾妻鏡』3月29日条)。この時期、北条時政は「七ヶ国地頭」の辞任を表明し(『吾妻鏡』3月1日条)、諸国兵粮米の徴収も停止となっている(『吾妻鏡』3月21日条)。
摂政・氏長者の人事については、九条兼実の摂政就任を求める頼朝に対して後白河院は近衛基通擁護の姿勢を貫いたため、摂政・内覧が並立する異常事態となっていた。3月12日にようやく兼実に摂政の詔と氏長者の宣旨が下されたが(『玉葉』同日条)、ここで摂関家領の継承が問題となる。頼朝は摂政・氏長者の地位と共に基通の家領を兼実に与えることを主張したが(『吾妻鏡』3月24日条)、基通は引渡しを拒み、後白河院も基通の訴えを認めたため、双方の言い分は真っ向から対立することになった。
六条天皇は母の身分が低いことから中宮・育子が養母となり、摂政・近衛基実を中心にして体制の維持が図られた。しかし政権は不安定で、後白河院政派はしだいに息を吹き返していく。12月25日、後白河院は憲仁に親王宣下を行い、清盛を親王勅別当とする。院政期に親王宣下されるのは原則として正妃所生の皇子のみであり、憲仁は皇位継承の有資格者として位置づけられた。永万2年(1166年)7月26日に基実が急死すると、嫡子の近衛基通が幼少のため、松殿基房が新たに摂政・氏長者に任じられた。この時に清盛は、殿下渡領を除く摂関家領を実娘で基実後家の盛子に相続させているが、後白河院はこの措置を容認していたと考えられる。主柱であった摂関家と平氏が後白河院政派に鞍替えしたことで、二条親政派は完全に瓦解した。
後白河院は二条親政派を切り崩すと同時に、自派の勢力拡大を強力に推し進める。
後白河院は捕虜となった平重衡を介して、平宗盛に神器の返還を求めた(『玉葉』2月10日条)。これに対する宗盛の返書には「6日に修理権大夫(修理大夫とすれば、藤原親信)から和平交渉を行うという書状が届いた。合戦してはならないという院宣を守り使者の下向を待っていたが、7日に源氏の不意打ちがあった」という内容が記されている(『吾妻鏡』2月20日条)。事実とすれば、後白河院の謀略が戦局に大きな影響を与えたことになる。
2月25日、頼朝は平氏追討と東国安定のため、後白河院に「東海・東山・北陸道諸国への国司補任」「畿内近国からの軍事動員」を申し入れる(『吾妻鏡』同日条、『玉葉』2月27日条)。しかし前年からの平氏・木曾義仲による度重なる軍事動員・兵粮米徴収で、もはや京都の疲弊は限界に達していた。関東の威を募る武士の狼藉も頻発したことから、武士の狼藉停止・兵粮米停止の宣旨が下り(『玉葉』2月23日条、『吾妻鏡』3月9日条)、29日には義経の西国下向が延引となった(『玉葉』同日条)。
建久元年(1190年)11月7日、頼朝は千余騎の軍勢を率いて上洛し、かつての平氏の本拠地の六波羅に新造された邸宅に入った。東国の兵を見るために多くの人々が集まり、後白河院も車を出して密かに見物した(『玉葉』『吾妻鏡』『百錬抄』同日条)。
9日、後白河院と頼朝は院御所・六条殿で初めての対面を果たす。両者は他者を交えず、日暮れまで会談した。詳しい内容は明らかでないが『愚管抄』によると、頼朝が後白河院に「君ノ御事ヲ私ナク身ニカヘテ思候(法皇の事を自分の身に代えても大切に思っています)」と表明し、その証拠として朝廷を軽んじる発言をした功臣の上総広常を粛清したことを語ったという。この日、後白河院は参議・中納言を飛ばして頼朝を権大納言に任じた。
13日、頼朝は後白河院に砂金800両・鷲羽2櫃・御馬100疋を進上、19日と23日には「御対面数刻に及ぶ」「終日御前に候ぜしめたまふ」と長時間の会談があった(『吾妻鏡』同日条)。