根府川駅列車転落事故
根府川駅の南側を流れる白糸川でも、本震の4分半後に起きた余震(マグニチュード7.3)が原因となって大規模な土石流が発生した。土石流の発生地点については、災害発生の3年後にまとめられた『神奈川県下の大震災と警察』という資料が箱根連峰古期外輪山の聖岳(標高837メートル)説を記述したのを始めとしていくつかの説がある。現地の地形や土の粒度分布などの資料を検討すると、発生地点として有力とされるのは、白糸川の上流4キロメートルのところにある箱根連峰外輪山の1つ、大洞山(おおぼらやま)である。このときの土石流は時速にして50キロメートル近くの速さで、わずか5分ほどの間に海まで到達している。
厚さ3メートル以上にも及ぶ土石流は白糸川の谷を流れ下り、根府川地区の民家を呑み込んで200人以上の人命が失われ、そのほとんどは白糸川河口付近に住んでいた人々であった。震源に近い根府川地区では、本震の約5分後に津波が押し寄せたため、人々は土石流と津波に挟み撃ちされたような状態だった。たまたま海岸で遊泳中だった根府川地区の子供たちも遭難し、少なくとも20名が死亡または行方不明となった。
土石流は白糸川にかかっていた鉄橋(橋脚の高さは基礎を含めて22メートルあった)をも襲い、コンクリート製の橋台や隣り合わせになっていた橋脚まで押し流し、橋台や橋脚は行方が分からなくなってしまった。当時の白糸川河口は入り江になっていたため、船の停泊地として使用されていた。しかし、土石流が運んだ土砂などが入り江を埋め尽くして陸地と化したため、その後松林となっている。なお、根府川地区に近い米神地区でも大規模な土石流が発生し、50人以上の死者・行方不明者を記録した他、熱海線の石橋鉄橋が落ちるなどの被害が出た。
事故に遭った第109列車と根府川駅で交換予定だった東京行上り第116列車(960形蒸気機関車979牽引)は、定刻より1分遅れで運行していた。真鶴駅を11時48分に発車した後、4つのトンネルを抜けて最後の寒ノ目山トンネル(全長約360メートル)を通過中に地震が発生した。たまたまトンネル出口から先頭の機関車が出ようとしたところで土砂崩れに遭遇して機関車が埋没してしまい、乗員2人が死亡し3人の乗客が負傷した。生き残りの職員たちは真鶴側に乗客を誘導して脱出を試みたが、トンネルを出る際に再度の土砂崩れに遭遇して職員2名(もしくは4名)、乗客若干名(2名とも)が不明となり、1年後に職員4名、乗客2名の遺体が発見されたという。犠牲者は出たものの、職員たちのこのときの行動は鉄道省から高く評価されて後に1人が最高額の金100円、2人が金70円の功績賞を授与されている。第116列車は、定時より遅れて運行していたことによって、第109列車と同様の事態に遭遇することを免れた。第116列車の機関車は、後に発掘されて1924年(大正13年)9月10日に湯河原まで回送されている。その後に真鶴工場で修理され、乗客の死者は出なかったため、「幸福の列車」として生存した乗務員を乗せ、熱海線全線運行再開の試運転に使われる事となった。
大正関東地震を原因とする列車事故は、熱海線の他にも東海道本線、横浜線、横須賀線、中央本線、東北本線、山手線、総武本線、常磐線、房総線(現在の外房線・内房線)などで発生した。