DNA結合ドメイン
HMGボックスドメインは、DNA複製や転写などの多くのDNA依存プロセスに関与する高移動度群タンパク質に見られる。また、屈曲を誘発することによりDNAの柔軟性を変化させる 。このドメインは、ループで区切られた3つのαヘリックスで構成される。
DNA結合ドメインは、多くの場合、異なる機能を備えた別のタンパク質ドメインと共に大きなタンパク質を構成する。この他のドメインは、しばしばDNA結合ドメインの活性を調節する。DNA結合ドメインの機能は構造の形成、もしくは転写制御への関与、あるいはこの両方である。
DNA構造に関与するDNA結合ドメインはDNA複製、修復、保存、およびメチル化などのDNA修飾を担う。
遺伝子発現の調節に関与する多くのタンパク質はDNA結合ドメインを含む。例えば、転写因子と呼ばれるタンパク質は、DNAとの結合によって転写を調節する。ほとんどの細胞シグナル伝達カスケードの最終段階は、DNA結合タンパク質が関わる遺伝子調節である。
DNA結合ドメインは、DNA配列特異的または非特異的にDNAのヌクレオチドと相互作用するが、非特異的であってもタンパク質とDNA間の相互作用には何らかの分子相補性がある。DNA結合ドメインは、DNAの主溝または副溝で、あるいはDNAの構成糖とリン酸によってDNAを認識する。