四つの口
明との貿易復活に失敗した幕府は、各地に分散していた貿易拠点を長崎と平戸に集中させる方針に転換した。また徳川政権の支配体制が安定した家康晩年からは、将軍の権威を棄損する恐れを排除するためにキリスト教に対する弾圧(禁教令)が行われた。さらに1630年代からは段階的に禁海政策(いわゆる「鎖国令」)が敷かれた。これは1631年に奉書船制度がはじまり、1635年には日本人の海外渡航の禁止(朱印船貿易の廃止)、1639年のポルトガル船の来航禁止、1641年の平戸にあったオランダ商館の移転などが次々に実施され、出入国を幕府が管理する体制が確立されていった。
幕府がこうした方針を遂行できたのは、キリスト教布教とは無縁であるオランダ・朝鮮・琉球を通じて、中国大陸や東南アジアとの貿易ルートが確保できる目途が付いていたからである。
また松前口では、海禁体制の成立により和人地が設定され、蝦夷地との往来が制限されるようになった。
天文16年(1547年)を最後に日明勘合貿易は終焉し日明間の国交は中断するが、いっぽうでは民間商人による交易が活発に行われるようになった。同じころには、日本沿岸勢力の東南アジア進出、ヨーロッパ諸国のアジア進出、華人密貿易集団による交易ネットワークの展開などが重なり、東シナ海の各地で諸民族の密貿易商人が雑居する状態となった。これを倭寇的状況という。この状況を背景として、安土桃山時代には九州・西国大名らが独自に海外貿易を行い、その相手もポルトガルを始めとして様々であった。
しかし16世紀末に豊臣秀吉が朝鮮出兵をしたことで、日朝間だけでなく日明関係や薩琉関係も悪化してしまう。
1615年に日明国交交渉に失敗したことは、家康は明から日本国王に認められなかったことを意味する。これを受けて家康は同年に発した『禁中並公家諸法度』の第14条で天皇・将軍を国王と定め、新たな日本国王を創造した。いっぽうで1635年に対馬藩における柳川一件を収拾した幕府は日朝関係の刷新を図り、「天皇と朝鮮の王は直接国書をやり取りしない」という伝統的な価値観から将軍の対外的な称号に国王を用いることを避け、代わりとなる呼称を大君に定めて朝鮮にその使用を求めた。また琉球に対しては「中山王」号の使用を禁止し琉球国司を名乗らせ、アイヌに対しては松前藩主および幕府の巡検使に対し服属儀礼(ウイマム・オムシャ)を課した。このような江戸幕府の対外政策を総称して大君外交と呼ぶ。大君外交では、幕府管理のもとで四つの口を通して人の往来・貿易・海外情報の収集が行われた。