A.I.C.O. Incarnation
2035年、日本。黒部峡谷一帯では医療目的の人工生体の研究のための研究都市が形成されていた。その研究都市に属する桐生生命工学研究所にて起きた人工生命体暴走事故「バースト」。それにより渓谷一帯は人工生命体「マター」によって埋め尽くされ、政府によって管理がされる危険地帯になってから2年が経過していた。
バーストの事故によって家族を失ったうえ、自身は交通事故で重傷を負い、黒部平野に位置する桐生生命工学研究所に併設された桐生病院にて、リハビリを続けながら学校に通っていた橘アイコは、夏休みの1日前に転校してきた神崎雄哉によって突如拉致され、人工生体開発者である黒瀬進に引き合わせられ、信じがたい事実を告げられる。
世界初の人工生体を用いた治療を受けたアイコは現在、人工生体で作られた複製の身体に脳を移植している状態ということ。「バースト」はアイコの本物の身体に投与された、治療用の人工生体細胞が暴走した事で起きたということ。そしてバーストで死亡したと思われていたアイコの母親と弟は、バーストの爆心地である桐生生命工学第二研究所、通称プライマリーポイントでマターに取り込まれながらもまだ生存している、というのだった。
黒瀬と神崎より、プライマリーポイントに取り残されたアイコの本当の身体に脳を移植すればマターの暴走は止まり、母親と弟を助け、自身も本物の体を手にすることができると言われたアイコは、最初は戸惑うも協力を決意。