ジャック・バウアー
無事に説得は成功し、救出の為の総領事館襲撃の許可を取り付けマルコフを確保。グレデンコにより飛ばされた無人機を無効化することに成功した。
その後、グレデンコとファイエドを発見しグレデンコは死亡。ファイエドも確保するが、何も喋らない為に一計を案じたジャックは彼を泳がせて無事に核爆弾を発見し、ファイエドも倒して核爆弾を確保に成功した。
ところが直後に驚くべき人から電話を受け衝撃を受ける。死んだはずのオードリーから電話だった。中国で自分を拷問にかけていたチェンが事故死と見せかけオードリーを拘束していたのだ。しかもチェンはジャックに核爆弾の回路基板(FB回路基盤)との引き換えを要求。命令違反を犯し、ロシアの国防に関する最高機密であるFB回路基盤を渡さない為にもC4爆弾を仕込み、自爆を覚悟で単身オードリーを救出に向かった。ところが基盤を渡すまいとCTUが介入。ジャックは生き延びたものの混乱に乗じてチェンは逃走する。更には、救出したオードリーは中国での薬物による拷問を受けたため精神に異常をきたし、ジャックを目の前にしても彼とわからず、マイクをジャックと呼んだりと、とてもまともに話が出来ない程だった。
CTUに帰還すると今度は中国人による襲撃事件が発生。またしてもジョシュが拐われる。
協力を申し出るフィリップだが、その時、グラハムが本性を現して二人を殺そうとする。ジャックは反撃に出て阻止し、逆にグラハムを確保。再度訊問にかけたところデイビッド暗殺をはじめ、シーズン5での一連の事件に関与したという驚くべき事実が発覚。まさかの事実に怒りでグラハムを殺そうとしたが思いとどまり、グラハムの妻で元恋人のマリリン・バウアーからの情報でグレデンコを追おうとした矢先、ジャックの甥で彼女の息子ジョシュがフィリップに誘拐されてしまい、彼女が捜査を妨害した。問いただすジャックに話したことで真の黒幕が父フィリップだった事にショックを受ける。
家族の裏切りに合い、ショックをうけながらもジョシュを奪還に向かったジャックだったが、フィリップには逃走され八方塞がりになる。途方にくれたところにひとつの携帯電話を発見。表示されている番号にかけると、かつての宿敵チャールズ・ローガン前大統領につながった。グレデンコと関わりを持つロシア総領事マルコフの存在を知り、マルコフから情報を聞き出しに向かったローガンに同行。説得と脅迫を突っぱねた為に、ジャックは単独でロシア総領事館を襲撃。マルコフを捉え訊問によりグレデンコの居場所を聞き出すが、直後に突入されてしまう。ロシア大統領スワロフにも知れわたり、戦争行為とまで見なされてしまう。しかし、ローガンの元妻マーサの協力により、スワロフ夫人であるアーニャに説得を依頼。
トニーを問いただし、これでもかと殴り付けるジャックだったが、何も話さないトニーはただジャックを睨み付けるだけ。その姿を見たジャックは更にショックを受ける・・・。
しかも今度はカーラがキムを人質に取り、トニーを逃がすよう脅迫してきた。ルネのおかげでキムは何とか助かったが、ジャックは拉致され、彼の体内にいる病原体を取り出して再び生物兵器を作り出そうとする。隙を見て逃げ出したがトニーに捕まり、必死で説得を試みるがまったく耳を貸さないトニー。すると、ようやく本当の目的を話はじめる。
ミッシェルを殺した真犯人、そして今回のテロの黒幕であるアラン・ウィルソンを誘い出し殺す事こそがトニーの真の目的だったのだ。しかし、その為にテロを起こして人を殺したにもかかわらず、仕方がないとトニーは言い放った。こんな事をしてもミッシェルは喜ばないと必死で説得するが、話を聞くどころか今日のテロを全て正当化する彼にはもはや誰の言葉も届かなかった・・・。
そしてついにアランがトニーの前に現れた。するとそこにFBIが現れ撃ち合いになる。逃げるアランとトニーを追いかけたジャックとルネはトニーに発砲。寸でのところでトニーを止めた。連行されていくトニーはジャックに罵声を浴びせる。何も言い返す事が出来ず、そのまま倒れたジャックは病院へ送られた。
病院で最期の時を迎えようとしていたジャックは導師ゴハールを呼んだ。今までの出来事を懺悔するかの如くゴハールに話すジャック。話も終わり、「死」を受け入れた彼は眠りに着くように薬で昏睡状態に。その時、キムが現れた。やっとジャックと気持ちを通わせたのに離れたくなかった彼女が幹細胞治療のドナーになると申し出に来たのだ。ドクターメイサーは了解し、ジャックは治療を受ける事になったところでシーズンは終了する。
そしてこの件によりローガンに認められてジャックは暫定的に復職。
CTUに帰還すると、偽装死を伝えずに生き別れてしまったキムとも再会。喜ぶジャックだったが、キムはジャックの死後、チェイスにも棄てられたことで打ちのめされてしまっており、通っていたカウンセラーのバリー・ランデスのおかげでようやく回復したと知る。時間を取り戻せるかと思ったジャックだが、ようやく気持ちの整理をして立ち直ったところに、突然生きていたことを知らされた為に受け入れきれずにキムから別れを告げられてしまった。
しかし、ジャックには悲しみにくれる事すら許されず、今度は神経ガスによる大規模テロ計画が発覚。さらにはかつての上司、クリストファー・ヘンダーソンの関与を突き止める。1度は逃げられて殺されかけるが、逃げる為に自宅に帰ってきたヘンダーソンを確保する。ヘンダーソンの妻を銃で傷つけて黒幕を吐かせようとするが、妻を傷つけられても彼は吐かない為にCTUに連れ帰る。すると今度は捜査妨害の為にCTUに神経ガスを散布される事件が発生。密閉可能な部屋に逃げ込み難を逃れるが、ガスによる攻撃でエドガーをはじめ多数の仲間を、更にはミッシェルを殺されヘンダーソンに復讐しようとしたトニーまで失ってしまった。
仲間の死を悲しむ事も許されないまま捜査を再開し、ついに神経ガスのありかを発見。無事にガスの焼却に成功した。
ヘンダーソンを捜索中に、ウェインから黒幕の関与を示す証拠があると連絡を受ける。なんと、全ての黒幕はローガン大統領であった。
再会したルネは変わり果ててしまい、精神不安定な事態になり、この2年でジャックが連絡しても取ることすらなかった。不安定な彼女に再度密売組織に潜入させる事を反対するジャックだが、適任者が他にいない為に自分も捜査に参加する。
ライタナンの元に潜入したルネと情報を聞き出したが、ルネが襲われた為にライタナンを刺殺。止めに入ったが我を忘れたルネに刺されてしまう。何とかなだめたがショックで打ちのめされそうな彼女を必死に支えた事で彼女に対する愛情を伝える。
核燃料棒を売り込んだ人物がバザエフと知り突入するが息子ジョセフが奪い去り、更にはファラドに盗まれて失敗。そのファラドも仲間に裏切られて死亡と立て続けに作戦が失敗。核燃料棒は盗まれてしまった。
核燃料棒を放射能爆弾に改造したテログループがハッサンの身柄を要求。大統領からハッサンの警護を頼まれて任に着き、偽装したアメリカ兵を撃退するも、被害に遭う何万人と引き換えには出来ないと自らを差し出して犠牲となり、爆弾による被害は食い止められた。
ハッサン大統領が亡くなったことで役目は終わり、ルネと共にアパートに帰宅。ようやくルネとも心を通わせ愛し合うようになる。