分子論の歴史
この模型は、1855年に同僚のウィリアム・オドリング(英語版)が提唱した「炭素は4価である」という説に基づいている。ホフマンの配色は、炭素=黒、窒素=青、酸素=赤、塩素=緑、硫黄=黄、水素=白であり、現在でも使用されている。ホフマンのモデルの欠点は、炭素の結合が四面体ではなく平面で示されていることや、原子の大きさが比例していないなど(水素よりも炭素が小さい)、基本的に幾何学的なものであった。
1864年、スコットランドの有機化学者アレキサンダー・クラム・ブラウン(英語版)は、原子の記号を円で囲み、それぞれの原子の価数を満たすように破線でつないだ分子の絵を描き始めた。
1873年は、多くの人々によると「分子」の概念が発展してゆく歴史上で重要な年であったと言われている。この年、スコットランドの著名な物理学者であるジェームス・クラーク・マクスウェルが、Nature 9月号に13ページにわたる有名な論文『分子(Molecules)』を発表した。この論文の冒頭で、マクスウェルは次のように明確に述べている。
マクスウェルはデモクリトスの原子論について述べた後、「分子(molecule)」という言葉が現代の言葉であると語っている。彼は、『それはジョンソンの辞書(英語版)には載っていない。この言葉が体現するのは、近代化学に属する考え方である。』と述べている。「原子」は物質的な点であり、「潜在的な力(potential forces)」に覆い囲まれ、「飛んでいる分子(flying molecules)」が固体に絶え間なく衝突すると、空気や他の気体の圧力と呼ばれるものが発生すると言われている。しかし、この時点でマクスウェルは、誰も分子を見たことも、扱ったこともないと指摘する。