AI: ソムニウム ファイル
極限脱出シリーズ同様、本作のストーリーはプレイヤーの選択(ソムニウムパートの解決方法)で様々なルートに枝分かれしていく。ルートによってはストーリーの途中でシナリオロックが掛かり、別のルートを攻略しなければ進行不可になる場合もある。これも過去に打越が手掛けた作品と同様、1つのルートでは断片的な真実しか分からず、寧ろクリアすることによって却って謎が深まっていく。
序盤のソムニウムパートによって物語は大きく展開の異なる2つのルートに分岐し、そこから「応太編」「みずき編」「イリス編」「全滅編」「解決編」の個別ルートへと分岐していく。事件の真相に迫る「全滅編」と「解決編」はシナリオロックが施されており、条件を満たさなければ最後までプレイできない。最後に解禁される「解決編」にて物語は真の完結を迎える。