海上保安庁
施設等機関として、2つの文教研修施設が設置されている。
海上保安大学校(広島県呉市):初級幹部育成(本科:学士取得、初任科:一般大学出身者)、特修科(幹部登用制度)・潜水研修等各種研修 海上保安資料館 - 引退した装備や関連資料の展示施設。横浜海上防災基地には分館の横浜館がある。海上保安大学校の敷地内であるため平日のみ開館している。
海上保安学校(京都府舞鶴市):初任育成、各種研修 門司分校(福岡県北九州市門司区) : 有資格者中途採用者初任研修、各種研修 宮城分校(宮城県岩沼市) : 航空関連研修
この時点では上級幹部に至るまで防衛大学校、海上保安大学校出身者が占めるようになっていた。また高速で防弾性に優れ長距離射撃能力が付与された巡視船が建造されるようになった。さらに2001年(平成13年)には海上警備業務における武器使用基準を定めた海上保安庁法第20条第2項の改正が行われ、一定の条件下に限って該船の乗員に危害射撃を加えても海上保安官の違法性が阻却(免責)されるようになった。この改定の直後に九州南西海域工作船事件が発生している。
なお、海上警備行動時には海上自衛隊が海上保安庁の任務を一時的に肩代りするものであるから、海上自衛隊も警察官職務執行法・海上保安庁法を準用して行動する。
2023年(令和5年)4月、政府は有事の際に防衛大臣が自衛隊法に基づいて海上保安庁を指揮する手順を定めた「統制要領」を決定した。武力攻撃事態と認定された場合、閣議決定を経て防衛大臣が海上保安庁長官を指揮し、海上保安庁を統制下に入れる。自衛隊は戦闘地域での防衛に専念し、海上保安庁は国民保護や捜索救難、港湾施設の治安維持などを担うことが想定されている。
海上保安庁が運用する固定翼機の操縦士は海上自衛隊の操縦士を養成する小月教育航空群に委託され、海上自衛隊の隊員に準じた教育を受ける。(回転翼機は海上保安学校で養成)
海上保安庁長官
海上保安庁次長
海上保安監