ベルリン中央駅
これにより、東ベルリン側のターミナル駅は東駅とリヒテンベルク駅の2つとなったが、一方で、戦前のターミナル駅を全て失った西ベルリン側は、東西高架線上にあった中間駅で、西ベルリンの中心部に近い「ベルリン動物園駅」が、ターミナル駅の機能を受け持つようになり、西ドイツ国内と西ベルリンを結ぶ連絡列車の拠点駅となった。(列車自体はフリードリヒ通り駅まで運転されていたが、乗客は同駅の西側Sバーン、Uバーンとの直接乗り換えはできなかった。)
1961年8月13日、「ベルリンの壁」の突然の構築により、それまで東ドイツ国鉄が東西の区別なく一元的に経営していたベルリンのSバーンは、ついに東西に分断された。ただし西ベルリン側のSバーンは引き続き東ドイツ国鉄が経営したため、「Sバーンの運賃は鉄条網に払われる!」などのプラカードを掲げた抗議活動が発生するなど市民の反感を買うこととなった。更に西側当局も東側の影響力を嫌い、Sバーンと並行するUバーンの建設を進めた。その結果、西ベルリン側のSバーンの利用客は激減し、列車本数の削減やメンテナンス不良のまま細々と営業を続けていたが、1980年代初頭には西側従業員の待遇改善を求めるストライキを機に全線廃止の直前にまで至った。これは1984年に西ベルリンの地下鉄やバスを経営する「ベルリン交通公社 (ドイツ語版)」に経営が移管されたことで一応の解決を見た。ただし施設の老朽化から、設備更新の上で再開されたのは一部の路線のみで、環状線などは壁崩壊後まで休止が続いた。
また長距離線も西ベルリンへのアクセスルートが1ヵ所に制限され(1976年以降2ヵ所)、連絡列車の運転本数も合計しても10往復に満たず、現在のEC, ICに相当する特急列車も運転されていなかった。このため冷戦時代の西ドイツ~西ベルリンのアクセスは空路が主体で、動物園駅がターミナル駅と言っても実際は極めて限定的であった。