構造式
波線状の単結合は、立体化学が不明または特定できないか、異性体の混合物であることを表す。たとえば、上の図は、左側のHOCH2-基が波線状に結合しているフルクトース分子を示している。この場合、2つの可能な環構造は互いに化学的に平衡な状態にあり、また開鎖構造とも化学的に平衡である。環は自動的に開閉し、一方の立体化学で閉じるときもあれば、他方の立体化学で閉じるときもある。
骨格式は、アルケンのシス-トランス異性体を表現することができる。波線状の単結合は、立体化学が不明または特定できないか異性体の混合物を表す標準的な方法である(四面体キラル中心と同様)。交差した二重結合が使われることもあるが、現在では一般的に許容される様式とは見なされない。
構造式は単純化されたモデルであり、化学構造のある側面を表現することはできない。たとえば、 形式化された結合は、非局在結合のような動的システムには適用できない場合がある。芳香族はそのようなケースであり、結合を表現するために慣習に依存している。構造式の様式が異なると、芳香族性の表現方法が異なり、同じ化学物質でも異なる表現になる場合がある。もう一つの例は、電子密度が形式的結合の外側に広がっている形式的二重結合で、室温では部分的な二重結合の性質を示して相互変換は遅くなる。すべての動的効果において、温度は相互変換の速度に影響を与え、構造の表し方を変える可能性がある。構造式に関する明確な温度は決まっていないが、標準温度とされることが多い。
図版の使用が非常に制限されていた有機化学の初期の出版物では、示性式(英: condensed structural formulas)という、有機構造を一行で記述する活版印刷上の体系が登場した。この方式は、環状化合物への適用で問題がある傾向があるが、単純な構造を表現するには便利な方法として残されている。
CH 3 CH 2 OH {\displaystyle {\ce {CH3CH2OH}}} (エタノール)
括弧は、複数の同一の基を示すために用いられ、式中に現れる場合は左側の最も近い非水素原子へ、また式の最初に現れる場合は右側の原子に結合していることを示す。
( CH 3 ) 2 CHOH {\displaystyle {\ce {(CH3)2CHOH}}} または CH ( CH 3 ) 2 OH {\displaystyle {\ce {CH(CH3)2OH}}} (2-プロパノール)
いずれの場合も、水素原子を含むすべての原子が表示されている。また、 O {\displaystyle {\ce {O}}} が括弧内に配置されることで C = O {\displaystyle {\ce {C=O}}} が暗示されるカルボニル基を示すことも役に立つ。
電子は一般に色付きの円で表示される。1つの円は1個の電子を示し、2つの円は2個の電子の組を示す。一対の電子は通常、負電荷も示す。色付きの円は、各原子の原子価殻にある電子数を示し、分子内の原子の反応性をより詳しく説明するものである。