APG II
アムボレラ科 Amborellaceae
センリョウ科 Chloranthaceae
§スイレン科 Nymphaeaceae
+ハゴロモモ科 Cabombaceae
アウストロバイレヤ目 Austrobaileyales アウストロバイレヤ科 Austrobaileyaceae §マツブサ科 Schisandraceae +シキミ科 Illiciaceae トリメニア科 Trimeniaceae
マツモ目 Ceratophyllales マツモ科 Ceratophyllaceae
APG II は、APG植物分類体系の、2003年に発表された第2版である。
Tapisciaceae
アブラナ目 Brassicales §アカニア科 Akaniaceae +ブレッシュネイデラ科 Bretschneideraceae バティス科 Bataceae アブラナ科 Brassicaceae(旧フウチョウソウ科を含む) パパイア科 Caricaceae エムブリンギア科 Emblingiaceae ギロステモン科 Gyrostemonaceae コエベルリニア科 Koeberliniaceae リムナンテス科 Limnanthaceae ワサビノキ科 Moringaceae ペンタディプランドラ科 Pentadiplandraceae モクセイソウ科 Resedaceae サルウァドラ科 Salvadoraceae セッチェラントゥス科 Setchellanthaceae トウァリア科 Tovariaceae ノウゼンハレン科 Tropaeolaceae
初版で分類未確定とされていた多くのタクソンを分類した。
一部の分類群については、大きな科にまとめても、あるいはより細かい科に分類してもよいとした。