第32特別根拠地隊
フィリピン防衛戦では、来たるアメリカ軍のミンダナオ島上陸に備え、大幅に増員された。
1944年(昭和19年)5月の戦時日誌における麾下総員数 士官 - 32名 准士官 - 39名 下士官 - 587名 兵 - 927名 軍属 - 442名 計 - 2,027名
1945年(昭和20年)2月の戦時日誌における麾下総員数 士官 - 164名 特准 - 246名 下士官 - 1,984名 兵 - 5,136名 雇傭人 - 6,443名 其ノ他 - 1,121名 計 - 15,094名
なお、1945年(昭和20年)2月の麾下総員数には、ザンボアンガ警備隊やホロ警備隊などは含まれていない。 これら32特根の一部は、1944年(昭和19年)8~10月頃にタウィタウィ泊地からザンボアンガへ後退してきた第33警備隊(略称:33警、司令:池田敬之助海軍大佐)司令承命服務となり、33警に合流していた。
詳細は「ダバオ誤報事件」を参照
1944年(昭和19年)9月10日未明、ダバオ沿岸に敵が上陸したとの見張り所からの情報(誤報)に基づき、32特根司令部が陸軍第100師団司令部のあるミンタルまで避退し、この情報を聞いた第一航空艦隊司令部も暗号書を処分して避退するとともに、豊田副武連合艦隊司令長官にまで作戦行動を取らせてしまったという日本海軍始まって以来の不祥事。
これには、同年6月19日、20日のマリアナ沖海戦の壊滅的敗北により西太平洋の制海権と制空権を失い、サイパン島、大宮島(グアム島)、テニヤン島を相次いでアメリカ軍に占領されていく中、同年9月に入ってミンダナオ島ダバオでも敵機動部隊の空襲が激化し、9月9日にも相当の被害を受けていたため、敵の上陸が間近であると警戒を強めていた背景があった。
この不祥事により、代谷清志司令官は責任を問われ更迭、予備役に編入された。その後の32特根は、この事件を教訓に陣地構築や陸戦訓練に努め、防衛体制強化を図った。
主要任務は、(1)担当区域内における敵艦艇航空機の捕捉攻撃、(2)警備、(3)主要港湾の防備、(4)海上交通保護、(5)敵潜水艦利用基地の捜索覆滅。
ダバオ警備隊
ザンボアンガ警備隊(上記に加え、(1)ザンボアンガ警備隊(含むバシラン島)方面海軍施設(資源)の確保、(2)付近海上の警戒)
ホロ警備隊(上記に加え、(1)飛行場の確保、(2)ホロ市付近の治安の確保、(3)付近海上の警戒)
第十二衛所隊(タウイタウイ島泊地防備)