日本における2019年コロナウイルス感染症の流行状況
長崎県に停泊中のコスタ・アトランチカ号で感染の乗員144人のうち63人を調べ、感染確認の約3週間後に唾液と鼻の奥から検体を採取し、PCR検査でウイルス量を測定した。唾液の方が多かったのは26人、鼻の奥の方が多かったのは3人だった。再び陽性が出る割合は唾液で28人(44.4%)、鼻の奥で6人(9.5%)、いずれも陰性だったのは34人(54.0%)だった。
6月2日、厚生労働省は、国立感染症研究所の唾液でのPCR検査の検体採取マニュアルを改正する通知をした。唾液でのPCR検査が有効とするもので、ウイルス量の最多といわれる発熱から9日間の唾液を採取することを推奨する内容である。また、唾液の採取は患者自らが行うため、回収時の検体容器の取り扱いでは手袋とマスクのみで可とする、医療従事者の感染予防策マニュアルもあわせて改正した。
イギリス型の変異株(アルファ株)はN501Yの変異が見られるが、これはスパイクタンパク質の501番目のアミノ酸がNからYに置換されたという変異を示している。
関西ではイギリス型の変異株が多く確認されており、2021年4月の関西圏の急激な感染拡大の原因の一つとされている。
その後、4月28日の東京都のモニタリング会議では、「都内の新規感染者のうち、N501Y変異株が6割を占めて、主流になった」という推計を報告した。
国立感染症研究所の4月6日の推定では、大阪府と兵庫県では2021年2月から変異株が急増し始め、3月中には半数が変数株となった。またこの状況が続くと、5月中にほぼ全てがN501Y変異ウイルスに置き換わると予測している。同研究機関は5月12日に、国内の新型コロナウイルスの9割以上が変異株に入れ替わったとの分析を発表した。
4月3日、在日米大使館は、日本は検査を広範囲に行わず感染状況の把握が困難になっているとして帰国準備を呼びかけた。
4月15日、在日米軍司令部は関東に限定していた公衆衛生上の非常事態宣言の対象を全国に広げた。
中村祐輔シカゴ大学名誉教授は、感染症対策は事実に基づくべきなのに日本は検査数という分母が実態に即していない。科学的な統計として成り立っていない。
武蔵野中央病院(東京都小金井市) - 5月28日、看護師ら病院職員4人と患者5人の計9人が感染したと発表した。他に入院患者10人が発熱の症状を訴え、PCR検査を受け結果待ちである。緊急事態宣言の解除後、都内初のクラスター(感染集団)発生の可能性がある。
戸田中央総合病院(埼玉県戸田市) - 2020年11月27日に職員の感染が確認されて以降クラスターの収束が確認された2021年2月26日までに職員174人と患者150人の合わせて324人が感染し45人が死亡した。また、クラスター発生の原因の報告書によると防護服の重ね着や休憩室で職員どうしが会話をしながら食事をしていたことなどが感染拡大に繋がった可能性として挙げている。
海老名総合病院(神奈川県海老名市) - 2021年7月27日から患者や医療従事者の感染が相次ぎ、8月17日までに75人が感染し7人が死亡した。
中部
富山市民病院(富山県富山市) - 4月9日の同病院勤務の女性看護師の感染確認を切っ掛けに、12日までに16人の院内感染を確認。同院長は、「クラスターが発生したという予測の元に感染拡大の防止に取り組んでいる」とコメントし、今後1週間は外来診療、救急患者の受け入れ、手術(緊急手術を除く)を休止するとしている。5月7日に外来診療を再開。5月30日時点での感染者数は39人となっている。
木沢記念病院(岐阜県美濃加茂市) - 2021年2月2日に最初の感染者が確認され、クラスターの終息が発表された3月22日までに231人が感染し、26人は死亡した。岐阜県内最大のクラスターとなった。
関西
医療法人清和会ながはら病院(大阪府東大阪市) - 2月29日、職員の感染が確認され、外来診察とデイケアサービスを休止した。
厚生労働省は2月18日、1日に最大3,800人の検査ができる体制を整備したと発表した。 しかし、2月18日から2月24日の間に実施されたPCR検査件数は約6,300件で、1日平均約900件だったことが各界から批判された。
1月17日から2月26日までの検査数は地域によって大きな開きがあり、神奈川県811件、東京都704件、和歌山県609件、千葉県300件、愛知県182件、一方、徳島県14件、群馬県13件、青森県12件、高知県7件、岩手県4件であった。東北医科薬科大学の賀来満夫教授は「検査の件数は感染者数や保健所のマンパワーなどによってどうしても地域で偏りが出てくる。和歌山の検査を大阪が協力したように、検査が比較的少ない地域が代わりに行うなど日本全体で協力しあっていく必要がある。そのためには国が率先して協力体制を整えてほしい」と話した。
1月21日、厚生労働省は5歳から11歳向けのファイザー製の新型コロナウイルスワクチンについて、特例承認した。
2月14日、厚生労働省はファイザー製のワクチンについて1,000万回分を追加購入することで合意した。
4月19日、厚生労働省はノババックス製の新型コロナウイルスワクチンを薬事承認した。
5月25日、新型コロナウイルスワクチンの4回目の接種が開始された。
6月20日、厚生労働省はジョンソン・エンド・ジョンソンのグループ会社であるヤンセンファーマの新型コロナウイルスワクチンについて薬事承認した。なお、同ワクチンの接種については公費負担の対象とはせず、希望する場合には原則自己負担での接種となる。
9月12日、厚生労働省は新型コロナウイルスのオミクロン株に対応したワクチンの製造販売を特例承認した。
3月13日 - 厚生労働省は同日付でマスクの着用基準について屋内外を問わず個人の判断に委ねるとした。
4月10日、島津製作所はPCR検査の時間を従来の約半分(1時間程度)に短縮可能な新型コロナウイルス検出用の試薬キットを、全国の衛生研究所や検査機関向けに4月20日から発売すると発表した。
4月22日、日本医師会は、楽天が販売する新型コロナウイルスのPCR検査用の検体を採取するキットについて、「リスクが高い」と懸念を示した。適切な検査結果が得られないなど、混乱をもたらす可能性があるという。キットは、遺伝子検査会社の「ジェネシスヘルスケア」が開発した。
4月29日、楽天は、法人向けに販売の新型コロナウイルスのPCR検査用のキットについて、販売を見合わせると発表。日本医師会や専門家から、検体採取は医師でなく本人が行うため、適切な検査結果が得られない恐れがあるとしていた。
済生会有田病院(和歌山県湯浅町) - クラスター感染が発生し、医師、入院患者とその家族10人以上が感染した。3月4日、診療再開した。
市立福知山市民病院(京都府福知山市) - 3月7日夜、介護福祉士の感染が確認され、一部病棟を閉鎖し、救急・外来診療を休診した。
国立循環器病研究センター(大阪府吹田市) - 3月9日、看護師の感染が確認され、3月13日まで外来を休診した。
仁恵病院(兵庫県姫路市) - 3月10日、看護師と患者の感染が確認され、院内感染の可能性が調査されている。
北播磨総合医療センター(兵庫県小野市) - 医師や看護師らの感染が確認され、3月12日から休診した。その後感染者の1人横野浩一病院長が死亡し、全国初となる新型コロナウイルス感染症に係る公務災害認定された公務員3例の1例となった。なお病院長宅には嫌がらせ電話などが殺到した。
東加古川病院(兵庫県加古川市) - 2020年12月21日に最初の感染者が確認されて以降クラスターが終息するまでに202人が感染した。
九州
国立病院機構大分医療センター(大分県大分市) - 3月19日、大分県内で検査陽性となった男性の濃厚接触者とされる、同院入院中の妻に感染が確認。3月25日の濃厚接触全者全員のPCR検査が終了した段階で、職員や、入院患者、同院から転院した患者、転院先の1つである大分県立病院の看護師など、24名に検査陽性が確認された。大分県・大分市だけではPCR検査が追い付かず、他県の地方衛生研究所等に依頼するなど対応を行った。
福岡記念病院(福岡県福岡市早良区) - 4月11日までに職員、入院患者など、24人の感染が確認された。
沖縄
うるま記念病院(沖縄県うるま市) - 2021年8月17日までに199人の感染者、64人の死者が確認されている。
1月5日 - 神奈川県の累計感染者数が170,000人を超えた。
1月9日 - 政府は広島県の13市町、山口県岩国市・和木町、沖縄県全域にまん延防止等重点措置を1月31日を期限として発令した。
1月12日 - 兵庫県の累計感染者数が80,000人を超えた。
1月13日 - 鹿児島県の累計感染者数が10,000人を超えた。国内の死者が18,428人となり、東日本大震災による死者・不明者の計である18,426人を上回った。
1月14日 - 広島県はまん延防止等重点措置を全域に発令した。
1月15日 - 東京都の累計感染者数が400,000人を超えた。
1月16日 - 京都府の累計感染者数が40,000人を超えた。同日、広島県の累計感染者数が30,000人を超えた。同日、岐阜県の累計感染者数が20,000人を超えた。
1月17日 - 福島県および新潟県の累計感染者数がそれぞれ10,000人を超えた。
1月20日 - 日本国内の累計感染者数が200万人を超えた。
1月21日 - 政府は東京都全域、神奈川県全域、埼玉県全域、千葉県全域、群馬県全域、新潟県全域、岐阜県全域、愛知県の東栄町・豊根村以外全域、三重県の24市町、香川県の14市町に2月13日を期限としてまん延防止等重点措置を発令した。
1月22日 - 大分県の累計感染者数が10,000人を超えた。熊本県の累計感染者数が20,000人を超えた。
1月23日 - 兵庫県の累計感染者数が100,000人を超えた。