シークレット オブ エヴァンゲリオン
声 - 山口由里子
NERV技術開発部技術局第一課所属。30歳。ミサト・加持・剣崎は大学の同期で友人。剣崎と共に、ミサト・加持のカップルに世話を焼かされる役回りだった。
剣崎シナリオでは、剣崎に使徒を移植した張本人であり、そのことで彼から叱責を受ける。後に人生の全てを捧げた碇司令から切り捨てられ全てを失うが、ゼーレの意向を受けた戦略自衛隊のNERV本部侵攻の際には碇司令の人類補完計画実行を阻止するため、ヒトミと共にセントラルドグマへ向かう。
加賀シナリオでは、人生の全てを捧げた碇司令から切り捨てられ全てを失い、独房で失意の底に沈んでいた。しかしヒトミに「あなたのしたことは科学者としては許せないが、人間としては当たり前のことだと思う」「自分にもし好きな人がいたら、きっとあなたと同じことをしたはず」と言われ、自分を認めてくれる人間がまだ世の中にいることを知り、再起する。そして戦略自衛隊によるNERV本部侵攻の際には、「最後に人間として正しいことをする」として碇司令の人類補完計画を阻止するため、単身セントラルドグマへ向かう。加持と剣崎の関係を「仲良し」と評した。
本作品はテレビアニメシリーズ第拾七話から第弐拾四話までと1997年に公開された劇場版の物語をベースとしている。主人公には本タイトルオリジナルキャラクターの剣崎キョウヤを迎え、人類補完計画などの謎に迫る。また、テレビアニメシリーズでは既に消滅とされていたEVA四号機が登場している。行動次第によって10種類のエンディングを迎えることになる。オリジナルシナリオは碇司令の人類補完計画とゼーレの人類補完計画を阻止するというのが大筋だが、いずれのルートでも結果がどうなったのか明確には描かれていない。
人類補完計画をくじくべくサードインパクトの発生を阻止しようと奔走するが、ゼーレの意向を受けた戦略自衛隊のNERV本部侵攻により全てが破綻してしまう。戦火の中で負傷し倒れていたミサトを保護するが、自身も重傷を負ってしまう。ミサトを四号機に乗せて脱出させ加持との約束を果たした後、体は人間ではなくなってしまったものの、人生の最後に人間らしく生きることが出来たという誇りを胸に、息絶えた。学生時代に加持から貰ったペンを長年愛用している。なおこのルートでは、終盤で使徒の遺伝子が覚醒して以降、渚カヲルのように自在にA.T.フィールドを展開したりエヴァを遠隔操作したりすることが出来た。
加賀シナリオでは大学卒業後、海外在住(理由は不明)を経てNERVへ。このルートでは、使徒の一部を移植されたという設定が無視されており、A.T.フィールドを展開したりはしない普通の人間である。ネバダでの特殊任務から帰還後、不在中に技術者がエヴァ初号機を強奪しようとした事件が発生したと報告を受ける。加持から「技術者が抱くエヴァへの恐怖」を調べろと言われ調査を進めるうち、第13使徒ゼルエルとの戦いで暴走するエヴァ初号機を目の当たりにし、エヴァがただの兵器ではないという確信を得る。そして独自にエヴァの正体を探る調査を始め、生体開発担当であるヒトミからレクチャーを受けるうちに彼女との交流が増えていくが、単に盲目的に命令に服従し任務を遂行しているだけにもかかわらず、彼女から「NERVに尽くすことが人類の未来につながるという信念を持って働いている人」と評され戸惑う。