レインボーアイランド
玩具が中心のステージ。足場があまりにもないので、虹を上手く使って進むことになる。ボスはすーぱーぴえろん。
戦車や戦闘ヘリなどが中心のステージ。ボスはすーぱーへりぼう。
2009年3月3日にWiiウェアが、同年10月28日にXbox Live Arcade版がダウンロード販売開始された。
グラフィックが3D化されており、ステージ構成も一新。Xbox Live版は実績解除によるコスチューム獲得などが追加された。
ストーリーは、どんな望みも叶えてくれる彗星の「ナナれぼし」に会いに行くため、バビーとボビーがレインボーアイランドに建つタワーを登っていくというもの。
音楽は小塩広和が担当。
上記の他、『バブルボブル』から続くバビーとボビー兄弟のストーリー上の続編としては、「THE STORY OF BUBBLE BOBBLE III」を銘打たれた『パラソルスター』および『バブルメモリーズ』が存在する。