シベリア抑留
1949年12月に戦犯裁判としてハバロフスク裁判が行われ、関東軍司令官の山田乙三や731部隊等が裁かれた。ボンダレンコはこのハバロフスク裁判について国際法違反だと述べている。
この頃、その他に日本軍や満州国の元高官、スパイ活動・ソ連研究・生物化学兵器の研究に関与した人など2千数百人裁かれ、彼らはイワノボやハバロフスクの収容所に入れられた。これらは、通常の収容所と異なり戦犯捕虜収容所とも呼ばれ、収容者は有期刑を受けた戦犯として扱われた。1950年4月ソ連が抑留者帰還は完了したと発表して一方的に帰還を打ち切ったことにより、彼らは引き続き抑留されることとなり、「長期抑留者」とも呼ばれた。日本帰還は1953年12月に再開したものの、半数近くは1956年の日ソ国交回復まで残され、最終的には刑期未了の者も含めて同年12月の日ソ共同宣言の発効により帰還することとなった。
ソビエト連邦では1920年後半頃から政治犯などの囚人に過酷な強制労働が課せられたが、これは労働力不足を補う側面もあった。スターリン体制下の1930年代以降は強制収容所(ラーゲリ)の数が爆発的に増加し、強制労働の対象となる囚人も増加した。
初期の労働環境は非常に劣悪であり、白海・バルト海運河建設などに動員された白海・バルト海強制労働収容所では1932年から1941年にかけての10年間で3万人近い死亡者を出し、死亡率が最も高い1934年には囚人の10.56 %が死亡した。
スターリンの捕虜観をあらわすエピソードとして、ポツダム会談でウィンストン・チャーチルが炭鉱労働者不足を嘆いた際に「ドイツの捕虜を使えばいい。わが国ではそうしている」と答え、4万人のドイツ人捕虜を本国に移送することをすすめた。
ソ連側(現ロシア政府)はこれまでに約4万1千人分の死者名簿を作成し、日本側に引き渡している。従来、多く語られる場合の死者数は約6万人とされている。もともと関東軍の兵員が南方に移送されて大幅に減少し、それを満洲在留の民間邦人を召集して穴埋めしていったことが問題を分かりにくくしている。なお、アメリカの研究者ウイリアム・ニンモによれば、確認済みの死者は25万4千人、行方不明・推定死亡者は9万3千名で、事実上、約34万人の日本人が死亡したという(ただし、この数は単なる満洲引揚途上あるいは引揚待ちの死者らとの区別が不明である。)。
シベリア抑留中にソ連の軍事法廷で日本人144人が銃殺刑の判決を受けたことが判明しており、うち33人への執行が確認されている(79人のその後は不明)。
日本の厚生労働省は2019年(令和元年)現在でも、ロシア連邦などから提供された新たな資料を基に、旧ソ連や満洲での死亡が判明した日本人の氏名等の名簿更新を続けている。
同じくソ連構成国のウズベク・ソビエト社会主義共和国(現ウズベキスタン)には約2万5000人の日本人抑留者が送られた(ウズベク抑留)。抑留された日本人が建設したことでウズベク人にも有名なナヴォイ劇場がある。逆にウズベク内の水力発電所や工場、学校の建設など抑留日本人が携わったことが忘れられたものも数多くある。
ウズベキスタンの首都タシュケントには、日本人抑留者の墓地「タシュケント抑留日本人墓地」がある。
平成28年1月20日に安倍晋三内閣総理大臣が、総理官邸において,1998年にウズベキスタン日本人抑留者資料館を開館した館長で訪日中のジャリル・スルタノフ(Mr.Jalil SULTANOV, Memorial Exposition Museum of the Japanese Citizen’s Sojourn in Uzbekistan in 1940s.)の表敬を受けている。彼は元技師であり、幼少期に友人の父親から日本人抑留者のことを「遠くの国から連れて来られたにもかかわらず勤勉だった」と聞かされて日本人に興味を持ったこと、技師となった際に日本人の技術の高さにも魅せられたこと、日本人への感謝を語っている。2003年に住民を調査したドキュメンタリー映画を自主制作したり、発見されていなかった日本人抑留者よる建築物の発見活動もしている。
冷戦終結後に、ロシア側から収容所や墓地の所在地リストが日本政府に手渡されたことに基づき、厚生省(現:厚生労働省)や民間の遺族団体などによって、遺骨収集事業が進められ、遺骨のDNA型鑑定などによって2010年(平成22年)までに約828名の身元が特定され、遺族に引き渡された。その後、2019年に厚労省は1999年から2014年の間に戦没者の遺骨の収集事業で、終戦後にシベリアに抑留されて死亡した日本兵の遺骨約650人分を国内に持ち帰ったが、2018年に専門家の指摘を受けて16人分の遺骨のDNA鑑定をしたところ、日本人でないことが判明し、残る遺骨についても約600人分が日本人でない可能性があるということを認めたが、厚労省はNHKが調査報道でこの事実を明らかにするまで公表しなかった。取り違えの疑いを14年前に把握しながら、ロシア側と協議せず事実上放置していたため信頼関係を損ねたとして日本の遺骨調査団の派遣がロシア側の意向で中止になった。