小牛田運輸区
一般用は塗装が東北地域本社色で、東北本線仙台 - 小牛田間・石巻線などで運用されていた。2000年代に入ってから冷房装置搭載工事が施工され、一部車両はセミクロスシートからロングシートに改造されている。 一部の車両はワンマン運転に対応していた。2010年時点では単行運転でのワンマン運用はないが、過去に東北本線利府支線(岩切 - 利府間)で仙台地区にワンマン対応の車両がなかったため、同区間の単行ワンマン列車に充当されていた時期がある。その後ワンマン対応の701系電車が投入されたために利府支線での運用は終了した。 キハ48形ともども陸羽東線・陸羽西線でも運用されていたが、キハ110系の導入により朝の石巻線からの直通列車とその折り返し列車(小牛田 - 古川間)を除いて撤退し、2013年3月16日ダイヤ改正で気仙沼線から、2015年5月30日の仙石線復旧・仙石東北ライン開業に伴うダイヤ改正で石巻線全線のキハ48形がキハ110系に置き換えられたことにより、波動用を除いて運用を終了した。 2016年9月7日にキハ40 2501が廃車となったことで全廃となった。