後陽成天皇
儒学や和学に造詣があり、舟橋秀賢を召して四書の進講を受け、細川幽斎からは和学を学んだ。その学識は自ら宮人に『伊勢物語』『源氏物語』『詠歌大概』などを講じるほどで、自著に『源氏物語聞書』『伊勢物語愚案抄』『後陽成天皇宸記』などがあり、『日本紀神代巻』『古文孝経』『職原抄』などを慶長勅版として刊行している。また、近臣を動員した収書・書写活動に専心し禁裏本歌書群の基礎を築いた。こうした活動により禁裏文庫に収められた大量の古典籍は、譲位・崩御に際して後水尾天皇に引き継がれている。国ごとに名所を挙げてこれに和歌を添えた名所和歌集の編纂も行った。
秀吉が高野山再興のために興山寺 (廃寺)を開基した際、木食応其に「興山上人」の号とともに勅額を下賜している。
秀吉に切腹を命じられた豊臣秀次の菩提を弔う日秀尼(秀次の母、秀吉の姉)に、瑞龍寺の寺号を与えている。その後、瑞龍寺は日蓮宗唯一の門跡寺院となった。
天正 (1586年11月7日) - 1592年12月8日
文禄 1592年12月8日 - 1596年10月27日
慶長 1596年10月27日 - (1611年3月27日)