ポートディスカバリー
基本的にディズニーリゾートでは、園内から外の景色は見えないようになっているが、ポートディスカバリーでは、東京湾を借景として利用しており、堤防を隔ててつながっているように見える(実際には様々な機材やディズニーリゾートラインのレール、道路などがあるため、つながってはいない)。また、ディズニーリゾートラインのレールはここを通るときは高さが低くなっており、園内からディズニーリゾートラインが見えないようになっている。
ポートディスカバリー側から見るプロメテウス火山は、ポルト・パラディーゾから見るプロメテウス火山と比べ、草木が多く茂っている。これには「気象コントロールセンターが火山活動をコントロールできるようになったため」とする説や、「火山活動がおさまり、長年活動していないため」とする説がある。ただ、後者はポートディスカバリー側から出ている蒸気などのことを考えると矛盾している点が多くある。
ポートディスカバリーでは、潜水艇による海底レース (UNDERSEA GRAND PRIX) が開催されているという設定がある。ポートディスカバリーの海に停泊している魚型の潜水艇には、この海底レースに出走しようとしているものもある。
タイムトラベラーバンド
ポートディスカバリー救護室「ホライズンベイレストラン」横、木戸の中
スカイウォッチャー・スーヴェニアが半分側だけ汚れているのには様々な説がある。「ストームが半分飲み込んだから汚れている」、「ストームライダーのストームディフューザーの爆風によるもの」、「ロストリバーデルタは淡水、ポートディスカバリーは潮水だから」、「もともと別の場所にあったが飛ばされた影響」といった話があるが、公式からそのような話は無い。
ポートディスカバリー・ステーションの隣にあるオブジェには、温水が流れている。これは「風力発電の影響で水が温められた」とする説や、「火山活動の影響で地下水が温められた」とする説がある。(2019年2月現在、温水ではなくなっている。)
「ニモ&フレンズ・シーライダー」オープンに伴い、エレクトリックレールウェイの高架橋の下にあるバナーが一新された。
2016年中旬にポートディスカバリー内にある「ストームライダー」のアトラクション終了が発表された際に、多くの反対の声が挙がった。「ポートディスカバリーと各施設・アトラクションはストーリーで結びついている」といった設定を壊すとして、署名活動などを行うなど声をあげる者も多かったが、それらの設定は非公式で、広報担当者なども否定している物もいくつかあった。