因島
因島村上氏と他の三島村上氏との大きな違いは、早くから山陽側の大名と結びついていき、所領を持っていたことである。日明貿易の頃には因島村上氏村上吉資は備後守護大名である山名氏に取り入り遣明船の警固衆つまり護衛を命じられている。またこの島の西側は小早川水軍の縄張りであり小早川氏とも関係を深めていき、村上吉充の時代である天文24年(1555年)厳島の戦いの際には小早川水軍とともに毛利氏に加勢し、この勝利により北側の向島の所領を与えられた。現在因島水軍城に展示されている室町時代末期作の軽武装用鎧”白紫緋糸段威腹巻 附兜眉庇”は吉充が小早川隆景より拝領したと伝わっている。以降毛利氏の下につき(毛利水軍)、防長経略・門司城の戦い・第一次木津川口の戦いなどに従軍した。
以下、因島にある因島村上氏関連の主な城址を列挙する。村上氏と関係ないものも含めこれ以外にも城址はある。また他の島にも因島村上氏の城があるがここでは記載を省略する。
青木城跡 : 重井、県史跡。本城。
幸崎城跡 : 大浜、市史跡。村上吉房の居城。
青陰城跡 : 中庄・田熊、県史跡。重臣・救井義親の居城。
千守城跡 : 三庄、市史跡。旧小早川氏居城、後に村上氏の篠塚貞忠の居城。
美可崎城跡 : 三庄、市史跡。警固料を徴収した金山亦兵衛康時が城番を務めた。
長崎城跡 : 土生、県史跡。因島に最初に構えた城。
縄張りの最大範囲は、東端が現在の福山市域になる走島周辺で、田島・百島には城があった。南側は弓削島・岩城島・生名島にも支配権が及んでいた。西側は生口氏(小早川氏系)が支配していた生口島であるが、生口島の南側一部を一時的に支配していた。
豊臣秀吉による天下統一後の天正16年(1588年)に出された海賊停止令により、海賊(水軍)勢力としての村上氏は解体された。
旧石器時代、瀬戸内海一帯は一つの平地で、この島は一つの丘であった。
大浜の尾道市史跡である大浜広畠遺跡は縄文後期から晩期にかけての土器が発見された遺物包含層であり、つまり古来からこの地には人が住んでいた。またこの遺跡では製塩土器が発見されており、つまり古代から塩作りが行われていたことを示している。
同じく大浜の因島第1号古墳は箱式石棺の古墳、島の南である三庄町の王子塚は半径7mの円墳であり、双方等も古墳時代のもので市史跡である。