キリスト教徒による宗教的迫害
フィリピンやマレー半島ではイスラム教が広まっていたが、入植に来たスペイン人やポルトガル人は彼らのイスラム教を否定・弾圧し、poso宗教戦争を引き起こしカトリックを広めていった。
スペインのフィリピン征服によりイスラム教徒の多くは屈辱的なキリスト教への改宗を受け入れるか、南部に退却して抵抗を続けるかの二択を迫られた。結果としてフィリピン北部のムスリムはキリスト教への改宗を余儀なくされ、イスラム教徒(モロ)は南部でのみ多数派を占めることとなった。またヒンドゥー教徒も同様の道をたどった。
カトリックは信仰と相容れない科学的な考えや、それらに影響を受けた無神論的な思想の持ち主を「異教徒」「異端」として迫害を加えている。
415年に修道士らが女性天文学者のヒュパティアを殺害した際には、指示したキュリロスがその「功績」を讃え、教皇レオ13世により「教会の博士」として聖人の列に加えられている。
殺害に至らないまでも、ガリレオ・ガリレイのように異端審問で有罪判決を受ける者もいた。
一方で科学の発展に寄与した人物には敬虔なキリスト教徒(ガリレオ、アイザック・ニュートン)だけでなく、聖職者(グレゴール・ヨハン・メンデル)も存在する。
聖地エルサレムをイスラム教徒の手から奪回するために十字軍が派遣されたが、第1回十字軍の際には十字軍戦士はイスラム教徒への大量虐殺、強制改宗、略奪にふけり、またイスラム教女性へのレイプなども行われた。当時の記録によれば、エルサレム攻囲戦のときの惨劇でエルサレムは膝まで浸かるほどの血の海になったという記録が残されている。また東方キリスト教徒は十字軍の派遣によりズィンミーの地位から解放されると期待していたが、実際には異端として同様に虐殺や略奪などの被害にあった。