小山車両センター
E231系1000番台(665両)
基本10両編成49本(U501 - 541および584 - 591編成・490両)と付属5両編成35本(U2 - 69および105 - 118編成・175両)が配置されている。グリーン車は基本編成に2両連結されている。
運用は以下の区間の普通・快速列車で行われている。 宇都宮線(上野 - 宇都宮) 高崎線 - 付属編成の運用は深谷発着列車を除き籠原以南である。 上越線(高崎 - 新前橋間) 両毛線(新前橋 - 前橋間) 湘南新宿ライン 上野東京ライン 東海道線(東京 - JR東海管内沼津駅まで) 伊東線 横須賀線(逗子 - 大船間)
湘南新宿ラインの東海道線 - 高崎線系統(小田原 - 高崎間)は2004年10月16日から運用を外れていたが、2015年3月14日ダイヤ改正の国府津車両センター所属車両及びE233系3000番台との併合運用開始、E233系との共通運用化を機に再び運用に入っている。
2006年3月 - 7月及び2008年2月には車両不足を理由に、一部編成が国府津車両センターに貸し出された。詳細はE231系の当該項目を参照。
2004年以降に落成した車両(U501 - 541編成のグリーン車、U584編成以降、U105編成以降)は、2段式の車内LED式旅客案内表示器やドアランプが設置されている。
E233系3000番台(250両)
基本10両編成16本(U618 - 633編成・160両)と付属5両編成18本(U218 - 235編成・90両)が配置されている。