二枚貝
原鰓類 Protobranchia は原始的なグループで、深海性で堆積物中に潜入する。
ただし原鰓類は、系統分析によれば側系統または多系統で、対向原鰓類 Opponobranchia とロウバイ目 Nuculanoida の2つの単系統からなる。これらに残りの固有弁鰓類 Autolamellibranchiata を加えた3者間の関係ははっきりしない。
対向原鰓類 Opponobranchia クルミガイ目 Nuculoida キヌタレガイ目 Solemyoida = 隠歯類(潜歯類) Cryptodonta = Lipodonta
ロウバイガイ目(ロウバイ目、シワロウバイガイ目) Nuculanoida
従来の分類では、原鰓類を原鰓亜綱にまとめクルミガイ目(ロウバイガイ目を含む)とキヌタガレイ目に分けたり、古多歯亜綱(クルミガイ亜綱) Palaeotaxodonta(= クルミガイ目 + ロウバイガイ目)と隠歯亜綱(潜歯亜綱・キヌタガレイ亜綱) Cryptodonta(= キヌタレガイ目 + †Praecardioida)に分けたりしていた。原鰓亜綱に3目をおく分類もある。
クルミガイ目クルミガイ科(化石)
クルミガイ目クルミガイ科
ロウバイガイ目ロウバイガイ科(化石)
また、少なからぬ分類群に独立栄養性の微生物を体内に住まわせて共生生活を送ることにより有機物を得ているものが知られている。二枚貝が濾過摂食を進化させる前に分化した原鰓類ではキヌタレガイ目が鰓の組織に硫黄細菌を住まわせて硫化水素の酸化で化学合成による炭酸同化を営んでおり、有機物が底質に多量に供給されている浅海のアマモ場や深海の鯨骨生物群集、冷水湧出帯といった硫化水素が常時供給される底質に生息している。鰓による濾過食を発達させた系統ではツキガイ科やハナシガイ科といったツキガイ上科がこうした生活型に進化しているし、イガイ科のシンカイヒバリ属やオトメハマグリ科のシロウリガイ類が深海の冷水湧出帯で硫黄細菌共生者として繁栄している。
化学合成だけではなく酸素発生型の光合成を営む生物との共生もみられる。ザルガイ科ではシャコガイ類とカワラガイやリュウキュウアオイガイを含むクレードの2系統で渦鞭毛藻類の褐虫藻と共生して珊瑚礁域でもっぱら光合成に依存して生活する二枚貝が進化している。