真禅院
神宮寺は近世末まで存続したが、前述のように明治時代初期の神仏分離に伴い廃絶した。南宮神社内には神宮寺以外にも仏教僧の住む坊舎が複数存在したことは古絵図等からも明らかで、真禅院はそうした僧坊の1つであった。
近世の記録(「本末分限改帳」)には、平将門の乱調伏のため、南宮神社二ノ宮の十禅師社に社僧10名を置き、その時建立された僧坊の1つが真禅院であるとされている。
文亀元年(1501年)、火災で焼失し、永正8年(1511年)、美濃国守護土岐政房により再建。慶長5年(1600年)には関ヶ原の戦いで南宮神社とともに焼失した。南宮神社の再建は江戸幕府3代将軍徳川家光により実施され、寛永19年(1642年)に落成した。これが現存する南宮大社の社殿群である。現存する真禅院の三重塔、本地堂もこれら社殿と一連の造営になるもので、元来は南宮神社境内の南方に建っていた。
明治元年(1868年)、神仏分離により、南宮神社内の寺院・仏堂を統廃合し、当時の真禅院の住職と地元の人々の手により現在地に移築した。明治4年(1871年)までに移築が完了し、朝倉山真禅院として再出発した。
昭和57年(1982年)から昭和59年(1984年)にかけて三重の塔の修理が行われた。(昭和の大修理)
平成27年(2015年)から平成30年(2018年)にかけて本地堂の修理が行われた。(平成の大修理)明治の移築の際に格天井の絵が不規則に並べられていたのを今回の修理で移築前の状態に戻した。さらに、塗装や屋根の形状、部屋の間仕切りなど調査で明らかになったものは復元や復原が行われた。