函館本線
0番台(3両編成)は小樽駅 - 滝川駅間で運用されている。721系・731系・735系と連結して運転されることもある。
3000番台(6両編成)は小樽駅 - 岩見沢駅間の普通列車で使用されている。また特別快速・快速「エアポート」にも使用され、721系(6両)との共通運用である。
1000番台(3両編成)は函館駅 - 新函館北斗駅間の快速・普通「はこだてライナー」として使用されている。
北海道旅客鉄道(JR北海道)...第一種鉄道事業者 函館駅 - 大沼公園駅 - 駒ヶ岳駅 - 小樽駅 - 旭川駅間:423.1 km 大沼駅 - 渡島砂原駅 - 森駅間:35.3 km、通称・砂原支線。 七飯駅 - 大沼駅間:下り専用、独自の営業キロ設定なし、通称・藤城支線、鉄道要覧に記載なし。
日本貨物鉄道(JR貨物)...第二種鉄道事業者 五稜郭駅(函館貨物駅) - 長万部駅間:108.9 km 苗穂駅 - 旭川駅間:134.9 km 大沼駅 - 渡島砂原駅 - 森駅間:35.3 km
北海道旅客鉄道の支社管轄 函館駅 - 熱郛駅間(砂原支線含む):函館支社 目名駅 - 滝川駅間:本社鉄道事業本部 江部乙駅 - 旭川駅間:旭川支社
軌間:1,067 mm(狭軌)
駅数:92駅(起終点駅含む) 一般駅:4駅(苗穂駅・茶志内駅・滝川駅・近文駅)。 旅客駅:86駅 貨物駅:2駅(札幌貨物ターミナル駅・函館貨物駅) 起終点駅を含めたすべての駅が函館本線所属駅となっている。
信号場数:5か所
電化 交流20,000 V・50 Hz(架空電車線方式) 函館駅 - 新函館北斗駅間 (17.9 km) 小樽駅 - 旭川駅間 (170.
旭川運転所所属車両が留萌本線乗り入れ列車(1日1本のみ)として深川駅 - 旭川駅間で運用されるほか、同列車の間合い運用で深川駅 - 旭川駅間の区間列車に使用されている。