日本エアシステムの就航路線
日本・日本航空
東京ー 韓国・ソウル
使用機材:747-246
アメリカ・ノースウエスト航空
東京ー アメリカ・シアトル
東京ー アメリカ・サンフランシスコ
東京ー アメリカ・ロサンゼルス
東京ー アメリカ・ニューヨーク
使用機材:747-200・747-400
オランダ・KLMオランダ航空
東京ー オランダ・アムステルダム
使用機材:747-400
中国・中国南方航空
東京ー 中国・広州
大阪ー 中国・広州
福岡ー 中国・広州
使用機材:A300-600R・777-21B・A320-200・757-200
注:東京→成田国際空港 大阪→関西国際空港
また、合併以前はコンチネンタル航空とのマイレージ提携、コードシェア運航のための協議を行っていた。