在フィリピン日本国大使館
1565年、スペインのミゲル・ロペス・デ・レガスピ総司令官がフィリピン遠征隊を率いてセブ島を占領し、セブ島を拠点に植民地支配を開始
1571年、レガスピがマニラを占領し、スペインによるフィリピン全体に対する植民地支配が始まる
1624年、日本を統治する江戸幕府がスペイン船の来航を禁止してスペインと断交
1868年11月12日、明治政府とスペインの間で日西修好通商航海条約が締結され、日本とスペインの国交が樹立
1888年11月16日、在マニラ日本帝国領事館の開設が定められ、初代領事に谷田部梅吉が任命される
1889年1月25日、谷田部領事により在マニラ日本帝国領事館が開設される
1893年11月、在マニラ日本帝国領事館が閉鎖される
1896年9月、在マニラ日本帝国領事館が再開される
1898年6月12日、フィリピンの革命家エミリオ・アギナルドがスペインからの独立を宣言
1898年12月10日、米西戦争でスペインに勝利したアメリカ合衆国がフィリピンの独立を認めず自国による統治(タガログ語版、英語版)を開始したが、マニラの帝国領事館は存続
その後は日本の奈良で亡命生活を送る
1945年8月15日、第二次世界大戦の敗戦により大日本帝国が崩壊、この時までにマニラの帝国大使館と帝国総領事館も閉鎖されている
1945年8月17日、ラウレル大統領がフィリピン第二共和国の解散を宣言
1946年7月4日、マニュエル・ロハス大統領がフィリピンの独立を宣言してフィリピン第三共和国(英語版)が成立
1952年4月12日、来たる日本国の独立に先駆けて「在外公館の名称及び位置を定める法律」が制定され、マニラに在フィリピン日本国大使館を設置することが定められる
1952年4月28日、サンフランシスコ平和条約の発効により日本国が独立、フィリピンも同条約締結国のうちの一国
1956年7月23日、日本国とフィリピン共和国との間の賠償協定(日比賠償協定)が発効したことにより、日本とフィリピンの国交が再開され、マニラの日本国大使館がフィリピンで正式に承認される
1960年1月8日、大使館と並立して在マニラ日本国総領事館を開設することが定められる
2011年4月27日、それまで領事業務を扱っていた在マニラ日本国総領事館が閉鎖され、大使館が領事業務を引き継ぐ形で総領事館を吸収する