ヒトマイクロバイオーム
口腔に細菌が生息していることはレーウェンフックにより18世紀には明らかにされていた。
口腔は消化管の入口であるが、歯や硬組織を含む点で他の部位とは異なる。口腔にはおよそ700種程(ただし、この数にはシーケンスデータが登録されているだけで未培養の細菌種が存在しており、数の解釈には注意を要する)の細菌が生息すると推定されているが、口腔の部位はそれぞれに異なるニッチが確立している。レンサ球菌属に代表される一部の細菌は口腔の全域に存在するが、特定の部位にのみ生息する細菌もあり、例えばRothia属の細菌は舌や歯の表面にしかいない。歯はヒトの体で唯一生理的に表皮の脱落が生じない部位であり、バイオフィルムの形成が行われるなど、微生物にとって絶好の生息地となる。また、他にも虫歯の治療のための歯冠やインプラントなどの表面も同様にバイオフィルム形成に影響し、口腔微生物叢の構成に変化を与えやすい。
人類の歴史とともに食生活は変化し、それに伴って口腔微生物叢も変化してきたと考えられている。