パナイ号事件
そのときに同席していた三並貞三少将は「パナイ号撃沈を命じたのは誰か」という質問に対し、「それは陸軍のBAD BOYだ、海軍の過ちではないのだ」と答えた。同日午後、長谷川中将が米アジア艦隊旗艦の巡洋艦「オーガスタ」とヤーネル提督を直々に訪問して遺憾の意を表した。
同日、広田弘毅外相は米国大使館に赴き、駐日米国大使のジョセフ・グルーに謝罪し、ワシントンの斎藤博駐米大使へハル国務長官への謝罪を訓令して、14日の面会を果たしている。また斎藤大使は訓令を待たずに3分52秒のラジオ放送枠を買い取って全米中継で謝罪を表明した。13日午後5時、海軍省は「未だ詳報に接せざるも」としながら、誤爆と断定し、謝罪し、誠意をもって責任をとる、という山本五十六海軍次官談を発表。
13日、ルーズベルト大統領は昭和天皇宛に抗議書を送ったが、その親書は広田外相から天皇に渡されなかった。
同日に起きたレディバード号事件もあって、日本側の攻撃を故意と解釈した報道もあり、さらに12月30日にはパナイに便乗していたプロニュースカメラマン、ノーマン・アレーの撮影したニュース映画が公開され、英米国民の対日感情を悪化させた。
しかし未だアメリカの新聞の論調は、直接介入を主張するものは少なく、その多くは対日強硬策を支持するものの、論説は非常に穏やかなものであった。反対に、孤立主義の立場から、アメリカ勢力の完全撤退論を主張するものもあった。1938年1月のギャラップ調査によると、約70%のアメリカ人が中国からの完全撤退を望み、孤立主義的態度を示していた。
ルーズベルトはこの事件に激怒したものの、結局強硬姿勢を取ることは避けた。アメリカの世論の中で強硬論より孤立主義的傾向がまだ強かったことと、日本側が早急に謝罪と賠償をしたことが原因と見られる。
1937年12月12日、パナイは脱出する外国人を乗せて南京上流に碇泊中、南京総攻撃を支援していた現地上海航空隊による攻撃を受けた。同船に搭乗していたのは米将校5人、兵士54人、米大使館員5人、民間人10人で、日本軍機による攻撃の結果、死者が3人、重傷者は48人となった。また、同船に先導案内されていた米国スタンダード・バキューム・オイル社のメイピン(美平)、メイシア(美峡)、メイアン(美安)にも同様の危害を加えた。さらに、中国人の取調べなどを行っていた日本陸軍の部隊も、再度飛来した日本海軍機の爆撃や機銃掃射に巻き込まれ、日本人にも死者2名、負傷者3名が出た。
事件発生時、第三艦隊司令部の伝達不備からパナイの最終避難位置情報が伝達されておらず、現地航空隊は南京付近に第三国艦船が存在することを知らなかった。そのため大本営海軍部の公表は、パナイを中国船舶と誤認したのはやむを得なかったとし、日本陸軍への誤爆を含むあくまで誤爆事故だったと釈明したが、アメリカでは日本海軍機による故意爆撃であるという認識が定着していた。
一部では、航空母艦加賀の一将校によって故意に計画されたものだと判明した、という説も存在するが、事件当時の空母加賀は南京攻略戦に参加しておらず、本件とは無関係だった。
故意爆撃か誤認爆撃かの決着は見なかったが、いずれにしても事件から約2週間後に日本政府からの陳謝がアメリカ政府に受け入れられ、事態は概ね収束した。結果、本件はメイン号事件やルシタニア号事件のような直接・間接の戦争の要因とはならず、この時点での日米開戦は回避された