小田急9000形電車
その後しばらくは運用に大きな変化はなかったが、1988年に1000形が登場し、1989年3月27日のダイヤ改正からは、9000形に代わって1000形が直通列車に運用されるようになった。当初は5運用のうち2運用は9000形で残されたが、1990年3月27日ダイヤ改正で全ての運用が1000形に置き換えられた。その後、1991年以降に直通列車のための機器を撤去し、9000形は地上線専用車として運用されることになった。電気機関車の全廃後は、全電動車で編成単位出力が高い9000形4両固定編成が牽引車として使用されることもあった。
これに先立つ1988年から車体修理が開始された。車体修理の内容は車体補修や化粧板や床材の交換が主であるが、側面の表示装置も種別・行先を併記した仕様に変更された。車内の配色は4両固定編成が寒色系で6両固定編成が暖色系とされた。1995年度までに全車両の車体修理を完了した。
座席はすべてロングシートで、客用扉間に7人がけ、客用扉と連結面の間には4人がけの座席が配置される。5000形では座席の奥行きを520mmとしていたが、9000形ではさらに30mm深くした550mmとして座り心地の改善を図った。
車内の照明装置は交流蛍光灯18本(中間車は20本)と直流蛍光灯4本で、直流蛍光灯は予備灯兼用である。