電車でGO! プロフェッショナル仕様
『でんごー』は本編のゲームを連動する機能があり、各路線をクリアするたびに、その路線に応じて、臨時特急「第1こだま」を除く、本編に登場する隠し列車を一気に出すことができる。ただしこの連動をするにはPocketStationを使用して『でんごー』のゲームデータに加え、本編のセーブデータが必要である。
『でんごー』の運転には、ダイヤや信号・速度制限などの概念がない代わりに、駅構内再加速や過走しただけで即刻ゲームオーバーとなる。
なおシステム面は『2』のものに統一されている。隠し列車も豊富だが、「プロフェッショナル」の名のとおり、遅れ1秒につき持ち時間が2秒減らされる列車が多いことや、高度な技術がないとすべての列車が運行できないという問題もある(ただしPocketStationがあれば151系以外の全列車が容易にプレイ可能)。またシリーズ初となる、夜間の運転(京浜東北線北行の1本のみ)が可能となっている。
ノーコンティニュークリアすると、走行した路線や運転した車両に応じて実写映像を用いたエンディングを観ることができる。エンディングは全部で14種類存在し、出現させた後は、「鉄道資料館」内の「映像フロア」からいつでも観ることができる。ただし距離が短い、運転する車両のムービーがないといった一部の列車ではノーコンティニュークリアしても、エンディングが出現しない場合がある。
「ゲーム設定」か、最初の駅を出発するまでに距離か速度のどちらか、或いは両方ともSELECTボタンで非表示として最後までクリア、かつ記録更新出来た場合にはその列車ダイヤの記録に「P」が付く。
前作『2』では、PS版で追加された列車を除き、新幹線や特急列車などに列車号数が付与されていなかったが、今作は付与されている。また『2』にはなかった(『2高速編 3000番台』には存在していた)、早着秒数によって発生する踏切事故の隠しイベントも復活している。
列車をベリーハードでノーコンティニュークリア(金星)すると、以後その列車の天候をセレクトボタンで選択することができるようになる。また残り距離や速度計、後述のナビゲーションシステムを非表示にする事も可能で、これらの機能を利用した縛りプレイ(距離隠し・悪天候縛り等)も可能。
前作までは、いきなり信号や制限速度が表示されて減速が間に合わず、減点になってゲームオーバーになることがあったが、今作からは信号と制限速度が事前に分かるように表示される「ナビゲーションシステム」が導入され、クリアしやすくなった。ただし信号については設置位置ではなく喚呼する位置を示し、速度制限標識については制限が開始される位置ではなく制限が予告される位置を示すので、難易度が低い場合はナビゲーションに合わせて速度を調整すると、ブレーキが早すぎてダイヤに遅れる危険がある。なお、このシステムはATC導入路線および難易度をハード以上に設定した場合は表示されない。またダイヤの難易度が上がると予告する位置が速度制限開始地点に近くなる。
声の出演は立川真司、柴本浩行、篠原恵美、中山真奈美。