思想の科学
これをちゃんと上手く処理しなければ思想の科学研究会は責任を問われる、思想の自由についての責任を問われる。」またオブザーバーで参加した人の話によると、「鶴見さんが『中央公論社と喧嘩しないで別れたい』と。中央公論の嶋中社長が鶴見さんの小学生の頃の幼馴染みで、中公版の思想の科学はずっと赤字で発行されていたので、中央公論社及び嶋中社長に申し訳がないという気持ちが鶴見さんにはあって、筋から言えば中央公論社にもまずい所が色々あるが、それを言わないで別れたいというのが鶴見さんの意向であり、評議委員会の流れも大体それで纏まっていた。ああ、これは鶴見さんの会なんだな、その時初めて僕はわかった。鶴見さんの意向が強くてそれにみんな沿っていった。」
思想の科学研究会は11時間徹夜で協議した結果、次のような「確認事項」を中央公論社に提出した。
という最小限の義理人情を守った上で筋を通し、それまでの長い友情、協力関係に感謝の意を表した。 しかし、研究会会員のひとりである藤田省三はこの対応に対し、
これを受け会員40人が参加し、臨時総会を開き、藤田と議論を交わした。その後、新たに中央公論社に声明を出した。
そのため『思想の科学』も中央公論社から離れ自主刊行されることになり、1962年3月に有限会社思想の科学社を創立した。初代の代表取締役に哲学者の久野収が就任した。自主刊行第一号62年4月号は「特集・天皇制」、内容は断裁廃棄された新年号と同じ内容に解説付捕捉その他の記事を8頁分だけ追加したものだった。
1996年3月に刊行された5月号をもって通巻536号で休刊した。