伊勢鉄道伊勢線
JR東海の車両で伊勢線を経由して運転される特急「南紀」や快速「みえ」では、伊勢鉄道がJR東海へ車両使用料を支払っている。伊勢線は伊勢鉄道が第一種鉄道事業者であるため、特急「南紀」や快速「みえ」への線路使用料は発生しない。JR東海の乗務員が伊勢線内において乗務を行うため、人件費分をJR東海に支払っていることになる。F1グランプリ開催時の臨時列車を運行する際にJR東海の車両を借入する場合は同様に伊勢鉄道がJR東海に車両使用料を支払う。一方で上述した名古屋車両区との回送列車については旅客扱いを行わないため、JR東海から伊勢鉄道に線路使用料が支払われている形になる。
伊勢鉄道の車両を使用する普通列車は関西本線の河原田駅 - 四日市駅間に乗り入れるため、JR東海から伊勢鉄道への車両使用料が発生している。
かつて運行されていた貨物列車(後述)では、第二種鉄道事業者であるJR貨物から線路使用料を受け取っていた。