日西関係史
一方で、スペインの旧植民地でありスペイン人が多数居住していたフィリピンをめぐって、若干の問題が発生した。特に、日本の占領当局が英語とスペイン語の使用を禁止したことは、スペイン関連機関の反発を招いた。日本は当初この要求を無視したが、スペイン側は情報提供の中断をほのめかすなど強硬な態度をとった。また、カトリックの多いフィリピン人やスペイン人への日本兵の不法行為が問題となり、スペイン政府はスペイン人の本国送還を要請したが、日本側は拒否している。
戦局が枢軸国不利となった1942年以降、両国の関係は表面的には変わらなかったが、フランコはセラーノを解任し、ドイツと連合国の和平仲介の動きに出るようになった。一方で日本の参謀本部も1943年3月に、対ソ攻撃を中断して、北アフリカとジブラルタル制圧を前提としたスペイン侵攻をドイツに提案したが、拒否されている。この後スペインは慇懃ながらも日本の要求を回避し、徐々に距離をとるようになった。連合国も資源禁輸などでスペインに圧力をかけるなどして諜報網の壊滅に動き、1944年7月には東機関による情報収集も終了した。
1945年1月のマニラの戦いではスペイン人200人以上が死亡し、旧市街と領事館も破壊された。スペインでは激しい反日機運が盛り上がり、日本に対する「義勇軍」の結成や、対日宣戦布告すら検討された。スペインはこの件で「天文学的」数字と評される賠償を日本に要求し、日本側はスペインが暗に国交断絶を望んでいると判断した。4月12日、日本の須磨弥吉郎大使は国交断絶の覚書を受領し、両国外交公館の電信事務は中断された。ただし、スペインと満州国および汪兆銘政権の国交は維持された。
1868年、日西修好通商航海条約が結ばれ、日本とスペインの国交が樹立される。1895年8月、「国境確定ニ関スル日西両国宣言」が東京で調印された。この宣言は両国の所領権を明確にするため、台湾(日本領)とフィリピン(スペイン領)の間のバシー海峡を両国の境界線と定めた。