柴犬
十石犬
川上犬
美濃柴犬
山陰柴犬
遺伝的には古くからの血を受け継ぐ品種の一つで、DNA分析からは次のように順次分岐してきたとされている(右図参照)。まず、イヌがハイイロオオカミから分岐した。そのイヌが、(1)柴犬、秋田犬などのアジアスピッツ系、およびチャウチャウ、シャー・ペイなどの青舌マスティフ系になる系統と、(2)バセンジー、アフガン・ハウンドなどのハウンド系およびシベリアン・ハスキー、アラスカン・マラミュートなどの北極スピッツ系になる系統と、に分岐した。その後(1)の系統からシャー・ペイが分岐して別れ、残りが柴犬・チャウチャウ・秋田犬群の系統となった。柴犬はこの時点の系統から最初に分岐しておりDNA分析からは最もオオカミに近い犬種である。なお残りのチャウチャウ・秋田犬群はその後それぞれに分岐した。
日本列島においては縄文時代早期からイヌが出現し、縄文犬と呼ばれている。縄文犬の骨は各地の貝塚から出土しており、これまでに200点以上の犬骨が出土している。縄文犬は猟犬として用いられ、丁重に埋葬された出土事例が多い。人の埋葬に伴う出土事例もあり、特に女性の埋葬に係る呪術的な位置づけであったとする説もある。縄文犬は縄文早期には体高45センチメートル程度の中型犬で、後に島嶼化を起こして小型化し、縄文中期・後期には体高40センチメートル程度になる。弥生時代にはアジア大陸から別系統の弥生犬がもたらされ、縄文犬と形質が異なる。多くは柴系であるとされ毛色は不明であるが、大部分は額段(ストップ)がごく浅く、大きな歯牙を持つ。柴犬の熱心な愛好家には、ほっそりした筋肉質の体格や軽快で俊敏な動き、野性的な鋭い警戒性、人間との強い信頼関係とともに、このような縄文犬の特質を柴犬に求める人もいる。
昔から本州各地で飼われ、古くから、ヤマドリやキジなどの鳥、ウサギなどの小動物の狩猟、およびそれに伴う諸作業に用いられてきた犬である。信州(長野県)の川上犬、保科犬、戸隠犬、美濃(岐阜県南部)の美濃柴犬、山陰の石見犬や因幡犬など、分布地域によっていくつかのグループに細分されていた。第二次世界大戦後の食糧難の時代や、その後の1952年(昭和27年)に犬ジステンパーが流行したことによって頭数が激減した。