コシチュシュコの蜂起
国内からの反抗もあり、5月3日憲法はなかなか施行に至らなかった。フランチシェク・クサヴェリ・ブラニツキ、スタニスワフ・シュチェンスヌィ・ポトツキ、セヴェリン・ジェヴスキ、シモン・マルチン・コッサコフスキ、ユゼフ・コッサコフスキら反対派のマグナートは、自らの特権を守るためにロシアのエカチェリーナ2世に介入を要請した。例えば30年前のレプニン・セイムでロシアの圧力により成立した特権法の枢機卿法などは、5月3日憲法で廃止されることになっていた。こうした親露派のマグナートは、1792年4月27日にサンクトペテルブルクでタルゴヴィツァ連盟を結成した。彼らは新憲法を「パリで起こった致命的な諸事件」により「民主主義の考えに感染した」ものだとして批判した。また「議会は......すべての基本的な法律を破壊し、貴族の持つすべての自由を取り払い、1791年5月3日には革命と陰謀の場となってしまった」と主張した。タルゴヴィツァ連盟はこの「革命」を克服することを目的とした。自分たちは「国家の人々によく敬意を払い、いつも救いの手を差し伸べてくれる」「優れた公正な女帝であり、隣人であり同盟者であるエカチェリーナ2世を信用するほかはない」とした。
その間に、ロシアはアレクサンドル・スヴォーロフ率いる増援をワルシャワ付近にいるフェルセン軍のもとに送った。9月17日の クルプチツェの戦いと19日のテレスポルの戦いで勝利したロシア増援軍は、ワルシャワに向けて進軍を始めた。ロシア軍の合流を阻止するべく、コシチュシュコとシェラコフスキ将軍はワルシャワから2部隊5000人を率いて出撃した。10月10日、彼らはマチェヨヴィツェで1万4000人のフェルセン軍と対峙した。このマチェヨヴィツェの戦いで、コシチュシュコは負傷してロシア軍の捕虜となり、サンクトペテルブルクに送られた。
コシチュシュコの跡を継いだトマシュ・ヴァヴジェツキは反乱軍内部の権力闘争を統御できず弱体な一部隊の指揮官に成り下がってしまい、政治的主導権はユゼフ・ザヨンチェクに握られた。彼もまた左派のポーランド・ジャコビン派から右派の王党派貴族にまで至る集団内の不一致に対処しなければならなかった。
増援軍との合流を果たしたロシア軍は、11月4日にワルシャワ郊外で行われたプラガの戦いでポーランド軍と衝突した。4時間に及んだ残酷な白兵戦の末、2万2000人のロシア軍はポーランド守備隊を破った。スヴォーロフは、コサック兵にワルシャワの略奪と放火を許可した。。このプラガ虐殺で約2万人のポーランド人が殺された。ザヨンチェクは負傷し、ポーランド軍を捨てて逃亡した。
11月16日、ヴァヴジェツキはラドシツェ付近でロシア軍に降伏し、ここにコシチュシュコの蜂起は終結した。反乱を経てポーランド国家は完全に崩壊し、翌1795年にオーストリア、ロシア、プロイセンによる第三次ポーランド分割が実施された。
1788年から1792年の四年セイムにおいて、改革に向けた大きな動きが持ち上がった。この時、周辺諸国はフランス革命への対処やオスマン帝国との戦争(露土戦争、墺土戦争)に忙殺されており、ポーランドに介入する余裕が無かった。またロシアはスウェーデンとの戦争も同時に抱えていた。1790年3月29日にポーランド・プロイセン同盟を結んでロシアに対する備えとしたポーランドは、1791年5月5日に当時としては極めて先進的な5月3日憲法を採択した。
露土戦争と第一次ロシア・スウェーデン戦争を終わらせたロシア皇帝エカチェリーナ2世は、ポーランドの新たな憲法を、ロシアのポーランドに対する影響力をそぐものとして危険視した。ロシアは、ポーランドを事実上の保護国とみなしていた。ロシアの大臣アレクサンドル・ベズバロートカは、5月3日憲法を知った際に「ありうる限り最悪のワルシャワから届いた。ポーランド王がほとんど主権者になってしまったのだ」と反応している。プロイセンもまたポーランドの新憲法に強く反対していた。ロシアと同様、プロイセンは新憲法の元でポーランドが強大化して脅威となるのを恐れており、外務大臣フリードリヒ・ヴィルヘルム・ヴォン・シューレンブルク・ケーナートは、ポーランドに向け明確かつ率直に、プロイセンは新憲法を支持せず、今後仲介の労を含めて一切ポーランドに支援を行わないと伝えている。プロイセンの政治家エヴァルト・フリードリヒ・フォン・ヘルツベルクは、「ポーランド人は、憲法に投票することでプロイセン王家に"最後の一撃"を与えてきた」と述べ、ヨーロッパの保守主義者たちの恐怖を代弁している。
すなわち、タルゴヴィツァ連盟はエカチェリーナ2世にポーランドへの軍事介入を要請したのである。1792年5月18日、ロシアの使節ヤーコフ・ブルガーコフがポーランド外務大臣ヨアヒム・フレプトヴィチに宣戦布告を伝えた。同日にロシア軍はポーランド・リトアニアへの侵攻を開始し、ポーランド・ロシア戦争が勃発した。この戦争は特に決定的な戦闘もなく、外交的な妥協でことが済むことを望んだポーランド王スタニスワフ2世アウグストが降伏したことで終結した。
スタニスワフ2世アウグストが外交努力にかけた望みはたちまち打ち破られた。1793年秋に開かれたグロドノ・セイムの議員たちはロシア軍に買収されるか脅迫されていた。11月23日、 セイムは5月3日憲法の撤廃と第二次ポーランド分割を受け入れさせられた。ロシアは25万平方キロメートル、プロイセンは5万8,000平方キロメートルもの新領土を獲得した。これにより、ポーランド・リトアニア共和国の人口は1772年の第一次分割前のわずか3分の1にまで減少した。その残存部にもロシア軍が駐留し、独立国とは言い難い状態になった。これはタルゴヴィツァ連盟のマグナートが自分たちの特権を守るために起こした行動の結果だったが、今や彼らの行動は大多数のポーランド人民から大逆罪にあたる大罪だとみなされていた。
4月上旬までに、ロシアに送られる予定でルブリンとヴォルィーニに集結していたポーランド軍が、コシチュシュコ軍に合流した。
4月17日、ワルシャワのロシア軍が、反乱に加担しているとみなした者の逮捕とワルシャワ内にいるスタニスワフ・モクロノフスキ元帥配下のポーランド軍の武装解除を試み、ミオドヴァの工廠を制圧した ことをきっかけに、スタニスワフ2世アウグストの優柔不断にしびれを切らしたヤン・キリンスキによるワルシャワ蜂起が勃発した。ロシア軍司令官Iosif Igelströmの無能ぶりや、蜂起の日が火曜日でちょうどロシア守備兵たちが聖餐のため教会に行っていたことにも助けられ、ワルシャワ蜂起の初動は成功した。一般市民の支持と支援もとりつけた反乱軍はロシア軍に多方面から奇襲を仕掛け、また蜂起の波がワルシャワ全体に広がっていった。2日にわたる戦闘の後、当初5000人いたロシア守備兵は2000人から40000人の損害を出してワルシャワから撤退した。4月23日にはヴィリニュスでもヤクプ・ヤシンスキらが蜂起し、同様の蜂起が旧ポーランド・リトアニア共和国の諸都市で次々と発生した。一方で、復活祭に参加していた非武装のロシア兵が虐殺されたことについて、ロシア側は「人道に対する罪」と非難し、後のプラガの戦いの際のワルシャワ市民に対する報復虐殺に繋がった。