五山碩学
もっとも、最初に碩学料が支給される僧侶が決定されたのは、碩学領が定められた翌年の元和元年(1615年)のこととされており、当初は、東福寺は4名、他の3寺は3名を定員としていたが、必ずしも定員を満たす必要はなく、当初相国寺は定員3名中2名しか与えられず、後には1名しか選ばれなかった結果として1人で碩学料を占めた事例もあった。
また、同年には寺院諸法度の1つである「五山十刹諸山法度」が制定されており、五山碩学の制度も同法度とともに江戸幕府の五山派統制政策の上に展開されたことを示している。五山碩学となった者は、江戸幕府の京都における出先機関である京都所司代に出向いて御礼の挨拶を行うことになっていた。なお、五山のうち、南禅寺は別途の保護が行われ、万寿寺は当時衰微しており、碩学料支給の対象にはならなかった。
寛永12年(1635年)以後、五山碩学は1年もしくは2年の輪番で、対馬にあった以酊庵に出向いて、対李氏朝鮮外交に関する諸業務を行う「朝鮮修文職」を務めることとなった。遅くても寛文10年(1670年)頃までには五山碩学と朝鮮修文職への任命は同時に行われることになり、また朝鮮修文職は江戸幕府における対朝鮮外交の実務責任者であったことから、五山碩学・朝鮮修文職に任命をされると京都所司代のみならず江戸城に出向いて将軍に御礼の挨拶をすることとされた。