長崎鉄道事業部
1999年(平成11年)6月1日 - 長崎運転所が改組され、長崎鉄道事業部発足。
2005年(平成17年)3月1日 - 寝台特急「さくら」廃止、特急形車両の配置運用がなくなる。
2011年(平成23年)4月1日 - 検修部門を長崎車両センターに分離。
2013年(平成25年) - 組織改正により、佐世保鉄道事業部を統合。
2014年(平成26年) 3月13日 - 九州新幹線 (西九州ルート)開業に伴う高架事業により、長崎車両センターを早岐駅構内に移転し、佐世保車両センターとして運用開始。 3月15日 - 組織改正により、長崎運輸センターと長崎車掌センターを統合の上、長崎乗務センターと改める。
2022年(令和4年) 4月1日 - 組織改正により長崎鉄道事業部廃止、支社本体に機能を統合。 6月20日 - 組織改正により長崎乗務センターに新幹線乗務員部門を新設し、長崎総合乗務センターに改編予定。同時に佐世保運輸センターを併合し、廃止。 9月22日 - ダイヤ改正に伴い、在来線での車掌業務を廃止。
長崎総合乗務センター(ながさきそうごうじょうむセンター)は、長崎県長崎市の長崎本線長崎駅付近にある、九州旅客鉄道(JR九州)長崎支社管轄の運転士・車掌の乗務員基地であり、元々は同支社長崎鉄道事業部の管轄であった。
2022年6月20日に新幹線乗務員部門を新設し、長崎乗務センター・佐世保運輸センターを統合して発足した。
2022年9月22日に在来線での車掌業務が廃止された。