自己家畜化
ブライアン・ヘアは、ボノボは自己家畜化したと主張している。ボノボはチンパンジーと近縁にもかかわらず、攻撃性が低い。たとえばオスのチンパンジーは食物資源や、メスへのアピール、あるいは群内順位のために威圧的なディスプレイをすることが見られる他、両性とも子殺しをすることがある。しかしながらボノボのオスはチンパンジーのように他の個体に接触するようなディスプレイをせず、枝引きずりディスプレイのときも他個体はチンパンジーのように逃げることはせずに落ち着いて見ている。メスも母子、姉妹に限らず連合関係を結ぶことで、交尾を求めるオスに対し拒絶することを最小限にとどめている。ボノボはオス同士の同盟をつくることで知られるチンパンジーとは異なり、オスーメス間の組み合わせは多様であり、とくに母ー息子間での結びつきが強い。集団内の関係だけでなく、集団間の関係についてもボノボとチンパンジーは異なり許容度が高く、複数の群が同じ餌場を同時に利用することも観察されることがある。さらに、ボノボの大人はチンパンジーの大人よりも遊ぶ傾向にあり、子供っぽさをしめす。
こうした特性の違いについての遺伝的基盤についてはわかっていないことが多いが、前頭眼窩皮質、運動野、海馬といった中枢神経に違いが見られる。