第88回天皇杯全日本サッカー選手権大会
北海道 - 道都大学(5年ぶり6回目)
青森県 - 青森山田高校(5年ぶり2回目)
岩手県 - グルージャ盛岡(3年ぶり2回目)
宮城県 - ソニー仙台FC(3年連続11回目)
秋田県 - TDK SC(7年連続15回目)
山形県 - 山形大学(3年連続3回目)
福島県 - 福島ユナイテッドFC(初出場)
茨城県 - 流通経済大学(3年連続5回目)
栃木県 - 日立栃木ウーヴァSC(3年ぶり2回目)
群馬県 - アルテ高崎(2年ぶり7回目)
埼玉県 - 尚美学園大学(2年ぶり2回目)
千葉県 - ジェフリザーブズ(2年ぶり3回目)
東京都 - 国士舘大学(6年ぶり14回目)
神奈川県 - Y.S.C.C.(6年ぶり2回目)
山梨県 - 玉穂FC(初出場)
長野県 - 松本山雅FC(2年ぶり3回目)
新潟県 - 新潟経営大学(初出場)
富山県 - カターレ富山(初出場)
石川県 - ツエーゲン金沢(2年連続5回目)
福井県 - サウルコス福井(初出場)
静岡県 - Honda FC(14年連続33回目)
愛知県 - 愛知学院大学(2年ぶり8回目)
三重県 - 四日市大学(2年連続3回目)
岐阜県 - FC岐阜SECOND(初出場)
滋賀県 - SAGAWA SHIGA FC(2年連続2回目)
京都府 - 佐川印刷SC(2年連続5回目)
大阪府 - 阪南大学(4年ぶり10回目)
2009年元旦の決勝に勝ち残ったのは、準決勝で横浜F・マリノスを延長で下したガンバ大阪と、準決勝でFC東京に終了間際のゴールで逆転勝ちした柏レイソルの2チームであった。
どちらが勝ってもJリーグ発足後初の天皇杯制覇となる決勝の戦いは、前半は柏の、後半はG大阪のペースになりながらどちらも決定力を欠き、試合は0-0のまま第81回大会以来の延長戦に突入することとなった。後半も一進一退の攻防を繰り広げるもどちらも得点を挙げることが出来ず、18年振りのPK戦決着が頭をよぎる中、延長後半11分にFWルーカス - MF遠藤保仁 - MF倉田秋とつながったパスを受けた延長後半から出場のFW播戸竜二がミドルシュート。相手ディフェンダーがはじいたところを播戸が自ら押し込んで貴重な決勝点を挙げ、G大阪が前身の松下電器時代以来、18年ぶり2度目となる優勝を果たした。
G大阪はこの年、Jリーグ公式戦(リーグ戦・ナビスコカップ)に加え、AFCチャンピオンズリーグ2008優勝とFIFAクラブワールドカップ2008への出場もあってJリーグクラブでは一番の過密日程になった。この影響もあって、国内ではリーグ8位に終わり無冠が危ぶまれたが、天皇杯制覇によりAFCチャンピオンズリーグ2009への出場権を獲得、ACL連覇の夢をつないだ。一方、柏は前身の日立製作所時代以来33年振りとなる天皇杯制覇の夢は叶わなかった。