新田氏
後に新田義貞が討幕の兵を挙げた時のことを「源義貞ト云者アリ。高氏ガ一族也」(『神皇正統記』)・「尊氏の末の一族新田小四郎義貞といふ物」(『増鏡』)と記しているのは、実は婚姻関係と烏帽子親を通じた擬制的親子関係の結果、足利氏庶流と化していた新田氏本宗家の実態を的確に表したものであったといえる(この傾向は里見氏や世良田氏などの新田氏一族にもみられる)。ただしこうした見解に対して、鎌倉期――新田義重の段階で既に足利氏一門として扱われており、新田氏は成立当初より一貫して足利氏を宗家としており、『太平記』以外の同時代史料はその点ではほぼ一致している。「新田氏流」「新田氏一門」という概念自体が『太平記』の影響を受けて後世に創作された概念に過ぎない、という批判も出されている。
その一方で、義貞(里見家家譜によると里見家から新田惣領家への養子)の時代には長楽寺再建事業を通じて、同寺の門前町で当時の地域を代表する経済都市であった世良田宿を本宗家が掌握し、後の本宗家主導の討幕運動参加の基礎が築かれることになった。
鎌倉時代後期には、新田義貞が後醍醐天皇の倒幕運動に従い挙兵、源義国流の同族にして北条氏と重代の姻戚の最有力御家人足利高氏(後の尊氏)の嫡男千寿王(後の足利義詮)を加えて鎌倉を攻め、幕府を滅亡させる。
義詮、基氏が相次いで没すると、義宗は越後から脇屋義治とともに挙兵するが、上野国沼田で関東管領上杉憲顕配下の軍に敗れて戦死し、新田氏本宗家は事実上滅亡した。その後も、義宗の子とする新田貞方とその子貞邦や、義宗の子とも伝わる脇屋義則などが抵抗を続けるが、鎌倉公方の軍に破れ新田氏の抵抗は収束していった。
一方、北朝方についた新田一族の岩松氏に上野国の新田荘が与えられ、義宗の落胤を称した岩松満純が入嗣する。
室町幕府には支族である大館氏・大井田氏などが出仕し幕府高官となった。また、三河守護には大島義高が補任された。また、越後に残ったものは次第に守護上杉家の家臣に組み込まれていった。
山名氏は山陰地方の国々を守護領国化し京都においても侍所の長官に任じられる四家の内の一つとして繁栄した。関東においては古河公方を支える有力な勢力として安房の里見氏が勢力を広げ下総南部も支配下に置いた。
戦国時代になると新田宗家を継承した岩松氏は重臣横瀬氏に下克上される。横瀬氏は名字を由良氏と改め、新田義宗の子・横瀬貞氏の子孫とされているが、これといった確証がなく信憑性は薄い(横瀬氏-由良氏は源氏ではなく小野氏であるとするのが通説である)。
岩松氏は新田荘北東部の桐生に退隠していたが、後北条氏に代わって関東に入部した徳川家康に接見する。伝来の新田氏系図を進上するよう求められたがこれを拒否した。
『鑁阿寺新田足利両氏系図』によると、義宗には宗親・親季という子があったといい、宗親の子孫は新田岩松氏とは別の系統として子孫を残したという。また親季は一族の世良田政義の養子となり、その子の有親と孫・親氏が三河に流れ松平氏の祖となったという。『筑後佐田新田系図』では、義顕には義一(よしかず)という子があったという。
一方、貞方の庶子貞政は武蔵国稲毛に逃れたという。この系統は堀江氏と称し、後北条氏に仕え、後に足柄方面に移住し、神奈川県伊勢原市に現存しているという。
また、義宗の子とも伝わる新田(脇屋)義則は、母方の世良田氏も継承したといい、その子・祐義は真船村に逃れたという。この子孫は世良田氏を称したのち江戸時代に入って真船氏を称したという。