市川一家4人殺害事件
あんたは人間じゃない。(略)犯人を必ず死刑にして下さい」
加えて、Sが本事件以前にも多数の粗暴犯行におよんでおり、粗暴性・犯罪性が極めて強く、矯正の余地がない旨や、真摯に反省悔悟しているとは到底認められない旨も挙げた。そして、母YがA一家の冥福を祈り、それ以外の被害者たちには誠意ある謝罪や金銭賠償をし、一部事件の被害者相手には示談も成立させている(後述)ことや、Sが事件当時19歳の少年だったことなど、Sにとって有利もしくは斟酌すべき情状も挙げた上で、「少年に対する極刑の適用はとりわけ慎重になされるべきだが、Sに一命をもって大罪を償わせることにより、今後このような凶悪犯罪が二度と起きないようにするための戒めとすることが、司法に課せられた責務」と結論づけた。
それまで「自分は死刑にはならないだろう」と考えていたSはこの時、永瀬宛の手紙でかなり強い衝撃を受けた旨を述べているが、一方で強い口調で論告を行った検察官たちに対し、皮肉や逆恨みの念も抱いていた。Sは死刑求刑後、監房を変えられ、シーツの使用やタオル・鉛筆の所持などを制限された。公判後、Sの弁護人を務めていた奥田は、記者会見で「意外な求刑だ」「被害者と遺族には申し訳ないと思うが、少年法の精神からみても厳しすぎる」と述べていた。
第2回公判(1993年3月3日)ではまず、2月に追起訴された3事件(中野事件・河原事件・岩槻事件)について罪状認否が行われ、Sはほぼ起訴事実を認めた。次いで、検察官が冒頭陳述を行い、生い立ちから犯行動機、そして犯行の全貌を明らかにした。当時、弁護側は「精神鑑定を再度申請することはない」として、責任能力については争わず、情状(Sの反省の態度など)の立証に尽くす方針を表明していた。このため、次回の第3回公判(5月19日)では証拠調べや被告人質問を行い、次々回(同月29日)に弁護側の情状立証を行った上で、6月21日に論告求刑公判を開き、同月中にも結審する見通しだった。
しかし、弁護側は5月初旬までに一転して、再度の精神鑑定を求める方針に転換し、第3回公判で「犯行時のSの態度や経緯は常人の理解を超えたものであり、事件の重大性を考えると、再度、(犯罪心理学的観点から)Sの心身の鑑定を行う必要がある」と申請した。これに対し、検察官は「新たな鑑定は必要ない」と反対意見を表明したが、裁判官3人による合議を経て、神作裁判長は「これまでに精神医学的鑑定から鑑定は十分に時間をかけて行ってきたが、犯罪心理学から見たSの精神状態を見る意味でも鑑定を実施する」として、再度の精神鑑定を行うことを決定した。結審間近の公判中に、起訴前とは別の視点から再度の精神鑑定が行われる展開は異例のものだった。その後、被告人質問でSは被害者への殺意を一部否定する供述をした一方、「なぜこんな事件を起こしたのか」という質問に対しては「短絡的でした」と述べていた。
その後、SとBは6日6時30分ごろ、クラウンで806号室に戻った。Sはしばらく時を過ごしていたが、寝室で寝ていたEが目を覚ましたため、彼女がもし両親の死を知って泣き叫んだりすれば、近隣の住人にそれまでの犯行が察知されると危惧。その発覚を免れるため、Eを殺害することを決意し、同日6時45分ごろ、カウンターから柳刃包丁を持ち出して右手に持ち、寝室に入った。そして、自分に背を向けて座っていたEに近づくと、Eの背後から顎を左手で押さえつけた上で、背中から包丁を突き刺した。包丁はEの右肺の下葉、中葉、上葉を貫通し、刃先が右胸まで突き抜けた。Eは「痛い、痛い」と苦しみもがいたが、Sはそれを意に介さず、Bに対し「妹を楽にさせてやれば。首を絞めるとかいろいろな方法があるだろう」などと言い放った。しかし、Bは硬直して動けず、Sは痛みで泣き叫ぶEの首を絞め、Eはまもなく失血死した。この犯行の前後、Sは806号室の電話を使って友人に電話をかけ、とりとめもない話に興じていた。
6時50分ごろ、Bは寝室でSを「どうして妹まで刺したの。何でこんなことするの」などと責めたが、Sはこれに逆上し、柳刃包丁でBの左上腕部と背中を切りつけ、全治2週間の怪我を負わせた。Bはこの前後、高校で同じクラブに入っていた近所に住む同級生の少女宅に「今日は休む。部室の鍵を持っていけなくてごめんね」と電話していた。
Sの親類は祖父XがSに対し、「また夜遊びか」と言いながら1万円札を数枚手渡すようなことがあった旨を証言している。『東京新聞』記者の稲熊均は、XがSに後のクラウンの購入費用や、様々な遊興費を与えていたり、Sが補導された際には娘Yとともに被害者に謝罪したり、示談金を払ったりしている旨を報じているが、その背景としてXの知人の「Xは『あの子たちの父親を奪っちまったんだから、おれがその分の愛情を与えなきゃならねえ』と言っていた」という証言を取り上げている。一方、永瀬隼介 (2004) はSの将来を心配したXが「このままだとお前もZのようになる」と忠告したものの、Sは聞く耳を持たなかったという旨を述べている。また、このころには「X商店」の現金がなくなる事件が続き、SはXから盗みの疑いを掛けられたが、それに腹を立て、1990年(平成2年)1月17日22時ごろにX宅へ赴き、就寝中だったXの顔面を蹴り、水晶体脱臼・硝子体出血などの怪我を負わせる事件を起こした。さらには父親Zと揉み合いになり、台所からパン切り包丁を持ち出す事件も起こしている。
このころ、「X商店」の年上の同僚に市川市内のフィリピン・パブへ連れて行かれたことがきっかけで、様々なフィリピン・パブに足繁く通うようになった。また、ギタースクールに通い、バンドの練習もするようになっていたが、バンド仲間や貸スタジオで知り合った者たちとともにハルシオンやLSDなどの薬物を乱用した。
一方で本事件の裁判が進行していた1990年代当時、世界的には死刑廃止の風潮が強くなっており、国連総会で「死刑廃止条約」が採択される(1989年12月15日)、1993年10月に国連規約人権委員会が日本に対し死刑廃止を勧告するなどの動きが見られた。アムネスティ・インターナショナル日本支部の調査によれば、1995年(平成7年)には死刑廃止国(事実上の死刑廃止国を含む)が100か国に達し、初めて死刑存置国(94か国)を上回っていた。日本でも1989年11月10日の死刑執行(後藤正夫法務大臣)以降、3年4か月間にわたって死刑執行がなされておらず、過去にイギリス・フランスが長期の死刑執行停止を経て死刑廃止に至った経緯があったことから、死刑廃止を求めるグループの間でも、「廃止の日は近い」という機運が高まっていた。
実際、1999年(平成11年)12月17日に、東京・福岡の両拘置所で死刑囚2人の刑が執行されたことを新聞報道で知った際には、面会時に祝に対し「眠れない」「この先も正気を保てるか自信がない」と明かすほど動揺しており、その日からしばらくは手紙を送ってこなくなった。また、永瀬は獄中のSだけでなく、祖父Xや、事件後にBを引き取った熊本在住の母方の祖母(Dの母親)、東北地方のAの実家にもそれぞれ取材し、1999年には『新潮45』6月号(新潮社)に本事件を題材としたルポルタージュを寄稿した。その後、2000年(平成12年)1月にはエリザベスの行方を追い、フィリピンまで渡航した。そしてエリザベスの実家を特定・訪問することに成功し、彼女の家族たちからもSの人となりなどを聞くことに成功したが、エリザベス本人に会うことは叶わなかった。
このような永瀬とSの交流は、Sの死刑が確定する直前まで続き、永瀬はSに対し、Sが希望する本や、『新潮45』を定期的に差し入れていた。しかし、永瀬はやがて「自分の人生のすべてをなかったことにしたい」と語るSの真意を「理解不能」と断じるようになっていた。