菅直人
2004年7月、菅は自己を見つめ直したいという意図から「お遍路さん」スタイルで四国八十八カ所巡りを開始した。これは都合7回に分け、2013年9月に結願した。
2005年4月、法政大学大学院の客員教授に就任、「国民主権論」と題して講義を行う(2005年10月まで)。
2005年(平成17年)9月11日の第44回衆院選(小泉首相の解散による郵政選挙)では、長年の宿敵と言われた土屋正忠武蔵野市長(当時)が自民党公認で立候補し、事実上の一騎討ちとなった。郵政民営化・刺客選挙を展開して時流に乗る自民党に対し、民主党は党全体が大逆風を受けていたが、菅は勝利し(9期目)東京の小選挙区では唯一の当選者となる(土屋は比例復活)。
同年9月17日民主党敗北を受けて党代表を辞任した岡田克也の後任を決める党代表選挙に立候補し、小沢一郎からも本命視されていたものの、投票直前の演説で若き日からの辛酸と情熱を巧みに訴えた若手の代表格前原誠司に2票差で敗れた。その後、党国会対策委員長就任を要請されたが、これを固辞し、一兵卒として前原民主党を支えると表明した。党代表戦に敗れた後は、団塊の世代を取り込むための「団塊党」なる運動や、バイオマスの活用を盛んに提唱し始めた。
2010年8月、日韓併合100周年に関する総理談話を発表したが、「謝罪」ではなく「お詫び」という言葉を使用したため韓国側の反発を買った。また、この談話に沿って韓国政府との間に植民地時代に日本へ渡った朝鮮半島由来の「朝鮮王朝儀軌(ぎき)」などを韓国へ引き渡す日韓図書協定が結ばれ、野党自民党だけでなく、菅内閣の玄葉大臣からも8月6日に「まさかあり得ないと思うが、賠償、補償の話が蒸し返されるなどということが絶対あってはならない。それは日韓条約ですでに解決済みの話だ」と談話が賠償問題につながりかねないと懸念を示された。
土地問題や税制などを中心に、政府を鋭く追及する市民派の論客として知られるようになっていった。1981年には丸山ワクチンの不認可問題を追及し、後の薬害エイズ事件につながる官僚との対立姿勢を見せた。
1983年12月18日、第37回衆議院議員総選挙で当選(2期目)。 1985年、社会民主連合副書記長兼政策委員長に就任。 1986年7月6日、第38回衆議院議員総選挙で当選(3期目)。この総選挙で社会民主連合は4議席を獲得したが、選挙直後に2人ずつ日本社会党会派と民社党会派に分かれて所属することになり(その結果民社党会派が日本共産党会派を数で上回り、議会内ポストを共産党会派に渡すことを阻止した)、菅は社会党会派に属した。この形式は、1990年の総選挙まで続いた。1990年2月18日、第39回衆議院議員総選挙で当選(4期目)。
1992年6月13日、PKO国会において、衆議院本会議で中西啓介議院運営委員長の解任決議案に賛成の討論を行ったが、制限時間を超過し、議長の発言中止命令を無視して演説を続け、衛視に壇上から押し出され、降壇させられるなどPKO協力法成立の際に激しく抵抗した。
読売新聞系列
読売新聞は地震発生から2週間以上も記者団の取材や質問に応じず、国会での答弁も行わなかった菅首相について「表舞台に姿を現さない」、「首相のリーダーシップが見えない」としている。また、菅や閣僚が、各府省幹部らが集まる官邸地下の危機管理センターを十分に活用しなかった結果、放射性拡散物質SPEEDIを住民の避難誘導に利用することは検討もされなかったことや、官僚組織を使いこなせず、事態を混乱させた責任は重いとし、官邸が各府省や東電に対して、広報活動の事前連絡を求めたため原発の状況に関する国民への情報提供も遅れたとしている。「2つの調査委員会が、ともに政府の責任を厳しく問うていることを重く受け止めねばならない」と指摘し、事故対応の遅れは「菅災である」としている。結果的に、菅政権は震災への対応などで混乱して批判を受けるなどゴタゴタが続いたため民主党に対する信頼を失わせたとしている。
朝日新聞系列
朝日新聞は「福島第一原発事故の対応拠点となった免震重要棟が大飯では未整備なまま容認するなど、付け焼刃の基準による判断が国民の不信感を増幅させた」としている。
中日新聞系列
日経新聞系列
日経新聞は「原子力には詳しい」と自負していた菅が「臨界って何だ」と発言したと報じ、「なまじ知識があるだけに話すとぼろが出そう」との周囲の不安が出番の激減につながっているとした。また、「震災や福島原発事故を巡る菅の対応は初動を巡る政治の混乱が国内外に不安をもたらした」としている。
毎日新聞系列
大杉漣 - 映画『シン・ゴジラ』(2016年7月29日公開)※役名は「大河内清次」で、菅をモチーフにした内閣総理大臣とする説がある。
佐野史郎 - 映画『Fukushima 50』(2020年3月6日公開)※役名は「内閣総理大臣」で、名前は劇中に出てこない。
小日向文世 - NETFLIXオリジナル『THE DAYS』(2023年6月1日公開)※役名は「内閣総理大臣」で、劇中での名は「東真司」。
2011年4月11日、東日本大震災に対する義捐への感謝広告を菅直人首相名義で、米国、英国、韓国、中国、ロシア、フランスの6カ国7紙の新聞に掲載した。最大規模の支援を行った台湾(中華民国)については外交関係が無いことから掲載を行わなかったが、実質的な在台湾の日本大使館として機能している財団法人交流協会を通じて馬英九総統、呉敦義行政院長、楊進添・外交部長に対し感謝状を送った。当初、広告は予算の関係で上記6カ国7紙にとどまっていたが、無料で受け入れる新聞が増加したことにより31カ国・地域の105紙に掲載された。さらに交流協会は、震災から1周年となる2012年3月11日に合わせて1週間に渡り、台湾の全土を対象とするテレビCMや特別番組、新聞広告などを展開した。他の国における日本大使館は、このようなことを行っていない。