岩倉具視
3女・極子の系統
閏4月21日には政府機構の再編が行われ、アメリカ合衆国の政治制度が参考にされ、行政部・立法部・司法部にわかれた三権分立型政府へ移行した。岩倉はこのうち行政官の中の輔相という国内行政全般と宮中の庶務を監督する役職に就任。三条実美とともに二人体制での就任だったが、三条は徳川家の処分の全権を任されて西郷隆盛を従えて江戸へ出ていたので岩倉が実質的な首班であった。岩倉は就任早々宮中改革として公家に学問の時間を与えるため、公家の宿直(御所での24時間勤仕)の制度を廃止。また御所内の庶務にかかる人数も大幅に削減した。これらが旧公家層の非難の的になっているが、御一新(明治維新)のためやり遂げねばならないと江戸にいる三条にあてた手紙につづっている。
上野戦争後、江戸が平定されると江戸市民から天皇江戸行幸の期待が高まり、8月には明治天皇が東京(江戸を改称)を行幸することが発表された。岩倉以下、中山忠能(議定)・木戸孝允(参与)・伊達宗城(議定)ら政府閣僚メンバーも天皇に供奉した。10月13日、東京城(旧江戸城)へ天皇が入城し、ここを新皇居と定めた。しかし京都市民の感情に配慮して1869年(明治2年)1月に明治天皇は京都に還幸している。岩倉も供奉して京都へ戻ったが、岩倉は京都に戻った後に突然病を理由に補相の辞職を求めた。大久保や木戸は慰留したが、岩倉の意思は固く1月17日には辞職してしまった。