マチルダは小さな大天才
バッキンガムシャーの小さな村に住む幼い少女マチルダは、文学と数学に対する天才的な頭脳を持っていた。しかし両親はそんな彼女を馬鹿扱いし、特に父親はことあるごとに怒鳴り散らして辛く当たるばかりだった。マチルダは負けじと泣き寝入りすることなく、父の帽子に接着剤を塗って取れなくしたり、友達のオウムを煙突に隠して幽霊や泥棒の真似をさせて驚かしたり、内緒で父の髪を脱色するなどのいたずらを繰り返しながら、抑圧された日々の暮らしに耐え続けていた。
やがて6歳になったマチルダは、クランチェムホール小学校に遅れて入学する。しかし、そこは極端な子供嫌いで暴力を用いて子供たちを支配する鬼のような女校長ミス・トランチブルが居る地獄のような場所であった。
マチルダのクラスの受け持ちである女性教師ミス・ハニーは、マチルダの天才ぶりに驚愕し、強い関心を抱くようになる。そしてマチルダをより上級のクラスに進級させようとするが、トランチブル校長に拒否され、マチルダの両親に娘の才能を伝えようとするが、結局とりあってもらえない。そんな中でも2人は絆を深め、生徒と教師の立場を越えて急速に親しくなる。
校長が授業を担当する受け持ちの日、マチルダの友達のラベンダーが、トランチブル校長の水差しにいたずらでイモリを入れるが、マチルダが犯人と疑われてしまう。いわれのない冤罪に怒ったマチルダは、予期せず超能力を発揮してイモリの入ったグラスを倒して、校長に一泡吹かせる。