樽見鉄道
2018年12月現在、気動車2形式6両、除雪用モーターカー1形式1両の計7両が在籍する。開業時に用意された車両は2006年までにすべて運用を終えた。
薬草列車(5 - 11月) - 樽見鉄道全線1日乗車券、薬草弁当、うすずみ温泉入湯券、地震断層観察館入館割引券がセットになった列車。1週間前までの予約が必要。大垣駅12時11分発の専用列車(定期列車に連結)に乗車して食事をする。樽見駅到着後はうすずみ温泉行きのシャトルバスに乗り換える。
しし鍋列車(12 - 3月までの年末年始を除く木曜日) - 樽見鉄道全線1日乗車券、 ぼたん鍋と季節の料理、うすずみ温泉入湯券、地震断層観察館入館割引券がセットになった列車。10日前までの予約が必要。大垣駅12時11分発の樽見行きに乗車し、本巣駅で列車前方に増結する専用列車に乗り換えて食事をする。樽見駅到着後はうすずみ温泉行きのシャトルバスに乗り換える。
たにぐみ盆梅展列車(2・3月) - 列車内で盆梅(梅の木の盆栽)の観賞と盆梅御膳弁当を提供。谷汲口駅で谷汲山への揖斐川町コミュニティバスに接続する。たにぐみ盆梅展の実行委員会とのタイアップ。1週間前までの予約が必要。なお、2021年は新型コロナウイルスの影響で岐阜県に発布されている緊急事態宣言が延長されたことにより、谷汲盆梅展が中止となったため、これに伴ってたにぐみ盆梅展列車も中止となった。
第三セクター会社ではあるが、住友大阪セメント岐阜工場の製品輸送を行っていたことから、西濃鉄道・住友大阪セメントが2社あわせて出資比率7割を超える大株主となっている。収入もかつては貨物輸送が大きな割合を占めていたことから、初代社長の林鍵治は株式会社としての矜持を保つ意味で、いずれは配当を出すことを社是としていた。
しかし2004年に住友大阪セメントは鉄道利用を2005年度末で打ち切ることを表明し、2006年3月28日限りでセメント輸送列車の運行を終了した。終了後の経営は非常に厳しく、2005年度より沿線5市町から年間1億円前後の財政支援を受け、収支改善計画に取り組むものの最終赤字が続き、財政支援の打ち切りも検討されるなど、路線の廃止が危惧される状況であったが、その後は経常赤字の縮小、最終損益の黒字化が評価され、2013年時点では支援が継続されている。
その一方で「薬草列車」や「しし鍋列車」などのイベント列車を運行したり、ショッピングセンターの最寄駅となるモレラ岐阜駅を開設するなど、収入増を図っている。また、2015年4月30日より「市民駅長」を任命し、17の無人駅を委託管理することによりコスト削減を図っている。