ニール・ゲイマン
しかし2002年初頭にゲイマンが訴訟を起こし、3キャラクターは第9号の原作者(ゲイマン)と作画者(マクファーレン)の共同所有であって、シリーズの作者であるマクファーレンだけに帰属するものではないと主張する書状を提出した。マクファーレンがゲイマンの認可や印税の支払いなしに問題のキャラクターを使用したことは、ゲイマンにとっては自身の著作物への侵害であり、最初に口頭で交わした契約への違反であった。そもそも、キャラクターの所有権を巡るこのような対立は、マクファーレンをはじめとするアーティストがイメージ・コミックス社を設立した最大の理由だった(ただし、イメージ創立組が対立した相手は既存のコミック出版社だった)。
初めのうちマクファーレンは、ゲイマンがキャラクターの権利を保持していることを認め、自身が別のキャラクター「マーベルマン」に対して所有していた権利と「交換」しようと申し出た。マクファーレンはエクリプス・コミックスが債務整理を行った際にマーベルマンの権利を購入したと主張しており、ゲイマンはかつて執筆していたマーベルマンを再開することに関心を持っていた。しかし後にマクファーレンは、ゲイマンが書いた原作は職務著作物であって、著作権は完全に自身に帰属すると主張した。これに対して裁判長は、「著作権の譲渡は書面によらなければならない」という法的要件を主な根拠としてマクファーレンに不利な裁定を下した。
控訴裁判所は2004年2月に第一審の裁定を支持し、ゲイマンとマクファーレンに3キャラクターの共同所有権を与えた。
同書にはトーリ・エイモス、クライヴ・バーカー、ジーン・ウルフ、タッド・ウィリアムズ(英語版)らが名を連ねており、 英国幻想文学大賞にノミネートされた。
DC社とともに米国の二大出版社とされるマーベル・コミックスでは二つのシリーズで原作を書いている。全8号のミニシリーズ『マーベル1602(英語版)』はアンディ・キューバート(英語版)とリチャード・イサノーヴ(英語版)の作画で2003年11月から2004年6月にかけて刊行された。全7号のミニシリーズ『エターナルズ』はジョン・ロミータ・Jrの作画で2006年8月から2007年3月にかけて刊行された。
2009年、DCが『バットマン:R.I.P.(英語版)』に続くエピソードとして出した『バットマン:ザ・ラスト・エピソード(英語版)』 前後編の原作を書いた。アラン・ムーアの名作『スーパーマン: ザ・ラスト・エピソード』(初版1986年)と対になるものである。2009年に刊行された週刊紙スタイルのシリーズ『ウェンズデイ・コミックス』では、作画家マイク・オールレッド(英語版)とともに「メタモルフォ(英語版)」のストーリーを全12回にわたって連載した。『アクション・コミックス』第894号(2010年12月)では、『サンドマン』のデスが登場するストーリーの原作をポール・コーネルと共作した。2013年10月、DCコミックスからJ・H・ウィリアムズ3世(英語版)の作画で『サンドマン: オーバーチュア』を出した。