十二所の戦い
このとき、南部藩は三戸や野辺地、雫石、函館から兵を集めた。ただ、雫石から兵を引き抜いたことは、後の生保内での戦闘に影響を及ぼしている。また、函館の南部兵は幕府・新政府からその守備を命じられていたものである。装備は最新鋭であったが、無断で引き抜いたため、後々このことが罪状の一つとして新政府に断罪されている。
18日増強した南部軍は本道を前進したが、増強した久保田軍に大滝村で猛烈な迎撃を受け、一時撤退し本隊を沢尻村に引いた。19日は雨で休戦となり、20日に再進撃することに決定した。
20日、南部兵は3000名の兵で侵攻してきた。十二所の本道・米代川右岸・山手の3方面から攻勢をかけ、特に本道では楢山佐渡本人が指揮をしていた。善知鳥坂の戦いに敗れた秋田側は扇田神明社に陣地を構築して抵抗していたが、総撤退となった。南部側は「12日早暁の神明社畷における敗戦は、村人の密告による秋田勢の急襲」と断定し、扇田村に火をつけた。本隊の一部を迂回させて、扇田村の下手から火をつけたものだった。扇田村は寄郷市川を含め400戸のうち、徳栄寺・寂光寺などわずか6戸を残し焼き払われた。その後、南部兵は扇田村を占領した。この戦いにただ1名の女軍夫山城ミヨが戦死している。山城ミヨは靖国神社女性第1号の祭神となった。
大葛金山方面では、南部軍は200余名で大葛を攻撃している。大葛は残さず焼き払われたが、その後須田隊からの奇襲を受け、大砲3丁が奪われ一時退却している。 久保田軍の須田隊は、一時砲を奪われるものの何とか大葛金山を防衛することができた。しかし、扇田が炎上している様子を山越しに見ると、退路を断たれることを恐れ、大葛から中野、板戸、坊山、脇神、鷹巣と2門の砲とともに撤退した。