プロモーター
イニシエーターは高効率の転写に必要な、開始部位周辺の-3~+5位に存在する保存配列である。哺乳類の共通配列はPyPyAN(T/A)PyPyで、ショウジョウバエはTCA(G/T)T(T/C)である。ここでPyはピリミジン塩基(CまたはT)、Nは不特定、そして下線付きAが転写開始点を示す。アデノウイルスの主要後期プロモーターに存在するイニシエーターはTATAボックスとともにあり、その下流のあらゆる遺伝子を(非常に弱くだが)活性化させる。また、これは上流プロモーターエレメントやエンハンサーの影響を受けやすい。哺乳類の末端デオキシヌクレオチドトランスフェラーゼ(TdT)遺伝子はTATAボックスも上流プロモーターエレメントもないが、イニシエーターだけでその内部の転写開始部位から基本的な量を発現できる。このことを発表したスティーブン・スメールとデイビッド・ボルチモアはSV40から移植したTATAボックスまたはGCボックスでこの遺伝子の転写を強く増幅できることも発見した。
プロモーターに幅広い特性を与えるためか、一つ以上が欠損している場合が多い。例えば酵母に関する最近の研究においては、TATA-containing core promoter(TATA ボックスを含むコアプロモーター)は、わずか約19% であったと報告されている。
↑ 核内の通常のDNAは二本で一本の二重らせんを形成しており、転写されるのはこのうち一本だけだ。よって、されるほうを鋳型鎖、されないほうを非鋳型鎖と呼び分ける。
↑ 特化遺伝子とは、特定の細胞でしか発現しない遺伝子だ。皮膚細胞のケラチンや赤血球のヘモグロビンなどをコードする。
↑ ケニアツメガエルで発見された5S RNA遺伝子のクラスIプロモーターは、組み込めばどんなDNAでもその約55bp上流で転写を開始させる。本来の遺伝子にも当然この機能は働くが、本来の転写開始点を欠損させて試すとやはり約55bp上流に一番近いプリン塩基から始まる。
↑ これらの遺伝子がポリメラーゼIIではなくポリメラーゼIIIによって転写されることを証明する方法は、ポリメラーゼIIを阻害するα-アマニチンを用いることだ。ポリメラーゼIIで転写されるならαアマニチンは低濃度で十分だが、高濃度が必要となるならばそうではないに違いない。阻害様式から関与するのがポリメラーゼIIIであることを証明できる。