第五航空戦隊
同年5月上旬、MO機動部隊として珊瑚海海戦を戦うが、日本側機動部隊の指揮官は先任の第五戦隊司令官高木武雄中将で、五航戦司令官原忠一少将は『機動部隊の航空戦の指揮を行う』という立場だった。本海戦でMO攻略部隊の空母「祥鳳」が沈没、MO機動部隊からは爆弾3発の直撃をうけた「翔鶴」が大破する。無傷だった「瑞鶴」も搭載航空機部隊の消耗は甚大だった。しかし最精鋭とみなされていた米軍機動部隊(レキシントン、ヨークタウン)と練度の劣っていた五航戦が互角に渡り合ったため、航空隊関係者に「日米空母の戦力差に大差あり」「一航戦・二航戦なら米空母など鎧袖一触」との慢心が生じ、やがて日本海軍全体に拡大した。また珊瑚海海戦は史上初の空母機動部隊同士の対決であり、貴重な戦訓が多々含まれていたが、一航艦・連合艦隊とも戦術的勝利に惑わされて事後の研究をおこなわなかった。
珊瑚海海戦に参加した空母のうち、五航戦(翔鶴、瑞鶴)はミッドウェー作戦における南雲機動部隊に、「祥鳳」は攻略部隊本隊に編入予定であった。だが珊瑚海海戦の結果速報から、攻略部隊主隊に2隻(空母瑞鳳、駆逐艦三日月)を編入、「瑞鶴」は機動部隊編入、「翔鶴」は北方部隊編入と定められる(連合艦隊機密第29番電)。北方部隊の空母2隻(翔鶴、隼鷹)はミッドウェー島占領後、同島進出用の戦闘機を輸送する任務を負っていた。 だが5月14日になり五航戦から各方面に詳細報告が入ると、五航戦2隻は次期作戦に投入できない事が判明する。このため「翔鶴」は北方部隊からのぞかれ、2隻とも第一機動部隊(指揮官:南雲長官)に編入されたものの、実際には内地に残留した。