高雄警備府
上村正之丞 少将:1901年7月4日 -
尾本知道 少将:1903年9月23日 -
植村永孚 少将:1905年6月13日 -
橋元正明 中将:1905年12月20日 -
梨羽時起 少将:1906年11月22日 -
鹿野勇之進 中将:1907年3月12日 - 1909年12月1日
玉利親賢 中将:1909年12月1日 - 1910年12月1日
伊地知彦次郎 中将:1910年12月1日 - 1911年12月1日
小泉鑅太郎 少将:1911年12月1日 - 1913年4月14日
西紳六郎 少将:1913年4月14日 - 1913年12月1日
釜屋忠道 少将:1913年12月1日 -
江口麟六 少将:1914年12月17日 - 1915年12月13日
黒井悌次郎 中将:1915年12月13日 - 1916年12月1日
松村龍雄 中将:1916年12月1日 -
千坂智次郎 中将:1917年12月12日 -
山路一善 少将:1918年6月13日 -
幕僚
港務部
人事部 1944年2月1日設置
軍需部
工作部
経理部
施設部 1943年4月1日設置
病院
海兵団 1944年2月1日設置
特別根拠地隊 1945年5月1日設置
第29航空戦隊 1945年6月15日設置
航空隊 第二高雄海軍航空隊 1944年12月1日配属、1945年2月15日解隊 虎尾海軍航空隊 1945年2月5日配属 二代台南海軍航空隊 1945年6月15日配属
艦船
第6燃料廠 1944年4月1日設置