石部駅
相対式ホーム2面2線を持ち、列車交換が可能な地上駅。日中は当駅で上りと下りの電車が交換するダイヤになっている。駅舎は下りホーム(2番のりば)側にあり、反対側の上りホーム(1番のりば)へは跨線橋で連絡している。自動改札機は簡易式のものが設置されている。かつては中線があり、貨物列車の待避などに使われたが、現在は廃止されている。
2021年(令和3年)度から2024年(令和6年)度にかけて駅舎の改築が行われる予定で、駅の北側(上りホーム側)にも駅舎や駅前広場の設置し、両側に改札口を設ける予定である。なお、駅の南北は自由通路で結ばれる。
草津駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託する業務委託駅で、窓口が設置されているが、早朝と深夜は無人となる。ICOCA利用可能駅(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)。
当駅で1978年(昭和53年)6月まで使用されていた腕木式信号機は、使用後に交通博物館の前庭に閉館まで展示された。
1997年に旧東海道石部宿の旅籠をデザインした待合室が設置された(石部駅コミュニティハウスとして整備)。駅のバリアフリー化工事の妨げになるため2020年12月末で閉鎖する予定だったが、2021年2月末まで延期された。
石部駅コミュニティハウス(2006年12月)
石部駅コミュニティハウス(左奥)と駅舎(右手前)