ボーイング929
翼走中は45ノットの高速航行を行うことから、クジラなどの海洋生物や流木などの海上浮遊物への衝突事故が多発している。水中翼は頑丈ではあるが、衝突により破損すると翼走が出来なくなる。エンジンや電気系統などが損傷した場合は航行不能となる事例も発生している。
2002年1月に神戸港-関西国際空港間航路(神戸マリンルート)での復路出発後に船底に穴が開き、沈没寸前に至る事故が発生している。原因は公表されていないが、当時は空港連絡橋が閉鎖される程の悪天候であった。この事故が直接の原因ではないが、同航路は慢性的な乗客低迷に伴い同年休止・廃業された。(2006年に神戸-関空ベイ・シャトルとして事実上復活しているが、高速双胴船で運用されている。)
海上浮遊物への対策がとられているものの、衝突事故が数回起きている。1992年と1995年には新潟-佐渡間航路で、2004年末ごろからは福岡-釜山間航路(対馬海峡)において、いずれもクジラと見られる生物に衝突、前部水中翼が破損して高速航行が不能になる事故が数回発生している。2006年4月9日には、屋久島-鹿児島間航路の佐多岬沖合で流木に衝突、100名以上の重軽傷者を出す事故が起きている。このような事故後は運航会社ではシートベルトを着用するよう乗客に促していた。特に佐多岬沖の事故後は、国土交通省から事業者に対して見張りの強化やシートベルトの着用を徹底するよう指導されている。