ウェーコ包囲
とはいえ、建物内には98人が居座っていた。子供たちはその後FBIやテキサス・レンジャーズからの事情聴収を受け、報道によると包囲作戦のだいぶ前から子供たちは肉体的虐待・性的虐待を受けていたという。このことが、ブランチ・ダビディアンを施設から追い出すため催涙ガス攻撃に踏み切る鍵となる、FBI(ビル・クリントン大統領とジャネット・リノ司法長官の両方)から提示された正当理由となった。
包囲中にFBIはビデオカメラをブランチ・ダビディアンに送った。コレシュ信者によって制作されたビデオテープでは、コレシュが自分の子供と「妻たち」を交渉人に紹介していた(その中にはコレシュの赤ん坊を授かったと主張する未成年者が数名いて、恐らくコレシュは教団施設内で一緒に滞在していた子供14人の父親になっていた)。幾人かのブランチ・ダビディアン信者がビデオ声明を出した。包囲九日目の3月8日、ブランチ・ダビディアンはFBIにビデオテープを送って、人質はおらず全員が自由意志で内部にいることを示し、またコレシュからのメッセージも入っていた。
交渉人記録では、テープが検証された際にメディアへのテープ公開がコレシュおよびブランチ・ダビディアンへの同情を呼んでしまう懸念があるとされた。またビデオには依然として教団施設に子供23人が映っており、外部の児童保護専門家は以前解放された19人と同様にそれら子供たちのケア準備に追われた。
こうした証拠を考察して、政府側の銃撃が1993年4月19日に起こったという主張は「欠陥のある技術的仮定だけを下敷きにした、裏付けのないもの」に相当すると特別顧問は結論づけた。
特別顧問は、ウェーコにおける現行軍の用法が民警団法 (Posse Comitatus Act) や法執行法への軍事援助に違反しているか否かを検討した。これらの法令は一般的に法執行機能に対する直接的な軍事参加を禁止しているが、機器の貸し出し、機器使用の訓練、専門的助言の提供、機器メンテナンスの提供といった間接的支援を妨げるものではない。軍はATFとFBIに対して攻撃能力を無効にした戦車2台などを含む「広範な」機器の貸し出しをおこなった、と特別顧問は指摘した。さらに、軍は限定的な助言、訓練、医療支援を提供した。これらの行動は法適用の範囲内で間接的な軍事援助に相当する、と特別顧問は結論付けた。テキサス州兵は州法基準で軍事装備の大量貸し出しを提供し、ブランチダビディアン複合施設上空で偵察飛行を実施した。民警団法は州法基準である州兵には適用されないため、特別顧問は州兵が合法的に支援を提供したと判断した。
民事訴訟でブランチ・ダビディアンの生存者数人と親族を代表した元米国司法長官のラムゼイ・クラークは、この報告書が「疑念の余地もないほど明白には対処できなかった」「歴史が記録を明らかにするだろう、マウント・カルメルの教会センターに対するこれらの制圧は、米国史上最大の国内法執行の悲劇であり続けると私は信じている」と述べた。
1993年2月28日(日曜日の朝)、ATFは捜索令状を執行しようとした。現地保安官は事件後、自分は強制捜査だと知らされていなかったと語った。ブランチ・ダビディアンは強制捜査が来ることを知っていたのだが、ATFの司令官はブランチ・ダビディアンが武装も準備もしていない状態で教団施設に着く前提で計画を決行するよう命じた。ATF捜査官は万一の深刻な負傷に備え、腕や首に血液型を書いていた(標準的な方法ではないが軍から推奨された)。
強制捜査について密かに教えられていたKWTX-TV(ウェーコ地域のテレビ局)記者が、偶然にもコレシュの義兄である郵便配達員に行き道を尋ねたため、突然の捜索という利点が失われてしまった。コレシュはATFの潜入捜査官ロバート・ロドリゲスに、強制捜索が差し迫っているのを自分達は知っていると伝えた。ロドリゲスは自分の身分がバレていたことを知って驚き、なんとか言い訳をして教団の寄宿施設を去った。教団施設を去った時にブランチ・ダビディアン側は何をしていたのか、と後に尋ねられてロドリゲスは「彼らはお祈りをしていた」と返答した。ブランチ・ダビディアンに残っている人達は、コレシュが厳選した男性信者には武装を着けて防御態勢をとるよう命令し、女性と子供たちは自分の部屋で身を隠すよう言われたとされている。コレシュは、自分が捜査官と話すつもりであり、次に何が起こるかは捜査官の意向次第だと信者たちに語った。午前9時45分、ATFは特殊部隊のような戦術装備を着けた武官を帯同させた民間車両で列をなして到着した。
ATF捜査官は教団施設内部から銃撃が来るのを聞いたと主張しており、ブランチ・ダビディアンの生存者は最初の銃撃が屋外にいるATF捜査官から来たと主張した。
ブランチ・ダビディアンは火災に関する不穏な警告を幾度か発していた。これは彼らの将来の行動を暗示したものかもしれないし、違うかもしれないが「他に潜在的な発火源がない」点がブランチ・ダビディアンによってこの火災が起こされたという法廷結論の根拠となった。これは火工品の使用をFBIが認める前のことだが、その後の特別顧問局による1年間の調査でも同じ結論に達し、それ以上の追加調査はされなかった。1999年、ブランチ・ダビディアンの生存者による民事訴訟が相次いだ際に、火災生存者のグレアム・クラドックが事情聴収を受けた。彼は、幾人かのブランチ・ダビディアン信者が装甲車に轢かれないよう燃料の1ガロン(3.8 L)缶約1ダースを動かすのを見ており、建物の外で燃料を注ぐという話を聞いており、火災発生後に別の何者かによる「火をつけろ」みたいな内容が聞こえた、と主張した。『The Branch Davidians of Waco』は、火災発生自体が事前に計画済みでブランチ・ダビディアンの神学論と一致していることを証明しようとした。そこでは証拠として、包囲中にFBIが記録した会話、グレアム・クラドックほか生存者たちの証言、包囲開始1ヶ月前のディーゼル燃料購入を挙げている。
FBIはコレシュの自殺可能性について相反する報告を受け、彼が自殺するか否か確信が持てなかった。コレシュとシュナイダーが自分達には集団自殺の計画がないと交渉人に繰り返し否定していること、教団施設から出てきた人々がそういった準備を見たことがないと言っていること、などの証拠はFBI達に集団自殺の可能性はないと確信させた。
ただし同報告書では、特定の政府職員がブランチ・ダビディアンに対する訴訟中に複合施設での火工装置の使用を開示せずに特別顧問の調査を妨害していたことが判明した。これら個人に対しては懲戒処分が下された。
政府が火災を起こしたという主張は、FBI捜査官が3発の「火工製」催涙ガス弾を発射して、それが燃焼分量にまで至ったということを主な根拠にしていた。特別顧問は、FBIが火災の起こる約4時間前に複合施設の主要居住区から75フィート(23m)風下側に離れた一部水で満たされたコンクリート構造のピットで発砲したという発見に基き、そのガス弾が火災の始まりや広がりに貢献しなかったと結論付けた。特別顧問が指摘したのは逆にブランチ・ダビディアン側の会話傍受記録で、そこには「デヴィッドが言うには、我々は燃料を取ってこなければならない」「そこで、奴らが中に入ってきたら直ちに...タンク内に入ってきた時は直ちに、我々が最初に火を点けるのだ」といった声明が含まれていた。火災を生き延びた一部のブランチ・ダビディアン信者は、同胞がこの火災を起こしたことを認めた。FBI捜査官はブランチ・ダビディアンが燃料を注いで火を点けるのを目撃しており、これらの観察をほぼ同時に指摘した。研究所の分析ではブランチ・ダビディアンの衣服についた燃焼促進剤が見つかり、調査官は故意に穴を開けられた燃料缶や自家製のトーチを現場で発見した。これらの証拠および証言に基づき、特別顧問は火災がブランチ・ダビディアンによって開始されたと結論付けた。
ATFは、デビッド・アギレラ捜査官によって1993年2月25日に提出された宣誓供述書を使って、ウェーコ包囲につながる令状を取得した。報道によると、最初の調査は配送作業者が1992年6月にマクレナン郡の保安官に通報したのがきっかけで、ブランチ・ダビディアンの所有運営する弾薬銃砲店に爆発物を届けていたことをその業者は確信していた。「マグ=バッグ(Mag Bag)」という名称の店舗が、配送作業者によって配達物が不審だと特定されていた。配送作業者はマウント・カルメル・センターへの配達を続け、有人の監視所を複数目撃したと報告した。これらの監視所には武装した人物がいると考えられる、と宣誓供述書には記載されている。
マクレナン郡保安官は同年の5月と6月に、不活性手榴弾2ケース、黒火薬、粉末アルミニウム金属90ポンド、30-40個の段ボール筒について通知した。
ATF捜査官は、新聞がATFの要請を受けて少なくとも3週間公表を保留したと感じていた。トリビューン・ヘラルド職員とATF捜査官3名による2月24日の会合で、ATFはどのような行動がいつ計画されたのか明確な手がかりを新聞職員に与えなかった。トリビューン・ヘラルドは、地元当局に行動を求める社説を含むこのシリーズ記事を公表するとATFに通知した。トリビューン・ヘラルドの職員は「罪深きメシア」第1弾が2月27日に掲載された後、強制捜査が差し迫っていることを知った。
ATFはコレシュをマウント・カルメルの外で逮捕したいと考えていたが、計画立案者はコレシュがそこを滅多に去らないという不確かな情報を受けていた。ブランチ・ダビディアンの信者は現地でよく知られており、他の現地住民と友好関係を築いていた。ブランチ・ダビディアンは、銃見本市での取引で部品を自己調達しており、自分達の取引が合法であることを確認できる関連書類を持つよう注意していた。ブランチ・ダビディアンのポール・ファタが連邦銃器ライセンス (Federal Firearms License) を受けた取扱担当で、この一団がMag Bagと呼ばれる銃砲小売事業を運営していた。Mag Bagの積荷が到着した時は、署名がファタ、スティーブ・シュナイダー、またはコレシュだった。強制捜査の朝、ポール・ファタとその息子は業務のためオースティンの銃見本市に向かう途上だった。
控訴審は一旦地方裁判所に差し戻されたのち、最終的には合衆国最高裁判所へと持ち込まれて一部の判決が覆った。2000年9月19日にウォルター・スミス判事は最高裁の指示に従い、有罪判決を受けたブランチ・ダビディアン5人の刑期を25年短縮するなどした。2007年7月時点で、収監されたブランチ・ダビディアンは全員が刑務所から出所した。
包囲中のブランチ・ダビディアン信者の中には英国市民33人が含まれていた。うち24人は死亡した80人(2月28日の強制捜査と4月19日の制圧)に含まれ、子供も1人いた。包囲を生き延びた英国市民2人は直ちに「証人」として逮捕され、裁判を受けずに数ヶ月間収監された。デレク・ラブロックはマクレナン郡の刑務所に7ヶ月間拘禁され、しばしば独房に閉じ込められた。有罪判決を受けて収監されたもう一人の英国市民リビングストン・フェイガンは、特にレブンワースで矯正官による殴打を複数回受けたと言う。そこでフェイガンは高圧ホースからの冷水を浴びせられ、その後屋外の冷気に晒されたと訴えた。2007年7月に解放されて英国に強制送還された彼は、依然として自分の宗教的信念を保っていた。