カピタン
しかし家康も日々拡大していくキリスト教を懸念し、慶長17年(1612年)、豊臣政権以来の新たなキリシタン禁教令を発布、貿易のみの外交関係を推進する。こうしたこともあり、西洋諸国間で対日貿易の主導権争いが過熱し、慶長18年(1613年)5月にはイギリスが平戸にイギリス商館を建設し、初代イギリス商館長にリチャード・コックスを置いた。しかしイギリスは、1623年に発生したアンボイナ事件を契機に対インド貿易に注力する方針に転換、平戸のイギリス商館を閉鎖し、対日貿易から離脱した。
その後江戸幕府は、元和9年(1623年)に発生した元和の大殉教以後キリスト教弾圧をさらに強化するとともに、寛永元年(1624年)には、イエズス会を組織したイスパニア船の来航を禁止し、平戸イスパニア商館も閉鎖した。また、ポルトガルのマカオ当局に対して宣教師を日本に派遣させないことを要求し、マカオも日本との貿易の途絶を恐れ、これに応じた。
それでも宣教師は日本人への布教をあきらめず、日本とポルトガル、スペインの主権が及ばない東南アジアの日本町に渡航し、そこに居住・渡航する日本人に対して布教を行い、中には、商人や船員を装い、朱印船を利用して日本に密航を企てる者もいた。この状況を重く見た幕府は、キリスト教の禁教を徹底させるために、朱印船貿易の廃止を決意した。その代わり、朱印船の役割を外国人(ポルトガル人・オランダ人・中国人)に代行させる観点から、長崎奉行の定員を旗本2人とし、長崎奉行への職務規定(「鎖国令」)を通じて、中国や東南アジアとの中継貿易の拠点としての長崎の整備を進めていった。
寛永10年(1633年)の「第一次鎖国令」では、奉書船以外での渡航や、5年以上東南アジアに永住している日本人の帰国が禁止された。