等持院
直義建立説によれば、一連の戦乱で等持寺も大きな被害を受けたために尊氏は同寺を足利氏の菩提寺に相応しいものにしようと大改築を行っているが、その際に寺伝を改竄して開山を夢窓疎石とするとともに、等持寺建立における直義と古先印元の事績を抹殺したとしている。
延文3年(1358年)に尊氏が亡くなり、別院北等持寺に葬られると北等持寺は尊氏の墓所となり、尊氏の戒名をとって名称を「等持院」と改称し、足利将軍家の菩提寺となった。
その後、長禄年間(1457年 - 1460年)に焼けたが、応仁の乱で柳馬場の本寺・等持寺が焼失したため、別院・等持院は本寺の等持寺を合併した。しかし、室町幕府の衰退に伴って次第に衰微していった。
慶長11年(1606年)、豊臣秀頼により片桐且元を奉行として再興される。
江戸幕府により寺領326石が安堵される。
文化5年(1808年)、火災によって多くの建物を焼失するが、文政年間(1818年 - 1831年)に復興する。しかし、明治時代になると多くの塔頭が廃された。
1921年(大正10年)、マキノ省三が等持院塔頭跡地に牧野教育映画製作所と映画撮影所を設けた。撮影所は1933年(昭和8年)まで存続した。
作家の水上勉は相国寺瑞春院を13歳で脱走後、17歳まで小坊主として当院に寄宿していた。その当時の留護は栂道節で、京都商業学校(現・京都学園高等学校)野球部にいた沢村栄治を東京巨人軍(現・読売ジャイアンツ)専務取締役市岡忠男に紹介している。
当院の南東にはかつての鎮守社である六請神社がある。