SRタンパク質
SRタンパク質の特徴は、RSドメインと少なくとも1つのRRMが存在することである。RRMは一般的にN末端付近に位置する。RSドメインはSRタンパク質のC末端付近に位置する。RSドメインはSRタンパク質のタンパク質間相互作用を調節する。配列解析に基づくとSRタンパク質は天然変性タンパク質であり、RSドメインは安定した構造を持たないと考えられている。RSドメインのアルギニンとセリンからなる8つのリピートは、セリンがリン酸化されていないときにはアルギニンを外へ出したらせん型となるが、セリンがリン酸化された状態では「鉤爪」型の構造を形成する。
SRタンパク質は複数のRRMドメインを持っていることもある。2つ目のRRMドメインはRNA認識モチーフホモログ(RRMH)と呼ばれる。RRMドメインはSRタンパク質のN末端付近に位置している。RRMドメインはエクソン性スプライシングエンハンサー配列に結合し、SRタンパク質のRNA相互作用を媒介する。SRSF1のRRMドメインがRNA結合フォールドをとることは、NMRによって明らかにされている。RRMドメインはリン酸化されたRSドメインの保護を行う可能性もあり、RSドメインがRRMドメインへ収まることが示唆されている。
SRタンパク質にはエクソン非依存的と呼ばれる役割が存在し、その機能を発揮するためにエクソンへの結合が必要であるかどうかが解明されていない。SRタンパク質は、同時にpre-mRNA転写産物に結合せずとも、3'スプライス部位に結合したU1と5'スプライス部位に結合したU2AFに結合することができる。このようなU1とU2を橋渡しする相互作用はクロスイントロン相互作用(cross-intron interaction)と呼ばれる。SRタンパク質は、U4/U6·U5 tri-snRNP構成タンパク質中のRSドメインと相互作用することにより、tri-snRNPをリクルートしてスプライソソーム複合体を成熟させる。
脊髄性筋萎縮症はSMN1(英語版)遺伝子中でのシトシンからチミンへのトランジション(英語版)によって引き起こされる。トランジション変異の結果、SMN1遺伝子のエクソン7はスプライシングによってスキップされる。エクソンは2つの理由によってスキップされる。1つ目の理由は変異によってSF2/ASFがESEを正しく認識できなくなるためであり、2つ目の理由は変異によってhnRNPが結合してスプライシングを防ぐESSが形成されるためである。