指揮権 (法務大臣)
また、検事総長は現職国会議員を令状逮捕する場合のように政治問題化することが予想されるような事件については、衆議院議員総選挙と内閣総理大臣指名選挙によって選出された内閣総理大臣によって任命された法務大臣に対し、積極的に報告を行って指揮を仰ぐものと考えられている。法務大臣の指揮権は民主主義的な支持基盤を持たない行政機関である検察が独善的な行動をとらないよう掣肘する目的も有しており、閣議決定による認証官人事及び法務大臣の人事権とあわせて行政機関の民主主義的コントロールを意味している。検察権は、犯罪を捜査し処罰を請求する能動的な作用であるから、その監督と責任は政府がにぎるのは当然であって、消極的に人権を保障し、国家権力の行使を阻止する司法権のような独立は認められず、検察権を独立させることは、理論上権力分立に反するだけでなく、なんら政治的責任を負わず民主的監視を受けない強大な官僚陣営を認めることとなって弊害を生ずる。なお、検察権への監視としては、法務大臣の指揮権以外にも検察審査会、付審判制度、検察官適格審査会などの制度が存在する。
個別事件において下級審で無罪判決が出た場合、検察官に上訴をさせずに無罪判決を確定させる。
1983年では元首相のロッキード事件一審判決が無罪だった場合、法務大臣が検察官に対して控訴させないようにして無罪判決を確定させる構想を持っていた(後述)。