考古遺伝学
南アジアは、出アフリカ以後から現生人類が地理的に拡散してきた初期の主要な通路として機能してきた。mtDNAのM系統の研究に基づいて、インドの最初の居住者は、約4万5千年~6万年前に侵入したオーストロアジア語族系言語話者であるとする説がある。インドの遺伝子プールには、初期の入植者たちからの寄与があり、また西アジアや中央アジアの集団は、8千年前以降の移住によるものである。Y染色体の系統に比べてmtDNAの系統に変異がないことから、主に男性がこれらの移動に参加したことがわかる。中央アジアで発生したハプログループU (mtDNA)系統のU2iとU2eの2つの分枝が発見されたことで、中央アジアからインドへの大移動に関する見解が「修正」されたが、というのも、この2つの枝は5万年前に分岐したからである。さらに、U2eはヨーロッパに多く見られるがインドにはなく、U2iはその逆で、U2iがインド原産であることを示唆している。
考古遺伝学は動植物の家畜化の発達を理解するために使われてきた。