南遣艦隊
岡田為次少将:1943年11月30日 - 1945年3月10日
小沢治三郎中将:1942年1月3日(※実質的に南遣艦隊司令長官の留任) - 7月14日
大川内伝七中将:1942年7月14日 - 1943年9月20日
田結穣中将:1943年9月20日 - 1945年1月8日(第十三航空艦隊司令長官兼任) - 1月13日
福留繁中将:1945年1月13日(第十三航空艦隊司令長官兼務) - 2月5日(従来職に加えて第十方面艦隊司令長官兼務) - (降伏)
第21特別根拠地隊 第11・12・101号掃海艇・第104号哨戒艇・第1~3号駆潜艇 第932海軍航空隊・第3警備隊・第21潜水艦基地隊・第1港務部
第22特別根拠地隊 第4~6号駆潜艇・第2・36号哨戒艇 第2警備隊・第2港務部
第23特別根拠地隊 第8号掃海艇
附属:第102号哨戒艇・萬洋丸・大興丸 第33・53・101・103・109・113防空隊・第24・201・241設営隊