長府藩
のちに長州藩は、幕府の了解を得て36万9千石に高直しを行なった。なお、長府藩は綱元の時に叔父の毛利元知に1万石を分知し、支藩の清末藩を立藩させている。
歴代藩主の中では3代・綱元の子である毛利吉元と、8代藩主の匡敬(重就)が宗家の長州藩主を継いでいる。
幕末には宗家の長州藩が下関を直轄領としようとしたため対立したが、後に和解して他の長州支藩とともに戊辰戦争で戦った。しかし、維新後に叙爵された際には維新の功績に伴わず子爵どまりであった。このことに関しては明治天皇の叔父にあたる中山忠光が長府藩に亡命していたときに暗殺されたことで、明治天皇が長府毛利家の伯爵への叙爵を渋ったと言われている(実際は、華族の爵位は華族制度発効時の所領の実高に拠り定められたもので、実高1万石以上5万石以下は子爵と規定されており、5万石の長府藩もその制度に漏れなかったというだけである)。
豊浦藩、豊浦県を経て山口県に編入され、廃藩となった。