第五青函丸
事故発生直後より船長は通信長に無線で四阪を呼び出させたが応答なく、横須賀鎮守府を通じて、四阪から第九青函丸へ連絡するよう命令してもらい、ようやく現状と現在位置を四阪に伝えた。その後20時44分頃には四阪に「救助要請」を送信したが、要領を得ない返事しか得られなかったため、22時30分には2等運転士を艇長とした事務長を含む21名を、2号救命艇で1kmほどの距離にいた四阪に派遣することとした。しかし救命艇降下と同時に四阪は遠ざかって行ったため、行先を陸上に変更した。この間も浸水は続き22時57分、突然左舷船首に大傾斜し、2分ほどで船首を下に逆立ちするように沈没してしまった。この直前、退船命令が出され、1号救命艇を降下させたが、この船体逆立ちで片吊り着水になり、この救命艇では15名しか助からず、数十名が海上に投げ出された。一方上陸した2号救命艇乗員は民家に助けを求め、約20隻の漁船が出て漂流中の数十名を収容した。 2月28日 - 0時頃、事務長は勝浦駅から東京の運輸通信省鉄道総局へ電話連絡。朝から濃霧で11時頃ようやく晴れ、現場近くに戻った四阪は漂流者を発見、初めて第九青函丸沈没を知った。16時頃までに、黒潮に流され漂流していた数十名も四阪と横須賀鎮守府差し回しの駆潜艇に救助されたが、全141名中13名が死亡した。
動力は電動ウインチで、下部扉下端両側のガイドローラーに固定された左右1対のワイヤーを、いったん船尾開口部上縁両端で、船尾扉ヒンジよりもやや高い位置の船体に固定した左右1対の滑車で反転し、上部扉下端両側の滑車で再度反転したのち、船橋楼甲板より1層上の後部操縦室屋上より両翼に新設した入渠甲板の下に設置した左右1対の滑車を通して、船橋楼甲板上の左右2台の電動ウインチに巻き込む仕組みであった。この入渠甲板は出入港時、船尾扉開閉中や全開固定状態でも、船尾全体が見渡せる監視場所として、船尾扉とセットで設置された。また船内軌道が船尾扉の敷居を越える部分には、水密性確保のため電動油圧式の跳上げレールが設置された。なお、扉の大型化により、扉閉鎖の最終段階で、船尾扉を内側から引き寄せて、船体側に付けたゴムパッキンに船尾扉を密着させて水密性を確保する油圧式“締付け装置”が、十和田丸(初代)の4個から6個に増やされた。この船尾水密扉設置とともに、車両格納所水密化のため、車両格納所外舷上部の通風採光用の開口は完全にふさがれた。
1958年(昭和33年)7月に第六青函丸に、1958年(昭和33年)10月に第七青函丸に、1959年(昭和34年)5月には第八青函丸にそれぞれ船尾扉が設置された。これにより車両格納所容積も総トン数に加算され約5,800総トンとなり、車載客船なみに塗り分け線を下げ、開口部のなくなった外舷上部が白く塗装された。
さらに、石炭焚き蒸気船では、石炭積込口など、車両甲板から機関室(機械室・ボイラー室)への開口部が多数あり、これらの閉鎖が不完全で、滞留した海水が機関室へ流入して機関停止し、操船不能となって、船首を風に向け続けられなくなり、転覆してしまうことも明らかになった。
なお、第十一青函丸については、船体が三つに破断しており、事故2週間前に完成した二重底新設工事との関連など、他船とは異なった要因の関与も疑われたが、確証は得られず、原因不明とされた。
事故後の1955年(昭和30年)に急遽建造された車両渡船檜山丸(初代)では、車両甲板船尾開口部からの海水浸入対策として、車両甲板から機関室への開口部を水密化したうえ、車両甲板船尾舷側外板下部に多数の放水口を設置し、車両甲板上に流入した海水を船外へ流出させる方式を採用した。しかし、この方式は、旅客設備のない車両渡船では、その安全性が模型実験などで確認されたが、船橋楼甲板に客室を持つデッキハウス船では、安全性が十分確保できないことが判明した。
このため、沈没を免れた車両渡船、デッキハウス船、車載客船全船で、車両甲板の石炭積込口を含む機関室への開口部の敷居を61cm以上に嵩上げのうえ、鋼製の防水蓋や防水扉を設置、車両甲板から機関室への通風口も閉鎖して電動通風とするなど、車両甲板から機関室への開口部の水密性能の向上を図った。