黒死病
21世紀に入るとペスト菌をゲノム解析するようになり、ハーンシュらは2010年に成果を医学系学術誌 (PLOS Pathogens) に発表した。彼らは、黒死病やその後の再発と関連したヨーロッパ各地の集団墓地から出土した人骨の歯槽に存在するDNAやRNAを、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)技術を用いて評価した。フランス南部やドイツで行われた以前の分析と共に、この新しい研究が「黒死病の原因に関する議論の決着となり、ペスト菌が中世時期のヨーロッパを荒廃させた疫病流行の病原体だったことを明白に示している」と著者らは結論づけた。2011年、英国イーストスミスフィールド墓地の黒死病犠牲者から採集された遺伝的証拠でもその結果が追加確認された。シューネマンらは「中世ヨーロッパの黒死病は、今や存在しないかもしれないペスト菌の変種によって引き起こされた」と2011年に結論づけた。
同年、 現代のレバノン、シリア、イスラエル、パレスチナの領土にあるアシュケロン、アッコ、エルサレム、シドン、ホムスの全都市が感染した。1348-1349年にこの病気はアンティオキアにまで到達した。同市の住民は北に疎開したが、彼らの大半が移動中に死んでいく結果となった。 2年以内に、このペストはアラビアから北アフリカにわたるイスラム世界全体で蔓延した。このパンデミックはアフリカ海岸に沿ってアレクサンドリアから西に蔓延し、1348年4月にはチュニスがシチリアからの船で感染した。その後チュニスは、モロッコからの軍隊による攻撃を受けた。この軍隊が1348年に引き上げるとモロッコにその感染をもたらした。なお、この流行感染はアンダルスにあるアルメリアのイスラム都市から始まった可能性がある。
メッカはハッジを行う巡礼者によって1348年に感染した。1351年か1352年に、イエメンのラスール朝スルタンであるアル=ムジャヒド・アリがエジプトのマムルーク捕虜から解放され、彼の帰国と共にペストが持ち込まれた。1348年の記録は、モースル市が大規模な流行感染に見舞われ、バグダッド市がこの病気の第二波を経験したことを示している。