毎月勤労統計調査
その後、公表される賃金の前年比伸び率が過大となっている可能性が指摘される。同2018年末になって、不適切な調査が行われていたことが明らかになり、新聞等で報道された。翌2019年1月11日、厚生労働省はその事実を報告する文書「毎月勤労統計調査において全数調査するとしていたところを一部抽出調査で行っていたことについて」 を公表した。この文書には、問題点を修正した「再集計値」(2012年1月分~2018年10月分) と、再集計ができていない部分についての暫定的な「給付のための推計値」(2004年1月分~2013年3月分) が付属している。根本匠厚生労働相は国会において「政府統計への信頼を失い申し訳ない」 と謝罪した。この不正によって2004年以来一部のみが抽出されていた東京都の500人以上規模事業所は、2019年6月分調査から全数調査に復帰した。
これ以降、厚生労働省は統計委員会の協力のもと、過去のデータが廃棄されているなどの理由で再集計できなかった2004-2011年分についての推計をおこなった。その結果である「時系列比較のための推計値」は2020年8月以降に公開されている。
2020年の新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) 流行にともない、同年7月に予定されていた特別調査は中止となった。それにかえて、前年に特別調査の対象となっていた事業所についての臨時の「小規模事業所勤労統計調査」が2020年10月に実施された。
委員長には、労働政策研究・研修機構理事長の樋口美雄が就任した。
1月17日、データを補正(復元処理)していなかった期間のうち、2004~2011年分については復元処理をするために必要な資料が保存期間が満了していて紛失もしくは廃棄されており、再集計が困難であることが判明した。
1月22日、厚生労働省特別監査委員会が報告書を公表した。「一方で、東京都の規模500人以上の事業所について抽出調査にすることについて、調査計 画の変更等の適切な手続を踏むことなく、担当課のみの判断として調査方法を変更したこと は、不適切な対応であったと言わざるを得ない。(p.16)」とされた。しかし、当時、「調査計画」は存在しておらず、調査計画を変更することは不可能であった。抽出調査に変更したことによって復元処理が必要となったが、復元が実施されなかったことについて、システムの改修が実施されていなかったと述べている。通常のシステム改修に際して、口頭で依頼をしており後から追跡可能でないこと、課長や課長補佐が関与しないことなど、体制に問題があることを報告している。報告書では抽出調査に変更した理由として「大都市圏の都道府県からの要望に配慮した」「担当者の負担を考慮した」との記載があるが、東京都側は要望を否定している。この報告書では「延べ69人へヒアリングした」と記載してあるが延べ人数とは当時の役職が変わるごとに重複してカウントしたもので、実人数は37人であり、与野党から批判された。