JR三山木駅
島式ホーム1面2線を持つ高架駅。2002年(平成14年)3月16日の高架化完成時、ホームは4両編成分の長さだったが、2010年(平成22年)3月13日の改正に伴う京田辺駅 - 木津駅間7両編成化で、7両編成分相当の長さまで拡張工事が行われた。高架駅化後、エレベーター・エスカレーターは設置されなかったが、2010年(平成22年)12月1日から使用可能となった。トイレは駅構内に未整備である。駅前の公衆トイレは撤去済み。学研都市線の単線区間では、唯一の高架駅である。
長尾駅管理の無人駅。ICOCA利用可能駅(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)で、自動券売機および簡易式の自動改札機が設置されている。