肉胞子虫科
シスト中には1種類の細胞のみが含まれている。トキソプラズマ科(Toxoplasmatidae)として独立に扱う場合もある。計数十種が知られている。 シストイソスポーラ シスト中には虫体(zoite)が単独で存在している。 トキソプラズマ・ネオスポラ シスト中にはブラディゾイトが多数存在し、宿主の細胞核を含まない。中間宿主どうしでの伝播が起きる。 ベスノイチア シスト中にはブラディゾイトが多数存在し、宿主の細胞核が含まれる。中間宿主どうしでの伝播が起きる。 ハモンディア・Heydornia シスト中にはブラディゾイトが多数存在し、宿主の細胞核を含まない。中間宿主どうしでの伝播が起きない。
またカエルの腎臓に寄生するHyaloklossia lieberkuehniおよびコウモリの腎臓に寄生するNephroisospora eptesiciは本科(とくにトキソプラズマ亜科)に所属すると考えられている。
古典的には原生動物門胞子虫綱住肉胞子虫目に所属させていたが、その位置付けを巡っては様々な議論があった。1960年代から1970年代にかけて生活環が明らかとなったことで、コクシジウム類の一部とみなされるようになった。
下位分類は以下の通りである。