アチェ州
政府軍が鎮圧作戦を展開し、民間人を含む1万5千人が犠牲になったと言われている。
メガワティ大統領の政府は2002年アチェ特別州を「ナングロ・アチェ・ダルサラーム」州と改称し、アチェの特別な地位を認めて自由アチェ運動と和平協定を成立させたが、2003年に協定は破れ、戒厳令を布告したインドネシア国軍との本格的戦闘に発展した。このような情勢のなかで2004年末の津波大被害が発生したため、インドネシア政府は一時的停戦を宣言したが、一部で戦闘はなお継続した。
2004年末にアチェ自治州は最も深刻な地震・津波被害を受けた。この被害をきっかけにフィンランドで和平交渉を開始した。自由アチェ運動 (GAM) は独立要求を取り下げ武装解除にも応じ、インドネシア政府は軍の撤退とアチェ州での地方政党樹立を認め、和平協定合意が実現。
2005年8月15日、フィンランドのヘルシンキにおいて自由アチェ運動とインドネシア政府との間で和平協定であるヘルシンキ和平合意に調印した。
2006年8月15日、29年間にわたる武力紛争の終結から1周年を迎えた。州都バンダアチェでは祝賀集会が催された。一方で、自由アチェ運動とその支持者には2006年7月にインドネシア国会が採択したアチェ自治政府法への強い不満があり、バンダ・アチェのモスク(イスラム教礼拝所)前で約1万人が参加して抗議集会とデモが行われた。自治政府法の下で2006年12月11日には州知事などの自治体首長の選挙が行われた。