マニラ
ヴァルガスと地元指導者たちは、第3の選択肢を選び、まず大マニラ、後にはフィリピン全土を統治しようとフィリピン委員会 (Philippine Executive Commission) を設立した。
1942年、ヴァルガスはフィリピン委員会の議長となり、マニュエル L. ケソン大統領統治の米国自治連邦区としてのフィリピンだった時期に労働長官であったレオン・G・ギント卿を大マニラの市長に指名した。ギントは大マニラの解放まで同市の市長職を続けた。
ギントの戦時統治下、カロオカン、ラス・ピニャス、マラボン、マカティ、マンダルヨン、ナボタス、パラニャーケ、パサイ、サンファンはマニラの地区とされ、マニラ市はその南側地域の Bagumbayan(ニュータウンの意)、サンパロク、キアポ、サンミゲル、サンタクルス地域の Bagumpanahon(新時代)、トンド地域の Bagumbuhay(新生活)、ビノンド及びサン・ニコラス 地域の Bagong Diwa(新秩序)などを併合して大マニラとなり、新しく成立したケソンは破綻し、2つの地区に分けられた。
1944年後半になるとアメリカ軍の反攻が本格化。 同年9月21日、22日にはアメリカ軍機によりマニラ市内が激しい空爆にさらされた。 また、レイテ島の戦いの結果、1944年10月20日にアメリカ陸軍のマッカーサー将軍がフィリピンに戻る。1945年2月3日から3月3日にかけて日米両軍の間で行われたマニラの戦いのイントラムロス決戦終了後、日本軍は降伏し、完全に破壊されたマニラ市は正式にアメリカ軍の施政下へと戻された。