蓮華院誕生寺
また「西大寺坊々寄宿諸末寺帳」の中にも同じく寺名が書かれており、さらに「西大寺本末寺衆首交名」の中の「西大寺光明真言結縁過去帳」にも、正応3年(1290年)から文明10年(1478年)まで肥後浄光寺僧侶のリストが書かれている。このことから、鎌倉から室町時代にかけて浄光寺が、存続していたことは明らかである。
中世の浄光寺については、昭和30年代に行なわれた、現在の蓮華院誕生寺の本堂建設に伴う発掘調査で、懸け仏、陶器、瓦などが出土している。おそらく浄光寺の本堂はこの附近だったと思われる。現在これら出土遺物は蓮華院誕生寺に保管・展示されており、平成20年玉名市指定文化財に指定されている。
戦国時代になると、激動する戦乱の世となり、浄光寺を取り巻く環境も大きく変わったと思われる。江戸時代には浄光寺は存在していないことから、焼失したとしか考えられないが、これに関する直接の歴史資料は特にない。しかし天正9年(1581年)、龍造寺政家が小代親伝に大野別府二百町を与えていることから、その年に龍造寺氏の攻撃に遭い、大野氏が滅亡し、その庇護にあった浄光寺も焼失したとされる。これにより、平安時代末期ないし鎌倉時代初期に創建され400年前後存続してきた浄光寺も灰燼に帰し、以後は放置され山野となるに任せ、江戸時代の肥後國誌に記されるとおり、築地、南大門、蓮華などの地名、2基の五輪塔、釈迦堂と呼ばれる小堂だけが残された。浄光寺の北東隣には、蓮華という微小地名が残り、これは蓮華院という塔頭寺院の存在を暗示する。江戸時代の肥後國誌には浄光寺蓮華院と書かれているが、中世文書には蓮華院という名は出てこないことから、浄光寺と塔頭寺院の蓮華院を混同して使われたものと思われる。
昭和5年、現在の蓮華院誕生寺を中興する際に、現在の本堂付近に旧本堂を建設するために整地していたとき、小仏像2体・香炉1点・鶴亀の燭台3点の荘厳具が出土、昭和38年12月には、現本堂の建設工事中に金銅仏頭1躰、勾玉1点、盤1点などの鎮壇具が出土した。また昭和34年3月にも布目軒丸瓦3点、布目軒平瓦2点が出土している。いずれも鎌倉時代とされる。鎮壇具は本尊の下の地下に工事の無事を祈願するためのもので、これらの出土品から、現在の蓮華院誕生寺の本堂付近が中世の浄光寺の本堂跡とされている。出土品は蓮華院誕生寺庫裏に展示。
出土した仏像
鶴亀の燭台
巴瓦