呂号第六十六潜水艦
平野六三 少佐:1927年7月28日 - 1928年12月10日
奥島章三郎 少佐:1928年12月10日 - 1930年4月22日
久米幾次 大尉:1930年4月22日 - 1931年4月1日
(兼)堤道三 大尉:1931年4月1日 - 1931年5月1日
鳥居威美 大尉:1931年5月1日 - 1931年11月2日
溝畠定一 少佐:1931年11月2日 - 1933年11月15日
(兼)浜野元一 少佐:1933年11月15日 - 1934年7月16日
都築登 少佐:1934年7月16日 - 1934年11月15日
栢原保親 少佐:1934年11月15日 - 1935年2月28日
揚田清猪 大尉:1935年2月28日 - 1936年2月15日
柴田源一 大尉:1936年2月15日 - 1937年3月20日
川崎陸郎 少佐:1937年3月20日 - 1937年7月31日
松村寛治 少佐:1937年7月31日 - 1937年12月1日
井上規矩 少佐:1937年12月1日 - 1938年3月19日
中村省三 大尉:1938年3月19日 - 1938年7月30日
稲田洋 少佐:1938年7月30日 - 1939年3月20日
田岡清 少佐:1939年3月20日 - 1939年7月27日
小比賀勝 少佐:1939年7月27日 - 1941年1月22日
黒川英幸 少佐:1941年1月22日 - 1941年12月17日殉職
1925年(大正14年)12月1日 - 三菱神戸造船所で起工。
1926年(大正15年)10月25日 - 進水
1927年(昭和2年)7月28日 - 竣工。第27潜水隊に編入。
1930年(昭和5年)11月15日 - 予備艦となる。
1933年(昭和8年)11月15日 - 予備艦となる。
1938年(昭和13年)6月1日 - 艦型名を呂六十型に改正。
1941年(昭和16年)12月4日、第七潜水戦隊第27潜水隊(呂65、呂66、呂67)として、クェゼリンを出航。本艦は第27潜水隊司令潜水艦(潜水隊司令深谷惣吉大佐)。ウェーク島攻略作戦に参戦のためウェーク島方面の配備に就く。僚艦と共に第一次ウェーク島攻略部隊(指揮官梶岡定道第六水雷戦隊司令官)を誘導。
12月13日、第一次ウェーク島攻略作戦失敗により、第七潜水戦隊司令官大西新蔵少将(旗艦「迅鯨」)は第27潜水隊に対しクェゼリンへの帰投を命令。僚艦2隻は了解したが、本艦は通信故障のため受信が届かず、そのまま哨戒に従事。
12月17日20時34分、ウェーク島南西252度25浬地点において、哨戒のためウェーク島に派遣された呂62と衝突して沈没した(両艦とも水上航行状態)。呂62側は呂66の存在を知らず、スコールの中で突如現れた呂66を回避できなかった。この事故で第27潜水隊司令深谷大佐、潜水艦長黒川英幸中佐以下65名が殉職し、呂66号潜水艦艦橋にて当直の3名が救助された。この沈没事故により第四艦隊司令長官井上成美中将は、第七潜水戦隊司令官大西新蔵少将を誡告した。