在日本大韓民国民団
北朝鮮問題については、2006年5月17日、朝鮮総連中央本部で当時の民団団長である河丙鈺と朝鮮総連議長であった徐萬述が初の会談を行い、双方の和解を目的とした共同声明に署名した。この「歴史的和解」に対して各地の民団の地方団体は、北朝鮮の人権問題が未解決であることを理由に民団中央本部へ抗議した。また、日本の公安当局が総連の経済活動を遮断するという理由で、民団所属の在日韓国人が経営するパチンコ店への取り締まりを強化、在日韓国人経営者らの危機感も募った。後に北朝鮮がミサイル発射実験を実行した為、民団は総連との和解を発表から1ヶ月余りで白紙撤回し、共同声明に署名した民団団長は辞任した。後任の鄭進新団長は、「朝鮮総連との和解は誤り」と語り、脱北者支援や日本人拉致問題解決への取り組みに意欲を見せた。
2009年4月に発射した飛翔体には「民族の名誉をおとしめる蛮行」とする抗議声明を発表した。
度重なる北朝鮮による日本向けミサイル発射に対して、2016年9月16日に東京、名古屋、大阪、広島、福岡で民団主催の抗議デモを実施。核開発停止、ミサイル発射中止、拉致被害者解放、世界平和をみだす蛮行の中止、飢餓に苦しむ北朝鮮人民の解放を訴えた。
本国の民主化後、金大中大統領は、過去の経緯に拘らず、民団を在日韓国人社会の代表として受け入れたが、よりラジカルな盧武鉉大統領はそうではなかった。2003年6月の訪日時、盧武鉉は、筑紫哲也司会のTBSテレビの特別番組に出演し、「在日として日本の地域社会に貢献していきたい」と述べた在日の高校生に対し「現地の文化や体制に適応してその社会に寄与することは非常に重要なこと」と述べた。また、同年、民団と敵対してきた元韓民統の活動家に対して本国との自由な往来を許可した。
1997年のアジア通貨危機時には本国を支援せず、逆に援助金を要請したり、2000年ごろには民団で6億5000万円の手形詐欺事件が起こったが、徹底的な解明は行われなかったなどと批判されている。また、2006年8月の韓国政府による監査で明らかになった政府補助金をめぐる虚偽報告問題に際しても、民団の問題点として組織運営の閉鎖性、本国への依存深化、過度な政治志向、葛藤の調整力の乏しさ、文化的貧困などが指摘されている。
地方外国人参政権獲得運動、ニューカマー韓国人の永住資格獲得の支援、外国人登録令/法への反対運動、日本人との法的・経済的格差の撤廃運動、韓国側の歴史認識に基づいた日韓歴史・文化交流、対日・対外広報宣伝等を主な活動としている。