ムハンマド・アリー
また、イギリスはこの戦争を境にムハンマド・アリーに対し警戒感と不満を抱くようになった。イギリスはムハンマド・アリーの目的について「アラビア王国」の樹立にあると分析したが、それはオスマン帝国の勢力維持を望むイギリスの外交方針と相反するものであった。イギリスは輸出市場とインドへの通商路を確保するためにオスマン帝国の勢力維持を望んでいたのである。やがてイギリスはムハンマド・アリーを「イギリスの外交原理に対する障害以外の何ものでもない」とみなすようになっていく。また、ムハンマド・アリーの軍事行動が引き金となってオスマン帝国がロシアに接近して軍事同盟を結んだ上、ロシアにのみダーダネルス海峡の航行を認める内容の秘密条約(ウンキャル・スケレッシ条約)を締結したことは、18世紀以来一貫してロシアの南下政策を阻止しようとしてきたイギリスにとって外交上の大きな打撃となったが、これに関するイギリスの不満の矛先はムハンマド・アリーに向けられた。イギリスからの支持を取りつけたいというムハンマド・アリーの願いは「およそ成り立ちがたいもの」となった。
第一次エジプト・トルコ戦争終結後の1833年、アレクサンドリア駐在のイギリス総領事キャンベルはイギリス政府への報告において、ムハンマド・アリーを「法的にはスルタンの臣下であるが、実際には独立している。かれは自らスルタンの家臣で、臣民であると言明しているが、そうでないと認められることを誰よりも望んでいるかにみえる......。」と評した。またフランスは、キュタヒヤ休戦協定締結へ向けた調停を行った際、特命公使をアレクサンドリアに派遣し、ムハンマド・アリーがオスマン帝国から名実ともに独立することを支持する姿勢を見せた。
ムハンマド・アリーはナイル川流域に用水路を整備し、灌漑の方式を、増水期に発生する洪水を堤防内に引き入れて作った溜池を利用する旧来の方式(溜池式灌漑)から用水路を活用し増水期減水期を問わず耕作が可能となる方式(通年式灌漑)へ移行させることを試みた。その結果、通年式灌漑は19世紀末には全エジプトに普及した。加藤博は、ムハンマド・アリーが通年灌漑を導入したことは後にエジプトが農業立国として発展する基礎になったと評価している。一方、減水期に用水路にたまった泥土を除去する作業は農民の負担となった。1825年以降、この作業のために毎年35万人の農民が4か月間使役されたといわれている。
通年式灌漑の導入・整備により、換金作物の大規模栽培が可能となった。エジプト産の換金作物としては綿花、米、インディゴ、サトウキビなどが挙げられるが、ムハンマド・アリーがとくに生産を奨励したのは利幅が大きいとされる綿花であった。綿花の専売による歳入は全体の10分の1ないし4分の1を占めたといわれ、綿花はムハンマド・アリー以降の時代もエジプトにとって主要輸出品であり続けている。エジプトの主要な長繊維綿花のひとつである「ジュメル」は、ムハンマド・アリー在位中の1820年にフランス人ルイ・アレックス・ジュメルによって開発された品種である。
ムハンマド・アリーの在位中、エジプトでは工業生産に必要不可欠であった鉄鉱石や石炭といった資源が産出されず、船舶建造のための木材も十分に確保することができなかった。それらの資源は輸入によって確保しなければならず、そのための資金(外貨)を捻出するために輸出を振興する必要があった。ムハンマド・アリーにとって幸運だったのは、18世紀末にヴェネツィア共和国が滅亡し、イギリスとの戦争によりフランスの国力が低下していたことから、地中海貿易によって利益を得る余地が十分にあったことである。貿易は国家の管理の下に行われたが、実際の取引は民間が行った。1830年代の時点で、主な貿易相手はオスマン帝国、オーストリア、イタリア(トスカーナ)、フランス、イギリスなどであった。
当初の輸出品目は穀物であったが1821年までに綿花、さとうきび、亜麻、亜麻仁、胡麻、絹、蜂蜜などが加えられていった。綿花は小麦にとって代わるようになり、1840年の綿花の輸出額は小麦の2倍にのぼった。ムハンマド・アリーは農産物輸出のための積出港としてアレキサンドリア港を整備し、さらに同港とナイル川とを結ぶ運河(マフムディーヤ運河、1817年着工、1820年完成)を建設した。これによりアレキサンドリア・カイロ間の水路距離が大きく短縮され、輸出能力が向上した。
ムハンマド・アリーが総督に就任した当時、政治の混迷が続いていたエジプトの経済状態は著しく悪く、総督府の財政状態は極めて不健全であった。フランス軍の撤退後、3人の総督およびマムルーク指導者が軍隊への給料遅配あるいはそれを避けるために課した重税に対する反発から失脚しており、財政再建はムハンマド・アリーにとって権力を維持するための最優先課題のひとつであった。
ムハンマド・アリーは歳入を確保すべく、農地に関する税制の改革に取り組んだ。それまでエジプトには数多くの免税地が存在し、課税対象農地については徴税請負人やその代理人が徴税を担当していた。税収の6割近くはこれら介在者の手に渡っており、さらに様々な名目の税金が不定期に徴収されていた。ムハンマド・アリーは免税地を削減し、20以上あった課税理由をハラージュに一本化し、政府の官吏が定期的に直接徴税を行うよう制度を改めた。税率は農地測量の結果に基づいて決定された。1810年から下エジプトで、1813年から上エジプトで測量が開始されている。既得権益を抱える徴税請負人たちの抵抗もあったが、農地全体の3分の2を管理下に置いていたマムルークの排除に成功したことで改革を進めることが可能となった。税制改革の結果、徴税効率が向上し税収は増加した。