佐伯藩
高政の入封当初、佐伯の中心となっていた栂牟礼城は奥まった土地にあったため、これに不便を感じ、番匠川河口の八幡山に新たに佐伯城を築き、麓に城下町を開いた(慶長7年(1602年)着工、慶長11年(1606年)竣工)。佐伯藩領は起伏に富み耕地が少なく農業による収入は少なかった。海岸はリアス式海岸であるため浦が多く、漁業と海上輸送基地の港として活用され、「佐伯の殿様、浦でもつ」という言葉が生まれたほどに藩財政の柱となっていた。また、林業も藩財政を支える収入源の一つであった。
慶長19年(1614年)から大坂の陣が始まると、高政は冬・夏の陣共に徳川方として参加した。また高政は築城や城下町建設、検地、新田開発など諸政策を断行して藩政の基礎を固めた。