アクウィフェクス門
アクウィフェクスの系統樹内での位置付けは未確定である。かつて、16S rRNA及び23S rRNA系統解析では、サーモトーガとともに最も深い分岐を示し、細菌の中でも特に好熱性が強いことから、しばしば生命の起源に最も近い生物として扱われた。しかしながら、より多くの遺伝子を用いた詳細な系統解析では、アクウィフェクスとプロテオバクテリア(特にイプシロンプロテオバクテリア)の近縁性を示す結果もあり、アクウィフェクスがむしろ新しい系統である可能性がある。サーモトーガとの近縁関係も確定していない。