南蛮貿易
この事件によって、マカオが禁教後にも密かに布教を支援していたことや、長崎の腐敗が明らかとなり、幕府はマカオとの断交を本格的に検討する。
長崎にはポルトガル人の管理のために出島が建設されて、長崎市内のポルトガル人が収容された。島原の乱が起きた後、禁教をより徹底させる観点から、幕府はポルトガルとの断交を検討した。幕閣は、ポルトガルに代わる取り引き相手として、オランダ商館長のフランソワ・カロンと対話をして、オランダの植民地である台湾経由でも、中国や東南アジアの物資を確保できることを確認する。幕府は長崎奉行と全国の大名に対して、ポルトガル船の来航を禁止する第5次鎖国令を発布して、ポルトガル人を追放した。マカオでは日本に対する負債を返済すれば貿易が再開できると考えて、負債を返済する銀を持った貿易再開の嘆願使節を派遣した。しかし、幕府の断交理由は負債ではなく禁教であるため、使節団は下級船員をのぞく61名が処刑されて送り返され、貿易は再開されなかった。マカオ市では貿易断絶の救済をポルトガル領インド政府に求めたが、マカオはポルトガル領インドの管轄外で自治を行なっていたという理由で救済はされなかった。その結果、南蛮貿易は終了した。
アフリカを周回してインド洋への航海を実現したポルトガルは、16世紀前半にインド洋の港町を攻撃して拠点を建設した。アフリカ東岸からアジアにかけてのポルトガル貿易は、インドのゴアにあるポルトガル領インドの政府が管理した。インド副王のアフォンソ・デ・アルブケルケは東南アジア貿易の中心であるマラッカ王国を占拠すると、アラブ人のムスリム商人全員の殺害を命じた。マラッカにいたグジャラートのムスリム商人は、ポルトガルを避けて東南アジア各地に移住した。
ポルトガル商人は明との貿易を望んだが、最初に上陸したジョルジ・アルヴァレスは民間商人だったため朝貢は許可されず、トメ・ピレス(ポルトガル語版)が使者となって国交を求めた時はマラッカ占拠が悪評となって失敗した。その他に、インド洋と同じように軍事力によって貿易拠点を求めるポルトガル人がいたが明軍に敗北した。公式な貿易の道が断たれたポルトガル商人は、密貿易を始める。ポルトガル人には中国船に同乗する者もいたので、明や朝鮮王朝からは仏郎機(ふらんき)と呼ばれて倭寇と同一視された。このため、明軍の倭寇対策によってポルトガル人も攻撃された。
ポルトガル商人は寧波の沿岸で貿易を行い、ディオゴ・ペレイラによって商人の集団が率いられた。ペレイラの出身はアゾレス諸島ともインドのコチンの混血とも言われており、のちにイエズス会の宣教師フランシスコ・ザビエルの渡航にも協力した。マラバール産の胡椒はゴアからリスボンへと運ばれたが、マラッカに集められた胡椒は中国へ送られており、中国の胡椒消費量はヨーロッパでの消費量に近いほどだった。
肥前国の松浦隆信は平戸で王直やポルトガル人を歓迎し、薩摩国の島津氏は日本の商人を後押しして、ポルトガル船は頻繁に訪れるようになった。ドゥアルテ・ダ・ガマ、ルイス・デ・アルメイダ、メンデス・ピントらの商人はイエズス会と協力して、ポルトガル人を組織した。ポルトガル王室艦隊も密貿易や海賊の鎮圧にあたり、司令官のリオネル・デ・ソーサは明からマカオの上陸を許可される。やがてポルトガル人はマカオに居住を始めて、地租を条件として広州の海道副使からマカオの居住権を獲得した。こうしてポルトガル領マカオを拠点として、日本・中国・ポルトガルの三国の商品が取引されるようになった。ピントの『東洋遍歴記(ポルトガル語版)』には、琉球王国や薩摩国についての記録もある。マカオにはポルトガル人や中国人の他に、インドや東南アジアからも住む者が現れ、人口が次第に増えていった。