プロテアーゼ
プロテアーゼは、それ自体がタンパク質であるため、他のプロテアーゼ分子 (時には同じ種類の分子) によって切断される。これはプロテアーゼ活性の調節方法として機能する。一部のプロテアーゼは、自己分解(autolysis)後に活性が低下するが (TEVプロテアーゼなど) 、他のプロテアーゼは活性が高くなる (トリプシノーゲンなど)。
また、プロテアーゼは、それらが活性を発揮する最適なpHによって分類されることもある。
酸性プロテアーゼ
I型過敏症に関与する中性プロテアーゼ。ここでは、肥満細胞から放出され、補体やキニンの活性化を引き起こす。このグループにはカルパインが含まれる。
塩基性プロテアーゼ (またはアルカリ性プロテアーゼ)