艦隊航空隊
2と空対地任務に適したハリアーGR.7と、それぞれの利点を活かした運用が可能となった。その後、2004年3月に第800飛行隊が、2005年3月に第899飛行隊が、そして2006年3月31日に第801飛行隊が機種転換を完了して、シーハリアーFA.2の運用は終了し、JFHの運用機材はハリアーGR.7/9に一本化された。2007年には、第800・801海軍飛行隊を統合して海軍打撃航空団 (Naval Strike Wing) が編成されて、ハリアーGR.7/9を運用した。2010年4月1日、NSWは第800海軍飛行隊と改称したが、同年10月に発表された戦略防衛安全保障見直し (Strategic Defence and Security Review 2010) においてハリアーIIの運用終了が決定された。11月24日に空母「アーク・ロイヤル」で最後の飛行が行われ、12月15日に運用が終了した。
その後、F-35Bが実用化されると、クイーン・エリザベス級航空母艦の艦上戦闘機として導入されることになった。ハリアーでの統合運用の経験を踏まえて、イギリス軍が導入するF-35Bはライトニング部隊司令部 (Lightning Force HQ) のもとで統合運用されることになっており、まず空軍の第617飛行隊が編成されて、2020年7月には初の艦上展開を開始した。
固定翼機の操縦士の訓練にはグロプ チューターが使われる。またホーク T1も運用され、訓練の際の敵機の役割をもって、たとえばAEWの戦闘機管制訓練や、艦載機パイロットのための空対空戦闘訓練などに使用されている。観測員の訓練はジェットストリーム T2退役後ビーチクラフト キングエア350で行われている。
第809海軍飛行隊 - F-35B / マーハム空軍基地
第814海軍飛行隊 - マーリン HM.2 / カルドローズ基地
第815海軍飛行隊 - ワイルドキャット HMA.2 / ヨービルトン基地
第820海軍飛行隊 - マーリン HM.2 / カルドローズ基地
第824海軍飛行隊 - マーリン HM.2 (OCU) / カルドローズ基地
第825海軍飛行隊 - ワイルドキャット HMA.2 (OCU) / ヨービルトン基地
第845海軍飛行隊 - マーリン HC.3 / ヨービルトン基地
第846海軍飛行隊 - マーリン HC.3 / ヨービルトン基地
第847海軍飛行隊 - ワイルドキャット AH.1/ ヨービルトン基地
第849海軍飛行隊 - シーキング ASaC.7 / カルドローズ基地
カルドローズ基地(HMSシーホーク)はコーンウォール州ヘルストン近郊、ヨービルトン基地(HMSヘロン)はサマセット州イルチェスター近郊にある。補助または臨時飛行場は、それぞれプレダナックとメリーフィールドにある。
艦隊航空戦隊(かんたいこうくうせんたい、Fleet Air Arm, FAA)は、イギリス海軍の航空機による作戦をつかさどる部門である。艦隊航空戦隊にはおよそ6,200人の人員が所属し、これはイギリス海軍の総人員の15%以上にあたる。そしておよそ200機の実戦機と50機以上の支援および訓練用航空機を運用している。アグスタウェストランド マーリン、ウェストランド シーキング、ウェストランド リンクスなどの艦載ヘリコプターのほか、以前はハリアー GR.7/9も運用していた。
艦隊航空戦隊は、イングランド、サマセット州のヨービルトン基地(HMSヘロン)の近くに博物館を持っており、艦隊航空戦隊が運用した歴史的に重要な多くの航空機を中心に、さまざまな航空機を展示している。