長崎ペンギン水族館
1階の亜南極ペンギンプールの水上部分。キングペンギン、ミナミイワトビペンギン、キタイワトビペンギン、ジェンツーペンギン、ヒゲペンギンの5種類のペンギンが見られる。ミナミイワトビペンギンは別の仕切られたスペースで飼育されている。
小分けされた水槽にタツノオトシゴ、ヘコアユとガンガゼ、クマノミ、サンゴ、セミエビ、ハナデンシャなどが飼育されている。
長崎ペンギン水族館では、前身の長崎水族館時代からペンギン飼育を継続している。旧長崎水族館は捕鯨業界最大手の大洋漁業(現・マルハニチロ)と資本関係を持っており、同社の捕鯨船が南氷洋から持ち帰ったペンギンを優先的に受け取ることが可能であったため、ペンギン飼育にかけては全国有数であった。最初に飼育されたペンギンは1959年8月に南氷洋から運ばれてやってきた4羽のヒゲペンギンであった。
2015年現在ではキングペンギン、ミナミイワトビペンギン、マカロニペンギン、ジェンツーペンギン、ヒゲペンギン、マゼランペンギン、フンボルトペンギン、ケープペンギン、コガタペンギンの9種類・約180羽を飼育し、うち7種類の繁殖に成功している。
2020年2月にマカロニペンギンが繁殖のためにしものせき水族館「海響館」へ搬出された。そのため、しばらくの間8種類の展示となっていたが、同年12月にキタイワトビペンギン6羽が入館し、再び9種類の展示となった。
このほか、長崎水族館時代にはエンペラーペンギンとアデリーペンギンを飼育していたこともある。 飼育・繁殖技術については長崎水族館時代から多くのノウハウを持ち、「長崎方式」として世界にも知られている。飼育しているペンギンの約7割が繁殖したもので、繁殖賞や長期飼育記録もある。また、現在は各地の動物園・水族館で行われているペンギンのパレードは旧長崎水族館が発祥となっている。