まんがタイムコミックス
ストーリー形式の作品はあまり単行本にならなかったが、2006年7月からは「MCS(Manga-Time Comics Stories)」の略称を付けて発行されるようになった。なおMCSシリーズ及び「まんがタイムKRコミックス」のうち『フォワード』で連載された作品はB6判で発行される。
「まんがタイム系」に掲載されているものはほぼこのレーベルより発行されるが、植田まさしの『おとぼけ課長』は芳文社コミックスより発行されている。現在では系列雑誌の連載作品の大半を青年向け4コマ漫画が占めていることから、中高年向け漫画 = 芳文社コミックス、青年向け4コマ漫画 = まんがタイムコミックス、萌え系4コマ漫画 = まんがタイムKRコミックス、エッセイ漫画 = まんがタイムコミックス・MNシリーズ、ストーリー漫画 = まんがタイムコミックス・ストーリーズとの棲み分けがされている状況にある。
2007年12月からは『らいか・デイズ』や『おねがい朝倉さん』などのような、単行本が数冊発行されており、連載雑誌でしばしばカラーで掲載されている漫画などでは、過去に収録された話を特選して「オールカラー版・本作」として再収録される事がある。定価は通常のコミックスより比較的高く、巻数の十の位に0の数字が付いている。