相楽総三
相楽は指示に従わず独立行動を続行し、碓氷峠を目標に進軍する。相楽たち赤報隊の度重なる独立行動や独断専行を危惧した新政府は赤報隊に帰還を命じたが、相楽たちは命令に従わなかった。これにより、相楽たち赤報隊は官軍の名を利用して沿道から勝手に金穀を徴収し、略奪行為を行う「偽官軍」と見なされることになる。東山道軍は、赤報隊捕縛命令を信州諸藩に通達し、かねてより赤報隊の振る舞いに反感を抱いていた小諸藩など近隣諸藩が連合を組んで赤報隊を攻撃した。このとき相楽は、今まで無視してきた東山道総督府からの召喚にようやく応じて隊を留守にしていた。小諸藩から赤報隊による勝手な金策や、暴行行為を通報されたことにより、出頭した相楽は信濃国下諏訪宿で捕縛される(相楽総三・赤報隊史料集)。
脚本家の三谷幸喜は最初に大河ドラマのオファーを受けた際、当初は相楽総三を主役にしたドラマを提案していたが、地味であることを理由に却下されたことを明かしている(実際に制作されたのは『新選組!』)。
慶応2年12月(1867年1月)、水戸浪士の中村勇吉、里見某らと共に土佐藩士・乾退助(のちの板垣退助)を頼って江戸に潜伏。当時、江戸築地の土佐藩邸の惣預役(総責任者)であった乾退助は、参勤交代で藩主らが土佐へ帰ったばかりで藩邸に人が少ないのを好機として、藩主に無断、かつ藩重役にも相談せず独断で相楽総三らを藩邸内に匿った。