海軍特別警察隊
そこで、1942年(昭和17年)3月に海軍軍法会議法が改正され、海軍大臣は、海軍の武官・文官の中から、戦地・占領地において海軍司法警察官としての職務を行う者を指定できるものとされた(73条の2)。そして、その部下も海軍司法警察吏とされた(77条2項後段)。
この改正に基づき、1942年半ばに第二南遣艦隊管下において、海軍特別警察隊の制度が始まった。1943年(昭和18年)5月時点では、海軍担当地区のうちでもオランダ領東インド北部を占領する第二南遣艦隊の管下のみに存在し、海南島などには無かった。ただし、第二遣支艦隊の管下にあった廈門の廈門特別根拠地隊にも、類似の「海軍警察隊」が同時期に存在した。その後、第二南遣艦隊を分割した第四南遣艦隊にも、海軍特別警察隊制度は引き継がれている。太平洋戦争の終結までその活動は続いた。
なお、海軍特別警察隊の創設には、陸軍の憲兵関係者から強い反対があったとも言われる。
軍事警察活動のほか、占領地での現地人慰安婦の徴募にも関わっていたと言われる。アンボン特警隊では、慰安所の設置に際して現地人慰安婦の徴募を担当するよう、根拠地隊司令部から求められた。特警隊には通訳がおり、脅しも効くから適任であるという理由であったが、特別警察隊の禾晴道中尉は治安機関が自ら関与することは住民の信頼を損なうとの名目で拒んだ。結局、日本兵と性的関係を持ったことのある女性や売春常習者などの候補者情報提供、逮捕された売春容疑者を候補として送るなどの活動にとどまった。代わりに民政部の警察が徴募の中心的役割を担ったという。