キリキア・アルメニア王国
そして11世紀後半になると、それまでアルメニアを攻撃していたセルジューク・トルコが進路を変更し、小アジアへ侵攻しようとしていた。1071年マンジケルトの戦いで東ローマ帝国は大敗し、東ローマ帝国の勢力が弱くなっていく。そして、キリキアの地にもトルコ軍が進入してくる。
そしてこのころ、東ローマ帝国がセルジューク朝の侵略に手を焼き、キリキアの統治に目がいかなくなっている間に、キリキア(および北シリア)の各地では、勢力をつけたアルメニア人有力者によるいくつかの小君主国が誕生する。これらの諸国の統治者は次の2種に分けられる。
あくまで東ローマ帝国の権威を保ったまま統治しようとする、東ローマ帝国のアルメニア系官職者
カフカスから移住してきた、民族派のアルメニア人貴族
小君主のうちの多くは前者であった。しかしこれらの諸国は、不安定であった。この地域には侵略者であるトルコ人が進出し軍事的脅威にさらされていたうえ、民衆であるアルメニア人にとってはアルメニア系君主はアルメニアに対する侵略者である東ローマ帝国の役人であり、ギリシャ語しか話せなかったこともあり、全然信頼されていなかった。たとえば、キリキアの広範囲を領有していた東ローマ帝国のアルメニア系地方長官フィラレトゥスは1078年に建国するが、10年も経たないうちに崩壊する。
キリキアを奪取したマムルーク朝だが、けっきょく統治するまでには至らなかった。テュルク系の遊牧民族、さらにはティムールがキリキアを征服したのである。このとき裕福なアルメニア人はほとんど逃亡し、キプロスで再出発をはかった。キプロス王国がなくなってからは、彼らはフランス、イタリア、オランダ、ポーランド、スペインなど、ヨーロッパ各地に旅立っている。
キリキアは15世紀に入ってオスマン帝国の支配下に入り、アダナ州と名づけられた。オスマン帝国のアルメニア人コミュニティにとって、アダナはアルメニア文字を後世に伝えるための重要な拠点となったが、同時に民族・キリスト教文化の温床となった。アルメニア人の民族運動が盛んになり、また露土戦争でアルメニア人がロシア軍の手引きを行ったなどという風評が流れると、それまでめだった争いもなく共存していたトルコ人やクルド人たちの間に反アルメニア感情が生まれた。
現在キリキアはトルコ共和国領であり、キリキア・アルメニア教会(英語版)はレバノンに遷座している。キリキア・アルメニア王国の国旗であった「赤白の獅子」はアルメニアの国章に取り入れられ、その歴史を語っている。