後水尾天皇
元和4年(1618年)には女御御殿の造営が開始されるが、天皇と寵愛の女官の四辻与津子との間に皇子・皇女がいたことが徳川秀忠に発覚すると、入内は問題視される。
元和5年(1619年)9月15日に秀忠自身が上洛して、与津子の振る舞いを宮中における不行跡であるとして和子入内を推進していた武家伝奏・広橋兼勝とともにこれを追及した。そして万里小路充房を宮中の風紀の乱れの責任を問い丹波国篠山に配流、与津子の実兄である四辻季継・高倉嗣良を豊後国に配流、さらに天皇側近の中御門宣衡・堀河康胤・土御門久脩を出仕停止にした。これに憤慨した天皇は譲位しようとするが、幕府からの使者である藤堂高虎が天皇を恫喝、与津子の追放・出家を強要した(およつ御寮人事件)。
元和6年(1620年)6月18日、和子が女御として入内すると、これに満足した秀忠は、今度は処罰した6名の赦免・復職を命じる大赦を天皇に強要した。
寛永2年(1625年)11月13日、皇子である高仁親王が誕生する。
寛永3年(1626年)10月25日から30日まで二条城への行幸が行われ、徳川秀忠と家光が上洛、拝謁した。
寛永4年(1627年)に紫衣事件、家光の乳母である福(春日局)が無位無冠の身でありながら朝廷に参内する(金杯事件)など天皇の権威を失墜させる江戸幕府の行いに耐えかねた天皇は寛永6年(1629年)11月8日、幕府への通告を全くしないまま次女の興子内親王(明正天皇)に譲位した(高仁親王が夭折していたため)。このことを事前に知られていたのは腹心の中御門宣衡のみであったとされる(『時慶卿記』寛永6年11月8日条)。