二条良基
これはかなり無理のある方法であり、乏しい正統性を補強する必要もあって、義詮は良基を関白に復職させようとする。足利将軍家の意向と勧修寺経顕の説得を受ける形で、6月25日に良基は広義門院から関白「還補」の命を受け、2日後に昨年の南朝側による人事を無効として崇光天皇在位中の官位を戻した。なお、前年11月7日から6月25日までの期間に南朝側によって行われた良基に対する措置を有効として関白解官→前関白の関白還補(再任)とみる(この場合、南朝の師基が同期間の関白として扱われる)か、これを無効として職権遂行が不可能な状況下で関白在任が継続されたとみるかによって良基の通算在任回数の数え方(計5度か計4度か)が変わることになる。良基は勧修寺経顕や松殿忠嗣ら側近とともに北朝の再建に尽力する。だが、朝廷では三種の神器のない天皇の即位に対して異論が噴出した。その際、良基は「尊氏が剣(草薙剣)となり、良基が璽(八尺瓊勾玉)となる。何ぞ不可ならん」と啖呵を切ったとされる(『続本朝通鑑』)。この過程で和平構想に失敗した公賢とその縁戚である一条経通・鷹司師平らの政治力は失墜し、政務は年若い新帝や政治経験の無い広義門院を補佐する形式で良基とその側近達及び九条経教・近衛道嗣ら新帝支持を決断した少数の公卿らによって運営していくことになる。
だが、翌文和2年/正平8年(1353年)には、南朝側の反撃によって京都陥落の危機が迫ると、足利義詮は後光厳天皇を良基の押小路烏丸殿に退避させ、そのまま天皇を連れて延暦寺を経由した後美濃国の土岐頼康の元に退去していった。良基は体調の悪化もあり、 坂本から嵯峨中院の山荘に引き籠った。
ところが、後光厳上皇が新帝の即位式を図る強訴に憤慨して強硬な態度を示し、反対に衆徒側も柳原忠光・広橋仲光・中御門宣方・万里小路嗣房ら上皇側近を次々と放氏処分として、更に幕府の信任が厚い一方で興福寺と対立関係にあった三宝院光済・覚王院宋縁・赤松性準・赤松範顕の配流という更なる条件を加えたために、良基らの仲介にもかかわらず交渉はまとまらなかった。興福寺衆徒はこの内紛の元凶は実玄を庇護した良基にあるとして、応安6年/文中2年(1373年)8月6日に良基を放氏処分にした。放氏・藤氏長者経験者の放氏は前代未聞であり、政敵の近衛道嗣ですら衝撃を受けた。ところが、良基は謹慎するどころか春日明神の名代である摂関の放氏はありえないと述べて全く無視し、翌年に後光厳上皇が危篤に陥ると直ちに参内して善後策を協議した(『保光卿記』応安7年1月27日条)。ところが、興福寺衆徒を非難し続けた後光厳上皇の崩御が衆徒を勢いづけ、更に後円融天皇の即位式を直ちに行う必要性に迫られた朝廷と幕府は要求の全面受け入れを決定し、11月8日には良基も続氏となって、神木も3年ぶりに奈良に戻った。なお、この間の応安5年/文中元年(1372年)には、良基は『筑波問答』・『応安新式』を著している。