猿の惑星: 聖戦記
人間達の後を追うシーザーたちは、人間の兵士達が仲間の人間を処刑しているという奇妙な光景を目撃する。人間同士で殺しあっている状況を訝るシーザーたちは、殺された兵士がノヴァのように言葉を喋れなくなっていることに気がつく。やがて人間達を見失ったシーザーたちの前に盗人が現れる。盗人の正体は、人間のように衣類を纏い、動物園で育ったために英語は流暢に喋れるが手話を使うことが出来ないという変わり者の猿バッドエイプだった。人間のキャンプ地で聞いたウィンターの話と、バッドエイプからの情報を照らし合わせることで、バッドエイプが語るところの“人間動物園”なる施設の正体がかつての猿インフルエンザ患者の隔離施設であり、現在の大佐たちアルファ・オメガ部隊の拠点であると推察したシーザーたちは、バッドエイプの案内で大佐達の拠点へと向かう。
雪山を越え、ついにアルファ・オメガ部隊の基地へ辿りついたシーザーたちだったが、偵察の最中に人間の兵士に見つかりそうになり、シーザーを庇ったルカが殺されてしまった。これ以上自らの復讐に付き合わせるわけにいかないと悟ったシーザーは古い仲間からも離れ、単身乗り込もうとしたところをゴリラのレッドに見つかり捕らえられてしまった。
アルファ・オメガ部隊の基地でシーザーは、新天地に向かったはずの息子コーネリアスや亡きブルーアイズの恋人レイクをはじめとする仲間の猿達と再会する。
ロケットの手引きで仲間の猿達を外へと逃がすシーザーたち。そこへ、反逆者であるアルファ・オメガ部隊を抹殺しようと人間の軍隊が現れ、人間同士による大規模な戦闘が勃発する。
自らの復讐を終わらせるため、乱戦に乗じて大佐の部屋へ忍び込んだシーザー。そこでシーザーが見たものは、シーザーを助けようと基地へ忍び込んだノヴァのぬいぐるみから新型猿インフルエンザに感染し、自らも喋ることができなくなった大佐の姿だった。死を乞う大佐を前にシーザーは復讐を躊躇、シーザーが自身を殺してくれないことを悟った大佐は自らの手で拳銃自殺を遂げた。
猿の脱走に気付いたアルファ・オメガ部隊は、猿の群れに対して銃撃を仕掛け始める。仲間達を救おうとするシーザーと、かつての同族達が殺される光景を見て心変わりを起こしたレッドの助けで窮地を脱したシーザーの活躍により基地が爆破され、アルファ・オメガ部隊は壊滅。また、アルファ・オメガ部隊を葬ろうとやってきた人間の本隊も、基地の爆発が引き起こした雪崩によって全滅し、樹上へと逃れた猿の群れだけが生き残った。
その後、群れを率いてようやく新天地へと到達したシーザー。しかし、シーザーはアルファ・オメガ部隊との戦いで受けた負傷がもとで身動きもままならない体となり、新たな故郷と成った新天地で喜びを分かち合う仲間達を暖かく見つめながら、その波乱に満ちた生涯を終えた。