細川政権 (戦国時代)
政元には弟もおらず家督を継がせられるような甥や従兄弟も京兆家にはいなかったため、養子として関白九条政基の末子である細川澄之(将軍義澄の母方の従兄弟)を迎えたが、やがて細川氏庶流や内衆などが細川氏と血のつながらない養子に将来細川宗家家督が譲られることに反発したため、分家の阿波守護家から細川成之の孫細川澄元を2人目の養子に迎えた(成之の子で澄元の実父である義春は既に病死)。なお、前述の三好之長も澄元に付けられて上洛し、政元に仕えることになる。さらに後には同じく分家の野州家から細川高国も養子に迎えるなど(ただし高国については養子になった時期が不明で政元の死後という説もある)、3人の養子を迎えたことがかえって家督争いを引き起こす結果となった。なお、前述の反乱を起こした薬師寺元一は澄元の養子入りにおいて主導的な役割を果たしたとされているが、これは結果的には澄元の排除には至らず、却って阿波細川家の離反を恐れる内衆による澄元擁立の動きを強めることになる。
永正3年(1506年)、政元はさらなる自らの勢力拡大を目指して河内・大和・丹後など諸国に軍を派遣した。この遠征は翌年になっても続いたため、政元の身辺には軍がいないという事態が続いた。そして永正4年(1507年)6月23日、政元は澄之を推す薬師寺長忠(薬師寺元一の弟)・香西元長らによって暗殺されてしまったのである(永正の錯乱)。
永正6年(1509年)、京都奪還を目指す澄元・之長らは京都に侵攻するが敗退(如意ヶ嶽の戦い)する。このため、永正7年(1510年)には逆に高国・義興による近江侵攻が行われたが、澄元は近江国人衆の支持を得てこれを破るなど、一進一退の攻防が続けられた。
永正8年(1511年)、澄元は細川政賢・赤松義村らを味方につけた大軍を率いて京都に侵攻し、各地で高国・義興連合軍を破った。ところが後ろ盾であった近江守護の六角高頼が高国方に寝返り、さらに8月14日に澄元が擁していた足利義澄が病死してしまう。このためもあって、8月24日に行われた決戦である船岡山合戦で澄元は敗れて細川政賢は戦死し、澄元は摂津に敗走した。
将軍足利義稙を擁する高国と義興の連立政権はしばらく続いたが、永正15年(1518年)8月2日、大内義興は周防に帰国したため、高国による単独政権となる。ところが反攻の機会をうかがっていた澄元らは、永正16年(1519年)10月に摂津に侵攻した(田中城の戦い)。