ペプチドワクチン
過敏症を考慮に入れる。例: 一部のIgE誘導エピトープは、鉤虫の抗原であるNa-ASP-2タンパク質のIgGエピトープと重複するため、ヒトのワクチン接種後に過敏症反応を引き起こす。
一部の単鎖ペプチドエピトープは、ネイティブ構造を維持するために伸長する必要がある。伸長された配列は、適切な二次構造を含むことができる。また、適切なコンフォメーションを維持するために、いくつかの単鎖ペプチドを一緒に安定化または環化することができる。例: B細胞エピトープは5つのアミノ酸しか含んでいない可能性がある。免疫応答を誘導するために、酵母GCN4(英語版)タンパク質の配列を利用し、αヘリックスを形成することによってペプチドワクチンのコンフォメーションを改善する。
免疫応答を誘導するためにエピトープに関連したアジュバントを用いる。