イレギュラーハンターX
通常 - 壁に当たると上下に分裂して飛ぶ電気の弾を発射する。 チャージ - 電撃によって画面全体を攻撃する。
装備武器については独自のシステムが採用されている。ボスキャラクターはエックスモードと変わらないが、ボスを倒した時にはヴァヴァの武器(作中では「兵装」と呼ばれる)を入手する。武器は腕部・肩部・脚部の3種類が存在し、ステージ開始前に予め各種1つずつ選択して装備する形となっており、ステージ中で武器を変更することはできない。1体のボスから1つの特殊武器を入手するエックスとは異なり、ヴァヴァは倒したボスの組み合わせによって複数の武器を入手することも可能となっている。
武器にはそれぞれ装備する際の制限として「コスト」が設けられており、コストの合計値が、設定された「コスト上限」を上回る組み合わせの装備はできない。コスト上限はボスを一体倒して武器選択が可能になった時点で11、以後ステージクリア毎に3ずつ上昇していき、選択ステージを全てクリアした時点で最大の32となる。それ以降のステージでは増加しないが、1度ゲームクリアした後は上限がなくなり、自由な組み合わせで武器を装備できる。
使用には(初期装備でも)エックスの特殊武器のように武器エネルギーを消費する。またヴァヴァは装備武器全てで武器エネルギーを共用しており、エネルギーを使い切った時はすべての武器が使用不可となる。ただしエネルギーは徐々にではあるが自然に回復するほか、武器エネルギーを取ることでより急速な回復が可能。
マンドリラーステージの中ボス。巨大細胞型メカニロイド。10年前に「1つの細胞をどこまで大きくできるか」という実験によって生まれた。ただし、それは高い危険性があるため、部屋に封印されていた。
ゼリー状の物質に包まれている。現在は発電所に放置され、相手の動きを止め、発電所から吸収した電気を利用して電撃を放つ。