頭部
脊椎動物以外の脊索動物では、明確な頭部は見られないが、脊椎動物は、どれもはっきりとした頭部がある。口はほぼ前端、やや下面に開き、消化管は前方部分両側の側面に鰓裂(さいれつ)が並ぶ。この鰓裂までがほぼ頭部に当たる。左右に目が1対のほか、上面にろ頂眼という目が一つあるが、これは残っているものがほとんどない。両目の間には中枢神経である脳があり、脊髄が背中側を後方に伸びる。脳を包むように頭蓋骨がある。無顎類以外では、上顎と関節する下あごの骨があり、これは鰓裂の支持をする骨に由来する。この構造は、消化管入り口に枠をつけ、大きく開く能力を与えたことで、他の分類群に類例がないものである。なお、頭部のうち背後側を、後頭部(こうとうぶ)ということが多い。
鼻は、魚類においては口の上側の皮膚に口を開く穴で、出口も体外に向かうものが多かったが、出口を口腔内に持つものから両生類が進化し、空気の取り入れと化学物質の受容器に発達した。 耳は、平衡胞として頭蓋骨内部に由来し、両生類が陸上に進出したとき、これを応用的に聴覚器官として発達させたものである。