検察庁
検察官は独任制官庁であるとともに、検事総長を頂点とする指揮命令系統に服する(検察官一体の原則)。検察庁は、このような検察官の行う事務を統轄する官署であり、国家行政組織法8条の3、法務省設置法14条および検察庁法に基づいて置かれる法務省の特別の機関である。検察庁は各裁判所に対応して置かれ、最高検察庁、高等検察庁、地方検察庁および区検察庁の4種類があり、それぞれ、最高裁判所、高等裁判所、地方裁判所および簡易裁判所に対応する。
政治からの一定の独立性を保持しており、法の正義に従った職能の行使が期待される。政治的に任命される法務大臣は行政機関たる検察庁を擁する法務省の長であることから、下部機関である各検察官に対し指揮する権限を有するとも解しうるところ、公訴権の行使に対する不当な政治的介入を防止する観点から、検察庁法において、具体的事案に対する指揮権の発動は検事総長を通じてのみ行い得るとの制限が規定されており、法務大臣が特定の事件に関して直接に特定の検察官に対し指揮をすることは認められていない。
指揮権については法務大臣と検事総長の意見が対立する場合に問題となり、かつては法務大臣の指揮に従わないこともありうる旨を述べた検事総長が国会等で問題とされたこともあった。国家公務員法には「職員は、その職務を遂行するについて、法令に従い、且つ、上司の職務上の命令に忠実に従わなければならない」とあることから、法的には検事総長は法務大臣の職務命令に重大かつ明白な瑕疵がない限り服従する義務があり、その結果の是非については指揮権を発動した法務大臣が政治的責任として負うことになる。