カットスロート・アイランド
女海賊モーガン・アダムズはかつて叔父であるドーグがモーニング・スター号の船長だった父ハリーを裏切り、宝の地図を渡すように要求している現場に駆け付けた。要求を拒否したハリーはドーグによって瀕死の重傷を負わされる。死ぬ寸前、ハリーはモーガンに自分の頭の皮を剥ぐように言う。そこには宝の地図の一部が描かれていたのだった。
モーガンはハリーの後を継いでモーニング・スター号の船長になり、父の仇であるドーグを倒し、地図に書かれた宝を手に入れようとする。ラテン語で書かれた文字を解読するためにウィリアム・ショーという男を奴隷取り引き場で購入。地図は3分の1なので、残りの2枚のうちの1枚を持つモデカイ叔父を訪問。
だが宝を狙っていたのはモーガンだけではなかった。3枚の地図の内の1枚を持つドーグ、そしてエインズリー知事も宝を狙っていた。途中、手下スカリーの裏切りに会いながらも、ショーらの協力でモーガンはドーグやエインズリー知事と闘いを繰り広げながら、宝の眠る島=カットスロート・アイランドを目指す。