佐保殿
また、宿院は藤原氏一族の施設として氏院である勧学院の弁別当がこれを管理し、他姓の公卿や弁官が公務で奈良に入る時に佐保殿に立ち入る事は出来なかった。
更に佐保殿には藤原氏の大和国における出先機関としての役目を有しており、興福寺や春日大社の寺務・社務に関する業務や藤氏長者所有のものを含めた国内各地の荘園の管理を行い、佐保殿そのものもその施設の維持・修理を行うために周囲の田畑を支配下に置いて1つの荘園として機能することになった(修理料所)。このため、佐保殿(及び修理料所)は、藤氏長者の財産である殿下渡領の1つに加えられて代々の藤氏長者に継承されるものとされた。前述のように大治4年の火災で焼失したものの、遅くても藤原頼長が奈良訪問の際に佐保殿に宿泊した仁平元年(1151年)までには再建されていたことが知られている。その後も室町時代まで佐保殿とその修理料所は存続した。
ただし、室町時代末期の『大乗院寺社雑事記』文明10年10月17日(1478年)条には「宿院御所之旧跡」という文字が見られており、この段階では既に廃絶されていたことが知られている。