蛍光顕微鏡
試料から発生する蛍光は、一般的に励起光に対して極めて微弱であるため、S/N比を向上させるために観測場所を暗黒状態にするなどの必要がある。近年は冷却CCDカメラなどの観測装置を用い、長時間の露出を行って極めて微弱な蛍光でも観察し、画像処理によって高い解像度・コントラストを得ることができるようになった。
試料によっては、観察対象となる部位以外から蛍光が発生し、これが背景ノイズとなって観察の邪魔になることがある。この現象を“自家蛍光”と呼ぶ。生物試料で特に問題になるのはクロロフィル b・コラーゲン・フィブリリン・フラビン・インドールアミン類・NADH・NADPH・ポリフェノール類・トリプトファンなどが挙げられる。この現象をクリアするために、対象物質を化学的に除く、問題となる物質が蛍光しない波長で励起を行うなどの手法がある。
また、試料に混在する物質以外にも、スライドガラスやカバーガラス・油浸用オイル・顕微鏡に使用されているレンズ材などが自家蛍光を起こすこともある。蛍光が微弱である試料を扱う場合には低蛍光性ガラスを用いたスライドガラス・カバーガラスを使用することが求められる。