談山神社
承元2年(1208年)2月には金峰山寺の衆徒による焼き討ちを受けた。安貞元年(1227年)8月、そして安貞2年(1228年)4月にも興福寺の焼き討ちを受けている。また、大和国の国衆も十市氏、越智氏は妙楽寺側に付き、楢原氏、布施氏、北隅氏らは興福寺側に付いて合戦を繰り返していた。
鎌倉時代には曹洞宗本山永平寺第2世孤雲懐奘大和尚が妙楽寺に参学している。
観応2年(1351年)11月、失火により全焼する。
永享7年(1435年)には南朝の遺臣に占領されて反室町幕府の拠点にされてしまう。これにより、永享9年(1437年)から始まった越智、箸尾両氏の幕府軍への抵抗戦・大和永享の乱に巻き込まれてしまい、翌永享10年(1438年)8月、幕府軍に焼かれて全山焼失した。しかし、大織冠尊像(藤原鎌足像)は事前に橘寺に避難させていたので焼失は免れ、嘉吉元年(1441年)9月に帰座している。
応仁3年(1469年)2月、寺内での紛争により焼失する。
永正3年(1506年)9月、赤沢朝経とそれに抵抗する十市氏、越智氏、箸尾氏等の大和国人一揆の合戦に巻き込まれ、赤沢軍に焼き討ちされた。