教派神道
1912年(明治45年)には「連合会」が組織され、戦後に至るまで13派体制が維持されたため、神道十三派と呼ばれるようになった(なお、当時の仏教の認可も13宗(十三宗五十六派)である)。
戦後には、連合会に大本も入会したが、天理教・神道大成教が退会したため、連合会所属は12派になっている。
文化庁の分類によれば、大きく復古神道系、山岳信仰系、禊系、儒教系、純教祖系に分類される。復古神道系は、神道大教や神理教、出雲大社に端を置く出雲大社教がある。山岳信仰系には富士信仰の實行教、枎桑教、御嶽信仰の御嶽教がある。儒教系とされるのは神道大成教と神道修成派。禊系は禊教と神習教である。純教祖系、教祖の体験と教えに比重の大きい教団は、黒住教、天理教、金光教、大本である。天理教は今では文化庁の分類上も教派神道系ではなく諸教に分類される。
1873年(明治6年)には教導職の神仏合同の総本山として、大教院が、最初は麹町紀尾井町、後に芝の増上に設立される。大教院は教部省による教化を具体化するために、仏教側の発案で置かれたものであったが、神道一色になる。仏教側が真宗を中心として脱会していき、1875年(明治8年)4月30日には教部省達によって大教院は解散する。先立って伊勢神宮を中心に全国の神社や、神官や民間の神道系講社に属する教導職が集い、3月に神道事務局を結成した。神道側は仏教の各宗派にあたるような組織がないことを察知し、1875年(明治8年)3月27日、大教正の三条西季知、権大教正の稲葉正邦、田中頼庸、平山省斎、鴻雪爪が連名で神道事務局の創立を教部省に願い出る。稲葉正邦は神道事務局の初代管長、田中頼庸は伊勢神宮の大宮司で神宮教の初代管長、平山省斎は氷川神社の大宮司で神道大成教と御嶽教の初代管長、鴻雪爪は御嶽教の二代管長となることになる。