日歯連闇献金事件
その後、臼田貞夫と橋本派の会計責任者が逮捕され、起訴。臼田は懲役3年、執行猶予5年の有罪判決となった。橋本派の会計責任者については禁固10月、執行猶予4年の有罪判決となった。
村岡の第一審の東京地方裁判所一審では青木、野中、橋本が証人として出廷し、村岡と対峙した。3人とも、小切手授受の現場に居合わせた記憶はないと主張した。特に橋本が出廷した時にはかつて橋本が首相時代に村岡が首相の女房役である官房長官であったことから、首相と官房長官という関係だった2人がこの事件で法廷で対立している様子が取り上げられた。村岡は「幹部会でヤミ献金の話が出たことはなく、1億円については報道で初めて知った」と全面無罪を主張。また弁護側は、村岡は当時派閥の会長代理の職にあったものの、同職は常設のポストではなく、村岡が同事件を主導したとする検察の主張には疑問が残ると主張。
2006年3月30日、東京地方裁判所(川口政明裁判長)は村岡に無罪判決を言い渡した。判決では、「橋本龍太郎元首相や幹部、自民党全体に累が及ばないように虚偽の証言をした可能性がある」「元会計責任者の供述内容も一貫性がなかったり矛盾点があるとして、とうてい信用することはできない」と断じた。検察は控訴。
2007年5月10日、東京高等裁判所(須田賢裁判長)では禁固10ヶ月、執行猶予3年の逆転有罪判決を下した。元会計責任者の供述内容の評価は第一審とは正反対に「自然で合理的」、「根幹部分で逮捕直後から一貫している」と、証言の信用性を認めた。なお、この判決で野中のアリバイが偽証であると認定された。
2008年7月14日、最高裁は上告を棄却し、村岡の有罪判決が確定した。