横須賀・総武快速線
横浜駅は地上のJR各線・京急本線・相鉄本線、地下の東急東横線・みなとみらい線・横浜市営地下鉄ブルーラインの全国最多となる合計6社局が乗り入れる。東海道線と並行するため、一部の駅で駅舎の工事を行い、横浜駅では駅ビルと東急東横線の駅を移設するなどしてホームの幅員を増やした。京急本線、および京浜東北線に繋がった根岸線が横浜駅で左にカーブして離れ、右側に併走する相鉄本線が同線西横浜駅付近まで並行。同線が離れると東海道線との複々線で住宅街を走る。左側に国道1号(東海道)が並行すると、保土ケ谷駅へ至る。同駅ではそれまで横須賀線電車のみ停車していた東海道本線のホームを廃止して、旧貨物線上に横須賀線ホームを設置した。保土ケ谷駅を過ぎると右にカーブ。ここから多摩丘陵と三浦丘陵に挟まれた谷間を進み、保土ヶ谷バイパスをくぐると東海道線(上野東京ライン)の清水谷戸トンネルと少し離れて品濃トンネルに入る。トンネルを出ると、猪久保トンネルを経て右側から現れた東海道貨物線が並行し、離れていた東海道線が近づき3複線となると横須賀線電車のみが停車する東戸塚駅に至る。同駅は、国鉄が地元からの長年の要望を受けて1980年10月1日に新設した駅である。
エアポート成田とは、東日本旅客鉄道(JR東日本)が総武線快速電車のうち、成田空港駅行きの快速に与えていた名称である。なお、横須賀線では普通列車の扱いなので、発車案内においては単に「エアポート成田」または「普通 エアポート成田」と案内されていた。
2018年3月17日のダイヤ改正でこの愛称が廃止され、他の横須賀線・総武線快速電車と同じ扱いとなっている(停車駅に変更なし)。
本系統を走行する定期特急列車は、成田国際空港への空港アクセス列車である「成田エクスプレス」と銚子駅方面の「しおさい」である。
成田エクスプレス
八王子駅・新宿駅・大船駅 - 成田空港駅間で運行される。大船駅発着列車は、大船駅 - 千葉駅間で本系統を走行するが、八王子駅・新宿駅発着列車は、旧・目黒川信号場から本系統へ入り、千葉駅まで走行する。また、ほとんどの列車が東京駅で分割・併合する。分割・併合は、必ず大船駅発着列車が先発・先着、八王子駅・新宿駅発着列車が後発・後着となり、成田空港行きおよび大船・新宿方面行きともに、必ず前方が大船駅発着編成、後方が八王子駅・新宿駅発着編成で運行される。 2022年3月改正までは大宮駅・池袋駅発着列車が存在し、新宿駅発着列車と同様に山手貨物線を経由して運行された。特に池袋駅発着列車は東京駅で分割・併合を行わない列車がほとんどであった。
2014年3月から2016年12月まで、土休日のみ横須賀駅まで臨時列車として延長運転した実績があり、大船駅以南の途中停車駅は北鎌倉駅・鎌倉駅・逗子駅であった。
しおさい
東京駅 - 銚子駅間で運行され、東京駅 - 千葉駅間で総武快速線を走行する。列車は上下7本ずつ運行され、上り1本(4号)は佐倉発、1往復は成東駅発着、それ以外は全て銚子駅発着である。
1994年(平成6年)12月3日改正から2022年(令和4年)3月11日まで総武快速線の平日朝夜の通勤時間帯に運行されていた。種別カラーはE217系が赤色、E235系が紫色であった。
東京駅 - 錦糸町駅間では各駅に停車、錦糸町駅 - 千葉駅間では船橋駅のみに停車、千葉駅 - 成田駅間では東千葉駅・物井駅を通過していた。上り列車は先行列車を追い越さないため通常の快速と所要時間がほぼ同じで、下り列車は先行の快速千葉行きを市川駅で通過追い越しするため、快速よりも所要時間が短かった。これは同区間を走行し停車駅が通勤快速よりも少ない特急「成田エクスプレス」や特急「しおさい」とほぼ同じである。下り列車の錦糸町駅 - 船橋駅間の区間表定速度は84.9km/hに達しており、常磐線特別快速の松戸駅 - 柏駅間の区間表定速度84km/hよりも速かった。
運行列車は、朝の成田線成田発横須賀線大船行き1本・成田線成田空港発横須賀線逗子行き1本と、夜の東京発成田行き2本であった。
1972年から1989年の房総夏季ダイヤで運行されていた臨時快速列車。定期の内房線直通快速と外房線直通快速を安房鴨川駅まで延長運転したもので、内房線経由には「青い海」、外房線経由には「白い砂」の愛称が付けられていた。定期区間の停車駅は他の快速と同じであったが、延長区間の停車駅は列車によって異なっていた。基本的には東京駅発着であったが、時期によっては、品川駅や両国駅発着であったり、横須賀線の久里浜駅や中央本線の新宿駅発着となる列車もあった。また、前面にはヘッドマークが掲げられていたが、横須賀線とのスルー運転や当時の労務事情などによって、ヘッドマーク取付は廃止され、さらに海水浴客の減少に伴い運転本数も削減されていった。
1990年以降の房総夏季ダイヤでは、内房線経由は「シーサイドライン内房」「ホリデー快速シーサイドライン内房」「ホリデー快速内房」「ホリデー快速青い海」、外房線経由は「シーサイドライン外房」「ホリデー快速シーサイドライン外房」「ホリデー快速外房」「ホリデー快速白い砂」などといった臨時快速列車が運行された。
2019年3月16日のダイヤ改正で総武快速線のライナーは全列車が廃止された。
東京駅・新宿駅・秋葉原駅に設置されているライナー券券売機でライナー券を購入し、指定された号車の乗車口から乗車する制度となっていた。
東京発の列車は総武快速線のみを走行するが、新宿発の場合はまず御茶ノ水駅手前まで中央線快速と同じ線路(中央快速線)を走行し、そこから渡り線を通って中央・総武緩行線へ移り、さらに錦糸町駅手前の渡り線を通って総武快速線に移動するルートである。
車両はすべて幕張車両センター配置のE257系500番台が使用されていた。2005年12月9日までと2008年3月15日から2009年3月13日までの一部列車では183系(幕張電車区所属)が、2005年12月10日から2015年3月13日まで255系も使用されていた。なお、255系はグリーン車が連結されているが、当列車では普通車扱いであり、ライナー券で着席可能とされていた。 停車駅 1・3・7・9号 東京駅 - 船橋駅 - 津田沼駅 - 稲毛駅 - 千葉駅 5号 新宿駅 - 秋葉原駅 - 船橋駅 - 津田沼駅 - 稲毛駅 - 千葉駅 船橋駅は2016年(平成28年)3月26日より停車駅に加わり、東京駅・秋葉原駅 - 船橋駅間は途中無停車である。
1984年7月13日に国鉄で2例目のホームライナーとして東京駅→津田沼駅間の「ホームライナー津田沼」として運行が開始された。運転本数は2本で、翌1985年3月14日には東京駅・新宿駅発列車が各1本ずつ設定され、計4本が運行された同年10月1日には朝の上り「ホームライナー津田沼」(津田沼駅→東京駅間)を1本増発、1987年5月11日に下り1本増発、これで下り東京駅発4本・新宿駅発1本、上り1本の計6本となった。朝の上りは1990年3月10日に「おはようライナー津田沼」に改称したが、その後「わかしお」・「さざなみ」が総武本線から京葉線に経路変更される際に廃止された。1988年7月6日に下り1本の運行区間が千葉駅まで延伸されて現在の名称「ホームライナー千葉」となった。その後、「ホームライナー津田沼」は1991年3月10日に2本削減、1994年12月3日に1本削減、最後に残った1本も2000年12月2日のダイヤ改正で、千葉駅まで延長され「ホームライナー津田沼」は廃止となった。
2018年改正のダイヤでは、東京・新宿発千葉行きで平日のみ夜19時以降に東京駅・新宿駅方面から津田沼駅・千葉駅へ向かう下り列車が1日5本設定されており、上り列車の設定はなかった。