トリパノソーマ科
鞭毛は細胞核後方から生じ、細胞表面の溝に沿っている。
トリパノソーマ科 Trypanosomatidae Doflein, 1901 は早い時期から独自の科として扱われ、伝統的には鞭毛の数が少ないことによって鞭毛虫綱原鞭毛虫目に所属させられてきた。1961年にボド科とともにキネトプラスト目(のち綱に格上げ)にまとめられ、さらに1990年代になってユーグレノゾア門への所属が受け入れられるに至っている。
一方で、トリパノソーマ科の内部の分類体系は目下再検討中であり、充分に整備されているとは言い難い。長らく形態のみに着目した分類が行われていたことと、分子系統解析の導入が医学的に重要な原虫に偏っていたことが主な理由である。従来の体系で単系統的なのはトリパノソーマ属、リーシュマニア属、フィトモナス属のみであり、分子系統解析に基づく整理が進められている。
2018年の時点で分子系統を反映した6亜科が設定されており、その内訳は以下の通りとなっている。
Blechomonadinae ブレコモナス亜科 Blechomonas