湖西線
ここで大半の普通が京都方面に折り返すほか、敦賀駅および近江塩津駅発着の新快速の増解結作業が行われている。
湖西地域は北陸から続く多雪地帯のため、スプリンクラーや雪落とし溝などの設備を持っている。近江今津駅には電留線設備があり車両の夜間滞泊が行われているが、留置時にパンタグラフが位置する場所には屋根を設け、降雪から車両を保護している。
一方で、比良おろしと呼ばれる強風により、貨物列車が停車中に横転した例があるなど、速度規制や運転見合わせとなることも多く「サンダーバード」など湖西線を通過する特急が米原駅(東海道本線・北陸本線)経由で迂回運転されることもある。2006年度では運転見合わせは計28日実施された。これを受けて、JR西日本は、比良駅 - 近江舞子駅間と、近江舞子駅 - 北小松駅間の山側(西側)に防風柵を設置し、従来秒速25メートルで運転規制を行うようにしていたのを30メートルまで引き上げ、年間の運転見合わせ時間が設置前の26%になった。防風柵は更なる設置が進められている。また防風柵工事完成に合わせて、近江舞子駅には風力発電装置が備えられ、駅で使用する電力の一部を賄っている。
湖西線建設当時、山科駅は直流で、近江塩津駅は交流で、それぞれ電化されていたため、近江塩津駅手前の永原駅との間に交直セクションが設けられた。これにより、大阪・京都方面から湖西線を通して北陸方面に直通できる車両は、気動車やディーゼル機関車などの内燃動車や動力を持たない客車・貨車を除けば車上で交流と直流の切り替えができる485系などの交直流電車と交直流両用のEF81形電気機関車に限られた。山科駅 - 永原駅間は直流電化で建設されたため同区間の普通列車は直流電車で運転されていたが、需要が多く見込めない湖西線と北陸本線との直通列車には特急列車を除いて高価な交直流電車は投入されず、近江今津駅 - 近江塩津駅 - 敦賀駅間の普通列車は電化区間でありながら1991年9月13日まで気動車で運転されていた。
一方、北陸本線も交流電化のためローカル列車の本数も少なく、湖北地区と大津や京阪神間の移動には米原駅での乗り換えが必要であった。滋賀県や地元自治体は国鉄時代の1986年に沿線市町・商工会で「北陸本線直流化促進期成同盟会」を設立し、北陸線の利便性向上には電化方式の変更が必要と国鉄・JRへの要望活動を進め、さらに1990年5月には、湖西の市町も加わり「琵琶湖環状線促進期成同盟会」を新たに発足させ、JRへの働きかけを進めた。その結果、翌年北陸線米原駅 - 長浜駅間の直流化工事が行われた。もともと実際の交直セクションは同線の坂田駅 - 田村駅間であったので、これを長浜駅 - 虎姫駅間に移設したものである。工事費約7億円は県や長浜市など地元自治体の負担でまかなった。
かつては、大晦日深夜から元旦にかけて、JR京都線京都駅 - 山科駅 - 堅田駅間で普通のみ約60分間隔で終夜運転が実施されていたことがあったが、2000年代半ば頃には既に取り止められ、代わりに終電後に京都発堅田行き臨時列車を1本運転していたが、のちにそれも廃止されている。
3月16日:近江塩津駅構内でATS-Pが使用開始。 3月19日:北小松駅 - 永原駅間でATS-Pが使用開始。 3月23日:山科駅 - 北小松駅間でATS-Pが使用開始。 4月18日:女性専用車が毎日、終日設定される。
2014年(平成26年) 7月:貸付期間経過に伴い、湖西線は鉄道・運輸機構からJR西日本に譲渡 7月20日:開業40周年を迎え、DD51形ディーゼル機関車牽引の「サロンカーなにわ」による記念列車を京都駅 - 敦賀駅間で運行。
2015年(平成27年)3月14日:路線記号が本格導入開始。
2016年(平成28年)3月26日:ダイヤ改正に伴い、緩行電車の直通が終了。
2017年(平成29年)10月23日:平成29年台風第21号の強風により比良駅 - 近江舞子駅間で架線柱9本が折損、翌24日は堅田駅 - 近江今津駅間で運休し、特急は一部運休の上、米原経由で運転。25日始発から運転再開。
2018年(平成30年)3月17日:各駅に駅ナンバリングが導入され、使用を開始する。
2019年(平成31年)2月:山科駅 - 近江塩津駅間に列車運行管理システムを順次導入。
2023年(令和5年) 3月18日:223系2500番台が運用開始。 4月1日:113系・117系が運用終了。