丹後魚っ知館
2000年(平成12年)8月16日にはおたる水族館から2頭のゴマフアザラシを搬入し、2001年(平成13年)11月1日には玉野市立海洋博物館から1羽のマゼランペンギンを搬入した。1989年(平成元年)の開館から15年間は水族館の入場料が無料だったが、宮津エネルギー研究所の活動休止に伴い、2004年(平成16年)6月1日には水族館の入場料を有料とした。
2005年(平成17年)5月26日には1頭のゴマフアザラシをのとじま臨海公園水族館に搬出し、11月9日にはのとじま臨海公園水族館から1羽のマゼランペンギンを搬入した。2007年(平成19年)には宮津市民からキングペンギンの剥製を譲り受けてエントランスでの展示を開始した。2008年(平成20年)5月2日にも上越市立水族博物館から1羽のマゼランペンギンを搬入している。
2009年(平成21年)7月にはアザラシ・ペンギンプールの改修を行い、アザラシとペンギンが一緒に泳ぐ全国でも珍しいプールとなった。2010年(平成22年)4月25日には総入館者数が500万人を達成した。同年7月16日には上越市立水族博物館から2羽のマゼランペンギンを搬入した。2012年(平成24年)3月14日に京都市に京都水族館が開館するまでは京都府唯一の水族館だった。
2015年(平成27年)には地元漁師の定置網にかかったエビスザメの展示を開始したが、日本国内の水族館で飼育されている唯一の個体であるとして話題になった。
関西電力宮津エネルギー研究所敷地内にあり、関西電力のPR施設としてエネルギー知識の普及啓発施設を兼ねる。26種類の水槽で、約200種類・4000匹の丹後地方の海に生息している魚や、マゼランペンギン、ゴマフアザラシなどを飼育する。京都府立海洋センターや京都大学のフィールド科学教育研究センターの海域ステーション・舞鶴水産実験所の実習等、他機関の教育研究活動にも協力し、資料提供やバックヤードの公開を行ってきた。
イメージキャラクターは、ミノカサゴをモチーフにしたウォッチ君。魚の絵と漢字が描かれたカードゲーム「魚魚(とと)あわせ」(後述)開発のきっかけとなった水族館として知られている。
第1弾の「魚魚(とと)あわせ」は、魚っ知館がある京都府北部地域の丹後地方の魚介類を取り上げたもので、2003年3月20日に発売し、以降は各地方の魚介類を取り上げている。また、第8弾では英語版を、第12弾では日本全国の魚介を取り上げた「日本津々浦々版」を作った。現在までに以下の「魚魚(とと)あわせ」が作られている。
京都丹後版
越前若狭版
越中富山版
加賀・能登版
山陰但馬・城崎温泉版
隠岐・出雲・石見(島根)版
紀州和歌山版
Sushi Bar
瀬戸内版
江戸前版
琵琶湖・淀川水系版
日本津々浦々(全国)版
「魚魚(とと)あわせ」は、2003年(平成15年)、魚っ知館のアクアリウムショップにオリジナル商品が無かったことがひとつのきっかけとなり、水族館の飼育業務を受託していた大阪市に本社を置く環境・土木・建築の総合エンジニアリング企業の社員のなかから、魚介類の専門知識を活かして何か面白いものが出来ないかと考案されたカードゲームである。カード2枚につき1つの魚介類の切り絵と漢字があしらわれている。2枚を横に並べると、絵がつながり、偏(へん)と旁(つくり)に分けて書かれてある漢字もつながるようになっている。これにより、絵合わせや神経衰弱をして遊ぶことができる。また、2枚のうち片方にはその魚介に関する七五調の文章が書かれている。これを読み札、もう一方を取り札にすることで、かるたとして遊ぶこともできるようになっている。