空の中
200x年1月7日、2005年に発足したYS-11以来となる大規模な国家規模の民間輸送機開発プロジェクトによって開発された、世界初となる超音速ビジネスジェット機にして日本初の超音速旅客ジェット機である「スワローテイル」の試験機が四国沖の自衛隊演習空域、通称・L空域を試験飛行中、高度2万mに到達直後突如爆発炎上する。2月12日、航空自衛隊飛行開発実験団所属のF-15Jイーグル2機編隊が同空域を実験飛行中、同じく高度2万mで1機が爆発炎上、編隊長である斉木敏郎三等空佐が死亡する。両事故の機体にはいずれも異常がなく、事故原因は謎のままだった。
その日、高知県に住む斉木三佐の息子である斉木瞬は、半透明の乳白色で不定形のクラゲのような奇妙な生物に海岸で遭遇する。携帯電話を介して拙いながらも言葉を発するその不思議な生物を瞬は「フェイク」と名付け、瞬の幼馴染である佳江の提案により家で育てることにする。