後円融天皇
陵(みささぎ)は、宮内庁により京都府京都市伏見区深草坊町にある深草北陵(ふかくさきたのみささぎ)に治定されている。宮内庁上の形式は方形堂。深草北陵には持明院統歴代が葬られており、「深草十二帝陵」とも称される。
崩御の翌日に泉涌寺において火葬し、その遺骨を納めた深草法華堂が現陵にあたる。また、泉涌寺塔頭雲龍院に分骨所がある。
また皇居では、皇霊殿(宮中三殿の1つ)において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。