フランシスコ・ボルハ
ペルーはフランシスコが宣教に期待を寄せていたホセ・デ・アコスタら優秀な人材が現地の先住民の生活改善と布教に努力し言葉を翻訳、教会・学校などインフラ整備で成果を挙げ、メキシコのほかエクアドル(1586年)、コロンビア(1589年)、チリ(1593年)などフランシスコの死後新しい管区が開かれていった。フランシスコは海外宣教師へ宛てた文書で改宗者を注意深く教育することについて指摘、ピウス5世への提案に海外宣教活動を枢機卿からなる中央委員会に置くことを勧め、1622年の布教聖省(福音宣教省)設置に結実した。
1570年にオスマン帝国のヨーロッパ遠征隊派遣に対抗してカトリック諸国結集を計画したピウス5世は、教皇特使を各国へ派遣することを決め、フランシスコを随行者に選んだ。フランシスコは病気で健康面に不安を抱えていたが、承諾して1571年6月30日に使節団に加わって出発した。
スペインでは、かつて統治していたカタルーニャで昔と違い住民に歓迎され、異端審問所は禁書に指定していたフランシスコの本を公刊、バレンシアでも家族に迎えられた。スペインも対オスマン帝国同盟に賛成し、使節任務は進展した。しかしポルトガルは王位継承問題に直面、フランシスコはセバスティアン1世とフランス王女マルグリットの結婚を勧め、1572年に病気のため使節団に遅れてフランスを訪問したが、既にマルグリットはナバラ王エンリケ3世(後のフランス王アンリ4世)と結婚することが決まっていたため、フランスを対オスマン帝国同盟にも入れられず交渉は不首尾に終わった。