小倉藩
享保15年(1730年)には、3代忠基の次男長逵が、継嗣のいなかった播州安志藩初代藩主小笠原長興の養子となってこれを相続、以後小倉藩・小倉新田藩・安志藩の小笠原三家は継嗣の養子縁組などにより姻戚関係を深め、小倉新田藩のみならず本来小笠原氏の嫡流だった安志藩までもが小倉藩の分家筋のように位置付けられていくこととなった。
4代忠総は、宝暦8年(1758年)に小倉城内に藩士の文武教練場「思永斎」を設けた。これが後の藩校「思永館」となった。
安永6年(1777年)犬甘知寛(いぬかい ともひろ)が家老に就任し藩財政改革を行った。犬甘の努力により寛政10年(1798年)頃には財政も好転し銀8千貫の貯蓄ができるまでになったが、反対派の陰謀により享和3年(1803年)に失脚、無実の罪により入牢しそこで非業の死を遂げた。その後藩内では重臣間の派閥争いが続くこととなった。
文化8年(1811年)第6代藩主小笠原忠固の時代に文化の変とも白黒騒動とも呼ばれる御家騒動が勃発
文政3年(1820年)には郡代杉生貞則による産業振興策が始まり、今川の河川改修、各地の道路整備、宇島港築港などが行われた。
文政年間には村方騒動も起こった。
長州征討では、小倉藩は征討軍の九州側最先鋒として第一次、第二次ともに参加した。元治元年(1864年)の第一次長州征討では長州藩が江戸幕府に対する恭順を示し、戦闘は発生しなかったが、翌慶応元年(1865年)の第二次長州征討(四境戦争)では、小倉藩は征長総督の老中小笠原長行 の指揮下で小倉口の先鋒として参戦した。この戦闘は幕府・小倉藩に不利に展開し、長州軍の領内侵攻により門司が制圧されると、小笠原総督は事態を収拾することなく戦線を離脱し、他の九州諸藩も軒並み撤兵に転じた。孤立した小倉藩は慶応2年(1866年)8月1日小倉城に火を放ち、田川郡香春(現香春町)に撤退した。その後も、家老島村志津摩を中心に軍を再編して企救郡南部の金辺峠及び狸山に防衛拠点を築き、高津尾を前線基地として長州軍に遊撃戦を挑み、一時は小倉城を奪還するに至った。しかし、同年10月には他戦線での停戦成立に伴って長州側の兵力が増強されると、次第に圧迫されるようになり、多くの防衛拠点が失われるに及んで、停戦交渉が開始された。