石西礁湖
石西礁湖では、近年、オニヒトデの大発生による食害や、海水温の上昇による白化現象が度々発生している。特に2007年の高水温による白化の被害は大きく、2008年までの5年間でサンゴの約7割が消失したとの調査もある。このため、環境省等によって再生のためのプロジェクトとして石西礁湖自然再生事業が進められており、サンゴの移植等が行われて、移植されたサンゴの産卵も確認され、サンゴは回復傾向にあった。
しかし、2016年には海水温の上昇等のために、7-8月の調査で89.6%、9-10月の調査では97%のサンゴが白化していることが確認された。2018年6-7月に行われた補足調査での平均サンゴ白化率は、石西礁湖の中央部で51%、北部で21%となっている。2022年9月24~29日の調査では92.8%だった。
黒島港沖のサンゴ
新城島沖のサンゴ
424.2 ha。竹富島の南約2km沖に位置する離礁が点在する海域。
また、2001年(平成13年)12月に環境省によって日本の重要湿地500の一つに選定され、2016年(平成28年)4月22日にはこれを見直した「生物多様性保全上重要な湿地」(略称:重要湿地)に選定されている。