富士門流
身延離山後の1289年(正応2年)、門祖は地頭南条時光の招きにより持仏堂(後の下之坊)に移った。翌1290年(正応3年)、門祖は南条時光の大石ヶ原寄進によって富士大石寺を建てた。古くから富士方・富士門跡と称した。
1298年(永仁6年)、足かけ10年過ごした富士大石寺を日目にまかせ、日興は地頭石川孫三郎能忠の招きにより重須へ移住する。ここに北山本門寺を開山し、談所を設け、35年間に渡って教線を張り、子弟を育成する。門祖は、本六人(日華・日目・日秀・日禅・日仙・日乗、『弟子分本尊目録』記載順)・新六人(日代・日澄・日道・日妙・日毫・日助、『家中抄』記載順)と称せられる弟子を育成した。その外に日尊がいる。日目は富士大石寺を継承、日華は下条妙蓮寺を創立、日尊は上行院(後の京都要法寺)を開山、日目の弟子日郷は富士大石寺東御堂の蓮蔵坊の名跡を移し分立(今日の小泉久遠寺)・房州保田妙本寺を開基、日郷に折伏されたとする薩摩法印(日叡)は日向定善寺を中心に弘教に専念する。
日蓮正宗では、1332年(元弘2年、正慶元年)11月10日に日興が『日興跡条々事』を記し、これを基に門祖から日目へ唯授一人の血脈相承があった、としている。その一方で、日蓮宗はこれを認めていない。
1333年(元弘3年、正慶2年)、門祖は重須で遷化(逝去)した。翌1334年(建武元年)、富士大石寺上蓮坊において、本六人・日仙と新六人・日代が方便品読不読論を論争した結果、日代と日満は重須を去る。この後、日代は西山本門寺を興し、日満は佐渡一谷の妙照寺を開基している。
宗派別の寺院一覧は次のとおり。
日蓮正宗(富士大石寺・下条妙蓮寺)
興統法縁会(日蓮宗内の富士門流寺院)(北山本門寺・小泉久遠寺・伊豆実成寺)
法華宗興門流(西山本門寺)
日蓮本宗(京都要法寺)