サガ3時空の覇者 Shadow or Light
成長システムと同様に、サガシリーズのシステムに統一する形で系統ごとに再構成されている。この変更に伴い、GB版から半数弱の敵モンスターが削除・新規追加されている。また、ボス専用敵キャラクターなどの一部を除いて、GB版では1系統あたり2-5種類とばらつきが見られたが、DS版では前作に倣った形で1系統につき5-6種類にほぼ統一されている。
同じ名前のモンスターでも強さのランクは大幅に変更されていることも多く、そのためGB版と同じシチュエーションで同じモンスターが登場する場面でありながら難易度が大きく変動しているケースも存在する。
ボスキャラクターは全体的に強化されており、サガシリーズのシステムに統一する形で攻撃方法が変更されている。
プレイヤーノートの追加。 メインの物語を扱う「ストーリーノート」と、脇道シナリオを扱う「フリーシナリオノート」では、それぞれの物語の状況が変化すると書き込まれていく。 モンスターの能力値を記録する図鑑「モンスターノート」では、敵として出会ったり、味方が変身した個体の情報が書き込まれる。ただし、通常難易度 (Normal) でのベースとなる能力値のみが書きこまれているため、ランダムで変動する実際のHPや、巨大化した状態での能力値・味方が変身した場合の能力値などは載っていない。とくに変異種は味方しか変身できないにも関わらず、図鑑に記載されるモンスターのHPは「仮に敵が変異種として登場した場合のHP」が書き込まれるため、実際にゲームで活用するためのデータとしては不正確な部分もある。
前作『サガ2GOD』に倣ったコンフィグ機能の追加。
原則的に敵対することになる、異次元世界出身の神々。難易度設定によっては、その大半がストーリーとは無関係に別の場所でも登場することがあり、ストーリー上で戦うより強くなっている(ストーリーで出会う前に強いバージョンと戦える相手もいる)。
強力な効果をもたらす切り札のような役割を持つ「ギアドライブ」が発動(ギアポイントを消費する)。使用するには、コマンド入力中ではなく、コマンド入力終了後のキャラクター行動中にYボタンを押す。Yボタンを押しながら方向キーを左右に押せば、使用したいギアドライブの種類を切り替えられる(ターン中でも切り替えできるが、ターン中はYボタンを離すとそのギアドライブの使用を決定するため、使用せずに切り替えのみを行いたい場合はターンが終了するまでYボタンを押しっぱなしにする必要がある)。