タンパク質タグ
またグルタチオン-S-トランスフェラーゼ(GST)やマルトース結合タンパク質(英語版)(MBP)のように、低分子化合物(それぞれグルタチオン、マルトース)を特異的に結合するタンパク質を利用したタグがある。
さらに現在多く用いられるのが抗原抗体反応を利用した「エピトープタグ」で、特定の抗原性を示すペプチド(エピトープ)をタグとしてつけておけば、それに対する抗体で結合することができる。これにはHAタグ(インフルエンザウイルスのヘマグルチニンのペプチド配列を利用)、mycタグ、FLAGタグなどがあり、上記のHisタグ、GSTやGFP(下記)など多くのタグもこの目的に使える。高い特異性により精製が容易になると期待される。
またタンパク質マイクロアレイの作製法として、Biotin Carboxyl Carrier Protein(BCCP)タグ(ビオチン化ペプチド)を用い、ビオチンを介してタンパク質を固定化する方法が用いられる。このタグは大腸菌のアシルCoAカルボキシラーゼに由来するタンパク質で、細胞内のビオチンリガーゼによってそのリジン残基にビオチンが共有結合される。ストレプトアビジンを固定化しておけばこれがビオチンを強固に結合するので、ここに目的のタンパク質が固定化される。このほかにも共有結合により直接固定化されるタグが開発されている。