ジャクソン砦・セントフィリップ砦の戦い
ミシシッピ川下流の狭い水域に3つの異なる組織があることで、艦隊指揮の状況は既にまずい状態にあったが、下流のファラガットの戦隊が形成されたことが明らかになったときは、さらに悪化し始めた。艦隊司令のホリンズはこのときメンフィス近くにいた。メンフィスは当時南軍が保持した川沿いの最北の地であり、陸軍省はその維持のために何ら力を割くことができないと言っていた。ホリンズはメキシコ湾からの脅威がリッチモンドが考えているものよりも厳しいことが分かっていたので、ラベル将軍からニューオーリンズの防衛のために戻ってくるよう要請があった時には応じる用意があった。まだメンフィスに居るときに、リッチモンドに電報を打って、ファラガットの戦隊が砂州を通過するために軽くされている状態の時にその艦船を攻撃する許可を求めていた。その要請はあまりに強硬だったので、実際上不服従と解釈された。ホリンズはリッチモンドに呼び出され、表面上は検査委員会任務ということだったが、事実上現役任務から外されていた。
北からの圧力を減らすこと無しに、エイブラハム・リンカーン大統領は南から海陸協働による攻撃に取り掛からせた。北軍陸軍は政治家将軍のベンジャミン・フランクリン・バトラーが率いる18,000名が出動した。北軍海軍は艦隊司令のデヴィッド・ファラガットが率いる西メキシコ湾封鎖戦隊の大部分が加わった。この戦隊には、デイビッド・ディクソン・ポーター海軍中佐の率いる臼砲搭載スクーナーと支援艦で構成される半自立の戦隊が補強した。
海軍の遠征隊はメキシコ湾のシップ島に集結した。準備ができると海軍の部隊が艦船を川に入れ、4月14日までに完了した。続いて砦に近い場所まで移動し、4月18日には臼砲による砦砲撃が始まった。
それに続いた戦闘は2つの部分に分けることができる。南軍の保持する砦に対して筏に載せた臼砲からほとんど効果の無い砲撃を行った段階、続いて4月24日夜にファラガットの戦隊の多くが砦下をうまく通り過ぎた段階だった。この通過の間に北軍の艦船1隻が失われ、他に3隻が後退したが、南軍の砲艦は事実上全滅させられた。その後のニューオーリンズ市侵攻は特に反撃も無く市の占領まで進み、南軍がその後も取り返すことが出来なかった重大で致命的ですらある打撃となった。砦は北軍戦隊が通過した後も残っていたが、ジャクソン砦の士気が落ちた兵士達が反乱を起こし、降伏することになった。