クモハゼ
クモハゼはハゼ科クモハゼ属に分類されている。クモハゼ属にはほかにスジクモハゼ、ヤハズハゼ、クロヤハズハゼ、シジミハゼ、クサビハゼなどが含まれるが、クモハゼはなかでもクロヤハズハゼと多くの特徴を共有する。この2種の明確な識別点は色彩で、第1背びれの模様が異なることと、クロヤハズハゼの体側の黒色斑は下部に伸びないことで区別できる。またクモハゼのほうが頭部がやや短く、第1背びれがより前傾する。
分子系統学によればクモハゼ属はヒトミハゼ属に近縁であると推定されている。形態の比較から、ほかにウロハゼ属(英語版)、サザレハゼ属との近縁性が指摘されている。