ポケットモンスター ルビー・サファイア
本作の音楽担当・一之瀬剛は、本作の曲を好きになったユーザーからは「PSGとPCMが混ざった音がとても好き」という声が寄せられていたと述べている。
『Ikenfell』の開発者・シェビー・レイ・ジョンストンは、『Ikenfell』のアートに特に影響を与えた作品として本作を挙げている。
本作に登場するレジロック・レジアイス・レジスチルが出現するそれぞれの場所が原爆および空爆の被害を受けた場所と一致しているという説がネット上で話題となった。
同じポケモンでも、個体ごとに「がんばりや」「さみしがり」といった異なる「せいかく」(性格)を持つようになった。野生であれば出現時、ゲーム中で人からもらうのであれば入手時にランダムに決まり、後から変える手段は一切ない。この性格には、ステータス画面で確認できる能力値「こうげき ぼうぎょ すばやさ とくこう とくぼう」の上下補正をする役割があり、どれかひとつが本来の1.1倍になり、それ以外のどれかひとつが0.9倍になるようになっている。性格25種類のうち、補正のあるものは20種類で、補正のないものが5種類存在している。 例えば、「きまぐれ」は補正がなく、「おだやか」は「こうげき」が下降補正、「とくぼう」が上昇補正となっている。
この性格は、そのままポロックの味の好き嫌いとコンディションの上がりやすさにも関係しており、好きなポロックの味とコンディションの上がりやすさは能力値の上昇補正、嫌いな味と上がりにくさは下降補正と一致している。補正のない性格であれば、好き嫌いやコンシションの伸び率に差異はない。
各地のマップにある特殊な木や草の塊、岩の窪みのような場所でわざ「ひみつのちから」を使うと、「ひみつきち」(秘密基地)を作ることができる。作ったばかりの状態では何もないただの空間だが、置物やぬいぐるみのようなグッズを集めると内部に設置されたパソコンを使って配置することができる。レコードを混ぜた相手の秘密基地を訪れて中のNPCに話しかけると、交換したときの相手の手持ちポケモンを使うNPCと対戦できる。自分と同じ場所に基地を作った相手とはレコードを混ぜてもセーブデータには反映されない。
『リアルサウンド』の坂田憲亮は、本作で新たに導入されたゲームシステムの中で「とくせい」と「ダブルバトル」について触れている。坂田は「とくせい」が導入されたことによって過去作では単純な能力値やタイプ・技といった要素しかなかったポケモンバトルに多様性をもたらしたと、「ダブルバトル」が導入されたことによって過去作では不可能だった様々な技やとくせいの組み合わせが可能となり、ポケモンバトルの戦略が広がったとそれぞれ述べている。また、坂田はこれら二つの要素は後続シリーズでも使用されていることから、本作のシステムは「現代版ポケモン」の基礎となったとも述べている。『電撃オンライン』のレビュアー・高見沢有志は過去作から目に見えて変化した点としてグラフィックの大幅な向上を挙げており、同じポケモンでも目つきや体の模様が微妙に異なり、ドット絵もかなり丁寧に作り込まれていると称賛している。