収率
特に複雑な構造の天然物を全合成する場合、反応が何十段階にも及ぶ場合があり、この場合の最終的な収率は極めて小さなものになることが多い。ただし、収率はあくまで目的物質をどれくらい得られたかの指標であり、未精製の最終生成物に含まれる不純物(副産物)がどれくらい少ないかを示す指標ではないため、収率が 100 %であっても副産物が生成しないわけではない。例えば塩酸と水酸化ナトリウムを反応させて塩化ナトリウムを得る反応で、塩化ナトリウムの収率が 100 %だったとしても、副産物として水が大量に生成する。この場合、副産物の水を減らすためには、プロセスの改善によって収率を上げるという方法では無意味であり、原料を別なものにするしかない(塩素とナトリウムなど)。
不完全燃焼は、二酸化炭素を生成する目的反応の収率が低下し、一酸化炭素が生成している状態とみなすことができる。