スターフォックス ゼロ
声:最上嗣生
ベノム後半のボス。円柱状の壁に守られているが、コクピットビューでしか見えない穴がいくつか存在し、侵入すると真の姿を見せる。巨大な首と両手で構成された外見は64版と同様だが、本作ではSFC版を思わせる全身銀色の姿となっている。シールド内部と外を行き来しながら戦うことになる。外にいる間はシールドからの回転レーザーで攻撃し、内部では両手による押し潰しやビーム、口から板を吐き出す攻撃などを駆使してくる。後頭部にあるコアが弱点だが、他のボスに比べ耐久力が非常に高く、アーウィンとウォーカー、2つの視点を全て使いこなさなければ倒すことはできない。倒した後は異空間からの脱出となるが、アンドルフが道連れにしようと追いかけてくる。そのまま逃げ続けてもクリアになるが、ジェームズとすれ違う演出の後にUターンを行うことができ、アンドルフがジェームズを追いかけようとして後方に振り向いた所を攻撃すれば完全に倒すことができる。この時、弱点をチャージ弾でロックオンした場合は専用の演出が入る。
声:坂本くんぺい
フォックスの父親で、初代スターフォックスのリーダー。アンドルフとの戦いで罠にはめられ、命を落としたと言われている。
コーネリアとベノムの中間に位置する宙域で、両軍の戦艦が戦闘を繰り広げる最前線。
声:坂本くんぺい
フォックスの父ジェームズが率いていた初代スターフォックスのメンバーでもあったベテランパイロット。その知識と経験で亡きジェームズに代わりフォックスをサポートする。
フォーチュナのボス。SFC版や『コマンド』にも登場した敵。道中でも度々現れては妨害してくる。ボス戦では中央に足場がある大空での戦闘となり、2つの首から火炎弾、尻尾からのレーザーや竜巻攻撃、足払いなど多彩な技で襲ってくる。胸に一か所、飛行時の後方に二か所ある赤い部分が弱点。尻尾も破壊可能だが、一定時間で再生する。
金色のリング。取るとシールドが少し回復するほか、3個獲得すると残機のストック数が1つ増える。
コーネリア防衛軍の主力戦闘機。
声:大原崇(レオン)、最上嗣生(ピグマ)、阿部敦(アンドリュー)
セクターβ宙域後半のボス。レオン、ピグマ、アンドリューの3人が登場。性能はエリア3と変わらないが、頻繁に仲間の背後をとってくる。