つくば号
下り(東京駅八重洲南口) →八重洲通り→ <宝町出入口>→首都高速都心環状線(内回り)→首都高速都心環状線(外回り)→首都高速6号向島線→首都高速6号三郷線→常磐自動車道→<桜土浦インターチェンジ>→国道354号→学園東大通り→中央通り→(つくばセンター)→筑波大学構内→(筑波大学)
上り(筑波大学)→筑波大学構内→(つくばセンター)→中央通り→学園東大通り→国道354号→<桜土浦インターチェンジ>→常磐自動車道→首都高速6号三郷線→八潮PA(降車希望者が居るときのみ停車)→首都高速6号向島線→首都高速都心環状線(外回り)→首都高速都心環状線(内回り)→<宝町出入口>→八重洲通り→新大橋通り→永代通り→(東京駅日本橋口)※2021年6月4日をもって都営浅草駅、上野駅の降車扱いは終了
ジェイアールバス関東(土浦支店・東京支店)
東京支店担当便はジェイアールバステック(東京高速バス管理所)に運行業務を委託(道路運送法第35条)し、JRバス関東東京支店所属車両を使用する。土浦支店で東京支店や鹿嶋支店の車両の重整備や車検整備も担当するため、それらの支店の車両をつくば号の運用で土浦支店へ入出庫させることがある。
関東鉄道(つくば中央営業所)