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FBI捜査官のショーン・アーチャーは6年前、遊園地でテロリストのキャスター・トロイに狙撃され、アーチャーの体を貫通した弾丸はその幼い息子マイケルの命を奪った。一命を取り留めたアーチャーはそれ以来、彼の行方を執念深く追い、やがて彼が弟ポラックスとともに空港から逃亡を図るとの情報を掴み、罠を張って激戦の末逮捕する。
ついに宿敵を逮捕したアーチャーだが、キャスターがロサンゼルスに細菌爆弾を仕掛けていたことが判明。キャスターは激戦の負傷で植物状態、ポラックスは話をはぐらかし、爆弾の在り処を聞き出すことができない。周りの人間はキャスターを知り尽くしているアーチャーに最新医療の技術を用いた整形や移植手術でキャスターの顔を自分に移植してキャスターになりすまし、ポラックスが収監されているエアワン刑務所に入獄して兄として情報を聞き出すことを考える。アーチャーは家族はおろか局長にさえも隠し、むしろ騙したことになり、そして味方や支えとなってくれる人間が実質的にいないに等しい極秘任務をすることになることから、さらなる精神的苦痛を感じて苦慮するが、覚悟を決め、キャスターの顔に整形をし入獄した。有名なテロリストであり、獄中でも確執で敵が多かったことから、騒ぎになることがあったものの、ポラックスから情報を聞き出すことに成功する。アーチャーは成功したことでほくそ笑んだが、ある日、キャスターがアーチャーの顔で刑務所の面会にやって来た。
キャスターは麻酔切れとともに蘇生し、部下を引き連れて医者を脅し、アーチャーの顔を自分へ移植させたうえ、自分とアーチャーの整形に関係したすべての人間を抹殺してしまったのだ。