日本貨物鉄道
東京レールゲート WEST(東京貨物ターミナル駅構内) 東京レールゲート EAST(東京貨物ターミナル駅構内) DPL札幌レールゲート(札幌貨物ターミナル駅構内)
新幹線開業に伴う並行在来線区間の第三セクター鉄道会社への使用料は移行前に比べ上昇しており、その差分について鉄道建設・運輸施設整備支援機構から補填を受けている。
貨物列車の運行については、基本的に自社の乗務員や機関車を使って行っているが、路線によっては旅客会社の乗務員や機関車で運行する場合もある。また、以前は逆にJR貨物の乗務員や機関車で旅客列車を運行する場合も多数あった。旅客会社の客車をJR貨物の機関車が牽引していた例として、客車時代の夜行急行「ちくま」の名古屋駅 - 長野駅間や、「かいもん」の門司港駅 - 西鹿児島駅間、磐越西線、筑豊本線などがある。しかし、少数の夜行寝台列車(ブルートレイン)を除き、客車による定期旅客列車が消滅した後は、一部の臨時列車や車両故障時の救援で運行される程度である。なお、関門トンネルを潜る下関駅 - 門司駅間を走行する客車列車の牽引をJR九州から受託しており、同社所属の機関車EF81形400番台の2両もJR貨物の門司機関区に常駐し、この区所が唯一定期運転でJR貨物の乗務員が旅客列車に乗務する運転区所となっていたが、対九州直通客車列車の廃止以後は団体臨時列車のみの運用となっている。
一方、貨物輸送量は、高速道路整備による大型トラックや、空港整備による航空機での貨物輸送の増加、さらには国鉄時代のスト権ストによる国鉄貨物への信頼失墜などの影響を受けて、年々減少を続けていた。