海巡署
南部分署 第六(台南)巡防区 第一一岸巡隊 (艦隊分署)第四(台南)海巡隊 (偵防分署)台南査緝隊 (偵防分署)北門査緝隊 第七(高雄)巡防区 第五岸巡隊 (艦隊分署)第五(高雄)海巡隊 (偵防分署)高雄査緝隊 (偵防分署)鳳山査緝隊 第八(屏東)巡防区 第六岸巡隊 (艦隊分署)第十四(恆春)海巡隊 (偵防分署)屏東査緝隊
東部分署 第九(花蓮)巡防区 第一二岸巡隊 (艦隊分署)第六(花蓮)海巡隊 (偵防分署)花蓮査緝隊 第十(台東)巡防区 第一三岸巡隊 (艦隊分署)第十五(台東)海巡隊 (偵防分署)台東査緝隊
金馬澎分署 第十一(馬祖)巡防区 第一〇岸巡隊 (艦隊分署)第十(馬祖)海巡隊 (偵防分署)連江査緝隊 第十二(金門)巡防区 第九岸巡隊 (艦隊分署)第九(金門)海巡隊 (偵防分署)金門査緝隊 第十一(澎湖)巡防区 第七岸巡隊 (艦隊分署)第八(澎湖)海巡隊 (偵防分署)澎湖査緝隊
東南沙分署 東沙指揮部 (艦隊分署)東沙分隊 南沙指揮部 (艦隊分署)南沙分隊
偵防分署 宜蘭査緝隊 基隆査緝隊 台北査緝隊 桃園査緝隊 新竹査緝隊 苗栗査緝隊 台中査緝隊 彰化査緝隊 雲林査緝隊 嘉義査緝隊 台南査緝隊 北門査緝隊 高雄査緝隊 鳳山査緝隊 屏東査緝隊 花蓮査緝隊 連江査緝隊 金門査緝隊 澎湖査緝隊 偵防査緝隊 特勤隊 空勤吊掛分隊(空中勤務総隊を支援する) 第一小隊(松山) 第二小隊(清泉崗) 第三小隊(小港) 第四小隊(花蓮) 第五小隊(成功)
教育訓練試験センター 学員隊