東京都港湾局専用線
一方、総武本線の亀戸駅から分岐して2.1 km地点にある小名木川駅まで、総武本線の貨物支線が1929年(昭和4年)3月20日に開通した。小名木川駅も水運との連絡を大きな目的としていた。さらに東京市は越中島駅の整備を国鉄に要請したが、国鉄の財政事情から目処が立たなかったため、1938年(昭和13年)から東京市が自ら越中島駅用地の埋め立て工事に着手した。第二次世界大戦の勃発により資材と労働力が不足して工事は遅延したが、1944年(昭和19年)9月2日に埋め立て工事が完成して国鉄に敷地が引き渡された。1945年(昭和20年)3月には越中島駅まで線路の延長工事も完成したが、実際に越中島駅が正式開業したのは1958年(昭和33年)11月10日となった。この路線は小名木川支線あるいは越中島支線と通称される。また、京葉線の越中島駅が1990年(平成2年)3月10日に開業したのと同日に越中島支線の越中島駅は越中島貨物駅へ改称している。