ポケットモンスターSPECIAL
中国語版では『神奇寶貝特別篇(台青文版)/寵物小精靈特別篇(港青文版)/精灵宝可梦特别篇(吉林版)』というタイトルで図鑑所有者の名前はそれぞれ種類が異なり(青文版)、レッドとグリーンは中国語では「小智(サトシ)」・「小茂(シゲル)」というデフォルト名であり、ブルー・ゴールド・シルバー・ラクツ・ファイツは「小藍」・「阿金」・「阿銀」・「黑次」・「白慈」という外来語の中国語読み、イエロー・クリスタル・ルビー・サファイア・エメラルド・ダイヤモンド・パール・プラチナ・ブラック・ホワイト・エックス・ワイ・サン・ムーンは「小洛」・「克麗絲塔兒」・「路比」・「莎菲雅」・「米拉特」・「戴亞蒙德」・「帕爾」・「普蘭汀娜」・「布萊克」・「懷特」・「艾克斯」・「華依」・「桑恩」・「暮恩」という外来語の当て字読みである。
日本の漫画が大人気の欧米では、ゲーム版の人気がピークの内に漫画版を販売したかったため、第10章(ブラック・ホワイト編)が英語とフランス語に翻訳されて、日本に先駆けて単行本が発売された。このため、海外では章によっては別の巻数で発売されている。アメリカ版は、ニコロデオンマガジンまんが賞の「Favorite Manga Series」(1番好きな漫画賞)を受賞した。
『ポケットモンスターSPECIAL 山本サトシ画集』2016年3月15日発売、ISBN 978-4-09-199043-3
『ポケットモンスターSPECIAL 20thアニバーサリーデータブック ポケSPedia』2017年8月8日発売、ISBN 978-4-09-199048-8
ダイヤモンド
パール
プラチナ
アサメタウンに住んでいるポケモントレーナーの少年・エックスはポケモンバトルのジュニア大会で優勝し、次期四天王候補等と持て囃され、一目置かれていたがマスコミや取材陣が原因で家に引きこもるようになってしまう。元サイホーンレーサーでスカイトレーナーを目指すエックスの幼馴染の少女・ワイを始めとする友人たちはなんとか彼を家から出そうとするが、それは叶わずにいた。
ある日、ワイ達がいつものようにエックスを説得している途中、ゼルネアスとイベルタルの伝説ポケモン2匹が戦いを始め、アサメタウンは壊滅的な被害を受けてしまう。さらに混乱の中でエックスは所持品のメガリングを「フレア団」と名乗る組織に狙われ、自宅も燃やされてしまう。一連の事件によって大切なものを失ったエックスたち5人はアサメタウンから出発することになる。
紅色の宝珠・藍色の宝珠のようにレックウザを操るための媒介としてポケモン協会が人工的に作り出そうとしていたもの。力が極限まで高まると萌木色に変化する。結局計画は失敗し、核となる宝石が川に捨てられたところをエメラルドが拾い、第6章では自身の額に装着している。この宝珠の力のおかげで「さいはてのことう」の土による鎮静作用が増幅され、フロンティア中の暴れまわるポケモン達を一度に静める事ができた。
第13章ではセンリに貸与されており、レックウザ出現に伴いルビーの手に渡った。この宝珠があったおかげで、かろうじてだがルビーは交渉中に命を落とさずに済んだ。さらに最終決戦直前にカラクリ大王達の手に預けられ、サファイアが身につけるスーツに装着された。
第3章(金・銀・クリスタル編)連載途中の2000年後半、作画担当の真斗が体調を崩し休載が増加。最終的に本人の申し出により降板となり、物語上ではそれまでの主人公であるゴールドとシルバーが「行方不明」という形で一旦退場となった。代理原稿として『小学六年生』2月号では10ページの特集記事が、『小学四年生』・『小学五年生』・『小学六年生』の3月号にはお詫びを知らせる1ページの記事が掲載された。編集部の間では心機一転の意もあって、日下と新しい作画担当者の手で「本作とは別の新しいポケモン漫画」を連載する案もあったが、日下の強い希望により「SPECIALのつづき」を連載することになった。
新しい作画担当者は3組の候補から選考の末、2000年末に山本サトシに決定し、2001年度より新キャラクターのクリスタルへ主人公を交代した『クリスタル編』の連載が開始。連載が軌道にのるにつれて、徐々に2000年度までの『金・銀編』の内容や布石に合流させていき、最終的に『金・銀・クリスタル編』という一貫したストーリーになった。
この影響もあって、第3章の単行本化は7巻(第2章完結分)発売から1年以上経過した後に8・9・10巻同時発売という形で開始され、山本担当分は10巻からの収録とすることで区切りがつけられた。なお、作画交代の直後はクリスタル以外の当時の図鑑所有者の素顔が見えないように描かれていた。
山本担当後も、回想シーンで真斗が担当していた時代のシーンが載ることもある。
収録内容は第1章で、全2巻。
My First WIDE ポケットモンスターSPECIAL ルビー・サファイア編
2011年3月26日発売、ISBN 978-4-09-162675-2
My First BIG Special ポケットモンスターSPECIAL ルビー・サファイア
2014年10月24日発売、ISBN 978-4-09-119629-3 2014年11月7日発売、ISBN 978-4-09-119633-0 2014年11月21日発売、ISBN 978-4-09-119646-0 2014年12月5日発売、ISBN 978-4-09-119666-8
ポケットモンスターSPECIAL pbk-edition 赤緑青編
2017年7月4日発売、ISBN 978-4-09-142429-7 2017年7月21日発売、ISBN 978-4-09-142430-3
現在までに計16章(第15章まで完結済)が発表されており、以下の通りに構成されている。
各章は全て同一世界観となっており、時系列は第1章→第2章→第3章→第4章→第5章→第6章→第9章→第13章→第7章→第8章→第10章→第11章の順。地方間の年単位での時系列が判明しているのはカントー・ジョウト・ホウエンを舞台とする章だけで、それ以外の地方同士における時系列上の正確な互換性は現時点で明らかにされていない。第12章は少なくとも第13章より後、第11章より前の時系列、第14章と第15章は少なくとも第12章より後の時系列だが前章から具体的にどれだけ時間が経過しているかは不明となっている。話数は第1章から通し番号になっている。