神国
平安時代末期より鎌倉時代にかけて武士及び末法思想や鎌倉新仏教の広がりによって旧体制を否定する思想が広がり、実社会と乖離した儀礼中心の政治が打ち続く戦乱によって存亡の危機に立たされると貴族社会を中心に旧体制の由来を神国思想に求める考え方が出現した。特に法然の登場により、阿弥陀仏のみを崇めて他の神仏を軽く扱う浄土教の拡大が宗教界に大きな衝撃を与え、各宗派は浄土教批判に追われた。そこでも神国思想が利用され、比叡山延暦寺が浄土教を糾弾して書いた『延暦寺奏状』では「吾朝者神国也」とある。
鎌倉新仏教側も日本の仏教は神々の加護によって成立しているとする本地垂迹説を自然と受け入れた宗派もあり、日蓮は大曼荼羅に八幡大菩薩と天照大神を加えている。虎関師錬の『元亨釈書』の「大乗仏教は日本において完成した」という主張はその典型である。
更にこれに一大変革を与えた事件は、元による2度にわたる元寇である。この時の嵐が伊勢神宮をはじめとする諸神社によって盛んに行われた異敵調伏の祈祷と成果と喧伝され、日本を神国とする認識を国内各層に浸透させる事となった。