過去に存在した長崎屋の店舗
浜松可美店(浜名郡可美村東若林11-1、1980年(昭和55年)11月開店) 店舗面積約9,389m。 → 2008年(平成20年)12月12日にMEGAドン・キホーテ浜松可美店に業態転換(浜松市南区東若林町)
富山店(富山県富山市中央通り1-3、1971年(昭和46年)5月30日開店 - 2002年(平成14年)2月11日閉店) 2000年(平成12年)7月23日の閉店が発表されていた が、会社更生法申請に後に閉鎖店舗数を約30から14店へ減らした ため一旦は閉店を免れた。 店舗面積約4,728m。
富山豊田店(富山県富山市、1982年(昭和57年)3月開店 - 2001年(平成13年)1月21日閉店。 店舗面積約1,481m。
勝田店(勝田市石川町1、1983年(昭和58年)11月20日開店) 地上2階建て。店舗面積約9,507m。 →2011年(平成23年)6月17日にドン・キホーテ勝田店に業態転換 し、後にMEGAドン・キホーテ勝田店に再び業態転換。但し、1階は2019年現在、引き続き長崎屋として営業している。
宮城三本木店(1996年(平成8年)6月28日開店 - 閉店) JR古川駅から約4.5km離れた、宮城県三本木町の国道4号沿いの約108,000mの敷地に建てられた、延べ床面積約42,000m、総売場面積約28,877mのパワーセンター「カウボーイ三本木店」に、カウボーイと並ぶ核店舗として出店。売場面積約6,533mの中商圏を対象とした総合スーパーだったが、開業当初から売上が目標を下回って苦戦していた。
宮城多賀城店(1987年(昭和62年)6月開店 - 2002年(平成14年)9月30日閉店) 店舗面積約8,151m。閉店後、旧店舗敷地約5,600mのうち同社が所有していた約1,500mは、2008年(平成20年)に仙台市の医療法人松田会に売却され、同会が旧店舗建物を解体した。
仙台店 → 仙台シャル店(仙台市青葉区東一番町4-4-30、1963年(昭和38年)4月25日開店 - 2002年(平成14年)9月末閉店) 店舗面積3,534m → 3,449m → 2,976m。 長崎屋の東北地方1号店。
熊谷店(長崎屋ホームセンター。建物はリニューアル後EXPO熊谷店。その後ブランド名変更によりPC DEPOT熊谷店。)
越谷店
大宮店(大宮市宮町1丁目75、1968年(昭和43年)9月21日 - 2002年(平成14年)閉店) 売場面積3,564m → 4,863m 再建計画の一環として土地・建物を1995年2月1日に陽光エステートへ売却してリースバックによりその後も営業を続けた が、2002年(平成14年)に閉店した。
七里店(サンバード長崎屋。大宮市大谷) かつて存在した地産ストアー七里店の2階で営業していた。しかし、至近にマルエツ東門前店が開店(事実上は大宮東宮下住宅(通称名:県営大宮東宮下団地)内にあった新堤店からの移転。開店当時は、マルエツの中で最大規模の店舗だった)した煽りを受け、半年後に地産ストアー七里店と共に閉店。。
(初代)川越店(川越市幸町5、1960年(昭和35年)11月開店 - 1961年(昭和36年)10月閉店)
柏店(柏市柏1-3-1、1967年(昭和42年)3月17日開店) 店舗面積約1,320m → 約8,415m。 休業して増築を行い、1974年(昭和49年)5月に約8,415mで新装開店した。 →2008年(平成20年)4月ドン・キホーテ柏駅前店。 2003年(平成15年)3月7日に生鮮食品や惣菜を中心に食品売場を20%拡大するなどの改装を行った。 前記のとおり、長崎屋からの転換1号店である。当時、既に国道6号沿いに2003年(平成15年)に開店したドン・キホーテパウ柏店(2008年(平成20年)に増床してMEGAドン・キホーテ柏店へ転換)があったため、「柏駅前店」とした。
本八幡店(市川市南八幡4-9-1、1970年(昭和45年)10月29日開店) 2010年(平成22年)3月31日にMEGAドン・キホーテ本八幡店に業態転換 地下1階から地上4階にテナントの専門店を含む全体の売場面積約7,551mの店舗でうち直営売場は地下1階から地上3階の約4,805mである。