中根正盛
この年、中根は従五位下壱岐守に叙任し、寛永17年(1640年)には知行5000石を領した。
寛永18年(1641年)にオランダ商館を長崎の出島に移し、幕府は管理貿易を行うようになり鎖国体制が完成した。
寛永20年(1643年)に福岡藩が藩領内の大島で、キリスト教の布教のために潜入した異国船を発見し、乗組員を捕らえた。この藩の速やかな対処を賞した老中奉書を携え、中根が上使として筑前へ赴いた。自身もこの事を賞する書状をしたためた 。島原の乱による衝撃から、キリシタンの摘発および処断はより厳重となっていた。
同年10月に後光明天皇の御即位の賀により、中根は御使として京師へ赴き、それに伴い大坂城中および住吉天王寺のほとりを巡視した。
慶安4年(1651年)に由井正雪らを首謀者とする慶安の変が起きた。これは、歪んだ幕政への諫言、浪人救済が目的の謀反行動といわれた。中根は配下を諸方に派遣して事件の背後(幕臣中の武功派勢力と正雪との関係)を徹底的に詮索し、特に紀州の動きを注視した。密告者の多くは、松平信綱や中根が前々から神田連雀町の裏店にある正雪の学塾に、門人として潜入させておいた者であった。密告により、計画が露見し自決を余儀なくされた正雪の遺品から、紀州藩主・徳川頼宣の書状が見つかり、頼宣の計画への関与が疑われた。しかし後に、この書状は偽造であったとされ、表立った処罰は受けなかったものの、頼宣は武功派の盟主であったがために、信綱と中根の謀計によって幕政批判の首謀者とされ、10年間、紀州への帰国は許されず、江戸城内で暮らした。頼宣の失脚により武功派勢力は一掃された。
家光の意向を背景に権勢を振い、配下の廻国者で組織している隠密機関を、幕閣という政府組織の一角に機関として組織化し、情報網を構築し掌握した。老中・諸大名の監察を任とし、配下の隠密機関の元締めとして諜報活動による勲功を賞され、また、重臣の一人としてキリシタン弾圧を強固なものとして推し進めた。これらのことから、公儀隠密の元締として小説や漫画に描かれるようになった。