スーパーポケモンスクランブル
EXステージに挑戦可能となる。
ワールドランクという概念が登場する(クリア後はランク1)。ランクは定められた数のPを支払うと上げることができる。ランクを上げるとより強いポケモンが仲間にできるようになる。EXステージ完全制覇にはランク10で仲間にできる強さのポケモンが必要となるが、ランク10まで上げるには合計7520万Pという膨大な量のPを必要とする。
ボスのいるエリアに続くジャンプ台が光り輝いているとまれに登場するボスポケモンと戦闘できる。この場合伝説のポケモンがボスとして登場し、パワーも高めである。