エイリアン (X-ファイル)
もし、シンジケートが自分たちへの協力を拒めば、反乱軍はカサンドラの存在を世間に公表するつもりであった。反乱軍はシンジケート内部に入り込み、彼らがエイリアンの入植に抵抗する方向へ誘導しようと試みたが、失敗に終わった。シンジケートは入植に抵抗することは無駄だと判断したのである。
ここに至っても、シンジケートは十分な効果を持つワクチンを開発できずにいた。そのため、シンジケートはエイリアンとの当初の約束に従い、ハイブリッドの実験を成功させる以外に道はなかった。そして、シンジケートは入植者たちに入植を開始すべき時だというメッセージを送ろうとした。それを察した反乱軍は生き残るために地球を脱出しようとしていたシンジケートとその家族を皆殺しにした。ただし、ダイアナ・ファウリー、シガレット・スモーキング・マンの2人は取り逃がした。一方、エイリアンはハイブリッド実験が失敗に終わったと思い込み、2012年12月22日に予定されていた地球入植の日を延期しないことを決めた。
ブラックオイルはシーズン3第15話「海底」で初めて登場した。ブラックオイルはCGで表現された。製作スタッフはブラックオイルを実際の物質で表現するために試行錯誤を重ねた。その結果、アセトンとオイルの混合物が使用されることになった。この混合物は、垂らすと球状にまとまりやすいという性質がある。
ブラックオイルが本編に最後に登場したのはシーズン8第18話「到来」である。このエピソードにおいて、ブラックオイルは廃糖蜜とチョコレートシロップを使って表現された。廃糖蜜やシロップのこぼれ方を制御することはできないため、スタッフの思い通りのこぼれ方になるまで9回も再撮影が行われたという。ただし、ブラックオイルが人間の目・鼻・耳から漏れ出るシーンはCGによって表現された。
シンジケートが壊滅したため、エイリアンは自分たちが地球上にいた痕跡を消し去り、無敵兵士と呼ばれる種を作り出そうとした。無敵兵士は、ハイブリッド実験が失敗に終わった(とエイリアンが思い込んだ)ために新たに考案されたものである。エイリアンはハイブリッド種の代わりに無敵兵士を自らの奴隷として使役しようとしたのである。エイリアンは無敵兵士を作るにあたって、人間を新種のウイルスに感染させた。そのウイルスはゆっくりと人体を蝕み、その後に宿主の体を再構成するという作用を持つ。劇中の描写を見る限り、人間を新種のウイルスに感染させるには大掛かりな外科的処置を施す必要がある。
無敵兵士の血は人間と同じく赤色であるため不審に思われずに済む。また、ウイルスに感染させることができれば、権力者も無敵兵士にすることができる。この2点において、無敵兵士はエイリアンが入植を進める上で理想の存在であった。(ただし、無敵兵士の首の付け根には突起があり、それで無敵兵士を見分けることは容易ではある。
無敵兵士に対する批評家の評価は否定的なものとなっている。これは『X-ファイル』がシーズン9で不完全な終わり方をしたことに起因するものである。『A.V.クラブ』は「新しく生み出された「無敵兵士」に関するストーリーラインは、いいアイデアと悪いアイデアのごった煮になってしまった。」と述べている。ただし、酷評ばかりではない。『デン・オブ・ギーク』は無敵兵士を「『X-ファイル』のキャラクタートップ10」に選出し、『X-ファイル』をシーズン7で終わらせなかったスタッフの選択を称賛した。しかし、「以前のキャラクターほど興味を惹かれないものであることは確かだ」と述べている。
シガレット・スモーキング・マンによると、マヤ人が予言したように、エイリアンは2012年12月22日に地球に帰還する予定だった。しかし、1947年にニューメキシコ州上空を飛行していた宇宙船がその付近の岩石に含まれていた磁鉄鉱の影響で墜落してしまった。これが世にいう「ロズウェル事件」である。この事件の結果、アメリカ合衆国やソビエト連邦などの有力者の一部がエイリアンの存在とその入植計画を知ってしまった。入植を食い止めるべく、シンジケートが結成された。そのメンバーの中には、シガレット・スモーキング・マン、ウェル・マニキュアード・マン、ウィリアム・モルダー(モルダー捜査官の父親)もいた。
入植を食い止めたいシンジケートは原子爆弾で地球を「核の冬」状態にするとエイリアンを脅した。地球が極寒の環境になればエイリアンは地球に住むことができなくなる。脅迫を受けたエイリアンは即座に地球を侵略する計画を取りやめざるを得なくなった。そして、エイリアンはシンジケートとの交渉を開始した。1973年、シンジケートとエイリアンは人間の一部をエイリアンと人間の混血種にすることで地球での共存を図ると合意に至った。
第二次世界大戦の直後、実験に協力する代わりに戦争に加担した罪を免れたドイツと日本の科学者たちによって、エイリアンと人間のハイブリッドを生み出す実験が始まった。しかし、一向に成功しなかったため、シンジケートは自前の研究者にも実験させ始めた。1950年代にはソビエト連邦の科学者のチームが一卵性双生児の持つ遺伝子に特徴的な部分があることを発見した。エイリアンとシンジケートはその成果を利用してエイリアンの遺伝子を組み込んだクローン人間や不完全なハイブリッド種を生み出す実験を行ったが、満足のいく成果は上がらなかった。
この実験の過程で生まれたのがサマンサ・モルダー(シーズン2第17話「入植 Part.1」などに登場)やウィリアム・セカーレ博士(シーズン1第24話「三角フラスコ」に登場)である。クローンたちの血液はエイリアンと同様に、強酸性で緑色をしている。また、水中での呼吸ができる上に、通常の人間より身体能力がはるかに高い。エイリアンとシンジケートはクローンを自らの手先として利用していた。
事態が急転したのは、カサンドラ・スペンダー(シガレット・スモーキング・マンの元妻、ジェフリー・スペンダーの母親)が人間とエイリアンのハイブリッドとなったことである。カサンドラがなぜハイブリッドになったのかは劇中で明示されていないが、シンジケートとエイリアンが行っていた実験による成果ではないことは確かである。
フランク・スポットニッツは「反乱軍はエイリアンに誘拐された人間を殺そうとしているが、人間にとっては強力な味方なんだ。」「反乱軍と人類は天の川銀河において、高度な文明を築き上げ、かつ、ブラックオイルに侵略されていないただ2つの種だ。」「「ファイト・ザ・フューチャー Part.2」でモルダー(人類)がエイリアンに負けた。反乱軍がカサンドラ・スペンダー(人間とエイリアンのハイブリッド)をエイリアンに渡さなかった結果、地球への入植を止めることができなくなってしまった。」と述べている。
『X-ファイル』シリーズの特殊効果の責任者を務めるトニー・リンダラが反乱軍の外見を決めた。しかし、スポットニッツは「ファイト・ザ・フューチャー Part.2」での反乱軍の描写には問題があったとしている。スポットニッツは「あれは『X-ファイル』の中でも最も酷い出来だ。製作段階で十分な時間をかけなかったのが原因だ。」と述べている。