FLAPPY
『FLAPPY SPECIAL』のタイトルで発売された。敵が少なくパズル性の強いMODE A、パズルの難易度は低いが敵が多くアクション性の強いMODE Bを選択できる。それぞれ80面ずつあり、合計160面。ステージはFC版からの流用と新作面が混在している。面セレクトが可能であり(クリアした面も選択可)、初めは1~5面までであるが、5面クリアするごとに次の5面がプレイできるようになる。クリアしていない面を1面クリアするごとに新たなパスワードが表示される。本作のみ発売元はビクター音楽産業。
通常のステージ200面+ボーナスステージ40面の合計240面。ボーナスステージは、通常ステージを5面クリアするごとに登場する。ボーナスステージではフラッピーは無敵となり、敵に体当たりして制限時間内になるべく多くの敵を倒しスコアを稼ぐことが目的。ボーナスステージが終了するとキーワード(パスワード)が表示され、次回ゲーム再開時にキーワードを入力することで続きからプレイが可能。2007年7月3日からWiiのバーチャルコンソールで配信が開始された。