ユニコーンガンダム
だが、暴走してIIネオ・ジオングをサイコミュ・ジャックしたヨナを救うため再起動し、ヨナを静めた後にコロニーから飛び去る。
そしてゾルタンがIIネオ・ジオングを伴って新サイド6のヘリウム3備蓄基地に現れると、これを破壊するためにフェネクスも姿を現す。戦場に駆けつけた ゼネラル・レビル残存部隊のジェガンと共闘するものの苦戦し、最終的には捕獲されてしまう。しかし、更なる援軍としてナラティブガンダム C装備、シェザール隊、そしてミシェル・ルオが現れたことで徐々に形勢を覆し、ヨナがナラティブからフェネクスへ乗り換えIIネオ・ジオングと対決。死闘の末、フェネクスがIIネオ・ジオングとサイコシャードとハルユニットを両断し、決着をつけるのだった。
だが、ゾルタンの今際の際の怨念はシナンジュ・スタインから溢れ出して周囲のヘリウム3貯蔵タンクをすべて爆破し、その余波でスペースコロニー3基を破壊しようとする。破壊されたコロニーの破片が落着すれば地球に壊滅的被害がおよぶことを悟ったリタは、フェネクスから巨大な翼を出現させて周辺宙域を包み込み、ヘリウム3を基底状態へ戻すのだった。
目的を果たした後、フェネクスはヨナを降ろし、幼い頃のリタの願いだった「生まれ変わったら鳥になりたい」を叶えるかのように、2枚の翼を広げて銀河の中心へ旅立っていった。
メカニカルデザインは引き続きカトキが担当。1号機が白、2号機が黒というミニマルな選択だったので、3号機は思い切ってエキセントリックな方向に振ろうと金色に決めた(のではなかったかと思う)とのこと。金色から不死鳥をモチーフとし、アンテナは閉じた状態では鶏冠に、広げると翼に見えるようデザインしたという。
劇場アニメ『機動戦士ガンダムNT』では、プロデューサーの小形尚弘はカトキに本機のデザインのリニューアルを依頼したが、「鳳凰といえば尾だけど、それがなかったよね」というカトキの提案があり、「尾」を付けただけに留まっている(詳細はフェネクス(ナラティブVer.)を参照)。
なお、デストロイモードへの“変身”におけるバックパック側ビーム・サーベルの展開には、背部アームド・アーマーDE(の接続フレーム)が邪魔になるため、マスターグレード等のプラモデルではいったんこれらを取り外してから背部サーベルを展開→フレームとDEを付け直す方式となっている。このためアニメ設定においても「接続アームが表面を塞いでいるため、変身時にビーム・サーベルがどのように展開されるかは不明」とされている
RX-0シリーズの超常的な特性のひとつで、マニピュレーターから放たれた波動に触れたMSなど、人工物を分解する。後にユニコーンガンダム3号機 フェネクス、そしてフェネクスと接触したRX-9 ナラティブガンダムも同様の現象を発生させている。