ブリンクス・ザ・タイムスイーパー
主人公(ネコ) プレイヤーの分身となる、タイムファクトリーの新人タイムスイーパー。名前や姿はエディットで決定する。 CEOからの指令を受け、編成されたばかりの予備チームの1つを率いて任務に当たる。ストーリー中では冷静沈着な性格。 CEO タイムファクトリーの最高責任者。プレイヤーらタイムスイーパー達に今回の任務を下す。 ブリンクス 前作の主人公。本作ではタイムスイーパーのエースとして活躍し、前作と比べてクールな性格になっている。プレイヤーキャラクターではないためその勇姿を見る機会は少ないが、重要な役割を果たす。
ブルームーン(青色の三日月)を揃えると入手。時間操作のシンボルは長方形2個。
発動すると10秒間、ブリンクス以外の時間の流れが停止する。落下途中の足場の動きを止めてその上を渡ったり、ピンチから脱出したりなど使い勝手の良い時間操作。ただし、止まっていても敵などに触れるとミスになり、時間が静止している間はスイッチなどを一切動かせない、などの注意点もある。
主人公(ブタ) プレイヤーの分身となる、時間ドロボー団「タムタム団」の新入団員。名前や姿はエディットで決定する。 ボスからの指令を受け任務に当たる。ストーリー中では少し抜けた性格。敵役だった前作と比べるとタムタム団を中心とした話が多く、主人公格に出世したといえる。 ベニート 多数の子分達を率いるタムタム団のボス。今回の事件の原因となる。プレイヤーら団員達に指令を下す。 ミナ タイムファクトリーに通信を送り、ベニートの夢に現れて救いを求める謎の少女。
それぞれのプレイヤーキャラクターの本拠地となる場所。ネコ側が「タイムファクトリー」、ブタ側が「タムタム団本部」で、片方を操作中にポーズすればもう片方へ切り替えることもできる(ただし、ストーリーは現在進行中の側しか進まない)。
本作では、武器を最大3種類まで持つことができる。武器の選択は方向キーの上下で行う。このうち、武器1と武器2(上から1番目と2番目)は標準の装備となっており、本部にてショップで購入および装備の変更が可能(タイムスイーパーは時間掃除機のみ)。中には武器2にのみ装備可能な特殊武器も存在する。武器3はステージ内で拾った武器を装備する欄となっており、ステージ外には持ち出せない。既に武器3の装備欄が埋まっている状態で新たな武器を拾った場合、武器1-3に同じ武器があれば弾数補給、そうでなければ武器3に装備された古い武器を捨てて、新しい武器に持ち替える。
タムタム団は時間掃除機を使用できないが、その代わりにパチンコやショットガンなど様々な種類の武器を装備できる。ほとんどの遠距離武器には弾数が設定されており、使い切ると使用できなくなる。ステージ内の弾丸アイテムや同系統の武器を拾うことで補給が行える。