治承・寿永の乱
治承5年(1181年)都では「養和」と改元されたが、頼朝ら反平氏勢力はこれを認めずに「治承」の元号を用いた。この年から翌年にかけて養和の飢饉という大飢饉が起きたことに加え、平氏政権は安徳天皇の大嘗祭の実施(11月24日)を優先していた。一方『玉葉』養和元年(1181年)8月1日条には、後白河法皇に頼朝から密使が送られ、平氏との和平を提案したことが記されている。 畿内を制圧した平氏は北陸や鎮西方面の反乱鎮圧に乗り出し、養和元年(1181年)8月に平通盛・経正を将とする軍を北陸に派遣した。しかし、通盛と経正の連携が上手くいかない上に兵糧不足に悩まされ、反乱を鎮圧することができずに北陸から撤収する。一方で鎮西の反乱勢力に対しては平貞能を派遣し、一年かけてその反乱勢力を降伏させることに成功している。
当時の坂東の武士にとって、最優先事項であったのは在地における各々の権益の確保と拡大にあった。頼朝は、自らの御家人の権利を確保することが求められており、さらには競合勢力とのせめぎあいを常に抱えていた。実際に頼朝は、志田義広、新田義重、佐竹氏や足利忠綱といった周辺の敵対勢力を排除・屈服させることに非常に尽力している。治承4年(1180年)11月には金砂城の戦い、翌年(実際は寿永2年とも)の足利俊綱との争い、寿永2年(1183年)2月の野木宮合戦、さらに同年3月頃には信濃国近辺で木曾義仲と大軍を率いてにらみ合ったのち和平を結ぶなど、この頃の頼朝は坂東における自らの勢力基盤の確保と拡大に力を注がざるを得ない状況であった。また背後に奥州藤原氏や金砂城合戦後も常陸に勢力を残す佐竹氏の脅威を抱えていた。そのような中で御家人に対して本領安堵、新恩給付といった所領の保証を行い主従関係を強固にすると共に頼朝は自らが有する都との人脈を通じて朝廷との接触や交渉を行って徐々に坂東における優位を獲得していく。
一方治承5年(1181年)6月、木曾義仲は横田河原の戦いで城助職を破り、信濃から越後を席巻した。一時は上野まで進んだがその後北陸方面へ転進し、後に越前若狭などで挙兵した北陸の在地勢力と結ぶこととなる。その後、義仲を頼って来た以仁王の子(北陸宮)を推戴し、北陸における優位を確立する。 この時期の東日本は奥州は奥州藤原氏の勢力下にあり、南坂東は源頼朝、越後と北坂東信濃の一部は源義仲、甲斐駿河遠江と信濃の一部を甲斐源氏が割拠するという状況になった。
義仲が出陣して不在の間に後白河法皇は頼朝に使者を送った。頼朝は法皇から上洛を催促されたが、鎌倉に留まって逆に法皇へ東海道・東山道・北陸道の国衙領・荘園をもとのように、国司・本所へ返還させる内容の宣旨発布を要請する。その結果、法皇は義仲への配慮のため北陸道は除いたが、ほぼ上記の内容を認める寿永二年十月宣旨を頼朝へ発して東海道・東山道の荘園・国衙領を元の通り領家に従わせる権限(沙汰権)が頼朝に認められた。また平治の乱以降流刑者という身分であった頼朝は、以前帯びていた従五位下の位階に復して流刑者の身分から脱する。頼朝は、既に実質的に東国を支配していたが、この宣旨発給は、頼朝が東国支配権を政府に公認され、その正統性を獲得したことを意味する。また、今まで反乱軍とみなされていた頼朝とその支持者たちの軍勢は反乱者とはみなされなくなった。
治承4年(1180年)、安徳天皇の即位により皇位継承が絶望となった以仁王が、源頼政の協力を受け、平家追討・安徳天皇の廃位・新政権の樹立を計画した令旨を発した。その令旨は源行家により、全国各地の源氏や八条院の支配下にある武士達に伝えられた。しかし挙兵直前に紀伊熊野の平家方(権別当湛増を中心とした本宮勢力)と反平家方(行快を中心とした新宮・那智勢力)との熊野新宮合戦があり、その後、権別当湛増からの平氏への注進により平家追討の企てが発覚した。以仁王らは、平知盛・平重衡率いる平家の大軍の攻撃を受け、同年5月、宇治の平等院で戦死するが、この挙兵が6年間に及ぶ内乱の契機となった。