鉄道建設・運輸施設整備支援機構
2002年12月18日に独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法(平成14年法律第180号、以下「法律」と表記)が公布され、JRTTの設立が決定した。
2003年10月1日、法律が施行されて独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が発足した。これに伴い、日本鉄道建設公団および運輸施設整備事業団がそれぞれ解散した。
前身の日本鉄道建設公団が進めていた鉄道建設工事はJRTT鉄道建設本部が引き継ぎ、横浜高速鉄道みなとみらい線、九州新幹線(新八代 - 鹿児島中央)などを完成させた。2005年には北海道新幹線、2006年には北陸新幹線(富山 - 金沢間)の建設工事が始まるなどJRTT設立後の新規の建設にも着手している。また、既存の事業以外にも、自治体などから、調査業務や建設業務を受託し、リニア中央新幹線工事などで、これまでの技術力やノウハウ、政府系機関としての公正性が生かされている。
JRTTの前身である運輸施設整備事業団が支援して開発が進められてきた高速船であるテクノスーパーライナーの1号船「SUPER LINER OGASAWARA」は、2004年11月13日に岡山県玉野市の三井造船玉野事業所で進水した。小笠原航路に就航予定とされていたが、燃料費の高騰で国や東京都が支援を断念したため、運行予定であった小笠原海運は船を引き受けなかった。その後、東日本大震災の支援船として一時利用される機会もあったが、保有してリースするために設立されたテクノ・シーウェイズは破産処理が行われ、船自体も解体処分されることになった。
全国新幹線鉄道整備法に基づく整備計画のうち、JRTTおよび前身の日本鉄道建設公団が建設主体として指名された路線の建設を行う。財源は、JRTTに対してJRが支払う貸付料等収入の一部を充てた後、国が3分の2、地方公共団体(都道府県、市町村)が3分の1を負担する。完成後、JRTTは鉄道施設を保有して営業主体に貸付けを行い、貸付料を収受する上下分離方式を導入している。貸付料の基準は、受益の額(新幹線鉄道の開業により営業主体に発生する受益(30年間))を基準としたものに租税および管理費を加えた額である。2022年現在、北海道新幹線、北陸新幹線の建設が進められている。なお、上越新幹線(大宮・新潟間)は、前身の日本鉄道建設公団が建設主体の路線であるが、建設費は国鉄債務に含まれる(公団としては債務完済)ため整備新幹線には含まれない。