クライナ・セルビア人共和国
1992年1月、クロアチア大統領のフラニョ・トゥジマンとセルビア大統領のスロボダン・ミロシェヴィッチとの間で停戦合意が交わされ、サイラス・ヴァンスが推進した国際連合による和平案にむけての道筋をつけた。ヴァンス和平案では、4つの国連保護区(UNPAs)がクロアチア領内のクライナ支配地域に設置された。ヴァンス案はユーゴスラビア人民軍のクロアチア領からの撤退と、脱出した避難民の故郷への帰還を求めた。ユーゴスラビア人民軍は1992年の5月に公式に撤退したものの、多くの軍の武器と構成していた人員がクライナに留まり、クライナ・セルビア人共和国の治安維持軍に加わった。避難民の帰還は認められず、その後もクライナに留まった多くのクロアチア人およびそのほかの少数民族が追放されるか殺害された。1992年2月21日、国連保護区の治安を維持するために国連安全保障理事会によって国連保護軍の結成が決定された。合意によって、その後3年間にわたってクロアチア側とクライナ・セルビア人との前線は凍結・維持された。クロアチアとクライナの実際の戦闘は停止された。クライナ・セルビア人共和国はこの間、いかなる国家や国際機関からも法的な承認を得ることは出来なかったものの、セルビアに友好的なギリシャ、ルーマニアおよびロシアからの支持を得た。
1992年12月30日にクロアチアの郡が設置された際、クロアチア政府はこのほかに2つのセルビア人の自治地域(kotar)をクライナ地域に設定した。
1992年から1995年にかけてクライナ・セルビア人共和国が存続していた間、この国家はいかなる国際的承認を得ることもできなかった。また、1974年のユーゴスラビア社会主義連邦共和国憲法、およびクロアチア社会主義共和国の憲法によれば、この地域の自決権はなく、クロアチアからの分離もみとめられていなかった。1992年1月の欧州連合理事会旧ユーゴスラビア和平委員会調停委員会(バダンテール委員会)によって、「ユーゴスラビアは解体されており、クロアチアをふくむその構成国は独立を国際的に承認されるべきである」と結論した。。委員会はまた、これらの共和国の領土の統一も命じた。世界のほとんどの国にとって、これがクロアチア承認の理由となった。しかしながら、セルビアはこの委員会による結論を受け入れず、この時点でのクロアチア承認を拒み、委員会による結論は国際法律家らによって異議がもたれている。
Z-4案(en)がクロアチア、クライナ双方によって拒否された後、クライナ・セルビア人共和国の終焉は1995年に訪れた。クロアチア軍は5月の閃光作戦(en)によって西スラヴォニアの支配権を獲得すると、8月には嵐作戦(en)によってクライナの主要部分のほとんどをクロアチアの支配下へと復帰させた。クライナ・セルビア人共和国は解体され、ほぼ全てのセルビア人はクロアチア領を脱出した。この時以降、クロアチアでは8月5日を「勝利と祖国への感謝の日」として祝福する。
将軍アンテ・ゴトヴィナを含む多くのクロアチア軍の士官が、ハーグの旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷(ICTY)によって訴追された。訴追理由は、クロアチア軍兵士による民間のセルビア人に対する残虐行為に対する指導者責任を問うものである。
15万人から20万人のクロアチア領内のセルビア人たちは一団となってクロアチア領クライナを追われ、大部分がセルビアへ、また一部は東スラヴォニアへと流れ着いた。彼らの一部はクライナ・セルビア人共和国の当局にそって早期に脱出させられ、またその他の多くは嵐作戦の後に恐怖と作戦後の混乱から逃れるためにクライナを脱出した。クライナのセルビア系住民の間に広がっていた恐怖は理由なきものではなかった。多くのセルビア人がクロアチア軍兵士によって殺害され、各地で残虐行為が発生していた。UNPROFORによると、11月までに200を超える殺害が起こっていた。また、クロアチア軍の指令による放火も各地で幅広く起こっていた。ICTYはこれを、脱出したセルビア人の帰還を防止するためのものと評した。最終的には、クライナの主要部分(東スラヴォニアを除く)にはわずかに4千人のセルビア人のみが留まっていた。
戦争によってクライナはそのほかのクロアチア地域から切り離され、クライナ域内の生産業は操業停止した。クライナには天然資源はわずかしかなく、ほとんどの資源や燃料・物品を輸入に頼らざるを得ない状況にあった。農業は荒廃し、生産量は必要最低限の分を超えることはほとんどなかった。技能労働者はセルビアやその他の国へ職を求めて流出してしまった。更に状況を悪くしたのは、クライナ・セルビア人共和国の政府はひどく腐敗しており、地域は闇経済とその他の多くの犯罪活動に広く覆われていた。1990年代なかばにおいて、クライナ・セルビア人共和国の経済は和平あるいはユーゴスラビアからの支援なしには成立しなかったことは明らかである。また、ミロシェヴィッチ率いるセルビア側からみても、クライナがセルビアの政治・経済にとって望まれざる重荷となっていたことも明白である。ミロシェヴィッチの政府は、紛争を鎮めるためにクライナのセルビア人勢力の支援を試みたものの、これに失敗して大きな不満を抱えることになった。
クライナ共和国の弱点はその軍事力であるクライナ・セルビア人軍(Vojska Srpske Krajine, VSK)にもあった。1992年の停戦が結ばれて以降、クロアチアは巨額の資金を投じて、武器の購入と、アメリカ合衆国の支援による兵士の訓練を行った。同じころ、クライナ・セルビア人軍は次第に弱化し、兵士の士気は下がり、訓練や準備も疎かになっていた。