美濃部正
これは、他の「秘匿飛行場」も同じような状況で、日本軍が苦心して造成し、カモフラージュした「秘匿飛行場」の多くは、岩川基地と同様にアメリカ軍からは丸見えであったことが、戦後の研究で判明している。しかし、結果的に岩川基地は終戦まで一回の爆撃も受けず、南九州の基地では唯一地上での損害がなかったといわれる。
再度の特攻出撃
芙蓉部隊が岩川に移動していた同じ時期に、菊水七号作戦が発令され、第5航空艦隊と陸軍の第6航空軍は、特攻機援護のため、5月24日深夜から沖縄戦開始以降最大規模の戦力で沖縄の敵飛行場に攻撃をかけることとし、多数の爆撃機と陸上攻撃機による飛行場への夜間爆撃と、陸軍空挺コマンド部隊義烈空挺隊を投入して空挺特攻作戦を敢行した。しかし、今まで飛行場攻撃を主要任務としてきた芙蓉部隊には出撃の声はかからず、5月15日から24日かけ、慌ただしい他の日本陸海軍航空部隊の喧騒をよそにして、たっぷり時間をかけて岩川基地に移動している。さらに、美濃部は搭乗員が移動で疲労したものと考えて、搭乗員らが今でいうエコノミークラス症候群にならないよう按摩の手配をし、夜には美濃部の提案で蛍狩りを肴に酒席を設けるなどの気遣いを見せた。
5月24日の夕刻から夜間にかけて、アメリカ軍飛行場を巡って最大の激戦が繰り広げられたが、この日の戦闘によって、陸海軍の航空機と義烈航空隊は、読谷飛行場で航空機38機を完全撃破もしくは大破、20名の死傷者、ガソリン70,000ガロン焼失、半日飛行場使用不能、嘉手納飛行場で一時使用不能、伊江島飛行場で60名の死傷者を出させるなど、沖縄戦での日本軍による飛行場攻撃で最大の戦果をあげている。
岩川に移動し終えた芙蓉部隊へ、第5航空艦隊から飛行場を巡る激戦がひと段落した翌25日未明に、相応の打撃を与えた飛行場ではなく敵機動部隊への索敵攻撃が命じられた。
遺稿でも特攻は本人の意思で行うことがあっても他から命令するのは冷酷、非情な軍隊指揮で死刑宣告に等しい人格否定で自分には出来ないと語っている。遺稿では硫黄島戦などで特攻を命じたことについては書かれていない。また、特攻隊員に同情するような記述をする一方で、特攻兵器桜花を運用していた神雷部隊は、桜花特攻隊員の鈴木英男大尉によれば、桜花隊員は他の特攻隊員と異なり純粋な志願者ばかりだったので士気も高く、訓練や座学に勤しみ、余暇にはスポーツを楽しむなど全体的に落ち着いていたという証言があるが、美濃部は遺稿で、桜花特攻隊員の士気維持のために「密かに女を抱かせて気を紛らわせていたと聞く」などという、美濃部自身も真偽を確認していない風聞のような記述で特攻隊員を誹謗している。
美濃部は日本海軍伝統の「一族決死」「指揮官先頭」の楠公精神を重視していたが、戦争が進むにつれその精神が掛け声だけになったと嘆き、「芙蓉部隊が特攻に反対せし根本理由は若い搭乗員で特攻隊を編成し、司令、飛行長、隊長を編成から除く点にあり」と述べおり、決号作戦(本土決戦)における芙蓉部隊の作戦計画『芙蓉部隊決号作戦計画』においては、美濃部が指名した部下熟練搭乗員と共に、自らが先頭に立って敵機動部隊に特攻し、残される整備兵などの地上要員に対しては、一兵たりとも後退を禁じて、敵上陸軍を道連れに周辺住民もろ共、地雷や航空爆弾で自爆攻撃を命じる計画を立てている。終戦時は「降伏なき皇軍には、今や最後の指揮官先頭、全力決戦死闘して天皇及び国民にお詫びするとき」が来たと考えて、部下だけ送り出して自分らは出撃しない特攻隊の指揮官らとは違い、最後は自ら特攻で戦死すると決めたというが。
また、晩年の美濃部の遺稿では玉井とのやりとりは記述されておらず、出典によって美濃部の主張が相違している。
この不祥事件については、後日その調査のために軍令部参謀の奥宮正武中佐らが査察にダバオを来訪している。美濃部の遺稿によれば、このとき美濃部は奥宮から事情聴取を受けたと主張しているが、奥宮には美濃部と面談したという記憶はない。奥宮は第一航空艦隊司令部に事情聴取を行っているが、司令長官の寺岡や参謀の猪口らは、ばつが悪かったのか多くを語らなかったという。しかし誤報を報告した玉井からは、「一発の砲声も聞こえなかった。敵機の姿もなかった。そこで、不審に思って、残っていた零戦を操縦して、サランガニ湾の内外を見たが、敵影はなかった。その結果、誤報であることが判明した」と詳細な状況説明があり、奥宮は明快な説明という感想を抱いた。そののちに「陸・海軍を合わせて、大ぜいの参謀がいるのだから、誰か高いところに上がって、状況を確かめればよかった。机の上の作戦とはそんなものだよ。」との嘆きも聞かされたと振り返っている。
戦闘901飛行隊壊滅
9月21日には、アメリカ軍機動部隊の艦載機がマニラを襲撃してきた。ニコルス基地にいた美濃部は、他の指揮官たちが油断して敵機と気が付かない中、唯一気が付いて基地に警告を発したとのことであるが、美濃部率いる戦闘901の戦闘機隊も退避も迎撃もすることはできず、アメリカ軍艦載機に攻撃されるがままとなった。また美濃部は、空襲を終えて引き上げていく艦載機を見て、反撃の絶好の戦機であるのに、直ぐに反撃に転じない日本軍にもどかしさを感じたというが、美濃部も月光隊を反撃に出撃させたのは半日以上後の翌日の薄暮であった。
美濃部が硫黄島戦で編成した特攻隊は、当時飛行隊長で指揮官であった自分を除いている。
美濃部は指揮官先頭を常に意識しており、出撃する芙蓉部隊員に「いずれ後からいく、それまで待っていてくれ」と最後は戦死した百余名の部下の後を追うと約束していたが、終戦後の草鹿や横井の説得で、美濃部から徹底抗戦を焚きつけられていた芙蓉部隊隊員から見れば「コロッ」と態度が一変したかのごとく翻意し、1997年に81歳の天寿をまっとうしている。終戦時に、「特攻隊の英霊に曰す」という遺書を遺して自決した大西や、第5航空艦隊司令長官拝命時から最後は自ら特攻出撃すると決め、その決意通り特攻出撃した宇垣のほかにも、練習機白菊特攻を指揮した高知海軍航空隊司令の加藤秀吉大佐は、副官らが自決しないよう軍刀や拳銃を取り上げたにもかかわらず、井戸に飛び込んで自決し、芙蓉部隊と同様に主に沖縄近海の艦船や飛行場へ通常攻撃を行って特攻支援をしていた陸軍航空隊第66戦隊の指揮官藤井権吉中佐は、妻子とともに拳銃自決し、飛行教官として多数の特攻隊員を訓練し、軍令部参謀として大西と一緒になって特攻主体の本土決戦を準備していた国定謙男少佐も、妻女と子供2名の一家4名で拳銃により心中している。
以上のように、特攻に関わった悔恨や謝罪の情で自決した将官・士官も多数存在する。