Clustal
入力ファイルとしてはNBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF , GDEの形式を受け付け、Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE, NEXUSの形式で出力することができる。
SGIによるものをはじめとして、いくつかの並列化バージョンが開発されている。Clustal Wを高速に実行するためのFPGAによる専用ハードウェアがProgeniq社によって開発されている。