日暮里駅
JR東日本 - 2022年度の1日平均乗車人員は92,784人である。 同社の駅の中では戸塚駅に次ぐ第33位。2007年度までは8万人程度で推移していたが、日暮里・舎人ライナーの開業を機に増加に転じ、2013年度に10万人を上回った。
京成電鉄 - 2022年度の1日平均乗降人員は83,830人である。 京成線全69駅中押上駅、京成高砂駅に次いで第3位であるが、押上駅および京成高砂駅は連絡人員を含む値であり実際の利用客数より多く計上されるため、京成電鉄の駅として最も利用客の多い駅ともいえる。
東京都交通局 - 2021年度の1日平均乗降人員は48,252人(乗車人員:24,192人、降車人員:24,060人)である。 日暮里・舎人ライナーの駅では第1位。
JR東日本3面6線、京成電鉄3面2線、日暮里・舎人ライナー1面2線の計7面10線のホームを持つ。京成下りホームおよび日暮里・舎人ライナーのホームが高架ホームのほかはすべて地上ホームである。橋上駅舎を有している。改札は北改札口と南改札口の2か所で、北改札口は「東口」と「西口」の2つの出口がある。なお、南改札口にはお客さまサポートコールシステムが導入されており、終日インターホンによる案内となる。
また、当駅を起点として日暮里・舎人ライナーが開通し、北口の駅前広場上空に既存駅に対して直角に駅舎が設置されるとともに先のコンコースを介して3社局の駅が連結された。これと並行してJR・京成とも駅改良工事を施工したが、特に京成側は国土交通省の鉄道駅総合改善事業として日暮里駅整備株式会社を事業主体とし駅の構造を変えてしまうほどの大規模な工事となり、その進捗によって駅出入口、通路、階段、改札口などの変更が頻繁に行われ、駅構内では係員が常駐し、肉声や拡声器を使って利用客の案内・誘導を行っていた。
東口では、2007年6月頃からガムテープを使った案内表示がコンコース内外で展開されるようになった。これに伴い案内員も減り、スムーズに人が流れるようになった。なお、案内表示は手作業で製作した独自の書体を使用している。この書体は、以前の新宿駅改良工事で乗り換え案内テープを製作した際にも話題となったもので、考案者で当駅の警備担当者でもあった佐藤修悦の名前を取って「修悦体」と呼ばれている。
JR日暮里駅のイメージキャラクターは、当時当駅に在籍していたJR社員が谷中のネコをイメージして考案した「にゃっぽり」。駅スタンプに用いられ、またエキュート日暮里でグッズも販売されている。
常磐線の起点、上野駅の一歩手前ということもあり、戦後はヤミ米の取締りが行われた。1951年には7月10日、7月11日と日暮里駅で2日連続で摘発された石岡町の女性が新聞記事となっており、摘発の頻度が伺われるほか、1955年には日暮里駅に到着した長距離列車に上野警察署員、上野鉄道公安室署員が乗り込み、上野駅で担ぎ屋を一網打尽にする集中取り締まりも行われていた。