馬インフルエンザ
また、ウイルスの抗原変異に対応するため、1985年、1996年、2004年の3度にわたり、ワクチン株の変更が行われている。
2007年8月以降、日本で流行した馬インフルエンザウイルスはウマ2型ウイルスH3N8型であり、遺伝子性状は「フロリダ亜系統」のグループに含まれることが判明している。遺伝子解析の結果、今回分離されたウイルスと過去のウイルスの遺伝子におけるアミノ酸配列を比較した場合、「A/equine/Florida/1/03(H3N8)」の亜系統に属する「A/equine/Wisconcin/1/03(H3N8)」と99%以上の相同性(遺伝子のアミノ酸配列の相同性は、赤血球凝集素(HA1)遺伝子で99.3%、ノイラミニダーゼ(NA)遺伝子で99.0%)があることが明らかになっている。また、日本とほぼ同時期にオーストラリアで発生した馬インフルエンザのウイルスについて、ビクトリア州のオーストラリア動物衛生研究所(AAHL:The Australian Animal Health Laboratory)が行った遺伝子解析では、ウイルスの遺伝子におけるアミノ酸配列が上記の「A/equine/Wisconcin/1/03(H3N8)」と99.6%の相同性(赤血球凝集素(HA1)遺伝子については99%)を示したとされている。
競馬開催への最初の影響は16日の地方競馬の旭川競馬場で実施されたブリーダーズゴールドカップを含む指定交流競走2競走である。2競走へ出走予定であったJRA所属馬2競走計10頭は、JRA管理施設からの移動が制限されたため、旭川競馬場に向かうことができなくなり、競走から除外する措置がとられた。
中央競馬を主催するJRAは当初、ワクチン接種を全頭に対して実施している事から影響は小さいと考えており、16日の記者会見では8月18日・19日の中央競馬(札幌・新潟・小倉)を開催すると発表していた。だが、翌17日朝に週末出走予定の競走馬から163頭を検査したところ29頭が陽性反応を示した為、一転して開催を中止した。
地方競馬では当初感染馬はいないとされていたが17日夜、ホッカイドウ競馬の旭川競馬場でも陽性反応馬が確認され、以後、以下の各地で陽性反応や類似の症状を見せる馬が確認され、防疫強化や公正確保などの観点から開催中止の措置が執られている。
その後も金沢競馬場では8月21日までに全在厩馬529頭に対する検査が実施され、2割を超える117頭に陽性反応が確認される事態となり、一時期、開催再開の目処が立たなくなったと報道された。9月より競馬は再開された。
相次ぐ感染馬の発覚と開催中止の連続に22日、管轄の農林水産省と各競馬主催者が会合を開き、対応を協議。
このとき、ニューマーケットで検出されたアメリカ系統のウイルスは、イギリスにおける初めてのアメリカ系統の亜型に属するものであった)。
タンパク質のデータベースであるUniProtにはインフルエンザA型ウイルスのサブタイプの分類もあるが、このうち馬に関するものはH3N3型については「A/equine/New Market/1979(H3N3)」の1種のみだが、H3N8型については非常に多く登録されている。
上記のようなウイルスの抗原変異に対応するため、馬インフルエンザのワクチンにはウマ1型、ウマ2型のヨーロッパ系統、ウマ2型のアメリカ系統の3つの株が含まれる混合ワクチンが用いられることが多い。たとえば、現行の2004年のワクチンにはNewmarket/77株(ウマ1型)、La Plata/93株(ウマ2型アメリカ系統、アルゼンチン株)、Avesta/93株(ウマ2型ヨーロッパ系統、スウェーデン株)が含まれている。
日本における馬インフルエンザ研究は1969年、後の競走馬保健研究所栃木支所で馬インフルエンザの診断法の研究から開始され、1970年には蛍光抗体法による迅速診断法や血清診断法である血球凝集抑制反応が可能な状態となった。また、日本生物科学研究所と共同でワクチン開発の研究も始まったのも同じ1970年である。馬インフルエンザの終息後の1972年5月にはワクチンの野外試験が実施され、同年秋にはワクチンの商品化に成功し、同時に全ての競走馬にワクチンが定期的に接種されるようになった。
馬インフルエンザは、世界的に古くから臨床的には知られていたが、初めて馬インフルエンザウイルスが分離されたのは1956年のことである。
馬インフルエンザウイルスには1956年にチェコのプラハで初めて分離されたウマ1型ウイルス(A/equine/Prague/1/56(H7N7)。プラハ型とも呼ばれる)と、1963年にアメリカのマイアミで初めて分離されたウマ2型ウイルス(A/equine/Miami/1/63(H3N8)。マイアミ型とも呼ばれる。アルゼンチンからフロリダに持ち込まれた馬からフロリダの馬群に広がった。その後、1964年から1965年にかけてヨーロッパの馬群にも導入された)の2系統があるが、1987年のインドを最後にウマ1型ウイルスが確認されたことはなく、それ以降に流行しているのはウマ2型ウイルスである(ただし、1989-1990年に中国東北部で流行したものを除く)。ウマ1型ウイルスよりウマ2型ウイルスの方が病原性、伝播性ともに強いとされる。
1987年頃、ウマ2型ウイルスはヨーロッパ系統とアメリカ系統の2つの系統に分岐し、それ以降それぞれヨーロッパとアメリカに定着したとされる。しかし、近年ヨーロッパ系統は世界的に発生してはいるものの大流行はしておらず、アメリカ系統がヨーロッパなどでも大流行の原因となっている(2003年の南アフリカ、イギリス・ニューマーケットの大流行もアメリカ系統のウイルスが原因。