ニホンオオカミ
ニホンオオカミが大陸のハイイロオオカミと分岐したのは日本列島が大陸と別れた約17万年前とされているが、一般に種が分岐するには数百万年という期間を要し、また生態学的、地理的特徴においても種として分岐するほどの差異が見られないことから、同種の別亜種であるとする説。
同論文中に示された遺伝子系統樹では、ニホンオオカミ集団は単系統のクラスターを形成しているが、系統樹全体で見ればイヌ(Canis lupus familiaris)を含むハイイロオオカミ(Canis lupus)の種内に包摂されているため、大陸のハイイロオオカミ系統とは亜種レベルの差異であることが示唆されており、遺伝系統の考察においても慎重ながらニホンオオカミは大陸のオオカミの一系統に由来すると推測されている。
その後石黒は2012年の日本獣医師会雑誌 第65巻第3号に掲載された論文の中で、「ニホンオオカミもユーラシア大陸由来のタイリクオオカミから派生した地方集団と考えて、島に閉じ込められて体型が小型化した島嶼化集団と推測するとわかりやすい」、「今後、朝鮮半島や台湾などユーラシア大陸の島嶼部で、ニホンオオカミと同じ系統を示すタイリクオオカミの依存種(ママ)がいないか調査してみたいものである」と述べており、2009年時点よりも明確に別亜種説を採っている。
2021年に発表された論文では、更新世のシベリアに生息していた系統の最後の生き残りであった可能性が指摘され、ハイイロオオカミはニホンオオカミよりもいくつかの犬種により近縁だとされている。一方、更新世末期に該当する本州各地から、ダイアウルフに匹敵する大型のオオカミの化石が出土している。2022年に発表された化石に残存する遺伝子の分析によると、ニホンオオカミは更新世にシベリアから来た大型のオオカミとその後に大陸から渡ってきた別の系統が交雑して成立したとされている。