渡島総合振興局
総合振興局直轄 (総務課、課税課、納税課)
地域創生部 (地域政策課(新幹線推進室))
保健環境部 (社会福祉課(子ども子育て支援室)、環境生活課) 保健行政室 (企画総務課、健康推進課、生活衛生課、試験検査課) 八雲地域保健室 (企画総務課、健康推進課、生活衛生課) 松前社会福祉事務出張所 木古内地域保健支所 森地域保健支所 今金地域保健支所
産業振興部 (商工労働観光課、農務課、農村振興課、林務課、水産課) 渡島農業改良普及センター 渡島北部支所 渡島地区水産技術普及所 松前支所 渡島北部地区水産技術普及所
東部森林室 (管理課、普及課、森林整備課)
西部森林室 (管理課、普及課、森林整備課)
函館建設管理部 建設行政室 (建設行政課、建設指導課、入札契約課) 用地管理室 (用地課、維持管理課) 事業室 (地域調整課、道路課、治水課、事業課(施設保全室)) 松前出張所 八雲出張所 江差出張所 (施設保全室) 奥尻出張所 (施設保全室) 今金出張所
北海道渡島保健所 (企画総務課、健康推進課、生活衛生課、試験検査課) *保健環境部に併置 木古内支所 *保健環境部木古内地域保健支所に併置 森支所 *保健環境部森地域保健支所に併置
北海道八雲保健所 (企画総務課、健康推進課、生活衛生課) *保健環境部八雲地域保健室に併置 今金支所 *保健環境部今金地域保健支所に併置
北海道渡島家畜保健衛生所 (BSE検査室)
北海道八雲食肉衛生検査所 (指導課、食肉検査課)