月輪陵・後月輪陵
当初の形態は無縫塔であったが、東福門院陵で初めて宝篋印塔となる。東福門院陵の造営にあたって幕府から朝廷に照会があった記録が残されており、幕府出身者の立場が反映されたと考えられる。東福門院陵以降は再び無縫塔に戻るが、100年以上経って盛化門院陵で宝篋印塔が再び造営される。当時の史料によれば東福門院陵に倣うよう沙汰があったと記されており、以降女院の陵墓は宝篋印塔になる。ただしこれらには東福門院陵にあった石冊はなく、格は下がる。
新清和院陵のみ七重塔だが、これは1870年(明治3年)に建て替えられたもので、元来は宝篋印塔であった。記録によれば内親王であった新清和院陵を造営する際には、その規模を東福門院墓と同格にしたいと朝廷から幕府に伺いがあり、許されている。
19世紀には3人の親王墓が造営されるが、3人とも天皇の正妻の子で生母の身分が関係したと考えられる。いずれも宝篋印塔だが、女院のものよりやや小型である。
その後、皇統は持明院統と大覚寺統に分かれ、やがて南北朝に至る。持明院統の初代の後深草天皇(1304年崩御)の陵として深草法華堂(現在の深草北陵)が建立されると、これが事実上の持明院統の霊堂となり、続く持明院統の天皇が合葬されていく。
北朝4代の後光厳天皇(1374年崩御)は、葬儀と荼毘を泉涌寺で行い深草法華堂に納骨した。この際の棺はそれまでの生絹ではなく仏教色の強い赤錦地で包まれ、葬儀は僧だけで執り行われるなど仏事で行われた。また、泉涌寺以下5寺院に分骨が行われる。以降、天皇の葬儀と荼毘は泉涌寺が独占し、その後に深草法華堂に納骨される事が通例となった。その中でも後土御門天皇(1500年崩御)から後陽成天皇(1617年崩御)に至る5人の天皇の灰塚は、本陵墓内に造営された。