新直轄方式
新直轄方式は道路公団民営化に関連して初めてとられた手法であるため、第1回国幹会議での対象区間では、すでに旧来の方法で策定済みの計画を、事業主体など基本計画にたちかえって切り替えるという形をとった。 基本となる考え方は、高速自動車国道の評価手法に基づき、必要性を厳格に検証して評価結果を公表するとともに、関係都道府県から、整備方式(新直轄方式あるいは有料道路方式)に関する要望を聴取した結果を踏まえて国土交通省にて原案を作成し、国幹会議での議会を経て、新直轄方式に切り替わる区間を選定するという手法がとられている。
2004年1月30日付で、以下の27区間につき整備計画が変更(ならびに、うち20区間については公団への施行命令が撤回)し、2006年2月28日付でさらに7区間の整備計画が変更された。 (太字は既供用区間、斜体は一部供用区間)