フウキンチョウ科
Platyspiza (Camarhynchus から分離) Platyspiza crassirostris, Vegetarian Finch, ハシブトダーウィンフィンチ
Camarhynchus ダーウィンフィンチ属 Camarhynchus psittacula, Large Tree Finch, オオダーウィンフィンチ Camarhynchus pauper, Medium Tree Finch, ダーウィンフィンチ Camarhynchus parvulus, Small Tree Finch, コダーウィンフィンチ Camarhynchus pallidus, Woodpecker Finch, キツツキフィンチ Camarhynchus heliobates, Mangrove Finch, マングロープフィンチ
Certhidea ムシクイフィンチ属 Certhidea olivacea, Green Warbler‐Finch (旧名 Warbler Finch, ムシクイフィンチ) Certhidea fusca, Grey Warbler‐Finch (C. olivacea から分離)
Pinaroloxias Pinaroloxias inornata, Cocos Finch, ココスフィンチ
lineata から分離) Dacnis flaviventer, Yellow‐bellied Dacnis, キバラヒワミツドリ Dacnis hartlaubi, Turquoise Dacnis, ハシブトヒワミツドリ (P.
AOUではホオジロ科にとどまっている。
ショウジョウコウカンチョウ科だったマミジロイカル属 Saltator は多系統だが、大部分はフウキンチョウ科に含まれる。ノドグロイカル Saltator atricollis は別系統でオナガシトド Saltatricula(伝統的にはホオジロ科だがDNAハイブリダイゼーションではフウキンチョウ科とされた)と姉妹群であり、ノドグロイカル+オナガシトドからなる単系統はショウジョウコウカンチョウ科のおそらく基底に位置する。ただしこの群も他のマミジロイカル属と近縁でフウキンチョウ科とする説もある。またアカハライカル Saltator rufiventris はフウキンチョウ科内だが他の種とは異なる位置にある。Weier et al. (2009)は暫定的にマミジロイカル属全体をフウキンチョウ科とした。IOUは科を変更せず、AOUは独立した科を形成する可能性があるとし科未定 incertae sedis にしている。
伝統的にアメリカムシクイ科だったマミジロミツドリ属 Coereba は、フウキンチョウ科内に位置する。
Phrygilus ヤマシトド属 Phrygilus atriceps, Black‐hooded Sierra Finch, クロズキンヤマシトド Phrygilus punensis, Peruvian Sierra Finch, ペルーヤマシトド Phrygilus gayi, Grey‐hooded Sierra Finch, ハイズキンヤマシトド Phrygilus patagonicus, Patagonian Sierra Finch, パタゴニアヤマシトド Phrygilus fruticeti, Mourning Sierra Finch, ムナグロヤマシトド Phrygilus unicolor, Plumbeous Sierra Finch, ネズミヤマシトド Phrygilus dorsalis, Red‐backed Sierra Finch, セアカヤマシトド Phrygilus erythronotus, White‐throated Sierra Finch, ノドジロヤマシトド Phrygilus plebejus, Ash‐breasted Sierra Finch, ハイムネヤマシトド Phrygilus carbonarius, Carbonated Sierra Finch, クロハラヤマシトド Phrygilus alaudinus, Band‐tailed Sierra Finch, オビオヤマシトド
Melanodera ノドグロシトド属 Melanodera melanodera, Canary‐winged Finch, ノドグロシトド Melanodera xanthogramma, Yellow‐bridled Finch, ミドリノドグロシトド
Haplospiza ウスズミシトド属 Haplospiza rustica, Slaty Finch, ウスズミシトド Haplospiza unicolor, Uniform Finch, ミナミウスズミシトド
Acanthidops Acanthidops bairdii, Peg‐billed Finch, ハシナガシトド
分子系統から、nine-primaried oscines 内でいくつかの属が移動させられた。Weir et al. (2009)による移動は次のとおり(スミレフウキンチョウ属 Euphonia・ミドリフウキンチョウ属 Chlorophonia、キガタイカル属 Parkerthraustes、ジフウキンチョウ属 Calyptophilusを追加)。国際鳥類学会議 (IOC)・アメリカ鳥学会 (AOU)・AOU南アメリカ分類委員会 (SACC)の対応を示す(×: 伝統的な科に留める; ○: 系統的な科に移す; Emb: ホオジロ科; Coe; マミジロミツドリ科; ?: 未定 incertae sedis; -: 地域にいないなどの理由で扱っていない)。
ホオジロ科から、フィンチ類、シトド類の一部など、約20属がフウキンチョウ科に移された。これらはフウキンチョウ科の系統の中でまとまっておらず、あちこちに分散している。ホオジロ科には未サンプリングの属もあるので、このリストは増える可能性がある。
コウカンチョウ属 Paroaria はショウジョウコウカンチョウ科(旧称コウカンチョウ科)から、Tordoff (1954) によりホオジロ科に移されており、そのあとフウキンチョウ科に移された。
Bangsia Bangsia arcaei, Blue‐and‐gold Tanager, アオキバラフウキンチョウ Bangsia melanochlamys, Black‐and‐gold Tanager, クロキバラフウキンチョウ Bangsia rothschildi, Golden‐chested Tanager, キンムネフウキンチョウ Bangsia edwardsi, Moss‐backed Tanager, コケイロフウキンチョウ Bangsia aureocincta, Gold‐ringed Tanager, キオビフウキンチョウ
Wetmorethraupis Wetmorethraupis sterrhopteron, Orange‐throated Tanager, ウエトモアフウキンチョウ
Buthraupis キバラフウキンチョウ属 Buthraupis montana, Hooded Mountain Tanager, ズキンキバラフウキンチョウ Buthraupis eximia, Black‐chested Mountain Tanager, ムナグロキバラフウキンチョウ Buthraupis aureodorsalis, Golden‐backed Mountain Tanager, ペルーキバラフウキンチョウ Buthraupis wetmorei, Masked Mountain Tanager, カオグロキバラフウキンチョウ