菅野完
また、「古い資料も引用して一見、実証的(?)にレポートしている」ように見えるとしながらも、そこで引用されている資料である魚住昭『証言 村上正邦』にも事実ではない記述が書かれているとしている。
菅野は「彼(=田久保忠衛)が正面から否定しているのは外電の記事を始め、私の仕事ではないものばかりで、私の著書については否定できていない。」「田久保氏の主張では『日本会議の研究』を日本会議の事務局が調べたら『虚実、装飾、誹謗中傷など150カ所以上』の問題箇所があったとのことですが、それは当然でしょう。当事者が読んで問題箇所がないものなんて書くはずがない。」「結局、私の本が自分たちを貶める目的で書かれたと言いたいだけの、主観的な印象論に過ぎません。」などと反論している。
宗教学者の寺田喜朗は、出版停止の申し入れを行った理由について、特定の宗教団体が日本会議で主導権を発揮している等の意見が出ると活動に支障が出るためではないかと推察している。
菅野は、リベラル勢力が「傲慢で怠慢」だったために、「勝手に自壊」したとした上で、日本会議は「リベラル勢力から、運動の仕方、用語、デモのやり方を学んで真似た」とし、「1968年の反乱」以降、「飽きることなく地道にそれをやり続けた」と述べている。日本会議を詳細に記した初の著書となった経緯については、「みんな馬鹿にしてたんでしょう。過去の政権でも為政者には常に取り巻きはいたわけで、そうした取り巻きの一つといったイメージだったんでしょうね。」としている。日本のメディアが日本会議を報じていないことについて、「真正面から政治家や政治勢力の言説と戦うことを、過去40年間やらな過ぎたことに問題がある」と批判している。
右翼の役割は「国を国家から守る」ことであり、保守として「国家の暴走に掣肘を加える」ことも重要だが、日本会議周辺の人々は「国家」しか意識に無く、右翼でも保守でもない、と主張している。
磯部涼他(のいえほいえ名義で寄稿)『踊ってはいけない国で、踊り続けるために――風営法問題と社会の変え方』河出書房新社、2013年4月23日。ISBN 978-4-309-24615-4。
菅野完、村上正邦、魚住昭、横山孝平、白井聡『日本会議をめぐる四つの対話』ケイアンドケイプレス、2016年12月11日。ISBN 978-4906674688。
10月29日、生長の家の元幹部・安東巌が『日本会議の研究』で名誉毀損で菅野を提訴していた件で最高裁判所(菅野博之裁判長)は菅野の上告を棄却し、110万円の損害賠償の支払いを命じた1・2審判決が確定した。なお、「研究」の内容削除請求は先述の通り退けられている。