神戸-関空ベイ・シャトル
2012年2月、130億円以上にのぼる債務超過を解消するため、海上アクセスは民事再生法の適用を申請した。2013年1月31日に再生計画を完了、100%減資の上、神戸市が有していた債権を株式化する形で、神戸市100%出資の会社に再編された。2013年10月1日、海上アクセスはOMこうべに吸収合併され、同社の海上アクセス事業部となった。
神戸マリンルートとK-CATの休廃止後間もなく、神戸市は将来の神戸空港開港と関空二期島の完成により、神戸空港と関西空港間で国内線・国際線を乗り継ぐなどの需要が見込まれるとして、2006年を目標に航路の再開を表明した。2002年8月には市の外郭団体である財団法人神戸市開発管理事業団が設けた基金を通じ、休眠会社となっていた海上アクセスへ融資を行い、金融機関からの長期借入金を返済(借換)させる延命措置を図った。
2005年度神戸市予算に航路再開に伴う予算計上が行われたことで、航路復活がほぼ決定事項となり、船舶購入などの準備が進められた。2006年7月8日に国土交通大臣(当時)の北側一雄らが参加した披露試乗会の実施を経て、7月13日に「神戸-関空ベイシャトル」として就航、神戸関空航路が再開された。
4年半ぶりに再開された航路の運賃は、K-JETよりも900円安く設定された。再開当初は、定員110名に対し1便平均の乗客数は14名と低調で、2006年度上半期は2億1千万円の赤字を計上した。その後、駐車場無料化・旅行会社販売割引・PRの強化といった施策により徐々に利用客が増加し、2008年度は乗船客数約35万人、1便平均の乗客数は26.7人と伸びをみせている。利用客の増加などで2009年度は航路開設以来、初の黒字を計上した。
2007年4月28日 - 5月6日に「神戸-関空ベイ・シャトル また乗ってね!キャンペーン」と称して、神戸空港と関西空港の窓口で乗船券を購入すればもれなく2007年6月以降有効の片道無料乗船券がプレゼントされるキャンペーンを行っていた。
いずれも三保造船所 (大阪府)で建造された双胴高速船3隻の内2隻が通常時に就航している。「かぜ」は予備船で、ドック期間中などの代船のほか、チャーター運航などで使用される。