シュヴァーベン戦争
3月には初期の調停が試みられていたが、決裂していた(後述)。この時スイスにとっての大きな問題は統一的な指揮権の不足だった。州の部隊は自分の指導者からのみ命令を受けたため、不服従への苦情は常態化していた。そのためスイス議会は1499年3月11日に以下の決議を採択した。
一方シュヴァーベン同盟は新兵の募集を完了し、3月22日にドルナッハを襲撃したが、同日の晩、ブルーダーホルツの戦いで数値的に劣ったスイス軍に敗北した。
4月初旬、双方はライン川沿いの互いの領土を襲撃した。スイスはシャフハウゼンの西部、クレットガウにあるハーラウとノインキルヒの村を征服した。一方4月11日にはシュヴァーベン同盟側も大規模攻撃を行い、シュヴァーダーローの戦いに発展した。シュヴァーベン軍はコンスタンツ市の真南、ボーデン湖の南岸にあるいくつかの村を占領、略奪したが、スイスの兵士たちもシュヴァーダーローの数マイル南にメインキャンプを設けていたので交戦状態に入った。しかしこの戦いはシュヴァーベン軍の遠征は敗北に終わった。シュヴァーベン人は1,000人以上の兵士を失い、スイス軍に自走砲を含む重装武器を奪われてしまったのであった。
7月中旬までの間にマクシミリアン1世とシュヴァーベン同盟の指導者たちは自軍から突如として圧迫を受けた。ハインリッヒ・フォン・フュルステンベルク伯爵の指揮下に軍隊が置かれた西部では、フランダースから来た傭兵による大規模な派遣部隊と多くの騎士が賃金の未払いを理由に撤退すると脅したのだ。シュヴァーベン軍の歩兵も多くは農民であり、収穫の時期であるのに家に帰って農作業ができないことに不満を表した。そのためマクシミリアン1世は次の軍事行動を起こすことを迫られた。
7月21日にボーデン湖を横切ったライネックとロールシャッハからの海上攻撃は、シュヴァーベン同盟の数少ない成功した作戦のうちの1つである。スイスの小分遣隊は不意打ちを食らい、村は略奪され焼かれた。しかし西部ドルナッハでの約16,000人の兵士による、より大規模な攻撃の際はにわか仕立てながらも強力なスイス軍に遭遇した。
翌7月22日にはドルナッハの戦いが起こった。シュヴァーベン軍は傭兵隊との長く厳しい戦いの末大敗を喫した。彼らの将軍ハインリッヒ・フォン・フュルステンベルク伯爵は戦いの早い段階で殉死し、約3,000人のシュヴァーベン兵と500人のスイス人兵士が死亡してシュヴァーベン人は再びすべての大砲を失った。これがスイス軍にとっては決定的な勝利となった。
戦争の最後の衝突の一つは7月25日に起こった。シュヴァーベン軍はシャフハウゼンのヘーガウから行進したが、タインゲンでスイスの激しい防衛に会った。わずかな防御部隊がついに打ち負かされ村は略奪されたが、防衛隊は重傷を負いながらも、スイスがシャフハウゼンから戦場でシュヴァーベン兵と対峙するための部隊を送るのに十分な長さの攻撃を続けた。シュヴァーベン軍側の騎士と歩兵との間の誤解によりシュヴァーベン兵は撤退し、日暮れ後のより大きな衝突は防がれた。
バーゼルは戦時中、慎重に中立を保っていた。原初同盟のいくつかの州と同盟を結んではいたが、アルザス地方とライン川沿岸地域との経済的関係もあった。しかし戦争で市議会の親同盟派は力を増し、原初同盟もまた(シャフハウゼンのような)ライン川の橋頭保としてのバーゼル市の戦略的重要性を認識していた。そして1501年6月9日に、バーゼルの代表団とスイスの州の代表が同盟契約に署名した。バーゼル市議会は1501年7月13日に批准した。
シャフハウゼンはシュヴァーベン戦争中に原初同盟と対立して戦ったため、同盟への受け入れは単に形式的なものに留まった。1415年から帝国都市であり、1454年から1479年に更新された25年間の契約を通して同盟の準州であったが、1501年8月10日に同盟の12番目のメンバーになった。
戦争が終わると、スイス兵はもはやライン川とグラウビュンデンに拘束されなくなった。州はミラノ公国とカピチュレーションと呼ばれる新しい傭兵契約を結び、たちまちイタリア戦争に深く関与し、スイス傭兵は両側に立って戦った。1515年のメレニャーノの戦いにおけるフランス軍の敗北、さらにその後1516年にフランス国王との間で結んだ和平条約(「永久平和」と呼ばれる)により、この戦争において自己の利益のためだけに行動した原初同盟の関与は終わった。