日本学術会議
その一方で、日本学術会議に関係する研究者が中国軍の「国防7校」に所属していたことが2021年1月に報じられている。
日本学術会議の声明の影響で、防衛省の「安全保障技術研究推進制度」への応募が2015年度の58件から、2018年度18件、2020年度9件と減少したと報じられている。また、2019年には日本天文学会の学会誌『天文月報』で議論を呼び、2020年10月の日本学術会議の見直し論議でも本声明が注目された。
国立大学協会会長の永田恭介(筑波大学学長)は2020年3月26日の記者会見で、GPSの過去の例、ウイルスに対するワクチン研究が生物化学兵器に転用される可能性を例に「デュアルユースは(線引きが)難しい」「自衛のためにする研究は、省庁がどこであれ正しいと思う」と日本学術会議が大学や研究者に事実上研究を禁止することに批判的な見解を述べた。また、東京大学教授の戸谷友則は、1967年の声明の表題に戦争や平和ではなく「軍事目的」という言葉が入ってしまったことの影響や問題点を指摘するとともに、日本学術会議の影響力から「非民主的に選ばれたごく一部の研究者の団体が、全ての研究者に画一的な価値観を押しつけて、自由を縛ることが許されるだろうか」と問題提起した。
2022年4月26日の参議院内閣委員会において日本学術会議の三上明輝事務局長は、2017年の声明について「デュアルユースのような安全保障に資する研究を一律に禁止する趣旨ではない」と発言している。
2005年の第20期から導入されたもので、現役の会員・連携会員が各々ふさわしいと考えられる「優れた研究又は業績がある」科学者から、会員候補者と連携会員候補者を合わせて5名まで、うち会員候補者は2名以内推薦する。この際、優先順位をつけることはできず、人数は5名より少なくてもよく、連携候補者だけの場合でも構わない。そこから選考委員会・分科会による選考が行われる。なお、会員の定年は70歳であるため、少なくとも1期は務められる年齢であることが推薦時に望まれている。
この方式を検討した際の会長である吉川弘之は、「自分の身近な人は推薦しない」「学術的業績が最も優れている人を推薦する」「自分の分野にだけこだわり続ける人は推薦しない」などのルールと、何段階かの選考で派閥化などの弊害は取り除けると考えたという。また、2014年1月当時の大西隆会長は、資質がある後継者を選ぶことに適していても既に会員となっている者と思想や意見が異なる集団から選ぶことに適していないと内部分析を行い、「他制度より優位性を持つか否かは、現会員・連携会員による推薦及び選考が適切に行われることに掛かっている」と記している。
日本学術会議における「提言」とは、「科学的な事柄について、部、委員会又は分科会が実現を望む意見等を発表するもの」を指し、2008年以降「提言」は321件行われている。ただし、提言については政府の担当者にメールで送るだけという批判もある。なお「勧告」は政府がそれを受けると必ず何らかの対処をする必要があり、日本学術会議会長経験者の大西隆は2020年の取材で、一方的で「強い性格を帯びる」勧告は昔より使われなくなったと答えている。
また、政府から受けた諮問に対して答申を返しており、その内訳は第1期22件、第2期15件、第3期13件、第4期9件、第5期7件という実績であった。ちなみに日本学術会議が第5期であった1960年(昭和35年)に、科学技術会議が第1号の政府答申を行っている。2005年の改革では総合科学技術会議と棲み分けられ、総合科学技術会議と日本学術会議は「車の両輪」と言われるようになったが、東京大学名誉教授の生駒俊明は「現実にはそうなっていない」と懸念していた。
2007年以降は政府からの諮問がなくなり、2020年10月現在まで答申は出ていない。