松本藩
藩領が上記の府中・仁科から組に再編される。
安曇郡 上野組-長尾組-成相組-保高組-松川組-池田組-大町組
筑摩郡 麻績組-会田組-山家組-岡田組-庄内組-塩尻組-出川組-島立組
高遠藩領西五千石が成立 - 現在の松本市和田・今井地区、塩尻市洗馬地区、山形村、朝日村
諏訪藩領東五千石が成立 - 現在の松本市寿(のち1000石分が旗本諏訪頼久領百瀬知行所に)・中山(のち1000石分が旗本諏訪頼蔭領埴原知行所に)・内田地区、塩尻市片丘地区
公儀金山領 - 会田組の一部であった、現在の松本市金山地区の鉱山周辺を公儀御領とする。
譜代、7万石
忠清
忠職
忠直
忠周
忠幹
忠恒
徳川家光のもとで老中を務めていた堀田正盛は寛永15年(1638年)3月、武蔵川越藩3万5000石から6万5000石加増の10万石で入部する。堀田は松本7万石の他、安房と上野の両国に3万石を合わせて10万石である。正盛は春日局の義理の息子で縁戚関係から出世した人物である。正盛自身は老中として江戸で幕政を統括したため、松本に来ることはほとんど無かった。寛永18年(1641年)と寛永19年(1642年)に「巳午の飢饉」と称される飢饉が起こり、その最中の寛永19年(1642年)4月に下総佐倉藩へ移封された。この際、前年の凶作で領内には大量の餓死者が出て年貢の取立が十分にできずに移封しているが、後任の水野家が3年かけて未進分を佐倉に送り届けた。