甲標的
小型なぶん反響信号強度が小さいため、隠密性は大型艦に比べれば有利であった。ただし、特眼鏡が短く、露頂深度でのトリム維持が困難でもあり、司令塔を露出しやすかった。波浪の大きい外洋では50トン程度の小型の艇体が上下し、一定の深度を保ちにくかった。したがって攻撃のために特眼鏡を使用する深さまで浮上すると(露頂)、発見されて攻撃を受けるという事態が生じた。真珠湾攻撃ではこの状態の甲標的が複数発見され、撃破された。レーダーに対しては、司令塔の小型さや波浪の反射波にまぎれることから隠密性は優れていた。
1944年(昭和19年)夏、味方海防艦に誤認された無人の甲標的が攻撃を受けた。これは沖縄に進出するため曳航中の甲標的に、一時間近く機銃射撃と爆雷攻撃を加えたものであった。司令塔に11発の被弾があったがほかに被害はなかった。
471mの機関室と、全長2.616mの縦横舵部分およびプロペラ部分で占められている。内部は15箇所のフレームで船殻を水圧から支えている。セクション前部には600馬力を出力する電動機が置かれ、動力は減速ギア、二重反転ギアを介して減速され、二重反転式のプロペラへ伝達される。後部セクションの中央部、船殻の天井部分には、ギアにアクセスするためのマンホール(サービスホール)が設けられていた。
操舵装置は当初空圧式操舵機であった。縦舵は飛行機での垂直尾翼に相当し、左右方向の旋回をつかさどる。横舵は水平尾翼に相当し、昇降をつかさどる。このうち潜水艦の挙動として横方向の旋回性が求められたが、縦舵は縦50cm、横37cmの台形であり、舵面積が小さく、スクリューの前に舵を配したために舵の効きが悪い。旋回圏は450mと大型艦並みだった。これは港湾襲撃には不向きな特性である。真珠湾攻撃後に舵が改善され、舵面積を縦50cm、横80cmと倍以上に増積した。これにより旋回圏は6割程度にまで小さくなった。また操舵装置も油圧式へと順次更新された。
ハワイ作戦に参加した甲標的は、港湾襲撃という作戦からさまざまな追加装備を施した。艇首に防潜網を切断するための網切器を装備し、艇尾にはプロペラ・ガードが追加された。さらに網切器から司令塔前端、特眼鏡保持部後端から艇尾プロペラ・ガードまでジャンピング・ワイヤーを張った。内部設備は母艦と艇との連絡電話が新設され、蓄電池25個を降ろして操舵用の気蓄器を増設した。ほか、自爆装置が追加された。