トラ・トラ・トラ!
また共同演出には深作欣二が内定したと1969年2月19日に報じられた。深作は「演出の話は受けているがまだ正式決定を見たわけではない」と話した。
20世紀フォックスが舛田を選んだのは、舛田自身は「20世紀フォックス製作の『素晴らしきヒコーキ野郎』に石原裕次郎が出演する際に、私が監督をした『赤いハンカチ』を参考試写で見たからだと思う」と話してる。また舛田は1968年12月に黒澤の解任が検討されていた頃、20世紀フォックスから「東映京都に来てすぐに撮ってくれ」と連絡があったが、まだ黒澤の降板が発表されてない時期できっぱり断った。20世紀フォックスから「今後、連絡するから、他の仕事を請け負わないで待っていてくれと言われていた」と話している。
三船と市川に断られた後、監督オファーを受けた舛田は「黒澤さんのためにも、この映画をお手伝いしようという気持ちと、ハリウッド映画からのオファーという理由で引き受けることにした」と述べている。大作を全部一人で撮りきれないと20世紀フォックスに話すと、20世紀フォックスから「もう一人、誰かお前が一番やりやすい監督を立てろ」と言われその人選を一任された。大作を若輩がトップで受けるのはおこがましいと考えた舛田は、ちゃんとした人に自分の上に立ってほしいと考え、松竹の野村芳太郎と大映の三隅研次(三隅は舛田との面識は無かった)に共同監督の要請をしたが両人とも別の撮影が入っているとの理由で断られた。やむなく自分がメインでやろうと決意し、以前パーティーで顔を合わせていた東映のアクション映画の旗手、深作欣二に電話を掛け協力を要請。
日本側シークエンスが京都の太秦にある東映京都撮影所での撮影されたことから、20世紀フォックスと東映の合作、と勘違いしている説が存在する。以前のWikipediaの記述「真珠湾攻撃」もそのようになっていた時代がある。
劇中で日本海軍の下士官が部下のパイロット達に対して艦影の描かれたパネルを見せ、その艦種を言い当てさせる訓練をする場面がある。この中で、あるパネルを見せた時に部下が即座に「エンタープライズ」と答えるが、下士官は「ばかもん、赤城だ、自分たちの旗艦だぞ」と叱るシーンがある。この時パネルに描かれていたシルエットは実際の空母赤城とはまったく異なる艦形で、実は撮影で赤城として使用された米国海軍のエセックス級空母のシルエットが描かれていた。そのため、作中では「間違えている」というシーンであるが実際においては正しい、という転倒した表現のシーンとなっている。これは後に実際に画面中に登場する艦のシルエットと合わせることで、劇中においては矛盾を生じさせない(ここでパネルの絵として登場する艦影と後のシーンで登場する実際の艦影が異なると、観客が混乱してしまう)ための処置である。
和訳して、理解するから』と口を酸っぱくして言っているが、どうにもならない。黒澤さんも青柳プロデューサーの業務上背任という見方をし始めたんじゃないかと思う。それにしてもかなり深い問題を抱えているような気がする。撮影が始まった頃、黒澤さんが戸惑うような瞬間を私は何回も見た。初めから辞任に追い込むように仕組まれていたのかも知れない。そばにいてノイローゼには見えなかった。いきなり東京から医者を連れて来て、ノイローゼにでっち上げた。これ以上ノイローゼだと言われ続けたら、洗脳教育じゃないが、本当になっちゃいますよ。黒澤さんは私がいくら『やめなさい!』と言っても自費でもやると言ってます。資金は担保力がありますから。黒澤さんは『最初モタモタしたが、それが過ぎればトントンといく。それは僕のペースなんだ。約束の16週間でやれるんだ』と言っています。しかし私としては現時点では、一切この映画には関与しないハラを決めました」などと述べた。
当初B班監督を務めた佐藤純彌は黒澤降板の経緯について「田草川弘著『黒澤明vs.ハリウッド』に書かれている内容は、ちょっと違うなというところもいくつかある。僕たちが見ていて一番苦労されているなと思ったのは、監督としての黒澤明とプロダクション社長としての黒澤明をどうするかということですね。相反する要素について特に決まった方針を設けることはなかったせいで、次第に追い詰められていき、最後の方では嫌でも考えざるを得なくなっていかれた。東映京都で働いている人たちも映像に対する想いは強いんです。ただ、黒澤さんが目指すものとは違うし、東宝みたいに鶴の一声でみんなが動くという習慣もない。
当初艦内の長官室のセットはわざと使い古したように汚していたが、真珠湾攻撃時の参謀源田実が意見役としてこれを見たときに、長官室はすべてがピカピカだったと黒澤に意見した為であった。
スタジオ内が危険だとしてヘルメット着用やガードマンの常駐を求める。
山本五十六役の俳優がスタジオ入りするたびにファンファーレの演奏とスタッフ全員に海軍式敬礼を求める。
カチンコの叩き方が悪いといって撮影助手をクビにする。
海軍病院のシーンでカーテンの折りしわがあることに激怒して撮影中止にする。
黒澤が酒に酔った状態で何度もスタジオに現れたこと
黒澤が選んだ素人俳優たちが満足な演技を行えなかったこと。素人俳優には、実際の元海軍軍人、海軍兵学校(海兵)在籍者もいたが、そのひとりに向かって、海軍軍人の演技ができないとして、「貴様、それでも海兵か!」と黒澤が怒鳴ったことが、旧海軍軍人のあいだで問題になったこともあった。
更に20世紀フォックスに対して、撮影所の半分を買い取るようにふっかけたりと無理難題をおしつけた。
スタッフからの不満も常に耳に入っており、現場でも黒澤の状態を確認していたエルモだったが、なんとか黒澤をフォローしながら撮影を続けさせようとした。しかし撮影がほとんど進まなかったため、12月24日苦渋の決断を下し、黒澤に直接会ってその監督降板を伝えた。
「病気による降板」(黒澤の「病気」の問題は後に映画にかけられていた保険の支払いに関する争いにつながる)という形で行われた監督降板劇の真相はいまだに不明な点が多いが、黒澤と20世紀フォックスの間の契約に関する詳細な問題や、撮影方針の食い違い、黒澤が自らの権限に関しての認識が不十分だったことなどさまざまな問題が背景にあったとされている。