別冊少年マガジン
創刊号から毎号、次号予告の4ページ漫画「漫画で次号予告!ミヤジマがお知らせします。」(漫画:宮島雅憲)が掲載されているが、連載作品ではなく毎号読み切りという扱いになっている。また作中及び編集者による煽り文で度々「単行本化の予定がない」「単行本は自分で作れ」とネタにしていることもあり、公式サイトにて画像ファイルフォーマットによる配信が行なわれている。また『週マガ』2011年8号、14号、18号、32号、39号、48号には、それぞれ2ページもしくは3ページずつで出張掲載された。この内14号掲載分のみ『別マガ』2011年4月号に再掲載されている。
なお2012年1月号と3月号から同年11月号まで「漫画であらすじ!ミヤジマが『神さま』をお知らせします。」と題して、「神さまの言うとおり」のあらすじ1ページ漫画が掲載されていた。この他の関連作品に、『別マガ』2010年12月号に掲載された高本ヨネコ作の読み切り「ミヤジマが持ち込みします。」がある。
創刊号である2009年10月号の発行部数は20万部であったが、その後約1年の間に月平均約6万部に落ち着いていた。しかし2011年に入ると、2010年12月10日に発売された『このマンガがすごい! 2011』(宝島社)のオトコ編トップ10に連載作品の「進撃の巨人」と「惡の華」がランクインするなど徐々に連載作品の人気が上昇していき、正確な部数こそ公表していないものの実売部数は上り調子になったという。更に2013年には「進撃の巨人」テレビアニメ放送開始直後に発売された5月号の実売部数が前号と比べて約30%増加し、同年9月号では創刊号の発行部数である20万部を超える部数を発行した。
創刊号:20万部
2010年:約6万部
2011年:約6万5000部
表現規制については少年マガジンより緩く、進撃の巨人の連載にあたり諫山創は「人体の断面を描いてはいけない」程度の規制しか受けていないと証言しており、過激な描写の作品も多く掲載されている。
講談社が発行する他の少年誌には無い多くの企画が存在するが、その中で最も特徴的なものが『別マガ』連載作品の『週マガ』への出張読み切り掲載である。前述の通り『別マガ』は少年マガジン編集部内にて制作されており、連載会議の際は少年マガジン編集部の編集長(『週マガ』編集長)も参加するなど『週マガ』との結びつきが強い。そのため各作品の単行本発売やアニメ放映などに合わせて知名度の高い『週マガ』へと新作読み切りを掲載する事によって、その作品と共に掲載誌である『別マガ』自体の認知度をも上げる事を目的として行なっている。結果としてこの取り組みはある程度の成果を残しており、例として「進撃の巨人」の単行本発行部数が上昇した要因の1つとなった。2013年10月現在29作品が『週マガ』への出張掲載を果たしている他、『マガスペ』にも出張掲載される事があり、毎号掲載されている企画「よんこま!」にも度々『別マガ』作家が登場している。なお、この取り組みは「進撃の巨人」を例に取ってテレビ朝日系列のクイズ番組『雑学王』2011年1月24日の放送にて取り上げられた。
また上記とは逆に『週マガ』にて主に活動する作家が『別マガ』にて作品を発表する機会も多く、真島ヒロ・小林尽・さとうふみや・樹林伸・吉河美希といった作家が読み切り・連載を発表している。この他にもインターネットを使用した数多くの独自企画が存在する。