似島検疫所
その後、帰還兵の検疫も終了、陸軍第5師団に移管されるも検疫業務としては休止状態となった。そこへ1897年(明治30年)8月、日本海軍に移管され呉鎮守府所管となった。
日露戦争が始まると日清戦争時よりも更に傷病兵が出たことから、1904年(明治37年)4月再び陸軍第5師団に移管され、この際の取り決めにより陸軍・海軍共にここで検疫を行うことになった。施設の充実が始まり、1905年(明治38年)1月字東大谷に通称「第二検疫所」が設けられ、当初からあった施設は通称「第一検疫所」と呼ばれるようになる。
当時の陸軍および海軍の資料における正式名称は「似島検疫所第一消毒所」「似島検疫所第二消毒所」。検疫人数は一日あたり8,000人を想定して整備された。この戦争から日本人だけでなく俘虜(捕虜)も検疫している。また第一検疫所にあった避病院は閉鎖され、広島衛戍病院(のち広島陸軍病院)で対応することになった。1906年(明治39年)に陸軍運輸部の管轄となった。
1910年(明治43年)第一検疫所の大部分を海軍に移管、つまり第一を海軍が第二を陸軍が管理することになり、第一は「呉海軍病院似島消毒所」として運用されることになった。その後海軍消毒所(第一検疫所)は老朽化が進み、1923年(大正12年)海軍消毒所は三ツ子島(呉海軍病院三ツ子島消毒所)に移設され、海軍消毒所つまり旧第一検疫所は倉庫として用いられるようになった。1940年(昭和15年)には第二検疫所の南側に軍馬用の「馬匹検疫所」が設置される。
以下に、昭和初期までの検疫実績を示す(広島市調べ)。なお日中戦争でも検疫が行われているが、記録は不明。
なお海軍のものであった旧第1検疫所、つまり後の倉庫群は太平洋戦争末期には陸軍の施設となっている(下記参照)がまた陸軍に移管された時期は不明。例えば南側は陸軍兵器支廠似島弾薬庫となるが、発端は当時市内東新開町あった陸軍兵器支廠で1921年(大正10年)8月8日爆発事故を起こしたためここ似島に移したものであるが、移転年度は不明である。