道南いさりび鉄道線
元は北海道旅客鉄道(JR北海道)の江差線で、2016年(平成28年)3月26日の北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間開業の際に並行在来線として経営分離されたものである。JR北海道時代、江差線は分類上地方交通線であり、地方交通線がいわゆる並行在来線として第三セクター鉄道に転換されるのは初めてのケースである。JR北海道時代から引き続き、函館都市圏輸送を担っている。
定期旅客線としては木古内駅が終端となっており、海峡線へ直通する定期旅客列車は運転されていない。また、五稜郭駅 - 函館駅間はJR北海道の函館本線に直通運転している。
日本貨物鉄道(JR貨物)は、経営移管後も引き続き全線にわたって第二種鉄道事業者となっており、青函トンネルを経て北海道と本州を結ぶ貨物輸送を行っている。