世界自然保護基金
RSPOに懐疑的なNGOによれば、パーム油の開発はきわめて広大なプランテーションを必要とし、熱帯雨林などの生態系の破壊など環境負荷が大きく、そのほかにも地域共同体の生活の破壊、オランウータンの棲息地が脅かされるなど、根本的に持続可能なパーム油の開発は不可能との見解が示されている。
熱帯雨林を守っている先住民ネットワークを含む国際NGOの「世界熱帯林運動(英語版)」(WRM) は、FSC認証スキームを利用して大規模なモノカルチャーのプランテーションを推進すべきではなく、それらは必ずしも森林保護に結びついていないと主張している。
WWFの提唱する「紙のスコアカード」に対して、PEFC評議会から公平性の点で疑問が呈されている。
WWFが設立のイニシアティブをとる水産養殖認証ラベルの「水産養殖管理協議会」(Aquaculture Stewardship Council; ASC)は先住民や地域コミュニティの声が排除されており、世界中の地域から70を越える人権・環境グループがASCの設立に反対を表明している。
例えば WWF ドイツ支部 "WWF Deutschland" により5月15日付で発行されたニュースレターでは、コンゴ共和国の森林地帯に生息する Mowane と名付けられたゴリラの危機的な生活環境を紹介し森林保護活動への寄付を募っているし、WWF 日本支部 "WWFジャパン" においても、支部ウェブサイト上では生物多様性条約に関する第9回締約国会議 (COP9) に際し WWF が発行した調査書 『2010 and Beyond: Rising to the Biodiversity Challenge(2010年目標とその先にあるもの:生物多様性保全という課題に向けて)』の報告や石垣島・白保のアオサンゴの分布状況の調査報告を行っている。一方、比較的活動が穏健に見られる理由として、WWF幹部には企業の重役が多数占めており、ボパール化学工場事故の例にあるように、数千人規模の死者が出ても全く問題にしないなど、それら企業に対して甘いだけではないかとの指摘もある。
近年では、WWF日本支部のWWFジャパンが沖縄県の米軍北部訓練場ヘリパッド建設中止を求める活動に参加し、国会前などで抗議運動を展開しているように、これまでの穏健な活動にも変化が見られる。
WWFが推進する認証事業には、代表的なものとしてFSC森林認証制度やMSCエコラベル、パーム油を認証する「持続可能なパーム油のための円卓会議(英語版)」(RSPO)、大豆の持続可能な生産を推進する「責任ある大豆に関する円卓会議」(RTRS) などがある。RSPOはミグロス、ユニリーバ、セインズベリー、RTRSはモンサント、シンジェンタ、カーギルなどの企業との提携によって設立された。地球温暖化対策としては、クリーン開発メカニズム (CDM) や「共同実施プロジェクト」(JI) における炭素クレジットのクオリティーの高さを保障するものとして、「ゴールド・スタンダード」の認証を推進している。
MSCは1996年に持続可能な漁業を擁護するためにWWFとユニリーバによって設立された。この機関が認証するエコラベルによって、巨大水産企業であるユニリーバ製品は「グリーン」のお墨付きを得ることになり、この差別化によって市場での優位性が得られるとされている。MSCエコラベルは「海のエコラベル」として商標登録が行われており、日本の「マリン・エコラベル」などが「海のエコラベル」の呼称を用いることはできなくなっている。
またWWFはゲティ家に代行してゲティ賞(英語版)を管理している。その他、ロゴなどの使用許可等に伴うライセンス事業なども行っている。
WWFジャパンは「パンダショップ」と称する物品販売事業によって収益をあげている。扱う商品はファッション、雑貨、食品、キッズ・ベビー用品などさまざまである。WWFのHP上には、パンダショップの収益は「すべて環境保全活動に役立てられている」との説明がある。ただしここでいう収益とは、一般的な用法とは異なり、物品販売部門の純利益分、すなわち売上高から、物品の仕入れや保管にかかる経費のほかに、通販サイト運営の費用、カタログや商品の配送にかかる費用、パンダショップのスタッフの人件費などをすべて引いた残額のことである。ウェブサイトによれば2010年以前の数年間の平均値は、年間の売上高が1.5〜2億円ほどであり、そのうち純利益分は10〜15%であったというが、その後の状況については記載がない。
実際には、2011年から2014年まで物品販売事業の収支は赤字であったため、この期間にはパンダショップの売り上げは「環境保全活動に役立てられて」いなかった。その後、販売分析を基にした商品企画によって高額オリジナル商品が次々とヒットしたため、2015年には5年ぶりの黒字決算となり、2016年には目標の115%に相当する収入を実現した。ただし消費者の払う金額の何パーセントが「収益」(=物品販売事業による純利益)として「環境保全活動に役立てられ」たのかについては記載がない。
また、パンダショップが実際に「収益」をあげた年であっても、その使途が具体的に何であり、他の利益とどう異なるのかについては、公式の事業報告書やHPには説明がない。