正中の変
この間、持明院統の花園上皇は、後醍醐が「真の謀反人を捕縛せよ」と幕府に命じたことに動揺しており、「世間畏怖の外他無し」「君臣皆是れ狂人か」と、後醍醐派を罵っている(『花園天皇日記』同年11月14日条)。河内によれば、後醍醐の意見が幕府に受け入れられれば、今度は一転して花園側が追い詰められることになるため、焦ったのではないか、という。
河内は、後醍醐が無罪となったにもかかわらず、入れ替わりで資朝・俊基らが鎌倉に送られて取り調べを受けた理由については、問題をうやむやにしたい幕府の意向があったと推測する。調査の結果、後醍醐が冤罪なのは判明したが、もし完全に白としてしまうと、今度は逆に後醍醐に謀略を仕掛けた持明院統や邦良親王に対し、捜査を行わければならなくなる。そうしてしまうと、問題は後醍醐対幕府に留まらず、朝廷の内紛という国家を揺るがす事態が明るみに出てしまい、幕府にとって最悪の結果になってしまう。そこで、無礼講という他愛もない風紀問題を口実にして、資朝・俊基の勾留を延長し、政治的判断を下すまでの時間を稼いだのはないか、という。
この時点では、幕府首脳部の多数意見は資朝冤罪だったと見られる。
2月9日、幕府は正式な結論を朝廷に報告した(『花園天皇日記』同日条)。資朝に関しては、完全な冤罪という仮決定から覆り、「以前からたびたび不義暴虐のことがあったので、疑わしいことが全くない訳でもない」という曖昧な結論が下され、有罪とは言えないが無罪とも言えないので、佐渡流刑ということになった(もっとも、前記したように、冤罪だとしても佐渡流刑は決まっていた)。俊基は、資朝に通じたという噂もあるが、証拠不十分であるとされ、放免された。このことについて、花園は「禁裏、此の趣、殊に隠密せられると云々」と書いている。
河内の解釈によれば、幕府首脳部多数派の意見に反して、資朝だけでも有罪にしたいという円喜個人の意向が強く働き、裁定が覆ったのではないか、という。「隠密」というのは、事件をうやむやにしたい幕府側から、資朝一人を犠牲にすることで手打ちとしないかともちかけられ、後醍醐の側もやむを得ずそれを呑んだのではないかという。こうして、真の黒幕が誰なのか真相は解明されないまま、疑惑に蓋をする形で正中元年事件は幕を閉じた。
元亨4年(1324年)3月7日、つまり正中の変の約半年前、後醍醐護持僧の文観は、奈良県般若寺の『木造文殊菩薩騎獅像(本堂安置)』(康俊・康成作、重要文化財)という仏像の制作に関わった。この仏像の矧目(はぎめ)墨書銘には「金輪聖主御願成就」のためとある。1960年代から、杉山二郎・守山聖真・岡見正雄らは、この像は金輪聖主(=天皇)の野望、つまり後醍醐天皇の討幕計画の成功を祈願して制作されたのではないかと主張した。
日本史研究者の網野善彦は、『異形の王権』(1986年)で、この論をさらに一歩進め、仏像の施主である「前伊勢守藤原兼光」が、幕府の高級官僚である伊賀兼光と同一人物であろうと推測した。こうしてみると、正中の変とは在野の異分子が後醍醐に加わった、という程度の小規模の計画ではないことがわかる。それどころか、幕府の枢要にある官僚さえも後醍醐への間者として加わっていた、用意周到な計画であった、という。網野の主張によれば、文観は異形異類の輩を率いる武闘派の妖僧であり、後醍醐と武士・大衆勢力を結びつける、仏教界の黒幕にして、“「異形」の僧正”であり、兼光もまた文観を通して後醍醐に通じたのだという。