南甲府駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅。線路はほぼ北東から南西に走り、駅舎はその北西側に設けられている。のりばは駅舎側から1番線、2番線となっている。
ホームの甲斐住吉方は緩やかな坂となっており、これを下ったところから構内踏切(遮断機・警報機つき)が駅舎にのびている。当駅はこのほかに多数の留置線(営業列車が使用できるのは1番線の外側1本と2番線の外側1本の2本のみ)を持ち、身延線の車両基地となっている。
駅舎は身延線の前身である「富士身延鉄道」が1928年(昭和3年)の駅開業時に建てたものである。当時は富士身延鉄道の本社も入っていたためコンクリート二階建ての大変重みのある建築物となっている。駅舎の内部には待合所と窓口のほかに自動券売機が1台と営業していない旅行センターがある。
駅長・駅員配置駅(直営駅)である。管理駅として、市川大門駅 - 金手駅間の各駅を管理している。JR全線きっぷうりばも設置され、改札は駅員が行なっている。時間帯によっては窓口休止時間もある。
駅北側に線路を東西に貫く地下道があるが、これは昔ホームと改札を繋いでいた地下道を改造して一般開放されたものである。