阪急阪神エクスプレス
村上ファンドの電撃的な阪神株買い占めへの対抗策として行われた阪急ホールディングスによる株式の公開買い付けを経て、2006年(平成18年)10月1日に親会社であった阪神電気鉄道が阪急ホールディングスと経営統合したことを受け、阪急阪神ホールディングスの傘下に入った。
同じ阪急阪神ホールディングスの傘下に入ったことに伴い、阪神エアカーゴ株式会社と2代目株式会社阪急交通社の間で相互に輸出貨物の共同混載を始め、2008年(平成20年)1月に2代目株式会社阪急交通社が関西国際空港に建設した物流施設を阪神エアカーゴ株式会社も共同利用し、2代目株式会社阪急交通社も阪神エアカーゴ株式会社が新東京国際空港の近隣に建設した物流施設を共同使用するなど業務統合による経費削減が進められた。
2008年(平成20年)4月1日に2代目株式会社阪急交通社が中間持株会社阪急阪神交通社ホールディングスとなり、2代目株式会社阪急交通社の国際輸送部門を株式会社阪急エクスプレスが継承し、阪神エアカーゴ株式会社と共に阪急阪神交通社ホールディングスの傘下に入った。
2008年(平成20年)10月1日に阪神エアカーゴ株式会社と株式会社阪急エクスプレスが共同出資して設立した初の海外現地法人がベトナムで事業を開始し、2009年(平成21年)7月1日付で阪急国際貨運(北京)を阪急阪神国際貨運代理(北京)へ社名変更して新規設立以外では初めて海外での事業を統合するなど海外拠点の統合も進められていった。