シノビガミ
小中高一貫の進学校。実は忍者の養成機関であり、何も知らない多くの一般生徒にまぎれて若き忍者たちが通っている。異能の力を好き勝手に使うハグレモノと仇敵関係にある。
下位流派 : 学園OBの教師が結成した特命臨時教職員派遣委員会、生徒たちの自治組織である御斎学園生徒会、くノ一専門の姉妹校である私立多羅尾女学院。退魔編で迷宮デイズとのコラボである旧校舎管理委員会が追加された。
忍者の登場人物が所属する流派については、#プレイヤーキャラクターの項を参照。
プレイヤー : 速水螺旋人
鞍馬神流 / 女 / 16歳
都市戦闘に特化した「丸独党」所属の女忍者。鼠を使役する。以前に幻蔵を襲撃して返り討ちに遭った際、体内に埋め込まれた特殊な針の効果で操られており、彼を「主人」と呼んでいる。
プレイヤー : 池田朝佳
ハグレモノ / 女 / 13歳
ヒノミキ教団に監禁されていた少女。外の世界に強く憧れており、意を決して逃げ出した。
斜歯忍軍 / 女 / 年齢不詳
1か月前にシンガポールの港で入船してきた料理人。汁物が得意らしい。