東武亀戸線
2両編成の電車が、曳舟駅 - 亀戸駅間を往復する。平日朝ラッシュ時は3編成を使用し、約7 - 8分間隔で運行。それ以降、及び土休日は、深夜・早朝帯を除いて2編成を使用し、約10分間隔で運行されている。全列車が各駅停車であり、通過駅を伴う列車、途中駅始発・終着の区間運転や他路線への直通運転はない。全線でワンマン運転を実施している。駅のプラットホームにホームセンサーが設置されていて、このセンサーを用いて安全確認をしている。
ワンマン化されてからは先にワンマン化された大師線と車両運用が共通化されたため、朝ラッシュ時のみ運行される編成が9時台に亀戸駅2番線に留置され、昼過ぎに西新井駅まで回送運行されて13時14分発大師前行きとして大師線の運用に入る。
通常、曳舟駅では5番線での発着となるが、曳舟駅6時25分発亀戸行きのみ、南栗橋車両管区春日部支所から回送で送り込まれるために4番線からの発車となる。