エースコンバット
制限時間
HUD画面左上のバーグラフメーターがミッションの制限時間を表す「タイマー」となっている。時間はミッション毎に決められており、搭乗機種による差異はない。設定上「燃料計」となっているが、時間経過でのみ減少する仕様で、本来燃料を大量消費するアフターバーナーの使用も影響しない。
ゲームクリア特典
ゲームクリア時の状況に応じて3段階の特典が設けられている。エンディング後、タイトル画面の右上に表示される「OMAKE(・・・)」の、括弧内の三桁の数字で判別できる。段階的にハードルを取り払い、次周のプレイを促す仕様となっている。 OMAKE(010):最初から全ての機体を所持。かつ撃墜されても機体が失われない。 条件は、「難易度EASYの全ミッションを攻略し、エンディングを見る。」もしくは「難易度NORMALで未攻略ミッションがある状態でエンディングを見る。」 OMAKE(110):上記特典に加え、全ての僚機が揃い、かつ撃墜されても失われない。 条件は、「難易度NORMALの全ミッションを攻略し、エンディングを見る。」 OMAKE(111):上記特典に加え、僚機の雇い賃が0になり、全ミッションを何度でも自由にプレイできるようになる。 条件は、「難易度HARDでエンディングを見る。」
セーブ・ロード
オペレーションマップ、またはタイトル画面のOPTIONモードから、進行状況のセーブ・ロードが行える。必要ブロック数は1で、メモリーカード1枚に1データのみ作成可能。1データにつき8箇所までセーブできる。
本作のメインモード。オペレーションマップからミッションポイントを選択→使用する機体・僚機を選択→ミッション攻略→報酬としてクレジットを獲得→機体の売買により、より強力な機体を獲得→次のミッションに挑む...というのが基本的な流れとなっている。
難易度選択
ゲーム開始時、プレイヤーの技量に合わせ、以下の3段階から選択可能。 EASY 初心者向け。最初から4000000クレジットを所持している。所持機体は3機(F-4・F-14・MiG-29)で、購入候補の機体も2機(MiG-31・F/A-18)ラインナップ済み。地形に接触しても一定ダメージを受けるだけで済む(角度が深いと連続でダメージを受ける)。機体の耐久値は最も高く設定されている。 NORMAL 中級者向け。クレジット0からスタート。所持機体は2機(F-4・F-14)で、購入候補は無し。地形への接触は角度が浅くても即墜落となる。機体の耐久値はEASYの2/3。一部ミッションではEASYより多くの、もしくは強力な敵が出現する。 HARD 上級者向け。所持機体はF-4のみで、機体の耐久値はEASYの1/3。一部ミッションではNORMALより多くの、もしくは強力な敵が出現する。その他の要素はNORMALに準ずる。
ミッション選択
オペレーションマップ左下の本拠地から、ラインで繋がれたポイントを選び出撃する。ミッションをクリアすると、隣接するポイントにライン(制空権を表す)が伸びていく。制空権を拡げ、マップのどこかにあるテロリスト集団の本拠地を叩くのが最終目標となっている。
操縦方法の選択
タイトル画面のOPTIONモードから、2種類の操作方法(NOVICE / EXPERT)を選択することができる。また、上下操作の入れ替えも可能。これらは新規ユーザーに対して間口を拡げる重要な要素であり、同様のシステムがほぼ全てのシリーズ作品で採用されている(一部例外あり)。 NOVICE ゲーム的に簡易化された操作方法。右に入力すると、機体を右に傾けつつ右へ旋回する(左も同様)。機体の左右の傾きを自動的に水平に戻す補正が働くので、操作ミスによる墜落が起きにくくなっている。ラダー操作が省略されたエアーコンバットシリーズの操作方法に近いが、本作ではより強く補正がかかるようになっている。 EXPERT 実際の航空機に近い操作方法。右に入力すると、機体は右翼を下げる方向にロールする。その状態で、機首上げ操作を行うことで右へ旋回する(左も同様)。機体の水平化補正は無い。またL2・R2ボタン(ネジコンでは十字キー左右)にヨーイングが割り当てられ、より自由な飛行が可能となっている。また、十字キーとスタート以外のボタンに自由に機能を割り振ることもできる。
視点切替
HUD視点と後方視点を随時切替可能。ただし後方視点では、速度・高度・燃料・索敵レーダー他、多くの情報が非表示となる。
レーダー
近距離の「索敵レーダー」及び、1P GAMEでは広域の「地上マップ」を併用し、敵機やターゲットを捕捉する。
左右に分割した画面でプレイヤー同士がドッグファイトを行う。 機体は1P GAMEの進行度に関わらず、全16機種から選択可能。耐久力(3段階)とスタート位置を任意に設定できる。
耐久力 ☆☆☆:1P GAMEのEASYに相当する仕様。耐久力は最大で、地形に接触してもダメージで済む。 ☆☆:1P GAMEのNORMALに相当。耐久力は☆☆☆の3/2。地形接触は即墜落となる。 ☆:1P GAMEのHARDに相当。耐久力は☆☆☆の3/1。地形接触は即墜落となる。
スタート位置 正面:1Pと2Pが向かい合った状態でスタートする。 1P前:2Pが1Pのバックを取った状態からスタート。ハンデ戦となる。 2P前:1P前の逆。 ランダム:上記3つの状態からランダムに選択される。
時間は無制限で、ミサイル・機銃も弾数制限なし。レーダーは索敵レーダーのみとなっている。エリアは崖で囲まれており、直線的に逃げ続けることはできない。両機が同時に大破した場合はDRAWとなる。決着後は機体選択画面に戻る。