トライフォース
リンクこそが「勇気」を宿す素質を持つ者だと判明する。リンクは試練に身を投じ、大神殿にいるトライフォースの守護神を撃破して「勇気」を手にする。
「勇気」は勇者が、「知恵」はハイラルの王女が、「力」は魔女が持ち、それぞれが代々受け継がれていた。しかし、「力」を所持していた魔女シアが、かつての所持者であったガノンドロフに心の闇を突かれて善の心を排除され、操られてしまう。その後、トライフォースの所持者であるリンクとシーク(=ゼルダ)を罠にかけてトライフォースを強奪、その力で時空を捻じ曲げ異次元世界を次々に出現させる。やがてシアは自身から分離しトライフォースを狙ったガノンドロフを退けるも、再び攻め込んできたハイラル軍によって倒される。「知恵」と「勇気」は元の持ち主に戻り、「力」はシアの半身(善の部分)だった魔女ラナが受け継ぎ、時空は元に戻る。しかし、完全復活したガノンドロフがラナ、ゼルダ、リンクを襲って3つのトライフォースを強奪、最後はその力を暴走させて魔獣ガノンに変身する。戦いの末、ハイラル軍が勝利してトライフォースは再び元の持ち主に戻り、その力でガノンは消滅する。
その後、今度はファントムガノンがラナを襲って「力」を奪い、その力で『風のタクト』の異次元世界を出現させる。ラナは闇の世界に追放されていたシアを救い出し、シアと共にハイラル軍に加勢して異次元世界に攻め込む。結果ファントムガノンは倒され、「力」が奪還されて時空も元に戻る。以降、「力」はラナとシアの2人によって管理されることとなる。
『神々のトライフォース』のはるか未来の話。ハイラルと対をなす世界・ロウラルにはかつてハイラルの物とは別に、ロウラルのトライフォースが存在したが、これをめぐって争いが絶えず、王家によって破壊された。争いは終息したものの、トライフォースを失ったロウラルは衰退の一途をたどっていた。そうした中、ロウラルの司祭ユガが聖地で偶然ハイラルへつながる入口を見つけ、その先にトライフォースがあることを知る。ロウラル王国の王女ヒルダは王国復興のためにハイラルのトライフォースの強奪を企て、ユガをハイラルへ派遣する。ユガはハイラルの7賢者とゼルダを絵画の中に封印した後、「力」を宿している魔王ガノンを復活させて融合する。その後、リンクは7賢者を救出し「勇気」の力を宿す。最終決戦の際、ゼルダに宿った「知恵」をヒルダが強奪するも、ユガが裏切ってトライフォースごとヒルダを絵画に封印、その絵画を取り込んで、ユガは「力」と「知恵」の2つを宿す。最終的にユガはリンクに倒され、再びひとつになったトライフォースはハイラルに戻る。帰還したリンクとゼルダはトライフォースに願いを込め、ロウラルのトライフォースが復活する。