博多南駅
築堤上にあり、博多方面に向かって左側に単式ホーム1面1線を有する高架駅。ホームは開業当初は6両分で、のちに8両分に延長されたが、現在も16両編成の列車は当駅構内には進入できない。ホームは、博多総合車両所内の構内車両基地の西端の線路に単式1線で設置されており、車両所下り方への入換も可能。
改札口はホームの博多寄りにあり、山陽・九州新幹線にあわせ自動改札機が導入されている。ただし、常時改札は実施されておらず(列車別改札)、列車出発時刻のおおむね10分 - 15分前にならないと入場できない(時間外は自動改札機の電源が切られ、乗車券類を投入することができない)。ICカード乗車券(ICOCAなど)およびEX-ICは非対応である。
博多南駅構内に掲示されている時刻表は、インターネット上や乗換案内アプリで公開されている時刻表データ(全列車特急博多行と記載)とは異なり、山陽新幹線直通列車に関しては山陽新幹線の行先を表記している。