AUTOEXEC.BAT
SYS でロードすることもできるし、.COM として AUTOEXEC.BAT でロードすることもでき、製造業者によって採用する技法が異なる。
行の先頭にREMがあるのは注釈を意味し、AUTOEXEC.BATの一部として実行されることはない。"REM"のついた行はコメント行として使われたり、トラブルシューティングなどのためにドライバを起動しないようにするときなどに使われる。同様のことはコロンを2つ、あるいはコロンと半角スペースを行の先頭につけることでも実現される(::、: )。
MS-DOS 6 およびそれ以降では、DOSのブートメニューは設定変更可能である。そのため、各種プログラム(DOSゲームやWindowsなど)に対応してブート設定を最適化させることができる。
goto %CONFIG% という行は、DOSに CONFIG.SYS で定義されたメニューエントリを参照することを指示するものである。そして得られたプロフィール名に従って必要なドライバやユーティリティを設定する。設定完了後 goto コマンドで :ENDセクションまで飛ばす。:END以降の記述は全プロフィールで共通である。