アーケゾア
最後に残ったのがメタモナス門であるが、しかしランブル鞭毛虫がかつてミトコンドリアを持っていた可能性は1994年にすでに示唆されており、他の生物群と同様により強固な証拠が出揃うのは時間の問題と考えられるようになった。キャバリエ=スミスは1998年に微胞子虫をアーケゾアから取り除くと同時に、かつて取り除いたパラバサリア門を復帰させた。この意味でのアーケゾア亜界は、ミトコンドリアを獲得する以前の祖先的な真核生物ではなく、ペルオキシソームとイントロンを持たない真核生物という全く定義の異なる生物群である。これも2003年にパラバサリア類をメタモナス門に含めるとともに、アーケゾアは放棄された。なおランブル鞭毛虫には2002年にイントロンの存在が、2003年にはマイトソームの存在が、2018年にはペルオキシソームの存在が示されている。一方この群に含まれるMonocercomonoides exilisは2016年にミトコンドリアを(マイトソームなど縮退したものを含めて)完全に欠いていることが示されているが、これも二次的喪失である。