外来種
アオマツムシ、アカボシゴマダラ、アメリカシロヒトリ、アメリカザリガニ、アルゼンチンアリ、イッカククモガニ、ウチダザリガニ(タンカイザリガニ)、クロガケジグモ、クワガタムシ類(オオヒラタクワガタなど)、ゴキブリ類(クロゴキブリ・チャバネゴキブリ・ワモンゴキブリなど)、コナジラミ類(オンシツコナジラミなど)、スジアカクマゼミ、セアカゴケグモ、セイヨウオオマルハナバチ、チチュウカイミドリガニ、チリカブリダニ、チャイロネッタイスズバチ、ベダリアテントウ、ホソオチョウ、ルビーロウカイガラムシ、ヤンバルトサカヤスデ、ワタフキカイガラムシ、ワラジムシ
国内外来種:カブトムシ(北海道)、サツマゴキブリ(伊豆諸島、小笠原諸島など)、アマミサソリモドキ(八丈島)
外来種の駆除の新たなやり方として、食べることで駆除する「食べて駆除」が行われるようになった。ブラックバス、カミツキガメ、他にも対象はウチダザリガニ(シグナルクレイフィッシュ、レイクロブスター)、アメリカザリガニ、クビアカツヤカミキリ、ジャンボタニシ(スクミリンゴガイ)など。
道路法面の緑化や砂防のためにシナダレスズメガヤやオニウシノケグサ、 ハリエンジュなどの多くの外来植物が日本各地で広く利用されてきた。
園芸植物のほとんどは野外に定着することはまれだが、なかにはハルジオン、 オオハンゴンソウ、オオキンケイギク、ルピナス、ランタナ、フランスギクといった適応力の高い植物が、ときには国立公園などの原生的な自然環境にまで広がっている。