甲南インターチェンジ
高速道路本線への流入出は甲南PAと同じランプを共用し、甲南PAを挟みランプ内に当ICとの合流点と分岐点が設置された。そのため大津IC/SA等とは異なり、構造上は当ICと甲南PA間を上下線流出入問わず移動することができない。このことを事前に知らせるため、本線の上り線は甲南トンネル手前から甲南IC/PA流出ランプにかけて、下り線は竜法師跨道橋手前から甲南IC/PA流出ランプにかけて、甲南IC/PAの構造を知らせる案内標識が数箇所に設置され、上記の案内標識や甲南IC/PAへの出口案内標識には「PA利用後は甲南インターへは出られません」という黄色の案内標識が連続的に設置されている。また滋賀県道343号甲南インター線と当ICから本線への流入ランプには「甲南インターから甲南PAはご利用できません」や「ここから甲南PAはご利用できません」という案内標識が数箇所に設置されている。
元来、建設計画時に国土交通省と滋賀県警察が安全対策としてこのような相互利用ができない構造での施工が検討され採用されたが、供用開始後に利便性の面などから甲賀市が、PA利用後にICへ流出できる構造にする改良工事をNEXCO西日本や滋賀県などの関係機関に要望している。構造的にはPAからICへの流出路の新設工事は可能となっている。