武臣政権
崔氏を倒して武臣政権を受け継いだ金俊であったが、長期にわたった安定政権であった崔氏が滅んだことで第一期と同様に、再び武臣間の権力闘争が始まることになる。1268年には金俊が林衍(イム・ヨン)に暗殺された。林衍は金俊の融和・降伏路線(金俊は元は僧であったため殺生を好まず、モンゴルと戦争することを嫌っていた)を真っ向から否定し、モンゴルカアンのクビライに拝謁した直後に帰国して即位した元宗を廃し、元宗の弟の安慶公王淐の擁立を図ってクーデターを決行する。が、モンゴルに人質として滞在していた世子王諶が、クビライからの援兵を受けて江華島に攻め込んだため失敗。モンゴルからの降伏要求を拒否した林衍は、背中の腫物が悪化したために急死し、子の林惟茂(イム・ユム)が継いだ。その林惟茂も1270年に、モンゴルからの支援を受けた文班の宋松礼(ソン・ソンネ)・洪奎(ホン・キュ)らに殺害され、100年続いた武臣政権はここでついに終焉した。
朝鮮史上、文班・武班の両班(ヤンバン)制度が始まるのは高麗時代からであるが、高麗では文治主義の伝統に基づき、武班官僚は文班官僚の下位におかれていた。958年から唐の制度を参考にして導入された科挙(官吏登用試験)においても、文科・雑科や僧侶を格付けする僧科が創設されたのみであり、武人を登用する武科は無く、武班職になるには世襲的な蔭叙による任命か、戦争の武功による抜擢のみであった。これらから「尚文軽武」すなわち武班に対する文班の高慢と蔑視という風潮を生み出していた。武臣のトップである上将軍・大将軍をはじめ武臣は合議機関「重房(チュンバン)」を拠点に活動していたが、つねに差別的な待遇に甘んじてきた。すでに11世紀初頭の段階で、文臣に対する武臣の反撥が金訓の乱(1014年)という形で噴出している。
12世紀に入ると、朝鮮半島の北方にある満洲平原の主役は、契丹(遼)から女真(金)へ交替期にさしかかっていた。高麗王朝はこれに介入するため、軍制を改革して幾度か侵入を試みたが、いずれも女真の激しい攻撃を受けて敗退した。