アイメリア
アイメリアは小腸の上皮細胞に感染し、増殖の際に宿主細胞を破壊するため下痢などの症状を引き起こす。小腸上皮はもともと細胞分裂が活発でターンオーバーが早いため、アイメリアの個体数が少なければ上皮の修復速度が上回り症状は軽い。しかし個体数が多い場合には上皮が破壊され血便を伴う下痢を示し、さらには破壊された組織が盲腸に詰まることにより盲腸の壊死がおこる。
サルファ薬などが有効であるが、食肉への残留が問題となるため利用できない場合がある。また薬剤耐性の出現が知られている。鶏のコクシジウム症の場合、雛へワクチンを接種することで終生免疫が持続するが、特定の種にしか効果が無い。
抗寄生虫薬にはナラシンなどが存在する。