熊本藩
江戸での菩提寺は品川大徳寺派の寺院、東海寺の内にあった妙解院であった。熊本新田藩も妙解院を菩提寺としていた一方、宇土藩は同じく東海寺内の清光院を菩提寺としていた。
熊本での菩提寺は妙解寺と泰勝寺。両寺は「熊本藩主細川家墓所」の名称で史跡に指定されている。2023年(令和5年)2月2日、同史跡の細川家墓に、何者かが液体をかけたような跡が見つかった。熊本市は県警に被害届を提出。水で除去できないことから、人為的に汚された可能性が高いとみている。
肥後北部25万石を領有していた隈本城主加藤清正は、関ヶ原の戦いの戦功により小西行長の旧領を獲得し、また豊後国内にも鶴崎など2万石を加増され、52万石を領したことにより熊本藩が成立した。
清正は日本三名城に数えられる熊本城を築いた。ちなみに「隈本」を「熊本」と改めたのも清正である。また、城下町や道路網を整備し、新田開発、灌漑用水の整備により治水を図り、統治を安定させた。土木建設に力を注ぎ、領内基盤整備の礎を築いた「清正公さん」(きよまさこう)の人気は、今日の熊本においても非常に高い。
その一方で、近年の加藤清正研究では、朝鮮出兵に対応するために作られた動員・徴税体制や、重臣たちを支城主にして大きな権限を与える仕組みが百姓に重みになってのしかかり、さらに関ヶ原の戦いやその後の天下普請などに備えるためこの体制が解消されることなく継承され、農村の疲弊や重臣たちの権力争いの原因となったことなど、清正治世の問題点も指摘し始めている。
加藤家2代忠広は寛永9年(1632年)、駿河大納言事件に連座したとされる罪で改易され出羽国庄内に配流となり、加藤家は断絶した。