第三セクター鉄道
北海道地方
北海道ちほく高原鉄道(旧池北線、2006年廃止)
東北地方
三陸鉄道 ※(特定地方交通線の旧盛線・宮古線・久慈線と建設線〈盛線・宮古線・久慈線〉を1984年に転換し開業。2019年には東日本大震災以来不通になっていた山田線の宮古 - 釜石間が復旧されJR東日本から移管)
秋田内陸縦貫鉄道 ※(旧阿仁合線・角館線、建設線〈鷹角線〉)
由利高原鉄道 ※(旧矢島線)
山形鉄道 ※(旧長井線)
阿武隈急行 ※(旧丸森線、建設線〈丸森線〉)
会津鉄道 ※(旧会津線)
関東地方
野岩鉄道 ※(全線建設線〈野岩線〉)
わたらせ渓谷鐵道 ※(旧足尾線)
真岡鐵道 ※(旧真岡線)
いすみ鉄道 ※(旧木原線)
鹿島臨海鉄道 ※(建設線〈鹿島線〉)
中部地方
北越急行 ※(全線建設線〈北越北線〉)
のと鉄道 ※(特定地方交通線の旧能登線を1988年に転換したが2005年廃止。1991年以降はJR西日本が所有する七尾線(2001年一部廃止)の第二種鉄道事業者)
神岡鉄道 (旧神岡線、2006年廃止)
樽見鉄道 ※(旧樽見線、建設線〈樽見線〉)
明知鉄道 ※(旧明知線)
長良川鉄道 ※(旧越美南線)
富山地方鉄道★(陸上交通事業調整法に基づき、富山電気鉄道を母体に富山県内のすべての私営・公営〈富山県営鉄道・富山市営軌道〉の鉄軌道・バス会社を合併して1943年に発足した経緯と、2020年に富山県・富山市が出資する第三セクターの富山ライトレールを合併した経緯が重なり、両自治体も出資)
京福電気鉄道★(個人大株主の死去により株券が相続税として物納され、国が大株主になった ことによる形式的な第三セクターであり、国は経営に参画する意思がなく、第三セクター鉄道に分類されないことが多かった。現在は株式の売却により民営鉄道に戻っている)
島原鉄道★(災害復旧のための出資)