タイムクライシス3
解放軍司令官のダニエル・ウィンストンは自ら調査・破壊作戦を立案し、副官ジェイク・ヘルナンデスと数名の部下と共に極秘裏にアスティゴス島への侵入を開始した。 だがこの作戦はルカノを裏切ったジェイクにより連邦側にキャッチされており、ダニエルは共に潜入した解放軍兵士と共に連邦軍に拘束されてしまう。さらに連邦軍は、ダニエルらの身柄と引き換えに、解放軍の降伏を要求してきた。
ダニエルの妹で、解放軍女性兵士のアリシア・ウィンストンはそれを知り、ダニエルら捕虜の救出とミサイルの破壊を試みて単身アスティゴス島に潜入。 潜入した連邦軍前線基地にて、配備されているミサイルの正体が核弾頭搭載の戦略核ミサイルであるという情報を入手したアリシアは、国際特殊諜報機関「VSSE」にその情報を送信する。
ザゴリアス連邦の一連の軍事行動に疑問を抱き、独自に調査を進めていたVSSEは、アリシアから戦略核ミサイルの情報を入手、これを「当事国のルカノのみならず、周辺諸国の軍事バランスにも大きな脅威をもたらす」と判断。 問題解決のためにエースエージェントのアラン・ダナウェイ、ウェズリー・ランバートの2人を、アスティゴス島に送り込むのだった。
エリア1...アスティゴス島の海岸線から侵入したVSSEエージェントのアランとウェズリーは、砂浜、塹壕で、ザゴリアス連邦軍兵士と戦う。終盤では、砲台付きのトーチカを撃破することになる。
エリア2...ザゴリアス連邦軍からの猛攻を逃れるべく、難破船に逃げ込むアランとウェズリーだったが、そこに潜伏していたザゴリアス連邦軍兵士たちと激戦を繰り広げる。終盤で、難破船はティルトローター機に乗ったザゴリアス連邦軍幹部:ビクター・ザンによる爆撃を受け、船体が大きく傾き、コンテナが滑っていく中で銃撃戦を行う。
エリア3...軍用ジープに乗ったルカノ独立解放軍の女性兵士:アリシア・ウィンストンに助けられた彼らは、ビクター・ザンのティルトローター機、ザゴリアス連邦軍ジープ部隊と砂浜沿いのリゾート街で、熾烈なカーチェイスを繰り広げる。
昨夜入手した戦略核ミサイルの情報をVSSEに送信したアリシア。情報を入手したVSSEは、アラン、ウェズリーの2人のエースエージェントを現地へ送り込んでおり、現在彼らとは連絡ができない状況であることをアリシアに明かす。
既にアスティゴス島に侵入したアランとウェズリーとの合流地点である海岸へ向かうために、民間人の変装を脱ぎ捨て、走り出すアリシアだったが、敵のパトロールに発見され、市民を巻き込んでの銃撃戦になる。
このステージから、撃ってはいけない民間人が出現するようになる。
再びアランとウェズリーと合流しようとするアリシアだったが、彼らはザゴリアス連邦軍兵士たちと暗殺者ランディー・ギャレットとの銃撃戦になっていた。
その中で彼らを狙撃しようとする狙撃兵を、スコープからの光の反射で発見したアリシアは、VSSEたちを援護すべく、狙撃兵に対してカウンタースナイプを行う。
エリア1...山頂の孤城を改築したザゴリアス連邦軍基地に侵入できたVSSE一行。アリシアの兄であり、ルカノ独立解放軍の司令官:ダニエル・ウィンストンを救出すべく、アランとウェズリーは、陽動作戦に出る。中盤からは資材置き場で、VSSEの宿敵ともいえる伝説の殺し屋:ワイルド・ドッグと、彼の弟子:ワイルド・ファングと戦うことになる。
エリア2...爆破されつつある施設の中でザゴリアス連邦軍兵士たちと応戦しつつ、ザゴリアス連邦軍最高司令官:ジオルジョ・ゾット将軍を追う。
エリア3...屋根の一部が崩れた礼拝堂を改築した仮設ミサイル発射基地兼司令部で、弾道ミサイルの発射ボタンを押したゾット将軍と、ルカノ国の運命、存亡を賭けた最終決戦。