イノセンス
少佐こと草薙素子の失踪(前作『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』のラスト)から3年後の西暦2032年。
巨大企業ロクス・ソルス社が販売する少女型の愛玩用ガイノイド「Type2052 “ハダリ(HADALY)”」が原因不明の暴走を起こし、所有者を惨殺するという事件が相次いで発生した。被害者の遺族とメーカーの間で示談が不審なほど速やかに成立し、また被害者の中に政治家や元公安関係者がいたことから、ロボットを利用したテロの可能性を考慮して公安9課で捜査を担当することになり、公安9課のバトーは、相棒のトグサとともに捜査に向かう。
県警鑑識官のハラウェイによると、ハダリには破壊・機能停止状態になるとロクス・ソルス社による執拗とも言えるほどのメーカーの機密漏洩防止プログラムが書き加えられていることと、今回の暴走を起こしたハダリは所有者嗜好によりセクサロイド機能という特殊仕様が施されていた。ハラウェイ曰く「世間に自慢できる趣味ではないが、違法ではない」と。だから被害者の遺族もロクス・ソルス社を告訴せず、賠償問題や裁判などの示談も異様とも言えるスピードで成立していたのだ。結論として、テロの可能性がゼロになったことで本件は、バトー・トグサの専従捜査に切り替えられる。
その最中、ロクス・ソルス社の出荷検査部長が惨殺される事件が起きる。