大村湾
針尾島の次に大きいのは箕島(みしま)で、ここには1975年(昭和50年)に長崎空港が開港した。世界初の海上空港で、空港と大村市は約1 kmの箕島大橋で繋がる。他には丸く盛り上がった黒島、2つの山が繋がったような二島、さだまさしが所有している詩島、戦後に戦地からの引き揚げ者が国策で入植した前島などがある。
海岸は東部の各河口域で扇状地が発達するが、他の地域はほとんどリアス式海岸で岩場が多い。主な支湾として小串湾・津水湾・長与湾(長与浦)・時津湾・村松湾・形上湾・大串湾の各湾がある。支湾の内部は波が高くないため護岸も低く、昔ながらの石垣護岸が残っている場所も多い。
南部の長与町堂崎には旧石器時代の遺跡があるが、この当時は氷河期で海水面が低下していたこともあって、大村湾は湾ではなく盆地だったと考えられている。海底の堆積物から、針尾瀬戸から海水が入ったのが約9千年前と推定されている。早岐瀬戸は狭く水深も浅いため、かなり後になって佐世保湾と繋がったと考えられている。