エジプト航空990便墜落事故
また、事故時の副操縦士であった男に不可解な行動が多く「神を信頼する」という言葉を11回、また「コントロールしろ」など意味不明な言葉を唱えた他、上空で勝手に自動操縦を解除した上でエンジンへの燃料供給をカットしたり、機体の速度や構造強度の限界を全く無視して急降下操作を行ったりした(その間機内は一時的な無重量状態であり、席を外していた機長はその無重量状態の中、操縦席へ向かった)。
また、操縦席に戻って来た機長の機体状況に関する問いかけに対して、副操縦士は全く応答せず、機長の回復操作にも協力はしていない。このため、アメリカ側やラシュディ側の遺族は明らかに副操縦士の行為が原因と認定しているが、エジプト側の主張では、これは突然の昇降舵の不具合に対して副操縦士が必死にリカバリー操作を行っていたからだと主張している。
事故原因とされる副操縦士の男は3か月後に定年を迎える古参の社員であり、事故当日は大西洋上空の巡航のみ担当するバックアップ要員であった(当該航路は飛行時間が長いので、離着陸を本来の機長と副操縦士が担当し、大西洋上を自動操縦する間の一部をバックアップのクルーが担当する2シフト制だった)。
エジプト側の調査機関は、「事故機の昇降舵には不具合があり、これが事故の原因である」と主張した。これは空軍出身のムバラク大統領が、事故直後に「自分の経験からすれば、昇降舵の不具合と思われる」という個人的なコメントを行ったことで、昇降舵に原因を求めるのがエジプト側の基本方針とされたことによる(当時のエジプトは実質的にムバラク大統領の独裁政権であった)。しかし、当該機種であるボーイング767において、昇降舵に重大な不具合が発生した事例は、過去に報告されていなかった。
アメリカ側は、機体の故障の可能性について検討し、エジプト側に回収した残骸を含む資料と情報も提供した。しかし、アメリカ側・エジプト側の双方ともに、昇降舵が原因であることを客観的に説明することはできなかった。
また、1991年にタイで発生したラウダ航空の同型機の事故と同じく、エンジン制御システムの誤作動による逆噴射が原因との指摘もあったが、そのような誤作動が起こった痕跡は見られなかった。また、ボーイング社はこれを否定した。エジプト航空が当該事故について社員に対して箝口令を敷いたため、エジプト航空はアメリカ側の調査にほとんど協力しなかった。