性別の割り当て
出生時の性別の割り当ては、新生児の身体的特徴と思春期の第二次性徴がそれぞれ示唆する性別、そして将来本人が認識する性同一性(ジェンダー・アイデンティティ)が全て一致するという潜在的な推定のもと行われてきた。しかし、全体の約1パーセントの人において、出生時に割り当てられた性別と性同一性が一致していないと報告されており、そういった人をトランスジェンダーの人と呼ぶ。それに対して、出生時に割り当てられた性別と性同一性が一致する人をシスジェンダーの人と呼ぶ。前述のDSDsを持つ人においても、同様にトランスジェンダーの人は存在するが、DSDsを持つ人がより多くトランスジェンダーであるわけではなく、DSDsを持つ人のほとんどがシスジェンダーの男性か女性である。トランスジェンダーの人が出生時に割り当てられた戸籍上の性別を変更するための法整備が多くの国で進む中、いまだに制度的な障害や構造的な差別が根強く存在することが指摘されている。
性分化疾患を有する新生児を持った親に対しては、疾患に対する十分な理解が得られるような情報の提供と心理的ケアが必要とされる。新生児が非典型的な性の特徴を持つ場合や、事故などで新生児の外性器が損傷している場合、男女二元論を用いた性別の割り当てが困難な場合もあるが、多くの国では男女のいずれかに法において決定しなければならない。日本小児内分泌学会性分化委員会と厚生労働省により発表された「性分化疾患初期対応の手引き」によると、日本では性別決定が困難な場合は、後日性別が決定したときに「追完」する旨を追記した上で、名前と性別欄(父母との続柄欄)が空白(保留)の状態で出生届が受理される。現在は、様々な性分化疾患(DSDs)を診断するためには、身体所見、主要臨床検査成績、内分泌検査、CTやMRIなどの画像診断、腹腔鏡および性腺生検、染色体検査、分子遺伝学的検査などを用いて、養育上の性を医学的に決定するとされている。
また、出生時やその後の性の発達が非典型的である(DSDsを持っている)ことと、性別違和を感じること(後述)に直接的な関係は存在しない。
出生時に典型的な身体的特徴を持つとされ、明確に性別が割り当てられた人でも、思春期や成年後に原発性無月経や染色体検査により、割り当てられた性別ではない染色体(女性がXY染色体や男性がXX染色体)を保持していることが判明する場合もある。染色体検査を受けることは一般的でなく、個人的な事象であるため、公的に知られる事象は女性のみを対象として行われるスポーツにおける性別確認で発覚する件であることが多い。1964年東京オリンピックの金メダリストでもある陸上選手エワ・クロブコフスカが、1967年に不適切な検査の結果を根拠に出場停止処分を受けたことが知られている。1990年にクロブコフスカは遺伝的モザイクであり、出場停止には相当しないということが判明した。
生物学者の中には、人間の身体的な性別(sex)は男性と女性の明確な二元的であるという考えがそもそも生物学的に誤りで、実際には全ての人の性別はスペクトルの上に存在するという主張も存在する。ネイチャー誌に記載された記事では、典型的に男性と認識される特徴と典型的に女性と認識される特徴の間には、連続的な特徴が存在していると示された。この連続性は、DSDsを持つ人のみでなく、全ての人に当てはまるが、DSDsの状態を男性と女性の中間にある状態であると誤って認識される恐れがあるとして、批判的な当事者団体も存在する。