サンタクルス事件
ポルトガル議員団の訪問による独立派デモを警戒していたインドネシア政府は、諜報活動と暴力集団の培養による弾圧を実施した。特に、インドネシア国軍兵士を中心に組織した覆面の統合派武装集団「ニンジャ」は、夜に出歩く若者を襲ったり、活動家を暴行、家を破壊するなどしていた。ディリにあるモタエル教会は、ローマ法王の訪問以降、こうした軍の迫害を逃れた若者たちが身を隠していた。10月後半になると、モタエル教会は毎晩のようにオートバイの集団に囲まれ、嫌がらせを受けるようになった。
議員団の訪問中止がされて数日後の10月28日午前2時ごろ、「ニンジャ」が、独立派の若者30人ほどが身を隠していたディリのモタエル教会を襲撃し、独立派の若者セバスティアォン・ゴメスと、アフォンソ・ランジェルを殺害した。10月29日、モタエル教会で開かれた葬儀には数千人が集まり、独立運動を行っていたカルロス・フィリペ・シメネス・ベロ司教がミサをとり行った。その後、ベロ司教を先頭にサンタクルス墓地まで葬儀の行進が行われた。この際、若者らが「セバスティアォン万歳」「東ティモール万歳」などと叫んだが、軍は静観しているだけだった。