伊賀上野駅
自動券売機が設置されており、JRの券売機で伊賀鉄道の乗車券も販売している。ちなみに、2021年(令和3年)3月に関西本線のICOCAエリア拡大時より、ICOCA等のIC乗車券のSF残高でも伊賀鉄道の乗車券が購入することができるようになったが、伊賀鉄道線内はICOCA(PiTaPaなどの共通ICカード乗車券も)に対応していない。
ホーム上には伊賀鉄道からJRへの乗り換え乗車券の券売機が設けられているが、JRから伊賀鉄道への乗り換え乗車券の券売機はない。JRから伊賀鉄道へ乗り換える場合は、伊賀鉄道の駅または車内で伊賀上野駅からの運賃を精算しなければならない。
トイレは駅舎の東側にあり、バリアフリー対応・男女別の水洗式である。改札内と改札外の双方から使用可能であるが、改札内と改札外は壁で仕切られている。2007年に改築されるまでは男女共用の汲取式であった。
1897年(明治30年) 1月15日:関西鉄道の路線として柘植駅 - 当駅間が開通した際に、同社の上野駅(一般駅)として開業。 11月11日:関西鉄道が加茂駅まで延伸に伴い、途中駅に変化。
1907年(明治40年)10月1日:関西鉄道が国有化。帝国鉄道庁(国鉄)へ移管。
1909年(明治42年)10月12日:線路名称制定により、関西本線所属と決定。
1916年(大正5年)9月11日:駅名を伊賀上野駅に改称。
1984年(昭和59年)2月1日:貨物営業廃止。
1985年(昭和60年)3月14日:荷物扱い廃止。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化に伴い、西日本旅客鉄道(JR西日本)の駅となる。
2021年(令和3年) 3月13日:ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。 7月1日:亀山鉄道部を廃止。乗務員区所はかめやま運転区に、車両基地は吹田総合車両所京都支所亀山派出所に、輸送指令は亀山指令所にそれぞれ改組。
2019年度の1日平均の乗車人員はJR西日本が約525人、伊賀鉄道が278人(JRからの乗り継ぎ人員を含む)である。表中、最高値を赤色で、最高値を記録した年度以降の最低値を青色で、最高値を記録した年度以前の最低値を緑色で表記している。