劇場版 魔法少女まどか☆マギカ
キュゥべえの正体はインキュベーターと呼ばれる地球外生命体の端末であり、魔法少女が魔女になることは彼らによって仕組まれたことであった。その真意を問いただすまどかに対し、キュゥべえは自分たちの種族の目的が宇宙の寿命を延ばすことにあり、そのために魔法少女たちが希望から絶望へ相転移し魔女となる際に発生する、熱力学第二法則に縛られない莫大な感情エネルギーを回収しているのだと語る。まどかはキュゥべえへの不信を露わにし、真意を伏せて少女たちと契約を結んできたことを「騙してきた」と非難するが、感情を理解しないキュゥべえは、見解の相違によって生じた齟齬について、一方的に責められることのほうが理不尽であるとし、地球人を含む宇宙全体の公益のため、まどかの自己犠牲を期待する旨を告げて去る。
さやかを人間に戻す手段がないことを信じられない杏子は、さやかの親友であるまどかが呼びかけ続ければ彼女を元に戻せるのではないかと考え、二人で「人魚の魔女」に立ち向かう。しかし試みは失敗し、杏子と「人魚の魔女」は相討ちとなって果てる。その一方、見滝原には大災害をもたらす最強の魔女「ワルプルギスの夜」が迫りつつあり、キュゥべえは3人の魔法少女が戦死した今、高い素質を持つまどかが魔法少女にならない限り見滝原を救うことができない、と予見する。
一方、それまでは謎に包まれてきたほむらの素性や目的も明らかにされる。
『まどか☆マギカ』映画化の報は、2011年11月10日に公式ウェブサイト・および『月刊ニュータイプ』2011年12月号において、初めて発表された。
『[新編] 叛逆の物語』は第37回日本アカデミー賞優秀アニメーション作品賞、東京アニメアワードフェスティバル 2014アニメ オブ ザ イヤー部門劇場公開部門優秀賞、第19回アニメーション神戸賞作品賞を受賞した。第86回アカデミー長編アニメ映画賞では出品はされたが、ノミネートはされなかった。
元々はテレビシリーズの次の展開を検討する企画として始まったが、虚淵玄の用意したプロットは放送話数が1クールに満たないものであり、同時にテレビシリーズを劇場版として見てみたいというスタッフの意見もあったことから、総集編と合わせるかたちで完全新作の劇場版を作るというプロジェクトに切り替わった。
主要スタッフはテレビ版の終盤からほぼ変わっていないが、テレビ版にて監督を務めた新房昭之の役職は総監督に変わり、シリーズディレクターを務めた宮本幸裕が監督として表記されている。また副監督には、テレビ版では原画として参加した寺尾洋之が新たに起用され、総作画監督を担当した谷口淳一郎はキャラクターデザインにも名を連ねている。もう一人の総作画監督は他のシャフト作品でも作画監督として起用されてきた山村洋貴が新たに務めている。映像を作成するにあたっては、テレビ用の作り方では劇場のスクリーンでは映像の粗さが目立つようになるため、それに耐えうるように劇場用の大判の原画用紙にキャラクターを大きめに書き、撮影時に縮小して映像に落としている。
製作にはアニプレックス、芳文社、博報堂DYメディアパートナーズ、ニトロプラス、ムービック、MBS、シャフトの7社からなる製作委員会・Madoka Movie Projectがクレジットされており、配給は前後編をアニプレックス、新編をワーナー・ブラザース映画が務める。
一部のキャラクターの設定画もクリーンアップされており、特に新規の表情集は、映像化したときに思いもかけない画面にならないよう絵コンテ時よりも抑えた表情となっている。また、キュゥべえの大きさはテレビシリーズではシーンごとにまちまちであったが、新編では設定が詰められた上で描かれている。
新編の絵コンテは、スタジオジブリ出身でテレビ版では第10話などを担当した笹木信作が務めており、絵コンテの総カット数は2300カットに及び、一本の映画としてはスタジオジブリで最も絵コンテのカット数が多かった『もののけ姫』の1676カットを凌ぐカット数となっている。
アフレコは前半と後半の二度に分けて行われ、前半の収録は声優陣に後半の展開が伏せられて行われた。また、ほむらに関しては映画終盤にかけてのパートが公開直前に録り直されている。演じた斎藤によれば録り直す前はダークな印象が強かったが、リテイクによって少女らしさや人間らしさも感じられるものに変わったという。