文禄・慶長の役
清正の到着と合流は忠州の戦いの前であったという異説もあるが、4月29日朝に忠州に到着したとき、一番隊はまだ弾琴台で首実検を行っていて、1日後れを取ったことを清正は大変残念がった。忠州城で一番隊と二番隊が合流したので、軍議が持たれた。
軍議の内容には異説が多く、古典には登場人物や日付に辻褄が合わない点が散見されるが、小西行長が率いる一番隊が孤軍で直入したことに対して諸隊はもともと快く思っておらず、不満があった。
『征韓偉略』の記述はかなり誇張されていると思われるが、その内容では、漢城府への進撃路を割り当てる際に、加藤清正は、まず行長の出自をからかい、武功を誇る行長に対して、密かに出発して単独で功を成したが、その成功も宗氏が地理に通じていたからで、自分の力ではなかったと喧嘩を売る。さらに、太閤は清正と行長に隔日で先鋒を務めるように命令された のだから、今日より隔日で先鋒を替えて優劣をはっきりさせようと挑戦するのであるが、行長が拒否すると、軍令無視であり私利私欲の商人根性だと侮蔑。行長は激怒して刀を手にしたので、鍋島直茂に止められる。そこで松浦隆信が、両将が先鋒に命じられたのに協力して敵に臨まずにお互いで相争って敵に利するようでは万死に値すると諭されて、両人が反省して、結局は進路を分かつことになる。南大門を目指す百里の行程と、東大門を目指す百余里の行程があったが、河口の近くで漢江を渡らねばならないが直線距離が短い前者を加藤清正が選び、道程は長いが渡河の苦労の小さい後者を小西行長が進むことになった。
戦々恐々とする朝鮮朝廷では漢城の防衛について議論して、右議政李陽元を京城都検察使に任命し、李戩、邊彦琇を左右中衛大将とし、商山君朴忠侃 を都城検察使とし、漆渓君尹卓然を副使、李誠中を守禦使、丁胤福を東西路号召使とすることにした。これらの処置は首都の治安を維持し、必要な人員を集めて、騒乱を防ぐのが目的だった。李陽元はすぐに城の士民に対する募兵を始めたが、そこに尚州の戦いの敗報が届いて人心が乱れ、都から避難しようとするものが続出した。
4月27日、熒惑が南斗を犯し、大臣や台諫 が一堂に集められ、初めて遷都が発議されたが、群臣が皆号泣して言葉を尽くして諌止するので、それ以上議事を進められなかった。他方で、吏曹判事の李元翼を平安道都巡察使との兼任とし、崔興源を黄海道都巡察使として派遣することを決定した。これらは京城を脱出した場合、その後の下準備をする意味があった。
また建儲(世継)問題も議論されていた。鄭澈の失脚 原因となったこの問題はタブー視されており、誰も口に出したがらなかったが、日本軍迫るという状況で万が一も懸念された。領議政李山海や左議政柳成龍を召して意見を聞くと、国王がお決めになるべきことだと暗に決断を迫ったので、宣祖は結局は以前拒絶した次男光海君を王世子に選び、国本を定めて人心の安定を図ることになった。4月28日、光海君は王世子となった。
首都の漢城府を放棄することは官民が挙って反対していたが、この都は防御に不向きであり、そもそも守ろうにも兵士が足らなかった。都の住民をかき集めて守りにつかせようとはしたが、集まったのは7千名だけで、多くは儒生や胥吏、公私奴婢であって烏合の衆で頼みにならないと考えられていた。
以前より王子を地方に派遣して勤王の士を集めようという建言が度々なされていたが、ようやく、尹卓然に臨海君(宣祖長男)を奉じて咸鏡道に向かうように命じ、戸曹判事韓準には順和君(宣祖六男)を奉じて江原道に向かうように命じられた。
4月28日、尚州の戦いで捕虜となり解放された倭学通事(通訳)景応舜が、小西行長の手紙と国書を持って京城に達した。小西行長は宗氏と面識のある礼曹参判(外務次官)李徳馨と忠州城での講和会見を求めており、和暦との差により手紙の期限は前日27日ですでに過ぎていたものの、宣祖は日本軍の進撃を遅らせられることを期待して会見に応じることを許可した。この命令を聞いて礼曹判事(外務大臣)権克智は驚愕して卒中死したので、李徳馨がこの大任を担うことになった。ところが中間地点の竹山まで行ったところで忠州城がすでに陥落したのを知った。李徳馨は、日本語のできる景応舜をまず行かせて改めて日本側と交渉を持とうとしたが、彼は途中で捕まって殺されたのか 帰ってこなかった。それで李徳馨も空しく引き返すほかなく、講和の最初の試みは失敗した。
同じ28日の夕刻、3人の奴僕が申砬の死亡と忠州の戦いの敗報を京城に伝え、市中にパニックを引き起こした。頼みとしていた申砬までもが出征後わずか数日で命を落としたことは大きな落胆を誘った。大臣らはもはやしばらく平壌に朝廷を行幸させて明に救援の兵を求めるしか手がないと協議し、宣祖の膝下にすがって哭く頑なな反対者もいたが、西行は決定された。
金命元が全軍の指揮を執る都元帥に任命され、申恪は副元帥となって、漢江の守備についた。
文禄・慶長の役において、日本は初動において16万人に対する莫大な輸送量に対する補給を見事になしとげたが、黄海道を経て海路から北京を攻略する計画は制海権を得られずに補給線の確保ができなかったことから断念している。また、朝鮮半島は陸路、海路ともに輸送経路が整備されておらず、補給活動で損耗が伴うような状態であった。
朝鮮半島における補給線については、寸断されずに継続していたとされるが、近年の韓国の歴史学会からは「李舜臣が日本軍の補給線を寸断した」という主張が行われている(例・日韓歴史共同研究報告書(第1期)・鄭求福発表論文『壬辰倭乱の歴史的意味』「李舜臣による海戦の勝利によって海路を通じた軍糧の輸送も遮断された。」)
日本軍の補給路は、肥前名護屋から海路壱岐を経て対馬厳原に到り、対馬北端に位置する大浦などから釜山に着岸して荷を下ろし、その後は陸上を漢城に向かうというものであった。この補給路を朝鮮水軍が寸断するには、釜山の港を継続的に海上封鎖するか、釜山そのものを占領奪還するしか方法はなかった。しかし、実際のところ李舜臣が釜山の海上封鎖を行ったことはなく、釜山前洋に現れること自体殆ど無かった。閑山島海戦までの李舜臣の活動域は加徳島より西方の海域であり、釜山近くに現れることは殆ど無かった。一度だけ釜山に現れたのが天正20年8月29日(明暦9月1日)の釜山浦海戦であった。李舜臣は釜山と日本本土の海上補給路を分断する必要を痛感しており、朝鮮水軍の総力をあげて釜山港に強硬突入した。しかし、李舜臣の釜山の占領奪還作戦は失敗し、日本軍の補給路を寸断することはなく退却した。たった一日の数時間の出来事であり継続性が無く、この後、李舜臣が釜山の前洋に現れることも二度と無く、日本軍の補給路は堅持され安泰であった。
なお、同1596年9月1日(旧暦閏7月9日)、慶長伊予地震が発生。M 7.0、薬師寺本堂や仁王門、鶴岡八幡宮が倒壊。3日後の9月4日に慶長豊後地震が発生。M 7.0-7.8、死者710人、地震と津波によって瓜生島と久光島の2つの島が沈んだとされる。
翌日の9月5日午前0時頃、慶長伏見地震(慶長伏見大地震)が発生。M 7.0-7.1で、京都や堺で死者合計1,000人以上。伏見城の天守や石垣が倒壊し、方広寺の大仏(京の大仏)が損壊した。余震が翌年春まで続く。これらの大きな地震が相次いだことで慶長に改元された(このため、地震は「慶長」を冠している)。
なお、この地震より以前、加藤清正が石田三成・小西行長らに訴えられて日本で謹慎していたが、清正は地震が起きた際に秀吉のもとへ駆けつけて弁明を行い、謹慎を解かれ、慶長の役にも出陣することとなった(地震加藤)。ただし、清正が地震の2日後に出した書状では清正は伏見邸の未完成により自分が無事だったと記しており伏見にはいなかったことが判明しており、地震加藤の逸話は史実ではなかったとみられる。また、同じ時期に他の武将にも帰国の動きがあったことから、清正の帰国は和平の進展と明使節の来日に対応したもので、謹慎処分によるものではなかった可能性が高い。