奈良文化財研究所
1952年(昭和27年)に平城宮跡が特別史跡に指定されたことに伴い、同年4月奈良市春日野町で奈良文化財研究所として発足した。
1954年(昭和29年)7月、奈良国立文化財研究所と改称、1960年(昭和35年)、所内に平城宮跡発掘調査事務所(後、調査部)を設置し、1968年(昭和43年)、文化庁発足により文化庁付属機関となった。
1973年(昭和48年)4月、飛鳥藤原宮跡発掘調査部を設置し、翌年4月には埋蔵文化財センターを開設した。
1975年(昭和50年)3月、明日香村奥山に飛鳥資料館をオープン。
1980年(昭和55年)4月、本庁舎を奈良市二条町2丁目9-1に移転。
1986年(昭和61年)から1989年(平成元年)にかけて長屋王邸宅の発掘を行った。
1998年(平成10年)には平城宮跡を含む古都奈良の文化財がユネスコ世界遺産に登録されている。
2001年(平成13年)4月、東京文化財研究所と統合され、独立行政法人文化財研究所の奈良文化財研究所となった。
2007年(平成19年)4月、独立行政法人文化財研究所は独立行政法人国立博物館と統合し、独立行政法人国立文化財機構が発足した。
2013年(平成25年)8月、本庁舎の老朽化に伴う建替事業を開始。11月、奈良市佐紀町247番1に仮設庁舎を設置。旧本庁舎は解体。
2014年(平成26年)4月、本庁舎建替事業に伴う発掘調査(平城第530次)開始。
2015年(平成27年)6月、機関リポジトリシステム「全国遺跡報告総覧」運用開始。
2018年(平成30年)3月、新本庁舎完成。9月25日より新本庁舎での業務開始。
2011年(平成23年)3月の、東日本大震災の津波によって海水や泥で被害を受けた岩手県・宮城県の古文書や史料を真空凍結乾燥機(フリーズドライ)を用いて乾燥させた後、泥や異物を除去する作業をしている。