長崎駅
■西九州新幹線 諫早駅 - 長崎駅
■長崎本線 特急「ふたつ星4047」発着駅 ■快速「シーサイドライナー」・■区間快速「シーサイドライナー」・■普通 浦上駅 - 長崎駅
ホーム中央付近に上り線から下り線への片渡り線があり、市中心部でのイベント開催時など、当停留場始発の臨時便が運転される際に使われる。本線と桜町支線の分岐部は停留場の南にあり、大波止方面に向かう本線が右へ、桜町支線が左へ分岐する2方分岐。戦前は桜町支線と本線大波止方面の間も結ばれ、3方分岐のデルタ線を形成していた。これを利用して1934年から1937年(昭和9年から昭和12年)までは市中心部を環状運転する循環系統が設定されたこともある。循環系統については2000年10月にも試験的に運行され、この時はデルタ線がない代わりに当停留場の片渡り線を使用したが、利用者がそれほど多くなかったため、定着には至っていない。
4号系統の大幅減便による利便性低下を緩和させる事を目的として、2022年9月1日からICカード利用者のみ本停留場での乗り換えが可能となっている。
JR九州 - 2022年度の1日平均乗車人員は7,853人である。JR九州の駅としては第20位で、長崎県内の駅としては最多。また、長崎本線の駅では佐賀駅に次いで2番目に多い。
長崎電気軌道 - 2019年の1日の乗降客数は7,160人である。
長崎駅の各年度の1日平均乗車人員は以下の通り。
一般路線バス(長崎県交通局・長崎自動車)は駅前高架広場下の長崎駅前バス停、駅東口交通広場ロータリー内の長崎駅前(交通広場)バス停、駅西口広場の長崎駅西口バス停、ホテルニュー長崎前の長崎駅前南口バス停(大波止方面)、ローソン前の長崎駅前東口バス停(市役所前方面)と複数が存在する。北部・西部方面は高架広場下長崎駅前バス停に停車する。なお、大波止方面からの便は長崎駅前南口バス停(ホテルニュー長崎側)にも停車する。中心部・南部・東部方面行きの大波止経由便は長崎駅前南口バス停(ホテルニュー長崎向かい側)、市役所前経由便は長崎駅前東口バス停に停車する。行き先によって停車する場所が異なる。ながさき出島道路・長崎自動車道を経由して大村や諫早へ向かう高速シャトルバス(長崎県交通局)は、交通会館ではなく、長崎駅前東口バス停始発である。