バフンウニ
卵細胞中に色素顆粒を含むため核分裂の観察に適し、発生学の実験および教育に用いられる。また、生息数が多く捕獲が容易であること、人工授精が容易であること、個体による産卵期の違いが小さいこともモデル生物としての利点として挙げられる。特に本種は日本の都市圏沿岸でも容易に採取できることから、教育実験に適している。
精巣・卵巣ともに、生殖腺が食用となる。1個体あたりの可食部は2 g程度。前述の、苦味物質プルケリミンは産卵・放精後に減少し、成熟に伴い増加するため、産卵期直前から産卵期内は個体によって(特に雌個体の卵巣)苦みが強く、食用に適さない。産卵期が終了すると、生殖腺は萎縮した状態となる(放出期)。その後生殖腺は栄養細胞で満たされ、肥大する。この時期が最も食用に適した時期とされる。食用として、新鮮なものを生ウニとして利用するほか、塩蔵品の塩ウニ、塩または酒を混ぜたものを練りつぶした練ウニが流通する。福井県では伝統的に、本種の生殖腺に塩を用いた保存食を作る。これは越前のウニと呼ばれ、肥後のカラスミ、三河のくちこと並び「天下の三珍」として知られる。一方で津軽海峡西部沿岸においては、生ではえぐ味が強くて食用には不適であるとして、古くから「イヌガゼ」の俗称で呼ばれ、まったく漁獲利用されていないという。
漁獲は、資源保護のため各地で漁期が決められており、海女や海士による素潜り漁のほか、舟の上から箱眼鏡などを用いて水中を観察し、たも網や鈎で捕集する「舟採り」などによって行われている。アオサやテングサが豊富に繁茂する漁場の個体は、生殖腺の色は明るく、味も良いとされる