本線料金所
十勝清水本線料金所(道東自動車道) 道東自動車道の十勝清水IC - トマムIC延伸に伴い、トマムICを利用する自動車の通行料を収受するため設置されたが、トマムIC - 占冠IC延伸に伴い、その前に廃止(トマムICに料金所を設置)。
人吉本線料金所(九州自動車道) 八代IC - 人吉仮出入口間開通の際、鹿児島・宮崎方面への出入口として設けられた人吉仮出入口を利用する車両の通行料を収受するために設置された。人吉仮出入口 - えびのIC間延伸に伴い仮出入口、本線料金所ともに廃止。
千葉南本線料金所(京葉道路) 館山自動車道の直結により本線上からは廃止、下り仮出口としてしばらく残存したが、千葉バイパスの開通に伴い完全に廃止。
山田本線料金所(千葉東金道路) 千葉東金道路第2期工事(現 圏央道)完成に伴い廃止。
東浜料金所(福岡高速道路) 福岡高速道路の東浜出入口 - 香椎出入口間開業時に設置されたが、後の延伸に伴い廃止。
椎田本線料金所(椎田道路) 東九州自動車道の行橋IC - みやこ豊津IC間開通に伴い、椎田道路の各IC内に料金所が新設されたため廃止。
院内本線料金所(宇佐別府道路) 宇佐ICの改築による料金所の新設に伴い廃止。
新潟料金所(北陸自動車道) 新潟西バイパスの開通、北陸自動車道の延伸により新潟西ICを新設したため廃止。
南アルプス本線料金所(中部横断自動車道) 中部横断自動車道 増穂IC開通時に同ICに料金所が無かったことから設置されたが、増穂IC - 六郷IC間の開通に伴い増穂ICに料金所を設置、富士川本線料金所に機能を移設するため廃止。
東京料金所(東名高速道路)
浦和本線料金所(東北自動車道)
八王子本線料金所(中央自動車道)