ヤマト運輸
2005年(平成17年) 3月31日 - ヤマト運輸分割準備株式会社設立 11月1日 - ヤマト運輸株式会社に商号変更(ヤマトホールディングスより、ほぼすべての事業を譲受される)。会社ロゴは旧ヤマト運輸からそのまま引き継ぐ。
2006年(平成18年)2月1日 - セブン‐イレブン、ファミリーマート、スリーエフでの宅急便店頭受け取りサービスを開始。
2007年(平成19年) 9月23日 - 大阪南労働基準監督署が労働基準法違反で是正勧告をしていたことが判明。 10月22日 - 全国的ネットワークの集配のノウハウを生かし、日経リサーチと業務提携して、市場化テストである日本国政府の統計調査への参入を表明。
2010年(平成22年)3月29日 - 株式会社三越伊勢丹ビジネス・サポートと物流全般に関する業務委託契約を締結。当時の大和運輸が三越と絶縁して以来、31年ぶりに全国規模での全般的な業務委託が復活した。
2013年(平成25年)9月 - 羽田クロノゲートベースを開業。
2015年(平成27年)6月3日 - 貨客混載を岩手県北自動車と共同で開始。
2009年(平成21年)6月16日午前8時から全国の直営店で電子マネーEdyとnanacoの取り扱いが開始された(関東地区の一部店舗では2008年に先行導入)。ただし、一部商品の支払いが出来ないほか、残額不足分の現金併用も出来ない。なお、チャージ(入金)は、ヤマト運輸の店舗やドライバーの携帯端末では出来ない。WAONは、4ヶ月遅れの10月21日から取り扱いが開始された。さらに、2010年(平成22年)6月17日からセールスドライバーの集荷でも電子マネー決済が可能となった。
2011年(平成23年)5月23日からJRグループの交通系電子マネー(Kitaca・Suica・TOICA・ICOCA・SUGOCA)の取り扱いが開始され、相互利用している交通系ICカードでも利用可能となった。さらに、2013年(平成25年)3月23日からは全国交通系電子マネーの相互利用開始に伴い、9種類の交通系電子マネーが全国の直営店およびドライバーの携帯端末で利用可能になった。
51東静岡(裾野市。沼津市・富士市・富士宮市・御殿場市・裾野市・三島市・熱海市・伊豆市・伊豆の国市・下田市・賀茂郡・駿東郡・田方郡を管轄、開設当初は新静岡主管支店、その後、静岡主管支店に名称変更の後、2018年4月1日に現名称に変更)
50静岡(静岡市駿河区。静岡市全域・藤枝市・島田市・掛川市・菊川市・御前崎市・牧之原市・焼津市・榛原郡を管轄)
52浜松(浜松市東区。浜松市全域・磐田市・湖西市・袋井市・周智郡、愛知県豊橋市・田原市・新城市・北設楽郡を管轄)
53三河(豊田市。安城市・岡崎市・刈谷市・高浜市・知立市・豊明市・豊田市・西尾市・碧南市・みよし市・蒲郡市・豊川市・額田郡を管轄。ベース店中部ゲートウェイベースは、豊橋市、田原市、新城市、北設楽郡、知多半島4市5町、名古屋市の緑区を管轄。2016年(平成28年)9月に安城市から現在の場所に移転)
54名古屋(名古屋市港区。名古屋市(熱田区・中川区・中村区・緑区・港区・南区)・半田市・弥富市、愛西市・海部郡・あま市・大府市・知多郡・知多市・津島市・東海市・常滑市、ベース店のみ名古屋市昭和区、瑞穂区、天白区を管轄)
55三重(四日市市。三重県全域)
56小牧(愛知県小牧市。
1976年に事業を開始した宅配便事業「宅急便」で知られる(「宅急便」はヤマトホールディングスの登録商標(1979年(昭和54年)4月27日登録第1377677号)である)。それまで郵便小包(現在のゆうパック)か、鉄道を利用した鉄道小荷物(チッキ)しかなかった個人向け小口貨物輸送に本格参入し、1個口から個別集配・全国配送するという宅配便のシステムを作り上げた企業で、宅配便業界においては圧倒的なシェアを誇る。
「クロネコヤマトの宅急便」のキャッチコピーでも知られるとおり、親子の黒猫を商標(シンボルマーク)としているが、これは宅急便への参入以前から用いられてきたものである(詳細後述)。
近年では、当社の旧法人時代から、郵便局(現:日本郵便)の「ゆうパック」を新たに導入することを検討していた株式会社ローソンと、従来通りの排他的契約を求めるヤマトとが騒動に発展。
2009年プロ野球フレッシュオールスター大会に出場した湘南(現:横浜DeNA)の田中健二朗、松本啓二朗、北篤の3選手はヤマト運輸横浜主管支店の不手際でユニフォームをはじめとした野球用具が会場の札幌ドームに届かないというハプニングが起こり、3選手は急遽同ドームを本拠地とする日本ハムの練習用ユニフォームを借り、グラブやスパイクもドーム内にあったものを借りてプレーした。このうち松本は優秀選手賞を受賞したが、お立ち台でのインタビューの際には関係者を通じて、スタンドのファンからユニフォームや帽子を借りてお立ち台に立った。
2012年1月中旬に宮城野医療から川崎市の物流センターまで運送するよう依頼された3箱に入った医療機器127個分を運送中に損傷した上で無断で廃棄したとして、神戸市中央区の医療機器卸「宮野医療器」が運送業者のヤマト運輸(東京都)に約1500万円の損害賠償を求めた訴訟の判決で、神戸地裁は31日、ヤマト運輸に約1350万円を支払うよう命じた。
2013年8月15日に愛知主管支店から大阪府内に発送された宅急便75個とメール便約50個が富山県の日本海に投棄された。
2014年(平成26年)5月12日よりヤマト運輸独自の電子マネー「クロネコメンバー割」が開始された。これはクロネコメンバーズ電子マネーカード(nanaco / 楽天Edy / WAONのいずれかが付随)に「クロネコメンバー割」分を別途チャージ して運賃支払いに充当した場合に10%割引 するというサービスである。また、大口顧客向けにチャージ最低額が高額な代わりに宅急便運賃が15%割引となる「クロネコメンバーズ割BIG」 も用意された。「クロネコメンバー割」分のチャージはヤマト運輸直営店かドライバーの携帯端末でのみ可能で、利用もヤマト運輸での支払いにのみ充当可能。2015年(平成27年)11月10日から着払いの利用も可能となる。なお、運賃以外のオプション料金(クール便追加料金など)には割引が適用されないほか、宅急便コレクト(代金引換)にも充当不可。2021年10月3日まで、サービスを行っていた『ヤマト便』の運送保険料には現金以外の決済を受け付けていなかった。