相同組換え
細菌は、DNAの一本鎖ギャップの修復には相同組換えのRecF経路を利用しているようである。変異によってRecBCD経路が不活性化され、さらにSbcCDの変異によってExoIヌクレアーゼ活性が不活性化されている場合、RecF経路はDNA二本鎖切断も修復する。RecF経路では、RecQヘリカーゼ(英語版)がDNAを巻き戻し、RecJヌクレアーゼが5'末端側の鎖を分解し、3'末端側の鎖はそのまま残される。そしてRecAがこの鎖に結合するが、この過程はRecF、RecO、RecRタンパク質による補助または安定化が行われる。その後、RecAヌクレオプロテインフィラメントは相同なDNA鎖を探索し、相同DNAの鎖と置き換わる。
初期段階に関わるタンパク質や機構は異なるものの、DSBR経路とRecF経路はどちらも3'末端が一本鎖となったDNAを必要とし、strand invasionにRecAタンパク質を必要とする点で類似している。また、ホリデイジャンクションが一方向にスライドする分岐点移動の過程、ホリデイジャンクションが酵素によって切り離される解消過程も類似している。どちらの経路も、非組換え型の解消が起こることもある。
またChi部位の認識は、Chi部位でDNA鎖を切断し、新たに形成された3'末端の一本鎖DNAへ複数のRecAタンパク質をローディングを開始するようRecBCD酵素を変化させる。その結果生じたRecAに覆われたヌクレオプロテインフィラメントはその後、類似した配列を持つDNAを探索する。探索過程によってDNA二重らせんは引き伸ばされ、それによって相同性の認識は向上する(立体配座選択と呼ばれる機構)。そうした配列を発見すると、一本鎖ヌクレオプロテインフィラメントは受け手となる相同なDNA二重らせんへ移動する。この過程はstrand invasionと呼ばれる。侵入してきた3'オーバーハングは受容側の二本鎖DNAのうちの1本の鎖と置き換わり、Dループが形成される。Dループが切断された場合、同様の鎖交換によってホリデイジャンクションと呼ばれる交差構造が形成される。ホリデイジャンクション構造はRuvABC(英語版)とRecGの組み合わせによって解消され、相互作用した2つのDNA分子が遺伝学的に異なるものであった場合、遺伝子型が交差した2つの組換えDNA分子が生じる。それ以外に、侵入してきたChi部位付近の3'末端がDNA合成のプライミングを行い、複製フォークが形成される場合もある。このタイプの解消では1つのタイプの組換え分子のみが生じる。