鱗甲目
形態や食性から、古くは貧歯類に含まれていた。体の構造が異なるため別の目として独立させられた。従来の化石研究では食肉目に最も近い動物群であることが知られていたが、近年の遺伝子研究に基づく新しい系統モデルでも、4つの大グループのうちローラシア獣類の一つとして、食肉目や奇蹄目などの近縁グループとされている。多数の絶滅群を含むキモレステス目内の有鱗亜目・鱗甲亜目とされることもある。
アフリカ大陸に分布する種をアフリカセンザンコウ属Phataginusに分類する説もあった。一方で現生種と化石種1種の頭蓋の比較から、それらは全体として単系統群だがアフリカセンザンコウ属Phataginusは偽系統群であるとしてセンザンコウ属のシノニムとする説もある。
以下の分類・英名は、Schlitter(2005)に従う。和名は川田ら(2018)に従う。
Manis亜属 Manis crassicaudata インドセンザンコウ Indian pangolin Manis pentadactyla ミミセンザンコウ Chinese pangolin
Paramanis亜属 Manis culionensis パラワンセンザンコウ Philippine pangolin Manis javanica マレーセンザンコウ Sunda pangolin
Phataginus亜属 Manis tricuspis キノボリセンザンコウ Tree pangolin(Phataginus属に分ける説もあり)
Smutsia亜属 Manis gigantea オオセンザンコウ Giant pangolin(Phataginus属、Smutsia属に分ける説もあり) Manis temminckii サバンナセンザンコウ Ground pangolin(Phataginus属、Smutsia属に分ける説もあり)
Uromanis亜属 Manis tetradactyla オナガセンザンコウ Long-tailed pangolin(Phataginus属に分ける説もあり)
センザンコウ科の化石記録は始新世中期から更新世まで断続的に発見されており、その大半がヨーロッパから発見されている。現生のものと同属の化石は、アジアとアフリカの中新世後期及び鮮新世前期以降のものが知られている。
†ネクロマニス Necromanis
†パトリオマニス Patriomanis
化石種も含めた下位分類は必ずしも定説をみていないが、センザンコウ科以外の絶滅科としては、いずれも始新世の北米大陸に生息していた†エピコテリウム科(Epoicotheriidae Simpson,1927)、†パトリオマニス科(Patriomanidae Emry,1970)、†メタケイロミス科(Metacheiromyidae Wortman,1903)などが提唱されている。
†エオマニス Eomanis は典型的なセンザンコウの形態であるが、鱗が尾の途中までしかない。