日本基督教団
会議制を採る。全国にある17の教区の代表による日本基督教団総会が最高意思決定機関で、その議長である日本基督教団総会議長が代表者である。また、日本基督教団組織の執行責任者として総幹事が置かれる。
戦時中における罪責の反省から在日大韓キリスト教総会と協約を結び、その中で在日韓国・朝鮮人問題を受けて取り組み、在日大韓基督教会との宣教協力を決意すると述べている。同協約では下記の3点を約している。
日本基督教団と在日大韓基督教会はそれぞれの職制と聖礼典を相互に認める。
日本基督教団と在日大韓基督教会は可能な限り各方面での宣教協力を約する。
日本基督教団と在日大韓基督教会は特に在日韓国・朝鮮人の人権問題へのとりくみについての協力を約する。
各個教会の運営も会議制が採られている。教会総会における選挙によって、現住陪餐会員(後述)の中から役員を選び、役員会を組織する。役員会の呼称は、旧教派・教会の伝統や特色によって、長老会、執事会など、異なることも多い。役員会は教会担任教師の主任者が議長となって、伝道や教会の運営に関する主要な事項を決定・実施する。教会総会と役員会の責任分担や権限の範囲の理解も、旧教派・教会の伝統や特色によって異なることがある。
1943年11月25日-26日に日本基督教団第2回総会(創立総会からは3回目)が東京鷺宮日本東部神学校で開かれた。平松実馬が軍用機献納の決議案を提出し、教団総会は軍用機献納運動を決議する。「飛べ日本基督教団号」のスローガンのもと集められた献金により日本海軍に「報国3338 第一日本基督教団號」「報国3339 第二日本基督教団號 九九艦爆」を、日本陸軍に「愛国第三三三一 日本基督教団第一」「愛国第三三三二 日本基督教団第二」の四機の軍用機を献納した。また金城女子専門学校は日本基督教団の求めにより、海軍に「報国2629 金城女専号」を、陸軍に3万円を献納した。
日本基督教団讃美歌委員会
日本基督教団聖霊刷新協議会
日本基督教団出版局 - 出版部門
日本基督教団部落解放センター(大阪府大東市)
日本基督教団部落解放青年ゼミナール
日本基督教団京都教区部落解放センター
日本基督教団兵庫教区被災者生活支援長田センター - 阪神・淡路大震災の際に設立された
日本基督教団労働組合
1977年4月に、日本基督教団福音主義教会連合が結成された。福連は1979年に独自の教師検定試験を行い、合格者の按手礼を行ったが、後宮俊夫議長と常議員会はこれを認めず、1983年に信仰職制委員会はこの按手の有効性を否定した。また日本基督教団の主流派は、教団の中に教会を作るものであるとして、教会連合を批判した。そのため教会連合の中には、日本基督教団から離脱した教会もある。