闕所
闕所となった土地はその仕組上、警察・司法・軍事に関する諸権限を有していた幕府に集中することとなったが、幕府はその一部を自己の直轄領に編入し、追捕検断にあたった者に分与したものの、闕所によって御恩と奉公(土地給付とその見返りである御家人役負担)の考えに基づく主従関係が破綻することは望ましいものではなく、新しい領主を決定しなければならなかった。当然のように前述の一族や本主が給付を求めて訴え、それ以外にも希望者が殺到して幕府の頭を悩ませた。
『御成敗式目』には承久の乱の闕所地(京方跡闕所)の処分が決定した後も本主として権利を主張することを禁じたり(16条)、裁判中に闕所となることを期待して当事者を誹謗することを禁じたり(44条)している。
また、鎌倉時代後期には北条氏一族が各地の御家人の所領を奪った反動により、鎌倉幕府とともに同氏が滅亡すると、北条氏に所領を奪われた御家人たちが本主権を盾に闕所(北条高時法師与党人跡闕所)の給付を求めて後醍醐天皇の建武政権に殺到した。
室町時代になると、室町幕府の闕所処分に現地の守護なども関与するようになり、守護領国制形成にも影響を与えた。
また、有徳人など所領を持っていない武士以外の人々に対しても家屋敷や動産などを没収する闕所が行われるようになった。