IND2番街線
ニューヨーク市民の住民投票により、2005年11月8日に第1段階建設専用の資金調達のための運輸債券の発行が承認された。この承認は建設に関して絶対不可欠であるとみなされてきたが、投票者の55パーセントが承認、45パーセントが不承認と、わずかな余裕で承認されたにすぎなかった。この時点で、MTAはプロジェクトは、ニューヨークが2012年の夏季オリンピックの招致に成功すれば、2012年までに完成するだろうと述べていたが、招致は成功しなかった。2006年12月18日、アメリカ合衆国運輸省は、MTAが6億9300万ドルの資金を2番街線建設開始に投じることを承認し、建設費の連邦負担分については、予算割当と最終労働認定証次第で連邦都市交通局の運輸基金から払い戻されると発表した。運輸省はまた、13億ドルの連邦政府補助金をプロジェクト第1段階に向けて7年間にわたって拠出することを承認した。準備工事と最終的なトンネル設計はAECOMとアラップの共同企業体によって完了された。
準備工事の完成を受けて、2007年3月20日、MTAはトンネル、トンネルボーリングマシンの発進基地、そこへ到達する縦坑の建設契約をスキアボーネ建設、スカンスカUSA土木、J.F.シー建設の共同企業体S3に対して発注された。起工式は2007年4月12日に、1970年代にトンネル区間が建設された99丁目において実施された。実際の建設工事は2007年4月23日に開始され、配管類・電線類やそのほかのインフラストラクチャーの再配置から始まり、14か月を要した。
1970年代に建設されたトンネルを最大限有効活用するために、既存のトンネル区間から北側で新たに掘削される区間へは120丁目において開削工法で接続されることになっており、また南側の営業中区間には105丁目において開削工法で接続される。ブロンクスへの将来の延伸を可能にするために、118丁目に準備工事が行われる。125丁目の西側の留置線が、96丁目駅北側の留置線を置き換えて、96丁目駅の留置線は第2段階で本線の営業運転に用いられることになる。
2番街線ハーレム-125丁目駅の東側にレキシントン・アベニュー線125丁目駅との乗換設備が設けられる。新しく低い位置に改札階を建設して2駅を結び、レキシントン・アベニュー線南行きのプラットホームに直接接続するように設けられる。上層階への階段への直接連絡は改修される。駅の西側では、パーク・アベニューに向けての階段が造られ、ここから歩いてメトロノース鉄道のハーレム125丁目駅へ連絡できる。
106丁目駅と116丁目駅への入口は、2番街の西側に位置する配管類を避け、またイーストハーレム歴史地区への悪影響を避けるために、2番街の東側に設けられる。
2011年3月28日に共同企業体S3は65丁目までの西側のトンネル7,200フィート(約2,200メートル)を掘削するという業務を完了させ、既存のレキシントン・アベニュー-63丁目駅に用意されていた準備工事の坑口から東側のトンネルを掘削開始した。この時点で西側のトンネルで未完成で残されていた部分は、従来型の掘削発破工法で建設された。2011年9月22日、トンネルボーリングマシンはレキシントン・アベニュー-63丁目駅の坑口までを掘り抜いた。
MTAは2013年7月25日に、第1段階向けの2番街線コミュニティインフォメーションセンターを開設した。センターは2番街1628番地に位置し、84丁目と85丁目の間、2番街線86丁目駅の近くである。その後3年間に、センターには20,000人が訪れた。
第1段階で最後の契約は2013年6月1日に結ばれた。駅部の発破工事は2013年11月に完了し、地上の仮設構造物はほぼ同時期に取り壊された。2013年冬には、多くの線路や信号機器類が建設現場に到着し始め、これは以後数年をかけて現場に設置されることになる。
2016年2月24日、MTAは12月までに開通できるように、第1段階の建設作業を促進するために6600万ドルを割り当てた。しかし6月の時点で、2016年12月の完成に間に合う速さでは工事は進捗していなかった。路線が予定通りに開通するかの問題は10月、11月中も引き続き残り、エレベーター、エスカレーター、火災報知機などの鍵になる機器類が試験されていなかった。試運転の列車は2016年10月9日に走り始め、Q系統の列車が非営業で2番街線を2016年11月に走り始めた。
路線全体の高い建設費をめぐって論争がある。運輸省のニュー・スタート・プログラムの一環として連邦政府からの資金をプロジェクトに獲得する能力を最大化するためもあって、プロジェクトは4段階に分割されている。この路線の建設費の当初の見積もりは2004年の最終環境影響書の際に行われ、第1段階は38億ドル、第2段階は34億ドル、第3段階と第4段階はそれぞれ48億ドルと見積もられた。
第1段階は、世界中の他の新しい地下鉄に比べても非常に高い金額であった当初の38億ドルの予算をさらに5億ドル超過した。バイ・アメリカ法(英語版)によって設定された規制のため、MTAはアメリカ合衆国内で生産された資材を購入しなければならず、MTAの契約者がフィンランド製の消火システム(英語版)を購入した際に反対が起きた。最終的に、公的部門と民間部門はこのプロジェクトでスムーズに協調することができず、さらに費用を高騰させることになった。第1段階の建設費45億ドルのうち、24億ドルは3か所の新駅建設とレキシントン・アベニュー63丁目駅の改良に割り当てられた。一方、5億ドルは設計と技術に用いられ、さらに7億3400万ドルが駅間のトンネル、線路、信号や地上側の設備に用いられた。残りの8億ドルは建設管理、土地、駅の芸術作品、運賃徴収システム、その他の物品に費やされた。