藍藻
藍藻は海、淡水、さらに陸上環境にも広く生育しており、藍藻がいない環境を探すのは難しい。量的にも多く、その生物量は10億トンに達するとの試算もある。一般的に、真核藻類にくらべて温度、pHが高い環境を好む傾向があるが、低温や酸性環境に生育する藍藻も少なくない。また真核藻類にくらべて、低照度で生育可能なものが多い。
貧栄養の海域(つまり沿岸域や高緯度地域を除く多くの海域)では、ピコプランクトン性(直径 2 μm 以下)の藍藻(シネココックス属 Synechococcus やプロクロロコックス属 Prochlorococcus) が主要な生産者となっていることが多い(下図17a, b)。このような環境では、表層から真光層下部(水深 200 m 付近)まで、それぞれの光条件に適応したピコプランクトン性藍藻がすみ分けている。このようなピコプランクトン性藍藻は地球上で最も個体数が多い生物であると考えられており、シネココックス属で年平均 7.0 × 10 細胞、プロクロロコックス属で年平均 2.9 × 10 細胞と試算され、その純一次生産量は 12 Gt 炭素/年、海洋の全純一次生産量の25.
古くは、藍藻は最も"原始的な植物"と考えられ、藍色植物門(藍藻植物、Cyanophyta)、藍藻綱 (Cyanophyceae)に分類されていた。しかし葉緑体の共生説が一般的となり、藍藻と他の"植物"の直接的な類縁性は認められなくなった(ただし上記のように、細胞内共生・葉緑体を通してつながっている)。現在でも藍藻は藻類の一群として扱われることが多いが、このような系統的異質性から藻類から除かれることもある(ただし藍藻を除いても藻類は多系統群である)。 これらの分類群名は植物命名規約(現 国際藻類・菌類・植物命名規約)に基づくものであり、原核生物である藍藻に対しては近年ではほとんど用いられない。また古くは、粘藻綱 (Myxophyceae) や粘藻植物門 (Myxophta)、分裂藻綱 (Schizophyceae) という分類群名が使われていたこともある。
藍藻は原核生物であり、細菌(バクテリア、真正細菌)ドメインに属する。細菌の中では、藍藻は比較的独立した系統群を形成しており、シアノバクテリア門(藍色細菌門、学名: Cyanobacteria)として扱われる。