朝敵
島津義久:九州平定で豊臣秀吉は、天正13年(1585年)10月、島津氏と大友氏に対して朝廷権威を以って停戦を命令した(惣無事令による九州停戦令)。しかし、島津側は「神意」としてこれを拒否したので征伐され、秀吉に降伏した。
後北条氏:畿内の豊臣政権に抵抗して討伐を受ける。天正18年(1590年)、小田原征伐を前に後陽成天皇は豊臣秀吉に節刀を授けた。秀吉は朝敵討伐のため関東に下向した。後北条氏討伐後、奥州仕置を行い、天下統一を完成させた。
長州藩:幕末の禁門の変で、江戸幕府との戦闘中に京都御所に発砲したことで長州討伐の命が出される。二度にわたる長州征伐が起きたが、幕府側の敗北に終わったため、不利を悟った徳川慶喜により長州寛典論が出される。慶応3年(1867年)12月8日の朝議で、藩主毛利敬親の官位復旧が決定して朝敵を赦免された。
旧江戸幕府勢力:朝廷の命(会津藩・桑名藩を帰国させたうえでの徳川慶喜の軽装上洛)に違反した軍勢(会桑を含めた大軍)を派遣し、薩摩藩と長州藩を相手に鳥羽・伏見の戦い(戊辰戦争)を起こすも敗れたため、旧幕府方は賊軍となる。徳川慶喜追討令が出され、慶喜側で戦った諸藩も朝敵となり、五つの等級に区分された。 第一等。徳川慶喜(元江戸幕府将軍) 第二等。松平容保(会津藩)および松平定敬(桑名藩) 第三等。松平定昭(伊予松山藩)および板倉勝静(老中・備中松山藩)および酒井忠邦(姫路藩) 第四等。本庄宗武(宮津藩) 第五等。戸田氏共(大垣藩)および松平頼聰(高松藩) ほかにも唐津藩や延岡藩・小浜藩・大多喜藩・鳥羽藩などが朝敵となった。のちに全員が赦免されている。