ヨウェリ・ムセベニ
1990年代半ばムセベニはアフリカの新しい指導者の例と思われた。1997年の『ニューヨーク・タイムズ』の記事の一節はムセベニが西側のメディア、政府、学者から高い評価を受けていたことを示している。
ウガンダは元ゲリラの運営する勢いのある時代となった。彼は権力と展望を確保して足取りを調整しながら指導力を振るう。複数の外交官やアフリカ専門家が「ヨウェリ・K・ムセベニ大統領は、アフリカを作り直す、冷戦時代を特徴付けた腐敗した強い男の政権の終わりを告げる、イデオロギー的な運動を始めた。」と言うのを聞くのも不思議ではない。最近、大陸の向こう側の政治学者は、ムセベニのことをアフリカのビスマルクと呼んでいる。現在彼をアフリカで尊敬されている南アフリカ大統領、ネルソン・マンデラ以外には引けを取らない「別の政治家」と看做す者もいる。
これらの寛大な評価は度々見直される。
ムセベニは和平交渉の間にオケロの軍事政権を支持してザイール軍を介入させようとしたモブツ将軍の機嫌をとった。それでも、1986年1月20日ザイール軍はイディ・アミン支持者の数百人の部隊を伴いウガンダ領に侵攻した。これらの部隊はザイールで秘密の訓練を受け10日前にオケロからの要請を受け内戦に干渉した。このことは後にムゼベニが第一次コンゴ戦争に介入する契機となった。
しかし既に NRA は次の段階に進んでいた。1月22日までには、反政府軍が南と南西から進軍したとき、カンパラの政府軍は大量に拠点を放棄し始めていた。25日ムセベニ率いる党派はついに首都を制圧した。 NRAはオケロ政権を倒し、翌日勝利を宣言した。
3日後の1月29日ムセベニは大統領就任を宣言し、イギリス生まれのピーター・アレン司法長官により就任式が営まれた後でムセベニは「これは単なる軍の交替ではない、根本的な変化だ。」と述べた。そしてウガンダ国会の外に集まった数千の群衆に対し「アフリカの人々、ウガンダの人々は民主的政治の権利を与えられている。それは特定の政権の好意によるものではない。主権を有する人々とは政府ではなく、公衆でなければならない。」と演説した。
ムセベニは支持者とともにバントゥー系が優勢である南部及び南西部の故郷に戻り、民衆抵抗軍 (PRA) を結成した。彼らは第二次オボテ政権とウガンダ民族解放軍 (UNLA) への反乱を企てた。暴動は1981年2月6日に中西部のムベンデ県の軍施設への攻撃で始まった。PRA はユスフ・ルレのウガンダ自由戦士 (UFF) と統合し国民抵抗軍 (NRA) となり、政治部門を国民抵抗運動とした。別の2つの反乱軍・ウガンダ国民救済戦線 (UNRF) と元ウガンダ国軍 (FUNA) も西ナイル地方でアミン支持者の残党により結成され、オボテの軍と交戦した。
国民抵抗運動/軍は長期政権のための「10項の目標」(民主主義の回復、治安、国民統合の強化、独立の維持、独立して統合された自律的経済の確立、社会サービスの改善、腐敗と権力濫用の根絶、不平等の縮小、アフリカ諸国との協力、混合経済)を掲げた。
1985年7月までにアムネスティ・インターナショナルはオボテ政権下でのウガンダでの死者を30万人以上と見積った。CIAのザ・ワールド・ファクトブックでは10万人以上としている。人権団体は1982年以来の人権状況を改善するように度々抗議を行った。特に人権侵害が目立ったのはウガンダ中央部のルウェロ三角地帯であった。この期間のウガンダからの報告によりオボテ政権は国際的な批判を受け、ムセベニの反政府勢力への海外からの支援を増大させた。ウガンダ国内では北部出身者特にランゴ族とアチョリ族が優勢な UNLA に対抗する暴動への残忍な鎮圧に、NRA と共にウガンダの最大の民族であるブガンダが巻込まれた。ミルトン・オボテはルウェロでの人権侵害を NRA のせいにしたまま2005年に亡命先の南アフリカで亡くなった。