高尾山薬王院
政教分離訴訟がある。東京都主税局八王子都税事務所長は一般(3万円)より大幅に少ない1万円の冥加料で追儺式に参加して特別祈祷を受けていたことが裁判で判明したが、単なるイベントと都が認識している薬王院の豆まき参加費収入に課税しないことは正当であり税務行政における違法な便宜供与はしていないと都は弁明。東京高等裁判所は、講の修行者には言及せず、薬王院の追儺式は力士や芸能人が参加してタレント目当ての観客ばかりが集まる単なるイベントで信仰心のある信徒は存在せず、公務員が公務として参加することは政教分離に違反しない、という東京都の主張を認めた。公務員が本堂での礼拝及び護摩祈祷に参加したことについては、追儺式に参加した東京都主税局八王子都税事務所長が、人が大勢集められた部屋でお坊さんがお経を唱えるのが見えただけ、と薬王院の御貫首御導師の許、供厳修されます特別大護摩への参加に宗教的意義が存在しない旨の陳述書を提出し、東京都も裁判で同様のことを主張して、こちらも政教分離に違反しないとされた。東京高等裁判所 平成28年(行コ)第312号(平成29年3月2日判決)裁判長 阿部 潤。
これに続く、靖国神社の公式参拝は社頭での一礼に留めることで政教分離に違反しないとされている(昭和60年8月14日藤波内閣官房長官談話)ことを基準とすると薬王院の本堂で公務員が公務として護摩祈祷を受けることは政教分離に違反するとの理由による上告手続きについて、最高裁は不受理を決定し、国による靖国神社の取り扱いと比較して東京都が薬王院を優遇していたことを正当とした判決の変更を認めなかった。宗教法人としての真摯な活動である薬王院貫主による護摩修行そのものに参加すること自体を宗教的意義が存在しないと裁判所が認定することは、裁判所法3条に違反するとの理由による上告受理申立も却下した。平成29年(行ツ)第210号、平成29年(行ヒ)第244号 平成29年9月19日決定 第三小法廷 裁判長 岡部 喜代子
別訴においても「被告中村や本件税務署長が中村参加行為や本件署長参加行為において公務として約25分にわたり礼拝をし護摩祈祷を受けていることは、上記の原告被侵害利益の実質について影響を与える事情とはいえない」として請求を棄却している。
天平16年(744年)に聖武天皇の勅命により東国鎮護の祈願寺として、行基菩薩により開山されたと伝えられている。その際、本尊として薬師如来が安置されたことから薬王院と称する。
永和年間(1375年 - 1379年)に京都の醍醐寺から俊源大徳が入り、山岳信仰を基とする飯縄権現を守護神として奉ったことから、飯縄信仰の霊山であるとともに修験道の道場として繁栄することとなる。
寺に伝わる北条氏照文書に拠れば、戦国期に高尾山は後北条氏当主氏政の弟氏照が高尾山一帯に広がる椚田郷を寄進したという。江戸時代には氏照文書を根拠に境内である高尾山を朱印地とする運動を起こす。