クチャ市
640年、唐は西域の高昌国(現在のトルファン)を滅ぼすと、そこに西州都護府を設置し、西域支配を始める。唐はさらに焉耆国・亀茲国も征服すると、亀茲城に安西都護府を設置した(648年)。
670年以降、チベットの吐蕃の侵攻が相次ぎ、787年には吐蕃の支配下となる。
三国時代が西晋によって統一されると、亀茲国はまた中国王朝に朝貢するようになるが、魏晋南北朝の動乱期にあって漢代ほどの国交は結ばれなかった。
五胡十六国時代、前秦の苻堅は北中国(華北)を統一すると、382年に呂光を西域へ派遣し、三十余国を支配下に置いた。この時、亀茲国の仏僧である鳩摩羅什(クマーラジーヴァ)が呂光によって捕えられた。
南北朝時代、北魏の侵攻(445年)や、柔然の侵攻(470年頃)があり、その都度、大国の支配下に置かれたが、朝貢は絶えずおこなわれた。
555年、柔然が突厥によって滅ぶと、亀茲国は代わって突厥の支配下に入り、王はイルテベル(頡利発、俟利発、Iltäbär)やイルキン(俟斤、Irkin)といった称号を帯び、トゥドゥン(吐屯、Tudun)と呼ばれる突厥から派遣された監察官の監視下で貢納をおこなったが、一方で中国王朝にも朝貢をした。582年、突厥が内部紛争によってアルタイ山脈を境に東西に分裂すると、西域諸国は西突厥に属すこととなる。
1862年春、四川から陝西に侵入しようとした太平天国軍に備えるために動員された回民(ホイミン:漢語を話すムスリム)の団練(民間武装組織)が漢人の団練と衝突した事件をきっかけに、渭水盆地の全域は漢・回の相互殺戮に巻き込まれた。「洗回」と称する、平穏を保っていた回民に対する虐殺事件があちこちで発生し、逆に回民側が、洗回が来るという噂を流して先に蜂起した場合もあった。これら、回民の反乱は翌年(1863年)に甘粛、その翌年(1864年)に新疆へと飛び火した。
1864年6月、クチャの回民が一部の現地ムスリムと協同して官署を襲撃したのをきっかけに、反乱はごく短期間のうちに新疆全土におよんだ。イリの恵遠城とカシュガルの満城の籠城はやや長期に及んだが、各地の駐屯軍は数カ月もしないうちに壊滅した。クチャの蜂起者たちはトゥグルク・ティムール・ハーンを改宗させた聖者の子孫であると信じられていたラーシディーン・ホージャをハーンに推戴した。彼は霊的能力を宣伝し、教団組織を動員して人員と物資を集め、他のオアシスへの遠征軍を組織した。その軍勢は東のハミから西のヤルカンドまで遠征したが、これらの地方を完全に掌握するには至らなかった。