複製起点
また、複製起点の性質は生物種間や種内の複製起点間でも異なるだけでなく、一部は発生や細胞分化の過程でも変化する。ショウジョウバエDrosophilaの毛包細胞のchorion遺伝子座は、複製開始の空間的かつ発生過程での制御の確立された例である。この領域は卵形成(英語版)の特定の段階でDNA複製依存的な遺伝子増幅が行われる。その過程は複製起点の適切な時期かつ特異的な活性化に依存しており、複製起点特異的なシスエレメントと、Myb(英語版)複合体、E2F1(英語版)、E2F2(英語版)などいくつかのタンパク質因子によって調節される。このように、後生動物の複製起点は多くの要素の組み合わせによって指定され、多くの因子によって調節されていることから、より一般的に真核生物全体における複製開始部位の位置を決定する、統一的な特徴を同定することは困難であった。
複製開始や複製起点の認識を促進するため、さまざまな種のORCは特殊な付属的ドメインを進化させている。これらは染色体上の複製起点、またはより一般的に染色体へのイニシエーターの標的化を促進すると考えられている。例えば、分裂酵母Schizosaccaromyces pombeのORCのOrc4サブユニットにはいくつかのATフック(英語版)が存在し、ATに富むDNAに選択的に結合する。一方、後生動物のORCでは、Orc6のTFIIB様ドメインが同様の機能を果たすと考えられている。また、後生動物のOrc1にはBAHドメイン(英語版)(bromo-adjacent homology domain)を持ち、H4K20me2修飾を持つヌクレオソームと相互作用する。