配列アセンブリング
初期のアセンブラは単純な配列アライメントのプログラムのようなもので、1980年代後半から1990年代前半にかけて登場し、自動DNAシーケンサーから出力されたDNAの断片配列を処理することが目的だった。シークエンスする対象がウイルスやプラスミドといった単純なものから真核生物のゲノムのといった複雑なものにまで拡大してきた過程で、アセンブラのプログラムもそれらを処理できるように改良を加えられ発達してきた。
現在のゲノムアセンブラは以下のような特徴を持つ。
数テラバイトの配列データを処理できる
反復配列などに対応している
シーケンサーから出力された断片の読み取り誤りに対応している