阿賀神社
主祭神 - 正哉吾勝勝速日天忍穂耳命
相殿神 - 蛭子大神、天満大神、大将軍大神、日吉大神、十禅師大神、清水大神、五社大神(天皇宮・十禅師権現宮・神明宮・岩神宮・八幡宮)
阿賀神社はほどなくして再建されたが、成願寺は遅れて江戸時代の寛永17年(1640年)に宝寿院行承と弟子の祐盛が本堂と鐘楼を建立してようやく復興した。だが、僧坊の復興はかつてほどではなかった。しかし、延宝年間(1673年 - 1681年)になり、成願寺と村人が赤神山一帯の入会地をめぐって争い、成願寺が村人を幕府に訴える事件が起きた。以後70年あまりの間、両者はいがみ合い続けたがついに村人側が勝訴した。
その結果、阿賀神社の神主は村人・氏子が一年ごとに新しく任命し派遣する当番神主制が採用され、ここに阿賀神社は成願寺の管理下から離れることとなった。宝暦3年(1753年)、成願寺は奥之院にあった太郎坊大権現像の他にいくつかの仏教関係の宝物を麓の成願寺本堂に移して太郎坊大権現と称し、阿賀神社は成願寺の奥之院を新たに阿賀神社の本殿に改め、太郎坊宮と称するようになった。ここに、いまだ神仏習合の形態ではあるが阿賀神社と成願寺は分かれる事となった。