南北朝正閏論
藤澤は議員辞職に追い込まれたものの、政府は野党の懐柔工作に失敗して窮地に追い込まれる。桂の後見役である元老・山縣有朋が南朝正統論の立場で動いたことで、政府は野党や世論に押される形で教科書改訂を約束し、教科書執筆責任者である喜田貞吉を休職処分とした。 最終的に、明治天皇に裁可を仰ぎ、政府はこれで得た「明治天皇の勅裁」をもとに南朝を正統に決定し、皇統譜令(旧皇統譜令)第41条を定めて北朝天皇を『皇統譜』から除外した。もっとも、「明治天皇の勅裁」は詔書さえも作成されていない極めて曖昧な形であり、これに関して日本近世史学者である野村玄は、明治天皇が北朝の子孫である点、北朝に由来する伏見宮に皇位継承の面で助けられている点から、明治天皇は公式に南朝正統を確定させたくなかったのではないかと推測している。また、当時の政府は、南北朝の正閏問題に関して有識者委員会を開いているが、意見が割れて確かな結果が得られていなかった。なお、この決定は単にどちらが正統かを決めただけであり、北朝天皇の皇位を否定したものではないとする見解がある一方で、同年北朝の天皇の皇位について文部省は、「光厳院は御追号なり。光厳天皇と称することあれどもこれ嘗て皇位に即き給ひしとの意にあらず、一の尊称として申すなり。かかる尊称としては文武天皇の御父草壁皇子を岡宮天皇と称し、光格天皇の御父典仁親王を慶光天皇と称する等の例あり。