清洲駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅である。駅舎は構内東側にあり、ホームとは貨物線を超える跨線橋で連絡している。西側に改札口は存在せず、ホーム目前のフェンス越しに見える駅西側に行くには東側から出て駅から離れた場所の踏切を渡る必要があるため、徒歩で約10分かかる。
これまでエレベーターやエスカレーター等は設置されていなかったが、ホーム・改札口間の移動をバリアフリー化するために、既存の跨線橋の北側に並行して新たな跨線橋および上下移動のためのエレベーターが計2基設置され、2010年2月より供用を開始した。また、旧来3両分の長さしかなかった上屋を4両分以上の長さに延伸する工事も同時に行われた。
稲沢市による駅前広場や駐輪場の整備を含めた西口設置構想も存在するが、実現には至っていない。
東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、尾張一宮駅が当駅を管理している。駅舎内部にはJR全線きっぷうりばや自動改札機、自動券売機などが置かれている。