ノックアウトマウス
組換えが成功する確率はかなり低いため、遺伝子導入された部分に該当する相同染色体のうちの1つでのみ組換えが起こっている。この状態をヘテロ接合型という。
ステップ3で作成した相同組換えを起こした胚性幹細胞を、マウスの胚盤胞に注入する。この例では胚盤胞のマウスとしてグレーの種類を使用している。これらの胚盤胞は雌マウスの子宮に注入され、子マウスが出産される。胚盤胞は、グレー色のオリジナルと、白色の遺伝子工学処理を施されたものの、2つの細胞を含んでいる。新たに生まれたマウスはこのためにキメラになる。つまり体の一部がオリジナルの胚盤胞に由来し、他の部分は遺伝子操作された細胞に由来する。これらの毛色は白とグレーのまだらになる。
新たに生まれたマウスのうち、生殖細胞(卵子もしくは精子)が、遺伝子操作された細胞由来のものだけが利用される。これらのマウスは白色マウスと掛け合わせると、全身が白色のマウスが生まれる。これらのマウスはまだ、機能的な遺伝子を1個以上持っているが、同系交配によってオリジナルの機能的な遺伝子を持たない(すなわち、ホモ接合型の)マウスを創り出す。
ノックアウトマウスの作成法は、ノーベル賞ウェブサイトの医学・生理学賞2007年度の項目に詳しく解説されている。