鍋島騒動
しかし、龍造寺本家は政家・高房の死により断絶したわけではなく、高房の子・龍造寺伯庵と高房の実弟・龍造寺主膳が生き残っていた。両者は慶長12年(1607年)当時は若年のため、無視される形になっており、伯庵は直茂の命令で出家させられていたのである。
寛永11年(1634年)、伯庵と主膳は幕府に対して龍造寺家の再興を嘆願した。この訴訟は寛永19年(1642年)まで続けられたが幕府は認めず、伯庵を会津藩の保科正之に預け、主膳は大和郡山藩に預ける処分を下し、事実上、龍造寺家再興の道は絶たれたのである。
龍造寺から実権を奪った直茂は元和4年(1618年)6月3日に81歳で亡くなった。このとき直茂は耳に腫瘍ができ、高齢ながら大往生とはならず激痛に苦しんだ上での半ば悶死であった。そのため、直茂の死は高房の亡霊のしわざではないかと噂された。