益川敏英
2001年11月 - 文化功労者
2008年11月 - 文化勲章
2009年2月 - 京都市名誉市民
2013年4月 - 名古屋市科学館名誉館長
ノーベル物理学賞の受賞が決定した後の2008年10月10日に、小林誠と共に文部科学大臣に面会した。益川は、大学受験などでは難しい問題は避け、易しいものを選ぶよう指導していると指摘し、これは考えない人間を作る「教育汚染」、親も「教育熱心」でなく「教育結果熱心」であると批判した。
2009年には、「麻生内閣メールマガジン」に寄稿し、日本人ノーベル賞受賞者の増加について「近年受賞者が多数出ているからといって、現在の日本の科学の現状が万万歳ということにはならない」と述べ、現状の研究成果は数十年ほど経過して初めて評価されると指摘している。また、日本の基礎科学への研究費配分が不十分との懸念を示しており、「限られた資源のなかで、役に立つ科学・分かりやすい科学・大学の外で市場原理のもとで成り立つ科学などが研究費の餌場として雪崩れ込んでいる」と指摘し「大学の基礎科学が危ない」と警鐘を鳴らしている。