レイ・ミステリオ・ジュニア
2002年、買収後しばらく距離をとっていたが、WWEと契約。異例の事態ではあるが、当時映画のスパイダーマンが公開された事もあって、ミステリオとマスクマン嫌いのビンス・マクマホン双方の希望により、再び覆面レスラーとなり、7月25日にSmackDown!で行われたチャボ・ゲレロ戦でデビュー。当初はレイ・ミステリオ・ジュニアとコールされていたが、ジュニア表記をビンスが嫌いな事もあり、しばらくしてレイ・ミステリオに登録名が変更された。サマースラムではカート・アングルと対戦したが敗れる。秋からはエッジとのタッグで初代WWEタッグ王者決定トーナメントに挑戦。決勝で敗れるも、翌週には優勝したクリス・ベノワ&カート・アングル組、ロス・ゲレロス(エディ&チャボ)との3WAYを制し第2代王者となった。
2003年からはクルーザー級戦線に参戦し、マット・ハーディーを破ってクルーザー級王座を獲得。以降はタジリ、ジェイミー・ノーブル、チャボ・ゲレロ、スパイク・ダッドリーらと王座を争い、クルーザー級戦線の絶対的な主役として活躍した。
WWE王座 : 1回
WWE世界ヘビー級王座 : 2回
WWEインターコンチネンタル王座 : 2回
WWE US王座 : 2回
WWEタッグ王座 : 4回(w / エッジ→ロブ・ヴァン・ダム→エディ・ゲレロ→バティスタ)
WWEスマックダウン・タッグ王者チーム : 1回 :(w / ドミニク・ミステリオ)
WWEクルーザー級王座 : 3回
トリプルクラウン達成
2006年ロイヤルランブル優勝
WWE殿堂 : 2023年