病気の病原体説
1668年、イタリアの医師フランチェスコ・レディ(Francesco Redi、1626-1697)は、無生物から生物が発生するという自然発生説を否定する実験的証拠を発表した。彼は、ウジはむき出しになった腐った肉からしか発生しないことを観察した。肉をガーゼで覆った瓶に入れておくと、ウジはガーゼの表面に現れた。これは後に、腐った肉の臭いが網目を通り抜け、卵を産むハエを引き寄せるのだと理解された。
微生物が初めて直接観察されたのは、1670年代と言われている。アントニ・ファン・レーウェンフック(Antonie van Leeuwenhoek、1632-1723)は、微生物学の初期の先駆者であり、「微生物学の父」と呼ばれている。レーウェンフックは、顕微鏡を使用して細菌(1674年)、酵母細胞、一滴の水に生息する生命(藻類など)、毛細血管内を循環する血球を初めて観察し、記述したと言われている。「細菌(bacteria)」という言葉はまだ存在しなかったので、彼はこれらの微細な生命体を「小さな動物」という意味の「微小動物(英語版)(animalcules)」と呼んだ。彼は、雨水、池の水、井戸水、人間の口や腸など、さまざまな出所から、これらの「非常に小さな微小動物」を分離することができた。
しかし、ドイツのイエズス会司祭で学者でもあったアタナシウス・キルヒャー(Athanasius Kircher、1602-1680)は、それ以前に、このような微生物を観察していたかもしれない。