第5軍団 (北軍)
しかし、ポトマック軍司令官のマクレランは、積極性に欠けるとしてリンカーン大統領に解任された。
マクレランの解任後に、ポーターは第二次ブルランの戦いの際の抗命に関して軍法会議にかけられた。ポーターの行動は非難を受けるようなものではなかったが、バージニア軍を指揮していたポープはスケープ・ゴートを必要としていた。ポーターは有罪となり、軍を免職された。第1師団長のジョージ・モレルも法廷でポーターを擁護する発言をしたため、連座して免職となった。さらに、その後長期にわたって、陸軍省は第5軍団の士官の昇進をなかなか認めなかった。
マクレランの後を継いで、アンブローズ・バーンサイド少将がポトマック軍の司令官となった。第5軍団の軍団長には、ジョセフ・フッカー少将が就任したが、直後にバーンサイドは第3軍団と第5軍団から構成される中央「大師団(Grand Division)」を組織し、フッカーは中央大師団の司令官に任命されたため、ダニエル・バターフィールド少将が第5軍団長を引き継いだ。バーンサイドはリンカーンにせかされ、冬期にもかかわらずリッチモンド攻略を目指す作戦を立案した。1862年12月のフレデリックスバーグの戦いでは、チャールズ・グリフィン(Charles Griffin)、サイクス及びハンフリーズが各師団長を務めた。フレデリックスバーグで北軍は敗北し、第5軍団の損害は戦死206人、戦傷1,699人、行方不明300人の合計2,175人であった。
ゲインズミルでの北軍戦力は第5軍団と第6軍団の1個師団のみであり、これで南軍の北バージニア軍のほぼ全軍と戦った。7月14日に、ジョージ・マッコール(George A. McCall)のペンシルベニア予備師団が加わり、軍団の戦力は一時的に強化された。この師団には、後にその才能を発揮するジョン・F・レイノルズ(後にポトマック軍第1軍団長)やジョージ・ミード(後にポトマック軍司令官)がいた。
半島方面作戦は結局失敗に終わった。ペンシルベニア予備師団はアービン・マクドウェルのバージニア軍第3軍団に所属替えとなった。第5軍団はポトマック軍傘下に留まったものの、ジョン・ポープのバージニア軍支援のために、ポトマック軍第3軍団及び第9軍団とともに北バージニア方面に派遣された。
マクレランは第5軍団を特に賞賛していた。特にポーターとは親友であり、他の陸軍が見習うべきモデル軍団だと宣伝していた。軍団の参謀は全員が陸軍士官学校の出身者であり、政治家軍人や非職業軍人はいなかった。正規軍師団が軍団に含まれていたことも、第5軍団にプロフェッショナルな雰囲気を与え、訓練は他の部隊よりも厳しかった。加えて、正規軍予備砲兵部隊が軍団に付属された。
8月28日 - 8月30日の第二次ブルランの戦いでは北軍の左翼として戦った。ポーターはポープから南軍ストーンウォール・ジャクソンを攻撃するよう命令されたが、その場合別の南軍部隊(ジェイムズ・ロングストリート)から自身の側面を攻撃される可能性があり、その命令を実行に移さなかった。
1864年4月ユリシーズ・グラント中将が、北軍の総司令官となった。北軍全体の再編が行われ、第5軍団も再編された。第2師団は第1師団に統合され、グリフィンが師団長となった。クロウフォードの第3師団はそのまま残った。第1軍団は解散となり、その師団は第5軍団の第2師団及び第4師団として組み込まれた。それぞれの師団長はジョン・ロビンソンJohn C. Robinson及び ジェイムズ・ワズワースであった。ガバヌーア・ウォーレンが第5軍団長となった。
5月7日の荒野の戦いの前には軍団人員は25,000人を数えたが、5月8日-21日スポットシルバニア・コートハウスの戦いの後には10,000人以上が負傷していた。第4師団長のワズワースは荒野の戦いで戦死し、第2師団長のロビンソンはスポットシルバニアで脚を失うという重症を負った。第2師団の兵員は一時的に第5軍団の他の師団の所属となった。