プロテオーム解析
βセクレターゼの活性を阻害することでアミロイドの生成を阻止すれば、病気の進行を遅らせることができると見られている。アミロイドの増加は免疫染色によって調べられる。
心臓病の発症にはいくつかのキータンパク質があり、これらが生体指標となる。例えば脳血管障害の標準的な生体指標にはインターロイキン6、インターロイキン8、血清アミロイドA、フィブリノゲン、トロポニンなどがある。心外傷の3時間から12時間後には心臓トロポニン1が増加し、急性心筋梗塞の数日後にもこの増加は見られる。急性心筋梗塞が起こったかどうかの判定に、市販の抗体を使った検査が行われる。
健常者の腎細胞と癌患者の腎細胞のプロテオームを比べることで、肝細胞癌の生体指標が見つかり、病気の判定に使われるようになった。腎臓に関係した病気では尿がこのような生体指標の材料となる。近年では尿中のポリペプチドが生体指標となり、自覚症状の何週間も前に診断できるようになっている。
また、個体により遺伝子に差異がある場合には、個人にとってより効率的に働く薬剤をデザインすることもできる。
数百万に及ぶ低分子から、タンパク質の三次元構造に当てはまるものをコンピュータによって探す作業は、「バーチャルリガンドスクリーニング」と呼ばれる。このよい例は、HIV-1プロテアーゼを不活性化する薬剤の探索である。HIV-1プロテアーゼはHIVの持つ巨大なタンパク質を切断して、機能を持った小さな酵素を作る。この酵素がなければウイルスは生存することができず、この薬剤はHIVを殺す効率のよい薬になりうる。
最近はWorld Community Gridのような、多くの分散コンピューティングプログラムがあり、世界中の人々が科学者の計算を手助けすることができる。このソフトは、数百万の世界中の家庭用コンピュータの処理能力をスーパーコンピュータに加算することができる。World Community GridではHIV、癌、タンパク質の折り畳み、デング熱等について計算を行っている。これら3つのプロジェクトはどれもタンパク質モデリングやタンパク質修飾モデルを中心にしている。分散コンピューティングによって得られたデータから、より特異的で効率的な治療法の手がかりを探すことができる。