宗教団体法
明治政府が発足すると、政府は、「祭政一致」の布告(明治元年太政官布告第153号)を行い、地方分権化された諸勢力を打倒することとなった。政府は、まず、神祇行政を所轄する機関として、明治元年1月に、太政官制の三職七科に「神祇科」を設け、次いで、同年2月には三職八局への官制変更に伴い、神祇科を「神祇事務局」に改組した。さらに、明治2年閏4月には、「神祇官」として太政官から独立し(明治2年太政官布告第331号)、かつ、太政官の上位に位置付けられることとなった。
この間、神祇行政においては、諸国の神社や神主を政府の直接管理に移行し(明治元年太政官布告第153号)、他方で、寺院については寺領を没収(上地)して経済的支柱を奪った。さらに、神仏分離に関する布達(明治元年太政官布告第196号、神仏分離令)によって、大衆の廃仏毀釈運動が誘発されるとともに、神社の格付け・序列化を行って、全ての神社を中央集権的に再編成した。また、神官の世襲制を神社の私物化であるとして否定し、神職を官吏として任命することが行われた(明治4年太政官布告第235号)。かくして、官吏である神官が祭式を行い、国家が経営する宗教としての神社神道が確立することとなった。
また、戸籍法制の近代化の過程で、宗門人別帳の制度は廃止され、「宗門改め」に代わって神社が氏子の戸籍上の変動を補助的に管理するために、戸籍の区割ごとに一つの神社を設定し(「郷社定則」(明治4年太政官布告第321号)、「大小神社氏子取調規則」(明治4年太政官布告第322号))、「氏子調べ」によって住民を把握することが企図されたが、戸籍法制にとっては屋上屋を架すものにすぎなかったことから、「氏子調べ」は、明治6年5月には廃止され、失敗に終わった。
治安警察法5条1項3号については、削除による弊害も考慮されることから、十分に研究する。
衆議院においては、本法に対し、次の希望条項が附せられた。
政府は、時局に鑑み、特に宗教家の活動を促進するため、速やかに、適当な方策を講じなければならない。
政府は、宗教教師の資格向上について、特に考慮を払い、遺憾なきことを期すべし。
政府は、将来、宗教団体内部における各種の選挙並びに宗教の名のもとにおける営利を目的とする行為について、厳重な監督をし、その粛正に努めなければならない。
かくして、本法案は、昭和14年(1939年)3月23日に衆議院本会議において可決され、成立した。これまでの法案と異なってスムーズに可決された事情としては、政府の立場から見た「淫祠邪教」が挙げられる。この間、政府は、大本教に対する弾圧をはじめとして、新興仏教青年同盟(昭和11年(1936年)12月)、ひとのみち教団(昭和12年(1937年)4月)、天理本道(昭和13年(1938年)11月)、キリスト教系教会など、多くの宗教団体や個人の宗教活動に対する弾圧を展開していた。これらの弾圧を通じて、政府は、単に消極的に「淫祠邪教」を取り締まるだけではなく、戦時イデオロギー体制への有効な動員効果を得た。他方で、「淫祠邪教」に対する一般市民の排斥感情を利用するとともに、さらに、類似宗教団体と合法的宗教活動団体との差別化によって既成の主流派宗教団体の賛同を取り付けることに成功したのであった。