魔神転生
悪魔召喚プログラムの製作者。今回の事態を見越して主人公らに悪魔召喚プログラムを送った謎の人物。
女神転生シリーズの流れを汲んでいるので、ステータスの能力値は同じく、強さ、体力等からなっている。レベルアップしたら、能力値を任意に振っていく。悪魔の召喚はもちろん、悪魔との会話もできる。
前作同様、味方ユニットは青色、敵ユニットは赤色で表示される。中立ユニットはなくなった。主人公ユニットが倒れると敗北となる点は変わらない。また新たに味方、敵ともに戦略的拠点があって、そのポイントを制圧することが勝利条件となっているが、逆に制圧されると敗北となる。
会話では、最もレベルの高いメインキャラのレベルが全体共通のレベルとして適用されるので(全体レベル)、それ以内であれば、自分よりもレベルの高い相手と会話ができる。
さらにこの作品では同種族同士の会話が可能となった(例えば、妖精は妖精と、妖鬼は妖鬼と、といった具合にである)。
基本的には一回攻撃だが、攻撃対象との速さの差が大きいと二回攻撃できるようになっている。
攻撃には相性があり、それによって与えるダメージが変化する(たとえば機械系の悪魔は電撃系の魔法に弱いなど)。またユニットの間にも相性があり、それに応じてダメージが変化する(獣系の悪魔は飛行系の悪魔に対して200%の相性なのでおおむね有利に戦闘できるが、陸上系の悪魔に対しては50%の相性なので戦闘が不利になる)
海兵隊所属のマシーンオペレーター。仮想空間で飛鳥たちとともに戦い、後にウィリーあるいはソロモンとともに仲間となる。
パルチザンのリーダー。黒いブルゾンの青年。非常に負けず嫌いな性格。両親は小さい頃に離婚し、父親に引き取られる。しかし、父親は仕事も家庭も省みなかったため、高校卒業後は父親の花屋の経営を引き受けている。DIOを使うことはできないが、後に攻撃魔法を使うことができるようになる。人間で唯一、間接攻撃武器が使えない。また、魔法を使えるようになったのにはとある悪魔が関わっているらしい。
プロデューサー - 横山秀幸、新野洋右
チーフディレクター - 三島憲一
COディレクター - 八巻良和、井手隆之
シナリオライター - 礒貝正吾、高橋万葉
プログラマー - 小林正浩、迎一彌、高木秀俊、國枝剛、佐藤雅実、うちたによしひろ
アートディレクター - 金子一広、齋藤明宏、丸山誠司
グラフィックデザイナー - 村野嘉泰、こやまゆういち、やまぐちはつみ、青木裕子、大津千秋、石井宣緒、中村伸正、安部卓、大野聡、佐藤勝広、池永美奈子
イラストレーター - 堀口昌男、瀧野講司
サウンドクリエイター - 青木秀仁
本作の主人公。緑色のコートがトレードマークの大学院生。両親は科学者で非常に研究熱心なため、家になかなか帰ってこない。その影響で科学者不信であるが、両親の仕事柄上、コンピュータには強い。緊急回線で両親の事故死を伝えられ、その真相を究明するために、カオル率いるパルチザンに身を投じることに。「悪魔召喚プログラムDIO」(以下DIOと表記する)を使うことができる。
ナオキにDIOを託した謎の女性。長い金髪と赤いコートが特徴。オギワラが加入しないルートでは仲間になり、DIOを使うことができる。普段は穏和だが悪魔相手には荒々しい口調になることもある。人間の仲間キャラクターで最も多くの種類の武器を装備できる。
ともに悪魔。リリムがさらわれたため、アザエルはネオコーストシティを攻撃するが飛鳥に敗れ、仲魔となる。後にリリムも合流し、仲魔となる。
天使と呼ばれるフランス人の少年。調査のために日本を訪れる。強い正義感の持ち主だが、それが災いとなって人間に対する失望が大きい。しかし主人公と出会ってまだ自分があきらめていないことを発見し、戦いに加わった。人付き合いが苦手。理屈っぽく、冷徹に徹するきらいがある。
T大学の講師。シスオペとは古い友人。大学に進学後、理論物理学の博士号を取るが考古学に目覚め、現在は安藤教授の助手をしている。飛鳥たちに協力してくれたりする。今回の悪魔事件を独自に調査する。
前作の仲魔の持つ特殊能力エキストラは、本作ではアルカナと呼ばれ、ステータス画面で所持しているアルカナの確認が出来るようになった。また使用回数が0の状態でも合体による継承が可能となったが、継承のための合体コマンドを選択しなければならなくなった。
イギリス人。ケルト文明の研究家で王立アカデミーの会員。代々木公園での戦闘後に仲間となる。コンダクター能力を持ち、幻魔、妖精、地霊と契約できる。