後楽園駅
1番のりば 都02:御徒町駅前・本所一丁目経由 錦糸町駅前行 都02乙:水道橋駅前経由 一ツ橋行(平日・土曜朝のみ) 上60:根津駅前経由 上野公園行 上69:本郷三丁目駅前経由 上野公園行
2番のりば 都02:茗荷谷駅前経由 大塚駅前行 都02乙:護国寺前経由 池袋駅東口行 上69:早稲田・高田馬場駅前経由 小滝橋車庫前行
3番のりば 上60:白山二丁目経由 大塚駅前行 上60:白山二丁目・大塚駅前・向原経由 池袋駅東口行(平日・土曜は朝・夕のみ)
4番のりば 都02:東京ドームシティ行 都02乙:東京ドームシティ行 上69:降車専用
文京シビックセンター(都営バス春日駅前4番のりばと同じ場所)
文京区コミュニティバス Bーぐる「千駄木・駒込ルート」 ラクーア行
文京区コミュニティバス Bーぐる「目白台・小日向ルート」 江戸川橋駅・椿山荘・護国寺駅・茗荷谷駅 方面行
春日一丁目(5番のりば)
都02乙:水道橋駅前経由 一ツ橋行(平日・土曜朝のみ)
地下5階はコンコースと春日駅連絡改札口、トンネル換気室、空調機械室、地下4階は空調機械室と非常用電気室、地下3階は変電所(新後楽園変電所)及び空調機械室と電気室、地下2階は空調機械室、地下1階は改札口とコンコース、駅事務室などとなっている。なお、地下1階 - 地下4階部は大江戸線と共同溝(春日共同溝)が直角に横断しており、構築が分断されている。ホームの深さは地下37.5 mで、東京メトロの駅では千代田線国会議事堂前駅(地下37.9 m)に次いで深い。これは南側で東京ドームの地下を、北側で民有地ビルの地下を通るため、これらの基礎杭等を避ける必要があり、駅下床部は非常に深く、約40 mにも達する。
南北線の計画時は、中央大学後楽園キャンパスの直下に駅を建設し、飯田橋駅までの区間は現在の大江戸線のルートで掘削を予定していたが、春日駅との乗り換え距離を短縮するために現在の位置に建設された。また、駅建設時は地下駐輪場との同時施工を実施した。
丸ノ内線の駅と三田線の春日駅はやや距離があるため、元々は別の駅という扱いであったが、南北線の開業を経たのち大江戸線の開業によって、丸ノ内線から三田線までが連絡通路で結ばれたため、連絡駅となった。ただし、丸ノ内線ホームと三田線ホームを直接結ぶ通路はなく、南北線コンコース・大江戸線ホームを経由するため、約450 m程離れている。当駅と春日駅との間には連絡改札口(東京都交通局の管理)が設置されている。なお、2013年3月16日より、この連絡改札口を経由して春日駅の駅構内を通過できる、駅構内通過サービスが導入された。