ガラパゴス諸島
19の主な島と小さな島や岩礁からなる。
サンタ・クルス島(西: Santa Cruz, インディファティガブル島、英: Indefatigable)
バルトロメ島(西: Bartolomé, バーソロミュー島、英: Bartholomew) - サンチャゴ島の沖にある火山の小島。
サンチャゴ島(西: Santiago, サン・サルバドル島、西: San Salvador, ジェームズ島、英: James)
サン・クリストバル島(西: San Cristóbal, チャタム島、英: Chatham) - 本土のグアヤキルと結ぶ空港がある。
サンタ・フェ島(西: Santa Fé, バーリントン島、英: Barrington)
エスパニョラ島(西: Española, フッド島、英: Hood) - 諸島でもっとも南東に位置する一番古い島。フェルナンディア島のマグマ上昇地(ホットスポット)から250キロメートル離れている。火山活動により今から500万-300万年ほど前に誕生したといわれている。
フロレアナ島(英語版)(西: Floreana, チャールズ島、英: Charles)
イサベラ島(西: Isabela, アルベマール島、英: Albemarle) - 諸島でもっとも大きい島。諸島で唯一、島の北部を赤道が通過している。
1990年代初頭にアジア文化圏向けのナマコの需要が高まり、ガラパゴス諸島に生息するフスクス(英語版)(Isostichopus fuscus)を求めて漁民が大挙して流入するようになった。漁民たちは上陸が禁止されている島に上陸し、ナマコの加工作業を行う傍ら、ガラパゴスゾウガメを食べる、フィンチの巣を荒らすなどの問題行動が行われるようになった。環境保護活動家からの指摘を受けて1992年にエクアドル政府はガラパゴス諸島周辺でのナマコ漁を禁止したが、突然の禁漁に不満を抱いた一部の漁民がダーウィン研究所を封鎖したり、ゾウガメの殺戮をほのめかすなどの抗議を行った。一連の対立はアメリカの環境保護団体全米オーデュボン協会の機関誌を通じて「ナマコ戦争」として報じられた。
また、海洋保護区でのサメの密漁も問題になっている。ナショナルジオグラフィックの報道によれば、アジア向けのフカヒレと肉を目的とした密漁が続いているという。一例として、2017年8月に拿捕された中国の密漁船からは絶滅危惧種を含めて数千匹のサメが押収された。この密漁船の追跡に参加していた海洋生物学者のペラーヨ・サリナスによれば、「前代未聞」で「ガラパゴス史上最多」だという。
1990年代以降の急速な観光地化、それにともなう人口の急増により、直接的な環境汚染や撹乱、外来生物の繁殖、横行する密漁など多くの問題が持ち上がっている。これらに対して有効な対策を講じられていないと判断され、2007年6月、危機遺産リストに登録された。
しかし、その後のエクアドル当局の取り組みが評価され、2010年の第34回世界遺産委員会で危機遺産リストから除去された。