真宗高田派
だが、せっかく増えていった門徒や末寺であったが、真慧の友人であり本願寺派第8世でもあった蓮如の布教活動により、天台宗の青蓮院末寺となって衰微していた本願寺の威勢が上がり、本願寺派に転属してしまう門徒や末寺が現れだした。
翌寛正6年(1465年)になると、天台宗の延暦寺は正月早々に以前から対立していた蓮如を「仏敵」とし、延暦寺西塔の衆徒が一斉に大谷本願寺を襲って破却し、3月に再び本願寺を破却した(寛正の法難)。そんな中、延暦寺は高田派と本願寺派との違いがあまり理解できなかったのか、高田派を本願寺派と同一視して敵視してきた。そのために7月になって真慧は比叡山に登り、専修寺門流(高田派)は無碍光流(本願寺派)とは全く別であることを陳述した。さらに寺伝によると、その理解を得ようと7日間にわたって親鸞の教えである浄土真宗の教義を講義したところ比叡山中の僧侶が感動し、真慧は親鸞聖人の再来ではないのかとの噂まで出だした。こうして、高田派こそ浄土真宗の正統だと認められ、慈覚大師が一刀三礼で彫り上げた阿弥陀如来立像を延暦寺から譲られたとする(証拠如来縁起)。以来、現在もこの「証拠の如来」と呼ばれている阿弥陀如来像が一身田本山専修寺の本尊である。しかしこの後、延暦寺の威勢には勝てず、専修寺も延暦寺東塔の末寺となってしまう。
また同年、伊勢国の門徒の懇請によって伊勢一身田に無量寿院を建立し、西国での重要拠点とし、そして本願寺が高田派の末寺と門徒を引き抜いた件で蓮如に抗議し、本願寺派との関係を断った。