JR西日本225系電車
前照灯をHIDからLEDに変更し、フォグランプが黄色から橙色に変更。
近畿車輛製で存在した貫通扉上段差の廃止。
乗務員室扉の雨樋を323系と同じ形状に変更。
日根野支所には5000番台4両編成29本(HF401 - HF429編成)と、5100番台4両編成14本(HF430 - HF443編成)・6両編成11本(HF601 - HF611編成)の238両が配置されている。
大阪環状線:全線
阪和線:全線
関西空港線:全線
紀勢本線(きのくに線):和歌山駅 - 周参見駅間
大阪環状線 - 関西空港駅・和歌山駅間を結ぶ関空快速・紀州路快速や直通快速・日中の区間快速などの快速列車のほか、阪和線普通列車(2016年7月1日より)、関西空港線のシャトル、大阪環状線の周回列車などに充当されている。紀勢本線(きのくに線)の定期列車では和歌山駅 - 紀伊田辺駅間を中心に充当されている。4両編成は223系0・2500番台と共通運用であるが、6両編成は阪和線内の普通列車やラッシュ時の区間快速・快速を中心に運用されており、関西空港線やきのくに線には入線しない。
2010年12月1日の営業運転開始当初は大和路線内の奈良電車区(現・吹田総合車両所奈良支所)の221系と205系8両編成が就いていた運用に限定して使用され、223系とは運用が区別されていた。
2011年3月12日のダイヤ改正より223系と共通運用になっている。
また、2014年2月17日 - 21日に実施された大阪環状線の朝ラッシュ時間帯の3ドア車両集中運用の関係で桜島線に乗り入れたことがある。
2016年7月の5100番台投入時に、全編成4ドアであった阪和線内の4両編成の普通列車が223系と当形式でも運用するようになり、同年12月には全ての運用が3ドアに統一されている。
2018年3月17日のダイヤ改正より、阪和線全快速・普通列車が223・225系で統一され、羽衣線でも運行が開始された。羽衣線はワンマン運転に対応した5100番台4両編成が限定運用されている。また新大阪発着快速が廃止されたため、東海道本線貨物支線(梅田貨物線)新大阪駅 - 福島駅間での運行を終了した。梅田貨物線での運行終了時には、深夜の新大阪駅 → 御坊駅間の快速(きのくに線内は普通)列車や、早朝の和歌山4時54分発のB快速新大阪行きと新大阪6時25分(土休日は6時27分)発のきのくに線直通の快速湯浅行(和歌山から普通)に充当されていた。
6000番台
本項では1次車登場時の仕様を基本として記述し、増備車・番台別の区分については別途記述する。