陸軍飛行戦隊
独立飛行中隊(Fcs、独飛中隊・独飛中)は、約1個飛行中隊(定数はおおよそ10機前後)で編成され飛行師団(飛行集団)や航空軍に直属する。長は中隊長で少佐・大尉が補職。独立飛行中隊は編制が小規模ゆえに特に機動的に運用され、その任務性から飛行分科「司偵」・「偵察(軍偵・直協)」・「対潜」が多かった。
飛行戦隊の支援部隊としては飛行場大隊が充てられるのに対し、規模の小さい独立飛行中隊には飛行場中隊(ac)が主に充てられていた。
飛行戦隊の編制として、部隊長たる戦隊長が在籍する本部(戦隊本部)を筆頭に、基本は3個中隊(Fc、飛行中隊) から構成され、本部(戦隊長)は飛行場大隊(隷下に中間整備を担当する整備中隊及び、飛行場の警備を担当する警備中隊)を事実上隷属し、また各中隊長は戦闘整備を担当する整備班を隷属していた。
飛行分科「戦闘」の戦隊の1個中隊の編制は、編隊の最小単位となる1個分隊(分隊長機と僚機の計2機)が2個分隊集まり1個小隊(小隊長機以下の計4機)を、その小隊が3個集まり1個中隊(中隊長以下の計12機)であった。これは陸軍航空部隊がロッテ戦法(シュヴァルム戦法)をドイツ空軍から伝授され使用し始めた1942年後半以降の標準的な編制であり、それまでは最小編隊が3機となるケッテをもとに12機からなる中隊を編成していた(#定数も参照)。
飛行戦隊本部 第1中隊 - 各小隊 - 各分隊 整備班 第2中隊 - 各小隊 - 各分隊 整備班 第3中隊 - 各小隊 - 各分隊 整備班
飛行場大隊本部 整備中隊 指揮小隊 - 各分隊 警備中隊
しかし1943年9月の飛行場大隊の大幅な改編と共に、飛行分科「戦闘」の戦隊には同年9月以降、「中隊編制」に代わり新たに「飛行隊編制」が布かれた。
特に戦闘戦隊をメインとする「戦闘飛行団」ではそれが常識であり、操縦者出身かつ大佐・中佐級の古参高級将校たる団長の多くが操縦桿を握り実戦に出撃している。例として独立第15飛行団長・今川一策少将、第12飛行団長・川原八郎大佐、第14飛行団長・寺西多美弥中佐、第16飛行団長・新藤常右衛門中佐などが居り、中でも16FB長・新藤中佐は本土防空戦においてB-29を1機確実撃墜している。
なお、これらの「指揮官率先」の伝統はアメリカ陸軍航空軍やイギリス空軍でも同様であり、飛行戦隊に相当する飛行隊(米英)、飛行団に相当する航空群(米)の指揮官は自らが出撃し日本軍航空部隊と干戈を交えている。一例として、帝国陸軍航空部隊の一式戦が挙げた裏付の取れている多数の確実戦果中の高級指揮官機としては、第5爆撃航空団司令官ウォーカー准将機(隷下第43爆撃航空群リンドバーグ少佐機に同乗し爆撃任務空中指揮中に飛行第11戦隊機の攻撃を受け被撃墜、B-17)、第468超重爆撃航空群司令フォールカー大佐機(第1野戦補充飛行隊および第17錬成飛行隊機の攻撃を受け被撃墜、B-29) 、第348戦闘航空群司令カービィ大佐機(アメリカ軍主要エース、飛行第77戦隊機の攻撃を受け被撃墜、P-47)、第530爆撃航空群司令ミルトン中佐機(飛行第64戦隊機の攻撃を受け被撃墜、P-51)、第1特任航空群司令ゲイティ大佐機(飛行第64戦隊機の攻撃を受け被撃墜、P-47)、第1特任航空群司令コクラン大佐機(飛行第50戦隊機の攻撃を受け墜落寸前の状態まで被弾、帰還後に上級部隊より以後の空戦参加禁止命令を受領、P-51) などがあり、さらにこのほか米英飛行隊長機の多くを撃墜している。
1942年6月以降には、上述の飛行師団 を束ねる軍として航空軍(FA)が編成される。長は司令官(航空軍司令官)で中将が補職し、司令部が置かれ参謀長・高級参謀・参謀数名・高級副官・兵器部長・経理部長・軍医部長・法務部長や部員を擁す。
第1航空軍(1FA) - 日本本土(東日本)
第2航空軍(2FA) - 満州 - 前身は1936年(昭和11年)に在本本土航空部隊を統率する司令部として編成された航空兵団
第3航空軍(3FA) - ビルマ、インドネシア、タイ、仏印(南西方面)
第4航空軍(4FA) - ニューギニア、フィリピン(南東方面)
第5航空軍(5FA) - 中国、朝鮮
第6航空軍(6FA) - 日本本土(西日本)