モンゴルのホラズム・シャー朝征服
チンギスはジャラールッディーン追撃のために将軍バラとドルベイを派遣するが、二人はジャラールッディーンの行方を見失う。バラとドルベイはムルターン、ラホール、ペシャーワルなどのインド北部の都市を襲撃した後、インダス川を渡ってモンゴルに帰還しようとする本隊に合流した。
パルワーンの戦いの後、1221年11月にジャラールッディーンの戦勝の噂が広まったヘラートで暴動が起き、モンゴル軍は暴動の鎮圧に半年を要した。1222年6月14日にヘラートを制圧した将軍イルジギデイは1週間にわたる処刑を行い、1,600,000の人間が虐殺されたと伝えられている。メルヴではトゥルイによって任命された知事が生き残った住民に殺害されたが、シギ・クトクは報復として大規模な殺戮を行った。ガズナでもオゴデイによって職工を除いた住民が虐殺され、略奪の末に街は廃墟となった。
イラン東部、アフガニスタンへの進軍に際して十分な調査が行われていなかったためか、軍隊の行動から計画性が失われ、無意味な戦闘、攻撃、虐殺が目立ち始める。イスラーム学者の史書にはホラーサーン、アフガニスタンの各地で100万人単位の人間がモンゴル軍によって虐殺された記述が見られる。ただし、当時の人口、軍功が誇張された可能性、モンゴル軍が降伏を促すために自ら広めた「破壊」と「殺害」の噂から、実際に行われた破壊と殺戮は史書の記述ほど極端なものではなかったと指摘されている。
1225年2月にチンギスはモンゴル高原に帰還した。
戦後ホラズム地方は南部はチャガタイに、残りの部分はジョチに分配される。モンゴルの征服から数年後、破壊されたウルゲンチの南に新たな町(新ウルゲンチ)が再建された。
モンゴル帝国の支配下に入ったマー・ワラー・アンナフルでは契丹人の耶律阿海と各都市の知事を務めるムスリム官僚による復興事業が進められていた。生き残った都市民の統治にあたってダルガチが任命され、ウイグル人、あるいはペルシア人がその職に就いた。廃墟と化したサマルカンドの南西に新しいサマルカンドの町が建設されたが、モンゴルの征服から約150年後のティムール朝の時代に入り、ようやく新しいサマルカンドの城壁が完成する。住民の数が4分の1に減少したサマルカンドではイスラム教徒は中国人、契丹人などとの共同によってのみ農地の経営を認められていたが、モスクでの礼拝、ラマダーンの夜の祝祭は通常通り行われ、バザールも賑わいを見せていた。アフガニスタンに駐屯するチンギスの元を訪れるために1221年から1222年にかけてセミレチエ、マー・ワラー・アンナフルを通過した丘長春は、修復・整備された街道や橋を利用した。サイラムに到着した丘長春は知事から歓迎を受け、ラマダーンの断食明けの祭りを目撃している。