FC琉球
2003年2月、沖縄初のJリーグ参入を目指すサッカークラブとして創設。沖縄かりゆしFC(九州リーグ)を一斉退団した選手らにより結成された。初代監督に宜野湾市出身の新里裕之が選手兼任で就任。沖縄県社会人サッカーリーグ3部に優勝。同年6月の沖縄県社会人サッカー選手権優勝がクラブにとって初タイトルとなった。
2004年、沖縄県サッカー協会社会人連盟の推薦により県リーグ1部へ飛び級での参入が認められた。監督に元日本代表の与那城ジョージが就任、県リーグ1部で優勝を果たす。九州各県リーグ決勝大会は決勝で有明SC(現:V・ファーレン長崎)を破って優勝した。さらに天皇杯に初めて出場し、初勝利も挙げた。
2005年、九州サッカーリーグは2位。全国社会人サッカー選手権大会は2回戦で敗れたが、第29回全国地域リーグ決勝大会で優勝。その後、日本フットボールリーグ(JFL)入会が承認され、沖縄県のサッカークラブとして初の全国リーグ参戦となった。
新里体制2年目。リーグ戦は10位。天皇杯は2回戦で千葉に敗北。
クラブスローガン :「琉球襲来」
前YS横浜監督の樋口靖洋が監督に就任。朴一圭(横浜FM)、富樫佑太(岐阜)、枝本雄一郎(鹿児島)、瀧澤修平(水戸)、朴利基(高知ユナイテッドSC)が移籍、屋宮大地(引退)、播戸竜二などが退団した。
一方、田中恵太(水戸・レンタル移籍含め3度目の在籍)、ダニー・カルバハル(水戸)、福井諒司(水戸)、岡﨑亮平(湘南)、新井純平(横浜FC)、西河翔吾(栃木)、鈴木孝司(町田)、風間宏希(群馬)などJ1またはJ2在籍経験のある選手、上里一将(熊本)、上原慎也(愛媛)の沖縄出身選手などが移籍加入したほか、2017年に特別指定選手として在籍・出場経験のある儀保幸英など5人が大学・高校から新加入した。更に琉球U-18から4選手が昇格した。
2019年4月26日に行われた第6回定時株主総会ならびに取締役会で、「J1ライセンス取得」そして「J1昇格」の目標に向けて更なる経営力強化に向け、二人代表制を採用。