J3リーグ
こういった状況を踏まえ、2012年1月30日・3月23日に開催された「JFA/Jリーグ将来構想委員会」において「J2下位クラブの地力強化」と「(下部リーグの)裾野の拡大」を視野に入れた検討がなされ、その後の議論で2012年9月1日に行われた「Jリーグ準加盟規程」の改定(要件緩和)と、J2からJFLに降格するクラブの不安を払拭する施策を総合的に加味したものとして、「Jリーグを目指しうるクラブ」を全国に100以上つくる施策の具現化の一つとしてJ2の下部リーグ、すなわちJ3設立の方向が示され、2012年12月11日の「JFA/Jリーグ将来構想委員会」において「最速で2014シーズンからJ3をスタートさせること」をJFA・Jリーグの各理事会に諮ることが議論され、各理事会にて議論が進められた。
公益社団法人日本プロサッカーリーグ 管理統括本部 企画部 (6 March 2013). 「Jリーグディビジョン3 (J3)」の設立について (PDF). J3説明会(メディア説明会). 2013年3月19日閲覧。
公益社団法人 日本プロサッカーリーグ (14 March 2013). Jリーグディビジョン3 (J3) への、参加に向けた各種資格要件について (PDF). 日本サッカー協会 平成24年度 第12回理事会. 日本サッカー協会. 2013年3月16日閲覧。
なおJ3ライセンスを保有し、なおかつ4-1の順位案件をクリアしていても、上記4-2・4-3の案件をクリアできなかった場合、特例がなければJ3入会ができない事例 もある。
その後2023年度からはJ3とJFLとの間で入れ替えが始まることを受けリーグ全体の考え方との整合性という観点から見直しを行った。具体的には
JFLのリーグ戦における最終順位が「4位以内かつ百年構想クラブの中での上位2チーム」から「2位以内」に変更。
「1試合平均入場者数2,000人以上を超え」という条件を目標数値に変更し事実上撤廃
「年間事業収入1億5,000万円以上」という条件を撤廃し、「短期的に資金難に陥る可能性が極めて低いとJリーグが評価できる状態にある」に変更。
「債務超過ではない」という条件はJ3ライセンスで確認するため撤廃。
J3ライセンスの審査において百年構想クラブであることの条件を削除。
この時「21チームになる可能性がある場合は、J3からJFLに落ちるチームがあるという理解でよいか」との問いに副理事長(当時)の原は「そうなる」と返しており、将来的にJ3とJFLの入れ替えを導入を検討していることを認めた。またJリーグチェアマンの村井も、2021年11月25日の理事会後に行った記者会見で、早ければ2023年シーズン後にもJ3とJFLの入れ替えを実施する可能性があることを明らかにし、「サッカーは開かれた存在であり、どこのクラブにもチャンスがある一方で、ぬるま湯ではあってはならない厳しさが、Jリーグの底上げにも寄与する」と述べた。
2022年12月20日、Jリーグは2023年シーズンのレギュレーションの概要を明らかにしているが、JFLとの入れ替えについては明らかにされておらず、同日の理事会後の記者会見で「JFLの意思決定を待っている」「来季の入れ替わりがあると思ってもらっていい」状況と説明。2023年1月6日、JFLがJリーグの提案した入れ替え制度の導入を受け入れた ことで、J3とJFLの入れ替え制度の導入が正式決定した。具体的には、J3のクラブライセンス交付判定を受けたJFLクラブが「リーグ戦における最終順位が2位以内であること」が条件とされ、JFL1位の場合はJ3に自動参入(J3最下位が自動退会)、JFL2位の場合はJ3クラブと入れ替え戦を戦うものとされた。