奈良国立博物館
これに伴い新館側の入口が両新館の間に新設されたエントランスホールに変更され、本館を結ぶ地下道も新たに作られた「地下回廊」に変更され、ミュージアムショップや軽食ラウンジ、トイレや簡単な展示パネル、仏像の構造や印相の解説の展示などを備えた無料ゾーンとなっている。2002年には古美術商店「不言堂」創業者坂本五郎から寄贈された大量の中国古代青銅器の常設展示スペースとして、本館付属棟(元は収蔵庫)に「青銅器館」として開設されている。2010年には本館が展示室をリニューアルして新たに「なら仏像館」として再オープンした。なお、両新館は2階のみが展示室となっている。
和辻哲郎の『古寺巡礼』(1919年刊)にも当時の奈良帝室博物館が登場する。当時の博物館には法隆寺の百済観音像、興福寺の阿修羅像などの、美術史上著名な作品が数多く寄託・展示されていた。小島貞一『奈良帝室博物館を見る人へ』(1925年)、安藤更生『美術史上の奈良博物館』(1929年)によると、当時の当館には興福寺から八部衆像、十大弟子像、無著・世親像、北円堂四天王像、金剛力士像、天燈鬼・龍燈鬼像などが寄託され、他に法輪寺虚空蔵菩薩立像、大安寺楊柳観音立像、秋篠寺伎芸天立像、橘寺日羅立像、海龍王寺五重小塔、元興寺(極楽坊)五重小塔などが寄託展示されていた。第二次大戦後、各地の社寺において鉄筋コンクリートの宝物館・収蔵庫の新設が相次ぎ、博物館に寄託されていた仏像等は元の寺院に返還されるケースが多くなっている。
1922年12月18日、来日していたアルベルト・アインシュタインが来館している。当日の日記には日本の芸術について深い印象を覚えた旨が記された。
2020年2月27日から同年3月15日にかけて、新型コロナウイルスの感染拡大に伴い、他の国立博物館とともに臨時休館措置が取られる。