メナキノン
ナフトキノン骨格とプレニル側鎖を別々に合成し、プレニル基転移酵素で両者を結合する。
ナフトキノン骨格はシキミ酸経路を通ってコリスミ酸を基質として合成されるが、それ以降は2種類の合成経路が知られている。1つ目はmen遺伝子群による経路で、7段階を経て1,4-ジヒドロキシ-2-ナフタレンカルボン酸(DHNA)に至る。もう1つはフタロシン経路で、コリスミ酸とイノシンなどからフタロシンを経由して4段階でDHNAに至る。
プレニル側鎖の合成にはピルビン酸とグリセルアルデヒド-3-リン酸から非メバロン酸経路を経由する(真正細菌)か、アセチルCoAからメバロン酸経路を経由する(古細菌や一部の真正細菌)。
DHNAと様々な長さのプレニル二リン酸をプレニル基転移酵素で結合し、最後に2位をメチル化することで還元型メナキノンが合成される。