Microbes and Environments
主に原著論文、短報、レヴュー(総説論文)、及びミニレヴュー(短い総説論文)から構成される他、リサーチハイライトの記事が掲載される。査読は主に日本国内の共同編集学会の会員によって行われる。2020年3月17日現在、1772本の論文が掲載されており、11巻1号より現在に至る論文はオンライン上から閲覧できる。2019年までは印刷冊子を年4回刊行していたが、2020年より完全オンラインジャーナルとなった。
2003年より毎年、Microbes and Environmentsに掲載された総説等を除くオリジナル論文の中から、高く評価されたものをM&E論文賞として表彰し、’Most Valuable Paper of The Year’としてHP上で紹介している。