長鎖散在反復配列
宿主細胞は、たとえばエピジェネティックなサイレンシングを介して、L1レトロトランスポジション活動を調節することが示されている。たとえば、L1配列に由来する低分子干渉RNAのRNA干渉機構により、L1レトロトランスポジションが抑制される可能性が指摘されている。
植物ゲノムでは、LINEに対するエピジェネティック修飾により、近接遺伝子の発現変化や表現型の変化さえもが引き起こされる。アブラヤシの劇的な収量現象につながる"mantled"ソマクローナル変異(英語版)体は、アブラヤシゲノムにおけるKarma型LINEに対するメチル化により引き起こされる。
ヒトAPOBEC3C(英語版) (A3C) を介するLINE-1の抑制が報告されている。これは、A3CとORF1pとの相互作用により逆転写酵素活性が影響されることによる。