宗谷本線
高速化工事により北海道高速鉄道開発が施設を保有するこの区間については、「北海道高速鉄道開発株式会社関連線区」として当面維持する一方で、単独では持続的な維持ができないとして、「北海道高速鉄道開発との関連で検討」とされている。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化に伴い以下のように変更。 北海道旅客鉄道(JR北海道)が第一種鉄道事業者として全線を承継。日本貨物鉄道(JR貨物)が旭川駅 - 名寄駅間の第二種鉄道事業者となる。 智東駅を臨時駅に変更(冬季は全列車通過)。 北剣淵、瑞穂、智北、天塩川温泉、琴平、糠南、上雄信内、南下沼の各仮乗降場を旅客駅に昇格(いずれも営業キロ設定なし)。
1988年(昭和63年)3月13日:旭川駅・新旭川駅の読みをそれぞれ「あさひかわ」「しんあさひかわ」に変更。
時期不明:この頃、旭川駅 - 名寄駅間において全ての定期普通列車に列車愛称が付与される(他線直通列車は宗谷本線内のみ愛称適用)。『JTB時刻表』1988年3月号では旭川駅 - 永山駅間運行の列車に「ながやま」、旭川駅 - 比布駅間運行の列車に「ほくれい」、旭川駅 - 名寄駅間運行の列車に「かえで」の名称が確認できる。しかし翌1989年3月号では列車名が消去されている。
1990年(平成2年) 3月10日:分割民営化時に駅に昇格した元仮乗降場の各駅に営業キロを設定。 4月7日:北永山駅を旭川方に移転。改キロ (0.6 km)。 9月1日:琴平駅を廃止。
1991年(平成3年) 11月1日:智北駅を旭川方に移転。改キロ(0.1km)。 11月13日:名寄駅構内に宗谷北線運輸営業所が発足。
1992年(平成4年)10月1日:旭川駅 - 名寄駅間の普通・快速列車をワンマン運転化。
1993年(平成5年) 3月18日:名寄駅 - 稚内駅間の普通列車をワンマン運転化。