全日本自治団体労働組合
女性は当時の中央執行委員長(現・連合山梨事務局長)に何度か相談をしたものの、取り合ってもらえず、のみならず怒鳴られたりもした。女性は鬱病の症状が出て休職し、その後同年12月に退職。女性は2020年7月に、委員長と書記次長を相手取り、それぞれに慰謝料110万円の支払いを求め甲府地方裁判所に提訴。書記次長とは2022年3月に和解が成立したが、中央執行委員長はその後も争う姿勢をとった。2022年9月1日に同地裁は、中央執行委員長の一連の行為がパワーハラスメントに当たると認定したほか、書記次長によるパワハラに対して適切な対応を取らなかった注意義務違反も認定し、22万円の支払いを命じた。この件では、労働者の権利を守る立場の労働組合でパワハラ行為があったことに加え、労組の幹部と一般職員との間で、パワハラの認識に相違があることも問題視されている。
自治労加盟の社保庁による年金記録問題
傘下組合による不祥事
新潟市職員労働組合による着服
2021年に自治労傘下の、新潟市職員や新潟の市民病院の職員らが加盟する新潟市職員労働組合の50歳代の女が、2012年頃から9年間も計3000万円以上の組合費と共済掛け金を着服していたことが発覚した。