ドッキングのための配座空間の探索
多くのドッキングプログラムで使用されている最も一般的な手法である形状相補性法 (shape-complementarity methods) は、最適なポーズを見つけるために、受容体とリガンドの一致に焦点を当てている。プログラムには、DOCK (英語版) 、FRED、GLIDE、SURFLEX、eHiTSなどがある。ほとんどの方法は、構造相補性と結合相補性を含む有限数の記述子を用いて分子を記述する。構造相補性 (structural complementarity) は、ほとんどの場合、溶媒露出表面積(英語版)、全体的な形状、タンパク質とリガンドの原子間の幾何学的制約など、分子の幾何学的記述である。結合相補性 (binding complementarity) は、特定のリガンドがタンパク質にどの程度よく結合するかを記述するために、水素結合相互作用、疎水性接触、ファンデルワールス相互作用などの特徴を考慮に入れている。これらの記述子は構造テンプレートの形で便利に表わされ、タンパク質の活性部位によく結合する可能性のある化合物 (生体情報データベース(英語版)またはユーザー入力) を迅速に照合するために使用される。全原子分子動力学法と比較して、これらの方法はタンパク質とリガンドの最適な結合ポーズを見つけるのに非常に効率的である。