部落解放同盟
これに伴い、「日本のこえ」と対立関係にある新社会党の小森龍邦は書記長を解任されるに至った。かつての岡山県連合会(「中国研究会」系)のように、同盟中央の方針に対立したために解体された例もあり、中核派系統の支部が同盟中央から機関解体されて部落解放同盟全国連合会(全国連)となった例もあり、部落解放同盟は一枚岩の組織ではない。また、同盟中央から解体されてからも自らの正統性を主張し、行政から補助金を受け続けている組織もある。
1999年4月30日、広島県教育委員会は、君が代の斉唱を推進する立場をとり、教員と対立した県立校長の自殺事件の背景に、解放同盟県連や日教組の「圧力」があったとする調査結果を発表した。
2002年に同和立法が期限切れを迎え、一部地方自治体において同和予算を見直す動きが出る。これに危機感を持った部落解放同盟は同和立法の代替法として人権擁護法案の成立を強く推進。メディアでは関係の深い朝日新聞社に強く働きかけを行っており、2005年の通常国会時は専務取締役の坂東愛彦や社会部の本田雅和などが同調し、紙面の論調に反映された。これに対して、共産党は赤旗などを通じて反対姿勢を鮮明にした。
部落問題研究所は部落解放同盟を憲兵や特高刑事になぞらえている。全解連もまた、
と述べている。戦前の特高が内務省警保護局保安課編『特高月報』を通じて国民の不敬発言とされたものを便所の落書きに到るまで逐一監視し記録していたように、部落解放同盟もまた「部落解放基本法」の永久立法の必要性を世に訴えるために「部落解放基本法制定要求国民運動中央実行委員会」名義で小冊子『全国のあいつぐ差別事件』を毎年刊行し、国民の部落差別発言とされるものを便所の落書きに到るまで逐一監視し記録している。
1965年8月11日に内閣「同和対策審議会」が佐藤栄作首相に答申してから57年が経過した。当時共産党系の派閥は、「答申」を「毒まんじゅう」であり自民党との妥協の産物であると批判した。一方、社会党系の派閥は「答申」を運動の武器になるとして評価した。佐々木隆爾によると、この部落解放同盟の分裂劇の裏側には、部落解放運動の主流から共産党勢力を排除し、部落解放同盟内の利権派に主導権を握らせ、部落解放運動を体制の中に取り込もうとする旧内務省系の自民党右派議員グループ「素心会」の思惑があったという。以後、1970年代にかけて共産党系の勢力が社会党系の勢力に排除され、今日に至る。このような経緯から、共産党と部落解放同盟は反目を続けている。
部落解放運動の草創期から「言った・言わない」による暴力的な吊し上げが行われていた。その頂点が八鹿高校事件である。1974年兵庫県立八鹿高等学校で共産党系の「部落問題研究会」に対し、部落解放同盟系の生徒が新たに「部落解放研究会」を学校に申請した。これを共産党系の教師が非公認としたことから、部落解放同盟が組織的に解放研の生徒の支援に乗り出し、教師を糾弾するに及んだ。このとき、共産党支持の教員のみならず社会党支持の教員や支持政党のない教員も暴力の被害を受けている。当時は部落解放同盟の不祥事に関する報道がタブー視されていたことから、全国紙はこの事件を積極的に報道しようとしなかった。共産党はこれらの事件を国会で取り上げ、部落解放同盟を非難している。
上記の批判とは別に、大阪精神障害者連絡会(大精連)から障害者差別について抗議を受けたことが複数回ある。大精連の主張は以下の通りである。
2000年、解放出版社刊行の写真誌『hunet』(ヒューネット)10月18日発行号に掲載された有田芳生の記事「『17歳』差別意識と犯罪までのディスタンス」は「少年事件と精神疾患との具体的な関わりを一切示すことなく、『精神科の通院歴』が書かれており、『精神障害者は何をするか分らない、危険な存在』という精神障害者に対する社会的偏見を明らかに助長している」。
2000年の部落解放同盟全国大会の運動方針における「最近増えている精神疾患を患っている人が起こす差別事件」との記述は、あたかも「精神疾患」が「差別事件」を起こす原因であるかのごとき書き方になっているうえ、「全国的に最近増えている」という認識も不正確であり差別を助長する。