真言宗
大王寺 - 一切宗大本山 解脱会 -(真言宗醍醐派から分離独立、宗教法人としての届けは「諸教」としてなされている) 真澄寺 - 真如苑総本部(真言宗醍醐派から分離独立) 如意寺 - 辯天宗総本山(高野山真言宗から分離独立) 瀧光徳寺 - 中山身語正宗大本山(高野山真言宗から分離独立) 台覚寺 - 身言正宗総本山(中山身語正宗から分派独立) 本福寺 - 光明念佛身語聖宗総本山(中山身語正宗と創設者同一・真言宗泉涌寺派から分離独立) 金毘羅院 - 真言宗金毘羅尊流総本山 卍教団(真言宗諸派連合)系 龍造寺 - 大本山(旭川市) 高野山八葉閣 - 総本山(久留米市)
日中戦争下の1941年(昭和16年)3月、政府の宗教政策により古義真言宗・新義真言宗系の宗派が合同し、大真言宗が成立する。政府の主導によりこれまでの歴史的経緯や教義の違いを無視して無理やり合同させた。戦時中は、敵国降伏の祈祷が大真言宗の各本山・末寺において度々行われた。
戦後、大真言宗から独立していく古義真言宗・新義真言宗の宗派が相次いだ。新しい宗教法人制度が制定され、その動きは加速した。古義・新義の諸宗派から更に別れ、修験道・儒教・道教等と組み合わさって独自の教義を唱え、真言宗系新宗教と分類される宗教団体が幾つか成立した。真言宗醍醐派に属していた伊藤真乗は真如苑を開いた。これらの団体は、他の仏教系新宗教と異なり、真言宗との関係はおおむね良好である。
小野流は、真言宗善通寺派大本山随心院(旧称・曼荼羅寺)がある京都市山科区小野が語源となっている。聖宝を小野流元祖、随心院を開創した仁海を小野流流祖とする場合もある。口伝口訣を重じるのが特徴である。
広義では、東密事相を2分した場合、広沢流の対をなす法流。狭義では、小野流内の流派、醍醐三流(理性院流・三宝院流・金剛王院流)と勧修寺三流(随心院流・安祥寺流・勧修寺流)を指す。単に随心院流のみを指す場合もある。
小野流系流派略系譜 安祥寺流略系譜 (派祖・宗意) 空海-真雅-源仁-聖宝-観賢-仁海-成尊-範俊-厳覚-宗意 勧修寺流略系譜 (派祖・寛信) 空海-真雅-源仁-聖宝-観賢-仁海-成尊-範俊-厳覚-寛信 随心院流略系譜 (派祖・増俊) 空海-真雅-源仁-聖宝-観賢-仁海-成尊-範俊-厳覚-増俊 三宝院流略系譜 (派祖・定海) 空海-真雅-源仁-聖宝-観賢-仁海-成尊-義範-勝覚-定海 理性院流略系譜 (派祖・賢覚) 空海-真雅-源仁-聖宝-観賢-仁海-成尊-義範-勝覚-賢覚 金剛王院流略系譜(派祖・聖賢) 空海-真雅-源仁-聖宝-観賢-仁海-成尊-義範-勝覚-聖賢
昭和14年(1939年)の宗教団体法成立により、真言律宗以外の宗派は真言宗として統合された。しかし、戦後は分派独立が相継ぎ、現在は約50の宗派がある。そのうち主要な16派の18の総大本山が、昭和33年(1958年)6月15日に、真言宗各派総大本山会(各山会)を各山の連絡親睦・共通事業の主宰を目的に結成された。これらの寺院を真言宗十八本山という。
真言宗各派総大本山会事務局 - 総本山智積院内(事務局長・主事・書記を置く) 代表総務 常任委員会(議長を置く。また、常任委員については代理出席が許されている) 事務局長 各山会が事務局を置いている智山派から選出するのが慣例となっている。