クサイ・サッダーム・フセイン
クサイもまた、イラクの恐怖政治の一翼を担っていた。1995年、スンナ派一大部族であるドゥライミー部族の反乱、1997年にはシーア派住民による反乱が起きたが、いずれもクサイが指揮する特殊軍や共和国防衛隊、特別保安機関によって押さえ込まれた。1999年に発生した、大アーヤトッラー・ムハンマド・サーディク・アッ=サドルの暗殺事件も、クサイが暗殺を命じたと見られている。この他にも、旧イラク反体制派によると、クサイは多くの反政府活動家の殺害に関与してきたとしている。この他にも、政治犯の尋問・投獄、その家族の拘束を認可する命令を発し、それにより数千人が刑務所に投獄された。1998年には投獄された政治犯で過密状態となった各刑務所を「清掃」する名目で、約4千人の政治犯がクサイの命令の下、処刑された。
1998年、米英軍による「砂漠の狐作戦」が行われると、クサイはイラクの4つの軍管区のうち、中央軍管区司令官に任命され、首都防衛の責任者となった。2003年のイラク戦争開戦前にも同軍管区司令官に任命された。
2000年、クサイは非常時における臨時大統領代行に指名され、2001年には、バアス党の権力昇進コースである党軍事局副議長に任命されると共に、党地域指導部メンバーに選出された。クサイが付与された初の正式な公職である。この年の第12回地域指導部大会において、古参党幹部が落選しており、事実上のクサイ体制に向けた布石と思われた。2002年に暗殺未遂に遭っている。