山科駅
ベッドタウンとして都市化の進んだ山科区内唯一のJR駅で、京都・大阪方面への通勤通学客が多く、また滋賀県内の湖西線各駅・琵琶湖線各駅間の乗換客(特に高校生)も多い。草津延長運転開始時は通過していた新快速は、その後の利用客の増加や湖西線から琵琶湖線への乗換利便性向上のためのちに停車するようになった。さらに通勤客への対応のため、特急「はるか」・「びわこエクスプレス」も停車するようになった。
一方地下鉄駅は、山科区内からの京都市中心部への通勤通学客のほか、JRから地下鉄経由の京都市中心部へ、あるいは地下鉄醍醐方面からのJRへの乗換利用客が多い。
京都市内にある駅であるものの、京都市内を網羅する京都市営バスの乗り入れが2021年まで行われなかった(同年に河原町三条 - 国道東野間の路線バスを新設)。山科区から伏見区にかけては京阪バスが路線網を構築しており、山科駅は京阪バスのターミナルのひとつとなっている。