シーケンスアラインメント
構造アラインメントは、通常タンパク質の二次構造と三次構造の情報を用いて、配列アラインメントを構築するものだが、RNAに用いられることもある。タンパク質においては挿入や欠損は多くの場合ランダムコイルやループ上で起こる。構造アラインメントは配列アラインメントを実施したのちに、挿入や欠損配列をランダムコイルやループ上で起こるように再アラインすることを指す。
選択的スプライシングで用いられる。