吹田総合車両所
221系電車(84両) 4両編成(K03 - K09・K12 - K18・K21編成)15本、6両編成(F01・F03 - F05編成)4本が配置されている。 嵯峨野線・草津線・湖西線(京都駅・山科駅 - 永原駅)で運用される。 山陰本線(嵯峨野線)・湖西線・草津線に残る113系を置き換えるため、2008年1月から網干総合車両所より4両編成(C編成)が転入し、同年3月15日のダイヤ改正より営業運転を開始している。また、奈良電車区(現・奈良支所)からも4両編成が転入している。転入後、霜取りパンタを取り付けた編成もある。 K01・K02編成は、2021年5月に奈良支所へ転出した。 K11・K19・K20・K22-K24編成は、2023年3月に奈良支所へ転出した。 F01編成は元奈良支所の8両編成(NB編成)で、2022年5月に転入。転入後、6両編成に短縮され、脱車された2両はK10編成に組み込まれ、F05編成となった。 F03・F04編成は元網干総合車両所の6両編成(B編成)で、2023年2月に網干総合車両所より転入した。 原則として223系6000番台と共通運用となっており、223系6000番台のほか、嵯峨野線では223系5500番台との併結運用も設定されている。
223系電車(100両) 2500番台が4両編成(R51 - R58編成)8本、6000番台が4両編成(R01 - R05・R201 - 209編成)14本と6両編成(P01・P02編成)2本が配置されている。 嵯峨野線・湖西線(京都駅・山科駅 - 永原駅)を中心に運用される。 R01 - R05編成は元網干総合車両所の4両編成(V編成)で、R01・R02編成は2021年2月4日付で転入。
105系電車 2019年4月1日時点では、ワンマン運転対応の2両編成(SW001 - SW014編成、SP001 - SP005編成、SF001 - SF005編成)24本48両が配置されていた。 SW編成とSP編成は和歌山線・桜井線(万葉まほろば線)と紀勢本線で運用されたが、2019年9月に定期運用を終了した。SF編成は紀勢本線紀伊田辺駅 - 新宮駅間で運用されたが、2021年3月に定期運用を終了した。 全編成が青緑色一色に車体色変更されていた。 2008年7月1日の組織変更で日根野区所属となった。 2009年11月より、2010年の平城遷都1300年記念事業実施に合わせ、奈良万葉ラッピング列車も運行されていたが、2017年4月までに青緑色塗装となっている。 2019年にSW編成14本のうち12本とSP編成全5本の計17本34両が廃車された。2021年2月4日付でSW009編成2両も廃車された。2021年4月8日付でSW004編成2両が、2021年6月から7月にかけてSF編成全5本が廃車され、配置が無くなった。
117系(地域色)
105系(新造車)
105系(改造車・地域色)