馬堀駅
1935年(昭和10年)7月20日:鉄道省山陰本線の松尾山信号場(現在のトロッコ保津峡駅) - 亀岡駅間に新設開業。京都 - 福知山間の各駅と大阪駅に発着する旅客のみ取扱い。
1949年(昭和24年)10月15日:同日より手荷物・小荷物の取り扱いを開始し、旅客取扱区間の制限を撤廃。
1963年(昭和38年)7月:駅舎改築。
1971年(昭和46年)12月1日:荷物扱い廃止。
1973年(昭和48年)4月19日:午前7時25分ごろ馬堀駅を出発しようとした亀岡発京都行き気動車9連の運転士が信号を見落として出発し、引込み線に進入、車止めに衝突、前2両が脱線した。復旧は午前9時30分までかかり朝の通勤通学輸送に大きく影響、また特急4本・急行5本・貨物列車4本が運休した。
1975年(昭和50年)4月:利用客のタバコの不始末により、駅舎が半焼。
1976年(昭和51年)4月14日:鉄筋コンクリート造の駅舎に改築。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道(JR西日本)の駅となる。
1988年(昭和63年)3月13日:路線愛称の制定により、「嵯峨野線」の愛称を使用開始。
1989年(平成元年)3月5日:嵯峨駅(現在の嵯峨嵐山駅)から当駅まで複線の新線に切り替え。旧駅の北側になる現在の場所に移転。
1992年(平成4年)11月1日:みどりの窓口営業開始。
2003年(平成15年)11月1日:ICカード「ICOCA」の利用が可能となる。
2008年(平成20年)12月14日:当駅から亀岡駅まで複線化。交換設備廃止。
2018年(平成30年)3月17日:駅ナンバリングが導入され、使用を開始する。