シチリアの反乱
セクストゥスはシチリア人の海兵隊を動員し、多くの有能な海軍司令官に艦隊を指揮させることでイタリアを海上封鎖して、北アフリカ・エジプトからローマ本土に向かおうとする船を殲滅させることに成功した。これにより、ローマに輸入される穀物などの供給が大幅に減少し、イタリア半島と他の地域との交易も途絶えた。この処置によりイタリア半島のローマ市民らは不満が高まり、ついに怒りが爆発、イタリアにて暴動が発生した。この状況を鑑みた三頭政治は、イタリア半島の海上封鎖を解く代わりに、セクストゥスをサルディーニャ島・コルシカ島・シチリア島の正式な統治者として認めることを取り決めた。セクストゥスはこの取り決めを受け入れ、イタリアの海上封鎖をやめ、ローマに穀物を送り届けた。そして逃亡中の奴隷の受け入れも中止した。この取り決めは両者が交渉した場所の地名に因んでミセヌム条約と呼ばれている。
紀元前36年、シチリアでの反乱が鎮圧されると同時に、セクストゥスはシチリアから逃走し、ギリシアのミレトスに逃げ込んだという。彼はその地で捕縛され、裁判を受けることなく、マルクス・アントニウスの配下マルクス・ティティウスによって処刑されたという。ローマ市民にとって、法律による裁きを受けずに処刑されることは極めて異例なことであり、また違法でもあった。それゆえ、処刑後、セクストゥスは裁判を受ける権利を与えられたという。ちなみにこの違法行為は、後日、アントニウスとオクタウィアヌスとの仲が険悪なものとなったときに、オクタウィアヌスがアントニウスを糾弾するための口実として使われた。
また、戦後、オクタウィアヌスはレピドゥスに対して、反乱の企み・汚職疑惑を告発し、レピドゥスから最高神祇官以外の全ての官職を取り上げ、政界から追放した。レピドゥスの所領は全てオクタウィアヌスの手に移り、レピドゥスはサン・フェリーチェ・チルチェーオという片田舎の街に隠居した。そして紀元前13年、寿命により亡くなった。
シチリアに多く存在した農場は戦争により荒廃・放棄された。そしてその多くは、ローマ共和制の元でセクストゥス軍と戦った軍団兵たちに与えられた。このおかげで、シチリアの人口は回復し、かつてのようにイタリア半島に穀物を供給できるほどの農作量にまで回復した。
またこの戦争では、セクストゥス軍に参加した30,000人もの奴隷が捕らえられ、主人の元に送り返された。そして6,000人の奴隷は串刺しの刑に処されたという。
セクナトゥスの父、グナエウス・ポンペイウスは長きにわたってユリウス・カエサルと敵対しており、紀元前49年から始まるカエサル・ポンペイウス内戦により両者の不満・憎悪は爆発した。内戦の結果、ポンペイウスは敗れ、亡命先のエジプトにて殺害され、内戦はカエサルの勝利で一旦終結した。しかし、暗殺されたポンペイウスの息子セクストゥスとその兄グナエウス・ポンペイウス・ミノルは共にカエサルに対して徹底的に抗戦した。しかしながら、セクストゥスの兄グナエウスはムンダの戦いで戦死。セクストゥスは生き残り、シチリア島に逃げ込んだ。
そんな中、紀元前44年3月15日、カエサルが暗殺(英語版)された。カエサル亡き後、ローマは三頭政治によって運営されており、ローマの政治はレピドゥス・アントニウス・オクタヴィアヌスの3人に牛耳られていた。この3人はプロスクロプティオという政策を施行した。この措置は、ローマの敵とみなされた特定の個人をローマ法の保護の対象外に置き、制裁を加えるというもので、三頭政治の3人は、この処置でローマの国庫を潤すとともに彼らの政敵を排除せんと企んでいたのだった。この制裁によりセクストゥスは正式にローマの敵とみなされてしまい、戦わざるを得なくなった。