鹿児島車両センター
キハ47形 8000番台が15両 (8055 - 8057, 8060, 8070, 8072, 8074, 8077, 8088, 8089, 8120, 8123 - 8125, 8133)、9000番台が14両 (9042, 9046, 9048 - 9050, 9056, 9072, 9074, 9075, 9077, 9078, 9079, 9084, 9098)、計29両が配置されている。このうち8074, 9074は保留車。 キハ47 8060と9079の2両は特急「指宿のたまて箱」仕様車である。
キハ200形 いずれも2両編成で、0番台が2本 (7+5007, 8+1008)、500番台が7本 (501+1501, 502+1502, 503+1503, 556+1556, 559+1559, 560+1560, 565+1565)、計18両が配置されている。このうち550・1550番台は転換クロスシートからロングシートへの改造が行われた車両である。 2021年3月12日付で556+1556・565+1565の4両が佐世保車両センターから転入した。 当形式は指宿枕崎線(鹿児島中央 - 山川間)、鹿児島本線(鹿児島 - 鹿児島中央間)のみの限定運用となっている。
この時点では全車が配置されていたが、2004年3月のダイヤ改正で南福岡電車区に集約された。
457系電車(JK編成)、475系電車(GK編成) 2007年3月17日をもって運用終了。日豊本線(大分 - 鹿児島間)、鹿児島本線(鹿児島 - 川内間)で運用された。
717系電車 200番台2両編成2本(HK203・204編成)計4両が配置されていた。ワンマン運転に対応。 2013年3月まで日豊本線(延岡 - 鹿児島間)、鹿児島本線(鹿児島 - 川内間)、宮崎空港線で運用されていた。2009年(平成21年)以前は杵築駅までの運用もあった。 817系の増備により淘汰され、2014年(平成26年)7月14日に最後まで残っていたHK203・HK204が小倉工場へ回送され、同年8月30日から9月18日にかけて廃車され廃系列となった。 717系では唯一の3ドア車両であったHK901編成は、HK206編成と同じく2010年度内に廃車となった。
全車が直方車両センターからの転属車で、日豊本線(延岡 - 鹿児島間)・鹿児島本線(鹿児島 - 川内間)・宮崎空港線(日南線の南宮崎 - 田吉間を含む全線)で運用されている。 2021年9月25日付でVK004編成は小倉総合車両センターにて転換クロスシートからロングシートへの改造、車外カメラ設置が行われ500番台となり、VK504編成(原番に+500)となった。その後2022年3月までにVK102編成、VK018編成、VK006編成にも同様の改造が施され、VK1502編成、VK518編成、VK506編成(原番に+500)となった。 なお、これまで当センター所属だったVK105編成は2016年3月に熊本車両センターへ転属している。 同年10月1日に宮崎県宮崎市の踏切でダンプカーとVK104編成が衝突し長期運用離脱。南宮崎駅構内留置後の同月末当センターへ移動し、後日小倉へ回送されている。その後、2019年(平成31年)3月28日より運用に復帰している。 2022年3月12日に直方車両センターからVG108編成が、同年3月31日にVG109が小倉総合車両センターにて全検及びロングシート化改造を受けVK1509として転属した。なお、2022年5月10日の時点で108編成には福北ゆたか線ステッカーに少し手が加わった形で、1509編成は鹿児島所属の青色CTステッカーに貼り替えられた上で運用に入っている。
DE10形ディーゼル機関車 1500番台の1両 (1755) が配置されている。レール輸送などの工事列車や「ななつ星」の牽引、車両基地内での入換作業で使用される。黒色塗装で、車番・手摺の塗装は金色である。