アメリカ合衆国における政教分離の歴史
1685年、チャールズ2世が死去し、ヨーク公がカトリックの国王ジェームズ2世として即位した。1687年、王は信仰自由宣言(英語版)を出した。ジェームズ2世の背後には、ユグノーを弾圧するフランスのルイ14世がいた。1688年4月、王は2度目の信仰自由宣言を出したが、宣言を朗読しなかったカンタベリー大主教ら7人の主教を投獄した。11月、ホイッグとトーリー両党は提携して、オランダ総督ウィレムに武力による解放を招請し、総督は清教徒の保護者としてイングランドに上陸した。しかし、王は軍がほとんど戦意を持たないことを知って、フランスへ亡命した(名誉革命)。
議会は王位空白を宣言し、法と自由を明記した権利宣言を出した。1689年、オランダ総督ウィレムはウィリアム3世としてイングランド王に即位し、権利の章典と寛容法(英語版)が制定された。これは清教徒革命以来の王と議会の対立の決着であり、以後、名誉革命体制は100年以上続いた。
他方、クエーカーや第五王国派は千年王国論や選民思想を結びつけていた。第五王国派は「神の祝福すら見受けられない罪にまみれた世俗の人間が、どのような権利から、支配したり統治したりできるというのか」などと、「選ばれた人間」だけが「キリストの王国」を建設すべきであると主張していた。岩井淳はクエーカーや第五王国派は平和共存的な宗派の共生を主張したわけではないと指摘している。ただし、クエーカーのウィリアム・ペンは1681年に建設したペンシルベニア植民地を宗教的な自由のための神聖な実験として、すべての人の良心の自由を保障した。そのため、ドイツ敬虔派に属するアーミッシュや長老派のスコットランド系アイルランド人が到来した。