スペインによるアメリカ大陸の植民地化
1549年にエンコミエンダの再配分が王権によってなされたことにより、ペルーにおけるスペイン王権の支配は確立した。南アメリカのスペイン領全てを統括するペルー副王領の首都にリマが選ばれると、以降ラテンアメリカ諸国の独立までリマはスペインによる南アメリカ支配の中心地となった。
ピサロのペルー征服中もピウラにはセバスティアン・デ・ベナルカサールらが残留していたが、ベナルカサールは1533年に現エクアドルのカニャーリ人(英語版)に介入を求められたため、カニャーリ人と同盟してインカ帝国の将軍ルミニャウイ(英語版)と戦い、翌1534年に現エクアドルを征服してサン・フランシスコ・デ・キトを建設した。その後ベナルカサールはキトから北上し、1539年にサンタフェ・デ・ボゴタでゴンサロ・ヒメネス・デ・ケサーダ(英語版)とニコラウス・フェーダーマン(スペイン語版、英語版)に合流した。
一方、ビルカバンバに撤退したマンコ2世は1545年に死去し、その後はスペイン人との宥和政策が続くが、1571年に即位したトゥパク・アマルーは主戦論を採り、第五代ペルー副王フランシスコ・デ・トレド(スペイン語版、英語版)も主戦論を採ったために、1572年にトゥパク・アマルーはスペイン人に捕らえられて処刑され、インカ帝国はその歴史の幕を閉じた。