Jリーグセミナー
×グルージャ盛岡(2014年からJ3)
×FCペラーダ福島(2008年から「福島ユナイテッドFC」に改称)(2014年からJ3)
ビアンコーネ福島
アビラーション
つくばFC
×栃木SC(2009年からJ2)
今市FCアルシオーネ
×FC町田ゼルビア(2012年のみJ2、2014年からJ3)
青梅FC
FCコリア
×松本山雅FC(2012年からJ2)
×AC長野パルセイロ(2014年からJ3)
富山県サッカー協会(2009年からJ2の×カターレ富山発足で中心的役割を果たす)
ヴァリエンテ富山
×ツエーゲン金沢(2014年からJ3)
サウルコス福井
静岡FC
×FC岐阜(2008年からJ2)
滋賀FC
AS.Laranja Kyoto
神戸FC
エストレラ姫路
×SC鳥取(2007年から「ガイナーレ鳥取」に改称し2011年からJ2)
×ファジアーノ岡山(2009年からJ2)
×ニューウェーブ北九州(2010年から「ギラヴァンツ北九州」に改称しJ2)
×V・ファーレン長崎(2013年からJ2)
×ロッソ熊本(2008年から「ロアッソ熊本」に改称しJ2)
×ヴォルカ鹿児島(2014年にFC KAGOSHIMAと統合し鹿児島ユナイテッドFCとなり2016年からJ3)
×FC琉球(2014年からJ3)
チーム名の前に×印があるクラブは、その後Jリーグに加盟(昇格)を果たしたクラブ。