InChI
全てのInChIは、InChI=という文字列から始まり、バージョン(現在は1)が続く。standard InChIでは、これにSの文字が続く。残りの情報は、レイヤーとサブレイヤーの配列として構造化され、各々のレイヤーは、1つの種類の情報を収める。レイヤーとサブレイヤーは、区切り文字 / で隔てられ、(メインレイヤーの化学式サブレイヤーを除き)固有の接頭文字で始まる。6つのレイヤーと各々の重要なサブレイヤーは、以下の通りである。
メインレイヤー 組成式(接頭文字なし) - 全てのInChIに現れる唯一のサブレイヤー元素はHill順位則、すなわち炭素C、水素H、他の元素をアルファベット順、で記述される 原子の繋がり(接頭文字: c) - 組成式中の水素以外の元素には出現順に番号が付与される。このサブレイヤーでは、原子が他のどの原子と結合されているかを記述する。 水素原子(接頭文字: h) - 各々の原子にいくつの水素原子が結合しているかを記述する。
InChIは、ChemSpiderやPubChem等を含む大小様々なデータベースに採用されている。しかし、多くのデータベースで構造とInChIの食い違いが見られ、リンク用データベースの課題となっている。