機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II
MSからMAへの変形が、前作はブーストダッシュを行うと自動的に変形していたものが、本作では任意で変形出来るようになった。ジャンプボタンを押しながらにレバー2回入力で変形を行う。これにより空中にて素早くジャンプボタンを2回押す通常のブーストダッシュと使い分けができるようになった。
タリア・グラディス(声 - 小山茉美)
メイリン・ホーク(声 - 折笠富美子)
ネオ・ロアノーク(声 - 子安武人)
イアン・リー(声 - 西前忠久)
マリュー・ラミアス(声 - 三石琴乃)
ミリアリア・ハウ(声 - 豊口めぐみ)
ユウナ・ロマ・セイラン(声 - 野島健児)
トダカ(声 - 一条和矢)
ラクス・クライン(声 - 田中理恵)
ミーア・キャンベル(声 - 田中理恵)
全キャラクター固定で、敵の出現パターンのみ各陣営で違うA、B、C(HARD)、D(SEED DESTINY)、E(2006年9月11日から)F(2006年10月23日から)の6つのルートが用意されている。また、前作では最終ランクでEXステージへ進めるかどうかが決まったが、本作ではステージクリア時の得点が高い場合(ランクがDESTINYになった場合)、Fルート以外、次のステージがEXステージに変更されステージ難易度が上がる。なおEXステージへ進めた回数はFAITHのマークで表される。
今回もFルート以外、最終ステージクリア時、FAITHのマークを5個以上取っている(8ステージ目で、4つ目のFAITHマークを取った状態で最終ステージをクリアする)と「FINAL PLUS」という特別なステージに進むことができる(前作のEXステージと同じ「祭り」的要素を含む)。