西本願寺
代表的な別院
吉崎別院 - 吉崎御坊跡地
名古屋別院
山科別院 - 山科本願寺跡地
津村別院(北御堂) - 真宗大谷派の南御堂と並び、門前を通る大阪市のメインストリートが御堂筋と呼ばれる所以である。
鷺森別院(鷺森本願寺) - 文明8年(1467年)に第8代宗主蓮如が建立。
広島別院 - 安芸門徒の中心道場。
四日市別院 ‐ 大分県 宇佐市
鹿児島別院 - 隠れ念仏と解禁後の鹿児島市街の布教拠点。 築地別院(築地本願寺) - 元和3年(1617年)に第12代宗主准如が西本願寺の別院として建立。2012年(平成24年)に西本願寺唯一の「直轄寺院」となり、それまでは通称だった「築地本願寺」が正式名称となったため、現在は「別院」ではなくなっている。
大谷本廟 - 京都市東山区五条橋東六丁目にある。親鸞の墓所で通称は「西大谷」。
日野誕生院 - 京都市伏見区日野西大道町にある。親鸞誕生の地を記念して建てられた。
角坊 - 京都市右京区山ノ内御堂殿町にある。親鸞往生の地を記念して建てられた。
修理時に天正9年(1581年)の墨書が発見されたが、これは懸魚(げぎょ)の裏に貼られていた紙(現在は亡失)に書かれていたもので、ただちに建立年代を示すものとは考えられていない。本願寺の坊官を勤めた下間仲孝が徳川家康から拝領したとの伝えもあり、正確な年代は不明ながら、江戸時代初期にはあったことが確認できるところから現存する能舞台としては最古のものといわれている。
伝廊(国宝)
黒書院(国宝) - 明暦3年(1657年)建立。書院の北東に位置する。桁行21.5m、梁行13.9m、寄棟造、こけら葺きで主屋部分と庇部分に分けて2段に葺く。前述の白書院が表向きの接客空間で、金地障壁画や彩色透彫の彫刻などで意匠を凝らしているのに対し、黒書院は内向きの対面や接客、また門主の寺務や生活の場として使用された。屋根は前者の瓦葺きに対してこけら葺きとし、内部の意匠は水墨の障壁画、土壁、面皮柱、棹縁(さおぶち)天井などを用いた数寄屋風の造りとする。東側の一の間(11畳)、西の二の間(20畳)のほか、広敷の間、鎖の間、茶室などがある。一の間や二の間、茶室には狩野探幽の水墨画が描かれている。一の間の床、棚、付書院なども草庵風の造りである。建物の東北隅は、一部を床を張らない土庇(どびさし)とし、外部空間を屋根内に取り込んでいる。黒書院は現在も門主の私的空間として使用されているため非公開であるが、2012年(平成24年)11月に初公開された。
玄関(重要文化財)
南能舞台(重要文化財) - 江戸時代前期の築。日本最大の能舞台。
大玄関
馬繋ぎ - 厩。
大玄関門
唐門(国宝) - 境内の南側、北小路通に南面して建つ。境内東側の御影堂門、阿弥陀堂門がそれぞれの堂への入口であるのに対し、唐門は書院(対面所)への正門である。
近年、付属建物である黄鶴台(重要文化財)から「寛永五年三月から寛永六年八月迄..」という墨書が発見され(鶴岡典慶報告)、これが移築の時期を示すのではないかとの推測から、秀吉の京都新城、後の高台院屋敷の「アコセガ池」畔から、後水尾上皇の仙洞御所造営(寛永4年(1627年)着手)に先立ち解体撤去され、本願寺に移築された建物との説も登場した。
1階は池から船で直接建物内に入る形式の船入の間、上段・上々段を設けた主室の招賢殿、下段の八景の間、茶室憶昔席(いくじゃくせき)などがある。舟入の間は書院造の「中門」に当たり、ここ以外に正式な入り口は見当たらない。本来障壁画で飾らるべき上段床の間背面の壁が大障子となっている点や上段が部屋の中心軸上になく北側に寄っている点が特異である。柱や長押は角材を使っており数寄屋の手法は見られないが、これら上段や上々段には数寄屋の趣きが濃厚である。招賢殿の背面から渡廊を介して西側に黄鶴台が建つが、これは浴室の機能を有し、創建当初から飛雲閣と一体となって庭間建築を形成していたものと考えられる。憶昔席の部分のみは建築年代が明確で、寛政7年(1795年)、茶人の藪内竹陰らによって増築されたものである。これら主室の南側には厨などが付帯する。本来こうした火気使用エリアは廊下を介して別棟とすべきだが、ここでは主屋と一体化しており、本願寺飛雲閣成立時の事情の一端がうかがえる。
御影堂
阿弥陀堂 附:渡廊下、喚鐘廊下
書院(対面所及び白書院)
北能舞台
黒書院及び伝廊 2棟
飛雲閣
唐門
紙本墨画親鸞聖人像(鏡御影) 附:絹本著色親鸞聖人像(安城御影)・ 絹本著色親鸞聖人像(安城御影副本)
『観無量寿経註』 親鸞筆
『阿弥陀経註』 親鸞筆
熊野懐紙(後鳥羽天皇宸翰以下11通)附:伏見宮貞敦親王御添状1巻、飛鳥井雅章添状1巻
三十六人家集37帖、附:後奈良天皇宸翰女房奉書1幅
三十六人家集のうち「重之集」の帖末
分立当初は准如の堀川六条の「本願寺」は「本願寺」「六条門跡」「本門」「にしもんぜき」などと呼ばれ、教如の烏丸七条の「本願寺」は「信淨院(教如の院号)本願寺」「本願寺隠居」「七条本願寺」「信門(「信淨院の門跡」の意)」「ひがしもんぜき」などと呼ばれた。便宜上、堀川六条の本願寺の東側にある烏丸七条の本願寺が「東本願寺」と通称されたため、相対的に堀川六条の本願寺も「西本願寺」と通称されるようになった。
幕末の元治2年(1865年)3月、京都を守る剣客集団新選組が境内にある北集会所と太鼓楼に屯所を移し、慶応3年(1867年)6月までその本拠地とした。
現在まで境内地に大きな変化は無いが、1876年(明治9年)に興正寺が真宗興正派として独立した際に、南境内地を割譲している。
宝永8年(1711年)に南総門として作られた総門は3回に渡って移設されている。1898年(明治31年)に境内への類焼防止のために、堀川通側に池や緑地(風致園)を整備するため移設、1911年(明治44年)に池を埋立て広場として再整備するため移設、1959年(昭和34年)の堀川通拡張工事により現在地に移設している。なお、北総門は太鼓楼付近にあったが、本願寺吉崎別院に移設されている。また、新選組が屯所としていた北集会所は、1873年(明治6年)に兵庫県姫路市にある亀山本徳寺に移築され、その本堂となっている。