神社本庁
有名な神社であっても、金刀比羅宮・鎌倉宮・靖国神社・伏見稲荷大社・日光東照宮・気多大社・白崎八幡宮・梨木神社・新熊野神社・富岡八幡宮など神社本庁との被包括関係を有せず、単立宗教法人として運営される場合がある。大きな単立神社は約2000社、小さな祠等を含めると20万社の単立神社がある。東大阪市のように宗教法人格を有している神社に限っても半数以上が神社本庁に属していない地域もある。
神社本庁以外にも神社神道系の包括宗教法人がいくつかあり(神社本教、北海道神社協会、神社産土教、日本神宮本庁など)、これに属する神社は神社本庁の被包括関係には属さない。
気多大社は別表神社であったが、財産の管理および処分に関する気多大社神社規則変更における対立から訴訟の末、神社本庁から離脱し、単立神社となっている。明治神宮も2004年(平成16年)に神社本庁と被包括関係を解消し、別表神社から離脱したが、2010年(平成22年)8月23日に再び神社本庁と被包括関係になった。富岡八幡宮は宮司人事に対する神社本庁の姿勢に疑問を持って離脱を決定、2017年(平成29年)6月に離脱を神社本庁に通知し、同年9月に所管する東京都が承認した。また金刀比羅宮が神社本庁から蔑ろにされた事を理由として2020年6月に離脱した。
神社本庁の関係団体に神道政治連盟(神政連)がある。また、神社本庁総長・田中恆清は日本会議の副会長、統理・鷹司尚武は顧問である。日本会議の前身で宗教団体中心の日本を守る会結成に関与するなど、古くからつながりがある。
1953年(昭和28年)の第3回参議院議員通常選挙で神社本庁は宮川宗徳を擁立したが、宮川は落選した。1966年(昭和41年)に神社審議会は「神社本庁関係の全組織をあげて強力な推進団体を組織して、国会に代表を送る」べきだと答申した。1969年(昭和44年)の神政連結成後は、独自候補擁立ではなく既存政党の政治家の推薦が行われた。塚田穂高によれば神政連結成後、神社本庁と神政連は自由民主党の議員を主に支援しており、堀幸雄によれば「利益代表を出すのに熱心」だった。ジェフ・キングストンによれば、神社本庁は日本遺族会など他の右派団体と共に、靖国神社を参拝する見返りに政治家に票と金を提供するロビー活動をおこなった。
上杉聰は、過去に実施された日本会議の行事の受付では、神社本庁を含む各種宗教団体別の受付窓口が設けられ、参加者が組織動員されたと報告している。