イサキオス・コムネノス (アレクシオス1世の兄)
ヴァルゾスは、彼女がマリアという名だった可能性があるとしている。その後の動向は不明。
コンスタンティノス・コムネノス(英語版) (1085年ごろ – 1147年以降): ベロエアのセバストス兼ドゥクス(1107年)、後にメガス・ドルンガリオス(英語版)。アンティオコス家・エウフォルベノス家出身の女性と結婚した。
アドリアノス・コムネノス(英語版) (1088年ごろ 1157/64年): カルディア(英語版)のセバストス兼ドゥクス。名前・家門不明の女性と結婚し、後に修道僧となった。1139年ごろ、ヨハネス(イオアン)4世としてブルガリア(オフリド)大主教(英語版)に着座した。
ソフィア・コムネナ (1094年ごろ – 1130年ごろ): セバストスのドケイアノスと結婚した。
エウドキア・コムネナ (1096年ごろ – 1150年以降): セバストスのニケフォロス・ボタネイアテスと結婚した。
ヨハネスの裁判はフィリッポポリスでアレクシオス1世の面前で行われることもあり、イサキオスも急いで駆け付けた。イサキオス自身、息子が無実であるという確証を持っていなかったので当初は慎重に立ち回っていた。しかしアレクシオス1世にこの件を深掘りする意志が無いと気づくと、イサキオスは裁判に介入して息子を強く弁護し、弟アドリアノス・コムネノスと口論して彼を中傷の罪で告訴するまでに至った。
その頃、カルケドンのレオーンを巡る問題も再び火を噴き始めていた。レオーンの甥であるハドリアノポリスのニコラオスがレオーンに送った書簡によれば、イサキオスは教会財産没収に反発した者たちについて、彼らがイコンに華美な装飾を施し、イコンそのものへ描かれている成人に対するのと同じような崇敬を寄せている「物質崇拝者」 (ὑλολάτραι)だと非難したという。レオーンは返書で自らの立場を示す長大な神学主張を書き送ったが、これが大騒動を引き起こした。イサキオスは聖師父学や宗教会議の文献を集成し、レオーンからの批判に対抗した。最終解決は、1094年後半にブラケルナエ宮殿(英語版)で開かれたブラケルナエ教会会議(英語版)に持ち込まれた。議長はアレクシオス1世が務め、イサキオスはコンスタンティノープル総主教ニコラオス・グラマティコス(英語版)やイェルサレム総主教シメオン2世と共に判事を務めた。結果的には、レオーンが自らの非を認めることで決着し、彼はカルケドン府主教の地位に復帰した。歴史家コンスタンティノス・ヴァルゾスの言によれば、これは「イサキオスの神学的かつ政治的な勝利」であった。