根室本線
エゾシカは本州のニホンジカと同種だが、ニホンジカより大きく(ベルクマンの法則)、体重200kgを超える個体もおり、列車と衝突した場合、看過できない問題となる。
JR北海道全体において、エゾシカとの衝突や、衝突に至らないまでも急制動を強いられるなどにより報告される運行支障件数は、近年著しく増加を続けている。その原因は禁猟などによるエゾシカの個体数激増にあると見られている。1990年代前期に年間200 - 300件程度だったものが、2004年(平成16年)度に年間1,000件を超え、2020年(令和2年)度は2,414件にのぼっている。衝突時の衝撃としては300kgを超えるヒグマの方が大きいものの、ヒグマは臆病な性格のため線路周辺に現れることはほとんどなく、また個体数自体がエゾジカより少ないため、列車衝突事故の件数はエゾシカに比べて極めて少ない。
根室本線は、北海道の中でもエゾシカの線路侵入が目立って多い。2020年(令和2年)度の全道2,414件中、937件が釧路支社管内で、そのうち657件は落合以東の根室本線で占めている。
接触対策として、1990年代にはシカが列車に近づかないよう超音波を発する警報器を取り付けたり、列車のライトに光るシカよけの反射等を沿線に設置した。近年ではシカが嫌がる匂いの入った芳香剤の散布、鹿の侵入防止柵の設置なども行われている。
釧路駅 - (貨)浜釧路駅 (3.8 km)
上落合信号場で石勝線と結び、札幌駅 - 釧路駅間の幹線ルートを形成する区間である。高速化改良が実施されており、特急列車が最高速度120km/hで駆け抜ける。ただし、広内信号場 - 西新得信号場間は、山脈から吹き下ろす風の通り道となっており、1994年の特急「おおぞら」脱線事故以前も脱線や転覆事故が度々起きてきた。対策として、防風柵を設置しているほか、「早め規制区間」とし、風速20 m/s以上で45 km/hに減速、25 m/s以上で運転を中止する措置をとっている。
池田駅を過ぎると厚内川沿いの蛇行した区間と、太平洋岸の丘陵や湿地、河口を避けた区間は、距離は短いものの当線中最も線形が悪く、これを克服するためにキハ283系の仕様が詰められた。カーブ区間は全てPC枕木化されているものの、他の一部区間では枕木に木材を使用した軌道も残っており、最高速度130 km/hで走行できた区間は少ない。また、この区間ではエゾシカの線路侵入が多い(詳細は後述)。
上記2区間の地域輸送は、普通列車が帯広駅・釧路駅を中心に運行されており、帯広・釧路地区は1 - 2時間に1本程度の運転頻度で、帯広圏では芽室・池田・浦幌発着、釧路圏では音別・白糠・大楽毛発着の区間列車がある。帯広駅で乗り換えとなる列車も多い。浦幌駅 - 音別駅間は本数が少なく、1日6往復となっている。