蓮舫
一方で、実務上スーパーコンピュータを日常的に使う計算機科学が専門の東大院教授・金田康正(スーパーπの開発者)は、「一番だから良いわけではない」、千葉工業大惑星探査研究センター所長・松井孝典も「ハードで世界一になればソフトにも波及というが分野で違う」と、「1番ありき」の目的なきハード偏重主義を批判した。松井は民間委員として仕分に参加しており、文部科学省側の説明に対し、「スーパーコンピューターで1位になれなければ科学は絶対に世界一になれない、日本は二流国になってしまう、そんな馬鹿なことはない」「研究の場合に、これがないから日本の研究が全て駄目になるわけはない」等と発言している。また、当時既にアメリカが日本のスパコンの性能を上回る物を開発しており、追加予算を投入しても1位になれるのは最大で半年。コストも性能も上の物が開発されることが明らかになっている状況だった。計算統計力学が専門の菊池誠大阪大学教授は上記発言について、1位になれないことが濃厚であったとしても予算を確保するための助け舟であろうと述べている。
2011年6月21日、日本のスパコン「京」が7年ぶりに世界一となったことを受けて、高木義明文部科学相は、この発言との関係について「科学者が発奮し、むしろバネになった」との見解を示した。
産経新聞は、「世間の反発を招いた主因は、その公開処刑のような手法にあった。」、「仕分けが、早口で敵をねじ伏せ、公開の場で血祭りに上げる「政治ショー」だった面は否めない。」と評している。
民進党代表選の党員・サポータ投票がすでに終了した後だったため、対立陣営の松原仁が「選挙を延期するべきだ」と主張するなど、党内からも強く批判され、物議をかもした。
日本の国籍法では、20歳未満で日本国籍と外国籍の両方を有している場合、22歳までにどちらか選ばなければならず、日本国籍を選択した場合は外国籍の離脱の努力義務が生じるが、同時に、中華人民共和国の国籍法では「外国籍を取得した者は中国籍を自動的に失う」と定めており、日本政府の見解では日本は台湾と国交がないため、台湾籍の人には中国の法律が適用される見解に基づけば、二重国籍の問題は生じないという見方が出ていた。
しかし、後に日本の法務省は「台湾の出身者に中国の法律を適用していない」とする見解を発表し、前述の見解を否定した。2006年6月14日の衆議院法務委員会で、杉浦正健法務大臣(当時)は「国際私法上、台湾籍の保有者には台湾の法律が適用されること」と答弁している。
公職選挙法では、被選挙権に日本国籍と外国籍の両方を有している者を除外する規定はなく、二重国籍は公職選挙法違反には当たらない。
2016年9月23日の記者会見で、午前中に台湾当局から台湾籍の離脱が完了した報告があったとして、子供の頃の台湾のパスポートの提出を終えているなど手続きの詳細を公表し、発言に一貫性がなかったことにより迷惑をかけたこと等について謝罪した。