花鳥山遺跡
球根類の出土例はそれまで神奈川県平塚市の上ノ入遺跡でキツネノカミソリの出土が報告されている程度であったが、花鳥山遺跡では土坑や包含層から球根類24点が出土し、土器内面のオコゲも確認され全国的に注目される発見となった。その後、県内出土の土器資料が再点検されると球根類の発見例が相次いで報告され、食材としての利用法や野生種との比較など、さまざまな研究が試みられる契機となった。
また、エゴマは栽培植物として縄文農耕論の立場から注目されているが、住居床下から発見された炭化種子塊は国内最古級の資料で、1975年(昭和50年)に長野県の大石遺跡で発見された縄文中期の資料を更新することとなった。ほか、水洗選別により栽培種ではシソ、アブラナ類、ニワトコ、シロザ、スベリヒユ、ミズキなどが検出され、雑草ではエノキグサが検出されている。
動物遺体は狩猟獣であるイノシシやシカが主で、細片で被熱が認められるため食糧であったと考えられている。また、コイ科魚類のエラ骨が発見されており、山梨県内において遺跡から魚骨が出土した初の例となった。なお、山梨県における海水魚類の最古の出土事例は、縄文後期の南アルプス市の百々上八田遺跡から出土したタイ科の骨とされている。また、花鳥山遺跡からは貝殻製のボタン状製品や漁網の重りとも考えられる土器片錘も出土し、漁労具の出土例となった。
出土遺物のうち、1~2次調査のものはそれぞれ京都大学文学部博物館や國學院大學考古博物館で、3次調査のものは山梨県埋蔵文化財センターに保管され、一部は山梨県立考古博物館で展示されている。