奥羽鎮撫総督府
九条総督は歎願書を受け取った際に理解を示したが、独断では判断できないから、一応預かっておくと言って、ひとまず受け取った。 だが、結果として、参謀世良修蔵の強硬な反対によることが明らかな「会津は天地に入るべからざる罪人だから許されない、早々に討ち入るべし」という内容の返答を4月17日に出して、総督府として歎願書を却下した。
新政府は西日本の朝敵藩討伐命令と同じように、1月17日に当該地域の有力藩である仙台藩に対して会津藩討伐命令及び秋田藩・盛岡藩・米沢藩に対して、仙台藩への応援命令を発したが、2ヶ月たっても何の進展もなかった。 西日本方面では、同様の命令に対して、多くの有力藩が速やかに協力態勢を打ち出したため、被討伐藩が孤立化して抵抗できなかったが、東北では西日本で成功した地方平定方式が通用しなかった。