第二水俣病
1967(昭和42年)年6月12日、患者3世帯13人が、昭和電工を相手取って総額約5億3,000万円の損害賠償を求める訴えを新潟地裁 に起こした。昭和電工側はこれに対し「原因は新潟地震によって川に流出した農薬」と主張した。1964年に発生した新潟地震により、水銀農薬を保管していた新潟港埠頭倉庫が浸水する被害を受け、そのとき農薬が流出したのではないかと疑われた。しかし当時、新潟県当局は被災した農薬の全量を把握しており、いずれも安全に処理されていたことを確認している。また、農薬として使用されていた水銀はほとんどがフェニル水銀であり、水銀中毒の原因物質となったメチル水銀ではない。さらに、農薬説は第一次訴訟までに被害を訴えていた患者が下流域にしかいなかったことを根拠としていたが、その後、より上流の地域にも患者が発生していたことが明らかになり、全くその主張の根拠を失った。
死亡患者の遺族の一人の法廷証言に「少女はもだえ、苦しみ.....
しかし、電気化学方式による有機合成化学工業は、第二次世界大戦後に発達した石油化学方式にコスト面で打ち勝つことが難しく、昭和30年代には国策として大規模な石油化を推し進めることになった。
1962年(昭和37年)、昭和電工は日本瓦斯化学工業および三楽オーシャン(現・メルシャン)と共同で徳山石油化学株式会社(現・昭和電工徳山事業所)を設立。
1965年(昭和40年)1月、昭和電工はエチレンを直接酸化してアセトアルデヒドを生産する工場を山口県徳山市(現・周南市)に移転。本格稼働が始まることで、同年1月10日、鹿瀬工場でのアセトアルデヒド生産は終了した。
同年1月18日、東京大学教授(のちに新潟大学教授)の椿忠雄は新潟市の入院患者を診察し、有機水銀中毒症と推量。同年5月31日、椿と植木幸明は「原因不明の水銀中毒患者が阿賀野川下流沿岸部落に散発」と新潟県庁に報告。これが「新潟水俣病(第二水俣病)」発生の公式確認とされる。結果的に発見された時には原因となるアセトアルデヒドの生産とそれに伴うメチル水銀の放出は終了していたことになる。
昭和電工は同年暮れまでにアセトアルデヒド製造プラントを早々と撤去。工場のフローシート(製造工程の図面)を焼却し証拠隠滅を図った。その上で、「水俣病の原因物質は有機水銀である。工場が使っていたのは無機水銀であるから鹿瀬工場の排水が新潟水俣病の原因ではない」と主張した。