第54戦闘航空団
ドイツ空軍の敗北の後、3つの飛行隊は再び別々の位置へと再配置された。第I飛行隊は1940年9月27日から1941年5月まで第1戦闘航空団に編入された。第II飛行隊は1940年12月3日から1941年1月23日までデルメンホルスト飛行場で冬眠についた。第III飛行隊はオランダにおいての短期間の防空任務の後に同様の休養を取った。そして、第II飛行隊と第III飛行隊は短期間の間フランスのル・マンとシェルブールにおいてノルマンディー地方の防空任務を行った。この時期の静かな状況は部隊に長い訓練時間を提供した。
1941年3月29日には、航空団本部中隊・第II飛行隊・第III飛行隊がバルカン半島へと再配置され、ユーゴスラビア侵攻においては主に鉄道に対する地上攻撃任務を担当した。また、ユーゴスラビアが戦争前にドイツから購入していたBf109Dとの交戦も行った。ユーゴスラビア降伏の後、JG54はBf109EからBf109Fへと装備を変更した。第I飛行隊が航空団に戻るとプロイセンへと移動しバルバロッサ作戦のための訓練を開始した。