DMSOレダクターゼ
2つのピラノプテリン補因子が著しく非対称であるデータを基に提唱された反応機構は以下のようなものである。活性中心が完全に酸化され6価モリブデンとなっている場合、モリブデンに対するオキソ配位子とセリンの結合距離は1.7 Å、P-プテリンS1原子、S2原子、Q-プテリンS1原子の結合距離は2.4 Å、Q-プテリンS2原子は3.1 Åだった。P-プテリンとQ-プテリンの非対称性は、Q-プテリンS2原子の反対側に位置するオキソ配位子のトランス効果(英語版)により結合が弱まっていることによる。
活性中心が完全に還元され4価モリブデンとなっている場合、P-プテリンS1原子、S2原子、Q-プテリンS1原子は完全な配位結合を維持するが、Q-プテリンS2原子は配位結合性を弱めて金属中心から離れる。この結合長変化はDMSO基質からモリブデンへ酸素原子が直接移動する機構として提唱されているものと一致しており、還元型酵素ではジチオレン配位が弱いことによってスルフィニル基 (S=O) の結合が促進される。モリブデンの還元とオキソ配位子のプロトン化の際にはシトクロムから電子が受け渡されるが、その結合部位について、活性部位近くの凹みに結合してモリブデン中心を直接還元する、Q-プテリン近傍のよく溶媒和したポリペプチド鎖に結合してQ-プテリン経由で電子を受け渡す、の2通りの仮説が提唱されている。