フィリピン独立革命
しかし1899年3月31日には早くも首都マロロスが陥落し、以後共和国政府は中部ルソン地方のタルラク州・ヌエバ・エシハ州を転々と移動することを余儀なくされた。そして11月12日アギナルド大統領はパンガシナン州バヤンパンで正規軍の解体と遊撃隊によるゲリラ戦を布告し、ルソン北部の山岳地帯に撤退した。
しかし独立派が圧倒的に優勢な米軍を相手にねばり強さを見せるのはこれ以降であった。アギナルド政権下で非主流派として脇に押しやられていたボニファシオ派や革命的宗教結社などは熾烈なゲリラ戦を展開して長期間にわたり米軍を悩ませた。1901年3月23日、イサベラ州で米軍に捕らわれたアギナルドは4月1日アメリカ支配への忠誠を誓うとともに同じ独立派の諸部隊にも停戦と降伏を命じ(同じく捕虜となったマビニやリカルテらが断固として服従を拒否した態度に比して、これらはアギナルドの人気を著しく凋落させる結果となった)、こののち各地で独立派幹部の投降が相次いだことから、同年7月にアメリカは軍政より民政へ移行し、早々と米国に忠誠を誓っていた親米派フィリピン人(かつてプロパガンダ運動を支持していた新興有産層が多かった)を行政機構に登用、有力者を取り込むことでアメリカ統治体制の安定をはかった。
当時の日本は、日清戦争による台湾領有と関連して、スペインなどからはフィリピンに対する領土的関心を疑われていた(その反面フィリピンの独立派は日本による好意的な介入を期待した)。だが日本政府は、1896年革命から米西戦争、1898年革命を経て米比戦争に至るまでのフィリピンの動向に対し、主として条約改正との関わりで、これに好意的なアメリカ(およびスペイン)との関係を悪化させるのを好まず、公式には「米西戦争・独立運動に対する中立」「米によるフィリピン支配の支持」を表明していた(日露戦争後のアメリカとの桂・タフト協定(1905年)・高平・ルート協定(1908年)でもこの立場は踏襲された)。
ところがその一方で民間や軍の一部では日清戦争後の南進論やアジア主義の高まりから、独立革命に乗じて(これの支援を通じ)日本の勢力をさらに南へと拡大しようとする動きが起こり、こうした政治状況を背景として同時代のフィリピン情勢に対する大衆的関心も発生した。