白神市
秋田県側の世界遺産地域であった藤里町が早期にこの合併協議会から離脱していたこともあり、「白神はもともと青森県の地名」「白神山地の世界遺産登録地域が新市域には含まれていない」などの理由で青森県側の市民団体などが猛反発し、署名運動などが起こった。また、元々能代市民の間には「能代」の名称への愛着が強く、「現在の市町村名以外」という取り決め自体に対する声が多く、「白神市」に反対する複数の市民団体が結成され、これらの団体が中心となって集めた署名は住民投票の請求に必要な有権者数の約5倍に及んだ。
このため、能代市は市民に合併と新市名についての市民アンケートを実施した。この結果、合併に賛成する意見は約半数であったが、新市名の希望については「能代市」または「能代を含む名称」が70%以上である一方「白神市」または「白神を含む名称」については10%以下という結果であった。
能代市はこの市民アンケート結果を元に、新市名をアンケート結果で1位の「能代市」とするよう合併協に申し入れたが、残りの町村全てから拒否され、最終的に12月10日に合併協を離脱することを表明した。