清水エスパルス
1stステージは第5節から9連勝を達成、一時首位を走ったものの、国立での鹿島戦を境に失速、2位に終わった。FIFAワールドカップアメリカ大会にロナウド選手がブラジル代表として出場。クラブ所属選手では初のW杯出場となった。1stステージ終了後、エメルソン・レオンが選手と賄賂を行っていたことが発覚し、解任。後任の監督にロベルト・リベリーノが就任したものの、2ndステージは6位で終了。
2007年、統一教会の創始者である文鮮明が設立した財団法人「鮮文平和サッカー財団」(郭錠煥理事長)の主催していたピースカップに日本のチームとして初めて参加。これについては全国霊感商法対策弁護士連絡会(対策弁連)が抗議書を送付している。なおピースカップは2012年まで行われたが、日本のチームで参加したのは清水のみである。
2019年7月14日・15日に東京ビッグサイトで開催された「eJリーグ ウイニングイレブン 2019シーズン」において、決勝でFC東京を下し、初代王者となった。優勝した清水にはeJリーグ杯と優勝賞金500万円が贈呈された。清水は、優勝賞金の使用用途について「アカデミー活動の充実」と明かした。
チームスローガン:HARD & ATTACK 2004
アントニーニョ監督体制でスタート。手腕が期待されたが、家族の看病などを理由に、1stステージ最終戦となった市原臨海競技場での市原戦後に辞意を表明。石崎信弘ヘッドコーチが監督昇格となった。アラウージョ、チョ・ジェジンが攻撃面で奮起するものの、リーグワースト5位の53失点を喫し、J1リーグ戦は年間14位となった。シーズン終了後、翌年も石崎監督を続投することが決まっていたが、サポーターから不満が噴出し、その年限りで石崎は監督を退任した。
この年開催されたアテネ五輪には黒河貴矢がメンバー入りを果たした。長年ゴールマウスを守ってきた真田雅則が現役引退。