木古内駅
道の駅みそぎの郷 きこない
木古内町役場
木古内警察署
木古内港
木古内町立木古内中学校
木古内郵便局
北海道銀行木古内支店
道南うみ街信用金庫木古内支店
新函館農業協同組合(JA新はこだて)木古内支店
上磯郡漁業協同組合木古内支所
国道228号(国道280号重複)
北海道道383号木古内停車場線
北海道道605号中野木古内停車場線
中野館跡 - 道南十二館の一つ。
佐女川神社(寒中みそぎ祭りが行われる)
みそぎ浜(寒中みそぎ祭りが行われる)
クラッセイン木古内(ホテル)
ラルズマート木古内店
セイコーマート木古内駅前店
ツルハドラッグ木古内店
「国土数値情報 駅別乗降客数データ」によると、1日平均乗車人員は以下の通りである。
当駅は、全国の新幹線駅では奥津軽いまべつ駅に次いで平均乗車人員が少ない。
1面2線の島式ホームが地上部に、待合室やタッチパネル式自動券売機が自由通路と同じ高架部にある橋上駅である。1 - 3番線にはホームが無く、のりばは4・5番線となっている。
社員配置駅であるが、輸送社員のみのため出札・改札業務などは一切行われておらず、営業上は無人駅である。JR時代に使われていた窓口は閉鎖され、普通乗車券は自動券売機による発売となっているが、定期乗車券については新幹線側の木古内駅で購入可能となっている。客扱いをしていない1 - 3番線への階段や通路は、封鎖されたのち2017年(平成29年)末までに全て撤去された。
1 - 3番線には架線が張られているが、北海道新幹線開業に伴い海峡線 - 当駅函館方(交交セクション)まで架線電圧が新幹線と同様の交流25,000 V・50 Hzに昇圧されたため、海峡線直通に対応したEH800形電気機関車とE001形電車以外の電気車は当駅に入線できない。4・5番線には架線が張られていない。
江差方及び松前方の場内信号機(江差線、松前線)は駅からかなり離れており、当駅西方の木古内川橋梁を渡った先の海峡線に合流する手前に設置されていた。江差方面の列車は4・5番線から発車後ポイントを渡り海峡線の下り線を走行後、木古内道道踏切(木古内駅構内扱い)の直前で分岐していた。また、松前線の列車は、4・5番線から発車後ポイントを渡り、現在の海峡線の上り線を走行後、木古内道道踏切(木古内駅構内扱い)を過ぎたところで分岐していた。なお、この踏切は江差線当駅・江差駅間廃止後は、所属が江差線から海峡線に変わり、公道と交わる踏切としても道内最南端となった。