スーパーはくと
しかし、「スーパーはくと」4 - 14号の上り列車の発車時刻を30分程度繰り上げて、姫路駅に停車する「のぞみ」と接続するようになったことにより、東京駅への所要時間が約25分短縮された。
京都駅 - 上郡駅間では交通系ICカード「ICOCA」が利用できる。
京都発が下り列車で、列車番号は 51D - 64D と運転線区で変更がなく、下りは号数+50の奇数、上りは号数+50の偶数である。車内チャイムは「きなんせ節」「だいこくさま」「ふるさと」が使用されている。かつては「月の沙漠」も使用されていた。
なお、京都駅 - 鳥取駅間では、かつて山陰本線経由で「あさしお」が運転されていた。走行距離は山陰本線経由の「あさしお」が230.3kmであるのに対し、智頭急行線経由の「スーパーはくと」は253.5kmと約20km長い。しかし、線形の良い東海道本線・山陽本線・智頭急行線を経由する「スーパーはくと」の方が最高速度が速く、所要時間は「あさしお」の4時間弱に対して約1時間短縮されている。
大阪駅 - 米子駅間で準急列車として1965年に運転を開始し、翌年に急行列車化された。1960年に運転を開始した「みささ」と運転経路が同じであったため、1968年に「伯耆」に統合されて廃止された。
2009年(平成21年) 6月1日:喫煙ルームが廃止され、全車両禁煙となる。 8月10日:台風9号接近に伴う豪雨で智頭急行智頭線の線路に土砂が流れ込み、終日運休になる。 8月11日:久崎駅 - 大原駅間で代行バス輸送を介し、全列車運転再開(大原駅 - 鳥取駅・倉吉駅間の一部列車はJR西日本キハ187系気動車を使用)。 8月12日:不通区間が平福駅 - 大原駅間に短縮。ただし、佐用駅は通過。 8月14日:佐用駅への停車が再開される。 8月29日:平福駅 - 大原駅間で行っていた代行バス輸送が終了し、通常運転が再開。
2012年(平成24年) 8月3日:国際まんが博の開催に合わせ、イラスト列車の運行を開始 8月26日:車内販売が5年ぶりに復活。なお上郡駅 - 鳥取駅間で2往復のみ実施された。
2013年(平成25年) 1月15日:前年8月から行われた車内販売がこの日にて終了した。
2018年(平成30年) 7月5日:平成30年7月豪雨により、全区間で運休となる。 7月14日:京都駅 - 智頭駅間において1日5往復での運転を再開。また、これらの列車に接続する、智頭駅 - 鳥取駅間の直通代行バス(1日5往復)の運行も開始。 7月18日:用瀬駅 - 智頭駅間が復旧完了により、全区間で運転再開。
2019年(平成31年)3月16日:ダイヤ改正。13号が神戸駅・西明石駅・加古川駅に停車。