マー・ワラー・アンナフル
ティムール死後の後継者争いを制して王位に就いたシャー・ルフはマー・ワラー・アンナフルの統治を長子のウルグ・ベクに委任し、自身は即位前からの領地であるホラーサーン地方のヘラートを本拠地とした。ウルグ・ベクはヘラートの宮廷からの干渉をほとんど受けることは無く自由に政務を執り、内政・外政・学芸の保護に尽力する。1420年にサマルカンドに天文台が建設され、ウルグ・ベク時代のサマルカンドはイスラーム法に基づく厳格な統治が敷かれていたヘラートとは対照的に、ティムールの時代と同じように自由な空気が流れていた。シャー・ルフの死後の王位を巡る混乱でティムール朝の領土は分裂し、アブー・サイードの子孫が支配するマー・ワラー・アンナフルの政権とフサイン・バイカラが支配するホラーサーンの政権が並立する。アブー・サイード政権のマー・ワラー・アンナフルではスーフィー(イスラームの聖者)のホージャ・アフラールが指導するナクシュバンディー教団が強い影響力を持ち、ホージャ・アフラールの後継者は強大な政治力と経済力を相続した。
ホラズム・シャー朝滅亡後は各都市にダルガチ(行政総督)が置かれてモンゴル帝国の行政区に組み込まれた。1222年秋にチンギス・カンは契丹人の耶律阿海親子をマー・ワラー・アンナフル総督に任じ、阿海と各都市に派遣されたムスリム官僚は荒廃したマー・ワラー・アンナフルの復興に着手した。チンギス・カンの跡を継いだオゴデイ・ハーンの時代、中央アジアはオゴデイの兄チャガタイの私領に定められ、ダルガチに就任したマフムード・ヤラワチとその息子で父の後任となったマスウード・ベクの親子の元で中央アジアの諸都市は著しい回復を見せる。
1259年のモンケ・ハーンの死後、中央アジアではオゴデイ家のカイドゥやチャガタイ家のバラクが台頭した。モンゴル帝国の中央アジアの財務当局はこれら王族同士の紛争によって、当時中央アジアで最も勢力が大きかったカイドゥの支配に吸収されてしまった。1301年のカイドゥの死後はチャガタイ家のドゥアが東はイリ地方一帯からマー・ワラー・アンナフル全域まで支配した。