紀勢本線
2011年9月3日に日本に上陸した台風12号は紀伊半島を中心に大雨をもたらし、河川氾濫や土砂崩れが発生するなど大きな被害がでた。紀勢本線で受けた主な被害は以下の通り。
紀伊天満駅 - 那智駅間の那智川橋梁が那智川の増水により一部流失
熊野市駅構内の井戸川橋梁が増水により一部流失
下里駅 - 紀伊浦神駅間の江川橋梁で、土砂流出
周参見駅 - 紀伊日置駅間の第3太間川橋梁で橋脚の土台周辺の土砂が流出
この被害で熊野市駅 - 白浜駅間の約120kmが一時不通になり、バス代行輸送が紀伊田辺駅 - 新宮駅間で9月6日から、熊野市駅 - 新宮駅間で9月7日から行われた。
不通区間のうち、串本駅 - 白浜駅間は同年9月17日、紀伊勝浦駅 - 串本駅間は同年9月26日に運転を再開した。熊野市駅 - 新宮駅間については、井戸川橋梁と新宮駅構内の信号設備の復旧にあわせ、2011年10月11日から運転を再開した。
新宮駅 - 紀伊勝浦駅間については和歌山県が河川改修を検討し、復旧工事をする場合はその川幅にあわせて工事をしなければならないためJR西日本は年内の復旧は難しいとしていたが、和歌山県は橋梁部の河川の拡幅をしないことを決定し、これを受けてJR西日本は残った鉄橋で復旧を進めることになった。
( )内の数字は起点からの営業キロ。
3月24日:快速「ありがとう 165系号」が天王寺駅 - 白浜駅間で運転される。 11月2日:紀伊田辺駅 - 御坊駅間でワンマン運転開始。
2003年(平成15年) 10月1日:紀和駅 - 新宮駅間のコンコースの喫煙コーナーが廃止。 10月:きのくに線電化25周年記念イベントとして、11・12日に天王寺駅 - 新宮駅間でキハ58系による急行「きのくに」が復活運転、12・13日に和歌山駅 - 白浜駅間でEF58 150牽引の12系客車による急行「紀勢線電化25周年記念号」が運転される。
2004年(平成16年) 6月2日:冷水浦駅付近の高架橋でトレーラーが横転して積荷の材木が線路上へ落下し、快速列車が脱線して約1日半にわたって部分運休。 9月29日 - 10月26日:台風21号による紀伊長島駅 - 三野瀬駅間の赤羽川橋梁橋脚流出により、紀伊長島駅 - 船津駅間で運休。
2005年(平成17年)12月7日:那智駅で紀伊勝浦発新宮行き普通列車がホームで停止できずに安全側線に進入する事故が発生。この事故で約1日半にわたって運休やダイヤの乱れが生じたが、人的被害はなかった。
2008年(平成20年) 4月1日:鵜殿駅 - 紀伊佐野駅間(10.0km)の貨物営業(日本貨物鉄道の第二種鉄道事業)廃止。 10月4日:紀和駅周辺の連続立体交差事業が完成。
2009年(平成21年)7月15日:紀勢本線全通50周年記念として亀山駅 - 白浜駅間でキハ85系による快速「紀勢本線全通50周年記念号」が運転。
阿漕駅:中勢鉄道線 - 1942年11月30日まで
松阪駅:三重電気鉄道松阪線 - 1964年12月13日まで
徳和駅:関急伊勢線 - 1942年8月11日まで
藤並駅:有田鉄道線 - 2002年12月31日まで
海南駅: 野上電気鉄道野上線(日方駅・連絡口駅) - 1994年3月31日まで 南海和歌山軌道線 - 1971年1月9日まで
紀和駅:和歌山線 和歌山線は1974年まで紀和駅からも分岐していた。こちらが1903年に開通した元々の和歌山線で、和歌山駅から分岐するようになったのは1961年である(正式な旅客営業は1972年から。ただしそれ以前から一部の旅客列車が運転されていて、運賃は紀伊中ノ島駅経由の営業キロで計算していた)。
和歌山駅:南海和歌山軌道線 - 1971年3月31日まで
和歌山市駅: 南海加太線(廃止区間) 南海加太線は、和歌山市駅 - 北島駅 - 東松江駅 - 加太駅間であったが、1950年に台風のため和歌山市駅 - 北島駅間が不通となり、1955年に同区間が廃止され、北島駅 - 東松江駅間が北島支線、紀ノ川駅 - 東松江駅 - 加太駅間が加太線となった。詳細は南海加太線・南海北島支線の項を参照。なお、加太線に直通する列車は和歌山市駅から発着している。 南海和歌山軌道線 - 1971年3月31日まで
103系 海南駅 - 和歌山駅間で、平日ダイヤのみ運用されていた。1994年6月1日から1999年5月9日までは周参見駅 - 海南駅間でも運用されていた。また、臨時ではあるが、森ノ宮電車区所属のUSJラッピング車が2001年に和歌山駅 - 新宮駅間で運転された事がある。
105系 2019年5月31日までは、改造車の4扉車が和歌山駅 - 和歌山市駅間で運用されていた。 2021年3月12日までは、新宮駅 - 紀伊田辺駅間(平日の一部は南部駅まで)で新造車の3扉車が運用されていたほか、新造車グループの検査代走用として元和歌山線用の4扉車も使用されていた。
113系 2両編成の2000番台のみが紀伊田辺駅 - 和歌山駅間で運用されており、御坊駅 - 和歌山駅間は早朝の上りと深夜の下りの各1本のみ運用されていた。2011年12月10日までは、4両編成も周参見駅 - 和歌山駅間(周参見駅 - 紀伊田辺駅間は下り列車のみ)で運用されていた。
熊野地駅 (0.0km) - 広角駅 (2.4km) - 三輪崎駅 (4.4km)