ジュンク堂書店
この開店直前の同年1月31日に、1995年9月10日から同店に隣接して開業していた駸々堂書店神戸三宮店(約1,000坪)の自己破産による閉店があった。
2001年 - 東京都の池袋店を、1,000坪から当時は日本最大の売場面積となる2,000坪に増床し、店名を池袋本店に改称する。500坪の姫路駅店と、150坪の舞子店が開店する。ブックセンター店をサンパルビルからダイエー三宮駅前店7Fに移転し550坪に増床、店名を三宮駅前店に改称する。同ダイエー8Fに漫画専門店としては国内最大級となる200坪の漫画館三宮駅前店、700坪の西宮店、開店当時は西日本最大の売場面積となる1,600坪の福岡店が相次いで開店する。
2002年 - 明石店がラ・メール(98年にフォーラスから改称)内からダイエー明石店内に移転し、585坪になる(2005年8月31日、ダイエー明石店閉鎖に伴い営業休止)。東京都の丸善店舗跡に125坪のプレスセンター店が開店する。神戸住吉店が260坪に、鹿児島店が360坪にそれぞれ増床する。
2003年 - 300坪の名古屋店と、470坪の仙台ロフト店が開店する。
2004年 - 新宿三越(2005年のリニューアル後は「新宿三越アルコット」)のテナントとして、1,100坪の新宿店が開店する。
2005年 天満橋店を530坪に増床する。250坪の漫画館大分店が開店する。 10月8日 - 京都BAL店、洋書・医学書が100坪で先行開店する。 11月11日 - ヒルトンプラザ大阪イースト5階に320坪の梅田ヒルトンプラザ店が開店。
2006年 2月25日 - 京都BAL店が全面開店。 3月15日 - 明石店が旧ダイエー明石店西館跡地B1 - 2Fに移転し再開業。 12月9日 - ダイエー盛岡店跡地に完成したMOSSに盛岡店を開店。