闇のイージス
テロ対策を専門に請け負い全米で業界3位の実績を持つ民間警備会社「HSE(ハンター・セキュリティー・エンタープライズ)」の最高経営責任者。20歳にしてオックスフォード大で経営学の学位を取った才女。誇り高く聡明で責任感が強い。反面、駆け引きに長け、高圧的で人を見下した態度も見せる。依頼人を装って雁人の力量を測りヘッドハンティングしようとしたため怒りを買うが、「蝶」の情報を餌にして協力を取り付ける。白人の父と日本人の母を持つ日系人。
彼女の20歳の誕生日に発生したアメリカ同時多発テロで両親を失い自らも負傷し、鳩尾には事件の傷跡が大きく残る。両親を奪ったテロリストたちを激しく憎み、父の遺産である株式を受け継いで経営者となり、「HSE」を対テロ組織とした。「十字架」を背中にもつムハンマド・サイードのテロ計画を雁人と共に阻止する中で考えに変化が生じ、サイードが残した、彼が最も大切にしていたラピスラズリを預ることになる。
『暁のイージス』では「蝶」を追う雁人に協力するが、銃撃を受けて瀕死となった雁人を目の前で拉致される。さる国の施設に捕らえられた雁人を救出すべく、下記のアーネスト・ロイドやウリエル達と共同戦線を張り、雁人救出の依頼を果たしたジーザスから「蝶」の過去を記した資料を渡され、それはウリエルを通じて「蝶」との最終決戦に挑む雁人を助ける為に日本へ向かうマーキュリー刑務所の元囚人達に託される事となる。
なお同作者作品の『BUGS LAND』後半にも出ているが、本作との明確な繋がりは不明。
「租界」に住む大柄な黒人男性。陽の当たる世界から疎外された気持ちが強い故に、外から来た人間に敵意を剥き出しにするが、自分を救ってくれたマリアにだけは「ドク・マリア」と呼んで、尊敬と親愛の情を向けており、彼女に害を与える者は排除しようとするだけではなく、自ら命を捨てる事すら厭わず、アルベルト・ヘスに連れ去られたマリアの救出を雁人に頼み込む。
ウォルター スタリー
雁人がセル・ビエンテとゼロの対決の事件後、七瀬から報酬として受け取ったディスクの映像の中に登場した「蝶」を調査しているBI捜査官の男女コンビ。米軍のマイロ中尉の手引きで、アリ・ハジムと出逢い、「蝶」からのメッセージと、ハジムの自爆から逃れながら映像とメッセージを収める。
名前とモチーフの由来は『X-ファイル』の主人公とヒロインパートナーから。
アリ・ハジム
「蝶」の崇拝者であるアフガニスタンのテログループの人物で、ウォルター、スタリーに、2年前に始めて「蝶」と出逢い、そこで「蝶」が世界中にテロの因子を放った事を話す。更に2人に出会う三週間前に再会した「蝶」にアメリカに対し「自分達の国を攻め込むなら、テロで応戦する」というメッセージを伝えるよう頼まれ、それを伝えた後に、爆弾で自決する。
原口 香保(はらぐち かほ)
第11巻の「目撃者」に登場。十五歳の区内私立女子高一年生。ボーリング場で親に内緒で仔猫を養っていた時、竜門幇と蛇の抗争に巻き込まれ、麻薬組織同士の殺し合いを目撃した事でPTSDとなり、入院した病院でも爆弾テロの脅威に苛まれたり、偽刑事に拉致されかけたりという災難に見舞われる。
南新宿署の署長で、陽子と樟原の上司となる。
雁人が南新宿署に拓也と共に自首したことで、引き取りに来た白瀨に受け渡しを拒否して押し問答となるが、それは芝居であり、20年以上前に犯した過ちを「天使」に責められ、そのまま「天使」の奴隷となって、思うままに雁人と拓也を殺そうとするが、雁人と陽子の策に嵌まって正体を見破られてしまう。
東京の、「租界」と呼ばれる外国人居留地で診療所を開いている外科医。20歳前後の若く美しいドイツ人女性だが、その天才的な治療の腕と、患者に対する真摯な姿勢から、「租界」の住人から女神のように慕われている。
ゼロの師匠ルドルフ・カウフマンの娘だが、実はアナと同じく「ゲイザー」の実験によって誕生した、人工的な天才児である。ゼロに対しては恋愛感情を持ちながらも、自分のせいで「無痛症」になったことに対して負い目を感じており、またゼロからルドルフの死に関する衝撃的な事実を告げられ、お互い決別していた。
しかしルドルフの弟子の1人が起こした事件の中で真相を知りゼロと和解、彼の「無痛症」を治療するため共に欧州に渡る。
甲斐彰一がアメリカに出向している間に、警視庁公安の警視となった人物。ペイルライダー事件を担当し、雁人を犯罪者と同類と見なし、彰一が居ない事をいい事にペイルライダー事件の犯人と関わりがあると言いがかりを付けて痛めつけるが、返り討ちに遭う。
彰一と違って組織内の自分の出世しか考えておらず、その出世の為には手段を選ばず、犯人を手当たり次第に検挙しようとしたり、関係者と疑う相手に暴行や自白剤を投与するなど、警察官僚の良識や資質に著しく欠ける人物で、彰一のような人望も無い上に、功を焦る誤判断によって進藤と、進藤が狙ったカルト教団や暴力団による事件被害を拡大させてしまう。
「甲虫(ビートル)」のコードネームを持つ、爆破工作の専門家。アフロヘアの黒人青年。作戦行動中に負傷したところを「蟻」こと現「蝶」に救出されるが、元「蝶」ことジョナサンに殺害されてしまう。しかしそれが現「蝶」を生み出す引きがねの一つとなった。
イタリア系の老齢の囚人。コーザ・ノストラで武闘派と言われた幹部で、ミケーレ・マドニアの義兄弟でもある。ベンと雁人の戦いから雁人が「アイギス」の後継者であることに気付き、マイクの護衛を依頼した。マイクの姿と、マフィアである自分に反発して家を飛び出し命を落とした息子とを重ねて見ている。マルコという囚人が常に付き従っている。
囚人の1人で、スキンヘッドに髭を生やした日系人の元軍人。過去にムライとトラブルを起こした人間は例外なく変死を遂げているため、囚人内で孤立している。またブラガ所長に対しても対等以上に振舞っている。
かつて軍の命令を受けてアフガニスタンに潜入、親米的な勢力を支援する任務に従事。ムジャヒディンを組織化し一大勢力を構築することでアフガニスタンの混乱を終わらせられると目論んたが、本国の命令を無視し、ムジャヒディンと同一化を遂げ、自らの勢力拡大のためアメリカを脅迫したムライはテロリストと判断され、軍の意向を受けて派遣された特殊部隊に計画を潰され、裏で暗躍していた「蝶」に紋章を刻まれ、マーキュリー刑務所に収監された。「蝶」への復讐のため所内で核兵器を開発、調査に来た甲斐を監禁するなどして秘密裏に4発の核爆弾を完成させた。1発はマーキュリー刑務所で作動させるも雁人に起爆装置を解除され、3発をマーキュリー刑務所から運び出す際、側近ラクスリーの裏切りにあい致命傷を受ける。雁人からの救助を断り「蝶」に利用されたけじめを付ける為にネバダ州の砂漠にて1発を起爆させ自爆し果てた。残る2発は一旦は甲斐たちにより回収されたかに見えたが核爆発の隙に駆け付けた「紋章の戦士」に奪われ「蝶」の手に渡る。
最古にして最大の中国系秘密結社「竜門幇(ドラゴン・ゲート)」の当主。十代の若者でありながら、何十年も闇の世界に君臨してきた者の風格を漂わせる。自らも優れた暗殺者(狙手)だが、昼間は普通の高校生として新星高校に通い、日本語にも堪能であり、見た目はごく普通の高校生で狙手や組織の当主である雰囲気はまったく無く、また一般的な住居に2人の使用人の少女燕(イェン) 蘭(ラン)と共に暮らしており、その生活に幸福を感じている。級友とも仲良く中でも野々宮亜紀とは親友でもある。しかし幼少期からの訓練によるマインド・コントロールで、夜は自らの意志をも離れて組織のために活動する非情の暗殺者となる。また組織内で対立する異母兄弟達に日本人の母親を人質にとられており、当主の座を狙う兄劉丹(リウ・タン)の策略で高校の同級生の少女、野々宮亜紀の暗殺を命じられる。
伊健は通学時の格好のまま突如セイレーンを訪れ楯やアナを驚かせ、雁人に“自分から”その野々宮を護る依頼をして雁人と戦った後、雁人と共に護り切る。その後、伊健は「自らの意志で竜門幇を支配する《真の竜》になること」を決意し、姉を殺害後、クリスマスの夜に野々宮に雑踏の中でぶつかった振りをして別れの印としてプレゼントを忍ばせた。
その後、「伊藤 健介」として藍東学園の養護教員となる。そちらでの活躍については『JESUS 砂塵航路』を参照。
見た目は冴えない風体の老人に見えるが、実際には間宮里佳子に傭われた殺し屋の1人。70歳を超えようという年齢であるにも関わらず、「決して背を向けてはならない」と警戒される程の老練の殺し屋。にこやかな口調で相手を油断させ、トランクに内蔵した機関銃と、老齢にも関わらず人1人絞め殺す事も訳ない強靱な腕力を武器としたが、雁人に負けて退き、逃亡際に「他に3人(1人はゼロ)の殺し屋が狙う」と告げたが、続く女の殺し屋も雁人の返り討ちとなった。
矢木 春景(やぎ はるかげ)
間宮家と関わりがある老人形師。里佳子と不倫の恋仲となり、2人の間には子まで生まれたが、その事で間宮に生まれた赤子を殺されたばかりではなく、強請られて、間宮が戦後、フランスで購入したビスクドールの製造を手がけさせられた。その人形は全て自動人形であり、間宮にとって目障りとなる人物を殺す暗殺道具として用いられていた。
ちひろに真実を語った後、里佳子から渡された毒薬で自殺を図るが、ちひろの対処で一命を取り留めた。
はるな なつき
「精霊流しの夜」に登場。晴美と雅人の墓参りに来て、彰一の父親に冷たくあしらわれ、終バスに乗り遅れた雁人の前に現れた和服姿の双子の姉妹。
はるなは重い心臓病である妹のなつきを護って欲しいと雁人に告げて、雁人はその依頼を受けて、病院を襲撃する武装グループから姉妹を護るが、その直後に彼女達も武装グループも消えてしまい、居眠りをした雁人には夢の中の出来事だったように思えたが、依頼の報酬として受け取った櫛は、実際に雁人のポケットの中に入っていた。
元サパティスタ出身の初老の肥満男。政府軍に追い詰められて玉砕しようとした時、イレーネに止められて匿われ、それ以来イレーネを命の恩人として心酔するようになるが、カザルス達の脅しに屈し、一時は安泰のためにイレーネの手引きで訪れた雁人とレオンを警察に売り渡そうとするものの、エビータの説得を受けてイレーネへの恩返しも兼ねてカザルス達から雁人達を庇って自決する。