亀山本徳寺
永正12年(1515年)、蓮如の門弟空善が飾磨郡英賀の英賀城下に本堂(英賀御堂)を開山したのを始まりとする。その後、在地の勢力である播磨三木氏の庇護のもと発展したが、天正8年(1580年)の羽柴秀吉の三木通秋の守る英賀城攻めに先立ち、戦火を避けるために秀吉に寄進された亀山へ移された。現在の伽藍の一部は、英賀から伽藍等を解体し亀山へと移したものという。
慶長7年(1602年)に本願寺教団は東西に分裂。本徳寺は姫路城に入った池田輝政の政策の下で西本願寺に属した。池田氏に代わって本多氏が姫路城主になると、元和4年(1618年)に本徳寺が分立。東本願寺勢力は亀山から姫路城下の船場へ移った(現在の姫路船場別院 本徳寺)。その後亀山は、播磨国における本願寺派の根本道場として発展することになる。江戸時代には西国総録所として傘下に380余の寺院を擁した。
明治時代以降は本願寺派の別格別院となり、戦後は一般寺院ではあるが同派由緒寺の扱いとなって現在に至る。
なお、最寄駅の山陽電鉄亀山駅は、昭和19年(1944年)まで亀山御坊駅と称した。