後土御門天皇
更に応仁の乱の最中にもかかわらず義政が度々室町第で酒宴を開いていたとされているが、その酒宴には常に天皇が同席して一緒に飲酒している有様であった(『親長卿記』文明3年11月25日・同4年4月2・3日条、『実隆公記』文明4年4月2日条など)。
乱の終結後、朝廷の古来の儀式の復活に熱意を注ぐが、思うように行かなかった。それでも、元日・白馬・踏歌の三節会は再興され、現在は国立歴史民俗博物館に所蔵されている「節会諸役人控」は当時(後土御門天皇期)の節会に参列した公家たちの交名(名簿)である。
明応の政変に憤慨して一時は譲位を決意するが、老臣である権大納言甘露寺親長の諫奏によって取りやめる(『親長卿記』明応2年4月23日条)。その背景には、朝廷に譲位の儀式に掛かる費用がなく、政変を起こした細川政元にその費用を借りるという自己矛盾に陥る事態を危惧したとも言われている。
後土御門天皇は5回も譲位しようとしたが、政権の正統性を付与するよう望んでいた足利将軍家に拒否された。
明応9年9月28日、御所の黒戸にて崩御。宝算59。葬儀の費用も無く、40日も御所に遺体が置かれたままだった。このことは近衛政家による『後法興院記』の明応9年11月11日条に「今夜旧主御葬送と云々。亥の刻許(ばか)り禁裏より泉湧寺に遷幸す。