エストニアの独立回復
3月3日にエストニアが独自に実施した独立回復に関する住民投票においては、「エストニア共和国の独立回復を望むか」との質問に対して、ロシア人を含めた有権者の6割強、投票者の8割弱が賛成した(ロシア人による投票の内訳は、賛成が3割、反対が4割、無投票が3割程度と推測されている)。同月17日にモスクワにより実施された、連邦の維持に関する全連邦国民投票(ロシア語版)も、エストニアを始めとしてバルト三国など6か国はボイコットしている。
ソ連崩壊の可能性が現実のものとなるなか、ゴルバチョフはあくまでソ連経済圏の維持を試み、新連邦条約に各共和国の決定権を盛り込んだ譲歩宣言を、4月24日に発した。しかし、連邦副大統領ゲンナジー・ヤナーエフなどの改革反対派にとってみれば、新連邦条約の締結こそが事実上のソ連解体であった。8月19日、ヤナーエフら強硬派は国家非常事態委員会を組織してゴルバチョフを軟禁し、全権掌握と非常事態を宣言した(八月クーデター)。
一方、最高会議のロシア人議員たちは、独立したエストニアにおいて非エストニア人の権利が保障されていない、としてこの決議への投票をボイコットした。
懸案事項であったエストニア会議の存在について、独立決議はその第2項で、最高会議とエストニア会議双方の代表によって構成される憲法制定会議(エストニア語版)の招集を定めた。これは、最高会議の側はエストニア会議に譲歩することで圧倒的賛成多数という投票結果の説得力を得、エストニア会議の側もそれまで正当性を否定し続けていた最高会議に協力するという、両者の妥協の産物であった。
一方、翌21日未明には侵入していたソ連軍によってタリンテレビ塔が占拠される事態が発生し、対する市民もトーンペア城や放送局に集結してこれらを死守する構えを見せた。同時期にはヴィリニュスとリガでもソ連軍の攻撃によって死者が発生するなか、エストニア政府(エストニア語版)もクーデターに反対するゼネストを全国で決行するよう呼びかけた。しかし同日中にはモスクワのクーデター勢力も瓦解を始め、19時にはタリンテレビ塔からもソ連軍が撤退したことによって、エストニアは無血での独立を達成した。
1987年8月15日、パレクを中心とする7人の元政治囚が、独ソ不可侵条約秘密議定書の公表を求めて「議定書公表のためのエストニア・グループ」(et, MRP-AEG) を組織した。MRP-AEGはラトビアのヘルシンキ86(ラトビア語版)およびリトアニアの元政治囚たちと協同して、同月23日の条約締結記念日に各共和国の首都で静かなデモを行うよう呼びかけた。その表向きの理由はスターリン体制の犠牲者追悼であったが、真の目的は、独ソ不可侵条約と三国のソビエト化の違法性を問うことにあった。
MRP-AEGが23日にタリンで開催したヒルヴェ公園の集会(エストニア語版)は、ソ連で初めての当局の妨害を受けず、それには数千人が参加した。エストニア通信社 (et) や共産党機関紙『ラフヴァ・ハール(ロシア語版)』は集会が西側による謀略であると喧伝し、直後に中心人物のティート・マティソン(エストニア語版)は国外追放となった。しかしこの露骨な弾圧に対しては、それまで保守的であった創作家諸同盟 (et) 幹部たちも強く抗議し、独ソ不可侵条約の全文公開と学校教育の緩和を求める手紙を、共産党煽動・宣伝局局長宛に書き送った。
次いで12月12日には、言語学者トリヴィミ・ヴィッリステ(ロシア語版)や歴史家マルト・ラール(英語版)を中心として、エストニア各地の文化遺産保護組織が糾合した「民族遺産保存協会」(et) が登録され、戦前の国旗・地名・時間帯の復活や独立戦争記念碑の再建立などを求めて活動を開始した。この年には、長らく禁じられていたクリスマスも復活した。翌1988年1月21日にはMRP-AEGをエストニア民族独立党(エストニア語版)に発展させる提案において、ついにエストニア国家の独立が目標として明言された。
国家非常事態委員会はバルト地域にも非常事態宣言を発令し、タリン港(ロシア語版)はソ連艦によって封鎖された。沿バルト軍管区司令官フョードル・クジミン (ru) はリューテルに対して委員会への服従を求めたが、リューテルがこれを拒否したため、翌20日午前には約100両に及ぶソ連軍の車列がタリン市内に入った。だが、未だ統制が取れていないソ連軍に対し、数千人のタリン市民は「独裁反対」「エリツィン負けるな」との横断幕や三色旗を掲げて対抗した。連邦共産党中央委員会はクーデター支持を促す文書を各共和国へ送ったが、エストニア共産党独立派第一書記エン=アルノ・シッラリ(ロシア語版)は、これへの署名を拒否した。
国内のみならず、ソ連全土や国際社会もクーデターに騒然とするなか、エストニア最高会議の議員たちは19日早朝から独立へ向けた議論を開始した。しかし彼らには、未だクーデターの趨勢が不明確な状況で、独立宣言が国際社会から支持されるのかという懸念もあった。とりわけ議員たちが憂慮したのは、当時すでに民衆から見放されていたエストニア会議が決議に反対するのではないか、という点であった。
紛糾した議論の末、8月20日の深夜23時3分、最高会議は76人の議員の出席のもと、「独立回復に関する決議」(et) を賛成69票・反対0票・棄権1票の圧倒的多数で可決した。
6月13日に第11期最高会議 (et) の委員会は、エストニア語をエストニアの国家語とし、長らく禁止されていた青黒白の三色旗を復権する勧告を、全会一致で可決した。一方、共産党第一書記ヴァイノは同月に予定されていた第19回連邦党会議(英語版)のエストニア代表を、モスクワの指示に背いてまで、複数政党制選挙ではなくエストニア共産党の任命によって行おうとした。これに抗議して14日には人民戦線による大規模なデモが発生し、恐慌状態に陥ったヴァイノは独断でモスクワへソ連軍の介入を要請した。しかし、トーメら党内改革派はこれに強く抵抗し、トーメの進言によってゴルバチョフは16日にヴァイノを第一書記から解任した。後任の第一書記となったのは、ゴルバチョフのコムソモール時代からの同志であり、地元出身の元駐ニカラグア大使ヴァイノ・ヴァリャス(エストニア語版)であった。
この無血革命の第一段階に人々は沸き立った。6月17日には、連邦党会議に出席するヴァリャスを激励するための集会がタリン歌謡祭グラウンドで開催され、それには全人口の1割に達する15万人が参加した。
その後、1941年から1944年までのドイツ占領時代を経て、再びバルト三国はソ連の勢力下に入った。ソ連支配下の三国にもたらされたのは、政治的・経済的な社会主義化のみならず、社会的・文化的にも徹底した民族主義の弾圧とロシア化であった。エストニア・ソビエト社会主義共和国では、1940年から1941年までに約6万人の「反ソ分子」が強制移住・殺害の対象となり(恐怖の冬(ロシア語版))、1944年秋までには6万9000人が国外へ亡命した。続く1944年から1952年までには12万4000人が強制移住させられ(プリボイ作戦(英語版))、多くがシベリアの地で横死した。
エストニア人の10人に1人が喪われた後には、工業化を口実として大量のロシア人(英語版)がエストニアに入植してきた。独立時代には90パーセントを超えていたエストニア人の割合は、1989年までに61.5パーセントにまで低下した。代わりに流入した大量のロシア人はエストニア語を学ぼうともせず、また当局によるロシア語(ロシア語版)強制政策も実施され、エストニア人は己の民族文化(英語版)の存亡に強い危機感を抱くようになった。