第一次大陸間戦争
ZAC2051年3月、ゼネバス帝国はヘリック共和国に首都を陥落され、ニカイドス島にまで追い詰められた。ゼネバス皇帝は暗黒大陸のガイロス帝国(暗黒軍)に救援を求めるが、残存していたゾイドと将兵を連れ去られてしまった。ヘリック共和国は接収されるゼネバス兵を載せたホエールカイザーの1機を撃墜し、その中の資料からヘリック大統領はガイロス帝国が開発している共和国侵略のための“最終兵器”の存在を知り、ガイロス皇帝の野望を阻止するため、暗黒大陸進出を開始する。