滋賀県琵琶湖環境科学研究センター
1952年、大津市粟津晴嵐町(現:大津市御殿浜)に滋賀県立衛生研究所が設置される。
1971年、環境公害に対処するため、環境食品課とともに公害課が設置される。
1972年、滋賀県立衛生公害研究所と改称。
1973年、滋賀県森林センターが設置される。
1975年、滋賀県立環境センターを隣に新築し、滋賀県立衛生公害研究所の環境公害部門(人体関係調査を除く)と県生活環境部公害規制課が所管の水質、大気の常時監視部門を統合する。滋賀県立衛生公害研究所は、滋賀県立衛生研究所と改称。
1977年、滋賀県立衛生研究所および滋賀県立環境センターが統合され、滋賀県立衛生環境センターとなる。
1982年、滋賀県琵琶湖研究所が設置される。
2005年、滋賀県立衛生環境センターの環境部門と滋賀県琵琶湖研究所が統合され、滋賀県琵琶湖・環境科学研究センターが大津市柳が崎に設置される。滋賀県立衛生環境センターの衛生部門は、滋賀県衛生科学センターと改称し、管理担当、微生物担当および環境衛生担当の3グループ制となる。
2007年、滋賀県琵琶湖環境科学研究センターと改称。
2014年、滋賀県森林センターの試験研究部門を移管。
2017年、滋賀県琵琶湖環境科学研究センター内に国立研究開発法人国立環境研究所琵琶湖分室を開所。