ジョアン・ロドリゲス
83年より哲学の課程が始まり、人材不足などの影響により、18か月で課程を終え、85年からスペイン人神学者ペドロ・デ・ラ・クルス (Pedro de la Cruz) に就いて神学の課程に入る。しかし、これも島津氏の大友氏侵攻によってコレジオと修練院は山口に退避し、翌年に豊臣秀吉が施薬院全宗の働きかけによりバテレン追放令を発するに至り中断させられる。
1587年にふたたび神学を学びはじめたが、人文学の課程の講師になったため、ふたたび中断する。88年には安土(現・近江八幡市安土町)から有馬領の八良尾に移転された神学校で日本人学生にラテン語を教えることとなった。90年に神学を再開したが、91年は通訳としてヴァリニャーノに従っていたため、長崎に戻ってからの92年から95年にかけて諸聖人修院 (Casa de todos os Sanctos) で修了したと見られる。
ロドリゲスは、1595年10月、同時に司祭叙階を受けることになった叙階志願者とともにマカオに旅立った。日本にはまだ司教が到着していなかったからである。1593年日本司教に任命されたドン・ペドロ・マルティンス (Don Pedro Martins) は、1594年にマカオに到着していたが、スマトラ島に逮捕されているマカオ司教のレオナルド・デ・サ (Leonardo de Sá) に代り司教職を執り行っていた。そのマルティンスにより、1596年、5名の叙階志願者らとともに叙階され、日本司教一行は、8月に長崎に上陸した。
1598年9月18日(慶長3年8月18日)、秀吉が死去する。二十六聖人殉教事件に伴い、1597年、再度の追放令に接し日本を退去し、ゴアへ向かう途中死亡したマルティンスに代り、日本司教となったルイス・デ・セルケイラ (Luis de Cerqueira)が、3度目の日本訪問となるヴァリニャーノとともに、8月5日に長崎に到着する。追放令発令直後の司教とイエズス会巡回師来日が不評を買うのを恐れて、司教らはロドリゲスを名代として船長らをともなわせて訪問させた。9月4日(8月3日)に、伏見城で単身呼ばれたロドリゲスは、病床の秀吉を見舞う。翌日にも呼ばれると、秀吉はロドリゲスの訪問を喜び、最後になろうことを言う。ロドリゲスは死期の迫った秀吉にキリスト教の教義を説こうとするが、秀吉は答えず、話を変えた。
秀吉の死後、イエズス会は有力な大名にイエズス会保護を訴え、追放令撤回はされなかったが、石田三成や徳川家康から存在を認容される。石田三成や、キリシタン大名の小西行長らは、関ヶ原の戦いで敗れ処刑される。徳川家康は、フランシスコ会の関東宣教を容認してスペインとの通交をもくろんだが、ポルトガルとの貿易も維持しようとして、イエズス会にも在住を認めた。これらの交渉役は、もっぱらロドリゲスが当っていた。
1598年の末、ロドリゲスはイエズス会日本管区の会計係 (Procurador) に任命される。