ゴジラ キング・オブ・ザ・モンスターズ・イン・3D
事態に直面したダクストン、バリンジャー、マーティンは幼体が写っていた原子力潜水艦のビデオテープを利用してゴジラを誘い込み、核ミサイルでゴジラを倒すことを計画する。ダクストンは核ミサイルを搭載したヘリコプターで離陸するが、そこにケヴィンを連れたクルショフが現れ、核ミサイルを渡すように迫ってくる。直後にヘリコプターは墜落し、ゴジラの手の中に落下したクルショフは、ゴジラの放射熱線を浴びて死んでしまう。
街を破壊するゴジラは軍用倉庫に保管されていた幼体の死骸を発見し、悲痛な咆哮を上げる。一方、バリンジャーとマーティンはアルカトラズ島に向かい、そこでビデオテープを再生してゴジラを注意を引き、ダクストンは戦闘ヘリコプターの試作機「スコーピオン78」に残った核ミサイルを搭載して離陸する。しかし、離陸する際に副操縦士が転落したため、ケヴィンが代わりに操縦を補佐することになった。ケヴィンはゴジラを殺すことに反対するが、ダクストンに言われてやむを得ず核ミサイルを発射する。核ミサイルはゴジラに命中するが、直後にケヴィンはスコーピオン78から転落する。転落したケヴィンはゴジラに助けられるが、致命傷を負っていたゴジラはその場で息絶えてしまう。死にゆくゴジラを見つめながら、ケヴィンは涙を流していた。
ダクストン父子はバリンジャーと合流してバハ・カリフォルニア半島に向かい、そこで「家のような大きさ」の爬虫類型生物の死骸を目にする。ダクストンは、この死骸がビデオテープに写っていた巨大生物と同一個体であることに気付く。バリンジャーは巨大生物を恐竜の生き残りと推測するが、軍部は彼の意見を無視して巨大生物を「他の惑星から来た生物」と判断する。巨大生物が運ばれる中、バリンジャーは日本の古代神話に登場する龍にちなみ、巨大生物を「ゴジラ」と命名する。ゴジラの死骸は研究のためエンカバデロ(英語版)の軍用倉庫に保管されるが、カリフォルニア沖に成体のゴジラが出現し、石油掘削用のデリックやタンカーを破壊する。
バリンジャーは他の研究者たちがゴジラの体に触れたことで放射線障害を発症した姿を見て危機感を募らせ、ゴジラの幼体が「生きた原子炉」であると結論付ける。彼は幼体の死後も海難事故が多発していることから、ゴジラの成体が迫っていると警鐘を鳴らすが、軍部に一蹴されてしまう。そんな中、ケヴィンがクルショフに誘拐され、ダクストンは「身代金の代わりに核ミサイルを渡せ」と脅迫される。ケヴィンは隙をついて逃げ出すが、同時期にゴジラがサンフランシスコ湾に出現する。アメリカ軍はゴジラに対して攻撃を開始するが歯が立たず、ゴジラは怒りに任せて街を破壊する。