徳川家茂
このことにより尊皇派諸士は家茂に反発し、将軍殺害予告の落首が掲げられた。江戸に陸路で帰還した慶喜の一行は、道中にて襲われている。朝廷は家茂の江戸帰還をなかなか許可しなかったため、老中格の小笠原長行が軍艦と軍勢1400を率いて大坂に向かい、朝廷および攘夷派を威圧している。滞在3か月、家茂は道中の安全を考慮し、大坂から海路、蒸気船を使い江戸に帰った。
文久4年(1864年)には軍艦「翔鶴丸」で海路から二度目の上洛を果たした。将軍が海路上洛したのは、これが初めてである。京都では前年の八月十八日の政変で三条実美ら尊王攘夷派が朝廷から失脚しており、家茂は朝廷より歓迎されて従一位右大臣に昇進した。また家茂は薩摩の島津久光に初めて拝謁を許し、参与会議の諸侯に二条城の御用部屋利用を認めた。
慶応元年(1865年)、三度目の上洛中に、兵庫開港を決定した老中・阿部正外及び松前崇広が朝廷によって処罰された。これにより将軍を辞職、後継に一橋慶喜を推し、自らは東帰する姿勢を見せた。今回は長州処分のための上洛と宣言しており成果を挙げずに帰るという矛盾した動きの背景には大政委任を確認した天皇の沙汰書(元治国是)はあるにもかかわらず、実際は天皇、幕府、諸藩(薩摩を含む)のパワーバランスで幕府側へ制約がある点への不満。そして朝廷内部で発言力を有する一橋慶喜への不信につきた。後継指名は皮肉混じりの嫌がらせにちかい。