水圏生態系
湿地は、飽和土壌に適応した維管束植物が優占している。湿地には主に4つの類型がある。沼沢地、低湿地、低層湿原、高層湿原である(低層湿原と高層湿原はいずれも泥炭地の一種である)。湿地は、水と土壌が近いため、世界で最も生産性の高い自然生態系である。そのため、湿地は多くの植物や動物の種を支えている。その生産性の高さから、湿地はしばしば堤防や排水溝を持つ乾燥した土地に変えられ、農業目的で使用される。堤防やダムの建設は、個々の湿地や流域全体に悪影響を及ぼす。湿地が湖や川に近いということは、人間の定住のために開発されることが多いことを意味する。ニューオリンズ周辺のルイジアナ州沿岸はよく知られた例であり、ヨーロッパのドナウ・デルタもその一つである。
独立栄養生物は、無機物から有機化合物を作る生産者である。藻類は太陽エネルギーを利用して二酸化炭素からバイオマスを生成し、水生環境でおそらく最も重要な独立栄養生物である。水深が浅ければ浅いほど、根を張った浮遊する維管束植物のバイオマスの寄与が大きくなる。この独立栄養バイオマスが魚類、鳥類、両生類、その他の水生の種に変換されるため、これら2つの資源が組み合わされて、河口や湿地の驚異的な生産量を生み出している。
化学合成細菌は、海洋の底生生態系に生息している。これらの生物は、熱水噴出孔からの水に含まれる硫化水素を餌とすることができる。熱水噴出孔の周辺には、このバクテリアを餌とする動物が多く生息している。例えば、体長1.5mの巨大チューブワーム(Riftia pachyptila)や30cmのアサリ(Calyptogena magnifica)などがいる。