Another Century's Episode
主題歌:島谷ひとみ(avex trax)
イメージソング「Garnet Moon」 - 作詞:六ツ見純代 作曲:迫茂樹
エンディングソング「祈り」 - 作詞:BULGE・sola 作曲:BULGE・sola
両A面シングル「Garnet Moon/祈り」(2005年1月26日発売)に収録
敵勢力との戦いの中現れたガンアークに酷似した機体はバスターアークと呼ばれ、軍事施設に対して所属に関わらず無差別に衛星軌道上からのビーム砲撃を仕掛けてきた。デラーズ・フリートやギガノス軍が戦いに敗れ弱体化した頃、それに乗じる形で台頭してきたUCEの旧兵器群を率いる人物は、自らをアルバート・ライネンと名乗る。それはガンアークを含むアークシリーズの生みの親で、その才能を疎まれUCEから追放された技術者の名前だった。全世界に対して宣戦布告するアルバート・ライネン。その勢力に属するバスターアークのパイロットはマリナだと判明、数百機の衛星砲「ガーディアン」とリンクし、地球へ落下するコロニーの軌道を変えられるほどの強力なビーム砲撃が可能な機体を駆り、マリナは敵としてタックの前に立ちはだかる。
再三の説得にも応じないマリナ、なお人類の脅威はライネン勢力に留まらず、暴走するデビルガンダム、異世界バイストン・ウェルより現れたドレイク軍、木星蜥蜴を送り込んでいた木星連合、異星からの侵略者であるポセイダル軍とグラドス軍、さらには圧倒的な戦力を有し人類最大の脅威となる戦闘種族のゼントラーディとメルトランディ。次々に現れる敵勢力により戦火が拡大する中、バスターアークと同じくガンアークにもガーディアン制御機能があることが判明した。
もうひとつの地球もまた宇宙移民との戦争と異生物の襲来で混乱の中にあったが、向かう先々でベルクトはバレルに対し異常なまでの敵意を向け、ナデシコ隊の妨害をする。戦いの中バレルはベルクトの目的が、戦争で利用される膨大なエネルギーを集めて、バルドナ・ドライブでそのエネルギーを使い並行世界の境界(ゲート)を押し広げ、ふたつの地球を衝突させることだと知る。
ストーリーはACE2の続編である。平行世界のゲッター、エウレカセブン、ガンダムX、キングゲイナーを軸とし、劇場版ナデシコ、ドラグナー、逆襲のシャア、リーンの翼、マクロスプラスがそれに付随する形で話は進行する。前作に引き続き登場作品では、ドラグナー、Gガンダム、ガンダムW、ブレンパワード、ダンバイン、マクロスに原作終了後の設定。また、ドラグナー、マクロスとガンダムWを除いて本作のストーリーに絡まない、ゲスト扱いに近い(ガンダムWに至っては、1機のみの登場に留まっている)。ガンダム、∀ガンダム、ガンダムSEED3作品は機体とパイロットのみの参加。
主題歌:愛内里菜(GIZA studio)
イメージソング「GLORIOUS」 作詞:愛内里菜 作曲:大野愛果 編曲:葉山たけし
エンディングソング「PRECIOUS PLACE」 作詞:愛内里菜 作曲:小松未歩 編曲:津久井箇人
両A面シングル「GLORIOUS/PRECIOUS PLACE」(2006年3月29日発売)に収録
主題歌:島谷ひとみ(avex trax)
イメージソング「深紅」
エンディングソング「愛の詩」
両A面シングル「深紅/愛の詩」(2007年9月5日発売)に収録