霊元天皇
5月5日になって霊元も撤回は止むを得ないという判断に傾いたが、一度出された院宣を撤回する訳にも行かず、最終的に5月16日になって基熙や両伝奏が提案した「院宣は撤回しないが、門徒たちの愁訴に応えて憐愍を示す」として透垣の内での牛車の下轅・乗轅を認めることで事態の収拾が図られた。結果的には霊元の院宣が関白以下の公家たちや京都所司代の反対で覆されたことになり、霊元の権威は傷つくことになった。
この騒動の中で、霊元は前関白一条冬経から朝廷執行部への政務の移譲を迫られた。4月14日、霊元はこれに対し、一般的な政務は移譲するが、重要事項には変わらず関与し続ける方針を示した。さらに院伝奏と院評定に宛て、関白・武家伝奏・議奏の朝廷執行部が霊元と天皇に忠誠を誓う誓詞を出すよう要請した。関白近衛基熙が「天魔の所為」と憤り、武家伝奏千種有維が「落涙の他言語なし、あい共に天を仰ぐのみ、朝廷の零落この日か」と嘆くなど、仙洞御所と朝廷執行部の亀裂はいよいよ深まった。この事態は幕府にとっても容認できるものではなく、5月23日、近衛基熙邸にて関白・武家伝奏・議奏・京都所司代・禁裏附という京都における公武の代表者が一堂に会合を開き、改めて譲位後の院政は不可であり、関白が中心として朝廷運営を行うべきであるとする幕府の方針が確認された。
この会合以降、霊元は表向きでは政治的な発言を控えるようになるが、一方の東山天皇も元禄4年時点でまだ17歳であり、実際には当面の間は近衛基熙が朝廷の運営を行い、並行して京都所司代や禁裏付の支援を受けながら親政への移行準備を進めることとされた。
第六皇女:永秀女王(1678年 - 1725年) 第七皇子:京極宮文仁親王(第6代)(1680年 - 1711年) 第七皇女:梅宮(1681年 - 1683年) 第八皇女:勝子内親王(1686年 - 1716年) 第八皇子:清宮(1688年 - 1693年)
掌侍:源(愛宕)福子(源内侍局)(1656年 - 1681年) - 愛宕通福女 第二皇子:寛隆法親王(1672年 - 1707年) 第四皇女:綱宮(1675年 - 1677年)
掌侍:菅原(五条)庸子(少将内侍)(1660年 - 1683年) - 五条為庸女 第三皇子:三宮(1675年 - 1677年) - 円満院 第五皇子:尭延入道親王(1677年 - 1718年) - 天台座主 第六皇子:台嶺院宮(1679年)
掌侍:源(東久世)博子(源中将局)(1672年 - 1752年) - 東久世通廉女 第十一皇子:徳宮(1692年 - 1693年) 第十二皇子:力宮(1697年)
後宮:平氏(多奈井小路局)(? - 1674年) - 西洞院時良女 第一皇女:知光院宮(1669年)
後宮:菅原(五条)経子(菅中納言局)(1673年 - ?) - 五条為庸女 第九皇子:常磐井宮(桂宮)作宮(1689年 - 1692年) 第十皇子:性応法親王(1690年 - 1712年) - 大覚寺 第九皇女:文喜女王(1693年 - 1702年) 第十皇女:元秀女王(1696年 - 1752年)
鷹司房子の入内翌年の寛文10年(1669年)からは、霊元天皇が官位叙任を直接取り扱うようになり、即位以来武家伝奏を勤めた飛鳥井雅章と正親町実豊は退任し、中院通茂と日野弘資が後任となった。しかし度々天皇や近習の不行跡事件が相次ぎ、幕府は後水尾法皇や年寄衆に近習の統制を、東福門院に奥向きの統制をそれぞれ求めるようになった。これは年寄衆が「議奏」として朝廷運営の表舞台に出る契機となった。
しかし寛文年間後期から延宝年間には東福門院や板倉重矩など朝幕の有力者が次々と世を去り、延宝8年(1680年)には後水尾法皇が崩御、さらに将軍徳川家綱の死とそれにともなう大老酒井忠清の失脚によって、枷の外れた霊元天皇は自らの路線を強硬に推し進める事となった。霊元の関白を軽視した朝廷運営に、鷹司房輔は「所詮当時の躰、摂家滅亡なり、これすなわち朝廷大乱のあいだ」と嘆いている。
延宝9年(1681年)2月には女御の鷹司房子の立后と、第一皇子の一宮(後の勧修寺宮済深法親王)にかえ、寵愛する松木宗子の子の五宮を儲君にすることを認めるよう幕府に伝達した。幕府もこれを承認し、一宮は大覚寺に入ることとなったが、外祖父小倉実起は一宮を参内させないなどして抵抗した。9月17日には一宮を小倉邸から移動させて幽閉した。小倉は翌年に佐渡へ流刑となっている(小倉事件)。一宮は天皇にとっては庶子であり、後水尾法皇も儲君とするよう内定を下していたが、あくまで女御の鷹司房子が皇子を出産しない場合という条件をつけられた上での内定であった(前述の朝幕合意でも、一宮は一旦は皇位継承の対象から排除されている)。