佐世保市交通局
すでに西肥が毎時1便を確保しており、増収が見込めないため廃止。天久保より手前の区間を確保のため、天久保打ち切りとなる。なお西肥の代替増便はない。
製氷会社線(築町 - 製氷会社前間)
相浦港を回り込み、南側埠頭に到る通勤路線。徒歩圏に水産市場線が新設され、築町経由の増便と水産市場入口の新設が行われ、水産市場線に統合された。
真申線(相浦郵便局前 - 真申)
松浦鉄道と並行する旧県道を通り、佐々町に程近い真申団地に乗り入れる路線。大多数が途中の相浦ニュータウン循環線に乗り入れた。重複する西肥20便(真申に乗り入れるは1本のみであり、ほとんどが北松方面行)に対し15便を確保し、日野峠経由と大野経由が半々だったが、2016年4月の減量ダイヤで撤退。代換として西肥による真申乗り入れが日中3本増便された。
柚木線(矢峰営業所前 - 柚木)
幹線の終点となる矢峰を乗り通し、一日10便前後運転されていた。真申線と同時に廃止。重複する西肥は毎時4便を確保しており、輸送力に圧倒的な差があった。
つくも苑線(展海峰入口 - つくも苑)
俵ヶ浦半島に位置する障害者福祉施設つくも苑(2006年までは県が直営する「県立コロニー」という名称で、路線名も「コロニー線」だった)への足として、全便低床車で運行されていた。つくも苑が2015年に相浦地区へ移転したため、真申線・柚木線と同時に休止。つくも苑跡地を工業団地に再開発する計画を踏まえ、廃止ではなく休止としている。臨時経由バス停であった展海峰バス停を常設化し、新たな終点として展海峰入口までの便数は確保され、展海峰線として通常便化したこととなる。
佐世保市営バス運行終了及び佐世保市交通局廃止後以降の新設・廃止はさせぼバス及び西肥バスを参照。
特に運行頻度が高い路線や経由地が複雑な路線などは、幕式の行先表示器においてアルファベットに分類して経由地と行き先の右側に表示している。これは、米軍からの要請により始まったもので、当初は米軍より提供された方向板をバスの前面ウインドウに立てかけて表示していた。LED式の行先表示器に関しては、2009年4月のダイヤ改正までは下記の行き先の際は表示をしていたが、大宮→天神循環(B1)、大黒→天神循環(B2)の2系統を残し表示をやめ、2012年12月のダイヤ改正を最後に、全ての系統で表示しなくなっていたが、2014年10月からLED式の行先表示器を対象にアルファベットと数字を組み合わせた行先表示番号の表示を再開した。新たに導入された行先表示番号は路線区分を示すアルファベットと行先区分を示す数字の組み合わせが基本となり、経由地によってはハイフンを挟んで経由番号も追加される(例えば、日野経由相浦桟橋行の行先表示番号は"M1-1"である)。経由地と行先によって行先表示番号が異なることから、従来のアルファベットによる行先表示よりも細かく設定されている。
教育センター発着(佐世保駅前 - 宮田町 - 教育センター)
2010年、旧保立小学校跡に市教育センターが移転したため新設。宮田町―保立町間は一方通行の清水循環の末端区間で例外的にセンター行きが逆走する。
名切・祇園循環(佐世保駅前 - 松浦町名切グランド前 - 花園町入口 - 名切谷通 - 祇園町 - 佐世保郵便局前 - 佐世保駅前)
2012年、バス路線空白地帯解消のため新設。戦前の名切市民霊園線のルートに近い。駅前より2区間目の京町バス停で周回が完結する。
大岳台中央以遠 - 大岳台 - 大岳台中央以遠
平日早朝のみ3本が大岳台中央から大岳台団地を周回する路線に乗り入れる。団地内はフリーバス区間。始発は回送到着後、尼潟経由で天久保に向かう。残る2本は元来た道を逆戻りするルートをたどり、2本目は黒髪出庫で団地を周回し、桜馬場経由矢峰行となる。8時30分に早くも最終便を迎え、矢峰発尼潟経由が周回して再び尼潟経由で矢峰に戻る。団地は小ぢんまりとしており、大岳台中央までの徒歩移動は健常者には苦痛ではない。
山手循環は、山手町を必ず通過する頂点とし、京町・松浦町・俵町の3箇所を出入口とする双方向の循環線であるため、俵町/松浦町、俵町/京町、松浦町/京町のそれぞれ時計回りと反時計回りで計6通りのルートを持つ。これに烏帽子岳便・山祇町便・名切谷祇園循環が加わり、最も複雑な路線を形成する。山手循環6ルートだけでも、平日ダイヤと休日ダイヤで大きな変更があり、日曜祝日の間引き率も高い。特に俵町口(俵町経由)は、前述3系統が絡む松浦口(花園経由)や山祇循環が共用する京町口(高梨経由)に比べてその傾向が強い。
例外的に、エコスパ佐世保便のみは、平日1往復のところ、土日祝日は3往復に増便される。
西肥バスとは幹線が重複する。分岐する郊外路線は長らくすみ分けが確立していたが、2002年、規制緩和の影響で西肥バスがもともと市営バスの単独路線であった黒髪 - もみじが丘線、佐世保実業高校線に参入。それを皮切りに、2005年、これも市営バスの単独路線であった国道35号の裏通りで住宅街も多い大宮町経由に参入してますます競争が激しくなっている。2006年10月1日からSUNQパスを利用して乗車できるようになった。 市バスと西肥では相違点も非常に多く、例えば同一路線上でも、バス停の有無が異なる場合がある。佐世保商業高校入口―本山間は、市バス停留所が存在しないためノンストップとなるが、西肥は上本山住宅入口とバイパス本山の2箇所に停車する。逆に、相浦―大潟町間は、西肥が水産市場発着便を設定していないので、途中の市バス水産市場入口バス停を素通りする。また、市バスと西肥のルートも異なる区間がある。大宮町経由の旧道から国道35号に戻る交差点は、市バスは西龍橋交差点、西肥は1区画南の大和町交差点である。同じく、国道35号よりエコスパ佐世保への進入交差点は、市バスは国土交通省前交差点、西肥は1区画北の大塔インター入口交差点となる。
バス停の配置も複雑である。 例えば「松浦町」というバス停は、実際は「松浦町中央公園口」・「松浦町国際通」・「松浦町名切グランド前」の3箇所に分散している。