邪教
日本国憲法第20条によって完全な宗教の自由が保障された現在では、政府や裁判所等が特定宗派を邪と決め付けることは、建前上出来ないことになっている。ただし、宗教法人法第81条1項1号「法令に違反して、著しく公共の福祉を害すると明らかに認められる行為をしたこと」、及び同2号前段「第2条に規定する宗教団体の目的を著しく逸脱した行為をしたこと」に該当する場合などに、裁判所に対して同法81条1項に基づく解散命令の請求という形で特定宗教を弾圧することは可能であり、請求をされた団体側も争う権利を有する。なお、破壊活動防止法に基づき著しく公共の福祉を害しているか否かの認定は法務省が、その調査は法務省外局の公安調査庁が担当することになった。
オウム真理教は、平成初期に起こした一連のオウム真理教事件の後宗教法人オウム真理教解散命令事件やオウム新法などによって弾圧され、後継団体のAlephとひかりの輪は徹底的に活動を制限された。
鎌倉中期に日蓮が立正安国論の中で、法華経を鎌倉幕府の政治運営の精神的中心として受け入れなければ国家国民は安泰にならないという考え方を述べた。この際に、正法である『法華経』を信仰しない他宗派はすべて邪法であり、邪教に惑わされている宗派とそれを許している政府を強く非難した(四箇格言)。中でも念仏信仰を柱とする浄土宗は開祖法然も含め、名指しで攻撃を受けた。
しかし、得宗北条時頼は、『立正安国論』を政治批判であるとみなし、日蓮を伊豆に配流した。
一方、この頃には十戒の一つである不淫戒が事実上失伝。性交渉によって本尊と一体化することを柱とした、現代で言うところのセックス教団の元祖ともいえる流派が生まれる。その中から『「彼の法」集団』と天台宗系の玄旨帰命壇が勢力を伸ばした。「彼の法」集団は後に真言宗東密三十六流の一つだった立川流と混同されるようになり、後醍醐天皇の護持僧文観も立川流の信者と誤認されてしまう。13世紀後半から14世紀中頃にかけての著作による印象操作の末、立川流は邪教とされるようになってしまった。