三島通良
同年12月には児童に対する健康の注意点を扱った三島作詞の「衛生唱歌」が出版された。明治35年(1902年)4月に「日本健体小児ノ発育論」で医学博士の学位を取得する。これは日本で初めて小児の発育状況をデータとしてまとめたものであり、以降30年間ほどの育児書における基礎資料となった。児童の就学開始年齢を満7才とするべきかが学校衛生顧問会議に諮問された際には、ドイツの諸学者の学説や自身の調査結果を基に満6才就学の妥当性を挙げ、満7才就学に対して反対した。明治36年(1903年)にドイツ、イギリス、フランスに留学、主としてベルリン大学で学び学校衛生に関する更なる見識を深めた。留学中は万国学校衛生会議の主唱者に選任され、ブリュッセルで開催された第13回万国衛生及びデモグラフィ会議に日本政府委員として出席し翌年帰国した。明治38年(1905年)に東京高師教授を退官し、東京麴町に三島医院を開業する。明治39年(1906年)に執筆した「家庭及教育」は当時の欧米の最新資料に広く範をとり、これに自身の資料を盛り込んだもので、社会学者の横山浩司は「子供の養育を含む家庭教育に関する大著」として紹介している。明治44年(1911年)に脳神経衰弱症を患い医院を廃業した。以降は研究活動に専念し、医術開業試験委員、東大医科講師、東京商大講師、広島高師講師等を務めた。また、明治25年に帝国痘菌院を設立して痘菌の供給と種痘術(三島式種痘法)の研究に取り組み、これの普及にも努めている。大正14年3月9日に死去した。