石高制
また、実際の年貢徴収は必ずしも石高に依拠せずそれぞれの領地の慣習に合わせた方法に基づく換算が行われていた。実際、江戸時代前期の農地の質地証文に石高について触れたものはほとんどなく、農村にて登場する石高は村高までであった。こうした証文類に石高が記載されるようになった17世紀後期まではほとんどの農民は石高の概念に対して希薄であったと考えられている。
ところが、石高制導入には16世紀末の通貨制度の混乱が背景として存在していたが、18世紀に入ると今度は米の生産量の増大に伴って生じた米価の不安定化が問題となった。米価の下落は米を売って貨幣にかえて生活する武士の生活を逼迫させ、反対に米価の高騰は民衆の生活を逼迫させた。かつて貨幣価値が不安定化していて米が代用貨幣として通用していた時代に確立された石高制は、三貨制度によって貨幣制度が安定化して支配階層である武士が米を貨幣に替えて都市生活を送るようになったこの時代になるとその弱点として浮上したのである。このため、江戸幕府は米価安定化のために様々な措置を講じていたが、幕藩体制の根幹に関わる石高制そのものの改革には最後まで手を付けることは出来なかった。
石高制の廃止は地租改正による土地税制の改正によるものであったが、実態は廃藩置県の段階で既に機能しなくなっていた。それは廃藩置県を期に地方に関する経費の計算が石高あたりから人口あたりに変更されている点から知ることが可能である。