ARNTL
上述したTTFLループの概日制御に加えて、Bmal1転写はBmal1のプロモータに含まれる、レチノイン酸関連オーファン受容体応答領域結合サイト(RORE)によっても制御される。CLOCK-BMAL1ヘテロ二量体は、Rev-ErbやROR遺伝子のプロモータ領域に存在するE-boxにも結合し、REV-ERBやRORタンパク質の転写翻訳を促進する。REV-ERBαやRORタンパク質は、セカンダリーフィードバックループを介し、競合してBmal1プロモータ内のREV-ERB/ROR応答領域に結合し、BMAL1発現を制御する。同じファミリー内の他の核受容体(NR1D2(Rev-erbβ);NR1F2(ROR-β);NR1F3(ROR-γ))も、Bmal1転写活性に同じように作用する。
複数のBMAL1の翻訳後修飾はCLOCK/BMAL1のフィードバックループを指示する。BMAL1はリン酸化によってユビキチン化、分解の標的となる。BMAL1のアセチル化はCRY1をリクルートし、CLOCK/BMAL1のトランス活性化を抑制する。 小型のSUMO3によるBMAL1のSUMO化は、核でのBMAL1のユビキチン化の合図となる。これによって、CLOCK/BMAL1ヘテロ二量体のトランス活性化が誘発される。 CLOCK/BMAL1のトランス活性 は、カゼインキナーゼ1εによるリン酸化によって亢進され、MAPKによるリン酸化によって抑制される。 CK2αによるリン酸化はBMAL1の細胞内局在を制御し、 GSK3Bによるリン酸化はBMAL1の安定性をコントロールし、リン酸化を誘発する。