鐘ヶ淵駅
相対式ホーム2面4線を有する地上駅。中央2線は通過線で、東武本線系統では数少ない新幹線型の配線である。
改札は上下線で別となっており、改札内に上下ホーム間の連絡通路はない。ホームの有効長は10両編成に対応するが、東京メトロ半蔵門線・東急田園都市線直通列車はすべて当駅を通過する。ホームが大きくカーブしているため、列車とホームの間が大きく空いている部分がある。
上述のようにホームの間には中線が敷設されているが、半蔵門線・東急田園都市線との直通運転開始に際して、通過列車用の本線と停車用の副本線を持つ、新幹線中間駅で多く見られる構内配線に改良された(後述)。当駅を通過する列車は追い抜きの有無にかかわらず通過線を経由する。ただし駅構内の曲線半径は小さく、通過線側が分岐器の分岐側を使用する箇所があるため、通過線を経由する列車であっても速度上限45km/hの制限を受ける。また、構内通過時には車内の揺れが大きいことを配慮し、主に半蔵門線・東急田園都市線直通電車では当駅付近を通過する際、立席客に対して手すり・つり革などにつかまるよう注意を喚起するアナウンスがなされる場合がある。
下りホーム側に保線基地がある。
トイレは、下り線側の改札付近と上り線ホーム中央にあり、いずれも改札内に設置されている。下り線側には、ユニバーサルデザインの一環として車椅子やオストメイトの利用に対応した多機能トイレも併設されている。
有01:浅草寿町行 / 亀有駅行(京成タウン) ※土休日のみ運行
錦40:南千住駅東口行 / 錦糸町駅行(都営)