寺尾駅
島式ホーム1面2線に橋上駅舎を有する地上駅。
新潟駅が管理する業務委託駅で、駅業務はJR東日本新潟シティクリエイト(JENIC)が受託している。改札口には自動改札機が3通路設置されており、全通路でSuica等のICカードが利用できる。改札口周辺には有人改札を兼ねるみどりの窓口、自動券売機(多機能券売機1台と近距離券売機1台の合計2台)、ベンチ(改札内)などが設置されている。ホーム上にトイレ、自動販売機(2014年12月の落雷により現在使用停止中)が設置されている。またバリアフリー対策として、改札内コンコースとホームを連絡するエレベーター1基が設置されている。
自由通路(寺尾駅南北自由通路)は新潟市西区建設課が管理しており、駅舎は自由通路に面する2階に設置されている。バリアフリー対策として南口側にエレベーター1基が設置されている。当駅は新潟砂丘の南斜面に位置しており、南口側と北口側で標高差がある。自由通路は、北口側は数段の階段またはスロープを利用するだけでほぼ平面だが、南口は階段またはエレベーターで昇降する必要がある。改札外にトイレは設置されていない。
かつて当駅のホーム東側には歩行者専用の踏切が設置されていた。元々は北口側に所在する寺尾神社の参道だったもので、踏切の路面には渡り板が無く、ホーム横に警報機を設置したのみの簡素な構造で、橋上駅舎への改築後も存続したが、JR東日本新潟支社と新潟市ではこの踏切を2014年(平成26年)夏に閉鎖し、警報機を撤去したうえで線路南北を柵等で閉鎖する措置が取られた。