サン＝フェリペ号事件
また、秀吉がそれまで言い伝えていた処遇から翻った処断を下したこと、この事件の直後に殉教事件が起きていること、処刑された外国人はフランシスコ会だけであったことから、秀吉は前々より都周辺での布教を自粛していたイエズス会に代わり、遅れて国内で布教し始めていたスペイン系の会派(他にアウグスティノ会など)の活動や宗派対立を嫌悪していたことが考えられる。
さらに、秀吉自身が秀次事件の後の政権内綱紀粛正や明の冊封使の対応(後の慶長の役に繋がる)に忙殺され、スペイン支配下の呂宋国(フィリピン)へは明確なビジョンがなかったことなど、複数の原因も考えられる。
しかしこの事件は、それまでひとくくりにされていた南蛮がスペイン系キリスト宗派やスペイン人とポルトガル人とで異なるという意識を芽生えさせ、後の徳川期の鎖国のプロセスにおいて先にスペイン船が渡航禁止(1624年、ポルトガル船渡航禁止は1639年)とされる事態も生じている。
英国国教会は1959年に日本二十六聖人が殉教した2月5日を記念日としてカレンダーに追加した。アメリカ福音ルター派教会では2月5日を記念日としている。
フィリピンでの覇権を手にした後、キリスト教の改宗が本格的に進み各部族の宗教とカトリックが融合した民俗カトリックの信者が増え続けた。アジアではイエズス会の布教を支援したポルトガルと対比するかのように、キリスト教の布教を重視しなかったオランダやイギリスが植民地を増やしていった。
フランシスコ会の宣教師が米大陸に上陸したのは、コルテスによる1522年のメキシコ制圧の翌年の1523年であり、侵略が完了した後に布教をしているため、フランシスコ会の宣教師が侵略を支援した事実はなく、また布教活動が侵略に重要な役割を果たした事実はない。宣教師たちは、キリスト教を広めることを第一の目的としていただけでなく、先住民の言語を学び、子供たちに読み書きを教え、大人たちには大工や陶芸などの職業を教えた。米先住民に対するフランシスコ会の布教については、スペイン人の支配者に対する反乱に繋がる可能性が懸念されており、当初は否定的に受け止められていた。フラマン人で神聖ローマ皇帝の親戚であるフランシスコ会修道士ペドロ・デ・ガンテはメキシコでの滞在を特別に許されていたが、デ・ガンテは伝統的に(特に敵対する部族の)人身御供を行っていた先住民の儀式的な習慣を目の当たりにし、宣教師として信仰を変える必要性を感じていた。ガンテは先住民の生活様式に合わせることが最善の方法であると考えた。先住民の言語を学び、先住民の会話やゲームに参加した。学校を設立して、そこで1532年までに5,000人の子供を教育した。