ジョホール王国
そして、イギリス勢力は、ペナン、ムラカ、シンガポールで中国向けの輸出品の生産をおこなわせようとしたが、その営みはすべて失敗し、貿易の中継基地としての機能のみがのこった。イギリス東インド会社は、それを維持するために海峡植民地をすべて自由港としたのである。
1833年にイギリス東インド会社の領有権がイギリス国王の統治権下に置かれ、さらに1858年には東インド会社の解散にともない、海峡植民地はイギリスの直轄植民地となった。海峡植民地の統治はイギリス植民地省(英語版)によって担われることとなったが、この間も、ジョホールは王国としての独立を保った。しかし、それまで東南アジア海域に参入した外来勢力に対し、むしろそれを介在させることで海域における固有の権力を構築してきた港市支配者に対し、今やその権限を厳しく制限する植民地支配が直接持ち込まれつつあったのであり、東南アジアも本格的な帝国主義時代をむかえたのである。
一方のリアウ・リンガ諸島にあっては、マレー系のスルタンやブギス系の副王が、シンガポール開港後も活発な経済活動を展開した。群島部の諸王国は海産物の生産と海賊行為が続くかぎり繁栄をつづけたのである。半面、マラッカ海峡を挟むかたちで勢力圏を定めた英蘭両国は、この海峡域で頻発する「海賊」活動に悩まされた。シンガポール開港とともに、海上民がヨーロッパ船や中国のジャンク船を襲う海賊行為はむしろ開港以前より増加したのである。ヨーロッパ人支配者が在来勢力の利得や便益を充分に満足させることができないとき、マラッカ海峡は海賊が活躍する危険な海域へと変わっていった。
1819年、イギリス東インド会社の社員トーマス・ラッフルズは、英領インド初代総督となったウォーレン・ヘースティングズの許可を得て、ジョホールの対岸にある島シンガプラ(現在のシンガポール)に上陸し、リアウにあったマレー派の王族フサインを招き、ジョホール王として即位させた。この島の地政学的重要性に目を付けたラッフルズは、ジョホール王となったフサイン・マフムードとシンガプラの首長(トゥムングン)であるマハーラージャ・アブドゥル・ラーマンとのあいだで協定を結び、要塞と商館を建設することを合意してジョホール王フサインからこの島を買収した。以後イギリスは、この島に関税のかからない自由貿易港を建設し、東南アジア貿易の拠点とした。やがて、シンガポール島全体がイギリスの植民地になっていった。
シンガポールは「イギリス帝国」を構成する一大拠点となり、リアウに代わって新たな交易拠点として発展し始めるようになった。その際、ラッフルズが交易のパートナーとして最も期待したのが、ブギス人であった。ブギス人たちは、中国市場向けの重要な商品である燕の巣や鼈甲(べっこう)、砂金、龍脳、安息香などの海産物・林産物を東部インドネシア各地やスマトラ島・カリマンタン島などからシンガポールへ運び、そこでインド産の綿布やアヘン、ヨーロッパ産のタバコを得た。蒸気船が一般的なものとなる19世紀後半まで、東部インドネシア海域で最も活発に交易活動を担ったのはブギス人たちだったのである。
1824年、イギリスとオランダの両国は、マラッカ海峡域における互いの勢力範囲を確定させた英蘭協約をロンドンで締結し、イギリスの領有するスマトラ島西海岸のブンクルとオランダ領ムラカを交換した。
東南アジアのイスラーム化は、大量の移民や軍事的征服によらずして既存の王国全体が王を頂点としてイスラームに改宗したことが特徴的であり、それは諸港市をむすぶ紐帯・規範として機能した。
本来、「マレー人」とはマラッカ王国の王族・貴族およびムラカの地元民を指していた。しかし、上述のように、マレー世界の広がりとともに、ミナンカバウ人やブギス人が交易に参入し、ジョホール王国の国内政治においても重要な役割をになうようになると、「マレー人」は、その出自よりも文化様式にもとづいて再定義されることが多くなった。たとえば、リアウに居住したブギス人たちは、必ずしもマレー人との差異を強調したわけではなかった。ブギス人は、マレー人との通婚などを通してマレー文化に親しみ、自分自身をマレー社会の一員と考えていた。上述の『トゥーファト・アル・ナーフィス(貴重な贈り物)』の著者で副王家に連なるブギス人のラジャ・アリ・ハジは、自著のなかでヨーロッパ文明に傾倒して伝統的なマレー文化を軽視しがちなリンガ諸島在住のスルタンを批判し、マレー人支配者の採るべき行動や正しいマレー語の使用法を訴えているほどである。そしてまた、マレー人王族との共存を『クルアーン(コーラン)』をはじめとするイスラームの教義のなかに見出そうとしたのである。