戊辰戦争
江戸へ到着した徳川慶喜は、1月15日、幕府主戦派の中心人物・小栗忠順を罷免。さらに2月12日、慶喜は江戸城を出て上野の寛永寺に謹慎し、明治天皇に反抗する意志がないことを示した。
一方、朝敵の宣告を受けた会津藩主・松平容保は、本拠地の会津へ戻った。容保は新政府に哀訴嘆願書を提出し天皇への恭順の姿勢は示したが、新政府の権威は認めず、武装は解かず、求められていた出頭も謝罪もしなかった。その一方で、先の江戸での薩摩藩の騒乱行為を取り締まったことで新政府から標的にされていた庄内藩藩主・酒井忠篤は、会津藩と会庄同盟を結成し、薩長同盟に対抗する準備を進めた。旧幕府に属した人々は、あるいは国許で謹慎し、またあるいは慶喜に従い、またあるいは反新政府の立場から会津藩等を頼り東北地方へ逃れた。
新政府は有栖川宮熾仁親王を大総督とした東征軍を作り、東海道軍・東山道軍・北陸道軍の3軍に分かれ江戸へ向けて進軍した。
旧幕府軍は近藤勇らが率いる甲陽鎮撫隊(旧新撰組)を作り、甲府城を防衛拠点としようとした。
八戸藩 - 藩主・南部信順が島津氏からの養子ということもあり、沙汰無しになったと言われている。また、本家盛岡藩の久保田藩に対する戦闘には、遠野南部氏共々参加していない。陰で久保田藩と通じる文書を交わしていたことも明らかになっている。 村松藩 - 家老1名が処刑された。 村上藩 - 家老1名が処刑された。 磐城平藩 - 新政府に7万両を献納し、所領安堵となった。 相馬中村藩 - 新政府に1万両を献納し、所領安堵となった。 三春藩 新発田藩 三根山藩 黒川藩 下手渡藩 - 藩主・立花種恭が入京した後に、既に新政府に恭順していた事実を隠して列藩同盟に参加。後にその事実が発覚して下手渡の陣屋が仙台藩に攻撃されたため、旧領である筑後国三池に陣屋を戻して三池藩を立藩。石高は1万石から変わらず。
明治2年(1869年)5月、各藩主に代わる「反逆首謀者」として、仙台藩首席家老・但木成行、仙台藩江戸詰め家老・坂時秀、会津藩家老・萱野長修は東京で、盛岡藩家老・楢山佐渡は盛岡で、刎首刑に処された。続いて仙台藩家老の玉虫左太夫と若生文十郎が切腹させられた。しかし、仙台藩主戦派のイデオローグである思想家・大槻磐渓は死を免れた。仙台藩の伊達氏は、34万石の減封という全国の諸大名の中で最も過酷な処分を受けた。仙台藩は秩禄が減って困窮した家臣団を救うために、北海道への入植を行った。仙台藩は新政府と共に、後の道庁所在地である札幌市を開拓したほか、単独で伊達市などを開拓した。こうして仙台藩は、北海道開拓の歴史上に多大な功績を遺した。
会津藩と庄内藩については対照的な結果となった。会津藩は斗南3万石に転封となった。
西日本では、新政府軍と佐幕派諸藩との間では福山藩(藩主急逝により態度表明が遅れた)を除きほとんど戦闘が起きず、諸藩は次々と新政府に降伏、協力を申し出た。東海地方および北陸地方では尾張藩が勤皇誘引使を諸藩代官へおくり勤皇証書を出させ日和見的立場から中立化に成功した。これらの西国の藩に対し、銃兵と砲兵以外の騎士や弓槍兵、従者を禁止し、新政府の中央司令による軍事編成介入により一挙の近代軍化を強制して諸藩は従わざるを得なかった。
仙台藩 - 62万石から28万石へ、34万石の減封。藩主・伊達慶邦は死一等を減じられ謹慎。家老6名のうち2名が処刑、さらに2名が切腹させられた。 会津藩 - 23万石から陸奥斗南藩3万石に転封。藩主父子は江戸にて永禁固(のち解除)。家老1名が処刑された。 盛岡藩 - 20万石から旧仙台領の白石13万石に転封。家老1名が処刑された。 米沢藩 - 18万石から14万石に減封。 庄内藩 - 17万石から12万石に減封。 山形藩 - 近江国朝日山へ転封、朝日山藩を立藩。石高は5万石から変わらず、筆頭家老・水野元宣が責を一身に背負い処刑された。 二本松藩 - 10万石から5万石に減封。 棚倉藩 - 10万石から6万石に減封。 長岡藩 - 7万4千石から2万4千石に減封。すでに処刑されていた相当の家老2名は家名断絶とされた。 一関藩 - 3万石から2万7千石に減封。 上山藩 - 3万石から2万7千石に減封。 福島藩 - 3万石から三河国重原藩2万8千石へ転封。 亀田藩 - 2万石から1万8千石に減封。 天童藩 - 2万石から1万8千石に減封。 泉藩 - 2万石から1万8千石に減封。 湯長谷藩 - 1万5千石から1万4千石へ減封。 請西藩 - 1万石をすべて没収(戊辰戦争による唯一の除封改易)。藩重臣は死罪、藩主・林忠崇は投獄。後に赦免されるが士族扱いとなる。後年、旧藩士らの手弁当による叙勲運動により、養子が他の旧藩主より一段低い男爵に叙任された。