スターゲイト アトランティス
レイスの攻撃を逃れたアトランティス探検隊は、応援に駆けつけた新型巡洋戦艦ダイダロスで一旦地球へ帰還。地球で中佐に昇進したシェパードや増援隊を率いるローン少佐をはじめとする人員がダイダロスでアトランティスへ向かった。アトランティスでは、レイスの酵素中毒になり脱走したフォード中尉を捜索中にランナーと呼ばれる存在を知る。それは、レイスに追跡用ビーコンを埋め込まれ常にレイスに追われている人間であった。そのランナーの一人であるロノン・デックスと出会ったシェパードは、彼の戦闘能力を買い探検隊に引き入れようとする。
カーソン・ベケットは、レイスに含まれる成分を取り出し普通の人間にする薬を開発する。シリーズ終盤は、この薬を巡りレイスが地球侵攻計画を立てる。
エンシェントの性質を受け継いだ遺伝子。この遺伝子を持つ者はエンシェントのテクノジーと交信できるが、その数は一握りしかいない。遺伝子治療技術の応用でエンシェントの遺伝子を取り込むことが出来る(ATA治療)が成功率は48%である。
12を越す国から全員が志願して集まった探検隊。メンバーは200人ほどで、ほとんどが科学者。リーダーはウィアー博士。しかし彼女がアサーラスとの戦闘で行方不明になったため、一時的にシェパード中佐が司令官代理となり、後にカーター大佐、ウールジーが正式な後任となる。
アスガード、ノックス、ファーリングス、エンシェント