ファゴソーム
新たに形成されたファゴソームは、それ自体が殺菌作用を持っているのではない。ファゴソームは成熟するにつれて、pH 6.5からpH 4へと酸性化し、特徴的なタンパク質マーカーや加水分解酵素を獲得していく。酵素によって至適pHは異なるため、それぞれ成熟過程の狭い段階で機能するようになっている。酵素の活性がpHの変化によって微調整されることで、ファゴソームによる処理の柔軟性は増大する。ファゴソームは細胞骨格の微小管に沿って移動し、動的なkiss-and-run機構によって逐次的にエンドソームやリソソームと融合する。この細胞内輸送はファゴソームのサイズに依存している。大きなもの(直径約3 μm)は常に細胞の周縁部から核周辺領域へ向かって輸送されるのに対し、より小さなもの(直径約1 μm)は細胞の中心部と周縁部の間で双方向に輸送される。V-ATPase(英語版)はファゴソーム内を酸性化するために運搬され、病原体にとって厳しい環境を作り出し、タンパク質の分解を促進する。細菌のタンパク質は低いpHでは変性し、それによってプロテアーゼがアクセスしやすくなる。
他の非専門食細胞もある程度の食作用活性を持ち、甲状腺と膀胱の上皮細胞は赤血球を取り込み、網膜の上皮細胞は桿体細胞を取り込むことができる。しかしながら、非専門食細胞はFcRなどの特異的食作用受容体を発現しておらず、インターナリゼーションの速度はずっと低い。
一部の侵襲性細菌も、宿主への取り込みを媒介するために非専門食細胞で食作用を誘導することができる。例えば、赤痢菌Shigellaは宿主の細胞骨格を変化させ、腸細胞の基底側への進入を可能にする。
オプソニンは抗体や補体など、病原体に結合して食作用をアップレギュレーションする分子タグである。免疫グロブリンG(IgG)は血清中の抗体の主要なタイプである。IgGは獲得免疫系の一部をなすが、病原体に対する食作用のためにマクロファージをリクルートすることで自然免疫系と関連づける。抗体はFab(英語版)領域で微生物に結合し、Fc領域でFcRに結合して食作用を誘導する。
補体を介したインターナリゼーションでは膜の突出はずっと小さなものとなるが、どちらの経路も下流のシグナルはRho GTPアーゼの活性化に収束する。Rhoは、ファゴソームがエンドソームやリソソームとの融合するために必要なアクチンの重合を制御する。