飛鳥寺
貞観4年(862年)の太政官符で「聖教最初之地也」と評されるように、飛鳥寺は蘇我氏の氏寺に留まらず仏教隆昌の中心地になっていった。 推古天皇17年(609年)には漂流した百済僧道欣ら11人が、同33年には高句麗僧の慧灌が、ついで呉人の僧福亮、智蔵が相次いで入寺している。飛鳥白鳳期にあっては彼ら渡来僧が学問仏教の先駆をなし、特に恵慈、慧灌、福亮、智蔵は三論宗を学んだとされ、飛鳥寺はその教学の中心にあったといえる。 一方で法相宗の祖といわれる道昭も飛鳥寺で得度したのち唐に渡り玄奘に師事。その後、帰国した道昭は飛鳥寺に禅院を建て、唐から持ち帰った経典の数々や弟子の学僧と共に居住した。 以上のように同寺は当時の日本における仏教教学の研究機関としての機能を有した唯一の寺院であり、やがて朝廷からの庇護を受けるようになったと考えられる。
皇極天皇4年(645年)に乙巳の変で蘇我本家が滅亡するが、飛鳥寺は中大兄皇子と中臣鎌足の出会いの場や蘇我氏討伐の本陣になるなど、朝廷との強い関係性がうかがえる。飛鳥寺はこの頃までには蘇我氏の氏寺の域を超えて国家の寺としての実力を備えていたと考えられる。 天武天皇の時代には官が作った寺院(官寺)と同等に扱うようにとする勅が出され、文武天皇の時代には大官大寺・川原寺・薬師寺と並ぶ「四大寺」の一とされて官寺並みに朝廷の保護を受けるようになった。これに関連して飛鳥寺近くの飛鳥池工房遺跡からは大量の富本銭が発見され、その位置づけを巡って(飛鳥寺との関係も含めて)様々な議論が行われている。