淀川
淀川水系の水質の悪化は昭和中期には問題になっており、昭和30年と昭和40年の水質調査ならびに比較が以下のようになる。
昭和30年時点で京都市から下水の流れ込む河川(桂川など)が汚いことや「(鳥飼から先の庭窪・柴島付近で)上水道の水源になっているが、両方とも上水道の水源としては好ましくない。」と指摘されていたが、昭和40年になると伏見平戸閘門から排出される琵琶湖疏水や新高瀬川が同じ強腐水性でも極めて汚くなり、合流後の右岸(前述の二河川の合流側)からかなりの距離が強腐水性になり、さらに下流でも三川(宇治川・木津川・桂川)合流点付近や御幸橋では昭和30年ではβ-中腐水性だったところが、α-中腐水性に悪化している。
さらに、三川合流点より下流では元々汚染がひどかった桂川の汚水を薄めていた宇治川と木津川の水質が悪化したため回復が進まず、山崎から柴島までの右岸には厚い汚水菌の被覆が見られ、比較的状態が良かった左岸も汚水菌が増加している状況になっていた。
こうしたこともあり、淀川水系中流域で最大の生活排水の発生地域、京都市は下水道を着実に整備し2019年度末には市街化区域の99.5%に達した。しかし初期に作られた下水道は雨水と汚水を一緒に流す合流式(約40%)のため集中豪雨発生時に汚水が未処理のまま川に流される、このため1980年代半ばから貯水幹線を順次整備して、堀川通りの下の直径6m長さ2.
淀川の大阪府内の河川敷では、野球やサッカーなどのチームが、国土交通省淀川河川事務所に無断でバックネットやベンチなどを設置し、グラウンドとして長年に亘り使用していた。河川法に違反するため、同事務所は再三に亘り撤去を要請してきたが、チーム関係者の抵抗で進んでいなかった。しかし2019年以降に豪雨災害が相次いだ影響もあって、これらのチームのうち計33チームが、2021年3月までにバックネットなどを撤去する方針であることが明らかになった。
河川管理者である国土交通省はこうした一連の動きを静観していた。2007年に嘉田知事は「ダム凍結宣言」を撤回し、大戸川・丹生の両ダムについて穴あきダムとしての建設を容認、国土交通省に建設再開を促したことから事態は動き出した。2007年8月28日、国交省近畿地方整備局が「淀川水系河川整備計画原案」を策定し、凍結ダムの建設再開方針を打ち出した。これを受けて大戸川ダムは治水ダムとして川上ダムや天ヶ瀬ダム再開発とともに建設が再開された。ただし余野川ダムは2008年(平成20年)に中止が決定、丹生ダムについては貯水するか穴あきかで県と当時の余呉町(現:長浜市)の対立が激化した。また「流域委員会」のあり方を巡り委員の選定などで国土交通省側の強引な介入があったと指摘・批判する声も大きい。
国土交通省は「淀川流域で過去最悪の大規模な洪水が発生し、淀川が大阪市内で破堤した場合には大阪市中心部が水没する」というシミュレーションを纏めている。全国的に毎年のように記録的な集中豪雨が起こっている現状において、淀川の治水は流域住民の安全と、自然保護や財政負担軽減などによる板挟み中で、難しい舵取りを迫られている。