木曽川
通説では戦国時代末期(安土桃山時代)の1585年(天正13年)6月、それまで現在の境川の場所を流れ、墨俣で長良川と合流していた木曽川は、大洪水を起こして南方へ流路を移動したとされる。豊臣秀吉が尾張・美濃の国境を変更し、従来尾張の葉栗郡・中島郡・海西郡などの一部だった25か村を美濃に編入した(美濃の羽栗郡・中島郡・海西郡、近代に合併して羽島郡・海津郡)のも、この大洪水による流路移動がきっかけだとされている。
しかし、1585年(天正13年)の大洪水については、200年以上のちの地誌などに記載があるだけで、同時代の資料がまったく残っていない一方、すでにそれ以前の本能寺の変後(1582年(天正10年))の段階で、尾張国主織田信雄と美濃国主織田信孝とが、古来の木曽川(境川)上に置かれていた濃尾国境を領地の境とする国切か、それとも「大川」を境に分割する大川切かで対立している。「木曽八流」と呼ばれたように、そもそも木曽川はいくつもの派川に分かれ、西尾張の平野を複雑に離合しながら流れ下っていたが、そのほかいくつかの文献資料からも、室町時代中頃には現在の木曽川の位置にすでに大きな分流(をよひ川=及川と呼ばれていた)が存在しており、1582年(天正10年)時点では元々の木曽川本流にも規模で勝り、従来の国境よりも領土分割線として相応しいと主張しうるまでなっていたと考えられる。
明治時代に入ると、内務省はヨーロッパより多くのお雇い技術者を招き入れ、全国各地の治水事業に着手した。
木曽川においては課題の分流工事を本格的に推進するべくヨハニス・デ・レーケを迎え、1888年(明治20年)より「木曽・長良・揖斐三大河水利分流計画」に着手した。川床は木曽川、長良川、揖斐川の順に高く、木曽川河口部の掘り下げと三川の分離により、洪水被害は大幅に減少した。
船頭平閘門は、新木曽川と新長良川を繋ぐ水運のために設けられたものである。
中部電力は飛騨川流域一貫開発計画を1962年(昭和37年)に策定し揚水発電を主軸とした大規模な水力発電事業を計画する。
その第一弾として建設されたのが1969年(昭和44年)に完成した高根第一発電所である。これは飛騨川最上流部の大野郡高根村(現在の高山市)に高根第一ダムと高根第二ダムを建設し、出力34万キロワットの電力を名古屋市や中京工業地帯に供給するというものである。その後1976年(昭和51年)には益田郡金山町(現在の下呂市)の馬瀬川に馬瀬川第一発電所(出力28万8,000キロワット)が建設され、飛騨川は一大電源地帯へと変貌した。その後は比較的開発の行われていない長良川・揖斐川に目が付けられ、木曽川水系では初となる出力100万キロワット級の揚水発電所・奥美濃発電所が計画された。これは長良川支流板取川の小支流・西ヶ洞谷川上流に川浦(かおれ)ダムを、揖斐川支流根尾川の小支流・根尾東谷川に上大須ダムを建設し、出力150万キロワットの電力を生み出すというものである。奥美濃発電所は1995年(平成7年)に完成し、現在木曽川水系における最大規模の水力発電所として稼働している。
また既存の一般水力発電所の再開発も同時に行われ、新上麻生発電所や新丸山発電所をはじめ、出力5万 - 6万キロワット台の発電能力が増強された。これもピーク時の電力需要に対応するための開発である。現在は徳山ダムの発電事業として中部電力が出力15万5,000キロワットの徳山発電所を建設している。なお、上麻生発電所の取水ダムである上麻生ダムは1968年(昭和43年)8月18日に発生した飛騨川バス転落事故において救助活動援助のため、ダム決壊の危険性から普段は絶対行われない洪水時の水門閉鎖を時間限定で行ったというエピソードが残されている。
木曽川水系では、まず水力発電による電源開発が行われた。大井ダムを皮切りに木曽川・飛騨川に数多くのダム・発電所が建設され、日本土木史の先駆けとなった。