巡視船
海上保安庁は日本のシーレーン安全確保に関連して各国の海上保安機関能力向上のため、巡視船艇も供与している。防弾措置が施されている巡視船艇は輸出貿易管理令における「軍用船舶」であり武器輸出三原則に抵触するが、軍用目的に転用しないことを条件に政府開発援助の一環として船艇の供与を開始した。
巡視船の船長は船全般を統括する。操船は海技免状が必要であることから航海科出身者が務め、1,000トン型以上の大型巡視船の場合は二等海上保安監が務める。海上保安大学校や海上保安学校の特修科出身者の最後のポストとなることも多く、陸上勤務を志向しない海上保安官が海保人生を締めくくる一つのかたちでもある。
業務管理官は、PLH・PL・PMなど大・中型の巡視船で船長に次いで業務と船務を担う。業務の多様化に伴い船長の負担が増大し、対応策として1986年から導入された制度で、「ギョーカン」とも俗称される。船長と同階級者が配置されるが、船長とは異なり資格に連動しないことから、機関科、通信科、航空機パイロット出身者などが就くこともある。船長が執務困難な場合の職務代行者は、業務管理官ではなく航海長とされている。
船長と業務管理官の下、航海、機関、通信、主計、運用指令の各科に長が配置され、船を運航する船務を担う。PLHは航空長も置かれてパイロットや整備士などが配置される。運用指令科は2011年4月に新設された部署で、船の運航に直接関わらない情報収集や分析、事案対処方針の企画立案や調整面で船長を補佐する。大型巡視船であれば置くことのできるポストだが、全ての船に置かれているわけではない。一方、以前は砲術科が設置されている巡視船も多かったが、現在ではほぼ見られなくなり、武器類の扱いは航海科が所掌している場合が多い。ただし砲術士補が配属されている船はある。
一般哨戒中の巡視船は、主計科を除く各科の職員を3班に分けて1班が4時間ずつの当直(ワッチ)勤務を繰り返す三直当直を原則とする。ただし巡視船艇特有の事情として、船務以外にも立入検査や海難救助、捜査などの業務があり、このための打ち合わせや書類作成などの業務が多いため、四直当直として非番の間にこれらの業務を行っている場合もある。出入港時や狭水道通過の際は不測事態に備えて総員配置となる。海難救助や立入検査のような警備救難業務を行う場合も各科を一時的に解消して業務処理班を編成して総員で対応するため、巡視船の乗員は当直勤務と業務処理班勤務の一人二役を複雑に繰り返す。特別な業務にあたる巡視船は潜水士や特別警備隊員が乗船し、これらの人員も運航要員と兼務とされる。