備前国分寺跡
16世紀後半-17世紀初頭頃には、上記堂宇(推定本堂)の廃絶が認められることから、寺院としての機能は完全に喪失したとされる。
江戸時代に諸国一宮・国分寺を参詣した人物の記録では、寛政3年(1791年)に備前国において円寿院・八幡宮(国分寺八幡宮か)・吉備津宮(吉備津彦神社)の3箇所に参った旨が記載されており、当時頃からは西方の円寿院が備前国分寺の法燈を継承する寺院と見なされている。
また土肥経平の『寸簸之塵(きびのちり)』や松本亮の『東備郡村誌』においても、備前国分寺および国分寺八幡宮のことが記述されている。天明年間(1781年-1789年)には塔付近において銅製小塔(非現存)が出土したといい、その底面には「宝亀元年(770年)春三月慈園奉詔」と記されていたという。
尼寺跡は、僧寺跡から古代山陽道を挟んで南方約300メートルに位置する(北緯34度44分6.60秒 東経134度0分0.30秒 / 北緯34.7351667度 東経134.0000833度 / 34.7351667; 134.0000833 (備前国分尼寺跡))。推定寺域は1町半四方(135メートル四方)で、現在ではその東半は溜池(仁王堂池)、西半は農地となっている。
本格的な調査が実施されておらず詳細は明らかでないが、推定寺域からは国分僧寺のものと同様の瓦が出土しているほか、かつては礎石と見られる岩が点在したという。