ぷよぷよBOX
相殺すると日輪相殺が起こり、自分のフィールドに予告されたおじゃまぷよが残っていても、その代わりに相殺した回数分の太陽ぷよが自分のフィールドに降ってくる。このため、相殺すればおじゃまぷよの落下を1手分保留できる。原作『ぷよぷよSUN』とは違い、「自分が相殺した」場合のみ自フィールドのみに太陽ぷよが発生し、「相手に相殺された」場合は太陽ぷよが発生しない(「ぷよぷよSUNスタイル」同士の対戦でも同様)。発生タイミングもアーケード版及びアーケード版準拠で移植された機種とは異なり、ゲームボーイ版『ぽけっとぷよぷよSUN』と同じく相殺に対して即座に反応するようになっており、落下位置の予告(光の柱)は出なくなっている。太陽ぷよの落下位置はアーケード版などの『ぷよぷよSUN』同様、左から1列目より規則性を持って順番に降る(一方で、おじゃまぷよの落下位置には規則性が無い)。全消しをした時のおじゃま上乗せボーナスはアーケード版同様に無いが、代わりに全消し完了時の連鎖数と相殺数に応じた太陽ぷよが自分のフィールドに落下する(発生量こそ異なるが、ゲームボーイ版のように相殺分も合算される)。太陽ぷよは得点ぷよに類似した性質だが、より大きな連鎖に絡めて消すほどおじゃまぷよの発生量が増加する。ただし太陽ぷよの威力は原作に比べて弱く調整されている。
3・4人で対戦を行うモード。「ごちゃまぜ」と「ほりぷよ」が選択できる。
通常の操作では4人対戦を行うために専用マルチタップが必要だが、オプションで多人数対戦時のコントローラを「2人に1つ」に設定した場合は1つのコントローラを2人で持って使うことになり、左側のプレイヤーは十字キーでぷよを操作しL1・L2ボタンで回転、右側のプレイヤーは□○ボタンで左右移動、×で高速落下、R1・R2ボタンで回転を行う形式となる。
このモードは基本的に3人以上が対象だが、「ごちゃまぜぷよぷよ」のみ足りない人数分の操作をコンピュータに担当させて戦うことができる。「ほりあてぷよぷよ」ではCPUの設定はできない。
2人対戦専用のモード。ゲームボーイカラー版『ぽけっとぷよぷよ〜ん』にあったモードのアレンジ移植。2人で対戦を行い、その試合内容に応じて昇級・降級が行われる。ルールは『ぷよぷよ通』の中辛ルール、3本勝負(2本先取)で固定。メモリーカードにプレイヤーデータを作成でき、成績(級位や勝敗数)をそれぞれ別々のメモリーカードから読み出し・保存することができる。
戦闘に負けた場合は体力を示すハートを1つ失い、全てのハートを失うとゲームオーバーとなる(ゲームオーバーになった場合、最後にセーブした場所からコンティニュー可能)。失ったハートはショップなどにある魔法陣で回復できるほか、特定のアイテムを入手することで最大値を増やすことができる。
また、町にあるショップやダンジョン内の宝箱などからは装備アイテムを入手できる。装備品には攻撃力・防御力・素早さのパラメータアップの効果があるほか、属性として「ぷよの回転」や「NEXTぷよ」、「相殺」などのゲームシステムに関わる内容も設定されている。そのため、初期状態では初代『ぷよぷよ』にほぼ準拠した仕様となっており、これらの属性を持つ装備を外した場合はそのシステムを使用できなくなってしまう。装備の攻撃力や防御力だけを重視しすぎると属性のバランスが悪くなり、ぷよを一切回せずNEXTも見えないなどの状況に陥るため、属性を考えて装備することが重要となっている。また、一部の装備品には獲得経験値を増やしたり色数を変えたりなどの特殊な効果も存在する。
ダンジョン内には岩などの障害物がある場合があり、これらはアルルが杖で殴ることによって破壊できる。強力な杖を入手すれば、より硬いものを壊せるようになっていく。また、壷なども杖で壊すことができ、中にはアイテムやお金が入っている場合がある。