船舶警戒部
船舶警戒部は、定員表上は少将か大佐を部長とし、定員は5803人(士官46人・特務士官18人・准士官46人・下士官1504人・兵4189人)の多数を擁した。本部を横浜に置くほか、支部は次第に増設され、最終的に内地港湾11箇所(室蘭、小樽、新潟、大阪、神戸、門司、三池、長崎、鹿児島、若松、博多)と外地・占領地港湾6箇所(基隆、高雄、釜山、上海、シンガポール(昭南)、スラバヤ)に設置された。優秀な人材は正規の海軍艦艇に優先して配属されたため、船舶警戒隊には応召兵や補充兵が多かった。
各船に配乗する船舶警戒隊は、船の固有乗員になるのではなく必要に応じて編成される。基本的な編制は、備砲1門について下士官・兵4人とされた。次第に拡充、大規模化されていき、1945年には1万トン級の大型船の場合で少尉級の予備士官を長とする下士官・兵50人規模に達した。
主要装備は旧式の艦載砲のほか、不足分を補うため陸軍からも三八式野砲やラ式37mm対戦車砲など各種野戦砲300門が譲渡された。戦時標準船が多数就役して装備火砲が不足してくると、新たに短二十糎砲や短十二糎砲が量産された。陸軍からの譲渡火砲でも操作は全て海軍兵が行うため、海軍兵が陸軍部隊に派遣されて教育を受けた。なお、C船の武装が開始された頃には火砲不足のため本物の火砲が装備できず、擬砲と称する木製のダミーを搭載した船も多かった。
対空火器としては7.7mm機銃を装備したが、船員に安心感を与える心理的効果程度にとどまった。より威力のある25mm機銃は不足がちで商船用にはなかなか回らなかったが、末期の南号作戦の頃には海軍艦艇や陸上砲台から取り外してまで船舶警戒隊に配備された。