日本書紀
しかし、士清の目的は訓詁にあり、そのことは一字一字について多くの出典が的確に引用されていることからも窺える。これと並んで特筆されるのが、河村秀根の『書紀集解』で、それまでの中世的な神秘的解釈を打破した点に特色があるが、『日本書紀』の文意を正しく理解することを目的に出典の詮索に徹底している。このような訓詁注釈の徹底と出典論の充実は、中世期には見られなかった客観的かつ実証的な研究を展開させ、体系的な形を整えるに至った。
こうした儒家の研究に対して、18世紀頃から隆盛を極めたのが、国学の流れを汲む研究である。例えば実証主義的な文献学的方法で後々の国学者に大きな影響を与えた契沖は、『厚顔抄』という記紀歌謡の注釈書を著しているが、全3巻のうち上・中が『日本書紀』で下が『古事記』という排列から、『日本書紀』を重んじる精神が見られる。また、荷田春満は神代巻の注釈書や講義録を残しており、後世の解釈に拠らないで研究すべきことを説いている。やがて賀茂真淵の頃から、国学者は『古事記』を高く評価するようになっていった。とりわけ本居宣長による漢意の排斥と『古事記伝』の完成以降、こうした風潮は一気に高まった。
卷第一 神代上(かみのよのかみのまき) 第一段、天地開闢と神々 天地のはじめ及び神々の化成した話 第二段、世界起源神話の続き 第三段、男女の神が八柱、神世七代(かみのよななよ) 第四段、国産みの話 第五段、黄泉の国、国産みに次いで山川草木・月日などを産む話(神産み) 第六段、アマテラスとスサノオの誓約 イザナギが崩御し、スサノオは根の国に行く前にアマテラスに会いに行く。アマテラスはスサノオと誓約し、互いに相手の持ち物から五男三女神を産む。 第七段、天の岩戸 スサノオは乱暴をはたらき、アマテラスは天の岩戸に隠れてしまう。神々がいろいろな工夫の末アマテラスを引き出す。スサノオは罪を償った上で放たれる。(岩戸隠れ) 第八段、八岐大蛇 スサノオが出雲に降り、アシナヅチ・テナヅチに会う。スサノオがクシナダヒメを救うためヤマタノオロチを殺し、出てきた草薙剣(くさなぎのつるぎ)をアマテラスに献上する。姫と結婚し、オオナムチを産み、スサノオは根の国に行った。大己貴神(おおあなむちのみこと)と少彦名命(すくなひこなのみこと)
卷第二 神代下(かみのよのしものまき) 第九段、葦原中国の平定、オオナムチ父子の国譲り、ニニギの降臨、サルタヒコの導き、ヒコホホデミらの誕生。(葦原中国平定・天孫降臨) 第十段、山幸彦と海幸彦の話 第十一段、神日本磐余彦尊(かむやまといはれびこのみこと)誕生 ※卷第三より以降の漢風諡号は、『日本書紀』成立時にはなく、その後の人が付け加えたものと推定されている。
卷第三 神日本磐余彦天皇(かむやまといはれびこのすめらみこと)神武天皇 東征出発 五瀬命の死 八咫烏 兄猾(えうかし)、弟猾(おとうかし) 兄磯城(えしき)、弟磯城(おとしき) 長髄彦と金鵄(きんし) 宮殿造営 橿原即位
卷第二十一 橘豊日天皇(たちばなのとよひのすめらみこと)用明天皇 用明即位 三輪逆の死 天皇病む 泊瀬部天皇(はつせべのすめらみこと)崇峻天皇 穴穂部皇子の死 物部守屋敗北と捕鳥部万 法興寺の創建 天皇暗殺
卷第二十二 豊御食炊屋姫天皇(とよみけかしきやひめのすめらみこと)推古天皇 額田部皇女(ぬかたべのひめみこ) 聖徳太子の摂政 新羅征伐 地震で舎屋倒壊、地震の神の祭 冠位十二階の制定と憲法十七条 名工鞍作鳥 遣隋使 菟田野(うだの)の薬猟(くすりがり) 太子と飢人 聖徳太子の死 新羅征伐の再開 寺院僧尼の統制 蘇我馬子の葛城県(かずらきのあがた)の要請とその死 天皇崩御
卷第二十三 長足日広額天皇(おきながたらしひひぬかのすめらみこと)舒明天皇 皇嗣問題難航 山背大兄王の抗議 境部摩理勢(さかいべのまりせ)の最期 天皇の即位 遣唐使 災異多発
卷第二十四 天豊財重日足姫天皇(あめとよたからいかしひたらしひめのすめらみこと)皇極天皇 皇后即位 百済と高句麗の政変 異変頻発 上宮大娘(かみつみやのいらつめ)の怒り 蘇我入鹿、斑鳩急襲 中大兄皇子(なかのおおえのみこ)と中臣鎌子(なかとみのかまこ) 謡歌流行 秦河勝と常世の神 蘇我蝦夷、入鹿の滅亡
卷第二十五 天万豊日天皇(あめよろづとよひのすめらみこと)孝徳天皇 皇位の互譲 新政権の発足 東国国司の派遣 鐘匱及び男女の法 古人大兄皇子の死 大化の改新の詔 鐘匱の反応 朝集使 厚葬と旧俗の廃止 品部(しなじなのとものお)の廃止 新冠位制 蘇我倉山田麻呂(そがのくらのやまだのまろ) 白雉の出現 皇太子、飛鳥に移る