シン・アスカ
時間軸が原作終了後の設定。灯篭流しのイベントで二人の事を語りながら灯篭を流し哀愁を感じながらもレイやステラ達の死を乗り越え、大きく成長している姿が描かれている。
原作終了後のため二人はオーブ軍の代表としてカガリと来ている設定になっている。そのため原作で大破したデスティニーガンダムも修理されているが、プロローグで再び大破してしまい修理完了まではインパルスガンダムに搭乗。また、デスティニー乗換後はインパルスに乗り換えたルナマリアとの合体攻撃が使用できるようになっている。
同じく平井久司デザインである『蒼穹のファフナー』『鉄のラインバレル』の登場人物とのクロスオーバーが多く、かつての自分を重ねて叱咤激励する等彼らを導く良い先輩として描かれている。
『機動戦士ガンダム00』『SDガンダム三国伝』『聖戦士ダンバイン』などの作品へのクロスオーバー台詞が新たに収録されている。また、スパロボシリーズでは初めてボンボン版の台詞も収録された。
間一髪のところでアスランがこれを防ぎ、デスティニーを破壊してその戦闘能力を完全に奪う。月面に墜ちて擱座する機体のコクピットからルナマリアによって救出されたシンは、朦朧とする意識の中でステラとの邂逅を経て、目を開き、ルナマリアとともに遥か「メサイア」の陥落するさまを見つめながら号泣する。
『FINAL PLUS』や『小説版』・『スペシャルエディション』、『HDリマスター』ではその後ルナマリアと共にアスランによって回収され、オーブの慰霊碑を再度来訪。そこでキラと再び邂逅し、アスランから、彼こそ自分が憎んでいた(ストライク)フリーダムのパイロットであったことを聞かされ戸惑うが、キラの言葉に同意し、握手を受け入れた。その後、軍服着用のシーンではFAITHの階級章は着けていない。
『機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX3』初回限定版に、特典として封入された両澤千晶書き下ろしの新作ドラマCD「OMAKE quarters Vol.3」では、第二次大戦の停戦後にルナマリアと共にザフトからオーブ軍に交流出向しており、オーブ軍大佐であるムウが2人を預かっている。戦後もアスランとの間には感情的なしこりが残っており、ムウが2人の仲立ちをしている。ほか、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY HDリマスター Blu-ray BOX4』初回限定版に、特典として封入されたドラマCD「OMAKE quarters Vol.4」では、シンとルナマリアが「現在進められてる新たな安全保障の枠組み」の交流出向プログラムに志願したことにより、オーブ軍に交流出向することになったことが明らかにされている。