ヒドロゲナーゼ
小サブユニットは3つの鉄・硫黄クラスタを含んでいるのに対し、大サブユニットはニッケル・鉄クラスタを中央部に含んでいる。ニッケル・鉄ヒドロゲナーゼは、2 H 生成と H2 生成の両反応を触媒することが知られているが、この触媒作用はチトクロムc3 などの低電位なマルチヘム (multihaem) チトクロムが、酸化状態に応じて電子供与体か受容体のいずれかとして機能することで発現する。なお、現在までに、周辺質、細胞質、細胞質膜に結合するニッケル・鉄ヒドロゲナーゼが発見されている。
鉄以外の金属を含まないヒドロゲナーゼは鉄ヒドロゲナーゼ(Fe-Hases もしくは Fe-only hydrogenases)と呼ばれている。 この群は大きく分けて3つに分類されている。
Clostridium pasteurianum や Megasphaera elsdenii などの嫌気性菌から発見された細胞質に存在する水溶性で単量体の鉄ヒドロゲナーゼ。これらの菌は酸素 (O2) による不活性化に対して非常に敏感である。この鉄ヒドロゲナーゼは 2 H 生成と H2 生成の両反応を触媒する。
Desulfovibrio 種から発見された周辺質に存在するヘテロ二量体鉄ヒドロゲナーゼ。