南海部郡
江戸時代、のちの本郡域となる区域は、天領だった各村を除いてほとんどは佐伯藩領だった。幕府から公認された佐伯藩の御朱印村でのちに本郡域となる23村とのちの北海部郡にまたがる2村であり、この御朱印村を基本単位として、その下に多数の枝郷が所属している。
※は天領編入および相給分 斜体はのちの北海部郡にまたがる
枝郷は必要に応じて随時再編されており、その名称・範囲等についても時期によって変動が見られるが、享和3年(1803年)に書かれた『郷村仮名附帳』により、概容を知ることができる。『旧高旧領取調帳』では、こうした枝郷やさらに下位の小字のいくつかを村扱にして村高を割り付けているため、146村と約6倍の数になっている。また佐伯藩では、領内の村を農山村である「在方」と漁村である「浦方」に分類し、それぞれの特質に応じた支配形態をとっていた。
(46村36浦1島) 佐伯村(さえきむら) ← 塩屋村、大船繋村 鶴望村 ← 下野村、坂野村 稲垣村 ← 古市村、長瀬村 池田村 ← 久部村、蛇崎村 長谷村 ← 大越村、岸河内村、城村 霞ヶ浦村 ← 笹良目浦、代後浦 二栄浦 ← 古江浦、晞干浦 護江浦 ← 内野浦、風無浦、宮野内浦 海崎村海崎村、百枝村 狩生村狩生村、小福良村、車村、中河原村 青山村 ← 市福所村、川井村、(堅田村組)黒沢村、谷川村、山口村、棚野村 堅田村 ← 石打村、西野村、波越村、泥谷村、府坂村 長良村 ← 鵜山村、江頭村、柏江村、塩月村、津志河内村 最勝海浦 ← 長田浦、蒲戸浦、夏井浦、福泊浦 有明浦 ← 桑野浦、鮪浦、日野浦、帆波浦 蒲江浦 ← 蒲江浦、河内浦 野々河内浦 ← 野々河内浦、坪浦 大坂本村 ← 大坂本村、竹峰村 尺間村 ← 釈魔村、石原村、宇藤木村、岡村、川中村、黒土村、田野平村、長畑村、備後村 下直見村 ← 岩井戸村、浦木村、新洞村、千股村、水口村 横川村 ← 横川村、井取村、黒岩村、羽木 仁田原村 ← 仁田原村、内水村、大津留村、杭野内村、久保河内村、(仁田原村組)黒沢村、細河内村 赤木村 ← 赤城村、知江村、中津留村、吹原村、道野内村、(赤木村組)長野村 笠掛村 ← 笠掛村、(中野村組)長野村 三股村 ← 三股村、長崎村 因尾村 ← 因尾村、宇曾河内村、江平村、波崎村 堂野間村 ← 堂野間村、宇根原村 山部村 ← 山部村、樫峰村、片内村、腰越村
佐伯藩の領域内には一部(床木村と堅田村のうち枝郷9村)に天領(幕府領)およびその相給となっている箇所が存在する。この村々は、もともと初代藩主毛利高政の弟・吉安の所領であったが、吉安が第3代藩主の選定問題で藩と対立した結果、寛永10年(1633年)に兄から与えられていた堅田・床木の計2,000石の領地を幕府に献上し、自身は蔵米取りの旗本となってしまったために発生したものである。吉安の旧領10村は当初佐伯藩の預地となったが、寛文6年(1686年)に佐伯藩領と天領との間で争論が発生したため、寛文8年(1688年)に預りを解かれて日田代官所の管轄となり、その後天明3年(1783年)に佐伯藩の懇請により再び預地となって明治3年(1870年)に日田県に移管されるまで続いた。
明治11年(1878年)の海部郡分割に際しては、上浦村組・大坂本村組は南海部郡・北海部郡に分割された以外、全域が本郡の管轄となった。