リトル巨人くん
本作の主人公。左投左打でポジションは投手。背番号はジャイアンツの永久欠番である「3」(長嶋の現役時代の背番号)が特別に与えられた。
基本的にはリリーフ投手であるが、先発で登板して勝利投手になるエピソードも存在する。
連載開始当初は球種はストレート以外は投げられず、守備やバッティングにも難があったが、連載が進むにつれてカーブなど変化球も投げられるようになったり、守備やバッティングについても克服するなど次第に成長していく。
ライバルチームからピッチャー返しで一時攻略され、ピッチャー返し恐怖症になったが、堀内に猛特訓を施され克服した。その後、左腕の負傷により代打に転向していたが(第1期)、第2期では投手として復帰している。
名前の読みは、第1期では「きょと」だが、コロコロコミック連載版の第2期では「きょじん」とされている。
巨志(きょし)という大学浪人中の兄がいる。
巨人くんのクラスメイトのガールフレンド。幾度となく後楽園球場に足を運んで巨人くんを応援する。他にも巨人くんのことを電話で励ましたり、巨人くんのために応援歌(テーマソング)を作成するなど、巨人くんにとって心の支えとなっている。
巨人くんの最大のライバルの一人。第1期では持ち前のパワーで巨人くんを大いに苦しめる。第2期の終盤で引退の際にインタビューで「巨人くんともっと勝負がしたかった」と語る。
ジャイアンツの第1期監督時代の長嶋・王の二人が練習休みの日に二人連れ立って街を散歩していると、北町小学校で草野球をやっている少年達に出会う。ところがその中に、小学生ながらプロ顔負けの剛速球を投げる投手巨人くんがいた。実際に投げる球を受けた長嶋は「これは即プロで通用する」と判断し、巨人くんをドラフト会議で指名しジャイアンツに入団させてしまう。
阪神が巨人くん対策として入団させた小学生選手。「野球は銭」が信条で、ヒットを打てば吉田監督からポケットマネーで特別ボーナスを払うよう要求する。浜風の逆風を受けながらもバックスクリーンまで打球を運ぶことができるなど、長打力は目を見張るものがある。第2期に登場。