ポケットモンスター ハートゴールド・ソウルシルバー
基本システムは『ダイヤモンド・パール・プラチナ』に準拠し、『金・銀』になかった「とくせい」やダブルバトルや攻撃技の物理攻撃・特殊攻撃の分別化やポケモンのアクションや『プラチナ』から追加された細かい要素などが追加されている。
『ダイヤモンド・パール・プラチナ』にあったポケモン図鑑の性別による姿の違いの機能と、GTSやWi-Fi通信の交換で入手した海外版のポケモンの図鑑の外国語の説明文の機能が最初から標準搭載されており、ストーリーの進行上でバージョンアップすることはなくなった。
設定で戦闘アニメをOFFにすると『エメラルド』と同じようにポケモン登場時のモーションがカットできるようになり、『プラチナ』より戦闘のテンポがさらに向上した。
『ダイヤモンド・パール・プラチナ』にあったパルパーク、『プラチナ』にあったWi-Fiひろばとバトルフロンティアが本作にも登場。バトルフロンティアでは新たに、BPを消費して技を教えてくれる「わざおしえおやじーズ」の施設を追加。
ニンテンドーWi-Fiコネクションによる通信が可能。遠くに離れたプレイヤーとの対戦や交換や、GTS(グローバル・トレード・ステーション)、Wi-Fiひろば、バトルフロンティアの利用ができる。また、通常では出現しないポケウォーカーの特別なコースが配信された(現在は終了)。
『ダイヤモンド・パール・プラチナ』との交換や対戦も可能。前リメイク作である『ファイアレッド・リーフグリーン』では条件を満たさないと『ルビー・サファイア・エメラルド』との相互通信ができなかったが、本作では最初から相互通信ができるようになっている。
先頭にいる手持ちポケモンは種類を問わず『ポケットモンスター ピカチュウ』のピカチュウのように、モンスターボールから出してプレイヤーの後ろに連れ歩くことができる。色違いやフォルムチェンジにも対応している。シナリオ上はウツギ博士がポケモンの連れ歩きを研究しており、これに協力する形となっている。 ただし場所やポケモンの大きさによっては連れ歩けず、モンスターボールに戻さなければならない場合もある。 先頭がひんし、たまごの場合は2番目以降が繰り上げで出てくる。 話しかけることでそのポケモンの状態が判ったり、拾っていたアイテム(アクセサリー)を受け取ることもできる。
べんりボタンに登録できるどうぐが2つに増加。1つは従来通りのボタンとタッチスクリーン、もう1つはタッチスクリーンで実行できる。
ポケギアも標準搭載。電話・ラジオ・マップ・時計などの役割を果たす。 マップには『ダイヤモンド・パール・プラチナ』のポケッチに搭載されていたものと同じメモ機能やマーキングマップをつけることも可能。 電話の登録は『金・銀』で手動だったのが対戦終了後に自動的に登録の選択に入るようになったり、新たにオーキド博士も登録可能になって電話すればいつでもポケモン図鑑の評価ができるようになった。ただし、電話に出るときは重要なイベントを除いてメニューからポケギアを選択しないと電話に出ることができなくなって手動になった(重要なイベントの場合は従来通り、自動で通話画面になる)。 『金・銀』では登録がなかったキャラクターが追加され、10件までしか登録できない制限はなくなり、登録できる件数は無制限になった。