モバイルSuica
基本的に現金を介した利用を想定していないこともあり、多くの自動券売機や自動精算機では構造的にモバイルSuicaに対応していない。そのため、モバイルSuica端末のSFを利用してのきっぷ類の購入や、そのSFに対するチャージはできない場合が多い。また、一部の交通系ICカード導入事業者では有人改札の処理機も構造上モバイルSuicaに対応しておらず、窓口での処理ができないものもある。このため、出場駅で残高不足となり、かつオートチャージが動作しない状況、または現金チャージもクレジットチャージもできない状況 の場合には、全乗車区間の運賃を現金等で改めて支払い、さらにモバイルSuicaの処理ができる有人改札で入場取り消しの処理を受ける必要がある。これらのことから、JR東日本でも「現金での入金(チャージ)によりご利用の場合は、Suicaカードの方が便利です」 と案内している。
スマートフォン等の機種変更・修理の際は、ユーザ自身でデータ移行を行い、あるいは有料サポート等を依頼する必要がある(おサイフケータイ対応の各種電子マネーと同様)。
モバイルSuicaはスマートフォン等の電源を切っていたり、電池切れにより本体機能が使用ができなくても、バッテリーがわずかでも残っていれば改札機における通信は可能である。しかし電池を完全に消耗するか、それ以前でもICカードをロックしたまま電源を入れられない状態になると電池を交換・充電するまで利用できなくなる。
2018年8月1日よりみずほ銀行とJR東日本から「Mizuho Suica」が提供されている。Apple Payのほか、みずほ銀行の口座からの残高チャージが可能。基本的にはiOS向けのSuicaと同等のサービスではあるが、定期券や特急券の利用など一部サービスの利用に制限がある。提供当時はJRE POINTを貯めることができなかったが、2019年9月26日に貯めることができるようになった。ただし、JRE POINTからMizuho Suicaへのポイントチャージはできない。
2008年(平成20年)3月29日にTOICAがSuica・ICOCAとの相互利用を開始したのにあわせて、JR東海では東海道新幹線の乗車券・特急券を携帯電話などで予約・購入してチケットレスで乗車することができる「EX-ICサービス」を開始した。モバイルSuicaでもこのサービスが利用できる。なお、JR西日本が運行する山陽新幹線では、2009年(平成21年)8月29日にEX-ICサービスが導入され、東海道・山陽新幹線全線(東京-博多間)での利用が可能になった。
自動改札機にタッチするだけでチケットレスで乗車できる。EX-ICサービスではモバイルSuicaにきっぷの情報は記録されず、(EX-IC利用分については)SF残額の引き去りなども行われない。タッチ時にサーバーと予約情報の照合を行う。この場合、モバイルSuicaがEX-ICカードの役目を果たすので、EX-ICカードを所持しなくても良い。
このサービスの開始により、例えば首都圏の在来線対応駅(Suica・PASMOエリア)から、東海道・山陽新幹線を経由して、東海地区(TOICA・manacaエリア)、西日本地区(ICOCA・PiTaPaエリア)または九州地区(SUGOCAエリアの一部)の在来線対応駅まで、一台の携帯電話で乗り継ぎ利用できるようになった。