下野薬師寺跡
鎌倉時代、建久4年(1193年)には源頼朝により供僧3口が寄せられたほか、鎌倉幕府からの積極的な後援がうかがわれている。その後、慈猛上人が戒壇を再興、当寺は戒律・真言の道場として隆盛し、寺の前には門前市も形成されたという。
室町時代、室町幕府は禅宗への帰依が篤くした。戒律・真言に拠る当寺は新たな庇護者を求め、足利尊氏・直義が全国に安国寺利生塔を建てるという意向を容れ、暦応2年(1339年)に「安国寺」と改名した。ただし、一般的にはその後も近世まで「下野薬師寺」と呼称されていた。
戦国時代、後北条氏と結城多賀谷氏による戦渦に巻き込まれて堂宇は焼失し、以後威容を取り戻すことはなくなる。
近世初頭には薬師寺不動院の流れをひくといわれる安国寺が旧伽藍内に再建され(現在の安国寺)、佐竹氏から寺領10石を寄進された。また、薬師寺地蔵院の流れをひくといわれる龍興寺(現在の龍興寺)は、佐竹氏から寺領20石を寄進された。両寺は天和元年(1681年)から享保4年(1719年)にかけて薬師寺の正統を争う訴訟を起こしている。議論の末、天保9年(1838年)、「安国寺は戒壇、龍興寺は鑑真墓所を守護する」という合意に達し現在に至っている。なお、この過程で『薬師寺縁起』・『慈猛上人行状記』が書かれ、薬師寺の事績を現在に伝えている。
平安時代に入ると、比叡山での戒壇設置とともに戒壇の需要は薄れ、次第に衰退していく。その理由として、当寺は戒壇に拠って存続していて特定の教団を持っていなかったため、戒律軽視の流れに逆らえなかったと考えられている。
それでも『日本三代実録』によると、874年5月18日(貞観16年4月25日)から3日間の間、60名の僧が平安京紫宸殿において大般若経の伝読を行ったが、その金字仁王経71部を五畿七道各国に1部ずつ配布したほか、当寺には大宰府観世音寺および豊前国弥勒寺(宇佐神宮の神宮寺)とならび、各国配布分とは別の1部が配置されており、東国における当寺の位置付けの高さが窺われる。
下野薬師寺跡出土瓦(白鳳期瓦)(考古資料) - 昭和60年12月6日指定。
下野薬師寺伽藍礎石(考古資料) - 昭和60年12月6日指定。