トゥアレグ
また、1988年にリビアとチャドの和平が成立した事で、第1次トゥアレグ抵抗運動以来リビアに逃れていたトゥアレグ難民がニジェールやマリに帰還した。1990年にトゥアレグ抵抗運動 (1990年-1995年)(英語版)が発生した。特に1992年頃から、ニジェール北部を中心に反政府武装闘争の活動が活発化、外国人観光客を襲撃するなどの武装闘争を展開した。ただし、大規模な拡大には至らず政府と和平協定を締結。2002年には武装解除されたと伝えられた。
マリのトゥアレグ抵抗運動は北部独立運動へと発展つつあり、それに呼応して長期化したトラオレ軍事政権に反発するデモが頻発した。アルファ・ウマル・コナレら軍内部の勢力がトゥアレグに呼応する形で1991年にクーデタを起こし、トラオレ政権は崩壊した。その後1992年に北部平和のための国民的条約が締結され、マリの分裂は回避された。しかし、終戦後も軍部による反乱トゥアレグへの弾圧は続き、約16万人のトゥアレグ・モール住人が国外へ逃れた。
2007年、再び武装闘争を再開し(トゥアレグ抵抗運動 (2007年-2009年)(英語版))、活動範囲はニジェールだけでは無く、マリ共和国、チャド、モーリタニアにまで及んでいる。