甦れ!ウルトラマン
ゼットンとの戦いからストーリーは始まる。
ゼットンはムラマツ、アラシ、フジの攻撃で足止めされイデの新兵器で倒される。
それから1か月後、向かう所敵無しな科特隊に比べ、ゼットンとの戦いで深い傷を負ったウルトラマンはスランプに喘いでいた。アラシ隊員は怪獣を倒しているのは我々だとして、ウルトラマンはもう当てにしなくてもよいと言い出し、偶然それを聞いたハヤタ隊員は自分の存在理由に悩む。
その後、ハヤタ隊員はウルトラマンと一体になって手に入れた能力で怪獣総攻撃を予知するが、このことを話したら、自分がウルトラマンであることがバレてしまうかもしれないと悩んでしまう。悩んだ挙げ句ハヤタは危険を覚悟で怪獣総攻撃を話そうとするが先にイデが夢を語ったため、イデを宇宙から来たヒーローかもしれないと思う。そして謎の円盤軍が襲来。しかし、それは単なる立体映像で、その隙に科特隊本部に侵入した謎の宇宙人は岩本博士を乗っ取って本部を破壊する。謎の宇宙人は戻って来た科特隊に倒されるが、謎の断末魔を残して消える。それこそ怪獣総攻撃開始の合図だった。
断末魔と共に最初に鬼ノ台丘陵の洞窟からドドンゴが出現。
『ウルトラマン』の最終回では、ウルトラマンはゼットンとの戦いに敗れた後、ウルトラマンの仲間のゾフィーがハヤタと体を分離し、地球を去るが、本作品ではウルトラマンは存命しており、ハヤタと一心同体のまま、地球に留まっている。
『ウルトラマン』において悪の怪獣ではなかった怪獣のウーとヒドラが、ゼットン星人配下の悪の怪獣として扱われている。『ウルトラマン』では両者とも倒されることはなかったが、本作品ではウルトラマンのスペシウム光線がヒドラに命中し、爆破する描写がある。
謎の宇宙人が率いる円盤部隊は『ウルトラマン』の最終回では地球総攻撃を企て飛来したゼットン星人の円盤だが、本作品ではホログラフ(立体映像)となっている。