ヒ船団
いずれにしろ大型化した船団でも、レーダーやソナーなどの対潜水艦用センサーが劣っていたことなどから、防御が完璧ではなかった。ヒ船団で最大規模のヒ71船団は、輸送船4隻沈没・3隻損傷のうえ、護衛の空母「大鷹」まで失った。優秀輸送船10隻・護衛艦7隻のヒ81船団も、多数の兵員・物資を搭載した陸軍特種船2隻と護衛の空母「神鷹」が撃沈されてしまっている。
マリアナ諸島の攻防戦が一段落した1944年(昭和19年)後期は、アメリカ潜水艦が日本の南方航路周辺に集中するようになり、ヒ船団の戦いは一層激化した。アメリカ海軍はサイパン島に潜水母艦を進出させて前線基地とし、潜水艦が短い航海で南方航路付近に到達できるようになった。ヒ船団やフィリピンへの増援船団が多く航行するバシー海峡周辺海域は、アメリカ海軍によって「コンボイ・カレッジ」(英語: Convoy College;船団大学)とあだ名され、潜水艦部隊の格好の戦場と見られた。
また、大船団主義は主に潜水艦対策として採用されたものであったが、フィリピンへの連合軍上陸など戦況が悪化して新たに航空機の脅威が大きくなると、かえって一網打尽にされる弊害が出てきた。1945年(昭和20年)1月、それぞれ護衛艦を合わせて15隻以上の大型船団だったヒ86船団とヒ87船団は、南シナ海に侵入したアメリカ海軍第38任務部隊の空母航空隊による空襲を受けて、相次いで壊滅してしまった。