ナトリウムチャネル
心筋細胞由来の1分子のチャネルからのデータは、プロトンが個々のナトリウムチャネルのコンダクタンスを低下させることを示している。ナトリウムチャネルの選択性フィルターは、4つの機能ドメインのポアループ(pore-loop)からそれぞれ1残基ずつが参加することで構成されている。この選択性フィルターを形成する4残基はDEKAモチーフとして知られている。ナトリウムチャネルの透過率は、outer charged ring(チャネルの細胞外側で荷電残基が環状に配置された領域)を構成する4つのカルボン酸残基、EEDDモチーフによって決定されている。これらのカルボン酸のプロトン化はナトリウムチャネルのプロトンによる遮蔽の主要な駆動因子の1つであるが、他の残基もpH感受性に寄与している。そのような残基の例としては主に心臓で発現するナトリウムチャネルNav1.5のC373があり、このチャネルはこれまで研究されたナトリウムチャネルの中で最もpH感受性が高いものである。
プロトン化の影響はNav1.1からNav1.5で特徴づけが行われている。これらのチャネルのうち、Nav1.1からNav1.3、Nav1.5はアシドーシスによって活性化の電位依存性が脱分極側へ変化するが、Nav1.4は非感受性である。定常状態での速い不活性化(fast inactivation)の電位依存性はNav1.1からNav1.4ではpHによる変化は起こらないが、Nav1.5では脱分極側へのシフトがみられる。したがって、これまで研究が行われているナトリウムチャネルの中では、Nav1.5が最もプロトン感受性が高く、Nav1.4が最も感受性が低いサブタイプである。