石山本願寺
木津川河口で織田水軍が阻止しようとするものの壊滅的打撃を受け撤退し、兵糧搬入は成功した。(第一次木津川口の戦い)しかし天正5年に雑賀衆が信長に降伏。天正6年には、毛利水軍も鉄甲船6隻を擁する九鬼嘉隆の九鬼水軍に敗れる。(第二次木津川口の戦い)これらの敗戦により制海権が奪われ、石山本願寺への大規模な補給路を断たれ、厳しい籠城戦を強いられることになる。
天正8年(1580年)閏3月5日、正親町天皇の勅令により立入宗継が調停に出向き、双方の和議が成立する。同年4月9日顕如は鷺森別院に向けて退去する。退去を拒んだ雑賀衆の一部とも講和、同年8月2日に石山本願寺を明け渡し雑賀へ向った。顕如の長男である教如が退去した直後に堂舎・寺内町が炎上して灰燼に帰した。二日一夜炎上し続けたと伝わっている。石山本願寺は、織田軍の長期の攻撃にもかかわらず、武力で開城される事は無かった。「いくつかの要因があるにせよ、最大の理由として、城郭そのものが難攻不落の名城であったことを挙げねばならない」と解説されている。
興福寺の塔頭多聞院の院主で学侶の英俊は、天正8年8月5日付の日記に
とあり、教如による意図的な放火との見方を記している。
その後豊臣秀吉が跡地に大坂城を築き、城下町を建設したため、大坂本願寺の規模や構造などはほとんどわからなくなってしまった。