敦賀地域鉄道部
125系電車(14両) ワンマン運転対応で、1両編成(F編成)14本、合計14両が所属している。うち8両は福知山電車区から転属したものである。 小浜線と舞鶴線の東舞鶴 - 西舞鶴間の普通列車で運用されていた。
521系電車(10両) 2両編成(E編成)5本、合計10両が所属している。2020年3月14日付で金沢総合車両所から転入した。 北陸本線の米原 - 福井間と湖西線の近江今津 - 近江塩津間で運用される他、小浜線に代走で運用に就くこともある。 2016年4月1日時点ではワンマン運転対応の2両編成(E編成・J編成)24本、合計48両が所属していたが、2017年3月4日付で全車金沢総合車両所へ転出した。 2015年2月 - 3月にはIRいしかわ鉄道の実質的な新造編成2本(55/J20 → IR04・56/J21 → IR05)が開業までの35日間本区に所属していたが、この間JRでの営業運転には使用されなかった。
北陸本線:米原 - 芦原温泉間
湖西線:近江今津 - 近江塩津間
小浜線:全区間
特急サンダーバード(大阪ー金沢)
特急しらさぎ(米原ー金沢)
北陸本線:南今庄 - 近江塩津(ただし、南今庄駅は福井地域鉄道部の管轄、近江塩津駅は近畿統括本部の直轄)間
小浜線:全線(ただし、東舞鶴駅は近畿統括本部の直轄)