ペルソナ3エム
戦闘は、敵の弱点を突くことで行動回数が増える「ワンモアプレス」、全ての敵がダウンした時に行える強力な攻撃「総攻撃」といった『ペルソナ3』本編のシステムを継承。本編と違い、主人公以外のキャラクターの行動もプレイヤーが細かく決定することができる。
戦闘で勝利した際に「ペルソナ」を入手できることがある。入手したペルソナは主人公のみ付け替えることができる。ペルソナによって能力が様々なため、敵によってうまく使いこなすことが戦闘のカギとなる。また、ダンジョンの入り口にある「ベルベットルーム」では、ペルソナを合体させて新たなペルソナを作り出すことができる。合体によって以前のペルソナのスキルの一部を継承できるため、独自のペルソナを作成できる。なお、本作ではペルソナはレベルアップしない。
セーブはエントランスでのみ可能。ダンジョン内では中断セーブのみ。BGMは本編と同じものを使用している。