ロックマンゼクス アドベント
ボス:クレイド・ザ・ジャイアント(グレイのみ)、テスラット
グレイ編ではここで彼が目覚めて物語が始まる。施設内後半ではプロメテたち、さらに最深部では「あの男」に関わる秘密が眠っている。
マップ3とマップ4があり マップ1とマップ2はグレイがプレイヤーの時にしか埋めることができない。
フォルスロイドやロックマンが画面に現れ、その答えをタッチスクリーンのトランス画面で答える。全問正解までの時間が記録され、間違えるとペナルティとして大幅に時間が加算される。クイズは次の3段階。 狭い空間を一瞬で通過するキャラクターを当てる。間違えると見える範囲が拡張する。 一瞬で光るシルエットのキャラを当てる。中盤にしてはやや難易度が低い。 拡大映像から縮小していき、誰が映っているのかを当てる。体色以外を焦点に当てている場合が多いので、ミスをしやすい(カイゼミーネの黄色い部分、コンドロックの赤い部分など)。
近接エリア:ハンターキャンプ
ボス:エール(グレイ編)、ヴァン(アッシュ編)
上記の「コントロールセンター」~「スクラップ置き場」を攻略すると移動可能となる(4体のボスのトランスオンの能力で入れる)エリア。中盤でエール(ヴァン)と対峙し、互いの誤解から戦闘になる。モデルVの力で再活動した「スパイダリル・ネオ」と最深部で戦う。
前作はエリアCのゲームセンターでミニゲームがプレイ可能であったが、本作はスタート画面のオプションから行う(つまり各セーブデータの個別ではなく、記録は統一されている)。