査読
掲載拒否すべきであり、同じ内容での再投稿も認めない。再投稿を認めるかどうかの指定がなされる場合もある。
"Willing Rejection"等、上記以外の分類をする著名論文誌もある。
編集者は、査読者の意見を元に、原稿を採用するかどうかを決定する。形式上、編集者の権限は独立であって、査読者の意見を受け入れる義務はないが、たいていの場合は査読者の評価がすべてmajor revision以下であれば掲載拒否になる。あまりに査読者間で評価が分かれていて採否決定が難しいときは、もうひとり別の査読者を選定することもある。また、内容的には優れているものの、分野的に雑誌内容にそぐわない場合などは、他の雑誌への投稿を勧めることもある。
東邦大学に在籍していた藤井善隆は、1991年から2011年にかけて無名の学術雑誌に多くの論文を発表し、そのことによって講師から准教授へと順調に出世したものの、2000年から論文で使われたデータの不自然さが指摘され、2012年に日本麻酔科学会の調査特別委員会によって「藤井が発表した論文212本のうち172本にデータ捏造の不正があった」とする調査結果を発表。藤井は大学を辞職し、日本麻酔科学会からも退会した。
ジュネーブ大学のカール・イルメンゼー(ドイツ語版)と米国ジャクソン研究所のピーター・ホッペが、1977年にハツカネズミの体細胞から細胞核の移植によってクローン生物を生成することができるとした論文は、生命科学の学術雑誌として名高い『セル』に掲載された。しかし、他の実験者による再現実験では成功せず、さらに内部告発からイルメンゼーがデータを故意に操作していたとの指摘があったことから、1981年にジェネーブ大学が、イルメンゼーの一連の研究は「捏造とは断定できないものの信頼性に重大な疑問が残る」という調査結果を発表。イルメンゼーはその後、大学の職を辞することとなった。
フランスで通俗科学番組の司会者をしていたイゴール・ボグダノフとグリシュカ・ボグダノフ兄弟は、1991年から2002年にかけてビッグバン宇宙論に関する論文を専門学術誌に掲載した(その中には査読制度のある専門誌もあった)。しかしボグダノフ兄弟は物理学の専門的な教育を経たわけではなく(修士課程まで応用数学専攻)、物理学者の多くが兄弟の論文の内容のでたらめぶりを批判した。結局、兄弟は全ては査読制度の弱点を暴くための悪戯だったと白状するに至った(ボグダノフ事件)。
原稿を受け取った査読者は、内容について審査を行う。このとき、査読者同士も他に誰が査読者かは明かされず、完全に独立した立場で仕事を行う。
最終的には論文に対しての疑問点・改善点をまとめ、編集者に返送する。このとき、同時に原稿に対しての具体的な評価をつけることが求められる。たいていの場合は以下の4つの選択肢からどれかを選ぶように依頼される。
一般的な学術雑誌の査読プロセスに関わる人物は、著者(英: author)、編集者 (editor)、および査読者 (reviewer、referee、judge) である。
以下、一般的な査読プロセスについて概説する。