MS-DOS
Windows Meに含まれているバージョン。IO.SYSにHIMEM.SYSおよびSMARTDRV(ディスクキャッシュ)の機能を統合した最終版であり、MS-DOSモードでの起動も廃止されWindowsのブートローダの機能のみとなった。Windows MeやWindows XP以降で起動ディスクを作成するとこのMS-DOSが書き込まれる。
バージョン3.20から派生し、8086上で限定的な擬似マルチタスク環境を実現したもの。マイクロソフトが開発したが不十分であるとしてIBMには採用されず、アプリコットコンピューターズ(英語版)にネットワークOSとしてOEMされた他、僅かの用途に留まり絶滅亜種になってしまった。非同期I/O対応やバックグラウンドタスク規約など資産の一部は Windows 2.x に流用され、また80286プロテクトモードを前提に並行開発されていたもの(当初バージョン5と呼ばれていた)はIBM主導で大幅に改訂され、世に出た時にはOS/2バージョン1.0になっていた。
Human68k(ハドソン、シャープ) - X68000、ファイルシステムにFAT12/16のサブセットを採用、COMMAND.COMに酷似したコマンドラインインタプリタや、システムコールのファンクションにもINT21Hを真似た設計が見られる等、影響を(主に開発工期の短縮などの側面から)強く受け模倣していることは明らかではあるが、その他は全く別個の実装であり、CPU自体にも互換性は無い。
Carry日本語DOS(キャリーラボ) - PC-8800シリーズ/X1。通称CDOS-II。ファイルシステムのみFAT12に対応したOSで、CP/Mエミュレータが存在した。Z80を前提としたCP/Mのバリアント(変種)であり、MS-DOSの移植ではない。当然MS-DOS用のバイナリも動作しない。
両者は基本部分の互換性は保たれているが、付属ユーティリティの相違などが広がった。マイクロソフトはこのMS-DOS 6を単体販売の最終バージョンとし、1995年のMicrosoft Windows 95以降は単体のDOSも不要となった。IBMはDOSの改良を続けたが、1998年のPC DOS 2000が最終バージョンとなり、2001年にはサポートも終了した。
2014年3月25日、マイクロソフトはSCP MS-DOS 1.25、およびAltos MS-DOS 2.11とTeleVideo PC DOS 2.11の混合版を、Microsoft Research License Agreementに基づいて一般公開した。これにより、コードソースは利用可能になるが、オープンソース・イニシアティブやフリーソフトウェア財団の規格で定義されるオープンソースではない。マイクロソフトは、2018年9月28日にMITライセンスに基づいてコードを再ライセンスし、これらのバージョンをフリーソフトウェアとした 。