緑色蛍光タンパク質
オワンクラゲの生体内ではイクオリンと複合体を形成している。イクオリンは、単体では細胞内カルシウムを感知して最大蛍光波長460 nmの青色発光(バイオルミネセンス)であるが、オワンクラゲの発色細胞内では、GFPがイクオリンから励起エネルギーを受け、最大蛍光波長508 nmの緑色の蛍光を発する(フェルスター型エネルギー転移)。GFPの緑色蛍光の発色に関しては、下村の一連の研究により提唱された発色団の分子構造モデルをもとに、10数年を経て1990年代になって発色団の分子構造が確認された。GFP分子内での発色団の形成には自己脱水結合のみで充分であり、酵素など他分子の助けを必要としない。
GFPは励起光を当てると単体でも蛍光発光(フォトルミネセンス)する。下村によるその発見から30余年を経た1990年代、ワード (Ward) ・プラッシャー(Prasher)らのグループがGFP遺伝子の同定・クローニングに成功、チャルフィー、チエンらのグループがトランスジーンとして異種細胞へのGFP導入・発現に成功した(チャルフィーおよびチエンもまた、下村と同時にノーベル化学賞を受賞している)。