インディジェナス
余勢を駆って出走したクイーンエリザベス2世カップ(香港G1、国際G2)は、ジムアンドトニックの2着に敗れ、3連覇をかけて臨んだチャンピオンズ&チャーターカップ(香港G1)では、単勝1.2倍の圧倒的人気に押されたが、頭差でオリエンタルエクスプレスの2着に惜敗した。しかし、シーズンを通しての活躍が評価され、このシーズンの年度代表馬に選ばれた。
香港でのオフシーズンとなる夏には、イギリスのキングジョージ6世&クイーンエリザベスダイヤモンドステークスに遠征を敢行。6着に敗れはしたが、デイラミらを向こうに回して互角に戦ったレース内容に大きく手応えを感じたようで、アラン調教師は次の目標にジャパンカップを選び調整を行うこととなった。
1999/2000シーズンに入り、インディジェナスは11月6日のナショナル・パナソニックカップで復帰したが、夏場の遠征から休養期間が短い事と、距離1000mがファンから嫌われて25倍の人気薄で、レースも14頭立ての10着に敗れたが、陣営にとっては予定通りの一叩きでもあり、自信を持ってジャパンカップに参戦した。
香港では既に不動の人気を確立していたインディジェナスではあったが、日本では全くの無名であり、しかもこの年のジャパンカップでは、モンジューを筆頭に、各国から強豪が多数参戦していた事もあって、12番人気と全くの人気薄であった。しかし、道中先団につけたインディジェナスは、直線でもしぶとさを発揮し、1番人気のモンジューを振り切ってスペシャルウィークに1馬身差の2着に入る大健闘を見せた。