長崎振興局
1994年(平成6年) 4月 組織改正により、総務係及び管理係を除く全ての「係」を「班」制とする。 県税総合情報管理システムの一次開発分(法人二税、個人事業税、自動車税)が稼動。
1996年(平成8年) 4月 県税総合情報管理システム(全税目オンライン・トータルシステム)全面稼動。 直税課を「課税第一課」、間税課を「課税第二課」と名称変更。
1997年(平成9年)4月 - 鉱区税の電算化により、全県下の鉱区税の賦課徴収事務を所管。
1998年(平成10年)4月 - 組織改正により、管理係が管理班となる。
1999年(平成11年)4月 - 自動車税事務所を統合し、5課制(総務課、課税第一課、課税第二課、自動車税課、納税課)となる。複数次長制を採用。
2000年(平成12年)4月 - 特別地方消費税の廃止に伴い、課税第一課、課税第二課の事務分掌を変更。
2005年(平成17年) 1月 - 市町村合併に伴い、西彼杵郡の香焼町、伊王島町、高島町、野母崎町、三和町、外海町の6町が長崎市に編入され、新しい長崎市となる。 3月 - 市町村合併に伴い、多良見町が諌早県税事務所管轄となる。 4月 - 西彼杵郡の管轄区域のうち、西彼町、西海町、大瀬戸町、大島町、崎戸町が合併し、西海市となる。
2006年(平成18年)1月 - 西彼杵郡琴海町が長崎市に編入され、管轄区域は長崎市・西海市・長与町・時津町の2市2町となる。
2009年(平成21年)4月 - 地方機関再編により、長崎振興局税務部となる。西海市を県北振興局に移管。 組織 - 3課制(納税課、課税第一課、課税第二課)。 所管 - 1市2町(長崎市、西彼杵郡時津町、長与町)
管理部 【所管地区】長崎市、西彼杵郡、水産業普及指導センターに関しては橘湾区、西彼海区、大村湾区 総務課 パスポート業務は行っていない。 水産業普及指導センター(長崎市多以良町1551-4、北緯32度48分35.3秒 東経129度46分19.5秒)
税務部(旧長崎県税事務所、長崎市勝山町22-1、北緯32度45分3.1秒 東経129度52分48.9秒) 【所管地区】長崎市、西彼杵郡 納税課 課税一課 課税二課
保健部(西彼保健所)(長崎市滑石1-9-5、北緯32度48分26.8秒 東経129度50分59.9秒) 【所管地区】西彼杵郡、 西海市 (長崎市は除く) 企画調整課 衛生環境課 地域保健課
建設部 【所管地区】長崎市、西彼杵郡 管理課 用地第一課 用地第二課 道路建設課 道路維持課 河川防災課 ダム室 都市計画課 建築課 長与都市開発事業所(西彼杵郡長与町高田郷294-1、北緯32度48分8.7秒 東経129度51分31.3秒) 神浦ダム管理事務所(長崎市神浦下大中尾町1748-32、北緯32度52分57秒 東経129度42分0.6秒)
長崎港湾漁港事務所 【所管地区】長崎市、西彼杵郡 総務課 港営課 港湾課 漁港課