第3新東京市
ジオフロントへ向かうインクラインやケーブルカー、カーゴトレインの路線もある(劇中では仙石原地下中央駅行C-22特別急行列車と記されている)。
箱根山には箱根ロープウェイ(武装タイプ)があり、市街地と結ばれている。
作戦時にはエヴァ初号機が電車を吹き飛ばしながら走る場面があるが、こちらに出てくる車両はE231系の湘南色(近郊タイプ)とDD51形、後述のカーゴトレインである(E231系にはグリーン車であるサロE230・E231が連結されておらず、編成は15両編成を超えている)。
さらに新劇場版のオープニングには市街地に突き刺さるE231系と思われる車両(モノトーンカラー)が出てくるが、こちらにはサロE230と思われる車両が描かれている。
なお、エヴァの世界ではセカンドインパクトによって世界各地の沿岸都市は水没し、東京都心は新型爆弾による攻撃で消滅している。そのためエヴァとのコラボが行われた、テレビアニメ『新幹線変形ロボ シンカリオン』第31話では熱海駅の路線図には東海道本線の起点は、東京都心は消滅しているため東京駅ではなく国府津駅となっているが、これはあくまでエヴァの世界観に基づいた設定である。また、洞木三姉妹によると熱海および第3新東京市から大宮へ行くには山梨を経由しなければならず遠いらしく、これらの言及は『シンカリオン』第31話が初となる。