両統迭立
後醍醐は、天皇としての権威を十全に主張できない立場にあった。持明院統における花園も同様に“中継ぎ”の立場にあったが、伏見の意向で、花園は兄後伏見の猶子として持明院統の「嫡嗣」と呼ばれ、さらに後伏見の子の量仁が花園の猶子とされて、花園を持明院統の嫡流に組み込む、いわば“顔を立てる”配慮がなされていた。その温厚な人柄もあって、花園は自らの置かれた立場を従順に受け入れ、むしろ量仁の養育に力を注いだ。しかし、後醍醐は自らの立場に強い不満をいだき、激しく反発した。元亨元年に後宇多が後醍醐に治天の政務を譲ったのは、後醍醐の強要によるものではないかと推測する研究者(網野善彦、森茂暁)もいるほどである。
一方、処分状は、後醍醐の子孫から天皇や親王(法親王ではなく俗人の親王)を出すことをほんのわずかな可能性ではあるが許容しているが、それは、古代中国の伝説的な聖天子である舜や禹と同等の帝王としての徳を後醍醐が備えている、と万民が認めたときに限られたものであり、ほとんど易姓革命と同じことであって、実現不可能な条件と言える。なお、この「可能性」を強調して、後宇多の意図を、天皇後醍醐・皇太子邦良の体制をできるかぎり長期化させ、量仁の立太子・践祚を遅延させることに求めようとする説(河内祥輔)もある。いわば、後二条流皇統をメインの皇統、後醍醐流皇統をサブの皇統として、大覚寺統の内部で皇位を独占し、将来的には持明院統を廃絶に追い込むことが意図されているというのである。
同時に嵯峨の即位当時、嵯峨に皇子がいなかった以上、自分を擁立した平城に皇統を返上をするのは不自然ではなく、この段階では平城・嵯峨の双方に大伴への皇位継承の構想はなかったとしている。
退位して太上天皇となった平城は、生まれ故郷である平城京に移り住み、体調がやや回復すると再度政務に意欲を示し、独自に天皇としての権限を行使しはじめた。もともと太上天皇は天皇と同格かつ同等の権限を有するものとされ、最初の太上天皇である持統太上天皇と文武天皇以来、太上天皇と天皇が共同で執政することは当然のこととされていた。しかし、これは太上天皇が天皇の直系尊属ないしそれに準じた立場を有する場合にこそ円滑に機能するものであり、同母兄弟である平城と嵯峨の間ではむしろ政治の混乱と両者の対立抗争の原因となった。翌弘仁元年(810年)、平城が平城京への遷都を嵯峨に命令すると、嵯峨は一気にクーデターに踏み切った。平城は予想外の事態に驚き、東国へ逃れて再起しようとしたが、嵯峨の派遣した軍隊に進路を遮られて挫折、すべての権力を放棄して出家した。高岳も皇太子の地位を追われ、同じく出家している(薬子の変)。
嵯峨が高岳に代えて皇太子に立てたのは大伴である。嵯峨に皇太子とすべき皇子がいなかったこともあったが、やはり大伴の権威と存在感を尊重したのである。平城との争いで大伴が嵯峨を支持した事情もあった。嵯峨は平城と対立し武力衝突にまで至った轍を踏まないよう、兄弟の融和に細心の注意を払い、大伴の立場を最大限尊重することに努めた。