自己免疫
したがって、この抗原(自己抗原を模倣する)に対して産生された抗体は、理論的には宿主抗原にも結合し、免疫応答を増幅させることができる。分子擬態という考え方は、A群β溶血性レンサ球菌に感染した後に発症するリウマチ熱との関連で生まれた。リウマチ熱は半世紀にわたって分子擬態に起因するとされてきたが、正式に同定された抗原はない(どちらかと言えば、あまりにも多くの抗原が提案されている)。さらに、この病気の複雑な組織分布(心臓、関節、皮膚、大脳基底核)は、心臓特異的な抗原がないことを提示している。この疾患が、たとえば免疫複合体、補体成分、および血管内皮の間における異常な相互作用によるものという可能性は大いに残されている。
イディオタイプ交差反応 - イディオタイプ(英語版)とは、免疫グロブリン分子の抗原結合部位(Fab)に見られる抗原性エピトープのことである。PlotzとOldstoneは、抗ウイルス抗体のイディオタイプと問題ウイルスの宿主細胞受容体との交差反応によって自己免疫が生じる可能性があるという証拠を示した。この場合、宿主細胞受容体はウイルスの内部イメージとして想定されており、抗イディオタイプ抗体は宿主細胞と反応する可能性がある。
サイトカイン調節不全 - 最近、サイトカインは、その機能を促進する細胞の集団(ヘルパーT細胞タイプ1およびタイプ2)に応じて、2つのグループに分けられた。タイプ2のサイトカイン(Th2サイトカイン)には、たとえばIL-4、IL-10、およびTGF-βがあり、炎症誘発性免疫応答の誇張(悪化)を防ぐ役割を担っているようである。
ビタミンD/日光
ヒトのほとんどの細胞や組織は、T細胞やB細胞を含めてビタミンD受容体を持っているので、適切なレベルのビタミンDは免疫系の調節を促進する。ビタミンDは、日光浴によって生合成され、T細胞やナチュラルキラー細胞に作用することで、免疫機能の役目を担っている。研究によると、低血清ビタミンDの低下は、多発性硬化症、1型糖尿病、全身性エリテマトーデス(一般に単にループス/狼瘡と呼ばれる)などの自己免疫疾患との関連性が示されている。ただし、ループスでは光線過敏症が起こるため、患者は日光を避けるように助言されており、これがループスで見られるビタミンD欠乏の原因となっている可能性がある。ビタミンD受容体遺伝子の多型は、自己免疫疾患の患者によく見られ、自己免疫におけるビタミンDの役割について一つの潜在的な機構を示している。1型糖尿病、ループス、および多発性硬化症におけるビタミンD補給の効果については、さまざまな証拠がある。
ω-3脂肪酸
研究によると、ω-3脂肪酸(おめが-さん-しぼうさん)を適切に摂取することで、自己免疫疾患の症状の原因となるアラキドン酸の影響を打ち消すことが示されている。ヒト実験や動物実験では、ω-3脂肪酸が、関節リウマチ、炎症性腸疾患、喘息、乾癬などの多くの症例で有効な治療法であることが示唆されている。 大うつ病は必ずしも自己免疫疾患ではないものの、その生理学的症状のいくつかは炎症性であり、本質的に自己免疫である。