日勤教育
本来の再教育は事故等の再発防止を目的として行われるものであるが、実際には除草や社内清掃といった業務指示が行われており、航空・鉄道事故調査委員会がJR西日本に対して実施したヒアリング調査では「再教育の趣旨・目的が教育対象者にとって不明瞭になっていた可能性がある」と報告されている。
日勤教育は乗務員が所属する運転区や電車区の区長の裁量で行われており、対象となるミスの基準や教育内容は明確ではなかった。実際に日勤教育を受けた運転士は、電車の運転席から撮影した映像が流れるモニターを見ながら延々と信号の指さし確認をさせられたり、草むしりをさせられたと証言している。
また、大野英士はこれら以外にも、事故の直接的原因と関係ないレポートや作文、就業規則の書き写し、車両・トイレ清掃、ホームの先端に立たせ発着する列車の乗務員に「おつかれさまです。気を付けてください」など声かけさせる、アスファルトの照り返しが47度に達する炎天下で1メートル四方の枠を書かせて枠から出させない、複数の管理者に取り囲まれて暴言を浴びせられるといった事例を指摘している。
こうした再教育について、JR西日本は「再教育を受けて立派な乗務員になった例もある」と主張したが、実態としては個人の責任を追及する懲罰的要素が強く、再教育を避けたい精神的重圧から新たな事故を誘発する悪循環となっていた。2005年(平成17年)に発生したJR福知山線脱線事故において、航空・鉄道事故調査委員会が事故原因として懲罰的な日勤教育の存在を指摘したこともあり、その後同社においては内容の見直しが行われ実施件数も減少している(#JR福知山線脱線事故を受けた見直し)。