座席指定席
現在ではJR優等列車のグリーン車はすべて全席指定だが、かつては国鉄・JRに、グリーン車(一等車)自由席を設けて運行された優等列車も急行列車を中心にかなりの数が存在した。なお、急行列車のグリーン車で自由席の場合は当初、指定席よりやや安い料金が設定されていたが、後に指定席と同額となっている。JR快速・普通列車のグリーン車は、国鉄時代から首都圏の列車のグリーン車を中心に、多くが全席自由席だが、JR化後はグリーン車・席を全席指定にする快速・普通列車(例として「マリンライナー」など)が増加傾向にある。
寝台車は、横臥して一般の座席利用よりも快適に睡眠を取る設備である寝台を確保する観点から、すべて指定制である。また現在では2昼夜以上に亘り走行する旅客列車は、クルーズトレインなどの団体専用列車を除き存在しないので、一つの寝台につき複数の寝台券が発行されることは基本的に無い。
JRでは、「はやぶさ」・「はやて」・「こまち」など一部の新幹線を含む座席車が全車全席指定の特急列車では、自由席利用と同額の立席特急券で利用できる場合があるが、列車は指定され1列車あたりの発券数も限定されている。ただし、「立席承知」とはいえ、通例は常に着席が認められないわけではなく、普通車に空席が生じた場合に着席できる。ただし、座席指定のある乗客が来た場合には、座席を譲る必要がある。なおJR東日本では、首都圏発着の在来線特急列車の全車指定席化を進めており、これと並行して座席未指定券というシステムを導入している。
なお、区間を限って立席特急券での利用を認める場合や、満席の場合に限り利用を認める場合がある。寝台特急の立席特急券での利用では、座席扱いにして着席する場合もある。このほか便宜的な取扱いとして、東海道新幹線では平日朝9時までに限って、新横浜駅から東京駅までの区間で、自由席特急券での普通車指定席を利用できる特例がある 。