大宮総合車両センター東大宮センター
OM編成のうち5500番台は、2023年3月のダイヤ改正時に主に草津・四万に定期投入されており、それ以外の編成は、主に臨時列車や団体専用列車で運用されている。
「湘南」で運用される2500番台
波動用の5000番台
「あかぎ」で運用される5500番台
E261系電車 (16両)
8両編成2本(RS1・RS2編成)16両が配置されている。
2020年3月14日から「サフィール踊り子」として運用されている。
651系電車 (42両)
7両編成6本(OM201・OM203 - OM207編成)42両が配置されている。
2013年度に交流機器を使用停止して1000番台となり、勝田車両センターから転入した。(OM207編成は2018年度に追加での転入となった。)
2014年3月ダイヤ改正から特急「スワローあかぎ」、特急「あかぎ」、特急「草津」で定期運用されていたが、2023年3月のダイヤ改正により引退している。
4両編成のOM301編成は、「伊豆クレイル」用に改造されて国府津車両センターへ転出した。
4両編成×2本(OM302・OM303編成)は、2015年3月14日のダイヤ改正で11両編成の「あかぎ」「スワローあかぎ」の運用がなくなったため、OM302編成は2017年9月21日に、OM303編成は同年7月21日にそれぞれ廃車された。
OM202編成は2022年4月16日付で廃車されたほか、OM203編成が2023年3月23日に、OM204編成が同年4月26日に、OM205編成が同年6月16日に、OM206編成が同年7月26日に、OM207編成が同年9月27日に、OM201編成が同年10月25日に、それぞれ郡山総合車両センターへ配給輸送されたことにより、当センターに所属する651系は全車廃車となる。