神宮寺駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅。駅舎側より、標準軌(秋田新幹線下り副本線)と狭軌(本線、1番線)の三線軌条、狭軌(副本線、2番線)、ホームのない標準軌の通過線(秋田新幹線本線)の順に並んでいる。普通列車の行き違いや下り「こまち」の待避が可能となっている。通過線の奥には本線とはつながっていない架線の張ってある線路があり、訓練等に使われる。
大曲駅管理の簡易委託駅(大仙市委託)。指定券の取り扱いも行う。営業時間外は乗車証明書発行機から乗車証明書を取って車内精算する形となる。
2008年に駅舎改築を行い、新駅舎は大仙市の施設とJR東日本の施設の合築駅舎となった。