特定都区市内
現在本特例が適用されているのは、札幌市・仙台市・横浜市・名古屋市・京都市・大阪市・神戸市・広島市・北九州市・福岡市の計10都市と東京23区内。
駅の設定は基本的に各市の市域内。ただし、(JRが定める)中心駅へJR線だけで行くために一旦市外に出なければならない駅の扱いは駅により異なる。神戸市に所在する道場や福岡市内の筑肥線各駅は除外されている。一方で山陽新幹線新神戸と相鉄線直通列車羽沢横浜国大は含まれている。また横浜市内の矢向や大阪市内の新加美、広島市内の矢野などから中心駅への経路には、特定都区市内に指定された市以外の市町を挟むが、便宜上他市町の駅も含める。この場合、乗車券の券面にこれら除外駅や含まれる駅を表記(横浜市内の場合は、「横浜市内・川崎・鶴見線内」、または「横浜市内・川崎」と表記)する場合がある(旅規187条3項)。 当該都区市内での新線開業や新駅開業、市町村合併による市域拡大の場合は、当該の新駅が既存のJR線内に当該都区市内のみで接続する場合に限り、当該都区市内ゾーンへの組入れが行われている。 1983年の筑肥線「博多 - 姪浜」間廃止までは、廃止区間の中間駅に加えて姪浜・今宿・周船寺の各駅も福岡市内の駅に入っていたが、廃止に伴い3駅は除外された。 京葉線の新木場・葛西臨海公園両駅の場合は、1988年の開業当初は都区内では「独立」したJR線のため東京都区内ゾーンに組み入れられなかったが、その後1990年に東京まで延伸開業した際に、同時に開業した八丁堀などの途中駅とともに東京都区内ゾーンに組み入れられた。 1997年(平成9年)3月8日の片町線(学研都市線)「京橋 - 片町」間廃止に伴い、片町駅が除外された。
杉本町(阪和線)から五日市(山陽本線・広島地区)まで
杉本町は大阪市内、五日市は広島市内にそれぞれ所在する駅で、両駅とも特定都区市内に所在する駅でもある。そして、「大阪市内」の中心駅・大阪駅から「広島市内」の中心駅・広島駅までの営業キロは337.8kmであり、200kmを超えている。よって発券される普通乗車券は、券面表示が「大阪市内→広島市内」、有効期間は3日となる。 なお、この普通乗車券を使って新大阪・広島間で山陽新幹線を利用する場合、実際には大阪・新大阪間で重複乗車となってしまうが、これに関しては規程150条(後記)により大阪・新大阪間の運賃を別途支払う必要は無い。
目黒(山手線)から上田(北陸新幹線)まで
目黒は「東京山手線内」に所在する駅で、その中心駅たる東京から上田までの営業キロは189.2kmとなり、100km超200km以下の範囲内に収まっていることから、発券される普通乗車券の券面表示は「東京山手線内⇒上田」となる。有効期間は2日。
杉本町(阪和線)から大高(東海道本線・名古屋地区)まで
杉本町は大阪市内に所在し、名古屋市内駅である大高は名古屋市内に所在する、いずれも特定都区市内に属する駅である。杉本町から大高までの営業キロは220.4kmであるが、杉本町の属する「大阪市内」の中心駅・大阪駅から大高の属する「名古屋市内」の中心駅・名古屋駅までの営業キロは190.