長崎本線
長崎本線は、九州鉄道の手により現在の佐世保線・大村線のルートで建設された。鳥栖 - 早岐間と長与 - 長崎間が開業した1897年より全通するまでの約1年間は、大村湾に連絡船を開設して暫定的な連絡機関としていた。
1907年の国有化を経て、現在のルート(有明線)が長崎本線となったのは1934年のことである。旧長崎本線(佐世保線・大村線ルート)は佐世保市・大村市といった長崎県内の各都市を結ぶ役割を果たす一方で、大回りとなるため福岡・佐賀方面と長崎市街との往来には長い時間が必要であった。このため、佐世保線・大村線ルートの短絡線として肥前山口(現在の江北) - 肥前鹿島 - 諫早(有明線)が建設され、長崎本線に編入された。旧長崎本線区間は佐世保線・大村線へと分離された。有明線は改正鉄道敷設法別表114号に「佐賀県肥前山口附近ヨリ鹿島ヲ経テ長崎県諌早ニ至ル鉄道」として規定されていた。
1972年、喜々津 - 市布 - 浦上間にも短絡線が建設されたが、旧線・新線共に長崎本線として運行されている。市布経由の新線は改正鉄道敷設法別表114号の2に「長崎県喜々津ヨリ矢上ヲ経テ浦上ニ至ル鉄道」として規定され、日本鉄道建設公団が主要幹線(C線)の浦上線(うらかみせん)として計画・建設した。
また、長崎港出島埠頭に発着する上海航路との連絡のため、1930年に長崎駅から長崎港駅までの1.1kmが延伸された。太平洋戦争の激化(1943年頃)により上海航路が廃止された影響で、1946年以降は貨物線として使われていた。正式に廃止されたのは1982年11月14日 である。跡地は遊歩道や公園として整備されている。
783系(南福岡車両区) - 「みどり」・「ハウステンボス」・「かささぎ」に使用。 1989年3月11日から「かもめ」に投入されて以降、長崎本線内の特急で使用されている。2011年3月12日の九州新幹線鹿児島ルート全線開通により、運行廃止された「リレーつばめ」から転用した787系に代替され、長崎駅発着の「かもめ」からは撤退した。
787系(南福岡車両区) - 「リレーかもめ」・「かささぎ」に使用される通常編成のほか、「36ぷらす3」の専用車がある。「リレーかもめ」は8両編成、「かささぎ」は6両または8両編成で運行される。 1994年3月1日ダイヤ改正で「かもめ」に投入されるが、1996年3月16日改正で撤退。その後は、臨時列車での運用のほか、2001年3月1日から10月5日まで、肥前山口駅発着の「かもめ」で使用された。2011年3月12日改正で長崎駅発着の「かもめ」と「みどり」に投入され、西九州新幹線開業まで使用された。
885系(南福岡車両区) - 「リレーかもめ」・「みどり」・「かささぎ」に使用。 2000年3月11日のダイヤ改正により「かもめ」に投入。「みどり」には、2002年10月21日から2003年3月14日まで運用されていたことがある。2022年9月23日の西九州新幹線開業により、「みどり」に再投入、「かささぎ」での使用を開始した。
キハ40系・キハ140系(佐世保車両センター) - 専用車を「ふたつ星4047」で使用。