小倉事件
だが、霊元天皇は年が明けて天和2年(1682年)に入ると、積極的に行動に出る。2月14日、空席になっていた関白の後任に左大臣近衛基熙ではなく、それより下位の右大臣一条冬経を任命する。続いて、3月25日には五宮の次期皇位継承者(儲君)と鷹司房子の中宮擁立が発表され、その一方で8月16日に一宮を大覚寺の代わりに勧修寺に入れて出家させた。12月2日には五宮の親王宣下が行われて「朝仁親王」の名が与えられ、翌3年(1683年)2月9日には中世以来断絶していた立太子礼が行われて朝仁親王が正式に皇太子に立てられた。これは、崇光天皇の皇太子直仁親王(正平一統の際に南朝軍に捕えられて廃位)以来三百数十年ぶりの立太子であった。
貞享元年(1684年)、小倉実起・公連父子が佐渡にて相次いで病死、さすがの霊元天皇もこれを憐れんで、翌年に竹淵季件を赦免、小倉熙季と改名させて小倉家の再興を許した。
だが、貞享4年(1687年)に中院通茂が先年の暴言の事実と皇太子への悪意の疑いで追放され(ただし、後年許されて霊元上皇と東山天皇の推挙で幕府から加増を受けている)、直後に朝仁親王(東山天皇)への譲位と院政開始を宣言する。ここに至って近衛基熙や江戸幕府は、霊元天皇による五宮擁立の真意が皇子可愛さだけではなく、院政を開始して摂家や幕府の干渉を排して思いのままの政治を行うための長期計画の一環であり、すぐに成人を迎えてしまう年長の一宮に皇位を譲ることが不都合であったからであったことに気付くのである。
以後、院政を展開しようとする霊元上皇とこれを阻もうとする近衛基熙や江戸幕府との長い確執が始まることになる。