イスラム協力機構
1990年代には再び結束してボスニア内戦におけるムスリム(ボシュニャク人)勢力を支援したり、ソ連撤退以来続くアフガニスタン内戦の仲裁、中東和平破綻後のイスラエルのパレスチナ人抑圧に対する非難などを行った。
一方、アメリカの中東政策に関しては、90年代におけるアメリカ・イギリスのイラクに対する空爆に対しては抗議を行ったが、アメリカ同時多発テロ事件は非難してアフガニスタン戦争を事実上黙認し、イラク戦争に対しては非難する国と積極的に協力する国に分かれ、共同歩調を取ることができなかった。戦後のイラク復興に関しては、イラク統治評議会を承認し、2004年に占領当局から主権委譲を受けるイラク暫定政権の支援を決定したが、多国籍軍への参加を含む具体的な支援については統一見解を決定していない。
マレーシアの行政首都プトラジャヤで、2006年8月3日、危機的状況が続くレバノン情勢に関する緊急首脳会議が開催され、マレーシアが、OICの議長国を務めた。2008年3月13日にはセネガルの首都ダカールで第11回イスラム・サミット会議(Islamic Summit Conference)が開催された。
2011年リビア内戦ではカダフィ政権を非難して飛行禁止空域設置を呼びかけ、リビア連絡調整グループに加わる。シリア内戦ではアサド政権の参加資格停止を決定し、シリアの友人たちに参加した。
2015年のイエメン内戦ではフーシを非難してサウジアラビア主導のイエメン介入(英語版)を支持した。2015年12月15日、OICの本部を置くサウジアラビアはOICの条約を根拠にイラン、シリアなどを除くイスラム圏34カ国と対テロ連合イスラム軍事同盟(英語版)を発足させた。初代最高司令官には前パキスタン陸軍参謀長のラヒール・シャリーフ(英語版)が就任した。