向日神社
元々は、同じ向日山に鎮座する「向神社」(上ノ社)、「火雷神社」(下ノ社)という別の神社だった。いずれも延喜式神名帳に現れる古社で、「火雷神社」については名神大社「乙訓坐火雷神社(乙訓神社)」の論社である(他の論社は長岡京市の角宮神社)。
向神社は御歳神(向日神)が向日山にとどまり、稲作を奨励したことに始まるというが、そもそもは現在地から北に500メートルの所にある五塚原古墳(いつかはらこふん)の上に祀られていたようである。養老2年(718年)になって元稲荷古墳の南側にある現在地に遷座した。
火雷神社は神武天皇が大和国橿原から山背国へ遷った際、当地に火雷神を祀ったことに始まると伝えるが、継体天皇が乙訓宮を造った継体天皇12年(518年)頃の創建ともされる。また、火雷神社は養老2年(718年)の社殿新築にあたり玉依姫命と神武天皇を合祀している。
延暦3年(784年)に長岡京が作られて遷都されたが、その中心となる長岡宮は向神社の東の麓に作られた。