ライナー列車
仙台地区
常磐線では、2005年12月16日から2007年3月16日まで、仙台駅 - 原ノ町駅間で「常磐ホームトレイン」が運行されていた。
首都圏
首都圏では東京都心の山手線上の各ターミナル駅(東京駅・上野駅・新宿駅)と埼玉県・千葉県・神奈川県・茨城県・多摩地区の各ベッドタウンとの間で、これまでに大きく分けて6系統の列車が運行されてきた。列車愛称は朝時間帯に運行されたものに「おはようライナー○○」、夜時間帯に運行されたものに「ホームライナー○○」と名付けられている線区が多く、○○には郊外側の駅名が入るが、例外として「おはようライナー新宿」は都心側の駅名を採ることで東京駅方面の「湘南ライナー」と区別した。
運行開始当時は300円(のち310円)の「乗車整理券」での乗車制度となっていたが、1999年3月1日より500円(のち520円)に改定され、名称も「ライナー券」と改められた。朝ラッシュ時に運行される「湘南ライナー」「おはようライナー新宿」「おはようライナー逗子」では、1か月分のライナー券が1枚になった「ライナーセット券」が発売されていた。
普通列車へのグリーン車導入や通勤特急列車への置き換えが進み、2021年(令和3年)に全廃となった。使用車両はすべて電車である。
宇都宮線・高崎線
1984年6月1日に国鉄・JR最初のホームライナーとして上野駅→大宮駅間で運行が開始され、「ホームライナー大宮」と命名された。その後運行区間が宇都宮線古河駅、高崎線鴻巣駅まで延伸されて「ホームライナー古河」「ホームライナー鴻巣」となった。運行開始以来夜間のみの運行で、新宿駅発の列車も設定されていたことがある。
2014年3月15日改正において特急「スワローあかぎ」への置換えなどにより全列車が廃止された。
しかし運転開始当初より人気が高く常に満席となり、積み残し客の方が多くなることもあったことから、運転開始数日で急遽グリーン車の前後に連結している普通車も客扱いを開始することに変更したが、それでもまだ積み残しが出る状況だったため、そのわずか数ヵ月後には1編成すべてを開放して客扱いをするようになった。
1986年(昭和61年)11月1日に運行を開始した東海道線の「湘南ライナー」、阪和線の「はんわライナー」では、回送ダイヤの流用ではなく単独の列車運用を持つようになった。また、当初は回送列車扱いのため省略されていた車内整備も行われるようになった。
その後、特急列車や快速列車・普通列車への置き換え、首都圏ではこれに加えて一般の快速・普通列車へのグリーン車連結による利用者の減少などによって、数を減らしていくこととなる。西日本旅客鉄道(JR西日本)や九州旅客鉄道(JR九州)では2011年(平成23年)3月までに全廃され、東日本旅客鉄道(JR東日本)でも2021年(令和3年)3月で全廃となり、北海道旅客鉄道(JR北海道)も2023年(令和5年)に「ホームライナー」の愛称のまま全席指定制の普通列車(快速列車)の扱いへ転換したため、現在は東海旅客鉄道(JR東海)に残るのみとなっている。このほか四国旅客鉄道(JR四国)では徳島地区で一時期に試験的に運行されていた
JR九州では「エアポートライナー」を除き、朝の列車は「さわやかライナー」、夜の列車は「ホームライナー」の列車名で運行されていた。本社直轄の福岡都市圏と、鹿児島支社管内の宮崎地区・鹿児島地区の合計3地区で設定されたが、現在はいずれも運行されていない。各地区とも車両は主に485系が使用された。
これらのライナーは「エクセルパス」で乗車する場合、乗車整理券を不要としていた。
福岡・北九州地区
博多駅を中心とした福岡地区の鹿児島本線では、1987年6月より門司港駅 - 博多駅間で「エアポートライナー」「ホームライナー」の運行が開始され、2001年3月に特急「きらめき」に置き換えられるまで運行されていた。また、博多駅 - 大牟田駅でも設定されたが、こちらは1995年4月のダイヤ改正をもって廃止された。
宮崎地区
宮崎駅を中心とした宮崎地区の日豊本線では、まず1990年3月に西都城駅→宮崎駅間に1本設定され、1992年7月には宮崎空港へのアクセス列車を兼ねて延岡駅 - 宮崎駅間において朝と夜に設定された。
西武鉄道他3社では2017年3月25日のダイヤ改正より、西武池袋線系統で座席指定制「S-TRAIN」を運転開始した。デュアルシート採用の西武40000系が用いられる。平日と土日で運行パターンが異なり、平日は通勤目的のために東京メトロ有楽町線に乗り入れ、土日は観光輸送のために東京メトロ副都心線・東急東横線・横浜高速鉄道みなとみらい線及び西武秩父線の西武秩父駅に直通する。また、有楽町線直通の平日のSトレインは通勤輸送に特化しているため、一大ターミナル駅の池袋駅を通過するという特徴をもつ。全区間で座席指定料金が必要である。
2018年3月10日のダイヤ改正より、西武新宿線・拝島線の西武新宿駅 - 拝島駅間で「拝島ライナー」の運転を開始した。こちらは途中の小平駅以降の停車駅から乗車する場合は座席指定料金は不要である。