警察庁長官狙撃事件
警視庁内部では、公安部がオウム犯行説を主張し、刑事部が強盗殺人未遂犯による犯行説を主張し、捜査方針が対立していた。犯行直後の狙撃現場の証拠はオウム犯行説に分があるとされ、凶器に関する証拠については強盗殺人未遂犯説に分があるとされていたが、どちらも決定的な決め手が欠けている。
元オウム信者の元巡査長が事件の数日前に現場周辺で怪しまれた際に警察官と名乗った等の供述には目撃者の証言が確認されており、元巡査長が現場の下見と思われる行為をしていたこと。
事件現場に遺留された韓国10ウォン硬貨から元オウム信者の男のミトコンドリアDNAが検出されていること。
元巡査長の私物コートには拳銃を発射した際にできる溶解穴があり、また元巡査長のアタッシェケース(事件2ヶ月前から販売)や黒革製手袋の付着物等が事件で使用された銃弾の火薬成分と矛盾しないとの鑑定結果が出ていること。
またオウム犯行説の疑問点は以下の通り。
過去の重大事件を認めてきたオウム教団幹部たちが長官狙撃事件だけは関与を一切認めていないこと。
使用されたナイクラッド・ホローポイント弾はオウムが武装化する前に製造中止となっていたこと。
麻原が事件直後に事件速報するテレビのテロップを見て驚いて「上前をはねるようなのがいるのか」と話しているのを教団幹部が聞いていたこと。
公訴時効を受けて國松は、警視庁の捜査を「不合格の捜査」と評したが、自ら油断があったことを認めた。そして「時効は残念ですが、苦労した捜査員にご苦労様と言いたいです」と捜査員をねぎらった。また「狙撃事件は、自分の中で終わったか」との問いには、「被害者にとって絶対に忘れられない」と答えた。
東京地方検察庁は、2010年(平成22年)10月25日、警察庁長官狙撃事件への関与を認めて、殺人未遂容疑で告発されていた男性を、嫌疑不十分で不起訴にした。「自白の信用性に疑義があり、犯人と認めるに足りる証拠がない」としている。
2011年(平成23年)2月18日、警視庁公安部は長官狙撃事件の捜査について検証結果を公表した。その中で初動捜査で目撃情報の聞き込みや防犯カメラの回収が不徹底だったこと、事件への関与を認める供述をしたとされる元巡査長について、秘密保全を優先し、裏付け捜査に遅れが出たことを認めた。また、元巡査長が着用していたコートの鑑定に、大型放射光施設「スプリング8」の使用が遅れるなど、科学捜査の課題について指摘した。
狙撃事件当時、地元では「犯人は荒川の部落に逃げ込んだ」という噂で持ちきりだったという。
警察庁長官狙撃事件によって警察機構は以下の影響を受けた。
1995年3月29日、オウム真理教事件について全国の地方警察に「警察の総合力の発揮」「捜査追及体制の強化」「捜査及び実態解明の徹底」「サリン使用犯罪の絶対防圧」「国民の理解と協力の確保」を指示した警察庁長官通達が警察庁で作成されていた。オウム真理教がサリンを生成していたことが確認されれば國松の決裁を経て直ちに発信される予定であったが、3月30日に國松が狙撃されたため発信されることはなかった。
本事件の発生以前、警察キャリアが最も古いのは1961年入庁の國松で、2番目は1962年入庁の井上幸彦警視総監だった。しかし、國松が狙撃による入院で職務を取れない間、井上の次に警察キャリアが古いのは1963年入庁の関口祐弘警察庁次長となり、微妙な人間関係から警察庁と警視庁の暗闘をもたらしたとされる。