ヤモリ下目
次のような系統樹が得られている。
ヤモリ下目自体は、フタアシトカゲ科 Dibamidae を除く他の有鱗目(Autarchoglossa)の姉妹群となる。
中生代の化石は主にアジア、新生代の化石は主にヨーロッパから産出している。現生科に属しないと考えられる化石属は次のようなものがある。
Cretaceogekko - ミャンマー、白亜紀前期
Hoburogekko - ゴビ砂漠、白亜紀前期
Gobekko - ゴビ砂漠、白亜紀後期
Laonogekko - フランス、始新世
Rhodanogekko - フランス、始新世
Cadurcogekko - フランス、始新世から漸新世