プロディプロキノドン
この時の系統解析でプロディプロキノドンはクロコダイル亜科(英語版)ではなくアリゲーター亜科の姉妹群として扱われており、その理由はプロディプロキノドンの頬骨と涙骨の縫合線が眼窩の腹側の縁よりも短かったためである。しかし、本研究の著者らはこの特徴が派生的なクロコダイル亜科にも見られること、またアリゲーター亜科の内集団のいくつかでは失われていることを指摘し。
その後の系統解析では、プロディプロキノドンはアジアトスクスと共に基盤的なクロコダイル上科として扱われている。以下のそのクラドグラムを示す。
形態情報・分子情報・層序情報を用いたLee & Yates (2018)の解析ではワニ目の内部の類縁関係が確立され、絶滅したヴォアイ(英語版)のDNAを抽出することでHekkala et al. (2021)がパレオゲノミクスを用いてこれを拡張した。以下はプロディプロキノドンはをクロコダイル上科の外に置き、ロンギロストレス類(英語版)よりも基盤的な属として扱ったLee & Yates (2018)に基づくクラドグラムである。