芙蓉部隊
芙蓉部隊はこの命令に基づき。種子島、屋久島の南に配置されたレーダーピケット艦の索敵攻撃を実施したが、敵ピケット艦隊とは接触できなかった代わりに彗星1機が敵潜水艦を発見して爆撃した。搭乗員は多量の油が浮くのを確認、おおむね撃沈確実と報告している。(該当のアメリカ側潜水艦の被害記録なし)
芙蓉部隊による爆撃が十分な効果を上げられなくなった原因としては、故障や損傷により引き返す機が増加したのに加えて、菊水作戦当初は美濃部考案の作戦計画の通り、芙蓉部隊の零戦と彗星は、夜間、黎明に超低空で敵基地に接近、零戦は機銃で敵地上機を掃射し、彗星は低空での急降下爆撃投弾による必中攻撃を目指していたが、実戦は美濃部の目論見通りとはならず、零戦による敵航空基地への夜襲は、想定外の激しい対空砲火により、損害に対して効果が乏しいと判断、美濃部が夜襲部隊編成を構想して以来もっとも拘りを持っていた零戦による夜襲は、早々に断念せざるを得なくなり。彗星による急降下爆撃も、敵対空砲火が濃密な高度2,000m以下での爆撃を諦めて、一部の決死隊が低空進入して敵対空砲火を引き付けているうちに、主力は高度4,000mで敵基地周辺に侵入後急降下し、高度3,000mで投弾するという戦術に切り替えざるを得ず、投弾高度が高すぎることにより、爆撃精度が低下したことが考えられた。
その作戦計画によれば、美濃部が直卒する24機の特攻機が「敵は上陸前に、必ず機動部隊の猛攻を加えてくる。まず、爆装の索敵攻撃隊を出して敵艦隊を捕捉する。その通報を受けてやはり爆装の攻撃隊が発進し、爆弾を海面でスキップさせて敵艦の舷側にぶつける肉薄の反跳爆撃を敢行したのち、全弾を撃ちつくして艦艇に突入。空母がいて甲板上に飛行機がならんでいれば、滑りこんで誘爆で破壊する」と特攻攻撃を敢行するというものであった。24機の特攻機の搭乗割は、美濃部が主立った士官、准士官、夜襲に熟練した下士官・兵搭乗員を、本人には知らせることなく指名していた。候補者のひとりの池田上飛曹の場合は、美濃部から「池田君、大丈夫かねー」などと声をかけられることが増えて、ずいぶんと大事にしてもらっていると喜んでいたが、実際は美濃部が最後の特攻出撃の編成に組み入れることができるのか探っていたものであった。特攻出撃する機体については通常の爆装のほか、主翼の燃料タンクまでに火薬を詰め込んで、特攻したときの破壊力を増大させることまで美濃部は構想していた。そして残された整備兵などの地上要員については、第五航空艦隊から出されていた日向市富高への撤退命令を美濃部は「笑止」と一笑に付し、「基地に地雷や空雷(航空機用の爆弾やロケット弾を樹上にぶら下げたもの)を敷設し、敵が上陸すれば一兵たりとも後退戦法はとらず、最後は付近住民を道連れにして、全員が敷設した地雷、空雷で自爆し敵上陸軍と刺し違える」という自爆作戦を敢行させる計画であったが、終戦により実行されることはなかった。
第三次攻撃隊の彗星は1機が被弾し不時着した。4月29日から30日の夜襲は美濃部が考案した、敵夜間戦闘機を電波欺瞞紙と偽通信でおびき出し、おびき出された敵夜間戦闘機が燃料切れになり、降着すると思われる3時間後を狙って飛行場を攻撃する作戦を実施した。電波欺瞞紙は錫箔のロールから偵察員自らが切り出して作製したもので、各機10本ずつを風防の取っ手にぶら下げて出撃した。この日出撃した14機のうち電波欺瞞紙投下機を除く9機が突入した。沖縄上空は煙霧が漂い視界不良だったものの、彗星1機が北飛行場に投弾成功したほか、飛行艇泊地を襲撃し銃撃で飛行艇1機とテント1を炎上せしめた。出撃機のなかで本多一飛曹の零戦が不意に空母と遭遇、本多はそのまま特攻しようとも思ったが考え直して、飛行甲板にロケット弾を発射、他の大型艦を機銃で銃撃しながら脱出し、激しい対空砲火で多数の被弾あったが無事に生還している。これが芙蓉部隊機による唯一の空母攻撃報告となった。(該当の芙蓉部隊公式記録 及びアメリカ側空母の被害記録なし)。菊水四号作戦は芙蓉部隊の正念場の戦いとなった。4月27日~4月30日の出撃で芙蓉部隊は延べ66機が出撃し、43機が攻撃を実施、7機が未帰還、4機が大破・海没するなど航空機損失11機、搭乗員戦死・未帰還13名にも上ったが、 美濃部はこの成功で、敵航空基地制圧に相当の自信を持つに至り、第五航空艦隊司令部に詳細な戦訓を報告しており、芙蓉部隊の海軍航空隊内での存在感は高まっていった。
その戦訓で美濃部は以下の分析と提言を行っている。
夜間戦闘機の使命は夜間の制空であり、零戦夜間戦闘機の必要性は敵基地への奇襲兵力として絶対必要である
零戦夜間戦闘機の搭乗員の育成は、彗星夜間戦闘機搭乗員の育成より遥かに困難であるが、夜間戦闘機の準備を今から行っておかなければ、2~3か月後に敵基地制圧で必ずや悲鳴を挙げる時期が来る
芙蓉部隊は沖縄往復のみを目的とする特殊航法を採用したので、4月中は彗星延べ93機、零戦延べ60機出撃したにもかかわらず、機位を失って未帰還となったのは零戦1機のみであり、それも燃料不足の不時着であった
彗星夜間戦闘機の兵術的価値は絶大である、速力は列国戦闘機と遜色なく、爆装しても沖縄までの航続距離は十分で夜間飛行の操縦性も良好であった
零戦夜間戦闘機隊は夜間単機攻撃を敢行したので彗星に比べて損害が多かった、超低空銃撃のため対空砲火による損害や、航続距離が彗星と比べ短かったことが原因として考えられる
従来は2~3年かかる夜間航法を、芙蓉部隊においては、錬成2か月、飛行時間わずか180時間で可能としており、従来の教育制度を再検討すべきである、特に徹底した地上教育を重視すべきである
菊水作戦の特徴としては、小型機により敵基地の夜間制圧が計画的に実施可能となったことで、これは従来の戦場と極めて大きな差異を生じている、芙蓉部隊が夜間戦闘機と接触したのは菊水2号作戦のわずか1日で、菊水3号作戦のように夜間戦闘機30機あれば敵夜間戦闘機を完全に封殺できる
しかし、この後の戦況は美濃部の分析より遥かに急な展開で、2~3か月後どころか翌5月には順次増強された大量の敵夜間戦闘機により 芙蓉部隊は苦しめられることになっていく。
この頃の芙蓉部隊機は洋上航法の負担軽減と燃料節約の意味合いから高度3,000mから4,000mで飛行していたが、この高度ではアメリカ軍のレーダーには確実に捉えられ、またアメリカ軍夜間戦闘機の絶好の迎撃高度にあたり、アメリカ軍夜間戦闘機との接触頻度が上昇し撃墜される機も出ていた。しかし芙蓉部隊の任務はあくまで“進攻爆撃”であり、夜間戦闘機部隊と言いながら空戦の訓練も十分には行ってなかったにも拘らず、跳梁する夜間戦闘機に苛立つ美濃部は、ある日、屋久島上空でP-61を目撃したという津村国雄上飛曹の報告を聞くや、「なぜ斜銃を撃たなかった!?」と叱責している。しかし、津村は相手が鈍重な重爆撃機ならともかく、夜間戦闘機とは名ばかりで、実際は攻撃機的な運用しかしていない芙蓉部隊の彗星であれば、アメリカ軍の強力な夜間戦闘機相手では返り討ちにあう確率が高いと考えてあえて攻撃しなかったという。
第58任務部隊は旗艦のエンタープライズが撃破されると沖縄方面に引き返したので、艦載夜間戦闘機の跳梁はなくなったが、特攻に苦しめられていたアメリカ軍がその対策として、B-29を日本の都市や工業地帯への絨毯爆撃から、九州の特攻基地攻撃の戦術爆撃に転用しており、引き続き、鹿屋もほかの九州の各基地と同様に連日B-29から激しい爆撃を加えられていた。B-29の戦力の75%、延べ2,000機がこの特攻機基地攻撃に振り向けられたため、一時的ではあったが、本土の大都市や工業地帯の爆撃による被害が軽減されている。B-29の他にも、沖縄から出撃したB-24などの爆撃機や、硫黄島から出撃したP-51などの戦闘機も連日来襲した。
海軍航空隊は第三三二海軍航空隊や第三五二海軍航空隊といった一部の戦闘機部隊が来襲するアメリカ軍爆撃機の迎撃を行なったが、海軍航空隊はB-29迎撃に不慣れであったので、B-29迎撃は陸軍航空隊が主力となり、陸軍戦闘機による対空特攻も行われた。
このさい軽挙妄動は禁物である。連合軍がどのような措置をとるかは分からないが、子孫にわれわれの精神を受け継がせよ。きさまたちが海軍の伝統をけがすような行動に出たら、即刻射殺するぞ!」と訓示した。この座光寺の強い意志で、藤枝の芙蓉部隊隊員らは終戦を受け入れ、復員作業を開始している。座光寺の厳格な指揮で統制の取れていた藤枝に対して、岩川基地は全く統制が取れておらず、美濃部から徹底抗戦の意を伝えられて「いよいよ決戦なので、下着から飛行服まで新しいものに新調した」と回想する隊員がいる一方で、多くの隊員が終戦の事実すら知らなかったという証言もあり、徹底抗戦を決意したはずの美濃部が、芙蓉部隊の隊員らに「現存する飛行機の装備品一切を取り外し、機体番号を削り取って消せ」という命令も下している。命じられた隊員らは「裸の飛行機で突っ込めというのか!?」「どこかに機銃を隠しておこうか」などと不平不満を抱きつつ、整備員と搭乗員が協力してやすりやこてを使って機体番号を削り取り、機銃などの装備品を撤去する作業を行うなど混乱をきたしている。
第五航空艦隊の司令官は宇垣が私兵特攻で死亡後、前連合艦隊参謀長の草鹿が後任となり、8月17日に正式に補職された。第五航空艦隊には連合艦隊から参謀副長菊池朝三少将が、終戦の詔勅が出たいきさつを説明にきたが、第五航空艦隊幕僚らは納得しなかったため、草鹿は第五航空艦隊参謀長の横井俊之少将に、直接、東京の海軍省まで事情を聞きに行かせて、第五航空艦隊幕僚や現場指揮官に説明させることにし、横井が東京から戻って来る8月18日に、草鹿は美濃部ら現場指揮官を司令部に招集した。
芙蓉部隊側の記録でも、沖縄のアメリカ軍飛行場に夜間戦闘機の進出が進むと、夜間戦闘機に接触し、あげくに撃墜される機が激増している。10回にも及んだ菊水作戦中の芙蓉部隊出撃機で、故障などで引き返さずに戦場まで到達できたのはわずか延べ117機、うち5月28日からの菊水8号作戦までは、戦場まで到達した芙蓉部隊機のうちアメリカ軍夜間戦闘機と接触した機数は8機で接触率は8.4%、夜間戦闘機に確実に撃墜されたと確認された機数は1機に過ぎなかったが、6月3日からの菊水9号作戦と6月21日からの菊水10号作戦では、接触機数は14機で接触率63.5%、夜間戦闘機に確実に撃墜されたのは4機と、接触率、被撃墜数が跳ね上がっている。損失理由不明の未帰還機にも相当数の夜間戦闘機による被撃墜が含まれており、沖縄戦末期では夜間戦闘機により戦場に近づくことも困難となっていた。
結局、芙蓉部隊の彗星、海軍の陸上攻撃機、陸軍の重爆撃機などがアメリカ軍航空基地を攻撃し続けたが、アメリカ軍の記録に特筆されるような成果をあげたのは義烈空挺隊のみで、他は特に沖縄戦の戦局に寄与することはなく、沖縄のアメリカ軍航空基地は、特攻機の迎撃や地上戦への航空支援などで活躍し、沖縄戦での連合軍の勝利に大きく貢献している。嘉手納飛行場に配備されていた海兵隊の戦闘機隊は、特攻機を撃墜することにより多数のアメリカ兵の命を救ったとして『The Sweetheart of Okinawa(沖縄の恋人)』という愛称で呼ばれていたほどであった。