サン・バルテルミの虐殺
この時、病床にあった母后カトリーヌは息子の愚行を嘆きつつ程なく死去している。
アンリ3世はナバラ王と同盟してパリ奪回を図るが、翌1589年には国王も同盟側によって暗殺され、ヴァロワ朝は断絶した。ナバラ王アンリが王位を継承してブルボン朝が開かれた(アンリ4世)。カトリック勢力はアンリ4世の王位を拒否して根強く反抗した。1593年にアンリ4世はカトリックに改宗することで、翌年パリに入城することができた。この改宗によってカトリック勢力は次々とアンリ4世に帰順し、内乱は終息へと向かう。
アンリ4世の改宗に改革派は危機を覚え、改革派政治会議を全国組織にし、会議は1595年から1597年の間、王権と並ぶ統治機関として機能した。これに対しアンリ4世は改革派に宗教上の保証を与えるナントの勅令を1598年に発布した。改革派はこれに満足し、王権への忠誠を誓った。
結果的に結婚式がサン・バルテルミの虐殺の契機となったアンリ4世とマルグリットは不仲となり、子もなかった。このため二人は、1599年に離婚している。
ナントの勅令で信仰を寛容されたユグノーは幾つかの安全保障都市を与えられてフランス内で独自の勢力を保つようになったが、ルイ13世の治世に度々の討伐を受けて、その特権は縮小した。そして1627-28年にリシュリュー枢機卿率いる国王軍にラ・ロシェルを包囲されて降伏し、すべての特権を失い辛うじて制限付きの信仰の自由だけが残された。だが、ルイ14世の治世になって迫害が強まり、1685年のフォンテーヌブローの勅令でナントの勅令は撤廃され、ユグノーは信仰の自由すら奪われ、多くのユグノーが国を捨てることになった。このため、現代のフランスではプロテスタント人口は1.7%と少数派になっている。
8月22日、コリニー提督がルーヴル宮から宿へ帰る途中、家屋から銃声が鳴り響き、彼の手と腕を負傷させた。窓に置かれた発煙している火縄銃が発見されたが、犯人は建物の裏手に用意していた馬に乗って逃亡しており、後に捜査員はこの家屋からギーズ家へ向かう馬の足跡を追跡し犯人はシャルル・ド・ルヴィエ・ド・モールヴェールであると主張している。
コリニー提督はベティシー通りの宿舎へ運び込まれ、外科医アンブロワーズ・パレが肘から弾丸を摘出して負傷した指を切断した。母后カトリーヌ・ド・メディシスは無感動にこの知らせを受け取るとシャルル9世や廷臣たちとともにコリニー提督を訪ね、国王は涙を流して犯人を罰すると約束した。通説では対スペイン開戦を主張するコリニー提督を危険視したカトリーヌが事件の黒幕だとされており、後に王弟アンジュー公は彼とカトリーヌがアンナ・デステ(先に暗殺されたギーズ公フランソワの未亡人)と共謀して暗殺を計画したと発言している。王妹マルグリットも後に「兄のポーランド王(アンジュー公)と母が関与した」と語っている。
他にはギーズ家首謀者説、コリニー提督の国王への影響を止めようとするスペイン王やスペイン人教皇による陰謀説などがある。
虐殺の犠牲者数の見積もりはローマ・カトリックの弁明者による2,000人から、自らも危うく死を免れた同時代のユグノーであるシュリー公(英語版)による70,000人に及ぶ。正確な犠牲者数は未だに算定されておらず、現代の歴史家たちの見積もりでさえ、相当な幅がある。最少の見積もりはパリで約2,000人、地方で3,000人である。その他の見積もりはパリで3,000人、地方で7,000人の合計10,000人である。最大が20,000人以上または「同時代の無党派の人物による推測」に基づく合計30,000人である。パリに関する唯一の確実な数値は、パリ市がセーヌ川下流の岸から死体を引き揚げて埋葬した労働者に賃金を支払った際の数値の1,100人である。その他の支払額に関連する遺体数はここから計算されている。