原核緑藻
原核緑藻の中で最初に報告されたのはプロクロロン属であり(1975年)、原核生物でありながら緑色植物と同じクロロフィルbをもつことから注目された。藻類は一般的に分類群ごとに異なる光合成色素組成をもつことが知られていたため、藍藻に続く2番目の原核藻類群であると考えられ、独立の門、原核緑色植物門 (Prochlorophyta) とすることが提唱された。またクロロフィルbの存在という共通性から、原核緑藻は共生によって緑色植物の葉緑体になったとも考えられた。その後、プロクロロトリックス属とプロクロロコッカス属が発見され、原核緑藻には3属が知られるようになった。
分子系統学的研究が盛んになると、上記のような仮説は否定されることとなった。分子系統学的研究からは、原核緑藻の3属はいずれも系統的に藍藻の中に含まれ、さらにこの3属は藍藻の中でお互いに遠縁であることが示された(下図6)。またいずれの原核緑藻においても、緑色植物の葉緑体との近縁性は示されておらず、緑色植物の葉緑体が原核緑藻との共生に起因するとの仮説は支持されない。
現在では、原核緑藻は特殊化した藍藻であると考えられている。一般的に、クロロフィルb の獲得は3属の間で独立に起こった現象であると考えられている(遺伝子水平伝播など)。藍藻の共通祖先がクロロフィルb をもっており、その欠失がさまざまな系統(ほとんどの藍藻、灰色植物と紅色植物の葉緑体)で起こったとする考えもあるが、その場合は極めて多数の二次的な欠失を想定しなければならない。