カルニチンパルミトイルトランスフェラーゼI
CPT1とCPT2(英語版)、CRAT、カルニチンオクタノイルトランスフェラーゼ(英語版)(COT)の間の重要な構造的差異は、CPT1には約160アミノ酸からなるN末端ドメインが存在するという点である。このN末端ドメインはCPT1の重要な阻害分子であるマロニルCoAにとって大きな意味を持ち、CPT1AのマロニルCoAによる阻害感受性を高くしたり低くしたりするスイッチのような作用を果たす。
CPT1AとCPT1Bには2つの異なる結合部位が存在することが提唱されている。1つは「A部位」(A site)または「CoA部位」(CoA site)と呼ばれ、マロニルCoAとパルミトイルCoA(英語版)の双方に加え、CoAを含む他の分子も結合できるようである。そのため、酵素はこれらの分子のCoA部分との相互作用によって結合を行っていることが示唆されている。マロニルCoAはこの部位でCPT1Aの競合的阻害剤として作用している可能性が示唆されている。2つ目の「O部位」(O site)は、A部位よりも強固にマロニルCoAを結合することが提唱されている。A部位とは異なり、O部位はマロニルCoAのマロン酸部分のジカルボニル基を介してマロニルCoAを結合する。A部位とO部位のいずれかへマロニルCoAが結合することで、カルニチンはCPT1Aに結合できなくなり、CPT1Aの作用は阻害される。