高山本線
岐阜駅(名鉄岐阜駅) - 鵜沼駅(新鵜沼駅)間の運賃はJRの方が若干安い。特定運賃の設定はない。民営化後は線路の改良や車両の性能向上が行われたため国鉄時代より各駅の利用者数は増加しているが、2019年現在も名鉄の駅ほどには及んでいない。
鵜沼駅 - 美濃太田駅 - 太多線可児駅間は犬山駅や西可児駅などを経由する名鉄(犬山線・広見線)とは直接並行せず、太多線に入るまで木曽川を渡らず北へ迂回するものの、停車駅が少なく直通列車があるためJRがやや優位となっている。こちらの本数は名鉄(日中は1時間あたり4本。新鵜沼駅発着の犬山線列車を含む)の約半数である。なお岐阜駅(名鉄岐阜駅) - 可児駅(新可児駅)の運賃はJRの方が安い。また、岐阜駅 - 可児駅間では相互に振替輸送の取り扱いがある。
2022年3月12日のダイヤ改正で、岐阜駅発の美濃太田行き最終普通列車の発車時刻を19分繰り上げ、23時40分となった。
6月1日:富山鉄道部が廃止され、猪谷駅 - 富山駅間が北陸地域鉄道部の管轄になる。
2009年(平成21年)6月1日:組織改正により北陸地域鉄道部が廃止され、猪谷駅 - 富山駅間が富山地域鉄道部の管轄になる。
2010年(平成22年)3月13日:岐阜駅 - 美濃太田駅間にTOICAが導入。
2014年(平成26年) 3月15日:婦中鵜坂駅を常設化。 12月1日:岐阜駅 - 猪谷駅間でキハ25形が運用開始。
2017年(平成29年)5月:キハ85系普通車4両編成で名古屋駅 - 飛騨古川駅間に臨時急行「ぬくもり飛騨路号」を計6日運行。飛水峡・中山七里の景勝地において徐行運転を実施。下呂駅では列車に合わせて物産品を販売し、飛騨古川駅においてはキハ85系の定期列車で行わない2番線入線を行う。
2018年(平成30年) 3月:岐阜駅 - 猪谷駅間(JR東海管轄区間)でラインカラー及び岐阜駅 - 飛騨古川駅間で駅ナンバリングを導入。当路線の路線コードは「CG」・ラインカラーはえんじ色。美濃太田駅 - 飛騨古川駅間では、美濃太田駅・下呂駅・高山駅・飛騨古川駅のみに付番されるが、付番されない駅も数えて番号が与えられている。 6月29日:局地的な集中豪雨によって飛騨萩原駅 - 上呂駅間で土砂崩れが発生し飛騨萩原駅 - 飛騨小坂駅間で運転見合わせ。特急「ひだ」は下呂駅 - 高山駅間(一部列車は全区間)で運転見合わせ。7月2日より代行バスの運転を開始。 7月5日:平成30年7月豪雨に伴い、飛騨小坂駅 - 富山駅間でも運転見合わせ。 7月6日:飛騨金山駅 - 飛騨萩原駅間でも運転見合わせ。
蒸気機関車 8620形 - 旅客用 9600形 - 貨物用 D51形 - 貨客両用 C11形 - 区間旅客用 C58形 - 貨客両用 蒸気機関車時代最終期の貨物列車は岐阜駅 - 飛騨金山駅間はC58形、飛騨金山駅 - 高山駅間はD51形、高山駅 - 富山駅間は9600形が牽引した。
ディーゼル機関車 DD51形 - 貨客両用 DE10形 - 貨客両用
気動車 キハ80系 - 特急「ひだ」(1968年10月1日より1990年3月9日まで定期運用、臨時列車としては1994年のほか、特急「白鳥」の迂回運転実績あり) キハ85系 - 特急「ひだ」(1989年2月18日から2023年3月17日まで定期運用) キハ8000系(名古屋鉄道) - 準急・急行「たかやま」(神宮前 - 飛騨古川間)、急行・特急「北アルプス」(たかやま時代含め1965年8月5日より1991年3月15日まで) キハ8500系(名古屋鉄道) - 特急「北アルプス」(1991年3月16日より2001年9月30日まで) キハ58系(キハ57形・キハ65形を含む) - 急行「加越」(1963 - 1968年)「ひだ」「のりくら」「たかやま」(大阪 - 飛騨古川間)「こがね」「しろがね」「おくみの」などや普通列車(JR東海管内は2001年まで。
岐阜駅 - 美濃太田駅間は太多線の多治見駅までの直通列車もあり、沿線人口、利用客数ともに多い。美濃加茂市・各務原市から岐阜市および愛知県名古屋市への通勤・通学の重要路線でもあり、日中から夕方・夜にかけては1時間あたり2本(概ね30 - 40分間隔)運行されている。朝ラッシュ時の美濃太田駅 → 岐阜駅間のように1時間に4本運行されている時間帯もあり、高山本線内で最も列車密度の高い区間である。
岐阜駅から鵜沼駅までは名鉄各務原線が並走しており競合関係になっている。2021年10月30日ダイヤ改正以降、日中の本数は名鉄岐阜駅 - 三柿野駅(高山本線の最寄り駅は蘇原駅)間で1時間あたり4本あるものの、三柿野駅 - 新鵜沼駅間では2本となり高山本線と同等である。ただし高山本線は単線非電化であるものの、駅数やカーブが少ないことから所要時間では名鉄に比べて優位となることが多い。