ヌクレアーゼ
制限エンドヌクレアーゼは、DNA分子を長さ方向に沿って「走査」することで機能を果たす。それは、特定の認識配列に遭遇するとDNA分子に結合し、2つの糖-リン酸主鎖をそれぞれ1つずつ切断する。この2つの切断の位置は互いに関連し、また認識配列自体にも関連しており、制限エンドヌクレアーゼの独自性によって決定される。エンドヌクレアーゼが異なれば切断の仕方も異なるが、特定のエンドヌクレアーゼは、作用するDNA分子に関わらず、特定の塩基配列を常に同じように切断する。切断が行われると、DNA分子は断片に分割される。
制限酵素 - DNA分子内の特定の認識部位またはその近くでDNAを特異的に切断する酵素(制限エンドヌクレアーゼの一種)
HindIII - ヘモフィルス-インフルエンザ菌から単離されたデオキシヌクレアーゼ制限酵素
リガーゼ - 新しい化学結合を形成して2つの大きな分子を結合できる酵素
小球菌ヌクレアーゼ(英語版) - 一本鎖の核酸を優先的に消化するエンド-エキソヌクレアーゼ
ヌクレアーゼプロテクションアッセイ(英語版) - 細胞から抽出した不均一なRNA試料中の個々のRNA分子を同定するための実験方法
ヌクレアーゼS1(英語版) - 一本鎖 DNA (ssDNA) および RNA をオリゴモノヌクレオチドまたはモノヌクレオチドに分割するエンドヌクレアーゼ酵素
PINドメイン(英語版) - 一本鎖RNAを切断するヌクレアーゼ酵素として機能するタンパク質ドメイン
ポリメラーゼ - 高分子や核酸の長鎖を合成する酵素
特定のヌクレアーゼが特定のDNA分子を切断する頻度は、DNAの複雑さとヌクレアーゼの認識配列の長さに依存する。偶然に特定の順序で塩基が見つかる統計的可能性のため、認識配列が長くなると切断の頻度は低くなる。たとえば、特定の4塩基配列(仮想的なヌクレアーゼの認識部位に相当)は、平均して256塩基対ごとに出現すると予測されるが(4^4=256)、任意の6塩基配列は平均して4096塩基対ごとに1回出現すると予測される(4^6=4096)。
ヌクレアーゼの独特なファミリーの1つにメガヌクレアーゼ(英語版)がある。メガヌクレアーゼは、12-40塩基対からなる、より大きな認識配列(したがってあまり一般的ではない)を持つことが特徴である。これらのヌクレアーゼは、植物や哺乳類などの複雑な生物における遺伝子工学やゲノム工学への応用に特に有用である。一般に、数十億塩基対に及ぶ大きなゲノムは、従来のヌクレアーゼでは頻繁で有害な部位特異的切断を引き起こす。