橿原神宮前駅
大和八木駅と同様、橿原市内から京都(橿原線)、大阪(南大阪線)方面へ向かう列車が出ている。橿原線の列車は全て始発列車で、南大阪・吉野線は当駅が大阪方面への折り返し拠点となっており、区間急行は当駅が終端となっている。また、急行は当駅から吉野駅および大和八木駅までの各駅に、当駅始発の区間急行は尺土駅までの各駅に停車する。 京都方面との列車は、終日にわたって京都行き特急と急行、新田辺・大和西大寺行き普通列車が設定されている。その他の区間運転列車としては、夜間に大和西大寺行き特急、朝と夜間に大和西大寺行き急行、朝と夜間に京都行き普通列車が設定されている。 大阪方面との列車は、ほぼ終日にわたって当駅始発の準急および当駅 - 古市駅間の普通列車が設定されている。その他の区間運転列車として、朝と夕方には当駅 - 尺土駅間の普通列車、早朝と夜間に当駅発着の特急・区間急行、平日夜間と最終に当駅終着の急行がそれぞれ数本設定されている。 吉野方面との列車は、特急・急行の大多数の列車が南大阪線と直通運転を行なっており、吉野線においては実質的に急行が普通列車の役割を担っているため、吉野線内の区間運転列車は朝と夕方に数本設定されるのみとなっている。いずれも普通列車であり、夜間に当駅始発の吉野行き(平日4本、土休日1本)、夜間に壺阪山行き・吉野口行き・六田行き(平日のみ)が各1本設定されている。
吉野線各駅のホーム有効長が4両までであるため、南大阪線内を5両 - 8両編成で運転される吉野線直通の特急・急行は、当駅で増結・解放作業が行われる。また、当駅終着の南大阪線列車が種別変更を行なって吉野線に直通する列車もある(逆のケースもあり)。
南大阪線系統狭軌車両の全般検査・重要部検査時に五位堂検修車庫を使用するため、駅東側に台車振替場(標準軌・狭軌台車取り替え施設)があり、その台車振替場の前後は4線区間になっている。この台車振替場では、車両をジャッキで支えて台車部分の床面を下降・移動させることで仮台車に載せ替え、前後を事業用車両で挟んで五位堂まで牽引する。この時、狭軌の台車は事業用車両(電動貨車)に積載して運ばれる。
吉野線を吉野方面から真っ直ぐ進むと、0番線ホームに到着する。南大阪線の4 - 7番線は、左方向に分岐し、カーブを描く形状となっている。
のりばは西口、中央口、東口の3か所に分かれる。すべて奈良交通により運行されている。詳細は奈良交通葛城営業所などを参照。