内生菌
内生菌は垂直方向(親から子孫へ直接)または水平方向(個体間)で伝播する。それぞれ垂直伝播、水平伝播という。内生真菌の垂直伝播の典型例は種子への伝播形態のエピクロエ属である。親宿主の内生菌のクローンであり、菌糸を娘宿主の胚へと貫通させて種子内部へと侵入する。真菌を含む内生菌の水平伝播は、例えば無性または有性胞子による植物体の繁殖により起こる。水平伝播は個体から他の個体への内生菌の移動であり、内生菌は群集の一部または全体へと広がる。Epichloë festucaeなど一部の内生菌は垂直伝播すると同時に、宿主の胞子を介して水平伝播もする。
エピクロエ属の内生菌の多くは感染性かつ非発病性の分生子状態を取ることが知られている。この分生子状態が水平伝播にどの程度関わっているかは明らかになっていない。内生真菌の多くは実際には潜伏性の病原体または腐生菌 (saprotroph) であり、特定の条件下、特に宿主の衰弱または老化で活性化と繁殖活動を始める。