縄文時代
縄文農耕論は、明治時代以来の長い研究史があり、農耕存否の論争は現在も続いている。1980年代には低湿地遺跡の発掘調査が進み、従前の種実に加え材木も含めた森林・植物資源の管理・利用の研究が進んだ。またその後、土器に残された種実・害虫の圧痕や網組製品の研究なども進めら、2000年ごろからは上述のように高精度の放射性炭素年代測定も利用できるようになった。
前述のとおり、稲作の開始時期や当時の農法などについては諸説ある。2000年代ごろに進められたイネのプラント・オパールの分析の結果、日本列島での稲作は縄文中期から早期にまで遡るとの報告もされているが、土壌中のプラント・オパールはコンタミネーションの可能性が排除できないことなどから、証拠として採用しない研究者もいる。石の本遺跡(熊本県)で発見されたものなど、イネの圧痕がついたとされる縄文後期の土器は複数あるが、イネとの同定に疑問を示す見解が出されている。
旧石器時代から縄文時代への移行期である縄文時代草創期の特徴は以下のように指摘されている。
新しい道具が短期間に数多く出現した 例えば、石器群では、大型の磨製石斧、石槍、植刃、断面が三角形の錐、半月系の石器、有形尖頭器、矢柄研磨器、石鏃などが、この期に出現する。
使われなくなっていく石器群、新しく出現する石器群が目まぐるしく入れ替わった。
草創期前半の時期は、遺跡によって石器群の組み合わせが違う。
急激な気候の変化による植生や動物相、海岸線の移動などの環境の変化に対応した道具が次々に考案されていった。
狩猟・植物採取・植物栽培・漁労の3つの新たな生業体系をもとに生産力を飛躍的に発展させた。
北方ユーラシア大陸から齎された様々な要素が、日本列島に住む旧石器人に取り入れられ、地球温暖化による環境の変化への対応という形で新たな縄文文化が形成されたと考えられる。
旧石器時代人が主に移動生活だったのに対し、縄文時代草創期には一時的に特定の場所で生活する半定住生活を送るようになっていた。縄文草創期の竪穴建物の可能性がある遺構として、横浜市都筑区の花見山遺跡の竪穴状遺構の例が知られる。
シカ、イノシシ、ツキノワグマが主な狩猟対象であった。植生は落葉広葉樹(トチノキ、ナラ)で、豪雪地帯である為に家屋は大型化した。
狩猟対象はシカとイノシシで、植生は落葉広葉樹に照葉樹(シイ、カシ)も加わる。漁業面では切目石錘(石を加工して作った網用の錘)の使用が特徴であるが、これは関東の土器片による錘の技術が伝播して出現したと考えられている。
前述したように縄文時代には弓矢の使用が始まっており、蜆塚貝塚・田柄貝塚(宮城県)といった縄文後期から晩期にかけての遺跡からは、石鏃の刺さったシカやイノシシの骨が出土している。落とし穴は旧石器時代から用いられていたが、縄文時代にはより盛んに用いられた。その他、佐賀貝塚(対馬)からは縄文後期とされる鹿笛が、里浜貝塚の縄文晩期の層からは雉笛が、中山遺跡(秋田県)からはワラダの可能性のある縄文晩期の樹皮製品が出土している。遺跡から検出される陸上動物としては、シカおよびイノシシがそれぞれ40パーセント近くを占める。
植生は照葉樹林帯である。動物性タンパク質としてはウミガメやジュゴンを食用とする。珊瑚礁内での漁労も特徴であり、漁具としてはシャコガイやタカラガイなどの貝殻を網漁の錘に用いた。九州文化圏との交流もあった。
これら9つの文化圏の間の関係であるが、縄文文化という一つの文化圏内での差異というよりは、「発展の方向を同じくする別個の地域文化」と見るべきであるとの渡辺誠による指摘がある。つまり、これら全ての文化圏のいずれもが共通の、しかし細部が若干異なる文化要素のセットを保持していたのではなく、それぞれの文化圏が地域ごとの環境条件に適合した幾つかの文化要素を選択保持しており、ある文化圏には存在したが別の文化圏には存在しなかった文化要素も当然ながら見られるのである。
縄文後期に入ると、これら9つの文化圏のうち、「北海道西南部および東北北部」「東北南部」「関東」「北陸」「東海・甲信」の5つがまとまって単一の文化圏(照葉樹林文化論における「ナラ林文化」)を構成するようになり、また「北陸・伊勢湾沿岸・中国・四国・豊前・豊後」「九州(豊前・豊後を除く)」がまとまって単一の文化圏(照葉樹林文化論における照葉樹林文化)を構成するようになる。その結果、縄文後期・晩期には文化圏の数は4つに減少する。