整備新幹線
2004年3月13日に新八代駅 - 鹿児島中央駅間が開業し、鹿児島本線のうち八代駅 - 川内駅間が第三セクター肥薩おれんじ鉄道に経営移管された。この区間はJR貨物が第二種鉄道事業を行っており、JR貨物も株主として出資し引き続き第二種鉄道事業を行っている。貨物列車の運転用に電化設備が存置されているが、熊本・鹿児島県境の閑散区間であり、旅客列車は運行経費削減のため軽快気動車による運転となった。この区間で運行されていた夜行列車は同鉄道区間への乗り入れが行われず、新大阪駅 - 西鹿児島駅(鹿児島中央駅に改称)の「なは」(2008年3月15日廃止)も熊本駅までに運行区間が短縮された。なお、JR九州が2013年から運行するクルーズトレイン「ななつ星 in 九州」、2020年運行開始のD&S列車「36ぷらす3」は当区間に乗り入れている。
これ以外の路線区間は都市圏輸送体系上、分離されずにJR九州が継続して経営を行っている。