吉岡忠一
海戦後の1942年7月14日、第三艦隊が一航艦の代わりに編制され、南雲忠一中将と草鹿龍之介少将以外の一航艦司令部の幕僚は全て交代したが、吉岡はミッドウェー海戦の事後処理要員として南雲司令部にしばらくとどまり、同日付で第三艦隊参謀に着任した。 秘密裏にミッドウェー海戦における一航艦の戦闘詳報を作成をした。吉岡によれば、資料がないので、第3戦隊、第8戦隊、第10戦隊の資料を使ったという。機密保持のために秘密裏に行われたので食い違いもあるだろうが、電文などは正しいという。ただし、戦後残されている戦闘詳報は、吉岡参謀が作成した戦闘詳報から功績調査用に書き直されたもので吉岡参謀の作成したものは残されていない。
1942年11月15日、横須賀航空隊飛行隊長に着任。1943年7月1日海軍大学校甲種学生39期に入学、1944年3月4日首席で卒業。詳細は「海軍大学校卒業生一覧#甲種39期」を参照
1944年2月、第26航空戦隊首席参謀。1944年7月、第一航空艦隊参謀を兼務。1944年10月、中佐に昇進。詳細は「神風特別攻撃隊」を参照
1944年10月19日、夕刻マバラカット飛行場第201海軍航空隊本部で第一航空艦隊長官に内定した大西瀧治郎中将のもとで開かれた会議に召集された。大西は「米軍空母を1週間位使用不能にし捷一号作戦を成功させるため零戦に250kg爆弾を抱かせて体当たりをやるほかに確実な攻撃法はないと思うがどうだろう」と神風特別攻撃隊を提案した。