統合幕僚監部
2006年(平成18年)3月27日、統合幕僚会議及び同事務局を廃止し、統合幕僚監部を新設。情報本部は、防衛庁内各機関に対する情報支援機能を広範かつ総合的に実施し得る「庁の中央情報機関」としての地位・役割を明確にするため、統合幕僚監部から分離、防衛庁長官直轄組織に改編。
2008年(平成20年)3月26日、初の3自衛隊共同部隊である自衛隊指揮通信システム隊が新編、統合幕僚長を通じて指揮監督を受ける。
2009年(平成21年)8月1日、陸海空の情報保全隊を統合し、共同の部隊である自衛隊情報保全隊が新編。
2012年(平成24年)4月1日、最先任下士官を新設。
同年8月1日、運用部副部長(将補(二))職及び総務調整官を新設し、総務部人事教育課を廃止。
2014年(平成26年)3月26日、防衛計画部副部長(将補(二))職及び、総務部に連絡調整課、運用部に運用第3課を新設(スクラップ・アンド・ビルドの観点から陸幕装備部副部長職と陸・海・空幕の課を各1廃止)。
2015年(平成27年)10月1日、防衛省運用企画局の廃止に伴い総括官、参事官を新設し、総務部連絡調整課を廃止。
2017年(平成29年)3月27日、総務部に人事教育課を新設。
2022年(令和4年)3月17日、自衛隊指揮通信システム隊を廃止し、自衛隊サイバー防衛隊に改編。