バヤズィト2世
7メートル)の大きさを誇った。
海軍の強化中はヴェネツィアとの衝突を避けるために地道な交渉を行っていたが、1499年にバヤズィトはヴェネツィア領のレパントへ親征、別働隊としてダウード・パシャの率いる艦隊がアドリア海より出発し、艦隊には2隻の大型艦船も含まれていた。同年8月12日のゾンキオ(ツォンキオ)城近海の戦いでオスマン海軍のガレー船がヴェネツィアのガレアス船を破り、ヤーニの艦は包囲を仕掛けたヴェネツィア船を沈める勝利を収め、キリスト教徒はこの戦いを「ゾンキオの悲しい戦い」(en:Battle of Zonchio)と記録した。ダウード・パシャの艦隊はバヤズィトの本隊に合流し、8月28日にレパントをオスマンの支配下に置いた。
勝利の翌1500年に、さらにモレア半島にあるヴェネツィア領のモドン(en:Methoni, Messenia)、コロン (en:Koroni)、ナヴァリノ(en:Pylos)を獲得し、イスラム勢力の進出を重く見たヨーロッパではヴェネツィア、ハンガリー、スペイン、フランス、教皇庁による軍事同盟が結成された。同盟軍による攻撃は、艦隊がアナトリアの沿岸部を数度襲撃する程度の規模にとどまり、1502年12月にヴェネツィア、1503年3月にハンガリーと講和を結ぶに至った。しかし、それでもなお、海軍の戦力は陸軍に比べると充実しているとは言えなかった。
ジェムの子オウズ、ジェム派の高官を粛清し、1495年にジェムが病死した後に彼の生母、妻、娘を保護するが、男子の子孫はロドス島に残っていた1人を除いて全員が絞首に処された。
1495年にジェムが病死するまでの間、オスマン帝国と亡命中のジェムを保護したマムルーク朝の関係が悪化する。マムルーク朝とはジェムの処遇以外に、メッカの水路の修理を拒絶されたこと、インドからの贈物を携えた使節がマムルーク朝の領土を通行した際にジッダの太守に荷物を奪われたことで関係が険悪なものとなり、バヤズィトはドゥルカディル侯国のベイリクであるアラー・アッダウラがマムルーク朝のスルターン・アシュラフ・カーイトバーイと対立していることを知ると、アッダウラを助けるために1485年にアナトリア南部に派兵した。オスマン・ドゥルカディルの連合軍はマラティヤ付近でマムルーク朝軍と戦うが敗れ、かえってアダナ、タルソス内の城砦を奪われる。戦後にマムルーク朝から和平が提案され、和解を勧めるカリフの親書と共に奪われた贈物も届けられるが、バヤズィトはこの提案に対して進軍という答えを返した。オスマン軍はウズバク・ブン・タタハ率いるマムルーク朝軍に3度敗れる不利な状況にあったが、マムルーク朝も長期の戦争によって財政が悪化しており、1491年にハフス朝の仲介によって和議が結ばれた。