普通海綿綱
普通海綿分類学は活発な研究領域であり、学ぶべきものがまだ多くある。しかしながら、基本的な概略を作ることはできる。普通海綿綱の基礎クレード(分岐群)は同骨海綿亜綱 (Homoscleromorpha) である。同骨海綿亜綱は、普通海綿綱の残りよりも石灰海綿綱 (Calcarea) により似ている幼生を有していることによって特徴付けられる。同骨海綿亜綱以外の普通海綿は、四放海綿亜綱 (Tetractinomorpha) と角質海綿亜綱 (Ceractinomorpha) の2つの主要な群に分かれる。これら2つの群は、独特の幼生型やスポンジンの存在といった共通の系統を示す特徴を共有している。現在、2つの群はそれぞれにのみ生じる微小骨片のタイプによって特徴付けられている。それぞれの群の化石はカンブリア紀から知られており、普通海綿の主要なクレードの初期放散を示唆している。化石普通海綿の多くが分類されるイシカイメン目 (Liithistida) は、四放海綿亜綱と角質海綿亜綱に属するものと間違いなく多系的である。
ミトコンドリアゲノムの分子的研究から、普通海綿綱には5つの主要なクレードが存在することが示唆されている。