フランシスコ会
神学者たちの答えは、あくまでも服従を拒み続けるのであれば、異端として断罪されるべきであるという見解で一致していた。ヨハネスはなおも教勅を受け入れない修道士をフランシスコ会の異端審問官僚ミシェル・ル・モワーヌに委ねた。最終的には5名を除いて異端的立場を捨て、教皇と総長に恭順を誓った。最後まで不服従を貫いた5人は「異端」とされ、直前に悔悛した1名のみ終身刑に処せられ、他の4名は世俗の手に渡され、1318年5月7日、マルセイユにおいて火刑に処せられた。ローマ教会が公認した会則にあくまでも忠実であろうとした人びとが生きながら火あぶりに処せられた、その光景には多くの人びとが衝撃を受けた。こののち、1328年までの10年間、異端審問による異端狩りがおこなわれた。マルセイユやモンペリエ、トゥルーズなどから多くの男女が、地方の司牧権力や世俗権力からの協力を得て、逮捕され、異端審問官たちによって尋問された。異端狩りの対象となったのは、スピリトゥアル派の信念を曲げなかった人びとと「ペガン」と呼ばれた多くの在俗信徒(第三会)の支持者たちであった。
1322年、フランシスコ会総会はキリストと12使徒が私有財産を保有しなかったのは正当な神学的見解であることを公式に表明した。この見解はスピリトゥアル派に近い考えであったため、ヨハネス22世はこれを異端と非難、フランシスコ会は教皇に従う者と従わない者とで再び分裂した。
一方、こうした厳しい弾圧に対し、スピリトゥアル派はフランシスコ会主流派のみならずカトリック教会に対しても公然と反抗、修道士たちは教皇制度の批判を展開した。
その死後も、フランチェスコの人柄を慕う数多くの弟子たちが続々と修道会のもとに集まり、灰色の頭巾つきの修道服に帯ひもをしめ、裸足にサンダル履きの質素な身なりで苦行に近い清貧な生活を送りながら活動の規模を広げていった。1232年にはコルトナのエリア(英語版)(エリア・ボンバローネ)が第3代総長となっている。最初期のフランシスコ修道会の組織は、終身の総長のもとに全会員に対して責任と権限を持つ中央集権的なものであったが、第3代エリア総長の時代、彼の強権的な修道会運営に反対運動が起こり、1239年の総会議からは各地の管区に大幅な裁量を認める地方分権的な組織体制が採られるようになった。この運動で指導的役割を演じたのが、のちに第5代総長となったファヴァーシャムのハイモ(英語版)で、彼はこの地方分権体制をドミニコ会の組織に倣ったという。フランチェスコの死後の100年間で、フランシスコ会の会員数は3万人を超えるまでにふくれあがった。
当時のフランシスコ会の成長の背景として考えられるのが、都市化とそれにともなう人びとの宗教的欲求の変化であった。すなわち、フランチェスコのはじめた清貧運動がこのように短期間で巨大な広がりをもったことは、「新しい言葉」の担い手を希求していたローマ教会の後援によるばかりではなく、フランチェスコ自身の個人的な回心の体験が当時の社会、特に都市における新興エリートのかかえた精神的な危機を体現したためであり、また、その危機にひとつのかたちで応答したからであったろうと考えられるのである。都市化の進展により、人びとは旧来のような農村共同体を基盤とする、教区教会を中心として司祭を唯一の魂の導き手とするような信仰生活では飽き足らなくなっており、その一方で新しい産業の勃興、新職業の成立、貧富の格差の顕在化、無軌道な営利追求や拝金主義、性的放縦など、都市化そのものが引き起こす諸問題に直面するようになっていた。
日本でのフランシスコ会の活動は、1593年のペドロ・バブチスタの宣教を嚆矢としている。
1593年(文禄2年) - フィリピン総督の使節としてフランシスコ会宣教師のペドロ・バプチスタが来日し、肥前国名護屋で豊臣秀吉に謁見。
1594年(文禄3年) - 京都に「天使の元后教会」(聖母マリア教会)を建立。
1596年(文禄5年) - サン・フェリペ号事件。ペドロ・バプチスタ、京都で捕縛される。
1597年(慶長元年)- ペドロ・バプチスタやマルチノ・デ・ラ・アセンシオンなどフランシスコ会員6名をふくむカトリック教徒26人が長崎で処刑される(日本二十六聖人の殉教)。
1603年(慶長8年) - フランシスコ会宣教師ルイス・ソテロが来日して徳川家康・徳川秀忠に謁見。日本での布教に従事し伊達政宗との知遇を得て東北地方にも布教開始。
1613年(慶長18年) - ソテロ、慶長遣欧使節団の正使としてローマに派遣されたが、日本でのキリスト教弾圧にともない外交交渉成功せず。
ボルゴ・サン・ドンニーノのゼラルドによる『永遠の福音入門』が出版される。
1257年 - ボナヴェントゥラ、第8代総長となる。
1269年 - ボナヴェントゥラ、『清貧擁護論』を刊行。
1274年 - ジロラモ・マッシ、第9代総長となる。
1279年 - 教皇ニコラウス3世、「エクシィト・クィ・セミナート」発布。
1280年 - 以後、異端となったスピリトゥアル派弾圧される。
1288年 - ジロラモ・マッシ枢機卿、ローマ教皇ニコラウス4世となる。
1289年 - ニコラウス4世、教皇勅書「スプラ・モンテム」を発布。これが第三会の事実上の「会則」となる。
1294年 - フランシスコ会司祭ジョヴァンニ・ダ・モンテコルヴィーノ、教皇ニコラウス4世の命で元の都大都(いまの北京)に至り、以後、元朝の保護下で30年にわたり布教。
1298年 - ペトルス・ヨハンニス・オリーヴィ死去。ペガンのあいだで死後ただちに「オリーヴィ崇敬」の熱狂が起こる。
1299年 - ペガンのあいだで「世界の終末が近づきつつあり、現在はすでにアンチキリストの時代である」という預言が広まる。
1300年 - 教皇ボニファティウス8世、教皇勅書「スーペル・カテドラム」を発布。最初の聖年祭。
1309年 - 教皇クレメンス5世、アヴィニョン教皇庁内にコンヴェントゥアル派、スピリトゥアル派の両派を招き、清貧論争をさせる。