六角氏
六角氏式目
室町時代
山内氏(佐々木氏流) 山内信詮 山内政綱 山内就綱
伊庭氏 伊庭満隆 伊庭貞隆 伊庭貞説
戦国時代
馬淵氏 青地氏 堀部氏
後藤氏 後藤賢豊 後藤高治
蒲生氏 蒲生貞秀 蒲生秀行 蒲生秀紀 蒲生高郷 蒲生定秀 蒲生賢秀 蒲生氏郷
小倉氏
三雲氏 三雲定持 三雲賢持 三雲成持
進藤氏 進藤貞治 進藤賢盛
猪飼氏 猪飼昇貞
その他家臣・統制下の領主
山中俊好
布施公雄
吉田重政
平井定武
中田定平
鯰江貞景
義治の婿養子・定治は義父の跡を継ぎ豊臣秀頼の家臣となり大坂の陣を迎えた。大坂城退散後、旧重臣であった蒲生氏の客将を経て加賀国の前田氏家臣として仕え、江戸時代には加賀藩士の佐々木六角(六角)家として1,000石となり、子孫が加増され2,100石の加賀藩士として明治維新に至った。明治時代には士族に列せられ、家は現在に至るまで続いている。また仙台藩士にも六角家があり、初代は直久といい、伊達吉村に召し出されたという。現在も福島県郡山市などに六角姓が多く分布している。
義治の弟・六角義定(観音寺騒動の後に義治に当主の座を譲られたとされる。ただしこれには反論もある。また、定治の実父でもあるが、定治の子孫を嫡流とする説でも定治は舅の義治から直接家督を譲られているため、義定は当主ではない。)の子孫も江戸幕府の旗本となった。こちらも本苗の佐々木氏を名乗っている。しかし義定の曾孫・求馬定賢が若年で死去し絶家となった。
義治の弟・高一は織田信雄の家臣となり、その子・正勝は生駒氏を称し、大和国宇陀松山藩織田家の重臣となった。子孫は丹波国柏原藩織田家に仕えた。
六角氏研究を行っている中世史家の村井祐樹は六角義賢の墓所と位牌がある酬恩庵が加賀藩士の佐々木六角家と連絡を取って法要を行ってきた事実を指摘して、加賀藩士の佐々木六角家が近江守護六角氏の嫡流子孫であったと結論づけ、旗本佐々木家もその一分家であったとしている。