碇シンジ
冒頭にてゲンドウと共にユイの墓参をする。ミサトに促されてのことだが、断絶状態の父と会話出来たことを素直に喜ぶ。他者との交流に食事・料理・弁当などが用いられ、能動的に他者と関わっていく姿が描かれていく。テレビ版同様にユーロから転任したアスカとの同居生活が始まる。クラスメイトたちと海洋研究施設を訪れたり、特にレイに対しては物語序盤より気にかけるようになり、アスカに強要されたついでとはいえ、自身を含めて4人分の手作り弁当を作り、アスカ、ミサト、レイにふるまうなど明らかな変化が見られる。また加持に誘われて農作業の手伝いをすることになり、ミサトがなぜNERVに入ったかを教えられ、彼女を守ってくれと頼み込まれる。シンジの優しさはアスカ、レイに影響を与え、孤高を気取っていたアスカはシンジに心を開いて好意を抱くようになる。恋愛に無自覚なレイもシンジに好意を抱くようになり、シンジとゲンドウを完全に和解させるため「食事会」を計画する。
テレビ版と同じく「父に認めてもらうためにEVAに乗る」という動機は明確に描かれ、アスカにもそのことを打ち明ける。愛用しているS-DATは昔の父の持ち物であり、それを使うことで父が嫌な世界から自分を守ってくれているように思えた。エヴァパイロットとしても突出して優秀で第8の使徒戦で三体のエヴァが擱座した後もシンジのシンクロ率は60%台と、なおも高い数値を維持していた。
だが、第9の使徒戦で全てが暗転する。
しかし人類補完計画を目論むゲンドウらの罠により、槍は二本とも『ロンギヌスの槍』となっており、直前に真実に気付いたカヲルに制止されるも、「槍を手に入れて世界を元に戻したい」という藁にもすがる思いから、制止を聞かずに13号機を独断で操作し、強引に槍を引き抜いてしまった結果、エヴァMark.06の中から復活した第12の使徒の侵食を受け、カヲルが第1使徒から第13の使徒に堕とされると共に、彼をトリガーとして第13号機が第12の使徒を吸収して覚醒、フォースインパクトが発動してしまった。
本人は自らの意志と信じて行動したが、結果的にゲンドウの思惑通りに駒として動いたに過ぎず、再び自らの過ちにより惨状を引き起こしたことで、自責の念と罪の意識に苛まれる中、追い討ちをかけるようにカヲルの「DSSチョーカー」が作動しカヲルは絶命、既にシンジのコントロールを離れていた13号機はガフの扉を開き、マリが駆る8号機によりエントリープラグを緊急排出されたことでフォースインパクトは収束し、ガフの扉が閉じて事態は収束したが、精神的に完全に疲弊し虚脱状態に陥り、そこへ同じく生還したアスカとアヤナミレイ(仮称)が現れ、アスカに促されて共に赤い大地へと歩き出した。
漫画版では、アニメ版の特徴的台詞だった「逃げちゃダメだ」を口にしなかったり、嫌悪するゲンドウと自らの意思で向き合おうとする場面や初めてエヴァに乗った際にも心の中で「ふん、おもしろいじゃないか、やってやる!」と言ったり、初めて会ったミサトに対しこちらも心の中とはいえ「ヘンな女」と辛辣な表現で言い放つなど性格に差異が見受けられる。アニメ版においてのシンジはナイーブであることがストレートに伝わる反面、漫画版においては「ごく普通の少年」もしくは「冷めた子供」というキャラクターで成り立っている。これらの差異は、漫画版を担当している貞本によると、「小・中学校で委員長だった庵野監督とおちこぼれだった自分との違いが、シンジの性格に表れている」「テレビアニメ版のシンジは優等生的だが、漫画版のシンジは子供っぽくひねくれている」とのこと。
母・ユイの死後、第3新東京市に来るまで、父・ゲンドウにより伯父(ユイの兄)の家族に預けられていた。表面上は平凡な生活を送っていたが、ユイの死による噂や世間体、伯父一家との関係を気にしていたため、複雑な環境で育つ。これが原因で、シンジ自身に「良い子でいなければいけない」という生き方を強要させ、人格に少なからぬ影を落としていた。また、本来は器量の良い性格だが、周囲には冷淡で協調性がない内向的な優等生としてふるまっていた。