嵯峨野線
1989年(平成元年) 3月5日:嵯峨駅 - 馬堀駅間を複線の新線に切り替え、1.6km短縮。列車の運行が廃止された旧線は存置。 3月11日:太秦駅が開業。ダイヤ改正により、嵯峨野線の普通客車列車は12系客車2往復のみとなる。
1990年(平成2年) 3月10日:京都駅 - 園部駅間が電化。113系電車運行開始。
1991年(平成3年)4月27日:嵯峨駅 - 馬堀駅間の旧線が嵯峨野観光鉄道嵯峨野観光線として開業(西日本旅客鉄道が第一種、嵯峨野観光鉄道が第二種鉄道事業者)。
1994年(平成6年) 9月4日:嵯峨駅を嵯峨嵐山駅に改称。 9月23日:京都駅 - 丹波口駅間に(臨)緑化フェア梅小路駅が開業。同年11月20日まで営業。梅小路公園で開催された全国都市緑化フェア会場最寄の臨時駅。
1996年(平成8年) 3月15日:特急「あさしお」・急行「丹後」最終運行日。 3月16日:二条駅 - 花園駅間が高架化。丹波口駅 - 二条駅間の貨物列車設定廃止。電車特急「きのさき」「はしだて」等が運行開始。
2000年(平成12年)9月23日:二条駅 - 花園駅間が複線化。円町駅が開業。朝ラッシュ時と日中に快速を新設し、朝ラッシュ時の快速は円町駅にも停車。
2002年(平成14年)3月23日:円町駅にすべての快速が停車
2003年(平成15年)10月1日:コンコースの喫煙コーナーを廃止。
2006年(平成18年) 3月18日:未明から明け方に最後の寝台特急「出雲」が嵯峨野線を通過。 4月1日:日本貨物鉄道の第二種鉄道事業(丹波口駅 - 二条駅間)廃止。
2008年(平成20年) 3月23日:花園駅 - 太秦駅間が高架化。