ナンセンのフラム号遠征
しかし、雪の表面が平らではなくなり、スキーでの移動が難しくなると、その速度が落ちた。3月29日の六分儀による観測では、2人は北緯85度56分まで来ており、1週間で47海里 (87 km) 北極点に近づいたが、1日当たりの平均進度が落ちていることも示していた。さらなる懸念となったのは、その日の経緯儀の観測ではまだ北緯85度15分にしか到達していないという結果が出て、どちらが正しいのか知る術がなかったことだった。2人は、自分たちが北に向かって進みつつ氷原ごと南へも漂流しており、進んだ距離が必ずしも北向きの絶対的移動距離と同一視できないことに気付いた。ヨハンセンは日記に、「私の指はすべて潰れている。ミトンが硬く凍っている。...だんだんと悪くなる。...これから我々に何が起こるかは神のみぞ知る」と沈鬱な心情を綴っている。
4月3日、難航の数日間を経てナンセンは、北極点は到達できる範囲内にはないのではないかと内心で疑い始めた。雪原の表面の状態が良くならなければ、北極点とその後のゼムリャフランツァヨシファに達するまでに食料が底をついてしまう。翌日、現在位置を計算したが、北緯86度3分にしかなっていなかった。落胆したナンセンは日記に「早めに引き返すべきだという思いがますます強くなってきた」と吐露している。4月7日にキャンプを設営した後で、ナンセンは前方に伸びる道をスノーシューズで偵察したが、「氷塊が混沌として地平線まで伸びている」のが見えただけだった。ナンセンはそれ以上の北進を諦め、ゼムリャフランツァヨシファのフリゲリ岬を目指すことにした。ナンセンは最北端となったキャンプの位置を北緯86度13.6分と記録した。グリーリーの最北端記録を約3度(169.6海里、314 km)更新していた。
ナンセンはこの遠征を通じて装備や技術の実験を続け、スキー板や橇のデザインを改良し、衣服、テント、調理器具を幾つか発明し、それらによって北極探検の方法に革命を起こした。ナンセンの帰還以降の探検家たちは、方法や装備についてことあるごとにナンセンに助言を求めた。中には助言に従わない者もおり、それが裏目に出ることもあった。ハントフォードに拠れば、南極の英雄となった者たち、ロアール・アムンセン、ロバート・スコット、アーネスト・シャクルトンは全てナンセンの信奉者であった。
ナンセンの位置付けについて重大な反論を出す者はいなかったが、ナンセン自身も批判から逃げなかった。アメリカの探検家ロバート・ピアリーは、ナンセンが北極点行を僅か3週間で中断したときに、なぜフラム号に戻らなかったのか不思議に思った。「ナンセンはわずかしか船を離れられないうちに戻ることになったのを恥じたのか、あるいは口論があったのか...あるいは興業的・事業的な動機でゼムリャフランツァヨシファを目指したのか?」と記している。アドルファス・グリーリー(英語版)は当初この遠征全体を実行不可能なものと否定していたが、自分が間違っていたことを認め、それでも「1つの汚点」すなわち隊員を陸地から数百マイル離れた所に放置すると決断したことに注目し、「海の遠征における指揮官としての最も神聖な職務から、ナンセンはいかにして離れることができたのか、理解を越えている」と記している。