イスラーム過激派
1987年、アメリカ同時多発テロ事件首謀者とされる、のちにアルカイダナンバー3となったハリド・シェイク・モハメドが、静岡県の建設機械メーカーで研修を受ける名目で日本に滞在し、約150台の削岩機を購入してアフガニスタンに輸出していたことが判明している。ハリドは、身柄拘束後、アメリカの当局に対して、2002 FIFAワールドカップにおいて、日本でのテロを計画していたと供述している。
2004年にドイツミュンヘンで殺人容疑で拘束されたアルカイダ傘下ルーベ団幹部のアルジェリア系フランス人は、以前偽装旅券で日本に不法入国し、新潟市内のマンションに住み、外国人登録して短期滞在ビザの更新を繰り返しながら、新潟東港を拠点に、ロシアや北朝鮮に中古車等を輸出していたことが判明した。この事件に関連して、警視庁公安部及び神奈川県警察、群馬県警察、新潟県警察により千代田区の関係会社等の捜査が行われ、埼玉県戸田市の会社社長のバングラデシュ人、埼玉県川口市のバングラデシュ人会社員、新宿区の職業不詳のマリ人、群馬県東村(現伊勢崎市)の解体工のインド人など、計5名が逮捕された。
2007年に、神奈川県座間市のアメリカ陸軍キャンプ座間が、迫撃弾で攻撃された際には、日本及びパキスタンの情報筋からの情報として、アルカイダが日本国内に拠点を持っていると、アメリカン・ブロードキャスティング・カンパニーにより報じられた。
また、同年、当時法務大臣だった鳩山邦夫が、「友人の友人」がバリ島爆弾テロ事件に関与したアルカイダメンバーで、同人物はたびたび日本を訪れていると発言し物議をかもした。
2013年3月からISILの支配地域をたびたび訪れてISILメンバーと接触していた同志社大学元教授・中田考は、2014年に北海道大学の学生をISILに戦闘員として参加できるようISIL幹部に仲介し、渡航ルートと通訳を手配したとし、警視庁公安部によって私戦予備・陰謀事件として阻止され、学生は身柄を拘束され、中田及び中田とともにISILと接触していたジャーナリストの常岡浩介らは家宅捜索を受けた。また別に千葉県内の20歳男性も中田に連絡を取り、2014年8月にシリアへ渡航する予定であったが、家族が説得したために未遂に終った。
2016年に発生し、日本人も多数殺害されたISIL系組織によるダッカ・レストラン襲撃人質テロ事件の犯人の1人は、京都市の立命館大学で准教授を務めていた日本国籍も保有するバングラデシュ人モハメド・サイフラ・オザキとされるが、同犯人は訪日以前はヒンドゥー教徒であり、日本でイスラーム過激派の思想に感化されたとも考えられている。