魔法少女まどか☆マギカ
主要スタッフによる最初の会議は2008年10月ごろに行われ、願いを叶えた魔法少女がやがて魔女になってしまうという設定や、魔法少女を戦いに導く動物(キュゥべえ)が、かわいらしい外見ながら世界のための犠牲を平然と肯定するような価値観の持ち主であること、主人公が魔法少女になることを否定的に捉えつつも最後は魔女となって世界を救う結末などが決定された。なお、プロデューサーの岩上から最初に提示された題目は「魔法少女が次々と脱落するバトルロイヤルもの」というものであったという。この段階で想定されていた登場人物は、明るく理想主義の主人公、主人公と友情を築く現実主義の魔法少女、魔女の血を引き才能に恵まれた魔法少女、オタクの魔法少女という4人で、また魔法学園ものになる案も検討されていた。
タイトルに「魔法少女」を冠する点にこだわったのは新房で、「まどか☆マギカ」の部分は岩上がつけたものである。最初の仮題は、虚淵がつけた『魔法少女黙示録 まどかマギカ』であったが、その後すぐ「『黙示録』はやめよう」という話になり、『まどかマギカ』だけにしようという案もあったが、新房は「魔法少女」という文字を入れないのなら魔法少女アニメとしてやる意味がないと主張し、このタイトルとなった。なおタイトルをラテン語で訳すと「PUELLA MAGI MADOKA MAGICA」となり、タイトルロゴにこの表記がある。
まどかとほむらのイラストを用いた「魔法少女バージョン」とお菓子の魔女のイラストを用いた「魔女バージョン」の2台が用意され、試乗することも可能となっていた。
雑誌『デジモノステーション』の企画、「デジモノザオブイヤー2011」においては実写映画を押しのけ2011年のベストBDに選出された。
「まどかが店長に!?」をコンセプトにした「魔法少女まどかマギカショップ」が、2012年より全国で順次開催された。2012年10月に静岡、11月に仙台、12月に広島、2013年1月に福岡、3月にACE2013、6月に宇都宮、7月にJapan Expo2013と名古屋、10月に吉祥寺、12月に熊本、2014年1月に福岡、3月に鹿児島、7月に青森、8月に名古屋と新千歳空港アニメフェスタ2014と仙台、10月に吉祥寺、11月に熊本、12月に姫路、2015年1月に広島と札幌、2月に印西、3月に横浜・八景島シーパラダイス、4月に福岡で開催された。
『劇場版 魔法少女まどか☆マギカ [新編] 叛逆の物語』の公開を記念して複製原画展を2013年9月に大阪、10月に福岡、東京、名古屋、11月に札幌で開催された。
すでに芳文社関係では『映画けいおん!』などで実績がある叡山電鉄にて、2013年10月より「新編」の上映を記念した記念乗車券の発売とラッピング電車の運行がされた。
本作品ではシャフトの制作ラインの関係から、企画の進行が中断していた時期があり、脚本が完成してからアニメの制作が開始するまでは2年ほどの間が空いた。しかし、新房はこれが結果的にはクールダウンの期間として機能したと語っている。
実務的なスタッフィングはアニメーションプロデューサーの岩城忠雄が行い、キャラクターデザインの岸田隆宏を始め、それまでのシャフト作品とは縁の薄いアニメーターが多く参加することとなった。シリーズディレクターの宮本幸裕は途中から制作に加わっており、放映の3、4か月前から参加したという。
絵コンテなどには注意事項の記載や新房自らによる修正が多く入れられた。一方で、新房には制作作業が予定調和になってしまうと普通の作品になってしまうという発想から、スタッフに詳しい内容を教えずに作業をさせることがあり、エンディングアニメーションの絵コンテから撮影までを1人で担当した鈴木博文には作品内容が伝えられず、鈴木は自主的に調べて映像を仕上げることとなった。脚本段階で詰められなかったアクションシーンの詳細は、監督の新房、脚本の虚淵、シリーズディレクターの宮本、アクションディレクターの阿部望の話し合いで決められた。
本作品のキャラクターデザインは輪郭線を二重に取る、目に斜線を入れるといったアニメーションの作画としては挑戦的なタッチが用いられているが、作画陣には浸透せず、絵としてまとまったのは9、10話辺りだと新房は述べている。
2012年2月11日の13時30分(JST)からは、英語吹替版BD/DVDの発売を記念して、ニコニコ生放送で日本・アメリカ合衆国・カナダ・イギリス・オーストラリア・ニュージーランドの全6か国に向けた英語吹き替え版の配信が行われた。
香港で2014年11月19日に開局したネットテレビ局香港電視(HKTV)は、開局前にサーバーのストレステストを行うため、11月9日のテスト期間(日本時間23 - 24時)に本作品の広東語吹き替えバージョンの第2話、第3話を試験放送し、また本作品の第1話から第4話を配信した。開局翌日の11月20日から11月23日は第1話から第4話を23時30分(JST)、翌3時30分、18時30分(第3話初放送は24時、第5話初放送は24時30分)にリアルタイム形式、11月24日朝7時に第5話から第11話をVODとリアルタイム形式の放送し、最終話は12月1日に両方で放送した。