フランシスコ・ヒメネス・デ・シスネロス
フランシスコ会員としても、カトリック教会の聖職者としてもスペインにおける最高の地位についたシスネロスがまず取り組んだのは、スペインのフランシスコ会の改革であった。弛緩していた規律を正す為、司祭会員に対して妻帯を禁じ任地の小教区への定住を求めた。当時の司祭達の間では任地がありながらそこへ赴かずに聖職禄だけを受ける不在聖職禄が大きな問題になっていた為である。司祭が任地に定住する事で初めて司祭達は信徒に対し説教を行い、告解を聞くなどの司牧活動が行えるようになった。
1498年にはフランシスコ会員のみならず全ての修道会司祭に対して規律の粛正を求めたが、当然、反発が生じた。シスネロスの改革に反対し、400人にのぼる妻帯司祭と修道士が妻を連れてアフリカへ逃れ、イスラム教徒になったとされている。シスネロスの改革の徹底ぶりと既得権益を守ろうとした司祭達の反発を受けてローマ教皇庁の修道会管轄者がシスネロスに対し、改革の緩和を求めたが、シスネロスは聞き入れなかった。なによりシスネロスを信頼し、聖職者の綱紀粛正を喜ぶ王妃の後押しがあった為、ローマとしてもそれ以上口をはさむ事ができなかった。
1499年、シスネロスは異端審問所の官僚達と共にグラナダに赴いた。グラナダではタラベラ大司教がイスラム教徒の改宗事業に取り組んでいた為、シスネロスもこれを支援しようとしたのである。タラベラ大司教は教育によってゆるやかにイスラム教徒をキリスト教に改宗させようとしていたが、シスネロスはこれに満足できず早急な改宗を求めた。さらにグラナダに保管されていたイスラム由来の書物で医学書以外のものの焼却を決定した事から、不満を抱いたグラナダのイスラム教徒達(ムデハル)が決起した。