観音寺城の戦い
六角家老臣の蒲生賢秀は、敗北を聞いてもなお1千の兵で日野城に籠城し、抵抗する様子を見せていた。しかし、賢秀の妹を妻としていた織田家の部将・神戸具盛が日野城に乗り込んで説得した結果、賢秀は降伏し、信長に人質を差出して忠節を誓った。この人質が蒲生氏郷である。
六角氏は観音寺城を失ったが、それでも織田軍に対して抵抗の姿勢をみせた。元々、六角氏は室町幕府から過去2回の追討を受けた(六角征伐)際にも観音寺城を放棄して甲賀郡に拠点を移して長期戦に持ち込んで相手方の撤退を待ち、ほとぼりが冷めた頃に本領を奪還する戦略に成功していたことから、戦略的には正しい方法であったと言える(当時の人々はこの一連の戦いを「足利義昭による上洛戦」と認識していたため、六角氏もこの戦いを3度目の六角征伐として認識していたと考えられる)。
しかし、室町幕府と異なり、京都と本国への連絡路として南近江を必要としていた織田家は同地の支配に乗り出したために織田軍の撤退が行われず、本領を失った六角氏の勢力は奮わず、小規模な戦闘が精一杯であった。戦国大名としての六角氏の没落は決定的なものとなった。
一方、京都を支配していた三人衆らは六角氏の敗北を聞いて動揺し、織田軍と満足な戦もしないまま、京都から駆逐された。信長は立政寺の義昭に使者を送り、戦況を報告して出立を促した。9月27日、信長と義昭は琵琶湖の三井寺に入った。翌28日、入京した義昭は東山の清水寺に、信長は東福寺に陣し、細川藤孝は宮廷の警護に従事した。
こうして信長は畿内を掌握し、義昭は征夷大将軍の座に着いた。