ニホンジカ
日本国内に棲息するニホンジカはエゾシカ、ホンシュウジカ、キュウシュウジカ、マゲシカ、ヤクシカ、ケラマジカ、ツシマジカの7つの地域亜種に分類される。
一方、日本列島のニホンジカが分子系統学的に大きく南北2つのグループ-南日本グループ(九州および周辺島嶼個体群、四国西部、 山口県)と北日本グループ(四国東部、兵庫県以東、 北海道)-に分けられ、両者間の遺伝的距離がユーラシア大陸のニホンジカと同等に離れている、との説もある。
北の方のものほど体が大きい(ベルクマンの法則参照)。南西諸島の3亜種は特に小型であり、オスの体重で比較するとエゾジカの140 kgに対してマゲジカとヤクシカで40 kg、ケラマジカでは30 kgである。
エゾシカ(エゾジカ)(亜種) C.n.yesoensis 【北海道/日本固有亜種】
ホンシュウジカ(亜種) C.n.centralis 【本州/日本固有亜種】
奈良(奈良県奈良市一円)のシカは天然記念物。分子遺伝学的に異なる南北二つのグループが中国地方でオーバーラップしていることが近年明らかになった。
キュウシュウジカ(亜種) C.n.nippon 【四国、九州/日本固有亜種】
江戸時代にヨーロッパで分類に使用された亜種であるため、亜種名が「nippon」(基亜種)になっている。
ツシマジカ(亜種) C.n.pulchellus 【対馬/日本固有亜種】
独立種とする説もあったが、分子遺伝学的にホンシュウジカ(中国地方産)に極めて近いことがわかり、近年は亜種としない記述も多い。
マゲシカ(マゲジカ、マゲシマジカ)(亜種) C.n.mageshimae 【馬毛島、阿久根大島・臥蛇島(移入)/日本固有亜種】
縄文時代とは反対に、シカは、銅鐸のモチーフとして登場するようになるが、一方でイノシシは銅鐸のモチーフとしては登場しない。1年ごとに生え替わる角が1年のなかで同じようなスケジュールで生育する稲と関わりがある、と考えられていたのであろう。日本の神話や伝承では豊作を願い、水田にシカの死体や血を捧げるような儀式が描かれることがある。この点でシカとイノシシは同じ農作物や田畑を荒らす(シカは稲籾そのものを食べてしまい、イノシシは稲をなぎ倒す)害獣ではあるが、シカの方が日本人の大部分が「農耕民族化」していくなかで「霊獣」としての地位を獲得していった。
古墳時代においてもシカは形象埴輪のモチーフとなっている。
天武天皇は675年(天武天皇4年)に、律令国家の大きな税収源である稲作を保護・促進するため、稲作に役立つ動物の保護を目的として牛馬犬猿鶏の肉食を、稲作期間である4月〜9月に限って禁止した。シカとイノシシは稲作の害獣と見なされたために肉食を禁じられていない。春日大社、 鹿島神宮、北口本宮冨士浅間神社のような古い神社で現代でも神鹿が飼われているのは日本人と鹿狩りの古い関わりの名残りである。
なお、鹿肉を「もみじ」ともいうがこれは前述の通り「鹿」は秋の季語であり、「秋」と「鹿が棲息する場所」で「紅葉(もみじ)」を連想させるため、そういわれるようになったといわれている。