日本の重要湿地500
襟裳岬周辺沿岸
勇払原野湿原群(美々川、美々湿原、ウトナイ湖、トキサタマップ湿原、弁天沼、柏原東湿原、平木沼湖沼群朝日沼など)※(ウトナイ湖)
厚真水田および鵡川水田
鵡川河口
ホロホロ湿原
倶多楽湖
ヨコスト湿原
キウシト湿原
飛島周辺沿岸
最上川河口
最上川および赤川水系のウケクチウグイ生息地
河島山麓堤群
乱川扇状地湧水地
上池・下池
月山・湯殿山湿原群(月山山頂東側一帯、弥陀ヶ原湿原、念仏ヶ原、皮松谷地、田代沢湿原群など)
朝日連峰湿原群
吾妻山周辺湿原群(西吾妻山、東大巓、弥兵衛平、中大巓、矢筈山馬場谷地、明月・明星湖湿原、谷地平、景場平など)(山形県、福島県)
飯豊連峰湿原群(山形県、福島県、新潟県)
宍道湖(斐伊川下流部を含む)※
赤名湿原
隠岐島(島後)の渓流域
隠岐島周辺沿岸
十六島周辺沿岸
地倉沼
浜甲子園
淡路島中南部の農業用水系
洲本地先沿岸
家島周辺沿岸
砥峰高原湿地
氷上地方水系(加古川・由良川分水嶺)
六甲山北面沢地群
岸田川支流の最上流域
東播磨北部地域の農業用水系
明石市大久保町周辺のため池群
加古川河口
新舞子海岸
千種川河口
円山川河辺