ディプロモナス
ディプロモナス目には、1科のみがあり、2亜科に分かれる。
フォルニカータ Fornicata ディプロモナス目 Diplomonadida ヘキサミタ科 Hexamitidae ヘキサミタ亜科 Hexamitinae - Enteromonas、ヘキサミタ Hexamita、スピロヌクレウス Spironucleus、Trepomonas、Trimitus。 ジアルジア亜科 Giardiinae - ジアルジア Giardia、Octomitus。 レトルタモナス目 Retortamonadida ‘Carpediemonas-like organisms’
ヘキサミタ亜科は、細胞口があり、代替的な遺伝子暗号を使っている(TARコドンが停止ではなくグルタミン)。一部は、2次的に、カリオマスティゴントが1つしかない。ヘキサミタやスピロヌクレウスは鳥類や魚類のヘキサミタ症の病原体として重要である。
ジアルジア亜科は、細胞口がなく、全て寄生性。下痢を引き起こす人獣共通の病原体としてジアルジアが重要である。