レッドデータブック
日本国内では、環境省の他にも、学術団体や水産庁や都道府県等の地方公共団体などによりレッドデータブックが発行されており、その対象とする分類群が環境省版よりも広い場合も多い。
水産庁は1998年に「日本の希少な野生水生生物に関するデータブック」を発行しており、環境省版では対象としていない海生生物含む水生生物を対象としている。
学術団体などでは、環境省よりも早くに、日本自然保護協会及び世界自然保護基金日本委員会の合同で、1989年に維管束植物のレッドデータブックが作成され、これは、日本におけるレッドデータブックの先駆けとも言われている。日本哺乳類学会は1997年に哺乳類のレッドデータブックを作成しており、クジラ目も対象としているなど、環境省版よりも範囲を広げて評価している。環境省が汽水域・干潟域の生物を対象とするよりもまえに、世界自然保護基金日本委員会は、『WWF Japan サイエンス・レポート』にて、干潟海岸における底生生物のレッドデータブックを作成した(花輪・佐久間編、1996)。
花輪伸一・佐久間浩子編集「特集:日本における干潟海岸とそこに生息する底生生物の現状」『WWF Japan サイエンス・レポート第3巻』財団法人世界自然保護基金日本委員会、1996年12月20日、1-181頁。
日本ベントス学会編『干潟の絶滅危惧動物図鑑 海岸ベントスのレッドデータブック』東海大学出版部、2012年7月20日、306頁、ISBN 978-4-486-01943-5。
初版レッドデータブック 環境庁自然環境局野生生物課編『日本の絶滅のおそれのある野生生物 脊椎動物編』財団法人自然環境研究センター、1993年10月、340頁、ISBN 4-915959-03-1。 環境庁自然環境局野生生物課編『日本の絶滅のおそれのある野生生物 無脊椎動物編』財団法人自然環境研究センター、1993年10月、271頁、ISBN 978-4-915959-04-2。
改定版レッドデータブック 環境省自然環境局野生生物課編『改訂・日本の絶滅のおそれのある野生生物1 哺乳類』財団法人自然環境研究センター、2002年3月、177頁、ISBN 4-915959-73-2。 環境省自然環境局野生生物課編『改訂・日本の絶滅のおそれのある野生生物2 鳥類』財団法人自然環境研究センター、2002年8月、278頁、ISBN 4-915959-74-0。 環境庁自然環境局野生生物課編『改訂・日本の絶滅のおそれのある野生生物3 爬虫類・両生類』財団法人自然環境研究センター、2000年2月、120頁、ISBN 4-915959-70-8。 環境省自然環境局野生生物課編『改訂・日本の絶滅のおそれのある野生生物4 汽水・淡水魚類』財団法人自然環境研究センター、2003年5月、230頁、ISBN 4-915959-77-5。 環境省自然環境局野生生物課編『改訂・日本の絶滅のおそれのある野生生物5 昆虫類』財団法人自然環境研究センター、2006年8月、246頁、ISBN 4-915959-83-X。