ぷよぷよSUN
最大16人まで参加可能のトーナメント形式のモード。N64版・PS版・Win95版に搭載。トーナメントの人数を4人・8人・16人の中から選択し、足りない場合はCPUが参加する。全員の中から予選を1回(4人)・2回(8人)・3回(16人)行い、3位決定戦、決勝という流れ。設定により、CPU同士の対戦も観戦することが出来る。N64ではプレイヤーのスタート位置がランダムなのに対し、PS版・Win95版は各プレイヤーのスタート位置が固定されている。なお、人間のプレイヤーが全員敗退した(残りが全てCPUのみとなった)場合はN64版ではゲームオーバーとなりそこで打ち切られるが、PS版・Win95版はCPUのみで最後まで続行する。
2018年に発売された『ぷよぷよeスポーツ』にも「トーナメント」として、同様のモードが収録されている。
ところが、これに対するスタッフの回答は「言われるとそのようにも見えますね」といった内容であったので、特にこのシーンに意図は無かったようである。プレイステーション版の攻略本に掲載された漫画に至っては、洞窟の中で遭難していた。さらに、『ぷよぷよBOX』では実際に洞窟を住処にしていた。『ぷよぷよ!! Puyopuyo 20th anniversary』でも洞窟を住処にしており、その理由を「闇と静寂にふさわしい場所」だからとしている。
セガサターン版およびプレイステーション版のサウンドテストには、「哀愁」と名付けられた本編未使用曲が収録されている。この曲を取り扱ったニコニコ動画の投稿動画において、当時の開発者を名乗る人物が語ったところによれば、この曲はもともと「とことんぷよぷよ」用に作曲されたものだったが、「ファミリー向けにしてはアダルティックな曲」だったため没になったという。
NINTENDO64版やプレイステーション版では「とことんなぞぷよ」と「かちぬきぷよぷよ」が追加されている(詳細は後述)。
ゲームボーイ版には「かちぬき」は収録されていないが、追加キャラクターを含む任意の敵キャラクターとフリー対戦可能な「トレーニング」がある。また、前作『ぽけっとぷよぷよ通』・次作『ぽけっとぷよぷよ~ん』との通信対戦も可能となっている。『通』との通信対戦時は『通』のルールが適用され、ルール選択は『通』側で行うことになる。4人対戦や形状設置は選択不可能。