崇福寺跡
この発掘調査結果により滋賀県は南滋賀遺跡を志賀宮阯伝承地、滋賀里山中遺跡を崇福寺阯伝承地と仮指定する。一方で梅原などの一部考古学者には、瓦編年を軽視すべきでなく滋賀里山中遺跡は白鳳時代に遡りえないとする意見も根強かった。
そうした中で皇紀2600年記念事業として天智天皇を主祭神とする近江神宮造営の勅許が下り、天智天皇の聖蹟を確定しようとする機運が再び高揚。滋賀県は大津宮の所在地論争に終止符を打つべく昭和13年から14年にかけて南滋賀遺跡について第二次発掘調査を実施。調査委員は柴田實で、指導員として梅原も参加した。その調査の最中に滋賀里山中遺跡の中尾根の北側で崖崩れがおき、近隣住民が土砂の中から白鳳期の瓦と塼仏を発見。この一報を受けて第二次発掘調査が滋賀里山中遺跡でも行われることとなった。この調査によって第一次調査では失われたとされていた塔心礎が地中から発見され、舎利容器が出土した。また伽藍跡の正確な測量を行い、南尾根の建物と北尾根・中尾根の建物の方位が微妙にずれている事が明らかになり、異なる寺院である可能性が指摘された。これらの調査結果から梅原も自説を撤回し、滋賀里山中遺跡を白鳳時代の遺跡であり崇福寺跡とする説を追認した。 また南滋賀遺跡から出土する白鳳期の瓦について柴田は、大津宮の廃都から梵釈寺建立の間に逸名の白鳳時代の前身寺院があったとする説でこれを説明し、引き続き南滋賀遺跡について「梵釈寺跡=大津宮」説を取った。これらの調査を受けて昭和16年に滋賀里山中遺跡は崇福寺跡として国史跡に指定された。
塔心礎納置品が出土した経緯にはトラブルがあった。第二次発掘調査において柴田は遺跡全体を測量する必要性を感じ、測量士の推挙を梅原に依頼。梅原は測量士Aを推薦した。Aはトランシットと平板測量を併用する方法を考古学会に持ち込んだ人物で、京都大学の発掘調査に度々従事していた。測量を進めたAは塔跡の中央に塔心礎が無いことに不満を覚え、南滋賀遺跡の発掘に専念していた柴田に塔跡中心を掘ることを申し出て柴田もこれを認めた。一方でAは測量に向かったきり一週間も下宿先に戻らなくなり、これを不審に思った梅原は大学院生を状況確認の為に向かわせたところ、Aが地元住民と共に塔心礎を地中から発見したところであった。報告を受けた梅原は翌日に柴田に連絡するが繋がらず、そうしている間にAらは舎利容器を取り出してしまった。Aは高麗寺塔跡(木津川市)の発掘にも参加しており、礎石の南側面に舎利孔がある事を知っていた。
舎利容器を手にしたAは塔心礎を埋め戻し、翌日に梅原の元に現れて得意げに報告をした。