幕末
また土佐藩では一藩勤皇を唱えた武市瑞山が率いる土佐勤王党(前年に藩執政吉田東洋を暗殺)が公武合体に戻った元藩主の山内豊信により弾圧され尊攘勢力は後退した。
さらに水戸藩では1864年5月2日(元治元年3月27日)、藤田小四郎・武田耕雲斎ら天狗党が筑波山で挙兵。水戸藩の要請を受けた幕府軍の追撃により壊滅させられる事件も発生した(→天狗党の乱)。
このような状況下、前年の八月十八日の政変以降影響力を減退していた尊王攘夷派の中心・長州藩では、京都への進発論が沸騰。折から京都治安維持に当たっていた会津藩預かりの新撰組が、池田屋事件で長州藩など尊攘派の志士数人を殺害したため、火に油を注ぐこととなり、ついに長州藩兵は上京。1864年8月20日(元治元年7月19日)、京都守備に当たっていた幕府や会津・薩摩軍と激突し、御所周辺を巻き込んだ合戦が行われた(→禁門の変)。この戦で、一敗地にまみれた長州藩は逆賊となり京から追放され、幕府から征伐軍が派遣されることとなる。さらに9月5日(元治元年8月5日)には、前年の下関における外国船砲撃の報復として、イギリス・フランス・アメリカ・オランダ4国の極東艦隊が連合して下関を攻撃。装備に劣る長州はここでも敗れ、長州藩は窮地に陥った(四国艦隊下関砲撃事件)。
1853年7月8日(嘉永6年6月3日)、アメリカ合衆国が派遣したペリー提督率いる4隻の黒船が浦賀沖に来航し、江戸幕府に開国を迫る大統領国書をもたらした。老中首座の阿部正弘(備後福山藩主)は、海防参与徳川斉昭(前水戸藩主)らや、松平慶永(春嶽、越前藩主)・島津斉彬(薩摩藩主)ら親藩・外様大名をはじめ、庶民にいたるまで対応意見を求めた。こうした激動の中、将軍徳川家慶が死去し、世子の家定が13代将軍に就任する。
翌1854年2月13日(嘉永7年1月16日)に再来したペリーは、重ねて開国を要求する。全権の林復斎(大学頭)らとの交渉により、1854年3月31日(嘉永7年3月3日)日米和親条約が締結され、いわゆる「鎖国」体制は終焉した。また、英国のスターリングと水野忠徳の交渉で1854年10月14日(嘉永7年8月23日)に日英和親条約、ロシア帝国のプチャーチンと川路聖謨らの交渉により1855年2月7日(改元して安政元年12月21日)に日露和親条約、やや遅れて1856年1月30日(12月23日)には 日蘭和親条約調印が締結された。国交を樹立した幕府での体制再編のため阿部は幕府や外部からの人材登用、研究教育施設の創設、軍事体制の再編を行っている。永井尚志・岩瀬忠震・大久保一翁の海防掛目付登用や長崎海軍伝習所や蕃書調所の設置などもそのひとつである。開国以前より継続していたこれらの改革は安政の改革と呼ばれ、勝海舟もこの動きの中から注目される。
日米和親条約では、薪水の給与のための下田・箱館開港と並んで、両国の必要に応じて総領事が置かれることとなり、1856年(安政3年)米国はハリスを下田に派遣する。
幕末()は、日本の歴史のうち、江戸幕府が政権を握っていた時代(江戸時代)の末期を指す。本記事においては、黒船来航(1853年)から戊辰戦争(1868年)までの時代を主に扱う。
また、老中制度も改められ、老中首座の板倉勝静(備中松山藩主)を首相格として各老中が陸軍・海軍・国内事務・会計・外国事務の各総裁を兼務する内閣に似たかたちがとられ、さらに次官にあたる諸奉行にも有能な人材が抜擢されるようになった(→慶応の改革)。
こうして幕府が息を吹き返そうとする状況の中、薩摩・長州はもはや武力による倒幕しか事態を打開できないと悟り、土佐藩・芸州藩の取り込みを図る。土佐藩では後藤象二郎が坂本龍馬の影響もあり、武力倒幕路線を回避するために大政奉還を提議し、薩摩藩もこれに同意したため、7月23日(慶応3年6月22日)には薩土盟約が締結される。これは徳川慶喜に自発的に政権返上することを建白し、拒否された場合には武力による圧迫に切り替える策であった。しかし兵力の発動を渋る山内容堂に反対され、また薩摩藩も慶喜の拒否を大義名分として結局武力発動しかないと判断していたため、両藩の思惑のずれから10月4日(慶応3年9月7日)盟約は解消。結局土佐藩は10月29日(慶応3年10月3日)単独で山内容堂が老中の板倉に大政奉還の建白書を提出した。いっぽう、薩摩藩の大久保・西郷らは、長州藩・芸州藩との間に武力を背景にした政変計画を策定。さらに洛北に隠棲中だった岩倉具視と工作し、中山忠能(明治天皇の祖父)・中御門経之・正親町三条実愛らによって、1867年11月9日(慶応3年10月14日)に討幕の密勅が下された。
一部は彰義隊を結成し上野寛永寺に立て籠もったが、7月4日(慶応4年5月15日)長州藩の大村益次郎率いる諸藩連合軍により、わずか1日で鎮圧される(→上野戦争)。
そして、旧幕府において京都と江戸の警備に当たっていた会津藩及び庄内藩は朝敵と見なされ、会津は天皇へは恭順を表明するものの新政府への武装敵対の意志を示し、新政府は周辺諸藩に会津への出兵を迫る事態に至った。新政府に劣位の立場で参加することを嫌った仙台藩・戦国時代の旧領回復を望んだ米沢藩などの主導により、陸奥、出羽及び越後の諸藩が奥羽越列藩同盟を結成し、盟主として上野戦争以降東北にいた輪王寺宮公現法親王(のちの北白川宮能久親王)が擁立された。長岡(→北越戦争)・会津(→会津戦争)・秋田(→秋田戦争)などで激しい戦闘がおこなわれたが、いずれも新政府軍の勝利に終わった。
旧幕府海軍副総裁の榎本武揚は幕府が保有していた軍艦を率い、各地で敗残した幕府側の勢力を集め、箱館の五稜郭を占拠。旧幕府側の武士を中心として明治政府から独立した政権を模索するが(いわゆる「蝦夷共和国」)、箱館戦争の結果、翌1869年6月27日(明治2年5月18日)新政府軍に降伏し、戊辰戦争が終結した。
その間、薩長土肥の建白により版籍奉還が企図され、同年9月諸藩の藩主(大名)は領地(版図)および人民(戸籍)を政府へ返還、大名は知藩事となり、家臣とも分離された。1871年8月29日(明治4年7月14日)には、廃藩置県が断行され、名実共に幕藩体制は終焉した(→明治維新)。