山内上杉家
以来、山内と扇谷の両家は関東管領の座をめぐって数十年にわたり抗争を続けた(長享の乱)。
山内上杉家はこの戦いに勝利し関東管領の地位を守ったが、続いて越後守護代・・長尾為景の反乱と11代当主・上杉顕定の戦死による家督争い(永正の乱)が発生、この頃には、伊豆に興り相模を平定した新興の後北条氏の圧迫を受けるようになった。
関東管領上杉憲政は後北条氏に対抗するために扇谷家と和睦を結んだが、天文15年(1546年)の河越夜戦で大敗して勢力を急速に喪失し、天文21年(1552年)に上野を逃れて越後の長尾景虎(後の上杉謙信)を頼った。
永禄4年(1561年)3月、憲政は景虎を嗣子として家督と関東管領職を譲り、大名上杉氏の家名は長尾氏により存続することとなる。なお、この際に憲政は景虎に上杉氏の系図・重宝も譲ったが、後北条氏に憲政が上野を追われた際に失われたものも多く、系図は「上杉系図」・「上杉系図大概」の2種しか継承されず、“養子”である謙信は越後守護家の系図「御当方御系図(天文上杉・長尾系図)」を合わせても3種類の上杉氏系図しか保持していなかった。そのため、謙信の後継である米沢藩では、江戸幕府の儒官である林道春に上杉氏の系図作成を依頼するなどの系図の蒐集・編纂に努めることになった。 その後、憲政は天正7年(1579年)の御館の乱の際に和睦交渉へ向かう途上で、上杉景勝方の兵士により討たれた。ただし、憲政の孫・曾孫たちの存在が江戸時代に確認される。