脂肪酸の合成
一方、FAS IIはFAS Iの各ドメインが個別の酵素としてあくまで独立しつつ、それらが集合した複合体を形成している。
ACPによる活性化
アセチルトランスフェラーゼ(AT)
マロニルトランスフェラーゼ(MT)
伸長反応(番号は上の反応式と対応している)
3-ケトアシルシンターゼ(KS)
3-ケトアシルレダクターゼ(KR)
3-ヒドロキシアシルデヒドラターゼ(DH)
エノイルレダクターゼ(ER)
加水分解
チオエステラーゼ(TE)
FAS Iの各ドメインとFAS IIを構成する個々の酵素はそれぞれ相同である。また、進化的に関連するPKSも類似のドメイン構造と反応機構を持っており、さらにI型とII型に分かれる(PKS IとPKS II)。したがって、FASとPKSの進化的起源は一つである。動物のFAS Iは菌類のPKS Iから、また菌類およびCMNグループ細菌のFAS Iは、細菌のFAS IIからそれぞれ別個に進化したと推測されている。
FASの基質特異性は必ずしも高くない。例えば大腸菌(Escherichia coli)のもつFAS IIは、プロピオニルCoAをプライマーとして使用すると奇数炭素数の脂肪酸(C11, C13, C15)を合成することができる。