S層
グラム陰性菌においては、イオン性相互作用、炭水化物-炭水化物相互作用、タンパク質-炭化水素相互作用もしくはタンパク質-タンパク質相互作用により、S層はリポ多糖と結合する。
S層に表層相同(SLH)ドメインを持つグラム陽性菌においては、ペプチドグリカンおよび二次細胞壁高分子(例:タイクロン酸)との結合が起こる。SHLドメインがない場合、S層のN末端が帯びている+電気と二次細胞壁高分子が帯びている-電気との間の静電的相互作用によって結合が起こる。
グラム陰性古細菌においては、S層タンパク質は下層の脂質膜と結合している疎水性アンカーを有する。
グラム陽性古細菌においては、S層タンパク質は偽ムレインまたはメタノコンドロイチンと結合する。