台東区立根岸小学校
台東区立忍岡中学校 - 根岸(1丁目全域・2丁目全域・3丁目(1番~12番・14番・24番・25番)、上野桜木(1丁目(15番(11号~24号)・16番(66号~69号))、上野公園(15番(1号~8号・21号~26号)・16番(1号~10号、22号~28号)、17番(8号~26号)、18番)から通う児童の主な進学先。
台東区立上野中学校 - 上野桜木(1丁目1番~14番・15番(1号~10号・25号~31号・16番(1号~65号・70号~75号・2丁目(全域))、上野公園(12番~14番、15番(9号~20号)・16番(11号~21号)・17番(1号~7号))から通う児童の主な進学先。
台東区立柏葉中学校 - 根岸(3丁目23番・4丁目8番)から通う児童の主な進学先。