ヴェネツィア領クレタ
彼は公的にはヴェネツィアに対して忠実であったが、他のクレタ貴族であるアポコロナス(Apokoronas)のスミュリリオス家(Smyrilios)と共謀して反乱を起こした。発生後すぐに他の地域に飛び火し、スコルディリス家(コンスタンティノス・スコルディリスはレオン・カレルギスの義父である)、メッリセノス家、プサロメリゴノス家その他の貴族が参加した。アレクシオス・カレルギスの同名の孫(小アレクシオス・カレルギス)は、しかしながら、祖父と同じようにヴェネツィア人に組し、重要な支援を与えていた。彼はスミュリリオス家一党を捕らえ、この結果スミュリリオス家はレオン・カレルギスを裏切った。クレタ公アンドレア・コルナロ(Andrea Cornaro)はレオン・カレルギスを袋詰めにして縛り、生きたまま海へ放り込んだ。レオン・カレルギスの敗北にもかかわらず、反乱はスファキアとシュヴリトスの支配権を握っていたスコルディリス家とプサロメリンゴス家の指導で継続した。反乱軍は小アレクシオス・カレルギスをカステリ(英語版)で包囲した。だが、クレタ公がメッサラ平野でプサロメリンゴス軍を待ち伏せによって撃破することに成功すると反乱軍は苦境に立たされた。プサロメリンゴス家の敗北と消滅は1347年に訪れる反乱鎮圧の序曲であり、鎮圧作戦は今回もヴェネツィアによる残虐さと反乱家系の追放によって彩られた。
クレタ公ジョヴァンニ・ヴェレニオ(英語版)の大胆な介入とカレルギスの優柔不断とによってこれらの計画は失敗に終わった。ミカエル8世は1268年(英語版)と1277年(英語版)に条約を締結し、クレタ島をヴェネツィアが支配することを承認した。この時の条約でクレタ島のギリシア人たちがクレタ島に自由に居住できること、またクレタ島を立ち去ることができること、ヴェネツィアが捕虜としたギリシア人を解放することも定められた。
しかしながら、1272年または1273年、ゲオルギオス・コルタツィスとテオドロス・コルタツィスは東クレタでラシティ高原(英語版)を拠点に更なる反乱を起こした。1276年、反乱軍はメッサラ平野(英語版)での野戦でクレタ公とその補佐官(councillor)に勝利し、この「カンディアのヴェネツィア植民地の華」は散った。反乱軍はカンディアを包囲したが、勝利を目前にしてクレタ貴族たちは内部対立を始め、崩壊し始めた。プサロメリンゴス家(Psaromelingoi)の一族の1人が戦利品の分配を巡ってコルタツィス家の一族の人物を殺害した後、両者は不和となった。同時にアレクシオス・カレルギスは公然とヴェネツィア人と協力した。ヴェネツィアから大規模な援軍が到着すると、1278年にこの反乱は最終的に鎮圧され、コルタツィス兄弟と数多くいたその支持者たちはビザンツ帝国へと逃げ、各々の地でビザンツ帝国に仕えた。