ニューモシスチス・イロベチイ
1909年にシャーガス病へ名を残すブラジルの微生物学者カルロス・シャーガス(英語版)が発見した後、新種の原虫として同定され、1912年にイタリアの微生物学者アントニオ・カリニ(英語版)の名前を取って「ニューモシスチス・カリニ」(Pneumocystis carinii) と命名された。その後、18S rRNAの解析などにより真菌であることが判明したほか、旧来「ニューモシスチス・カリニ」として知られてきた菌はラットを宿主とする別菌種だと分かり、現在の「ニューモシスチス・イロベチイ」へと改名された。現在の学名は、真菌であることから国際藻類・菌類・植物命名規約を採用した P. jirovecii とすることが一般的である。
学名の発音について、2002年には “yee row vet zee”(イロヴェツィ)、2017年には[nooʺmo-sisʹtis yeʺro-vetʹze]との論文が出されている。その日本語転記については多くが入り混じっているが、この記事では日本医真菌学会の表記に従い、「ニューモシスチス・イロベチイ」と表記する。
jiroveci が正しい学名となる。その後真菌へ再分類されたことから、国際藻類・菌類・植物命名規約が採用され、学名は i を重ねる Pneumocystis jirovecii へと変更された。現在国際藻類・菌類・植物命名規約では、1976年の論文を命名の典拠として認め(これにより1999年の再提案は命名典拠としては不要になった)、さらに規約中の第45条・用例7 (Article 45, Ex 7) で学名変更の一例として触れている。P. jiroveci のタイプ標本(レクトタイプ(選定基準標本)ならびにエピタイプ)は、1960年代に行われたヒトの剖検例から採取されたものだった。現在ヒト由来株に P. carinii との学名を使うことは誤りであるが、この学名はラットからの分離株をタイプ標本として、ラット由来株の学名として用いられている。しかしながら、イロベチイとカリニの種差が遺伝的に証明されたことから、欧米では形態学的な差異が必要だとして学名に異議を唱える学者もいる。
ヒト感染を起こす種の学名変更により、かつて「カリニ肺炎」と呼ばれていた疾患は、「ニューモシスチス肺炎」(Pneumocystis (jirovecii) pneumonia) と改められた。英字では「ニューモシスチス・カリニ肺炎」を意味する "Pneumocystis carinii pneumonia" の頭文字を取って "PCP" という略称が広く使われていたが、学名変更に伴った混乱を避けるため、便宜上頭字語は「ニューモシスチス肺炎」を意味する "Pneumocystis pneumonia" 由来として扱われている。