海住山寺
貞慶はもと興福寺に属したが、南都仏教の堕落と俗化を憂い、建久3年(1192年)、南山城の笠置寺に移った。その後、上述のように承元2年(1208年)に海住山寺に移り、建暦3年(1213年)に59歳で没するまで、晩年の5年ほどをこの地で過ごした。
海住山寺という寺号の由来については、『明本抄』「良算聞書」に以下のようにある。まず、「海」とは、観音の衆生を救済しようという誓願が海のように広大であることを意味し、海のような観音の誓願に安住するという意味があるとする。また、インドの仏教では観音の住処は南方海中の補陀洛山(ポータラカ山)にあるとされ、当寺を海に住する山である補陀洛山になぞらえる意味もあるという。
貞慶の没後は、その弟子の覚真が後を継いだ。覚真は出家前の俗名を藤原長房といい、貴族として参議にまで上った人物であったが、41歳にして出家し、貞慶の弟子となった。海住山寺の文書には、貞慶の一周忌にあたる建保2年(1224年)、覚真が仏舎利七粒を塔に安置したとの記録があり、これが現存する五重塔の完成を意味するものと解釈されている。
室町時代には塔頭58ヶ坊を数えていたが、豊臣秀吉による太閤検地によって痛手を受けている。
海住山寺は近世まで興福寺(法相宗本山)の末寺にあったが、明治以降は真言宗智山派に転じている。