堺公方
享禄5年5月、畠山義堯は元長が派遣した三好一秀の援軍とともに飯盛山城の木沢長政を包囲した(飯盛城の戦い)。追い詰められた木沢を救うだけの力は晴元になく対応に窮したが、茨木長隆の発案により、原因の一端に関わった山科本願寺に一向一揆の動員を要請することとした。
これに応じて摂津・河内・和泉に蜂起した一揆衆の勢いは凄まじく、木沢の窮地を救ったばかりか三好一秀を討ち、次いで畠山義堯を自刃させ、さらに堺の顕本寺まで進撃し、て6月20日に元長をも自害に追い込んだ(天文の錯乱)。義維も元長の後を追って切腹しようとしたが、晴元の家臣によって拘束された。こうして細川高国の滅亡からか1年で、堺公方の活動は終止符が打たれた。義維は10月に堺を出奔し、養父と同じように細川持隆を頼って阿波へ落ち延び、その翌月には将軍と晴元の間に和睦が成立した。
堺公方の崩壊について、細川晴元が京兆家の家督を獲得すると、足利義晴を廃して義維を将軍に立てようとする三好元長に対して、義晴の支持基盤の固さから義晴と和睦して将軍として擁して義維は「弟」としてその下に統合しようと考える柳本賢治・松井宗信・木沢長政の路線対立があったと考えられる。この問題は元長の子である三好長慶が畿内の実権を握った後も残され、四国に多くいる義維派の支持を引き留めるために義維を庇護し続ける一方で、畿内の政治的安定のために義輝を将軍として擁立し続ける必要がある、という相反した行動を取り続けることになったとされる。