ミハイル・パーヴロヴィチ・サーブリン
しかし、ここで艦隊がウクライナ側へ渡ることに関して同盟国のあいだで問題が生じた。ドイツ司令部は、ウクライナ中央ラーダはクリミアを放棄するという、ドイツおよびオーストリア=ハンガリーとのあいだに交わされた和平署名の付帯条件に立脚し、クリミアからウクライナ人民共和国軍を撤収させる決定をした。その結果、ボルボチャーン大佐麾下のクリミア集団は半島から撤退を余儀なくされた。ドイツ軍は、単独でセヴァストーポリ攻略を開始した。
同じ日、ウクライナ人民共和国の首都キエフではヘーチマンの政変が起こって中央ラーダ政府が崩壊し、ウクライナ人民共和国に変わってウクライナ国が成立した。ドイツはウクライナ国と同盟したため、ウクライナ人民共和国への所属を宣言した黒海艦隊はすぐに「敵」となることになってしまった。
翌30日になると、すでにドイツ軍の一部部隊がセヴァストーポリへ姿を見せ始めていた。一方、遅ればせながらセヴァストーポリへ到着した代表団は、ドイツ軍司令官ローベルト・コーシュ(ドイツ語版)将軍がセヴァストーポリ占領と黒海艦隊の自治権引渡しを断念することはあり得ず、艦隊の武装解除と人員解散を要求している、と報告した。艦隊は、ドイツの西部戦線終戦まで行動せずドイツ軍の監視下に置かれ、終戦後に完全な形でウクライナへ引き渡されるという。
一方、ドイツ軍が最後通牒を突きつけたという噂が瞬く間に艦隊中に広がった。艦船はウクライナ国旗や赤旗を下ろして「中立の」聖アンドレイ旗を掲げるべしという指示が飛び、22時までには出港の準備が整えられた。23時にはドイツ軍の砲撃が開始され、艦隊は沖合い停泊地に向けて出港しだした。
この時期、クリミアはヤーコフ・スラシチョフ(ロシア語版)将軍の活躍により何とか持ち堪えている状況であったが、サーブリン司令官は彼の部隊に協力して作戦を遂行していたものの、結局その率直な性格が災いして諍いが生じ、司令官職を解任された。2月17日付けで、艦隊司令官はアレクサンドル・ゲラシーモフ(ロシア語版)海軍中将に交替した。
しかし、3月22日に総司令官がピョートル・ヴラーンゲリ将軍に交替すると、ゲラーシモフ艦隊司令官は「人間は素晴らしいが、柔和で決断力に欠ける」ことを理由に更迭されることになった。4月19日には、サーブリンは艦隊司令官と南ロシア政府の事実上の海軍大臣であるロシア軍海軍局長に任命された。4月28日からはネニューコフが彼の代わりを務めた。その後、艦隊司令官の任はふたりのあいだでしばしば交替された。それでも、サーブリンはヴラーンゲリ総司令官の期待に応え、一連の新しい軍事作戦を支援し、その持ち前の毅然たる有能な提督ぶりを発揮した。彼の評価は高く、その病が刻一刻と彼の体を蝕んでいったにも拘らず、最後まで作戦遂行にかける意欲は衰えなかった。
1920年9月には肝癌が悪化し、10月12日に艦隊司令官は臨時にミハイル・ケドーロフ(ロシア語版)海軍中将に交代した。結局、サーブリンの病は癒されることはなく、1920年10月17日にケルチにて没した。セヴァストーポリに葬られた。
黒海艦隊司令官は同日付けで正式にケドーロフ海軍中将に交代した。彼はロシア艦隊を率いて永久に祖国をあとにしたが、それはサーブリンが生前、船団の亡命のために必要な石炭や燃料を確保しておいてくれたためにできたことであった。