山本有二
安倍は、2003年の総裁選で高村正彦の票獲得の尽力した山本に目をつけ、他派閥ながら支援を要請した。そして山本は安倍を支持する議員による「再チャレンジ支援議員連盟」の会長に就き、中堅・若手議員の票の獲得に奔走した。その後、第1次安倍内閣で内閣府特命担当大臣(金融担当)に就任した。また、「再チャレンジ可能な社会を構築するための施策を総合的に推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」も担当した。山本は総務大臣への就任を望んでおり、後から再チャレンジ議連のメンバーとなった菅義偉が総務大臣(郵政民営化担当大臣)、自身が内閣府特命担当大臣(金融担当)という処遇に不満を漏らしていた。第1次安倍改造内閣では続投せず、退任。
2009年8月の第45回衆議院議員総選挙では、自民党に猛烈な逆風が吹き荒れる中、民主党の中山知意に比例復活を許さず約1万票差で破り、高知3区で7選。
2010年1月、所属していた高村派を退会。古屋圭司、鴨下一郎、古川禎久、衛藤晟一とともに政策グループ「のぞみ」を結成し、その代表に就任。
2011年3月、自由民主党高知県支部連合会にて、再選を目指し会長選挙に立候補するも、副会長の中谷元も立候補した。2004年に会長を公選する規定が導入されていたため、初の会長選挙が実施されることになった。その結果、山本は938票を獲得したものの、1904票を集めた中谷に敗れ落選した。
その後橋本内閣が成立すると、自治政務次官に任命された。1996年、「山崎拓を囲む会」に安倍晋三、浜田靖一らとともに参加。
小選挙区比例代表並立制導入後の第41回衆議院議員総選挙(1996年)以来、高知3区から出馬し、小選挙区で連続6選。対立候補が比例復活したのは1996年の春名直章(日本共産党)のみである。同年11月、自民党労働・消費者関係団体委員長に就任。
1998年の自民党総裁選では梶山静六、小泉純一郎、小渕恵三が立候補したが、山本は小渕を推薦した。同年、自民党建設部会長に就任。1999年の自民党総裁選では小渕恵三、加藤紘一、山崎拓が立候補したが、山本は前年に引き続き小渕を推薦した。山本の事務所は、選挙区内の建設協会や特定郵便局の婦人部らに協力を依頼して集票に躍起した。同年、小渕内閣で法務政務次官に就任した。
2001年、小泉純一郎首相(当時)が進める構造改革に反対する自民党国会議員の勉強会「日本の危機を救い真の改革を実現する議員連盟」(略称:救国議連)に参加する
2002年、衆議院法務委員会委員長に就任。2003年の自民党総裁選には小泉純一郎、藤井孝男、亀井静香、高村正彦が立候補したが、山本は高村を推薦した。同年、小泉内閣で財務副大臣に就任した。
2006年の自民党総裁選では、ポスト小泉純一郎候補に安倍晋三官房長官(当時)が立候補。
自民党政務調査会下水道・浄化槽対策特別委員会の委員長。ICT(情報通信技術)を活用した汚水処理施設の広域化・共同化策の検討を開始。
汚水処理の機能だけではなく、下水を利用して新たな感染症対策ができることが最近明らかになり、2021年6月17日 新型コロナウイルス感染症対策本部(尾身会長)で纏められた「科学とICTを用いた対策の提言」の中で、「下水サーベイランスによる早期探知」の必要性が説かれる。
下水に含まれる新型コロナウイルスの量から自治体や施設の感染状況を把握する手法が京都大学、北海道大学、塩野義製薬、島津製作所の共同研究で開発され、この技術の活用が期待される中、2021年6月1日、自民党の同委員会での議題「下水中の新型コロナウイルスの調査について」の中で、山本有二も「下水からコロナウイルスを検出することで、地域や建物を特定してコロナ対策ができるので、効率的な感染対策になる。このことで、世界をリードしていきたい」と発言し、この研究を推進。