西日本ジェイアールバス
大阪~宝塚IC~岡場~三ノ宮~大阪系統は循環路線であった。 月曜日~金曜日の平日25:30発 JR大阪駅より運行。祝日および4月29日~5月5日、8月13日~8月16日、12月29日~1月5日の間は運休した。 運賃は全区間で2000円(当時)であったが、宝塚IC~神戸電鉄岡場駅間、南海堺駅~南海堺東駅~JR堺市駅間は駅間相互の利用はできなかった。 運行休止日は2004年6月6日。2004年6月5日の深夜便が最終運行。
伊吹山号(季節運行)
白浜エクスプレス神戸号
新神戸駅・三宮バスターミナル(兵庫県神戸市中央区)と田辺駅前・アドベンチャーワールド(和歌山県西牟婁郡白浜町)との間を結んでいた昼行高速バス。明光バスと共同運行。先行して運行を開始した白浜・大阪間の高速バスが好調であり、利用者側からの要望もあったことから、この路線が設定されたが、2009年9月30日の運行をもって廃止。
阿南エクスプレス号:2009年10月1日よりJR四国バス単独運行、2010年6月30日の運行をもって廃止。
鳴門・淡路エクスプレス号:2010年1月21日の運行をもって廃止。 大阪・なんば・新神戸・三宮・高速舞子 - 淡路島内神戸淡路鳴門自動車道上各BS(本四安乎・志知を除く)・陸の港西淡・福良(うずしおドーム前)・鳴門駅・大塚国際美術館・鳴門観光汽船前 ETC大幅割引の影響もあり、2010年1月21日の運行をもって廃止された。
太美山線:福光駅 - 西太美 - 太美山 - 越中吉見 - 立野脇
若江線:小浜駅 - 小浜新港、小浜駅 - 湯岡橋 - 上中 - 大鳥羽駅前 - 田烏(たがらす)
名田庄線:小浜駅 - 湯岡橋 - 須縄 - 上中井 - 谷口 - 名田庄中学前 - 井上(いがみ) - 納田終(のたおい)、小浜駅( - 湯岡 - 谷田部 - 上中井) - 湯岡橋 - 須縄 - 上中井 - 谷口 - 中名田小学校前 - 小屋
池河内線:小浜駅 - 湯岡橋 - 東市場 - 池河内(いけのこうち)
西津線:小浜駅 - 西津公民館前 - 甲ヶ崎口転向場 - 内外海学校前( - 泊口 ) - 矢代
琵琶湖線・柳ヶ瀬線:近江今津駅 - 木ノ本駅 - 中ノ郷 - 柳ヶ瀬 - ( 杉箸 - )刀根 - 疋田 - 鳩原 - 敦賀駅
杉津線:敦賀駅 - 気比中前 - 獺河内(うそごうち) - 新保
杉野線:木ノ本駅 - 杉本 - 金居原
亀草線:草津駅 - 三雲駅 - 水口新町 - 新水口 - 岩上遊園地 - 近江山内 - 鈴鹿峠 - 伊勢坂下 - 関 - 朝明山 - 亀山駅、三雲駅 - 水口新町 - 新水口 - 岩上遊園地 - 近江山内 - 大河原
八幡線:近江八幡駅・近江八幡南口 - 名神竜王口 - 山之上 - 竜王ダイハツ前 - 近江下田 - にごり池 - 東陶前 - 三雲駅
大阪営業所
所在地:大阪府大阪市此花区北港一丁目3番23号 なにわナンバー
酉島営業所(大阪シティバスへ出向※一部委託)
所在地:大阪府大阪市此花区酉島4丁目1-11 なにわナンバー なんば - IKEA鶴浜、大阪駅 - IKEA鶴浜は大阪シティバスより委託、その他一部路線は出向者による運行
いずれも共同運行の本四海峡バスが引き続き乗車券の販売を行っている。
名金線:(金沢 - )不動寺 - 古屋谷 - 川合田温泉 - 福光 2019年11月18日から、富山県内のバス事業者(富山地方鉄道、加越能バスなど)とともにスマートフォンなどで位置情報を提供するバスロケーションシステム「とやまロケーションシステム」の運用を開始した。また、これをベースに2020年8月26日からYahoo! JAPANのスマートフォン用アプリ「Yahoo!乗換案内」でも位置情報を提供していた。いずれも名金線の富山県内の区間に限り提供され石川県内は提供対象外だったため、富山県内の区間を廃止した2022年6月30日をもって終了した。 2022年7月1日:不動寺 - 福光間を廃止。
牧線:(金沢 - 山王口) - 小二又 2022年7月1日:山王口 - 小二又間を廃止し、残存区間は東長江線に改称。
中尾線:(金沢 - 堅田町 - )<深谷元湯 - 加賀朝日 / 鳴瀬 - 小池> - 中尾(残存区間は深谷温泉線に改称) 2022年7月1日:不動寺 - 鳴瀬 - 小池 - 中尾間および深谷元湯 - 加賀朝日 - 千谷口間を廃止し、残存区間は深谷温泉線に改称。
医王山線:(金沢 - 橋場町・ひがし茶屋街 - 森本駅 - 堅田町 - )不動寺 - 古屋谷 - 加賀二俣 - 田の島 2022年7月1日:廃止。
奥能登線:穴水駅 - 宇出津駅 - 珠洲駅 - 木ノ浦
園福線:園部駅 - {丹波公園センター} - 市ノ谷 -福知山駅 2015年12月11日 - 「PiTaPa」を導入し、ICOCAをはじめとする「交通系ICカード全国相互利用サービス」(ICOCAのほか、Kitaca・Suica・PASMO・TOICA・manaca・SUGOCA・nimoca・はやかけんも利用可能)にも対応した。 1965年 - 園福本線「鹿子の木」(かごのき)を「丹波池田」(たんばいけだ)に改称(5月10日公示第260号) 福知山駅の東方(京都府福知山市駅前町468. 北緯35.295520, 東経135.121842)には待機場がおかれている。 西日本ジェイアールバスは2022年12月22日付で「路線維持に最大限努めてきたが、利用者数の低迷が変わらないこと・運転士確保も厳しい状況の為、京都府生活交通対策地域協議会に対して、このまま園福線の運行を維持することは困難であることを申し出た」旨を公式サイトで発表した。12月27日、西日本JRバスと京都府・沿線自治体は今後についての協議会を開いている。
所在地:和歌山県田辺市湊736-1(2016年11月7日以降は住居表示変更により田辺市湊47-31)
所在地:大阪市阿倍野区松崎町2-2-25阿倍野区松崎町NKビル2階