パラサイト・イヴ2
アヤが所属する対NMC機関が、隷下のオフィサーに対して給与とは別に発行する、装備の購入資金という設定でコンタクトレンズのような使い方をする機械に記録される。
PE(パラサイト・エナジー) 主人公・アヤが持つ超能力の一種で、前作パラサイト・イヴで獲得した、細胞内のネオ・ミトコンドリアの能力に由来する。敵を攻撃するのに使用するほか、傷の治癒や戦闘の補助など効果は多岐にわたる。敵を排除して得られるEXPを用いて強化・獲得が可能で、本作の特徴的なゲームシステムのひとつでもある。前作で獲得したPEが序盤に使えない理由は能力の暴走を恐れたアヤがそれらをほとんど封印してしまったからだとされている。
マルチエンディング、2周目以降 前作同様、本作にも2周目以降にマルチエンド、ゲームモードが難易度別に複数用意されており、繰り返しプレイを楽しむことができる。 エンディングは3種類用意されているが、これは難易度には左右されず、ゲームを進行する過程でとった主人公の行動により、そのパターンが変化する。 2周目以降に用意されるゲームモードは、1周目と比較して簡単なものから難しいものまで計4種が用意され、それぞれ敵の配置やキャラクターの能力が変化するが、ゲーム内容に差異は無い。
ドライフィールドの裏手にある、廃鉱山を利用して作られた、核シェルターを改造した施設。地下にはシャンバラと呼ばれる実験設備がある。冷戦時に民兵組織により作られた後、複数の所有者のもとを巡ったが、アクロポリス・タワー事件の数年前にとある企業に買い取られて改修され、先進的で非合法な生命科学のための大規模な臨床実験施設となっていた。なんらかの事故により職員の全てが失踪し、一部施設は破損している。
アクロポリス・タワー事件後からアヤを度々襲う白昼夢に登場する、金髪碧眼の少女。容姿が幼い頃のアヤと瓜二つ。