高円宮杯U-18サッカーリーグ2016
滋賀県 - 草津東高校
京都府 - 東山高校
大阪府 - 東海大学附属仰星高校
兵庫県 - 三田学園高校
奈良県 - 奈良育英高校
和歌山県 - 初芝橋本高校
明徳義塾高校
徳島市立高校
愛媛FC U-18
徳島ヴォルティスユース
高松商業高校
大手前高松高校
四国学院大学香川西高校
松山工業高校
高知西高校
済美高校
プレミアリーグのイーストとウエストはそれぞれ、青森山田高校とサンフレッチェ広島ユースが優勝し、チャンピオンシップに出場した。チャンピオンシップでは、青森山田高校が勝ってチャンピオンとなった。プレミアリーグの順位は次のとおり。
プレミアリーグイースト
青森山田高校
FC東京U-18
市立船橋高校
大宮アルディージャユース
横浜F·マリノスユース
清水エスパルスユース
柏レイソルU-18
鹿島アントラーズユース
流通経済大学付属柏高校
アルビレックス新潟U-18
プレミアリーグウエスト
サンフレッチェ広島ユース
セレッソ大阪U-18
ヴィッセル神戸U-18
東福岡高校
ガンバ大阪ユース
京都サンガU-18
神戸弘陵学園高校
大津高校
名古屋グランパスU18
大分トリニータU-18
9位以下の4チームは、翌年のプリンスリーグへ降格した。一方で、プレミアリーグ参入戦で勝ち上がった次の4チームが翌年のプレミアリーグへ昇格した。
浦和レッズユース
阪南大学高校
米子北高校
アビスパ福岡U-18