新潟市水族館 マリンピア日本海
前述の通り、当館とアクアマリンふくしまは友好館として交流活動を深めており、トラブルが発生した際の相互補完も行われている。 2010年6月18日、飼育員が日本海大水槽を消毒する際、通常魚類の水槽には使用しない次亜塩素酸ナトリウム製剤を誤使用したのが原因で、38種7,000匹の展示生物が死ぬ事故が発生した。この大量死事故では、開館直後から飼育していたつがいのエイに加え、施設改修のためアクアマリンふくしまから預託されていたイワシ5,000匹も死んだ。だが翌6月19日、アクアマリンからマイワシ1,471匹とアカカマスと340匹が急遽寄贈されたのを受け、マリンピアは仮展示で営業を再開し、全面復旧までの間は入館料を無料とする特別措置を実施した。 2011年3月11日の東日本大震災では、アクアマリンふくしまが津波により被災し、多くの展示生物が死滅した。生き残った生物はマリンピアをはじめ全国8箇所の水族館に避難預託された。また震災直後からアクアマリンのWebサーバーが使用不能となったため、マリンピアのWebサイトにスペースを設け、被害状況について随時情報提供を行った。 2012年9月から2013年6月まで行われた改修工事の間、展示生物はアクアマリンふくしまと新潟県内の他の水族館へ預託された。 2019年から2022年にかけて4年連続でカマイルカの繁殖に成功。