龍ケ崎市駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅。南西(日暮里方)から北(水戸方)にカーブしている。出発時は2番線を除き駅係員が乗降終了合図を送っている。
下り本線(3番線)はカーブがきつく、列車とホームの間に大きな隙間が生じるため、中線(2番線)を使用する列車が多い。中線進入時は本線と比べてより手前から徐行する必要があり、連続停車区間とは言え全体の所要時間を短縮する必要がある特急列車や特別快速列車(終点土浦駅まで各駅停車)は本線(3番線)に停車する。
橋上駅舎を有する。改札口は1箇所、出入口は西口と東口の2箇所があり、東口前に関東鉄道竜ヶ崎線の佐貫駅がある。自動券売機・みどりの窓口・指定席券売機・Suica対応自動改札機設置駅。直営駅であり管理駅として藤代駅・牛久駅・ひたち野うしく駅を管理している。
かつては駅の南東側に併設されていた片倉チッカリンの工場と日本通運配送センターとの貨物操車場が存在していた。この貨物操車場にて関東鉄道竜ヶ崎線の線路とも接続されていたこともあり、郵便関係や米の物流として昭和中期までは関東鉄道竜ヶ崎線への貨物輸送で利用されていた。
前述の通り、2020年3月13日までは駅名が「佐貫駅」であったことから、千葉県富津市にあるテーマパーク「マザー牧場」の最寄り駅である内房線佐貫町駅と間違えて当駅に来る乗客もいたため、構内に「ご注意! 当駅は、マザー牧場の最寄り駅ではありません」という貼り紙をして注意喚起を行っていた。また、マザー牧場側でも検索上の注意として当駅の存在に言及していた。
関東鉄道 関鉄竜ヶ崎駅行
龍ケ崎市コミュニティバス 文化会館行 ※龍ぐうバスEルート