福井鉄道F1000形電車
こうした過程を経て、2009年(平成21年)2月には連携協議会で「福井鉄道福武線地域公共交通総合連携計画」を策定し、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律に基づく鉄道事業再構築実施計画の認定を国から受けた。この再構築実施計画の期間は2018年3月までの10年間で、設備の更新および維持修繕に対する補助と沿線3市による鉄道用地取得の3点に対して総額55億2700万円(うち国庫補助10億円、その他は県・沿線3市などの負担)の財政支援を受けるものとされた。
上記の総合連携計画には、2006年以降も残存している大型高床車両を置き換えてバリアフリー化を推進すべく、新型車両4編成の導入も盛り込まれた。新型車両導入決定を受け、福井鉄道と県は車両メーカーと車両形式の選定を開始するが、作業にあたってはこの当時相互直通運転を検討していたえちぜん鉄道も、車両調達コストの圧縮と運行・メンテナンスの都合を考慮して加わっている。通勤通学輸送時の状況から少なくとも150 - 170人程度の定員が必要であるといった点が考慮され、検討の結果新潟トランシスが製造する100%低床構造の超低床車両で、3車体式の形式を採用することとなった。車両のコンセプトは「人と環境にやさしい」とされた。
2016年3月27日、福井鉄道福武線とえちぜん鉄道三国芦原線の相互直通運転が開始された(フェニックス田原町ライン)。直通列車には、福井鉄道側は本形式を充当。一方、えちぜん鉄道側は相互直通運転にあわせて超低床電車L形(愛称「ki-bo」)を導入した。L形は本形式と同じ新潟トランシス製の超低床電車で、基本性能は同一。導入後はメンテナンスにおいて福井鉄道・えちぜん鉄道両社間で部品の相互融通などが行われる。
相互直通運転開始当初の時点においては、えちぜん鉄道への直通運転に投入されたのは本形式のうち第1編成と第2編成のみで、直通運転開始1週間前に導入された第3編成については用いない予定とされていた。本形式の車両検査時などに代車として用いられる予備車には770形が充てられたが、同形式は本形式よりも定員が少なく(定員90人で、えちぜん鉄道L形の定員100人よりも少ない)、実際の運行では利用客が乗りきれないことがあった。対策として、第3編成についても直通運転対応とする改良計画が立てられ、第4編成導入までに3編成すべてが直通運転対応となった。
第4編成も直通運転未対応で導入されたが、予備車として残る770形について、定員の問題に加えて乗降口にステップが存在するために高齢者や身体障害者から改善を求める声が絶えなかったため、第4編成にもあとから直通運転対応改造が施工された。その結果、2017年(平成29年)9月上旬より770形が運用から外れ直通列車はすべて本形式およびえちぜん鉄道L形という超低床電車による運転となった。
福井県内在住・在勤者を対象とする投票の結果、6案のうちオレンジとシルバーのデザイン案が投票総数6,606票の3割超(2,028票)の支持を集めたことから採用されている。
運行開始後から県民の注目を集めて人気を博し、特に1か月後のゴールデンウィーク期間中には沿線のイベントも重なって本形式で運行された各列車は満員となった。この人気によって福井鉄道の2013年度上期(4月 - 8月)における乗客数は前年同期比で約6万3000人増加(8.7%増)したという。
2014年(平成26年)には鉄道友の会より、バリアフリーに対応した車内設備が評価され、福井県内の鉄道事業者としては初となる「ローレル賞」を受賞した。なお、授賞式は同年10月17日、越前市の福井鉄道本社にて開催された。