神社
大きな単立神社でも約2000社あり、東大阪市のように宗教法人格を有している神社に限っても半数以上が神社本庁に属していない地域もある。さらに神社本庁以外にも神社神道系の包括宗教法人がいくつかあり(神社本教、北海道神社協会、神社産土教、日本神宮本庁など)、これに属する神社は神社本庁の被包括関係には属さない。また、教派神道や修験道、陰陽道、神道系新宗教(大和教団、大倭教等)や保守系の諸教(生長の家、天照皇大神宮教等)に所属している神社も存在している。
また、宗教法人格を有さない小さな祠や、イベントのための期間限定の「神社」なども数多く存在する。神奈川縣護國神社は、「日本全国で唯一、護国神社がない県」という「汚名」を返上するため、有志が平成24年(2012年)から8年半の歳月をかけて建立した手作りの神社である。
神社には上社と下社、あるいは上の宮と下の宮など二社に分かれる「二社制」が多くみられる。上社、中社、下社の三社に分かれる「三社制」もある。
上社と下社はその位置関係から、上手のものを上社、低地のものを下社と呼ぶことが多い。また、本宮、本社から見て深奥部にある社は奥社、奥宮(おくのみや)、奥院、山宮、人里近い社は前宮、里宮、口宮などと呼ばれ、僻遠地の元宮に対し集落近郊に新たに建てられたものを新宮とも呼ぶ。
これらの上下社では祭神が異なる場合もあるが、一方がもう一方の若宮であったり、本宮の配偶神を祀るケースもある。これらの起源は不詳だが山奥に埋葬墓、都邑近郊に礼拝墓を設ける「両墓制」と関係があるとする説もある。また、山岳そのものをご神体として、その山麓に遙拝施設を建てたものを里宮の起源とし、神霊降臨の思想から山頂にもう1社を建て分祀したものを山宮の起源とする説もある。
秋葉山頂の上社と山麓の下社が山宮と里宮に対応する。祭神は秋葉大権現(カグツチ)として知られる。
神社の起源は、磐座(いわくら)や神の住む禁足地(俗に神体山)などでの祭事の際に臨時に建てた神籬(ひもろぎ)などの祭壇であり、本来は常設ではなかった。例としては沖縄の御嶽(ウタキ)のようなものだったと考えられる。
創建が古い神社には現在も本殿がないものがあり、磐座や禁足地の山や島などの手前に拝殿があるのみの神社、社殿が全く無い神社がある。「神社には常に神がいる」とされたのは、社殿が建てられるようになってからだと言われる。
古代中国にも土地神などを祀る「社」が存在したが、屋根が付いた社を建てるのは「喪国の社」(『礼記』郊特性)とされ、日本の社とは異なる。そのため、多くの神社に社殿が造営された背景について諸説が述べられた。社会の発展により自然から人格神へと信仰の対象が変わったためとする説、仏教寺院の影響を相互に受けたとする説、武器や貢納物を納めた神庫(ほくら)が先行して存在したとする説、7世紀後半以後に国家が一部の社にのみあった神庫を全国に建設したとする説などがある。
古社はそれぞれの縁起により御神体の近くに社殿を構える事が多い。新しく神社を造営するときは、適当な場所に分霊や氏神を祀った。場所の選定の仕方は様々で、縁起から選ぶ、清浄な場所を選ぶ、参拝のしやすさで選ぶなどがある。社殿を海上・山頂、現代ではビルの屋上などに祀ることもある。
1945年(昭和20年)12月 連合国最高司令官総司令部(GHQ)は国家管理下にある神社を「国家神道」と呼び、その廃止を命令した。同じくGHQに制定された宗教法人令に基づき、他の宗教団体と同様宗教法人となった。民間の神社団体である皇典講究所、大日本神祇会、神宮奉斎会が発展的に解消して、神社本庁になった。神社本庁は単立宗教法人となった一部の神社や、ほかの神社神道系包括団体に所属する神社を除く、約8万の神社から組織される包括宗教法人である。