日本とブルキナファソの関係
ドゥグーコール・アンリ・ワッタラ(D・ウアッタラ、1962~1966年)
ティエモコ・マーク・ガランゴ(フランス語版)(台北常駐、1966~1971年)
バド・マチュー・ガイ(北京常駐、1975~1981年)
モンヴェル・ミシェル・ダー(北京常駐、1981~1987年)
アマ・アルバ・ディアロ(英語版)(北京常駐、1988~1989年)
ワンパヤデ・レイモン・エドゥアール・ウエドラオゴ(北京常駐→東京常駐、1991~2002年、信任状捧呈は1992年4月30日) (臨時代理大使)パトリック・カフェンドー(2002~2008年) (臨時代理大使)ランベール・アレクサンドル・ウエドラオゴ(2008~2012年)
フランソワ・ウビダ(2012~2017年、信任状捧呈は3月2日) (臨時代理大使)イネス・バキオ(2017~2018年)
パスカル・バジョボ(2018~2022年、信任状捧呈は1月18日) (臨時代理大使)テウェンデ・ポール・スィンガ(2022年~)
1979年より経済協力を開始し、日本のブルキナファソ援助実績は2018年までに700億円に上る。当初は食糧援助や肥料・機材等の援助が中心で、やがて水や教育・インフラ等に協力分野を広げ、今では商業・保健・医療・農業・環境へと協力分野が広がっている。
日本との貿易は日本の大幅な黒字であり、日本からは機械類や自動車が主に輸出される。ブルキナファソから日本への輸出品はゴマがほとんどであり、2016年にはブルキナファソの対日輸出の96.3%がゴマによって占められていた。2017年データでは、ブルキナファソは日本のゴマ輸入国第1位となっており、日本のゴマ輸入量の約27%がブルキナファソ産によって占められていた。2017年以外でも常にブルキナファソからのゴマの輸入量は上位に位置し、重要なゴマ供給国となっている。開発援助の一環としてゴマ生産支援プロジェクトも日本は実施。
1995年には貧困や飢餓で苦しむブルキナファソを支援するべく「日本ブルキナファソ友好協会」という非政府組織が日本で設立。「同じ地球の仲間として、私たちにできること.....!」をスローガンに、教育では小学校の建設、学用品・教科書の寄贈など、医療では診療所の建設、医師・看護師の派遣など、保健衛生では深井戸の掘削、公衆トイレの設置、保健衛生指導の実施など、農業では熱帯野菜・ネリカ米の農業指導などの活動を行っている。2012年11月にはブルキナファソにおける栄誉「ブルキナベ功労勲章・シュヴァリエ」を受章した。
日本は、1960年のオートボルタ共和国(旧国名)独立と同時に同国を承認した。1962年に仏語圏アフリカ諸国のうちで初めて東京に駐日オートボルタ大使館(駐日上ヴォルタ大使館、実館)を設置したが、1966年4月30日に緊縮財政措置を理由として閉館した。以後在中華人民共和国ブルキナファソ大使館(北京)が日本を兼轄していたが、1994年2月、台湾との外交関係回復に伴う共産中国との国交断絶により同大使館を閉鎖。同年10月、東京に大使館(実館)を再び開設した。一方日本は、2009年1月に在ブルキナファソ日本国大使館を開設した。ワガドゥグー常駐初代の駐ブルキナファソ特命全権大使は杉浦勉が務めた。