佐世保駅
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、九州旅客鉄道(JR九州)の駅となる。
1988年(昭和63年)4月1日:JR九州松浦線が松浦鉄道西九州線に転換される。これにより、当駅は国鉄・JRの駅としては52年ぶりに最西端に戻る。
1990年(平成2年)11月2日:駅舎の内外装リニューアル。
1995年(平成7年)1月30日:高架化工事に着手。
2001年(平成13年)12月26日:高架化。新駅舎完成。
2002年(平成14年)3月23日:当駅でのJRと松浦鉄道の直通運転が再開。
2006年(平成18年)3月18日:当駅でのJRと松浦鉄道の直通運転を休止。
2009年(平成21年)3月14日:当駅でのJRと松浦鉄道の直通運転が再開。
2010年(平成22年)3月 - JR改札口に自動改札機を設置。
2020年(令和2年)3月14日:当駅でのJRと松浦鉄道の直通運転を休止。
2024年(令和6年)度:ICカード「SUGOCA」の利用が可能となる(予定)。
※高架化前(旧駅時代)はJR九州では最後となる赤帽が配置されている駅であった。
2代目駅舎(1985年)
改装後の2代目駅舎(2001年)