微生物学的検査
細菌や真菌が主な対象となる。ウイルスは光学顕微鏡では観察できないため、通常、対象外である。
顕微鏡検査で菌を検出するには、10-10/mLの菌濃度が必要であり、液状検体は遠心して沈渣を観察することも多い。 また、血液については、敗血症の場合も血液中の細菌の数はきわめて少ないため、直接、血液を塗抹鏡検することは行われない。 それほど感度が高い検査ではないが、迅速・安価に実施でき、臨床経過ともあわせて得られる情報が多い。
顕微鏡検査に際しては、通常は簡便なグラム染色を行う。特徴的な形態や染色性からある程度菌種を絞り込むことが可能である。 白血球数などから炎症の有無も推測できることがある。 また、痰など常在菌で汚染されている検体では、白血球に多数貪食されている菌は起炎菌と推定することができる。治療が有効であれば菌が消失するので治療効果の評価にも有用である。
ただし、抗酸菌、レジオネラ、クラミジア、マイコプラズマなど、グラム染色で染まりにくい微生物も存在するので注意を要する。 結核菌など抗酸菌感染を疑う場合は、抗酸染色(蛍光染色、チール・ネールゼン染色、キニヨン染色など)を行う。 また、脳脊髄液中のクリプトコッカスは墨汁染色で観察することがある。
その他、赤痢アメーバ、ランブル鞭毛虫、トリコモナスなど原虫の場合は検体を無染色で鏡検して運動を観察することもある。
喀痰では、菌の観察とあわせて、検体採取の適切性(唾液が混入していないか)を肉眼的観察(Miller & Jones分類)および鏡検(Geckler分類)で評価する(たとえば、鏡検で扁平上皮細胞が多数みられる場合は唾液の混入が疑われ、結果解釈に注意が必要である)。
クラミジア・トラコマチス、淋菌、マイコプラズマ、レジオネラ、百日咳菌、肺炎クラミジア(英語版)