第3次スーパーロボット大戦
ここでは、新規追加・変更されたシステムについて解説する。シリーズ共通のシステムについてはスーパーロボット大戦シリーズのシステムを参照。
初参戦は『機動戦士ガンダム0080 ポケットの中の戦争』・『機動戦士ガンダム0083 STARDUST MEMORY』・『無敵鋼人ダイターン3』・『超電磁ロボ コン・バトラーV』・『勇者ライディーン』の5作品。
また、登場作品には表記されていないが、『第2次』に引き続き『グレートマジンガー対ゲッターロボ』に登場するギルギルガンと、本シリーズオリジナルのパワーアップ形態メカギルギルガンが登場。さらには『グレートマジンガー対ゲッターロボG 空中大激突』からピクドロン、『グレンダイザー ゲッターロボG グレートマジンガー 決戦! 大海獣』からはドラゴノザウルスが登場する。
『第2次』で登場しなかった『グレートマジンガー』の主人公の剣鉄也と、『ゲッターロボG』の主人公の一人である車弁慶が登場するのは今作から。また『魔装機神サイバスター』からは、ヒロインのリューネ・ゾルダークと愛機のヴァルシオーネが初登場。