五流尊瀧院
更に、敗れて隠岐に遠島となった後鳥羽上皇に連座して、上皇の第4皇子頼仁親王が児島に配流となった。頼仁親王は衰退していた五流の寺院と十二社権現宮を再興し、南北朝の頃まで繁栄し次第に衰微し尊瀧院のみが残った。なお、現在まで続いている当院の歴代大僧正は頼仁親王の子孫と伝えられる。南北朝時代に後醍醐天皇を奪還しようと試みた児島高徳はこの地の出身と伝えられ、境内には児島高徳社が祀られている。
現在の五流尊瀧院は倉敷市立郷内小学校北に隣接しているが、元来は400mほど北の真浄院北側にあり熊野神社と隣接していたと伝えられている。現在も三重塔、鐘楼などは熊野神社境内に接して建つ。
室町時代になり応仁の乱が勃発すると、この地も戦乱に巻き込まれた。応仁3年(1469年)には細川勝元方に加担した覚王院の円海を中心とした兵により新熊野は焼き討ちにあい、ほぼ全焼した。
明治時代になると神仏分離令により、十二社権現は熊野神社となり五流尊瀧院と分離した。明治5年(1872年)修験道の廃止に伴い天台宗寺門派に属する。太平洋戦争終結後、天台宗より独立し、修験道総本山となる。
平成15年(2003年)9月、明和5年(1768年)建造の修験者の寄宿所である長床(熊野神社拝殿)を失火により全焼。平成19年(2007年)10月に再建した。