三宝院
賢俊の没後、三宝院の急激な台頭に対する醍醐寺内部を含む内外の反発の動きを受けて光済(22世)が配流されるなどの苦難を受けるが、応安7年/文中3年(1374年)になって足利義満が光助(23世)を室町幕府の祈祷を行う武家護持僧の管領役に任じたことから幕府の中でも特別な扱いを受けた。反面、これが室町幕府による三宝院人事への介入の名目となり、定忠(24世)は足利義満の不興を買って醍醐寺を追放されて三宝院門跡が一時空席となっている。満済(25世)は「黒衣の宰相」とも呼ばれ、応永3年(1396年)に足利義満の猶子となって醍醐寺座主に任じられ、続いて准三后となり、後には足利義教の将軍擁立にも活躍するなどした。以後、歴代院主が醍醐寺座主を兼ねる慣例が成立する。また、古くから醍醐寺は真言宗系の修験の中心であったが、この頃から三宝院が真言宗系の修験者・山伏の取締にあたるようになる。また、貴種出身の門跡で諸事情によって先に門跡の継承が決定した者であっても、伝法灌頂に必要な四度加行(十八道法・金剛界法・胎蔵界法・護摩法)を全て完成させなければ、伝法灌頂を受けて正式な門跡にはなれないという原則が厳守されていたことも三宝院が重んじられた一因になったと考えられている。