新宿三丁目駅
丸ノ内線の線路上にある地下通路「メトロプロムナード」が広範囲に連絡しており、新宿駅までの徒歩移動が可能である。また、同じ地下通路を通り、新宿サブナードを経由して西武新宿駅と、さらに新宿駅と都庁前駅を経由して西新宿駅まで移動することも可能である。さらに、副都心線の駅を挟んで甲州街道(国道20号)の地下に南北に伸びる地下道を利用すれば、新宿駅南口(JRのほか同一構内の京王線・京王新線・小田急線・都営新宿線・大江戸線を含む)・タカシマヤタイムズスクエア・バスタ新宿・JR新宿ミライナタワーまで移動することができる。ただし、西武新宿駅(副都心線渋谷駅、及び同駅接続東急東横線・田園都市線方面の西武鉄道発売のフリーきっぷのみ)を除き、これらの駅に接続する路線との連絡運輸は行われていない。
なお、丸ノ内線と副都心線の改札階はエレベーターとスロープで連絡しており、それぞれの改札階とホームを連絡するエレベーターが設置されている。一方、丸ノ内線・副都心線と新宿線の間には乗り換え用エレベーターが存在せず、エレベーター経由で乗り継ぐ場合は地上を経由する必要がある(ただし、乗り換え通路のエスカレーターは車椅子利用に対応している)。
なお丸ノ内線と新宿線の定期乗車券による乗換に関しては、当駅で乗り換える必要がある。隣の新宿駅では、丸ノ内線は新宿西口駅と連絡運輸の取扱を行っているほか、新宿線新宿駅が京王電鉄の管轄駅であることから連絡運輸を行っていないためである。
A1番出入口(2022年10月)
B5番出入口(2015年7月)
C6番出入口(2021年4月)
E5番出入口(2018年5月)
E5出口付近(新宿四丁目交差点東側) 新宿WEバス B:新宿駅西口・西参道行き
各年度の1日平均乗降人員は下表の通りである。