下館駅
島式ホーム2面4線と単式ホーム1面1線、単式ホームの西側を切り欠いた切欠きホーム1線、合計3面6線のホームをもつ地上駅になっている。木造駅舎を有する。1番線から6番線まで、北側から順に番号が振られている。切欠きホームの1番線を真岡鐵道、単式ホームの2番線と島式ホームの3・4番線をJR東日本、島式ホームの5・6番線を関東鉄道が使用する。
1・2番線に隣接する北口と、5・6番線上空にある南口の2か所の駅舎(改札口)を有する。改札口は3社線共用である(ただし精算が必要な際などにはどちらかの駅舎でしか受け付けていない場合もある)。各ホームは跨線橋で結ばれ、北口側の1・2番線ホームと3・4番線ホームにはエレベーターも設置されているが、5・6番線ホームおよび南口側には設置されていない。
関鉄常総線のホーム上には中間改札窓口があり、終日に渡って係員が配置され、関鉄常総線乗車券の改集札や精算を行う。ホームの入口には簡易改札機があり、北口改札口から交通系ICカードで入場して関鉄常総線を利用する場合、ここで再度タッチを行う必要がある。
真岡鐵道線のホーム上ではSLもおか発車前や益子焼陶器市開催時などには真岡鐵道の社員が配置され、乗車券・SL整理券の発売や精算を行っている。またICカード圏外となる真岡鐵道線ホーム上にはJR線・関鉄常総線出場専用の簡易IC改札機がある。