原虫
馬原虫性脊髄脳炎
ピロプラズマ症 アルゼンチナ病
大型ピロプラズマ症
小型ピロプラズマ症
黒頭病
サルコシスチス症
鶏マラリア
鶏コクシジウム症
鶏ロイコチトゾーン症
ヘキサミタ症
犬ヘパトゾーン症
ウサギコクシジウム症
ノゼマ病
なおニューモシスチス肺炎(旧 カリニ肺炎)の病原体であるニューモシスチス・イロベチイ(旧 ニューモシスチス・カリニ)は以前は原虫と考えられていたが、最近の研究から原虫ではなく真菌であるとされている。