北海道旅客鉄道
1992年8月21日設立。ダイエーとの合弁会社で、「JRダイエー (JR Daiei)」のブランド名で札幌市内に出店していた。1999年3月に清算された。
1989年12月27日設立。ゴルフ練習場、駐車場等の運営、ホテル及び温泉施設の運営受託、食料品等の販売・取次等を行っていた。2007年10月1日付で「北海道クリーン・システム」に吸収合併された。
車両工場での作業を受託していた。2018年4月1日付で「札幌交通機械」に吸収合併された。北海道公安委員会から警備業法違反により既存の警備会社が営業停止処分を受けたため、2018年3月1日より他の警備会社に切り替えている。
JR北海道発足後に開発された特急用気動車では、曲線区間の多い路線向けに振り子式の281系・283系気動車、車体傾斜式の261系気動車を投入して曲線通過速度を向上させ、特急用電車では785系・789系電車の投入によって、それぞれ所要時間の短縮と増発を実現した。
しかし、厳しい経営状況を背景に保守管理費の削減とそれに伴う整備不良から、営業運行中の発煙事故や出火事故が度々発生し、2013年からは車両や設備への負担を抑えることを目的に列車の減便とスピードダウンに踏み切ることとなった。その結果、2014年から特急気動車の130km/h運転を廃止し、車体傾斜機構の使用を停止している。
北海道新幹線の車両はJR東日本E5系新幹線電車をベースとしたH5系新幹線電車4編成を運用している。外装・内装のデザインが異なるが、性能面ではE5系と同一の車両である。
自社の新幹線車両はJR東日本の東北新幹線へ直通運転し、自社営業エリア外である岩手県、宮城県、福島県、栃木県、茨城県、埼玉県、東京都に乗り入れている。自社エリア外への乗り入れを行う都道府県の数はJR西日本、JR東海に次いで多い。
一方、在来線車両はJR他社線・第三セクター鉄道線・私鉄線・地下鉄のいずれにも乗り入れていない。
苗穂工場 「NH」(本社鉄道事業本部)
釧路運輸車両所 「KR」(釧路支社)
5月7日:札沼線北海道医療大学駅 - 新十津川駅間廃止。 8月 - 9月:東急・伊豆急行の観光列車「THE ROYAL EXPRESS」を使用した団体臨時列車「THE ROYAL EXPRESS 〜HOKKAIDO CRUISE TRAIN〜」を運転。 9月 - 12月:北海道での鉄道開業140周年記念事業を展開(「官営幌内鉄道」も参照)。 10月17日:キハ261系5000番台「はまなす」編成運用開始。
2021年(令和3年) 3月13日:ダイヤ改正により、減便・減車、定期列車の臨時列車化が本格化。 4月1日:日高本線 鵡川駅 - 様似駅間廃止。 5月8日:キハ261系5000番台「ラベンダー」編成運用開始。
2022年(令和4年) 2月:例年以上の降雪の影響から、列車運休が恒常化。末端区間だけでなく、中核を占める札幌圏の被害が甚大で、道庁と北海道運輸局から検証要請を受ける。 3月12日:ダイヤ改正。283系気動車が特急「おおぞら」での営業運転を終了。 3月16日:福島県沖地震で、東北新幹線上を走行していたH5系電車が被災し脱線する。のちにH5系電車の損失額として特別損失に14億円を計上する 7月13日:社長会見にて、2022年度末で183系特急用気動車の定期運用終了、JR北海道最後のリゾート列車「ノースレインボーエクスプレス」の運行終了、2022年9月で281系気動車の定期運用の終了を発表する。 9月30日:281系気動車の定期運用を終了。
2023年(令和5年) 3月31日:五稜郭車両所が廃止。 4月1日:留萌本線 石狩沼田駅 - 留萌駅間廃止。
2018年現在、4つの労働組合がある。カッコ内は略称。
JR北海道労組及びJR北労組は会社との間で労働協約を締結している(国労・建交労については未詳)。組合員数が最大なのは北海道旅客鉄道労働組合であるが、深刻な労使癒着や労組同士の激しい対立、アルコール検査拒否などの根深い労使問題があるとされる。