西高瀬川
さらに西大路三条付近で桂川と鴨川の分水嶺(天井川だった旧天神川の名残)を越えることになる上、西大路三条以西は天神川に向かって(上流に向かって)流れるように改修された事もあって、天神川~三条通の暗渠部辺りまでは溜まった雨水が流れる程度、もしくは干上がった状態になっており西大路三条付近では水が流れることは稀であった。
下京区の流域の一部では、堆積していた有害物質が雨水によって溶け出しても下流まで押し流すまでに至らずさらに堆積していき、悪臭や水質汚濁の原因になっている箇所もあった。 なお吉祥院から鴨川への合流部までは吉祥院水環境保全センターでオゾン処理された高度処理水が流入するため水量は多い。
そうした中、平成14年(2002年)に国土交通省「第二期水環境改善緊急行動計画」の対象河川に選定された。以後水に親しむ事のできる環境づくりや水質改善等を進め、天神川の水をポンプアップして三条坊町公園付近で西高瀬川に通水することで下流の水質や水環境を改善している。