バージニア信教自由法
マディソンは「請願と抗議」と題する請願書において、信仰の自由は「理性と信心」によってしか導かれることのできない、個人の内面の問題であり、政治的に強制してはならないと主張した。請願の署名者は1万人以上に広がった。長老派、バプティスト派、クエーカー、少数のカトリックに加え、メソディストや監督派の一部も含まれていた。1785年、宗教結社法人法は撤廃され、翌1786年1月19日、信教自由法がバージニア邦議会において可決、成立した。ジェファーソンが駐フランス公使としてパリに赴き、アメリカを離れていた時期のことであった。
信教自由法では、「何人も宗教儀礼に献金したり、足繁く教会に通ったりすることを強制されない」と定め、また、「すべての人は、いかなる形であれ、どの人の市民的権利に影響を当てることなく、宗教問題について、信念を表明し、議論する自由を有する」と明記している これは、キリスト教を中心にすえた従来の寛容論をさらに一歩進め、公定教会そのものの廃止を含んでいた。公定教会が存在する限り、少数派の信教の自由は保障されないというのが、ジェファーソンやマディソンの信念だったのである。