内在性レトロウイルス
ヒト内在性レトロウイルス (HERV) のERVエレメントおよびフラグメントといったプロウイルスはヒトゲノム中に98,000個存在し、ゲノム全体の 5-8% とかなりの割合を占める。2005年に発表された研究によれば、増殖可能なHERVはみつかっていない。全ては削除もしくは無意味な突然変異による欠陥をもっているようである。これはほとんどのHERVが数百万年の昔にヒトゲノムに組込まれた元のウイルスの痕跡にすぎないからである。
だが、ヒトとチンパンジーの分岐後にも活動していた系統もある。HERV-K(英語版) (HML2) と呼ばれる系統のHERVは、HERVエレメントのうち 1% にも満たないが最も研究されているHERVの一つである。HML2を通常より多くもっているヒトがみつかっており、数十万年前までこれが活動していたことを示唆している。伝統的には、HERVの年齢推定は、 5'側と3'側のLTRを比較することで行われるが、この手法は全長のHERVにしか適用できない。より新しい cross-sectional dating と呼ばれる手法では、単一のLTRのみを用いてHERV挿入の年代を推測できる。この手法はHERVの年齢をより正確に推測することができ、どんなHERV挿入にも用いることができる。Cross-sectional dating を用いて、 HERV-K(HML2) のメンバー HERV-K106 と HERV-K116 が800,000年前から活動していたこと、 HERV-K106 が150,000年前に現生人類に感染したことが示唆されている。