ヨーハン・ジギスムント
1613年、ヨーハン・ジギスムントは政治的な打算からカルヴァン派に改宗し、クーアプファルツのカルヴァン派を保護するとともにライン地方におけるオランダとの争いを有利にしようと図った。ブランデンブルクの住民はルター派にとどまったため、選帝侯領においては君主と住民の宗派が違うという事態が生まれたが、これは住民に君主の宗派に従うことを定めたアウクスブルクの和議に反するものであった。しかし臣下が信仰を強制されることはなく、後のプロイセン王国における信教の自由という伝統はこの時代にすでに基礎づけられていたことがわかる。ただしカトリックの信仰はいまだ認められていなかった。
選帝侯妃アンナの相続財産ユーリヒ公領は、「女の知行」と呼ばれたクレーフェ公領及びマルク=ラーフェンスベルク伯領に吸収され、選帝侯家の所領となった。1618年、アルブレヒト・フリードリヒの死にともなって、ヨーハン・ジギスムントはプロイセン公国を相続し、ホーエンツォレルン家宗家の所領はそれまでの2倍の81,000平方kmとなった。こうして所領は拡大したが、各地に散らばった所領は飛び地だらけであった。東のプロイセンは神聖ローマ帝国の外に位置してポーランド、スウェーデン、ロシアとの複雑な関係を抱え、西のライン河畔諸地域はフランスやオランダなどと接しており、これ以降常に大国間の謀略に巻き込まれていくことになった。
1619年12月23日、47歳で脳卒中のため世を去った。その時既に三十年戦争が始まっていたが、軍事費を調達できなかったために独自の兵力がなかったブランデンブルクは、無防備のまま各国の傭兵によって蹂躙されることになった。