ボート・トレイン
そのときのダイヤ改正によると、下記のように特急「富士」の乗り入れも行われている。
(35)東京1525→大阪500・514→門司2104・2145→長崎港744
(2)長崎港1530→門司2034・2045→大阪641・650→東京1525(特急「富士」)
しかし、まもなく潜水艦の魚雷攻撃によって船の多くが使用不能となり、航路の運行が途絶えたためこれらの列車も消滅した。その後の戦中・戦後には、長崎港駅まで工場勤務員のための通勤列車の乗り入れも行われていたとされている。なお、長崎港駅は貨物駅として1980年代に休止されるまで存続し、最終的に廃止されたのは1987年(昭和62年)3月31日と国鉄分割民営化の前日であった。
なお、上海航路の復活を目指していた長崎県は、その後連絡鉄道の再開も模索したが、航路は復活(その後再び休航)したものの鉄道の復活は実現しなかった。