日本ハリストス正教会
2008年11月、ルーマニア正教会が「日本支部」を設立、日本に二つの教区を設置した。この設置は日本正教会といかなる連絡もとらずに行われたため、紛争となっている。
ウクライナ正教会(キエフ総主教庁)は「在日教会」として「聖ユダミッション」を設置し、活動。2015年10月、ウクライナ正教会として初めて日本人聖職者を叙聖した。
日本正教会に於いては、当然のことながら日本の法規制を受ける。そのひとつが、死んだ信者の亡骸の扱いである。
本来キリスト教においては、信者の亡骸は将来の復活に備え土葬とすることが基本とされ、ロシア正教ではそのことがより厳密に求められている。しかし、日本は国土が狭く、なおかつ気候条件から亡骸が腐乱しやすいため、自治体によっては、条例により、亡骸は焼いて骨だけにしなければならないと規定している。このため、日本正教会では、火葬もやむなしとしており、火葬する場合であっても葬儀を「埋葬式」として扱っている。
近年では、2009年に癌で死去した歌手の川村カオリが、この事例に該当(モスクワで生まれ母親がロシア人であったため幼くして洗礼を受けていた)。
近年、日本のキリスト教諸教団が「靖国問題」や「憲法問題」など政治運動に熱心に取り組んでいるなか、信徒個人としては大井憲太郎、昇曙夢など政治に携わった者がいたものの、日本ハリストス正教会は他の諸教団とは一線を画して、正教会という団体としては政治運動と一切関わりを持っていない。これについては「政治的中立性を保っている」という評価から、「体制従属的である」という批判までさまざまである。
因みに「体制従属的である」という批判の声が挙がる一因として、天皇と為政者のための祈りがあるが、この祈りは新約聖書の中のテモテへの手紙一第2章の「願いと祈りと執り成しと感謝をすべての人々のためにささげなさい。王たちやすべての高官のためにもささげなさい」という記述に基づくものとされる。
諸外国の正教会では君主や為政者への祈りを捧げることは珍しくない。イギリスの正教会では女王のために祈りを捧げ、またアメリカ合衆国では大統領と全軍のために祈りを捧げることで、君主や為政者、国軍が暴走をせず国民の平和と安寧秩序のためになるようにとの願いを常に込めているとされる。
全世界の正教会にとって頭の痛い存在であったソ連邦が存続していた以上、ソ連邦の影響下にあるロシア正教会との関係を巡る諸問題は世界的に全正教会に共通したものであり、上述の通り戦後になっても日本正教会に安寧が訪れることはなかった。
戦後すぐから1970年まで、自らの管轄等の諸問題を巡って日本正教会の動揺は大きく続く。この時代の日本正教会の混乱は極めて大きく全国各地の正教会に及んでおり、様相は二転三転して複雑である。その全貌を公平な立場から俯瞰し記述することは、今なお極めて困難である。この間、日本には北米メトロポリアから主教が派遣されていた。
このような状態にありながらも日本正教会の奉神礼は継続され、新聖堂の建立・新たな聖歌譜の出版などもなされるなど一部では依然として活発な教会活動も継続していたが、日本国内の西方教会が戦後すぐのころから教勢を大きく拡大していく中、かつてカトリック教会に次ぐ教勢を誇った正教会は教勢を拡大する機会を失い、停滞を余儀なくされることとなった。