電車でGO!3通勤編
今作のダイヤには時間帯の概念が導入されており、選択した時間帯によって風景のほか、加速および制動性能が変化する。時間帯は朝(5時 - 10時)、昼(10時 - 16時)、夕(16時 - 19時)、夜(19時 - 翌5時)の4種類に加え、各機器の内蔵時計の時間を元に選択される「リアルタイム」も存在する。
従来の作品に存在した天候変化も引き続き採用され、雨が降ると線路が濡れて加速および制動性能が低下し、難易度が上昇する。雨の降り始めと止む区間は完全ランダムであり、プレイするごとに異なるが、終着駅の1つ前の駅から先は必ず雨が止むようになっている。今作では小雨や大雨も再現されており、それぞれ制動力の低下する度合いが異なる。
中級
205系 各駅停車(新宿駅→秋葉原駅) 201系 各駅停車(新宿駅→秋葉原駅) リアルタイムモードを選択した場合、総武線への直通運転が終了して東京駅発着となる早朝および深夜の時間帯であっても、総武線直通列車の運転となる。
そのかわりロード時間は延びている。
筐体の仕様は基本的にこれまでとあまり変わらないが、スピーカーの色がシルバー→レッドに、側面やシートの色がレッド+ブラックからライトグリーン+ダークグリーンに変更されたほか、インストを小型化することで実車のような懐中時計を入れるスペースが追加された。
PS2版は『電車でGO!』シリーズ初のPlayStation 2移植作品であり、おまけ機能としてPocketStation用ソフト『でんごーツウキンヘン』を収録している。なお『プロフェッショナル仕様』以来PlayStation版に実装されていたナビゲーション機能は削除されている。2003年に、『SIMPLE2000シリーズ Vol.22 THE 通勤電車運転士 〜電車でGO!3 通勤編〜』としてディースリー・パブリッシャーから発売されている。
またPS2版とAC版の違いとしては、警笛(201系)や登場する対向車両である。例えばAC版で中央線201系をプレイ時にはE231系0番台とすれ違うが、PS2版では登場しない(ただしモデリングとしてのデータは残っている)。