満洲国国有鉄道
一方直通運賃に関しては、当時の満洲国圓は銀本位制で、金本位制の朝鮮円とは等価ではなかったため、社線・国線を別々に計算してから、満鉄が定期的に発表する換算率に基づいて、発売駅の属する路線の通貨に換算、加算して徴収する旧態依然の方法によっていた。
このように不便で煩雑な運賃計算法には不満の声も強かった。そこで1935年10月3日に日朝満の鉄道首脳が集まって開かれた会議により、満洲国圓が実質的な管理通貨となって銀価に縛られなくなっていたことから、10月5日より「満洲国圓=朝鮮円」の扱いとすることが定められた。これにより社線の朝鮮円の1円と、国線の満洲国圓の1元が等価値となったため、直通運賃の計算は社線・国線直通の際には別々に運賃を出して数字を合算、社線の駅では朝鮮円で、国線の駅では満洲国圓で同じ額面となるように払えばよくなり、極めて容易なものとなった。また1938年1月1日からは、国線→社線→国線と乗る場合や、社線→国線→社線と乗る場合、前者は国線の営業キロを通しで、後者は社線の営業キロを通しで計算するという規定も定められた。
だが1940年12月1日、満鉄が社線増収のために賃率を国線と同一化するとともに、さらに「社線・国線の営業キロを互いに打ち切らず通しにする」という規則改正を行ったため、上記のような社線・国線それぞれ別々に運賃を出して足すという運賃計算法は消滅し、以後社線・国線の直通運賃は単純に両者の営業キロを足して賃率をかければよくなり、さらに計算が簡素化した。ただし1941年10月1日からは通行税が課せられ、距離に比例して所定の金額が加算されるようになった。
奉天軍閥ではこれを「東北海軍江運処」に管理させ、さらに「東北航務局」に経営委託するようになった。またこの他、奉天軍閥江防艦隊に「広信航業処」という水運部門があった。
奉天軍閥が崩壊し、満洲国が成立するとこれらは鉄道同様満洲国交通部がその利権を受け継ぐことになり、1933年3月1日の鉄路総局発足と同時に経営委託されることとなった。この時点で満洲事変などのために、各河川の船の航行はほぼストップしており、鉄路総局ではまず哈爾浜-大黒河-漠河間という、松花江を下り黒竜江を上る航路を復活させた。またこの年、民間船が過度の競争をしてつぶし合いになるのを防ぎ、河川の舟運を統制するために「哈爾浜航業聯合会」を組織している。
翌1934年には、東北航務局・広信航業処など奉天軍閥当時のままであった部署を「哈爾浜水運局」へ統合。また航路も延び、哈爾浜-虎林間という松花江・黒竜江を下りウスリー江に入る航路が復活。また松花江の上流側にも扶余・吉林などへ航路が延びた。
1940年の時点では哈爾浜・佳木斯・黒河を中心に路線が設定され、哈爾浜-富錦が所要4日間で毎日運航、その他は月に6往復から19往復までさまざまであった。
ここで出て来たのが、かねてから奉天軍閥の離反を何とかしたいと思っていた関東軍であった。彼らは1928年6月4日に張作霖を暗殺(張作霖爆殺事件)、奉天軍閥を恫喝したが、後を継いだ張学良は態度を硬化させて南京国民政府に合流、徹底した「反日」を掲げて行動し始めた。
その行動は鉄道政策にも現れた。張学良は軍閥を継ぐや、東三省交通委員会を「東北交通委員会」に改組するとともに、満鉄の路線を包囲して兵糧攻めとする作戦に出た。彼はまず京奉鉄路の途中から分岐する葫蘆島支線の終点・葫蘆島に新港を建造し、そこを起点に満鉄を東から西から並行して取り囲むような路線網を計画したのである。
これは満鉄にとっては手痛い打撃となった。互いに何十キロも離れての並行ではあったが、それまでそこを遠しとしても満鉄に運ばれていた貨物が、中国側に流れてしまったからである。また、1913年・1918年に交わした覚書中にある路線まで先を越されて作られ、現有していた鉄道敷設権も危機に瀕することになる。日本側は、日露戦争終結時に「満鉄の並行路線は作らない」とした「満洲善後条約」に反するとして猛抗議をしたが、並行線の定義がないこともあり、奉天軍閥は一切聞く耳を持たず、鉄道をめぐる両者の対立は深まって行った。
社線と国線の車輛は同形式のものが用いられていたが、その一方で国線には元々が私鉄を接収した路線ということもあり、かなり遅くまで各社から引き継いだ車輛が残されていた。
国鉄発足の際に接収した路線については、機関車と客車で明暗が分かれた。機関車は形式こそばらばらであったものの、基本的な車体構造は満鉄の機関車とほぼ同じであったり、それどころか満鉄の工場で製造されたものもあったりと、著しく規格外れな車輛はなかった。このため接収後しばらく旧番号で使用された後、1933年10月に行われた称号統一で国線の機関車として満鉄式の称号を与えられて長く使用された。
一方、客車は満鉄の客車と比べると規格外れ、雑多で特異というべき規格の車輛が極めて多く、そのまま使用し続けることが無理であった。このため満鉄側ではこれらの雑多な車輛に「9」のつく形式(「ハ9」など)や旧鉄道会社名+形式(「瀋海ロネ1」など)という特殊な形式を与えて使用し、徐々に廃車として行った。
また1935年接収の旧北満鉄路の車輛については、規格の違いが特に激しいものとなった。これは北満鉄路が軌間5フィートであり、車輛もその規格に合わせてあったためで、社内では「広軌車輛」と呼ばれた。これらの車輛は、高い車高に旧式のバッファ式連結器、客車の場合は暖房が個室でストーブをたく独立暖房方式であったりと、全てが満鉄の車輛と違う異端児であった。
このような事情のために他の車輛と同じ扱いは出来ず、機関車は通常の称号+アルファベットのつく形式(「テホA」など)、客車は通常の称号+「オ」のつく形式(「ハオ」など)を付与されて使用された。
この路線拡大により、9月19日には旅客科自動車係が自動車科として独立。国道建設工事の進捗に合わせ、関東州を含めた満洲国内全域にわたる路線網の計画を立て始めた。
ただし、路線の拡大には困難が伴った。まず問題となったのが悪路である。「国道」といっても砂利も入っていない未舗装道路で、すぐに雨や雪解けでぬかるみとなり通行不能となる一方、乾燥する時期には砂塵が舞ってタイヤを傷めることが多かった上、ただでさえ関税がかかって高いガソリンを余分に消費する羽目となった。それに満洲という土地の性質上、都市を出るとすぐに曠野で人口ががた落ちするため、路線そのものは非常に長いにもかかわらず収益が上がりづらくなっていた。この他、僻地に入る路線などでは、警備のために現地に人員を配置したり警備車輛をつけたりせねばならず、補給も満足に行かないため余分に人が必要になるなど人件費もかさみ、大いに現場を悩ませることになった。
それでも数年後の1936年までには各鉄路局が必ず数路線はバス路線を兼営し、自動車営業所が各地に設置されるところまで発達した。1939年の鉄道一万キロ達成時に満鉄が作成した映画内では、その営業キロは2万キロにまで伸展したと語られている。