マリオゴルフ
4面までは、GB版とほとんど同じ。ただ、距離や仕掛けが変わっている。コースごとの風力の変化はGBA版のみとなっている。
マリオンクラブ:林間コース。フェアウェイが広く、最も簡単なコース。風は弱く、距離も短い。
パームクラブ:あちこちにあるヤシの木が行く手を阻む。たまに強い風が吹くことも。海や湖の水ポチャにも注意。距離はマリオンクラブと余り変わらない。
デューンクラブ:サボテンなどの障害物が多い。9番ホールは大きな湖の中に島があるのでショートカットが可能。
リンクスクラブ:荒地のコース。長い雑草「ヒース」や強風、高速フェアウェイなど自然を活かしたコースレイアウトになっている。
キノココース:ハプニングパネルで仕掛けを動かせたりできるホールもある。他にも仕掛けが多くある。16番ホールのバックティーは500y近い距離があるのにPAR4と、距離も長いホールも多い。
仙人ショートコース:全PAR3のコース。フィールドミニゲームの「仙人ショートコース」をクリアすると出現する。
定期的に配信される追加コンテンツに同梱されている。各パック2コース。いずれも『マリオゴルフ64』からのリメイクコースだが、グリーンの傾斜にリニューアルが施されたホールも多い。またパット時のボールの挙動も64版とはやや違う。ロックさんみゃく・マリオスターは大幅なアレンジがなされている。
キノピオランド(キノコパック):『マリオゴルフ64』の同名のコースのリメイクコース。
ノコノコパーク(キノコパック):『マリオゴルフ64』の同名のコースのリメイクコース。
デザートさばく(フラワーパック):『マリオゴルフ64』のコース「ヘイホーデザート」のリメイクコース。17番ホールはティーグラウンドから障害物までの距離が近づいたため、ショートカットルートのフェアウェイが狙いづらくなっている。
ミントしょとう(フラワーパック):『マリオゴルフ64』のコース「ヨッシーアイランド」のリメイクコース。リメイク元と違い、水場が多いコースに設定されている。
ロックさんみゃく(スターパック):『マリオゴルフ64』のコース「テレサバレー」のリメイクコース。
『ゴルフUSコース』(FAMILY COMPUTER Golf US COURSE)は、JAPANコースの続編としてディスクファックス対応青色ディスクとして発売された。当初は1987年4月21日発売予定だったが6月14日に延期された。
前作よりグラフィック周りが大幅に変更された。具体的にはマリオの服装が星条旗を思わせるスタイルに変更され、プレイ画面もJAPANコースに比べて広くなった。そのためティーグランド全体を把握するためにはBボタンを押しながら十字ボタンの下で切り替えを行う必要がある。
このゲームも前作同様、電話回線を利用したネットワーク通信によるゲーム大会が発売日の1987年6月14日から同年8月31日まで開催され、ディスクファックスで任天堂に成績データを送ってランキング登録することができた。7月19日時点で43,000名が参加し、上位ランキング者にはトロフィーと上位者含む10,000名には金メッキが施された景品用の『パンチアウト!!』が贈られた。
本作は他の作品に比べ、PAR5のホールの距離が非常に長い傾向にある。また海外版は日本版と違うコースレイアウトになっている。
JAPAN COURSE(日本):ゲーム開始時唯一選べるコース。18オーバーになるとゲームオーバー。難易度が低く、初心者向けのコース。
AUSTRALIA COURSE(オーストラリア):JAPAN COURSEをクリア(1人プレイストロークモードで)すると登場する(以降のコースは1人プレイストロークモードでそのコースをクリアすることで他のモードで選択できるようになる)。12オーバーになるとゲームオーバー。難易度はJAPAN COURSEよりわずかに高い。このコースをクリアするとビギナーからアマチュアになる。
FRANCE COURSE(フランス):AUSTRALIA COURSEをクリアすると登場。8オーバーになるとゲームオーバー。
HAWAII COURSE(ハワイ):FRANCE COURSEをクリアすると登場。4オーバーになるとゲームオーバー。5番ホールは奥にピンが切られると直線距離が790yにも達する。
マリオ、ピーチ、ヨッシー、ドンキーは、キャラマッチでそのキャラクターに勝利すると、スターキャラが使用可能になる。
ルイージ、ワルイージ、ワリオ、クッパは、ノーマルキャラクターと同時にスターキャラも使用可能になる。