BLAST
BLASTプログラムを利用するには、プログラムをダウンロードして blastall コマンドラインユーティリティとして実行する方法と、ウェブからアクセスする方法とがある。
NCBI (GenBank) やDDBJのウェブサイトでは、これらの機関が共同で構築している塩基配列(およびアミノ酸配列)の公共シーケンスデータベースに対して、ウェブブラウザでBLASTによる類似性検索を行うことができる。 この公共シーケンスデータベースは定期的に更新され、新たに配列決定が行われた生物のシーケンスのほとんどは、このデータベースに登録される。
BLASTには実際には複数のプログラムが含まれている。 blastall 実行ファイルには、blastp、blastn、blastx、tblastn、tblastx のプログラムが含まれている。 blastall をコマンドライン環境で実行する際は、-p オプションで実行するプログラムを指定する(例: blastall -p blastn)。 BLASTプログラムを実行する際、クエリシーケンスはFASTAフォーマットでプログラムに渡す。 次にBLASTに含まれているプログラムのうち主なものを示す。