高良山
座主麟圭は高良山にて新たに久留米城主となった小早川秀包と対立、度々軍事的衝突を引き起こした。小早川秀包は一計を案じて、自身の家臣に麟圭の娘を嫁がせるなど融和的政策を進め麟圭の警戒心を解いた後、天正19年(1591年)5月13日に麟圭を城に呼び寄せて歓待し、その帰途を襲撃して麟圭を殺害した。旧来からの在地勢力の削減と、朝鮮出兵へ向けて筑後国を兵站基地とするための豊臣秀吉の意向であった。
麟圭の死によって、独立した宗教勢力であった高良山は封建制度に組み込まれるに至った。
麟圭の死後、その子である尊能が座主となった。尊能には子が無く、従甥の玄俊、またその従甥の玄逸が継ぐも、その血統は断絶した。第49世秀賀からは日光山輪王寺座主から任命された座主が派遣された。
承応3年(1654年)に有馬忠頼が山麓に石造大鳥居(「高良大社大鳥居」として国の重要文化財に指定)を、正徳6年(1716年)に有馬則維が愛宕社を建立した。
安永7年(1778年)には有馬頼貴が本地堂の十一面観音を寄進している。
明治元年(1868年)の神仏分離令によって座主が廃止されると、ほとんどの寺院がなくなった。 高良山にあった五百羅漢の石像は倒転されて谷間に投下された。
戦後からは、陸上自衛隊の幹部候補生学校(昔の陸軍士官学校にあたる学校)の伝統行事として高良山登山走が行われている。この行事は生徒が体力の限界を超えることが目的で、生徒は学校から高良大社までの長さ5.6km、標高差156mの道を30分以内(女性は35分30秒以内)で走りぬく。