グリーン券
1969年(昭和44年)5月10日 従来の二等級制運賃が廃され、モノクラス制運賃に移行したのにともない設定。 従前の一等車には、10%の通行税を料金に含んで計算されており、券面上に「料金は税共」と表示されていた。 当時のグリーン券は乗車券と準じた扱いで複数の列車を乗り継いでもグリーン料金は通算され、また小児は半額であった。
1974年(昭和49年)10月 従来の乗車券に準じた扱いから設備使用料金としての性格を明確にする為、制度を大幅変更。 グリーン券は新幹線を改札口内で乗り継ぐ場合を除いて1列車に限り1枚有効とした。 大人と小児を同額とした。 距離区分の変更を行い、同時に金額も改訂された。
1977年(昭和52年)9月 1974年からの3年連続の大幅値上げで(1974年当時と比べて3倍以上となっていた)グリーン車の利用が大幅に減った為、グリーン料金を30%値下げ。
1989年(平成元年)4月1日 消費税法施行に伴い、従前の通行税に代わり消費税を内包する形態となる。 そのため、従前まで通行税の税率10%から当時施行された消費税の3%へ変更されたため、料金の改定が行われた。 以降、消費税改定に関して、内税を採る関係から運賃・料金の改定が行われており、1997年(平成9年)4月1日に消費税が3%から5%へ税率変更に関して料金の変更が成されている。
また、翌2011年(平成24年)3月のE5系「はやぶさ」導入に際しグランクラス設定に伴う「グランクラス料金」も設定。アテンダントサービスの有無による料金を別途設定。
2011年(平成24年)3月12日 九州新幹線全通に伴う料金計算に際し、従前の新幹線改札内での営業キロ通算から東海道・山陽新幹線との境界駅である博多駅で打ち切り、新幹線区間毎の営業キロの計算の上合算または別に定める料金設定とした。以降、整備新幹線のうち管轄会社が異なる区間を含む北陸新幹線や北海道新幹線では境界駅となる上越妙高駅・新青森駅までの各会社利用区間ごとの料金計算の上、合算または別に定める料金設定とした。
2014年(平成26年)4月1日 消費税が5%から8%へ税率変更。料金が消費税分変更されているが、地帯区分の変更はない。
2019年(令和元年)10月1日 消費税が8%から10%へ税率変更に伴い、料金が変更。税金の種別としては異なるが、消費税10%は1989年(平成元年)以前の通行税10%(券面表記等では1割の表記)と同率となる。
2022年(令和4年)3月12日 東北・山形・秋田・上越・北陸の各新幹線とJR東日本管内の在来線特急の料金を改定。
2023年(令和5年)4月1日 JR九州管内の新幹線及び在来線特急の料金を改定。また、同日よりシーズン別の料金を設定。