アヴィス王朝
黒死病の流行前からポルトガルと隣国のカスティーリャ王国の関係は悪化しており、ポルトガル王フェルナンド1世はカスティーリャ王国の王位継承権を主張して3度の戦争を実施するが、戦争はポルトガルの敗北に終わる。戦争の結果ポルトガルの国土は荒廃し、戦後の和約でカスティーリャ王フアン1世とフェルナンドのただ一人の子であるベアトリスの結婚が取り決められたため、ポルトガルがカスティーリャに併合される可能性が生じた。
1383年10月にフェルナンド1世が没した後、ベアトリスがポルトガル女王に即位した。大貴族メネゼス家出身の王太后レオノール・テレス(英語版)が摂政となり、貴族らと共に専制政治が始まった。戦争に疲弊し、経済的に困窮する都市の下層民や職人層の反乱がベアトリスの即位前から各地で勃発し、都市下層民と一部の貴族はカスティーリャとの戦争で利益を得たレオノールとその寵臣であるオーレム伯アンデイロを悪政の元凶として敵視していた。
1521年に即位したジョアン3世は当初人文主義者を保護する姿勢をとっていたが、治世の後半にはイエズス会と反宗教改革の立場をとる保守的なキリスト教徒の意見を受け入れるようになり、教育機関への経済的援助を打ち切って人文主義者に処罰を与えた。異端審問所の設立と同時期に出版物への検閲が本格化し、1540年から検閲の規則がいくつか公布される。検閲制度による「思想税関」はプロテスタンティズムや新しい思想の流入を未然に阻止し、国内のカトリック信仰の統一の維持に大きな役割を果たした。1547年にイタリア、スペインの先例をモデルにした禁書目録が作成され、異端とされた書物、わいせつでふしだらなことが書かれた書物、魔術書、錬金術書が禁書とされた。ポルトガルの作家の作品の多くが「信仰と良俗に反する」ものと見なされて検閲の対象となり、カモンイス、ヴィセンテらの作品は禁書になり、あるいは一部分が削除された。1548年に創設されたコインブラ学芸学院はポルトガルの人文主義運動の拠点となっていたが、学院で教授される思想はイエズス会のネオ・スコラ思想の攻撃を受け、教授の一部は異端審問所によって追放される。
1555年に人文主義運動の中心地であるコインブラ学芸学院はイエズス会によって運営されるようになり、ジョアン3世から厚い保護を受けたイエズス会は上層階級での影響力を強め、ポルトガル国内の教育を一手に担うようになる。1559年に創設されたエヴォラ大学の運営はイエズス会に委任されており、聖職者が教授を務め、学生の大部分は聖職者の卵だった。異端審問所、イエズス会の活動、検閲制度はポルトガルの科学と文化の発展を停滞させ、思想の締め付けと同時に地下文学が生み出された。
ポルトガル国民の大部分はドン・アントニオを支持し、彼をスペイン王フェリペ2世に対抗できる唯一の人物と見なしていた。だが、経済的に困窮するポルトガルの貴族と聖職者はフェリペ2世に懐柔され、イベリア半島の統一による財政制度の強化を望む大ブルジョアジーはフェリペ2世を支持し、ブラガンサ公もスペインに屈服する。1580年6月にアルバ公フェルナンドが指揮するスペイン陸軍とスペイン艦隊がポルトガルに侵攻し、アントニオはリスボン、サンタレン、セトゥバルなどの都市でポルトガル国王即位を宣言した。8月25日にアルカンタラの戦いで勝利を収めたフェルナンドはリスボンに入城し、1580年内にアソーレス(アゾレス)諸島を除くポルトガルがフェリペ2世の支配下に入る。
1581年4月にトマールで開催されたコルテスでフェリペ2世の即位が承認され、事実上ポルトガルはスペインに併合される。
1583年にはアソーレス諸島もスペインの占領下に入り、フランスに亡命していたアントニオはフランスとイングランドにスペイン領となったポルトガルへの攻撃を依頼した。アルマダの海戦でスペイン艦隊に勝利を収めたイングランド艦隊はリスボンを攻撃するが、戦果を挙げることはできず、またフェリペ2世はポルトガルに寛大な統治を敷いていたために民衆の蜂起も起こらず、1595年にアントニオが没するとフェリペ2世はポルトガル国王として公認される。1640年までハプスブルク家のフェリペ2世直系の人物がポルトガル王とスペイン王を兼位する状態が続き、イベリア半島に同君連合(イベリア連合)が成立した。
スペイン王フェリペ2世
ドン・アントニオ
1505年以後、インド副王フランシスコ・デ・アルメイダと総督アフォンソ・デ・アルブケルケの指揮下でインド洋沿岸での交易拠点が拡張される。紅海を監視下に置くために1503年にソコトラ島にポルトガルの要塞が建設され、1515年にはペルシア湾沿岸の商業都市ホルムズがポルトガルの支配下に入った。1510年にポルトガルは胡椒の主生産地であるマラバール海岸のゴアを征服してインド方面の植民地の首府とし、1511年に東南アジア最大の交易センターであるマレー半島のマラッカを占領し、マラッカ王国を滅ぼした。1505年からポルトガルは北アフリカ沿岸部の都市を征服し、アガディール近郊のサンタ・クルス・ド・カボ・デ・ゲからアジムール(ムライ・ブ・サイブ)、タンジェまでのモロッコ海岸部は事実上ポルトガルの支配下に置かれ、南に進む船舶がイスラム教徒の海賊船に襲撃される危険が取り除かれた。
1518年にシナモンの産地であるセイロン島のコロンボ、1522年にクローブの産地であるモルッカ諸島のテルナテ島にポルトガルの要塞が建設され、モルッカ諸島の領有権を巡ってスペインとの対立が起きるが、1529年に締結されたサラゴーサ条約によってスペインは35万ドゥカートの受領とフィリピンの領有と引き換えにモルッカ諸島の領有権を放棄した。ポルトガルの進出と並行してキリスト教の布教活動も行われ、ゴアなどの重要な拠点には司教座と神学校(セミナリオ、コレジオ)が置かれ、イエズス会はポルトガル国王の保護を受けてアジアでの布教活動を行った。