ファージディスプレイ
ファージとしてはM13ファージ、fdファージなどが用いられる。例えば、M13ファージの場合、目的のタンパク質またはペプチドをコードするDNAをコートタンパク質pIIIまたはpVIII遺伝子に連結する。このファージの遺伝子を大腸菌に形質転換し発現させる。さらにファージ粒子を形成させるために正常なpIII・pVIIIを持つヘルパーファージを感染させれば、目的のタンパク質をディスプレイしたファージ粒子が放出される。最近ではヘルパーファージでなくpIII・pVIIIを発現する大腸菌を利用する方法もある。
アフィニティセレクションでは、標的物質をマイクロタイタープレートの表面などに固定化しておき、そこにファージを含む液を加えて反応させ、さらに洗う。すると結合したファージは残り他のものは洗い流される。結合したファージを溶出して回収し、これをヘルパーファージとともに大腸菌に感染させて増やす。これを繰り返せば次第に強く結合するファージが濃縮されていく。この過程を「砂の中から砂金を洗い出すこと」になぞらえパンニング(panning)と呼ぶ。
ある生物から作製したDNAライブラリを使って特定のタンパク質やDNAと相互作用するタンパク質を探索するのに広く用いられる。
タンパク質間相互作用の網羅的な解明にも利用できるが、この目的には偽陽性のより少ないトゥーハイブリッド法を用いることが多い。
抗原に対して動物への免疫やハイブリドーマを用いずに、ファージディスプレイで抗体遺伝子のライブラリからモノクローナル抗体を得る方法も開発されている。
このほか、種々の改変を加えたタンパク質や、さらにはランダムなアミノ酸配列をコードするライブラリを使って標的に結合するタンパク質・ペプチド(ペプチドアプタマー)を人工的に改良または創成する(人工的進化)のにも用いられている。