サイバー防護隊
2001年(平成13年)1月:e-japan戦略における防衛庁(当時)の施策として陸上自衛隊通信団内にサイバーテロ対処部隊を編成することを決定。
2003年(平成15年)3月27日:準備組織としてシステム防護技術隊を編成。
システム防護隊
2005年(平成17年)3月28日:システム防護技術隊をシステム防護隊に改編。
サイバー防護隊
2021年(令和 3年)3月18日:
システム防護隊をサイバー防護隊に称号変更。
西部方面システム通信群隷下の第301システム防護隊と東部方面システム通信群隷下の第302システム防護隊をサイバー防護隊隷下に編合。
2022年(令和 4年)3月17日:第303システム防護隊を伊丹駐屯地で新編し、サイバー防護隊隷下に編合。
(時期未定):未編成の北部方面隊・東北方面隊にシステム防護隊を新編予定。