フレッシュネスバーガー
ごはん処 おはち - 和定食(事業譲渡) 飲食再生集団コンバージョンに譲渡後、2009年7月にコンバージョンは自己破産。
街の弁当屋 - 中食・持ち帰り弁当(閉店)
きつね屋 - 価格帯600円から800円のうどん店(閉店)
純喫茶タンゴ - 昔ながらの喫茶店をコンセプトにしたカフェ(閉店)
プリッツェルプリッツエル - プレッツェル専門店(閉店)
その後は多店舗展開を目指してフランチャイズ (FC) 展開を開始し、1995年にフランチャイズ1号店がオープン。翌1996年2月には10店、1998年5月には50店、2000年には100店にまで拡大した。2006年には新光証券系列の投資ファンドが筆頭株主となり、株式上場を目指した。店舗数はピーク時の2007年3月には192店に達した。
しかし急速な店舗網拡大により業績悪化に陥ったため、2007年11月にユニマットグループ入りし、2009年にはユニマットホールディングの傘下入りした。
創業者で初代社長となった栗原幹雄は、2012年8月に株式会社フレッシュネスの代表取締役を退任。翌2013年3月にフライドグリーントマト株式会社を設立し、同年4月に株式会社ピーターパンコモコ代表取締役社長に就任、2017年8月にはグリーンズプラネットオペレーションズ代表取締役に就任している。
ユニマットグループ入り後は不採算店舗の整理を進め、2013年4月時点では170店舗に減少したが、2015年度の最終利益は赤字となった。翌2016年9月末時点の店舗数は159店となり、うち3分の2がFC店であった。
同社では創業以来、画一的なチェーン店とは異なる手作り感を売りにした「こだわりのハンバーガー」を追求してきたが、高コストによる低収益体質から店舗改装などへの投資が滞っていた。これを克服すべく、2014年頃から新商品の投入や既存店舗のリニューアルを進め、2016年4月にはメニューを改定して一部商品の販売を休止するなどして、効率化と収益力改善に取り組んだ。