秩父丸
1943年(昭和18年)4月15日に神戸からバリクパパン(ボルネオ島)へ向け出航したのが最後の航海となった。佐世保に立ち寄り、平島型敷設艇4番艇「鷹島」に護衛されて4月19日16時出発。佐世保出港時の乗客は2234名と兵員約500名、物資3000トンだったという。 22日午前中、2隻(鷹島、鎌倉丸)は最初の経由地高雄に到着。マニラに寄港するまでは護衛艦が随伴したが、「鷹島」の最大発揮速力は14ノットで、本船も13ノットに速力を落とさなければならなかった。第一海上護衛隊と協議した結果、「鷹島」は別の船団を護衛して内地に帰投することに決定。マニラ以後、23日以降は単独航海に切り替え、27日もしくは30日のバリクパパン到着を予定していた。安全と見られていたスールー海に入り18ノットでバリクパパンを目指した。 生存者によれば、駆逐艦1隻が28日午前零時まで護衛していたという。 4月28日午前2時頃、パナイ島ナソ岬南西30海里(北緯10度18分・東経121度44分)付近に差し掛かったところで、浮上接近してきたアメリカの潜水艦ガジョン (USS Gudgeon, SS-211)の発射した魚雷2発が、鎌倉丸右舷に命中した。日本側乗員は攻撃を受けるまでガジョンを察知できず、被雷後に自衛用の砲を発砲している。
本船が神戸に帰着した1941年(昭和16年)8月17日、同日付で「鎌倉丸」は日本海軍に徴用された。 前述のように航空母艦への改装候補でもあったが、船齢がやや古いことやディーゼル主機で速力に余裕が無いことを考慮して見送られている。本型3隻(浅間丸、龍田丸、秩父丸)用に開発されていた艤装は、新田丸級貨客船/大鷹型航空母艦3隻〔新田丸(冲鷹)、八幡丸(雲鷹)、春日丸(大鷹)〕の空母改装時に流用された。
特設運送船となった「鎌倉丸」は、太平洋戦争勃発後、主に南洋諸島方面への人員や重要物資の輸送任務に従事した。自衛用の武装として、船首と船尾の砲座に火器が据えられたほか、敵潜水艦や魚雷のスクリュー音を探知するための水中聴音機も装備されていた。 優れた速度を生かせば敵潜水艦の攻撃を回避できると期待されたことや高速護衛艦の不足から、護送船団には加入せず単独航海をすることが多かった。護衛がつく場合もあり、1942年(昭和17年)6月29日には最新鋭の秋月型駆逐艦1番艦「秋月」に護衛されて横須賀を出発。スラウェシ島(セレベス島)マカッサルまで航海すると、7月17日に佐世保に帰投した(秋月は7月18日横須賀着)。
戦時中の特別な任務では、1942年(昭和17年)8月に日英交換船として本来の客船らしい航海を行っている。第1回日米交換船では日本側から浅間丸が参加していたが、日英交換船では鎌倉丸が龍田丸とともに日本側を担当することになった。7月25日、一時的に海軍から徴用を解除される。舷側に日の丸、船体各所に交換船であることを示す白十字の識別塗装を施され、船尾と上部構造物側面には白十字の識別標識が取り付けられた。
浸水は救命艇を降ろす間もなく急速に進んだ。午前2時15分、「鎌倉丸」は船首を棒立ちさせて沈没した。 沈没地点記録、パナイ島ナソ岬西方約5マイル北緯10度25分 東経121度50分 / 北緯10.417度 東経121.833度 / 10.417; 121.833。米軍潜水艦は生存者に砲撃と機銃掃射をおこなったあと、幾名かを捕虜として潜没したという。 生存者は海面に残った救命艇2隻と伝馬船1隻、筏などを頼って漂流した。本船は単独航海であったため遭難地点が特定できず、救助が遅れた。5月2日、捜索中の日本海軍機が救命艇を発見。特設砲艦の木曽丸・武昌丸と特設掃海艇の第2京丸によって救助活動が行われたが、マニラ出港時の乗船者約2,500名(主に海軍の軍人・軍属。女性150名を含む)のうち収容された生存者は465名だけであった。大内健二によれば乗員を含む死者は2,176名で、太平洋戦争中の日本輸送船で13番目に死亡人員が多い事例となった。
「鎌倉丸」沈没の報告を受けた高松宮宣仁親王(海軍大佐、昭和天皇弟宮)は「輸送ト護衛ノ不一致組織ハ次ギ次ギニカヽカル事故ヲ生ゼシムル主原因ナリ。速ニ海、陸、民船ヲ統制シ、護衛ト一手ニ実施管制スル組織ヲツクルコト肝要ニシテ、先ヅ海軍内ニテノ統一ヲ断行セザルベカラズ」と総括している。