上野俊一
得られた標本はすぐに上野の元に届き、森本義信はもちろん、三浦や上野自身も兵庫県と京都府を中心に調査を進め、追加個体が得られた結果、1957年に新科(Phreatodytidae)新属新種のムカシゲンゴロウ Phreatodytes relictus S. Uéno, 1957と、ケシゲンゴロウ亜科の新属新種メクラゲンゴロウ Morimotoa phreatica S. Uéno, 1957とその亜種ミウラメクラゲンゴロウ Morimotoa phreatica miurai S. Uéno, 1957として記載されるに至った。 メクラゲンゴロウ属の学名、Morimotoaは森本義信に献名されたものである。
当然これらの新種は昆虫学界における大ニュースとなり、様々な研究者が地下水での可能性に注目するきっかけとなった。 後に九州大学の教授となる森本桂が高知県高知市の実家周辺の井戸での調査を行い、新種のメクラゲンゴロウとムカシゲンゴロウを採集している。後年、1996年に上野によってオオメクラゲンゴロウ Morimotoa gigantea S. Uéno, 1996、トサメクラゲンゴロウ Morimotoa morimotoi S. Uéno, 1996、トサムカシゲンゴロウ Phreatodytes sublimbatus S. Uéno, 1996として新種記載されるなど、地下水性昆虫相研究において、極めて大きな影響を与えたといえる。
1968年(昭和43年)、 その後はさらに研究を進め、1975年(昭和50年)には日本洞窟学会の立ち上げに参加する。
1978年(昭和53年)、『洞窟学入門 暗黒の地下世界をさぐる』を出版。日本で初めての洞窟学・洞窟生物学の入門書として知られ、洞窟性甲虫類に関する啓蒙的記述を著している。
1985年(昭和60年)には『原色日本甲虫図鑑 II巻』を発行。日本の甲虫研究の金字塔であり、現在に至るまで類似の書籍が無い極めて優れた図鑑である。
1986年(昭和61年)に自ら立ち上げた日本洞窟学会の会長に就任、1987年(昭和62年)には国立科学博物館動物研究部昆虫第二研究室長に就任した。 1986年から1989年には日本洞窟学会、1989年から1992年には日本鞘翅学会、1991年から1992年には日本昆虫学会のそれぞれ会長を歴任した。 1993年(平成5年)からは日本鞘翅学会英文誌『Elytra』の編集委員長に就任し、2010年まで務めた。 1994年(平成6年)に国立科学博物館動物研究部長に就任した後、1995年(平成7年)に退任。その後は動物研究部の名誉研究員として在籍した。
1990年代から2000年代には、日本はもちろん、中国やインドシナ半島での洞窟性・地下浅層性チビゴミムシの解明にも力を注ぎ、多数の論文を発表した。 中でも、DongodytesやGuizhaphaenopsの新種などに代表される、極めて特徴的な形態を持った真洞窟性メクラチビゴミムシの研究は特筆に値する。これらの調査で、複数の新属新種を含む、多数の新種を記載し、中国のチビゴミムシ相の解明に大きく貢献した。
特に中根猛彦との関係は良くなかったようで、上野と共にチビゴミムシの研究を行っていた吉田正隆も、具体的なエピソードと共に「どうも中根さんと上野先生の間には何かあるようだと察した」と記している。
このころには、上野は昆虫学界でチビゴミムシ研究の第一人者として注目されるようになっており、1963年までの論文の本数は88本にも及んだ。
1967年(昭和42年)8月、上野は京都大学によるマレーシアとタイと生物相調査に参加した。しかし、8月9日、タイ・チャンタブリー県での調査の際、上野は交通事故に遭い、右手を骨折してしまう。すぐにバンコクの病院に運ばれ、手術が行われた。 幸い、手術は成功したが、1ヶ月の入院を余儀なくされる。その間に、京都大学の調査団は帰国してしまった。 入院生活から解放されると、上野は3ヶ月間にわたり、腕を吊った状態で単独でタイ北部の洞窟の調査を続けたが、不自由な腕では満足な調査はできなかったという。
帰国してすぐの1967年12月にはハーバード大学のP. J. Darlingtonに客員研究員として招かれ、渡米する。Darlingtonの研究室には、南アメリカのチビゴミムシの標本が極めて充実しており、感銘を受けたと述べている。また、アメリカの洞窟も調査したほか、Darlingtonから指導を受け、議論ができたことは上野にとって大きな財産となった。
1968年(昭和43年)に帰国した。また、同年、国立科学博物館動物研究部の昆虫担当の研究員に正式に異動する。