プロトデビルン
5月、バロータ軍は計画実行のため住民の拉致を陽動として行い、その隙に旗艦マクロス7の居住区画シティ7のフォールドシステムを占拠し、戦闘区画の可変ステルス攻撃宇宙空母バトル7から切り離してフォールドさせる。シティ7市長ミリア・ファリーナ・ジーナスやバサラらの妨害によりバロータ軍の手に落ちることは免れるが、バサラの緊急避難的行為によりフォールドシステムが破壊され、長期にわたり宇宙空間での漂流を余儀なくされる。6月、シティ7において捕獲されたバロータ軍の捕虜が検査の結果地球人であることが判明、さらにバサラの歌に反応して断片的ながら意識を取り戻す。同じころ、マクロス7船団は独断で動いたギギル艦隊の襲撃を受け、バトル7が初のトランスフォーメーション(変形)を行い、これを撃退する。7月、ギギルの独断により覚醒したプロトデビルンの1体シビルがバサラと初遭遇、これを「アニマスピリチア」と認め、歌を聞いて異常な反応を示し撤退する。バサラに興味を抱いたシビルはゲペルニッチの指揮下を離れてシティ7内に潜入することになり、バサラへの接近を試みては、その歌に反応し撤退することを繰り返す。8月、シティ7は恒星α1101の重力圏内に捕まったところをバトル7に救出され、船団に復帰する。
バロータ軍はゲペルニッチが乗る約4,000m級の「艦隊旗艦宇宙空母」を中核とした艦隊を構成しており、そこを拠点に活動する。所属する各艦は地球の艦艇を改造したものとされる。その規模について、劇中では統合軍側が把握する戦艦の数が「7万」と言及される。後年に発売された『マクロス・クロニクル』において各艦と可変機の推定配備数が記されているが、その総数は「7万」に遠く及ばないものとなっている。『マクロス・クロニクル』の別シートにおいては、マクロス5船団を取り込み規模を拡大したとされている。
艦艇デザインはいずれも宮武一貴が手掛けている。各艦は敵味方でデザインを明確に区別するという宮武のコンセプトのもとに、「綾織」のラインを取り込んでいる。艦艇が共通して持つ放熱板は帆、あるいはガレー船の櫂をイメージしている。艦隊旗艦宇宙空母は正面から見たときに鬼の面に見えるデザインとなっている。
以下に挙げる艦種名は『マクロス7 アニメーション資料集』(小学館、1995年、180 - 190頁)の表記に従う。資料によっては異なる表記も見られる。
その後もプロトデビルンは計画実現に必要なアニマスピリチア(バサラ)を捕獲するため、幾度もマクロス7船団を襲撃する。惑星ラクス消滅以来、一般市民の間には不安が広まり、統合軍内部では銀河条約により封印された反応兵器の実戦使用が検討されはじめる。2046年1月、サウンドフォースによるプロトデビルン捕獲作戦が実行され、これに対しガビルとグラビルは本来の姿「ガビグラ」となって攻勢に転じるが、単独で行動するシビルの介入を受け撤退する。
2月、報告を受けた地球の統合軍本部は反応兵器の使用を許可し、マクロス7船団のみでプロトデビルンの本拠地を壊滅するよう命じる。事実上捨て駒となったマクロス7は、船団長マクシミリアン・ジーナスが立案・指揮する少数精鋭による奇襲作戦「オペレーション・スターゲイザー」を敢行するが、プロトデビルンの殲滅には失敗する。
戦役の最終局面、新たに覚醒したゴラムとゾムドがマクロス7船団を襲撃する。その際、バサラは自身の救援に現れ消耗しきったシビルにスピリチアを与え、危篤状態に陥る。
3か月後、星間共和国はこのエネルギー生命体に「プロトデビルン」と名付け、内戦を停止し全面対決を開始、プロトデビルンに操られたプロトカルチャーに対抗するため、ゼントラーディに施されていたプロトカルチャーへの手出しを禁じる基本命令を解除する。
P.C.2872年、プロトデビルンの出現から9か月程度でプロトカルチャーの85%以上の生命が失われ、一方プロトデビルンはあまりにもスピリチアを吸収しすぎたために銀河全体のスピリチア量が大きく減少し、食料を失い衰弱していった。その戦いのなかで「アニマスピリチア」と呼ばれる者たちがプロトデビルンの力に影響を与える存在であることが判明し、残存するほぼすべてのアニマスピリチアが投入され、プロトデビルンは先進科学惑星の特殊チャンバーに封印された。しかし、すでに星間共和国のネットワークは完全に崩壊しており、ゼントラーディへの基本命令を再発令することが不可能となっていたため、ゼントラーディの暴走を止めることができず、プロトカルチャーは絶滅していった。
以降50万年のあいだ封印され続けたプロトデビルンであるが、監察軍の残した宇宙艦(のちのSDF-1 マクロス)、そしてゼントラーディ人との接触(第一次星間大戦)を契機に銀河規模での繁殖を始めた地球人類の影響によってふたたび活動を開始することになる。
バロータ軍が使用する可変戦闘機(可変攻撃機、可変戦闘爆撃機を含む)は、いずれも統合軍に配備された機体を改造したものと推定されるという設定である。それぞれバトロイド形態の頭部にスピリチア吸収ビーム発射装置が取り付けられている。推定配備数は艦艇同様『マクロス・クロニクル』による。
シリーズ前半に登場する可変戦闘機「エルガーゾルン」のバトロイド(人型ロボット)形態、シリーズ後半に登場する可変攻撃機「パンツァーゾルン」は宮武一貴の、エルガーゾルンのファイター(戦闘機)、ガウォーク(中間)形態、シリーズ後半に登場する可変戦闘爆撃機「ザウバーゲラン」は河森正治のデザインによるもの。エルガーゾルンのデザインは『天空のエスカフローネ』の原案となった企画「空中騎行戦記」の機体が原型になっている。