鉄道管理公団 (チェコ)
このためチェコ鉄道株式会社以外の民間の列車運行認可事業者各社でつくる鉄道事業者協会(Sdružení železničních společností)は2005年に声明を発表し、スロバキアなど周辺諸国で完全実施されているオープンアクセスオペレーター化がチェコでは骨抜きにされており、民間事業者に著しく不公正で、EU指令91/440号に違反していると名指しで批判する事態となった。
チェコ政府は2008年になって、チェコ鉄道株式会社および鉄道輸送路線管理公団法を改正し、同年7月1日、法律で定める国鉄線における国鉄事業を行う法人をチェコ鉄道から鉄道輸送路線管理公団に変更。保線業務などの管理業務についてチェコ鉄道株式会社から切り離して公団が直接所管することにしたが、その後もチェコ鉄道株式会社は列車制御や指令業務などの運行管理業務を掌握しつづけた。
こうした事態を受け、欧州委員会は2010年、EU指令91/440号をいまだに遵守していない13か国の1つとしてチェコ政府を欧州司法裁判所に提訴したため、政府は急きょ残る業務も公団に移管することを決定。さらにチェコ鉄道が手放そうとしなかった駅施設などのインフラストラクチャーの所有権や地上営業業務についても、段階的にチェコ鉄道株式会社から鉄道輸送路線管理公団に移され、両事業の完全な分離は2010年代後半までかかることとなった。