ジンコウガクエン
後日のアップデートにおいて、本来のゲーム起動用の実行ファイルとは別に同梱されたAAXPlay.exeを用いることで、ゲーム内オプションとして、登場人物の移動速度や友好関係のバランスを意図的に変化させたり、キャラクターの動作の一部に制限を設け、異なるプレイスタイルを楽しむことができる。同プログラムはほかにも授業時間の短縮や、会話の割り込み禁止、オートプレイなどを可能にする。
基本的にはゲーム開始までの流れに変更はない。曜日の概念が取り入れられたことで学校内のスケジュールが日毎に変化するようになっている。平日の午前は教室での座学、午後はグラウンド、体育館、プールをローテーションする体育の授業である。また土曜に相当する日は授業は午前のみ、さらに隔週で学力検査、体力測定、部活動大会がローテーションで設定されており、今までの知力、体力の積み重ねの結果でキャラクターごとに判定が記録されるようになった。
部活動には前作からの運動部に加え文化部(茶道部、吹奏楽部)、帰宅部などが追加されたほか、名称のカスタマイズで任意の部活動も追加できる。それぞれの部活動は体力や知力に影響する。セックスシーンもコマンド選択式に変更され、キャラクターの個性によって体位などに好みが分かれるようになっている。
イベントでは前作と同様のものに加えて週末のデートが追加。キャラクターのゲームからの退場イベントについても、担任教師の不祥事による辞職、妊娠による中途退学が加えられた。また、敵対する学生たちと喧嘩で勝負し、学園最強の座を得るという遊び方も可能である。
また、ゲームの根幹となる好感度についても、前作のような単一の数字の大小でなく、該当人物とのやり取りから算出された、感情を示す複数のマスクデータからなっており、より奥が深くなっている。