3001年終局への旅
31世紀初頭、エッジワース・カイパーベルトで1隻の彗星捕獲船が謎の漂流物体を発見する。それは、およそ10世紀前にHAL 9000の反乱によりディスカバリー号の傍からはじき飛ばされた、乗員のフランク・プールであった。彼は超低温の仮死状態に陥っており、回収後、地球軌道上で蘇生される。
復活したプールは、1000年後の世界の驚異を目の当たりにしながらも、その世界へと順応していく。やがて、彼を回収した彗星捕獲船船長の協力でエウロパに降り立ったプールは、いまやエネルギー生命体としてモノリスの虜になった旧友デイヴィッド・ボーマンとHAL 9000に再会する。
30年後、平穏な生活を送っていたプールにボーマンがコンタクトを取り、モノリスが数百光年彼方の主人の命によって人類を滅ぼそうとしていることを告げる。最大の危機に対し、人類は意外な方法で反撃を試みる。
テラフォーミング計画が始まって300年ほど経つが、まだ厚い雲海に覆われており、彗星は地表へ衝突する前に蒸発してしまう。すでに人類が基地を構えている模様で、彗星の降下を見守るプールと金星基地とのやり取りが描かれている。
2304年に地球へ落下した小惑星。津波で数百万人が死亡したほか、大規模なEMPが発生して電子化された記録の一部が消えてしまった。