航海遠略策
さらに4月11日には久坂が藩重役に対し、12箇条からなる長井の弾劾書を提出している。藩論の分裂を恐れた毛利慶親は、長井に江戸帰府を命令。4月13日に島津久光が入京するのと入れ違うように、翌14日長井は京を退去した。
さらに久坂らの朝廷工作は続き、前年に長井が正親町三条実愛に提出した書面に現朝廷を誹謗した文言があると攻撃。これを受けて朝廷は5月5日、不快感を表す(謗詞一件)。長州藩は朝廷に謝罪するとともに6月5日長井の中老職を免じ、帰国させる。7月入京した毛利慶親は重臣と相談の末、長州の藩論を航海遠略策から破約攘夷へ転換することを決定。ここに至って長井の政治工作は完全に破綻した。幕府側で航海遠略策を支援していた久世広周も6月2日に罷免され、朝廷側でこれを主導した正親町三条実愛も翌年に権大納言・議奏を辞職に追い込まれている。
11月15日、長井は切腹を命じられ、翌文久3年(1863年)2月6日自害した。以後、長州藩は尊王攘夷の最過激派として、八月十八日の政変まで京都政局を主導することになる。しかしその後薩英戦争や四国艦隊下関砲撃事件などを通じて攘夷の不可能性が知れ渡り、開国が不可避となるに従い、航海遠略策の思想は歴史的役割を終えた。