日本分子生物学会
大阪大学生命機能研究科の論文捏造事件で内部告発者が自殺したのを受け、論文捏造問題の解消を目指した若手教育シンポジウムを年会で2007年から5年間開催した。
しかしながら、その若手教育を担当していた東京大学教授の研究室から、捏造が疑われる不自然な酷似画像を含む論文が20報以上見つかることが2012年の元日頃に2ちゃんねるにおいて発覚した。11jigenによる告発を経て、東京大学教授は東京大学を引責辞職した。理事は深刻な捏造問題の当事者に若手教育を行なわせていたことを2012年年末の学会において謝罪した。
2013年年末の年会では、文部科学省職員やNature編集部およびマスメディアも招いた研究倫理問題のシンポジウムが三日間に渡り行なわれた。
2014年2月上旬に発覚し社会な大ニュースとなったSTAP細胞の論文不正事件については、理事会が声明を何度も発表した。分子生物学会が笹井芳樹の自殺原因となった可能性について理事長は否定した。
2013年年会に関して作られた掲示板を舞台にして2015年年初に起きた匿名Aによる論文大量不正疑義事件については何も対応を行っていない。2015年からの第19期理事会は、過去の分子生物学会の研究倫理問題についての取り組みの正当性について疑問を呈したとされている。
2016年のOrdinary_researchersによる論文大量不正指摘事案については、Ordinary_researchersからの告発文を受理したことを認めた。東京大学からの調査結果の報道後の2017年8月4日に、不正認定された論文と不正認定されなかった論文の双方に遺憾の意を示し、研究倫理教育に今後も努める旨を記した声明をホームページに掲載した。
2019年1月に第21期理事長に就任した学習院大学の阿形清和は、理事長就任直後の挨拶で、論文捏造問題への対応については第20期の理事会で終止符が打たれたと主張した。