桜木町駅
その後、複合ビルの詳細が同年9月に発表され、高層部(3-12階)には「JR東日本ホテルメッツ 横浜桜木町」、低層部(1-2階)には店舗・子育て支援施設などからなる「CIAL桜木町 ANNEX」を配置するとしている。この他、新改札付近から2020年に新市庁舎が完成する北仲通地区方面に向けて大岡川を横断するペデストリアンデッキ「さくらみらい橋」の整備も進める。新改札の設置により同地区や野毛地区、馬車道地区といった周辺地区の結節点として回遊性の向上や駅混雑の緩和などが期待されている。
2020年1月、JR東日本は駅南側に隣接する複合ビルの名称を「JR桜木町ビル」とし、同ビルと付近に設置する新改札の供用開始時期について同年6月下旬を予定していること、初代横浜駅の跡地であることにちなんでビル1階に旧横濱鉄道歴史展示「旧横ギャラリー」を開設することを発表した。
2020年3月、JR東日本は「JR桜木町ビル」に併設されるホテル「JR東日本ホテルメッツ 横浜桜木町」(274室)、商業施設「CIAL桜木町 ANNEX」および付近に位置する「新南口(市役所口)」(ICカード専用改札口)を同年6月27日に開業・供用開始すると発表し、予定通り同日に開業・供用開始となった。2020年6月25日には、当改札口前から北仲通方面(横浜市役所方面)へ結ぶ、ペデストリアンデッキ「さくらみらい橋」も開業・供用開始している。
JR桜木町駅東口の駅前広場にあり、JRまたは地下鉄の駅からは徒歩1分。
駅舎は地上にあり白とグレーを基調とする。既存の広場機能とバス停への配慮から、乗降場は駅舎の2階にあり、ピロティ形式としている。2階部分の外壁はガラス張りであり、駅前広場を見渡せる展望機能も設けられている。乗降場の上部にはフライルーフがある。
1989年の横浜博覧会開催に伴い駅舎の移転が行われる以前の旧改札口は、「鉄道創業の地」記念碑が現在設置されている広場付近(地下道の入口横)にあった。なお、2020年には新たな改札口(新南口)が開設されたが、場所はこの旧改札口付近となる。 開催期間中、JR東日本は駅前で「夢空間'89」というイベントを開催し、試作寝台客車3両の公開を行なった。駅改札近くには「さかさま小路」と呼ばれる人や自動車が逆さまになった彫刻などが展示されていた。この展示はいすゞ自動車が製作したもので、当時発売されていた自社製乗用車(ジェミニ・ピアッツァ)がモデルとなっている。
1998年、JR東日本の駅が関東の駅百選に選定された。選定理由は『明治5年に開業した鉄道発祥の地の駅で、現在は「みなとみらい21」都市の玄関口となっている駅』。横浜市営地下鉄と当時存在した東急の駅は選定の対象になっていない。
鉄道発祥の地であるため、駅構内コンコース柱には歴史を紹介する展示がある。製作はプラムデザイン。 かつては、日本の鉄道の恩人エドモンド・モレルの碑も駅構内コンコース柱に展示されていたが、2020年6月に旧横ギャラリーに移設された。
2007年9月14日から2010年3月31日まで、旧東急東横線桜木町駅舎を改修した展示・イベントスペース「創造空間9001」が開設されていた。この9001の名称は、東横線桜木町駅の廃止の日に最後に入線した渋谷発桜木町行最終電車に充当された9000系9001Fの渋谷方先頭車のクハ9001に因んで命名された。
みなとみらい・馬車道方面
クロスゲート 横浜桜木町ワシントンホテル
ヒューリックみなとみらい(旧称:TOCみなとみらい/CIAL桜木町と屋根伝いに接続) コレットマーレ 横浜ブルク13 ニューオータニイン横浜プレミアム
富士ソフト本社ビル
横浜桜木郵便局
横浜みなとみらい21 日本丸メモリアルパーク 横浜みなと博物館(旧称:横浜マリタイムミュージアム) 展示ドック(重要文化財〈旧横浜船渠株式会社第一号船渠〉) 帆船日本丸(重要文化財) 汽車道(横浜港駅への貨物支線廃線跡地を活用したもの) 横浜ワールドポーターズ よこはまコスモワールド 横浜ハンマーヘッド(新港ふ頭客船ターミナル複合施設) 横浜赤レンガ倉庫(当駅から徒歩約15分) 横浜ランドマークタワー(駅前と動く歩道で接続) 横浜ロイヤルパークホテル ランドマークプラザ ドックヤードガーデン(重要文化財〈旧横浜船渠株式会社第二号船渠〉) クイーンズスクエア横浜 横浜ベイホテル東急(旧称:パンパシフィックホテル横浜) みなとみらい駅(横浜高速鉄道みなとみらい線) MARK IS みなとみらい 横浜国際平和会議場(パシフィコ横浜) ヨコハマグランドインターコンチネンタルホテル 日石横浜ビル 横浜銀行本店ビル ぴあアリーナMM 横浜美術館 三菱重工横浜ビル 三菱みなとみらい技術館
島式ホーム1面2線の地下駅。副名称は「横浜市役所下車駅」。
改札口はぴおシティの地下3階、ホームは新横浜通り直下の地下4階にある。当初はぴおシティ地下3階にホームを設ける予定であり、それを前提に1963年にぴおシティが建設された。しかし横浜市営地下鉄関内駅東側の大江橋付近で首都高速神奈川1号横羽線と干渉したため、関内駅周辺の線形を変更した上で当初の計画よりもさらに深い位置を通ることになった。しかし駅の設置場所をビルの地下3階から地下4階に変更すると、駅の構造体にかかる荷重が過大になり建設費用がかさむことから、ホームだけを新横浜通り直下の地下4階(海抜 約-20m)に設置することになった。
JR桜木町駅とは、地下道「野毛ちかみち」で南改札と、別の地下道で新南口改札と、つながっている。