藤寄駅
地上駅。廃止時は2階建ての駅舎や機関区、貨物ホームがあるのみで、貨物の発着はなくなっていた。貨物ホームには海上コンテナ荷役用のトップリフターが1台配備されていたが、有効活用されていなかった。その他、機関区は第一建設工業の保線車両を整備・保管している。
1998年(平成10年)10月、駅から4 kmほど北方の北蒲原郡聖籠町東港5丁目に新潟鐵工所新潟構機工場が開設された。同工場で製造された鉄道車両は工場から陸送で駅に持ち込まれた後、藤寄駅から甲種輸送列車として発送されることとなり、その第1号となる列車が1999年(平成11年)3月24日に出発した。新潟鐵工所は鉄道車両を新潟市内の大山工場で製造し、隣接するJR東新潟港駅から発送していたが、工場の移転に伴い藤寄駅からの発送に変わった。新潟鐵工所新潟機構工場は2003年(平成15年)以降新潟トランシス新潟事業所となっているが、新潟臨海鉄道の廃止後も旧藤寄駅から新造した車両を発送する体制を継承している。なお旧機関区については第一建設工業が借用し、モーターカー等の保守用車を整備している。