オープンリーディングフレーム
OrfPredictorは、発現配列タグ(Expressed Sequence Tag、EST)由来の配列から、タンパク質翻訳領域を特定するために設計されたウェブサーバーである。BLASTXでヒットしたクエリ配列の場合、このプログラムはBLASTXアライメントで特定された翻訳リーディングフレームに基づいて翻訳領域を予測し、そうでない場合は、クエリ配列の固有信号に基づいて最も可能性の高い翻訳領域を予測する。その出力はFASTA形式の予測ペプチド配列と、クエリID、翻訳リーディングフレーム、翻訳領域の開始と終了のヌクレオチド位置を含む定義行である。OrfPredictorは、特に大規模なESTプロジェクトにおいて、EST由来の配列アノテーションを容易にする。
ORF Predictorは、上記の2つの異なるORF定義を組み合わせて使用している。これは、開始コドンで始まり、停止コドンで終わる一続きを検索する。追加の基準として、5'非翻訳領域(UTR=untranslated regionまたはNTR=nontranslated region)で終止コドンを検索する。
orfipyは、Python/Cythonで書かれたツールで、ORFを非常に高速かつ柔軟に抽出できる。orfipy は、プレーンまたはgzip圧縮されたFASTAおよびFASTQ配列を扱うことができ、ORF検索と微調整オプションを提供する。オプションには開始および停止コドンの指定、部分的なORFの報告、カスタム翻訳テーブル使用を含む。その結果は、スペース効率が高いBED形式を含め、複数の形式で保存できる。orfipyは、デノボ・トランスクリプトーム・アセンブリー(De novo transcriptome assembly(英語版))のような、複数の小さなFASTA配列を含むデータに対して特に高速である。