ポンキッキ
後にプレゼントは無くなり、仕事体験のみとなった。
ラッキーでハッピー(2007年冬) ウエンツとガチャピン・ムックが保育園や幼稚園などに訪問し、「ラッキーでハッピー」のダンスをする。最終回はこれまでのダンスがダイジェストで放送された。
みんなのリクエスト(2006年夏のみ) ウエンツが視聴者から届いた歌のリクエストを紹介するコーナー。
中国語教室(2006年夏 - 冬) ペープサート風のガチャピン・ムックが、中国語について学ぶパペットアニメーション。
くりさん昆虫記(2006年冬) エンディングで放送。昆虫学者から提供された、様々な昆虫の自然映像。
きょうはめでタイ(2006年冬 - ) フジテレビアナウンサーやフジテレビの様々な番組の出演者が、最近の私生活でめでたかったことについて語るコーナー。2006年冬『いけいけ!ガッチャピン』編でピエール瀧が、8年ぶりにポンキッキシリーズに出演。また、『あいのり』編では当番組のMCでもあるウエンツもこのコーナーに出演した。
ビーンワールド(声の出演:劇団ひとり、2006年12月 - )
ポンキッキえかきうた(2006年12月 - ) 有野晋哉扮する「ありのあり」が、視聴者から届いた絵描き歌を紹介するコーナー。
くいしん坊ムックの日本全国たべあるき(2007年) ムックが全国の漁港を訪問する。
ニッポン流ってかっこいい(2007年3月) 関根麻里が、茶道について学ぶコーナー。
他
様々な芸能人が簡素なメッセージを言った後、「始まるよ、ポンキッキ!」とコールして番組が始まる。
2006年4月 - 明石家さんま
2006年5月 - 荒川静香
2006年6月 - みのもんた
2006年7月 - 谷亮子
2006年8月 - 白鵬
2006年9月 - 伊達公子
2006年10月 - 羽生善治
2006年11月 - 野口健
2006年12月 - 南こうせつ
2007年1月 - 松井秀喜
2007年2月 - 宮沢和史
2007年3月 - 南こうせつ、みのもんた、松井秀喜、明石家さんま(週交代で、過去のタイトルメッセージが再放送された)