漁業取締船
日常の業務は、排他的経済水域をめぐり、監視中に出会う漁船を強制停船させて立ち入り検査(臨検)することである。日本の排他的経済水域内にいる全ての漁船は、漁業法の定めにより水産庁の立ち入り検査を拒むことは絶対に許されない。立ち入り検査とは、漁船に積んでいる漁獲物の重さを計量し、「操業日誌」の記載と比較して整合性を確認する取締行動である。もし、量が合わなければ、密漁の被疑者として船長らを検挙することとなる。検挙を行う際は、現行犯を除いて、裁判所より逮捕状の発布を受けて執行される。違法漁具の押収についても、洋上で取締船がこれを発見すると、無線で漁業調整事務所に連絡して事務所員を裁判所に赴かせ、令状の発布を受けた旨を連絡されてから執行される。近年は、事件の大半が沖縄沖、日本海などで発生している。ほとんどの密漁者は、検挙されても素直に服従するが、一部の不法漁民のなかには抵抗する者がおり、単なる密漁が暴力事件へと発展したこともある。
実際に起きた事件の一例には、対馬の沖で違法操業を行なった複数隻の韓国籍漁船が水産庁の停船命令を拒否して追跡を受けた際、そのうちの1隻に乗った韓国人密漁者が開き直って漁船を異常接近させたため、漁業監督官が船首にある砲塔から放水銃を発射して強行実力規制したところ、放水を浴びて逆上した密漁者が取締船に漁船を自ら体当たりさせて転覆、自沈をした事例がある(双方ともに無事だった)。
水産庁では、飛び乗りによる実力規制を控えている。立ち入り検査も、針路妨害や警告を実施して対象を停船させてから実施している。殉職事故は現在まで発生していないが、容疑者に物を投げつけられて負傷者が出たことがある。水産庁は監督官に特殊警棒を活用した護身術の訓練を施し、防護のためボディアーマーと安全靴、安全帽と関節保護用プロテクター、防刃手袋を着装させるほか、スタングレネードも装備して立ち入り検査に万全を期している。
現行の法令では、水産庁の漁業監督官及び都道府県の漁業監督吏員には銃器での武装は全く認められていないため、密漁の被疑者から暴行を受けた場合は、特殊警棒による護身術で取り押さえる。あくまでも、護身術であって逮捕術ではない。もしくは船首の砲塔に備え付けている放水砲の発射のほか、LRADやスタングレネード、ミロク製カラーボール発射装置の使用による実力規制しかできない。なお水産庁では、カラーボール発射装置のことを「銃」と呼称している。