サン・ミゲルの要塞都市とヘスス・ナサレノ・デ・アトトニルコの聖地
2つの泉は1970年代まで、町の水の全需要を賄うことができていた。
16世紀半ばまでに、サカテカスで銀が発見され、そことメキシコシティをつなぐ幹線道路はサン・ミゲルを通るものであった。隊商を狙う先住民の襲撃は続いており、サン・ミゲルは軍事的にも商業的にも重要な位置を占めた。そうした襲撃やスペインの支配に対する反乱を鎮圧するため、メキシコシティの副王はこの地への定住を促そうと数多くのスペイン人たちに土地や家畜を与えた。その町の立地が、町をスペイン人と先住民、のちにはクリオーリョも混じる坩堝にし、文化交流を促した。
やがて、幹線道路群はサカテカスだけでなく、サン・ルイス・ポトシやグアナフアト州のほかの鉱山と町をつないだ。旅行者や鉱山集落の必需品を供給することで、町は豊かになった。また、繊維工業が特筆されるべき工業となり、地元の人々はセラーペ(英語版)を発案したのはこの町だと主張している。
18世紀半ばまでに町は栄華を極め、大邸宅、宮殿、宗教建造物群のほとんどが建てられた。それらの建物の大半は現存している。町は地域の富裕な大規模農園の経営者たちが暮らす場でもあった。その当時のサン・ミゲルは、人口3万人に達する、ヌエバ・エスパーニャでも重要性と繁栄ぶりの面で屈指の都市となっていたのである。ちなみに18世紀半ばのボストンは16,000人、ニューヨークは25,000人だった。町の絶頂期はバロック建築から新古典主義建築への移行期にあたっており、邸宅や教会の多くが影響力を持っていた。