大本事件
同日、内務省警保局長から警視総監と各庁府県長官に対し、警保局保発甲第14号「大本教ノ神社ニ紛ラハシキ奉斎施設ノ撤去其他ニ関スル件」が出され、全国の教団施設・建物・碑石類の撤去が決定する。当局は事前に綾部・亀岡の町議会に要請し、合計5万坪・時価80万円の土地を6000円(坪12銭。当時の煙草朝日12銭、敷島15銭)で王仁三郎・すみ夫妻から強制的に買収した。なお、2月の時点ですみ(澄)は逮捕されていなかったが、土地・財産の強制譲渡を巡って拘束され、その後逮捕された。作業は清水組が9万204円で請け負ったとされる。破壊は5月11日から開始され、 1872年(明治5年)の大蔵省通達118号違反(1936年2月8日内務省警保局発甲第7号 無頼寺院仏堂創立禁制ノ件違反とも)を理由に亀岡の聖地をダイナマイトで跡形も無く破壊。綾部・亀岡では、1ヶ月間延べ6785人を捜査に従事させ、9934人が破壊作業に従事、64点・240余棟の建造物を破却(個人財産を含む)、費用約3万円を大本側に請求した。また王仁三郎一家の個人資産、教団の備品、土地といった財産も安価で競売にかけて処分。石碑や信者の墓石に至るまで、大本の称号を削り落としている。海外の拠点でも幹部の検挙や施設破却が行われた。開祖・出口なおの墓に至っては柩を共同墓地に移し「衆人に頭を踏まさねば成仏できぬ大罪人、極悪人なり」として、腹部付近に墓標を立てている。日本政府は、もはや人間の礼節すら配慮する余裕を失っていたと指摘される。作家の坂口安吾は廃墟となった亀岡本部を訪れ、惨状を紀行文『日本文化私観』として残した。
そのころ全国の新聞は一県一紙に統合され、掲載記事への検閲も強化されていた。第二審の判決は、検挙を報道した「大阪毎日新聞」において三段見出しの31行、「大阪朝日新聞」は二段見出しの38行、「東京日日新聞」は一段見出しの19行という記事量であった。記事の見出しは「元大本教祖王仁に懲役五年―不敬事実に対し判決」・「大本教の判決―不敬罪で処断」というもので、治安維持法違反事件の無罪については積極的に報道しなかった。逆に「国民新聞」は『検事局が......被告等の行為は治安維持法に抵触するものであるとなす主張こそは、正しくわれ等日本国民たるものの通念と感情とに合致するものである......国体擁護に不覇の決意を示した検事上告に満腔の敬意を表さずには居られない』(昭和17・8・6「散兵壕」)と論評している。
8月7日、米軍はガダルカナル島とフロリダ諸島(ツラギ島)に上陸、ガダルカナル島の戦いが始まった。同日、王仁三郎・澄夫妻、出口宇知麿の3人は保釈され、京都府亀岡の長女・出口直日宅に戻った。王仁三郎の拘留期間は2435日だった。澄の場合、京都五条警察署に1936年(昭和11年)3月14日から拘束され、同年7月2日京都府中央区刑務支所に移送、そこから大阪北区刑務支所をへて1942年(昭和17年)8月7日まで拘束されていた。
このような政治活動に懸念を示す者もいたが、王仁三郎は聞き入れなかった。出口直日(王仁三郎夫妻長女・三代教主)によれば、黒龍会の内田良平から度々注意されていたが、王仁三郎夫妻は淡々として聞き流していたという。その一方、もう一度弾圧が起きる事を示唆する言動も残している。機関誌『神聖』1935年(昭和10年)9月号では『余は、世間からかかる誤解を受けることが必ずしも余自身のために不利益であるとすら思って居ない。かかる誤解から轟々たる非難の声が起って、余のために騒ぎ立てる世の中をジット眺め、そのために自分がへた張るかどうかと静かにその行末を視守ることもまた面白いではないか』と述べている。第一次大本事件のような弾圧が起きることを予期していたが、政府の大本に対する危機意識・警戒感を過小評価していたという指摘もある。例えば事件後に保釈された王仁三郎は「かねてより 斯くあらんとは 知りながら 斯くも早しとは 思はざりけり」と詠っている。
昭和神聖会発足当時、大日本帝国は満州事変が勃発して国際連盟から脱退、国内ではゴーストップ事件で軍部と内務省が対立、十月事件や五・一五事件が発生してクーデターや暗殺騒ぎが起きるなど、不安定な状況下にあった。日本政府は、軍部の革新派や右翼団体と協力してクーデターを起こす危険性を考慮し、昭和神聖会の資金源を断つべく大本の壊滅を意図した。1934年(昭和9年)10月、内務省警保局長唐沢俊樹は相川勝六内務省警保局保安課長と杭迫軍二愛知県警特別高等警察課長を招き、杭迫を京都府警特高課長に任命して検挙を前提とした大本の調査を命じている。
出口王仁三郎には有栖川宮熾仁親王の落胤という根強い噂があった。1940年12月11日の第二審において、落胤問題で話が鶴殿親子(醍醐忠順次女。昭憲皇太后の姪)に及ぶと高野裁判長は不敬罪に関わる重大な問題にもかかわらず話題を変えた。鶴殿は1917年(大正6年)に大本を訪問すると即日入信して熱心な信者になり、王仁三郎が有栖川親王に似ていることを周囲に語っていた。大本事件は大正天皇の皇位継承権に関わる問題だったという異説もある。第二次大本事件で、大本弁護団は落胤事件を提起し警察・検察を不敬罪で告訴することを検討したが、獄中の王仁三郎が暗殺されることを憂慮して取止めている。