独立リーグ
NPBの国内フリーエージェント権取得に関して、独立リーグからドラフト会議を経てNPBに入団した選手に、大学や社会人野球出身者の条件である「一軍登録で在籍7年」(年数は規定による日数換算)が適用されるかどうかは、2017年現在明確な取り決めがなされていない。最初の適用対象となった三輪正義(香川→ヤクルト)については、三輪が香川に入る前に社会人の軟式野球部に所属していたことから、社会人出身者の扱いに準じるとされた。
一度は開幕にこぎつけたものの、給与面でのトラブル、審判や選手の不足と監督の不在、経済面の問題などでリーグは1週間程で事実上崩壊。その後、Uスターズ→沖縄スターズという社会人クラブチームで再出発。
大阪エキスポセブンティーズを中心とした新リーグ(名称未定)
当初関西独立リーグへの加入を検討していたエキスポセブンティーズが、同リーグの運営に不透明な点があることから加入を見送り、新たなリーグを発足させる構想を2009年8月に表明した。アメリカや韓国のチームも含めて、2011年以降にリーグをスタートさせるとしていたが、チームは2009年10月をもって活動を休止した。
ベースボール北海道
2009年10月に、北海道の経済人や野球愛好者が札幌市に独立リーグ設立準備室を結成。11月10日に記者会見を開いて詳細を明らかにした。初年度の2011年は札幌市と小樽市の2チームでスタートし、2012年に4チームで年間72試合を行うとしていた。しかし、会見以降目立った動きが見られないまま、開幕予定を過ぎている。