De novoタンパク質構造予測
既知のタンパク質配列と確認されたタンパク質構造との間には膨大なギャップがあり、2008年初頭の時点では、UniProtKB(英語版)データベースに登録されている配列のうち、蛋白質構造データバンク(PDB)に登録されている構造に対応しているのは約1%で、配列と構造の間には約500万個のギャップがあった。三次構造を決定するための実験技術は、特定のタンパク質の構造を決定する上で深刻なボトルネックとなっていた。例えば、X線結晶構造解析では、約80,000個の細胞質タンパク質の結晶化に成功しているが、膜タンパク質でははるかに少ない約280個しか結晶化に成功していない。実験の限界を考えると、既知の配列と構造の間のギャップを埋めるための効率的なコンピュータプログラムを開発することが、唯一の実行可能な選択肢であると考えられる。
de novoタンパク質構造予測法は、明示的なテンプレートを使用せずに、タンパク質の折りたたみエネルギーを支配する一般原理、および/または、天然の構造が獲得する立体配座的な特徴の統計的傾向に基づいて、配列から三次構造を予測しようとするものである。