黒野駅
単式ホーム・島式ホーム各1面の2面3線。駅舎とホームの行き来には、構内の踏切を経由する必要があった。1番線から3番線まであり、駅舎側から3・2番線(島式ホーム)、1番線(単式ホーム)の順になっていた。谷汲線が廃止される前は1番線から本揖斐方面、3番線の谷汲寄りから谷汲方面、忠節寄りから忠節方面が発車し、2番線は忠節方面から来た列車の降車用に使われていた。谷汲線が廃止されてからは2番線のみが旅客の乗降に使用された。
構内には車両基地(黒野検車区)があった。駅舎と島式ホームの間に車庫が併設され、検車区は揖斐線運行の要や夜間滞泊場所として機能していた。
駅舎の改札外に待合室が、改札内に男女共用の水洗式便所があった。谷汲鉄道時代にはこの駅舎の2階に同社の本社が入居していた。
のりば(2001年9月まで)
廃止直前の黒野駅。既に1番線は忠節方面のレールが一部剥がされ発着できなくなっている。
黒野駅に集う揖斐線用車両(2002年8月)
当駅は北方方面から来た路線が谷汲方面と揖斐方面に分岐する駅であった。このうち北方から当駅までの区間と、当駅から谷汲までの区間は1926年(大正15年)に同時に開通し、前者は美濃電気軌道、後者は谷汲鉄道の路線として建設された。2社は別会社であるものの、谷汲鉄道は谷汲方面へ向かう鉄道を建設するために美濃電気軌道が地域の有力者とともに設立した会社であり、谷汲鉄道の路線は当初より美濃電気軌道から受電して営業していた。開業後まもなく美濃電気軌道は谷汲鉄道との相互直通運転が認められている。一方、残った当駅から揖斐までの区間は2年後の1928年(昭和3年)に美濃電気軌道の手により開業し、当駅は分岐駅となった。
なお、谷汲鉄道は当駅と養老鉄道広神戸駅とを結ぶ鉄道敷設免許を保有しており、同鉄道を経由して大垣駅で省線と接続する計画であったが、揖斐川の架橋問題や関東大震災による景気の悪化、美濃電への配慮などにより未成に終わっている。
その後美濃電気軌道と谷汲鉄道は相次いで名古屋鉄道に吸収され、同社の揖斐線と谷汲線となった。しかし21世紀に入ってすぐ、2001年(平成13年)には谷汲線と揖斐線の当駅から揖斐方面が廃止され、当駅は北方方面から来た路線の終着駅となる。またその残った区間も2005年(平成17年)に廃止され、当駅も廃駅となった。