ブータン難民
国勢調査が終わって数年は、ブータン南部の国境地帯は紛争の温床となった。
反政府活動はブータンから追放されたネパール系政治団体およびネパールやインドの支援者らにより支えられた。1980年代後半には2,000人から12,000人のネパール系住民がブータンから逃れたとされ、1991年の報告によれば、ネパール系のブータン政府高官ですら辞任しネパールに移住したとされる。1990年には約500万人のネパール系住民がインド国内のブータンとの国境付近に居住していた。ネパール系住民はインド国内で必ずしも歓迎されておらず、民族間の対立が原因で、大部分で警備がなされていないブータン国境まで戻らざるを得なかった。ブータン人民党はこのようなインド北部の巨大なネパール系コミュニティの中で活動していた。また、テクナト・リザル(英語版)は国民議会のかつてのメンバーと共に、ブータン人民人権フォーラム(ブータン版のネパール人民人権フォーラム(英語版)に相当)をネパール国内で立ち上げた。テクナト・リザル(英語版)はローツァンパであり、王室顧問評議会の信頼の置ける元官僚であった。王室顧問評議会はブータン政府と南部のローツァンパの間の重要な橋渡しをしていた。更に、ブータン学生連合(英語版)とBhutan Aid Group-Nepalも政治活動に参加した。
1989年11月、テクナト・リザル(英語版)はネパール東部でブータン警察により拉致され、ティンプーに連行され、陰謀と反逆の疑いで投獄された。リザルには更に南部での暴動を扇動した容疑もかけられた。リザルは1993年に終身刑を言い渡された。
1988年に行われた国勢調査により、ブータン政府がローツァンパの人口規模を把握すると、問題は表面化した。国勢調査以降、政府は19世紀後半および20世紀初頭より居住を始めたネパール系ローツァンパの家系の者に対して、国外退去するよう誘導した。しかしながら、政府は調査員を適切に指導できず、公衆の間に不安を引き起こした。調査の中に「真のブータン人」、「非ブータン人:(不法)移民」という分類があったのだが、しばしば恣意的な分類がおこなわれ、また恣意的に変更されることがあった。同じ家族が異なる分類をされ、未だにその状態が続いているという事例もある。正真正銘の「真のブータン人」と認められたものの、家族は不法移民であるとされ、離別を強いられた者もいる。また、市民権が保証されていると思われたローツァンパも、政府機関の妨害により正式な書類を取得できず、資産を失ったりした。
政府は同時にローツァンパをガロップ族(英語版)社会に同化させるために、ディグラム・ナムジャ(英語版)に従った服装や言葉の使用を強制しようとした。ブータン政府は、文化的アイデンティティーに関する問題について、1907年にワンチュク朝(英語版)が樹立して以来悩まされてきた政治的問題への自衛策であり、かつ17世紀以降で最も深刻な国家存亡の危機であると説明した。1975年に隣国のシッキム王国では、ネパール系多数派の国民投票によりの君主制が崩壊し、インドに吸収されていた。ブータン政府最大の懸念は、同様の事例を繰り返してしまうのではないかということだった。