サンワーキン川
ゴールドラッシュによってサンワーキン川流域には数万人が引き寄せられたが、金鉱床は数年で尽きて無くなり、サンワーキン川上流や支流で砂金が採鉱されるだけとなった。彼らのうち多くはサンホアキン・バレーに住み、ストックトン、フレズノ、ベーカーズフィールド等の町でその大半が暮らしたが、新たに開拓地を築いた者もいた。この開拓地のうち、サンワーキン川とスタニスラウス川の合流点付近にあったサンワーキンシティは、恐らくゴールドラッシュ最初期において最大の新興都市であったと考えられる。 1851年に設立されたこの町は、1880年に衰退するまでかなりの規模を維持した。その他に、規模はかなり小さいが特筆すべき開拓地としてはラス・フンタスがあり、現在のメンドータ付近にあった。これらの町は犯罪の温床で逃亡犯も数多くおり、悪名高い無法者のホアキン・マリエータやティブルシオ・バスケスも出入りしていた。1860年代半ば、サンワーキン川周辺は灌漑農業の導入によって、人類史上でかなり大きな変化を経験した。 早くも1863年には、フレズノ南東のセンタービル地域で小規模な灌漑用水路が建設されたが、その後の洪水で破壊された。地域の小さなインフラでは脆弱性があったため、水路の建設・維持を担う灌漑地区が組織された。灌漑地区はマーセド川に取水ダムを建設し、現在も水路に水を送り続けている。
かつて、バレーの農業が発展する前、サンワーキン川は上流のフレズノまで蒸気船で遡ることができたが、次第に川は細く、流れも遅くなった。それに加え、このことは以前は川底から洗い流されていた沈泥が川に多く堆積し、さらに川の水深を浅くした。19世紀末、ストックトンは重要な海港であったが、海へと繋がるサンワーキン川が急速に沈泥で塞がれていき、次第に陸地に囲まれていった。 20世紀初頭、浚渫によって川の下流は最低限の水深を維持することが提案されたが、第一次世界大戦の勃発により中断された。1925年、市はストックトン港から下流の66kmを浚渫するために130万ドルの公債を発行した。
1926年、ストックトンは連邦政府や州政府とともに資金を融資し合い、合計で820万ドルとなった。水路の建設は1928年から本格的に着手され、川幅や河床が広げられた 。この事業には蛇行した河川を直線的な流路にさせる河道整正も含まれ、かつての蛇行した流路は三日月湖として切り離された。川の全長は6.4km短くなり、水深は11mまで深くなった。川の水深を確保する事業は、他にも1968年と1982年に行われた。 ところが、この事業によりサンワーキン川下流における水中の酸素濃度が低下し、魚の数が減少するという予想外の事態がもたらされた。このことは、水深が浅いストックトン上流部から水深の深い水路への急激な形状の変化や、港や市街地からの汚染、潮汐混合の低下などの複合的な要因による結果だと考えられる 。
スペイン軍はヨクート族やミウォク族ら数百人の先住民を人質にとり、サンフアン・バウティスタ、サンノゼ、サンフランシスコ・デ・アシス等の近くの伝道所へ連行した。 戦闘や伝染病により、モラガが記述したサンワーキン川下流のまとまった24の村落を含め、サンホアキン・バレーの先住民はほとんど絶滅した。シエラネバダ山脈の山麓や高所で暮らしていた先住民はほとんど記述がされていないが、スペイン人に対抗していた。
ヨーロッパ人の強力な軍事力は先住民を彼らの故郷からはるか遠くへと押しやった。1821年にカリフォルニアがメキシコの一部となってからも、スペインの伝道所が世俗化され、この結果多くの奴隷化された先住民が解放されたにもかかわらず、状況は変わらなかった。 さらに、1820年にロサンゼルスとサンフランシスコ湾を結ぶエル・カミノ・ビエホがサンホアキン・バレーの西側に沿って開通し、バレーに定住者を引き入れた。メキシコ統治時代、サンホアキン・バレーにあった伝道所の土地は裕福な地主へ細分化され、メキシコ人とネイティブアメリカンとの対立がさらに深まった。 先住民の著名な指導者であったヨクト族のエスタニスラオは、1820年代後半にメキシコ人に対して暴動を起こしたが、最終的には1829年にスタニスラウス川で敗北した。今日のこの川の名前は彼からとられた。
農業が発展する前のサンワーキン川の年間平均流量は600万~790万エーカーフィート(74億~97億 m)、毎秒240~310 mと考えられている。以前には1400万エーカーフィート(173億m)、毎秒550 m以上と推計されている。 サンワーキン川にはフレズノ川、チャウチラ川、マーセド川、トゥオルミ川、マリポサ川等、沖積平野を自由に流れる多くの支流がある。川の主要な支流は全てシエラネバダ山脈が源流である。海岸山脈からの川の流れは断続的で、サンワーキン川の本流にはわずかな水量しか流れ込まない。 冬から春、初夏にかけては嵐や雪解け水が川を満たす。ダムの建設や灌漑用水への転用が進む前、1914年のカリフォルニア州土木局による推計では、最も多い時で毎秒9,200 mの流量があった。夏の終わりから秋にかけては、川の流量は少なくなる。