石垣港離島ターミナル
主に旅客船(高速船)が発着。
安栄観光
- 竹富島(竹富東港)・小浜島(小浜港)・黒島(黒島港)・西表島(大原港・上原港)・波照間島(波照間港)・鳩間島(鳩間港)
八重山観光フェリー
- 竹富島(竹富東港)・小浜島(小浜港)・黒島(黒島港)・西表島(大原港・上原港)・鳩間島(鳩間港)
かつては石垣島ドリーム観光も本ターミナル発着の定期航路を運航していたが、2018年4月以降、定期航路を運休し、ツアー(不定期航路)の運航のみとなっている。また、波照間航路で高速船を運航していた波照間海運は、2011年から運休している。