濃尾崩れ
寛文4年4月7日には、幕府は目付・森川之俊を「美濃天主教徒査検」として美濃国に派遣してキリシタンの調査を実施。尾張藩では同年5月にキリシタン奉行(宗門奉行)2名を任命して、奉行の1人・海保弥兵衛を江戸に派遣して幕府の宗門改役・北条氏長にキリシタン穿鑿の要諦を問わせている。尾張藩は幕府の指示によって領内38か所にキリシタン禁制の高札を立て、五人組を組織した。領内の各寺院には新規に檀徒になる者の吟味をするよう通達し、代官・給人にキリシタン改を命じた。寛文5年正月には宗門奉行に替えて寺社奉行が設置され、宗門改めが毎年2月と11月の2度実施されることとなった。キリシタン検挙のため、丹羽郡・葉栗郡の給人知行所を御付家老の成瀬氏・竹腰氏を除いて他郡に移して、跡地を幕府の蔵入地にした。
キリシタンの摘発に協力した訴人や庄屋たちは、褒美の銀を受け、キリシタンの百姓たちが耕していた田畑を召し捕りの功労として永久贈与された。一方、キリシタン類族の者たちは、何代もの間厳しい監視におかれ、明治に至るまで村八分の差別社会で過ごすこととなった。
濃尾崩れの対応は、幕府の直接的な介入によって行なわれ、これにより徳川幕府の尾張藩に対する統制が強化されたが、尾張藩はキリシタン禁制政策に伴う五人組制度、宗門改・檀家制度などを確立させることで、領民の掌握を強固にし、藩権力は強化された。