グリーンピース宅配便窃盗事件
その一方、同日に東京地検は「調査船乗組員が会社に無断で自分のものにしたわけではなく業務上横領は成立しない」とし、嫌疑なしで乗組員である共同船舶株式会社従業員12人全員を不起訴処分とした。その理由について「鯨肉の所有者である共同船舶は、乗組員が土産などの名目で鯨肉を持ち帰ることを承諾しており、同容疑にはあたらないと判断した。またこれらの鯨肉は、土産用や、商品加工できずに海上に投棄する分、乗船中の食料分だった」などの説明が報道されている。ただ、上はオフレコでのリークだったのか、グリーンピース側としては公式見解と受け止めてないらしく、「東京地検は船員に対する告発を「嫌疑なし」として「不起訴処分」に付した。東京地検はその理由を公にしていないが、共同船舶や鯨研に対して強制捜査をおこなったことはない」としている(グリーンピース報告書 パート2, 2009年3月)。
だが検察がどういう調査結果を得、どういう理屈で土産という説明に信憑性があるという判断に至ったのかは、興味をそそる点であり、たとえば青森地裁も(少なくとも2009年の5月中旬では)、検察が鯨肉の持主やその人物に鯨肉を譲ったという人物らにたいして行った調査があるならば、その内容を法廷に提出せよとして検察側に情報の開示を要求したという。グリーンピース弁護団が検察資料の「全面開示」を求めると、地裁は開示を却下した(2009年年表参照)。
グリーンピース・ジャパン側は不起訴処分を不服として検察審査会に審査を申し立たが、東京第一検察審査会は2010年4月22日、告発された鯨肉は日本鯨類研究所より「土産や食料用として正式に所有権を取得したもの」と認定し、「不起訴は相当」と議決した。
GPJの顧問弁護士は当初から「形式的には窃盗かもしれないが、横領行為の証拠として提出するためで、違法性はない」と主張している。