コードシェア便
2019年には天草エアラインにおいて運航乗務員が病気療養することとなり運航乗務員が不足する事態となり、同社便の欠航が多数発生する事態に陥った。そのため、同年8月からは日本航空と天草エアラインのコードシェアを新たにJAL子会社のジェイ・エア運航便において実施していた。これは天草エアラインが自社で運航している大阪国際空港 - 熊本空港線を、運航乗務員の不足が解消されるまではジェイ・エア運航便でのコードシェアに一時置き換え、天草エアラインの運航乗務員の不足に対する影響を抑える狙いがあったものである。
日本国内線におけるコードシェア関係は2021年8月27日現在、次の通りである。
日本航空(JAL) - フジドリームエアラインズ(FDA)、天草エアライン(AMX)、ジェットスター・ジャパン(JJP)、 オリエンタルエアブリッジ(ORC)
全日本空輸(ANA) - AIRDO(ADO)、 ソラシドエア(SNA)、 スターフライヤー(SFJ)、アイベックスエアラインズ (IBX)、 オリエンタルエアブリッジ(ORC)、Peach Aviation(APJ)、天草エアライン(AMX)、日本エアコミューター(JAC)
※Peachとのコードシェアは2022年10月29日をもって終了。JAL・ORC間、JAC、AMX・ANA間によるコードシェアは2022年10月30日から。