集約畜産
アメリカ食品医薬品局は、2009年に販売された全抗生物質の80%が家畜に投与されており、これら抗生物質の多くは人間の病気治療に使用される薬物と同一または密接に関連していると報告している。その結果、これら薬物の多くはヒトへの有効性を失い、米国における薬剤耐性細菌感染に関連する総医療費は年間166億-260億ドルとなっている。
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)が豚と人間で確認されていて、ヒト感染へのMRSA保有宿主という豚の役割に懸念が広まっている。ある研究では、2007年に米国とカナダの養豚業者の20%がMRSAを宿していたことが判明した。続いての研究では、オランダの養豚場の81%がMRSAを保有する豚を飼育しており、屠殺時に39%の動物が持っていた微生物はいずれもテトラサイクリン耐性感染で、その多くは他の抗菌薬にも耐性があった。より最近の研究で、MRSA-ST398分離株は他のMRSAまたはメチシリン感受性黄色ブドウ球菌よりも、畜産業で使われる抗菌剤チアムリンへの感受性が低いことが判明した。MRSAの症例は家畜動物で増加している。CC398は動物に出現したMRSAの新たなクローンで、集約飼育された畜産動物(主に豚だが、牛や家禽も)で見つかり、人間に感染しうるものである。CC398は人間にとって危険だが、食用の畜産動物ではしばしば無症状である。
2011年の全米調査では、アメリカの食料品店で販売されている食肉と家禽肉の約半分(47%)が黄色ブドウ球菌に汚染されていて、それら細菌の過半数(52%)が少なくとも3段階の抗生物質に耐性があると報告された。
カナダでは、集約畜産も他の農業部門と同様、連邦や州の様々な要件対象となる。
米国では、半分の州で家畜動物が連邦動物福祉法を含む動物虐待法から除外されている。1873年に制定され1994年に改正された28時間法は、動物が殺処分目的で輸送されている場合、車両は28時間ごとに停車して、運動、食物、水のために動物を外に出さなければならないと定めている。米国農務省は同法律が鳥に対しては不適用だと主張している。人道的殺処分法 (Humane Slaughter Act) も同様に制限を設けている。当初1958年に可決しこの法律は、殺処分前に家畜を無意識状態にすることを求めている。この法律もまた食用に屠殺される動物の90%以上を占める鳥と、それからウサギと魚も除外である。個々の州には全て独自の動物虐待条例がある、ただし標準的な農畜産慣行を免除する規定が多くの州にある。
米国には、できる限り最も現実的な方法で畜産場を規制する試みがある。限られた数の資源と時間で動物の大半を効果的に規制する最も簡単な方法は、大規模畜産場を規制することである。ニューヨーク州では、いずれも300頭未満の牛しかいないため多くの動物飼育事業がCAFO とは見なされていない。これらの畜産場はCAFOレベルでの規制がなされていない。このことは汚染や養分溶脱につながりかねない。米国環境保護庁 (EPA)のウェブサイトは、ニューヨーク州の湾内域で247の動物飼育事業体があり、そのうち州の汚染物質排出防止システム(SPDES) の許可がされたCAFOが68事業体だけだと述べて、この問題の規模を例示している。