多古藩
旧保科領は一時徳川家直轄領となった。
慶長9年(1604年)、能登・越中・加賀で1万石を領していた越中布市藩主土方雄久に、加増分として多古(田子)5000石が与えられた(ただし、多古村と林村以外の領域ははっきりしない)。この際に雄久が多古に本拠を移したかについては見解が分かれる。『多古町史』では、土方氏は多古に役所を置いたものの多古を本領とはしていないと評価する。一方、多古(田子)に拠点を移して多古藩(田子藩)1万5000石を成立させたという記述もある。雄久の子の雄重は大坂の陣で戦功を挙げ、元和8年(1622年)に5000石を加増されて2万石の大名となったが、この際に多古を含む下総国の領地5000石は陸奥国菊多郡内に移され、藩庁も陸奥窪田に置いている(窪田藩)。土方氏の多古地域支配については、林村(現在の多古町林)で検地帳の実地検分に当たった奉行の加茂宮治兵衛が、名奉行であったと村民に語り伝えられている。
旧保科領の残る地域は、一時佐倉藩領となったが、その後の領地替えなどによって細分化され、この地域は「碁石まじり」と呼ばれるような、旗本諸家の相給を含み幕府直轄領も入り混じる、複雑な領有関係となった。
第7代藩主松平勝行の時代には、『多古町史』が「多古藩で最大の事件」と評する神代徳次郎事件が発生する。神代徳次郎は元唐大通事で、多古藩に「永御預」が命じられていたが、嘉永2年(1849年)7月3日に収容されていた多古の屋敷から逃亡したというものである。藩領内外での捜索が行われ、江戸家老の高橋勘作が責任を取るという形で切腹するなど藩は対応に追われた。神代は京都で捕縛されたが、事態収拾に要した出費は小藩には莫大であった。同年12月19日の幕府の裁許により、神代は死罪、藩主勝行は閉門処分を受け、家中14人に処罰(中追放2名、軽追放1名、押込11名)が行われた。
嘉永3年(1850年)5月に藩主勝行の閉門は解かれたが、12月に下総国・上総国の領地の大部分を召し上げて陸奥国楢葉郡・石川郡(現在の福島県東南部)に代地を与える領地替えが行われた。『多古町史』によれば、領地替え前の多古藩の内高(実高)はこまめな検地による耕作地の把握や新田開発などによって1万6300石余あったが、開発が遅れ荒畑の多い地域への領地替えが行われた結果として、表高に変更はなかったものの内高にして2000石あまりの減石となった(明治初年の多古藩の内高は1万4173石であった)。