フランシスコ・ボルハ
ローマに辿り着いた時ライネスは初めフランスでカトリーヌ・ド・メディシスがカトリックとプロテスタント和解のため召集したポワシー会談(英語版)に参加、次いでイタリアでトリエント公会議に出席していたため不在で、総長代理として4年間務め、1565年1月19日にライネスが亡くなると7月2日の総会でライネスの後を継いで第3代イエズス会総長に選出された。
フランシスコの総長在任期は翌1566年に選出された教皇ピウス5世の在位(1566年 - 1572年)とほぼ同じで、ピウス5世の協力の下でイエズス会の会則を追加した。他にも様々な事業の整備・追加も手掛け、ローマ学院の基盤強化と修道士の教育に尽力、ローマ学院を総長の本拠地に定め、授業計画に第一課程・第二課程の学課も決めた。またイエズス会へ用地取得資金を与え、アレッサンドロ・ファルネーゼ枢機卿が進めたジェズ教会建立を後押しした。これと並行して会の各支部に修練院を設け、1567年にローマの丘(クイリナーレ)にローマ修練院を開設、ここから熱烈な伝道者が輩出した。こうしてフランシスコの総長在任期でイエズス会は進展を遂げ、彼は第二の創設者と呼ばれることになった。会員の数も増加しロヨラ死去の時点で1000名だった人数はフランシスコの下で4000名に増加、それぞれ各地の修道院へ配属された。
更に海外宣教、特にアメリカ大陸伝道を推進、ローマ学院で養成された多くの宣教師は世界各地へと赴いた。南北アメリカへ派遣された宣教師達は明暗が分かれ、1566年から1572年にかけてスペインからフロリダ半島へ派遣された遠征隊に同行したイエズス会士は、現地でインディアンに妨害されたり殺されたりして成果を挙げられなかったが、北アメリカの難航を見た宣教師達が南アメリカへ宣教先変更をフランシスコへ進言したため、イエズス会士は1568年にペルーへ、1572年にメキシコへ派遣された。