ポート加工
2ストロークエンジンの吸排気ポートはピストンが部分的にシリンダーに接触出来ない局面を生む為、ポートタイミングと開口時間の設定によってはピストンの部分的なオーバーヒートを招きかねない恐れがあり、更にはクランクの回転方向上にポートを配置した場合にはピストントップやピストンスカートがポートに引っ掛かって破損するリスクも発生する事になる。
この為、ポートの設計はこのピストンに掛かる横方向の応力によりピストンスカートがポートに引っ掛からない為の位置取りや、ピストンの冷却を阻害しないような位置取りが常に求められる事になる。
エンジンそのものの構成
2ストロークエンジン特有のシリンダー側面のポートは、時としてエンジンの構成に大きな影響を及ぼす。これは主に2気筒以上のマルチシリンダーエンジンに顕著であり、シリンダーとポートのデザインによってはエンジンの横幅が大きくなりすぎる恐れがある。また、並列シリンダーはそれだけでポート配置の自由度を下げる事にもなる。これが最も顕著に表れた一例がカワサキ・KR250のロータリーディスクバルブ式タンデムツインエンジンであり、並列2気筒でありながらも横幅が余りにも広すぎた為に車体の縦方向に対してシリンダーを直列に配置するしかないという事態を生んでしまった。
これを解決する為に、その後の多くの2ストローク多気筒エンジンではV型2気筒やV型4気筒、スクエア4気筒といったデザインが採用された。