AutoDock
AutoDock4およびVinaでは、従来よりレセプタータンパク質のフレキシビリティ(誘導適合)を考慮したドッキングシミュレーション(誘導適合ドッキング)が可能であった。また、レセプターとリガンドが共有結合を組むようなタンパク質-リガンド複合体をシミュレーションする「共有結合ドッキング」について、AutoDock4で行う手法も考案されていた。
AutoDockFR (ADFR) は、AutoDockを改良し誘導適合ドッキングに特化させたソフトウェアである。また、(手順が一部共通している為)共有結合ドッキングにも対応している。
2022年8月23日時点で、ADFRは関連ツール群がセットになったADFR software suiteとして導入が可能である。対応プラットフォームは、Windows、 LinuxおよびOS X。
AutoDockは2つの主要なプログラムによって構成されている。
AutoDock - 標的タンパク質を表現するグリッドのセットに対してリガンドをドッキングする
AutoGrid - これらのグリッドを前もって計算する
AutoDockはHIVインテグラーゼ阻害剤を含むいくつかの医薬品の開発に貢献している。