天台座主
山門派の圧力によって翌日辞任。
仁源(第40世。摂政関白太政大臣藤原師実子)
賢暹(第41世。源信頼子)
仁豪(第42世。内大臣藤原能長子)
寛慶(第43世。右大臣藤原俊家子)
行尊(第44世。参議源基平子) - 寺門派。山門派の圧力によって6日で辞任。
仁実(第45世。権大納言藤原公実子)
忠尋(第46世。源忠季子)
覚猷(第47世。鳥羽僧正。権大納言源隆国子。鳥獣戯画で知られる) - 寺門派。山門派の圧力によって3日で辞任。
行玄(第48世。摂政関白太政大臣藤原師実子)
最雲法親王(第49世。堀河天皇皇子)
覚忠(第50世。摂政関白太政藤原忠通子。慈円の兄。1177年(治承元年)に遷化) - 寺門派。山門派の圧力によって3日で辞任。
重愉(第51世。藤原重隆子)
快修(第52、54世。権中納言藤原俊忠子)
俊円(第53世。左大臣源俊房子)
快修
明雲(第55、57世。権大納言源顕通子。平清盛の戒師。1183年(寿永2年)、木曾義仲と戦って戦死)
覚快法親王(第56世。鳥羽天皇第7皇子)
明雲
俊堯(第58世。源顕仲子。木曾義仲が擁立)
全玄(第59世。少納言藤原実明子)
公顕(第60世。白川伯王家顕康王子) - 寺門派。山門派の圧力によって4日で辞任。寺門派最後の天台座主。
顕真(第61世。右衛門権佐藤原顕能子)
慈円(1192年(建久3年)就任。第62、65、69、71世。摂政関白太政大臣藤原忠通子。『愚管抄』で知られる、黒衣の摂政九条兼実の弟)
承仁法親王(第63世。後白河天皇皇子)
弁雅(第64世。権大納言源顕雅子)
慈円
実全(第66世。右大臣徳大寺公能子)
真性(第67世。
以仁王王子)
承円(第68、72世。良観、良顕とも。摂政関白太政大臣松殿基房子。道元の叔父。1217年(建保5年)に遷化)
慈円
公円(第70世、1213年(建保元年)就任。左大臣三条実房子)
慈円
承円(後鳥羽天皇 第7皇子の尊快入道親王(寛成親王)が承円から灌頂を受けている)
円基(第73世。摂政関白近衛基通子。尊卑分脈によれば第74世)
尊性法親王(第74、76世。後高倉院守貞親王第1皇子)
良快(第75世。摂政関白太政大臣九条兼実子)
尊性法親王
慈源(1238年(暦仁元年)在任。第77、79世。摂政関白九条道家子)
慈賢(1240年(仁治元年)就任。第78世。源有頼子)
慈源(1241年(仁治2年)再任)
道覚法親王(第80世。後鳥羽天皇皇子)
尊覚法親王(第81世。順徳天皇皇子)
尊助法親王(第82世。1259年(正元元年)就任。第85、91、95世。土御門天皇皇子)
再仁法親王(第83世。最仁とも。土御門天皇皇子)
澄覚法親王(第84、87世。雅成親王王子)
尊助法親王
慈禅(第86世。摂政関白太政大臣近衛家実子)
澄覚法親王
道玄(第88、102世。関白左大臣二条良実子)
公豪(第89世。左大臣三条実房子)
再源(第90世。最源とも。太政大臣九条良平子)
尊助法親王
再助法親王(第92世。最助とも。後嵯峨天皇皇子)
慈実(第93世。摂政関白九条道家子)
慈助法親王(第94、96世。後嵯峨天皇皇子)
尊助法親王
慈助法親王
源恵(第97世。鎌倉幕府第4代将軍九条頼経子)
慈基(第98世。摂政関白太政大臣鷹司兼平子)
尊教(第99世。太政大臣西園寺公相子)
良助法親王(第100世。