畿内・近国の戦国時代
明応2年(1493年)
2月15日 足利義材、畠山義豊討伐のため畠山政長らを率いて河内に出陣。
3月20日 細川政元方、大和国人衆に新将軍として香厳院清晃(足利義澄)の擁立を伝達する。
3月26日 高屋城西方で幕府方と義豊方が交戦。激戦になる。
3月 明応度遣明船、和泉国堺から出港する。
4月22日 明応の政変起こる。細川政元、義材を廃し足利義澄を擁立。
閏4月7日 政元、政長追討のため河内に上原元秀、安富元家を派遣。
閏4月25日 政元勢、政長方を攻撃。政長、正覚寺で自害。政長の子畠山尚順、紀伊に逃れる。
5月2日 義材、龍安寺に幽閉される。
5月6日 日野富子、義材の毒殺を企てる。
5月18日 政元、義材を上原元秀邸へ移す。
6月29日 義材、上原元秀邸から脱出し越中放生津に移座(放生津幕府)。
7月 但馬守護・山名政豊と嫡男の致豊が合戦。
9月7日 畠山義豊、義材在国の越中国に出兵し敗北する。
9月11日 古市澄胤、山城国衆が拠る稲八妻城を攻略。
9月22日 京極高清、美濃斎藤氏の後援により近江に復帰。
10月4日 義豊、和泉上守護・細川元有と和泉下守護・細川基経、高野勢が紀伊に出兵する。
11月17日 横川景三死去。
11月 近江で徳政一揆が起こる。
明応3年(1494年)
3月6日 六角高頼、美濃守護・土岐政房より迎え入れていた養子の美濃法師を毒殺。
5月7日 京都・大和で地震。
7月14日 祇園会再興の託宣が下る。
7月 洛中下京で大火。66町余りが被災。
10月 近江守護の山内就綱、六角高頼と合戦し撃破。
12月9日 就綱と山門、高頼と再度合戦し敗れる。
12月27日 足利義澄、征夷大将軍に宣下。
文亀4年/永正元年(1504年)
1月20日 京都・洛中で定例猿楽始まる。6月まで。
1月 京都大雪。
2月30日 永正改元。
9月4日 摂津国守護代の薬師寺元一、細川澄元擁立を企図し挙兵。義尹方の畠山尚順(河内・紀伊守護)、細川成之(阿波守護)ら出兵。
9月7日 京都で徳政一揆が起こる。
9月11日 幕府、京都に徳政令を発布。
9月20日 細川政元、元一の拠る淀城を攻め落とす(第一次淀古城の戦い)。
9月21日 元一、京都で切腹。
12月18日 尚順と畠山義英が和睦。
12月 九条政基、和泉・日根荘から帰洛。
永正2年(1505年)
2月4日 大和国人一揆が成立。
2月 筒井順賢の下に越智家令の娘が嫁ぐ。
6月2日 足利義澄、但馬守護・山名致豊と守護代・垣屋続成の和睦を仲介。
12月29日 義澄、細川政元ら将軍御所で将棋対局を観戦する。
12月 足利義尹、畠山尚順・畠山義英と結んで上洛を画策。
永正3年(1506年)
1月 細川政元、赤沢朝経を河内国に派遣。一向一揆も動員し河内の畠山尚順・畠山義英を没落させる。
4月21日 細川澄元、阿波より上洛する。
4月27日 細川澄之、丹後守護・一色義有討伐のため丹後に出馬。
6月 政元、政務放棄を検討する。
7月11日 幕府、風流踊を禁止する。
7月 幕府、撰銭令を発布。
7月 足利義澄派の本願寺実如、近畿・東海・北陸で一向一揆を蜂起させる。足利義尹派の越前・朝倉貞景、越中・畠山尚順、越後・上杉房能、長尾能景、河内・畠山義英らを攻撃。
8月24日 赤沢朝経と古市澄胤、大和国に大和国衆と合戦。
戦後、戦国史の研究では地方の戦国大名研究が活発に行われる中、畿内戦国史の研究は低調な状況にあった。だが1970~1980年代にかけての今谷明の研究を起点とし、今谷の研究を克服しながら畿内戦国史研究は進展していった。戦国史研究では、応仁・文明の乱によって室町幕府が崩壊したとする認識が戦後も大勢を占めていたが、今谷の研究により幕府は乱後も畿内に一定の権力基盤を有するという見通しが示された。その今谷も、明応の政変以降の幕府は細川京兆家の傀儡に過ぎないとしていたが、研究の進展とともに、明応の政変以降も幕府は一定の権力を有していたことが明らかにされていった。また今谷の研究も含め、畿内戦国史に関する研究は、室町幕府よりも細川政権に論点の重心が置かれていると批判されていたが、21世紀以降、畠山氏や六角氏などの大名等も含めた歴史像の構築が進められている。
戦国期の天皇・朝廷についても幕府・将軍と同様に権威だけの存在とされ、天皇・朝廷の持つ権力に関する研究はあまり行われていなかった。しかし、これについても1990年代以降、天皇を含め戦国期の朝廷・公家研究が活発になっている。
また畿内・近国の戦国史研究は、首都・京都や寺内町などの都市や惣村などの村落史、民衆史の研究が進んでいるのも特徴である。