サハラ交易
独立を求めるトゥアレグ人の他に、イスラーム主義を掲げるアル・カーイダやボコ・ハラムなどの武装組織もサハラ交易の地域を拠点とするようになった。ボコ・ハラムは正式には「宣教とジハードのためのアフル・スンナ」という名称で、2002年に結成されたイスラーム主義の集団がもとになっている。ボコ・ハラムは19世紀に始まったジハードが完了していないと主張しており、イスラーム国家の樹立やシャリーアの全国的導入を求め、カーディリー教団やティジャニーヤ派(英語版)を異端者と批判した(フルベも参照)。その他に2007年結成のイスラーム・マグリブ諸国のアル=カーイダ機構(AQMI)や、2011年結成の西アフリカのタウヒードとジハード運動(英語版)(MUJAO)などがある。
武装組織は資金を得るために麻薬取引に関与しており、中南米産のマリファナやコカインは西アフリカを経由して4輪駆動車や飛行機でヨーロッパや西アジアに密輸されている。
2004年時点では、少数のタール舗装(英語版)道路がサハラ砂漠を横断しており、限られた数のトラックが特に塩の運搬を担っている。伝統的なキャラバン・ルートは、ほとんどがラクダを使っていない。しかしアガデズからビルマや、トンブクトゥからタウデニへの距離の短いルートは、定期的に塩のキャラバンであるアザライが利用している。砂丘が連なっており砂質が柔らかいルートではトラックよりもラクダが適している。トゥアレグ人の一部はラクダによる伝統的な交易ルートを使っており、サハラ砂漠を縦断する毎年6ヵ月間にわたる1,500マイルの旅を行い、内陸砂漠から砂漠縁辺の集落へ塩を運んでいる。21世紀以降の政情不安によって、近年では部外者が交易路にアクセスするのは困難となっている。