アムネスティ・インターナショナル
日本支部が発行する『アムネスティニュースレター』2003年7月号では「Focus 日本から発進、新しい市民運動」という標題のもとに、ブッシュ米国大統領らを「被告人」とする「アフガニスタン国際戦犯民衆法廷」の呼びかけ人である、前田朗のインタビュー記事を3ページにわたり掲載している。この民衆法廷の「検事団」の事務局長を務めた猿田佐世はアムネスティ日本の活動家で、4年にわたり年次総会議長の要職にあった。ただしアムネスティ・インターナショナルの国際事務局がこの民衆法廷の運動に対し公式に支持を表明したことはない。
アムネスティ・インターナショナルが関わるのは、各国政府や国際連合、国際刑事裁判所などの公的機関を通じての人権侵害加害者の責任の追及であり、アムネスティが直接人権侵害加害者の名前をあげて非難するのは、かなり具体的に責任が明らかにされた場合のみである。これまでに、チリのアウグスト・ピノチェト元大統領、ペルーのアルベルト・フジモリ元大統領などに対して、アムネスティからの非難が行われたことがある。
アムネスティは、アルベルト・フジモリ元ペルー大統領の在任時にあった「バリオス・アルトス事件」「ラ・カントゥータ事件」などを取り上げ、こうした人権侵害がフジモリ元大統領の了承の下で行われた可能性があるとして、元大統領の責任を追及するキャンペーンを世界中で展開している。2003年11月の『アムネスティニュースレター』では「フジモリ氏に裁きを」という特集記事を組んで、日本滞在中(法務省の説明によれば日本とペルーの二重国籍にもとづき「帰国中」)のフジモリ元大統領のペルーへの送還を求めていた。
フジモリが国民新党の公認候補として2007年の第21回参議院議員通常選挙に立候補した際は、アムネスティ日本はピースボートなどの他団体とともに「重大犯罪の容疑者であるフジモリ氏が向かうべきは、日本の国会ではなく、ペルーの裁判所である」とする共同声明を発表した。公職選挙における特定の候補者に対して立候補したこと自体を批判する声明は、法的根拠のない権利制限を被疑者に課することに通常反対するアムネスティとしては異例である。
同じ声明文の中には「日本政府は、チリとペルーにおける司法手続きを尊重する」よう求め「チリの裁判所がフジモリ氏の引渡についていかなる決定を下そうと、日本政府は公式であれ暗黙であれ、一切圧力をかけるべきではない」とするくだりもある。一方、チリの下級裁判所がペルーへの引き渡しを拒否する決定を下した時は、アムネスティは裁判所を批判する声明を発表した。
アムネスティは北朝鮮の人権状況について早くから情報を発信してきた団体であり、アムネスティ日本も1980年代のアリ・ラメダ事件に関する情報をはじめとして、北朝鮮の収容所の状況を知りうる限りで日本語で紹介したと自任している。特に1993年以後数年間は北朝鮮国内での「失踪」者のその後の状況につき、北朝鮮当局とも折に触れて解決に向けて交渉していたという弁明がなされている。ただしその経緯を含む関連情報が開示されていないため、弁明の真偽を外部者が判定することは難しい。一方、1997年9月にアムネスティは北朝鮮・韓国・日本の政府に対し、北朝鮮による日本人拉致問題に関し「把握している関連情報をすべて開示するよう三国政府に求める」という声明を発表した。
朝日新聞の記事によると、1997年3月に横田めぐみら拉致被害者の家族がアムネスティ日本を訪ねて協力を要請した際は、「調査には相手国の受け入れが必要」と応じた。その後、朝鮮総連がアムネスティ日本を訪れた際は「寺中誠事務局長は、総連と在日朝鮮人に対する迫害と規制が深刻さを増している現実に憂慮を示す一方、学生代表らに「在日コリアンを取り巻く環境は厳しいが、自らの出自に誇りを持って堂々と生きてほしい」と激励した」と朝鮮新報が伝えている。