松本零士999 〜Story of Galaxy Express 999〜
原作の「迷いの星の影(シャドウ)」と「アンドロメダの雪女」のエピソードを基にしたシナリオ。
999号は氷の惑星・冥王星に到着した。メーテルは「用事がある」と言って鉄郎のもとを離れたが、鉄郎はその後を追うことに。途中で鉄郎はこの星のラーメン屋に立ち寄り、出会った者は死ぬという「雪女」のうわさを聞く。そしてメーテルの後を追って訪れた大墓地で、墓守をしている機械化人の女性・シャドウと出会う。
声:納谷悟朗
「宇宙五大頭脳」の1人。自ら生みだした機械人間の技術に危機感を覚えていた。終章にて娘であるメーテルのペンダントの中に自身の魂を封じ、かつての妻プロメシュームの創り上げた機械帝国を滅ぼそうとしていることが明らかとなる。
本作では冥王星に研究所を持ち、そこで義足や義手などの研究を行っていたこと、この星の女性シャドウから宇宙一美しい機械の体の依頼を受けていたという設定がなされている。オープニングムービーで宇宙五大頭脳が映るシーンでは、トチローの左側に生身の人間だった頃の姿で登場している。
声は劇場版の納谷悟朗で、TV版の銀河万丈は当ゲームナレーションとなっている。
序章から終章までは主に鉄郎の視点で物語が展開し、再演の「不死身の女」、「魂の旅人」、「我が夢は星の彼方」はそれぞれエメラルダス、トチロー、ハーロックの視点で序章から終章までの物語の舞台裏を見ることができる。そして閉幕となる「わが青春の銀河鉄道」で再び鉄郎の物語となる。
声:麻上洋子
元の身体を取り戻すために999号でウェイトレスをしている機械化人。鉄郎をかばって死亡するシーンがあるが、イベント結果では最後まで生存し、母親のメノウと会話するシーンも用意されている。また、冥王星に眠る自分の元の身体を懐かしむシーンがある。
劇場版と同じく声は麻上が担当(TV版は川島千代子)。
声:里内信夫
おいどんのバイト先のラーメン屋店長。宇宙の至宝ラーメンを造る。
声:坪井章子
鉄郎の母親。機械伯爵に殺され、剥製にされてしまう。原作・アニメともに劇中で「加奈江」という名前は出てこないが、アニメの関連書籍でこの名前を確認でき、本作ではキャラクター名として使用されている。
声:大本眞基子
機械帝国の協力者のマゾーンに母星のラーメタルが襲われていることから、ハーロックに救助要請としてミライを派遣する。
劇場版に登場した新女王(原作で登場したヤゴ)だが、劇場版とは異なり死亡しておらず(原作では生死不明)、穏和な性格に変更された。
原作漫画中にゲスト出演したクイーン・エメラルダスについては、#『クイーン・エメラルダス』を参照。
原作漫画中にゲスト出演したハーロックなどについては、#『宇宙海賊キャプテンハーロック』を参照。
声:宇和川恵美
土星の衛星タイタンに住む少女で、いつも遊び相手を探してタイタン駅の前をうろついている。
TV版『ハーロック』のトチローの娘であるまゆと同じ容姿で、母親の名はサラ。ぶどう谷の山賊にさらわれ、行方不明になってしまう。