木村芥舟
帰国後の木村は井上清直と共に軍艦奉行の職務に復帰、幕府海軍の創設を目指して様々な活動を行っている。
文久元年(1861年)5月21日に軍制掛となり、事実上の幕府海軍長官となる。文久元年(1861年)6月2日、軍艦組を創設。翌文久2年(1862年)には御船手組を統合し小普請組からも人数を補充することで海軍の組織としての体裁を整えた。
文久2年5月2日、初の国産蒸気式軍艦「千代田形」の建造を開始(完成は5年後の慶応3年(1867年)までかかった)。併せてアメリカとオランダに軍艦計3隻(富士山丸、東艦、開陽丸)を発注する。同年6月18日、9名の留学生をオランダに派遣。この時派遣されたメンバーには榎本武揚・赤松則良をはじめ、西周・林紀など、海軍だけでなく後に明治の政治・教育・医学分野の発展に貢献する人物も含まれていた。
木村は、日本周辺海域を6つに分割し、それぞれの海域防備を担当する艦隊を江戸・函館など6箇所に配置する構想をもっていたが、幕府首脳には必要な艦船の調達と人員の育成に時間がかかるとの理由で却下される。
※日付は明治4年までは旧暦。改元のあった年は改元後の元号を優先。
文政13年(1830年)2月5日、浜御殿役宅にて誕生。
天保13年(1842年)3月13日、浜御殿奉行見習。
弘化元年(1844年)、両番格・浜御殿添奉行。
安政2年(1855年) 2月5日、講武所出役。 9月15日、西の丸目付に就任。
安政3年(1856年) 2月10日、本丸目付。 12月16日、長崎表取締。
安政4年(1857年)5月、長崎海軍伝習所取締および医学館学問取締。
安政6年(1859年) 9月10日、軍艦奉行並。 11月27日、遣米副使拝命。 11月28日、軍艦奉行。従五位下・摂津守に叙位・任官。
万延元年(1860年) 1月19日、咸臨丸、浦賀を出帆。 5月5日、浦賀に帰還。
文久元年(1861年) 5月11日、海陸御備向、軍制取調を拝命。
文久3年(1863年)9月26日、軍艦奉行辞職。
元治元年(1864年) 4月9日、開成所頭取に就任。 12月11日、家督相続。 12月15日、目付再任。
慶応元年(1865年)11月、罷免。
慶応2年(1866年)7月26日、軍艦奉行並再任。
慶応3年(1867年)6月25日、軍艦奉行再任。
慶応4年(1868年) 2月18日、海軍所頭取就任。 3月22日、勘定奉行勝手掛兼任。 7月26日、隠居。
明治34年(1901年)12月9日、正五位に叙せられる。同日22時、麹町区土手三番町の自宅で死去。