河内源氏
当初は平家が源氏を圧倒しており、源希義が敗死している。しかし次第に形勢が逆転して平家は源義仲に京都を追われた。その後、義仲軍と頼朝軍・平家の三つ巴となったが頼朝軍が圧倒していき、粟津の戦いで義仲軍を、壇ノ浦の戦いで平家を滅ぼして頼朝軍が勝利した。
その後、鎌倉幕府の初代の征夷大将軍として武家棟梁となった源頼朝が河内源氏であったことから、河内源氏から名実ともに武家の棟梁が出ることとなった。
摂津源氏は、源頼政と一族の主だった者が宇治合戦で討死した後、一族中で生き残った源有綱(戦いの時伊豆国にいた)は源義経に従っていたため、源頼朝の命令で討たれた。また、源義経の関係の深かった摂津源氏嫡流の多田行綱も、平家滅亡後に多田荘の所領を没収され追放処分となった。源広綱は源頼光以来の摂津源氏の子孫を伝えることができたが、幕府を開いた頼朝と比べるならばもはや一御家人の境遇でしかなかった。
平家の追討に成功した頼朝は、乱の中で他の河内源氏一門(源義広・佐竹秀義(常陸源氏)、新田義重(上野源氏)、武田信義(甲斐源氏)、弟の源義経・源範頼)を滅亡や衰退させ、奥州藤原氏を討ち勢力基盤を固めた。武家政権の台頭を嫌いその勢威を抑制してきた後白河法皇が崩御すると、1192年に征夷大将軍に任ぜられた。
ただし源頼朝の系統は、頼朝の子の源実朝が兄の源頼家の子の公暁に殺害される。その公暁も捕らえられて処刑、公暁の異母弟の禅暁も加担を問われ殺され、さらに禅暁の同母兄の栄実が泉親衡の乱に擁立されるも乱が失敗し自害、そして男系男子で最後まで残っていた頼朝の庶子の貞暁が1231年に死去して断絶、また男系女子でも頼家の娘の竹御所が1234年死産により死去したことで、完全に断絶した。
また、鎌倉幕府において源氏一門は、血統や功績等により源姓を称することが許される「御門葉」と、源姓を称することが適わず、名字を称するものに区別された。御門葉には信濃平賀氏(信濃源氏)・大内氏(信濃源氏)・安田氏(甲斐源氏)・加賀美氏(甲斐源氏)などの新羅三郎義光の系統、足利氏・山名氏などの源義国の系統が名を連ねたが、承久の乱などにより得宗家に敗れ没落した(足利氏は北条氏と縁戚関係を結び、有力御家人として続いた)。