東京都島しょ農林水産総合センター
庶務課:庶務、経理、管理等
振興企画室:所の企画、各事業所への支援・統括
大島事業所 水産振興係:水産に関する試験研究等(伊豆諸島北部及び伊豆・小笠原諸島等広域) 園芸振興係:農業に関する試験研究等 普及指導センター:農業改良助長法に基づく普及指導
三宅事業所:農業に関する試験研究等及び農業改良助長法に基づく普及指導
八丈事業所 水産振興係:水産に関する試験研究等(伊豆諸島南部) 園芸振興係:農業に関する試験研究等 普及指導センター:農業改良助長法に基づく普及指導
小笠原支庁産業課 (組織は総務局であるが、以下の組織については当センターで管理運営等の一部を行っている) 小笠原水産センター:水産に関する試験研究等(小笠原諸島(沖ノ鳥島を含む)) 小笠原亜熱帯農業センター:農業に関する試験研究等 営農研修所:農業技術の普及・啓発、農業経営の改善・指導等 畜産指導所:畜産経営指導及び有畜農業による地力増進の研究・指導等