五稜郭機関区
2015年3月1日当時、5両(1089, 1150, 1152, 1162, 1165号機)が所属。但し、鷲別機関区廃止と同時に定期運用が消滅していた。
このほか、1999年4月1日まで同区所属機が存在した。
1943年(昭和18年)4月25日 - 国鉄 函館機関区 五稜郭操車場給炭水所 開設。
1944年(昭和19年) 4月1日 - 函館機関区 五稜郭駐泊所に昇格。 10月11日 - 五稜郭機関区となる(森給水所・野田追給水炭所・渡島大野転向給水炭所を包含)。
1968年(昭和43年)10月 - 五稜郭操車場の入換用9600形の置換用にDE10形が配置される。
1969年(昭和44年) 6月 - 扇形車庫を焼失。 10月 - 本線貨物列車運転用D51形の置換用にDD51形が配置される。
1973年(昭和48年)3月 - 全ての蒸気機関車運用廃止により無煙化完了。
1987年(昭和62年)4月1日 - 国鉄分割民営化に伴い、JR貨物の管轄となる。旅客関係の機関車はJR北海道 函館運転所(現・函館運輸所)に転属した。
1988年(昭和63年)3月13日 - 海峡線開通に伴い、津軽海峡線区間の貨物列車運転業務を開始(JR北海道所属ED79形0番台・100番台を使用し、JR貨物(当区及び青森機関区)の運転士が乗務)。
函館本線五稜郭駅(函館貨物駅)構内の北端に位置し、JR貨物発足当初からのディーゼル機関車基地であるDL基地と、北海道旅客鉄道(JR北海道)函館運輸所青函派出所(←青函運転所)から移管された、EL基地からなる。付近にはかつて、五稜郭操車場があったため、函館本線の上下線に挟まれる形で設置されている。このほか、乗務員のみの配置区として室蘭派出がある。