コレラ菌
コッホは、さらに結核菌がヒトの結核の病原体であることを1882年に立証し、ある細菌が特定の病気の原因であることを証明するための原則としてコッホの原則を提唱していた。
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ(第5次パンデミック)は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキーを中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥールの弟子にあたるエミール・ルー(Emile Roux)を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。
しかしさらにその後、この考えを単純にあてはめることができない事例が複数発生し、コレラ菌に対する考え方はある種の混乱を含んだまま、変遷を遂げている。
1961年にインドで発生して第7次パンデミックを起こしたコレラ菌は、溶血性を持つなどの点で従来のものと異なる生物学的特徴を示した。そこで、従来のO1コレラ菌を古典型あるいはアジア型、新しく流行したタイプのO1コレラ菌をエルトール型(この菌は1905年にエジプトのエルトール、El-Tor)で最初に発見されていた)として、異なる生物的特徴を示す型(生物型、biovar)として区別することになった。このエルトール型による大流行は2005年現在も継続中である。
さらに、これまですべてがコレラ毒素を産生すると考えられていたO1コレラ菌の中に、わずかではあるがコレラ毒素を産生しないものがいることが明らかになり、このような菌による感染症はコレラとして扱われないこととされた。
第7次パンデミックと並行して、インドを中心に大流行を起こしているのとは別の株による地域的流行が散発しているが、その中で1992年にマドラスで発生したコレラの原因菌が、従来のO1コレラ菌ではなくO139に属するものであることが明らかになった。このO139はコレラ毒素を産生していることが明らかになり、コレラの原因菌として扱われることになった。
このような経緯から、現在、コレラの原因になるものは「コレラ毒素を産生するO1型またはO139型のコレラ菌」であると考えられている。O1型の大部分と、O139型のごく一部がこれに該当する。