新宿の狼
始末書が100枚を超えると自動で発生する。度重なる不祥事から三上自身が容疑者として指名手配され、警察官に追跡される身になってしまう。このモードには48時間(リアルタイムで48分間)の制限時間が設定されており、タイムオーバーまで警察官からひたすら逃げ続ける必要がある。また、ストーリーイベントやイージークライム(後述)も発生しなくなり、神社を除く施設も全て利用不可能になってしまう。
襲いかかる警察官は三上同様素手による格闘のほか、弾数無制限の拳銃やバズーカを使用して猛攻を仕掛けてくる。一応倒すことも可能(当然攻撃すると始末書が発生する。警察官を逮捕することも可能)だが、何度倒しても無限に出現する。また、残り時間が少なくなるほど攻撃が更に激化する。
無事に逃げ切ると専用のエンディングに移行し、その後始末書が0枚にリセットされた状態でゲームが再開される。しかし逃げ切れずに倒されてしまった場合はゲームオーバーとなり、コンティニューすると始末書が99枚の状態でゲームが再開される。
麻雀を打つことができる(実質ミニゲーム)。各店舗ごとに店名が異なる。初回プレイ時は入会金が必要となる。累計ポイントは景品と交換でき、次回への持ち越しも可能。
降伏状態になったNPCには「逮捕」や「俺法」(後述)の発動のほか、更にダメージを与え続けることで殺害することも可能。ただし出血などの残虐な表現は無い。
画面上には「体力」「気力」「刑事の勘」「始末書」などのパラメータが表示されている。「体力」は戦闘などでダメージを受けることで減少し、0になるとゲームオーバーとなりコンティニューを問われる。「気力」は特定の行動をとる際に消費され、アイテムの使用、ダメージを受ける・与える、喫煙を行うなどで回復できる。喫煙の場合は徐々に回復するが、マップ上に点在する喫煙サークル内で行うと通常より回復速度が大幅に高まる。「刑事の勘」「始末書」については後述する。
主人公は愛煙家であるため生身で長時間走り続けた場合、やがて息切れを起こして少しの間行動不能になってしまうが、これはステータス強化やアイテムの使用などで解消できる。
セーブやアイテム整理は警察署または自宅で行える。
パチンコを打つことができる(実質ミニゲーム)。各店舗ごとに店名が異なる。出玉は景品と交換できる。ただし出玉は退店する際に全て回収されてしまうため、次回に持ち越しができない。
犯罪組織:密入国組織
マップ上を通行するNPCの中には、一般人に紛れて犯罪者(容疑者)が潜んでいる。一般人と犯罪者の視認による判別は不可能であり、犯罪者を探し出すためには三上自身の持つ「刑事の勘」を頼りに、怪しいと思われるNPCに職務質問(以下職質)を行う必要がある。怪しいNPCに接近すると、画面上に表示されている「刑事の勘メーター」が大きく振れ、そのNPCが犯罪者である確率が非常に高くなる。しかし刑事レベルが低い状態では、刑事の勘が誤作動してしまうこともある。
職質をかけると、一般人は画面上にその人物に関する近況が表示された上で普通の会話をしてくる者と、当然ながら疑われたことに対して不快感を露にする者がおり、後者に当たった場合は始末書が発生してしまう。逆に、犯罪者である場合はジングルが鳴り、画面上に犯した罪状が表示されると同時に専用のリアクションを見せる。犯罪者は一般人とは異なり頭上に「容疑者」マークが表示され、職質後に「その場で降伏する」「反抗して逃走する・戦闘を仕掛けてくる」のいずれかの行動をとる。その場で降伏してくれた場合は特に問題は無いが、反抗された場合は戦闘を行い力尽くで降伏させる必要がある。なお、犯罪者と確定したNPCにはいかなる攻撃(殺害含む)を加えても始末書は発生しない。
降伏状態の容疑者に接近すると「逮捕 or 俺法」の2択が表示され、選択した側により以下の行動が可能。
眠らない街「新宿」。この街で、己が法で悪を裁く一匹の刑事、三上英二。人々は畏怖を込めて彼をこう呼ぶ......「新宿の狼」と。 新宿某日某所。拳銃密売の重要参考人としてマークされていた人物が刺殺される。警察の調べで、この売人の手により七丁の拳銃が新宿内にばら撒かれていることが判明した。三上たち新宿中央署の刑事たちは、早速、拳銃回収に乗り出すのだが......。 拳銃を手にしたのは、立場、人種も異なる様々な人々。彼らは、何故、拳銃という凶器を必要としたのか? 七丁の拳銃は、新宿という街の輪郭をおぼろげに映し出していくのだった......。