メタルギアオンライン
『MPO』にある「サイロ搬入口」ステージのリメイク。ステージ自体は狭いが、地下通路や建造物による入り組んだ構造をしている。
SCENEエクスパンションパック追加ステージ
『旧MGO』にも登場した「攻都の戦塵(C.U.S.)」ステージのリメイク。高低差の大きい建造物が立ち並び、その下に通路やダクトが張り巡らされている。白いビルに2箇所、赤いビルに1箇所のハシゴが追加された。
アイテム「STEALTH CAMO(ステルス迷彩)」の装備が可能になり、その機能を強化する。
ユニークキャラクター専用アビリティ
『MGS4』のAct.1に登場した中東の街中が舞台となる。大通りから細い路地に加え、ビルの室内などにも侵入でき、遮蔽物もいたるところに置かれている。
上記のマップとユニークキャラとしてリキッド・オセロットとメイ・リンが使える様になる。購入していなければパックセットの中に含まれるマップやキャラが含まれたゲームは選択出来なくなる。※GENE EXPANSION 購入者のみ購入可。
ダムとその電源設備など周辺施設を舞台にしたステージ。
RUSHモードでは、ダムを除いた南側のエリアに限定される。
レッドチームとブルーチームに、スネーク&メタルギアMk.IIが加わっての三つ巴戦。スネーク側はレッド・ブルーチームのプレイヤーを気絶させるかホールドアップさせてドッグタグを奪い、3枚入手すれば勝利。レッドチームとブルーチームはスネークを規定回数殺害するか、制限時間が切れた時点で敵チーム殺害回数の多いチームが勝利する。