東京湾アクアライン
その理由は、川崎側は船舶の航行が多く、実際に建設予定地には1日に1,300隻もの船舶が通過しているとされたが、全体の約7割が川崎側の橋梁予定部分に集中していたためである。また、川崎側を橋梁からトンネルにし、さらに中央部も含めてトンネルの工法を沈埋工法からシールド工法に変更すれば建設時・供用開始後の航行する船舶への影響を少なくできるとされた。
構想当初においてはシールド工法は発展途上であり、小口径のトンネルのみに採用され大口径の海底トンネルに採用された事例は無かったが、シールド工法は構想中にも進歩し続けていたので技術的に実現可能に至ったという経緯からである。さらに施工費用の面では、川崎側をトンネル構造に変更したとしても、軟弱な地盤に下部工の施工費用をかけて橋梁とするものと大差無いことも判明したため、現在の構造が採用されるに至った。
シールドトンネル(東京湾アクアトンネル)と橋梁(東京湾アクアブリッジ)は、長さ約650 m、幅約100 mの木更津人工島(海ほたるPA)で結ばれており、アクアブリッジの橋げたは、海ほたる付近で総トン数2,000トンの船舶が航行可能な径間の確保と、桁下部分のクリアランスを確保するため高くなっている。また、耐震性と走行性の向上を図るため、日本国内には前例がない最多11径間となる多径間連続化が図られている。
東京湾アクアトンネルの掘削は、浮島、川崎人工島(風の塔)、および木更津人工島の3か所から発進した世界最大径となる外径14.14 mの合計8機のシールドマシンによって進められた。
川崎人工島は、トンネルの中間地点に位置するドーナツ型の縦穴基地であり、シールドマシンを発進させるため最初に木更津人工島とともに建設された。
アクアライン特別割引(割引率約23%)は、2002年7月19日から実施していた社会実験が 2006年4月1日から恒久化されたものである。その後もETC車を対象にした社会実験割引が相次いで実施され、2007年8月20日に通勤割引を開始、同年9月25日からは特定区間割引が実施されていた。
2009年3月、生活対策に基づく高速道路料金の引き下げ開始と同時に、各種時間帯割引が本格的に開始された。まず、3月20日から休日特別割引(上限1,000円)がアクアラインで先行実施され、3月28日には深夜割引・通勤割引、3月30日には平日夜間割引・平日昼間割引も開始された。
2009年千葉県知事選挙で、森田健作がETC無線走行に限り普通車800円へ引き下げると公約し当選した。これにより、内閣総理大臣麻生太郎と会談が行われ、麻生政権下の国土交通省(日本国政府)と千葉県が必要費用を負担する社会実験として、2009年8月1日から通行料金を毎日終日800円(普通車)へ大幅に引き下げた。当初予定は2011年(平成23年)3月31日までであったが、さらに延長された。