トランスアジア航空
1958年10月1日、PBY-5A水陸両用飛行機藍天鵝が5時45分に7名の乗客を乗せ馬祖島を出発し、6時10分に台北へ向け、「高度1フィート距離台北の80浬」と交信をした後失踪。アメリカの軍事顧問4名が同乗していたことにより、アメリカ第7艦隊と台湾当局による72時間に渡る捜索でも墜落の痕跡を発見できず、10月1日が中華人民共和国の建国記念日であったこと、また連江県長の王緒や馬防部副参謀長鈕英らを乗せていたことより、王によりハイジャックされ中国本土へ亡命したと考えられ、運航業務を停止し業態転換を図った。2012年、馬祖島の漁師の網にプロペラが掛かり解析した結果、2014年に米国ハミルトン・スタンダード社製のPBY-5Aに使用されたのものと判明し、藍天鵝のものと確定。これにより、55年余りを経て墜落していたことが明らかとなった。2015年1月現在も墜落理由は判明しておらず、陰謀論も出ている。引き上げられたプロペラは高雄空軍基地で陳列展示されている。
トランスアジア航空536便オーバーラン事故
2004年11月18日、GE536便(台南→台北松山、A320型機(B-22310)、乗客・乗員106名)が松山空港着陸時に、エンジンを正常に逆噴射状態にしなかったためオーバーランし、前脚を空港の側溝にはまり停止した。
幸い溝にはまったため乗客乗員に怪我人・死者出ず、機体も修復された。
2014年7月23日午後7時(UTC+8)、台湾南部の高雄国際空港発、澎湖島馬公空港行きの定期旅客便トランスアジア航空(復興航空)222便(GE222便)が、台風10号による天候不良の影響の上にパイロットの荷重労働によるパイロットミスが重なり、馬公空港に向かわずコースを離脱し着陸に失敗、滑走路を目視出来ないまま高度を下げ、地面に接近し復行を試みたが上昇できず、澎湖県湖西郷西溪村に墜落した。
2015年2月4日、GE235便(台北松山→金門、ATR-72型機)が離陸直後にエンジンに異常が発生。異常発生時の緊急手順を怠り必要な是正措置を実施しなかったこと、パイロットの対応ミスにより基隆河に墜落、43名が死亡、17名が負傷した。
2016年8月9日、V Airの10月1日をもっての全面運航停止と同社との合併を発表。同年9月30日までは一部早期運航停止路線を除き運航予定。同時にV Airから台北 - 福岡、チェンマイ線は8月末までに新たな運航を申請し、引き継ぎ就航予定。同年8月27日に、上記統合案を撤回。V Airを存続させたうえで、10月1日から1年間の休業に変更した。
2016年11月21日、22日のトランスアジア航空便全ての運航を停止すると発表した。
2016年11月22日午前に開いた取締役会で、運航の終了と会社の解散を決議した。発券済みの航空券に対しては、払い戻しや他社便への振り替えを実施した。また、林明昇董事長らに対し、インサイダー取引があったとして調査を進めている。
金門 - 澎湖線を除く運航停止路線については、行政院の決定で12月1日から2017年の春節まで、中華航空(チャイナエアライン)(国内線は、子会社のマンダリン航空)が運航を引き継ぐこととなった。