第18回日本フットボールリーグ
地域リーグからの昇格は、JFLへの入会を希望し、入会条件を満たすチームの中から全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016の成績上位2チームが自動昇格し、JFL15位、16位チームが地域リーグに自動降格する。なお上述の条件でJ3入会(=JFL退会)となるチームがある場合、1チームの場合はJFL16位チームのみ自動降格、2チームの場合は自動降格チームは無しとなる。
2016年6月24日付でファジアーノ岡山ネクストから2016年シーズン限りでの「退会届」が提出され、2016年7月25日に開催された理事会にて正式決定されたことを受けて、地域リーグへの降格は、ファジアーノ岡山ネクストを除いた最下位チームのみ自動降格(ただし、J3入会となるチームが1チーム以上ある場合は降格チームはなし)するように変更され。その後、年間3位のアスルクラロ沼津のJ3入会が承認された ため、JFLからの自動降格チームはなしに再変更、自動昇格枠は全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016の成績上位2チームのみに決定した。11月に開催された同大会で優勝したFC今治と準優勝のヴィアティン三重のJFL入会が2016年12月に承認された。
開催期間:3月6日 - 6月5日