遠藤忍
8月23日に出港し日本へ向かう。9月20日インド洋、10月8日ペナン、13日にはシンガポールに到着する。シンガポール寄港は、軍令部で潜水艦を担当していた井浦祥二郎を安心させたが、この寄港は軍令部が関知しない兵備局のエニグマ暗号機陸揚げ指示によるものであった。
このシンガポールでいくつかの不慮の事態が重なった。この作戦に使用していた暗号は特殊なもので、「伊30」は通常の暗号解読を行わなかったため第十根拠地隊が派遣した機雷源突破のための先導艇の存在を知らずに入港する。遠藤らは上陸し第一南遣艦隊や第十根拠地隊司令部とも面会したが、「伊30」が機雷原を通って入港してきたことに気付く者はいなかった。吉村昭は「遠藤らは出港前に安全な航路を確認すべきであった」という趣旨の指摘をしているが、それも行われないまま「伊30」は出港、直後に触雷し沈没した。浮上した状態からの沈没であったため人名の損失は13名。潜水艦沈没事故としては少数であったが、遣独潜水艦作戦の完全成功を目前にした事故は、艦のみならず電波探信儀その他機密兵器を失うこととなり海軍を失望させるものであった。
遠藤は艦内からの物資等引上げに協力したが、遠藤の様子は第一南遣艦隊参謀に自決を予測させるものであったという。艦沈没の責任は一義的には艦長たる遠藤にあるが責任は問われなかった。 吉村昭は「長い航海での心身の過労と使命を達成した喜びが緊張感を失わせた」としながらも、査問委員会では兵備局の寄港指示などが考慮され、また軍令部の指示で不問とされたとしている。この事故につき海軍潜水艦関係者で構成される「伊呂波会」は、重要任務を果たした「伊30」の受け入れ態勢として不適切であったと、海軍の措置を批判している。