南北朝正閏論
その後、水戸藩主・徳川光圀が南朝を正統とする『大日本史』を編纂したことが後世に大きな影響を与えた。『大日本史』は三種の神器の所在などを理由として南朝を正統として扱った。その際、北朝の天皇についての扱いについても議論となり、当初北朝天皇を「偽主」として列伝として扱う方針を採っていたが、現在の皇室との関連もあり、後小松天皇の本紀に付記する体裁に改めたという。だが、光圀が生前に望んでいた『大日本史』の朝廷献上は困難を極めた。享保5年(1720年)、水戸藩から『大日本史』の献上を受けた将軍徳川吉宗は、朝廷に対して刊行の是非の問い合わせを行った。当時博識として知られた権大納言一条兼香(後、関白)はこの問い合わせに驚き、北朝正統をもって回答した場合の幕府側の反応(三種の神器の所在の問題)などについて検討している(『兼香公記』享保6年閏7月20日条)。この議論は10年余り続いた末に、享保16年(1731年)になって現在の皇室に差しさわりがあることを理由に刊行相成らぬとする回答を幕府に行った。だが、吉宗は同書を惜しんで3年後に独断で刊行を許可したのである。また、水戸藩も不許可回答の翌年である享保17年(1732年)に江戸下向中の坊城俊清に同書を託して朝廷への取次を要請した。これが嘉納されたのは実に69年後の文化7年(1810年)のことであった。ただし、光圀の南朝正統論は水戸学に継承されるが、細かいところでは議論があった。光圀に仕えていた栗山潜鋒は神器の所在に根拠を求め、同じく三宅観瀾は名分の存在に根拠を求めて対立している。
「後村上天皇、諱は義良、第九十六代第五十世云々、これは南方偽主の御事にて、當朝日嗣には加奉らず(中略)後嵯峨院御正嫡の御流として誠に神皇正統の正理に歸し、此記(=『神皇正統記』)の名目自然の道にかなひ侍る御事よとふしきにも奇特にも侍るかな」と述べて「光厳院」を第96代、「後醍醐院」の重祚を第97代、「光明院」を98代として、「後花園院」まで続けている。この書は『神皇正統記』の著者である北畠親房の意図を歪めるものとして古くから非難された書物であるが、一方、後嵯峨天皇以前は兄を嫡流とする「正統」理念で描きながら、それ以後は弟の亀山天皇の系統を嫡流とするために「正理」理念を持ちだして弟を嫡流とする親房に対する鋭い批判も含まれている。また、北朝における歴史認識の典型的な姿をよくあらわしている。
『本朝皇胤紹運録』は、勅撰の皇統譜として前近代を通じて重んじられた。後小松が表現させた北朝正統論に異議がさしはさまれることはなかった。安永8年(1779年)に即位した光格天皇は、天皇の権威を高めるために努力した人物であるが、彼が「神武百二十世」と署名したものが残っている。北朝を正統として数えた代数であり、南朝は無視されている。朝廷も、歴代の天皇も、歴史的には北朝の延長でしかない以上、北朝の正統性を疑う発想が出てくるはずがないと言える。一方で、浩瀚な歴史書『続史愚抄』を著した柳原紀光は、やはり北朝を正統としているが、正平一統のあいだに限って、後村上天皇を正統の天皇と認める態度をとっている。