陳水扁
台湾と中国の統一には東西ドイツの統一モデルを参考にしたいとし、中国側に参考にしてもらいたいとの希望を語った。
同年10月10日に久しく行われていなかった軍事パレードを開催し、独力で開発した最新兵器を披露して中国政府を牽制した。スピーチでは「中国と台湾はそれぞれ独立した国であり、これは否定しようのない事実である」と発言した。
2001年1月1日より「小三通」と称し、廈門と金門島の間で客船が運航され中国との三通を限定的に実行し、その後さらなる両岸貿易促進が熱望されていたが、陳水扁政権内では実現しなかった。また、中国進出に代わる政策として「南向政策」を発表、台湾企業に対し東南アジア諸国への投資を要望した。2006年1月1日には中国との経済関係を「積極開放、有效管理(政府が積極的に開放することで効果的な管理をする)」から「積極管理、有效開放(政府が積極的に管理することで効果的な開放をする)」への転換を明言した。
台北市長選落選後の1999年、陳は「学習之旅」と銘打った外国歴訪に出発し、2000年の総統選挙に照準を合わせた活動を開始する。また帰国後は台湾の全309郷鎮を訪問し、今後の政策運営のための地盤づくりを行った。そして同年7月、民進党候補として総統選挙への立候補を正式に表明した。
陳水扁はイギリスの労働党の改革をモデルとし、中間左派の「新中間路線」を政策主軸とした。この時、陳水扁は総統選当選の可能性を認識しておらず、将来の政治活動のための準備期間として認識していた。そのためメディアを通じ自叙伝『台湾之子』を出版して、自己の経歴と主張、理念、台湾の未来について述べていた。
しかし総統選挙では、国民党の総統候補争いで連戦に敗れた宋楚瑜が国民党を離党し無所属候補として総統選挙に出馬したため、国民党支持票が割れた。その結果、陳は39.3%の得票率で総統に当選し、5月20日に中華民国第10代総統に就任した。これは国民党出身の李登輝から民進党への政権交代であり、半世紀に及ぶ国民党支配体制を民主的選挙によって終焉させた。