ジョン・C・フレモント
その同年、フレモントはカリフォルニア軍事総督のカストロに探検の許可を求め、カストロもいったんはこれを許可するが、後にカストロは、フレモントのカリフォルニアでの行動に疑問を感じ、探検の許可を撤回する。しかし、フレモントはこれを無視して探検を断行。さらに、地元の入植者を独立運動を扇動してメキシコ当局に対して反乱を起こさせたという。これは、米墨戦争の発端となった。
ウィリアム・アイダひきいるカリフォルニアの反乱軍は1846年6月6日、カリフォルニア共和国の独立を宣言するが、同国は7月5日、ロバート・F・ストックトン海軍准将ひきいるアメリカ艦隊の上陸とともに合衆国に吸収されていく。その後、合衆国騎馬ライフル部隊(U.S. Mounted Rifles)、後の第3機甲騎兵連隊(3d Armored Cavalry Regiment))の中佐となったフレモントは、ストックトンの指揮下で行動し、米墨戦争の間、カリフォルニア州サンタバーバラの占領のため300名の軍事遠征隊を率いた。彼は部隊とともにサンマルコス峠(en:San Marcos Pass)を通ってサンタイネス山脈(en:Santa Ynez Mountains)を越え、砦と町を占領した。1847年1月、この戦争で負けたアンドレ・ピコ将軍は、負傷者を増やすことを避けて後に降伏し、カフエンガ条約を調印、カリフォルニアにおける米墨戦争は終結する。
1850年、地形測量工兵隊(Corps of Topographical Engineers)の一員として北アメリカ大陸西部において地理学へ貢献したとして、フレモントはイギリスの王立地理学会から金メダル(パトロンズ・メダル)を贈られた。