口内炎
上記分類の中にあるように細菌やウイルスに感染することによって発症するものもあるが、多くを占めるアフタ性口内炎についてはその発症の原因として以下のことが考えられている。ステロイドにより治癒が促進されることから、アラキドン酸代謝物の作用の亢進より最終的にアフタ性口内炎が形成されることは示唆されるが現在のところメカニズムについては正確には分かっていない。免疫学的異常が関わっているのではないかという説もある。
熱い飲食物を頻繁に飲食するあるいは偏食による鉄分やビタミンの不足
ストレスや睡眠不足
不正咬合や、歯ブラシなどによる粘膜への物理的刺激(口内を噛むなど)
唾液の不足、口腔の乾燥
口腔内の不衛生、プラーク(入れ歯かす)の付着した入れ歯の装着
また、口内炎になりやすい体質の人(食物アレルギーの人や粘膜の薄い人)もいる。さらに、ビタミン欠乏症の症状として口内炎が現れることもある。なお、口内炎の原因として「食べ物の好き嫌いが多い」「胃腸粘膜が荒れている」という説があるが、これらが原因でないこともある。偏食ならびに胃腸と口内炎とでは因果関係が認められない場合があるからである。