トーマス・ジェファーソン
ジェファーソンはその奴隷の一人サリー・ヘミングスと長い間親密な関係にあったとされている。サリーは4分の1だけ黒人の血を引いており、先妻とは異母姉妹だったと考えられている。ジェファーソンが大統領在任中に、ジャーナリスト達がジェファーソンは妻の死後にヘミングスとの間に数人の子供をもうけたと主張した。20世紀の末に行われたDNA型鑑定では、ジェファーソンの血筋につながる1人の男性、おそらくはジェファーソンその人が、サリー・ヘミングスの子供達の少なくとも一人の父親だったことを示した。
1998年のDNA型鑑定は、サリーの息子エストン・ヘミングスとジェファーソンの男系との間にDNAの繋がりがあると結論付けた。ジェファーソンの子孫達数人からヘミングスの子供達の父親であると主張されたジェファーソンの甥であるカー兄弟は、エストンの父ではないということが分かった。同時にジェファーソンの男系とトマス・ジェファーソンの祖父の子孫であるトマス・ウッドソンの子孫との間にも繋がりが無いことが示された。この研究では、比較のために試験できる(ジェファーソンの正統の子孫から)直系の男性子孫がいなかったので、トーマス・ジェファーソン自身が先祖であるとは証明できなかったが、ジェファーソンのY染色体は比較的珍しい型であるハプログループTに属していることが明らかとなった。
このDNA型鑑定結果の出版に続いて、2000年と2001年に3つの研究成果が報告された。
独立戦争後、ジェファーソンは、個人の自由を守る為に必要なときは反逆や暴力で政府を拘束することを提唱した。1787年1月30日付けのジェームズ・マディソンに宛てた手紙で、「ここかしこの小さな反乱は良い事であり、物理的な嵐と同じくらい政治の世界では必要である。...それは政府の健康のために必要な薬である。」と書いた。同様にアビゲイル・アダムズに宛てた1787年2月22日付けの手紙では、「政府に対する抵抗の精神はある状況下では大変貴重なので、私は常にそれを活動的にしておきたいと願う。それは間違ったときに行使されることも多いが、全くやらないよりも良いくらいである。」と記した。シェイズの反乱について流血沙汰があったと聞いた後で、ジョン・アダムズの義理の息子であるウィリアム・S・スミスに宛てた1787年11月13日付けの手紙では、「1世紀か2世紀の間に何人かの命が失われることが重要であることか、自由の木は愛国者と暴政者の血で時から時を経て新しくされていかなければならない。それが自然の肥料である。」と書いた。1787年にウィリアム・S・スミスに宛てた別の手紙では、「そしてどの国が、為政者が時から時を経て警告されなければ、人々が抵抗の精神を保つその自由を守ることができるだろうか? 彼らに武器を取らせよ。」と記した。
ジェファーソンの自由への傾倒は個人の自由の多くの分野にまで及んだ。著作『当たり前の書』(Commonplace book) の中で、銃統制に関するチェーザレ・ベッカリーアの言葉を引いた。「武器携行を禁じる法は...犯罪を犯す恐れの無いあるいは犯さないと決めた者をのみ武装解除するのである。...そのような法は襲撃される者には悪く、攻撃者には良く機能する。武装していない人は武装した人よりも大きな確率で攻撃されるかもしれないので、殺人を防ぐよりも奨励する方に機能する。」
ジェファソンはバーが決闘でハミルトンを殺した後で、バーを候補者から外した。
この時の選挙でジェファソンが連邦党のジョン・アダムズに勝利した事は当時、選挙人選挙制度が5分の3妥協(奴隷人口の5分の3を各州自由人人口に加算し、その総数で選挙人数が割り当てられた)に準拠していたことを明るみに出し、嘲笑の対象となった。ジェファソンが選ばれたことは、南部が奴隷を保有しているために南部の選挙人数が増されていることに拠っていた。つまりジェファソンの得た選挙人票のうち12票は選挙権が無く、その人間性も否定されている奴隷の数から得ていたものだった(ジェファソンとアダムズの選挙人選挙得票数の差は8票だった)。ジェファソンが1当選した後に「ニグロ大統領」と嘲られ、「マーキュリー・アンド・ニューイングランド・パラディウム・オブ・ボストン」紙の1801年1月20日版では、ジェファソンが「奴隷の肩に負わせた自由の神殿」を勝ち得たときに民主主義の勝利としてその当選を祝う苦痛があった、というような批判記事が載った"。
1789年3月13日付けフランシス・ホプキンソン宛ての手紙では「私は政治や宗教で所有することを恐れるような意見を一度も持ったことは無い。このことに関してけちな留保はある人々から多くの評価を得たかもしれないが、自分にとっては評価できない。」と記した。