子嚢菌門
学名については、元来子嚢菌類と不完全菌類を別の基準に従い別群として分類したため、完全世代と不完全世代を別個に命名する規定があり、あとから同種とわかったため1つの種に2つの学名がある例も多い。たとえば〈イネばか苗病菌〉にはGibberella fujikuroi [交配群C](完全世代)、Fusarium fujikuroi(不完全世代)の2つの名がある(同じ完全世代名の Gibberella fujikuroi でもA~Hの他の異なった交配群では別の不完全世代名が付けられている)。アオカビ属(不完全菌類としての学名は Penicillium)は子嚢菌類の Talaromyces など複数の属に相当する。
また地衣類の学名はそれを構成する子嚢菌の学名としても用いる。