保存配列
ホールゲノムアラインメント (whole genome alignment, WGA) もまた、種間で高度に保存された領域を同定するために用いられる。現段階では、組み換えや反復配列、そして真核生物のゲノムの大きなサイズを扱う計算の複雑さのために、WGAのツールの正確さやスケーラビリティには限界がある。しかしながら、30以上の近縁の細菌についてのWGAが実現可能なものとなっている。
保存配列は、一般的にシーケンスアラインメントに基づいたバイオインフォマティクスによるアプローチによって同定される。ハイスループットなDNAシークエンシングやタンパク質質量分析の手法の進歩によって、2000年代初期以降、比較可能なタンパク質配列やゲノム情報の量は格段に増加した。