フィリップ・フランツ・フォン・シーボルト
医学者のアーダム・エリーアス・フォン・ジーボルト(ドイツ語版)(1775年 - 1828年)は父の弟である。
アーダムの息子で産科医のエードゥアルト・カスパル・フォン・ジーボルト(ドイツ語版)(1801年 - 1861年)と動物学者のカール・テーオドル・エルンスト・フォン・ジーボルト(1804年 - 1885年)の兄弟は従弟にあたる。
エードゥアルト・カスパルの娘に当たるアガーテ・フォン・ジーボルト(フィンランド語版)(1835年 - 1909年)は、作曲家ヨハネス・ブラームスの婚約者だったことで知られる。
現在は次男ハインリッヒの家系(関口家)、楠本稲の子孫(楠本家)、またドイツには次女マチルデの子孫(ブランデンシュタイン家)が残る。
2023年に迎えたシーボルト来日200周年にあたる長崎市での記念式典には関口忠相氏(日本シーボルト協会)、コンスタンティン・ブランデンシュタイン・ツェッペリン氏(ドイツシーボルト協会)、楠本稲家系からは楠本貞夫氏が子孫を代表して招かれた。
次男:ハインリヒ・フォン・シーボルト(小シーボルト) 妻:岩本はな
玄孫(小シーボルトの曾孫):関口忠志(シーボルト研究者、日本シーボルト協会設立者)
玄孫(シーボルト次女マチルデ 子孫):コンスタンティン・ブランデンシュタイン・ツェッペリン(シーボルト研究者、ドイツシーボルト協会会長)
来孫:関口忠相(しぃぼるとぷろだくしょん社長、日本シーボルト協会)
来孫:(楠本稲 子孫)楠本貞夫(歯科医師)、他 井上家、堀内家
昆孫:堀内和一朗(医師、ファウストボール日本代表、メンサ会員)
原書の発行年順、日本語版の題名年順。
de Siebold. De historiae naturalis in Japonia statu, nec non de augmento emolumentisque in decursu perscrutationum exspectandis dissertatio : cui accedunt spicilegia faunae Japonicae、OCLC 44091434。 初版出版地は第1巻がバラビア:出版社不詳、1824年。第2巻が Wirceburgi : C.P. Bonitas、1826年。 シーボルト、ヨハン・ヨーゼフ・ホフマン、日独文化協会 『フィリップ フランツ フォン シーボルト蒐集並ニヘーグ王立博物館所蔵日本書籍及手稿目録』、日本学会 編、東京:郁文堂、1937年。 『シーボルト収集図書目録』、東京:科学書院、霞ケ関出版、1988年。上記の複製
von Siebold, P. F. Nippon 1832-1882. 『シーボルト 「日本」』 雄松堂出版(全9巻)‐ 本文編6巻+図録編3巻、1977-79年。新版刊 『シーボルト「日本」の研究と解説』 講談社、1977年。
シーボルト『日本及びその隣国属国の沿海地図』
シーボルト『日本海国に関する蘭・露の活動』
von Siebold, P. F.; J. G. von Zuccarini. Flora Japonica, Leiden, 1835-1870. 『シーボルト日本植物誌 本文覚書篇』 大場秀章 監修・解説、瀬倉正克 訳、八坂書房、2007年。 『シーボルト日本の植物』 瀬倉正克 訳、八坂書房、1996年。
みなもと太郎『風雲児たち』 新版リイド社(未完作)
真船一雄『スーパードクターK』
『増田こうすけ劇場 ギャグマンガ日和』第11巻197幕。
飴あられ「陽炎 稲妻 水の月」『長崎慕情』