最上氏
秀吉の死後の慶長5年(1600年)に関ヶ原の戦いが起こると義光は東軍に与し、西軍の雄である上杉景勝の侵攻を受けたが、米沢から北進する上杉軍主力を長谷堂城に拘束し、同年9月15日の美濃国不破郡関が原における会戦で西軍が壊滅した情報が出羽国に届いて上杉軍が撤退するまでの1か月弱(9月8日から10月1日)を耐え抜いた。さらに翌年の慶長6年(1601年)に上杉領の庄内(上杉本領からの飛地)を制圧した。戦後には恩賞として大幅に加増され、現在の山形県全土(置賜地方を除く)と現在の秋田県の一部、57万石(実高は100万石とも言われる)を領する大大名になり、2度目の最盛期を迎える。
江戸時代に入ると、義光の後継をめぐって争いが起き、長男の義康の暗殺事件が起こる。以降も家中の内紛は止まず、義光(慶長19年〈1614年〉に死去)の孫である義俊の代に最上騒動が起こった。1622年(元和8年)に最上氏は騒動を理由に改易され、近江国蒲生郡大森に1万石の知行を改めて与えられた。
しかし義俊の死後、子の義智が幼少であったためにさらに5千石に減知され、義智一代限りで高家に列した。義智の後の子孫は近江国大森5千石を領する交代寄合として明治維新まで存続した。
義光の四男山野辺義忠は最終的には水戸藩の家老に抜擢され、子孫は附家老中山氏に次ぐ重臣として藩政に重きをなした。
また、義光の甥にあたる松根光広の子孫は宇和島藩の家老家として続き、幕末には伊達宗城を補佐した松根図書が出ている。夏目漱石の弟子で俳人の松根東洋城は図書の孫である。
斯波家兼
最上兼頼(斯波兼頼)
最上直家 天童頼直(天童氏(里見氏分家)に入嗣) 黒川氏直 高擶義直 蟹沢義直 成沢兼義(鳴沢兼義とも表記) 山家家信
最上満直 中野満基 大窪満頼(大久保満頼とも表記) 楯岡満国
最上満家 最上頼宗(歴代当主には数えられていないが、満家の後家督相続したと云われている)
最上義春 成沢義総
最上義秋
最上満氏(中野氏から入嗣)
最上義淳 中野義建 谷地輝幸
最上義定
最上義守(中野氏から入嗣) 中野義時(実在が疑わしい) 長瀞義保 楯岡光直
最上義光(最大版図・全盛期) 最上義康 清水義親 山野辺義忠 上山義直 大山光隆
最上家親
最上義俊