ナヤン・カダアンの乱
先述したように、モンゴリアではカイドゥの侵攻に対応するために北安王ノムガン率いる軍団が展開しており、この軍団に属するカチウン家当主シンラカルとコルゲン家当主エブゲンがナヤンの挙兵に呼応してノムガン軍を攻撃する予定であった。この計画に対応したのはキプチャク軍団の指揮官で「シリギの乱」以来モンゴリアに駐屯していたトトガクで、トトガクはナヤンからシンラカル・エブゲンに宛てて密かに派遣された使者を捕らえ、ナヤンの叛乱に関する情報を悉く把握した。使者が捕らえられたことを知らず、シンラカルはトトガクとドゥルダカというノムガン配下の二大将軍を宴に招いて謀殺しようとしたが、トトガクはシンラカルの真意を知っていたためにドゥルダカとともに宴に行くことを止め、シンラカルの計画は失敗に終わった。程なくしてシンラカルにクビライの下に訪れよとの命令があり、シンラカルは当初「東道」すなわち本領のカチウン・ウルスよりクビライ・カアンの下へ行こうとした。しかしトトガクは「シンラカルの分地は東方にあり、仮にシンラカルが脱走して叛乱に合流したならば、虎を山に放つようなものだ」と北安王ノムガンに忠告したため、シンラカルは本領に戻ることなく「西道」に進むしかなくなり、「ナヤンの乱」に直接参加することはできなくなった。
ここでは、若くして大権を得たナヤンが増長した結果反乱を起こすに至ったと記されている。一方、現代の歴史学者の間では反乱の主な原因はクビライの進めた諸政策がナヤンら諸王の権益と衝突し、ナヤンら諸王の大元ウルスに対する不満が高まったことにあると基本的に考えられている。実際に、至元10年代には遼東方面に中央から派遣されてきた官吏が現地の「諸王の諸部種人」「東藩の諸王の鷹人」「親王の使者」といった東道諸王の代理人の横暴振りに直面し、彼らと対立するといった記録が頻出している。このように、東道諸王にとって元代半ばの朝廷は「その所領支配に介入し規制を加え、権益を脅かす存在」と認識されており、このような不満が積み重なった結果「ナヤン・カダアンの乱」が勃発するに至ったのだと考えられている。
ただし、クビライのどの政策が反乱の直接的な切掛けとなったかについては諸説あり、以下に示すように多くの議論がある。
20世紀のモンゴル史研究者の間では、ナヤンの反乱の原因について「クビライの伝統中国的な中央集権政策の一環として東京等処行中書省(東京行省)が設置された結果、これによって従来の権益を侵されたナヤンらが不満を抱き反乱を起こすに至った」と説明されるのが一般的であった。この説の論拠は反乱勃発の直前、1286年(至元23年)に東京行省が設置されたと『元史』に記述されていることにあり、中央(中書省)の出先機関たる東京行省の設置がナヤンら諸王の権益と衝突したのだろうとする。
ナヤンが処刑された翌月の7月には早くもクビライによる戦後処理が進められ、まずオッチギン家、カチウン家、コルゲン家がそれぞれ自らの華北投下領(オッチギン家は益都路と平灤路、コルゲン家は河間路、カチウン家は済南路)で任命していたダルガチを罷免した。
クビライによる「ナヤンの乱」の戦後処理について、『集史』「クビライ・カアン紀」は「(クビライは)彼等(東道諸王)の諸軍を分割し分散した」と記し、また「イェスゲイ・バートル紀」ではこの叛乱の首謀者であったシクドゥル、シンラカル、ナヤンらを処刑して彼等の軍隊を分割した結果、「現在、彼等のウルスには誰も生き残っていない」とも記している。しかし、『元史』などの漢文史料によると叛乱を起こした東道諸王らへの処遇は『集史』が伝えるほど重いものではなかったようで、首謀者の中でもシクドゥルは死刑を免れており、また先祖伝来の遊牧地も没収されずそのままとされている。『集史』の伝える「(東道諸王の)軍隊の分割・解散」についても、元ナヤンやシンラカル所属の兵の一部が江南へ配流とされて水軍に転用された記録はあるが、それも一部に留まっていた。
モンゴル帝国-大元ウルス史上における「ナヤン・カダアンの乱」の特筆性として、この戦役を通じてテムル(後の成宗オルジェイトゥ・カアン)がクビライの後継者としての地位を堅固なものとした点が挙げられる。元々、クビライの後継者は長らく皇太子チンキムであったが、「ナヤン・カダアンの乱」直前に死去してしまったため、クビライはチンキムの子の中から新たに後継者を選ばなくてはならなくなった。前述したように、このように後継者について定かでない時期であるがためにクビライはナヤンらを叛乱に追い込んだのだとする説もある。チンキムには正妻ココジンとの間にカマラ、ダルマバラ、テムルという3人の男子があったが、ダルマバラは病弱で早世したために後継者から除外され、実質的にカマラとテムルによってクビライの後継者の地位は争われた。クビライはナヤン・カダアンの乱鎮圧にテムルを同行したのと並行してカマラもカラコルム駐屯軍に派遣しており、この時クビライは両者をカアン位の後継者候補として互いに競わせようとしていたと考えられる。
前述したようにこの戦役、主に「カダアンの乱」鎮圧戦でテムルが大過なく任務を遂行できたのに対し、カマラは1289年(至元26年)にカイドゥとの戦いに敗れており、この責任を取る形でその翌年雲南方面に派遣された。