飛鷹 (空母)
6月10日、飛鷹隊(飛鷹、有明、夕暮)は午後2時に横須賀を出港したが、夕刻、三宅島沖合にて暗号解読により待ち伏せていたアメリカの潜水艦トリガー (USS Trigger, SS-237) の雷撃に遭った。被雷時刻は18時35分で、発射された魚雷6本のうち4本の魚雷が飛鷹に命中したが、起爆した魚雷は1本のみ。沈没には至らなかったが、飛鷹は自力航行不能となった。乗り組んでいた山西義政によると、数人の死者が出たという。 19時37分、飛鷹は夕暮を浮上した敵潜水艦と錯覚し誤射、軽微な損害を与えた。夕暮戦死者2名、軽傷者5名。 危機に陥った飛鷹に対し、呉から横須賀へ回航中だった軽巡洋艦五十鈴(第十四戦隊)が救援に赴き、飛鷹を曳航して横須賀に向かった。横須賀停泊中の戦艦山城と駆逐艦萩風(第4駆逐隊)にも飛鷹曳航のため出撃命令が下されるが、飛鷹側は曳航状態良好のため「山城の曳航は必要なきものと認む」と発信した。6月12日、飛鷹隊は横須賀に到着する。
飛鷹の行動不能により、錬成部隊として運用されていた第五十戦隊の軽空母2隻(鳳翔、龍鳳)のうち、龍鳳が第二航空戦隊に編入される。空母3隻(龍鳳、大鷹、冲鷹)、第三戦隊(金剛、榛名)、第七戦隊(熊野、鈴谷)、五十鈴、駆逐艦部隊は16日に横須賀を出港、南方へ進出していった。 龍鳳は小型空母であるため搭載機数も隼鷹型航空母艦に比べて少なく、したがって飛鷹航空隊の一部は龍鳳に収容しきれず空輸によりトラックへ進出した。
横須賀海軍工廠で修理を行う飛鷹では、まず7月1日に青山茂雄大佐(飛鷹副長)が霞ヶ浦海軍航空隊へ転任。同月中旬、飛鷹航空隊関係者が龍鳳へ異動。
8月15日附で澄川道男大佐(飛鷹艦長)は、神戸川崎造船所で建造中の空母大鳳艤装員長を命じられる。別府朋郎大佐(元飛鷹艦長。昭和18年1月9日より千代田艦長)は、千代田および飛鷹艦長を兼務することになった。当時の千代田は横須賀海軍工廠で水上機母艦から航空母艦へ改造工事中である。
9月1日、古川保大佐(当時、博多海軍航空隊司令)が飛鷹艦長に補職。別府大佐(千代田艦長)は兼務を解かれた。同日付で、城島高次少将(当時、第五十航空戦隊司令官)は第二航空戦隊司令官に任命された。 10月21日、志柿謙吉中佐(当時、空母雲鷹副長)は飛鷹副長を命じられる。 当時の飛鷹では、ダメージコントロールの一環として、艦内調度品、木製品一切を撤去している。ただし客船としての建造が進んでから空母に改造された隼鷹に対し、飛鷹は下甲板段階で改装したのでほとんど軍艦に近かったという。
10月26日、飛鷹は横須賀を出港。翌日、飛鷹と駆逐艦2隻(浜風、澤風)は内海西部に到着した。
11月、航空機輸送任務に従事。11月下旬より、飛鷹と龍鳳は南方への輸送作戦を実施した。 11月25日、空母2隻(飛鷹、龍鳳)と第21駆逐隊(初春、若葉、初霜)は豊後水道を出撃する。マニラを経由し、12月3日から9日までシンガポール停泊。12月22日から27日までトラック泊地に滞在。この際に航空隊を戊号輸送のためラバウル方面へ転用する。 護衛部隊を第6駆逐隊と陽炎型駆逐艦浜風(第17駆逐隊)に改め、27日にトラック泊地を出発する。12月29日、サイパン寄港。