会津鉄道会津線
電化の有無と直通運転の関係から本路線の運転系統は以下の2区間に分かれている。双方は会津高原尾瀬口駅または会津田島駅で接続している。
(臨)一ノ堰六地蔵尊駅 - 南若松 - 門田間。2009年から2013年の間(初年のみ駅名は「六地蔵尊駅」)、毎年8月23日および24日限りで設置された。2014年以降は設置されていない。
2022年3月12日のダイヤ改正で、鬼怒川温泉方面行きの快速「AIZUマウントエクスプレス」の磐越西線延長運転の取りやめに伴い、代替として会津田島行き普通列車1本が土休日のみ喜多方駅始発で延長運転される(JR磐越西線内の途中駅は、従来通り塩川駅のみ停車)。
新栃木駅・下今市駅・新藤原駅発着列車
2017年4月21日のダイヤ改正以降は、東武鉄道・野岩鉄道から会津高原尾瀬口駅を介し当線に直通する普通列車は、東武鬼怒川線下今市駅または野岩鉄道会津鬼怒川線新藤原駅を発着するものとなった。かつては多く設定されていた、東武日光線新栃木方面との普通列車の直通運転は、新栃木駅始発の会津田島行き普通列車1本のみとなっていたが、2020年6月の改正で消滅した。
2017年4月21日のダイヤ改正より前は、東武鉄道伊勢崎線浅草駅を発着する東武日光線快速・区間快速列車の半数程度は、東武鬼怒川線・野岩鉄道会津鬼怒川線を経て会津田島駅まで直通運転を行っていた。東武鬼怒川線・野岩鉄道会津鬼怒川線・会津線内では普通列車として運行され、これらの各線内では各駅に停車していた。浅草駅 - 会津田島駅間直通列車の所要時間は快速で約3時間30分、区間快速で約4時間強、走行距離にして190.7 kmであり、JR線以外の列車としては最長運転時間列車で、最長距離走行の特別料金不要列車であった。