ゴジラvsデストロイア
デストロイアが自衛隊の攻撃でも倒れず、ゴジラと最後の死闘を繰り広げた末に倒された後、ゴジラも死んでいくというシーンも撮影されていた。この撮影期間中、デストロイア集合体と完全体の1/3サイズモデルが盗難にあった。
9月12日・13日の大プールでの撮影を経て、14日から19日には、大プールでゴジラとスーパーXIIIが戦うシーンが撮影された。ナイトシーンだが、オープンセットであるため、撮影は夜間に行われた。13日には、第10ステージで臨海副都心新交通システムの撮影も行われた。
9月21日から27日には、第9ステージでデストロイアが臨海副都心を襲撃するシーンの撮影が行われた。後方の幼体には、バンダイのソフトビニール人形が用いられた。
9月28日には、第9ステージでラストシーンの撮影が行われた。序盤のシミュレーション映像で炎上する東京を描写しているため、ゴジラのメルトダウンにより東京が壊滅する様子は描かず、ゴジラの死に様に対して観客が感情移入することを重視している。脚本ではゴジラジュニアが新たなゴジラに変化したことが明記されていたが、映像では曖昧な表現となった。
9月30日には、小プールでゴジラやゴジラジュニアの出現シーンが撮影された。その後、合成用カットや細かいシーンの撮影を経て10月5日午前にクランクアップした。
川北側ではゴーストゴジラ案が没案となったことを受け、それなら「ゴジラを死なせる」ことに重点を置き、唯一ゴジラを葬り去った兵器「オキシジェン・デストロイヤー」でも死ななかった最強の生物・デストロイアと戦わせるというプロットが生まれたという。プロデューサーの田中友幸はゴジラを死なせることに反対したが、また復活することを前提に「ゴジラ死す」という企画が認められたとのこと。このため、公開当時のパンフレット冒頭にある田中の挨拶文には「またゴジラは必ずスクリーンに帰ってきます」との言葉が記されている。このインタビュー記事で川北は、『ゴジラvsスペースゴジラ』でゴジラを死なせた方がいいと考えていたことも明かしている。書籍『ゴジラ・デイズ』では、同年に公開された『ガメラ 大怪獣空中決戦』がヒットしたことも本作品に影響を及ぼしていると評しているが、富山は『ガメラ』がライバルだという意識はなく、それぞれの作り手がそれぞれの面白さを引き出すことで観客に喜んでもらうことが重要であり、今まで作ったものを否定する必要はないと語っている。
ゴーストゴジラ案だったころには、ゲスト怪獣としてアンギラスの登場が検討されており、デザイン画も描かれていた。また、デストロイアがバルバロイと呼ばれていたころには、その一形態としてアンギラス型の怪獣の登場も検討されていた。
このほか、『vsバルバロイ』ではスーパーXIIIはGフォース所属で轟天号の名を冠しており、麻生司令が乗り込んで出撃するという展開であった。さらに人類の最終兵器としてネオ・オキシジェン・デストロイヤーが登場している。
90式戦車
74式戦車
89式装甲戦闘車
87式偵察警戒車
82式指揮通信車
73式装甲車
74式特大型トラック
高機動車
88式地対艦誘導弾
81式短距離地対空誘導弾
はつゆき型護衛艦「しらゆき」
はるしお型潜水艦「なつしお」(名称のみ)
ゆうしお型潜水艦「あきしお」(名称のみ)
AH-1 コブラ
AH-64A
UH-1H多用途ヘリコプター
HSS-2B哨戒ヘリコプター
64式7.62mm小銃
M16自動小銃
温めると赤く変色するミニフィギュア。全15種。
入場者プレゼントとして配布されたほか、ガシャポン商品としても販売された。
一部は『ゴジラvsメカゴジラ』の入場者プレゼントであった「光るゴジラ!」と同じ型を使用している。
2014年12月、PlayStation 3用ゲームソフト『ゴジラ -GODZILLA-』の初回特典として復刻された。
前々作『ゴジラvsメカゴジラ』以来の参加となった伊福部昭は、依頼を受けた時点では前作と同様に断るつもりであったが、本作品がゴジラの死をテーマとし、第1作とも関わりが深かったことから本作品の音楽を引き受けた。
メインタイトルでは従来のゴジラのテーマを変化させており、前半をゴジラの主題、後半をデストロイアの主題とすることで、両者の対決をイメージしている。伊福部は、タイトルの映像がめまぐるしく変化するため、どこに音をあわせていいかわからず苦労した旨を語っている。
デストロイアの主題は、十二音技法の旋律に調性を無視したハーモニーを入れている。形態の変化にあわせて曲の楽器編成も変えており、水族館のシーンでも主題を弱く取り入れている。
ゴジラジュニアの主題は、『vsメカゴジラ』でのベビーゴジラの主題を踏襲している。
以前より製作が発表されながらも延期となっていたハリウッド版『GODZILLA』が1997年に公開される見通しが立ったことから、平成ゴジラシリーズ最終作として製作された。
当初の仮タイトルは『ゴジラ死す』で、特技監督の川北紘一はそれまでの『ゴジラVS○○』という命名法から脱却し、この作品をシリーズ最終作とする意気込みを体現するつもりであった。ゴジラを死なせるという物語としたことについて川北は、対決ものが続いたことでドラマ作りが難しいところに差し掛かっていると考え、ゴジラという強大なキャラクターと人間側との密接なドラマを構築するため発想したという。また、超兵器によるゴジラとの戦いも人間側のドラマが介在する余地がなくなってしまうため、人間の英知をドラマに盛り込みSF映画としての原点に回帰することも意図している。
プロデューサーの富山省吾が発案し、大森一樹が執筆した本作品のプロットの初期案『ゴジラVSゴジラ』は、初代ゴジラの生体エネルギーが幽霊のような「ゴーストゴジラ」として出現し、ゴジラと戦い、ゴジラは倒されるが、ゴーストゴジラはジュニアによって倒される、というものだった。実体のない怪獣という面白い見せ方も考えられた。しかし、前作のスペースゴジラと前々作のメカゴジラとゴジラを冠する怪獣が続いていたうえ、実体のないものに感情移入はしにくいのではないかということで不採用となった。また、川北はビジュアル面でも難しい面が多かったと述べている。
ゴジラのメルトダウンと、デストロイアに相当する新怪獣「バルバロイ」が登場する企画は、川北組助監督の岡秀樹が手掛けたものである。
テレビ局カメラマン。ゆかりの同僚で、ゆかりと共に怪獣たちの死闘を中継した。
詳細は「ゴジラジュニア#『ゴジラvsデストロイア』のゴジラジュニア」を参照
山根恭平博士(故人)の娘で、ゆかりと健吉の伯母。62歳。
前半に登場し、ミクロオキシゲンにオキシジェン・デストロイヤーの危険性を重ね、さらに地球全体の危機をゴジラの核爆発から救うためにオキシジェン・デストロイヤーを使おうと提案する健吉に反対した。第1作『ゴジラ』で恋人だった尾形秀人とは結婚しておらず、独身である。 独身である理由について劇中では触れていないが、河内は「恵美子は命をかけてオキシジェン・デストロイヤーの秘密を守った芹沢博士の死に打たれて、結婚せず山根博士と花を作りながらひっそりと生きてきたんです」と語っている。大森は、尾形と恵美子が結婚したことにしてしまうのはオリジナルをいじることになってしまうと考えその点には触れず、養子となった新吉の子供を登場させることとした。 劇中での和装は、大河原からの提案によるもので、河内は洋館にあった洋服姿をイメージしていたという。