伊江島補助飛行場
障害防止対策事業(同法3条に基づく)の内一般障害防止については、水問題への対処が挙げられる。基地建設が実施される以前、伊江島には40余の溜池が存在し、島民の水確保の手段となっていた。しかし、本飛行場の拡張などに伴い溜池は多くが埋め立てられ、更に土地の締め固めが実施されたことで雨水が地下に浸透しなくなった。上水道は本島から送水することで対処したものの、旱魃時には農業用水が不足する問題が発生した。この対策として、道路側溝を流れる雨水を溜池に導き、溜池自体も新設が行われ、1994年6月時点で35箇所、40万1000トンの貯水力に拡張された。1973年度から1995年度まで実施した助成額の総計は約30億円となっている。
1959年9月6日、真謝区の民家付近で不発弾が爆発し、村民2名が死亡。
1961年2月1日、射撃場内で演習中の米軍機の直撃弾を受け村民1名が死亡。
1974年7月10日、伊江島補助飛行場内の射撃場で、米兵が草刈中の青年を狙撃した。村面積の32%が米軍管理下にある中、家畜のための牧草を刈ることに関して米軍側は黙認してきた。村人は演習終了を確認して入場したが、米兵は青年を追い回し、フレアピストルを撃ち青年を負傷させた。この事件は日米合同委員会で審議される大きな問題となったものの、日本政府は裁判権を放棄し、また被害者補償もされなかった(伊江島事件)。