深水長智
このとき、秀吉は長智の交渉能力や連歌の才を大いに気に入り、秀吉の直轄領である水俣地方の代官を任された。秀雅百人一首(弘化5年刊)には、“空蝉の羽より軽き身を持ちて 筑紫よしとは如何にいうべき”という彼の歌がある。
天正15年(1587年)に肥後国人一揆が勃発した際、秀吉の命で佐々成政に助勢しようとした島津義弘、伊集院忠棟の軍が大口に集結したものを、自分を攻めてくるものと勘違いした成政の依頼で、頼房は境界の津奈木城と佐敷城に兵を入れて入国を阻むという失態を犯したが、長智は大坂へ上洛し秀吉に陳謝、許しを得ることに成功している。
天正18年(1590年)に病没。法名は「権大僧都法印宗方」。墓は深水長命寺(現:相良三十三観音16番札所 深水観音)の脇にあり、現在は歯の神として信仰されている。
嫡子の摂津介頼則は天正14年(1586年)1月、高森城攻囲戦で既に戦死していたため(熊本県阿蘇郡高森町大字高森1666に「深水摂津介頼則の墓」が残る)、長智の弟・深水織部の子である頼蔵が跡を継いだ。