第二次内乱 (イスラーム史)
しかしながら、シリアの総督でウスマーンが属していたウマイヤ家の一人であるムアーウィヤ・ブン・アビー・スフヤーンもアリーのカリフとしての正統性を認めず、両者はスィッフィーンの戦いで激突した。しかし、ムアーウィヤの仲裁の呼びかけに応じた一部のアリーの部隊が戦闘を拒否したために、戦闘は膠着状態のままで終わった。アリーは渋々仲裁に同意したものの、後にハワーリジュ派と呼ばれるアリーの軍の一派が抗議して離脱し、アリーが仲裁を受け入れたことを冒涜的な行為であるとして非難した。仲裁はムアーウィヤとアリーの間の紛争を解決するには至らず、アリーの軍隊が657年7月にナフラワーンの戦い(英語版)で多くのハワーリジュ派の人々を殺害した後、661年1月にハワーリジュ派の人物によってアリーは暗殺された。アリーの長男のハサン・ブン・アリーがカリフとなったが、ムアーウィヤはハサンの支配権に異議を唱えてイラクへ侵攻した。661年8月にハサンは和平を結んで(英語版)カリフの地位をムアーウィヤへ譲り、第一次内乱を終結させた。そして首都はムアーウィヤの本拠地であるダマスクスへ移された。
フサイン・ブン・アリーへの支援に失敗したことを罪業とみなし、償いを求めていた少数の著名なアリー家の支持者たちがウマイヤ朝と戦うためにムハンマドのサハーバでアリーの協力者であったスライマーン・ブン・スラド(英語版)の下で運動を開始した。自らをタッワーブーン(悔悟者たち)と呼んだこれらの人々は、ウマイヤ朝がイラクを支配しているあいだ地下組織として潜伏していた。カリフのヤズィードの死とそれに続く総督のイブン・ズィヤードの追放の後、タッワーブーンは公然とフサイン殺害に対する復讐を呼びかけた。そしてクーファで幅広い支持を集めることに成功した。しかしながら、その運動は政治的な計画を欠いており、主だった目標はウマイヤ朝を懲罰するか、さもなければその過程で自らを犠牲にすることにあった。ムフタールはクーファに戻って以降、都市の支配権を手に入れるための組織的な運動を追求し、タッワーブーンに対してその努力を思いとどまらせようとした。しかし、スライマーンには名声があったために、ムフタールの提案はスライマーンの支持者には受け入れられなかった。
タッワーブーンの運動に参加した16,000人のうち4,000人が戦闘のために動員された。684年11月、タッワーブーンはカルバラーのフサインの墓で一日喪に服した後、ウマイヤ朝と対決するために出発した。そして双方の軍隊は685年1月にジャズィーラ(メソポタミア北部)で起こったアイン・アル=ワルダの戦いで激突した。3日間続いた戦闘の末にタッワーブーンの軍隊は敗れ、スライマーンを含むほとんどの者が戦死し、生き残った少数の者がクーファへ逃れた。
イラクとその統制下にあった地域のほとんどを確保したアブドゥルマリクは、イブン・アッ=ズバイルに対して将軍のアル=ハッジャージュ・ブン・ユースフ(英語版)を派遣した。当時イブン・アッ=ズバイルはナジュダ・ブン・アーミル(英語版)に率いられたもう一つのハワーリジュ派の分派であるナジュダ派の軍隊の攻勢を受けてヒジャーズで窮地に立たされていた。ナジュダ派は685年にナジュドとヤマーマ(英語版)で独立政権を築き、688年にイエメンとハドラマウト、689年にはターイフを占領していた。アル=ハッジャージュは直接メッカには向かわずにターイフに向かい、抵抗を受けることなくターイフを占領すると、そこに拠点を定めていくつかの小規模な戦闘でイブン・アッ=ズバイルの部隊を破った。その間にシリアのウマイヤ朝の軍隊がイブン・アッ=ズバイル派の総督からマディーナを奪い、その後、692年3月にメッカを包囲したハッジャージュを支援するために進軍した。包囲は6か月から7か月にわたって続き、巡礼期間中も周囲の山から投石を行って攻め立てた。イブン・アッ=ズバイルの軍隊の大部分が降伏し、イブン・アッ=ズバイルは同年10月もしくは11月にアブドゥッラー・ブン・ムティーを含む残った支持者とともに打って出たが、戦闘で殺害された。イブン・アッ=ズバイルの死によってヒジャーズは再びウマイヤ朝の支配下に置かれることになり、内乱は終結をみた。その後まもなくナジュダ派はハッジャージュによって打倒され、アズラク派とその他のハワーリジュ派は696年から699年の間に鎮圧されるまでイラクで活動を続けた。