近江屋事件
事件発生当時、土佐藩家老の寺村左膳は「新選組による犯行だ」と考え、新選組から離脱し対立していた御陵衛士の証言もそれを補強した。海援隊士は当時「いろは丸事件」などでトラブルを抱えていた「紀州藩の犯行」と推定し、天満屋事件などが起こったが、実行犯は見つからなかった。しかし大正元年、見廻組隊士今井信郎の供述に基づく龍馬殺害の経緯が『維新土佐勤王史』に収録され、大正15年には今井の口上書が『坂本龍馬関係文書』に収録されて以降は、文献的に「京都見廻組の佐々木只三郎ら」を実行犯とする説が通説として扱われている。
大久保利通も11月19日付けの岩倉具視宛書状で「第一、近藤勇が所為と察せられ申し候」と述べている。また龍馬の義弟にあたる菅野覚兵衛も、中岡の父に対しての書状で「敵は当時会津に属する新選組の者に極り候」と述べている。
箱館戦争の後、降伏人となった旧新選組隊士に対しても坂本暗殺の尋問が行われているが、横倉甚五郎は「全く知らない」と答え、相馬肇は「隊中において廻状が出され、暗殺を行ったのは見廻組だと書かれてあった」と証言している。また大石鍬次郎は、元御陵衛士の加納鷲雄に捕えられた際に、「新選組の犯行だ」と証言したが、のちに「それは拷問から逃れるために偽証したことで、見廻組の4人が実行したことは近藤も知っていた」と述べている。しかし今井の口上書が公表されるまでは、新選組犯行説が広く信じられていた。
また近江屋新助は、現場に残された下駄に先斗町にある「瓢亭」の印が押されており、瓢亭の主人が「新選組に貸した」と言っていたと証言している。ただし、当時の取り調べでは現場に残されていた下駄は瓢亭のものではない。