GC含量
ゲノム中のGC比は領域によって顕著な差異が存在する。複雑な生物では、高GC比領域はモザイク状に点在し、アイソコアと呼ばれる"小島"状の領域を形成する。これは、染色体の染色強度の違いに直接現れる。GCに富むアイソコアは典型的にはタンパク質コード領域を多く含むため、こうした特定の領域のGC比の決定は、ゲノム中の遺伝子の多い領域をマッピングする際に有用である。