国鉄コキ50000形貨車
コキフ50000形の台車交換(51000番台)
車掌の乗務環境改善のため、コキフ50000形の台車交換改造を1979年から実施した。当時余剰となっていたコキ10000形のほか、ワキ50000形・ワキ8000形などから空気ばね台車TR203形台車を供出し、交換した。ブレーキ装置も台車に適合したものに換装された。
TR203 形台車の許容負担重量 (54 t) に対応するため、車体中央部のコンテナ緊締装置を一部撤去し、積載能力は 5 t (10 ft , 12 ft) コンテナ3個、10 t (20 ft) コンテナ1個となった。コキ10000系と同様、台枠の台車直上部に台車オイルダンパのプロテクタを設置している。車両番号は「原番号+1000」の基準で付番された。
コキフ10000形の編入改造(59000番台)
車掌の乗務環境改善のため上記の台車交換と並行して行われた改造で、1979年にコキフ10000形から14両(コキフ10000、10003、10006 - 10008、10011、10014 - 10020、10508)が改造された。
改造は種車の電磁ブレーキを撤去して、外部塗色を赤3号とした。車体長はコキ10000系と同一で、5 t (10 ft , 12 ft) コンテナ3個の積載が可能。車両番号は「原番号+49000」の基準で付番された。1両のみ寒冷地仕様の10500番台から改造された車両があり、59500番台を付番している。
ブレーキ装置指令変換弁追加改造(250000番台)
なお改造工事竣工直後の塗装は、改造工場によって差異があり、本来の「黄かん色」に近いオレンジ色に塗装される、台車の色が従来の黒のまま、車体表記の色が白だったりしていた。最終的に上記の塗装に統一された。
本区分は新系列コンテナ車投入までの暫定的な措置であり、コキ100系が「スーパーライナー」に投入されると250000番台と共通運用された。コキ250000形に改造する話もあったが、結局されなかった。台車は下記にある通り、1994年までにTR223F形に交換され、2001年よりTR223Gへ改造された。
後年は関東地区内での限定運用とされ、川崎市のゴミ収集列車「クリーンかわさき号」などに用いられた。
特殊仕様の少数区分であり、2007年から本格的な淘汰が開始された。2008年3月に残存車が一斉に廃車された。
廃車車両の一部はJR北海道へ譲渡され、12両がレール輸送用長物車(チ50000形・チラ50000形)に改造転用された(後述)。またコキ350039・350040の2両は苗穂工場においてトレイン・オン・トレインのモックアップ試験に供用されている。
台車交換
JR移行直後から本形式の台車枠の亀裂が多発し、1993年には羽越本線で台車枠破損による脱線事故が発生した。これを受け、JR貨物では1994年までに全車両の台車を対策型のTR223F形台車に交換した。台車枠は識別のために灰色としている。また従来台車との外観上の差異としては、枕ばねの下にある台車枠の枕ばね受けの形状が変更されている。