近隣結合法
近隣結合法は同じ距離行列法である非加重結合法のアルゴリズムを改変して1987年に日本の斎藤成也と根井正利により発表された手法で、他の距離行列法を抑えて広く利用されている。2021年現在でも最大節約法・最尤法・ベイズ法と並んで標準的な解析手法である。松井 (2021) では、分子データを用いた種レベルの系統樹を作成する場合、進化距離が近く加法性を仮定できるのであれば近隣結合法を用いるのが良いとされている。
近隣結合法での計算は当時から高速とされ、2006年時点のコンピュータでは1000種類の内群を含む解析を一瞬で完了できる。進化速度の一定性を仮定しないため、自然界で理想的なケースが多くない非加重結合法よりも広く適用できる点も長所である。また、最初に与えられる距離行列が信頼できるものであれば正確性の高い樹形を構成できる点も特徴である。ただし、そもそもの正確な距離行列の推定が容易ではないという指摘もされている。
また、これは距離行列法全てに該当する欠点であるが、形質状態を距離に変換する際に情報量の損失が起こり、異なる情報を持つ形質状態の配列が同じ距離として扱われる場合がある。