天龍寺
天正13年(1585年)には豊臣秀吉により寺領1,720石が寄進された。文禄5年(1596年)の慶長伏見地震で建物が倒壊。その後復興し、慶長9年(1604年)には徳川家康により寺領7,020石が安堵された。
しばらくは安泰であったが、文化12年(1815年)1月に法堂、方丈などが焼失した(7回目の大火)。
元治元年(1864年)7月に起こった禁門の変(蛤御門の変)では長州藩兵が当寺に立て籠もり、それを見た幕府軍や薩摩藩兵は当寺に攻め寄せる構えを見せた。すると、長州藩兵は本格的な戦いになる前に当寺から脱出していった。しかし、村田新八が指揮する薩摩藩兵は当寺に乱入し乱暴狼藉を行って什器を略奪するなどした。その後、薩摩藩兵が大砲を撃ち込んだことにより当寺は大火災となって伽藍が焼失した(8回目の大火)。
この後、明治時代後半になりようやく再建される。なお、方丈の西側にある曹源池(そうげんち)庭園にわずかに当初の面影がうかがえる。
また、「天龍寺文書」と呼ばれる2,500点余りの文書群を所蔵しているが、中世以来の文書は度々の火災で原本を失ったものが多く、関係の深い臨川寺の文書が後に天龍寺に多数移されたこともあって、「一般に天龍寺文書といわれるが、現実には臨川寺文書が多数を占める」とまで言われている。これに対して近世のものは寺の日記である「年中記録」などの貴重な文書が伝えられている。ともに、中世・近世の京都寺院の状況を知る上では貴重な史料である。
方丈の北側には、宮内庁管理の亀山天皇陵と後嵯峨天皇陵がある。