チャールズ・W・エリオット
外部から、名声が高かった研究者を招集した。
学生の朝の礼拝の強制出席を撤廃して宗教の自由を適用し、上級生には授業出欠席の自由を与えるなど、学生の規則を大幅に改正
といった改革を行っている。これに対しては教師と学生の関係がうまくいくようになったとして成功を収めたと評価される一方で、サミュエル・モリソンは自らの「ハーバード大学の三世紀」の著書でエリオットを批判するなど、評価と批判が両方行われている。
また、ジョンズ・ホプキンス大学の設立に関しては500ドルの報酬をもらい、委員会に助言を行った。その後、ジョンズ・ホプキンス大学が研究中心大学として台頭してくると、ハーバード大学にも研究中心大学を取り込むことになった。
1909年に学長を辞任し、次期学長にはエリオット批判派だったアボット・ローレンス・ローウェル(en:A. Lawrence Lowell)が就任(前任者は後任選択に関わらない慣例があった)。引退後は全50巻の世界古典全集『ハーバード・クラシックス』を編纂し、1911年-12年にはカーネギー国際平和基金の招きで日本と中国を訪問した。