阿蘇海
野田川流域の下水道整備は1990年代前期から進められていて、接続戸数は2008年で流域の全体の約半分に達するものの、野田川のBOD値は低下しているわけではなく、また2000年代の年変動の中でCOD最低記録を更新した年もなく、前述のように、同期間の阿蘇海ではCODが上昇し続け全リン(燐)全窒素も改善がない。
下水道路は宮津湾・野田川流域が一体であり、放流先は宮津湾の中ほどにある。宮津市は1984年度から事業が始められ、2008年の接続戸数と合併浄化槽の和は、宮津市(湾以外も含めた)全体の約半分に達する。しかし宮津湾域の水質の現状は前述のようである。
阿蘇海の底に溜まったヘドロについては、生物が生息可能な水深とされる(夏期に生じる貧酸素層より上)6m以浅の海底部を砂で覆う覆砂事業が行われ、1993年度から始まり2009年度で半分以上を完了している(完了予定年度は2018年度)。年変動はあるものの、2003年度から2006年度には底生生物の種類数が事業開始から3倍以上になっているので、それなりの効果を上げているとされる。
対策は歴史的に見ると、天の橋立の北部の付け根近くの陸地に運河を掘るという案が江戸期から昭和まで何度か提案されているが、そのつど廃案になっている。