エマージング
路上で変死した会社員の男性。その日も会社に出勤して仕事をしていたが、体調が悪そうな様子から同僚らに早退と病院への受診をすすめられて会社を早退した後、病状が悪化し、路上で吐血して変死する。日本出血熱の第一患者とされる。
海外渡航歴、外国人との接触もなかったため彼の体から検出されたウイルスは国内発生したものと判断された。発病前にゴルフ場の開発予定地の調査のため山に分け入っており、日本出血熱のウイルスの宿主とその山で接触した可能性が指摘され終息後厚生労働省のチームが動植物の採取を行う。
一方ウイルス研究室のスタッフは持ち込まれた血液サンプルに球状のウイルスが増殖しているのを確認。電子顕微鏡で見た形状も遺伝子解析も、既知のどのウイルスとも合致せず特定のウイルスのみに反応する試薬を使うエライサ抗体検査でも完全陰性を確認したのち、病原性を確認するマウス実験を行う。結果ウイルスを注射されたマウスは全て出血熱の症状を示して死亡し、世界で誰も見た事のない未知のウイルスによる感染症と結論付けられた。ここに日本初となるエマージングウイルスが発見される。
全く未知の、それも出血熱ウイルスの国内発見というニュースは当局を驚かせたものの路上で倒れた男性以外の発病者はいない事からひとまず安心と思われていた。しかしあの日現場で血液を浴びた被害者達から続々と症状の報告が寄せられ、ついに未知のウイルス感染症のアウトブレイクに発展。事件の場に居合わせた女子高生岬あかりの身にも異変が起きていた。
やがて都内の病院で続々と謎の感染症と思われる患者の報告が出始め、感染経路も治療法も未知な新興ウイルス(エマージングウイルス)が日本を襲う。国内で新発見の感染症がアウトブレイクした際の対応マニュアルもなく、瞬く間に伝染する感染力があっても指定感染症ではないが故に強制隔離もすぐにはできず、国の対応は後手に回る。
東京に現れたこのエボラ出血熱に似た伝染病に対し、ワクチンも治療薬も存在せず対応のしようがなく、報道が恐怖心を煽り、国民はパニックとなる。