芙蓉部隊
このときに美濃部は大恩ある宇垣が特攻、フィリピンで美濃部を評価してくれた大西が割腹自決したことを知って愕然としている。他にも、特攻に関係した将官・高級士官の自決が相次ぎ、陸軍航空本部長寺本熊市中将が「天皇陛下と多くの戦死者にお詫びし割腹自決す」と遺書を残して自決、他にも前第4航空軍参謀長で陸軍航空審査部総務部長隈部正美少将、航空総軍兵器本部の小林巌大佐、練習機『白菊』特攻隊指揮官、高知海軍航空隊司令加藤秀吉大佐、芙蓉部隊と同様に主に沖縄近海の艦船や飛行場へ通常攻撃を行って特攻支援をしていた陸軍航空隊第66戦隊の指揮官藤井権吉中佐、飛行教官として多数の特攻隊員を訓練し、軍令部参謀として大西と一緒になって特攻主体の本土決戦を準備していた国定謙男少佐 など、航空関係だけで58名が自決がしており、前海軍次官で終戦時軍事審議官だった井上成美大将は、戦後に続いた将官・高級士官の自殺を「責任の地位にある者が自殺するのは、当人の自己の生涯は飾れ満足かも知れないが、これが自殺流行の風潮となり、誰も今後のことを顧みなくなるのは国家の大きな損失である」と憂いている。
8月18日、美濃部は自分で零戦を操縦して大分飛行場の第五航空艦隊司令部に出頭した。横井は集まった美濃部ら部隊指揮官らに、東京の海軍本省で聞いてきた詔勅が出たいきさつを説明した。特に横井が「自分はいかになろうとも国民の命を助けたい」との昭和天皇の御前会議での発言を朗読すると、それまでいきり立っていた指揮官らもがっくりと頭を垂れて、すすり泣きやむせび泣く声が室内に充満した。草鹿は、横井が一通り説明を終わると「いったん陛下が戦争をやめよ、といわれれば私はそれに向かって全力をあげざるを得ない。われわれは戦うも戦わざるもひとつに大命のままである」「自らの思うところに従い行動するということならば、まずこのわたしを血祭りにあげて、しかるのちことをあげよ。
予定通り第601海軍航空隊で編成された第二御盾隊は、2月21日に、彗星12機、天山8機、零戦12機の合計32機(内未帰還29機)が硫黄島を支援するため、硫黄島に出撃し、護衛空母ビスマーク・シーを撃沈、正規空母サラトガに5発の命中弾を与えて大破させた他、キーオカック(防潜網輸送船) (英語版)も大破させ、護衛空母ルンガ・ポイントとLST-477 (英語版)を損傷させるなど大戦果を挙げた。第二御盾隊による戦果は硫黄島の栗林忠道中将率いる小笠原兵団からも確認できたため、第27航空戦隊司令官市丸利之助少将が「敵艦船に対する勇敢な特別攻撃により硫黄島守備隊員の士気は鼓舞された」「必勝を確信敢闘を誓あり」と打電するなど、栗林らを大いに鼓舞し、ジャンボリー作戦で好き放題に暴れた第58任務部隊に対する報復ともなった。梅津美治郎陸軍参謀総長と及川古志郎軍令部総長はこの大戦果を昭和天皇に上奏し、昭和天皇は硫黄島に対する特攻による再攻撃を軍に求めたが、二撃目を加えるほどの航空戦力は残っておらず、硫黄島への特攻出撃は一度きりで終わった。芙蓉部隊も2月17日までの戦闘で、特攻まで命じながら敵艦と接触することもできずに航空機9機を損失し、残存機は零戦12機と彗星8機となっていたが、その中でも稼動機はわずか零戦6機、彗星3機という、高い整備能力を誇る芙蓉部隊とは思えないような惨状で、再出撃どころか翌月になるまで満足に訓練することもできず、芙蓉部隊の初陣は惨敗に終わったが、このときの地上で多数の航空機を撃破された痛い経験が、後の芙蓉部隊最大の特徴となった基地のカモフラージュ方法や航空機の隠蔽方法の改善に活かされることとなった。
この部隊名は初めは通称のようなものであったが、後に正式な部隊名として使用されることとなっている。美濃部は第三航空艦隊司令寺岡謹平中将に、芙蓉部隊という部隊名使用の許可と隊旗の揮毫を願い出るため、司令部のある木更津基地に、物資不足の折であったが静岡蜜柑2箱を手土産に自ら零戦を操縦して訪れた。第三航空艦隊司令は「ダバオ誤報事件」の失態で第一航空艦隊司令を更迭されていた元上官の寺岡であったが、第一航空艦隊司令時代から美濃部を高く評価していた寺岡は「美濃部君が胡麻すりをする筈がない。副官、希望通りにするよう」と、異例の美濃部の申し出を快く了承している。寺岡筆の隊旗は以後藤枝の指揮所に掲げられた。
芙蓉部隊編成当初の装備は、彗星一二型40機、零戦五二型30機。1945年1月の段階では、戦闘九〇一飛行隊で夜間作戦を支障なくこなす操縦技術を有するA級操縦員は28名中3名に過ぎなかったが、3月の段階では戦闘九〇一飛行隊のA級操縦員は52名中15名(28.8%)、芙蓉部隊は126名中34名(26.9%)、第一、三、五航空艦隊のA級操縦員比率は15.8%、同時期に編成された第三四三海軍航空隊のA級操縦員は227名中54名(23.7%)、343空の比率は日本海軍戦闘機航空隊の構成基準に沿ったものだった。美濃部は藤枝基地で、芙蓉部隊隊員に徹底した夜間飛行訓練を行い、やっと離着陸ができるようになった経験の浅い搭乗員でも、往復約1,700 km、約5時間にも及ぶ夜間飛行が可能となるまで鍛え上げた。
しかし、西条海軍航空隊との食事の差に不平を抱いた美濃部であったが、西条海軍航空隊進出前においても、農地のなかにあった岩川基地には、周囲の農家から大量の農産品の差し入れがあり、芙蓉部隊の食生活は非常に豊かなものであった。差し入れ品のなかには、当時貴重であった鶏卵の他に、牛一頭という豪快な差し入れもあり、ステーキにしてみんなで舌鼓を打つなど、陸軍航空隊の特攻隊振武隊では、一汁一菜の粗食の兵食に耐えている特攻隊員もいるなかで、芙蓉部隊は、戦時中とは思えない様な豊かな食生活を送っていた。同じ芙蓉部隊員でも、藤枝で訓練していた隊員の食事はこれほどは豪勢ではなかったようで、4月5日に事故で火傷を負って藤枝で療養していた坪井晴隆飛曹長は、岩川に復帰すると食事の差に驚き「えらいごちそうが出るな」と同僚に話したと回想している。唯一、藤枝が岩川に勝っていたのはアルコール類であり、藤枝ではビールなども飲めたが、岩川には匂いのきつい芋焼酎しかなく、閉口する隊員もいた。飲酒については比較的自由で、出撃前に大宴会を開いて深酒して二日酔いの状態で出撃することもあったという。また、義烈空挺隊を含む日本陸海軍航空隊が沖縄のアメリカ軍飛行場を総攻撃していたときも、美濃部の提案で蛍狩りをしながら酒宴を楽しんでいたこともあった。
食事の貧相さで海軍に不信感を抱いていた芙蓉部隊隊員であったが、食事の充実により不信感は氷解して、活気も盛り上がった。のちに美濃部が食事の格差がついた理由について調査したところ、「特攻隊でないから」という理由ではなく、岩川基地を整備した第3214設営隊へ支給されていた食糧基準が、海軍当局の手違いにより、なぜかそのまま芙蓉部隊の食事に引き継がれていたことが判明している。
1944年(昭和19年)1月9日、九三八空の飛行隊長としてラバウルにいた美濃部は、野戦病院に精神障害で入院していた操縦員が、水上機を爆装して敵に夜襲をかけたいと主張しているのを聞いて、のちの芙蓉部隊に繋がる、水上機操縦員による零戦での夜襲戦法を発想した。退院した美濃部は早速、南東方面艦隊司令部に「水上機パイロット100余名あり。夜間飛行、空戦、爆撃、洋上航法も可能。うち飛行経歴1,000時間以上の50名が飛行機もなく涙をのんでいる。零戦への転換は10日もあれば十分。夜襲により敵進攻兵力を叩くべきである」と上申したが、この上申は却下されている。この発想を諦めきれなかった美濃部は1944年1月29日に零式水上偵察機1機に60kg爆弾4発を搭載させ、ニュージョージア島にある連合軍の航空基地「ニヤイ飛行場」の夜間爆撃を命じたところ、連合軍は単機で夜間侵入してきた零式水上偵察機を敵機とは気が付かず、夜間爆撃は成功して美濃部は自分が発想した夜襲戦法に自信を深めた。
1944年2月に美濃部は再度、南東方面艦隊司令部に「零式水上偵察機による夜襲ができるのだから、ぜひ零戦で、戦闘機隊がやれないというのなら、われわれが零戦で実施してみせる」と打電したが、今回は作戦成功に基づく上申であったので、南東方面艦隊は装備機材の決定は軍令部が行うという規則を無視し、九三八空の零戦使用を認めるとする異例の決定を司令長官草鹿任一名で返信を行った。
芙蓉部隊は二八号ロケット爆弾のなかでも、対潜水艦用に外殻を厚くし炸薬量を増量している改良型を使用したが、それでも炸薬量はわずか850グラムに過ぎず、命中箇所次第では小型艇に致命傷を与えることが期待できる程度の威力しかなかった。ロケット爆弾は芙蓉部隊の特色として特筆されることも多いが、途中から使用頻度が減少し、終戦時点では全く在庫はなかった。
ロケット爆弾は対艦船、対夜間戦闘機での任務に使用され、芙蓉部隊の主任務となった飛行場攻撃では、従来の60kgや250kg陸用瞬発爆弾もしくは新兵器の光電管爆弾を使用しての急降下爆撃を行った。当初美濃部は彗星搭乗員に、日本海軍の基準通りの 高度600mないし800mでの投弾を指示していたが、敵対空砲火で甚大な損害を被ると、美濃部は敵対空砲火が濃密な高度2,000m以下での攻撃を諦めて、高度4,000mで敵基地周辺に侵入後急降下し、高度3,000mで投弾するという、急降下爆撃の投弾高度としては高い高度での不正確な爆撃戦術に切り替えざるを得ず、日本海軍の研究により定められた急降下爆撃の基準投弾高度 からの正確な攻撃は早々に困難となっている。
芙蓉部隊が機体の整備と未熟な搭乗員の育成に明け暮れている中でも、日本軍機は悪天候下で作戦を続けており、6月16日の夜20時30分に沖縄本島南端の500m沖合を航行していた駆逐艦 トゥィッグス (駆逐艦)(英語版)に、日本軍雷撃機が、夜間飛行にもかかわらず海面を嘗めるような超低空で接近、至近距離で魚雷を投下すると、自らもトゥィッグスの艦首上空を一旦飛び越したのちに反転して体当たりし、これを撃沈するという戦果を上げている。
6月21日、菊水十号作戦が発動され、芙蓉部隊は白菊と零式観測機が行う夜間特攻の援護のため、伊江島飛行場を10機の彗星で攻撃する計画であったが、天候悪化で出撃できたのは6機に止まり、沖縄まで進撃できたのはたった3機であった。引き返した中で米倉稔上飛曹・恩田善雄一飛曹搭乗機が志布志湾に墜落、伊江島に達した島崎上飛曹・千々松中尉搭乗機はP-61に撃墜され、2機の彗星を失なうなど特攻機支援は失敗に終わった。芙蓉部隊は撃退されたが、特攻機白菊は、 リパン (艦隊曳航船)(英語版)と中型揚陸艦 LSM-59に曳航された駆逐艦バリーを攻撃し、バリーと LSM-59に命中した。LSM-59は直ちに沈没し10名のアメリカ兵が死傷した。白菊1機が命中したバリーも翌日の6月22日に沈没した。 また、付近にいたLSM-213にも命中し、13名の死傷者を生じさせ、これを大破除籍に追い込むなど、練習機白菊での特攻は美濃部から「昼間なら何千機進撃してもバッタのように叩き落とされる」と酷評されていたが、美濃部が、芙蓉部隊だけが成し遂げた世界戦史上例を見ない離れ業と胸を張っていた、レーダーや電波誘導のない目視での大距離夜間攻撃を、芙蓉部隊より短期間で育成された教育課程を終えたばかりの搭乗員が、白菊で成し遂げて戦果を挙げている。