川越藩
江戸幕府開府後の慶長6年(1601年)、重忠は天海僧正の口添えで上野国厩橋藩に転封となった。川越は江戸防衛の枢要の地であるため後任の決定に紛糾し8年の番城を経て慶長14年(1609年)、重忠の弟で家康の再従弟に当たる忠利が駿河国田中藩より2万石で入封した。忠利は大坂の陣では江戸城留守居役を勤め、喜多院で天台宗の論議を聴いた家康の命で、天海の喜多院を再興させた。また忠利は第3代将軍・徳川家光の信も厚く、老中となり加増を受け、3万7千石となった。寛永4年(1627年)に忠利は死去し、武蔵国深谷藩5万石の領主で忠利の嫡男・忠勝が8万石で入封した。忠勝は老中として家光をよく補佐し、寛永9年(1632年)2万石の加増を受け、石高は10万石となった。忠勝は時の鐘建立など城下の整備を進めた。寛永11年(1634年)、忠勝は11万3千石で若狭国小浜藩に移封され、国持大名にまで上り詰め、大老も務めた。忠勝時代の藩士は、7千石を筆頭にして百石層の知行が最も多かった。忠勝の後、寛永11年(1634年)、相馬義胤が城代を務めた。
寛永12年(1635年)、執政六人衆の一人で老中の堀田正盛が3万5千石で入封した。正盛は春日局の孫に当たり、大老四家である堀田氏の祖となった。
天正18年(1590年)、豊臣秀吉の北条征伐で前田利家の率いる北国勢によって川越城は開城し、後北条氏(城代は大道寺氏)の時代が終焉した。徳川家康が関東に移封されたのに伴い、掛川の戦い以来の三河譜代最古参で雅楽頭酒井家の祖・酒井重忠が1万石をもって川越に封ぜられ、川越藩が立藩した(親藩格)。重忠は入封すると諸役免除を実施、楽市政策をとって領内の経済的確立に努めた。重忠は文禄の役では留守居役として家康不在の江戸城を治めた。また家康は、高麗郡鯨井(現在の川越市鯨井)の5千石を重臣の戸田一西に与え、近江国膳所藩に移封になるまで10年間、鯨井藩となった。