富岡藩
慶長6年(1601年)より、天草郡は唐津藩領(4万2千石)となっていた。慶長10年(1605年)、唐津藩主寺沢広高により富岡城と城下町が完成した。2代堅高は寛永14年(1637年)に勃発し、寛永15年(1638年)に終結した島原の乱の責を咎められ天草郡を没収された。
同年、備中国成羽藩より外様大名の山崎家治が1万石加増の4万2千石で入封し富岡藩が成立した。家治は成羽藩での新田開発などの能力を買われ、乱で荒廃した天草の立て直しを任された。再建も一段落した寛永18年(1641年)、さらに1万石を加増され讃岐国丸亀藩に移封となった。
山崎氏移封の後は幕府領となり、代官として鈴木重成が着任した。重成は、天草郡の石高は実収に見合っておらず半減すべきと主張し、抗議の為に自刃した。重成の主張は万治2年(1659年)、ようやく幕府に認められ、天草郡の表高は2万1千石となった。
寛文4年(1664年)、譜代大名の戸田忠昌が三河国田原藩より1万石加増され新石高の2万1千石で入封し、再び立藩した。忠昌は幕府より富岡城の修築を申し渡され、銀200貫目を与えられた。しかし、以後も必要となるであろう城の修繕費が領民の負担になると思い、寛文10年(1670年)に三の丸を陣屋として残し、富岡城を破却した。寛文11年(1671年)、忠昌は天草は幕府領であるべきと主張し認められた。忠昌は奏者番兼寺社奉行となった当日に関東へ転封となった。以後、天草郡は幕府領となり明治維新を迎えた。