戊辰戦争
鳥羽・伏見の戦直前の1月2日、新政府は近江方面から旧幕府軍に京都を挟み撃ちにされることを警戒して橋本実梁に大津防衛を命じて、先発として大村藩兵が3日に大津に入る。旧幕府軍は大津侵攻を回避したために京都を挟み撃ちにされる危険性が減少した5日、新政府は改めて橋本を東海道鎮撫総督に任じた。ところが、東海道沿いの佐幕藩として新政府に警戒されていた彦根藩がこの段階で尊王に藩論を転換させて大津防衛の援軍を派遣しており同藩への出兵の必要性がなくなったことから、9日には大津にて桑名藩の征討に移った。膳所藩・水口藩の協力もあって大津など南近江一帯が新政府の掌握下に置かれると、本格的な東進が開始され、22日に四日市に東海道軍が到着すると桑名藩は戦わずに開城した。藩主の座から追われた松平定敬は国許には帰らず箱館まで戦争を続けた。尾張藩では20日、藩主の父・徳川慶勝の「朝命により死を賜る」との命により御年寄列・渡辺新左衛門在綱を含む3重臣および11藩士が処刑されるという青松葉事件が起き、藩論は尊王に一本化された。2月になると東海道鎮撫総督は東海道先鋒総督兼鎮撫使と改められて東進を開始。東海道最大の雄藩である尾張藩が東海道の諸藩、代官、旗本領へ勤王誘引使を送り、勤王証書を提出させ2月末までに小田原藩以西の全ての藩が恭順。国学者のネットワークから遠州、駿州で報国隊も結成された。大きな混乱もなく駿府に進むがここで資金不足が露呈する。
白河市は関東地方と東北地方の結節点であり、この地の白河城は両地方間の交通を管理可能な拠点だった。江戸無血開城以降の時点で、この地は新政府の管理下となっていた。仙台藩が列藩同盟設立の姿勢を顕にし総督府の下参謀・世良修蔵(長州藩)を殺害、九条道孝総督・醍醐忠敬参謀らを仙台城下に軟禁したのと同じ閏4月20日、会津軍と仙台軍は呼応して新政府から白河城を奪い取った。
しかし5月1日、薩摩藩士・伊地知正治が率いる新政府軍・約500人は、列藩同盟軍から白河城を奪還した。
以後100日余りに渡って、攻防戦(白河口の戦い)が行われた。新政府軍側には増援は一向に到着しなかった。会津藩・仙台藩を主力とする列藩同盟軍・約4,500人は司令官・西郷頼母(会津藩)のもと、7回にわたって白河城の奪取を試みた。しかし、いずれも失敗に終わった。この激戦で、両軍併せ約1,000人の死者が出た。この白河城奪還戦が、戊辰戦争の「天王山」だと言われている。
四侯会議の崩壊以後、薩摩藩は長州藩と共に武力倒幕を志向するようになり、朝廷への工作を活発化させた。慶応3年(1867年)10月13日、14日に討幕の密勅が薩摩と長州に下される。
これを受け、西国と東国で同時挙兵する構想が練られた。
しかし、10月14日に江戸幕府第15代将軍・徳川慶喜は日本の統治権返上を明治天皇に奏上、翌15日に勅許された(大政奉還)。『討幕の実行延期の沙汰書』が10月21日、薩長両藩に対し下され、討幕の密勅は延期となった。既に大政奉還がなされて幕府は政権を朝廷に返上したために討幕の名分が立たず、薩摩側も東国に於ける挙兵の中止命令を江戸の薩摩藩邸に伝えざるを得なかった。慶喜は10月24日には征夷大将軍職の辞任も朝廷に申し出る。朝廷は上表の勅許にあわせて、国是決定のための諸侯会議召集までとの条件付ながら緊急政務の処理を引き続き慶喜に委任し、将軍職も暫時従来通りとした。つまり実質的に「大政奉還」は「空文」と化し実質として慶喜による政権掌握が続くこととなってしまった。慶喜の狙いは、公議政体論のもと徳川宗家が首班となる新体制を作ることにあったと言われる。
土佐藩士・乾退助(板垣退助)は、神武肇国の基に戻す王政復古(皇権回復論)を唱え、大政奉還が空文化し幕府体勢が維持されることを懸念して、後藤象二郎らの献策による公議政体論に真っ向から反対した。(皇権回復論は後に自由民権運動に帰結する)
しかし、土佐藩の最高指導者である山内容堂は「退助また暴論を吐くか」と笑って取り合わず、徳川恩顧の上士の中で大政奉還論が主流を占めると、過激な武力討幕論は遠ざけられ、反対意見を貫いたことで乾は全役職を剥奪され失脚した。
翌1月4日も旧幕府軍の淀方向への後退が続き、同日、仁和寺宮嘉彰親王を征討大将軍、有栖川宮熾仁親王を東征大総督に任じ錦旗・節刀を与え出馬する朝命が下り、ここに官軍が形成された。薩長軍と、以後は土佐藩も錦旗を賜り官軍に任ぜられた。
逆に旧幕府勢力は賊軍と認知されるに及び、佐幕派諸藩は大いに動揺した。こういった背景により5日、藩主である老中・稲葉正邦の留守を守っていた淀藩は賊軍となった旧幕府軍の入城を受け入れず、旧幕府軍は淀城下町に放火しさらに八幡方向へ後退した。6日、旧幕府軍は八幡・山崎で新政府軍を迎え撃ったが、山崎の砲台に駐屯していた津藩が旧幕府軍への砲撃を始めた。旧幕府軍は山崎以東の京坂地域から敗北撤退し大坂に戻った。この時点では未だに総兵力で旧幕府軍が上回っていたが、6日夜、慶喜は自軍を捨てて大坂城から少数の側近を連れ海路で江戸へ退却した。慶喜の退却により旧幕府軍は戦争目的を喪失し、各藩は戦いを停止して兵を帰した。また戦力の一部は江戸方面へと撤退した。
慶応3年(1867年)下旬、函館戦争の中で横浜で列強への局外中立の解除の交渉が行われ、切り札として元主家の徳川家側に司令として徳川昭武に徳川榎本軍の討伐を命じ、その出兵令の受諾書写しが各国代表に配布され榎本軍は脱走兵に過ぎないことを示した。2カ月間にわたる交渉で12月28日条約諸国により、局外中立の解除が布告され、新政府が唯一の合法政権として国際的に認められた。慶応4年5月24日、新政府は徳川慶喜の死一等を減じ、田安亀之助に徳川宗家を相続させ、駿府70万石を下賜することを発表した。
また、諸藩への戦功賞典および処分のうち主なものを挙げる。
北陸道鎮撫総督の高倉は小浜藩の酒井忠禄を先鋒として越前 加賀 能登 越中 越後と日本海側を北上した。