京都御所
井戸側に関しては、1890年(明治23年)の京都府令により「井戸派砂又ハ小石ヲ厚サ一尺以上ノ小井ハ厚サ一寸以上ノ松ノ側壁ハ石煉瓦或ハ漆喰ヲ以テ充填 但地質堅致ニシテ汚水浸透ノ恐ナキモノハコノ限ニアラス」と規制されており、これは汚水が井戸に浸入することを防止するために、漆喰や石煉瓦で側壁を補強せよという布令である。汚水の混入が伝染病の原因となることは、強く認識されていた。明治31年から明治32年の京都市地下水位推定図と京都市の技師谷井鋼三郎が調査した明治23年から明治29年の井戸水の水質調査によると、京都御所は深さ7m程度の浅井戸を持ち、良水の割合が80%から100%であった。
上段 狩野永岳「堯任賢図治図」「桐竹鳳凰図」
中段 鶴沢探真「大禹戒酒防微図」
下段 座田重就「高宗夢賚良弼図」
剣璽の間 土佐光清「花鳥図」
御小座敷上の間 中島来章「芦辺鶴図」
御小座敷下の間 塩川文麟「四季耕作図」
落長押の間 国井応文「山水図」
一の御間 狩野永岳「桃柳図」
二の御間 鶴沢探真「花鳥図」
三の御間 円山応立「地網引図」
次の間 長沢芦鳳「宇治川の景図」
御清の間 吉田元鎮「住吉の景図」
御寝の間 土佐光文「竹に虎図」元は原在照「群鶏竹菊図」
中仕切りの間 岸竹堂「谷川に熊図」
申口の間(南) 岸連山「谷川に熊図」
申口の間(北) 中島華陽「常盤木に猿図」
(以下は杉戸絵)
原在照「安摩二舞図」「陵王納曽利図」
岡本亮彦「曲水図」「蹴鞠図」
中島来章「田辺の雁図」「池上の鶴図」
山田龍淵「武陵桃源図」「王質囲碁図」
梅戸在親「葡萄に栗鼠図」「秋草に猫図」
大口義卿「柳に鷺図」「檜に蝉図」
磯野華堂「松に鷹図」「牡丹に白鴎図」
森寛斎「陶淵明帰去来図」「赤壁図」
近藤梁渓「雪中小鳥図」
仁和寺(京都市右京区) 金堂 - 元は紫宸殿。寛永期に移築。現存最古の紫宸殿。国宝。 御影堂 - 清涼殿の一部を使用。寛永期に移築・改装。国の重要文化財。 なお、上2棟と同時期に常御殿が移築され仁和寺の宸殿となったが、明治期に焼失している。
南禅寺勅使門 - 元は日ノ御門。寛永期に移築。国の重要文化財。
大徳寺勅使門(京都市北区) - 元は御所の南門。国の重要文化財。
泉涌寺大門(京都市東山区) - 元は御所の門。国の重要文化財。
清涼殿の西にある書院造の建物は、主たる室の名をとって「諸大夫の間」と呼ばれている。東から西へ3室があり、それぞれ「公卿の間」、「殿上人の間」、「諸大夫の間」と称する。公卿の間は別名「虎の間」といい、参議以上の公家が使用した。殿上人の間は別名「鶴の間」といい、諸侯、所司代、高家らが使用した。諸大夫の間は別名「桜の間」といい、その名のとおり諸大夫が使用した。このように御所内では人物の身分により、使用する部屋が厳格に分かれていた。室名の鶴の間、虎の間、桜の間はそれぞれの部屋の障壁画の画題にちなむもので、いずれも水墨淡彩であり、虎図は岸岱、鶴図は狩野永岳、桜図は原在照の筆である。諸大夫の間の北には「御車寄」(みくるまよせ)、南には大正天皇の即位式の時に造られた「新御車寄」がある。
小御所は、清涼殿の東、紫宸殿の北東に位置する南北棟の建物である。屋根は入母屋造、檜皮葺。会議、対面や皇太子の元服などの儀式に用いられた建物である。慶応3年(1867年、新暦では1868年1月)に徳川慶喜の処置を決めるためのいわゆる「小御所会議」が開かれた場所としても知られる。ただし安政度造営の小御所は1954年(昭和29年)8月16日に全焼している。鴨川の河川敷で開催された花火大会で打ち上げられた花火の残火が檜皮葺の屋根に落下して引火したものだった。今日ある小御所はその4年後に焼失した安政度小御所を忠実に再現して再建されたものである。構造は、内部の身舎部分に3室を設け、東西南北にそれぞれ廂を設けている。身舎は畳敷きで格天井、廂は板敷きで化粧屋根裏となっている。
氷室神社拝殿(京都市北区) - 元は小御所の釣殿。江戸時代初期頃の造営。寛永期に移築。京都府登録文化財。
水無瀬神宮本殿(大阪府三島郡島本町) - 元は賢所(内侍所)。寛永期に移築。
泉涌寺舎利殿 - 元は御所の建物の1つ。寛永期に移築・改装。京都府指定文化財。
正明寺本堂(滋賀県蒲生郡日野町) - 寺伝では元は清涼殿。正保2年(1645年)の造営。国の重要文化財。
毘沙門堂宸殿(京都市山科区) - 後西天皇の旧殿。寛文6年(1666年)の造営。京都市指定文化財。
勧修寺(京都市山科区) 本堂 - 元は霊元天皇の仮内侍所。寛文2年(1662年)の造営。寛文12年(1672年)に移築。京都市指定文化財。 書院 - 後西天皇(または明正天皇)の旧殿。江戸時代中期の造営。貞享3年(1686年)に移築。国の重要文化財。 宸殿 - 元は明正天皇の御対面所。延宝4年(1676年)の造営。元禄10年(1697年)に移築。京都市指定文化財。
聖護院書院(京都市左京区) - 元は御所の書院。江戸時代中期の造営。延宝4年(1676年)に移築。国の重要文化財。
北向山不動院本堂(京都市伏見区) - 東山天皇の旧殿。正徳2年(1712年)に移築。
泉涌寺御座所 - 元は御里御殿。寛政内裏の御里御殿の古材を使用。文化15年(1818年)に再建。明治期に移築。京都府指定文化財。
京都御所内の各建物の室内は、すでに述べたように、多くの障壁画で飾られている。これらは、各室の用途や格に応じて画題が選ばれている。紫宸殿の「賢聖障子」については前述した。清涼殿では、弘廂の北端に「荒海障子」、そのやや南に「昆明池障子」が立てられている。この2点はいずれも衝立で、南面には唐絵、北面には大和絵が描き分けられていた。「荒海障子」は『山海経』に描写された伝説の国の光景を描いたもので、障子の北面には大和絵で「宇治の網代」が描かれている。「昆明池障子」は南面に中国の昆明池の光景、北面には大和絵で「嵯峨野小鷹狩図」が描かれている。御常御殿などの住居用の建物では、儀式などが行われる表向きの諸室には中国の賢人功臣など、鑑戒的な主題の漢画が描かれ、日常生活や内々の対面に用いられた内向きの諸室には大和絵による風景や花鳥などが描かれている。現存する安政度造営時の障壁画の制作にあたっては、当時の日本画壇の主たる流派の画家たちが多数動員されている。安政度造営に参加している絵師は京都在住の者が多く、狩野派、土佐派以外の在野の絵師の多いことが目立つ。
即位の礼は代々京都御所の紫宸殿で行われ、明治維新の際に天皇が東京へ移ってからも、1878年の明治天皇の「将来わが朝の大礼は京都にて挙行せん」という叡慮と勅令を承けて、1889年(明治22年)制定の旧皇室典範第11条により、即位の礼と大嘗祭は京都で執行すると定められ、大正天皇と昭和天皇も京都御所で即位に関わる一連の儀式を行った。
しかし、第二次世界大戦後に制定された現在の皇室典範では京都で行うというような場所の規定がなくなったため、1990年(平成2年)の第125代天皇明仁の即位にあたり、即位の礼が史上初めて東京に於いて執り行われ、2019年(令和元年)の第126代天皇徳仁の即位でも平成の例に倣って東京での開催となった。
即位の際に天皇が着座し、その即位が象徴的に示される天皇の正式な御座所である高御座並びに皇后の正式な御座所である御帳台は京都御所の紫宸殿に常設されているため、明仁以降の即位礼正殿の儀(「即位礼紫宸殿の儀」に相当)に際しては、高御座と御帳台を解体した上で皇居宮殿のある東京まで運ばれた。