瀬戸南線
路線の短縮は進み、2002年1月31日限りで中津川地区の恵那線は全廃、路線は北恵那交通に移管され、2002年3月31日限りで瀬戸南線の岡崎市側の区間は全廃となったほか、瀬戸市内から愛知工業大学への路線が廃止された。瀬戸西線では高蔵寺駅への乗り入れが廃止になり、瀬戸北線では品野と多治見駅を結ぶ区間が廃止となった。2002年以降、本路線はJR東海バスでは最後の一般路線となった。
2006年7月からは瀬戸北線の路線免許を一部使用した「中央ライナー号」の開設が行なわれたものの、同年9月にはガイドウェイシステム線(ゆとりーとライン)として乗り入れていた高蔵寺駅への乗り入れも廃止された。2007年には瀬戸市内から菱野団地・南山学園へ向かう路線が廃止されたことにより、瀬戸南線の一般路線は全廃となり、「ドリームとよた号」の運行のみが残ることになった。そして2008年8月27日には、JR東海バスが一般路線全廃の意向を愛知県バス対策協議会に申し出た。2009年8月27日には、正式に一般路線から全面撤退することがJR東海バスから公表され、同年9月30日限りで同社の一般路線の運行はすべて廃止された。なお、代替路線が名鉄バスにより運行されている。これらの改廃により、免許上、本路線は「ドリームとよた号」の運行区間のみが残る状態となっていたが、2021年1月31日をもってドリームとよた号が廃止されたため、本路線は完全に消滅、同時に省営バス発祥の地である瀬戸市からJR東海バスの停留所が消滅した。
瀬戸北線 瀬戸市駅 - 瀬戸追分駅 - 瀬戸駅前 - 瀬戸記念橋駅 - 品野 - 上品野
瀬戸循環線 瀬戸市駅 - 上水野 - 本郷町 - 水野団地 - 苗場町 - 瀬戸市駅 瀬戸市駅 - 松原町 - 水野団地 - 苗場町 - 瀬戸市駅
ガイドウェイシステム線(ゆとりーとライン) 瀬戸みずの坂 - 水野団地 - 森林公園 - 志段味支所前 - 吉根 - 小幡緑地 (- 名古屋ガイドウェイバスガイドウェイバス志段味線直通 - 大曽根駅)
春日井線 春日井駅 - 東野町 - 大池住宅前
玉野台循環線 高蔵寺駅 → 鹿乗 → 自衛隊前 → 玉野台団地 → 押沢台5 → 自衛隊前 → 鹿乗 → 高蔵寺駅
名古屋駅への乗り入れは1955年で、陶都線高蔵寺 - 志段味支所前 - 尾張小幡 - 古出来町 - 名古屋駅間が開通したことにより初めて名古屋駅に乗り入れた。その後、1961年には名古屋線名古屋駅 - 笠寺駅前 - 刈谷 - 安城 - 尾崎 - 暮戸 - 岡崎中央(康生町)が開業した。
1956年、主要地方道岡崎多治見線が国道248号へ昇格。
また、1957年に発表された国鉄自動車の基本方針に、既設の旅客路線については中長距離運転系統、特に急行バスの設定を重点事項とするとされ、その一環として、1957年に完成した有料道路の愛岐道路を経由する愛岐線名古屋 - 多治見間直通急行バスが1958年開設された。この路線は名鉄・東濃鉄道との共同運行で、国鉄バスはそのうちの7往復を担当した。
1970年に鉄道線として岡多線が開業(当初は貨物営業のみ)したのに合わせ、国鉄バス岡多線の路線群は瀬戸記念橋駅を中心拠点として、瀬戸南線・瀬戸北線・瀬戸西線に改称され、路線網は以下のように整理された。
瀬戸南線 瀬戸南本線・安城線・蒲郡線・藤岡線
瀬戸北線 瀬戸北本線
瀬戸西線 瀬戸西本線・陶都線
愛岐線
中馬線 中馬本線・恵南線
恵那線 恵那本線・坂本線
1976年に岡多線が旅客営業を開始した後も、運行便数はさほど減便されることはなかった。