マルエーフェリー
年末年始の定期航路休航日を利用し、旅行会社主催の初日の出クルーズや世界遺産となっている屋久島への観光ツアーが不定期に催行され、関西航路が屋久島宮之浦港に臨時寄航した実績が有るが、一般客は下船不可。屋久島ツアー実績により、2018年3月4日那覇出港分から「フェリー波之上」上り便限定で利用客が規定数に達した場合のみ屋久島臨時寄港し、屋久島下船利用のみ一年間実証実験運航が認められた。
鹿児島-奄美間は通常夜行運航便だが、2009年7月22日の日食前後には、世界中からの来島者を運送するための臨時の昼行便を運航するため、該当区間のみピストン運航を行った。
かつては特例で、鹿児島航路のみ、初乗船日から一週間以内に最終目的地で下船する条件で、二等旅客料金のみ途中下船が認められる「途中下船サービス」があり、奄美諸島などを周遊する旅行などで使用できたが、安全上の理由により、2015年6月11日乗船分から中止されている。(購入は始発船会社で手続きは各船案内所で下船までに行う。運航船会社は基本的にマルエー、マリックスが交互日替わり運航)。 例:鹿児島(初日)船中泊→奄美(二日目)一泊→徳之島(三日目)一泊→沖永良部(四日目)一泊→与論(五日目)一泊→本部(六日目)一泊→那覇(七日目)
ファンネルマークは、オレンジに赤丸の中に赤字でアルファベットの「A」が書かれ、余白は白色となっており、意匠の特徴であるアルファベットの「A」は本社が所在する奄美大島の頭文字に因んでいる。また、喫水線上の船体塗装は上半分が白、下半分が青であるほか、船体側面中央には赤字で「A"LINE」のロゴマークが書かれるとともに、船首には3本の青線と赤丸の中に赤字でアルファベットの「A」が描かれている。なお、これらの意匠などは子会社の奄美海運が運航する船舶でも同じものを採用している。船ごとの設備の違いから、利用できる客室等級が異なる。
各離島の使用港は、奄美大島名瀬港以外は外海と面していて天候などの影響を受けやすく、欠航しないまでも寄港地の変更や寄港しないこと(抜港)などの条件付き運航もあり、荒天が予想されるときには大きな影響が出ることがある。
台風や冬場の季節風などによる荒天によって、欠航便が発生した後、運航再開時に臨時便や変則運航が設定されることがある。
フェリーとして各離島間の物流の要として機能しているため、農繁期や引っ越し時期など貨物量が増加する時期は、各離島を経由する運航形態により各寄港地の停泊予定時間を超過し、遅延が寄港する度に加算され、最終目的地で大幅に遅延することもある。
往復相互利用については以下の会社および区間で可能だが、船室の等級などによって適用されるものとされないものがある(一例として、鹿児島-奄美間と志布志-奄美間の料金は同一だが、相互利用は不可)。 奄美海運:鹿児島港 - 名瀬港 マリックスライン(鹿児島航路のみ):鹿児島港 - 名瀬港 - 亀徳港 - 和泊港 - 与論港 - 本部港 - 那覇港
奄美海運 - 鹿児島市から奄美群島へのローカル航路を運営。 (鹿児島港 - 喜界島 - 名瀬港 - 古仁屋港 - 徳之島(平土野) - 沖永良部島(知名))
有村商事 - 酒類、米穀・石油販売卸小売業者。マルエーグループの中核をなす。
マルエー物流 - 荷役会社。那覇における船舶代理店。
第一海運 - 荷役会社。志布志、宮崎における船舶代理店。
大島輸送 - 荷役会社。鹿児島での荷役を担当。
大島産業 - 船舶用飲料品、船舶用品売買業。
奄美航空(奄美航空ツーリスト) - 空港における地上業務受託、旅行業、宿泊施設運営のほか、喜界島での路線バス事業を行なう(後述)。