近鉄奈良線
この路線においても毎年大晦日 - 元旦の終夜運転が行われる。2018年度は大阪難波駅 - 東花園駅・大和西大寺駅・近鉄奈良駅間において約15 - 30分間隔で普通・区間準急が合わせて35本設定された。2020年度は阪神電鉄と共に終夜運転を実施しない。2021年度は普通の運転に加えて20000系「楽」を使用した臨時快速急行が2往復運転された。
奈良線沿線には春日大社や東大寺を始め枚岡神社や石切神社、生駒ケーブル乗り換えで宝山寺などの大規模・著名な寺社が多いことなどから終夜運転の本数も多く設定されている。また、例年近鉄の主要路線の終夜運転では特急が数多く設定される中、総距離が短い奈良線系統には全く設定されないのも特徴である。ただし1997年(の大晦日)までは毎時1本の特急が設定されていたほか、2023年度は特急が2往復運転予定である
花園ラグビー場で大きな試合が行われる場合、利便性を考慮し、最寄り駅の東花園駅に一部の快速急行と急行が臨時停車することがある。
2010年以降12月に奈良マラソンの開催による観客の利便性を図るため、早朝に近鉄奈良行き特急および急行が数本設定されるほか、大和西大寺駅 - 近鉄奈良駅間に臨時普通列車が運行される。なお、2022年は急行が大和西大寺行きになり大和西大寺駅到着後に高の原行き急行に変更して運転した。
過去には2008年まで若草山山焼きの日に近鉄難波行きの臨時特急が夜間に1本設定されていた、現在はこの特急は定期列車になっている。
優先座席の設定位置は運転区間に関係なく阪神車両が各車両の神戸三宮側、近鉄車両が各車両の奈良側に設定されており現在のところ統一は図られていない。ただし、主要駅を中心に一部の駅では優先座席の案内板が設置されている。
同時に準急の大半を大和西大寺駅発着に変更。
2001年(平成13年) 2月1日:各駅でスルッとKANSAI対応カードの取り扱い開始。これに伴い、上本町駅・布施駅・生駒駅・大和西大寺駅における「途中下車指定駅」の制度が廃止。 10月14日:各駅でJスルーカードの取り扱い開始。
2002年(平成14年)3月20日:同日のダイヤ変更にて、平日夕方に近鉄難波発近鉄奈良行き特急2本(近鉄難波発17:35・18:35)を増発。
2003年(平成15年) 2月23日:八戸ノ里駅 - 瓢箪山駅間連続立体交差化事業起工。 3月6日:ダイヤ変更により、23000系(伊勢志摩ライナー)を阪奈特急にも運用開始。 3月19日:平日朝方の近鉄難波駅行き快速急行に「女性専用車」を設定。
2004年(平成16年) 3月18日:夕方以降の運行体系の見直し(快速急行の約半数を急行に格下げ、準急の一部を削減、近鉄難波駅 - 東生駒駅間普通の一部を大和西大寺駅・近鉄奈良駅へ延長)。 6月6日:あやめ池遊園地が同日限りで営業終了。これに伴って土曜・休日ダイヤ施行日(冬季を除く)の日中に行われていた快速急行・急行の菖蒲池駅臨時停車も同日限りで(一旦)終了。
2006年(平成18年)3月21日:ダイヤ変更で、準急の停車駅に東花園駅を追加。また、日中に区間準急を新設。
2007年(平成19年)4月1日:各駅でPiTaPa・ICOCAの取り扱い開始。
2008年(平成20年) 3月17日:ダイヤ変更で、阪奈特急を夜間に増発(平日:下り1本・上り3本、土休日:上り2本)。
特急の停車駅に近鉄日本橋駅(ただし前身の奈良線の無料特急は停車していた)と新大宮駅(2000年3月より)が追加されたのみで、大阪上本町駅 - 大和西大寺駅間では特急と同等の停車駅で運転されることになる。朝夕の時間帯には特急と平行するダイヤで運転される列車があり、このうち下りの神戸三宮駅・尼崎駅発の一部には大阪難波駅で大阪難波発の特急と接続し特急を先行させる列車や、大和西大寺駅で京都発近鉄奈良行き特急の待ち合わせを行う列車もある。
1972年11月のダイヤ変更で、それまで走っていた奈良線無料特急の停車駅に生駒駅と学園前駅を追加する形で設定され、無料特急は廃止された。ただし、1976年まで平日朝ラッシュ時の大和西大寺発近鉄難波行きは学園前駅・生駒駅は通過し、特急よりも少ない停車駅であった。
2010年3月19日のダイヤ変更から、近畿大学附属小学校・幼稚園に通う児童のために平日下り1本が菖蒲池駅に臨時停車しており(ただし休校日は通過)、臨時停車する日は主要な駅に掲示されている。なお、2004年6月以前は、菖蒲池駅前にあった近鉄あやめ池遊園地への行楽客への利便を図って、土・休日の一部の快速急行・急行が菖蒲池駅に臨時停車していた。ほかにも、東大阪市花園ラグビー場でのイベント開催日には、最寄駅である東花園駅に一部が臨時停車する。
編成両数は最大10両編成で運転されている。平日の日中は6両編成、朝ラッシュ時は10両編成、夕ラッシュ時は8両編成である。平日上りの午前9時30分までに大阪難波駅に到着するすべての快速急行は最後尾(前から10両目)が大阪難波駅まで女性専用車両となっている。
天理教祭典の開催日(原則として毎月26日と、1月上旬と4月中旬の特定日)には、大阪難波駅 - 天理線天理駅間の臨時急行が2往復運転されている(大阪難波発は午前のみ、天理発は午後のみ。なお、平日と土休日では時刻が異なる)。奈良線内の停車駅は、急行と同一。一部に布施駅で快速急行を待避する列車もある。
2011年4月18日には初めて三宮(現・神戸三宮)始発の臨時急行(但し阪神電鉄線内は「臨時快速急行」)が運行され、2012年1月26日にも運行された後、同年3月26日以降も平日の祭典日に限り運行した。なお、この列車は2016年3月19日のダイヤ変更以降、先述した大和西大寺行き快速急行として定期列車化され、さらに2021年7月3日のダイヤ変更以降は(公式には案内されていないが)大和西大寺駅で種別変更して急行天理行きとなり天理駅まで直通している(さらに祭典日に限り、正面に「天理 月次祭」と書かれた方向板が掲げられる)。
長年にわたり臨時列車は独立した列車として運転していたが、2022年12月17日のダイヤ変更からは一部の列車が大和西大寺駅発着の定期急行の延長運転という形で設定されることになった。また、平日の大阪難波駅発天理行き急行は1本に削減されたが、かわりに朝の尼崎駅発近鉄奈良行き快速急行1本が大和西大寺駅で後ろ4両を切り離して天理行き急行として運転する。
10系:奈良線内においては、大和西大寺駅 - 近鉄奈良駅間の地下鉄烏丸線直通の急行運用のみ。
20系:2022年3月26日から運行開始、奈良線内においては、大和西大寺駅 - 近鉄奈良駅間の地下鉄烏丸線直通の急行運用のみ。
10系
20系
その増発列車には阪奈特急としては初めて21020系(アーバンライナーnext)を充当(名阪甲特急の折り返しを充当)。また、この日よりデラックスシート料金(200円)の徴収を開始。
2012年(平成24年)3月21日:ダイヤ変更で、平日朝に大和西大寺発大阪難波行特急1本を増発。
2013年(平成25年)3月17日:ダイヤ変更で、23000系(伊勢志摩ライナー)の阪奈特急運用を再開。
2014年(平成26年) 4月30日:前身の大阪電気軌道の上本町 - 奈良間から開業100周年を迎える。これを記念して前日4月29日より5800系によるデボ1型復刻電車の運行など各種記念行事を実施 9月21日:八戸ノ里駅 - 瓢箪山駅間上り線の高架化が完成。これに伴い東花園駅の営業キロが瓢箪山方に0.2km移動。また、これにより大阪難波駅 - 瓢箪山駅間が完全立体交差化された。 11月17日:天皇・皇后の奈良訪問(全国豊かな海づくり大会臨席など)に伴うお召し列車を、近鉄奈良駅から京都駅へ運転(片道のみ。11月15日には京都駅から橿原神宮前駅へも運転)。
2016年(平成28年)3月19日:ダイヤ変更で、平日夜間帯に上り快速急行を1本増発。下り最終区間準急列車を大阪難波23:55発に繰り下げて行き先を近鉄奈良行きに変更し、大阪難波駅 - 鶴橋駅間から枚岡駅以東の終電を6分延長。
2020年(令和2年)3月14日:阪奈特急で80000系(ひのとり)が営業運転を開始。
2029年(令和11年):大阪モノレール本線の延伸に合わせ、八戸ノ里駅 - 若江岩田駅間に瓜生堂駅(仮称)を設置予定。
1021系・1026系・1031系:1021系・1031系は生駒線ワンマン対応。6両編成は阪神乗り入れ対応。
1233系・1249系・1252系:1271F - 1277Fは阪神乗り入れ対応
3200系:地下鉄烏丸線乗り入れ対応
3220系(シリーズ21):地下鉄烏丸線乗り入れ対応。
5800系:阪神乗り入れ対応、L/Cカー。
5820系(シリーズ21):阪神乗り入れ対応、L/Cカー。
8000系
8400系:3両編成は田原本線ワンマン対応。
8600系:8619Fのみ6両編成
8800系
8810系:奈良線用は8814F - 8826Fが在籍
9020系(シリーズ21):阪神乗り入れ対応。
9200系:奈良線用は9208Fが在籍
9820系(シリーズ21):阪神乗り入れ対応。
奈良・京都線系統の通勤車両は東花園・西大寺の各車庫に所属している。阪神乗り入れ対応車両には、先頭車両の車体前面および車体側面に直通対応車両であることを示すステッカーが貼りつけられている。