プロトロンビナーゼ
また通常条件下では、第V因子がトロンビンではなくAPCによって切断された場合、第V因子はAPCのコファクターとして機能する。APCは第V因子に結合すると、第VIIIa因子の切断と不活性化を行う。しかし、ライデン変異を有する第V因子のAPCのコファクターとしての機能は効率的ではない。そのため第VIIIa因子の不活性化は非効率なものとなり、血栓症のリスクが高くなる。これが2つ目の機構である。事実、第V因子ライデン変異は遺伝性血栓症の最も一般的な原因である。
ヘテロ接合型の第V因子ライデン変異はアメリカ合衆国の白人の約5%に存在し、ホモ接合型変異は1%以下である。第V因子ライデン変異の北欧系と一部の中東系集団における頻度ははるかに高い。ヒスパニックではあまり一般的ではなく、アフリカ系、アジア系、アメリカ先住民集団では稀である。第V因子ライデン変異は静脈血栓塞栓症、すなわち深部静脈血栓症または肺血栓塞栓症の重要な危険因子である。ヘテロ接合型の第V因子ライデン変異は再発性静脈血栓塞栓症のリスクを40%増加させる。