酒船石遺跡
酒船石遺跡には含まれないが、約400m離れた飛鳥川畔で2個の石造物が見つかっており、これも水を流したような溝などがあり同じく酒船石と名付けられている。区別するためこちらを出水の酒船石、もう一方を岡の酒船石と呼ぶことがある。現物は京都の野村碧雲荘に移動されており見ることはできないがレプリカが奈良文化財研究所飛鳥資料館にある。
酒船石の乗る丘陵全域は自然のままではなく、版築と石上豊田山の砂岩の切石で改造した人工的な丘であり延長700メートルまで確認されている。亀型石のある祭祀場とみられる北方遺跡から見える部分は磨いた加工がなされ、赤みがかった砂岩に囲まれた視覚を意識したものとなっている。丘陵の西斜面で砂岩石垣よりも標高の低い箇所で、3列に渡り施工された石英閃緑岩の列石を発見し、一部に倒壊・修復跡があり、『日本書記』の斉明2年の「船に石を載せて運び、積んで石の山丘を作ったが、積むたびに自ら崩れた」との倒壊、修復の記事と合うことがわかり天武13年白鳳南海地震による倒壊が考えられる。
斉明期に最初に造られその後、天武・持統朝まで継続的に使用され、平安時代まで約250年間使用された形跡があり、何らかの天皇祭祀が行われた遺構と推定される。斉明天皇の両槻宮(ふたつきのみや)の関連施設ではとの説もある。それに対し、砂岩石垣は倒壊後に、抜き取り転用があり、積極的に修復した痕跡がなく、修復は西斜面の一部のみに限定され、この遺跡は「両槻宮」への持統10年の行幸記録や文武2年の修繕記録とは合わないと否定説がある。文献からも、『日本書記』斉明紀の「宮の東の山に石を累ねて垣とす」の記事と「両槻宮」を同じ場所とみるか、違う場所かで意見が分かれ、現段階における考古学的な成果からは、別の場所とみるべきである。酒船石が南側そばに位置し、つなぐ階段状の通路跡も存在するが、儀式などの両者の関連も、有無の両論があり明らかではない。
皇極天皇元年(642年)8月に、天皇自身が川の上流で跪き四拝して雨ごいをしていて、神意への感応力を持っていた。斉明天皇に重祚してからこの酒船石遺跡造成の時期は百済支援の前で、この決定の可否を自ら神意に祈り聞いたとの説がある。なお、この部分は発掘後、大規模な一般見学会が行われた。現在見学は文化財保存協力金という名目で有料となっている。酒船石は従来通り自由に見ることができる。