メソソーム
上記のようなモデルは1970年代末に、メソソームが化学固定の過程で細胞膜に与えられる損傷によって形成されるアーティファクトであり、化学固定されない細胞では起こらないことを示唆するデータが蓄積されてくると、疑問を呈されるようになった。1980年代中盤から末にかけて、電子顕微鏡のための凍結固定や凍結置換の技術が発展すると、メソソームは生細胞には存在しないという結論が得られた。しかし少数の学者は、全ての場合においてメソソームがアーティファクトである訳ではないと主張し続けている。
近年、ある種の抗生物質や抗菌ペプチド(ディフェンシン)に曝露された細菌の細胞膜でも同様の折りたたみ構造が発見された。これらのメソソーム様構造は、細胞膜や細胞壁の化学損傷の結果であると考えられている。
メソソーム仮説の提案と否定は、科学哲学の観点において科学的な考えがどのように反証され否定されるかの例として挙げられる。