三業惑乱
戸田氏教は事件を江戸幕府に届け、7月の終わりには、江戸の築地御坊の輪番(江戸在住の本山の役僧)が寺社奉行・脇坂安董の役宅へ呼び出され、事情聴取された。幕府は従来、寺社に対して教義や宗門の紛争などは黙認する方針だったが、事態が一向一揆に似た不穏な状況に向かったため介入せざるを得なくなった。
脇坂安董は1802年(享和2年)11月、本願寺派本山に対し警告書を突き付けたため、本山は事態を収拾しようとして三業安心派の学林と対立するようになる。翌年の1803年(享和3年)1月、三業安心派の僧侶や門徒が本山に押し寄せ、安心(往生)に関わる権限を学林へ一任するよう強要し、槍を持って門主の室近くへ侵入する事件が起きた。
諸国の古義派の門徒はこれを全国に訴え、幾度も公開討論を申し込んだり、門主の権限回復を求めたが、本山はこれを黙殺した。同年2月に古義派は智洞の能化解任を求め、大瀛とそれを支持する石見の履善(りぜん)、京都の春貞(しゅんてい)、河内の道隠などが上洛して、本山に論戦を挑んだことで京都は騒然とした。学林は本山の休講措置を無視して安居講会を開こうとして古義・新義の2派が対立したため、本山はこの処置に窮して京都所司代に訴え、所司代により同年4月、京都二条城で大瀛・道隠と智洞の討論が行われることとなった。さらに所司代は、5月に智洞や大瀛をはじめ、騒動に関わった40人余りに入牢を命じ、翌1804年(文化元年)1月、幕府は智洞・道隠・大瀛らを江戸に護送し、両派と本願寺役人、越中からも闡郁と義霜とを江戸に召喚し、寺社奉行所で討論させた。5月に古義派の大瀛が築地本願寺で客死し、翌年には智洞も獄中で死去し、その他の者も遠島に処せられた。