布教保護権
ポルトガル政府は、教会を従属させ、職務を監督するために一種の国家宗教局である「信仰と修道会に関する顧問会議(メザ・ダ・コンシエンシア・エ・オルデンス)」を創設した。しかし、トルデシリャス条約で南米のブラジルを領有したものの、広大なブラジル領に散らばっている在俗司祭の活動を監督するのは困難だった。
現地のイエズス会や托鉢修道会(フランシスコ会・メルセス会・ベネディクト会・カルメル会)は、広大な領地を獲得して大規模農業を行なうことで経済的に独立し、王権に依存しなくなった。そして各修道会は、おのおのの規則に従い、先住民の処遇など、植民地化の問題に確固とした方針で臨んでいった。