コルシカ独立戦争
ジャノヴァは組織的抵抗ができずに北部の都市は戦わずに降伏し、南部の都市はオスマン軍の激しい略奪を受けた。フランスの部分支配は1559年まで続き、コルテを中心に親フランス派を服従させていたが、結局、カトー・カンブレジ条約で島がジェノヴァに返還されることになって、撤兵した。
再びジェノヴァに支配権が戻ると、彼らはフランスに協力した敵性住民を弾圧し、反乱の芽を摘むべく圧制を敷くようになった。それで1564年、先の戦争でフランス軍指揮官の1人だったコルシカ人のサンピエーロが百数十名の仲間と帰国して反乱を起こした。これをサンピエーロの乱(第1次蜂起)と呼ぶ。反乱はゲリラ戦となって長期化したが、サンピエーロが妻を絞殺したことの報復殺人()で身内に暗殺され、指導者を失って終息した。
反乱後の荒廃したコルシカからサン・ジョルジュ銀行が手を引くと、比較的緩やかな間接統治のもと、約160年間のジェノヴァの平和という時代が到来したが、この平和な時代に島にも啓蒙思想が広まって、次なる蜂起の下地を形成した。
地中海にあるコルシカ島は、周辺諸国の係争地であり、古くはヴァンダル族や東ゴート族から、ヴァイキングやムーア人など、様々な侵略者を経験した。1195年にジェノヴァ共和国の植民地となり、サン・ジョルジョ銀行による支配は5世紀に及んだが、その間にジェノヴァの都市領邦は衰退していった一方で、コルシカでは島民が共有する言語・文化といったアイデンティティが、徐々に形成されていった。ただしこれは不完全なもので、北部・バスティアを中心とするロマンス諸語文化圏、中部・アジャクシオを中心とするトスカーナ語文化圏、南部・ボニファシオを中心とするサルデーニャ語文化圏の3つに分かれていて、これが結局はコルシカ人の一体化を阻み、国民意識の形成を阻害することになった。
一方、コルシカ島はヨーロッパの国際外交にも翻弄された。イタリア戦争に中立だったジェノヴァが巻き込まれたことで、1553年、コルシカ島にフランス・オスマン帝国の連合軍が上陸した。
コルシカ独立戦争(コルシカどくりつせんそう, 仏: Les Guerres d'indépendance corses)は、1729年12月にジェノヴァ共和国に抵抗する農民反乱が起こったのを契機に、1769年6月までの40年間にわたって、コルシカ人が周辺諸外国の干渉と戦った独立戦争である。別名で40年戦争とも言い、啓蒙思想家ジャン=ジャック・ルソーが「ヨーロッパで唯一、立法可能な国」としてコルシカ島を名指しして有名になり、後には自身でも憲法草案を起草するなどしたことからコルシカ革命(La Révolution Corse)とも呼ばれる。
ジェノヴァとの闘争は、途中にテオドール・ド・ノイホフのコルシカ王国の成立を挟むが、ジェノヴァから領有権を購入したフランス王国の侵攻により相手を変え、第4次蜂起で成立したコルシカ共和国に対して2度目のフランスの侵攻があり、ポンテ・ノーヴォの戦いに敗れたコルシカはフランスに併合された。