智積院
扁額「密厳堂」は運敞僧正筆。
興教大師覚鑁像
求聞持堂(護摩堂) - 文殊堂とも呼ばれる。嘉永4年(1851年)建立。
第三行堂 - 学寮の遺構。
三社壇 - 寛文7年(1667年)勧請。 三部権現社(京都府指定有形文化財) - 三部権現は智積院の総鎮守。根来寺大伝法院以来相承の守護神である。 春日大明神社(京都府指定有形文化財) 九社明神社(京都府指定有形文化財)
拝殿(京都府指定有形文化財)
第一行堂
第二行堂
玄宥僧正像
旧収蔵庫
唐門
講堂 - 1995年(平成7年)10月再建。2008年(平成20年)秋に「日本の春夏秋冬」を題材にした田淵俊夫の襖絵(墨絵)60点が奉納された。以前の建物は東福門院の旧殿・対屋をもとに貞享元年(1684年)に再建された建物だったが、1947年(昭和22年)に焼失した。もともとこの地には禅寺・祥雲寺があり客殿も残っていたが、天和2年(1682年)7月の火災で焼失し、長谷川等伯一門が作成した障壁画だけが残された。
大書院
庭園(国の名勝) - 池泉鑑賞式庭園。庭園は千利休好みといわれ、国の名勝に指定されている。
金堂や明王殿などは無料で拝観でき、中に入ることもできる。大師堂や密厳堂も無料で参拝できる。収蔵庫、講堂、大書院、名勝庭園は有料拝観となる。宸殿はまれにある特別公開時以外の拝観はできない。参拝者の駐車は無料である。