東京都庁舎
廃墟化しているネオ新宿エリアにそのままの姿で建っていたが、地下に潜んでいたデビルガンダムが復活する際、真っ二つに引き裂かれて倒壊する。
2011年(平成23年)3月11日に発生した東日本大震災では、ビルの外壁にヒビが入るなどの被害が出た。
なお、2015年(平成27年)10月5日から、本庁各庁舎(先述の第一本庁舎展望室を除く)の3階以上をエレベーターを使用して来庁する場合、氏名と訪問先を書いた受付票と引換に「一時通行証」を貰ってから入庁することになっている。なお、2018年(平成30年)2月8日までは各エレベーター入口前で警備員が確認して対応し、翌9日以降はオフィスビルの入口などにもある機械式の入館ゲートを通って訪問先へ来庁することになる。
2015年(平成27年)11月15日、パリ同時多発テロ事件への哀悼として『トリコロールの3色』に3日間ライトアップした。
2022年(令和4年)2月28日にはロシアによるウクライナへの侵攻をめぐりウクライナへの連帯を示すとして、第一本庁舎がウクライナ国旗を表す青色と黄色にライトアップされた。
夕方の背景として登場。
新都に首都機能が移動する前の「壊滅する前」東京の様子に東京都庁第一本庁舎が表れた。他にも東京タワーや中央線E233系、首都高速など東京(アニメでは「旧都」と称している)壊滅前の様子が鮮明に現れている。
巨大不明生物(ゴジラ第二形態)が大田区に上陸し被害を出している中、災害対策本部で都知事が自衛隊に出動要請を出す。
2006年2月、建設からわずか16年にして、雨漏りがひどく、その補修に1000億円近くかかることが記事にされる。特別にデザインして作られており、既存の補修方法では対応が難しいのが、補修費用の高騰に拍車を乗けているとのこと。
東京都は2012年(平成26年度)より第一本庁舎・第二本庁舎・都議会議事堂の段階的なリニューアル工事に着手しLED照明の導入・空調設備・給排水衛生設備の更新・制振装置等の導入工事を行っている。都議会議事堂の改修工事は2017年(平成29年)に完了したが第二本庁舎は2020年(令和2年)9月・第一本庁舎は2023年(令和5年)2月に完了を予定している。総事業費は762億円とされている。
またオフィスは、1991年の新築以来、殆どリフォームされていなった為、前述の雨漏りの他電気設備等各種内装設備の老朽化が著しかった。新築以来、職員の身分証明や出勤怠記録、電子キーとして使用されて来た「東京都カードシステム」も、カードゲートのテンキー装置の不具合や、磁気ストライプカードのセキュリティ問題から、2006年(平成18年)4月に、新型の非接触型ICカードシステムに更新された。