冷泉家時雨亭文庫
その後、応永23年(1416年)頃、3代為尹の3男持為が分家独立し、冷泉家は為尹の嫡男為之の系統の「上冷泉家」と持為の系統の「下冷泉家」に分かれた(以下、文中の「冷泉家」は「上冷泉家」を指す)。
冷泉家(上冷泉家)の屋敷は京都御苑の北、今出川通に南面し、東・北・西の三方は同志社大学の敷地に囲まれている(下冷泉家の屋敷は現・京都御苑内にあった)。この一帯は、豊臣秀吉の都市計画により公家屋敷が集中していた地域であったが、現存するのは冷泉家住宅のみである。冷泉家は慶長11年(1606年)にはこの地に屋敷を構えていたことが知られる。寛永5年(1628年)頃、冷泉家伝来の古書を収めていた土蔵「御文庫」(おぶんこ)は、勅封がされて武家伝奏と京都所司代の管理下におかれ、冷泉家の当主といえども勝手に出入りすることはできなくなってしまった。これは、当時の茶の湯の隆盛に伴い、和歌集などの古書を切断分割して茶会用の掛け物に仕立てることが流行していたため、貴重な典籍類が散逸するのを未然に防ぐ意味があった。封が解かれたのはようやく享保6年(1721年)のことである。この間、貞享2年(1685年)と同5年(1688年)頃、和歌に造詣の深かった霊元天皇は冷泉家から数百点の古典籍を宮中に運ばせ、公家らに命じて写しを作らせている。これらの写本は宮内庁書陵部に現存している。
天明8年(1788年)の京都の大火により、冷泉家の屋敷も焼失したが、「御文庫」は火災を免れて現存する。