公家町
その一方で、穢れとの関係で寺院や墓地の跡地や近隣の屋敷地を望まない公家が多かったため、幕府もその主張を認めて屋敷地の変更や土の入れ替え工事の実施などを行うなどの必要があった。しかも、公家町に公家屋敷が密集し過ぎて火除地の不足や通路の狭さを招いて火災に弱いためにそれらを広げる措置にも乗り出さなければならない など解決しなければならない問題も多く、全ての公家を公家町とその周辺に集住させる方針を達成させることは出来なかった。そのため、公家町やその周辺に居住できない公家は京都市中であれば居住が認められていたが、その一方で公家屋敷は京都町奉行の管轄下ではないので事件があった時に奉行所の役人が立ち入ることが出来ず、犯罪者の捜査などに支障が生じた。また、公家の風紀の乱れを危惧する意見 や町人地が負っていた町役を公家が負うことは無かったので住民と公家の間でトラブルも生じていた(ただし、公家の家臣が代理で町役を務めた事例や金銭などの形で町役の負担を条件に町側が居住を容認した事例もある)。このため、京都所司代は元禄7年(1694年)以降、公家が町人地に居住する場合には届け出の義務を課し、続いて享保6年(1721年)には公家衆は拝領した屋敷に定住すること、拝領地・拝借地・買得地を問わず土地の交換を行う(相対替)をする場合には武家伝奏を通じて所司代の許可を得ることとする規制を課しているが、そもそもの話として土地が確保できないために公家町に公家を集住させる方針を達成できない以上、公家の町人地居住を禁止するようなそれ以上の規制は困難であった。