冶金研究所
1939年7月、原子核物理学者ユージン・ウィグナーとレオ・シラードの要請でアルベルト・アインシュタインは核分裂反応の軍事的可能性に触れナチス・ドイツに先んじて原子爆弾をアメリカ合衆国が開発することを要請する手紙をフランクリン・ルーズベルト大統領に送った。
これに応えてルーズベルトは研究を指揮するS-1ウラン委員会を設立した。初期の頃は資金が不足したが、1940年、コロンビア大学とカリフォルニア大学の科学者は、同位体のウラン235と新たに発見された元素プルトニウムの兵器としての可能性を示した。
日本が1941年12月7日に真珠湾を攻撃すると、原子爆弾の開発は、喫緊の課題となった。コンプトンはシカゴ大学の原子力研究の整理、そして1945年1月に最初の原子爆弾を製造することを求める意欲的な計画(この目標はわずか6か月の遅れで達成された)も提案した。提案は二つとも採択された。
コンプトンの新たな業務は、「冶金研究所」の「カバー」ネームを与えられた。研究所の任務は、プルトニウムに転換するウランの連鎖反応用原子炉を製造しウランからプルトニウムを分離する方法を見つけ爆弾を設計することであった。