デストロイア
X星人の操る怪獣として、完全体のみ登場。メガロと共に行動することが多い。「ゴジラの苦手な光線」と説明される「オキシジェン・デストロイヤー光線」を武器にしており、直撃するとゴジラでも一撃で倒れる威力を持つ。
初登場時は、ジュニア誘拐作戦に失敗したザグレスが、切り札として送り込む。かなりの戦闘力を持っており、この時はゴジラ、ジュニア、モスラ、ラドン、モゲラを相手に互角に渡り合う。初戦ではゴジラに投げ飛ばされ、至近距離で赤外線自動砲の熱線を浴びて爆発した後、Gガードの科学技術班に再生される。エネルギー抑制剤を注射された後は怪獣刑務所に収監されるが、メガロと共に脱獄して行動するようになる。映画同様に非情かつ凶暴な性格であり、ジュニアを執拗に襲ったり、モスラの卵を襲撃したりするなど、凶悪な側面が強い。物語終盤では、酸素がなくても活動できるように遺伝子操作されるなど、X星人の主力怪獣として活躍する。
前半は『vsデストロイア』と同じ鳴き声だが、後半は元の鳴き声にゴジラの鳴き声を混ぜたような声に変更され、終盤では元の鳴き声に戻されるなど、本作品に登場する怪獣の中では鳴き声が一定していない。
造形物はバンダイのソフビ人形。
造形はモンスターズ。デザインが難航したため、製作期間は集合体・飛行体・完全体を同時進行で40日という短い期間となり、総勢22名のスタッフが集められた。同社の若狭新一は、形態ごとに造型のテイストが異ならないようすべて引き受けたが、徹夜が何晩も続いたうえ、寝る際も作業場のコンクリートの床であったなど、最もきつい仕事であったと述懐しており、通常は3か月から4か月かける作業であったと述べている。
幼体と集合体の着ぐるみのボディは、同じ粘土原型から造られた。集合体の触手や足の爪は、操演による。幼体・集合体とも着ぐるみのほか、メカ内蔵のものやアップ用の頭部のみのものなども用意された。メカ内蔵のものは腹の下にキャスターを付け、自走させている。ゴジラジュニアとの戦闘シーンのアップでは、ハサミやツメなどのパーツのみを用いている。川北は、集合体のスーツは形状ゆえに動かしづらく苦労した旨を語っている。メカ内蔵のものは、火炎放射器のシーンで実際に燃やされた。
パトカー内のゆかりを襲うシーンには、頭部のみのギニョールが用いられた。ギニョールの操作は本編助監督の熊澤誓人による。
巨大化した幼体の造形物は、本編造形物の1/2.5サイズのものが2体作られた。遠景には、バンダイのソフビ人形の試作品も使用された。若狭によれば、バンダイの担当者が持ってきたものを助監督の鈴木健二が見て、翌日大量に持ってくるよう注文したという。ゴジラに群がるシーンでは、1/2.5サイズの幼体を改造したパペット1体が使用され、合成で無数に増やしている。
飛翔体の原型は、コスモプロダクションの八木将勝が手掛けた。
シリーズ第1作『ゴジラ』でゴジラを倒した兵器「オキシジェン・デストロイヤー」の影響によって誕生した怪獣。「平成VSシリーズ」の完結に際し、ゴジラの最後の敵として用意されたオキシジェン・デストロイヤーの化身ともいうべき存在と位置づけられている。
増殖と合体を繰り返し、微小体(クロール体)・幼体・集合体・飛行体・完全体へと変化する。「変身・成長する怪獣」は、プロデューサーの田中友幸が長年温めていたアイディアであった。5段階の成長・変化はゴジラ映画初とされたが、シリーズ第11作『ゴジラ対ヘドラ』に登場したヘドラとの類似性も指摘される。
非常に高い戦闘能力を持つうえ、身体は群体で構成されているため、何度欠損しようがそのたびに修復して蘇る。形態を変化させることにより、地上、海中、空中で活動可能(形態によっては、これらすべてを行うことも可能)。体液は緑色で、高温の環境だと突然変異が促進されるが、逆に極低温では活力源「ミクロオキシゲン」が無力化するため、それが活動停止に繋がる弱点となっている。