バーチャルコンソール
発売当時の雰囲気で遊ぶことができる機能などが用意されており、以下の通りとなる。
3DSで追加された新しい中断機能。下画面全体に大きく表示されている枠をタッチする(PCエンジン、スーパーファミコンの場合は下画面のどこをタッチしてもよい)か、ゲームボーイ・ゲームボーイカラーではXボタン長押しすることで「VCメニュー」と呼ばれる画面が下画面に表示され、中断している状態で「まるごと保存」を選択することでプレイしている状況がそのまま保存され、保存したデータを「まるごと復元」を選択すれば保存した場面から何度でも再開できる。
この機能で何度でもやり直すことでゲームを進めやすくなり、快適にプレイできるようになるが、バッテリーバックアップによるセーブ機能のあるソフトなど、セーブデータのあるゲームは「まるごと保存」を実行すると、プレイしている状態でのセーブデータとして保存されるため、「まるごと保存」を実行せずにゲーム内で保存しても「まるごと復元」を実行してしまうと、最後に「まるごと保存」をしたセーブデータの状態に戻されてしまうので、保存の際は注意が必要である。
初回起動時ではほとんどのソフトが有効に設定されている。基本的に「VCメニュー」でR+スタート+Xボタンを同時に押すと「まるごとバックアップ」を有効と無効に設定することができるが、PCエンジンのみ有効で固定されており切り替えることはできない。
ポケモンショック(1997年12月16日)以前は、アニメ・コンピュータゲームの画面における点滅の表現に対し、特に明確な規制は敷かれていなかったが、同事件を機にアニメ・ゲームで使用される画面の点滅が厳しく規制されるようになったことから該当箇所が変更されている。 ファミコンで使用できる内蔵色は原色が中心で発光性が強いため、ゲーム全編において明度が下げられている。 NINTENDO 64の場合、意図的にエフェクトおよびテクスチャの改変が施されている(『スターフォックス64』・『F-ZERO X』・『ゼルダの伝説 ムジュラの仮面』など)。例として後述する。 一部エフェクトが黒くなっている。あるいは半透明になっているものもある。(『スターフォックス64』・『ゼルダの伝説 ムジュラの仮面』・『カスタムロボV2』) 点滅表現そのものが変更されている(『マリオカート64』)。または削除されている(『ポケモンスナップ』)。 床のテクスチャが暗くなっている(『F-ZERO X』・『マリオテニス64』)。
ゲームギア、PCエンジン用ソフトでのみ利用できる機能。
ボタン配置を設定でき、お好みのボタン配置を選択できる。
ゲームギアでは1ボタンと2ボタンの配置に加え、VCメニューを表示するボタン、1ボタンと2ボタンそれぞれのボタンの連打を配置することができる。PCエンジンではIボタン・IIボタンやVCメニューを表示するボタンに加え、Iボタン・IIボタンの連射を配置できる(設定上では連射は弱/強の2段階で選べるが、実際は連射速度は同じである)。A・B・X・Y・L(ゲームギアのみ)・Rボタンに配置できる。
MSXとバーチャルコンソールアーケードのソフトは、各々のソフトにより異なる。