NHK番組改変問題
同2000年12月上旬、「おはよう日本」などNHKのニュースでこの「女性法廷」が報道されると、内容が公平さを欠くとする保守派から強硬な抗議を受けるようになった。さらにこのテーマについてドキュメンタリーを放送する予定であることが広まると、放送中止要求も含めた様々な声がNHKに寄せられるようになった。
年が明けた2001年1月中旬、完成した番組の部内試写が行われる。通常は立ち会うことのない吉岡民夫教養番組部長がこれに同席、番組に対してさまざまな不満を述べ、内容の削除や変更・追加取材などを強硬に要求したとされる。変更が重なるなか、当初製作を担当した外部のディレクターは業務継続を断念、以後はNHK教養番組部内で作業が行われる。
2001年1月27日、西村修平(当時「維新政党・新風」代表)、日本世論の会、大日本愛国党がNHKに押しかけ、女性国際戦犯法廷は「反日・偏向」の政治集会だとして、放送中止を求める抗議行動を行った(街宣車による抗議あり)。
2001年1月28日、吉岡教養番組部長らが命じた追加取材の一部として、秦郁彦が取材を受ける(秦は番組内で「法廷」の様々な問題を指摘して批判を行う)。