1798年6月27日の海戦
この財宝の多くが競売にかけられ、それ以外のものはフランスへ、負傷したディリエ将軍や負傷兵と共に輸送された。6月19日、ナポレオンは軍を分割して、4000人をマルタを抑えておくために残し、それ以外の兵はエジプト遠征の第二行程へと向かった。この艦隊のうちの1隻が、負傷者や特使、そして負傷者輸送の任務を割り当てられ、その役目についたのは、G・F・J・ブールデ艦長率いる36門艦フリゲートの「サンサブル」だった。しかしこの艦の乗員はその多くが艦から下ろされて、他の艦に転属させられ、マルタの解放されたガレー船用奴隷に彼らの仕事がまかされた。
ナポレオンは、エジプトへの作戦がイギリスに邪魔されるとは考えていなかった。しかしイギリス海軍は、地中海南部におけるフランスの行動に対する報告に対し、ホレーショ・ネルソン少将が指揮する小戦隊をリグリア海に送ることで応じた。5月21日にリグリア海に到着したこの戦隊は、激しい嵐でかなりの損傷を受けており、サルデーニャ沖での早急な修理を必要としていた。この嵐はフリゲートをもあちこちに散らしていて、ネルソンには3隻の戦列艦しか残っていなかった。6月7日に10隻の戦列艦と1隻の4等艦を増員してもらったが、偵察用の艦が依然としてなく、そのためフランスの作戦の情報を探るだけの能力を発揮できなかった。散り散りになったフリゲートは地中海西部を離れ離れに航行していて、イギリス、フランス両艦隊いずれの位置も確認できなかった。タホ川のジョン・ジャーヴィス中将からの補強部隊も、同じ問題に悩まされていた。この部隊もフリゲートが偵察のため広範囲に展開したが、イギリス艦隊も、南西のアレクサンドリアの方向へ疾走して行くフランス艦隊も見つけることができなかった。
ディリエ将軍とその他の捕虜たちはイギリスに連行されたが、士官はすぐに仮釈放された。フランスに戻ったディリエとブールデは軍法会議にかけられ、当初は海軍大臣のエティエンヌ・ユスターシュ・ブリュイ(英語版)も両名を非難した。ブリュイは、この艦があまりにも簡単に降伏したと思い込み、厳しい言葉で彼らの「才能と勇気」を批判した手紙を公に発表した。このブリュイの批判の程度について、イギリスの海軍史家のウィリアム・ジェームズ(英語版)は、過度に過ぎると考えている。ディリエがこれに対して猛烈に反発したことにより、最終的にこの批判は穏やかなものとなり、2人の士官は無罪放免となった。一方フットはその成功をほめられ、ウィルモット海尉は、タホ川に無事にサンサブルを送り届けたことで昇進した。フットは後にナポリ沖で「シーホース」を指揮したが、1799年のパルテノペア共和国の、2人の指導者の処刑をめぐる対立に巻き込まれることになった。