システィーナ礼拝堂壁画修復
システィーナ礼拝堂壁画の初期の修復家は、フレスコ画に自分たちの作業跡を残してしまっていた。たとえば水漏れの塩分による顔料の白化を防ぐために使用された獣脂や植物油は期待通りの効果をあげていたが、その一方でさまざまな汚れを吸着する粘着層にもなっていた。また、ペンデンティヴに描かれている人物像の名前が記された銘板を支える小さなプットー(幼い天使)には、亀裂から浸出する塩分の影響で丸い汚染みが画肌にはっきりと浮き出ていた。結晶化して沈着した塩分とは異なり、これらの汚染みは除去することができなかった。修復時に天井画の大部分で使用されたワニスと膠の層は時代とともに黒ずみ、徐々に不透明になっていった。過去の修復家たちは人物像の詳細部分を修復する際に、この黒ずんだワニスと膠の層の上から顔料を塗り重ねていった。この修復跡は、とくにルネット、スパンドレル、ペンデンティヴ下部に多く見られた。
天井画の詳細な状態調査の結果、亀裂、煤、塩分の沈着を別にすると、薄いフレスコ画肌の保存状態が非常に良好であることが判明した。コラルッチは、ヴァザーリが著書『画家・彫刻家・建築家列伝』に記した通り、ミケランジェロがフレスコ画の制作技法をこの上なく熟知していたと絶賛している。フレスコ顔料の大部分が漆喰に十分に固着しており、修正が必要な箇所はほとんど見当たらなかった。フレスコの顔料層が乗せられている漆喰層あるいは描画層 (en:intonaco) も大部分が安定しており、過去の修復家たちも顔料層を青銅のピンで固定するだけで修復を済ませていた。
『旧約聖書』の『ヨナ書』に登場するキリスト復活の預言者ヨナは、天井画の中でも絵画的、神学的に極めて優れた構成で描かれた作品である。主祭壇上部のペンデンティヴに描かれている「預言者ヨナ」は身体を仰け反らせ、その視線は神へと向けられている。このヨナに表現されている技法はヴァザーリが「短縮遠近法」と呼んだ革新的な技法であり、後世の画家たちに多大な影響を与えた。しかしながらこの重要な作品も修復作業によって、黒色の陰影描写は僅かに画面左側に残る箇所以外、ほとんどが失われてしまった。このために作品の劇的な印象が損なわれ、短縮遠近法の効果も薄くなってしまっている。ヨナを飲み込もうと大きな口を開ける魚や背景の建物建物描写も、修復作業で詳細表現が失われている。
眼の描写
批判を浴びている天井画の修復は、陰影が失われて画面の深みがなくなってしまったことだけではない。多くの人物像で、ミケランジェロの絵画作品における重要な要素ともいえる眼の描写が永遠に失われてしまったことも大きな非難の的となっている。通常のフレスコ画であれば、眼は湿式フレスコ技法のブオン・フレスコで描かれることが多い。しかしながら、この天井画の眼の多くは乾式フレスコ技法であるフレスコ・セッコで描かれていたため、修復作業によって除去されてしまったのである。システィーナ礼拝堂の天井画で眼の描写がいかに重要なのかは、作品中もっとも有名な「アダムの創造」で顕著である。アダムの眼は神を見つめ、神の眼はまっすぐにアダムへと向けられている。神の左腕の下に守られるかのように座っているイヴは、未来の夫たるアダムを横目ながら憧れの眼差しで眺めている。
ミケランジェロは人物像の顔を描くときに、視線に大きな意味をもたせていた。
このような玉虫色ともいえる色調の組み合わせは、天井画のさまざまな描写にみられる。たとえば、マタンとともにルネットに描かれている馬は淡緑色と赤紫色の色調で描写されている。
「預言者ダニエル」のように、けばけばしい印象を与えるようになった色使いもある。修復前後のダニエルを比較すると、ミケランジェロがフレスコ・セッコでカーボンブラックを多用していたことと、このカーボンブラックの使用が当初からの計画通りだったことがはっきりと分かる。ダニエルの衣服の鮮やかな赤色は、効果的な陰色として使用されている。このように上層の薄い黒色の顔料層を通して鮮烈な色彩で陰影を表現するという手法は、黒色部分が比較的よく残っている「クマエの巫女」の描写など天井画のいたるところで見ることができる。鮮やかな色彩で明暗を表現するという手法はフレスコでは一般的なものではなく、油彩やテンペラでよく用いられる手法である。ダニエルのローブもクマエの巫女の黄色の衣服も、黒色が除去される修復前のほうが陰影描写が明確で、布のしわやひだの質感も明瞭だった。
天井画全体が暗く汚れていた修復前の状態が、ミケランジェロが意図していたものよりも色あせて単色画のような印象となっていたのは間違いない。しかしながらベックやアルギンボーは、汚れた修復前のフレスコ画のほうが、陰影描写が繊細で輪郭もはっきりしていたと主張している。
マニエリスム期の画家、伝記作家ヴァザーリは、自著『画家・彫刻家・建築家列伝』で、ペンデンティヴに描かれている「預言者ヨナ」が16世紀半ばに完成したと記し、次のように絶賛している。