アルバロ・マンリケ・デ・スニガ
北方のチチメカとの戦争は長く続いていたが、軍事刑務所を廃止して先住民の奴隷化を止めさせたことは戦争の終結に効果を上げた。副王は先住民の労働環境を改善させた。
当時、イギリスのフランシス・ドレークやトマス・キャヴェンディシュ(英語版)の私掠船がサントドミンゴやマニラ・ガレオンを襲撃する事件が起きていた。副王は沿岸の要塞化やマニラ・ガレオンに護衛艦をつけることで対応した。
グアダラハラのアウディエンシアは副王からの独立を欲し、現地の大土地所有者と姻戚関係を結んでいた。副王はアウディアンシアの聴訴官を捕えようとしたが、聴訴官は内戦の危機をスペイン本国に対して訴えた。フェリペ2世はルイス・デ・ベラスコを後任の副王に任命してマンリケ・デ・スニガを解任し、その財産は差し押さえられた。マンリケ・デ・スニガはスペイン本国に戻り、1604年にセビリアの自宅で没した。