スーパー中枢港湾
2次にわたる選考を経て、2004年5月6日の第5回委員会で下記3大湾・6港の指定を条件付きで適当とし、事実上の内定を出した。同年7月23日には指定港の港湾管理者に対し、国土交通大臣がスーパー中枢港湾指定書を交付。対象港内で次世代高規格コンテナターミナル育成に向けた取り組みが本格スタートした。
対象港の選定作業と平行して進められていた支援制度創設・関連法整備についても、2005年7月1日に「港湾の活性化のための港湾法等の一部を改正する法律」の一部(スーパー中枢港湾関係)が施行され、同年7月4日、港湾法第2条の2第1項の規定に基づき国土交通大臣によって指定特定重要港湾を指定。これによりメガターミナルオペレーターに対する行政財産貸付・無利子資金貸付が可能となった。
指定を受けたスーパー中枢港湾では、2007年度から2009年度にかけて上記の目標を達成することを目指している。