菌類
人間は古くからキノコを食品として利用してきた。世界に存在する約10000種のキノコのうち、食用となるものは約1000種あるとされ、日本では80種から100種が食用とされている。全世界の食用キノコのうち30種はシイタケ、エリンギのように大々的に栽培されているものの、残りの食用キノコはトリュフ、マツタケのように栽培されていないものが大半を占め、一部は高級食材として扱われているものもある。
各種の発酵産業において、カビと酵母は細菌とともに最も重要な地位を占めている。酵母はブドウ糖、ショ糖をエタノールに発酵する。この能力はビール、ワイン、日本酒といったアルコール飲料の醸造に用いられている。日本酒、焼酎、醤油、味噌など、日本古来の発酵食品では、コウジカビを穀物に培養し、繁殖させた麹(こうじ)を用いて醸造を行う。
変形菌門(アクラシス綱・水生変形菌綱・変形菌綱・ネコブカビ綱)
真菌門 鞭毛菌亜門:ツボカビ綱・サカゲカビ綱・卵菌綱 接合菌亜門:接合菌綱・トリコミケス綱 子嚢菌亜門:半子嚢菌綱・不整子嚢菌綱・盤菌綱・ラブールベニア綱・小房子嚢菌綱 担子菌亜門:菌蕈綱・腹菌綱・半担子菌綱 不完全菌亜門
これ以降の大きい変更としては、まず変形菌門が菌界から外されたことが挙げられる。上記の体系では真菌門のみが菌界とされた。また、鞭毛菌に含めていたサカゲカビ類と卵菌類は菌界から外され、ストラメノパイルに分類されるようになった。この見直しで菌界から外された群は時に偽菌類と呼ばれる。
21世紀初頭の現在、菌類の分類体系には手が入り続けている。2007年に見直された分類体系では子嚢菌門、担子菌門、ツボカビ門、コウマクキン門、ネオカリマスティクス門(以上の三門が旧ツボカビ門)、グロムス菌門、微胞子虫門、および門としての分類の難しい4亜門(主に旧接合菌門に由来)に分類されている (Hibbett et al. 2007 )。