ジェイアールバス関東土浦支店
1993年(平成5年)3月 - 霞ヶ浦線、姥神 - 小松川間にバス停の新設(インペリアルゴルフ場前)。
1994年(平成6年) 3月 - 君島線(池ノ台 - 南平台東)路線開業。 9月 - 霞ヶ浦線(伊佐部 - 押砂)路線休止。
1995年(平成7年) 9月 - 霞ヶ浦線(伊佐部 - 押砂)路線廃止。 10月1日 - 十余島線廃止。桜東バスへ路線移管。 十余島線(常陸幸田 - 橋向 - 東役場前)路線廃止。 十余島線(下阿波 - 甘田 - 水神)路線廃止。 十余島線(脇川 - 神崎大橋 - 下橋向)路線廃止。
1996年(平成8年) 南筑波線、テクノパーク桜へ乗り入れ開始(北柴崎 - 陽の見公園前 - 北柴崎)。 10月君島線、区間新設(阿見 - 東京医大 - 曙町)。
1997年(平成9年)3月 - 山ノ荘線(常陸寺前 - ゆう・もあ村)区間廃止。
1998年(平成10年)3月14日 - ひたち野うしく線、路線開業。
1999年(平成11年)2月1日 - 常総ルート運行開始。
4月1日 古河営業所が古河支店として独立(のち佐野支店の営業所となる)。 「江戸崎 - 浦向 - 幸田 - 阿波 - 江戸崎(循環バス)」廃止。桜東バスへ路線移管。 12月1日 - 麻生リレー号廃止。 12月8日 - つくば号、ミッドナイトつくば号でメガライナーの運行を開始。
2004年(平成16年) 4月1日 - 美浦村竜ヶ崎線(竜ヶ崎駅 - 竜ヶ崎南高校)延伸。 7月1日 - ミッドナイトつくば号運行開始。 11月1日 - 霞ヶ浦線(江戸崎 → 小角 → 美浦トレセン前 → 土浦)廃止
2005年(平成17年) 7月9日 - 南筑波線、テクノパーク桜への乗り入れ廃止(北柴崎 - 陽の見公園前 - 北柴崎)。 10月1日 - いたこ・あそう号からJRバス関東が撤退。 12月19日 - らくらくミッドナイト守谷号廃止。 12月22日 - さいたま・つくば号運行開始。
2006年(平成18年) 3月1日 - 東京 - 江戸川台線廃止。 3月23日 - さいたま・つくば号廃止。 4月1日 - 南筑波線(篠崎転向場 - 下妻上町 - 松本)廃止。 10月1日 - ニューつくばね号廃止。ひたち号参入。
つくば号・ミッドナイトつくば号(関東鉄道と共同運行)※Suica、PASMOが使用可能
かしま号(JRバステック・関東鉄道・京成バスと共同運行)※Suica、PASMOが使用可能
エアポートバス東京・成田(銀座・東京 - 成田空港)※成田空港行きのみ交通系ICカード利用可能
みと号(関東鉄道・茨城交通と共同運行)※Suica、PASMOが使用可能
君島線、布佐橋 - 土屋間にバス停の新設(上土屋)。
霞ヶ浦線と君島線に Suica を導入。導入当初はSuica 非対応車両が運行されていることもあった。