宗門改
幕府は寺請制度(檀家制度)として宗門改に仏教勢力を用いた。幕府は民衆をいずれからの仏教宗派に所属させ、その証明を持ってキリシタンではないことを証明させた。
宗門改に仏教を用いた最初の例は、慶長19年(1614年)に京都所司代板倉勝重が棄教したキリシタン(転びキリシタン)から寺手形を取った物である。これはあくまで転びキリシタンに限定したもので、民衆全体に施行されたわけではない。少なくとも、寺請制度が制度として全国的に施行されるようになるのは、寛永12年(1635年)に武家諸法度を改定してからである。寺請制度が完成するのは寛文11年(1671年)に宗門人別改帳が法整備されてからで、これ以降、武士・町民・農民など階級問わず民衆は原則として特定の仏教寺院(不受不施派を除く檀那寺、藩によっては神社もあった)に属することが義務となり、その情報は全て寺院に把握された。
結果として仏教は幕府体制に取り込まれることとなり、やがて寺院は汚職の温床となって僧侶の世俗化などの問題を招く。明治になると尊皇思想の高まりや、神道国教化運動などによって神道優位の風潮が起こり、折からの仏教への批判は大きな物となっていき、やがて廃仏毀釈運動へと繋がっていく。
一方で、明治政府は江戸幕府のキリスト教禁制を継承し、宗門改制度も継承していた。先述の仏教への批判、神道の高まりもあって明治政府は明治4年に民衆を神社の氏子とする氏子調を発令する。これは檀家制度を神道に置き換えたものである。しかし、明治6年(1873年)のキリスト教禁止政策取り止めに伴い、氏子調もわずか2年で廃止された。
寛永17年6月、幕府は宗門改の専任役として、宗門改役を設置する。大目付であった井上政重が、島原の乱後に長崎へ下向し政務を掌った際、初代宗門改役に任命される。寛文2年(1662年)2月には作事奉行の保田宗雪もこの役に任命され、以後は大目付・作事奉行が1名ずつ兼任の役となった。諸藩に対しては先述のように寛文4年に宗門改制度と同じく専任の役人を置くよう命じた。切支丹奉行(キリシタン奉行)・宗門奉行とも呼ばれた。
幕府の宗門改役は、配下に与力6騎、同心30名が配属され、幕府直轄地に対してのキリシタン及び宣教師の捜索を行い、また諸藩に対するキリシタン改帳の作成やその送付、点検も行っていた。棄教したキリシタン(転びキリシタン)の監視も監督し、切支丹類族帳に記載された者が死亡した場合には宗門改役に届け出る必要があった。
井上政重は捕縛したキリシタンを、正保3年(1646年)に自身の下屋敷(現・東京都文京区小日向)に作らせた建物に収容し尋問を行った。これは切支丹屋敷(山屋敷)と呼ばれ、宗門改役が廃止されるまでキリシタンの取調所および住居として使用された。
寛政4年(1792年)に廃止される(宗門改制度は継続)。