乙未戦争
樺山は「増派しなくとも、近衛師団だけで台南まで陥落できる」と考えていた。しかし、新竹を占領した阪井支隊と台北との間の連絡が、ゲリラ戦の影響で20日以上取れなくなり、ゲリラ戦の主力であった平鎮の抗日軍をおとせず、それに呼応して、台北でも反乱が発生すると、北部の占領にさえ兵力が不足していることが判明し、樺山は南部攻略を先送りにした。
7月に大本営は増派を決定し、第2次伊藤内閣も7月16日、台湾情勢は「百事至難の境遇に在る」と認識を改め、「速に鎮定の奏功を望」むので「鎮定までの間は法規等に拘泥せず万事敏捷に相運侯筈に申合せ」た八カ条を内閣閣令として通達した。この間樺山は近衛師団を用いて7月29日に旧台北府管内を制圧が完了した。日本軍が土兵や土匪(匪賊)と呼んだ義勇兵は大軍をみたら白旗を揚げて笑顔で迎え入れ、少数になれば後ろから襲いかかって日本軍を攻め立てたために、日本軍は対策として村まるごと殺戮するといった強硬手段に出た。このことがさらなる反発を呼び、抗戦運動を長引かせた。また、山岳地帯は天然の要塞となり、日本は各防衛拠点に人数を分散せざるを得なかった上に十分な情報の通信ができなかったことが、苦戦の直接的な原因とされている。こうした困難は、新聞に掲載された兵士の手紙などによって日本国民にも知らされていた。
さらに、大本営は8月6日に台湾総督府条例(明治28年8月6日付陸達第70号) を定め軍政を施行した。何度も増軍がなされ、最終的には二個師団以上の戦力となった。
第二次世界大戦終了まで日本政府側や台湾総督府の資料の重要部分が未公開だったために、戦前の研究は乏しい。しかし戦後、そのような資料や、中国や台湾側の要人の回想録や日記、国民党政府が管轄していた資料、当時台湾に在留していた外国人の記録などが公開され、また共同シンポジウムが開かれるなど研究が進んでいる。
日清戦争の一部とするか、別個の戦争とするかについては議論が分かれている。
古典的な研究としては台湾人による『台湾民主国の研究』、『日本統治下の台湾 : 抵抗と弾圧』が各国資料と戦史をつき合わせたものとして研究の基準となっている。なお両者とも台湾民主国の建国自体は、富裕層や官僚主導だが、日本軍の無差別殺戮などに対する反感が全台的な郷土防衛戦を引き起こし、民主国自体は清朝への復帰を狙ったものであるものの、1896年の前半までは抵抗の旗印として機能したという主張をしている。