三方・花折断層帯
花折断層帯南部は花折断層の南延長上に存在する東側隆起の逆断層帯である。構成される断層は、東山を背斜とする鹿ヶ谷断層・桃山断層と花山-勧修寺断層、音羽山・醍醐山を背斜とする黄檗断層群に大別される。
桃山断層〜鹿ヶ谷断層
鹿ヶ谷断層と桃山断層は、京都盆地の東縁に沿って分布する東側隆起の逆断層で南北に延びる。横ずれ成分を示す資料はない。鹿ヶ谷断層は、京都市左京区の瓜生山南西麓を北端として、銀閣寺、南禅寺などを経由し、蹴上付近を南端とする長さ約3kmの断層で、北端から丸太町通付近までは花折断層と並走する。桃山断層は、京都市東山区の粟田神社付近を北端として、祇園、伏見稲荷などを経由し、京都市伏見区の観月橋付近を南端とする長さ約9kmの断層である。
花山-勧修寺断層は山科盆地の西縁に沿って分布しており、九条山から花山、勧修寺などを経由し、醍醐付近を南端とする長さ約6km、西側隆起の逆断層である。
このうち、桃山断層の傾斜は深さ200m以浅では50°程度とされる。また、同断層における最近2万年間の平均上下変位速度は約0.
前述したように、この地震は三方断層帯の活動によるものと推定されるが、吉途中谷トレンチ地点で得られた花折断層北部の活動の年代と、この地震の被害が滋賀県西部を中心に広がっていることから、この地震で花折断層北部も活動した可能性が高いとしている。また、大原以南には平安時代からの寺社が数多く存在するにもかかわらず、1662年の地震に関しては特に被害が記録されていないことから、大原よりも南ではこの地震では活動しなかったと推定している。
よって、本断層の最新活動時期は、北部(花折断層帯北部)は1662年、南部(花折断層帯中部)は2,000 - 2,500年前と推定される。本断層は花折峠付近でやや屈曲することから、ここを北部と南部のセグメント境界と推定している。
本断層の単位右横ずれ変位量は北部・南部ともに2-5m程度と推定されている。平均活動間隔は北部では不明、南部では4,200 - 6,500年と推定されている。
花折断層北部が活動した場合、滋賀県高島市、大津市などで最大震度6強程度の揺れが推定される。また、花折断層南部が活動した場合は、京都市左京区などで最大震度7程度の揺れが想定される。