ウィリアム・アイザック・トマス
翌年には、シカゴ大学に移籍することとなり、教えるかたわら、新設された社会学部の大学院で、社会学と人類学を学び、1896年に論文「On a Difference in the Metabolism of the Sexes」でPh.D.を取得した。シカゴ大学の社会学部は、アメリカ合衆国における社会学の創設地とされている。その後、トマスは再びヨーロッパへ渡り、様々な民族、文化の問題についてフィールドワークに取り組み、ヨーロッパの諸国民の国民性についての比較研究の執筆に向けた準備をしようとしたが、この企ては完成することはなかった。
トマスは、続く25年間近くにわたってシカゴ大学で社会学と人類学を講じ、1895年にインストラクター (instructor)、1896年に助教授 (assistant professor)、1900年に准教授 (associate professor) となり、1910年に教授になった。1895年から1917年まで、『American Journal of Sociology』の共同編集者のひとりであった。
1907年には、トマスにとって最初の主要著作である『性と社会 (Sex and Society)』が出版された。「人類学者たちは ... 女性を子どもと成人男性の中間的存在とみなしている (Anthropologists ... regard women as intermediate between the child and the man)」といった記述など、その内容には、今日の観点からすれば多数者から性差別とみなされそうな生物学的バイアスが強くかかっているが、当時としては、進歩的な本であった。
ハーバード大学を離れて以降、トマスは徐々に引退状態に入っていった。トマスは、ニューヨークやニューヘイブンで残された時間を過ごした。トマスは、1947年12月5日に、カリフォルニア州バークレーで死去した。
トマスは、法廷で無罪放免となったものの、ネガティブなパブリシティによって彼のキャリアは取り返しがつかないほど傷ついた。保守的だったハリー・プラット・ジャドソン(英語版)学長の下、大学は裁判を待たずにトマスを解雇し、同僚たちからも抗議の声はほとんど上がらなかった。既に『ヨーロッパとアメリカにおけるポーランド農民』の最初の2巻を刊行していたシカゴ大学出版局は、出版契約を放棄し、これに続く3つの巻はボストンの Richard G. Badger によって出版された。ニューヨーク・カーネギー財団は、「アメリカナイゼーション (Americanization)」シリーズの1巻の執筆をトマスに依頼していたが、それをトマスの名で発表することを断ってきた。結局、1921年に『Old World Traits Transplanted』が、ロバート・E・パークとハーバート・A・ミラー (Herbert A. Miller) の共著として発表されたが、彼らはこの本のごく一部に寄稿していただけであった。ようやく1951年に至り、米国社会科学研究会議の委員会によって、この本の著者表示はトマスに戻され、本来の著者の名を記した再刊が行われた。