日本シエーリング
2004年 - 神戸医療産業都市構想の中核施設の1つであるバイオメディカル創造センターに研究施設「日本シエーリングリサーチセンター」を開設 センター長には、成体神経幹細胞および骨髄系幹細胞領域の研究者として著名な桜田一洋(現・ソニーコンピュータサイエンス研究所シニアリサーチャー)が就任。
2005年 慶應義塾大学とPET(ポジトロン断層法)画像診断共同事業基本契約締結。 沢井製薬に関東工場(千葉県茂原市)を譲渡。 富士製薬工業にホルモン注射剤4製剤(デポスタット、プリモジアン・デポー、プリモボラン・デポー、プロギノン・デポー)の輸入・製造・販売権を譲渡・承継。
2006年 - 第一ラジオアイソトープ研究所(富士フイルムRIファーマを経て、現・富士フィルム富山化学)と日本初のRI標識抗体療法剤「ゼヴァリン」(抗悪性腫瘍剤・放射標識抗CD20モノクローナル抗体。2002年、アメリカ食品医薬品局により世界初の放射免疫治療薬として承認)に関する共同事業契約締結(2008年承認、富士フイルムRIファーマから発売)。
2007年 資生堂と更年期障害治療薬(日本初のエストラジオール外用ゲル剤「ル・エストロジェル」)共同事業契約締結。 日本初の子宮内避妊システム「ミレーナ」の承認を取得・発売。 7月1日 - 旧バイエル薬品と経営統合し、新生バイエル薬品が発足。