長崎鉄道事業部
以下は、2023年4月1日現在の所属車両である。なお、当センターの配置車両は全車がワンマン運転に対応している。
817系電車(VN編成) 0番台の2両編成 (VN020, 022, 024, 026, 028, 030, 031) 7本の計14両が配置されている。2005年3月に南福岡電車区(現・南福岡車両区)から全車が転属した。 運用区間は長崎本線(鳥栖 - 肥前浜間)、佐世保線(全区間)、鹿児島本線(博多 - 大牟田間)である。 以前は大村線(早岐 - ハウステンボス間)の定期運用も存在した。2022年9月23日、長崎本線の肥前浜 - 市布 - 長崎間の運用から撤退した。 2019年3月に当センター所属だったVN021編成は、熊本車両センターに転属した。 なお、VN027・028編成は鹿児島地区の817系車両不足時の助っ人としての運用実績がある。
キロシ47形気動車 「或る列車」の専用車で、四国旅客鉄道(JR四国)から譲渡された一般形を改造したキロシ47形2両 (3505, 9176) が所属している。 JR九州旅行が団体専用列車として、主に長崎地区(長崎 - 佐世保間)・大分地区(大分 - 日田間)でスイーツ列車を運行している(ほかに大手の旅行会社が車両を貸し切り、他路線で運行することもある)。