南新宿駅
小田急南新宿ビル(小田急電鉄の商業登記上の本店所在地)
小田急サザンタワー ホテルセンチュリーサザンタワー
JR東京総合病院
代々木駅(東日本旅客鉄道〈JR東日本〉山手線・中央・総武緩行線、東京都交通局〈都営地下鉄〉大江戸線)
新宿駅で階段等の上下移動を伴う大江戸線など、新宿駅の乗り換えよりもスムーズに乗り換えられる場合があるが、連絡運輸は行われていない。
代々木ゼミナール 本部・代々木校
代々木ゼミナール造形学校
山野美容専門学校 山野ホール
渋谷区立代々木小学校
代々木三郵便局
代々木駅前通郵便局
北参道駅(東京メトロ副都心線)
当駅が現在の位置に置かれたのは、隣接する新宿駅の拡張工事が1967年(昭和42年)に完了したときからである。駅はそれ以前、現在の位置よりも新宿駅寄り、現行の小田急線の新宿駅地下ホームからの線路が地上ホームからの線路と合流する踏切(新宿1号踏切)からその次の旧小田急本社(現在の小田急南新宿ビル)前の踏切(新宿2号踏切)にかけての地点に設置されていた。同地には新宿駅地上ホームへの線路と地下ホームへの線路との分岐器を設置したため、昔の駅の痕跡はほとんどみられず、わずかに踏切脇に当時の駅舎の土台部分のコンクリート跡が残る程度である。
1927年(昭和2年)4月1日 - 千駄ヶ谷新田駅(「千田ヶ谷新田」という表記もみられる)として開業。駅名は当時の駅所在地の地名に由来する。
1937年(昭和12年)7月1日 - 小田急本社前駅に改称。小田原急行鉄道の本社が駅前にあることから。
1942年(昭和17年)5月1日 - 当時の小田急電鉄が当時の東京横浜電鉄等と合併し東京急行電鉄(大東急)となったことから南新宿駅に改称。
1945年(昭和20年)5月26日 - 前日の夜からのアメリカ軍による東京大空襲(山の手大空襲)で、本社事務所(現在の小田急南新宿ビル)と新宿駅甲州口が焼失、新宿 - 南新宿間が不通となったため、数日間、全列車が当駅止まりとなる。
1973年(昭和48年)12月21日 - 参宮橋方に150m移転し、現在地に開業。
2012年(平成24年)2月 - ホーム有効長を10両対応とする工事が完了。
2014年(平成26年)1月:駅ナンバリングが導入され、使用を開始。
2019年(平成31年)3月16日 - ダイヤ改正により、新たに10両編成の各駅停車が停車するようになる。