高田藩
慶長3年(1598年)4月、越後春日山には越前北之庄より秀吉の家臣・堀秀治が30万石(45万石とも)で入った。秀治は織田信長に寵愛された近臣堀秀政の嫡男である。ただしこの際、越後には堀直政ら堀一族、溝口秀勝(新発田城主)や村上頼勝(村上城主)ら与力大名も付属されたため、秀治自身の裁量が及ぶ範囲は10万石余だったとされる。
秀治は慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは東軍に与して越後に在国したが、これは関ヶ原本戦の5か月前の4月に上杉景勝とその家老の直江兼続が越後に残った上杉家の旧臣や神官・僧侶らを煽動して越後国内で一揆を起こしたためであった(上杉遺民一揆)。この一揆は特に魚沼地方で激しく行われたが、堀家はこの一揆を鎮定した。そのため、戦後に徳川家康から所領を安堵され、幕藩体制下における高田藩(福嶋藩)が立藩した。秀治は一族の名臣として名高い堀直政を執政として藩政の基礎固めに着手し、関ヶ原の戦いの年には春日山城から福嶋城に居城を移す計画を立てた。
慶長11年(1606年)5月、秀治は31歳で急死した。堀家の家督は秀治の子で11歳の忠俊が継いだ。
ここに至る混乱の原因について、忠輝は父・家康や異母兄・徳川秀忠に疎まれたことがあったため反発していた。秀忠が忠輝の存在(忠輝の妻・五郎八姫は伊達政宗の娘で、この縁組を取り持ったのは大久保長安であり、彼らが結託すれば大勢力になる)を恐れたための処置だった。徳川忠長や松平忠直と同様に近しい親族は幕藩体制確立の障害となるため排除された。などと諸説言われている。また、大坂の役で得られた領地は豊臣家直轄の65万石余のみで、諸大名に対して恩賞を与えることは困難であり、家康や秀忠は身内に厳しく対処することで乗り切る狙いがあったとする説もある。大久保長安は生前より徐々に失脚し、慶長18年(1613年)4月の長安の死の直後から「大久保長安事件」と呼ばれる長安派の粛清が始まった。翌慶長19年(1614年)8月21日、忠輝の家老・花井吉成(花井の娘は長安六男の妻)が死去した。その後、大坂の陣を前後して忠輝の上述の動きがあり、元和2年(1616年)に改易という流れである。