東京大学教育学部附属中等教育学校
軟式野球部
バスケットボール部
バレーボール部(女子のみ)
サッカー部
陸上競技部
水泳部
硬式テニス部
軟式テニス部
剣道部
卓球部
演劇部
管弦楽部
写真部
書道部
生活科学部
生物部
鉄道研究部
美術部
計算機科学部
天文部
マンガメディア部
文藝部
一貫制度の特長を生かし教科内容や通常の教科構成とは異なる教科編成を行うなどの工夫を取り入れている。5・6年生においては、将来の進路も視野に入れ、生徒の多様な進路希望に答えるべく、広範な選択科目を置く。東京大学全学の協力を得て「数学特論」「現代宇宙論」「図書館情報学入門」「臨床心理学」の講座の設置。