欧州議会
移転派に対しては第1次バローゾ委員会の副委員長マルゴット・ヴァルストレムが「欧州連合がかつてフランスとドイツの和解させた非常にすばらしい象徴であったものはいまやムダ金のかかる役所的な、ブリュッセルの狂気を示す負の象徴に成り果てている」と述べるなど、多くの支持が集まっている。また欧州緑の党は環境への負荷についても指摘しており、複数の本会議場があることで2億ユーロが費やされるほかに20,268トンの二酸化炭素が無駄に排出されているとし、環境問題に取り組む欧州議会や欧州連合の立場に悪い影響をもたらしていると主張している。また移転の動きには欧州議会議員セシリア・マルムストレムよるオンライン嘆願に100万人以上の署名が集まった。2006年には欧州議会が借りる建物群に対するストラスブール市の家賃設定に違法行為があるという嫌疑が持ち上がった。また欧州議会議員に対する意識調査(回答率:39%)では、所在地の一本化を望むとした割合が 89% にのぼり、また 81% がブリュッセルのほうがよいと回答した。さらに学術的な調査でも 68% が一本化に賛成という結果が出されている。しかしながら欧州議会の所在地は基本条約で定められており、これを改めるには理事会において全会一致の賛成を要する、つまり1か国が反対すれば実現しないものである。とくにフランス大統領ニコラ・サルコジは欧州議会の所在地について「協議の余地はない」と述べており、欧州議会がフランスに本拠をおいていることを揺るがす考えがないことを示している。
議院内閣制を採るたいていの加盟国とは異なって欧州連合では執行機関と立法機関との間で権力が分立しており、このような関係について言えば、欧州議会は加盟国の議会よりもアメリカ合衆国議会に似たものとなっている。これを示すものとして、次期欧州委員会委員長は直近の欧州議会議員選挙をもとに欧州理事会が候補を提案する。基本条約では、この提案に対して欧州議会が単純過半数でもって委員長を承認して「選出」することになっている。欧州議会が承認したことを受けて、次期欧州委員会委員長は各加盟国から提示された人物に基づき、次期欧州委員会の委員人事案を提出する。委員候補はそれぞれに割り当てられた担当職域ごとに欧州議会の各委員会の聴聞を受ける。その後、欧州議会は欧州委員会全体として承認の是非を採決する。これまでに欧州議会が次期委員長候補や次期委員会案を否決したということはないが、第1次バローゾ委員会の承認にあたっては否決されそうになった。このような欧州議会の圧力に対してバローゾは委員会人事案をいったん取り下げ、欧州議会に受け入れやすいような委員候補の一部変更を行なった。この一連の事態は欧州議会の機能が充実してきた証左であり、欧州議会は欧州委員会に対してただスタンプを押すのではなく、説明責任を求められるような能力を持ったことを示している。
作業グループの改革案のひとつであった時事的な問題についての特別議論の導入は反対され、欧州自由民主同盟代表のグラハム・ワトソンが作業グループから離脱することとなった。その一方で、欧州憲法条約でうたわれていたもののリスボン条約では除外されたヨーロッパのシンボルを使う機会を増やすということには多くの議員が支持した。これらのシンボルについては、欧州諸共同体が全体として使用することを決める3年前の1983年に欧州議会が欧州旗をシンボルとして使用することを採択しており、そのため欧州議会はヨーロッパのシンボルを使用することについてアバンギャルドとされている。2007年9月には中間報告書が提出され、また来賓演説や立法以外の文書に関する議論の時間を削減することが提案された。2006年には、立法ではなく批評を述べる内容であった92の「自主」報告書が出され、法案の審議には議論時間の 18% しか費やされていなかった一方で、議論時間の 22% をこのような報告書に費やしていた。2008年7月に作業グループは最終報告書を完成させ、2009年の選挙までに最終報告書の勧告が実行に移されることになっていたが、ワトソンは欧州議会における右派・左派の連合が、より保守的な議員の反対を受けるであろう提案を押し通そうとすることに疑念を示した。独立と民主主義共同代表のイェンス=ペーター・ボンデなどの議員はより抜本的な案を求めていた。しかしながらボンでは最終報告書の採決に参加せず、「われわれがさらに政治的な議会となりたいということを示すのは心理的に重要なことである」と述べている。
欧州議会の議員は5年ごとに普通選挙で改選される。また院内では政治会派を結成している。1979年以前は加盟国の国内議会の任命制となっていた。
加盟国別の議席数は人口にほぼ比例して配分されており、議席数の合計の上限は751となっている。しかしながら欧州議会の任期途中において欧州連合に新規加盟があったときにはその上限を超過することがある。たとえば2007年1月にルーマニアとブルガリアが欧州連合に加盟してから2009年6月までは、当時の議席数の上限である732を超過し、786となっていた。選挙では751人が議員として選出されるが、議長はその在任中において票決に加わることができないことになっている。さらに加盟国別の議席数の上限は96、下限は6となっている。この加盟国別の議席配分は逓減比例の原則によるものであり、人口の多い国ほど議員1人が代表する市民の数も大きくなるようになっている。なお2009年の欧州議会議員選挙ではリスボン条約が発効していなかったため、ニース条約による規定で736人の議員が選出されていた。この選挙ではリスボン条約の発効などの必要な手続がなされたのちに議員となる18人のオブザーバも選出されている。