秋田総合車両センター南秋田センター
詳細は後述)。1997年(平成9)年3月22日の秋田新幹線開業に伴い、新幹線車両を受け持つようになったため基地の約半分を標準軌用に改良、構内は新幹線用の標準軌と在来線用の狭軌両方を併設する基地となり、車両も在来線電車から新幹線車両および機関車など多種多彩な車両を受け持つ車両基地となった。2004年(平成16年)4月1日の秋田車両センターへの改称を経て、2021年(令和3年)4月1日には組織改正により在来線部門が秋田総合車両センター所属となり現名称へ改称、新幹線部門は本社直轄の新幹線統括本部(2019年(平成31年)4月1日発足)管轄の秋田新幹線車両センターとして分離独立した(後述を参照)。
なお、2012年(平成24年)以降、車両の仕業検査業務や構内入換業務、清掃業務などはJR東日本のグループ会社に委託されている。
2023年4月1日現在の配置車両は以下のとおり。
DD18形ディーゼル機関車 1両が配置されていた。標準軌用ラッセル式除雪車。
DD51形ディーゼル機関車 電化前の奥羽本線や羽越本線で広く運用され、両線の電化後も1996年(平成8年)まで男鹿線の旅客・貨物列車用として配置されていた。
DD14形ディーゼル機関車 ロータリー式除雪車。
DE15形ディーゼル機関車 ラッセル式除雪車。
2023年4月1日現在の配置車両は以下のとおり。
7両編成24本(Z1 - Z24編成)を配置。
秋田新幹線「こまち」のほか、東北新幹線「はやぶさ」「やまびこ」「なすの」でも運用される。
同年4月1日、国鉄分割民営化に伴い、南秋田運転所および秋田運転所はJR東日本東北地域本社秋田支店に、秋田機関区は日本貨物鉄道(JR貨物)東北支社にそれぞれ継承された。1990年(平成3年)4月1日に、東北地域本社秋田支店が秋田支社へ改称、同時に南秋田運転所、秋田運転所および秋田運転所秋田支所は同支社の管轄となった。秋田貨物駅構内に存在していた秋田運転所秋田支所は、1991年(平成3年)5月1日に南秋田運転所に統合されたが、機関車の配置区として名称だけが残り、1993年(平成5年)12月1日に機関車配置も南秋田運転所に統合された。
1994年(平成5年)12月3日に、秋田支社管内の車両基地統合に伴い弘前運輸区(現・つがる運輸区)より五能線運用車両など(キハ40形・キハ48形・キハ58形・キハ28形気動車)が移管。1997年(平成9年)3月22日の秋田新幹線開業時に、新幹線車両(E3系)を受け持つようになったため、基地の約半分を標準軌用に改良、構内は新幹線用の標準軌と在来線用の狭軌両方を併設する基地となり、同時に標準軌用701系5000番台およびキハ40系気動車改造の観光列車「リゾートしらかみ」も配置された。