皇位継承
上記のような皇統統一の流れの中で後三条天皇が即位した。後三条天皇は、皇統統一をより強固なものとするため、生前に直系男子へ譲位し、上皇として政務に当たることを目論んでいた。後三条天皇はその実現の前に没したが、その直系男子の白河天皇は後三条天皇の遺志を継いで、上皇となって事実上の君主(治天の君)として政務に当たる院政を開始した。上皇が事実上の君主の座に就くことにより、天皇がそれまでの皇太子的立場となったと言えるが、厳密な皇位継承法が存在しなかった当時においては、皇統が安定していれば天皇家の当主が天皇に在位しているか否か程度の違いでしかなかった。いずれにせよ、皇統の安定化が院政の主要な目的の一つであった。なお、後三条天皇が譲位に際して、自分の例に倣って白河天皇の異母弟にあたる実仁親王を皇太子にしたことは白河天皇の不満を招いた。その後、実仁親王の急死によって、皇位は白河天皇の実子の堀河天皇に譲位することが可能になったが、白河天皇は「第二の実仁親王」の登場を警戒して、自らが後継者に指名した堀河天皇・鳥羽天皇・崇徳天皇の3天皇の異母兄弟は全て出家させて、皇位継承権を奪う政策を採った。皮肉にも白河天皇の崩御後に院政を開始した鳥羽天皇は、白河天皇の崩御後に生まれた崇徳天皇の異母弟である近衛天皇を寵愛し、出家をさせるどころか、崇徳天皇を退位させて自らの後継者に指名した。かくして鳥羽天皇の後継を巡って生じた崇徳天皇・近衛天皇・後白河天皇の兄弟間による皇位継承紛争が保元の乱・平治の乱という武力衝突により解決されることとなった。
1990年代前期頃から、足利義満は皇位簒奪を企図していたとする説が注目されるようになった。武家としてだけでなく、公家としても官位を極めた義満は、治天の君としての行動を徐々に始め、自身の子である足利義嗣を皇位に就けることを計画していたが、計画成就の寸前に死去したため皇位簒奪がならなかったとしている。義満も清和天皇(又は陽成天皇)に始まる源氏ではあるが、代数が当時の天皇から十数代も離れていたため、皇族としての資格はないものと見做されていた。日本の歴史上、5代以上天皇位に就いていない家系に属する皇裔が即位した例はない。しかし、上記説の論者は、当時の状況(後光厳系統断絶の危機など)を詳細に観察してみると、義満による皇位簒奪はかなりの可能性で成功したはずであり、もし成功していればその後の天皇(皇位)のあり方が劇的に変化していただろうと考えている。実際、義満の死後、太上天皇号が朝廷から贈られようとしている(義満の後継者・足利義持がこれを辞退した)。