有明海
論文にも本来は早崎瀬戸から湾奥の住之江まで島原湾とするものがある。なお、論文には島原湾のうち三池港から奥の海域を狭義の有明海とするものがある。
以下の記述では早崎瀬戸までの海域すべてを「有明海」に含める。
この海域の面積は約1,700kmである。これは鹿児島湾、東京湾、大阪湾より大きく、伊勢湾とほぼ同じ大きさである。
最深点は164.6m(湯島西方)に達するが、平均水深は約20mほどで、全体的に遠浅の湾である。湾奥には諫早平野、筑紫平野(佐賀平野、筑後平野)、菊池平野、熊本平野といった沖積平野が広がる。湾内西部にはさらに諫早湾(泉水海)がある。
潮の干満差が大きく、湾口の早崎瀬戸で平均3-4m、湾奥の大浦港(佐賀県太良町)で平均5mであり、最大で約6mに達する。干満差が大きくなる原因は、有明海の場合は潮汐による海水の動き(潮汐振動)と湾の形状に左右される海水の動き(固有振動)が似通っていて、共振が発生しているためと考えられている。このような条件が揃う湾は世界的に見てもそれほど多くない。
流入河川は九州最大の川である筑後川をはじめ、本明川、鹿島川、塩田川、六角川、嘉瀬川、矢部川、諏訪川、菊池川、白川、緑川などがある。流入河川の流域面積は合計で約8,000kmで、海域面積の5倍近くにも上る。これらの河川によって湾内の塩分濃度が低下するうえ、多量の堆積物、デトリタス、無機塩類も供給される。
他には、2000年代に入り奇形魚が生まれるようになってきている。
地元の漁師の間では以前から言われていたが、海苔産業が海苔養殖の際に使用する酸処理剤(クエン酸、リンゴ酸を原料とする)が原因であるとする意見がある。東北大学の江刺洋司は、「酸処理剤が大量の植物プランクトンを発生させ、有明海の酸素を少なくしている。酸素濃度が低いと、成長に必要な核酸やたんぱく質などが通常通りできずに、『奇形』の魚が生まれる可能性があるというわけです。そればかりか、低酸素が進み酸欠になると有毒な硫化水素が発生し、海の低層の魚を全滅させる死の海となってしまう」として、酸処理剤によって奇形魚が生まれていると指摘した。
水産大学校の鬼頭鈞はこれに対し、「1-2%であれば、論議の対象とならない。そして、酸処理剤は約1週間でほぼゼロの水準に分解され、これが夏場の赤潮に影響するとも考えにくい。漁獲量が減ったのは(漁業)技術の革新によって、大量に漁獲できるようになったのが大きい」と反論した。江刺はこれに対し「有明海はわずかな変化も影響する繊細な海域。1-2%でも影響は大きい」として再反論を行っている。
所管官庁である水産庁は、影響は無いとはしながらも、使用量は減らした方が良いというスタンスを取っている。
2015年3月5日、福岡県、熊本県、佐賀県、長崎県の漁業者ら約200人が、殺菌剤の使用を禁止しない国に対して損害賠償を求める訴訟を熊本地方裁判所に起こした。