雑菌
近年、日本ではやや神経質な程に、これら雑菌を恐れる傾向が見られる。特に1990年以降では強迫神経症(または恐怖症)によって、従来から見られた潔癖症とは全く異なる、不潔である事に恐怖心すら抱く人が増える傾向にある。これらの人々では、電車のつり革に触れなかったり、公共の装置(自動販売機など)のボタンが操作できなかったりといった傾向も見られ、重度の人に在っては、外出もままならなくなる程に恐怖心を抱く人もある。
元々人間には、人間社会において存在する諸々の細菌や菌類に対して、免疫によって一定の抵抗力があるが、極端に雑菌を恐れる人は、日常生活においても支障を来たすケースも見られる。他方、文具メーカーや日用品メーカーは、殺菌・抗菌グッズを多数販売し、これら社会不安を煽る傾向すら見られる。広告などにおいて、細菌の顕微鏡写真をテレビの画面いっぱいに映し出した上で自社製品の殺菌力を謳う物も見られる。これらの広告に嫌悪感を抱く人も少なからずあり、1990年代後半から日本国内の抗菌グッズ市場は300億円市場にまで成長している。
発酵産業において、雑菌の混入は非常に頭の痛い問題である。酒類の醸造では、酵母よりも繁殖力旺盛な雑菌はいくらでもあり、またこれらはせっかく生産されたアルコール分を分解する酢酸菌や乳酸菌などといった望まれない菌が混入してしまうと、酒は腐ったり、そのまま酢になってしまう。
ワイン製造でも、アルコールの分解で酸っぱくなってしまう事は、古くから問題とされていた。一度仕込んだワインを加熱してしまうと、酵母まで殺してしまいかねない。煮沸するなどして腐る事を予防する事は出来ないため、醸造関係者は細心の注意を払っていたが、それでも雑菌混入により醸造に失敗する事があった。特に原料となる葡萄表面に、何らかの雑菌が付着していた場合には、所定の畑から作られたワインが全滅する事すらあったという。1850 - 1860年代にはフランスで、仕込んだワインが大量に腐る事件が発生、醸造関係者は失業の危機に見舞われた。この時ルイ・パスツールが低温殺菌法を発明し、事態が収拾した。
日本で米を利用して生産される日本酒では、熱く蒸した米を利用し、また経験的に火入れと呼ばれる低温殺菌法を利用するため、原料からの雑菌混入の心配は無いとされるが、納豆菌の混入が致命的な問題となる。