アメリカ艦隊総軍
また、司令部については、1948年よりバージニア州ノーフォークに置かれていた大西洋艦隊の司令部に併設された。指揮命令・管理系統については、訓練・錬成部隊としての性格と、旧大西洋軍(U.S. Atlantic Command、略称:USACOM)以来の流れを組んで統合戦力軍(USJFCOM)を引き続き上級部隊としたほか、艦隊総軍創設と同日の2002年10月1日付で、それまで統合戦力軍が担っていた本土防衛任務が2001年の同時多発テロ事件の教訓をもとに新設された北方軍(USNORTHCOM)に移管されたことから、北方軍エリアにおける海軍部隊を要する作戦・訓練に関しては北方軍の指揮・管理も受けることとされた。
その後短い期間を経て、大西洋艦隊司令長官兼艦隊総軍司令官のポストは再び役職名変更を受けることになる。艦隊総軍創設と同日の2002年10月1日、当時のドナルド・ラムズフェルド国防長官は、「“Commander-in-Chief”という称号は、軍の最高司令官である合衆国大統領だけに称することが許されたものである。」として、序数艦隊(番号付き艦隊、ナンバード・フリート)の「司令官」(Commander)と区別する意味合いで長らく「司令長官」(Commander-in-Chief)と呼ばれていた太平洋艦隊司令長官、大西洋艦隊司令長官、在欧合衆国海軍部隊司令長官の3つの司令官ポストにつき、「司令長官」から「司令官」へと呼称を変更するよう通達を発した。