ジョアン・ロドリゲス
しかし、同年8月にポルトガル船の荷物を取り押さえようとして失敗する事件があると、イエズス会の不在がポルトガル貿易に影響が出ることを知り、京都所司代の前田玄以の仲介でロドリゲスが取りなしたのを受けて疑いを解いた。返書の内容を穏当なものに修正する求めもつつがなくなされ、ロドリゲスは半年の在京を終えて長崎に戻った。この訪問は成功と言えたが追放令は破棄されず、イエズス会の存在はいまだからくも黙認されたに過ぎなかった。この後、ロドリゲスは離日まで大小の権力者との交渉に当ってゆくことになる。
1592(天正20)年、秀吉が朝鮮侵攻の指揮のため名護屋に到着すると、宣教師追放令が厳格になされていないことが知られるのを恐れたイエズス会では、ロドリゲスとポルトガル船長を名護屋に訪問させた。秀吉はそれを喜び、一月のあいだ名護屋に留めさせた。ロドリゲスは病を得て長崎に帰るが、秀吉がそれを知ると、名護屋で治療できただろうと憤慨し、施薬院全宗がロドリゲスは西洋人なので、かの地の療法でなければ効果がないのだと取りなしたという。
1593(文禄2)年、ポルトガル船が長崎に着くと、船長らを引き連れて名護屋を訪問し、歓待の席で黒人のダンスや西洋楽器演奏などが披露され、たいへん興がられたという。このとき、徳川家康や前田玄以らと面会し、キリスト教の教義や、仏教の天体論と異なるキリスト教の天体論を説き、宗論を争わせた。