博多南線
半室グリーン車が連結されているN700系で運行する列車においてグリーン車を利用する場合、運賃・特定特急料金に加え、特急・急行列車用グリーン料金が必要となる。当該列車のグリーン券は当該列車車内と博多駅・博多南駅のみどりの窓口で発売し、指定席の座席指定運用はされていない。また本路線のグリーン券はマルス発券ができないため、博多駅・博多南駅で発売する場合でも手書きの料金補充券による発券となる。
2011年3月12日のダイヤ改正で博多南線でのN700系運用が開始された当初は当該列車の車内でのみグリーン券を発売していたが、2011年11月30日から新たに2往復が設定されたときに博多駅・博多南駅のみどりの窓口でもグリーン券を発売するようになっている。
500系8両編成(V編成) - かつて東京-博多間の「のぞみ」に充当されていたが、N700系N編成に代替されたため「こだま」用として8両編成(全車普通車)に組み替えられた車両が2008年12月1日より使用されている。
700系8両編成(E編成) - 「ひかりレールスター」用編成が使用される。博多南線では「ひかりレールスター」として直通する列車も含め全列車とも個室は利用できなかったが、2020年8月17日から平日の一部列車で扉開放を前提として個室利用が可能になった。
N700系8両編成(S編成・R編成) - 山陽・九州新幹線用編成。2011年3月12日の鹿児島ルート全通に伴い上り1本が、同年8月31日より下り1本がN700系による運行となった。その後、ダイヤ改正により運用本数が変動している。半室グリーン車がありグリーン料金を支払うことでグリーン車も利用可能。
大半の列車は500系・700系が使用されており、ごく一部にN700系を使用する列車がある。
博多南線は前述の通り、全列車が新幹線用車両により運行される在来線であるため、運賃・料金制度上、他路線とは異なる特殊な取り扱いを行っている。
博多南線で運行される列車は全て特急列車扱いであるが、同線は那珂川市と福岡市の通勤・通学客の利用を想定して新幹線回送線を旅客化した経緯がある。特定特急料金は130円(2023年3月末までは100円)と安価に設定され、運賃(200円)込みで全区間片道330円となっている。その一方、石勝線や奥羽本線の一部区間のような「特急料金不要の特例区間」の適用はなく、また青春18きっぷなど、普通列車しか利用できないフリー乗車券での乗車もできない。
博多駅で他のJR線と乗り継ぐ場合、運賃は通算されるが、特急料金については、山陽新幹線から直通運行する列車を利用したり、改札を出ずに山陽・九州新幹線と乗り継いだりする場合でも、通算されず別途必要となる。