Deus Ex: Invisible War
『Invisible War』では、壮大で深いストーリーによるゲーム進行などの、前作Deus Exで見られたゲームプレイの特徴がほぼそのまま残されている。プレイヤーは自分の好みにしたがって、自由に戦闘スタイルを選べるが、戦闘を重視せずに直接対決や暴力の行使を避けて進むというスタイルを選択することもできる。
『Invisible War』ではより自由なゲームプレイが可能になった。プレイヤーは達成すべき目的をどんな順番でこなしてもいいし、途中で新しい目的を発生させても構わない。 また、キャラクター生成時のオプションはより簡素化され、性別や肌の色、難易度の選択のみになった。性別はわずかにストーリー進行に影響を与えるが、基本的には単に外見を選択するためのオプションになっている。
Ion Stormは一作目のストーリー進行の形を洗練することに焦点を当てた開発を行い、プレイヤーがより自由にストーリーを選択できるようにするために、ストーリーの収束点の多くをストーリー選択の場面に置き換えた。これによってプレイヤーは特定の組織のために戦えるようになり、その選択から新しいストーリーが展開するようになった。また、ゲーム中のいくつかの時点では、プレイヤーはどの組織のために戦うのかを必ず選択しなければならない。 ゲームの序盤で登場する組織は二つだけだが、その後より多くの組織と接触することになり、組織への協力を要請される。 それぞれの組織からの依頼は平行して進めることが可能なので、それぞれの依頼の内容を比較してから達成する依頼を選ぶこともできる。また、依頼を達成した時点で組織へ協力したことになるため、達成困難な依頼を諦めて別の依頼に切り替えるようなことも気軽に行える。