諏訪氏
佐藤雄一も、以上の田中や村崎の研究から、「その記載と事実との関係に慎重な態度を取るべきであり、現段階では本系図を元にした考察を行うことは難しい」と述べている。
間枝遼太郎は、『阿蘇氏略系図』が
京都の諏訪氏が聖徳太子信仰を取り入れて創作した系図(丁未の乱の年(用明天皇2年)に建御名方神の末裔の有員が諏訪大社を祀ったとする前田本「神氏系図」)
諏訪の諏訪氏が継承していた伝説(平城天皇期(大同元年、806年)に神武天皇の末裔の有員が活躍したとする伝承(『金刺氏略系図』や『諏訪大明神深秘御本事大事』など)
江戸時代以降に本居宣長などによって国学者や神官に広く知られるようになった『古事記』
「江戸時代に創作された『先代旧事本紀大成経』
に影響を受けて成立していると明らかにした。
以上のように、現在の学界では『阿蘇氏略系図』と『大祝家本神氏系図』を否定する学者が多く、「これらの系図が古代の歴史的事実を反映するものではなく(後略)」、「古代の歴史的事実を明らかにする力は持たない」と評されている。
金刺氏のほか、上記のように大神氏(三輪氏)を出自とする説もある。松本市や塩尻市柴宮で、大神氏に関係する部族がいたと思われる三河・遠江国に見られる三遠式銅鐸の出土があり、天竜川経由での人の移動があったことを示唆する。「祝(ほうり)」という神官の呼称や「ミワ」という氏族名を持ち、本殿を持たない神社、蛇信仰の存在等といった大神氏や三輪山(大物主神)信仰との共通点も指摘されている。実際には1865年(元治2年)の『諏訪神社祈祷所再建趣意書』には当時の大祝の諏訪頼武が「諏方大祝大三輪阿曽美頼武」と名乗っていた。
神官であると同時に武士としても活躍し、神職に就いていない庶子や親類を派兵するようになった。源義家(八幡太郎義家)が出羽の清原氏討伐のため後三年の役に介入すると、大祝為信の子である神太為仲(諏訪為仲)が源氏軍に加わったという。
治承・寿永の乱(源平合戦)の折に、大祝がどちらに味方するか考えていたところ、祭神が夢に現れて手に持っていた梶の葉の軍配を白旗のある方向へと振り下ろしたことから、諏訪氏は源頼朝に味方する。以来、諏訪氏および諏訪大社を尊崇する氏子は梶の葉を家紋にしたという逸話がある。金刺盛澄(諏訪大夫)は源義仲討伐後に頼朝に捕らえられ、囚人として梶原景時に預けられたが、鶴岡八幡宮で披露した流鏑馬の妙技によって助命された。