IRES
IRESはしばしば、宿主の翻訳が阻害されているときにウイルスの翻訳活性を保つ手段として用いられる。宿主の翻訳の阻害のメカニズムは、ウイルスによるものや宿主によるものなど、ウイルスのタイプによってさまざまである。しかしながら、ポリオウイルスのようなピコルナウイルスの多くは、eIF4Gを切断し、キャップ結合タンパク質であるeIF4Eと相互作用できなくすることで宿主の翻訳を阻害する。eIF4F複合体を構成する、これらの翻訳開始因子間の相互作用は、リボソーム40SサブユニットをmRNAの5'末端にリクルートするために必須であり、また5'末端のキャップと3'のポリAテール間での環状構造の形成をもたらしていると考えられている。ウイルスはIRESによる翻訳開始のため、部分的に切断されたeIF4Gさえも利用している可能性がある。
細胞は有糸分裂やプログラム細胞死の間に特定のタンパク質の翻訳を増加させるためにIRESを利用している可能性がある。有糸分裂中、細胞はeIF4Eを脱リン酸化するため、eIF4Eの5'キャップへのアフィニティは低くなっている。その結果、リボソーム40Sサブユニットや翻訳装置はmRNAのIRESへと差し向けられる。有糸分裂に関与する多くのタンパク質がIRESを持つmRNAによってコードされている。プログラム細胞死においては、ウイルスによる場合と同じように、eIF4Gの切断が翻訳を減少させる。必須タンパク質の欠乏は細胞死に寄与するとともに、細胞死の制御に関与するタンパク質をコードするIRES mRNAの翻訳にも寄与する。
特定のRNA配列のIRES活性の測定にはバイシストロニック (bicistronic) レポーターコンストラクトが用いられる。真核生物のmRNAの2つのレポーターORFの間にIRESが位置しているとき、下流に位置するタンパク質のコーディング領域の翻訳はmRNAの5'キャップ構造とは独立に行われる。このようなコンストラクトを用いると、細胞内では両方のレポータータンパク質が合成される。1番目のシストロンに位置するレポータータンパク質はキャップ依存的な翻訳開始によって合成され、2番目のレポータータンパク質は2つのシストロン間に位置するIRESから翻訳が開始される。しかしながら、このバイシストロニックレポーターコンストラクトを用いて得られたデータを解釈する際には、いくつかの欠陥が存在することに留意しなければならない。例えば、IRESとして報告された配列が、後にプロモーター領域を含む配列であったと判明したケースがいくつかある。また最近になって、IRESであると予想された配列の中にはスプライシング部位が存在し、それがこのアッセイにおいて見かけ上IRESのようにふるまっているケースがあると報告された。