発機丸
そこにはすでに「長崎丸」が到着しており、「翔鶴丸」も遅れて串本港に入港した。同日3隻は出航し、浦上に入港。そこからの出港はいつでもよいとの指示により「発機丸」は同日夜に「翔鶴丸」より先に出港し、5月19日深夜に浦賀に到着した。航海の最後のところでボイラーが破損したため、品川へは他船より遅れての到着となった。
5月28日に機関の修理を終えると「発機丸」は6月5日から大坂への輸送任務に従事した。積み荷は大砲車4両、合薬箱8箱などで、京都の尊王攘夷派対策用のものであった。この時も機関は故障し、修理のために5日から10日まで浦賀に留まっている。続いて長州征討に参加する。まず越前藩の要望により「発機丸」は松平茂昭を豊前へ運んだ。それから「発機丸」は藩兵約150名を大坂から芸州江波村へ輸送した。
元治2年初めに「発機丸」は機関の大故障を起こし、長崎製鉄所で修理を行うことになった。軍艦奉行であった金谷与十郎が艦将に任じられ、修理方御用を任された。「発機丸」は5月2日に長崎港に到着した。「発機丸」を見たカール・レーマンによれば、ボイラーを陸揚げして修理すれば5から6年はもつが、艦内での修理では1年程度で再び故障するとのことで、乗組員の多数派の意見に従って陸揚げ修理を依頼することになった。しかし、ボイラーの吊り上げ作業は不手際があって遅れ、閏5月27日に吊り上げが開始されたが、綱が切れてボイラーが落下した。