一本列島
青函トンネルが開通したことにより、青森・函館間は従来約4時間かかっていたものが約2時間に短縮された。その結果本州と北海道各都市間の到達時間も全て短縮されることになった。しかし青森と函館の間はもともと長いトンネルを挟んだ過疎地であり、津軽海峡線に限れば沿線地域に対する影響は少ないと言える。そのため、2002年(平成14年)12月1日のダイヤ改正で青函トンネルを通る快速列車・普通列車は運行されなくなり、青森 - 函館間を通して運転されるのは特急列車のみとなっている。
なお津軽海峡線は当初もの珍しさもあって盛況であったものの、当時は高価だった本州と北海道を結ぶ航空便が利用しやすくなったことなどから、次第に利用客数が減少し、1996年には青函連絡船最後の年である1987年の水準を下回ることになった。ただ、寝台特急「北斗星」(2015年廃止)や「カシオペア」(2016年廃止)、「トワイライトエクスプレス」(2015年廃止)など根強い人気がある豪華列車が往復し、JR各社の収入源の一部となっていた面もある。
また国鉄分割民営化(JR各社発足)後、国鉄時代には減退気味だった貨物輸送が拡大に転じた要因のひとつにもなった。貨物特急スーパーライナーの中でも東京 - 札幌間の便は花形路線であり、その運行効率化に沿って機関車の開発も行われてきている。また近年のモーダルシフトの流れから、航空便よりも低い環境負荷で本州から北海道内陸部の札幌までシームレスに輸送できる手段として注目されている。
また、2005年(平成17年)には北海道新幹線の先行建設区間として青函トンネルを含む新青森駅 - 新函館北斗駅間が着工され、2016年(平成28年)3月26日に開業した。