本願寺山科別院
本堂 - 安永3年(1774年)3月建立。
中宗堂 - 文政6年(1823年)建立。中宗堂に安置されている蓮如の木像は、もとは西本願寺に安置されていたものだが、舞楽寺仏殿落慶の後、この木像を本山より移して報恩講が修行された。これを前例に、山科別院中宗会・報恩講には、この木像を西本願寺から別院に移すことが通例となっていた。1884年(明治17年)に明如(大谷光尊)により宗派の中宗堂とされてからは平時は別院中宗堂に安置されるようになる。2015年(平成27年)の蓮如上人ご生誕600年記念法要とそれ以降の中宗会に際しては一時的に隣の本堂に木像が移されている。
書院 - 1998年(平成10年)再建。
寺務所(研修会館)
北門
太鼓楼 - 天明元年(1781年)建立。
多目的会館 - 2011年(平成23年)建立。
伊勢講舎
鐘楼 - 天明元年(1781年)建立。
山門
墓地 - 山科区東野中井ノ上町の飛び地境内にある。 実如上人御廟所 - 第9世実如の墓所。 証如上人御廟所 - 第10世証如の墓所。
円如上人御廟所 - 山科区小山大石山。墓地よりもはるかに東の山手にある。第9世実如の息子で、第10世証如の父である円如の墓所。