月刊少年ガンガン
FINAL FANTASY零式(作画:塩沢天人志、シナリオ:千葉広樹、キャラクター原案:野村哲也) 2011年12月号 - 2012年3月号
FINAL FANTASY 零式外伝 氷剣の死神(塩沢天人志、監修:野村哲也) 2012年5月号 - 2014年2月号
PHANTOM DEAD OR ALIVE(渡辺道明) 2002年3月号 - 2004年2月号
BLACK BOARD(イズミダフユキ) 2016年9月号 - 2017年12月号
フラッシュ!奇面組(新沢基栄) 2001年10月号 - 2005年6月号、長期休載 → 実質連載終了
ブラッディ・クロス(米山シヲ) 2009年3月号 - 2015年8月号
プラネットガーディアン(高坂りと) 2001年9月号 - 2003年11月号
FULLMOON(塩沢天人志) 2007年10月号 - 2009年2月号
ブレイド三国志(原案・構成:真壁太陽、作画:壱河柳乃助) 2007年8月号 - 2009年8月号
ベルゼブブ嬢のお気に召すまま。(matoba) 2015年8月号 - 2020年6月号、『ガンガンONLINE』に再掲載
HELL HELL(東ジュン) 2010年9月号 - 2012年4月号
PON!とキマイラ(浅野りん) 1997年No.18 - 2001年6月号
ポケットモンスター ギャグワールド(向水遙、山崎渉ほか) 1997年No.02 - 1997年No.21
ハーメルンのバイオリン弾き(渡辺道明) 1991年4月号 - 2001年2月号
High球!いんぷれっしょん(真三月司) 2001年4月号 - 2001年11月号
鋼の錬金術師(荒川弘) 2001年8月号 - 2010年7月号
幕末風来伝斬郎汰(喜名朝飛) 1996年No.6 - 1997年No.24
爆力冒険メガバーン(西川秀明) 1996年No.12 - 1997年No.8
爆裂機甲天使クロスレンジャー(松沢夏樹) 2000年12月号 - 2001年10月号
はじめての甲子園(火村正紀) 2006年4月号 - 2009年11月号
はっぴぃヱンド。(有田イマリ) 2017年5月号 - 2019年1月号
ハッピーストライク(池田匠) 1994年8月号 - 1995年4月号
HAPPY BOY ゲンキくんとゆかいな仲間たち(江川達也) 1996年No.1 - 1997年No.19
ばのてん!(河添太一) 2010年1月号 - 2012年1月号、『ガンガンONLINE』と並行連載
PAPUWA(柴田亜美) 2002年4月号 - 2008年2月号
ばらかもん(ヨシノサツキ) 2014年8月号 - 2019年1月号、2023年5月号 - 2023年10月号、『ガンガンONLINE』に再掲載
ハラショーボンバー(岩佐明子) 1994年8月号 - 1995年4月号
笑神招迷タタリさま(すずや那智) 1993年8月号 - 1994年1月号
女王騎士物語(下村トモヒロ) 2003年8月号 - 2007年10月号
朱玄白龍るびくら(見田竜介) 1999年12月号 - 2001年1月号 → 『月刊Gファンタジー』に移籍
女子高生はおはようって言う(原作:ルシファー吉岡、作画:ゆめみつき) 2021年1月号 - 2022年4月号
真・ケモノ道(水沢充) 2003年10月号 - 2011年4月号
新撰組異聞PEACE MAKER(黒乃奈々絵) 1999年5月号 - 2001年9月号 → 『月刊コミックブレイド』に移籍
新体操舞技 -TUMBLING BOYS-(宍戸道子) 2006年9月号 - 2006年12月号
人類滅亡直前なのにニート勇者が働かない(原作:槻影、作画:カネツキマサト)2021年7月号 - 2023年1月号
スカイブルー(小林大樹) 2010年7月号 - 2012年3月号
SCRAMBLE!(柴田亜美) 2009年7月号 - 2011年3月号
助太刀09(岸本聖史) 2014年11月号 - 2016年8月号
スサノオ(増田晴彦) 2000年11月号 - 2001年8月号
すすめ!!ダイナマン(池田匠) 1995年5月号 - 1998年No.5/6
スターオーシャン そして時の彼方へ(かぢばあたる) 1998年4月号 - 1998年10月号
スターオーシャン セカンドストーリー(東まゆみ) 1998年11月号 - 2001年10月号
だが、当時の『ぱふ』編集長・猪飼幹太はゲームに頼りすぎず、漫画の魅力を追求したから成功したとしている。
エニックスは『月刊少年ガンガン』に続いて、1995年の月2回刊化までに『フレッシュガンガン』(後の『月刊ガンガンWING』)、『ガンガンファンタジー』(後に『月刊Gファンタジー』に改名)、『月刊少年ギャグ王』といった兄弟誌を創刊していく。漫画雑誌によって出版部門は会社の安定収入基盤となり、『ドラゴンクエストシリーズ』未発売期における業績下支えとなった。またこの頃は『南国少年パプワくん』・『魔法陣グルグル』・『ハーメルンのバイオリン弾き』といった人気作品が、エニックスよりゲーム化されている。1995年から売り上げを伸ばすことと単行本数を増やすことを目的として、隔週発行となる。社長の福嶋康博は隔週化により出版部門の売上高20パーセント程増加すると見込んでいた。
大正格闘浪漫 疾風の天(松葉博) 1998年No.5/6 - 1999年2月号
Doubt(外海良基) 2007年8月号 - 2009年3月号
タケピロのハッスル列島(サイレン☆ボラ夫) 2002年6月号 - 2004年3月号
タケルの誓い(原作:高橋三千綱、作画:のだしげる) 1991年4月号 - 1992年1月号
たとえばラストダンジョン前の村の少年が序盤の街の食堂で働く日常物語(原作:サトウとシオ、作画:草中、キャラクター原案:和狸ナオ) 2020年2月号 - 2022年3月号
旅とごはんと終末世界(文ノ梛) 2018年1月号読切、7月号 - 2020年1月号
ダンジョンセイバー(おおつきべるの) 2000年5月号 - 2000年8月号
短短(極山裕) 1998年4月号 - 1999年1月号
ちちとこ(うち子) 2013年5月号 - 2018年4月号、『ガンガンONLINE』と並行連載
CHŌKOビースト!!(浅野りん) 1995年7月号 - 1997年No.12
TWIN SIGNAL(大清水さち) 1992年12月号 - 2000年5月号
天賀井さんは案外ふつう(原作:城平京、作画:水野英多) 2015年9月号 - 2017年5月号
天空忍伝バトルボイジャー(原作:史村翔、作画:結賀さとる) 1995年9月号 - 1997年No.