抗日戦争戦区
天水行営 第1、第2、第5、第8、第10の各戦区及び魯蘇戦区、冀察戦区を統轄
1939年2月、重慶行営を廃止し、成都及び西昌にそれぞれ成都行轅(中国語版)と西昌行轅を設立した。
10月、第6戦区を復活設置し、陳誠を司令長官とした。
12月、昆明行営を増設。
1940年4月、桂林行営、天水行営を廃止。
5月15日、第10戦区を廃止。
1945年1月、軍事委員会は再度戦区及び戦闘序列の調整をし、第4戦区、魯蘇戦区を廃止し、第10戦区(1945年10月に衢州綏靖公署に改正され、1949年1月18日には福州綏靖公署に改正された)を復活設置し、漢中行営(すぐ後に華北剿匪総司令部となった)、贛州行轅を増設した。
日中戦争(抗日戦争)勝利前後に、重慶国民政府は軍事上の一連の緊急措置をとった。その主要なものは日本軍占領地区の接収を中国共産党と対抗するための準備であった。
1945年6月26日、第11戦区(後に保定綏靖公署)、第12戦区(後に張垣綏靖公署)を増設し、それぞれ孫連仲、傅作義を司令長官とし、華北の接収準備とした。
8月15日、日本は無条件降伏した。9月9日、蔣介石は中国駐屯日本軍128万余人の投降を接収するため戦区の中国国民党所属部隊を15個受降区に分割した。その中で、第11戦区は平津及び冀魯の接収に、第12戦区は熱河、綏遠及び察哈爾の接収にあたった。軍事委員会は1945年9月に北平行営(後に華北剿匪総司令部)、東北行営(後に東北剿匪総司令部)を設立した。10月には、昆明行営を廃止した。12月には、武漢行営(後に華中剿匪総司令部)を設置した。1946年3月には、西北行営(後に西北軍政長官公署)を設立した。4月には、成都行轅を廃止し、重慶行営に改め設置した。