正伝寺
本堂(方丈) - 入母屋造、こけら葺き。安土桃山時代。もともとは伏見城に本丸御殿の御成殿として建てられたものだが、後に南禅寺塔頭金地院に小方丈として移築された。その建物が承応2年(1653年)に再び移築されて当寺の本堂とされた。障壁画(重要文化財)は作風等から狩野山楽一派の筆と推定されている。廊下の天井は「血天井」と称され、伏見城の戦いで伏見城が落城する際に自刃した鳥居元忠らの血痕が残った廊下の板を用いたものという。
庭園「獅子の児渡しの庭」(京都市指定名勝) - 本堂前にある枯山水庭園は小堀遠州の作と伝えられている。白壁越しに比叡山を望む借景式庭園であり、岩を用いず白砂とサツキの刈込みのみで構成されている。昭和時代に重森三玲によって整備されている。
庫裏
鐘楼