河口荘
室町時代においても、河口荘は大乗院門跡の経済的基盤であった。例えば、門跡であった尋尊などは、興福寺や春日社の祭礼時に門主負担の費用が生じた場合、河口荘へ段銭を賦課し調達している。ただし、15世紀には河口荘に対する大乗院の直接支配は縮小しており、大乗院の直務支配は十郷のうち兵庫郷のみに行われていた。その他の諸郷は、現地代官である職人と呼ばれた政所・公文職が支配しており、室町幕府の有力者や在地の武士、斯波氏被官の甲斐氏などが興福寺への年貢納入などを請け負っていた。
さらに15世紀中ごろに入ると、越前国の守護斯波氏の内紛に関わる守護代甲斐氏と有力国人堀江氏による紛争、加えて守護斯波氏と守護代甲斐氏の争いにより越前国の大乗院領は荒廃、関郷と王見郷は甲斐氏が押領し、その他は職人が没落し無主になるなど、それまでの支配体制が崩壊する。この内紛により、大乗院による河口荘の荘園支配は、有力守護被官らにより占有される状態となった。
長禄3年(1459年)8月に甲斐常治が没した後は、朝倉氏が越前国で影響力を持った。そのため、寛正2年(1461年)に大乗院尋尊は現地の百姓や興福寺内の反対を押し切り、朝倉孝景に河口荘の段銭徴収を請け負わせた。その後、朝倉氏の越前支配が進展するにつれて、大乗院は河口荘の支配(具体的には年貢の納入)を朝倉氏へ依存していくこととなる。
その他に、大乗院は幕府の有力者(大館教氏や熊谷持直)による代官請も行っていた。しかし、彼らは大乗院へ年貢や公事を納めることができず失敗に終わっている。その背景にも、守護勢力による所領の押領があった。
また、長禄4年(1460年)から寛正2年までの飢饉では、河口荘内で餓死者が九千二百六十八人、逐電者が七百五十七人になったと記録されている。