ミドリムシ
ミドリムシは、ユーグレノゾア門(Euglenzoa)にユーグレナは属しているとされる。植物学ではユーグレナ藻綱、動物学では原生動物門 鞭毛虫綱 の植物鞭毛虫などとして扱われた。しかし、ミドリムシと他の植物との間には葉緑体の存在以外に類似点がほとんどない。一方でキネトプラスト類に近く、共通点として特徴的なうちわ型のミトコンドリアクリステや、鞭毛軸糸に沿ったパラキシアルロッド、細胞前端の陥入部から生じる鞭毛、3種類の微小管性鞭毛根とその性質・配行,核分裂様式などがある。また、キネトプラスト類に似た構造の捕食装置が退化した形で見つかっている。独立栄養性ユーグレナとキネトプラスト類の間をつなぐ存在として、葉緑体をもたない、従属栄養性のユーグレナ種(Peranema、Petalomonas、 Entosiphonなど)がある。このことから、ユーグレナ類とキネトプラスト類を併せた新たな分類群としてユーグレノゾア門(Euglenzoa)が提唱され、ユーグレナはユーグレノゾア門に属しているとされる。
ミドリムシを含むユーグレナ類 Euglenida は、系統的にはアフリカ睡眠病の病原体であるトリパノソーマを含むキネトプラスト類、ディプロネマ類 Diplonemea、Symbiontida と姉妹群であり、近年ではこれらをまとめたユーグレノゾアとしてエクスカバータの内部に含める。