アフリカ睡眠病
ガンビアトリパノソーマに対してはエフロルニチン (eflornithine) 50 mg/kg 静注6時間おきに14日間を用いる。オルニチン脱炭酸酵素の阻害剤であるエフロルニチンは、ガンビアトリパノソーマにしか効かないが、メラルソプロールよりも副作用が少なく、第一選択薬となり得る。またエフロルニチンとニフルチモックスを併用すればエフロルニチン単剤よりも安全・簡単で効果的であるという結果がある。
エフロルニチンが効果ない場合およびローデシアトリパノソーマに対しては、メラルソプロール・ニフルチモックス併用療法(1日目メラルソプロール 0.6 mg/kg 静注・2日目おなじく1.2 mg/kg 静注・以後10日目まで1日おきに1.2 mg/kg 静注およびニフルチモックス (nifurtimox) 7.5 mg/kg 経口投与)を行う。メラルソプロールは3価の砒素を含む有機砒素化合物で、投与された患者の3 - 10%が副作用により砒素性脳症(痙攣・進行性昏睡・精神病性応答)を起こし、その10 - 70%が死亡するため注意が必要。またメラルソプロールへの耐性が拡大している。
その結果1970年代後半から再び患者数が増え始め、この流行は現在まで継続している。なお1990年代後半から組織的なスクリーニングが再開され、症例数は1998年をピークに減少に転じている。
エフロールニチンは1999年に製造者であるアベンティスが製造中止にしてしまった。しかし2001年、国境なき医師団と世界保健機関 (WHO) との協力のもと、アベンティスが製造・寄贈する契約が成立した。
2001年アフリカ統一機構(現アフリカ連合)がPan African Tsetse and Trypanosomiasis Eradication Campaign (PATTEC; 汎アフリカ・ツェツェバエ・トリパノソーマ症撲滅キャンペーン)を立ち上げた。これは誘引トラップや超微量殺虫剤散布などによりツェツェバエの生息数を減らした上で、不妊虫放飼により特定種のツェツェバエの絶滅を目指すものである。不妊虫放飼は1997年ザンジバルでのツェツェバエそしてトリパノソーマ症の撲滅に用いられ成功した方法である。しかしザンジバルでは1651平方キロメートルの隔離された島でただ1種を絶滅させたに過ぎず、サハラ以南全域という広大な連続した土地で少なくとも7種を絶滅させようというPATTECの計画は野心的である。過去の類似の撲滅キャンペーンがツェツェバエの生息地域を分断できずに失敗したことから、PATTECに懐疑的な研究者も多い。また関係国の多くは最貧国であり、必要となる莫大なコストをどうするのかも問題である。