認可法人
農業共済基金 - 2000年(平成12年)4月1日に農林漁業信用基金と統合。
農林漁業信用基金 - 2003年(平成15年)10月1日に同名の独立行政法人に改組。 野菜供給安定基金 - 2003年(平成15年)10月1日に農畜産業振興事業団と統合し、独立行政法人農畜産業振興機構に改組。 海洋水産資源開発センター - 2003年(平成15年)10月1日に独立行政法人水産総合研究センターに統合。 生物系特定産業技術研究推進機構 - 2003年(平成15年)10月1日に独立行政法人農業技術研究機構と統合し、独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構に改組。