西武バス上石神井営業所
吉63は青梅街道を、吉66は新青梅街道・かえで通りを走行し、吉祥寺駅及び保谷駅での乗り場も異なっている。
移管当初は乗車整理券方式・後のり後払い式であったが、1996年に前乗り信用方式による区間制に移行した。
2006年10月1日、保谷駅南口再開発事業に伴い、同駅停留所はかえで通り上に変更され、天神山まで延伸された。この際に天01が新設されたが、実際の運行設定はなかった。そして2012年3月4日の保谷駅南口再開発事業の完成で駅前ロータリーが新設された際、東伏見 - 保谷間を天神山経由によって最短経路で結ぶ吉66と、同区間を経由する出入庫路線が新設。天01が保01に系統番号変更を行った上、定期運行を開始。吉65(吉祥寺駅 - 武蔵関駅入口 - 保谷庁舎 - 保谷駅)が廃止され、吉63は保谷駅 - 天神山間を短縮した。吉66は保谷線で唯一、往復ともサンロード入口を経由する。
田41:田無駅 - 田無町三丁目 - 平松 - 保谷小学校 - 保谷庁舎 - 保谷駅南口 - 天神山
境保谷線は、田無営業所時代に出入庫を兼ねて運転されていた。上石神井移管後は並行する境02(武蔵境駅 - 田無駅 - 保谷駅)での全便運行となり、田41は一度廃止されている。その後、西東京市が誕生すると市役所田無庁舎と保谷庁舎の連絡路線として、近隣住民からバス路線復活(増発)の要望が高く寄せられ、2002年に田41が平日のみ運行を再開した。2006年10月1日の境02廃止に伴い、土休日の運行を再開している。
鷹21:三鷹駅 - 武蔵野営業所 - 第五小学校 - 武蔵野北高校 - 東伏見稲荷神社 - 保谷中学校 - 保谷庁舎 - 保谷駅南口 - 天神山(関東バス武蔵野営業所と共同運行)
田無営業所から移管された。移管当初は乗車整理券・後乗り後払い方式であったが、以前から信用方式であった関東バスと同じ利用方法となった。西武バス主導のため、他の関東バス路線が通過する「稲荷神社前」停留所にも停車する(2017年2月15日以降は三鷹駅方向のみ他の関東バス路線も停車する)。2006年10月1日、天神山まで延伸された。
2013年7月1日に、東伏見稲荷神社 - 保谷庁舎間が伏見通りを経由したルートに変更になった。従来、保谷線の吉63系統と東伏見稲荷神社 - 柳沢駅通り - 保谷駅間を並走していた(吉63系統は従来通り)。