歴史地理学
京都帝国大学地理学教室における初期の研究は、集落形態起源論をはじめとする景観復原的研究が中心となった。特に、小牧実繁がドイツ地理学の影響を受けて1933年に提唱した「時の断面」説は、その後の日本の歴史地理学の方向性を決定づけることとなった。小牧はその後地政学に傾倒したが、門下の米倉二郎や藤岡謙二郎などが「時の断面」説を継承した。米倉は小川や小牧の影響を受けつつ研究を進め、綿密な文献的考証と実地踏査によって条里制研究の画期を成した。藤岡は「時の断面」説を発展させて「景観変遷史法」を提唱した。これは、研究対象をより「厚みのある」時間断面に定めることで、豊富な情報を記述に取り込もうとする方法である。藤岡は歴史地理学に関する総説や一般書を多く執筆・編纂したほか、1966年には研究者以外も対象とした野外歴史地理学研究会を創設し、歴史地理学の普及に務めた。
近年においては、金田章裕が「景観史」の立場を唱えている。これは、景観を構成する個々の景観要素が時代ごとにどのような状況にあったのかを考察し、その機能や役割、時代的文脈、他の景観要素との関連を見ることで、景観全体が意味するところを探る見かたである。
明治中期に在野の郷土史研究と結び付いて発展した日本歴史地理研究会系に対し、その後のアカデミズムの中心となったのは京都帝国大学系の歴史地理学だった。この系譜の源流を作ったのは小川琢治である。小川は東京帝国大学理科大学地質学科を卒業したのち、1908年に京都帝国大学史学科(現:京都大学文学部)に地理学教室を開いた。これは第一高等学校時代に小川の同級生であった内田銀蔵の考えによるとされる。これは日本において初めて設置された地理学教室であった。
小川は大学時代の専攻であった地質学のほか、畿内垣内集落や孤立荘宅(散村)の研究を進めた。小川は砺波平野の散村に着目し歴史学者の牧野信之助の間でその成立過程をめぐる論争を交わした。小川は砺波の散村の起源を、東大寺荘園開発の時代にまで遡ると考えたが、牧野は加賀藩の新田開発政策によって開発されたものと見た。現在では、近世以降の開拓によるものとの見解が一般的となっている。
また、初代助教授であった石橋五郎は、「唐宋時代の支那沿海貿易並貿易港に就て」と題する卒業論文を提出して東京帝国大学史学科を卒業していた。石橋はその後も『歴史地理』に歴史地理的研究を発表していたが、明治40年代以降は過去よりも現在に重点を置いた研究を進めた。