仏教徒危機
1963年11月1日、仏教徒危機の6ヶ月後に、ベトナム共和国陸軍の将軍達が軍事クーデターを実行し、ジエム兄弟を殺害(英語版)した。
事件の後、ケネディは事実調査を開始した。主な内容は、南ベトナムが行っていた戦争の進行状況と解放戦線の暴動に対するアメリカ人の軍事顧問を調査する事であった。この任務はヴィクター・H・クルラック(英語版)とジョセフ・メンデンホール(英語版)が行った。メンデンホールはベトナムでの経験を持つ外交局(英語版)の上級職員であり、クルラックはアメリカ海兵隊の少将だった。この調査は4日間続いた。
アメリカ国家安全保障会議への調査結果の報告で、メンデンホールは軍事上の失敗や世間の不満といった悲観的な報告を行ったが、クルラックは極端に楽観的な報告を行った。クルラックは解放戦線と戦う中で発生している不満を無視した。彼は戦場でのベトナム人兵士の活動は、ジエム政権に対する不満に左右されなかったと述べた。メンデンホールは都市で生活するベトナム人の感情に注目し、ジエム政権が宗教的な内戦の可能性を高めたと結論付けた。彼はベトコン支配下の方が生活が良くなると市民が信じつつあったと述べた。
これらの報告を受けて、ジョン・F・ケネディ大統領が2人に質問した事が広く知られている。
ジエム政権の転覆、或いはヌーとその妻の影響力を排除するといった、南ベトナムに対する様々な行動が議論された。ヌー夫妻の存在が南ベトナムでの政治的問題の最たる原因だと見られていた。
クルラックとメンデンホールが南ベトナムまで出張して調査したにもかかわらず結論は出ず、その後の任務が待たれることとなった。
1400人以上の仏教徒が逮捕された。殺害された人や、行方不明になった人の数は数百人と見積もられた。軍は仏教寺院の主要な祭壇を破壊し、焼身自殺したティック・クアン・ドックの遺体の心臓を没収した。仏教徒は彼の遺骨の残りを持って避難所に退避した。2人の僧侶がアメリカの敷地に入り、そこで彼らは亡命者としての保護を受けた。80歳の仏教指導者ティック・ティン・キェットは拘束され、サイゴン郊外の軍事病院に拘束された。ベトナム共和国陸軍第3兵団司令官のトン・ダット・ディンは全てのサイゴンへの商業飛行を中止させて検閲を行い、サイゴンの軍事的掌握を発表した。
アメリカ合衆国政府は仏教徒襲撃の背景を調査し、彼らはジエム政権の敵であると認識した。アメリカは公式には南ベトナム政府を支持すると表明したが、この攻撃でジエム政権に対する信用が低下することになった。アメリカ国務省は襲撃事件が南ベトナムとの「和解の方針」に対する重大な違反であると表明した。
8月24日に、ケネディ政権はアメリカの方針転換を伝える電報243号をサイゴンのアメリカ大使館に送った。このメッセージは、ジエムがアメリカのベトナム政策に注意を向けない場合、彼らを権力から排除し別の指導者を探すよう助言するものであった。ジエムが強硬派のヌー夫妻を遠ざける可能性が極めて低いと見られたため、このメッセージはクーデターの発生を示唆するものであった。ボイス・オブ・アメリカも、事件や軍の責任を回避した事に対し、ヌーを非難する内容を放送した。