中国攻め
この年、秀吉は毛利氏の前線基地としての機能を担っていた淡路の平定にも乗り出している。11月中旬、秀吉は自ら池田元助と共に淡路に渡って、安宅清康を由良城の戦い(兵庫県洲本市)で破り、つづいて11月15日の岩屋城の戦い(兵庫県淡路市)に勝利して、最終的に淡路の制圧に成功し、播磨灘の制海権をにぎった。岩屋城を生駒親正にあたえ、淡路国全体の支配は仙石秀久に委ねた。なお、安宅清康の服属により、安宅氏の勢力圏内であった小豆島も信長政権に帰属することとなった。
この年はまた、但馬で国人一揆がおこっているが秀吉は配下の藤堂高虎を派遣して但馬一揆を平定している。領国経営の面では、秀吉は播磨国内に城割命令を発してかつての守護家の居城であった置塩城を廃城とした。破却された置塩城の建物や部材、石垣は自身の本拠地である姫路城に運び込まれた。
なお、前年からこの年にかけて、毛利氏と宇喜多氏の戦いが備前・備中・美作の各地で繰り広げられていた。そのうち最大の戦いとなったのは8月の八浜合戦(岡山県玉野市)である。この年(天正9年)2月に直家が病没し、1年間死が伏せられた中での戦闘であったが毛利主力は備前児島に兵を進め、麦医山(玉野市大崎)に拠る穂井田元清(輝元の叔父)に援軍を送って激しい戦いとなったが、村上水軍を動員した毛利氏によって宇喜多勢は総崩れとなって退却した。
本能寺の変によって、中国攻めは中断され、中国地方の平定は賤ヶ岳の戦いののちの羽柴・毛利間の同盟成立にまで持ち越されることとなった。この同盟は、毛利輝元が羽柴秀吉に服属するかたちをとり、以後、毛利氏は秀吉政権下における西国屈指の大名として秀吉政権を支える存在となった。
中国攻めにおいて秀吉は、「三木の旱(ひ)殺し」、「鳥取城の渇(かつえ)殺し」、「高松城の水攻め」など、攻城戦の名手として、その才覚をいかんなく発揮した。主君信長も「侍ほどの者は筑前にあやかりたく存ずべし」と評するほどであった。
鳥取城攻囲戦において秀吉は、若狭の商人らに命じて若狭や山陰地方の米を時価の倍近い高価格で買い占め、やがて鳥取城内に備蓄された米さえ買い上げている。こうした大規模な経済的措置を講じたうえで、鳥取城には兵のみならず邑美郡・法美郡一帯の男女も立てこもるよう仕向けた。ここには一種の近代的な経済戦の要素さえみてとれる。
高松城の水攻めは、「空前絶後」の「奇策」であり、秀吉の特異な戦法として世に知られる。秀吉は無益な人的損耗を避けるため、綿密な地勢研究の結果にもとづいてこれを決意し、人民に経済的報酬をあたえることによって、全長4km弱におよぶ堤防をわずか12日間で築成し、かけつけた毛利勢の主力からの援助を不可能にしている。