全日本柔道連盟
6月21日には第三者委員会が最終報告書を公表し、おおむね中間報告の通りであるが、最終的に2007年から指導者27名が3620万円の助成金の不正受給に関わり、目的外使用の留保金が3345万円になったことを認定した。
また、「最も重い責任を負う」者は、これら問題に全面的に関わっており、当時の強化委員長だった吉村和郎であることが認定されるとともに、強化委員長時代からこのシステムに関与しながら是正する姿勢を示さなかった、元強化委員長で全柔連会長の上村春樹の責任も明記された。上村はこれを受けて、2013年内での全柔連会長職退任を発表した。
このほか最終報告書では、同委員会の中間報告後、全柔連が同委員会に「要望書」を送り、先の中間報告を前提に、同委員会が柔道の実態を踏まえない調査を行なっている、全柔連が組織として遵法精神がなくコンプライアンス意識に欠けると断ずるのは言いすぎだなどと主張していた事実を明らかにした上で、中間報告に対する「根拠ある反論」ならともかく、これを「単に理由なく否定」するだけのもので、論評に値しないとした。また、全柔連は第三者委員会に弁護人としての役割を期待して調査を依頼したのに、糾弾ばかりで弁護の要素が見られないとの意見については、第三者委員会は全柔連の弁護人または代理人ではなく、全柔連は第三者委員会の性格についての基本的な認識すら欠けるとした。
全国47の都道府県の統括団体に、全国団体である全日本学生柔道連盟(学柔連)、全日本実業柔道連盟を下部組織として加えて加盟団体とし、さらに、全国高等学校体育連盟柔道専門部、日本中学校体育連盟柔道競技部を構成団体として組織されている。
日本武道協議会、日本スポーツ協会、日本オリンピック委員会、国際柔道連盟に加盟。
運営は理事会のもとに、総務、大会事業、広報、教育普及、審判、強化、国際、医科学、アスリート、コンプライアンス、指導者養成、重大事故総合対策の12の専門委員会がおかれる。
また、形、総合国際対策、柔道MINDプロジェクト、視柔連連携、女子柔道振興の特別委員会がおかれている。
アンチ・ドーピング委員会は特別委員会の位置づけで独立して活動している。
講道館本館(講道館国際柔道センター)5階に事務局を置く。
柔道関係者について内規でプロ格闘技(プロレス、プライド、K-1等)とプロ選手又はプロコーチとして契約することを禁止している。そのため、全日本柔道連盟の柔道関係者がプロ格闘技の道に進む場合は全日本柔道連盟を脱退することになり、全日本柔道連盟が絡む柔道とプロ格闘技の掛け持ちは認められていない。またプロ格闘技の競技者の場合はプロ活動停止から3年間は全日本柔道連盟への登録禁止が科されている。