JR線
国鉄・JRの特定地方交通線、並行在来線等を転換した第三セクター鉄道は、国鉄線・JR線としては廃止されたものであり、接続するJR線から乗入れ列車があったとしても、当然JR線ではない。 同じ区間でJR貨物が第二種鉄道事業者として営業していてもJR線として見なされない。
東京モノレール、JRバスのようにJR会社の子会社の運営である場合や、JR会社の第一種鉄道事業路線や第三種鉄道事業路線であっても他の事業者が第二種鉄道事業者として運営している場合は、一般にJR線とは認識されず、運賃の通算も行われない。第一種鉄道事業の例としては東海交通事業城北線、嵯峨野観光鉄道嵯峨野観光線、第三種鉄道事業の例としてはのと鉄道七尾線の和倉温泉駅以北がある。
また、第一種鉄道事業者のJR線と線路を共有して、他の鉄道事業者が第二種鉄道事業者として営業している場合もある(のと鉄道七尾線の和倉温泉駅以南、嵯峨野観光鉄道嵯峨野観光線、井原鉄道井原線)。この場合、同じ線路を走行するが、運賃は別立てである。
対して、JR同様都心部に多くの路線や乗換駅を抱える東京地下鉄(東京メトロ)も、1つ1つに対し「○○線」と路線名で案内されることが多く、「東京メトロ線」という一括案内はなされない。
また、新幹線もJRの路線ではあるが、「JR線」という表現は専ら在来線の意味で用いられる。たとえば東京メトロ東西線大手町駅、東京メトロ丸ノ内線東京駅などの構内の乗換案内では「新幹線・JR線」などと表記していて、「新幹線」と「JR線」は切り離し、区別している。しかし、東京メトロから新幹線の乗り換えは車内放送や車内案内表示装置などでは案内されない。
かつて大阪市営地下鉄(現・大阪市高速電気軌道(Osaka Metro))での乗り継ぎアナウンスは、梅田駅(大阪駅)では「国鉄線(JR線)〜」、天王寺駅では「環状線、関西線、阪和線〜」、新大阪駅では「国鉄新幹線」とアナウンスされていた。これは明治期の官設鉄道時代からの国鉄線であった東海道本線を国鉄 (JR) とあらわし、私鉄から買収されて国鉄線になった路線が多い他の線を線名で表す例の多い証拠である。現在はどの駅でも「JR線」になっている。