国家保安人民委員部
1941年2月3日、ソ連最高会議幹部により、NKVDとNKGBの分離に関する命令が採択された。国家保安人民委員にはメルクーロフが任命された。この際、NKVD国家保安総局の特別課(後のスメルシ)は、国防人民委員部第3局、海軍人民委員部第3課、NKVD第3課に改編された。
1941年7月20日、ソ連最高会議幹部会令により、NKVDとNKGBが統合された。メルクーロフは第一副内務人民委員となった。
1943年4月14日、ソ連最高会議幹部会により、NKVDとNKGBが再び分離された。国家保安人民委員にはメルクーロフが再任された。
1946年3月19日、ソ連閣僚会議設置に基づき、NKGBは国家保安省となった。国家保安相にはメルクーロフが任命された。