黒死病
2011年後半、ボスらは同じイーストスミスフィールド墓地で採集したペスト菌の最初のゲノム概要をネイチャー紙で報告し、黒死病を引き起こした菌株がペスト菌の最も現代的な菌株の祖先であることを示した。
以降の追加ゲノム論文では、さらに黒死病の原因となったペスト菌株がペスト第3のパンデミックを含む後年のペスト流行感染の祖先にあたり、かつペスト第1のパンデミックを引き起こした菌株の子孫である、との系統発生学的な位置づけを確認した。加えて、先史時代のかなり昔のものからもペスト遺伝子が回収された。
14世紀ロンドンからの人骨25体から採取されたDNAは、ペストが2013年にマダガスカルを襲ったのとほぼ同じペスト菌株であることを示している。
黒死病は、当時の中東、アフリカ、ヨーロッパの人口の約半分を一掃し、生存者のDNAは犠牲者のDNAと異なるという証拠がある。
細菌の遺伝的変異を分析したマーク・アヒトマン率いる医科遺伝学者チームによると、ペスト菌は「中国国内かその付近で進化」を遂げ、それが複数の流行感染で世界中に蔓延したという。ガリーナ・エロシェンコ率いるチームによる後年の研究は、キルギスタンと中国の国境にある天山山脈に起源を置いている。
キルギスタンのイシク・クル湖近郊にある1338-1339年頃の墓には疫病に言及する碑文があり、一部の歴史家や疫学者はこれを流行感染の発生を記したものだと考えている。他の識者は中国起源を優勢と見ている。この学説によると、病気はモンゴル帝国の軍隊や貿易商とともにシルクロードを通ってきたか、船を経由して到達した可能性がある。1347年に黒死病がコンスタンティノープルに到達する前の15年間で、流行感染によりアジア全域で推定2,500万人が死亡したとする説もある。
ただしインドと中国の中世史研究では、14世紀デリー・スルターン朝に深刻な流行感染の証拠がなく、14世紀元王朝にもペストの具体的な証拠が出ておらず、これらの地域に黒死病が到達していない可能性が示唆されている。オーレ・ベネディクトーは、最初の黒死病の明確な報告がカッファから来ているため、黒死病はカスピ海北西岸近郊のペスト病巣から始まった可能性が最も高いと主張している。
17世紀のスペインではペストの極端な発現により125万人以上の死者が出た。
黒死病はイスラム世界の大部分を荒廃させた 。ペストは1500年から1850年にかけて事実上毎年、少なくともイスラム世界のどこかに存在していた。ペストは北アフリカの都市を繰り返し襲った。 アルジェでは1620-21年に3万-5万人の住民を失い、1654-57,1665,1691,1740-42年に再び住民を失った。カイロは、最初のペスト流行感染から150年で50回以上の流行感染に見舞われ、1840年代に二度目のパンデミックによる最後の感染爆発があった。ペストは、1850年頃までオスマン帝国社会の大事件であり続けた。1701年から1750年にかけて、コンスタンティノープルでは大小37例の流行感染が記録され、1751年から1800年の間にさらに31例が記録された。バグダッドはペスト到来によって深刻な被害を受け、人口の2/3が死亡した時もあった。