コミックボンボン
1994年12月号 - 1998年4月号:『プラモウォーズ』:今木商事
1995年1月号 - 2月号:『ロックマンを作った男たち ロックマン誕生伝説』:有賀ヒトシ
1995年1月号 - 8月号:『SUPER DONKEY KONG with マリオ』:本山一城
1995年2月号 - 5月号:『痛快ロボット活劇 バトルスキッパー』:立石良雄、土信田和幸
1995年2月号 - 1996年1月号:『新SDガンダム外伝 黄金神話』:ほしの竜一
1995年2月号 - 1996年4月号:『がんばれ!ドモンくん』:ときた洸一
1995年3月号 - 1996年8月号:『ロックマン7』:池原しげと
1995年4月号 - 12月号:『運の王様』:水谷謙之介
1995年4月号 - 1998年5月号:『王ドロボウJING』:熊倉裕一
1995年5月号 - 1996年2月号:『新武者ガンダム 超機動大将軍』:神田正宏
1995年5月号 - 1996年4月号:『新機動戦記ガンダムW』:ときた洸一
1995年5月号 - 1996年5月号:『ストリートファイターII V烈伝』:馬場康誌(当時は「馬場康士」名義)
1995年5月号 - 1998年3月号:『へろへろくん』:かみやたかひろ
1995年6月号 - 12月号:『ミュータントタートルズ95』:緒方信
1995年6月号 - 1996年1月号:『餓狼伝説3』:細井雄二
1995年9月号 - 1996年6月号:『スーパーマリオ ヨッシーアイランド』:本山一城
1995年9月号 - 1998年3月号:『みなさ〜ん!
コロコロでのポケモンのタイアップ開始以降本誌も負けじとタイアップ路線を取り、『ビーストウォーズ 超生命体トランスフォーマー』『メダロット』『ロボットポンコッツ』『クラッシュギア』『大貝獣物語 THE MIRACLE OF THE ZONE』『真・女神転生デビルチルドレン』など一定の成功を収めたものもあるが、多くは惨敗に近い結果に終わった。『デラックスボンボン』などの増刊も、1990年代後半頃には全て廃刊した。
1990年代後半には、『王ドロボウJING』『おきらく忍伝ハンゾー』『ロックマンX』など、本来の読者層だけでなく高年齢層にも支持が高かった漫画が連載されていたが、編集長の交代(米田浩二郎→池田新八郎の復帰)によって、『JING』が『月刊マガジンZ』へ移籍し、それ以外は全て打ち切られた。
池田は当時のこうした連載作品の入れ替えについて「雑誌そのものや本来の読者層に影響を与えかねないマニアックな要素を削るために取った方針」と話している。
また、一説では人気がなくなったのではなく、作者を冷遇したことで離反を招いたとも言われている。しかし、上記のように成功したタイアップ漫画などもあり、『メダロット』『真・女神転生デビルチルドレン』『サイボーグクロちゃん』が流行っていた2000年前後こそが黄金期とする意見もある。