増上寺
その後、隆誉珠阿・天誉了聞・僧誉智雲・親誉周仰・杲誉天啓・道誉貞把が増上寺を継いでいる。彼らは太田氏やその主筋の上杉氏に近く、親誉周仰は世田谷の吉良氏出身であることが知られている。
永禄6年(1563年)、後北条氏の重臣・大道寺政繁の甥で杲誉天啓の門下にあった感誉存貞が10世に就任する。存貞は後北条氏との関係を強める一方で増上寺の再建と綱紀の粛正を図った。その後は、筑後国の中西氏(菊池氏の庶流)出身で、感誉存貞から大長寺を譲られるなど信頼の厚かった門弟の雲誉円也が11世に就任している。
通説では天正18年(1590年)、徳川家康が江戸入府の折、たまたま増上寺の前を通りかかり、12世源誉存応と対面したのが徳川家の菩提寺となるきっかけだったという。貝塚から、一時日比谷へ移った増上寺は、江戸城の拡張に伴い、慶長3年(1598年)、家康によって現在地の芝へ移された。風水学的には、寛永寺を江戸の鬼門である上野に配し、裏鬼門の芝の抑えに増上寺を移したものと考えられる。
また、徳川家の菩提寺であるとともに、檀林(学問所及び養成所)がおかれ、関東十八檀林の筆頭となった。なお、延宝8年(1680年)6月26日に行われた将軍徳川家綱の法要の際、奉行の一人で志摩国鳥羽藩主内藤忠勝が、同じ奉行の一人で丹後国宮津藩主永井尚長に斬りつけるという刃傷事件を起こしている(芝増上寺の刃傷事件)。なおテレビドラマ『水戸黄門・第17部』においては、この一件が水戸光圀の旅立ちのきっかけとして描かれている(光圀の諸国漫遊はフィクション)。
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※ 59世と60世、71世と73世、76世と78世は同一人物。