縄文犬
イヌの祖先種であるオオカミはユーラシア大陸・北アメリカに分布しており、1984年にはティム・グラットン=ブロック(英語版)により複数のオオカミ亜種から多元的にイヌが誕生したとする仮説が提唱された。さらに1997年にはカルレス・ヴィラ(Carles Vila)らが、現世のイヌとオオカミのミトコンドリアDNAのハプロタイプを系統解析し、同じくイヌが多元的に家畜化されたと発表した。
かつては、考古学的なイヌの資料は中近東において多く出土していることから、イヌは中近東でアラビアオオカミ(英語版)やインドオオカミ(英語版)から家畜化されたとも考えられていた。しかし現在では遺伝学的見地から約1万5,000年前の後期旧石器時代に東アジア地域でオオカミが家畜化され、具体的にはチュウゴクオオカミ(英語版)が東アジアにおけるイヌの家畜化に深く関与していた可能性が考えられている。ただし、これを補強する考古学的発見は十分でないことも指摘される。
日本列島では縄文時代にイヌの骨が出現する。日本列島におけるイヌの起源は不明であるが、西本豊弘は、縄文犬が後述する額段(ストップ)の少ない形態的特徴から南方の東南アジアを起源とし、南方系の縄文人に連れられて日本列島に導入されたとしている。ただし、西本は同時に中国内蒙古の仰韶文化期の石虎山遺跡や興隆溝遺跡から、縄文犬と共通する額段の少なさを持つイヌが出土していることも指摘している。
縄文時代の犬は総合研究大学院大学データーベースによれば2007年時点で397遺跡から出土している。関東地方が最も多く、全国から出土している。