菅義偉内閣
2021年1月23日、モデルナ、アストラゼネカ、ファイザーの3社と供給を受ける契約を結び4月23日に菅は記者会見で「7月末を念頭に各自治体が(高齢者への)2回の接種を終えることができるよう政府を挙げて取り組む」と述べた。
2021年4月27日、菅は東京都と大阪府に自衛隊が運営する1日1万人規模の接種が可能な大規模会場を設置するよう指示した。期間は5月24日から3カ月の方針。場所は東京都は大手町合同庁舎、大阪府は大阪府立国際会議場(大阪市中之島)に決まり、東京・大阪とも5月24日から開設された。
2021年6月1日、政府は接種の加速化を図る目的で企業や大学などでの職域接種を6月21日から始めると発表し、東京・大阪の自衛隊による大規模会場と同じモデルナ製ワクチンを使用していたが、職域接種の申請が想定を上回るペースで行われたことで、使用されるモデルナ製ワクチンの供給が不足するに至った。職域接種に用いられるモデルナ製ワクチンの1日の配送可能量が上限に達しており、ワクチンが不足する可能性が出てきたため、6月30日に菅はワクチン接種などの進捗に関する関係閣僚会議で職域接種申請の新規申し込みを事実上中止することを表明した。
6月9日に行われた党首討論で、菅はワクチン接種について「10月から11月にかけて必要な国民には全て打ち終えることを実現したい」と表明した。また当初は1日100万回接種を行う体制を目標としていたが、実際は目標を大きく上回り、6月には1日110万回、7月には1日最大150万回の接種を行った。
2020年(令和2年)9月16日任命。