北条時氏
日吉二宮社の本所である延暦寺は時氏に三善の引渡を求め、六波羅探題は日吉二宮社に三善の従者殺害の下手人の引渡を求め、両者は対立した。これにより延暦寺の僧兵と六波羅探題の武士が衝突する騒ぎとなり、当時の延暦寺のトップである天台座主であった尊性法親王は、事態の収拾に責任が持てないとして辞任してしまった。泰時は事件に関わった三好為清と同僚1名の配流を朝廷に申し入れようとするが、時氏がこれに激しく抵抗したために、処分がようやく決定したのは6月になってからとなった。
翌寛喜2年(1230年)3月28日、六波羅探題在職中に病に倒れて鎌倉へ戻った。『六波羅守護次第』では、鎌倉へ下向中の宮路山(現在の愛知県豊川市)で発病したとされる。その一方で、『吾妻鏡』では4月に鎌倉入りしてから幾日も経たぬうちに病になったとし、『明月記』には著者の藤原定家が姉小路実世より、3月17日に時氏と会って28日に鎌倉に下向すると伝えられたこと、28日に時氏の下向を見たことを聞かされているが、病との記述はない。この年の『吾妻鏡』閏正月26日条に拠れば、滝口に人がいないという口実で泰時が有力御家人の子弟を上洛させており、これを、延暦寺と対立して朝廷の意向にも抵抗した時氏を六波羅探題から更迭するための泰時の布石であったと考える説もある。