細川政元
細川澄元(養子)
赤沢政経?(朝経の子)
秋庭元重(家臣)
安芸元親(土佐安芸氏当主)
安芸元泰(元親の子、国虎の父)
伊丹元扶(家臣)
上原元秀(家臣)
香西元長(家臣)
香川元景(家臣)
庄元資(家臣)
津野元勝(土佐津野氏当主)
津野元実(元勝またはその父・元藤の子とされる)
長塩元親(家臣)
薬師寺元一(家臣)
安富元家(家臣)
長宗我部元秀(兼序)(土佐長宗我部氏当主)
※注:前項「#主要な家臣」のうち、こちらの項目に掲載されていない「元」の字の付く者は、先代の細川勝元より「元」の字を受けた人物である。
また政元は周辺国の国人の細川被官化も推し進め、実質的な細川領国化による支配勢力強化を図った。
政元と将軍義澄は政治面で対立することが多々あった。文亀2年(1502年)8月4日、突如として義澄が金龍寺に引き籠るという事件が発生した。そして、義澄を説得しに行ったところ、御所に戻る交換条件として出された五つの条件のうちに前将軍義材の弟である実相院義忠を処刑せよ、というものがあり、翌5日に政元は義澄を見舞いに来た義忠をとらえて殺害した。これにより、義澄は政元によって自身が将軍を解任されて追放され、代わりに義忠が新たな将軍になるという可能性がなくなった為に大いに安堵する一方、政元は義忠の殺害によって次期将軍候補を失い、かつ前将軍義材派からは完全に敵視される状況となった。義澄を廃して新たな将軍を立てることも義材派と和解することも出来なくなった政元は、その政治的選択肢を大幅に狭めることとなった。