孔子学院
2006年 - 立命館孔子学院東京学堂
2006年 - 桜美林大学孔子学院高島学堂
2007年 - 神戸東洋医療学院孔子課堂
2007年 - 長野ラジオ孔子学堂
2008年 - 立命館孔子学院大阪学堂
2008年 - 福山銀河孔子学堂
2012年 - 早稲田大学高等学院孔子課堂
2014年 - 立命館孔子学院BKC学堂
2016年 - 仙台育英孔子課堂、新型コロナウイルス感染拡大状況と孔子学院本部の変革ため、2022年3月末閉校
また、有村治子は「『国際交流』という美名の下、自国の将来を担う世代の学び舎が、外国政府に事実上、直結する機関の工作に浸透されることへの危機感を日本は持つべきだ」「キャンパスでの『言論、思想、学問領域の自由』を堅持するためにも、孔子学院の透明性を図り、日本の大学が主体的に管理を行えるよう、文科省は当事者意識を持ち、現状を把握すべきだ」「日本は、自由・民主主義陣営の一員として、ホームランド(自国の本土)での『内なる守り』を固めることが極めて重要な国政課題である」「巧妙に日本に浸透してくる中国共産党の実態を把握する仕組みが整えば、対中交渉力も強まる」と述べている。
これまで日本政府は孔子学院の運営実態を把握していなかったといい、今後は関係省庁が連携し情報収集を行い、孔子学院の透明性確保に乗り出す方針を示しており、菅義偉政権は、孔子学院の透明性確保に乗り出しており、孔子学院を設置している各大学に情報公開を促し、動向を注視する方針であり、文科省をはじめ関係省庁が連携し、運営の透明性を確保していく考えである。2021年5月13日、萩生田光一文部科学大臣は参議院文教科学委員会において、孔子学院がある大学に対して「大学の主体的な研究活動が妨げられることがないよう組織運営や教育研究内容などの透明性を高めるべく情報公開を促していきたい」「同盟国である米国、自由や民主主義、法の支配といった共通の価値観を持つ欧州の国々からも廃止や情報公開を求める懸念の声が高まっている」「運営の透明性が求められている」「孔子学院には運営の透明性が求められる。
日本ではマスメディアで親中世論を喚起する世論工作が、米中国交正常化以前の古くから行われてきた。2010年4月、大阪産業大学孔子学院を開設した大阪産業大学では、大学の資産運用の失敗がもとで理事長が孔子学院の廃校を通知し、組合との団体交渉の中で事務局長が自らの孔子学院に対して「文化スパイ機関」「孔子学院は中国政府のハードな侵略ではないが、ソフト的な拡張主義」「漢弁は文化スパイ機関と認識しており、提携することは適当ではない」などと批判した。大学側は6月1日、重里事務局長に辞任を求めた。
東京大学大学院総合文化研究科教授の阿古智子は孔子学院について、「中国共産党政府が推進する孔子学院などの教育や文化事業は、国家主義的で、排他的であるように、筆者は感じてしまう」と述べている。
『週刊文春』2014年10月2日号は、「中国共産党の宣伝機関『孔子学院』院長は朝日OB」という記事で、朝日新聞東京本社総合研究センター主任研究員だった西園寺一晃が工学院大学孔子学院院長を務めているとして西園寺と孔子学院を批判する報道をおこなった。