南北戦争の信号司令部
マイアーは伝統的なモールス電信機を使って電信士を訓練することに憂慮していたので、ニューヨーク市のジョージ・W・ベアズリーが発明したベアズリー・テレグラフと呼ばれる電信装置を輜重車に備えさせた。この装置が技術的に限界があることが分かると、1862年秋には「アーミー・アンド・ネイビー・オフィシャル・ガゼット」誌に訓練されたモールス電信士の募集広告を出した。陸軍省は、マイアーの行動が「規則によらず、不適当」とマイアーに告知し、1863年11月10日付けで先任信号士官を解任した。ベアズリー・テレグラフの装置は全てアメリカ軍電信司令部に渡され(信頼性に欠けたために使われることは無かった)、マイアーはテネシー州メンフィスに左遷された。先任信号士官の後任はかつての弟子だったウィリアム・J・L・ニコデマス少佐となった。マイアーは西部に左遷されている間の1864年に『信号マニュアル:野戦における信号士官の使用のために』を出版し、これがその後長い間信号理論の基本になった。
ニコデマスが継承した時、司令部は約200名の士官と1,000名の兵卒からなる組織に成長していた。1864年の信号司令部年報で敵の信号を読めることを暴露したときに、ニコデマスはスタントン長官と衝突した。スタントンはこれが機密漏洩であると正当に考え、1864年12月にニコデマスを陸軍から解雇した。