南スーダンの歴史
約1500年まで、南スーダンでは中央スーダン語派(英語版)の言語を話す住民が大半を占めており、現代でもマディ族(英語版)やモル族(英語版)などが生き残っている。
言語学上の証拠はディンカ族、シルック族、ルオ族などナイル諸語を話す民族が徐々に主流を占めるようになったことを指している。これらの民族はスッド湿地より各地へ移住した者であり、スッドでは考古学上の証拠が少なくとも前3000年には移牧による牧畜が行われたことを示していた。考古学上の証拠とナイロートの居住地にあるドーム形の家屋はエジプト第25王朝までのヌビア王国の隆盛を示している可能性がある。
ナイロートがスッド湿地から拡張したのは14世紀のことと見られる。これはキリスト教国のマクリア(英語版)とアロディア(英語版)の滅亡、およびアラブ人商人がスーダン中部にやってきたのと同じ時期であった。当時の南スーダン人がアラブ人からこぶなしの牛の新種を手に入れた可能性もある。考古学者のロランド・オリバー(英語版)によると、この時期はナイロートの鉄器時代が始まった頃でもあり、これらはナイロートがやがて南スーダン地域で拡張した要因となった可能性がある。
1983年、スーダン大統領モハメド・アン=ヌメイリがシャリーアを導入してスーダンがイスラム国家たることを宣言、非イスラムが大半を占める南部地域もこれに含まれた。さらに先のアディス・アベバ合意で設立された南部スーダン自治区も同年6月5日に廃止された。これに対しジョン・ガランがスーダン人民解放軍・スーダン人民解放運動(SPLA/M)を組織、ここに第二次スーダン内戦が勃発した。政府側の工作で民族問題を挙げてSPLA/Mを離脱した組織もいくつかおり、そのうち最大のものが1991年に分離したリエック・マチャル率いるナシル派(英語版)であった。
この「内ゲバ」とも言える様相により、南部出身の住民は北部出身の人々に殺された者より、同じく南部出身の人々に殺された者のほうが多かった。例えば、1991年におきたボル虐殺(英語版)では平民約2千名がナシル派と武装したヌエル族の者により殺害され、さらに約2万5千人が虐殺を原因とする飢饉で死亡した。この戦争は22年間続き、2005年にようやく終戦し、アフリカにおいて最も長い内戦となった。
2005年、南北包括和平合意(英語版)が政府間開発機構とそのパートナー国諸国による調停でナイロビにて成立、南部スーダン自治区(英語版)が再び設立された。この合意は2011年に南スーダンが独立を宣言するまで続いた。