南遣艦隊
練習巡洋艦「香椎」(艦隊旗艦)
海防艦「占守」(900トン級海防艦)
特設砲艦兼敷設艦「金剛山丸」(2,000トン級特設砲艦)
特設掃海艇「音羽丸」(200トン級掃海艇)、「留萌丸」(200トン級掃海艇)
第81警備隊(定員150名)
第81通信隊
直属:香椎・占守
第9根拠地隊(マレー半島防衛。司令部はペナン島) 初鷹・永興丸 第11・91駆潜隊 第11潜水艦基地隊
第10特別根拠地隊(インドシナ防衛。司令部はサイゴン) 第7号掃海艇・長沙丸・第44掃海隊 第10通信隊・第10港務部
第11特別根拠地隊(シンガポール防衛。司令部はシンガポール) 第19・20・21号駆潜艇・永福丸 第11通信隊
第12特別根拠地隊(ニコバル諸島・アンダマン諸島防衛。司令部はポートブレア) 雁・江祥丸・第41掃海隊 第12通信隊
附属:勝力・相良丸 第5駆逐隊:朝風・春風・松風・旗風 第3測量隊・第40航空隊
※1943年、ビルマに第13根拠地隊を増設(第12特別根拠地隊の一部を割譲)
支那方面艦隊はフランス領インドシナ方面に於ける任務を解かれ、同方面は南遣艦隊の担当となった。主力となるのは地上部隊の第81警備隊(定員150名)で、海軍が建造した艦艇は練習巡洋艦1隻(香椎)と海防艦1隻(占守)に過ぎない。実態は、海軍根拠地隊に近いものだった。
しかし、南部仏印進駐により日本国と連合国の関係は決定的に悪化する。 10月18日、南遣艦隊司令長官は平田中将から小沢治三郎中将に交代した。 太平洋戦争開戦準備に伴い、南遣艦隊は10月21日附で連合艦隊に編入された。平田前長官は日本に帰国後、天皇に拝謁した。
陸軍のマレー作戦を援護すべく、大本営と連合艦隊司令部は南遣艦隊の戦力を増強した。一度に集結させると敵に作戦意図を察知される恐れがあったため、海上戦力は1941年11月末まで、航空戦力は12月2日までに進出した。 馬来部隊指揮官(南遣艦隊司令長官)小沢治三郎中将は陣頭指揮の関係上、旗艦用の重巡洋艦を連合艦隊に要求する。途中、第二艦隊司令長官近藤信竹中将(南方部隊指揮官)から「南遣艦隊司令長官(小沢)が前線に赴く必要は無い。サイゴンの陸上基地か『香椎』から指揮を執ればよいではないか」と妨害されたが、山本五十六連合艦隊司令長官は小沢中将の要請を是として重巡洋艦「鳥海」を追加した。
陸海軍の協定により、海軍は中部・南部フィリピンの防衛担当となったため、ルソン島は陸軍に任せて規模を縮小している。しかし1944年(昭和19年)夏より、フィリピン奪還に備えて再びルソン島の増強を図っている。5月21日、南方軍総司令部はシンガポールからマニラに移転した。南西方面艦隊司令部も7月中旬に軽巡洋艦大井と駆逐艦敷波を利用してジャワ島スラバヤからフィリピンのマニラに移った。 8月15日より三川軍一南西方面艦隊司令長官が第三南遣艦隊司令長官を兼任した。
9月10日、ダバオ誤報事件が起きる。捷一号作戦実施中の同年11月1日、第三南遣艦隊(南西方面艦隊、第十三航空艦隊)司令長官は三川中将から大川内伝七中将に交代した。 第三南遣艦隊参謀長も島本少将から第31特別根拠地隊司令官有馬馨少将に交代し、有馬は四職(南西方面艦隊参謀長、第三南遣艦隊参謀長、第十三航空艦隊参謀長、第31特別根拠地隊司令官)を兼任した。 11月17日、第31特別根拠地隊司令官に岩淵三次少将が任命された。
フィリピン攻防戦にともなうルソン島地上戦(昭和20年1月初旬以降)が始まると、マニラ市街戦により第31特別根拠地隊は壊滅(マニラ大虐殺)、岩淵少将も戦死した。山中に撤退した第三南遣艦隊(南西方面艦隊)司令部は孤立化した。大本営は、連携不能となった第一・第二南遣艦隊を統率するために、1945年(昭和20年)2月5日附で第十方面艦隊を新設せねばならなくなった(詳細既述)。