新エネルギー・産業技術総合開発機構
1988年(昭和63年)10月1日 - 名称を新エネルギー・産業技術総合開発機構に改称。新たに産業技術の研究開発が業務に追加された。
1996年(平成8年)10月1日 - 石炭鉱害事業団が廃止され、業務を統合。
2001年(平成13年)4月1日 - アルコール専売事業廃止。アルコール製造事業は許可制のもとに一般開放されるが、NEDOのアルコール製造事業は暫定的に継続された。
2002年(平成14年)3月31日 - 石炭鉱業構造調整事業終了。
2003年(平成15年)10月1日 - 独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構に改組。
2004年(平成16年)2月16日 - 政府関係機関を東京23区から転出させる政策の一環で、機構の本部をJR川崎駅西口のミューザ川崎セントラルタワーに移転。
2005年(平成17年)3月 - 愛知万博(愛・地球博)にて、NEDOパビリオン及び太陽電池や廃物利用式の燃料電池などを組み合わせた新エネルギープラントを出展した。また、NEDOの支援を受けて開発された約100体のロボットを実証試験を兼ねて出展した。
2006年(平成18年)4月1日 - アルコール事業本部廃止。日本アルコール産業株式会社が設立され、NEDOのアルコール製造販売業務を分離。