ラサ島鉱業所
1907年、恒藤は部下の松岡操にラサ島の資源探査を命じた。松岡をリーダーとするラサ島資源調査隊には、鉱業権問題で恒藤と対立する九鬼紋七の部下や玉置半右衛門の息子、玉置鎌三郎も参加して、8月18日に門司港を出港した。
しかし肝心のラサ島が見つからず、二昼夜探し回ったあげく天候悪化のため9月1日に那覇港へ避難した。那覇で改めて人夫数名を雇い、9月9日、改めてラサ島へと向かったがやはり見つけられない。あきらめて帰途につくことにしたところ、9月13日に島影を見つけ近づいてみるとラサ島であった。資源調査隊はラサ島に上陸したものの、島全体が密林に覆われている上に地面には厚く落葉が積もっていて、探査は容易なことではなかった。しかし何とか測量を行い、リン鉱石数トンを採掘して9月24日に離島し、27日には鹿児島港に帰還した。
恒藤は採掘したリン鉱石を某肥料製造会社に委託して肥料製造を試みた。完成した肥料は当時、クリスマス島やオーシャン島から輸入して製造した肥料と同等の品質であった。
もともと深刻な水不足に陥る危険性を再三警告していた巡査は労働者たちの訴えを認め、来航中の船の船長を留置して会社側に善処を促す措置を取った。その一方で巡査は労務者を扇動する者がいると県当局に通知した。
会社側は給水を目的とした汽船を派遣したものの、港湾設備が整っていないラサ島では水の陸揚げ作業がままならない。やむなく約120名の沖縄県出身の労働者たちの帰郷を認めて事態を収拾した。その後会社側は貯水設備の増強に取り掛かり、ようやく深刻な水不足の危険性は解消された。
また水の問題としては水質も課題であった。1916年、後述の腸チフス流行対策のためラサ島を訪れた高野六郎は、ラサ島在住者が使用する水は屋根に降った雨水を集め、それをタンクに貯蔵したものを使用しているが、タンクの密閉状況が不十分でかつ長期間保存したものをろ過することなく使用していると、衛生面から見て大きな問題であると指摘した。
実際問題、ラサ島在住者の多くが下痢の症状持ちであった。高野六郎は気候的に暑いことや食料が良くないこと、そして飲料水の不良によって腸障害が発生していると判断した。このラサ島在住者、訪問者の多くが罹患する下痢に島内では「ラサ腸カタル」という名前が付けられていた。
その後、雨水貯水タンクの密閉性を高め、タンク内にコイやフナを放してボウフラの発生を抑えるといった措置を講じた。
再開されたラサ島鉱業所では、これまで放棄していた第二種燐鉱石であるリン土の処理が課題となった。リン土に混入している良質なリン鉱石の細粒を選鉱し、商品化するために1933年9月に第二種リン鉱石選鉱所の新設が決定され、翌1934年4月に完成した。また良質な第一種リン鉱石の増産に向けても努力した。
またこれまで各肥料製造会社に直接販売していたラサ島鉱業所のリン鉱石を、1934年以降は三井物産に委託販売とした。同時にリン鉱石運搬船の契約も三井物産船舶部に一括して行い、倉庫も主に三井倉庫を利用するようになった。これはリン鉱石の販路拡大のため大手商社の三井物産との提携が有利であり、運搬船、倉庫の契約の利便性も考慮しての決定であった。そしてリン鉱石増産体制の強化のため、ラサ島鉱業所では坑道などの採鉱設備、坑道内の軌道や道路等の運搬設備、貯鉱場、倉庫、艀の新造、乾燥場など、各施設の修理、増築、新造が積極的に進められた。
1937年4月16日、ラサ工業株式会社は熊本営林局とラサ島の払い下げ契約を締結した。払い下げ価格は3748円で、6月23日に所有権移転登記が行われた。
ラサ島鉱業所の増産体制強化の背景には、国際情勢の緊迫化によってリン鉱石輸入に対する不透明感が増してきたことがあった。
恒藤はかねてから南洋の無人島やフィリピンやボルネオなど熱帯地方の開拓事例を研究しており、水の問題やネズミの大量発生、そして伝染病の流行等が課題となるとの知識を持ち、それなりの対策を講じていた。しかしラサ島で事業を拡大していく中で後述のような問題が相次ぐことになった。
海難事故の背景には通信設備の未整備があった。通信が出来ないことにより台風の襲来など気象情報を入手できない等、鉱山事業の発展に悪影響を及ぼしているとして、1913年8月、恒藤はラサ島燐礦株式会社社長名で無線電信局の設置を沖縄県知事を通して逓信大臣に申請した。
しかし逓信省はなかなかラサ島に無線電信局を設置しようとはしなかった。1914年6月の台風襲来時に発生した海難事故で、船長以下乗組員が全員行方不明となった後、恒藤は再度無線電信局の設置を再申請した。それでも逓信省の許可は下りない。そこで恒藤は海軍省に、ラサ島が軍事的に見ても要衝にあると臨時軍事費で無線電信局の設置が出来ないかと陳情を行った。海軍省側は既に予算の配分が終わった段階であるため海軍の予算では設置は出来ないものの、早急な無線電信局の設置自体の必要性は認め、逓信省に交渉すべきと回答した。1914年12月、逓信省からようやく無線電信局設置の内諾が得られ、合計15449円分の物品ならびに建設に要する労務の提供を行う等の条件を含めて改めて出願するよう指示を受け、結局、その出願が認められて1915年6月6日、ラサ島無線電信局が開設された。
開設後のラサ島無線電信局は毎日19時から24時まで、長崎県の大瀬埼無線電信局との交信が行われた。
無線電信局の開局直後、今度は気象観測のため中央気象台から気象機器の貸与を受け、ラサ島で気象観測が開始されることが決まった。同年8月に気象機器の設置が行われ、中央気象台との間でも無線電信によって気象情報の交信が行われるようになった。
南鳥島でのグアノ採掘事業、肥料製造事業を通じて恒藤規隆は水谷新六と知り合った。水谷は恒藤のところに出入りするようになり、恒藤は水谷がしばしば南洋を航海し、島々で捕鳥を行なっているとの話を聞きつけ、捕鳥のついでに石も採集してきてもらうよう依頼した。
水谷新六から聞いた南洋の話の中で、恒藤が大きな関心を持ったもののひとつがラサ島であった。緯度的に南鳥島とほぼ同じであり、水谷の語る島の様子から考えてリン資源が存在する可能性が高いと判断した恒藤は、水谷に対して機会があればラサ島から岩石、土砂を採集してくるように依頼した。