東南アジア条約機構
設立直前の1954年の8月時点でも米国統合参謀本部(JCS)はSEATOを集団防衛同盟に発展させることには消極的で、ANZUSやSEATO、北東アジアの諸国の軍事力を強化した上での集団防衛同盟を提唱していた。結局、英連邦極東戦略予備軍がSEATOに組み入れられることもなかった。
また、NATOでは同盟国が武力攻撃を受けた場合には即座に集団防衛を発動することになっているが、SEATOでは武力攻撃に対して加盟国は憲法上の手続に従って共通の危険に対処するため行動するとされ(マニラ条約第4条1項)、武力攻撃以外の方法による危険に対しても共同防衛の措置について協議するとされていた(同2項)。
なお、アイゼンハワー政権はインドネシア、ビルマ(現在のミャンマー)、マラヤ連邦(現在のマレーシア及びシンガポールを含む)、南ベトナムへも参加や支持、理解を求めた。このうちインドネシアは1957年の英・マラヤ防衛協定に基づき英軍がマレー半島に駐留してSEATOと結びつくことを警戒していた。一方、マラヤ連邦自身は非同盟・中立諸国との関係からSEATOと結びつけられるような対応を避けていた。南ベトナムについては米国がオブザーバー以上での参加を求めたが、ジュネーヴ協定に署名していたイギリスとフランスは南ベトナムを加盟国とする提案には反対した。結局、南ベトナムは議定書保護対象国にはなったが条約加盟国にはならなかった(南ベトナムは閣僚理事会などにオブザーバー参加した)。
1960年代にはフランスとパキスタンがSEATOと一線を画すようになり、フランスは1965年からSEATO閣僚理事会への参加をオブサーバー参加とした。またパキスタンも積極的な討議への参加を避けるようになった。
1960年代の半ばには議定書保護対象国の南ベトナムでベトナム戦争が勃発した。1964年8月にトンキン湾事件が発生すると、アメリカ議会は東南アジア決議(通称トンキン湾決議)を可決したが、この決議にはSEATOの法的基盤であるマニラ条約に基づいて大統領に武力行使の権限を付与する意味もあった。
ジョンソン政権は国際的及び国内的な政治上の正当性を得るため、1965年5月にロンドンで開催された第10回SEATO閣僚理事会で加盟国に積極的な協力を求めた。しかし、ベトナムなどでの軍事行動にフランスとパキスタンは反対しており全会一致の原則は困難な状況にあった。また第10回SEATO閣僚理事会でアメリカは南ベトナム代表団の公開協議の場での発言の機会を求め、駐英アメリカ大使のブルースは「集団行動」を含む共同声明案を提案したが、主催国のイギリスから反対を受けた。
1967年4月、ワシントンで開催された第12回閣僚理事会では、フランスが会議をボイコットし、パキスタン代表が討議に消極的だったこともあり、イギリスは南ベトナムヘの派兵国5カ国と対峙することになり孤立した。
太平洋地域では1951年にサンフランシスコ講和条約が締結され、その前後で米比相互防衛条約、旧日米安全保障条約、ANZUS条約が署名され、米国を中心とする同盟システムの原型ができた。しかし、イギリス、特に保守党内はANZUSに参加できなかったことに不満があり、イギリス政府で(1)ANZUSへの参加、(2)イギリス、オーストラリア、ニュージーランド間の地域的軍事取り決め(the Australia,New Zealand and Malaya Region: ANZAM)、(3)英国案の太平洋条約、(4) 5カ国軍事参謀機構(Five Powers Staff Agency: FPSA)が検討されたが、いずれも太平洋地域における中心的機関の構築が必要と考えられていた。
一方、アメリカのトルーマン政権は東南アジア地域について植民地宗主国であるイギリスやフランスが責任を持つべきであるとし、同地域への介入には消極的だった。しかし、1954年3月のインドシナ危機でのフランス軍の危機的な状況がワシントンに報告されると、アイゼンハワー政権はインドシナ問題により積極的に対応するようになった。