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運賃の支払いは、ファミリーマート店頭での現金支払いのほか、配送申込時にYahoo!ウォレット(クレジットカード)、ネットバンク、Tポイントでの支払いを選ぶ事が出来る。Tポイントと店頭支払いとの併用も可能である。ネットバンクは、ジャパンネット銀行、楽天銀行、みずほダイレクト(みずほ銀行)を通じての運賃支払いが可能である。
運賃は、荷物を引き受けたファミリーマート店舗が所在する都道府県を発地として計算される。そのため、配送申込の際に入力した依頼主住所と荷物引き受け店舗所在地それぞれの都道府県が相違する場合、配送申込時に画面表示された運賃額と実際に算出された運賃額との食い違いが発生することがある。
また運賃計算のもう一つの根拠とされる重量は、ファミリーマート店頭での荷物引き受け時も含めて、配送申込時点の自己申告により受け付けられる。重量計測はヤマト運輸の各営業所で行われる。
ファミリーマート店頭での発送手続き完了後、集荷したヤマト運輸の営業所で重量超過が判明した場合、または配送申込時にYahoo!ウォレット・ネットバンク・Tポイント(店頭支払いとの併用は除く)のいずれかで運賃支払いを済ませている場合で、発着地に基づく料金区分に差異が生じていた場合には、後日、依頼主に対して不足金額および不足金精算手数料(税込み52円)が請求される。この場合、不足分の精算が完了するまで本サービスの利用は停止される。