関内駅
島式ホーム1面2線が2層構造となっている地下駅である。かつて2005年10月1日より副名称として「リスト本社前」が設定されていた。また、横浜市庁舎移転前、ホームの電車到着時の放送では、「横浜市庁舎前」とも案内されていた。
駅長所在駅。関内管区駅として桜木町 - 阪東橋間を管理している。
かつて、3号線を当駅から山下町方向に路線を延伸する計画があったため、2層構造の方向別ホームとなっており、地下2階の湘南台方面が2番線、地下3階のあざみ野方面が4番線となっている。
あざみ野方面ホームには4番線の反対側に柵の設けられた3番線の線路があり、夜間に留置線として使用されるほか、訓練時・イベント時に使用されることもある。一方、湘南台方面ホームに存在した1番線の線路は、後の改良工事により撤去されてホームの一部となり、欠番となっている。
当駅の開業(横浜市営地下鉄第2期開業)までに上永谷車両基地の完成が間に合わなかったことから、開業当初は関内仮検車場が設置されていた(伊勢佐木長者町仮検車場より移転)。
相対式ホーム2面2線を有する高架駅。駅舎は、石川町方の高架下に南口、桜木町方の高架下に北口が設けられている。駅用地と構造の関係上エレベーターは設置されておらず、エスカレーターが南口に設置されるのみであった(ただし、平日朝帯の南行エスカレーター以外は終日上り方向のみの運転)が、後述の北口再整備によって北口にもエレベーターとエスカレーターが設置された。
ホームが大きくカーブしているため、車掌の見通しの利かない北行ホームについてはホーム中程の駅務室に終日駅員が常駐し、列車発着時や通過時の列車監視および発車する列車に対しての乗降終了合図を出す。この他、運転取扱業務や忘れ物の取り扱いもここで終日行っている。
南口にはみどりの窓口がある。かつては北口にもあったが、現在は指定席券売機が設置されている。また、南口と北口両方に自動券売機・自動改札機・自動精算機が設置されている。
売店は北口の改札外にレッツキヨスク関内2号店とBECK'S COFFEE SHOP関内店があり、南口には崎陽軒の販売スタンドとほんのり屋が設置されている。