魚類天然記念物一覧
ヒブナ 春採湖ヒブナ生息地(北海道釧路市)
ウグイ 横山のウグイ生息地(宮城県登米市) 柳津ウグイ生息地(福島県河沼郡柳津町)
ウナギ 賢沼ウナギ生息地(福島県いわき市) - 沼之内弁財天境内の池に住む大ウナギ。 粥川ウナギ生息地(岐阜県郡上市)
テツギョ 魚取沼テツギョ生息地(宮城県加美郡加美町)
アラレガコ アラレガコ生息地(福井県)
イトヨ 本願清水イトヨ生息地(福井県大野市)
ハリヨ 津屋川水系清水池ハリヨ生息地(岐阜県海津市)
オオウナギ オオウナギ生息地(和歌山県西牟婁郡白浜町) 母川のオオウナギ生息地(徳島県海部郡海陽町) オオウナギ生息地(長崎県長崎市)
イワメ 竹田市神原の大野川水系イワメ生息地(大分県竹田市)
アユモドキ(地域を定めず指定)
イタセンパラ(地域を定めず指定)
ネコギギ(地域を定めず指定) 中村川ネコギギ生息地(三重県松阪市)
ミヤコタナゴ(地域を定めず指定)
群集 深泥池生物群集(京都府京都市):ヨシノボリ等の特徴的な魚類が生息している。 明神池(山口県萩市):汽水湖で、淡水魚に混じり海水魚が生息している。