徳島インディゴソックス
1月12日、監督として、元広島東洋カープ選手で東北楽天ゴールデンイーグルスのベースボールスクールジュニアコーチを務めていた牧野塁の就任を発表。
前期は序盤より上位に立ち、高知と首位を争う。5月26日に残り4試合で前期優勝マジック2が点灯したが、そのあと1勝2敗と振るわず、「勝てば優勝」だった前期最終戦となる6月3日の対高知戦に敗退、優勝は2試合を残した高知の結果待ちとなった。高知が6月4日の対香川戦に敗れたことで、2年ぶりとなる前期優勝が決まった。制球力の高い先発投手陣(与四球はリーグ最少)や機動力を生かした攻撃(盗塁はリーグ最多)で他チームを上回った。
後期は「若い選手を積極的に試合に出場させる」方針を取る。途中の8月30日に、元日本ハム選手のカルロス・ミラバルがシーズン終了まで臨時の投手コーチに就任することを発表した。勝率は8月3日を最後に5割を割るも終盤まで優勝の可能性があったが、残り4試合で優勝はなくなり、3位に終わる。個人タイトルは平間隼人が最多盗塁、上間永遠が最優秀防御率、竹内裕太が最多勝利をそれぞれ獲得した。
2年ぶりの出場となったリーグチャンピオンシップ(今年度より全3試合2勝制)は、ホーム2試合に勝利して、2年ぶりの年間総合優勝を達成した。
前期は、前年の先発投手の多くが抜けた穴を新外国人のアヤラら新戦力で補い、走塁による機動力を生かした攻撃スタイルを加えた。香川を追う展開となり、優勝マジックをつけられる中、香川との最後の直接対決に敗れた後の4試合は負けることなく日程を終了。最終戦引き分け以上が優勝条件となった香川がその試合に敗れ、勝率で並ぶ形になったが、「直接対戦成績が優位なチームが優勝」というリーグ規定により、香川との対戦成績に勝る(6勝5敗1分)徳島が、2期連続となる前期優勝を達成した。
後期は愛媛との争いとなったが、9月12・13日の直接対決で連勝して首位を奪い、14日の香川戦に勝って3期連続となる後期優勝とともに初の前後期優勝を達成した。リーグで前後期優勝を達成したチームは香川に次ぎ2チーム目である。前後期通算ではチームの防御率・打率・得点はいずれもリーグトップであった。また、前年に続いてソフトバンク杯に優勝した。個人タイトルは、野手では大谷正徳が首位打者と最多打点の2冠、大谷と同数で小林義弘も最多打点、投手は入野貴大が最多勝をそれぞれ獲得した。
しかし、年間勝率2位を確保し、リーグチャンピオンシップに進むことになった。半期最下位を記録したチームがリーグチャンピオンシップに出場するのは、2014年の愛媛に続き2例目となる。個人タイトルは、野手部門でホーキンスが最多本塁打、小林義弘が2度目となる最多打点、橋本球史が最多盗塁、投手部門では前期で退団したガルシアが最優秀防御率、福永が2年連続となる最多奪三振を獲得した。
2年ぶりの出場となったリーグチャンピオンシップは愛媛に0勝2敗で敗れ、初の敗退となった。リーグチャンピオンシップで初めて、ホームゲームを開催できなかった事例ともなった。
10月20日のプロ野球ドラフト会議で、福永春吾が阪神タイガースから6位で、また木下雄介が中日ドラゴンズから育成1位で指名される。支配下枠での指名者は2年ぶりで、育成選手を含めた指名は4年連続となった。
12月5日、中島の監督退任とハンファ・イーグルスの打撃コーチ就任が発表された。12月7日、後任監督に、元福岡ソフトバンクホークス選手で、前中信兄弟コーチの養父鐵の就任が発表された。12月26日には牛田コーチも退任が発表された(駒井コーチは留任)。後任として、地元出身の川上憲伸(元・中日)に選手兼任でのオファーを出していたが、入団に至らなかったことが後に明らかになっている。
オフシーズンの練習強化により選手の質を高める方針であったが、十分な成果を生むことができなかった。特に先発の柱となる投手の不足が深刻で、防御率はリーグ最悪の3.57となった。打撃陣も主軸の西村悟の序盤での故障なども響き、チーム打率は2割2分台に留まった。従来の特徴だった機動力も、中心選手だったグレアム義季サイモンが愛媛に移籍したこともあり、初年度(146)の半分近い78盗塁であった。前期はゴールデンウィーク終了時点では勝率5割の3位であったが、以後の27試合を4勝2分21敗と大きく負け越し(8連敗、6連敗、4連敗、3連敗を一度ずつ記録)最下位に沈んだ。後期も状況は好転せず、8月から9月にかけてリーグ記録となる19連敗(1引分を挟む)を喫するなど、前年よりも悪化する結果となった。個人タイトルも獲得者なしに終わった。一方、観客動員はアグリあなんスタジアムのオープンなどもあって増加し、発足以来初めて1試合平均の入場者数が1000人を上回った。
2007年11月19日に行われたプロ野球ドラフト会議において、小林憲幸が千葉ロッテマリーンズから育成選手枠で指名された。NPBから指名を受けるのはチーム発足以来初めて。
シーズン終了後、深谷亮司コーチは福岡レッドワーブラーズコーチに転任。前高知コーチの森山一人が後任となる。