提督の決断
艦隊 - 出航中の艦隊に命令を下す。寄航中の艦隊には指定できない。
基地 - 支配下の基地に対して、補給を行う。また基地の索敵情報も確認出来る。
艦隊編成 寄航中艦隊 - 寄航中の艦隊を「合流」「分離」できる。母港のみ「新規」艦隊編成、予備艦船に「除艦」、「輸送」船の増減が可能。 洋上艦隊 - 出航中の艦隊を「合流」「分離」できる。第1艦隊、および第1艦隊寄航中の基地のみ可能。
艦船処分 - 寄航中・洋上の艦船を自沈処分する。第1艦隊、および第1艦隊寄航中の基地のみ可能。本作には洋上修理や曳航の概念が無いため、洋上で速度がゼロになった艦は動かすことが出来ないため、自沈処分するか放置するしかない。自沈処分を行っても「沈没艦船」扱いとなるため評価点に影響する。
艦船の配置は、ランダム配置となる。
基地側の兵員は、基地兵力の半数(端数切り上げ)が戦闘に参加する。兵員は潜水艦以外の全ての艦船、航空機に攻撃可能である。
上陸側の兵員については、上陸直後の戦闘はプレイヤーが操作できるが、次の戦闘からは独自に行動する。敵味方ともに、出現させられる兵員ユニットの数は4が上限である。
基地戦闘の勝利条件は、「基地兵力および基地耐久力を0にし、上陸兵が都市・村落に進入すること」、もしくは「戦闘で基地兵力、基地耐久力、燃料をいずれも0にしたうえで、陸兵が都市または村落に進入すること」である。
夜間戦闘においては、電波照準器が装備されていない艦船は、隣接ヘックスにしか攻撃できない。
コンピュータ側の機雷は戦闘の度に自動的に補充され、戦闘開始時には必ず機雷が3個設置されていることとなる。
防御側が基地戦を行う条件にない(基地耐久度・防御力が既に0になっており、上陸兵も居ない基地に空爆か砲撃を行うなど)場合は、基地戦の開始と同時に無条件に攻撃側の勝利・占領となる。
CD-ROMによる提供。トラック2以降にはサウンドウェアがそのまま入っており、ゲーム中のBGMのうち、オープニングではオーケストラアレンジ版が使われる。このCD-DAトラックはFM-TOWNSもしくはCDプレイヤーで再生することが可能。
PC-88001版
慰労コマンドの中に「慰撫」コマンドが存在する。このコマンドには芸者遊びのグラフィックが別途用意されていた。
提督の決断 H29E-20006
光栄オリジナルBGM集Vol.6 提督の決断/スーパー大航海時代II KECH-1031(※スーパーファミコン音源をそのまま使用)