暗黒星団帝国
黒色銀河の背後にある白色銀河内に存在し、200年後の地球に偽装されているという設定はアニメ版と同様であるが、ゲーム版ではヤマトが200年後に移動したのではなく、未来の地球が現代に来たことになっている。劇中から150年後に太陽系が崩壊し、地球のみは白色銀河までワープさせることで難を逃れたが、大質量を持つ物体を長距離ワープさせた反動により、劇中から50年前にタイムスリップしたと説明されている。
以上の説明で当初はヤマト乗組員を信じさせることに成功するが、相原がヤマトへ持ち帰ったグラスと土の成分を真田が調査したところ、波動融合反応(白色銀河内の物質やガスなどが波動エネルギーと融合することにより、劇薬のような爆発的反応を示す現象)を起こす白色銀河特有の物質であったことから、200年後の地球が本物ではないことに気づく。波動カートリッジ弾によってグロータス率いるゴルバ艦隊が壊滅したのも、暗黒星団帝国の艦船を構成する物資が波動エネルギーと反応し、波動融合反応を起こしたためである。これにより、ヤマトは白色銀河MAP内での波動砲の使用が制限されていた。