隠密
寛永12年(1635年)に徳川家光は御側・中根正盛に、正規の監察機構とは別に監察権限を与えて将軍直属の監察機構を設けさせ、正盛に幕藩体制社会全般の動向を把握させる事により家光への情報源とした。中根正盛配下の与力22名は国目付として諸国監察を任とし、主に諜報活動に従事した。正盛は、これらの与力を通して全国(各藩)津々浦々に隠密組織を保持し、情報網を張り巡らせていた。その隠密組織を幕閣という政府組織の一角に諜報機関として組織化し掌握した。
寛永14年(1637年)の島原の乱に出陣した討伐上使・松平信綱を近江国水口宿で出迎えた甲賀衆百余名は、かねてより存知の間柄にあった信綱に参陣への懇願をしたが、集団的な参陣は認められず10名のみが随行を許される事となる。信綱より10名に命ぜられる内容は、甲賀忍者が得意としたゲリラ戦ではなく、陣所から城までの距離、沼の深さ、塀の高さ、矢狭間の実態などの隠密活動であった。一揆軍の立てこもった原城内を探索したり兵糧を盗み取るなど活躍したものの、落とし穴に嵌って敵から石打にあい半死半生で逃げ出した事もあった。結局、彼ら10名は奮闘も空しく軍功を認めらる事なく、戦後に仕官する事は叶わなかった。個人的な諜報能力の高い者のみが、幕府や諸藩に取り立てられる時代になった。