東山学院
初代院長にはオルトマンスが就いた。1891年(明治24年)には最初で最後の日本人院長大儀見元一郎が院長になった。大儀見院長時代の1892年(明治25年)頃に東山学院と呼ばれるようになった。
1895年(明治28年)よりスタウトが3年間アメリカに戻っている間に、神学部の生徒が激減する。1897年(明治30年)には神学教育を廃止し、神学部は1902年(明治35年)に明治学院神学部と合併した。
1905年(明治38年)にアルバートス・ピータースが校長に就任し、1910年(明治43年)まで務める。
1932年(昭和7年)に財政難のため、明治学院第二中学部東山学院となった後、翌1933年(昭和8年)に閉校する。生徒は鎮西学院に移った。跡地には長崎カトリック神学院が一時的に入ることになった。
初代院長オルトマンスが建設を指導した校舎は、その後も長崎カトリック神学院、東陵中学校、海星学園の校舎、寄宿舎として使用され、1972年(昭和47年)に海星学園から長崎市に寄贈ののち、1974年(昭和49年)にグラバー園に移築されて現在に至っている。