マヌエル・ルイ・コスタ
2006年5月25日、ルイ・コスタは相方合意の上でミランとの契約を解除し、古巣のベンフィカに復帰した。同年8月22日、ルイ・コスタは復帰初戦の、チャンピオンズリーグの本戦出場を懸けたFKアウストリア・ウィーンとの予選3回戦で、豪快なミドルシュートで先制ゴールを上げ、ベンフィカの3-0での勝利と本戦への出場に大きく貢献した。
しかしこの試合で彼は右足太ももの筋肉を傷めてしまい、さらに2週間後のボアヴィスタFC戦での強行出場が裏目に出て1ヶ月間の離脱を余儀なくされた。そして復帰後のCDアヴェス戦でも違和感を訴え、再び3ヶ月の間負傷離脱した。2007年1月のタッサ・デ・ポルトガル4回戦のオリヴェイラ・ド・バイーロSC(ポルトガル語版)戦で復帰した後は、11試合に先発出場した。しかしチームはFCポルトとスポルティングCPに次ぐ3位に終わり、タッサ・デ・ポルトガルではベスト16で敗退すると、チャンピオンズリーグでも敗退し、UEFAカップではRCDエスパニョールに敗れて無冠に終わった。
2007-08シーズンの開幕前、ルイ・コスタは同シーズン限りで引退することになるだろうと話した。同シーズン開幕時、ベンフィカは監督のフェルナンド・サントスを解任し、後任の監督としてホセ・アントニオ・カマーチョを指名したが、ルイ・コスタは監督交代後もレギュラーを務めた。シーズン初戦のチャンピオンズリーグ予選のFCコペンハーゲン戦では2得点を挙げ、チームの本戦出場に貢献した また同じカードでアウェーでの第2戦でも1-0での勝利に重要な役割を果たし、ベンフィカの3年連続のグループステージ進出に貢献した。
1994年の夏、ヨハン・クライフ監督が獲得を希望し、FCバルセロナへの移籍が確定していた。しかし、選挙戦でベンフィカの会長が変わったことにより、ベンフィカは更に高い移籍金を要求、イタリアのセリエAに所属するACFフィオレンティーナが、バルセロナより高額な移籍金を支払うことを約束したため、フィオレンティーナへ移籍することとなった。本人はバルセロナでのプレーを望んでいたが、チームの経済的な理由から、フィオレンティーナへの移籍を受け入れた。
ガブリエル・バティストゥータと強力なコンビを形成し、1996年にはコッパ・イタリア、スーペルコッパ・イタリアーナを制覇するなど、7シーズンの間、優れたプレーを見せてファンたちから愛された。