がんばれゴエモン きらきら道中〜僕がダンサーになった理由〜
本作でも2人同時プレイが可能で、「ひとりであそぶ」プレイ中に2プレイヤー側のスタートボタンを押すと途中参加でき、1Pとは異なるカラーリングとなる。ただし、5つ目の惑星にたどり着くまでは、その惑星の担当キャラクター以外は選択できない。
なお、ゲームジャンルの変更に伴い、前作で全キャラで共有だった体力及び残機数、所持金は2人別々にカウントされる仕様に戻った。片方のプレイヤーがゲームオーバーになっても、もう片方の残数が2以上残っていれば、それをもらって復活が可能となる。
前作の「ひょうたんシステム」は引き継がれ、苦手なステージを一方のプレイヤーに任せることでひょうたんに入って安全に進行できる(特定の場面ではひょうたん状態が強制的に解除させられる場合もある)。
ボス戦である「巨大からくりメカ戦闘ステージ」は前作までの直接対決が全て廃止され、ミニゲーム方式となった。このミニゲームは、タイトル画面の「遊技場」で自由に遊ぶことができ、最大4人までの多人数対戦(以下:対人戦)が可能。それぞれのゲームでベストスコアを記録すると、自動的にバックアップされる。使用キャラクターは1P=ゴエモン、2P=エビス丸、3P=サスケ、4P=ヤエで固定されている(「超対戦ぱずるだま」を除く)。対戦ぱずるだま以外は全てボタン連打(ABの交互連打)を必要とするシステムである。
この仕様はディレクターの蛭子悦延の意向である。蛭子はより多くのプレイヤーが遊べるボードゲームの開発を望んでおり、「ゴエモン4の4は、4人プレーの4」と連呼するほどであった。結果としてボードゲームは搭載できなかったが、「アクションゲーム&多人数プレイの融合」は実現することとなった。連打が多いのも蛭子が連打好きだからである。しかしこのボス戦のシステムは賛否両論であった。