朽木藩
明治2年(1869年)4月、之綱は交代寄合であったことを挙げて「藩屏」の列に加えられるよう嘆願したが、認められなかった。
明治2年(1869年)12月、1万石以下の武士の禄制が定められ、元旗本の朝臣は士族に位置づけられ、地方に貫属されて家禄が支給される代わりに、知行地は返上させられることとなった。明治3年(1870年)1月、之綱は朽木での在住願いを出し、3月には大津県貫属となった。5月、之綱は朽木に帰住した。6月4日、之綱は朽木役所(この時の「朽木役所」は慶宝寺に置かれていたという)に旧臣らを集めて離別の目録(賜金)を渡し、小宴を開いた。「朽木家家臣団解散式」とも表現される。
『高島郡誌』によれば「明治初年」、朽木之綱は「各藩の例」にならって朽木に「学社」を設けた。学社では朽木家の「配下」や「富家」の子弟の教育が行われた。その後、地域の教育は明治5年(1872年)に市場・岩瀬・野尻村連合によって開設された「市場教訓所」に担われることとなった。
之綱は1873年(明治6年)には京都に移住しているが、1888年(明治21年)以前に朽木に戻っている。之綱は朽木村の神社で神主を務めて生計を立てていたという。1900年(明治33年)、之綱は71歳で没した。
朽木元綱は600人の兵を率い、大谷吉継の麾下にあったが、関ヶ原の本戦において小早川秀秋らとともに東軍に転じた。元綱は細川忠興を頼って家康に面会し、本領9590石を安堵され、17日の佐和山城攻めに参加している。
元和元年(1615年)には若狭国との国境に近い山中関(現在の高島市今津町杉山)の関所警備を「先規のごとく」務めることを命じられ、これは朽木家代々の職務として受け継がれた。
朽木元綱は、石高は1万石にわずかに及ばなかったものの「大名に準じる扱い」を受けたとされ、領地の朽木に居所(朽木陣屋)を構え、参勤交代を行っていた(なお、幕初には「大名」と他の将軍直臣(旗本)の格式の境界は必ずしも明確ではなく、1万石以上を大名とする基準が成立したのは寛永10年代という説がある。幕藩体制が確立すると、参勤交代を行う旗本は「交代寄合」と呼ばれる家格に位置づけられる)。『朝日日本歴史人物事典』で「朽木元綱」の項目を執筆した石田晴男は、元綱について「中世以来の所領を維持し、近世大名への道を開いた」と評価している。
元和2年(1616年)4月、徳川家康が没すると、元綱は剃髪し、牧斎と称した。同年12月、徳川秀忠が御放衆(御咄衆)を設けると、朽木元綱もこれに加えられた。寛永2年(1625年)、高島郡の本領から3240石を割いて元綱の隠居領とすることが認められた。家督を継いだ長男の朽木宣綱は6350石の領主となった。
寛永9年(1632年)8月29日、朽木元綱は死去した。元綱の隠居領が再配分された結果、もとの朽木領9590石は、長男の朽木宣綱(6470石)、二男の朽木友綱(2010石)、三男の朽木稙綱(1110石)により分割されることとなった。『藩と城下町の事典』は、元綱死後の所領三分によって朽木藩は廃藩になったとしている。
朽木藩(くつきはん)は、江戸時代に近江国高島郡の朽木谷(現在の滋賀県高島市朽木地区)を治めた朽木氏の領国を「藩」と捉えた呼称。次のように複数の用法がある。
豊臣政権下の大名で、江戸時代初期まで存続した朽木元綱の領国を指す用法。豊臣政権期の石高には諸説ある。関ヶ原の合戦後の石高は9590石。
元綱の三男で別家を立てた稙綱が、大名に列してから下野国鹿沼を居所とするまでの時期の藩を指す用法。居所の所在や移転時期に諸説がある。
交代寄合朽木家(元綱の長男に相続される宗家)の知行所を指す用法。大名に準じる家格を踏まえた呼称であるが、一般的な「藩」の定義とは異なる。
本項ではこれらを合わせて説明するが、いずれの場合においても「朽木藩」という呼称を妥当としない見解があることには留意を要する。なお、「朽木氏が藩主を務める藩」(稙綱が立てた家の藩)を「朽木藩」と呼称することもあるが、これについては福知山藩などの項目を参照のこと。
朽木家の宗家は、朽木元綱の長男・朽木宣綱が6470石とともに相続した。朽木谷を本拠地として動かなかった宗家は、多くある分家と区別して「谷朽木」とも呼ばれる(このほか「朽木本家」「朽木本系」などの用語も用いられる)。
万治2年(1659年)に宣綱が隠居して朽木智綱が家督を継いだ際にも、智綱の弟である良綱(1000石)・元綱(700石)への分知が行われており、宗家は4770石となった。元綱以後の2代の間に朽木家が分家を多く出した理由は不明であるが、関ヶ原の戦いで寝返った大名への厳しい処置を警戒しての対策ではないかとの推測がある。
朽木本家は、宣綱―智綱―定朝―周綱―衆綱―朝綱―道綱―泰綱―大綱―之綱と相続され、幕末・明治維新を迎えた。