サム・ジアンカーナ
そのためアッカルドたちはジアンカーナに道を譲ったという。同年11月のアパラチン会議を境にFBI長官ジョン・エドガー・フーヴァーが組織犯罪撲滅を本格化し、1959年にFBIがサム・ジアンカーナの本部に盗聴器を仕掛けたことでコミッションの存在がFBIや政府に明らかにされた。
1960年代に入り、かつて大統領選挙に協力したはずのジョン・F・ケネディ政権がマフィアに対する締め付けを強めた頃からは、世界規模のビジネスを進めるためメキシコで生活するようになる。それでもカルロ・ガンビーノ、サント・トラフィカンテ、マルセロ、ジョニー・ロッセーリたちとは連絡を取っており、ランスキーとは会議をしたりしていたという。しかし、世間には「引退したギャングの亡命生活」といわれていた。この頃ドミニカに賭博場を作ろうという計画があった。しかし関係を持っていた政治家の権力が落ちたため計画は失敗した。もし作っていたら莫大な利益を手にしていたという。
1965年5月に司法省は文書破棄罪でジアンカーナを告発する。ジアンカーナは証言を拒否したため、法廷侮辱罪でクック郡刑務所に拘禁された。その後、メキシコから国外退去処分を受ける。さらに胆嚢疾患を患うなど健康状態も良くなかった。
1966年にはサム・バッタグリア(英語版)にボスの座を譲り、シカゴに再び居を構える。この当時ジアンカーナがシカゴに帰ってきたことを良く思わないマフィアは多くいた。過去にジアンカーナが好き放題にやったことでFBIからの取り締まりが厳しくなり、投獄された大物もいたからである。