南びわ湖駅
同年10月22日の栗東市長選挙では、3人の候補のうち唯一の推進派であり現職の国松正一(自民・公明推薦)が再選されたが、嘉田は反対派2候補の合計得票数が国松を上回ることを指摘し、協議を重視する姿勢を示しながらも建設中止の動きを止めない姿勢を示した。10月26日には滋賀県が「新幹線新駅の需要予測・経済波及効果の再検証結果」を発表した。
10月28日と同31日、新駅設置促進協議会の正副会長会議(会長が嘉田、副会長が国松ほかの周辺市の市長等)が行われ、遅くとも07年3月末までに結論を出すべく引き続き凍結も含めた幅広い議論をしていくこと、JR東海に滋賀県が負担金の支払いの猶予を申し入れていくことなどで合意した。
12月21日、嘉田は2007年度の滋賀県知事提出予算案に新幹線関連を盛り込まないことを表明した。同月、栗東市議会に用地取得に関する百条委員会が設けられた。
翌2007年1月、県広報誌に掲載された「県政ズバリ解説『新幹線新駅問題』」において「遅くとも(2007年)3月末までには結論を出す予定」と示された。2月14日、促進協議会側から提案された、本線を高架橋とせず盛り土構造のままとし、新駅の関連部分を高架橋で現行の本線に沿わせるという工費圧縮案をJR東海が拒否。一方、3月末が期限とされていた地元の建設可否結論は10月まで猶予することで合意した。
3月1日、上記の市債発行差し止め訴訟で大阪高裁は一審の判決を支持し栗東市の控訴を棄却。
11月2日、嘉田知事と国松市長がJR東海東京本社に出向き、同社社長の松本正之に新幹線新駅の報告を行った。松本は事態を「致し方ない」と了承し「新駅問題が県とJR東海の関係に影響を及ぼすことはない」と述べた。
新駅計画の凍結を受け、嘉田は新駅周辺の土地区画整理事業への県の対応窓口の設置を栗東市に要請し、また県南部地域の振興について関係機関と検討していくとした。
栗東市長は2008年8月29日の会見で「新幹線新駅問題で新駅事業に関連する市の損失額が最終的に130億円程度になる」との考えを示した。新駅が中止されるまでの支出額は167億円だが、新駅予定地周辺の土地代や国からの補助金などを差し引いた130億円が市の損失となる。
2011年度の決算で、栗東市の将来負担比率は281.8%と、全国の市区町村で4番目に高く、新幹線新駅中止による損失(約130億円)が同市の将来負担比率を100%余り引き上げた(土地開発公社の負債分は全て将来負担比率に含まれる)。
滋賀県は栗東市と「後継プランの実施に関する覚書」を結び、栗東市が基盤整備等の各事業に要した経費の半分の支援や栗東市土地開発公社への貸し付け(2008年度末に40億円、2009年度末に10億円、2010年度に11億円)を打ち出した。
新駅計画の中止後、ジーエス・ユアサコーポレーション・三菱商事・三菱自動車工業の共同出資しているリチウムエナジージャパンがリチウムイオン電池を生産するための工場を建設し、2011年7月19日に本社もこの工場内へ移転している。
一方、跡地50haの利用状況をめぐる報道では、朝日新聞は2012年8月時点で30ha、中日新聞は同年9月時点で40haが用途未定と報じている。