大垣駅
縮小したオーミケンシ大垣工場の一部敷地利用については、ユニー(アピタ)が進出することになり、建設は2006年9月に大垣市からの許可が下り、2007年1月に着工、アクアウォーク大垣として同年10月23日にプレオープン、同年10月27日にグランドオープンした。そして2009年9月19日、『水都ブリッジ』の開通と同時に当駅北口とアクアウォーク大垣を連絡する高架通路『アクアブリッジ』が開通した。徳洲会病院の建設は2006年7月に着工、2008年4月1日に大垣徳洲会病院として開院した。
なお、残った敷地でプリント基板製造を行っていたオーミケンシ大垣EP事業場は、2009年9月に閉鎖された。2012年09月にオーミケンシが、跡地約6万mを大手住宅メーカーの積水ハウス、パナホームの計2社に譲渡すると発表した。2社は分譲住宅用地として開発を計画している。
さらに、オーミケンシ跡地南部には2014年2月に「大垣駅北ショッピングモール(仮称)」の整備計画が進んでいることが明らかとなった。岐阜県初出店となるディスカウントストアの大黒天物産(ラ・ムー大垣店、本社・岡山県倉敷市)、家電量販店大手のヤマダ電機(本社・群馬県高崎市)、衣料品販売のAOKI(本社・神奈川県横浜市)、スポーツクラブの東祥(本社・愛知県安城市)の4社がそれぞれ出店。2014年4月より着工をはじめ、10月9日にラ・ムー大垣店がオープンした以降、他店舗も順次オープンする。
人口およそ40万人(後に30万人)の大型中核都市となるはずだった合併構想が破綻したために、駅の高架化計画が不透明になっている。
当駅北口周辺では、オーミケンシの工場内の遊休地を利用し、岐阜県内のサティでは初のシネマコンプレックス型となる大垣サティを建設する予定があったものの、南口の商店街や当時駅近くにあった東宝映画館、グランドタマコシなどの反対運動が起こり、運営会社のマイカルそのものも経営不振に陥ったことで中止となった。これにより、サティと共同で計画していた北口ロータリーの整備計画も棚上げとなり、その後もこの問題が長引いたために、整備は行われるものの北口ロータリーの整備面積を縮小する予定となった。2008年1月頃に南北自由通路の付け替えに関する看板が立てられ、看板には北口完成イメージイラストが描かれているとともに、2008年度に着工した工事の状況を携帯サイトからもわかるようにとQRコードも掲載されていた。2009年9月19日に南北自由通路が開通した(愛称『水都ブリッジ』)。北口ロータリーは2012年4月より歩道部分のみ使用開始、9月16日に自噴水を活用した親水広場『水都北口 オアシス(名称は公募により決定)』の運営開始により、全面完成となった。
大垣駅はTOICAエリアの駅であるため、ICOCAエリアである米原以遠京都、大阪方面または長浜、近江塩津方面などからICOCAなどの交通系ICカードで乗車してくることはできない(逆も同様、ただし定期券を除く)。そのため改札口近辺にはその旨を記載した掲示が至るところにされている。また美濃赤坂線はエリア外となる。
東海道本線は美濃赤坂駅への支線である「美濃赤坂線」および関ケ原駅までの支線である「新垂井線」との分岐駅であるが、実際の分岐は大垣駅 - 垂井駅間の南荒尾信号場である。また、垂井方面にJR東海の車両基地(大垣車両区、かつての大垣電車区・大垣機関区)がある。
当駅を跨いで運行される快速系統(臨時列車を除く)と普通列車の運転士および車掌は、ごく一部の例外を除き当駅で交代する(2021年時点)。