アンチセンスRNA
シスに作用するasRNAは、標的遺伝子座で標的遺伝子の反対側の鎖から転写される。こうしたasRNAは、標的遺伝子と高い、もしくは完全な相補性を示すことが多い。シスに作用するasRNAがmRNAを標的として遺伝子発現を調節する場合、個々のmRNAのみを標的とすることが可能である。asRNAは標的mRNAとの相互作用に伴って、リボソームの結合を遮断するか、または標的mRNAを分解するためにリボヌクレアーゼをリクルートする。このようにして、こうしたシスに作用するasRNAは標的mRNAの翻訳を抑制する。mRNAを標的とするもののほかにも、シスに作用するエピジェネティックなサイレンサーやアクチベーターが存在する。
エピジェネティックな修飾という観点からは、「シス作用」とはasRNAが転写される遺伝子座周辺のエピジェネティックな変化を調節することを指す。こうしたエピジェネティックな調節因子は、個々のmRNAを標的とするのではなく、クロマチン修飾酵素をリクルートし、自身の遺伝子座やその近隣の遺伝子に対して影響を及ぼす。