日本フリーメソジスト教団
初期から現在まで毎年新年聖会を開催するほか、関西聖会との関わりも深い。戦後、北米総会の引退牧師夫人エバ・B.ミリカンが宣教師として来日、自宅を開放して学生伝道を行ったが、信仰的に一致できなくなり、1958年に単立教会となる。ここから現在の東京フリー・メソジスト教会に発展する。
1960年代後半の70年安保闘争は大学紛争として各学園に吹き荒れ、神学校・キリスト教主義学校にもその波は押し寄せた。そのような中で1970年、日本自由メソヂスト教団総会が大阪万博、靖国神社問題、大阪キリスト教短期大学の問題などをめぐり紛糾し、「自由メソヂスト変革委員会」を名乗る教職・信徒によって封鎖される。その後このいわゆる「教団問題」が長期化し、教団の再生とアルミニアン・プロテスタント主義に立つことを願う諸教会は1984年に日本フリーメソジスト教団を結成した。
現在、奈良県奈良市に事務局を置き、中部教区(大阪府・奈良県・和歌山県・京都府・愛知県)に14、西部教区(兵庫県)に6、東部教区(東京都・埼玉県・静岡県・茨城県・福島県・宮城県)に7,合計27の教会・伝道所・集会がある。
大阪日本橋キリスト教会は2013年、同教団を脱退し単立となった。