選択毒性
選択毒は、普遍的に利用されることで対象生物の淘汰と適応が進み、薬物耐性を獲得した生物にとって競争相手がいない環境(ニッチ)で繁殖できるチャンスが拡大してしまうこともあり、これが人間にとって不都合な性質を持つ生物であった場合は、より大きな問題となる傾向も見られる。これはまず第一に競争相手が居ないため、それら生物が環境中にある資源を独占できることにより大繁殖を果たしてしまうこと、加えて人間にとって類似する問題を解決するために従来使われてきた物質では問題解決できず、その大繁殖に対抗する手段を持たないことが挙げられる。こういった問題で顕著なケースは、様々な手段で病原菌の繁殖がコントロールされ、高度な衛生が維持されている病院内で発生する院内感染が知られている。
その一方で、選択毒性が狭い範囲にのみ有効であれば問題はないが、環境に漏出した場合に想定外の影響が出る場合もある。