函館運輸所
1137は2015年11月30日に、1093, 1095, 1102, 1141の4両は2016年3月31日に、1100, 1138, 1140, 1143, 1148の5両は2016年4月30日に、いずれも廃車され配置が無くなった。
キハ183系気動車 2018年4月時点でキハ183形3両(8563 - 8565)、キハ182形5両(7551, 7552, 7554, 7556, 7560)の計8両が配置されていた。 主に特急「北斗」で使用されたが、2018年3月の特急「北斗」定期運用の終了に伴い、順次特急「オホーツク」「大雪」向けに苗穂運転所へ転属し、2019年3月16日付で配置が無くなった。
50系客車 2015年4月1日時点でオハ50形1両(5003)、オハフ50形1両(5007) 、オハフ51形2両(5003, 5004)の計4両が配置されていた。ただしオハ50 5003は保留車であった。 保留車以外のの3両は救援車として使用されていたが、2016年3月26日の北海道新幹線開通に伴い、年度内に4両とも廃車となった。 2016年5月22日現在、オハフ51 5003・5004は函館運輸所に、オハフ50 5007は五稜郭車両所にオハ50 5003とともに留置されている事が確認されている。
ホキ800形貨車 バラスト輸送用ホッパ車として14両が配置されていた。
チ1000形貨車 入換用として、1両(チ1015)が配置されていたが、老朽化および上述のDE10形の改造に伴い、2018年3月31日付で廃車された。
ワキ5000形貨車 救援車代用として、1両(ワキ5233)が配置されていたが、2018年6月30日付で廃車された。
このほか、2016年(平成28年)3月26日まで五稜郭駅に隣接する青函派出所(せいかんはしゅつじょ)が存在した。青函派出所は1988年(昭和63年)の津軽海峡線開業に伴い青函運転区として発足したが、2002年(平成14年)に函館運輸所に統合され、同所の青函派出所となった。その後、2016年3月4日をもって青函派出所は廃止され、設備・業務を隣接する日本貨物鉄道(JR貨物)五稜郭機関区に移管している。
2015年度まではJR北海道所属のED79形電気機関車8両も配置されていたほか、五稜郭機関区に所属するED79形50番台・EH800形の留置・仕業検査・交番検査・台車検査を受託していた。また函館地区で折り返すEH500形電気機関車の留置も行われていた。なお、統合前の所属略号は「青函」(=青函運転区)だった。