上県郡
明治初年時点では全域が対馬府中藩領であった。「旧高旧領取調帳」に記載されている明治初年時点での村は以下の通り。(45村)
五根緒村、舟志村、中原村、大増村、浜久須村、玖須村、唐舟志村、富ヶ浦村、網代村、比田勝村、古里村、西泊村、泉村、豊村、鰐浦村、河内村、大浦村、佐護村、西津屋村、佐須奈村、櫛村、佐賀村、志多賀村、小鹿村、一重村、葦見村、琴村、志多留村、伊奈村、越高村、御園村、犬ヶ浦村、樫滝村、瀬田村、飼所村、鹿見村、久原村、女連村、津柳村、青海村、木坂村、狩尾村、三根村、吉田村、賀佐村
明治2年8月7日(1869年9月12日) - 府中藩が改称して厳原藩となる。
明治4年 7月14日(1871年8月29日) - 廃藩置県により厳原県の管轄となる。 11月14日(1871年12月25日) - 第1次府県統合により伊万里県の管轄となる。
明治5年 5月29日(1872年7月4日) - 佐賀県(第2次)の管轄となる。 8月17日(1872年9月19日) - 長崎県の管轄となり、長崎県出張所巌原支庁が設置される。
明治11年(1878年)10月28日 - 郡区町村編制法の長崎県での施行により、行政区画としての上県郡が発足。上下県郡役所が下県郡厳原町に設置され、同郡とともに管轄。
明治16年(1883年)6月1日 - 厳原支庁が再設置。
明治17年(1884年)4月1日 - 上下県郡役所が廃止。以降は地域区分名称となる。
明治19年(1886年)8月18日 - 厳原支庁を対馬島庁と改称。
明治30年(1897年)4月1日 - 郡制を施行。