在日米軍再編
2006年3月12日に行われた住民投票の結果、投票率は全有資格者の58.68%となり、住民投票は成立。その上で、空母艦載機受け入れに反対が43,433票となり、賛成(5,369票)を大きく上回るだけでなく、当日有資格者全体の過半数を占める結果となった。これを受けて井原市長は、空母艦載機受け入れ反対を正式表明した。また、これを受けて二井関成山口県知事も「(現時点では)地元の理解が十分得られておらず、県としても(空母艦載機移転を)容認できない」旨を表明した。
しかし、国全体の防衛政策に関わる在日米軍再編計画(と、それに伴う空母艦載機移転)についての問題が住民投票になじむのかという意見があり、住民投票結果を受けても在日米軍再編計画に影響はないのではないかという見方がある。また、周辺町村との合併により旧岩国市の条例であった住民投票条例そのものが消滅し、新市に於いて旧市の住民投票結果の効力そのものを疑問視する声もある。その一方で、投票の結果が当日有資格者の過半数による反対であったことは事実であり、この投票結果は重んじられるべきだとする声もあった。
この合意に対し、訪米中の神奈川県知事・松沢成文は同日、「憤りを感じる。地元の意向が無視され、極めて遺憾だ」、「政府は地元の意向を尊重すると言うが、結局は一方的に地元に通告するだけだ。何のための日米交渉なのか全く分からない」、「原子力空母配備を当然と考えていたなら、なぜわれわれが(通常艦配備を)要望に行った段階でそう言わないのか」と取材陣に訴え、憤りの表情を隠さなかった。
また、訪米日程を終えた知事は、10月31日に知事を訪れた横浜防衛施設局局長から在日米軍再編の中間報告について説明を受けた際も、知事は「地元負担の具体的な軽減が見られない。厳しく交渉し、軽減を求めたい。国も応じる義務がある」と強い反発をあらわにした。
地元の横須賀市議会においても11月2日、臨時議会を開き、配備の日米合意撤回を求める意見書を保守系含め全会一致で採択し、外相に手交、首相には郵送したとされる。
一方、10月27日(配備通告の日)にシーファー大使から電話で通告を受けていた横須賀市長・蒲谷亮一は11月10日、赤坂の米国大使館で同大使と初面談、配備は納得しがたいと述べた。しかし大使は、原子力空母の配備しか現実的にあり得ないと市長に回答している。