JR東海313系電車
東海道線 (名古屋地区)用として2010年8月から10月にかけ、大垣車両区に4両編成7本(28両、J1 - J7編成)が配置され、同年9月より順次営業運転を開始した。大垣車両区配置分では初めての1000番台車となったが、J3編成は落成直後の2010年10月に神領車両区に貸し出され、同区の1000番台や1100番台と共通で運用されていた。これにともない2010年度末までに117系が20両(4両編成5本)廃車された。3両編成は存在せず、1600番台も製造されていない。
普通列車(掛川駅・浜松駅 - 岐阜駅および大垣駅 - 米原駅)を中心に運用され、導入当初は311系と共通運用であったが、現在は独立した運用が組まれている。なお、静岡駅までの運用はダイヤ改正毎に消滅と再度の設定を繰り返しており、名古屋駅直通の区間快速を中心に武豊線でも運用されている。車両不足時には0番台や311系の代走に入る場合もある。
2021年4月1日現在、4両編成7本28両が大垣車両区に配置されている。
2020年より検査を受けた車両にはワンマン機器を搭載する工事が施工されている。
B500編成
2021年4月1日現在、2両編成16本32両が神領車両区に配置されている。 2011年8月11日に上述の3000番台の運用の一部を置き換える形で営業運転を開始した。なお、捻出された3000番台は先述のとおり、4編成8両が同月15日付で大垣車両区に転属した。 中央本線南木曽駅以北や関西本線および武豊線でのワンマン列車を中心に、東海道本線大府駅 - 岐阜駅・大垣駅間やJR東日本区間への乗り入れも行われており、B400台編成と同様に中央本線名古屋駅 - 中津川駅間でも運用されている。 2022年3月のダイヤ改正より、本編成グループは中央本線名古屋駅 - 中津川駅での定期運用がなくなり、同区間では中央本線中津川駅以北や関西本線などへの送り込み回送列車や他編成の検査・故障時の代走として運行されるのみとなった。
ワンマン列車運賃表示用液晶ディスプレイ
半自動ドア用のドアスイッチ(外)
半自動ドア用のドアスイッチ(中)
2600番台 N4編成
2300番台 車内
2021年4月1日現在、静岡車両区に3両編成10本(30両、N1 - N10編成)、2両編成9本(18両、W1 - W9編成)の計19本48両が配置されている。3両編成は2600番台、2両編成は2300番台と称し、身延線・御殿場線で運用される。クハ312形はほぼ同仕様であるため、いずれも2300番台を称する。座席はロングシート。
2両編成のうち2本は霜取りのためパンタグラフを2基搭載しており、この編成のクモハ313形は2350番台と称する。冬季に限りこの2本は身延線、御殿場線系統での限定運用となっていたこともあったが、2023年現在では限定運用は組まれていない。
列車本数の少ない線区での運用を考慮し発電ブレーキを搭載。2両編成は将来的にワンマン運転に対応させるための準備工事がなされており、出入口表示機が設置されているほか、整理券発行機の筐体が設置されている。その他の仕様は基本仕様車と同一である。
5次車の1300番台は8編成16両が投入され、2014年8月6日にB517編成 - B520編成、2015年1月14日にB521編成 - B524編成が日本車輌製造豊川製作所を出場した。神領車両区に配属され、既存のB500番台編成同様、落成当初よりワンマン運転対応である。試運転を経てB517 - B520編成は2014年9月より、B521 - B524編成は2015年2月より営業運転を開始し、既存のB500番台編成と共通で運用されている。2021年4月1日現在、2両編成8本16両が神領車両区に配置されている。
4両編成の0番台(Y14編成)
2両編成の300番台(Y45編成)
東海道線 (名古屋地区)用の車両で、2021年4月1日現在、大垣車両区に4両編成15本(60両、Y1 - Y15編成)と2両編成16本(32両、Y31 - Y46編成)の計31本・92両が配置されている。2両編成は300番台と称する。
車内の配色は青を基調とし、座席はシートピッチ875 mmの転換クロスシートであるが、扉横と車端部は方向が固定されているため、実際には過半数の座席が転換できない。また、輸送力確保のため扉間の座席を5列としたことで、座席数が従来の車両より減少することとなった。扉間の窓配置は、シートピッチに合わせて5等分されている。
1999年7月12日に営業運転を開始し、同年12月4日のダイヤ改正以降、快速列車(浜松駅・豊橋駅 - 大垣駅・米原駅)および普通列車(大垣駅 - 米原駅・美濃赤坂駅)の大多数は本番台による運行となり、所要時間短縮と列車の増発が行われた。
2015年3月1日の武豊線電化開業に伴う増備車として2014年度に28両が製造され、神領車両区および大垣車両区に配属された。いずれも武豊線専用ではなく、既配置の車両と共通運用されている。増備車の投入で捻出されたキハ25形0・100番台5編成10両、キハ75形200・300番台3編成6両と3200・3300番台3編成6両および400・500番台6編成12両は2015年3月10日付で美濃太田車両区に転出した。