美濃太田車両区
1200+1300番台2両編成3本(1203+1303・1204+1304・1205+1305)、3200+3300番台2両編成3本(3206+3306 - 3208+3308)、3400+3500番台2両編成6本(3401+3501 - 3406+3506)の計24両が配置されている。
2015年3月に24両が名古屋車両区から転入した。なお、2017年3月に1200+1300番台2両編成1本(1203+1303)が名古屋車両区に再度転出したが、2019年3月11日付で美濃太田車両区に戻っている。
高山本線岐阜駅 - 下呂駅間、太多線で運用される。下4桁が3000番台の車両はワンマン運転に対応している。繁忙期には快速「みえ」の応援に入ることもある。