ウイルスタンパク質
ウイルスの制御タンパク質やアクセサリータンパク質には多くの機能がある。これらのウイルスタンパク質は、ウイルス構造遺伝子の転写率を含む、ウイルスゲノム内のウイルス遺伝子の発現を制御し、影響を及ぼす。ウイルス制御タンパク質やアクセサリータンパク質も、遺伝子の制御やアポトーシスなど、宿主細胞の細胞機能に影響を与え、調整する。
DNAウイルスやレトロウイルスでは、ウイルス制御タンパク質がウイルス遺伝子の転写を促進するのと同様に、これらのタンパク質は宿主細胞の遺伝子転写も促進することができる。
ウイルスアクセサリータンパク質は、補助タンパク質とも呼ばれ、レトロウィルスのゲノムにコードされている。ほとんどのウイルスアクセサリータンパク質は、特定の種類の細胞でのみその機能を発揮する。また、それらはウイルスの複製にはあまり影響しない。ただし、場合によっては、ウイルスの複製を維持するためには、ウイルスアクセサリータンパク質の助け(および機能)が必要になることもある。
ウイルス構造タンパク質の多くは、ウイルスのカプシドとエンベロープを構成する成分である。
ウイルスの非構造タンパク質は、ウイルスのゲノムによってコード化されたタンパク質であり、感染した細胞で発現する。ただし、これらのタンパク質はビリオン内では組み立てられていない。ウイルスが複製される際に、いくつかのウイルス非構造タンパク質は、複製プロセス自体に影響を与える重要な機能を実行する。同様に、ウイルスの組み立て時にも、これらのタンパク質の一部は、組み立てプロセスに影響を与える重要な機能を実行する。このようなウイルス非構造タンパク質の機能としては、レプリコン形成、免疫調節、およびウイルス構造タンパク質をコードする遺伝子のトランス活性化などが挙げられる。
ウイルス非構造タンパク質は、宿主細胞タンパク質と相互作用して、レプリコンを形成する。これは複製複合体としても知られている。C型肝炎ウイルスでは、ウイルス非構造タンパク質が細胞小胞膜輸送タンパク質であるhVAP-33と相互作用してレプリコンを組み立てる。ウイルス非構造体4b(NS4B(英語版))タンパク質は、宿主細胞膜を変化させ、複製複合体の形成プロセスを開始する。また、NS5A(英語版)、NS5B、NS3(英語版)などの他のウイルス非構造タンパク質も複合体に動員され、NS4Bはそれらと相互作用してウイルスRNAに結合する。