対馬警備隊 (陸上自衛隊)
対馬警備隊は普通科中隊1個を基幹とする小規模な部隊であるが、警備隊長としては1等陸佐(二)が補職される。他部隊と比較すると、人員数ではほぼ同規模の普通科大隊(2等陸佐)はもちろん、旅団隷下の普通科連隊(1等陸佐(三))よりも格上で、師団隷下の普通科連隊と同格の扱いとなっている。これは、有事に他の地域から増援されてきた部隊を指揮下に編入することを想定した措置とされている。
このような措置を踏まえて、隊としての指揮・後方支援機能も充実している。例えば隊本部の管理支援を目的とする本部中隊は、部隊名こそ普通科大隊の本部中隊と同じだが、編成的にはこれまた普通科連隊の本部管理中隊に準じたものとなっている。すなわち、普通科大隊の本部中隊は大隊本部班・情報小隊・通信小隊・対戦車小隊のみの編成なのに対して、警備隊の本部中隊には、隊本部班・情報小隊・通信小隊・対戦車小隊に加えて施設作業小隊や衛生小隊、狙撃班も設置されている。
また普通科連隊・大隊には存在しない後方支援隊が設置されているのも、大きな特徴である。これは増援部隊が到着し、警備隊の規模が拡大して兵站支援業務が増大しても対応できるようにするとともに、大規模災害なども含めて駐屯地・島が孤立した場合にも独立して活動を継続できるようにする意図もあると考えられている。また平時においては駐屯地管理業務も担当している。
なお1個のみ設置されている普通科中隊も、通常の連隊隷下の普通科中隊では3個小銃小隊を基幹としているのに対し、警備隊隷下の普通科中隊では4個小銃小隊を基幹としており、中隊としての規模は大型編成とされている。また構想段階では舟艇中隊の編制・編入も検討されたが、内局の同意を得られず最終的には断念している。
1961年(昭和36年)9月:第4管区隊対馬作業隊が常駐するようになる。
対馬派遣隊(第41普通科連隊第4中隊)
1962年(昭和37年)8月25日:対馬分屯地設置により、第41普通科連隊第4中隊(約100名)が「対馬派遣隊」として派遣される。
対馬警備隊
1980年(昭和55年)3月25日:対馬警備隊が対馬駐屯地に新編。
※編成(本部、本部中隊(情報・通信・施設各小隊)、普通科中隊(3個小銃小隊・迫撃砲小隊)、後方支援隊)
1985年(昭和60年):参議院内閣委員会によって、国政調査の対象として参議院内閣委員会の派遣委員が部隊を訪問する。11月26日の第103回国会参議院内閣委員会で派遣委員の報告が行われる。
1989年(平成元年)3月24日:普通科中隊の小銃小隊が3個小隊から4個小隊に増強、84mm無反動砲×3門、81mm迫撃砲×1門が増強配備。
1994年(平成06年)3月28日:本部中隊に対戦車小隊を新編。
2008年(平成20年)11月:対テロ戦闘演習を対馬全域で実施。
2009年(平成21年)1月26日:長崎県の対馬市長、同市会議長らが対馬での防衛力強化(連隊規模の部隊の配備、演習場や防衛施設の増設等)を求める要望書を増田好平防衛事務次官に手渡した。