フライハイトフロンティア
アブドラに何年も仕えている兵士の男。性格から誤解されがちなアブドラの愛国心を知り、彼に心酔している。
リルガード軍艦に突撃するアブドラの側に立ち、臆することなく最後まで仕えた。
霊峰シェン・ツァに住まう、雷を司る竜。ダイスザンの人間からは豪雷龍と呼ばれ、恐れられている。
唯一無二の絶対神「女神ミゼン」を崇拝する宗教団体。表向きは自然を愛する信仰深い宗教団体だが、自然破壊をする企業や団体などに対して攻撃的な態度を取っていると噂されている。教団は隠れ蓑に過ぎず、裏ではマヴロ司教による世界征服を目的とした非道な人体実験が行われている。
ラグランジュの配下。鳥類を想起させる容姿を持った魔獣で、睡眠などの状態異常を交えた攻撃を多用する。ラグランジュに通じるワープゾーンに結界を張っていた。
チェントファミリーのボス。老齢の男性だが、秘めた野心は強い。ビッグ・ジョンが病に倒れたのを好機に、トゥリッパーノファミリーのなわばりを奪いにかかった。次第に版図を広げていったが、プレイヤーを用心棒として迎えたトゥリッパーノファミリーに押され始める。
最後はコーザの屋敷まで攻め込まれ、切り札としてペットの「ベスティアちゃん」を解放。だがプレイヤーに母が立たず、最後の切り札も打ち倒されてしまった。
敗北を認め、「なわばりを奪うなり、屋敷を燃やすなり好きにしろ」とにらむが、リトル・ジョンは必要以上に血を流すことを避け、笑顔で立ち去っていった。その姿にコーザはかつてのビッグ・ジョンを髣髴させた。
以後は不要な争いは行わず、トゥリッパーノファミリーのような暖かい組織を作ることに専念している。
ラナとニアの幼馴染。『フライハイトクラウディア』シリーズでは、2作目と3作目(の終盤において)での主人公を務めていたキャラクター。ニアよりひとつ年上だが、彼女からは弟のように思われている。
本作ではニアの救出を祝うパーティーが初登場となる。リサから「おじさん」と呼ばれ、「お兄さんな」と微妙に訂正していた。町の人の話ではラナらしき女性と一緒に酒場に飲みに来るなど、今でも友好な関係が窺える。
旧作の主人公であるにもかかわらずもう1人の主人公であるレイナスとは対照的に本作の出番は少なく、NPCとしてパーティーに加わることもなかった。
「監獄レギンスレゴラを襲撃して犯罪者達を解き放つ」という偽りの情報を流し、レイナスたちを欺いた男。多数の部下を率いてルセムルク首都バルブールのLODSコントロールタワーを占拠。制御装置を破壊してクラウディア中を混乱させようと行動した。
BUNFとBIPの連合軍との戦いの最中、駆け付けたプレイヤーによって彼の凶行は阻止されたが、死に際に「この襲撃でのリーダーなら自分だ」と言い残しており、更に黒幕がいることを予感させていた。
後に、今回の作戦はリルガード帝国とファズム・ロッジによる合同作戦だったことが明かされる。
ヴァージンスノー家の一人娘。レイナスの娘リサとは友人で、よく遊んでいるらしい。魔法を極めようとするリサとは対照に、クレアは剣を手にしている。
自分の教育方針で喧嘩ばかりしている両親を見て、「仲直りして欲しい」と考え、父ドモラがプロポーズの際に贈った三種の花を集めに家を出てしまう。家出したと勘違いした両親は森を抜け、山を登り、魔獣に襲われているクレアの姿を発見する。
毅然と怯まず魔獣を説得して帰したクレアの姿を見て、今までぶつかり合っていた両親の教育方針は激変。クレアの勇敢な姿が夫婦の考えに影響を与えた。
ソフィーの婚約者。急に自分を避け始めたソフィーを心配している。
長剣使いの女性。レイン直属の部下の一人。三幹部の中では一番クールで、レインに心酔している。
グランフォースの尖兵としてトラントリアに攻め込み、カイル、レニーとともにアズロ兄弟と対決。その後レインと合流し、レニーとともにプレイヤーたちの退路をふさぐべくエアシップターミナルを占拠。
ウォレスはレニーと戦い、そしてプレイヤーはリエラと戦闘を開始。敗北を喫したリエラは、信じられないといった様子でプレイヤーを見る(四天王、将軍クラス以外の相手に負けたのが衝撃的だった模様)。
プレイヤーがトラントリアの人間ではないと気づいた直後、ウォレスによって切り捨てられた。しかし、女性を殺すのはためらいがあったのか致命傷ではなかった模様(重傷だったレニーとは違い、立ち上がれるくらいの手傷だった)。
バルディア大戦ではライの軍艦と戦いを繰り広げた。互いに女として立ちふさがり、リエラはライに「あなた自身は何のために戦っているの?」と問われるも、目して語らず。ライとの激戦の末敗北。
死の直前、リエラがアルバート・レインの名を口にしたことで、同性ゆえに、そして同じく愛する人がいたライは彼女の戦う理由を悟る。
必殺技は、列攻撃の「帝国式魔絶刃」。ほか、「パリィ」という防御スキルで物理攻撃を無効化する。
ヴァイスがリサとニアの魔力波長を利用して開いたゲートから現れた、巨大な人型魔獣。鋼鉄のような装甲を全身にまとっている。
雷系の攻撃を多用してくる。
プラーレムレスに住まう、巨大な一つ目の魔獣。4体で登場するのが特徴。
アゼムソフィアでソーダリング教授の助手を勤める青年。ソーダリングを非常に尊敬している。熱くなりやすい性格で行動力が高い。
ソーダリングの裏切りをしってショックを受けていたが、「もうあんな奴にコキ使われず、好きなように研究が出来るんだ!」と無理やり自分を奮起させ、「理想のソーダリング」のように古代魔法の研究を続けることを誓った。
ガンナーの青年。拳銃を武器としている。レイン直属の部下の一人。三幹部の中では一番おどけて、空気を読まない言動が目立つ。基本的に敬語を使うが、内容は軽い。無意味に大声で騒いだりする明るい性格。
レニーとは五年来のコンビで、任務の際はふたりで活動することが多い。バルディア大戦ではレニーと共にセントミラ軍艦と戦いを繰り広げる。
ハントとヴァイス、そしてプレイヤーと交戦。五年の経歴ではハントとヴァイスには遠く及ばず、激戦の末死亡。相棒に一言も遺すことなく静かに息を引き取った。
必殺技は全体攻撃の「帝国式輪乱射」。また、「遠距離攻撃」で列を無視したダメージを与えてくる。
ミゼリオ村の村長を務める老人。フィーネとアルヴェーロを引き取り、育ての親となった。
スピーディーなゲーム進行が売り物だった前作とは異なり、全体として長期間にわたるプレイを前提としたゲームバランスとなっている。ゲーム全体のスピードも前作と比べ遅めであり、前述したオンライン要素の導入に伴い通信やオートセーブが頻繁に発生する。特にキャラクターの移動速度は前作と比べ著しく遅く、サービス開始後しばらくして配信された課金アイテム「ポストマンリング」を装備することでようやく前作並みのスピードとなる。
また全滅時の仕様変更(オートセーブされたうえ所持金が半額となりスタート地点に戻される)、一部の状態異常と戦闘不能が戦闘終了後も継続、MP(マジックポイント)がSP(スキルポイント)に変更され戦闘時の防御による回復は廃止など、基本システムの一部は前作から大きく変更されている。
戦闘システムは前作で採用されていた「マルチウェイトバトル(全ての行動にウェイトが設定されウェイトの早い順に行動する)」を継承、と表向きにはされているが、実際の行動順はほぼSPDの数値のみに依存しており、選択した行動に大きく左右されることは少ない。また行動は必ず1人ずつ実行され、前作のように1人の行動が完了する前に他のキャラクターが行動を開始したり、複数人が同時に行動したりすることはない。
このため前作の戦闘と比較して一般的なターン制バトルに近いものとなっている。
前作『フライハイトクラウディア』に登場した敵対組織の幹部。本編クリア後の追加ストーリーに登場する。