第5次吉田内閣
検察庁は一連の捜査の過程で政府に対し、収賄罪の嫌疑を示して、与党自由党幹事長佐藤栄作の逮捕許諾請求手続きを執るよう求めた。この動きに対して吉田首相は、法務大臣犬養健に、検察庁法14条に基づく指揮権発動を行うよう指示した。これを受けて犬養は、同年4月21日、佐藤藤佐検事総長に対し、佐藤の逮捕を中止して、任意捜査及び在宅起訴に切り替えるよう指揮した。法務大臣による検事総長への指揮権発動は、これが戦後初めてのことであり、表だって刑事事件の捜査に政治的圧力が加えられる事態となった。この指揮権発動に対する世論、野党の反発は激化し、翌日には犬養法相は法務大臣の職を辞めざるを得なくなった。以降、法務大臣による指揮権発動は行われていない。
同年9月26日、造船疑獄による政局不安定が続く最中、吉田はカナダ、フランス、西ドイツ、イタリア、バチカン、イギリス、アメリカの7カ国訪問に出かけた。この間に、三木武吉の運動によって反吉田派が結集し、鳩山一郎を総裁とする日本民主党が結成された。野党は吉田内閣不信任案を提出する動きに出て、吉田は終始、強気の姿勢であったが、緒方竹虎、松野鶴平、そして幹事長の池田勇人の説得を受け入れる形で内閣総辞職した。