メガケイラ類
Pioche Shale(アメリカ、ネバダ州):Alalcomenaeus sp. Wulongqing Formation(Guanshan biota、中国、雲南省):Parapeytoia sp. Emu Bay Shale(オーストラリア、カンガルー島):Tanglangia rangatanga、Oestokerkus megacholix
消化系(消化管)は頭部の腹側で後ろ向きに開口する口から始め、上向きに曲がり返した咽頭を介して腸に連結する。腸は頭部の咽頭から胴部の後端まで走り、レアンコイリア、Oestokerkus とヤウニクの場合、胴節に対応する消化腺(digestive gland, diverticula, 中腸腺 midgut gland)が中腸で対になって配置されることが分かる。肛門は尾節と最終胴節の腹面の境目に開口する。
レアンコイリアの頭部の背甲(cp)、ハイポストーマ(hyp)、眼(es)と大付属肢(ga)
フォルティフォルケプスの頭部の背甲(cs)、眼(ey)、大付属肢(ba, pd)と脚(ca2-3)
ジェンフェンギアの頭部前端の甲皮(ap)、眼柄(es)と複眼(ey)
頭部(cephalon, head)は1枚の背甲(carapace)に覆われ、先頭は往々にして対になった眼をもつ。眼は複眼であり、1対もしくはレアンコイリア科において特徴的な2対で、1対の場合は眼柄に突出したものがある。一部の種類は、先頭背面に1枚の目立たない甲皮(anterior sclerite)と、その腹面から突出した1対の触角様の構造体(frontal protuberances)がある。
頭部最初1対の付属肢は特徴的な大付属肢で(後述)、眼の直後、頭部の腹面から正面に張り出している。口は大付属肢の直後にあり、知られるものでは後ろ向きに開口して1枚の板状の構造体に覆われており、これは文献によりハイポストーマ(hypostome)、上唇(labrum)、もしくは両者の複合体(hypostome-labrum complex)と解釈される。それ以降の後半部分は、後方ほど発達した数対の脚がある(後述)。
付属肢の数と中枢神経系の構造(後述)を基に、この頭部は一般に先節(眼とハイポストーマ/上唇)と第1-4体節(大付属肢と3対の脚)を含む合体節とされるが、第3体節(第2対の脚)や第5体節(第4対の脚)まで含むとされる種類もある。
フォルフェクシカリス
オッカカリス
イソキシス
キリンシア
Kiisortoqia
メガケイラ類に似た特徴をもつカンブリア紀の化石節足動物はいくつか挙げられる。フォルフェクシカリス(Forfexicaris)とオッカカリス(Occacaris)という、かつてメガケイラ類と解釈され、体が二枚貝様の甲皮に覆われた不明点の多い節足動物は、大付属肢によく似た1対の捕獲用の付属肢がある。イソキシス(Isoxys)の一部の種類も、前端の付属肢に大付属肢を思わせる性質が見られる。Kiisortoqia とキリンシア(Kylinxia)は前端の付属肢がラディオドンタ類の前部付属肢によく似ているが、胴部の構成はむしろメガケイラ類に似て、特に後者の前端の付属肢は大付属肢に近い性質もわずかにあわせもつ(キリンシア#他の節足動物との比較を参照)。これらの節足動物は、ほとんどがメガケイラ類とは別系統扱いされており、その類似性は、単なる祖先形質の名残もしくは収斂進化の結果と考えられる。