シン・シャル・イシュクン
シン・シュム・リシルの反乱の数ヶ月後、バビロンで別の反乱が発生した。ナボポラッサル(ナブー・アパル・ウツル)と呼ばれる役人または将軍が、恐らくはシン・シュム・リシルの反乱による混乱とバビロニアにおける空位 に乗じる形で、ニップル市とバビロン市を攻撃した。ナボポラッサルの軍勢はシン・シャル・イシュクンが現地に残していた守備隊からバビロニアの諸都市を奪取したが、シン・シャル・イシュクンの対応は迅速で、前626年10月にはアッシリア軍がニップル市を奪還しウルクでナボポラッサルを包囲すると同時にバビロン市の再占領(これはバビロン市に対してアッシリアが歴史上最後に取った行動となる)にも取り掛かった。しかし、バビロン市への攻撃はナボポラッサルの守備隊によって撃退され、ウルクへの攻撃も同様に失敗した。
アッシリア軍による反撃失敗の余波の中で、ナボポラッサルは前626年11月22/23日にバビロン王(英語版)に即位し、独立したバビロニア王国を再建した。前625年から前623年にかけて、シン・シャル・イシュクンの軍勢は再度ナボポラッサルの打倒を試みて北部バビロニアに遠征を行った。当初は順調に進み、前625年にシッパル市を占領するとともに、ナボポラッサルによるニップル市の再占領を阻止した。この争いの最中に、アッシリアの別の属国エラムはアッシリアへの貢納を打ち切り、デール市(英語版)などいくつかのバビロニアの都市がナボポラッサルの反乱に加わった。これが引き起こす脅威を認識していたシン・シャル・イシュクンは自ら大軍を率いて反撃を行い、前623年にウルクの奪還に成功した。
前622年にアッシリアの西方の属州で、別のアッシリアの将軍による反乱が発生した。
前615年、ナボポラッサルとバビロニア軍はアッシリアの儀式的・宗教的中心であり、当時アッシリア帝国の最南端に残されていた都市であったアッシュル市を攻撃した。シン・シャル・イシュクンは速やかに軍を再編して反撃し、アッシュル市の包囲を解かせ、ナボポラッサルをタクリート(ティクリート)に撤退させた。シン・シャル・イシュクンはさらにタクリートでナボポラッサルを包囲したが、最終的にはこれを諦めなければならなかった。両国の戦闘はアッシリアが守勢に回る局面に移っていたが、この時点では一般的なメソポタミアの慣行に従って戦いが行われており、攻撃、反撃、後退があったものの、両者とも決定的な対決をする自信も、それを強要する手段も持ち合わせていなかった。敗北と後退を繰り返したにもかかわらず、アッシリア軍はなお強力であり、素早く展開することが可能であった。
前615年の末、または前614年、キュアクサレス統治下のメディア軍がアッシリアに侵入し、シン・シャル・イシュクンに対する遠征の準備としてアラプハ市周辺の地域を征服した。アッシリアとメディアの関係について論ずる古い史料は豊富に存在するが、キュアクサレスの侵攻に至る時代のものは現存しておらず、そのためメディアによる突然のアッシリア攻撃の政治的文脈・理由は不明である。恐らく、アッシリアとバビロニアの戦争がメディアの経済を混乱させ、直接的な攻撃を引き起こしたのであろう。
前614年7月または8月、メディア軍はカルフ(ニムルド)市とニネヴェ市に対する攻撃に取り掛かかり、タルビス市の占領に成功した。彼らは古代のアッシリアの中枢アッシュル市も包囲して占領することに成功し、略奪し多くの住民を殺害した。