マヌエル・ペレグリーニ
7月には就任後初となる大会(ピースカップ)に挑んだが、準決勝でイタリアのユヴェントスFCに1-2で敗れてベスト4に終わった。2009-10シーズンのリーグ開幕戦はデポルティーボ・ラ・コルーニャとの対戦となり、3-2で勝利して初勝利を挙げた。10月27日、コパ・デル・レイのラウンド16ではセグンダ・ディビシオンB(3部)に在籍するADアルコルコンに2試合合計1-4で敗れ、早くも大会からの敗退が決まった。2010年3月10日には再度打撃を受けた。UEFAチャンピオンズリーグの決勝トーナメント1回戦でフランスのリヨンと対戦し、2試合合計1-2で敗れ去った。この敗北の後、ペレス会長はペレグリーニ監督に最後通牒を突きつけ、リーグタイトルを獲得できなければ解任すると警告した。
リーグ戦では38試合でクラブ記録の勝ち点96を獲得したが、勝ち点99を稼いだFCバルセロナには及ばず2位に終わった。2010年夏には幾度も解任の噂が流れ、5月26日に解任されてジョゼ・モウリーニョが後任監督に就任した。しかし、もしモウリーニョの招聘に失敗した場合はペレグリーニを留任させる予定であった。解任の際には、ペレス会長とは2009年8月からまともな話をしていなかったことを明かした。