四つ仮名
1946年には「現代かなづかい」が、1986年にはそれを改訂した「現代仮名遣い」が内閣告示として公布された。現代仮名遣いでは、四つ仮名は語源通りに書き分けることをやめ、基本的には本来「ぢ」「づ」のものでも「じ」「ず」と書くことを基本としている。例えば「葛」「屑」は歴史的仮名遣いではそれぞれ「くず」「くづ」だが現代仮名遣いではどちらも「くず」と書かれ、「富士」「藤」は歴史的仮名遣いではそれぞれ「ふじ」「ふぢ」だが現代仮名遣いではどちらも「ふじ」と書かれる。これは発音が完全に同一になったためになされた措置である。ただし例外として、「鼻血」(はなぢ)、「三日月」(みかづき)、「気付く」(きづく)のように、連濁によって「ち」「つ」が濁って生じたものが明らかである場合や、「縮む」(ちぢむ)「続く」(つづく)のように、同じ音が連呼されたことにより有声化したものは「ぢ」「づ」と書くと定められた。つまり、現代の「ぢ」「づ」は発音の違いを表すものではなく、濁る前の語源を明示するための語源的な配慮、あるいは視覚的な配慮であると言える。また同音連呼の場合は、踊り字を用いて、「ちゞむ」「つゞく」と続く場合にも配慮したと思われるが、この踊り字は第二次世界大戦後に、あまり使われなくなった。
江戸時代には、四つ仮名の混乱はますます進んでいき、17世紀末の元禄時代(1688年 - 1703年)までには「ジ」と「ヂ」、「ズ」と「ヅ」がそれぞれ完全に同音になった。京都ではこの変化は「ヂ」「ヅ」が破擦音 [ʥi] [ʣu] から摩擦音 [ʑi] [zu] へと変化する方向に進み、「ヂ」「ヅ」が「ジ」「ズ」に統合される形になったが、撥音(ン)の直後に限っては逆に摩擦音から破擦音へ変化し、現在見られるような条件異音化が進んだ。また語頭の四つ仮名が破擦音と摩擦音のどちらに統合されるかは方言によって異なるなど、複雑な様相を呈した。
1695年には、『蜆縮涼鼓集』(けんしゅくりょうこしゅう)という、四つ仮名の書き分けのみを専用に扱った書籍が出版された。この本の書名は、「蜆(しじみ)」「縮(ちぢみ)」「涼(すずみ)」「鼓(つづみ)」と四つ仮名を含んだ言葉を集めたものである。このような書籍が出版された背景には、四つ仮名が発音上は同音に帰して区別されなくなっていたのに対し、少なくとも知識人層は表記上は厳密な書き分けが要求されており、混乱があったという事情がある。しかし誤った表記が見られることもしばしばあり、松尾芭蕉(1644年 - 1694年)が「出づ」を「出ず」と書いた例があるなど、文人でも混乱する場合があった。
現代仮名遣いでは、複合語であるなどの語源意識が残っており、「ち」「つ」などから生じたことが明らかである場合に「ぢ」「づ」を用いることになっているが、語源意識が残っているかどうかを客観的に定めることは難しく、どうしても主観的にならざるを得ないとして、「現代かなづかい」の策定当初から批判や異論が多くあった。例えば、「世界中」(せかいじゅう)、「稲妻」(いなずま)などの語は、表記を見れば「中」(ちゅう)、「妻」(つま)が連濁したものだと推測できるが、「じ」「ず」で書くと定められた。これは、これらの語が二語に分解できるという意識が現在では薄いと判定されたためだが、語源意識が残っていると考えれば「せかいぢゅう」「いなづま」と書くものだとも考えられる。その後、「現代仮名遣い」では、「世界中」「稲妻」などの一部の語は、「じ」「ず」で書くことを本則とし、「ぢ」「づ」で書くことも許容するという方針が打ち出された(詳細は現代仮名遣いの項を参照)。
また、漢字音についても、連濁で生じたものを除いて、全て「じ」「ず」に統一する。例えば、「地」という漢字は、歴史的仮名遣いでは呉音が「ヂ」、漢音が「チ」であったが、現代仮名遣いでは呉音のものは「ジ」と書かれる。「地面」「地震」などは、本来清音のものが連濁で濁音になったわけではなく、呉音で元々濁音であるため、現代仮名遣いでは「ぢめん」「ぢしん」ではなく「じめん」「じしん」と書くことになっている。