日本スポーツ協会
日本学生野球協会所属(大学野球・高校野球)の選手の場合、日本学生野球協会は体協には未加盟だが、その上位組織的な位置付けにある全日本アマチュア野球連盟がJOCに加盟しているのでオリンピックには参加できた。またオリンピック以外の国際野球大会にも出場できる。なお、全日本アマチュア野球連盟を日本学生野球協会と同時に構成している日本野球連盟は体協に加盟している。
各競技団体が加盟し、都道府県単位の下部組織を持つスポーツの全国組織としては、体協の他に新日本スポーツ連盟があるが、両者の接点はなく、お互いの公式サイトでもリンクは設定されていない。ただし、新日本スポーツ連盟の加盟団体に所属する各クラブや選手は体協加盟団体への参加も可能で、両者の公式戦に参加する事が可能である。また、加盟団体を通じた参加者数では体協が新日本スポーツ連盟を圧倒し(特にオリンピック参加が可能な程度のハイクラスの選手層ではほぼ全員が体協系の団体のみに参加)、JOCなどとも深く関連しているため、通常のマスメディア報道などでは注釈抜きで体協が日本を代表するスポーツ団体と見なされている。
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1995年 - 2005年: 安西孝之(昭和エンジニアリング相談役)
2005年4月 - 2011年3月: 森喜朗(第85代・第86代内閣総理大臣、衆議院議員)
2011年4月 - 2017年6月: 張富士夫(トヨタ自動車会長)
2017年6月 - 2023年6月: 伊藤雅俊(味の素会長)
2023年6月 - 現在: 遠藤利明 (自由民主党総務会長)
特に第二次世界大戦後は保守系の大臣経験者や首長が多く、中でも自由民主党の政治家が占める場合が多い。主に体育指導者としての経歴を積んだのは日本陸上競技連盟(陸連)会長だった青木半治のみで、オリンピックに選手として出場経験を持つ者もいない。ただし、東龍太郎は日本スポーツ医学の草分けと評され、河野謙三(陸上競技)や森喜朗(ラグビー)など学生時代に選手として活動するなど、スポーツに関わりが深い人物も多く、会長の実権やそれに値する知識のない人物が就任して「名誉職」と揶揄されるような例は少ない。