日本航空機製造
旅客機と軍用機は似て非なるものであった。特に、採算性が悪い近距離線を運航する航空会社で収益を得るには、開発費を抑えた価格の安い機体を求め、そのために性能面で高い要求を出さず、機体構造や機能部品などの新しい性能の優れた機体よりも既に開発・改良し尽くされて故障が少なく、耐用期間が長い、補修部品の入手や整備も容易な信頼性の高い航空機を購入し、稼働率を高めて経費の節減を図っている。YS-11が短距離路線で企画・設計された以上、対象とするユーザーである近距離路線を運航する航空会社に対して、その部品供給サービスを怠り、技術偏重体質のまま後継機種に高い性能を指向した近距離用ジェット旅客機を想定していたことは、資金難で経営不安説も流れた日航機製造がするべきことではなかった。日航機製造がするべきことは機体のコストダウンや批判されていた操縦性の改善、更なる経済性や快適性の向上であり、加えて補修部品の供給体制を含めた販売網の構築であったのである。それは航空機開発技術力の向上を求めた通産省や機体製造に関わった航空機メーカー各社の望むものではなかったのである。
時代の進展と共に外部環境が変化したことで、軍用機を基に設計されたYS-11の素性では、旅客機としての機能が期待した市場では受け容れ難く、今後の販売増加は見込まれないこともあった。日本航空機製造の解散を提言したのは当時の通産省重工業局長であった赤澤璋一である。赤澤は輸送機設計研究協会設立に奔走した当時の通産省重工業局航空機武器課課長でもあり、自らYS-11の誕生と幕引きを行ったことになった。
日本国内航空や東亜航空も全日空と同様に、初期の導入機体は一定の運行実績を積むまでは契約価格の一割の支払いを留保するとの条件を出していた。また、日本航空も初期の開発段階の1963年(昭和38年)に5機の仮発注を行っていたが、国際線主体の日本航空では自社路線の適性となる路線が少ないことから本契約に至ることはなかった。国家プロジェクトにナショナル・フラッグ・キャリアとして協力する姿勢を表明するアドバルーン的意味合いが強かったといわれている。
1964年(昭和39年)8月に運輸省の型式証明を獲得、国内の航空会社へ納入を開始し、翌1965年(昭和40年)に運用を開始した。しかし、輸出をする上でどうしてもFAAの証明を得る必要があり、同年9月にようやく取得することができた。これによってYS-11輸出の準備が完了した。ただし、開発によって資本金は底をつき、民間からの借入金で生産を行っていた。1967年(昭和42年)には政府が12億円、民間が11億円の計23億円が増資され、資本金は78億円となった。
1959年(昭和34年)6月1日、設立立法により特殊法人・日本航空機製造株式会社が創設され、輸研は解散した(前年に公布された「航空機工業振興法」に基づき「日本航空機製造」が設立された)。初代社長には輸研理事長の荘田、技術部長に新三菱の東條輝雄が就任した。資本金を5億円とし、政府が3億円、民間からの出資は2億円であった。民間分の出資は輸研に参加した機体メーカー6社と材料・部品メーカーに加えて、新たに商社、金融機関が出資した。本格的に輸送機の開発作業が始まり、初年度予算は3億円、うち6000万円が補助金として拠出された。
日航製造は輸研の残留スタッフの30名と出資各社からの出向者に役員13名の総勢125名で発足した。「五人のサムライ」は実機製作には携わらないと宣言したため、1960年(昭和35年)からの実機製作は三菱から技術部長として出向してきた東條輝雄に任せられた。東條は父親で陸軍大臣や首相を歴任した東條英機の勧めで軍人ではなく技術者を目指し、かつて堀越の元で「零戦」の設計にも携わっていた。
設計部は、1庶務及び設計管理、2全体計画(空力、性能、基礎研究)、3胴体構造、客席艤装、胴体強度、4主翼、エンジンナセル、エンジン艤装、燃料装置、5尾翼、脚、油圧、6電気、無線、計器、与圧、防水、客室艤装の各6班に分かれて分担した。
日本航空機製造は設計開発、生産管理、品質管理、販売、プロダクトサポートを行い、生産は機体メーカー各社が分担し、最終組立は三菱重工業が行うことになった。