バーブル
一方、スルターン・アリーの占領下に置かれたサマルカンドはシャイバーニーから圧力を加えられており、1500年にスルターン・アリーはシャイバーニーとの和平を図って、シャイバーニーにサマルカンドを明け渡した。バーブルはサマルカンド陥落に先立つ1500年5/6月にサマルカンドの廷臣の招聘に応じて進軍しており、サマルカンドがシャイバーニーの占領下に置かれた後も町の近郊に留まって奪還の機会をうかがっていた。こうした状況下で、サマルカンド内で強い影響力を持つウラマー(神学者)のホジャ・アブリメカリムは、バーブルにサマルカンド開城を手引きする書状を送った。夜間に70-80人のバーブルの部下がサマルカンド城内に侵入して城門を開け、城外に陣取っていたシャイバーニーは形勢が不利だと考えて退却したバーブルはアブルメカリムらサマルカンドの有力者や高官に迎え入れられ、王に擁立された。
しかし、ウズベクによる略奪のために食糧が欠乏したサマルカンド周辺は飢餓に襲われており、バーブルは兵士を養うことができないために軍隊を解散しなければならなかった。バーブルの窮状を知ったシャイバーニーは、精鋭を率いて再びサマルカンドに進攻する。1501年、援軍を待ちきれなかったバーブルはザラフシャン河岸でシャイバーニーを迎撃するがサリ・プルの戦いで敗北し、サマルカンドに立て籠もった。食糧が欠乏したサマルカンド市内は無政府状態に陥り、多くの市民が町から脱走した。飢えに悩まされたバーブルは、4か月の籠城の末にサマルカンドを放棄しなければならなかった。
バーブルは母語であるチャガタイ・トルコ語以外に、ペルシア語、アラビア語にも精通していた。詩人でもあるバーブルは韻律論について深い知識を持ち、ナヴァーイーが著した韻律学の書物に批判を加えた。回想録『バーブル・ナーマ』(『ワカーイー』)に自己の心情を率直に表現し、簡潔かつ的確な文章、人物批評、文の中に時折現れるユーモアは読者を惹きつけている。
1504年のカーブル征服の直後、バーブル文字と呼ばれるアラビア文字を基にした新しい文字を発明した。バーブルは自分の子供たちに新しい文字で書いた文を送り、新しい文字で書いたコーラン(クルアーン)をメッカに寄贈したといわれている。しかし、バーブル文字は一般には普及せず、孫のアクバルの時代になると文字を知る者はほとんどおらず、やがて使われなくなった。