長州征討
西郷との会談後、経幹は長州藩へ向けて家老切腹、参謀斬首を催促した。11日、徳山藩において国司親相と益田親施が、翌12日に岩国藩において福原元僴が切腹。同日に四参謀も野山獄で斬首された。
16日、広島の国泰寺において征長軍総督による三家老の首実検が行われた。征長側は総督名代の成瀬正肥、大目付の永井尚志、軍目付の戸川安愛。長州側は吉川経幹、志道安房であった。参謀の辻将曹と西郷は次室に控えていた。『征長出陣記』は、尚志は藩主父子を面縛(後ろ手で罪人として引き渡す)、萩の開城を通告した。経幹は顔面蒼白となり「この上はよんどころなく死守」と防長士民は徹底抗戦すると回答。尚志から諮問された西郷は尚志案の再考を提案したと記録されている。18日、征長軍から経幹へ「藩主父子からの謝罪文書の提出、五卿と附属の脱藩浪士の始末、山口城破却」の命令が出された。総督府の降伏条件は寛大として副総督府のある小倉にいた松平茂昭や越前藩、九州諸藩から不満が上がったため西郷は21日の晩に広島を発して23日の昼に小倉に入り説得を行った。
12月5日、長州藩から総督府へ藩主父子からの謝罪文書が提出された。残りの降伏条件は五卿と山口城だが、山口は城ではなく館であり形式的な条件(19日、巡検使の石川光晃、戸川安愛が巡視した際も指摘はなかった)で、残っているのは五卿の問題だけとなった。
上坂猶予の嘆願書が広島藩を通じて幕府へ出されたが幕府は却下した。ただし長州藩も大義を主張する必要があるとして重臣から正副2使が派遣される運びになった。
長崎でイギリス商人と交渉した井上・伊藤は山口藩庁へ「ミネーゲベール短筒四千三百挺、ゲベール三千挺」を購入したと報告し、小銃は薩摩藩の蝴蝶丸に積み込み、8月下旬に三田尻で陸揚の手配となった。9月6日、山口において藩主父子に謁見した井上は小銃購入の手配に上杉宗次郎の功績が大きかったと報告した。藩主父子は上杉を山口に招き三所物を与え、8日、薩摩の島津久光・忠義父子へ送る書簡を上杉へ託した。木造蒸気船ユニオン号も購入する段取りとなったが、これは藩内外に紛糾が起こった。
16日、大坂から徳川家茂が京都に入り長州再征勅許獲得の運動が始まった。24日、大坂を出た龍馬は10月3日、三田尻へ入った。龍馬は上方に藩兵を駐屯させる薩摩藩のために兵糧米を提供してほしいという名目で長州に薩摩の交渉を持ち出した。龍馬は山口政庁の山田宇右衛門、国貞廉平(直人)、中村誠一、広沢真臣(藤右衛門)に説いた上で、10月下旬まで桂小五郎のいる下関に滞在した。
17日、井原主計を正使、宍戸備後助を副使として両名は大坂へ出張するように命じられた。
8月18日、重ねての命令が出され、病気で無理ならば毛利元周、毛利元純、並びに長州藩主の家来が9月27日までに上坂せよと長州藩に伝えられたが、8日、長州側は再び病気を理由として拒否をした。長州処分が不振を極める中で幕兵の士気は落ち、幕府の財政は悪化した。
このままでは将軍の畿内滞在態勢がいつ崩壊するか分からないため、慶喜は再征勅許という事件を起こして態勢を立て直そうとする。16日、大坂から家茂が京都に入り、21日、再征勅許を巡る朝議が開かれた。しかし、近衛忠房は大久保利通の入説により反対、忠房が朝議に出てこないため確かめると大久保が引き止めていた。慶喜は「匹夫の議に動かされて参内の時刻を移し、あまつさえ軽々しく朝議を変ぜんとするは奇怪至極せり、斯くては将軍を始め一同職を辞せんのみ」と激怒、朝議を牽引した慶喜は勅許を獲得したが23日に家茂は大坂に戻った。
家茂が大坂に戻ったのは摂海に異国船が入ってきたためであった。同日、阿部正外、山口直毅、井上義斐はイギリス艦プリンセスロイヤルでイギリス帝国・アメリカ合衆国・オランダと会談、その後、フランス艦ラ・ゲリエールでフランス公使と会談した。イギリスの兵庫開港要求の諾否につき阿部は即答せずに大坂城へ持ち帰り、24日、25日と幕府首脳は会議を開いた。正外と松前崇広は幕府の専権で兵庫・大坂の開港開市を決めると決断し閣議をまとめた。回答の期日と約束したのは26日である。
『徳川慶喜公伝』によると24日、京都で将軍の招命を受けた慶喜は25日夜に京都を出た。