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生物多様性条約の第9回締約国会議(COP9)において公海における生物多様性の保全において重要な海域を特定するためのものとして「生態学的あるいは生物学的に重要な海域 」(ecologically and biologically significant marine areas;EBSA)という概念とその基準が提唱され、公海におけるEBSAの選定が行われている。ただし、EBSA自体はあくまで科学的な観点から生物多様性の保全上重要な海域を特定するというものであり、それ自体は海洋保護区ではない。
第10回締約国会議(COP10)で採択された「愛知目標」の目標11では、「2020年までに、生物多様性と生態系サービスのために特に重要な区域を含む沿岸及び海域の少なくとも10%を、保護地域システムやその他の効果的管理により保全すること」としている。これにより、EBSAが海洋保護区として設定されることが促進されると期待されている。
その他、北東大西洋漁業委員会(NEAFC)、北西大西洋漁業機関(NAFO)、南東大西洋漁業機関(SEAFO)、地中海漁業一般委員会(GFCM)、南インド洋漁業協定(SIOFA)などの各種地域的漁業機関(RFMO)も公海上に海洋保護区を設定している。