毛利水軍
最終的には元就の病死や、また東方へ進出していた毛利勢力圏が織田氏と接触し始めたこともあり、北九州からは撤退せざるを得なくなったが、門司城は維持し関門海峡を両岸から制し続けた。
なお、北九州での攻防が続いていた永禄12年(1569年)7月頃より大友水軍の襲撃が散発しており、10月には水軍により大内氏一族の大内輝弘が豊後から山口に送り込まれて大内輝弘の乱が勃発した。そのためこの時期より、能島村上氏の村上武吉が大友より調略を受けていた疑いがある。元就死後の元亀2年(1571年)になると、能島村上氏が大友氏・三好氏への接近を図り、毛利氏から離反するという事件が起こった。小早川隆景は、因島村上氏の村上吉充や来島村上氏の来島通総らと協力してこれを討伐、村上武吉は隆景に降伏して、再び毛利に臣従する。
山陰(尼子氏)や北九州(大友氏)での戦いと同じ時期の永禄10年(1567年)には毛利氏の伊予出兵も行われている。伊予国の河野氏を支援することで大友氏への牽制を狙ったとされるこの出陣でも、小早川隆景の指揮の下、小早川水軍・周防上関の水軍衆、因島村上水軍などが伊予に投入された。これにより、小早川氏は伊予への影響力を高め、来島村上水軍をはじめとする伊予の海賊衆をその支配下に置く成果を納めている。
毛利元就
小早川隆景
毛利輝元
豊臣秀吉
村上義忠
村上武吉
村上隆重
村上景広
村上元吉
村上景親
村上通康
来島通総
村上吉充
村上亮康
村上吉亮
児玉就方
児玉就英
福井元信
乃美宗勝
飯田義武
益田藤兼
小原隆言
弘中方明
冷泉元豊
冷泉元満
白井房胤
白井賢胤
白井晴胤
豊臣秀吉の死後、慶長5年(1600年)に関ヶ原の戦いが勃発すると、西軍に属していた毛利氏と毛利水軍は、伊勢湾沿岸・紀州沿岸・阿波国・伊予国など東軍方領地を攻めた。加藤嘉明の伊予松前城を攻めた戦いでは、加藤家臣・佃十成の夜襲で毛利方の村上元吉が討死するなどしている(三津浜夜襲)。
最終的に西軍は敗北し、毛利氏は防長2ヶ国へ減封された。そして制海権はすべて徳川家の直轄となり、大船建造の禁により海戦の主力であった安宅船の建造も禁止され、戦国時代のような水軍の存続は不可能になった。これによって毛利水軍は他の水軍同様、存続が不可能となり、周防下松を経て同三田尻に移り、縮小化されて船手組・御船奉行という幕藩制度下の長州藩の一組織として存続した。また、藩に残らず、帰農したものも多いという。