ハラフシグモ亜目
それ以外のクモ類に見られない独特の特徴として、まず腹部に外見で分かる体節の痕跡があることが挙げられる。クモが節足動物である以上、その腹部も体節とそれごとに備わった附属肢があったはずであるが、附属肢が書肺や糸疣の形で残っているものの、明確な体節は見られない。だが、ハラフシグモ科のものでは背面と腹面にキチン化した背板と腹板の形で体節が明確に見て取れる。また、糸疣が非常に大きく、4対が2体節に渡って存在すること、それら、特に外側の対が蛇腹状に多くの節に分かれること、さらにその位置が他のクモのような肛門近くではなく、腹部中央にあることが独自の特徴として挙げられる。なお、別名である中疣亜目は、この糸疣の位置に言及したものである。これらは、第10体節と第11体節の附属肢として形成され、それぞれが内肢と外肢に分かれてこれら8対の糸疣となる。他に、触肢の基部が発達して下顎を形成しないのも、祖先的な特徴と考えられる。
また、クモ亜目の中でも原始的とされるトタテグモ下目の多くと共通する特徴として、触肢が歩脚とさほど変わらない形であること、書肺が二対あることなどが挙げられる。また上顎(鋏角)が大きく発達し、牙が左右でなく上下方向に動く点も共通する。ただしこれは地下生活で上顎を持って穴を掘ることへの適応でもある。それに、毒腺が鋏角内部に収まることも共通の特徴である。しかし触肢器官の構造は複雑に発達しており、この点ではむしろトタテグモ類より高度である。