日本基督教団三崎町教会
〒101-0061 東京都千代田区神田三崎町一丁目3-9
さらにバプテスト教団は、1941年、宗教団体法によって設立された日本基督教団に第4部として加盟し、それにより教会名は三崎町教会と改称した。1944年(昭和19年)三崎会館が接収され、会館は財団法人日本語教育振興会が使用することとなり三崎会館は閉館した。教会は日曜日に礼拝堂、木曜日の祈祷会のため1室の使用が認められ、終戦まで礼拝が継続された。
戦後、1948年(昭和23年)3月、三崎会館は日本語教育振興会から基督教新生社団(北部バプテスト関係教会等の財産管理団体)が買い戻し、伝道のため三崎町教会に無償で貸与された。会堂の老朽化により建替えの計画が進められ、1973年(昭和48年)に新生社団から教会に財産が移譲され、1974年(昭和49年)1月、新会堂(3代)の献堂式が行われた。1993年(平成5年)7月、現会堂(4代)が完成し、同年11月に献堂式が行われた。