ソメイヨシノ
森林総合研究所などによる遺伝子マーカーを用いた研究で、各地から収集されていたソメイヨシノが同一クローンであることが確認されるなどして、ソメイヨシノはクローンであることが判明しており(#遺伝子解析の結果)、各地にある樹は全て人の手で接ぎ木や挿し木で増やしたものである。ソメイヨシノは発根性に問題があり、挿し木より接ぎ木の方が繁殖の成功率が高いことから、接ぎ木を主流として増殖されたと考えられている。なお栽培品種においては、その特質を維持したまま効率よく増殖させるために接ぎ木などでクローン増殖させることは一般的なことであり、平安時代から行われてきたことである。
サクラなどのバラ科の多くのゲノム構成はヘテロ接合性が高く、自家不和合性が強く、自分の花粉では発芽能力のある種子ができないことが多い。よって遺伝子が同一であるソメイヨシノ同士では結実しても種子が発芽に至ることはまずないが、ソメイヨシノ以外のサクラとの間での交配は可能であり、実をつけその種子が発芽することもあり不稔性ではない。こうして誕生したサクラはソメイヨシノとは別品種になる。ソメイヨシノとその他の園芸品種や野生種の桜の実生子孫としては、ミズタマザクラやウスゲオオシマ、ショウワザクラ、ソメイニオイ、ソトオリヒメなど100種近くの品種が確認されている。このようなソメイヨシノの実生種から、ソメイヨシノに似て、より病害などに強い品種を作ろうという試みも存在する。
接ぎ木などのクローンで増殖された栽培品種であるため環境特性が同じ同地では同時に開花し満開になること、母種のエドヒガンの特徴を受け継いでいるため葉より先に花が咲き大量に花が付くことで開花が華やかであること、父種のオオシマザクラの特徴を受け継いでいるため成長が速く若木から花を咲かし、なかでも桜の中では圧倒的に成長が速く大木になりやすいことなどを理由として、桜の名所を作るのに適した品種と認識され、明治以来徐々に広まり第二次世界大戦後に爆発的な勢いで各地に植樹され日本で最も一般的な桜となった。
ソメイヨシノは街中で他種より目にする機会が圧倒的に多い人気の品種であることから、以前からその起源についてとともに、ソメイヨシノ一種ばかりが植えられている現状やソメイヨシノばかりが桜として取り上げられる状態を憂慮する声もあるなど、愛桜家の間で論争の絶えなかった栽培品種である。(#起源について、#遺伝子汚染も参照)
欧米には1902年にカンザン(‘関山’)と共に最初に渡っている。アメリカ、欧州、中国、韓国など世界各地に多くのソメイヨシノが寄贈されており、ワシントンのポトマック川のタイダルベイスンで毎年春に行われる全米桜祭りでのソメイヨシノが有名である。
さらに秋の紅葉も美しい種である。
歴史的に見て、かつて『万葉集』が編纂された時代から、日本で和歌で詠まれたり歌われた「サクラ」は、大部分はヤマザクラであったが、明治時代に入ってからはソメイヨシノに取って代わられたところが多い。