日本占領時期のマラヤ
参照:No. 357 Squadron RAF,No. 358 Squadron RAF,Operation Livery,Operation Balsam,Allied submarines in the Pacific War
日本軍への敗北後、多くの連合国軍人とヨーロッパの民間人がジャングルに撤退した。英国人女性のノナ・ベイカーを含む何人かはMPAJAに加わった。フレディ・スペンサー・チャップマンのような、他の者は占領日本軍に対する破壊活動を開始しようとした第136部隊の工作員であった。1943年8月、連合国はマラヤを含む東南アジアでの戦争を監督する東南アジア軍を設立した。戦争がさらに進むと、連合軍の工作員が潜水艦から上陸するか、パラシュートで降下して抵抗運動を支援した。
連合軍の海軍部隊、特に潜水艦は占領期間中ずっと日本の船舶を攻撃し、時には第136部隊の工作員をマラヤに連れて行った。
シンガポールに本部を置いた第25軍は、1944年1月までマラヤで駐屯任務を行った。これに代わって、石黒貞蔵中将指揮下の第29軍第94歩兵師団が終戦まで ペラ州タイピンに本部を置いた。
南方軍の第 2 野戦憲兵隊(第 25 軍所属)とその後の第 3 野戦憲兵隊(第 29 軍所属)は憲兵を派遣し、ナチ的な方法で治安を維持した。これらの部隊は、軍人と民間人の両方を自由に逮捕し、拷問を伴って尋問することができた。文民警察は彼らに従順だった。第二野戦憲兵隊の部隊長は大石正幸中佐であった。第3憲兵隊は兒嶋正範少将が指揮した。戦争の終わりまでに758人の憲兵隊がマレーに駐留しており、より多くの人数がタイ占領下のマラヤ諸州に駐留していた。
基地のモンスン部隊に割り当てられた最初の 11 隻の U ボートのうち、 1943 年 10 月から 11 月の間に到着したのはU-168、U-183、U-188およびU-532のみだった。1943 年末に派遣された 2 番目のグループのうち、U-510のみが連合軍が支配する海を通過し、到着した。 この艇は 1944 年 4 月に到着し、その頃、焦点は戦闘任務からヨーロッパとアジアの間の輸送に移っていた。これらの貨物輸送任務は、ドイツと日本の間で切望されている戦争物資を輸送することでした。
1944 年 3 月までに基地は物資が不足し、連合軍の対潜哨戒による脅威が増大していた。航空支援や偵察が欠けていた。日本軍はペナン基地が連合軍の爆撃範囲内に入ったため、1944年の終了前に潜水艦をペナン島から引き上げた。ドイツ軍は1944年12月まで残留し、その後シンガポールに撤退した。
ドイツが降伏すると、残った潜水艦は日本軍に占領され、ドイツの水兵らはバトゥー・パハトに移動した。 1945年にイギリス人が帰還すると、船員たちはチャンギで投獄され、最後のフレガッテンカピテン ・ヴィルヘルム・ドメスは1947年にドイツに送還された。