小海線統括センター
キハ110-121は、2015年から2016年12月まで開業80周年を記念し、かつて小海線で運転していたキハ52形気動車をモチーフとした朱色の塗装となっていた。
キハ111・112形(7両) 100番台2両編成3本と710番台1両が配置されている。 2016年11月26日付でキハ110-108が「HIGH RAIL 1375」用として小牛田運輸区から再度転属(転入)し、改造の上2017年6月15日付でキハ112-711に改番した。 キハ111-111・キハ112-111は、2015年から2017年1月まで開業80周年を記念し、かつて小海線で運転していたキハ58系気動車をモチーフとしたクリーム色と朱色の塗装となっていた。
キハE200形気動車(3両)
3両が配置されている。2007年7月31日から運用を開始した。
これら上記の車両が検査等で長野総合車両センターを入出場回送する際は、小淵沢駅から中央本線・篠ノ井線を経由する。