ジョン・ニール
ところが、将軍徳川家茂以下主要な幕閣は京都に出向いており、江戸の留守政府はこのような重大な決定を下せず、4月24日(3月7日)さらに30日の猶予を求めてきた。ニールは15日の猶予を認めたが、5月2日(3月15日)、幕府がさらに15日間の猶予を求めてきたため、ニールは信頼できる高官の派遣を要請した。早速外国奉行竹本正雅と竹本正明が横浜に派遣され5月4日・5日の両日、ニール、デュシェーヌ・ド・ベルクール、キューパー、フランスのバンジャマン・ジョレス提督が加わった会議が開かれた。フランスが加わったのは、これが幕府と英国の関係にとどまらず、条約締結国との問題であるとの理屈であった。ニールとデュシェーヌ・ド・ベルクールはここで、幕府が賠償金を支払い、かつ条約順守の姿勢を見せた場合、英仏両国は幕府を軍事的に援助すると申し出た。これに対し竹本正雅は、幕府は賠償金の金額には合意するが、その支払い方法に関して意見があると述べた。結局、京都の将軍の合意を取り付けるためとの理由で、5月23日(4月6日)が最終期限とされた。
期限から2日遅れた5月25日(4月8日)、竹本は横浜に戻り、軍事援助の申し出を断ると同時に、一両日中に賠償金の支払い方法を決定することに合意した。ところが竹本は「病気」になってしまい、代わりに6月7日(4月21日)になって外国奉行菊池隆吉がニールを訪れ、支払い方法の交渉に入った。
初代の駐日英国公使であるラザフォード・オールコックが、賜暇で帰国したため、1862年5月27日に代理公使として日本に着任した。当時、英国公使館は第一次東禅寺事件の影響で横浜に移っていたが、着任後直ちに公使館を江戸に戻した。しかし、6月26日(文久2年5月29日)公使館警備の松本藩士伊藤軍兵衛による襲撃事件(第二次東禅寺事件)が発生し、結局は公使館を横浜に移した。
1862年9月14日(文久2年8月21日)、薩摩藩士によるイギリス人殺傷事件(生麦事件)が発生した。横浜領事フランシス・ハワード・ヴァイス(Richard Howard Vyseの息子)や横浜居留のイギリス民間人らは報復行動を訴えたが、ニールはこれを抑えた。その後本国との連携を保ちながら冷静に対処し、翌1863年6月24日(文久3年5月9日)江戸幕府に11万ポンド(生麦事件に対して10万ポンド、第二次東禅寺事件に対して1万ポンド)の償金を支払わせることに成功した。幕府賠償金受け取り後、薩摩藩との交渉のため軍艦に乗船して鹿児島に赴いたが交渉は決裂、薩英戦争が勃発した。
1864年にオールコックが公使に帰任すると、イギリスへ帰国した。