網干総合車両所
1000番台登場当時は6両+2両編成(8両編成の普通電車)であり、当時は吹田工場高槻派出所所属だったが、その後4両+4両編成への組替えを経て、1997年3月のダイヤ改正(JR東西線開業)で宮原・淀川両電車区の車両を集約して現行の編成(4両 + 3両)になっている。 2014年(平成26年)以降体質改善車も増えている。 2016年のダイヤ改正を皮切りに路線記号対応の種別幕に更新されている(これは321系も同様)。 7両固定編成(F編成)1本が在籍していたが、2022年4月6日に吹田総合車両所に廃車回送され、同月7日付で廃車された。 2022年12月にはT18編成とT3編成が組換をして6両編成1本と2両編成1本が組成され、X編成1本とY編成1本が誕生した 。X編成は和田岬線で使用される。この時に余剰となっていたモハ207-1032も組み込まれている。
321系電車(273両) 7両編成(D編成)39本が所属している。 東海道・山陽本線(JR京都・JR神戸線)の各駅停車(加古川 - 西明石 - 京都 - 野洲間)、福知山線(JR宝塚線)尼崎 - 篠山口間、JR東西線、片町線(学研都市線)、関西本線(大和路線)木津 - 奈良間の他、2019年(平成31年)3月16日のダイヤ改正から、朝夕の時間帯に、新大阪駅からおおさか東線・関西本線(大和路線)を経由して、奈良駅まで向かう直通快速の運用に就いている。
クモヤ145形電車(1両) 事業用車両の牽引車で、1109の1両が配置されている。
103系
207系(未更新車)
207系(体質改善車)
321系
これらは6000番台が付与され、221系C編成との共通運用となっていた。2018年12月および2021年9月から10月までに、いずれも2000番台(V編成)に復帰している。 J13・14編成は2022年3月15日付で京都に転出している。 J10 - J12編成は2023年2月から3月にかけて、2000番台から6000番台に改番されている。 J編成は221系同様に新快速の定期運用がない。
225系電車(220両) 0番台・100番台が所属し、合わせて8両編成(I編成)14本、6両編成(L編成)10本、4両編成(U編成)10本、700番台Aシートを含む4両編成(K編成)2本の36本220両が在籍している。 東海道・山陽本線(琵琶湖・JR京都・JR神戸線)の新快速や快速(普通)列車を中心に運用される。223系1000・2000番台との共通運用になっている。 0番台の登場当時は全編成が本所に所属していたが、2012年3月17日のダイヤ改正に伴い、0番台の6両編成5本と4両編成3本が6000番台に221系性能への固定と改番をされた上で宮原総合運転所に転属した。
クモヤ145形電車(1両) 事業用車両の牽引車で、1108の1両が配置されている。
103系3500番台
221系
223系1000番台
223系2000番台
225系0番台
225系100番台
103系電車(6両) 和田岬線用に使用されていた6両編成1本(R1編成)が所属している。1編成のみのため、検査などで運用を離れると207系が代走していた。日中は乗務員の訓練車両としても使用された。元々、大阪環状線で活躍していた編成である。 2017年10月には吹田総合車両所日根野支所より6両編成1本(HK607編成)が転入しR2編成となったが、運用に入ることなく2018年2月に廃車となった。 2023年3月18日をもって定期運用を終了。
207系電車(473両) 4両編成(Z編成22本・T編成28本・H編成16本)66本および3両編成(S編成)67本、6両編成(X編成)1本、2両編成(Y編成)1本の計135本が所属している。X編成・Y編成を除く133本のうち3両編成1本(S18編成)は運用から外れているため、実運用数は132本(7両編成×66本〈全て4両+3両の暫定固定編成〉)となっている。 2010年3月13日改正までは、7両固定のF編成以外は京田辺駅(2003年〈平成15年〉までは松井山手駅)で3両編成の分割・併合を行い、京田辺 - 木津・奈良間は4両編成で運用されていたが、片町線全駅のホームが7両編成でも対応できるようになったため、4両編成と3両編成のペアを組んでおり、常に連結状態の7両編成で運転されている。 東海道・山陽本線(琵琶湖・JR京都・JR神戸線)加古川 - 野洲間、和田岬線、福知山線(JR宝塚線)尼崎 - 篠山口間、JR東西線・片町線(学研都市線)、関西本線(大和路線)木津 - 奈良間で運用されている。2019年3月16日のダイヤ改正から、朝夕の時間帯に、新大阪駅からおおさか東線・関西本線(大和路線)を経由して、奈良駅まで向かう直通快速の運用に就いている。