誠仁親王
のちに徳川家康が造営した二条城とは別の建物である。二条新御所は、正親町天皇が居住する「上御所」に対して「下御所」と呼ばれ、禁裏(上御所)同様に小番も整備され、正親町天皇も朝廷の意志決定に際しては必ず誠仁親王に意見を求めるようになり、さながら「副朝廷」の様相を呈した。奈良興福寺の僧侶が残した日誌である「多聞院日記」や「蓮成院記録」では、誠仁を「王」「主上」「今上皇帝」などと呼んでおり、事実上の天皇(共同統治者)とみなされていたことがうかがえる。
正親町天皇はすでに当時としては高齢であり、誠仁親王もいつ即位してもおかしくない年齢であった。しかし、朝廷が譲位にともなう一連の儀式を自力で挙行することは経済的に不可能であり、また先々代後柏原天皇・先代後奈良天皇・そして正親町天皇自身の3人の天皇のように、全国の戦国大名から広く寄付を募るという手法も、信長の覇権の下ではもはや使えなかった。朝廷は、譲位の実現をひたすら信長に働きかけざるを得ず、左大臣推任・三職推任など、朝廷としては破格の交換条件を提示して信長を動かそうとしたが、信長は明示的に拒絶することはなかったものの、その死に至るまで消極的な態度に終始した。ただし、安土城には天皇の行幸を迎える「御幸の間」が設置されており、これは誠仁親王の即位を想定したものと推測されている。
本能寺の変の際、信長の嫡男の信忠は宿所としていた妙覚寺を放棄し、より軍事施設として優れていた二条新御所に立て籠もった。