メトロイドフュージョン
銀河連邦本部から転送されてくる支援データをダウンロードする部屋。進行上、大半がXに破壊されてしまう。
熱帯の生態系を研究するエリア。非常に広い区域で各所にジャングルのような植物が生い茂っており、エリア上部は主に熱帯地域特有の生物が多数飼育・研究されている。なお、ここで飼育されているゾーロは物語の進行によって幼虫→蛹→成虫のキハンター星人まで成長する。
レベル1のセキュリティルームが存在する他、比較的湿気の多いエリア下部がB.S.Lの中央動力炉と接続しており、そこに根を張り巡らせていたカラームツーターの、Xによる侵食拡大によって施設のメインサイロ(電源)停止の原因となってしまった。
名前の由来は熱帯を意味する「トロピカル(Tropical)」から。
B.S.L.の中枢、6つのセクターの中心部に存在するステーション全域に電力を供給する施設。メインサイロはメインデッキ・セクター2と接続しており、緊急時の補助電源もここに存在する。
辺境に存在する未開の惑星。かつて鳥人族はこの惑星に生息するXを根絶するためメトロイドを育成していた。一時期はメトロイドがXを捕食して食物連鎖の頂点に君臨していたが、サムスがメトロイドを絶滅させてしまったため、再度Xが繁殖する事になってしまった。
最終的にB.S.L.を衝突させ、自爆装置を起爆させたことで爆散、消滅する。
名前の由来はヤマハ発動機の「SR400」にちなむ。
セクター5-ARCで飼育・研究されていた半機械生物兵器。6つの目を持つスライムのような頭部生体ユニットと、重力制御装置を内蔵した機械部分で構成されている。
空中を浮遊移動しながら腕に内蔵された3連装式のビームキャノン砲と独特の軌道で追尾する突進で攻撃を行う他、重力を操る能力を持ち、強力な超重力場を発生してサムスの動きを妨害したり、ミサイル攻撃を飛行不能にすることができる。また、機体下部の重力制御装置を破壊されると頭部装甲が除去され、露出した本体が弱点となる第2形態に移行する。ダメージが蓄積されると、Xの擬態が不安定になるのか、顔が徐々に溶け崩れていく。Xが擬態しているのは生体部のみで、撃破すると両腕が外れ、残った胴体部分がコアXとなる。
実は銀河連邦軍の一部過激派がスペースコロニー・ボトルシップで違法に開発した生体兵器であり、時系列的には『アザーエム』で初登場してサムスに撃破された当時の個体が、秘密裏にB.S.Lに回収・保管されていた。故に旧銀河連邦軍によって開発されたという説明はボトルシップの不祥事の事を指している模様であり、サムスも初めて遭遇したわけではないことが後付されている。
撃破後、グラビティスーツ能力が覚醒する。
前作『スーパーメトロイド』の発売から8年後に発表された、メトロイドシリーズの第4作目。作中のオープニングデモでは『METROID 4』と銘打っている。シリーズの時系列としては『メトロイド アザーエム』と『メトロイド ドレッド』の間にあたる。
日本で本作の発売から2週間後の2003年2月28日に発売された『メトロイドプライム』には、本作の設定資料を閲覧できるモードやGBAケーブルを用いて本作と連動させることでシリーズ第1作目『メトロイド』がプレイ可能となる要素が含まれている。なお、北米では本作と『メトロイドプライム』が2002年11月15日に同時発売された。
講談社の漫画雑誌『コミックボンボン』2003年4月号に本作のコミカライズが読み切りで掲載された。作者は出月こーじ。メトロイドシリーズのコミカライズ作品『メトロイド サムス&ジョイ』の単行本1巻に収録されている。