ぷよぷよ〜ん
本作唯一の携帯機への移植。ゲームボーイカラー専用で、GBで発売されたシリーズとしては唯一、各キャラクターの連鎖ボイスが綺麗に出力される。この機種のみ、ルールや演出、連鎖ボイス、特技の内容などが他の機種から大きく変更されている(ゲームボーイカラー版のルール変更点も参照)。「ひとりでぷよぷよ」も漫才デモやストーリーが大きく異なり、その形式も他機種と全く異なるものに変更されている(後述)。自分の看板を作成しそれを賭けて戦う「公式戦モード」や前作同様の「イラストギャラリー」も搭載。ポケットプリンタに対応しており、おまけイラストを印刷可能。漫才デモのグラフィックは、他機種での対戦時における小さいキャラクターのグラフィックに似せたものが使われている。前々作『ぽけっとぷよぷよ通』や前作『ぽけっとぷよぷよSUN』との通信対戦も可能。画面構成などは前作『ぽけっとぷよぷよSUN』を踏襲しており、画面中央には連鎖をした側のキャラクターのみが映る。前作まで存在した試合中のスコア表示は廃止された。ゲーム中のBGMも本来の『よ〜ん』の曲(一部未収録)に加えて『SUN』の曲の多くがそのまま流用されており、曲が使用される局面も他機種とは大きく異なっている。
声 - 三浦智子 特技:ドラコバーニング 最も高い列にあるぷよ1色(おじゃまぷよ系含む)と同色のぷよを全て消去する。おじゃまぷよ系がこれに該当した場合、効果は後述のキキーモラと全く同じ。 N64版のみ、この特技で起こした連鎖は攻撃力が0.8倍になる。
声 - 星野千寿子 特技:ゴガゴゴゴーッ! 最も高い1列とその列に繋がっているぷよを、一番多い色の色ぷよに変える。同じ数だった場合は、その中からランダム。 この特技で起こした連鎖は、DC・PS版では攻撃力が半減、N64版では0.4倍になる。
本作はキャラクターごとに使用特技が異なるため、基本的に誰を使用してもぷよを消す演出以外の差が無かった前作とは異なり、本作ではキャラクターそれぞれに明確な性能の違いが存在する。前作まで存在したゲーム中のカーバンクルのアクションは、ドリームキャスト版のみビジュアルメモリに表示され、その他の機種においては『とことんぷよぷよ』を除いて廃止された。「ひとりでぷよぷよ」の漫才デモ(会話デモ)は、前作までのようなデフォルメキャラクターが細かく動作するものではなく、大きな立ち絵イラストを中心としたものに変わっている。
本作は開発元であるコンパイルが、1998年3月に経営破綻により和議申請を行った際に『ぷよぷよ』シリーズの知的財産権をセガ(後のセガホールディングス)に売却した後にリリースされたことに伴い、本作の著作権は当初からセガが保有している。
ゲームボーイカラー版では、使用キャラクターと特技の組み合わせは自由となっている。コンピュータの操る敵キャラクターは持ち技が固定されているが、一部コンピュータが使用しない隠し特技も存在する。ぷよや壁を送り込む特技の場合、送り込んだ場所に元からあったぷよはすべて上書きされる。特技の効果の及ぶ「おじゃまぷよ」には固ぷよと太陽ぷよも含まれるが、鉄ぷよと壁は含まれない。
また、『なぞぷよ』シリーズから以下の障害物が登場するが、効果は異なる。
自分のフィールドで孤立しているすべての色ぷよを一番多い色に変える。他機種の「みんな仲良くしてね」とほぼ同じ効果で、GBC版で唯一、他機種とほぼ同じ効果を持つ特技。
自分のフィールドのおじゃまぷよを各列上から2個ずつ、すべて同じ色ぷよに変える。色は5色のどれか。
自分のフィールドのどこか横1段をすべて同じ色ぷよ(6個)に変える。ぷよが無い空間も色ぷよに変わり、変化したぷよの下にぷよが無い場合は落下する。色は5色のどれか。「れんしゅう」のみ最初から選択可能。