第85回天皇杯全日本サッカー選手権大会
栃木SC(8回目)
Honda FC(30回目)
今大会から主催者に日本プロサッカーリーグ(Jリーグ)が加わった。また、「日本におけるドイツ 2005/2006」及び2006 FIFAワールドカップドイツ大会開催を記念し、この大会より優勝者に東京ドイツ文化センターからドイツ杯も授与された。
レギュレーションの大きな変更点としては、延長戦の方式変更が挙げられる。国際サッカー連盟(FIFA)が延長戦におけるゴールデンゴール・シルバーゴール両方式を廃止したのに伴い、本大会でもVゴール方式を廃止し、得点が入っても必ず15分ハーフの延長戦を実施することになった。
また、大会への自動出場権を持つJ2チームの増加に伴い、JFLシードが2チーム、大学シードが総理大臣杯全日本大学サッカートーナメント優勝の1チームのみとなり、前回からそれぞれ1チーム減少した。
組み合わせにおいては、47都道府県代表と大学シードが出場する1回戦と2回戦は、48チームを14のグループ(4チーム×6と3チーム×8)に分け、それぞれのグループが同一の会場で1回戦と2回戦(中1日での開催となった)を戦う方式となった。
3回戦ではJFL所属の佐川急便東京SCがJ2コンサドーレ札幌を破り、4年ぶりのJクラブ撃破となった。佐川東京は2007年から佐川急便SCとして改組され、同大会が最後の天皇杯本大会出場になった。