長野電鉄1000系電車
運行開始当初はA特急で限定運用され、B特急では引き続き2000系を運用していた。
しかし、2011年2月13日に2100系の運用開始を踏まえて実施されたダイヤ改正からA・Bともに運用されるように変更された。同時に運用間合いでの普通列車への充当も廃止された。この結果、本形式としては従前同様に長野線全線のA特急に用いられるほか、B特急にも充当されることとなり、運用時間帯が拡大している。
なお、2015年から運行している「のんびり号」では本形式が限定運用されているほか、「北信濃ワインバレー列車」「ながでん BEER TRAIN」等の臨時列車でも優先して使用される。また2012年の屋代線廃止時には、車両輸送時以来となる同線での走行が実施された。