ボゴール
バイテンゾルフが、オランダに返還された後、この地はVOCというよりもオランダ王国の支配下にはいった。バイテンゾルフの宮殿は総督の夏の住居として復元された。1817年には近くに植物園が設置された。これは当時(19世紀)としては世界最大の植物園だった。
1834年10月10日、地震によって引き起こされたサラク火山の噴火により、バイテンゾルフは重大な被害を蒙った。この地の地震活動を考慮に入れるかたちで、宮殿や行政の建物が建て替えられた。1845年の総督の規定により、ヨーロッパ人、中国人とアラブ人の市内の居住地は分けられることになった。
1860年から1880年に、バイテンゾルフに植民地最大の農業学校が建てられた。市図書館、自然科学博物館、生物、化学、獣医学などの科学研究所もこの時期に設立された。19世紀の終わりまでに、バイテンゾルフはインドネシアの中で最も発達し、西欧化された都市の一つになった。
蘭印政府が設立した国鉄により、バタビア(現ジャカルタ)とバイテンゾルフ(現ボゴール)を結ぶ鉄道が1873年に開通した。この路線は南部のスカブミを経由して1884年には東方のバンドンまで延長された。
1904年、バイテンゾルフは公式にオランダ領東インドの行政中心となった。しかし、実質の行政はバタヴィアに残されていた。バタヴィアには行政組織のほとんどと知事の主要な事務所が残されていた。この状況は1924年の行政改革によって変革された。この改革によって植民地は州に分割され、バイテンゾルフは西ジャワ州の中心とされた。