De novoタンパク質構造予測
de novoコンフォメーション予測ツールは、通常、候補コンフォメーション(デコイ)を作成し、熱力学的安定性とエネルギー状態に基づいてそれらの中から選択することで機能する。もっとも成功した予測ツールには、次の3つの要素が共通している。
熱力学的に最も安定した状態をタンパク質の天然の構造に対応させる正確なエネルギー関数。
コンフォメーション探索により、低エネルギー状態を迅速に特定できる効率的な探索方法。
デコイ構造のコレクションから天然様モデルを選択できる能力。
de novo法プログラムは、3次元空間を探索し、その過程でタンパク質のコンフォメーションの候補を作成する。タンパク質が正しく折りたたまれた天然状態に近づくと、エントロピーと自由エネルギーが減少する。この情報を利用して、de novo予測プログラムはデコイを区別できる。具体的には、de novoプログラムは、自由エネルギーが高い構造よりも、自由エネルギーが低い可能性のあるコンフォメーションを選択する。David A. Bakerが、彼のde novo Rosetta予測ツールの仕組みについて述べているように、「折りたたみの間、鎖の各局所的セグメントは、異なる局所的コンフォメーションの部分集合の間を行き来する。