ぷよぷよクロニクル
ローカル通信で2 - 4人で対戦する対人戦用のモード。こちらは「スキルバトル」を含めた全18種類のルールで対戦可能で、ダウンロードプレイにも対応している。
『ぷよぷよSUN』に則ったルール。ルールはアーケード版からWindows 95版の『ぷよぷよSUN』に準拠している。相殺が可能で、左から3列目最上段の位置までぷよが積み上がると敗北。出現する組ぷよは2個組のみ。相殺や全消しを行うと「太陽ぷよ」が降り、「太陽ぷよ」はおじゃまぷよと同様に消すことができ、連鎖に巻き込んで消すと相手に送れるおじゃまぷよの数が通常より多くなる。
このルールではフィールドは14段目まであり(フィールド外の上段に2段分存在する)、敗北条件との関係上使えない左から3列目の14段目を除いて最大83個ぷよが置けるため、最大20連鎖が可能。
『ぷよぷよ!!』と同じく、隠しコマンドを入力すると、ゲームボーイ版『ぽけっとぷよぷよSUN』に則ったルール(『ぷよぷよ通』と同様に「全消し」後の1連鎖目はおじゃまぷよが30個分上乗せ、太陽ぷよの挙動が異なり即時発生してアクションがフィールドに反映されない等)でプレイすることができる。
アミティ、ラフィーナ、シグ、リデル、クルーク、ユウちゃん&レイくん、さかな王子、レムレス、フェーリ、アコール先生&ポポイ
★どんぐりガエル、★おにおん
本作では以下の全18種類の対戦ルールと、「とことん」専用の6種類のルールをプレイできる。今作の新規の対戦ルールは「スキルバトル」のみで、それ以外は主に『ぷよぷよ!! Puyopuyo 20th anniversary』からの再録となっているほか、『ぷよぷよ! Puyopuyo 15th anniversary』からの再録ルールは『ぷよぷよ!!』準拠のルールに一部変更されている。また、名称に(※)が記述されているルールは最初はプレイできないが、「マイデータ」内の「ショップ」で購入する事により解禁され、プレイ可能となる。各ルールはとくに記述の無いかぎり、以下の共通した仕様がある。
「ひとりでぷよぷよ」の「フリーたいせん」や「みんなでぷよぷよ」「クラブ」での対戦では、各ルールの「ゲームせってい」でマージンタイム・連鎖しばり・おじゃまぷよレートなどの細かいルールの変更が可能。設定できる項目はルールによって異なる。
「クイックドロップ」機能(組ぷよを瞬間的に接地できる操作)が「ぷよぷよ」「ぷよぷよ通」「ぷよぷよSUN」「ぷよぷよフィーバー」「なぞぷよ」「スキルバトル」を除いた全ての対戦用ルールで搭載されており、「ゲームせってい」で使用可能にするかしないかの変更が可能。
フィールド上部の✕印の位置にぷよやおじゃまぷよがつみあがるとゲームオーバーとなる。ただし、✕印の位置にぷよが設置されたターンにぷよの消去が発生した場合はすぐにゲームオーバーにはならず、その処理が優先される。
各モードの成績を見たりオプションの設定変更が行えるほか、ゲームをプレイすることによって獲得できるポイントを使用して様々なアイテム(隠し要素)を購入できる「ショップ」がある。