WTCコートランド駅
このため、当駅はコートランド・ストリートという駅名ながらコートランド・ストリートに出ることができなくなった。1965年と1966年には駅ホームの有効長を10両へ延ばす延長工事が行われた。この時に古いタイルとスクワイア・ジョゼフ・ビッカース作のモザイク装飾は撤去され、新しい黄褐色のレンガに置き換えられた。なお、モザイク装飾の1つはニューヨーク交通博物館に保存されている。
1980年代、地下鉄システム全体のサービスレベルが全盛期である1910年代より大幅に下がった際、メトロポリタン・トランスポーテーション・オーソリティは当駅に新しい時刻表を設置した。古い時刻表や路線図は不正確であったため撤去された。
1993年2月26日、ワールド・トレード・センター爆破事件の影響で列車は当駅を迂回している。2001年9月11日のアメリカ同時多発テロの直前、コートランド・ストリート駅は1日当たり19,446人の乗客が利用していた。
2007年、ニューヨーク・ニュージャージー港湾公社はパストレイン ワールド・トレード・センター駅の再建での環境への影響に関する声明においてコートランド・ストリート駅は2009年頃に営業再開するものと見込まれていた。2008年10月、港湾公社はコートランド・ストリート駅の再建に関するMTAとの合意に達したと報告書に述べた。MTAは、港湾公社に建設プロセスを効率的にするためワールド・トレード・センター駅付近の地下街の再建と共に再建を行うよう求めた。港湾公社は2010年第2四半期までにトンネル構造の基盤となる掘削を完了し、第3四半期中にコートランド・ストリート駅の再建を開始する予定であった。2010年第2四半期のレポートには、港湾公社はトンネル構造建設のための掘削がほぼ完了しており、2010年第3四半期中にコートランド・ストリート駅の再建が開始されると発表された。駅の仕上げは2011年第2四半期に開始する予定で、2011年9月に駅の中二階とホームで作業が開始された。
再建工事中、建設従事者を列車から保護するためにホームの線路側は壁で覆われていた。ワールド・トレード・センター跡地に新しいワールド・トレード・センターが建った時、ワールド・トレード・センター周辺地区開発者が撤去されていたコートランド・ストリートを再度敷設しコートランド・ストリート駅にコートランド・ストリートが接続するようになった。
誰が改装費用を支払うかについて港湾公社とMTAとの間で揉め、営業再開は2014年から2018年に延期された。2013年に港湾公社は駅を再建する契約を結んだ。2015年2月、港湾公社とMTAは駅を仕上げることに合意した。