イワガニ上科
イワガニ科 Grapsidae MacLeay, 1838 - 現生種41、化石種5
ショウジンガニ科 Plagusiidae Dana, 1851 - 現生種24
ベンケイガニ科 Sesarmidae Dana, 1851 - 現生種252、化石の記録もある現生種1、化石種2
モクズガニ科 Varunidae H. Milne Edwards, 1853 - 現生種146、化石の記録もある現生種5、化石種16
科 Xenograpsidae N. K. Ng, Davie, Schubart et Ng, 2007 - 現生は1属3種のみ ホウキガニ属 Xenograpsus Takeda et Kurata, 1977 - ニシノシマホウキガニを含む
科不明 - 化石種4 属 Daragrapsus Müller et Collins, 1991 - 1種 属 Daranyia Lőrenthey, 1901 - 2種 属 Pseudodaranyia Tessier, Beschin, Busulini et De Angeli, 1999 - 1種
伝統的分類では「イワガニ科 Grapsidae」「オカガニ科 Gecarcinidae」の2科で、イワガニ科の中に「イワガニ亜科 Grapsinae」「ベンケイガニ亜科 Sesarminae」「モクズガニ亜科 Varurinae」「ショウジンガニ亜科 Plagusinae」が設定されていた。
しかし21世紀初頭にカニの分類が大幅に見直される中で、イワガニ科の各亜科は科に昇格、モクズガニ科とショウジンガニ科にさらに亜科を設定する等の改変が加えられた。ここではDe Grave et al. (2009)の分類に従った。
オカガニ科 Gecarcinidae MacLeay, 1838 - 現生種19、化石の記録もある現生種1、化石種1。Gecarcoidea natalisなど。
科 Glyptograpsidae Schubart, Cuesta et Felder, 2002 - 現生は2属3種のみ 属 Glyptograpsus Smith, 1870 - 2種 属 Platychirograpsus De Man, 1896 - 1種