瑞鶴 (空母)
横川市平 大佐:1941年9月25日 - 1942年6月5日
野元為輝 大佐:1942年6月5日 - 1943年6月20日
菊池朝三 大佐:1943年6月20日 - 12月18日
貝塚武男 大佐:1943年12月18日 - 1944年10月25日(戦死、中将)
「瑞鶴」、「翔鶴」、重巡洋艦「利根」、「筑摩」、「最上」などは7月10日に内海西部を出発し、7月15日にトラックに着いた。
1943年(昭和18年)9月17日、他の艦艇と共に訓練のため、トラック島を出港した。18日、アメリカ機動部隊がギルバート諸島タラワ、マキンを空襲したため、瑞鶴以下の日本艦隊はこのアメリカ艦隊攻撃に向かったが会敵できず、23日にトラック島に帰投した。10月5日、6日今度はウェーク島を米機動部隊が空襲した。17日、日本艦隊(大和、長門、翔鶴、瑞鶴、瑞鳳)等はトラック島を出撃したがこの時も会敵できずに終わった。この結果、艦隊用の燃料を大量に消費し、以後の作戦に支障を来す事態となってしまった。
1943年11月1日、アメリカ軍がブーゲンビル島トロキナ岬付近に上陸、さらにショートランド泊地周辺を砲撃し、日本の基地航空部隊がこれを迎撃した。同日、小沢長官の第一航空戦隊(翔鶴、瑞鶴、瑞鳳)の飛行機隊は艦攻の約半数を除いてラバウルに進出し、基地航空部隊と協同してろ号作戦を実施することに決めた。ろ号作戦で第一航空戦隊は進出させた戦力の約7割の航空機と約5割の搭乗員を失い、特に士官搭乗員の損害が大きく、空母部隊の再建が困難になると予想され、連合艦隊長官古賀峯一大将は11月12日に一航戦のトラック復帰を命じた。
1943年12月7日、第三艦隊参謀長は山田少将から古村啓蔵大佐(戦艦武蔵」艦長)に交代した。同日、呉回航部隊(筑摩、瑞鶴、涼月、初月)はトラック泊地を出発、12日に呉へ到着した。 12月18日、瑞鶴の艦長は菊池大佐から空母鳳翔艦長貝塚武男大佐に交代した。菊池大佐は12月23日附で装甲空母大鳳艤装員長に任命された。
また送風装置の故障により機関部温度が急上昇して在室不能となり、この結果、右2軸運転となった。艦橋の舵取り装置も故障し、直接操舵となるが、修理により8時45分復旧する。火災も鎮火した。一方で機関部に命中した魚雷により一時電源が遮断され、各部高角砲や対空機銃のモーターが使用不能となり、通信能力も制限されるなど、艦の機能に重大な影響を残し、速力は22ノットまで低下した。また、第一波攻撃で僚艦は次々に被弾し、9時頃に秋月が沈没した。
第二波の攻撃までは約1時間の時間があり、その間も小沢機動部隊は囮の役目を果たすべく北上を継続した。瑞鶴の艦内では必死の修理が進められたが、左傾斜6度の艦内作業は相当な困難を伴い、また機関部の被害は深刻で完全な復旧は不可能であった。8時48分、送受信不能になり、瑞鶴は大淀に無線代行を依頼した。その後復旧し、アメリカ軍の誘致に成功したことが発信されるが、その通信が栗田艦隊には届くことは無かった。9時27分、千歳が沈没した。9時44分、小沢中将は旗艦施設の整った大淀に旗艦を変更すべく準備を進めさせたが、その前にアメリカ軍の第二波攻撃隊が接近したため、大淀は距離をとった。
第二波の攻撃では、瑞鶴に対しては至近弾のみで被害は少なかった。千代田は被弾して落伍、小沢中将は大淀艦載カッターで瑞鶴を離れ、10時54分に大淀に将旗を移した。11時7分、各部隊に旗艦変更の通達がなされた。この頃、上空直掩機9機が燃料切れで不時着した。
巨艦である瑞鶴が沈む時には大きな渦が発生すると予想されるため、脱出時には200メートル以上泳いで離れるよう指導されていたと回想している。近藤によると、瑞鶴沈没後に大きな海中爆発が2回起き、強い衝撃を感じたという。
小沢艦隊は瑞鶴の沈没後も空襲を受け、間もなく瑞鳳も沈没した。このため生存者の漂流は長時間に及んだ。最終的に、士官49名、下士官兵794名が戦死した。初月に救助された生存者は、追撃してきた米艦隊に初月が撃沈された際に戦死した。瑞鶴の貝塚艦長は退艦を拒否し、艦長休憩室に入って鍵をかけたという。奈良県橿原市の橿原神宮若桜友苑には「航空母艦瑞鶴之碑」が建立されており、傍らには川崎重工が再現した三角マストのレプリカが立っている。
真珠湾攻撃に参加した日本の空母6隻(赤城、加賀、蒼龍、飛龍、翔鶴、瑞鶴)のうち、最後まで残ったのが瑞鶴である。瑞鶴は正規空母として設計、建造され、機動部隊として作戦に参加できた最後の空母でもあった。瑞鶴喪失を含め空母戦力の大半を失ったことにより、これ以降、空母戦力を組織的に運用、作戦できる隻数、艦載機、乗員の確保が困難になり、事実上日本海軍の機動部隊は壊滅した。次々に沈む各艦を目撃した小沢中将は「これがかつて全世界にその最強を誇った日本海軍の機動部隊の末路かと思うと情けなくなり、また日本の運命が、この機動部隊の末路のようになっていくのではなかろうか」と感じたという。11月15日、第一機動艦隊および第三艦隊は解隊された。
この間、フロリダ諸島を占領したツラギ攻略部隊は米空母ヨークタウンの艦載機に襲撃され、駆逐艦菊月等を撃沈されている。
5月上旬、MO機動部隊はアメリカ海軍第17任務部隊と交戦した。5月6日夜、MO機動部隊は一旦速度を10ノットとして北上を開始。5月7日、MO機動部隊艦載機が、米空母と誤認された給油艦「ネオショー」と駆逐艦「シムス」を撃沈した。この攻撃で瑞鶴艦爆1機が被弾してネオショーに自爆攻撃を敢行した。 一方、MO主隊(青葉、加古、衣笠、古鷹、祥鳳、漣)も第17任務部隊艦載機の空襲を受け、祥鳳沈没という被害を受けた。またMO機動部隊の薄暮攻撃もアメリカ軍機による迎撃を受けて艦爆12機中1機(瑞鶴1)、艦攻15機中8機(瑞鶴5、翔鶴3)を喪失、他にも被弾機を出して失敗した。翌日の使用可能機数は瑞鶴45機(艦戦19、艦爆14、艦攻12)、翔鶴51機(艦戦18、艦爆19、艦攻14)となる。度重なる失敗に原忠一司令官は「海軍をやめたい」とまで漏らした。またMO主隊より第六戦隊第2小隊(衣笠、古鷹)がMO機動部隊に合流、駆逐艦有明を不時着機救助に派遣したため、その戦力は空母2隻(瑞鶴、翔鶴)、重巡4隻(妙高、羽黒、衣笠、古鷹)、駆逐艦5隻(時雨、白露、夕暮、曙、潮)となった。
5月8日、翔鶴の飛行隊長高橋赫一少佐が指揮するMO機動部隊艦載機69機(瑞鶴31機《艦戦9、艦爆14、艦攻8》、翔鶴38機《艦戦9、艦爆19、艦攻10》)は第17任務部隊を攻撃する。翔鶴隊は空母「レキシントン」を攻撃して同艦を自沈に追い込んだ。
なお、第一次攻撃隊発進時に瑞鶴攻撃隊の発艦が遅れた件について瑞鶴の野元艦長は、「レーダーを持っている翔鶴から矢の催促がきたが、瑞鶴は(レーダーが)ないのでのんびりやることにした」と回想している。瑞鶴は航空隊発進のため風上へ向かい翔鶴と2万メートル近く離れ、このためアメリカ軍攻撃隊は再び翔鶴に集中攻撃を加えた。大破した翔鶴は航空隊発進・収容が不可能となり旗艦としての通信能力も喪失、そこで一時的に野元瑞鶴艦長が航空戦の指揮をとることになった。のちに南雲中将や草鹿少将など第三艦隊司令部は翔鶴から駆逐艦嵐(第4駆逐隊司令有賀幸作大佐)へ移動し、さらに同艦から瑞鶴に移乗して将旗を掲げた。また本艦に損傷はなかったものの、艦載機の消耗は甚大であった。10月30日、トラック泊地帰投。戦死者の葬儀を行うが、輸送船に救助されていた瑞鶴飛行隊長高橋定大尉は葬儀開始1時間前に母艦(瑞鶴)へ帰還している。
11月4日、瑞鶴は第五戦隊(妙高)、第16駆逐隊(初風、時津風)と共に内地へ帰投するよう命じられる。9日、瑞鶴隊(瑞鶴、初風)は豊後水道にて佐世保へ向かう妙高隊(妙高、時津風)と分離、呉に到着した。このため11月中旬の第三次ソロモン海戦には参加していない。後日、翔鶴と瑞鶴は三回目の感状を授与された。 11月11日、第三艦隊司令長官は南雲中将から小沢治三郎中将に交代した。同艦隊参謀長も23日附で草鹿少将から山田定義少将に交代している。
呉到着後、瑞鶴は瀬戸内海で消耗した航空隊の再編や天山艦上攻撃機の発着艦試験を行った。12月12日、トラック島への輸送任務に投入された空母「龍鳳」が横須賀出港直後にアメリカ潜水艦「ドラム」に雷撃され、引き返した。このため「瑞鶴」が「龍鳳」輸送物件(陸軍飛行第45戦隊の九九式双発軽爆)を輸送することとなった。機材と関係者を乗せて駆逐艦「秋月」、「初風」、「時津風」と共に12月31日に横須賀を出発。1943年(昭和18年)1月4日トラック着。
1月7日、戦艦「陸奥」、空母「瑞鶴」、重巡洋艦「鈴谷」、駆逐艦「有明」、「夕暮」、「磯波」、「電」、「天霧」、「朝潮」はトラック泊地を出発。この航海では、陸奥の為に艦隊速力を16ノットに落とさざるを得ず、瑞鶴の乗組員は不安になったという。瑞鶴隊(瑞鶴、鈴谷、天霧、夕暮、有明)は呉へ向かい、12日大分、14日呉着。
1943年(昭和18年)1月18日、戦艦「武蔵」、空母「瑞鶴」、「瑞鳳」、軽巡洋艦「神通」、駆逐艦「夕雲」、「秋雲」、「巻雲」、「風雲」、「雪風」は呉を出発した。22-23日トラック着、ガダルカナル島からの撤退(ケ号作戦)を支援するため、1月下旬に基地要員を駆逐艦「秋雲」と「巻雲」に乗せて派遣し、続いて航空隊を進出させた。1月27日、駆逐艦「陽炎」が「瑞鶴」不時着機救助のために出動した。2月10日、基地員の大部分は駆逐艦「谷風」と「浦風」に分乗し、トラック泊地の「瑞鶴」へと戻った。
4月上旬のい号作戦で母艦飛行隊の損害は総計17%となり、ハワイ作戦時の2倍程度になった。小沢長官は山本五十六連合艦隊司令長官に、母艦航空隊を陸上航空戦に投入しないよう申し入れたが、却下されている。