時空の覇者 Sa・Ga3
異次元世界に到着した時の最寄りの港町。海が荒れており、到着時点では定期船は出航されていない。
異次元世界の神。ステスロス乗組員の賢者バルザイを殺そうとしている。口が多数付いた人魂のような姿。
シリーズの中でも珍しい現象として、魔法攻撃を外すことがある。本作には「確実に攻撃を命中させる手段」が極めて少ない。
魔法攻撃を反射させる効果が、全体を対象にした魔法に対しても有効になった。ただし全体魔法を反射した場合、敵にダメージを返すことは出来ず、回避効果にとどまる。
味方パーティは全員が1グループとして扱われる。そのため、前作までは1グループを対象にした攻撃を味方側が受けた場合、1人が1グループだったために対象は1人に限られていたが、本作では全員が1グループのため全員が対象となる。
敵は1体ごとに画面に表示されるようになったため、同じグループに出現した敵のうち、どの個体をターゲットにするかを指定できるようになった。 それに合わせ、ステータス異常や各種攻撃の命中判定も、1体ごとに行なわれる仕様に変更された。
敵にサイズが設定され、画面内に収まる分までしか出現しない。そのため、大型の敵は出現数が少なくなる。ただし味方にはこの法則は適用されず、敵の場合では3体程度しか一度に出現できない個体であっても、味方が変身する際は関係なく、4人全員が大型の個体に変身していても問題ない。
敵が落とす「肉」(および今回追加された「パーツ」、詳細は後述)を食べて変身した場合、HPは回復しなくなった。ただし食べて変身しなかった場合、HPが回復するようになった。
一定以上の大型の敵(モンスター、獣人)は、倒した時に巨大肉を落とす場合がある。食べると変身した場合でもHPが回復する。
同種の敵が別々のグループを組んで出現することがある。そのため、1グループを対象にした攻撃を仕掛けても、同種の敵すべてをターゲットにできるとは限らない。
昔、ラグナを中心とする異次元の神々がサガ世界に侵攻してきた。サガ世界の神ソールは、戦闘機ステスロスを用いて異次元の神々を封印し、サガ世界の平和を守った。戦闘機ステスロスは神殿に封印され、パーツは世界各地にちりばめられた。
それから長い年月を経て、異次元の神々は封印を脱し、サガ世界への移住を目的に再度侵攻を試み始めた。彼らはサガ世界の全ての時代の上空に、異次元と繋がる巨大な水瓶を出現させ、異次元の魔物と大量の水を送り込んだ。そのためサガ世界は陸地のほとんどが沈没し、残りの世界も魔物の攻撃を受けて滅亡寸前となっていた。これを打破するべく、サガ世界の戦士の1人ボラージュは、まだ幼児であったデューン、ミルフィー、ポルナレフの3人をタイムマシンに乗せ、まだ深刻なダメージを受けていない過去の時代に送り込み、過去のサガ世界の人間ギルに預けて救世主として育てるよう要請し、歴史を変えるよう目論んだのである。
成長したデューンたち3人とギルの孫娘シリューは、滅びの未来を変えるためにはステスロスが不可欠であることを知り、過去・現在・未来を時間移動してパーツを集めることになった。しかし、異次元の神々が次々と行く手を阻むことになる。
サガ世界を創った神。異次元の神々に拉致され、ラグナ神に取り込まれてしまう。実はラグナ神とソール神は表裏一体の存在であり、ソール神が誕生した理由もラグナ神の中にわずかに残った「善」の部分がラグナ神から離れ実体化した存在だったことが物語終盤で明らかになる。
長老ギルが神殿近くに作った町。滅びの未来から送り込まれたデューンたち3人はこの町で育てられる。過去世界には、長老ギルがまだ町を作る前の時代ゆえに、まだ町はない。未来世界では、町は水没してしまったが、別の場所に移されている。