スーパードンキーコング
より足場の悪くなった岩山。落石が頻繁に行く手を塞ぐ。このコースに限り、ゴールの渦巻きが逆になっている。
GBA版は攻撃パターンと色が異なり、地震で柱を落とす。
その名の通りネッキーとミニネッキーが多く登場。ネッキーを踏みつけたりタル大砲を使って足場のない場所を進む。
ラストステージ。他のボスステージと異なり、耐久力が高くクリアしても束バナナ3つはもらえずそのままエンディングに移り自動でセーブされる。
緑色のサメ。水中を一直線か、往復しながら泳いでいる。GBA版の「ファンキーフィッシング」にも登場。
ゴリラ。ドンキーの親友であり、バンダナとサングラスを着用した陽気な性格。趣味はサーフィン。
ファンキーバレル空港を経営しており、既にクリアしたレベルやステージに連れていってくれる。島の事情に詳しく、役立つ情報をくれることもある。
GBA版ではファンキーバレルとミニゲーム「ファンキーフィッシング」を選択できる。ファンキーフィッシングは達成率に関わるため、完全クリアを目指すなら挑戦必須。
英語版では【KONGO JUNGLE】。最初のレベルのため難易度は低く、ジャングル内部なので全体を木々が取り囲んでいるのだが、洞窟や海といった多彩な地形や、タル大砲で空中を渡るコースなどトリッキーなステージも用意されている。 なお、『ニンテンドウオールスター!大乱闘スマッシュブラザーズ』、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』、『大乱闘スマッシュブラザーズ for Wii U』では、対戦ステージとして登場する。
ステージ内の数か所にある隠し部屋。一部のステージやボスとの対決を除くほとんどのステージにあり、アイテムの宝庫になっていることが多い。特定の壁を壊して入る(最初から入口が開いていることもある)・特定のタル大砲を使うなどの方法で行くことができる。見落としやすい場所に入口がある場合、不自然な場所に置かれたバナナが目印になっていることも多い。
中にはミニゲーム形式でアイテム取得に挑戦するタイプもあり、ダメージを受けたりミニゲームに失敗するとアイテムを得られず外に追い出されるが、ボーナスステージ内の結果にかかわらず「ボーナスステージを発見した扱い」に変わりはなく、ゲーム全体の攻略の度合いを示す「達成率」に加算される(アニマルトークンを集めて入れるボーナスステージは達成率に加算されない)。また、ボーナスステージ内でダメージを受けたり谷底に落ちても、パートナーを失ったりミスになることはない。
急斜面や谷底が多い雪山が舞台。途中から吹雪が吹き始めるため視界まで悪くなる。
足場がない場所を連続タル大砲で抜けなければならない場所もあり、ステージがかなり長いため難易度はかなり高い。
GBC版『ドンキーコング2001』では吹雪がない上、タル大砲の回転が遅くなっているため、難易度が少しは低下している。
ジャングルではあるが、木々の間を張ったツタが主な足場になるため、寄り道できる足場が少なく、そんな中をマンキーコング達が行く手を塞ぐ。
ボーナスステージ・隠し部屋がゲーム中最多の5つある。
爆発マークが白く書いてある。入ると一定の方向へ勝手に発射される。発射後、ほとんどのものは制御が出来ない。手動式に比べ、発射距離が異様に長い個体が多い。
一定の向きで動かないタイプ、その場で向きを45度変えるタイプ、その場で向きを90度変えるタイプ、その場で向きを180度変えるタイプの4種類がある。
また、画面上では見えない空中や谷底に設置されていることがある。
画面外の空中へ高く飛ばしたり、壁へ飛ばして激突した時に隠し通路が現れるなどで、ボーナスステージへ行けるタルもある。
このタルで隠し通路が現れるものを除き、SFC版とGBC版『ドンキーコング2001』ではタルの内部自体がボーナスステージとなった。続編およびGBA版では前述の通りこのタルは専用の外見のボーナスバレルに変わっている。
ラストレベルに登場。船のデッキが舞台。キングクルール戦専用で、外見は木製だがキングクルールの大ジャンプや鉄球の落下に耐えられる頑丈な作り。
足場の非常に少ない飛行船の中を、タル大砲を乗り継いで進む。
ステージの至る所でスピナーが動き回っている。序盤でランビを仲間にできるが、その挙動性能ゆえにスピナーとの接触ミスを起こしやすく、扱いには注意が必要。
SFC版ではランビのアニマルコンテナの先には高い所にスピナーがあるだけだが、GBC版『ドンキーコング2001』とGBA版ではその低い所にもスピナーがある。
やや太った体型のクレムリン。基本的に歩行しているだけだがヘルメットを装着している為、ディディーの踏みつけのみ無効化する。それ以外の攻撃なら倒せる。
水中ステージの中でもクランボーが特に多く、飛び道具である真珠を避けるテクニックが問われる。
「マインカートコースター」「マインカートコースター2」にのみ登場するトロッコに乗っているクリッター。コースを逆走しているが、行き場が無くなって立ち往生しているものもいる。
トロッコごと踏むとダメージを受けるが、立ち往生している個体は直接踏めば倒してトロッコを横取りできる。