明智氏
その後、明智氏は幕府奉公衆となっており、『文安番帳』(文安年中御番帳、成立時期文安元年(1444年)5月〜文安6年(1449年)正月)には外様衆として土岐明智中務少輔が見え、文安4年(1447年)、土岐明智十郎(頼秀)は、中条左馬助と中条兵庫頭入道常秋の争いに際して、幕府から常秋への合力を命じられている。
『永享番帳』(永享以来御番帳、成立時期宝徳2年(1450年)正月〜亨徳4年(1455年)正月)には載っていない。『文安番帳』『長亨番帳』の四番衆にその名が見える奉公衆の末裔たる久下家に伝わる『久下文書』所収の四番衆交名(成立時期長禄3年(1459年)末〜寛正6年(1465年)8月)に土岐明智兵庫頭、『長亨番帳』(長亨元年九月十二日常徳院殿様江州御動座当時在陣衆着到、成立時期長亨元年(1487年)9月)の四番には土岐明智兵庫助・土岐明智左馬助政宣の両名が、『東山番帳』(東山殿時代大名外様附、成立時期明応元年(1492年)5月〜明応2年正月)の四番に明智兵庫頭が見える。
延徳2年(1490年)ごろ、明智兵庫頭入道玄宣と一族の上総介父子頼尚・頼明との間に内部抗争が発生し、上総介父子の狼藉が妻木郷全域に及ぶ。明応4年(1495年)3月、玄宣と頼定(頼尚の父)は知行地の折半で和睦を結ぶ。この和睦を期に、妻木郷では庶流である上総介家(頼尚・頼明)による新たな領主制が展開する。
文亀2年(1502年)には頼尚が妻木郷の大部分を支配し、かつその正当性を主張する。そして嫡子頼典を義絶し、所領はすべて彦九郎頼明に譲る。