JFKエクスプレス
しかし、1980年6月に行われたJFKエクスプレスの運行継続の可否を問う投票においてMTA取締役会の役員は運行継続に投票し、JFK国際空港への公共交通機関の接続は必要であると述べた。当時の運賃は3.50ドルであった。1981年7月3日、運賃は4ドルから5ドルに引き上げられた。
1983年6月、ニューヨークシティ・トランジット・オーソリティ (NYCTA) は他のサービスの変更と共にJFKエクスプレスのサービスも変更する計画を発表した。計画では南側ターミナル駅をロッカウェイ・パーク-ビーチ116丁目駅に変更し追加運賃を撤廃、両数を4両から8両に延長し運行間隔を20分ヘッドから18分ヘッドに短縮することとなっていた。この計画は1984年1月時点でもまだ見直されていた。結局この計画は実現することはなかった。
JFKエクスプレスへの乗車には追加運賃を支払う必要があるが、路線の閉鎖などで他のサービスに変更が生じた場合に追加運賃無しで乗車できるようにする特例が設けられたことがあった。1988年のウィリアムズバーグ橋閉鎖の際、1988年12月11日から1989年10月29日までの午後9時から午前1時の間に57丁目駅 - 47丁目-50丁目-ロックフェラー・センター駅間を運行していた列車はJFKエクスプレスのみであったため乗客はこの区間のみの乗車に限り追加運賃無しで乗車することができた。