フーガの技法
現代ではチェンバロ、ピアノ、オルガン、そして弦楽四重奏やオーケストラなど、様々な楽器の組み合わせで演奏されたり、録音されている。例えばWolfgang Graeserやヘルマン・シェルヘンはカノン以外の全てのフーガをオーケストラ用に編曲している。また2004年にはケネス・エイミス(英語版)がフーガとカノンを吹奏楽用にアレンジしている。
ピアノでの演奏時間は約80~90分だが、アントン・バタゴフは150分かけて演奏している。
フレットワーク(英語版)はヴィオール合奏で録音している。高橋悠治、鈴木雅明、ピーター・ディルクセン(ドイツ語版)は自筆譜稿で演奏している。ピ=シェン・チェン(英語版)、大井浩明、ウィンストン・チョイは初版譜で演奏している。グレン・グールドが演奏した未完成のフーガは、チェルニー校訂版によるものである。
ピーター・ディルクセンは「コントラプンクトゥス2はベルリン自筆譜では、他者の手でIIIと名づけられているが、このベルリン譜を清書するに当たり符点リズムは後で付け加えられた痕跡を有する」という見解から、全ての符点リズムを取り払って演奏しておりet'ceteraからリリースした録音もこれに拠る。しかし、初版までにコントラプンクトゥス2へいかなる経緯で符点リズム化が行われたのかは不明である。