バクテロイデス門
バクテロイデス綱は人に対して病原性を持つ種は少ないが、日和見感染症を引き起こすことがある。一方、フラボバクテリア綱、スフィンゴバクテリア綱は好気性菌が多く、水系、土壌から分離されることが多い。多くの種が黄色色素を産生する。
腸内では、バクテロイデスは非常に幅広い代謝能力を持ち、腸内細菌叢の最も安定した構成菌の1つと見なされている。場合によっては豊富なバクテロイデスの減少は、肥満および過敏性腸症候群に関連している。この細菌群は、1型および2型糖尿病を患っている患者で優位となっているようである。メタゲノムで脂肪過多、インスリン抵抗性、脂質異常症および炎症性発現に関連する遺伝子の豊富さに乏しい被験者でバクテロイデス目プレボテラ属とは対照的にバクテロイデス属が優位となっていることが最近発見された。
腸内のバクテロイデス目は、主要な最終産物としてコハク酸、酢酸、場合によってはプロピオン酸を生成する。アリスチペス属、バクテロイデス属、パラバクテロイデス属、プレボテラ属、パラプレボテラ属、アロプレボテラ属、バルネシエラ属、タンネレラ属に属する種は糖分解性であり、一方、オドリバクター属とポルフィロモナス属に属するものは通常糖分解性を有さない。いくつかのバクテロイデス属およびプレボテラ属はデンプン、セルロース、キシラン、ペクチンなどの複雑な多糖類を分解する可能性がある。バクテロイデス目は、また、菌特有のプロテアーゼによるタンパク質分解活性により、タンパク質代謝において重要な役割を果たす。いくつかのバクテロイデス属は、尿素を窒素源として利用する可能性がある。バクテロイデス属のその他の重要な機能として抱合胆汁酸の抱合解除と粘液の生成が含まれる。