硬骨魚類
軟骨魚類・硬骨魚類は、古くは魚綱の下位の軟骨魚亜綱・硬骨魚亜綱としたが、今では魚類を魚上綱として、軟骨魚綱と硬骨魚綱の2綱に分けることが多い。なお魚類に無顎類(ヤツメウナギやヌタウナギ等)を含めるかどうかは、研究者によって意見が分かれる。
生物の進化上は、硬骨魚類は軟骨魚類から、軟骨魚類は無顎類から分岐した。また、両生綱、爬虫綱、鳥綱、哺乳綱は、硬骨魚類から分岐した。下図参照。
すなわち、硬骨魚類は (C) + (D) のグループであり側系統群(単系統群から一部の群を除いたグループ)のため、この場合、分岐分類学の立場では(無脊椎動物や爬虫類などと同様)生物分類の単位とはされないはずである(後述)。ただし、実用性の観点から、硬骨魚類の分類名は現在も広く使用されている。しかし、分岐分類においても「硬骨魚類 (Osteichthyes)」の名称は定義を変えて使用されており、伝統的な分類体系と混同され混乱を招くことも多い。
硬骨魚類は、肺魚亜綱、総鰭亜綱、腕鰭亜綱、条鰭亜綱の4亜綱に分類される。このうち現生目は、肺魚亜綱にはケラトドゥス目とレピドシレン目、総鰭亜綱にはシーラカンス目、腕鰭亜綱にはポリプテルス目だけしかない。
条鰭亜綱は、軟質下綱と新鰭下綱の2下綱に分けられるが、軟質下綱は軟骨上綱チョウザメ目のみが現生である。現在最も繁栄している魚類のグループは、条鰭亜綱の新鰭下綱であり、通常私たちの目にふれる“魚”は、ほとんどがこのグループであると言ってよい。
新鰭下綱は、さらに全骨類と真骨類とに分かれるが、現生する全骨類の魚類はガー目(レピソステウス目)とアミア目のみであり、それ以外のすべての新鰭下綱の魚類は、真骨類に属する。