皇太子
第26代継体天皇以降は、同母兄弟間の殺戮が起きておらず、また兄弟継承も第27代安閑天皇→第28代宣化天皇、第38代天智天皇→天武天皇の二例しか実現していない。この兄弟継承は、共に内乱を伴っている。しかし、古墳時代とは背後の諸条件が異なるため、旧来の皇位継承の再生・復活とは考えられていない。これら同母兄弟間から異母兄弟間の継承への移行は、古墳時代における皇位継承の不安定さを回避する目的で作り上げられた規制であると考えられている。皇位の「兄弟相承」に対し「直系相承」は未成熟であり、長子優先の原則も未だ絶対基準とはなっていない。
この時代には女性天皇(女帝)も出現し、中継ぎとして直系相承を維持するために生まれた一面があると考えられているが、旧来の原理を大きく覆すには至っていないと評価されている。
皇極天皇4年6月12日(645年7月10日)、中大兄皇子(葛城皇子)は、乙巳の変により重臣蘇我入鹿を暗殺した。第35代皇極天皇は、中大兄皇子への譲位を企図したが、入鹿が擁立しようとしていた古人大兄皇子(中大兄皇子から見て異母兄)と軽皇子(中大兄皇子から見て舅)の存在を考慮し、軽皇子が第36代孝徳天皇となった。このとき、孝徳天皇は古人大兄皇子が「(舒明)天皇の所生」かつ「年長」であることを理由に即位を固辞していた。孝徳天皇自身は「(皇極)天皇の同母弟」でしかなく、即位理由は不安定なものだった。
中大兄皇子は、同年9月に古人大兄皇子を殺害する。中大兄皇子は、有力な対抗者を欠く状態となった。さらに「(孝徳)天皇の所生」である有間皇子も、斉明天皇4年(658年)に謀反を計画したとして殺害された。中大兄皇子は、母皇極/斉明天皇の崩御後、称制を経て、第38代天智天皇として即位した。
いずれにせよ高市皇子の薨去に伴い、次期後継者を巡る紛争が起こる。これは天皇位ではなく皇太子位を巡る、史上初の紛争にあたる。この時の様子は、『懐風藻』に記されている。結局、翌持統天皇11年2月16日(697年3月13日)に草壁皇子の息子(=持統天皇の孫)である珂瑠皇子が立太子され、同年8月1日(697年8月22日)に若干15歳で即位し第42代文武天皇となった。ここに、史上初の皇太子を経て即位した天皇が誕生したとされ、後代の皇位継承を大きく規定した点で画期的なことであった。珂瑠皇子と、その息子の首皇子(聖武天皇)は、皇位継承者として明らかに差別化した扱いを受けており、律令制下における皇太子制の確立が、以後の政治課題となった。
また、慶雲4年(707年)に文武天皇が若くして崩御すると、当時7歳の首皇子(聖武天皇)の即位までの中継ぎとして、文武天皇の母元明天皇と同母姉元正天皇が即位した。元明天皇の在位中に首皇子は立太子された(時期は諸説あり)が、即位は先延ばしになり、元正天皇が次期天皇となった。これは、皇太子の地位が、次期天皇になるための必須の地位として、古代の支配者階級にとって未だ認識されていなかったことを意味する。成立当初の皇太子位は、文武天皇の系譜を維持することを目的とするかのように、聖武天皇の息子である基皇子は生後わずか32日で立太子された(その後、生後1年に満たずに夭折した)。
基皇子の薨去後、長屋王の変により、嫡流に近い血統と政治的実権を持つ長屋王が失脚・自害すると、藤原家の光明子(安宿媛)の立后が実現し、史上初の皇族出身以外の皇后が誕生した。