ヴェネツィア領クレタ
この努力にもかかわらず、オスマン帝国はフォデール(英語版)周辺の地域を荒廃させ、ミラベッロ、シティア、そしてパレカストロ(英語版)の砦を破壊した。セリノ(英語版)の住民が降伏してヴェネツィアの守備隊が捕縛されると、1539年にオスマン帝国の攻撃は再開された。イエラペトラの要塞もまた陥落したが、キサモス(英語版)におけるヴェネツィアの抵抗は成功した。キュプロス戦争中の1571年、クルチ・アリは容易にレシムノンを占領し、クレタ島を襲撃した。この結果、クレタ島に深刻な飢饉がもたらされた。幾人かの現地住民はヴェネツィアの失政に怒り、オスマン帝国と接触を図りさえした。しかしクレタ貴族のマッタイオス・カレルギス(Matthaios Kallergis)の仲介によって落ち着かせ、秩序を回復させることに成功した 。2年後の1573年、カネア周辺の地域が襲撃された。
オスマン帝国の脅威の出現は、ヴェネツィア共和国の経済的衰退と時期を同じくしており、このことがクレタ島の防衛力を有効に強化する能力を低下させていた。付け加えて、クレタ島内の内部対立と現地貴族の改革に対する抵抗が問題を深刻にした。コンスタンティノープルの陥落はクレタ人に深刻な動揺を与え、その余波によって一連の反ヴェネツィアの陰謀が発生した。最初に発生したのはシフィス・ヴラストス(英語版)によるレシムノンでの反乱の計画であり、これには最後のビザンツ皇帝による偽の手紙まで用意された。この陰謀は金銭と特権に転んだ司祭イオアンニス・リマス(Ioannis Limas)とアンドレアス・ニグロス(Andrea Nigro)によって裏切られ、ヴェネツィア当局に知らされた。
ヴェネツィア軍は1205年に初めてこの島を占領したが、安定させるまでには、特にジェノヴァ共和国の脅威を完全に排除するには1212年までかかった。その後、新しい植民地として次第にその輪郭が形作られた。クレタ島は6の地区(セスティエーリ(英語版))に分割された。これはヴェネツィア本国の地区区分(英語版)にちなんで命名された。同時に、クレタ島の首都カンディアはCommune Veneciarumとして直接統治された。ティノス島とキティラ島もまたヴェネツィアの支配下に入り、ヴェネツィア領クレタの版図となった。14世紀初頭。地区区分は4つに再編された。これの境界は現代のギリシア共和国の県(ノモス)とほぼ同じである。
ヴェネツィア支配の最初の2世紀の間、正教会信徒の現地ギリシア人によるローマ・カトリックのヴェネツィア人に対する反乱が頻発し、ニカイア帝国がしばしばこれを支援した。1207年から最後の大規模反乱である1360年代のサン・ティートの反乱(英語版)(この反乱はギリシア人とヴェネツィア人「植民者」が一体となってヴェネツィア本国による課税に抗った)まで、その数は18回を数える。その後、時折発生する反乱やトルコ人の襲撃にもかかわらず、クレタ島は大きく繁栄し、ヴェネツィアの統治を通じて当時イタリアで進展していたルネサンスの影響が及んだ。その結果、ギリシア世界では他に比類のない芸術と文学の復興がもたらされた。最終的にエル・グレコを生み出す絵画のクレタ派(英語版)はイタリアとビザンティンの様式を統合し、またヴェネツィア時代には現地の表現を使用した広範な文学が登場した。
既に1212年に、アギオステファノス家(Hagiostephanitai)の兄弟が、恐らく最初のヴェネツィア人植民者の到着とクレタ島の貴族および正教会の資産没収のためにラシティ高原(英語版)で反乱を起こしていた。この反乱はすぐにクレタ島の東部全域に広がり、ナクソス公(英語版)マルコ1世サヌード(英語版)の介入によってようやく鎮圧された。マルコ1世とティエポロはその後対立し、マルコ1世はこの島を自分自身のために征服することを試みた。マルコ1世は強力なアルコンのセバストス・スコルディリス(Sebastos Skordiles)を含む現地人からかなりの支持を獲得した。彼はカンディアさえ奪取し、ティエポロは女装してすぐそばのテメノスの要塞へと逃げ延びた。その後ティエポロはヴェネツィア艦隊の来援によってカンディアを奪回し、マルコ1世は金銭および食料と引き換えにこの島から退去することに同意した。マルコ1世に組した20人のギリシア人領主が、彼に同行してナクソス島に移った。
この最初の反乱の失敗はクレタ人の反感を打ち払うことはなかった。1217年、スコルディリス家(Skordiles)の所有する数頭のウマと牧草地がモノパリ(Monopari、ヴェネツィア語:Bonrepare)のヴェネツィア人レクトール(英語版)に奪われ、クレタ公パオロ・クェリーニ(英語版)がこれを適切に処理しなかったことで、ギリシア人貴族コンスタンティノス・スコルディリス(Constantine Skordiles)とミカエル・メリッシノス(Michael Melissenos)率いる大規模な反乱が発生した。
ヴェネツィアはクレタ島と長い交易関係の歴史を持っていた。繰り返し発布されたビザンツ帝国の金印勅書によってギリシア全域の都市と島々においてヴェネツィア人は関税を免除されていたが、クレタ島も免除を受けた島々の1つであった。これは(およそ1130年頃の慣習を成文化した)1147年に始まり、ついに1198年にアレクシオス3世との条約によって確認された。この特権の対象となった地域の大部分が1204年4月の第4回十字軍によるコンスタンティノープル占領の後のビザンツ帝国分割においてヴェネツィア共和国領とされた。これにイオニア諸島、サロニカ湾、そしてキュクラデス諸島が加わり、またヴェネツィアはギリシア本土に海上貿易の拠点として有益ないくつかの海岸地域を勝ち取った。最終的に1204年8月12日、ヴェネツィア人は商売敵であったジェノヴァ人を出し抜いて、モンフェッラート侯ボニファッチョ1世からクレタ島を獲得した。ボニファッチョ1世はアレクシオス4世によってこの島の所有権を約束されていたが、実際にはその権利をわずかにしか行使できなかったので、1,000枚の銀貨、島の歳入として得られる合計10,000枚のhyperpyra貨、そしてテッサロニキ王国獲得に対するヴェネツィアの支持と引き換えにクレタ島に対する権利を売り払った。数週間後、ヴェネツィアの獲得領土はビザンツ領分割についての取り決め(英語版)(Partitio terrarum imperii Romaniae)で公式化された。