川辺川ダム
こうした議論などにおいて双方の問題点も浮き彫りになった。国土交通省については八代市の萩原堤防について当初「フロンティア堤防建設事業」として堤防の補強を事業計画に据えていたところ、突然事業を中止し、その理由についても明確な説明がされていない。また川辺川漁業権収用申請における漁民からの同意書提出に際して、既に死亡した人間などの氏名記載や捺印を行うといった捏造を行っていたことが発覚。激しい非難を浴びた。蜂の巣城紛争に際し運動を主導した室原知幸は「公共事業は法に叶い、理に叶い、情に叶わなければならない」と公共事業の在り方について建設省に問い、その反省として水特法などが施行されたがこれら一連の事件はこの思想を根本から否定する行為であった。こうした行政側の強引な姿勢も、川辺川ダム問題を一層複雑にした要因であると各方面から指摘されている。ダムによる「水害被害増幅」に対する住民への不信については、一般へのダム事業への啓蒙が不足していたことの表れでもある。
これ以降国営川辺川総合土地改良事業における川辺川ダムの立ち位置は次第に変化した。2005年農林水産省は水源を求める案として従来の「川辺川ダム案」と相良村に可動堰を建設してこれを水源とする「相良穴藤堰案」を呈示。原告やダム反対派は「堰案」を支持した。さらに翌2006年(平成18年)5月には従来の両案に加え川辺川ダムに水没予定となっているチッソ所有の川辺川第二ダムから取水する「川辺川第二ダム取水案」を呈示。熊本県は「第二ダム案」に沿った事業認定手続きを始めると表明した。一方この事業はかんがい受益地の人吉市など球磨川流域の自治体が参加しているが、農家と同様に川辺川ダム事業費の増加による負担増に難渋していた。この中で8月、相良村村長であった矢上雅義は第三の道を求めて利水事業からの離脱を表明、11月には従来賛成の立場であった川辺川ダムについても反対の姿勢を採ると表明した。12月には村で行われたダム反対集会に後援するなど「反ダム」を明確にし、2008年3月には村長を辞職して熊本県知事選挙に無所属で立候補、ダム反対を訴えた。
2008年の熊本県知事選挙では、立候補した5候補のうちダム事業推進を明言するものはおらず、矢上を含む4候補が「ダム事業反対」を明言。