残響のテロル
さらに警視庁は都内に残された監視カメラの映像からスピンクス1号・2号のアジトを特定する。一方、スピンクス1号・2号は第四の爆破予告を公開する。柴崎は彼らが動画で伝えたなぞなぞを正々堂々と解こうとするが、捜査一課の羽村ら刑事たちはなぞなぞの解明より容疑者逮捕が優先と、アジトの強制捜査を実行したため、スピンクス1号・2号は「柴崎以外の警察官がズルをした」として、もぬけの殻のアジトに踏み込む警察官の姿を生中継した上に、ネット上に警視庁からクラッキングした捜査情報を流出させ、警視庁の威信は地に落ちる。
警視庁が混乱に陥っている頃、アメリカはナイン、ツエルブが幼少期に脱出した施設にかつて収容されていたハイヴを日本に派遣する。スピンクス1号・2号は第五の爆破予告を発表し、柴崎に爆破予告のなぞなぞを解かせることで、自分たちのテロリズムの意図を理解させようとするが、ハイヴは警察上層部に圧力をかけて柴崎らの動きを封じ、更にはスピンクス1号・2号のパソコンをクラッキングし、彼らが爆弾を仕掛けた地下鉄の動きを追えないようにしてしまう。柴崎らが一向に動かないうえに爆弾を仕掛けた地下鉄の動きすら分からなくなったスピンクス1号・2号は自ら爆弾の回収に動く事態になる。これがスピンクス1号・2号とハイヴの戦いの始まりだった。ハイヴはスピンクス1号・2号との知的ゲームを楽しみながら、彼らが青森で強奪した物体を手に入れようとする。一方、柴崎は独自に捜査を進め、かつて一部のエリートたちによっておこなわれていたアテネ計画と呼ばれる壮大な人体実験が一連の事件の背景にあることを突き止める。
声 - 佐武宇綺
第4話よりスピンクスが用意した謎解きサイトのコンピューターボイス。
声 - 石川界人
本作の主人公。頭脳明晰で常に冷静沈着な男子高校生。17歳。濃紺色のセルフレーム眼鏡を掛けている。青森の核燃料再処理施設にてツエルブと共謀し、日本政府が密かに開発していた小型原子爆弾を強奪する。その半年後、高校生として東京で暮らし始める。
幼少期にアテネ計画のために優秀な孤児を集めた施設に収容されていたが、8年前にそこからツエルブとともに脱出、現在に至る。
新進平和塾のメンバーに関係する建物に爆弾を仕掛けていくが、地下鉄に爆弾を仕掛けた後ハイヴの介入により自ら回収することになる。その後ハイヴの用意した偽のスピンクスからの犯行予告を阻止するため、ツエルブ、リサと共に羽田空港に行く。(リサはナイン、ツエルブとは別で羽田に向かった。)
羽田空港でナインはツエルブと別行動で爆弾の場所を探すためにハイヴとの空港を使ったチェス勝負をすることになる。
ハイヴに捕まったリサを助けに行くと言うツエルブに「行かないでくれ」と言うが、ツエルブに裏切られ一人で最後の爆弾を学校に取りに行く。
後に自ら警視庁に出頭し、記者会見の開催を要求する。
声 - 上田麗奈
大学の理工学部に通っている柴崎の娘。大学で学んでいる理工学等の知識を柴崎に教えていた。