肥薩おれんじ鉄道線
利用客の利便性を考慮して、一部列車が鹿児島本線八代駅 - 新八代駅(九州新幹線発着・八代白百合学園高等学校最寄駅)間および川内駅 - 隈之城駅(れいめい中学校・高等学校最寄)間に乗り入れている。このうち隈之城駅発の普通列車は八代駅まで運転する列車が朝に2本、肥薩おれんじ鉄道を経由して新八代駅まで通しで運転するJR九州駅始発終着の列車が夕方に1本設定されている。 2021年3月ダイヤ改正では八代駅 - 新八代駅間の運行形態の見直しに伴い、日中を中心とした新八代始発の川内行きや隈之城行き列車が八代駅から延長される形で増便された(その代わり、利用者が少ない夜間の新八代始発の列車が八代始発に短縮される形で減便している)。また、最終列車の行き先に「最終○○(行き先)」と表示されるとともに放送案内されるようになり、最終列車がより明瞭化された。なお、八代19時台発の6257Dは終点の出水駅で川内行き最終列車に連絡するため「出水連絡 最終川内」と2段表示される。
JR線への直通列車に関しては乗務員の交代は行われないが、JR九州から車両使用料を受け取っている。