藤原師通
その一方では新興の院近臣勢力に対しては警戒感を示し、藤原顕季の邸宅を身分不相応だとして破壊したことが伝わる。さらに白河が受領に任じた近臣を受領功過定を経ずに重任させようとしたのを制止までしている。そうした政治姿勢は「嘉保・永長の間、天下粛然」と賛美された。
嘉保2年(1095年)に延暦寺日吉社が美濃守源義綱の流罪を求めて強訴した際には、断固これを拒否した上で中務丞源頼治を派遣して衆徒を撃退させている。ところがその際に威嚇として放った矢が僧兵や神人に当たり負傷者が出たため、延暦寺は朝廷を呪詛した。そのためか承徳3年(1099年)師通は悪瘡を患い数え38(満36歳)で急死、師通の政権は僅か5年で終焉した。延暦寺はこれを神罰が下ったものと喧伝した。
後継者の忠実はまだ数え22と若く、官職もいまだ権大納言で関白となる要件にも欠けていた。引退していた師実にも忠実を支えるだけの余力はすでになかった。師通が有能だっただけにそれを失った摂関家は白河に対する従属を余儀なくされ、その勢力を大きく後退させていく。