X-ファイル
その最中に、スカリーは博士の手のひらに「創設者の変異」と書かれていることに気が付いた。ヌージェニクス・テクノロジーには「創設者」と呼ばれる科学者がいた。彼の名はオーガスタス・ゴールドマン。人を避けることで知られていた。モルダーとスカリーはサンジェイ博士の自宅を捜査すると、醜い顔をした子供たちの写真が見つかった。そうこうしているうちに、警察も博士の自宅に到着した。その途端、モルダーは謎のノイズ音を聞き倒れてしまった。
ヌージェニクス・テクノロジーと深い関係を持つ国防総省がFBIの捜査に不快感を示したため、スキナー副長官はモルダーとスカリーの2人に懲戒処分を下す羽目になった。捜査を進めるモルダーはサンジェイ博士が死んだのとほぼ同時刻にヌージェニクス・テクノロジーの本社ビルの近くで撮影された鳥の群れの映像を見ていた。博士が死ぬ間際、なぜか鳥たちも飛び去って行ったのである。モルダーはサンジェイ博士が聞いたノイズ音は人間には聞こえないはずの周波数だったのではないかと考える。しかし、なぜ博士にだけは聞こえたのだろうか。その謎を解明していく過程で、モルダーとスカリーはヌージェニクス・テクノロジー社がある陰謀に関与していたことを突き止めた。
第3話「トカゲ男の憂鬱」 - 監督・脚本:ダリン・モーガン
オレゴン州の森林地帯で喉を裂かれた死体が発見された。現場付近で爬虫類型人間と思われる生命体の目撃情報が相次いだため、モルダーとスカリーが調査に当たることになった。いつもなら真っ先にUMAの存在を確信するはずのモルダーだったが、第1話で遭遇した真実があまりにもショックだったため、超常現象を素直に信じられずにいた。
ブライアン・ハスキー - レジナルド・マーガトロイド(レジー)
スチュアート・マーゴリン - ゼイ博士
1998年、『X-ファイル ザ・ムービー』(The X-Files)として映画化された。これはシリーズの一エピソードを大きな規模で描いたもので、時系列では第5シーズンと第6シーズンの間に位置する。テキサス州北部の田舎町で少年が洞窟に落ち、少年と彼を助けようとした消防士らがブラックオイルに感染してしまうところから話は始まる。
2001年9月23日にテレビ朝日系列において放送された際は、アメリカ同時多発テロ事件の影響により、政府関連ビル爆破シーンはカットされた。後にTBSが(『X-ファイル: 真実を求めて』上映に合わせて)放送した際は、爆破シーンもそのまま流している。
配給:20世紀フォックス
アメリカ公開:1998年6月
日本公開:1998年12月
本編:121分
コピー:未来と闘え(Fight the Future)
ティム・アームストロング - トラッシュマン(松本大)
ダリル・シャトルワース - ダリル・ランドリー(楠見尚己)
ペギー・ジョー・ジェイコブズ - ハフ看護師(日野由利加)
アレッサンドロ・ジュリアーニ - ジョゼフ・カトラー(小室正幸)
クリス・シールズ - ドロス刑事
ゲイリー・セコン - 検視官
サチン・サヘル - ジャック・バッド
ヴィーナ・スード - ルイーズ・コルキット医師
ジャネン・カー - タリー看護師
アーリーレビューでは酷評されている。『バラエティ』のブライアン・ローリーは「かつての人気シリーズ『X-ファイル』の知名度を時代の風潮に合わせた形で利用しただけではないかという不安が頭から離れない。」「クリス・カーターをはじめとする製作スタッフは視聴者が『X-ファイル』のどこに魅力を感じていたのかを忘れてしまったようだ。」と評している。『ハリウッド・リポーター』のティム・グッドマンは「熱狂的な『X-ファイル』ファンですら「この番組を見る価値があるのか」と思ってしまう。実に残念な出来だ。」と述べている。『ディジタル・スパイ』のエマ・ディブディンは「十分に血が通った14年ぶりの復活作品というより、ノスタルジアに浸ったドラマに思える。」「エイリアンの入植と情報化社会に対する懸念を結び付けようとしているがこじつけに見える。」と批判している。
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2001年にスピンオフ作品として、モルダー捜査官を助ける3人組が主人公のテレビドラマ『ローン・ガンメン(The Lone Gunmen)』が1シーズン13話のみ製作され、X-ファイルのシーズン8と並行する形で放送された。その最終回はX-ファイルシーズン9のエピソードにつながる。日本ではセルビデオが3話だけ発売されたのみ。CS放送のFOXチャンネルにて全13話がビデオシリーズの吹き替えキャストで数回放送された。
イラクでの勤務経験があるミラー捜査官がアラビア語でテロリストに話しかけ、スカリーがその時の脳波に覚醒の痕跡がないかを調べたが、テロリストは完全に昏睡していると判明しただけだった。
その頃、モルダーはサイロシン(マジックマッシュルームから精製される幻覚剤の一種)を用いてトランス状態に入っていた。シャーマニズムの手法でテロリストの潜在意識に働きかけようとしていたのである。
第6話「闘争 Part.2」 - 監督・脚本・原案:クリス・カーター、共同原案:アン・シモン、マーガレット・フィアロン
第1話から6週間が経過した。スカリーは行方が分からなくなったモルダーを探していた。FBIのモルダーのオフィスを調べたところ、彼はオマリーのオンラインニュースを見ていたことが判明する。スカリーはスキナーとアインシュタインにモルダーの失踪を報告した。その頃、モルダーは車でどこかへ向かっていたが、彼の体調は目に見えて悪化していた。
ワシントンD.C.に戻ったスカリーのもとに、オマリーが電話を掛けてきた。オマリーによると、モルダーの自宅が何者かによって荒らされているのだという。オマリーは「アメリカ国民に注入されたエイリアンのDNAによって、未知のウイルスの大流行が発生しているのではないか」という懸念をスカリーに伝えた。オマリーの仮説を突飛に過ぎると思ったスカリーではあったが、間もなくしてアメリカ中が大混乱に陥った。免疫不全を起こした人が続出したのである。医者でもあるスカリーはそれへの対処に没頭することとなった。
ミラーはスマートフォンの追跡アプリを利用して、モルダーの居場所を特定することに成功した。
2015年1月、FOXテレビジョングループの会長ダナ・ウォルデンとCEOのゲイリー・ニューマンは、シーズン9のその後を描くという形で『X-ファイル』をリブートすることが真剣に検討されていると明かした。また、Fox側はデイヴィッド・ドゥカヴニーとジリアン・アンダーソンの出演を望んでいるが、両名とも多忙なためスケジュール調整が難航していると報じられた。(なお、FOXは2014年に『24 -TWENTY FOUR-』の4年ぶりの新作である「リブ・アナザー・デイ」を放送し、成功を収めた。そのため、2002年の放送終了後も熱狂的なファンが多いX-ファイルのリブートを決めたとの報道がある。)
デイヴィッド・ドゥカヴニーもリブートには意欲的である。ただし、「僕らはもう年だから、フルシーズンやるエネルギーがないんだ」と述べている。
FOXとクリス・カーターはテレビシリーズでジョン・ドゲット捜査官を演じたロバート・パトリック、モニカ・レイエス捜査官を演じたアナベス・ギッシュ、マリタ・コバルービアスを演じたローリー・ホールデンの3人が出演することを望んでいた。しかし、パトリックはミニシリーズに出演することはないと述べている。なお、ホールデンは自身のTwitterでフォロワーから「ミニシリーズに出演する可能性があるか」と尋ねられた際に、「まだ分からない」と返答している。
幼少時代、父が海軍の軍人であったことから世界中を転々としていたことがあり、日本の名古屋にも訪れていたことが劇中の写真からわかる(第5シーズン『クリスマス・キャロル』)。
亡くなった飼い主に代わり、クイークェグと名付けた犬を飼うことになった(第3シーズン「休息」)が、後日捜査に一緒に連れて行った際、湖に棲むUMA(実際はただのワニだった)の餌食になってしまう(第3シーズン「ビッグ・ブルー」)。
スカリーのFBI入庁の経緯については妻子あり父親同然の年齢という恩師との不倫関係から逃れるためであり、捜査の過程で偶然にも病魔に冒された恩師と再会。自らの犯した不倫行為が家庭崩壊を招いたことを思い知らされる。近代医学での治療が困難だと確信したスカリーはモルダーの頼みで訪問した女性から東洋医学を紹介され恩師の危機を救う。その過程で仏教に触れ、「運命」や「天啓」を感じたスカリーは恩師との完全な別離と、モルダーと一線を越えた関係を持つに到る。(第7シーズン「宿縁」)
第8シーズンにおいて妊娠・出産するが、父親が誰であるのかは明確にされていない。
第8シーズン最終回以降は出産を機にX-FILE課を離れ、FBIアカデミーの教官としてドゲットとレイエスに協力する。
当作品と同じくFOXから放送されているザ・シンプソンズの第8シーズン第10話にモルダーと共にクロスオーバー出演し、ビールに酔ったホーマーから口説かれた。
第9シーズン、X-FILE課と対抗するポジションとして登場してくる。若くして組織の出世コースに乗ったエリートであり、いささか嫌味なほどの優等生肌。しかしその一方で、以前の恋人レイエスに未だ未練があるため、彼女の所属するX-FILE課と上司カーシュとの間で心理的立ち位置の揺れが度々ある。レイエスとコンビを組むドゲットに対しては非常に高圧的だが、やがて彼の息子の事件解決に一躍かうことになる。
2016年3月11日発売。1~9シーズンをBlu-ray化。日本版のみ劇場版2作品を同梱した57枚組。テレビ朝日版吹替音声収録、シーズン1第1話の吹替台本を2冊(ソフト版・テレビ朝日版)とガイドブックを封入。