マチカネワニ
その後世界でワニの新たな研究が進んだため、大阪大学、北海道大学、国立科学博物館による共同研究が始まり、2006年に本種はトミストマ亜科 Tomistominae に属することが支持され、その中でも進化したものであることが報告された。そのため現生種ではマレーガビアル Tomistoma schlegelii に近縁であることが解明された。この結果はKobatake et al. (1965)と整合性を持つ。また、本亜科の種はヨーロッパ大陸に発生し、そこからアメリカ大陸やアフリカ大陸に移動し、少なくとも40万年前にはマチカネワニやマレーガビアルのようにアジアに移動し生息していたことがわかった。
なお、DNAシークエンシングを用いた分子系統解析では、マレーガビアルが実際にはインドガビアル上科インドガビアル科に属することが示されている。これにより、近縁なトミストマ亜科が全てインドガビアル科に位置付けられ、それに伴ってマチカネワニもその系統的位置の解釈が変更された。2018年には Lee と Yates により形態情報・分子情報・層序を用いた系統解析が発表され、トミストマ亜科は側系統群であることが示唆された。ここでもマチカネワニはインドガビアル科に位置付けられている。