多目的ダム
更に1964年筑後川水系、1965年(昭和40年)木曽川水系、1966年(昭和41年)吉野川水系、1974年(昭和49年)荒川水系、1991年(平成3年)豊川水系が指定水系となり、これに伴い建設省(現・国土交通省)が計画・建設していたダムが公団へ移管された。
ダムの建設・管理は水資源機構によって一元的に行われる。この辺りは国土交通大臣が一貫して建設から管理までを行う特定多目的ダムと同じである。だが、管理についてはあくまでも河川管理者である国土交通大臣の権限を一部代行するものとして施行される。従ってダムの施設管理方針は主務大臣である国土交通大臣の指示に基づいて作成されることが水資源機構法の第21条・第22条で定められている。特に洪水調節に関しては、機構法第24条で緊急時には大臣が機構を指揮して操作を行うことができる。また、施設管理方針を変更する場合等には国土交通大臣の認可の他に、ダム所在地あるいはダム事業に参加する都道府県知事に協議をしなければならないと定められている。
多目的ダムの内、独立行政法人水資源機構(以前は水資源開発公団)が「水資源機構法」に基づいて建設・管理を行うダムを指す。ただしここでは国土交通省が所管する水資源機構ダム事業部で管理されるダムを述べる(水路事業部のダムは国土交通省専管外の多目的ダムを参照)。