スーパーゼビウス ガンプの謎
前作から登場するキャラクター。前作ではゲームの進行上特に役割は果たさなかったが、本作ではシオナイト救出が出現エリアでのクリア条件となっている
大型のエネバーラ。前作のガルバーラと異なり、破壊すると下部が残らず全壊する。コードネームは「ストライプ」。エリア5では破壊不可能の障害物で登場。
三角形のような戦闘機型の敵。画面上方で円弧を描くように動き、翻った時に3機に分裂する。エリアによってスパリオを撃ったり撃たなかったりする。コードネームは「トリプラー」。
ダレイと合体するとザッパーがパワーアップする。ソルバルウの形状が若干変化し、バキュラやバルラなど通常のザッパーで破壊できない敵機を破壊できるようになる。また、耐久力のある敵も一撃で破壊する。弾発射音も機関銃のような音に変わる。バックザッパーと同時に装備可能。パワーアップ後は通常のミスでは無くならないが、墜落でのミスをすると無くなってしまう。ゲーム3周目以降はダレイが登場しないため取得不可。
前作にも登場した浮遊要塞。本作では1回しか登場しない。出現時はスクロールが停止する。コードネームは「アドーアギレネス」。
特定エリアのみ出現する。後述のウェッブに追尾する動きで行動するが、そのウェッブがいなくなると前作通りの動きで攻撃してくる。また本作では後述する無敵キャラの「バーケゾシー」や改良機である「ジェルミゾシー」が登場する。コードネームは「オクトパス」。