ロンコンコマ支線
■ ロンコンコマ支線 (NYP駅より) - ヒックスヴィル - ファーミングデール - パインローン - ワイヤンダンチ - ディアーパーク - ブレントウッド - セントラル・アイスリップ - ロンコンコマ - メドフォード - ヤップハンク - リバーヘッド - マッティタック - サウソールド - グリーンポート
全便がロンコンコマ~NYP間(81.0km)の直通運転で、ロンコンコマ発は終日毎時1~2本運行されている。2017年1月時点の最短所要時間は、急行で66分である。
この区間は1987年12月に電化され 、同区間の全便が電車による運行となると同時に、NYP駅への直通運転も開始された。ラッシュ時のロンコンコマ~NYP間の所要時間は、電化前は乗り継ぎを含めて97分であったが、電化後は直通列車で71分となった。 電化には約1億6850万ドルの費用が投じられたが、LIRRが電化直後の1988年4月に行った調査では、同月中の利用者の内42%が並行するポート・ジェファーソン支線およびモントーク支線からの移転利用者という結果が出た。また、LIRRの路線をそれまで使ったことがなかった者が4%、一度LIRRを使うのをやめたが再び使うようになった者が2%いた。同年9月までには2000人以上が新たにロンコンコマ支線を利用するようになったが、その大半は電化直後から既にロンコンコマ支線を使い始めていたといい、LIRRの予想を遙かに上回るペースで利用移転が進んでいたことになる。電化に合わせてロンコンコマ駅の駐車場の拡張も行われたが、前述の利用者急増からすぐに容量不足となり、二重駐車や破壊行為が相次いだ。利用者から長期に渡り不満の声が出ていたが、2015年の拡張により1038台収容の駐車場となった。
なお、電化開業以前から単線であるファーミングデール~ロンコンコマについてはMTAにより複線化する計画があるが、資金面で実現には至っていない。
LIRRの路線図には、ベスページ駅からモントーク支線(英語版)のバビロン駅西側までを結ぶセントラル支線もロンコンコマ支線と同じ紫色で表記されているものがある。中央支線に駅はなく、主にジャマイカ~バビロン間の急行列車が使用するが、セントラル支線経由の列車はロンコンコマ支線ではなくモントーク支線やバビロン支線の時刻表にのみ掲載される。ただし、セントラル支線経由でもミネオラおよびヒックスヴィルに停車する便に関してはロンコンコマ支線の時刻表にも掲載される。