足利将軍家
近衛家が娘を義晴・義輝の正室として連携を深め、これに対抗して九条家が義稙系と結んだからである。その結果、「義稙系将軍家・九条流摂関家(九条家・二条家・一条家)」対「義澄系将軍家・近衛流摂関家(近衛家・鷹司家)」という政治対立の構図が成立した。このため、義澄系将軍家が力を持っている時は、九条流は摂関の解任や地方への下向を余儀なくされ、反対に義澄系将軍家が京都を追われた時には、近衛流が力を失い近衛家が義澄系に随行して地方に下向する状況になった(鷹司家は戦国時代中期に一時断絶)。
その後、永禄の変が発生すると、近衛前久は近衛家の血を引く義輝が殺害されたにもかかわらず、対立してきた足利義栄への支持に傾き、二条晴良がそれに対抗するため義輝の弟である義昭の支持に切り替えた。その結果、義昭が織田信長の後ろ盾を受けて上洛すると、近衛前久は関白の地位を失って亡命を余儀なくされ、代わりに二条晴良が関白に任ぜられ、亡命していた九条稙通が京都に帰還した。
その後、義昭は信長に追放されて室町幕府は事実上滅亡し、足利将軍家は実体を喪失するが、摂関家の争いはその後の関白相論につながることになる。