スター・ウォーズ/クローン・ウォーズ (テレビアニメ)
シーズン5終了後、ウォルト・ディズニー・カンパニーの買収によって一度打ち切られた『クローン・ウォーズ』から『エピソード4/新たなる希望』までの間の物語として、本作と同様にデイブ・フィローニが原案・製作総指揮・総監督を務めた「正史(カノン)」に属するスピンオフアニメーション作品『スター・ウォーズ 反乱者たち』が全4シーズン放送された。本作ではアソーカ・タノやキャプテン・レックスらクローン兵たち、モール、一部の本作登場キャラクター達の行方や顛末も描かれている。
ファイナルシーズン終了直後の2020年7月13日には、新作アニメシリーズ『スター・ウォーズ: バッド・バッチ』(Star Wars: The Bad Batch)がファイナルシーズンと同じく「Disney+」内で2021年5月より配信されることが発表された。本作はファイナルシーズンに登場したクローン部隊「不良分隊(バッド・バッチ)」を主人公に据え、本作のファイナルシーズンと同じ時間軸から帝国の誕生とクローン・トルーパーが徴兵制の兵士に切り替わる過程などを描く物語となる。製作総指揮は『クローン・ウォーズ』と同じくデイブ・フィローニが務め、制作スタジオもクローンウォーズから引き継がれる。
2019年より配信される本作の十数年後を描く実写ドラマ『マンダロリアン』ではファイナルシーズンで描かれた「マンダロア包囲戦」の話が登場人物から語られるほか、アソーカ・タノをはじめ、この戦いに参戦した登場人物たちも登場する。
一方でレックスも、軍から逃亡して家族を持った脱走兵のクローンとの交流や共和国を裏切ったジェダイ・マスターとの闘いを通して戦争の意味や戦争が終わった後のクローンの存在意義について疑問を持つようになる。
戦争は銀河全域を巻き込み、どの陣営も大きく消耗していた。そんな中、アソーカ・タノがジェダイ聖堂襲撃の犯人に仕立て上げられ逮捕される。アナキンやキャプテン・レックスなど彼女の無実を信じる者もいたが、ジェダイ評議会は彼女の追放を宣告。軍事裁判にて死刑判決を受ける直前であったが、そのときアナキンが真犯人である別のジェダイを逮捕したことで無実が証明される。しかし、この冤罪事件を通してジェダイ評議会を信用できなくなったアソーカは評議会とアナキンから離れてもう一度、ゆっくりと自分自身について考えるためにアナキンの引き留めにも応じずジェダイ聖堂から去っていった。
アソーカが脱退したの後もアナキンは第501大隊を率いて各地で戦いを繰り広げていた。そんな時、第501大隊に所属するクローン兵の一人がジェダイを殺害する事件が起こる。自分を見失ったかのような行動を起こしたクローン兵を調査するためレックスは自身の補佐を務めていた第501大隊所属のクローン・ARCトルーパー・ファイブスと調査を開始する。しかし、この事件からある計画の発覚を恐れたダース・シディアスは妨害工作を開始。最終的に異常を起こしたクローンは死亡し、計画の真相にたどり着いたファイブスも殺されてしまう。しかし、レックスはファイブスの残した最期の言葉から秘密裏に事件を追うことを決める。