軍務院
袁世凱からの独立は宣言したものの、依然様子見の姿勢を見せていた竜済光もかつての上官である岑春煊の指示を奉じた梁啓超の要請を拒むことは出来なかった。更に梁啓超は両広都司令部を足がかりとして全国組織である軍務院の結成を進めた。蔡鍔・唐継堯ら雲南側もこの構想に賛同し、5月6日に軍務院の発足が宣言された。
軍務院の設置理由として、大総統である袁世凱が「国憲を紊乱して公然と乱を唱え、(皇帝就任という)謀反の大罪を犯した」ことから、大総統としての資格を喪失したこと、本来であれば副総統の黎元洪が直ちに大総統に就任すべきであるが、袁世凱の皇帝就任を巡る騒動で北京の自邸に閉居している状態で大総統としての就任手続を済ませていないこと、本来大総統が職務出来ない状況にある場合には副総統、その次には国務院(内閣に相当する)が職務を代行すべきであるが、黎元洪大総統が副総統及び国務院の閣僚を任じていないために不在であることを挙げ、国務院成立までの臨時機関として軍務院が当面の職務を代行するとした。幹部として定員不定の撫軍を設置(定員不定なのは、後に他省の軍閥が参加した場合を考慮したものである)し、各省の都督(唐継堯・劉顕世・陸栄廷・竜済光・呂公望(浙江))・両広都司令部参謀(岑春煊・梁啓超)、2師以上を率いる将軍7名(蔡鍔・李烈鈞・李鼎新・陳炳焜・戴戡・羅佩金・劉存厚)が任命された。
彼らの長である撫軍長には唐継堯、撫軍副長には岑春煊が互選によって選ばれたが、雲南・四川で転戦中の唐継堯が軍務院の設置が予定されていた肇慶での職務が不可能であったため、当面の間岑春煊が職務を代行することとなった。また、両広都司令部秘書長の章士釗が軍務院の秘書長を兼ね、外交代表にあたる外交専使には袁世凱の元側近でありながら一貫して皇帝即位に反対をしていた唐紹儀が迎え入れられた。
なお、中国革命派にとってシンボル的な存在であり、当時日本に亡命していた孫文は軍務院に役職が与えられるどころか、護国戦争において、全くの蚊帳の外に置かれていた。これは護国戦争の下準備を進めた中心組織であった「欧事研究会」が孫文の方針に反発して、孫文の中華革命党(後の中国国民党)から離脱した人々の団体であったこと、第二革命の時に今回の挙兵の指導者として擁された岑春煊を孫文が侮辱したとされる問題が浮上したことによるもので、最終的に中華革命党も護国戦争への参加を認められ、孫文も5月に上海に戻って、上海や山東省での革命党員の挙兵には成功したものの、軍務府のある広東省に入る事は出来なかった。