ダーウィン空襲
続いて基地航空隊による攻撃が行われた。午前11時58分、九六式陸上攻撃機27機、一式陸上攻撃機27機で編成された攻撃隊 計54機がダーウィン上空に到達、その直後に市街地でも空襲警報が発令された。攻撃隊は編隊を二手に分け、高度18,000フィート(5,500メートル)を飛行していた。片方の編隊が北東からダーウィン上空に侵入し、もう片方は南西からダーウィンの王立オーストラリア空軍基地上空に侵入した。2つの編隊は同時に基地上空に到達し、一斉に爆撃を開始した。攻撃隊は爆撃後すぐに旋回し、残りの爆弾を基地に投下して計2回の攻撃を行った。オーストラリア軍の高射砲部隊が迎撃したものの、電気ヒューズの欠陥により日本機に被害を与えることができなかった。 攻撃隊は午後12時20分にダーウィンの空域を離脱した。
空襲第二波による死傷者は少なかったものの、王立オーストラリア空軍基地に大打撃を与えた。基地に駐機していたハドソン軽爆撃機が6機破壊され、他の同機1機とワイラウェイ戦闘爆撃機1機が飛行不能に陥った。アメリカ合衆国軍のP-40戦闘機2機とB-24爆撃機1機もまた破壊されている。オーストラリア空軍兵士6名が戦死した。