RNA結合タンパク質
キイロショウジョウバエDrosophila melanogasterでは、elav、Sxl、tra-2と呼ばれるRNA結合タンパク質コード遺伝子が初期の性決定と体細胞の性的状態の維持に重要な役割を果たす。これらの遺伝子は性特異的なスプライシングを調節することで、転写後の段階に影響を与える。Sxlは雌化遺伝子のtraにを正に調節し、雌でのみ機能的なtraのmRNAの産生を行う。C. elegansでは、FOG-1、MOG-1/-4/-5、RNP-4などのRNA結合タンパク質が生殖系列と体細胞での性決定を調節する。さらに、GLD-1、GLD-3、DAZ-1、PGL-1、OMA-1/-2といったRNA結合タンパク質が、減数分裂前期の進行、配偶子形成(英語版)、卵形成(英語版)を調節する。
CCHH型のジンクフィンガードメインは、真核生物のゲノム中で最も一般的なDNA結合ドメインである。高いDNA配列認識特異性を達成するために、いくつかのジンクフィンガーがモジュール状に利用される。ジンクフィンガーはββα型のタンパク質フォールドを持ち、βヘアピンとαヘリックスは亜鉛イオン(Zn)で連結されている。αヘリックスのタンパク質側鎖による主溝側からのDNA塩基との相互作用によって、DNAの配列特異的な認識が可能となる。近年、ジンクフィンガーはRNAを認識する能力もあることが発見されている。CCHH型のジンクフィンガーには2つのRNA認識様式が存在する。1つはRNA二重らせんの主鎖に対する非特異的結合で、もう1つは、バルジとして外に出た個々の塩基を特異的に認識するものである。これらに加えてCCCH型のジンクフィンガーにはさらに異なるRNA結合様式が存在し、一本鎖RNAの配列特異的な認識が行われる。配列特異的なRNAの認識は、タンパク質の主鎖の官能基とRNA塩基のワトソン・クリック端との分子間水素結合ネットワークによって達成されている。