神龍院梵舜
最終的に天海に論争で敗れ、家康は権現(東照大権現)として祀られることになる。以降は山王一実神道が権勢を増し、反対に吉田神道の影響力はその分、後退することになった。
この頃から梵舜は、妙法院の僧侶たちから豊国神社へと至る参道を封鎖される、神宮寺の境内の草を無断で刈られるといった嫌がらせを受けていた。梵舜は妙法院の非道を幕府に訴えるが相手にされず、逆に神宮寺を妙法院に引き渡すよう勧告を受ける。梵舜は元和5年(1619年)9月に神宮寺を妙法院に引渡し、自身が住職を務める神龍院へと退去した。神龍院でも梵舜は密かに秀吉を鎮守大明神として祀り、豊国神社再興を祈願し続けたといわれる。
梵舜は寛永9年(1632年)に死去した。享年80。
梵舜は天正11年(1583年)から最晩年の寛永9年(1632年)までの詳細な日記を残している。全三十三巻に及ぶ彼の日記『梵舜日記』(別名『舜旧記』)は豊国神社の栄枯盛衰、豊臣から徳川への権力変遷を伝える貴重な史料である。梵舜が豊臣秀吉の妻である高台院と関係が深かったことから、近年晩年の高台院の動向を伝える史料としても注目を集めている。