ハヤブサが守る家
子どもの頃、ジェイコブ・ポートマンは、祖父エイブラハムから、ミス・ペレグリンという女性が運営する「奇妙なこどもたち」向けの施設で暮らしていた話を聞かされていた。成長したジェイコブは祖父の話を疑うようになるが、ある日祖父の元を訪れた彼は、瀕死の怪我を負ったエイブラハムと、自分にしか見えない人の形をした奇妙な生き物を目撃する。エイブラハムはジェイコブに「オールド・マンズ墓地の反対側にある1940年9月のループで鳥を見つけ、そこで彼らに何が起こったか説明しろ」と言い残す。ジェイコブの「見えない怪物」に関する話を信用する人はおらず、彼は正気ではないと思われる。ジェイコブの両親は息子を精神科医のゴランの元へ連れて行くが、ゴランはジェイコブに、祖父の話す孤児院があるウェールズへ向かうよう勧める。ウェールズへ向かったジェイコブは荒れ果てた家を見つけ、この家について、ケインホルム博物館の職員など地元の人々に聞いて回る。
孤児院のあった場所をもう1度探しに行ったジェイコブは、謎の少女・エマに出会い、彼女についていく。ふたりは湿地に辿り着くが、ジェイコブはここでインやそこに住む人々がとても変わっていることに気付く。インではジェイコブが呑兵衛の宿泊客に追い回され、エマと透明人間ミラードが彼を助けてミス・ペレグリンの孤児院へ逃げ込む。ジェイコブはここでクレアやブロンウィンなど「奇妙なこどもたち」と出会い、エマとミラードからここが同じ日を繰り返すタイム・ループだと教えられる。