江戸川
現在でも天然ウナギが捕れる他、上流部にはヤナギ類が連続して繁茂する植生がみられる。高水敷上の自然地にはタヌキやキツネなどが生息している。
行徳可動堰直上流は湛水面で淡水魚と汽水・海水魚類が共存している。また、江戸川放水路には広大な干潟やヨシ原があり、先述のように洪水時以外はほとんど淡水が流下しないため内湾干潟的環境がみられる。河口付近には三番瀬など東京湾でも数少ない干潟が広がっている。環境省のレッドリストで絶滅の恐れのある地域個体群に指定されている「東京湾奥部のトビハゼ」の生息地になっているほか、汽水性の希少なトンボであるヒヌマイトトンボの生息地の一つでもある。