スターラスター
ちなみにゲーム開始時のファンファーレとゲーム終了後のリザルト、バッドエンド時のデモ、およびスタッフロールを除くと、ゲーム本編中にBGMが奏でられるシーンはこの暗黒惑星の宙域のみとなっている。(アステロイド帯域にワープした場合はBGMというより、遠い過去からアステロイドが形成されているようなエフェクトが流れる)
暗黒惑星本体は移動は全くしないため、他の敵のように不意打ちを喰らうようなことはないものの、その本星主砲の攻撃力はディスラプターのそれを遥かに凌駕し、シールドが強化されていない状態で被弾すれば撃墜は必至、シールドが強化されていても確実に故障を招く。またその間にもディスラプターが無限に製造され次々現れるため、攻略するのは至難である。なお、これを逆利用することでスコアを無限に稼ぐことも可能である。
暗黒惑星本体は一度画面から離すと与えたダメージはクリアされる。そのため一度で倒しきることが肝要である。
暗黒惑星本体を破壊し、かつ、その宙域の敵機を殲滅することによって、アドベンチャーモードの真のエンディングを迎えることができる。
ガイアの防御シールド。敵の攻撃を被弾した場合に、一定範囲内のダメージを吸収する。喪失したシールドは、シールド装置が健在、かつ回復に必要なエネルギーが残存している場合に限り、時間に従って自動的に回復される。つまり、単発の被弾では吸収可能な攻撃であっても、シールドの回復を待たずに連続して被弾した場合には、故障や撃墜などの被害を受け得る。
ベースでシールドのパワーアップを受けていれば防御力が、リアクターのパワーアップを受けていれば回復速度が早まる。
実際に至近距離ではガイアの旋廻速度以上であり追いつけない。ディスラプター以外の他機に比べて砲弾の命中精度も比較的高めであり、灰色以上の機体は数発の耐久力を持つ。各編隊につき1〜4機。
レイト
有人偵察機。偵察機だが、攻撃力もそれなりにある。プラズマビーム砲1門、シールドは紫色以上に装備。かなりの高速で、縦方向及び奥行き方向への機動力が高い。機体は基本は縦向きだが横向きになったときは移動速度が遅くなる。1〜2機登場するが、編隊によっては登場しない場合もある。紫色以上の機体は数発の耐久力を持つが、こちらのビームが強化されていれば色に関係なく1発で撃破できる。
ディスラプター
球形の大型戦艦。プラズマビーム砲1門、シールド装備。編隊のボスであり、暗黒惑星を除き各編隊に一機のみ存在する。動きは遅いものの耐久力が高く、また編隊内で攻撃力は最強である。誘導弾の命中精度も他の機体とは比較にならないほど非常に高い。間合いを詰めてこちらのビームを無効化するという攻撃を仕掛けてくる。通常は各敵編隊の最後に出現するが、灰色の編隊の場合、途中で出現する場合がある。
敵を撃墜したときのフラッシュ効果が、FC版やバーチャルコンソール(3DS)版では「青く点滅」が、GC版では「青く点灯」になっている。またこちらが敵の攻撃を被弾したときのフラッシュ効果も同様に、FC版では「赤く点滅」が、GC版では「赤く点灯」に、バーチャルコンソール(3DS)版では赤い点滅時間が大幅に削減されている。ゲームオーバー時のビッグバンの演出も、FC版では「白黒が点滅」している場面が、バーチャルコンソール(Wii)版では削除されており、バーチャルコンソール(3DS)版では一瞬のみ白黒に点滅したのち灰色の点灯となっている。Wii・3DSとも、ゲームオーバー時のBGMが鳴り終わらないうちにスコア表示となる。「ポケモンショック」を参照
マップディスプレイ上では4つの点のドット(雨降りのようなマーク)で表示されている、小惑星群。移動・攻撃を行うことはないが、後述する隠しアイテムを取得することができる。また、敵編隊から破壊されることはなく、通過されることもないため、配置によっては敵編隊の行動を制限する障害物として役に立つ場合がある。
敵が放つ誘導弾の軌道は独特のものがあり、本ゲームの難易度を高める要因の一つとなっている。以下に、敵弾の性質と回避方法を記述する。 発砲するのは、ガイア前方に視認できる敵だけである。画面外から撃たれることはない。ただし、至近距離から発砲され、回避する間もなく被弾した場合、あたかも画面外から撃たれたように見える場合がある。 ガイアの照準に重なった状態で敵弾が接近してくる場合、敵弾が直撃コースに乗っていることを意味している。つまり、ガイアの照準が敵に重なっている状態は、同時に敵機の照準がガイアに重なっている状態であることを意味する。この状態で発砲されると、回避が困難となるため、特にディスラプター・暗黒惑星などの強力な敵に対して、照準を長時間合わせ続けるのは危険であり、ヒット&アウェイが基本となる。逆に、ガイアの照準が合っていない敵に発砲されても、よほど下手な動き方をしない限りは、被弾することはない。 発射された敵弾は、ガイアの操作(レバー入力)に合わせて誘導される。ガイアが上昇すれば敵弾も上昇、ガイアが下降すれば敵弾も下降する。左右の移動も同様である。ただ、レバー入力から敵弾が軌道を変更するまでには若干のタイムラグあるため、これを利用して敵弾を回避する。具体的には、一定方向にレバーを入力して敵弾をその方向に誘導したあと、敵弾を引き付けてからレバーを先ほどとは逆に「軽く」入れる。
タイトル画面で特定のキー入力を行うことで、ゲーム画面の配色を自由にカスタマイズすることができるエディット画面を呼び出すことができる。やり方としては、タイトル文字が点滅している間にIコンのボタンを「セレクト、B、A、右、左、上、セレクト、B、下、右」の順に押す。