水上警察署
秋田臨港警察署(秋田県警察)
川崎臨港警察署(神奈川県警察)
博多臨港警察署(福岡県警察。1981年(昭和56年)3月31日までの名称は博多水上警察署であった)
東京水上警察署(警視庁。2008年3月30日付で廃止。海上を担当していた舟艇課は翌日付で新設された東京湾岸警察署の水上安全課となる。)
名古屋水上警察署(愛知県警察。2013年3月30日付で廃止。業務は港警察署に移管)
広島水上警察署(系譜は現在の広島南警察署へと続く)
函館水上警察署、函館市水上警察署(北海道庁警察部及び函館市警察。市警察時代に函館西警察署に改称され、現在は北海道函館方面函館西警察署)
下関水上警察署(山口県警察。2006年4月に下関警察署に統合)
北九州水上警察署(福岡県警察。2008年4月1日付で廃止。関係各署へ統合)
長崎水上警察署(長崎県警察。1971年9月1日付で廃止。長崎警察署に統合)