八月十八日の政変
8月26日、孝明天皇は「これまではいろいろ真偽の分明でないものもあったが、8月18日以後に発する勅命は真実私の意志であるから、そう心得よ」と在京の諸大名に伝えた。
政変の直後、朝廷はあらためて諸大名に対して幕命を待たずに攘夷を実行するよう命じ、うやむやになっている攘夷実行(横浜鎖港)を幕府に迫った。島津久光・松平春嶽・山内容堂ら旧一橋派諸侯は3月の帰国以来不在で、政変の遂行に協力し会津藩に次いで多数の藩兵を動員した在京大名は池田慶徳(因州)・池田茂政(備前)・蜂須賀茂韶(阿波世子)・上杉斉憲(米沢)ら攘夷派であり、その存在を意識してのことでもあるが、(無謀な戦争を望まないものの)孝明天皇の固い攘夷意志は政変後も変わらなかった。一橋慶喜は実兄池田慶徳に宛てて「幕議では開港・鎖港の問題について、将軍が上洛し諫奏するという老中板倉勝静の主張が通り、場合によってはまず板倉が上洛するということになった。自分は鎖港を実現してからの上洛をと思っているが、幕議がこの調子では公武の間はうまく治まるだろうか」と書き送っている。実際に上京したのは老中酒井忠績だったが、9月14日に参内した酒井に下された朝命は、横浜鎖港の猶予を許さず早急に実行するよう迫るものだった。
しかし、孝明天皇は熱心な攘夷論者ではあるものの、暴走する急進派公家や長州を嫌悪し、攘夷戦争も望まず、将軍に対する委任を止めるつもりもない。島津久光が帰国して以降、天皇は国事御用掛の中川宮朝彦親王や前関白の近衛忠煕らに久光への期待をたびたび漏らし、近衛もまた久光に上洛の催促を繰り返した。6月9日には、叡慮を妨げ偽勅を発する「姦人」(三条実美ら)を排除せよとの密勅が薩摩藩にもたらされる。しかし、久光側近の大久保利通は機はまだ到来していないという意見で、越前藩の挙藩上洛計画との調整や、生麦事件の賠償を迫るイギリス艦隊の襲来への備えもあり、上洛は7月下旬頃がよいということになった。
6月25日、参内した松平容保に対し、情勢把握と攘夷実行の督励にあたらせるために関東下向を命じる勅命が下された。だがその翌日、天皇から容保に密勅が届けられた。「前日の勅命の趣旨はもっともなことながら、いま守護職の容保が下向するのを私は望んでいない。だが近頃の朝廷は過激派公家の主張が通り、私が何を言ってもどうにもならない。あれは真の勅命ではないと心得て、了承するもしないも遠慮なく返答してもらいたい。決して下向を強いるつもりはない」という。下向の勅命は、攘夷親征計画の妨げになる京都守護職の会津藩を追い払うための急進派の策謀であった。
はじめ徳川慶篤と徳川茂徳(尾張藩主)、江戸留守居の老中松平信義・井上正直が支払いに賛成で、小笠原が一人強硬に反対した。しかし、4月22日に離京して東帰途上にある慶喜が武田耕雲斎を遣わし攘夷奉勅と支払い不可を伝えてくると、水戸・尾張は支払い拒絶に変わり、両老中は病と称して登城しなくなった。攘夷期限前日の5月9日に至って小笠原はやむなく独断で賠償金11万ポンド(約27万両)を支払い、翌日列国の公使に横浜鎖港を通告し、どうにか攘夷に着手した形を整えた。慶喜は攘夷実行の責任を回避するように、横浜に向かった小笠原と入れ違いにようやく8日に帰府し、14日に後見職辞任を表明した。
いっぽう長州は幕命を無視し、5月10日、馬関海峡を航行中のアメリカ商船に対して無通告で砲撃を加えることで攘夷を実行した。23日にはフランス艦を、26日にはオランダ艦を砲撃する。しかし、これに続く藩はなく、長州が6月1日にアメリカから、5日にフランスから報復攻撃を受けても、近隣諸藩は傍観を決め込むのみであった。また、長州と協力関係にあった土佐藩では、帰国した山内容堂が人事の交替に着手しており、6月8日には土佐勤王党の幹部3名が切腹に処せられ弾圧が始まった。