メアリー・ローズ
しかしフランス軍は激しく反撃し、船を繋いでいた綱が切断されてハワードは部下から引き離され、敵兵に嬲り殺された。
提督の戦死と深刻な食糧不足によって戦意を喪失した艦隊は、プリマスに撤退した。エドワード・ハワードの兄であるトマス・ハワードが新しい提督に任命され、ブルターニュへの再攻撃の指揮を任された。しかし風向きが悪く艦隊に十分な補給が出来ないとして、遠征計画は断念され、「メアリー・ローズ」はサウサンプトンに停泊して冬を越した。1513年8月、スコットランドはフランスと同盟してイングランドへ宣戦布告したが、9月9日のフロドゥンの戦い(英語版)で大敗を喫した。 1514年初頭のブルターニュ再攻撃は、「メアリー・ローズ」を含む海軍の支援を受けたが、交戦の記録は無い。その年の夏、フランス艦隊とイングランド艦隊はお互いに襲撃を行ったが、殆ど戦果を挙げられず、双方とも疲弊していった。秋までに戦争は終わり、ヘンリー8世の妹メアリーとフランス王ルイ12世との結婚によって講和条約が結ばれた。
平和が訪れると、「メアリー・ローズ」は予備艦として通常係留措置となった。 1514年7月、姉妹船「ピーター・ポメグラネイト」と共に大規模な整備を受けた。1518年、定期修理とともにタールとオーカム(英語版)(古いロープ繊維)によるコーキング処置を受け、その後1522年までは最小限の乗組員が船に住み込んで管理を行った。1520年6月、「メアリー・ローズ」は、ヘンリー8世がイギリス海峡を渡ってフランス王フランソワ1世との会見(金襴の陣)に臨む前に他の軍艦と共に航路の安全確認を行う任務に短期間従事した。
また、乗員数が700人と船の規模からすれば異常といえる人数が書かれていることから、伝記の内容が沈没事件を悲劇的に描くために脚色された可能性を指摘している。
マルタン・デュ・ベレーが述べた、フランスのガレー船が「メアリー・ローズ」を沈めたという報告は、海軍史家のモーリス・ド・ブロサールによって「the account of a courtesan(娼婦の証言=虚偽の証言)」と表現された。 デュ・ベレーと彼の2人の兄弟は、国王フランソワ1世の側近で。彼らは海戦をフランスの勝利と報告したことで王から多くの褒美を得ていた。一方、イングランド側の記述は、沈没の原因を敵ガレー船の砲弾ではなく、自分たちの不名誉にもなる乗員の無能としており、多少の偏りが見られるものの信用に値するとされている。
ポーツマス大学の地理学者であるドミニク・フォンタナは、デュ・ベレーの証言を基に描かれた『Cowdray Engraving』(上図)に描かれている船や建物の位置と最新のGIS分析が一致したことからデュ・ベレーの証言を支持している。フォンタナは絵に描かれている両艦隊の位置関係と、沈没地点までの「メアリー・ローズ」の航跡を計算することによって、ガレー船が「メアリー・ローズ」船体の低い位置に衝突し、その穴から浸水した結果、不安定になったという結論に達した。彼は、船が真北に真っ直ぐ進んだ最後の船首方位を、わずか数百m離れたスピットバンクの浅瀬に到達しようとして失敗したと解釈した。この説は、「メアリー・ローズ」研究家の1人であるアレクサンドラ・ヒルドレッドから部分的に支持されているが、彼女は、スピットバンクに近接しているのは、座礁を避けるために急旋回を試みた際に沈没が発生したことを示している可能性もあるとしている。
「メアリー・ローズ」は1522年から1545年まで予備艦として係留されていた。その間、1527年に、ポーツマスに新しく造られたドックで再び防水処理と修理が行われ、ロングボート(英語版)の修理と削減がが行われた。
1528年から1539年までの「メアリー・ローズ」に関する資料は殆ど存在しない。トマス・クロムウェルが1536年に書いた文書中に、「メアリー・ローズ」他の6隻の船が「新しく造られた」と明記されているが、彼が言及しているのが何年の出来事で、「新しく造られた」が実際には何を意味しているかは不明である。匿名の著者による1536年1月後半の文書でも、「メアリー・ローズ」と他の船は「新しく造られた」と述べられており、船の木材の年代測定により、1535年または1536年に何らかの修理・改造が行われたことが確認されている。これは、修道院解散が行われた結果、国庫へ大量の資金が流入した時期と一致する。
この改造の内容と規模は不明である。「メアリー・ローズ」引き上げプロジェクトのリーダーであるマーガレット・ルール(英語版)を含む多くの専門家は、船体部がカーベル工法で新造され、船が現在残る形状になったのは1536年以降のことであると推定している。ピーター・マースデンは、「メアリー・ローズ」は元々は15世紀の船に近い様式で建造され、船尾は四角形ではなく丸みを帯びており、主甲板には砲門がなかった可能性を指摘している。