禁闕の変
奪われた神器のうち、のちに剣は清水寺で発見され朝廷に返却されたが、その経緯がまた奇妙である。清水寺の僧侶を自称する心月坊承桂という誰もその素性を知らない謎の人物が、9月25日早朝に清水寺に棄てられているのを発見したと言って届け出てきた。剣には付札があり「三種の神器の一つだから拾った人は大切に返却して欲しい。粗略に扱ったら神罰があたってしまうから」というような内容が書いてあった(『看聞日記』)。発見者の承桂の身元を疑う向きもあったが、功があるということで深くは追求されず、処刑された日野資親の領地である美濃国加納郷を与えられた。ところが、清水寺で発見されたのではなく、実は比叡山から発見されたのではないか、という説もあり(『管見記』)、源尊秀同様その経緯が曖昧である。
神璽は持ち去られたままであった。これは、壇ノ浦の戦いで消失したあと再造された剣や、火災にあった神鏡よりも、原型を保持している神璽の方が後南朝から重視されたのではないか、という説がある。朝廷・室町幕府には衝撃的だったようで、10月25日には東寺で神璽御出現の祈祷が行われている(『東寺執行日記』)。この事件により神器の守備は以前より厳しくなった。
神爾は約15年の間後南朝のもとにあったが、長禄元年(1457年)に嘉吉の乱で没落した赤松氏の遺臣が再興を目指して後南朝より奪い返し、翌年には北朝の手に戻っている(長禄の変)。赤松氏は赤松政則の家督相続を認められ、加賀半国を与えられて再興を果たした。