蛍光共鳴エネルギー移動
色素が固定されていたり自由に回転することができないような場合、κ =2/3 は正当な仮定ではない。 しかし多くの場合、色素の再配向は配向性を充分に平均化すること、κはR0 の6乗に依存することから、算出されたエネルギー移動距離の大きな誤差にならない。 κが2/3とは大きく異なる場合でも、誤差はR0のシフトに関連するので、相対距離の変化の決定には充分に有効である。 一方、蛍光タンパク質は蛍光寿命より速い時間スケールでは再配向しない。 この場合、0 ≤ κ ≤ 4となる。
FRET効率は以下のようにドナー分子の蛍光寿命に関係している。
E = 1 − τ D ′ / τ D {\displaystyle E=1-{\tau '_{\rm {D}}}/{\tau _{\rm {D}}}\!}
ここで τ D ′ {\displaystyle \tau '_{\rm {D}}\ } と τ D {\displaystyle \tau _{\rm {D}}\ } はそれぞれ、アクセプターが存在する場合と存在しない場合でのドナー蛍光寿命である。 また以下のようにも表せる。
E = 1 − F D ′ / F D {\displaystyle E=1-{F\,'_{\rm {D}}}/{F_{\rm {D}}}\!}
ここで F D ′ {\displaystyle F\,'_{\rm {D}}\ } と F D {\displaystyle F_{\rm {D}}\ } はそれぞれ、アクセプターがある場合と無い場合でのドナー蛍光強度である。