カイロネイアの戦い
ピリッポスは同時期に始まった第四次神聖戦争を利用した。ロクリス・オゾリスのアンフィサの市民たちがデルポイの南にあるアポロンの聖域で耕作を始めたことに反発したデルポイの隣保同盟はアンフィサに対する神聖戦争を宣言し、第四次神聖戦争が始まった。テッサリアの代表者は、ピリッポスを隣保同盟軍のリーダーにするべきだと提案し、ピリッポスはギリシャ南部に進軍する口実を得た。
紀元前 339 年の初めに、テーバイ軍はテルモピュライ近くのニカイアの町を占領した。ピリッポスはこれを宣戦布告とは見なさなかったようだが、主要な進軍ルートを遮断される形になった。この時カリドロモス山の肩を越えてフォキスに下る、中央ギリシャへの第二のルートが存在した。アテナイ人とテーバイ人は、この道の存在を忘れていたか、ピリッポスがそれを使用しないと信じていたためこのルートに防衛戦力を配置せず、マケドニア軍が妨害されることなく突破することを許してしまった。
第三次神聖戦争に続いてピリッポスはフォキス人に対して寛容な態度をとり、エラテアに到着すると都市に再居住するよう命じ、数か月でフォキスを復興させた。これにより、ピリッポスはフォキス人の忠誠心を獲得し、ギリシャでの拠点となる新たな同盟国を手にした 。ピリッポスはおそらく紀元前 339 年 11 月にフォキスに到着したが、それから紀元前338 年 8 月まで大規模な戦いは発生しなかった。この期間中にまずピリッポスはアンフィサの問題を解決して隣保同盟評議会への責任を果たした。
この戦いでマケドニア軍に対抗できる軍隊が消滅したため、戦争は事実上終結した 。ピリッポスは次なるペルシア遠征で各都市から協力を得ることを望んでいたため、さらなる戦闘を避け各都市に講和を求めた。ピリッポスはテーバイとアテナイを降伏させたが、アテナイに対して比較的融和的な態度を取った。これはマケドニアには十分な艦隊がなかったため、ペルシャ遠征でアテナイ海軍の協力を得る必要があったためと考えられている。
ピリッポスは戦いの後の数ヶ月を敵対した都市との講和、紛争に不参加だったスパルタへの対処、ギリシャ各地へのマケドニア軍の配置に費やした。彼の行動は各都市にマケドニアと敵対するべきではないという考えを広めるための示威行為として役立ったと思われる 。紀元前337年の後半、ピリッポスが主導して結成されたコリントス同盟(ヘラス同盟)にスパルタを除くすべての都市が加盟して、マケドニアの覇権が確立した。