湯ノ岱駅
島式ホーム1面2線をもつ地上駅。列車同士の行き違いが可能であり、留置線もあった。行き違いは朝の2回のみであった。スプリングポイントのため、ポイント切り替え作業はなかった。夜間滞泊等による留置等で江差方面へ折り返す運用がある場合は駅員による手動での切り替え作業は存在していた。木古内駅から来た列車は当駅が最後の交換駅となっていた。当駅から終着の江差駅までは1閉塞となっていた。
江差駅管理の社員配置駅であった。運転取扱業務のため終日駅員が配置されていた。元々は管理駅であったが、組織再編により江差駅の管理下となった。そのため駅長の配置はなくなり、同駅助役湯ノ岱在勤が配置され、湯ノ岱駅長を兼務していた。駅員は計3名配置(廃駅時)。
冬期間は除雪のため江差駅での留置ができないため、当駅 - 江差間の気動車回送が行われていた。そのため乗務員宿泊所を備えていた。
駅舎には待合室と出札窓口があり、乗車券・回数券・自由席特急券(いずれもJR北海道完結)とも補充券での発行となっていた。但し、桂岡・上ノ国・江差・木古内・函館の各駅までは常備券が存在していた。本州方面への長距離乗車券・指定券は補充券にて発行していた。