熊本城
西南戦争における戦いの舞台となった熊本城では、政府軍によって各種軍用品が持ち込まれており、現代の発掘調査の過程で発見されることがある。2003年には本丸御殿近くの遺構から政府軍高官が所持していたと推測されるスミス&ウェッソン製回転式拳銃のモデル No.2(英語版)が出土しており 、2021年の調査でも平左衛門丸からアメリカ軍(北軍)の装備と思われるベルトバックルが発掘されている。アメリカは南北戦争後に余剰となった兵器を日本に輸出していたが、熊本城からの出土品によって兵器のみではなく軍装品類も輸出されていたことが推察できる。
城下町は西南戦争における戦闘で焼失し、その跡には一般的な市街地が形成されたため、現在ではほとんど面影は残されていない。しかし、辛島町から熊本駅までの一帯には城下町の町割りのまま道路が敷かれているほか、呉服町、魚屋町、古大工町、紺屋町といったかつての職人町の地名が数多く残っている。
千葉城
千葉城は茶臼山の東側にある小丘陵。茶臼山周辺で最初に作られた城郭である。現在は県道303号線(旧国道3号線)が熊本城との間にありシームレスで繋がっているが、藩政時代は玉川という小河川が流れていた。玉川と坪井川に区切られた独立の城郭であったが、櫓などは無く中級家臣の屋敷地として整備されていた。千葉城は宮本武蔵の屋敷もあったが、氾濫を繰り返す坪井川を大正以降掘削したことで旧宮本武蔵の屋敷地は河道になり、玉川を埋め立て、頂上一帯をNHK熊本が放送局を建てたため(2016転出)現存では一番破壊された郭となっている
古城
古城は熊本城の南端の南北に細長い台形の郭。鹿子木親員が隈本城として築城した場所でその後も佐々成政や加藤清正も肥後統治の拠点として利用している。内部は二段に別れ上部は隈本城の本丸であったようである。豊臣秀吉が九州征伐の道中隈本城のに宿泊した際には、上記室町時代の沿革にある通り名城と褒めており、桜馬場辺りまで含めた今の郭より大きい城で有ったと思われる。
かつて6基あった五階櫓の中でも唯一現存する宇土櫓(うとやぐら)は、大小天守を除いて最大の櫓で「三の天守」とも呼ばれる。3重5階地下1階で高さは約19mあり、近世以前に建造され現存する全国の天守や櫓と比較しても、姫路城、松本城、松江城の天守に次いで4番目に高い。加藤清正の創建した初代天守ではないかという見方もある。
破風はむくりを持ち、諸櫓と同じ仕様で造られているが、最上階に外廻縁を持つ。平成元年(1989年)の修理の際、2重目と3重目の建築方法の違いと3階部分の増設が判明している。このため当初は二層二階(地下一階)で建設され、三層四階に増築され更に三層五階に改められたとされている。
以前は宇土城の天守を移築したものと伝えられ、明和9年(1772年)に森本一端が記した『肥後国誌』(下巻)によって通説化したが、昭和2年(1927年)の解体修理の際には移築の痕跡が見られず、城戸久などがこの説を否定した。宇土櫓に関して記された最も古い文献である別井三郎兵衛の『御城』(寛文6年=1666年)には「御天守西ノ御丸 五階御矢蔵」とあり、同じ寛文年間に作成された熊本城絵図には「平左衛門丸五階櫓」と記載されている。宇土櫓のある平左衛門丸は加藤時代に重臣加藤平左衛門の屋敷があり、宇土城主小西行長の旧臣だった者を管理する施設も併設されていたため、このエリアの櫓には「宇土三階櫓」(平左衛門丸二重櫓)のように「宇土」を冠したと享保から延享期成立の『肥後録』にある。熊本城の諸櫓の再建に携わっている北野隆(熊本大学教授)は「宇土櫓」も同様の由来による呼称としている。
本丸御殿の最深部には、中国の故事に登場する王昭君の絵画(襖絵とも屏風絵とも言われる)のある「昭君之間(しょうくんのま)」と呼ばれる部屋があった。この部屋には鶯張りの廊下や外へと通じる隠し通路があったといい、藩主の居間として使われていたようだが、一説によると、豊臣家の有事に際し秀吉の子秀頼を密かに匿うために造られた部屋であると言われている。“しょうくん”=“しょうぐん”(将軍)の意とする説がある(当時は濁点を打たないので、仮名で書けば同一になる)。表面上は天下人の徳川家康に恭順しながらも、秀吉への恩を忘れない清正の忠義を示しているのだという。
1955年(昭和30年)、「熊本城跡」として国の特別史跡に指定された。
1956年(昭和31年)、市政70周年事業で天守閣再建を公約に掲げた坂口主税(さかぐちちから)が市長に当選。
1957年(昭和32年)、加藤神社が新堀町から西出丸の櫨方曲輪に、熊本県護国神社が花岡山から藤崎台に遷祀。
1960年(昭和35年)9月22日、鉄骨・鉄筋コンクリート造の熊本城天守閣の落成式が行われた。
1962年(昭和37年)には熊本大学医学部基礎教室が移転。建物をそのまま利用して熊本県立第二高等学校を開校したが、1968年(昭和43年)に熊本県立第二高等学校が移転。1967年(昭和42年)、跡地を整備して二の丸公園として開園した。
1976年(昭和51年)、二の丸跡の一角に熊本県立美術館設置。
1978年(昭和53年)、三の丸に熊本市立熊本博物館設置。
1917年(大正6年)、本丸に陸軍第6師団司令部の新庁舎が落成。
1933年(昭和8年)、熊本城の現存建築が「熊本城」(種別:城郭 - 宇土櫓、監物櫓など計13棟)として旧・国宝保存法に基づく国宝(現行法の重要文化財に相当)に指定される。同年、城跡は「熊本城跡」として国の史跡に指定される。
1945年(昭和20年)7月1日、市街地の20%を焼失した熊本大空襲など度々空襲に襲われるも、奇跡的に焼失を免れる。戦後は、古城に熊本県立第一高等学校が移転した。同年12月、戦災を受けた熊本大学医学部基礎教室が一時的に二の丸の兵舎を利用した(1962年3月移転)。
1946年(昭和21年)、日本に進駐したアメリカ軍が城内に施設を作った際、車両通行の妨げになるとして、竹之丸門が破却された。同年3月、古京町無番地輜重隊跡に、化学及血清療法研究所京町研究所が設置された(1973年閉鎖)。