竹中重義
これと連動するかのように、重義は密貿易など職務上の不正を訴えられた。寛永6年(1629年)10月に書かれた平戸のオランダ商館長の手紙によると、「彼が幕府にしか発行できない朱印を勝手に発行して東南アジアとの密貿易に手を貸している」と記録されている。調査の結果、寛永10年(1633年)2月に奉行職を罷免され、切腹を命じられた。寛永11年(1634年)2月22日、嫡子・源三郎と共に浅草の海禅寺で切腹、一族は隠岐に流罪となった(検死役は前任の長崎奉行で、当時大目付であった水野守信であった)。これにより府内藩竹中氏は改易・廃絶となった。
なお、不正の発覚をめぐっては、諸説ある。『通航一覧』によると、堺の商人・平野屋三郎右衛門が、己の妾を重義に奪われ挙句に追放になったとして江戸の町奉行に訴え、その際に重義の不正の数々を告げた。取り調べたところ、それに間違いなしとして、重義は処罰されたとある。また、『バタヴィヤ城日誌』によると、告発者は長崎代官・末次平蔵とその他数名の長崎町民で、竹中采女正が唐人の貨物を着服したり、自ら国禁の海外貿易に手を染めているという訴えであったとしている。