わが赴くは蒼き大地
2205年、「E・M」と呼んだ敵の地球来襲によって、人類は壊滅し、4つの海中都市、「パシフィック・シティ」、「グレートバリアリーフ・シティ」、「アトランティック・シティ」、「バハマ・シティ」に合わせて5万人が残存するばかりになった。地上を占拠したE・Mは突然変異を誘発する物質を海中に投入したため、海中には異形の怪物が徘徊するようになり、海中都市間の交流、交信も途絶えた。
およそ100年が経った。
偶然から、パシフィック・シティはE・Mの円盤を拿捕し、円盤に乗っていたE・Mが突然変異したインフルエンザウイルスのために死亡したことが判明する。パシフィック・シティではこのウイルスを培養しようとするが、培養にはカリブ海のサンゴ礁海域にのみ生息するある種の海藻から抽出される特殊なヨードが必要だと判る。ヨードを手に入れるか、バハマ・シティに人類が生存していれば、そこでウィルスの培養をすべく、えら呼吸が行える水中歩兵部隊員のチヒロと精神感応術者の少女ジャンは、ウイルスのサンプルを持って巡洋潜水艇「ノーチラス十世」でパシフィック・シティを旅立つ。
バハマ・シティの少女。