久留里藩
武蔵国 埼玉郡のうち - 7村(埼玉県に編入) 比企郡のうち - 4村 高麗郡のうち - 18村 入間郡のうち - 2村(うち1村を品川県、1村を韮山県に編入) 榛沢郡のうち - 7村(うち2村を岩鼻県に編入) 児玉郡のうち - 9村(うち1村を岩鼻県に編入) 賀美郡のうち - 6村 幡羅郡のうち - 4村
上総国 望陀郡のうち - 39村(うち21村を花房藩に、15村を安房上総知県事を経て桜井藩に編入) 市原郡のうち - 15村(鶴舞藩に編入) 夷隅郡のうち - 12村(うち8村を大多喜藩に、4村を安房上総知県事に、2村を安房上総知県事を経て大多喜藩に編入) 埴生郡のうち - 1村(鶴舞藩に編入)
明治維新後に、望陀郡67村(旧旗本領2村、旧前橋藩領25村、旧請西藩領3村、旧飯野藩領2村、旧佐貫藩領1村、旧安房上総知県事領36村【内訳は旧旗本領31村、旧幕府領14村、旧与力給地5村、旧請西藩領1村】)が加わり、上総国内の領地は大幅に入れ替わった。なお相給が存在するため、村数の合計は一致しない。
慶長6年(1601年)2月1日、忠政は遠州横須賀藩に移され、翌年7月に土屋忠直が2万石で入った。忠直は天正10年(1582年)、織田信長の甲州征伐で最後まで武田家に忠誠を尽くした土屋昌恒の子である。忠直は慶長17年(1612年)4月9日に死去し、跡を利直が継いだ。利直の時代には、後の正徳の治の立役者である新井白石とその父正済が仕えている。
利直は延宝3年(1675年)閏4月24日に死去し、跡を直樹が継いだ。しかし直樹は延宝7年(1679年)8月7日、狂気を理由に改易された。ただし、先君らの功績を評価されて、土屋家は直樹の長男逵直の家系が3000石の旗本として存続した。土屋家の改易以後、しばらく久留里への入部はなかった。