劇場版 魔法少女まどか☆マギカ
オープニングや変身シーンをはじめとする新規映像の追加も行われ、中には杏子が食べているものが変更されていたり、私服姿のまどかや魔法少女時のさやかの髪飾りなど、蒼樹うめがデザインを新規に書き起こしたものもある。また、魔女が登場するシーンでも劇団イヌカレーのこだわりによって、変更が施されている。セリフについても新たに収録し直されており、新房はこうした変更について、「この劇場版は『もう1,2回ループした世界』というイメージがある。何もかもが同じではなく、細かいところがちょっと違う」としている。ただし、第10話相当分の音声については、テレビ放送時の音声をそのまま使用している。このことについて総監督の新房は「すでにあった出来事で、新たなループとは関係なく、新たにアフレコをし直す意味付けがない」と述べ、音響監督の鶴岡陽太はテレビ版10話以上のパフォーマンスを出すのは難しいため新録はしたくなかったと述べている。
音楽面では、梶浦由記が新たに約40曲の新規楽曲を書き下ろしており、特に魔女の登場シーンでは、劇団イヌカレーが考えた歌詞をドイツ語にし、コーラス曲にした楽曲を使用している。既存楽曲もバージョン違いを多数作ったほか、テレビシリーズで用いられた楽曲についても5.1chにミックスし直されている。
彼女は異なる時間軸からやってきた時間遡行者であり、元の時間軸において初めて得た友人でありながら「ワルプルギスの夜」と戦うも死亡してしまったまどかを救うべく、未来への道筋を求めて同じ時間の平行世界を何度も繰り返し戦い続けてきた存在であった。まどかが死を迎える、また魔女と化すという未来に突き当たるたびに幾度となく同じ時間を繰り返してきたほむらは、まどかの存在をよりどころとしていたが、それは結果的にいくつもの平行世界における因果の糸をまどかの存在へと束ね、まどかを最強の魔法少女にして最悪の魔女となる素質を与えることへと繋がっていた。そのことをキュゥべえに指摘されたほむらは、愕然とする。
さやかの遺体が街中で発見され、彼女の告別式から帰宅したまどかは気落ちしていた。そこへキュゥべえが姿を見せ、インキュベーターと魔法少女の関わりの歴史をまどかに説明するも、その過酷さを知ったまどかは混乱に陥る。のち、ほむらの家を訪ねたまどかは助力を申し出るが、ほむらからは自らが辿ってきたこれまでの真相を打ち明けられると共に涙ながら諭され断られる。やがて見滝原には「ワルプルギスの夜」が来襲し、ほむらはありったけの武装で応戦するも敗れ、手詰まりな状態になり、絶望へ墜ちかけていた。そこへ一つの願いを携え、まどかはついにキュゥべえとの契約を決意する。そのまどかの願いとは「過去・現在・未来、全宇宙に存在する全ての魔女を、生まれる前に自分の手で消し去ること」。
対決は有耶無耶になったが、さやかはほむらや杏子に対し敵意を抱く。その後、恭介の家の前に佇むさやかの前に現れた杏子は、さやかを挑発。歩道橋に場を移しての対決の場へ、キュゥべえの先導で割り込んだまどかは諍いを止めようとするも、その際の行動により、魔法少女の魔力の源であると思われていた「ソウルジェム」、実は少女から分離された魂を収めている器であり、魔法少女の肉体は魂を引き抜かれて異質なものに変質していることが明かされる。
さやかは、ゾンビのように変質していた身体に負い目を感じ、退院した恭介のことを避ける。一方、杏子には父の教会に人がたくさん来て欲しくてキュゥべえと契約したという過去があった。他人のためにという共通した願い、その願いに裏切られた自分を前に「正義の味方」であろうとする姿に心を寄せていくが、時を同じくして、さやかは自分の友人である志筑仁美もまた恭介に好意を抱いていることを打ち明けられる。自分の決意をも裏切る嫉妬の感情に苛まれ、自分が本心では恭介に見返りを求めていたという事実にさやかは直面する。
悪い状況や心のすれ違いが重なり、まどかの説得も虚しくさやかは心身共に追い詰められていく。まどかはさやかを救うためにキュゥべえと契約しようとするが、それをきっかけにほむらの本心が明かされる。無謀な戦い方を続けるさやかの身を案じる杏子の想いとは裏腹に、自分や人間に対する失望を重ねたさやかのソウルジェムはついに濁りきり、「人魚の魔女」へと化す。
前編はテレビ版の8話まで、後編は9話以降の総集編となっている。
その最終目的は、「円環の理」の観測、そして干渉、制御であった。しかし、実験は停滞する。その原因は、魔女の結界内における記憶の捏造が、ほむら自身とまどかにまで影響していたことにあると、インキュベーターは認識していた。
まどかに「円環の理」としての記憶を取り戻させれば、インキュベーターは望むものを手に入れ、ほむら自身も救済を受けられる。全貌を明かした上でキュゥべえは、まどかに救済を求めるようほむらに促した。しかし、そのまどかの願いを踏み躙る思惑に激昂したほむらは、まどかには手を出させまいと、「円環の理」に導かれるのではなく、自ら魔女となり仲間に倒される道を選ぶ。魔女となった自分を巴マミや佐倉杏子が葬ってくれれば、インキュベーターの企みは破綻する。だがそれは、ほむら自身は救済を受けられないまま、絶望に沈むことをも意味していた。
絶望の力はやがて巨大な断頭台を出現させるに至り、魔女の姿へと変貌したほむらは自ら破滅への道を進み始めた。その時、鹿目まどか・美樹さやか・百江なぎさ・巴マミ・佐倉杏子が、ほむらを救うべく動きだす。その中心的な役割を果たしたのが、さやかとなぎさであった。二人は「円環の理」に導かれた魔女であり、インキュベーターは、鹿目まどかこそが「円環の理」であると認識していたが、さやかとなぎさもまた「円環の理」であった。