歴代残闕日記
伝本としては宮内庁書陵部本(以下、書陵部本と略記)と東京大学総合図書館本(以下、東大本と略記)が知られる。
原本については複数の説がある。
『歴代残闕日記』刊本の監修をした角田文衛によると、書陵部本は堀家にあった原本を明治18年頃に写したものであり、東大本は書陵部本から写したものであって、堀家にあったとされる原本は明治時代に散逸したという。。
しかし、東大本が堀家にあった原本であるとする説も提示されている。
東大本には堀直格の蔵書印が見られ、さらに各冊第一丁表に「東京大学法理文学部書庫所蔵」印が確認されている。東京大学による印は、帝国大学令により明治19年に帝国大学図書館へと改称する前に押された印とされている。また浦野都志子によると、東大本各冊には堀直格の蔵書印に加えて、編纂指示語や朱墨の勘注・付箋などがある。また、書陵部本は東大本と比べて語句の省略や写し間違え、写し洩れなどが見られ不明確な部分が多いとされる。これらの点から、東大本は明治10年代に堀家原本を受け入れたものであり、書陵部本は原本であった東大本を写したものであったとされる。
また、東大本・書陵部本はいずれも完本としては残っていない。東大本は大正12年(1923年)の関東大震災により、当時貸出中であった29冊を残して焼失してしまった。また、書陵部本も元は完本であったが、戦時中に疎開先で一部が焼失した。