九九式双発軽爆撃機
制式採用の1ヶ月後には、本機のエンジンをより強力なハ115に換装した改良型の試作が始まった。ハ115の完成の遅延のため試作機の完成は1942年(昭和17年)2月となったが、最大速度と上昇力の向上が見られたため、翌1943年(昭和18年)2月に九九式双発軽爆撃機二型(キ48-II)として制式採用され、それまでのハ25搭載型は九九式双発軽爆撃機一型(キ48-I)と呼ばれた。二型は実戦部隊からの要望と、ドイツ空軍の急降下爆撃の効果に影響を受け、急降下が可能な機体強度を持っていたが、エアブレーキ(ダイブブレーキ)が開発中だったため当初の生産型である二型甲(キ48-II甲)はエアブレーキを装備していなかった。その後、主翼両翼下部にキ66急降下爆撃機で試験したスノコ状のエアブレーキを装備して急降下爆撃を可能にして、機体各部を改修した二型乙(キ48-II乙)と、二型甲の防御武装を強化した二型丙(キ48-II丙)が開発された。降下角度は60度を目標にしていたが、戦訓を採り入れ50度程度で十分とされた。二型乙は、1943年(昭和18年)8月以降の主力生産型となった。また、1940年(昭和15年)には指揮官機として武装を強化したキ81も計画されたが、試作中止となっている。