武蔵国司
11世紀に入ると、受領国司は現地に着任せずに「受領国司制」も形骸化し国衙は目代が置かれ留守所と呼ばれるようになり、目代以下の在庁官人に支配権は委ねられるようになった(「在庁官人制」)。その一方、開発田が増加・成長し国衙の公領以外にも私領である荘園が発展し、一元支配的「公地公民制」から複層的支配関係の「荘園公領制」へと変わっていったが、在庁官人制を支えた在庁官人も多くはこの様な開発領主である。武蔵国でも同様に在庁官人制が進展し、前掲の平氏一門出身の秩父氏や小野氏および日奉氏等の在地の有力領主は在庁官人を担う一方で次第に武士化して武士団を生み出した。
12世紀には在庁官人制の進展と共に中央では着任することのなくなった受領国司は名目的な地位と知行得分の権利者を意味する知行国主となり近親者や股肱の配下に国守を任せることも行われ、いわゆる「知行国制」が広まった。康和5年(1103年)には白河上皇の尊勝寺造営費用を寄進の功で藤原行実や源顕俊が武蔵守に任じられたのは、白河院の近臣の源雅俊がこの頃の武蔵国の知行国主であったためと考えられている。
平氏政権では政権確立にこの知行国制を積極的に利用した。その中心人物である平清盛も武蔵国の知行国主であったと推定されている。
また在地では上記のごとく、武蔵国の在庁官人から中世武士団が輩出した。武蔵権守・平将常を祖とする秩父氏は将常の孫・重綱が留守所の総検校職に任ぜられて以来、同職を相伝し武蔵国内の武士団を統率した。また武蔵国多磨郡小野郷(現在の東京都府中市または同多摩市と推定される地域)の小野牧別当出身の小野氏は小野諸興が先述の武蔵権介兼押領使として着任、以後在庁官人として活躍したが、小野義孝は横山氏を称して武蔵七党横山党の祖となった。日野宮神社の社家出身と目される日奉氏は宗守が武蔵権守となり、11世紀以降に在庁官人職を一族で分け持ったが、これも武蔵七党の一つ西党(小川氏・由井氏・細山氏など)の祖となっている。これらの武士団はのちに鎌倉幕府を支える主要な御家人を輩出した。