ロックマンX6
フリームーブが弱体化したようなエアダッシュが使用可能。ジャンプボタンとダッシュボタンではエアダッシュの速度と距離が異なり、エアダッシュ中に前方の敵に攻撃する機能として変更されている。
特殊武器の攻撃力が上昇する。
特殊武器の消費エネルギーが半分となる。ただし、アーマー特有のギガアタックの消費量には影響しない。
声 - 麦人
これまでエックスとゼロの前に立ちはだかって来たイレギュラー。本作では今までとは違い、ゼロのDNAを利用したゲイトの置き土産として復活(シグマ曰く「そのようなことをしなくともいずれは復活できた」らしい)。発する声にエフェクトが掛かっているのが特徴。
本作での第一形態の姿は不完全な状態での復活であり、マントのような襤褸切れを羽織ったゾンビ(ボディの各所がスクラップのような形状)のような風貌で現れる。名前は「シグマ(不完全体)(Sigma(Unfinished))」。傍ら言動もたどたどしいがエックスやゼロに対する執着心は変っていない。
主な武器は、口から吐く光弾「バグショット(Bug Shot)」や腕から放つ衝撃波。また、戦闘時はある攻撃でダメージを与えると身体から球状の光弾を放つ。
シグマとの戦いで流れるBGMは、第一形態はステージのBGMがそのまま、第二形態は『ロックマンX』での最終ステージ(シグマパレスステージ4)BGMのリミックス・アレンジ版である。
敵を貫通し、プラズマが1つだけ発生するチャージショットが使用可能になる。ただし、プラズマが発生するのはある程度サイズが大きい敵のみ。このチャージショットは攻撃力はあまり重視されておらず、通常のエックスのチャージショットより威力は低い。また、上方向キー+チャージショットで対近距離武器のチャージセイバー(後のゼロのものとはやや異なる)が使用可能となる。特殊武器のチャージも可能。
エックスとゼロが装備することにより特殊な効果を発揮するパーツが存在し、ステージ内で助けを待っているレプリロイドを救出することで入手ができる。それらのパーツはハンターランクを上げることにより装備可能となる。
両キャラクターとも装備できるノーマルパーツ、エックスとゼロの各キャラクターのみが装備できる専用パーツは合わせて最大4つまで装備可能で、装備するだけで効果が発揮される。リミットパーツは最大でも1つのみしか装備できず、効果はステージ中で武器選択画面において使用を選択しなければ発揮されない。なお、ライフアップとエナジーアップは自動装備であるため、付け替えはできない。