西日本旅客鉄道山陽新幹線統括本部
また、西日本地区指令・広島地区指令・九州地区指令も新幹線一元管理を目的に2010年(平成22年)3月1日に山陽新幹線地区指令に統合し、同年7月1日には施設系統土木部門の在来線と新幹線の分離を行った。
さらに、2018年(平成30年)6月1日の組織改定により、新幹線事業における迅速な意思決定体制を目的として、新幹線管理本部と本社鉄道本部内各部署の新幹線部門が統合され、本社鉄道本部直属の「新幹線鉄道事業本部」へ改組された。福岡支社も引き続きその下部組織として存続され、改組に合わせて東京指令所の呼称を「東京新幹線総合指令所」に改称している。
2022年(令和4年)10月1日に新型コロナウイルス感染症による収益悪化のため、組織改正が行われた。それに伴い、新幹線鉄道事業本部は本社鉄道本部直属の新幹線本部と地方機関の「山陽新幹線統括本部」にそれぞれ改組された。また、福岡支社は引き続き山陽新幹線統括本部の下部組織として存続しており、結果として2018年5月以前の新幹線管理本部時代に近い組織形態に復することになった一方、それまで担っていた九州内の駅の管理業務は中国統括本部へ移管された。