神田上水
同日に上水方道方下奉行に御徒目付石川彌右衛門・西の丸御徒目付伊藤金十郎、上水方道方改役に支配勘定熱田善八・御徒押田中金五郎・表火之番宮崎段次郎・御留守居駒木根大内記與力豊島左兵衛の4人、上水方御用掛に御目付大岡主水正・御勘定吟味役川井次郎兵衛をそれぞれ任命した。これによって職制は一新され、普請奉行・目付・勘定吟味役による「三手取扱」(正式には「道方井上水方御掛」)によって上水の支配を行う形を取った。
翌1769年(明和6年)11月には町年寄の支配下にあった上水請負人と見廻役を廃止している。この結果、玉川上水元羽村請負人で大鋸町名主の茂兵衛並びに弥左衛門名主の伊左衛門、神田上水見廻役で神田永富町名主の源六並びに小石川諏訪町名主の作兵衛の4名は職を失ったことになる。これ以降、町年寄は上水管理に関わることはなかった。
1770年(明和7年)には神田上水の水元役であった内田茂十郎が罷免されている。
1811年(文化8年)には目付・勘定吟味役が廃止されている。これによって「三手取扱」の形が崩れ、普請奉行が水道管理を一手に引き受けることとなった。
普請奉行による上水支配は百年近くに及んだが、1862年(文久2年)に普請奉行は廃止され、変わって作事奉行の管理下に置かれることとなった。そして、この職制のまま明治維新に至っている。
明治維新後も神田上水は東京市民の飲料水であることは変わらなかった。明治新政府は1868年(慶応4年)6月に神田・玉川両上水の管理を新設された市政裁判所に委ねた。その後同年8月に東京府の開設ととも府の所管となった。だが、水道料金の徴収は江戸期の上水組合が消滅したため、移管当初は大きく混乱した。
しかし、水道料金の徴収よりも深刻だったのは神田上水の汚染が進んだことである。江戸上水道は構造が脆いため度々修復しなければならない。江戸から明治と時代が移り変わったため、上水の管理体制が整うまでには時間を要した。そのため、上水の修復が疎かになってしまい汚染が進行する起因の一つとなった。ましてや江戸上水道は浄水を行っていないため良水を安定して供給することができなかった。
これに追討ちをかけたのが1886年(明治19年)に起きたコレラの大流行である。