探偵オペラ ミルキィホームズ (漫画)
小林と神津はかつて同級生であり、彼らの過去の因縁や対立と和解など、男同士の心の交流にページを割いているのも他の媒体には見られない特徴の一つである。たとえば、小林が風邪を引いた際、神津は小林をベッドに寝かしつけたうえ、小林の額に自らの額をくっつけて熱を測るなど、甲斐甲斐しく看病する様子が描かれている。そのほかにも、「Project MILKY HOLMES」コンテンツディレクターを務める小玉励は、ゲーム版やアニメ版と本作との差異として「お着替え登校、小衣大暴走、神津と小林のイチャイチャ」などを例示している。
また、怪盗チーム「怪盗帝国」は、ゲーム版やアニメ版では主要キャラクターであるが本作では登場回数が大幅に減っており、そのメンバーである「トゥエンティ」や「ストーンリバー」にいたっては登場するも台詞は一切なかった。
なお、ストーリーはゲーム版やアニメ版いずれとも異なり、ほぼオリジナルエピソードである。