身延線
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、東海旅客鉄道が継承。日本貨物鉄道が東花輪駅 - 甲府駅間の第二種鉄道事業者となる。富士駅 - 東花輪駅間の貨物営業廃止。
1989年(昭和63年)3月:甲府駅 - 鰍沢口駅間の区間列車増発。
1990年(平成2年)3月10日:富士駅 - 西富士宮駅間の一部列車でワンマン運転開始。
1991年(平成3年)12月14日:下部駅が下部温泉駅に改称。
1995年(平成7年)10月1日:急行「富士川」が廃止、特急「ふじかわ」へ格上げ。
1999年(平成11年) 6月1日:313系電車の営業運転が開始。 12月4日:全線で一部列車のぞいてワンマン運転開始。
2001年(平成13年)3月31日:日本貨物鉄道の第二種鉄道事業(東花輪駅 - 甲府駅間)廃止。
2003年(平成15年)10月1日:ダイヤ改正により、特急の運転間隔の2時間パターン化を一部列車をのぞいて実施。
2004年(平成16年)2月1日:身延CTC指令所を静岡総合指令所に統合。
2005年(平成17年)10月1日:特急料金の値下げが実施され、30kmまで310円の特定特急券が設定される。
2006年(平成18年) 3月18日:ダイヤ改正により特急の停車駅が統一される。 8月7日:313系3100番台の運用開始。
2007年(平成19年)3月18日:115系・123系の運用が終了。
1981年(昭和56年)の115系投入直前まで使用された旧性能電車は以下の通りである。
32系 - サハ45形、クハ47形
40系 - クモハ41形、クモハ60形、クハ55形
42系 - クモハユニ44形、クハ47形100番台
51系 - クモハ51形(42系からの改造編入車を含む)、クハ68形(40系・42系からの改造編入車のみ)
甲府駅で並んだ32系クハ47形(右)と40系クハ55形(左)
42系クモハユニ44802を先頭とした40系、42系、51系混成編成。44802は初期の低屋根改造車(1960年施工)のため、屋根全体を低くした構造である。その後、1962年の改造車からはパンタ部分のみ低屋根とする方法に変更された。
40系クモハ60形800番台を先頭とする32系、40系、51系混成編成。クモハ60形800番台は1970年の低屋根化改造施工車のため、パンタ部分のみが低くなっている。
40系クハ55形改造のクハ68形を先頭とした40系、42系、51系混成編成。
115系 身延色
123系 ワンマン車
その後、パンタグラフ取り付け部を低屋根化しなくても、狭小トンネルが通過可能なPS23形パンタグラフが開発されたが、身延線ではこれをもってしてもなお不十分であり、パンタグラフ取り付け部の屋根を20mm切り下げる対策が必要であった(モハ114形2600番台、クモヤ145形600番台など)。
国鉄分割民営化後にJR東海が導入したクモハ211形5600番台やクモハ311形も身延線への入線を考慮した設計となっている。その後の折り畳み高さの低いシングルアーム型パンタグラフの開発により、1995年(平成7年)に製作された373系電車以降は、屋根高さの制限は緩和されたものの、身延線に関わる車両限界が、そのままJR東海の車両限界を規定している状況に変化はない。JR東日本の車両は車両番号横に「◆」マークが描かれている車両なら乗り入れ可能である。
皇族の乗車には、373系電車に代わり、383系電車を神領車両区から借りて使用する。内閣総理大臣などの場合は「ふじかわ」の指定席車を使用する。なお、2001年の第52回全国植樹祭に関連して甲斐岩間→甲府間にお召し列車が運転された際にはキハ85系気動車3両が使用された。