パーフェクトダーク
シカゴ<潜入>
ドクター・キャロルは奪われてしまったが別荘にいた兵士の話からシカゴのG5ビルで秘密会議があると知ったキャリントンはジョアンナを派遣。警備の厳しいG5ビルへの潜入を行う。ゴール地点はそのまま近づいてしまうと出入口を封鎖されミッション失敗になってしまうので特定の手段で警備を引き付ける必要がある。
G5ビル<盗撮>
会議の録画とドクター・キャロルの人格バックアップを回収する任務。会議録画前に警報を鳴らされた場合はミッション失敗となる。
ミッション4
エリア51<突破>
シカゴに迎えに来るはずの仲間がネバダで撃墜されてしまった。その仲間とはキャリントンが秘密裏に協力関係にあるマイアンと呼ばれるエイリアン種族だった。生き残りの救出と情報漏洩を防ぐため、ジョアンナはエリア51に潜入する。
エリア51<救出>
先行して潜入していたジョナサンと協力しマイアンの生き残りを救出する。変装がバレた場合はミッション失敗となる。
エリア51<脱出>
エルビスと名乗るマイアンを救出したジョアンナはジョナサンと協力し基地からの脱出を目指す。ジョナサンを先に逃がす選択をするとミッション7において味方として登場する。
ミッション5
アラスカ空軍基地<変装>
G5ビルでの会議を大統領に知らせるため、ジョアンナはアラスカにある空軍基地に潜入する。
大統領専用機<暴露>
エアフォースワンに潜入したジョアンナは証拠を回収し大統領に報告する。だがそこにトレント率いる部隊がエアフォースワンを襲撃しハイジャックする。
本作には武器のほかにもプレイヤーの補助となる「デバイス」と呼ばれるツールが登場する。
シールド
ミッションモードでは最も頻繁に登場するデバイスで、装着すると体の周りにシールドを発生させ、一定量のダメージを防いでくれる。発生するシールドは、平常時は基本的に無色透明を保っており、装備しても外見にはほとんど変化を及ぼさないが、ダメージを受けると軋むような音を発し、一時的にシールドが見えるようになる。その時のシールドは色を帯びており、その色はエネルギー残量の減少にともなって赤から緑へと変化するため、相手が装備しているシールドのエネルギー残量をある程度把握することができる。新しいシールドと交換することもできるが、その時点で既に体本体へ与えられているダメージは回復しない。命中すると一撃で倒れる攻撃を受けた場合も、シールドを装備していれば体本体へのダメージを防ぐことができるが、Nボムによるダメージだけは体本体に直接与えられ、防ぐことができない。加えて素手やトランキライザによる視界の悪化も防ぐことはできない。また、ソロ・ミッションの難易度「パーフェクト」は道中で入手可能なシールドが低難易度時と比べて少なくなり、シールド無しで攻略しなければならないミッションが多い。そのほかチート専用ではあるが、シールドの改良版で、その2倍の耐久力を持つ「スーパーシールド」というデバイスがある。
スパイクローク
いわゆる光学迷彩。スケダーの技術によって作られたデバイスで、光を曲げる性質を持つクリスタルが使われている。起動すると装備者の周りにクローキング・フィールドを発生させ、周囲から視認されなくする。
本作には全部で16種類の対戦用アリーナが存在する。前作に比べて縦横に入り組んだ複雑な構造のものが多く、落下するとゲームオーバーとなる奈落や、エレベーター、上下に動くパネルなどのギミックも組み込まれている。