あいの風とやま鉄道
割引対象区間は以下の通りである。割引の設定に当たっては「運賃の上昇は20%までに抑える」「同じ区間は同一の運賃にする」というルールに基づき、乗降駅ごとに最大で150円、最小で10円を割り引いている。開業当初は、あいの風とやま鉄道、JR西日本両者が乗継割引を実施していたが、現在はあいの風とやま鉄道側のみが割引を実施しているため、両者にまたがる運賃は、実質的な値上げとなった。
氷見線(高岡駅接続) 石動駅・呉羽駅・富山駅 - 越中国分駅間 福岡駅・西高岡駅・越中大門駅・小杉駅 - 氷見駅間
城端線(高岡駅接続) 石動駅・呉羽駅・富山駅 - 戸出駅間 福岡駅・西高岡駅・越中大門駅・小杉駅 - 城端駅間
高山本線(富山駅接続) 高岡駅・越中大門駅・滑川駅 - 速星駅間 小杉駅・呉羽駅・東富山駅・水橋駅 - 猪谷駅間
乗継割引に伴う運賃の逆転現象
2015年3月のあいの風とやま鉄道開業時点で、あいの風とやま鉄道線越中大門駅と、氷見線越中中川駅・城端線新高岡駅相互間は本来の運賃はあいの風とやま鉄道線の210円とJR線区間の140円を合算した350円であった(いずれも当時の運賃、以下同様)が、乗継割引の適用により、あいの風とやま鉄道線の区間が80円引き、JR線の区間が70円引きとなり、実際に支払う運賃は200円であった。
あいの風とやま鉄道線 : 倶利伽羅駅 - 市振駅(営業キロ 100.1km)
2015年(平成27年)3月14日の北陸新幹線の金沢延伸と同時に、並行在来線富山県内区間を継承して開業した。
以前は北陸本線の一部であった区間で、北陸新幹線の延伸開業に際しJR西日本から経営分離された。営業上の境界駅となる石川県河北郡津幡町の倶利伽羅駅と、新潟県糸魚川市の市振駅は、それぞれIRいしかわ鉄道とえちごトキめき鉄道の管理駅で、両駅を除く富山県内所在の20駅(2018年3月17日現在。JR貨物管理の富山貨物駅は含まない)があいの風とやま鉄道の管理下に置かれる。鉄道資産上の経営区間は石川県境から新潟県境までの98.7kmである。
北陸新幹線の延伸開業時には、富山駅を中心に新幹線や沿線各駅で接続する路線との連絡を考慮し、かつ通勤・通学需要に合わせたダイヤが編成され、各駅停車に加え、快速列車として、金沢駅 - 富山駅 - 泊駅間で「あいの風ライナー」が平日に、座席指定制(ライナー料金が別途必要)で設定された。
JR西日本からの譲渡車2両編成16本と、自社製造の1000番台2両編成3本が所属。編成番号は「AK」で、譲渡車・新造車とも通し番号である。
譲渡車はすべて2次車で、車両番号はJR時代と変更はない。また、1000番台の仕様はJR西日本仕様の3次車とほぼ共通である。
エクステリア部のカラーリングは前掲の駅名標と同様に、山側をブルー、海側をグリーンを基調としたデザインである。
大人普通旅客運賃(小児は半額・10円未満切り上げ)。営業キロの1km未満は切り上げ(2023年4月1日改定)。
なお、2018年(平成30年)3月17日の高岡やぶなみ駅開業までは初乗り運賃の適用区間がなかった。
413系5編成の置き換え用として導入が進められている。第1編成は2017年(平成29年)12月12日に富山貨物ターミナルまで甲種輸送され、2018年(平成30年)3月17日ダイヤ改正より営業運転を開始している。2020年3月には第2編成が、2021年3月には第3編成が、2022年3月には第4編成がそれぞれ導入されている。2017年度から6年計画で5編成を導入予定としていたが、前述の4編成に加えて、2022年度は2編成を導入することとなり合計6編成に計画が変更された。
当初、413系は開業後の利用状況を踏まえての更新となり、国庫補助と並行在来線安定基金 (2/3) を財源に第1編成については2019年の納車を予定していた。しかし、運賃値上げの更なる抑制、および前述の観光列車計画(「一万三千尺物語」)に関連し、最初に更新する1編成のみ富山県の支援を前倒しし、2016年度に1編成の新造に着手、2017年度の納車を目指す方針となった。残りの編成は2019年度から2022年度に導入される。
価格は、1編成およそ5億円であり、財源については、最初の1編成については老朽取り換えではなく増備の扱いであるため、県の補助(2/3)と自己資金(1/3)で対応し、残り4編成の更新については経営安定基金(2/3)と国庫補助(1/3)での対応となる予定である。
あいの風とやま鉄道は自社の検測車を保有していない。JR西日本から引き継いだ路線のため、検測車はJR時代に引き続きJR西日本のキヤ141系気動車、443系電車が入線するが、泊駅 - 市振駅間はJR東日本キヤE193系気動車も入線する。