大友皇子即位説
江戸時代から1945年(昭和20年)まで、即位説は論者の道徳的姿勢にも関わる問題と意識されていた。初めに即位を論じた那波活所は、自説を蜀漢皇帝を正統とした例にならうものとして、宋学の名分論を前面に出した。その後も弘文天皇即位説をとる者の多くは、天武天皇を簒奪者として非難し、そのような非難をしないのは反逆の容認につながると論敵を非難した。逆に非即位説の論者は、臣下の身で勝手に天皇の称号を与える不遜を咎めて応酬した。
こういうわけで、明治初期までイデオロギー的発言は活発だったが、学問上の論争にとどまる限り、それがいずれかの有利不利に働くことはなかった。明治3年に大友皇子即位説が政府公認となったのは、単にそれが当時有力な説だったからである。政府関係者はその検討の際に非即位論が不敬だとは考えなかった。
しかし、ひとたび追諡がなされると、弘文天皇即位に反対するものは追諡した明治天皇の決定に反することになった。当時の日本では、歴史学界内部に限れば冷静な議論が可能であったが、一歩外に出れば学問の自由は存在せず、政府、政治家、神道家、新聞が、学者の不敬を格好の攻撃材料とした。倭姫王即位説を唱えるに際し、喜田は自説が不敬ではないという言い訳を、苦しい理屈を作って弁じなければならなかった。学者たちは萎縮し、結果として、倭姫王即位説への反応は賛否とも鈍いものであった。
即位説に反対して、谷川士清は安永3年(1774年)に『続大日本史私記』で水鏡の資料的価値に疑問をはさみ、即位のような大礼が天皇の死後すぐに行われたのは乱世でも考えにくいことで、乱が起きる前の時点ではなおさらだと論じた。また、近藤芳樹は文政12年(1829年)に『正統論』を著し、壬申年は空位の年だったという説をとり、薬師寺銘や太歳記事の解釈も直ちに大友即位を意味しないと論じた。
江戸時代の壬申の乱研究の決定版は、伴信友があらわした『長等の山風』とされる。伴は『比古婆衣』で日本書紀改刪説を唱え、『長等の山風』でこの説を根拠に据えて即位説を論じ、和銅7年の『日本書紀』には弘文天皇の元年が立てられていたと推測した。また、『懐風藻』は即位の事実をあからさまに記すことを憚って字句を作ったのだと説いた。
伴の著作によって即位説を支える論点は出揃い、大友皇子即位説が通説となった。『日本政記』など一般向けの歴史書も大友皇子即位説をとったから、幕末の知識人の間で弘文天皇の即位は常識化しており、明治時代の初めまでその状態が続いた。