ヤグアラサウルス
原記載では、ヤグアラサウルスはプリオプラテカルプス亜科に分類された。Polcyn and Bell (2005) の解析では、ヤグアラサウルスは派生的なモササウルス科とは縁遠い親戚であり、ラッセロサウルス・コヘニやテティサウルス・ノプクサイに近縁であることが示された。これらはティロサウルス亜科とプリオプラテカルプス亜科の分岐の間に位置する基盤的な Russellosaurina と呼ばれる系統群を形成する。ハンガリーの基盤的モササウルス科パンノニアサウルスの発見後、ヤグアラサウルスおよび Russellosaurina に属する他の属が、水陸両性のアイギアロサウルスに近縁なテティサウルス亜科と呼ばれるモササウルス科の亜科の系統群をなすことが明らかになった。以下のクラドグラムは Makádi et al. (2012) に基づく。
Palci et al. (2013) では新たにロメオサウルスが記載され、テティサウルス亜科の姉妹群にあたるヤグアラサウルス亜科が設立された。