アロイス・エリアーシ
さらに1939年3月には独立スロバキアが分離し、ボヘミア・モラヴィア地方にドイツ軍が進駐した(ベーメン・メーレン保護領)。ドイツからは総督としてコンスタンティン・フォン・ノイラート男爵が派遣された。ハーハ大統領は、1939年4月27日、エリアーシを首相に任命する。エリアーシは表向き親独の態度を取ったが、裏では反ナチの地下組織と接触して、ノイラート治下のベーメン・メーレン保護領でテロやデモ、ストライキ、抵抗運動を煽動した。その結果、領内に混乱が生じ、ベーメン・メーレン保護領の兵器生産率は20%近く低下した。
当時、ベーメンはルール地方と並ぶナチス・ドイツ最大の軍需工業地であり、ドイツにとってはベーメン・メーレン保護領の秩序と生産率の回復が急務となった。ヒトラーは、国家保安本部長官ラインハルト・ハイドリヒSS大将をベーメン・メーレン保護領副総督に任じた。ノイラートは総督職の辞任を申し出たが、これは却下され、形式上は総督に残留のまま休職処分となった。ハイドリヒは1941年9月27日にプラハに到着し、テロなどの抵抗運動を取り締まるため戒厳令を敷き、反ナチ分子、とりわけ共産主義勢力を徹底的に捜索させて逮捕させた。さらに翌28日には首相であるエリアーシの逮捕も命じた。その後、エリアーシは裁判にかけられ、死刑を宣告されたが、ヒトラーの命令で執行は停止されていた。しかし1942年6月に、イギリスから派遣されたチェコ人工作部隊員の襲撃が元でハイドリヒが死亡した。これに激怒したヒトラーは、チェコ人への報復の一環としてエリアーシをコビリスキー刑場において銃殺刑に処した。