第五青函丸
洞爺丸事件から約4年を経て、ようやくフルサイズの船尾水密扉が完成したが、これにより、船内軌道船尾端ぎりぎりまでの車両積載ができなくなり、車両積載数はワム換算46両から43両へ減少してしまった。この点は津軽丸型連絡船建造までの課題となった。
車両甲板下は8枚の水密隔壁で区切られていたが、そのうちボイラー室、機械室、車軸室、操舵機室の各水密区画間3ヵ所には、車両甲板まで上がらなくても通行可能な手動の水密辷戸が装備されていた。しかし、宇高航路で1955年(昭和30年)5月に発生した紫雲丸事件の経験から、機械室前後の2ヵ所には、浸水等による交流電源喪失時でも操舵室からの遠隔操作で開閉可能な、蓄電池を電源とする直流電動機直接駆動方式水密辷戸が装備された。後部デッキハウス頂部と船橋楼甲板に水密辷戸動力室が設置され、動力室内の直流電動機の回転を、自在継手や傘歯車で接続されたロッドで延々と船底の水密辷戸まで伝達し辷戸を開閉する構造で、十和田丸(初代)と同等品であった。
また、石炭焚き蒸気船のボイラー室での過酷な労働環境改善のため、1959年(昭和34年)8月には第十二青函丸、1960年(昭和35年)9月には第七青函丸にストーカーが装備され、その他の石炭焚き蒸気船においてもストーカー装備あるいは重油焚きへの改造が行われたが、第六青函丸、第八青函丸の2隻は終航まで手焚きで運航された。
1942年(昭和17年)12月 - 「改5線表」で建造承認 W1
1943年(昭和18年) 6月29日 - 起工 12月29日 - 竣工
1944年(昭和19年)1月14日 - 就航
1945年(昭和20年)3月6日 - 96便として20時頃吹雪の青森港第3岸壁へ着岸するため、20時09分機関停止し右舷投錨、20時12分船首索をとり、補助汽船2隻で船体を押したが、岸壁側から船側へ吹く17mの強い西風に抗しての着岸はできず、いったん出港のうえ再度着岸を試みることとした。船首索解放、揚錨し、出港した。しかし左舷側から吹雪混じりの突風を受け圧流されたため再度投錨したが、20時27分右舷船体を北防波堤西端で衝撃擦過し外板損傷あり、錨鎖庫と第1船艙への浸水あり。揚錨開始し、20時39分青森桟橋へ無線で「4バンブイマデランチタノム」と発信し汽笛を数回吹鳴したが、桟橋ではこれを再入港の誘導と考え、補助汽船を東口に派遣して入港を待った。第五青函丸では船首が沈み始めたため青森港西方の沖館付近での座礁を決意し進航中、浸水のためボイラー焚火困難となり、20時47分、再度青森桟橋向け救援打電したが、桟橋では無線感度不良で電文理解できず、入港を待った補助汽船も第五青函丸を発見できず、そのまま港内へ戻った。21時頃には通信途絶し、この頃沈没したものと推定されるが、当時桟橋では沖錨泊したものと判断していた。翌朝浅虫海岸への5名漂着(後1名死亡)で事故を知った。警戒隊員を含む乗組員86名中82名死亡。当時無線の発信が極度に制限されており、これも惨事を拡大させた要因と考えられる。