伊賀流
江戸時代には上述の「伊賀越え」の功績を認められ、一般に服部半蔵として知られる正成のもとに伊賀組同心として幕府に召し抱えられている。このことから、正成自身も忍者であったかのように言われることがあるが、正成自身はむしろ普通の戦働きでならした侍であったらしい。詳しくは服部正成の項目を参照のこと。
伊賀を藤堂家が統治して以後は、無足という武士身分を保障され、扶持米を支給され、支配階級に組み込まれていった。このため、天草の乱の討伐戦をはじめ、全国の多くの一揆鎮圧に伊賀衆が派遣され、大いに活躍している。
享和3年(1803年)正月の中瀬村(現伊賀市)の記録によると、村の農民側から無足身分である忍者に対して、農民と同様の棒役を務めるよう要請があったが、忍者側が士分であることを盾にそれを拒否したところ、村八分にされた。これを不服として忍者側は村役人に訴え出たが、村役人側は、士分を放棄して帰農するか、棒役を務めるならば仲介に立つと申し渡したという。このように、江戸時代には忍者を辞めて帰農することにより「抜け忍」として処罰される、といったことはなかった。
その後は徐々に分散していき、消滅したとされている。