タンパク質立体構造分類データベース
・注意:この記述は(SCOP2でなく)SCOPバージョン1.75に基づく。
タンパク質構造の情報源は、蛋白質構造データバンク(PDB)である。SCOPの構造分類の単位はタンパク質ドメインである。SCOPの著者が言う「ドメイン」とは、小規模のタンパク質と中規模のタンパク質のほとんどが1つのドメインしか持たないという彼らの記載や、α2β2構造を持つヒトのヘモグロビンにはαサブユニットとβサブユニットの2つのSCOPドメインが割り当てられているという観察所見によって示唆される。
ドメインの形状をSCOPでは「フォールド」と呼んでいる。同じフォールドに属するドメインは、同じ配置の同じ主要二次構造と、同じトポロジー接続を持っている。SCOPバージョン1.75では、1,195件のフォールドが与えられている。各フォールドの簡単な説明が記載されている。たとえば、「グロビン様」フォールドは、『コア: 6ヘリックス; 折りたたまれた葉、部分的に開いている』(core: 6 helices; folded leaf, partly opened)と説明されている。
・注意:この記述は(SCOP2でなく)SCOPバージョン1.75に基づく。
ヒトのトリプシンの系統
SCOPのほとんどのページには検索ボックスがある。「trypsin +human」と入力すると、「ヒトのトリプシノーゲン」タンパク質を含む、いくつかのタンパク質が検索される。そのエントリーを選択すると、ほとんどのSCOPページの上部にある「系統」(Lineage)を含むページが表示される。
枯草菌由来のサブチリシン, カールスバーグ系統
「Subtilisin」で検索すると、「枯草菌由来のサブチリシン, カールスバーグ系統」のタンパク質が次の系統で返される。
これらのタンパク質はどちらもプロテアーゼであるが、同じフォールドにさえ属しておらず、収斂進化の例であることに一致している。