自動車駅
分割民営化後、JRバス分社化に伴い、同じJR同士であっても鉄道とバスは連絡運輸の扱いとなった。また、連絡運輸のうち、取り扱いの少ないものについては廃止されている。鉄道との連絡乗車券を発売しなくなったため、自社の乗車券類のみを発券するようになったり、窓口営業自体が廃止されるケースも増加している。窓口営業が廃止された後も、待合室や乗務員の宿泊設備などが設置されている場合は、建物はそのまま残され、JRバスから他の事業者に移管された後も継続して使用されることもあるが、近年は駅舎の老朽化に伴い解体されるケースや、交通量の多い道路沿いにあることから賃貸店舗に改築されるケースもある。
一方、営業所や支所、操車所などの運行拠点と併設されていた自動車駅の場合は、定期券や回数券などの発売のために窓口営業が継続されている。北薩線の薩摩郡山駅のように、移転改築された後も窓口営業が継続されているケースもある。また、塩原線の塩原温泉駅や京鶴線の周山駅のように、JRバスが撤退した後の代替交通機関との乗り継ぎターミナルとして機能させるケースもある。
変わったケースでは、瀬戸南線の瀬戸記念橋駅と瀬戸追分駅の窓口閉鎖と同時期に、別の場所(名鉄瀬戸線尾張瀬戸駅前の「パルティせと」内)でチケットカウンターとして営業を開始した例もある。
例えば、神奈川中央交通では会社の歴史上鉄道事業を行なったことはないが、多くの自動車駅を持っていた(1987年時点で21駅)ためか、2017年現在も金目駅、豊田本郷駅、大山駅の3箇所に「駅」の字が残っている(最後まで残っていた金目駅の旧駅舎は、2008年に撤去された)。同様に房総半島南部を営業エリアとする日東交通でも、かつて上総湊駅と安房鴨川駅の両駅で国鉄と連絡運輸を行っていた名残により、環駅、関豊駅(富津市)、金束駅、吉尾駅、主基駅(鴨川市)の停留所名が2020年現在でも残っている。また、鉄道の走っていない佐渡島にもあり、佐渡汽船を介して国鉄と連絡運輸協定を結んでいた新潟交通佐渡の佐渡金沢駅、畑野駅、相川駅等があった。
関電トンネルトロリーバスは2019年に関電トンネル電気バスに転換され扇沢駅・黒部ダム駅共に鉄道駅ではなくなったが、以後も「駅」と称されている。
なお、気仙沼線・大船渡線BRTの停留所は一般乗合旅客自動車運送事業取扱規則の2条1号より「駅」と称される。