ヒトマイクロバイオーム
腸管マイクロバイオームを中心として、ヒトマイクロバイオームとヒトの疾患を結びつける研究は数多く報告されているが、問題点も指摘されている。一つの問題点として因果関係が不明である点が指摘されている。言い換えると、マイクロバイオームの変動と疾患の間に相関が観察された際に、マイクロバイオームの変動が疾患の原因なのか、結果なのか、それとも第3の因子によって両者が引き起こされているのかはほとんどの場合明らかにされていない。例えば、炎症性腸疾患とマイクロバイオームの相関はよく知られており、注目を浴びている。具体的にはフィルミクテスが減少してプロテオバクテリアが増加するという変動が知られる。一方で、炎症性腸疾患がマイクロバイオームの変動によって引き起こされることは証明されておらず、むしろ腸内の炎症に反応してマイクロバイオームが変動する可能性がある。近年、健常者と有病者の糞便マイクロバイオームをそれぞれ無菌動物に接種して、疾患を再現することでマイクロバイオームの変動と疾患の因果関係を証明する研究も報告されている。
また、胎盤から抽出したDNAに細菌のDNAが含まれていたとしても、それは必ずしも生きた細菌の存在を意味しない。実際、培養可能な細菌に由来するDNAが検出された胎盤を試料として細菌の培養を試みても、DNAが検出された細菌は培養することができなかった。そのため、子宮内における微生物の検出には確定的な結論は出ていない。実際、子宮内における微生物の検出には否定的な見解が示されている。537人の妊婦を対象とした研究によると、妊娠中の胎盤は基本的に無菌的であると考えられ、唯一の例外は約5%の妊婦でB群レンサ球菌が検出されたことのみであった。
抗生物質は新生児の微生物叢に影響を及ぼし、新生児への持続的投与は喘息、2型糖尿病、炎症性腸疾患、乳アレルギーなどの疾患と関連する可能性がある。もっとも、否定的見解もしめされており、また、相関関係は必ずしも因果関係を意味しない。食事もまた微生物叢に影響を与える。母乳栄養は粉ミルクに比べ、新生児と母体の双方に健康上の利点があるとされるが、母乳に分泌される免疫グロブリンA、ラクトフェリン、ディフェンシンが少なからずこれに寄与すると考えられる。