山科駅
京阪バスロータリーの地下辺りに位置し、スクリーンドアが設置された島式1面2線ホームを持つ。地下鉄東西線の駅は駅ごとにステーションカラーが制定されているが、山科駅のステーションカラーは■藤紫。JR駅の改札前に階段およびエスカレーターがあり、それを降りてなだらかなスロープを進むと地下鉄改札前に至る。定期券売り場あり。
なお、京阪山科駅が近接していることから、当駅から御陵駅経由の京阪京津線への連絡切符は購入できない。
関西地方の地下鉄駅で最東端である。
2014年10月には、山科駅改札外と改札内に京都市交通局が運営する駅ナカ商業施設「コトチカ山科」が開業している。
JR西日本の駅には東海道本線と湖西線が乗り入れており、東海道本線を所属線としている。湖西線は路線としては当駅が起点であり0キロポストもあるが、運転系統上は全列車が東海道本線経由で京都駅あるいはそれ以西へ乗り入れている。
アーバンネットワークエリアに属しており、東海道本線は「琵琶湖線」の路線愛称設定区間に含まれている。また特定都区市内制度における「京都市内」エリアに属する。駅番号は東海道本線(琵琶湖線)がJR-A30、湖西線がJR-B30。
京都市交通局の駅には京都市営地下鉄東西線が乗り入れており、駅番号はT07となっている。
JRの駅はICOCA、地下鉄の駅はPiTaPa(スルッとKANSAI協議会)およびスルッとKANSAI対応カード・トラフィカ京カードの利用エリアに含まれており、それぞれ相互利用可能なカードにも対応している。
南北を両駅に挟まれる位置には、京阪電気鉄道京津線の京阪山科駅が所在している。