マックス・フォン・ペッテンコーファー
イギリスでのコレラ流行時に初めて疫学調査を行ったスノーとは、公衆衛生の実践方法として、上水道に対する見解の違いで対立した。疫学調査から水源(井戸)の重要性に注目して上水道の整備を重要視したスノーに対し、ペッテンコーファーは、上水道の重要性について認識していなかったわけではなかったが、むしろ下水道の整備こそが重要であるとの考えを曲げなかった。イギリスの一開業医に過ぎなかったスノーと、すでにドイツ医化学界の重鎮であったペッテンコーファーという、立場の大きく異なる両者の論争だったが、これもヨーロッパを二分する衛生学上の大きな論争になった。
この後者の論争については、1892年8月に起きたドイツハンブルクでのコレラ流行のときに終結を迎えた。当時、ハンブルクとその近郊のアルトナという二つの都市は、人口規模も同程度で、同様の下水処理施設を保有し、同じエルベ川の水を水源としていた。しかし、この2つの都市では上水処理方法にのみ違いが見られた。ハンブルクではペッテンコーファーの説に従い、短時間沈澱処理という簡便な上水処理だけを行っていたのに対し、アルトナでは緩速砂ろ過処理という、より厳密な上水処理が行われていたのである。そして1892年のコレラ流行では、ハンブルクで8500名のコレラ患者が出たのに対し、アルトナではわずかな患者が出るにとどまった。この結果は、コレラの予防における上水処理の重要性を如実に示したものであり、ペッテンコーファーは論争に敗れたことを認めざるを得なかった。
さらに実験期間中の糞便は細菌学的な検査に回され、その中からコレラ菌が分離されることも確認された。この結果は、コッホが提唱したコレラ菌=病原説の欠陥を指摘するものとなり、ペッテンコーファーはコッホのいうコレラ菌とは、コレラとは無関係な、あるいはせいぜいコレラに伴う下痢の原因にはなるものの脱水症状には無関係なものであるとして、自説への確信を一層強めた。
しかし同時代の他の研究者によって自飲実験が追試されると、事態は当初ペッテンコーファーやコッホらが考えていたものよりも複雑であることが判明した。例えば、ペッテンコーファーの弟子であり、同様に自飲実験を志願して行ったルドルフ・エメリッヒは、コレラによる脱水症状で危篤状態に陥り、その後一命だけは取り留めた。また、20世紀初頭にイリヤ・メチニコフが行った自飲実験ではペッテンコーファー同様、下痢のみでコレラは発症しなかった。このように、同様の実験においてもその結果がまちまちであり、コレラ病因論は対立する二説の間で明確な結論が出ないまま、再び紛糾することとなった。
自飲実験が終わった後もしばらくは、依然ヨーロッパ医化学界の権威として活動したペッテンコーファーであったが、まもなく高齢ゆえに表舞台に姿を現さなくなった。そしてうつ病を発症し、1901年2月10日、ミュンヘンの自宅でピストル自殺を遂げた。遺体はミュンヘン南墓地に埋葬された。
ペッテンコーファーは、ドイツ国外からの留学生も多く受け入れた。その中には後に東京大学衛生学講座の初代教授になった緒方正規や森林太郎(森鷗外)らも含まれた。彼らは帰国後、日本の医学界に衛生学の考えをもたらし、公衆衛生的な観点から上下水道整備の重要性を説いた。初代衛生局長として、日本の公衆衛生の発展に寄与した長与専斎も、ペッテンコーファーがその整備に関与した、ヨーロッパの上下水道整備を視察している。
森鴎外はドイツ留学直後の1885年にペッテンコーファーに師事し、後に北里柴三郎の勧めで、ペッテンコーファーと対立していたコッホにも師事したが、「ペッテンコーファーは環境と下水道を、コッホは病原細菌と上水道を、それぞれに重視し、もう片方を軽視する傾向がある」と評しながら、自分自身はペッテンコーファーよりの衛生学的な立場を選んだといわれている。鴎外はペッテンコーファーを敬愛しており、初孫の名前である真樟(まくす)は、ペッテンコーファーの名前から名付けたといわれる。さらに鴎外が陸軍軍医時代に脚気の病原菌説に固執し、陸軍兵卒に多くの被害者を出した遠因を、彼の師であるペッテンコーファーが細菌学に敗れたことへの反省に結びつけて考える者もいる。
しかしペッテンコーファーの死後、ヨーロッパにおける細菌学のさらなる隆盛と、日本にそれを持ち帰った北里ら北里大学のグループの世界的活躍によって、日本では衛生学および下水道の整備が軽視される方向に向かったともいわれており、これが日本での下水道普及率の低さの遠因とする考えも存在している。