クローン・トルーパー
ARCトルーパーのように単独、又はツーマンセルで行動する彼らは任務中は変装をしていることが多く、その存在を実際に視認できた人物は敵や味方も含めごくわずかといわれている。高い戦闘技術も備えていた彼らは前線に投入されることもあったがジャミング装置の影響で通常部隊との合同任務は不可能であったため、基本的には大規模部隊を投入する大きな作戦の際に先行して敵地に侵入し妨害作戦を実行する任務に就いていた。彼らの妨害技術はクローン戦争終盤の「ウータパウの戦い」でジェダイ将軍のオビ=ワン・ケノービが囮になっている間に敵に気づかれることなく大規模部隊を都市に送り込むことに成功している。
帝国樹立後は要人警護や主要施設の警備任務に割り当てられ、皇帝の宝物庫の警備も担当していた。その能力を評価した尋問官・ヴァリン・ドレイコは彼らを自身の任務に同行させていた。その後、クローンが全員退役となって以降はストーム兵団内に彼らをモデルにした新部隊であるストーム・コマンドやシャドウ・ストームトルーパーが誕生している。
また、残存するクローン軍に関しては一部議員から「廃棄という名の殺処分」を提案するものまでいた。
この法案に対し、かつて501大隊のクローンたちに助けられた経験もあるライヨ・チューチー議員は、「銀河のために命を賭して戦った英雄であるクローン兵たちへの敬意がない」「彼らの退役後の保証が万全でなければ徴兵法案を進めることは間違いである」とクローン兵の権利を訴え、その意見に賛同する議員たちの力もあり、再び徴兵法案の審議は滞ることになる。マス・アミダ大宰相はランパートに行動を促し、カミーノ崩壊に関するすべての証拠の抹消とチューチー議員の暗殺に動き出す。
一方、チューチーはクローン兵たちに接触し、彼らと対話することで退役後の彼らの権利獲得に動き出していた。そんな時、カミーノ掃討作戦に参加していたクローン兵・スリップが議員と接触し、ランパートがカミーノの都市に砲撃命令を出し、その事実を隠ぺいしていたことを知る。チューチーはオーガナと協力し、その事実を元老院で告発しようとするが、暗殺者の襲撃にあいスリップと自身の衛兵たちを殺されてしまう。彼女もあと一歩で殺されてしまうところであったが、スリップの依頼で現場に駆け付けていたキャプテン・レックスが暗殺者を無力化。チューチーはかつて任務で自身を守り、現在は戦死したと思っていたレックスが現れたことに驚くも、それはレックスも同様であった。
クローン軍時代の指令系統や部隊などの多くはそのまま帝国にも引き継がれており、反乱同盟軍に所属するクローン・キャプテン・レックスは共和国軍時代に自身とクローン・コマンダー・コーディが作成した認証コードを利用して潜入任務を行うことがあった。また、クローン戦争を生き残ったクローン兵たちは帝国のストーム・トルーパーや一部の将校たちから英雄視されており、クローン兵の英雄的活躍は後のストームトルーパーの志願者を多く生み出す要因となる。帝国軍の将軍でターキンの副官であったハースト・ロモディやジェダイ将軍プロ・クーンの配下で提督を務め、帝国樹立後は高官を務めたバートン・コバーンはクローン軍の忠誠心と正義感、戦闘技術を高く評価しており、彼らを退役させることに対して反対していた。帝国元老院にはクローンの人権を訴える議員も多くいたとされている。反乱同盟に参加する人々の多くも、分離主義の侵略から人々を救ったクローン・トルーパーを英雄として見ており、クローン・パイロットがスターファイターで空を自由に飛んでいる姿を見たことでパイロットを志し、自身もクローンたちに命を救われた経験を持つ反乱同盟軍のヘラ・シンドゥーラ将軍は、クローンを憎みストーム・トルーパーとクローンを同一視しているジェダイのケイナン・ジャラスにクローン・トルーパーとストーム・トルーパーは別物で銀河を救った英雄だと話している。彼女の父で惑星ライロスのレジスタンスのリーダーであり、クローン大戦時にはクローン・トルーパーと共闘した経験を持つチャム・シンドゥーラとその部下たちは帝国の指揮下で惑星を軍事的に支配したクローン部隊を敵と認識しつつも決して殺すことは無く、キャプテン・ハウザーなどクローンの一部とはむしろ友好的な関係を築いていた。
一方で分離主義者はクローン・トルーパーを人工的に生み出された醜き殺人機械として非人道的な共和国のやり方を批判。自分たちの作り出すバトル・ドロイドを人道的な存在としてアピールした。そして、戦争の長期化に伴い共和国国民たちも終わりの見えない戦争に批判的になり、ジェダイやクローンたちへの反戦主義運動が広がりを見せ始める。ジェダイ聖堂の前では平和の守護者としての信用を失いつつあるジェダイへの批判や、クローンの製造反対を訴える国民がデモを起こす事もあった。また、人道的な思想を持つ人々からもクローンたちが年齢的にはまだ10歳から13歳程度と、通常の人間の尺度で見れば少年や青年に過ぎないことが問題視され、当時の共和国のプロパガンダ・ポスターである「白い青年たちに応援を」に批判が集まりクローンの使用停止運動も行われた。
共和国の元老院議員や軍上層部の将校の中には、クローンを人間扱いせず物のように使い捨てたり差別発言をする者もおり、ジェダイ・マスターの中にもクローンをクリーチャーと呼び、蔑む者も現れた。クローンたちはそのような思想を持つ者たちを快くは思わなかったが、共和国のために彼らの命令に従い、彼らの命を守り、そして死んでゆくものも多かった。しかし、パドメ・アミダラをはじめとする議員たちやウルフ・ユラーレンなどの将校たち、そして多くのジェダイがクローン・トルーパーを消耗品ではない人間として彼らを捉え、彼らの人間としての在り方を尊重した。
第501大隊所属のクローン兵士。同部隊のジェシー、キックスと親しく、多くの任務を共にした。
好戦的な思考の持ち主であったハードケースは破壊力の高いガトリング型ブラスター・キャノン・Z-6回転式ブラスター砲を愛用し、立ち向かう敵に対して常に挑発的な言葉を投げかけていた。また、どんな絶望的な状況でも笑い声をあけながら敵を破壊していくなど、クローンの中でも珍しい思考を持っており、本人もそのことを気にしていた。一見、危険な思考の持ち主のように思われやすいハードケースだったが、仲間を大切にする想いは本物であり、彼らのためなら自らの命を犠牲にしても良いと思っていた。
アンバラの戦いでは、アンバラの軍事基地をファイヴスと襲撃。敵のファイターを奪取し、味方の危機を救った。その後、代役の指揮官であるジェダイ将軍・クレルの命令に対して疑問を持っていたファイヴス、キックスに協力し、アンバラン民兵のスター・ファイターで分離主義勢力補給船を襲撃。この任務でハードケースは、自身の乗っていたファイターが故障したことで、一人で船に残りレイ・シールドに守られた主要反応炉を爆破することを決心。ファイヴスとジェシーを説得し脱出を見守った後、ミサイルを反応炉に直撃させて爆破。兄弟たちに「生きて明日も戦うんだ」と言葉を残し死亡した。ハードケースの犠牲は共和国の勝利に大きく貢献することになる。
ボバと同じく遺伝子操作が行われていないジャンゴの純粋なクローンだが、性別は女性。カミーノでナラ・セの医療アシスタントをしており、クローン・フォース99の製造にも立ち会う。帝国樹立後、クローン・フォース99が帝国から脱走する際に一緒に同行する。戦闘経験はなかったが、潜在的能力は高く、射撃技術も並外れている。また、「指揮官」としての高い能力を持っており、その頭脳でバッド・バッチの危機を救うこともあった。
キャプテン・レックスとライヨ・チューチー議員によって率いられた帝国初期のクローン・トルーパーによる反乱同盟。レックスとエコーを中心にキャプテン・ハウザーと彼の部下、ネメック、ファイアボール、コマンドー・キャプテン・グレガー、帝国軍内のクローンたちによって組織され、「全てのクローンの救済」を目的に帝国軍の主要施設への潜入や破壊工作などの活動をしていた。