ピッグス湾事件
ケネディ大統領は記者会見を行い、失敗の全ての責任が計画の実行を命じた自分にあることを認めていた。しかし、同時にCIAに対しては軍事行動の失敗の責任を追及し、ダレスCIA長官、チャールズ・カベル副長官を更迭した。後任にはジョン・マコーンを就任させた。後の記者会見で「古いことわざにあるように、勝利した者には百人の生みの親が集まるが、敗北した者には一人も集まらない孤児(みなしご)だというのがある。私は政府の責任者であり、これはきわめて明白なことです」と語っている。その後長い交渉の末、1962年暮れまでに捕虜の大半をカストロは釈放し身柄をアメリカに送った。医薬品と食糧合計5300万ドルがアメリカからキューバ政府に支払われた。
その後ケネディは軍部とCIAを全く信用しなくなった。そして軍事・情報分野の助言者に対しても懐疑的になった。軍部やCIAとの関係は冷え込んでいった。そのことが翌年1962年10月のキューバ危機で、空爆を強く主張する軍部の意見を抑えて、海上封鎖にもっていく高い手腕にケネディの評価が表れている。