彦根駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅であり、改札と自動券売機1台がある。なお、自動改札機は導入していない。
かつては、改札や切符売場が国鉄と共用で、国鉄下りホーム(2番のりば)に面して近江鉄道の上り米原方面行きホーム(旧3番のりば)が、現在の下り八日市方面(旧4番のりば)がある相対式であったが、1987年(昭和62年)5月1日のワンマン化、橋上駅舎化の際新たに下り側のホーム(旧5番のりば)を整備し、島式とした(のりば番号は国鉄→JRのりばと一体的に振られていた)。
その後、JRのバリアフリー化工事(エレベーター設置工事)に合わせて改札が分離され、のりば番号もJRとは別の独自の番号に振り直された。現在使われている出札・改札口は改札分離前は中間改札として利用されていたものである。両のりばとも双方向に入線、発車が可能である。初めは1番線が下り、2番線が上りであったが、現在は逆になった。なお、近江鉄道ではサイクルトレインを実施しているが、当駅では自転車を持ち込むことができないため、その対象から外れた。
かつては、広大な貨物用ヤードが東側に広がり、多数の留置車両が所狭しと並んでいた。中には、私鉄では珍しい荷物郵便合造車も長く眠っていたが、このヤード群は当駅の東口整備事業の際に解体され、現在は駅東口のロータリーなどに転用された。
この整備事業の際に解体を免れた箇所は旧型の電気機関車などの保存展示施設、「近江鉄道ミュージアム」として営業(※彦根城築城400年祭の一環として2007年3月21日に開設)し、特定の日に公開されたが、施設の老朽化に伴って2018年12月8日をもって閉館し、跡地は駐車場に転用された。なお、同施設は2019年11月2日に八日市駅の2階へ移転し、再オープンした。
当駅には「愛のりタクシー」と呼ばれるデマンドタクシーが2路線(まつばら・とりいもと)乗り入れる。
高速バスは京都びわこドリーム号の路線統廃合に併せて停留所が廃止されたため、現在は使われていない(※停留所のみ残存)。
亀の井ホテル彦根(旧・かんぽの宿)への無料シャトルバス(要予約)と近江高等学校への無料送迎バス(※入試など、高校内でイベントが行われる日のみ運行)は、駅東口を発着する。