細川澄元
このような京都における一連の内乱が、周防国に流れていた10代将軍(前将軍)・足利義尹(義材より改名、後の義稙)のもとに知らされると、義尹は大内義興に擁立されて上洛を開始する。澄元は義興との和睦を画策したが、同じく政元の養子で澄之討伐に協力した細川高国が大内方に寝返ったため、決裂してしまった。高国離反の背景として、『不問物語』という軍記物語の永正5年条には、澄元が阿波時代以来の側近である三好之長・高畠長信・忠阿弥を重用することに対する反発があり、これに不満を持った細川氏の一門が澄元を廃して細川政賢を擁立しようと画策したところ、細川元治が高国の方が相応しいとする主張を述べて政賢らを納得させたと伝えられている。また、高国の擁立を聞いた京兆家の内衆も(家臣)高国側に寝返ってしまったという(なお、京兆家の内衆の中でも赤沢長経の一族のように澄元に従った者もいた)。更に三好之長のように阿波守護家から澄元に付けられて京兆家に入った家臣に京兆家の所領である讃岐国の所領が与えられるようになると、讃岐の内衆の中にはこれを阿波守護家による侵略とみなすものがおり、彼らも高国に協力するようになる。
政元の後継者は一応澄元となっていたが、政元は、澄元を養子にした後に更に細川氏の一族である野州家より細川政春の子・高国を養子に迎えるなど、3人の後継者候補が並立する状態を作ってしまった。そんな中、永正4年6月23日、政元が香西元長や薬師寺長忠ら澄之の支持者によって暗殺されたことがきっかけとなって永正の錯乱が発生した。澄元も翌24日に澄之の家臣に屋敷を襲われ、三好之長と共に近江国青地城に逃れ、甲賀の山中為俊を頼って逃走した。そして近江の国人の力を借りて勢力を盛り返し、8月1日には京都に侵攻して澄之とその支持者を討ち取り、2日には将軍・足利義澄に対して細川京兆家の家督継承を承認させたのである。
ところが澄元は若年だったため、家宰であった三好之長の実力が逆に大きくなり始め、澄元は之長と対立して一時は阿波に帰国しようとした(『宣胤卿記』)。この時には足利義澄の説得もあって帰国はとどまっている。8月27日に家臣の赤沢長経を大和国へ派遣、大和を制圧した。