赤潮
キートケロス属 Chaetoceros spp.
スケルトネマ・コスタツム Skeletonema costatum
リゾソレニア属 Rhizosolenia spp. リゾソレニア・インブリカータ R. imbricata リゾソレニア・セティゲラ R. setigera
タラシオシラ属 Thalassiosira spp.
赤潮は、水域の水温上昇や水の流動性の低下、富栄養化、工場排水、競合するプランクトンの消滅などの要因が合わさり発生するとされ、河川が流入する閉鎖的な水域で発生し易い。潮と付くものの、発生場所は海や湖沼だけとは限らず、流速の遅い河川などでも発生し得る。従来は富栄養化が赤潮発生の主要原因と問題視されてきた。また、魚類貝類養殖業の発達により、養殖生命体の老廃物、養殖用餌料、死骸による富栄養化の影響を指摘する研究者もいる。
これ以外に、プランクトンを捕食する生物の減少(浄化作用の低下)も、赤潮発生の重要な原因の1つであると考えられるようになった。干拓や埋め立てや護岸工事による浅場の減少による干潟の減少などが、プランクトンを捕食する貝などの住む場所を奪う上に、水域の水の流動を滞らせるなどの理由で、赤潮の発生も招き得るとの考え方である。
浅場に住むアサリやカキなどの貝類、エビやカニなどの甲殻類、ゴカイのような多毛類は、そこに棲む微生物やプランクトン等や有機物を餌として取り込み、海洋への栄養塩や有機物の流入を食い止めるという、いわば自然の浄化槽の役割を果たしてきた。しかし、干拓や沿岸の埋め立て、護岸工事などにより、そこにいた浅場の生物の減少(消滅)や沿岸域の水の流動性の低下(停滞水)し、これを一因としてプランクトンが大量発生すると考えられている。例えば、諫早湾の干拓事業において、干拓に伴う経済的な利害関係と並び、有明海での赤潮発生との因果関係が議論されている。
日本においては、有明海の他、瀬戸内海、東京湾、伊勢湾、大阪湾などの内湾部で赤潮の発生が多く報告されている。