宗教改革
フランスにおいても改革派教会は力を持っていった。フランスのプロテスタントはユグノーと呼ばれ、カルヴァン派の影響が強いものだった。両者の対立は深まっていき、1562年にカトリックの中心人物であるギーズ公によってヴァシーでユグノー虐殺事件(ヴァシーの虐殺)が起き、これをきっかけにユグノー戦争と呼ばれる36年にも及ぶ断続的な内戦状態に突入した。一時和平が結ばれたものの、1572年にローマ・カトリックによるサン・バルテルミの虐殺が起こり、カトリック信徒がプロテスタントを弾圧したため、プロテスタントは組織的には壊滅状態になった。1598年にアンリ4世によって発布されたナントの勅令により信仰の自由を認められることで、ユグノー戦争はようやく終結した。この勅令は1685年まで効力を持っていたが、フランス国王ルイ14世により同年フォンテーヌブローの勅令が公布されたことでプロテスタントは最終的に非合法化され、ユグノーたちは国外へと散っていった。
人文主義者による聖書研究が進んだために起こった「原始キリスト教精神に帰るルネサンス的運動」としてつかむ立場もある。すなわち、同じルネサンス的運動が、イタリアにおいては、ギリシア・ローマの古典文化への復帰として表れ、ドイツにおいては、聖書への復帰と言う形で現れたとする考え方である。特にアルプス以北の諸国において、ルネサンスの一部である人文主義の研究は、宗教上のものと結びつきやすかったとされる。宗教改革の指導者の幾人かはもともと人文主義者であったことからも、この両者の結びつきは深いことがわかる。ただし、宗教改革が激化するにつれ、特にルター派の宗教改革と人文主義は袂を分かつようになっていった。
16世紀は近代国家の萌芽の時代で、それまで各地域からの教会税はバチカンの収益となっていた。近代国家の誕生とともに、各国は経済的な理由から自国の富がバチカンに流れることを可とせず、自国内に止めておくことをむしろ歓迎し、それぞれの地域の教会が、ローマと絶縁することを積極的に後押しした
また、宗教改革の理念が拡大・浸透するうえでは、グーテンベルクによる印刷技術が大きな役割を果たした。
16世紀末から17世紀にかけて、正教会は宗教改革、および対抗宗教改革の両方から深い影響を蒙った。プロテスタントの影響を受けたと評される総主教としてキリロス・ルカリス、カトリック教会の影響を受けたと評される主教としてペトロー・モヒーラが挙げられる。
正教信仰に対する西方教会からの影響に対し、1672年、エルサレム総主教ドシセオス2世の主導でエルサレム公会が開かれ、宗教改革でプロテスタントから示された教理につき討議が行われた。その結果、「聖書のみ」「予定説」「象徴説・共在説」「聖書正典の範囲」といった、プロテスタントの主張の殆どが否定された。この公会において正教会は、プロテスタントとの教理の違いのみならず、カトリック教会とも違いがあることを示した。