新党さきがけ
その一方で、同月20日に日本新党所属で親さきがけ・反小沢寄りの立場であった五十嵐文彦、小沢鋭仁、中島章夫の3名が離党し「グループ青雲」を結成。同年5月9日にさきがけは青雲と連携する形で衆議院で統一会派「さきがけ・青雲」を結成した。さらに羽田内閣発足時に野党統一会派「改新」結成に反対し、「青雲」に続く形で日本新党を離党した荒井聰、枝野幸男、前原誠司、高見裕一の4人も会派「民主の風」を結成し、その後、同年5月30日に三勢力が合流する形で統一会派「さきがけ・青雲・民主の風」を結成した。また同年5月22日に社会民主連合が解散したことで、これに前後して菅直人が新党さきがけに入党し、政策調査会長となった。
その後、少数与党となり混乱が続いていた羽田内閣は自民党から内閣不信任決議案を提出され、決議前の同年6月25日に辞意を表明した。自民党は政権復帰を画策し、羽田内閣では連立を離脱していた日本社会党と事実上の政権内野党であったさきがけとともに大連立政権の発足に向けて動くこととなり、同月6月29日の首班指名選挙では社会党委員長の村山富市に投票する事となった。その結果、改新側が推した海部俊樹を下して、村山が内閣総理大臣に指名された。同月30日の羽田内閣の総辞職に伴い、自社さ連立政権による村山内閣が発足。さきがけからは武村が大蔵大臣、井出正一が厚生大臣にそれぞれ就任し、園田博之が内閣官房副長官に起用されるなど、さきがけは再び政権入りした。
()内は入閣直前の党役職
岩屋毅
国務大臣
厚生大臣 :菅直人(政策調査会長) 経済企画庁長官:田中秀征(常任幹事会副代表)
政務次官
農林水産政務次官:小平忠正 環境政務次官 :中島章夫