イリオモテヤマネコ
上記のような交通事故など、開発に伴う原生林の伐採、湿地の開発といった人間の手による自然環境の改変と並んで、飼い猫や野良猫との競合や伝染病の伝播、交雑による遺伝子汚染や、イヌによる捕食などが懸念されている。特に懸念される要因は飼い猫が野生化・半野生化した野良猫の存在であり、食物を奪い合う競合関係による圧迫、野良猫との接触による猫免疫不全ウイルス感染症(いわゆるネコエイズ)をはじめとする感染症、これまでのモニタリングでは検出されていないが交雑による純血個体の減少が懸念されている。
1999年6月に野生生物保護センターなどによる飼い猫や野良猫50匹とイリオモテヤマネコ23匹を対象とした調査で、イリオモテヤマネコからは猫免疫不全ウイルス感染症の原因となる猫免疫不全ウイルス(FIV)は検出されなかったが、飼い猫や野良猫3匹からFIVが検出された。イリオモテヤマネコへの感染が懸念されたため、翌2001年に竹富町では飼い猫の登録を義務づける「ネコ飼養条例」が制定され、さらに2008年6月には飼い猫のウイルス検査や予防接種、避妊・去勢手術、マイクロチップの埋め込みの義務化や飼育頭数の制限など厳しい内容に改正されている。さらに耳腺などから強い毒液を分泌するオオヒキガエルが島に入り込んでいることが判明し、西表島へのさらなる侵入や定着を防ぐために、2008年から石垣島で市民参加の駆除活動が行われている。
1962年にこれらの情報を基に琉球大学の高良鉄夫が幼獣を捕獲したが、成獣の標本は入手できなかった。1964年には早稲田大学探検部の高野凱夫がヤマネコが生息しているという噂を今泉らに伝えた。沖縄の本土復帰に先立つ1965年2月、八重山を訪れることになった動物文学作家の戸川幸夫が、那覇市で琉球新報の記者から「西表島ではヤマネコがいるという噂がある」ことを聞いた。戸川はこれをよくあるヤマイヌ(ニホンオオカミ)発見談のようなものであり、飼い猫が野生化したものであると考えたが、知人であった高良に相談したところ、彼はその噂を知っており、しかも一定の信頼性が感じられることを説明した上で、戸川に証拠集めを依頼した。戸川は当時担当していた記事の取材を兼ね西表島に渡り、ヤマネコの情報の入手や標本の収集に奔走した。しかし西表島では食糧不足のため捕獲されたヤマネコは焼いて汁にして食べるか、捨てていたためにヤマネコの標本の入手は容易ではなかった。
開発による生息地の破壊、イヌによる捕食、交通事故、イノシシ用の罠やカニ罠による混獲などにより生息数は減少している。第2次調査(1982-84年)における生息数は83-108匹で、第3次調査(1992-93年)では99-110匹、第4次調査(2005-07年)では100-109匹と推定されている。第3次調査時における推定個体数は、第4次調査と同じ推定方法を用いると108-118匹と推定され、個体数は減少していると考えられている。
1977年にイギリスのエディンバラ公より当時の皇太子に宛ててイリオモテヤマネコの保護を訴える手紙が寄せられたが、この手紙の付属報告書(ライハウゼン博士によるもの)にこれ以上の移住及び開墾の禁止提案などがあった。これに対し皇太子はイリオモテヤマネコの保護と地元住民の生活が両立できるような方法で保護活動が行われることが望ましいと答え、当時の首相である福田赳夫も鳥獣保護区の設置の検討を伝えた上で、エディンバラ公の日本の野生動物問題に関する関心に謝意を述べている。
1972年に国立科学博物館がイリオモテヤマネコの生態調査の下見を、1973年11月には世界野生生物基金及び環境庁(当時)が合同でイリオモテヤマネコの生態調査の予備調査を行い、1974年から環境庁による3年間のイリオモテヤマネコ生息状況等総合調査が行われた。その後も、1982-84年に第2次調査、1992-93年に第3次調査、2005-07年に第4次調査が行われた。
1979年に環境庁(当時)がイリオモテヤマネコへの3年間の給餌作戦を開始し、幼獣生存率の上昇を図っている。しかし、このような給餌活動には、批判的な意見もある。
発見以来、様々な生態調査が行われており、現在も、イリオモテヤマネコの生息状況を把握するため、自動撮影調査、ラジオ・テレメトリー調査、ウイルス感染の有無を確認する臨床病理調査、糞や食痕を確認する痕跡調査、住民や観光客の目撃情報をとりまとめる目撃情報調査などが行われている。
イリオモテヤマネコの生息域の一部は1972年4月18日に西表政府立公園(同年5月15日の沖縄返還にともない西表国立公園となった)に指定されたほか、1991年3月には11,584.67 ha (約115.84 km)の「西表島森林生態系保護地域」が設定され、地域内の自然環境保護が図られている。しかし、これらの保護区はイリオモテヤマネコの生息地に適しているとされる標高200メートル以下の地域を十分には含んでいない。1995年には保護増殖事業・調査研究の実施・普及啓発等の業務を統合的に推進するための拠点施設である「西表野生生物保護センター」が設置された。
1972年の沖縄返還以来、本土資本による開発が進み、特に1977年の島を半周する県道215号白浜南風見線の全線開通以降、毎年数頭のイリオモテヤマネコが交通事故にあっている。環境省や沖縄県、竹富町などにより道路標識や動物用トンネル、ゼブラゾーン(振音舗装)、幅広側溝、片勾配側溝の設置などの保護対策が進められている。一方で、イリオモテヤマネコをはじめとする西表島の貴重な生態系を守る取り組み、例えば土地改良事業などの土地開発の制限などに異を唱える住民も少なくない。
イリオモテヤマネコの絵が描かれている道路標識
飛び出し注意を呼びかけるための看板。目撃情報用に通し番号が振られている
ゼブラゾーン及び片勾配側溝。ゼブラゾーンを車が通行すると音がして、ヤマネコに車の存在を知らせることができる
2010年7月30日に竹富町観光協会はデザインの公募を経て、当時古見小学校の6年生が応募したデザインを採用し、イリオモテヤマネコをモチーフとしたマスコットキャラクターを作成した。胸の模様には竹富町に属する島が描かれている。名前も公募を経て、2010年8月31日に石垣市在住の市民が応募したヤマピカリャを参考にした名前である「ピカリャ〜」が採用された。
他の多くのネコ類のように脊髄を破壊して獲物をすぐに仕留めることはせず、動かなくなるまで咥え続ける。狩り場の中心は湿地や水辺であり、水に入って泳いだり潜水して水鳥や魚、テナガエビ類などを捕らえることもある。
糞分析の結果では、食料の中で出現率が多いのは、鳥類が約60%、クマネズミが約30%、昆虫類が約30%などであり、トカゲ類やカエル類は15-20%程度で、クビワオオコウモリの出現率は3-17%、リュウキュウイノシシなどの出現率は1%弱ほどである。その他の魚類や甲殻類の出現率は3-4%程度である。推定重量に対する出現率が多いのは水鳥類であり年間を通して60%前後、次いでクマネズミが年間を通して10-30%ほどを占める。
食性には季節による変化も見られ、クマネズミやカエル類は年間を通して捕食され、春から夏にかけてはトカゲ類、秋から冬にかけてはマダラコオロギやクビワオオコウモリが多くなる傾向にある。