海上護衛隊
第一海上護衛隊独力でシーレーンを保護することはできず、引き続き内戦部隊(各鎮守府、警備部、根拠地隊)が海上交通線の護衛・哨戒・防備に協力した。
南シナ海は1943年(昭和18年)頃までは散発的な潜水艦攻撃を受ける程度であり、もともとの所属艦艇のうち老朽艦の割合が高かったこともあって、新鋭海防艦への更新はなかなか進捗しなかった。1943年(昭和18年)11月15日に海上護衛総司令部(司令長官及川古志郎大将)が設置されると、その主力部隊に迎えられた。第一海上護衛隊の担当航路は、内地~シンガポール航路と定められた。なお海上護衛長官が指揮する部隊を総称して海上護衛総部隊(護衛総部隊、略語GEB)、海上護衛総司令部・第一海上護衛隊・第二海上護衛隊を総称して海上護衛総司令部部隊(総司令部部隊、略語GKEG)と呼称する。
1944年(昭和19年)に入ると、南シナ海航路でも通商破壊が本格化し、それに対応すべく編制・制度が頻繁に変化した。海上護衛総司令部の指揮下、第一海上護衛隊と大鷹型航空母艦はヒ船団やミ船団などの重要な資源船団の護衛を担当することになった。同年10月にフィリピンの地上戦が始まると、東航路は途絶する。西航路の死守と護衛兵力の建制化目的に、12月10日附で第一護衛艦隊へ昇格した。第一護衛艦隊はひきつづき海上護衛総司令部の麾下にあった。
1944年(昭和19年)5月20日、東京湾-大阪湾(紀伊水道)航路の船団護衛を担当するために新編されたのが第三海上護衛隊である。 伊勢湾部隊(指揮官平塚四郎大佐/伊勢防備隊司令:成生、特設掃海艇1隻、特駆7隻、駆特3隻、特敷高千穂丸、曳船1隻)、熊野灘部隊(指揮官大野周大佐/駒橋艦長:駒橋、特掃4隻、駆特3隻、哨戒監視艇1隻)、紀州部隊(指揮官鬼塚武二大佐/九〇三空串本派遣隊指揮官:特駆2隻、特掃5隻、駆特1隻、掃特2隻、海防艦50号、掃海艇27号、魚雷艇6隻)、航空部隊(九〇三空串本、浜島、大井、小松島各派遣隊)を指揮下兵力に置く。
東京湾~紀伊水道は本州太平洋側における海上輸送の大動脈であり、大戦序盤の頃から散発的に潜水艦被害が出ていた航路であった(昭和17年5月の水上機母艦瑞穂沈没など)。従来は横須賀鎮守府と大阪警備府が管轄していたが、相互連絡の不備などの不都合が続出した。これを解消するため、横須賀鎮守府・大阪警備府・舞鶴鎮守府部隊から兵力を抽出する形で設置された部隊であった(横須賀鎮守府司令長官の麾下に編入)。
太平洋戦争序盤、日本海軍は西太平洋の連合国軍兵力を駆逐、南方資源地帯の占領に成功した(第一段作戦)。続いて、長期不敗態勢を築く「第二段作戦」に移行する。物資輸送量の増大と航路の長大化に対し、護衛に兵力を割かれることを嫌った連合艦隊は軍令部に護衛専門部隊の編成を要望する。現場の海上護衛担任部隊からも、輸送路の護衛部隊が担任海域ごとに交代する現制度の不利が指摘されるようになった。
1942年(昭和17年)3月27日、海軍大臣は「特設艦船部隊令」に特設海上護衛隊の制度を加えた。4月2日、永野修身軍令部総長は昭和天皇に戦時編制改訂について上奏、この中で新設予定の海上護衛隊について解説した。 4月10日、海軍は戦時編制の大幅な改定を実施する。この中で、海上交通保護の一貫性と指揮の一元化という見地から、占領地の資源を輸送するシーレーン防衛を目的とした船団護衛部隊を編制した。 これが第一海上護衛隊(東南アジア~内地担当、南西方面艦隊所属)と第二海上護衛隊(南洋諸島~内地担当、第四艦隊所属)である。 しかし老朽艦艇や特設艦艇が主力で対潜・対空装備が充実した専用艦艇が配備されず、兵力も少なかった。連合軍による通商破壊が本格化すると対応できず、輸送船団に甚大な被害が続出した。その後、新型海防艦の大量建造がすすむと各海上護衛隊に配備されたほか、航空部隊も編入されるなど戦力の増強が図られた。
1943年(昭和18年)11月15日、海上護衛を統轄する海上護衛総司令部が新編されると(大海令第26号、大海指第299号)、第一海上護衛隊・第二海上護衛隊とも総司令部の麾下に入った。
第30号海防艦
友鶴、真鶴、第15号掃海艇、第49、58号駆潜艇
沖縄方面根拠地隊 燕 大島防備隊 第43掃海隊 姫島丸、宝永丸(書類上在籍)、第8長運丸