マラッカ海峡
その一方で、オランダ東インド政庁は1871年のスマトラ条約(オランダ語版、英語版)によってイギリスの干渉を排除し、1873年、海峡の安全確保を名目にアチェ王国の保護領化を企図して王国への侵攻を開始した。これがアチェ戦争であるが、アチェの人々の頑強な抵抗により、オランダ軍がスマトラ全土を制圧したのは1912年を待たなければならなかった。これにより現在のインドネシア全域がオランダの植民地となった。いっぽう、現在のマレーシアに相当する英領マレー連合州が成立したのは1896年のことである。
第二次世界大戦時にイギリス軍が日本軍に放逐され、終戦に至るまで日本軍の占領下におかれた。終戦後にイギリスやオランダの国力が低下したことを受け、インドネシアはオランダ領、マレー連合州はマラヤ連合(のちマレーシア連邦、現在のマレーシア)としてイギリス領からそれぞれ独立した。海峡沿岸国の領海は3海里から12海里に拡大され、かつて公海として自由な航行(英語版、中国語版)に供されてきた海峡も現在は領海化されている。
マラッカ海峡は、1994年に発効した国連海洋法条約における「国際海峡」に該当するとされており、外国の艦船や航空機は、国際法上の取り決めと沿岸国の法令にしたがうことを条件として、海峡通過のための通航権が認められ、沿岸諸国は現在、航路帯および分離通航帯を設定し、通航船舶にその遵守を求めている。
海賊対策として、マレーシア・インドネシア・シンガポールなど沿岸諸国の海軍が警備を強化しているほか、日本からも海上保安庁の巡視船が海賊の哨戒に当たっている。また、技術や人材育成の面でも日本は東南アジア諸国に対し国際協力を行っている。2007年(平成19年)には、高速船を用いる海賊対策として、日本政府はインドネシアに対し、政府開発援助 (ODA) により巡視艇3隻を日本国内で新造し、無償供与した。操舵室等が防弾構造であり武器輸出三原則に抵触するおそれがあることから、運用を対テロ・対海賊に限定し、日本政府の同意なく第三国へ引き渡さない等の条件を付すことで武器輸出三原則の例外とした供与であった。
さらに、海賊など海上犯罪の要因として沿岸地域の深刻な貧困が考えられるとして、日本政府はかつてロンボク海峡付近でため池やダムなどの灌漑システムの構築やこれらの維持管理する農業技術者育成などを行って一定の成果をあげており、マラッカ海峡においてもその経験を踏まえ、地域の農村開発に資する支援をおこなっている。