神祇管領長上
諸社禰宜神主法度発布の数年前に寺社奉行から「神道長上」の説明を求められるような状況だったものの、江戸時代に考証学が発達すると、吉田家の「神祇管領長上」という肩書きには疑念が唱えられた。このため、1779年(安永8年)、吉田家は『神業類要』を著し、「神祇管領長上」が自称ではないということを『令義解』『令集解』などを根拠として示した。だが、これらの多くは吉田家の当主を指して「亀卜長上」という呼び方が存在していたというものであった。唯一、嘉禄三年(1227年)に卜部兼直宛に出された綸旨には、「宝亀五年(774年)以来」卜部氏が「神祇管領長上并南座勾当」という重職を世襲してきたと明記されていた。しかし「亀卜長上」は同時期に複数の人数が当てられる律令制上の職であり、卜部氏の独占ではなかった。しかも神道界の長というわけではなく、相当する位階すらない下級職であった。さらに嘉禄三年綸旨も応安4年頃に作成された偽造文書であった。
以降の吉田家当主も幕末までこの称号を名乗り続けた。