元帥府
設置当初、元帥府は個別に意見を上奏できる元帥個人の集合体で緩やかな連帯的合議が行われていた。一方で、元帥府ではなく山縣など元帥個人に諮詢される例もあり、元帥は元帥府の制度的枠内に収まらない性格を持っていた。
「内大臣府文書」に残る「元帥府内規」によると諮詢の有無を問わず「毎火曜日」に参内することとされていた(実際には毎週金曜日が参集日となっていた)。一方で「大山巌関係文書」にも「元帥府内規」が残されており、「府議」に関する事項や「異見者」の上申の規定が含まれているが正式案になったかは不明である。
実質的には元帥府では元帥全員による奉答が慣例化した。明治天皇は元帥府に積極的に諮詢を行い、山縣を軸とする元帥全員の奉答を重視し、陸海軍当局との協同一致を求めた。しかし、1898年(明治31年)7月の陸軍の戦時及平時団隊編制改正では陸軍省の意見と合わず、元帥で参謀総長の大山巌と陸相の桂太郎との間で覚書が交換されたが、このときの大山のように元帥が他の立場では元帥府奉答と異なる見解を示す可能性があるなど問題も抱えていた。
さらに1900年(明治33年)の防務条例改正問題では、元帥府と陸海軍当局の意見の相違だけではなく、元帥全員による奉答の慣例化によって山縣が意見統一に苦慮することになった。