HLA-E
他のMHCクラスI分子と同様、HLA-Eは重鎖(α鎖)と軽鎖(β2-ミクログロブリン)からなるヘテロ二量体である。重鎖は約45 kDaで、膜に固定されている。HLA-E遺伝子は8つのエクソンから構成され、エクソン1がシグナルペプチド、エクソン2と3がペプチドを結合するα1、α2ドメイン、エクソン4がα3ドメイン、エクソン5が膜貫通領域、エクソン6と7が細胞質テールをコードする。