日向妙国寺
江戸期に入ると細島港は南九州諸藩の参勤交代時の中継地として重要視され幕府直轄領(天領)になる。妙谷寺は幕府役人の宿泊施設として利用され、この頃から妙国寺と通称される。幕末には安井息軒が父の滄洲と共に妙国寺を参拝している。
1872年(明治5年)、この年成立した日蓮宗に帰属。
1874年(明治7年)、日蓮宗が日蓮宗一致派と日蓮宗勝劣派に分かれる。妙国寺は日蓮宗勝劣派に帰属。
1876年(明治9年)、日蓮宗勝劣派が5派に分かれ、そのうち富士門流は日蓮宗興門派と称することになり(のちに本門宗と改称)、妙国寺は日蓮宗興門派に包括される。
1941年(昭和16年)、本門宗が日蓮宗、顕本法華宗との三派合同により日蓮宗となり興統法縁会を結成。妙国寺は日蓮宗(興統法縁会)に所属。
1956年(昭和31年)、第37世中林日修により日蓮正宗に改宗する。
1957年(昭和32年)、日蓮正宗を離脱。単立宗教法人日蓮宗郷門派と称する。
1976年(昭和51年)、第38世黒木日慎により日蓮宗に復帰する。
日蓮宗復帰に小西法縁の協力があったため、九州では珍しく小西法縁法恩寺法脈に属している。
昭和20年代30年代の混乱により、日蓮真筆曼荼羅を始め先師曼荼羅、古文書等の寺宝を多く紛失したが、日郷真筆曼荼羅と日要真筆曼荼羅は紛失を免れ現存し寺宝となっている。