南千住駅
島式ホーム1面2線を有する高架駅で、ホームは2階にある。出口は南側の1か所のみで、日比谷線の駅の北口に近い。
地元住民から北口の設置の要望があるが、JR東日本は「出口を増設するほどに利用者が達していない」として自らが出資するには難色を示し、「地元(荒川区)が開設費用を負担するか、利用者が社内基準に達すれば、設置を検討する」としている。
JR東日本ステーションサービスによる業務委託駅で、自動券売機、多機能券売機、指定席券売機、自動改札機が設置されている。お客さまサポートコールシステムが導入されており、早朝はインターホンによる案内となる。改札外にNewDaysKIOSKが、ホーム上に待合室がある。
2020年2月7日よりスイッチ制作の発車メロディ(発車サイン音)を使用している。
曲は1番線が「桜の川堤」、2番線が「プリズム」(いずれも福嶋尚哉作曲)である。