薬師寺 (曖昧さ回避)
薬師寺 (尾道市) -広島県尾道市にある高野山真言宗の寺院
薬師寺 (福山市) - 広島県福山市にある真言宗御室派の寺院
薬師寺 (徳島市) - 徳島県徳島市にある真言宗大覚寺派の寺院
薬師寺 (高知市) - 高知県高知市にある真言宗豊山派の寺院
薬師寺 (宮崎県国富町) - 宮崎県東諸県郡国富町にある禅宗の寺院
薬師寺 (茨城県城里町)
薬師寺東京別院 - 東京都品川区にある法相宗の寺院、奈良市の薬師寺の別院
薬師寺 (足立区伊興) - 東京都足立区にある寺院
薬師寺 (足立区綾瀬) - 東京都足立区にある寺院