鞭毛
ストラメノパイル同様、推進力を逆転させる働きを持つと言われる。
ハプト藻類
パブロバ亜綱では長鞭毛に小毛と鱗片を持つ。プリムネシウム亜綱では二本の鞭毛は等長もしくは亜等長であり、修飾構造を持たない。
ユーグレナ植物(ミドリムシ)
鞭毛は片羽型。小毛は中空ではなく、またストラメノパイルのものよりも柔軟で推進力を逆転させる機能は無い。羽として認識される小毛の他に、さらに細かい毛が鞭毛全体を覆っている。
渦鞭毛藻類
横鞭毛は片羽型で、やはり中空ではない。縦鞭毛に小毛を持つ種もある。
パラバサリア類(トリコモナス)
複数本の鞭毛を持つものから無鞭毛のものまで様々であるが、多くの属では鞭毛のうちの一本(後曳鞭毛;recurrent flagellum)が細胞表面に付着し、後方に伸びる。この後曳鞭毛と細胞との間に波動膜を持つ種もある。一方、超鞭毛虫類は鞭毛に修飾を持たない。
渦鞭毛藻と同じアルベオラータである繊毛虫が持つ繊毛は、機能的、構造的に真核生物鞭毛と同じものである。
また、水中の真核生物の分類群の中で紅藻類だけは、生活環を通して一切の鞭毛を持たない。有性生殖時に生じる精子も不動精子である。陸上生物では接合菌、子嚢菌と担子菌も一切の鞭毛細胞を生じない。種子植物の大部分もそうである。これらは二次的に鞭毛細胞を生じなくなったものと考えられる。種子植物ではソテツ類とイチョウ類だけが精子に鞭毛を持ち、祖先が鞭毛細胞を持つものであったことをうかがわせる。
鞭毛の動作は大きく二種類の運動、鞭毛運動と繊毛運動とに分かれる。基本的に後者が可能な生物は前者も可能であり、運動の切り替えはカルシウムイオン濃度により制御されている。渦鞭毛藻やユーグレナ植物はいずれにも属さない独特の運動を行うが、その動作原理は未だ明らかでない。
鞭毛運動
正弦波様の波が鞭毛の基部から先端に向かう運動。波の頻度は数Hzから数百Hz。水泳で言えばドルフィンキックのようなイメージである。
繊毛運動
推進力を生み出す有効打(effective stroke)と、次の有効打の準備として鞭毛を元の位置に戻す回復打(recovery stroke)とを繰り返す運動。こちらは平泳ぎに近い。