パナイ号事件
12月26日、日本の回答文書を受理する米国政府の対日最終通牒がグルー大使から広田外相に手渡されたが、誤認爆撃説をはっきりと否定し、公式通達済みの米国海軍委員会の決定報告書に依拠することは明言されていた。同日午後7時、山本次官は、アメリカの最終回答によってパナイ号事件はめでたく解決したという談話を発表した。
日本海軍機が機銃掃射を加えるため低空飛行したので、米国国旗が見えないはずはないというアメリカ側の主張に対し、当初、日本海軍は、「飛行機による爆撃は誤爆であって故意ではない。機銃掃射は絶対やっていない。一発も撃っていない。弾薬点検もしっかりやった」と、機銃掃射を行ったことを認めていなかったが、23日のグルー大使への事情説明で、「後日の調査により、我が方の一機が1隻の船に対して短時間機銃射撃による攻撃を行った。この他に機銃射撃による攻撃をした飛行機はない」ことを高田利種中佐が説明し、翌24日の海軍部は「飛行機による機銃射撃は第2回目爆撃機中の一機より短時間行いたるのみである」と公表した。しかし、高田中佐は「海軍機は機銃掃射は全くしていないと報告した」と戦後に証言している。
当時、米海軍アジア艦隊内揚子江砲艦艦隊に所属するケンプ・トリー(当時はパナイの乗組ではない。1941年12月に「ラニカイ(英語版)」の艦長に任命)は「最大の軍艦旗は旗袋の中に収められた状態で、ガフにかかっていた」と述べている。また、事故発生の直前のパナイの位置や行動の細部が、上海の米艦隊司令部ではなく、ワシントン国務省所掌の処に報告されていた。
アメリカ側の主張は、パナイの所在と位置について日本当局に直前まで通報、了解済みであったことや、パナイ、アメリカ商船は上空から判別可能な国籍表示をしていたにもかかわらず、20余機による第一次、第二次の集中爆撃を数十分間も受け、最後は戦闘機から機銃掃射まで受けたことなどから、意図的な爆撃だというものであった。
一方日本海軍の発表は、汽船に多数の中国人が乗船しているのを目撃し、米国国旗は認識できず、中国船と誤認して爆撃したというのものであった。