関西独立リーグ (初代)
2009年8月10日、リーグ運営会社の代表取締役が紀州の木村竹志代表から、来季参入を予定していた三重の壁矢慶一郎球団社長に交代。運営会社の登記名も「株式会社関西・東海リーグ」に変更。大阪ゴールドビリケーンズのオーナーが球団経営から撤退したため、当面はリーグから大阪に支援金を出すことに決定。
2009年10月2日、選手の待遇をめぐる方針の違いから、壁矢慶一郎リーグ代表が2ヶ月足らずで代表を辞任し、翌年参入予定であった球団の三重スリーアローズがリーグを脱退することとなった。これに伴い、10月5日に紀州の木村代表が代表代行に就任することが発表された。来季も今季と同じ4チームで運営することを決定し、外部から代表を迎える方針と報じられていた。しかし、10月18日に大阪の脱退が決まった。
選手への給与は経営問題の浮上によりカットや変更が繰り返され、神戸のように10月の全額をカットするところも現れた。2010年のシーズンに向けては、「固定給月8万円+出来高払い」という案が示されたが、三重はこれに同意せず、脱退につながった。この給与水準は2008年度の四国・九州ILやBCリーグよりも低いものであった。
初年度の公式戦144試合の入場者数は9万0191人(1試合平均626人)であった。1試合平均の入場者数では先行する2つのリーグの初年度(アイランドリーグは1068人、BCリーグは1790人)を下回り、発足当時の目標の3割程度であった。球団別の1試合平均では最も多い神戸が798人、次いで大阪・明石の順で、最も少ない紀州は428人であった。
2013年10月に、兵庫は独自に芦屋学園高等学校と提携し、2014年に発足予定の同校野球部が日本高等学校野球連盟(高野連)に加盟せず、兵庫の3軍として直接プロを目指す体制にすることを発表した。兵庫はすでに芦屋大学野球部を兵庫の2軍として活動させていた。しかし、この構想に対してリーグの木村代表(紀州監督)は、社会人野球の統括組織である日本野球連盟から規制を受けてリーグが孤立することを危惧し、賛同しなかったことからリーグが分裂状態となり、全球団の脱退に至った。兵庫と06BULLSは12月19日に新たにBASEBALL FIRST LEAGUE(ベースボール・ファースト・リーグ)を設立の上、2014年からリーグ戦をおこなうと発表し、2014年4月25日に開幕した。BASEBALL FIRST LEAGUE設立の記者会見で、兵庫代表の高下沢は、「リーグ決算書などの未提出などに関わる金銭的な不明瞭な部分、リーグの一般社団法人化に伴う不信感など多くの約束事に対する不誠実な対応」も脱退の理由として挙げている。紀州は日本野球連盟所属のクラブチームをめざすと報じられていたが、2014年3月に当年度の活動を休止することを発表した。紀州の運営母体はスポーツクラブとして継続したのち、2017年3月末で活動を停止した。
本リーグの解散・消滅から5年が経過した2018年12月4日、BASEBALL FIRST LEAGUEはリーグ名を「関西独立リーグ」に変更すると発表、母体は異なるが名称が復活することとなった。
なお、国税庁の法人番号公表サイトによると「株式会社関西独立リーグ」が2020年2月現在も和歌山県有田市を本店として現存する(リーグ解散時の運営NPO法人とは同一の住所)。