全日本大学野球連盟
同年には全国大学野球連盟と全国新制大学野球連盟のそれぞれを発展的な解消をしその上で合併をする形で新しい全国大学野球連盟が発足した。合併に際しては、旧来の新制大学野球連盟側が全国を地域別に分けた地区運営を編成していたので、運営上そのままの形で移行させた方が新組織としての改編に混乱が少なかったので、旧来の新制大学野球連盟に所属していた地域は、それらを若干修正した形で地区連盟としての運営が採られた。一方、旧制大学以来の3連盟は元来独立性が高かったのと、全国組織の再編を根回しした段階で協力を請われた立場などが尊重され、全日本大学野球選手権大会では地区編成には組み込まれないそれぞれ単独の出場権を持つことになった。1952年8月に開催された第一回全日本大学野球選手権大会実施当時の組織は後述の通り。
なお、この第一回大会当時の旧制大学3連盟以外の各地区予選のほとんどが新制大学野球連盟時代の地区予選を踏襲した暫定的な運営の下で行なわれた。後に続く各地区連盟の統括組織としての運営強化は、その後に徐々に整備されていった(各地区の大学野球に対する温度差などの事情により進度はまちまちであった)。また、連盟発足当時は旧来の全国大学野球連盟の名称をそのまま継承したが、第二回選手権大会までの間に現在の全日本大学野球連盟に正式に改められた。
東京六大学野球連盟
東都大学野球連盟
関西六大学野球連盟 (旧連盟)
北海道・東北地区 (後に北部地区大学野球連盟)
関東地区 (後に東部地区大学野球連盟) 東京都新制大学野球連盟 神奈川県下六大学野球連盟
※上記以外は地区に直接所属
東海地区 (後に北陸を加えて中部地区大学野球連盟) 愛知大学野球連盟
※愛知以外は地区に直接所属。
近畿・中国・四国地区 (後に西部地区大学野球連盟) 京都六大学野球連盟 近畿大学野球連盟 四国地区大学野球連盟
※上記以外は地区に直接所属
九州地区
新制大学野球連盟から移行した連盟には、当初から旧制大学連盟の様に独自性を発揮した運営を行なっていた連盟がある一方、単に地域毎にまとめられただけという性質のグループも混在していた。例えば、全日本大学野球選手権大会出場に繋がる代表決定に関して、個々のリーグ戦での優勝校や上位チームが代表決定戦に出場するところもあれば、リーグ戦とは全く無関係に地区内の全参加による一斉トーナメントで代表決定戦を実施したり、個別のリーグ戦は行なわず代表決定戦への出場のみなどそのあり方は様々であった。また各地区連盟(北部、東部、中部、近畿、西部、九州など)は当初は殆どが専任の連盟事務所・事務局は持たず、その地域の有力校が持ち回りで代行したり、地区連盟内の有力校集団(固有のリーグ自体は構成・運営していても、そのリーグ単独では当時の全日本大学野球連盟からはまだ承認されていない組織)が担当するなどの状態であった。