院政
建武新政期には後醍醐天皇が親政を行い院政は一時期中断したが、数年の後に北朝による院政が復活した。室町時代に入ってからも院政は継続したが、治天の後円融院が自暴自棄な行動で権威を喪失すると、足利義満が院の権限を代行するようになり、これは後円融院の崩御後も継続した。この時期の義満を治天であったとみなす学者もいる。
義満の没後に後小松天皇が譲位し院政を復興するが、応永25年(1418年)から将軍足利義持が院宣の事前審査を行うようになる。そして永享5年(1433年)に後小松院が崩御すると院政は事実上の終焉を迎えた。これ以降、院が相伝してきた荘園に対する武家による横領がやまず、院政を支える経済基盤が失われていった。後小松の次に上皇になった後花園院の譲位後に程なく応仁の乱が生じ、院の所領は有名無実と化した。ただし院庁はその後も存続し、後花園院の崩御後も院の仏事を行うために院庁や職員が存在していたことが確認できる。その後、財務上の理由などから、天皇の譲位自体が不可能な状況が続くことになる。
江戸時代に入ると、『禁中並公家諸法度』に基づいて江戸幕府の対朝廷介入は本格化した。幕府は摂政・関白を中心とした朝廷秩序を求めた。しかし後水尾上皇による院政が敷かれたため、明正天皇が朝廷に於ける実権を持つことは無く、後水尾上皇に朝廷内の実権が集中した。だが、江戸時代に入ってからの院政は、室町時代までの院政とは本質的に異なるものとなった。江戸時代の院は公家社会以外への支配権を持たず、仙洞御料も上皇が存在する時に限ってその都度幕府からあてがわれ、その管理は全て幕府に委ねられていたためである。
霊元上皇が院政を行うと、親幕府派であった近衛基熙との間に確執を生んだ。霊元院政の終了後、桜町天皇が上皇となって院政を行ったが、わずか3年で崩御、後桜町上皇は後桃園天皇・光格天皇が幼い時期には院政を行ったが、光格天皇は成人後に親政を行っている。光格天皇は、息子の仁孝天皇に譲位して院政を行ったが、これが最後の院政である。