日本学術会議
2016年には第1回若手科学者サミットを開催。若手アカデミー世界大会にも代表を送り込み、2013年から始まったアジア若手科学者会議は日本が主催している。2019年には日本学術会議の若手アカデミーから2名がGサイエンス学術会議の会合に参加。科学技術と人類の未来に関する国際フォーラム(STSフォーラム)にも代表者が出席し、世界科学フォーラム(英語版)や筑波会議では独自のセッションを企画している。
日本学術会議の委員会では45歳以下を若手としているが、関連各学協会の若手研究者組織では年齢基準はまちまちで、50歳代の幹事がいる場合もある。他の国ではシニアのアカデミーと若手アカデミーが独立した組織になっていたり、シニアと若手で構成員の条件が違っており、多くの国では40歳以下を若手としている。また、ドイツの若手アカデミーでは選出時点で学位取得後7年以内という条件がある。
これを受けた5月の総会で「職務遂行は困難」として久保は会長を辞任。塚田裕三が会長を引き継ぐことになる。
当時の中曽根康弘首相は、国会で「学会やらあるいは学術集団からの推薦に基づいて行われるので、政府が行うのは形式的任命にすぎません。したがって、実態は各学会なり学術集団が推薦権を握っているようなもので、政府の行為は形式的行為であるとお考えくだされば」と形式的任命であると答弁していた。11月の国会で改正法案は可決され、塚田会長は遺憾の意を示す声明を発表。塚田と副会長は「けじめをつけるため」に辞任したが、再任されている。
このように、第12期は一貫して政府の法改正に反対の立場を取った。1980年初頭の頃から「コ・オプテーション(英語版)方式は政府の宿願であった」とも言われている。日本学術会議の側でも、公選制では複合領域・学際領域の研究者や重要な国際学術団体を担っている学会の代表者が選出されにくいことから、3分の2は公選で残り3分の1をコ・オプテーション方式とする提案があった。なお、この法改正で研究連絡委員会が法制的に確立し、定員が拡充された。また、研究連絡委員会、分科会、専門委員会における専門分野の枠組みも再編されている。
第二次世界大戦後の1946年3月、学術研究会議の部長会が帝国学士院、学術研究会議、日本学術振興会の3団体の再編を建議する。これにより文部省は「改組準備委員会」を組織し、3団体の再編を検討していく。一方でアメリカの物理学者で連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)経済科学局科学技術課次長のH・C・ケリー(英語版)博士は堀内寿郎に接触し、田宮博、茅誠司、嵯峨根遼吉らを加えて同年6月に「科学渉外連絡会(Japanese Association for Scientific Liaison:SL)を組織していた。科学渉外連絡会のメンバーは最終的に55名となり、顧問には亀山直人や仁科芳雄が名を連ねた。
同年9月28日、ケリーが3団体(学士院、学術研究会議、日本学術振興会)、文部省、科学渉外連絡会の代表を招き、学術体制刷新に対する具体案をそれぞれ提出するように指示する。同年10月には3団体は新学士院の構想を具体化していき、科学渉外連絡会は同年11月21日に「科学技術新体制案」を公表する。同年11月27日に再度ケリーが各団体の代表を集め、3団体の活動は学界の一部の動きであるため、今後は科学渉外連絡会が主導するよう要請。12月23日には改組準備委員会は自ら解散した。その後、文部省科学教育局長が世話役となって「学術研究体制世話人会」が組織され、世話人会の人数は最終的に44名となる。
同月5日、菅義偉首相は記者会見を行い、(1)学術会議は政府機関であり会員は公務員、(2)(当時の中曽根康弘首相が拒否権はないと答弁した)1983年当時は学会推薦であったが、現在は個々の会員が推薦する形に変わっており会員が自分の後任を指名する事が可能、(3)学術会議は従来よりそのあり方について議論されており、総合的、俯瞰的な活動が求められているといった点から任命について法に基づき判断する必要がある、と釈明した。その後、2016年の補充人事で官邸が難色を示して補充を断念したこと、2017年の会員推薦時には事前説明を実施していたこと、6名に難色を示したのは杉田和博官房副長官であったことも明らかになる(詳細は「日本学術会議会員の任命問題」や「菅義偉内閣#日本学術会議会員の任命問題」を参照)。
90以上の学会が共同声明を出し、大学や市民団体も抗議声明を出した(その総数は10月末には600団体を超える)。また、ネイチャーなどの世界的学術雑誌も批判を行い、野党第一党である立憲民主党の枝野幸男代表なども「明確な違法行為」と非難した。一方で任命を拒否された大学教授の教え子に対する嫌がらせも発生したという。また、同年10月7日には自由民主党の下村博文・政務調査会長は政府へ提言し、日本学術会議の在り方自体を検討・議論し直す考えを示し、日本学術会議のあり方問題が議論されていく(詳細は「#2020年の見直し論議」節を参照)。
第1期から会員を務めた伏見康治によると、科学技術行政協議会に出席する委員を日本学術会議(以下、学術会議)から推薦し、政府がその人物を委員として発令することになっていた。しかし、羽仁五郎と山田勝三郎については政府は発令を出さず、欠員を生じながら協議会が開催されていたという。
2014年(平成26年)、会員105名の推薦時に政府が理由説明を要望。会員任命はそのまま行われたが、最終選考に残った12名を加えた117名の名簿も政府に提出した。2016年(平成28年)、補充人事で官邸から事前説明を求められ、日本学術会議は優先順位を付けて候補を提示。しかし官邸から難色を示されため、日本学術会議は補充を断念した。これに伴い、翌2017年の会員推薦でも事前説明を実施した。当時は大西隆会長の時代であり、元外交官でジャーナリストの佐藤優は、大西会長が事前説明というルール変更を一旦受け入れたことの問題点を指摘した。
2020年(令和2年)10月1日、新会員の任命が行われたが、任命権者である菅義偉首相は理由を明かすことなく、学術会議が推薦した105人のうち6人が除外された。2004年に組織内部からの推薦を受けて会員に任命される制度となって以降、除外される措置は初めてであった。『しんぶん赤旗』のスクープが契機となり、学術会議の独立性や学問の自由が損なわれるとの批判が巻き起こる。2020年10月1日付で会長になった梶田隆章は翌2日、説明と6人の任命を求める要望書を同会議に提案し、同月3日に同会議は内閣府に送付している。
1949年9月にソビエト連邦が原子爆弾の開発に成功したと報道されると、仁科芳雄と荒勝文策は同年10月の総会において、原子力は平和利用に限り武器として使わないことを意図した「原子力に対する有効なる国際管理の確立要請」という声明を提案する。日本が占領されていた日本学術会議の創立時には原子力研究は禁止されていた。1951年にサンフランシスコ講和条約が締結され、翌1952年に占領状態が解かれることになると、日本学術会議の第四部会や運営審議会で原子力の平和利用研究について議論が開始される。
1952年10月の第13回総会には茅誠司と伏見康治による「茅・伏見提案」が提出されるが、これは被爆者である広島大学の三村剛昂らの大反対に会う。三村の主張は米ソ対立が解けて世界中が平和利用に使うことが確定するまでは原子力研究を控えるべきというもので、研究者間のコンセンサスが取れないまま政府へ提言することは控えるべきという意見が多かった。茅・伏見提案は取り下げられるものの、これを契機に日本学術会議内に原子力問題に対応するための「三九委員会」が設けられる。また、原子核特別委員会でも議論が進められた。