PL学園中学校・高等学校
同部は1990年代末から2000年以降にかけて数々の暴力事件が報告されて問題になった。特に2013年には部内暴力によって対外試合禁止処分を受け、監督が退任した。詳細は後述する。
2016年(平成28年)に最後の部員たちが夏の大会を終えたことで休部され、2017(平成29年)年には部員が消滅して高等学校野球連盟からも脱退した。以後、部員の募集は再開されていない時期があったが、2023年に1人の入部が許可され7年ぶりに活動を再開した。
中学校では英語科と数学科で習熟度別の授業を導入している。また高等学校では国公立コース・理文選修コースの2コースを設置し、希望進路に応じた学習を図っている。
中学校・高等学校ともに大半の生徒が寮生活を送っている。かつては全寮制であったが、現在は自宅通学も可能になっている。また、以前は高等学校に定時制課程・通信制課程も併設されていた。定時制課程は2000年度(平成12年度)に、通信制課程は2009年度(平成21年度)に休止となっている。
スポーツ関係の部活動の名門校としても知られており、卒業生の清原和博はグラウンドの大きさは高校随一だと述べている。特に後述する硬式野球部は数々の成績を修め大勢のプロ野球選手を生み出してきた。しかし、インターネットが発達すると、部内の暴行やそれによる自殺など異常な実態が明らかとなり、新人部員が激減。硬式野球部は2015年春に部員募集を停止し、2016年7月から休部となっている。一方で軟式野球部は現在も引き続き活動を続けており、全国高等学校軟式野球選手権大会の大阪府代表として出場することもある。
信者数の減少や受験者の受験意識の変化、名門硬式野球部の部員募集停止などにより入学希望者が減少し、2015年2月の高等学校受験では、外部受験枠75名に対して受験者は28名、2021年度は、国公立コースが15人の募集に対し3人、理文選修コースは80人に対し7人、2022年度は国公立コースが20人の募集に対し1人、理文選修コースは80人の募集に対し、専願・併願共に1人となるなど、生徒数も年々減少し、学校自体の存続も危ぶまれている。
1955年(昭和30年) - PL学園高等学校が創立。全日制課程を設置。
1957年(昭和32年) - 定時制課程を設置。
1959年(昭和34年) - PL学園中学校が創立。
1962年(昭和37年) - 校歌制定。
1973年(昭和48年) - 通信制課程を設置。
2000年(平成12年) - 定時制課程を廃止。
2009年(平成21年) - 通信制課程を休止。
また、同野球部では数々の暴力事件が報告されており、1986年にはいじめによる死亡事故が起きている。
インターネット社会が発達する前までは、外部には上記のようなシゴキの実態がほとんど知られていなかった。学校側や同野球部側が情報統制に細心の注意を払い、部内の暴力で怪我人が出れば教団の敷地内にあるPL病院で治療を受けさせることで隠蔽を図っていたためである。それでも部活見学の際の上級生と1年生の様子から異様な雰囲気を感じて同校への進学を見送った人もいる。元阪神タイガースの関本賢太郎はその内の一人であり、父親からPLへの進学を薦められたが、部活見学を行った際に上下関係の厳しさを感じ取り天理高等学校へ進学先を変更したことを語っている。
1997年には、上級生が暴力を加えて重傷を負わせ、2001年には日常的に上級生が下級生をバットで殴るなどのいじめが原因とされる暴行事件で半年間にわたる活動停止処分を受けている。さらに、被害者の家族に訴えられて裁判沙汰になった。その他の部内の規律として、漫画家のなきぼくろは、「女を見るのは禁止」という規律が存在していたと語っている。2008年も暴力事件が起こり、藤原弘介監督(当時)が辞任。後任として河野有道が監督に復帰したが、2011年には部員の部内暴力と喫煙で1ヶ月の対外試合禁止になった。