ナポリ統連合軍司令部
南部欧州連合軍の組織を改編して逐次更新されている。この過程で新旧の司令部組織が混成していたが、現状では以下のようになっている。
イズミル連合空軍部隊司令部(CC - AIR Izmir)
ナポリ連合海軍部隊司令部(CC - MAR Naples)
マドリード連合陸軍部隊司令部(CC - LAND Madrid)
さらに西欧同盟の枠組みでシャープ・ガード作戦(en:Operation Sharp Guard)が1993年7月から開始される。イタリアに所在していた司令部からはデニー・フライト作戦(en:Operation Deny Flight)の監督をしていた。1995年12月からボスニア・ヘルツェゴビナにて和平履行部隊および平和安定化部隊を展開させた。1999年にはイギリス陸軍のマイク・ジャクソン陸軍中将(en:General Sir Mike Jackson)指揮下で連合緊急対応軍団に司令部機能を置くコソボ治安維持部隊を展開させる。
2004年に南部欧州連合軍はナポリ連合統合司令部に改編された。
2009年時点において、ナポリ統連合軍は欧州連合軍最高司令部の下、リスボン統連合軍司令部とブルンスム統連合軍司令部と共に3つからなる主要構成部門として運用されている。
2011年3月19日、国際連合安全保障理事会決議1973に基づきアメリカ軍主導によるオデッセイの夜明け作戦が発動され、同作戦の支援をする。3月24日にはアメリカ軍から作戦指揮権の移譲を受けてリビア飛行禁止空域でのNATO主導の各種規制任務であるユニファイド・プロテクター作戦の戦術級指揮を担当する。