大学院重点化
学部定員を大学院定員に振り替えて大学院定員を急激に増加させたことにより、大学院生の質の低下を招いたとも言われる。就職先の増加がないままの研究者の卵である博士課程学生定員の急激な増加は大学院の博士課程(博士後期課程など)の修了者(課程博士)の余剰を加速させ、若手研究者に深刻な就職問題を引き起こした(余剰博士)。
その後、予算抑制を図る旧文部省の指導もあり、大学院重点化は上述の大学、及び、特例として医学系研究科と若干の例外以外はほとんど実施に移されないこととなった。そのため、結果的に、文部科学省による一部有力国立大学の優遇策とみなされ、教育の機会均等という意味から批判的な意見がみられることもあった。