ボヘミア
16世紀からはルクセンブルク家断絶後にその所領を獲得したハプスブルク君主国の支配を受けた。
三十年戦争(1618年 - 1648年)では、1620年には白山の戦いでハプスブルク軍相手にたった半日で敗北した結果、チェコのスラヴ人貴族は完全に根絶され、ドイツ人貴族のみとなった(チェコ貴族の入れ替え)。ヨハン・アモス・コメニウスの属した共同生活の兄弟団というプロテスタントの一派が三十年戦争でこの地を追われ、二度とここに戻ってくることができなかったことはヨーロッパの精神史の中でよく知られた事件である。三十年戦争後期にスウェーデンに占領された。1648年、ヴェストファーレン条約によってハプスブルクに返還され、絶対王政下に置かれた。
19世紀にはオーストリア帝国の一部となった。19世紀前半にはチェコ人の民族運動が盛り上がって次第にドイツ人から自立しようとする動きが高まった。1899年、ボヘミアはモラヴィアをともないオーストリア・ハンガリーに反乱した。