Fate/Grand Orderのメインストーリー
主人公たちが元の時代に戻ってきたのもつかの間、彷徨海に「U-オルガマリー」が出現する。主人公らは命からがら彷徨海から脱出したのち、シオンと合流する。
彼女は次に行われるはずだったマタ・ハリの処刑を偽装する形で救出する。
実は、ランドルフ・カーターの肉体は「外なる神」を降ろすことを画策した魔神柱ラウムに乗っ取られており、アビゲイルはラウムの計画に利用されていた。また、セイラムの出来事も主人公一座が介入するまでに6回繰り返されていた。
そして、最後の魔女裁判、アビゲイルの親友であるラヴィニア・ウェイトリーはカーターの正体を暴くが、その後の混乱で流れ矢が当たり、死亡する。この出来事がきっかけで、アビゲイルは、サーヴァント・フォーリナーとして覚醒した。主人公一座はラウム、およびアビゲイルと対峙する。
事態解決後、解放されたカーターは外なる神の巫女となったアビゲイルを連れて星を巡る旅に出る。また、主人公一座もカルデアに帰還する。
その他登場サーヴァント:メディア、キルケー、ロビンフッド、哪吒
治療中、シオンは魔術回路と神経系の接続がうまくいっていないことが主人公の不調だと分析し、エルトナム家伝来の疑似神経・エーテライトを自分と主人公、そしてカーマに接続する。すなわち、それはシオンと主人公がカーマのマスターになったも同然だった。 その後、主人公らはAI聖杯戦争の管理者にしてこの世界の住民・ラニシリーズのオリジナルにあたるラニ=XIIおよびその護衛である警防部筆頭AIのDXとその護衛である警防部の筆頭AI・DX、そしてほかの区画の筆頭AI兼マスターたちとも出会う。
一方、マキリは燃費の悪い青髭を運用するためのリソースを調達する目的で、自分が管理する構築部のAIたちから搾取してい他、別の区画への襲撃を繰り返していたが、やがてついには青髭と融合して主人公たちの前に立ちはだかる。主人公たちの活躍によって倒されたことで構築部の権限はライダー・高長恭のマスター兼移送部の筆頭AIであるライノール・グシオンの手に渡る。喜びもつかの間、ライノールは「未来を知りたい」という自らの行動原理からAI聖杯戦争の真相に近づいたところを、正体不明の「アーチャー」の狙撃によって絶命する。残された高長恭やラニ=Tたちも再構成によって変質したマキリによって強奪され、主人公たちに向けてけしかけられる。今度こそマキリが倒されて一安心かと思いきや、今度はメドゥーサ(セイバー)がマスターのサクラとともに「ここではないどこか」へ逃るためにほかの区画を襲撃しだしたため、ラニ=XIIによってほかのマスターから追われる身となる。
だが、彼がルーラーとして召喚した汎人類史のモルガンが、彼から聞いた情報をもとに自ら2000年前にレイシフトし、自らの消滅と引き換えに異聞帯の自分=トネリコに様々な情報を託す形で女王モルガンとなった。そして、彼女は厄災で滅びた妖精たちをよみがえらせて支配下に置き、彼らから存在税として魂の一部を徴収している。また、モルガンの部下である三人の妖精騎士は、着名(ギフト)とよばれる手法によって、真名とは別に、円卓の騎士にちなんだ名前を授けられている。
この異聞帯ではケルヌンノスの怨念が呪いとして振りまかれている状態である。一方で、ケルヌンノスはブリテン島の終末装置「奈落の虫」を封印する役目を有している。これらに関連して、厄災と呼ばれる現象が起きているほか、「目的」や「輝き」を失うことで妖精はモースと呼ばれる怪物に変化する。モースに触れた者もモースとなる。逆に、妖精が目的に熱中した場合も、自分を失って暴走する。 モルガンがブリテン異聞帯を支配する際、同地にあった空想樹セイファートを伐採して自らの魔力に置換したことにより、同異聞帯が地球を巻き込んだ崩壊を始めている。
そして殲滅対象となった村人を救うためスパルタクスが犠牲になるが、彼に対する村人たちの「祈り」が生じたことで英霊の座と経路がつながり、はぐれサーヴァント"陳宮"と"赤兎馬"が召喚される。2騎と契約した主人公は、「シャドウ・ボーダー」の奪還と、拉致されたスタッフの救出のため始皇帝が座す「咸陽」へと向かう。
一方、コヤンスカヤは始皇帝に近づくが、正体を見抜いていた始皇帝からさんざん愚弄された挙句拷問にかけられたため、這う這うの体でカルデアに助けを求める。コヤンスカヤの協力を得た主人公一行と交戦する中、令呪を使い果たしたヒナコは蘭陵王の霊基を取り込む。そして、ヒナコは真祖・"虞美人"としての正体を現す。
その後、虞美人は念願叶い始皇帝から項羽を下賜されたため、隠棲するつもりだったが、彼の意を汲み再び主人公たちの前に立ちふさがる。激闘の末に主人公たちが項羽を倒す。これに激昂した虞美人は空想樹と一体化し異聞帯そのものを破壊しようとする。その後、始皇帝から英霊の座に登録されて「サーヴァント」になることで項羽と再会する道があることを諭され、不本意ながらも人類に与することになる。
そして、解毒薬を得た主人公とゴルドルフは回復し、一行は中国異聞帯を後にする。
ほか登場人物:韓信、李書文、秦良玉
第1部第6章は、原作者の奈須きのこ自身がリライトしたシナリオの一つである。同シナリオの執筆期間中、奈須は「なぜベディヴィエールの右腕がアガートラムなのか」という理由付けに悩んでいたが、坂本真綾のライブで聞いた『レプリカ』に衝撃を受け、一から書き直すことを決意し、終盤の展開は同楽曲を参考に執筆された。その結果、第6章は『Fate/stay night』のアナザーストーリーのような立ち位置に納まった。
2015年12月28日配信。西暦1888年のロンドンに出現した特異点。産業革命による公害の霧がさらに有害になる以上に、その濃霧の中をさらに機械人形やホムンクルス、殺人鬼が闊歩している。主人公たちはフランケンシュタインに加え、はぐれサーヴァントである“モードレッド“、ジキル、“アンデルセン“、“ウィリアム・シェイクスピア“とともに霧に包まれたロンドンを探索する。
一行は、聖杯を利用してこの特異点を破壊する魔霧計画の首謀者であるパラケルスス(「P」)とチャールズ・バベッジ(「B」)、マキリ・ゾォルケン(「M」)の3人と対峙する。そして、一行は彼らの背後にいたソロモンと対面するも、あまりの強大さにただ圧倒するばかりであった。
事態解決後、主人公一行はロンドンを後にする。
ほか登場サーヴァント:ナーサリーライム、玉藻の前、坂田金時、ジャック・ザ・リッパー、アルトリア・ペンドラゴン[オルタ](ランサー)、ニコラ・テスラ
本シナリオにてNPCとして登場したイアソンのデザインを手掛けたBLACKは、2022年9月のトーク番組「Spotlight Lostbelt No.5 アトランティス」の中で、当初はうさん臭い善人のデザインだったが、イケメンにしてほしいという注文が寄せられたため、現在の形になったと明らかにしている。ただし、中身は変化していないため、間抜けな表情を増やしたとも話している。