新潮45
さらに岩井志麻子、中村うさぎら人気の女性作家が性行為に関する連載を持つようになる。事件とエロを二大柱にしたことで業界人からは「平成のカストリ誌」の異名を取る。男性読者が離れて女性読者の割合が増えたというが、部数増の結果を残せなかった。
2002年、同年から開始の新潮ドキュメント賞の発表誌となる。
2008年11月号から宮本太一が新編集長に就任。月刊誌の休刊が相次ぐ中で好調の『文藝春秋』をライバル誌に見据え、新潮ジャーナリズム路線への回帰を打ち出す。そのリニューアルで女性を対象にしたセックス記事と事件簿シリーズは打ち切られた。2011年6月号から編集長が三重博一に交代。
2015年、ノンフィクションジャンルで唯一あった雑誌が休刊したことを受けて、8月号から「ノンフィクション全開宣言!!」をテーマに掲げて活動している。
2016年9月号から編集長が若杉良作に交代。編集長が若杉に交代して以降、雑誌のスタンスが以前より明確に「右寄り」になったことを、しばしば寄稿していた竹内洋や小田嶋隆が指摘している。
2018年9月25日、新潮社は、同年10月号の特別企画の件を受け、編集体制の不備などを理由に休刊と、佐藤隆信社長と編集担当役員への2人の3カ月間の10%の減俸処分を発表。「新潮45」は2018年10月号(9月18日発売)を最後に事実上の廃刊となった。休刊について「限りなく廃刊に近い休刊」であるとし、「部数低迷に直面し、試行錯誤の過程において編集上の無理が生じ、企画の厳密な吟味や十分な原稿チェックがおろそかになっていたことは否めない」などとした。
1987年5月号で川端康成邸で見つかった原稿が、川端の初期未発表作品だったとして編集部で「世の終り」と仮題をつけて掲載。文学史上の発見と報じられる。ところが同誌発売前にその13枚の短編小説は横光利一作品とほぼ同一であることが判明。誤報だった。
1994年6月号の誌上に『あえて書く 青年海外協力隊堕落論』を掲載。著者の石橋慶子は、青年海外協力隊の隊員でホンジュラスに派遣された経験を持ち、発展途上国支援の美名の裏にある実態を暴露した内容であった。記事掲載後、青年海外協力隊への批判がマスメディアで多数取り上げられた(青年海外協力隊堕落論)。当時の協力隊事業主体であった、特殊法人国際協力事業団(通称JICA、現在の独立行政法人国際協力機構)が、自ら発行する機関誌『クロスロード』に協力隊事務局長へのインタビュー形式で反論を掲載するに至った。
石井昴編集長時代の1998年3月号に掲載した堺市通り魔事件を取材した高山文彦の「『幼稚園児』虐待犯人の起臥」)で、犯行当時19歳(未成年)だった男性被告人の実名報道と顔写真を掲載した。そのため、同被告人から少年法第61条違反とプライバシー侵害による損害賠償請求の民事訴訟を起こされ、一審の大阪地方裁判所で新潮社は敗訴したが、2000年2月29日、大阪高等裁判所は原告の請求を却下し、原告が最高裁判所への上告を取り下げた事から、確定判決となった。
2005年10月号では作家の中村うさぎが風俗嬢に挑戦した体験記を発表。中村によれば、使用した源氏名が「叶恭子」だったことから、叶姉妹から『新潮45』編集長宛に「名誉棄損とパブリシティーの侵害」との内容証明が届いたという。