金森長近
姉小路氏は同盟者の内ヶ島氏理と共に金森軍に抵抗するも、大軍に攻められていた佐々成政からの援軍も期待できなかった。金森勢は内ヶ島氏理に対しては、氏理の出陣中に内ヶ島氏家臣の尾上氏綱を内応させて向牧戸城を占拠し、これに動揺した内ヶ島氏臣民を懐柔し主が不在の内ヶ島氏本拠の帰雲城を占拠した。これにより内ヶ島氏理は降伏した。金森勢の前に姉小路氏の有力者が各所で討死あるいは自害する中、金森勢は最終的に姉小路氏の本拠の高堂城を攻め、姉小路氏は降伏した。当主の姉小路頼綱は助命され、京に護送された。
金森勢はごく短期間で混沌の地であった飛騨国を一掃・統一し、この戦功により長近は、飛騨一国(3万8,700石『寛政重修諸家譜』。)を与えられた。内ヶ島氏も助命され、金森の寄騎とされた。
飛騨一国の国主となった長近は高山を拠点と定め、同地に入った当初はしばらく鍋山城に居たが、天正18年(1590年)より天神山の古城跡に新城の築城に着手し、のちにここを藩庁として初代高山藩主となる。新城の高山城は、この後慶長10年(1605年)頃に完成したと伝わる。同時に城下町を整備し、これが観光地として現在名高い飛騨高山の街並みの基礎となった。
この町整備の際、家臣の石徹白彦左衛門に命じ、荘川村中野にあった浄土真宗の古刹照蓮寺を高山城下に移転させた。この頃から浄土真宗の中枢の人物である本願寺教如と通じ、昵懇の間柄とも言えるほどであったことが史料から確認できる。
長近は禅宗と茶道に造詣が深く文禄3年(1594年)頃には秀吉の御伽衆を務めたとされる。