つくば駅
つくばエクスプレス開業の時点では、東京駅行高速バス「つくば号」は、運賃をつくばエクスプレス全線普通運賃と同じにする値下げ(1,250円→1,150円)はあっても減便はなく、競合する形となったが、つくばエクスプレスの影響は大きく、2005年(平成17年)11月1日から減便などの措置が講じられた。「つくば号」は2006年(平成18年)10月1日に一部便をつくば駅北方約2キロメートルの筑波大学始発・終着(「筑波大学」バス停は一般路線の「筑波大学中央」と同じ)とし、下り便に深夜便「ミッドナイトつくば号」を新設した。その他、回数券は廃止となったが、交通系ICカード利用での運賃割引(上り便東京方向でのICカード利用での運賃950円、下り便つくば方向でのICカード利用での運賃1,130円)により運賃面での優位性を保っている。さらなる対抗措置として、2021年(令和3年)4月1日より上り便でのICカード利用に限って運賃を820円とするキャンペーンを開始した。当初は同年9月30日までの予定であったが、2022年(令和4年)9月30日までにキャンペーン期間が延長されている。