ヨッシー New アイランド
SFC版と違って速度は遅く、後戻りできない。
タマゴを1個ずつ出すフラワー。ランダムで黄色、赤タマゴも出す。近くでヒップドロップをすると一度に大量に卵を出す。亜種にサンボを出すサンボフラワーもいる。
無敵となり、壁と天井を走ることができるようになる。赤いスターを取ると空を飛び、障害物を破壊しながら突撃できる。
ワールド1のボス。マメさんが魔法を浴びて急成長したもの。さやが頭になっており、マメさんを吐き出し召喚する。その頭が弱点で、ツルでガードしており、攻撃時も別のツルを伸ばす。
クッパの側近。運ばれている最中のマリオ兄弟を襲い、ルイージを誘拐した犯人。今作ではザコ敵に魔法をかけて巨大化させるほか、砦ステージのボスとして自らヨッシーと戦う。ベビィクッパの子守役でもあり、相変わらずベビィクッパには頭が上がっていない。
ヨッシーアイランドシリーズの3作目。前作『ヨッシーアイランドDS』と違い、今作は再びベビィマリオのみを乗せて冒険を進めていくことになる。今作では新たにひときわ巨大なメガタマゴや、重さを利用し水中を進むことができるテツタマゴが登場する。いずれも一度に使えるのは一回ずつのみ。
ニンテンドー3DSの特徴を利用し、今作はニンテンドー3DS本体を傾けて進むステージもある。