ゴビコノドン
ゴビコノドンの分類には混乱が見られる。福井県立恐竜博物館はゴビコノドンを三錐歯目のアンフィレステス科(英語版)に位置付け、国立科学博物館の冨田幸光も2011年の著書『新版 絶滅哺乳類図鑑』で同様の分類をしている。一方で中国科学院古脊椎動物古人類学研究所の王元青は2006年の『世界の巨大恐竜博2006』の公式カタログでレペノマムスを三錐歯目ゴビコノドン科に分類しており、ゴビコノドンを模式属とする科の存在を示唆している。2011年にはAverianovとLopatinがゴビコノドン目(英語版)という新たな目を命名し、ゴビコノドン目ゴビコノドン科に位置付けられている。本項では Averianov & Lopatin (2011) に従い、ゴビコノドン目として分類している。
ゴビコノドンは中国北東部に分布する義県累層陸家屯部層からも化石が産出しており、同一層準から産出しているレペノマムスと近縁である。また、義県累層上部から産出しているジェホロデンスと遠縁の関係にある。以下は Montellano et al. (2008) と Gao et al. (2010)に基づくクラドグラム。