経営安定基金
完全民営化にはJR会社法の改正が必要であったため、国会で審議が行われた。国土交通省は、26年10月に同鉄道局、九州運輸局、機構等で構成する「JR九州完全民営化プロジェクトチーム」を設置してJR九州の経営状況や株式上場に関する課題等を検討した。その結果、平成27年の第189回通常国会において収益性が高まり、上場後も安定的に経営できる環境が整って来たと判断され、JR会社法の改正法が成立した。これに基づいて2016年4月1日から、JR九州はJR会社法から除外された。
上場する際、経営安定基金を保有したまま上場するか、返還するかが問題になった。JR九州は、「経営安定基金は、持参金としてもらったもの。返還すると鉄道経営が厳しくなる」と主張していたが、財務省を中心に「経営安定基金はもともと国民の財産。上場するなら国に返還して長期債務の返済に充当するべき」として返還を求める主張があった。2015年1月27日、国土交通省は「不採算路線を含めた路線網を維持するためには、経営安定基金の機能を維持する必要がある」という意見を出し、JR九州の状態を考慮して経営安定基金を国庫に返納させず取り崩すことを認めた。