機能注釈精密評価
最初のCAFA実験は、2010年秋から2012年春にかけて実施された。主催者はコミュニティに48,000個のタンパク質配列を提供し、それぞれの配列について遺伝子オントロジー注釈 (Gene Ontology annotation) を予測するという課題を課した。これらの48,000個のタンパク質のうち、866個のタンパク質が標的蓄積の段階で実験的に注釈が付与された。その結果、現在の機能予測アルゴリズムは、単純なドメイン割り当てやBLASTパッケージの直接的な使用よりも有意に優れていることを示した。しかし、タンパク質の生物学的機能の正確な予測は、依然として未解決で挑戦的な難問であることも明らかになった。
機能注釈精密評価 (Critical Assessment of Functional Annotation、CAFA) は、タンパク質の機能予測に特化した計算手法を大規模に評価するために設計された実験である。各アルゴリズムは、分子機能、生物学的プロセス、細胞成分のカテゴリにおける遺伝子オントロジー (GO) 用語の予測能力によって評価される。
実験は2つのトラックで構成されている。(i)真核生物トラック、(ii)原核生物トラックである。それぞれのトラックでは、主催者によって目標が設定されている。参加者は提出期限までに予測を提出することが求められ、その後、一連の特定の指標に基づいて評価される。