大崎駅
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JR山手貨物線は、駅の北方から構内に向けて品川方面に向かう本線と、蛇窪信号場方面に向かう大崎支線とに分岐する。本線側の線路にはホームが設けられていない。 かつては大崎支線側の線路にもホームはなく通過線と着発線があり、埼京線が恵比寿発着だった頃は、同駅が閉塞内の駅で折り返し設備がなかったため、当駅まで回送してこの着発線を使用して折り返しが行われていた。 この大崎支線側の線路には、2002年12月1日からJR埼京線・湘南新宿ライン・東京臨海高速鉄道りんかい線用として5 - 8番線のホームが設置された。
JR湘南新宿ライン・相鉄線直通列車は蛇窪信号場で横須賀線(品鶴線)と合流するが、北行は信号場手前のポイントを通過する。この事態を解消するため、当駅に近い位置に新たな短絡線を新設する構想がある(大崎支線#短絡線構想を参照)。
新宿方面発着の成田エクスプレスは山手貨物線を走行し当駅を通過、目黒川信号場で横須賀線(品鶴線)と合流する。
自動精算機でTWR線の乗車券の精算を行うことは可能。精算にはかつてのパスネット(現在は発売終了)は使用できなかった。自動券売機はJR線用のものとTWR線用のものが別に設置されている。なお、乗車券の地紋はJR東日本のもので発行される。
JR東日本が営業していたみどりの窓口では、当駅発着のりんかい線の普通乗車券・往復乗車券・定期乗車券も発売していた。
駅舎は、五反田寄りに北改札口、品川寄りに南改札口を持ち、両コンコースは「Dila大崎」を介してつながっている。品川寄りのコンコースからのJR山手線ホームへのエスカレーターは、設置位置のホームが狭いために1人用である。また、北改札口からの出口は東口と西口が、南改札口からの出口は新東口と新西口があり、東口及び新東口にはゲートシティ大崎などへ、新西口にはThinkParkなどへのペデストリアンデッキがつながっている。