湖西線
直流化工事は、長浜駅 - 虎姫駅間と永原駅 - 近江塩津駅間にあったデッドセクションを敦賀駅 - 南今庄駅間(厳密には敦賀駅 - 北陸トンネル敦賀口間)に移設し、北陸線長浜駅 - 敦賀駅間、湖西線永原駅 - 近江塩津駅間を直流き電とするもので、2006年9月24日に完成した。
これにより、同年10月21日にダイヤ改正が行われ、日中を中心に1日25本(湖西線経由17本、琵琶湖線・北陸本線経由8本)が近江今津駅・長浜駅から延長される形で敦賀駅まで、1日18本が近江塩津駅(琵琶湖線・北陸本線経由)まで乗り入れるようになった。近江塩津駅では、日中に湖西線方面からの下り敦賀行きから当駅始発の上り米原方面行きに、また米原方面からの当駅止まりから湖西線上り列車に同一ホームで乗り換えができるようになり、湖西線と北陸本線の接続が改善された。但し、元からホーム長の長い敦賀駅を除いて近江塩津駅など直流化された駅ではホーム延伸や4両を超える長さでの嵩上げ工事は行われなかったため、6両や8両などの普通列車は現在でも永原駅止まりで運転されている。
なお、北陸本線に乗り入れする新快速の標準的な所要時間は、湖西線経由で敦賀駅から京都駅までが約95分、大阪駅までで約125分、三ノ宮駅までで約145分、姫路駅までで約185 - 190分である。また米原駅経由はさらに15分ほど所要時間が延びる。もともと湖西地区と敦賀市の流動はほとんどなく、湖北・湖東地区と敦賀市の流動はそれなりにあるため、敦賀駅発着の新快速は、昼間は湖西線経由とし、それ以外は米原駅経由になっている。そのため朝夕時間帯には接続時分や湖西線内での所要時間などにより、米原駅経由のほうが早くなる場合もある。