下間頼旦
しかしながら織田軍は諦めず、天正元年(1573年)第二次長島侵攻では長島の周囲で協力的であった豪族の諸城が全て攻略されるなど力を削がれ、続く天正2年(1574年)の第三次長島侵攻では織田軍の総勢80,000人の大軍に各砦は個別に攻囲され連携を断たれてしまい、籠城以外に取る手段が無くなった。海陸の流通も織田軍に押えられた長島は徐々に兵糧が尽きて飢餓に苦しめられた。
こうした状況の中で同年9月25日、頼旦は織田軍に「長島に篭もる者の助命」を条件に開城を願いでて、信長が了解したのでついに降服した。しかしこれは信長の謀略で、9月29日に城の明け渡しのために城から出たとき、頼旦は織田軍の銃の一斉射撃を受けて周辺の門徒ともども射殺された。