高遠藩
関ヶ原の戦いの後、高遠には正直の子正光が2万5000石で入部したことにより高遠藩が成立した。正光は慶長11年(1606年)の江戸城石垣修理や5年後の堀普請、大坂の陣参戦など幕府に奉仕している。しかし正光には嗣子が無かったので、正光は第2代将軍・徳川秀忠の隠し子(生母が正室・於江与ではなかったため、その悋気に触れることを恐れた秀忠が正光に預けていた)である幸松こと保科正之を養育することになった。元和4年(1618年)には正之の養育料として筑摩郡に5000石を加増された。寛永6年(1629年)6月に正之は兄の第3代将軍徳川家光と初対面し、寛永8年(1631年)11月、正光の死により正之が家督と3万石を継いで従五位下肥後守に叙任されたが、この頃になると於江与が既に亡く、正之が秀忠の息子であることも周知の事実となったため、徳川家光の計らいにより、正之は寛永13年(1636年)7月に出羽山形藩20万石に加増移封された。
天正13年(1585年)、家康と北条氏直の和睦の条件である上野沼田領の譲渡問題で真田昌幸が家康から離反したため、家康は大久保忠世に正直ら信濃衆をつけて攻撃するも大敗して撤退。しかも11月に石川数正が徳川家から出奔したのを機に松本の小笠原貞慶が高遠に攻撃をかけるが、保科正俊が鉾持除の戦いで退けた。正直はその後、家康の異父妹久松氏と縁戚となって勢力を伸ばし、天正18年(1590年)の小田原征伐でも徳川軍の後備えとして参戦した。後北条氏が滅亡して家康が関東に移封されると、正直は家康に従って下総多胡で1万石を与えられた。
家康が関東に移ると、旧徳川領は豊臣秀吉の家臣が入封することとなり、伊那には毛利秀頼が10万石で入った。甲州征伐の功により伊那郡を与えられて信長没後の混乱で失領し、復帰したものである。秀頼は入封した直後に3か条からなる条々を発布して統治方針を示し、太閤検地も実施したが、実際の政務は勝斎(姓不詳)と篠治秀政が担当していた。秀頼は文禄2年(1593年)に病死。その妹婿である京極高知が跡を継いだ。高知時代には岩崎重次が城代として統治を担当したが、統治体制には不明な点が多い。慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いで高知は東軍に与力して岐阜城攻略戦に参加し、9月15日の関ヶ原本戦にも参加した功績から、戦後に丹後宮津に移封され、岩崎も甲斐に帰国した。