運輸省
1949年(昭和24年)5月に廃止され、その業務は海運局、船舶局、船員局へ移管された。
海上交通局 - 旧海運局時代は「海運の王者」とも称されたエリートコースであったが、その後は自動車交通局と並んで省内ランク最下位に転落。
海上技術安全局 - 1984年(昭和59年)の機構改革で新設された横割り局の一つ。技官が課長級以上のポストを占め、局長も技官が就任することが不文律になっていた。
港湾局 - 旧内務省の流れを汲んでいる中堅セクションの一つ。バンカラ気質が強い。局長は技官が就任。
航空局 - 1945年(昭和20年)5月19日の運輸省発足時に設置されていた航空局は同年12月31日に廃止され、航空に関する事項は逓信院電波局航空保安部に移管された(逓信省#航空を参照)。その後逓信省航空保安部、電気通信省の外局たる航空保安庁、運輸省の外局たる航空庁を経て、1952年(昭和27年)8月1日に内部部局たる航空局が再設置された。航空事業の躍進によって、運輸省内の最大局に成長した。縦割り局のトップセクションであり、局長は次官への有力コースだった。
船舶技術研究所
電子航法研究所
港湾技術研究所
交通安全公害研究所
海技大学校
航海訓練所
海員学校
航空大学校
運輸研修所
航空保安大学校