Standard Triangulated Language
STLにはバイナリー形式も用意されており、ASCIIにくらべファイルサイズが小さく済み、読み書きの際のエンコード/デコードがないぶん高速となる。ファイルサイズの点では、ASCII表示したときに浮動小数点の桁が多いときほど、ASCII形式との差が開き有利となる。ファイル読み書き処理の点では、SSDのような高速ストレージの転送速度を生かすためにはバイナリである必要が生じうる。
バイナリーSTLファイルは80バイトの任意の文字列で開始される(通常内容は無視される。ただし、solid から記載を始めた場合にASCII形式であると誤認識するソフトウェアが存在し、注意を要する)。次に4バイトの整数でファイルに含まれる三角形の枚数が示される。そのあとに、それぞれの三角形のデータが枚数分続くという構造になっている。終了コードはない。最後の三角形のデータがファイルの後端となる。
それぞれの三角形は12個の32ビット浮動小数点で示される。ASCII形式のSTLファイルと同様に、最初に三角形の法線ベクトル(3個)、次に三角形の各座標(3x3=9個)が X/Y/Zの順番で示される。その後2バイトの未使用データが続く。ほとんどのソフトはこの部分を無視するので値はそれぞれゼロである。
浮動小数点の表記方法はIEEE方式(IEEE 754)である。エンディアンは、仕様文書に明示されていないがリトルエンディアンである。