線条体
皮質線条体入力(corticostriatal input)はグルタミン酸作動性であり、運動に関わる新皮質領野などからの入力が多いとされるが、辺縁皮質の他、ほとんどすべての大脳皮質領野からの入力が存在しており、大脳基底核が運動だけに関わっているわけではないという考えの根拠となっている。それぞれの皮質領野からの入力は線条体の内部で特定の領域に軸索を展開するため、線条体内部には領域によってゆるやかな機能分化があるとされる。大脳基底核における機能的平行ループの概念もこれに基づいている。主に大脳皮質の出力層である5層の錐体細胞が、皮質線条体入力を供給している。
視床線条体入力(thalamostriatal input)もグルタミン酸作動性であるが、視床核の中でも非特殊核と呼ばれる核からの入力が中心を占める。さらにその中でもCM-PF複合体(centromedian parafascicular nuclear complex)からの入力が主である。
黒質線条体入力(nigrostriatal input)は黒質緻密部のA9細胞集団からのドーパミン作動性繊維である。
そのほかに淡蒼球外節からのGABA作動性入力、視床下核からの入力も存在が報告されている。