等持院の戦い
之長は肥満体で京都から脱出出来ず、敗北後は京都に潜伏していたが、高国の追討で捕らえられ、6日後の5月11日に処刑された。甥の新五郎も同日に、2人の息子芥川長光や三好長則も翌日の12日に処刑された。澄元は之長の敗北を知ると7日に伊丹城を抜け出し、摂津と阿波の海路が瓦林正頼ら高国派に封鎖されていたため、播磨へ進路を変えて阿波へ戻れたが、既に病身だった澄元は体調が悪化、6月10日に死去した。三好氏と阿波細川氏の家督は之長の孫元長と澄元の子晴元が受け継いだが、等持院の戦いで受けた打撃から立ち直れず、再度逼塞を余儀無くされた。
将軍義稙は澄元に鞍替えして家督を承認していた事実から、当主に復帰した高国との間が気まずくなり、大永元年(1521年)に淡路へ出奔、再挙を図ったが果たせず大永3年(1523年)に没した。高国は義稙に構わず別の将軍を擁立、足利義晴を次の将軍に立てて自らは管領として実権を握った。対抗勢力を駆逐した高国の政権は安泰となったが、6年後の大永6年(1526年)に起こった些細な衝突に不公平な裁定を下したことから丹波国人衆の反感を買い、彼らと阿波の晴元達との結託及び政権崩壊を招いた(桂川原の戦い)。