ホリデイジャンクション
出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeでは、ホリデイジャンクションは4つの異なる経路で解消される。基本的にはin vivoのすべてのホリデイジャンクションがこれらの経路によって解消される。出芽酵母で(そしておそらく哺乳類でも)乗換えの大部分が形成される経路は、EXO1、MLH1-MLH3ヘテロ二量体(MutL-γと呼ばれる)、SGS1(英語版)(BLM(英語版)ヘリカーゼのオルソログ)が関与する経路である。MLH1-MLH3ヘテロ二量体はホリデイジャンクションに選択的に結合する。この複合体は、超らせんを形成した二本鎖DNAに一本鎖切断を導入するエンドヌクレアーゼである。MLH1-MLH3ヘテロ二量体は乗換えを起こした組換え体の形成を促進する。他の3つの経路はそれぞれMUS81(英語版)-MMS4、SLX1、YEN1が関与するもので、in vivoでのホリデイジャンクションの解消を促進するが、これらの3つのヌクレアーゼ全てが欠けていても乗換えの形成に大きな影響はない。
MLH3(メジャー経路)とMMS4(マイナー経路)の双方を欠失した変異体では、野生型と比較して乗り換えが劇的に(6倍から17倍)低下する。しかし、胞子の生存率は62%とほどほどに高く、染色体分離もおおむね機能しているようである。