サッカー戦争
サッカー戦争の主因の1つである国境問題に関しては、1980年に調印された平和条約において60%の国境線に関しては合意に達し、残りの国境線に関しては両国による合同委員会を設立し5年をめどに結論を出すことになった。
1986年、国境問題はペルーのフアン・ベラスコ・アルバラード大統領の立会いの下でオランダ・ハーグにある国際司法裁判所に委託された。国際司法裁判所は、1992年9月11日に新たな国境線の案を提示し、両国はこれを受け入れることを表明したが、画定作業は難航した。
2006年4月18日、両国の国境地帯に位置する街で式典が開催され、出席したエルサルバドル大統領アントニオ・サカとホンジュラス大統領マヌエル・セラヤは、国境線375キロメートルを画定する文書に署名した。これにより、国境問題は終結した。
両国関係の修復には10年以上の歳月を要した。元ペルー大統領で国際司法裁判所長官も務めたホセ・ルイス・ブスタマンテ・イ・リベロ(スペイン語版)の仲介により両国の接近が図られ、1980年10月30日にペルー首都リマでプスタマンテ元長官の立会いの下で両国の外務大臣が出席し平和条約の調印式が行われ、11年ぶりに国交を回復した。この平和条約調印の背景には、エルサルバドル内戦における左翼ゲリラの根拠地が総面積420平方キロメートルにのぼる国境未画定地域に存在するため、エルサルバドル政府が左翼ゲリラ掃討のためにホンジュラス政府の協力を必要としていたとも、国境地域が左翼ゲリラの根拠地となっていたことを憂慮したアメリカ合衆国政府が双方に圧力を掛けたためだとも言われる。