甲州征伐
海津城に入った森長可は近隣諸将を鎮撫し、上杉景勝の侵入を防ぎつつ、一方では上杉氏への攻勢を強めていた。5月27日には柴田勝家らの北国勢の支援のために信越国境を越えて、春日山城を指呼の間に望む越後の二本木(上越市)辺りまでに乱入。その報を受けた上杉景勝は魚津城救援から春日山城に引き返す必要に迫られることとなった。しかし、本能寺の変で織田信長が討たれると、森長可は海津城を捨て本領地に逃げ帰り、河尻秀隆は天正壬午の乱にて武田旧臣の三井弥一郎により討ち取られた。そのため、武田遺領は一時的に政治的・軍事的空白状態となった。
滝川一益、北条氏政のその後の動きは神流川の戦いを、徳川家康、氏政、真田昌幸のその後の動きは天正壬午の乱を参照。
なお徳川家康が召抱えた武田の遺臣達は、天正壬午の乱や軍制再編などで、徳川家に貢献した。特に依田信蕃は信濃・甲斐に家康を手引きし、その占領に貢献している。
武田遺臣のその後の動向については天正壬午起請文参照。
一方、『武家事紀』所収の「仁科信盛宛織田信忠書状」では織田軍は武田軍に開城・降伏を勧告し、『加沢記』にはこれに対する籠城衆の返書が伝わっている。
『信長公記』によれば、翌年の天正10年(1582年)3月2日、織田軍30,000は武田軍の高遠城の総攻撃を開始した。武田軍の仁科信盛は譜代家老らとともに高遠城で籠城し、3000の将兵で織田軍と激闘を繰り広げた。織田軍も岩倉家出身の織田信家が戦死するなど大きな被害を受けたが、数で勝る織田軍に城門を突破され、ついに、武田軍の仁科信盛・小山田昌成・大学助、渡辺照、諏方頼辰らは戦死ないしは自害した。こうして、武田軍の高遠城は落城した。
その後、この武田軍の仁科信盛らの首級は織田信忠の陣に届けられ、主従の首級は京にて晒し首となった。首を取られ残された遺体は、彼を崇める地元の領民によって埋葬された。そこは今も「五郎山」と呼ばれている。
また高遠城跡に咲いている桜は他の桜よりも色が濃く、その理由は高遠城への攻撃により討ち死にした兵士の血を吸っているためと伝えられている。