日本国との平和条約
台湾(フォルモサ)・澎湖諸島(ペスカドレス)の権利、権限及び請求権の放棄(第2条(b))
朝鮮の独立を承認。済洲島、巨文島及び欝陵島を含む朝鮮に対する全ての権利、権原及び請求権の放棄(第2条(a))
千島列島・南樺太(南サハリン)の権利、権限及び請求権の放棄(第2条(c))
国際連盟からの委任統治領であった南洋諸島の権利、権限及び請求権の放棄。同諸島を国際連合の信託統治領とする1947年4月2日の国際連合安全保障理事会決議を承認(第2条(d))
南極(大和雪原など)の権利、権限及び請求権の放棄(第2条(e))
新南群島(スプラトリー諸島)・西沙群島(パラセル諸島)の権利、権原及び請求権の放棄(第2条(f))
南西諸島(北緯29度以南。琉球諸島・大東諸島など)・南方諸島(孀婦岩より南。小笠原諸島(ボニン諸島)・西之島(ロサリオ島)・火山列島)・沖ノ鳥島・南鳥島(マーカス島)をアメリカ合衆国の信託統治領とする同国の提案があればこれに同意(第3条)
他方、冷戦構造に対して中立をとろうとする全面講和論はその後も展開され、山川均らの非武装中立論は社会党の党是ともなり、その後の日本をめぐる安全保障および日米同盟に関する議論を形成していった。なお条約の発効をもってレッドパージの一環として占領軍により発行を禁止されていたしんぶん赤旗が再刊された。
非武装中立論を批判する永井陽之助は長期的目標として非同盟=中立が正しいとしても米ソ中三国の緊張緩和のテンポを考慮するべきだと論じた。このような議論は講和条約と同日に締結された旧日米安保条約を改定した日本国とアメリカ合衆国との間の相互協力及び安全保障条約が1960年に締結される前後、安保条約に反対する政治運動として安保闘争が繰り広げられた。
また在日米軍の問題は、沖縄の在日米軍基地問題に関して今日の日米関係の重要な外交上の争点となっている。沖縄県では、条約が発効した1952年4月28日を、引き続き1972年までアメリカの占領統治下に置かれることになった「屈辱の日」とし、2013年4月28日に日本政府主催の主権回復の日の記念式典について、沖縄から批判的な意見が出た。
戦時中は連合国・連合国民の有する著作権の日本国内における保護が十分ではなかったとの趣旨から、本条約第15条(c)の規定に基づき連合国及び連合国民の著作権の特例に関する法律が制定され、著作権法に規定されている保護期間に関する特例(戦時加算)が設けられている。
第二次世界大戦終結後、「エルベの誓い」で握手を交わしたはずのソ連とアメリカは対立するようになり、東西の冷戦構造が戦後の国際社会で形成されてゆく。中国大陸では国民党政権と共産党政権が対立し、内戦に発展した(国共内戦)。内戦中、ソ連は中国共産党政権を支援した。1949年9月末の時点で、共産党政権は、中華民国(国民党政権)が主張する領域のうち、チベットと新疆省を除く大陸部を占領した。1949年10月に北平(今の北京)において共産党政権は中華人民共和国の建国を宣言し、12月に国民党政権は台湾に移った。
その後、連合軍軍政期を経て米ソ両国により南北に分断された朝鮮半島において1950年に朝鮮戦争が勃発した。ソ連と中国共産党政権は北朝鮮を支援し、アメリカ、イギリスなどは大韓民国を支援した。こうした背景があり、ソ連とアメリカの関係は悪化し、連合国構成国間の講和条約締結にむけた交渉は混迷した。最終的にソ連の代表は講和会議に出席したものの講和条約には署名しなかった。中華民国(国民党政権)および共産党政権の代表は招待されなかった。
2001年(平成13年)9月8日(日本時間では9月9日)、講和会議の会場であったオペラハウスにて、北カリフォルニア日本協会(the Japan Society of Northern California)の主催により「サンフランシスコ平和条約署名50周年記念式典」が開かれた。日本からは田中眞紀子外務大臣が、米国からはコリン・パウエル国務長官が出席しそれぞれ演説を行い、日米の同盟関係の更なる強化の必要性を確認し合った。この式典の前にプレシディオ元陸軍基地において、サンフランシスコ平和条約署名50周年記念式典も行われた。