モンゴルのチベット侵攻
パクパの尽力により、表面上は大過なくチベットはクビライ政権の支配下に入ったと見られたが、内部においてはチベット史上最初の外部からの支配勢力であるモンゴルに対する不満が渦巻いていた。最初に兵乱を起こしたのはサキャ派のポンチェンであるクンガ・サンポで、1274年に帝師の地位を辞したパクパが帰国する際に「クンガ・サンポが (パクパに対する)制約を破った」との報告がなされたことから、クンガ・サンポに対する討伐軍が派遣されることになった。「クンガ・サンポの乱」はパクパとクンガ・サンポの個人的対立のみならず、サキャ派全体を巻き込んだ内乱であったようで、サキャ派の東派(シャルパ)・西派(ヌプパ)・中間派(クンパ)・新房派(カンサルパ)の4系統の内、東派(シャルパ)と新房派(カンサルパ)がパクパに味方し、西派(ヌプパ)がサンガに味方したようである。
『漢蔵史集』には、クンガ・サンポの討伐に当たってサンガが「主力のモンゴル軍7万戸の他に、ドトー[=東チベット]、ドメー[=現在の青海省][からの軍隊]とを合わせれば10万を越えることになり、それで[十分]制圧できます」と進言したとあり、『元史』の記述とあわせて純モンゴル兵を率いる安西王マンガラ・諸王ジビク・テムルと、チベットでの現地徴発兵を率いる西平王アウルクチ・駙馬ジャンギらによってヘルナムチャロクツァン(ギャンツェ付近の城塞)に拠るクンガ・サンポは討伐されたようである。
クンガ・サンポの乱から約10年後、今度はサキャ派にも拮抗する大勢力のディクン派が1285年兵を挙げた。