立体配座
一般に可溶性タンパク質(水に対して親和性の高いタンパク質)は球状構造を取っており、外部には親水性の残基、内部には疎水性の残基が強固に凝集している。また、サブユニット間相互作用においても結合部位は疎水性の残基が集まっている。可溶性タンパクはコンフォメーションの決定が比較的容易であり、数多くの結晶構造が明らかになっている。
また、不溶性タンパク(膜タンパク質が多い)は、生体膜に配置(貫通型、埋没型、付着型など)しているため膜内部に存在している部分は疎水性残基が外側を向いている。膜貫通型の構造はαヘリックスやβシートで構成される。ポーリンタンパク質のような小孔が空いているようなタンパク質では、穴が大きい場合はβシート、あるいは四次構造により穴が開いており、プロトンのような小分子を通す場合はαヘリックスで構成された小孔を用いている。膜タンパク質はコンフォメーションの理解がいまだ少なく、構造の決定されたものは10に満たない。
X-A-B-Yというように原子が結合している単結合A-Bの回りの立体配座について考える。 単結合A-Bについての立体配座は、結合X-Aと結合B-Yの二面角で区別され、以下のように命名されている。
二面角0〜30度:シンペリプラナー(synperiplanar:記号sp)
二面角30〜90度:シンクリナル(synclinal:記号sc)
二面角90〜150度:アンチクリナル(anticlinal:記号ac)
二面角150〜180度:アンチペリプラナー(antiperiplanar:記号ap)
単結合についての立体配座はニューマン投影図で表すことが多い。二面角が0度、120度の場合、ニューマン投影図で見るとA上の置換基とB上の置換基が重なるので重なり形配座あるいはエクリプス配座という。二面角が60度、180度の場合、A上の置換基とB上の置換基が互い違いになるのでねじれ形配座あるいはスタッガード配座という。さらに二面角が0度のものはシン配座 (syn) またはシス配座 (cis)、180度のものはアンチ配座 (anti) またはトランス配座 (trans)、60度のものはゴーシュ配座 (gauche) という。
重なり配座はA上の置換基とB上の置換基が接近しているため立体反発があり、ねじれ型配座よりも不安定である。