知久頼氏
天正10年(1582年)2月に織田・徳川連合軍による武田攻め(甲州征伐)が開始された。頼氏は29日には松尾城主・小笠原信嶺と共に織田氏に帰属し、翌日には織田氏に抵抗して鈴岡城に籠る信嶺家臣・小笠原彦三郎らを討ち取った。3月に武田氏は滅亡すると伊那郡は織田家臣・毛利長秀の領有となり、頼氏は5月までには織田氏より知久領の本領安堵を受けたという。
6月に本能寺の変が起き、徳川家康が甲斐・信濃の織田領国を保護すべく軍勢を派遣すると、同郡の国衆・下条頼安を介して徳川氏に帰属した。頼氏は徳川氏の要請により諏訪に出陣し、更に北条氏直率いる後北条氏の軍勢が信濃に侵攻すると酒井忠次と共に甲斐に転進した。その後頼氏は若神子城の徳川軍と共に北条軍と対峙している一方で、領国である下伊那郡にも北条軍の別動隊が侵攻し、知久氏・下条氏・松尾小笠原氏以外の伊那郡国衆が北条方に寝返った。知久家中でも伴野城主・伴野半右衛門が北条方に離反しており、下伊那郡の徳川方は窮地に立たされていた。
やがて10月に徳川氏と後北条氏が和睦し、下伊那郡の徳川氏領有が確定すると、翌11年(1583年)1月頃に頼氏も領国に戻り知久領の領域支配を行った。頼氏の知久家中での権力基盤は不安定であったとされ、同月に譜代家臣の三石左近助や今田(現・飯田市)を拠点とする今田四騎の謀反が発覚したため成敗した。その一方で徳川氏による信濃平定のための軍役にも応じ、3月には佐久・小県郡の平定のために弟・頼龍に軍勢を率いさせて新府城へ派遣し、上田城の普請にも参加した。