二重構造モデル
いっぽうでY染色体ハプログループでは、現代日本人男性のおよそ4割が縄文人由来と考えられているD2やCを持っており、二重構造モデルの想定よりも濃く縄文人の系統が存続していることを示唆している。
DNAゲノムの研究では、神澤英明ほか(2016年)が行ったDNAゲノムの主成分分析によると、アイヌは第一主成分では縄文人と一致し、第二主成分では北方中国人に近い結果が得られ、両集団の混血を支持する結果となった。また縄文人・弥生人・古墳人のゲノムデータを比較したダブリン大学トリニティ・カレッジなどの研究チーム(2021年)は、弥生時代と古墳時代の渡来人が異なる集団であったとの結論を得ている。
また海外では2014年に行われた調査ではバイカル湖周辺のマリタ遺跡で発見された2万4000年前の人骨からヨーロッパ系集団(ミトコンドリアDNAハプログループ)と西ユーラシア系集団(Y染色体ハプログループ)の特徴をもつことが明らかになった。この結果は二重構造モデルの渡来人の起源地を北東アジアとする仮定と矛盾するため、渡来人が寒冷地適応した地域が不明となっている。
このように後続した研究成果により二重構造モデルが描いたシナリオの一部は否定されている。しかし日本人に多層性を認め、その中でも弥生時代以降の渡来人が日本人形成に大きな影響を与えた点は追認されている。篠田謙一は、日本列島に至る人類の移動は二重構造モデルの想定よりも複雑としつつ単純化したモデルとしては2010年代でも定説であるとし、日本人起源論争を混血説へ転換した役割は大きいと評している。