1月蜂起
ロシア政府はポーランド会議王国にあった1660の所領を、旧リトアニア大公国にあった1794の所領を没収している。全ての所領には戦争の「賠償金」として収入(注:所得ではない)の10%もの税金がかけられた。この高額な税金は、1869年になってようやく5%に引き下げられた。ロシア政府は小作農たちに土地を与えたばかりでなく、「地役権」の名目で森林や放牧地の利用権その他の諸権利を与えた。こうした措置は、続く数十年にわたって起きた領主と小作農とのあいだの絶えまない紛争の火種となったし、土地の細分化を引き起こしたことで経済発展の障害にもなった。ロシア政府は教会の領地と資金をすべて没収して修道院を閉鎖した。宗教教育を除けば、学校で行われる全ての授業と研究はロシア語で行うことが強制された。ロシア語は旧「共和国」地域の公用語となり、中央でも地方でも全ての行政機関ではロシア語以外の言葉を使うことは禁止された。かつての自治国家であるポーランド会議王国の痕跡を残すものはすべて消し去られ、王国は10の地域に分割され、それぞれの地域にはワルシャワ総督の完全な統制下にある軍政官が置かれた。蜂起以前に会議王国の公職についていた者はすべてその地位を追われた。こうした厳しい措置は一定の成功をおさめた。蜂起の終焉から41年後の1905年、ロシアによる強権的な統治が革命によって崩壊すると同時に、次世代のポーランド人たちは再び独立を求めて立ち上がることになる。
小作農たちの反応は上々だったが、広範な動きに結びつくことはなかった。優れた政策ではあったが、採用するには時期が遅すぎたのである。ロシア政府は先手を打ってポーランドの貴族領地の小作農たちに働きかけ、彼らに自由所有の土地の請求権を与えていたのである。戦闘はその後も数カ月にわたって、断続的に続いた。蜂起軍の将軍たちの中でもユゼフ・ハウケ=ボサク伯爵は勇猛さを見せ、数の上で圧倒的な優位を誇るロシア軍から数都市を奪い取った。ロムアルト・トラウグトと他の国民政府のメンバー4人が1864年4月に逮捕されてワルシャワ要塞で処刑されると、1月蜂起はその年の下半期には急速に終結へと向かい、8か月しか続かなかった。蜂起はそれまで650回もの戦闘と小競り合いを繰り広げ、およそ2万5000人のポーランド人の命を犠牲にしていた。サモギティアとポドラシェの2地域が、最も長く蜂起を支持し続けたと言われる。両地域ではカトリック教会に属しながら正教の典礼を保つギリシア・カトリック教徒の住民が、蜂起の参加者たちから内通者と見なされて私刑にかけられ、処刑された。
蜂起の消滅後には、厳しい報復が待っていた。ロシアの公式記録によれば、396人が処刑され、1万8672人がシベリア送りになった。多数の男女がカフカース地方、ウラル地方といったロシア内陸部に送り込まれた。またおよそ7万人が逮捕され、後にポーランド国外へ追放されてロシアから遠く離れた地域に身を落ちつけている。