藤原南家
継縄と是公は式家の藤原種継に比べると目立つ実績と存在感はないが、その昇進と重用は勝るとも劣らないものであったとする再評価がある。だが、続く平城朝の大同2年(807年)に当時政権二番手、三番手の座にあった大納言藤原雄友(是公の子)・中納言藤原乙叡(継縄の子)が伊予親王の変に連座して失脚し、豊成・乙麻呂の系統も衰退した。嵯峨朝に入ると、武智麻呂四男巨勢麻呂の子孫である貞嗣・三守が中納言まで昇るものの、淳和朝に入るとしばらく南家出身の議政官が不在の時期が続くなど、大臣を出した北家(内麻呂・園人・冬嗣)や式家(緒嗣)に比べ勢力を伸ばすことができなかった。仁明朝では三守が右大臣に昇り南家から約50年ぶりの大臣となるが、わずか在任2年で没すると、以後急速に台頭した藤原北家や源氏の勢力に押され、30年以上も南家からは公卿を出せなかった。
平安中期以後は、巨勢麻呂の子孫が中下級貴族として続き、学者を多く輩出した。平安時代末期に平清盛と結んで勢威を得た院近臣藤原通憲(信西)はその代表である。また後白河法皇の近臣で後に順徳天皇の外祖父となった範季の子孫から、堂上家である高倉家(室町時代末に無嗣絶家、江戸時代に再興して藪家(藤原北家閑院流四辻支流)に改号)が出た。
なお、乙麻呂の系統で平安中期に武人として頭角を顕した藤原為憲の子孫は、地方に下って各地の武家となり、工藤氏・伊東氏・伊藤氏・二階堂氏・相良氏・吉川氏・天野氏などを出した。