伊豆箱根鉄道3000系電車
しかし7000系はその構造上、朝夕ラッシュ時の通勤・通学利用客から乗降に不便との意見が寄せられ、本来7000系が目的とした東海旅客鉄道(JR東海)への直通運転計画も事実上頓挫したことから、同系列の増備は2編成で打ち切られ、再び本系列が増備されることになった。こうして1997年に落成したのが第6編成であり、非冷房であった1000系自社発注車を置き換え、駿豆線の旅客車両冷房化率100%を達成した。
第6編成は7000系や5000系後期車と部品の共通化を図り、パンタグラフは菱形から下枠交差形に変更され、前部排障器(スカート)の装着、ワイパーの電動化、前面行先表示器を幕式からLED式とし、側面にも行先表示器を設置し、車内案内表示器も設置された。車内案内表示器は7000系第2編成に続いて採用されたが、7000系の乗務員扉・貫通路上部の2か所に対し、客用扉上部に点対称に3か所設置された。
第5編成は2010年2月、第6編成は同年10月にドアチャイム(JR東海N700系と同じ音色)を設置し、これで全6編成への設置が完了した。
こちらもすべての編成で吊手が増設され(一次形と同じ方式)、2008年に車両・ドア位置案内プレートと号車表記が貼り付けられている。