予讃線
1987年(昭和62年) 4月1日:国鉄分割民営化により四国旅客鉄道(JR四国)に承継。日本貨物鉄道(JR貨物)が高松駅 - 松山駅間を第二種鉄道事業者として承継、松山駅 - 内子駅間、新谷駅 - 宇和島駅間の第二種鉄道事業開始(松山駅 - 宇和島駅間では貨物の運行は無し)。 10月2日:坂出駅 - 多度津駅間が電化、宇多津駅移転、宇多津駅 - 丸亀駅間高架化。坂出駅 - 宇多津駅間のうち、坂出駅寄り1.4キロメートルを除く区間が複線化 この区駅間のみ電化開業が後回しになったのは、宇多津駅の移転・高架化と坂出駅 - 多度津駅間の電化を同時に行うためである。
1988年(昭和63年) 4月10日:伊予北条駅 - 八幡浜駅間でワンマン運転開始。 6月1日:線路名称改正により予讃線に改称。
1989年(平成元年)3月11日:八幡浜駅 - 宇和島駅間でワンマン運転開始。
1990年(平成2年) 10月30日:今治駅付近高架化。 11月21日:伊予北条駅 - 伊予市駅間が電化。浅海駅 - 伊予北条駅間に大浦信号場開設。高松駅 - 宇和島駅間高速化(最高速度120km/h、一部110km/h)。
1991年(平成3年) 3月16日:大浦信号場が駅に変更され大浦駅開業。 11月21日:伊予上灘駅 - 伊予白滝間CTC化。
1992年(平成4年)7月23日:観音寺駅 - 新居浜駅間、今治駅 - 伊予北条駅間が電化・ワンマン運転開始。
1993年(平成5年) 3月18日:新居浜駅 - 今治駅間が電化・ワンマン運転開始(高松駅 - 伊予市駅間が全線電化)。
讃岐線から讃予線に改称。 10月1日:壬生川駅 - 伊予三芳駅間が開業。 12月21日:伊予三芳駅 - 伊予桜井駅間が開業。
1924年(大正13年) 2月11日:伊予桜井駅 - 今治駅間が開業。 8月10日:高松桟橋駅 - 高松駅間が開業(高松駅構内扱い)。 12月1日:今治駅 - 伊予大井駅(現在の大西駅)間が開業。
1925年(大正14年)6月21日:伊予大井駅 - 菊間駅間が開業。
1926年(大正15年)3月28日:菊間駅 - 伊予北条駅間が開業。
1927年(昭和2年)4月3日:伊予北条駅 - 松山駅間が開業。
1929年(昭和4年)7月2日:石鎚山駅開業。
1930年(昭和5年) 2月27日:松山駅 - 南郡中駅(現在の伊予市駅)間が開業。 4月1日:高松駅 - 南郡中駅間、多度津駅 - 阿波池田駅間を予讃線に改称。
1932年(昭和7年)12月1日:南郡中駅 - 伊予上灘駅間が開業。
1933年(昭和8年) 4月1日:伊予寒川駅開業。 8月1日:予讃線から予讃本線に改称。
1935年(昭和10年)6月9日:伊予上灘駅 - 下灘駅間が開業。
2016年2月よりキハ54の内外装に愛媛県のマスコット「みきゃん」や愛媛県南予地域のマスコットおよび名所が描かれたラッピング列車「おさんぽなんよ」(列車名は一般公募により決定)が運行されている。これは同年に開催される「えひめいやしの南予博2016」に合わせて企画されたもので、車体はみかん畑をイメージしたオレンジと緑のツートンカラー。運行区間は予讃線松山駅以南および予土線宇和島駅 - 江川崎駅間。愛媛国体や全国障害者スポーツ大会が開催される2017年までの2年間、普通列車やイベント時の臨時列車に使用される予定だったが、2018年以降も引き続き使用されている。
特記ないものはJR四国所有車(過去の使用車両で1987年までに運行終了したものは国鉄所有車)。
現在の使用車両 5000系電車(高松駅 - 坂出駅) - 快速「マリンライナー」で運用。 223系5000番台電車(高松駅 - 坂出駅) - 快速「マリンライナー」で運用。2007年6月下旬から2010年1月23日までは、網干総合車両所から貸し出されたサハ223形2000番台も組み込まれていた。JR西日本所有 6000系電車(高松駅 - 伊予西条駅) - 観音寺以西は1日1往復のみ 7000系電車(高松駅 - 伊予市駅) - 四国島内の電化区間の全て(宇多津駅 - 児島駅を除く)で見られ、伊予西条駅 - 松山駅間の普通列車は全列車本系列で運行されている。 7200系電車(高松駅 - 伊予西条駅) キハ185系3100番台気動車(松山駅 - 宇和島駅) - 2000年から2006年までは、トイレ付きの3000番台も使用していた。 キハ32形気動車(松山駅 - 宇和島駅) キハ54形気動車(松山駅 - 宇和島駅)
7000系・7200系・キハ185系3100番台、キハ32・54形にはトイレが設置されていない。よって、これらのみで運用される伊予西条 - 宇和島間の普通列車は全てトイレなしとなる。