フランシスコ会
フリードリヒ2世はローマ教皇と対立し、インノケンティウス4世から破門されているが、いずれにせよ、ここから異端となったヨアキム主義がフランシスコ会修道士の一部に蔓延するようになったものと考えられている。1255年、フランシスコ会士のボルゴ・サン・ドンニーノのゼラルドによってヨアキム主義的な『永遠の福音入門』が出版された。教皇アレクサンデル4世がヨアキム主義を公式に断罪すると、フランシスコ会の第7代総長パルマのヨハネ(英語版)(パルマのジョヴァンニ)がヨアキム主義に好意的であったことから指弾され、1257年、神学者として知られるボナヴェントゥラが新総長となった。
ボナヴェントゥラは、上述のように13世紀スコラ哲学を代表する神学者であり、また、カトリック教会内部におけるフランシスコ会の地位を確固としたものにした業績で知られている。彼は『清貧擁護論』でフランチェスコの清貧の精神と修道会の財産保持が両立可能なものであることを主張したが、その際、宗教生活としての「清貧」の価値をなおも維持しようと努めた。ボナヴェントゥラによれば、財の使用は人間の自然にもとづくものである以上、現世においてはその放棄は不可能であり、イエスや使徒たちの清貧生活も財使用そのものの放棄なのではなく、あくまでも所有権の放棄だったはずである。しかし、財の使用はあくまでも生存に必要最低限なものであるべきであり、それはイエスが実践したものと一致しなければならない。これが「キリストの清貧」の拠って立つ意味である——ボナヴェントゥラはこのように述べて、理想と現実のあいだに微妙な均衡を設定しようとした。
しかし、清貧の緩和化のもたらした帰結は甚大なものであった。
これが問題とされたのは、この時期の貨幣経済の進展によって司教たちが秘蹟の授与など司牧活動に収入源を大きく依存するようになったことと、フランシスコ会への特典がすべて教皇の個人的な恩顧によるもので、教会法上には何ら規定がなく、法的位置づけが曖昧な状態のままになっていたことにあった。
1300年、教皇ボニファティウス8世は教皇勅書「スーペル・カテドラム」を出してこの問題を決着させようとし、聴罪や葬儀に関わる限定的な一部の規定以外の特典を廃止する決定を下した。しかし、これに対するフランシスコ会側の反発は大きく、1304年にボニファティウスの教勅はいったん撤回されたが、教皇クレメンス5世の時代に教会法への規定が盛り込まれることとなった。
その一方、ローマ教皇によって認可され、教皇庁により各種の特権をあたえられ、教会法に位置づけられるようにもなったフランシスコ会は、いまや完全に教会ヒエラルキー内部の1つの制度と化した。そのなかで、フランチェスコが述べた「キリストの清貧」の思想は教会法やスコラ哲学によって再解釈され、ますます思想的生命を失ったものとなり、現実から離れた1つのイデオロギーへと堕していった。
なお、13世紀中葉以降から14世紀にかけての時期、モンゴル帝国に派遣されたプラノ・カルピニ、ウィリアム・ルブルック、ジョヴァンニ・ダ・モンテコルヴィーノ、ジョヴァンニ・デ・マリニョーリはいずれもフランシスコ会出身の修道士や司祭であった。
設立当初のフランシスコ会は修道士の割合が非常に高く、司祭や神学者など教導職にある者はほんのわずかであった。そうしたなかで、リスボンに生まれ、フランチェスコの思想に共鳴してフランシスコ会に初期の段階で入会し、のちに教会博士とされたパドヴァのアントニオ(リスボンのアントニオ)は数少ない神学者のひとりであった。初期のフランシスコ会に教導職が少なかったことには、創設者のフランチェスコが貧しさを礼賛することにかけては徹底しており、物質的な豊かさのみならず、精神的ないし知的な豊かささえも認めなかったことが影響している。この点は、同じ托鉢修道会ではあったが学問や理論の重要性を認め、当初から聖書研究や神学教育がさかんであったドミニコ会とも異なる点であり、フランチェスコ自身は「心貧しいことこそ神の御心にかなう」と主張し、修道士に学問や書籍は不要とさえ述べたのであった。
しかし、フランシスコ会は一方では当初より説教活動を活動の中心にすえており、また当時の異端思想との対決の必要性からも、しだいに神学的知識が必要とされてきた。ローマ教皇庁もドミニコ会とともに異端撲滅への寄与をフランシスコ会に期待していた。こうして、フランシスコ会はドミニコ会の影響もあって学問研究に関心を強めるようになった。1235年、イングランド出身でパリ大学の教授であったヘイルズのアレクサンデル(英語版)がフランシスコ会に入会したが、このことがフランシスコ会において神学的研究の土壌がかたちづくられる契機となった。
フランシスコ会は設立間もない頃から、東方宣教に力をいれ、すでにフランチェスコ在世時に当時イスラームの勢力下にあったイベリア半島やエジプトなどで活動する修道士がいたことが知られる。フランチェスコ自身も十字軍に同道し、中東で宣教をおこなっている。東方教会の根拠地である旧オスマン帝国領内などにあるカトリック教会は、現在でも、その多くがフランシスコ会によってその運営が支えられている。エルサレムの聖墳墓教会、ベツレヘムの生誕教会やミルク・グロットなどはその好例である。
また、対抗改革の時期には、イエズス会やドミニコ会とならび、「新大陸」と称された北アメリカ大陸・南アメリカ大陸やアジアなどの海外宣教に積極的にたずさわった。