奈良先端科学技術大学院大学
さらに、ChaSenの後継であるMeCab、および係り受け解析器のCaboChaも松本研究室(当時)の工藤拓によって開発されたものである。
またバイオサイエンスでは2012年のノーベル生理学・医学賞受賞者である山中伸弥が京都大学に移籍する前に在籍、初めて自分の研究室を持ちiPS細胞の研究を開始、人生の決定的な転機となったところである。一番弟子の高橋和利らに出会ったのもここである。山中が研究に使用した機材は今も保管されている。
物質創成科学では二次元光電子分光器 (DIANA) をはじめとする独自の研究成果が知られている。バブル崩壊後出来たため当初構想されていたときよりも規模が縮小された。他の研究科と同様に物理系と化学系の2専攻を設置予定であったが、縮小され1専攻2コースとなった。
学長は歴代バイオサイエンス研究科と情報科学研究科からほぼ交互に選出されており、物質創成科学研究科から出ることは希である。
入試は専門科目を課す学力による試験ではなく、外部英語試験の結果・プレゼンテーション・書類審査を総合して行われる。そのため畑違いの学部からも受験が容易である。