ジュバ渓谷連合
ソマリアでは1969年にクーデターで政権を取ったバーレ大統領の支配が続いていたが、独裁色を強める政権に反発して、氏族を中心に作られた軍閥による反乱が相次いだ。
1990年、ハウィエ氏族による軍閥「統一ソマリ会議」が、バーレ大統領を首都モガディシュから追放した。バーレはソマリア南部に逃れ、部下のモルガンなどに残存勢力を纏めさせて統一ソマリ会議に抵抗した。一方で、統一ソマリ会議は首都モガディシュを占領した後、欧米などが暗に支持するアリ・マフディ・ムハンマドと、軍司令官のアイディード将軍との勢力に分裂した。
一方ソマリア南部では、多くの軍閥が分裂と統合を繰り返す状況になった。まず、ソマリア内戦の少し前からダロッド氏族の軍閥「ソマリ愛国運動(英語版)」 (SPM) が力を強めたが、1992年に2つに分裂し、一方がアイディード将軍と結び、もう一方が事実上バーレ元大統領の後を継いだモルガン将軍と結びついた。モルガン将軍の軍閥はソマリア南部の港町キスマヨを中心に、ジュバ川沿いの土地を支配し、1998年9月3日にジュバランドの独立を宣言した。
しかし、モルガン将軍の軍閥は、ソマリア南部の一部の氏族、特に自身が属するマジェルテーン氏族が中心だったので、ここに含まれない氏族が、1999年に「ソマリ連合軍」(Allied Somali Forces, ASF)という軍閥を作ってモルガン将軍に対抗した。ソマリ連合軍は1999年6月、モルガン将軍の軍閥をキスマヨから追放した。