ハナヤスリ科
かつてはシダ植物の中でも大葉を持つシダ類のうち、胞子嚢が胞子体の表層の複数の細胞から生じ、完成した胞子嚢が複数の細胞層の壁を持つ(真嚢性)ため同じ特徴を持つリュウビンタイ類とともに真嚢シダ類と呼ばれていた。
ハナヤスリ科(= ハナヤスリ目)を含む維管束植物の系統関係について、Shen et al. (2018)や Wickett et al. (2014)による分子系統解析から、以下のような系統樹が得られている。大葉シダ植物中でも基部に位置する。マツバラン科(= マツバラン目)と姉妹群を形成し、Smith et al. (2006)ではともにマツバラン綱 Psilotopsida に置かれ、PPG I分類体系ではともにハナヤスリ亜綱 Ophioglossidae に含まれる。下図と右図のように研究によって他の群との分岐位置は異なるものの、ハナヤスリ科とマツバラン科が姉妹群を形成するという結果は共通している。マツバラン科とは外部形態が大きく異なるものの、100個以上の胞子を含む大型の胞子嚢を持つことや、配偶体が地中生で白色の棍棒状となり、アーバスキュラー菌根菌から栄養を得ていることなどが共通している。