碇シンジ
物語後半で心理的に追い詰められていく物語の進行そのものにほぼ変化はないが、レイとはより親交関係を深める描写が多くあり、レイをよく気にかけ、互いに手を繋いて心を通わせたり、彼女の死の際には「君を失いたくない」と涙するほどで、彼女に対する想いの強さがうかがえる。レイと相思相愛の仲になる点は漫画版のファクターとなっている。
フィフスチルドレンである使徒タブリス=渚カヲルはアニメ版に比べ早くから登場するが、距離感の取り方が分からず遠慮無く接してくるカヲルに対して強気な態度で接することも多く、アニメ版のような依存・傾倒はほとんどしなかった。この心境は「(失って傷つくくらいなら)友達なんか最初からいない方がマシ」という意識から来ていたが、初号機で使徒タブリスを扼殺した後、「好きになってはいけないと思っていたのにいつの間にか渚カヲルに惹かれていた」とミサトに吐露している。
アスカに対してはアニメ版同様に振り回されたり困惑する場面も多いが、異性として意識することもあり、キスでは棒立ちだったアニメ版と異なり、アスカの両肩を抱いて未遂となると惜しむ描写や、またアスカが精神崩壊すると毎日のように病室に通って気づかう描写がなされている。貞本によるとレイはシンジにとって母性の象徴である一方、アスカはシンジのあこがれの異性の象徴として位置付けられている。また、イスラフェル戦後にアスカの希望で同居している。
戦略自衛隊のNERV本部襲撃の際は、ベークライトで硬化封印されたEVA初号機を見て、諦めて何もしなかった劇場版とは異なり、「動いてよ、母さん!!
庵野秀明やGAINAX・カラーが直接手がけた事例ではないが、2018年の連続テレビアニメーション『新幹線変形ロボ シンカリオン』(以下『シンカリオン』)において、劇中に登場するロボット「シンカリオン500 TYPE EVA」の運転士という設定で登場。声は原典同様、緒方恵美が担当。現実世界で展開された新幹線と『エヴァンゲリオン』のコラボレーション企画『新幹線:エヴァンゲリオン プロジェクト』から発展する形で登場することになった経緯を受け、「『シンカリオン』の世界に存在する碇シンジ」という設定になっている。同コラボ回には、洞木三姉妹(ヒカリ・コダマ・ノゾミ)、惣流・アスカ・ラングレー、綾波レイも登場している。また、音声のみながら葛城ミサトも登場している。また同作品の劇場版である『劇場版 新幹線変形ロボ シンカリオン 未来からきた神速のALFA-X』でも同様にコラボが行われている。後に、2021年から放送している同作の第2期『新幹線変形ロボ シンカリオンZ』においても第21話で登場し、前回のアスカ・綾波に加え碇ゲンドウも登場した。登場機体は「シンカリオンZ 500 TYPE EVA / シンカリオンZ 500ミュースカイ TYPE EVA」。
廃墟同然と化したNERV本部で、再会したゲンドウには時が来たらエヴァに乗れとだけ言われ、アヤナミレイ(仮称)からも素っ気ない態度を取られた結果、完全に孤立状態となってしまう。そのような中で渚カヲルに出会い、彼に半ば依存する形で心を癒していくが、自動支給された着替えのワイシャツに「鈴原トウジ」の名前を見て不安に駆られ、カヲルに事の真相を問い、カヲルに世界の惨状を見せられながら、サードインパクトにより人類が壊滅的打撃を受けたこと、その元凶が「綾波レイを助ける」というシンジの願いで起こされたニアサードインパクトであること、多くの人々の命さえも奪ったことを告げられて愕然、それでも「レイを助けることは出来た」と自分に言い聞かせたが、冬月により、母である碇ユイがシンジの眼前でエヴァ初号機のコアへのエントリー実験の結果帰らず「その記憶さえ消去されていた」ことや、アヤナミレイ(仮称)を始めとする綾波シリーズの真相、そして何より助けたと思っていた綾波を助けられていなかったことを告げられた結果、意識が混濁しエヴァや人々、全てを拒絶し心を閉ざしてしまった。
唯一の支えであるカヲルさえ不信感から拒絶するが、カヲルはシンジにつけられた「DSSチョーカー」を外して自らの首に付け、『ロンギヌスの槍』と『カシウスの槍』、そして第13号機を使えば世界を修復することができるとシンジに告げ、その言葉を信じて彼と共に第13号機でセントラルドグマへと向かい、二本の槍をリリスから引き抜くため再びエヴァに乗ることを決意、ドグマ最深部にてネルフの目論見を阻止しようとするアスカの改2号機と交戦、苦戦しつつも退けた。
実父であり上司。自分を捨てたゲンドウに対し、シンジは反発し憎みながらも愛情を求め、屈折した感情を向ける。NERV入所時から冷たい態度を向けられるが、第10使徒戦で「よくやったな、シンジ」と褒められたことで、自分がEVAに乗る理由が「父に褒められたいから」と自覚するようになる。最終的に和解には至らなかったものの、父に与えられたEVAにより、シンジは自分の居場所や、自分を必要としてくれる存在を見出すことになる。
前作から14年後、第10の使徒戦での自らの行動が原因で、想像を遥かに超えた深い絶望に苛まれることになる。
第10の使徒戦後、初号機に取り込まれたまま初号機ごと大気圏外に封印された状態にあったが、ゲンドウと冬月を除く元NERVのスタッフによって結成された反NERV組織である「WILLE(ヴィレ)」に回収された初号機から「検体BM-03」としてサルベージされ、ミサトらとの再会を果たすが、レイを助けようとした自身の行動がニアサードインパクトを引き起こしてしまったのが原因で、北上ミドリなどヴィレの一般人出身メンバーたちから恨みを抱かれ、肝心の真相を伝えられる間もなく、ミサトからは首に爆弾付きの首輪である「DSSチョーカー」を付けられ、エヴァに乗ることはおろか「何もするな」とまで言われ困惑、さらにエヴァとのシンクロ率は0%となっていて、記憶の最後から14年の歳月が過ぎていること、アスカが無事であることを知り再会を喜ぶも激しい怒りをぶつけられて罵られ、シンジの知る綾波レイはもういないことなどを告げられ愕然とする中、アヤナミレイ(仮称)の駆るエヴァMark.09がヴンダーを急襲、綾波と変わらぬ声を聞いたことで綾波は生きていると確信し、真相を知るミサトたちと激しい口論の末、彼女たちへの不信感と怒りに任せMark.09と共にNERV本部へと向かった。
初めて自分のことを「好き」と言ってくれた存在であり、自分を肯定してくれる彼は、親しい人たちを失い疲弊していたシンジにとって非常に大きな存在となった。それだけに、彼が使徒だと知った時の心の傷は深く、また自らの手で殺したことにより、シンジの心に追い討ちをかけるものとなる。