第1上野トンネル
トンネルが完成後、東京 - 上野間のレール締結式が行われ、1991年(平成3年)4月2日、4日、6日の3日にわたって、総合試験車および営業車両を用いて軌道や架線、信号設備の状態の確認が行われた。運転士の訓練運転は、4月10日から6月9日までのおよそ2か月行われた。この際には、上野駅の営業運転での使用状況などから試運転専用のダイヤを用意することはできず、当初から東京開業時のダイヤグラムを設定した上で、東京 - 上野間を営業上は運休扱いとして運転することになった。こうして、1991年(平成3年)6月20日に東京 - 上野間の開通とともに、第1上野トンネルも供用開始された。
パイロットトンネルはできるだけ本坑の中心となる場所を通すように施工されたが、掘削始点から50 - 120メートル付近において区分地上権の設定が終わっていない場所があったため、半径200メートルの曲線を4か所設けてこれを回避している。また基本的に水平に掘ったが、始点から190メートル付近の全長30メートル区間に26パーミルの上り勾配を設定した。パイロットトンネルの初期掘進区間25メートルは平均日進約1.9メートル、本掘進445メートルは平均日進約4.5メートルとなった。途中、区分地上権の設定遅れにより工事の中断もあったが、おおむね1年3か月ほどで順調にパイロットトンネルが施工された。
本来の断面でのトンネルでは、第2上野トンネルにおいてトンネル外径12.66メートルであったところを、12.5メートルに縮小している。断面決定に当たっては、最高速度を110 km/hに抑えた前提での建築限界を採用している。建設に使用するシールドマシンは、この頃既に機械化された密閉型機械掘り式が主流となっていたが、第1上野トンネルでは春日通り地下において連続地中壁を破砕する必要があったために手掘り式が採用された。この連続地中壁は、後に都営地下鉄12号線を工事する際に、在来線の高架橋の基礎に影響を与えないようにするために事前に建設されていたもので、パイロットトンネルは壁の下をくぐって通り抜けていたが、本トンネルでは上部が壁に当たるために、地中でこの壁を一部撤去して通過する必要があった。