造船疑獄
本来は『起訴する権限を独占している検察官を、選挙による民主主義を基盤とする内閣の一員である法務大臣がチェックする仕組み』として考えられていた指揮権が、佐藤など一部の政治家を救うための手段に利用されてしまったため、制度の政治的正当性が完全に失われてしまい、日本の民主主義にとって手痛い失敗になったとする意見がある。
逮捕こそ免れたものの後の総理大臣の佐藤に逮捕状が出された事で、政界が検察に党派介入したものとして敗戦後の日本政治史の一大汚点と考えられた。造船疑獄による指揮権発動問題が起こったことで政治が検察に関心を持つことさえもタブー視する状況につながったといわれている。
一方で、その後の関係者の資料によって、検察内部で証拠の評価などを巡って捜査方針の対立があり、強行に捜査を進めていた特捜部の方針を危惧した検察幹部が政界に対して指揮権発動によって強制捜査を中止させる案を内々に持ちかけたことが明らかになっている。