小山善
前妻:セツ
適塾門下生で大審院評定官の巌谷龍一の娘。明治31年11月3日没。
後妻:牧千代
武雄鍋島氏10代当主であり男爵の鍋島茂昌の娘。
長男:善節
夭折。
次男:善夫
明治40年11月15日生。昭和19年10月15日、ビルマで戦没。
三男:義之
明治43年8月23日生。東京帝国大学医学部を卒業し、国立国際医療センター院長などを務める。日野原重明らとともに日本における人間ドックの普及に尽力。昭和56年11月3日、勲一等瑞宝章。平成15年11月11日没。正三位。
長女:暢
東京帝国大学法科大学を卒業し拓務次官や南満州鉄道理事を務めた入江海平の妻。昭和20年5月25日、東京大空襲により表参道付近で行方不明。
次女:琴
大橋秀一妻。
三女:若
東京帝国大学法科大学を卒業し逓信省に勤めた赤峰哲夫の妻。のちに三重県の実業家田中治郎左衛門と再婚。
四女:弘
明治37年3月31日生。武田尚、橋本章二妻。
五女:和
明治38年10月24日生。東京帝国大学工学部土木工学科を卒業し海軍の地上設備設計に関わった相原益隆の妻。昭和7年11月15日没。