レイクライシス
通常モードは全5ステージ構成。人間の脳を模して作られたCon-Humanのステージ名はそれぞれ人間の思考を構成する要素となっている。
前作からの追加要素
『レイフォース』から発展的に継承したロックオンレーザー。自機が画面最下段にある状態でレバーを下に入れると、ロックオンサイトが画面下端の敵をロックできるようになった。
スペシャルアタックは画面内の全ての敵を同時攻撃する「ラウンドディバイダー」。ハイパーレーザーやスペシャルアタックにより獲得した得点は別個画面上に表示される。
前半ステージは5つのマップから3つシャッフルもしくは選択となる。ただし導入部分のステージ1と最終ボスのステージ5は固定。
侵食率システム(後述)
イニシャルとパスワード入力によるプレイヤーのプレイ経過の保存
など。