メガトロン (トランスフォーマー)
エイリアンタンクに変形。その状態で飛行することも可能。
前作で大破してからローレンシア海溝に沈められていたが、ザ・ドクターによる修理とアメリカ政府から奪ったオールスパークの欠片によって復活を遂げる。今作でプライムの一人ザ・フォールンの弟子であることが判明、復活早々にザ・フォールンの指示を受けて行動を開始した。
破損した身体をコンストラクティコンのパーツを使って修復されたため、前作と比較して右腕と下半身のボリュームがアップし非常にマッシブな体型となっている一方、再生が不完全であるため左腕が細くなっている。復活して間もないためか、スタースクリーム、グラインダーと共にオプティマスプライム(コンボイ)に戦いを挑むも苦戦を強いられた。
前作とは武装も異なっており、前作では両腕を組み合わせて使用していたフュージョンカノンが初代メガトロン(G1メガトロン)同様右腕に搭載され、また接近戦用の武器もチェーンメイスではなく、剣状のデスロックピンサーに変更された。
計画は概ね順調だったものの主導権をセンチネルプライムに奪われて内心不満を募らせていたところを、現れたカーリー・スペンサーに指摘されて奮起。
オプティマスプライム(コンボイ)とセンチネルプライムの戦いに割り込んで、優勢だったセンチネルプライムに重傷を負わせて間接的にオプティマスプライム(コンボイ)の命を救う。そして勝ち誇りながらオプティマスプライム(コンボイ)に自分に有利な条件を突きつけた停戦を持ちかけたが、逆にオプティマスプライム(コンボイ)にその隙を突かれ、エナジーアックスで文字通り頭を叩き割られた上に、そのまま首ごと脊髄状のフレームを引きずり出されて死亡した。
小説版と脚本の初期案をベースとしたノベライズ版では末路が異なっている。
終盤でオプティマスプライム(コンボイ)とセンチネルプライムの戦闘にメガトロンが介入するところまでは実写映画版と同じだが、倒れていたオプティマスプライム(コンボイ)に手を差し伸べて共闘。二人でセンチネルプライムを倒した後、「戦いに辟易した。終わりなき戦争もいつか終わらせなくてはならない」と本音を吐露し、オプティマスプライム(コンボイ)に講和を申し出る。
今までの経緯から当初はオプティマスプライム(コンボイ)も信用しなかったものの、「信じられないのは当然だ。ならば殺せ、なにをされてもかまわぬ」とメガトロンが謙虚かつ弱気な姿勢を見せたことでオプティマスプライム(コンボイ)も講和を受け入れ停戦。
惑星サイバトロンであるサイバトロン星の復興を目指すことを誓ったメガトロンは、地球上に残ったディセプティコンたちを率いて惑星サイバトロンであるサイバトロン星へと帰って行った。
さらに続く第51話で一度は野望を諦めかけたが、突如垣間見たスタースクリーム(姿はスーパースタースクリーム)とノイズメイズとサウンドウェーブの幻影(ビジョン)に煽られ、自分の戦いに決着をつけるべくアニマトロスのバーニアを襲撃してギャラクシーコンボイとの1対1の激闘に挑み、この戦いではガルバランチャーとエネルゴンセイバーもフルに活用し、両者互角に渡り合いつつもエネルゴンセイバーでギャラクシーコンボイにとどめを刺す寸前まで追い詰めたが、ベクタープライムのスパークから託されたベクターソードを装備した彼の一突きでエネルゴンセイバーを割られ、胴体も貫かれて三度敗北を喫し、消滅した(この対決は勇者エクスカイザーのオマージュ)。
最終話である第52話のプロローグでは前話で消滅する寸前にはなかった「ギャラクシーコンボイ...」と呟くシーンが追加された(海外版では口は動いているが、無言となっている)。その後のエピローグではスパークはまだ生きており、別次元(トランスフォーマーにとって「あの世」とも言うべき場所)にて同じくスパークになったベクタープライムと戦い続けている様子が描かれた。