納豆菌
日本酒の酒造りでの世界では、納豆が忌避されてきた。酒造りの要とされるのが麹造りであるが、納豆菌と麹菌は生育に適した環境が似通っている上に、納豆菌の繁殖力は麹菌よりも強い。納豆菌が麹米に繁殖すると「スベリ麹」と呼ばれる、ヌルヌルした納豆のような麹になってしまう。杜氏や蔵人は日本酒仕込みの時期に納豆は口にすべきではない食べ物であった。また、納豆菌(枯草菌)は食品としての納豆以外からも、乾燥不十分な稲わらのムシロ(かつては酒造工程でさまざまに用いた)を汚染源とする可能性があった。
日本酒は、麹菌をはじめ、酵母菌や乳酸菌といったさまざまな微生物の働きによってつくられるものであり、酒蔵は「非常にデリケートな場所」である。このため納豆菌に限らず、必要な微生物の働きを邪魔する「よけいな微生物」(雑菌)の働きを排除する必要がある(火落ちを生じさせる「火落ち菌」は乳酸菌の一種であるため、蔵人は納豆とともに乳酸発酵食品も避けるという)。さまざまな「よけいな微生物」の中でも、手を洗った程度では落ちず、芽胞という構造があることによって熱湯や石鹸にも耐える納豆菌は脅威であった。