ネストリウス
このため、ネストリウスが開祖であるような印象を与える「ネストリウス派」という呼称を避けるべきであるという指摘もある。事実、ペルシア領内のキリスト教教会はネストリウス問題が起こる前の410年にセレウキア・クテシフォンの主教がサーサーン朝皇帝ヤズデギルド1世の庇護のもと開催された会議で「東方の全キリスト教徒の長」の称号を与えられ、426年にはアンティオキア総主教の管轄から外れ、その長が「カトリコス」(のちに「総主教」)を名乗ることが決議されている。対関係にあったアレクサンドリア派のうちの過激派も451年のカルケドン公会議において異端と認定され、同時にネストリウスの罷免も無効とされたが、異端としての認定が変わることはなかった。
近年では、ネストリウスとエウテュケス(英語版)の教説に関しては、キリスト教の教理の根幹に関わるものではないとし、アリウス派やアポリナリオス主義など教理の根幹に関わる異端と同列に議論し排除するのは大きな問題であるとする研究もある。この研究によると、ネストリウスの異端宣告には、アレクサンドリア学派とアンティオキア学派との政治的対立が背景にあり、さらには互いの神学用語、哲学用語の使用にずれが見受けられ、その他の理由からも再評価が必要だとされている。