第6回ジャパンフットボールリーグ
第6回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうちサガン鳥栖が新規入会(経緯は前述)、ジャトコおよび水戸ホーリーホックが地域リーグからの昇格クラブである。また、富士通川崎サッカー部は組織変更し、川崎フロンターレになった。また、水戸ホーリーホックはプリマハムFC土浦とFC水戸が合併したクラブである。
☆=1997年開幕当初にJリーグ準会員の認定を受けたクラブ
※=1997年開幕当初はJリーグ準会員認定もその後認定を返上したクラブ
×=前身クラブの「解散」に伴いJリーグ準会員認定を抹消されたクラブ
★=1997年シーズン途中にJリーグ準会員の認定を受けたクラブ
前年度成績=特記なきものは第5回JFL(1996年)のもの
↑ FC水戸の結成
↑ 実質的な前身とされる鳥栖フューチャーズの運営会社解散に伴い準会員資格喪失(順位は1996年の鳥栖F時代のもの)
↑ 1996年関東1部・地域決勝時は「プリマハムFC土浦」として出場。その後体裁上プリマハムFCがFC水戸(当時茨城県社会人2部所属)を合併する形をとった。