日本のスーパーコンピュータ
2012年6月に気象庁の数値予報部門は清瀬市のコンピュータシステム運用と気象衛星センターで第9世代(NAPS9)の日立SR16000/M1 スーパーコンピュータ(IBM Power 775)の運用を開始した。システムは2台のSR16000/M1の432論理ノードクラスタで構成され、それぞれのノードは4台の IBM POWER7 (3.83 GHz)プロセッサと128GBのメモリで構成される。システムは(水平方向2 km と垂直方向が60層で9時間後までの予測)高分解能の地域気象予測モデルを1時間毎に行う。2018年6月からは第10世代の数値予報システム(NAPS10)の稼働を開始している。
東京工業大学のGSIC センターは最高性能が2,288 Tflopsで2011年6月に世界で第5位に入ったTSUBAME 2.0 スーパーコンピュータを備える。東京工業大学とNECとHPの共同によるもので、HP Proliant とNVIDIA Tesla プロセッサの両方を使用した1,400 ノードを備える。
タンパク質の分子運動シミュレーションを目的とした専用ペタスケールスーパーコンピュータである理化学研究所のMDGRAPE-3は東京の郊外の埼玉県和光市の理化学研究所の先進計算通信センターに備えられる。4,800以上の専用設計のMDGRAPE-3 チップと同様にIntel Xeon プロセッサも備える。しかしながら、専用の目的のコンピュータであるため、Linpackのベンチマークを必要とするTOP500には入っていない。
次の大規模なシステムは日本原子力研究開発機構の富士通製のPRIMERGY BX900 スーパーコンピュータである。