パワプロクンポケットR
ベースになったリーグはセントラル・リーグである。
ガリバーズ(読売ジャイアンツ)
ジャガーズ(阪神タイガース)
ワイバーンズ(中日ドラゴンズ)
シーサイズ(横浜DeNAベイスターズ)
フィッシャーズ(広島東洋カープ)
シーガルズ(東京ヤクルトスワローズ)
1・2共通
主人公のパワプロくんの仕様がいくつか変更された。 身体の色は肌色で固定され、初期設定で肌色選択がなくなった。 パワターと同様、立ち絵も極亜久高校編とドリルモグラーズ編(戦争編含む)でそれぞれ専用のデザインで用意された。 それぞれのオリジナル版と『1・2』にあった顔の表情が一部削除され、該当するイベントなどの場面では無表情などに変更されている(削除された表情は、本作を特集したファミ通などの本で見ることができる)。
ゲーム開始時にランダムで設定されていた初期能力は、『4』以降と同様に固定化されるようになり、毎回同じ初期能力で始まるようになった。また、『パワプロ2018』以降と同様、最初から経験値を100ずつ所持している状態で始まるようになった。 初期能力の固定化に伴い、それぞれのオリジナル版と『1・2』にあった、ゲーム開始時に発症している病気に対応した能力ボーナスはなくなった。 ただし、『2』のドリルモグラーズ編で「転生」システムによる転生ボーナスは引き続き存在し、転生した回数が多いほど初期能力が高くなる。
パラメータとテキスト系の表示レイアウトは、従来のパワポケシリーズの「パラメータ系:上、テキスト系:下」から、『パワプロ8』以降のパワプロシリーズの「パラメータ系:下、テキスト系:上」に変更された。
『8』以降と『11』以降の作品同様、基本能力アップの項目に弾道、捕球(当時の「耐エラー」)、サブポジションがそれぞれ追加された。また「チャンス」など、当時イベントでしか習得できなかった通常特殊能力も、ほぼ全て経験点によって習得できるようになった。 マイナス特殊能力、超特殊能力と威圧感などレアな特殊能力の習得は、従来のパワポケ・パワプロシリーズ同様特定イベント経由が必要となる。
従来の「自分の出番(野手は打席、投手は登板)になったら操作」に加えて、対戦と同様、「なりきりプレイ」に対応し、守備や走塁などの出番を細かく設定が可能。また、『14』以前のペナントと同様、結果だけ見る「高速試合」を選べるようになった。
『9』以降で廃止となったランダムイベントなどのイベントが復活した。イベントの内容と登場するキャラは『1・2』に準拠している。
試合日程が2021年NPBシーズンのものに準拠している。また、『1・2』にはなかった交流戦、リーグ別プレイオフ(セミファイナルシリーズ)も追加されている。
能力の上げ方、天狗メーター、プレイ可能な期間は1シーズンのみなどのシステムは『1・2』(『6』)に準拠しているが、経験点はサクセスと同様に筋力・技術・敏捷の3つに分けられている他、『13』以降に搭載していた俺の目標に追加された(目標を達成すると、目標ごとに応じた経験点と調子が貰える)。