綾瀬駅
高架駅で、島式ホーム2面3線に加え、南側(1・2番線)ホームの亀有寄りに切欠きホームが1線あり、合計で2面4線である。中線は島式ホームに挟まれており、基本的には当駅折り返し列車が使用する。切欠きホームは当駅 - 北綾瀬駅間の3両編成の区間列車(ワンマン運転)が使用する。
東口・西口改札内コンコースとホームを連絡するエスカレーターと、東口改札内コンコースと0・1・2番線ホームを連絡するエレベーターが設置されている。3・4番線ホームにはエレベーターが設置されていなかったが、2012年秋から設置工事が開始され、翌2013年9月14日より使用開始となった。多機能トイレは東口改札内コンコースにある。
相互直通運転を行っているため、JR東日本・東京メトロともに同一のホームを使用する。島式ホームは南側から1番線・2番線...と振られており、切欠きホームは「0番線」(ゼロ番線)と呼ばれる。0番線が新設される1985年までは中線の2・3番線から北綾瀬行きの区間列車が発着していた。北綾瀬駅開業以前は当駅発着列車が使用し、2番線が乗車ホーム、3番線が降車ホームだった。
当駅の北綾瀬寄りの高架下には、千代田線の車掌・運転士が所属する綾瀬車掌事務室、綾瀬運転事務室(ほかに代々木上原駅に代々木車掌事務室・代々木運転事務室がある)が配置されている。
また、常磐線と千代田線との分岐点付近にはJR東日本綾瀬運輸区と東京地下鉄綾瀬変電所がある。綾瀬変電所には2017年(平成29年)3月、千代田線当駅 - 北千住間にある荒川橋梁における停電時の車両移動用として、非常用バッテリーを設置した。