内山愚童
同年4月15日、内山は永平寺の夏安居に参加するために林泉寺を出発した。永平寺への途上に寄った名古屋において石巻良夫のもとを訪ね、ここでも革命の決意を糾したり、「倅」の話をしたとされる。内山は4月18日に永平寺に到着したが、1ヶ月後に健康を害したとして永平寺を出発した。この頃から内山には警察の尾行が付くようになった。
4月21日には大阪において「大阪平民新聞」の協力者である三浦安太郎・武田九平に会い、爆弾の研究や皇太子暗殺について話したという。翌日には神戸で平民新聞の読書会である神戸平民倶楽部の会員の岡林寅松・小松丑治と会い、皇室を斃して革命を実行することを主張したとされる。しかし平出修が指摘したように、警察の尾行が付く中でそのような重大な話が行われたとは疑わしく、皇太子暗殺の話などについては検察側の捏造ないし拡大解釈だった可能性がある。
内山は5月24日、林泉寺へ戻る帰路で逮捕された。そして29日には出版法違反と爆発物取締罰則違反の容疑で起訴され、7月6日に林泉寺の住職を諭旨退職となった。そして1910年(明治43年)4月5日に出版法違反で禁錮2年、爆発物取締罰則違反で懲役5年の判決が下り、東京監獄で服役することとなった。そのため、6月27日には曹洞宗から内山を宗門擯斥(僧籍剥奪)に処している。
1907年(明治40年)から1908年(明治41年)にかけて、内山は幸徳秋水らが主張する「直接行動論」に傾倒する。当時の日本社会党は運動理論をめぐって議会政策派と直接行動派に分裂しており、1907年(明治40年)10月に上京した内山は両派の集会にそれぞれ参加し、議会政策論を唱えていた片山潜に対して批判的な感想を抱いている。
1908年(明治41年)8月12日から14日にかけて、赤旗事件の裁判を傍聴するために上京してきた秋水が、その途上で内山がいる林泉寺を訪ねている。この時の内山は、秋水が翻訳したピョートル・クロポトキンの「麺麭の略取」の原稿を一読している。同年9月30日には内山が上京して秋水のもとを訪ね、革命の方法を訪ねている。それに対して秋水は洋書を繙きながら、革命の際に交通機関を破壊することなどを説明したとされる。