宮﨑徹
この研究所は、バーゼルに本社を置く製薬会社ロシュが100%出資していたが、運営は完全に独立しており、30代から40代の免疫学者を40名ほど集めてそれぞれに研究室を持たせ、研究費は全額を研究所が負担し、研究対象も免疫学に関することであれば何をしてもよいという非常に恵まれた環境であった。1987年にノーベル生理学・医学賞を受賞した利根川進がかつて在籍しており、宮﨑に与えられた研究室は利根川が使用していた部屋で、利根川が使っていた実験道具なども残されていた。ここで宮﨑が最初に取り組んだのは、HLA-DMと似た分子を探し、それがT細胞の活性化などに関わっているかを調べることであった。あらゆる遺伝子の塩基配列情報が登録されたデータベースなど存在していない時代であり、特定の分子を見つけるには地道な作業(当時の研究者はこれを釣りに例えていた)を続けるしかなかった。半年ほどこの作業を続けて4つの分子を見つけたが、そのうち3つは塩基配列がHLA-DMに似た既知の分子であった。残りのひとつはそれまで発見されていなかったものであったが、HLA-DMとは明らかに異なるものであり、これを調べてみると、血液中に多く存在するがHLA-DMとは無関係な(釣りでいう「外道」の)タンパク質で、マクロファージを長生きさせるらしいということがわかり、AIMと名づけたが、AIMを持たないノックアウトマウスを作成して様々な実験を行ったものの、マクロファージが死ににくくなる以外のことはわからず、そのはたらきについては不明なままであった。
1990年、宮﨑が初めて執筆したこの論文は『ネイチャー』に掲載された。その後も研究を続け、『米国科学アカデミー紀要(PNAS)』にも論文を発表し、より本格的な基礎研究のため海外への留学を志すようになった。
山村の推薦もあり、1992年7月からフランス・ストラスブールのルイ・パスツール大学(フランス語版)のダイアン・マティスのもと、博士研究員(ポスドク)として留学。事前に留学生として受け入れてほしい旨の手紙を送っていたが、マティスはネイチャーに掲載された論文を読んで宮﨑の名を知っており「Yes, I know you. Come! Diane」とだけ書かれた了承の返事がすぐに届いた。マティスからは免疫で重要な働きを担うT細胞が、成熟する過程でどのように選別されていくのかというものであった。これをテーマに3年間研究し、生体はHLA-DM(英語版)という分子のはたらきにより、役に立つT細胞だけを効率よく選別していることを究明した。免疫学において重要なテーマであったため競争も激しかったが、1996年の春に『セル』と『サイエンス』に筆頭著者として論文を発表。当時の科学界では『ネイチャー』『PNAS』『セル』『サイエンス』の4大ジャーナルに筆頭著者として論文が掲載されることが「グランドスラム」とされており、宮﨑はこれを達成した。
1995年の秋からはスイスのバーゼル免疫学研究所(英語版)に主任研究員として招かれ、免疫学の研究に従事。