ケンブリッジ参照配列
各個人のミトコンドリアDNA配列を表現する場合には、配列をrCRSとの違いの形で報告することが頻繁に行われている。しかしrCRSは単なる参照に過ぎず、ヒトの共通祖先のミトコンドリアDNAとは無関係である。rCRSと検体との間の配列の差は、祖先からrCRSまでの系譜で起きた変化かもしれないし、祖先から検体までの系譜で起きた変化かもしれない。
こうした観点から、仮想的な全人類の母系共通祖先であるミトコンドリア・イブのミトコンドリアDNA配列を参照配列として使用するべきだとする提案が2012年になされた。これはReconstructed Sapiens Reference Sequence (RSRS; 再構サピエンス参照配列)と呼ばれており、ミトコンドリア・イブのミトコンドリアDNA配列を、CRSと塩基番号が変わらないように再構成したものである。RSRSはハプログループ間の変化を記述するのにより便利であるが、しかし参照配列が増えることで混乱が増すとして利用に反対する意見もある。