2000年代のJRダイヤ改正
東日本では、常磐線の新たな競合路線となるつくばエクスプレスの開業を8月24日に控え、それを前に異例の常磐快速線単独での改正を行った。新型車両E531系の新規投入およびこの車両を用いて上野駅 - 土浦駅間を最速55分で結ぶ特別快速の新設、特急「フレッシュひたち」の増発及び停車駅の変更・統一が行われた。
貨物では、大阪環状線貨物支線の境川信号場 - 浪速駅間(通称:大阪臨港線)が同日付で休止となり、浪速駅を発着する貨物列車(不定期)も同日付で休止となった。この区間は2006年4月1日付で正式に廃止となった。
東日本の仙台地区の東北本線・仙山線・仙石線でダイヤ改正を実施。このうち仙山線では平日ダイヤと土休日ダイヤの運用を開始。土休日ダイヤでは特別快速が復活。あわせて同線から455系が定期運用から離脱した。
宗谷本線でキハ400系・480系による札幌駅 - 稚内駅間の急行「宗谷」・「サロベツ」・「利尻」をキハ183系と新たに開発されたキハ261系を使用して特急に格上げし、「スーパー宗谷」・「サロベツ」・「利尻」として運転を開始した。宗谷本線系統では初の特急列車である。これに伴い旭川駅 - 稚内駅間の急行「礼文」が廃止され、北海道から昼行急行が姿を消した。
特急「成田エクスプレス」にE259系、房総地区各線への209系2000番台・2100番台がそれぞれ投入されたが、いずれも運行ダイヤ自体の変更はない。
管内のエル特急や新特急の呼称を廃止した。
中央本線では、特急「あずさ」・「かいじ」の定期列車がすべてE257系に置き換えられた。「かいじ」の一部は運転区間が東京駅・竜王駅へ延長された。急行「アルプス」は下りも廃止され、臨時快速「ムーンライト信州」として多客期に運転されるようになった。また、「成田エクスプレス」は渋谷駅にも停車するようになり、高尾駅発着の列車が新設された。
常磐線では、651系が「フレッシュひたち」の一部にも充当されるようになり、「フレッシュひたち」に初めてグリーン車指定席連結の列車が登場した。
総武本線では、特急「しおさい」を東京駅 - 成東駅間に1往復増発した。
羽越本線では、特急「いなほ」の新潟駅 - 酒田駅間1往復が廃止された。
信越本線では、高田駅 - 長岡駅・新潟駅間の特急「みのり」が快速「くびき野」に格下げされ、犀潟駅 - 長岡駅間の定期昼行特急列車は「北越」のみとなった。
磐越西線では、特急「ビバあいづ」・「ホリデービバあいづ」が特急「あいづ」・「ホリデーあいづ」に改称され、車両も東北新幹線の盛岡駅 - 八戸駅間の開業で余剰となった元「はつかり」用の485系(グリーン車両連結)に変更された。
新幹線・特急列車のダイヤを変更し、特急「ソニック」と新幹線の接続の改善、「リレーつばめ・つばめ」や佐賀駅発着の「かもめ」の増発が行われた。また福岡都市圏では813系・817系の追加投入が行われ、鹿児島地区に415系が転属となり、475系急行形車両を置き換えた。
また各社で新駅が開業し、東日本では太子堂駅・東北福祉大前駅・平田駅、東海では野田新町駅、西日本ではさくら夙川駅 が開業した。西日本では「西ノ宮駅」が「西宮駅」に表記を変更した(読み方は同じ)。
この改正では世界的な風潮と健康増進法第25条(受動喫煙防止)の影響により、全国的に新幹線・特急列車の禁煙席の拡大、および全車禁煙化が進んだ。東日本では、自社内相互発着列車および特急「白鳥・スーパー白鳥」が全車禁煙となった(寝台列車は除く)。九州でも一部列車を除き全面禁煙となった。
西日本方面で改正。
福知山線脱線事故が発生して以来初の大規模なダイヤ改正で、山陽新幹線を含む西日本の大半の路線でダイヤに余裕を持たせた。新幹線の所要時間を(全体的に)延長したのは1964年の開業以来初のこととなった。 アーバンネットワーク 全面的に本数が見直され、朝晩や日中を中心に削減が行われた。 日中の西明石駅発着の普通の半数が須磨駅発着に変更され、この時間帯の運転系統は京都駅 - 須磨駅間・JR東西線直通・高槻駅 - 新三田駅間に再編された。西明石駅に乗り入れる列車はJR東西線直通のみになり、須磨駅 - 西明石駅間は207系のみになった。また、大久保駅折り返しの普通や大阪発野洲行きの夕方の外側線走行の快速、JR神戸線からの草津線直通の快速を廃止した。昼前の快速1本の運転区間が見直され、加古川駅折り返しに変更された。日中の加古川始発大阪方面行きの快速の東加古川駅での通過待ちは廃止された。 湖西線では通勤形車両を使う午前中の堅田駅発着の普通電車と朝夜の近江今津駅発着の普通を廃止した。 JR宝塚線ではJR東西線から直通する新三田行きの最終の快速が廃止された。 学研都市線では長尾行きの列車を廃止し、終電の繰上げを行った。 大阪環状線では始発時刻の繰り下げを行った。 大和路線では日中の普通の半数が柏原駅発着に変更された。
西日本では、阪和線で大阪市内の下り線高架化・待避駅の変更(長居駅→鶴ヶ丘駅)に伴うダイヤ修正を実施した。
「ソニック」用の885系を増備し、「にちりん」が小倉駅発着となった。それに伴い485系の博多駅乗り入れがなくなった。福岡地区のホームライナーが特急に格上げされた。
鹿児島本線に弥生が丘駅が開業した。
同じ日に開業した仙台空港鉄道(仙台空港アクセス線)との直通運転が開始された。これに伴う車両更新のため、E721系がデビューし、仙台地区の455系・457系・717系を置き換えた。
常磐線の上野駅発着の普通電車がE531系に統一され、グリーン車の連結が開始された。これにより、415系1500番台・E501系が友部駅・水戸駅 - いわき駅・原ノ町駅間および水戸線直通の運用に転用された。この置き換えに伴い、常磐線の普通列車は原則として水戸駅(または勝田駅)での運転系統分割が行われた。仙台発原ノ町行きのホームライナーは廃止された。
新型車両の投入も多数行われ、水郡線にキハE130系が投入された。常陸大子発の始発列車が平日・土曜日のみから毎日運転になった。前年12月に中央快速線に投入されたE233系が富士急行線・青梅線(奥多摩駅まで)・五日市線・八高線(高麗川駅まで)への乗り入れを開始した。
西日本では、奈良駅周辺の高架化工事進捗(仮線への切り替え)に伴い、関西本線(大和路線)・奈良線・桜井線でダイヤ修正を実施した。当初は同年5月22日に実施される予定であったが、福知山線脱線事故の影響により延期になっていた。
西日本でダイヤ改正。
この改正までに223系(2000番台)が80両、207系(2000番台)が56両、それぞれ追加投入された。
JR神戸線では新快速が芦屋駅に全列車停車するようになった。朝ラッシュ時の大阪方面行き快速の車種統一(223系)で速度が向上し、神戸駅 → 大阪駅間で先発先着になったが、この時間帯の普通の本数が微減した。姫路方面の朝の外側快速が兵庫駅から電車線を走行(須磨駅・垂水駅・舞子駅に停車)するようになったほか、夕方の外側快速も1本が新快速に変更された。すべての快速が西ノ宮駅に停車するようになった。姫路発大阪方面行きの最終も繰り下げになった。朝時間帯の西明石発加古川行きの普通は大阪方面から直通するようになった。内側・電車線の高速化が完成し、快速は時速120kmで運転されるようになった。
JR京都線では、朝時間帯の一部列車の快速運転区間が大阪駅 → 京都駅間に変更され、高槻行きの普通電車の一部が京都行きに延長された。22時台の快速の快速運転区間が大阪駅 - 高槻駅間に変更され、新快速通過駅の停車間隔が約10分間隔になった。