エジプト先王朝時代
このような中心集落としては最大の物がヒエラコンポリスであり、続いてナカダ、アビュドスが代表的な物である。古代エジプトでは隣接するメソポタミア地方のような政治的に独立した都市、あるいは都市国家は形成されなかった。しかし、政治的中枢、あるいは経済的中心としての大型集落はナカダ期に発達した。ナカダ期最大の集落遺跡ヒエラコンポリスは3600平方メートルの規模を持ち、メソポタミアの都市と比較しても充分な規模を持つ人口集住地であった。文化の名前として採用されているナカダでは2000基以上の墓が発見されている。アビュドスは後の第1王朝時代に集中的に王墓が造営される集落である。
エジプト東方のパレスチナでは紀元前4500年頃からエジプトからの搬入品が出土する。しかし規模は小さくエジプトとの緊密な接触を示す証拠は少ない。パレスチナ南部でエジプトからの影響が大きくなるのは初期王朝時代に入ってからである。一方でエジプト側にはナカダ2期頃からパレスチナからの搬入品とその模倣品が多数出土するようになる。ナカダ文化に最も多大な影響を与えたのは、パレスチナで製作されていた波状把手付土器である。輸入品の数は限られるが、その模倣品である波状把手土器がナイル川下流域で作成されるようになり、初期王朝時代まで続く重要な容器の形となった。アビュドスやヒエラコンポリスからは、中にワインが入れられていたと推定されるパレスチナ土器が、多量に発見されている。これらが当時の王国の首都と考えられる大型の集落跡から見つかっている点は重要である。
かつての発掘調査ではナイル川流域の農耕、牧畜は紀元前6千年紀後半に突如として始まるような印象が持たれていた。その後、20世紀後半の調査によりナイル川西方の砂漠地帯にこれを説明する遺跡が多数発見され、ナイル川流域の農耕・牧畜文化は、現在では砂漠化している西部砂漠地方に起源を持つ可能性が議論されている。しかし、西部砂漠地方とナイル川流域の関係は今だ明瞭には理解されていない。
アフリカ大陸北東部における牧畜の発生については、ウェンドルフらが紀元前7000年頃にウシの家畜化が独自に始まるとする説を唱えている。ヒツジとヤギについては西アジアで家畜化がなされたことがはっきりしている。ヒツジとヤギは紀元前6000年期後半に導入された。
一方、農耕(植物栽培)については現在確認できる最古の例は紀元前5000年頃のファイユームで発見された麦であるが、紀元前6000年頃にはソルガムやミレットが現在の西部砂漠地方で栽培されていたとする説がある。