防衛省設置法
防衛庁長官は防衛大臣になる
国際平和協力活動を自衛隊の付随的任務から本来任務に変更(自衛隊法第3条の改正)
防衛施設庁は防衛省の外局となった(平成19年9月1日に平成19年6月8日法律第80号により廃止)。
の各点について変更がなされた。
2008年(平成20年)、防衛省における総人件費削減の一環として陸上自衛隊生徒制度の改編を含む法改正を第169回国会に提出したが、参議院で未成立となり廃案、9月12日から召集予定の第170回国会に再度提出予定であった。しかし、福田康夫内閣総理大臣が9月1日に辞意を表明したことから法案提出が大幅に遅延したため、制度改正は先送りとなった。第171回国会、2009年(平成21年)5月27日の参院本会議で可決、成立した。
2015年(平成27年)6月10日、改正防衛省設置法が参議院本会議で自民党、公明党、維新の党などの賛成多数で可決、成立。改正前は、防衛大臣が制服組トップの各幕僚長らに指示や監督を行う際、背広組の官房長や局長が防衛大臣を補佐すると規定された。これが背広組優位の根拠とされ文官統制と言われていたが、改正法では、官房長や局長は、各幕僚長ら相まって防衛大臣を補佐するとして、制服組・背広組が対等の関係となった。背広組は政策面、制服組は軍事面で防衛大臣を補佐する。