北方七年戦争
結局、両者一歩も引かず、曖昧な形で休戦となった。両国の国境線に変動はなかったが、しかしデンマークは、エストランドの再占領は叶わず、スウェーデンが領有を果たした。戦争終結時、デンマークはサーレマー島及びクールラントにある司教区を保持していたが、間もなくこの地域をポーランド・リトアニア共和国に譲渡することとなる。
1570年にフレゼリク2世とヨハン3世の使者がポンメルンのシュテッティンでシュテッティンの和約を結び、戦争は終結した。スウェーデンはデンマークへ被占領地の返還賠償金を支払う代りにデンマークからの王位請求権を放棄させた。この戦争が終了すると、スウェーデンはリヴォニア戦争に復帰した。しかしこの戦争は、両国の国力を圧迫し、相互間での関係悪化を招く結果となり、後年まで悪影響を残すこととなった。
スウェーデンは、リヴォニア戦争で手一杯なのと、スウェーデン王エリク14世の精神異常など、デンマークにとって有利な状況であった。しかし、1563年、バルト海南部のボーンホルム海峡の海戦でフィンランド人提督のクラウス・ホルンをして、敗北を喫し、戦争は膠着状態に陥った。当時のデンマークは国力に余裕があり、スウェーデンとの戦争は決して苦ではなかった。しかしスウェーデンは、エリク14世から王位を簒奪したヨハン3世の下で戦争を引き継ぎ、必死に凌いだ。特にスコーネでは、激しい死闘が繰り広げられていた。戦況は陸戦ではデンマーク、海戦ではスウェーデンが優位を勝ち得ていたものの、一進一退の情勢が続き、その間に両国の国内情勢は悪化した。デンマークでは、フレゼリク2世は貴族や市民から孤立させられ、スウェーデンでは、エリク14世による貴族に対する激しい弾圧からフィンランド公ヨハン(ヨハン3世)の反乱と国王の廃位(1568年)に行き着くこととなった。