ナットウキナーゼ
納豆を通常の食品として摂取する場合はおそらく安全であるが、ナットウキナーゼをサプリメントなど濃縮物として摂取する場合の安全性に関しては、臨床研究が少なく信頼できる十分な情報は見当たらない。特に妊婦・授乳婦、出血性疾患患者、低血圧患者の、自己判断での摂取は控えることが求められる。抗凝固薬や、アスピリンなどの抗血小板薬との併用は、脳内出血などの出血リスクを増加させる可能性がある。
世界各地でサプリメントが栄養補助食品として販売されているが、アメリカ食品医薬品局(FDA)はGRAS(一般に安全と認められているもの)として認定していない。カナダ保健省は、ナットウキナーゼの販売を許可するには、出血リスクの増加の可能性を含む安全性の懸念に十分に対処していないと判断した。欧州食品安全機関(EFSA)は、日本企業による新規食品の申請を受け、妊娠中および授乳中の女性を除く健康な成人の摂取は安全であるとしたが、ヒトの吸収、分布、代謝及び排泄に関して提供された情報からは結論できないとした。
ビタミンK(血液凝固に寄与)を除去していない納豆やサプリメントは、ビタミンKがワルファリン(抗凝固薬)の働きを悪くする恐れがあるため、ワルファリンを飲んでいる患者の納豆摂取は禁止されている。ワルファリンは、ビタミンKの作用を阻害することで血を固まりにくくする薬であり、納豆、青汁、クロレラなどビタミンK含有量の多い食品を食べると、ワルファリンの働きが弱まり血の塊ができやすくなる恐れがある。