不知行地還付政策
しかし、長禄3年に常治方が優勢になり、5月に義敏は常治方の金ヶ崎城を攻めたが逆に敗北、激怒した義政によって当主の地位を追われた。8月に常治派が勝利したが、同月に常治が没したため、守護と守護代は義敏の子松王丸(義寛)と常治の孫千喜久丸(信久)に代えられた。が、肝心の関東征伐は当事者達が追放されたり死去したため行われず、現地の幕府派が反幕府派の古河公方足利成氏らの戦闘に敗北(太田庄の戦い)、義政の関東政策は失敗に終わった。
その後、応仁の乱で斯波氏は分裂、斯波義廉に就いた朝倉孝景は義政の工作で義敏に寝返り、甲斐敏光ら義廉方の国人を破って越前の実効支配を推し進め、危機感を抱いた義敏も退けて事実上越前を乗っ取った。その過程で国人に半済を分け与え、所領の横領も行ったため、幕府の還付政策は失敗に終わった。戦後義政は文明10年(1478年)に再び還付政策の実施に乗り出したが、応仁の乱で将軍家の権威が失墜していたため、成果は挙げられなかった。9代将軍足利義尚と10代将軍足利義稙も寺社領横領を繰り返す近江の六角高頼征伐(長享・延徳の乱)を強行したが、いずれも失敗に終わり幕府の失墜に繋がった。
なお、興福寺大乗院門跡経覚も横領に対抗するため、越前河口庄に代官として和田本覚寺住持蓮光を派遣したが、合わせて親交があった本願寺第8世法主蓮如を河口庄の吉崎に下向させた。蓮如はここを拠点に浄土真宗の布教に励むことになる。