園城寺
閼伽井屋(あかいや、重要文化財) - 金堂の西に接して建つ小堂で、格子戸の奥にある岩組からは霊泉が湧出している。この泉は、天智天皇・天武天皇・持統天皇の三帝が産湯に用いたことから御井や三井と呼ばれ、それがもととなって当寺は御井寺、次いで三井寺と呼ばれるようになった。現在の建物は、この霊泉の履屋として慶長5年(1600年)、金堂と同じく高台院によって建立された。桧皮葺で、三間二間の向唐破風造。随所に桃山風の装飾を施した優美な建造物である。また、正面上部の蟇股には左甚五郎作の龍の彫刻があり、この龍が毎夜琵琶湖に現れて暴れていたので甚五郎が龍の目に五寸釘を打ち込んだという伝説がある。
庭園「閼伽井石庭」 - 日本最古の庭園だとされている小さな石庭。
熊野権現社 - 熊野権現を祀る。天保8年(1837年)再建。
智証大師像 - 石像。
教待堂 - 教待和尚を祀る。
光浄院 - 金堂の北方に位置する子院。 客殿(国宝) - 勧学院客殿より1年あとの慶長6年(1601年)に元光浄院の住持であった山岡景友により再建される。規模、意匠など勧学院客殿と似る。桁行七間、梁間六間、一重入母屋造、正面軒唐破風付の総杮葺き。内部の障壁画および襖絵は狩野山楽の筆によるもので重要文化財に指定されている。寝殿造りの流れをくむ主殿造とされる。広縁の奥には付書院、出書院と呼ばれる造り付けの机を設けた上段の間が突出しており、このような小部屋を持つ書院は光浄院客殿のみとされる。 庭園(国の名勝・史跡) - 客殿に南面して広がる池泉観賞式庭園。池が客殿の広縁の真下まで食い込み客殿と一体化した、池上建築に似た構成を取る。池中に石橋を架けた亀島や夜泊石を設け、山畔には立石を組んだ枯滝を配する。 護摩堂 - もとは十八明神社の拝殿で、ここに移築したもの。