コード・エイジ コマンダーズ
舞台は「セントラルコード」を中心とした「球内世界」。
「セントラルコード」による世界の再構成「輪廻(リ・ボーン)」により今の世界が無に帰すことを知った人類は、その影響を最も受けにくい「セントラルコード」の周囲に「方舟」と呼ばれる施設を建造した。人類は「方舟」の中で眠りにつき、新たに造られる世界で目を覚ますはずだった。
しかし「方舟計画」は失敗した。「方舟」は謎の崩壊を起こし、乗り込んでいた人類はその破片と共に変わり果てた世界に墜落した。そこで目覚めた人類を待っていたのは、「輪廻」が完了していない荒廃した世界と、謎の存在「オテロ」と、「オテロ」によって異形と化した生物「コーデッド」、そして自分達も「オテロ」によって「ウォーヘッド」に変貌するという現実だった。
コードエイジ0099年10月11日、最後の「方舟」が墜落したとき、ジーン、ジェラルド、フィオナ、ヘイズ=ヒーリーの四つの視点と立ち場から、荒廃した世界の行く末を見定める物語が始まった。
「方舟」で眠っていたはずのジーンは、記憶が混濁した状態で目を覚ます。彼の体はウォーヘッドへと変化しており、そして目覚めた場所は「白の群」と「黒の群」が激突する戦場のど真ん中だった。解らないことだらけの現実に戸惑うジーンだったが、現場に一緒にいた「パケ」に促され、姉、アリーズを探しはじめる。やがてジーンは「リ・ボーン」を食い止めようとする父、アルヴィンと再会し、世界の崩壊を止めるべく行動することとなる。