琵琶湖
台風などの強風時には、内部静振による北湖底層から南湖への密度流が生起するが、大半は北湖に還流するため、南北湖間の交換流としての影響は少ない。秋から冬にかけては、南湖の湖面冷却により、南湖の水が北湖の底層部に潜り込む冬期密度流が発生する。冬期密度流は、発生後数日間持続し、北湖から南湖に還流することはない。
飛鳥時代の近江遷都以降、後述のように近江を舞台とした歌が数多く詠まれており、多くの歌人たちが近江を訪れ、琵琶湖と周囲の光景に感性を刺激されたことが推測できる。近江八景は、当初は文学的モチーフであったが、江戸時代中ごろには街道を通行する人が増えたこともあり、『名所記』『名所図会』といった挿絵入りの旅行案内書や浮世絵などをつうじて、全国の民衆に膾炙するようになった。
1889年(明治22年)の東海道線全線開通は、前述の鉄道連絡船の廃止に繋がり汽船会社の経営に打撃を与えたが、同時に京阪神から琵琶湖観光に気軽に訪れることを可能にもした。湖南汽船は1894年(明治27年)に大津と石山および坂本間の航路で湖上観光の営業を開始している。次いで太湖汽船も南湖 - 北湖間の航路運行を開始し、1895年(明治28年)には鉄道連絡船廃止時点のレベルまで業績を回復させるに至っている。本格的な湖上遊覧の嚆矢ともされる湖南汽船の「近江八景めぐり遊覧船」(1903年〈明治36年〉就航)に続き、太湖汽船も遊覧観光船の建造を行うなどより湖上遊覧に力を入れることとなり、以降季節ごとの観光客誘致が展開された。1912年(大正元年)には京津電車の三条 - 札ノ辻間が開通し、京都方面からの観光客はさらに増加、2大汽船会社の競争もより激しく展開された。
岡本かの子『金魚繚乱』(大津)
井上靖『星と祭』(長浜)
芝木好子『群青の湖』(近江八幡・葛籠尾崎)
室町時代を描いた谷崎潤一郎『盲目物語』は、湖上の描写は少ないものの、作品世界は竹生島の沈鬱な影を色濃く帯びており、秦恒平『みごもりの湖』では藤原仲麻呂の乱の、成澤邦正『琵琶湖の浮城』では室町末期水茎の岡の湖上の戦が描かれている。琵琶湖の汚染や自然破壊を扱った作品としては、早くは1919年(大正8年)の近松秋江『湖光島影』があり、第二次世界大戦後の高度経済成長期には西口克己『びわ湖』が発表されている。また、中上健次『日輪の翼』や平成の小林恭二『カブキの日』にも琵琶湖(前者は瀬田の唐橋、後者は堅田)を舞台とした描写があるが琵琶湖そのものにはわずかしか触れられておらず、松村 (2001, p. 268) は自然破壊などにより琵琶湖の生命力が衰えたためだと述べている。
沈水植物は維管束植物が23種、車軸藻類が13種確認されている。1950年 - 1960年代以降に、ガシャモクとリュウノヒゲモが絶滅したと考えられる。固有種であるネジレモは、茎を持たず葉をロゼット状に湖底から直接伸ばしているため、茎を持ち水面に葉を近づけられるクロモやコカナダモに比して水質悪化の影響を受けやすく、2000年ごろまでに個体数・分布域が大きく減少した。このほかサンネンモも固有種であり、2012年には野生絶滅種とされたホシツリモが河口湖に次いで発見された。外来種としては1960年代・1980年代にコカナダモが1970年代・1990年代にオオカナダモが大繁殖したほか、オオフサモ・ハゴロモモなども侵入している。
北湖における沈水植物の分布面積は2013年時点で8パーセントほどで、透明度の約2倍の水深10メートル近くまで生育している。北湖東岸など遠浅の湖底の箇所においては、沿岸から沖合いに向かってササバモ・オオササエビモ・ヒロハノエビモ・ヒロハノセンニンモ・サンネンモの順に優先種が変化する。南湖においては、1994年から2014年にかけて沈水植物の分布面積が11パーセントから96パーセントにまで拡大した。沈水植物群落の密生は船舶の航行や漁業の妨げとなり、低酸素水塊の発生による湖底の生物への影響なども懸念されるため、滋賀県などにより除去事業が実施されている。