JR五位堂駅
相対式ホーム2面2線を有する、交換設備を備えた地上駅。駅本屋側ホームに王寺方面、跨線橋を渡った反対側のホームに高田方面への列車が停車する。
王寺鉄道部が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託する業務委託駅である。ICカード乗車券「ICOCA」を利用でき(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)、王寺方面行きのホームにのみ自動券売機および簡易式の自動改札機が設置されている。
西部線:市民交流センター 当駅から南東に700メートルの大樹会(老人福祉施設)付近に、出屋敷停留所が設置されている。 第一・第三月曜を除き、1日3往復が運行されている。