水戸駅
JR貨物の設備は旅客ホームから1kmほど西側の水戸市常磐町6234(千波湖付近)にあり、3面4線のコンテナホームがある。荷役線は200メートルほどと短い。また、1線のホームは上屋付きの貨物ホームとなっている。荷役線は、旅客ホーム付近から偕楽園駅東側へ伸びる引き上げ線より旅客ホーム方面に向かって分岐している。
駅構内の貨車入換と駅業務は、福島臨海鉄道が受託していた。
2012年3月のダイヤ改正で定期貨物列車の停車が無くなり、水戸オフレールステーション(略称、水戸ORS)が開設された。2023年3月18日改正時点では、土浦駅との間で4往復のトラック便が運行されている
取り扱い貨物 コンテナ貨物 - 12 ftコンテナのみを取り扱う。 産業廃棄物・特別管理産業廃棄物の取り扱い許可を得ている。
また、ここには簡易Suica改札機が設置されており、JRと鹿島臨海鉄道相互間の乗り換えの際にタッチすることで改札外に出る手間を省略できる(鹿島臨海鉄道ではICカード利用不可)。尚、上り特急列車降車客(特に勝田始発のときわ号)に対し、駅員が特急券の回収を行う場合がある。
構内上り方の南側には、JR貨物の隅田川機関区水戸派出(乗務員基地。旧水戸機関区)や水戸営業所が入居する総合事務所がある。また、7・8番線ホームの上り方にはJR東日本水戸運輸区所管の機関車留置線や仕業検査庫があり、旅客駅西方に約1km離れた貨物取扱施設の南側にも同区所管の気動車収容線(おもに水郡線運用車両を留置)がある。かつては8番線の南側に旅客電車用の電留線があったが、水戸駅南口土地区画整理事業により2006年3月18日に内原駅西方の内原電留線に移転し、跡地には駐車場が整備された。
改札口上部の発車標は、2007年1月26日よりフルカラーLED式に交換された。
7・8番線ホーム東寄りには、かつて「フレッシュひたち」で使用されていたE653系車両を模した「NewDays」が設置されている。下部の色は、K301及びK305編成の色である、偕楽園の梅をイメージしたスカーレットブロッサムである。E653系定期運行を終了した2013年3月16日以降も、そのままの姿で営業を継続している。
2014年9月から2015年3月にかけて、改札内リニューアル工事が行われた。また、2020年11月13日には、みどりの窓口横に、地元地域の魅力発信を行うイベントスペース「常磐・水郡MADE STATION」が開業した。