大都市近郊区間 (JR)
1998年 12月1日 - Jスルーカードの導入に合わせて大阪近郊区間を拡大(東海道本線:米原 - 京都、湖西線、福知山線:宝塚 - 谷川、北陸本線:米原 - 近江塩津、山陽本線:西明石 - 相生、山陽本線:兵庫 - 和田岬、加古川線、赤穂線:相生 - 播州赤穂、山陰本線:京都 - 園部、関西本線:柘植 - 木津、草津線、和歌山線:高田 - 和歌山)。また、幹在同一視の原則により米原駅 - 京都駅間(東海道新幹線)、西明石駅 - 相生駅間(山陽新幹線)も大阪近郊区間の一部になる(東海道新幹線:米原 - 京都、山陽新幹線:西明石 - 相生)。
1999年 6月1日 - イオカード利用エリア拡大に伴い東京近郊区間を東京起点70km圏程度から東京起点100km圏程度に拡大(東海道本線:平塚 - 熱海、八高線:高麗川 - 倉賀野、東北本線:小山 - 宇都宮、常磐線:土浦 - 勝田、高崎線:熊谷 - 高崎、上越線:高崎 - 新前橋、両毛線、水戸線、内房線:木更津 - 君津)。また、幹在同一視の原則により小田原 - 熱海(東海道新幹線)、小山 - 宇都宮(東北新幹線)、熊谷 - 高崎(上越新幹線)も東京近郊区間の一部になる(東海道新幹線:小田原 - 熱海、東北新幹線:小山 - 宇都宮、上越新幹線:熊谷 - 高崎)。 7月2日 - JRが旅規第156条第2号を改訂し、「旅規第16条の2の規定にかかわらず」という文言が用いられ、幹在同一視の原則とは無関係に指定された新幹線区間が大都市近郊区間から除外されることが明確になる。
大都市近郊区間内には、旅程第149条に定める特定の分岐区間に対する区間外乗車が適用される区間が存在する。このため、旅規第157条第2項で定める選択乗車(いわゆる大回り乗車を含む)中であっても、旅客は別運賃を要さずに、当該区間の区間外乗車をすることができる(旅程第149条)。区間外乗車ができる区間は次の区間である。
東京近郊区間 西日暮里駅以遠(田端方面)の各駅と三河島駅以遠(南千住駅方面)の各駅との相互間(日暮里駅・東京駅間) 上記「西日暮里駅以遠」には、尾久駅を経由する赤羽駅 - 上野駅間の列車(宇都宮線)に乗車する場合も含まれる。
ただ、「第16条の2の規定にかかわらず」という文言は、「同一の線路とみなさなくなる」という意味ではなく、あくまで大都市近郊区間に属する在来線に並行する新幹線区間を大都市近郊区間とするか否かについて幹在同一視の原則を持ち込まないという意味に過ぎない。現状では大都市近郊区間に属する在来線に並行する新幹線区間はほとんどが大都市近郊区間ではなく、それにより幹在並行区間を在来線経由とするか新幹線経由とするかで大都市近郊区間の特例を受ける場合と受けない場合の違いが発生する。その違いとは前述通り、有効期間・途中下車・選択乗車・区間変更の取扱いの違いであり、それら以外の違いは発生しない。要するに、在来線経由で大都市近郊区間の特例を受ける場合であっても新幹線経由で同特例を受けない場合であっても、有効期間・途中下車・選択乗車・区間変更といったものに該当しない幹在同一性については旅規第16条の2が適用されるため、どちらの乗車券であっても券面経路上の幹在並行区間については在来線・新幹線共に乗車可能となる。
大都市近郊区間の特例が付された乗車券は券面経路でない他の経路を選択乗車できるが、経路としての条件が「大都市近郊区間内」であるため、大都市近郊区間に含まれない新幹線を選択乗車することはできない。