真宗高田派
この同じ7月には下間頼照や七里頼周のやり方に反発した一揆衆が頼照に攻め滅ぼされるなどしたため反発は拡大して各所で下間・七里に対する一向一揆が発生し(一揆内一揆)、越前国内の混乱は収拾がつかなくなっていった。
天正3年(1575年)8月、織田軍が越前に再び攻め寄せるとすでに弱体化していた一揆軍は各所で崩壊し、信長は越前を平定した。一揆軍の指導者であった七里頼周はなんとか加賀に撤退できたが、下間頼照は逃げ遅れて潜伏する羽目になった。しかし、10月になって海から加賀に脱出しようとして三国湊を目指していたところ、坂井郡下野村の高田派寺院黒目称名寺の門徒に見つけられ、首をはねられた。他にも本願寺派の門徒が3から4万人ほど処刑される中、高田派の苦境はひとまず去った。それでも、本願寺派の門徒でいまだに揉めている最中の高田派へ宗旨替えをする者はごく少数であった。
そして11月、一身田専修寺に念願であった准門跡号が勅許された。第13世堯真の代となった天正10年(1582年)5月には前法主堯慧が僧正から大僧正に昇進した。高田派では初めての大僧正への就任である。
天正13年(1585年)7月、熊坂専修寺住持の真智が亡くなり跡を子の真空が継いだが、真空も翌天正14年(1586年)5月に亡くなって熊坂専修寺は廃絶した。だが、高田専修寺から来た真能が跡目を継いで隣村に畠中専修寺として再興させた。この間、堯真は真智派の越前四ヶ寺の切り崩し工作なども行ったが上手くいかなかった。本寺争いは依然として、終わっていないのである。