三島駅
JR東海 - 2020年(令和2年)度の1日平均乗車人員は18,993人で、これは静岡県内では静岡駅、浜松駅に次ぐ第3位の乗降客数である。
伊豆箱根鉄道 - 2020年(令和2年)度の1日平均乗車人員は5,908人である。
近年の1日平均乗車人員の推移は以下の通りである。
頭端式ホーム2面3線を有する地上駅。南側の単式ホームが7番線、北側の島式ホームが8番線と9番線である。8・9番線のホーム上には待合室がある。特急「踊り子」号は直通運転の関係からJR1番線を発着する。
当駅から踊り子号修善寺行に乗車する場合、JR有人改札係員に「踊り子」号に乗車する旨を伝えればJR改札内に入場して乗車できる。また、伊豆箱根側でも案内放送が流れる。
ただし、踊り子号東京行を当駅で下車する場合はJR改札口から出場できず、連絡改札口そばにある伊豆箱根の有人改札口から出場することになっている。この有人改札口はJR改札内、伊豆箱根改札内と改札外(伊豆箱根駅舎)の三方を繋ぐ独特の構造となっている。
駅舎はホームの東端にあり、駅南側広場に接続、JR南口に隣接している。駅北側から直接入出場できないことは当駅の大きな課題となっている。
連絡改札口のJR側には伊豆箱根券売機があり、JR側からはJR乗車券と伊豆箱根乗車券を重ねて改札機に投入するとJRの集札と伊豆箱根の改札が一度に処理され、伊豆箱根の改札済乗車券のみが出てくる仕組みとなっている。JRの精算・区間変更並びにICカード入出場処理には対応していない。
東海道新幹線 熱海駅 - 三島駅 - 新富士駅
東海道本線 普通 函南駅 (CA01) - 三島駅 (CA02) - 沼津駅 (CA03)