名護市女子中学生拉致殺害事件
一方、県警は犯行に使用された車両(白いワンボックスカー)や、不審人物(前科・前歴のある人物や非行少年、変質者など)について調べ続けた。前者(犯行車両)については、目撃証言に近い車種はトヨタ・ハイエースだったが、色や形状を問わず、車検の登録番号を基に、すべてのワゴンタイプの車を調査対象とした。7月の第2週以降は、トヨタ以外の他メーカーの車種である可能性も考慮し、調査対象台数を一万数千台増やしたが、その対象台数は、約80,000台に上った。
調査対象の膨大さや、登録証だけでは形式や色の明確な区別ができないこともあって、特捜本部は全メーカーの同型車種を点検することを強いられ、既に登録を抹消されているはずの車が使われ続けているケースや、車庫登録を他の市町村で行っている例が多いことも、確認作業の支障になっていたが、特捜本部は少しでも不審な点があった車(事件発生直後、検問や検索で職務質問を受けた車両など)を繰り返し調べ直すなど、地道な捜査を続けた。結果、県内の陸運事務所に登録されていた類似車両約56,000台については、事件から1か月後の7月22日時点で、93%の確認を終え、12月20日時点では、未確認の車両は約15台となっていた。また、後者(不審人物)に関する捜査でも、「拉致現場付近の建築工事現場で働いていた1人が、事件翌日から姿を消した」などの情報を把握。
同月11日23時20分ごろ、「2日前、Uに似た男を浦添市営伊奈武瀬球場(浦添市勢理客)で見た」という110番通報が入った。県警自動車警ら隊などが同球場に駆けつけたところ、翌日(1月12日)0時ごろ、警察官がダグアウト内ベンチで寝ていた男を発見した。男は手配写真のUと異なり、丸刈り頭で、眼鏡を掛けておらず、「Uだな」と職務質問してきた警ら隊の警察官に対し、本人であることを強く否定したが、警察官は、Uの特徴の1つだった右眉の上のほくろを見逃さなかった。県警が那覇署で指紋照合を行ったところ、男はU本人であることが確認できたため、県警はUを名護署に任意同行し、同日2時20分に逮捕した。当時、Uの所持金はわずか60円だった。その後、Uは石川警察署に移送されて取り調べを受け、翌日(1月13日)、那覇地検に送検された。
一方、1月4日には被害者Aの告別式が開かれ、クラスメイト・学校関係者、捜索に参加した市民や、県出身の国会議員、東門美津子(県副知事)、仲里県教育長、久高県警刑事部長、饒平名長良(名護署長)、我喜屋宗弘名護市議会議長ら、約2,000人が参列した。Aが拉致される直前まで一緒に下校していた甲は、弔辞でAが生前好きだったスピッツの楽曲「空も飛べるはず」の歌詞を読み上げ、「できることならもう一度話をしたい」などと述べている。
そして16時過ぎ、リュックサックの発見地点から約800 m東方の林道脇斜面で、白骨遺体が発見され、歯型の鑑定により、Aの遺体と確認された。遺体は発見当時、Aが拉致された際に着ていたバレーボール部のユニフォームを着た状態で、凶器の紐が絡みついていた。遺体は翌日(1月2日)午前、琉球大学医学部で司法解剖された後、遺族に引き渡され、名護市内の火葬場で火葬された。同日、Yは身柄を那覇署から、特捜本部の置かれていた名護署に移送された。
Yの自供通りAの遺体が発見されたことを受け、特捜本部は同月3日0時55分、Yと指名手配中だったUの両被疑者について、殺人・死体遺棄などの容疑で逮捕状を取り、同日11時、Uの指名手配容疑を窃盗から殺人・死体遺棄などに切り替えた。また、同日16時30分、Yは名護署に殺人・死体遺棄などの容疑で再逮捕され、5日午後、那覇地方検察庁へ身柄を送検された。Yは取り調べに対し、「Aが逃げようとしたので殺した」「逃げないようロープで縛っていたら、死んでいた」など、供述を二転三転させたが、特捜本部は拉致当初から殺害を計画していた可能性もあると睨み、追及を行った。
一方、指名手配されたUについては、特捜本部が顔写真入りのポスター50,000枚を制作して全国に配布し、行方を追跡していた。
その上で、犯行を「何の落ち度もない非力な少女を狙って殺害した最も極悪非道な部類に属する犯罪で、その罪質は極めて凶悪・重大」と非難し、動機に酌量の余地がない点や、遺族の被害感情の峻烈さ、そして教育現場・県民全体に与えた多大な衝撃などについても言及し、「罪刑の均衡、一般予防の見地からも、永山判決やその後の最高裁判例が示した死刑選択の基準からも、極刑をもって臨むしかない」と結論づけた。
次回公判(同月24日)で弁護人の最終弁論が行われ、第一審の審理は結審した。両被告人の弁護団は、それぞれ殺害の計画性を否定した上で、「殺害・死体遺棄については、計画性がないなど、情状酌量の余地がある」と主張し、死刑についても、「永山判決」以降、被害者1人で死刑が確定した事例は、強盗殺人や身代金目的誘拐殺人、被告人に重大前科があった場合などに限られていることを挙げ、「最高裁が示した死刑選択の一般的基準に照らし、死刑選択は許されないケースである」「死刑制度は公権力による殺人であり、憲法違反」などと主張。このほか、Yの弁護人は、殺害・死体遺棄に関して自首が成立する点、両被告人の立場が対等であった点を主張した一方、Uの弁護人は「Uは終始Yに従属的で、殺害直前までその意思はなかった」と主張した。最終意見陳述で、両被告人はそれぞれ被害者や遺族への謝罪の言葉を述べた。
約1,000人近くを事情聴取し、そのうち数人を有力な被疑者としてピックアップしたが、いずれもアリバイが確認されるなどしたため、捜査線上から消えた。
難航する捜査の中で、特捜本部が「比較的有力」と見ていた車は、ワンボックス型の盗難車両2台だった。そのうちの1つが、6月25日に石川市石川(現:うるま市石川)で発見された白いワンボックスカーで、もう1台が、7月5日午前、辺戸岬近くの農道で発見され、後に犯行車両と判明した白いワンボックスカーである。特捜本部や、地元の対策本部はそれぞれ、車両番号・車両の特徴を記したビラを「緊急情報」として配布し、この2台の車の捜索を続けていた。
後者のワンボックスカーは発見当時、ナンバープレートを取り外された状態で、茂みに隠すように放置されていた。発見現場は、地元住民でもほとんど入らない農道の奥で、鬱蒼と草木が茂っていた。単に盗んだ車を放置したにしては、念の入った隠匿工作がされていたことや、中で飲食した形跡があることなど、不審な点が多くみられたため、特捜本部が鑑識を行うこととなり、名護市役所羽地支所に設置されていた対策本部も「被疑車両か?」と色めき立った。
しかし、県警は同日夜、この車について「事件との関連は薄い」との見解を示した。