九州旅客鉄道
これらの施策の結果、発足初年度の営業損益は288億円の赤字となったが、九州新幹線が部分開業した2004年度には、営業損益が黒字に転換した。2011年3月12日に全線開業した九州新幹線の営業収益は2017年3月時点でおよそ501億円となり、JR九州の鉄道事業全体の収益(同年1464億円)の3分の1以上を占めるに至るなど、事業の大きな柱となっている。これを軸として、D&S列車と称する観光列車などで引き続き地域の活性化や鉄道事業の収益拡大を図りつつ、不動産などの沿線開発や事業の多角化を進め、鉄道事業と関連事業の相乗効果をもって利益を拡大する事業戦略を推進している。2016年度から3カ年の中期経営計画では「総合的な街づくり企業グループを目指す」としている。
2016年の株式公開においては、投資家の間でも訪日観光客の強い伸びが安定した企業成長につながるといった見方があるとされている。
九州新幹線西九州ルートのうち武雄温泉駅 - 諫早駅間が2008年4月、諫早駅 - 長崎駅間が2012年8月に着工され、2022年9月23日に武雄温泉駅 - 長崎駅間が西九州新幹線として開業した。
かつては鹿児島車両センター構内に鹿児島総合車両所 「KG」 が設置されており、鹿児島支社所属の在来線および、九州新幹線部分開業時の新幹線車両の検査などを行っていたが、2011年に工場機能を廃止した。廃止後は主な検査を小倉総合車両所に移管、鹿児島車両センター・宮崎車両センターに一部検査機能が移管された。工場機能を担当する職員のほとんどは、熊本総合車両所に転勤となった。
九州・山陽新幹線 みずほ(一部はJR西日本) さくら(一部はJR西日本) つばめ(一部はJR西日本)
西九州新幹線 かもめ
気動車特急についてもキハ185系気動車において「あそ・ゆふ」共通塗装、「九州横断特急」塗装が存在する。キハ185系は車両数が少ないうえ、増解結や編成組み換えをしばしば行うので「あそ・ゆふ」塗装と「九州横断特急」塗装が逆の列車名の列車に充当されたり、両種類の塗装の列車が混結されることもあった。現在はキハ185系においても共通運用を前提とした「AROUND THE KYUSHU」ロゴへの変更が行われつつある。なお、「A列車で行こう」用キハ185系については独立して運用されている。
前述の観光列車については「指宿のたまて箱」と、「はやとの風」には、共通の予備車が1両、「いさぶろう・しんぺい」には、増結用の予備車が1両ある。しかし、その他の列車には予備車両がない。このため、「海幸山幸」や、「あそぼーい!」などは、運転日を週末などに限定している。「かわせみ やませみ」など、毎日運転する列車では、専用車両が検査の際には別の列車の車両を予備車として充当することがある。そして、「ゆふいんの森」のように列車自体は運休して同じダイヤで特急「ゆふ」を替わりに運行するような措置が取られている。
JRグループ初の新系列車両となった783系
2013年10月15日から、寝台列車「ななつ星 in 九州」を運行している。ななつ星in九州は、1室の料金が1人最大55万円ともなる超豪華寝台列車で、数日にわたって九州を周遊する。日本初となる観光に特化した寝台列車(クルーズトレイン)であり、主に国内やアジアの富裕層をターゲットにする。
日本初のクルーズトレイン「ななつ星 in 九州」