佐伯藩
豊後国海部郡のうち156村(幕末時)
上記のほか、海部郡10村(うち1村は本藩との相給)の幕府領を預かったが、全域が日田県に編入された。
第6代となった高慶(高定)は乱れた藩政を再建するため、規律を定めて文武を奨励し、産業振興に尽力した。また倹約に務めて不正を許さず、病気と称して酒色と遊芸に溺れ他家からの養子と侮る家老を領外追放あるいは免職退隠させた。城内には学習所を開設して後の藩校創設の基礎を築いた。高慶は災害対策にも力を注ぎ、宝永4年(1707年)10月4日の宝永地震(佐伯の推定震度は6)の被害を受けて津波対策のために堤防を築造。また地震の2年前に大火が発生した翌年に消防組織を創設し、3年後には指揮命令系統を整備するため火消奉行を編成した。このように大規模な藩政改革を行なった高慶の時代は40年間余に渡って続き、佐伯藩の中興の祖、英主と讃えられた。
第7代の高丘も祖父の藩政改革を引き継ぎ、不正を理由に家老や奉行を罷免した。しかし高丘の時代には藩財政が逼迫、借金に借金を重ね利子払いが精一杯という破綻寸前の状態に陥った。
高政の没後、跡を継いだ高成は寛永9年(1632年)11月7日に急死し、嫡子には3歳の高直しかいなかった。しかし高政の実弟で2000石の領主であった吉安が高成の異母兄高明を擁して異議を唱えたために御家騒動となり、窮した家老が幕府に嘆願して認められ、第3代の家督は高直が継いだ。吉安はこの裁定に不満を持ち、幕府に対して2,000石の所領を返上して幕府直属の旗本となったため、佐伯藩は2,000石を失うことになったが、幕府に御家騒動の印象を与えたくないため従前通りの2万石で押し通した。また吉直の所領である堅田は平野の少ない佐伯では肥沃な地で水の便にも恵まれていたため、以後の佐伯藩は財政難にも悩まされることになる。