藤本由香里
2000年1月 遙洋子 東大で上野千鶴子にケンカを学ぶ 筑摩書房、ISBN 4480818154
2001年6月 竹宮惠子 竹宮惠子のマンガ教室 筑摩書房、ISBN 4480888039
2002年3月 上野千鶴子、小倉千加子(共著) ザ・フェミニズム 筑摩書房、ISBN 4480863370、ちくま文庫: 2005年9月、ISBN 4480421491
2006年1月 ジャネット・エンジェル(那波かおり訳) コールガール 私は大学教師(プロフェッサー)、そして売春婦 筑摩書房、ISBN 4480837159 原著: Jeannette Angell, Callgirl: Confessions of an Ivy League Lady of Pleasure, Permanent Press, New York, Hardcover: July 2004, ISBN 1579621104 , Paperback: HarperCollins Publishers, 1st April 2005, ISBN 0060736054
2006年7月 ヨコタ村上孝之 マンガは欲望する 筑摩書房、ISBN 4480873511
2006年11月 島崎今日子 この国で女であるということ ちくま文庫、筑摩書房、ISBN 448042282X アエラに掲載された「現代の肖像」を単行本化した2001年10月の教育史料出版会の同名単行本(ISBN 4876524114)を、藤本が一部追加と削除など再編集してちくま文庫に収録。
』は、少女マンガ評論に新たな可能性を切り拓いたと評されている。とりわけフェミニスト著作者からは、フェミニズム関連書の意欲的な編集が高く評価されている。2001年に取材された際、「私ほど、好きな本ばかり作ってきた人はいないかも」と自身のそれまでの仕事を語ってみせた。筑摩書房からは2007年末をもって退職。
また、女性のセクシュアリティについて考察を深めるため、女性にとっての性(セックス)も研究し、この分野における論客ともなっている。
同時に、マンガ評論専門家として朝日新聞社主催の手塚治虫文化賞審査員(2000年、2002年、2006年)や、講談社漫画賞選考委員(2006年)、文化庁メディア芸術祭マンガ部門審査員(2006年)などを歴任。
2008年明治大学に新設された国際日本学部准教授、2014年教授。同僚の森川嘉一郎らと、各種シンポジウムの開催、「米沢嘉博記念図書館」の創設などに携わっている。
2010年の東京都青少年の健全な育成に関する条例改正問題に関しても、積極的に活動、発言している。