セオドア・ルーズベルト (原子力潜水艦)
哨戒は9月23日に完了し、セオドア・ルーズベルトはスコットランド、ホーリー・ロッホの弾道ミサイル潜水艦基地に入港した。
続く3年半にわたってセオドア・ルーズベルトはホーリー・ロッホを拠点として15回の抑止哨戒を行った。1965年の初夏にホーリー・ロッホを出港、17回目にして最後の抑止哨戒を行う。任務を完了し、6月15日にチャールストンに到着した。セオドア・ルーズベルトは16発のポラリスミサイルを降ろし、コネチカット州ニューロンドンに向けて出航、6月26日に到着した。
ニューロンドンでセオドア・ルーズベルトは広範囲オーバーホールのためエレクトリック・ボート社のドックに入渠した。1965年7月から1967年1月まで核燃料の再補給とポラリス発射システムの改良が行われ、新型のポラリス A3 ミサイルが搭載可能となる。オーバーホール作業は1967年1月14日に完了し、海上公試および回復訓練が行われた。訓練では4月の後半にケープカナベラルにおいてポラリスミサイルの発射試験が行われ、成功裏に終了した。訓練期間を終えたセオドア・ルーズベルトはチャールストンに戻り、ミサイルを搭載、再びホーリー・ロッホを拠点として哨戒を行うための準備に入った。18回目の抑止哨戒は6月1日に開始され、哨戒はホーリー・ロッホで完了した。
スコットランドを拠点としての2度目の配備は、最初の配備に比べると非常に短期間なものとなった。1967年6月半ばから1968年2月までに18回目から21回目まで4度の哨戒が行われた。21回目の哨戒から帰還中の3月20日、セオドア・ルーズベルトはスコットランド西方において座礁する。