ドジョウ
日本在来のドジョウ属は、中華人民共和国の舟山島をタイプ産地とするMisgurnus anguillicaudatus1種に分類されてきた。日本産としては1846年にコンラート・ヤコブ・テミンクとヘルマン・シュレーゲルによってCobitis rubripinnisとC. maculata(タイプ産地は長崎周辺)が記載されたが、これらは広義のM. anguillicaudatusのシノニムと見なされたり、亜種M. a. rubripinnisとされることもあった。ミトコンドリアDNAによる研究により、本種からClade A(東ヨーロッパ・ロシア系統)・B-1(日本在来系統)・B-2(中国大陸系統・日本に移入)の3系統が報告され、また琉球列島にはClade Bから分岐した2系統(沖縄島・西表島)が存在することが示唆された。Clade Bはシマドジョウ類との交雑に由来する系統だと考えられている。2012年以降はドジョウ(Clade B-1・B-2)・キタドジョウ(Clade A)・シノビドジョウ(sp. IR)・ヒョウモンドジョウ(sp. OK)の4種が区別されるようになった。2021年には中国産の標本を用いた研究によりM. anguillicaudatusの北方系統をM. bipartitusとして区別する見解も出されており、その説に従えば日本個体群の系統はM. bipartitusに含まれる。
以下にFricke et al. (2022) によるドジョウ属の有効種を示す。日本産の学名未決定種については本村 (2022) に従う。
三重県伊賀市新堂地区には過去ジンダイドジョウ(神代泥鰌)という個体群が生息していた。この個体群は全長30cmほどに成長し、頭部から背部にかけて斑点があったなどの特徴があったとされている。純粋な遺伝子をもつ集団は絶滅したため、詳しいことは分かっていない。近年の研究で、ドジョウにはジンダイドジョウのほか、複数の個体群が存在していることが示唆されている。島根県安来市も有名。