日本とエストニアの関係
1918年、ロシア革命によってエストニア第一共和国は独立。第一次世界大戦が終結した1919年3月以降、日本はエストニアを事実上国家承認の状態にあったが、1921年1月には日本は正式にエストニア独立を承認し、両国間で外交関係が樹立された。その後、日本はタリンに外交官出張所を有していたものの、1940年、ソ連によるエストニア併合に伴い出張所は閉鎖された。第二次世界大戦後、エストニアはエストニア・ソビエト社会主義共和国としてソ連の一構成国となり、ソ連を介した交流が維持された。
冷戦末期の1991年9月、日本はエストニアを含むバルト三国に対して政府ミッションを派遣して、バルト三国の平和裡の独立に支持を表明。同年9月6日にはラトビアやリトアニアとほぼ同時に国家承認をして、10月10日にはおよそ50年ぶりに新たな外交関係が樹立された。1993年1月、日本はタリンに在エストニア日本国大使館を開設し、一方のエストニアは1996年9月に東京に駐日エストニア大使館を開設した。2010年1月には、エストニアに常駐する初の日本国大使として星秀明が任命、着任した。
2021年には、日本が初めて正式にエストニアを国家承認した1921年から100年が経過し、「日・エストニア友好100周年」を迎えた。在エストニア日本国大使館はそれを記念した公式ロゴを制定し、文化、芸術、スポーツ、教育、観光、経済、科学など多岐にわたる分野での交流事業を募集。1月26日にはエストニア大統領のケルスティ・カリユライドが駐エストニア日本大使の北岡元を大統領宮殿に招待し、国旗掲揚セレモニーが実施された。駐日エストニア大使のヴァイノ・レイナルトは、宇都隆史外務副大臣を表敬した。
2004年3月にエストニアは北大西洋条約機構(NATO)加盟を果たした。日本はNATOのグローバル・パートナーシップ国の一つであり、またアメリカとの同盟関係にある事から、間接的にエストニアの安全保障上のパートナーとなっている。
また、エストニアはITやサイバーセキュリティ、情報セキュリティの先進国であり、両国は今後安全保障の要となっていくサイバー面での協力を深めている。2014年にはタリンで第一回日・エストニア サイバー協議が実施され、2015年には東京で第二回の協議が、2017年には第三回協議が実施された。2019年には駐エストニア日本大使の北岡元が、タリンにあるNATOサイバー防衛協力センターを訪問・視察した。2019年にエストニアを訪問した内閣総理大臣補佐官の薗浦健太郎は、NATOサイバー防衛協力センターが主催したサイバー防衛に関する国際会議「CyCon 2019」に出席し、日本の安全保障とサイバー空間に関する基調講演を行った。