熊本大神宮
明治初年大教宣布の大詔に基き神宮司庁に於て神宮教院を創立せられ、全国にその教区を置かれた際、その本部の一つとして、熊本に明治9年神宮の神璽を奉迎鎮祭し、大教の宣布に従事することとなったが、明治10年兵火に罹ったので、有志者の賛助に依り明治11年熊本市手取本町に広汎なる敷地を求め神宮を模したる神明古代造の殿舎を建て、又、大講堂、南北大学寮を建築して以来、九州の教区を総轄し、大教の宣布、神宮大麻、暦の頒布、学生の教養に任じ、相当盛況を極め、地方人心の指導に裨益する所が尠くなかったが、明治20年頃に至り衰運に傾き、鷹匠町41番地に移転した。明治32年9月神宮神院は神宮奉斎会と改められ、財団法人組織となったので神宮奉斎会熊本本部と改称し、昭和2年に至り熊本市本丸1番地に新築移転し、次第に殷盛を辿りつつあったが、昭和21年神宮奉斎会の解散に伴い、神社として発足、昭和21年6月5日熊本大神宮と公称して現在に至っている。
神社本庁が包括する神社の一つであるため、奉職するには、本庁の発行する階位が必要である。
熊本県神社庁熊本中支部に所属。
平成28年(2016年)4月に発生した平成28年熊本地震により、熊本城の東十八間櫓と北十八間櫓が倒壊し、神社の建物の屋根を突き破る被害が発生した。