スーパーメトロイド
本作のラストボス。ただし、戦闘中自動的にイベントが発生する。
宇宙海賊を統括する機械生命体(生体コンピュータ)で、再建に伴って彼女も再生された。最初は第1作目と同様に再生する装甲「ゼーベタイト」の柱に守られ砲台「リンカ」からのエネルギー弾で攻撃する頭部だけの姿である。しかし一度倒されると巨大な胴体パーツと合体した新たな姿となって復活する。倒すと自爆装置が作動する。
それぞれ対応した弾薬回復アイテムでミサイルは2つ回復で、それ以外は1つ回復。タンクを1つ以上持っており、かつ1個以上消費している時のみ出現。敵によっては特定の弾薬が出やすい者もいる。
取得するとそれぞれのサブウェポンが使用可能になるが弾に制限がある最初は5発、以後取得すれば上限が増える(最大値はミサイルは230発、スーパーミサイル、パワーボムは50発)。