ともに海の深みへ
2012年の夏、収容者たちは再び1997年と同じ行動をとる。彼らの行為は一月ほどで止むが、軍首脳部は原因を究明すべく、ケリーを招聘することを決める。
ケリーは国土安全保障省に顧問として協力を要請され、詳細を聞かされないまま、孤島の軍施設へと赴く。エスコベード大佐は口外厳禁を念押しする。ケリーは捕虜を80年間も収容し続けている施設など信じられず、なぜ自分が呼ばれたのか尋ね返す。大佐は収容者の顔写真を見せ、異形の彼らとコミュニケーションを取りたいのだと回答する。ケリーは大佐から音についての説明を聞き、またインスマスの資料を読んで状況を理解する。
バーナバス・マーシュと面会したケリーは、能力で、彼の心に「海」があることを察知する。そのあとの数日、20人もの収容者たちと対話を試みるが、彼らは心を閉ざしたままで何も答えてくれない。より深い観察を行うために、監視と束縛付きで、マーシュを海に入れることが許可される。ケリーはマーシュと共に海に入り、マーシュが深みの何かに意思を通わす様子を見、また脳裏に海底都市を幻視する。
マーシュは突然奇声を発し、軍は危険と判断し彼を射殺する。大佐には、彼の行動が救難信号を発したのだと思えてならなかった。
大佐はケリーに、海軍が撮影した写真を見せる。8枚の写真には海底都市が写っており、伏せられた1枚は見せず「生物が写っている」と説明する。軍は実験中止の判断をくだし、ケリーは帰らされることが決まる。深入りさせられたあげくに、ケリーは納得がいかない。そんなとき、海から巨大な怪物が現れ、収容所を破壊し、62人の収容者たちを解き放つ。廃墟と化した施設跡で救難作業をしつつ、ケリーは大佐が隠していた写真を持ち出す。ケリーは、マーシュに呼ばれて写真の生物がやってきたことを理解する。
家に帰ったケリーは、彼らと泳ぐ夢を見るようになる。ケリーは娘を連れて、マサチューセッツ州のインスマスを訪れる。田舎なりに復興しており、インスマス面の人物は一人も見かけない。ケリーは娘を連れて、ボートで沖合へと漕ぎ出す。海から彼らが姿を現し、ケリーを仲間に迎える。
ケリー・ライマー - 動物行動学の研究者。ディスカバリーチャンネルの人気番組『動物との対話』の花形として人気と知名度を博す。なんとなく、海への恐怖を抱いている。モンタナ州在住。
ダニエル・エスコベード大佐 - 米軍の極秘部署に所属する軍人。インスマス捕虜収容所の責任者。
タビサ(タビー) - ケリーの娘。6歳。両親の離婚で母親を選んだ。
メイスン - ケリーの夫。離婚し、娘の親権を巡り裁判で争った。
ジャイルズ・シャプレイ - 1928年の拘束当時18歳。どんどん変異していく容貌が写真に記録されている。
バーナバス・マーシュ - 最年長の収容者。『インスマスを覆う影』のマーシュ老その人。