万寿寺
『京城万寿禅寺記』などによると、白河上皇の皇女である郁芳門院(媞子内親王)が永長元年(1096年)に数え年21歳で亡くなり、それを悲しんだ白河上皇が皇女の菩提を弔うために六条内裏に六条御堂を建立した。これが当寺の起源であるという。この六条御堂の所在地について「万寿寺通高倉」とする資料が多いが、『都林泉名勝図会』には「南は六条通、北は六条坊門(現・五条通)、西は東洞院通、東は高倉通」とあり、「万寿寺通高倉」よりはやや南方である。なお、天皇が出家して上皇となったのも皇女の死がきっかけであったという。
この御堂は、鎌倉時代には法然の弟子・湛空(1176年 - 1253年)が住し、湛空から十地覚空に受け継がれた。この頃には天台系浄土教の寺であったと見られる。正嘉年間(1257年 - 1259年)、十地覚空とその弟子の東山湛照が東福寺の円爾に帰依して臨済宗寺院となり、寺号も万寿寺(万寿禅寺)と改めた。弘長元年(1261年)に開堂の儀が行われている。
その後、文永10年(1273年)に火災に遭い、元徳2年(1330年)には後宇多上皇皇女の崇明門院から土地を賜って六条の旧地のやや北方、高倉通の西、樋口小路(現・万寿寺通)の南の地点に移転した。付近には下京区万寿寺町、万寿寺中之町の町名が残る。