第一次星間大戦
停戦交渉の最中にボドル基幹艦隊総旗艦総攻撃移動を知らされたエキセドルはボドル基幹艦隊への共同攻撃をマクロスに提案する。 マクロス側と同様にブリタイ側でもラプラミズとカムジン・クラヴシェラに対して自らが置かれている状況を説明し、同盟参加への説得を試みる。これに対してラプラミズは了承するものの、カムジンは反対し、艦隊ごと地球圏から離脱する。
エキセドルからの情報によりゼントラーディ軍の命令系統や軍規の概要を把握したマクロス・ブリタイ同盟艦隊は、圧倒的な劣勢を挽回する作戦を話し合い、共に基幹艦隊への抵抗手段を立案する。それは「基幹艦隊の旗艦が撃沈された際には、残存艦隊は速やかに戦闘を中断し、近くの他の基幹艦隊へと撤退する」という軍規を逆手にとり、命令系統上位の艦隊旗艦、そしてボドル基幹艦隊総旗艦であるフルブス・バレンスへの集中攻撃という作戦であった。
そのような状況の中、早瀬未沙が地球探索の際にプロトカルチャーの遺跡都市アルティラから持ち帰っていたプレートカードが、「愛・おぼえていますか」の歌詞カードであることに気付き、自室の端末を駆使し、独力での翻訳に成功する。
「愛・おぼえていますか」完成とほぼ同時期に、それまでボドル基幹艦隊と交戦していたモルク・ラプラミズ艦隊が地球圏に出現。マクロス側は「愛・おぼえていますか」の完成を、決戦への切り札として故意に秘匿する。ボドル基幹艦隊とモルク・ラプラミズ艦隊は地球圏で戦闘を開始し、ボドル機動要塞の味方を巻き込んだ主砲の砲撃によりラプラミズ艦隊の旗艦であるラプラミズ級機動要塞は撃沈される。その際、地表の遺跡都市アルティラに降下していたマクロスにもゼントラーディ艦隊より攻撃が行われるが、マクロスは最大戦速にて離脱に成功、戦域に突入することになる。
リン・ミンメイの歌う「愛・おぼえていますか」によりカルチャーショックを受けた基幹艦隊の混乱の間隙を縫うように、マクロスはボドル機動要塞への接近を図る。ゼントラーディ砲撃戦艦の接近により危うく撃沈される寸前、ボドルザーに反旗を翻したブリタイ艦隊らの援護を得て、マクロスは機動要塞内部への突入に成功。メインブリッジ直衛を行っていたスカル隊のVF-1Sが特務により機動要塞中枢に突入、ボドルザーを直接攻撃し打倒する。制御中枢を失った機動要塞もフォールドシステムの暴走を伴いながら崩壊し、ゼントラーディ、メルトランディ双方からの援護を得た人類の勝利という形で終戦を迎える。