指揮権 (法務大臣)
2010年、柳田稔法務大臣の在任中に尖閣諸島中国漁船衝突事件で那覇地検が公務執行妨害罪で身柄拘束中の船長を処分保留で釈放された(当時の検事総長は大林宏)。那覇地検の釈放理由に「今後の日中関係を考慮する」とあったため、政治判断による指揮権発動が疑われたが、柳田は釈放は検察の判断であり報告を受けた時に検察の判断を尊重したとし、指揮権発動を否定した。しかしそれから3年後の2013年9月19日、事件当時の内閣官房長官であった仙谷由人は時事通信社のインタビューに答え、自身が法務事務次官に対して船長釈放の要望を実質上は出していたこと、釈放決定前に外務省幹部を那覇地検へ派遣したこと、またそれらに関しては、2010年11月に日本での開催が予定されていたAPEC首脳会議に際し中国首脳の来日拒否を恐れた事件当時の内閣総理大臣・菅直人の「解決を急げ」との指示があったことを明言し、政治関与があったことを明らかにした。更に2020年9月、衝突事件直後に国土交通大臣から外務大臣に補職替えとなっていた前原誠司は産経新聞の取材に答え、2010年9月21日に菅直人自身が首相公邸で前原に対し強い口調で「釈放しろ」と指示したこと、そして前原がその旨を仙谷由人に伝えたことを明らかにした。
2012年、小川敏夫法務大臣が、陸山会事件に関連した虚偽の捜査報告書作成問題に関して、検事の起訴を前提とした指揮権の発動を野田佳彦首相に諮ったが、了承が得られなかったことを退任時に明かした(当時の検事総長は笠間治雄)。なお、この報告書を作成した検事は不起訴となった。
個別事件において検察官に不起訴処分をさせること。
しかし、「起訴独占主義」の例外である検察審査会の強制起訴制度や裁判所の付審判制度で起訴されるという形で法務大臣の意に反した起訴がされることがあるため、万能ではない。また、指揮権発動の唯一の例である造船疑獄では、与党幹事長は逮捕を含めた強制捜査を免れたものの罪状が変わった上で在宅起訴はされている(後述)。
指揮権が発動されたと公に認識されているのは1例のみである。(2023年10月現在)
1954年(昭和29年)4月21日の造船疑獄において犬養健法務大臣が「重要法案審議中」を理由に、佐藤藤佐検事総長に対して自由党幹事長・佐藤栄作の第三者収賄容疑の逮捕請求を無期限延期させて強制捜査から任意捜査への切り替えを命令した件
犬養はこの後に法務大臣を辞任した。なお、後任法務大臣の加藤鐐五郎は国会閉会直前の6月9日に「4月21日の法相指示は国会閉会とともに自然消滅する」と佐藤検事総長に通知している。検察は贈賄側が保釈されていることで収賄罪の容疑を裏づけることは困難として国会閉会後に佐藤幹事長の逮捕をすることはなかった。この事件については後に佐藤検事総長が国会で証人喚問された際に「指揮権発動によって、捜査に支障を来たした」と証言したこともあり、長らく政界が検察に対して党派介入したものと批判された。だが、この場合も命令は無効とはいえず、政治的な批判の問題が残されただけである。もっとも、その後の資料によって、検察内部で証拠の評価などを巡って捜査方針の対立があり、強行に捜査を進めていた特捜部の方針を危惧した検察幹部が政界に対して指揮権発動によって強制捜査を中止させる案を持ちかけたことが明らかになっている。なお、裁判では14人に有罪判決が出たが、7人の完全無罪確定者が出ており、14人の有罪判決の中には一部無罪判決が出た者もいる。また逮捕を免れた結果となった佐藤栄作は後に別件に切り替える形で政治資金規正法違反で在宅起訴されたが、国連加盟恩赦で免訴となった。