国家保安本部
保安警察(ジポ) - 政治的、民族的な敵性分子すべてを取り締まる政治警察(私服を着た警察) 秘密警察局(ゲシュタポ) 刑事警察局(クリポ)
1939年、9月27日付のヒムラーの内務省令に基づき、ハイドリヒは、政治警察活動の重複を避けるために管轄分野を調整、党機関の親衛隊の SD と国家機関の保安警察を一つの傘の下に纏める。この傘が親衛隊の国家保安本部である。これにより親衛隊の主導による統一的な敵性分子の制圧システムが完成する。しかし、国家保安本部の全員が親衛隊員であった訳ではなく、従来からの警察官僚がナチス党に入党することなく勤務することが可能であった。SDは第III局(国内諜報)、秘密警察は第IV局、刑事警察は第V局に配された(詳細は下記の組織を参照)。この時からハイドリヒの官名は公文書に「Chef der Sicherheitspolizei und des SD」、つまり保安警察および親衛隊情報部の最高責任者と記載されるようになる。
戦争の拡大によりドイツ海外における諜報部門として国家保安本部に第VI局が設けられ、局長には30歳で親衛隊少将兼警察少将であるヴァルター・シェレンベルクが配される。彼は以後、ヴィルヘルム・カナリス提督の率いる陸・海・空の三軍に関わる軍事情報収集を任務とするアプヴェーア(国防軍情報部)と海外諜報分野におけるライバル関係になる。
1941年、独ソ戦開始に伴い、ハイドリヒは国家保安本部の SD(第III局)、秘密警察(第IV局)、刑事警察(第V局)の各局から数個のアインザッツグルッペン(特別殺戮部隊、移動特別部隊、特別行動隊とも訳される)を創設し、占領地のユダヤ人を排除するために国防軍の進撃に追随させ、占領地でユダヤ系住民を移住させると称して集結させ、彼らを殺戮した。銃撃による大量殺戮は部隊員に過大な精神的負担を強いる(そもそも処刑を見学しに来たヒムラー長官自身がひどい精神的ダメージを受けてしまっている)こととなり、のちにアウシュヴィッツ収容所に見られるガス室(チクロンB)による大量殺害の方法が案出されるきっかけになった。無抵抗の民間人の殺戮を見聞きした陸軍上層部にヒトラー排除の陰謀が広がる。民間にあってもミュンヘンにおけるショル兄妹の白バラ抵抗運動のきっかけにもなった。
1942年6月4日、RSHA長官ラインハルト・ハイドリヒがプラハにて英国の派遣したチェコ人コマンド部隊に暗殺された。RSHA長官の地位は親衛隊全国指導者ヒムラーがしばらく兼務したのち、1943年にエルンスト・カルテンブルナーが引き継いだ。
1944年、カナリス提督が反ヒトラーの陰謀に荷担したために国防軍情報部の海外諜報部門が国家保安本部に移行、軍事情報部 (Militärabteilung der RSHA) となった。