日本の鉄道コンテナ
積荷はISOドライ・コンテナと基本的には同じである。運用形態はJR貨物が所有するコンテナと、JR貨物が輸送を認め私有コンテナとして登録した官民が所有する形態での、二通りに分かれている。
使用するコンテナは、別記(#JR貨物コンテナ登録規格参照)の通りのサイズ規格により厳格に別けられており、国内鉄道での運用が基本のため、また日本の商慣習や顧客イメージおよび、コンテナ内での貨物の積み付け諸事情を反映して海上コンテナや、内航コンテナで主流を占める鉄板むき出し仕様は無い。逆に湿気防止のベニヤ板を貼り付けた内張りがあり、そのほかに積付け用のフック用リング・ラッシングレールなどの装備が充実している。
ただし、内張りのない代表例として、旧国鉄時代に国鉄所有で当時の危機的財政難の折に製作コスト節約のために、新形式として登場したC35形での事例がある。
日本国内の鉄道貨物独自の冷凍機付冷凍コンテナ(リーファー・コンテナ)の仕様には、外部発電機から電気ケーブルで給電する電動機付冷凍コンテナ「集中式クールコンテナシステム」(以下、集中式)と、コンテナ個々に独立装着した小型発電機で直接給電するディーゼルエンジン付冷凍コンテナ「分散式クールコンテナシステム」(以下、分散式)、更に両方式を纏めた「併用式クールコンテナシステム」(以下、併用式)がある。
国鉄末期の1987年に、それまで輸送効率の悪かった箱形20 ft級、10t積み無蓋コンテナが、輸送効率の改善を図る為にトラックの平荷台のような構造で、多彩な貨物が輸送出来る新型コンテナ UM5 - 58 番として、14年ぶりの新規登録で登場した。基本的な目的は、全国通運と同様に国鉄の資本が入った重要子会社でもあり、また全国の主要運送企業のまとめ役でもある、日本フレートライナーが、傘下の企業が扱う小口の引越貨物を、新規に開発したミニコンテナ(鉄道輸送は出来ない民間規格品)に詰め込みこれを一度に二個積載して、20 ft級のコンテナとして輸送する。また帰り便には、空になったミニコンテナに一般雑貨荷物を載せて、これにより土台となるUM5形コンテナを往復利用して、稼働率を高めるために開発された。しかし、当時はまだ鉄道での引越しには国鉄の主力コンテナであった12 ft級、5t積み汎用コンテナが圧倒的なシェアを占めていたなどの時代的な背景もあり、このミニコンテナ輸送計画は結局短命に終わってしまった。
また最大の特徴は、万一片道利用のみで同様のコンテナが一箇所に滞留した場合に備えて、最大三個を段積みして一個の箱型同様の高さにし、本来であれば三個別々に回送料金が掛かる無駄を、単独の回送料金に抑えられる事である。
過去に#集中式クールコンテナシステムが頓挫した現在、本州と北海道を結ぶ青函トンネル内では、冷凍コンテナ毎に搭載している小型エンジンで発電して、冷凍機を駆動する#分散式での走行火災事故や、またエンジンからの排熱による火災報知器の誤作動を防ぐために、エンジンを完全に一時的に止めなければならない。エンジンの停止・始動は、青函トンネル前後の地上に設置された装置からの指令を無線受信することにより行なわれるが、受信装置が付いていないエンジン付冷凍コンテナもある。リモコン装置が付いていないコンテナは、青函トンネルの通過を禁止されており、それらの冷凍コンテナ両側面には「青函トンネル通過禁止」の表記が義務付けられているが、古いタイプには未表記も存在する。
集中式クールコンテナシステム
集中式での鉄道冷凍輸送は、1988年から関東 - 北海道区間の限定輸送で始まった。この方式で使用する冷凍コンテナは冷凍機が電動機駆動のため、電源が必要である。しかし通常の貨車には電源装置がないため、予備発電機と自動消火装置を搭載した二重系統仕様の発電専用電源コンテナとして、20 ftタイプの(G30A形 または ZG形)を積んだ貨車の前後を、電源供給用引き通し電気ケーブルを設けた貨車で挟む形で積載する「集中式」が開発された。後記する国鉄時代からすでに運用されていた#分散式では、当時の機器類の耐久性問題や自動運転技術の未熟さゆえに、長距離輸送の際には途中停車駅で多少の点検はあるもののそれ以外は乗務員の目に触れないため、万一発電機停止などのトラブルがあれば積荷が変質するなどのおそれがある。また、自然災害などによる輸送障害時に予定外に長時間臨時停車するときには、各冷凍コンテナ搭載の発電機に燃料油をコンテナ毎に追加給油するなどの手間もかかったが、この集中式であればそのような致命的打撃はほぼ免れることができる。JR貨物ではこの新しい輸送方法を、「集中式クールコンテナシステム」と名づけていた。
しかし、実際に始まってみると積載貨車が限定されるのみではなく、輸送トラックにも小型発電機を装備し、また発送者・荷受人両方においても、三相交流200 V工業規格の専用給電設備が必要となるなど、集中式では運用の自由度が極端に低かった。
日本の鉄道コンテナ(にほんのてつどうコンテナ)は、大きく分けていわゆる国際海上コンテナ輸送用の「ISOコンテナ」、内航コンテナ輸送用の「JIS Z1610 国内貨物用コンテナ」、および鉄道コンテナ登録の大多数を占める「JR貨物独自のサイズ」とに分けられる。これらは鉄道貨物輸送を担うJR貨物が全てのコンテナ個々に、専用形式 + 本体番号からなる「管理番号」を付して登録管理している(#所有者を参照)。
大きさは、国鉄時代より長らく荷主の扱いやすいサイズとして主に長さ12 ft・5 t積みのコンテナが継続して使用されてきたが、輸送実態や荷主の要望・JR貨物自ら輸送改善を図る目的で種々のサイズのほか、積荷の荷役効率化に合わせた特殊な構造などを有した、多種多彩なコンテナが開発された。また一部では20 ftのISOコンテナのみならず、40 ftサイズの海上コンテナを直接運ぶケースもある(ISOコンテナの国内輸送を参照)。