海巡署
海巡署署長
海巡署副署長
海巡署主任秘書
艦隊分署 北部地区機動海巡隊(基隆港と台北港) 中部地区機動海巡隊(台中港) 南部地区機動海巡隊(高雄港) 東部地区機動海巡隊(花蓮港) 直屬船隊(興達港) 第一(基隆)海巡隊 第二(淡水)海巡隊 八里分隊 第三(台中)海巡隊 第四(台南)海巡隊 第五(高雄)海巡隊 東沙分隊 南沙分隊 第六(花蓮)海巡隊 第七(蘇澳)海巡隊 第八(澎湖)海巡隊 第九(金門)海巡隊 第十(馬祖)海巡隊 第十二(新竹)海巡隊 第十三(布袋)海巡隊 麥寮分隊 第十四(恆春)海巡隊 第十五(台東)海巡隊 第十六(澳底)海巡隊
北部分署 第一(宜蘭)巡防区 第一岸巡隊 (艦隊分署)第七(蘇澳)海巡隊 (偵防分署)宜蘭査緝隊 第二(北基)巡防区 第二岸巡隊 (艦隊分署)第一(基隆)海巡隊 (艦隊分署)第十六(澳底)海巡隊 (偵防分署)基隆査緝隊 (偵防分署)台北査緝隊 第三(桃竹)巡防区 第八岸巡隊 (艦隊分署)第二(淡水)海巡隊 (艦隊分署)第十二(新竹)海巡隊 (偵防分署)桃園査緝隊 (偵防分署)新竹査緝隊
中部分署 第四(中彰)巡防区 第三岸巡隊 (艦隊分署)第三(台中)海巡隊 (偵防分署)苗栗査緝隊 (偵防分署)台中査緝隊 (偵防分署)彰化査緝隊 第五(雲嘉)巡防区 第四岸巡隊 (艦隊分署)第十三(布袋)海巡隊 (偵防分署)雲林査緝隊 (偵防分署)嘉義査緝隊
除汚船(全数退役) ORB-01 ORB-02 ORB-03 ORB-05
特殊救難艇 RB-01 RB-02 RB-03
巡防艇とは、100トン未満の巡視艇。海上保安庁のPC、CL型に相当する。
(100トン未満の巡視船の番号は「PP-[トン数][シリアルナンバー]」。例えば、PP-10001は100トン級第1世代第1型の第1番船。ただし、中国語の「4」は「死」の同音異字のため欠番の場合あり)