ゴエモン 新世代襲名!
世に大乱ありし時に目覚める日の本の守護神。如何なる理由からかサスケMarkII共々封印されており、当初は巨大な飛行用カラクリメカだと思われていた。コジロウによって奪取されたことで一時行方不明になるが、アマクサの巨大妖魔に苦戦するゴエモンを見かねた彼によって返却され、ゴエモンインパクトとして再起動した。こちらの製作者も唐繰平であり、エビスは改造など含めて一切関わっていない。
ボスキャラクターたちは戦闘中に妖魔の姿に変身してパワーアップすため、敵とのインパクト戦はアマクサとの対決まで存在しない。またインパクトは内部でサスケが操作しており、ゴエモンは外部から指示を出すのみで搭乗することはなかった。
声 - 斎賀みつき
青年武将。中性的な容姿の美少年で、ベンケイいわく行く先々で女性たちが寄ってくるらしい。妖魔に取り憑かれ、日本掌握の野望に目覚めてしまう。戦闘では刀と巨大な笛を武器として使い、姿を消したまま斬撃の残像で攻撃を行う。AREA4のボスキャラクター。倒しても妖魔の呪縛は解けず、後にAREA5にて再登場し、インパクト「鵺(ぬえ)」を操る。AREA6では一時的にプレイヤーが操作できる。
声 - 不明
EDOを束ねる人物。キヨ姫率いる妖魔軍団に誘拐される。キヨ姫が妖魔であることが原因で交際には難色を示していたが、当のキヨ姫がゴエモンに惚れてしまったため「わしも応援しておるぞ」などと胸をなでおろしていた。
PS版にあった各ムービー、ボイスがカットされ、静止画と字幕によるデモシーンパートのみとなった。
AREA数が6から4に減っている。また、同じステージでも仕掛けが異なっている。
使用可能なキャラクターがゴエモン、エビスの2人のみとなっており、ユイ、サスケmark2の2人はヨシツネと同じく一部のステージのみのゲスト参戦に留まっている。
水中ステージでのユイの衝撃波で敵を倒すことができるようになり、パワーアップアイテムをとることで衝撃波の威力が上がる。
ボスキャラクターの中でコジロウ、ムサシの2人は登場せず、ムサシについてはステージ自体登場しない。そのためAREA2のボスがベンケイ、AREA3のボスがヨシツネ&鵺となっており、大槌は登場しない。
GBA版ならではのオリジナルステージが用意されている。
ストーリーに多少の変更がみられる。それに伴い、デモシーンの会話内容が刷新され、ラスボスもオリジナルキャラクターに変更されている。
BGMの大半が刷新されており、『でろでろ道中』『もののけ双六』からの新規アレンジ曲が使用されている。
多くに対して原作と異なる設定がなされている。
ゴエモンたちが乗り込む巨大からくりメカ。本作では「『ご組』に伝わる伝説の巨大兵器」とされており、エビスの改良によって外見が変わっている。戦闘機のような形態に変形して飛行移動も可能。戦闘で使う必殺技は、名称や見た目こそ異なっているものの、性質は過去のインパクトの必殺技と似通ったものが多い。
専用のほら貝で呼び出していた旧作に対し、本作ではゴエモンのキセルを高く点に掲げ、「来い!」と呼びかけることによって飛来する。