特設護衛船団司令部
1944年4月8日編成。横須賀鎮守府海上護衛部隊に編入され東松6号船団の護衛に成功後、海上護衛総司令部附属を経て1944年5月21日に第一海上護衛隊へ編入。門司・シンガポール間での船団護衛任務に従事し、1944年10月から11月には南西方面艦隊の指揮下に入って多号作戦にも参加したが、1945年2月25日に第一護衛艦隊の戦時編制から除かれた。最後の司令官である駒沢克己少将は第四海上護衛隊司令官に移っている。
松山光治少将(1944年4月8日-同年12月23日)
駒沢克己少将(1944年12月23日-1945年2月25日)
特設護衛船団司令部は松輸送用に設置された編制であったが、その後の豪北方面(ニューギニア島西部)向けの竹輸送や石油輸送用のヒ船団での大船団指揮にも流用されている。
その後の実戦で第6護衛船団司令部の指揮する竹一船団の遭難など固有兵力・幕僚を持たない特設船団司令部の欠点が明らかになると、特設船団司令部の後身と言うべき建制の船団護衛部隊の新設が決まった。これが区別のため100番台の部隊番号を割り振られた護衛専門の戦隊(護衛戦隊)である。少将を司令官として固有の参謀も置いた戦隊司令部の下、海防艦6隻を主力とし、第104戦隊を除いて旗艦用に指揮設備の優れた巡洋艦か駆逐艦1隻も有する。1944年11月から1945年(昭和20年)1月に第101-103戦隊が編成されたほか、1945年4-5月にも日本海での作戦用に第104・105戦隊が編成された。これら護衛戦隊の編入や対潜航空部隊である第901海軍航空隊の増強に伴い、第一海上護衛隊は第一護衛艦隊へ格上げされている。
なお、日本海軍の海上護衛関連の戦隊としては、対潜艦艇と対潜航空機から成る第31戦隊もあった。これは護送船団の直接護衛ではなく、連合艦隊隷下で積極的な対潜掃討を任務として編成された部隊で、海上護衛総司令部隷下の100番台の護衛戦隊とは性格を異にする。また、第51戦隊も主に海防艦で構成された戦隊であるが、対潜訓練隊を改編したもので、就役したばかりの新造艦の対潜訓練が主任務であった。