ドノバン・マクナブ
しかし翌週感謝祭の日のアリゾナ・カージナルス戦でマクナブは調子を取り戻しパス39回中27回成功、260ヤードを獲得、4TDをあげた。プレーオフ進出を賭けた最終週のダラス・カウボーイズ戦で自身が持つチームのシーズンパス記録を更新する活躍を見せ、44-6の圧勝でチームをプレーオフに導いた。この年彼は3,916ヤードを投げ、チームの総得点は416点と創設以来最高の記録であった。NFC第6シードながら、ワイルドカードプレーオフではミネソタ・バイキングス相手にブライアン・ウエストブルックへの71ヤードのTDパスを含む300ヤードを投げ26-14と勝利、ニューヨーク・ジャイアンツを23-11と撃破して4年ぶりのチャンピオンシップのピッチに立った。NFCチャンピオンシップゲームではシーズン序盤に破ったアリゾナ・カージナルスと対戦した。この試合は前半で6-24と大量リードを許したが彼はパスを47回投げて375ヤード、3TD、1インターセプトの成績をあげ、第4QにはルーキーWRデショーン・ジャクソンへのパスで逆転したが、その後ワーナーからティム・ハイタワーへのTDパスが決まり25-32で敗れた。
イーグルスではチーム史上2度目となるスーパーボウル進出を果たし、QBとしてのチーム記録(TD、獲得ヤード、勝利数など)の多くを更新しチーム史上最高のQBという評価を得た。NFCチャンピオンシップゲームでは5回進出したうち1度しか勝てていないが、2000年から2009年までの10年間で92勝49敗1分というトム・ブレイディ、ブレット・ファーヴ、ペイトン・マニングに次ぐ好成績を残している。
2001年シーズン、この年NFC東地区ライバルのニューヨーク・ジャイアンツに対して第4Qでの逆転勝利を2度演出した。この年3,715ヤードを投げ25TDをあげた。2年連続で3,000ヤード以上のパスを投げたQBはイーグルス史上、ソニー・ジャーゲンセン(1961年-1962年)、ロン・ジャウォースキー(1980年-1981年)、ランドール・カニンガム(1988年-1990年)に次いで彼で4人目であった。プレーオフでのTDパスは通算8回となり、ジャウォースキーの9回に次いでチーム歴代2位となった。ディビジョナルプレーオフのシカゴ・ベアーズ戦ではパス40回中26回成功、262ヤードを獲得、2TDパスで週間MVPに選ばれる活躍を見せてチームを1980年以来20年ぶりにNFCチャンピオンシップゲームまで導いたが、カート・ワーナー率いるセントルイス・ラムズに29-24に敗れた。この年2度目のプロボウルに選ばれた。シーズンオフにチームと新たに12年契約で1億1500万ドル(サインボーナス2,050万ドル)の契約を結んだ。
2002年シーズン、第11週のアリゾナ・カージナルス戦でエイドリアン・ウィルソンらにサックされた際に右足首を骨折した。ロッカールームに運ばれた彼は試合に復帰しパス25回中20回成功、4TDパスをあげる活躍を見せたがX線撮影の結果、骨折していることが明らかになり、レギュラーシーズン最後の6試合を欠場しA・J・フィーリー、コイ・デトマーの2人が先発、彼が欠場した間、5勝1敗とし、チームはNFCトップの12勝4敗の成績でホームアドバンテージを確保した。
フィラデルフィア出身のボクシング世界王者になったバーナード・ホプキンスは人格面は賞賛するものの、治安がそれほど悪くない地域の出身である彼には闘争心が欠けていると批判をしている。