アイヌ墓地盗掘事件
落部村の件が落着した後、大和守は森村の件への追及を強める。改めて森村墓地盗掘について正式な裁判を要求するが、ワイスからは関与を否定し裁判を拒否する返信があった。なおこの頃、禁固に処されたはずのホワイトリーが街で目撃され、大和守は領事館に抗議を行っている。
大和守の厳しい追及と抗議に抗しきれなかったワイスは、11月29日に森村墓地盗掘についても関与を認めたが、遺骨については海に捨てたと報告した。これに対して取調べで領事館内で遺骨が保管されていることを把握していた大和守は、即刻領事館にてワイスと会見し、改めて遺骨の返還を迫った。大和守の追及に対し、ワイスの返答は海に捨てた・すでに返還済みなど二転三転した。
12月初旬、ワイスはパークスに指示を仰ぐために横浜に出張した。一方の大和守も幕府に顛末書を送付している。大和守の報告を受けた幕府外国奉行は、12月22日にパークスに対し関係者の厳重な処分を要求した。同月24日に江戸詰箱館奉行格の新藤鉊蔵はパークスと面談し、事後の処置について交渉。その結果、パークスは日本側の主張を全面的に認め、具体的な処置について箱館で協議することで合意した。
その後、英国側は海に捨てた遺骨を回収するためと称し、付近の海を探索。その結果数個の頭蓋骨や下顎骨を回収したとし、箱館奉行所に提出した。しかし、奉行所は持ち込まれた遺骨が盗掘したものではない事を見抜き、再び態度を硬化させた。
翌慶応2年(1866年)1月8日に、英国側はトロンら3名について禁固刑の判決を下し、奉行所へ報告した。