山門寺門の争い
永保元年(1081年)4月に、日吉社の踏歌節会(あらればしりのせちえ)にて、大津浜の男が日吉社の宝殿に放尿をする乱行に及んだ。これを見咎めた日吉社の法師らがその男を捉えようとしたところ、逆に男が法師の1人を搦めとってしまった。禰宜らが解放するよう男に懇願するが、男は聞き入れずに大津浜に連れて行こうとした。この争いに山門派の山法師が気づいて騒動となった。この結果、大津浜住人は奉仕先を日吉社から三井寺新宮(長等神社)に変えるとし、山門派と寺門派の抗争に発展した。『桂林拾葉抄』によれば、日吉社は「三井寺新宮は大勢で祀るだけのところで、ここ数百年神事を怠っている」などと太政官に提訴し、朝廷もこれを認めて近江国司に氏子を元に戻すように命じた。しかし実現は容易ではなく、業を煮やした山門派は6月9日に僧徒数千人で園城寺を焼討する。
『天台座主記』などによると、文永元年(1264年)3月23日に延暦寺東塔延命院から火災が発生し、戒壇院を含む多くの堂塔が焼失した。この火災は四天王寺別当職が園城寺に付されたことなどに抗議する山門派の自燃であったとされる。寺門派はこれを機と捉えて、勅許の無いまま3月29日に園城寺金堂にて仙朝を戒師和上として寺門派僧への三摩耶戒授与を強行する。これに反発した山門派は首謀者の仙朝の流罪を訴え、5月には寺門派僧兵と戦闘を行って園城寺を焼き払う。この時、金堂以下主な堂塔のみならず園城寺三別所や周辺の住居も焼失した。その被害は甚大で、山門派も焼討を懺悔し写経をするほどであったと伝える。同年暮れ以降に山門派には武装禁止や所領規制などの処分が行われた。