仲恭天皇
陵(みささぎ)は、宮内庁により京都府京都市伏見区深草本寺山町にある九條陵(九条陵、くじょうのみささぎ)に治定されている。宮内庁上の形式は円丘。
上記とは別に、京都府京都市東山区本町にある宮内庁の東山本町陵墓参考地(ひがしやまほんまちりょうぼさんこうち)では、仲恭天皇が被葬候補者に想定されている。
皇居では、皇霊殿(宮中三殿の1つ)において他の歴代天皇・皇族とともに天皇の霊が祀られている。また若宮八幡宮社(京都府京都市東山区)では、左相殿に祀られる。これは、東山本町陵墓参考地の場所にかつて存在した塚本社からの移祀である。