佐鳴湖
汚濁の原因としては、周辺地域の急激かつ過剰な開発により湧水量が減少し,生活排水や事業系排水が増大したことが挙げられる。流域の開発事業はいまだに行われており,流域の台地法面に残された貴重な緑地はなお減り続けている。また,天竜川水系からの三方原用水による利水で三方原台地での農業が盛んとなり農業排水などの負荷が急速に増大したことが挙げられる。それらの排水に含まれる窒素(硝酸イオン)やリン(リン酸イオン)を栄養源にして、植物プランクトンが異常繁殖する。周辺湧水は比較的高濃度の硝酸イオンを含んでおり,場所によってはNO3-N値で6~7 ppmに達し,農地の施肥量が減少しても濃度が低下する兆しはない。
佐鳴湖には縄文時代からヤマトシジミが生息しており、近くには蜆塚遺跡が残っている。1970年代までは佐鳴湖でシジミ狩りをできるほど多くのヤマトシジミが生息していたが、水質の悪化により絶滅してしまった。ヤマトシジミは水中の懸濁物を取り入れ有機物を濾過し餌とする懸濁物消費者で汽水域の物質循環や水の浄化作用に大きな働きをしている。ヤマトシジミを復活させ、それを活用して佐鳴湖の水質浄化を目指す活動をしている佐鳴湖シジミプロジェクト協議会や高等学校がある。佐鳴湖シジミプロジェクト協議会は、2008年度に木曽川水系から親のヤマトシジミを再導入し、人の手をかけながら増殖試験、育成試験などを行っている。佐鳴湖の東岸に「シジミハウス」というビニールハウスを設置し、湖から取り込んだ水を用いてシジミを育てている。そのシジミを用いた実験によると、シジミは佐鳴湖水の濁度、CODを減少させることができる。
水生生物として目立つものに,ミシシッピアカミミガメ(湖内外),クサガメ(湖内外)、ブルーギル(湖外の池、特定外来種),オオクチバス(湖外の池、特定外来種),ウシガエル(湖外の池、特定外来種),アメリカザリガニ(湖外の池),カムルチー(湖内),ハクレン(湖内),カダヤシ(淡水域、特定外来種)、アフリカツメガエル(主に下流域),タイワンシジミ(種名同定は仮:主に淡水域)、植物としては、オオフサモ(湖外の池、特定外来種)、アレチウリ(特定外来種)、オオブタクサなどがある。
佐鳴湖の環境改善を目的として,静岡県と浜松市が予算を出し合い2015年度に新たに佐鳴湖地域協議会が発足した。前身は,清流ルネッサンスII佐鳴湖地域協議会。行政が事務局となり,関係市民団体,流域自治会,学識経験者,関連行政部署により構成される。年数回の会議開催とともに,各種浄化対策事業を実施,イベントとして市民参加の水質調査(年4回、2020年度から取りやめ),ヨシ刈り,魚類調査(平成28年度より),佐鳴湖交流会(年1回)などを開催している。令和2年度からの新規事業として、行動の主体を市民に移すための人材育成事業「佐鳴湖プラットフォーム(仮称)」を実施中。