本朝皇胤紹運録
後世には、文亀2年(1502年)には三条西実隆による増補が行われたのをはじめ、書写・刊行されるたびごとに当時の天皇・皇族まで増追補が行われ、写本や刊本の間でも内容に異同が多いが、数ある皇室系図の中で権威があるものとされる。江戸時代まで皇室においては、この本朝皇胤紹運録に基づく歴代天皇の代数が用いられてきた。刊本では群書類従本が最も著名で、昭和天皇までの系譜が書き継がれている。
現在の皇統譜と異なり、神功皇后や北朝の光厳院・光明院・崇光院・後光厳院・後円融院を歴代天皇とする一方、廃帝の弘文天皇や仲恭天皇、南朝の後村上院・長慶院・後亀山院を歴代外としており、北朝正統に依拠している。本朝皇胤紹運録の編纂には、南朝の天皇の正統性を否定する目的があったとも言われている。なお、現在の「皇統譜」は、明治維新後に再び南北朝正閏論が活発化して以降に、南朝正統論に基づく南朝天皇を歴代に加えている。元老院が編纂した『纂輯御系図』(明治10年(1877年)初版)では、本系図を基礎にしつつ諸本を校合して、更なる信憑性の向上が図られているとされる。
なお、天明5年(1785年)に津久井尚重の著した『南朝(皇胤)紹運録』(『南朝編年記略』の付録)は全くの別系図である。