ポケットモンスター 金・銀
ポケモンの性別は、前作ではニドラン以外では触れられておらずゲームシステムとして存在しなかった概念だが、本作から設定上・ゲームシステム上のいずれでもほとんどのポケモンにオスまたはメスの性別が存在するようになった。性別が存在するポケモンの場合、そのポケモンの「こうげき」の生まれつきの強さがある基準よりも高い場合はオス、低い場合はメスになるが、その基準はポケモンの種類ごとに異なっている。
多くのポケモンは必ずオスかメスのどちらかであるが、ルージュラ(メスのみ)やケンタロス(オスのみ)のようにどちらか片方の性別しかいない種類も存在する。ヒトデマンのようなモチーフとなった生物自体に性別のないポケモン、ビリリダマのようにそもそも生物自体がモチーフではないもの、伝説のポケモンはすべて「せいべつふめい」(性別不明)とされており、ゲーム上でも性別の表示はない。ただし性別不明は必ずしも性別が存在しないという意味ではないとされ、実際にはポケモン研究家がまだ正しく性別を判断できる段階にない場合もあるとされている。後のシリーズである『ポケットモンスター ルビー・サファイア』には、伝説のポケモンでありながらも性別が明示されたラティアスとラティオスが登場している。
性別は、ゲーム上では後述するタマゴの要素と技「メロメロ」に関わる。