パプア紛争
国際連合もこれを歓迎し、早くも9月21日の国連総会決議1752において事務総長へ適切な措置の実施を求め、行政機構である国際連合暫定統治機構(UNTEA)と治安機構である西イリアン国際連合保安隊とが協力して暫定統治にあたり、1963年にニューヨーク合意に基づいてイリアンジャヤはインドネシア政府の統治を受けることとなった。
しかし、1965年の9月30日事件以降インドネシアでは軍部による独裁が強まり、インドネシア国軍のパプア人も容赦なく弾圧された。1969年にはこれもニューヨーク合意に基づいた帰属確定のための住民投票が行われたが、インドネシア国軍により操作された投票結果を元にイリアンジャヤを西イリアン州とし、自国領への併合を完了した。イリアンジャヤの完全独立やパプアニューギニアとの連合を目指すパプア人はなお諦めることなく自由パプア運動(略称:OPM)を設立した。OPMはインドネシア国軍や警察を標的としたゲリラ戦、さらに、外来のインドネシア人入植者や外国人を対象とした誘拐からパプア州特別自治法を始めとするインドネシアの弾圧体制に対する様々な抗議活動、独自の国旗掲揚式典まで行い抵抗活動を展開している。これに対しインドネシアが行った無差別暴力や表現の自由の抑圧は苛烈なものであり、1961年以降インドネシア国軍・警察によって殺害された西パプア人は10万人以上にのぼるとされている。