鞭毛虫
上記の経緯で用いられる呼称ゆえ、ここに含まれた生物の性質は極めて様々で、生活環の主要な部分が単細胞(ないしは群体)で鞭毛運動をするものである、という点以外の共通点を見いだすことは難しい。
独立栄養:酸素発生型光合成
従属栄養:捕食性、吸収栄養性、寄生性
従属栄養の鞭毛虫には、通常の好気的な環境下で生育するものから、通性嫌気性から偏性嫌気性(絶対嫌気性)の生物までが含まれる。嫌気性のものは、特に寄生性のパラバサリアやディプロモナス類に多い。
緑虫目 Euglenoida:Euglena(ミドリムシ)・Trachelomonas(カラヒゲムシ):(→ミドリムシ類)
緑色鞭毛虫目 Chloromonadida:Vaculoaria(ミドリヒラムシ)(→ラフィド藻類)
藻鞭毛虫目 Phytomonadida:Chlamydomonas(クラミドモナス・コナヒゲムシ)Volvox(ボルボックス・オオヒゲマワリ):(→緑藻類)
無色鞭毛虫綱 Leucomonadida
無色珪質鞭毛虫目 Ebriacida:Ebira
襟鞭毛虫目 Choanoflagellida:Salpingoeca
有運動核目 Kinetoplastida ボド亜目 Bodonina:Bodo(ボドヒゲムシ) 波動膜亜目 Tripanosomatina:Trypanosoma(トリパノソーマ・マクムシ)
根足鞭毛虫目 Rhizomastigida:Mastigamoeba(カワリヒゲムシ)
有判鞭毛虫目 Retortomonadida:Retortomonas(ハラヒゲムシ)
双子鞭毛虫目 Diplomonadida:Giardia(ヤツヒゲハラムシ)(→ディプロモナス類)
骨膜鞭毛虫目 Trichomonadida:Trichomonas(トリコモナス・ホネマクムシ)(→パラバサリア類)
多鞭毛虫目 Hypermastigida:Trichonympha(ケカムリ)・Teratonympha(ナガケカムリ)(→超鞭毛虫類、パラバサリア類)
関係不詳
オパリナ目 Opalinata:Opalina(オパリナ)