叡王戦
タイトル戦昇格にともない、ルールの変更が行われた。以下、現行と違うものについて記載する。
アマチュア選手・女流棋士の参加(3 - 5期)
第3期からは他の棋戦同様全ての現役棋士に出場義務が課される。また、四段予選には主催者推薦により女流棋士1名、アマチュア選手1名へ出場権が与えられる。持ち時間は従来通り各1時間(チェスクロック方式、切れたら1手60秒未満)。
女流・アマチュア代表決定戦(5期)
第5期のみ実施。段位別予選開幕に先立ち、3月下旬に「女流代表決定戦」「アマチュア代表決定戦」を実施し、当期の四段予選から出場する女流棋士(女性奨励会員も含む)およびアマチュアをそれぞれ1名ずつ選出する。
いずれも非公式戦扱いであり、参加者は各棋界のタイトルホルダーなどから主催者により選定される。女流王座戦のアマチュア予選などとは違い、公募制ではない。定員4名による1日制トーナメント方式で争われ、優勝者1名が四段予選に出場できる。
各対局のルールは段位別予選と同様。持ち時間は1時間(チェスクロック方式)、切れたら秒読み60秒。1回戦を10時・14時より行い、決勝戦を19時より行う。どの対局もニコニコ生放送での映像配信が行われる。
第5期女流代表決定戦には女流6大タイトルホルダー全員(里見香奈女流四冠、西山朋佳女王、渡部愛女流王位)に加え、清水市代女流六段が登場。第5期アマチュア代表決定戦には直近の主要アマ大会優勝者(アマ竜王・アマ名人・アマ王将・赤旗名人)が参加した。
第3期・第4期には代表決定戦が行われず、段位別予選には女流棋界・アマチュア棋界のタイトル保持者から主催者推薦で選ばれた者が出場していた。女流は第3期が加藤桃子女王、第4期が里見香奈女流五冠。アマチュアは第3期が赤旗名人、第4期はアマ名人・朝日アマ名人の二冠保持者(いずれも抽選時点)であった。
本戦トーナメント
第3期の本戦トーナメント出場者は、段位別予選通過者15名(九段5名・八段3名・七段2名・六段2名・五段2名・四段1名)と第2期優勝者(叡王)1名の計16名であった。
叡王が本戦トーナメントより出場となったため、決勝戦は後述の七番勝負となった。また、準決勝も一番勝負で実施された。
挑戦者決定三番勝負(4 - 5期)
挑戦者決定戦が三番勝負で行われた。
七番勝負(3 - 5期)
決勝進出者2名により七番勝負で実施。「変則持ち時間制」を採用し、第6局までは手番(先手/後手)と3種類の持ち時間(1時間/3時間/5時間)から第1-2局/第3-4局/第5-6局ごとに第1局に先がけ予め決定し、第7局の持ち時間は6時間。その他はこれまでと同様のルールで実施され、勝者がタイトル戦としての叡王となった。
番勝負の開催時期
3 - 4期は翌年4 - 6月に開催。5期は新型コロナウイルス感染症の感染状況により開催が遅れ6 - 8月に開催。6期から主催者交代により日程が見直され現行の4 - 6月開催となった。
第4期叡王となった永瀬拓矢は段位別予選・本戦・タイトル戦を通して、「A級棋士」と「叡王以外のタイトルホルダー」と対戦することなくタイトルを獲得した。これは第28期竜王戦の渡辺明以来である。