東行記念館
下関市が建設費・運営費を負担の上で記念館を建設(改築)し、晋作の命日でもある2010年4月14日のオープンを目指していた。ところが、東行庵(宗教法人)が2010年3月9日、「遺品は高杉家から東行庵に贈与されたもので、萩市が持ち出しを一方的に進めた」と主張し、移転合意のなかった残り69点の遺品について、東行庵側が同庵への引き渡しと損害賠償を求めて山口地方裁判所に提訴。これに不満を示した高杉家が158点の下関での展示に了解をしなかったため、158点以外の史料を展示する前提で開館を4月下旬に延期している。
裁判の影響を考慮して開館をさらに延期した後、2010年6月1日に東行記念館の2階部分を下関市立東行記念館としてオープンした。「幕末維新期の下関」をテーマにした常設展示が行われている。
なお、遺品引き渡しの裁判では、2011年9月に「遺品は高杉家から東行庵に寄贈されたのではなく、寄託されたもの」と原告(東行庵)の訴えを棄却する一審判決が出されている。2013年1月15日に最高裁が東行庵の上告を棄却し、判決が確定した。