禁教令
キリスト教以外にも禁教令が出された宗教(邪宗門)はあった。日蓮宗不受不施派は1665年に幕府によって禁教令が出され、キリスト教と同様に徹底的な禁教政策を受けた。
局所的な物では、1601年(慶長6年)に島津家(薩摩藩)が一向宗(浄土真宗)禁止令を出している。同様の例は人吉藩にも存在した。一向宗に対する迫害や弾圧はそれ以外にも行われているが、政策として禁止を明言したのは珍しく、この地域に隠れ念仏が生ずる一因になった。
不受不施派に対する禁令解除もまた明治まで待つ必要があり、1876年(明治9年)4月10日に派名の再興と布教が許可されることとなった。一向宗に対する弾圧も維新後は消滅したが、隠れ念仏は一宗派のような形で現在に続いている。
秀吉は1596年に再び禁教令を出し、さらに京都で活動していたフランシスコ会(一部イエズス会)の教徒たちを捕らえて処刑した(日本二十六聖人)。
1597年2月に処刑された26聖人の一人であるマルチノ・デ・ラ・アセンシオン(スペイン語版)はフィリピン総督宛の書簡で自らが処刑されることと秀吉のフィリピン侵略計画について日本で聞いた事を書いている。「(秀吉は)今年は朝鮮人に忙しくてルソン島にいけないが来年にはいく」とした。マルチノはまた侵攻ルートについても「彼は琉球と台湾を占領し、そこからカガヤンに軍を投入し、もし神が進出を止めなければ、そこからマニラに攻め入るつもりである」と述べている。
この禁教令が発令された理由についてはよく「サン=フェリペ号事件」が挙げられる。通説においては、巨額の積荷を没収されたサン=フェリペ号の一人の船員が憤り、宣教師はスペインが領土征服のための尖兵であると積荷を没収された腹いせに発言したことで、秀吉がキリスト教を警戒したためという説がある。豊臣政権はアジアにおけるスペインの脆弱な戦力を正確に把握しており、スペイン人船員の口から出任せの発言を高度な情報分析能力のあった奉行とその報告を受けた秀吉が宣教師脅威論を真に受けたかについての結論は出ておらず、それどころかフィリピン侵略に乗り気であった。