A級戦犯合祀問題
靖国神社は国家機関ではなく一宗教法人であり、靖国神社自体が政府見解に従う義務はないが、政府高官が靖国神社に参拝することを村山談話との関係で問題視する者もいる。靖国神社そのものを問題視しない立場でも、戦死者を祀るのが本義である靖国神社に東条英機ら戦争責任者が合祀されるのをよしとしない者もいる(昭和天皇がこの立場であったという説がある。後述)。
また、天皇の靖国神社親拝は昭和天皇による1975年(昭和50年)11月21日が最後となっている。この理由については、昭和天皇がA級戦犯の合祀に不快感をもっていたとの意見が指摘されていた。最後の親拝は合祀の三年前であるが、昭和天皇は親拝を毎年行っていたわけではない(後述)。
なお戦後に日本および東アジア全域で実施された戦犯法廷でBC級戦争犯罪として有罪を宣告され処刑された約1,000名については<昭和殉難者>として靖国神社に合祀されている。