南京事件
産経新聞は、2021年3月に阿羅健一が外務省に南京事件の根拠となった資料の公開を求めたところ、2022年1月に「該当文書を確認できなかったため、不開示(不存在)とした」との通知があったと述べていると報じた。
2023年4月3日の参議院決算委員会において、南京事件における根拠となる文書は外務省内には存在しない、という初の国会答弁が出た。質問者の和田政宗は、答弁にあった『戦史叢書 支那事変陸軍作戦』で一般住民を日本軍が意図的に殺害したとの明確な記述はこれらの資料からは得られず、「南京付近の死体は戦闘行動の結果によるものが大部分であり、計画的組織的な虐殺とはいいがたい」と明記されている。と述べている。
被告松井は、訴因1・27・29・31・32・35・36・54・55で訴追されたが、共謀罪を構成する共同謀議の証拠は発見できなかった。1937年と1938年の中国での松井の軍務を、侵略戦争とは見倣せない。訴因27について検察は証拠を提示できなかった。
中国軍が撤退し無防備となった都市を占領後、日本軍は、無力な市民に対する身の毛のよだつ残虐行為 (atrocities) 、大量虐殺、殺人、強姦、略奪、放火を長期間実施した。残虐行為を日本人証人は否認したが、様々な国籍の中立国の目撃者による証言とその疑う余地のない信頼性は圧倒的である。残虐行為は1937年12月13日から1938年2月初めまで続き、数千の婦人が強姦され、10万余の人が殺害され、掠奪され、焼かれた。残虐行為が最高潮にあった12月17日に松井は入城しており、これらの暴行を知っていた。憲兵隊と領事館員から報告を受けていることを松井は認めている。松井は事件を知っていたが、暴行を止めさせる対策をとらなかった。占領前に厳正を命じたが、効果はなかった。指揮官被告には事件の責任があり、軍を統制し、南京市民を保護する義務と権限をもっていた。義務の不履行について刑事責任があり、訴因55について有罪、訴因1・27・29・31・32・35・36・54について無罪とする。
1948年12月23日、松井は処刑された。同日、南京事件時の外務大臣広田弘毅も対策をとらなかった不作為として処刑された(A級戦犯)。その後、この松井への判決や、東京裁判および南京裁判そのものへの批判や疑問点が多数の研究者より提出されており、検察側の主張や判決での事実認定に対する疑義も出されており、論争になっている。
ニュルンベルク裁判の基本法国際軍事裁判所憲章で初めて規定された「人道に対する罪」が南京事件について適用されたと誤解されていることもあるが、南京事件について連合国は交戦法違反として問責したのであって、「人道に関する罪」が適用されたわけではなかった。
東京裁判独自の訴因に「殺人」がある。ニュルンベルク・極東憲章には記載がないが、これはマッカーサーが「殺人に等しい」真珠湾攻撃を追求するための独立訴因として検察に要望し、追加されたものである。これによって「人道に対する罪」は同裁判における訴因としては単独の意味がなくなったともいわれる。しかも、1946年4月26日の憲章改正においては「一般住民に対する」という文言が削除された。最終的に「人道に対する罪」が起訴方針に残された理由は、連合国側がニュルンベルク裁判と東京裁判との間に統一性を求めたためであり、また法的根拠のない訴因「殺人」の補強根拠として使うためだったといわれる。このような起訴方針についてオランダとフィリピン(戦後アメリカの植民地から独立)、中華民国側からアングロサクソン色が強すぎるとして批判し、中華民国側検事の向哲濬(浚)は、南京事件の殺人訴因だけでなく、広東・漢口での残虐行為を追加させた(訴因46-50)。
東京裁判において訴因は55項目であった(ニュルンベルクでは4項目)が、大きくは第一類「平和に対する罪」(訴因1-36)、第二類「殺人」(訴因37-52)、第三類「通例の戦争犯罪及び人道に対する罪」(訴因53-55)の三種類にわかれ、南京事件はこのうち第二類「殺人」(訴因45-50)で扱われた。
当時、南京に在住した欧米人は、日本に家族をおいていた人や(南京戦の前の)南京在住の日本人との交際などから得た好印象を日本に対して持つものもおり、、「日本軍の入城後の秩序の安定」への期待が、南京攻略時に在住した記者の書いた『ニューヨーク・タイムズ』(12月18日)の記事やドイツ人ビジネスマンのジョン・ラーベに記録されている。しかし、南京戦後は、日本軍入城前後より戦闘終了後に日本軍が戦時国際法違反を行い、それも人道上、非常に問題ある行為を看過できないほど行ったとラーベ、マギー、ベイツらが記述し、またラーベ、ベイツ、ヴォートリンは中国兵による放火や暴行も記録している。
1946年の文部省小中学校教科書では事件について記述がなされたが事件名は表記されなかった。1947年学校教育法で教科書検定制度が導入後1952年の高校用教科書「現代日本のなりたち 下」(実業之日本社)では「南京暴行事件」と表記された。
1955年(昭和30年)、日本民主党が「うれうべき教科書の問題」というパンフレットで「(社会科)教科書は偏向している」と主張する第一次教科書批判が起こる。同年の保守合同による自由民主党成立後、55年体制下で教科書への検定強化が進んだ。1955年の大阪書籍、1964年の東京書籍などの教科書には南京攻略について記述されるにとどまり、残虐行為については記述されなかった。なお1962年に家永三郎が編集した『新日本史』(三省堂)では「南京大虐殺(アトローシティー)」と表記された。1965年から家永教科書裁判が開始され、1978年の東京書籍教科書では「南京虐殺」として記載された。
1980年には自民党が教科書を批判するという第二次教科書批判が起きる。1982年には「侵略」を「進出」に書き換えたとの報道がきっかけで、中国や韓国との外交問題に発展した第一次教科書問題が発生した。