伊勢神宮禰宜職相論
久野雅司は当時の朝廷は朝廷が決めるべき人事についても幕府が関与していたことを指摘した上で、義昭は政所沙汰を経た摂津晴門の意見に基づいた武家執奏を藤波康忠の抗議を受けて十分な調査を行わないうちに御前沙汰による直裁でひっくり返した上で晴門を処分してしまったこと、その後朝廷に訴訟が持ち込まれたのを受けて松田頼隆に再調査させた結果を受けて意見を再びひっくり返してしまったこと(二条晴良の問い合わせに回答できなかったのは、松田の再調査の結果を待っていたと推測する)が今回の混乱を招いた一因であると指摘している。
織田信長が永禄12年(1569年)に出した『殿中御掟』第6条では奉行人が政所に審議を依頼した問題について出された裁決について将軍は是非を言ってはならない、と明記している。にもかかわらず、義昭はこの件では政所の決定をひっくり返した上で政所の責任者である摂津晴門を処分して問題を混乱させている。信長が『殿中御掟』を出した目的の1つには幕府が天下静謐の担い手として公平な裁判を行うことを期待したからであると考えられているが、現実の義昭は必ずしもその目的に沿う行動を取ることなく、却って過去の因縁のある相手からの訴訟を退けたり、社領を没収して幕臣に与えたりするといった不公平な行為も行っていた。こうした義昭の訴訟への対応に対する信長の不満が元亀3年(1572年)に義昭を批判する「異見十七ヶ条」の提出の一因となり、これに対する義昭やその周辺の幕臣による信長への反感が、信長と義昭の決裂、ひいては信長による義昭の京都追放へとつながったとみられている。