東京駅
島式2面4線の高架ホームである。このうち20番線は10番線のすぐ東にある。当初、東北・上越新幹線が当駅に延伸した際は現22・23番線(当時12・13番線)の島式1面2線のみで発着し、一部の定期列車と臨時列車は上野駅発着を原則としていた。しかし、1997年10月1日の北陸新幹線高崎駅 - 長野駅開業に伴い1・2番線を高架化した上で3 - 10番線を丸の内側にスライドする工事を行い、当時9・10番線(東海道線)だったホームを20・21番線とし、現在の2面4線の構造になるとともに定期列車の全列車と臨時列車の大半が当駅発着になった。1日300本を超える列車をこの2面4線ホームで扱っている。各ホームに中央改札と各ホームを結ぶエレベーターが8号車付近に設置されている。直接改札内に入れる改札口は八重洲北側の日本橋口改札口のみ。
20・21番線ホーム(2021年9月)
22・23番線ホーム(2021年9月)
東京駅は2015年現在、オランダのアムステルダム中央駅と、アメリカ合衆国ニューヨーク市のグランド・セントラル駅、中華民国(台湾)新竹市の新竹駅およびドイツフランクフルト中央駅の4つの駅と姉妹駅の提携をしている。アムステルダム中央駅とは2006年(平成18年)4月11日提携、グランド・セントラル駅とは2013年(平成25年)3月19日提携、新竹駅とは2015年(平成27年)2月12日提携 である。フランクフルト中央駅との姉妹駅の提携は、2015年9月25日にJR東日本により発表された。それによると姉妹駅となった理由は、100年以上が経過する歴史的な建造物を有することと他方面への起点駅であることである。
1987年から團伊玖磨を音楽監督に迎えて定期的にコンサートが開催されるようになり、「とうきょうエキコン」の名で多くの人に親しまれた。このイベントは2000年11月9日に終了した が、2004年10月13日に「赤煉瓦コンサート」の名称で演奏会が復活している。音楽監督には池辺晋一郎が迎えられた。
以上のように、高架・地上・地下の全ホームを計11面22線のホームがあり、JR東日本の駅では最多のホーム数である。
(出典:JR東日本:駅構内図)
特急「踊り子」・「サフィール踊り子」・「湘南」、寝台特急「サンライズ出雲」・「サンライズ瀬戸」などは基本的に9番線から発車する。
京葉線のホームは概ね列車によって番線が使い分けられており、1番線は特急列車、2番線は武蔵野線電車、3・4番線は京葉線電車が使用することが多いが、全てがこの通りに発着するわけでは無い。
東海道線・上野東京ラインホームは、基本的に宇都宮線・高崎線系統が7番線(上野方面)・10番線(品川方面)、常磐線系統及び当駅始発列車群が8番線(上野方面、当駅始発品川方面の一部)・9番線(品川方面)に発着する列車が多いが、ダイヤの関係で違うホームを使用する列車もある。
東海道線・上野東京ラインホーム、総武地下ホームはそれぞれ元々終端駅だった関係から、両線共に両方向からそれぞれの4本全てのホームへ入線および出発が可能。総武地下ホームでは、総武快速線の横須賀線へ直通しない列車のうち、上り線から一番遠い下り4番線に入線して折り返す定期列車などもある。
当駅で夜間外泊が組まれているのは、中央線・京葉線・総武快速線・横須賀線の4路線である。
14・15番線ホーム(2021年9月)
16・17番線ホーム(2021年9月)
18・19番線ホーム(2021年9月)
東海道新幹線ホーム上の0キロポスト
東海道新幹線線路上の0キロポスト
18・19番線ホーム南端にある十河信二の記念碑
各年度の1日平均乗車人員は下表の通りである。
島式2面4線の地下ホームで、地下5階に位置する。中央通路を丸の内側へずっと向かった階段の先にのりばがあり、東京メトロ丸ノ内線との乗り換えは比較的近いが、京葉線との改札内乗り換えは遠い。このホームと下記の京葉地下ホームは地上・高架ホームとは番線番号が通しではない。ホームへはエレベーターまたは長いエスカレーターを使用することになる。ホームがある東京トンネルの区間の保安設備は2004年2月にATC-5型からATS-Pに更新されている。ATS-P対応車両であればこの地下ホームへの発着が可能である。このホームは構造上、地下水上昇問題がある。
1・2番線ホーム(2021年7月)
3・4番線ホーム(2021年7月)
総武地下通路(2021年11月)
かつての丸の内側の赤レンガ本駅舎は1945年(昭和20年)5月25日のアメリカ軍による空襲(東京大空襲)により炎上、内装と屋根を焼失した。戦災復興工事によって、失われたドーム屋根にかわって木造8角形の屋根が載せられ、内部は3階の窓の開口部は保持されたが、残存したアーチなどのレリーフは新設されたローマのパンテオン風の意匠によるジュラルミン製のドームによって隠された。終戦後の1947年(昭和22年)、開業当初の状態より一回り規模を縮小して修復された。GHQの体制下応急処置的に工事が行われ、屋根の小屋組については復員してきた海軍の技師が5年もてばよいということで、薄い木材のトラス造りで応急的に工事をしたという。一方、実際に工事にあたった関係者は、あくまで国鉄内部の技術者が修理したのであって旧海軍の技術者が関わったという説は何の根拠もないと主張している。この復旧された駅舎は、応急復旧のままで60年余りが過ぎることになった。旧・日本国有鉄道(国鉄)は戦後度々赤レンガ駅舎の建て替え構想を出しては延期しており、1987年(昭和62年)4月1日の分割民営化の時には当駅全体の土地の3分割を伴った再開発構想が提案され、赤レンガ駅舎の建て替え高層化か保全をするかが本格的に課題となった。これに対して、「赤レンガの東京駅を愛する市民の会」などによる赤レンガ駅舎保存の市民運動が起こった。
1988年(昭和63年)、政府は学識者の委員会による東京駅周辺地区再開発構想を取りまとめ、赤レンガ駅舎の現在地での形態保全の方針を決定し、JR東日本などの検討により1999年(平成11年)、本来の形態に復原することとなった。また、2003年(平成15年)4月18日には国指定の重要文化財に指定された。
この再整備により、丸の内地下エリアの内装デザインが「格調高く賑わいのある」ものへ一新され、地下中央口から東京メトロ丸ノ内線に繋がるコンコースが拡幅され、店舗や飲食店、トイレや改札、コインロッカーが再配置された。
また、2012年(平成24年)から、丸の内北口と八重洲北口を繋ぐ駅構内1階の北通路の拡幅工事と周辺の商業施設の再整備と、その直下の地下1階に開業する新たな商業施設と待合広場の再整備と、両階を吹き抜け空間で接続する工事を行っている。2020年(令和2年)8月3日に待合広場の名称を「スクエア ゼロ」、旧グランスタと旧グランスタダイニングを含めた改札内商業施設の名称を「グランスタ東京」とし、北通路の拡幅および北地下自由通路に直結する「グランスタ地下北口」改札(ICカード専用)が供用開始されている。なお、先行して、2018年(平成30年)1月18日と2月6日にかけて3店舗、2019年(令和元年)7月10日に3店舗 が開業している。
2022年(令和4年)4月から、八重洲北口改札外に飲食店街「グランスタ八重北(ヤエキタ)」が順次開業している。ヤエキタは2005年に開業した「グラングルメ」が改装されたものであり、地下1階「黒塀横丁」、1階「八重北食堂」、2階「北町酒場」の45店から成る。
2022年(令和4年)3月、八重洲側と丸の内側の地下1階を結ぶ全長290 m、幅8 mの「東京駅南部東西自由通路」の工事に着手した。完成は2029年頃である。