神流川の戦い
この報に際し、沼須城主(北毛)の藤田信吉が一益に対し反乱を起こした。藤田信吉は越後の長尾伊賀守に使いを出して上杉景勝に通じ、5千の兵を率いて滝川益重の兵4千が守る沼田城を攻め、水曲輪の一つを占拠した。6月13日、益重から報告を受けた一益が2万の兵(新田の滝川豊前、小幡、安中、和田、倉賀野、由良、館林の長尾、箕輪の内藤)を率いて駆けつけると藤田信吉は敗れ去り、泣く泣く越後へ落ち延びた。
6月2日、織田信長が本能寺の変によって横死してしまう。
6月9日、一益にもその報が届き、篠岡平右衛、津田治右衛門、滝川益重等の家臣を呼び伝えたところ、滝川益重等は「このことは上野衆に隠密にして、上洛することが当然である。国人を集めて披露するなど軽率なり」と申し出た。しかし一益は「諫言もっともなり、しかしけして軽率ではない、悪事千里を行くと云うことわざがある、国人が信長公の死去を他から聞けば、我々に隔意をもつであろうから、急いで城主どもを呼び集めよ」と廻書を遣わした。
この頃、箕輪城を明け渡した内藤昌月は謀叛を疑われ、内藤家に身を寄せていた保科正俊、保科正直等と共に一門命運も尽きたと覚悟していたところ、本能寺の変の知らせと合力の使いが滝川方よりもたらされ、驚くとともに安堵したと伝わる。
6月10日、上州の諸将を集めた一益は、信長父子兇変(きょうへん)を告げ、「我等は上方にはせ帰り織田信雄、信孝両公を守り、光秀と一戦して先君の重恩に報いねばならぬ。
甲州征伐終了後の3月23日、織田信長は重臣・滝川一益に上野一国と信濃の小県郡・佐久郡を与え、織田家に従った関東諸侯をその与力とした。一益は箕輪城、次いで厩橋城を本拠とし、北毛の沼田城に滝川益重、西毛の松井田城に津田秀政、佐久郡の小諸城に道家正栄を置いた。残る武田領は、3月29日、河尻秀隆が甲斐一国(穴山領除く)と諏訪郡、森長可が信濃4郡、毛利長秀が伊奈郡を与えられ、木曾義昌が木曽谷と安曇郡、筑摩郡を安堵された。従って、北条家の領土の加増は無かった。
一益は新領地統治にあたり、関東の諸将に対して本領を安堵することを申し渡した為、近隣の諸将は人質を伴い次々と出仕した。この時、佐野氏の天徳寺宝衍と、倉賀野城主の倉賀野秀景は側近とされ、関東の佐竹義重・宇都宮国綱・里見義頼、更には奥州の伊達輝宗・蘆名盛隆と連絡をとっている。