ヤーノシュ・ジグモンド
1546年前半、オスマン軍がベチェ(英語版)(現セルビア領ノヴィ・ベチェイ)とベチケレク (現セルビア領ズレニャニン)の2要塞を包囲した。また1547年にスレイマン1世はフェルディナーンド1世の兄である神聖ローマ皇帝カール5世とアドリアノープルの和約を結んだが、スレイマン1世はヤーノシュ・ジグモンドの国家をこの和平の対象と見なさなかった。スレイマン1世がヤーノシュ・ジグモンドの国家の一部をオスマン帝国へ併合しようとしていると受け取ったイザベラとフラーテル・ジェルジは、1548年にハンガリー統合に向けたフェルディナーンド1世との交渉を再開した。1549年9月8日、フラーテル・ジェルジとフェルディナーンド1世の使節サルムのニコラウスがニールバートル(英語版)で条約を結んだ。この時の合意によれば、イザベラとヤーノシュ・ジグモンドは王位を放棄し、代償としてシレジアのオポーレ公国、ラチブシュ公国、10万フローリンを受け取るとされていた。しかしイザベラはこの条約内容を実行に移すのを拒み、ジュラフェヘールヴァールに留まった。するとフラーテル・ジェルジはジュラフェヘールヴァールを包囲し、1550年10月にイザベラを降参させた。
イザベラは1551年5月にも、ペトロヴィチ・ペーテルやパトーチ・フェレンツらとともにニールバートル条約の施行を阻止しようと企てたが、フラーテル・ジェルジに敗れた。7月19日、イザベラはシレジア二公国と14万フローリンと引き換えに、自身とヤーノシュ・ジグモンドの退位を認めるよう強いられた。2日後、イザベラは聖イシュトヴァーンの王冠をフェルディナーンド1世の代理ジョヴァンニ・バティスタ・カスタルドに引き渡した。7月26日、議会は2人の退位を認め、フェルディナーンド1世に忠誠を誓った。
サポヤイ・ヤーノシュが没して間もなく、財務長官フラーテル・ジェルジはブダへ急行し、ヤーノシュ・ジグモンドの王位継承を確実なものとするための調整に取り掛かった。彼の提言を受け、ハンガリー議会(英語版)は1540年9月13日にヤーノシュ・ジグモンド(ヤーノシュ2世)をハンガリー王に選出した。ただし、聖イシュトヴァーンの王冠を用いた戴冠式はあげられなかった。また議会は、王太后イザベラ、フラーテル・ジェルジと、有力諸侯のペトロヴィチ・ペーテル、トゥルク・バーリント(英語版)の4名を、幼い新王の後見人に指名した。
8月、フェルディナーンド1世は使節を派遣し、ヴァーラド条約に基づきサポヤイ・ヤーノシュの遺領を引き渡すよう要求してきた。将軍の一人であった上ハンガリー(英語版)貴族ペレーニ・ペーテルや、カロツァ大司教(英語版)らは、フェルディナーンド1世のもとへ脱走した。さらに裕福な有力者マイラート・イシュトヴァーンは、トランシルヴァニアを手中に収めようと画策してヤーノシュ・ジグモンド派のほとんどを追放してしまった。またフェルディナーンド1世はオスマン帝国のスレイマン1世のもとにもヒエロニム・ワスキ(英語版)を使節として派遣し、ヴァーラド条約に基づいて己のもとでハンガリーを統合することを承認するよう求めた。しかしスレイマン1世はヤーノシュ・ジグモンドを支持すると明言し、ワスキを拘束した。
10月の間に、フェルディナーンド1世の軍はヴィシェグラード、ヴァーツ、ペシュト、タタ、セーケシュフェヘールヴァールを制圧したが、ブダは占領できなかった。
1568年前半、再びトルダで議会が開かれ、説教師たちが自身の解釈によって「福音を説く」ことが認められた。さらにこの議会では、何人たりとも「宗教的な理由により他者の手で苦しめられる」べきではなく、「信仰は神の賜物である」と宣言された。このトルダの勅令は、16世紀ヨーロッパでは圧倒的に先進的な信教の自由を認めるものであった。後任が与えられたのはカトリック、ルター派、カルヴァン派聖職者のみであったため宗教差別は依然として存在したものの、ユニテリアン、正教、アルメニア正教、ユダヤ教、イスラームの信者たちも自由に自身の信仰を持ち続けられるようになった。
1568年には、ジュラフェヘールヴァールで3月8日から17日まで行われたものを皮切りに、次々と三位一体を議題とした神学討論会が開催された。1569年には、ヤーノシュ・ジグモンドに反三位一体派が強い影響を与えているのが明白となった。カルヴァン派の聖職者カーロイ・ペーテルがヤーノシュ・ジグモンドの偏向を批判すると、ヤーノシュ・ジグモンドもカルヴァン派聖職者であるメリウス・ユハース・ペーテルが非カルヴァン派聖職者を迫害しているとし、またメリウスに対し「教皇を演じるべきではない」と非難を加えている。