新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に
1995年秋から1996年春まで放送された同テレビアニメシリーズ、碇シンジを中心に主要登場人物の心の中を描いた『新世紀エヴァンゲリオン』の第弐拾伍話と最終話をリメイクし、そのとき作品世界で実際には何が起きていたのかを描いて上映されたものである。本作品をもって『新世紀エヴァンゲリオン』は完結を迎えた。
当初は1997年春公開の『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生』において上映される予定の内容であり、1997年夏には「完全新作の劇場版」が公開される予定であったが、『シト新生』におけるテレビ版リメイク部『REBIRTH』編の制作が間に合わず途中までの公開となり、同年夏に『REBIRTH』編を完成させたものとして本作品が公開されることとなった(詳細は『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生#概要』を参照)。なお、『REBIRTH』編で公開されていた部分についてはアフレコ、SE、BGMの録り直しや、画面上での若干の修正、追加が行われている。
第25話『Air』(エアー)は、劇中BGMに使われているヨハン・ゼバスティアン・バッハ作曲の『管弦楽組曲第3番』の第2曲「G線上のアリア」(Air)から。また第26話『まごころを、君に』は、ダニエル・キイスの著作『アルジャーノンに花束を』が映画化された時の邦題「まごころを君に」から採られた。
前売券は特典でオリジナルポスターが付いたものが発売された。また『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 シト新生』の前売券も、未使用の分に限り使用可能な措置がとられている。公開2日前の7月17日には、よみうりホールにてテレビ東京系列試写会が開催された。
NERVによって全ての使徒は倒されたが、一時は無二の友と信じた渚カヲルを第17の使徒・タブリスとして自らの手で殲滅しなければならなかった碇シンジは、精神的に追い詰められ生きようとする意志を失っていた。一方、ゼーレは人類のすべてを単体の生命へ還元し、神のもとへ回帰する人類補完計画=サードインパクトを発動しようとするが、自らが神に近い存在となって妻・碇ユイと再会しようとする碇ゲンドウはこれを拒否し、両者は決裂する。ゼーレはNERVの他支部すべてのMAGIコピーを用いたNERV本部のMAGIオリジナルへのハッキングを仕掛け、実質的なNERV本部の無力化とEVA初号機および弐号機の確保を狙うが、ゲンドウは自らへの嫉妬からの反逆の咎で監禁していた愛人・赤木リツコに対しMAGIの防衛を厳命し、論理的ではないと自嘲しながらもこれを受諾したリツコによってハッキングは阻止された。ゼーレは次いで日本政府に「NERVこそが人類を絶滅させようとする陰謀の中心であった」という虚偽の情報を流し、戦略自衛隊(戦自)を動かすことでNERV本部の武力占拠を開始する。「人類絶滅を企図する重犯罪者」への措置として戦自による非戦闘員への無条件発砲すら許可される虐殺が繰り広げられ、施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自に発見されて殺されそうになるが、駆け付けた葛城ミサトに救出される。