高野山高等学校
野球部:過去に夏の甲子園大会(1988年・第70回)と春の甲子園大会(1966年・第38回)にそれぞれ1回ずつ出場したことがある。校庭には甲子園出場を記念する石碑が建立されている。
空手道部(白蓮会館)
サッカー部
女子ハンドボール部:インターハイ(2019年・2021年)、全国選抜大会(2019年・2021年)出場。2020年も出場を決めていたが、新型コロナのために大会中止となっている。
バスケ部
陸上部
宗教行道部
弁論部:全国大会に複数回出場している。第45回全国高等学校総合文化祭(弁論の部)の主催高校。
文芸部
書道部
インターアクトクラブ
軽音楽部
※家庭科部は担当の先生の退職から2022年度で廃部となった