九州大学応用力学研究所
また改組も行われ、「力学に関する学理及びその応用の研究」を設置目的とし、基礎力学部門(6分野)、海洋大気力学部門(5分野)、プラズマ・材料力学部門(4分野)の3研究部門と力学シミュレーション研究センター(3分野)と炉心理工学研究センター(3分野相当)の2研究センター、技術室となる。
1999年 新研究棟が旧棟に隣接して建設された。
2004年 九州大学は国立大学法人として独立し、応用力学研究所は大学附置研究所として定められる。
2007年 2センターが、東アジア海洋大気環境研究センタ−(3研究分野+2兼任研究分野)、高温プラズマ力学研究センタ−(3研究分野)に改組された。
2010年 共同利用・共同研究拠点(応用力学研究拠点)となる。また再改組が行われ、新エネルギー力学、地球環境力学、核融合力学部門の3部門と2センターとなる。
2013年 自然エネルギー統合利用センターが設立される。
2017年 東アジア海洋大気環境研究センタ−が大気海洋環境研究センターに、高温プラズマ力学研究センタ−が高温プラズマ理工学研究センターにそれぞれ改組される。
2018年 データ支援室が設立される。
2022年 海洋プラスチック研究センターが設立される。
2023年 自然エネルギー統合利用センターが再生可能流体エネルギー研究センターに改組される。