モンゴルの高麗侵攻
耽羅島(済州島)は元々高麗に属さず、また牧草に富み馬群の放牧に最適な地でもあり、対日本・南宋への絶好の軍事的位置でもあることから直轄地とされた(現在でも馬の毛色の名前にモンゴル語の影響が残っている)。
征東行省が臨時機関から常設組織へと変質した1287年以降は、政治・軍事に加え行政も征東行省によって処理されるようになり、高官以下行政官の人事権も征東行省が握り、賦税も元の朝廷へ収めるよう変更されるなど、旧高麗は直接統治下(羈縻支配体制であり、他の行省ほど集権的ではなく、一定の自治権を残していたと考えられている)に組み込まれていった。イルハン朝で編纂された『集史』には「(高麗王)はクビライに寵愛され王と称してはいたが、実際には王では無かった」とある。高麗王が官制をモンゴル式から高麗風に改めようとした事もあるが、元の役人から反感を買って廃され、達成されることは無かった。
この状況を受け、1234年に金を滅亡させたオゴデイは、3度目の高麗制圧を企図し、1235年から慶尚道・全羅道全域で掠奪が開始された。モンゴル軍は江華島政権および半島本土の山城の攻略を避け、高麗軍の補給を絶つため農地を焼き払う挙に出た。江華島政権は防御をより固めていたが、度重なるモンゴル軍の侵略に対して、抗戦不能に陥りつつあった。
他方の江華島では1236年、高宗が第2次侵攻の際に戦災で焼失した符仁寺(プインサ)大蔵経の版木の復元を指示。15年の歳月をかけて1251年に経典1,512部、6,805巻を集めた81,258枚の版木が製作された(高麗八万大蔵経)。その後海印寺(ヘインサ)に移され、現在韓国の国宝となっている。
1238年、高麗は再び和議を望むようになり、高麗王室から人質を出すことを条件にモンゴル軍が撤退することとなった。しかし無関係の人間を王室の者と偽って人質に出したため、モンゴル側は激怒し、高麗王室の江華島からの退去、海上のすべての艦艇の一掃、反モンゴル的貴族の差し出しなどを強硬に求めた。しかし、高麗側は王族佺と10人の貴族子弟を人質に出した以外は要求を拒絶した。
高宗の世子の王倎はカアンのモンケに拝謁するため、モンゴルへ向かっていたが、1259年南宋へ遠征中のモンケが急逝した。上都開平府へ帰還中のクビライ(モンケの弟。後の元世祖)に拝謁した。さらに翌1260年春、今度は高宗が没したため王倎は帰国を哀願、クビライは帰国を許可した(即位して元宗と称する)。4月12日、モンゴル皇帝に即位したクビライは王倎以下上下朝臣の帰服を嘉した。王倎が、モンゴル軍による掠奪の免除と捕虜・逃民を帰参させる許しを求めると、5月13日に詔諭を下しこれを許可した。6月、王倎が子の王僖を入朝させたことにより、国王の冊封を受け王印と虎符を賜った。
以後、元宗は度々モンゴル・元朝へ入貢を行いモンゴルを背景として権力の安定を図ったが、反モンゴル派はこれを不満として親モンゴル派との対立を深める。1268年、林衍(イム・ヨン)らが権臣・金俊を暗殺する。翌年には林衍らが親モンゴル派の崔坦(チェ・ダン)らとの確執により、元宗を廃して弟の安慶公王淐を擁立する乱を起こした。クビライは、入朝していた世子の王諶の、兵3,000と5カ月分の糧秣を頂き私が同行すれば騒乱は収められる、との献策を受けて諶に3000・将軍モンゲトゥに2000の兵を授け高麗へ派遣、モンゴル軍は瞬く間に乱を鎮圧した。さらに急死した林衍の跡を継ぎ令公(武臣政権の執政者)となった林惟茂(イム・ユム)を文班の洪文系(ホン・ムンギェ)、宋松礼(ソン・ソンネ)らが殺害、高麗の武臣政権は終わりを告げ、王政復古が成った。