遺伝子クラスター
1970年代中頃から一般に受け入れられているモデルで、遺伝子クラスターは遺伝子重複と多様化(英語版)の結果として形成されるものと仮定する。Hox 遺伝子クラスター、ヒトβグロビン(英語版)遺伝子クラスター、および4つのヒト成長ホルモン (hGH)/絨毛性ソマトマンモトロピン遺伝子クラスターはこのようにして形成されたとされる。
Hox 遺伝子クラスターやヒト β-グロビン遺伝子クラスターなどの保存性の高い遺伝子クラスターは、遺伝子重複と多様化の過程の結果として生じた可能性がある。ある遺伝子が細胞分裂時に重複すると、以前は1つのコピーしかもたなかった遺伝子を子孫は2つ端から端までもつことになる。これらの遺伝子は最初はまったく同一のタンパク質をコードするか、そうでなくとも同じ機能を果たす。後の進化の過程でこれら2つの遺伝子は多様化していき、関連するものの異なる機能をもつようになるが、染色体上の隣接した位置に存在しつづける。大野乾は新たな遺伝子の起源は遺伝子重複を伴うとする説を提唱した。