佐世保中央駅
単式1面1線ホームの高架駅で駅員配置駅。有人時間(9:00 - 18:00)以外はトイレも閉鎖される。列車到着時には接近放送がある。なお、佐世保共済病院とは直通の連絡通路があり、2022年2月28日まではイオン佐世保店への連絡通路も供用されていた。
以前は自動券売機が設置されていたが、故障後に更新費用の関係から廃止し、車内での現金での支払いで対応しているほか、有人時間帯は窓口で手書きの補充乗車券を販売している。
全体はややカーブしていて、佐世保駅側はすぐにトンネルである。
隣駅の中佐世保駅までは国道35号を挟み200メートルしかなく、鉄道線としては筑豊電気鉄道の黒崎駅前 - 西黒崎間と並んで日本一駅間距離の短い区間となっている(途中はアーケード等の建築物が多く、また緩やかなカーブがあるため互いの駅は見えない)。ちなみに、中佐世保駅も島瀬町内にある。区間が非常に短いため、駅を発車してすぐに次の停車駅がアナウンスされる。
2010年12月下旬より、エレベーター設置・駅舎増築工事が開始され、翌2011年3月12日よりエレベーター使用開始(5時30分から23時30分まで稼働)と同時に駅事務室が2階のエレベーター出入口前に移動した。
ホーム。佐世保駅側はトンネルに面する(2018年10月)