研究科
学校教育法第66条を改正した法律が1999年5月に公布され、大学院には、研究科以外の教育研究上の基本組織を置くことが可能となった。
これを受けて、国立大学に関しては、国立学校設置法(現在は廃止)第3条の4で、具体的に大学院に教員の研究組織である研究部と大学院生の教育組織である教育部を設置できることが定められた。
2000年これらの法改正に基づいて、東京大学に大学院情報学環・学際情報学府が新設、北海道大学では法学研究科以外が、九州大学では全研究科が、研究院と学府に改組された。この翌年以降も、他大学で下表の様に新設・改組がされている。
なお、東京大学の学環・学府、京都大学の学堂・学舎、九州大学他の研究院・学府は、それぞれ国立学校設置法に定められていた研究部・教育部が対応する。
横浜国立大学大学院には現在、理工学府・工学研究院、環境情報学府・環境情報研究院のほか、国際社会科学府・国際社会科学研究院、都市イノベーション学府・都市イノベーション研究院、先進実践学環が設置されている。
山梨大学大学院は農学系も追加されて、医工農学総合研究部・医工農学総合教育部と改組。
千葉大学大学院には医学薬学府・医学研究院・薬学研究院の他に人文公共学府、融合理工学府、国際学術研究院、理学研究院、工学研究院が設置されている。