X Window System
XFree86は、あまりにも伽藍的開発モデルであり、開発者はCVSにコミットアクセスできず、ベンダーは多数のパッチを保守する必要があった。2003年3月、XFree86からキース・パッカードが追い出された。彼はMIT X Consortiumの消滅後にXFree86に参加していた。
X.OrgとXFree86は、Xの開発を推進するための組織改編についての議論を開始した。Jim Gettysは2000年ごろからオープンな開発モデルが必要であることを強調していた。GettysとPackardは他の何人かと共に効率的なXのオープン開発の要求仕様について議論を開始した。
そしてX11R6.4のライセンス問題の結果、XFree86 version 4.4はより制限されたライセンスで2004年2月にリリースされ、Xを使っている多くのプロジェクトでこれを使うのが困難になった。追加された条項はBSDライセンスの宣伝条項に基づいており、フリーソフトウェア財団もDebianもこれをGNU General Public License (GPL) と非互換であるとした。このライセンス問題とソース修正の困難さから、多くの人が分裂の機が熟したと感じていた。
開発元のX.Org Foundationは、このソフトウェアを以下のいずれかの名前で呼ぶことを求めている。
X
X Window System
X Version 11
X Window System, Version 11
X11
かつてはよく間違われたが、X Window Systemは「"X Window"というシステム」ではなく、「"X"というウィンドウシステム」である。また、X Windowsという表記は誤りである。