SARSコロナウイルス2の変異株
過去の注目すべき変異株
系統 B.1.429 / CAL.20C(イプシロン株)
WHOは「注目すべき変異株」(VOI) として格付けし、ラベルではイプシロン株(Epsilon variant)に分類していたが、2021年7月にVOIから除外された。
系統 B.1.429としても知られるCAL.20Cは、5つの異なる変異(ORF1ab遺伝子のI4205VとD1183Y、およびスパイクタンパク質S遺伝子のS13I、W152C、L452R)によって定義され、そのうち L452R(以前は他の無関係な系統で検出された)は特に懸念された。CAL.20C の方が感染しやすい可能性があるが、これを確認するにはさらなる調査が必要である。アメリカのカリフォルニア州においてCOVID-19パンデミック(英語版)が始まって以来、ロサンゼルス郡で収集された1,230のウイルスサンプルのうちの1つで、カリフォルニア州シダーズシナイ医療センター(英語版)の研究者によって2020年7月に最初に観察された。再検出は、カリフォルニア州のサンプルで再び出現する2020年9月まで無く、2020年11月まで数は非常に少ないままであった。2020年11月、CAL.20C変異株はシダーズシナイ医療センターで収集されたサンプルの36%を占め、2021年1月までに CAL.20C 変異株はサンプルの50%を占めた。米国カリフォルニア大学サンフランシスコ校、カリフォルニア州公衆衛生局(英語版)、およびサンタクララ郡公衆衛生局(英語版)による共同プレスリリースによれば 、この変異株はカリフォルニア州北部の複数の郡でも検出された。
ナイジェリアで2020年8月に最初に配列決定された。感染経路と病原性への影響は不明だが、米国疾病予防管理センター (CDC) によって新規変異株としてリストされた。ナイジェリアの感染症のゲノミクスのためのアフリカセンターオブエクセレンスによって配列決定されたこの変異体は、英国の系統 B.1.1.7と共通して共有されるP681H変異を持つ。系統B.1.1.7と他の変異を共有しておらず、2020年12月下旬の時点では、この変異体はナイジェリアで配列決定されたウイルスゲノムの約1%を占めたが、これは上昇する可能性がある。2021年3月までに、系統B.1.1.207は日本、ペルー、ドイツ、シンガポール、香港、ベトナム、コスタリカ、韓国、カナダ、オーストラリア、フランス、イタリア、エクアドル、メキシコ、英国、米国で検出されている。
N501Yは、501番目のアミノ酸位置でアスパラギン (N) からチロシン (Y) へ置換したことを示す。N501Yには "Nelly" という俗称が付けられた。
この変化は、ヒト細胞の ACE2 に結合するスパイクタンパク質の受容体結合ドメイン内に位置するため、PHEは結合親和性(英語版)を高めると考えられている。データはまた、この変化による結合親和性増加の仮説を支持している。N501Yの変異株には、系統 P.1(ガンマ株)、系統 B.1.1.7(アルファ株)、系統 B.1.351(ベータ株)、およびCOH.20G / 501Yが含まれる。COH.20G / 501Yは、2020年12月下旬から1月にかけて米国オハイオ州コロンバスでウイルスの優勢な形態になり、他の変異株とは独立して進化したようである。
この変異株は、2020年10月に初めて分離された。B.1.351と同じ変異であるE484K変異を持つ。 インド西ベンガル州ではここ数か月で大幅に増加している。2021年4月23日の時点で、CoV-Lineagesデータベースにはインドで検出された135の配列が示され、世界の他の8か国でそれぞれ1桁の数字が示された。
SARS-CoV-2に対する一貫した命名法は確立されていない。政府や報道機関を含め、変異株に関しては、最初に特定された国を呼称することもあるものの、 2021年1月 (2021-01)現在、世界保健機関 (WHO) は「地理的な場所を参照しないSARS-CoV-2変異株の標準的な命名法」に取り組んでいる。
SARS-CoV-2には何千もの変異株が存在し、ウイルスの亜種は、系統や系統群などのより大きな分類群へ分類できる。主要かつ一般的に使用される下記3種類の命名法が提案されている、
2021年1月 (2021-01)現在、 GISAID(SARS-CoV-2を「hCoV-19」と呼称)は、 8つのグローバルクレード (S, O, L, V, G, GH, GR, GV) として識別する。
2017年、 Hadfieldらは、「病原体の進化をリアルタイムで追跡する」ことを目的とした Nextstrain(英語版) を発表した。Nextstrain は後に SARS-CoV-2 の追跡に使用され、 2021年1月 (2021-01)現在において 11 のクレード (19A, 19B, 20A ~ 20I) を識別する。