大村線
2022年9月23日に九州新幹線(西九州ルート)の武雄温泉駅 - 長崎駅間が西九州新幹線として開業し、大村市・諫早市内で大村線がこれと一部並行している。当初、大村市内にこの西九州ルートと接続する在来線新駅の設置予定はなかったが、竹松駅 - 諏訪駅間に新大村駅が新幹線の駅と併設される形で、松原駅 - 竹松駅間に大村車両基地駅が新幹線の車両基地と隣接する形で、それぞれ請願駅として設置された。
なお、西九州新幹線の並行在来線としては長崎本線が取り上げられており、新大村駅が当線にも設置され、並行する新幹線も利用できるようになった新大村駅 - 諫早駅間は経営分離の対象とはなっていない。この区間については幹在同一視が適用されず、新幹線と在来線は異なる経路として扱われる。
大半の区間で大村湾東岸に沿って走り、長崎県の佐世保市から諫早市を経て長崎市を結ぶ列車が運行されている。長崎県内のみを走る線区としてはJRでは唯一の存在である。沿線人口も多く生活路線となっており、県内の重要路線でもある。
ほとんどの区間が非電化であるが、沿線にあるハウステンボスへのアクセス列車である特急「ハウステンボス」が乗り入れるため、早岐駅 - ハウステンボス駅間のみ電化されている。
竹松駅 - 諫早駅間はIC乗車カード「SUGOCA」の利用可能エリアとなっている。また、リアルタイム列車位置情報システム「どれどれ」は、大村線の閉塞方式がCTC非対応のため、使用できないが、長崎本線のページの諫早駅、佐世保線のページの早岐駅に停車中の列車のみ閲覧できる。
大村線関連の特別企画乗車券として、佐世保駅 - 長崎駅間が2日間乗り放題になる「ぶらり大村線きっぷ」が発売されている。
元々は長崎本線の一部で、1934年に長崎本線から分離された際は佐世保線側の早岐駅が起点となり、列車は佐世保線に合わせて諫早・長崎方面が下り、早岐・佐世保方面が上りとなっている。
2022年9月23日の西九州新幹線開業により、新大村駅 - 諫早駅間が新幹線と並行するようになったが、選択乗車はできない(「西九州新幹線との関係」の節も参照)。