明徳義塾中学校・高等学校
2005年、後にプロ入りする松下建太・中田亮二らを擁した明徳義塾は高知県大会決勝で二神一人がいた高知高校に延長12回の末、3-2で勝利し、第87回全国高校野球選手権大会への出場が決まっていたが、1年生野球部員が同年5月から7月にかけ、2、3年生部員6人(このうち3人は甲子園大会にベンチ入りする18人の中に入っていた)から腕や胸をたたかれたり、正座をさせられたりした暴力行為を受けていたことが、7月15日に1年生部員の保護者が学校側に対し、いじめを受けているので学校をやめると申し出たことで問題が発覚。野球部監督が部員6人とその保護者らとともに1年生部員の実家へ謝罪に訪れたほか、学校側は生徒が在校中に使った費用相当額などを返却した。 また、高知大会が始まる前に1、2年生の部員計11人が喫煙していたことも判明。これらの事実について学校側は、日本高等学校野球連盟(日本高野連)に報告していなかった。集団喫煙については、1年生8人、2年生3人の部員が野球部寮内で、持ち込んだたばこを吸っていたという。この11人の中には甲子園大会でベンチ入りする予定だった部員はいなかった。