廃仏毀釈
神仏分離や廃仏が地方的なムーブメントから全国的なムーブメントに広がってきたのは江戸時代末期であり、特に水戸藩の藩学発展により成立した水戸学(文献史学)によって、神仏分離して神道を尊重することを求める声や、仏教への疑問の声が広まった。
尊皇攘夷派の水戸藩主徳川斉昭は弘道館を建て、水戸学による藩士の教化に努めつつ、領内の廃仏棄釈を推進した。斉昭は西欧列強への対抗と藩財政の立て直しから、藤田東湖・会沢正志斎らとともに、より大規模な寺院負担軽減を施行した。天保年間には水戸藩は防衛整備近代化の一環(大砲の新造)として、寺院から梵鐘・仏具を供出させて、多くの寺院整理に着手。これらの経緯と体験は、新政府を形成することになった国際観を持った若手政治家に、水戸学の有効性を理解させたとされる。また、同時期に勃興した国学においても、神仏混淆的であった吉田神道に対して、神仏分離を唱える復古神道などの動きも勃興した。中でも平田派は、明治新政府の最初期の宗教改革に関与することとなったが、近代化への流れの中で次第に衰退した。
上述のように徳川斉昭は、藩内の寺院に対し、金銅仏や梵鐘などの金属製の仏具を供出させ、それを海防のための大砲鋳造の原料に充てる政策を実施していたが、これに対し、仏教を冒涜しているとの批判も上がったが、斉昭は「かつて江戸幕府が公益上の必要(貨幣流通量の不足)から、方広寺大仏(京の大仏)を鋳潰して銭貨にした」ことを先例に挙げ、自身の政策も国防上必要なもので、やむを得ない政策であると弁明を行っている。