メタルギアソリッド3
声 - 龍田直樹、モーション - 久保隆
ソ連有数の兵器開発者で、秘密設計局OKB-754(通称ソコロフ設計局)の局長。モデルはセルゲイ・コロリョフ。もともとはロケット技術者であり、その技術を応用してシャゴホッドを設計した。兵器開発に手を染めた自らの過ちを悔い西側へ亡命を図るが、キューバ危機を巡る米ソの密約によりソ連へ送還されてシャゴホッドの開発を続けさせられていた。グロズニィグラード西棟でスネークと接触したことでヴォルギン大佐に疑われ、最期は逆上したヴォルギンにより拷問で瀕死になるが、スネークやEVAのことは喋らなかった。
彼を殺害した場合もタイムパラドックスとなり、ゲームオーバーとなる。
人形が登場。撃つなどの攻撃を加えると鳴く。この作品ではステルス迷彩を手に入れる条件が複数あるが、その一つに全てのケロタンを発見して鳴かせるという条件がある。 ヨッシー(任天堂から) スネークイーター3Dのみ、ケロタンの代わりとして登場。
2005年12月22日に、同作の完全版にあたる『メタルギアソリッド3 サブシスタンス』(メタルギアソリッドスリー サブシスタンス)が発売された。調整が加えられた本編、『オンライン』や「猿蛇合戦 完全版」、MSX2版『メタルギア』『メタルギア2』、シークレットシアターなどがディスク2枚にわたるボリュームで収録され、初回生産版にはポリゴンデモを再編集したストーリー観賞用ディスクも付属する。リアルタイムデモが変更されている場面があるなど、細かな部分で改良が加えられている。これまでの完全版と銘打った作品は全て音声が英語だったが、今作では日本語音声となった。また、通常版で問題となった、無線などのロード時間の遅延もこの『サブシスタンス』で修正されている。『メタルギア2』は、このディスクに収録されるまでアメリカでは発売されていなかった。
なお、ヴァーチャスミッション終了後に追加される主題歌『Snake Eater』を用いたOPデモはタイトル画面をしばらく放置した後に流れるようになっている。クリア後の称号は一つだけの表示ではなく、複数の条件を満たして同時に入手した称号もリスト化して表示される形になっており、タイトルメニューから確認できる他に入手していない称号に関しては入手条件のヒントが表示されている。称号取得の条件などに関わるプレイデータ(リザルト)も過去の記録、現在の記録、それを合わせた総合の記録を観覧できる。
本作発売後は、発売記念抽選会が3月8日〜3月14日の期間で開催され、抽選の内容は小島と新川洋司のサイン入りニンテンドー3DS本体などが当たるというものだった。
拡張スライドパッドが「有効」になっている状態で、WIG機内でのオセロット戦でセーブした場合、セーブデータが異常が発生し、ゲーム再開時に正常にロードができなくなる不具合があったため、7月5日より不具合解消のためのアップデートファイル(Ver.1.1)をニンテンドーeショップにて配信している。また、その他のバグ等もこのファイルで修正されている。アップデートファイルを施した場合は、タイトル画面で右下にバージョンが表示される。
※ 以降の派生版は小島秀夫がコナミを退社し、小島プロもKDEに吸収される形で事実上消滅して以降の版となる。携わっているスタッフも公表されていない。
グロズニィグラード鉄橋でのヴォルギン戦後のデモではEVAの背後に立っていたり、格納庫でのヴォルギン戦前のデモではザ・ソローがC3爆発までのタイムリミットを書いたカードを持ってザ・ボスの背後に浮かんでいた。
『メタルギアソリッド2 バンドデシネ』ではリキッドと共に現れて、リキッドのような狂人に脳をコントロールされてしまう不甲斐なさから息子のオセロットを酷評するシーンが存在する。また、『メタルギアソリッド4』にも登場する。
ザ・ソロー戦というイベント自体は存在するものの、既に死亡しているキャラであり、LIFEとスタミナゲージも最初から0の状態で倒すことは不可。このイベント中はそれまでプレイヤーが殺害してきたキャラクターの亡霊が登場し、また無線連絡でのセリフがゲームオーバー時(スネーク死亡時)のセリフになっている。死因によらず蘇生薬が使用できるようになるので、一度何らかの要因で死亡した後に蘇生薬の使用で終了する。
死なずに川の最後まで進み、彼の死体に触れると「スピリット」という迷彩服が手に入る。足音が敵に聞こえなくなる効果があり、敵兵首締め時に相手のスタミナを吸収することができる。
声 - 大塚明夫、モーション - 吉田瑞穂
本作の主人公。1935年生まれの29歳。FOXに所属するエージェント。後のビッグ・ボス。本名は「ジョン」であり、ゼロ少佐やザ・ボスからはジャックの愛称で呼ばれる。パラメディックに名前を訊かれた際は、英語圏で身元不明の男性死体を指し「名無しの権兵衛」にあたる「ジョン・ドゥ」と名乗り、逆に彼女の名前を訊いた際には身元不明の女性死体を指す「ジェーン・ドゥ」と切り返されている。
ザ・ボスの最後の弟子であり、彼女と共にCQC(クロース・クォーターズ・コンバット)を編み出し、あらゆる戦闘技術を授けられている。スネークイーター作戦完遂後はFOXのノウハウを活かし、特殊部隊FOXHOUNDを設立、そして「ザ・ボスを超えるボス」として「ビッグ・ボス」の称号を与えられる。
『サブシスタンス』で追加された難易度で、選択には特定の条件を達成する必要がある。 EXTREMEと同難易度だが、敵兵に発見されると即ゲームオーバーになる。