有色体
果実・花・根などの器官に加え、ストレスを受けたり古くなったりした葉でも見られ、様々な色を生み出している。これらの色彩変化は常に大量のカロテノイド色素の蓄積を伴い、果実が熟すと葉緑体が有色体に変化するのがその例である。
通常は成熟した組織で見られ、既存の成熟した色素体に由来する。花や果実においてはカロテノイドを合成する主な器官であるが、糖・デンプン・脂質・芳香族化合物・ビタミン・ホルモンの合成等の他の反応も起こっている。葉緑体と有色体のDNAは同一であるが、トマトの有色体の液体クロマトグラフィーにより、シトシンのメチル化率が増加していることが発見された。
有色体は、橙色のカロテン、黄色のキサントフィル、その他赤色色素等の色素を合成、貯蔵する。植物の色は、これらのどれが含まれているかによって決まる。有色体の進化上の主目的は、恐らく送粉者や果実の捕食者を惹きつけ、種子の散布を助けることである。だが、ニンジンやサツマイモの根に見られる有色体は、植物体の他の部分に蓄積できない、水に不溶性の化合物を大量に蓄積している。
秋になって葉の緑色の葉緑体が失われると、元から存在したカロテノイドが表に現れ、紅葉が起こる。この時、新しくカロテノイドが生産されることはほとんどなく、葉の老化と関連する色素体色素の変化は、果実や花で見られるような有色体への能動的な変化とはいくらか異なる。
カロテノイドをほぼ又は全く含まない顕花植物も存在する。そのような場合、花弁には葉緑体に非常に良く似た色素体が含まれ、見た目ではほぼ区別できないこともある。液胞に局在するアントシアニンやフラボノイドが色素の役割を果たしている。