バニラ・エア
2013年(平成25年) 11月1日:商号・ブランドを「バニラ・エア」に変更し、バニラ・エア便の予約受付を開始。 12月20日:バニラ・エアとして運航再開。東京/成田 - 沖縄/那覇線・台北/桃園線 運航再開。
2014年(平成26年) 1月29日 東京/成田 - 札幌/新千歳線 運航再開。 札幌/新千歳 → 東京/成田便が、油圧系統の不具合を起こし、これにより数日間、大量の欠航便を出す事態となった。 3月1日:東京/成田 - ソウル/仁川線 運航再開。 5月16日:機長不足により、同年6月1日から6月30日までの間に計154便を欠航することを発表。 6月4日:ファッションモデルの岩﨑名美を公式たびトモとして起用し、オフィシャルブログなどでバニラを利用した旅情報の発信していくことを発表。 7月1日:東京/成田 - 奄美線 就航開始。 11月2日:東京/成田 - 香港線 就航開始。
2015年(平成27年) 2月1日:東京/成田 - 高雄線 就航開始。 4月8日:東京/成田のチェックイン・カウンターを従来の第2ターミナル北1階から、格安航空会社向けとして新設された同第3ターミナル2階へ移動。
東京/成田 - 札幌/新千歳、函館、大阪/関西、奄美、沖縄/那覇、石垣
大阪/関西 - 函館、奄美
沖縄/那覇 - 石垣
2017年7月9日、台北を早朝に出発し関西国際空港へ午前8時半頃到着したJW172便エアバスA320-200型機(機体番号:JA08VA)で化粧室内の外壁パネルが意図的に外されて中に複数のポーチに入った数十キロの金塊が隠されていたのを同社客室乗務員が飛行中に発見し、着陸後警察に通報した。該当機は現場検証及び安全確認のため、次便運航予定だった関西国際空港発奄美大島行きJW873便は約4時間遅れで運航された。 後日、他の同社同型機の化粧室を調査したところ保有する11機中4機で同様の細工されたり、しようとした痕跡が発見された。同社と税関は同機が国際線運航後国内線で運航される機材運用情報を利用され、免税で国外入手された金塊を税関を通過せずに国内へ持ち込み換金し、消費税分の利益を上げようとした犯行の可能性があるとして警戒を強めるとした。
2011年7月21日、全日本空輸(現:ANAホールディングス 以下ANA)と、マレーシアのエアアジアが共同で出資し、格安航空会社を設立させることに合意し、同年8月31日に設立された。出資比率は、議決権比率でANAが67%、エアアジアが33%、無議決権株式も含めるとANAが51%、エアアジアが49%である。設立当初の資本金は1000万円で、当初は東京都港区東新橋(ANA本社と同じ)に本社を置いていた。
ブランド・機体塗装・機内サービスは、すでに日本国外で成功していたエアアジアのビジネスモデルを持ち込んだ。社長はANA出身者がつとめ、事業運営はエアアジアが主導した。日本独自のサービスとして、旅行会社経由で航空券を購入できるようにしていた。
2012年(平成24年)5月時点で、3年後に300億円、5年以内に1,000億円の売上高を目指すとした。
同時期に、Peach Aviationやジェットスター・ジャパンが設立されたことで、『本格的なLCC時代の到来』や『LCC元年』と報道機関より報道されたりした。
成田国際空港をハブ空港に、2013年(平成25年)3月より中部国際空港を第2拠点にした。2012年(平成24年)8月1日から国内線、同年10月28日から国際線をそれぞれ就航した。
既存航空各社の半額から3分の1という低価格な運賃を設定し、運航初年度から黒字を見込んでいた。搭乗率は、就航当初はキャンペーン料金などでも安定運航できる80%を超えたが、ハブとする成田空港の発着時間制限などにより、同年11月および12月の搭乗率は50%台に低迷していた。
韓国
東京/成田 - ソウル/仁川、釜山
名古屋/中部 - ソウル/仁川
台湾
東京/成田 - 台北/桃園