ミュンヘン - レーゲンスブルク線
2002年から遠距離列車は運行されていない。1991年インターレギオ系統の導入以来この路線は25号線の一部となった。2002年以後バイエルン州とザクセン州の合意によって、2007年までインターレギオ系統の置き換えは快速列車系統としてドイツ鉄道によって運営された。一方1992年から2002年までチュリッヒ - ミュンヘン ー プラハ区間のユローシティ列車が運行された。2005年ミュンヘン - プラハ区間で快速列車の運行がバイエルン - ボヘミア急行の系統で始まった。その二つの系統は2008年からアレキス鉄道が運営している。
ミュンヘン - モースブルク区間はミュンヘン運輸連合 (Münchner Verkehrs- und Tarifverbund、MVV) の管轄区域である。エクミュール - レーゲンスブルク区間にはレーゲンスブルク運輸連合 (Regensburger Verkehrsverbund、RVV) の料金システムが適用される。
快速 (RE 2/RE 25) : ミュンヘン - フライジング - ランツフート - ノイファーン - レーゲンスブルク - シュヴァンドルフ - ホーフ/プラハ。アレキス鉄道所属。120分間隔。使用車両はDB183形電気機関車と様々な客車のプシュープル編成。