オランダ領東インド
このようにVOCは、当初、港と商館を中心とする交易独占によって利益をあげていたが、17世紀後半からジャワ島内陸部へと進出し、領土獲得に熱意をみせるようになった。すなわち、獲得した領土で当時の有力商品であるコーヒーなどを栽培し、これを輸出することで利益をあげるためである。いわゆる「点と線」の支配から「面」の支配への転換をはかろうとしたのである。
VOCは、ジャワ島内部の王朝間での戦争や、各王家内での後継者争いなどに介入することで、17世紀後半にはマタラム王国を衰退させ、そして1752年にはバンテン王国を属国とすることに成功した。しかし、領土獲得のために要した莫大な戦費と、会社自体の放漫経営のために、VOCの経営は悪化し、1799年、VOCは解散することになった。その後を引き継いで植民地経営にあたったのは、すでに本国オランダを占領していたフランスの衛星国となったバタヴィア共和国である。
東インドの領土、財産、負債などの一切をVOCから受け継いだオランダ政府であったが、19世紀初頭、フランス革命以降のヨーロッパ政局の混乱の波に襲われた(ナポレオン戦争の項を参照)。オランダ本国はフランスに併合され、また、オランダの海外領土はイギリスの統治をうけることになったのである。
1811年から1816年まで、ジャワ島の植民地経営にあたったのは、東南アジアにおけるイギリスの植民地経営に中心的な役割を果たしていたラッフルズである。そのラッフルズのジャワ島経営は短期間に終わったが、彼のもとで開始された土地測量や税制改革は、その後のオランダによる植民地経営にも一部引き継がれた。
1814年、オランダとイギリスのあいだで締結されたロンドン条約では、オランダがスマトラ島を、イギリスがマレー半島を、それぞれ影響圏におくことを相互に承認した。今日のインドネシア・マレーシア間のマラッカ海峡に大きな国境線が引かれることになったのは、この条約に端を発し、1824年の英蘭協約で確定したものである。
1903年に現在のインドネシアの前身にあたる州制度が導入される。また2つのスルタン制の君主国もあった。
スマトラ州
西ジャワ州
中部ジャワ州
東ジャワ州
ボルネオ州
大東部
ヨグヤカルタ王国
スラカルタ王国