九州南西海域工作船事件
海上保安庁法第20条によると、危害射撃が可能な基準(海上保安官が武器を使用して相手に危害を加えた場合に免責される基準)は警察官職務執行法第7条を準用し、正当防衛、緊急避難、重大凶悪犯罪(懲役3年以上)を犯した疑いのある者等の検挙時に犯人が逃走・抵抗を図り、これを防ぐために他に採る手段がない場合のみである。また、1999年に発生した能登半島沖不審船事件を受けて改正された海上保安庁法第20条2項によると、外国船舶の領海内における航行が重大凶悪犯罪を犯す準備のために行われている疑いを払拭することができず、将来繰り返し行われる蓋然性があると海上保安庁長官が認定した場合にも、危害射撃が可能であった。
しかし、本件では不審船に同条に抵触する行為の疑いがなく、日本の領海外のEEZを航海中でもあったため、危害射撃による免責の要件を満たせず、本庁は難しい判断を迫られた。最終的に本庁は「照準性能が高いRFS付き機関砲であれば、乗員に危害を加えずに船体射撃が可能」という判断を基に船体射撃を行うことを決定した。
そして、16時13分から「いなさ」が、不審船の船尾にあると推定される機関を破壊するために、警告放送の後に20mm機関砲による射撃を行った。しかし効果はなく、なおも不審船は逃走を続けた。
16時30分、180トン型巡視船「みずき」(当時福岡海上保安部所属)が追跡船隊に参入した。赤外線映像の解析により、主機は船尾ではなく前部の船倉にあることが判明した(船尾に上陸用舟艇を隠すために船首部分に機関を設置していたことが事件後に判明している)ことから、16時58分、「撃つぞ。船首を撃つから船首から離れろ」との警告の後、不審船の左舷側より「みずき」搭載の20mm機関砲により、船首への射撃を行った。その後、不審船の右舷側から船首への威嚇射撃を行った際に、発射された曳光弾が船首の甲板上のドラム缶に備蓄されていた予備燃料に命中、引火し火災が発生した。
和田春樹は「漁業法違反」という名目での初動捜査や、まだ工作船から武力攻撃を受けていなかったにもかかわらず「先制攻撃的」に船体射撃を行ったことを、「法解釈の間違い」や「違法な戦闘行為」とし、海上保安庁を批判する持論を展開した。また「朝日新聞」の小池民男は、1月6日の天声人語において、「明らかに風邪と思われる症状が多数出ていても風邪と断定できないように、沈没したのは『不審船』と断定はできない」と寄稿した。
日本共産党は、この事件における海上保安庁の対応を肯定していたが、当時党議長だった親中派の不破哲三は「中国は『海保はやりすぎだ』と批判している」ことを主張し、共産党見解の発表を握り潰したといわれている。
海上治安研究会によれば、本件ではRFS付きの武器の使用により、危害射撃要件を定めた海上保安庁法第20条に抵触しない、乗員の死傷を避けた射撃が行えると判断して船体射撃を実施した。
通報を受けた海上保安庁は、これを捕捉すべく追尾することとし、第十管区(鹿児島)、第十一管区(那覇)本部の稼動可能な航空機および巡視船艇を出動させた。
海上保安庁は、事件発生後まもなく、第十管区(鹿児島)及び鹿児島海上保安部に捜査本部を設置し、事件の全容解明に向けた捜査を開始した。また、第七(福岡)、第八(舞鶴)管区などにも警戒態勢をとらせた。現場に向かった巡視船艇は24隻、航空機は14機に及んだ。
海上自衛隊も、情報を受けて佐世保地方隊の一部に緊急出航を命じた。11時20分に佐世保基地から護衛艦「こんごう」、「やまぎり」(第2護衛隊群所属)を現場へ向かわせている。日本国政府からは、海上自衛隊の特別警備隊(SBU)に出動待機命令が発令された。