ゴーマニズム宣言
『ゴーマニズム宣言』を通じて友好を深めた評論家、西部邁との対談本は数多く出版されている。本書は、西部邁の「僕の文章は、論理的過ぎて分かりにくいと言われる」ため、「大胆で、雑談相手である小林さんが、相手をしてくれればなあ」と提案され、ゴー宣の発刊ペースでは時事を追いきれない小林よしのりも同意、2004年4月より約3カ月おきのペースで対談本シリーズとして刊行した。政治や経済からスポーツや芸能にいたるまでの幅広い時事問題を2人が雑談形式でざっくばらんに話したものである。2005年11月刊行の第8巻で終了(第9巻からは第II期として、西部邁と、漫画家・弘兼憲史の対談となった)。なお西部邁は、「小林よしのりさんと付き合いがあった頃にも思ったけど、漫画の世界は非常に嫉妬とかをしない、男らしい世界なんでしょうね」という言葉を発しており、一部では「小林と西部の対立」が原因でII 期へ移行したのではないか、という憶測がある。
支える会との対立は、『新・ゴーマニズム宣言』14章 が掲載されたことから起こったため、「14章問題」と言われる。読者を切り捨ててでも自らの主張を貫く、小林よしのりの姿勢を印象付けた事件であった。ボランティアの中心となった学生は、14章が発表された時点から団体の人間からの批判に晒され、小林に対しては沈黙と批判で答えることとなる。その後、小林は学生と対話するが要領を得ず、「私達は、良いことだけ言ってくれるよしのりさんが欲しかったんです」(『カナモリ日記』)などと言われ、決裂が決定的となる。なお、小林がHIV訴訟の代表川田龍平に対して、原告団や学生達が民青などの左翼活動家に利用されていることを問うと川田は「知ってますよ」と答えた。小林にはそれが自分に対する悪意を見せたかのように感じられ、愕然としたという。
小林は学生に範を示す意を持って会長を辞任したが実質的な解任であった。『ゴー宣』と『脱正義論』で自省と「運動の正義」への批判を行い、薬害エイズ運動を沈静化させる道を選んだ。「学生は運動をやめて日常に復帰せよ!」と、運動家に乗っ取られた薬害エイズ運動を批判した小林を、ボランティアの学生達、弁護士らは激しく抗議した。団体の広報誌では、小林よしのり批判の方が薬害エイズ批判よりも多くなってしまう状態となった反面、『ゴー宣』読者からは驚きと好意的な反応が帰ってきていた。小林はこの後、読者には「良き観客でいろ」と言い、その後の様々な活動でも読者に一定の距離を保つことを求め続け、現在に至っている。
2011年8月刊行。3月11日に起きた東日本大震災とその救援活動を行った自衛隊の様子を作者の視点で描いている。自衛隊の組織内部(防衛学校も含む)や隊員の生活が詳細に書かれていると同時に、『脱原発論』につながるエピソードもある。
連載終了の動きを察知した小学館は早速、小林にオファーをかけた。これを受託した小林は、同社出版の『SAPIO』で1995年9月27日号より『新・ゴーマニズム宣言』を開始する。なお、連載開始前に同社の週刊誌『週刊ポスト』でオウム事件の顛末を描いた予告編的な書き下ろしを2週に分けて掲載している。連載は後述の『大東亜論』を含む2019年1・2月号まで続き、その間に、「ゴー宣・暫」と改名、さらに前述のように再度「ゴーマニズム宣言」に戻っている。同時並行で、『わしズム』に『ゴーマニズム宣言EXTRA』、また『WILL』にも『本家ゴーマニズム宣言』として掲載され、それぞれ『ゴーマニズム宣言EXTRA 1』・『ゴーマニズム宣言EXTRA 挑戦的平和論 上・下』・『ゴーマニズム宣言EXTRA パトリなきナショナリズム』、『本家ゴーマニズム宣言」全2巻としてまとめられている。