フランシス・ニコルソン
ニコルソンのアンドロスとの確執が続いている中で、ウィリアム・アンド・メアリー大学の設立者ジェイムズ・ブレアという強力な同盟者を得た。この2人はイングランドでアンドロスに対抗する聖公会の支持を獲得でき、貿易省に長い苦情の書を送りつけた。この動きは、アンドロスに辞任の許可を求めさせることとなり、1698年12月、ニコルソンがバージニア植民地総督の職に任命されることとなった。アンドロスは怒りながら自分の記録をニコルソンに渡すことを拒んだ。ニコルソンの総督としての任期は1705年まで続いたが、強力なバージニアの家系の小さな集団が支配する評議会にほとんど振り回されて過ごした。アンドロスの政治はバージニアで不人気だったので、ニコルソンの得ていた指示は彼らの同意なしに行動する余裕をほとんど与えなかった。ある時点では、評議会のことを「マナーを理解しない単なる野獣達」とニコルソンが表現していた。植民地の首都をジェームズタウンからミドルプランテーションに移し、ウィリアムズバーグと改名することなど、力のバランスを変える試みが多く行われたが、失敗した。評議会には反対されていたが、議会は概してニコルソンを支持したので、ロンドンの政府からは好意的に見られ続けた。
ニコルソンがメリーランドの総督である間に、ミシシッピ川からのフランスの行動が目についてきた。
最終的に10月になって、ヨーロッパの諸事情のために、艦隊の参加は7月に中止されたことが分かった。この時までに兵士達は部隊毎脱走し、砦や物資倉庫の全てを破壊していた。
この大失敗の後でニコルソンはインディアンの酋長4人を連れてロンドンに戻り、アン女王にフランス領アカディアの首都ポートロワイヤルに対する限定された遠征を率いる許可を求めた。女王がこの請願を認め、ニコルソンが1710年10月2日にポートロワイヤルを占領した軍を率いた。この戦闘はアカディアの征服となり、ノバスコシアと呼ぶ領土に対するイギリスの恒久的支配の始まりとなった。ニコルソンは1711年に著した『ポートロワイヤル占領のための遠征の日誌』で遠征の記録を出版した。勝利に酔ったニコルソンはイングランドに戻り、アン女王にヌーベルフランスの中心であるケベック占領のための新たな遠征を提案した。その結果として起こされた海軍の遠征はホベンデン・ウォーカー提督が指揮し、ニコルソンは1709年のシャンプレーン湖に向かった遠征で辿ったルートを行く陸上部隊を率いた。ウォーカーの艦隊の多くの艦船がセントローレンス川河口近くの岩で座礁したために、遠征全体が中止され、ニコルソンは大いに怒ることになった。ニコルソンがその知らせを聞いたときに、鬘を引きちぎって地面に投げ捨てたと言われている。
ニコルソンは、メリーランド植民地総督のライオネル・コプリー卿が死んだ1693年に、まだイングランドに居た。アンドロスがその任命書の条項に従い、メリーランド植民地総督評議会からの要請に応じ、1693年9月にメリーランドに行って事態を整え、1694年5月に再訪して植民地議会を主宰した。これらの任務についてアンドロスには500ポンドが支払われた。その後新たにメリーランド植民地総督に指名されたニコルソンが7月に到着したとき、植民地の金庫が空っぽであることが分かったので、短気にアンドロスにその給与を返還するよう要求した。アンドロスがそれを拒否し、ニコルソンは貿易省に訴え出た。貿易省は1696年10月に、アンドロスが300ポンドを返還せねばならないと裁定した。
ニコルソンはイングランド国教会の信徒として聖公会に関わり、メリーランド植民地政府でのローマ・カトリック教会の影響を減らそうとし、植民地の首都をカトリックの強いセントメアリーズシティから、南部のポトマック川沿いにあるセントメアリーズ郡、当時「アンアランデルズタウン」(短期間プロビデンスとも呼ばれた)と呼ばれていた場所に移した。その場所は後に女王となるアン王女にちなみ「アナポリス」と改名された。ニコルソンがその場所を選んで区画割りを行い。うまく設計された公共空間(ステートサークルあるいはチャーチサークルと呼ばれた)に、聖公会教会(後に米国聖公会)と、州政府庁を置き、対角線上に道路を配置して町の様々な部分を繋いだ。