烏山線
1990年に東北地区に転出した1006号は東北地方の路線で使われた後、2021年に小湊鉄道に譲渡された。 1993年から「七福神列車」として、各車両に七福神が描かれたイラストマークやサボが装着された。 2011年に開業88周年を迎えたことから、その記念事業として、1003号と1007号の2両を、かつて使用されていたキハ10形を模した朱色4号とクリーム4号の旧国鉄一般色に変更して運転していた。ただし、キハ40系は、優先して製造された北海道向け仕様が1977年初頭に落成しているが、翌1978年10月の「車両塗色および表記基準規定」の改正を間近に控えていたことから、全車が朱色5号1色の、通称「首都圏色」で登場しており、旧来の2色塗りは存在しなかった。 2013年に開業90周年を迎えたことから、その記念事業として、1004号と1005号の2両を、キハ40形導入当初塗色の旧国鉄首都圏色に変更して運転していた。 2017年3月3日をもって運用を終了。全車両廃車となり、1002号・1005号・1007号は那珂川清流鉄道に譲渡され動態保存されている。1009号は錦川鉄道に譲渡された。
キハ40烏山線カラー
キハ40一般色
キハ40首都圏色
錦川鉄道に譲渡後の1009号