奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
世界遺産の制度が改定され、2020年からは文化遺産・自然遺産を問わず審議対象は一国一件に限られるようになり、文化遺産候補として北海道・北東北を中心とした縄文遺跡群も同年の推薦を目指していたことから、2018年11月2日に政府が自然遺産の候補案件が優先的に審査対象にされることやIUCN勧告の是正が進んでいることを踏まえ、「奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島」を優先して再推薦することを決定した。但し、全体審議数が上限35件となり、登録数の少ない国が優先されるため、推薦物件が多い場合には日本からの推薦が受理されない可能性もあったが、推薦締め切りの2019年(平成31年)2月1日時点で29件の届け出しかなかったため審査が受けられることは確定した。
2019年(令和元年)10月5日から12日に世界遺産委員会の諮問機関であるIUCNから派遣されたWendy Ann StrahmとUlrika Åbergによる現地調査が再び行われ、前回IUCNから指摘があった推薦区域の修正箇所などを重点的に視察するとともに、ユネスコが求める地域参加による保全(後述の「地域参加」の節を参照)の観点から観光関係者ら住民との意見交換会も行われた。しかし、通常であれば審査が行われる世界遺産委員会開催の6週間前(例年5月上旬~中旬)までに発表される諮問機関の勧告が新型コロナウイルス感染症の流行のため未定となり、第44回世界遺産委員会の開催も延期となった。
2021年7月26日にオンライン形式で改めて開催された第44回世界遺産委員会において登録決定。
この地域に分布していて2012年の時点でIUCNレッドリストで絶滅危惧種 (CR・EN・VU) と判定されている分類群としてイリオモテヤマネコ、アマミノクロウサギ、オキナワトゲネズミ、アマミトゲネズミ、トクノシマトゲネズミ、ケナガネズミ、ヤンバルクイナ、ノグチゲラ、ルリカケス、リュウキュウヤマガメ、ヤエヤマセマルハコガメ(セマルハコガメは種としての判定で2020年現在亜種ヤエヤマセマルハコガメのIUCNレッドリストの判定はない)、クロイワトカゲモドキ、イボイモリ、オキナワイシカワガエルおよびアマミイシカワガエル(2012年の時点では分割前のイシカワガエルとして判定)、コガタハナサキガエルなどが挙げられる。
更新世初期(約2,000,000 -1,700,000年前)までには大陸から隔離し、アマミノクロウサギ、ケナガネズミ、トゲネズミ属、ルリカケス、リュウキュウヤマガメ、クロイワトカゲモドキ、イボイモリ、ナミエガエル、アマミテンナンショウ(スウェーデン語版)、アマミスミレ、アマミデンダ(スウェーデン語版)、クニガミトンボソウ(スウェーデン語版)、コケタンポポなどといった遺存的かつ独自な進化を遂げた分類群が固有分布する。
ユネスコとIUCN(国際自然保護連合)は「世界遺産海洋プログラム」として登録件数が少ない海洋域の登録を推進しており、奄美・琉球では西表石垣国立公園の海域公園を中心に海洋域を推薦範囲に取り込むことも検討。特に生物多様性を象徴するサンゴ礁はユネスコが重視していることもあり、日本自然保護協会や八重山・白保の海を守る会が石垣島の白保サンゴ礁・石西礁湖を推し、ジュゴンの北限生息地である名護市辺野古の大浦湾も含めるべきとする市民運動も展開。また、2014年に慶良間諸島が慶良間諸島国立公園に指定されたことから、ここまで範囲を広げるべきともされた。
しかし、環境省・水産庁や有識者の見解としては、日本の近海洋域では漁業権やマリンスポーツとの調整が必要で、海中でのオニヒトデの駆除は容易でなく、地球温暖化による海水温上昇や海洋酸性化、あるいは漂流・漂着ごみなど日本一国だけでは保護のための解決には至らないことなどを理由に、海洋域は除外することになった(沖縄本島やんばる域の海岸部は沖縄海岸国定公園だが緩衝地帯にも含まれない)。これは小笠原諸島が世界遺産に登録された際に、陸上の生態系を主体としたことにも共通する(小笠原は緩衝地帯として海洋域を取り込んでいる)。
こうしたことから西表島におけるエコリージョンとしてのマングローブ林など一部の海岸のみが対象となったものの(石垣島ではラムサール条約登録地の名蔵アンパルを推す動きもあったが)、本格的な海洋域は含まれていない。