日本財団
1995年(平成7年)の良一死去後は、笹川色を薄める意見が出たため、財団の非常勤理事であった曽野綾子を2代目会長として迎え入れた。1996年(平成8年)から現在の正式名である「日本財団」を愛称として用いるようになった。2005年(平成17年)、第三代会長に良一の三男・陽平が就任。陽平の意向もあり、ハンセン病の世界制圧と彼らに対する差別撤廃と人権回復、ミャンマー政府と少数民族武装勢力との和解の実現にも注力している。
2003年(平成15年)には、日本財団、海上保安庁の支援の下、海事、漁業関係者が一同に参加した民間沿岸監視団体「海守」が創設された。海守は主に密漁、密航対策を目的としている。なお、海守の事務局業務は海上保安庁の外郭団体である海上保安協会が行っている。
2011年(平成23年)4月1日に、公益財団法人になると共に、正式名も「日本財団」になった。これにより、国土交通省は所管官庁ではなくなった(ただし、モーターボート競走法上の監督は引き続き受けている)。
2016年(平成28年)4月16日に発生した平成28年熊本地震の影響を受け、同年4月19日に都内で緊急支援策第1弾発表会見を開き、日本三大名城「熊本城」再建支援金30億円など、計93億円の支援金を用意したことを発表した。
2020年(令和2年)には、新型コロナウイルス感染症拡大に伴う支援を発表したほか、「災害危機サポートセンターの設置」、「救急医療施設・医療従事者への総額50億円規模の緊急支援の実施」、「タクシーを利用した医療従事者等の移動支援」を表明した。