ダーウィン事変
本作の主人公。猿に近い風貌をしている。人間の父親とチンパンジーの母親の間に生まれた「ヒューマンジー」で、15歳の少年。アメリカ中西部、ミズーリ州在住。 制作背景 当初「CGで人とチンパンジーを合成させたような見た目」でリアルに構想されていたが、担当編集者の寺山によると「それだと怖すぎる」という理由により、デザインを変更。読者から「可愛いと思ってもらえるよう、やや記号的なキャラデザイン」でありつつ、「生きて、人間とともにいる存在感」を出した本作のデザインとなった。表情による感情表現は困難であるが、うめざわによると、目の描き方を工夫して伝えているという。
「市民権」など全ての権利のないチャーリーに所有者がいなくなったことから、FBIと警察は拘束しようと動くが、これまでチャーリーを敵視してきたグラハム警部補が里子として引き取る。その後、第二次性徴を迎えたチャーリーは、急激に知力・筋力が増加していることが判明する。そんな中、チャーリーの産みの母親であるチンパンジー エヴァが、「私は二児の母」と単語カードで伝えて老衰により亡くなる。
エヴァの墓参りに行った2人の前に、ヒューマンジー オメラスが現れる。ALAのリーダーである彼は、自らが「チャーリーの両親を殺害した犯人」と告白し戦闘になるが、チャーリーより優れた体格を持つオメラスはチャーリーを圧倒する。
DNA検査によりオメラスが「チャーリーの兄弟」であることが判明し、弟のオメラスが代理母によって生まれたと推察される。チャーリー達の生物学上の父親であるグロスマン博士の行方を捜すべく、ニューヨークへと向かう。
各地でテロリスト達が決起して、市民を標的にしたハンティングゲームにより多くの犠牲者が出る中で、オメラスはホワイトハウスを強襲する。グロスマン教授の助手のサラ・ユァン博士を確保したルーシー達は、彼女こそが「オメラスの代理母」だと知る。
チャーリー達は、ゴルトン社の二代目社長のアンドリューを誘拐して、グロスマン博士の行方を聞こうとする。しかし、ALAのマックスに先にアンドリューを誘拐されてしまう。