ウミヒルガタワムシ科
脳は頭部の後方半ばを占め、そこから触角や後方などに伸びる神経束が観察される。
そんな中でワムシ類内部の系統関係に関する判断も揺れており、上記の大きな群の区分そのものは健在ながらその関係については議論が多い。比較的新しいものとしてSorensen & Giribet(2006)によると、以下のようになっている。
ワムシ類はやはり鉤頭虫を含んで初めて単系統群となる。
この単系統群は大きく2つのクレードに分かれ、その一つは単生殖巣類(普通のワムシ)である。
もう1つのクレードは巣生殖巣類(ヒルガタワムシ)、セイソン科、それに鉤頭虫からなる (Hemirotiferaと呼ばれる)。
このクレードの中で双生殖巣類と鉤頭虫類はそれぞれに単系統をなし、セイソン科は鉤頭虫類と姉妹群をなす。
つまり、本群はワムシ類の中で鉤頭類との関係を考える重要な位置にあることになる。更にこれらの群と類縁があるらしい動物群として微顎類(微顎動物門)と顎口動物門があげられる。これらの系統関係も未だ不明であり、更にワムシ類内の各群の関係も疑問が多く、それらの問題に於いて本群の重要性はとても大きいと考えられる。ワムシ類と関連する群の系統関係を考える上での『鍵の役割』をもつとも言われる。
分類体系はこの群のそれが安定しないため何通りかを見ることが出来る。ほぼ共通するのは目以下で、以下の通り。
Seisonida ウミヒルガタワムシ目 Seisonidae ウミヒルガタワムシ科(セイソン科)
この目を含む上位群として岩槻・猿渡監修(2000)では次のようにしてある。
輪形動物門 ウミヒルガタワムシ綱:ウミヒルガタワムシ目のみ ヒルガタワムシ綱 単生殖巣綱
また巖他編著(2013)ではこうである。
輪形動物門 側輪虫綱:ウミヒルガタワムシ目のみ 真輪虫綱:この下に亜綱としてあとの2群を置く。