東方文化学院
鳥居龍蔵(1929年4月 - 1940年2月 研究員 1929年4月 - 1938年4月)
中田薫(1929年4月 - 1941年3月)
服部宇之吉(1929年4月 - 1939年7月 研究員 1929年4月 - 1935年4月)
原田淑人(1929年4月 - 1948年3月 研究員 1929年4月 - 1938年4月)
安井小太郎(1929年4月 - 1938年4月)
岩村成允(1938年9月 - 1943年1月)
高田眞治(1938年9月 - 1948年3月)
諸橋轍次(1938年9月 - 1948年3月)
矢部貞治(1938年9月 - 1942年9月)
藤塚鄰(1940年7月 - 1948年3月)
和田清(1940年7月 - 1948年3月)
長井眞琴(1941年5月 - 1948年3月)
山田三良(1941年5月 - 1945年7月)
神川彦松(1943年12月 - 1948年3月)
田中豊蔵(1946年9月 - 1948年3月)
加藤常賢(1947年6月 - 1948年3月)
清水泰次(1947年6月 - 1948年3月) 他
1937年、日中全面戦争が開始されると、政府は従来の文献学的な中国文化研究に加え、より時局的要請に沿った現状分析研究を求めるようになった。管掌官庁である外務省は、東京・京都の研究所にそれぞれ新たな研究方針と、関係の深い東京・京都両帝大への移管を受け入れるかどうかを打診したが、東京研究所は東大移管を拒否し、新たに現状分析的研究を進める方針を受容し、「近世法政経済部」を新設した。これに対し、古典学的研究に固執する京都研究所はあくまでこの方針を拒否し、外務省から京大への移管を希望した。この結果両研究所を一組織にまとめることが困難と判断した外務省は両研究所の分離独立を決定し、1938年それまでの東方文化学院は解体され東京研究所は(新)東方文化学院、京都研究所は東方文化研究所に改編された。
京都の東方文化研究所は京大移管を強く望み折衝を重ねたが、研究領域の重複する京大(旧)人文科学研究所が1939年に新設されたことで京大内に組織的受け皿がなくなり、この時点で統合は実現しなかった。
東西両研究所の分離以前の学院理事長(学院全体の代表者)は服部宇之吉(1929年4月 - 1938年3月)。理事は宇野哲人・狩野直喜・濱田耕作・羽田亨など。