バルコ・スキャンダル
2006年3月23日には漏洩した裁判資料などの情報から「ボンズは1998年から少なくとも5年以上にわたってステロイドやHGH、インスリンなどを使用している」と主張する暴露本『ゲーム・オブ・シャドウズ』がサンフランシスコ・クロニクル紙記者2人による共著で出版され、同月30日にはMLB機構は選手の禁止薬物使用疑惑を調査するために民主党の元合衆国上院議員、ジョージ・J・ミッチェルを委員長とする委員会を設置した。アンダーソンはボンズの偽証の件で大陪審に召喚されたが、検察への不信を強めていたために証言の拒否を続けて法廷侮辱罪に問われ、8月28日に連邦刑務所へ収監された。
2007年1月11日にボンズが前年のドーピング検査で覚醒作用があり、2006年から禁止薬物として指定されたアンフェタミンに陽性反応を示していたと報じられた。チームメイトのマーク・スウィーニーから譲り受けたとされる部分は否定したが、アンフェタミンの使用自体は否定も肯定もしなかった。その後は目立った動きは無かったが、11月15日にボンズは一連の騒動でステロイド使用について調査官に虚偽の申告をしたとして偽証と審理妨害の罪で起訴された。アンダーソンはその数時間後に釈放された。12月13日に発表されたミッチェル報告書にボンズらバルコ社に関係していた8人の選手が挙げられた。ジャイアンツのピーター・マゴワンオーナーがミッチェルに「2004年2月に電話で会話した時に、ボンズが関節炎の治療と睡眠のためにステロイドを使用していると話していた」と語ったが、数日後に失言だったとして前言を撤回しようとしていた事が明らかにされた。