カトリック正義と平和協議会
カトリック中央協議会の組織である「日本カトリック司教協議会」によって設置された委員会に対しては、教会内外からは様々な批判も存在する。その主なものは、正平協の活動の中で政治的に意見が分かれる問題への態度や対応に対するものである。一方でカトリック教会には様々な政治的意見を持つ信徒(信者)が所属していることから、政治的に意見が分かれることに関しては信徒の全てがこの組織の意向に賛同しているわけではなく、個々人の政治的信条が正平協の主張内容と一致する訳では無い。また、信徒の中には、この協議会の活動内容が左傾化していると考え、そのことを問題視している者もあり、そうした信徒による組織も存在する。2000年12月に、日本赤軍最高幹部の重信房子の関係先を家宅捜索し多くの資料を押収捜査への抗議「呼び掛け人」7団体と4個人の中に名を連ねたことに批判がある。
死刑反対を掲げている。神奈川県大和市で主婦2人を殺害して、金品を奪うなどした死刑囚と福岡県内で女性3人を強盗殺人した死刑囚に対し、2019年に死刑が執行された際、正平協は「尊いいのちが国家の手によって奪われたことに対して強く抗議します」と公式声明を出している。