神尾山城
その後柳本賢治は中嶋の戦いで暗殺され、高国は大物崩れで細川晴元・三好元長らに敗れて自害、尹賢も殺害され一旦城史は不明となるが、天文15年(1546年)、細川晴元は三好長慶が擁立した細川氏綱(尹賢の子、高国の養子)に敗れ「丹波カンノチ」(神尾山城)へ没落と明記されているが(『証如上人日記』)、これは氏綱方の上野元治が足利義晴を迎え取ろうと同年9月13日に入京し、これに危機感を覚えた晴元が丹波へ逃走しており、この時の記述ではないかと思われる。その後晴元は丹波を出国、摂津に入国し神呪寺城、越水城へ移動し、舎利寺の戦いに繋がっていく。
その次は天文22年(1553年)9月3日の『言継卿記』で、内藤国貞が本目城で討死にという記載が見受けられる。また『総見記』によると天正年間(1573年 - 1592年)に明智光秀が八上城攻めの中継基地として「本目の城」を使ったとの記載が見受けられるが、両文献に記載される本目城とは神尾山城を指すと推定されている。