スコットランド国営南極遠征
1901年秋、ブルースはノルウェーの捕鯨船ヘクラを2,620ポンド(2014年換算で25万ポンド)で取得した。その後の数か月間でそれを南極観測船用に完全に改装して、実験室2室、暗室1室を付け、多くの特殊機械を備えた。甲板には大きな回転筒を2基つけて、長さ 6,000 ファソム (36,000 フィート、11,000 m) のケーブルを巻き、海洋標本を採集するための深海トロール漁を可能にした。他にも水深測量、海水採集、海底標本採集、気象観測、磁気観測のための装置がつけられた。船殻は南極の氷の圧力に耐えられるよう大々的に補強され、補助機関をつけたバークとして再艤装された。このような改装により、船にかけた総費用は16,700ポンド(2014年完全で158万ポンド)まで膨らんだ。この費用を含めて遠征の総経費36,000ポンドに対し、コーツ家が3万ポンドを寄付してくれた。スコティアと改名したこの船は1902年8月に海上公試が可能となった。
しかし、2隻目の船を使ってウェッデル海の四半分で科学調査を行うよう遠征の範囲を拡大するというブルースの提案は、王立地理学会の会長クレメンツ・マーカム卿から「誤ったライバル関係」として却下されてしまった。ブルースの遠征は王立スコットランド地理学会が支持し、推進された。
この遠征は「南極探検の英雄時代に行われた遠征の中で、最もコスト効果が良く注意深く計画された科学遠征」と表現されてきた。それにも拘わらず、ブルースはイギリス政府から正式な栄誉や認知を得ることがなく、活発にロビー活動を行っても遠征隊員には権威ある極圏メダルが授与されなかった。ブルースはこの遠征後に南極遠征を率いることが無かったが、定期的に北極は訪れた。真剣な科学的探検に注力することは当時としては流行でなく、スコット、シャクルトン、アムンセンのような極圏冒険家とは異なり、その功績は大衆の記憶からすぐに消えて行った。この遠征の今も残る功績は、1903年にサウスオークニー諸島のローリー島に「オモンド・ハウス」として設立されたオルカダス気象観測所であり、現在も運営が続けられている。