源頼朝
『神皇正統記』において「頼朝勲功まことにためしなかりければ」「天下の乱れを平らげ、皇室の憂いをなくし、万民を安んじた」と記し、やはりその人物を高く評価している。
頼朝はそれまで軍事力を持って獲得してきたものを、朝廷との政治交渉によって、平時の状態でも確保出来、補強しなければならない困難な状況に直面していた。そうした時期であるために、いかに肉親であり功績のある者でも、自分に反抗する者は許しておくことは出来ない。義経の背後には、武家政権確立のための対抗勢力である朝廷や奥州藤原氏があったのである。
都落ちした義経を匿ったことで鎌倉へ召還された興福寺の僧・聖弘は、義経を庇護したことを詰問する頼朝に対し、「今関東が安泰であるのは義経の武功によるものである。讒言を聞き入れ恩賞の土地を取り上げれば、人として逆心を起こすのも当然ではないか。義経を呼び戻し、兄弟で水魚の交わりをされよ。自分は義経のみを庇って言うのではなく、天下の無事を願っての事である。」と悪びれず直言した。頼朝はその言葉に感じ入り、聖弘を勝長寿院の供僧職に任じたことから、義経を憎みきっていたわけではないことが伺える。頼朝は政治家であり、義経は軍人であった。その相違が、平氏滅亡後に露呈することになったのである。
もっとも、義経に限らず、範頼をはじめとする源氏一族(「門葉」)に対して、頼朝は清和源氏の棟梁としての優位性を示す一方で、彼らを将軍家の藩屏として優遇する方針を取り続けており、結果的にその方針が失敗したとしてもそれをもって義経ら一族を冷遇した、重用しなかったとするのは一方的な見方であるとする批判もある。
頼朝は朝廷における代弁者であった一条能保・高能父子が相次いで病死したこともあり、遅ればせながら危機感を抱いて兼実に書状を送り再度の提携を申し入れたといわれる。
だが、それらは通親と敵対した兼実の日記『玉葉』やその弟慈円の『愚管抄』にのみ見られるものであり、実際には通親は頼朝や頼家に最大限の配慮をしており、反幕的公卿の指摘は当たらないとの見解もある。政権基盤の脆弱な通親が頼朝と敵対したらひとたまりもなく、また御家人統制に王朝権威を利用し始めた頼朝にとって朝廷統制は不可欠であって、その最も直截的な方策こそ娘の入内と外孫の即位であったともされる。実際、頼朝は引き続き次女・三幡姫の入内を目指しており、『尊卑分脈』によると三幡は鎌倉にいたまま通親の主導する朝廷から女御の宣旨を受けている。
しかし建久9年(1198年)12月27日、頼朝は相模川で催された橋供養からの帰路で体調を崩す。原因は落馬とも病気とも言われるが定かではない。建久10年(1199年)正月11日に出家。正月13日に死去した。享年53(満51歳没)。
死後、頼朝の亡骸は彼の持仏堂に葬られた。持仏堂は正治2年(1200年)から法華堂と呼ばれ、多くの法要が営まれている。安永8年(1779年)2月には、薩摩藩主・島津重豪が現在の石塔を建てた。明治に入ると廃仏毀釈により石塔の前に在った法華堂は壊され、明治5年(1872年)、その跡に頼朝を祀る白旗神社が建てられた。なお石塔は昭和2年(1927年)に「法華堂跡(源頼朝墓)」として国のて国の史跡に指定されている。2006年(平成18年)7月28日に、隣接地にある「北条義時法華堂遺構」が史跡に追加指定され、「法華堂跡(源頼朝墓・北条義時墓)」と名称変更されている。
鶴岡八幡宮境内にも白旗神社があり、社伝によると北条政子が朝廷より白旗大明神の神号を賜り正治2年(1200年)に創建したとされる。源頼家の創建とも伝わる。明治21年(1888年)に現在地に遷座した。石材は本小松石が使用されている。
江戸時代の仙台藩編纂地誌には、建保5年(1217年)、頼朝の宗教的精神的な師で、梶原景時の兄である梶原景実(専光房良暹)により源頼朝、梶原景時、梶原景季の三柱を御祭神とする梶原神社が建てられたとする記述がある。専光房良暹は鎌倉を離れ北を目指し、藤原高衡ゆかりの宮城県気仙沼市唐桑町に御影を安置して祀ったとされる。
明治以降は日光東照宮の相殿にも祀られている。現在は源頼朝公墓前祭が、毎年4月13日の命日に、鶴岡八幡宮の神職により行われている。鹿児島の島津家の代表も参列している。また日光東照宮で春と秋に行われる千人武者行列では、頼朝の神輿を担ぐ行列が参道を往復する。
兵庫県川西市にある多田神社の源氏まつりでは、頼朝に扮した騎馬武者を見ることができる。