上越妙高駅
列車の行き違いがない場合は上下とも2番線からの発着、通過列車は上下とも2番線通過となっていた。交換時は上り長野方面の列車は1番線を使用した。交換時の下り列車は原則2番線を使用したが、前述の通り上り通過列車は交換時も2番線を使用したため、上り通過列車と交換する下り直江津方面の列車は1番線を使用した。
旧駅舎は駅開業に際し1921年7月に竣工したもので、移設前日の2014年10月18日まで93年にわたり運用された(2013年11月)
旧駅舎内に展示されていた北陸新幹線起工式の鎌、鍬、鋤(2004年7月)
旧駅舎前に建立されていた長谷川八郎顕彰碑(2004年7月)
新駅舎は旧駅舎の約120m西側に建設され、旧駅舎跡地は東口駅前広場の一部として整備された(2013年3月)
2013年夏に駅名称が発表され、同年秋には新幹線駅舎の壁面に駅名標が設置された(2013年10月)
新駅舎の在来線改札口(JR東日本による暫定営業・2015年1月)
東口側の新幹線駅舎は前述のとおり、JR東日本新潟支社が管理する直営駅(駅長配置)で、自駅のみの管理駅として運営が行われている。
駅舎3階に設けられたホームはフロア全体がスノーシェルターで覆われた高架構造で、島式ホーム2面4線を有する。通過線はないが、主本線となる内側の上下2線のホームは高速通過が可能な設計が用いられ、列車通過時の安全確保のため、列車とホームの間隔が通常の新幹線駅のホームよりも4cm程度広く取られている。4線すべてにホームドア(可動式安全柵)が設置されているほか、両ホームには待合室と喫煙所が各1箇所設けられている。シェルターの窓ガラスには桜吹雪のプリントが施されているほか、発車メロディには上越市大潟区出身の小山作之助作曲の唱歌「夏は来ぬ」が使用されている(発車メロディ決定の経緯は後述)。なお、当駅は北陸新幹線でJR東日本と西日本の境界駅となっているが、乗務員交代は長野駅で行われている(経緯)。
駅機能は自由通路に面する2階のコンコースに設けられている。改札口には自動改札機が4通路(入場用1通路、出場用1通路、両用2通路(内1通路は車イス対応))設置されており、全通路でモバイルSuica特急券が利用できる。