ナノダイバー
声 - 大原さやか
主人公のナノオペレーション時のオペレーターを担当する女性。オペレーターとしての腕は周囲も認めており、業務も優秀にこなすが、物事に集中しすぎてしまったり、納得できないとムキになってしまうことがあり、それがトラブルの種になることも。
ウイルス達は基本的には自身を駆逐しに来たナノダイバーを標的にするが、時折、患者の体力を削る感染攻撃という行動を取る。感染攻撃されたエリアは感染スポットが再び発現するようになってしまう。また、ゲーム後半では一度小中ウイルスを完全に駆逐し、エリアの感染スポットを全て治療している状態でも時間経過で再びウイルスが発生する場合がある(再感染)。再感染までの時間はエリアにより異なり、アイテムの使用で延長が可能である。
ウイルスに蝕まれた患者の体は各所(エリア)ごとに感染スポットがある。感染スポットは放置すると患者の体力を削り、ナノオペレーションが困難になる。その状態に陥るとナノオペレーションは失敗となり、ナノオペレーションが開始される前の状態に戻されてしまう。その状態を回避するため、ナノダイバーであるプレーヤーは感染スポットで治療アクションを取ることができる。治療アクションを完了するとスポットは治療状態になり、患者の体力が減少しなくなるほか、ナノダイバーの体力(着用するスーツの耐久力)が回復する。
各エリアに感染スポットがあり、全ての感染スポットを治療するとそのエリアにいる小・中ウイルスが駆逐され、患者の体力が回復、さらにLOSTウイルスの活性度も下げることができる。