404特許
2001年8月23日、404特許について、特許を受ける権利の原告への原始的帰属の確認、及びそれが認められない場合は譲渡の相当対価を求めて、中村は日亜化学工業を相手に訴訟を起こした。この訴訟は、「青色発光ダイオード訴訟(裁判)」、「青色ダイオード訴訟」、「青色LED訴訟(裁判)」、「中村裁判」などと呼ばれる。原告は、被告企業における高輝度青色LED製造に対する本特許の貢献度は100%と主張、対して被告は現在は利用されない技術と主張するなど、本特許の認識を巡っては真っ向から対立した。
一審の東京地方裁判所は、2002年9月19日に主位的請求である特許を受ける権利の帰属についての中間判決を行い、特許を受ける権利は被告企業に承継されたとの判断を示した。その後、2004年1月30日に、東京地裁は、原告の貢献度を50%として発明の相当対価を604億円と認定し、被告企業に対し原告が請求した約200億円の支払いを命じる判決を下した。
控訴審の東京高等裁判所では、2004年12月に裁判所が和解勧告を出し、2005年1月に原告被告とも受け入れて訴訟が終了。結果的に控訴審で判決が出ることはなかった。和解金は404特許も含めた原告の関わった全職務発明に対して約6億円(実際は延滞損害金も加えた約8億円)となり、日亜化学工業の支払額は一審判決の約200億円から大きく減額された。なお、知的財産高等裁判所が開設されたのはこの訴訟の終了後の2005年であったが、東京高裁には1950年から知的財産問題を専門に扱う知的財産部が設けられており、本件も知的財産部が担当した。