今井信郎
明治3年(1870年)2月21日、今井は身柄を刑部省の伝馬町牢舎へ移された。かねてからの嫌疑に加え、別に捕らえられた元新選組隊士大石鍬次郎が、「近藤勇が酒席で今井が龍馬を討ったと語っていた」、と証言したためだ。厳重な取り調べを受けた今井は、龍馬暗殺の詳細を証言した。今井は、龍馬を前年に伏見寺田屋で幕吏を射殺した刑事犯として、見廻組与力頭の佐々木只三郎らと公務で襲撃したこと、その際自分は見張り役として参加、手は出していないことを語った。
龍馬殺害について元新選組隊士の取り調べが行われたが、いずれも新選組の関与を否定した。大石鍬次郎が見廻組が実行犯であると自供したため、今井も取り調べを受け、自供することとなった。『勝海舟日記』明治2年4月15日条には松平勘太郎(松平信敏)に聞いた話として、今井が「佐々木唯三郎(只三郎)首トシテ」犯行に及んだことを自供したという記述がある。この中で勝海舟は指示したものは佐々木よりも上の人物、あるいは榎本対馬(榎本道章)か、わからないと記述している。
明治3年(1870年)9月2日、今井は禁固刑、静岡藩への引き渡しという判決を受けた。直接手を加えていないが龍馬殺害にかかわったこと、その後脱走して官軍に抵抗したことが罪状とされている。今井の証言をおさめた口上書は佐々木只三郎の指示により、佐々木、今井、渡辺吉太郎、高橋安次郎、桂隼(早)之助、土肥仲蔵、桜井大三郎の七人が近江屋に向かい、佐々木・渡辺・高橋・桂の4人が実行犯となって龍馬らを殺害したというものである。