永正の錯乱
享禄元年(1528年)ごろから晴元陣営内部では、高国方の将軍義晴との和睦を唱える松井宗信・柳本賢治らと、義晴から将軍職を剥奪し、堺公方義維を将軍に就けることを図る三好元長・畠山義堯らとの対立が深まっていた。さらに両者は京都の支配権を巡っても対立していた。翌2年(1529年)、晴元は松井宗信らの意見を採用し、高国を無視して義晴のみと和睦することを決断。これに反発した三好元長は阿波へ帰国したが、晴元側近の可竹軒周聡の反対により和睦は頓挫した。 享禄3年(1530年)、播磨陣中で柳本賢治が死去すると元長が復権し、失脚した松井宗信は摂津に帰国した。
享禄4年(1531年)、大物崩れで細川高国を敗死させ、共通の敵を失った細川晴元陣営の内部分裂が再燃する。木沢長政は畠山義堯の家臣でありながら、主家を飛び越えて晴元からの寵愛を受けていた。元長は長政の勢力伸長を危険視し、長政の主・畠山義堯と結託して対抗する。対する長政は元長と対立する三好一門・三好政長と共謀し、讒言によって晴元と元長の離間に成功した。
享禄5年(1532年)、元長は阿波勢を率いて晴元の家臣柳本甚次郎(賢治の子)を滅ぼしてしまい、晴元と元長の対立は決定的となっていた。晴元の従弟で阿波守護の細川持隆が仲介して晴元と元長は一旦和睦するが、天文元年(1532年)6月、晴元は証如や木沢長政と結び、一向一揆に堺の元長を攻めさせる。元長は敗れて自害。晴元は将軍義晴と和睦する。この後、天文の錯乱が勃発する。