RecA
この変化は自発的に起こるが、両方向に対して等しく進むため、効率よく置き換えているとは言いがたい。RecAタンパク質は一方向への分岐点移動を触媒し、数千塩基対にも及ぶ二重らせんDNAの完全な置き換えを可能にする。
RecAはDNAに依存するATPアーゼであるため、RecAにはATPを加水分解する部位も含まれている。RecAはATPと結合しているとき、ADPと結合しているときよりDNAとより強く結合する。
大腸菌では、DNA複製の後の姉妹染色分体がまだ近い段階でRecAを介して相同組換えが起こる。RecAは相同対合、相同組換え、引き離された姉妹染色分体の片方のDNAの切断修復の全てを仲介する。
RecAが欠損している大腸菌株は分子生物学でのクローニング(英語版)に有用である。大腸菌株に、遺伝子操作によりrecA突然変異型遺伝子が導入されると、プラスミドとして知られる染色体外DNA(英語版)が安定化される。形質転換と呼ばれるプロセスにおいては、プラスミドDNAが様々な状況でバクテリアに取り込まれる。遺伝子外のプラスミドを取りこんだバクテリアは形質転換体と呼ばれる。形質転換体は、回復して他のことに使えるように細胞分裂の間ずっとプラスミドを保持する。RecAタンパク質の機能がない場合、遺伝子外のプラスミドDNAはバクテリアによる変化を受けない。細胞培養地からのプラスミドの精製によりPCRによって得られたプラスミドの忠実な増幅が可能になる。