カボタージュ
国際的な市場開放と競争優先の大きな流れの中で、規制するか開放するか、慎重な議論が進められている。この議論の中で、国内輸送を担う業界団体である日本内航海運組合総連合会は、カボタージュ制度の規制緩和は、単なる経済的問題ではなく、有事の際の国民保護、緊急輸送に差し支える恐れがあり、便宜置籍船による国内輸送は許されないと反対している。その根拠として、日本に資源等を輸送する約40隻の外国籍船舶が、福島第一原子力発電所事故の発生時に、放射性物質への被曝を危惧したことで、京浜工業地帯への寄港を一斉に拒否し、神戸港等の西日本の港へ独断で寄港した一方で、日本国籍の船舶は輸送業務を継続した事例が挙げられている。
2020年から2021年には、新型コロナウイルス感染症の世界的流行に起因する国際航路の運休が続く中でJR九州高速船に納入されたパナマ船籍の高速船クイーンビートルの国内遊覧運航をめぐり、内航総連および全日本海員組合による反対意見が表明された。2021年3月10日、国土交通省は、「同一港発着に限る」等の条件を付した上で、同船に対する国内特例運航の許可を発出した。同船は同年3月20日以降、博多港発着の周遊運航に用いられている。