ロシア連邦保安庁
兵器・軍事・特殊機材発注・納入局
捜査技術措置局
情報技術科学研究所
科学研究センター
テロ・政治的過激主義対策局
特殊任務センター A局:旧アルファ部隊(対テロ特殊部隊)。5課から成る。 V局:旧ヴィンペル部隊(原子力施設防護特殊部隊)。4課から成る。 特殊作戦局 ダゲスタン支部
国際テロ対策局
組織運用局
捜査局
連邦保安庁長官のみを記述する。
セルゲイ・ステパーシン Сергей Степашин (1995年4月~7月)
ミハイル・バルスコフ Михаил Барсуков (1995年7月~1996年6月)
ニコライ・コヴァレフ Николай Ковалев (1996年7月~1998年7月)
ウラジーミル・プーチン Владимир Путин (1998年7月~1999年8月)
ニコライ・パトルシェフ Николай Патрушев (1999年8月~2008年5月)
アレクサンドル・ボルトニコフ Александр Бортников (2008年5月~)
連邦保安庁は、各ロシア連邦主体(共和国、直轄市、地方、州、自治管区)に支局を有している。また各軍事組織の軍種、兵科司令部、軍管区、艦隊等にも支局が存在する。