ネイサン・ドレイク
自身が先祖と自負するフランシス・ドレイクも探したという、莫大な富が眠っているとされる幻の古代都市「砂漠のアトランティス」を探し求め、相棒のサリーとともに再び世界中を飛び回る冒険へと飛び立つ。その道中では、冷酷な指導者マーロウが率いる秘密結社が行く手を阻む。マーロウとの戦いの末、ルブアルハリ砂漠で砂漠のアトランティスを発見する。

この時に手掛かりの地であるイエメンにて、偶然エレナが海外特派員として活動している事を知り、協力を求めるために再会する。はじめの内はお互い終わった事だとあくまで知人として共に行動するも、紆余曲折の末にお互い大切な人だと再認識してヨリを戻した。
砂漠のアトランティスを巡る冒険のあとにエレナと結婚し、それを期にトレジャーハンターを引退。私営の海難救助会社で働いていた。
それから3年の月日が経った頃、死んだと思っていた兄サムが突然生きて帰ってきた。そして、サムの窮地を知ったネイトは、かつて一度断念した海賊ヘンリー・エイヴリーの財宝を追い求め、サムとサリーともに再び冒険の旅に出る。この頃、やや白髪があることをサムに指摘されている。
一方、大富豪のトレジャーハンター・レイフも同じくエイヴリーの財宝を追っており、彼に雇われた民間軍事会社「ショアライン」の女ボス・ナディーンと、彼女が率いる強力な軍隊が行く先々で襲い掛かってくる。一行は苦労の末にエイヴリーの財宝が眠るとされる、失われた海賊たちの国 「リバタリア」 にたどり着く。
冒険後は雇い主のジェイムソンが兼ねてより老齢を機にネイトに会社を譲る事を提案し、彼の好意とエレナの後押しもあり会社を買い取る。そして冒険する時の表情が好きとのエレナの後押しもあってトレジャーハントを再開する事となった。