先島諸島
沖縄本島とは違って太平洋戦争の戦場にはならなかったものの、1945年に入ると激しい空襲と艦砲射撃を受け、6月以降には八重山諸島で山岳地帯や西表島などマラリア危険地域への移住命令が出され、マラリアによる死者が多数出た。宮古島は平坦で、連合軍の飛行場設置を恐れ3万人の陸軍兵が駐留した。約1割の兵士が戦病死したが、宮古の女性と仲良くなる兵士が多く、引き上げ時は港は悲しみの女性で一杯であった。残った兵士もいた。
さらに沖縄本島の陸軍が壊滅すると、軍、行政ともに機能が停止し、指揮系統が切断された守備隊の一部が畑から作物を盗んだり、島民に暴力を振るうなどしたため、石垣島の住民は自警団を結成してこれに対抗し、さらにこれを発展させて12月15日に「八重山自治会」を発足させた。一方アメリカ軍は11月26日告示された「米国海軍軍政府布告第1-A号」を12月8日に宮古島で、12月23日に石垣島で公布、軍政樹立を宣言し、宮古支庁(現・宮古事務所)と八重山支庁(現・八重山事務所)を復活させた。1952年の日本国との平和条約によって国際法上も米国統治下に置かれることが確認された。
1972年の沖縄返還に伴って日本国の施政権が回復した。しかし米国統治下で東経123度の与那国島の上空に防空識別圏の境界線が引かれていたため、返還後も島の領空の西3分の2は台湾の防空識別圏内のままであった。ただし台湾は、自主的に与那国島を避けるように台湾寄りの海上に防空識別圏の境界線を設定して運用しており、外務省も「防空上の問題は事実上生じない」という立場をとっていた。そして2010年6月25日に正式に防衛省の訓令の見直しが施行され、日本の防空識別圏が与那国島の西端から西側に14海里(領空12海里+緩衝地帯2海里)広げられて日本の領空と台湾の防空識別圏の重複問題が解決した。台湾の馬英九政権は「一方的な識別圏の変更は認められない」との声明を出したが、台湾は前述の通り、元より識別圏の境界線を与那国島上空から西側の海上に設定して運用していたため、問題にはならないと見られている。
テレビやラジオの放送は、テレビがNHK沖縄放送局(前身は沖縄放送協会 (OHK))、ラジオは民放の琉球放送 (RBC) が開局してサービスを開始した。民放のテレビ放送は1993年に中継局が開局するまで、全てケーブルテレビの自主放送で時差配信されていた。詳細は宮古島中継局を参照。
「元史」、「温州府志」には元代の1317年(延祐4年)に「密牙古人」が漂着したとの記録があり、これが中国の史書の初出である。
14世紀から15世紀には先島諸島にも各島に按司が興るが、沖縄本島に興った琉球王国による海上交易の中継地として次第にその影響圏に置かれた。
1390年、宮古の与那覇勢頭豊見親(真佐久)が中山王察度のもとに初めて朝貢する。真佐久は琉球語を解せず、先島諸島と琉球が異なる文化圏にあったことを示唆する。宮古では与那覇勢頭と目黒盛豊見親が争っていたが、やがて目黒盛が臣従し、さらに仲宗根豊見親が現れて宮古を統一した(1474年)。
1500年に石垣島の按司オヤケアカハチ(遠弥計赤蜂)が反旗を翻すと、尚真王は征討軍を編成するが、宮古島の豪族・仲宗根豊見親が先鋒となって石垣島に上陸し、オヤケアカハチを討ち取った。乱後、石垣島は長田大主、西表島は慶来慶田城用緒、多良間島は土原豊見親が治めた。これによって先島諸島のほぼ全域が琉球王国の支配下に入った。
与那国島では女首長サンアイイソバ(サカイイソバともいう)による抵抗があったものの慶来慶田城用緒を通して用緒の息子の用庶を与那国与人とすることで名目的に王府の支配に入った。その後鬼虎の反乱はあったが仲宗根豊見親らによって討ち取られ完全な支配下となる。
1609年、時の大和政権江戸幕府徳川家康、秀忠より琉球征伐御朱印状を得た薩摩藩島津氏が琉球王国に侵攻、琉球王尚寧王は降伏し琉球王国は薩摩藩に服属することとなった。薩摩藩の命を受け、王府は先島諸島火番盛を設けた。
王府は薩摩服属後も徴税代理人となり先島諸島からの年貢を徴収。1637年、王府は先島諸島に対して人頭税を導入。この制度は1903年まで続いた。