ヨウェリ・ムセベニ
ウガンダのアミン以降の政権は腐敗、派閥抗争などで秩序回復の困難さを示し大衆的な合法性を得られなかった。ムセベニは、新政権が同じ目に遭わないために同様の誤ちの繰り返しを避ける必要があった。NRM は前任者達より幅広い民族的基盤を形成した上で、4年間の暫定政権であると宣言した。それにもかかわらず、様々な派閥の代表がムセベニによって精選された。ウガンダのそれまでの歴史に陰を落とした派閥間の暴力は政党活動と政党が民族的に異なる支持基盤を持つことを制限することを正当化させた。無党制により政党そのものは禁止されなかったが直接選挙で候補者を選ぶことはできなくなった。ムセベニが全てのウガンダ人に従うことを求めたいわゆる「抵抗運動」体制がこの20年間のウガンダ政治の基礎となった。
村レベルから直接選出された抵抗議会(のち地方議会)制度は地方の問題を扱うために設置され、固定価格商品の公正な分配も行う。抵抗議会議員の選挙は多くのウガンダ人にとって様々なレベルでの権威主義的であったこの数十年間で初めての民主的な経験となり、県レベルまでの同様の構造が5段階繰返される仕組みにより人々のよりハイレベルでの政治への理解を助けた。
新政権は外交的にも広範な支持を得て、内戦による経済的な損失やハイパーインフレなどに対し国際収支統計などの経済概念を導入して対処した。マルクス主義思考を捨て、IMFや世界銀行の新自由主義の構造調整を受け入れた。1987年からはIMFの経済復興計画 (ERP) を導入した。成長、投資、雇用、輸出の拡大のためのインセンティブの回復、輸出拡大のための貿易の多角化、私企業の成長促進のための規制緩和と公企業の民営化、あらゆるレベルでの貿易の自由化などが行われた。
1996年5月9日大統領選挙が行われ、ムセベニは72.6%の投票率において75.5%の得票で超党派勢力連合のポール・セモゲレレと新人のモハメド・マヤンジャに勝利した。内外の選挙監視団は、投票の有効性を認めたが、敗北した候補者達は選挙結果を拒絶した。1996年5月12日ムセベニは再び大統領に就任した。
ムセベニの選挙戦における主な武器は国土の大部分での治安と経済の回復だった。彼の選挙対策本部が用いた忘れ難い選挙用のイメージはルウェロ三角地帯での頭蓋骨の山を表現していた。この領域の住民は内戦の間に苦しめられたこの強力なシンボリズムを忘れることはできなかった。他の候補は主要な訴えをムセベニのそれに匹敵させようと苦労した。ムセベニは特に南部出身者に対して地域の言語を使用することで政治的な訴えを広める目覚しい能力を持っていると思われた。ムセベニは「指導力に磨きをかける」との表現を用いて「権威の重荷を担う威厳のある人物」であるように自らを演出した。
彼は適切な地域の口語的な言語で尊重の意思と部族政治を超えることを示す目的で英語、ガンダ語、ニャンコレ語、スワヒリ語を流暢に用いた。
大統領選に至るまで、セモゲレレは NRM政権で大臣を務めていた。ムセベニの「抵抗運動」に対する分け前を主張するよりもムセベニと NRM に挑戦することを選んだ彼の判断は繊細な日和見主義と看做され、政治的な過ちとして扱われた。バガンダにとってUPCとセモゲレレの同盟は呪いだった。そうでなければ、バガンダは民主党の指導者である彼を何らかの形で支援しただろう。またセモゲレレはムセベニがルワンダ人だと主張した。同様の主張は、彼の出生地がウガンダ=ルワンダ国境に近く、民族的にもアンコーレ族がルワンダ人と近いこと、彼の軍で現ルワンダ大統領のポール・カガメを含むルワンダ人が支配的であったこと等により批判者から繰返し主張された。
1990年9月の侵攻に関し、ムセベニはこれを共謀したかまたは軍の統制を失っているか、もしくはその両方であるとして非難された。RPF はルワンダとウガンダの国境に跨るヴィルンガ山地に溶け込んだ。ハビャリマナ政権はウガンダが RPF に領土を後方基地として使わせていると非難し、ウガンダの国境付近の村を砲撃した。ウガンダも反撃したと広く信じられているが、これは多分RPFの拠点を守ることになったと思われる。この戦闘で6万人以上が家を逐われた。両国間で安全保障条約が結ばれ、両国はお互いの国境沿いの治安維持について協力することで合意したが、再起した RPF は1992年までにルワンダ北部の多くを占領した。
ムセベニは1991年及び1992年にアフリカ統一機構 (OAU) の議長に選出された。
1994年4月ハビャリマナとブルンジのシプリアン・ンタリャミラ大統領の乗った飛行機がキガリ国際空港上空で撃墜され、80万人以上が殺害されたルワンダ虐殺の引き金となった。RPFはキガリを制圧しウガンダ軍の協力を得て政権を握った。
1995年4月ウガンダは神の抵抗軍 (LRA) への支援を理由にスーダンとの外交関係を絶った。スーダンは逆にスーダン人民解放軍への支援を非難した。これら二つのグループは共に穴だらけの国境を行き来して行動している疑いがあった。ウガンダとスーダンの不和は1988年には始まっていた。アミン政権及び第二次オボテ政権時代にはウガンダ難民は南部スーダンで保護を求めた。1986年に NRA が政権を握るとこれら難民は西ナイル岸戦線や後の LRA に加わるようになった。長期間にわたりムセベニ政権はスーダンをウガンダの安全にとって最大の脅威と看做した。