公武合体
嘉永6年(1853年)、アメリカ合衆国のマシュー・ペリーが大統領の国書を持って来航、軍艦による示威を伴いつつ開国を要求した。当時の老中首座である阿部正弘は、大名の反抗もあって失敗に終わった天保の改革の反省もあり、薩摩藩ら雄藩との協調を重視する方針を取った。阿部は諸大名に開国についての諮問を行った上、朝廷に国書の受理を通達したが、このどちらもが前例のないことであった。日米修好通商条約の締結を巡る諮問では、諸大名の間では当初は戦争も辞さぬ強硬論もあったが、開国策を採る幕府による度重なる諮問の末、結局は大名間でも通商容認論が主流を占めるに至った 。
通商条約締結問題と並行し、幕府内では将軍継嗣問題を巡る政争が進展していた。松平慶永(越前藩主)、島津斉彬(薩摩藩主)ら有力大名は自藩の政治参加を求めて一橋慶喜(一橋徳川家当主)の擁立を図る運動を起こし、雄藩協調策を採る阿部ら幕臣もこれを支持した(一橋派)。一方、幕府の権威再興を目指す保守派の井伊直弼(彦根藩主)らは徳川慶福(紀州藩主)を支持した(南紀派)。
安政4年(1857年)に阿部正弘が急死した後も、老中首座堀田正睦らにより幕府の雄藩協調策は不変であったが、頑迷な攘夷論者であった孝明天皇が条約の勅許を拒否したことにより、政治的に打撃を受ける。南紀派が勢いを得て井伊直弼が大老に就任する一方、堀田正睦ら一橋派幕臣は日米修好通商条約の勅許を得ぬままの即時調印を決断するが、将軍継嗣問題で巻き返すことができず失脚した。
結果として、武力倒幕の意志を明瞭にした岩倉と薩摩藩に対し、公武合体論の帰結となる諸侯会議派の越前・土佐・尾張側が武力倒幕に反対の姿勢を示すことになり、薩摩側も大幅な妥協を迫られた。春嶽、慶勝から報告を受けた慶喜は辞官納地をただちに実行すれば家臣たちが激昂するので猶予を求めると回答。京坂地域での戦闘回避を求める風潮が広まり、諸侯会議派が勢いを増した。慶喜の辞官については「前内大臣」を称することで、納地については具体的な方法が不明瞭となり、更に内容を骨抜きにした形で三職会議で了承された。
ところが長州藩兵が赦免されて入京。また西郷が江戸市内で放火・略奪・暴行といった挑発行動を行うよう指示。城を除く市街地への略奪・暴行の根拠これに旧幕府側が江戸薩摩藩邸の焼き討ちで報復した。こうした動きに暴発した旧幕府勢力が鳥羽・伏見の戦いを引き起こした。結果、敗北した慶喜は大坂を退去し、恭順を示すため蟄居。慶喜寄りの諸侯会議派は反徳川派への転換を迫られた。
一方、三職会議が実務能力にも優れた元藩主たち議定に仕切られたことへの反省と警戒から三職の下に七科を配し、ここに実務に通じる微士を入れることで対抗措置とする。この微士たちがその後、明治官僚として新政府の中核を担うことになる。また、廃藩置県により、士族出身の議定たちの身分と発言力を保証していた藩が解体されたことで急速に発言力が低下した。
また、公武合体論と内戦回避を持論とし、大政奉還の影の立役者となった坂本龍馬の影響を受けた元土佐藩士の後藤象二郎と板垣退助は明治六年政変で失脚後は自由民権運動に尽力。海援隊士の陸奥宗光、海援隊居候の中江兆民らもこの運動に参加している。
安政5年(1858年)5月、大老に就任した井伊直弼は慶福を将軍後継に決定して(家茂)将軍継嗣問題を決着させ、一橋派幕臣を失脚させた。一橋派諸大名は直弼に対して違勅調印を批判するが、もとより一橋派は通商論が優勢であり、条約の違勅調印を主導したのも実際には正睦ら一橋派幕臣であったから、結局直弼を論破することができず、逆に隠居・謹慎などの処分を受けてしまった。
アメリカとの通商条約調印後、幕府はフランス、イギリスなどと同様の条約を次々と結んだ(安政五カ国条約)。これら直弼の政策を不服とする孝明天皇は、水戸藩はじめ御三家、御三卿などに対して戊午の密勅を下した。この中で孝明天皇は幕閣、外様大名、譜代大名らの協調による「公武御合体」を要求しており、密勅は万一の場合の出兵依頼も含めて各藩に回送されたが、後の弾圧に際しても薩摩藩・長州藩を含め各藩は動かなかった。一方、これを徳川斉昭(前水戸藩主)らによる陰謀とみた直弼は反対派に対する大弾圧を行い、即時攘夷を求める孝明天皇を屈服させた(安政の大獄)。直弼の強引な政治手法は各方面の反感を買うところとなり、1860年(安政7年)に水戸・薩摩浪士により直弼は暗殺された(桜田門外の変)。