田母神論文問題
10月31日午後3時、定例記者会見を終えた田母神は、防衛省大臣室や次官室を訪ね、各所に受賞論文を配った。この時増田好平事務次官に田母神は「賞金300万円取ったんです」と語ったという。増田事務次官と中江公人大臣官房長は論文を読んで「これはまずい」と判断し、千葉にいた浜田靖一防衛大臣に連絡し、午後4時には首相官邸にも連絡した。
夕方、東京に戻った浜田防衛相は田母神と電話で会話し、辞職を勧告した。しかし田母神は「間違っていますかね」と答え辞職を拒否した。午後10時、田母神の更迭が持ち回り閣議によって決定された。
与野党から非難を受けた田母神は2008年11月11日に参議院外交防衛委員会で参考人招致され、意見が聴取される事態となった。また、この騒動の責任を取り、防衛大臣・副大臣・政務官2人が給与の自主返納を行い、増田事務次官が減給、渡部厚人事教育局長が戒告、中江官房長が注意の処分を受けた。
論文の概略としては、「日中戦争は侵略戦争ではない」・「日米戦争はフランクリン・ルーズベルトによる策略であった」とする自説を展開したうえで、「日本政府は集団的自衛権を容認すべきである」と主張したものであった。以下は要略である。
浜田靖一防衛大臣は、参議院外交防衛委員会でなぜ懲戒手続きに入らなかったのかと質問されて、懲戒手続きに入ろうと検討したが長期化した場合1月21日に田母神が定年退職になり審理が終わってしまうので、一番厳しい措置をするべきだと考え、早期退職を求めたと答弁した。
政府は自衛隊法46条の「隊員としてふさわしくない行為」に当たる可能性があると判断し、懲戒免職を検討したが、田母神が辞職を拒否し懲戒調査に応じる姿勢を見せたため、2009年1月21日である幕僚長としての定年までに手続きが間に合わないと判断し、幕僚長解任・一空将となっての幕僚監部付を命じて更迭処分とした。この処分により定年が縮り、11月3日付けで定年退官となった。規定通り支払われる退職金6000万円について、浜田靖一防衛大臣からは自主返納を求められた田母神は返納を拒否した(#退職金返納問題)。
研究者・評論家の間でも、リベラル左派・保守派の一部が田母神批判の立場にあるのに対し、一部の保守派言論人(石破茂は民族派と定義している)がこれに反論し、田母神論文を擁護するという構図となっている。