ジョホール王国
1804年、スルタン・マフムードとブギス人の副王ラジャ・アリ(マレー語版)は盟約を結んでリアウに復帰した。しかし、双方の確執は解消されることなく、まもなくスルタンはリアウを去って、さらにその南方のリンガ諸島(現インドネシア・リアウ諸島州)へ移った(「ジョホール・リアウ・リンガ」)。
1812年、マフムードが2人の息子を残して死去すると、王位継承をめぐってブギス側(副王派)とマレー側(スルタン派)が対立した。イギリスとオランダがこれに介入し、マフムードの長子フサイン(フサイン・マフムード・シャー(マレー語版))はブンダハラ(宰相)やトゥムングン(首長)らマレー人高官の支持を得たが、ブギス人は弟のラーマン(アブドゥル・ラーマン・ムアッツァム・シャー(マレー語版))を擁護した。ナポレオン戦争終結後、バタヴィアを取り戻したオランダは従来の制限貿易政策を変えず、それに対し、自由貿易政策を奉ずるイギリスはオランダに対抗するため、戦略的にも、交易の利便のうえからもマラッカ海峡の北に位置するペナン島よりも海峡の南口付近にあらたな拠点の候補地を求め、リアウ在住のブギス人副王と交渉をもち、1818年8月には、その交渉をほぼ終えていた。しかし、オランダはその年の11月に同じ副王と条約を結び、リアウに駐在官と守備隊を配置して、ラーマンをリアウ・リンガ王国の正統と認めた。
18世紀中葉、リアウはブギス人の海運活動に支えられ、10万人もの人口を抱えて繁栄した。ジョホール・リアウ王国副王の末裔ラジャ・アリ・ハジが19世紀に著述した『トゥーファト・アル・ナーフィス(貴重な贈り物)』によれば、リアウの人口10万のうち半数はブギス系の人びとであったという。ブギス人は、モルッカ諸島(マルク諸島、現インドネシア)や小スンダ列島(現インドネシア。バリ島からティモール島まで東西に連なる)などでも広く交易活動に参加した。当時オランダ東インド会社が交易独占を試みたモルッカの香辛料をその監視網をかいくぐって購入し、故地であるスラウェシ島やカリマンタン島を経てマラッカ海峡域に供給した。パレンバン(現インドネシア・南スマトラ州)やジャンピの胡椒、スランゴールの錫などをもたらしたのもブギス人たちであった。リアウの繁栄が頂点に達したのは、上述の副王ダエン・カンボジャの時代、およびダエン・チュラクの子で1777年に副王となったラジャ・ハジ(マレー語版)の時代であった。
ムラカにおけるポルトガルの占領政策は、ムラカの港市を城塞都市化し、市街地中心の丘に歴代マラッカ王の墓石を用いて監視塔をつくり、さらに、丘頂の宮殿をカトリック教会に改造したりするなど相当に横暴なものであった。ジョホール王国は、スマトラ島北端にあったアチェ王国やオランダ(後述)と連合してしばしばポルトガル制圧下のムラカを攻撃した。 ポルトガル勢力は、1535年と1536年の2度にわたりジョホールのプカン・トゥアを攻撃し、集落を徹底的に破壊したが、住民は内陸部に避難し、ポルトガル人が退去したあと戻って集落を再建した。
アジア諸国の商人、とくにムスリム商人はカトリックの手に落ちたムラカをしだいに忌避、敬遠するようになり、ムラカの港市としての繁栄はしだいに過去のものとなっていった。ポルトガルが課した高い関税や貿易上のさまざまな制約も嫌悪され、アジアの貿易船はアチェ王国やジャワ島を本拠とするバンテン王国を利用するようになった。ムラカの価値を下落させてしまったのは、皮肉にもポルトガル人自身だったのである。
ムラカとアチェは、マラッカ海峡を通航する船をめぐって直接の競争相手となり、また、スマトラ島東岸地域への影響力の行使をめぐっても対立した。アチェ王国は、マラッカ海峡の通商の利を一挙に掌握すべくポルトガルとジョホールの双方を攻撃し、ここにいたって「三角戦争」(Triangular war)と称すべき状況が生まれた。アチェ王国は1524年にパサイのポルトガル要塞を占領し、さらに、しばしばジョホール王国が支配していた港市に艦隊を派遣し、略奪をおこなった。1564年か65年にはジョホール王国の当時の王都ジョホール・ラマ(マレー語版)(コタ・バトゥ)を攻撃して莫大な財宝を略奪し、王族をはじめとする捕虜をアチェに連行した。
1722-1760: Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah (Raja Sulaiman/Yang DiPertuan Besar Johor-Riau)
1760-1761: Sultan Abdul Jalil Muazzam Shah
1761-1762: Sultan Ahmad Riayat Shah
1762-1812: Sultan Mahmud Shah III (Raja Mahmud)
1812-1819: Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah (Tengku Abdul Rahman)
1819-1835: Sultan Hussain Shah (Tengku Husin/Tengku Long)
1835-1877: Sultan Ali (Tengku Ali; tetapi baginda tidak diiktiraf oleh Inggeris)
1855-1862: Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim (Seri Maharaja Johor)
1862-1895: Sultan Abu Bakar Daeng Ibrahim (Temenggung Che Wan Abu Bakar/Ungku Abu Bakar)
1895-1959: Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar
1959-1981: Sultan Ismail ibni Sultan Ibrahim
1981-2010: Sultan Mahmud Iskandar Al-Haj
2010-現在: Sultan Ibrahim Ismail Ibni Sultan Mahmud Iskandar
マラッカ王国の正統な後継者を自認するジョホールではマラッカ王国の年代記が編纂され、1612年に『スジャヤ・ムラユ(マレー語版)』として完成した。これは、「ブンダハラ(英語版)」(Bendahara)と称されるジョホール王家の世襲の宰相によってまとめられた。これに対し、イスカンダル・ムダ(英語版)を擁するアチェ王国は、1613年と1615年にジョホール王国に対し攻撃を加えた。
イスカンダル・ムダはスマトラ島の大部分を制圧し、一時はマレー半島のパハンも支配下に入れたが、1629年のムラカ遠征の際、ポルトガルとジョホールの連合によって、アチェ海軍は全滅を喫している。このころ、ジョホール王家は、配下のトルンガヌ(現マレーシア・トレンガヌ州)の王とパタニ王国の女王ラジャ・ウングの王女との婚姻を仲介している。パタニ王国(現在のタイ王国パッターニー県)は、マレー半島にあったマレー人のムスリム政権で東南アジアでイスラームを奉じた国家としては古い歴史を有していたが、北のシャム(アユタヤ王朝)からの脅威をかかえていた。