ホヴァーンシチナ
モスクワ郊外の林の中にある古儀式派修道院 月夜
ドシフェイが登場し、信徒たちに万策尽きた今、誓いを成就し運命をともにしよう、と呼び掛ける(この聖なる場所で)。信徒たちは炎により自らの潔白を証明しようと合唱し、殉教者となることを決意して修道院へと入って行く。一人残ったマルファがアンドレイのため祈っていると、アンドレイがエンマの名を呼びながら現れる。マルファは、昔の二人の愛を思い出して欲しいと言い、ハレルヤを唱える。
ラッパの音が響き、ピョートル皇帝の軍隊が近づいたことを知らせる。マルファはアンドレイに、最早どこにも逃げ道はないと言い、炎の中へ一緒に行こうと誘う。ドシフェイと信徒たちが唱和する中、マルファは薪の山に火をつける。ラッパの音が高まり、軍隊が近づく中、修道院は炎に包まれ、皆は「アーメン」を唱えながら焼け死ぬ。
驚愕した群集は、ロシアの行く末を案じて歌う(群集の合唱「おお、母なる祖国ルーシ」)。】
遠くで鳴っていた銃兵隊のラッパが近づき、代書屋は、野獣の親玉の登場だ、と叫んで急いで立ち去る。入れ替わりに扇動した群衆や銃兵隊の歓呼の声に迎えられホヴァーンスキー公が取り巻きとともに登場する。公は、我々は正義を成し遂げた、と演説をぶち銃兵隊を従えてモスクワの巡検に出掛ける。群衆は「白き大鳥に栄えあれ」と合唱しながらこれに続く。
人々が去った後、ドイツ人でルター派教徒のエンマがアンドレイ・ホヴァーンスキーに追われて逃げて来る。アンドレイはエンマをものにしようとするが、彼に父親を殺され婚約者を追放されたエンマは靡かず、もみ合ううちにアンドレイのかつての恋人であるマルファが登場、二人の間に割って入る。かつての恋人同士が刃物を持ってにらみ合ううちに、巡検を終えたホヴァーンスキー公の一行が赤の広場へ戻ってくる。エンマを見た公は、己のものにしようとするがアンドレイに遮られ、親子が一触即発となったところへ、古儀式派教徒を伴い同派のリーダーであるドシフェイが登場、古儀式派であるホヴァーンスキー親子を制止し、マルファにエンマを家へ送るよう命じる。そして、群集にともに神のために闘おうと呼び掛ける。分が悪いと悟ったか、公はアンドレイ、銃兵隊を伴って退場する。続いてドシフェイと古儀式派教徒も祈りながら立ち去る。その声に鐘の音がかぶさり幕。