奥羽越列藩同盟
山形藩 近江国朝日山へ石高5万石のままで転封、朝日山藩を立藩。 藩主・水野忠弘は13歳と幼く、また、同盟加入当時は隠居していた父・忠精とともに上洛しており、同盟加入には関わっておらず、父忠精とともに謹慎に処されたのみ。 藩主不在の国元にあった筆頭家老・水野元宣が責を一身に背負い処刑された。
八戸藩 藩主・南部信順は、薩摩藩8代藩主・島津重豪の実子であったため、同盟当初から警戒されており、藩は本格的な戦闘に参加することなく終戦を迎え、藩及び藩主への処分はなかった。
村上藩 藩主・内藤信民が戦中に自殺。抗戦派の家老・鳥居三十郎が援軍として庄内藩に向かった一方で、久永惣右衛門・江坂与兵衛ら帰順派藩士らは村上に進駐した新政府軍の詰所に出頭して降伏。 鳥居三十郎に死罪が命ぜられ、切腹。
村松藩 藩論が分かれ、佐幕派である藩主・堀直賀は家門の筆頭家老堀右衛門三郎らを率いて長岡へ出兵、敗れて米沢藩に敗走、その機会に新政府派は先代藩主・直休の弟・直弘を新藩主に擁立するクーデターを起こし新政府軍に降伏、村松藩は所領を安堵された。 藩主・堀直賀は、謹慎隠居。直弘への襲封は認められた。 堀右衛門三郎らが責めを負って死罪。
庄内藩は、江戸市中警備を行っていた新徴組を引き上げるのに当たって、その褒賞として最上川西岸の天領を旧幕府より与えられていた。しかし、住民はこれを不服として仙台の奥羽鎮撫府に申し出たため、4月10日にこの申し出を口実に庄内征伐を決め、秋田藩、弘前藩の両藩に討ち入りを命じた。14日には副総督澤為量ら討庄軍が仙台を出発して庄内藩の討伐に向かい、奥羽諸藩の兵とともに新庄城を拠点に庄内藩へ侵攻した。24日に清川口で最初の戦闘が発生したが、庄内軍が薩長軍を撃退する。この段階では各藩とも戦闘に消極的であった。
副総督の澤為量が率いる新政府軍は庄内討伐のため秋田に滞在しており、世良が暗殺された後は、九条は仙台藩において軟禁状態になっていた。5月1日、松島に新政府軍の佐賀藩、小倉藩の兵が上陸し、九条の護衛のため仙台城下に入った。九条は、奥羽諸藩の実情を報告するために副総督の澤と合流して上京する旨を仙台藩側に伝えた。翌15日、列藩会議が開かれてこの問題が討議され、九条の解放に反対する意見も出たが、結局九条の転陣が内定し、18日、仙台を発って盛岡藩に向かった。