コーカンド・ハン国
コーカンド・ハン国は当時の世界で最大最強のイスラム教国であったオスマン帝国や、さらにはインドから北進して中央アジアをうかがっていたイギリスと友好関係を結んでロシアに対抗しようとしたが、弱体化したコーカンド・ハン国はもはやロシアの南下の圧力に抗する力を持たなかった。1853年にワシーリ・ペロフスキー(ロシア語版、英語版)将軍(Vasily Alekseevich Perovsky)率いるロシア軍にヤークーブ・ベクが守るアク・メチェト要塞(現クズロルダ)は占領された。
また同じ19世紀半ばには隣接する東トルキスタンでは清の支配が弛緩し反乱が続発、コーカンド・ハン国の繁栄を支えた中継貿易が衰えを見せ始めており、1864年にクチャで起こった反乱は瞬く間に新疆全土に拡大するが、ハン国はカシュガルで樹立された在地のムスリムによる自立政権の要請に応じ、カシュガル・ホージャの子孫とハン国の軍を派遣した。カシュガルに入ったコーカンドの軍隊の中からは軍人ヤークーブ・ベクが混乱に乗じて新疆のほとんど全域を支配する大勢力に成長していたが(ヤクブ・ベクの乱、1862年-1877年)、コーカンドからはほとんど独立してしまい、かえって混乱のためにコーカンドの繁栄を支えた新疆貿易の利益を滞らせた。
16世紀以来、フェルガナ地方には中央アジアに進出したウズベク系諸部族が流入し、ウズベク系のブハラ・ハン国がその支配者として君臨していた。しかし17世紀末頃にはブハラ・ハン国は本拠地であるマー・ワラー・アンナフルの一部しか支配しえないほどに弱体化し、フェルガナ地方ではイスラム神秘主義教団であるナクシュバンディー教団出身のホージャ(指導者)たちが都市の自治を担うようになっていた。しかし18世紀前半にはフェルガナ地方に土着したウズベク諸部族のひとつ、ミング部族のビー(部族長)が力を付け、ホージャ権力を打倒してフェルガナ地方に自立政権を樹立していった。彼らは1740年には都をコーカンドに定めているが、コーカンド・ハン国の建国はこの頃とみなされることが普通である。
ハン国の勢力は当初きわめて弱体であり、天山山脈北麓に割拠するオイラトのジュンガル帝国による侵攻をたびたび受けて大いに脅かされた。