VSシステム
X-Men(人類とミュータントの共存を目指して結成されたヒーローチーム。アベンジャーズセット日本語版ではX-メンと表記された。)
アベンジャーズ(邪神ロキの悪事の阻止をきっかけに結成されたヒーローチーム。中核メンバー以外の出入りが激しい。)
ファンタスティック・フォー(ファンタスティック・フォーのオリジナルメンバーと、メンバー不足の際に一時的にチームに加入したヒーローが所属しているチーム)
マーベルナイツ(デアデビルやパニッシャーなどのクライムファイター(=犯罪者退治専門のヒーロー)が所属しているチーム)
スパイダーフレンズ(スパイダーマンやその支援者が所属しているチーム)
ブラザーフッド(マグニートーが結成した初代ブラザーフッド・オブ・イーブル・ミュータンツのメンバー、またはブラザーフッドの名前だけを借りたミュータント犯罪者集団が所属しているチーム)
シニスター・シンジケート(スパイダーマンに登場するヴィランが所属しているチーム)
DOOM(ドクター・ドゥームと彼の製作したロボット達、彼の協力者・共闘者が所属しているチーム)
センチネル(ミュータントハンターロボットセンチネルと、センチネルを使いミュータント全滅を図る者が所属しているチーム)
SKRULL(銀河3代列強種族の一つ。ほぼ完璧な変身能力を持ち、地球のヒーローの姿を借りて暗躍する。)
NEGATIVE ZONE
X-スタティックス(テレビスターとして超人犯罪者達と戦うことで富や名声を得ることを目的とするミュータントが所属しているチーム)