全日本大学軟式野球協会
現在の同名連盟とは別組織で、団体名称としては2代目。)に至った。(統一連盟により全日本軟式野球連盟傘下の支部組織として加盟。)
その統一後まもなく、その運営を巡って軟式の部の内部で分裂が発生した。結果的には物別れではなく協議の上での分裂となって今日に至っているが、結果として、準硬式と軟式が一緒になった統一連盟での軟式の部と、そこから独立した軟式野球連盟(全日本学生軟式野球連盟)の2団体による分裂時代を招いたまま現在に至っている。その分裂騒動から数年後には、全日本大学軟式野球連盟(軟式の部・準硬式の部)が、それぞれ、全日本大学軟式野球連盟、全日本大学準硬式野球連盟として再分離し、全日本軟式野球連盟への再加盟(形としては、2連盟に分離する前の旧全日本大学軟式野球連盟の代わりとなる組織)の必要から、全日本大学軟式野球連盟、全日本大学準硬式野球連盟の両連盟の上部組織として全日本大学軟式野球協会が設立された。
現在は特に主催の大会などは行っていない。
日本における大学生による軟式野球組織は、戦後に全日本大学軟式野球連盟(現在の同名連盟とは別組織で、団体名称としては初代)の結成により急激に普及したが、結成数年後に連盟の硬式球には、軟式B号ボール(現在におけるH号球、いわゆる準硬式ボール。ボールの変遷については、軟式野球のボールの種類を参照のこと。)を公認球に採用したことにより、大学における軟式野球は準硬式野球を中心に普及した。しかしその後に、従来のより手軽に野球競技を楽しめる軟式球(当時A号球、その後L号球から再びA号球の改名の変遷をたどる。)での競技を希望するチームも多くなり、軟式球を使用するチームだけによる全国的な連盟を結成するにいたった。
その後、社会人の軟式野球連盟が準硬式競技への取り組みを取りやめたことでの準硬式ボール供給問題(製造メーカーがボールの製造を中止するのではないかと不安視された事件)に端を発し、大学軟式野球界では準硬式連盟主導による軟式連盟と準硬式連盟の統一新連盟(「全日本大学軟式野球連盟」。