深海魚
このタイプの発光を行うのは比較的少数の深海生物であり、遊泳性の深海魚ではチョウチンアンコウとニギス目の一部、底生性魚類ではソコダラ科・チゴダラ科の仲間が代表的である。このうちチョウチンアンコウ類を除く3グループの発光器は消化管から連続して発達しており、腸内細菌叢で維持された発光バクテリア(主に Photobacterium phosphoreum)が持続的に補給されていると見られる。発光器の数は少なく、通常1 - 2個である。
チョウチンアンコウ類の発光器官は擬餌状体に位置し、消化管とは連続していない。彼らの「提灯」を光らせる発光バクテリアがどこから来ているのかは不明である。ビブリオ属の細菌であることは判明しているものの、2001年時点で人工培養には成功していない。
魚類の深海への進出が始まったのはいつごろか、はっきりしたことは分かっていない。深海はきわめて安定した環境であり、少なくとも真骨類の著しい多様化が起きた中生代白亜紀より前には、すでに魚類は深海の住人になっていたと見られている。古生代石炭紀後期(約3億年前)の地層から出土したヌタウナギ科の唯一の化石種 (Myxinikela siroka) は、多くの点で現生種と変わらない形態を有していたが、その眼球は現存するヌタウナギ類とは異なる機能的なものであった。深海への適応がどのように進んだのかを知るためには、化石記録に基づく経時的な解析が必要となるが、これまでに知られる深海魚の化石は非常に乏しい。
現生の深海魚の大半を占めるのは条鰭綱に属する魚類、とりわけ真骨類の仲間である。真骨類の中でも原始的なグループが多いという特徴があり、特に中層遊泳性の深海魚ではその傾向がはっきりと認められる。より進化の進んだ高位群であるスズキ目は、現代の浅海でもっとも繁栄するグループであるが、含まれる深海魚の割合は著しく少ない。
このように、早期に出現したグループに深海魚が多く、比較的新しい群には少ない理由として、浅海での生存競争に遅れをとった古い魚類が逃げ込んだ、いわば「安息の地」が深海であったためと考えられてきた。
魚類の身体中に含まれるタンパク質や骨格の比重は、通常は海水より大きい。浅海魚は遊泳に伴う揚力や浮き袋への吸気で浮力を得ているが、利用可能なエネルギーに乏しい深海では、深海魚は極力遊泳せずに浮力を確保する必要がある。多くの深海魚では骨・軟骨および筋肉など体内の高密度組織が減少しており、代わりに低比重の水分と脂肪分を多量に含んでいる。腹鰭とその支持骨格、あるいは頭部の骨格を退縮させたものや、鱗・棘条を持たない種類も多く、軽量化に向けたひとつの手段と見られている。
条鰭綱には現生の硬骨魚類のほとんどが含まれ、所属する約40目のうち半数は深海への適応が見られる。
ソトイワシ目 Albuliformes ソコギス亜目の大多数が底生性深海魚。ソコギス科の仲間は深海性の表在動物(イソギンチャクやクモヒトデ、ウミユリ、ウニなど)を選択的に捕食する。 トカゲギス科 Halosauridae - トカゲギス ソコギス科 Notacanthidae - ソコギス
ウナギ目 Anguilliformes 主としてアナゴ亜目に深海魚が多数含まれる。シギウナギ科・ノコバウナギ科は中層遊泳性、その他のグループは底生性。 ホラアナゴ科 Synaphobranchidae - イラコアナゴやコンゴウアナゴ フサアナゴ科 Colocongridae - バケフサアナゴ ヘラアナゴ科 Derichthyidae シギウナギ科 Nemichthyidae - シギウナギ クズアナゴ科 Nettastomatidae ノコバウナギ科 Serrivomeridae
フウセンウナギ目 Saccopharyngiformes 所属する28種のすべてが深海魚で、中深層から漸深層を漂泳する。 ヤバネウナギ科 Cyematidae フウセンウナギ科 Saccopharyngidae - フウセンウナギ フクロウナギ科 Eurypharyngidae - フクロウナギ タンガクウナギ科 Monognathidae
ニギス目 Argentiniformes かつてキュウリウオ目に所属していた一群。約200種のほとんどが中深層漂泳性の深海魚で、一部に底生魚も含まれる。