京極高次
秀吉が没した後の慶長5年(1600年)、徳川家康と石田三成の対立が深まっていた。そうした中、会津の上杉景勝を討つべく大坂を発った家康は、翌々日の6月18日に大津城へと立ち寄り、高次は家康から上杉征伐の間のことを頼まれ、弟の京極高知と家臣の山田大炊を家康に伴わせる。しかし三成も家康を討つべく諸大名を誘っており、高次は氏家行広と朽木元綱から三成の西軍へ属することを求められる。これに対して家康の東軍からも、再三の書状により大津城の堅守を頼まれる。高次は大津城の守りが弱いことから一旦は西軍へ属することを決め、大坂へ嫡子の熊麿(京極忠高)を人質として送り、大津城を訪れた三成と面会する。しかし関ヶ原への出陣に備えつつ、西軍の動向を東軍に伝える。ただし、御厨義道はこうした高次の行動は家中の親西軍派への配慮や万が一の京極家の生き残りのための策であって、一貫して東軍方として行動していたと解釈すべきとしている。なお、東軍諸将の間では高次が東軍についていることは7月の段階で広く知られていたが、石田三成ら西軍諸将は高次と豊臣一門との関係から西軍に加わるものと思い込んで高次が籠城を始めるまで東軍についていた事実に気づいていなかった。
9月1日、高次は西軍と共に大津城を発ち、2日には越前国の東野へと至るが、ここから海津を経て船で大津城へと戻る。3日、城に兵を集め兵糧を運び込み、籠城し西軍を抑える旨を、家康の重臣である井伊直政に伝える。
文禄4年(1595年)には近江大津城6万石へと加増され、従四位・左近衛少将にも任ぜられた。大津城は明智光秀の坂本城の後継として秀吉の親族である浅野長政が築いたものである。滋賀郡にある南西近江の要の城であった。翌年には羽柴の苗字公称も許され、豊臣姓を下賜され、従三位・参議(宰相)に任ぜられる。
この頃の高次の出世は自身の功ではなく、妹や妻の尻の光(閨閥)に拠ったといわれ、高次は陰で蛍大名と囁かれた。しかし近江国支配を円滑に進めたい豊臣家は、浅井家以前に大名羽柴家の草創地である北近江の代々の領主であった京極家の名望を利用する目的があった。