有栖川宮熾仁親王
また、前述のとおり元来長州毛利家と縁戚で、自他ともに認める尊王攘夷論者だった熾仁親王は、有力な親長州派として一会桑政権から警戒されていた。
禁門の変の発生前夜、熾仁親王は自邸に投げ込まれたとされる長州藩士の容保追討決起文を持参して幟仁親王と急遽参内し、一会桑政権首脳部や一会桑派の皇族・公家が不在のまま、中山忠能や正親町三条実愛らとともに宮中で周旋工作を図り、孝明天皇に松平容保の洛外追放を迫った。しかし、危険を察した孝明天皇が二条関白や朝彦親王、一橋慶喜などに参内を命じたことで形勢は一変する。孝明天皇の意を受けた慶喜の猛烈な抗弁や二条関白の松平容保追放拒否など、一会桑派の激しい抵抗にあう間に長州兵と御所守備諸藩兵との間で戦闘が始まり、長州藩兵討伐の勅命が下ったことから、長州の復権をもくろんだ熾仁親王らのクーデター計画は失敗に終わった。
これら一連の動きにより、有栖川宮父子は長州軍敗退後ただちに一会桑政権から糾弾を受けた。家臣の一部は長州藩士と内通していた容疑で京都町奉行所に逮捕・拘留され、熾仁親王自身も二条関白や孝明天皇の怒りを買い、幟仁親王とともに国事御用掛を解任のうえ謹慎・蟄居を申し渡された。途中、朝彦親王や正親町三条実愛らが孝明天皇に幟仁・熾仁両親王の赦免嘆願を上奏したが、天皇はその勅勘を解かぬまま崩御した。
両親王が謹慎生活で外部との接触を絶たれている間、長州征討、薩長同盟の成立、将軍・徳川家茂の死去と一橋慶喜の徳川宗家相続と将軍襲職、孝明天皇の崩御など情勢は大きく変化した。