コウノトリ目
ここでは伝統的なコウノトリ目について述べる。
クチバシ、首、脚が長い、中大型の渉禽類である。淡水や海岸にすみ、昆虫、小型の甲殻類、魚など主に動物性の餌を捕食する。足は3前趾足(趾が前に3本、後ろに1本)で、水かきはないかあっても小さい。
渉禽という以外に共通性が少なく、以前から単系統性は疑問視されてきた。
Livezey & Zusi (2007)は形態系統に基づき、コウノトリ目からサギ科とハシビロコウ科をサギ目とハシビロコウ目として分離し、新たにフラミンゴ科を加えた。
コウノトリ目はペリカン目と近縁で、現代的な分類では姉妹群である。伝統的な分類ではハシビロコウ科までがコウノトリ目だった。
Sibleyらが正しかったように見える点として、広義のコウノトリ目には、当時は考えられていなかった2つの単系統
water birds として現在知られる大きな単系統
フラミンゴ目+カイツブリ目
が含まれていた。特に water birds は、Sibleyらの系統ではコウノトリ下目内の単系統(だとSibleyらが考えたグループ)であるカツオドリ小目+コウノトリ小目にほぼ一致する。ただしこのグループには他に、実際には類縁関係にないコンドル科とフラミンゴ科も含まれていた。一方、フラミンゴ目とカイツブリ目はコウノトリ下目の中で離れた位置にあり、特に近縁とはされていなかった。
タカ目と狭義のコウノトリ目については「骨格が似ていること、樹上に巣を架ける習性、また孵化したばかりの幼鳥の相似」などから、両者は近い系統ではないかという指摘が Sibley 以前からあり、これを裏付ける結果となっていた。特にタカ目のコンドル科は複数の系統解析でコウノトリに近いとされ、アメリカ鳥学会でもコンドルはコウノトリグループに組み入れられていた。しかし実際には、タカ目と狭義のコウノトリ目は系統的に大きく離れている。コンドル科の系統位置は細部についてはまだ議論があるものの、他のタカ目と同じ land birds 系統の内部にとどまり、狭義のコウノトリ目に近縁ということはない。