本郷中学校・高等学校
2020年度までは高校入試も実施していた。高校の1学年(8学級)のうち、約4分の1(2学級)を高校入試で募集していた。
単願の推薦入試と一般入試が1回ずつ実施された。併願推薦・併願優遇の制度は無い。それぞれ、国語・英語・数学の3教科の筆記試験の合計得点と面接により合否が判定される。なお、推薦入試においても筆記試験の合計得点により合否が判定された。
2021年度より高校募集が停止となる。
授業は中高一貫教育の利点を生かして高1の段階で高2までの課程をすべて修了し、高2以降はそれぞれの志望大学に向けて選択授業制となる。高入生は中入生に進度を合わせるため、高1では別々に学級が編成されるが、高2からは中入生・高入生を混合の上、文系と理系に分けられる。さらに文系は地理歴史における世界史B選択者と日本史B選択者に、理系は理科における生物選択者と物理選択者に分けて学級が編成される(なお基本的に選択する人はいないが、地理Bや地学を選択することも可能)。
また、中学では数学の合同授業も実施されている。年5回、中学1年生と2年生を半数ずつ交ぜたクラスを作り、同じ教材で勉強する。この趣旨は、2年生との交流を促し、テスト対策の仕方など先輩の経験を後輩たちに伝えることにある。