コウモリ
しかし、最近のミトコンドリアDNA配列の解析により、オオコウモリとココウモリは系統的にも近縁であることが明らかになっており、どちらも飛行能力を初めて獲得した共通の祖先から進化したものと考えられている。
1997年のマッケンナとベルによる分類体系では、小翼手亜目の下に陽翼手下目Yangochiropteraと陰翼手下目Yinochiropteraの2グループが置かれていた。2001年に分子系統によって、小翼手亜目は側系統であり、小翼手亜目の一部はオオコウモリ科に近縁であることがわかった。その系統に基づき、翼手目をYangochiroptera亜目(新たな陽翼手類)とYinpterochiroptera亜目(新たな陰翼手類)に分類しなおすことが提案された。これによる新たな陽翼手類Yangochiropteraはココウモリの一部(旧陽翼手下目)、新たな陰翼手類Yinpterochiropteraはココウモリの残り(旧陰翼手下目)とオオコウモリ科を含むものである。VespertilioniformesとPteropodiformesも同様のコンセプトによる分類群であり、より簡潔した分類名として提案されている。