藤野駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅。ホーム用地幅が狭いため、上下線が互い違いに配置されている(上りホームが東京寄り、下りホームが甲府寄り)。ホームの南側に駅舎が置かれ、ホームとの間は跨線橋で連絡しており、それに付設する形でエレベーターが2基設置されている。ホームと駅舎はともに地平より高い位置にあるため、駅前広場と駅舎との間に階段が設置されている。
JR東日本ステーションサービスが業務を行う業務委託駅で、高尾駅が当駅を管理している。自動改札機、自動券売機設置駅。
1940年に建築された木造平屋建ての駅舎が供用されてきたが、築70年を超えたことおよび旅客の増加などに合わせた増改築により動線なども複雑化していたことから、駅舎を建て替えることとなった。2012年2月1日に駅舎改築工事が着工され、同年8月5日より新駅舎の供用を開始した。