ナイル川
スーダンにおいても、ナイル川の河川交通は重要である。白ナイル州の南部にあるコスティ市から南スーダンの首都ジュバに至る1436 kmの水路は、道路交通の発達していないこの地域においては、重要な交通路である。この間には、ナイル川の河川交通の難所として知られていた、南スーダンのスッド湿地が有る。この区間には多目的利用のジョン・グレイ運河建設計画が有ったものの、生態系への影響や、スッドを通り抜ける風が湿度を失ってスーダン北部の沙漠化の進行が加速する懸念、流域の政情不安などから、計画は1985年以来、凍結されたままである。
アトバラ川も青ナイル川もエチオピア高原に源流を持つため、高原の雨季には両河川の流量は大幅に増大する。特に青ナイル川の流量増大は非常に大幅で、8月の青ナイル川流量は約5600 (m/秒)以上に達し、この時期はナイル川の流量の8割から9割を青ナイル川から供給される水が占める。また、特に青ナイルは標高約1800 mのタナ湖から短い距離の間に急激に高度を下げるため、河床を侵食して土砂を運搬し、大量の堆積物を下流にもたらす。この土は肥沃であり、この土が氾濫時に堆積していたエジプトにおいて、昔は農作物の豊作をもたらしていた。
しかし、それはアスワン・ハイ・ダムが建設されて終わりを迎えた。アスワン・ハイ・ダム建設以前のアスワンにおける流量比は、渇水期と増水期で15倍に達していた。それが1970年のアスワン・ハイ・ダム竣工後も、電力需要に合わせたアスワン・ハイ・ダムでの水力発電などのために人工的な流量変化は起きるものの、その下流側のアスワン・ロウ・ダムが調整ダムとしての役割を果たすため、アスワン・ロウ・ダムより下流のエジプトにおいて、年間の流量変化はほとんど無くなり、年間通じて同じ水量が流れている。この結果、アスワン・ロウ・ダムより下流側では氾濫しなくなったものの、上流から供給されてきた肥沃な土は農地に堆積しなくなって農業に影響を与えた。また、巨大なナセル湖の出現によって、ここから蒸発するナイル川の水の影響などで、周辺の気候が変わった。さらに、ビルハルツ住血吸虫の問題もある。