悪党
また、荘園支配の内部では、在地領主による侵略を防ぐために、本所は荘園支配の強化に乗り出していたが、在地で荘園支配の実務にあたる荘官(彼らも在地領主層の一員である)は自らの経営権を確立しようとしていた。ここでも、本所・荘官間の対立が起ころうとしていた。
加えて、貨幣経済・流通経済の社会への浸透急速に浸透していた。これにより、田圃一枚一枚に対する私的所有の概念が広まり、それぞれの土地からの納入の用途が、「寺への供物」などという精神的、抽象的なものではなく、より具体的に「地主(預所)の収入」という世俗的な用途に用いられることが可視化された。これにより、荘民の本所に対する精神的な一体感を持続できない事態に至り、本所の宗教的権威は失われていった。
以上に見られる御家人層内部、もしくは荘園支配内部における諸々の矛盾は、中世社会の流動化へとつながっていき、13世紀後半からの悪党の活発化をもたらした。さらに同時期の元寇もこれらの矛盾をさらに増大させ、悪党活動の更なる活発化を促したのである。