服部正就
しかし、幕府による詮議の結果「石見守(正就)に理分がある」とされ、伊賀同心達は残らず取り調べられ、目安を投じ徒党を企てた張本人の7人が処罰を受けた。
この伊賀同心達の取り調べの間に、正就の身内に病人が出た。正就は将軍秀忠とのお目見えを控えていたが、密かに見舞いに出かけ、夜更けになり帰宅の途についた。その折、何者かが行きがかりに正就の家来を突き倒し、雑言を吐き刀を抜いて向かってきたため、正就はやむを得ず相手を斬り殺した。その際、相手は伊奈忠次配下の足軽であったことが判明した。翌日、城中に上がった正就は前夜の事件を老中に報告したが、「狼藉者を成敗したのはもっともな事であり、先日の伊賀同心の訴えについても正就に理がある。とはいえ、お目見えの前に関わらず私用で夜間に外出したことは落ち度である」と沙汰され、12月2日に改易を申しつけられた。
なお、改易の時期については慶長9年ではなく「慶長10年(1605年)」としたものや「慶長10年(1605年)2月に服部石見が江戸衆鉄砲奉行として将軍上洛に供奉し、同年12月に改易」とした史料もあるが、正就の子孫である大服部家・小服部家の家譜を始めとする「慶長9年改易」と記した史料には上洛供奉の記述はなく、一部の史料中においてもその点が指摘されている。
「服部石見」の名は服部家の家督を継承し服部半蔵を務める者が代々名乗ることから、慶長10年の上洛に供奉したのは正就の弟である服部正重の可能性もあり、今後の研究が待たれる。