遊☆戯☆王デュエルモンスターズ
第42話までと第46話・第50話・第51話・第53話のデュエルは、「上級モンスターカードを召喚するのに生贄が不要、ライフポイント2000、ダイレクト・アタック不可」といった、現在行われているデュエルとは違う初期のルールだった。また、デュエルに使用されたソリッドビジョンのシステムも、原作ではテーブル型(ボックス)であるのに対し、アニメでは「デュエル・リング」と呼ばれる大掛かりな装置(「デュエル・スタンバイ」の掛け声で地面から競り上がってくる)となっていた。他王国編以前のエピソードは対海馬戦以外カットされ、王国編で一部のみ挿入された。
原作にはなかった話もいくつか制作され、原作と違ってキースはペガサスに殺害されず、遊戯と城之内の決勝戦(原作ではペガサスが不要と判断し行われず)も描かれた。
ペガサス島から帰還後は、原作における海馬初登場回に写真のみ登場した双六の友人の孫である全米チャンピオンのレベッカが登場するTVアニメオリジナルエピソードが描かれた。
なおネット配信でのシーズン制ではDMクエスト、DDM編、50・51話もこのシリーズに統合されている。
このシリーズでは、中盤あたりまでオープニングの前にアバンタイトルがあった。初期はゲームの歴史と遊戯が千年パズルを完成させたことを紹介するもの、その後は島に渡って仲間と共にペガサスに挑むことを紹介するものであった。シリーズ終盤はアバンタイトルなしでオープニングに入るようになった(その後、ドーマ編の中盤で前回までのあらすじを紹介していたが短期間で元に戻った)。なお、初期のものでは遊戯を「光と闇 二つの心を持つ少年。人は彼を『遊戯王』と呼ぶ」と紹介していた。
劇中に最初に登場した神のカード。宇宙万物の両極性の象徴は明と暗。青い体と圧倒的な巨体が特徴。三幻神の中で唯一、4000ポイントという攻撃力・守備力の数字が固定されている。カード個別の能力として、自分フィールドのモンスター2体をリリースすることで、相手フィールドの全モンスターを破壊する。攻撃名は「ゴッド・ハンド・クラッシャー」、効果名は「ゴッド・ハンド・インパクト」。