長等山トンネル
下り貨物線は高架下から上り8‰でトンネルに進入、一方下り客車線は高架上から下り11‰でトンネルに進入し、約300m先で下り客車線が上り8‰となり、キロ程2km035mの位置で下り客車線と下り貨物線の各単線トンネルが合流し、線路も合流して単線トンネルとなる(下り貨物線から合流する場合の制限速度は60km/h)。その後、上り8‰のまま左カーブとなり、キロ程2km700m付近で直線となる。そして、キロ程2km862mの位置で下り線と上り線の各単線トンネルが合流し、複線トンネルとなる。その後、キロ程3km650m付近で上り2‰となり、キロ程4km400mの付近からの半径1,400mの右カーブを経て、大津京側のトンネル坑口へと至る。
一方、上りの進行方向から見た上り線は、下り線と分岐するまでは同じ複線のトンネルで、キロ程3km650m付近で下り8‰となる。そして、途中から左カーブ(半径1,000m、反対側の下り線は直線)となり、キロ程2km862mの位置で下り線と分岐し、単線トンネルとなる。その先に右カーブ(半径800m、制限速度は115km/h)があり、カーブの途中で下り1‰になったあとは直線のまま山科側坑口に至る。
上下線とも、大津京側の出口付近にあるカーブ(半径1,400m)の一部区間の制限速度は125km/hである。
その他
湖西線下り客車線と湖西線下り貨物線の合流部付近に信号機(第3閉塞信号機)があるが、どちらの線からも確認しやすい位置に設置されている。