長崎養生所
養生所が郷民の救恤診療を行ったのに対し、医学所では学生の教育が行われ、薬局・図書館・人体解剖室が設置され臨床医学の講義が行われた。1862年(文久2年)、ポンペが帰国すると彼に代わって同じくオランダ軍医のボードウィンが教頭に就任した。
1865年(慶応元年)4月には養生所・医学所は統合されて精得館と改称、これとともに館内に化学教室「分析窮理所」を新設し、オランダ人理化学者クーンラート・ハラタマ(Koenraad Wolter Gratama)を招聘した(この分析窮理所はその後、組織改革のため江戸の開成所、維新後には大阪舎密局に移転した)。維新後、精得館は新政府に接収されることとなり、ここを視察した長崎府(長崎県の前身)判事・井上聞多の献策に基づき、1868年11月(明治元年10月)長崎府医学校・病院へと改編された(これ以降の沿革については長崎医学校へ)。
長崎でポンペ・ボードウィンに学んだ松本良順・相良知安・佐藤尚中らは、明治新政府が(イギリス医学でなく)当時のヨーロッパ医学の主流であったドイツ医学を医学教育に採用することに貢献した(東京医学校参照)。