列車便所
列車便所は後述のように汚物処理装置の完全整備のため、旧来のものに比べ複雑化し費用上昇してきている。特に汚物処理装置を設置した場合、車両基地に汚物処理地上設備を設置して処理を行う必要があるが、費用面や近隣との環境面から基地に処理設備を設けられないことがあり、車両基地にバキュームカーを乗り入れさせて車両のタンクから汚物を抜き取っているケースもある。これらを理由に列車便所自体の封鎖(ドアノブを外したり常に施錠状態にするケースが多い)や撤去、トイレのない車両の導入などを行なうことが地方路線を中心に存在する(秩父鉄道3000系電車、関東鉄道キハ300形、長野電鉄2100系など)。
また、都市部の路線では大半の地下鉄路線をはじめとしてトイレを設置していない車両が多い。地下鉄に乗り入れる車両でトイレを設置している例は、福岡市地下鉄空港線に乗り入れるJR九州車(303系・305系・103系)、東京メトロ有楽町線・副都心線に乗り入れる西武40000系、東京メトロ千代田線に乗り入れる小田急電鉄のロマンスカー60000形「MSE」がある。また、同じ線区でも特急列車には設置していても普通列車には設置しないケースもある。利用者の乗車距離が短いことや乗車スペースを確保するためなどの要因が挙げられる。しかし本数が少ない路線では不便になるため、JR西日本キハ120形気動車や213系などトイレを追設したケースもある。
代替新造車への設置や、トイレ封鎖措置車に汚物処理装置を取り付けて封鎖を解除しトイレを復活させるなどの例もある一方で、東武日光線のように車輛の置き換えによってトイレを廃止する路線もみられる。
新設・改造を問わず、バリアフリートイレ化により従来よりもスペースを拡大した点を生かして、同一室内に洗面所を組み込んだり折り畳み式ベビーベッドを設置するケース、隠れ喫煙などによる火災発生の防止のために煙探知機を設けるケースもある。また、前述の技術革新により便器洗浄に要する水量を節約出来るようになり、余裕分の水を生かしてサービス改善の観点から温水洗浄便座を導入するケース(例:近鉄22600系)も見られるようになっている。
電車の場合は、事故や沿線災害などで停電発生時にはトイレも使用できなくなるという欠点もある。気動車ではこうしたことは発生しないが、エンジントラブルなどでサービス電源が得られなくなった場合にはやはり使用不可能になる。客車の場合は(保存以外の目的で)現存する12系・14系・24系・E26系・35系4000番台・50系・77系のどれもが、電化区間や電気機関車牽引であるか否かに関わらず自前のディーゼル発電セットでサービス電源を得ているため、停電や機関車の故障による使用不可能の可能性はほぼない。
循環式は1964年に開発された方式で、貯留タンクに溜めておいた初期水と希釈された薬剤液で便器を洗浄し、洗浄水を循環使用する方式である。欠点は再利用水は使用するたびに汚れてしまい、運用の時間の長い車輌では洗浄水が屎尿の色に変化して仕舞うことと、大便や清拭紙の固形物によるトイレの詰まりが頻繁に発生することである。また、悪臭を防ぐための薬剤液が環境に悪いと批判され、使用量が抑えられたが今度は悪臭の抑制が課題とされた。