日本占領時期のインドネシア
バリのように蘭印軍がいない場所では戦闘が行われなかった。3月9日、蘭印軍司令官は総督のアリディウス・チャルダ・ファン・スタルケンボルフ・スタハウェルと共に降伏した。
日本人は自分たちが「アジアの光」であるとの言葉を広めた。日本の占領は当初、大日本帝国軍旗を振って「日本は私たちの兄」「万歳大日本」などの支持を叫ぶインドネシア人から楽観的な熱意で歓迎された。インドネシアには「インドネシア民族は長い間、異民族に支配されるが、やがて北の方から黄色い肌の民族がやってきて、白人を追い払い、しばらくの間統治するが、トウモロコシの実るころまでに去り、その後には独立が訪れる」という「ジョヨボヨ(英語版)」という伝説があり、この伝説も日本への期待感を助長したとみられる。日本軍が進駐するにつれて、反体制的なインドネシア人が事実上全ての群島地域でヨーロッパ人グループ(特にオランダ人)を殺害するようになり、より大きなグループの居場所については日本軍に知らせた。
スカルノはインドネシア独立のために日本をどのように利用するかを検討し、日本軍への協力を決めた。蘭印政府はスカルノ一家をオーストラリアへ送るためにスマトラ島西部のパダンに移したが、間に合わず日本軍が到着した。日本軍のパダン入城前からスカルノは協力を決めており、日本軍のパダン入城後にスカルノはブキティンギで陸軍第25軍と会談して協力を約束した。スカルノは1942年7月にジャカルタに移って独立運動家のハッタやスタン・シャフリルと合流し、互いの立場を確認したとされる。ハッタはインドネシア人の犠牲を軽減するために対日協力を決めた。シャフリルは対日協力をせずに消極的な抵抗を決めた。スカルノは陸軍第16軍の今村均と会談し、政治活動を開始した。
日本は蘭印軍降伏前の3月7日に布告第11号「軍政施行ニ関スル件」を発令して、日本軍司令官を総督として軍政を開始した。 1942年8月に軍政監部が設立され、総務・財務・交通・産業・司法の各部署が置かれ、10月に警務・宣伝、12月に内務部を増設した。陸軍第16軍の司令官だった今村は、オランダ人やインドネシア人に対して融和的な姿勢だった。この姿勢が陸軍中央と南方軍当局に批判され、今村は1942年末にはラバウルに移り第8方面軍司令官となった。
日本政府は、侵攻前にはラジオ東京から民族歌「インドネシア・ラヤ」を流し、オランダの植民地支配から解放するという放送をしていた。しかし占領後は民族歌や民族旗を禁止したため、インドネシア人に失望を与えた。
日本軍政監部はインドネシア人の対日協力を促進するため、スカルノとハッタに加えて、教育機関タマン・シスワ(インドネシア語版、英語版)の指導者であるキ・ハジャル・デワンタラ(インドネシア語版、英語版)と、イスラーム改革運動家でムハマディヤの指導者であるマス・マンスール(インドネシア語版、英語版)を指導者とした。この4人は「四葉のクローバー」と呼ばれて対日協力の中心人物とされた。スカルノは2週間をかけてジャワ島各地で演説をし、各地の運動指導者と交流をした。
1943年から1944年のポンティアナック事件にて、日本軍はカリマンタン島のスルタン全員を含むマレー人エリートおよびアラブ人、華人、インドネシア人、オランダ人、インド人、ユーラシア人の大量逮捕を行った。彼らは日本の統治を倒そうと企てたことで告発され、その後全員処刑された。イスラームのペムダ・ムハマディヤ(インドネシア語版)などの民族集団や組織のすべてが日本軍を転覆させて「西ボルネオ人民共和国(Negara Rakyat Borneo Barat)」を創設する計画に関与していた、と日本軍は主張した。日本軍は 「互いに敵対していたスルタン、中国人、インドネシア政府関係者、インド人、アラブ人が、日本軍を皆殺しにするため一丸となった」と主張し、計画された反乱の首謀者の一人としてポンティアナックのスルタンを名指しした。最大25人の貴族、ポンティアナックのスルタンの親族、ほか多くの著名人が計画の参加者として日本側に名指しされ、その後マンドールにて処刑された。
1942年7月に食糧管理事務所を設立し、米をはじめとする食料の管理と配給の体制を作った。籾の集荷は精米業組合、米の配給は卸売商組合と小売商組合を組織した。蘭印時代の商品作物のうちサトウキビ・茶・コーヒー・タバコは、米・綿花・麻・ヒマなどへの転換が進められ、ゴムノキやココヤシの生産は継続された。砂糖生産は蘭印時代最盛期の2割程度の年間60万トンに制限し、砂糖工場は苛性ソーダ工場やブタノール工場に転換された。ジャワ島の主要産業だった砂糖生産は縮小され、サトウキビ畑は日本軍に米を供給するための水田やキャッサバ畑に転換された。
日本軍はジャワ島を食糧供給基地として、軍需米を南方各地へ送ることを目標とした。農民から一定の収穫量の米の拠出を義務化し、市場での売買を禁止した。割当は平均で20%から30%と推定される。日本軍は水田の等級や家族数、代替食糧生産などを考慮しなかったため、自家消費用の米を拠出させられた農家もあった。軍政の集荷担当者による水増しや横流しも行われた。
蘭印時代の教育は、民族や階級によって分けられていた。修業年限や時間割が異なる数種類の初等学校があり、7年制のオランダ原住民学校と3年制の村の学校による2種類の初等教育があった。日本軍政監部は1942年4月22日の布告第12号で6・3・3制を導入し、初等学校はすべて6年制の国民学校となった。教科書は当初は蘭印時代の教科書を継続したが、内容を検閲して日本軍政に不都合な内容は削除や変更をした。
1943年9月に軍政監部は教育方法を明示し、団体の規律訓練・勤労訓練・教練などが重視される内容となった。カリキュラムには日本語、日本史、修身、勤労奉仕などがあった。奉仕の実践や思想教育が多かったため学力向上にはつながらなかったが、教授用語をインドネシア語にした点はインドネシア人に向けた変化となった。学校に通える子供は比較的裕福な家庭の子弟だった。
日本は官吏養成学校、師範学校、農林学校、商業学校、工業学校、医科大学、商船学校などを開校した。都会の学校では、生徒にタイソー(体操)、キョーレン(教練)、キンローホーシ(勤労奉仕)を求めたが、食料不足(後述)のため倒れる生徒も出た。日本人の教官や団長は、そうした生徒をビンタによって起こそうとした。
日本の南進が成功する条件として、ドイツが早期にソ連に勝利をしてイギリスとの戦争に集中することが必要だった。しかし独ソ戦は長期化してドイツが1941年のうちに勝利しないことが明らかとなり、ドイツは軍事的にも経済的にも行き詰まっていった。日本の南進に変更はなく、立案期間は1年に満たず、詳細な調査や検討がされないまま開戦となり、占領後に準備不足が露呈する結果となった。
他方で日本軍はインドネシア人に向けて、蘭印政府が禁止していた民族歌「インドネシア・ラヤ(偉大なるインドネシア)」をラジオ東京の海外放送で流した。これは留学生の提案によるもので、インドネシアの住民は日本から流された「インドネシア・ラヤ」を聴いて日本軍による解放に期待した。大部分のインドネシア人がオランダの人種に基づく植民地制度を廃止するという日本の約束に期待したが、蘭印政府の支配下で特権的地位を享受していたインドネシアの華人は楽観視しなかった。また、ファシズムに対抗するソビエト連邦(ソ連)の統一戦線に追従していたインドネシア共産党の地下組織メンバーも懸念を示していた 。
インドネシアの宗教的・政治的組織かつ労働組合でもあるインドネシア人民会議は、1941年11月に戦争の脅威に直面してインドネシア国民の動員を求める覚書を蘭印政府に提出した。 同政府はこのインドネシア人団体を国民の代表とは見なさなかったため、覚書は拒否された。その後、わずか4か月も経たぬ内に、日本軍がインドネシアの群島を占拠していった。
日本軍政の負の評価を大きくしているものが日本人の無遠慮な言辞や粗野な行動、原住民に抱かせた恐怖心と考えられると、芳賀美智雄は述べ、「誇張して伝えられている面もあろうが、軍人の中でも憲兵がその最たるものと言えよう」と見ている。憲兵は、主として軍事警察を掌る軍隊内の警察であるが、兼ねて行政・司法警察も掌っていた。また、海軍には憲兵はなかったが、海軍軍政地域に憲兵と類似の海軍特別警察隊を臨時編成している。
戦時中に憲兵の取調べを受けたインドネシア人は、厳しい取調べの実態について次のように回想している。「ケンペイタイは、常軌を逸するほど乱暴で残酷でした。・・・私は、眼鏡をはずされ、取調べのあいだじゅう、粗野な言葉で怒鳴り散らされるばかりでした」。ジャワ軍政監部治安部で勤務した糀谷慶次郎は、当時を振り返って拷問や虐待の行き過ぎを認めている。インドネシアの対日協力指導者の1人だったハッタは共産主義者と見なされて憲兵隊から抹殺の候補とされた。インドネシア関係戦犯容疑者のうち全体の37.6%にあたる389人が憲兵で、85人が刑死した。
日本軍政当局は、義勇軍や兵補のような軍事組織ばかりでなく、青年団、警防団、ジャワ奉公会、回教挺身隊などの準軍事組織を編成し、これらに軍事訓練を実施し、さらに職場でも軍事訓練がおこなわれ、滅私奉公といった日本的倫理観が教育された。
日本の占領下で進められた独立や独立に向けての準備は、日本の降伏とともに白紙に戻ったのであり、日本の政策と東南アジア諸国における戦後の脱植民地化との間には、制度的、社会構造的な結びつきはないとする見解もある。他方、アジア諸国が独立を達成して結果的に欧米の植民地体制の復帰を不可能にしたのも事実である。日本軍政はインドネシアやインドネシア人のためにおこなわれたものではないが、PETAの創設などの施策が結果的にインドネシアやインドネシア人の役に立ち、インドネシア国軍関係者の間では、比較的肯定的に評価されている。
1945年に日本軍に対する反乱を指揮したPETAのスプリヤディは行方不明となった。その後、1945年10月にスプリヤディは行方不明のままインドネシア共和国の初代陸軍司令官・初代治安相に任命され、1975年にはインドネシア国家英雄となった。