第三十一航空隊
11月 多号作戦の船団護衛に参加。
12月15日 カナカオ基地、稼動全力の零観2機でミンドロ島サンホセの米軍上陸地点を夜間爆撃、2機ともに帰還するも対空砲火で大破。
昭和20年(1945年)
1月1日 第九〇一海軍航空隊に編入。
1月7日 サンフェルナンド基地にて出撃準備中、空襲、及び艦砲射撃により零観5機炎上。(米軍リンガエン湾上陸)
1月8日 マシンロック基地の零観3機が台湾へ脱出。
2月末 カナカオ基地員・搭乗員はツゲカラオに向け行軍、ツゲカラオに飛来した輸送機で脱出するも1番機は撃墜される。2番機、台湾着。
艦攻隊はフィリピンのニコルス、ダバオを基地とし、零観、零水偵を装備する水上機隊はキャビテのカナカオ基地を中心とし、比島各地に展開し船団護衛に従事した。カナカオ以外の水上機基地はいずれも簡素なものであり、各基地間の通信は水偵の搭載無線で行った。フィリピン戦で機体が払底し、昭和20年1月1日に九〇一空に編入されているが、直後に米軍のリンガエン湾上陸があり現地情勢は混乱しており、実態は九〇一空の名目上の分遣隊に過ぎなかった。比島各地に点在していた残留隊員は台湾への脱出がかなわなかった第一航空艦隊・第二航空艦隊の地上要員と同様に地上戦に巻き込まれ、多くは振武集団などに合流し、フィリピンの戦いに参加する事になる。