早岐駅
1・2番のりばと4・5番のりばの地平式島式ホーム(※1番のりばは佐世保・江北方からのみ入線可能な切り込み線)2面4線と留置線(3番線)を持つ橋上駅。2つのホーム及び駅窓口・改札口(1ヶ所)は跨線橋で繋がっている。開業時からの初代駅舎が老朽化したことにより橋上式駅舎に改築され、2014年10月に供用開始された。同時に駅の東西両側を結ぶ自由通路が設置されている。
運行上の拠点駅で当駅発着の列車も多いこともあり、切り込み線の1番線が佐世保線専用であることを除けば、普通・快速列車はどのホームも区別なく用いられている。「みどり」「ハウステンボス」の分割・併合は、7・20号が4番のりばで行うのを除いて全て2番のりばで行われているため、特急列車は主に2番のりば、一部は4番のりばを用いている。また一般に切り込み線は短いことが多いが、当駅の1番のりばはかつては4両編成程度の対応しかなかったものの、JR化後に「みどり」が「かもめ」との併結をしない列車で他客期に増結する事などに対応するため延長され、現在当駅を経由する列車では最長である8両編成の「みどり」など長編成にも対応したものとなっている(ただし2018年3月17日のダイヤ改正で、1番のりばを使用する「みどり」は設定がなくなった)。
3番線はホームのない渡り線で、機関車牽引列車がスイッチバックを行う際はここで機関車の付け替えを行うが、2000年3月11日に「あかつき」の佐世保駅発着列車が廃止されて以降、当駅に乗り入れる機関車牽引の定期列車はない。
そのため車両の留置に使用されることが多く、日中では右写真のように主にハウステンボス用の783系が留置されていることが多い。なお、「ななつ星 in 九州」(1泊2日コース)が2015年3月15日ダイヤ改正より有田駅で一部の乗客を降ろしてから佐世保駅まで乗り入れるようになったが、当駅では列車は4番線に停車し、機関車の機回しは5番のりばを用いて行っている。
かつては2面のホームを0・1番のりば、3・4番のりば(0番のりばが切り込み線)、渡り線を2番線としていたが、2013年3月16日のダイヤ改正時に各番線に1ずつ加え、現在の呼称となった。
業務委託駅で以前は直営駅であった。みどりの窓口が設置されている。自動改札機は設置されていない。エレベーターについては跨線橋の改築に併せて2012年10月に設置された。開業時から1984年まで早岐機関区・早岐客貨車区が設置されており、機関区で使用された煉瓦造りの給水塔が残されている。現在は機関区及び客貨車区の跡地を活用した佐世保鉄道事業部(旧早岐運転区)が併設され、広いヤードや転車台をもつ。
夜から早朝にかけて構内に滞泊する車両が多く、当駅から佐世保間には回送列車の設定がある。
2007年11月28日より自動放送が導入された。編成両数や特急の座席の種類や号車番号、停車駅、ホーム停車中の列車などの案内放送、列車接近時の放送、発車放送など詳細な放送を行う。
長崎県道222号平瀬佐世保線
ドラッグイレブン早岐店
まるたか生鮮市場早岐店
マルキョウ早岐店
十八親和銀行早岐支店
長崎銀行早岐支店
早岐郵便局
佐世保市役所早岐支所
エレナ早岐店(2016年4月15日開業) - 運営をJR九州子会社のJR九州ビルマネジメントが行う。
長崎県立佐世保東翔高等学校
西肥自動車「早岐駅前」停留所
ヤマト運輸佐世保東営業所