ネオヴェナトル科
Benson, Carrano and Brusatte (2010) や Benson and Sampson (2012) による系統学的研究では、メガラプトル類はネオヴェナトル科の下位分類群とされ、ネオヴェナトル科は少なくとも1属に代表される形でアロサウルス上科の最後の生き残りとされた。その1属とはオルコラプトルであり、当該の属は約7000万年前にあたる後期白亜紀のマーストリヒチアン期ごろに生息していた。一方で、 Novas et al. (2012) はネオヴェナトル科をカルカロドントサウルス科を近縁な位置に置くと共に、メガラプトル類をティラノサウルス科と近縁なコエルロサウルス類に位置付けた。しかしNovas et al. (2016) は、グアンロンやデイノニクスを含む派生的コエルロサウルス類の前肢に見られる主要な形質をメガラプトル類が欠いており、代わりにアロサウルスのような基盤的テタヌラ類に見られる原始的形質を多く持つことを発見した。しかし、メガラプトル類がコエルロサウルス類のメンバーであることを支持する他の特徴は依然として多く存在する。
以下はCarrano et al. (2012)のデータセットに基づく、Apesteguía et al. (2016)の系統解析に基づくクラドグラム。