バス代行
また、2010年(平成22年)7月12日からの大雨により、呉線竹原駅 - 安浦駅間と美祢線全線が被害を受けバス代行となったが、呉線は同年11月1日に復旧し美祢線も2011年(平成23年)9月26日に全線が復旧したことでバス代行は終了している。
2017年(平成29年)には、飯山市内の井出川山腹崩落の影響で避難指示が発令され、飯山線の戸狩野沢温泉駅 - 森宮野原駅間が長期の不通となった。当初は二次災害を懸念してバス代行は行わなかったが、避難指示が解除された結果、6月5日からバス代行を行うこととなった。
同年7月の平成29年7月九州北部豪雨では久大本線光岡駅 - 日田駅間の花月川に架かる鉄橋が流失し、2018年7月13日まで同区間でバス代行輸送を行った。また、日田彦山線も同時に添田駅 - 夜明駅間が不通となり、バス代行輸送を行っていたが、2023年(令和5年)8月28日に日田彦山線BRT(バス高速輸送システム(BRT))開業により、バス代行輸送は終了した。
2022年(令和4年)8月の東北北部の大雨で、青森県内・秋田県内のJR線で、土砂流入や路盤流出などの被害が出た影響で、バス代行輸送を行っているが、時間帯によっては、「一般路線バス(or高速バス)を利用してください」と案内している。