日本鯨類研究所
国際捕鯨取締条約(昭和26年条約第2号)第8条第1項には、締約政府が適当と認める制限・条件に従って、自国民が科学的研究目的で鯨を捕殺・処理することを認可する特別許可書を与えることができる旨の規定がある。日本はこの条約の規定に従い、政府が一般財団法人日本鯨類研究所に特別許可書を与え、水産庁委託事業として調査捕鯨を行なっている。実際には、科学調査は一般財団法人日本鯨類研究所が行い、捕鯨業務は共同船舶株式会社が行なっている。
調査対象は、南極海ではクロミンククジラ、ナガスクジラ、ザトウクジラ、北西太平洋ではミンククジラ、イワシクジラ、ニタリクジラ、マッコウクジラとなっている。
日本鯨類研究所は、国際捕鯨取締条約第8条第2項の規定(副産物有効利用の原則)に従い、調査捕鯨の副産物である鯨肉を可能な限り加工・販売している。日本国内における鯨肉市場の大部分は調査捕鯨の副産物が占めている。こういった現状に対して、反捕鯨国や環境保護団体から「科学調査に名を借りた商業捕鯨だ」といった批判を受けている。また、「資源量102,000頭のマッコウクジラは数頭しか捕獲しないにもかかわらず、資源量69,000頭のイワシクジラを100頭も捕獲するのか」「売れないから捕らないのではないか」といった批判もある。