ヒドロゲナーゼ
2004年までヒドロゲナーゼは酵素の活性中心である金属の種類によって分類されていた。この分類法では、ヒドロゲナーゼは鉄のみを含む群(鉄ヒドロゲナーゼ、Fe-only)、ニッケル・鉄を含む群(ニッケル・鉄ヒドロゲナーゼ、NiFe)、メタルフリーの群(メタルフリーヒドロゲナーゼ、金属を含まないもの)の3種類に分けられていたが、2004年にタウアー(Thauer)らによってメタルフリーヒドロゲナーゼが実質的に鉄を含むことが示された。そのため従来メタルフリーと呼ばれていたヒドロゲナーゼ群は、現在では鉄・硫黄フリーヒドロゲナーゼと呼ばれている。これは、鉄・硫黄フリーヒドロゲナーゼを鉄ヒドロゲナーゼと比較した場合、鉄・硫黄フリーヒドロゲナーゼには無機硫化物が全く含まれていないためである。
数種のニッケル・鉄ヒドロゲナーゼでは、ニッケルとシステイン残基との結合の1つがセレノシステインへと置き換えられている。しかしながら、配列類似性に基づいて考えた場合、ニッケル・鉄ヒドロゲナーゼとニッケル・鉄・セレンヒドロゲナーゼは同一のスーパーファミリーと判断するべきである。ニッケル・鉄ヒドロゲナーゼは、大サブユニット (L) と小サブユニット (S) から構成されるヘテロ二量体タンパク質である。