デズモンド・マイルズ
前作で昏睡状態に陥ったため、今作ではアニムスの中である「アニムスの島」と呼ばれる意識世界の中で登場する。そこで目覚めたデズモンドの前に、今までアニムス内に暗号を残していた被験体16号が現れる。彼が言うにはデズモンドの精神は流入現象の副作用によって崩壊寸前であり、先祖の記憶と融合しかかっている。 これを防ぐにはエツィオの遺伝子記憶を最後まで紐解き、「接点」を見つける必要があるという。