サイクルトレイン
伊豆箱根鉄道 駿豆線 三島広小路駅、原木駅、牧之郷駅を除く各駅。2016年12月1日より実証実験経て2017年4月1日より通年実施としている。平日は9時ごろから14時ごろ。土日祝日は7時ごろから17時ごろで実施。1列車あたり6台まで。特急踊り子号では実施しない。
伊豆急行 伊豆急行線 南伊東駅 - 伊豆急下田駅間(伊豆大川駅、伊豆北川駅、稲梓駅は除く)。ゴールデンウィーク等の連休を除く毎日、指定の8000系普通列車のみ利用可能。 特急・快速列車、2100系「リゾート21」普通列車は利用できない。1列車最大6台まで。持ち込み料は無料。
養老鉄道 養老線 全線。平日は9時頃-15時頃の指定列車、土・休日は終日全列車の進行方向2両目で実施。持ち込み料は無料。その他、有償でレンタサイクルも行っている。
長良川鉄道 多客期を除く平日の 関駅08時37分発美濃白鳥駅10時08分着、土休日 前平公園駅時6:28分発北濃駅8時38分着の列車が対象。乗車駅は問わない。前々日までの予約が必要。
豊橋鉄道 渥美線 2011年9月17日より実施。通年で土・休日は終日、全線にて利用可。ただし、イベント時など混雑時は除く。持込料は100円。
一畑電車 終日、全区間にて実施。持ち込み料300円(5枚綴りの回数券あり)。
井原鉄道 井原線 神辺駅-総社駅間 無料、指定列車のみ。要予約
伊予鉄道 郊外線のみ。イベント開催日を除く土・日・祝日に終日実施。持ち込み料は280円。予約はできず、1列車につき先着10台までとなっている。
土佐くろしお鉄道 中村線・宿毛線 窪川駅から宿毛駅 指定列車のみ、要予約。
沿線で行われるイベントに合わせて列車が設定されるケース。イベントの参加・不参加と列車の利用申し込みは別々。
「サイクルタウン香川 自転車ワールドフェスタ2008」に合わせた実施 2008年10月11日から13日、香川県高松市のサンポート高松で開催。サイクルトレインの運行は13日のみ。両社先着50名の事前予約制、持ち込み料は無料。 JR四国 土讃線 10月13日に 高松駅 - 琴平駅間で1往復運行。利用可能駅は坂出駅、丸亀駅。 高松琴平電気鉄道 琴平線 仏生山駅 - 琴電琴平駅間で行き1本、帰り2本の運行。両駅でのみ利用可能。
特定非営利活動法人「シクロツーリズムしまなみ」の主催するツアーに合わせた実施 JR四国 予讃線 2010年の4、5月および10、11月の数日に松山駅 - 波止浜駅間で「サイクルトレインしまなみ」を1往復運転。先着30名の事前予約制。持ち込み料は無料。2011年は4月から11月の毎月約1回、1往復運行予定。
「Station Ride in 南房総」に合わせた実施 JR東日本が主催し、千葉県館山市・南房総市で行われるサイクリングイベント。2013年より毎年10月に開催。 JR東日本 総武本線・内房線 両国駅 - 和田浦駅・館山駅間で毎年1往復のみ運行。団体列車としての運行で、旅行商品への申し込みが必要(イベントへの参加は必須ではない)。千葉駅からも利用可能だが、輪行袋に入れる必要あり。 209系を使用して運行される。