成田エクスプレス
また、2・6・47号は東京駅 - 大船駅間は6両から12両での運転となる。 同年6月1日 - 6月30日まで、5月中に運休する列車の指定席車両の販売を見合わせ。 5月13日:JR東日本が、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の拡大防止により、以下の運転計画の実施を発表。 同年5月1日 - 5月29日に実施していた列車の運休措置を、同年6月1日以降も継続して実施。 同年5月30日・5月31日は、渋谷駅での線路切替工事実施のため、同年5月1日以降に運転を継続している列車は、区間運休や両数変更を実施。
2021年(令和3年) 3月13日:同日実施のダイヤ改正により、下記の通り変更。 8号を新宿行から池袋行に延長。 3・7・50・52号の運行区間が八王子駅・大船駅 - 成田空港駅間となり、八王子駅 - 高尾駅間の運転を取りやめ。 2020年6月1日以降実施されていた列車の運休措置を、当面の間継続。
2022年(令和4年) 3月12日:同日実施のダイヤ改正により、下記の通り変更。 日中時間帯において毎時1本程度が千葉駅に停車し、千葉駅停車本数を下り16本、上り13本とする。 新宿駅 - 大宮駅間の運転を全列車取りやめ、池袋駅・大宮駅発着の列車を新宿駅発着に短縮する。 17・36号の東京駅 - 大船駅間での運転を取りやめ、新宿駅発着のみの運転とする。 成田空港駅または空港第2ビル駅発着の「えきねっとトクだ値(チケットレス特急券)」を新設し、「N'EX往復きっぷ」の発売を同年2月9日を以て終了。 前回のダイヤ改正以降運休していた列車のうち、千葉駅に新規停車する列車の運転を再開する。 10月1日:運休となっていた新宿駅発着の全ての列車の運転を再開。
代々木駅 - 錦糸町駅間が経路に含まれる場合は中央本線・総武本線(千駄ケ谷駅・浅草橋駅)経由で、赤羽駅 - 池袋駅間が経路に含まれる場合は赤羽線(十条駅)経由で運賃・料金を計算できる(任意)。 これは後述の電車大環状線の規定が区間内発または着となる場合の料金には適用されないため設定されている。
車内販売は東京駅 - 成田空港駅間のみ実施されていたが、2015年3月13日をもって車内販売を終了。運転開始当初はグリーン車利用客向けに無料のドリンクコーナーが設けられていたが、普通車利用客の持ち去りが絶えないことなどから後に廃止された。
また、E259系では車体に無線LAN用のアンテナ(WiMAX / Wi-Fi レピータ)が設置され、インターネット接続サービスを提供している。当初はUQコミュニケーションズの UQ WiFi とBBモバイルポイント(ソフトバンクテレコム、「Yahoo! JAPAN 無線 LANサービス」などのローミングも含む)契約者向けサービスを提供していたが、2016年よりこれに代わり、無料の公衆無線LANサービス「JR-EAST FREE Wi-Fi」を提供している。
不定期的に普通車のみの6両編成で運転されることもあった。2002年6月16日のFIFAワールドカップ輸送の際は、新潟駅発で運行された。
2007年8月10日から8月19日においても新宿発成田空港行きが運転され、このときは下り成田空港行きのみながら中央線快速 - (御茶ノ水駅) - 総武緩行線 - (錦糸町駅) - 総武快速線経由とし、秋葉原駅・錦糸町駅・船橋駅・空港第2ビル駅にも停車した。また、定期券と指定席特急券の組み合わせでも乗車することができた。この列車はE257系500番台が使用された。
八王子駅発成田空港行きでは2008年4月25日から4月27日まで運転され、中野駅にも停車した。これにはE257系0番台が使用された。なお、4月26日は使用車両の183系で使われていたロゴマークを車両前面の表示器の上にステッカーとして貼付して運転した。また、2008年8月9日から8月12日も運転されたが、このときは千葉駅を通過した。
富士急行線内も2017年3月4日から特急料金が必要になった。特急料金は従来から運行されている富士急行線内の特急列車(「フジサン特急」「富士山ビュー特急」)の料金体系が適用され、JR線と跨って利用する場合はJRの特急料金との合算となる。富士急行線内の特急列車同様、河口湖線区間(富士山駅 - 河口湖駅間)のみ利用する場合に限り特急料金は不要である。
2005年12月9日まではグリーン車コンパートメント席について乗車7日前よりグリーンコンパートメント券および特急料金に割引を適用した「N'EXグリーン個室料金券」と称される特別企画乗車券が設定されていた。全列車で設定されており、成田空港駅・空港第2ビル駅 - 東京都区内間・吉祥寺駅・三鷹駅と成田空港駅・空港第2ビル駅 - 大船駅・大宮駅・高尾駅の各駅間で設定されていた。なお、12月10日以降グリーン料金の改訂が行われ、区間にかかわらず以下のように変更された。
4人用コンパートメント席...1室6,000円
開放席...2,000円
さらに、2009年1月6日から3月31日まで、グリーン車コンパートメント席について乗車14日前よりグリーンコンパートメント券および特急料金に割引を適用した「N'EXグリーン個室料金券」を発売していた。
1998年(平成10年)12月8日:池袋駅発着列車の一部が大宮駅まで延長。
1999年(平成11年)12月4日:高尾駅発着列車の1往復が運転開始。
2001年(平成13年)12月1日:臨時列車として「ウイングエクスプレス」の運転再開。大船駅発着の全列車が新たに戸塚駅に停車。
2002年(平成14年)12月1日:東京駅 - 成田駅間の定期券乗車特例の適用が開始。新宿方面発着の一部の列車が新たに渋谷駅に停車。
2003年(平成15年)10月1日:品川駅の停車列車が追加。一部列車が新たに四街道駅に停車。
2004年(平成16年) 3月13日:「ウイングエクスプレス」が「成田エクスプレス」に統合されて廃止。定期券乗車特例が拡大。 10月1日:品川駅・四街道駅の停車列車が追加。一部の横浜方面発着列車の編成は一部分割し池袋駅発着列車を増発。大宮駅発着の1.5往復は池袋駅発着に見直し。また一部列車の増結を行い、東京駅 - 成田空港駅間を6両編成で運転する列車が消滅。 12月18日:1往復を大船駅から小田原駅まで臨時列車として多客時に延長運転開始。途中の停車駅は藤沢駅、茅ケ崎駅、平塚駅。
2007年(平成19年)8月10日 - 8月19日:新宿駅発成田空港行きで臨時列車として特急「ウイングエクスプレス」が運転(3年5か月ぶりの運行)。
2008年(平成20年)3月15日:2往復増発。新たに品川駅発着列車が運転開始。
2009年(平成21年)10月1日:E259系が26往復中10往復で営業運転開始。また一部列車の増結を行い、3両編成および9両編成で運転される列車は消滅。東京駅 - 成田空港駅間は全列車が12両編成での運転になる。
JR東日本のインターネット予約「えきねっと」にて成田エクスプレスの指定席をチケットレス予約を受け付けており、この方法で購入した場合、200円の割引(2012年3月までは400円)を受けられる。2022年3月12日以降は一部区間においてより割引率の高い「N'EXえきねっとトクだ値(チケットレス特急券)」も発売されている。
また、東京駅・品川駅・新宿駅・池袋駅 - 千葉駅・四街道駅・成田駅各相互間で有効なものとして「房総料金回数券」が発売されていた(「えきねっと」割引商品拡大に伴い、2022年2月11日をもって発売を終了)。かつては品川駅→大船駅間について「N'EX料金4回券」と称される特急回数券が設定されていたが、2006年3月末で廃止された。