伯爵戦争
そして4月クリストファ伯はリューベックの傭兵の支援を受け、ホルシュタインを攻撃、コペンハーゲンやマルメーといった都市、シェラン島やスコーネはクリストファ伯の支持に回り、伯爵戦争が勃発した。
クリストファ伯はユラン半島の勢力確保のために、クリスチャン2世の部下であった船乗りクレメント (en) を利用した。船乗りクレメントはクリストファ伯の求めに応じ、 Vendysselやユラン半島北部の農民たちに対し、貴族たちに蜂起するよう扇動した。反乱の中心はオールボーであった。ユラン半島北部や西部の荘園が農民の蜂起で焼き討ちにあった。1534年8月10日、クリストファ伯はクリスチャン2世がスコーネを支配することを受け入れた。また、遡ること一月前、クリストファ伯はクリスチャン2世の代理としてシェラン島のRingstedにおいてシェラン島議会により歓呼して迎えられた。
一方、宮廷長官モーエンス・ゴイェはユラン半島で貴族たちの説得に動いた。7月4日にリューで王国参事会が開催され、クリスチャン3世の即位を承認、8月18日にクリスチャン3世はホーセンスで国王に即位した。
伯爵戦争の結果、北欧情勢は以下のように変化していった。
外交面・経済面では、ハンザ同盟の衰退は決定的なものとなり、デンマーク、スウェーデンがバルト海、北海の覇権を巡り衝突する端緒となった。両国は16世紀半ば以降、「宿敵 (arvefjende)」と呼ぶ形で対峙していくが、クリスチャン3世、グスタフ1世の統治時代は、双方とも国内の基盤強化に追われていたこともあり、両国間で50年の休戦条約が結ばれ、北方七年戦争が起きるまで北欧には一時の平和が訪れた。
内政面では、クリスチャン3世の指揮の下、デンマークおよびその支配地域(ノルウェー、フェロー諸島、アイスランド)の宗教改革ならびに王権拡大が進められた。クリスチャン3世は、8月6日にコペンハーゲンに入城した。そして、8月11日にカトリック司教の全員逮捕を決定し、8月12日以降実行していった。その後、10月に聖職者を排した形で貴族・市民・農民による諸侯会議を開催した。そこでは教会領の没収と王領への帰属、貴族特権の維持、即位憲章が承認された。教会領没収と王領への帰属により、王領は国土の約半分を占め戦前の2倍にまで拡大し、伯爵戦争で疲弊した国土復興の財源となった。翌1537年には教会法の制定、1550年にはデンマーク語による聖書である『クリスチャン3世欽定訳聖書』の発行と宗教改革が推し進められた。
即位憲章により、ノルウェーはデンマークの一属州に転落し、デンマーク=ノルウェーの連合王国となり、上からの宗教改革が始まった。フェロー諸島、アイスランドも同様に上からの宗教改革が行われた。