バトルフロンティア
バトルに勝つことでもらえるキャッスルポイント(以降、CPと表記)をうまく使い、連勝する。7人に勝ち抜けば1周クリアとなる。この施設ではCPを払わなければポケモンの回復も、道具を持たせることもできない。CPを使ってできることは主に「ポケモンを回復する」・「道具をレンタルする」・「相手の情報を知る」の3つであるが、初めは選べる項目が少ない不利な状態で始まる。CPを使ってランクアップすれば、選べる項目が増える。4周目以降からは「次の勝負を勝ちとしてパスする」という項目が追加される。バトルの内容の良し悪しに応じて、もらえるCPも増減する。例えば、相手のレベルを上げたり短いターンで勝利すれば、もらえるCPは増える。逆にターン数が多かったり「ひんし」にされたりすれば、もらえるCPは減る。パスするとCPはもらえない。
フロンティアブレーンは、「キャッスルバトラー」のコクラン&カトレア(後者は『ブラック・ホワイト』で四天王の一人として再登場した)。3周目と7周目の最後に登場する。2人組だがカトレアはとある事情によりバトルを禁止されており、実際に戦うのはコクランのみで、ダブルバトルではなくシングルバトルになる。またコクランの使用ポケモンは同じポケモンでも技の構成が2パターンある。
トレーナーの「勇気」が試される。
3体のポケモンをエントリーする。状況次第で、シングルバトル・ダブルバトル共に起こりうる。
真っ暗なダンジョンに入り、上のフロアへ進む出口(青い床)を探していくというローグライクゲームの様なシステムとなっている。7フロア突破でクリアとなる。
ダンジョン内には敵のトレーナーやアイテムが配置されている。基本的に戦闘は任意である。しかしダンジョン内を走って移動すれば、歩いて移動する時よりトレーナーに気付かれやすくなる。また、野生のポケモンやトレーナーに勝つたびに、少しずつ視野が広くなっていく。7周目までの7段目は次の周のトレーナーになる。
戦闘に勝利してもポケモンは回復しない。回復するには道具を使うかクリアする必要がある。
ポケモンに道具を持たせてエントリーすることはできない。
エメラルド版同様、レンタルポケモンを借りてバトルに参加する。1回勝つごとに、相手と自分のポケモンを1匹ずつ交換することができる。7人に勝ち抜けば1周クリアとなる。対戦の合間には、次の対戦相手の使用ポケモンなどの情報を教えてもらえるが、周回を重ねるごとに教えてもらえる情報は少なくなっていく。
バトルフィールドにはラインが引かれていないが、バトル直前になるとラインが浮き上がる。
レンタルポケモンの技・特性・能力などは、バトルファクトリー以外にも登場する相手が使う全てのポケモンにも継承されている。
各周の最後に出てくる相手は、全て次の周に出てくるポケモンを使う。
フロンティアブレーンは、「ファクトリーヘッド」のネジキ。3周目と7周目の最後に登場する。バトルフィールドに入り口から入らず、周りを小爆発させて派手に登場する。主人公同様、彼もレンタルポケモンを使ってバトルをするため、使用するポケモンは不定。ただしエメラルド版より伝説のポケモンなど強力なポケモンの使用頻度が増え、難易度は高い。(ダツラと違い次の周のポケモンを使うため、Lv50の3周目とプラチナでのオープン3周目が特に顕著)
8周目以降のレンタルポケモンは、4〜7周目のポケモンだけ出てくる。