シャドウブレイン
この50年前、西暦2040年に地球規模で発生した大災害「大地殻変動」によって壊滅的な打撃を受けた人類は、大地の隆起によって孤立した電脳都市「レムリア」を中心として幾つかの都市文明を復興させ、再びその栄華を極めんとしていた。しかし、16の街と区域で構成された複合都市の側面を持つ「レムリア」は人間とロボット、サイボーグが互いに縄張りを作って日々抗争を繰り広げており、さらにバイオテクノロジーによって生み出されたミュータントが脱走して市中を徘徊しているという混沌とした現実が渦巻く世界でもあった。
この頃、「レムリア」ではデジタルネットワークを利用した「電子トリップゲーム」が流行していたが、これはデジタルネットワークを介して送信される電気信号をプレイヤーの大脳に直接送り込み、より高度な疑似体験を通じてゲームを楽しむというものであったため、爆発的な人気に比例して深刻な中毒患者を生み出すという非常に危険な代物でもあった。
一方、意識を取り戻したジュンはスリープカプセルに入れられており、そこで再びルドガーからのメッセージを受け取った。
JUNヘ
ワタシハ テキニ オワレテイルノデ ココカラ ハナレ ミヲ カクスコトニ シタ.
コノ オテツダイ ロボット 「HAL」 ヨリ V.D.S.ヲ ウケトレ.
ソシテ イッコクモ ハヤク ワタシニ アイニキテクレ......
少女の正体と目的に興味を持ち、ルドガーの身を案じたジュンは、ルドガーのメッセージに従ってV.D.S.をHALから受け取り、ハーモニータウンの一角に位置するルドガーの仮の研究所を後にする。
ガバメントタウンのバーチャル空間で出会う謎の存在。
ジュンの活動に気付いており、初めて対峙した際にジュンの事を知っているようなそぶりをし、一度は退く。
AYA0000のIDでBBSにルドガー捜索依頼を書き込み、発見したルドガーをベガスシティに監禁、バダックを駆使してベガスシティを掌握してジュンをおびき寄せ、両人の殺害を企てた。
その正体はジュンが生み出した人工知能であり、ネット回線を通じて様々な知識を得た末にジュンのコンピュータから脱走し、陰から世界を作り替え、支配すべく、ガイダという名前で自己増殖プログラムを作って自身の身体を作り替え続けていた。
その姿は脳が血管で壁に張り付いたような姿で、ダメージを与え続ける事でさらに筋組織を模したような顔が現れる。
彼の死に伴い電脳空間ゼロスが崩壊。レイラを連れてジュンが脱出したところで、本作は幕を閉じる。