文化財研究所
1952年に平城宮跡が特別史跡に指定されたことにともない、同年4月奈良市春日野町で奈良文化財研究所として発足した。 1954年7月、奈良国立文化財研究所と改称、1960年所内に平城宮跡発掘調査事務所(後、調査部)を設置し、 1968年、文化庁発足により文化庁付属機関となった。 1973年4月には飛鳥藤原宮跡発掘調査部を設置し、翌年4月には埋蔵文化財センターを開設した。 1975年3月明日香村奥山に飛鳥資料館をオープン。 1980年4月本庁舎を奈良市二条町に移転、1986年から1989年にかけて長屋王邸宅の発掘を行った。1998年には平城宮跡を含む古都奈良の文化財がユネスコ世界文化遺産に登録されている。 2001年4月、東京文化財研究所と統合され、独立行政法人文化財研究所の奈良文化財研究所となった。
独立行政法人文化財研究所法(1999年制定)により、2001年4月1日正式に設立され、東京文化財研究所と奈良文化財研究所の下部組織をもち、本部(総務部)を奈良文化財研究所(奈良市二条町)の中に置いた。
2007年4月1日に、独立行政法人国立博物館と統合して、独立行政法人国立文化財機構になった。