立体配座選択
シース・デッカー(英語版)(デルフト大学)のグループは、磁気ピンセット(英語版)と光ピンセットを組み合わせて、相同性探索に関わる相互作用を直接的に探索した。その結果、相同性探索や認識にはヘリックス(らせん)を開く必要があり、そのためにはDNAを巻き戻すことで加速できることを発見した。これはまさに、立体配座選択モデルで予測されるエネルギー障壁である。そのデータは、DNA結合部位間の距離によって探索プロセスの忠実度(正確さ)が支配されるという、相同性認識の物理的な図式を示している。著者らは、この測定結果の解釈について、『RecAフィラメントではなくdsDNAが、活発な認識探索の主体であり、「立体配座選択」のスキームに似ている。dsDNAと標的の結合状態と非結合状態の間には、大きな構造的差異が存在する。標的の結合状態には、上述のようにエネルギー的に不利な中間状態を経て到達する。この構造的な不一致が、認識反応の選択性を向上させる。』と結論付けた。言い換えれば、彼らはエネルギー的障壁を特定し、二本鎖DNAはこの障壁を通過しなければならず、本当に能動的な関与者であることを明らかにした。