大根島の熔岩隧道
この水の水位は近くにある遅江港の潮位と連動していることから、洞内の一部が中海の海底と連結している可能性が考えられている。
洞内の滞水中には、洞口から長年の間に流入した土砂などによるヘドロが、平均して15センチから20センチほど堆積しており、洞内壁面下部や底面の調査は不可能であった。
報告書には入洞者がこのヘドロに足をとられる危険性を指摘しており、ヘドロの浚渫の検討が必要であるものの、浚渫には多額の経費がかかるため、特に浸水の激しい新洞については当面の間、立ち入り禁止の措置をとることが望ましいと提言しており、仮に一般に公開する場合でも、水位を必要以上に下げる(過剰に排水する)ことは、これまで長期間にわたり水と接触してきた洞内環境を変えることになり、洞窟の強度に影響を与える可能性も否定できないとし、公開に当たっては、一般の入洞は許可制にし、安全確保のためガイドの同伴、ゴムボート等の使用を検討すべきであるとしている。
また、かつて本洞にはミミズハゼの一種であるドウクツミミズハゼ Luciogobius albus 通称「目無し魚」と呼ばれる洞窟性魚類が生息していたが、1952年(昭和27年)8月に確認されたのを最後に見られなくなり、2003年(平成15年)の富士山火山洞窟研究会の調査の時点でも確認することは出来ず、島根県の作成したレッドデータブックによれば絶滅に分類されている。