ペロミクサ目
古典的には肉質虫亜門葉状仮足綱無殻アメーバ亜綱に所属していた。分子系統解析に基づきアメーバ動物門アーケアメーバ綱の所属となっている。
ペロミクサ目の下位分類として安定的に受け入れられているのはペロミクサ科とマスチゴアメーバ科の2科で、これに加えて分子系統解析に基づき独立させられたRhizomastixidae科がある。
ペロミクサ科とマスチゴアメーバ科の形態的特徴を兼ね備えるものとしてTricholimacidae科が設立されているが、分子情報がなく位置不詳である。かつてエントアメーバ科を含めることもあったが、分子系統解析によればエントアメーバ科はペロミクサ目には含まれない。またかつてのエントアメーバ科のうち、一部をEndolimacidae科として含めることもあるが、分子系統解析によればこれらはマスチゴアメーバ科の内部に含まれる。