経頭蓋磁気刺激法
頭部の形状に合い、より深部の刺激が可能
ヒトの脳内で電流を誘起する方法であるため、TMSとrTMSはてんかん発作を起こす可能性がある。ただ、てんかん患者や薬物投与を受けている患者を除いてはTMSの危険性は非常に低い。また、5Hz以上の周波数で高い強度で行うrTMSは危険性が(依然低いものの)有意に高まることが示されている。
多くの被験者で報告されている他のTMSの副作用として以下のものがある。
頭皮下にある神経、および筋肉を刺激されることによる不快感や痛み
TMSパルスによって起きる大きなクリック音