ヒトマイクロバイオーム
しかし、マイクロバイオームの変動からある疾患が生じる理屈を説明できておらず、また、実験デザインや統計手法に問題を抱えており、厳密性に欠けているという指摘もなされている。
他の課題としてコンタミネーションの問題が知られる。これまでの研究から、マイクロバイオーム研究で使用される手法は、試料中に含まれる微生物のDNAのみならず、実験に使用する試薬などに含まれる微量のDNAをコンタミネーションとして同時に検出してしまうことが知られている。このコンタミネーションは、よく試料として扱われる糞便のマイクロバイオームの研究においてはあまり問題にならない。これは糞便中に含まれる微生物DNAの量が十分多く、コンタミネーションを無視できるためである。一方、試料に含まれる微生物DNAの量が微量である場合、試薬のコンタミネーションは試料に含まれる微生物DNAの量と同程度となり、結果の解釈に影響を与えてしまう。実際、上述の通り、「胎盤マイクロバイオーム」は実際にはコンタミネーションに起因するものであると考えられる。従って、マイクロバイオーム研究においてはコンタミネーションの影響を最小限に抑える必要があり、そのためには実験デザインの最適化や適切な対照の設定が推奨される。