奈良屋
この間、1868年(明治11年)に富士屋ホテルが開業しており、外国人観光客の宿泊をめぐり奈良屋と富士屋の間には熾烈な競争が展開された。1883年(明治26年)に富士屋と奈良屋は協定を結び、奈良屋は日本人専門旅館、富士屋は外国人専門ホテルとしてすみ分けることになった。この協定は1923年(大正元年)まで有効であった。
明治期には勝海舟、木戸孝允、副島種臣らが好んで滞在し、大隈重信は西洋館を定宿としたという。なお、1864年(明治7年)には宮之下郵便局が奈良屋内に設置された。
1923年(大正12年)の関東大震災では、宮ノ下で大きな被害が出、奈良屋でも西洋館が倒壊した。
第二次世界大戦後には、この旅館で佐々木惣一・近衛文麿らによって日本国憲法草案の1つが考案された。また、岸信介がしばしば静養した。
1999年には本館や別館群が登録有形文化財となる。2000年に大女将の安藤兼子が死去。業績は伸びていたが、相続税等の問題が生じたために、2001年5月20日、廃業。土地はリゾートトラストに売却されることとなったが、建物や庭園は撤去されることになった。奈良屋の歴史や閉館までの日々を追ったドキュメンタリー『三百年目の女将の涙 〜箱根奈良屋の灯が消える〜』がBS-i(現在のBS-TBS)で制作された。跡地にはリゾートホテル「エクシブ箱根離宮」が立つ。