史記
元和2年(1616年)10月、徳川家康が駿府の文庫に蔵していた図書が家康の遺命により江戸城内・富士見の亭の文庫に一部移転された。その引継目録『御本日記』に「『史記』四十三冊・『史記抄』十四冊」がみえる。
また、徳川光圀が18歳の時に『史記』巻61・伯夷列伝を読んで感動したとの逸話が、光圀の伝記『義公行実』などに記されている。光圀らが編纂した『大日本史』は『史記』と同様の紀伝体の史書である。
なお、天皇が侍読に『史記』を進講させた記録が各時代の史料に散見される。また、日本に現存する最古の『史記』は、南宋時代に出版されて日本に渡ったとされる宋版本である。1195年~1201年に建安で刊行され、『建安黄善夫刊/于家塾之敬室』と刊記が残っている。妙心寺の僧侶である南化が所有していたが、直江兼続に譲り、その後米沢藩藩校「興譲館」で保管されていたものであり、宋版『漢書・後漢書』と共に現在は国宝となり国立歴史民俗博物館で保管されている。
礼書
楽書
律書
暦書
天官書
封禅書
河渠書
平準書
司馬談は、武帝による儒教の官学化以前の人物であり、道家思想が盛んな気風の中で学問を受け、楊何に師事して『易』を修めた経験もあった。彼の「六家要旨」では、道家思想を最も高く評価しており、これを中心に諸学の統一を図ろうと考えていたことが分かる。司馬遷が『史記』を著す意図の一つには、この父の考えを継ぐこともあった。『史記』は、道家思想を基調とする諸学の統合を史書の形式で実現するという一面を有していた。
こうした背景のもと、『史記』列伝の冒頭の「伯夷列伝」で、司馬遷は「天道是か非か」という問いを発している。この問いは、清廉潔白な人である伯夷は飢え死にし、孔子最愛の賢者である顔回は早逝したにも拘わらず、大盗人の蹠は天寿を全うしたことに対して、「天道」を楽観的に信頼してもよいものか、という切実なものであった。また、ここには司馬遷自身が、李陵事件において公正な発言をしながら宮刑と言う屈辱を受けたことに対する含意も見受けられる。