エジプト先王朝時代
カイロの南約20キロメートルのナイル川東岸にあるオマリ遺跡では、ファイユーム文化やメリムデ文化の最終段階と同時期に位置付けられる文化が発見され、遺跡の名前を取ってオマリ文化と呼ばれている。放射性炭素年代測定による年代測定では紀元前4600年頃~紀元前4400年頃という年代が得られている。やはりエンマー小麦、クラブ小麦や大麦などを栽培し、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギを飼育、野生の植物や動物を捕食していた。水産物もナマズやナイルパーチ等が豊富に捕獲されていた。石器はフリントを用いた剥片石器が中心であるが、少数ながら石刃技法によるものも認められる。石皿等穀物を食するのに必要な道具類の数が少ないことから、ここでも穀物栽培は未だ補助的な役割を果たしていたに過ぎないと推測されている。オマリ文化はメリムデ文化と並行する時代であり、共通点も相違点もあることから、相互の関係については明確ではない。
紀元前4000年頃登場したナカダ文化の遺跡は19世紀末に発見されて以来の調査でエジプト全域で発見されており、その数は主要な物だけでも50を数えるが、その発祥地は上エジプト南部のアビュドスからナカダ付近を中心とするナイル河谷であった。ナカダ文化は上エジプトのバダリ文化から発達したと考えられ、より一層農耕と牧畜に重きが置かれるようになっている。農業生産物としてエンマー小麦と六条大麦が最も頻繁に検出され、亜麻も発見されている。豆類やシカモア、イチジク、根菜等野生種も見つかっている。家畜としてヤギ、ヒツジ、ウシ、ブタの畜産が確認され、食肉や乳製品を供給した。ガゼルやカバ等狩猟による野生動物の捕食も確認されているが重要度は低かったようである。また非常にバリエーションに富んだ土器を生産しており、中盤に入ると轆轤製の物が登場しはじめる。
現在までに発見されているナカダ文化の遺物の多くは墓地の副葬品であり、その中でも最大の特徴がパレット(化粧板)と呼ばれる遺物が登場することである。