清・ジュンガル戦争
しかし、1757年、アムルサナーがこれに不満を抱いてホンタイジと称し、鉄の菊印璽を勝手に使用して清朝に叛き、独立を宣言した。同年2月、乾隆帝はオイラトの掃滅(絶滅)命令を発した。アムルサナーは清軍の追撃を受けてカザフの中ジュズに逃げ込んだが、ザイサン湖に到着した時、天然痘を発病し、トボリスクで死んだ。
清軍は反乱に断固とした態度をとり、非戦闘員も全て捕獲、男性は殺害、婦女子はハルハ部に与えられた。ジュンガルの残党はしばしば清軍を襲撃する抵抗などしたが、それを掃討する清軍によって持ち込まれた天然痘により、オイラトの人口が激減し、特にジュンガルの人々はほぼ全滅した。虐殺、疫病により数十万の人々が死亡したと言われている。
1759年、清はジュンガルを平定し、ジュンガル旧領の天山山脈北部を接収した。
その後、1762年、天山山脈北部にイリ将軍府を設置し、旗人による軍政を敷き、ウイグル族の住む地域と合わせ、「新しい土地」を意味するイチェ・ジェチェン(ice jecen、新疆)と呼んだ。