南都焼討
その後は興福寺再建の主導者で関白・氏長者であった九条兼実の失脚(建久七年の政変)など、政局の変動の影響もあってか復興は一時停滞したものの、元久3年(1206年)ごろに五重塔、承元4年(1210年)には北円堂が、そして建暦2年(1212年)頃にはその本尊弥勒如来像以下、北円堂に安置する諸仏が完成し、火災から30年以上を経て興福寺の復興事業は一段落した。
興福寺ではその後もなお子院や付属的な建築物の再建が続けられたが、全体の完成を見ないまま建治3年(1277年)の火災によって再び中金堂や講堂・僧坊などを失った。この時期以後の興福寺の再建事業はそれまで復興の中心であった摂関家の政治的影響力の低下や朝廷の財政難もあって興福寺自身の手による再建が中心となり、そのために一国平均役として大和国内全体における人夫の徴発や棟別銭の徴収、それに従わない者を処罰するための検断権が朝廷や鎌倉幕府から認められるようになった。興福寺はこれらの権限を根拠として、大衆や組織化されて国民と呼ばれた在地武士らによる実力行使を通じて大和国内における支配を強め、鎌倉時代を通じて正式な守護が置かれなかった大和国の実質的な守護ともいうべき地位を確立することになる。