ぷよぷよSUN
前作まではアルル・ナジャのみが主人公だったが、本作では1人用モードのシナリオが難易度の異なる3つから選ぶことが可能で、それぞれで主人公が異なる。さらに、敵キャラクターにも独自の「連鎖ボイス」が導入され(2連鎖目以降はキャラクター毎のカットイン演出も出現)、対戦時は主人公以外のキャラクターも選んでプレイできるようになった。これに伴い画面レイアウトも変更され、それぞれのプレイフィールド内にはキャラクターの全身画像が大きく表示されている。キャラクターの選択と個別連鎖ボイスは有名声優を起用したPCエンジン版『ぷよぷよCD』シリーズでは既に導入されていたが、コンパイル発売の作品では本作が初となる。
また、タイトルの『SUN』の名にちなんで独自の新システム「太陽ぷよ(たいようぷよ)」も導入された。本システムを採用したのは、既に『ぷよぷよ通』の段階で早積み及び連鎖テクニックが確立・固定化しており、「ド素人でもマスターに勝てる」「あらゆるファン層に楽しんでもらう」ことをコンセプトとしたためである。また、本作から5色ぷよの表情(目つき)が明確に描き分けられるようになった(赤は怒り、青は悲しみ、緑は普通、黄色は笑顔、紫はニヤリになっている)。
スケルトン-T・インキュバス・ルルーの声優を、一般オーディションで選ばれた声優に変更。解像度の関係上とことんぷよぷよ以外のレイアウトが変更となり、フィールドとその中間のスペースの間隔が他機種版に比べて若干狭くなっている。新モードとして、最大16人によるトーナメント方式の「かちぬきぷよぷよ」と、指示された問題を連続で解いていく「とことんなぞぷよ」が追加された。ROM容量の関係により、漫才デモのボイスやSS版のオープニングアニメ、おまけイラストなどは収録されていない。さらに、漫才デモの台詞やグラフィックはSS版、PS版とほぼ同じため、他機種において台詞のふきだしは表示されないが声のみ流れていたシーンにおいて、台詞が無いにもかかわらずキャラクターの口のみが動いている場面が一部存在している。また、漫才デモにおいて、一部セリフに変更がある。BGMは多くが内蔵音源を使用している。
練習問題をプレイできる。問題ごとに決められた手数内で課題をクリアする。N64版では64問、PS版・Win95版では99問収録されている。GB版には未収録。
背景には課題の手本の形が表示されているが、この通りに組まずに条件を満たしてもOKで、手本を消して自力で問題を解くことも出来る。
ライターの伊藤誠之介によると、微妙な操作感覚の違いが勝敗を分ける上級者同士の戦いでは前作『ぷよぷよ通』が使用されることが多かったため、本作の人気が伸び悩んだとされている。