クローズアップ現代
1999年6月17日、当時復刊された『ちびくろサンボについての論争を題材とした回が放送された。この放送について、復刊を後押しした灘本昌久(当時京都産業大学教授)は「番組の最後のまとめが「人種差別反対か表現の自由か」みたいな感じになっていましたが、少し私のいいたいこととはずれます」「『ちびくろサンボ』を人種差別であると攻撃しつづけることは、黒人自身にとって不都合である」とした。また、灘本は番組が同書を擁護する側を紹介する際に演出したような「差別と表現の問題を議論しているときに、『表現の自由』をもちだす」議論の仕方を「捨てぜりふ」と酷評している。
NHKは同局の“偏向報道”を批判する「NHK報道を考へる会」という団体が提出した公開質問状への回答にて、本番組にて北朝鮮による日本人拉致問題について放送した旨の回答を行ったが、同団体は拉致問題に初めて触れたのは2000年4月4日の「対話は進むか・日朝交渉きょう再開」であり、北朝鮮による拉致被害者家族連絡会の結成から3年も経過した後のことであることを理由として、その対応の鈍さを再度批判した。この批判は『正論』2000年6月号に「NHKウォッチング」として関係記事が掲載されている。
2001年5月21日、竹林の拡大を取り上げた回を放送した。この放送に対して、竹文化振興協会は「竹林が放置されたため、竹林が拡大した」と言う説明とは異なり、輸入筍の増加により国内の筍栽培が打撃を受けたことや、自然拡大は筍栽培のための植林が実施されなくなった1978年以降の拡大分のみであること、竹林を管理しても竹の特性から林外まで根を伸張させる竹は発生すること、番組で紹介した伐採するボランティアばかりでなく、拡大した竹林を活用するボランティアも居ることなどを挙げて、番組の偏向を批判している
1996年 放送文化基金賞 個人・グループ部門(国谷裕子と制作スタッフに対して)
2002年 菊池寛賞(国谷裕子と制作スタッフに対して)
国民の祝日や春の大型連休、お盆、年末年始、年度末の特集編成時は原則休止(20時から定時番組、または別の特番が放送される場合は、本放送の枠で『にっぽん紀行』を放送する場合がある)。ただし、祝日も定時放送されたことがある。
19時台放送時代第1期は前枠の『NHKニュース7』に左右されやすかった。『ニュース7』が延長して20時まで放送した場合は休止となっていたほか、国政選挙の投開票日翌日に『討論スペシャル』が放送される場合も休止していた。2001年のアメリカ同時多発テロ事件では休止が多く、一度20時台に放送したことがあった。2003年のイラク戦争、2004年の新潟県中越地震、2005年4月のJR福知山線脱線事故、2011年3月の東日本大震災の例がある。2000年10月以降は20時前の番組案内と気象情報が休止させる際は、数分遅れて開始する(大抵は2分遅れで開始することがほとんどで、本番組終了直後に気象情報が放送される。NHKワールド・プレミアムでは海外安全情報が休止または21時前にスライドされ、2分間のフィラーまたは番組案内スポットが放送される。
その後にウェブサイトがリニューアルしてからは、2011年4月以降の各月の視聴率第1位となった回(数値非公表)および『クローズアップ現代』時代の17年間の視聴率ベスト10(2022年3月末に削除)のみとなり、最近の視聴率ランキングや各回の視聴率の数値の公表は廃止(削除)されている。2020年4月放送分からは各月の視聴率第1位の公表は廃止された(2011年4月分から2020年3月分までについては2022年12月のウェブサイトリニューアルまで掲載された)。
2013年(平成25年)4月1日より、深夜0:10 - 0:36(翌日未明)に再放送を開始。2015年(平成27年)3月30日より1:00 - 1:26に繰り下げ。
2016年(平成28年)3月17日をもって、1993年4月の番組開始以来23年間に渡ってキャスターを務めた国谷裕子が降板。それと同時に『クローズアップ現代』というタイトルでの放送を一旦終了。この日の本編終了後、『国谷キャスターの担当は今夜が最後となります』のテロップが表示された後、降板に当たっての挨拶が国谷本人から為された後に、番組が終了した。降板の経緯は、国谷自身がのちに岩波書店から上梓した『キャスターという仕事』(岩波新書)で詳細に述べている。
2016年(平成28年)4月4日より、番組名を『クローズアップ現代+』(クローズアップげんだいプラス)とし、放送時間も22:00 - 22:25にそれぞれ変更された。新キャスターは複数のNHK女性アナウンサーが交代制で担当することになった。
2009年3月5日に同番組の取材中に外部プロダクションのカメラマンらがJR桜井線巻向駅近くに位置する遺跡の位置関係を撮影するためカメラの三脚をセットしたが、その際線路からほとんど離れていない場所に三脚を立て、走行してきた列車が気付いてブレーキをかけ列車が停止するトラブルがあった。
2009年10月8日には健康食品をめぐるトラブルについて放送した。『通販新聞』はこの放送に対して、ある業者が「剤形が誤解を与え安全性が担保できないなら"表示制度を整備すれば良い"ということになってしまう。そうした本質的な議論に踏み込めないから『錠剤・カプセルが駄目』とお茶を濁している」と不満を漏らしていたと報じている。また、放送中より健康食品販売を行っている会社の一部には問い合わせが相次ぎ、その後業界団体の『日本健康・栄養食品協会』が番組に追従するコメントを出したとして、一連の流れを批判する記事が掲載された。
2013年5月16日放送の「揺らぐ警察」では、大阪府警察警察学校での教育における警察不祥事の対策例を採り上げたが、弁護士の清水勉は、自身のブログで「真に必要なのは警察がノルマ主義をやめる事だ。自分も取材を受けたが、放送されず焦点が意図的に外されているとしか思えない。」と、この内容を批判している。
2014年1月14日に「あふれる“ポエム”?! 〜不透明な社会を覆うやさしいコトバ〜」が放送された。取材対象となった「居酒屋甲子園」は、特定非営利活動法人居酒屋甲子園が、外食産業の活性化を目的として主催するイベントで、2013年11月の第8回大会の決勝は料理や接客ではなく、エントリーされた居酒屋の店長や店員のステージ上でのスピーチを競った。