深海魚
ニギス科 Argentinidae -ニギス デメニギス科 Opisthoproctidae - デメニギス ソコイワシ科 Microstomatidae ハナメイワシ科 Platytroctidae -ハナメイワシ Bathylaconidae 科 セキトリイワシ科 Alepocephalidae - セキトリイワシ
ワニトカゲギス目 Stomiiformes 所属する約400種のほぼ全種が中深層遊泳性。個体数がきわめて多量で、発光器官を持つ種類も多い。 ユメハダカ科 Diplophidae ヨコエソ科 Gonostomatidae - オニハダカ ムネエソ科 Sternoptychidae - ホウネンエソ ギンハダカ科 Photichthyidae ワニトカゲギス科 Stomiidae - ホウライエソやオオクチホシエソ・ミツマタヤリウオ
シャチブリ目 Ateleopodiformes 12種が含まれ、すべて底生性。 シャチブリ科 Ateleopodidae - シャチブリ
ヒメ目 Aulopiformes チョウチンハダカなどの底生性魚類と、ミズウオなど遊泳性深海魚をともに含む。雌雄同体の魚類が多数含まれることが特徴。 チョウチンハダカ科 Ipnopidae - ナガヅエエソやイトヒキイワシ フデエソ科 Notosudidae Bathysauropsidae 科 デメエソ科 Scopelarchidae ヤリエソ科 Evermannellidae ミズウオ科 Alepisauridae - ミズウオ ハダカエソ科 Paralepididae シンカイエソ科 Bathysauridae -シンカイエソ ボウエンギョ科 Giganturidae - ボウエンギョ
中層で生活する遊泳性深海魚は、エネルギー消費を抑えるためか、あまり活発に動き回らないものが多い。中深層に分布する小型の被捕食魚であるハダカイワシやオニハダカの仲間には、普段は立ち泳ぎをするような姿勢でじっとしているものがいる。これは自分の影をできるだけ小さくすることで、捕食者に見つかりにくくする効果があると考えられている。
中深層に多いワニトカゲギス類、および漸深層に幅広く分布するチョウチンアンコウ類は、遊泳性の待ち伏せ型 (float-and-wait) 捕食魚の代表である。後者はシダアンコウ科など一部を除いて丸みを帯びた球状の体型をしており、浮力の維持には向いているが素早い遊泳には適していない。彼らの筋肉はいわゆる白身であり、瞬発力に優れるものの持久力はほとんどない。積極的に餌を探す狩猟採集型 (active foraging) の遊泳性深海魚としては、ミズウオ科・クロボウズギス科などが知られる。
底生性の深海魚には、ナガヅエエソ(チョウチンハダカ科)やアカグツ(アカグツ科)、あるいはノロゲンゲ(ゲンゲ科)のように海底と物理的接触を持ち静止して餌を待つもの (benthic fish)と、ソコダラ・アシロ・トカゲギス・ホラアナゴ・サメ類など活発に泳ぎまわり餌を探すもの(benthopelagic fish)がいる。
待ち伏せ型(sit-and-wait)の底生魚は一般に筋組織の発達した体格を持ち、浮き袋を欠くことが多い。
水産庁が1977から1979年にかけて北洋トロール船による深海資源調査を実施したほか、海洋水産資源開発センター(現・水産総合研究センター)の調査船「深海丸」は1970年から20年にわたって世界各地の深海漁場開発を行った。これらの調査の結果見出されたメルルーサやマジェランアイナメなど多くの有用魚種が、輸入食用魚として一般に利用されるようになっている。しんかい2000などの潜水調査船もまた、キチジやハタハタなど深海性水産魚種の資源量調査や生態解明に携わっている。
以上のようなトロール船調査によって開発された深海魚の多くは底生魚である。一方で、中層に莫大な資源量を持つハダカイワシ類もまた、世界的な食料需要の増大を支えるエネルギー源として注目されている。ハダカイワシの仲間は過剰脂質のため食用には向かないと考えられてきたが、多くの種類では一般的な食用魚種と変わらない脂質組成を持つことが報告されている。中深層遊泳性深海魚の総生物量は少なくとも9.5億トンに上ると見積もられており、これらの豊富な未利用資源を活用する方法が探られている。