ポートモレスビー作戦
しかし、7月15日に大本営参謀辻政信中佐がダバオの第17軍司令部を訪れた時に、「今や『リ号』は研究にあらずして実行である」と述べて、大本営が陸路攻略を決定したことを通知し、これを受けて第17軍は18日に攻略命令を出した。ところが、7月25日に服部卓四郎大本営陸軍部作戦課長から第17軍に、リ号研究の結果について照会する電報が送られた。だが、これによって辻が独断専行によって命令をすり替えていたことが判明したにもかかわらず、それが問題になることもなく、作戦はそのまま実行されることとなった。
一方、ミッドウェー海戦で勝利を収めたアメリカ海軍は逆にラバウルを奪還するため、手始めに同年6月、ソロモン諸島に拠点を構えようと、ガダルカナル島占領を目指すウォッチタワー作戦を計画、8月7日ガダルカナル島に上陸した。また、フィリピンを脱した南西太平洋方面連合軍司令官ダグラス・マッカーサー陸軍大将はフィリピン奪還のためにオーストラリアを拠点にした反攻を計画した。そのため、オーストラリアの前哨ともいえるポートモレスビーの安全を確保することは重要であり、ニューギニア島北岸を占領するにもポートモレスビーの基地が重要な役割になることが予想された。マッカーサー大将はオーストラリア軍最高司令官トーマス・ブレーミー陸軍大将の指揮下にあるニューギニア部隊(ニューギニア・フォース)の司令官であるバジル・モリス少将にブナの確保を命じ、モリス少将は豪第39大隊を飛行場があるココダへ進撃させた。
この第39大隊は予備役の民兵からなる部隊で、「チョコレートソルジャー」と呼ばれていた。
最後の砦となったギルワは海岸と中央区の間を分断され、1943年1月14日に第18軍はクムシ河口への撤退を命じ、15日には南海支隊幹部は海岸の陣地に後退した。そして、傷病者の後送にあたっていた横山与助大佐率いる独立工兵第15連隊が17日に海岸の陣地から撤退し、山県少将は18日に全軍撤退を通達した後19日に独立混成第21旅団を率いて撤退した。同19日、南海支隊長小田少将は中央区の陣地の南海支隊主力に、戦傷者を残して撤退させる命令を出し自らも撤退しようとしたが、独立工兵第15連隊と独立混成第21旅団が全ての舟艇(8艇)を使って撤退してしまったため舟艇が無く、南海支隊幹部は撤退できず小田少将は「山県に裏切られた」と憤慨した後、参謀の富田義信と共に自決した。 内陸の陣地にいた部隊は陸路であったため撤退は困難を極めたが、小田少将からの命令に従って20日夜に中央区の陣地から撤退した小岩井光夫少佐指揮の南海支隊主力は落伍者を出しながらもクムシ河口に撤退できた(後マンバレーに集結)。