琉球海運
かつては旅客輸送を行っていたが、2006年9月18日付ですべて休止された。休止時点では、3航路(那覇と博多、鹿児島及び先島諸島(宮古・石垣)との間の航路)が運航されていた。
その後、有村産業の破産にともなう運航休止により、沖縄本島から先島諸島への公共交通が航空路のみとなり、潜水病(減圧症)などの身体的な理由で航空機に搭乗できない人の移動手段が事実上断たれた。このため、先島諸島の5自治体で構成する「美ぎ島美しゃ市町村会」からの要請もあり、2011年1月10日より沖縄本島と石垣島・宮古島の間に限り、「特定の者の需要に応じ、特定の範囲の人の運送をする貨物定期航路事業」の形態をとり、限定的な旅客営業を再開している。
定員は「にらいかない」が2名、「しゅれい」が4名。運賃は無料だが、船会社や代理店による乗下船案内などの手数料として5,000円が必要。また、利用の場合は航空機への搭乗が不可である旨が記された医師の診断書が必要である。