支那方面艦隊
嶋田長官は「自分の任期中に支那事変を片付けたい」「支那事変を解決しないまま武力南進を行うのは危険」との認識であった。支那方面艦隊は援蒋物資補給ルートを遮断するため、海上封鎖を強化した。また重慶爆撃など、支那方面艦隊麾下の航空部隊は中国大陸各地に航空作戦を実施した。7月15日には漢口基地に最新鋭の零式艦上戦闘機が進出し、8月19日に初出撃、9月13日に初戦果をあげた。
9月中旬以降の北部仏印進駐における支那方面艦隊(司令長官嶋田繁太郎大将)は、航空部隊と海上兵力が海路進駐する日本陸軍部隊の護衛をおこなった。同年末から1941年(昭和16年)1月にかけてタイ国とフランス間で国境紛争が勃発した。支那方面艦隊隷下の第二遣支艦隊と連合艦隊より派遣された戦力をもって「対仏印威力顕示作戦/S作戦」が実施された。
1941年(昭和16年)の劈頭から、海軍は対米英戦に備えて連合艦隊の増強を開始した。支那方面艦隊(三個遣支艦隊)が大陸で用いていた航空部隊の大多数も徐々に縮小され、第十一航空艦隊新編(1941年1月15日)のために引き抜かれた。ただし南進作戦が本格化する9月まで第十一航空艦隊は支那方面艦隊の指揮下にあり、中国大陸各地への爆撃や南部仏印進駐作戦の支援をおこなった。
第一遣支艦隊・・・牧田覚三郎中将 宇治、安宅、勢多、樫田、比良、保津、熱海、二見、伏見、隅田 附属:漢口警備隊、九江警備隊
第二遣支艦隊・・・原清中将 嵯峨、橋立、鵯、鵲 香港方面特別根拠地隊 附属:厦門警備隊
海南警備府部隊・・・砂川兼雄中将 鴻 海南警備府 横須賀鎮守府第4特別陸戦隊、舞鶴鎮守府第1特別陸戦隊、佐世保鎮守府第8特別陸戦隊 第15、16警備隊
上海方面根拠地隊 鳥羽 栗、栂、蓮 第13、14砲艦隊、第1、2砲艇隊 舟山島警備隊、南京警備隊、上海港務部、上海海軍特別陸戦隊
青島方面特別根拠地隊 ※旧第三遣支艦隊 雉 首里丸、日本海丸
附属:出雲、多々良、牟婁丸、白沙