東西教会の分裂
」とした。正教会については、使徒的伝承を守っていると評価する一方、教皇に対する認識の面で「まったき教会としては欠点がある」とした。この文書の内容に対しては正教会のみならず、プロテスタントからも広く反発が起こっている。
しかし一方で、比較的緊張した関係にあるとされるロシア正教会とカトリック教会の間にも、一定の交流は存在する。
教皇ヨハネ・パウロ2世の永眠の際には、ロシア正教会渉外局長でありロシア正教会のナンバー2と目されるスモレンスク府主教キリル(肩書当時、のち総主教)が弔問に訪れている。十字軍によって西方に持ち去られた不朽体などの返還も進められている。また現代の社会問題を巡り、モスクワ総主教キリルは近年の社会問題(世俗化、グローバリゼーション、伝統的道徳原理の衰退など)につき、教皇ベネディクト16世と正教会の主張が近い事を指摘(救世主ハリストス大聖堂での主教会議にて)、一定程度のカトリックへの親近感を表明した。
また、様々な面で保守的と目され、上述のように他教派から反発を受けることもあるベネディクト16世ではあったが、2007年10月22日にはイタリアのナポリで開催された異宗教間サミットに出席し、世界平和と人類の和解のために尽力することを呼びかけるなど、各宗教および東方教会を含む他教派との対話を拒絶していたわけでは無い。
駐伊ロシア大使館の敷地内に新しく建てられたロシア正教会の聖堂である、アレクサンドリアの聖エカテリナ教会を2006年5月19日に成聖するために、渉外局長でありロシア正教会のナンバー2と目されるキリル府主教(肩書当時)がイタリアを訪れた際には、教皇ベネディクト16世とキリル府主教が会見を行った。