アオサ藻綱
またアオサ藻綱に共通する微細構造学的特徴 (反時計回り型の鞭毛装置、ファイコプラストを欠く細胞質分裂) は派生形質ではない可能性があり、アオサ藻綱の主な目を独立の綱(シオグサ綱、カサノリ綱、ハネモ綱など)として扱うこともある。
アオサ藻綱は、緑藻植物門に属する。緑藻植物門の中で、アオサ藻綱は緑藻綱やトレボウクシア藻綱に近縁であり、併せてUTC系統群とよばれる単系統群を形成しているとされることが多い。分子系統解析からは、UTC系統群の中では、アオサ藻綱は緑藻綱の姉妹群であることが示唆されている。
2020年現在、アオサ藻綱には2,000種ほどが知られ、その体制、生活環、微細構造および分子系統解析に基づいてふつう9目ほどに分けられている (下表)。ただし系統的にはヒビミドロ目とアオサ目は明瞭には分けられないこともあり、中間的な位置にある単細胞またはサルシナ状群体性の種をクロロキスティス目 (Chlorocystidales) として分けることもある。アオサ藻綱の中で、ウミイカダモ目、スコティノスファエラ目、ヒビミドロ目・アオサ目が初期に分岐し、イグナティウス目、スミレモ目、シオグサ目、カサノリ目、ハネモ目が単系統群を形成することが示唆されている (下図6a)。一方でより大量の分子データに基づいた解析からは、これとは異なる分岐順が示されている (下図6b)。