実如
永正3年(1506年)、実如は細川政元の要請を受けて河内国畠山義英討伐への協力に応じると、摂津国・河内国の門徒に一揆を起こして畠山義英を攻めるように命じたが、畠山氏との関係が深かった摂津・河内の門徒らは猛反発し、実如の異母弟で畠山氏の血を引く実賢(後に近江称徳寺住持)を石山御坊にて擁立して法主の交替を求めるという事件が起きた。しかし、実如はこれを力尽くで抑え込んだ(河内国錯乱)。実如は一揆の代わりとして加賀の門徒を千人ほど河内に派遣した。
引き続いて実如は政元の要請で反本願寺、反細川氏を標榜する越前国の朝倉氏、能登国・越中国の畠山氏に対して北陸の門徒に一揆を起こすように命じると、越前国・加賀国・能登国・越中国の門徒は大規模な一向一揆を起こし、8月には越前で朝倉貞景と九頭竜川の戦いを行い、翌9月には越中国で畠山氏の援軍に来た越後国の長尾能景と般若野の戦いを行って能景を討ち取っている。
永正4年(1507年)、北陸での騒乱が続く中で、政元の養子・澄之が政元を暗殺(永正の錯乱)してもう1人の養子・澄元と争うと、その争いに巻き込まれた実如は澄元により一時山科本願寺を追放され、近江堅田本福寺住持明顕・明宗の協力を得て堅田御坊へ逃れた。
永正6年(1509年)に山科本願寺に復帰するが、この事態に苦慮した実如は、同母弟の蓮淳、息子で次男の円如と共に北陸門徒に対し一揆の禁止をはじめとする3か条の戒めを発布したり、本願寺の一族を一門衆(嫡男)と一家衆(次男以下)に分ける一門一家制を設けたり、宗門信条の基本とするなどの策を講じた。大永元年(1521年)、青蓮院脇門跡に任ぜられるが、同年に円如が急死、円如の子証如が後継者となった。
大永5年2月2日(1525年3月5日 )、68歳にて示寂。証如が本願寺第10世を継いだが、幼い証如に代わって蓮淳が後見人(証如の外祖父でもあった)として本願寺を取り仕切った。