新潟少女監禁事件
その結果を24日に「緊急調査結果」として発表し、一連の不祥事の事実関係を認定した。翌25日、本部長が会見を開き、「まず、被害者と両親に9年間救出できなかったことを深くおわび申し上げたい」と前置きした上で、
少女Aの発見・保護状況で虚偽の発表をした
性犯罪歴のあったSが少女Aの不明時に捜査対象とならなかった
4年前にSの母親が柏崎署に相談に来た際の相談簿を紛失した
少女Aを発見・保護した保健所職員からの出動要請を拒否した
9年2か月の間、巡回連絡で被疑者宅を3回訪れていたにも拘らず不審情報を得られなかった
という5点について正式に謝罪した。その後の質疑応答で自身の進退について問われると、「最高幹部として責任は痛感しているが、進退については国家公安委員会の判断によるものであるから、私は与えられた任務を尽くしていく」と述べ、辞職の考えがないことを明らかにした。他方、少女A発見時に本部長が局長を「麻雀接待」していた事実はすでに田中節夫警察庁長官の知るところとなっており、25日の時点で両名は内々に田中に辞職を申し入れていた。
翌26日、本部長は再度会見を開き、「少女Aの発見・保護時の状況について虚偽の説明を行った」、「懇親会の席上にあった本部長自身が事件発覚の報告がなされた後も帰庁しなかったことで、警察の信用を失墜させた」という2件につき、国家公安委員会から減給100分の20(1か月)の処分を受けたことを発表。同時に自身の辞職願が2月29日付で受理されたことも合わせて発表した。
2000年3月3日、新潟地方検察庁は被疑者の男Sを未成年者略取・逮捕監禁致傷罪で新潟地方裁判所へ起訴した。被告人Sが被害者Aに負わせた傷害のうち、起訴事実に盛り込まれたのは両下肢筋力低下と骨量減少などで、診断されていた心的外傷後ストレス障害 (PTSD) については、裁判の過程で予想される少女Aの精神的負担とプライバシー保護に配慮して起訴事実から除外された。起訴後、新潟地裁は被告人Sの弁護人として児玉武雄・伊津良治の2人を選任した。
被告人Sの初公判は新潟地裁(榊五十雄裁判長)で同年5月23日に開かれたが、この中でも少女Aのプライバシーは保護され、通常行われる起訴状での被害者名読み上げは行われなかった。また弁護人も「私も人の親なので、法廷にまで連れてきて尋問したくないというのが本音にある」として、少女Aを証人申請することはしなかった。罪状認否で被告人Sは起訴事実を認めたため、裁判の争点は責任能力の有無に絞られた。
なお、新潟地裁は新潟市体育館で傍聴希望者の抽選を実施したが、地裁の敷地以外で傍聴券の配布を実施した事例は本事件が初だった。また、一般傍聴席27席に対し、傍聴希望者数は2,272人(抽選倍率:84.1倍)を記録したが、これは1999年5月の「アジ化ナトリウム混入事件」初公判(希望者数:242人)を大幅に上回り、新潟地裁史上最多を記録した。
一人の人間の人生を台無しにしたということを、十分に反省するよう、強く望みます」と説諭した。
この判決を受け、被害者Aの家族は「9年2か月15日に及ぶ長期監禁から無事保護されて、3年が過ぎようとしています。娘と私たち家族にとってこの時間の重さを今日の判決で求めることは到底できません。親として被告をこのような形でしか裁くことのできない現状に無念さを感じ、『許せない』という気持ちが高まるばかりです」とコメントした。
東京高検は10日後の12月20日に最高検察庁と最終協議を行い、「併合罪の解釈については最高裁の判例がなく、憲法違反もない」として、通常の上告は断念することを決めた。これは、刑事訴訟法における上告理由が憲法違反および判例違反に限定されているためだが、それらの理由がない場合でも、法令解釈に重要な事項を含む場合は特例として、最高裁に上告受理を申し立て、審理を求めることができる。そのため、東京高検は同月24日付で最高裁判所に上告受理を申し立てた。一方、控訴審より担当となった被告人Sの国選弁護人は判決を受け容れる方針であったが、被告人Sは「二審判決は、一審の新潟地裁判決と同じように、事実誤認がある。また、二つの罪を合わせて懲役11年という判決も、不当に重いから不服である」とする自筆の上告書を提出し、25日付で上告申状が東京高裁に届けられた。