ジョン・ペルゼル
戦後はいったん大学院へ戻ったが、連合国軍占領下の日本における連合国軍最高司令官総司令部 (GHQ) 民間情報教育局 (CIE) 世論社会調査課長に起用されて赴任した。1948年には、日本人の識字を調査する読み書き能力調査委員会のCIEの担当者となったが、この調査の成果は、1951年に『日本人の読み書き能力』(東京大学出版部)にまとめられた。ペルゼルは、日本語表記のローマ字化を支持しており、この調査によって日本人の識字力が低く、その原因は漢字表記にあるという結論を誘導しようとしていたとされる。
1949年に帰国。その後、博士論文「Social Stratification in Japanese Urban Economic Life」を完成させ、1950年に、アジアの文化人類学と言語を担当する教員としてハーバード大学に採用された。ハーバード大学では様々な役職に就いたが、ハーバード燕京研究所の所長もエドウィン・O・ライシャワーから引き継ぐ形で1964年から1975年まで兼任した。1979年には、大学を退職してアリゾナ州へ移り住み、引退生活を送ったが、この時期にも、特に軍関係者から日本関係の事項について助言を求められる機会が少なくなかったという。
ペルゼルは、アリゾナ州ツーソンで死去した。