LF+R
その後も、2000年に土曜深夜の23:30 - 25:00の90分枠に、かつて1部を担当した福山雅治を再起用した『福山雅治のオールナイトニッポンサタデースペシャル・魂のラジオ』を立ち上げたり、女性アイドルをパーソナリティに迎えた番組を増やしたり、番組間の連携を強めた企画を多数行ったが、肝心な勢いの回復には殆ど至らず、2002年にはTBSラジオ『JUNK』の開始などにより聴取率が低下。2003年3月30日で「LF+R」は終了し、夜帯が下記のように改題された。
『オールナイトニッポンいいネ!』 月曜 - 金曜 22:00 - 24:00 金曜のみ『長渕剛のオールナイトニッポンフライデースペシャル・今夜もバリサン』を放送。
『オールナイトニッポン』 月曜 - 土曜 25:00 - 27:00
『オールナイトニッポンR』 月曜 - 木曜 27:00 - 28:30 / 金曜・土曜 27:00 - 29:00
その後、関係者内では、2010年に展開したステーションキャンペーン「人生を豊かに! ニッポンをもっと楽しもう計画」(2011年の東日本大震災によって打ち切った)とともに語られなくなっていったが、このキャンペーンとは違い、当該時間帯の番組から羽ばたいた出演者も多いことから、散発的には触れられたりジングルが流れることがある。
その後は、オールナイトニッポンのメインターゲットとする年齢層より多少上の働き盛りや、さらに上になる団塊の世代など高年齢者を対象とした番組を多数制作するように変わっていく。