生麦事件
そのため、生麦事件の知らせに「薩摩は幕府を困らせるために、わざと外国人を怒らせる挙に出た」と受け止める幕臣が多数で、薩摩を憎みイギリスを怖れることに終始し、対策も方針もまったく立てることができないでいたという。当の久光の幕政介入によって政事総裁職に就いた松平慶永は、本事件に関する処置案(久光の帰国差し止め等)を老中らに建言するも受け入れられず、一時登城を停止する事態となった。
一方、東海道筋の民衆は、「さすがは薩州さま」と歓呼して久光の行列を迎えたという。閏8月7日(1862年9月30日)に久光は上洛、9日に参内するが、孝明天皇はわざわざ出御して久光の労を賞し、これは無位無官の者に対しては異例の待遇であった。この事件を題材に山階宮晃親王が作った「薩州老将髪衝冠 天子百官免危難 英気凛々生麦役 海辺十里月光寒」という漢詩は、明治になって愛唱された。しかし、生麦事件をきっかけとして朝廷が攘夷一色に染まってしまったことは、久光および薩摩藩の思惑を超えた結果だった。薩摩藩の幕政改革の意図は攘夷ではなく、彼らの不満はむしろ幕府が外国貿易を独占していたことにあったのである。尊攘派の支配する京都の情勢に耐えかねた久光は、23日に京都を発って鹿児島に戻った。
海軍省の訓令下にあるオーガスタス・キューパー提督に委任すると軍事行動を示唆し、横浜では緊張が高まった。
支払拒否の経緯は資料により異なり、『幕末外交談』によると攘夷の勅命を帯びて京都より戻る途上の将軍後見職・徳川慶喜が命じたとされるが、慶喜の手書によると「攘夷は命じたが支払拒否は命じていない」としている。
再び江戸で開かれた評議においては、水戸藩の介入もあって逆に支払拒否が決定されるが、5月8日、小笠原は海路横浜に赴き、独断で賠償金交付を命じた。翌9日、賠償金全額がイギリス公使館に輸送された。一方、英国と老中の板挟みになっている神奈川奉行たちから攘夷令に反対をされた慶喜は説得をせずに小笠原と入れ違いに8日に江戸に戻っており、小笠原との間に支払を巡る黙契が存在していたという説がある。小笠原は、支払を済ませたのち再度上京の途に就くが、大坂において老中を罷免された。
幕府との交渉に続いて、イギリスは薩摩藩と直接交渉するため6月27日に軍艦7隻を鹿児島湾に入港させた。しかし交渉は不調であり、7月2日、イギリス艦による薩摩藩船の拿捕をきっかけに薩摩藩がイギリス艦隊を砲撃、薩英戦争が勃発した。薩摩側は鹿児島市街で500戸以上が焼失するなど大きな被害を受けるが、イギリス艦隊側にも損傷が大きく、4日には艦隊は鹿児島湾を去り、戦闘は収束した。同戦争後、イギリスの軍事力を目の当たりにした薩摩藩では、攘夷の声は急速に下火になり、藩論は開国へ向け大きく転換する。