細菌の翻訳
細菌の細胞は栄養素が欠乏したとき、静止期(stationary phase)に移行してタンパク質合成を低下させる。この移行はいくつかの過程によって行われる。例えば大腸菌では、70Sリボソームは RMF (ribosome modulation factor) と呼ばれる6.5 kDaのタンパク質を結合して90Sの二量体を形成する。このリボソーム二量体は中間体で、続いて HPF (hibernation promotion factor) と呼ばれる10.8 kDaの分子を結合し、2つのリボソームが30Sサブユニットを介して二量体化した、100Sリボソーム粒子を形成する。このリボソーム二量体は休眠状態にあることを意味し、翻訳不活性である。大腸菌の細胞が静止期に入ったときにリボソームに結合する3つ目のタンパク質は、YfiA(以前はRaiAという名前で知られていた)である。 HPFとYfiAは構造的に類似したタンパク質で、どちらもリボソームのA部位とP部位に結合することができる。 RMFは16S rRNAとmRNAの相互作用を防ぐことで、リボソームがmRNAに結合するのを妨げる 。大腸菌のYfiAがリボソームに結合しているとき、そのC末端のテールはRMFの結合を妨げるため、リボソームの二量体化は防がれ、翻訳不活性な単量体の70Sリボソームが形成される。
リボソームの二量体化に加えて、リボソームのサブユニットの会合が RsfS(以前はRsfまたはYbeBと呼ばれていた)によって妨げられる。
翻訳の開始位置(通常はAUGコドン)の選択は、30SサブユニットとmRNAとの相互作用に依存する。30SサブユニットはmRNA上のAUG開始コドンの上流にあるプリン塩基に富んだ領域(Shine-Dalgarno配列)に結合する。Shine-Dalgarno配列は、30Sサブユニットの16S rRNAのピリミジン塩基に富んだ領域と相補的な配列となっている。この配列は進化的に保存されており、今日我々が知っている微生物界において主要な役割を果たしている。開始複合体の形成を通して、これらの相補的なヌクレオチド配列は対合して二重鎖RNA構造を形成し、開始コドンがP部位に配置されるようなかたちでmRNAとリボソームを結合させる。
AUGの開始コドンをもたないコーディング領域のよく知られた例は、大腸菌のlacオペロンの lacI(GUGコドン)と lacA(UUGコドン)である。大腸菌では17以上の箇所でAUG以外からの翻訳開始が行われている可能性があると、2つの異なる研究は示している。