京葉線
土曜日も休日と同じダイヤとなる。
2000年(平成12年) 4月1日:千葉貨物ターミナル駅が廃止。 12月2日:日本貨物鉄道が西船橋駅 - 蘇我駅間の第二種鉄道事業者となり、貨物列車乗り入れ開始。それに伴い新港信号場が開設。旅客列車も武蔵野線が海浜幕張駅まで直通運転区間を延長し、京葉線にも同駅折り返し列車が設定される。快速列車が平日日中に千葉みなと駅に停車するようになる。
2002年(平成14年)12月1日:開業以来初の白紙ダイヤ改正。土曜・休日に運行される快速「マリンドリーム」「むさしのドリーム」が廃止。南船橋駅と千葉みなと駅に京葉快速が終日停車。
2004年(平成16年)10月16日:ダイヤ改正により、新木場駅が通勤快速停車駅に追加。
2005年(平成17年)11月18日:10両編成で水色の103系電車がこの日で運用を終了。最後の編成となった302編成は、3日後の11月21日に廃車回送された。
2006年(平成18年)9月28日:午前4時18分頃、東京駅構内の変電所で火災が発生し停電。京葉線が上下線とも半日間全線不通となった。これにより多くの利用客が東京メトロ東西線の浦安駅に殺到し、バスが混雑する事態となった。この火災で約16万7000人に影響が出た。
2007年(平成19年) 3月18日:ダイヤ改正により、一部を除き特急列車が海浜幕張駅に停車。E331系の営業運転開始。 3月25日:全駅で発車メロディーが導入される。
2008年(平成20年)12月1日:京浜東北線から転属してきた209系が営業運転開始。
この改正では、日中の運転間隔均等化、朝ラッシュ時の快速電車と各駅停車の混雑の均等化のほか、快速電車の停車駅追加が行われた。平日と土曜・休日の停車駅が統一された(南船橋駅に新規に停車、八丁堀駅・千葉みなと駅に毎日終日停車、京葉快速は土曜・休日も葛西臨海公園駅を通過)ことから、快速の愛称は廃止された。
結果として、朝ラッシュ時の上り快速は通勤快速の待避に伴いスピードダウン(約43分 → 48 - 50分)、海浜幕張駅 - 蘇我駅間の日中における1時間あたりの本数は減少(平日:6本→4本、土曜・休日:7本 → 4本)、土曜・休日日中の上り快速もスピードダウン(約40分→ 約48分)となった。また、日中の武蔵野線直通の海浜幕張駅発着電車が廃止されたが、朝夕時間帯に同駅発着の武蔵野線直通が増発されたため、総運転本数は変わっていない。
2004年10月16日に、通勤快速が新木場駅に停車するようになった。
さらに9年後の2013年3月16日のダイヤ改正で武蔵野線直通列車が各駅停車となった。
2023年3月18日に幕張豊砂駅が開業し、各駅停車のみが停車するようになった。
2010年3月13日の改正で日中1時間あたり2本から3本に増発され、朝夕は1時間あたり3 - 5本運転されていた。平日朝の下りの一部列車は葛西臨海公園駅を通過して各駅停車を追い越していた。一部列車は、新浦安駅または葛西臨海公園駅(土曜・休日)で特急列車の通過待ちを行っていた。2013年3月16日のダイヤ改正より東京駅発着列車は快速運転から各駅停車となった。現在も一部列車は新浦安駅もしくは葛西臨海公園駅で特急列車の通過待ちを行うほか、平日夕ラッシュ時の下り2本は、新浦安駅で京葉線の快速の待ち合わせを行う列車もある。なお、発車標の案内は「各駅停車」ではなく「武蔵野線」(英称:MUSASHINO LINE)となっている。
南船橋駅発着の武蔵野線直通列車は日中時間帯で1時間に3本運行されている。この時間帯の南船橋駅発着列車は南船橋駅で蘇我・東京方面両方に接続している。
蘇我駅で内房線や外房線と接続しており、東京駅から房総方面へ向かう特急列車が当路線を経由して運行されている。各駅停車・快速電車も朝夕ラッシュ時に内房線・外房線・東金線との直通運転を行っている。また、武蔵野線の大部分の電車が西船橋駅から東京駅あるいは南船橋駅から海浜幕張駅まで乗り入れる。
2008年3月31日に発表されたJR東日本の「グループ経営ビジョン2020-挑む-」において、京葉線は武蔵野線・南武線・横浜線とともに「東京メガループ」に指定された。私鉄との接続で重要な役割を担っているとして、今後「利便性・快適性を、輸送サービス・駅設備・生活サービスのそれぞれの面から向上させます」としている。2015年にはJR東日本の「選ばれる沿線ブランドの確立」を目指す取組みの一環で、「進化する毎日。京葉線」をコンセプトワードとして「京葉ベイサイドラインプロジェクト」を開始した。
ラインカラーは赤(■、ワインレッド)。首都圏のJRでは京葉線のみが使用するカラーである。