第二次トルンの和約
各都市の統治構造はポーランド王国と異なっており、王国の他のいくつかの地域と同様に独自の通貨を鋳造することが許可され、プロイセンの諸身分が参加する議会を持ち、軍隊とドイツ語による管理のための慣習法を持つなどの特権が許されていた。プロイセン人の聖職者すなわちドイツ騎士団は王領プロシアで司教の名前を挙げる権利を与えられなかったが、それはこの地がポーランドのグニェズノ大司教の直轄地であることを示していた。これに不満を持ったドイツ騎士団は王国首都クラクフのセイム(ポーランド国会)に用意されていた彼らの議席に座らないことを決意した。この対立は1年後の1467年に司祭戦争の勃発を招いた。この戦争もプロイセン連合の諸都市に支持されたポーランド王国の勝利に終わった。
注意すべきは、この地方ではドイツ系住民の間で一般市民と貴族階級の間の階級的対立が厳然と存在し、前者がドイツ貴族よりも寛容で自由主義的な政策を採るポーランド王国を常に支持しつづけたことである。
以後、王領プロシアはポーランド王国そしてポーランド・リトアニア共和国とだんだん融和していった。この地方は文化や社会制度においては18世紀後期のポーランド分割まで社会において王国の他の地方と比較して若干の違いが見られた。
1525年に、騎士団は騎士団総長アルプレヒト・フォン・ブランデンブルクによりプロイセンから放逐され、アルプレヒトはルター派に改宗し、プロイセンによる臣従の礼をとり、ポーランド王の下で世襲統治者として公爵の位を帯びた。その地域はプロシア公領(後の東プロイセン)として知られるようになった。