皇位継承
最終の勝利者は後白河天皇であったが、両乱を通じて武士を利用したため、その後の武士の台頭を許すこととなった。
ところが、生前の鳥羽天皇が近衛天皇の崩御後に後継に指名したのは、後白河天皇の子・二条天皇であった。これによって後白河天皇と二条天皇、両者の間に緊張関係が生じたが、二条天皇の崩御によって、後白河天皇が院=治天の君として君臨し続けた。なお、後白河天皇と二条天皇の父子が対立した際に二条天皇の後ろ盾になっていたのは、その准母となっていた鳥羽天皇の皇女(後白河天皇には異母妹にあたる)・八条院であった。八条院は父の鳥羽天皇から与えられた広大な所領を背景に天皇を支えたが、後白河天皇もこれに対抗するために多くの荘園を所領とした。後に前者の所領は八条院領、後者の所領は長講堂領と称され、別々の皇族や后妃によって継承されることになる。
治天の地位を確保した後白河天皇は平氏・源氏など武士勢力の勃興に対して、王権の維持を図ろうとしたが、結局、王権の一部を鎌倉幕府へ委譲することとなる。後白河天皇の正当な後継者は高倉天皇であり、その早世と後を継いだ安徳天皇が外戚である平氏とともに西国に下った後もこの方針が揺らぐことなく、治天である後白河天皇によって安徳天皇の異母弟である後鳥羽天皇が擁立された。このため、一時的に2人の天皇が在位する事態となったものの、安徳天皇が平氏の滅亡と運命をともにしたことにより皇統は後鳥羽天皇の系統に統一された。これによって治天である後白河天皇の下で皇統が安定した。
後白河天皇の崩御後、後鳥羽天皇は院政を開始した。
皇位を継承する皇族の順位(順序)は皇室典範第2条に定められている。