マナマコ
山口県産の「アオ」型では、産卵個数は23×10~12×10と大きくばらつきが認められており、一体の雌マナマコの産卵個数は、自然の海底においても個体差が著しいものと考えられている。
「アカ」型の成熟卵は、厚さ 23~26 μmの薄い gelatinous coatingに包まれており、その大きさは長径151~177×147~166(平均164×143.6) μm、「アオ」型には gelatinous coating がない。受精卵は十数時間で孵化して浮遊生活に入り、胞胚および初期胚を経て、受精後40時間ほどでアウリクラリア幼生となる。
受精率については、精子懸濁液の濃度を「アカ」型で 2.5×10個/ml、「アオ」型で 5×10個/mlとすることでほぼ 100%となり、孵化率は、「アカ」型・「アオ」型ともに精子懸濁液の濃度5×10個/mlでおおむねじゅうぶんな水準となる。懸濁液の濃度を5×10個/mlあるいはそれ以上とした場合には、奇形幼生の出現率が高まるとされている。
アウリクラリア幼生となってから1~2週間で体長 1 mm 弱となった後、体が急激に縮小して長径 400~500 μm程度となり、5本の繊毛帯を生じてドリオラリア幼生へと変態する。なお、アウリクラリア幼生が急激に縮小する時期には消化器も収縮し、摂餌がほとんど行われなくなる。
ドリオラリア幼生後期から1~2日を経過した後には、繊毛帯が消失する とともに5本の第一次触手を形成してペンタクチュラ幼生となり、底棲生活に入る。緑藻の一種 Ulvella lens は、マナマコのドリオラリア幼生からペンタクチュラ幼生への変態誘起作用を有するとの報告がある。
トリメチルアミン-N-オキシド (TMO)は魚介類に広く存在し、これが還元されて生じるトリメチルアミン(TMA)は魚介類の腐敗臭の原因物質の一つとしてよく知られているが、函館市内の魚市場で購入されたマナマコ(「アカ」型・「アオ」型・「クロ」型のいずれであったか、あるいは漁獲海域がどこであったのかについては明らかでない)を試料とした分析結果では、TMO・TMAともにまったく検出されなかったという。
体壁には、カテプシン L(Cat L:リソソームの主要プロテアーゼで、細胞内でのタンパク質の分解 に働く)に似た活性を有する酵素(分子量63kDa:至適作用温度および至適作用pHはそれぞれ50°C・5.0)を含有している。この酵素はN-カルボベンゾキシフェニルアラニン-アルギニンを基質としており、マナマコの体内における存在意義その他についてはまだ明らかになっていないが、体壁の自己消化 に関与している可能性が考えられている。
生食する場合には、まず触手や石灰質の囲食道骨が前端部と総排泄腔がある後端部とを切り落とし、さらに縦に切り開いて内臓を除く。
中華料理の食材としては、前述のように煮干し品を柔らかくもどして用いるのが通例である。煮物やスープ・あるいは蒸し物などにされることが多く、福建省が発祥地と伝えられる佛跳牆は有名である。
成体の消化管は、ロから食道を経てほぼ直線的に後方へ伸び、体後部で屈曲(第一曲節)した後、右に旋回して前方へ逆走し、体前部で再び屈曲(第二曲節)して後方へ向かい総排泄腔へと続く。消化管は三層からなり、内面には腸細胞(粘液および消化酵素の分泌・栄養素の吸収などの機能を兼ね備える)が密生している。 ロと食道との間には咽喉球と称される膨大部があり、その後部に環状水管(石灰環)が付着する。
咽喉球の直下を囲んで、10個の骨板が環状に連結した囲食道骨を備える。囲食道骨の内縁・外縁はともに正円ではなく、放射水管や石管などが通る切り欠きを備えて波打っており、マナマコの生長に伴って次第に径および厚みを増していく。
小腸と大腸とは外観上では区別し難いが、前者は多数の細管によって放射血洞に連絡し、摂食した有機物から得た栄養分を全身へと供給する。ただし、環状水管と総排泄腔との間に位置するどの部位においても、消化管の内面組織にはリパーゼおよびペプチダーゼ活性が認められる ことから、少なくとも脂質 や タンパク質を消化する機能においては、小腸と大腸とを区別する必要はないとされる。
なお、ナマコ類の防御機構として知られるキュビエ器官は、マナマコをはじめとするシカクナマコ科の種には備わっていない。
俗に、赤~赤褐色系の体色をもつアカコ(「アカナマコ」・トラコ:以下、「アカ型」と記す)・青緑色を基調とするアオコ(「アオナマコ」:以下、「アオ型」と記す)・黒色の体色を呈するクロコ(「クロナマコ」:以下、「クロ型」と記す)と呼ばれる三つのタイプが区別され、「アカ」型は外洋性の岩礁や磯帯に生息し、一方で「アオ」型と「クロ」型とは、内湾性の砂泥底に棲むとされていた。
これらの三型については、骨片の形質の相違をも根拠として Stichopus japonicus 以外に S. armata という別種を設ける見解 もあり、あるいは S. japonicus var. typicus なる変種が記載 されたり、S. armatus および S. roseus という二種に区別する意見 も提出されたが、「生息場所の相違と成長段階の違いとによって生じた、同一種内での体色の変異であり、異なる色彩は保護色の役割を果たしている」として S. japonicus に統一されて 以来、これを踏襲する形で、体色の異なる三つの型は Apostichopus japonicus (=Stichopus japonicus)の色彩変異とみなす考えが採用され、日本周辺海域に生息する「マナマコ」は唯一種であるとされていた。 また、シトクロムcオキシダーゼサブユニット1および16S rRNAの解析結果から、これら三型を同一種の変異と結論づける見解が再び提出されている。