ハゼ
ツバサハゼ科 Rhyacichthyidae - ツバサハゼ 絶滅危惧IA類 (CR)(環境省レッドリスト)など
ドンコ科 Odontobutidae - ドンコなど
Milyeringidae
カワアナゴ科 Eleotridae - カワアナゴ、ヤナギハゼなど
ノコギリハゼ科 Butidae - ホシマダラハゼ 絶滅危惧II類 (VU)(環境省レッドリスト)、マーブルゴビーなど
Thalasseleotrididae
ハゼ科 Gobiidae オクスデルクス亜科 Oxudercinae - ムツゴロウ、トビハゼ、マハゼ、アベハゼ、ウキゴリ、チチブ、ヨシノボリ、シロウオ、ボウズハゼ、ワラスボなど Fishes of the World 5th Edition(2016)では本亜科を科として独立させている。 ハゼ亜科 Gobiinae - ウロハゼ、クモハゼ、スジハゼ、ヒメハゼ、オオメワラスボ、シラスウオなど
なおカジカ、カサゴ、ギンポ、コチなどはハゼと形態がよく似ているが、分類が異なる。