ゾイドバトルストーリー
1999年から展開した第2期シリーズでは玩具商品側の「ゾイド星(2期では惑星Zi)に隕石が飛来し、戦争が継続不可能となった」という結末から物語を再開している。
第2期シリーズの『ゾイドバトルストーリー』は『ゾイド公式ファンブック』として全4巻刊行された。同シリーズでは第1期のストーリーから数十年後、ガイロス帝国と共和国の再戦(第二次大陸間戦争)、さらにガイロス軍内部から反旗を翻したネオゼネバス帝国による中央大陸の制圧、その後の共和国軍残党とガイロス、そして東方大陸の企業体ZOITECらの同盟とネオゼネバスとの死闘が描かれた。なお、こちらも書籍分で物語は完結しておらず、ゾイドバトルストーリーは2004年2月発売の『BZ-021 ジェットファルコン』に付属したゾイドオフィシャルファンブックEX vol.8にてネオゼネバス皇帝ヴォルフ・ムーロアとヘリック共和国軍パイロットであるレイ・グレックとの因縁の対決の決着をもって、一応の完結となっている。
『ゾイドバトルストーリー』における第二次大陸間戦後の時代を描いている。
東方大陸における民間軍事企業であるZOITECとZi-ARMSが伝説の虎型ゾイドを巡って攻防するというもので、『RZ-073 ワイツウルフ』から『EZ-075 ブラストルタイガー』までのゾイドキット商品とその付属冊子およびDVD、『月刊コロコロコミック』誌2004年4月号から9月号にかけてストーリー展開された。