ゴジラアイランド
メカキングギドラが破壊され、すっかりやる気を失ったザグレスの前に、「死霊界の営業マン」を名乗るドゴラが現われた。ドゴラは自らのリストラを逃れるために、ザグレスへの協力を持ちかける。直ちに地球に現れたドゴラは奇妙な呪文を唱え、ゴジラに呪いをかけた。
翌日、写真に凝っていたトレマは、ジュニアの悲鳴に呼ばれる。駆け付けたトレマが見たものは、脱水症状を起こして倒れているゴジラだった。司令官はメディカルジェットジャガーを出撃させ、ゴジラを怪獣病院に運ぶ。
ゴジラには過労との診断が下されるが、突然起き上がり、見舞いに来ていたラドンを襲い、オーラを吸い取ってしまう。赤い目をしたゴジラはどうも様子がおかしい。司令官たちがトレマの写した写真をチェックすると、ゴジラの背中にスペースゴジラの悪霊が憑いていた。これこそがドゴラの狙いだった。
ラドンを襲ったゴジラは続いてアンギラス、ゴロザウルスを襲い、オーラを吸い取っていく。司令官はキングシーサーに除霊を頼むため、トレマを悟りの森に向かわせた。
そしてメカキングギドラを先導していたのは、他ならぬカマキラスだった。100匹の怪獣軍団の話も、ゴジラを閉じ込めるための嘘だった。
カマキラスは怪獣たちに「ゴジラは死んだ」とさらに嘘をつき、彼らの結束を乱そうとする。その結果、バラゴンとゴロザウルスが敵に寝返ってしまう。他の怪獣たちが立ち向かい、司令官もメカゴジラで出撃するがバラゴンとゴロザウルスには攻撃できず、倒されてしまう。司令官とルーカスは、トレマにゴジラを呼んでくるように促す。
トレマは再びマタンゴ島に飛び、ゴジラの閉じ込められている洞窟に侵入した。すると、復活したプロトモゲラがゴジラをまたも攻撃していた。トレマはプロトモゲラをビーム砲で撃退するが、今度はプロトモゲラが故障し、あらぬ動きをし始める。そしてプロトモゲラが洞窟を塞いでいた岩を砕き、ゴジラとトレマは脱出に成功する。
外に出たゴジラだったが、そこにデストロイアとメガロ、さらにガイガンまでも現われた。絶体絶命と思われたが、ガイガンは何とゴジラに味方し、共にデストロイアとメガロを洞窟に閉じ込める。「お主を倒すのは拙者だ。その時まで無事でいろ」という言葉を残して去るガイガン。メガロの攻撃でパンナトルテが故障したため、ゴジラは単独でゴジラアイランドへ向かった。
「ファイヤーラドン編」で初登場。基地に配備されており、高出力のメーサーを発射する。しかし、ネオヘドラには太刀打ちできず、キャメロンにシステムを改造され、怪獣たちを襲うなど特に目立った活躍はしていない。「完結編」でハイパーメカキングギドラに破壊された。
50億年以上生きられる生命力を誇るゴキブリ型宇宙人。語尾に「〜ゴキ」と付ける。乗っていた宇宙船はゴキブリホイホイに酷似しており、M宇宙ハンター星100億の民が幽閉されている。ザグレスにガイガンを貸し出した。
最期は頼みのガイガンがゴジラに倒されたことに怒ったザグレスに潰された。 オリジナルは「星雲人」だが、本作品では「星人」と呼ばれる。
一方ミサトは、文献で見た古代の精霊とラドンの儀式が気にかかっていた。さらに不思議なことに、悟りの森だけがネオヘドラの胞子に汚染されていなかった。
ミサトは儀式を試すべく、悟りの森へ向かう。そこには既に準備を整えていたキングシーサーとラドンの姿があった。儀式を成功させるためにはミサトの力が必要だと語るキングシーサー。ミサトはその言葉を胸に、祈りを捧げ始める。
ネオヘドラは遂にGガード基地攻撃に踏み出した。司令官は対獣レーザー砲で反撃するが、ネオヘドラはレーザーを吸収してしまう。キノコが生えて使用不能となったレーザー砲。そこにゴジラが現われ、ネオヘドラを攻撃するが、熱線を吸収されてしまい歯が立たない。そして遂にゴジラの背中にまでキノコが生えてしまう。司令官はメカゴジラで出撃しようとするが、空腹で力が出ない。
一方、悟りの森では炎の精霊がラドンと合体しようとしていた。だが、儀式は失敗し、ラドンは祭壇から転げ落ちてしまう。心のどこかで神秘の力を疑っていたミサトは自らを責める。今度こそと精霊たちに祈りを捧げるミサト。さらにゴジラや他の怪獣たちも祈りを捧げると、炎の精霊が再びラドンと合体、火の鳥ファイヤーラドンが誕生した。
ネオヘドラの前に立ちはだかり、高熱の火炎を浴びせるファイヤーラドン。さらにゴジラも熱線でネオヘドラを攻撃する。ゴジラとファイヤーラドン、合計10万度の超高熱ダブル火炎が炸裂し、ネオヘドラは炭化して絶命した。