全国大学野球連盟
一方、戦前から続いていた全国高等専門学校野球大会も、再開後1948年までは行なわれていたが、1947年から1949年までの間で行なわれた学制改革の結果、旧制大学と旧高専校の全てが新制大学として統合整理され、全国高等専門学校野球大会に代わる全国大会を実施するために、全国新制大学野球連盟を1949年に発足。同年から新制大学野球選手権が開始されたが、この大会と連盟には東京六大学、東都、旧関六は参加していない。
くしくも1949年以降は、大学野球の全国組織が2つ存在することになったわけだが、先に発足した全国大学野球連盟にすれば、その名が示すように3連盟のみの閉じた組織にしたつもりはなかったようであるが、全国大学野球連盟の発足当時は、まだ学制改革の結果が出ていない段階での組織でもあり、旧制大学から続く全国大学野球連盟とすれば、後に新制大学として同格になる専門学校所属連盟は、当時はまだ別と考えられていたようである。全国連盟創設組として先行参加し、後年に徐々に参加連盟も順次全国的に拡大するという見通しがあった。事実、東京六大学、東都、旧関六の様に戦前からあり、旧制大学も一部加盟している学生野球連盟には、第1回の全国新制大学野球選手権への参加は見送っている連盟もあった。
しかし、1949年になり、学制改革の結果、多くの旧高専校が新制大学として昇格・再編され、全国的には全体の大学数の中では、旧高専校から昇格した大学の方が圧倒的な数となってしまい、それらが実質的な全国高等専門学校野球大会の代わりに設定された全国新制大学野球選手権に参加するのは野球部単位で考えても、所属する連盟単位で考えても、むしろ自然な流れであった。しかし数の理論ではそうであっても、あくまで学生野球の有力校の集まり・主流は、東京六大学、東都、旧関六であったのも事実であったため、結局は数年間は全国組織が2本立てのままで推移した。
専修大学(東都)1-0 慶應義塾大学(東京六)
専修大学(東都)0-5 関西大学(関西六)
慶應義塾大学(東京六)2-1 関西大学(関西六)
(優勝預かり)