オウム真理教事件
重大事件に関与しつつも逃亡したオウム信者もいる。警察庁は重大事件に関与したオウム信者19人をオウム真理教関係特別手配被疑者として全国指名手配にした。1996年(平成8年)1月時点で7人のオウム真理教関係特別手配被疑者がいたが、同年11月14日には北村浩一と八木澤善次が逮捕され、同月24日に松下悟史が逮捕され、12月3日には林泰男(後に小池に改姓)が逮捕された。また特別手配ではないが教団初期の殺人事件に関与しながらも国外にいた大内利裕が日本に強制送還され、1998年に逮捕された。1998年までに逮捕された一連のオウム事件の逃亡犯については2011年までに裁判で刑が確定した。
1996年12月4日以降から約16年の長期にわたって平田信、高橋克也、菊地直子が逃亡中であったが、2012年1月1日に平田が、6月3日には菊地が、同月15日には最後のオウム逃亡犯であった高橋が逮捕された。なお菊池は起訴されたが2017年12月27日に無罪が確定した。
刑事訴訟法第254条2項により、オウム逃亡犯は共犯者の公判中は公訴時効の進行が停止し、また2010年4月27日をもって刑法と刑事訴訟法の改正(即日公布、施行)によって高橋と菊地の指名手配容疑であった地下鉄サリン事件については殺人罪の公訴時効が廃止となり(殺人未遂罪の公訴時効は15年のまま)、平田の指名手配容疑であった公証人役場事務長逮捕監禁致死事件については逮捕監禁致死罪の公訴時効が20年に延長となり、公訴時効が停止・廃止・延長となっていた。また、2010年(平成22年)以降は捜査特別報奨金制度の対象事件にも指定されていた。
防衛庁(現・防衛省)は、オウム真理教が海外で軍事訓練なども行っている武装集団であり、強制捜査時に於ける組織的な武力抵抗により、警察力での対処が困難な場合の治安出動の可能性を考慮し、陸上自衛隊東部方面隊に対し第三種非常勤務態勢を発令していた。また第一空挺団の普通科群1個中隊が富士駐屯地に訓練名目で移動して待機していたとされる。