Star Trek: Legacy
損害はいずれも時間経過につれて徐々に回復するが、各部位に応急修理を指示し優先的に回復させることもできる。但し、上述した片方のナセルを失った状態のエンジンは応急修理では50%以上には回復せず、破口など外装の損傷も修復できない。これらの損傷は、味方のドックに接続することにより完全に修復できる。なお、部位毎の損害は敵艦にも適用されるので、敵艦の特定部位を狙って破壊し、一部の機能を奪うこともできる。
艦船は他にも、テレビシリーズ同様にワープ能力やスキャンシステム、転送装置、トラクタービーム、長距離センサーなどを搭載しているが、ワープ移動できる範囲はステージマップ内に限られる上に連続で使用できず、スキャンや転送、トラクタービームなどはシナリオによって指定された局面でしか効果を発揮しないなど、制約がある。他方、長距離センサーは視界外に在る艦艇を一時的に探知することができ、規模の小さな艦艇ほど探知範囲が広い。
艦船は各機能に対してエネルギー配分を変えることもできる。配分は円形の計器に配置されたツマミを外周に記されたシールド・武装・エンジンのいずれかに寄せることで変えられ、シールドや武装にエネルギー配分を増やせばそれぞれ充填速度が速くなり、エンジンではワープ待機時間が短縮される。この際、例えばエンタープライズ NX-01など防御シールドが無い艦艇でシールドにエネルギー配分を増やすと、船体強度が上がる。