シスター・プリンセス
『電撃G'sマガジン』連載の読者参加企画としては過去最高の人気に支えられて、2000年3月号より誌上ゲームは第2期(セカンドステージ)へ移行するとともに、画 - 天広直人・文 - 公野櫻子のイラストストーリーの同時連載も開始した。それにともない、春歌・四葉・亞里亞の3人が従来までの9人に追加される形で新登場した。
また、同時期に同作品がゲーム化されることが決定したが、発表されたゲームの内容が「兄1人(プレイヤー)に対して妹12人」というおおよそ常識とかけ離れた内容だった。この章は、後に単行本『オリジナルストーリーズ』と題して刊行された。
一方、本誌連載のイラストストーリーと並行して、全12巻の書き下ろし単行本『キャラクターコレクション』と事実上の第1期総集編である『オフィシャルキャラクターズブック』がそれぞれ刊行された。特にキャラクターコレクションでは、第1巻冒頭から可憐が同級生の綾小路君に兄とは結婚できないことを指摘され、半泣きで彼に平手打ちを食らわせるなどの展開が繰り広げられた。
2000年3月号から、連載終了(2003年9月号)まで、『G's』本誌の表紙は、本作のイラストがメインとして起用されている。
2002年2月発売、ISBN 4-8402-2042-5
2001年12月20日発売、ISBN 4-8402-1969-9 2002年2月28日発売、ISBN 4-8402-2083-2 2002年4月30日発売、ISBN 4-8402-2120-0 2002年6月28日発売、ISBN 4-8402-2136-7
2001年12月13日にメディアワークスより発売。対応機種はPlayStationで、ドリームキャスト版は前作の『PREMIUM EDITION』に合本として収録されている。
前作を補完するファンディスク的な要素が強いために、正規の続編ではなく番外編的な扱いになっている。
日本国内ではキングレコードから以下の収録メディアが発売されている。
2004年2月28日発売、ISBN 4-8402-2645-8
発明が趣味の、理系の妹。
可憐 - 2000年11月30日発売、ISBN 4-8402-1717-3 花穂 - 2000年11月30日発売、ISBN 4-8402-1718-1 衛 - 2000年11月30日発売、ISBN 4-8402-1719-X 咲耶 - 2001年2月28日発売、ISBN 4-8402-1750-5 雛子 - 2001年2月28日発売、ISBN 4-8402-1751-3 鞠絵 - 2001年2月28日発売、ISBN 4-8402-1752-1 白雪 - 2001年3月8日発売、ISBN 4-8402-1789-0 鈴凛 - 2001年3月8日発売、ISBN 4-8402-1790-4 千影 - 2001年3月8日発売、ISBN 4-8402-1791-2 春歌 - 2001年4月28日発売、ISBN 4-8402-1803-X 四葉 - 2001年4月28日発売、ISBN 4-8402-1804-8 亞里亞 - 2001年4月28日発売、ISBN 4-8402-1805-6
大別して第1期から第4期までに分けられる。途中、単行本として発売された『キャラクターコレクション』全12巻は書き下ろし作であり、厳密には本誌連載ではないが、本項では発売時期から第2期に含める。