東京大学宇宙線研究所
宇宙ニュートリノ研究部門:カミオカンデ設置後設立された研究部門。1987Aの観測以降、正式な組織となる。
高エネルギー宇宙線研究部門:明野観測所や乗鞍観測所に設置された観測装置を用いて、観測を行う研究部門。
宇宙基礎物理研究部門:宇宙由来の放射線の理論的研究を行う研究部門。