サブクローニング
形質転換された細菌(回収したい所望のプラスミドを持つ細菌)のみを確実に増殖させるために、マーカー遺伝子をセレクション(選択)のため目的ベクターに導入する。典型的なマーカー遺伝子は、抗生物質耐性または栄養素生合成に関するものである。そのため、たとえば「マーカー遺伝子」は、抗生物質アンピシリンに対する耐性を示すものとすることができる。もし、所望のプラスミドを導入するはずの細菌が所望の遺伝子を導入していれば、それらには「マーカー遺伝子」も含まれているはずである。これで、そのプラスミドを導入した細菌はアンピシリンで増殖できるようになる一方、所望のプラスミドを導入しなかった細菌はアンピシリンで破壊を受けやすくなる。それによって、正常に形質転換された細菌は「セレクト」されることになる。