紀三井寺
秀吉の紀州攻めの翌年、天正14年(1586年)に本願坊が創建され、後の明暦年間(1655年 - 1658年)に護国院と改称した。後に本坊となる護国院はそれ自体が本願勢力であり、初代の本願に任じられた良純房は、吉原村の出身で姓は林氏であったと伝えられる。近世における徳川政権の寺院政策は、当初、それに先立つ織田信長・豊臣秀吉のそれと同じく、武装解除と中世以来の寺領没収、および新たな朱印領の賦与であったが、のちに寛文5年(1665年)の諸宗寺院法度において一山寺院に対する統一した政策が出され、その一環として寺内秩序や勧進活動への制限が行われたことにより、本願勢力は地歩を後退させられた。紀三井寺では、宝永2年(1705年)に穀屋寺が山麓の楼門外に移転させられ、宝暦3年(1735年)には紀三井寺と本末関係が結ばれて、かつては寺内の有力子院であった穀屋寺はいち末寺に格下げされた。
当寺は長らく真言宗山階派の寺院であったが、1951年(昭和26年)に独立して救世観音宗(ぐぜかんのんしゅう)の総本山となった。
近年ではバリアフリーを強化しており、2020年(令和2年)11月13日には山腹の駐車場から本堂を結ぶエレベーターが設置された。次いで、2022年(令和4年)4月5日には紀三井寺ケーブルが完成し、楼門の下にケーブルカーの駅が設けられ、山腹の駅まで上がれるようになった。ここから延びる道を進むとエレベーターに乗ることができる。
JR紀三井寺駅から徒歩10分ほどのところに境内入口の楼門が建つ。そこから231段の急な石段を上りきったところが境内の中心部で、正面に六角堂、右手に2002年(平成14年)建立の新仏殿、左手には本堂などが建つ。本堂脇の石段をさらに上ったところには多宝塔などがある。楼門の下にはケーブルカーがあり、そこから平坦な道を進むとエレベーターに接続している。このエレベーターで本堂の横にまで行ける。
本堂(和歌山県指定有形文化財) - 宝暦9年(1759年)再建。観音堂とも称す。入母屋造本瓦葺き、柱間は正面側面とも五間で、千鳥破風を付し、正面には唐破風形・三間の向拝を設ける。虹梁形の貫を用い、頭貫に木鼻を付し、台輪を乗せ、組物は三手先詰組とするなど、細部には禅宗様が用いられている。秘仏本尊の十一面観音像、秘龕仏の千手観音像などは、現在は裏手の大光明殿に移されている。高欄の擬宝珠金具は寛政元年(1789年)奉納のもの。西国三十三所札所として多くの巡礼者を迎え入れられるよう、外陣を開放とする。また、西国三十三所観音霊場のそれぞれの札所の本尊を模した33体の観音像も祀られている。
大光明殿 - 本堂の裏手に棟続きに建つ耐震耐火の収蔵庫(原則非公開)で、1983年(昭和58年)に完成した。殿内中央の厨子内には向かって左に秘仏本尊の十一面観音像、右に秘龕仏の千手観音像が安置される。紀三井寺の本尊とされるのは十一面観音像だが、千手観音像も本尊と同様に崇敬されている。両像とも50年に一度開扉の秘仏である。厨子外の向かって右には梵天像と本尊とは別の十一面観音像、左には帝釈天像と毘沙門天像を安置する(毘沙門天像を除く5体は重要文化財)。
護国院楼門 1棟 - 1908年(明治41年)4月23日指定。
護国院鐘楼 1棟 - 1908年(明治41年)4月23日指定。
護国院多宝塔 1棟 - 1908年(明治41年)4月23日指定。
木造千手観音立像 - 秘龕仏。秘仏。
木造十一面観音立像 - 秘仏本尊。
木造十一面観音立像
木造梵天・帝釈天立像
重要文化財の仏像はいずれも平安時代中期から後期の作品である。
和歌山市指定名勝。紀三井寺の寺名のもととなったとされる「清浄水」、「楊柳水」、「吉祥水」の3つの湧き水である。紀三井寺の三井水(さんせいすい)として名水百選に選定されている(1985年〈昭和60年〉)。清浄水は参道石段の途中右側にある小滝である。楊柳水はそこから小道を入った突き当たりにある井戸。吉祥水は境内からいったん楼門を出て右(北)へ数百メートル行ったところにある井戸である。楊柳水と吉祥水は荒廃していたのを20世紀末に復旧整備したものである。
楼門(重要文化財)
多宝塔(重要文化財)
鐘楼(重要文化財)
六角堂
1月18日 - 初観音
4月第1土曜 - 文塚(迷子郵便)供養
4月18日 - 春会式
7月7日 - 七夕祇園まつり
8月9日 - 千日詣
8月15日 - 灯篭供養
11月13日 - 開山忌
12月18日 - しまい観音
紀三井寺の樟樹 1本 - 1967年(昭和42年)2月14日指定。
紀三井寺の応同樹 1本 - 1969年(昭和44年)12月11日指定。