長期議会
さらに、7月には弾圧機関とみなされていた星室庁および高等宗務官裁判所が廃され、8月には船舶税の不法性もまた宣言された。これらは、いずれもほぼ満場一致で可決された。
しかし、秋あたりからイングランド国教会体制(監督制)の改廃をめぐって議会内部には分裂の兆候がみられた。前年12月にロンドン市民が議会へ提出した15000人の署名請願(根絶請願、または根こそぎ請願)をきっかけに論争が起こり、1641年2月の審議でエドワード・ハイド、フォークランド子爵ルーシャス・ケアリーら穏健派と急進派が賛成・反対に分かれたのである。請願を元に作成された根絶法案はベインとクロムウェルら急進派に支持されたが10月に否決、議会両派の対立は広がり始めた。チャールズ1世が議員へ官職をばらまく懐柔工作も行われる中、10月にアイルランドで反乱(アイルランド反乱(英語版)・アイルランド同盟戦争(英語版))が起こり現地イングランド人が大勢殺害されたという報せを聞いた議会はパニックになり、騒乱に乗じてピムに率いられた議会内のグループは国王やロード派の悪性を弾劾する議会の大諫奏(大抗議文)を作成し、11月22日に議会を通過したものの、わずか11票差というきわどいものであり、議会の分裂はもはや必至の状態となった。また12月に提出された大抗議文をチャールズ1世は却下、国王と議会の対立も継続された。