中央新幹線
国鉄は1972年からリニアモーターカー(後の超電導リニア)の開発に着手した。当初、リニアモーターカーによる超高速新幹線として第二東海道新幹線が構想されていたが、中央新幹線の計画と統合された。そのため中央新幹線はリニア方式で建設され、リニアモーターカーは中央新幹線で実用化されると考えられてきた。
なお、新幹線の基本計画路線であり、2011年5月には整備計画も決定されたが、整備新幹線には含まれない。
日本経済がオイルショック後に低成長に転じたことなどから新幹線の建設は全体的に停滞したが、バブル期には東海道新幹線の輸送量が急伸し、近い将来に輸送力が逼迫すると考えられたことから中央新幹線が注目され、リニア方式での建設を前提として、JR東海による建設促進運動や沿線自治体による誘致運動が展開された。沿線各駅は東京や大阪へ1時間以内で到達できることから、首都機能移転議論のきっかけの一つにもなった。また、建設の理由としては東海道・山陽新幹線が兵庫県南部地震の被害で長期間不通になった経験から、「東海地震の予想被災地域を通過する東海道新幹線の代替路線が必要である」ことや、「東海道新幹線自体の老朽化により長期運休を伴う改築工事の必要が生じる可能性がある」ことが挙げられた。
山梨リニア実験線
2016年10月時点の中央新幹線計画路線
そこで「リニア新幹線沿線住民ネットワーク」は、採算面・安全性・環境面の問題でリニア着工認可の取り消しを求める訴訟を2016年5月20日に東京地方裁判所に起こすことを明らかにした(平成28年(行ウ)第211号 工事実施計画認可取消請求事件)。第1回口頭弁論は2016年9月24日に開催している。また、第1-9回口頭弁論の争点を2018年3月23日に原告弁護士団でまとめている。JR東海の環境影響評価における不備から環境影響評価法33条違反での認可取消を第13回の口頭弁論を通じて訴えている。
2017年9月8日の第6回口頭弁論では大井川水系の源流部を路線予定地としているが、元々該当水系では渇水問題があると指摘された。なお、この点については、(裁判には参加していない)静岡県とJR東海との間で対立が大きくなっている(後述)。
2018年6月25日の第10回口頭弁論では、まずは日照問題・騒音問題を生活環境問題をはじめ、車両基地での発生土の大量産出を含めた発生土の問題を指摘している。2017年12月21日には長野県上伊那郡中川村で県道59号松川インター大鹿線で路線工事による土砂崩落が発生した上でJR東海側は謝罪をしており、今後の工事における事故の危険性を指摘している。更には、東海道新幹線においても東海道新幹線火災事件・2018年東海道新幹線車内殺傷事件における乗客の危機管理も指摘しており、計画に当該の危機管理での修正が行われておらず、トンネルで閉鎖的な環境になり避難の際に非常口が限られていることへの危機感を述べた。
2018年4月1日に春日井市の伊藤太市長は大深度地下使用について、環境に対する住民の不安を払拭するため地域住民と合意形成を図るとともに、十分な説明を行うこと、何らかの影響があった場合の事業者の補償を含めた対応を明らかにすること、評価書には評価の根拠となる数値等を具体的に掲載することを求め、事業計画の具体的な内容、浸水や火災などがあった場合の安全性、環境保全、騒音・振動、水質、地下水・水資源、地盤沈下、生態系などについて愛知県知事に意見を提出している。
2018年12月に「名城非常口」(愛知県名古屋市)で、地下水漏洩により工事が中断していることが2019年3月16日の報道で判明した。それ以前の2018年11月24日に「リニアを問う 愛知市民ネット」は愛知県・名古屋市に『大深度地下使用についての要望書』を提出していた。
静岡工区で着工が遅れ、開業が延期される可能性が出て来たことから、愛知県の大村秀章知事は2019年6月5日に中部圏知事会議の席で静岡県の川勝平太知事に「(JR東海に)意見を言ってもできることとできないことがある。JRとよく話し合ってほしい」と伝え、6月10日の定例会見で開業時期が遅れることは「到底受け入れられない」と訴え、国との調整を望む考えを示したことに対して、6月11日の定例会見で川勝平太知事が「(リニア新幹線は)国の事業ではない。JR東海の事業計画で国が認可しているということだ」と述べ、当事者は静岡県とJR東海であると強調し、「私の立場としては南アルプスを大事にしたい」と愛知県との立場の違いを主張している。
新幹線は、東海道新幹線の関ヶ原付近で雪の影響を強く受けた経験から、後に積雪地帯に建設された区間では排雪や消雪に対応した軌道設備、車両構造を開発して解決した。中央新幹線は山間部に建設されるため、リニア方式での積雪対策技術が開発されている。国鉄時代には、北海道千歳地区にリニア軌道を模した高架構造物を設置して、軌道の隙間から雪が落ちる構造が試験された。また、山梨実験線では積雪時の走行や除雪、設備の耐久性なども研究対象になっており、中央新幹線に向けて技術実証を続けている。
また、赤石山脈(南アルプス)など多くの山を通過するため地形問題のクリアも課題となっている。赤石山脈付近のルートの案は、長野県の木曽谷を南下する「木曽谷ルート」、同県の伊那谷を通る「伊那谷ルート」、赤石山脈を貫通する「南アルプスルート」の3つがあり(検討されていたルートを参照)、2008年時点には伊那谷ルートと南アルプスルートのいずれかにほぼ絞り込まれている。
これに対し、静岡県 環境影響評価審査会は県知事への答申案をまとめ、ポンプアップについて「『常に』でなくては困る」として、ポンプ施設の維持管理や恒久的な稼働についても明記した協定を締結するよう求めた。これを受けて、静岡県は2017年4月3日に知事意見を発表し、「導水路トンネルにより流量が回復するのは導水路トンネル出口から下流域であり、出口から上流域については別途の流量回復措置が必要となる」として、西俣非常口及び千石非常口へのポンプアップを求めた。これに加えて、水資源の減少に伴う水利用への影響回避に向けて、大井川の下流利水者11者とJR東海が、流量減少対策に関する基本的な事項を共有するための基本協定を同月末までに締結することを求めた。この基本協定に関して、JR東海は同月28日に静岡県に宛てた回答書のなかで、「大井川下流域の水利用の保全に関する書面を取り交わすことについて、静岡県を窓口として打合せをしております」と記載している。報道によれば、静岡県が取りまとめ役となって基本合意の文書案作りを進めており、2017年10月までの時点で合意案がほぼまとまり最終段階に入っていたとされている。
静岡県知事の態度硬化(2017年-2022年)
2017年10月10日、川勝平太・静岡県知事は記者会見の冒頭、南アルプストンネル工事について発言を行った。川勝知事が自ら会見でリニアに言及するのは2010年6月28日以来、実に7年ぶりのことであった。川勝知事は、かつて国土交通省の国土審議会の委員を務めていたことに触れ、大井川の水問題について「不明にして私が分からなかった、気付いていなかったこと」としながら、以下のように発言した。