菌根
コケ植物は根をもたないため厳密な意味の菌根はもたないが、しばしば葉状体や仮根に菌類が共生して類似した共生関係(mycorrhiza-like)が見られ、広義には菌根として扱われる。苔類のコマチゴケ綱やゼニゴケ綱では、アーバスキュラー菌根菌(グロムス類)またはアツギケカビ目(上記ファインエンドファイトを参照)による共生がしばしば見られ(下図11)、両者が同時に共生することもある。この共生はツボミゴケ綱のミズゼニゴケ亜綱とツボミゴケ亜綱の共通祖先で失われたと考えられ、代わりにこれらの苔類の中には担子菌または子嚢菌と共生するものが出現した。この共生では菌糸は細胞内に侵入して菌糸ペグ状の構造を形成し、特にジャンガーマンニオイド菌根(jungermannioid mycorrhiza)とよばれることもある。担子菌ではハラタケ綱のアンズタケ目ツラスネラ科やロウタケ目セレンディピタ科が共生菌として知られており、このような菌類を共生者とする苔類の中には、唯一の菌従属栄養性(光合成をせずに共生菌から栄養を得る)コケ植物である Aneura mirabilis もいる。また、子嚢菌ではツツジ科植物とツツジ型菌根を形成する Rhizoscyphus(ズキンタケ綱)が共生者となり、仮根の先端の膨潤部中に菌糸コイルを形成する。
ツノゴケ類でも、苔類のコマチゴケ綱やゼニゴケ綱と同様にアーバスキュラー菌根菌(グロムス類)またはアツギケカビ目による共生がしばしば見られ、両者が同時に共生することも多い。一方、蘚類はふつう非菌根性とされるが、必ずしも明らかではない。