西岡武夫
1998年(平成10年)1月、小沢、加藤六月、野田毅らと共に自由党を結成し、副党首に就任。同年2月、高田勇知事が引退を表明した長崎県知事選挙に党内の慎重意見を抑えて出馬するも、同じく新人の金子原二郎に敗れ落選し補選出馬による国政復帰に意欲的だったが野田幹事長の反対で断念。2000年(平成12年)の第42回衆議院議員総選挙に自由党公認で出馬するが、落選。
2001年(平成13年)7月、第19回参議院議員通常選挙に自由党公認で比例区から出馬し、当選。国政復帰を果たした。党参議院議員会長、参院会派「国会改革連絡会(自由党・無所属の会)」代表をつとめる。2003年(平成15年)、民主党との合流(民由合併)が決定すると、当初不参加の姿勢を示した。しかし最終的に参加を決断し、参院会派「民主党・新緑風会」常任役員・顧問に就任した。2006年(平成18年)、皇位継承問題で、皇室典範改正に慎重な立場を明らかにし、党内の保守系議員を中心に「皇室典範改正を慎重に考える会」を結成し会長に就任した。党内では渡部恒三と共に保守派の重鎮となり、党内の保守系議員で構成される永住外国人の地方参政権を慎重に考える勉強会にも参加し、外国人参政権反対を表明した。
議長としての異例な行動の理由に「日本の政治には、もう『余白』や『悠長な時間』が無い」と述べ、また「私へのチェック機能は議長不信任決議案(提出の可能性)などで担保されている」と説明した。
参議院史上初めて議長の記者会見の定例化に踏み切った。
参院選における一票の格差の是正等を目指し全党派の代表が参加する会議を新設。全国を9ブロックに分けた比例区による新選挙制度とする私案を提案。
2010年9月の民主党代表選挙に関し、候補者の出馬表明前の同年8月23日に「菅直人首相が続投を表明すれば、対抗する候補者は相当の覚悟が必要だ。党を去ることも選択肢に入る」と発言し小沢一郎の立候補を牽制した。民主党籍は持っているものの自らの投票権は棄権することもあわせて表明した。
菅直人内閣総理大臣の外交政策について「作戦、展望を持っていない」と痛烈に批判するなど、閣僚らに対し苦言を呈することも多かった。衆議院側で馬淵澄夫国土交通大臣や仙谷由人内閣官房長官らに対する不信任決議案が否決された際に、「責任は官房長官のほうが重い」と指摘した。さらに、尖閣諸島中国漁船衝突事件をめぐる仙谷の答弁について「法廷闘争的な答弁はしているが、政治的には通らない」と批判した。これを受け、仙谷は「参議院の議長が言っているのだから、重く受け止めたい。別に反論はない」と述べた。