新世紀エヴァンゲリオン2
通常生活の期限が過ぎ、使徒が襲来すると戦闘場面に移転する。使徒は原作のものと同じだが、PSP版の「使徒、襲来」シナリオなどを除き、シナリオごとの初期撃破済み以外の使徒襲来順は全くのランダムになる。また戦闘で破壊された都市は、PC/NPCのミサトが修理予算を請求する必要もあり、なかなか回復しない。プレイヤーがシンジらEVAパイロットのキャラクターの場合には、ミサトの指示を受けながら(レーダーが都市全体をフォローできず、味方との接触・戦闘などの場合に断続的にしか表示されない)自機を動かして使徒と戦闘を行い、これを撃破する。使徒に自機が破壊・損害を受けた場合、重傷・軽傷の場合は入院、最悪の場合は死亡する。レイが死亡した場合、プレイヤーキャラクターでなければ「重傷」とされ、新たなレイが送られてくる。プレイヤーキャラクターが死亡した場合はゲームオーバーとなる。
プレイヤーがミサトの場合は、断続的に表示される使徒の情報を元にEVAパイロットらを誘導し、これを撃破する。また、戦闘後は第3新東京市の被害に応じた始末書の処理、日本政府へのEVAや都市の修理費用請求などの事務処理といった仕事がある。これらをおろそかにすると、兵装ビルが壊れたまま機能しないなどの不具合が生じ、使徒との戦闘が不利になる。
戦闘に影響しないキャラクター(加持など)でプレイしている場合は、戦闘シーンはなく、EVAパイロットやEVAの状態から計算された戦果の報告のみで終わる。この時にEVAパイロットのA.T.が著しく低い状態や、パイロットが入院していてEVAが出撃できない状態で使徒が出現した場合、即座に敗北と判定されてサードインパクトが発生するエンディング(実質上のゲームオーバー)を迎えることもある。