警察庁長官
警察法第15条により、警察庁は国家公安委員会が管理する特別の機関である。これは、中央行政機関でありながらも、国家の治安維持に関わる責務を負う警察の中立性を保つためとされ、通常、国家公安委員会以外の機関から監督管理を受けることはない。司法警察活動に際し、個別の警察官は刑事訴訟法の規定に基づき一定の指揮を検察官から受けることがあるが、警察官は正当な理由がある場合には、この検察官の指揮に従う必要はない(ただし、検察官はこの場合にも、検察庁法第6条の規定に基づき、自ら捜査をなし、または検察事務官をもって捜査をさせることが可能であることは言うまでもない)。この時、検事総長、検事長又は検事正は、国家公安委員会が懲戒権限を持つ者、つまり国家公務員たる警察庁警察官と地方警務官に対する懲戒の訴追を国家公安委員会に行うことが認められている(刑事訴訟法第194条)が、検事総長、検事長又は検事正自身には懲戒権限はないため、この正当性の判断や必要性等は国家公安委員会が独自に判断することとなっている。これも警察庁を他の機関からの不必要な干渉を避けるためのものである。国家公安委員会と警察庁長官は、検事総長と常に緊密な連携をとるものとされ、協力関係にあり、前記の司法警察活動における指揮関係は存在しない。
※ 内務省警保局長、内事局第一局長、国家地方警察本部長官(警察庁長官の前身)は含めない。
また同法第76条第2項で検事総長と常に緊密な連絡を保つものとされるが、この規定は警察庁長官は検察官が司法警察職員に対して有する刑事訴訟法上の指揮権に服さないことを意味する。
実際には、現行の警察法施行以降、警察庁長官は一貫して警察庁次長から昇格して就任することが慣例となっているため、警察庁次長に就任した時点で次期警察庁長官として目されることとなる(ただし、稀に警察庁次長を経て警視総監に就任する例はある)。一方、警視総監が警察庁長官に転じた例は今までない。
なお、現行警察法の政府案では、警察庁は総理府の外局として設置される予定であった。また警察庁長官は国務大臣をもって充てるものとされていたが(大臣庁)、これらは国会での審議の過程で修正された。
消防庁長官との違いは、警察庁長官は警察官であるが、消防庁長官は消防吏員ではなく、あくまで総務官僚である。助言団体に過ぎない消防庁に対して、警察庁は各都道府県警察に対する指揮監督権を有している。