種痘所
翌年には藩飛び地の羽州漆山(山形県)へ赴き、同地でも種痘施術を行った。元々秋元家は同地から舘林に移されたばかりであり、山形では医師であった理玄の父の名声が高かったことがあり、種痘は普及した。また舘林では家老の岡谷瑳磨介が率先して自身の子供4人に受けさせた。この後、種痘に反対していた重臣の子供らは次々と天然痘に罹ったが、岡谷の子供らは大丈夫であった。以降、他の藩士や領民も種痘を受けるようになった。のち藩は岡谷の献策を入れ、理玄を中心とした大規模な医療施設を設けた。そこで種痘は継続され、さらに舘林藩は藩内の幼児全てに種痘を受けさせることを藩命により義務化した。
古西義麿氏は『緒形洪庵と大坂の除痘館』において小説(フィクション)を引用して館林では、種痘が受け入れられず、山形において普及して後に館林で受け入れられたとする。古西氏も同書で述べているようにこれは、過ちであり館林の郷土史・史料はすべて館林で普及し後に山形で普及したと記述されている。3部屋の長屋形式の種痘所が大規模な医療施設といえるか疑問である。
こうして全国に広まっていくと同時に、もぐりの牛痘種痘法者が現れ、緒方洪庵らは「除痘館」のみを国家公認の唯一の牛痘種痘法治療所として認められるよう奔走していた。1858年6月5日(安政5年4月24日)、洪庵の天然痘予防の活動を幕府が公認し、牛痘種痘は免許制とされた。