VF-25 メサイア
指揮官用のスペシャルチューン仕様。頭部カメラは横三面式。頭部レーザー機銃は歴代指揮官用VFの伝統にのっとり連装2基、計4門を装備。VF-25F以上の性能やエンジン出力強化などの総合面での強化が行われ、さらに大多数(大隊、戦隊)の編隊指揮用の支援プログラムが導入されている。 オズマ・リ―機 S.M.S.スカル小隊の001番機。カラーはグレーに黄色と黒のライン。機体背面にオズマのパーソナルマークがペイントされている。 クラン・クラン機 ゲーム『マクロストライアングルフロンティア』などに登場。S.M.S.ピクシー小隊の101番機。カラーは赤地に白いラインのものと、紫の二種類がある。
マクロス・オリンピア船団のS.M.S.のアグレッサーに採用されている。 VF-25VJ バジュラ・アグレッサー 教導機。対バジュラ戦闘訓練用の「バジュラ・アグレッサー」。頭部のビーム砲塔RÖV-127Cの外見は大型バジュラのものに似せてあり、カラーリングもバジュラに似せて赤あるいは白に塗られている。フロンティア船団では4機がこの仕様として運用されたが、問題が生じたため、結局もとの仕様に戻されている。 VRF-25F リコンメサイア 偵察型。威力偵察用の仕様で、敵の攻撃に晒される可能性が高いことからエネルギー転換装甲の強度は通常のVF-25の2倍に設定されている。 VC-25V VIPメサイア 要人護送型。ファイター形態固定で変形機構・固定武装は廃止されており、最大10人の要人を護送できるようになっている。ISCも高出力タイプが搭載されている。 VEF-25E ウォーニングメサイア 早期警戒型。背面には大型のレドームを搭載している。 VF-25WR ワイバーン 複葉偵察型。VF-25に複葉機型の追加パックを搭載したタイプ。計画のみで中止され、2型として継続される。初出は『マクロスエース』に掲載された「MACROSS非公式×機MECHATRONICS」。 VF-25WR ワイバーン2型 特殊偵察型。上記ワイバーンが追加パックの投棄を前提としていたため廃案となり、新たに提案された2型。バジュラ母星の偵察用に開発されていたが、最終的には中止されている。
脚部に追加される装甲ユニット。高機動バーニアを備える。