ぷよぷよBOX
全消しボーナスが存在せず、相殺も行われない。このため、自分のフィールドにおじゃまぷよの予告がある状態でも、それを貫通して相手におじゃまぷよを送り込むことができる。ただし、自分が他のスタイルの相手に送ったおじゃまぷよは相手の攻撃で普通に相殺される。また、同じ連鎖数でも他のスタイルと比べてより多くのおじゃまぷよが発生するように設定されている(レートが低く、攻撃力が高い)。初代『ぷよぷよ』の時点では存在しなかったNEXT2ぷよやクイックターンは、「ぷよぷよスタイル」では他のスタイルと同様に使えるようになっている。
さらに、『決定盤』と同じくCPUの1連鎖目のボイスがあったり、CPU側の連鎖数も表示される、2階層の色数が5色になっているなどの変更点や、これまでの機種に無いオリジナルの要素がある。なお、メニュー画面の「COOKING OF PUYOPUYO」など一部の音楽は『ぷよぷよ通』ではなく初代『ぷよぷよ』と同じ曲に差し替えられており、さらには本来メガドライブ版にあった乱入機能も廃止されている。また、連鎖ボイスや敵の登場ボイスなどもメガドライブ版と同様のものを流用しているが、「通 復刻盤」内のオプションでのボイスモードは灰色で変更できず「TYPE B」と表示されているものの、本作ではメガドライブ版での「TYPE A(音楽の再生は止まらないが低音質)」のように連鎖ボイス再生中もBGMは止まらずに流れ続け、音質も「TYPE A」の方に近くなっている。タイトル画面のタイトルコールは「ぷよぷよ 復刻盤」と同様にボイス再生の間のみBGMをミュートする形式となっている。この「通 復刻盤」での連鎖ボイスは、『BOX』内のその他のモードでも流用されている。
1人用のモード。アルル・ナジャを主人公に据えたRPG風のモード。敵キャラクター(エンカウントモンスター、町の住民、ボスキャラクター等)との戦闘形式がすべてぷよぷよ勝負となっている。敵キャラクターの中には、当モード限定で登場するキャラクターもいる。
2013年よりスマートフォン向けに配信されている『ぷよぷよ!!クエスト』とは別物で(タイトルに「!!」が入らない)、関連性は無い。
ストーリーは、アルルが近所に出店してきたぷよまん本舗の経営者から1枚のメダルを貰い、「メダルを6枚集めて村外れに見える塔に行けば幸せになれる」という伝説を聞かされて旅に出る内容である。
マップは2D見下ろし型。通常のRPGと同じく、町の住民と会話したり、ダンジョンを進んでいくことでストーリーが進行していく。フィールドやダンジョンを歩き回っているとエンカウントでザコモンスターが出現し、ぷよぷよ勝負に突入する。大連鎖を決めて敵を倒せば経験値が多く貰え、早く決着を付けるほど多くのお金が手に入る。経験値を貯めてレベルアップすれば攻撃力などのパラメータが上昇する。ランダム戦闘からは逃げる(対戦を拒否する)こともできるが、逃走に失敗すると強制的に戦闘になる上に、戦闘開始直後に自分側のフィールドにおじゃまぷよが3段降るペナルティがある。また、ダンジョンの奥にはボスキャラクターも存在するほか、特定のアイテムを入手すると町の一部の住民にもぷよ勝負を挑むことができる。
2つの「復刻盤」はいずれもメガドライブ版の内容を再現したものがベースだが、移植の際に細部で変更が加えられ、敵キャラクターの思考ルーチンや演出、効果音などの一部差し替えが行われている。それぞれのオプションの項目内容はメガドライブ版とほぼ同じだが、サウンドテストの項目では一部のBGMを聴くこと以外の操作が削除され、当時の没曲も収録されておらず、選択できなくなっている。また、「復刻盤」でのぷよの回転方向のボタン操作は『BOX』自体の総合オプションでの設定には影響されず、それぞれの「復刻盤」内のオプションで別々に設定する。どちらの「復刻盤」でもオプションの設定・ランキングデータはセーブする事が出来ない。メガドライブ版では2P側(右側)でも「ひとりでぷよぷよ」をプレイすることができたが、本作の1人用モードはすべて1P側(左側)でのみプレイ可能となり、2P側のコントローラは「ふたりでぷよぷよ」での対戦時と「とことんぷよぷよ」での同時プレイ時のみに使われる。この他、タイトル画面で放置した際に流れるデモループはタイトル画面、操作説明デモ、ランキング画面のみが流れ、メガドライブ版に存在した起動時の青い「SEGA」のロゴ、およびコンピュータ戦のデモプレイはカットされている。