万年救護の大本尊
しかし江戸期の延宝年間に、時の妙本寺貫主日濃(後に除歴)によって、当時妙本寺に所蔵されていた他の日蓮自筆大曼荼羅等とともに当大曼荼羅も流失したが、貞享年間に、日濃により流失した当大曼荼羅を取り戻す事が出来たので、以後、再び妙本寺貫主により師資相承され、妙本寺本末の僧俗により厳護され今日に至っている。
貞享4年1月、時の妙本寺貫主二十二世日達により版木が作成され、富士門流各本山等に版木で印刷・作成された形木が配られたので、その存在が広く認知されることとなった(版木により作成された形木の腰書きには「房州妙本寺代々相傳之萬年救護大本尊奉写令開板者也。貞享四丁卯天 正月十三日日達 印」と明記されている)。
なお妙本寺十五世日侃の日興相伝大事写では「末法万年御本尊 流布の日、本堂に之を懸け奉るべし」と、当大曼荼羅についての妙本寺における意義の伝承を記録している(門祖日興の初七日に記された日興上人御遺跡事には、「日蓮聖人御影並びに御下文・薗城寺申状」も本門寺建立の時、本堂に奉納するべきことが遺言されている)。
同じ通称が、北山本門寺では同寺所蔵の弘安三年五月九日付けの日蓮筆大曼荼羅、西山本門寺では同寺蔵の建治二年二月五日付けの日蓮筆大曼荼羅に付されている。