中央大陸戦争
両者痛み分けに終わり、ヘリックは後にローザと結ばれる。
ZAC2047年、帝国から共和国科学者のチェスター教授が救出され、共和国の対デスザウラー用のゾイド開発が急がれた。この時期、そのゾイドの開発を巡り、開発を守ろうとする共和国と阻止しようとする帝国の様々な改造ゾイドたちが激突しあうことになる。
ZAC2048年、ついにロールアウトした対デスザウラー用ゾイド、マッドサンダーによってデスザウラーは敗れた。
ZAC2051年、ニカイドス島に立て籠もったゼネバスは再び暗黒軍(ガイロス帝国)に協力を求めた。暗黒軍は援軍を派遣し、共和国軍を退けたが、その直後にゼネバス帝国を裏切り、所有ゾイドと兵士たちを接収してしまう。この裏切りに怒ったゼネバスは、自ら皇帝専用デスザウラーを駆って暗黒軍に挑むがデッドボーダーに敗れ、ゼネバスは暗黒軍の捕虜となり、ゼネバス帝国は滅亡。ヘリック共和国対ゼネバス帝国の中央大陸戦争は終わったが、ヘリック共和国対ガイロス帝国という新たな戦い(第一次大陸間戦争)の幕開けになるのだった。
ゾイドゴジュラス誕生以来、ヘリック共和国とゼネバス帝国は競うようにゾイドの開発競争を続ける。それまでの主力だったガリウスや、ビガザウロといった機体は完全に旧式化し、第一線を離れた。
ZAC2032年にロールアウトした帝国軍最強ゾイドアイアンコングは、中央山脈を突破し共和国領に侵攻。共和国全域から集められたゴジュラスと激突することとなる。その数はコング150台に対しゴジュラス200台にも上った。ゴジュラス部隊はコング部隊を辛うじて撤退させたものの、ゴジュラス部隊の損害はアイアンコング部隊の損害を上回っており、ゴジュラスの無敵時代を終わらせるに至った。ZAC2034年にはゾイド開発競争は激化し、多くの小型ゾイドの戦いも激しいものとなっていった。二年後には初の高速ゾイドであるサーベルタイガーが誕生する。ZAC2037年には初の超巨大ゾイドであるウルトラザウルスがロールアウトした。
帝国軍のスパイコマンド・エコーによるウルトラザウルス乗っ取りにより、共和国軍は逆に一時は首都陥落の危機を迎えるが、共和国軍のロイ・ジー・トーマス中尉の作戦によりウルトラザウルスは奪回される。
さらにゴジュラスとアイアンコングがそれぞれMk-IIにアップグレードされ、大氷原において共和国のトーマス中尉のゴジュラスMk-IIとエコーのアイアンコングMk-IIが死闘を繰り広げた。
ZAC2039年、ウルトラザウルスを中核とするヨハン・エリクソン大佐率いる共和国軍の攻撃によって帝国首都は陥落。だが、皇帝ゼネバスを取り逃がしてしまう。ゼネバスは残存兵力を率いて暗黒大陸ニクスに亡命した。