滬九直通列車
これ以降、乗客は上海駅での出国審査後、中国をすでに出国したことになるので、九龍行きの車輛は厳重に封鎖の上隔離され、途中駅での下車は認められなくなった。滬九直通列車運行開始から2009年8月末まで、上海駅の出入境管理局(中国語版)は2000あまりの列車と57万人の旅客に対して検査を行い、そのうち違法な物品の持ち込みや持ち出し、外国人による不法入国などの摘発数は600件強になる。
2004年1月、韶山9型電気機関車が牽引する上海行き滬九直通列車(K100次)が京広線白石渡駅(中国語版)附近を走行中、機関車の故障によって動けなくなった。その後、韶関機務段所属の韶山6B型電気機関車(中国語版)が隣の坪石駅(中国語版)にいたため救援に向かい、当該の列車は郴州駅、衡陽駅に停車しつつも運行を続け、数時間遅れで株洲駅に到着した。同じ年の2004年11月11日から2006年9月までの間、浙贛線電化工事の影響で、滬九直通列車の運行時間が3時間延長された。
2006年7月29日、上海鉄路局と九広鉄路公司合弁の中鉄快運株式会社(中铁快运股份有限公司)が設立された。中鉄快運は「K99/100次列車管理専門チーム」(K99/100次项目管理工作小组)を立ち上げて、滬九直通列車の荷物車を利用した運輸事業を開始した。
2006年10月より、上海鉄路局と九広鉄路公司は個人旅行者と家族旅行者を対象とした割引運賃制度を開始した。これは切符購入時に帰りの切符も同時に購入することで10%割引きするというもので、さらに閑散期には個人客で20%、4人以上の団体客なら最高で40%まで割引きされ、片道切符でも10%割引きされることになった。