脱ユビキチン化酵素
酵母など他の真核生物でも同様の遺伝子セットが発見されている。UBA52、RPS27A遺伝子はリボソームタンパク質に融合した形でユビキチンを産生し、UBB、UBC遺伝子はポリユビキチン(C末端とN末端で連結されたユビキチンの鎖)を産生する。DUBはこれらのタンパク質からユビキチンを切断し、活性のあるモノユビキチンを産生する。
DUBは、意図せずC末端テールが細胞内の求核性低分子と結合したモノユビキチンタンパク質の切断も行う。こうしたC末端テールで結合したユビキチン-アミドやユビキチン-チオエステルは標準的なE1-E2-E3カスケードによるユビキチン化反応でも形成される場合があり、グルタチオンやポリアミンはユビキチンとこれらの酵素の間のチオエステル結合を攻撃する可能性がある。ユビキチンC末端ヒドロラーゼ(UCH)は、こうした意図しない結合を広い特異性で加水分解するDUBの例である。
またDUBは、遊離ポリユビキチン鎖を切断してモノユビキチンを産生する。こうしたポリユビキチン鎖は、基質タンパク質がない場合でもE1-E2-E3装置によって形成される場合がある。遊離ポリユビキチン鎖の他の発生源は、ユビキチン化基質の切断産物である。DUBがタンパク質に付加されたポリユビキチン鎖をその基部で切断した場合にはポリユビキチン鎖が遊離し、DUBによるモノユビキチンへの再生が必要となる。