選択的スプライシング
さらに、transcriptome instabilityはスプライシング因子の遺伝子の発現レベルの低下と大きく相関することが示されている。DNMT3Aの変異は血液のがんに寄与することが示されており、変異細胞株では同系統の野生株と比較してtransriptome instabilityを示す。
がん細胞では正常細胞と比較して選択的スプライシングの減少とスプライシングのタイプの変化が生じている。例えば、がん細胞ではイントロン保持は通常よりも高率であるが、エクソンスキッピングは低率である。がん細胞でのスプライシングの差異は、スプライシング因子の遺伝子の体細胞変異が高率でみられるためである可能性があり、またスプライシング因子のリン酸化の変化によるものである可能性もある。他には、産生されるスプライシング因子の相対的な量の変化の可能性もあり、乳がんではスプライシング因子SF2/ASFのレベルが上昇している。ある研究では、正常細胞より腫瘍細胞で高頻度に見られるスプライスバリアントの割合は比較的小さく(26000以上のうちの383種類)、誤ったスプライシングを受けたときに腫瘍の成長に寄与する遺伝子は限られていることが示唆されている。一方で、誤ったスプライシングを受けた転写産物は通常ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)と呼ばれる転写後品質管理機構によって除去されると考えられている。
特定のスプライシングバリアントががんと関係している例としては、ヒトのDNAメチルトランスフェラーゼ(DNMT)遺伝子の変異がある。