東大前駅
島式ホーム1面2線を有する地下駅。改札階(地下1階)とホーム階(地下3階)を連絡するエレベーターおよびエスカレーターが設置されている。ホームにはフルスクリーンタイプのホームドアが設置されている。当駅の建設工事は、延長274 m、最大幅員17 m、最大掘削深さ29 mにも及ぶ大規模な開削工事となった。
出入口は東京大学農学部および文京学園文京女子短期大学(当時・短大は2014年に廃止)の敷地内に設置したものである。また、開業当初からある駅中央部のエレベーター出入口用地は、文京区から無償提供された文京区立第六中学校の用地を使用している。
東京大学 - 弥生キャンパス(農学部)の敷地内に1番出入口がある。赤門は南側の本郷キャンパスにあり、丸ノ内線・大江戸線本郷三丁目駅の方が近い。
文京学院大学・文京学院大学大学院 - 2番出入口は正門に隣接する。
日本医科大学千駄木校舎・日本医科大学付属病院
郁文館夢学園
文京区立第六中学校
西教寺
根津神社
文京区向丘地域活動センター
文京区アカデミー向丘
本郷税務署
東京都水道局文京営業所
文京向丘二郵便局
本郷郵便局
弥生美術館・竹久夢二美術館