萌えアニメ
「萌え」という言葉の由来や発祥時期には諸説があるが、1990年前後から使われ始めたともいわれる。1992年に放送が開始された、武内直子の漫画を原作とする女児向けテレビアニメ『美少女戦士セーラームーン』シリーズは、放送当時の少女だけではなく男性のアニメファンたちを魅了した。「萌え」の語源を巡る諸説の中には、『セーラームーン』第3期(1994年)の登場人物である土萠ほたるの名前を由来とする説もあり、土萠ほたるの儚げな印象や不幸な境遇、および健気さは「萌え」の対象にもなった。
1990年のテレビアニメ『ふしぎの海のナディア』を、「萌えアニメ」という言葉が定着する以前に放送された、そうした作品のルーツの一つに挙げる意見もある。同作を手がけたのは、かつてOVAブームで成功を収めたガイナックスで、後に彼らは1995年のテレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』を手がけることになる。ヒット作となった『エヴァンゲリオン』は少年少女が過酷な戦いに身を置くシリアスな作風の作品であったが、登場人物の人気から萌えブームを決定づけることにもなり、同作に影響されて「萌え」を意識したアニメが数多く作られた。
美少女を題材にした作品はアニメに限らず、映画や演劇といった分野にも古くから普遍的に存在する。男性が女性を求めるのは原理的なものであり、「萌えアニメ」の隆盛によってそれが顕著にはなっているものの、こうした作品は「萌え」や「おたく」という俗語が誕生する以前から作られており珍しいものではなかった。例えば1958年に公開された『白蛇伝』は、日本では初となるカラー長編のアニメ映画であるが、精神科医の斎藤環は、この作品に既に観客を惹きつけるセクシャリティの表現が含まれていたことを指摘している。後に数々のアニメ映画を手がけることになる宮崎駿は、公開当時に『白蛇伝』を鑑賞し、同作に対して愛憎半ばする感情を抱くことになるが、斎藤はこうした感情を、アニメキャラクターに対する「萌え」であると分析している。
『エヴァンゲリオン』以降の「萌え」を意識した作品は、当初はマニアックな視聴者層を意識したものが中心であったが、1999年頃になると粗製乱造の反動で敬遠されるようになる。その一方でこうした作品群がきっかけになり、今度はライトなアニメファンを対象にした「萌え」作品が人気を得ていったといわれる。2001年の深夜アニメ『シスター♥プリンセス』はギャルゲー専門誌『電撃G's magazine』の読者参加型ゲームを原案とする作品だが、その「男性の主人公が12人の妹たちに囲まれて過ごす」という内容はアニメ関係者にも動揺を与え、同作のような作品が主流になっていくのではないかと予感させるものであった。ただし2001年時点では「萌えもの」のアニメはジャンルとしてはまだ確立していなかったともいわれ、2003年放送の『デ・ジ・キャラットにょ』などをその後に続く「萌えアニメ」のはしりとして挙げる意見もある。いずれにせよ、1999年から2002年にかけては萌え産業に関わる企業であるブロッコリーが業績を3倍に伸ばしており、この頃に萌え産業が新たな局面に入ったことを示している。
ゆるい雰囲気の萌えアニメの広まりは深夜アニメの隆盛とも無関係ではなく、仕事で疲労して帰宅した大人が深夜にアニメを見るとき、堅苦しくない作品を求めるのではないかという意見もある。