土御門東洞院殿
もっとも、後光厳天皇は鎌倉時代初期の本格的な内裏であった閑院内裏の再建を議論させたりと、未だ本格的な内裏の造営は諦められていなかった。
しかし、またも本格的な内裏の再建計画は立ち消えとなり、結局、土御門東洞院殿は、光明天皇→崇光天皇→後光厳天皇→後円融天皇→後小松天皇と北朝の5代の天皇に皇居として使用されることとなった。ところが、後小松天皇の治世である応永8年(1401年)、土御門東洞院殿は火災で焼失してしまう。そこで当時の最高実力者であった足利義満は、土御門東洞院殿が狭小で「人臣の家」と大差が無いことを問題視して、平安宮内裏を模した本格的な内裏として再建することを決めた。義満は土御門油小路の地を与えて“新長講堂”を立ち退かせ、1町全体を敷地とした本格的な内裏の機能を持つ土御門東洞院殿を再建した。以降も、土御門東洞院殿は皇居として用いられることとなる。
この皇居は、その後拡大を続け、京都御所と呼ばれるようになって今に至る。