遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX
第1話 - 第52話。
十代は入学試験で実技の最高顧問のクロノスを倒すが、筆記試験の成績は芳しくなかったため、オシリスレッドに籍を置くことになった。デュエルアカデミアは生徒の成績によって3つのクラスに分かれているが、オシリスレッドはその中でも最も待遇が悪く、落ちこぼれが集まるクラスだった。クロノスから問題児(ドロップアウトボーイ)として目を付けられた十代は、学園で腕が立つデュエリストを次々に差し向けられるが、E・HERO(エレメンタルヒーロー)デッキを駆使して勝利を重ねていく。また、学園のトップに君臨しカイザーの異名を取る亮をはじめ、明日香、三沢などの実力者と戦い、交友を深めていった。十代と相部屋の丸藤翔は彼を慕い、舎弟となった。
十代をライバル視していたオベリスクブルーの万丈目は、十代と三沢を相手に連敗したことで、信用を失い学園を去った。万丈目は偶然漂着したノース校で腕を磨くと、同校のトップとなるまでに成長を遂げた。アカデミア本校とノース校の対抗戦で、万丈目はノース校の代表として本校代表の十代と戦った後、本校に復帰することになった。
世界を滅ぼす程の力を秘めた故に学園に封印されていた「幻魔皇ラビエル」「降雷皇ハモン」「神炎皇ウリア」の三幻魔のカードをめぐって、セブンスターズと名乗る集団が襲来する。三幻魔のカードの封印の鍵を守るべく、十代、亮、明日香、三沢、万丈目、クロノス、大徳寺が鍵の守護者として選抜され、セブンスターズと戦うことになった。セブンスターズとの戦いは闇のデュエルと呼ばれ、敗者の魂が奪われる命がけの戦いとなった。
第157話 - 第180話。4期のみ海外未放映となっている。
3年目で参入した特待生たちが他校へ戻り、マルタン親子が学園を離れた。三沢、アモンらは行方不明となっている。
十代達がアカデミアに戻って一ヶ月後、デュエルディスクにカードが認識されなくなる異変が起こり、万丈目達が調査にあたる。一方、学園では他人を洗脳する力を持つ藤原優介、黒い影から現れた謎のデュエリスト・ミスターTなどが現れ、不穏な気配が漂っていた。十代は全てを自分のせいだと思い、アカデミアを去ろうとするが、斎王と影丸から新たな脅威から学園を守るよう頼まれる。
調査を続けていくうちに、藤原は数年前に行方不明になったアカデミアの生徒であり、本物の藤原はダークネスの力に飲まれて消失したことが分かる。今の学園に現れていた藤原は、彼のかつての相棒「オネスト」であり、十代達を主人の仇と勘違いをしていた。戦いの中でオネストは誤解に気づくが、ミスターTに攻撃され瀕死となる。十代は自らの魂にオネストを融合させた。
ミスターTを撃退した十代は、仲間たちとデュエルを行い、ぎこちなくなっていた関係を修復させる。卒業を間近に控えた3年生は自分の進路について考え始めていく。鮫島の発案によりアカデミアでは卒業デュエル大会が行われるが、再びミスターTが現れ生徒達は次々に取り込まれていく。童実野町でもミスターTにより住人が次々消滅してゆくという事件が起きていた。事件を調べていたオブライエンもミスターTとのデュエルの末に消滅してしまう。異変を感じ取った十代は急遽、アカデミアを飛び出し童実野町へと向かったがそこで待ち受けていたのは妹の美寿知を人質にとられ、ダークネスのカードにより正気を失った斎王だった。
宇宙が一枚のカードから始まった時、カードの裏側の闇から生まれた存在。人が必ず持つ「心の闇(負の感情)」に付け入りその精神と肉体を蝕む闇の力であり、また「心の闇」そのものの具現体でもある。四期の物語の焦点。一期ではセブンスターズの一人として、吹雪の身体を操り十代たちに敵対。四期に入ってからは、ミスターTを操り出し本格的に活動を始め、童実野町住人やデュエルアカデミア生徒など、多くの人間をダークネスの世界に引きずり込んだ。在りし日にダークネスと契約し、事の発端を作り上げた藤原優介は今やダークネスそのものとなっており、ダークネスの世界の中で全ての存在を絶望に陥れて闇と同化させ均等化することで苦しみから解放する、ということを目的としている。