複製前複合体
複製起点の認識はpre-RCの形成における重要な第一段階である。この過程はドメインによって異なる方法で行われる。
細菌では、複製起点の認識はDnaAによって行われる。DnaAはoriC内の9塩基対のコンセンサス配列(5' – TTATCCACA – 3')に対して強固に結合する。oriC内には5つの9塩基対コンセンサス配列(R1–R5)と4つの非コンセンサス配列(I1–I4)が存在し、DnaAはこれらの配列に対して異なる親和性で結合する。DnaAはR4、R1、R2に高い親和性で結合し、 R5、I1、I2、I3、R3に対してはより低い親和性で結合する。pre-RCはDnaAが高親和性と低親和性の9塩基対結合部位の全てに結合した時に完成する。
古細菌には1つから3つの複製起点が存在する。複製起点は一般的にATに富む配列であり、古細菌の種によって配列は異なる。