熊本大学
五高記念館
附属図書館 医学系分館 薬学部分館
放送大学学園
中国 広西師範大学 ○ (2005), △ (2005) 同済大学 ○ (2007), △ (2005) 南昌大学 ○ (2006) 大連理工大学 ○ (2006), △ (2006) 上海師範大学 ○ (2008), △ (2008) 南開大学 ○ (2009) 山東大学 ○ (2009), △ (2009) 吉林大学 ○ (2009), △ (2009) 四川大学 ○ (2009), △ (2009) ハルビン工業大学 ○ (2009), △ (2009) 東北大学 ○ (2010), △ (2010) 北京工業大学 ○ (2011), △ (2011) 澳門大学 ○ (2011), △ (2011) 深圳大学 ○ (2011), △ (2011) 華東政法大学 ○ (2011), △ (2011) 吉林化工学院 ○ (2013), △ (2013) 東北師範大学 ○ (2014), △ (2014) 重慶大学 ○ (2014), △ (2014) 南京師範大学 ○ (2015), △ (2015) 桂林理工大学 ○ (2015), △ (2015) 安徽大学 ○ (2015), △ (2015) 武漢理工大学 ○ (2016), △ (2016) 広西医科大学 ○ (2018), △ (2018)
台湾 南台科技大学 ○ (2008), △ (2008) 国立清華大学 ○ (2015), △ (2015) 国立高雄大学 ○ (2016), △ (2016) 長榮大学 ○ (2016), △ (2016)
包括連携協定等の締結先は、大学含む研究機関が8件、自治体11件、企業13件(2019年2月20日時点)。このほか、九州産業交通ホールディングスが熊本市中心部に建設する再開発ビルに熊本大学が拠点を設け、人材の誘致・育成・定着を目指す協定を2019年4月に結んだ。
グローバルCOEプログラムとして、3件採択されている。
2007年
生命科学 細胞系譜制御研究の国際的人材育成ユニット
2008年
医学系 エイズ制圧を目指した国際教育研究拠点 機械、土木、建築、その他工学 衝撃エネルギー工学グローバル先導拠点
○...学術締結、△...学生締結
アメリカ合衆国 モンタナ州立大学 ○ (1987), △ (1987) モンタナ大学 ○ (1987), △ (1987) バージニア・コモンウェルス大学 ○ (1989) ノースカロライナ大学シャーロット校 ○ (1990) テキサス工科大学 ○ (1994) テキサス大学サンアントニオ校 ○ (2010) カリフォルニア大学ロサンゼルス校 ○ (2014) マサチューセッツ大学ボストン校 ○ (2016) ジョージア大学 ○ (2017) ライト州立大学 ○ (2017) アラスカ大学 ○ (2018)
カナダ アルバータ大学 ○ (2001) マギル大学 ○ (2016)
メキシコ ヌエボレオン州立自治大学機械電気工学部 ○ (2017), △ (2017)
オーストラリア ニューカッスル大学 ○ (2008), △ (1986) クイーンズランド工科大学 ○ (2014), △ (2014) シドニー工科大学 ○ (2017), △ (2017)
ニュージーランド マッセー大学 ○ (2008)