スッポン上科
形態的な特徴、系統分類学においても本上科に属する2科は近縁とされる。 化石種も含めた形態的な特徴から本上科にドロガメ科とメキシコカワガメ科を含める説もある。しかし近年のミトコンドリアDNAを解析した系統分類学的な研究では本上科に属する2科とドロガメ科、メキシコカワガメ科は近縁ではないとされ、互いに近縁なドロガメ科とメキシコカワガメ科をドロガメ上科とする説もある。また系統としては潜頸亜目の中では最も初期に他の分類群から分岐したと考えられている。
スッポンモドキ科 Carettochelyidae
スッポン科 Trionychinae