抗微生物薬耐性
抗生物質が体の通常の防御とは別に作用するのに対し、ワクチンは体の免疫系を強化するため、微生物はワクチンに対する耐性を発現しない。また、ワクチンの使用が増加した場合、病原体の抗生物質耐性株が減少するという証拠がある。ワクチンは感染が発生する前に予防するため、抗生物質の必要性は自然に減少する。ただし、病原体が進化し、ワクチンによって誘導される免疫を逃れる新しい株が発現する可能性がある。たとえば、インフルエンザワクチンは毎年更新された株が必要となる。
理論的には抗ブドウ球菌ワクチンは有望であるが、ブドウ球菌 種間の免疫学的なばらつきと、産生された抗体の有効性が限られた期間であるため、有効性が限定的である。より効果的なワクチンの開発と試験が進んでいる。