奥羽越列藩同盟
容保は謝罪状を提出したものの、仙台、米沢からの降伏勧告を受け入れなかった。新政府軍は会津がなお抗戦を諦めていないと見ていた。
会津は南摩綱紀を庄内藩に派遣、4月10日に庄内藩重役の松平親懐らと会合を持ち、会庄同盟を結成する。なお、親懐は米沢藩が同盟に加われば仙台藩も同盟に加わると意見を述べており、この時期に「奥羽列藩同盟」構想の萌芽が現れていたと言える。 そのころ庄内藩は、当時日本一の大地主と言われ藩を財政的に支えた商人本間家の莫大な献金を元に商人エドワード・スネルからスナイドル銃など最新式兵器を購入するなど軍備の強化を進めており、それが会津藩を勇気づけることとなった。
また、両藩はプロイセン代理公使マックス・フォン・ブラントを通じて、領有する蝦夷地(現在の北海道)の根室や留萌の譲渡と引き換えにプロイセンとの提携を模索していた。しかしプロイセン宰相オットー・フォン・ビスマルクは中立の立場から会庄両藩の申し出を断っている。一方でプロイセン戦争大臣兼海軍大臣アルブレヒト・フォン・ローンは日本の混迷が続けば、領土確保を考慮するべきではないかと意見を述べている。
5月18日に仙台を出た九条総督一行は6月3日に盛岡に入ったが、盛岡藩はいまだ藩論統一をみない、新政府側家老暗殺の動きすらある状態であったことからこれを諦め、盛岡藩は金銭を支払う形で領内退去を願い、総督は6月24日に秋田へ出発した。7月1日、九条一行は秋田にて澤副総督と再会し、東北地方の新政府軍が秋田に集結することになった。
同藩出身である平田篤胤の影響で尊王論の強かった秋田藩においては、列藩同盟か朝廷かで藩論が二分されたが、平田学の影響を受けた若い武士が仙台藩からの使者を斬殺するに至って、新政府軍への参加と庄内藩への進攻を決定した。仙台藩はこれに怒って久保田領内に侵攻し、庄内藩と共同作戦をとりつつ横手城を陥落させ、久保田城へ迫った。
庄内藩は新政府軍側についた新庄藩、本荘藩、久保田藩へと侵攻する。藩論統一が成されていなかった盛岡藩は仙台藩に恫喝される形で軍を発し、久保田藩領内北部から進入、かねてより仙台藩と親しかった家老・楢山佐渡の指揮のもと、町村を焼き払いながら侵攻し、大館城を陥落させ、さらに久保田城の方向に攻め入った。
4月24日、清川口の戦いで奥羽鎮撫府軍を撃退した庄内軍は、勝勢に乗じて六十里越を通り最上川左岸(寒河江市・河北町)に布陣する。閏4月4日最上川を越えて天童を襲撃、市街地の半分を焼く。朝敵の誹りを恐れた庄内藩主・酒井忠篤は撤退の命を下し閏4月12日に撤退するが、官位は剥奪され庄内藩は正式に討伐の対象になってしまう。