殺処分
また、口蹄疫・高病原性鳥インフルエンザなどでは、患畜の屠殺・殺処分の他、死体の焼却や埋却なども義務付けており、さらには摘発淘汰の対象は感染動物と同じ施設や建物で飼養されていた全ての同種の動物に及ぶ。即ちこれら疾病の感染発生が確認されることは事実上、当該施設における同種の動物の全滅を意味する。
ちなみに、この命令による患畜の屠殺・殺処分については、上述した様な観点から行政命令は強力な強制力を持つ。また、当該の動物の所有者が様々な事情で対処不能であったり、あるいは命令に抵抗した場合には、行政代執行で国や地方自治体により獣医師(家畜防疫員)が派遣され殺処分を実施するほか、状況次第では警察の機動隊が投入されたり、さらには災害派遣として自衛隊が投入され、死体の焼却や埋却などの作業を実施することもある。
近年の急速な譲渡の促進(殺処分率の低下)の要因としては、一般飼い主に加え、動物愛護団体への団体譲渡の寄与するところも大きい。その一方で、自治体によっては、殺処分がなくなることを最優先とした結果、譲渡適性のない個体を譲渡したことによる咬傷事故の発生や、団体譲渡した動物愛護団体のシェルターが過密飼育となっており動物の健康安全の確保の観点から問題が生じているのではないかとの指摘がある。
動物の保護・譲渡活動は、海外(イギリス、ドイツ)では、民間団体が寄付金等の自己資金を用いて実施。これらの国では、野良犬や野良猫がほとんど存在せず、シェルターに収容される動物の多くは飼い主が所有放棄したものが多いという。一方、日本の場合は、北関東や西日本を中心に野良犬の収容が多く、全国的に野良猫の数も多いことから、保護収容した個体のうち人間との社会化ができておらず、馴化が困難で飼養に適さないものも多い。
日本国内においても、大都市部においては、過去の捕獲の努力や適正飼養の徹底の結果、野良犬がいなくなり、野良猫についても多くの愛護団体の協力が得られるため地域猫として管理できるケースが増えている。他方、西日本等の地域では、温暖で餌も豊富なため、多くの野良犬や野良猫が生息・繁殖しやすく、依然として自治体の収容数が多い。このように自治体の置かれた状況が大きく異なる中で、大都市部と同様の動物愛護管理手法について、それ以外の地域に要求することは困難な状況である。