1689年ジャコバイト蜂起
スコットランド人の大半は長老教会を支持したが、ウィリアム3世はイングランド国教会からスコットランドの監督制を支持するよう圧力をかけられた。その結果、長老教会はより中道的な形で設立され、監督制は廃止され、1661年以降追放された牧師で存命中の者は職を回復した。スコットランド国教会総会(英語版)は1690年10月に開催されたが、1653年以来37年ぶりだった。しかし、監督制への支持が最も強いスコットランド北東部の代表180名は全員出席せず、キャメロニアン牧師3名が新制度に従ったのみだった。キャメロニアン連隊ははじめ革命を精力的に支持したが、新体制に幻滅してしまい、スコットランド国教会で多くの分離運動が行われる原因となった。
ウィリアム3世の治世を揺るがした最初の大きな危機は1692年のグレンコーの虐殺だった。この事件において、グレンコーのマクドナルド氏族(英語版)の武装していない平民が政府軍に虐殺された。その理由はマクドナルドの氏族長が厳しい天候の中で山々を越えなければならず、結果的にはウィリアム3世に従うとの誓約への署名に遅れたためだった。