サムライガン
評議会の対初期型サムライガン対策として、特殊な音響で人を操る装置「イントナルモーリ」で洗脳され、「対サムライガン用サムライガン」となっていた。洗脳を受けていた時は無表情・無感情だったが、元来は気が弱く大人しい性格だったようだ。後に親友を殺してしまい、正気に戻り自害。
虜囚奪回作戦で三郎太が使用。超長距離の狙撃を目的としており、反動が強烈。三郎太は体を木に縛り付けて使用した。
作詞 - SOTARO / 作曲・編曲・歌 - ZZ
本名不明。市松が働く居酒屋の店主。代門には顔を合わせる度にツケの支払いを要求している。その正体は評議会の密偵。市松を訪ねてきた強太によって射殺される。
番号不明の量産型サムライガン。幕府に毒物試験場にされたという村に共に忍び込むが、アルキメデスの重機関砲による攻撃で恐慌状態に陥りながら死亡。
声 - 平田広明
普段の温厚な表情・性格とは裏腹に、時々鬼神のような形相になる。隻眼ではあるが他の者とは異なり、刀傷が走っている。茜、正蔵とチームを組んでいが、以前に楓と組んでいた時期があり、「つがいの狼」と呼ばれていた。後に友の死などをうけ、初期型サムライガンを敵視するようになりつつあった評議会を抜ける。常に佐吉への償いを模索している。一番思いやりのあるサムライガンだが、それが仇となってしまった。
元は一揆で役人に斬り殺された農民の子。半野生児化していたが勝海舟の身代わりとしてスカウトされる。
番号不明の量産型サムライガン。幕府に毒物試験場にされたという村に共に忍び込むが、その偽情報を餌に待ち伏せしていたアルキメデス達の攻撃で死亡。
スチームパンク的な異様な技術体系が発展した架空の幕末を舞台に、サムライガンと呼ばれる超人的工作員たちの戦いを描いた物語である。単なるアクションものというよりはスパイものに近い雰囲気であり、サムライガン達の活躍の裏では虚実入り乱れた情報戦が展開されていることがほのめかされている。しかしあくまでも末端でしかないサムライガンや他組織の工作員達の視線を通して物語は進んでいくため、その全容は曖昧にしかわからない。
終盤、幕府と反幕府組織・評議会は根を等しくする表裏一体の同一組織であったことが明かされ、その裏では謀略組織「秩序機構」が進行させていた「五カ年計画」と、それを阻止せんとする汎世界的な秘密結社の戦いが繰り広げられていたことが語られる。
作中登場する多くの単語や要素、組織は、『モノクロームボックス』や『マイティジャック THE SHADOW FORCE』、『モンテ・クリスト』といった作者の別作品にも受け継がれており、これらが同じ世界を舞台にしていることが暗示されている。