食の安全
残留農薬やポストハーベストなど、ほか、遺伝子組み換え作物やクローン食品についても問題や疑義が指摘されている。
「BSE問題に関する調査検討委員会報告」(2002)においては以下が「行政対応の問題点」として指摘された。
危機意識の欠如と危機管理体制の欠落
生産者優先・消費者保護軽視の行政
政策決定過程の不透明な行政機構
農林水産省と厚生労働省の連携不足
専門家の意見を適切に反映しない行政
情報公開の不徹底と消費者の理解不足
現在の所管省庁は、農林水産省と、厚生労働省。また、全体のリスク管理を行う組織として、食品安全委員会(内閣府に設置)が置かれている。また、2002年6月11日より食品安全を担当する国務大臣が置かれている。詳細は内閣府特命担当大臣(食品安全担当)、内閣府特命担当大臣(消費者及び食品安全担当)を参照。
施策としては、農薬対策として残留農薬等に関するポジティブリスト制度、消費者の食品への信頼を増すための対策としてトレーサビリティの導入や、原料原産地表示の推進などを行っている。しかし、この原産地表示が「日本」とされていても実際は「中国産」等の産地偽装や、原産地表示を拒む企業の問題もある。
2008年8月10日、太田誠一 農林水産大臣は、「日本国内は心配ないと思っているが、消費者がやかましいから、さらに徹底していく。」と消費者を軽視するような問題発言を行った。