碇シンジ
当初はレイが乗る予定だった3号機に「食事会」の日程を気に掛けたアスカが乗ったことで第9の使徒に取り込まれる。プラグ内にアスカがいることで攻撃を躊躇して追い込まれるシンジの初号機に見切りをつけたゲンドウがダミーシステムを使用。シンジの手を離れた初号機は第9の使徒を蹂躙した挙げ句にアスカを乗せたままのエントリープラグを破壊する。この一件への怒りから初号機に篭城するところまでは旧世紀版と同様だが、『破』ではただの恫喝に留まらず実際にNERV本部の破壊行動に及んで外部からL.C.L.の圧縮濃度を上げられ、断念させられた。また、ゲンドウに対する拒絶からS-DATを捨てる。
エヴァに乗ることを断固として拒否してネルフを退去。第三新東京市を離れるためにモノレールへ乗車するも上強羅駅到着前に第10の使徒の襲来による非常停車が行われ、ジオフロントのシェルターへ避難する。しかし、ジオフロントに侵入した第10の使徒とエヴァ弐号機、零号機の交戦により避難先のシェルターが危険区域に指定され、さらに別のシェルターへ避難指示が出されるが、そのシェルターに1人留まるという自殺行為に及ぶ。偶然にもマリが乗る大破した2号機がシェルターに突っ込み、脱出を促されたことでジオフロントの惨状、そしてエヴァ零号機ごと綾波レイが第10使徒に捕食・吸収されるのを目の当たりにし、再びエヴァに乗ることを決心する。