週刊少年ジャンプ編集部
2001年(平成13年)、鳥嶋から指名を受ける形で、高橋が編集長に就任。鳥嶋は第三編集部長に昇格し、発行人に専念する。
2002年(平成14年)、高橋体制において『マガジン』に追い抜かれていた部数を抜き返してトップに返り咲く。しかし、WJ発刊部数は増えたわけではなく、1996年以来落ち続けていた。単に『マガジン』の部数の落ちが、『WJ』のそれよりも急激だっただけである。また同年、大西恒平が入社。大西は『銀魂』の空知英秋、『鬼滅の刃』の吾峠呼世晴らを発掘した。
2003年(平成15年)1月、高橋がクモ膜下出血により現職のまま急逝。直後の2003年11号は盟友であり発行人の鳥嶋が編集長を兼務する形で刊行された。
編集長の堀江は『ドラゴンボール』の終了を知らされていなかったという(『ドラゴンボール』の初代担当は鳥嶋であった)。さらに、翌1996年(平成8年)に『スラムダンク』も連載終了し、部数減少に拍車がかかることとなる。この年の発刊部数は前年を下回った。これらの責任を取らされる形でこの年、取締役会直属の人事で堀江は更迭、鳥嶋が編集長として『WJ』に呼び戻されることとなった(高橋も共に復帰)。堀江は『メンズノンノ』編集長に転出する形でジャンプおよび第三編集部を去った。
社内で完全に失脚した堀江は2000年(平成12年)の『BART』廃刊をきっかけに退職し、北条・根岸・原哲夫らとコアミックスを設立。『コミックバンチ』『コミックゼノン』など、WJで連載経験のあった作家を起用した雑誌を手がけ、『蒼天の拳』では原作も担当。クリエイターならびに経営者としての成功を手にした。
一方で、この時代には浅田貴典・嶋智之・矢作康介が入社。次の鳥嶋体制下で浅田が尾田栄一郎と久保帯人、嶋が藤崎竜、矢作は岸本斉史をそれぞれ発掘した。また矢作は『HUNTER×HUNTER』初代担当として富樫との関係を築いた。
1968年(昭和43年)、少年ブック編集長だった長野が異動し、少年ジャンプ編集部の初代編集長になったことで歴史がスタート。他にも少年ブック編集部からは中野祐介が副編集長待遇、西村繁男と加藤恒夫が平社員として異動。さらに貝塚ひろしを担当させるために石井一郎も追加異動させた(貝塚は若手編集者を担当させると軽く見られていると思う性格のため)。しかし少年ブック編集部も人材が余っているわけではなく、集英社自体も前年『セブンティーン』を創刊していたことで社内全体で人材不足が深刻化しており、編集者の確保が問題となった。長野は集英社の親会社小学館から発行され先行していた『週刊少年サンデー』に協力を要請するが、「一ツ橋グループ内に週刊の少年漫画誌は2誌も要らない」と一蹴された。
長野は苦肉の策として、集英社外のフリー編集者を使うことを提案。応募した桜木三郎、遠崎史朗、村上(すぐに退社したため名前は不明)の3人が編集助手として採用される。前述のように人手不足が深刻化しており、正社員と同じ仕事量でありながら、給与は諸手当込で3万円と不利な労働条件だったが、これが後に発生する労働争議の火種となってしまった。なお面接をした中野は3人の能力に疑問を持ちながらも、不利な条件にもかかわらず働いてくる3人に対して将来の社員登用も考えていたが、長野はあくまで臨時採用と考えていた。採用後すぐに抜けた村上の代わりに山田和夫が編集助手に採用される。
正社員5名とアルバイト編集者3名の計8名が創刊時の編集部だった。創刊当時は月2回発刊で、3名加わったとは言え、人材不足は未だ解消されていなかった。