ロドキノン
ロドキノンの機能はメナキノンと同等で、嫌気的呼吸鎖における電子伝達体である。真核生物のミトコンドリア呼吸鎖では、複合体Iと複合体IIがそれぞれNADHとコハク酸を酸化してユビキノンを還元し、生じたユビキノールを分子状酸素を用いて酸化している(酸素呼吸)。しかし嫌気的条件では複合体IがNADHを酸化してロドキノンを還元し、生じたロドキノールは複合体IIの逆反応によってフマル酸をコハク酸へと還元するために用いられる。複合体Iはロドキノンを還元する際にミトコンドリア内膜を挟んでプロトンを輸送するので、こうして生じるプロトン勾配を利用してATPが合成される(フマル酸呼吸)。
ロドキノンの酸化還元電位(Eo')は-63 mVとメナキノン(-74 mV)と近く、そのためどちらもNADH(-315 mV)からフマル酸(31 mV)への電子伝達体として機能することができるが、しかし酸素分子の存在下では自発的に酸化されてしまうため嫌気的条件に限られる。一方ユビキノンのEo'は110 mVと高いためフマル酸呼吸には適さないが、好気条件でも自発的には酸化されないことから酸素呼吸にはユビキノンが必要である。