帝国図書館
帝国図書館は公布された出版物を3種類に区分し、学術的に価値が高いとみなされた資料を甲部として閲覧に供した。残る出版物のうち閲覧の必要無しとみなされた資料を乙部として保存のみ行い、保存の必要が認められなかったチラシや日記帳などの出版物は丙部として1年の保存の後廃棄していた。また、1937年以降は発禁図書も交付を受けて保存していた。
その他、購入や国際交換によって入手した洋書や東京府から寄託された江戸町奉行所文書、国内の蒐書家から寄贈された特殊コレクション類を多く所蔵していた。1906年の新館移転時の蔵書は約47万冊、1949年の国立国会図書館との統合時点での蔵書は約107万冊であった。
国立国会図書館支部上野図書館となった後も、107万冊の歴史ある蔵書は上野図書館で所蔵、公開されていたが、1961年になって永田町で新築された国立国会図書館の中央館(東京本館)に統合され、帝国図書館が残した遺産は国立国会図書館へと受け継がれて現在に至っている。
帝国図書館は、明治5年8月1日(1872年9月3日)に文部省によって設置された書籍館を前身とする。前年に設立された文部省は博物館を近代的な国家に欠かせない文化施設と考え、設立後すぐに博物館を設置するが、同じく重要な施設として書籍館(図書館の当初の呼称)併設の必要が建白され、博物館と同じ博物局の管轄として書籍館を湯島聖堂内に設置された博物館に併設した。書籍館は東京で最初の近代的な公共図書館であるが、当時の閲覧は有料制であった。
しかし、翌1873年(明治6年)、ウィーン万国博覧会参加のためにつくられた太政官博覧会事務局に文部省博物局が併合されると書籍館も文部省の管轄を離れ、のちに浅草に移って浅草文庫と改称された。一方、文部省は太政官に博物館と書籍館の必要性を説き、1875年(明治8年)になって博物館と書籍館を組織のみ文部省の所管に取り戻した。ところが書籍館の蔵書は文部省の所管には戻ってこなかったため、文部省は改めて省の所蔵する図書を譲渡し、同館は東京書籍館として再度湯島聖堂内に再発足することになった。
東京書籍館は蔵書は文部省から交付された約1万冊を基礎とし、日本で初めての納本図書館として全ての国内出版物を蔵書に受け入れた。閲覧は再発足時から無料となるが、西南戦争の影響による財政難から1877年(明治10年)に廃止が決定され、東京府に移管されて学務課が管轄する東京府書籍館となった。しかし、東京府も財政難で運営困難となり、1880年(明治8年)7月には文部省に再度復帰し、名称を東京図書館に変更。東京図書館は1885年(明治18年)6月に東京教育博物館(国立科学博物館の前身)と合併して上野に移転した。