呂号第四十六潜水艦
1942年(昭和17年)の昭和17年度計画(マル急計画)により、1942年6月13日、三井玉野造船所で起工。1943年(昭和18年)4月23日進水。1944年(昭和19年)2月19日に竣工し、二等潜水艦に類別。同日、舞鶴鎮守府籍となり、訓練部隊である第六艦隊第11潜水戦隊に編入された。
4月2日2145、愛媛県水無瀬南西沖で訓練のため潜航中、同じく潜航していた伊46と衝突し、喫水線下に損傷を受けた。その後、修理を受ける。6月23日、第34潜水隊に編入。
同日、呂46は呉を出港し、サイパン周辺海域に進出。7月3日、故障のため呉に到着し修理を受ける。
9月19日、呉を出港しパラオ南西沖に進出。28日、パラオ南西沖で米空母1隻を発見するも、距離が遠かったため攻撃できなかった。10月1日、別の米空母1隻を発見するも、攻撃に失敗。7日、回天攻撃の事前偵察のためウルシー西方沖に到着。ウルシーを潜望鏡で偵察した結果、ウルシーには米空母バンカー・ヒル(USS Bunker Hill, CV-17)、重巡2他の機動部隊が停泊中であることを報告した。14日、呉に到着。
20日、呂46は乙潜水部隊に編入されて呉を出港し、レイテ沖海戦に参加するべくフィリピン東方沖に進出。11月13日、撃墜された一式戦闘機の搭乗員1名を救助。19日、舞鶴に到着。その後呉に移動した。
1945年(昭和20年)1月8日、呂46は呉を出港し、ルソン島西方沖に進出。
不詳