猪豚亜目
以前は核脚亜目や反芻亜目よりも祖先型とされたグループが猪型亜目Suiformesとしてまとめられており、猪型亜目のうち原始的な絶滅群をパレオドゥス亜目Palaeodontaとして分ける説もあった。猪豚類はイノシシ下目Suinaとされ、外見的に似ており反芻をしないカバ下目Ancodonta(現生のカバ類と化石のアントラコテリウム類を含む)などとともに猪型亜目の下位に置かれていた。しかし、分子系統学によるDNA解析の結果、カバ類は猪豚類とは比較的縁遠く、その姉妹群は鯨類であり、さらに、カバ類およびクジラ類の姉妹群は反芻亜目であることが明らかとなった(これらはCetruminantiaとして総括される)。Cetruminantia類を猪豚類の姉妹群とする説もあり、このクレードにはArtiofabulaという学名が与えられている。絶滅したエンテロドン科などからなるエンテロドン上科Entelodontoideaもイノシシ下目に含まれると考えられていたが、2000年代以降の研究からエンテロドン科はCetruminantia類に属することが明らかになってきている。イノシシ上科は猪豚類に含まれることが確実な系統であり、現生のイノシシ科・ペッカリー科のほかに絶滅したSanitheriidae科などで構成される。