第一次星間大戦
西暦2009年2月、南アタリア島に落下したASS-1を復元改修して完成したSDF-1マクロスの盛大な進宙セレモニーの開催中、月軌道上にASS-1の追跡調査の任務にあたっていたブリタイ艦隊が出現、偵察艦(ピケット艦)2隻を地球に向けて進攻させる。超時空レーダーがASS-1出現時と同様の時空振動と発光現象を観測し、統合軍は警戒態勢に移行する。
出現ポイントが月軌道上ということもあり、まだ相当の距離があったので、統合軍にもまだわずかながらも余裕があるはずであったが、突然マクロスの主砲発射システムが起動。メインブリッジクルーの操作も受け付けず発射される。マクロス艦長ブルーノ・J・グローバルはこの時点で初めて、マクロスはゼントラーディ軍に対する監察軍のブービートラップであったことを認識する。
砲撃は接近しつつあったピケット艦を直撃し、同艦は轟沈。もう1隻も至近距離を通過した主砲の衝撃波により撃沈される。この先制攻撃により監察軍が地球に潜伏していると誤認したゼントラーディ軍は、すぐさま戦闘部隊を地球へ向け進撃、これに対し統合宇宙軍はアームド級宇宙空母2隻とオーベルト級宇宙駆逐艦、艦載機であるVF-1 バルキリーやゴースト、ランサーIIで応戦したため、双方とも宣戦布告、通告無しで戦闘状態へ突入することとなる。統合軍はこの戦闘において反応兵器を使用、ゼントラーディ軍艦艇を撃沈する戦果をあげるものの、圧倒的なゼントラーディの火力と戦力差の前に、衛星軌道上の統合宇宙軍は壊滅状態に陥る。
その後、1か月におよぶ地球探索の後、西暦2009年9月に地球に帰還したマクロスとの合流に成功し、一条と早瀬の両名は奇跡の生還を成し遂げる。
劇中では、地上での生存者は一人も確認されず、統合軍のアラスカ総司令部のみ溶岩などで埋もれていたことが言及されているが、月面アポロ基地や衛星軌道都市などについての描写や明言はされていない。
マクロスの地球帰還からほどなくして、メルトランディ軍と交戦中であったマクロスにボドル基幹艦隊が接触、和平交渉が提案される。基幹艦隊からは和平への交換条件として、拉致していたリン・ミンメイとリン・カイフンの身柄が返還され、またボドルザーの所有していた「愛・おぼえていますか」の楽曲プレートカードへの歌詞作成が提示される。親善大使としてワレラ25258、ロリー28356、コンダ88333の3名がマイクローン化してマクロスへ来艦、記者会見と歓迎セレモニーが開催され、このセレモニーの様子は、マクロス艦内テレビ局にて放映される(ボドル基幹艦隊側ではマクロスからの映像や電波の受信は禁止されていたが、ブリタイのようにひそかに視聴する者もいる)。こうして和平交渉は締結。しばしの平穏が訪れ、マクロス側で「愛・おぼえていますか」の歌詞作成が開始されるものの、メロディーラインのクオリティに匹敵する歌詞の作成は難航を極める。
この時点で、ゼントラーディ軍は交戦している相手が監察軍ではないことを察知するものの、銀河系辺境惑星の原住生命体である地球人類が幻の兵器と言い伝えられている反応兵器を所持、そして監察軍の戦艦を修復、運用できるほどの科学技術を保有していることに衝撃を受ける。
防衛線を突破したゼントラーディ軍は地球へと降下し、マクロスを目標に襲来。南アタリア島での地上戦が展開されることになる。マクロスは衛星軌道上で戦闘を行っている統合宇宙軍と合流するため地上から発進しようとするものの、重力制御システムの不備(固定器具の金属劣化による、システムの離脱)により地上に墜落する。再度、地球製推進器にて上昇を開始、いったんは衛星軌道上まで到達するものの、ゼントラーディ軍からの砲撃により、合流を阻止される。グローバルは艤装が行われていないマクロスではこれ以上の戦闘は困難であり、艦内や南アタリア島のシェルターに避難した住民を含む民間人と進宙式の来賓の安全確保が最優先との判断から、月の裏側(月には統合宇宙軍の月面アポロ基地があり、ある程度の戦力が保有されていた)への脱出を試みるべく、フォールド航行の決行を決断する。
マクロスは衛星軌道上より降下して、南アタリア島上空で人類史上初のフォールド航行に突入、地球圏から離脱する。ブリタイ艦隊はマクロスを追跡して同圏内より撤退する。
この異星人ゼントラーディとの戦闘は統合政府により厳重な報道管制が敷かれ、後日「南アタリア島は反統合勢力のゲリラ活動により全滅」との偽りの公式発表が行われる。