ナヤン・カダアンの乱
『集史』「イェスゲイ・バートル紀」のオッチギン家条には「オゴデイ・カアンの息子コデンの一族」がナヤンの乱に呼応したとあり、具体的な人名は不明だがオゴデイ系コデン家の人物も反乱に加担していた。一方、『元史』には「1288年(至元25年)に也速不花(イェス・ブカ)が謀叛を企んだが、逮捕されて都に送られ、処刑された」との記述があり、『五族譜』で「コデンの息子メルギデイの息子」とされるイェス・ブカ(ییسوبوقا/yīsū būqā)で、彼こそがナヤンの乱に呼応したコデン家の人間ではないかと推測されている。
総じて東道諸王のウルスは叛乱勃発以前と変わらぬままで存続を許されたようで、実際にナヤンの子であった遼王トクトアは父同様に傲慢に振る舞い、主に漢人官僚からオッチギン・ウルスの廃止論が唱えられるまでになっている。
一方、クビライがナヤンの処刑後にまず行ったとされるのが、叛乱首謀者たる各王家の当主すげ替えであった。オッチギン王家では唯一クビライ側に味方した庶流のナイマダイが新たな当主となり、カチウン家ではエジルが、カサル家ではバブシャが新たな当主に任命された。このように東道諸王たちに対して寛大な処分が示されたのは、ナヤンの処刑後もカダアンを始めとする抵抗勢力が各地に残っていたこと、またナヤンの乱に呼応するべく活動を始めていた西方のカイドゥに備えなければならなかったことなどから、速やかな東道諸王との和解と事態の収拾・沈静化が必要とされたためであると考えられている。ただし、この戦後処理案に対する不満が反乱軍の抵抗=「カダアンの乱」を引き起こし、長引かせてしまったと考えられている。
また、シンラカルの謀略と前後してコルゲン家のエブゲンがケルレン河方面で挙兵したとの報が届くと、トトガクは他の将軍がクビライの指示を仰いでから出兵しようとしたのに対し、「兵は神速を貴ぶ。叛乱が事実ならば我々は敵の不意を突かなければならない」と語って即日出陣した。トトガク及びオングト部のコルギスは精鋭を率いて七日間疾駆し、トーラ川を渡ってブルカン・カルドゥンでエブゲンの軍と遭遇した。トトガク・コルギス軍がエブゲン軍と対陣した日、気温は暑く強い北風が吹いていたが、コルギスは「天は我々に味方している」と語り、馬に笞うって戦闘に赴き、トトガク・コルギス軍はエブゲン軍を大いに撃ち破った。エブゲンは配下の兵の大半を殺され、僅かに数騎を率いて逃れ去った。
「ナヤンの乱」勃発の至元25年(1288年)冬、エブゲンは再び兵を率いて元軍に攻撃を仕掛けたが、不都馬失・忽剌忽・阿塔海らの奮戦によって撃退された。それから程なくしてエブゲンはタタル部出身のダダカル(ボルスの子)に捕らえられ、同年中にはエブゲンの叛乱は終息したものと見られる。シンラカル・エブゲンらの「ナヤンの乱」呼応に対してほとんどトトガク一人が対応したように見られるのは、ノムガンらモンゴリア駐屯軍の中核がカイドゥの侵攻に対応するために下手に動くことができなかったためと考えられている。
この戦役においてクビライ軍の戦闘における主力として活躍したのは、侍衛親軍と称されるクビライによって新設された軍団であった。侍衛親軍は継承戦争時にはクビライが漢人を選抜して直属の軍団を新設したのが起源で、既存のモンゴル軍とは異なる大元ウルス独自の軍団であった。この軍団の大きな特徴は漢人をはじめとしてアスト人、キプチャク人、カンクリ人といった帝国内では「新参の」諸族を集めた軍団が増設されていったことで、これらの軍団は新参者であるが故に帝国内の内戦でためらいなく戦えるという強みを有していた。
この軍団を統率したのは建国の功臣で「四駿」の一角ボオルチュの末裔ウズ・テムルで、「ナヤンの乱」「カダアンの乱」の両方において元軍の重要人物として活躍した。
大元ウルス側の戦力はクビライ自らが率いる主力軍と、王子アヤチ率いる第2軍、その他いくつかの別動隊から成り立っていた。クビライ自身は「ナヤンの乱」鎮圧時点で軍から引き揚げたため、「カダアンの乱」の時には孫のテムルが代わって主将を務めている。吉野正史は「ナヤン・カダアンの乱」に参戦した大元ウルスの軍事編成は(1)クビライが総司令を務めた「ナヤンの乱」前期、(2)クビライに代わってテムルが総司令を務めた「ナヤンの乱」後期、(3)2に引き続いてテムルが総司令を務めた「カダアンの乱」前期、(4)テムルやアヤチといった王族が引き上げて現地の軍団のみが動員された「カダアンの乱」後期、の4期に大きく分類されると指摘している。このような軍勢編成の変化は、反乱の規模が縮小していくに従い政府にとってこの反乱の位置づけが「国家規模の問題」から「地域規模の問題」にシフトしていった結果であると考えられている。
また、この時の大元ウルス軍の編成における大きな特徴として、王族の参加が非常に少ないことが挙げられる。これは西方のカイドゥの侵攻に備えなければならず動員が限定的であったという事情もあるが、本質的にはこの反乱がクビライ政権と東道諸王との対決という構図であったことに起因する。