琵琶湖線
琵琶湖線内は各駅に停車する。草津駅 - 京都駅間は内側線で運転されている。朝・深夜の一部列車をのぞきJR京都線・JR神戸線に直通し、JR京都線・JR神戸線内では高槻駅 - 大阪駅 - 西明石駅間(始発から朝ラッシュ時までは京都駅 - 長岡京駅 - 高槻駅 - 大阪駅 - 西明石駅間)で快速となる。JR宝塚線には直通しない。
朝ラッシュ時は米原・野洲発の系統のほか、安土発や草津線柘植発の列車もある。日中時間帯は1時間に4本(うち2本は京都駅 - 野洲駅間の区間系統)で運行されており、上り列車は京都駅を毎時07・22・37・52分の15分間隔で発車する。朝晩は長浜駅発着系統がある。2016年3月26日のダイヤ改正以前は東海旅客鉄道(JR東海)大垣駅発着の設定もあった。
221系・223系(1000番台・2000番台・6000番台)・225系(0番台・100番台)電車(いずれも網干総合車両所所属車)の6・8・10・12両編成で運転されている。京都駅発着の列車には4両編成で運行される列車があり、長浜駅・近江塩津駅発着の列車では米原駅で連結・切り離しをする列車もある。なおこれらいずれの普通列車にも女性専用車の設定はない。
JR京都線直通列車の中には、運行全区間の各駅に停車する列車(京阪神緩行線)も少数存在する。
京都駅:京都市電(京都駅前駅) 堀川線 - 1961年8月1日廃止 伏見線 - 1970年4月1日廃止 烏丸線 - 1977年10月1日廃止 河原町線 - 1978年10月1日廃止
しかし、滋賀県や県議会から地域密着の路線名にして欲しいと強い要望があったことを受け、1988年2月5日に米原駅 - 京都駅間の愛称を「琵琶湖線」に変更し、1988年3月13日のダイヤ改正から使用を開始した。1991年9月14日には北陸本線の田村駅 - 長浜間が交流電化から直流電化に変更され、京都方面からの新快速・普通が直通するようになったことに合わせて、同線の米原駅 - 長浜駅間も琵琶湖線に加えられた。2006年10月21日には同線の長浜駅 - 敦賀駅間も直流電化に変更され、各列車の運転区間も延長されたが、この区間は近江塩津駅の手前まで琵琶湖の湖岸線に並行しているものの、琵琶湖線に加えられていない。
当該区間では旅客案内上も「琵琶湖線」と案内され、基本的には「東海道(本)線」が使用されることはない(ただし、駅備え付けの運賃表や一部の路線図では、括弧書きで(東海道線)と併記される)。 なお、米原駅から長浜方面では敦賀方面行きを「琵琶湖線」ではなく「北陸本線」あるいは「北陸線」と案内することがある。また、山科駅 - 京都駅間では湖西線系統の列車も走るため、山科駅では草津・米原方面行きのみ「琵琶湖線」と案内し、京都・大阪方面行きは直通先の名称である「JR京都線」として案内される。
全区間がJR西日本近畿統括本部の管轄であり、旅客営業規則の定める大都市近郊区間の「大阪近郊区間」、およびICカード乗車カード「ICOCA」エリアに含まれている。