真無盲腸目
一方で核遺伝子およびミトコンドリアDNAを用いた複数の分子系統解析では、トガリネズミ科とハリネズミ科が単系統群を形成するという結果が得られている。Brace et al. (2016) は、7280万年前にソレノドン科とネソフォンテス科の系統がモグラ科・トガリネズミ科・ハリネズミ科の共通祖先から分岐したという分子系統解析の結果から、ソレノドン科とネソフォンテス科で構成される分類群Solenodonotaを提唱し、Erinaceotaをその姉妹群に位置付けている。一方でSato et al. (2019) は、現生科の分岐年代をモグラ科が6320万年前、ソレノドン科が6160万年前、トガリネズミ科とハリネズミ科が5780万年前と推定し、K-Pg境界以降に急激な多様化が起きたことを示唆した。
以下の分類はBurgin et al. (2018) に、科和名は川田ら (2018) に従う。
ハリネズミ科 Erinaceidae
ネソフォンテス科(絶滅科) Nesophontidae†
ソレノドン科 Solenodontidae
トガリネズミ科 Soricidae
モグラ科 Talpidae