ポケットモンスターSPECIAL
メガシンカしたポケモンの生体エネルギー(物理的な力と精神的な力が合わさったような「生きようとする力」とされる)を動力源とする装置。この生体エネルギーを吸収盤で万能の∞エナジーへと変換し、作り出されたワープホールによって巨大隕石をこの惑星ではないどこかへ送る事ができる。第12章に登場する最終兵器の技術を応用したものであるため、生体エネルギーを吸収されたポケモンは正視に耐えないほどの苦痛を味わうだけでなく、きのみや薬、ポケモンセンターを使っても回復に数ヶ月かかる程に激しく消耗してしまう。
各地方のポケモンリーグ・四天王・ジムリーダーを統率する公的機関。カントー地方・ジョウト地方・ホウエン地方・シンオウ地方・イッシュ地方・カロス地方・ガラル地方は統一された規約の下に動き、地方を越えた巨大な組織となっている。カントーとジョウトでは同一の協会が管理しており、本部はコガネシティに存在する。
バトルフロンティアでのジラーチを巡る騒動から3年後、ジョウト地方各地にてロケット団が再び活動を再開し始めていた。
オーキド博士からの依頼を受けたゴールドはワタルから復活したロケット団が狙う幻のポケモン・アルセウスの情報を得るため、ジョウト地方の新施設・ポケスロンに向かい、スポーツ競技に挑んでいた。そこへ突如、我を失ったワタルのカイリューが出現する。カイリューの暴走を沈め、ワタルが何者かの襲撃にあったことを掴んだゴールドはエンジュシティに向かう。
同じ頃、サカキの関与の可能性を考えながらも独自にロケット団の動きを調べ続けていたシルバーはうずまき島のワタルの隠れ家に赴く。だがそこにワタルの姿はなく、同じくワタルを探すイブキからワタルが残した「サファリゾーン」・「プレート」・「アルセウス」という謎のメッセージを掴み、タンバシティ近辺に出来たサファリゾーンに向かう。そしてサファリゾーンでシルバーはクリスタルと再会する。
一方、ロケット団では首領の地位を得んと企むかつての三獣士の一人・チャクラを退け、「サカキの意志を継ぐ4将軍」を自称するアポロ・アテナ・ラムダ・ランスの面々が新たにロケット団のトップに君臨。4人は人間に絶望した幻のポケモン・アルセウスを手中に収めるべく暗躍する。
4将軍らロケット団の野望を阻止するため、ゴールド・シルバー・クリスタルが奮闘する。
カントー地方の小さな町・マサラタウンにいる少年レッドは町内では有名な腕利きのポケモントレーナー。
ある日、レッドは森で何かを捜索している様子の黒ずくめの男たちと遭遇する。そこで「西の森に幻のポケモンがいる」という情報を入手した彼は単身で西の森へ向かう。レッドがそこで見たのは、自分と同い年の少年・グリーンが光り輝く謎のポケモン(ミュウ)と戦闘している様子だった。レッドはグリーンに加勢し、ニョロゾを戦闘に参加させるが、その謎のポケモンの一撃を受けて倒されてしまう。
落胆した彼は「強いポケモントレーナーになる方法」を聞くためにオーキド博士の元へ向かう。そこで彼はオーキド博士に「フシギダネ」というポケモンとポケモンの生態を記録する装置「ポケモン図鑑」を譲り受け、“究極のポケモントレーナー”を目指し長い旅に出る。
謎の少女・ブルーやジムリーダーたちとの出会いを通じトレーナーとして成長を続けるレッドはやがてカントー地方全土で暗躍するロケット団の陰謀に立ち向かっていく。