アルベオラータ
最も重要な共有形質は細胞表層のアルベオール(泡室、alveole)の存在である。これは細胞膜を裏打ちするような層を作っている平らな小胞で、普通は柔軟な外被 (pellicle) を作っている。渦鞭毛虫の場合はこの中に鎧板と呼ばれる固い殻状の板が作られる。アルベオラータ類のミトコンドリアには管状のクリステがあり、鞭毛ないし繊毛にも特徴的な構造がある。
おそらく、アピコンプレクサと渦鞭毛虫は、繊毛虫よりも互いに近縁である。つまり、((アピコンプレクサ, 渦鞭毛虫), 繊毛虫) である。
どちらもプラスチドを持つ。渦鞭毛藻類では、約半数が葉緑体を持ち、これが本来の形と考えられている。他方、アピコンプレクサは葉緑体は持たないが、アピコプラストと呼ばれる細胞器官があり、これが葉緑体起源であると考えられている。
ほとんどのものが細胞の頭頂部に微小管の束ないし円錐をもつ。アピコンプレクサ類ではこれが宿主細胞へ侵入する際に使われる複合体の一部になっているが、一方一部の無色渦鞭毛虫類では餌を摂取する際に使うpeduncleになる。
この2つのグループに近縁な属が色々知られており、たいていは類似の頭頂部構造をもつ鞭毛虫である。たとえば自由生活性の Oxyrrhis、Colponema や、寄生性の Perkinsus、Parvilucifera、Rastrimonas、光合成性でサンゴに共生する Chromera、そしてエロビオプシス類 Ellobiopsidae などがある。
アルベオラータ類におけるプラスチド(葉緑体など)の獲得についてはよくわかっていない問題である。この類で葉緑体として機能しているプラスチドを持つのは渦鞭毛藻のうちおよそ半数と、サンゴの共生藻のクロメラ Chromera がある。しかし、アピコンプレクサでは、色素を含まず、複数の膜からなる細胞器官を持っており、ここから葉緑体に類似したDNAが発見された。それにより、これが痕跡的なプラスチドだと考えられるようになった。Chromera は系統的にアピコンプレクサに近いことから、アピコンプレクサの祖先は Chromera のような光合成性生物であった可能性も考えられる。
キャヴァリエ=スミスはアルベオラータ類は葉緑体を持った祖先から進化したもので、これはクロミスタの祖先と共通である(クロムアルベオラータ仮説)と提案している。しかしプラスチドは比較的進化したグループにしか見られないため、アルベオラータ類は元々はプラスチドを持たず、渦鞭毛藻とアピコンプレクサは別々にプラスチドを獲得した可能性もあるという意見もある。渦鞭毛藻では約半数が葉緑体を持たない他、珪藻やクリプト藻を起源とする葉緑体を持つものもあり、問題をややこしくしている。