九州平定
小早川隆景は、みずからにあたえられた領地のうち筑後3郡を毛利秀包に割いた。龍造寺政家、純忠の子大村喜前、松浦鎮信は、それぞれ肥前国内の所領が、宗氏には対馬国が安堵された。さらに、大規模な蔵入地も設定されたが、これには九州地方を「唐入り」の前進基地とする意図がこめられていた。
その他、島津氏と結んでいた筑前の秋月種実が日向の櫛間(串間市)と財部(高鍋町)に移封され。さらに九州平定軍の先導役を務め上げた伊東祐兵には、かつて城主を務めていた日向の飫肥(宮崎県日南市)と、曾井(宮崎市曾井)・清武(宮崎市清武町)が与えられたが、飫肥城に入っていた島津家の上原尚近は城の明け渡しを拒んだ(尚近は、約一年後の翌年6月に義久に説得され、ようやく退去している)。
上方への帰途、秀吉は廃墟と化した博多(福岡市博多区)の復興に着手して、その直轄化をすすめ、また、肥前の長崎・浦上・茂木がイエズス会領になっていることを知らされ、6月19日、筥崎でバテレン追放令を出し、翌20日には秀吉に謁見するため長崎から来ていたガスパール・コエリョにそれを通知してキリスト教制禁をおこなった 。また、大村氏との対立関係から長崎港を襲撃したり、南蛮船から通行料徴収を強要していた深堀純賢を海賊停止令違反として所領没収にするという処分が下された。
天正14年4月15日に毛利輝元に対して九州への先導役を命じた秀吉は、8月6日には吉田郡山城(広島県安芸高田市)へ使いを送り、輝元に九州出陣を促した。8月16日には輝元自身が安芸国より、月末には小早川隆景が伊予国より、吉川元春が出雲国よりそれぞれ九州に向けて進発した。
8月26日、神田元忠(三浦元忠)率いる3,000の毛利先遣軍は、豊前門司城(北九州市門司区)を出て島津方の高橋元種の支城豊前小倉城(北九州市小倉北区)を攻略しようとして進軍したが、大里(北九州市門司区)周辺で高橋勢の伏兵に苦しみ、秋月種実の攻撃もあって門司城に引き返した。これは、秀吉方と島津方の最初の交戦であった。毛利軍の到着により、西方から筑前を攻略して大友方の城を一つずつ落とすことによって自領を拡大していこうとしていた島津側のもくろみは、見直しをせまられた。
9月、秀吉の命によって十河・長宗我部の両氏も豊後に出陣して大友氏と合流した。9月9日、秀吉は朝廷より豊臣姓を賜ったが、このころ、秀吉陣営は豊前国の花尾城(北九州市八幡西区)・広津城(福岡県築上郡吉富町)・時枝城(大分県宇佐市)・宇佐城(宇佐市)、筑前国の龍ヶ岳城(福岡県宮若市)を帰服させた。10月初め、毛利輝元は軍監黒田孝高、叔父の吉川元春・小早川隆景をともなってようやく九州に上陸し、高橋元種の小倉城、賀来氏が守る豊前宇留津城(福岡県築上郡築上町宇留津)を攻撃した。小倉城攻めは当主輝元みずから指揮にあたり、元春・隆景も攻め手に加わった。