比叡山焼き討ち (1571年)
信長は戦後処理を明智光秀に任せ、翌13日午前9時頃に精鋭の馬廻り衆を従えて比叡山を出立、上洛していった。その後三宅・金森の戦いでは近江の寺院を放火していく。延暦寺や日吉大社は消滅し、寺領、社領は没収され明智光秀・佐久間信盛・中川重政・柴田勝家・丹羽長秀に配分した。この5人の武将達は自らの領土を持ちながら、各々与力らをこの地域に派遣して治めることになる。特に光秀と信盛はこの地域を中心に支配することになり、光秀は坂本城を築城することになる。
一方、延暦寺側では逃げ切ることができた正覚院豪盛らが、甲斐の武田信玄に庇護を求めた。信玄は彼らを保護し延暦寺を復興しようと企てたが、元亀4年(1573年)に病死したため、実現をみるに至らなかった。天正7年(1579年)6月の日吉大社の記録には、正親町天皇が百八社再興の綸旨を出したが、信長によって綸旨が押さえられ、再興の動きは停止されてしまったとある。
その後本能寺の変で信長が倒れ、光秀も山崎の戦いで敗れると、生き残った僧侶達が続々と帰山し始めた。彼らは羽柴秀吉に山門の復興を願い出たが、簡単には許されなかった。ただし、詮舜とその兄賢珍を秀吉は意気に感じたのか、それより陣営の出入りを許された2人は、軍政や政務について相談し徐々に秀吉の心をつかんでいったと思われている。
そして小牧・長久手の戦いで出軍している秀吉に犬山城で度重なる山門復興の要請を行い、比叡山焼き討ちから約13年後の天正12年(1584年)5月1日、僧兵を置かないことを条件に正覚院豪盛と徳雲軒全宗に対して山門再興判物が発せられ、造営費用として青銅1万貫が寄進された。