ロックマンゼクス
声 - 岸尾大輔
大鎌を使い、炎属性と無属性で攻撃する。パンドラとは対照的に感情的。「〜しようじゃないか!!」という言い回しを多用する。モデルVの代弁者を自称する。
海外版での名前は「プロメテウス(Prometheus)」に変更されている。名前はいずれもギリシャ神話の人物より。
モデルXとモデルHをダブル・ロックオンすることで変身する。
基本装備はダブルセイバー(二刀流)。エアダッシュやホバー移動が可能で、空中戦に長けている。ただし水中ではこれらの機能は使えない。セイバーは小、大の二種類があり、タイミングよく交互に出すと、三回目で同時切りの衝撃波(ソニックブーム)が発生する。ライブメタルスクリーン(ニンテンドーDSのタッチスクリーンに表示される、モデル特有の機能)には、敵のライフや、敵がフォルスロイドの場合はライブメタルの位置(=弱点)も表示する「エネミーアナライジング」。
O.I.Sを発動すると、攻撃に電気属性が追加される。
ハイボルト撃破後使用可能で、ハリケンヌ撃破後プラズマサイクロンを使用可能になる。
声 - 中井和哉
ガーディアンテストで隠れ役をしていた。「ガーディアンになれた事自体がガーディアン七不思議のひとつ」と言われるほどに、臆病な性格。
声 - 浅井清己
モデルLの持ち主。前作『ロックマンゼロ』のレヴィアタンに似た姿だが、これは疑似餌であり、本体は巨大な魚型のフォルスロイド。
疑似餌にモデルLを半分取り込んでいる。なぜおとりの疑似餌部分に最も重要な部品のひとつを使っているのかは謎。顔グラフィックは疑似餌のほうである。
普段はぶりっ子口調で話すが、凶悪な本性を隠す為のカモフラージュで、本性を現すと本来の凶暴な口調になる。デザインモデルは疑似餌はクリオネ、本体はチョウチンアンコウ。
声 - 小林沙苗
本作の男性主人公。10年前のイレギュラー襲撃事件で母親を亡くし、運び屋「ジルウェ・エクスプレス」で働いている少年。
ライブメタル・モデルXを使い、ロックマン・モデルXに変身(ロックオン)する。おぎのしんの漫画では、ヴァンが主人公となっている。独走しがちで、他人のピンチを無視できないという正義感の持ち主。
「不思議な石」の正体である謎のライブメタル。参考となったモデルは、ゼロのオリジナルボディを持つオメガ。フランマールが感じていたライブメタルの気配とはこれの事である。初代司令官が作ったモデルX達とは違い、製作者は不明。
このライブメタルを使用するとロックマン・モデルOXへ変身し、前述のオメガの攻撃の一部が使用できるようになる。
使用するためには隠しボスとして登場するオメガ(最終決戦時同様、「我はメシアなり」の言葉と共に登場し、モデルVを遥かに上回る力を見せる)を倒すかダブルスロットで登場するボス8人を全て倒す必要がある。ただし、イージーモードでは入手できない。
隠し要素のため、ストーリーの関係は一切ない。
声 - 広津佑希子
氷属性。ウサギ型レプリロイド。