イサキオス・コムネノス (アレクシオス1世の兄)
首都に戻ったイサキオスは、瞬く間に新帝ニケフォロス3世ボタネイアテス (在位: 1078年–1081年)の寵を得た。イサキオスが献上したシリアの織布を、この老皇帝が気に入ったからだとされている。ニケフォロス3世はたびたびイサキオスを晩餐に同席させ、高位官職であるセバストス(英語版)や、皇帝の宮殿(ブーコレオン宮殿)内に住む権利などを与えた。しかしこうした好意を向けられていながら、イサキオスとアレクシオスの兄弟は、ニケフォロス3世を廃位してコムネノス家のもとに帝位を呼び込む陰謀を企てていた。コムネノス兄弟はアレクシオスに入れ込んでいた皇后マリアを守るべく行動を始めた。マリアは前夫ミカエル7世との間の子コンスタンティノス・ドゥーカス(英語版)の将来を心配していた。というのもニケフォロス3世は、コンスタンティノス・ドゥーカスを差し置いて、シナデノスなる人物を次期皇帝にしようとしていたからである。アンナ・コムネナによれば、イサキオスとアレクシオスの兄弟は機を見てマリアに陰謀計画を打ち明け、コンスタンティノス・ドゥーカスの帝位継承権を守ると誓いを立てた。
ただイサキオス自身の著作で現存しているのは、新プラトン主義哲学者プロクロスに反論する哲学論文3本と、カルケドンのレオーン(英語版) に反論する神学集成のみである。
イサキオスが生まれたコムネノス家は、11世紀半ばのコンスタンティノープルにおける最高級の貴族家系であり、叔父イサキオス1世コムネノス (在位: 1057年–1059年)が皇帝となっていた。しかし母アンナ・ダラセナ(英語版)が1071年後半/1072年前半に訴追され追放されると、イサキオスも母とともにプリンキポ島(英語版)へ送られた。しばらくして、強大なコムネノス家との和解を図った皇帝ミカエル7世ドゥ―カス (在位: 1071年–1078年) はイサキオスを呼び戻し、1072年8月4日以降のある時にジョージア王女エイレーネーと結婚させた。エイレーネーはミカエル7世の妃マリア・バグラティオニの従姉妹だった。
間もなく、おそらく1073年に、イサキオスは東方スコライ軍団長に任じられ、最高司令官(ストラテゴス・アウトクラトル)としてアナトリア方面のセルジューク朝との戦争に派遣された。セルジューク朝は1071年のマンジケルトの戦いでビザンツ帝国を破った後、この地域へ勢力を拡大してきていた。イサキオスはカエサレア付近で起きた最初の戦闘でセルジューク軍に捕らえられ、身代金と引き換えに釈放された。