官軍
後鳥羽上皇は鎌倉幕府を倒すため、第2代執権の北条義時を朝敵とする『義時追討の院宣』を全国に発布し、諸国の守護人・地頭たちに、上皇の元に馳せ参じるよう命が出された。しかし、義時の嫡男である北条泰時を総大将とする幕府軍が京都を制圧し、官軍が敗北した(承久の乱)。幕府は後鳥羽上皇らを配流し、荘園を没収した。
近代において「官軍」の呼称が用いられていた例として著名な例は、戊辰戦争の際、官軍(新政府軍)が旧江戸幕府軍を賊軍として討伐した際のものである(戊辰戦争)。
1868年(慶応4年)の鳥羽・伏見の戦いの後、明治天皇は、仁和寺宮彰仁親王を征討大将軍、有栖川宮熾仁親王を東征大総督に任じ錦旗と節刀を授けた。朝廷は諸道鎮撫使・諸道総督府などを各地に派遣。官軍諸隊は菊章旗(「錦の御旗」)を掲げ、隊士の襟章にも錦の布が用いられた。鎮撫使や総督府には薩摩藩・長州藩・土佐藩などの雄藩の実力者が参謀などとして参加していた。
同2月14日、隊伍を整え板垣退助率いる、御親征東山道先鋒総督軍(主力部隊は土佐藩迅衝隊)は禁裏を拝し、京都より出陣。2月15日、東征大総督・有栖川宮も京都より出陣した。御親征先鋒総督軍は同年4月、江戸開城を成し遂げ、同年5月、熾仁親王は江戸鎮台及び会津征討大総督を兼任し、同年10月に東征の功を成して大総督を免ぜられた。
官軍といっても実態は新政府側についた諸藩の軍と草莽の部隊によって構成され、大総督府がこれらの部隊を統制した。また、各地に民政局を設置して窮民保護を掲げて民衆に宣伝を行った。その一方で、赤報隊が喧伝した「年貢半減」を一時的に了承しながらも取り消したり、世直し一揆を鎮圧するなど宣伝と矛盾する措置が行われたこともあった。混成であるがゆえに、赤報隊の一部は新政府の帰還命令を無視して独断で行動した挙句、各地で略奪行為を行ったため、「偽官軍」として処分されている。
征討大将軍(慶応4年1月4日設置・同年1月28日廃止)
東征大総督府(慶応4年2月9日設置) 御親征東海道先鋒総督府 総督 - 副総督 - 参謀 - 内参謀 - 軍監 御親征東山道先鋒総督府 総督 - 副総督 - 参謀 - 内参謀 - 軍監 御親征北陸道先鋒総督府 総督 - 副総督 - 参謀 - 内参謀 - 軍監 御親征奥羽先鋒総督府 総督 - 副総督 - 参謀 - 内参謀 - 軍監