朝山日乗
4月19日、日乗は信長にキリスト教宣教師の追放を進言した。だがこれに先立つ4月8日、信長はすでに宣教師に滞在と布教を許可した朱印状を与えており、却下された。
4月20日、日乗は、信長を訪ねてきたルイス・フロイスおよびロレンソ了斎にキリスト教の教えについて訪ね、信長の面前で宗論となった。日乗は1時間半ほど教えについて質問を重ねていたが、途中で怒って刀を抜こうとし、取り押さえられた。この宗論の中でロレンソは、日乗が比叡山で心海上人という人物に教えを受けていた事について尋ねており、日乗もこれを肯定している。また、宗論では信長もロレンソにいくつかの質問をしている。翌4月21日、日乗は岐阜に帰ろうとする信長に再び宣教師の追放を進言したが、これも却下された。
ただし、この宗論についての記述は宣教師側の記録にしか残っておらず、またフロイスの記述でも書簡と『フロイス日本史』では大きく記述が異なる。また安土宗論など他の宗論に敗北した僧侶が何らかの罰を受けるのに対し、日乗はこの後も信長に重用され続けている。またこの後、日乗は朝廷に訴え出て、伴天連追放の綸旨を獲得している。このため松田毅一のように宗論の内容に否定的な意見を持つ研究者も存在する。
また、摂津三守護の一人、和田惟政は洗礼は受けていないものの非常に熱心にキリスト教を保護した人物であり、フロイスが織田信長と会見するときに仲介役を務めたり、内裏が伴天連追放の綸旨を出すとそれを撤回させようとした。その惟政は信長の勘気を被り蟄居を命じられたことがあったが、フロイスはこれを日乗による讒言としている。