ウプサラ大学図書館
医書館
健康学図書館
生医学図書館
オングストローム図書館(アンデルス・オングストロームにちなむ)
地学図書館
ベウリング・数学コンピューター工学図書館(アーネ・ベウリングにちなむ)
生物学図書館
カロリナ図書館(本舎にある)
カーリン・ボイエ図書館(作家カーリン・ボイエにちなむ)
コーデクス・アルゲンテウス(聖書のゴート語訳)
オラウス・マグヌスの作製した海図(Carta Marina)
コペルニクス著作集(Copernicana)
エリック・ワレル蔵書集:エリック・ワレルの収集していた書籍を図書館が引き取った(一部寄付による)ものである。
ボドニ印刷集:ジャンバティスタ・ボドニの印刷のコレクション。企業家のエリック・ケンペ(Erik Kempe)の寄贈および資助による。イタリアのパルマにあるものを除けば世界で最大の規模である。