ロアッソ熊本
4月に選手登録しているGK畑実と永井建成が練習中に負傷、4月13日の讃岐戦(うまスタ)でGKが金井大樹だけになり控えがいない状況になった。この緊急事態にGKコーチの加藤竜二が4月18日付で選手登録され7年ぶりに現役復帰、4月20日には育成型期限付き移籍でJ1仙台のGKシュミット・ダニエルを獲得した(- 2014年5月19日まで)。4月25日にシュミット・ダニエルの背番号が「31」となり試合出場可能になったことを受けて、加藤竜二は同日付で選手登録を抹消、GKコーチとして再登録された。またロアッソユースからGK八木大政が2種登録選手として選手登録された。
夏の移籍ウィンドウ期間にキム・ビョンヨン、アンデルソンが完全移籍で、髙柳一誠は期限付き移籍で加入、大津高校の野田裕喜は特別指定を受けた。ジョン・ミンヒョク、藤本大及び山崎侑輝は山口へ期限付き移籍、加療中のパブロが外国人枠の関係で登録を外れた。
開幕5戦で勝ち点がわずか4であり、第19節から第22節まで4連敗するなど波に乗り切れなかった時期もあったが、若手の起用を積極的に行い、ハードワークをしながら球を奪ったらすぐにシュートまで持ち込むスタイル を徹底させた結果、昨年よりも上の順位である13位でシーズンを終えた。天皇杯は2回戦で山形に敗れた。
J3リーグ:1回 2021年(第8回)
九州サッカーリーグ:1回 2005年(第33回)
しかし、第16節・大分戦に勝利して8位に浮上して以降は1桁順位として安定。26-28節では3連勝をしてプレーオフ圏内に入る。その後も着実に順位を上げ、クラブとしてもJ2最高成績の18勝13分11敗の4位でレギュラーシーズンを終えた。J3リーグから昇格した初年度のチームが4位となったのは2015年町田、2020年北九州の5位を上回る過去最高、勝点67も両チームの65を超え、2013年に当時JFLからJ2参戦初年度だった長崎(順位は6位)の66も超える過去最多記録となった。
初参戦となったJ1参入プレーオフではホームでの1回戦で5位・大分と対戦し2-2で引き分けも、大会規定によりシーズン上位のアドバンテージで2回戦に進出。2回戦では6位・山形と対戦し、後半に追いつき2-2で終了。1回戦同様規定により決定戦への出場が決定し、J1昇格に初の王手をかけた。 「2022J1参入プレーオフ」決定戦は、11月13日にアウェーでJ1・16位の京都と対戦。結果1-1で引き分け、初のJ1昇格とはならなかった。
天皇杯は3回戦で鳥栖に敗れた。