由木村
下柚木 殿ヶ谷戸、番場、南ヶ谷戸、山下、太田平、宮郷
上柚木 倉郷、大片瀬、郷土、宮郷、登々、原田、愛宕、池ノ尻、日向、日影、六軒
中山 山際、谷戸、小池、宮ノ前
鑓水 東谷戸、伊丹木谷戸、北街道、荒屋敷、嫁入谷戸、厳耕地、子之上谷戸、大蘆、新道、大塚
南大沢 宮ノ下、宮ノ上、瀧ノ沢、清水入谷戸、柏木谷戸、内裏谷戸、九段甫谷戸
松木 峰ヶ谷戸、川端、台、上
越野 下根、中村、吹上
別所 別所
堀之内 引切、番場、日影、寺沢(上寺沢、中寺沢、下寺沢)、芝原
東中野 天野(天野、天野谷戸)、宮ノ前、谷ツ入(谷ツ入、谷ツ入谷戸)、井戸ノ上(下田、井戸ノ上、小池谷戸)
大塚 日向、日影、望地、梶川、横倉、堰場
上記のうち大字は2020年現在も八王子市の町名で使われているが、八王子市への合併、多摩ニュータウン開発による区画整理により、小字はバス停(例:堀之内にある京王バス「引切」・「芝原」バス停)、公園名称(堀之内にある「堀之内番場公園」・「堀之内引切公園」)で残る位である。
また、南陽台、絹ヶ丘、松が谷、鹿島は八王子市合併後新設された地区名である。
多摩川の支流である大栗川が村内を東西に横断するほか、大田川、別所川、寺沢川、谷津入川などの支流が流れる。多摩丘陵の谷戸から湧水が豊富に湧出するため河川は多い。
由木は古い文献では柚木あるいは由儀とも書かれており、その語源にはいろいろな説がある。 たとえば、紙の原料として知られる楮の中で、神に供えた優等な布を「ユフ」といったといい、楮は自由に採取できるほど山野に自生していなかったので生産地は保護されていたという話から、ユフの産地を意味する由ノ木と呼ばれ、それが転じて「由木」になったという説や、柚子のことをユーまたはユヒというので、柚子が多かったことが由来になったという説もある。ただ、小学校の校章に柚子の実が描かれているため、「柚子」の由来が一般的である。
由木乗合バス
中山の農家石井善蔵によって設立され、1929年(昭和4年)、下柚木(由木小学校前)〜八王子郵便局前(横山町郵便局前)間でバスが開通する。数年後には横山町郵便局前から八王子駅北口まで延長され、1933年(昭和8年)由木村堀之内〜堺村相原坂下間(のちに相原駅まで)が新たに開通した。
京王バス