都営地下鉄
11月16日に行われた第3回の協議会で、国側は資産などを合計した企業価値から負債を差し引いた「株式価値」について、東京地下鉄が4000億から6000億円のプラスであるのに対し、都営地下鉄は1800億から7300億円のマイナスとの試算結果を示し、現状のまま統合すると(完全民営化を予定しており、国が保有する株式を売却することになる)東京地下鉄の株式の価値を棄損するとして、統合のためには都営地下鉄のさらなる債務圧縮が必要、と統合に消極的な姿勢を示した。これに対して猪瀬は「株をいかに高く売るかだけがテーマでなく、利用者の目線で考えて、利用者のためにどうするかということで一元化を進めるべきである。株式価値だけを全面に押し出すのはおかしい」と反論している。
2011年、国が東日本大震災被災地の復興財源捻出のため、保有する東京地下鉄株の売却を検討するという問題に対して、石原知事や猪瀬副知事(共に当時)は東京地下鉄株が売却された場合は東京都がその全株式を購入し、過半数を保有するという姿勢を見せている。
なお、東京都交通局は都営地下鉄だけでなく、都営バス・東京さくらトラムや新交通システムの日暮里・舎人ライナー・上野動物園モノレールといった各種交通機関の運行も行っているが、これらの運行や駅・車両などの管理先については言及されていない(都営バスの一部の路線等を委託されているはとバスには東京地下鉄やそのグループであるメトロ文化財団も出資している)。