核酸の三次構造
A-マイナーモチーフは普遍的にみられるRNAの三次構造モチーフであり、対合していないヌクレオシドがRNA二重らせんの副溝に挿入されることで形成される。それゆえ、minor groove triplexの一例である。グアノシン、シトシン、ウリジンも副溝での三重鎖相互作用を形成することはできるものの、アデニンによる相互作用が極めて一般的である。アデニンの場合、挿入塩基のN1-C2-N3端は、二重らせん塩基の他に、一方または双方の2’-OH基とも水素結合を形成する。挿入塩基を受け入れるのは、多くの場合G-C塩基対である。
A-マイナーモチーフは、ワトソン-クリック型塩基対の2'-OHに対する挿入塩基の相対的な位置に基づいて、0型からIII型の4つのクラスに分類される。I・II型のA-マイナーモチーフでは、アデニンのN3は二重らせんの副溝内部へ深く挿入され、塩基対とは良い形状相補性を示す。0・III型と異なり、I・II型相互作用はその水素結合パターンからアデニン特異的である。III型相互作用では、挿入塩基のO2'とN3の双方が二重らせんの副溝とより離れた位置で結合する。