皇帝教皇主義
他にも宗教改革以降、プロテスタントとカトリックのせめぎあいが激しく行われたドイツなどでは、無用の混乱と紛争を防ぐ目的でラテン語の「cuius regio, eius religio」(領主の宗教が領民の宗教)という言葉で表される「領邦教会制」が導入された。これは領主の信仰する宗派をその支配地域の正式な宗派とするというやり方のことである。これも世俗の権威が宗教的な権威を超えたという意味で一種の「皇帝教皇主義」といえるかもしれない。なぜなら中世においては世俗の領主や君主はカトリック教会への従順を誓うのが通例だったためである。
マルティン・ルター自身は当初、カトリック教会の権威とそれと結託する諸侯に抵抗する意味で農民や一般庶民へのシンパシーを強くアピールしていた。ドイツの下級貴族であった騎士たちはこのルターの呼びかけを自らの勢力拡大のチャンスと考え、諸侯に対する戦いを始めた。農民たちも立ち上がり、ドイツは戦乱状態に陥った。騎士と農民の蜂起は結果的に諸侯の連合軍の返り討ちにあい、各地で壊滅した。ルターは自分の支持基盤を失って困惑した。いまやプロテスタンティズムは宗教的な問題だけでなく、諸侯たちの皇帝に対する権力拡大の道具として利用されようとしていた。
ルターにとってドイツ諸侯とは「世界でもっとも愚かな人々」であり、1523年の書簡では「もはや民衆はあなたがた貴族の圧政に従うことはないし、従う義務もない。もはや民衆はゲームの駒のように貴族が思い通りに動かせるものではない」といっている。ルターのこのメッセージはもともと民衆に向けられたものだったが、帝国騎士であったフランツ・フォン・ジッキンゲンはこれを諸侯に対する戦いのために利用しようとした。
古代末期、ローマ帝国の西方地域では異民族が侵入したことで従来の統治システムが崩壊した。混乱する政府機能とは対照的に、教会は帝国西方において着々と地位と影響力を強めていった。この時期ローマ教皇はローマ司教というだけでなく、ペトロの後継者としての権威によって他地域の教会へも及ぶ特別な位置を確保するに至った。さらに崩壊したローマ帝国の統治システムに代わって教会の広域ネットワークの重要性がいっそう増した。こうして教皇は教会ネットワークの「統治者」としてもろもろの地方権力者たちを上回る権威を持つようになった。他方、帝国東方では異民族の侵入による混乱の影響が少なく、コンスタンティノポリスには依然としてローマ皇帝が健在であったことから西方のように教会の権威が世俗権力のそれを上回ることにはならなかった。(このように同じキリスト教でもローマ帝国の東西の政治状況の違いによって微妙にその性格が変化していったことが、カトリック教会と正教会の分裂へとつながっていく。)