全日本大学野球連盟
しかしそのような地区所属校のなかにもしだいに野球部の活動に力を入れる有力校が現れ始め、時代の推移とともに参加校が増えるに従って旧制リーグの運営や人気にあやかろうと、地区連盟内に新たなリーグ(連盟)を結成したり、リーグ戦の存在価値を高めようとする動きが大きくなっていった。その為、全日本大学野球連盟としても徐々に選手権大会での出場枠を拡大する方向で地区連盟の再編や新連盟の承認(代表枠の独立)を図っていった。(全日本大学野球連盟としては、代表枠を与えていない連盟については基本的には未承認連盟として任意組織扱いであり、それは当時も現在も同じ。)
このように、当初は地域全体を統括する為に創設された地区連盟(北部・東部・中部・西部・九州)も徐々に新しい連盟が全日本の連盟に正式に承認されるに従って、現在では殆どの地区でその役割を終えて実質的には消滅に至っている。
但し九州地区のみは1952年の創設当初から続いたものが唯一そのまま現在に至っており、後に独立していった他2連盟(九州六大学野球連盟と福岡六大学野球連盟)と共に九州3連盟の一つとして並存している。
尚、大学野球の場合は高等学校とは異なり硬式野球のみを統括している。準硬式や軟式などは全く別組織となっており、それらに関しては現状では日本学生野球協会の統括傘下には含まれていない。(この連盟以外での活動チームに関する事情や詳細などは大学野球の記述を参照の事。)
毎年春季に各リーグの優勝チームによる全日本大学野球選手権大会(他競技のインカレに相当)を主催。
秋季には同様に各リーグの優勝チームと各リーグの代表校で複数での地区代表を集めて行なう明治神宮野球大会(明治神宮と共催する日本学生野球協会の傘下団体として協力)が行われる。