新しい種類の科学
「NKS」は、科学的研究にすぐに応用できるような特定の結果を提供していない。また、単純なプログラムの研究は物理的な世界とあまり関係がないので、意味がそれほどないという意見も聞かれる。スティーヴン・ワインバーグは、ウルフラムのメソッドで十分に説明できる実世界のシステムは存在しないと指摘する。
このNKSのフレームワークでは、これらのシステム自体が簡単なプログラムであり、同じ目標やメソッドに左右される。このアイディアをさらに広げると、人間の心そのものが計算システムであり、このため、出来るだけ効率的な方法で生のデータを提供することが研究にあたって重要であると言える。ウルフラムは、プログラムとその分析は出来るだけ直接視覚化されるべきで、それは何千もの人によって徹底的に調査されるべきであると考える。この新しい分野は抽象的なルールを受け入れるので、原則として、別の科学の分野に関連する事柄についても対処することができる。しかし、一般的には、ウルフラムのアイディアは、新しいアイディアとメカニズムが計算世界(これらがもっとも明白な形で見られる場所)で発見でき、他の分野はそれらの発見の中からその分野にかかわりのあるものを選べばよいということである。
PCEは、曖昧で数学的ではない、また直接確かめられる予測を立てていないということで批判を受けている。また、計算の精巧さレベル間の細かい区別を求めるべき数学的論理と計算複雑性理論の研究精神に逆らっている、そして異なる種類の普遍性特性を誤った形で融合している、という意見もある。さらにレイ・カーツワイルらは、本書がハードウェアとソフトウェアの区別を無視していると指摘する。つまり、2つのコンピュータは同じパワーを持つかもしれないが、だからと言って、実行される2つのプログラムも等しいということにはならないという議論である。チャーチ=チューリングのテーゼの名前を変えただけだとする人もいる 。
単純なルールとその時として複雑な動作を調べるには、計算のシステムとドキュメントのすべてをそれらが何を行うかについて、組織的に調べる必要があるとウルフラムは考える。ウルフラムは、このような研究が物理や化学のような、科学の新しい分野になるべきだと信じている。この分野の基本的な目標は、実験的なメソッドを使って、計算世界を理解し、特徴付けることである。
提案された科学探究の新しい分野は、様々な形式での科学的成果を許すものである。例えば、定性的な分類は計算ジャングルへの最初の進出の結果であることが多い。これに対して、特定のシステムがこの関数やあの関数を計算するという明示的な証拠も認められる。また、この分野の研究にある意味で独自である製作の形もある。例えば、別のシステム内に、奇妙な別の形式で現れる計算メカニズムの発見がそうである。
もう1つの種類の製作には、計算システムの分析のためのプログラムの作成がかかわってくる。