ハナヤスリ科
胞子嚢は真嚢性で包膜を欠き、大型の球形である。胞子葉は葉面を持たず胞子嚢が軸上に並び、胞子嚢群は形成しない。ナガホノナツノハナワラビのような原始的な体制を持つものでは葉軸は分枝し、その各先端に胞子嚢が1つずつ付く。その他の種では特殊化し、葉軸の組織は退化する傾向にあり、葉軸に側生しているように見える。
胞子嚢壁は2細胞層からなる。また、胞子嚢は胞子嚢壁が薄くなった裂開線に沿って裂開し、環帯を欠く。ナガホノナツノハナワラビは原始的な形態で、胞子嚢の頂端から向軸側基部まで縦裂開をするのに対し、ミヤコジマハナワラビやその他のハナワラビ類は胞子嚢の背軸側中央部当りから向軸側基部にかけて見かけ上横裂開(末端裂開)を行う。同型胞子性。1胞子嚢当りの胞子数は1000個以上と非常に多い。胞子は球状の四面体型をしており、三溝粒。
茎は直立し、地中生で短く肉質である。毛や鱗片は持たない。ミヤコジマハナワラビ属では匍匐する茎をもつ。
茎の維管束は内原型の外篩管状中心柱であり、特にハナワラビ属では二次成長を行う。ハナワラビ属の中心柱は後生木部間の柔組織が後生木部へと分化し円形になり、内側の二次木部と外側の一次篩部の間に片面維管束形成層ができる。この形成層は内側に二次木部のみを作り、篩部は作らないが、外側にも柔細胞を供給している。ナツノハナワラビにおいて、形成層は一次維管束の分化よりも前に前形成層の中に生じる。はじめは葉跡に生じ、続いて茎の維管束に生じる。ミヤコジマハナワラビ属では、普通二次維管束を形成しないものの、茎の先端が損傷を受けると、一次木部の外側に二次維管束が分化する。ただしこれは形成層によるものではなく、前形成層が二次的に多能性を獲得して分裂組織となることで形成される。
栄養葉(担栄養体)とその向軸面に胞子葉(担胞子体)が立体的な配置で1本の共通柄(担葉体 phyllomophore )につく。稀に栄養葉を欠く種もある。ほかのシダ類の羽葉と異なり、若い葉はワラビ巻き(ゼンマイ巻き)を行わない。ただし、ハナワラビ類ではやや巻く。共通柄は肉質で、基部に複数枚の葉原基を持っている。茎頂(担葉体の頂端)は葉鞘によって包まれ、その様式は属間や種間で異なる。栄養葉原基が伸びだしてその基部側からドーム状の胞子葉原基が伸びだしてくることによってを部分二形を示す葉が発生する。
ハナヤスリ科のうち、ハナヤスリ類(広義のハナヤスリ属、Ophioglossoideae 亜科)の栄養葉は単葉で網状脈系からなるが、ハナワラビ類(広義のハナワラビ属、Bortychioideae 亜科)の栄養葉は羽状複葉で、開放二又脈系をもつ。ハナヤスリ類のうち、サクラジマハナヤスリは栄養葉を欠き、胞子葉のみからなる。