聖職者民事基本法
宗教会議招集が否決されたので、ボワジュランはそれならば教皇から聖会方法を得ようと主張し、教皇庁に急遽特使が派遣されることになった。
フランスのカトリック聖職者たちの大半は革命に好意的であった。伝統的にローマに対するフランス国家主権の優越を認める立場(ガリカニスム)だったことに加えて、この階層の知識人は啓蒙思想に深く染まっていたからである。また三部会を引き継いだ憲法制定議会の約4分の1の議員は聖職者だった事情もあって、彼らは議会の姿勢に理解を示すか、自らが革命の指導者として名を連ねていた。経済的な問題では、下位聖職者の生活水準はむしろ向上することになり、旧体制で豪華な生活をしていた高位聖職者は槍玉に挙がるのを恐れていたので、異議を唱えるのは差し控えられていた。ヘンリー8世やヨーゼフ2世などによって、近隣諸外国ではもっと厳しい教会改革が行われた前例があったことも、すぐに国内で大きな反発を生まなかった要因であった。
議会は教皇から「洗礼が授けられる」ものと無邪気に考えていた。同様に世俗権力であるロシアのエカチェリーナ2世がポーランドのカトリック教区の区割りを変更した際に、ピウス6世が抗議しなかった前例もあった。しかし貴族出身の教皇は最初から革命に敵意を抱いており、世俗的立場から特権撤廃を苦々しく受け止めていたことについて、注意が払われていなかった。
また議会は人権宣言の精神に則って、1790年2月13日、聖職者の終身誓約と修道団体の廃止(修道院の閉鎖)を宣言して、聖職者に職を辞める自由を与え、修道院を出たいものは自由に出て良いと許可した。一方で4月13日、カトリックが国教であると承認するように要望した動議は、信教の自由を名目に否決されたが、カトリックは唯一国家から補助金をもらえる宗教であることになった。国有化された教会財産の処分はしらばく宙に浮いたままであったが、タレーランの提案が改めて採用され、4月17日、アッシニアという土地債券の形で売り出されることになった。これに伴い、すでに教会礼拝費と聖職者年金は予算に組み込まれていたが、細則が決まっていなかったので、聖職者をどう処遇するかを定義する法律が必要になった。
ところが議会や委員会で討論が進むうちに、そもそも国家あるいは議会が保持する世上権に、キリスト教の伝統に抵触するような教会組織の根本を改革する権限があるのかについて論争が起こった。反対の急先鋒であったボワジュランは、国家には宗教界を論じる資格はないと主張し、教会法(ここではカノン法の意味)の変更は宗教会議によってのみなされ、普遍教会の長の承認が必要であるとした。しかし推進派のジャン=バプティスト・トレヤール (Jean Baptiste Treilhard) はこれを一蹴し、旧体制の教会組織がいかに腐敗していたかを力説した上で、教会の管轄権は信徒の説喩と秘蹟の授与に限られるとしたフルーリーの学説を持ち出して、教会の管轄権は信仰と教義にしか及ばない、法の介入による改革は宗教に本来の純粋さを取り戻すだろうと主張して大喝采を浴びた。
左図のように、数県ではほとんどすべての聖職者が宣誓を拒否したので、それらの地域では儀式を中止せざるをえなくなった。議会は、これらを宣誓した聖職者に代えようとしたが、代理の数が間に合わなかったので、結局は宣誓拒否聖職者が儀式を続けることを認めた。最初の立憲派聖職者は、前司教から聖職相続を得なければならなかったが、旧司教のうちタレーラン司教ただ1人が祝聖を与えることを承諾し、皮肉にも不道徳で有名だった彼の手で多くの司祭が次々と叙階された。聖職者のなり手も足りなかったので見習い期間が短縮され、立憲派聖職者は急造されていった。
議会は、はじめのうち自らが招いた教会の分裂を認めようとしなかった。しかし新選の立憲派司祭と旧宣誓拒否司祭は方々の教区で対立し、信徒を巻き込んで大きな騒乱となっていた。洗礼、結婚、埋葬の登録簿は立憲派聖職者だけが持っていたので、宣誓拒否聖職者のもとに通っていた信徒は公民権登録ができなかった。特に信心深い女性が立憲派司祭のミサに行かなかったので、彼女らの子供には公民権が与えられない状態であった。
1790年11月26日、議会は全国の聖職者は2ヶ月以内に宣誓を行うものと決め、翌日に全国に通達を発して、これが強制であり拒めないものであることを示した。ところが、宣誓を拒否した聖職者は、洗礼授与、結婚、埋葬、聖体授与、告白、説教など、あらゆる公共の儀式が禁止されると警告していたにもかかわらず、12月26日に正式に公布されると、聖職者の議員の約3分の1だけが宣誓を受け入れ、過半数は拒否した。全国でも抵抗は広がり、司教は7名だけは宣誓に応じたが、残り全員が宣誓を拒否し、司祭の約半数も宣誓を拒否した。
このような情勢でも聖職者たちは和解の道を模索していた。しかし1791年3月10日と4月11日の親書で、教皇ピウス6世が明確に民事基本法と人権宣言の精神を否認して反革命の立場を鮮明にしたことで、対立は決定的となり、努力は水を差されることになった。欺かれたボワジュランらは茫然自失となったが、この親書は一般への公開をためらうような棘のある内容であったので、1ヶ月以上も秘密にされ、何とか修復を謀ろうとフランスの司教は総辞職を申し出て、却下された。国家と教会の分裂は避けられない情勢となり、5月には、フランスは駐ローマ大使を引き上げさせ、ローマも教皇使節をパリから引き上げさせて、公に断交状態となった。