名探偵コナン 時計じかけの摩天楼
声 - 高山みなみ
本作の主人公。本来の姿は「東の高校生探偵」として名を馳せている工藤新一だが、黒ずくめの組織に飲まされた毒薬・APTX4869の副作用で小学生の姿になっている。
爆弾犯からの電話を工藤新一として受け、爆破を阻止するために奔走する。犠牲者を出さないために爆弾を遠ざけようとした際に爆風に吹き飛ばされて負傷し、緑台警察病院へ搬送された。診察結果は1日の入院で済む程度の怪我だったため(この時から最後まで、頭に包帯を巻いている)、終盤では森谷邸と蘭の居る米花シティービルへ向かう。
声 - 山崎和佳奈
本作のヒロイン。新一の幼馴染かつガールフレンド。都大会で優勝するほどの空手の達人。
新一の誕生日祝いに彼と一緒に米花シティービルでオールナイト上映の映画に誘い、0時を回ったと同時に赤いシャツをプレゼントするというサプライズを計画する。その約束を新一との電話で森谷教授のガーデンパーティーに同伴する代わりとして半ば強引に取り付けるが、そのパーティーに参加したことで約束当日に爆弾による危機に直面することになり、ロビーの扉の向こう側にまで来ていたコナン(新一)からの指示に従い爆弾の解体作業を試みる。