メタルギアソリッド
振動機能のあるコントローラー「DUALSHOCK」を使用していると、「(できるだけ平らな)床の上にコントローラーを置いてみろ」と催促し、念力と称してコントローラーの振動機能を操作したり、セーブやアラート数などの行動記録から性格診断、趣味を言い当ててくる。
メモリーカード内にコナミがリリースしたゲームのセーブデータが保存されていると反応し、例えば『ときめきメモリアル』関連のセーブデータが存在すると「ときメモが好きなようだな」と真っ先に言い当ててくるほか、小島秀夫作品である『スナッチャー』と『ポリスノーツ』のデータには特殊な反応を示し、両方のデータが存在すると小島秀夫の肉声メッセージが聴こえる。これらのイベントは、後の『METAL GEAR SOLID: MASTER COLLECTION Vol.1』に収録のバージョンでも疑似的に再現されている。なお、同様の仕様は、後に「小島組」が制作した『ときめきメモリアルドラマシリーズVol.3 旅立ちの詩』でも用いられている。
画面を暗転させて視界を奪う「ブラックアウト」では、画面右上に「ビデオ」ではなく「ヒデオ」と表示された偽の外部入力待機画面を映し出す。更にしばらくすると表示が縮小される等演出が凝っている。
続編『メタルギアソリッド4』でも「DUALSHOCK」ネタや「ヒデオ」ネタは使われており、「HIDEO」「HIDEO2」「ヒデオ2」と種類が増えている。
小島秀夫監督作品に多用される、隠しイベントやジョーク要素が盛り込まれている。
3周目では、サイボーグ忍者のカラーリングが赤に変化する。
07」に通信すると、制作スタッフによる「メタルギアソリッド」の開発裏話を文章で読むことができる。ゲーム中の各場面に応じて開発裏話が用意されており、本編をクリアし2周目を開始してからでないと読めない裏話も存在する(メリル・オタコンのどちらと脱出したかによっても、2周目の開始時に読める裏話は変わる)。なお、この周波数「140.07」はゲームボーイカラー版『メタルギア ゴーストバベル』の隠し要素として収録された、連続無線ドラマ「アイデアスパイ2.5(ツー・ハン)」を聞くことができる周波数と同一である。
PocketStationを使い、ナオミから依頼される極秘ミッションを遂行できるようになる。一定期間内に他のポケステと称号の交換を重ねることによってミッションを進めて行く。
称号の数が48個に増えた。
本編クリア後、一人称視点で本編をプレイ出来る「1P VIEW MODE」が追加された。
本編クリア後に「VR DISC」でカメラを使ってナオミを撮影できる「生還記念写真撮影会」が追加される。最高難易度である「EXTREME」クリア後だとメイ・リンも撮影できる。撮影できる距離、撮影時間は取得した称号によって変わる。
難易度設定も変更できるようになっており、最初に選択できる4つの中のいずれか1つをクリアすることで最高難易度「EXTREME」が追加される。
マスター・ミラーに無線連絡をすると「(睡魔に襲われている時や食後は)充分な仮眠または休憩をとってからプレイしろ」「バグと決めつけず落ち着いて行動しろ」「ゲーマーとしての勘を信じろ」などゲームプレイについて助言をしてくれる。
あるイベントの無線会話中にナオミがコントローラーの振動機能を利用してプレイヤーの腕をマッサージする。
音声出力をモノラルに設定した状態でハインドとの戦闘中にキャンベルに無線連絡すると「ひょっとしてスネーク、君はモノラルなのか?」と音声設定に関しての話題になり、ナオミ・ハンターやメイ・リンも驚愕した。
拷問イベント開始前にはリボルバー・オセロットが「連射パッドを使おうなどとは思うなよ」とスネーク(プレイヤー)に釘を刺すだけでなく、「コンティニューはなしだ」とプレッシャーをかける。実際に拷問イベントでゲームオーバーになるとEXIT(タイトルへ戻る)しか選択できない。
スネークの本名が「デイビッド」で、オタコンの本名が「ハル」と知ったスネークが「木星にも行けそうなコンビだ」と語る。これは映画『2001年宇宙の旅』に登場する宇宙船の船長が「デビッド・ボウマン(英語版)」で、コンピュータが「HAL 9000」、目的地が木星だったことに掛けたセリフとなっている。また、この映画で主人公が乗船していた宇宙船の名前は「ディスカバリー」であるが、作中でキャンベルが乗艦していたオハイオ級原子力潜水艦の名前も「ディスカバリー」である。
続編『ピースウォーカー』では、オタコンの父親であるヒューイが『2001年宇宙の旅』の大ファンであり、同作品についてネイキッド・スネーク(ビッグ・ボス)にひとしきり熱く語った後に「HALっていい名前だよね」と漏らすというやりとりがある。
小島監督作品の一つ『ポリスノーツ』に「メリル」とその相棒「デイブ」が登場するが、「俺の名前はデイビッドだ」と本名を名乗った直後のスネークも「デイブ」と呼ばれるシーンがある。
オリジナル版と比べ、若干難易度があがっている。