実験ノート
。逆に、クリーンルームや無菌室のように清浄度に関して特段の注意が必要な環境では、実験ノート自体が実験室の汚染原因となる可能性が高い。そのような場合には特別な種類の実験ノートを準備したり、適宜ホルマリン燻蒸などの処理をするなどして持ち込まなくてはならない。
以上の問題を解決したとしても、現実には、実験ノートを取りながらの実験そのものに相応の訓練が必要である。一流の研究機関で研究室を任されていても、実験ノートの取り方については「未熟」だと断じられる研究者もいる。
また、第三者認証は国内でも一部の機関では実施されているが、認証をおこなう人材を雇用する必要が生じるなど、一般的な研究機関では予算的に困難な側面もある。
このように実験ノートの使用法の厳格な統一には運用上の困難が多い。しかし、使用法のすべてを個人に任せるのは好ましくないというのが多くの研究者の一致した見解である。それらは概して、運用の支障とならないよう注意しながらも、実験ノートの要件定義と、最低限守るべきことを明確にしたうえで、自分勝手な方法ではなく周囲や第三者の了承を得ながら実験ノートを作成/運用するべきであるという点で共通する。例えば岡崎康司(京都大学教授)は「ノートだけで記録しきれない情報は多いが、個々人に方法を任せている現状が問題を引き起こしている」「誰もが実験を再現できるような、研究内容をいつでも確認できるような厳格なノートの書き方を理解した上で、現場のニーズに合わせて運用するのが良い」と述べている。
研究の現場だ研究所や大学でも、徐々に実験ノートの法的な意味でのあり方が変わってきている。例えば産業技術総合研究所では「研究ノートの帰属は、研究所であり、取扱については研究成果物の一つ」として「産総研研究成果物など取扱規程」において定めている。大学でも、最近では実験ノートの扱いが厳しくなる傾向にある。例えば東北大学産学連携推進本部では、「実験ノートの帰属」までは定めていないものの実験ノートを「発明が、いつ、誰によって完成されたかを証明するためのノート」と位置づけ、施錠管理などを推奨する文書を発行している。総じて、最近では実験ノートを「研究室の資産」、「法的な意味も含めた直接的な証拠“物件”」と考える向きから、研究室内で書式やサイズを統一する、第三者に対する証拠能力の向上などの動きが見られるようになってきつつある。また、証拠能力を重んじる観点に対応した実験ノートも発売され、「研究者などが実験データやアイデアなどを随時記録し、第三者による確認をとるという体裁」の実験ノートがコクヨと山口大学の共同研究で開発、販売されている。