東京湾
化学的酸素要求量(COD)の上昇などで示される東京湾の水質汚濁は、富栄養化の原因物質である窒素、リンともに約7割が家庭排水によるものであり、その主たるものは糞尿である。
対策として、合併浄化槽の整備や下水処理場の高度化、合流式下水道の改善などが行われている。
関東平野が海と接する湾奥部は、江戸時代には幕府のお膝元である江戸が栄え、東京奠都以降、現代に至る首都圏が形成されている。東京湾の各港湾は、首都圏約4000万人の生活や経済を支える物流の要を担っている。
元々遠浅で砂地の海岸が多かったため、各所で埋め立てが進められてきた。埋立地の大部分は、工業地帯もしくはベッドタウンとして利用されている。現在残されている自然の砂浜は、千葉県の木更津市以南のみとなっている。
埋立地を利用した港湾が点在し、横須賀港には米軍横須賀基地や海上自衛隊横須賀地方隊の基地がある。港湾近くで発展した京浜工業地帯と京葉工業地域は、加工貿易で国を富ませてきた日本の心臓部である。バブル景気の頃から、オフィス街(臨海副都心と幕張新都心)も開発され、バブル崩壊後は、超高層マンションの建設ラッシュや大型ショッピングセンターの新規オープンなどが相次ぐ。
上記の通り、現在の東京湾の生態系は、メガファウナ(英語版)やマクロを問わずに様々な生物種が激減したり欠落した状態である。とくにメガファウナに関しては、現在では本来の生態系から喪失した部分が大きい。
明治時代まではアシカ島など湾内では絶滅種であるニホンアシカが繁殖し、数多くの鯨類も見られた。古式捕鯨の主対象であったセミクジラやザトウクジラやコククジラを中心とした沿岸性が強いヒゲクジラ類が湾内に回遊していた可能性が高く、袖ヶ浦や浦安沖から湾奥部などでよく見られた「クジラまわし」と呼ばれる光景は、冬の風物詩の一つとされた。また、シロナガスクジラの可能性がある記録も存在する。後述の通り、ツチクジラも浦賀水道から鋸南町の一帯に多数が回遊していた。
しかし、明治40年頃にはニホンアシカは乱獲によって関東の一帯から姿を消した。文禄期に東京湾と相模湾の周辺での鯨の多さが起因して三浦半島で捕鯨が展開され、瞬く間に「関東諸浦」に拡大した。東京湾一帯では、三浦半島における操業と鋸南町沖の浮島ではツチクジラを主対象とした組織的な捕鯨が発達した。しかし乱獲が進行し、江戸時代から明治時代を境に東京湾や三浦半島への大型鯨類の安定した回遊は消滅したと思わしい。
哺乳類ではないが、ヒゲクジラ類と食性等に類似性が強いウバザメも、1970年代までの乱獲の結果、太平洋全体で絶滅危惧種となり、東京湾一帯だけでなく日本列島や東アジア全体でも以降の確認は非常に少ない。