四国国分
九州平定ののちも、長宗我部氏は天正18年(1590年)の小田原征伐、天正20年(1592年)から慶長3年(1598年)にかけての2度の朝鮮出兵に参加した。その間、香宗我部親泰は秀吉から大量の造船用材の供出を命じられ、元親自身も大船数艘の建造などを求められた。軍役等さまざまな負担は決して軽いものではなかった。その一方で元親は、この機会を利用し、支配体制の再編、検地の実施、慶長2年(1597年)3月には四男長宗我部盛親とともに分国法『長宗我部元親百箇条』を定めるなど諸法規の制定を含む新政策を次々に実行に移した。また、元親・盛親父子は、本拠地を岡豊城(高知県南国市)から大高坂山城(現在の高知城)、さらに浦戸城(高知市)へと移して、城下町の整備にも力を注いだ。
秀吉最古参の家臣で洲本城(兵庫県洲本市)の城主であった仙石秀久は淡路5万石の大名であったが、戦功により讃岐10万石に加増のうえ転封された。秀久は高松城(香川県高松市)に居城を構えた。
阿波国守護代を世襲した三好氏出身の十河存保(孫六郎)は、「三好義堅」を名乗って四国地方東部における三好勢力の拡大に努めていたが、天正10年(1582年)に阿波北東部で戦われた中富川の戦いで長宗我部元親に敗北して阿波を放棄、さらに讃岐十河城(高松市)や虎丸城(東かがわ市)なども元親軍により陥落させられたため大坂の羽柴秀吉を頼った。四国戦では秀吉軍に従軍し、その軍功により讃岐十河3万石を復された。ただし、「十河孫六郎」としての安堵であり、存保の三好氏継承は否定される形となった。