ルイス・クラーク探検隊
8月の最終週の間、ルイスとクラークはヘラジカ、鹿、バッファローやビーバーがいっぱいに群がる、グレートプレーンズの端に辿り着いた。そして彼らは同時にスー族の領域に足を踏み入れてもいた。
彼らが遭遇した最初のインディアンであるヤンクトン・スー族(ナコタ族)は、ミズーリ川沿い西遠方の同属部族、テトン・スー族(ラコタ族)よりも穏健なインディアン部族であった。ヤンクトン・スー族はルイスとクラークから贈り物として受け取った5つのメダルに満足しなかったが、隊員へ川の上流にいるテトン・スー族には警戒するよう告げた。その後上流でテトン・スー族に遭遇するが、彼らは敵意を示しつつも同じくメダルの贈り物を受け取った。酋長の一人は彼らの領域を通り抜けるために支払う代価として、探検隊にボートを一つ要求した。彼らは次第に険悪になったため、探検隊は戦う覚悟をしたが、戦いが始まる直前になって、双方は互いに後退し退却した。戦わずに事を済ませた一行は、マンダン族の領土で冬が訪れて旅を一時中断するまで、手早く西方(ミズーリ川上流)へ旅を続けた。
レッドヤードも同じくアメリカ出身であったため、ジェファーソンはそれを聞き大いに彼の成功を望んだ。ところがレッドヤードの計画はシベリアまでは成功していたものの、その後ロマノフ朝第8代ロシア皇帝エカチェリーナ2世の命令で逮捕され、ポーランドまで国外追放されてしまった。
ジェファーソンはその後探検隊の結成に着手した。彼は個人秘書を務めていた、メリウェザー・ルイス大尉を探検隊隊長とする草稿を議会に提出し、結果支持された。そのためジェファーソンはルイスを正式に探検隊の隊長に任命し、ルイス宛に送った1803年6月20日付けの通知書では、
「貴殿の任務は、ミズーリ川とその主流にかかる沿道、さらにコロンビア川、オレゴン川、コロラド川ほか太平洋との連絡水路を探索し、大陸を最も短い距離で横断、かつ通商を行う目的で通行できる陸路を発見すること」
と指示した。