関東鉄道つくば中央営業所
大型車、中型車、小型車ともに在籍し、国内4メーカーすべての車両が配置されている。 大型車は、かつては1985年の国際科学技術博覧会開催時に自社発注で大量導入された車両のうち、川重車体製のいすゞ・キュービックLVが多く在籍していたが、現在は全て廃車された。
移籍車は、かつては元京阪バスの日野RC、元川崎鶴見臨港バスのいすゞCJM、元横浜市営バスの三菱MP、元西武バスのUD・U33系が在籍していた。その後は京成バスおよび京成グループからの車両が中心で、IKボディのいすゞ・キュービックLVが最も多く、その他、富士重7EボディのいすゞLV、日野・ブルーリボンHTも在籍する。また移籍車にはワンステップバスも配置されている。
京成グループ以外では、元東急バスのいすゞ・エルガノンステップも在籍している。そのうち元東急バスのエルガ(9375YT)は、東急バス時代のカラーリングのまま、つくばサイエンスツアーバスのラッピングが施されており、つくばサイエンスツアーバス運行時は、優先して運用されていたが、2019年(令和元年)夏に廃車された。後継車輌として、京成バスからのエルガ(9507YT)が同年夏よりつくばサイエンスツアーバスのラッピングが施されている。
荒川沖駅 - 乙戸 - 赤塚 - 谷田部中央 - 要害住宅 - 島名 - 高野:2001年(平成13年)7月16日廃止 2022年(令和4年)3月25日、この区間の一部が復活する形で荒川沖駅 - イオンモールつくば路線が設定されたが、これは他の荒川沖駅発着便とともに土浦営業所の担当となっている。なお、上記路線の廃止に伴い廃停留所となった乙戸停留所と同名の乙戸停留所が新設されたが、新停留所は旧乙戸停留所より約300m程荒川沖駅寄りとなる。
谷田部車庫 - 高岡 - 福原 - 山王新田 - 寺原 - 取手駅西口:2003年(平成15年)3月16日廃止
谷田部四ツ角 - 柳橋 - 西平塚入口 - 筑波大学西 - 常陸大曽根 - 北条 - 筑波駅:2003年(平成15年)10月1日廃止。 学園地区はほとんど通らず、郊外の集落を中心に運行した路線。1990年代後半から長らく休日のみ筑波駅発片道1本のみ運行されていたが、最末期の半年は休日のみ谷田部四つ角発片道1本の運行だった。