侍所
土一揆の鎮圧など大規模な軍事力を要する場合には他の大名や権門の協力を仰いだ。実務処理は奉行人が行い、下級役人として小舎人、雑色などが編成された。他に事務方として開闔(かいこう)が置かれ、監察役である目附や取調官に相当する寄人(よりうど)などがいた。
しかし、室町末期から戦国時代にかけては所司・所司代は置かれず、幕府奉行人である松田氏か飯尾氏のいずれかが開闔として所司・所司代の代わりに侍所の指揮を執った。開闔は侍所の責任者として在京が義務付けられ、京都の治安維持や禁獄の管理、将軍や他の権門による検断に関する助言などを行った。また、開闔は室町中期以降、京都周辺の地侍や腕に自信がある浮浪者などを傘下に加えて独自の軍事力を持つようになり、応仁の乱以降、所司の軍事力による支援が期待できなくなると、開闔の被官が他の侍所の職員とともに治安維持に従事した。また、開闔の軍事力はそのまま足利将軍家の軍事力の一翼を担っており、当時の記録よりおよそ200-300人程度が動員できたと推定される。
行事の警備などに当たる御家人の召集・指揮と、罪人の収監などを行った。
所司(しょし)または侍所司(さむらいどころのつかさ)と呼ばれる役職についた有力御家人が統制し、所司の中で最高位の者は別当(べっとう)と呼ばれた。鎌倉幕府の侍所は源頼朝によって治承4年(1180年)に設置され、別当は初め和田義盛らが務めたが、和田合戦により義盛が討たれると、以後は執権が職を兼ねたとされる。
元は平氏政権において伊藤忠清が坂東八か国の武士を統率する「侍別当」に任じられたのに対応して、和田義盛が頼朝に嘱望したとする謂われがある(『延慶本平家物語』『吾妻鏡』治承4年11月17日条)。この話が事実とするならば、貴族の家政機関である侍所とは異なる流れの中で成立した可能性が高い。その後、頼朝の地位上昇と共に家政機関としての侍所の要素も加わるようになり、建久年間には別当である和田義盛が家政機関の部分を含めた軍事全般を、所司である梶原景時が鎌倉幕府の組織の根幹とも言える御家人の統制を行うようになる。しかし、違う流れを汲む2つの組織の結合とも言える侍所の組織は不完全なものであり、侍所の職掌の整理が図られて内部の分業が進むのは、景時・義盛が失脚する建保6年(1218年)以降のこととなった。