コアノゾア
襟鞭毛虫類と動物界が密接に関係していることは古くから認識されており、1841年にデュジャルダンによって襟鞭毛虫と海綿動物の形態学的類似性が記録されたことに遡る。特に、襟鞭毛虫の細胞と海綿動物の襟細胞は形態的によく似ている。この関係は、分子系統解析によっても何度も確認されたが、この関係は確かめられてきた。しかし、2013年の有櫛動物(クシクラゲ類)の系統的位置に関する研究で、この相同性には疑問が投げかけれており、議論が続いている。近年のゲノム研究では、襟鞭毛虫には動物の多細胞性における重要な遺伝子があることが報告されている。