ルートディレクトリ
ただしルートディレクトリはファイルシステムのどこにも存在しないため、ルートディレクトリにファイルを直接含むことはできない。例えば、"file:" URIスキームを用いてローカルファイルにリンクする場合、そのシンタックスは"file:///C:/..."で表現され形式になる。ここで"file://"は標準接頭辞であり、三つ目の'/'がローカルシステムのルートを表す。
Unix系オペレーティングシステムでは、各プロセスはルートディレクトリがどこかを自身で理解している。ほとんどのプロセスにとっては、ルートディレクトリはシステムの実際のルートディレクトリと同じであるが、chrootシステムコールを呼ぶ出すことで変更することができる。これは通常、レガシーライブラリを必要とするソフトウェアを起動したり、時にはソフトウェアのインストールとデバッグを簡単にしたりするため、人目につかない環境を作成するために行われる。chroot内のプロセスはchroot環境から脱け出すことができるため、セキュリティの強化を目的として使うべきではない。FreeBSDは、オペレーティングシステムレベル仮想化を可能にし、ファイル階層のサブセットへ正確にプロセスがアクセス可能なファイルはどれなのかを抑制するためのセキュリティ目的にも役立つ、より強力なjail()システムコールを提供する。