コミックマーケットが抱える問題
人気サークルがコミケ限定で頒布する同人誌を入手する為に、(徹夜組を含む)一般参加者より早く会場へ入場できるサークルチケットを入手することを目的にサークル参加する者がいる(この中には徹夜組や転売屋も存在する)。サークル参加の落選率の上昇に繋がるなどの理由から問題視されるようになっている。
コミケットから帰る客で混雑する時間帯は台場付近から乗車する乗客との兼ね合いもあり、有明駅・東京ビッグサイト駅の両駅で新橋方面への列車の乗車制限を行っている。これに対し、豊洲方面への乗車制限はない。さらに、東京ビッグサイト駅ではホームが混雑するため入場制限を行っている。とはいえ、かつての晴海やゆりかもめとりんかい線の全線開通以前の有明は臨時路線バスが主力という不便な環境であり、黎明期と比べれば会場への交通手段の選択肢ははるかに充実している。
長距離夜行高速バスは、ドリーム号(東京駅発着)、WILLER EXPRESS(バスタ新宿、大崎駅西口発着)など多数の路線が設定されているが、コミックマーケット開催時の上りと開催終了後の下りはすぐに満席となるケースが多い。また、2020年(令和2年)まで運転されていたJR東海道線の夜行快速「ムーンライトながら」は、夏コミ・冬コミともに開催日が青春18きっぷの使用可能日と一致し、かつ東京から西日本方面を安く移動できるため、コミックマーケット開催時の上り・開催終了後の下りは指定席券の確保が困難を極めた。
コミケ終了後の上野東京ライン、特に東海道線の混雑が熱海駅から先JR東海管内の静岡地区や遠く名古屋地区にまで影響を及ぼすことすらある。
コミックマーケット94終了後の2018年8月12日、準備会は2019年開催予定のコミックマーケット96・97について、史上初の4日間開催であることを決定した。また前述の通り東展示棟が使用できないため、西展示棟と新たに建設される南展示棟・青海展示棟で行われた。
なお、東京オリンピック開催に伴って会場が狭くなり、企業ブースが減少し、広告も減ってしまう一方で、開催日数が4日となり、会場数も2つに増加することにより、経費が増大したのと、コミケ参加者とそうでない一般人とを判別するため、2019年8月開催予定のコミックマーケット96(C96)と2019年12月開催予定のコミックマーケット97(C97)について、入場料の有料化(リストバンドを購入する方式)を検討していることが、2018年11月3日付けの「コミケットアピール95」において、示された。
新型コロナウイルス感染症流行の影響で2020年3月に東京オリンピック・パラリンピックの1年延期が決定し、2021年夏に東京オリンピック・パラリンピックが開催されたため、東京ビッグサイトの使用可能計画も2020年秋から2021年夏ごろまで白紙撤回となった。
コミックマーケットは参加人数が非常に多く、長時間列に並ぶことが常態化している。その年の気候にもよるが、夏コミでは炎天下による熱中症、冬コミでは寒さ対策(会場が海に近いため寒い)不足による低体温症にかかり、救護室に担ぎ込まれる参加者が後を絶たない。準備会はコミックマーケット84に関連して、夏のイベント参加者に感染症への注意を呼びかけた。