ぷよぷよ〜ん
ゲームボーイカラー版では「とことんなぞぷよ」がないが、新たにピエロ、ハニービー、インキュバス、ラグナス・ビシャシ、ミノタウロスの5名が対戦キャラクターとして登場している。また、これらの追加キャラクターを含めた連鎖ボイスは、一部のキャラクターは『ぷよぷよ〜ん』ではなく、N64・PS版『ぷよぷよSUN』のものが流用されており(このため、DC版と一部声優が異なる)、『ぷよぷよ〜ん』の声優が担当しているキャラクターも一部ボイスの変更・入れ替えがなされている。
自分のフィールドにカーバンクルを呼び出す。カーバンクルが歩いた部分のぷよは、壁と鉄ぷよを除いてすべて同じ色に変わる(最初がおじゃまぷよの場合は赤になる)。初代『ぷよぷよ』やスーパーファミコン版『す〜ぱ〜ぷよぷよ通』2種、『ぽけっとぷよぷよ通』などの「とことんぷよぷよ」にも、「お助けアイテム」として同じ機能が搭載されていた。
本作を企画したかむきひがコンパイル公式ページ内のコラムで語ったところによると、本作の企画は『ぷよぷよSUN』完成直後に始まった。 プロデューサーおよびプログラムはコトブキシステムのスーパーファミコン用ソフト『ファランクス』(1992年)のプログラムを手掛けた増野宏之が担当している。増野は後にゲームボーイカラー用ソフト『アルルの冒険 まほうのジュエル』(2000年)のプロデューサーを担当している。音楽は前作『ぷよぷよSUN』(1996年)を手掛けた大成康二および嶋崎聡が担当している。キャラクター・デザインは、これまでの多くのシリーズを担当した壱に代わって戸部淑が担当し、ゲーム中のグラフィックはなみへい(エナミカツミ)他が担当した。一部『わくわくぷよぷよダンジョン』(1998年)のグラフィックをベースとしているともとれる。また前作までとは異なり、キャラクターのボイスにコンパイル社員やオーディションの新人ではなく、著名の声優を起用している。
隠し特技。相手のフィールドにおじゃまぷよを6個降らせる。
ドリームキャスト版に限り、「とことんぷよぷよ」において最大108連鎖できるフィールド「す〜ぱ〜ちびぷよ」が収録されている。背景がアニメーションするなど、機種の性能を生かして他機種版にはない独自の細かな演出がある。また、上位の予告ぷよの種類が非常に多い。『ぷよぷよ通』の一部機種にあった4人対戦「みんなでぷよぷよ」、『ぷよぷよSUN』の一部機種にあった「とことんなぞぷよ」も収録。この機種のみ、初代のように降り切れなかったおじゃまぷよのお釣りがある。また、携帯電話アプリ版以外の機種ではDC版のみ版権表示にコンパイルの社名が表示されていない。