徳島運転所
0番台10両 (112, 114, 118, 145, 171, 173, 174, 177, 178, 191) ・1000番台1両 (1086) 計11両が配置されている。こちらは前述のキハ40とは異なり、ワンマン運転には非対応で、車内も冷房化改造されている以外は座席配置を含め製造当時のままである。
高徳線・牟岐線(徳島 - 阿南間)・鳴門線で運用される。
2016年3月に0番台 (171, 173, 174, 178) の4両が松山運転所から転属した。
徳島運転所(とくしまうんてんしょ)は、徳島県徳島市にある四国旅客鉄道(JR四国)の車両基地で、運転士・車掌も所属している。徳島駅に併設されている。