側鎖
アミノ酸残基で構成されるタンパク質では、側鎖がアミド骨格のα炭素原子に結合している。α炭素に結合している側鎖は、各アミノ酸に固有のもので、アミノ酸の電荷や極性を決定する役割を果たす。アミノ酸の側鎖は、タンパク質が正しく折りたたまれて機能するための多くの相互作用にも関与している。極性の似たアミノ酸同士は通常引きつけられるが、非極性側鎖と極性側鎖は通常互いに反発する。非極性/極性相互作用は、タンパク質全体に比較的多く存在するため、二次構造の安定化に重要な役割を果たす可能性がある。側鎖原子の空間的な位置は、側鎖再構築のための計算ツールを使用し、タンパク質骨格の形状に基づいて予測できる。