ロックマンX2
通常版・チャージ版ともに場所によって利用する物質が変わり、性能も異なる(中にはカウンターハンターの弱点となるものも存在)。 通常 - 周囲の物質を利用した弾を撃つ。なお上記のように、場所によって物質・性能は以下のように変化する。 機械の弾は浅い放物線上に飛び、敵や地形に当たると斜め4方向に小さく分裂する。この弾は形が2種類存在する。 岩の弾は、機械の弾と同様に飛び、着地後に少し跳ねてから分裂する。 葉っぱの弾は、短い距離を逆放物線上に飛び、そこで分裂せずに消滅。 水晶の弾は強力で、着地後に何度もバウンドしながら前進し、壁や敵に当たると分裂する。 バスターを構えるのみでなにも発射されない。 チャージ - より大量の物質を集積して放つ。弾が大きくなり、威力・射程・貫通性なども高くなる(大元の性能は通常版に準ずる)。チャージが完了した瞬間に周囲から物質が引き寄せられてくるが、その状態でダメージを受けると自動的に発射される。また、特定の場所で使用すると、ライフエネルギーと武器エネルギーなどのアイテムを引き寄せる。
日本国外では「シルクショット(Silk Shot)」と表記される。
空中を移動できればエックスの攻撃力が30%上昇するという分析の結果、空中でのダッシュ機能「エアダッシュ」が使用可能になる。またジャンプ力もわずかながら上昇する。
先の戦いで、エックスを助けるために自爆した特A級のイレギュラーハンター。しかし、頭脳チップが奇跡的に無傷で、ボディがあれば復元可能な状態であった。だがそのボディは「レプリロイドの生みの親」であるはずのケイン博士にも不可能とされており、ストーリー開始時点ではイレギュラーハンター基地に頭脳チップのみの状態で保管されている。
後にカウンターハンター・サーゲスによってボディパーツが製造され、これらのパーツをカウンターハンターから回収できるかどうかによって本作のストーリーが分岐する。パーツを全て回収した場合は味方として完全に復活し、ゼロとの戦闘を回避できる(ブラックゼロの項目も参照)。だがパーツを1つでも回収し損ねた場合は逆に頭脳チップが奪われ、シグマの部下として復活したゼロと戦わなければならなくなる。
敵として戦う場合、エックスの(パワーアップパーツを装着した状態の)フルチャージの攻撃をも上回る三段攻撃「ダブルチャージウェーブ(Double Charge Wave)」を一瞬の溜めで放てる他、ダッシュしながらの斬撃や、地面を殴って広範囲に破片をまき散らす「アースクラッシュ(Earth Crush)」などの数々の強烈な技を繰り出してくる。
新たなボディに伴い、バスターのデザイン変更やショルダーガードや金色のラインの追加など、各所のディテールが変更されている。最大の変更点は追加されたビームサーベル型の武器で、後に「ゼットセイバー」(『X3』では「ビームサーベル」)と名付けられ、性能を変えつつもゼロの主武装となる。
シグマの手によって作られたゼロのコピー。姿は同じだが全身が黒基調のカラーとなっている。ゼロのボディパーツを全て回収した場合にシグマと共に現れるが、復活した本物のゼロにより一瞬で倒されてしまうため実力の程は不明。携帯アプリ版ではランキングモードでのみ戦闘が可能になっている。
ブラックゼロ自身は本作のみの登場だが、後に本物のゼロ自身が黒のカラーリングとなるバージョンが隠し要素などで定着していく。
パワーとスピード:18500rp
イレギュラーハンター第17精鋭部隊の元隊長であり、史上最強のレプリロイドと呼ばれる。半年前にレプリロイドのための世界を創造するために反乱を引き起こしたが、エックスによって倒され、その計画は失敗に終わった。しかし、カウンターハンターが全て倒された後、実体を得て「ネオシグマ(Neo Sigma)」の名で復活。エックスとゼロ(場合によってはコピー)とを戦わせようと仕向けてくる。
実体を持ってエックスの前に現れるのは終盤だが、本作のボスキャラクターの経歴の中には、シグマが関与しているものも多数存在する。
本作ではボディのカラーリングが黄色と青を主体としており、前作と幾分異なる点がある(ボディ各所のディティールなど)。両腕に爪を装備し、電撃のような攻撃と織り交ぜて俊敏な攻撃を行う。
彼の正体がプログラムウィルスであると正式に明かされるのは次回作『ロックマンX3』の話だが、本作時点でその設定は存在しており、実体を倒されるとウィルス本体「シグマウィルス(Sigma Virus)」が立体映像のような姿となって襲い掛かってくる。この形態では目からの光線や体当たり、ザコメカニロイド4種を召喚して攻撃する。ライフが減ってくるとワープも行う。
どのような経緯で知ったかは不明であるが、「ゼロの本当の敵は自分ではないはずだ」「奴は...最後の...ワイ...ナン...ズ(ワイリーナンバーズ)」など、ゼロの製作者を知っているような言葉を残している。
「レプリロイドの生みの親」といわれるレプリロイド工学の権威にして、イレギュラーハンターの設立者。
名称自体は『ロックマンX』のOPデモに登場したが、その姿を現したのは本作が初である。
日本国外版での英名は「ホイール・ゲーター(Wheel Gator)」と表記される。
パワー:9800rp / スピード:1800rp
恐竜戦車ステージのボス。凶暴な人格を持つワニ型レプリロイド。ボディのカラーリングは緑を基調としている。
イレギュラーハンター第6艦隊の副隊長だったが、任務中に仲間のハンター同僚を襲い、裏切り者として追われていた。反乱に加わったのも己の破壊の願望を満たすのが目的であり、恐竜型巨大陸上空母で都市を蹂躙していく。
戦闘では不透明な液体が波打つ部屋で水面下に潜み、突如足元から噛み付いてくる他、両肩から発射する特殊武器「スピンホイール」や一定のダメージを受けるとドリル状に錐揉み回転しての突進など、壁蹴りなどで逃げられても対応可能な攻撃も持つ。こちらの攻撃を食べて吐き返すこともある。錐揉みで削られた壁に触れるとダメージを受ける。ボスラッシュでは最初から錐揉み攻撃を繰り出す。
通常 - 敵を正六角形の水晶に固める特殊弾を発射する。射程は短く、浅い放物線上に飛ぶ。十字ボタンの上を押しながら発射すると、より高い角度で発射できる。固めた敵は足場に利用できる他、横からダッシュでぶつかる事によって破壊する事もできる。画面内に敵を3体まで固められる。これで倒すと武器エネルギーが確定で出現する。また、敵を固めた状態で武器選択画面を開き、別の武器に切り替えると、固めていた敵は消滅する。なお、ボスに対しては弱点武器となっているボスを除いては、水晶に固めることはできず、僅かなダメージを与えるのみ。 チャージ - エックス自身を含め一定時間、周囲の時間の流れを遅くする。精密な動作を要求される場面で活用できる。なお、攻撃力はない。