小山車両センター
2004年4月現在では7両編成7本(うちロングシート車4本)と4両編成10本の計89両が配置されていた。
2004年10月改正で定期旅客運用は消滅したが、その後は日光線用の107系の予備車および訓練車として使用された。
2006年には、大宮 - 奥多摩間の臨時快速「むさしの奥多摩」号に使用された。
2007年4月時点では、300番台4両編成1本(Y427編成)が配置されていた。Y427編成は予備車および訓練車として残存し、宇都宮地区や大宮地区での訓練に使用されたほか、東京地区での訓練に使用されることもあった。2007年にE231系の付属編成1本 (U-118編成) が訓練時の予備確保目的で増備されたため使用頻度が減少して保留車となったのち、2007年11月30日に長野総合車両センターに回送され、12月1日付けで廃車された
107系
0番台2両編成8本が配置されていた。
日光線・宇都宮線(小金井 - 宇都宮間)の普通列車で運用されていたが、2013年3月に運用離脱、6月に廃車された。
運用数に対して編成数が少ないため、予備車が不足した場合は、高崎車両センターの115系や107系100番台を借り入れた。
485系
お座敷列車「宴」、「華」と「日光」「きぬがわ」用の6両編成3本が配置されていた。
かつては川越車両センター配置の205系や浦和電車区に配置されていた209系も見られた。宇都宮運転所配置時代のキハ40形も、車輪の転削を行うために当センターまで回送されることがあった。
国府津車両センター配置のE231系・E233系のほか、宇都宮線で運行される団体列車用の電車、臨時運用の東武100系などが留置される。