京極氏
高知は嫡男の高広に宮津藩7万8,000石を、三男の高三に丹後田辺藩3万5,000石を、甥で婿養子の高通に峰山藩1万石を分けて継がせた。宗家は改易されたが、分家は大名として存続した。
高詮の代に京極氏は四職の一つとなり、以後の当主は出雲、隠岐、飛騨の守護に代々任ぜられ、侍所所司を務めることとなる。また、高詮の弟である高久は近江の尼子郷を分け与えられ有力庶子家となり、後の戦国大名尼子氏の始祖ともなる。もうひとりの弟である秀益は出雲の宍道郷を分け与えられ有力庶子家となり、後の戦国大名宍道氏の始祖ともなる。
京極氏に関しては、一部の史料を出典として、室町時代に近江国(江北地域)の半国守護であったとする説がある。だが、京極氏の古文書が納められた『佐々木文書』には出雲・隠岐・飛騨以外の守護補任に関する文書は確認できず、また室町幕府の記録からも六角氏が近江一国の守護であったことが確認できるため、この説が事実ではないことが判明する。ただし、京極氏が江北地域に広大な所領を有してそれが守護不入扱いを受けていたこと、守護が利害関係者になっている所領が使節遵行の対象になった場合に隣国の守護が室町幕府よりその国の守護に代わって遵行を命じられるケースがあるが、近江国ではそのような場合には京極氏がその役を任せられるなど、守護に匹敵する待遇を与えられていたことも事実であった(京極氏は奉公衆ではなかったが、近江国内においては奉公衆と同様の存在であった)。一方、守護である六角氏の立場からすれば京極氏の存在によって近江一国の安定した統治の確立が不可能な状況に置かれており、六角・京極両氏の対立の要因となった。京極氏が近江守護になるのは、応仁の乱で室町幕府と六角氏が対立し、京極持清が六角高頼に代わって守護に任じられた文明元年(1469年)のことであり、祖である佐々木道誉(京極高氏)が務めて以来、約130年ぶりのことであった。
その後、当主は高光、持高、高数と続き、それぞれ侍所所司として室町時代に頻発した乱の鎮圧に当たる。