運航指揮官
後藤鉄五郎大佐(1943年11月-1944年7月)
山本雅一中佐(1943年11月-1945年1月)
加治木智種中佐(1943年11月-1944年3月)
小豆沢成大佐(1943年12月-1944年11月戦死)
上田泰彦大佐(1943年12月-同月)
細谷資彦大佐(1943年12月-1944年9月戦死) - 最終時はヒ72船団乗船
佐々木高信大佐(1944年1月-1945年1月)
来島茂雄大佐(1944年3月-1945年3月)
森繁二大佐(1944年3月-1945年1月)
大橋龍男大佐(1944年3月-1945年1月) - 1944年10月以降は少将
板倉得止大佐(1944年3月-1945年3月)
北村昌幸大佐(1944年4月-1944年9月戦死)
八木久五大佐(1944年6月-1944年9月)
相馬信四郎大佐(1944年8月-1945年3月)
藤田俊造大佐(1944年8月- )
加藤与四郎大佐(1944年8月-1945年2月20日戦死)
篠田清彦大佐(1944年8月-1945年1月8日戦死)
橘正雄大佐(1944年10月- )
土井申二大佐(1945年1月- )
加藤文太郎大佐(1945年1月- )
運航統制官・運航指揮官は、班員としてわずかな下士官・兵がいるだけで相談できる幕僚を持たないため、孤独な状態で重責を負わなければならなかった。特設艦船部隊令の改正で正式な制度と認められてからも指揮体制は強化されなかった。貧弱な体制下で船団運航を影から支えた存在であった。
運航指揮官の多くは予備役から召集された高齢の大佐で、大井篤によれば山本五十六連合艦隊司令長官(海兵32期)や永野修身軍令部総長(海兵28期)と海軍兵学校で同期と名乗る者までいた。そのため、身に付けた軍事知識が古く、近代戦の指揮能力が疑問視された。戦争後期に船団の大規模化が図られた際には運航指揮官による指揮は困難と見られ、新制度として特設護衛船団司令部を設置することになった。背景として、日本海軍では海軍兵学校卒業者の全員を大佐まで進級させる原則で少数養成主義を採ってきたため中堅士官が不足しており、第二線扱いの護衛部門に現役士官を配置する人的資源の余裕が無かった。
もともと部内限りの制度として始まって権限が不明確な面もあり、護衛艦の艦長、船団加入の商船の船長、護衛対象が陸軍の軍隊輸送船の場合には陸軍の輸送指揮官といった他の指揮官との関係でしばしば問題が起きた。特に運航指揮官が高齢の予備役士官である場合、形式的には指揮下に入るはずの護衛艦艇の現役士官との関係で問題が多かった。もっとも、運航指揮官側が知識の古さや立場の曖昧さを自覚して護衛艦長に遠慮することで円滑に任務を遂行した事例もあり、トラブルの有無は運航指揮官の個人差によるところが大きかったとも言われる。