鳥羽・伏見の戦い
伊豆国の韮山代官所手代・柏木忠俊は、上野国の前橋藩主・松平直克の家老・山田太郎右衛門とともに慶喜を罷免・謹慎させ、徳川氏の永続をはかろうとしているとの風説も飛び交った。
1月20日、慶喜は江戸の各藩邸の重役をよぶと、官軍の侵略を止めるよう各藩主からの働きかけを頼んだ。同21日、慶喜は尾張藩主・徳川慶勝、越前藩主・松平春嶽、広島藩主・浅野長勲、熊本藩主・細川護久、土佐藩主・山内容堂らへ朝敵の冤罪についての弁明と、慶喜の真意についても理解を請う手紙をおくった。その書は「鳥羽・伏見の戦いは、かねてからのわが素志に背いているので、断然と大阪城を尾張殿と越前殿の両家に託しておき、わが方の兵を引きあげさせた。まったく一時の先供らの争闘にすぎないが、あるいは牽強付会(道理があわないのに朝議をする人々からのこじつけを)され、予に朝敵の悪名を負わさせたようにも承っている。予は実に意外で、恐怖と嘆きの至りであり、結局、防備のきわめて堅固な拠点も棄てて天皇への赤心(うそいつわりのない忠誠のまごころ)を表した。しかし何分、予は近来なにをしてもわが志に背くだけでなく、ついには病魔におかされ事務もとりあつかいかねている。後継者を選んで退隠しようと思う。なにとぞ、これまでとかわらぬ厚誼によってあいかわらず力を尽くされ、朝廷を第一に奉り、朝議に参加している少数の西国列藩へもご説諭され、誤って朝敵とされている各藩の汚名をそそぐよう千万回もつつしんでお願い申し上げるところである」との内容だった。また慶喜は真心を尽くした誠意のかぎりいろいろな方面へ、新政府から朝敵とされている諸藩への救援を求めたが、江戸城のうちではつねづね親しい者へ「予は烈公の遺訓を守り、特にとても苦心して勤皇に励んできたが、兵士らを統御する方法が足らずに今のおいつめられた苦しい状況に陥ってしまったのは、まったくわが不徳の致すところだ。
しかし将校・兵士らの憤怒はその極度を達し、一戦を交え薩摩藩の悪謀に報いようと殆ど狂ったかのごとく叱咤、慷慨、殺気が天を衝いた。
慶喜は極力配下を制し、その思いを察した老中・板倉勝静や若年寄・永井尚志らも鎮撫に努めたが、会津藩・桑名藩らを主とした兵士らの激動はたやすく静まらなかった。慶喜が心を込めた兵隊への親しい説諭も、軽挙妄動の制止も、いまではその手段を使い果たし、だからといってこのまま過ごしていれば、遂には天皇の間近で流血沙汰の大惨事となる戦乱が勃発するだろうことはまた確かな状況においつめられていた。むしろ一旦この地を去って、兵士らの高まり続けている憤怒の気勢を緩和させるに越したことはないだろうと思案しはじめた。こうして慶喜は天皇のもとで騒乱が起きる事を第一に恐れ、ただ時々刻々と激しくなっていく兵士らの「薩摩藩撃つべし」の勢いを緩和しよう欲し、特に深謀遠慮があったわけではないままで、ひとまず大阪城へ退去しようとした。しかし慶喜は後年、いつでも起きかねない御所辺での戦闘から、慶喜にとって母(吉子女王)方の実家で主家にあたる天皇を守ろうとするあまり、二条城から大阪城へ配下の兵士らを伴って退去しようとしたこの一時の判断が、暗躍する薩摩藩のたわめた非道な朝命への義憤でいきり立つ配下の多勢を結果として抑えきれないまま、つづく鳥羽・伏見の戦いを引き起こした事を「一期の失策」と後悔し、「たとえ発奮している部下の兵隊に刺し殺されようとも自分は天皇のもとを泰然として一歩も動かず、(徳川宗家の旧幕府軍の主力部隊を構成していた)会津藩主と桑名藩主へ帰国(帰藩)を命じ、(内大臣をやめてから)自分ひとりでいち平大名として再び天皇家(朝廷)に公職(仕官)を願い出ればよかった」と振り返っている。
会沢は250年の天下泰平になずんだ江戸の平和のもとで、単に武士道精神の復興、農兵の導入、沿岸警備隊や火薬廠の建設、参勤交代費を節減して雄藩を強化する事など具体的な国事改革論を提出するだけでなく、近代日本を造る「国家」の単位を、改めて定義した「国体」概念ではじめて提出したのである。この書は会沢から第8代水戸藩主・徳川斉脩(おくり名・哀公)へ献上されたが、哀公は同書を一読後、幕府への献上を認めなかった。また哀公は同書の出版時にも匿名とするよう会沢へ警告した。この書は既存の幕藩体制の秩序を強化する幕政改革論で、決して倒幕や王政復古への展望をもつものではなかった。しかしすぐそこに列強からの植民地化が迫る危機感を「尊王攘夷」の精神として全国へ啓蒙する強烈な檄文でもあったため、既存の幕藩体制をおおかれすくなかれ批判する側面がある以上、現政体を飽くまで維持しようとする保守主義の立場からはいささか進歩主義的にすぎるとみられる内容でもあった。その後、30年間『新論』は出版されなかった。しかし会沢の弟子や同僚らが密かに筆写し世に出回ると、国内知識人のネットワークを通じて同書を読み、感動した諸国の志士らが会沢らに学ぶため常陸国水戸(会沢らの暮らしていた現茨城県水戸市の城下町)を訪れるようになった。佐賀藩士・大隈重信『大隈伯昔日譚』によると、「勤皇の大義」を説く水戸学派の学説は大隈はじめ同藩士・江藤新平や大木喬任らから輸入され、そのうち、会沢の『新論』は「佐賀藩の一部の侍や庶民が最も貴重とするところとなっていた」という。
「君上(慶喜公)が単騎でご上洛(御所へ参内)されれば、士気が奮って軍を挙げる機会もたちまちに熟しましょう」と興奮しながら激しい口調でいう者もいた。
老中らはこれらの主戦論に同意で、江戸の薩摩藩の各邸宅は没収のうえ他の大名家らに預けた。1月13日、老中らは歩兵頭へ駿府警備を命じ、14日、下総国の古河藩主・土井利与へ神奈川警備の増員を命じ、17日は目付を箱根と碓氷の両関所に派遣し、20日、信濃国の松本藩主・戸田光則と上野国の高崎藩主・大河内輝声らに碓氷関を警備させた。急な使いがあらそうようにあちこちへ馳せ、江戸城中の混乱もさることながら、ましてや官軍による方々での乱暴狼藉をしらせる特使からの急ぎの報告はひっきりなしに続くので、主戦派の人々は激論に激論を重ね、いつ果てるともなかった。
12日慶喜が帰ってきたときの江戸城中の混乱はただごとはなく、主戦論を主張したのは会津藩・桑名藩だけでなく、老中以下、もろもろの幕臣までほとんどが主戦論者でない者はいないありさまで、なかには腹を抱えて笑うべきな主戦論まであった。桑名藩主・松平定敬は自邸(江戸桑名藩邸)にも入らずに、一橋徳川邸、江戸会津藩邸などに侍って日ごとに江戸城へ登っていた。官僚らは入り混じりながら慶喜公に謁見し、おのおのの説を勧め、その止まない談話は往々にして夜を徹し暁がほのかに出るころまでつづき、もろもろの幕臣同士の議論はにわとりが鳴く声を聞こえる朝がたになるまでまったく終わりをみせなかった。17日、若年寄・堀直虎は「わが身が国事を決定的に変える重要な局面にいながらに、この難局を処理する力がなく、若年寄たる有難きご委任をまっとうできず、一介の武士として面目ない」と、ついに殿中で自害した。
慶喜は留守居役にした水戸藩家老・大場一真斎へ二条城を預けると、城中の兵士らをこぞって集め、会津藩・桑名藩の主力部隊も引き連れ、徳川宗家の全軍をまとめて大阪城へ退去した。
慶喜はもともと勤皇の水戸藩(慶喜の実家、水戸徳川家臣団)であれば有事があっても後顧の憂いなしと考え、同藩・本圀寺党としてこれまでともに天皇を守ってきた同藩家老・大場一真斎と鈴木縫殿の2人をじきじきに召し、二条城の留守居役を命じると、手づから、腰に帯びた刀、備前一文字則宗の拵附を大場へたまわった。こうして二条城は大場を主将として留守をし、若年寄・永井尚志は物情鎮定の命令を受け城中に留まった。
また慶喜はお供の将校・兵士らを二条城中の広場に呼び、酒樽を開いて乾杯し、一同に飲ませた。『徳川慶喜公伝』によると、このときの杯は桐の紋章を描いた金製で、何千個あったか定かではないが、以前、本願寺から献上されたものだったという。酒を散じてから、慶喜は会津藩主・松平容保、桑名藩主・松平定敬、老中筆頭・板倉勝静らをしたがえて、徒歩で二条城の裏門から出で立った。慶喜は途中で馬に乗り換えたが、このとき旗本・御家人らをはじめ会津藩士・桑名藩士ら随従する者が約1万人ほどに及び非常に多く、時刻は午後6時頃だった。日はすでに暮れていたので、慶喜は白い木綿を着て両腕をたすき掛けにし、他の者は片方の腕だけたすき掛けにさせ、主従を見分けられるようにした。提灯は一小隊に一個を与えただけだった。慶喜ら大行列の一行は大宮通をくだり、三条通を西へ出て、千本通をくだり、四辻にでて鳥羽街道をへて、しばらく鳥羽村で休憩した。