ファーティマ朝のエジプト征服
ジャウハルは968年12月26日にラッカーダ(英語版)で自身の天幕を設置し、ジャウハルの指揮の下で遠征軍の招集が始まった。カリフのムイッズは、ほぼ毎日近接するマンスーリヤ(英語版)の宮殿から規模が拡大していく野営地の様子を視察に来た。アラブの史料では、招集された軍隊は100,000人を超える規模であったと記録されており、強力な海軍の戦隊を伴い、戦争資金として1,000個を超える金貨で満たされた箱が準備された。969年2月6日にカリフが自ら進行役を務める正式な式典が開催された。そこでカリフはジャウハルに全権を授与し、式典の後に続いて軍隊が出発した。ジャウハルに全権が与えられたことの証として、カリフとジャウハルだけが式典中の騎乗を許された。カリフの息子や兄弟を含む他のすべての要人は、馬から降りてジャウハルに敬意を表すように命じられた。ムイッズは新しい総督に授けられた権威をさらに強調するために、しばらくの間騎乗して軍隊に同行し、その日に自身が着用した豪華な衣装をジャウハルに与えた。軍隊はバルカに向けて進軍し、そこでヤクーブ・ブン・キッリスが軍隊に加わった。
ファーティマ朝の軍隊は969年5月にナイルデルタに入った。ジャウハルは抵抗を受けることなくアレクサンドリアを占領し、アレクサンドリアに近いデルタ地帯の西端に位置するタッルージャに要塞化した野営地を築いた。その一方で前衛部隊はファイユーム・オアシスに向かって進軍した。ジャウハルの軍隊はエジプトに入ったときには全く抵抗に遭うことがなく、すぐに海からファイユームに至るまでのナイル川西岸の支配を手に入れた。その後ジャウハルは動きを止め、フスタートの反応を待ち構えた。
国内政策ではジャウハルは地元の支配層から恨みを買うことを避け、秩序ある行政の継続を確保するために注意を払わなければならなかった。その結果、ジャウハルはイフシード朝政権の経験豊富な実務者の大部分をそのまま残した。ジャアファル・ブン・アル=フラートは行政府の長官としてだけではなく、ワズィールとして司法長官やハティーブ(説教師)の長官と同様に留任した。ジャウハルはこれらの者を統制するためにクターマ族の監督官を任命しただけであった。また、ジャウハルは毎週開催される各種の苦情を審理する法廷(マザーリム(英語版))を設置し、一部の税金が撤廃され、財務官庁によって不法に没収された資産が所有者に返還された。
宗教問題ではジャウハルは慎重な態度をとり、イスマーイール派の儀式は徐々に導入されただけであった。アムル・ブン・アル=アース・モスクでは差し当りスンニ派の儀式が維持されており、ファーティマ朝の軍営地におけるモスクとして機能していたイブン・トゥールーン・モスクでのみ、970年3月にファーティマ朝の礼拝の呼びかけ(アザーン)が導入された。
ファーティマ朝は909年にイフリーキヤで政権を築いた直後からエジプトへの侵略を繰り返していたものの、依然として強力であったアッバース朝の前に失敗を続けていた。しかし、960年代までにファーティマ朝が統治体制を整備して国力を増した一方で、アッバース朝の総督としてエジプトで自立したイフシード朝政権は長引く危機に直面していた。対外勢力の襲撃と深刻な飢饉に見舞われていたイフシード朝は、968年に強力な指導者であったアブル=ミスク・カーフール(英語版)が死去したことでさらに状況が悪化することになった。カーフールの死去の結果生じた権力の空白は、エジプトの首都のフスタートにおいてさまざまな派閥間の抗争を引き起こした。さらに、同時期に進行していた地中海東部のイスラーム勢力に対するビザンツ帝国(東ローマ帝国)の攻勢が危機の様相を深め、その一方ではファーティマ朝の教宣員が公然とエジプトで活動していた。エジプトの支配層は次第に不安定で危機的な状況を終わらせることを望むようになり、ファーティマ朝による征服の可能性を受け入れ、それを待ち望むまでになった。
この好機に対してファーティマ朝のカリフのアル=ムイッズ・リッ=ディーン・アッラーフは、エジプトを征服するための大規模な遠征軍を組織した。ジャウハルに率いられた遠征軍は969年2月6日にイフリーキヤのラッカーダ(英語版)から出発し、3か月後にナイルデルタに入った。イフシード朝の支配層は交渉によって平和裏に降伏することを望んだ。
ジャウハルの統治はエジプトの支配を確保することに概ね成功し、主にイスマーイール派の教義を課す際に慎重さと自制を見せたことで、新しい体制を地元住民に受け入れさせるという目標は大きく進展した 。しかしながら、壊滅的な結果に終わったシリアへの軍事行動とカルマト派の侵略の撃退、そしてエジプトの秩序の回復に向けた継続的な努力と新しい首都の建設は、人的資源と財政の莫大な支出を伴った。また、その間の数年間の混乱は、進行中であったエジプトの農業の回復とそこから徴税する政府の能力を低下させた。その結果、マイケル・ブレットの言葉を借りれば、「ジャウハルがフスタートの占領に成功を収めてから3年後、バグダードまで進出するという征服への期待、あるいは希望は打ち砕かれてしまった」。
972年5月に再占領したラムラを除き、シリアの大部分はファーティマ朝の支配の外に留まった。さらにそれだけではなく、ファーティマ朝は974年にカルマト派による二度目のエジプトへの侵攻に立ち向かわなければならなかった。
イスラーム世界では10世紀初頭に反アッバース朝を掲げ、ファーティマ朝の母体となったイスマーイール派の教宣活動が広まり、イスマーイール派の支持者はアッバース朝の宮廷にまで浸透していた。後に初代のファーティマ朝のカリフとなるイスマーイール派の指導者のアブドゥッラー・アル=マフディー・ビッラーフは、904年に独立政権を築いていたトゥールーン朝が統治するエジプトへ避難場所を求め、アッバース朝が905年の初頭にエジプトの支配を回復するまで、およそ1年間フスタートで支持者とともに姿を隠していた。その後、アル=マフディー・ビッラーフが西方のシジルマーサへ逃れていた間、協力者のアブー・アブドゥッラー・アル=シーイーが他の地域の教宣活動のネットワーク(ダーワ(英語版))との連絡を維持するために残された。
エジプトにおけるファーティマ朝の工作員とその同調者の活動は、919年の二度目の侵攻に至るまでの間の917年か918年に著された史料によってその存在が裏付けられている。エジプトの総督は侵攻してきたファーティマ朝の軍隊と連絡を取り合っていた数人の工作員を拘束した。エジプトへの初期の侵略の試みが失敗に終わった後、ファーティマ朝はより一層宣伝行為と政権の転覆に向けた活動に重点を移すことになった。フスタートは民族的、宗教的に多様な住民を抱える重要な商業の中心地であったため、ファーティマ朝の工作員はフスタートで容易に浸透することができた。