ソニックアドバンス
ソニック、テイルス、ナックルズ、エミーの4人から一人を選び、ゲームをプレイする。最初からどのキャラクターでも使用可能である。クリアデータはキャラクターごとに独立しているため、ソニックで最終ステージまでいっても、他のキャラクターでプレイする場合は最初からとなる。
ゾーン1〜6+ラストステージ+エクストラステージが存在する。ゾーン1〜6はAct1、Act2に分かれており、Act1はゴール地点にたどり着けばクリアだが、Act2はゴールまでいったあとボスと戦うことになる。ステージクリアをしてもイベントなどは無く、直ぐに次のステージへ行くことになる。カオスエメラルドを全て集めることで、ソニックのみエクストラステージへ行ける。基本的に、メガドライブ時代のソニックシリーズと同様のシステムだが、Bボタンで敵に攻撃出来る所が本作の新しい部分である。
クリアまでの最速タイム競うタイムアタックモードもある。
EGG ROCKET ZONE(エッグロケットゾーン)
エッグマンが峡谷で作ったロボット工場。ロケットに入るとステージクリア。
COSMIC ANGEL ZONE(コズミックエンジェルゾーン)
エッグマンの宇宙ステーションで、重力を変えるエリアなどを攻略しながら進むステージ。