プロ野球ドラフト会議
2007年、西武が「倫理行動宣言」で禁止されているにもかかわらず、複数人のアマチュア選手に対しスカウト活動で現金を供与していたことが調査で発覚した。これを受けて、NPBは西武に対し制裁金3,000万円に加え、2007年の高校生ドラフトについて、上位2選手の指名権を剥奪する処分を下した。ドラフト会議における指名権剥奪は制度開始以来初の制裁となった。この事件の影響もあり、不正の温床とされた「希望入団枠制度」は2007年より廃止となった。
各球団は獲得を希望する選手がいなくなった段階で選択の終了を宣言し、それ以後の指名に参加することはできない。
ウェーバー方式で用いられる「球団順位の逆順」とは、会議1週間前におけるペナントレース順位の逆順(最下位球団が1番目となる)となる。セ・パ両リーグの同順位球団の先順については、以下により決定する。
(2014年まで)
会議開催年度のオールスターゲームに勝ち越したリーグ
1.で決定できない場合、会議開催年度のオールスターゲームの得失点差が優位のリーグ
1.2.で決定できない場合、抽選
(2015年から2018年まで)
会議開催年度のセ・パ交流戦に勝ち越したリーグ
1.で決定できない場合、会議開催年度のセ・パ交流戦の総得失点差が優位のリーグ
1.2.で決定できない場合、抽選
(2019年から)
セ・リーグとパ・リーグ1年おきに変更(2019年はセ・リーグ、2020年はパ・リーグ)
1968年の第50回全国高等学校野球選手権大会で準優勝した静岡商高の新浦壽夫は韓国籍であった。前年に定時制入学後に全日制1年次へ編入した経緯から3年生へ進級しても年齢制限で公式戦に出場できないこと、当時のドラフト制度の規定では獲得対象選手が「日本国籍をもつ者」で、日本の学校を卒業しても外国籍の選手はドラフト対象外であったため、ドラフト制度で制限であった契約金1000万円条項は無視された形となり、国内の6球団およびメジャーリーグも巻き込んだ争奪戦となった。この結果、新浦は同年に高校を中退して読売ジャイアンツにドラフト外で入団した。これがきっかけとなり、その後「日本の学校に所属する選手はすべてドラフトにかける」というルールに変更された。
プロ野球志望届を提出したプロ野球ドラフト会議で指名可能な選手であっても、メジャーリーグでのプレー志望を表明した場合は、選手の意思を尊重して指名が見送られる場合がある。しかし、これを逆手に取ってある球団がどうしても獲得したい選手がある場合に、当該選手にメジャーリーグ志望を表明させて、他球団からの指名を回避させる方法を「抜け道」として利用する懸念があり、当該ケースを想定したルール整備を行うべきとする意見がある。