カワリミズカビ
上記のようにカワリミズカビ属の生活環には多様性が見られ、これに基づいて属内を3亜属または節に分類することが提唱されていた。
ユウアロミケス亜属 (Euallomyces, Eu-Allomyces) 単相の配偶体と複相の胞子体はほぼ同型であり、同型世代交代を行う。 A. arbusuculus, A. macrogynus, A. javanicus(本種は前2種の雑種ともされる)
シストゲネス亜属 (Cystogenes) 休眠胞子嚢は減数分裂によって多数のアメーバ状の細胞(ときに鞭毛をもつ)を生じ、これがシストとなり、同型配偶子を放出、接合子が胞子体となる(上記参照)。このシストが配偶体に相当すると考えられている。分子系統学的研究からはシストゲネス亜属が単系統であることが示されている。 A. cystogenus, A. moniliformis, A. neomoniliformis
ブラキアロミケス亜属 (Brachyallomyces. Brachy-Allomyces) 休眠胞子嚢から生じた鞭毛細胞は直接、胞子体になる。雑種形成によって生じた、減数分裂がうまく出来ない個体群に由来する可能性も示唆されている。下記1種が知られるが、分子系統学的研究からは非単系統であることが示されている。 A. anomalus
分子系統学的研究からは、シストゲネス亜属が単系統であるものの、ユウアロミケス亜属とブラキアロミケス亜属は非単系統群であることが示されており(上図4)、この亜属の分類は適当ではないと考えられている。