新水俣駅
九州旅客鉄道(JR九州)の九州新幹線が乗り入れており、当駅には「さくら」、または「つばめ」が毎時1 - 2本程度停車する。「さくら」のうち、新大阪駅発着の列車が1日に8.5往復停車している。
なお、当駅に停車する「さくら」は熊本駅 - 鹿児島中央駅間は各駅停車となる列車のみで、同区間を速達運転する列車は当駅には停車しない。
肥薩おれんじ鉄道線の駅はJR九州鹿児島本線の津奈木駅 - 水俣駅間にあった、初野信号場を肥薩おれんじ鉄道開業と同時に駅へ変更し九州新幹線との接続駅としたものである。新幹線との乗り換え客が少なく肥薩おれんじ鉄道の快速「スーパーおれんじ」は当駅を通過している。また、乗り換えは一旦駅本屋を出る必要があり、JR側の窓口や券売機でも肥薩おれんじ鉄道の乗車券は扱っていない。