加古川駅
連続立体交差事業に伴い、加古川橋梁東側から加古川駅東側は高架建設用地を確保するために現在線の北側に仮線を敷設し、ホームも同様に移設することとなった。加古川線仮ホームは現行の加古川線ホームのさらに北側、かつて貨物用側線があった箇所に移設し、その空いたスペースにJR神戸線仮ホームを設置した。それ以外の加古川橋梁東側から西寄りと加古川駅から東寄りの区間は現行線路の南側に高架を建設した。
連続立体交差事業の進行に伴い、加古川鉄道部は1999年3月13日に厄神駅付近に移転した。そして、高架建設用地を確保するためにホームをかつての貨物用側線などが存在した北側にホームを移設することとなった。山陽本線部分は、当駅で折り返し運転を行う列車が存在した都合上、2000年12月11日深夜に上り線下り線双方が一括で仮線に切り替えられた。ホーム配置は切替後も同じ3面5線ではあるものの、すべてのホームが島式とされ、JR神戸線上り本線が4番のりば、加古川線が5・6番のりばになり、2・3番のりば(当駅で特急・新快速の待ち合わせを行う姫路方面の普通列車および当駅折り返しの大阪方面の列車が使用していた)が同じ線路を共用していた。
既設ホームを撤去したスペースにJR神戸線上下ホームを建設し、2003年5月に高架ホームに切り替えた。そしてJR神戸線仮設ホームを撤去し、そのスペースに加古川線ホームを建設、2004年12月に高架ホームに切り替えた。