ニューモデル軍
こうした状況で、軍に再び動揺が現れた。兵士がバプテストとクエーカーの信者になり、占領地や軍の統制を乱したのである。バプテストは軍幹部でアイルランド総督になったチャールズ・フリートウッドの下でカトリック弾圧政策を行い占領統治を混乱させ、クエーカーはスコットランドとアイルランドで軍内部に信者を増やし、非暴力主義を実践して軍に支障をきたした。前者はフリートウッドと交代したクロムウェルの息子ヘンリー・クロムウェルに、後者はスコットランド軍総司令官ジョージ・マンクに排斥された。
クロムウェルを護国卿に就任した後もしばしば軍と議会の対立が発生した。1654年9月に召集された第一議会は統治章典の項目変更と軍統帥権を議会固有の権限とするよう主張、ランバートら軍幹部が属する国務会議とクロムウェルは反対し、妥協出来ないまま1655年1月に議会は解散された。8月の軍政監設置で軍事独裁が強まったが長く続かず、1656年9月に第二議会が召集されると軍事独裁が非難され軍政監は廃止、クロムウェルが次第に体制安定を求め1657年に議会が彼の国王即位を提案した際、軍は反対したためクロムウェルは王にはならなかったが、事実上王政に近い体制を作る『謙虚な請願と勧告』が公布された。それでも体制安定はならず1658年2月に議会は解散、9月にクロムウェルも死去した。軍はクロムウェルの支持勢力であり続けたが、この頃になるとクロムウェルに批判的になり反対派に移ったハリソンなど軍幹部が排除され、後から軍に入った幹部は非政治的な職業軍人で占められたため、軍はクロムウェルの統制が強化された代わりに没個性的な職業軍人集団と化した。