京葉車両センター
5000番台 主回路改造車両5000番台(MM'車のみ。Tc・T車は0番台)8両編成×36本(M1 - M36編成 258両)が配置されていた。
5000番台の先頭車は、M35編成を除き原型前面車で、編成のうち、M1 - M8編成は豊田電車区から、M9 - M14・M16 - M31・M33・M34編成は山手電車区から、M15編成は中原電車区からの転入である。なお、一部の編成のサハ2両は、川越電車区(現・川越車両センター)からの転入である。M32編成の6両とM35編成サハ2両は山手電車区からの転入であるが、M32編成のモハ205・204-5064の2両とM35編成の6両は、豊田電車区から転入の京葉タイプ前面車元M61編成である(詳細は下記)。M36編成は、2002年3月16日に三鷹電車区から転入した、京葉線用205系10両編成の内の8両である(詳細は前述)。一部のモハ204-5000は、種車に補助電源装置のMG(電動発電機)が撤去された車両からの改造の為、SIV(静止型インバータ)を搭載している。
計画では、武蔵野線用5000番台は34編成で終了の予定であったが、山手線用205系0番台の八高・川越線への転用計画の変更などから同線からの転用が中止になり、5000番台への改造種車が不足する事態となった。それに伴い、南武線に先頭車改造編成を集中配置するために、2005年6月30日に中原電車区の205系0番台を5000番台化した6両と、川越車両センターのサハ2両を転入させた。
2004年(平成16年)
4月1日 - 「保全一元化施策」に伴い、京葉車両センターに改称。
2005年(平成17年)
7月28日 - 同年4月25日のJR福知山線脱線事故に伴い、武蔵野線用の103系8両(E38編成)がJR西日本へ移籍。
9月14日 - 103系及び201系900番台の置き換え用に、東京総合車両センターから205系10両編成×1本10両が転入。同年11月までに計4本40両が転入。
11月2日 - 201系10両非分併編成の2編成の中間に組み込まれていた201系900番台が廃車。
11月18日 - 京葉線用103系10両貫通編成の運用終了。
12月8日 - 武蔵野線用103系が運用終了。この日をもって、当センターの全103系の運用終了。
2006年(平成18年)
3月27日 - E331系量産先行車14両編成×1本14両が配置。
2007年(平成19年)
2月8日 - 京葉線用205系10両編成×1本運用離脱の補充の為、豊田電車区から201系10両貫通編成×1本10両が転入。
3月9日 - 同年3月のダイヤ改正に伴い、京葉線用205系10両編成×1本を武蔵野線用(8両編成)として転用。18日に運用開始。
3月18日 - ダイヤ改正より、E331系量産先行車京葉線での営業運転開始。