スーパー白鳥
寝台特急「日本海」1・4号の青森駅 - 函館駅間が廃止。これに伴い、「白鳥」・「スーパー白鳥」を青森駅 - 函館駅間で合計1往復増発、「白鳥」1往復を「スーパー白鳥」に変更。 特急「スーパー白鳥」が5両編成から6両編成になる。 特急「スーパー白鳥」24号(改正前の特急「白鳥」24号)が木古内駅に停車するようになる。 特急「白鳥」・「スーパー白鳥」の吉岡海底駅への停車を終了。 8月28日:臨時特急「ドラえもん海底列車」運転終了。これにより、吉岡海底駅にはすべての列車が停車しなくなる。
2007年(平成19年)3月18日:特急「白鳥」・「スーパー白鳥」が全車両禁煙になる。
2008年(平成20年)3月15日:「白鳥」3号を木古内駅に停車拡大。「白鳥」・「スーパー白鳥」全列車が木古内駅に停車するようになる。
2010年(平成22年)5月11日:同年12月4日から、「白鳥」・「スーパー白鳥」の運行区間を新青森駅 - 函館間に変更することを発表。
弘前駅 - 青森駅 - 木古内駅 - 五稜郭駅 - 函館駅
運行開始当初は上磯駅にも停車していた。
1988年(昭和63年)3月13日:海峡線(青函トンネル)が開業。青函連絡船代替および津軽海峡線内の地域輸送列車として青森駅 - 函館駅間を運行する客車快速列車「海峡」が運行開始。東北新幹線に接続して盛岡駅 - 青森駅間を運行していた485系電車によるエル特急「はつかり」のうち2往復が函館駅まで延長。
1995年(平成7年)3月1日:「海峡」1往復を毎日運行ながら季節列車化。また、このころまでに、5両編成での運転が主体となる。
1996年(平成8年)3月30日:「はつかり」にリニューアル工事を施した485系3000番台の使用を開始。
1997年(平成9年)3月22日:「海峡」の1往復(旧4・13号)を「はつかり」に格上げし、「海峡」は季節列車を含めて7往復に減少。また、この時青森発の「海峡」1号を「はつかり」41号に、函館駅で夜行快速「ミッドナイト」に接続する列車を「はつかり」21号から「海峡」13号に立て替えるなど、ほぼ2002年(平成14年)11月30日までダイヤ自体は踏襲される。この改正で1・14号の1往復が臨時列車に格下げ。これ以降「海峡」の地位は単なる青函間連絡列車という地位に甘んじる結果となる。
「白鳥」はJR東日本青森車両センターに所属する485系電車の3000番台が、「スーパー白鳥」はJR北海道函館運輸所に所属する789系電車の0番台、増結用として785系電車の300番台が使用されていた。
グリーン車は函館・新青森駅方の1号車半室、自由席は2・3号車でそれ以外は指定席である。基本は6両編成で運転され、多客時には青森駅方に2両増結し8両編成となっていた。
785系電車は、2010年(平成24年)12月4日の東北新幹線全線開業日に使用が開始された。これは保留車となっていた2両を改造し、789系0番台の塗装に合わせたものである。「スーパー白鳥」増結時の7・8号車として、789系0番台に併結して運用されていた。
計画当初、JR北海道は自社運行分として781系電車を海峡線に転用する案も持っており実際に試運転も行われたが、20 km以上におよぶ連続勾配や高湿度など、青函トンネル内の過酷な走行条件と車両の更新修繕費を勘案した結果、JR北海道では新型車両を投入し、JR東日本は「はつかり」用車両を継続使用することになった。
運行開始当初は、JR東日本運行分が国鉄色の485系により運行される場合もあり、2001年(平成13年)3月2日まで大阪駅 - 青森駅間で運行されていた同名の特急「白鳥」のヘッドマークがそのまま掲出されていた。