純正律
もう一つの短所は、旋律の演奏に際しては、純正律では大全音 (9/8) と小全音 (10/9) の2種類の全音が存在するため、音階が不均等な印象を与え、また演奏が難しいことである。
これらの幹音から上に純正長3度の音程をとることで♯の派生音が、下に純正長3度の音程をとることで♭の派生音が得られる。この結果、純正律においては全音階的半音(16/15、112セント)、半音階的小半音(25/24、71セント)、半音階的大半音(135/128、92セント)大リンマ(英語版)(27/25、134セント)という4種類もの半音が存在する。
純正完全5度 (3/2) と純正短3度 (6/5) を用いた純正律によるイ短調の全音階は以下のようになる。
この場合、下属音のDはAの純正な完全5度下になるため、ハ長調のDより低くなる。つまり、純正律ハ長調の全音階においてそのまま主音をハ (C) からイ (A) に移しても、純正なイ短調の短音階にはならず、Dをシントニックコンマ低めなければならない。一方で、純正律ハ長調の幹音(C,D,F,G)および派生音(E♭,A♭,B♭)から純正律のハ短調の音階を得ることができる。このような面から、「平行調よりも同主調の方がより密接な関係にある」とする見解もある。