短鎖散在反復配列
SINEはLTRを含まないため、非LTRレトロトランスポゾンに分類される。脊椎動物と無脊椎動物に共通なSINEには CORE-SINE, V-SINE, AmnSINEの3つの種類がある。SINEは50-500塩基対からなり、その内部領域はRNAポリメラーゼIIIの内部プロモーターとして作用するAボックスおよびBボックスを持つtRNA由来要素を含む。
細胞内においてSINEが遺伝子調節に果たす役割は、複数の研究によって支持されている。そのうちの1つとしてゼブラフィッシュ (Danio rerio) を用い、Anamnia V-SINEと呼ばれる、脊椎動物のゲノムにおける多くの遺伝子の3′末端の非翻訳領域にしばしば見られるファミリーのSINEとマイクロRNA (miRNA) との相関を調べた研究が挙げられる。この研究では、Danio rerioゲノムにおけるAnamnia V-SINEの分布と活動を調べる計算機解析に加え、これらの V-SINE の新しいマイクロ RNA 座位を生成する能力の解析が行われ、V-SINEを有することが予測された遺伝子は(ゲノム内の他の領域と比較して)非常に高いハイブリダイゼーション E-value でmiRNAにターゲットされていることが判明した。ハイブリダイゼーションE-valueが高い遺伝子は、特に代謝およびシグナル伝達経路に関与する遺伝子だった。遺伝子の推定V-SINE配列モチーフにハイブリダイゼーションを起こす強力な能力があると(哺乳類において)特定されたほぼすべてのmiRNAは、調節機構に関与することが明らかになっている。SINEとさまざまなmiRNAの間の相関を確立するこれらの結果は、V-SINEが代謝・増殖・分化に関連するさまざまなシグナルと刺激に対する応答を減衰させる上で重要な役割を果たすことを強く示唆している。