転写 (生物学)
一方ρ依存性終結ではρ因子 rho factor というタンパク質がステムループ構造の5'側に結合し、mRNAと鋳型DNAの塩基対を破壊して転写が終結する。
mRNAは3'側にも遺伝子配列そのものよりも長い配列を持っており、この配列をトレイラーセグメントと呼ぶ。転写の終結したmRNAは、輸送や修飾などは特に行なわれず、すぐに翻訳過程に向かう。 スプライシング反応をはじめとした様々な修飾を施す真核生物とは大いに異なる。
これらのひずみを解消するのが、トポイソメラーゼ(topoisomerase)と呼ばれる酵素群である。ほかに、RNAポリメラーゼがdsDNAの捩じれに沿って回転することで巻き戻すという説もある。これならばよじれの問題は起きないが、回転には大きなエネルギーが必要と考えられる。また、転写産物はDNAに巻きついてDNAの再会合を阻むことになるが、これをほどく酵素はいまだ発見されていない。
RNAポリメラーゼは転写中たびたび1〜6秒一時停止する。時には後戻りすることもあり、転写の平均的な速度は遅い。理由は少なくとも2つある。1つ目はもっと遅い翻訳に合わせるためであり、アテニュエーションや翻訳が失敗して転写を中断しなければならない場合に必要である。2つ目は、一時停止が次の項で解説する#細菌の終結における第一段階であるためである。
RNAポリメラーゼは転写産物の塩基配列に誤りがないかの校正を2種類の方法で行う。1つ目は、間違って付加したリボヌクレオシド三リン酸を活性部位の逆反応で除去する加ピロリン酸分解校正 pyrophosphorolytic editing である。リボヌクレオシド三リン酸との反応は3'末端から二リン酸を奪うので、付け直しも行う。