ベネデッタ
17世紀のペーシャ。ベネデッタ・カルリーニは修道女になるため、両親に連れられてフェリシタ修道院長のいるテアティン修道院に向かうが、途中で傭兵たちに襲われて金品を奪われそうになる。しかし、ベネデッタが母のネックレスを返すように訴えて祈りを捧げたところ、傭兵隊長の顔に鳥が糞を落とし、彼は物怖じしないベネデッタに感心してネックレスを返し、その場を立ち去る。修道院に入ったベネデッタは、その夜に部屋を抜け出して廊下にあるマリア像に祈りを捧げるが、マリア像の土台が崩れてベネデッタに倒れてくる。下敷きになったベネデッタはマリア像に思わずキスし、騒ぎを聞きつけた修道女たちが集まってくるが、無傷のベネデッタを見て「奇跡だ」と驚く中、フェリシタだけは「奇跡はそう簡単には起こらない」と言い放つ。
18年後、修道院の芝居で聖母マリアを演じたベネデッタは、イエス・キリストが自分に呼びかける姿を幻視する。その後、父親から虐待を受けている少女バルトロメアが修道院に助けを求めてくるが、持参金が払えないことを理由に追い返されそうになるものの、ベネデッタの懇願で彼女の父ジュリアーノ・カルリーニがバルトロメアの持参金を払うことになり、バルトロメアは修道院に入ることを許される。ベネデッタはバルトロメアの監督者を任され、修道院の内部を案内するが、その夜にバルトロメアからキスされる。その後もベネデッタはイエスを頻繁に幻視するようになり、やがて熱病を患うようになり、バルトロメアが彼女の看病を任される。
ある日の夜、ベネデッタの叫び声を聞いた修道女たちが駆け付けると、ベネデッタの手の甲と足から血が流れている姿を見かけ、「聖痕が現れた」と騒ぎ出す。しかし、フェリシタは額から血が流れていないことや、ベネデッタが祈りの最中ではなく就寝中だったことから「聖痕」に懐疑的な立場を取り、怪我の治療をするように指示する。その後、ベネデッタはマリア像の前で額から血を流した状態で見つかり、男の声を発しながら聖痕を信じない修道女たちを非難する。修道女たちが聖痕を信じ始める中、フェリシタの娘クリスティナはベネデッタの側に陶器の欠片が落ちているのを発見し、ベネデッタの聖痕が自傷行為によるものと疑う。
やがて、ベネデッタの聖痕の話は町の人々にも広まり、民衆は彼女を「聖女」として崇めるようになる。フェリシタはベネデッタの聖痕に懐疑的な立場を取っていたが、アルフォンソ主席司祭は巡礼者が増えることによる寄付の増加と、それに伴う教会内での地位向上を望み、フェリシタに代わりベネデッタを新たな修道院長に任命する。ベネデッタはフェリシタが使用していた居室に移り住み、そこでバルトロメアとの性的関係を結ぶ。一方、クリスティナはアルフォンソに告解し、ベネデッタの聖痕は自傷行為によるものであり、彼女が傷を付ける姿を目撃したと訴える。それを聞いたアルフォンソは、公開の場でクリスティナにベネデッタを訴えさせるが、クリスティナが実際には傷を付ける姿を目撃していないことをフェリシタが証言したため、クリスティナが噓をついていることが露見する。