天草エアライン
インターネットで予約可能な運賃は、「普通運賃(大人・小児)」・「早勝28」(熊本〜大阪間のみ)・「早勝7」・「早勝1」・天草住民割引となっている。照会時点で設定のある運賃のみ表示される。搭乗日の2ヶ月前の同一日午前9時より予約を開始し、締切りは該当便出発の20分前までである。小児(3~11歳)を同伴する大人が、普通運賃を利用の場合、大人と小児を同時に予約が可能だが、割引運賃の場合は、予約後、天草エアライン予約センターへ連絡し、同伴する小児の座席を予約する必要がある。オンラインでの運賃支払いは、クレジットカード、またはコンビニエンスストア決済が可能となっている。
『天草住民割引』がある。搭乗日における現住所が、熊本県天草市・上天草市・天草郡苓北町の乗客が利用可能である。航空券購入時、およびチェックイン時に、現住所が証明できる公的な書類(運転免許証・保険証・住民票等)の提示が必要となっている。
旅行会社とは異なる独自の団体割引運賃の設定がある。利用条件は、同一便利用の10名以上(ただし12歳以上で、責任ある代表者によって引率されるグループ)で、予約受付期間は、搭乗6ヶ月前〜14日前まで。
2014年1月27日 - 3月20日の平日限定で「1日親子イルカ号パラダイス運賃」を設定していた。天草エアラインの全行程10区間(または福岡始終着の8区間)を完乗するものである。運賃は10区間が15000円、8区間が10000円に設定され、途中降機した場合は全搭乗区間の普通運賃を支払わなければならない。2018年1 - 3月にも「乗るだけ運賃」として同様の企画が復活、運賃は10/8/6区間とも一律10000円に設定された。