グローバル距離テスト
GDT_HAと呼ばれる高精度版は、より小さなカットオフ距離 (GDT_TSの半分のサイズ) を選択することによって行われ、参照構造からの大きな偏差に大きなペナルティを課す。それはCASP7の高精度カテゴリで使用されていた。CASP8では、GDT_TSから正解近くにクラスタリングされた残基に対するペナルティを差し引いた新しい「TRスコア」を定義している。これは、予測された構造における立体的な衝突にペナルティを与えるもので、時にはGDTのカットオフ値を駆け引きすることもある。
一次GDT評価では、α炭素原子のみを使用する。タンパク質の側鎖の機能末端に重ね合わせベースのスコアリングを適用するために、側鎖のグローバル距離計算 (GDC_sc) と呼ばれるGDTに似たスコアが設計され、2008年にLGAプログラム内に実装された。GDC_scでは、α炭素原子に基づいて残基位置を比較する代わりに、各側鎖タイプの末端近くにある特徴的な原子を用いて残基-残基距離の偏差を評価する。GDCスコアの「全原子」バリエーション (GDC_all) は、完全なモデル情報を用いて計算され、CASPの主催者や評価者が予測構造モデルの精度を評価するために用いる標準的な尺度の一つである。