山門寺門の争い
両門の抗争は建武の乱にも巻き込まれ、山門派は建武政権に、寺門派は足利尊氏に付いた。『太平記』によれば、園城寺を懐柔した尊氏は戒壇設立を約束したとされる。建武3年(1336年)1月16日に新田義貞らが、細川定禅らが居る園城寺を攻撃する。前日に定禅は京の尊氏に官軍方が大挙到着したことを知らせていたが、尊氏はこの報告を信じずに援軍を送らなかった。定禅はいったんは園城寺を出て義貞らを迎え撃つが、大津西浦に放たれた火の手に阻まれ園城寺に引き返した。脇屋義助らが園城寺に討ち入ると定禅らは総崩れとなり、これに呼応した山門派の僧兵が搦め手より寺内に乱入し焼討した。寺門派僧徒は自害するものが多く、足利方は7300人が討たれた。
この時の座れ詩として、次のような話が伝わっている。
『扶桑略記』によれば、この時に焼失したのは御願(天皇勅願の堂)15所・堂院79所・経蔵15所・塔3基・鐘楼6宇・神社4所・僧房621・舎宅1493と記録されている。さらに山門派は、略奪品を船13艘、馬60頭に積み引き上げて引き返した。『為房卿記』によれば、この影響で日吉祭は検非違使の監視下で行われることになった。
『扶桑略記』によると、これに対し9月に入って寺門派も僧兵の300人余りが延暦寺を襲撃し、対する山門派は堀を作って防戦した。この行為に朝廷は園城寺に検非違使を遣わして寺門派の首謀者に処罰を加えたが、山門派の反発は治まらず再び数百の僧兵を率いて園城寺を焼討した。その被害は堂院20所・経蔵5所・神社9所・僧房183所・その他舎宅の数は幾千を知らずと記され、寺門派は山林に隠遁した。
この争いは、両門の張本人を処して解決を見たが、寺門派は延暦寺に報復をしない事の条件として、戒壇建立を願い出たが叶わなかった。