3式機龍
噴射の熱と光の表現には、セットの下からオレンジ色のライトを照らし、白い炭酸ガスを放出している。
ラストの「SAYONARA YOSHITO」の表示は決定稿にはなく、手塚により絵コンテ段階で追加された。手塚は、ハッチを閉めるだけでも機龍の感情を表現できたがもう一押し欲しかったといい、このメッセージがなければ義人は機龍を手放せなかっただろうと語っている。一方で恥ずかしさもあったことから、ローマ字で表記し逆さに映すなど、観客が読めるかどうかギリギリの線にしたとも述べている。共同脚本の横谷昌宏によれば、義人が機龍に乗り込んでからのシーンはプロットでも詳細が描かれず、脚本でも二転三転して手塚とともに悩んだが、手塚がこのような描写にしたことに意表を突かれ、ベタな演出ながら泣いてしまったという。義人役の金子昇も、演じていてぐっときたと述べている。
デザインは西川伸司。西川は『vsメカゴジラ』でもメカゴジラのデザイン案を提出している。『×メカゴジラ』のデザイン選考はコンペ形式で行われ、西川以外にも山中和成や若狭新一が依頼した酉澤安施、丸山浩、三枝徹らが参加していた。西川のデザインは、自身の長男が複数の中から選んだものであるという。初稿は直立姿勢だったために監督の手塚から人間っぽいと言われ、第2稿は前傾姿勢で描かれたが、第3稿も顔のチューブが酸素吸入器のようだと言われ、第4稿の頭部デザインを丸山が変更したものが最終決定稿となった。
以前のメカゴジラよりもさらに機械的なデザインだが、先代2種との形状での一番の大きな違いは、尾が短く基本的に無可動だった以前のメカゴジラに比べてより長くなっている。西川は、『vsメカゴジラ』のメカゴジラが全体の印象を初代と変えていながら細部が共通していたのに対し、機龍では初代を思わせる顔つきでありながら角の向きや尾の長さなど細部を変えることで差別化を図っている。『vsメカゴジラ』のメカゴジラが曲線を多用していた体表で構成されていたが、『×メカゴジラ』にて特殊技術を務めた菊地は初代メカゴジラが好きであったため、西川には直線的かつシャープで動きやすそうな感じにしてほしいとのことから、菊地が自ら作った粘土製の頭部の原型を打ち合わせに持参したという。当初は尾の先端を回転兵器としてデザインしていたが、リアリティを考慮してオミットされた。
特殊技術の浅田英一は、生体ロボットであることから、機械的なイメージで描きたかったが、どういうふうに内包されているDNAが作用するのかを最後に見せたかったという。また、前作では完成したばかりの新品のイメージであったが、本作品では格納庫やナイトシーンが多いため、立体感が出るような陰影をつけることを意識している。
ドックは、大きさを出すために機龍本体を少し暗くしてよくわからないようにしており、周囲は小さなライトを下から継ぎはぎで当てている。
機龍の攻撃はミサイルがメインで、口内メーサーは単独での発射は1回のみとなっている。絵コンテを担当した西川は、劇中の経過時間が半日程度であるため、装備をじっくり見せることができず、次々に新兵器を出していくというかたちになったと述べている。
ダウンした状態から噴射で立ち上がるシーンは、中川が入っていない状態のスーツをワイヤーで引き上げている。