新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に
しかし深夜の放送にもかかわらず、一部シーンのカットや差し替えを施し、表現の自主規制による改変箇所の多さや改変後の内容にファンだけでなくクリエイターからも非難の声が上がった。
2014年10月27日と同年10月30日には、第27回東京国際映画祭の企画である「庵野秀明の世界」において本作品と『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 DEATH (TRUE)2』を組み合わせた上映時間160分におよぶ作品『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 DEATH (TRUE)2 / Air / まごころを、君に』がTOHOシネマズ日本橋で上映された。
2014年12月20〜31日に開催された新宿ミラノ座閉館記念イベント「新宿ミラノ座より愛をこめて 〜LAST SHOW〜」の上映作品の一つとして、21・25・30日に再上映が行われた。
2015年8月28日と同年8月29日には、『新世紀エヴァンゲリオン』Blu-ray BOXの発売を記念して本作品とテレビシリーズ第壱話 - 第拾参話がTOHOシネマズ新宿で同時上映された。
2021年1月8日から22日まで、『シン・エヴァンゲリオン劇場版𝄇』の公開に先駆け、『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 DEATH (TRUE)2 / Air / まごころを、君に』が再上映された。Blu-ray BOX収録のHDマスターを元にしたDCP上映で、本作品の本格的な劇場公開は初上映以来23年ぶりとなる。