深堀事件
事件からおよそ三ヶ月後、幕府からの沙汰が決定した。
深堀側に対して、17歳の深堀嘉右衛門を含めた最初に討ち入った10名は切腹、追加の9名は五島列島へ島流し。主の鍋島茂久は当時佐賀にいて長崎に不在であったとして御構い(処罰)なし。
高木側は彦右衛門の息子・高木彦八郎(彦六、彦八)が、邸内にいたにもかかわらず隠れて手合わせさえしなかったのは不届として、家財没収の上、長崎五里四方からの追放、江戸・大坂・京への居住禁止。そしてこの騒ぎの原因を作った、深堀屋敷へ押し入った使用人9人は全員斬首。
翌年3月、深堀屋敷にて奉行所立会いの元、10名の切腹が行われた。
この事件の起きた背景として、深堀鍋島氏は従来、香焼瀬戸を通る長崎入港の貿易船から礼物を徴収する慣例があったが、長崎町人によってこの慣行を侵すなんらかの事態があったためとも言われている。
また事件の遠因として、福岡藩と交代で務めていた長崎警護役の負担が重かった武士である鍋島氏(深堀鍋島家)側の、当時幕府から重く扱われ羽振りもよかった町人階級の高木氏に対する怨嗟・嫉妬などの不満もあったのではないか、とする説がある。高木氏の扶持米は80俵ではあったがそれは”幕府からの扶持”であり、深堀鍋島氏は武士とはいえ、幕府から見た場合、外様大名家の家臣、すなわち陪臣である。さらに高木氏の実収入は10万石の大名並であったとされ、名字帯刀を許され、長崎奉行が交代し長崎入りする際、佐賀・福岡両藩の関係者は長崎郊外の峠まで赴き迎えなければならなかったが、高木氏は屋敷の門前で出迎えるなど、町人である高木氏が重んじられていた。
長崎出身の町人学者・西川如見が、その著作『町人嚢』において「武家に生れん事猶々迷惑なり、一生君におそれつかれかへて心のいとまなく、名利を第一として人の目をおどろかし、いかめしきふるまいをたのしみとせんよりは、ただ此町人こそ楽しけれ」(何事に不自由な武士に生まれなくて良かった。町人でいることがもっとも良い。)と書いているのは、この事件を通して得た長崎町人の町人観・武士観を示していると言われている。