旧ゴア
1510年からしばらくの間は、キリスト教化は行われず、現地の慣習を尊重していたが、1540年代に入って、植民地政府の支配権が明確になってからはキリスト教への改宗運動が高まった。このとき多くのヒンドゥー教寺院が破壊された。1517年にはフランシスコ会が、続いてドミニコ会、アウグスティヌス会、イエズス会がゴアに来航した。1542年には最初のイエズス会士としてフランシスコ・ザビエルがゴアを訪れているが、長くは留まらなかった。
1543年には人口はおおよそ20万人に達した。17世紀、マラリアとコレラの蔓延により都市が荒廃したことで都市は大部分が放棄され、1759年に総督がパナジに移動した後の1775年には、1500人が残っているだけであった。首都機能はパナジに移され、1843年にはパナジはゴアの正式な首都となった。 放棄された都市は、新都市(パナジ)と恐らくはゴア・ヴェリャ(Goa Velha、これもポルトガル語で古いゴアを意味するが別の都市)と区別するためにヴェリャ・ゴア(オールド・ゴア)の名で知られるようになった。1961年、インドの武力侵攻によりゴアとゴアに残されたものはインドに併合された(ゴア併合)。