パクモドゥパ政権
1420年代、タクパ・ギェルツェンの次男サンギェ・ギェルツェンはリンプン家の娘と結婚した。タクパ・ギェルツェンが死亡すると後継者争いが起き、リンプン家の支援を受けたサンギェ・ギェルツェンが1432年に6代目パクモドゥ派の長に即位した。しかし翌1433年には罷免され、リンプン家の妻との長男タクパ・ジュンネがデンサ・ティル寺院から戻って7代目として即位した。リンプン家はチベット中西部のツァンを支配し、シガツェ東部のリンプンを首都とした。
一方、パクモドゥ派の本山デンサ・ティル寺院は政界とは別に僧正位が支配していたが、1444年に僧正位の僧が死ぬとこれを空位にし、リンプン家がネドンをも支配した。パクモドゥ派の長の領土はラサ周辺のウーのみとなった。
1480年代、ラサでゲルク派とカルマ派が対立して寺院を焼き打ちする事件が起こる。これを機会にリンプン家の長トンユ・ドルジェはカルマ派の摂政シャマル派と結び、ウーに侵攻し、パクモドゥ派の長クンガ・レクパは首都ネドンから追放された。トンユ・ドルジェはチベットを支配するようになるが、1506年に彼が死ぬとネドンは無政府状態となった。1565年にはリンプン家の行政官ツェテン・ドルジェがツァントェ王としてシガツェを中心としてツァン・デパを支配し、リンプン家のチベット支配が終わった。なお、その後もチベットでは争いが続き、ダライ・ラマ5世が17世紀に支配体制を確立するまで安定した平穏は訪れなかった。
1402年に即位した明の永楽帝は対外政策に力を入れた皇帝だった。明は1406年、中央チベットのネドン政権(5代目タクパ・ギェルツェン)を承認し、闡化王の称を与えた。合わせて東部のリンとゴンジョ小王国を承認した。一方、明は元朝に倣ってカギュ派やサキャ派に師を送るよう要請する使節を送ったが断られ、代わりに1407年にはカルマ派の長カルマパ5世が、1408年にはゲルク派の開祖ツォンカパの代理として弟子ジャムヤン・チョジェ・シャーキヤ・エシェが明を訪問している。
明は1409年、チベットの知事を帝国の組織に編入した。ただし現代のチベット研究者ロラン・デエは、これはあくまで形式的なものであり、かつての元の時代と異なって政治的にも宗教的にも両者には関わりがなかったことを強調している。