第三セクター鉄道
愛知環状鉄道 ※(旧岡多線、建設線〈岡多線・瀬戸線〉)
天竜浜名湖鉄道 ※(旧二俣線)
近畿地方
伊勢鉄道 ※(旧伊勢線)
北近畿タンゴ鉄道 ※(旧宮津線、建設線〈宮福線〉〔旧称・宮福鉄道〕、2015年4月1日より両線の第三種鉄道事業者、WILLER TRAINS(京都丹後鉄道)が両線の第二種鉄道事業者)
信楽高原鐵道 ※(旧信楽線、2013年4月1日より第二種鉄道事業者、甲賀市が第三種鉄道事業者)
北条鉄道 ※(旧北条線)
三木鉄道(旧三木線、2008年廃止)
中国地方
若桜鉄道 ※(旧若桜線、2009年4月1日より第二種鉄道事業者、八頭町・若桜町が第三種鉄道事業者)
智頭急行 ※(全線建設線〈智頭線〉)
井原鉄道 ※(全線建設線〈井原線〉)
錦川鉄道 ※(旧岩日線)
四国地方
阿佐海岸鉄道 ※(旧牟岐線の一部、建設線〈阿佐東線〉)
土佐くろしお鉄道 ※(旧中村線、建設線〈宿毛線・阿佐西線〉)
九州地方
平成筑豊鉄道 ※(旧伊田線・糸田線・田川線)
甘木鉄道 ※(旧甘木線)
松浦鉄道 ※(旧松浦線)
南阿蘇鉄道 ※(旧高森線)
高千穂鉄道(旧高千穂線 2005年運休、2008年廃止、2009年解散)
くま川鉄道 ※(旧湯前線)
くりはら田園鉄道(栗原電鉄線を転換、2007年廃止)
福井鉄道★(経営再建にともなう)