伊賀鉄道
2007年(平成19年)3月26日 - 近畿日本鉄道98%・伊賀市2%の出資により、伊賀鉄道株式会社設立。 5月9日 - 伊賀線の第二種鉄道事業許可を申請。 7月31日 - 国土交通省中部運輸局に対し、伊賀鉄道の運賃を申請。 8月31日 - 国土交通省中部運輸局より、伊賀鉄道の運賃が認可。 10月1日 - 近畿日本鉄道より伊賀線を引き継ぎ運営を開始。近畿日本鉄道が第三種鉄道事業者として線路などの施設や車両を保有し、伊賀鉄道は第二種鉄道事業者として列車の運行業務を行う。 12月1日 - 「一日フリー乗車券」発売開始。
2008年(平成20年)7月7日 - 持参人有効の年間フリーパスを発売開始。運賃は140,620円(上野市 - 伊賀神戸間の6か月通勤定期の2枚分)
2017年(平成29年)4月 - 近畿日本鉄道から伊賀市に鉄道施設が無償譲渡され、公有民営方式に移行。伊賀市の出資割合が25%に増えるとともに、伊賀市が伊賀線の第三種鉄道事業者となる。
2019年(平成31年)2月27日 - 上野市駅に多言語対応の自動券売機が2台導入。翌28日には、伊賀神戸駅に2台、茅町駅に1台導入。
2023年(令和5年)2月20日 - 自社ホームページ上にて、忍者列車のデザインで伊賀線に関わり、同月13日に死去した漫画家松本零士へのお悔やみの言葉を発表。
2024年(令和6年)3月 - ICOCAを導入(予定)。交通系ICカード全国相互利用サービス対応のICカードも利用可能となるが、接続する近鉄大阪線・JR関西本線のようにPiTaPa交通利用エリアではないため、PiTaPaで乗車する場合はプリペイド方式となる。
2017年4月16日より三岐鉄道・養老鉄道と共に3社沿線の祭りがユネスコ無形文化遺産に登録されたことを記念して発売している。
接続駅となる伊賀神戸駅では、近鉄大阪線と伊賀線との連絡通路が閉鎖され、廃止した旧6番線跡に新たに伊賀鉄道線への連絡通路が設置された。このため伊賀鉄道線に乗り継ぐには、一旦近鉄線の改札を出なければならなくなった。また新会社移管に関連してかどうかは不明であるが、伊賀神戸駅の構内売店が9月末をもって廃止された。なお大阪線と伊賀線の連絡通路は、朝のラッシュ時に限り学生および定期券所持者専用乗換え口(2007年12月10日までは学生専用乗換え口)として開放されている。ただし、近鉄から伊賀鉄道への乗り換えに限られており、伊賀鉄道から近鉄の場合は通常通り改札を通る必要がある。