バプテスト教会
バプテスト派の教会は、この日本では特定の教派に属さない単立教会や、日本福音教会加盟教会のように聖霊派の教会もある。
バプテスト派の教会の中には、日本バプテスト連合などのように「聖書にある初代教会(原始教会)の正統な継承者はバプテストである」と主張し、自らをプロテスタントの一派と位置づけない教会や教団も少数ながらある(ランドマーク・バプテスト)。
セブンスデー・アドベンチスト(SDAキリスト教会)も、米国バプテスト教会の流れにあり、かつては「セブンスデー・バブテスト」を名乗っていた。かつてはプロテスタント運動とは無関係という立場で一線を画していたが、現在ではプロテスタントの一派であると位置づけ穏健路線をとっている。
国家教会の周縁に国家から許された宗派を並立させることも重要視されたが、この構想はクエーカー・アナバプテスト・第五王国派など他の宗派から非難され、クエーカーは政府から弾圧されてもひるまず、娯楽を禁じる厳格な道徳政策は庶民の心を政府から離れさせ、従来の国教会の礼拝は密かに続けられ国家教会制度はあまり浸透しなかった。
やがて1658年にクロムウェルが死亡、息子のリチャード・クロムウェル(ヘンリーの兄)が軍の圧力で翌1659年で護国卿を辞任すると国家教会制度も終わり、1660年の王政復古で国教会が復活、バプテストは弾圧される立場に転落していった。1688年の名誉革命に伴う翌1689年の寛容法(英語版)でバプテストは信仰の自由を認められたが、それは国教会の優位を前提として政府に忠誠を誓った上での条件付きだった。また同年にバプテストはロンドンで各地の教会代表を集めて総会を開催、1677年に制定した第二ロンドン信仰告白を教派として公認した。
18世紀ではパティキュラー・バプテストが増大、ジェネラル・バプテストの方は多くの信者がユニテリアン主義に変わり、残りは1770年に新組織を結成したが長く続かず、パティキュラー・バプテストと接触し1813年にバプテスト連合(英語版)を結成した。そして1891年に両派は合体して現在に至る。
バプテスマとは一般に洗礼と呼ばれる儀式のことであるが、バプテストでは特にこの時に全身を水に沈める(全浸礼)こと、または信仰告白を行うことが重要であるとする。バプテストの各個教会では、洗礼の語を避けて浸礼又はバプテスマと呼ぶことが多い。
従い、自覚的な信仰告白のできない新生児や乳幼児がバプテスマを受けること(幼児洗礼)を否定するのが特徴的である。故に、全浸礼によらない洗礼(滴礼等)をバプテスマと認めず、他教派(聖公会、ルター派、改革・長老派、メソジスト派、会衆派等の諸教派)で受洗しているキリスト者がバプテストの教会に転入を希望する場合にバプテスマを改めて求めるバプテスト教会もある。
ただし、信仰告白に基づいた洗礼(滴礼等)を受けたクリスチャンとして既に積み重ねられてきている信仰生活を確認した上で、再バプテスマを求めないで信仰告白により転入を認めるという立場を取る教会も最近は多い。更に近年では、教会によってはバプテスマを受けようとする志願者が高齢の場合や病床にあるという個別の事情により滴礼を執り行っている。また意思表示が出来ない障害のある者のバプテスマについても、積極的な議論がなされている。しかし、いずれの場合も教会の総意が必要とされている。
日本バプテスト連盟 ...米国南部バプテスト連盟系、NCC、世界バプテスト連盟に加盟。
日本バプテスト同盟 ...米国北部バプテスト同盟系、NCC、世界バプテスト連盟に加盟。
沖縄バプテスト連盟 ...米国北部バプテスト同盟系、米国南部バプテスト連盟系。
教団新生会-日本基督教団内に在るバプテストの団体。 ...米国北部バプテスト同盟系。
日本ローア・バプテスト・フェローシップ ...身体障害者(聾唖)のバプテスト教会。
万国デフ・バプテスト教会 ...身体障害者(言語障害)のバプテスト教会。
日本バプテスト宣教団 ...南北の宣教団どちらにも在る。
日本バプテスト教会連合
福音バプテスト連合 (高岡バプテスト教会)
保守バプテスト同盟
日本福音教会
山形福音伝道隊
ゼネラル・バプテスト
福音バプテスト宣教団
改革派バプテスト
東京聖書教会、この他、関連の単立教会として全国に数カ所
バプテスト・バイブル・フェローシップ・インターナショナル(BBFI)
日本バプテスト・バイブル・フェローシップ (JBBF)
ランドマーク派
日本バプテスト連合 ...アナバプテストの系譜を受け継ぐ単立バプテストの下部組織・協力団体。自らをプロテスタントと規定していない。
インディペンデント・バプテスト(独立系バプテスト)
バプテスト国際宣教団
万国バプテスト宣教協会
バプテスト・ミド・ミッション
(単立主義のバプテスト諸教会、全国各地に所在)
その他、セクト系
ベレヤ運動 = 聖楽バプテスト教会