新函館北斗駅
北海道新幹線開業に伴いバスの新規乗り入れや乗り入れ拡大が行われた。函館バスは駅前に乗り入れるバスを約30本から約100本に増強。大沼交通は大沼公園方面へのバス路線を新設、函館タクシー(函館帝産バス)や北海道観光バスは函館市内各所とを結ぶ路線を新設した。札幌市方面とを結ぶ高速バス2路線も乗り入れを開始した。
北斗市の旧上磯町方面への直通バスは北海道新幹線開業時点では運行されていなかった(年に数回の臨時便に限り、北斗市南北市街地循環バスの一部が乗り入れていた)ものの、2018年11月16日に北斗市南北市街地循環バスを再編した函館バス28系統が運行を開始。起終点を総合分庁舎前(旧・大野町役場)から新函館北斗駅まで延長し、上磯方面と直接バスでの往来が可能となった。
函館バス 函館市内方面、北斗市上磯方面、大沼鹿部線、函館江差線、快速瀬棚号が乗り入れる。
函館タクシー(函館帝産バス) 五稜郭公園入口・湯の川温泉・函館空港方面
北海道中央バス、道南バス、北都交通・函館バス 高速バス 高速はこだて号 札幌行き
北海道バス 高速バス 函館特急ニュースター号 札幌行き
大沼交通 大沼公園方面
※2016年度には季節限定の高速バス「しりべし号」(ニセコバス運行、函館駅前 - 新函館北斗駅 - 蘭越 - ニセコ駅前 - 倶知安駅前)が運行された。