マシュー・クラドック
1629年後半、あらたな小さな戦隊が植民地に向かった。乗って行ったのはピューリタン開拓者に加えて、クラドックの事業に関わっていたあらゆる種類の熟練した技能者達だった。
会社はその権利を守るために1629年に王室勅許を取得し、その下でクラドックがロンドン在の植民地総督に指名され、植民地ではエンデコットが統治した。同年、国王チャールズ1世がスコットランドとの戦争を望んだことによる政府の財政不安によって、会社の投資家達はその投資が危険になることを恐れるようになった。クラドックは1629年7月の株主会議で、会社はその統制力を植民地自体に渡すことを提案した。会社の認可では株主会議をどこで開催するか規定していなかった故に可能になることだった。しかし、投資家の中には植民地に移住することを望まない者がおり、そのような投資家の持ち分を買い取る手段を工夫する必要が生じた。夏の間続いた交渉の後で、1629年8月29日に合意に至った。それによると移住する株主が7年後に、イングランドに留まっている株主の株を買い取ることを求めていた。イングランドに留まる者は毛皮貿易など植民地の事業活動の幾つかの利益を受け取ることもできるとされた。移住する株主の一人であるジョン・ウィンスロップが、10月に会社の総督に選出された。
ウィンスロップは1630年にマサチューセッツに渡った。
彼らは開拓者の行動をうまく弁護したが、1633年2月、ピューリタンの敵対者は船一杯の開拓者を出港できないよう拘束することに成功し、植民地の勅許を検査のために枢密院に提出させることとした。クラドックがそれを提出するよう求められた。クラドックは勅許が植民地にあることを枢密院に伝え、勅許を届けさせることを約束して船を出港できるようにした。ボストンの植民地委員会は勅許が取り消されることを恐れ、それを送らないことを望んでぐずぐずしており、1634年7月の会議では植民地議会の票決によって勅許を送るかを決めると主張した。議会は9月まで開催予定が無かったので、9月になってやっと問題が取り上げられた。議会はこの問題を検討することを拒否し、この問題に関する軍事的対立を予測してボストン港の要塞化を始めた。1634年、植民地に軍隊を運ぶことを意図した船の出港は成功せず、植民地に対する軍事的脅威は去った。しかし政治的脅威は続いており、植民地の土地特許の発行者であるニューイングランドのプリマス委員会の勅許が取り消された。さらに、1635年にはクラドックとマサチューセッツ湾植民地の関係者に対して、刑事告発がなされ、しかもその中にはでっち上げのものもあった。クラドックはそれら告発のほとんどに対して無罪となったが、権利侵害について有罪となり、会社のために行動する権限を取り上げられた。