新津運輸区
キハ40系気動車(3両:越乃Shu*Kura編成)
キハ48 558+キハ48 1542+キハ40 552で構成される3両編成が配置される。
全車が小牛田からの転入車。
キハ110系気動車 - ワンマン運転に対応。車内は2+1のセミクロスシートである。
キハ110形(15両) 200番台15両(201-206・211-217・223・224)が配置されている。うち3両(214・223・224)は只見線専用車両である。 2022年4月時点では、羽越本線(新津 - 坂町間)、白新線(快速「べにばな」と間合いの新崎 - 新潟間上り)、米坂線(全線)、信越本線(新潟 - 新津間)、磐越西線(新津 - 会津若松間)、只見線(小出 - 只見間)で運用されている。 100番台1両(135)は、2022年3月12日付で郡山総合車両センターへ転出した。
キハ111形+キハ112形(6両) 200番台2両編成3本(201-203)が配置されている。運用はキハ110形と共通である。GV-E400系
GV-E400系気動車(40両)
両運転台のGV-E400形8両、片運転台のGV-E401形とGV-E402形が各16両の計40両が配置されている。2018年1月16日付で各型式1両の計3両が新製配置された。2019年5月から2020年3月までに37両が新製配置され、2020年3月ダイヤ改正で只見線を除くキハ40系列の運用を置き換えた。
2020年3月時点では、羽越本線(新津 - 酒田間)、米坂線(全線)、信越本線(新潟- 新津間)、磐越西線(新津 - 会津若松間)で運用されている。
車掌・運転士ともに、主に新津発着列車に乗務している。
蒸気機関車の機関士・機関助士は、新潟支社管内蒸気機関車牽引列車(SL列車)運転の際には乗務範囲外でも乗務する(ただし、あらかじめ訓練運転を行うほか、当該区間を担当している運輸区の運転士が添乗し路線指導を行う)。
なお、以前は、運転士が所属していた「新津運輸区坂町派出所」(旧・坂町機関区)があったが、1999年12月改正で廃止された。ただし新潟・新津 - 村上間で蒸気機関車が牽引する臨時列車が運行される関係などから、転車台のみ存続している。
1913年(大正2年)10月7日 - 新津機関庫設置。
1951年(昭和26年)4月1日 - 新津客貨車区設置。
1981年(昭和56年)12月25日 - 新津車掌区廃止。
1986年(昭和61年)3月3日 - 新津機関区と新津客貨車区が統合し、新津運転区となる。
1987年(昭和62年)4月1日 - 東日本旅客鉄道に継承。
1991年(平成3年)11月1日 - 新潟運転所より気動車検修部門が移転し新津運転所となる。
1997年(平成9年)9月5日 - 新潟車掌区より車掌行路移管を受け新津運輸区となる。
構内には転車台があり、現在も蒸気機関車や気動車の方向転換に使用されている。