FCカールツァイス・イェーナ
東西ドイツの統一にともない、DDRオーバーリーガはブンデスリーガに編入されることになった。オーバーリーガの最終年に6位の成績を収めたイェーナは、ブンデスリーガ2部へと編入された。しかし、資本力に勝る旧西ドイツのクラブに圧倒され、1998年にはレギオナルリーガへ降格、さらに2001年にはレギオナルリーガで18位となり、オーバーリーガ(4部)にまで転落した。2005年、イェーナはオーバーリーガで優勝を果たし、レギオナルリーガへと昇格。続く2006年には、レギオナルリーガ2位により悲願のブンデスリーガ2部への復帰を果たした。
2006-07シーズンは、最終戦を残した段階で降格圏内の15位にいたが(同勝点で4チームが並んでおり、得失点差により2チームが降格圏内、2チームが残留圏内であった)、最終戦に勝った事で劇的な逆転で2部残留(13位)を決めた。
2007-08シーズン、ブンデスリーガ2部最下位となり3部へ降格。さらに2011-12シーズンには3部で18位となり、レギオナルリーガへ降格した。