本圀寺
後に68世久村日鑒貫首の発案により、当寺は金色の鯱や龍、仁王像に大梵鐘、その他金色ずくめの装飾を施した派手な寺院となったが、104世伊藤日慈貫首晋山後、旧に復されている。
山科移転以前の旧寺地は西本願寺の北側で、現在は本願寺聞法会館や本願寺駐車場となっている。しかし、本圀寺の山科移転後も松林院、瑞雲院、一音院、詮量院、了円院、勧持院、松陽院、林昌院、本妙院、智妙院、本實院、真如院、了光院、智了院、智光院、久成院の塔頭16院は旧地に残り、五条通り南北の猪熊通沿いに所在している。また、六条の旧地にある本圀寺墓地は現在、旧地にある塔頭寺院が管理している。
近年になり、旧末寺寺院、縁故四法縁(莚師法縁、奠師法縁、親師法縁、達師法縁)の中に六条に本圀寺を復興させようとする動きがある。復興の暁には現在ある山科の本圀寺はその奥之院となる予定である。
2021年(令和3年)に、長野県飯田市長源寺から107世早川日章貫首が晋山している。