ミュウツー
タイプ:エスパー、高さ:1.5m、重さ:33.0kg、特性:ふみん
Xとは対照的に小型・軽量かつシャープな姿へと変貌し、太い尻尾が無くなり、後頭部よりそれとほぼ同様の形状をした触手状器官が発生、これにより強力なサイコパワーを操る。首にあった管がなくなって頭頂部にアーチ状の管が生じている。また、瞳の色が紫から赤に、指先が紫色に変化している。この形態では「とくこう」が更に上昇する。これまでトップを誇ったホワイトキュレムのとくこうをさらに超え、『X・Y』現在全ポケモン中最も高い数値になる。最初に発表されたのはこちらの方の形態で、映画にも登場(演 - 高島礼子)。
『ポッ拳 POKKÉN TOURNAMENT』ではミュウツーに「黒共鳴石」が侵食した「ダークミュウツー」と、「黒共鳴石」が外れたミュウツーの2体がバトルポケモンとして参戦している。ダークミュウツーは自身のHPを豪快に削りながら相手を攻めるキャラで、共鳴バーストでメガダークミュウツーXに進化する。その共鳴バーストの為に必要な共鳴ゲージ量が最も少ないクラスである事も強み。
反面、「ミュウツー」の方はポケモンわざを使うたびに自身の共鳴ゲージを消費する上に、全キャラクターで最も共鳴バーストの為にゲージが必要でダークミュウツーの4倍の量を必要とする。そういったハンデを持つものの、基本性能の高さで闘う強力なポケモンである。