早水台遺跡
縄文時代早期の遺跡としては、遺跡の名が付いた早水台式土器の出土地として知られる。早水台式土器は細かい目の押型文土器で、西日本における縄文時代早期の標式土器とされている。他遺跡から出土した同型土器の放射性炭素年代測定によれば、その年代は8200年前とされる。
旧石器時代の遺跡としては、1950年代(昭和26-35年)に東北大学の芹沢長介をはじめとする多数の考古学者によって5次にわたって行われた発掘調査で下層から発見された石英製石器が、10万年以上前の前期旧石器時代のものとされ注目を集めた。しかし、現在では、日本には前期~中期旧石器時代の確実な遺跡は存在しないとされている。最近の研究では、注目の「石英製旧石器」は層位学上、九重第一テフラが降下した約4万年前以降に位置づけられる可能性が高いとされる。
大分県は、1958年(昭和33年)3月25日付けで学術的な重要性に照らし県の史跡に指定していた。しかし、1963年(昭和38年)に農地構造改善事業として遺跡範囲を蜜柑園に造成する希望が土地所有者からなされ、県は1964年(昭和39年)2月に緊急発掘調査(第5次調査)をしたのち、1965年(昭和40年)3月付けで史跡指定を解除した。