鎌倉事件
単に清水の強盗仲間に過ぎないこの2人をイギリス人士官殺害の連累とする事については横浜居留地の外国人たちの間でも是非が分かれたが、清水の行方について探索を続けていた幕府は蒲池、稲葉の処刑の翌日、千住の遊廓に潜伏中の清水を捕縛した。
捕縛後、江戸においてただちに清水の取り調べが行われ、11月25日(12月23日)になって清水は供述を始めたが、幕府が公表した吟味書によれば、その内容は概ね以下のようなものであったという。
清水は、遠州金谷(現在の静岡県榛原郡金谷町)の出身で、浪人だった父に連れられ、幼時より各地を放浪して貧窮した生活を送っていた。しかし、外国人が日本を闊歩する近年の時勢を快く思わず、加えて開国以来の物価騰貴と生活難も外国人のせいであると考え、殺害し、名を挙げようと考えた。
そこで、横浜に行って機会を窺っていたが、警戒が厳重なため、目的を果たせず、比較的警備の手薄な鎌倉に向かう道中で知り合った高橋藤次郎と意気投合し、2人で八幡宮門前近くで待ち伏せしてイギリス人を殺害した。犯行後はすぐに高橋と別れて江戸に逃れ、そこで旧知の蒲池、稲葉と出会い、3人で京に上るための費用として羽鳥村の富農から金150両を脅し取った。
清水の様子からは、なお余罪の存在が疑われたが、拷問を行って清水が死亡した場合、オールコックが要求していた犯人の処刑が不可能となる事を幕府が恐れたため、その追及は見送られた。
その後、慶応2年2月25日(1866年4月9日)、イギリス政府は、間宮一の処刑について満足している旨の書簡がパークスより幕府に奉呈され、事件はイギリスによる賠償金などの要求を見ることなく落着した。
なお、元江戸南町奉行兼外国奉行の山口直毅の談話によると、山口の南町奉行在任中(慶応元年11月~慶応2年8月)に清水清次を名乗る者が現れたため、微罪で捕らえたところ、事件について先に処刑された清水が申し立てたのと細部に至るまで一致した内容の供述を行い、取り調べと審理を担当した公事方の留役を困惑させる出来事があったという。
先述のように、幕府の発表によれば清水は遠江の出身とされているが、当時流布していた情報の中には清水の素性について、青森出身の浪人や肥後藩の元足軽、一橋慶喜の家来などと伝えるものがあったという。
また、先述のフレッチャーも清水には水戸または常陸の訛りがあったと証言しており、江戸幕府から引き継いだ外交関連文書を明治政府が編纂した「続通信全覧」に収録された清水の捕縛を伝える風説書にもその身元について「細川玄蕃頭(常陸谷田部藩主細川興貫)元家来清水清次」と記されていることから清水を元谷田部藩士とする説もあり、清水の素性が当時攘夷の中心的存在だった水戸浪士と結び付けられ、その動向に神経を尖らせていたイギリスを刺激する事を恐れた幕府が事実を歪曲した可能性があると考えられている。