ジェリー・ゴールドスミス
監督との意思疎通がうまくいかず、作曲されたものの未使用となったり意図と異なる使い方や差し替えが何箇所もあり、ラストシーンでは結末の変更に伴いハワード・ハンソンの交響曲第2番に差し替えられた。メイキングでは、その上でも有名になったのはエイリアンだと語っている。同監督の『レジェンド / 光と闇の伝説』ではユニバーサルピクチャーズ側の要求により、タンジェリン・ドリームの音楽に差し替えられた。なお、これはアメリカ国内公開版だけであり、国外への配給は20世紀フォックス社が行い、音楽はゴールドスミスのものをそのまま使用している(配給会社の音楽に対するスタンスの違いが現れている)。二人はこれで決裂したが、スコットはゴールドスミスの死後翌年公開の『キングダム・オブ・ヘブン』では、彼が他の監督の作品『13ウォーリアーズ』のために書いた音楽を許諾を得て一部使用(全体の音楽監督は ハリー・グレッグソン・ウィリアムス)している。
そのため自作をコンサートで演奏する際に、映画本編で使われなかった楽曲をプログラムに入れることが多く、同じく苦労して書いた曲が使用されなかった、アレックス・ノースの『2001年宇宙の旅』のための音楽が、CD録音される際にも指揮を受け持つなど、未使用曲へのこだわりも見せた。
晩年に手がけた映画に『タイムライン』があるが、スコア録音後にも映画の再編集が繰り返され、監督リチャード・ドナーとの意見の相違から降板、最終的に若手のブライアン・タイラーに交替となった。『ルーニー・テューンズ:バック・イン・アクション』が遺作となったが、体力と時間的な制約で最後まで作曲できず、ジョン・デブニーがクライマックスを担当した。