宇都宮城釣天井事件
元和8年(1622年)、秀忠が家康の七回忌に日光東照宮を参拝した後に宇都宮城に1泊する予定であったため、正純は城の普請や御成り御殿の造営を行わせた。4月16日に秀忠が日光へ赴くと、秀忠の姉で奥平忠昌の祖母・加納御前から「宇都宮城の普請に不備がある」という密訴があった。内容の真偽を確かめるのは後日とし、4月19日、秀忠は「御台所が病気である」との知らせが来たと称し、予定を変更して宇都宮城を通過して壬生城に宿泊し、21日に江戸城へ帰還した。
8月、出羽山形藩最上義俊の改易に際して、正純は上使として山形城受取りのため同所に赴いた。その最中に秀忠は、鉄砲の秘密製造や宇都宮城の本丸石垣の無断修理、さらには宇都宮城の寝所に釣天井を仕掛けて秀忠を圧死させようと画策したなど、11か条の罪状嫌疑を正純へ突きつけた。伊丹康勝と高木正次が使いとして正純の下に赴き、その11か条について問うと、正純は一つ一つ明快に回答した。しかし、康勝が追加で行なった3か条については回答することができなかったため、所領は召し上げ、ただし先代よりの忠勤に免じ、改めて出羽由利郡に5万5000石を与えると命じた。
謀反に身に覚えがない正純がその5万5000石を固辞したところ、逆に秀忠は怒り、本多家は改易となり、正純の身柄は久保田藩主佐竹義宣に預けられ、出羽横手への流罪とされた。後に正純は1000石の捨て扶持を与えられ、寛永13年(1637年)3月、正純は73歳で秋田横手城の一角で寂しく生涯を終えたという。
正純謀反の証拠は何もなく、秀忠も宇都宮城に不審点がないことを、元和8年(1622年)4月19日に井上正就に行なわせた調査で確認している。この顛末は、正純の存在を疎ましく思っていた土井利勝らの謀略であったとも、加納御前の恨みによるものともされる。
また、秀忠自身も父家康の代から幕閣の中で影響力を大きく持ち、自らの意に沿わない正純を疎ましく思っていたという説もある。秀忠は正純の処分について、諸大名に個別に説明をするという異例の対応を取った(通常このような場合、諸大名を江戸城に集めて申し渡していた)。説明を聞かされた当時の小倉藩藩主細川忠利は「日比(ひごろ)ご奉公あしく」という理由であったと父の細川忠興に書き送っている。
この事件は広く知れ渡り、イギリス商館のリチャード・コックスやオランダ商館のレオナルド・キャンプスは、「本多正純らによる陰謀」として本事件を書簡で本国へ伝えた。また講談や歌舞伎の格好の題材となったが、それらの内容は、翌1623年の越前藩主松平忠直の謀反嫌疑の事件の影響を受けていると指摘されている。近現代においても、映画やテレビドラマで繰り返し題材として扱われてきた。