グリーン車
払い戻す予定で証明書をもらった場合(もしくはグリーン券を購入しておらず、利用するつもりがない場合も含む)、即座に普通車に移る必要があるが、朝・夕ラッシュ時は普通車との間の扉は封鎖されているため、次の駅に到着後いったんホームに降りて移動することになる(乗務員の判断で一時的に扉を開放することもある)。
しかし、払い戻せること自体を知らない、手順を知らず証明書なしで直接駅窓口に行く、または混雑のため下車まで乗務員に会えなかった(探しにも行けなかった)などで払い戻しできないケースもあり、「座れないなら発券しないでほしい」という声も新聞などで取り上げられたことがある。
モバイルSuicaのグリーン券機能では個人端末からのオンライン購入という特性上、購入した場所に関わらず事前料金と同額のため、実際に乗車あるいは車外から窓を通して見て、席が空いているのを確認・着席してから即時購入が可能であり、車内に入っても座れなければ払い戻し以前に購入せずにすぐ普通車に移動する行為もできる。ただしJR東日本は電波状況による購入失敗の可能性を理由として乗車前に購入するよう注意しており、乗務員による車内改札の時点で購入手続きが終了していなかった場合や、普通車へ移動ができなかった場合は、その場で車内料金で現金購入することとされている。
試験車両においても、車内設備の実験としてグリーン車に相当する座席が設置されることがある。JR東日本の952形、E954形、E955形、E956形で見られた。特に、E956形にはグランクラスに相当する座席も設置されている。
1980年代以降、グリーン車が連結されている東海道本線や横須賀線では、通勤ラッシュ時を中心に乗車定員を上回る乗車が見られ、グリーン車でありながら乗客の立席乗車が恒常化していたため、さらなる座席定員増加を狙って、国鉄分割民営化後の1989年(平成元年)からは、2階建て構造で製造されている。この先駆けとなったのは、サロ212・213形およびサロ124・125形である。これにより、座席定員は1.5倍の90人に増加され、これ以降製造される車両の標準形となっている。
首都圏以外では、1988年に登場した瀬戸大橋線の快速「マリンライナー」にもグリーン車が連結されている。ただ、マリンライナーは快速列車ではあるものの、本州 - 四国間の都市間輸送、東海道・山陽新幹線や四国内の特急列車と連携した長距離輸送といった使命も兼ねていることから、首都圏の快速・普通列車グリーン車とは性格がまったく異なる。そのため、快適性や眺望性などといった特急・急行用グリーン車に求められる点も重視され、座席も自由席ではなく指定席となっている。
名称の「グリーン」の由来は、2等級制時の一等車時代から側面窓下に表示されていた淡緑色(淡緑6号)の帯の色および硬券の色を基にしたとされる。同時に"四つ葉のクローバー"を模した黄緑色(黄緑7号)の「グリーンマーク」も制定された。しかし1978年(昭和53年)の塗装規程改定により淡緑色の帯を入れることは廃止され、JR分社後の現在ではグリーンマークのみとなっている。
マークは時刻表や発車標でも用いられている。これらの単色で表示する媒体の場合、葉に当たる部分を線と同色で塗色しているものが指定席、地の色と同色のものが自由席と区別している。
グリーン車 (GREEN CAR) という名称は事実上普通名称化しているが、英語の案内などでは下記にある通り等級不詳となる「GREEN CAR」ではなく、一等車という意味合いで「First Class」と表記する場合もある。しかし、グリーン車とは別に「新幹線のファーストクラス」を標榜する「グランクラス」も登場している(後述)。
自社車両にグリーン車はないが、JR西日本より乗り入れる特急「はしだて」がグリーン車を連結しており、グリーン料金を設定している。
船舶のグリーン席の設定としては、1988年まで国鉄・JRが運航していた鉄道連絡船のうち、青函航路および宇高航路にはグリーン船室が設けられていた。そのうち、青函航路については、座席指定席と自由席とで腰掛け自体も若干仕様が異なり、指定席は一人がけリクライニングの豪華なものであった。自由席には特急・急行用のリクライニングシートから転換機能を除いたような座席と、カーペットの敷かれた枡席との2種類があった。なお、枡席のグリーン船室には、枕が備え付けられていた。宇高航路については、航行時間が短いこともあり、自由席のみであった。
これらは、鉄道連絡船の使命でもある「鉄道輸送と一体となった鉄道運輸体系の延長」であり、鉄道運賃のそれの体系を踏襲する形であった。
また、2006年(平成18年)夏よりJR九州高速船の運航する国際航路「ビートル号」の一部にグリーン席が導入された。これは特別席の名称であり、同様に上級船室の名称でグリーン席を用いる事例もまま見られる。
自社のHOT7000系にグリーン車を連結しており、JR西日本に乗り入れる特急「スーパーはくと」でグリーン料金を設定している。