原子力安全・保安院
地方機関については当初は一元化せず、旧通商産業省の地方支分部局だった鉱山保安監督部を原子力安全・保安院の地方機関として移行させ、産業保安事務のうち鉱山保安のみを引き続き所管し、その他の産業保安事務については各経済産業局が引き続き所管していた。2005年4月1日に鉱山保安監督部を改組して経済産業局から鉱山保安以外の産業保安事務を移管承継し、これら産業保安事務を一元的に所管する産業保安監督部を設置した。
廃止時の組織図
院長
次長
審議官(核燃料サイクル担当、実用炉担当、原子力安全基盤担当、産業保安担当各1名)
首席統括安全審査官(審議官級)
企画調整課 政策企画官(併)制度審議室長 統括安全審査官
国際室 業務管理官 (併)業務管理官室長
原子力安全広報課(原子力保安管理課を廃止し2004年4月新設)
原子力安全技術基盤課 統括安全審査官(併)新型炉規制対策室長 統括安全審査官
原子力安全特別調査課
原子力発電安全審査課 統括安全審査官(2名)
原子力発電検査課 統括安全審査官
核燃料サイクル規制課
核燃料管理規制課
放射性廃棄物規制課
原子力防災課 原子力事故故障対策室長
保安課
電力安全課
ガス安全課
液化石油ガス保安課
鉱山保安課
上記の中央省庁再編前の所掌のうち、科学技術庁原子力安全局が所掌していた事務の中で試験研究用原子炉についての安全規制など一部の事務は文部科学省が承継したが、その他については新たに設置された原子力安全・保安院が一元的に所管することとしたものである。