Phredクオリティスコア
Phredのベースコールとスコア計算法は、Ewingらによるものである。
クオリティスコアの計算では、Phredはまず各塩基のピーク形状とピーク解像度についていくつかのパラメータを算出する。次にPhredはそれらのパラメータを使用して巨大な参照表群(lookup tables)から対応するクオリティスコアを取得する。この参照表群は既知の塩基配列のトレースから生成されたもので、Phredのプログラムコード中に埋め込まれている。参照表はシークエンシングに使用する機器や反応系によって対応するものが使用される。多数の反応系や機器で行った評価をまとめた報告によれば、Phredが出力するクオリティスコアは非常に正確であったとされている。