探偵オペラ ミルキィホームズ (アニメ)
木谷高明が製作総指揮を務めている点、ゲーム版がシリアス・恋愛中心に対しアニメ版がギャグ・コメディ中心となる点、参加している声優などから、『ギャラクシーエンジェル』シリーズとの類似性や関連性も指摘される。しかし、中村によると、木谷高明や里見哲朗を除けば『ギャラクシーエンジェル』シリーズのスタッフと顔を合わせたことはほとんどないという。中村は、シリーズ構成のふでやすかずゆきが全体の方向性を早期に決定したため「みんながネタや面白さに集中論議できました」と回顧するとともに、里見やふでやすをはじめ、森本浩二、森脇真琴、池端隆史、松倉友二、明田川仁らと議論を重ねたことを明らかにしている。
アニメーション制作は第1期がJ.C.STAFF単独であったのに対し、サマー・スペシャル (SS) からはJ.C.STAFFとアニメーションスタジオ・アートランドの2社共同に変更された。また、第1期の美術監督であった小林七郎の引退に伴い、SSでは水谷利春、第2期では久保友孝が就任した。プロップデザインについても、氏家嘉宏や宮川知子が離れ、代わりに小関雅が担当している。
原作であるゲームの設定を踏襲しつつ、ストーリーはアクシデントで「トイズ」を使えなくなってしまったミルキィホームズたちが悪戦苦闘する、というアニメ独自の展開になっている。統括プロデューサーの中村伸行によれば、原則として時系列的にはゲーム版の後日として位置づけられている。ただ、学院内の建物やキャラの性格など一部に差異があることから、中村は「ゲーム版を原作とした半パラレルワールド」とも説明している。
後述にもあるがパロディネタを含んでおり、推理小説だけでなく『それいけ!アンパンマン』、『ルパン三世』、『ギャラクシーエンジェル』シリーズのネタも存在する。声優陣はゲームとのキャラクターの違和感をほぼ全員漏らしているが、製作陣は根本的な要素を変えているつもりはないとのこと。
また、美少女が主人公のアニメであるが、本作ではいわゆる「お色気シーン」については抑制的に描かれている。それについて、統括プロデューサーの中村伸行は「エロくしてはいけません」と語るとともに、仮にそのようなシーンがあったとしても本作の場合は「あくまで健康的に、かつギャグで脱がせなければいけません」との前提条件つきであることを明かしている。