タンパク質設計
モンテカルロ法は、タンパク質設計に最も広く用いられているアルゴリズムの一つである。もっとも単純な形式では、モンテカルロアルゴリズム(Monte Carlo)がランダムに残基を選択し、その残基でランダムに選択された(任意のアミノ酸の)回転異性体が評価される。タンパク質の新しいエネルギー Enew は、古いエネルギー Eold と比較され、新しい回転異性体が次のとおり確率的に受け入れられる。
p = e − β ( E new − E old ) ) , {\displaystyle p=e^{-\beta (E_{\text{new}}-E_{\text{old}}))},}
ここに、 β はボルツマン定数であり、温度 T は、初期ラウンドでは高く、局所的な最小値を乗り越えるためにゆっくりアニーリング(annealing)されるように選択できる。