沼田藩
翌年7月25日、沼田領の大半を信之の次男で信吉の弟の信政が継ぎ、信吉の次男の信利に5000石が分知された。信政は領内の検地などを実施して基盤を固めようとしたが、明暦2年(1656年)に信之が隠居したため、松代の真田宗家の家督を継ぐこととなり、代わって沼田領の全てを信利が継ぐこととなった。
明暦4年(1658年)2月に本家を継いだ信政が死去すると、信直(信利)と信政の六男で2歳の信房(後の幸道)のどちらを立てるかで後継者争いが勃発する。結局、信房が真田宗家の家督を継ぐことになったが、この騒動により沼田領(沼田藩)は正式に松代藩から独立することになった。
ところが信直は、寛文2年(1662年)に沼田領の検地を実施し、実高3万石(一説によると6万石)の所領を14万4000石と幕府に過大申告した。このため領民は増税に苦しめられることになる。この暴挙ともいえる所業に関しては、真田宗家の家督を継げなかったことが影響していると言われている。延宝8年(1680年)、信直は幕命により江戸両国橋の架け直しのために用材を沼田藩から差し出すことを請け負ったが、すでに疲弊しきっていた領民の協力が得られず、翌年11月、信直は用材の納期に間に合わなかった責任を問われて改易となった。