中正紀念堂駅
淡水信義線 台大医院駅 R09 - 中正紀念堂駅 R08 - 東門駅 R07
松山新店線 小南門駅 G11 - 中正紀念堂駅 G10 - 古亭駅 G09
萬大中和線(建設中) 中正紀念堂駅 LG01 - 植物園駅 LG02
淡水信義線淡水方面行と松山新店線松山方面行ホームが地下2階、淡水信義線象山方面行と松山新店線新店方面行ホームが地下3階にある。いずれも島式ホーム形状のため、同一方向の乗り換えは同一ホームで可能となっている。地下2階ホームは一部吹き抜け構造となっている。全てのホームに可動式ホーム柵が設置されている。改札口は地下1階にあり、ホーム両端付近に別個に設置されているが、それぞれ独立しておりコンコースなどでは繋がっていない。
古亭駅や台大医院駅と同様に、地面と地下駅空間の間に厚さ60cmの防爆板を挟んでおり、空襲及び爆弾による地下駅空間の破壊を未然に防いでいる。
2025年末完工予定で建設中の萬大線は、地下2階に島式ホーム1面2線を有し、開業時点からホームドアも設置される。
最寄りのバス停は《捷運中正紀念堂駅(羅斯福)》、《捷運中正紀念堂駅》、《捷運中正紀念堂駅(中山)》、《捷運中正紀念堂駅(労保局)》、《捷運中正紀念堂駅(愛国)》がある。