全日本大学野球選手権大会
以上のような大会発足時の経緯から、当初は旧制大学3連盟のみが連盟単独の出場権を持っており、新制大学野球連盟から移行した他の連盟や所属チームは、各地域毎に地区代表決定戦を行った上で本大会出場する形態となっていた。大会発足当時の出場枠は以下の通り。
東京六大学野球連盟
東都大学野球連盟
関西六大学野球連盟(旧関西六大学)
北海道・東北地区(後に北部地区大学野球連盟)
関東地区(後に甲信越を加えて東部地区大学野球連盟)
東海地区(後に北陸を加えて中部地区大学野球連盟)
近畿・中国・四国地区(後に西部地区大学野球連盟)
九州地区
なお、全日本大学野球連盟発足時の1952年1月の時点では、新制大学野球連盟側から移行した各地区連盟についてはまだ完全には整備されておらず、第一回の全日本大学野球選手権大会開催(同年8月)には参加校数の関係で一部不参加の地域があったり、後の地区名とは名称が異なったりしていた。
新制大学野球連盟から移行し、これら地区連盟内の内部に組み込まれたものの中には、現存している連盟の前身や母体に繋がる連盟として既に結成されていた連盟もあるが、リーグ戦は代表決定戦と別に行っていたり、リーグ戦自体は行わずに代表決定戦の地域とりまとめを行うだけだったりと、そのあり方については様々であった(当時の詳細な情況が不鮮明な地区も多いが、各地区の情況については関連する各連盟の項を参照のこと)。