ガイナックス
辞任した澤村に代わり、もう1人の代表取締役だった山賀博之が社長を引き継いだ。2001年には『まほろまてぃっく』(シャフト共同制作)、2003年には『プリンセスメーカー』のアニメ化作品である『ぷちぷり*ユーシィ』(AIC共同制作)を発表するなど、他社との共同制作ながらもテレビアニメシリーズの元請実績を重ね、OVA『フリクリ』(2000年 - 2001年、プロダクションI.G共同制作)も話題作となった。2003年には本社を武蔵野市中町2丁目から小金井市本町6丁目に移転。武蔵小金井駅南口第1地区第一種市街地再開発事業に伴い、2006年には小金井市梶野町1丁目に設けた仮設社屋に再移転した。同時期、『熱風海陸ブシロード』のアニメーション制作を担当予定することが発表されたが、原作者の死去に伴い企画自体が凍結となった。2004年から2006年にかけて、ガイナックス設立20周年記念作品として単独元請のOVAシリーズ『トップをねらえ2!』を発表した。