森尚謙
尚謙もまた、この間の事情を熟知し、1702年末の討ち入りの報に接しては、玄渓の安否を気遣った。実際は、玄渓の労と才を惜しむ大石の命により、玄渓は討ち入りへの参加を禁じられており、事件後、玄渓は、尚謙とともに林鳳岡に働きかけ、赤穂浪士の助命嘆願を行う。これに対し、尚謙を嫌う江館の澹泊は、林家を去らされ柳沢吉保に取り立てられた独学の荻生徂徠らとともに、法は法であるとして、浪士切腹を主張した。結局、浪士が末節を汚すことを恐れる公弁法親王の意見により、1703年春、吉良家改易処分とともに、切腹に決まった。
1715年、両彰考館によって、ようやく紀伝が揃うが、書名として、尚謙らの水館は『皇朝新史』を、澹泊らの江館は『大日本史』を主張して争い、最終的には、江館寄りの藩主の綱條の裁定によって後者に決まった。
享保6年3月13日、没69歳。男子はなく、小田倉家から医師森尚生を婿養子に迎え、跡取りとした。水府森家はその後も代々、水戸において藩主の侍医侍講を務め、尚謙が開いた儼塾は5代目の森海庵を経て、その水戸学と文理融合、文武両道の精神とともに、1841年創設の水戸藩校、弘道館に引き継がれることになる。しかし、融和的で穏健な尚謙の思想と排他的で過激な澹泊の思想は、同じ水戸学内での深い亀裂として、永らく水館と江館の対立の基調となり、幕末の立原翠軒と藤田幽谷の師弟決別から、弘道館の諸生党と筑波山の天狗党の抗争へ発展し、安政の大獄、桜田門外の変、天狗党の乱、弘道館戦争へと、血で血を洗う内戦を引き起こすことになる。