フェーマルン・ベルトトンネル
批判者は、フェーマルン・ベルトトンネルの建設により既存のフェリーから貨物輸送が転移して、結果的にフェリー運航が大幅に削減されて雇用が減少するとしている。同時に、建設に関連する雇用は短期間のもののみであるとしている。これに加えて、旅客・貨物輸送の予想は過剰に見積もられており、投資を回収できないリスクがかなりあるとして、プロジェクトは経済的に正当化できないかもしれないと主張している。また当初の計画は冷戦期に策定されたものであり、それ以来大きく交通の流れが変わっており、もはや建設は正当化できないとする意見もある。
シュレースヴィヒ - ユトランド半島ルートから貨物列車をフェーマルン・ベルトトンネル経由に移転することにより、住民や周辺の人に対して騒音が増えることになるという批判もある。この批判はかなり強いものであり、計画されていた鉄道のルートの変更が行われた。
ドイツの地域住民からはプロジェクトに対して反対の意見もある。これは現在のフェリーの頻繁な運航に関連して、雇用の喪失を懸念するもの、当初検討されていた橋梁の建設によって野生生物が影響を受けると考える環境保護活動家などがあった。
海峡横断連絡に関しては、30年以上に渡って議論されてきた。この議論の初期には、ドイツ再統一前であり、ドイツ民主共和国(東ドイツ)と連絡するのは非現実的であったため、この海峡連絡交通としてあり得るのはハンブルク方面だけであった。それ以来時代は変わり、その間にヨーロッパは政治的にも経済的にも形を変えていったが、海峡連絡の向きは変わらなかった。これは、2か国の首都であるコペンハーゲンとベルリンを連絡する、そしてより大きな目で見れば、スカンディナヴィアからポーランドと東部ヨーロッパに対して連絡することで、デンマークを新しい市場全体に対して開くことができるという点で、より大きな意味があるはずだと、強く批判されてきた。フェーマルン・ベルトトンネルから約50キロメートル東となるゲッサー-ロストック橋(英語版)の方が、ベルリンを含む東部ドイツやそれより南側とスカンディナヴィアを結ぶことができるとして、フェーマルン・ベルト連絡の代わりあるいは補完として提案されてきた。
デンマーク自転車連盟(デンマーク語版)からトンネル建設費の増額分を埋め合わせる支援をするという提案があったにもかかわらず、自転車用の通路を建設する計画はない。