ミニ新幹線
まず踏切事故の問題がある。在来線区間では改良により速度が引き上げられた影響でトラックが今まで通りのタイミング感覚で横断してミニ新幹線車両が急停車することが起きた。特に豪雪地帯の在来線では雪により線路を道路と誤認し鉄道車両に衝突する事故も起きやすく、実際にミニ新幹線車両と衝突事故が起きた。同様の理由で勝手踏切を渡る人や動物をはねる問題が起きた。さらに在来線が雪が降る地域だと、在来線を走行中に車両に付着した雪が、新幹線区間の高速走行中に落下、バラストを巻き上げ、一番外側の窓ガラスに衝突しひびが入った。踏切事故対策として踏切を統廃合して少なくする、警報機、遮断機、非常ボタンを整備、自動車運転手への踏切視認性の向上(門型踏切、簡易門型踏切、オーバーハング型踏切の導入)、落下雪対策は雪落とし作業の追加とバラスト飛散防止スクリーンを設置した。
ミニ新幹線車両(400系、E3系)は高速化により従来車(485系など)より出力が1.5から2倍ほど高く、変電所の変圧器の容量が不足したので強化を行った。
主な運転保安規則(法令)の問題も起きた。新幹線と在来線とは全くと言っていいほど規制が違っていたためミニ新幹線に代表される新在直通は厄介であったが、2001年(平成13年)12月25日に「鉄道に関する技術上の基準を定める省令」として統合され、新在直通がしやすくなった。
全国新幹線鉄道整備法には暫定整備として下記のように定義している。