アニメシアターX
アニメ女子部
詳細は「アニメ女子部」を参照
女性向け作品を放送。作品の直前・直後には、ナビゲーターの男性声優によるミニコーナーがある。対象の番組の開始前にはクロスプログラムが流れる。
スペシャルサンデー
2015年4月から2020年12月まで毎週日曜日に編成された長時間特別編成枠。おおむね朝9時から21時前後までと月曜日早朝(番組表では日曜日深夜)に特定の作品の集中放送や映画作品・OVAの単発放送を、それ以外の時間帯は新作テレビアニメや視聴年齢制限付きの作品の放送を行っていた。
『スペシャルサンデー』という名称は番組表では使われず、主に『番宣部長』やAT-Xのメールマガジンで使用されていたが、『番宣部長』が2019年3月をもって終了したため、以降は放送上では使われなくなった。
放送設備のメンテナンス(おおむね平日の深夜に月一回程度)を実施する際には、休止した番組の振替放送用としてこの時間帯が割り当てられることがある。
2015年3月までは毎週土曜日・日曜日の21時から23時30分が特別編成枠(ゾーンタイトルなし)となっており、主に映画作品やOVAを1 - 3本放送していた。日曜日が初回放送で、翌週土曜日がリピート放送であった。OVAの発売前先行放送もこの時間帯に行なっていた。
過去
佐藤順一アワー
2007年2月から4月まで、佐藤順一が監督を務める『ケロロ軍曹』の1年目のエピソードと『ふしぎ星の☆ふたご姫』を放送し、番組間に本人が登場した。
AT-Xプレミア
2006年7月から12月まで、週末の特別番組枠を使用して月1回1時間という枠で『Project BLUE 地球SOS』が放送された。初回放送に限りノンスクランブル放送を行っていた。
AT-X著名作家シリーズ
2001年から2003年にかけて設定され、松本零士やモンキー・パンチなどの著名な漫画家の発表作品を原作とするオリジナルのアニメ作品を放送(いずれの作品も、後にホームドラマチャンネルでも放送された。作品は後述)。
すたチャンX
スターチャイルド(現在のKING AMUSEMENT CREATIVEの前身のレーベルの1つ)が製作に関与している作品向けの枠。かつてキッズステーションで放送されていた『すたちゃまにあ』が移行する形でスタートした。
代々両作品の終了後にミニ番組が編成されており、2011年1月9日からは同レーベルに所属するももいろクローバーによる『すたもも丼〜いただきやすっ!』が放送されていた。
公式発表はないが、2011年4月の改編で廃止された。
七人のナナ
ふぉうちゅんドッグす(後にBSジャパンでも放送)
屍姫シリーズ※
アスラクラインシリーズ
ファイト一発! 充電ちゃん!! ※(後に独立局でも放送)
ちゅーぶら!!
kiss×sis ※
ヨスガノソラ ※
C -シーキューブ-
神さまのいない日曜日
失われた未来を求めて
三木眞一郎のおもてなしドライブ
三木眞一郎による、ゲストを迎えてのロケ番組。
ヨシノンフィクション
吉野裕行によるドキュメンタリーバラエティ。
津田健次郎presents 裏アニメ
津田健次郎とアシスタントの田口尚平(当時・テレビ東京アナウンサー)による、アニメ業界に携わる制作スタッフをゲストに迎えてのトーク番組。
A応Pとフェスぴ〜!!!
A応Pによる情報バラエティ番組。
2019年4月に『A応Pのあにむす!』からリニューアルした番組だが、同番組はAT-Xではなくキッズステーションで放送されていた(2015年8月以降)。
今宵こんな片隅で...
若本規夫とたかはし智秋が、バーをイメージしたスタジオでゲストと共に送るトーク番組。
東京純情喫茶
「おとなはみんな疲れています―」シリーズ第2弾。月替わりの女性声優が、喫茶店で著名な文学作品を朗読する。読み手の声優はベレー帽をかぶっており、番組ロゴにもベレー帽があしらわれている。
1回5分で月曜日から金曜日の1週間、1作品当たり合計5話のミニ番組として放送。また男性声優版として『TOKYO JUNJO CAFE』が制作された。
番宣部長
CM枠で不定期に放送される番宣番組。
ST-Xでは『番宣部長の番外編ミニ!』と題した番外編が配信された。
自社制作のオリジナル番組のほか、近年はAT-Xが製作委員会に出資している作品の直前特番も制作されている。
DIAMOND TIME DX
情報番組『DIAMOND TIME』の拡大版。
GOLDEN TIME
主に改編期に放送され、度々プレゼント企画も行われた。
金田朋子とくばん。チョ〜気持ち良い、とことで。
『金田朋子のミニミニミクロに毛が生えた?!』の特別版。後にDVD版も発売された。
花の声優界! スター☆ボウリング
各声優事務所から2人ずつチームを組んでのボウリング対抗戦。過去に3回放送されており、放送後に未放送のパートも収録したDVDも発売された。
声優旅行社へようこそ。
声優による旅番組。
嘉陽サスペンス劇場?!
清水香里にPRESENTS『S-1グランプリ!』
ゾイドルーツ
2006年1月6日から4月2日まで放送されていた『ゾイドフューザーズ』で、各話終了ごとに放送されたミニ番組。アニメの原型となったトミー製の組み立て玩具「ゾイド」シリーズの商品を、テーマごとに紹介・解説(1983年の黎明期から、同作の次の『ゾイドジェネシス』に登場するものまで)。全13回。
独占潜入! ネギま!? ラストコンサート
『ネギま!?』のイベント「Princess Festival」の上演内容を紹介するもので、後にセルDVDにも収録されている。司会は小林ゆうと野中藍。
マジカノ宣伝スペシャルバラエティ『マジバナ』
本放送期間中の一部の回終了後に放送されたミニ番組。
毎月第1土曜日と第1日曜日に行われる「スカパー!無料の日」には当チャンネルも参加している。ただし、映画やOVAなどの特別番組や年齢制限を設けている番組、一部の声優バラエティ番組は対象外となる。沿革の通り、現在土曜日と日曜日は一挙放送などの特別編成が大半を占めるため、実際に無料放送を行うのは朝と夜間の数時間程度となっている。このほか、毎月開始する新番組の一部の第1話も無料放送の対象としている。2015年4月から2020年12月までは、後述の長時間特別編成枠「スペシャルサンデー」を編成していたため、第1土曜日が無料放送日だった(当時は「スカパー!無料の日」が第1日曜日の1日のみだった。2015年3月までは他チャンネルと同様、第1日曜日に実施)。また、かつては毎月20日も独自に無料放送を行なっていたが、2007年11月20日をもって終了した。