メトロイド アザーエム
声優:なし
銀河連邦軍によるクローンメトロイドの第一号が成長したもの(成長は研究員たちにとっても予想外だった)で、本作における事実上のラストボス。戦闘時には、結晶のような角を頭部から首にかけて生やす。サムスのパワードスーツに付着していたベビーメトロイドの細胞を元に作りだされたため、遺伝子的にはベビーと同一である。
メトロイドとの間に理想的な関係を築き、“支配”を超えたコントロールをするための刷り込みによってMBを母親と認識しており、ボトルシップ内の他のすべてのメトロイドと同じく彼女の命令に従う。また、オリジナルの生体情報を保存する目的で遺伝子操作が行われず、産み出す幼生も冷気に対する耐性は持っていない。詳細はメトロイド (架空の生物)を参照。
ガラス張りの壁など透明・半透明の物質を貫通するようになり、威力も向上する。本作ではアイスの能力も引き継ぐ。
敵に掴み攻撃などをされた時に1ボタンで反撃ができる。相手にダメージを与えるだけでなく、掴み攻撃から抜け出すことができる。
本作は序盤に外的要因により能力を失うという展開は無く、既に全ての能力を入手しているが、アダムの指示により能力を制限するという形で序盤の行動が限られ、必要に応じて解禁していくという形式となっている。
声優:河田吉正 /
惑星ゼーベスから帰還し、銀河連邦本部へ報告に訪れたサムスに対する検疫検査を行った男性。
サムスとは顔馴染みで彼女はそれなりに信頼していたらしいが、実はパワードスーツ洗浄に際してスーツ表面に付着していたベビーメトロイドの細胞片を極秘に回収、実験材料とするためボトルシップに送っていた。その際に、誤ってリドリーの細胞片をも回収してしまっていた。
銀河連邦軍の訓練所を模したバイオスフィア試運場にて、施設を探索中の第7小隊を襲った巨大なトカゲのような生物。後に戦闘に加わろうとしたサムスに襲い掛かる。サソリのように長く鋭い尾を持ち、これによる刺突で攻撃する。
戦闘中のサムスは、未確認生物に上から圧し掛かられている状態であるため身動きが取れず(センスムーブにより上体起こしのように回避することは可能)、強制的にサーチングビューでの戦闘となる。
アンソニーのプラズマ砲で胸を撃ち抜かれ、セクター3に撤退する。戦闘後にライアルの死体が発見され、同時に試運場の隅でリトルバードの抜け殻がサムスによって発見されたため、ライアルを殺害した犯人と目される。
後にリドリーに成長する中間体であることが判明するが、この時点でもグリプト星人等のクリーチャーを扇動、自分の配下として従え、サムスを援護しようとする第7小隊に差し向けて妨害するなど、オリジナルに引けを取らないカリスマ性、狡猾さを見せており、アダムもこの生物の存在を危惧していた。
声優:スタッフクレジットで表示なし / Jamie Hunsdale
アダムの弟。兄の部隊に所属していた兵士でもあり、サムスやアンソニーとも親しかった。穏和な顔つきで、実際にもサムスと写っている写真から見て、兄とは逆に気さくな性格だったことがうかがえる。かつて宇宙船の異常を起こしたドライブユニット(推進装置)処理任務の際、ユニットが暴走して爆発に巻き込まれて殉職した。その際、止むを得なかったとはいえアダムはユニットが暴走してすぐイアンごとユニットを切り離すよう指示し、僅かな可能性に賭けて救出に向かうと言ったサムスの申し出も受け入れなかったため、当時それが納得できなかった(現在のサムスは理解を示している一方で今同じことが起こっても同じことを主張するだろうと語っている)サムスは軍を抜けることとなった。
ギャラリーモードにおける設定資料によると、開発者側のイメージとしてはアダムは母親似で、イアンは父親似とされている。