瀬戸南線
1980年には省営自動車運行開始50周年を記念して、岡崎自動車営業所の構内に「国鉄自動車発祥之地」の石碑が建立された。
1985年明知支所を廃止、残った瀬戸自動車営業所明知支所中津川派出所が瀬戸自動車営業所中津川支区に昇格した。翌1986年には中馬線の片草 - 明知、恵那線の明知 - 根ノ上・遠山追分 - 上切 - 恵那富田・橋場 - 阿木が廃止となり明知地区は全廃となった。
国鉄分割民営化後、1988年1月31日に岡多線が愛知環状鉄道線として全線開通すると同時に、本路線が開業当時から有していた「鉄道線の先行」「鉄道線の短絡」という2つの使命は失われた。その後は「鉄道線の培養」に変化し、JR東海バスに引き継がれてからは新豊田駅と三河安城駅を結ぶ路線の新設などの動きもあった。また、1991年7月26日からは、本路線の免許を活用する形で、岡崎市から豊田市・瀬戸市を経由する「ドリームとよた号」の運行を開始した。 しかし、1991年12月25日から瀬戸南本線の八草 - 新豊田が休止されたことにより、ついに瀬戸地区と豊田・岡崎地区を結ぶ一般路線は分断された。
2000年には開業70周年を迎えたが、この時期には路線バスの営業環境が厳しくなってきたことから、JR東海バスでは一般路線の大幅な縮小を計画することになった。2001年3月23日には陶都線の一般路線の大半の区間をガイドウェイシステム線(ゆとりーとライン)へ移行、一般路線の名古屋駅乗り入れが廃止された。
国鉄最後となる国鉄自動車路線名称(昭和61年度 日本国有鉄道公示第172号 (昭和61年12月10日 施行12月11日))より抜粋。この時点で明知地区は全廃となった。
瀬戸南線 瀬戸南本線 岡崎 - 瀬戸記念橋 三河岩津 - 東名岩津 天神橋 - 藤藪 国江 - 三河上郷 南豊田 - 三河豊田 久保町 - 新豊田 上八草 - 愛工大前 宝ヶ丘 - 聖霊学園前 宝ヶ丘 - 菱野団地 - 御殿橋 安城線 岡崎 - 坂戸 - 横根 安城郵便局前 - 三河上郷 東刈谷駅口 - 東刈谷駅前
瀬戸北線 瀬戸記念橋-多治見 品野-岩屋堂温泉 上半田川口-榎戸 下半田川口-下半田川
瀬戸西線 瀬戸西本線 瀬戸記念橋 - 造形短大口 瀬戸追分 - さつき台 - 南山中学前 西松山町 - 市民公園 - 上松山町 上水野 - 曽野稲荷前 上水野 - 穴田 - 品野 鹿乗 - 東谷橋 鹿乗橋 - 尾張細野 玉野 - 石尾台六丁目 - 尾張細野 陶都線 瀬戸記念橋 - 名古屋 北脇町 - 松原町 - 中水野 瀬戸追分 - 瀬戸市 松原町 - 苗場町 - 南山中学前 南山中学前 - 水野団地 志段味支所前 - 神領 志段味支所前 - 高蔵寺 西松山町 - 中水野
中馬線 品野 - 片草 上品野口 - 名学大前
恵那線 恵那本線 中津川-根之上高原 中京短大口-中京短大 坂本線 恵那駒場-美乃坂本 恵那駒場-後田
3月1日 - ジェイアール東海バス設立 4月1日 - JR東海の自動車事業をジェイアール東海バスに引き継ぎ。
1991年7月26日 - 岡崎市から豊田市・瀬戸市を経由する「ドリームとよた号」の運行を開始。
2001年3月23日 - 陶都線の一般路線の大半の区間をガイドウェイシステム線(ゆとりーとライン)へ移行。JR東海バスの一般路線の名古屋駅乗り入れが廃止。名古屋ガイドウェイバスの車両管理・運行の一部を受託。
2002年 2月1日 - 中津川地区の恵那線を北恵那交通に移管し廃止。 4月1日 - 瀬戸南線の岡崎市側の区間が全廃。岡崎営業所を愛知貸切営業所に改組。瀬戸市内 - 愛知工業大学間、瀬戸西線の高蔵寺駅への乗り入れ、瀬戸北線の品野 - 多治見駅間、中馬線の上品野 - 片草間が廃止。
2005年10月1日 - 愛知貸切営業所廃止。
2006年 7月20日 - 「中央ライナー号」の一部が多治見駅より瀬戸駅前まで延伸。 9月 - ガイドウェイシステム線のうち、高蔵寺系統を廃止。
2007年 - 瀬戸市内 - 菱野団地・南山学園間廃止。 10月18日 - 「中央ライナー号」の一部が瀬戸市駅まで延伸。
2009年10月1日 - JR東海バス、残る一般路線を全廃。名鉄バスが春日井・瀬戸両市内の路線の代替運行開始。JR東海バスと名鉄バスがゆとりーとラインの車両管理・運行から撤退。瀬戸支店廃止。
2011年9月30日 - 中央ライナー号多治見・瀬戸系統運行終了。
2021年1月31日 - ドリームとよた号運行終了、路線免許も含めて本路線が完全に消滅。