養源院
襖絵と杉戸絵 - 俵屋宗達作の重要文化財があり、これも伏見城で自刃した将兵の霊を供養するために描かれたものと伝えられており、杉戸の象や唐獅子や麒麟などを図案化した構図は、表現の奇抜さでも知られている。平成22年(2010年)、この唐獅子図の隣りに、江戸時代よりたった一軒続いてきた唐紙屋となる唐長の唐紙師・トトアキヒコによる「星に願いを」が奉納された。またトトは、俵屋宗達の重要文化財である金地着色松図の唐紙修復も手がけている。
護摩堂(重要文化財)
庫裏
庭園(京都市指定名勝) - 小堀遠州の作庭によるとされている池泉回遊式庭園。東山連峰の阿弥陀ヶ峰を借景としている。
崇源院の墓 - 東福門院(徳川和子)が建立。
鐘楼(重要文化財)
大日如来堂
鎮守社 - 祭神:白鷹龍神、赤桃明神、白玉明神。京都市指定保存樹のヤマモモに祀られている。
中門(重要文化財)
勅使門(北門)
毘沙門天堂
白衣弁財天堂
弁天池
山門(南門、重要文化財)