伊那北駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線を持ち、列車交換が可能な地上駅。単式ホーム側(下り線)に駅舎があり、島式ホーム側とは伊那市駅側にある構内踏切で連絡している。1・2番線が本線で、3番線が上り副本線である。貨物取扱駅であったため、構内には複数本の側線がある。かつては駅舎の北側に有蓋車用の貨物ホームがあった。
伊那市駅管理の無人駅。2013年3月までは東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、JR全線きっぷうりばが設置されていた。
ホーム(2023年3月)
駅前にJRバス関東が運行する高遠町方面バス(高遠線)の乗り場がある。 伊那バスが運行する伊那市街地循環バスと伊那本線(伊那市街地 - 南箕輪村 - 箕輪町)<伊那市、南箕輪村、箕輪町による試験運行>は駅南方にある「伊那北」バス停から発車する。