毎月勤労統計調査
雇用契約期間の定めがないかまたは雇用契約期間が1か月以上の労働者
(2017年12月以前は定義がちがうので注意)
データが残っている2012(平成24年)以降2017年(平成29年)までについては上記の「再集計値」をもとに給付し、データが残っていない2004年(平成16年)から2011(平成23年)までについては上記の「再集計値」などから「給付のための推計値」を作成し、それをもとに給付した。
2018年1月から復元処理は行われるようになったが、2019年(令和元年)5月まで、東京都の一部の産業の500人以上規模の事業所について抽出調査は行われた。
2011年(平成23年)8月4日、厚生労働大臣は総務大臣に毎月勤労統計調査の調査計画に関する変更を申請し、承認された。その中で、30人以上の事業所については、産業・規模別の層化無作為一段抽出と記載している。2016年(平成28年)10月27日、厚生労働大臣は、同じく変更を申請した。2017年(平成29年)2月13日、総務大臣は承認した。その中で、全国一律の全数調査であると記載している。課長Dは、抽出調査となっていることを知っていながら、全数調査としていると事実と異なる申述をしていた。上述の通り、厚生労働省幹部は東京の大規模事業所について全数調査しているものと認識していた。また、これらより前の毎月勤労統計調査の調査計画に関して承認された申請書には、全国一律や全数調査などについて指定する記述はなかった。
そして、これら調査計画の変更が承認されたあとでも、その承認された内容と異なり、担当課(室)は、東京以外の大規模事業者については全数調査、東京都の大規模事業所については抽出調査のままにした。 これは統計法9条及び11条に違反していると特別監察委員会は述べている。
また、課長以下の判断で東京都の常用労働者500人以上の事業所を抽出調査に変更することを決定したこと、担当課(室)が事実と異なる申述をしたことについて、不適切と述べている。
きまって支給する給与のうち、所定外給与以外のもの。基本給・家族手当等。
また、統括官Hは、総務省に報告し公表すべき旨を含む指示だったとの認識だったが、室長Fは総務省に報告するよう指示された認識はあったが、公表すべきとの指示は認識せず、公表はされなかった。さらに、この報告は後任の統括官Jに引き継がれなかった。また、室長Fは総務省へ報告しなかった。室長の後任Iに総務省へ報告することが引き継がれたかどうかは、追加調査でも判然としていない。そのまま他の部長(統括官)等の幹部や統計委員会、総務省等は2018年(平成30年)12月10日に総務省が異常に気づくまで、それらについて知らず、全数調査しているものと認識していた。
2018年(平成30年)1月、調査事業所の入替え方法を総入替え方式から部分入替え方式(いわゆるローテーション・サンプリング方式)に変更した。しばらくして、全数調査であるため調査事業所の入替え方式変更の影響を受けないはずの大規模事業所についても不連続性があることに気づいた総務省は、2018年(平成30年)12月10日、厚生労働省に対し、説明を求めた。ここで初めて、不適切な取扱いが公的に明らかになった。
2018年12月28日、誤った手法で調査していたことが報道される。
抽出調査に変更したこと、担当課(室)以外はそれを知らなかったことにより、総務省が承認した厚生労働省の毎月勤労統計調査の調査計画や公表資料には調査対象事業所数は約33200と書いていたが、それよりも実際の調査対象事業所数は概ね1割程度の約3000少なくなっていた。これは、厚生労働省の調査で確認できた範囲では、1996年(平成8年)以降。また、年報には、規模500人以上事業所については「抽出率1/1」及び「全数調査」と間違って記載されていた。