種痘
佐賀藩では、8月には藩医楢林宗建が痘母となる子供をつれて佐賀に到着し、藩医の子らに接種した。佐賀藩は幕府から長崎警備を命じられていて西洋の情報収集や西洋医学の習得に熱心で、楢林宗建も長崎詰であった。伊藤玄朴の進言を受けた藩主鍋島直正は宗建に牛痘苗の入手を命じて実現すると、子の淳一郎(後の鍋島直大)にも接種させた。同時期に種痘事業を担当する引痘方が設けられて医師11人が配され、医師の出張・宿泊費を藩が支給して無料で藩領に接種が開始された。並行して熟達した医師に種痘医業免札を発行する制度が導入された。10月に佐賀藩江戸藩邸の伊東玄朴に送られた痘苗から、関東・東北地方の各地に広がることになる。
笠原良策は京都での種痘活動、大阪の「除痘館」の開設に関わったのち、福井藩への輸送を試みる。当時の種痘は子供から子供に7日目毎に植え継ぐ方法しかなかった。同年11月下旬、笠原らは子供とその親の総勢十数名を引き連れて京を出立し、雪深い栃ノ木峠をかき分け越え、福井藩のある越前国へ痘苗を持ち帰った。笠原は福井城下自宅の隣家にて帰国した当日から種痘を開始し、接種と鑑定方法を熟知することを条件に、越前国内の府中、鯖江、大野、敦賀のほか隣国加賀藩(石川県・富山県)の大聖寺、金沢、富山などへと分苗していった。その後、福井藩は嘉永4年(1851年)10月、70名を超える藩医・町医を組織した「除痘館」を開設した。
富山藩では、1840年代後半、前藩主である前田利保が種痘を聞くに及び、藩医の横地元丈を江戸に派遣、情報収集と種痘技術の習得を行わせた。
種痘は天然痘の撲滅に貢献した。だが、種痘後に脳炎を起こす事例が頻発し、「種痘後脳炎」と呼ばれるようになった。1940年代後半には医師の間では広く知られるようになっており、その被害規模は無視できない数にのぼり、1947年と1948年の強力痘苗だけに限定しても、犠牲者はおよそ600人と推計されており、天然痘のこの2年間の患者数405人を超えていた。医原病である。
さらに犠牲者のほとんどは乳幼児であり、子供を失ったり、脳の正常な機能は失われてしまい障害者となってしまった子供を抱えたりした被害者は、接種を強制した日本の行政から何ら援助も保障も提供されなかった。
1970年6月には、種痘後に脳症となる被害者が新聞で取り上げられるようになり、半年間で200人を超える規模と報道された。国立予防衛生研究所は、1970年代においてもジェンナーが種痘ワクチンを開発して以来、製造法が進歩していないことを指摘。さらに製造過程で多数の雑菌が入り込んでいる状況も指摘している。
また、1970年には、北海道小樽市の種痘後遺症被害者が日本の行政機関を相手取り、損害賠償の訴訟を起こした。同時期に立ち上がった「全国予防接種事故防止推進会」の精力的な活動も幸いして、「種痘禍」は報道機関でも取り上げられ、その実態が国民に広く知られるようになった。1972年の夏頃に種痘の集団接種は一部地域で中止され、同時に希望者のみの個別接種方式の導入と接種年齢見直しが図られた。
この種痘所は後に幕府直轄の「西洋医学所」とされた。
上州舘林藩では長澤理玄が江戸に上り嘉永2年(1849年)に桑田立斎の弟子となり、嘉永4年(1851年)に種痘法を持ち帰ったが、藩主秋元志朝の命を受けてなお、藩の上下の者は皆、種痘を受けることを恐れた。理玄は普及を急き焦り、親の承諾も得ずに通りすがりの子供に施術するなどして益々反対派を増やしてしまった。翌年には藩飛び地の羽州(山形県)漆山へ赴き、同地でも種痘施術を行った。元々、秋元家は山形藩から舘林に移されたばかりであり、山形では医師であった理玄の父の名声も高かったことから、種痘は普及した。また舘林では家老の岡谷瑳磨介が率先して自身の子供4人に受けさせた。この後、種痘に反対していた重臣の子供らは次々と天然痘に罹ったが、岡谷の子供らは大丈夫であった。確実な効果を目の当たりにしたこれ以降、他の藩士や領民も進んで種痘を受けるようになった。のち藩は岡谷の献策により、理玄を中心とした大規模な医療施設を設け、さらに舘林藩は藩内の幼児全てに種痘を受けさせることを義務化した。
こうして全国に広まっていくと同時に、もぐりのいい加減な施術を行う牛痘種痘法者が現れた。緒方洪庵らは「除痘館」のみを国家公認の唯一の牛痘種痘法治療所として認められるよう奔走していた。安政5年4月24日(1858年6月5日)、洪庵の天然痘予防の活動に対し、大坂町奉行の戸田氏栄を通して幕府からの公認が行われ、牛痘種痘は免許制とされた。
当時は、牛痘に対して「打ったところから牛の頭が生える」「四つ足で歩くようになる」といった迷信も流行した。