神峯山寺
山門から仁王門にかけての参道の脇には東海自然歩道が並走しており、ハイカー達の中継地点にもなっている。
本堂 - 安永6年(1777年)再建。上部には十六八重菊紋が見られる。堂内に3種の毘沙門天を安置する。また、新西国三十三箇所第14番札所本尊の聖観音も祀る。扁額「日本最初毘沙門天」は伏見宮邦家親王の筆。仁王門よりなだらかな直線の参道を約100m上ったところにある。
観音堂 - 本堂と渡り廊下で繋がっている。
光仁天皇墓碑(十三重石塔) - 本堂の西側奥に位置する観音堂の脇にある光仁天皇の分骨塔。
鐘楼堂
宝塔院(本坊)
開山堂 - 現在の神峯山寺で最も高い場所にあり、役小角が伽藍を建立したとされる場所に位置する。本堂脇から急勾配の石造の階段を上る。堂内には役小角とその遣いの鬼・藍婆(らんば)、毘藍婆(びらんば)が安置されている。神峯山寺初寅会の折のみ開帳され、参拝が可能。
釈迦堂 - かつては東堂と呼ばれていた。
開成皇子断髪塔(五重石塔) - 中興の祖である開成皇子の埋髪塔である。
豊川稲荷
白龍王社
九頭龍滝 - 境内に存在し、かつては修験者の滝行に使用されていた。神峯山寺開山の縁起で伝わる「北方の光」は、九頭龍滝の飛沫であったとされる。
九頭龍神堂
常不軽堂
龍光院 - 塔頭。
化城院 - 塔頭。
寂定院 - 塔頭。
嶺峰院 - 塔頭。回向堂。境内中腹にあり、神峯山寺の阿弥陀信仰の起源となった阿弥陀如来坐像(重要文化財)の身代わり仏が安置される。その両脇には有栖川宮韶仁親王と宣子女王の位牌を安置。
真珠院 - 塔頭。 天真庵 もみじ庭園
仁王門
大仏塔「慈晃」 - 納骨堂。
仁王門と狛犬
開山堂
釈迦堂
観音堂
化城院
嶺峰院
平安時代後期に、天台宗僧侶であった良忍が開宗した融通念仏宗の源流が大原、鞍馬を通り神峯山寺へ伝わったとされ、神峯山寺秘密縁起4巻の冒頭にはその説話が残されている。
大治元年(1126年)の頃、摂津国に橘輔元(たちばなのすけもと)という役人がおり、極めて裕福であったが7度の火災で家財がすべて失われ、輔元の父、子にわたる3代にわたって癪の病にかかるという苦しみを受けた。輔元は奥之院の毘沙門天の宝前でこの苦しみから救われるよう深く祈祷し、九頭龍滝に打たれるなど苦行を行ったとされている。そして輔元とその子息は、後に良恵、忍恵と名乗り、良忍の弟子となり神峯山寺の住職を継いだといわれる。