日本熊森協会
ドングリ運びに対しては、何人かの研究者が批判している。保科英人は全国から集めたドングリを散布することは、ドングリ自体や内部に潜む昆虫による遺伝子撹乱の危険性(例えば九州からの種と交雑が起きた場合、寒さへの耐性が落ちてしまう)及び散布する行為自体に反対した。。横浜国立大学の松田裕之は餌を与えることが結果的に捕殺されるクマが増加すると指摘した。日本ツキノワグマ研究所は、クマは青いドングリを好み、置いたドングリは食べないと述べ凶作の年にドングリをまくことに反対した。
2010年11月に東京で行われたナキウサギの鳴く里づくりプロジェクト協議会主催の「野生動物への餌づけを考える」シンポジウムにおいて、パネルディスカッションの話題でツキノワグマへの山中におけるドングリ給餌についても取り上げられた。山中へのドングリ運びについては遺伝子汚染のおそれ、人身事故の危険性、費用対効果などが指摘された。他には凶作のときにのみ餌付けするなどの対症療法と、無条件に毎年餌付けすることは分けて考えるべきという意見が出された。
どんぐり運びの生態系に与える影響や効果が未検証であることを懸念する意見もある。
他地域のドングリや自生しないドングリ、さらにドングリに寄生するゾウムシ等の幼虫・菌類・細菌が生きたまま森林生態系に持ち込まれている。このことは、本来分布しない生物の侵入(国内外来生物)につながる可能性がある。また、同じ種が分布している場合は、他地域から持ち込まれた個体が以前から自生していた個体と入れ混じり、場合によっては交雑して、地域間の遺伝的な差異(地理的変異)を撹乱する(遺伝子撹乱または遺伝的撹乱)危険性がある。協会は2004年のどんぐり運びにおいては「集めたドングリを一昼夜水に浸してから山に置く」としていたが、この論文では、浸水処理の後も多くのドングリの発芽力が保たれ、寄生昆虫の生存率も高いことが示されている。協会は2006年・2010年のどんぐり運びでは浸水処理は行っていない。
人間の匂いのついたドングリを(時には人里近くで)食べることで、クマが人里に下りてくるのを逆に誘発し、「餌付け」と同じ効果をもたらすのではないか、という懸念がもたれている。
ブナ・ミズナラを含めた果実の豊凶は、植物にとって動物にドングリを食べ尽くされないようにする機能があるという説がある(種子捕食者飽和仮説)。