分子時計
一方で、生物によって、ミトコンドリアDNAの塩基置換速度が異なることがすでに分かっている。また、どの時代においても塩基置換速度が一定に推移したのかも大きな疑問として残っている。これらを踏まえ、分子時計の正確さに疑問を持つ声もある。
少なくとも、速い変化率を示す分子が、より過去において遅い変化率を示す例が知られ、指数関数的な較正について述べられている。