指標生物
先述のように、生物指標の価値のひとつはその調査の簡便さにあるから、微生物を利用するのは少なくとも汎用性が低い。しかし、有効な場合も少なくない。例えば下水処理施設においての管理に汚泥中の微生物相を監視する例や、海水浴場等の水質判断に大腸菌数を見る例などはよく知られる。大腸菌は大腸内に生活する微生物なので、その存在はその水への人糞の混入の程度を示す指標として使われる。
指標生物(しひょうせいぶつ、indicator species、index species)とは、様々な環境条件を調べる際に、そこに生息する生物のうち、ある条件に敏感な生物を用いて調べる場合の、その生物を指していう言葉である。この方法の事を生物指標と言う。特に、河川の汚濁を調べる際の水生昆虫を中心とする淡水動物の例が有名である。
土壌については、土壌汚染の判定にシダ植物の仲間が用いられるほか、農業上の利用として土地の肥沃度の判定などに用いられる。
青木惇一は、森林伐採による土壌動物、特にササラダニの種組成の変化に注目し、それを指標生物とする方法をいくつか提案している。
止水域では、酸素の取り入れはほぼ水面からに限られ、その消費は汚濁の程度で大きく異なる。したがって、酸素溶存量は生物への影響が大きいと同時に、汚濁の程度を示す重要な条件である。生息する動物の種は、溶存酸素量によって大きく変わることが知られている。特に湖底の泥に生息する動物がその指標となる。
汚濁が少なく、年間を通じて水底まで酸素が存在する場合、若干のイトミミズや赤くないユスリカ類が生息する。より汚濁が進むと、夏期に底の部分で酸素不足の条件が表れる。このような湖沼ではオオユスリカが優占するようになる。さらに汚濁が進むと、湖底にある期間の無酸素状態が続くようになる。そうなると、ここに生息するのはフサカである。この種は、体内に空気をためる袋を持つため、酸素がない状態でも生存可能だとのこと。