諸君!
また、2001年2月号では南京事件論争では多種多様なアンケート結果を掲載し、誌上で産経新聞論説委員石川水穂(当時)の司会で「中間派」の秦郁彦と「まぼろし派」の東中野修道による座談会を行った。
1990年代には自由主義史観の主要論陣拠点となり、1996年に結成された新しい歴史教科書をつくる会に、産経新聞系の『正論』とともに深く関わっていた。
元統一協会員の仲正昌樹が斎藤貴男らを批判した「サヨクの最後の砦 - 「格差社会」「愛国心」「共謀罪」ハンタイ」(2006年8月号)に2ページでいいから反論させろと要求したところ、「読者投稿欄なら」との編集部の回答に失望したという。数ページにわたる批判記事への言論人の反論には2ページ割いて反論を載せるのは従来『諸君!』の伝統であって、石井英夫のそれに対しても俵孝太郎は2ページ反論する機会を与えられている。斎藤は結局、投稿欄への反論を行わなかった。また、以前は本多勝一が投書欄への反論すら拒絶されたことで、訴訟沙汰となっている。本多は「掲載された本多への批判の論説は、本多が書いた記事の曲解に基づくものであり、読者に誤解をさせるから名誉毀損である」とし、発行元の文芸春秋社を提訴したが、判決は「掲載された文に本多の記事が引用されているため読者には元の文がわかる」として請求棄却であった。
文藝春秋社全体の広告収入の落ち込みもあり、社業全体の見直しの一環として2009年3月、創刊から40年となる2009年5月1日発売の2009年6月号で休刊することが発表された。
2012年1月31日、『文藝春秋』2012年2月号増刊という体裁で3年ぶりに復刊され、北朝鮮問題を特集した。
『正論』・『Voice』・『WiLL』などと共に保守系論壇誌であり(2016年にはこれに『Hanada』が加わる)、岩波書店の『世界』、朝日新聞社の『論座』(2008年休刊)、創出版の『創』などの左派系論壇誌と対をなしていた。
『文藝春秋』・『週刊文春』同様に公明党・創価学会には批判的。池田大作らの言動を巻頭コラム「紳士と淑女」でたびたび取り上げたほか、元毎日新聞編集委員内藤国夫による論説「月刊創価学会問題」を内藤が死去した1999年まで10年以上にわたって連載、論壇誌の中でも特に対決姿勢を鮮明にしていた。
左派系マスコミが沈黙すると考えられていた北朝鮮の拉致問題についても当初から大きく取り上げていた。また、サイエンス関係の企画も初期は立花隆が、後期は中野不二男などが扱っていた。
とりわけ朝日新聞批判は創刊以来のライフワーク的存在であり、しばしば特集を組んで批判論陣を張った。古くは本多勝一の『中国の旅』批判、21世紀に入ってからは女性国際戦犯法廷のNHK番組改変問題で安倍晋三首相の主張と同じく「捏造を行った朝日」と批判を大々的に行った。
岩波書店で多く本を出し、雑誌『世界』に論文を掲載する主に左派文化人の呼称である「進歩的文化人」批判も多く行った。特にソ連解体(ソビエト連邦の崩壊)後の、左派文化人がソ連共産党の独裁体制や中国の文化大革命、北朝鮮の金日成崇拝を無条件で礼賛していた各種の過去の発言を雑誌や新聞から発掘し、個人名を挙げて出典付きで紹介する「悪魔祓いの戦後史」(稲垣武)の連載は山本七平賞を受賞した。