井上毅
9月には伊藤から内閣制度改革案を起草され関係を修復した。
政変後は伊藤のブレーンとして活躍し12月に発足した参事院(後の内閣法制局)の議官になり、国会開設の詔を起草、明治15年(1882年)に発布されることになる軍人勅諭の起草に関わる。同年と明治17年(1884年)に朝鮮で起こった壬午事変・甲申政変に対応して和睦に派遣された花房義質や井上馨に同行して朝鮮へ渡り、朝鮮との交渉に努めた。さらに明治17年(1884年)3月17日に憲法制定のために設置された制度取調局長官に就任した伊藤の下で御用掛を兼任、同じ御用掛となった伊東巳代治・金子堅太郎らと共に伊藤の補佐役として大日本帝国憲法の起草に参加、皇室典範の起草にも関わる。ただ、同年の華族令の公布と明治18年(1885年)の内閣制度始動による第1次伊藤内閣の発足など政治体制の整備で憲法は後回しになり、本格的な憲法作りは先へ持ち越された。
明治19年(1886年)5月に伊藤の呼びかけで憲法に着手、翌明治20年(1887年)5月に憲法草案に甲案・乙案を伊藤へ提出、ロエスレルも伊藤に出した草案を参考にして憲法作成は始動した。
参事院議官任官
内閣書記官長兼任
1883年(明治16年)7月16日 - 内閣書記官長免官
図書頭任官
1885年(明治18年)12月28日 - 臨時官制審査委員長仰付
1888年(明治21年)2月7日 - 法制局長官(勅任官一等)任官、賜下級俸
枢密院書記官長兼任
1889年(明治22年) 5月10日 - 枢密院書記官長免官 10月14日 - 臨時帝国議会事務局総裁(勅任官一等)兼任
1890年(明治23年) 1月28日 - 賜上級俸 7月19日 - 枢密顧問官兼任 臨時帝国議会事務局総裁免官 12月2日 - 文事秘書官長(勅任官一等)兼任
1891年(明治24年) 5月8日 - 法制局長官依願免官 6月1日 - 文事秘書官長(勅任官一等)兼任
1893年(明治26年)3月7日 - 文部大臣任官、文事秘書官長免官
1894年(明治27年)8月29日 - 文部大臣依願免官
保守的で中央集権国家の確立に尽力して政党政治に強く反対した井上ではあったが、法治国家・立憲主義の原則を重んじて、その原則で保障された国民の権利は国家といえども正当な法的根拠がない限り奪うことが出来ないと考えていた。そのため、これらを否定するような反動的な主張に対しては毅然とした態度で立ち向かったという。また、超然主義に対しても行き過ぎた議会軽視であると批判的であり、法制局長官としては議会に有利な判断を下すことも多かったとされている。
中江兆民は遺著『一年有半』の中で井上と白根専一を「真面目で横着ではなく、図々しいところのない」と評して敵対者ながらその人物を高く評価している。徳富蘇峰も國民新聞で「彼はまことに国家のためにその汗血を絞り尽くしたる也」と書いている。後年、井上の遺文書類が國學院大學に『梧陰文庫』として保管されたが、整理担当者の1人木野主計は井上の多彩な活動に注目し「明治国家形成のグランドデザイナー」と称している。