長崎鉄道事業部
西九州新幹線(全線)
2017年3月3日付で大分車両センターから転属した。 長崎地区では久しぶりのキハ40系列の配置車である(2002年までキハ47形が在籍)。
キハ47形気動車 3500番台が2両 (3509, 3510)、4500番台が2両 (4509, 4510)、8000番台の4両 (8076, 8129, 8135, 8158)、9000番台の2両 (9031, 9041) の計10両が所属している。 2022年9月のダイヤ改正で転入。佐世保線の江北 - 早岐と長崎本線の江北 - 長崎で運用を開始した。長崎本線の肥前浜 - 小長井はこの車両のみが定期運用されている。
キハ66系気動車 キハ66・67形各0番台の2両編成 (1, 3, 12) 3本、100番台の2両編成 (110) 1本の計8両が所属している。全車両が保留車となっている。 2020年3月1日時点では、キハ66・67形各0番台の2両編成 (1 - 3, 5 - 9, 11 - 15) 13本と、100番台の2両編成 (110) 1本の計28両が所属していた。 佐世保線(佐世保 - 早岐間)・大村線・長崎本線(諫早 - 長崎間)で快速「シーサイドライナー」や普通列車として運用されていた。以前は肥前大浦発長崎行き、長崎発小長井駅までの定期運用も存在した。