神戸阪急
経営破綻後、そごうは西武百貨店との業務提携、ミレニアムリテイリング発足による西武百貨店との経営統合を経て、この過程で、そごうの店舗の多くが閉店し、そごう直営店であった東京店も閉店された。大阪店に関してもいったん閉鎖したうえで心斎橋本店として再建する方針が打ち出された。
これに対し、神戸店に関しては首都圏外のそごうの中では最大の売上高があったことから、池袋西武(当時)で定評のある西武百貨店のノウハウを導入することになった。本館では化粧品売場に同店で人気のブランドを誘致した。新館については5階の一部にあった飲食店を閉鎖し、1階から4階は西武百貨店グループの雑貨店「ロフト (LOFT)」と5階は紀伊國屋書店を誘致して誘客と賃料収入による経営の安定化を図った。2002年(平成14年)3月14日に一連のリニューアルが完成した。年間売上高は700億円ほどに落ち込んでいたものの、兵庫県内各地にあった外商拠点を廃止したため、採算性はむしろ向上した。
西神そごうに関してもそごう西神店(神戸店西神館)として直営化し、同様に紀伊國屋書店の誘致などを行った。
なお、その後2013年などに食品売場や地階出入口などの改装は行われたものの、そごう神戸店として全館改装を行うのはこれが最後となった。