講座制と学科目制
講座制については、講座名で定められた教育研究分野毎に、教授1名、助教授1名、助手1~3名の定数が定まっていることから、人事・予算・教学面でその運用が硬直的・閉鎖的とされた。このため文部省は、1970年代、筑波大学を初めとして、学部・学科・講座制をとらない「新構想大学」の設置を進めた後、1991年(平成3年)の大学設置基準の大綱化以降、複数の「小講座」を再編統合し、複数の教授ポストを置く「大講座」化や、講座を学部から大学院に移す「大学院重点化」などを進めた。
さらに、2001年(平成13年)の大学設置基準の改正により、学部・学科の内部組織として、講座制・学科目制以外の仕組みが一般的に可能とされた後、2006年(平成18年)の大学設置基準の改正により、講座制・学科目制の例示も廃止された。新たに「大学は、教育研究の実施に当たり、教員の適切な役割分担の下で、組織的な連携体制を確保し、教育研究に係る責任の所在が明確になるように教員組織を編制するものとする。」と規定された(大学設置基準第7条第2項)。
国立大学については、2000年(平成12年)度から、講座・学科目の教育研究予算単価である積算校費が廃止され、大学毎に総額を定める教育研究基盤経費に移行したほか、2002年(平成14年)度には「国立大学の学科及び課程並びに講座及び学科目に関する省令」が廃止され、2004年(平成16年)度の国立大学法人化も相まって、講座・学科目の改廃は完全に自由化された。