ファーマコフォア
現代の計算化学では、ファーマコフォアの概念を用いて、同様の生物学的活性を持つ複数の分子から本質的な特徴を決定できる。次に、化合物データベースを検索して、同じ特徴を共有し、同じ相対配向に配置された分子を探すことができる。
ファーマコフォアは、3D-QSARモデルを開発するための出発点としても利用される。このようなツールと「特権構造」と呼ばれる関連概念は「巧みな構造変更によって、複数の種類の受容体や酵素標的に対して有用なリガンドを提供できる分子フレームワーク」と定義される。