フランス軍事顧問団 (1867-1868)
なお、ジャーコモ・ファルファラによれば、ブリュネは1868年12月時点で「天皇政府は近いうちに徳川軍による蝦夷島の占領を許すに相違ない。なぜなら、その地を徳川軍に〔ママ〕争奪する十分な軍事力を有しないから」という楽観的な見通しを語っていたという。
明治2年4月9日(1869年5月20日)、新政府軍は北海道に上陸、5月11日(6月20日)五稜郭に立て籠もる箱館政権軍に対し、明治新政府軍の総攻撃が開始され、五稜郭は陥落、5月18日(6月27日)総裁・榎本武揚らは新政府軍に投降する。ブリュネらフランス人らは、榎本の勧めに従い、総攻撃前の5月1日(6月10日)に箱館港に停泊中のフランス船に逃れた。
なお、戊辰戦争には、軍事顧問団の脱走者5人に加え、さらに5人のフランス人が函館で榎本軍に参加している。フランス海軍の士官候補生であったアンリ・ポール・イポリット・ド・ニコールとフェリックス・ウージェーヌ・コラッシュの2人は横浜に停泊中のフランス軍艦から脱走した。さらに、元フランス海軍の水兵で横浜に住んでいたクラトー、元陸軍軍人だったらしいトリポー、横浜在住の商人オーギュスト・ブラディエが加わった。このうち、ニコール、コラッシュ、クラトーの3人は宮古湾海戦に参加し、コラッシュは捕虜になった。このとき幕府側がとった、甲鉄への斬り込みによってこれを奪取するアボルダージュ戦術(フランス語: Abordage、英語: Boarding)は、ニコールの発案であった。