ライナー列車
なお、下り列車については大船以西の区間は快速となり、着席保証はないものの一般乗客も乗車可能であった。
2021年3月13日改正で東京・新宿 - 小田原間で新設された特急「湘南」への置き換えにより全列車が廃止された。
常磐線
常磐線では1989年3月11日に「ホームライナー土浦」、翌1990年3月10日に「おはようライナー土浦」がそれぞれ上野駅 - 土浦駅間で運行が開始された。車両は485系を使用。1998年12月8日に特急「フレッシュひたち」に置き換えられる形で廃止された。
中央線・青梅線
中央線・青梅線では、1991年3月16日に高尾駅 - 新宿駅間で「おはようライナー高尾」「ホームライナー高尾」、新宿駅 - 青梅駅間で「ホームライナー青梅」の運行が開始された。2001年には全車座席指定制となるとともに東京駅発着となり、名称は高尾駅発着が「中央ライナー」、青梅駅発着が「青梅ライナー」に改められた。晩年は「えきねっと」加入者向けに携帯電話を使用した予約サービスも行われていた。
2019年3月16日改正において特急「はちおうじ」「おうめ」に置換えられ、全列車が廃止された。 廃止時点では、E257系0番台・E351系を使用していた。過去には183系・185系も使用されていた。
185系「ホームライナー鴻巣」
489系「ホームライナー鴻巣」
185系「ホームライナー古河」
185系「湘南ライナー」
215系「湘南ライナー」
251系「おはようライナー新宿」
183系「中央ライナー」
E351系「中央ライナー」
E257系「中央ライナー」
E257系「青梅ライナー」
長野地区
扱いとしては広義の普通列車であるため、乗車券(定期券を含む)のほかに乗車整理券を必要とする。一般には座席分の枚数しか発売されないため、着席が保証されるいわゆる座席定員制であるが、かつての札幌地区のように、乗車整理券の発売枚数に制限はなく、着席保証はない場合もあった。また、運行区間末端方の乗車整理を発売しない停車駅は「降車専用駅」の扱いとして原則として乗車を認めないクローズドドア制で運転したり、通常の快速列車の扱いとして運転する列車も存在した。
長野地区では、1989年3月より信越本線にL特急あさま用の189系・489系を使用した快速「モーニングライナー」の運行が朝の軽井沢駅 - 長野駅間で開始された。また、夜には長野駅 - 小諸駅間で快速みすず用の165系・169系を使用した快速「ホームライナー」も運行されていた。この列車は1997年の北陸新幹線長野駅までの開業に伴う信越本線のしなの鉄道移管により、「しなのサンライズ」「しなのサンセット」として継承された(以降は当該列車記事を参照)。
2004年10月16日には篠ノ井線松本駅 - 長野駅間に「おはようライナー」の運行が開始され、翌2005年には塩尻駅 - 長野駅間に区間が延長された。平日は基本的に毎日運行されていたが、列車としては臨時快速列車の扱いであった。乗車整理券は300円で、車両は183系・189系電車(2015年5月以降は189系のみ)を使用。2019年3月16日のダイヤ改正で愛称なしの快速列車(こちらも列車としては臨時快速列車の扱い)に置き換えられて運転を終了した。
新潟地区
新潟駅を中心とした新潟地区では、1994年に信越本線新潟駅→長岡駅間で夜間に「らくらくライナー」として運行開始。2004年3月13日に白新線・羽越本線新潟駅→村上駅間の「らくらくトレイン村上」が新設され、従来の列車は「らくらくトレイン長岡」と改称された。「らくらくトレイン長岡」は2012年に運転区間を直江津駅まで延長し、「らくらくトレイン信越」と改称された。乗車整理券は300円。
廃止時点ではすべての列車でE653系を使用していた。それ以前は485系が使用されていた。
2021年に「おはよう信越」は全車指定席の快速列車「信越」に改称、「らくらくトレイン村上」は廃止となり、「信越」についても翌2022年のダイヤ改正で廃止となった。
JR以外においても、ライナー列車に類似する列車を運行している鉄道事業者が存在する。ここではJRのライナーと同様に着席通勤を目的として座席定員制で運転されるものを中心に記載する。
なお、ライナー列車としての固有種別の形をとってはいないが、小田急電鉄や東武鉄道(伊勢崎線・日光線・野田線系統)・西武鉄道・名古屋鉄道・近畿日本鉄道・南海電気鉄道・泉北高速鉄道では通勤輸送向けに有料特急列車が設定されている。これらの列車は種別・運行形態・車両形式こそ基本的に日中の特急列車と変わらない が、利用実態はホームライナーに比較的近く、かつて国鉄がホームライナーを設定するにあたってのヒントともされた。これらについては、「ホームウェイ・モーニングウェイ」(小田急電鉄)、「スカイツリーライナー」「アーバンパークライナー」(以上東武鉄道)、「レッドアロー」(西武鉄道)、「名鉄特急」、「近鉄特急」、「泉北ライナー」も参照。