正中の変
二人への刑罰そのものは変わらないが、資朝が完全な無罪ではなくなったのが、仮決定との大きな違いである。資朝一人を犠牲にして手打ちにすることについては、事前に幕府から後醍醐天皇へ打診があったと見られ、後醍醐は渋々これを呑んだのだと考えられる。こうして、誰が本当の黒幕だったのか何もわからないまま、正中元年事件は幕を閉じた。
正中元年事件が大事件になったのは、幕府側の初動捜査の失態および解決方法の曖昧さだった。にもかかわらず、幕府の長崎円喜はその後も大覚寺統邦良親王派を支持したため、後醍醐天皇は一定の反感を覚えた。しかし、後醍醐はなおも関東申次の西園寺家の影響力を通じ、幕府との友好路線の維持に努めた。後醍醐は御産祈祷を行って中宮の西園寺禧子との間に皇子をもうけようとしたり、母方が西園寺家傍系で性格も聡明な第二皇子の世良親王を後継者に立てたりした。元徳2年(1330年)ごろまでは一貫して後醍醐は親幕派だったと見られる。
しかし、結局、夫妻の努力にもかかわらず正妃の禧子との間に皇子は生まれず、世良もまた運悪く数え25歳以下の若さで元徳2年(1330年)に薨去した。これが元徳3年(元弘元年、1331年)元弘の乱に繋がっていくことになる。
後醍醐は土岐氏嫡流の武将である土岐頼貞や、その親族の多治見国長を味方につけ、倒幕を図った[実際に関与を疑われたのは、土岐氏嫡流の頼貞ではなく、傍系の土岐頼有]。しかし、土岐頼員が、妻の父で六波羅探題奉行人である斎藤利行に密告したことにより、倒幕計画は事前に発覚した。そして、元亨4年9月19日(1324年10月7日)朝、頼貞や国長は六波羅に攻められて自害した。
資朝と俊基は、証言者となる頼貞や国長が戦死したので、自分たちに累は及ぶまいと楽観視していたが、半年以上にわたる捜査を進めてきた幕府によって、正中2年(1325年)5月に捕縛された[実際は正中の変当日に、資朝・俊基は幕府の取り調べ要請に素直に応じて出頭している]。弱気になった後醍醐は、同年7月7日、幕府に謝罪の書状を送った[実際は謝罪文ではなく真犯人を探し出せという命令文だった]。
幕府の重臣の二階堂道蘊(貞藤)は、恐れ多いとして書状を返却しようとしたが、得宗の北条高時は無理にこれを斎藤利行に読ませた。すると、利行は突然鼻血を出して7日間のうちに死んだため、人々は神仏の祟りだと噂した[実際の利行の命日は正中の変が終結して1年以上後の嘉暦元年(1326年)5月]。こうした事件や、勅使の万里小路宣房の釈明によって、幕府は弱腰姿勢になり、後醍醐と俊基には無罪判決が下ったが、資朝は流刑となった[このように『太平記』説では正中の変が終結したのは7月7日以降だが、実際は2月中に終結している]。
こうして1回目の倒幕計画を阻止された後醍醐天皇だったが、7年ごしの倒幕計画を立て、元徳3年(元弘元年、1331年)に、2回目の討幕運動である元弘の乱を起こすことになる。
その後の3か月間、資朝らの取り調べの詳細は不明である。
年が明けた正中2年(1325年)1月13日ごろには、正中元年事件を契機に、後醍醐天皇と甥の皇太子邦良親王の政治抗争は表面化していた。このころ、両者はたびたび使者を鎌倉に送っていたので、世人に「競馬」と呼ばれていた、と花園上皇は批判している(『花園天皇日記』同日条裏書)。もっとも、花園が属する持明院統の後伏見上皇も、政争に勝利するために使者を走らせていた。
閏1月7日、花園上皇は幕府の仮決定を知った(『花園天皇日記』同日条)。それによれば、「1. 資朝・俊基の討幕計画は完全な冤罪である。2. 資朝は(討幕計画に関しては冤罪だが)佐渡国に配流する。 3. 俊基は無罪。 4. 祐雅は追放」という内容だったという。花園は、資朝が冤罪なのに佐渡への流刑という不可解な決定に、不審であると驚いている。『花園天皇日記』同日条裏書によれば、長崎円喜(高綱とも。嫡子の内管領長崎高資と共に、当時の幕府の事実上の最高権力者)も、この裁定に不審と驚いたらしい。円喜は、「資朝の書状」なるものにまだ疑惑があるのに、冤罪判決が下りそうなのは、資朝が恐怖したので情状酌量があったからだろうか、と密かに談じていたという。