平泉寺白山神社
その間である、玉泉坊は平泉寺を統括する宝光院と大聖院を出し抜いて、秘蔵の茶道具である青磁筒を信長に献上して近づき、信長から一山総務の朱印状を入手し、平泉寺全山を手中に収めた。クーデターである。こうして玉泉坊は平泉寺の社領や神物を自由に差配して、平泉寺諸院諸坊から黄金を徴収するなどした。しかし、天正2年(1574年)1月19日、富田長繁が反乱を起こして一乗谷にいた桂田長俊を討ち取る事件が発生するとその混乱に乗じて1月23日、宝光院などが兵を挙げて玉泉坊父子を討ち果たした。
宝光院は以前の体制に戻そうと実力者の朝倉景鏡と組んだが、その景鏡が2月になって越前一向一揆に襲われて居城の亥山城から平泉寺に逃げてきたので匿うと、平泉寺自体が一向一揆の標的となってしまった。
4月15日、平泉寺と景鏡の軍勢が地元の一揆が籠る村岡山城を攻めている最中に和田本覚寺率いる一向一揆軍が平泉寺本体に襲い掛かり、それを見た平泉寺と景鏡の軍勢は平泉寺に戻ろうとして混乱し、合戦に敗北。景鏡は戦死し、多くの僧兵も討ち死にし、逃亡して平泉寺は全山を焼失、滅亡した。だが、その後、天正11年(1583年)に平泉寺に戻ってきた顕海が、弟子の専海と日海を率いて再興に着手し、豊臣秀吉などの崇敬を受けて復興させた。
江戸時代には福井藩と越前勝山藩から寄進を受け、規模は6坊2か寺、寺領は330石であった。
寛保3年(1743年)、いさかいが絶えなかった越前馬場・平泉寺と加賀馬場・白山比咩神社の利権争いがようやく江戸幕府寺社奉行によって、御前峰・大汝峰の山頂は平泉寺、別山山頂は長瀧寺(長滝白山神社)が管理すると決められ、白山頂上本社の祭祀権を獲得した。
明治時代に入ると神仏分離令により寺号を捨て神社として生きていくこととなり、寺院関係の建物は解体された。
しかし、1872年(明治5年)11月、江戸時代の決定とは逆の裁定が行われ、白山各山頂と主要な禅定道が白山比咩神社の所有となった。