ゼノギアス
人格の統合によってフェイはゾハルの力を完全なものにし、真紅の機体は清浄なる白の機体「ゼノギアス」へと変異進化を遂げ、全ての元凶たるデウスを倒し得る唯一の存在となった。父との再会を迎えたフェイだが、突如、父カーンはグラーフへと豹変し襲い掛かってきた。実は3年前、肉体に限界が来ていたグラーフはカーンに憑依しており、その支配が弱まったときだけカーンの人格が表れていた。グラーフはエレハイムとミァンはデウスの代弁者などではなく、デウスの本体であると語る。すべてのヒトの女性は、誰もがミァンの因子を持っている。だからミァンが死ねば即座に代替わりし、新たな女性がミァンとなる。エリィもそういう手段で肉体を支配された。グラーフは完全な力を得たフェイの肉体を奪い、ゼノギアスによってデウスを破壊し、ヒトも消し去り、二度とミァンが生まれることのない世界にしようとしていた。フェイはゼノギアスに搭乗しグラーフの駆る「真ヴェルトール」と死闘を演じ、勝利。フェイは自分が戦っているのがグラーフではなく「父親」であると気づいており、止めは刺さず和解の手を伸ばす。その最中、完全なるゾハルの力を求めたデウスの呪縛によってフェイは吸収されそうになる。
100万本売れれば続編を出す予定だったが売り上げ本数は89万1675本(1998年内の通常版についての国内売上。週刊ファミ通調べ)だったため続編の話は立ち消えとなった。当時の副社長、鈴木尚によると、当時のスクウェアでは経営側より開発側の発言力が大きくなっていたとのことで、開発部門のトップであった坂口博信の意向により開発資源がハリウッド映画『ファイナルファンタジー』製作に集中していたことも、その要因となっている。
搭乗者:シゲヨシ・イノウエ造兵特務大佐他
垂線間長:100キロメートル
最大幅:42キロメートル
常備重量:270億トン
民間企業の有する移民計画用のフィラデルフィア級恒星間航行船2番艦。暴走後分解されたデウスのパーツと、デウスによって壊滅的被害を受けた移民惑星及び周辺の衛星やコロニーの生存者120万人を収容。オープニングで警告と共に閉じるシャッターのひとつひとつが1個の居住コロニーとして機能しており、内部に街が存在しているのが見える。デウス移送のために軍に徴収されており、平時と違ってブリッジ要員の8割を軍人が占めている。艦を構成する部品はブロックごとに切り離し可能な換装式になっており、艦長はそれを全て強制的に分離させることでデウスに支配された艦を墜落させた。超長距離を航行する移民船は小規模国家クラスの存在であるため、敵性勢力に備えてそれなりの武装を持っている。また軍の兵器輸送任務に徴収されているため、軍備は拡張され、軍の兵器も搭載されていた。
モデルは、1943年にアメリカ海軍によって行われた不可視化実験「レインボー・プロジェクト(通称、フィラデルフィア計画)」に使用されたとされる駆逐艦エルドリッジより。
エルドリッジ墜落後の十数年間。1万年前のエピソード2にあたる物語の時代。カインたちアニムス原体はヒト原種を生み出し、ヒトは幾何級数的・爆発的に産み増えていき、カインは自らを神として崇めさせ、ヒトを支配した。
デウスが生産・制御して破壊活動とメルカバーの防衛を行う大量の機動兵器。エルドリッジで運搬されていたデウスシステムの機動端末兵器群の残存していたものの一部が、ゾハルと不完全接触した接触者ラカンの手により起動、世界を蹂躙してディアボロス軍団と呼ばれた。ソラリスはこれらにヒトを加工した生体部品を加えて、より高性能な機動端末兵器群を作り出すM計画を画策する。復活後のデウスシステムで用いられた機動端末兵器はエーテルが使えるように進化したヒトとナノマシンを材料にした為、エーテル能力と強力な自己修復機能を持ち、アイオーンと呼ばれる。アイオーンの戦闘力は初期型機動端末兵器より遥かに高く、それぞれ1体1体がギア・バーラー級の戦闘能力を持つ。アイオーンの姿は材料となったヒトの意識が影響している。
ディアボロスはギリシャ語で「悪魔」、アイオーンは古代ギリシア語で「ある期間の時間(時代や世紀、人の生涯など)」をそれぞれ意味する言葉。
だがフェイの前世であるグラーフが庇う形で吸収され、一時的にデウスの呪縛を解くことに成功する。確かにグラーフは「ラカンの怒り」を持っていたが、息子を守り教え導くという「父の想い」も持っていた。彼は最後に、デウスを破壊し、犠牲になった大切な人たちを救ってほしいと「息子」にすべてを託して消え去った。
フェイはエリィを救うべく、そして父との約束を果たすべく仲間たちと共に最後の戦いに赴く。星そのものを兵器に改造するべく惑星と一体化を始めたデウスの内部へと突入。かつての親友から大切な人の行方を賭けた最後の戦いが幕を開けた。フェイはゼノギアスの力を以ってデウスを破壊し、ゾハルこと「神」の解放に成功する。そして、フェイとエリィの愛を試すべくカレルレンが生み出した刺客「ウロボロス」をも撃破。デウスの内に取り込まれたエリィを救出し、更に改心したカレルレンの手助けによりデウスから脱出する。フェイはカレルレンにも手を差し伸べたが、彼はデウスに残ることを選び、異次元へと転移した波動存在と共に姿を消した。ゼノギアスに乗ってフェイとエリィが仲間たちのもとへ帰還するところでこの物語は幕を閉じる。
ゼノギアスのギア及び機械兵器の一覧を参照
本作のヒロイン。ソラリスの住人で将校。自らの出生に疑問を持ち、解明するためにフェイに同行する。