防衛参事官
防衛参事官制度への批判として、まず「内部部局の局長が補佐するので、実質的に官僚による文『官』統制につながり、文民統制の意味に反する」。また、「体制として、局長会議と変わらず、多角的な面から大臣を補佐できないのではないか」がある。
さらに官僚兼務による弊害として、縦割り主義がある。防衛大臣の石破茂は、防衛庁長官時代のことについて著書「国防」の中で防衛参事官制度について「長官も出勤しなけらばならないほどの事件が起きたにもかかわらず、自分が関係しないからと出勤しない防衛参事官がいた。長官を補佐する役職ならば、国家の緊急時には分掌と関係なく、出勤するべきだ。」と官僚にありがちな縦割り主義を批判している。
なお、石破は当時の海上幕僚長だった古庄幸一らの進言を受け、防衛参事官に各幕僚長を加えるなどの改革案を作成するよう指示したが、内局の反対の中、抜本的な改革には至らなかった。
また、局の統廃合により1局が減ったため、官房長または局長に充てられない防衛参事官は4人から5人に変更。
2006年(平成18年)7月31日 - 局の再編に併せて、防衛参事官(衛生担当)と防衛参事官(技術担当)が廃止され、防衛参事官の定員は8人に減員。これにより、官房長または局長に充てられない防衛参事官は5人から3人に変更。廃止された防衛参事官が所掌していた業務を承継する役職として、衛生監および技術監を長官官房に設置。
2007年(平成19年)1月9日 - 防衛庁の防衛省移行により、防衛庁防衛参事官は単に防衛参事官に改称。
2007年(平成19年)9月1日 - 防衛参事官の定員を9人に増員。防衛施設庁を廃止し、同庁が所掌していた業務を本省へ統合したことに伴い、本省に1局増設されたので、官房長または局長に充てられない防衛参事官の人数は3人のまま増減なし。
2009年(平成21年)8月1日 - 防衛参事官を廃止。