内郷丸遭難事件
そして出航して10分ほど経った13時5分、1000 m程度進んだ頃に船尾の船縁を乗り越えての激しい浸水が始まり、船体が船尾から沈没していった。沈没地点は神奈川県津久井郡日連村(現在の相模原市緑区)地内、岸から約100 m、水深約25 mの地点であった。
沈没とともに湖面に放りだされた生徒たちは、いったん沈んで再度浮かんできた内郷丸の屋根にしがみついたりしながら救助を待ち、駆け付けた第三内郷丸のほか、第一勝瀬丸などの遊覧船、モーターボートなど計5隻に救助された。
救助された生徒は与瀬の船着場から上陸し、付近の旅館「大正館」に収容され、乗船しなかった生徒を合流させ、点呼をとった結果、この時点で20人が行方不明であることが確認された。
その後、乗船しなかった生徒と救助された生徒219人は、バスで19時50分ごろ学校に到着して帰宅し、残っていた35人も21時頃に学校に到着した。しかし、22時頃になって2人の生徒が帰宅していないことが判明し、この生徒の遭難も確認され、最終的に遭難者は合計22人となった。
12時55分頃に乗船が終わった内郷丸は出航した。この時、船頭は客席を見て「かなり乗ったとは思うが平素と別に変ったことは感じないし心配ない」と判断し、そのまま出航した。しかし、定員を大幅に超過して乗船したために乾舷が下がって船尾のエンジン排気管が水に浸かり、後日の海難審判庁の調べでは、この時点で毎分23 kgの割合で浸水が始まり、船尾側へのトリムが暫時増えつつあったと推定している。岸にいた船主は出航直後にこれに気づいて沈没の危険を察知し、大声で内郷丸に岸へ戻るよう叫び続けたものの、船頭の耳には届かなかった。このため、船主は自転車で300 m先の内郷船着場から第三内郷丸(事故を起こした内郷丸とは別の遊覧船)に乗って内郷丸を追った。
出航した船は湖水の西岸に向かったが、3分程経つと船尾からの浸水が客席にも現れ始め、やがてそのままの姿勢ではいられなくなり、次第に騒然となった。