琉球独立運動
2016年、公安調査庁は、沖縄の日本からの分離運動を中国が支援しているとする報告書を著した。中国は大学及び調査センターを通じて沖縄の日本からの独立を目指して闘う集団とつながりを持っているという。これに対し、琉球民族独立総合研究学会の松島泰勝は、「中国の研究者の間にも、琉球が独立したら中国が侵略するという発想はない」とし、琉球独立が「中国に利する」との発想を否定した。
2020年8月アメリカのシンクタンク、戦略国際問題研究所(CSIS)は「中国は日本に影響を与えるために間接的な方法を使用している。資金調達を通じて沖縄の動きに影響を与え、沖縄の新聞に影響を与えて沖縄の独立を推進し、そこに米軍を排除するなどの隠れたルートがある」とまとめている。それに対し沖縄タイムスと琉球新報は中国の資金提供を否定する記事を出した。
沖縄の新聞社の記事をふまえたうえで、クライブ・ハミルトンが執筆したサイレント・インベージョンの日本語翻訳を監訳した山岡鉄秀は、2020年10月10日に浦添市産業振興センターにて日本沖縄政策研究フォーラム主催で行われた講演会「サイレント・インベージョン~沖縄県民に知ってほしい中国属国化工作の手口~」にて、中国共産党は「株式などではなく広告などより見えにくい間接的な方法を使用する」と述べた。
2021年10月、フランスの軍事学校戦略研究所(英語版)(IRSEM)は中国が潜在的な敵の弱体化を狙い、琉球独立と仏領ニューカレドニアで独立運動をあおっている報告した。中国にとって沖縄は「自衛隊と在日米軍を妨害する」意図があるとしている。
琉球独立論に関しては、琉球王国時代に人頭税の歴史のあった先島諸島では批判の声がある。
八重山日報の仲新城誠は「(沖縄)県民は日米の軍事基地化で土地を奪われた琉球の先住民族」という歴史観を半分冗談としながらも「(沖縄)本島エスタブリッシュメント(支配層)史観」と呼び、首里城が離島の島民にとっては、どちらかと言えば「圧政の象徴」でだったことに触れている。また、八重山日報社説では、オヤケアカハチ、王府の命令で他の島に強制移住され、恋人同士が引き裂かれたされる野底マーペーなどの歴史に触れ、「琉球共和国」のようなものが誕生しても沖縄県民、特に離島住民にとって幸せな政治体制がどうかは疑問であり、それどころか構造的差別の国になりかねないとしている。