バスタ新宿
仙台⇔首都圏線(仙台新宿号・仙台羽田号・ドリーム仙台・大宮/新宿号):長町駅・仙台駅東口行・泉中央駅・古川駅行(JRバス東北)
ドリーム山形/米沢・新宿号:米沢駅東口・山形県庁前・山形駅行(JRバス東北)
夢街道会津号:猪苗代駅・会津若松駅行・道の駅あいづ行・喜多方営業所行(JRバス関東・会津乗合自動車)
あぶくま号:西郷バスストップ(白河)・須賀川営業所・郡山駅行・二本松バスストップ・福島駅東口行(JRバス東北・福島交通)
広瀬ライナー号:仙台駅前・利府役場前・石巻駅前行(京王バス・宮城交通)
しもきた号:八戸駅東口・三沢駅・野辺地中央・下北駅・むつ市役所行(国際興業バス)
夕陽号:エスモールバスターミナル・庄内町余目駅前・酒田庄交バスターミナル・さかた海鮮市場前行(国際興業バス・庄内交通)
ノクターン・ネオ号:弘前バスターミナル・青森駅前行(弘南バス)
ニューノクターン号:弘前バスターミナル・五所川原駅行(弘南バス)
パンダ号 新宿線:弘前バスターミナル・五所川原駅行(弘南バス)
フローラ号:秋田駅東口・長崎屋バスターミナル行(小田急ハイウェイバス・秋田中央交通)
MICHINORI EXPRESS:弘前駅城東口・青森駅東口・青森港フェリーターミナル行(岩手県北自動車)
MICHINORI EXPRESS:矢幅駅西口・盛岡駅西口・本八戸駅・八戸駅・八戸ラピア行・三沢駅東口・北里大学・十和田市まちなか交通広場行(岩手県北自動車)
佐久・小諸号:佐久平駅・小諸駅行・高峰マウンテンリゾート行(JRバス関東)
中央高速バス 富士五湖線:富士急ハイランド・河口湖駅行・富士山駅行・山中湖 旭日丘行・山中湖 平野行・本栖湖行・富士芝桜まつり会場行(京王バス・富士急バス・フジエクスプレス) 本栖湖行と富士芝桜まつり会場行は季節運行 富士山五合目線:富士急ハイランド・河口湖駅行・河口湖自然生活館行・富士山五合目行(京王バス・富士急バス・フジエクスプレス) 富士山五合目へは夏季のみ運行。夏季以外は河口湖駅止まり 甲州塩山線(甲州ワインライナー):甲州市役所・山梨市役所・富士急上阿原車庫行(富士急バス) 土休日のみ運行 甲府線:甲府駅行・湯村温泉行・竜王行・富士急上阿原車庫行(京王バス・富士急バス・山梨交通) 南アルプス市・身延線:南アルプス市役所・身延山・身延行(京王バス・山梨交通) 中央市・南アルプス市線(南アルプスエコパークライナー):山梨大学附属病院入口・南アルプス市・八田行(山梨交通) 諏訪・岡谷線:茅野駅行・上諏訪駅行・岡谷駅行(京王バス・アルピコ交通・フジエクスプレス・山梨交通・JRバス関東) 松本線:松本バスターミナル行(京王バス・アルピコ交通) 安曇野・白馬線:安曇野スイス村・安曇野穂高・安曇野松川・信濃大町駅前・白馬八方行・栂池高原行(京王バス・アルピコ交通) 栂池高原行は冬季のみ運行 伊那線:伊那バスターミナル・駒ヶ根バスターミナル・伊那バス駒ヶ根車庫行(京王バス・フジエクスプレス・山梨交通・伊那バス・信南交通) 飯田線:飯田駅前・飯田商工会館行(京王バス・アルピコ交通・伊那バス・信南交通) 塩尻・木曽福島線:塩尻駅東入口・木曽福島駅行(京王バス・おんたけ交通)
JR東日本の線路から上の2 - 4階部分が交通ターミナルとなっている。当ターミナル上部の5 - 7階にはJR新宿ミライナタワーの文化施設部分が建てられているほか、2 - 4階では隣接する同タワーの商業施設部分と接続している。各階の施設は以下のとおり。
2階 バスタ新宿出入口 国道20号接続部分 JR新宿駅 新南改札(旧・新南口)、甲州街道改札(旧・サザンテラス口)、ミライナタワー改札(2016年3月7日新設)
3階 タクシー乗降場 新宿区コミュニティバス「新宿WEバス」乗降場 高速バス降車場 東京観光情報センター
4階 新宿高速バスターミナル 高速バス乗降場 発券施設、待合所、管制室 店舗 デイリーヤマザキ バスタ新宿店 バスタ新宿 THE土産SHOP