エントアメーバ科
このうち二核アメーバは電子顕微鏡観察に基づき1974年にトリコモナス目モノセルコモナス科に移された。
トーマス・キャバリエ=スミスが1983年にアーケゾア仮説を提唱した際にその中のアーケアメーバ類に組み入れられたが、まもなくミトコンドリアを二次的に喪失したものだと推測され、1991年に暫定的にペルコロゾア門に属する綱として、1993年には独立の門に位置づけられた。その後分子系統解析の情報が蓄積されるにしたがい再びアーケアメーバ類や粘菌との近縁性が指摘されるようになり、1997年にアメーバ動物門アーケアメーバ亜門に属する綱とされた。
アーケアメーバ内部での系統関係は長く議論が続いた。まず2004年に分子系統解析によってEndolimax属とEndamoeba属がEndolimacidae科として独立し、エントアメーバ科はペロミクサ目の所属となった。2013年にはヨードアメーバ属も外されて、エントアメーバ科はエントアメーバ属のみとなった。そして2016年にペロミクサ目との直接の系統関係が否定され、エントアメーバ目の所属となった。