フィリピンの戦い (1944年-1945年)
レイテ島に続いてルソン島の奪還を目指す連合軍は、レイテ戦末期の12月15日、ルソン島上陸に先立ちミンドロ島へ侵攻した。その目的はルソン島南部に対する航空支援基地を確保することにあった。日本側の第14方面軍はミンドロ島の防衛は当初から断念しており、警戒任務の2個中隊しか配備していなかった。日本海軍による砲撃(礼号作戦)などの反撃は行われたものの、すぐに連合軍は島を制圧することに成功した。
レイテ島上陸直前の1944年10月12日から3日間、アメリカ軍は台湾にある日本の航空基地を空爆した。これにより台湾沖航空戦が起きたが、日本側は約700機とパイロット多数を失ったのに対し、アメリカ軍機動部隊の損害は僅かであった。にもかかわらず大本営海軍部は、「空母撃沈11隻、撃破8隻、・・・アメリカ機動部隊を壊滅」と大戦果を天皇に奏上した。海軍部は、10月16日には戦果の再判定を行い、大戦果が誤認であることを確認していたが、陸軍には伝達されなかった。誇大戦果を信じた陸軍はアメリカ軍の戦力を過小評価することになり、この誤った状況判断がアメリカ軍がレイテ島に上陸した後の作戦計画に大きな影響を与えることになった。
レイテ沖作戦で海軍が神風特別攻撃隊を出撃させると、陸軍も日本本土で編成していた「万朶隊」や「富嶽隊」をフィリピンに進出させて第4航空軍の指揮下に入れ、陸海軍ともに多数の特攻機を繰り出し、フィリピン戦で海軍航空隊は特攻機333機を投入し、420名の搭乗員を失い、陸軍航空隊は210機を特攻に投入し、251名の搭乗員を失った。一方で連合軍は、特攻によりフィリピンだけで、22隻の艦艇が沈められ、110隻が撃破された。これは日本軍の通常攻撃を含めた航空部隊による全戦果のなかで、沈没艦で67 %、撃破艦では81 %を占める。フィリピン戦における日本陸海軍合計での特攻による損失機数は、戦闘における全損失機数約4,000機の14 %と戦果の割りに少ないと言われることもあるが、この比率には、特攻予定機であっても例えば敵艦遭遇以前に敵航空機等に発見され、特攻に至ることもないまま撃墜された機数等は含まれていないので、注意を要する。比較対象の出来るものとして、レイテ沖海戦前後の10月21日から25日の間、特攻を行わなかった数百機からなる第ニ航空隊がほとんど戦果をあげることなく多くの搭乗員が撃墜され戦死したことに対し、十数機の第一航空隊が11機の零戦の損失で護衛空母1隻、他5隻の損害を与えていることがあげられる。もっともこれも、第一航空隊は、25日まで複数の未帰還機(事故による?)を出しつつも一切会敵することがなかったため、艦船遭遇以前に敵航空機等に発見され攻撃を受けていれば、どの程度の数字になっていたかは分からない。米軍調査資料には、特攻は戦力の消耗に比し大きな成果をあげたことを示すものもある。
これらゲリラの活動により、1943年の時点で連日のように道路・橋や電話線の破壊、移動中の部隊への襲撃が相次ぎ「昼間は歩けない」とさえ言われた。アメリカ軍がレイテ島に上陸する前には30万人以上の武装ゲリラが存在して日本軍と戦闘を開始しており、日本軍が掌握できていたのはフィリピンのわずか30 %に過ぎなかった。ゲリラといっても、アメリカ軍の指揮・命令を受けていたユサッフェはフィリピン人のアメリカ陸軍正規兵であるフィリピン・スカウト(英語版)と同じ扱いであって、アメリカ本国から階級の昇進や任免まで行われていた。マッカーサーは正規軍であるユサッフェを通常の軍事作戦に投入し、アメリカ軍が日本軍前線に進攻すると陣地後方から攻撃させ、空挺部隊が降下してくるときには事前に降下地の日本軍を掃討させていた。
ただし、正規兵扱いと言っても全員が軍服を着用しているのではなく、むしろ一般市民に溶け込むような活動を行い、またゲリラの支援者は、アメリカ正規軍扱いではないフクバラハップゲリラを含めると、国民の大多数にあたる1,700万人にも達していたという推計もある。
一方、フィリピン市民は必ずしもすべてが対日武装勢力に与したというわけではなく、日本が1943年10月14日に独立政府(ホセ・ラウレル政権・フィリピン第二共和政)を設立するなどフィリピン宣撫工作により親日派の市民たちも存在した。また日本軍はマカピリと呼ばれる武装組織(約5600名)を作り、抗日ゲリラを討伐したり、中には日本軍とともに敵陣に突入していく部隊もあった。もっともラウレル政権は独立と同時に対米宣戦布告を求めた日本側に対してフィリピンの国情を理由に先延ばしを認めさせるといったことがあった。 なお、これらの親日派武装勢力は戦後に特赦され、軍事裁判に問われないものとされた(もっともいわゆる私刑の類はあった)。
残る地域のうちミンダナオ島に日本軍は最大の兵力を残していた。第30師団(レイテ戦で半減)と第100師団を主力として、他に独立混成第54旅団、第2飛行師団地上要員、海軍の第32特別根拠地隊などが配備されていた。これに対して連合軍は、米第24師団、第31師団、第40師団を上陸させ、現地にいた米比軍ゲリラ部隊(ユサッフェ)約33000名と共同作戦を行った。まず連合軍は西部のサンボアンガへ3月10日に上陸して、独混第54旅団を撃破した。つづいて4月に南岸へ上陸してダバオ攻略を目指したのに対し、日本軍は主力の第100師団がダバオ西方で約2ヶ月間防戦を続け、6月にアポ山へと後退して自活態勢に移った。第30師団は北部区域において戦闘していたが、6月頃に東部へ撤退した。