真田氏
慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは昌幸は西軍、信幸は東軍に与して分裂した。昌幸と次男・信繁は上田城で徳川秀忠率いる約3万の軍勢をわずか数千で迎え撃って秀忠軍を釘付けにし(第二次上田合戦)、秀忠の関ヶ原遅参の一因を作ったと言われる。しかし努力のかいもなく戦いは東軍の勝利となり、同年12月13日に昌幸と信繁は紀伊高野山山麓の九度山に流刑となる。
東軍についた長男・信幸改め信之は父の本領信濃国小県郡3万8000石を与えられ、占領していた上野国利根郡沼田城2万7000石と3万石の加増を加えて都合9万5000石を領して上田城に住した(信濃上田藩)。
その後の大坂の陣では信之は出陣せず、豊臣方に参じた信繁が徳川方を寡兵で翻弄し日本一の兵と評された。
元和8年(1622年)に信之は4万石加増のうえ信濃松代藩へ転封となり、松代城に住した。この際に沼田領3万石を長男信吉に分与した。これにより支藩の沼田藩が立藩されたが、同藩は天和元年(1681年)に江戸・両国橋御用材の調達の遅れを理由とされ改易されている。
松代藩は沼田藩と合わせて13万石の表高にされていたため、沼田藩の改易で松代藩は4郡95か村10万石となり、この石高で廃藩置県まで存続した。
松平定信の次男で真田家に養子に入り、8代藩主となった幸貫は、藩政改革に努めて佐久間象山を登用した。幕政でも海防掛老中に昇進した。
伊予宇和島藩主伊達宗城の長男で、真田家の養子に入った幸民が慶応2年(1866年)に最後の松代藩主に就任し、その翌年に江戸幕府は崩壊した。
昌幸は武田氏が滅んだ後織田信長に恭順した。しかし本能寺の変で信長が横死すると、昌幸は本拠地として上田城の築城に着手しながら混乱する信濃にあって主家を転々と変え、真田家の勢力維持に奔走する。
徳川氏と北条氏が甲信を巡って対陣した天正壬午の乱の和議では、上野を北条領とし、真田氏支配の沼田城周辺も北条に割譲するが、徳川はその代替地を用意することが定められた。しかし昌幸はこれを拒否したため徳川軍7千の攻撃を受けるが、昌幸は2千余人の城兵で上田城を守りきった(第一次上田合戦)。これで真田氏は独立した大名として認められることになる。
最終的に昌幸は上杉景勝を通じて豊臣秀吉の臣下に入り、秀吉の命で徳川家康と和解する。そして徳川氏の与力大名となったことから、嫡男・信幸と本多忠勝の娘で家康の養女となった小松姫との婚姻が成った。これらの過程で真田宗家は、名目上は徳川氏の与力大名だが実際は豊臣の家臣である昌幸と次男・信繁(上田城)と、名目上は昌幸の所領の一部を収める領主だが実際は徳川の与力大名である長男・信幸(沼田城)の2家体制となる。
なお加津野家を継いだ信尹も武田家滅亡後は真田姓に戻り、北条・徳川・蒲生と主家を変えてながら真田分家を興している。蒲生氏郷の死後は徳川家に帰参して旗本奉行を勤め、大坂の陣では家康の使者として信繁を相手に交渉したことで名を上げた。この系統は以後5,000石の大身旗本として幕末まで続いている。