防衛監察本部
2003年、有事法制整備の事業が始まり、野党が緊急事態基本法法案を公表するなどした。
2004年、武力攻撃事態等における国民の保護のための措置に関する法律(2004年、通称国民保護法)が成立した。
2006年1月に防衛施設庁談合事件、2007年10月に山田洋行事件が発覚。さらに自衛隊の情報流出事件も生じたことから、防衛省設置法開示請求により法規遵守状況に関する監察機関が新設されることになった。改正法公布時の防衛大臣は久間章生(2006年9月26日 - 2007年7月4日)、2007年は防衛大臣が小池百合子、高村正彦、石破茂と交代しているが、設置時の防衛大臣は高村正彦であった。
2007年10月12日、防衛大臣石破茂が、国民保護法に基づく防衛庁及び防衛施設庁の国民の保護に関する計画(防衛省・防衛施設庁国民保護計画)を変更し、組織の主管系統を改正した。防衛監察本部の主管部署は、総務課である。
2017年、自衛隊日報問題(南スーダン日報隠蔽問題)が国会で紛糾した際、5回目の特別防衛監察を行った。
2022年、2022年に発覚した自衛隊での性被害を受け、6回目の特別防衛監察を行う予定である。