タンパク質ドメイン
(1995). 2Continuous and discontinuous domains - an algorithm for the automatic generation of reliable protein domain definitions". Protein Sci, 4:872-884.
Siddiqui, A. S., Dengler, U., and Barton, G. J. (2001). "3Dee: a database of protein structural domains". Bioinformatics, 17:200-201.
Sowdhamini, R. and Blundell, T. (1995). "An automatic method involving cluster analysis of secondary structures for the identification of domains in proteins". Protein Sci, 4:506-520.
Srinivasarao, G. Y., Yeh, L. S., Marzec, C. R., Orcutt, B. C., Barker, W. C., and Pfei er, F. (1999). "Database of protein sequence alignments: PIR-ALN". Nucleic Acids Res, 27:284-285.
Swindells, M. B. (1995). "A procedure for detecting structural domains in proteins". Protein Sci, 4:103-112.
タンパク質の一次構造は特異的な三次元構造を決定している。タンパク質の三次元構造を決める最も重要な要因は極性、非極性のアミノ酸の分布である。フォールディングは疎水性側鎖を分子の中に閉じ込める力によって進む。
アライメントはドメインを決定する重要な道具である。
Tatusov, R. L., Natale, D. A., Garkavtsev, I. V., Tatusova, T. A., Shankavaram, U. T., Rao, B. S., Kiryutin, B., Galperin, M. Y., Fedorova, N. D., and Koonin, E. V. (2001). "The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes". Nucleic Acids Res, 29:22-28.
Taylor, W. R. and Orengo, C. A. (1989). "Protein structure alignment". J Mol Biol, 208:1-22.
Taylor, W. R. (1999). "Protein structure domain identification". Protein Eng, 12:203-216.
Teale, J. M. and Benjamin, D. C. (1977). "Antibody as immunological probe for studying refolding of bovine serum albumin. Refolding within each domain". J Biol Chem, 252:4521-4526. * Tsai, C. J. and Nussinov, R. (1997).
モジュールは、キネシンとABCトランスポーターの例のように、しばしば異なった接続を見せる。キネシンのモータードメインはコイルドコイル領域とカーゴドメインを持ち、ポリペプチド鎖のどちらの末端にも存在しうる。ABCトランスポーターは、ATP結合カセットと内在性膜モジュールという相互に無関係な2つのモジュールからなる、4対のドメインより構成されるが、これらは様々な組み合わせで並んでいる。
タンパク質のドメインという概念は、リゾチーム(Phillips, 1966)、パパイン(Phillips, 1966)の結晶のX線回折の研究、免疫グロブリン(Porter, 1973; Edelman, 1973)の部分的な分解の研究等を受けて、1973年にD.B. Wetlauferにより提唱された。Wetlauferはドメインを自立的に折り畳まれるタンパク質構造の中の安定なユニット部分と定義した。ドメインは、(1)コンパクトな構造で、(2)独自の進化をして独自の機能を持ち、(3)独自に折り畳まれるもの(Wetlaufer, 1973)、と定義された。
ドメインは他のドメインと組み合わさってマルチドメインを作ることがある(Chothia, 1992)。マルチドメインを持つタンパク質では、それぞれのドメインは独立にそれぞれの機能を果たすか、隣接のドメインと協力し合って機能を果たす。またドメインはウイルスの殻や筋肉繊維などのような大きな集合体の一モジュールとなったり、酵素や制御因子の触媒部位、結合部位となることもある。
一例としてピルビン酸キナーゼでは、all-βの調整ドメイン、α/β-基質結合ドメイン、α/β-核結合ドメインがポリペプチドのリンカーで結合されている(George and Heringa, 2002a) 。これらのドメインは別々のファミリーに属している。
酵素の中心にあるTIMバレルの基質結合ドメインは最もよく見られるものの1つである。