在日本大韓民国民団
1961年の5・16軍事クーデターと同日に民団中央団長選挙が行われ、権逸が当選した。権逸団長は、「反権(反権逸)は反朴(反朴正煕)だ。そして反朴は反国家だ」として、軍事政権をいち早く支持した。また、日韓基本条約の締結にも賛成した(後に権逸は、朴大統領の顧問として韓国の国会議員となる)。
その後、在日社会でも、軍政に反対する気運が高まり、1971年の団長選挙では、民主派のユ・ソクチュンと本国が支持する李禧元の一騎討ちとなった。当初、ユ・ソクチュンが優勢であったが、韓国中央情報部(KCIA)出身の金在権駐日公使が介入し、李禧元が勝利を収めた。選挙後に粛清が行われ、ユ候補の支持者は民団から除名された。
1973年、除名された活動家は民主化勢力から成る韓民統(後の韓統連)を結成し、当時日本で活動していた金大中を議長に推戴することが予定されたが、結成1週間前の8月8日に金大中事件が発生した。
粛軍クーデター後も、民団は軍政政権を支持した。
第二次世界大戦終戦直後の1945年に東京で設立された在日本朝鮮人連盟より、共産主義者からの脱却・自立を図り、1946年10月3日に在日本朝鮮居留民団(ざいにほんちょうせんきょりゅうみんだん / 재일본조선거류민단)として分離・発足した。1948年9月には韓国政府から在日同胞の公認団体として認定されている。
初代団長は大正天皇と皇太子襲撃を計画して大逆罪有罪となった朴烈で、大正天皇の恩赦により死刑を免れた。初代副団長は有吉明公使暗殺事件の実行犯の1人であった李康勲、初代事務総長は同じく同事件の実行犯の1人の元心昌で、3名は共に終戦まで服役していたという経歴の者であった。
設立の経緯から朝鮮民主主義人民共和国(北朝鮮)系の在日本朝鮮人総連合会(総連・朝鮮総連)とは互いに反目する関係と言われているが、朝鮮総連と共同事業を行うこともあり、2006年5月には一時的に「歴史的和解」の共同声明を公に発表することもあった(ただし、共同声明は1ヶ月余りで白紙撤回された)。
民族主義者であった本国の李承晩大統領は、建国後も帰国せず日本に居留している在日韓国人を快く思わず、1948年10月の訪日の際も、歓迎のために日本全国から日比谷野外音楽堂に集まった朴烈団長を始めとする3000人の在日韓国人とは「暗殺の恐れがある」として会見しなかった。朝鮮戦争時には韓国側に644名の「義勇兵」を送っている。義勇兵は韓国で工作員としての訓練を受けて日本に密入国し、北朝鮮が行なっていた帰国事業を妨害する目的で、新潟日赤センター爆破未遂事件を起こしている。
その後、民団は在外国民登録や旅券発給などの業務を委託され、韓国の公認団体となったが、同時に韓国政府からの干渉も受けるようになった。
2009年8月30日投票の衆議院選挙を外国人参政権付与に向けての天王山と位置付けており、民団に外国人参政権付与を約束している民主党候補者を全力で支援した。これと同時にパチンコ産業の保護を民主党に陳情した(詳細は後述)。
2012年2月、団長選挙が行われ、呉公太副団長が当選した。併せて、議長には金漢翊元大阪府本部団長、監察委員長には韓在銀副団長が選ばれた。
本部や各支部ではハングル講座を開講しているが、日本における韓流ブームの結果、受講希望者が増えたこともある。なお、この講座は在日韓国・朝鮮人でなくても受講できる。
韓国政府より資金援助を受けているが、日本で活動している民団の資金運営を、韓国政府が完全に把握するのは難しく、民団関係者が組織の資金を私有化することも可能であるとの指摘がある。運営の透明性確保のため、韓国政府は民団に対して、日本の法人に登録するように要求している。