日本国紀
現代史家の秦郁彦は、『日本国紀』は評論家の江藤淳と同様にウォー・ギルト・インフォメーション・プログラムを過大評価していると指摘した上で、「陰謀史観的だ」と評している。
中世史研究者の呉座勇一は、西尾幹二の『国民の歴史』に比べれば穏健であるとした上で、「研究者の中には、暗殺(毒殺)されたと見る者も少なくない」と足利義満暗殺説を記述していることが象徴的であるとして、「古代・中世史に関しては作家の井沢元彦氏の著作に多くを負っている」が、井沢の説であることを明示せずに有力説であるかのように示していると指摘している。また刀伊の入寇の際の対応など、平安時代の貴族が退廃的であったことや、足利義政が政治から離れたという理解は古い伝統的な歴史観であると指摘し、「日本史学界の守旧性を激しく批判し、新しい歴史像の提示を謳っているのだが、彼らの歴史理解は実のところ古い」と述べている。また近現代史においても「ベトナムとカンボジアとラオスを植民地としていたフランス」を相手に「植民地解放のため」日本が戦ったという記述など致命的な錯誤がみられるとして、短い時間とはいえ杜撰な校閲を行ったとして、「監修」を自認する戦史研究家である久野の責任についても追及している。
著述家の宇山卓栄は、本書の百田の考えは「実にバランスの取れたフェアなもので、日本の歴史教育では意図して教えない歴史の隠蔽に斬り込む姿勢が大ヒットに繋がっている」と評価した。通説と作家の考えが混合しているとの批判に、「百田は自身の考えや推論、仮説を提示する際には文脈上混同しないよう明確に書き分けており、その区別のつかない批判者はよほど読解力がないと言わざる得ない」と述べた。また「中世において、『日本書紀』が編さんされた目的の一つに、日本が朝鮮半島を支配した証拠や根拠となる史実を論証するという狙いがあった」と述べ、「『日本国紀』は現代版『日本書紀』たらんとする気概を持って書かれた」と評している。
『日本国紀』は発売前から大きな反響を呼び、発売前の時点で5万部の重版がかかり、amazon.co.jpにおいては発売前から2週間連続でベストセラー1位となった。2018年11月に販売されてから2019年3月まで月間ベストセラー(トーハン調べ)の上位10冊に入るなど好調な売れ行きを見せてきた。2019年5月までに65万部が発行されている。出版元である幻冬舎の見城徹は「65万部じゃまだ足りない」と考えている。ノンフィクションライターの石戸諭によると、全国のTSUTAYAとTポイント提携書店のPOSデータを分析するサービスであるDB WATCHから『日本国紀』は刷り部数相応に売れており、百田尚樹のオピニオン系の書籍も数字が動いていることがわかるという。そして、『日本国紀』は関連書を含めると100万部のベストセラーとなっているという。