整備新幹線
1989年、北陸新幹線・高崎 - 軽井沢間着工の際に決められた
JR:50% 整備新幹線の線路貸付料 既設新幹線(東海道・山陽・東北・上越)のリース料から新幹線保有機構の旧国鉄債務を返済した余剰分
国(公共事業費等):35% 第一種工事(線路その他の主体等の鉄道施設に係る工事) - 40% 第二種工事(駅その他の地域の便益に密接に関連する鉄道施設に係る工事) - 25%
地方:15% 第一種工事 - 10% 第二種工事 - 25%
地方負担分は原則として都道府県の負担となるが、90%は地方債の起債が可能。また10%は沿線市町村に負担させることができる(新スキームでも同様)。
1990年、既存新幹線のJR東日本・JR東海・JR西日本の3社への売却を翌年に控え、譲渡収入のうち資産再評価に伴う上乗せ額1.1兆円が整備新幹線の特定財源とされ、毎年724億円が国およびJR(既存新幹線リース料余剰分に代わるもの)の財源となった。
なお北陸新幹線(高崎 - 長野)については、開業を長野オリンピック開幕に間に合わせるため、例外として有償資金である財政投融資(2775億円)が投入された。開業後は後に開業した東北・九州を含む開業済み区間の線路貸付料で返済を行ってきたため、線路貸付料から建設費にはほとんど充当されなかった。しかし、2011年6月8日に成立した「改正国鉄債務処理法」によって、鉄道・運輸機構の特例業務勘定における利益剰余金から債務が償還されたため、その分が建設費に充てることができるようになった。