島津氏
南北朝の内乱を分割継承という形で乗り切った両島津氏であったが、打倒すべき共通の敵を失うと、互いを脅威とみなし対立を深めた。やがて7代・島津伊久(総州家)とその嫡子・島津守久が不和となり、総州家内部で内紛が勃発すると、7代・島津元久(奥州家)がこれを調停し、恩義を感じた伊久より薩摩守護職と島津氏重代の家宝を譲られ、表面上は両島津氏は再統一された。後に室町幕府にも相続が安堵された。しかし、総州家が滅亡したわけではなく、両家の対立は残ったままであった。なお、この元久の頃より守護所が鹿児島の清水城へ移り、本格的に鹿児島の街が開府した。
守護職が奥州家の元に統合された島津氏だったが、元久が嗣子無く没すると、島津一族の筆頭であった伊集院頼久が自身の子息を本家当主に据えようと画策する。これを察知した元久の弟・島津久豊は元久の位牌を奪って8代当主となった。これにより伊集院氏との対立が深まり、また伊集院氏に総州家が助勢したため、またも領国内に内紛(伊集院頼久の乱)が起こったが、最終的に久豊は伊集院氏を降し、また総州家を滅ぼすことに成功。島津氏の守護領国制を完成させた。
公式文書署名は、島津家当主が足利尊氏の猶子となる室町時代初頭では「惟宗朝臣○○」、戦国時代から新田流源氏を名乗るまでは、近衛家の庶流として「藤原朝臣○○」と署名していた。江戸時代に入り徳川家の「松平」の名字を与えられ以後、幕府の公式文書などでは「松平薩摩守(変動有)○○」と書かれる(江戸時代中期以降、内部の公式文書などにおいては「源朝臣○○」と署名した)。
9代・島津忠国の代になると、島津氏は守護大名として確立し、比較的安寧な時期が続いたが、大小の内紛は散発していた。特に忠国の弟である島津用久(持久・薩州家)が声望を増したため、兄弟間の対立が起こった(なお、内紛の鎮圧に失敗した忠国が家督を一旦用久に譲ったものの、その後忠国が当主への復帰を図ったとする説もある)。この争いは中央で6代将軍・足利義教との権力闘争に敗れた大覚寺義昭を討った忠国に幕府が味方したため、好久が降伏し、忠国の勝利に終わった。この際に忠国は好久に薩州家を立てさせ、ある程度の譲歩をしている。忠国と好久の対立は解決されたものの、家中の掌握には失敗して家臣の反抗を招き、事実上の引退に追い込まれた。
10代・島津立久の時代には応仁の乱が勃発し、島津氏は東軍に属した(但し派兵せず)。11代の島津忠昌は桂庵玄樹を招聘して薩南学派を起こすなど学問を好んだが、領国内の一族・国人が立て続けに挙兵したため、世を儚んだ忠昌はついに自害して果てた。その後も12代・島津忠治、13代・島津忠隆が継承したが、いずれも早世したため、国内の島津氏一族・国人、大隅の肝付氏、日向の伊東氏を押さえることは叶わず、守護家の島津氏は全く弱体化してしまっていた。