内閣文庫
国立公文書館が所蔵する内閣文庫本約49万冊の内訳は、和書約28万冊、漢籍約18万冊及び洋書その他からなる。これらは国立公文書館で保存され、一般の利用に供されている。
和漢書は江戸幕府の蔵書である紅葉山文庫本に昌平坂学問所本、和学講談所本、医学館本などを加えた旧幕府各文庫の蔵書を中心としており、歴史・文学などの図書が中心である。洋書は各官庁が近代化政策のための参考資料として収集した図書類で、法律、政治などの社会科学書が中心である。
また古文書類は旧幕府引継ぎの日記、国絵図、郷帳、城絵図などの記録類に加え、明治期以降に政府によって収集された東大寺文書、大乗院文書や各種の公家や武家文書が含まれる。
これらの古書、古文書の中には重要文化財に指定されたものも多い(指定文化財の一覧は国立公文書館の項目を参照)。
現在、国立公文書館はデジタルアーカイブの構築を進めており、2005年4月に公開された「国立公文書館デジタルアーカイブ」により、内閣文庫の和書漢籍約43万冊はインターネット上で目録情報を検索できるようになった。また、重要文化財「天保国絵図」など124点は同じくデジタル・ギャラリーにおいて高画質の画像が提供されている。