イレギュラーハンターX
声 - 置鮎龍太郎
時系列の関係から『ロックマンX2』以後に使用する武器であるゼットセイバーを装備しておらず、ゼロバスターが主要武器となっている。
周囲からはB級ハンターといわれているエックスが自らと同等かそれ以上であることに気づいている。シグマの反乱が起こり、エックスと共に反乱するレプリロイドと戦うが、後にヴァヴァを道連れにしようと自爆。エックスがアームパーツを装備していない場合、彼に自身のバスターを託して機能停止する。
VAVAモードではエックスと共に最終ボスとして登場。空中から炎を纏った跳び蹴りを放ったり、拳を地面に叩きつけて火柱を起こすなど攻撃手段はバスターに留まらない(なおチャージショットの弾速はイベント時と異なり、エックスのチャージショットより遅い)。先にエックスが倒されると赤いオーラを纏いパワーアップ、チャージショットを連発したり火柱の効果時間が延びたりする。
声 - 太田哲治
タコ型レプリロイド。元第6艦隊所属。
銃火器で全身を武装し、狙った獲物は決して逃さず、常に「手数の多さ」でイレギュラーたちを圧倒していた。性格が原作と異なって軍事の知識に長けた頭脳派になっており、口調も丁寧。作戦や戦闘に美しさを求め、美しく戦うことに至上の喜びを感じ、エックスとの会話では自らを「水中戦闘のアーティスト」と称している。長らく周囲に理解されてこなかったが、シグマにその美意識を認められたことから、反乱に加わることとなる。蜂起後は海上都市を襲い、海路を遮断していた。
本作ではブーメル・クワンガーに代わって彼がボスラッシュの第一番手を務めている。
ほとんどの武器は、方向キーの上下入力で発射角度を変えることが可能。また、発射時は強制的に停止する(空中でもその場にとどまる)。
デフォルトで上方向に攻撃する兵装が多い。
右腕関節部から発射。ランチャー・オクトパルドを撃破すると入手、この兵装が選べるようになる。
ボスキャラクターの記述があるものは、そのボスも併せて撃破することで入手(撃破順は問わず)。
そこそこの威力と連射力、少ないが弱点とするボスが複数存在するなど、バルカンとロケットパンチの中間の性能となっている。 ヒューメラスクラッシュ ミサイルの基本兵装でバルカンよりも攻撃力は高いが、消費エネルギーも多い。何かに当たらない場合でも一定距離飛ぶとそこで爆発する。 セロティナルバレット - アイシー・ペンギーゴ 発射直後の弾速が遅く、敵の動きを先読みし設置するように使うことが可能。6発まで連射可能。 ポップコーンデーモン - スティング・カメリーオ 発射すると3つに分裂するミサイルを発射。分裂直後の3発全弾を命中させれば強力。 バンザイビートル - ストーム・イーグリード 上下に翼が展開して飛び、その分広範囲の敵に命中させることができる。威力は低め。 ロストラム - ブーメル・クワンガー ランダムで軌道が変わるミサイルを発射。直進する可能性は低い。6発まで連射可能。ヒューメラスクラッシュと同じく、一定時間飛ぶとそこで爆発する。
声 - 小林由美子
明確な名前は明かされていない。他の女性ナビゲーターの上位版で少数量産型。反乱が起こっても慌てずに現状をイレギュラーハンターたちに伝え、役目を全うする(ただし、ステージ攻略中のナビゲートは行われない)。『The day of Σ』にも登場。