大秦寺
武宗は、翌年の会昌6年(846年)に33歳で崩御し、弾圧は収束する。しかし、会昌の廃仏によって、中華本土の景教は衰滅していったと考えられている。それとともに大秦寺は厳しい運命に晒されたと考えられる。
しかし、中原をとりまく周辺地域ではネストリウス派信仰がケレイトやウイグルなどのモンゴル高原や中央アジアの人々の間で存続していた。彼らが王朝の担い手となった元の時代には中国内で再び活性化し、華南の港湾都市に景教教会が建設された。ただし、元代においてネストリウス派キリスト教は「也里果温教」(モンゴル語でキリスト教徒を言う erke'ün より)と呼ばれた。また、今のところ唐代に見られる漢訳経典は発見されておらず、そのことから漢族への普及は見られなかったと推察されている。
その後、元の滅亡やイスラム教・チベット仏教の普及により東アジアにおけるネストリウス派信仰は衰え、明代の1623年(または1625年)に至って「大秦景教流行中国碑」が発見されるまで、景教は中国人に完全に忘れ去られることとなった。
大秦寺の名が公式文書の中で使用されることになるのは745年の改称以降だが、それ以前に伝写されたと思われる『大秦景教宣元至本経』にも大秦寺の名称が使用されており、あるいはそれ以前から、大秦寺の名称は非公式に使用されていた可能性もある。
また、景教は、ミシア(Missiah 救世主)教とも呼ばれ、彌尸訶、彌施訶、彌失訶など表記された。