トリパノソーマ科
Leishmaniinae リーシュマニア亜科 Leishmaniatae リーシュマニア下科 Endotrypanum Leishmania リーシュマニア属 Novymonas Porcisia Borovskyia Zelonia Crithidiatae クリシジア下科 Crithidia Leptomonas Lotmaria
Paratrypanosomatinae パラトリパノソーマ科 Paratrypanosoma
Phytomonadinae フィトモナス亜科 Herpetomonas Lafontella Phytomonas
Strigomonadinae ストリゴモナス亜科 βプロテオバクテリアを共生させていることを特徴とする。 Angomonas Kentomonas Strigomonas
Trypanosomatinae トリパノソーマ亜科 Trypanosoma トリパノソーマ属
このほか亜科への所属が未定のものとして以下4属がある。
Blastocrithidia
Jaenimonas
Sergeia
Wallacemonas
鞭毛は細胞核前方から生じ、細胞が短い。
このうちいずれの形態を取りうるかは、かつては属を識別する際に用いられていた。全ての原虫に共通しているのは無鞭毛型のみである。