よねや商事
2012年(平成24年)9月に株式の10%をヤマザワが取得し、子会社を通じて惣菜の供給などが開始された。2014年(平成26年)3月1日には、残りの株式をすべてヤマザワが取得し、ヤマザワの完全子会社となった。この際、屋号は変更されなかった。
2022年(令和4年)3月28日、ヤマザワは経営資源の集約、業務の効率化を図るとして、よねや商事を2023年(令和5年)3月1日付で吸収合併することを発表した。合併の形式はヤマザワを存続会社とする吸収合併方式で、よねや商事は解散することとなった。この時点では、屋号は変更されないとしている。
ヤマザワによる吸収合併が発表された2022年には、老朽店である浅舞店、双葉店(いずれも横手市内)が相次いで閉店している他、南店が建て替えを終えリニューアルオープンしている。南店はヤマザワのノウハウを積極的に取り入れた新たなフォーマットの店舗として、屋号の「よねや」を維持した上でリニューアルオープンを迎えた。店舗にはヤマザワのロゴマークなどが大きく掲げられており、従来のよねやのロゴなどは使用されておらず、「よねや」の文字がヤマザワのロゴの下に付記されるのみとなっている。
2023年2月27日 - 28日はヤマザワとのシステム統合のため全店舗を臨時休業。よねや商事運営の「よねや」としては2月26日が最終営業日となった。
2023年3月1日をもってヤマザワがよねや商事を吸収合併、よねや商事の事業をヤマザワが継承した。店舗の屋号は変更されず、ヤマザワ運営の「よねや」として同日より店舗の営業を再開した。3月1日から3月7日までは「ヤマザワ・よねや合併記念セール」と銘打って、ヤマザワとよねやの計69店舗(全店舗)にてセールを開催。