水戸ホーリーホック
この確執が長きにわたりクラブに禍根を残すこととなり、ホーリーホックがJリーグに参入する時も水戸市はこの覚書を盾に競技場の整備予算を計上せず、笠松など市外のスタジアムの使用を余儀なくされたものである。
2007年、老朽化が進んでいた水戸市立競技場をホームスタジアムとするべく改修工事に入る。2009年11月に水戸市立競技場の改修工事が竣工。命名権により「ケーズデンキスタジアム水戸」(Ksスタ)の名称が与えられ、晴れて水戸市にホームスタジアムを構えることとなり、2009年11月8日のベガルタ仙台戦から使用を開始、この年は終盤の3試合を開催、2010年度から正式に本拠地登録をKsスタに変更し、原則として主管全試合を開催してきた。
なお、Ksスタは2009年の改修後もJ1基準の収容人員(15,000人)を満たしていないため、水戸市議会がKsスタのJ1基準への改修工事を行なう方針を発表、事業に着手した。当初は2016年の完成を目指していた が、用地取得の問題から2017年時点でも本格的な工事着手の目途は立っておらず、2017年3月の水戸市議会で、高橋靖水戸市長が、2019年に茨城県で行われるいきいき茨城ゆめ国体終了後の工事着手を目指す方針であると意向表明している。
監督が二宮浩に交代したが、9チームによる3回戦総当たり制(ステージ制)のリーグ戦で苦戦し、第1ステージでは6位に終わった。しかし、南光太などの活躍により、第2ステージではこの年に優勝した横浜FCにこそ敗れたものの7勝1敗の首位となり、通算では3位でシーズンを終えた。Jリーグへの昇格条件は「JFLで2位以内」だったが、優勝が特例参加による準会員資格の横浜FCだったため、JFL正会員の中では2位という点が考慮され、翌2000年からのJリーグ(J2)加盟が認められた(Jリーグの2部制導入後最初のJリーグ参入チームとなった)。
一方で、2016年度の公認陸上競技場認定の更新に向けたインフィールドの改修工事が先行して行われており、2015年は芝生の入れ替え工事・およびそれに付随した養生期間が必要 であるため、開幕当初から5月までに予定される5試合を5年ぶりに笠松で開催し、水戸(K'sスタ)での開催は5月17日の大分戦以後となった。
2018年6月29日、クラブは2019年シーズンのJ1クラブライセンス取得に向けた申請書類を提出したことを公表。水戸(K'sスタ)と22,002人収容の笠松の両方をホームスタジアムとして申請し、J1ライセンスを取得して順位条件を満たしてJ1に昇格した場合はJ1スタジアム基準を充足するように短期での改修を施した上で、原則として笠松でホームゲームを行い、J1昇格が果たせなかった場合は引き続き水戸(K'sスタ)を使用する方針とし、条件付きながらJ1ライセンスを取得することができた。ただし最終的に成績面でJ1昇格条件を満たせなかったことから、笠松の短期改修を見送ることとなり、J2ライセンスへの変更が確定した(2019年も同様の申請を行い、認められている)。
しかし、その間もケーズデンキスタジアムのスタンド増設交渉が難航し進展が進んでいないことから、2019年8月26日に水戸市長・高橋靖が定例会見で「現在芝生席となっているゴール裏・サイドスタンドを立見席にしたうえで、収容可能人員をJ1基準まで充足できるようにする」方針を固めたことを明らかにし、2019年9月水戸市議会で基本計画策定用の補正予算案500万円を計上することを提案した。今後2020年度に計画設計をして、2024年度をめどに完成させたいとしている。
また、9月7日にKKWINGにて行われた熊本戦において、Jリーグ昇格後100勝目となる勝利をあげた。更に、2008年9月28日の仙台戦では荒田の2ゴールなどで仙台から初勝利を上げたが、リーグ終盤はロングボール主体の戦いになってしまうなどゲーム内容が悪くなり失速、15チーム中11位でシーズンを終えた。勝ち点も、目標としていた50にはあとわずか届かなかった。
マスコットであるホーリーくんの入院及び手術(ホーリーくんの着ぐるみのリニューアル)をするための費用として、11月下旬から12月上旬にかけてサポーター有志からの募金とホーム最終戦で行われたチャリティーオークションで100万円以上の入院・手術費用が集まった。ホーリーくんの着ぐるみは2008年シーズン開始当初から頭が割れたり、しっぽがちぎれそうになったりしており、怪我(破損)した部分を包帯で巻き、なんとか試合会場やイベント会場に来ていた。また、試合やイベント会場でも、痛々しい姿を指摘する子どもたちの声もあった。着ぐるみの耐用年数は約2年と言われており、Jリーグの多くのチームは数体予備を用意しているが、予備が無く、チーム財政も厳しいため、今回の募金活動が行われた。