テネシー軍
1862年2月14日、ドネルソン方面作戦中ではあったが、グラントは新設された西テネシー軍管区の司令官に任命された。本来なら「西テネシー軍」と呼ばれるべきであったが、その後直ぐに彼の部隊は「テネシー軍」と呼ばれるようになった。その後の数カ月の間に、グラントは2度にわたって軍の指揮権を失う危機に陥った。そのような展開になっていたら、間違いなくテネシー軍の将来や性質を変えたであろうし、また後のグラントの成功の源となった「リーダーシップの継続」をも、奪ってしまうこととなったであろう。
3月初め、グラントの上司でありミズーリ軍管区(Department of the Missouri)の司令官であったヘンリー・ハレックは、北軍が奪取したヘンリー砦からテネシー川を遡る遠征隊をグラントが率いるように命じた。しかしながら3月4日には、遠征軍の現場指揮権をスミスに移譲するようにグラントに命じた。この命令はハレックの嫉妬と、またハレックがグラントとの間に管理上の問題を有しており、グラントに対する信頼を持っていなかったことが原因であった。スミスは最初遠征隊を、川の東岸でヘンリー砦から約160kmの距離にあるテネシー州サバンナに向けた。
しかしグラントはマクラーナンドの目標を「無駄な骨折り」と考え、北軍最高司令官であるハレックもグラントにビックスバーグ方面作戦全般の識見を与えた。このため、一時的に存在したマクラーナンドのミシシッピ軍はテネシー軍に吸収され、マクラーナンド自身の以降の作戦への参加は、グラント隷下の第13軍団の軍団長としてのものとなった。
1863年の最初の数カ月、グラントはビックスバーグを北から攻撃するための、いくつなの役に立たなかった作戦を実施した。ある新聞はこれに対して「テネシー軍は酔っ払ったグラントの指揮の下、泥に脚を取られるような遠征で壊滅しかけており、彼の信頼する補佐官であるシャーマンは精神錯乱者である」との批判記事を掲載している。しかしながら4月には、ミシシッピ川の西岸を南下し、海軍の協力を得て渡河を行い、ビックスバーグの南方に達した。ミシシッピ川戦隊のデイビッド・ディクソン・ポーター少将代理との共同作戦は順調に進み、グラントは第13軍団(マクラーナンド)、第15軍団(シャーマン)および第17軍団(マクファーソン)から構成される約40,000の兵力を、1南軍の2つの軍、ペンバートンのビックスバーグ守備軍およびジョセフ・ジョンストンの救援軍、に対して機動させた。5月14日にジャクソンを攻略・占領、5月16日にチャンピオンヒルの戦いに勝利し、グラントは5月19日と22日にビックスバーグの南軍の塹壕に対する攻撃を行ったが、これには失敗し、その後は新たな損害を避けるために包囲戦に移行した。