天誅組の変
既に離脱した水郡らの河内勢も逃げきれずに、紀州藩に自首。後に京都六角獄で斬首された。 最終的に、忠光を護衛して大坂長州藩邸に辿り着いた池内蔵太や石田英吉、また高取城敗戦直後に離脱していた伊藤謙吉(三弥)、市川精一郎や、偵察として先行していた事で鷲家の包囲網を回避できた平岡鳩平などの僅かな者達だけが京、大坂などに逃れることができた。
忠光は、自分を含め7人だけとなった本隊で守られながら、辛うじて敵の重囲を掻い潜る事ができ、27日に大坂に到着して長州藩邸に匿われた。後に長州に逃れて下関に隠れていたが、禁門の変の後に長州藩の実権を握った恭順派(俗論党)によって元治元年(1864年)11月15日に絞殺された。
事件の後の文久3年(1863年)10月には、藤本、松本、吉村、那須、宍戸をはじめとする天誅組隊士13人の首が賊徒として京都・粟田口の刑場で晒されている。また、同月には平野国臣が但馬国生野で代官所を襲撃して挙兵するも、幕府軍の追討を受けて敗北している。(生野の変)
最終的に幕末・明治維新を生き延びる事ができた天誅組の隊士は平岡鳩平、石田英吉、伊藤三弥と、水郡英太郎(水郡善之祐の息子)をはじめとする河内勢の数人だけだった。
尊攘派志士である土佐脱藩浪士の吉村虎太郎らは、大和行幸の先鋒となるべく公卿中山忠光を主将として大和国で決起し、幕府五條代官所を襲撃するが、直後に起こった京都での政変により、一転して逆賊とされ、幕府軍の追討を受け、壊滅した。
文久3年前半期は尊皇攘夷運動が最高潮に達した時期であり、長州藩や各地から集結した浪士などから成る尊攘派は、朝廷にも強い影響力を持つに至っていた。この頃の尊攘派の主張には、朝廷が直接各藩に攘夷を命じることのほか、畿内を朝廷の直轄領とするなどの意見がみられたが、天誅組の蜂起は、幕府に対する尊攘派の倒幕運動における初めての組織的な武力蜂起という点で画期的なものであった。
天誅組の挙兵自体は短期間で失敗に終わったものの、幕府領支配の拠点である陣屋や、小大名とはいえその居城が公然と襲撃されたことは、幕府や幕藩領主らに大きな衝撃を与え、幕府の威光の失墜を更に進行させる結果となった。