アメーボゾア
Evosea - 鞭毛を持つなど多様な形態を取りうるアメーバ類 Variosea Flamellidae Filamoeba Heliamoeba Protosteliida 原生粘菌 Fractovitellida Acramoebidae Schizoplasmodiidae Soliformoviidae Angulamoeba Cavosteliida Ischnamoeba Darbyshirella Holomastigida Dictyamoeba Arboramoeba Phalansterium Eumycetozoa 動菌類 Dictyostelia タマホコリカビ綱 - キイロタマホコリカビなど Myxogastria 変形菌 - モジホコリ、ムラサキホコリなど Lucisporidia Columellidia Protosporangiida Protosporangiidae プロトスポランジウム科 Ceratiomyxa ツノホコリ Cutosea Archamoebae 古アメーバ類 Mastigamoebida Pelobiontida ペロミクサなど Tricholimax Entamoeba 赤痢アメーバ Rhizomastix
これ以外に現状では位置不確定な様々なアメーバ類がある。有名なものでは、海産のステレオミクサ類 Stereomyxa の位置がはっきりしない。