ヤマシャクヤク
ヤマシャクヤクの蕾
花弁が散った後のヤマシャクヤクの実
赤い花をつけるベニバナヤマシャクヤク
環境省のレッドリストの準絶滅危惧(NT)に指定されている。2007年に、以前の危急種(絶滅危惧II類)から変更された。総個体数は約20,000、平均減少率は約40%、減少の主要因が園芸用の採集、森林の伐採、林道工事であると推定されている。
日本の以下の都道府県でレッドリストの指定を受けている。
絶滅(EX) - 東京都、千葉県
絶滅寸前または絶滅危惧種(絶滅危惧I類、CRまたはEN) - 宮城県、群馬県、大阪府、和歌山県、佐賀県、鹿児島県
絶滅危惧種(EN) - 福岡県、長崎県
危急種(VU) - 青森県、岩手県、山形県、福島県、茨城県、群馬県、埼玉県、新潟県、富山県、福井県、山梨県、長野県、愛知県、三重県、奈良県、岡山県、山口県、香川県
準絶滅危惧(NT) - 北海道、秋田県、岐阜県、静岡県、滋賀県、鳥取県、広島県、徳島県、熊本県、大分県、宮崎県
環境省により、上信越高原国立公園・中部山岳国立公園・南アルプス国立公園・秩父多摩甲斐国立公園・八ヶ岳中信高原国定公園などで自然公園指定植物となっている。