屠殺
これらは当初から食肉を目的に生産されるものと、ばんえい競走の競走馬を目的に生産されたものの、能力検定に不合格となったり馬主としての買い手が見つからないなどの理由で食肉に回されるものがある。またばんえい競走の競走馬でありながら、腸閉塞等の不慮の事故で斃死した馬は、そのまま桜肉として加工して厩舎関係者に配り、食する形で供養するという習慣が現在でもあるが、この習慣はサラブレッドなどの軽種馬の競馬の関係者の間ではみられない。
屠殺以外の殺処分においては、たとえ重度の負傷をした場合でも食用・加工用を前提としない薬物による安楽死処分が一般的である。殺処分の方法を選ぶ必要はあるものの、屠殺により馬資源を活用する方が本来は合理的ではあるのだが、競馬場内で重傷を負った馬を屠殺場へ移動させるというのは感情的な反発も強い。また1973年(昭和48年)10月に動物愛護法が制定され苦痛を伴う殺処分が法律により禁止された。そのため日本では同年6月のハマノパレードを巡る問題以降、負傷馬への安楽死が導入されている。
足を傷めることは競走馬全般において問題ではあるが、ことサラブレッドの場合は「速く走ること」に特化して品種改良が続けられた結果、その足はきわめて繊細なものであり、負傷に弱い。足を傷めると負傷が蹄までもを侵し、更に残った問題の無い足に負担が余計に掛かって関節炎などを併発、結果的に悶え苦しみ最悪の場合には衰弱死するか痛みでショック死する場合もある。
日本も加盟するOIEの動物福祉規約「動物のと殺」では、後述するように「係留施設は、動物がいつでも飲水できる設備にすること。」との記載がある。しかし2011年に北海道帯広食肉衛生検査所などにより実施された全国の屠殺場実態調査では、牛の屠殺場で50.4%、豚の屠殺場で86.4%に飲水設備が設置されていないことがわかった。同調査では家畜の屠殺場への搬入状況も調査されており、前日搬入を行わない屠殺場は牛でわずか約8%、豚では約5%にとどまる。このことから、日本の多くの屠殺場で長時間にわたり家畜が飲水できない状況にあることが分かる。
この問題について2017年2月27日に参議院でアニマルウェルフェアに関する質問主意書が出されたことを契機に、2017年3月8日に厚生労働省から「新設及び改築等が行われると畜場の獣畜の飲用水設備の設置について」という通知が発出され、新設及び改築の際には飲水設備の設置が促されるようになった。しかし義務ではない。
諸外国では屠殺場における動物福祉が求められており、日本から、アメリカ・カナダ・香港・オーストラリ・ブラジル・台湾・EU・ニュージーランドへ牛肉を輸出しようとする場合は、屠殺場での飲水設備が必須要件となっているが、日本では現在(2022年3月時点)、国内の屠殺場において獣畜用の飲水設備がなくても違法とはなっていない。