サイエントロジー
『ゴーイング・クリア:サイエントロジーと信仰という監禁』、2015 - アレックス・ギブニーによるドキュメンタリー
1990年代、インターネット上で増大するサイエントロジーへの批判に対処するために教会側は大規模な行動に打って出た。教会は彼らの呼ぶ所の「著作権テロリスト」の行うオンライン上におけるサイエントロジーの著作物の流布に対して行動を起こすとの声明を発表した。それに対し、真の目的はインターネット上で教会側に対して自由に批判することを抑圧することにあると批判する者もいる。
1995年1月、サイエントロジー教会の専任弁護士だったヘレナ・コブリンは以下の点に基づき、ニュースグループ「alt.religion.scientology」に対してネットニュースサーバに購読者情報を削除するメッセージを送り付けることによりグループの機能停止に追い込もうと試みた。
しかし実際には、ほとんどのニュースサーバは大量のトラフィックを受け取った際にはこのようなコードを無視するように環境設定されていた上、newgroup messageは設定を回復していないサーバも早急に修繕した為、このrmgroup messageによる攻撃はほとんど意味がなかった。むしろ、この攻撃に対して言論の自由に基づき世論から多数の批判が浴びせられた。
サイエントロジー教会はそのニュースグループやインターネット上に教会側に著作権のある文章を投稿した者に対して訴訟を起こし、概して著作物に対する締めつけを強めている。
イギリスでは、宗教法人として認可されてはいるが、政府はサイエントロジーを「カルト以外の何物でもない」として教会員を公務員として採用することを禁止しており、現在、サイエントロジー構成員であることだけを理由として採用を禁止するのは問題ではないかとアメリカ政府との間で物議を醸している。また、サイエントロジーはイスラエル、メキシコでも宗教法人として認可されていない。ベルギーでは、裁判所がサイエントロジーの起訴に向けた調査を進めている。
中には現在進行している事例もあるが、サイエントロジー教会とその批判に対する論争は以下の通りである。
教会に敵意を持つと考えられる友人・家族を含むすべての人との交友関係を断ち切ることを推奨する方針への批判
教会内で手当てを受けたにもかかわらず、サイエントロジスト、リサ・マクファーソンが死亡した事件への批判
「スノーホワイト作戦」、「フリークアウト作戦」等の教会側に加担した、ないしは教会側が指揮した犯罪行為への批判
サイエントロジーの創始者L・ロン・ハバードの生活、特に彼の創始の理由が利益を得るためだったかどうか、そしてハバードの軍隊での従事に関する論争
教会の批判者を攻撃したり、批判者に訴訟を提起したりすることを推奨するいわゆるフェアゲーム方針への批判
GoogleやYahoo!等に対し、教会を批判するページの検索結果からの削除などを要求したことへの批判
これらの論争により、マスメディアや公権力から、教会には幾度となく調査のメスが入った。
サイエントロジー教会はそのカルト的な性質により批判されることも多い。サイエントロジーの前身だったダイアネティックスについては、超能力や気功などの疑似科学批判の急先鋒であるマーティン・ガードナーの「奇妙な論理〈1〉―だまされやすさの研究」(ISBN 4-15-050272-2)において疑似科学であると指摘されている。
また、アメリカの社会を過激に風刺するアニメ『サウスパーク』では時折サイエントロジーをからかったようなシーンがある。第5シーズン第4話「カルトっQ!丸刈りータ☆で大脱走」のブレイントロジーは、サイエントロジーを基にしている。第7シーズン第3話「羊たちのトイレットペーパー」においては子供達がサイエントロジー信者に捕まり人格診断テストを受けたという嘘話を作るシーンがある。サウスパークの劇場作品がMTV Movie Awards 2000を受賞したとき、授賞式でサイエントロジストであるジョン・トラボルタにもらった性格診断用紙をトイレットペーパーにする映像が流れた。