愛知大学野球連盟
復帰した5大学は全日本大学野球連盟側との交渉の際の"連盟内での再調整の指示"をよりどころに、引き続き愛知連盟内での再編案を主張しつづけたが、受け入れられないことから別途リーグ戦を組織する行動を起こした。連盟の分裂を回避したい連盟事務局は、再編派離脱復帰組5大学と非再編派グループとの調停に苦慮し、復帰組5大学のリーグ戦を全国大会への出場権がない臨時部と定義しリーグ戦を容認した。その後引き続き双方の調停・話し合いが継続する中でリーグ戦が推移していったが、最終的には全国大会への道が閉ざされた強硬派のモチベーションが低下し、2001年に再編派が矛を収める形で最下部所属として正式にリーグ戦に復帰することとなった。
愛知文教大学(2005年秋季終了後後脱退。)
愛知新城大谷大学(2008年秋季に準加盟してオープン参加したが、大学の資金難により秋季リーグ終了後解散、正式加盟をしなかった。)
人間環境大学(2013年春季を欠場した後そのまま脱退。)
愛知みずほ大学(2015年秋季終了後に脱退。)
愛知学泉大学(2020年秋季終了後に脱退。)
戦後の1949年に名古屋に所在する大学で愛知七大学野球連盟を設立したのが始まりである。
1946年の学制改革を受けて翌年に全国新制大学野球連盟が発足。1952年には旧制大学連盟による全国大学野球連盟と新制大学野球連盟の合併と発展的解消により全日本大学野球連盟が誕生。愛知六大学野球連盟と共にその他の東海地域を東海地区として編成。翌年までには北陸地区を含めた中部地区大学野球連盟を編成し、1965年の単独枠獲得までは中部地区の代表決定戦に出場しての選手権大会出場となっていた。
なお大学球界の中では東京・関西に次ぐ強豪校が集まった連盟として知られており、全日本大学野球選手権大会への出場枠が中部地区としてあった当時から代表は全て愛知連盟から出場している。古くから中部・東海地区の盟主であることはもとより、関東・関西地域以外からいち早く優勝校を出した地方の盟主でもあった。その実績が認められ、過去3度行なわれている全日本大学野球選手権大会の地方大会(名古屋大会)を全国で初めて主催した。
また、大学野球には珍しく一県一連盟の活動をしてきたことと地方の大都市圏という性格上、徐々に加盟校を増やしてきた。
1999年に連盟内の再編改革案や運営への不満を理由に一部の加盟校による分裂騒動が発生。強行独立・復帰など紆余曲折を経て約2年をかけて収束・沈静化し現在に至る(詳細については、連盟分裂騒動の箇所を参照)。
名城大学
東海学園大学
中部大学(旧:中部工業大学)
愛知工業大学
愛知学院大学
中京大学