999号
最終回のページに描かれている、999号の展望車のプレートの数字が「999」から「1000」になっている。『999』の連載中から『1000年女王』も執筆することとなり、その他にも連載を掛け持ちしていた原作者の松本によるとこれは「『999』の連載が終わったので、これからは『新竹取物語 1000年女王』に専念する」との意気込みとのことである。しかし結局、少年画報社の強い要請により『漂流幹線000』を執筆することになった。
『メーテルレジェンド』では、1000年周期の軌道から離れる前のラーメタルにも999号が停車していたとプロメシュームの弁で語られ、メーテルとエメラルダスは999号でラーメタルから脱出する。
2000年に鉄道模型メーカーのマイクロエースから、Nゲージ銀河鉄道999セットが劇場版・TV版の2種発売された。劇場版とTV版の違いは、C62のナンバー(ただし、ナンバープレートは50号機もTVアニメ作中のものではなく、国鉄様式のエッチングプレートを再現したものである)、ヘッドマークのカラーリング、デフレクタ及びテンダー側面のマークの有無、客車の色合いである。
下記の表にも記しているように、各列車には「スリー・ワン号」「スリー・ツー号」などの車両自体の愛称の他に「エメロード1号」「ビオナス2号」など走行路線の行先などにちなんだの愛称も設定されている。しかし劇中ではこれらの愛称は用いられず、「スリー・ワン」「スリー・ツー」などと呼ばれている。また路線もマゼラン連絡線の666が999とすれ違った例外を除けば、大銀河本線も含めてこれらの路線名が劇中に登場したことはない。
また、アニメのスポンサーであるポピーから「スタートレインシリーズ」として商品化されており(111、333、444、666、888は機関車のみ。222、555、777、999は機関車・客車・戦闘車の3両ずつで販売されていたが本来は同梱の解説書によれば後述の未発売の構成車両の販売予定もされていた。)、バンダイも111、666、888を除き、機関車1、戦闘車1の2両セットでプラモデルの100円価格販売でキット化しており、その中で222、777、999が機関車1、戦闘車1、客車4の6両セットでNゲージサイズのキット販売されている。Nゲージ鉄道模型では999(TV版、劇場版とも)がマイクロエースから製品化されている。
タイトーからはアミューズメント景品のスーパーメカニクスで、TV版と劇場版の999号が商品化された。ちなみに999関連では他にもアルカディア号(髑髏艦首版)、クイーン・エメラルダス号も商品化されている。
着色ありの編成は、『銀河鉄道大時刻表』を参照。
着色なしの編成は、『銀河鉄道999アニメ画集PART-3』を参照。111号 - 999号共通。
ただし、TVアニメ内での999号は設定画と異なり展望車は連結しておらず、戦闘車も常時ではなく2号車と3号車の間に臨時で組込まれるのみ。また他の列車も通常は戦闘車を連結していない。
原作でデンドロビュウム兄弟が乗っていた個室車。1等車の個室車とどう違うかは不明。
本部からの通信によると「武器の使用は無制限、抵抗するものは実力で排除して構わない」とのこと。また、この車両が出動する場合、付近を走る列車は戦闘に巻き込まれないよう、全て運転見合わせとなる。車輪・台車を持たない上に異常に車体が長く、列車らしからぬ姿をしている。TV版ではやや編成が短く、車体の前後は共に同じ形状をしている他、強力な防御バリアーを装備しており、惑星からのエネルギー砲にもびくともしなかった。上記武装列車と同様、いわば戦闘艦である。その戦闘力は999号の装甲車や武装列車とは比べ物にならず、単独で惑星を瞬時に破壊するほどである。
↑ 鉄道警備局が使用する武装列車で、TV版『C62の反乱』に登場。内部には鉄道警備局の捜査官が乗り込んでおり、走行中の列車を停車させて内部の強制捜査を行う際に使用される。
↑ TV版『幽霊世界のフィラメント』に登場した列車。かつて惑星「フィラメント」があった雲の世界に999号が進入した時に999号とすれ違う所を鉄郎とメーテルに目撃されるが、999号のセンサーには記録されなかった。蒸気機関車型の機関車に牽引されており、モヤのような人型の物体が多数乗り込んでいた。実は「フィラメント」が消滅した時に多数の乗客を乗せたまま「フィラメント」と共に消えた列車で、中に乗り込んでいるのは乗客達の幽霊。劇場版第2作に登場したものと違い、本物の「幽霊」列車である。機関車はC62よりも旧型と感じさせるデザインで、日本においては蒸気機関車の国産化極初期まで見られた背の高いベル型の蒸気ドームを持つ2-C-0機だが、動輪はスポーク動輪ではなく、日本で戦中に資源と工数削減を目的として採用され、以降独自に発展したボックス動輪になっている。
999号は、銀河鉄道の運行列車の中では最速の特急列車(銀河超特急)として設定される。999号を牽引する動力車はC62形蒸気機関車と同じ外見をしている。客車はスハ43形、またはオハ61形、また原作やテレビアニメ版の一部ではモハ51系電車を模している。基本的に客車の数は決まっていないが、概ね9両から15両で構成され原作の後半と劇場版では、最後尾に展望車が連結されている。TV版では車種を問わず最後尾まで同じ外観の車両が使用されている。連結器も自動連結器の様な物を使用しているが、他にも「吸着連結器」と言う連結方法が存在する。また作品中では999号はしばしば外部の攻撃を受け、損傷した車両をその場で切り捨てたりしているが、物語が進むにつれ編成がだんだん短くなっていくということはない。
銀河鉄道シリーズに出てくる999号以外の列車の多くがモダンや超次元、未来系の形をしているのに対し、この列車だけが旧式の蒸気機関車列車を模倣している理由について、メーテルは「二度と帰らないお客のためには、こんな演出も必要」と説明している。
設定は他の媒体とほぼ同じく大銀河本線を走る銀河超特急であるが、銀河鉄道の管理する1000本の列車には含まれないとされている。 TVシリーズ第1期第1話にて有紀護がディスティニーに向かう際に乗車しており、OVAでは地球からエターナルへ向かう途中の999号が登場するが、オリジナルと比べると全体的に性能が落ちている。