高松琴平電気鉄道
しかし、バブル経済期の甘い見通しのもとに立てられた収支計画、ならびに2000年のそごうグループ破綻の余波を受け、2001年(平成13年)1月22日にコトデンそごうは民事再生法の適用を申請し閉店する。その同社への債務保証が原因で高松琴平電鉄は経営難に陥り、2001年12月に子会社のコトデンバス(現在のことでんバス)とともに民事再生法適用を高松地裁に申請した。結果、琴平電鉄時代からの経営者である大西一族は退陣、代わりに香川日産グループや地元の大手食品メーカー「加ト吉」(現・テーブルマーク)などの支援を受け、経営再建することになった。この再生計画は2006年3月に終了した。
かつては琴電(ことでん)・TKR、後に片仮名書きのコトデンの愛称で親しまれていたが、民事再生法適用申請後、イメージを一新するためにことでんと平仮名書きに改めた(ただし、駅名には漢字の「琴電」が引き続き使われる)。車両の社名銘板の表記は「高松琴平電鉄」となっている。この表記は直営時代のバスでも用いられていた。
また、2005年2月2日には非接触式ICカードシステムIruCa(イルカ)をことでんバスとともに導入した(四国の鉄道・バスでは初)。