バーチャルコンソール
3DS本体にはバーチャルコンソール用の保存メモリが用意されていないため、ダウンロードしたソフトは、SDメモリーカード・SDHCメモリーカードに保存される。なお、SDメモリーカード・SDHCメモリーカードに保存したソフトを他の3DS本体で使用することはできないが、引っ越し機能で購入権利を別の3DS本体に引っ越しをすれば、引っ越した先の3DS本体でそのまま使用することができる。
3DSの中断機能はWiiと同じ機能に加え、プレイしている状況をまるごとセーブして何度でも再開できる「まるごとバックアップ」の2つが用意されている(アンバサダーのゲームボーイアドバンスタイトル、『ポケットモンスター 赤・緑・青・ピカチュウ』、『ポケットモンスター 金・銀・クリスタル』は共に非対応)。それぞれの中断機能は以下の通りとなる。