対馬府中藩
対馬の行政区域は、城下の府中(厳原)のほか、豊崎、佐護、伊奈、三根、仁位、与良、佐須、豆酘の8郷に分け、郷ごとに奉役があり、その下に村が置かれ、村ごとに下知役が土着の給人家臣から任じられ、また、各村には在郷足軽より選ばれた肝煎、血判などの村役人が置かれた。農業生産の乏しい対馬では、後述するイノシシ狩りのほか甘薯栽培、新田開発などさまざまな農業政策が積極的に実施された。
17世紀後半には、日朝貿易と銀山の隆盛から対馬藩はおおいに栄え、雨森芳洲や陶山鈍翁(訥庵)、松浦霞沼などの人材も輩出した。往時の宗氏の繁栄の様子は、菩提寺万松院のみならず、海神神社や和多津美神社の壮麗さが今日に伝えている。1685年(貞享2年)には、第3代藩主宗義真が府中に「小学校」と名づけた学校を建て、家臣の子弟の教育をおこなった。これが、日本で「小学校」の名称のつく施設の最初であるという。木下順庵門下の雨森芳洲を対馬に招いたのも宗義真であった。
18世紀初めには、第5代藩主・宗義方の郡奉行であった陶山鈍翁の尽力で10年近い歳月をかけて「猪鹿追詰(いじかおいつめ)」がおこなわれた。それにより、1709年(宝永6年)、当時は焼畑耕作の害獣であったイノシシは絶滅している。これは、5代将軍徳川綱吉によって生類憐れみの令が出されているさなかのことであり、鈍翁は死罪になることを覚悟して断行したもので、人びとからは「対馬聖人」と崇められた。
なお、1778年(安永7年)に家督相続を許された第11代藩主・宗義功と1785年(天明5年)に第12代藩主となった宗義功は同名であるが、これは第11代の義功が将軍御目見前に急逝し、弟を身代わりとして藩を承継させたためである。
江戸時代も末葉になると、木綿や朝鮮人参の国産化が実現したこともあり、肝心の朝鮮との貿易がふるわなくなった。島民の生活は困窮をきわめた。また、極度の財政難から、対馬藩は幕府に訴えて朝鮮通信使接待の費用や貿易不振の援護金の下付や貸付を受けた。さらに、周辺海域に欧米の船が出没するようになり、1858年(安政5年)、この地の守りを重要視した幕府は、朝鮮貿易を幕府直轄とし、宗氏を河内国に10万石(20万石説もあり)で転封する計画を立て、家臣のなかにも移封を唱えるものがあった。しかし、宗氏は中世以来の対馬の領主という誇りがあり、家臣の多くもこの地に根ざした生活を保っていたため、宗氏転封計画は実行には至らなかった。
1861年(万延2年)、ロシアの軍艦ポサドニック号が浅茅湾に投錨し、対抗したイギリス軍艦も測量を名目に同じく吹崎沖に停泊して一時占拠する事件が起こった。ポサドニック号は芋崎を占拠し、兵舎・工場・練兵場などを建設して半年余にわたって滞留して第15代藩主宗義和に土地の貸与を求めた。対馬藩は対応に苦慮したが、5月には幕府外国奉行の小栗忠順が派遣され、7月にイギリス公使オールコックの干渉もあってロシア軍艦が退去した。これを「対馬事件」あるいは「ポサドニック号事件」と呼んでいる。芋崎には、ロシア人の掘った井戸が残っている。
慶長5年(1600年) - 関ヶ原の戦いに西軍として参戦、戦後徳川家康より赦され所領安堵される。この年、宗義智が朝鮮の役後初めて朝鮮へ修好の使を派遣(帰国せず)。
慶長8年(1603年) - 朝鮮の捕虜数百人を朝鮮に返還。
慶長9年(1604年) - 朝鮮使が対馬に来島。宗義智これを伴って京都に赴く。
慶長10年(1605年) - 家康伏見城で朝鮮使を引見。
慶長11年(1606年) - 対馬で征夷大将軍及び朝鮮国王の国書の改竄が始まる(柳川一件)。
慶長12年(1607年) - 朝鮮の回答兼刷還使(第一回通信使)来島、江戸で秀忠に拝謁。
慶長14年(1609年) - 己酉約条(慶長条約)が締結され朝鮮と国交回復。釜山の倭館を再開(豆毛浦倭館)。
元和元年(1615年) - 宗義智死去、宗義成が家督を相続。大坂夏の陣に参陣。
元和3年(1617年) - 朝鮮の回答兼刷還使(第二回通信使)来島。
寛永元年(1624年) - 朝鮮の回答兼刷還使(第三回通信使)来島。
寛永12年(1635年) - 柳川一件発覚。将軍・徳川家光の裁定により、家老・柳川調興は弘前藩へ、外交僧・規伯玄方は盛岡藩へ配流、藩主・宗義成は御咎め無し。
寛永13年(1636年) - 朝鮮通信使(第四回通信使)来島。
寛永16年(1639年) - 幕命により釜山倭館内に対馬藩営の釜山窯が開かれ上納品が焼成される。
対馬国一円 上県郡 - 44村 下県郡 - 63村厳原町
下野国 都賀郡のうち - 5村(日光県に編入) 安蘇郡のうち - 6村(同上)
筑前国 怡土郡のうち - 14村
豊前国 宇佐郡のうち - 8村 下毛郡のうち - 21村
肥前国 基肄郡 - 13村 養父郡のうち - 5村 松浦郡のうち - 49村
1869年(明治2年)、宗義達は版籍を奉還し、新藩制により厳原藩と改称されて、厳原藩知事となった。これとともに「対馬府中」の地名も「厳原」に改められた。1871年(明治4年)7月の廃藩置県により厳原県となり、その後9月に伊万里県へ編入された。1872年(明治5年)、伊万里県は佐賀県に改められ、さらに1876年(明治9年)4月三潴県に合併され、8月には長崎県の管轄にうつされた。
1884年(明治17年)、宗家当主・宗義達は伯爵に叙された。本来の叙爵基準によると宗家の石高では子爵相当だったが、対朝鮮外交担当者としての家格が考慮されたと見られている。