スナッピー (犬)
2005年の終わりから2006年にかけて、黄が行った一連の反倫理行為への告発が行われた。初めに問題とされたのは、スナッピー以前に黄が発表していたヒトクローン胚の作成についての研究だった。黄が卵子提供者に対価を供与していたこと、部下の研究員から卵子の提供を受けていたことが相次いで報道された。これらは生命倫理規定への重大な違反であった。また後に、論文に添付されていた写真の説明に虚偽があったことと、幹細胞ラインとされた細胞のほとんどが実際にはクローンではなかったことが明らかになった。
これらの告発によりスナッピーの信憑性についても深刻な疑惑が持ち上がったが、黄は真正のクローンであるという主張を曲げなかった。黄は韓国のDNA研究所HumanPass Inc.に依頼してクローンであることを立証させたが、ソウル大の調査団は黄自身が依頼した検証結果を受け入れず、独自に調査を行った。さらに『ネイチャー』誌もアメリカ国立衛生研究所に検証を依頼したほか、ソウル大調査団に調査結果の公表を求めた。その結果、ヒトのクローンES細胞に関して不正行為があったことは間違いないものの、犬クローンに関する研究は正当なもので、スナッピーは確かにアフガン・ハウンド成犬のクローンであることが確かめられた。いずれにしても黄は研究ねつ造のため詐欺罪で起訴され、大学から解任された。
黄の離脱後、その教え子で犬クローンの主要貢献者だった李柄千(イ・ビョンチョン、이병천)が研究室を引き継いだ。黄のスキャンダルに伴い、部下だった李もねつ造と研究費横領の責任を免れなかったが、ソウル大は「クローン犬『スナッピー』研究成果と発展の可能性などを総合的に斟酌」して停職処分にとどめていた。
2009年末の時点でも、世界で犬クローンを作成できるのは李柄千と野に下った黄禹錫の2人だけであった。李を擁するソウル大は、スナッピーのクローニング手法の特許権を持っていると主張して、民間のペットクローン会社RNLバイオに専用実施権を与える契約を結んだ。黄禹錫はその競合会社である米国のバイオアーツ・インターナショナルと提携を結び、特許権の所有をめぐる法廷闘争を引き起こした。バイオアーツは羊のドリーに用いられたクローニング手法の特許を有する米スタート・ライセシング社から犬クローンの独占権を得たと主張していた。ソウル大は体細胞ではなく成体幹細胞に基づくクローニング手法を確立し、ドリーの手法とは異なる独自技術とみなしていたため、スタート社と対立した。スタート社はRNLバイオを権利侵害で告訴したが、判決を待つまでもなく、バイオアーツは2009年9月に犬クローン事業から撤退し、理由の一つにライセンス問題を挙げた。