ゼントラーディ
基本的に基幹艦隊同士の連携等は行われず、互いの艦隊の位置も命令系統上位(エキセドル・フォルモの説明で言及される「ベルナル級」以上)の将官までしか知らされていない。軍隊として本来存在するはずの、基幹艦隊を統括する上位機構もシリーズ中では明言されていない。そもそも本来の主人であるプロトカルチャーは、はるか太古に自らの生み出したゼントラーディ軍と監察軍の戦いのなかで滅亡しており、すでに根源的な戦争の目的や理由を失ったまま軍隊全体が盲目的に戦闘行為を行っているともいえる。なお、総司令官を失った基幹艦隊の残存艦艇は速やかに撤退ののち、距離的に最も近くに位置する他の基幹艦隊に合流すべし、とする軍法がある。
撤退の際に取り残されたゼントラーディ艦隊または部隊は、闘争本能の赴くままに戦闘を繰り返す「はぐれゼントラーディ」という危険な海賊的戦闘集団と化し、辺境宙域において幾度となく新統合軍の治安部隊と交戦している。『超時空要塞マクロスII -LOVERS AGAIN-』では「マルドゥーク」という、はぐれゼントラーディを歌によって従えた勢力が登場する。