博多
奉行所は寛文年間には博多の中(須崎町)にあったが、そののち博多の外に置かれることとなる。それとは別に博多津中の家格の高い知名士らから12人の年行司が輪番で任命され、運上銀の徴収や事件等の町奉行への報告などの任に就いた。100ほどあった各町内からは年寄と年寄助役が1人ずつが選任され、町費の収拾など自治活動の中心に立った。また町内の10~20軒を1組とし組頭取1人が選出された。そして年寄の中から流ごとに月行司が1人選任され(1-2か月ないし半年ほどで交代)、流内の取りまとめと博多全体での相談事での流代表の任に当たった。年行司が徐々に減少し、一時期は2人にまでなった。
一時的に途絶えていた博多松囃子は黒田忠之の命により1642年(寛永19年)に再開となった。松囃子一行は博多から出発し、城下町福岡に入り、福岡城の藩主に年始の挨拶をすることとなる。博多祇園山笠は江戸時代にも博多の町中で行われ、1687年(貞享4年)に追い山が始まっている。
1732年(享保17年)の享保の大飢饉の折には博多でも多くの餓死者が出た。中洲に今でも残る餓人地蔵尊は、飢饉で行き倒れた人々を弔ったものである。
江戸時代後期には聖福寺第123世住持の仙厓義梵(せんがいぎぼん)(1750年~1837年)が活躍した。仙厓和尚は水墨画を描いており、禅の境地を簡素に説いたユーモアな戯画を多く遺している。
現在「博多」と「福岡」は、特に九州外において同じ地域を指す地名として認識(誤認)されることが多く、福岡市や福岡都市圏のことを「博多」と呼び変えることも少なくない。これは市外の人にとっては博多駅が玄関口であることが多く、また博多弁や博多ラーメンなど「博多」という名称が全国的に高い知名度を持つためである。一方で福岡市博多区内の一部地域は「博多」という地名以外に言い換えができないエリアがあり、福岡市内や近郊で使用した場合はこのエリアを指すことが多い。 こういった理由により、単に「博多」という言葉を用いた場合、その言葉が指し示す範囲には曖昧性・多義性があり、人により差異はあるものの、概ね以下のような類型で用いられる。
ただし、秀吉の当初の復興計画は、博多を九州統治および将来の朝鮮出兵のための政治・軍事都市とする予定であった。(当初は豊臣政権の五奉行筆頭である治部少輔石田三成に筑前52万石を与える予定であった。)この年の5月から6月にかけて、豊臣秀長や田中吉政らに充てた複数の書状によれば、博多に城を建設して秀吉の九州における居城にするとともに五大老の一人小早川隆景に筑前を与えて留守居役を兼ねさせること、南蛮・中国・高麗(朝鮮)との貿易を博多一港に限定する代わりに博多の中心地から寺院・神社を排斥して郊外に移転させ、市内にはイエズス会に教会を建設させる構想があったとされている。ただし、その代わりに大村氏がイエズス会に寄進した長崎の返上と商船の博多回航を条件としたことから、イエズス会側が警戒を強めてこれを辞退、これが全国の支配者たる秀吉への非服従と看做されてバテレン追放令の一因になったとする説がある。また、建設予定であった博多の留守居役に予定していた小早川隆景もこれを辞退したため、結局秀吉の新城建設・寺社排斥構想は中止されて従来通りの商業都市としての復興路線に修正を余儀なくされた。
いずれにしろ搏多湾は水深が浅く、ナウ船・ガレオン船が停泊出来なかったため、天然の良港である平戸・長崎のようなポルトガル・スペイン・オランダ・イギリスとの貿易港になれなかった。秀吉がポルトガル側通商責任者ドミンゴス・モンテイロに対し、平戸、口之津、長崎だけでなく、博多にも入港するよう言い渡すが、博多湊の水深の浅さを理由に拒絶(この直後にバテレン追放令が出されている)。博多港に大型船が停泊出来るようになるのは平戸の中村精七郎の施しにより昭和になってからである。