新八代駅
新幹線・在来線ともに同一事業者でありながらそれぞれ別個の駅舎が設置され、近接しているものの両線の乗換改札口は設置されていない。乗り換えの際は一旦改札を出る必要がある。
新幹線駅は直営駅で、みどりの窓口および自動券売機、自動改札機が設置されている。ホームは相対式ホーム2面2線を有する高架駅である。通過線はなく、可動式安全柵が設置されている。
在来線駅はJR九州サービスサポートによる業務委託駅であり、相対式ホーム2面2線を有する地上駅で橋上駅舎を備える。鹿児島方、博多方ともに渡り線があるほか、博多方には肥薩おれんじ鉄道線から乗り入れる車両のための折り返し用の留置線(引き上げ線)がある。また、肥薩線(朝の当駅止まり折り返し回送列車1本)、肥薩おれんじ鉄道線直通の一部の列車(昼1本、夜2本の普通列車出水行きと夜の当駅止まりのおれんじ食堂折り返し回送列車1本)は上り熊本方面ホームから鹿児島方の渡り線を使用してそのまま鹿児島方面に折り返す。
2012年12月1日よりICカード「SUGOCA」の供用を開始しており、ICカード専用簡易改札機を設置している。自動券売機も設置されている。在来線ホームの高さは電車用となっているが、肥薩線からの乗り入れ列車は気動車であるため、通常とは逆にホームよりも列車の乗降口(ステップ)の方が低くなる(肥薩おれんじ鉄道線からの乗り入れ列車も気動車であるが、電車用ホームに合わせているため乗降口にステップがない)。そのため、乗降客に注意を促す看板が構内に設けられている。