畠山義就
実際の支配状況はともかく、名目上の河内守護と畠山氏当主は依然として政長のままであり、河内を実質領国化している義就に対して幕府は度々追討令を発したが効果は無く、河内と大和は義就が実効支配したままであった。
文明9年からしばらくは平穏であったが、文明14年(1482年)3月に幕府の命を受けた細川政元と政長連合軍が義就追討に出陣した。義就は7月16日に政元単独と和睦、政元は河内十七箇所と摂津欠郡(東成郡・西成郡・住吉郡)の交換を条件に自軍を撤退させたが、政長は河内に留まり義就との抗争を継続した。義就は河内から山城国南部に侵入、翌文明15年(1483年)に南山城を掌握し、河内の政長方を掃討して河内の実効支配を確立した(犬田城の戦い)。ただし、主戦場となった山城では義就・政長の争いも膠着状態となって以降、業を煮やした国人衆により文明17年(1485年)に国人一揆が起こり(山城国一揆)、畠山両軍は撤退を要求されたため義就軍は河内に引き上げた。以後も義就に対して幕府から追討令が出されたが、実行されないまま終わった。
延徳2年12月12日(1491年1月21日)、義就死去。享年54。
義就は一時隠居を命じられた際に、短期間であるが能登畠山家出身の猶子の政国に家督を譲ったこともあったが、長男の修羅が生まれると政国を廃嫡して実家に帰し、修羅を後継とした。しかし修羅は義就より先に、文明15年に亡くなった。
義就の死後、孫にあたる修羅の子と次男の基家(義豊)が後継を争ったとされる、義就の家督と河内・大和の支配は基家が継承した。
政長も河内・大和・山城を失ったものの、残る紀伊と越中国を根拠として対抗、両者は以降も畠山氏当主の座を巡って争った。