アウグスト・ピノチェト
翌2001年1月29日にグスマン判事はピノチェトに対する精神鑑定と事情聴取を行った上で再起訴に踏み切った。しかし2001年7月1日、サンティアゴ高裁は「ピノチェトは痴呆(認知症)で裁判を受けられない」としてこれを却下し、翌月には最高裁もこの判断を支持した。しかしアメリカ合衆国のテレビ局のインタビューなどに答えていたことなどから痴呆というのは虚偽ではないかという声が高まり、2004年8月には最高裁に免責特権を剥奪された。
2004年12月、サンティアゴ控訴裁は左派の活動家に対する誘拐・殺人の罪でピノチェトを告発したが、2005年9月にチリ最高裁は最終的にピノチェトの健康状態から裁判に耐えられないとして罪状を棄却した。しかし、ピノチェトには在任中の2700万ドルと言われる不正蓄財の容疑でも捜査が進められ、妻と息子が逮捕され(妻は高齢のためその後保釈)、2005年10月にはピノチェトと家族の全ての資産が差し押さえられた。さらに2006年10月25日には中国香港特別行政区の銀行に9tもの金塊を所有している事が明らかになった。しかしながら2007年10月26日、サンティアゴ高裁は嫌疑不十分でピノチェトの妻子とその側近らの立件を断念するとともに、身柄の拘束も解く事になった。
一方、ピノチェトの孫であるアウグスト・ピノチェト・モリーナ大尉は、弔辞で「祖父こそチリ史上もっとも偉大な人物であり、全体主義を持ち込もうとしたマルクス主義を打ち負かし、フリードマンの新自由主義へと目を開かせた功労者である。(ピノチェトに殺された)少数の苦しみなど気に病むに及ばない。連中の存在は、新世界の誕生につきものの産みの苦しみに過ぎない」と述べ、ピノチェト支持者の喝采を浴びたという。なお、モリーナは、演説が軍紀に著しく反したことを理由に軍を罷免された。
また、盟友イギリスのサッチャー元首相もピノチェトの死について「大きな悲しみを抱いている」と表明し、深い哀悼の意を示した。
クーデター45周年目にあたる2018年9月に行った歴代大統領に関する支持率調査における、ピノチェトを評価する意見(とても良い+良い)は20%、肯定も否定もしない意見(普通)は17%、否定する意見(悪い+とても悪い)は48%、「回答しない」と答えたのは15%となり、依然として否定的な見方が強いことが示される結果となった。
ピノチェトは大統領を辞任した後も陸軍総司令官の座に留まり、隠然たる影響力を保持していた。また大統領に就任した反軍政派のエイルウィンが軍事政権時代の軍による人権侵害の真相究明を進めようとした際には、クーデターまがいの行動を起こして妨害したりもした。1998年に陸軍を退役した後には、大統領経験者がその職に就くことができる終身上院議員に就任した。
しかし、1998年に病気療養のために渡ったイギリスで、スペインの司法当局バルタサール・ガルソン判事の要請(チリ在住のスペイン人に対する弾圧の罪で)を受ける形でジャック・ストロー内相(当時)が拘束を指揮、逮捕した。拘束をめぐっては、国家元首を他国が裁くことの是非、チリとの外交関係悪化をめぐって論議が起こったが、イギリス政府は2000年3月2日、最終的に病気で裁判に出るのは無理だと診断されたためチリ帰国を認めた。
2000年にはチリの市民団体がピノチェトを告発し、事件を担当するサンティアゴ高裁のフアン・グスマン判事が2000年12月1日にピノチェトを殺人及び誘拐罪で起訴。しかし12月11日にチリの高裁が、12月20日には最高裁が、ピノチェトに対する精神鑑定が行われていないことを理由に起訴を一旦無効とした。