小浜藩
しかもそれに連鎖するように飢饉も相次いで、領民は大いに苦しんだ。このため、小浜藩の領民は協力して藩主に窮状を訴えたが、聞き入られなかったため、明和7年(1770年)に百姓一揆が起こった。藩は何とか財政難打開を図ったが、天保7年(1836年)には藩に冷害による飢饉が襲い、遂に財政は火の車となった。
第12代藩主・並びに第14代(最後)の藩主となった酒井忠義は、幕末期の京都所司代として有名な人物である。忠義は井伊直弼に協力して安政の大獄を積極的に京都で推し進め、和宮降嫁や公武合体、武田耕雲斎率いる天狗党の乱鎮圧などで活躍した。慶応4年(1868年)の戊辰戦争で、酒井忠氏は幕府側に与して新政府軍と戦ったが、敗れて降伏した。その後、小浜藩は新政府より北陸道鎮撫使の先鋒を命じられ、奥羽まで転戦した。
明治2年(1869年)の版籍奉還で酒井忠禄(忠義の再任後の名前)は小浜藩知事となり、明治3年(1870年)9月に鞠山藩と合併し鞠山藩知事酒井忠経が小浜藩知事となる。明治4年(1871年)7月の廃藩置県で小浜県となる。同年11月には敦賀県となり、明治9年(1876年)に滋賀県に編入され、明治14年(1881年)には福井県に編入された。
なお、『解体新書』で有名な蘭方医杉田玄白は、この小浜藩の藩医であった。杉田の名前を冠した杉田玄白記念公立小浜病院が、小浜城跡近くに設立されている。