後深草天皇
これに不満を抱いた後深草上皇は、翌建治元年(1275年)、太上天皇の尊号辞退と出家の意思を表明し、時の関東申次で後深草上皇寄りの西園寺実兼(大宮院の甥)が執権北条時宗と折衝し、後深草上皇の皇子熈仁親王(伏見天皇)を同年中に立太子させることに成功した。その後、弘安3年(1280年)頃から後深草上皇方による後宇多天皇退位と皇太子擁立の動きが強まり、ついに同10年(1287年)10月、伏見天皇即位に伴い院政を開始した。また正応2年(1289年)10月には第六皇子・久明親王を鎌倉将軍として下向させ、その後しばらく持明院統に有利な体勢が続いた。
正応3年(1290年)2月、出家し法諱を素実とし、公式の院政を停めたが、その後も政治への関与が続き、持明院統の中心としてその繁栄に努めた。嘉元2年(1304年)、冷泉富小路殿で崩御、宝算62。
なお、後深草天皇は幼少時に宣陽門院の猶子となり、建長3年(1251年)にその所領・長講堂領を譲渡された。当初はこの荘園群も院政を敷いていた父・後嵯峨院の管轄のもとにあったが、文永4年(1267年)に後嵯峨院は出家に先立ち、長講堂領の一切の権利を後深草院に譲渡した。以降は、後深草天皇の子孫・持明院統の天皇に受け継がれ、持明院統の主な経済基盤になった。