南京事件論争史
総書記
1989年の天安門事件では共産党の正当性が失墜し、鄧小平が学生への教育が間違っていたと述べて、愛国主義教育が中国を統一するための新しいイデオロギー上の道具となった。
また、1990年9月には自民党(代表金丸信)・社会党(代表田邊誠)・朝鮮労働党の三党共同宣言で日本統治時代の朝鮮の36年間および戦後45年間、日本が「朝鮮人民に蒙らせた損失」に対して朝鮮人民共和国への謝罪と補償が宣言された。
1990年10月、雑誌『PLAYBOY』(英語版10月号、日本語版11月号)で石原慎太郎衆院議員が「南京大虐殺は中国の作り話」と発言。これに対して本多勝一が質問状を送付すると、石原は通訳を通してのもので食い違いがあったとして、他の点は文藝春秋の論文 で回答すると述べたが、本多はこの論文は「異様」であると批判した。
1990年11月には華僑を対象とする中国海外交流協会(China Overseas Exchanges Association)が北京で設立し、国務院僑務弁公室の寥暉と林水龍が副会長などに就任し、世界の華僑の団結を増進するとした。江崎道朗は、天安門事件によって非難されていた中国がこの協会を通じて国際非難の矛先を日本に向けるためにプロパガンダ工作を進めたとしている。1991年8月、南京受難連合はジョン・マギーのフィルムを発見したと公表した。
2000年代の日中政府の動向としては、2001年4月28日、中華人民共和国国防教育法が成立。8月、小泉純一郎首相が靖国神社を参拝し、中国が反発。9月18日には九・一八博物館がリニューアルオープンし、この年には中国各地で抗日戦争催事が開催。10月8日、小泉純一郎首相は抗日戦争記念館を訪れ「改めて戦争の悲惨さを痛感しました。侵略によって犠牲になった中国の人々に対し心からのお詫びと哀悼の気持ちをもって」展示をみたと述べた。2005年の日中外相会談に際し、小泉政権の町村信孝外務大臣が日中歴史共同研究を提案 し、2006年の日中首脳会談で歴史共同研究を行うことが決まり、共同研究が実施された。2010年1月に報告書が発表された。
東中野と吉田裕の論争をうけて、2001年に佐藤和男が新たに戦時国際法上合法説を展開した。
2001年11月には北村稔が『「南京事件」の探究―その実像をもとめて』(文春新書)で、南京虐殺事件を当時報道したハロルド・J・ティンパーリが中国国民党宣伝部と深い関係にあり、報道はプロパガンダ(戦時宣伝)であったと主張した。
東中野は、30万という大量虐殺説はほとんどの歴史家・専門の歴史研究者の間では受け入れられる傾向はないと主張し、2008年に日本「南京」学会は12年にわたり「南京事件」(「南京虐殺」)に関する1次資料を調査研究した結果、「南京虐殺」はなかったと主張した。2009年には新路口事件の生存者夏淑琴から提訴された名誉毀損裁判で、東中野修道側の敗訴が最高裁で確定した。
中間派の秦郁彦は2007年7月に、マボロシ派と中間派の影響力が伸びて、大虐殺派は低落しつつある、と評した。一方、2007年12月に、大虐殺派の笠原十九司は、「虐殺虚構」「まぼろし説」の破綻は決定的となり、「あったか」「なかったか」というレベルでの論争は学問的にはほぼ決着がついたと主張している。
また同月にはユダヤ系コラムニストのポール・グリーンバーグが、日本の教科書では「南京事件」と表記しているそうだが、The Rape of Nankingは事件ではなく6週間続いた虐殺であるとした。グリーンバーグに対して在米日本大使館の北野充は日本の教科書では両方が使用されており、また日本政府はこれまでも過去に向き合ってきたと反論した。しかしグリーンバーグは、日本軍は女性を慰安婦にしたり、捕虜の生体実験などをやるなど、300万から400万人を奴隷にしたり殺したというのが歴史学者たちの定説で、日本はドイツのように歴史の真実を直視していないと反論し、2007年にも南京事件という言い方は、ドイツの教科書においてホロコーストを「アウシュビッツ事件」と婉曲表現するようなものと批判した。また北野充はアメリカメディアでは日本の戦後の対応や政策について無理解な論説を掲載する場合もあり、反日報道には即時反論すべきであると論じている。他方、2005年には東中野修道の著書や論文の英語版が発表刊行され、2008年には白石隆、秦郁彦、アスキュー、読売新聞社戦争責任検証委員会、北村稔、アーヴィン・クックス、ヨッシャ・フォーゲル、吹浦忠正らの論文集英語版An Overview of the Nanjing Debateが刊行された。
2007年、大阪教育大学の馬暁華は中国系アメリカ人にとって、日本の戦争犯罪は「中国人ホロコースト」であり、ユダヤ人へのホロコーストよりも恐ろしく、破壊的打撃であると主張した。にも関わらず、アメリカの学校ではユダヤ人へのホロコーストは授業で扱われるのに、中国人へのホロコーストは扱われていなかったので、サンフランシスコの公立学校での歴史の授業で第二次大戦での中国の被害について扱いようにキャンペーンを行い、取り入れることに成功した。
2003年4月28日より百人斬り競争裁判が始まり戦犯として処刑された野田・向井の遺族が死者への名誉毀損にあたるとして毎日新聞、朝日新聞、柏書房、本多勝一らを訴え、2006年12月22日に最高裁で原告側の敗訴が確定した。