別府大学
2000年 12月 - 大学大学院文学研究科に文化財学専攻博士課程(後期)設置認可 12月 - 短期大学部に経営情報文化科設置認可
2001年 3月 - 別府大学附属高等学校、明星中学校、明星高等学校廃止認可 12月 - 大学食物栄養学部食物栄養学科設置認可 12月 - 明豊高等学校看護科が看護婦学校として指定される 12月 - 明豊高等学校専攻科看護専攻科設置認可
2002年 1月 - 別府大学食物栄養学部食物栄養学科が管理栄養士養成施設として指定される 1月 - 別府大学食物栄養学部食物栄養学科が栄養士養成施設として指定される 2月 - 明豊高等学校の衛生看護科を看護科に名称変更 7月 - 短期大学部の商経科廃止認可 12月 - 短期大学部の生活文化科廃止認可
2003年 5月 - 大学大学院文学研究科臨床心理学専攻設置届出受理 6月 - 短期大学部に地域総合科学科設置届出受理 11月 - 短期大学部に保育科設置認可
2004年 3月 - 別府大学短期大学部の保育科が保育士養成施設として指定される 3月 - 児童福祉施設境川保育所設置認可
2005年 4月 - 「ゆふの丘プラザ」(大分県由布市)指定管理者指定 7月 - 大学大学院食物栄養科学研究科食物栄養学専攻設置認可 7月 - 大学大学院食物栄養学部食物バイオ学科設置認可
2006年 3月 - 短期大学部の経営情報文化科廃止 3月 - 短期大学部の英語コミュニケーション科廃止 4月 - 大学の食物栄養学部を食物栄養科学部に名称変更 4月 - 国際交流会館(大分県別府市)指定管理者指定 別府大学アーカイブズセンター設置 メディアセンター完成