愛国丸 (特設巡洋艦)
11月20日付で第五師団(司令官山本務陸軍中将)は第8方面軍(司令官今村均陸軍中将)に編入され、その南東方面輸送を海軍艦艇が担当した。愛国丸、清澄丸、山彦丸(特設工作艦)、護国丸(愛国丸姉妹船、大阪商船、10,438トン)は、第5師団の工兵第5連隊や歩兵三個大隊や飛行場設営隊など合計3,724名を輸送する。12月2日、輸送船団は駆逐艦朝風に護衛されてシンガポールを出発。12月12日にラバウルに到着した。その頃、大本営ではブナ・ゴナの戦いの切迫を考慮し、パプアニューギニアの要所(マダン、ウェワク)に飛行場を設営して制空権と後方補給線の確立を目指す方針を固めていた。陸海軍中央協定により、3隻(愛国丸、護国丸、清澄丸)乗船中の兵力をマダンとウェワク攻略作戦(「ム」号作戦)に転用する。12月13日付で愛国丸以下各艦・各部隊は南東方面部隊に編入され、その隷下にある第八艦隊の指揮下に入った。
「ム」号作戦の兵力部署(区分、指揮官、兵力)は以下の通り。
主 隊:第八艦隊司令長官:重巡鳥海
支援隊:第七戦隊司令官西村祥治少将:第七戦隊(熊野、鈴谷)
東部ニューギニア方面護衛隊:第十八戦隊司令官松山光治少将:第十八戦隊(天龍)
3月1日、軍令部は大規模交通破壊作戦実施を指示。インド洋での作戦部隊として3月10日に第八潜水戦隊が編成されたが、同隊の作戦としては通商破壊とともに特殊潜航艇による攻撃が計画され、半数はオーストラリアへ向かうこととなった。3月10日に第二十四戦隊は解隊されて「愛国丸」と「報国丸」は連合艦隊附属となり、3月20日に先遣部隊の指揮下に入れられ、第八潜水戦隊の潜水艦伊10、伊16、伊18、伊20、伊30とともにインド洋派遣の甲先遣支隊となった。
「愛国丸」と「報国丸」には拿捕船回航のための回航班がそれぞれ2班ずつ乗艦した。
4月12日に瀬戸内海を出撃してペナンに向かう。4月25日に到着した。4月30日、報国丸およびインド洋で通商破壊を行う第8潜水戦隊甲先遣隊(伊30を除く)とともにペナンを出撃。5月5日、10日、15日に甲先遣隊に給油を行った後、甲先遣隊と別れた。9日、マダガスカル島の東方海上で報国丸がオランダの油槽船ヘノタ(もしくはゼノタと表記) (Genota、7,986トン)を発見して威嚇射撃をおこなう。停船させたあと愛国丸よりカッターボートを降ろしてヘノタに臨検隊を送り込み、捕獲した。
6月5日には英客船エリシア (Elysia、6,757トン) を発見し、報国丸の魚雷で撃破。
翌日釜山を出発し、1月14日にラバウルに着いた。「愛国丸」は人員691名、車両34両、物件10000梱を運んだ。次の丙三号輸送は第四十一師団の青島からウェワクへの輸送であった。1月24日に青島に着いた「愛国丸」は1月29日に出港し、2月7日にパラオに到着。そこで「愛国丸」は第二輸送隊に編入された。また、パラオでは追加で陸軍部隊が乗せられた。「清澄丸」、「愛国丸」、「護国丸」、駆逐艦「朝雲」、「五月雨」となった第二輸送隊は2月19日にパラオを出発し、同日アメリカ潜水艦「ランナー」の攻撃を受けるも被害はなく、2月22日にウェワクに着いた。「愛国丸」の輸送内容は人員1602名、車両18両、物件21171梱であった。
その後も輸送任務に従事した。7月6日、航空機輸送任務を帯びた空母雲鷹とともに横須賀を出発、トラック泊地にむかう。トラック泊地到着前日にあたる7月10日、アメリカ潜水艦ハリバット (USS Halibut, SS-232) の雷撃を受ける。愛国丸に魚雷1本が命中して損傷したが、14ノットで航行可能だった。10月1日付で特設巡洋艦の任を解かれて特設運送船となり、10月6日から12月31日までの間、特設運送船としての艤装工事を行った。