監獄法
以上のように、本法は、法律名は変わったものの、未決拘禁者・死刑確定者についての規定内容は、なお旧監獄法のままであったため、未決拘禁者・死刑確定者の処遇についても、なるべく早期に法改正をすることが要求された。
そこで、平成18年(2006年)6月2日、第164回通常国会において、刑事施設及び受刑者の処遇等に関する法律の一部を改正する法律(受刑者処遇法改正法)が成立し、同年6月8日に公布された。同改正法は、平成19年6月1日に施行された(施行日につき平成19年5月25日政令第167号)。
これによって、未決拘禁者・死刑確定者についての規定は、受刑者処遇法に統合されることとなり、本法は廃止された。そして、受刑者処遇法は、統合後は現在の「刑事収容施設及び被収容者等の処遇に関する法律」に題名が変更された。
本法の廃止によって、日本は百年近く続いた旧監獄法のもとでの運用を終了した。