イスラーム教徒による宗教的迫害
12世紀以降トルコ系遊牧民が北インドの移住を開始した結果、多くの仏教徒とヒンドゥー教徒の間で戦闘が行われた。そして1203年、北部インドの代表的大僧院ヴィクラマシーラをトルコ系イスラム教徒が襲撃。無抵抗の僧侶達に凄惨な虐殺を開始した。僧侶をはじめ女子供を構わず皆殺しにし、ヴィクラマシーラ僧院は壊滅。このイスラム教徒による仏教徒大虐殺のせいで仏教は大打撃を蒙り、インド国内では完全な少数派宗教と転落し、イスラム教徒の北部支配が強まる中で滅亡した。そして現在のヒンドゥー教優位のインドとなった。
だが、ムスリムが支配していたムガル帝国期までには概ね平和的な関係がムスリムと非ムスリムの間に結ばれ、3代皇帝アクバル以降ジズヤは廃止され一世紀程度はほぼ完全な信教の自由と平等が確立した。