ヌクレオシド修飾メッセンジャーRNA
modRNAが標的細胞以外の細胞に侵入すると、望ましくない影響が生じる可能性がある。たとえば、コード化されたタンパク質が心筋細胞を刺激して増殖させると考えられているが、他の細胞で誤って生成された場合、これは悪性増殖につながる可能性がある。ただし、このような悪影響は、通常のmRNAと比較して安定性が向上しているにもかかわらず、modRNAがコードするタンパク質と同様に、最終的に分解されるという事実によって時間的に制限される。
また、細胞のゲノムの変化、すなわち突然変異は、癌(がん)の発症などの結果を引き起こす可能性があると主張されている。ただし、遺伝情報は細胞核にDNA(RNAではなく)として存在し、 modRNAは細胞核に入ることはない。さらに、細胞質に導入された外因性mRNAがmRNAからDNAに逆転写されるという証拠はない。逆転写酵素(HIV(エイズウイルス)など)を産生するウイルスがヒトに存在し、これらの逆転写酵素がmodRNAの逆転写を行うために、これらのウイルスの逆転写酵素は非常に特異的であり、ウイルス自身のRNAのみを転写する。