つくばFC
男子トップチームはチーム名を「ジョイフル本田つくばFC(ジョイフルほんだ つくばエフシー)」としており、国立筑波大学の学生が中心となって設立した「学生ベンチャー企業」である「株式会社つくばFC」により運営されている。茨城県社会人リーグ2部所属だった「ジョイフル本田サッカー部」を承継したもので、2013年に関東リーグ昇格を果たしている。Jリーグ加盟を目指すクラブの1つである。
2009年からは筑波大学蹴球部とも提携しており、同大学のOBを受け入れているほか、現役部員にも出場機会を与えている。
なおJリーグ・日本フットボールリーグ(JFL)加盟に際しては、少なくとも原則として座席5000人以上収容規模(J3リーグ・JFL基準)のスタジアムをホームタウンに確保する必要が義務付けられており、現在つくば市にはそれに対応した施設がないが、つくば市が2019年に茨城県で予定される国民体育大会の主会場、更には2020年東京オリンピックのキャンプ会場として使われることを念頭に、J1リーグ開催基準を充足する3万人規模収容の陸上競技場を中核としたつくば市総合運動公園の建設計画が予定されていたものの、2015年8月の住民投票で建設計画反対票が多く、開発が凍結された。
しかし2016年1月のスポーツ報知によると、同地でつくば市の民間団体が中心となってプロ野球・読売巨人軍の2軍・3軍用本拠地の活用を中心とした、新たなスポーツ施設の建設計画が予定(実質的な計画案の復活)されている。