ギルアド・シャリート
しかし、自治政府大統領マフムード・アッバースが「国防軍兵士解放へ向けたエジプトの努力は、ハマースの側の誠意、および決定を受け入れる能力の欠如など、さまざまな困難により挫折してしまった」との声明を発表して以降、下火となってしまった。さらには、ハマースの内部においてもイスマーイール・ハニーヤ自治政府首相(当時)が率いる政治部門とハーリド・マシャアルが率いる軍事部門との間で対立が生じていることが表面化した。
同年7月3日、犯行グループがイスラエル政府に対して最後通牒を突きつける。彼らの要求は7月4日の早朝6時までの上記パレスチナ人囚人の解放だったのだが、それを拒否した場合の報復などについては明言されていなかった。イスラエル政府は公式にこの最後通牒を拒否。それに対してイスラム軍が声明を発表し、シャリートに関する情報はこれ以降一切開示しないと宣言した。
同年9月12日、イスラエル軍事裁判所が同国で逮捕されたハマースの要人18名の釈放を命じる。政府はそれに対して異議を申し立てる。政府側は、ハマースの要人の逮捕はシャリート解放のカードとして利用するためではなく、あくまでも対テロ戦争の一環であると主張する。
同年11月26日、ガザにおける国防軍の作戦を停止するのと引き換えに、ガザ近郊の町スデロットを標的としたテロリストの砲撃を停止することに双方が合意。これを受けてイスラエル首相エフード・オルメルト(当時)と自治政府のアッバースとの間で停戦協定が締結に達する。この軍事作戦(オペレーション「真夏の雨」)によりパレスティナ側は394名もの人命を失っている。