石山合戦
その動きを期待していた信長側でも再度、朝廷に講和の仲介を働きかけていた。
そして、翌天正8年(1580年)1月、三木城が落城した。そのような状況の中で3月1日、朝廷は本願寺へ勧修寺晴豊と庭田重保を勅使として遣わして年寄衆の意向を質し、本願寺は和議を推し進めることで合意した。また、信長も別箇に開戦の経緯を知る近衛前久を派遣して本願寺側との妥協点を探った。以上の経緯から「勅命講和」という方式での和議を提案したのは信長側であったが、実際の講和申し入れは本願寺側からあったものと言える。
閏3月7日、本願寺は信長に誓紙の筆本を提出し、信長と本願寺は3度目の講和を果たした。条件は顕如ら門徒の大坂退城など以下の通り。
覚 一 惣赦免事 一 天王寺北城先近衛殿人数入替、大坂退城候刻、大子塚をも引取、今度使衆を可入置事 一 人質為気仕可遣之事 一 往還末寺如先々事 一 加州二郡(江沼・能美)、大坂退城以後、於無如在者可返付事 一 月切者七月盆前可究事 一 花熊・尼崎、大坂退城之刻可渡事 三月十七日 朱印(信長) (「本願寺史」本願寺史料研究所編纂 浄土真宗本願寺派<西本願寺>発行)
この他『信長公記』には退城の期限は7月20日だったと書かれている。また、講和条約に署名したのは顕如の3人の側近下間頼廉・下間頼龍・下間仲孝だった。
4月9日、顕如は石山本願寺を嫡子で新門跡の教如に渡し、紀伊鷺森御坊に退去した。