在日米軍
在日米空軍(US Air Force Japan, USAFJ)は、横田基地に司令部がある。在日米空軍司令官は、第5空軍司令官とともに、在日米軍全体の司令官をも兼務している。ただし在日米空軍司令部は基本的に部隊管理のみを担当し、作戦統制は太平洋空軍のケニー司令部(ヒッカム空軍基地)が行なう。このため横田基地には、USAFJの部隊や航空自衛隊との調整のために第13空軍第1分遣隊が設置されていたが、第13空軍の閉隊にともないその機能も第5空軍が担うことになった。
横田基地(Yokota Air Base、東京都):司令部。第374空輸航空団、第730航空機動中隊等。
嘉手納基地(Kadena Air Base、沖縄県):第18航空団(F-15C/D)等。
三沢基地(Misawa Airfield、青森県三沢市):第35戦闘航空団(F-16CJ/DJ)等。
在日米陸軍(US Army Japan, USARJ)は、キャンプ座間(神奈川県座間市・相模原市)に司令部がある。
USARJは、第9戦域支援コマンドから改編された第1軍団前方司令部、在日米陸軍基地管理本部(旧第17地域支援群)、第10地域支援群(沖縄、トリイステーション)などを主要な部隊としている。第1軍団前方司令部は2007年12月に新設されたもので、在日米陸軍司令官は第1軍団前方司令部の指揮を執るとともに、第1軍団副司令官を兼任している。平時には実戦部隊をほとんど持たないが、有事には第1軍団本隊が進出し、陸軍/統合任務部隊を構成するものと考えられている。
また、青山墓地近くに星条旗新聞の極東支社や第5空軍司令部東京管理センター、陸軍東京監理施設、軍情報機関関連施設などが置かれる在日米軍の中枢の一つ「赤坂プレスセンター」(別名ハーディバラックス、麻布米軍ヘリ基地)が所在する。