大宮総合車両センター
大宮総合車両センター東大宮センター:185系、253系1000番台、651系1000番台、E257系2000番台・2500番台
小山車両センター:205系600番台、E231系(一時的)、EV-E301系
川越車両センター:209系3100番台、209系3500番台、E231系3000番台(一時的)
1996年(平成8年) - 気動車の検修終了。同年以降、首都圏に残る気動車の検修は郡山工場(現・郡山総合車両センター)が担当となる。
1997年(平成9年) - 485系お座敷列車「華」「ゆとり」が落成。碓氷峠最後のEF63形が全検出場。
1998年(平成10年)9月29日 - C11 325の動態復元完成。
1999年(平成11年) 彩の国指定工場に指定される。台車・輪軸技術センターが発足する。 3月25日 - C57 180の動態復元完成。 4月8日 - E26系(カハフE26-1)が落成。 6月25日 - ISO 9001認証取得。
2000年(平成12年) 2月25日 - E26系の予備電源車カヤ27-501が落成。 10月28日 - 「JRおおみや鉄道ふれあいフェア」に、JR九州より885系が展示される。
2001年(平成13年) - 485系お座敷列車「せせらぎ」が落成。大宮工場ホームページが運営開始。車両設計資料室が開設。大宮支社が設立。新幹線車両プロジェクト設立。
2003年(平成15年) - 189系「彩野」と八高線・川越線用205系改造車4両編成2本が落成。
国鉄の入換機用ディーゼル機関車の標準型として製造されたDD13形のトップナンバー。
同センターで保存され、2007年5月の一般公開の後、鉄道博物館へ搬入された。
2017年3月18日に、館内リニューアルの第1弾として、本館北側の「野外車両展示スペース」を拡張し、同機はキハ11形と縦列に展示されている。
クモハ40074
2007年9月10日除籍。最終配置区:国府津車両センター
両運転台を備え、両妻面が半流線型の車両。一度国鉄分割民営化直前の1987年3月31日に除籍されていたが、1988年に車籍復活した。
クモハ40054と同様に国府津電車区に在籍していたが、前述の事故の影響で、この車両もブレーキの多重系統化ができないことから本線上を走行できなくなったため、当センターで保管された。
車籍を残したまま何度か一般公開時に展示された。2007年5月26日の一般公開の後、鉄道博物館へ搬入された。
クハ103-713
2005年11月22日除籍。最終配置区:京葉車両センター
元京葉車両センター302編成の先頭車で、センター北の解体線跡に留置されていた。
2006年5月の一般公開で展示後、翌年に車体を半分に切断されたうえで鉄道博物館内に搬入され、館内の「ラーニングゾーン」1Fの「駅構内ラボ」にて駅構内の業務体験に使用された。
2017年4月27日に「ラーニングゾーン」1Fが「キッズプラザ」・「キッズカフェ」にリニューアルされ、同車は車体全体を白く塗られ、過去首都圏で走行していた各線のラインカラーの水玉模様を配したカラフルなデザインに塗り替えられた。
名称変更前:「大宮工」または「OM」
変更後:「大宮総合車セ」または「OM」
と検査完了の日付が書き加えられる。
1987年(昭和62年)4月1日 - 国鉄分割民営化により、東日本旅客鉄道に継承される。機関車部門および大宮工場新小岩貨車職場は日本貨物鉄道が継承し、大宮車両所、新小岩車両所(現・川崎車両所)がそれぞれ発足する。
1988年(昭和63年) 107系電車が落成。 11月25日 - D51 498の動態復元完成。 12月26日 - C58 363の動態復元完成。
1991年(平成3年) - 組織改正により、現在の8科体制となる。
1993年(平成5年) 生産管理システム稼動が開始する。 11月17日 - C12 66の動態復元完成。
1994年(平成6年) 485系お座敷列車「宴」が落成。 10月9日・10月10日 - 「鉄道の日」制定記念のプレイベントとして、「新旧つばめの出合うとき」を開催。梅小路蒸気機関車館(現・廃止→京都鉄道博物館)からC62 2が、高崎運転所からEF55 1が、JR九州から787系が一堂に会した。 11月12日・11月13日 - 大宮工場開設100周年のイベント「JRおおみやイベント 大宮工場100周年」を開催。
センターの組織には、所長以下、計画部門の部署が総務科、生産管理科(計画・工程管理・外注などの担当)、品質管理科(事故防止・保全指導など)、技術科(技術開発・教育・改造など)の4科、現場の施工部門の部署が車両検査科(出場検査・構内入換、東大宮センターの管轄、構内試運転などの担当)、車体一科(台車・輪軸など)、車体二科(車体・改造業務など)、車体三科(電気機器・空制機器)の4科あり、計8科体制で組織されている。技術科の下には台車・輪軸技術センターが属している。