東京都港湾局専用線
改廃が著しく、多くの引き込み線が分岐する臨港鉄道の性格上、東京都港湾局専用線のキロ程は資料によって相違が多く、はっきりとしていない。国鉄の1975年(昭和50年)現在の専用線一覧表によれば、作業キロは深川線が2.7 km、晴海線が3.6 km、芝浦線が2.0 km、日の出線が1.0 kmとされている。以下に専用線の施設一覧表を示す。線路延長で各路線の値を足して合計値に一致しないのは原資料のままである。
東京都港湾局の専用線網は、港湾管理者直営の臨港鉄道としては日本最大の規模のものであった。これは、他の港では企業が自社で専用線を敷設するところが、消費地に面して多種多様の貨物を取り扱う東京港では公共性が高かったことから、東京都が直営で整備を行うことになった(類似のケースに苫小牧市営公共臨港線がある)ことや、臨港線を港湾設備として整備する方針が決まった1956年(昭和31年)以降に臨港鉄道の整備が進められたことなどが要因とされている。横浜港、大阪港、神戸港などでは第二次世界大戦前の時期に臨港鉄道が国鉄直営で整備されている。一方で重工業地帯に面する港では1960年代以降国鉄と荷主の出資による臨海鉄道の建設が進められていったが、東京港には重工業地帯が付随しなかった(民家が近かったため公害の問題があった)ことから臨海鉄道への移行も行われなかった。
このようにして、東京港の臨港鉄道は1965年(昭和40年)頃には線路総延長24 kmまで成長し、輸送量のピークを迎えた。しかしモータリゼーションの進展に伴い、機動性に優れたトラック輸送への転換が進み、輸送量は減少に転じた。エネルギー革命の進展に伴い、深川線の輸送量の大きな部分を占めていた東京ガスの輸送も1977年(昭和52年)7月に専用線が廃止となった。1976年の「東京港第3次改訂港湾計画」では、多くの鉄道計画が廃止となった。さらに1984年2月1日国鉄ダイヤ改正では、国鉄の財政再建のために操車場を経由した集結式輸送方式がほぼ廃止となったことから、貨物輸送の多くがコンテナ化されて、東京都の専用線へも大きな影響を与えた。以降は年間20万トン程度の輸送量に留まった。
こうしたこともあり、1985年(昭和60年)1月16日にはまず豊洲物揚場線が廃止となった。
これにより運輸省でも鉄道局ではなく港湾局の所管となり、地方自治体においても交通や建設の部署ではなく港湾の部署の所管とされることになった。
こうして豊洲地区への臨港鉄道が伸びると、そこから分岐させる専用線の建設を希望する会社が続出し、次々に使用者が増えていった。
1955年(昭和30年)3月には、深川線から分岐して豊洲物揚場線(とよすものあげばせん)の最初の区間が開通した。その後順次延長工事が行われ、1959年(昭和34年)3月30日までに深川線分岐 - 豊洲物揚場間1,512 mが全通した。この豊洲物揚場線は深川線の一部として扱われている資料もある。この豊洲物揚場線は、将来的に東雲運河を横断して東雲、10号地(有明)方面への延長の起点となることも想定されていた。
豊洲地区では、富士倉庫運輸、大倉商事、豊洲鉄道運輸、東京ガスの4社が専用線を分岐しており、またこれ以外の会社による専用線の第三者使用もあった。深川線の主要な貨物は、コークス、石炭、鋼材、鉄鉱石、化学原料、雑貨などであった。
晴海地区の接収が解除されると、晴海運河を晴海橋梁で越えて晴海埠頭まで晴海線が建設され、1957年(昭和32年)12月17日に深川線分岐 - 晴海埠頭間が開通した。晴海線も、開通時は国鉄の機関車による運行であった。晴海地区では、小野田セメント、日本水産、日東製粉の3社が専用線を分岐しており、豊洲同様に第三者使用も行われていた。