保安庁
保安庁において、陸上および海上においてそれぞれ行動する保安隊および警備隊を統合運営するにあたり、その幕僚組織をどうするかが問題になった。増原惠吉警察予備隊本部長官や野田卯一建設大臣(行政機構改革問題担当)は陸海一本化を主張する一方、大橋武夫警察予備隊担当国務大臣は、旧海軍軍人の主張を反映して、上部機関は一本化するにしても、幕僚組織は陸海に分けないといざという時に有効な部隊指揮が困難であると主張した。
結局は陸海で分離されることになり、長官を補佐するにあたり、保安隊(陸)を担当する第一幕僚監部と、警備隊(海)を担当する第二幕僚監部が設置された。初代の第一幕僚長は林敬三保安監、第二幕僚長は山崎小五郎警備監が発令された。それぞれ警察予備隊総隊総監および海上警備隊総監がそのまま補職される形となったが、警察予備隊・海上警備隊時代と違って部隊の指揮権はもたず、専門的助言者として保安庁長官を補佐する立場となった。
このほか、内部部局として長官官房および保安・人事・経理・装備の4局が置かれ、またその他に附属機関、部隊その他の機関があった。