足利義栄
また、義栄の畿内での拠点である富田の普門寺は、もうひとりの三好三人衆・三好宗渭のかつての主君だった細川晴元を隠居させるために整備されたもので、晴元の嫡子・細川昭元は義栄の幕府で管領として遇された。
義栄は伊勢氏や大舘氏など武家故実をもって仕える層を取り込むことには成功したものの、諏方氏、飯尾氏、松田氏など相論の裁許や行政事務をもって仕える層の取り込みは一部しか成功せず、将軍就任後の幕府機構の再建に不安を残す形となった。それでも、父・義維の時とは違って現職の将軍が不在であり、対抗者である義昭の立場が弱かったことが義栄の将軍宣下に有利に働いたとみられている。
義栄の幕府は従来の将軍体制とは変わりなく、天文末年に三好長慶によって廃絶された管領・管領代(奉行人)を復活させた。管領には細川昭元、細川晴元の管領代であった飯尾為清、及びその息子と思われる為房を管領代に任用した。三好三人衆筆頭の三好長逸、故実に通じた大舘輝光、政所執事の伊勢一族、義維と苦楽を共にしてきた畠山維広、及びその息子の伊豆守・孫六郎兄弟、荒川氏らを中核とし、義栄の幕府は構成されていた。
義栄の幕府の組織体制は、伝統的権威を指向しつつ、従来の権威を踏襲したに過ぎなかった。また、一部の奉行人や御供衆が足利義昭に近侍していた事実から、組織自体が完全に一元化されていなかった。そのようななかで、義栄の幕府を強力に推進したのは、三好三人衆や篠原長房など阿波三好氏の重臣層であった。それゆえ、義栄の幕府は三好三人衆政権とも評されているものの、言い換えれば阿波国人衆によって初めて形成された中央政権でもあった。