日ユ同祖論
だが、サマリア(古代のイスラエル北王国)に今もいるレビ族祭司(男系を保ってきた)はEである。
イスラエルの父祖ヤコブの時代にはY染色体ハプログループは単一だったと思われるが、モーセの出エジプト後のイスラエル人は複数のハプログループを持つようになった。出エジプトの際には「多くの外国人」(出エジプト記12:38)も入り混じってきたからである。モーセは彼ら「在留異国人」を愛するよう教え、「主の前での平等」を説いたので、彼ら異国人もイスラエルの律法を守るならイスラエルに帰化し、イスラエル人になることができた。
こうして出エジプト後のイスラエル人は、複数のハプログループを持つようになった。E(あるいは分岐前のハプログループDE)は、その頃ないしそれ以前からのイスラエル人のハプログループだったろう。
実際、今もシルクロード各地にいる古代イスラエル北王国10部族の末裔(アフガニスタン、パキスタン、中央アジア等いる)にはEが多く、Jはあまりみられない。またサマリヤの祭司がEであり、古代イスラエルの末裔とされるチャン族にもDが多いことから、DとE(あるいは分岐前のハプログループDE)は、古代イスラエル人の重要なハプログループだったに違いないと主張する者もいる。
古代日本にキリスト教が伝わって、日本人に影響を与えたという説もある(唐の時代には景教と呼ばれるネストリウス派キリスト教が伝わっており、可能性はある)。この説を最初に唱えたのは、フランシスコ・ザビエルである。この説が史実だとしても、キリスト教を伝えたのがユダヤ人とは限らない為、日ユ同祖論とは区別されるべきであろう。
仏教勢力、唐勢力の興りによって、日本における原始キリスト教や古代イスラエルの影響があるとされる神道系の人々の歴史は記録から消えてしまったという説。
イエス・キリストは記録のはっきりしない12歳から30歳の間に、仏教と接触していたという説。エジプトまで仏教が布教されていた。イエスがインドを訪れたなどと主張される。詳細は「仏教とキリスト教」を参照
例えば、イエスなど古代ユダヤ人を描写する「黒髪、黒眼、褐色の肌、縮れた髪」などを、古代ユダヤ人が日本人の祖先である証拠のように言いまわす例もあるが、「黒髪、黒眼」は黄色人種の他にも、東方コーカソイド、ネグロイド(黒色人種)、ラテン系コーカソイドなど大半の人種・民族に当てはまり、「褐色の肌、縮れた髪」に至っては多くの黄色人種離れした特徴で、多くの東方コーカソイド、多くのネグロイドに強く当てはまる特徴であるにも関わらず、単に、イエスなど古代ユダヤ人が白色人種(ここでは欧米系白人ではないという意味)ではないという証拠のみを強調して使われてしまったりする事が多い。そもそも太平洋地域に広く分布し、縄文人の身体的特徴と似通っているポリネシア種族について無視されていること自体、学説的に不自然である。ユーラシア大陸を横断し、日本に渡る過程で異種族との混血が発生したとするならば、その地域文明との融合もなくてはならないはずであり、生殖的な融合のみ発生し、極東の日本だけにユダヤ文明がたどり着いたという考えは、民俗学的にも不自然極まりない。つまり、日本へ渡る過程のルート、それぞれの地域で、DNA融合があったというのならば、それぞれの地域でユダヤ同祖説が成り立たなくてはならないこととなる。反論として、例えば「全ての日本人がイスラエル支族の末裔と主張しているわけではなく、日本人の一部に支族の末裔がいると考えられるというだけである」というものがあるが、これが成り立つためには、いずれにせよ異種族との混血が全然起こりえなかったようなルートでユダヤ文明がユーラシア大陸を横断してきたと考える他ないが、これもまた不自然である。
久保有政の著書によれば、 川守田は、ワッショイ = ヴァー・イェシュ・イャー(VA・Ysha'・YH) 来る・救い・ヤハウェ と解したとされている。 久保の著書によれば、エッサ は 持ち運べ の意味だとされているが、久保の別の共著『日本固有文明...』では、エッサ = AshA 持ち上げるぞ の意味ともされている。
祇園祭の掛け声 エンヤラヤー = ANY・AHLL・YH 私は・賛美する・ヤーウェを とする解説が多い。
反論 西安からローマまでシルクロードは約12,000〜13,000kmであり、徒歩で一日にわずか5kmしか移動しなかったとしても8年で移動できる。当時の最強国家であるアッシリアの武器や馬、ラクダなどの移動手段を持てば、10年もあれば(たった一世代のうちに)中東から日本へ移住してくる事は出来るため、混血が発生しなくとも不思議ではない。そして、日本列島内、あるいは経由地において混血が発生して、遺伝子分類において分岐した事も考えられるので不自然では無いと言える。
そもそもユダヤ人10支族については日本以外の地域にも同祖の可能性のある地域は数多く存在しており、「日本に限定して子孫がいる」という論を展開しているわけではない事への認識が欠落している。(開封のユダヤ人) また、ユダヤ文明の影響は神殿や寺院の入り口に獅子を置くなど、中国においても見られる。
身体的類似はその通りであり、「そのためセム語族は白人であるからありえない」という反論の論拠も崩れてしまう矛盾が発生している。そもそも旧約聖書におけるセム、ハム、ヤペテの人種分類とは古代イスラエル人の視点における分類で、エジプト人、シュメール人、アッカド人、カナン人、アラブ人、ヒッタイト、フェニキア人、エラム人、テュルク人、アッシリア人、ギリシャ人、ローマ人や隣接地域にいた民族集団を含まないので、もともと科学的では無い。ポリネシア種族に関しては、DNA分類ではC系統であるとされており、これは中国北部・南部や東南アジアにかけてよく見られるDNAで、日本人に見られるYap因子D系統や中東、オリエント地方に良く見られるE系統に近いものではあるものの、分類上分けられている。