中村勇吉
これらの状況下で幕臣達は「続出する騒乱の黒幕は薩摩藩」との疑いを強くし、将軍の留守を守る淀藩主の老中稲葉正邦はついに武力行使も辞さない強硬手段を決意する。12月24日(1868年1月18日)、庄内藩江戸邸の留守役松平親懐(権十郎)に「薩摩藩邸に賊徒の引渡しを求めた上で、従わなければ討ち入って召し捕らえよ」との命を下す。これらの命を受けて、12月25日未明、庄内藩に加え、上山藩、鯖江藩、岩槻藩の三藩と、庄内藩の支藩である出羽松山藩が薩摩藩三田屋敷を包囲。交渉役の庄内藩士・安倍藤蔵が薩摩藩邸を単身で訪問。藩邸の留守役の篠崎彦十郎を呼び、中村らの浪士を武装を解除した上で一人残らず引き渡すよう通告したが、その場で篠崎は即時引き渡しを拒否。安倍の指示によって、幕府方は薩摩藩邸討入りを決行。篠崎は庄内藩兵に槍で突き殺される。さらに包囲する庄内藩兵たちも砲撃を始め、同時に西門を除く三方から薩摩藩邸に討ち入りを開始。迎え撃つ薩摩藩側も応戦するが、多勢に無勢であり戦闘開始から3時間後、旧幕府側の砲撃や浪士らの放火によって薩摩藩邸はいたるところで延焼し、もはや踏みとどまれる状況ではなかった。当初より脱出を指示されていた中村ら浪士達は、 火災に紛れて藩邸を飛び出し、二十数名が一組となって逃走。(江戸薩摩藩邸の焼討事件)
戊辰戦争後、江戸薩摩藩邸の焼討事件を西郷隆盛と板垣退助は、
中村勇吉、相楽総三、里見某らこそが、戊辰戦争の前哨戦となる事件へ発展した重要人物であったと評している。
土佐藩から身柄を移管された中村勇吉、相楽総三、里見某らは西郷隆盛の意を受けて活動を開始し、三田の薩摩藩邸を根拠地として意思を同じくする討幕、尊皇攘夷思想の浪士を多数招き入れた。彼らは薩摩藩士伊牟田尚平や益満休之助の指示を受け、放火、掠奪、暴行などを繰り返して幕府を挑発した。その行動の指針となったお定め書きにあった攻撃対象は「幕府を助ける商人と諸藩の浪人、志士の活動の妨げになる商人と幕府役人、唐物を扱う商人、金蔵をもつ富商」の四種に及んだ。旧幕府も前橋藩、佐倉藩、壬生藩、庄内藩に「盗賊その他、怪しき風体の者は見掛け次第、必ず召し捕り申すべし。賊が逆らいて、その手に余れば討ち果たすも苦しからず」と厳重に市中の取締りを命じたが、武装集団に対しては十分な取締りとならなかった。庄内藩は旧幕府が上洛のため編成し、その後警護に当たっていた新徴組を借り受け、薩摩藩邸を見張らせた。
左行秀は水戸浪士の隠匿に狼狽し、自らに罪が及ぶのを恐れ、藩邸役人にこの事実を訴えた。江戸役人から慶応3年9月9日(1867年10月6日)、在京の土佐藩重役・寺村左膳にこの事が伝えられた。左膳は山内容堂へ、乾退助が江戸築地の土佐藩邸(中屋敷)に天狗党残党(筑波浪士)を隠匿し、薩摩藩が京都で挙兵した場合、退助らの一党が東国で挙兵する計画を立てている事と、行秀が所有している乾退助が中村勇吉に宛た書簡の写しが証拠として列挙し報告することで退助の失脚を狙った。「この事が容堂公の耳に入れば、退助の命はとても助からないであろう」と言う話を漏れ聞いた清岡公張(半四郎)は、土佐勤王党の一員であった島村寿太郎(武市瑞山の妻・富子の弟で、瑞山の義弟)に乾退助を脱藩させることを提案。島村が退助に面会して脱藩を勧めた。しかし、退助は容堂の御側御用役・西野友保(彦四郎)に対し、水戸浪士を藩邸に隠匿していることは、既に5月22日(薩土討幕の密約締結を報告の際)に自ら容堂公へ申し上げている事であるため、既に覚悟は出来ており御沙汰を俟つのみであると返答している。果たしてこれに対して容堂は「退助は暴激の擧(きょ)多けれど、毫(すこし)も邪心なく私事の爲に動かず、群下(みな)が假令(たとへ)之(これ)を争ふも余(容堂)は彼(退助)を殺すに忍びず」と答えたため事なきを得る。
元治元年6月、幕府は筑波勢追討令を出して常陸国・下野国の諸藩に出兵を命じ、直属の幕府陸軍なども動員した。7月7日に諸藩連合軍と筑波勢との間で戦闘が始まった。筑波勢は機先を制して下妻近くの多宝院で夜襲に成功。しかし、水戸藩内で天狗党参加者の親族に対する報復が始まり、一族の屋敷が放火されたり、家人が投獄、銃殺されるなどの虐殺が行われた。筑波勢の内部では動揺が起こり、筑波勢本隊は水戸に戻り、水戸城下で諸生党と交戦するが敗退。江戸へ向かって進撃した一派も鹿島付近にで幕府軍に敗北した。