機動戦士ガンダム ギレンの野望 ジオン独立戦争記
プレイヤーが複数の部隊によって編成した「軍団」単位で指示を行うシステムとなっている。多数の部隊を一つ一つ操作するのが面倒という声に応えたシステム。軍団長の階級によって部隊数が変動する(大将30部隊、以下中将27、少将24、大佐21、中佐18、少佐15。大尉以下は軍団長に任命できず、軍団長不在の場合は10部隊)。軍団は12まで作成することができる。
多数の部隊を1部隊ずつ扱うという手間は減ったが、敵拠点への侵攻がマップ間移動ではなく、拠点と拠点を結ぶルートを軍団が移動するという形となり、そのルートは同時には1軍団しか侵攻できない(大気圏突入・打ち上げによる侵攻、および自軍拠点間の移動は別)ため、連邦軍特有の物量作戦がとりづらくなった。また、敵拠点への侵攻は「攻略作戦」という作戦を発動してからでないと行えない。この作戦の内容によって、一度に送り込める軍団数が左右される。
なお、プレイヤーは地球圏上空を除く全ての敵拠点を占拠するまで、たとえ隣接していても敵本拠地に進軍できない。一方で、CPU側にはこの制約はない。
戦闘開始時に各軍団ごとに細かく指示を出すことができ、1つの軍団だけ自分で操作して残りの軍団すべてCPUに任せるといったことができる。指示の内容も「攻撃重視」「拠点確保優先」「軍団長に任せる」「平均的に戦う」と多数存在し、選んだ内容によって能力値の補正などが若干変化する。なお、雑誌「電撃PlayStation」で「軍団長に任せる委任だと、各軍団長毎に個性があるのか」という検証をした際、特に目立った違いはなかったという。
また『ジオンの系譜』ではユニット総数が200までと制限されていたが、今回は各軍団の最大配属数+倉庫の部隊(100部隊)まで保有できる。
前作『ジオンの系譜』において連邦軍モードの序盤における難易度が高かったため、本作では序盤に使用する兵器(61式戦車、デプロッグなど)の能力が強化されている。それと対照的に、序盤におけるガンダムの圧倒的な強さがなくなっており、奇しくもガンダム1機が戦争を左右するわけではないことを体現している。
前作『ジオンの系譜』においては、自軍の本拠地が陥落するか、あるいは自軍の総大将(ギレンやレビル)が乗るユニットが戦場で破壊されて戦死するか、という二つの条件で敗北判定が行われた。今作では、後者の判定が無くなったため、ともに高いステータスと階級を誇るギレンやレビルを遠慮なく戦線に投入することが可能となった。この仕様は『アクシズの脅威』にも継承されている。
ただし本作の場合、前述の政策コマンドの関係もあり、本作独自のゲームオーバー条件として「議会内の和平派勢力が停戦協定を結ぶ」というものが存在する。停戦協定の発生については計算式が設定されており、常に交戦派勢力を100%にしていても、二百数十ターン程度で必ず発生してしまう。前作第二部のように延々とゲームを続けられるわけではない。