ジェイソン・アルファロ
この年はランクを1つ上げ、A級のミッドウェスト・リーグのミシガン・バトルキャッツに在籍。ショートのレギュラーとして118試合に出場し、打率.271・5本塁打・50打点・5盗塁という成績を残した。打率はプロ入り以来、最高の数値だった。守備面では、ショートで守備率.954 (21失策) という成績を記録したほか、サードの守りに就く機会もあった。
ブルージェイズ加入初年となる2005年は、AAA級インターナショナルリーグのシラキュース・スカイチーフスで通年を過ごした。打撃面では、マイナーで2年連続2ケタ本塁打となる10本塁打を放ったが、打率は.245と著しく低下してしまった。この年、自身3度目となるピッチャーマウンドを経験した。同年オフ、3年連続で10月15日にFAとなり、11月9日にメジャーデビュー戦の対戦相手だったパイレーツと契約した。