ウィリアム・ペン
加えて、1693年3月にペンシルベニアの領有権も取り上げられて国王直轄地へと変えられ、アイルランドのシャンガリーも没収され苦境に立たされた。宮廷に残っていた友人たちの尽力で1694年8月にペンシルベニア領有権は返還されたが、条件としてペンシルベニアの軍事力保持を突き付けられた。現地のクエーカーが答えを曖昧にして問題先送りにする中で、グリエルマが1694年2月に死去、1696年3月にクエーカーのハンナ・キャローヒル(英語版)と再婚した後に長男スプリンゲットに先立たれる不幸に遭っている。そうした中で著述活動に向けて1693年に『ヨーロッパの現在と未来の平和に向けて』と『孤独の果実』を出版している。
次男ウィリアム(英語版)の結婚とイングランド残留などの処理を済ませた後、ペンは1699年9月にアメリカを15年ぶりにもう一度訪れた。12月に到着したペンシルベニアは発展を遂げ、ペンは行く先々で役人や住民から歓迎を受け、1700年の春にバックス郡のフォールズにあるペンズベリー・マナーで暮らした。フィラデルフィアはこの間、アメリカの全イングランド植民地を連邦化する計画を推し進めた。奴隷制と闘ったとも言われるが、自分が奴隷を所有し取引しているので、そのようなことはなかったようである。しかし、奴隷の処遇を向上させ、他にペンシルベニアのクエーカーが初期の奴隷制反対運動に加わった。
1700年1月に家族の中の唯一の「アメリカ人」として、ハンナとの間に三男ジョン(英語版)が誕生、先立つ1699年11月、イングランドに残った次男のウィリアム夫妻にも孫娘グリエルマ・マリアが誕生した。