安芸門徒
その頃、畿内の情勢も風雲急を告げ、尾張国の戦国大名織田信長が勢力を拡大してきた。その織田信長を封じ込めるべく、越前国の朝倉氏、北近江国浅井氏、南近江国の六角氏、阿波国の三好氏、本願寺らが結んだ(第一次織田信長包囲網)。
これに対して織田信長は各個撃破作戦を展開、元亀元年(1570年)の姉川の戦いで、朝倉・浅井連合軍を撃破した。それに対して、織田信長は石山本願寺の明け渡しを求める等、本願寺にとって受け容れがたい難問を突き付けていた。そのため本願寺の門徒宗も行動を起こし、まずは伊勢長島一向一揆衆が信長に叛旗を翻し、信長の実弟・織田信興を討ち取った。そして顕如は各国の門徒に向け、檄文を発し、織田信長との徹底的な抗戦を訴えた。これが後に石山合戦と呼ばれる10年に及ぶ、織田信長と本願寺との争いの始まりである。
信長は室町将軍足利義昭や朝廷を通じて六角氏や朝倉氏・浅井氏と和睦に持ち込み、第一次織田信長包囲網は頓挫するが、信長と朝倉氏・浅井氏の戦いはまたすぐに再開し、さらに信長との対立が先鋭化した義昭らの画策によって甲斐国の武田氏らが包囲網に加わる(第二次織田信長包囲網)。しかし、元亀4年(1573年)には朝倉氏と浅井氏が滅亡、そして武田信玄が病死。織田信長は足利義昭を追放し、室町幕府を実質的に滅亡に追い込んだ。
第二次織田信長包囲網も壊滅したが、本願寺側は蓮如の時代の石山坊舎を証如が広大な寺域を整備して石山本願寺として完成させ、その寺域は門前町等を含めて、事実上の城域でもあった。その石山本願寺に籠もる本願寺には、各地の門徒衆が石山に支援のために集結し、雑賀孫一率いる雑賀衆の鉄砲隊らも入り、意気軒昂であった。