東大寺大仏殿の戦い
しかし三人衆軍も対応し、堺に向け兵を動かした。更に高屋城にいた三好義継、三好康長軍、池田城にいた池田勝正軍、滝山城を攻囲していた安宅信康軍の一部を加わえ、総勢1万5千兵で松永がいる堺を包囲した。
松永軍6千兵に対し、三人衆軍1万5千兵では自軍の劣勢を認めざるを得ず、久秀は津田宗達と会合衆に仲介を申し出、堺を戦場としない、自らの敗北を認めるという条件で停戦を結ぶことになる。30日に久秀は姿を見せず、久秀の明け渡した堺には代わりに三人衆軍が駐屯し、畠山高政は紀伊に帰国した。なお、この仲介に成功すると津田宗達は間もなく死去した。
劣勢の松永軍に追い討ちを掛けるように大和では、6月8日に筒井軍は筒井城を攻城し、居城の奪還に成功した。また6月14日、篠原長房率いる阿波、讃岐の1万5千兵が兵庫に上陸した。6月24日、三人衆はここに至り、遺言で秘されてあった長慶の死を世間に公表すると、三好氏の新当主に据えた義継を喪主とする葬儀を真観寺で営んだ。ここから三人衆軍の久秀討伐に向けた攻撃が始まる。
上記2ヶ月に亘る軍事行動によって山城、摂津を統治下に置いた三人衆は、新たな征夷大将軍としようと画策する足利義栄を9月23日に越水城へ入城させ、12月7日には普門寺城へ入城させている。