フアン・オビエド
2008年10月31日にマイク・ジェイコブスとのトレードでフロリダ・マーリンズに移籍した。
2009年は、6月に故障者リスト入りしたマット・リンドストロムに代わるクローザーに指名され、26セーブを記録した。
年俸調停の権利を得たヌニェスは、2010年1月に年俸200万ドルで1年契約を結んだ。シーズンでは前年に引き続いてクローザーを任され、自身初の30セーブを達成。奪三振も、初めてイニング数を上回った。
2011年は1年365万ドルで契約延長。チームは最下位に終わったが、自己最多の36セーブを記録した。しかし、防御率や奪三振率(K/9)は前年の水準を下回った。同年オフ、マーリンズは新たなクローザーとしてヒース・ベルを3年2700万ドルで獲得。これにより、一時はノンテンダーFAが濃厚という見方が強まっていたが、2012年1月18日に600万ドルの1年契約で合意した。しかし、9月6日にトミー・ジョン手術を受けた。オフの10月29日にFAとなった。