東日本橋駅
都営浅草線 ■エアポート快特 日本橋駅 (A 13) - 東日本橋駅 (A 15) - 浅草駅 (A 18) ■エアポート快特以外の列車種別 人形町駅 (A 14) - 東日本橋駅 (A 15) - 浅草橋駅 (A 16)
連絡通路を経由して、以下の路線への乗り換えが可能である。
東京都交通局(都営地下鉄) 都営地下鉄新宿線(馬喰横山駅) - 徒歩3分程。同じ都営地下鉄の駅であるが、改札を出て地下通路を歩く必要がある。自動改札機はピンク色のものとオレンジ色のものの2種類が別々に設置されており、このうち後者を利用することで新宿線への乗り換えとして扱われる。なお、定期券やPASMO等のIC乗車券、一日乗車券等はどちらの改札機でも乗り換えが可能となっている。この方式は飯田橋駅なども同様である。
馬喰横山駅・東日本橋方面改札(2020年11月6日撮影)
東日本旅客鉄道(JR東日本) 総武快速線(馬喰町駅) - 徒歩6分程。直接両駅を結ぶ地下通路はなく、前述の馬喰横山駅を経由しての乗り換えとなるため、多少時間がかかる。