鉄道省
相次ぐ鉄道行政の所管変更、監督組織と現業組織の分離による混乱は、1906年の鉄道国有化をきっかけに社会問題となった。このため政府は1908年12月5日、鉄道局と帝国鉄道庁を統合した鉄道院を新設し、再び内閣の直属機関とした(第2次桂内閣)。
初代総裁は後藤新平であり、その下に総裁官房と総務・運輸・建設・計理の4部と鉄道調査所が置かれた。北海道(北海道および青函航路所管・札幌)、東部(東北線所管・上野)、中部(東海道線および中央線所管・新橋)、西部(山陽線・四国および関門・関釜航路所管、神戸)、九州(九州所管・門司)に鉄道管理局が設置され、各地の運輸事務所と保線事務所(その後一時廃止され1913年復活)、工場などを統括した。このほか関東庁および拓殖局とともに南満洲鉄道(満鉄)の監督権も所管し、同社の鉄道事業に関して監督した。
その後数次の官制改正によって、1913年に4部の技術部・運輸局・監督局・経理局への再編、1915年に鉄道管理局区域の一部見直し(東管、中管、西管の局界変更)、1918年に建設局の新設を行った。また1919年5月1日には鉄道管理局の大規模な再編を行い、札幌、仙台、東京、名古屋、神戸、門司の6鉄道管理局が発足した。
なお、1920年3月に、鉄道路線の沿線別に温泉地の所在をまとめた『温泉案内』を初めて編纂して発行した。これ以降、鉄道省に変わってからも『温泉案内』を編纂した。