個体識別
カタツムリやカメでこの方法が使われる。大型哺乳類の場合、ピアスのように耳たぶにつけるのもよく使われる。
ラジオテレメトリー
大型動物の場合、電波発信機をつけるという方法が採られることもある。元来は遠隔操作でデータを送るための装置であったが、この分野ではほぼ個体の特定と、離れていてその所在を知るための装置として使われている。
猫に埋め込まれた個体識別用のマイクロチップマイクロチップを埋め込む。
この分野の進歩によって、ごく小型のものができるようになり、さまざまな場合に使われる。ペットに埋め込むというアイディアがあるが、これもこの例である。
体にデータを書き込む。
動物体の表面に、字が書けるようなスペースがあれば、直接にデータを書き込む手もある。トンボの羽根などはこれが可能である。蝶は羽根が大きいものの、鱗粉があるので字を書くには適さない。例外的なのがマダラチョウで、薄い羽根にマジックで字を書くことができる。これを利用して、アサギマダラの羽根に採集地と採集日、それに採集者の連絡先を記入し、放したことがきっかけで、この蝶が本州と沖縄の間を移動する習性が発見された。
体に傷をつける。
トカゲやカエルでは、指を切ることが行なわれる。それぞれの指に一定の数を当て、各足から一本ないし二本の指を切ることで、四桁の個体識別番号を作れる。この程度の傷は、すぐに治って、その後の生活にも支障はないようである。サルの場合に、毛のはえていない顔面に入れ墨をする方法が使われたことがある。コウチュウ目など、体の硬い昆虫では、その表面に線香で焦がして傷を入れる方法が使われた例もある。