全日本学生自治会総連合の歴史
1999年に上部団体である革労協狭間派の分裂と共に解放派系全学連が革労協現代社派系(主流派)と革労協赤砦社派系(反主流派)の2つに分裂した。これ以後、全日本学生自治会総連合を名乗る団体が5団体存在することとなった。
1999年から分裂に伴う内ゲバにより活動家が大量に逮捕され、九州大学から解放派系の活動家が消滅した。また、明治大学は内ゲバの激化を理由として自治会への便宜供与を停止した。
東北大学有朋寮では廃寮に反対して占拠を続ける学生の寮明け渡し訴訟の上告審が棄却、12月に寮の封鎖が強制執行されその際活動家1人逮捕(最終的に2011年に大学側が勝訴)。
このころ、大学当局による締め付けが強化される中で、通信教育制度を利用した活動家の送り込みに取り組み始めたほか、インターネットを利用したオルグを行い、実際に活動家を獲得しサークル建設などを通じて拠点化を進め始めた。
2007年4月27日、退学処分に対する中核派などのデモ中、全学連活動家の学生ら2名が大学職員への暴行容疑で逮捕された。また同年、九州大学学友会を掌握していた学生活動家が除籍され、影響力が低下。同年法政大学では立て看板撤去の妨害などで少なくとも34人逮捕(この時点でのべ45人)。同年、九州大学学友会が自治会費を私的横領したことが発覚し活動家4人が逮捕、学友会は事実上壊滅した。
2008年5月、法政大学文化連盟を廃止しサークルを登録制にした法政大学に対する抗議集会などを行い全学連活動家ら33人逮捕。
2008年7月、全学連ほか3団体による「3・14法大弾圧を許さない法大生の会」が「法大弾圧ぶっとばせ!7・24全国集会」を開催し、この集会の前後に法政大学敷地への建造物侵入で3人逮捕(この時点でのべ88人逮捕)。
2009年4月24日、東京地裁による「情宣活動禁止等仮処分命令」、大学側による処分発令などに対する中核派らによる抗議集会とデモにおいて、全学連活動家の学生ら6人が公務執行妨害などの容疑で逮捕(集会中に5人、デモ後に警察署前で行われた抗議行動で1人)された。
三派全学連を中心とする部隊が安田講堂を占拠する中、1月18日東大構内に機動隊が投入され、2日間の攻防の末安田講堂封鎖は解除された。時を同じくして日大では、神田カルチェ・ラタン闘争が行われた。個別要求闘争をこえて闘われた大学解体の闘争は全共闘の特徴でもあったが、同時に闘いの展望を失って動揺する性質もあり、この動揺を立て直す論理をノンセクト・ラジカルは持ちえなかった。この間隙をぬって、自然発生的な全共闘運動を、強固な組織性と論理をもった既存新左翼党派が蚕食していった。1969年9月5日、全国全共闘連合(全国全共闘)結成大会が開かれたが、もはや運動的な生命力はなくなっていた。これを以て、全共闘運動は終焉を迎えたとされる。全国全共闘の「全国全共闘宣言」は、矛盾を露呈する全員加盟自治会=ポツダム自治会および戦後民主主義をのりこえたソビエトとして、小ブルジョワ的学園改良運動(ここでは日共のこと)と革命的学生運動(ここでは全学連のこと)への両極化をのりこえ発展させる者としての立場を謳ったが、結局は一年足らずで解散に至ることとなった。ただし全共闘運動の高揚は、それ以前の時点で四分五裂していた全学連と各セクトの命脈を繋ぎ、勢力を拡大させる役割を果たした側面もあった
4月10日には早大細胞が、2・1ゼネスト中止と地域人民闘争をチトー主義的と批判する「早大意見書」を発表した。5月5日、党内の攪乱を企図しているとして日共東京都委員会は「全学連細胞と早大細胞、東大細胞を解散させた。日共中央は6月27日の臨時中央委員会で中央に批判的な学生党員38名を除名、東大教養学部細胞を解体した。全学連はGHQ・政府と日共中央という二つの敵と対峙することとなった。こうしたなかで全学連は、前述のレッドパージ反対闘争に突入した が、党中央はこの闘争を全く評価しなかった。このころ主流派=所感派と反主流派=国際派との党内闘争が激化する中で、所感派にとっては自派に従わない者はすべて「反党分子」であった。学生党員は党上層部とは相対的に独立して行動していたが、党主流に敵対する者とみなされた。このころの全学連グループには武井のほかに力石定一、安東仁兵衛、沖浦和光、戸塚秀夫、高沢寅男、上田耕一郎、不破哲三、土本典昭らが存在した。党中央と全学連との対立は理論・運動の両面で明らかとなり、5月の第4回大会では中央からの「身のまわり主義と地域人民闘争主義」の意見をはねのける姿勢を打ち出した。反党分子とされ除名された学生党員たちは1950年末に反戦学生同盟(AG)を結成し全面講和・反戦・反米運動を行った。このころ、党内ではスパイ査問が激化、全学連でも反中執派の伝裕雄都学連委員長らによる中執派の罷免運動が激化していた。
占領軍と政府による一体となった弾圧と「前衛党の無為無策」によって学生運動は一時沈滞することとなったが、1947年の間に進んだインフレによる授業料の高騰・生活苦に対する値上げ反対闘争から徐々に復活していった。
全国学生自治会連合は1948年4月の全国代表者会議において、「授業料値上げ案撤回・不払い体制の強化・文教予算および育英資金の増額」を決議し、授業料値上げは学生生活を圧迫するのみならず大学教育を富裕層子弟のみのものにしてしまうと総括した。当時は学生の親にはほとんど学費をねん出する余力はなく、学生がアルバイトするにも働き口がないという状況があった。ここから学生運動は「不払い運動」として活発化を見せる。5月25日、関東学生自治会連合は「教育復興宣言」を発表、6月1日には国立大学高専自治会連盟と共催で日比谷公会堂にて教育復興学生蹶起大会が開かれ6千人の学生が討議、教育防衛復興闘争として同盟休校を決議。これをきっかけとして全国官公立大学高等自治会連絡会が結成され、全国の大学に授業料値上げに反対する一斉ストライキ・デモが広がっていった。東京では連日波状デモが行われ、26日からは114校20万人が参加する全国ストライキに突入するなど戦後学生運動史上最大規模に激化した不払い闘争であったが、文部省による交渉打ち切りと国会での予算通過によって学費の3倍値上げを阻止できずに終結した。