マタンゴ
合成機器として、オックスベリー社の最新の光学合成撮影機「オプチカルプリンター1900シリーズ」が、本作品のために購入されている。合成を担当した飯塚定雄によれば、円谷英二は東宝に無理を言って買わせていたといい、本作品以降はオプチカル合成の技術が普及したと述べている。撮影助手を務めていた川北紘一は、同年の映画『大盗賊』で本格的に使用するため、本作品でテストを兼ねていたものと推測している。
ロケは伊豆大島と八丈島で行われたが、マムシが頻繁に出没するうえ、森のシーンではムカデなどが多く、スタッフやキャストを悩ませた。笠井役の土屋嘉男によると、霧の演出のためにスモークを焚いたところ、樹上からいろいろな虫が落ちてきて大騒ぎになったという。
小山役の佐原健二は、『モスラ対ゴジラ』のオーディオコメンタリーで「『マタンゴ』では、いやらしい雰囲気を出すために、ちょうど歯医者に行っていて(奥)歯の治療をしている時に、治療とは違う(前)歯を抜いてしまうことを思いつき、担当医には強く止められたが、役作りの一つとして歯を抜いた」と語っている。また、自著でも「本作品の役作りのために歯を抜いた」と記している。さらには、セットでのリハーサルの際にバケツの水が降り注ぐ中で(抜いた後に)差し歯にした歯を落としてしまい、大変だったとも述べている。こうして、佐原は本作品での演技が評価された結果、本多の勧めにより、翌年の『モスラ対ゴジラ』でも悪役を演じるなど、本作品以降は悪役も演じるようになっている。
後年にみうらじゅんが水野に尋ねたところによれば、彼女がキノコを手に取って妖艶な仕草で美味しさを伝えるシーンは、よく意味がわからないまま監督に何度も駄目出しされたという。
キノコのミニチュアには、開発されたばかりでまだ使用目的の無かった発泡ウレタンが使われた。キノコがみるみるうちに発育していくシーンは、実際に発泡ウレタンが反応して膨れ上がる様子をそのまま使っている。監督の本多猪四郎はこの手法を高く評価しており、試作時に思わず拍手したというほか、後年のインタビューでもこの件を特撮スタッフのアイディアと努力の一例として挙げている。笠井役の土屋嘉男は、撮影までマタンゴの姿を知らずセットで初めて見たが、着ぐるみはヨチヨチ歩きでセットも『白雪姫』のような雰囲気であったため、笑ってしまったという。麻美役の水野久美も最初は笑っていたが、だんだん不気味になっていき、特に天本英世のメイクが怖かったと述懐している。土屋も、撮影時はリアルな怪物を想像していたが、映画全体として見れば気が狂った人々が見た非現実的な描写としては良かったとも述べている。
キャストが食べる劇中のキノコは、米粉をキノコ形に練った和菓子素材の蒸し菓子を、食紅などでピンク色に着色したもの(「新粉細工」と呼ばれるもの)である。菓子は成城凮月堂が映画用に作っており、毎朝撮影所に蒸したてが届けられた。しかし、そのままでは味気なかったため、土屋の提案で砂糖を加えて食べやすくしたところ大変好評で、水野は特に気に入って食べていたといい、スタッフたちも撮影の合間につまみ食いをしていたという。土屋は上品な甘さであったと証言しており、村井役の久保明も本当においしかったと述懐している。