2018年に発覚した医学部不正入試問題
2019年3月4日、「第三者委員会」は追加調査報告書を公表した。2018年当時の学長が受験生側と「合格発表前に寄付金についてやりとりしていた疑いが強い」と認定した。文部科学省は大学入試において、入学前に受験生側に寄付の募集をしたり、約束をしたりすることを通達で禁じている。対象は10人の学生で、10人の寄付額は入学初年度末までに3千万~300万円、合計で1億4100万円であり、7人が優遇を受けていた。また、当時の学長と親との受験生の親と寄付についてやり取りしたメールが残っていたおり、親が入試前の寄付を打診し、当時の学長は「今年あたりから300万程度しておいて入学したらドカンと追加してください」と返信し、親は1週間後に300万円の寄付をしていた。入学者全体の寄付額では、優遇を受けた一部の受験生の平均額が、その他の受験生より大幅に高く、「第三者委員会」は「寄付金状況と(特定の受験生を優遇する)個別調整の疑わしき関係性」と表現し、合格依頼と寄付についての「暗黙の了解」がうかがえるとした。
2019年3月26日、大学の教育状況などをチェックする認証評価機関の「大学基準協会」が「公正かつ適切な学生の受け入れが実施されているとはいえない」として、東京医科大学を協会の基準に「適合」するとしたが2017年の評価を取り消し、「不適合」に変更したと発表した。2004年に大学などの認証評価制度が始まって以来、「適合」の評価が取り消されて「不適合」になるのは初めてとなる。
2021年度入試で初めて女子の合格率が男子の合格率を上回った(女子13.60%、男子13.51%)事を受け、全国医学部長病院長会議に改めて公正な入試の徹底を求めた。
2018年12月12日、緊急記者会見を開き、2016年~2018年の3年間で一般入学試験の追加合格者を出した際、卒業生の親族計18人を優遇する不適切な運用があったと発表した。大学側がどうやって卒業生の親族を判別していたのかついては、医学部同窓会作成のリストの存在を明らかにした。医学部卒業生は親族が受験をする場合、非公式な形で同窓会にその旨を伝え、これを同窓会がリストし、医学部側に伝えていた。リストの人数は平均20人程度であった。医学部長(当時)は、「通常の方法ではないと思った」と述べ、不適切な選抜方法であったことを認める一方で、「裏口入学」ではないかとの記者からの質問に対し、「裏口入学の定義が定まっているかどうかはわからないが、私どもは誰も考えていない」と述べた。不正の影響で不合格になった2018年、2017年の学生10人に対して追加合格とし、2019年の入学を認めるとした。
2018年12月13日、2016年の追加合格者の人数を8人→2人に訂正発表し、2016年~2018年の医学部一般入試で追加合格を出す際、優先的に合格させていた医学部卒業生の子どもの人数を当初公表の計18人から計12人に訂正すると発表した。
2018年10月16日、緊急記者会見を開き、性別や浪人の回数、内部進学、地域枠など、様々な属性を持つ受験生の入試での公平性の担保について検討していくと表明。その一方で、東京女子医科大学が女性のみに入学を許可していることが社会的に認められていることを引用し、目指すのは「イーブンではなく、フェアな試験規定」としている。
2018年11月16日、記者会見を開き、「大学医学部入学試験制度に関する規範」を公表した。どんな入試枠であっても、性差で一律的に判定基準に差異を設ける事例は「不適切」であるとした。また、多浪についても一律的な差異は「不適切」だが、例えば地域枠では「各地域の状況を勘案し、社会に説明可能な範囲で入試要項に記載すれば実施可能」とした。一方で、内部進学枠、同窓生子弟枠、推薦入試枠、学士編入枠、帰国子女枠の設定については容認。ただ、実施にあたっては、選抜方法や試験内容を入試要項に明記することを求めた。
弁護士65人からなり、2018年10月24日に文部科学省で会見を行い、入試結果の公表や慰謝料の支払いを東京医科大学に求めることを明らかにした。11月20日、不適切な入試を行った大学名の公表を求める柴山文部科学相(当時)あての要望書を提出した。
2019年3月22日、東京医科大学に対して、成績の開示や慰謝料などを求める集団訴訟を起こしたことを明らかにした。原告になるのは2006年~2018年度に受験した女性33人。原告の属性は大半が関東圏に暮らす20代の女性で、約半数が現在は他大学の医学部に所属しており、中には、最大で7年度にわたって東京医科大を受験した原告もいた。訴状では、東京医大が性別によって受験者を差別し、一律に減点する不公平な入試手続きをとっていたにもかかわらず、そのことを隠し、「公平公正に選抜してもらえると誤信させた」と主張。その結果、不公平な入学試験を受験させられたとして、1年度につき1人200万円の慰謝料を請求し、2017年度と2018年度の受験者の中には、不正な得点操作さえなければ合格していたと判定された原告も2人おり、これらに関しては不当に不合格にされたことに対する慰謝料500万円を求めた。