嘉手納飛行場
2000年3月27日、沖縄市、石川市、具志川市、北谷町、嘉手納町、読谷村の原告5,544人が、那覇地方裁判所沖縄支部に提訴。日本国政府に加え、アメリカ合衆国連邦政府も被告とする。予備的に、国に対し、地位協定に基づく合同委員会において外交交渉義務があることの確認を請求。約56億円の支払いを命じた2009年の二審判決が確定。
沖縄周辺の空域の航空管制については、沖縄の施政権返還後も、「日本国政府がこれらの飛行場へのレーダー進入管制業務を提供できるまでの暫定期間中、これらの飛行場に対する進入管制業務を行う」として、当飛行場設置の沖縄進入管制区("Okinawa Approach Control"、通称「嘉手納ラプコン」。当飛行場の上空約6000m・半径約90km、および久米島上空約1500m・半径約55kmの空域。ただし、当飛行場および那覇飛行場、普天間飛行場の各管制圏を除く。)の管制官が担当してきた。
2000年3月16日にコーエン米国防長官(当時)が当管制区の日本への移管方針を表明し、2004年12月10日の日米合同委員会にて3年後(2007年度)をめどに日本への移管が決定され、同12月15日から国土交通省所属の航空管制官の訓練が開始された。もっとも、管制方式の違いを主因として管制官の訓練に時間を要したことにより移管は遅れた。
2010年同3月31日午前0時(日本時)に移管されることが決定された。現在は国土交通省所管の那覇進入管制区(当飛行場の上空約6000m・半径約90km、および久米島上空約4900m・半径約55kmの空域。ただし、当飛行場および那覇飛行場、普天間飛行場の各管制圏を除く。)となっている。
2013年、嘉手納ラプコン返還後も、那覇ターミナル管制所で米軍関係者が管制業務に携わり続け、米軍の飛行のための「アライバル・セクター」という空域が存在していることが分かった。米軍機が普天間飛行場や嘉手納基地に着陸する際、米軍関係者の退役軍人が那覇ターミナル管制所で管制業務を実施する。また米軍の訓練実施のため「アルトラブ」と呼ばれる一時的な空域制限も年間千回近く発生していることを明らかにした。
1996年、日米特別行動委員会(SACO)最終終報告で、嘉手納の住宅密集地に隣接する「海軍航空機の運用及び支援施設」を南側に移転することが掲げられ、日米合同委員会は2009年2月、海軍駐機場の移転に合意、2011年に工事開始し、2017年1月に新駐機場工事が完了。工事費と移転費用約157億円は日本政府が負担した。しかし、今度は新駐機場ばかりか旧駐機場にも他の基地から飛来した外来機を駐機させるという問題が継続しておこるようになり、負担軽減を唱えながらも、実質的な負担増加の実体に県民の不信感を招いた。市町村や県の幾多の申し入れに、米軍は場所を間違えた、部隊関係者と齟齬があった、などと釈明しながらもまたしても旧駐機場を使用し、騒音や悪臭問題を引き起こした。2020年1月10日、日米合同委員会は旧海軍駐機場にある建物を解体することで合意したが、どれほど効果があるのか不透明のままである。