平戸島
また1599年(慶長4年)には、平戸藩初代藩主となる松浦鎮信によって最初の平戸城築城が始まった。
1609年(慶長14年)にオランダ商館、1613年(同18年)にウィリアム・アダムス(三浦按針)によってイギリス商館が設立された。しかしその後の鎖国政策によって1623年(元和9年)にイギリス商館閉鎖、オランダ商館も1641年(寛永18年)に長崎の出島へ移転して、平戸港における南蛮貿易は終わった。以後の平戸港は平戸藩の城下町として栄えた。
1889年(明治22年)の町村制度施行で、島内には1町7村が置かれた。その後1925年(大正14年)の平戸町・平戸村の合併で1町6村、1955年(昭和30年)に平戸市1市体制となり、2005年(平成17年)に周辺町村との合併で新市制の平戸市となった。
多くの史跡・文化財、および豊かな自然から、1955年(昭和30年)に周辺地域とともに西海国立公園に指定され、島の24%が国立公園の範囲内となった。また、交通ではかつては対岸の平戸口桟橋(旧北松浦郡田平町)からのフェリー航路に頼っていたが、1977年(昭和52年)に平戸大橋が開通し、九州本土との交通が便利になった。
旧石器時代からの遺跡があり、1950年に発掘された根獅子遺跡では弥生中期の女性人骨が発見されており(後述書 p.149)、この人骨が考古学的に注目されるのは、抜歯され、頭骨に鏃が食い込んでおり、弥生時代において女性が戦に参加して、それも戦闘集団の中で統率者的立場の女長とみられる点にある。
平戸島は遣隋使・遣唐使・遣新羅使の頃から寄港地として利用され、海外との重要な交通拠点となっていた。平安期には「ひら」「ひらのしま」と呼ばれていて、「ひら」には「比良」「庇羅」「飛鸞」などの字が当てられた。肥前国と庇羅の島の間の瀬戸が「ひらのと」と呼ばれ、これに因んで鎌倉時代から「平戸島」と呼ぶようになった。平安期以降は松浦党の本拠地となり、八幡(ばはん : 倭寇を含む海賊)も活動した。
鎌倉時代中期、大陸に大勢力を築いていたモンゴル帝国(大元ウルス)により二度に亘り、日本は侵攻を受けた(元寇)。一度目の侵攻の文永の役では、平戸島も元軍の襲来を受けたが、博多湾から上陸した元軍は、日本側の激しい抵抗を受け撤退する。
続く二度目の侵攻である弘安の役では、元軍は朝鮮半島から進発したモンゴル兵、女真兵、高麗兵などから成る東路軍と旧南宋領から進発した旧南宋・漢兵などからなる江南軍の二方向から日本に侵攻した。
南北32km・東西最大幅約10kmの島で、北東-南西方向に細長い形をしている。北端の田の浦から南端の宮ノ浦までの道のりは約45kmあり、車で1時間前後かかる。東側は平戸瀬戸を挟んで九州本土に面する。平戸瀬戸の最も狭い部分は約570mで、ここは1977年(昭和52年)に平戸大橋が開通した。
周囲の有人島は、北約3km沖に度島(たくしま)、北約7km沖に的山大島(あづちおおしま)、北西1km沖に生月島(いきつきしま)、南西300m沖に高島がある。生月島との間には1991年(平成3年)に生月大橋が完成した。度島と的山大島は平戸港から、高島は宮ノ浦漁港からそれぞれ船の便がある。その他にも黒子島、中江ノ島、阿値賀島、尾上島など周辺各地に無人島がある。