上越市立水族博物館
ゴマフアザラシ
最年長のジョーが「立つアザラシ」としてテレビなどで紹介されていた。
マゼランペンギン
2018年6月28日現在で118羽、2019年10月現在で124羽を飼育。この種の飼育数では世界一(2019年10月現在)。繁殖も盛んで、旧水族博物館時代では平均年7羽、2019年の繁殖期には18羽が新たに誕生した。東京スカイツリータウンのすみだ水族館の開館にあたって旧水族博物館時代に10羽を提供している。
ハンドウイルカ
指定管理先の株式会社横浜八景島から移送した4頭のハンドウイルカ。2018年8月、2019年3月にそれぞれ1頭が死亡し、2020年6月現在は2頭。
シロイルカ
同じく指定管理先の株式会社横浜八景島から移送した2頭のシロイルカ。新潟県内では初、日本国内では(開館時)5館目の飼育。2020年5月に1頭、7月に1頭が死亡し、2020年7月3日以降は展示なし。