ロバート・フィッツロイ
しかしフィッツロイは汚名を着せられなかった。1848年9月にイギリスに戻るとウーリッジの造船所の本部長に任命された。1849年3月にはフリゲート艦アロガント号の艦長に任命された。1851年に不健康のため現役を退き、同年ダーウィンを含む13人の推薦によりロンドン王立協会の会員に選ばれた。フランシス・ボーフォートのもとで、王立協会会長の推薦によって気象データ収集のための新設された部門、商務省の気象局長に選ばれた。これは現代のイギリス気象庁の前身にあたる。
フィッツロイは船の船長が情報を集めて報告できるように器具を手配した。彼は何種類もの気圧計(フィッツロイ・バロメータ)を設計して配布し、それぞれの港に設置された。20世紀においても気圧計にはフィッツロイの特徴的な見解が彫刻された。「上昇したとき:冬に気圧計が上昇すれば霧の前兆である。」
1859年に蒸気クリッパー、ロイヤルチャーター号を沈めた大嵐(Royal Charter Gale)はフィッツロイに暴風警報(storm warning)の必要性を感じさせた。イギリス学術協会の依頼で彼は1860年6月6日に政府から認可を受けて暴風警報センターを設置した。彼は国内13地点の気象観測結果を電報で集めて、その現状を分析して暴風警報の発表を開始した。
『種の起源』が出版されたとき、フィッツロイは明らかに裏切られたと感じ、理論の発展のために自分が果たした役割を考えて罪の意識にさいなまれた。嵐に関する報告のために1860年6月30日に行われたオックスフォードの英国学術会議に出席し、ウィルバーフォース司教がダーウィンを非難するのを聞いた。議論の間(ハクスリーとフッカーが反論を始める前)、フィッツロイは立ち上がり、聖書を掲げて観衆に「人よりも神を信じるよう懇願した」。種の起源は彼に「激しい苦痛」を与えたと言い、観衆は黙って座るようののしった。