日印関係
インドを訪問したことが年代とともにはっきりした日本出身の人物は、最初の日本人キリスト教徒として知られるヤジロウ(アンジロー)である。ヤジロウはマラッカでフランシスコ・ザビエルに出会い、1548年にゴアで洗礼を受けた。1549年、ザビエルやヤジロウらは日本に上陸してキリスト教の布教にあたるが、ザビエル一行の中にはインド人のアマドールがいた。日本人は当初宣教師たちを「天竺人」と認識し(やや遅れて「南蛮人」という認識が広がる)、キリスト教を仏教の一派「天竺宗」と見なした。日本に来航したヨーロッパ船には、ヨーロッパ人以外にもインド人を含むさまざまなルーツを持つ乗員(ヨーロッパでは「ラスカー」Lascar とも総称される)が含まれており、日本では肌の色の濃い人々は大雑把に「黒坊」と呼ばれていた。ルイス・フロイスの『日本史』によれば、1584年の有馬・島津連合軍と竜造寺軍の戦い(沖田畷の戦い参照)に際し、「(アフリカの)カフル人」1人と「マラバル人」(インド人)1人が有馬晴信の軍勢に参加して砲手として活躍したという。
キリスト教徒の迫害が始まると、日本の多くのキリスト教徒はマカオやバタヴィアなど国外に逃れたが、その一部はゴアに逃れた。17世紀の初めの時点で、ゴアには日本人の貿易商や、ポルトガル船で輸送されてきた日本人奴隷によるコミュニティーがあった。
インドと日本はインドの独立運動の間も深く結びついていた。同盟は日本の牟田口廉也中将と東條英機陸軍大臣、イギリスからのインドの独立運動に献身していた闘争運動である自由インド仮政府とインド国民軍を率いるスバス・チャンドラ・ボースとの会談から生まれた。インド国民軍は、主に日本軍がシンガポール陥落時に捕えた英印軍の捕虜と日本の戦争に加わることを決意した東南アジアのインド人から構成されていた。ボースはインド国民軍がインドでのあらゆる作戦に参加することを切望し、牟田口など数人の日本人が予想していたように、英領インドの崩壊と独立運動の勝利を確信していた。日本にとって彼らの西側の国境線がより友好的な政府によって管理されるという考えは魅力的なものだった。日本のアジア膨張はアジア人によるアジアの政府を支援する努力の一環であり、西洋の植民地主義と対決するものであるというアイデアもまた日本と一致していた。
日本政府はインドの独立闘争の間もインド国民軍とインド独立連盟に対する広範囲にわたる支援を拡大した。
日本の江戸時代半ばには、西洋を経由した現実的なインド情報も伝えられ、18世紀前半に著された西川如見『華夷通商考』や新井白石『西洋紀聞』『采覧異言』などの書籍は、三国世界観による「天竺」イメージを引き継ぎながらも「応帝亜(インデア)」や「莫臥爾(モウル)」を紹介した。18世紀初頭になると山村才助が『訂正増訳采覧異言』『印度亜志』を著し、蘭学者として収集したインド情報を記している。国名として挙げられる「モウル」はムガル帝国を指すと理解されている。
長崎の異国通詞の中には「モウル通詞」が設けられていた。これに関連して、17世紀後半には「モウル人」の乗った暹羅(シャム)船が来航した、あるいは「モウル人」の船員たちがオランダ船に乗ってシャムに渡ったとする記事が長崎の記録に散見されるが、この場合の「モウル人」はムスリムと解される。通詞たちが編纂した語彙・会話集『訳詞長短話』に見られる「モウル語」は、ムガル帝国の公用語として文書に用いられていたペルシア語であり、若干のヒンディー語・マレー語語彙なども含まれる。
釈迦ゆかりの「祇園精舎」は『平家物語』の著名な冒頭にも盛り込まれ、祇園精舎の守護神と認識された「牛頭天王」を日本神話のスサノオと重ね合わせて信仰対象とする祇園信仰も生まれた。 「三昧」(サマーディ)、「業」(カルマン)、「檀那」(ダーナ)など、インドに由来する概念も多い。
インドの古典言語であるサンスクリット(梵語)や、それを表記する文字である悉曇文字(シッダマートリカー、いわゆる梵字)も、仏教を介して日本で普及した。悉曇文字は古代インドのブラーフミー文字・グプタ文字から派生した文字が仏教伝播と共に伝わったもので、日本には天平年間に伝わった。インドではサンスクリットの表記にデーヴァナーガリーが用いられるようになって廃れたが、悉曇文字と密教が結びついた日本では守護札・塔婆・石塔・護符などの用途で現代も模倣されている。日本の鳥居は、インドの寺院の入り口にあるトーラナと関係があるという説もあるが、さまざまにある諸説の一つであって確証されているわけではない。
仏教と仏教に密接に結び付いたインド文化は日本文化に大きな影響を与え、それは今日でも感じられ、両国の自然観の親和に結び付いた。さらに、仏教の影響が普遍的にみられる両国の社会は、現在の世界の他の国においては一神教が多いのとは対照的で、アニミズムの宗教である神道と同様、ヒンドゥー教にもアニミズムの要素がみられる。