般若寺
その後、延徳2年(1490年)の火災、永禄10年(1567年)東大寺大仏殿の戦いでの兵火によって主要伽藍を焼失した。延徳の火災では前述の叡尊によって供養された文殊菩薩像も焼失している。
明治初期の廃仏毀釈でも甚大な被害を受けた。近代に入ってからは寺は荒れ果て、無住となって、本山の西大寺が管理していた時代もあったが、第二次世界大戦後になって諸堂の修理が行われ、境内が整備されている。なお、般若寺の客殿は実業家畠山一清によって東京都港区白金台に移築され、第二次世界大戦後は料亭「般若苑」として営業していた(現在は廃業)。
楼門
十三重石塔(附:旧石造相輪、旧銅製相輪)
経蔵
銅造薬師如来立像 - 奈良時代末から平安時代初期の作。奈良国立博物館に寄託。
木造文殊菩薩騎獅像 - 本尊で本堂安置。元亨4年(1324年)、絵仏師・文観房弘真が発願・監修し、実制作は興福寺大仏師の康俊と小仏師の康成の作。もとは経蔵に安置されていた。般若寺の鎌倉再興期に叡尊が造立した文殊菩薩像が延徳2年(1490年)の火災で焼失したため、代わりに本尊とされたものである。
木造寺門扁額 - 嵯峨天皇の宸筆とされる。奈良国立博物館に寄託。
厨子入舎利塔 - 奈良国立博物館に寄託。
紙本墨書叡尊願文 - 東京国立博物館に寄託。
笠塔婆 2基 - 十三重石塔を建てた伊行末の息子・伊行吉によって建立された石塔婆。現在、本堂手前右側にあるが、当初は寺外の墓地の入口にあった。「考古資料」として重要文化財に指定されている。
石造十三重塔内納置品 一括 - 1964年(昭和39年)から翌年にかけての十三重石塔解体修理の際に塔内から取り出されたもの。奈良時代の銅造如来立像をはじめ、小仏像、舎利塔、宋版法華経などがある(明細は後出)。