JR東日本ホテルメッツ
これ以降、関東地方のホテルメッツは同社が店舗運営を行っている。
このうち「ホテルメッツ田端」(田端駅北口近く)については1998年(平成10年)2月1日の開業当初、日本貨物鉄道(JR貨物)の子会社「ジェイアールエフ・ホテル」がFC契約を結び運営していた。これは同社の田端操駅(現在の田端信号場駅)に隣接する敷地を活用してJR貨物が建設し、JR東日本ホテルズのフランチャイズとして運営を行っていたものだが、2012年(平成24年)7月1日付で日本ホテルに移管され、以後は経営・運営ともJR東日本グループが行っている(詳細は「JRホテルグループ#JR貨物」を参照)。
関東地方を除くJR東日本管内各地のホテルメッツは、JR東日本グループの地域子会社が運営している。なお、JR東日本エリア以外の地域で初出店となる、2019年(平成31年)2月1日開業の「JR東日本ホテルメッツ札幌」は、高宮学園グループがホテルの不動産を建設・所有し、日本ホテルが運営を行っている。
JR東日本ホテルズが展開するシティホテルのブランド「メトロポリタンホテルズ」の宿泊特化型ホテル版として、1994年(平成6年)5月24日に1号店の「ホテルメッツ久米川」が西武新宿線の久米川駅南口近くに開業。続いて同年7月11日に2号店の「ホテルメッツ武蔵境」が中央線・西武多摩川線の武蔵境駅南口駅前に開業し、主に首都圏をはじめ関東地方各地で店舗展開を進めた。
ホテルメッツは駅ビル会社である国分寺ターミナルビル(現在のJR東京西駅ビル開発)が、流通業を取り巻く環境の変化にあってホテル業に新規参入することによって経営基盤の拡充に資することを目的とした。「駅に近い宿泊特化型のホテル」として、シティホテル並みのサービスと居住性の高い客室を低価格で提供することを目指しており、30代から40代のビジネスマンをメインターゲットとして駅から至近の地に出店している。これは駅ビル開発の一環や、駅敷地の遊休地の利活用なども見込んだものである。
1996年に池袋ターミナルビルによって「ホテルメッツ浦和」、1997年に水戸サービス開発によって「ホテルメッツ水戸」、1998年にはJR貨物グループのフランチャイズ運営による「ホテルメッツ田端」が開業。1999年(平成11年)4月には、JR東日本関連事業部内にホテルメッツチェーン本部を設置し、ブランド力による集客力の向上、スケールメリットによる効率経営を目指すためチェーンオペレーションを開始した。そして久米川・武蔵境・国分寺の3ホテルが好調に推移したことを踏まえ、JR東日本管内の地方都市でも新規出店を進め、同年7月20日開業の「ホテルメッツ北上」(北上駅西口駅前)、7月21日開業の「ホテルメッツ長岡」(長岡駅東口駅前)を皮切りに、主に新幹線の停車駅を中心に出店。