国鉄労働組合
しかしその後もJR東日本は、組合バッジは就業規則違反であるとの姿勢を変えなかった。同様の救済命令は他に3度出されたが、JR東日本はいずれも徹底係争し、また判決を事実上無視した。JR他社も同様で、こうした経営側の姿勢を受け、国労本部は国労バッジ着用の奨励を止めた。 その結果、2007年(平成19年)現在で、JR東日本で国労バッジを付け続けた組合員は一人だけとなっていた。この組合員も、服装整正違反を理由に勤務停止および減給処分を受け、また定年退職後のエルダー社員制度(定年退職者再雇用制度)の適用は受けられないと告げられた。そこでこの組合員は神奈川県地労委に救済を申し立て、2010年(平成22年)1月26日、神奈川県地労委はJR東日本の不当労働行為を認定し、救済命令を出した。ただし、組合員の謝罪文要求は却下した。その結果組合員は、定年後再雇用となったが、JR東日本は中労委に異議申し立てを行った。この間に、組合員は交通事故で死去し、その未亡人が訴訟を引き継いだ。2011年1月12日の中労委決定では、就業規則違反を理由として処分を行うことは「不相当であるとはいえない」とした。一方で、違反の程度に比べて処分は重く、就業規則違反に藉口して国労内少数派を嫌悪したことが真の意図であると認定し、不当労働行為は成立するとしてJR東日本の異議申し立てを退けた。
鉄建公団訴訟について原告を支援することになった。
2008年には、東京地裁で1月23日に全動労組合員による鉄運機構への損害賠償請求事件、3月13日には国労組合員による解雇無効・損害賠償事件の判決が相次いで出された。前者の判決(佐村浩之裁判長)では、不当労働行為の一部を認め、国鉄民営化時、遅くとも1990年の清算事業団解雇時を時効の起点として、消滅時効(このケースでは3年間)を主張した被告の見解に対しては、2003年の最高裁判決を時効の起点としてこれを退けた。その結果、原告1人あたり500万円の賠償金に加え、弁護士費用と遅延分の利息を支払うよう鉄運機構に命じた。しかし、JRへの不採用については、JRに採用されること自体については、権利や法的利益は何もないという判断を示した。一方、後者の判決(中西茂裁判長)では、消滅時効についての被告の見解を支持し、原告の全面敗訴となった。また、清算事業団からの解雇も有効とした。組合差別の有無への判断は示さなかった。
一方、3月27日のJR貨物との和解により、JR各社との紛争は採用問題のみになった(#JR以降と政府・経営側の評価参照)。国労の高橋伸二委員長は「政治解決の中で求めている雇用の確保ではJR各社に協力してもらわなければならず、各社との和解でその環境が整った」とコメントした。しかし、JR各社は「JRに法的責任は無し」との2003年最高裁の判断から雇用確保は拒否している。
2008年に国鉄労働組合が開催した集会では、民主党の鳩山由紀夫幹事長らが連帯のため参加し、「雇用・年金・解決金」の問題を解決することを約束した。