炭素固定
古細菌(メタン菌)と細菌(アセトジェンなど)ではメチル経路に違いがある。メタン菌では、CO2はメタノフランに結合してアルデヒド基となるのに対して(ホルミル・メタノフラン脱水素酵素)、アセトジェンではCO2はNADPHを利用してギ酸となる(ギ酸脱水素酵素)。いずれの場合も、CO2は最終的にテトラヒドロプテリンに付加されたメチル基の形で取り込まれる。もう一つのCO2は、二機能性の一酸化炭素脱水素酵素/アセチルCoA合成酵素(CODH/ACS)によってCOに還元された後、同じ酵素がCOと上述のメチル基をCoAに合体させることでアセチルCoAを生成する。細菌と古細菌の間で保存されているのはCODH/ACSのみ(カルボニル経路)である。
還元的アセチルCoA回路は逆向きにも進行する。例えば、メタン菌は酢酸をメチル基とCOに分解し、メチル基はメタンに還元する一方、COはCO2に酸化する。また、硫酸還元菌は硫酸の還元に並行して酢酸をCO2とH2にまで酸化する。