鞭毛虫
現在でこそ「鞭毛虫類」は人為分類群である事が一般に認知されているが、古くは二界説における原生動物門や、三界説や五界説で言う原生生物界の中に設置され、自然分類群であるかのように扱われてきた。鞭毛虫類は「鞭毛で運動する単細胞生物」である事を分類形質とし、該当する生物全てをまとめた群であった。従って、単細胞又は群体を形成する生物で、一本以上の鞭毛を備えるものは悉く鞭毛虫類に含まれた。鞭毛虫類の内部分類としては、葉緑体を持つ有色鞭毛虫(=植物性鞭毛虫、藻鞭毛虫、鞭毛藻)類と、持たない無色鞭毛虫(=動物性鞭毛虫)類とに区分された。分子系統分類という手法が存在しなかった当時、分類形質たり得る形態情報が著しく限定される単細胞生物にあって、鞭毛や色素体という明瞭な細胞構造は格好の分類基準であった。
一方アメーバ様の生物に対しては、鞭毛虫類と対比させる形で根足虫類という群が設立され、仮足を持つもの、変形運動を行うものはここに集められた。しかしながら、アメーバ様の特徴を備えながらも鞭毛を持つ生物も多く存在し、それらは「有鞭根足虫類」などと呼ばれたり、或いは鞭毛虫と根足虫をまとめて「肉質鞭毛虫類」なる分類群が設けられるなどした為、鞭毛虫類を取り巻く分類体系は混乱を極めた。
前述の通り、有色鞭毛虫類は分類体系の上で二重戸籍を持っていた。例えばボルボックスは「日本淡水生物学」において緑藻植物門のボルボックス目と、原生動物門鞭毛虫類の藻鞭毛虫目とでそれぞれ解説されている。これはもちろん異様なことであり、現在では前者の判断が認められている。つまり鞭毛虫は分類群としては成立しない。しかしながら、運動性で鞭毛を持つ単細胞生物を鞭毛虫としてまとめるのは、人為的ではあるが便利な分類であるから、この類型を使った書籍は現在も見ることがある。参考文献を元に、以下にかつての鞭毛虫類の分類体系の例を挙げる。各群の最後尾のカッコの中は独立群とした場合の名称である。
有色鞭毛虫綱 Chromonadea
黄緑鞭毛虫目 Chrysomonadida:Mallomonas(ミノヒゲムシ)・Synura(モトヨセヒゲムシ)・Dinobryon(サヤツナギ)・Distephanus(シリカヒゲムシ):(→黄金色藻類)・Rhizochrysis(アメーバモドキ):(→黄緑藻類)
鱗鞭毛虫目 Coccolithophorida:Coccolithus・Syracophaera(ココリソヒゲムシ)(→ハプト藻類)
暗色鞭毛虫目 Cryptomonadida:Cryptomonas・Chilomonas(→クリプト藻類)
渦鞭毛虫目 Dinoflagellida:Noctiluca(ヤコウチュウ)・Peridinium(ウミウズオビムシ)・Ceratium(ツノオビムシ):(→渦鞭毛藻類)