妙心寺
妙心寺の塔頭は40数箇院に及ぶ。妙心寺の塔頭や末寺は龍泉派、東海派、霊雲派、聖澤派の4系統に分かれており、これを「四派」と呼ぶ。この四派は妙心寺六祖雪江宗深の法嗣である景川宗隆(龍泉派)、悟渓宗頓(東海派)、特芳禅傑(霊雲派)、東陽英朝(聖澤派)の4名を派祖とする。そして、これら4名にゆかりの塔頭、すなわち龍泉庵、東海庵、霊雲院、聖沢院を四本庵と称する。
また、「歴史」の節で述べた六祖ゆかりの塔頭を「六祖道場」と称する。授翁宗弼の塔所である天授院、無因宗因が開いた退蔵院、日峰宗舜が開いた養源院、雪江宗深が開いた衡梅院などがこれにあたる。玉鳳院は開山塔所ならびに花園法皇塔所として別格の存在であり、塔頭でなく諸堂伽藍として扱われる場合もある。
塔頭の数については資料により小差がある。妙心寺の公式サイトは塔頭を46か院とするが、荻須純道編著『妙心寺』(1977年刊)は、同年現在の塔頭は47か院、うち山内塔頭37か院とする。2009年(平成21年)に東京国立博物館等で開催された特別展「妙心寺」の図録には塔頭として48か院を挙げている。以下の一覧には、特別展「妙心寺」の図録にある48か院を列挙する。
重要文化財として瀟湘八景図、孝明天皇宸翰徽号勅書、十六羅漢図、花鳥図を所蔵する。本堂、庫裏、鐘楼、書院及び表門が京都府指定有形文化財となっている。
玉鳳院 - 花園天皇の離宮跡に建つ。関山慧玄像を祀る開山堂(別名:微笑庵、重要文化財)は室町時代の建築。庭園は史跡・名勝に指定。四派のいずれにも属さず各塔頭の住持が法事を行う。豊臣秀吉の子・豊臣鶴松(棄丸)の御霊屋「祥雲院殿」がある。
東林院 - 開基は山名豊国で妙心寺51世直指宗諤。弘治2年(1556年)に建立された。枯山水庭園、水琴窟が見られる。ナツツバキ(沙羅双樹)の花が咲く時期の特別公開で知られる。霊雲派に属する。
大心院 - 開基細川政元、勧請開山景川宗隆として創建。創建年次は諸説ある。もともと山外にあったが移された。龍泉派に属する。
雑華院 - 開基牧村利貞が弟で妙心寺79世一宙東黙を開祖として天正11年(1583年)に創建した。東海派に属する。
福寿院 - 開基水野忠清室、性宣妙演、開祖、竜天宗登として元和5年(1619年)に養賢院として創建。性宣院と改名した後、再度改称されて現在の名称となる。東海派に属する。
如是院 - 妙心寺五祖、義天玄詔により大愚庵として創建された。寛正3年(1462年)直指宗諤により中興されてい現在の名に改称されている。霊雲派に属する。
海福院 - 福島正則開基。夬室智文開祖。元和2年(1616年)創建。公家町尻家(福島正則縁者)菩提寺。東海派に属する。
養徳院 - 開基は石川光重、開山はその兄弟で妙心寺67世の功沢宗勲。
金牛院 - 環陵を開祖として慶安3年(1650年)創建。東海派に属する。
壽聖院 - 開基は石田三成、開山は妙心寺62世伯蒲慧稜。石田氏の菩提寺として慶長4年(1599年)創建された。関ヶ原の戦い後は規模が縮小された。霊雲派に属する。
天祥院 - 開基は松平忠弘、開山は乳峯義元。正保2年(1645年)に創建された。1878年(明治11年)、慈性院を合併している。龍泉派に属する。
春光院 - 開基は堀尾吉晴。重要文化財の南蛮寺(なんばんじ)の鐘と狩野永岳の方丈襖絵を所有。龍泉派に属する。
徳雲院 - 開基山名豊国、開山は妙心寺51世直指宗諤。弘治2年(1556年)に山名氏の菩提寺として創建される。霊雲派に属する。
大龍院 - 開基中村一忠が慶長11年(1606年)に妙心寺80世鉄山宗鈍を開祖として創建した。霊雲派に属する。
大法院 - 松代藩主真田信之の菩提寺。兵法学者佐久間象山の墓(非公開)がある。龍泉派に属する。
玉龍院 - 生駒一正が慶長3年(1589年)に妙心寺99世大川紹潙を開祖として創建。龍泉派に属する。
通玄院 - 開基寺西信之、開山は妙心寺219世虚櫺了廓。かつては即心院と称していた。創建年代は諸説ある。1878年(明治11年)、水月院を合併している。龍泉派に属する。
霊雲院 - 妙心寺四派のうち霊雲派の本庵。妙心寺25世大休宗休が師の特芳禅傑を勧請開山として大永6年(1526年)に創建した。重要文化財・後奈良天皇宸翰円満本光国師号勅書、狩野元信筆の琴棋書画図を有し、天文12年(1543年)に建立されたと伝わる書院も重要文化財となっている。
三門(重要文化財) - 慶長4年(1599年)再建。五間三戸(正面の柱間5間のうち中央3間が通路)の二重門(2階建門)である。上層には円通大士(観音)と十六羅漢像を安置する。6月18日に懺法会、7月15日に施餓鬼会が修法される。
鐘楼 - 元々の鐘楼は元禄9年(1696年)に春日局によって寄進されたもので、重要文化財に指定されていたが、1962年(昭和37年)に放火により焼失した。現在のものは春日局が塔頭・麟祥院に寄進したもので、後に信行寺に移されたものを当寺に移築したものである。
こども園ゆりかご
北門(重要文化財) - 慶長15年(1610年)建立。 北総門とも。切妻造、本瓦葺きの薬医門で南門とほぼ同じ構造である。
前庭(国指定史跡・名勝)
放生池
勅使門(重要文化財) - 慶長15年(1610年)建立。山門、放生池など伽藍の正面に位置し、勅使や住持が普山する際に用いられる。
南門(重要文化財) - 慶長15年(1610年)建立。 南総門とも。切妻造、本瓦葺きの薬医門で北門とほぼ同じ構造である。
宗務本所
花園会館
花園禅塾
花園中学校・高等学校
勅使門
仏殿
法堂
法堂
経蔵
浴室
妙心寺境内 – 周辺の塔頭の敷地も含めた約19.5ヘクタールが指定範囲となっている。