与那国島の防衛問題
防空識別圏に端を発するような問題はこれまでに発生していないが、1995年(平成7年)の第三次台湾海峡危機の時期に、台湾と与那国島の間の海域に台湾軍の射撃訓練区域が設定されたため、与那国島の漁業者が長期間にわたって操業できず、社会問題化したことがある。また、2006年(平成18年)8月には、台湾が当初設定した射撃訓練の区域設定に、与那国島の西半分が含まれていたことが判明。その境界線は、防空識別圏と同じ東経123度であった。こうした事態を踏まえ、与那国町議会では射撃訓練の区域設定問題の解決を求める意見書と、漁協からの安全操業確保を求める陳情を全会一致で採択し、町長や漁協組合長が県や国の関係省庁に対応を要請した。
2010年(平成22年)5月26日、日本国政府は防空識別圏をそれまでの東経123度線から、与那国島の陸地から台湾側洋上へ14海里分西側を半月状に広げる形で設定し直す方針を明らかにし、6月25日付けの防衛省訓令改正により実施された。なお、中華民国には外交ルートを通じて説明がなされたが、中華民国外交部は「事前に我々と十分な連絡をとらなかった」として遺憾の意を表明し、日本の決定を受け入れようがないと反発した。
後に台湾の外交関係者が、この問題を取り扱う方法について両当事者間で合意が得られ、実務面での変更はないと述べたことにより、問題が解決したことが明らかにされた。
2014年9月7日投票の与那国町議会選挙で、町議会は誘致派が3人、反対派らが3人となった。誘致派が議長となったため、議長を除く議席構成では、反対派が多数となった。反対派らの賛成多数で、自衛隊誘致の賛否を島民に問う反対派が主導する住民投票条例が可決され、2015年2月22日に陸上自衛隊沿岸監視部隊配備の是非を問う住民投票が実施された。この住民投票に法的拘束力は無いものの、与那国町の住民投票条例は町長と町議会に対して「投票結果を尊重」するよう求めている。誘致反対派の要求により、この住民投票での投票権は中学生以上の未成年者や永住外国人にも与えられた。この住民投票には、有権者1,276人のうち1,094人が投票し投票率は85.74%。開票結果は、賛成632票、反対445票で、賛成派が多数を占めた。
反対派住民30名は武力衝突による平和的生存権の侵害や電磁波による健康被害の恐れを根拠に駐屯地の工事差し止めの仮処分命令申し立てを行ったが、那覇地方裁判所は2015年12月24日付けで却下した。決定理由として、武力衝突に至る恐れがあることを認める資料がないことや、電磁波の強度が法律の基準値を下回ることを挙げた。住民3名はこれを不服として即時抗告したが、福岡高等裁判所那覇支部は2016年2月19日付けで却下した。