木古内川
木古内川は1979年(昭和54年)、1984年(昭和59年)、1986年(昭和61年)にそれぞれ洪水により浸水被害をもたらしており、同年に木古内町より治水対策の要望がなされた。そのため堤防新設や河道掘削を内容とする河川改修が河口から5.6kmの区間について1993年(平成5年)に開始されている。当初は2011年(平成23年)度の事業完了予定だったが、河川内での事業が本格化すると水質汚濁が見られるようになり、漁業組合との協議の結果サケの遡上時期の間は工事に制約を課すこととなったため、2007年(平成19年)に事業期間が5年延長された。その後掘削残土の運搬コスト等を理由として2012年(平成24年)、事業費増額の上事業期間が更に10年延長され、現在は2026年度の完了予定で進められている。
利水施設は本流にはないが、支流の中野川・瓜谷川・トンガリ沢にそれぞれ砂防ダムが整備されている。1963年(昭和38年)竣工の瓜谷砂防ダムのダム湖は景観の良さから地域の観光資源の一つとなっている。