明治神宮野球大会
実質的な新人戦トーナメントである全国の各秋季地区大会で優勝した10チーム(各地区から1校ずつ。ただし東京都は東京地区として他の関東地区と切り離した単独の出場枠)によってトーナメントを行い、優勝チーム所属地区は翌年の選抜高等学校野球大会の出場枠(神宮大会枠)を1つ多く獲得できる。
第4回大会から始まった高校の部であるが、2001年の第32回大会までは前述した様な神宮大会枠の恩恵等は全くなく、初期を除く長い間代表校も8校制で全国全てからの出場枠があるわけでもなかった(代表枠変遷の項も参照)。また、地区によってはその代表校が必ずしも地区大会優勝校ではなく、秋季県大会4位校や、春夏通じて全国大会出場歴のない高校を当てるなどその取り組み姿勢はまちまちなものであった。しかし、地区大会優勝校の招待や神宮大会枠の設置等、運営方法が改善され、チャンピオンシップ大会として確立された。
なお、高校の部の前史としては、1924年-1943年に明治神宮中等野球大会が開催され、1951年には単発にその年の秋季地区大会を制した各校を招待して明治神宮野球場で開催(高等学校野球 地区代表大会、優勝:日大三高)し、前述の通りに1968年開催の記念大会には高校の部としての開催(優勝:日体荏原高等学校)があった。これらの前史の大会運営関係者としての経験や記憶が、第4回大会から現在まで続く形での高校の部設立に繋がった。
神宮球場 応援で使用する応援リーダー台は、東京六大学応援団連盟の所有物であるが、同じ神宮球場を使用している関係(保管庫が球場内にあり、保管料自体は東京六大学応援団連盟が支払っている)で、日本学生野球協会として一括で貸料を支払って借り受けている。従って、各校応援団・応援部は特有の事情が無い限り、当該校野球部経由で、日本学生野球協会に借り受け交渉を行なうのが通常のルールになる。高校の部では使用が禁止されている。
神宮第二球場 神宮第二球場には、特に応援リーダー台は設置されない。一般的に両サイドベンチ頭上の屋根上部にあたる場所で応援リーダーを行なう。
※表記の校名については、判断しやすい略称を使用し、判断が難しいと思われるものについては省略形ではないフル記載に近い形の名称を用いている。