石徹白騒動
幕府評定所の判決後、上村左近を始めとする追放社人は石徹白に帰郷していった。宝暦9年(1759年)4月、杉本左近らは吉田家に対する謝罪とともに、吉田家からの免許許可を願う書状を提出した。願いは吉田家に聞き届けられ、以後石徹白では頭社人、社人の跡目相続時には吉田家に対して金銭を納めることになった。
また宝暦9年(1759年)には、石徹白社人らの間で新たな村掟が決められた。これは今までの村掟を確認強化することを目的として設定されたもので、石徹白の運営は頭社人らが中心となって行い、頭社人の中で解決が難しい問題は全社人による惣会議による解決が図られ、それでも解決が図り難い問題については、村役人の役割を果たす神主の名で公に解決を委ねるとされた。そして新たに制定しなおされた村掟によって、神主は世襲神主制に代わり、12名の頭社人から一年ごとに選ばれるかつての年番神主制が復活する。
厳冬期の雪道を通り、追放先とされた飛騨の白川郷に向かわせられた石徹白の社人たちの中には、凍死をした者や険しい峠道で谷底に落ちてしまった者もあった、しかも石徹白同様、山が深く雪も多い白川郷にこれほどたくさんの追放者を養える余地があるはずもなく、多くの追放者社人らは更に飛騨の他の地域、美濃、越前、遠くは近江へと流浪した。多くの人々は騒動が解決する宝暦8年(1758年)末までの3年間、安住の地を得ることなく苦闘を続け、体力の劣る老人や子どもを中心として餓死者が相次いだ。宝暦8年(1758年)の箱訴状によれば餓死者は70余名に達し、中でも子どもの餓死者が約半数を占めたという。
石徹白を追放された社人らは多くの場所で厄介者扱いをされたが、援助の手が全く差し伸べられなかったわけではない。中でも先に杉本左近を援助した各務郡芥見村の豪農、篠田源兵衛は、追放社人を援助するために大金を貸し与えた。
石徹白での騒動が激化する中で争点となったのが、神主である石徹白豊前が世襲神主であるか否かという点と、石徹白は吉田家の支配であったのかそれとも白川家の支配であったのかという点であった。騒動の張本人である石徹白豊前は世襲神主であることを主張するとともに、ことあるごとに吉田家の権威を利用して己の主張を貫こうと試みたが、反豊前派は神主はあくまで合議の上で決められるものであり、世襲制ではないと主張し、また石徹白は吉田家ではなく白川家の支配にあると主張した。
宝暦8年(1758年)12月に言い渡された評定所の判決では、この二点に関しては石徹白豊前の主張が認められ、石徹白豊前は世襲神主の地位にあり石徹白は吉田家支配にあると裁定された。しかし吉田家支配であったか白川家支配であったかについては、石徹白騒動での反豊前派の主張が、吉田家の権威を笠に着る石徹白豊前に対抗する方便ばかりであったとは考えにくく、また古文書を分析した結果からも、石徹白豊前を出した神主家が騒動以前から吉田家の門人となっていたと考えられるものの、社人の中には白川家の門人となっていた例も確認でき、石徹白騒動以前は吉田家の門人も白川家の門人もいたものと見られている。
その他、石徹白騒動関係者では郡上藩大目付の津田平馬も牢死している。
吟味の中で評定所が最も頭を痛めたのが、石徹白が果たして吉田家の支配であるのか白川家の支配であるのかについてであった。 宝暦8年11月8日(1758年12月8日)に、評定所は京都町奉行に対し、石徹白が吉田家支配か白川家支配かについて、両家に問い合わせるよう調査を依頼した。宝暦8年11月20日(1758年12月20日)には京都町奉行から吉田家は諸神社全て支配している旨の回答があり、一方、白川家からは支配下の神社は一社もない旨の回答がなされたとの報告がなされた。しかし騒動の吟味の過程で杉本左近の曽祖父が白川家の門弟であったことが明記された書状が出て来たため、神祇伯である白川家との関係を憂慮した幕閣は、事実認定を慎重に進めたが、結局、評定所は宝暦8年12月15日(1759年1月13日)、問題の書状は私文書である上に疑義があるとし、公に確認した京都町奉行の報告を採用し、石徹白は吉田家支配であるとの結論を出した。
騒動関係者に対する多くの尋問、書類の調査、そして8回に及ぶ評定所での吟味の結果、宝暦8年12月25日(1759年1月23日)、評定所は郡上一揆と同一日に石徹白騒動の判決を言い渡した。