マルタ包囲戦 (1565年)
5月18日の夜明け頃、ついにマルタ近海にオスマン艦隊が姿を現した。彼らは島の南岸へ向かいマルサシュロック港で停泊した。グランド・ハーバーとして知られている大港から南東へわずか10キロの地点である。
マルタ騎士団は奴隷や逃亡の恐れがある者を容赦なく投獄し、戦闘に役に立たないものも城外へ退去させた。一方で戦闘に耐えうると判断された者は家財や家畜を連れてイムディーナなどの内陸にある城砦へ避難させた。そして収穫しきれなかった畑の作物を破棄し、貴重な水源を敵に利用されぬよう薬草を放り込んで味を変えたという(毒を入れたという説もあり)。
コルレッジョの記録によれば、上陸軍の司令官であるララ・ムスタファ・パシャ将軍と、艦隊を率いていたピアリ・パシャ提督との間で、停泊地をめぐってはやくも議論が起こった。狭い地域に軍勢が集中することによる混雑を懸念するピアリ・パシャは、首都に近接するグランド・ハーバーの真北にあり、シロッコを避けられるマルサシュロック港より上陸すべきとした。
さらにマルタ島の五倍以上の面積があり、東ローマ帝国時代からの要塞が利用できたロドスと比べれば、マルタは経済的にも軍事的にも価値の少ない地に見えたのである。
しかし選択の余地はなく、騎士団はマルタに入ることとなった。騎士団はマルタを次第に要塞化、異教徒と思われる商船を襲撃し始めた。一方でバルバリア海賊らが1540年代から1550年代を通して西地中海の至る所で襲撃を増加させるにつれ、地中海の中央部に位置するマルタ周辺は、次第に東西を繋ぐ戦略上の重要な航路になっていった。
当時バルバリア海賊の中でも特にトゥルグト・レイス率いる船団は地中海中央部のカトリック教国に対して主要な脅威になりつつあった。1551年、トゥルグトとオスマン帝国のスィナン・パシャ提督はおよそ10,000人の軍勢でマルタ島に襲来した。オスマン軍は数日間マルタ島を攻撃、その後隣のゴゾ島へ移り、数日間島の要塞を砲撃した。ゴゾ島駐在のガラティアン・ド・スッス (Galatian de Sesse) 総督は抗戦は無駄であると考えて抵抗することなく開城、海賊たちは町を略奪した。こうして騎士団の動きを封じた上でトゥルグトとスィナンはトリポリへ南下、難なく占領した。地元の首領アガ・モラトは最初トリポリ総督に任命されたが、直後にトゥルグト自身が一帯を支配下においてトリポリのベイとなった。
ジェルバでの大敗ののち、オスマン軍のマルタ再侵攻の恐れは更に高まった。1560年8月にジャン・ド・ヴァレットは騎士団員へチタジオーネ(招集)を掛け、全てにおいて騎士団が優先されるとしてマルタへの帰還と戦闘準備を命じた。騎士団にとって幸いなことに、この時は後継者問題で揺れるオスマン側は何も行動を起こそうとせず、騎士団とスペインが軍を再建する時間を与えた。
戦力を充実させつつ、騎士団は異教徒と見られる船を襲い略奪し続けた。1564年半ば、騎士団で最も悪名高い船乗りマトゥリン・ロメガスがいくつかの大型商船を捕らえた。その中には後宮の宦官長所有の船が含まれており、カイロ総督、アレクサンドリア総督、スレイマン1世の娘の乳母だった者といった多数の位の高い人々を連行した。
1565年初頭、イスタンブールに潜入していたド・ヴァレットのスパイが、侵攻が差し迫っていることを知らせた。ド・ヴァレットはイタリアで募兵を開始、物資の貯蔵を進め、聖アンジェロ砦、聖ミケーレ砦、聖エルモ砦の整備を完了させた。
マルタ包囲戦は歴史上最も情け容赦ない、血塗られた戦いの一つであり、16世紀ヨーロッパで起きた最も有名な出来事の一つとなった。「マルタ包囲戦ほど広く知られるものはない」とさえ評したヴォルテールは少し大げさかもしれないが、マルタ包囲戦がプレヴェザの海戦により地中海の覇権を手にしたオスマン帝国海軍の不敗神話を挫き、ジェルバの海戦で大敗したスペインに西地中海での新たな局面をもたらした事は確かである。 この包囲戦の前後、オスマン帝国による西地中海への侵攻は最高に達しつつあった。1551年、オスマン帝国の支援を受けた海賊 による攻撃でマルタ島は一度戦場になっている。しかし1565年、オスマン帝国をこの包囲戦で撃退したのに続き、レパントの海戦での勝利により、スペインは西地中海の制海権をオスマン帝国からじりじりと奪い返していく。