舒明天皇
その後、陵は所在不明となったが、元禄探陵の際に当時「段ノ塚」と呼ばれていた本古墳が舒明天皇陵に決定された。幕末の元治元年(1864年)9月には修陵が開始され、慶応元年(1865年)11月に竣工した。現在は陵内の糠手姫皇女押坂墓、近在の大伴皇女押坂内墓とともに宮内庁の管理下にある(鏡女王押坂墓は治定外)。また明治天皇陵(伏見桃山陵)以降の天皇陵が採用する上円下方の陵形は、本古墳がモデルになっている。
なお、初葬地とされる「滑谷岡」の所在は明らかでなく、諸説がある。飛鳥時代中頃の古墳のうちでは、近年発見された小山田古墳(奈良県高市郡明日香村川原、北緯34度28分20.52秒 東経135度48分34.30秒 / 北緯34.4723667度 東経135.8095278度 / 34.4723667; 135.8095278 (小山田古墳(舒明天皇初葬地の滑谷岡か)))が一辺70メートル程度を測る巨大方墳で、石舞台古墳を上回る飛鳥時代最大級の規模になることから、上記の「滑谷岡」に比定する説が挙げられている(ただし蘇我蝦夷の「大陵」に比定する説もある)。
また皇居では、皇霊殿(宮中三殿の1つ)において他の歴代天皇・皇族とともに舒明天皇の霊が祀られている。
鏡王女忍阪墓
大伴皇女押坂内墓