鹿児島本線
香椎駅 - 千早操車場 -(貨)福岡貨物ターミナル駅(3.7km)
一方、2007年(平成19年)までは、福岡市と福津市との間でも、鹿児島本線と西鉄宮地岳線(現在の貝塚線)が並行していた。しかし、西鉄宮地岳線の線路規格が低規格であることや鹿児島本線で新駅の設置や列車増発などが行われたことから、西鉄宮地岳線の利用者数が減少し、西鉄新宮駅 - 津屋崎駅間が同年3月をもって廃線となった。以後は、福岡市から新宮町までの区間で鹿児島本線と西鉄貝塚線が並行して存在している。この区間では、JR千早駅と西鉄千早駅が同一駅舎内に存在、香椎駅と西鉄香椎駅は約200mの位置に存在する。
福岡市 - 宗像市・北九州市間では西鉄バス路線との競合も見られる。こちらのバスはJR駅に隣接の停留所からの利用は少なく、JRの駅から遠い住宅地から天神など都心部への需要の集合を主とし、鹿児島本線を補完するニッチ産業的輸送形態と言え、中心的存在を担いうる鉄道(天神大牟田線系統)とは対照をなす形となっている。
北九州市においては軌道線(路面電車)の西鉄北九州線が門司区と八幡西区との間(門司港駅 - 折尾駅間)で鹿児島本線と並行していたが、2000年(平成12年)までに順次廃止され、現存しない。
2011年3月12日のダイヤ改正で、田原坂駅を通過する普通列車を格上げする形で快速「くまもとライナー」が運行を開始した。荒尾駅以南においては長洲駅・玉名駅・木葉駅と、植木駅以南の各駅に停車し(荒尾駅 - 植木駅間の停車駅は前述の快速「くまがわ」停車駅と同じ。西里駅には2014年3月15日から停車)、大牟田駅または荒尾駅で、博多方面の快速と接続していた。大牟田駅 - 熊本駅間の所要時間は普通列車に比べ約5分短縮されたが、田原坂駅に加えて快速通過駅となった南荒尾駅・大野下駅・肥後伊倉駅は実質1時間あたり1本に減便となった。2015年3月14日のダイヤ改正で「くまもとライナー」は廃止され普通列車に戻された。
また、肥薩おれんじ鉄道線直通の快速「スーパーおれんじ」が土日祝日などに熊本駅 - 出水駅間で2往復、肥薩おれんじ鉄道に所属する1両編成の気動車で運転されており、熊本駅 - 八代駅間はノンストップで運行していたが、2019年3月16日のダイヤ改正で八代駅発着となり、当線内での運行が休止された。
熊本駅 - 八代駅間でキハ40形・キハ47形による快速列車が朝に上り1本のみ運行されていた。途中停車駅は新八代駅のみ。元は肥薩線から乗り入れる快速列車であったが、2018年3月17日のダイヤ改正で肥薩線内の運転が取りやめとなり、2021年3月13日のダイヤ改正で廃止された。
肥薩線乗り入れ快速列車のほとんどは、2017年3月4日の改正で新設された特急「かわせみ やませみ」に置き換えられ、「いさぶろう・しんぺい」の熊本駅 - 人吉駅間が特急化されたため、下りの定期快速はこの時点で消滅している。
1987年(昭和62年) 4月1日:国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が承継。 10月1日:西小倉駅に鹿児島本線ホームを新設。
1988年(昭和63年)3月13日:黒崎駅 - 筑豊本線駅間の連絡線上にも折尾駅ホームを設置。小森江駅・教育大前駅・熊本工大前駅(現在の崇城大学前駅)が開業。
1989年(平成元年) 3月11日:白木原駅を大野城駅に改称。九産大前駅・春日駅・都府楼南駅・天拝山駅が開業。 12月22日:門司港駅 - 荒木駅間にPRCを導入。
1990年(平成2年) 3月10日:けやき台駅が開業。博多駅 - 八代駅間の営業最高速度を130km/hに引上げ。 11月1日:新中原駅を九州工大前駅に改称。
1991年(平成3年) 3月16日:吉塚駅 - 博多駅間が三線化。篠栗線の全列車が博多駅直通となる。吉野駅が開業。 9月30日:千鳥駅が開業。
1998年(平成10年)4月1日:福岡貨物ターミナル駅 - 博多港駅間(4.1 km)が廃止。
1999年(平成11年) 7月2日:枝光駅 - 八幡駅間をスペースワールド駅経由の新線に切替え。スペースワールド駅が開業。同区間の営業キロは1.0km短縮され、並行する山陽新幹線・小倉駅 - 博多駅間の営業キロも同様に変更。 10月1日:銀水駅 - 八代駅間でワンマン運転開始。
2000年(平成12年) 9月11日:小倉駅 - 西小倉駅間に紫川信号場が開設。 11月21日:陣原駅が開業。
福岡近郊区間 : 門司港駅 - 鳥栖駅間