長野総合車両センター
N104編成は大宮総合車両センターからの転属車であり、2013年7月30日から運行を開始した。なお、N104編成は「妙高」などの定期運行列車には充当されず、「あずさ」の臨時増発時など、主に臨時列車として用いられていたが、2015年3月に廃車となった。また、車体の老朽化および189系電車の余剰化に伴い、N103編成も同月に廃車となった。 また、183系2両が組み込まれていた国鉄色のN101編成についても2015年5月17日のさよなら運転終了後に廃車、183系は廃形式となった。 2015年以降もN102編成が配置されていたが、2019年3月ダイヤ改正で定期運用を離脱し、2019年6月25日付けで廃車、配置が無くなるとともに、189系は廃形式となった。 クモヤ90形 中央本線狭小トンネル対応車の800番台2両(801・805)が配置されていたが、1997年11月に廃車された。
クモヤ143形 2022年8月2日までクモヤ143-52の1両が配置されていた。 2018年3月17日付けで松本車両センターより転入。 篠ノ井線の冬季霜取り運用についていたが、現在は牽引車として構内の車両入れ換えを担当。 2022年8月2日限りで検査満了に伴い除籍。以降は本線走行が不可能となったが、2022年10月現在も長野総合車両センター構内でのみ入換車両という位置付けで稼働している。
クモユニ143形 2018年7月時点ではクモユニ143-1・3の2両が配置されていた。事業用(牽引車代用)。 クモユニ143-3は、2018年8月4日付で除籍の上、東京・大宮総合訓練センターの訓練機械に転用された。 クモユニ143-1も、2019年10月15日付で廃車され、クモユニ143形は廃形式となった。