欧州議会
欧州議会は基本条約に修正が重ねられるたびに共同決定手続で決定される分野が拡張され、その立法権限が強化されていった。また1999年にはサンテール委員会を総辞職に追い込むという事態を起こした。このとき欧州議会はサンテール委員会の不正疑惑や不祥事を問題としており、翌年度の予算案を否決した。このとき欧州議会内の主要2会派が対立し、サンテール委員会は総辞職を余儀なくされた。欧州委員会の総辞職という事態はこれが初めてであり、欧州議会はサンテール委員会に対する不信任を決議する直前であった。
2004年に国境を跨ぐ規模でのものとしては史上最大の選挙が実施されたのち、欧州理事会は最大政党となった欧州人民党に所属する人物を次期欧州委員会委員長に指名したが、欧州議会はふたたび次期欧州委員会に圧力をかけるということが起こった。次期欧州委員会委員候補に対する聴聞会で、市民的自由・司法・内務委員会は司法・自由・安全担当委員候補のロッコ・ブッティグリオーネの同性愛に関する考え方に問題があるとして欧州委員会人事に不同意とするなど、一部の委員候補に対して懐疑的な見方が議員のなかから示された。
欧州議会議員の1年間は、委員会における報告の議論や各国議会代表団の会合に参加する週、所属会派の活動について議論する週、ストラスブールで3日半の間で開かれる本会議に出席する週の繰り返しである。これらに加えて年間で6回、ブリュッセルにおいて2日にわたって開かれる本会議にも出席する。このほかにも4週をそれぞれの選挙区での活動に専念する時間としてあてられる。ただし夏期においては会議の開催が設定されていない。欧州議会はほかの機関の権限でもって招集されることなく会議を開く権利を有している。欧州議会の会議は基本条約によって規定されている部分もあるが、それ以外の部分では独自の議院規程に従って開かれる。
本会議において、議員は1分間という制限つきで議長の指名を受けて発言することができる。また理事会の代表者や欧州委員会の委員も審議に出席して発言することができる。翻訳の必要があることや会議では総意をまとめるという欧州議会の性質があることなどから、議論はウェストミンスター・システムよりも穏やかで丁寧なものとなっている。採決はおもにサムズアップ・サムズダウンで行なわれ、求められれば電子投票が実施される。いずれの方法を採った場合でも個別の議員の賛否は記録されないが、氏名点呼投票を実施した場合には記録が残る。氏名点呼投票は議員の氏名がアルファベット順で読み上げられ、それに対して議員が賛否を表明するものであるが、重要な採決や議員全員の5分の1が求めたときにのみ実施される。また氏名点呼投票は議長の選出などで実施されるが、秘密投票が徹底されている。記録されたすべての採決は議事録や採決された法令とともに欧州連合官報に収録されている。
リスボン条約では、欧州理事会は次期欧州委員会委員長の指名にあたっては直前の欧州議会議員選挙の結果を考慮しなければならないとされ、欧州憲法条約が協議されていた2004年と、リスボン条約が発効する前の2009年の次期欧州委員会委員長の指名でも選挙結果が踏まえられた。リスボン条約によって修正された基本条約では、欧州理事会の次期欧州委員会委員長人事案の可決について、従来の「承認」ではなく「選出」という用語を用いている。また「選出」という用語には、立憲君主制において国家元首が政府の長を任命する権限を有していても実際には議会選挙での勝利政党が擁立する候補を任命しているという制度と同様に、欧州議会が欧州理事会の指名した次期欧州委員会委員長候補を受け入れるのではなく、欧州議会の各会派に次期欧州委員会委員長候補を擁立させるという意図があるものとされている。また欧州議会の政治会派が選挙前に独自の欧州委員会委員長候補を擁立してきたという動きもあった。2009年には欧州人民党がバローゾ再任を支持した一方で、欧州社会党は候補者を立てなかった、欧州緑の党は2004年に初めて次期欧州委員会委員長候補を立てて選挙キャンペーンを展開した。
リスボン条約による機構改革にあわせて、2007年に議長ハンス=ゲルト・ペテリングは議会改革特別作業グループを立ち上げ、欧州議会の効率性とイメージの向上を図った。議会改革の案には本会議の活性化や教書議論の導入が盛り込まれていた。