Intel 8259
MS-DOSやMicrosoft Windowsで8259を使う際には、後方互換性、つまり1981年に採用された初代PCと互換性を残しつつ拡張してきたため、多くの面倒な問題が持ち込まれる。
最初の問題は2番目の問題の根っこになっている。DOSのデバイスドライバは8259に対してデバイスの処理を終了したときに非指定EOIを送ることを期待されている。つまりDOSでは8259の他のEOIモードは使用を禁止されている。そして、マスターの8259からスレーブの8259に対して再接続されている複数のデバイス割り込みの間には違いはない。
2番目の問題はPC/ATでスレーブの8259が採用されてからIRQ2からIRQ9までの扱いについてである。スレーブの8259のINT出力はマスターのIR2につながっている。ISAバスのIRQ2は元々このIR2につながっていたが、スレーブのIR1に再接続されている。このように古いIRQ2は今やCPUのIRQ9割り込みを発生させる。IRQ2を使用するように設定された装置との後方互換性を維持するために、IRQ9の割り込みハンドラとして、IRQ2の割り込みハンドラを呼び出すものがBIOSによってインストールされる。