佐世保駅
JR九州 - 2020年度の1日平均乗車人員は2,391人である。長崎県内の駅では長崎駅、諌早駅に次いで3番目に利用者が多い駅である。また、JR九州SUGOCAのエリア外にある駅で最も利用者が多い。
2024年度に佐世保駅から佐賀方面、ハウステンボス駅までのSUGOCA対応予定(長崎方面には使えない)
松浦鉄道 - 2020年度の1日平均乗降人員は1,392人(乗車:730人/降車:662人)である。
高速バスは、駅東口を出て国道35号を挟み右正面の佐世保バスセンターから発着している。
一般路線バスは、駅東口から国道35号を越えた先にバスのりば(旧・佐世保市営バスのターミナル)があり、ここから西肥バスにより市内各地へのバスが出ている。黒髪・早岐方面及び矢峰・柚木方面への便はターミナルに入らずに国道上のバス停に発着する。バス停の名称はいずれも「佐世保駅前」である。