教派神道
神道十三派という表現が一般化したのは、1908年の天理教の独立認可以降、1945年の宗教団体法の廃止まで約40年の間、政府公認の神道教派が以下13派であったからである。神道大教、黒住教、神道修成派、出雲大社教、枎桑教、實行教、神道大成教、神習教、御嶽教、神理教、禊教(正式には「示」へんではなく「ネ」と書く)、金光教、天理教。
神道系新宗教として区別する場合もある。このときは天理教、金光教などは教派神道から省かれ神道系新宗教に分類される。阪本は、天理教と金光教は教派神道に分類されることを拒否しているとしている。2011年現在、天理教については文化庁による『宗教年鑑』で教派神道系ではなく諸教に分類される。これに対して、典型的な教派神道は神道修成派、出雲大社教、神習教、神理教とされる。
1894年(明治27年)10月:御嶽教から神理教が独立。神道本局から禊教が独立する。
1899年(明治32年)神宮教は伊勢神宮から生まれていた一教団であったために国家神道の確立と共に、国家事業である神宮大麻の頒布を任されていることへの批判もあり解散する。このときまでは神宮教も明確に教派の一つであった。
1900年(明治33年):神道本局から金光教が独立。
1908年(明治41年):神道本局から天理教が独立。このとき天理教の教師数が21000人ほどであったため、神道本局の教師数が30000人ほどから9000人ほどにまで激減した。
1912年(明治45年)2月25日、華族会館にて三教会同として、教派神道13名、仏教51名、キリスト教7名の代表が集った。 金光教や天理教は明治政府の弾圧により、神道的に教義を整え教派神道に合流している。
このようにある教団の中により小さな宗教組織が内包されていたのは、宗教団体法という制度があったからである。宗教団体法では、宗教団体として登記するためのハードルが高いため、小規模な組織は大きな組織に形式上属していることが必要とされた。敗戦後の宗教法人法では、宗教法人になることが以前より容易になったので、より小さな宗教団体の離脱が多くなる。
天理教は1945年(昭和20年)すぐに復元の方針を定め、1951年から金光教は教制審議会を設け神道色を排除していく。
1882年(明治15年)1月、内務省による乙第7号によって、祭教分離が行われ、神官教導職についているものが祭祀を行うことを禁止されることで、祭祀を行う神官を続けるか、教法を説くかの分離が促進され、教派神道の形成が強固となった。
この後、1882年(明治15年)5月15日、神宮教を含む6派が独立し、神宮教の所有に移った祭神論争のもととなった神宮遥拝殿は大神宮祠と改称し、神宮大麻は神宮教が頒布することになる。千家尊福のようにこれを機に出雲大社の宮司を辞して弟に譲り、出雲大社教の管長となった例も見られる。1884年(明治17年)8月11日の政官布達によって教導職は廃止され、祭政一致を経た政教分離の意図のもとで祭教分離され、教派神道が明確に形成された。教導職が廃止されると神道事務局は当初の開局の理由を失う。1886年(明治19年)、教部省の神道側による管轄として、半ば、神道の公的中央機関であった神道事務局は、神道本局と改め、教派神道の一派となる。