与那国空港
2012年(平成24年)、JTAの構造改革に伴う路線再編として与那国空港からの同社の撤退およびRACによる代替運航が発表されて以降、地元からは供給席数および積載貨物容量の減少に伴う経済への影響を懸念する声があることが報じられた。
供給席数についてはRACが使用する機材の定員が少ないことから、石垣線については1日あたり3便に増便するものの供給座席数が4割程度減少する。また、貨物の輸送力減少の一例として、特産品であるカジキについて従来は1便あたり10本程度積載可能(JTA便によるボーイング737型機の場合)であったものが2本に制限され「すべて運べない」(JTA役員)とされる。また、石垣島から航空機による日帰りが可能となることについて、地元住民の利便性が増す反面、観光客が日帰りすることで宿泊客が減少するのではないかとの懸念も報じられた。与那国町長の外間守吉は、JTA便の復活を求めるとコメントした。一方、那覇線については従来の週4便運航から毎日運航に変更となった。なお、石垣線の2012年度上半期における搭乗率は44%であった。
2016年(平成28年)、RACは現在使用している機材のカーゴコンビ(客貨混合型)であるQ400CCを4月15日より与那国線で運用することを発表した。この機材はこれまでの機材と比べ貨物積載量が2.5倍になっており、カジキについても5本まで積むことが可能となった。また、定員もこれまでの39人から11人多い50人となっている。