分岐学
分類群が側系統であるとわかった場合、その分類群を解体し、以下の分類をやり直さなければならない。実際、昆虫類のシミ目がそのようにして解体された。
グループA、B、Cがあり、分岐の順序が((A B) C)か(A (B C))のどちらかであるとする。どちらになるかは形質や分子解析から決定されるが、どうしても不確実な部分が残る。基幹的なグループで再分類が行われた場合、影響は甚大である。また原理的に、いつまで経っても分岐図は仮説である部分を含んでいる。