水上駅
単式ホーム1面1線、島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する地上駅。両ホームは1本の跨線橋(階段のみ)で連絡している。ホームは曲線上に位置している。このほか駅南側に留置線がある。
コンクリート2階建ての大きな駅舎を持ち、待合室(夜間閉鎖)も設けられている。2001年(平成13年)に入口部分を増築した。
直営駅。Suica対応自動改札機、指定席券売機、自動券売機が設置されている。かつてはみどりの窓口も設置されていたが、2006年に「もしもし券売機Kaeruくん」へ置き換えられる形で廃止され、「もしもし券売機Kaeruくん」も2012年に現在の指定席券売機に置き換えられる形で営業を終了した。
かつては1番線と2番線の間に機回し線があったが、補機の必要も無くなり撤去された。