NT File System
Windows NT系には、ファイルシステムの論理エラーまたは物理エラーの確認およびファイルシステムの修復コマンドとして、「chkdsk」コマンドが用意されている。実際にファイルシステムの修復を行うには、「chkdsk 〈対象ボリューム〉 /f」を、不良クラスタの修復を試みるには、「chkdsk 〈対象ボリューム〉 /r」を実行する。
ファイル数の増加に伴う chkdsk の実行時間の増加に対しWindows 8では従来のメタデータの走査とエラーの修復の両方をボリュームをオフラインにして行う方式からメタデータの走査とエラーの記録をオンラインで行いエラーの修復のみをオフラインで行う方式に変えた為、ボリュームのダウンタイムはデータ量には依存しなくなった。
ファイルに対する変更を記録する。
これはNTFSの欠点ではなく、ファイルシステムという仕組みの性質であるが、データの削除やデータサイズの増減を許容するファイルシステムでは、それら操作時の必要に応じてコンパクションを行わない限り、いずれかの段階でフラグメンテーションが発生する。NTFSはFAT32と比較しフラグメンテーションしにくい。その根拠としてMFT機能が挙げられている。フラグメンテーションの量はアロケーション ユニット サイズに反比例し、最も小さなアロケーション ユニット サイズの512バイトで最も顕著になる。
FATよりは軽度とされたそのフラグメンテーションの実体は、Diskeeperのレポート機能などによって一般に知られるようになった。Windows 2000からNTFS対応のデフラグ ツールがWindowsに標準搭載された。