JR東日本E653系電車
2013年6月29日に、上述の転用改造を実施した1000番台U-101編成が竣工。以後、2015年3月までに72両全車に施工され、順次転入した。
編成番号は7両編成(1000番台)がU101 - 108編成、4両編成(1100番台)がH201 - 204編成となった。
2013年9月28日のダイヤ改正にて「いなほ」1往復で運行を開始し、以降も順次運用を拡大した。2014年7月12日には最後まで485系の運用となっていた「いなほ」2往復を置き換え、定期列車全7往復を本系列で統一した。また、2015年3月14日のダイヤ改正からは、新たに運行を開始した特急「しらゆき」でも運用されている。
2018年11月7日、U-108編成が勝田車両センターへ転出した。
2023年3月18日ダイヤ改正以降は以下の定期列車に充当されている。
U編成(1000番台) 特急「いなほ」(新潟駅 - 酒田駅・秋田駅)
H編成(1100番台) 特急「しらゆき」(新井駅・上越妙高駅 - 新潟駅) 特急「いなほ」(新潟駅 - 酒田駅) 普通「おかえり上越」(新井駅 - 直江津駅)
なお、かつては快速「らくらくトレイン村上」などの着席通勤列車も本系列によって運行されていたが、2022年3月12日のダイヤ改正で「信越」が廃止されたのを最後に列車自体が消滅している。