ベルリン式
ナチュラル・アクアリウム・システムでは、主水槽やリフジウムにモナコ式底床を導入、あるいは底砂を深く敷く簡易型により併用する 。 スミソニアン式、Miracle Mud Method など海藻を成長させ刈り取る方式とも併用できる。処理能力の高いプロテイン・スキマーの設置が前提となるため、ウォッカ法、ZEOvit システムなど、有機炭水化物の添加でバクテリアの嫌気性の活動(脱窒、および硝化バクテリアのバイオフィルム内で起きる anammox 反応 e.g. )を活発化させ、浮遊バイオフィルムとして除去する方式とも相性がよい。
大型水槽で、サンゴ飼育が目的となるため、オーバーフロー式の水槽が有利である。日本の雑誌などでは、バクテリアによる硝化の速度を落としプロテインスキマーの効果を最大限発揮するため濾過槽(サンプ)に濾材を入れるべきではない、といった議論がなされるのをみることがある。しかし前述のように速度を落として有意なのは有機物からアンモニアへの分解だけであり、生体が直接排泄するアンモニアも考慮するなら、硝化能力ではなく脱窒能力を基準に水槽の濾過能力を考える、というのが正しい認識であろう。相反することのないモナコ式と優劣を比較するのも意味がない。