公安警察
基本的に捜査費用は非公開とされているため、予算の配分が妥当なのかどうか、判断することが難しい状態になっている。2010年には警視庁公安部公安第二課の巡査部長による経費詐取が発覚している。
また、菅生事件のように、非合法な手段による作業が表面化し、問題にされることもある。
公安警察の捜査の対象となっている団体の所属者を微罪逮捕したり、刑事・交通の管轄の事案に託けて、対象団体への家宅捜索などを行うことがある。逮捕された者には不起訴になるケースもあるが、公安警察の目的はむしろ逮捕を足がかりとした、事情聴取や押収資料からの情報収集・内情分析であるとされる(このような逮捕のあり方を別件逮捕という)。
捜査の段階で電話盗聴、盗撮を行う場合もあるとされ、人権侵害として訴えられる場合も多く、日本共産党幹部宅盗聴事件のように違法とされることもあった。1999年(平成11年)に通信傍受法が制定されるまではこの捜査方法の法的位置づけが曖昧だった。なお、公安警察内では、盗撮・盗聴はそれぞれ「秘撮」・「秘聴」と呼ばれる。