蝦夷三官寺
このような幕府の方針により三官寺は、蝦夷地の警備や出稼ぎ労働者として一時的に住んでいた和人と海難者の葬儀、および宗門取締りと外国船の退散祈祷を行った。
いっぽうでアイヌに対する仏教の布教について、『休明光記』には埋葬風俗について「夷のことは夷次第」と記されており、積極的な教化は行わないとするのが幕府と箱館奉行の方針であった。ただし幕府も教化自体を禁止したわけではなく、風俗改変を伴わない穏やかな布教が行われていたと考えられている。松浦武四郎は『蝦夷日記』に有珠善光寺が「平時にはアイヌに念仏を教え、有事には僧が訓示を行い、死を恐れず和人と共にロシアと戦えと命じた」と記している。また『日鑑記』に記される厚岸国泰寺で回向が行われた23人の「新和人」は和人商人に場所で使役されたアイヌと考えられ、一定程度の信徒が居たと考えられている。また厚岸国泰寺は、アイヌへのキリスト禁教の周知と、酒を振る舞って仏教祭祀への参加を奨励している。こうしたアイヌへのゆるやかな教化は、ロシア帝国を始めとする異国にアイヌが恭順しないようにすることが目的と考えられ、三官寺は積極的にその役割を果たしたと考えられている。