土合駅
山間部にあり、上り線が地上駅、下り線が地下駅となっている。平常時は無人駅で常駐する駅員はおらず、自動券売機も設置されていないため、旧改札口のところに乗車駅証明書発行機が設置されている。なお、臨時列車の運転時には、管理駅の水上駅から駅員が派遣されて臨時窓口が設けられることもある。駅舎内には待合室がある。トイレは改札外に1か所ある(下り線ホームのトイレは使用停止)。
駅舎は山小屋をイメージしたデザインで、1968年10月に完成した。外壁には新清水トンネル掘削時に出てきた石英閃緑岩が使われている。
2020年2月12日から3月22日にかけて、JR東日本とJR東日本スタートアップによるグランピング場施設「DOAI VILLAGE」の実証実験が行われ、同年8月8日にかつての駅務室に喫茶「mogura」がオープンし、同年11月14日の「DOAI VILLAGE」の開業をもってグランドオープンした。
当駅待合室内では、寝泊まり(STB)をする登山客らが食事用にガスコンロなどを使用する事例が相次ぎ、2016年4月には待合室が一時閉鎖された。その後再開放されているが、定期的にJR職員や警察が巡回を行っている。
当駅最大の特徴は、上下のホーム間が大きく離れていることである。これは、上越線の複線化の際に下りホームを地下70 mの新清水トンネル内に設置したことによるもので、駅舎と上りホームのある地上と下りホームの高さは81 mもの高低差がある。下りホームから駅舎に行くには、ほぼ一直線に伸びる462段の階段(長さ338 m)を上り、次いで湯檜曽川と国道291号を跨ぐ143 mの連絡通路に設けられた計24段の階段を上る必要がある。