ゲティスバーグからの撤退
しかし、良い面とすれば、ハーパーズ・フェリー近くのメリーランド高地にいたフレンチ将軍の約10,000名という一時的だが経験の無い援軍が可能であり、これらの兵士は第1軍団と第3軍団に組み入れられた。期限切れとこの援軍を差し引きして、ポトマック軍全体では約6,000名の増となった。ハーパーズ・フェリー、メリーランド高地およびサウス山の峠にいた部隊を含め、7月14日までに11,000ないし12,000名の兵士が増えたが、ミードはこれらの部隊の戦闘有効性についてはかなり疑問を持っていた。ポトマック軍に加えて、ダライアス・コウチ少将のサスケハナ方面軍は、ウェインズバラに7,660名、チェンバーズバーグに11,000名およびマーサーズバーグに6,700名を持っていた。これらは「緊急配備部隊」であり、リーがペンシルベニア州に侵攻したときに急に起ち上げられ、ミードの命令下に入った。
リー軍はその軍団組織と指揮官は同じままだったが、多くの重要な将軍達が戦死する(ルイス・アーミステッド、リチャード・ガーネット、アイザック・E・アブリー)か、捕虜になる(ジェイムズ・L・ケンパー、ジェイムズ・J・アーチャー)か、あるいは重傷を負う(ジョン・ベル・フッド、ウェイド・ハンプトン、ジョージ・T・アンダーソン、ドーシー・ペンダー、アルフレッド・スケールズ)かしていた。
7月13日朝、リーはミードが攻撃して来るのを待ちながらイライラし始め、北軍が南軍工作物の前に塹壕を掘っているのを見て当惑した。リーは辛抱できなくなって、「これは私には長すぎる。あれを待ってはいられない。...彼らは本の少しの勇気しか持っていない!」と言った。この時までに南軍の工兵隊がポトマック川に新しい舟橋を完成させ、川も渡渉できるくらいに引いていた。リーは暗くなってからの撤退を命じ、ロングストリートとヒルの軍団および砲兵隊はフォーリングウォーターズで舟橋を使い、イーウェルの軍団はウィリアムズポートで渡渉することとした。
ミードの命令はその軍団のうち4個軍団による威力偵察を7月14日午前7時までに始めるものとしていたが、この時までに敵軍が撤退した兆候が明らかになった。前進していた散兵が塹壕が空になっているのを見つけた。ミードは午前8時半に総軍追撃を命じたが、これだけ遅くなるとほとんど接触は起こらなかった。
ビュフォード師団は7月10日に国道を通って慎重にファンクスタウンに接近し、スチュアートの三日月形をした3マイル (5 km) におよぶ前線に遭遇し、第二次ファンクスタウンの戦いが始まった(第一次は7月7日のビュフォード第6アメリカ騎兵隊とグランブル・ジョーンズの第7バージニア騎兵隊の間で行われた小戦闘だった)。北軍トマス・C・デビン大佐の旅団が馬を降りて午前8時頃に攻撃を掛けた。午後半ばまでにビュフォードの騎兵隊は弾薬を使い果たしほとんど前進できていなかったが、ルイス・A・グラント大佐の第1バーモント歩兵旅団が到着して、ジョージ・T・アンダーソン准将の南軍旅団と衝突した(ゲティスバーグでアンダーソンが負傷した後、ウィリアム・W・ホワイト大佐が指揮していた)。これはゲティスバーグの後では初めて歩兵隊同士の戦闘となった。夕刻までに、ビュフォード隊は北軍の第1、第6および第11軍団が集結している南のビーバークリーク方面に撤退を始めた。
ビュフォードとキルパトリックはブーンズバラ周辺の前進した陣地を保ち、ポトマック軍の到着を待った。フレンチの部隊がハーパーズ・フェリーで鉄道橋を破壊し、1個旅団がメリーランド高地を占拠することで、南軍がサウス山の南端から側面を衝き、南西からフレデリックを脅かすことを防いだ。
ゲティスバーグを出るときの遅れと、セジウィックに対して単に偵察を行うのかあるいは積極的に前進してリー軍と戦闘を交えるのか矛盾する命令をだしたことで、ミードの敵対者が優柔不断と臆病と告発したように、後にミードを政治的苦境に立たせることになった。
ミードからの指示が矛盾していたとしても、セジウィックとウォーレンはさらに安全側に動いた。彼等はイーウェル軍団がフェアフィールドを明け渡すまで待ち、イーウェル軍団が西に動くにつれてその背後で安全な距離を保った。リーはセジウィックがその後衛を攻撃するものと思っており、その備えはできていた。イーウェルには「もし彼等が付いてくるならば、戻って叩け」と告げた。イーウェルは「神の導きによって、私がそれをやるだろう」と答え、ロバート・E・ローズ少将の師団に戦闘隊形を作るよう命じた。セジウィックの第6軍団はモンテレー・パスの頂点までリー軍を追ったが、反対側に降りてまで追撃することは無かった。