高校サッカー
Jリーグユースチームとの提携校も増えている。
例を上げると、 サンフレッチェ広島ユースと広島県立吉田高等学校、並木学院高等学校、 柏レイソルユースと日本体育大学柏高等学校、 鹿島アントラーズユースと鹿島学園高等学校、 東京ヴェルディユースと中央アートアカデミー高等部、 ベガルタ仙台ユースと仙台大学附属明成高等学校、 アルビレックス新潟ユースと開志学園JAPANサッカーカレッジ高等部、 京都サンガユースと立命館宇治高等学校、 ガンバ大阪ユースと追手門学院高等学校、 セレッソ大阪ユースと興国高等学校、 ヴィッセル神戸ユースと神戸学院大学附属高等学校、 ファジアーノ岡山ユースと岡山学芸館高等学校、 サガン鳥栖ユースと龍谷高等学校 などの提携がみられる。
JFAアカデミー福島は発足時男女とも地元福島県立富岡高等学校との提携関係が結ばれ、男女双方のサッカー部設立・強化の方針が打ち出された事により、富岡高校は全国大会出場までに至る。
Jリーグ加盟のサッカークラブのうち、ガイナーレ鳥取のクラブが設立したU-18と連携している米子松蔭高等学校は同クラブ公式スポンサーでもある。
FC琉球高等学院のようにJリーグクラブが運営するものもある。
提携は、クラブユース選手が提携先の通信制高校・サポート校に通うといったことや、Jリーグクラブユースの指導者が高校サッカー部の指導にも入ったり、クラブの練習場などを学校に貸し出すことで強化の相乗効果も期待されることがある。また近年ではJリーグのユースチームでトレーニングを受けながら、高校卒業時点でトップチーム昇格がかなわなかった場合に、提携先の高校の系列大学へ進学をする、などのような運営をしている場合もみられる。
特に日本とは対照的な結果に終わったことで知られる1999年に開催されたワールドユース選手権で、自国のサッカー育成環境の弊害と限界を思い知らされた協会は、この年を境に抜本的な改革に乗り出している。底辺拡大路線として、ユース育成費用を協会年間予算に盛り込むことを決める。2000年度からはサッカー部の新規創部を計画する小、中学校に対して支援金を支給を開始した。
2002年にはKリーグ各クラブにユース育成のための下部組織の設立を義務づけ、2003年からはそれまで協会管理下になかった地域のサッカー教室として活動していたクラブチームを登録し、学校サッカー部は1種、クラブは2種という形区分で分類化して底辺拡大に努めたのである。
2008年からは高校チャレンジリーグをスタートさせる。これはリーグ傘下クラブと高校サッカー部が熱戦を繰り広げるリーグ戦である。この世代はこれまでトーナメント戦ばかりが実戦機会だったが、これによって毎週末試合が組まれるようになった。これらリーグ戦の開催で、協会は将来的には選手やチームの競争心を煽るためだけのトーナメント戦をなくそうともしているとみられ、それはつまり四強入りで大学進学が可能という特殊なシステムを生み出したある種学歴偏重社会となっている制度への挑戦と受けとめられている。実際、サッカーで学歴を取得できる既存制度を支持する指導者や父兄からは相応の反発があったとされる。一方でリーグでは2013年から、チーム内における若手選手の登録に関する規則が設けられた。すべてのクラブはスターティングイレブンの中にU-23選手を一人は含める必要がある。リーグ内のU-22選手の数も増加傾向にある。つまりそうした選手を早くに育てて登録する必要があるのである。