佐世保線
2022年9月まで江北駅 - 有田駅間はJR貨物の第二種鉄道事業区間となっていたが、貨物列車の運行は1996年に廃止されトラック輸送に切り替えられていた。現在は1日17.5往復のトラック便が有田駅と長崎本線鍋島駅との間で運行されている(鍋島駅発が18本、有田駅発が17本)。2006年よりJR貨物としての有田駅は「有田オフレールステーション」の名称を用いている。
ワンマン運転を行う列車(2両編成・3ドア)では、終日有人駅の江北駅・武雄温泉駅・早岐駅・佐世保駅と、営業時間内の有田駅のみすべてのドアから乗降可能で、そのほかの駅(営業時間外の有田駅含む)では1両目中央(キハ47形にはない)と2両目のドアは開かず、乗車時には1両目の後ろのドアから整理券を取って乗車し、降車時には運転士に運賃または乗車券を渡して1両目の前のドアから降りることになる。YC1系の場合は編成両数に関わらずワンマン運転であり、有人駅では任意のドア横にあるボタンを押して乗降する(運賃や乗車券は駅員に渡すか駅の集札箱に入れる)。なお有田駅では営業時間外に特急「みどり」が停車することがあるが、この場合はすべてのドアから乗降可能で、乗車券等は車掌が回収する。
2009年3月14日から2020年3月13日まで、松浦鉄道直通運転列車が設定されていた。2015年6月1日時点 の運行区間は佐々発早岐行き・早岐発伊万里行きで、松浦鉄道の車両(MR-600形気動車)が使用されていた。これ以前にも松浦鉄道の列車が佐世保駅から早岐駅まで、JR大村線の快速「シーサイドライナー」の一部が佐世保駅から松浦鉄道佐々駅やたびら平戸口駅まで直通運転していたが、2006年3月18日のダイヤ改正から中止されていた。JRの車両はキハ66・67系気動車が使用されていた。
有田陶器市期間中には福岡・熊本方面から臨時列車や団体列車が運行される。これには通常佐世保線には乗り入れない車両も使用される。