東京総合車両センター
「東京総合車セ」または「TK」。
大井工場時代は「大井工」「OY」であった。
新宿派出所と同様に2013年(平成15年)3月16日に東京総合車両センターに移管された。
東京駅に常駐し、京葉線や総武快速線、横須賀線(E217系、E233系5000番代、E235系1000番代、E259系)を主に本線上修繕を行っている。
E231系電車500番台
トウ520編成は、2014年に各種改造を受け三鷹車両センター に転出しA520編成となった。 2016年にトウ540編成が、2017年以降トウ503・507-511・513-519編成が、2018年度はトウ521-538編成が、2019年度は残りの全編成が転出し、2020年1月24日にトウ506編成が運用離脱したことにより、全編成が転属した。転属完了後も、サハE231-4602・4604 - 4606が残っていたが、これらは同年9月10日付で廃車となり、12月に現地で解体された。
クモル145形・クル144形電車
2両編成1本が配置されていたが、2008年6月に長野総合車両センターに送られ廃車となった。配給車。
205系電車
103系電車の後継車両で、山手線の主力となっていた。
最後まで在籍していたのは2両(サハ205-45とサハ205-60)で、2010年3月に解体された。
211系電車
2013年3月16日ダイヤ改正の際に、従来配置されていた田町車両センターが廃止されたことで書類上転入した。すべて転用改造前の保留車である。
1986年から1991年にかけて新製配置され、東海道本線東京 - 島田間や伊東線で運用された。
2011年11月からE233系への置き換えが進められ、2012年4月23日に定期運用を終了した。
現車は東京総合車両センターに入線することはなく、基本10両・付属5両の編成は尾久車両センターなどに、付随車を抜いて6両および4両となった編成は青森車両センター、新潟車両センター、下新田信号場などの各車両基地や北長野駅、豊野駅、酒田駅などに疎開留置された。
廃車されなかった車両は、2014年から2015年10月までに耐寒耐雪仕様に改造され、全車長野総合車両センターに転出した。
E231系電車(10両)
B27編成のみが在籍していた。0番台は中央・総武緩行線用として三鷹車両センターに配置されていた車両で、付随車を抜いた制御車(クハ)・電動車(モハ)6両のみが使用されていた。用途は新津車両製作所で製造された山手線用4扉付随車サハE231形600番台・4600番台の試運転・配給輸送と、廃車になるサハE230形(6扉車)の長野総合車両センターへの廃車配給輸送で、控車扱いとして車両の中間に対象となる付随車を4両組み込んで使用した。帯色は従来の黄帯のままであった。6扉車の置き換え完了に伴い再び三鷹車両センターへ転出した。
193系電車(2両)
事業用の電気検測試験車。2両編成1本が配置されていたが、2013年6月10日に廃車された。
2007年(平成19年)4月1日に設置された赤羽駅構内にある臨時検査の派出所である。
赤羽発着列車には東京総合車両センター所属車両は運用されておらず、また近隣に尾久車両センターが立地するが、尾久は基本的に客車の車両基地であるため、同じ首都圏本部管内にあるとともに、赤羽発着列車に運用される車両を含む新系列車両の検査を担当している東京総合車両センターの出先機関となっている。首都圏本部管内での派出所設置は、品川駅・新宿駅・池袋駅・御茶ノ水駅・東京駅・上野駅に続いて7か所目である。