アムロ・レイ
木星帝国残党にガンダムのコア・ファイターのデータが盗まれ、一年戦争時代のアムロの戦闘データをコピーしたバイオ脳が駆るMS「アマクサ」が造られるというエピソードが描かれる。このMSは「ジュピター・ガンダム」と呼ばれ、トビア・アロナクス、グレイ・ストークら歴戦のニュータイプたちを圧倒するが、死闘の末に撃破される。バイオ脳は脱出して宇宙を漂うが、崩壊する基地内に閉じ込められたトビアに遠隔で脱出の経路を伝えたあとに死滅する。
一年戦争後は英雄的扱いを受け、彼に注目した多くのジャーナリストから「ニュータイプとは何か?」と取材を受けることになるが、彼の発言は大衆にとって抽象的で難解なものとして理解されなかったといわれる。やがて北アメリカのシャイアン基地に勤務。しかし、地球連邦政府のニュータイプを危険視する思惑から事実上の軟禁状態に置かれ、彼もララァを死に至らしめたことの後悔を引きずって鬱屈した生活を送る。
「アムロシャアモード」では、0081年に日本の鳥居がある海岸でムラサメ研究所の所員が見守るなか、当時の最新技術であるムーバブル・フレームおよび全天周囲モニター・リニアシートを備えたMS(外観はジム・コマンド)に搭乗し、模擬戦をおこない勝利する。ナミカー・コーネルら所員は、現役を退いても高い能力を示すアムロを危険と判断。北米のシャイアン基地への転属が決定する。また、『Ζ』でエマ・シーンが語っていた邂逅が詳細に描かれた。その後、シャアがクワトロ・バジーナとしてエゥーゴに参画し、強襲巡洋艦アーガマのクルーとして行動し始めたことや、ガンダムMk-IIの強奪により宇宙に動きがあったことを察知している。 『THE ORIGIN』では機密保持やニュータイプ研究のため隔離状態にあったが、0082年には監視兼護衛付きではあるものの行動の自由が許されている。出雲の旅行でハヤトからフラウとの結婚を打ち明けられたあと、自分たちにとってすべての始まりの場所であるサイド7復興に加わる意志を示す。
ラー・ザイム
MSZ-000 零式(アムロ専用)