アイメリア亜目
下位分類体系には議論が多い。代表的なものはアイメリア科と肉胞子虫科で、分子系統解析でもそれぞれ比較的まとまりの良いクレードを形成する。しかしそれ以外の科との系統関係には様々な問題がある。