由布島
近世、稲作に不適であった竹富島や黒島の島民は、西表島に水田を開き舟で通って耕作を行っていた(通耕)。その際、マラリアの有病地であった西表島を避け、無病地であった由布島に田小屋と呼ばれる仮住居を置いたのが、確認されている範囲での人が住むようになった始まりとされる。
太平洋戦争後、1947年(昭和22年)に竹富島や黒島から移住が行われて由布島に集落が成立。果樹や甘蔗が栽培され、各戸で水牛を飼養するようになった。人口も増加し、1948年(昭和23年)には学校(島分教場)が開校。のちに由布島小中学校などに改称。1964年(昭和39年)頃には島民111人、25世帯を数えた。当時は石垣島との間に定期航路(春風丸)もあったほどである。往時は、竹富島由来の種子取祭が執り行われていた。
しかし、1969年(昭和44年)9月26日にエルシー台風(日本名・昭和44年台風11号)により島全域が水没するなど壊滅的な被害を受け、1971年(昭和46年)8月8日には11世帯が対岸の西表島へと移住して美原集落を形成し、由布島には3世帯のみが残った。
その後、由布島ではヤシの植樹などが行われ、1981年(昭和56年)4月1日に植物園が開園。徐々に施設を拡大して今日に至っている。1990年(平成2年)には、島内の電力技術に携わっていた明電舎のCMで紹介され、知名度が向上した。