SAGAWA SHIGA FC
引き続き中口雅史が監督を務めた。前年のメンバーからMF岡村の引退に加え、MF高橋はじめ3名が海外クラブへ移籍した。新人3人に加えて、FC岐阜からMF嶋田正吾が5年ぶりにチームに再加入し、三たび連覇を狙うシーズンとなった。
開幕2戦は昇格チームに対してともに先行を許しながらも逆転で連勝したが、3月24日の第3節YSCC戦で1-4と大差で敗れると、以降6試合勝利から遠ざかった。5月6日には当時首位のカマタマーレ讃岐に勝利するが、その後も連敗するなど調子が安定せず、長崎、長野パルセイロなどの上位陣にも白星をあげられずに11位でシーズン前半を折り返した。しかし7月に入ると、好調の清原を中心に攻撃陣が調子を取り戻して5連勝とし、順位を3位に上げた。
8月に入るとドローで連勝が途切れるが、天皇杯滋賀県予選では前年に続いて決勝でMIOびわこ滋賀との対戦を制し、6年連続の天皇杯出場を決めた。
天皇杯本大会では1回戦で関西学院大学に6-0と勝利 すると、9月8日に姫路市立陸上競技場で行われたJ1のヴィッセル神戸との2回戦では、前半の嶋田、後半の清原のゴールとGK森田の好セーブなどでと2-1と逃げ切り、滋賀県勢として初、チームとしては前身の一つである佐川東京以来7年ぶりのJリーグクラブに対する勝利をあげた。
佐川急便SCとしてのJFL参入1年目である2007年は、GMとして伊藤庸夫を迎え、旧佐川大阪の中口雅史を監督、旧佐川東京の田中信孝をヘッドコーチに据えた。佐川東京から15名、佐川大阪から16名の選手が集まり、新たな獲得選手は迎えずにシーズンに臨んだ。
合併・ホーム移転の困難から序盤は苦戦を強いられ、開幕戦は辛くも勝利したものの、翌節では前年の下位チーム相手に星を落とした。しかし、MF堀健人、嶋田正吾の両サイドアタッカーにトップ下の中村元が絡み、FW御給匠が得点する攻撃の形ができると勝利を重ね始め、競り合いの試合ではFW竹谷英之がスーパーサブとして試合を決めるなど勝負強さも発揮して、5月上旬に首位に立った。以降首位を明け渡すことなく、後期第15節に2位のロッソ熊本が敗れ、同節にHonda FCと引き分けて、前身の佐川東京、佐川大阪を含めても初のJFL優勝を果たした。
この年Jリーグ参入を果たした熊本には1勝1分、FC岐阜には2勝と強さをみせた。30得点で得点王・MVPとなった御給の他、堀、嶋田、MF山根伸泉、DF影山貴志、冨山卓也、GK森田耕一郎の総勢7名がベストイレブンに選ばれ、中口が最優秀監督に選ばれた。なお、8月にホーム佐川守山で行われた栃木SC戦では試合開始後に突然の雷雨により試合が前半途中で中止となり、後日再試合となるハプニングがあった。
JFLシードとして出場した第87回天皇杯では、3回戦でバンディオンセ神戸に勝利した 後、迎えた4回戦の横浜F・マリノス戦では先制を許し、御給のゴールで一時同点に追いついたものの後半に失点を重ねて1-4と敗れた。