久我家
また、京の遊女屋には久我家に公事銭を納めさせることで座を形成を認可するようになり、売春業からの征賦が久我家の収入源になった。
だが、室町時代に入ると足利義満が源氏長者となり、足利家が源氏長者となる慣例が成立する。ただし、足利将軍家そのものが後継者争いなどによって不安定な状況が続いたため、実際には村上源氏公家の久我家と清和源氏武家の足利家が交互に源氏長者に就任する様相を呈し、戦国時代に入ると再び久我家が源氏長者を独占して久我通堅まで続いた。また、中世以後当道座の本所としても知られた。だが、康正2年(1456年)に放火によって久我家の家記などの文書を失い、更に戦国時代以後に各地の荘園を失ったことで衰退し、豊臣政権期末期の慶長4年(1599年)に久我敦通と長橋局の醜聞で後陽成天皇の勅勘を受けて家領の多くを奪われたことから、江戸時代に入ると源氏長者は徳川家に奪われてその独占となり、久我家は摂関家に次ぐ清華家の家格を有したものの、実際には不振が続き、江戸時代の家禄とされる700石が確定したのは敦通の孫である久我広通の時代と言われている。以後は清華家として再び大臣を輩出するようになったが、源氏長者の地位は徳川に奪われたままだった。
大政奉還に際して徳川慶喜は将軍職とともに源氏長者の地位も返上し、王政復古後の慶応4年(1868年)2月1日に当時の久我家当主久我建通が源氏長者となった。久我家が源氏長者となるのは安土桃山時代の当主久我通堅以来のことであった。その後、明治4年(1871年)に公文書への本姓(源氏や平氏など)の使用が廃されたことで源氏長者の制度が終わるまで彼が歴史上最後の源氏長者となった。
村上天皇の皇子具平親王の王子資定王は寛仁4年(1020年)に臣籍降下して源朝臣の姓を賜わり「源師房」となった。これが数多くの公家源氏を出すことになる村上源氏の始まりだった。源師房は関白藤原頼通の猶子となって右大臣まで昇進したが、承保元年(1077年)に70歳で死去した。
その子に源俊房と源顕房の兄弟があった。後三条・白河両天皇の摂関藤原氏抑圧策によりこの兄弟は引き立てられた。顕房の娘賢子は延久3年(1071年)に皇太子貞仁親王(後の白河天皇)に入侍し、中宮となって善仁親王(後の堀河天皇)を産んだ。応徳3年(1086年)に白河天皇が譲位して院政を開始し、堀河天皇が践祚すると当時右大臣になっていた顕房は天皇の外祖父として摂関家をしのぐ権勢をふるうようになった。
嘉保元年(1094年)に顕房が赤痢で死去した後には、左大臣の地位にあった兄の俊房が権勢をふるうようになったが、やがて輔仁親王と宗仁親王(後の鳥羽天皇)の皇位継承争いをめぐって輔仁親王擁立派の俊房は宗仁親王擁立派の顕房の子源雅実や藤原公実らと対立を深めて失脚。