海援隊
だがここで、ただちにユニオン号を長州藩の用船として使いたいとする長州藩と、条約を楯に代金の支払いがない状態では引き渡せないとする近藤が対立する(ユニオン号事件)。別の用件で下関に来た龍馬もこの問題に巻き込まれた。最終的に、長州藩に有利な新条約を結びなおすことで12月に紛争は落着した。町田明広は、この紛争において近藤個人だけではなく「社中」メンバーが結束して長州藩の主張に反対したのではないかとし、「社中の成立は、あくまでもユニオン号の帰属をめぐる中で偶然になされた」としている。翌慶応2年(1866年)1月、近藤長次郎は自害するが理由は諸説ありはっきりしていない。
慶応2年(1866年)5月に鹿児島に入港したユニオン号を譲渡先の長州藩に届けることになり、ここに坂本龍馬が船長として乗り組み、6月4日に出港、14日に下関に到着する。すでに第二次幕長戦争(第二次長州征伐)が開戦しており、長州藩の「乙丑丸」となったユニオン号は、17日に高杉晋作率いる長州艦隊に協力して門司攻撃に参加し長州の勝利に大きく貢献する。このユニオン号運搬を境に坂本龍馬は「土佐脱藩浪士グループを含む旧勝門人グループや旧幕府水夫」らの統率に乗り出して「龍馬社中」と呼べる存在となり、これが「海援隊」につながったと町田明広は主張している。薩長盟約の成立後には薩摩藩側が当初「社中」メンバーに求めた海軍の育成支援の必要性は薄れ(藩自体がそれらの事業に乗り出したため)、これが海運業や開拓といった機能を社中→海援隊が担うようになる契機となったとしている。前記した、薩摩藩から「社中」のメンバー(龍馬ら7名)に一人3両2分の給金が出るようになったのはこの年の10月からである。