北海道旅客鉄道
マツダのユーノス販売網に参加し自動車ディーラーとして営業。札幌駅付近の高架下および帯広市に店舗を構えていた。1998年3月末、メーカー資本の地元ディーラー「マツダアンフィニ北海道」に営業譲渡して撤退・清算した。札幌店は「マツダアンフィニ北海道・JR札幌駅東口店」として営業していたが、のちに閉店している。
新幹線 はやぶさ(東北新幹線直通、一部を除きJR東日本の車両) はやて(一部東北新幹線直通、JR東日本の車両のみ使用)
特急列車 カムイ ライラック(1980年 - 2007年、2017年 -) ライラック旭山動物園号(臨時) フラノラベンダーエクスプレス(臨時) 宗谷 サロベツ(一部特定日運休) オホーツク 大雪(特定日運休) すずらん 北斗(1965年 - 2018年、2020年 -) おおぞら(1961年 - 2001年、2020年 -) とかち(1990年 - 1991年、1997年 - 2009年、2020年 -) ニセコ(臨時)
快速列車・ライナー エアポート(朝夕の一部は特別快速) ニセコライナー なよろ きたみ(特別快速) 狩勝 しれとこ摩周号 ノサップ はなさき はこだてライナー(一部普通列車) ホームライナー
観光列車 くしろ湿原ノロッコ号 富良野・美瑛ノロッコ号 ふらの・びえい号(2018年は「快速」として運転) SL冬の湿原号 流氷物語号
団体専用列車 TRAIN SUITE 四季島(臨時・JR東日本)
JR北海道ホテルズ株式会社 JRタワーホテル日航札幌、ホテル日航ノースランド帯広、JRインの運営を行う。
ジェイ・アール北海道バス株式会社 路線バス、貸切バスの運行、桑園自動車学校の運営を行う。 株式会社JR北海道ソリューションズ 駅レンタカー、カーリース、駐車場管理のほか、駅内・車内広告掲示やCM制作、車内誌「The JR Hokkaido」の発行、札幌駅南口広場のイベント企画の運営などを行う。 2020年4月1日に広告代理業の「北海道ジェイ・アール・エージェンシー」を吸収合併して、「ジェイアール北海道レンタリース」から社名変更した。
9月6日:未明に発生した北海道胆振東部地震の影響でJR北海道全線で運休。翌7日より一部路線で順次運転を再開。
2019年(平成31年 / 令和元年) 2月1日:大規模災害時や事前に運休や運転見合わせを決定した際の、短文投稿サイト「Twitter」での列車運行情報の配信を開始。 3月16日:ダイヤ改正。北海道新幹線青函トンネル内での最高運転速度を160km/hに向上、東京駅 - 新函館北斗駅間を「はやぶさ」最速列車が3時間58分で運転。 4月1日:石勝線 新夕張駅 - 夕張駅間(夕張支線)廃止。 7月-9月:宗谷本線でJR東日本の観光列車「びゅうコースター風っこ」を使用した臨時列車「風っこそうや」を運転。 10月1日:消費税増税に伴い運賃改定。100キロメートル以下の運賃に対キロ区間制を採用。
2020年(令和2年) 3月14日:ダイヤ改正により、快速「エアポート」が1時間あたり最大5往復に増発され、うち一部の列車(朝夕の合計2往復)の種別が「特別快速」となる。区間快速「いしかりライナー」が普通列車(各駅停車)に格下げされ廃止。特急「スーパー北斗」「スーパーおおぞら」「スーパーとかち」がそれぞれ「北斗」「おおぞら」「とかち」に改称され、管内から「スーパー」を冠する特急列車がなくなる。H100形気動車が営業運転開始。 4月17日:新型コロナウイルス感染症の影響により予定を前倒しして、札沼線北海道医療大学駅 - 新十津川駅間最終運行、以降廃止日まで運休。