最初の大陸横断鉄道
開通当時の線路や枕木はとうに新しいものに交換され改良されているが、鉄道の運行経路はほぼ当時作られた経路のままである。ユタ州など、当時の経路に迂回路が設けられた地点では、当時の線路の土手がいまだに明確に残されている。開通記念式典が行われたプロモントリーサミットは、1904年にグレートソルト湖を横断するルーシン短絡線が開通するとメインルートから外れ、湖の横断橋が不通になった際の予備として残されたが、1942年に戦争の影響で鉄材を供出するため、線路が完全に撤去された。その後しばらく放置されていたが、1965年に国立公園のビジターセンターが設置された。
開通記念式典でリーランド・スタンフォードが打ち込んだ黄金の犬釘は、式典終了後に通常の鉄の犬釘と交換され、現在はスタンフォード大学の博物館に展示されている。
東海岸と西海岸とを結ぶ交通の主役が大陸横断鉄道から航空機に移り変わって久しいが、現在でも、シカゴとサンフランシスコベイエリアのエマリービルとの間をアムトラックのカリフォルニア・ゼファー号が毎日運行している。貨物輸送においては、パナマ運河を通過できない超大型船が1980年代以降に増えたこともあり、コンテナを使った複合一貫輸送のために大陸横断鉄道が活用されている。東アジアからの工業製品は西海岸の港湾のコンテナターミナルに下ろされ、そこからコンテナを二段積みするダブルスタックカーなどの長大な貨物列車に積み替えられて中西部や東海岸などに送られている。
2015年には中華人民共和国の国営企業中国鉄路総公司はアメリカ初の高速鉄道を目指してカリフォルニア州とネバダ州を結ぶ新たな大陸横断鉄道の構想をエクスプレスウエスト社と推し進めるもアメリカ合衆国連邦政府によって中止に追い込まれた。