日本貨物鉄道
2020年3月14日時点で、241の駅と37か所の自動車代行駅(オフレールステーションならびに新営業所)を保有している。大半の駅は旅客鉄道の旅客駅と共有しており、またおよそ半分の駅では定期貨物列車の設定が無い。
各支社記事の「管内の駅」の節を参照のこと。
全国6か所の貨物駅構内に物流施設を保有しており、テナント1社専用のBTS型施設「エフ・プラザ」と複数企業が入居するマルチテナント型施設「レールゲート」を全国展開中である。レールゲートでは、鉄道利用に応じ倉庫賃料を割引く制度の導入などが予定される。
また、貨物駅の廃止・縮小に伴う跡地に商業施設を開業させるなどした例もあり、飯田町駅と小名木川駅の再開発がこれにあたる。
3月15日:ダイヤ改正。 3月27日:国鉄労働組合(国労)との昇進、配転、手当等を巡る労使紛争について中央労働委員会で和解が成立。
2009年(平成21年) 3月14日:ダイヤ改正。 11月:鉄道コンテナ輸送50周年記念イベント開催。
2011年(平成23年) 2月14日:本社が飯田橋から千駄ヶ谷へ移転。 3月12日:ダイヤ改正。全国8駅で駅名改称(釧路貨物駅、帯広貨物駅、苫小牧貨物駅、函館貨物駅、仙台貨物ターミナル駅、田端信号場駅、新小岩信号場駅、京都貨物駅)。
2012年(平成24年) 3月17日:ダイヤ改正。岳南鉄道(現・岳南電車)への紙輸送から撤退、ワム80000形式の運行も終了した。
2013年(平成25年) 3月16日:ダイヤ改正。吹田貨物ターミナル駅が開業。百済駅を百済貨物ターミナル駅に改称。 4月1日:梅田駅が廃止される。
2014年(平成26年) 3月15日:ダイヤ改正。
2016年(平成28年) 3月16日:子会社の日本フレートライナーがジェイアール貨物・インターナショナルを吸収合併。 4月1日:子会社のジェイアール貨物・山陽ロジスティクスがジェイアール貨物・関西ロジスティクスを吸収合併し、ジェイアール貨物・西日本ロジスティクに改称。
2018年(平成30年) 1月1日:子会社の日本オイルターミナルがオー・エル・エスを吸収合併。
2019年(平成31年) 4月1日:北陸線貨物支線(敦賀港線)敦賀駅 - 敦賀港駅間が廃止。