旗艦
『スタートレック』シリーズにおける USS エンタープライズ号は、その他の多くの宇宙艦に乗船している高位の階級の部隊指揮官は座乗していないが、惑星連邦の旗艦としてしばしば紹介される。
『宇宙戦艦ヤマト』シリーズにおいては、旗艦の艦長が艦隊司令を兼ねるといった、(実在の水上艦隊がモデルとするなら)間違った描写がなされた。リメイク作品の『宇宙戦艦ヤマト2199』以降の作品では改められている(ただし、『宇宙戦艦ヤマト2202』の山南修のような例外もある)。
『銀河英雄伝説』のOVA版では、各艦隊や司令官クラスの重要キャラクターごとに一般的な艦艇とはフォルムが異なり機能も強化された多様な旗艦級戦艦が描写されている。これは作品中に数多く居る艦隊司令官のキャラクターの個性付けやメカ描写の多様化など、作品の重要なアクセントの一つとなっている。