黒ずくめの組織
明美の死によって志保(シェリー)は組織から逃亡し、灰原として登場することとなる。
原作では第2巻という早い段階で登場し、アニメでは第13話「奇妙な人捜し殺人事件」がこれに相当するエピソードだが、ジンとウォッカが沖田(おきた、声 - 大友龍三郎)という組織に関係のない銀行強盗常習犯に置き換えられる改変が行われたため、アニメでは第128話「黒の組織10億円強奪事件」(明美と組織が絡む本筋を残したアニメオリジナルエピソード)の中で初登場した。なお、2016年に放送されたテレビスペシャル『名探偵コナン エピソード“ONE” 小さくなった名探偵』では、原作に準拠した設定で描かれた。
劇場版第5作『天国へのカウントダウン』では、劇場版オリジナルの設定として生前に組織の監視を逃れ、マンションの一室に構えていた隠れ家が登場する。ジンと共にたどり着いたウォッカが大家から聞き出したところによれば、明美が1年分の家賃を前払いしていたことから電気や電話は使えるままとなっており、寂しさに駆られた灰原は留守番電話に残る姉の声をひそかに聴いては妹としての思いを告げていたが、それがもとでジンたちに逆探知されかけたうえ、命を狙われることとなる。
声 - 大友龍三郎
組織と契約したゲームのシステムエンジニア。45歳。
以前は映画の特殊視覚効果に関わる有名なCGデザイナーであったが、点字を必要とするほど視力が低下したことでエンジニアに転向した。職業上、有希子をはじめとした各国の女優と面識があり、シャロン(ベルモット)とは犬猿の仲だったことが知られている。有能なシステムエンジニアとして組織に目をつけられ、ベルモットの発注によりあるソフトウェアを作らされる。日記には、以前そのソフトを作ろうとした際に「我々人間のために断念した」と書いているが、その具体的な内容は不明。
視力だけでなく心臓も手術が必要なほどに病んでおり、ソフトを未完成のままにして海外へ高飛びしようとしていたが、友人の相馬 竜介(そうま りゅうすけ、声 - 阪脩)から組織とは無関係に個人的な恨みを買っていたため、組織が始末する前に相馬の手で心疾患を利用され、殺害される。
声 - 堀之紀 、演 - 佐々木蔵之介
新一=コナンにAPTX4869を飲ませた張本人。組織の実行部隊のリーダーで、「あの方」・烏丸蓮耶からの信頼も厚く、直接連絡を取り合える幹部。FBIに「ジンを押さえればボスまで辿り着ける」と踏まれており、赤井からは後述の理由で「恋人」「宿敵」「本命」などと呼ばれている。 容姿 素性を知らなかった頃の新一から「平気で殺人を繰り返してきたに違いない」と評される程の冷酷な目つきと、銀色で腰まで届くストレートの長髪が特徴。目の色は深緑色。左の目尻は、赤井の狙撃によって傷を負わされた。防弾ジャケットを仕込んだ黒いロングトレンチコート、ノーネクタイのハイネック、黒帽子の服装がトレードマーク。 人物像 年齢国籍共に不詳で、日本での活動時は主に日本語を使用しているが、ベルモットとは英語でメールをやり取りしており、劇場版第20作『純黒の悪夢』のノベライズ版では、リースリングとドイツ語で会話をしている。詩人のような台詞回しも特徴。左利き。作者はジンの名前について「裏設定では『黒澤 陣(くろさわ じん)』っていう名前」とも答えており、単行本第28巻収録の「悪魔の矢」に出てくる名簿に、ほとんど見えないが「魚塚三郎」の隣に「黒澤陣」と書かれている。 愛車は黒のポルシェ356A(正確にはC)で、「ドイツの雨ガエル」と呼んで気に入っている。愛煙家であり、喫煙する際にはマッチでタバコに火を付ける。愛用の拳銃としてベレッタM1934(アニメ版ではベレッタM92)、ライフルにはM16を使用する。 とてつもない切れ者であり、キャンティとの通話に「ノイズだらけで聞き取りずらい」と言われて自分の車内にあるキールの靴底に仕掛けられた盗聴器に気付いたり、ウォッカを追跡する作戦を瞬時に看破して逆にコナンを窮地に追い詰めたりするなど、鋭い洞察力と観察力を持つ。
声 - マイケル・リース
MI6から組織に潜入していた男性捜査官。
NOCリストを盗み見たキュラソーの報告で正体が露見し、ロンドンでダブルデッカーに乗っていた際にコルンによって射殺される。コルンとは親しくしていたらしい。
また、死亡する直前にはコナンが工藤新一であることを本人に明かされているが、アニメでは「あなたが? そう...噂は聞いているわよ」と納得している。
5年前、諸星大に車へ当たり屋をされたことをきっかけに、3年間恋人として付き合っていた。しかし、アンドレ・キャメルのミスにより諸星がFBI捜査官・赤井秀一であることが組織に発覚したため、付き合い続けることができなくなった。この事件により、明美は組織に「FBIの潜入捜査を手引きし、今後も組織の情報を外に漏らす原因を作る可能性が高い危険人物」と認識されることになる。それから2年後、自分と志保を組織から抜けさせることを条件に、銀行強盗(アニメでは現金輸送車強盗)を実行する。犯行は成功するが金の隠し場所を教えなかったため、約束を反故()にされてジンに腹部を撃たれて致命傷を負ってしまう。その後、ジンとウォッカが立ち去って間もなく駆けつけたコナンに、自分が黒を象徴とする巨大な犯罪組織に所属する末端の人間であることと、強奪した10億円の隠し場所を告げて息を引き取った。
コナンが自分から「工藤新一」だと告げた数少ない人物で、告げた理由について作者は「この人はもう助からないと思って本当のことを喋ったんだよ」と明かしている。
使用拳銃はワルサーPPK。
「映画監督・酒巻昭氏を偲()ぶ会」の会場で、収賄の発覚によって逮捕寸前だった呑口を暗殺した後、会場を訪れていた灰原がシェリー(宮野志保)と同一人物であることに気づいたため、彼女をホテル旧館の酒蔵に監禁し、始末を画策する。まもなく、コナンに犯行を見破られたために灰原もろとも始末しようと動くが、その直前の銃撃でスピリタスが漏れ出して気化していたことに気付かず、自身のタバコから引火して酒蔵が炎上するという想定外の出来事に動揺した結果、コナンと灰原の脱出を許してしまう。その直後、ジンから呑口を暗殺する際に銃口を天井のシャンデリアに向けた瞬間をカメラマンに撮影されていた、その写真が翌日の朝刊の1面に掲載されるという事実を知らされて、「あの方に長年仕えた私を殺せばお前(ジン)の立場も危うくなる」と命乞いを試みたが、「あの方」直々の命令だと告げられて愕然。夢の続きは向こうで見るんだなと射殺された。なお、死後には自宅が全焼したことが目暮警部の口から明かされている。