月刊少年ガンガン
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電撃ドクターモアイくん(岩村俊哉) 1992年10月号 - 1996年No.6
とある日常のいんでっくすさん(漫画:みじんこうか、原作:鎌池和馬、キャラクター原案:はいむらきよたか) 2013年10月号 - 2016年6月号、『ガンガンONLINE』と並行連載
とある魔術の禁書目録 エンデュミオンの奇蹟(原案:鎌池和馬、原作:PROJECT-INDEX、構成:西野リュウ、作画:朝倉亮介、キャラクター原案:はいむらきよたか) 2013年3月号 - 2013年11月号
とある魔術のヘヴィーな座敷童が簡単な殺人妃の婚活事情(原作:鎌池和馬、構成:西野リュウ、作画:臥待始、キャラクター原案:はいむらきよたか、凪良、真早、葛西心ほか) 2015年3月号 - 2015年11月号
東京アンダーグラウンド(有楽彰展) 1998年No.1 - 2005年3月号
東京ファンタジー学園勇者科 月彩のノエル(介錯) 2008年6月号 - 2009年9月号
東京ロビンの見てるだけ(東京ロビン) 1998年9月号 - 2002年1月号
弩アホリズム(宮条カルナ) 2018年7月号 - 2019年11月号
ドームチルドレン(山崎風愛) 2001年12月号 - 2002年8月号 → 『ガンガンパワード』に移籍
最強無敵!! ド根性一家(原作:神崎将臣、作画:一本木蛮) 1991年11月号 - 1992年5月号
再世のファンタズマ(赤人義一) 2015年8月号 - 2017年7月号
咲-Saki-阿知賀編 episode of side-A(原作:小林立、作画:五十嵐あぐり) 2011年9月号 - 2013年4月号
666〜サタン〜(岸本聖史) 2001年9月号 - 2008年1月号
ザ・ドリフトガール(飯島ゆうすけ) 1991年11月号 - 1992年8月号
里見☆八犬伝(よしむらなつき) 1997年No.24 - 2001年11月号 → 『コミックブレイドMASAMUNE』に移籍
サララ前線北上中(まつむらやすし) 1992年9月号 - 1993年3月号
Secret(外海良基) 2013年11月号 - 2015年3月号
椎名くんのリーズニング・ファイル(あさみさとる) 1996年No.14 - 1997年No.9
屍姫(赤人義一) 2005年5月号 - 2014年9月号
仕立屋工房 Artelier Collection(日丘円) 2009年5月号 - 2011年6月号 ← 『ガンガンパワード』より移籍
JUDGE(外海良基) 2010年2月号 - 2012年9月号
ジャングルはいつもハレのちグゥ(金田一蓮十郎) 1997年No.4 - 2003年1月号
罪×10(山内泰延) 2014年9月号 - 2015年9月号、『ガンガンONLINE』と同時連載
獣神演武(原案:黄金周、シナリオ:社綾、作画:荒川弘) 2009年6月号 - 2010年9月号 ← 『ガンガンパワード』より移籍
保坂の考えも変わっていったようで、1996年時には「コミック誌にゲームの要素を入れるつもりはなかったし、いまもない」と述べているが、1997年のインタビューでは「ゲームユーザーにゲーム感覚のコミックを提供しようというコンセプト」と語っている。実際に、1997年以降『ポケットモンスター』、『アークザラッドII』、『スターオーシャン』、『モンスターファーム』といった『ドラクエ』以外のゲームを題材とした漫画が掲載されるようになる。一方で、作品の自社ゲーム化は1997年の『忍ペンまん丸』を最後に一時途絶える。2000年12月の『ドキドキ♡伝説 魔法陣グルグル』がゲームボーイカラー用ソフトとして発売されているが、それ以外は合併されるまで発売されていない。その他『突撃!パッパラ隊』が2000年3月にJ・ウイングからゲームボーイ用ソフトとして発売されている。
1998年4月に再び月刊に戻る。この頃保坂嘉弘から飯田義弘に編集長が変わる。再月刊化後は『まもって守護月天!』、『刻の大地』、『ジャングルはいつもハレのちグゥ』、『スターオーシャン セカンドストーリー』など女性漫画家の作品が人気を出していった。
廻生のカリカチュア(原案・設定・コンテ:極楽院櫻子、脚本:もぎひろむ、作画:轟斗ソラ) 2015年10月号 - 2017年1月号
風追い人(しっちーしちだ) 1999年3月号 - 1999年5月号
風の騎士団(増田晴彦) 1995年1月号 - 1996年3月号 → 『月刊Gファンタジー』に移籍
COLORMALL(藤原カムイ) 1998年No.2 - 1998年10月号
ガンガンゲーム4コママンガ劇場(作者複数) 1998年4月号 - 1999年2月号
ガンビ〜(水沢充) 2002年2月号 - 2002年12月号
機動少年XX(立木大和) 1996年No.3 - 1996年No.13 → 『ガンガンWING』に移籍
からす天狗うじゅ りあるわーるど天狗帖(塒祇󠄀岩之助) 2009年1月号 - 2009年8月号
君と僕。(堀田きいち) 2003年11月号 - 2004年6月号 → 『ガンガンパワード』に移籍
清村くんと杉小路くんと(土塚理弘) 2000年9月号 - 2002年1月
清村くんと杉小路くんろ(土塚理弘) 2008年2月号 - 2012年6月号
輝竜戦鬼ナーガス(増田晴彦) 1991年4月号 - 1994年10月号
決めるぜ修太!