ハーバーハイウェイ
※ 大型車・普通車とも同料金、自動二輪車・原付自転車は全区間無料
2021年現在、ETCや自動精算機・料金自動収受機は設置されておらず料金所職員に支払う。2000年から2021年3月28日まで、有料にもかかわらず摩耶ランプの出入口料金所は20時から翌朝8時までは係員が不在となり(本線料金所には係員配置)、料金所に置かれた鉄製の箱に料金を投入することとされていて遮断機もなかったことから、夜間時間帯は料金を支払わず通過するのが常態化していた。これが市議会でも問題視されたが、交通量の少ない夜間に全料金所に係員を配置すると費用倒れとなることから、市条例を改正のうえ、2021年3月29日から2022年度に予定されているETCの設置までの間、夜間に1区間だけ通行する場合は無料とされた。
回数券は、摩耶大橋と共通で、1冊125枚つづりが10,500円、1冊300枚つづりが22,000円であり、1区間通行する場合は1枚、2区間通行する場合は2枚または1枚と現金110円を収受員に手渡す。この他、神戸港の振興策として一定の事業者からの減免申請に基づき、別途規定枚数の「通行券」が交付されている。
阪神高速道路により3号神戸線と5号湾岸線との乗り継ぎルートに指定されているが、本路線の料金は別途支払う必要がある。