ジュンク堂書店
1963年 - 株式会社大同書房として神戸市生田区(現:中央区)の元町本通りで創業する。
1976年 - 三宮センター街に本社を移し、現社名に変更する。
1982年 - 三宮東サンパルビルに、300坪の大型専門書専門店サンパル店が開店し、店内に喫茶コーナーが初めて設置される。
1988年 - 京都市下京区に、435坪の京都店が開店する。
1989年 - 神戸市東灘区に、神戸住吉店が開店する。
1991年 - サンパル店の店名をブックセンターに変更し、500坪に増床する。また、センター街店の店名を、三宮店に改称する。
1992年 - 兵庫県芦屋市に、64坪の芦屋店が開店する。
1994年 - 兵庫県明石市のJR明石駅前、明石フォーラス内に明石店が開店する。
1995年 - 1月17日に阪神・淡路大震災が発生し、神戸市周辺の店舗が被災する。2月から12月にかけて、被災した店舗が復興開業する。また、400坪の大分店と、350坪の鹿児島店が開店する。
1996年11月3日 - 座り読みコーナーを初めて設置した、900坪の難波店が開店する。
1997年 - 1,000坪の池袋店と、900坪の仙台店(現在の仙台本店所在地に設置。現店舗は、現在の仙台TR店)が開店する。
1998年 - 大阪市に、450坪の天満橋店が開店する。
1999年 - 堂島アバンザに、開店当時は日本最大の売場面積である1,480坪の大阪本店が開店する。760坪の広島店(現・広島駅前店)と、550坪の大宮ロフト店が開店する。
2000年4月21日 - 三宮店を1,000坪に増床し、新装開店する。
ブックローン
キクヤ図書販売
BL出版
ブックローンヨーロッパ(パリ・ジュンク堂書店) - フランス・パリ1区ピラミッド通りで書店の経営を行っている。
洋販新社 - 洋書卸
HON(旧・ジュンク堂インターネット事業部門) - ネット書店「アウルHON急便」を運営している。2010年2月、アウルHON急便をネットストアHONに改称、ホームページもジュンク堂と統合。
台湾淳久堂(股)有限公司 - ジュンク堂書店の台湾現地法人、2016年現在、光復南路店の1店舗の経営を行っている。