馬淵澄夫
2009年の第45回衆議院議員総選挙では、自民党に復党し同党公認で立候補した森岡正宏に比例復活すら許さず、3選。同年9月に発足した鳩山由紀夫内閣において、前原誠司国土交通大臣の下、国土交通副大臣に任命された。2010年6月発足の菅直人内閣においても、国土交通副大臣に再任。
2010年9月、菅直人第1次改造内閣で前原誠司国交相が外務大臣に横滑りしたため、後任の国土交通大臣に副大臣から昇格する形で任命された。あわせて内閣府特命担当大臣(沖縄及び北方対策)及び「海洋に関する施策を集中的かつ総合的に推進するため企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」を担当する国務大臣も兼務する。
国交相就任後の2010年11月、民主党政権下で建設中止の方向性が出されていた群馬県の八ッ場ダムについて「私が大臣のうちは『中止の方向性』という言葉には言及しない。予断を持たず(ダムの)検証を進め、その結果に従う」と述べ、前任の前原誠司国交相が表明した建設中止の方針を事実上、撤回した。
八ツ場ダムは洪水予防の前提である利根川流域の基本高水の数値データを裏づける資料が存在しないことが明らかになり、下流の周辺地域での水需要についても実態よりも過大な見積もりがなされていた。これについて馬淵は副大臣の時から「何らかの糸口で見直せないか調べていた」という。 大臣となって再検証をするにあたり、「今後この中止の方向性という言葉は言及しないんだということをはっきりと申し上げなければ、それこそ、この検証そのものが何らかの恣意的な方向に向いてしまいはしないかということを考え、こう申し上げた」、「建設を要望される方もいらっしゃいます。
尖閣諸島中国漁船衝突映像流出事件発生に際しては、菅直人首相や仙谷由人内閣官房長官に対し、「大臣を退任することなどは一切構わないが、それによってなんら尖閣の守りに関して変わるわけではない。このときにこそ領海警備の強化を図らなければならない」と強く主張。問責を受けてから退任直前までの41日間で「海上警察権のあり方に関する検討の国土交通大臣基本指針」をまとめ、2011年1月7日に発表。これは「海上保安庁法及び領海等における外国船舶の航行に関する法律の一部改正案」の骨子となり、閣法として直後の第177回国会に提出される予定であったが、東日本大震災の影響で延期、2012年2月28日の提出まで一年間塩漬けされることになった。その後もねじれ国会などで審議が遅れ、衆議院での可決を経て、参議院で可決されたのは、骨子成立から実に1年半以上たった2012年8月29日であり、同年8月15日に起きた香港活動家による尖閣上陸事件には間に合わなかった。このことについて馬淵は「成立していれば十分阻止できたとの思いがこみ上げ、憤懣やるかたない」と述べている。