九州産交バス
阿蘇ハイライン(マウントカー)火口縁・阿蘇山西駅 - 阿蘇山東駅
ゆうゆうバス(熊本市街地循環バス) ※熊本市営バス・熊本電鉄バス・熊本バスと共同運行
女性専用バス ※平日のみ運行 並建 - 健軍(主な停留所:並建 - 田崎橋 - 交通センター - 通町筋 - 水前寺公園前 - 県庁前 - 自衛隊前 - 健軍四ツ角) 田崎車庫 - 健軍(主な停留所:田崎車庫 - 田崎橋 - 交通センター - 通町筋 - 水前寺公園前 - 神水町 - 健軍電停前)
熊本城周遊バス(しろめぐりん): 熊本駅 - 熊本交通センター - 熊本城 - 熊本駅(環状線)
阿蘇オープントップバス(そらめぐりん)
さるく人吉 (人吉市タウンバス)
五木村定期観光バス(いつきちゃん号): 人吉 - 五木 - 人吉 春季から秋季にかけての期間限定で土・日・祝祭日に(紅葉期は毎日)運行していた。
ゆうゆうバス(区バス) (熊本市) (熊本都市バスより運行委託) ※運行車両は熊本都市バスの所有であるが、運行業務は九州産交バスの乗務員が担当 南区西部および西区南部(海路口・城山ルート、海路口・川尻ルート、城山・川尻ルート)
高速 八代-空港線(エアラインやつしろ号): 八代港 - 新八代駅 - 熊本空港
山鹿 - 空港線 - 山鹿 - 菊池 - 熊本空港(ジェイアール九州バスとの共同運行)
1950年代のカラーは白をベースに赤のラインが入ったもの(映画「空の大怪獣ラドン」に写っている)
1960年代に入り車体の下半分が前から後ろにかけて藤色のカラーとなる(これも、映画「三大怪獣地球最大の決戦」に写っている)
1965年以降は肌色を基調に横に青や赤のラインが入ったものとなる(球磨郡山江村のボンネットバス「マロン号」のカラー)。尚、2019年5月7日より熊本都市圏を運行する大型路線車の1台に復刻カラーのラッピングが施され運行される(下画像参照)。
現在の車体色は青色と白色のツートンカラー。1971年の熊本空港移転の際に、空港専用バスのカラーを一般公募したもので、その後一般車にも用いている。
子会社は発足当時より車両の塗装は産交本体と同一の塗装とし、視覚的に産交本体と同一の印象を持たせる施策を行っている。一般路線車は、車体の社名表記も本体か子会社か問わず「産交バス」「産交」になっている(高速バスや観光バスは、本体は「九州産交」子会社は「産交バス」)。
ノンステップバス、リフト付きバス(現存せず)は青系のラッピング塗装で、熊本の自然をイメージしたイラストとなっている。
快速 しらぬい号: 熊本 - 松橋 - 八代・八代港(宮原経由と鏡経由があった。)
快速 第2しらぬい号: 山鹿 - 熊本 - 宮原 - 八代港
快速 やつしろ号: 熊本 - 宮原 - 八代 (1978年(昭和53年)しらぬい号廃止の後、1985年(昭和60年)頃に復活した八代快速)
快速 さつま号: 八代 - 水俣 - 川内(南国交通との共同運行)
快速 みなと号: 熊本 - 三角港(三角港から大浦港、本渡港、島原港行きの航路便と接続)
快速 いそかぜ号: 大浦港 - 本渡(開設当初、大浦港 - 本渡間ノンストップ)
特急 熊本空港 - 高千穂線: 熊本空港 - 五ヶ瀬/河内・上野 - 高千穂(宮崎交通と共同運行)
快速 うしお号: 本渡 - 宮地岳 - 一町田 - 久玉 - 牛深港
快速 光の森号、山鹿・平山温泉号: 阿蘇くまもと空港 - 光の森駅 - 山鹿温泉 - 平山温泉
特急 熊本 - 阿蘇線: 熊本・熊本空港 - 阿蘇(熊本地震の影響で繁忙状態であった「やまびこ号」の補完ならびに「ASOエクスプレス号」への送り込み運用)
小国郷ライナー:ゆうステーション・南小国 - 大津 ※2021年9月末日を以って当社における運行を廃止。10月以降は津埜運送によって運行されている。
南郷ライナー:立野 - 高森 ※2016年に発生した熊本地震の影響により南阿蘇鉄道一部寸断に伴う鉄道代行としての利便性確保のための運行であった。運行開始当初は大津 - 高森間を結んでいたが、のちに立野 - 高森間に短縮された。
いずれも運行は本社・高速営業所が担当。車両は、フェニックスにおいては宮崎へなんぷう号(一部福岡における乗務員交替はひのくに号にて出入り)として、黒川線においては福岡へひのくに号としてそれぞれ熊本から送り込みをおこなう。
フェニックス号: 福岡 - 八代・人吉 - 宮崎(西日本鉄道、宮崎交通、JR九州バス)
福岡 - 黒川温泉線: 福岡・福岡空港 - 黒川温泉(日田バス)