東マレーシア
サバ州とサラワク州はマレーシアやシンガポールと対等にマレーシア連邦に加わったか、単にマラヤ諸州(マレーシア半島部)の対等な相手になっただけかという議論の根源がある。合意内容はサバ州とサラワク州は単にマレーシア半島部の諸州と比べて僅かに高い自治を持った連邦の州であるというもののようである。例えば東マレーシアの州は、マレーシアの他の諸州からの(別の東マレーシアの州を含む)市民の入国を規定する法律を独自に持つのに対して、マレーシア半島部では東マレーシアからの訪問者を含む州間の旅行や移民に関する規定はない。マレーシア半島部に適用される全国土地法に反するものとしてサバ州とサラワク州に適用される独自の土地法もある。
司法に関しては東マレーシアの裁判所は、マレーシアの連邦裁判所の一部である。マレーシア憲法は同格の司法権の2つの高等裁判所(英語版)(マラヤの高等裁判所とサバ州とサラワク州の高等裁判所(旧ボルネオ高等裁判所))があると規定している。サバ州とサラワク州の高等裁判所の現在の長官は、サバ州出身のリチャード・マランジュム(英語版)である。その役職はマレーシアの司法制度で4番目に高い(マラヤ長官、上訴審(英語版)長官、マレーシア長官(英語版)に次ぐ)。
東マレーシアには現在マレーシア大学サラワク校(英語版)(UNIMAS)とマレーシアサバ州大学(英語版)(UMS)という公立大学が2校ある。MARA工科大学(UiTM)も両州に分校がある。ラブアン連邦直轄領の高等教育機関は、コタキナバルセパンガル湾のマレーシアサバ州大学の分校であるマレーシア大学サバ・ラブアン国際校舎である。ラブアン連邦直轄領にも東マレーシアで唯一の4年制大学に進学できるコレジマトリクラシラブアンがある。従ってサバ州やサラワク州、ラブアン連邦直轄領の大学入学前の学生は、全てそこに入学しなければならない。
UCSI大学サラワク校(英語版)やトゥンク・アブドゥル・ラフマン大学(英語版)(サバ校)、トゥインテク国際工科大学(英語版)(サバ校)、マレーシア開放大学(英語版)(サバ校)は、東マレーシアに地元の私立大学校舎がある。
カーティン大学サラワク校(英語版)やスウィンバーン工科大学サラワク校(英語版)は、サラワク州の外国の大学の校舎である。
サラワク州に師範大学(マレー語:Maktab Perguruan)が4校、サバ州に師範大学が4校ある。