原子位置の二乗平均平方根偏差
原子位置の二乗平均平方根偏差(げんしいちのにじょうへいきんへいほんこんへんさ、英語: root-mean-square deviation of atomic positions)とは、タンパク質あるいはその他の分子の構造同士の距離の二乗平均平方根であり、バイオインフォマティクスにおいてこれらの類似性を示す指標である。単に二乗平均平方根偏差 、英語の略記でRMSDとも。