在来線
並行在来線であっても、新幹線が新設されてもJRの負担が少なく利益が出ると想定される区間や、輸送体系上の事情といった理由で、JRが路線内で必要な区間を引き続き保有して運営を行う場合もある。九州新幹線に並行する鹿児島本線(博多 - 八代及び川内 - 鹿児島中央)、北陸新幹線に並行する信越本線(高崎 - 横川及び篠ノ井 - 長野)はこのケースである。北海道新幹線(新青森 - 新中小国信号場間)に並行する津軽線の青森 - 新中小国信号場間もJRが引き続き保有して運営しているが、当該区間に関しては「津軽線の経営主体(JR東日本)は、北海道新幹線の経営主体(JR北海道)と異なるため、並行在来線ではない」との解釈がなされている。飯山線の豊野 - 飯山間も北陸新幹線と地図上では並行するが、北陸新幹線のルート上の制約でたまたま飯山駅を経由することになったため、本来の並行在来線の意義から外れる同区間は並行在来線とはならず、北陸新幹線の延伸開業後も引き続きJR東日本が運営している。
並行在来線から分岐する枝線の中には、花輪線や飯山線・七尾線のように、全列車が新幹線停車駅まで運行される路線もある。これらの路線の場合、経営分離区間の関係上、新幹線開業後は第三セクター区間に乗り入れる運行形態に変更された。七尾線を除き、直通運転にはJRの車両のみが使用されるため、片乗り入れによる運行となっている。
整備新幹線上に設置される新駅が既存の中心駅と異なる場合は、新幹線アクセス列車が走る区間の経営分離が問題となる。