フアン・デ・カルタヘナ
併せて艦隊内のポルトガル人を5人以内に制限するよう通商院から圧力がかかり、マゼランは国王との協約や訓令を盾に反発した。スペイン人船員が思うように集まらなかったので、結局マゼランの親族3人を含む少なくとも30人以上のポルトガル人が航海に参加した。このフォンセカによる横槍は艦隊内に二重の権限を生じさせるとともに、マゼランにスペイン人船員への不信感を抱かせることになった。
マゼランとカルタヘナの反目は出港後すぐに浮上した。シュテファン・ツヴァイクによれば、120トンのサン・アントニオ号から75トンのサン・ディエゴ号まで、全隻サイズの違う艦隊を統率するために、マゼランは徹底した上意下達体制を構築。すべての艦船は旗艦トリニダード号(スペイン語版、英語版)に追従することのみが要求され、具体的な航路などの協議は一切なされなかった。各艦長は日没時に舳先からマゼランに敬服の挨拶を示し、夜間当直の指令を受けた。しばらくはこの体制が続いたが、マゼランが当初の航路を独断で変更し、アフリカ大陸を南下し始めると艦隊内に動揺が生じた。この航路変更は失敗で、凪による二週間ほどの遅れや、テネリフェ島南部で遭遇した暴風雨により食料の節約を余儀なくされる事態になった。カルタヘナはマゼランへの疑問を顕にしたが、カルタヘナらに当初から不信感を抱くマゼランは叱責で答えた。