富山地域鉄道部
キハ52形 北陸地域鉄道部に大糸線用として100番台が所属していたが、老朽化に伴い2010年3月13日のダイヤ改正でキハ120形に置き換えられて引退した。最後まで残っていた3両(115・125・156)を用いたさよなら運転が3月20日から22日にかけて行われ、115は3月31日付で廃車となった。しかし、鉄道ファンや地元を中心に再び運転を望む強い要望があったため、残っていた2両を用いて5月と8月に快速「ジオパーク」として臨時列車が運転された。 臨時運転を行った後、10月までに残る2両も廃車された。廃車された車両はそれぞれ、115は岡山県津山市の津山扇形車庫にて静態保存、125は12月にいすみ鉄道に譲渡され2011年4月より営業運転を開始している。156は糸魚川市が譲り受け、現在は糸魚川駅構内にある「糸魚川ジオステーションジオパル」内にて静態保存されている。
キハ58系 2006年10月21日より開始された高山本線社会実験に伴う列車増発のため、高岡鉄道部で保留車となっていた2両が富山鉄道部に転入。2007年には越美北線での運用を終えた越前大野鉄道部の2両も転入し、4両体制となる。配置車両はキハ58形2両 (477, 1114) 、キハ28形2両 (2346, 2360) 。 富山鉄道部には1996年3月16日のダイヤ改正でキハ120形に置き換えられるまでキハ58系が配置されており、その中にはキハ58 477とキハ28 2346の2両も含まれていた。 2011年3月のダイヤ改正で定期運用から引退し、キハ28 2346を除く3両は全て廃車・解体された。 キハ28 2346は保留車として残り、2012年7月24日付で除籍されたのち、2012年10月にいすみ鉄道へ譲渡された。