安政の大獄
このため9月に老中・間部詮勝、京都所司代・酒井忠義らが上洛し、中心人物と目された梅田雲浜他、近藤茂左衛門、橋本左内らを逮捕したことを皮切りに、公家の家臣まで捕縛するという弾圧が始まった。
京都で捕縛された志士たちは江戸に送致され、評定所などで詮議を受けた後、死罪、遠島など酷刑に処せられた。幕閣でも川路聖謨や岩瀬忠震らの非門閥の開明派幕臣が謹慎などの処分となった。この時、寛典論を退けて厳刑に処すことを決したのは井伊直弼と言われる 。
安政7年(1860年)3月3日、桜田門外の変において直弼が殺害された後、弾圧は収束する。
文久2年(1862年)5月、勅命を受け慶喜が将軍後見職に、松平春嶽(慶永)が政事総裁職に就任する。慶喜と春嶽は、直弼が行なった大獄は甚だ専断であったとして、
井伊家に対し10万石削減の追罰
弾圧の取調べをした者の処罰
大獄で幽閉されていた者の釈放
桜田門外の変・坂下門外の変における尊攘運動の遭難者を和宮降嫁の祝賀として大赦
を行なった。
幕閣では一橋派が復活し、文久の改革が行なわれ、将軍・家茂と皇女・和宮の婚儀が成立して公武合体路線が進められた。
安政の大獄は、幕府の規範意識の低下や人材の欠如を招き諸藩の幕府への信頼を大きく低下させることとなり、反幕派による尊攘活動を激化させ、江戸幕府滅亡の遠因になったとも言われている。