EDEN (マッグガーデン)
セロシアキャンドル(小林ユミヲ):VOL.1、「にがくてあまい」13巻に収録
アイアムアニョーボー(岡本ジュリー 協力:花沢健吾):VOL.1、「アイアムアヒーロー」(花沢健吾)のスピンオフ
2012年6月1日にはマッグガーデン・コミック・オンラインがリニューアル。このリニューアルでは全体的に大きな変更は無かったものの、1回目のリニューアルの際に消滅して以来存在していなかった公式サイトが再開設された。また「甘美男子」がマッグガーデンが運営するウェブコミック誌『WEBコミック Beat's』へ移籍した他、「ハイレグパンダ」もマッグガーデン・コミック・オンライン『WEBコミック EDEN』のラインナップから外れ、同ウェブサイトのトップページからのみ配信ページへのリンクが貼られる形態へと変更になっている(いずれの作品もYahoo!ブックストア『EDEN』では変わらず配信された)。2013年2月14日からは、ピクシブが運営するウェブサイト・pixivコミックにおいても一部作品の第1話からの再録配信が開始された。このpixivコミックとはコラボレーション企画として『デビュー即連載! EDEN新人コンペ』を2013年9月2日から10月31日まで開催した。
なお、この頃から誌名である『EDEN』の由来が「enjoy delightful entertainment network」となった。またコミックエッセイ作品を対象とした新人賞『MAGコミックエッセイガーデン大賞』が始まり、第1回の大賞作品である「アシ妻物語」が本誌での連載を開始している。
もうそうのアキ(たら子):2012年9月20日 - 2014年5月20日、コミックマガジン『EDEN』Vol.1に番外編掲載
おんなの酒道(横濱マリア):2014年4月20日 - 11月5日
レイルオブライフ(青木俊直):2014年9月22日 - 11月5日、←漫画雑誌『アオハル』(集英社)より移籍
神主さんの日常(瀬上あきら):2013年3月5日 - 9月20日 / 2014年6月20日 - 11月20日
metro 〜メトロ〜(石川チカ):2011年10月5日 - 2015年1月20日、コミックマガジン『EDEN』Vol.1に番外編掲載
DOMINO(遠野ノオト):2013年12月20日 - 2015年2月20日
ママさんは萌え漫画家 〜出産編〜(こげどんぼ*):2014年9月5日 - 2015年3月5日
ちくちくぬいぬい(ハザキ・ヤマト):2013年12月20日 - 2015年3月20日
ほんの恋など(カワカミコマ):2013年9月20日 - 2015年3月20日
オールアボード(楠田夏子):2014年6月20日 - 2015年5月20日、←コミックマガジン『EDEN』より移籍
椿荘101号室(ウラモトユウコ):2012年6月5日 - 2015年5月20日
花とサカヅキ(ツトム):2014年6月20日 - 2015年8月20日、←コミックマガジン『EDEN』より移籍(第1話はVol.1の再録)
どうにもこうにも(日下直子):2013年8月5日 - 2015年10月5日
珈琲いかがでしょう(コナリミサト):2014年2月20日 - 2015年12月7日
ママさんは萌え漫画家 〜育児編〜(こげどんぼ*):2015年5月20日 - 12月21日
以下3作品とも、前述の『プロダクションI.G×マッグガーデンコミック大賞』原作・脚本部門で入賞した作家が文章を担当している。
冥途の穴―羽衣は帰り来たりき!―(文章:坂本見花、イラスト:米沢智):2009年9月18日 - 2010年2月26日
悪魔の福音(文章:浅川紫苑、イラスト:護尋弓勝):2009年9月18日 - 2010年3月12日
京華の妖械戦記(文章:小金井ゴル、イラスト:日塚一宏):2009年9月18日 - 2010年4月9日