権力分立
内閣総理大臣は、「国会議員の中から国会の議決で、これを指名(内閣総理大臣指名選挙)」(日本国憲法第67条1項)され、天皇に任命される。国務大臣は、内閣総理大臣によって指名・任命され、天皇が認証する。国務大臣の過半数は、国会議員の中から任命される。このように、内閣総理大臣を国会議員の中から国会が指名し、内閣が行政権行使について「国会に対し連帯して責任」を負う(日本国憲法第66条3項)ことから、議院内閣制がとられているものと解される。
司法権
全ての司法権は、最高裁判所と下級裁判所からなる裁判所に属することとされ、最高裁判所は終審裁判所とされる(日本国憲法第76条1項)。特別裁判所(憲法裁判所、軍法会議、行政裁判所、皇室裁判所など)の設置は禁止され、行政機関が終審として裁判を行うことはできない(日本国憲法第76条2項)。司法権の行政権からの独立を確立するため、司法行政権は司法権の一部として裁判所に帰属することになった。また、行政裁判所は廃止され、通常の裁判所が行政事件を管轄する。さらに、最高裁判所は「一切の法律、命令、規則又は処分が憲法に適合するかしないかを決定する権限を有する終審裁判所」とされた(日本国憲法第81条)。これは、最高裁判所および下級裁判所が、違憲立法審査権を有することを意味すると解されている。