ソニック・ザ・ヘッジホッグ3
このアイテムを取得するとリングを吸い寄せるようになり、電気系の攻撃やギミックを無効にする事ができる。ただし、水中に入るとバリアが消えてしまう。
ソニックの場合のみ、ジャンプ中にもう一度ボタンを押すと二段ジャンプができる。
これらの理由により、2つのソフトを組み合わせた時に完全版として遊べるため、ソニック3単体でプレイした場合は遊べるステージ数が少ないが、中裕司はユーザーに対して謝罪の意味も込めて『ソニック&ナックルズ』にはどんなROMを挿しても遊べるように膨大なパズル面を用意しており、そのうち『ソニック1』を挿した場合、収録されている2億面全てを遊び切ることができるようになっている。
前後編への分断前の名残として、ソニック3の裏技のステージセレクト画面には『CARNIVAL NIGHT ZONE』と『ICE CAP ZONE』の間の5面の位置に『FLYING BATTERY ZONE』の名前があり、『LAUNCH BASE ZONE』の後に『MUSHROOM VALLEY ZONE』(『MUSHROOM HILL ZONE』の初期の名前と思われる)と『SANDOPOLIS ZONE』の名前が残っている。
またソニック&ナックルズにおいてプレイすることができるナックルズ専用のステージのルートは、ソニック3単体の時点ですでに準備されており、裏技を使うことで入り込むことができる。そしてソニック3単体のミュージックセレクトでもソニック&ナックルズの通常ステージ、ボス、ボーナスステージの音楽を聞くことができる。
島の地底に眠るカオスエメラルドの結晶柱"ピラー"(マスターエメラルド)の力を制御する7つのカオスエメラルドを守るガーディアン"ナックルズ・ザ・エキドゥナ"。彼は島の仲間たちからは"ナックル"と呼ばれている。
ある日ナックルがカオスエメラルドに異常がないか確かめようとした時、目の前のカオスエメラルドが輝き異常な振動を始めた。今までなかったこの現象に戸惑ううちにカオスエメラルドの振動は激しさを増し、振動が最高潮に達した時、キーンという音と共に閃光が瞬き、ナックルは祭壇の外に投げ出されてしまった。ナックルが意識を取り戻した時には神殿は半壊し、カオスエメラルドは破片すら残さず消え去ってしまっていた。茫然としたナックルが遠くに視線を向けると、湖のあたりに巨大な丸いタマゴのような物体があるのを見つけた。その物体を"カオスエメラルドの祭壇に描かれた伝説に登場する島に災いをもたらすドラゴンのタマゴ"だと考えたナックルは消えたカオスエメラルドを捜して島のあちこちを調べ回っているうちに"Dr.エッグマン"と名乗る見慣れない男と遭遇した。Dr.エッグマンはナックルがカオスエメラルドのガーディアンだと知ると、自身が巨大タマゴの調査に来た科学者であり、自らの研究の邪魔をする"ソニック"という悪のハリネズミがカオスエメラルドを狙っているという嘘の話を聞かせた。
2人で対戦できるモード。モードの種類は以下の通り。操作キャラはソニックとテイルスに加え、ナックルズもこのモードのみ操作することができる。ナックルズはソニックと同じ設定だが、スピードはソニックより若干少し遅いがテイルスより速い。同じ画面上半分が1P、下半分が2Pとなる。早く5周できたプレイヤーが勝利となる。残機数は無限だが、ミスするとペナルティとして1週引かれてしまう。スタートする前にスピンダッシュのスタンバイ可能だが、ラインに出るとファールになり、ペナルティは無いがスタートのやり直しになってしまうので注意。
ソニックのみ可能で、ジャンプ中にもう一度ボタンを押すとダブル回転アタックをする。判定は極めて短いが、一瞬だけソニックの周辺に風の渦ができ僅かに攻撃範囲が広がる。
普通では倒せないようなダメージ範囲の広い敵や、通常ジャンプでわずかに届かない相手を攻撃する他、弾丸などを弾くことも出来る。