FNSの日
サザエさん(毎年放送)
初期は通常通りの内容で放送。1998年~2000年・2004年・2008年以降(2017年は除く)より『FNS27時間テレビ』の特別編として、その年のメインキャスト(総合司会とは限らない)が本人の実名役で特別声優として出演する年があり、オープニングも限定版となる。詳細はサザエさんの登場人物#FNSの日連動スペシャルを参照。当番組を放送しないテレビ大分でも放送。
テレビくん、どうも!(1987年)
クイズなっとく歴史館(1989年)
なるほど!ザ・ワールド(1989年)
ものまねくらぶ(1989年)
クイズ!年の差なんて(1989年・1991年)
ちびまる子ちゃん(1990年 - 1992年・1995年 - 2003年・2005年 - 2007年・2017年)
初期は通常通りの内容で放送。2006年・2007年は『FNS27時間テレビ』の特別編として、その年のメインキャストが本人の実名役で特別声優として出演する年があった。2017年は短編アニメとして参加。
たけし・逸見の平成教育委員会(1992年 - 1995年・2019年)
2019年は『令和教育委員会』として放送。
北野ファンクラブ(1992年 - 1994年)
1992年、1993年は「たけしの平成ファンクラブ」として放送
カルトQ(1992年)
あっぱれさんま大先生(1992年 - 1994年) やっぱりさんま大先生(1996年・1998年・1999年)
オールナイトフジR(1994年)
裏番組との同時中継(2004・2005・2023)
1回目は2004年の『FNS27時間テレビめちゃ2オキてるッ!楽しくなければテレビじゃないじゃ〜ん!!』(総合司会はナインティナイン・中居正広(当時SMAP))で『SmaSTATION-3 』(テレビ朝日、中居を除くSMAPが出演)とコラボ。2回目は2005年の『FNS ALLSTARS あっつい25時間テレビ やっぱ楽しくなければテレビじゃないもん!』で『アッコにおまかせ!』(TBS、総合司会の笑福亭鶴瓶がスタジオに乱入)とコラボ。3回目は2023年の『FNS27時間TV 鬼笑い祭』(総合司会は千鳥・かまいたち・ダイアン)で『Venue101』(NHK総合、かまいたち濱家隆一がMC)とのコラボ。
ノンストップ企画(2014・2015・2023)
1回目は2014年の『武器はテレビ。SMAP×FNS 27時間テレビ』で怒涛の超豪華27曲45分3秒! SMAPノンストップLIVE!!! SUPER MEMORIAL ADRENALIN PARTYとして開催。2回目は2015年の『FNS27時間テレビめちゃ2ピンチってるッ!1億2500万人の本気になれなきゃテレビじゃないじゃ〜ん!!
現在の主催局はテレビ大分以外のフジテレビ系列加盟27社で各局が共同主催で実施している。
放送開始当初は、ライバルの日本テレビを意識し、24時間(土曜日 21時 - 日曜日 20時54分)で放送が始まったが、23 - 25時間と各年で幅があった。1996年は、10周年記念として29時間30分に増枠、翌1997年は27時間となり、その後は25 - 27時間で推移している。
FNNスーパータイムスペシャル・スーパータイムデラックス(1987年 - 1993年・1996年)
ザ・ヒューマン特別版(1997年)
スーパーニューススペシャル(1998年 - 2004年)