恩納通信所
返還以前から、恩納通信所から排出される汚染水が沿岸汚染の一因となっていた。恩納VOA送信所は1977年に返還されたが、恩納通信所は1995年11月30日に返還された。
1996年3月19日、前年度に返還された恩納通信所跡地の既存建築物の解体工事中に、汚水処理槽内の汚泥や流出口付近からPCBや水銀、カドミウム、鉛、ヒ素等の有害物質が検出された。日米地位協定では施設返還に際し、環境などの原状回復義務がなく、米軍が一時保管にも難色を示したため、防衛施設庁は自衛隊恩納分屯地に移送し一時保管する事を決定。1998年3月11日、約104トン (ドラム缶694本) のPCB含有汚泥の搬送が完了した。
2002年4月12日、今度はその自衛隊恩納分屯基地の旧汚水処理施設からPCBが検出された。航空自衛隊恩名分屯基地は米陸軍がナイキミサイル基地として使用していたものを引き継いだ土地であった。
2012年、米海兵隊基地跡地から見つかったものとあわせ、PCB含有汚泥管理のための保管庫の設置等費用として、2010年までの時点で合計で約2億1800万円の費用がかかっていたことが明らかになった。