三島鴨神社
現在の祭神は以下の2柱。
大山祇神 (おおやまづみのかみ)
『伊予国風土記』逸文によれば、伊予国乎知郡(越智郡)御島に坐す大山積神(大山祇命に同じ)は、またの名を「和多志の大神」といい、仁徳天皇の御世に百済より渡来して津の国の御島に鎮座していたという。 「津の国の御島」とは摂津国三島(現 高槻市三島江)を指すとされ、この記述によれば大山祇神社(愛媛県今治市)の祭神は元々は当地の神とされる。 ただし、式内社三島鴨神社は、三島にある「鴨神社」の意であり、式内社三島鴨神社と風土記に見える「津の国の御島(=三島神)」は同じではないという指摘もある。
事代主神 (ことしろぬしのかみ)
事代主神は鴨氏の氏神とされ、当地に鴨氏の進出が背景にあるとされる。 『日本書紀』神代巻には、事代主神が八尋熊鰐となって三島溝橛耳の娘・三島溝樴姫(玉櫛媛)のもとに通い、生まれた媛蹈鞴五十鈴媛命が神武天皇の后になったと記す。三島溝橛耳一族の氏神として、当社近くには溝咋神社が祀られている。