MI作戦
MI作戦の主目標はミッドウェー島攻略と米機動部隊(空母部隊)撃滅のどちらにあるのかはっきりしておらず、連合艦隊は米機動部隊撃滅を重視する発言をしていたが、軍令部は主目標を攻略による哨戒基地の前進にあると示していた。軍令部で作戦計画の説明を受けた第一航空艦隊参謀長草鹿龍之介少将と第二艦隊参謀長白石萬隆少将は、ドーリットル空襲の直後だったため、哨戒基地の前進によって米空母による本土再空襲を阻止するものと抵抗なく解釈し、ミッドウェー作戦の主目的は同島攻略という強い先入観を得たという。
また、5月の図上演習で陽動で米艦隊を他に誘導してミッドウェーを攻略する案が出た際、連合艦隊参謀長から陽動をしたら米艦隊を引き出せないと説明したが、この直後、軍令部に基づく大本営命令、総長指示で攻略が主目標に示されたので、白石少将は連合艦隊の解釈が間違っているのではと思ったという。連合艦隊は出撃前に再び米艦隊の撃滅が目的と伝えるが、徹底して伝わらなかった。
4月15日(推定)に上奏された「大東亜戦争第二段作戦帝国海軍作戦計画」には、「主として敵の奇襲作戦を困難ならしむる目的を以て「ミッドウェー」を攻略す」とある。「ミッドウェー」島作戦に関する陸海軍中央協定では、作戦目的は「ミッドウェー島を攻略し同方面よりする敵国艦隊の機動を封止し兼ねて我が作戦基地を推進するに在り」と示している。また、中央協定の項目には「海軍は有力なる部隊を以て攻略作戦を支援すると共に反撃の為出撃し来ることあるべき敵艦隊を捕捉撃滅す」とあるが、要地攻略で敵艦隊が反撃してきた場合に捕捉撃滅するのは常識なのにこの一文を加えたのは重視していたからで、このような表現になったのは反撃が必至とは言えなかったからという意見もある。