日本と東トルキスタンの関係
1955年、新疆ウイグル自治区が設置された。当時、台湾に逼迫していた中華民国政府と国交を結んでいた日本は、中華人民共和国との国交を結んでおらず、新疆ウイグル自治区との関係も絶たれていた。しかし1972年9月29日、田中角栄内閣総理大臣や周恩来国務院総理が「日本国政府と中華人民共和国政府の共同声明」(日中共同声明)に調印、日本と中華民国の断交を前提とした日中国交正常化が成立した。以後、公的には中華人民共和国を仲介する形で日本と東トルキスタンの関係が持たれている。
2008年6月、在日ウイグル人のイリハム・マハムティが会長となり日本ウイグル協会を設立、同年8月14日に、東京都により特定非営利活動法人(NPO)として認証された。2015年10月18日までは世界ウイグル会議の傘下団体として活動を行っていたが、世界ウイグル会議の決議により同会議の参加資格を失っている。世界ウイグル会議の代表権を失った日本ウイグル協会に代わって、トゥール・ムハメットを会長とする日本ウイグル連盟が設立された。