アサヒ協和酒類製造
これに沿う形で、アサヒ協和とニッカウヰスキーの合併は2006年1月1日付けとすることになったが、アサヒビールは協和発酵に対し、2005年9月1日の共同出資契約終了後も2006年1月1日に合併するまでの3ヶ月間は、「アサヒ協和」の商号のままでの会社継続について事前に了解を求め、協和発酵はこれを了承した。
そして2005年9月1日付けで、協和発酵が出資していたアサヒ協和株40%分は、アサヒ協和に60%出資していたアサヒビールへ予定通り譲渡され、アサヒ協和はアサヒビールの完全子会社となった。同時にアサヒ協和土浦工場からニッカウヰスキー柏工場および他工場へ、酒類の生産機能の移転が始まり、2005年末、土浦工場での生産を終了した。
2006年1月1日、ニッカウヰスキーとの合併により、アサヒ協和は解散した。旧土浦工場は前述の借地借家契約どおり、酒類製造部門の建物が全て取り壊されて更地化の上、協和発酵へその敷地が返還された。また門司工場の土地建物の所有権は、ニッカウヰスキーに移転した。
2002年2月18日、協和発酵からアサヒビールへの酒類事業の譲渡について双方が基本合意に至り、4月26日正式に営業譲渡契約及び共同出資契約を締結し、これらの契約に基づいたスケジュールで、酒類事業の譲渡が行われた。
まず酒類販売部門については、2002年9月2日をもって協和発酵からアサヒビールへ営業譲渡された。
酒類製造部門は、茨城県の土浦工場と福岡県北九州市の門司工場の2つを、両者の共同出資事業へ移管することとした。これに伴い、2002年9月2日付けで協和発酵から会社分割によりアサヒ協和酒類製造(以下「アサヒ協和」と略す)を設立し、同日株式の60%がアサヒビールへ譲渡された。会社の本店はニッカウヰスキー本社ビルの2階に設置された。
この2つの工場が保有する不動産については、当初その全てがこの会社へ所有権移転される予定であったが、広大な土浦工場については対象となる酒類事業以外にも、協和発酵の食品部門や医薬品製造部門なども置かれているため、共同出資会社が協和発酵に対して酒類製造部門の敷地と工場の借地借家契約を結ぶことに切り替え、契約終了後にアサヒビールはその生産機能をニッカウヰスキーの柏工場へ移転することとし、工場については生産機能の移転終了後建物を取り壊すこととした。