南方貨物線
笠寺以北の併設は市街地のため建設費が高くつくこと、同区間も併設にすると八田操車場と連絡できないことから、この区間は笠寺・八田間の「運河ルート」が選定された。なお、堀川・八田間約2 km区間については1963年(昭和38年)にルートの再検討が名古屋市との間で行われ、南郊・小碓運河利用案と東海通直上高架案の二案が提示されていた。これも比較検討の結果、埋め立て計画により用地取得が容易になる南郊・小碓運河利用案が採用された。
これにより、JR東海に移管された約8 km(笠寺駅・大高駅周辺など)を除き、未開通区間の高架橋約12 km分については、莫大な解体費用をかけて撤去されることとなったが、バブル経済崩壊による地価下落の影響・幅10 mほどの細長い土地形状という事情から、撤去費との差額分にも国費が負担されることとなった。日本鉄道建設公団は土地処分に当たり、経費削減の観点から構造物付での処分を進めたが、約13 kmの高架橋を更地化する経費として約200億円が必要になった一方、売却で回収できる金額は約40億円程度にとどまることになった。国鉄清算事業本部は、南方貨物線および「梅田・吹田」「武蔵野操車場」の土地処分を「三大プロジェクト」と呼んでいる。このうち、南区内の「豊代児童遊園地」は無償で名古屋市へ譲渡されたほか、市立明治小学校横の土地(1,094.48m / 331.66坪)は名古屋市教育委員会が有償で取得し、2010年(平成22年)1月には同校の運動場として利用が開始された。
大府 - 笠寺間(東海道線並行区間)は土地幅が狭く、JR東海が継承した土地(東海道線敷地)内にJRTTに帰属した構造物が存在するなど複雑な要因が絡み合っていることなどから、土地処分が困難とみなされたため、JRTTはJR東海に一括での土地取得を要請。その結果、JR東海は2006年(平成18年)12月に、JRTT側が必要な措置を講ずることを前提に要請を引き受ける旨を回答し、土地・構造物は2010年(平成22年)7月にJRTTからJR東海へ引き渡された。これにより、南方貨物線の土地処分は完了したため、JRTTは同年11月に国鉄清算事業東日本支社中部事務所を廃止した。
南方貨物線の建設中止について、名古屋新幹線訴訟の弁護団は「南方貨物線の撤去はそれ自体朗報であった」「これを廃線に追い込んだことは周辺住民の生活環境保全にプラスである」という見解を示している。