サイバトロン
前作品までの設定とは一新されている。前大戦グレートウォーの勝利によって総司令官ウルトラマグナスの下、サイバトロン星を掌握に成功しディセプティコンを駆逐。以後は彼らがサイバトロン星を全面的に統治している。しかし、オプティマス部隊とディセプティコンの生き残りであるメガトロンとの遭遇により、地球においてオールスパークを巡る戦いが勃発することになる。
オプティマス部隊と地球人のファーストコンタクトが怪獣化した昆虫の退治であったことから、オートボットは地球人たちに味方と認知され、これ以降もオートボットは災害救助にはせ参じるなど、G1期のサイバトロン同様に良好な関係を築く努力を続けている。オートボットと敵対する地球人が存在するのもG1同様であり、その中にはオールスパークの力や自身の超科学力を悪用する犯罪者たちも含まれる。彼らはディセプティコンと並ぶ敵勢力として、オートボットと何度もぶつかり合っている。
ただしG1とは違って、オプティマス部隊以外のオートボットは人間などの有機生命体に対して強い差別意識や偏見意識を持っている者も多数存在する。