AMBER (分子動力学)
第四項( ∑ j = 1 N − 1 ∑ i = j + 1 N f i j {\displaystyle \sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}f_{ij}} )は、全ての原子対間の非結合エネルギーを表わす。これはファンデルワールスエネルギー(第一項)と静電エネルギー(第二項)に分解できる。
ファンデルワールスエネルギーの形式は、平衡距離( r 0 i j {\displaystyle r_{0ij}} )およびポテンシャル井戸の深さ( ε {\displaystyle \epsilon } )を用いて計算される。係数 2 {\displaystyle 2} は、平衡定数が r 0 i j {\displaystyle r_{0ij}} であることを保証する。このエネルギーは r 0 i j = 2 1 / 6 ( σ ) {\displaystyle r_{0ij}=2^{1/6}(\sigma )} である σ {\displaystyle \sigma } を用いて再定式化されることがある。
ここで用いられている静電エネルギーの形式は、原子中のプロトンと電子による電荷が単一点電荷(孤立電子対を扱うパラメータセットの場合は少数の点電荷)によって表わすことができることを仮定している。
AMBER力場を使うためには、力場のパラメータ(例えば力の定数や平衡結合長、平衡結合角度、電荷)に対する値を持っている必要がある。かなりの数のパラメータセットが存在し、AMBERソフトウェアユーザーマニュアルに詳細に記述されている。個々のパラメータセットは名称があり、特定の種類の分子に対するパラメターを与える。
ペプチドやタンパク質、核酸のパラメータは、"ff" で始まり2桁の年数を含む名称のパラメータセット(例えば "ff99")によって与えられる。
GAFF(General AMBER force field)は、生体分子と共に薬物や小分子リガンドのシミュレーションを容易にするために小有機分子のためのパラメータを与える。
GLYCAM力場は炭水化物のシミュレーションのためにRob Woodsによって開発された。