フリータウン
暫定政権は反政府軍であるRUFとも手を結び、それまで内戦の影響が比較的少なかったフリータウンにもRUFが侵入。「分捕り作戦」と称したRUFによる略奪作戦が始まり、RUFはフリータウン市民の家を無差別襲撃、あらゆる財産を略奪した。これに対し一般市民は暫定政権への協力を拒み、RUFに抵抗した。
しかし暫定軍事政権と武力をもって戦ったのはECOMOGであった。ECOMOGは暫定軍事政権を崩壊させ、RUFを駆逐しカバー大統領が復権した。
1999年1月、再び息を吹き返したRUFがフリータウンに侵入。殺人・略奪・強姦の限りをつくした。ECOMOGはRUFへの攻撃において、RUFと一般市民の区別がつかなかったため結果的に無差別攻撃となってしまい、多くの市民が巻き込まれて殺害され、フリータウンのコノート病院の前は死体の山となってしまった。 その後2週間にわたり戦闘と殺戮が続いたが、ECOMOGが再びRUFを駆逐した。
1999年、それまで無関心であった国際社会が紛争ダイヤモンド問題に目を向け始めたことをきっかけに、ようやくシエラレオネ内戦の調停に介入しロメ和平合意が行われたが、政府が新政権にRUFを受け入れ、RUF指導者・議長であるアハメド・フォディ・サンコーを副大統領としたため、歪な平和が訪れた。
同年、サンコー議長はフリータウンの自宅で抗議する市民らによって拘束されシエラレオネ警察に引き渡された。