ドミニオン戦争
2374年、開戦から三ヶ月、惑星連邦とクリンゴン帝国の同盟軍はドミニオンとカーデシアのドミニオン軍に苦戦し防戦一方であった。ガル・デュカットはワームホールの機雷除去を行っていたが、三ヶ月たっても除去できずにいた。ガンマ宇宙域では2000隻を超えるジェムハダーの大船団が待機しており、ワームホールが開けばドミニオンの勝利は間違いないものとなっていたからだ。シスコはワームホールを守るためにDS9奪還作戦を実行、DS9に向かう同盟軍とドミニオン軍とで激しい艦隊戦が始まり、それをかいくぐったディファイアントがDS9に着く直前に、ガル・デュカットにより機雷が除去されワームホールの入口が開いてしまった。シスコはワームホールの中に入り、2000隻の大船団と玉砕戦を行おうとするが、預言者に呼び出される。預言者はシスコに死ぬなと言い、シスコはそれならばベイジョーのためにドミニオンの艦隊を何とかしろと抗議する。預言者は「物質世界の問題には我々は関知しない」といいつつも「シスコに償いをさせる」と言い残してドミニオンの大船団とガンマ宇宙域のドミニオン軍基地を消滅させた。これにより、ドミニオン軍はDS9から撤退し、ガル・デュカットは連邦に拘束され、再びDS9は連邦とベイジョーのもとへと戻った。
武器ステーションのフォースフィールドに攻撃を阻まれ破壊できない同盟軍は、激しい攻撃を受け、数隻の艦を大破させられるなど、たちまち苦戦する。しかし、ディファイントにクルーとして乗艦していたガラックが、武器ステーションにエネルギー発生機が搭載されていないことに気づく。シスコは、直ちに、エネルギーの発生源を探査するよう命令する。一方、かつて軍事裁判を受けるため地球に向かう途中で逃亡したデュカットが、DS9の聖堂に侵入する。デュカットは、DS9を奪還された際に娘が死亡した原因はシスコにあると恨んでおり、惑星連邦ならびに預言者への復讐を誓っていたのである。そして、ベイジョー占領時に奪った遺物を使って預言者と敵対するパー・レイスを自らに憑依させていたのである。パー・レイスを憑依させたデュカットは、DS9の聖堂内に偶然居合わせたジャッジア・ダックスを殺害(ただし、ジャッジア体内の共生体の「ダックス」は一命をとりとめる)したうえで、聖堂内に安置されていた発光体に自己に憑依していたパー・レイスを赤いエネルギー体として送り込む。すると、発光体が黒く変色するとともに、開口したワームホールに赤い光が走り去り、ワームホールは消失してしまう。時を同じくして、ディファイアント内のシスコが激しいめまいに襲われ、指揮を取れない状態に陥る。