アロイジエ・ステピナツ
告発が本当だろうとそうでなかろうと、ステピナツの共謀を示唆するためにあらゆる機会が利用された。
裁判は教皇庁によってすぐに非難された。多くのカトリック教徒と非カトリック教徒は、裁判の過程で強制された目撃者の声明、偽証と偽装された文書によって致命的に裁判が危うくされているとみなした。そういった批判は、教皇に宛てて書かれた手紙を証拠として引用したのが一例である。その手紙は1943年にステピナツが書いたといわれたものだった。手紙はウスタシャの大量改宗プログラムと政権そのものに支持を表明したとする罪に陥れるものだった。しかしステピナツはそれを書いたことを否定した。検察官は、ステピナツの署名の入ったコピーがあると主張したが、コピーは提示されなかった。
1946年10月11日、法廷はステピナツへ重大な反逆罪と戦争犯罪を犯したという判決を下した。彼は懲役16年を宣告された(反逆罪にしては軽い懲罰だとみなされた)。公判の進行に参加した、大部分の陪審員を含む全てのカトリック教徒は、教皇によってすぐさま破門された。
1946年10月13日、ニューヨーク・タイムズ紙はこう書いた。"大司教ステピナツの裁判は、前もって決められた結果に沿った政治的なものだった。このクロアチア人高位聖職者の裁判と判決は、人種、性別、言語、信条に関係なく人権と全ての基本的自由権を尊重するというユーゴスラビアの誓約と矛盾する。大司教ステピナツは、共産主義の敵であるというだけで有罪を宣告され、反教会運動の一部分として投獄されるだろう"。在アメリカ・ユダヤ人協会は、このように厳しい姿勢を表明した。
ショムロニはのちに、自分はステピナツに本当に感謝し、彼は戦時中のユダヤ人のため最大のそして最前の行為を行ったと述べている。伝えられるところによると、この時点でウスタシャ政権は聖座(en:Holy See、教皇庁)に対し、ステピナツをザグレブ大司教の地位から解任するよう世論を喚起した。これはしかし、イタリアの圧力を受けてもクロアチア独立国を承認しないバチカンには効果がなかった。
1941年後半、独立民主党のクロアチア人プルヴィスラヴ・グリソゴノがステピナツへ書いた手紙が回覧され始めたと伝えられた。セルビア人に対する恐ろしい犯罪を詳述し、大司教を責める内容だった。グリソゴノは、手紙が広まった時点ではバニツァ収容所におり、解放されたと同時に彼に宛てて書き、それは偽造であったと大司教に話した。手紙の偽装を行ったのは、グリソゴノの子孫アダム・プリビチェヴィチだとされている。これにもかかわらず、手紙はセルビア救国政府とユーゴスラビア王国政府の両方に利用された。セルビア民主党党首で、ユーゴスラビア政府の通信大臣だったミラン・グロルも、偽造の手紙を糾弾したが、彼が亡命中に政府のラジオ番組上でまだ放送されていた。
ステピナツと教皇大使は、イタリア王国、ハンガリー軍、ブルガリア軍の仲介のもと、ベオグラードに対して、ユーゴ在住ユダヤ人が追放を避けるためにバルカンの占領地に隠れ家を確保することを認めるよう主張した。大司教は、これらの領土を安全に経由して旅するユダヤ人のため、イスタンブール駐在大使アンジェロ・ロンカッリ(のちの教皇ヨハネ23世)と共に中立国トルコとスペインを行き先に設定した。彼はドラグティン・イェシ師に安全にユダヤ人数人を送り届けた。