上下分離方式
第三種鉄道事業者(鉄道施設の保有と維持管理):佐賀・長崎鉄道管理センター - 佐賀・長崎両県が出資して2021年4月1日に設立された一般社団法人。
鉄道施設の維持管理や設備投資などにかかる費用は佐賀県1:長崎県2の割合で負担し(ただし佐賀・長崎鉄道管理センターの設置から上下分離化までにかかった経費については両県で折半)、維持管理の実務はJR九州に委託されているほか、土地については佐賀・長崎両県が保有して佐賀・長崎鉄道管理センターに貸し付け、佐賀・長崎鉄道管理センターが鉄道施設と一体でJR九州に無償で貸し付けるスキームがとられている。また、上下分離区間を含む肥前浜駅 - 長崎駅間は電化設備が撤去され非電化となった一方、肥前鹿島駅への電車特急乗り入れや佐賀方面との直通運転のため引き続き維持される江北駅 - 肥前浜駅間の電化設備のうち、JR九州の提案により当初計画より延長された肥前鹿島駅 - 肥前浜駅間の電化設備管理費についてはJR九州が負担することとされている。 なお、JR九州による運行は上下分離化後23年間とされており、その後の体制がどうなるかについては2022年現在未定である。