藤崎宮前駅
打消線は廃線以前に廃止。
かつては木造平屋建ての駅舎で、貨物の取り扱いも行っていた有人駅であった。頭端式ホーム2面2線と貨物用側線が2本あり、昼間は2番線や側線で車両留置も多く行われていたが、駅舎の老朽化に伴い1997年2月に現在の駅ビルに建て替えられ、現在の線路配置になった。
頭端式ホーム2面1線を持つ地上駅である。乗車ホームと降車ホームに分けられる。
もう1線増設可能な用地も準備されているが、今なお増設の気配は全くない。
駅ビルは11階建てで、1階にパチンコ店(2014年4月より休止)、2階に事務所、3階 - 9階に駐車場がある。以前は10階・11階にレストランと温泉施設等を併設していたが、現在はどちらも休館になっている。
無人駅だが、平日と土曜日は窓口が設置されており、定期券の販売が行われている。このほか、平日の朝ラッシュ時は多客のため改札・集札業務も行われている。早朝・深夜や日祝日は完全無人駅となる。このほか、毎年の大晦日から元旦にかけてや、毎年9月に開催される藤崎八旛宮秋季例大祭開催時も神幸行列(随兵行列)が行われる最終日(5日目)が最も混雑するため駅係員が配置される。
ICカード読み取り機は改札口でなくホームに入場機のみ設置。平日朝の通勤時間帯は、改札でカードの出場読み取りも行なう。
1988年(昭和63年)3月1日:自動閉塞装置(電子符号照査式)導入に伴い無人化。出札業務のみ子会社の熊本電鉄観光に業務委託。
1997年(平成9年)2月14日:新駅舎完成。現在の新ホームを使用開始。
2015年(平成27年)4月1日:交通系ICカード「熊本地域振興ICカード(くまモンのIC CARD)」に対応。
2017年(平成29年)2月22日:21時25分頃、藤崎宮前駅を発車した御代志行き列車が発車した直後に脱線事故を起こし、翌23日より3月6日までの間黒髪町 - 当駅間の電車が運休となったが3月7日の始発列車より全線で運転を再開した。
2019年(平成31年)1月9日:藤崎宮前駅 - 黒髪町駅間で再度列車が脱線、翌月2月3日に全線で運行再開するまでの間黒髪町 - 当駅間の電車が運休となった。
2019年(令和元年)10月1日:駅ナンバリング導入。