賞罰的県名説
そして、1876年(明治9年)8月21日には、若松県(旧・会津藩)と福島県(中通り)と磐前県(旧・磐城平藩と旧・中村藩)の3県が合併され、県庁も若松・平・中村から遠い福島に置かれ、「福島県」となった。
しかし、長岡藩の消滅は廃藩置県の際ではなく、これに先立つ1871年1月3日(明治3年11月13日)であり、藩財政の破綻により長岡藩の側から願い出たものであった。明治政府はこの願出を受け入れて、長岡藩を廃止して隣接する柏崎県に編入した。この柏崎県は、戊辰戦争に際して明治政府軍が占領した桑名藩の飛地領の中心都市である柏崎に、既に1869年(明治2年)8月から設置されていたものである。廃藩置県の時点で「県」に替わるべき「長岡藩」は柏崎県の一部となって既に存在しておらず、長岡を忌避してわざわざ柏崎に県庁を移したわけでは必ずしもない。
一方、会津松平家が斗南藩に移封された後の会津地方は政府直轄とされ、1869年7月21日(明治2年6月13日)に若松に県庁が置かれて「若松県」と称した。若松県は廃藩置県後も存続し、上述の通り1876年(明治9年)8月21日に福島県に合併された。「永久に許されない」とする前説にもかかわらず、7年間にわたって若松は県庁所在地であった。
県名の改称に際して、その過程に関わる個々の事情が判明している事例も以下のように種々あるが、『府藩県制史』の説はその個々の事情への言及や検討を欠いている。
例えば岩手県の場合、財政困難から願いによって旧・盛岡(白石)藩が1870年(明治3年)に廃藩置県に先立って盛岡県とされ、1871年(明治4年)7月の廃藩置県の際は「盛岡県」であった。翌1872年2月16日(明治5年1月8日)に太政官により「其県岩手県ト改称相成候事」と盛岡県に向けて改称の通知がなされ、「盛岡県」は消滅し岩手県となるが、改称の体裁として太政官の布告に先んじて「当盛岡県ノ名、元盛岡藩因襲ノ呼称ニテ(中略)兎角藩治ノ風習脱却仕兼候間、今般新県御改立ノ折柄、旧名ヲ改メ、岩手県ト相唱申度」と、盛岡県の側から申請した形式をとっている。この際、旧来の小藩なども組み替え、従来の領域を改めて置県したため、旧藩の呼称を用いては何かと差し障りがあった可能性がある。仙台県から宮城県あるいは大津県から滋賀県への改称も、これに類似する県側からの改名歎願に基づくものである(仙台県#歴史、大津県#滋賀県への改称に関する経緯参照)。
あるいは、石川県が金沢県から改称した直接の理由は、金沢から美川(現白山市)へ県庁を移転したことである。県庁移転の公式理由は県域の北に寄りすぎていることであったが、背景には旧加賀藩の影響力を弱める目的もあったという説もあり(石川県#近代参照)、翌年に県庁を金沢へ戻したときに県名を戻さなかった理由も明白でない。