桜田門外の変
やがて江戸表でも家老・安島帯刀ら水戸藩改革派の重鎮が拘禁され、これに反発した水戸藩士民は、安政6年(1859年)5月、再び小金宿等に屯集した(第二次小金屯集)。一方、水戸藩士金子孫二郎は、高橋多一郎と計り関鉄之助、矢野長九郎、住谷寅之介らを西へ向かわせ、密勅の写しを諸藩へ回達させようとした。彼らは西南雄藩との連合を目指し、数か月間に渡り諸藩を遠遊した。また、弘道館内の鹿島神社神官・斎藤監物も神官3名を西国へ向かわせ、諸国神官職の者達へその写しを回覧させた。8月27日夜半、水戸藩関係者への刑が執行された。水戸藩家老安嶋帯刀を切腹、水戸藩奥祐筆茅根伊予之介、水戸藩京都留守居役鵜飼吉左衛門を斬首、水戸藩京都留守居役助役鵜飼幸吉を獄門に処する等、御三家の家老格重鎮への処分としては、異例のものであった。また、前水戸藩主・徳川斉昭は国許の水戸に永蟄居処分を受けた。さらに、幕政から『戊午の密勅』の朝廷への返還を求められ、主君の処分解除のためには、水戸藩は幕府へ恭順を示さねばならなくなった。しかし、断固返納反対の立場をとる藩士らの勢いも止まず、藩内の膠着状態となった。幕府は自ら返還を促す勅命の草案を作って天皇の同意を得る方針に転換し、12月、藩主・徳川慶篤に勅書返納の朝旨を伝達した。水戸藩庁では斉昭・慶篤間での協議により返納論が主流となりつつあったが、密勅返納阻止の運動は却って激化した。返納反対派は密かに密勅が運ばれることを警戒し、藩境の長岡で集まり水戸街道を封鎖して返納に抵抗した(長岡屯集)。安政7年(1860年)1月15日、幕閣は江戸城へ登った慶篤に対し、重ねて密勅の返納を催促、同年1月25日を期限とし、もし遅延したら違勅の罪として同藩を改易する可能性まで述べた。慶篤は返納に肯定的であったが、水戸藩内の返納反対論者の勢いは強く、幕府に猶予を願い出続けた。
茨城県東茨城郡茨城町長岡には、水戸藩士らが襲撃を期して江戸に向かう際に髪を埋めた「水戸浪士の毛塚」、及び「桜田烈士記念碑」がある。
常磐共有墓地(茨城県水戸市)には関鉄之介以下9人の水戸浪士の墓がある。
妙雲寺(茨城県水戸市)には水戸浪士・広木松之介の墓があり、井伊直弼の首を広木が持ち帰ったという言い伝えから「井伊掃部守直弼台霊塔」がある(後述)。
愛宕神社(東京都港区愛宕)境内には、「桜田烈士愛宕山遺跡碑」がある。
南千住回向院(東京都荒川区南千住)には、刑死した水戸浪士の墓と、滝本いのの顕彰碑がある。
豪徳寺(東京都世田谷区豪徳寺)には、井伊護衛のため殉職した彦根藩士8人の「桜田殉難八士之碑」がある。
四天王寺(大阪府大阪市天王寺区四天王寺)には、高橋多一郎、庄左衛門親子の顕彰碑がある。
生國魂神社(大阪府大阪市天王寺区生玉町)には、川崎孫四郎自刃の碑がある。
廣福寺(神奈川県川崎市多摩区)には、桜田門外の変に遭遇し逃げ延び、のちに寺男となった彦根藩士「畑権助の辞世碑」がある。