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一時期、尾道鉄道を使った貨物輸送が、現在のイオン尾道店がある場所に建っていた繊維工場との間で行われていた。
跡地は北口駅舎やJR関連施設、駐輪場になっている。
2面2線の対向式ホームであった。
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単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅。南口駅舎に面した1番のりばが単式ホーム、2・3番のりばが島式ホーム、さらにその反対側には北口駅舎があり、相互に地下道で連絡している。
南口駅舎は、JR西日本グループの共通戦略の1つである「地域価値の向上」の一環として、「瀬戸内地方を繰り返し訪れたくなる一大周遊エリアにする」という目標の下で建て替えられたものである。通常、駅舎を建て替える際は、まちづくりの一環として地方自治体等の行政機関から資金協力を得て行われるのが通例であるが、今回の建て替え事業においては全額JR西日本の資金で実施している。外観は駅前広場から駅舎を見返すと、自然と尾道市の名所である千光寺山へと目が向くように、初代の尾道駅舎を参考とした大屋根や低くて深い庇が採用されており、同時に日本の伝統的な門形式の一つである長屋門を連想させるようなデザインとしている。コンコースと展望デッキを繋ぐ階段の両脇や観光案内所の背後には、巨大な棚を配置しており、地元のイベント情報や物産品などを紹介する町のギャラリーとして機能している。
2007年(平成19年)7月には、尾道市が移動円滑法制定を基に駅構内にエレベーターを設置し、上りホームでかさ上げ工事が行われた。
管理駅長が配置された直営駅であり、みどりの窓口が設置されている。ICOCA利用可能駅(相互利用対象ICカードは当該項参照)。
2022年7月13日、尾道駅2階の駅舎テナントとして「ホテルビーコンおのみち」が開業した。客室は6タイプ16室、定員は41人。
しまなみ交流館(通称・テアトロシェルネ)
尾道警察署駅前交番