名探偵コナン ベイカー街の亡霊
声 - 千葉一伸
警視庁捜査一課の刑事で巡査部長。
声 - 村井かずさ
コクーン完成披露パーティーの中継をしていた女性レポーター。
シンドラーや著名人のゲストが訪れる中、コクーンのゲーム内容を視聴者に紹介していた。
本作はストーリーのテーマ提案も野沢が行っている。野沢が提案した幾つかの案の中選び抜かれた『オリエント急行殺人事件』のような、すべての出来事が列車内で進行するプロットが当初採択されようとしていたが、アニメ制作サイドによる数回の検討の結果、流れる背景を描き続ける作画コストや空間描写などの映像面での技術的困難をこだま兼嗣が提示。「(2000年初頭当時の)アニメーションでは、列車のシーンは三分の一しかできない」という制約から制作断念を余儀なくされる。諏訪道彦は当時を振り返り「これだけの作家にNGを出したらさすがに次は書いていただけないかと思ったし、普通ならここで降りるという選択肢もあった。でも、野沢さんは違っていた。本当に名探偵コナンを書きたいと思ってくれていたのだろう」と語っている。
野沢は子供達がRPGゲームに熱中する姿にヒントを得て当時の最先端ゲームのさらに先を行く“バーチャルゲーム”を舞台にしたストーリーを提案し、諏訪・こだま達アニメスタッフに向けて事前にプレゼンテーションを行った。「たとえ別の次元に離れていても、父と子は繋がっている」というメッセージと「親子の絆」をテーマとして切り替え、世襲や家庭環境など大なり小なり親子関係にしがらみを抱えている子供達が、困難に自分の力で立ち向かい、自立していくジュブナイルストーリーを作り上げた。
仮想空間を舞台にするにあたり野沢は「どこへコナンたちが行ったら面白いか」とコナン達が活躍できるゲーム世界の設定を考え、江戸川コナンが愛するシャーロック・ホームズの世界に舞台を決定。
声 - 田中秀幸
私立探偵。『シャーロック・ホームズシリーズ』の主人公。
容姿や性格は工藤優作がモデルになっている。「オールド・タイム・ロンドン」のサポートキャラだったが、ノアズ・アークにプログラムを書き換えられ、ワトスンとダートムーアに向かっていた。自室にはゲーム攻略のヒントとなる貴重なアイテムが多く皆も感動していた。その後も、コナンに影響を与えていったが、ゲームに登場することはなかった。しかし、最終局面でブレーキが破壊されて終着駅に突進する寸前の列車を止められなくてゲームをクリアできないと苦悩するコナンの前に現れ、最後のヒントを告げる。ちなみにその時のセリフ「人生という無色の糸の束には、殺人という真っ赤な糸が混ざっている。それを解きほぐすことが、我々の仕事なんじゃないのかね?」は『緋色の研究』でホームズがワトソンに言った言葉(正確には真っ赤な糸ではなく緋色の糸、後半はそれを解きほぐし、1インチ残らず白日の下に晒すこと)である。
声 - 小林清志
シャーロック・ホームズの宿敵。
ロンドンを影から支配する犯罪界のナポレオンと評されている。幼少期のジャック・ザ・リッパーに犯罪者としての才能を見出し、英才教育を施して自身の操り人形にしていた。
2年前にヒロキが完成させた人工知能。
1年で人間の5歳分成長するという画期的なもので、人類史上最大の発明になるだろうと言われている。
シンドラーカンパニーが作成を全面的にバックアップしていたが、これを完成させた直後にヒロキは投身自殺をする。
そのデータをヒロキは回線上に逃がし行方不明となるも、2年後に米花シティーホールに現れコクーンのシステムを乗っ取る。
なお、「ノアズ・アーク」の名称は、旧約聖書に登場する「ノアの方舟」から取られている。
声 - 平田広明
コクーン開発の主任で、ヒロキの父親。
パーティー会場でサッカーのミニゲームをする諸星達を厳しく注意した。
工藤優作とは大学時代の悪友であり、現在は探偵と依頼人という関係でも付き合っており、ある調査を依頼していた。
原作者の青山剛昌も本作ではストーリー作りを野沢に任せていたが、灰原がゲームオーバーで消える前にコナンに言う台詞、ホームズがコナンの前に突然現れて助言するシーン、ラストのコナンと優作が感情で話し合うシーンを加え、コナンがゲームをクリアするための品を当初の案だったミルクからワインに変更された。これらの追加を青山は野沢に伝える際、緊張して伝えるのに努力を要したため、2001年3月に行われた青山の小学館漫画賞授賞パーティーの際もこのことが脳裏に働いてうまく喋れなかったという。
この一件については野沢尚側からの記録も残っており、本作の劇場公開を1ヶ月前に控えた時期に収録されたインタビューで野沢は「キャラクターは既にあり、原作者の確固たるイメージがある。それを崩してはいけないので、原作者と間接的にかなりやりとりをした」「原作者のチェックが非常に沢山あった仕事で、それを一つ一つクリアするべくかなり書き直した」と、青山との間で膨大なやりとりやそれに伴う脚本のリライト作業があった事を語り「でも、楽しかった。またやりたいとも思ってます」と話を結んでいる。
東京ムービーのアニメプロデューサー吉岡昌仁によると、絵コンテ段階で本作には青山剛昌が納得できないシーンがいくつか存在しており、制作スケジュールが押し台風も直撃する中、吉岡昌仁・こだま兼嗣が青山の下へ本作の絵コンテ修正打ち合わせに向かったという裏話がある。青山とこだま・吉岡の5、6時間の話し合いを経て修正された後の本作の出来に青山は「逆転サヨナラホームランだね」と満面の笑みで語ったという。