マニラ大虐殺
もしくはより上級の司令部から発されたものなのか?また、虐殺の実行者が現役兵と現地召集兵のどちらによるものなのか?兵種の区別なく一様におこなわれたものなのか?などは裁判でも明らかにはされなかった。
ベイビューホテルの性的暴行事件についても、第41軍(マニラの戦い後に振武集団から改編)司令官横山などを尋問し、マ海防の組織的犯行ではないかとの捜査を進めたが、1946年5月13日付で、加害者について命令者も実行者も共に特定することができないとし、この事件捜査を打ち切っている。そして、事件の性格については「記録からは、この肉欲が計画され仕組まれたものという印象を受けない。しかしながら、避けられない事態に直面した狂信者たちの欲望を満たすために、罪のない人々の権利を悪質にかつ不必要に無視したことは、明白な証拠がある」とし、「要するに、包括的な根本的な動機はないと言ってよいだろう。むしろ、もはやあまり生きられないと知った狂信者たちの欲望をほしいままにさせることを許容したと言えよう」と絶望した一部兵士の刹那的な犯行としている。ドイツ人クラブ虐殺事件の数少ない生還者となったスペイン人レイナスも「自分(日本兵)たちは死ぬのがわかっている。
林ら日本兵は覚悟を決めると、周囲に殺気立って取り囲んでいたフィリピン人の集団に走って飛び込みそのまま見えなくなってしまった。
サント・トーマス収容所を望み通り解放できたマッカーサーは、山下による日本軍の無防備都市宣言を期待して、マニラで戦勝パレードを行うつもりで、市街の破壊を避けるべく空爆の禁止と重砲の砲撃の制限的運用を命じていた。アメリカ軍もゲリラからの情報で、マニラには少数の日本軍しか配置されておらず、激戦にはならないと考えていたが、既にマニラ防衛を決意していた岩淵は、アメリカ軍のマニラ侵攻の報告を受けるや直ちにマ海防全軍に陸戦第1配備の命令を下した。2月3日の午後11時には振武集団命令で陸軍の野口部隊も岩淵の指揮下となったが、既にマニラ市内でもアメリカ軍が支援したユサッフェ・ゲリラとフクバラハップ・ゲリラが武力蜂起して電話線の切断など破壊行為を開始し、岩淵と野口は連絡を取ることが困難になっており、陸海軍の連携はマニラの市街戦当初から殆ど取れなかった。
岩淵は掌握していたマ海防の戦力で、マニラの都心イントラムロスに多数存在していたアメリカが建築した鉄筋コンクリート製の堅牢な建築物や、スペイン支配時代に構築された高さ25フィートの防壁を利用して陣地を構築しており、その堅牢な陣地に籠って徹底抗戦を行った。
当時メトロ・ゴールドウィン・メイヤーのフィリピン代表として勤務していた映像制作のフランシスコ・ロペス(Francisco Lopez)によれば、2月10日には、マニラの高級住宅街であったエルミタ地区(英語版)(Ermita)地区では、戦闘により火災が発生しており、当時35歳のロペスが500人以上の隣人や家族と共に戦火から逃れようと、フィリピン在住のドイツ人クラブの建物の地下に避難したところ。午前10時頃、日本軍の部隊がクラブを包囲し、誰も地下スペースから出てはならないと命令する一方で、施設内ではクラブの中心にあった絨毯、椅子、テーブルを、施設の入口ではスーツケース、缶詰の包み、避難民が持参していた衣類を積み上げてガソリンを撒き、火を放った。女性や子供たちはパニックに陥り、「トモダチ!友達です、私たちは友達です!」と叫んだ。ドイツ人クラブのマルティン・オハウス(Martin Ohaus)は、ドイツが日本と同盟を組んでいることを材料に避難民のことを考慮してくれるよう日本軍の士官を説得しようとしたが、士官はオハウスを突き飛ばして足蹴にした。赤子を抱えた母親たちは命乞いをしたが、海軍兵士らは銃剣で赤子を突き刺し、地面に叩きつけた。そして女性たちの髪を掴み、強姦し始めた。
20人を超す海軍兵士たちが13歳に満たない外見の少女を輪姦した上、少女の乳房を切り取り、そのうちの一人が自分の胸に切り取った乳房を押し当てて女の真似をし、他の兵士たちはそれを囃し立てた。海軍兵士たちは他複数名の女性も強姦した挙句、髪にガソリンを撒いて焼いた。また、同じ現場ではロペスの使用人の一人 Bernardino Calub も当時2歳の息子を竹槍で突き殺され、下手人に仕返ししようとして袋叩きにされた挙句連行されたロペス邸跡のガレージの柱に縛り付けられ、性器を切断されて口内に突っ込まれた。ロペスは母カルメン(Carmen)と別れてクラブを脱出する決断をし、弟のホセ(Jose)や隣人のホアキン・ナバロ(Joaquin Navarro)と共に逃げ出すが、ロペス以外の2人は撃たれて倒れてしまった。ロペス自身も左足を撃たれるが死んだふりをして兵士をやり過ごした。姉マリア(Maria; 当時40歳)はクラブからの脱出に失敗して焼死し、義姉フリア(Julia; 当時28歳)は日本軍兵士に輪姦され、乳房を切断、髪にガソリンを撒かれて焼かれ、知人の女性も殺害後に死姦された。
ゲリラといっても、アメリカ軍の指揮・命令を受けていたユサッフェはフィリピン人のアメリカ陸軍正規兵であるフィリピン・スカウト(英語版)と同じ扱いであって、アメリカ本国から階級の昇進や任免まで行われていた。兵器についても、自動小銃や短機関銃を大量に供給され、火器装備は90%を超えており、支配者である日本軍より火力に優れているといった有様になっていた。特にゲリラ勢力が強いセブ島では、ゲリラは、開戦前から石油技師として在住していたためフィリピンに土地勘のあったアメリカ軍将校ジェームズ・M・クッシング(英語版)中佐に指揮されており、組織的な軍事作戦を展開し、市街地にも迫撃砲で砲撃してくるので、陸軍の守備隊が海軍航空隊にゲリラ勢力への空爆を要請するなど、戦争をしているのと何ら変わらない状況となっていた。クッシングのゲリラ部隊に対して日本軍は懸命の掃討作戦を行い、クッシングを脱出不能にまで追い込んだが、その時に海軍乙事件が発生し、連合艦隊参謀長福留繁中将らがクッシングのゲリラ部隊に捕えられた。ゲリラ側は福留らの引き渡しの条件としてクッシングの解放を求め、日本軍討伐隊は止む無く取引に応じて福留らを引き取った。その際にクッシングは福留らの持っていた機密書類を手に入れ、それをアメリカ本国に送って後の戦いを有利に進めることができた。
アメリカ正規兵扱いのユサッフェゲリラであったが、全員が軍服を着用しているのではなく、むしろ一般市民に溶け込むような活動を行っていた。また、これらゲリラの戦闘部隊を多くのフィリピン人が食料や情報を提供して支援していたが、日本軍にはゲリラや協力者と一般市民を見分ける手段はなかった。
食うものもない。ああ!いまに命までなくなるだろう」などと喚き、泣け叫び、右往左往しながら砲弾に斃れていった。ゲリラからの殺戮を逃れた日本人住民も例外ではなく、アメリカ軍の砲撃で多数が犠牲となった。また、逃げ惑う日本人住民が銃撃戦に巻き込まれることもあったが、ある日本人住民が「海軍の兵隊さん、日本人です。お願いします」と叫んだところ、マ海防の兵士は射撃を止め「そっち言ったら危ないぞ!右に曲がれ」と避難経路まで教えてくれたという。わずかに生存した日本人住民にとって、悲惨な戦場にあって日本人同士の情愛が感じられる出来事となった。
マ海防はアメリカ軍部隊を足止めしても、アメリカ軍重砲の激しい砲撃に一方的に打ちのめされるだけとなり、損害は増大していった。そのような状況の2月14日になってようやく、第14方面軍司令官の山下が海軍部隊がマニラにとどまっていることを知って、慌てて振武集団司令官横山に対して「海軍部隊は後退せしむべし」と命じ、横山は岩淵にフォート・マッキンレーへの撤退を命じた。これは陸軍からマ海防への遅ればせながら初めての正式な撤退命令となったが、もはや包囲されている岩淵に撤退は不可能になっていた。また、マニラの戦況を固唾をのんで見守っていた南西方面艦隊司令長官大川内傳七中将は、敢闘しているマ海防に対して、山下の方針に反した「海軍の伝統を発揮せよ」や「戦況愈々重大ヲ加フ。
2月26日に司令官の岩淵は、最後が近いことを悟ると、生存している部下全員を司令部としていた農商務省ビルの地下に集め、恩賜の酒を取り出し別杯を酌み交わすと「指揮のつたなきのため、遂にかかる事態に陥ったことをお詫びする。もし諸氏にて脱出し得る自信のあるものは脱出せよ。然らざるものはここで死んでくれ」と別れの言葉を述べ、だた一人で司令官の個室に入ると「強者は倒れ、弱者は残る」と、最後まで支援も明確な指示もなかった振武集団や南西方面艦隊司令部への抗議の言葉を残して自決した。
その後、アメリカ軍による掃討作戦が進んで3月3日に戦闘終結が宣言されたが、2月27日にイントラロムスが解放されると、マッカーサーは奇跡的に戦火を逃れて無事であったマラカニアン宮殿で首都の回復を宣言した。その中でマニラの破壊について全面的に日本側に罪を被せるように非難している。
マニラの市街戦におけるフィリピン人の犠牲は10万人以上にも達した。正確な人数は不明であるが、戦後に開廷されたマニラ軍事裁判においては、フィリピン全土で日本軍によって62,278人の民間人、144人のアメリカ人将校と下士官兵が殺害され、488人の女性が性的暴行を受けたと告発されている。しかし、近年の研究においては、日本軍に虐殺されたのが全体の60%で、残り40%はアメリカ軍の砲撃による犠牲と言われ、なかにはアメリカ軍による犠牲者の方が多かったとのフィリピン側の指摘もある。