ブーンビルの戦い
ライアン将軍は即座に北軍2個志願兵連隊、アメリカ陸軍正規兵1個中隊および1個砲兵大隊、総勢約2,000名を蒸気船に乗せて彼等の後を追った。その目標は州都を掴むことであり、ミズーリ州兵隊を追い払うことだった。ライアン軍は6月15日にジェファーソン市に到着し、ジャクソンとプライスがブーンビルに向けて撤退したことが分かった。
プライスはジェファーソン市が防衛できないことを認識し、レキシントンとブーンビルから州兵を集めるための十分な時間が欲しいと思った。ライアンが接近してくればブーンビルからも撤退する考えだった。州兵のジョン・S・マーマデューク大佐がブーンビルで部隊の組織化を始める一方で、モスビー・M・パーソンズ准将は20マイル (32 km)南のティプトンで陣地を構築するよう指示を受けた。
プライスは病気のためにブーンビルを離れ、レキシントンで集められている軍隊に加わった。このことは、政治家である知事に指揮させるという不幸なことになった。ジャクソンは撤退する代わりに、これ以上撤退した場合の政治的な悪影響を恐れたので、町を守ることに決めた。彼の部下の兵士達も敵と対峙することに熱心であったが、兵士達はショットガンやライフルで武装しているだけであり、効果的に戦うための十分な訓練も受けていなかった。マーマデュークは戦うことに反対だったが、この待機する軍隊の指揮に渋々就いた。
ライアンはジェファーソン市を確保するために300名の北軍を残し、6月16日に再度残りの部隊を蒸気船に乗せた。この部隊は6月17日の朝にブーンビルの下流約8マイル (13 km)の地点で上陸した。ジャクソンはライアン軍が接近していることを知らされ、ティプトンにいるパーソンの部隊を呼び寄せようとしたが、この部隊は間に合わなかった。