脱アミノ
アミノ酸のアミノ基が酵素-PLPシッフ塩基の炭素原子へ求核攻撃しイミノ転移(シッフ塩基転移)を起こし、アミノ酸-PLPシッフ塩基(アルドイミン)を形成し、同時にリシンの側鎖アミノ基を遊離する。遊離されたアミノ基は活性部位の一般塩基として機能する。次に、活性部位のリシン側鎖アミノ基がアミノ酸-PLPシッフ塩基のα水素を取り、安定なカルボアニオン中間体を形成し、αケト酸-PMPシッフ塩基(ケトイミン)と互変異性化する。そして、αケト酸-PMPシッフ塩基が加水分解し、PMPとαケト酸(2-オキソ酸)が生成する。