デストロイア
このギミックは劇中、ベイエリアにおける決戦でゴジラにこの部分を集中攻撃され、破れて大量の体液を撒き散らすというシーンに流用された。
墜落するシーンでは、翼に修理用の表皮や血糊をつけたウレタンを用い、ボロボロになった状態を表現している。
本編では最終的にカットされているが、自衛隊に撃墜された後も再び立ち上がって自衛隊の冷凍弾を受けながらゴジラと戦闘を続けた末に力尽き、ゴジラに先駆けて消滅するシーンも撮影されており、DVDの特典映像で閲覧できる。川北は、物語を収束するにはゴジラの死に話を映さなければならなかったことを語っている。結果として、スーパーXIIIによるデストロイアの撃退は、ゴジラシリーズで数少ない自衛隊が怪獣にとどめを刺したシーンとなった。
鳴き声は、映画『放射能X』を参考に昆虫の羽音などをイメージしている。
幼体でのミクロオキシゲン光線は、現場で撮影したガスに光線のエフェクトを加えており、作画合成の手間を軽減している。巨大化時は、白色のままでは画にならないことから、紫系の色が加えられた。