バローゾ委員会
プローディ委員会の任期は2004年10月末で満了することになっていたため、同年の欧州議会議員選挙の実施後に委員長候補の検討が開始された。アイルランド、フランス、ドイツは「信念を持ったヨーロッパ人であり、戦士でもある」と考えていたベルギーの首相ヒー・フェルホフスタット(欧州自由民主改革党所属)を強く支持していた。ところがこの連邦主義的な傾向が強いフェルホフスタットはイラク戦争に強く反対し、また欧州憲法条約で神に言及することにも拒否していたことから、スペイン、イギリス、イタリア、ポーランドがフェルホフスタットの委員長任命に反対した。フェルホフスタット以外にもアイルランドの首相であるバーティ・アハーン(諸国民のヨーロッパ連合)も候補に挙がったが、アハーンは委員長就任を望まなかった。
先の欧州議会議員選挙で欧州人民党が勝利したため、同党に参加する各国の政党は自党に所属する人物を委員長にしたいと考えており、ルクセンブルクの首相ジャン=クロード・ユンケルやオーストリアの連邦首相ヴォルフガング・シュッセルの名前が挙がったが、ユンケルは固辞し、シュッセルについては極右政党のオーストリア自由党と連立を組んでいたことが一部の加盟国政府からの信頼が受けられなかった。
バローゾ委員会で成立した法令のひとつである REACH 指令は、2006年に3年間の協議を経て合意されたものである。REACH 指令は環境や人体への危険を及ぼすおそれのある30,000以上の化学物質の使用を制限することが目的となっている。ところがバローゾ委員会の提出案は環境団体から批判されていた欧州議会によって規制が弱められた。REACH 指令は欧州委員会が作成した単一の法令としてはもっとも大きいものであり、世界における基準となることが見込まれている。
2007年1月10日、欧州委員会としてははじめて欧州連合のエネルギー政策に踏み込んだ報告書を作成し、そこで気候変動との戦いが強調され、2020年までに1990年比で域内の温室効果ガス排出量を20%削減するとした法的拘束力を持つ目標を掲げた。この方針はまた共通エネルギー市場や、低炭素エネルギーの供給拡大やロシアなどの原油輸出国からのエネルギー依存の脱却を狙うものである。
プローディ委員会から引き継いだ案件として競争担当委員のネリー・クルースは、市場における独占的地位を濫用しているとされるマイクロソフトに対する長期にわたる紛争に着手した。マイクロソフトは欧州委員会の求めに従わず、当時の単一の企業に対しては史上最高額となる4億9700万ユーロの制裁金が課された。マイクロソフトの欧州連合における競争法違反事件では2007年に欧州司法裁判所が同社からの控訴を棄却したことで、マイクロソフトは欧州委員会に協力するということで合意した。
任期中、バローゾ委員会はプローディ委員会から引き継いだものやバローゾが主導した多くの法令を成立させてきた。バローゾ委員会ではボルケシュタイン指令による欧州連合の第三次産業の自由化や、REACH 指令といった法令が制定されていった。このような政策への合意を得る過程を通じて、バローゾ委員会は加盟国と衝突して失った中立的な立場からの政策執行機関としての評価を取り戻していったのである。