絹衣相論
ところが、戦国時代の当時、東寺などの真言宗の最高幹部たちが地方の状況まで把握することが出来ず、事実上野放し状態であった。
ところが、天正2年(1574年)になって真言宗側が前権大納言柳原資定を頼って、絹衣着用の正当性を確認する訴訟を起こした。その結果、今度は天台宗(梶井門跡法胤法親王)に対して地方の真言宗に対しても本寺(東寺・醍醐寺・仁和寺)同様に認め相論を止めるようにとする正親町天皇の綸旨が出された(この綸旨については後述)。これに天台宗は反発し、翌天正3年(1575年)になって青蓮院門跡尊朝法親王を擁する形で再度訴訟が起こされ、今度は関東の真言宗門徒が天文の綸旨を申し掠めているのは言語道断であること、先の綸旨は「謀書」であるから破棄するという綸旨が出された。更に柳原資定が同年6月から勅勘を受けている。このことから、堀新は天正2年の綸旨は柳原が作成した謀書すなわち偽綸旨であり、天正3年の綸旨はこれを否定した綸旨と解釈し、通説となっている。これに対して近年神田裕理が反対に天正2年を真正の綸旨、天正3年を正式には発給されなかった綸旨とする解釈を出した。これは天正2年の綸旨に署名している左少将は中山親綱のことであり親綱がこの一件で何らかの処分を受けた記録がないこと、江戸重通に出した綸旨(後述)には天正2年の綸旨も「勅裁」と記され、反対に天正3年の綸旨には触れられていないこと、天正3年の綸旨には発給者も発給月日も記されておらず、実際に発給に至ったものではないとしている。