アニーよ銃をとれ
複数のネイティブ・アメリカンが公演のレッドフェイスやステレオタイプな描き方に批判している。特にシッティング・ブルがアニーをスー族の仲間と認めた後にアニーが歌う「"I'm an Indian Too"」を問題にしている。
彼らはニューヨーク・シティ・センターおよび映画館の前でプロテストを行なった。以降、多くの公演でこの曲は使われなくなり、プロテストは沈静化した。
1966年、ブロードウェイにあるリンカーン・センターのミュージック・シアターにてブロードウェイ再演が行なわれた。5月31日に開幕、7月9日に閉幕し、10週間の全米ツアー公演へと続いた。9月21日、ブロードウェイにあるブロードウェイ・シアターに戻り、78回上演された。アニー役はオリジナル・キャストのエセル・マーマン、フランク役はブルース・ヤーネル、ドリー役はベネイ・ヴェナッタ、チャールズ役はジェリー・オーバックが演じた。脚本や楽曲は改訂された。楽曲「"I'll Share it All With You"」、「"Who Do You Love, I Hope?"」を含むトミーとウィニーの恋愛は完全に削除された。「"An Old-Fashioned Wedding"」は再演のために作曲、第2幕に追加された。この版は許可申請によりアマチュアによる上演も可能である。1967年3月19日、NBCにて90分間の短縮版がテレビ放送された。1960年代でリンカーン・センター唯一の再演ミュージカル作品となった。
ピーターズの休暇中の1999年12月27日から2000年1月16日、「オール・マイ・チルドレン」のスターであるスーザン・ルッチがアニー役でブロードウェイ・デビューした。9月2日、ピーターズとウォパットが降板した。9月6日、「チャーリーズ・エンジェル」のスターであるシェリル・ラッドがアニー役でブロードウェイ・デビューし、パトリック・キャシディがフランク役を演じた。2001年1月26日から6月22日、カントリー歌手のリーバ・マッキンタイアがアニー役でブロードウェイ・デビューし、フランク役をブレント・バレットが演じた。全米ツアー公演でアニー役を演じた「ウイングス」のスターであるクリスタル・バーナードが、2001年6月23日、ブロードウェイ公演のアニー役を引き継ぎ、トム・ウォパットがフランク役を再演した。