カリブ海地域への疫病流入
ヨーロッパ人が植民してくる前は、アメリカ大陸・カリブ海先住民の間で感染症流行は稀にしか発生しなかったと考えられている。部族間の接触機会が限られていたためである。このため、1492年に到来したクリストファー・コロンブス率いる探検隊をはじめとしてヨーロッパ人がチフス、天然痘、インフルエンザ、百日咳、麻疹といった感染症を持ち込んできたとき、アメリカ先住民は免疫的にも社会的にもその流行に対応する術を持っていなかった。ヨーロッパ人のキャリアから感染症を移された先住民は、免疫が無いためにより深刻な症状を呈し、致死率も高くなった。またヨーロッパのような感染症を経験していなかった先住民社会は、病人を看護するための社会システムを持ち合わせていなかった。
コロンブス交換でアメリカ大陸にもたらされた感染症の中でも、多くの死者を出した天然痘は特に深刻な影響を先住民社会にもたらした。コロンブスの到来から26年後の1518年、アメリカ大陸で初めての天然痘の流行がイスパニョーラ島で発生した。この感染症は、ヨーロッパでは700年前からエンデミック程度の流行となっており、コロンブスとその船団の乗組員によってアメリカ大陸へ持ち込まれた。ヨーロッパ人たちは天然痘などの感染症への対処法を知っており、またいくぶんか免疫も身に着けていた。そのため彼らの間では致死率は低くなり、感染しても比較的早く快復できた。しかしイスパニョーラ島の先住民であるタイノ族は天然痘への免疫を一切持っておらず、感染症の治療方法も知らなかった。