ベガルタ仙台
また、京都からMF斉藤大介を期限付き移籍で獲得。
第3クールは、山形に敗れ、9年ぶりとなるみちのくダービーシーズン負け越し。また、これまで無敗であった水戸に初黒星。その後は第2クールまでいずれも1分1敗と苦しめられた愛媛、C大阪に連勝。
30日に鳥栖に敗れ、自動昇格(=2位以内)が消滅したが、最終節で草津に勝利し、シーズン3位を確保して、入れ替え戦へ出場。入れ替え戦でJ1第16位の磐田と対戦したが、1分1敗に終わり、J1復帰はならなかった。
この試合はサッカーダイジェストの「識者7人の記憶 忘れられない一戦」に清水英斗より選ばれた。
シーズン終了後、岡山、GKシュナイダー潤之介らが退団。ナジソンはECヴィトーリア、大分から期限付き移籍中だった宮沢も元のチームへ戻った。「クラブスタッフ」としてフロント入りしていた前監督の望月も退団。その一方で、手倉森は翌年も引き続き指揮を執ることになった。仙台にとっては5年ぶりに監督交代のないシーズンオフとなった。
運営会社の「株式会社東北ハンドレッド」が6月1日付で「株式会社ベガルタ仙台」へ商号を変更。シーズン終了後、NECトーキンがスポンサーから撤退した。
出典: 各年度のJクラブ決算一覧。 2005、 2006、 2007、 2008、 2009、 2010、 2011、 2012、 2013、 2014、 2015、 2016、 2017、 2018、 2019、 2020、 2021、 2022
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なおJ1在籍シーズンでは初となるフェアプレー賞を受賞した。
初出場となったACLは1勝3分2敗でグループリーグ敗退。ナビスコ杯はACL出場により予選リーグ免除となり準々決勝からの出場となったが、その準々決勝で川崎に2敗し敗退となった。天皇杯は2009年(ベスト4)以来となるベスト8入り(準々決勝でFC東京に延長戦の末、敗戦)。
10月10日、手倉森監督が2014年より2016年 リオデジャネイロ五輪出場を目指すU-21(21歳以下)男子日本代表監督に就任することが決定したため、2013年シーズン終了をもって退任することを発表。シーズン終了後、MFヘベルチが契約満了、MFジオゴがレンタル移籍期間満了に伴いそれぞれ退団。GK林卓人が広島、MF松下年宏が横浜FC、MF田村直也が東京V、MF越後雄太が盛岡へそれぞれ完全移籍。秋田へ期限付き移籍のDF島川俊郎が完全移籍へ移行。DF原田圭輔が町田へ、GK石川慧が秋田へ期限付き移籍、長崎へ期限付き移籍したMF奥埜博亮は移籍期間を延長した。
ニューヒーロー賞 2017年: 西村拓真
得点王 2017年: クリスラン
9月1日、従来の運営会社である株式会社ベガルタ仙台とマイナビとの間で、マイナビベガルタ仙台レディースの経営権譲渡に関する基本合意書を締結したことが明らかにされた。2020年シーズンは従来の体制のままチームを運営し、シーズン終了後に正式に経営権を譲渡となった。
10月20日、道渕諒平が交際女性とのトラブルにより9月に逮捕されていたと報じられ、事実関係を確認した上で契約を解除した。
また、新型コロナウイルスの影響による大幅な減収により、債務超過に陥る見込みとなった。これを受けて緊急募金を実施していたが、道渕の契約解除により募金は中断された。
シーズン終了後、木山は監督を退任、強化育成本部長の丹治も退任。選手では10年間在籍した関憲太郎が契約満了により山口へ移籍、椎橋慧也が柏、ジャーメイン良が横浜FC、川浪吾郎が広島、常田克人と浜崎拓磨が松本へそれぞれ完全移籍。セレッソ大阪から期限付き移籍でプレーしていた山田寛人は移籍期間が満了。兵藤慎剛、飯尾竜太朗、金正也、アレクサンドレ・ゲデス、パラ、イ・ユノも契約満了により退団した。
その後、京都からディエゴをレンタル移籍で獲得。また、8月20日に名古屋戦に勝利し、公式戦での名古屋戦初勝利を記録。10月2日のC大阪戦での勝利でリーグ戦6試合を残しJ1残留が確定。最終成績は14勝14分6敗(勝点56)で、順位も過去最高の4位となった。なお、失点数は2位の名古屋を11下回る25失点でリーグトップ、先制した試合では無敗であった。
ナビスコ杯は2回戦で前回大会優勝の磐田に1分1敗で敗退。天皇杯は4回戦でC大阪にPK戦の末敗れた。
シーズン終了後、DF細川淳矢が契約満了、GK川俣慎一郎、MFマックス、FWディエゴがレンタル移籍期間満了につき退団、DF曺秉局が磐田へ、FW大久保剛志がJFLのソニー仙台へ完全移籍、MF高橋義希が鳥栖へ、DF島川俊郎が東京Vへ、FW中島裕希が山形へ期限付き移籍した。また、横浜FCへ期限付き移籍している関憲太郎の移籍期間も延長された。
10月14日、株式会社ベガルタ仙台が、休部していた東京電力女子サッカー部マリーゼの受け皿として、新たにベガルタ仙台レディースを発足させた。仙台Lは翌年からの日本女子サッカーリーグ2部(チャレンジリーグ)への参加が決まった。