あめぞう
だが、1999年春頃から増大した利用者に対応するサーバ確保が困難になり度々移転を余儀なくされたり、荒らしが増え始め、加えて一部掲示板の書き込みによってあめぞうが脅迫を受けたとされることなど、運営に様々な問題が起こってきていた。この頃、あめぞうは掲示板上で「責任を持ってうちの、HP引き継いでくださるという、団体の方いらっしゃいませんカー」とサイトの引き継ぎ先の団体を求めたこともあった。これに対し、あめぞう掲示板利用者であり、2ちゃんねるを設立したばかりの西村博之(ひろゆき)が「おいらじゃだめでしょうか?」とそれに応じる発言をしていたが、あめぞうは「個人では自分と同じ結果(脅迫などの圧力を受け、運営ができなくなる状態)になってしまう」とそれを断った経緯がある。
追い打ちをかけるように、夏頃からはあめぞうウイルスといわれるスタイルシートを利用したスクリプトによる荒らしが来襲、これにより秋にはあめぞう掲示板は壊滅し、あめぞうリンク自体も2000年3月3日に閉鎖された。本家の衰退後、あめぞう掲示板利用者により、避難所設立などが行われ活動は続いたが、安定した環境の確保に成功した2ちゃんねるに利用者が移っていったこともあり(当時は両サイトを兼用する利用者もいた)、徐々にあめぞう系の掲示板利用者数は減少していった。
この頃には、「BlackBox」「廃墟」といった大規模な私書箱型掲示板が閉鎖することで、そこからも人が流れ込み、同4月には、1日のアクセス数が『Yahoo!掲示板』を超え、日本一の掲示板となって、流行物の雑誌にも取り上げられ、一般社会にもその存在を知られるようになった。
1999年5月30日、ひろゆきが、「あめぞうのセカンドチャンネル」「サブ的な位置づけ」として2ちゃんねるを開設し、あめぞう掲示板に報告。
1999年6月、利用者の増加によるサーバーダウンが常態化。ネット業者のまいたいねっとがサーバーを提供するが、改善には至らなかった。同月19日、何らかの圧力を受け「内部告発」板が閉鎖される。
2ちゃんねるは6月14日にohayou.comに移転していたが、1999年7月28日、これがひろゆきが社長である合資会社東京アクセスの所有であることが判明し、善意の一個人などでなく、企業による運営であったことから批難を受ける。
1999年8月初旬、速報につぐメイン、「@広場」創設。
1999年9月3日、匿名掲示板界隈で流行語となる「空気が疲れてきているな」スレッド誕生。
早い報告では6月、確実なところでは8月20日から、あめぞうウイルスが来襲して蔓延し、管理に疲れたあめぞうが失踪。管理者を失ったあめぞう掲示板のパーミッションをまいたいねっと側が落とし始める。こういったことが続いて、8月12日に、ohayou.comから2ch.netへ移転していた2ちゃんねるへ利用者の流出が続いた。10月14日、メイン掲示板の「@広場」が停止。21日はまいたいねっと上の残りの掲示板も壊滅し、旧サーバーの一部掲示板だけが残る。