藤ノ木古墳
副葬品は金銅製の馬具や装身具類、刀剣類などである。円墳であることから大王の階級ではないが、貴金属を用いたきらびやかな副葬品が多く、強大な権力を持った人物であったと推測されている。南側の人物は、左手首にガラス製ナツメ玉10個、両足に濃い青色のガラス玉各9個を装身具にしていた。
前園実知雄(奈良芸術短期大学教授)や白石太一郎(奈良大学教授)は、2人の被葬者が『日本書紀』が記す587年6月の暗殺時期と一致することなどから、聖徳太子の叔父で蘇我馬子に暗殺された穴穂部皇子と、宣化天皇の皇子ともされる宅部皇子の可能性が高いと論じている。
一方、井沢元彦や高田良信(法隆寺長老)は副葬品や埋葬の様子から「元々穴穂部皇子の陵墓であった所に同母弟でこれもまた蘇我馬子が東漢駒に暗殺させた第32代崇峻天皇が合葬された」との説を主張した。
骨の残りが悪く骨盤が残っていない南側被葬者について、1988年から90年にかけて内視鏡による石棺内調査や発掘人骨の検査・分析を担当した、骨考古学者の片山一道・京都大学名誉教授は、僅かに残った「距骨」(足首の骨)と「踵骨(しょうこつ)」(かかとの骨)に基づいて、1993年『第2次・第3次調査報告書』で被葬者について1人は男性、南側の1人も男性の確率が極めて高いと指摘した。
考古学者の間壁葭子・神戸女子大学名誉教授は、古墳の規模と合葬の関係で、男性2人同時埋葬は被葬者にとり誇るべきものではなく、よほどの緊急のことが起きたのではと、疑問を述べている。
考古学者で古墳時代の玉類の研究者の玉城一枝・奈良芸術短期大学講師は 2009年手首や両足の装身具から、人物埴輪の装飾と『古事記』と『日本書紀』の記述を手掛かりに、手玉や足玉は「これらは女性の装身具」だと「藤ノ木古墳男女合葬説」を唱えた。それに対し片山一道は「形質人類学的に考えれば、9割以上の確率で南側被葬者は男」と反論した。この反論を受けて玉城一枝は、片山が主要な論拠とする足骨の計測値による南側被葬者の身長推定および性判別分析について、いずれも算出値に誤りがあること、後者は基礎データが示されておらず判別式の妥当性自体が検証できないことを指摘し、南側被葬者は生物学的には性別不明の成人とすべきであると主張した(玉城2015)。そして、それをふまえた考古学的考察により、男女合葬である可能性を指摘している(玉城2019)。