Tajima's D
しかし、自然選択や個体数の変化、その他の中立モデルから逸脱する効果(種間交雑、遺伝子移入等も含む)が集団に働くと、S や π の期待値を変化させると推測され、二つの値が等しいとは言えなくなる。Tajima's D testにおいて重要なポイントは、これら二つの変数の期待値の差(正の値と負の値のどちらも取り得る)である。
統計量 D は、集団遺伝学のパラメータ θ の二つの推定値の差から計算される。この差を d と表すと、D は、d をその分散の平方根(すなわち、標準偏差)で割ることで計算される。
つまり、
D = d V ^ ( d ) {\displaystyle D={\frac {d}{\sqrt {{\hat {V}}(d)}}}}
田嶋文生は、統計量 D がベータ分布に近似されることをシミュレーションにより明らかにした。
DNA配列標本から得られる D が信頼区間外であれば、「注目しているサンプルセットが中立的に進化してきた」という帰無仮説は棄却される。