乙訓郡
「旧高旧領取調帳」に記載されている明治初年時点での支配は以下の通り。幕府領は代官小堀数馬が管轄。なお大山崎庄に隣接する山崎村は歴史的には摂津国島上郡所属であるが、大山崎庄の一部とともに離宮八幡宮領であったため、寺社領廃止の際に所轄国郡が曖昧のまま京都府の管轄となった。明治4年に国境・府境を巡って山崎村の住民の訴えがあり、明治6年10月5日に大阪府管轄となることで決着した。「旧高旧領取調帳」では山崎村は島上郡所属として扱われており、本表では省く。(1町51村)
慶応4年 2月19日(1868年3月12日) - 京都裁判所の管轄となる。 閏4月25日(1868年6月15日) - 京都府の管轄となる。
明治6年(1873年)10月5日 - 摂津国島上郡と山城国乙訓郡との間で所属が曖昧であった山崎村が大阪府管轄となり、所属郡も摂津国島上郡で確定する。
明治7年(1874年)(1町49村) 下久世村・中久世村が合併して久世村となる。 西土川村・白井村が合併して森本村となる。
明治8年(1875年) - 灰方村・長峯村・西坂本村・灰谷村が合併して石作村となる。(1町46村)
明治9年(1876年) - 石倉村が久我村に、古市村が神足村に、牛ヶ瀬村が葛野郡牛ヶ瀬村にそれぞれ合併。(1町43村)
明治12年(1879年)4月10日 - 郡区町村編制法の京都府での施行により、行政区画としての乙訓郡が発足。郡役所が向日町に設置。