大阪港トランスポートシステム
大阪港トランスポートシステムが当時管理を受託していた大阪港咲洲トンネルの通行回数券が、約1万1,000枚(約2億2,800万円分)に亘り紛失していたことが、同社の内部調査により、2009年2月16日に発覚した。また、同回数券の利用実績が、販売実績を上回る異常事態も起こった。トンネル管理事務所の当時の所長で販売管理担当をしていた元社員の男性が横流しした疑いがもたれた。
同社は、この元社員を、業務上横領で告訴した上、約2億円の損害賠償を求め大阪地裁に訴えを起こした。2010年5月17日に、大阪府警察捜査2課がこの元社員を業務上横領の容疑で逮捕した。
1974年(昭和49年)7月10日 - 株式会社大阪南港複合ターミナルとして設立。
1976年(昭和51年)10月4日 - 大阪南港トラックターミナル開業。
1989年(平成元年)8月 - 大阪港トランスポートシステムに商号変更。
1997年(平成9年) 10月17日 - 管理を受託した大阪港咲洲トンネルが開通。 12月18日 - テクノポート線とニュートラムテクノポート線の営業を開始。
2005年(平成17年)7月1日 - 大阪市交通局へテクノポート線の運営を移管、ニュートラムテクノポート線の施設・車両を譲渡。大阪港トランスポートシステムは第三種鉄道事業者となる(詳細は路線の節にて後述)。
2009年(平成21年) 2月16日 - 大阪港咲洲トンネルの回数券約1万1千枚、2億2800万円相当の紛失を公表(詳細は不祥事の節で後述)。 5月31日 - 大阪港咲洲トンネルの指定管理者としての管理運営終了。6月1日から阪神高速道路が同トンネルの指定管理者となる。
本来の事業として、長距離を走る大型路線トラックと市内を走る小型集配車を中継する機能を持つトラックターミナルや流通倉庫などの運営を行っている。これらの拠点はすべて大阪市住之江区にある。
トラックターミナル 大阪南港トラックターミナル
駐車場・車両整備設備 大阪区域トラックセンター 大阪南港海上コンテナシャーシプール
流通倉庫 大阪港化学品センター 大阪南港R物流センター 南港航空貨物ターミナル
大阪港トランスポートシステムはテクノポート線・大阪市営地下鉄中央線(現:Osaka Metro中央線)・近鉄東大阪線(現:けいはんな線)用の自社車両としてOTS系を保有していたが、2005年7月に大阪市交通局に譲渡され、中央線で24系50番台として走行した後、近鉄けいはんな線との相互直通運転区間拡大に伴う車両転用計画に基づき22系に改造され、大阪市営地下鉄谷町線(現:Osaka Metro谷町線)へ移籍した。移籍後は、OTS系独特の塗装やオーシャンブルーの座席を見ることはできなくなったが、床や化粧板などは現在もOTS時代のままである。前述の通り、近鉄けいはんな線(生駒駅 - 学研奈良登美ヶ丘駅)開業前の2006年3月以前に全編成が転属したため、生駒以東に営業列車で乗り入れたことはない。
また、ニュートラム用の100A系も33 - 35編成がOTS100系を名乗っていたが、こちらも2005年7月の大阪市交通局譲渡時に100A系に編入された。100A系編入後もOTSカラーのままで、車内も座席以外はそのままだった。2016年に第33編成と第35編成が廃車となり、第34編成のみが唯一Osaka Metroに継承されたが、2019年に運用を終了した。