西九州新幹線
西九州新幹線においては、長崎本線が並行在来線として扱われる(新幹線の経路自体は大村線の一部区間とも並行するが、同線は並行在来線の扱いはされていない)が、並行在来線区間は単純に経営分離されるのではなく、上下分離方式により佐賀県・長崎県(直接的には両県の出資する「一般社団法人佐賀・長崎鉄道管理センター」)が第三種鉄道事業者として鉄道施設を保有し、JR九州が第二種鉄道事業者として引き続き運行を担うことになっている。検討の経緯は後述。
なお、諫早駅 - 長崎駅間は旧線(長与経由)も含めて経営分離されず、JR九州が引き続き第一種鉄道事業者として運営する。
佐賀・長崎両県は、在来線維持のために両県が負担することとなる設備購入費を14億円、開業後20年間の維持管理費を46億円と見積もっているが、この計60億円を、長崎県が40億円、佐賀県が20億円負担することで2008年(平成20年)4月25日に合意した。この負担割合について長崎県知事の金子原二郎は「佐賀県の理解と協力がなければ、新幹線は実現しなかった。長崎の誠意を具体化した」と述べている。
一方、長崎県内の旧小長井町(諫早市に合併済)などではJR九州の運営となることで普通列車の運行本数増加と新駅設置という長崎県が将来の第三セクター鉄道転換の際に表明していた約束が実行されないのでは、という懸念を示す動きが出ている。
2016年(平成28年)3月29日の与党整備新幹線PT検討委員会、国土交通省、鉄道・運輸機構、長崎県、佐賀県、JR九州の6者による「九州新幹線(西九州ルート)の開業のあり方に係る合意」では在来線について以下のように記されている。
長崎本線肥前山口駅 - 諫早駅間は開業時点において上下分離し、三者基本合意(平成19年12月)に定められた譲渡価格に関わらず、JR九州は、佐賀県および長崎県に鉄道施設を無償で譲渡する。
JR九州は経営分離せず、三者基本合意が定めるところに関わらず、JR九州は当該開業時点から3年間は一定水準の列車運行のサービスレベルを維持するとともに、当該開業後23年間運行を維持する。 特急列車:博多駅 - 肥前鹿島駅間において開業時点での需要を踏まえ、上下14本程度 普通列車:現行水準維持
なお西日本旅客鉄道(JR西日本)・JR九州の路線構成上、博多駅にて東海道・山陽新幹線との乗り継ぎとなるほか、博多駅を直通する山陽・九州新幹線と新鳥栖駅での乗り換えも可能であるが、いずれもダイヤパターン上の接続考慮などは未定である。
資料では、新大阪駅 - 長崎駅間を最速3時間59分で接続する予定と謳われている。