新幹線E3系電車
2013年4月12日付でR6編成が廃車になったのを皮切りに、同年9月末までに量産先行車のR1編成を含む9編成が廃車となった。
秋田新幹線からの引退を記念して、2013年(平成25年)11月下旬頃より残存編成に順次記念ラッピングが施工された。このうち、ラッピング施工第一編成であったR4編成は同年12月15日に引退セレモニーが行われた。
2014年(平成26年)3月15日のダイヤ改正をもって秋田新幹線区間での定期運用を終了し、同年3月までに8編成が廃車され、1998年までに落成したR1 - R17編成は全廃となった。一方で2002年以降に落成したR18 - R26編成は残存し、以下の通り改造・転用等が行われた以降はE5系との併結編成による「やまびこ」・「なすの」で使用された。
2017年(平成29年)3月25日には団体専用列車『秋田新幹線開業20周年記念号』が運行され、R21編成が充当された。本系列が営業列車として秋田新幹線区間を走行するのは、およそ3年ぶりとなる。
1000番台は1999年(平成11年)の山形新幹線新庄開業時に運用を開始した。2000番台は2008年(平成20年)12月から2010年(平成22年)3月にかけて7両編成12本(84両)が落成し、2008年12月20日の「つばさ112号」(山形発東京行)より営業運転を開始し、2010年4月までに400系を全車代替した。
当初は400系との共通運用が組まれ、その撤退後も併結車両がE4系(いずれも最高速度240km/h)に限定されていたが、2012年3月17日のダイヤ改正からE2系との併結運転が行われるようになり、最高速度275km/hでの営業運転を開始した。
L51編成は、後述のL54編成と入れ替わる形で運用を離脱し、2014年(平成26年)8月20日に新幹線総合車両センターへ回送され、同年9月5日付で廃車となった。L52編成も、後述のL55編成と入れ替わる形で運用を離脱し、2015年(平成27年)2月4日付で廃車された。これにより、本系列にてGTO-VVVFインバータを搭載する編成が全廃となった。
前述の通り、1000番台は当初400系との共通運用とされ、200系(2001年9月まで)やE4系と併結し、最高速度240km/hで運転されてきた。後に登場した2000番台は当初から最高速度275km/hで製造されたが、運用開始した当時は400系やE3系1000番台との共通運用が組まれ、併結車両もE4系に限定されていたため、最高速度は240km/hに抑制されていた。2012年3月のダイヤ改正で最高速度の275km/hへの引き上げとE2系との併結が開始されるのに伴い、1000番台の走行機器を改良する工事が行われた。2012年9月のダイヤ改正でE4系との連結は終了し、E3系は全編成が最高速度275km/hでの営業運転が可能となった。