赤松氏
天文6年(1537年)からは出雲国の戦国大名である尼子晴久の侵略も始まり、晴政は領国を追われて淡路国に逃亡した。このため家臣の大半も尼子氏に寝返るが、東播磨守護代の別所村治のみは晴政と通じて抵抗した。また晴政は幕府の支援を得て領国奪回に乗り出し、苦戦の末に播磨から尼子勢力を追放した。
天文23年(1554年)、摂津国の戦国大名・三好長慶の東播磨侵攻もあり、別所氏は三好軍の侵攻に抵抗するが東播磨一帯はほぼ三好軍に制圧された。また天文21年(1552年)には備前・美作の守護職が尼子晴久に与えられるなど(『佐々木文書』)、名目上とはいえ晴政は2か国の守護職を失った。さらに永禄元年(1558年)には晴政が嫡子の義祐と対立するなど家中で内紛が起こり、この対立に敗れた晴政は家督を義祐に奪われ、自らは娘婿である一族の赤松政秀に庇護される事になる。以後、晴政は義祐と対立しながらも政秀と共同して西播磨を辛うじて支配しながら、当時中国地方で勢力を大幅に拡大しつつあった毛利元就に接近して体制の再建を図ったが、実現せずに終わった。