平山常陳事件
長崎奉行である権六は以前にスニガ、フロレスを見知った間柄であり、宣教師たちは共に自身が商人であると訴えて権六にすがり、この難局を乗り切ろうとした。しかし、イギリス商館長(カピタン)リチャード・コックス、オランダ商館長(カピタン)ヤックス・スペックスらが、スニガ、フロレスが宣教師として活動していたことを知る証人を連れてくるなどして対抗した。本事件はスペイン・ポルトガルとイギリス・オランダ両陣営の日本での主権争いの様相を呈したものになり、双方の言い分は対立した。調査は2年にわたって行われたが、結果、過酷な拷問と数々の証人、証言によってスニガ、フロレス2人の宣教師もついに自白に至った。元和8年7月13日(1622年8月19日)、長崎で平山常陳、スニガ、フローレスの3名が火あぶりになり、船員12名が斬首となった。
この事件は、幕府のキリシタンに対する不信感を決定づけるものとなった。翌月に長崎で宣教師や信徒など教会関係者55名が一斉に処刑された元和の大殉教では、平山常陳事件でキリシタンの疑いをかけられていた長谷川権六が、弾圧側の執行人として参加することで身の潔白を証明することを強いられた。以後、諸大名も幕府の意を汲んで、各地でキリシタンに対する迫害を強化徹底した。翌元和9年(1623年)に入ると、幕府はポルトガル人の日本在住禁止、朱印船のマニラ渡航の禁止などを次々に公布し、江戸幕府の対外政策の方向性を決定付けていくことになる。