自由エネルギー摂動法
複数のソフトウェアパッケージがFEP計算の実行を行うことができるよう開発されている。以下は最も一般的なプログラムの一部の表である。
AMBER
BOSS(英語版)
CHARMM
Desmond(英語版)
GROMACS
MacroModel(英語版)
MOLARIS
NAMD
Tinker(英語版)
Q(英語版)