エヴァンゲリオン ANIMA
第3新東京市立第壱高等学校に通う17歳の少年。NERV JapanにてEVAのテスト機材の試験に協力。失った左手足に自身の細胞から培養した手足を移植する予定だったが、移植直前に第13使徒バルディエルの復活兆候が見られたため、機械式の義肢を移植している。後にチルドレンとのコミュニケーション能力を評価されて司令代理に就任。普段の階級は副司令。
アニメ版と同じくメカニックデザインを行う山下いくとが製作総指揮とイラストを、陰山琢磨(当初)が執筆を、キャラクターデザインをうたたねひろゆきが担当し、バンダイとの協力でフィギュアを中心に、「弐拾四話終了時からの分岐ストーリー」すなわち「人類補完計画が発動しなかった世界の3年後」を描いたSF小説。「劇場版以降に相当する時間」が描かれた作品であるが、あくまで分岐であり続編ではない。原作の設定と食い違う新たな設定も盛り込まれている。
2004年末に庵野秀明が山下に対し、『機動戦士ガンダム』シリーズのようにエヴァを多元化したいという構想を話し、オリジナルの企画を考えたことがあると答えた山下に、それをやっていいと許諾を与えたのが企画の始まりであった。国連・日本政府と和議しゼーレの量産機を倒した本編との分岐点を経て、人類補完計画の後始末と再発動の防止のために存続したNERV Japanと、そこに残った17歳になった3人のチルドレン、改造・強化を施された新型エヴァンゲリオンの活躍が描かれる。
第3新東京市立第壱高等学校に通う17歳の少年。学校では級長を務める。EVA初号機F型、後にスーパーエヴァンゲリオンのパイロット。三年前に比べて背が伸びている。伸ばした髪を後ろで束ねる。人間的に大きく成長し、エヴァチームの事実上のリーダーを務めている。
精神汚染を受け、突如として衛星軌道上から落下してきた0・0EVA(カトル機)と交戦中、同機のγ線レーザー砲で至近距離から撃たれ、死亡したかに思われたが、その肉体と魂は初号機と一体化し、S・エヴァへの進化をもたらした。肉体はサルベージされたものの、心臓がS・エヴァの中に取り込まれて内蔵されたため、彼の身体の中には心臓が存在しない。よって、厳密にはヒトとは言えない存在と化している。彼の魂はS・エヴァと常に繋がっており、第2の身体とも言える存在となっている。その影響か初期はシンジが動くとS・エヴァも動くと言うアクシデントもあった
アルマロスの配下と思われる2体の黒い巨人。NERV Japanではヴィクター、NERV EUROではトーヴァートと呼称される。次元の窓を形成し、自在に出現する能力を持つ。
一体はS・エヴァとの戦いで消滅するが、もう一体はアルマロス討伐に向けて準備を整える人類の前に出現する。
二体目の心臓部にはS・エヴァから奪ったシンジの心臓が搭載されており、自らをシンジであるとして行動する。S・エヴァおよびシンジに対し「身体を返せ」と呼びかけている。また、アスカエヴァ統合体は心臓をシンジであると認識しており、それにより彼らの配下として行動している。
アルマロスの投擲したロンギヌスの槍が地球軌道上で変形。その後に、地球を覆う形でA.T.フィールドを発生、地球自体の圧縮を始めた。地球は大規模な地殻異常に見舞われ、世界各国で大地震が勃発するなどの被害が続発した。