Taqポリメラーゼ
かつては入手できるポリメラーゼとしては正確性、反応速度とも優れており、PCRで用いられる標準的な酵素であった。しかし、より正確な複製を行うPfuポリメラーゼや、正確さ(Taq の50倍)と伸長反応の速さ(Pfuの10倍)を兼ね備えた Phusion DNA polymerase などが、現在市販されている。 Taqポリメラーゼが持つ欠点の一つに、複製における正確性が比較的弱いと言う事がいえる。DNA複製時に生じたミスマッチを校正するポリメラーゼの機構として3'→5'方向のエキソヌクレアーゼ活性が存在する(プルーフリーディング活性)。しかしTaqポリメラーゼはプルーフリーディング活性能力を欠くため、9000ヌクレオチドのうち1ヌクレオチドの割合でエラーを起こすと言われている。 Taqによって複製されたDNAは3'末端にA(アデニン)が突出している。TAクローニングは、この突出末端を利用する手法で、3'末端にT(チミン)の突出を持つベクターへTaqによって増幅されたPCR産物を制限酵素処理せず組換える手法である。