小保方晴子
4月1日に理化学研究所の調査委員会が最終報告を行ったが、小保方は4月7日から入院し、調査不服申し立てのために三木秀夫ら4名の弁護士からなる弁護団を代理人に選任する。4月8日に釈明記者会見を行い、「STAP細胞はあります」「200回以上作製に成功しています」などと強い口調で断言するなど、不正は全く無かったことを主張したものの、通常は弁護団経由でコメントを発信しており、会見やコメントも様々な批判を受けた。入院していながら5月下旬から検証実験への助言のため、CDBに出勤していたことが報道されている。
5月8日に認定された画像2点の不正によって、懲戒委員会が発足して処分が検討されていた。再現ができていないこと、論文に盗用や改ざんなどの不正が見つかったこと、サンプルや公開遺伝子データの遺伝子解析が論文と矛盾したことなどから、6月に論文撤回に追い込まれた。ユニットリーダー採用試験において、研究計画書の疑義や英語セミナーを省略するなどの特別扱いが発覚して逮捕の可能性も報道されたが、科学的な疑義に対する新たな予備調査が開始され、また検証実験へ小保方自身が参加することになり、6月30日に懲戒委員会は一時停止となった。
博士論文の疑義については7月17日に早稲田大学の調査委員会(委員長 小林英明弁護士)が総長へ報告し、同日、小林委員長らが記者会見を実施した。早稲田大学の調査委員会は、当時、世間から荒唐無稽な主張と言われていた「取り違いによって作成初期段階の草稿が製本され、それが博士論文として大学に提出された」との小保方の主張を、真実と認定し、製本された論文は「著作権侵害行為、創作者誤認惹起行為、意味不明な記載、論旨が不明瞭な記載、Tissue誌論文との記載内容と整合性がない記載、及び論文の形式上の不備と多くの問題個所が認められた」と認定した。そのうえで、「製本された論文を前提とすれば、学位を授与すべきでなかったが、大学の審査体制の不備で、いったん、授与してしまった以上は、大学で定められている『取り消し規定』に該当しない限り、取り消しはできない。今回のケースは、その規定に該当しない」との結論を記載した報告書を作成し、早大に提出した。