軍務院
だが、6月6日に北京で袁世凱が急死したことから、事態が複雑化する。袁世凱によって政事堂国務卿(後、国務総理と改称)に任命されていた袁世凱側近の段祺瑞は、この日袁世凱の死によって黎元洪は大総統代理に任じられたことを発表し、翌7日に中華民国約法に基づいて大総統に就任したことが発表された。これに対して、孫文は6月9日にそれ以前の中華民国臨時約法の復活を宣言、軍務府もこの主張には同調して黎元洪の大総統就任はあくまでも臨時約法に基づくものであると主張した。この問題は段祺瑞ら袁世凱派と梁啓超ら軍務府の間で中華民国の正統な約法(憲法)をどちらとするかという論争に発展した。梁啓超は国務府は臨時約法に規定があっても、袁世凱が中華民国約法を制定した際にその規定を削ってしまったために、現在北京にある国務府(一時、政事堂と改名され、袁世凱の皇帝即位取消後に国務府に戻していた)は、袁世凱自身が作った約法に違反する機関であると指摘して段祺瑞の国務総理としての地位を否認した。内戦の当事者双方から大総統に擁立される形となった黎元洪は困惑した。だが、李鼎新らの説得を受けた黎元洪は6月29日になって、中華民国臨時約法の復活と国会の開催を宣言、段祺瑞を改めて国務総理に任じて臨時約法に基づく国務院を再建することを発表した。
ここに至って「国務院の成立」までの組織と位置付けていた軍務院の解散論が持ち上がった。解散論を唱えたのは、梁啓超・蔡鍔・陸栄廷らであり、これに反対して暫時存続させるべきだとしたのは、唐継堯・岑春煊・黄興らであった。
「軍閥を統率するだけの軍事力を持たなかった」梁啓超と「自己の政治的地位の保持を優先したい」段祺瑞の両者の思惑がともに一刻も早い再統一を望むことで一致していた。そのために梁啓超は段祺瑞の国務総理就任を認め、段祺瑞は自らが拠って立っていた「袁世凱体制の否認」を行ったのである。
8月1日、北京において1914年1月10日に袁世凱によって実力で解散させられていた国会が2年半ぶりに再開され、黎元洪大総統の就任宣誓が行われた。続いて、9月には段祺瑞国務総理とその閣僚の承認が行われて国務院が名実ともに成立し、10月30日には馮国璋の副総統就任も認められた。だが、旧護国軍勢力の支援をも受けて北洋軍閥の意向に忠実とは言えなかった黎元洪に段祺瑞は不満を募らせ、両者の確執を深めた(府院の争い)。馮国璋の副総統就任も段祺瑞を牽制して北洋軍閥に楔を打ち込むための黎元洪の苦肉の策であった。また、革命派の人々も北洋軍閥の軍事力に対抗するためには、北洋軍閥と対抗意識の強い南方軍閥との関係を必要とすることになる。このため、中華民国の議会政治は対立する両派の軍事的圧力に揺り動かされることになる。そして、翌1917年7月の張勲復辟事件をきっかけに黎元洪大総統は失脚、段祺瑞は国会の解散を宣言する。
軍務府解散からわずか1年余り、後任の大総統となった馮国璋と国務総理として国政の実権を握った段祺瑞の対立を抱えたままの北京政府と復権して広州で護法運動を起こした孫文の広東軍政府との間で中国は再度の分裂状態に陥ることとなる。