プロテアソーム
19S複合体 (RP:regulatory particle, PA700)
筒状の20Sプロテアソームの両端に結合し、蓋のような役割を果たす。19S複合体はさらにbase(基部)とlid(蓋部)に分けられる。baseは Rpt1~6とRpn1~2の計8分子のタンパク質から構成され、20Sプロテアソームのαリング開口制御、標的タンパク質のアンフォールディングに関わっている。lidはRpn3,5~9,11,12の計8分子のタンパク質から構成されており、脱ユビキチン化反応に関わっている。また、baseとlidのつなぎ目にはRpn10サブユニットがあり、蝶番(ちょうつがい)的な役割並びに標的タンパク質の認識・捕捉に関わっている。
11S複合体(PA28)
11S複合体は上記の19S複合体と同様に20Sプロテアソームの両端に結合する能力を有する8量体である。ATPase活性を有するサブユニットは含まず、短いペプチドの分解に寄与する。