長州征討
27日、小五郎は国政・国用トップから諮問に与る用談役に就任、村田蔵六(後の大村益次郎)も藩政の中枢に参画して近代洋式軍隊の創設にあたることになった。
閏5月1日、下関にいた坂本龍馬は時田少輔を通じて小五郎に会見を申し入れた。小五郎は時田からの書簡を藩へ提出、敬親から下関に出る許可を得た。4日に下関へ入った小五郎に対して龍馬、土方久元は10日前後に薩摩の西郷が上京するが途中で下関に寄ると伝え桂との会談を斡旋した。21日、中岡慎太郎は15日に薩摩を西郷と出たが、西郷は下関に寄らず豊後佐賀関で別れたと、手ぶらで下関に入った。不快とした小五郎へ龍馬と中岡は陳謝、この件については一任してもらいたいと申し出て桂も了承した。
7月21日、井上・伊藤が長崎へ入った。長州藩は抗戦武装のため小銃1万丁を求め青木郡平を長崎に派遣していたが、龍馬は薩摩藩の名義で長州藩がイギリスから購入できるように薩摩藩へ運動。薩摩が同意したため小五郎は藩政庁の承諾がないまま2人を長崎へ派遣したのである。千屋虎之助、高松太郎、上杉宗次郎、新宮馬之助は協議の上で小松清廉に薩摩藩で伊藤井上を潜匿させるように依頼した。
26日、山口で藩主父子及び三支藩藩主、吉川経幹は会議を開き、6月23日に広島藩へ毛利元蕃、吉川経幹を大坂に招致する命令が出された件は上坂拒否と決定。
一方で、7日に上京した薩摩藩士大久保利通(一蔵)は小松清廉(帯刀)と共に9日に中川宮朝彦親王に、11日には近衛忠房に謁見した。3月2日、京都所司代への御沙汰書が降下された。内容は藩主父子及び五卿の江戸拘引を猶予すること、参勤交代の制度は文久の幕政改革の内容に戻すこと、将軍は上洛した上で国是を評議することであった。慶喜・容保は所司代に御沙汰書を留置させ、御沙汰書は一旦撤回され、14日に宗秀が参内して受け取り、4月3日、江戸城に登城して幕府に提出した。
大目付の塚原昌義が3月22日に大坂に入ったが、広島藩、宇和島藩、大洲藩、龍野藩は藩主父子の江戸拘引の協力は断った。幕府は19日に将軍の西上を布告、4月1日には藩主父子の江戸拘引が行われない場合は将軍が進発すると諸藩へ伝達した。4月12日、尾張藩前藩主の徳川茂徳が先手総督に、紀州藩主の徳川茂承が副総督に任命された。18日、「毛利大膳親子等容易ならざるの企あるの趣相聞え、更に悔悟の体なく、且御所より仰進ぜられし趣もあり、かたがた征伐仰出され、五月十六日進発す」と進発令が出された。閏5月16日、将軍家茂は江戸を出発し、閏5月22日に上洛し参内。翌23日は二条城、24日は伏見に泊まり25日に大坂城へ入った。
武備恭順に藩論を統一した長州藩の重役は嘆願書を作り吉川経幹、広島藩、徳川慶勝を経て幕府へ上申した。6月23日、広島藩へ毛利元蕃、吉川経幹を大坂に招致する命令が出されたが、長州側は病気のため猶予を願うと回答した。
これに先立つ4日前の1日、福岡藩の越智小平太、真藤登、喜多岡(北岡)勇平が長府(現在の下関市長府)の五卿を訪れ、朝廷及び幕府の命令により九州の五藩が五卿を預かるという申し入れをした。3日に福岡藩の月形洗蔵は三条実美と面会したが、実美は勅命であれば進退はやむを得ないが附属する諸隊及び脱藩浪士は反対し騒擾が起きる可能性があると語った。
諸隊とは奇兵隊、遊撃隊、八幡隊、御楯隊、南園隊など藩の正規兵と異なる軍隊であり、政治集団、党派としての意味合いを兼ねていた。その指揮系統は軍隊だが、意思決定は幹部から構成される諸隊会議所が合議の上で決める仕組みである。
11日、西郷は馬関海峡を越えて長府に入り運動中の月形らと面会。当日に小倉へ戻った。西郷の渡海により長州藩内の紛争が解決次第、五卿は筑前へ移転すると決定。降伏条件の道筋がつき征長軍は解兵へ歩みを進めた。長州藩内の紛争とは長府の諸隊と萩藩庁の対立であり、萩藩庁と小倉の征長軍(その数は数万とされた)に挟まれた諸隊のために、奇兵隊3代目総督の赤禰武人は周旋に動いていた。これに対して13日夜、奇兵隊初代総督・高杉晋作は長府の諸隊長官に対して赤禰の融和策を非難し、即時挙兵を主張したが応じる者はいなかった。この席で晋作は、市民兵の諸隊に向かって「赤禰武人は大島の土百姓である」と発言したと記録されている。
この時富士山丸は大島の沖におらず、蒸気を落としていた八雲丸(排水量337tの鉄製蒸気船)、翔鶴丸(排水量350tの鉄製蒸気船)は丙寅丸を追跡したが見失った。15日未明、第二奇兵隊を含む諸隊は大島に上陸、進軍を始め、17日に大島を奪回した。19日、松山藩兵が上陸して民家を焼くなどの行為をして撤退した。
この民家への放火については、その後10月2日、松山藩は大島へ謝罪使を派遣した(大島にて陳謝の口上を述べたのは11月17日)。なお、その口上では幕府の行動に対して諫言すべきところを、小国がゆえに萎縮して応答して、このような「実に言語を絶し相済まざる次第」を引き起こした事を長州藩に対して詫びており、幕府に対する求心力の低下を物語っている。
芸州口では、長州藩および岩国藩と、幕府歩兵隊や紀州藩兵などとの戦闘が行われる。彦根藩と高田藩が小瀬川であっけなく壊滅したが、幕府歩兵隊と紀州藩兵が両藩に代わって戦闘に入ると、幕府・紀州藩側が押し気味ながらも膠着状況に陥る。また広島藩は幕府の出兵命令を拒んだ。芸州戦線では被差別民が部隊(「茶筅中」「維新団」「一新組」等)として組織され長州藩の指揮下に参加しており、遊撃隊参謀として戦いの指揮を執った河瀬安四郎は「且又維新団之働驚眼事に御座候」と被差別民部隊の勇猛果敢ぶりに驚嘆した旨を報告している。また幕府側でも弾左衛門の配下の被差別民が参加しており、後に幕府はこの時の功績をたたえ、弾左衛門とその配下を平人に引き上げた。