海軍条約文書事件
「海軍条約文書事件」の冒頭には、「第二の汚点」という事件についての言及がある。ここで記された「ホームズがパリ警察と高名な探偵の前で、事件の真相を説明した」という場面は、1904年に発表された短編「第二の汚点」には存在しない。この食い違いについて、「ホームズがワトスンの原稿を読んで探偵に関わる部分を削除した」とする説や、「海軍条約文書事件」の発表が1893年という大空白時代であることから、この内容はホームズ宛の暗号だとする説がある。一方『詳注版 シャーロック・ホームズ全集』を発表したベアリング=グールドの見解では、冒頭の言及で結婚直後の7月とあるのに対し、短編の「第二の汚点」では発生年代の10の位すら明らかにできないと書かれていることなどから、同名ではあるが別々の事件の記録なのだとしている。
この物語は1889年の事件とする説が根強い。そのため作中に登場する「外務大臣ホールドハースト卿」は当時の首相兼外務大臣ソールズベリー侯爵、その甥という設定で登場する「パーシー・フェルプス」はアーサー・バルフォアがモデルであろうとする説が存在する。また、盗まれた条約文書は1887年2月にイギリス・イタリア・スペイン・オーストリア=ハンガリー帝国の4国間で締結された「地中海協定(英語版)」がモデルである。
イギリスとイタリア間の条約にもかかわらず、条約文書がフランス語で書かれているのは、フランス語が外交上の公用語だったためである。