朱元璋
応天府に帰還した元璋は南昌へと進発、この知らせを聞いた陳友諒は南昌の囲みを解いて、東の鄱陽湖で元璋軍と激突した(鄱陽湖の戦い)。戦いは友諒軍優勢に進み、元璋軍は敗色濃厚となった。この状況を打開するため元璋は船に枯れ草と火薬を満載して火を付けて友諒軍の軍艦に突っ込ませた。これにより湖は火の海となり、友諒軍の軍艦は焼け落ち、兵士たちが多く焼け死んだ。さらに翌日に友諒軍を打ち破ったことで友諒は鄱陽湖からの脱出を図ったが、元璋軍が出口を抑えていたのでこれと交戦。この戦いの最中に陳友諒が流矢に当たって戦死したため友諒軍は総崩れとなり、元璋軍の大勝となった。残党は武昌へと逃れるも翌年にこれも降伏させて大漢を完全に滅ぼした。
翌至正24年(1364年)、朱元璋は呉王を名乗った。同じ頃、張士誠も呉王を名乗っており、両者は江南の覇権をかけて激突した。朱元璋は至正25年(1365年)に淮東・至正26年(1366年)8月に浙西と張士誠側の要地を一つ一つ落とし、同年11月に張士誠の本拠蘇州を攻撃。長きにわたる包囲戦の末、翌年の至正27年(1367年)に蘇州は陥落。張士誠は陥落直前に自殺を図ったが元璋軍の兵士に捉えられる。しかし護送の途中で再び自殺を試みて果てた。
蘇州陥落前の至正26年の冬に小明王韓林児を応天府に迎えると称して部下を派遣したが、その途上でわざと船を転覆させて韓林児を殺した。この時点で元璋にとって韓林児に利用価値は残っておらず、むしろ秩序の構築に邪魔な存在となっていたのである。同時に元璋は紅巾軍を「賊」と明言し、白蓮教を邪教として非難するようになった。そしてそれまで使っていた大宋国の元号龍鳳を捨てて翌1367年を呉元年とした。
建国直後は元制をそのまま引き継いで強大な権限を持つ中書省があり、そこに左右丞相をおいて政務に当たらせていた。しかし洪武13年(1380年)の胡惟庸の獄(#粛清と弾圧で後述)を切っ掛けに中書省を廃止して六部を直属とした。また軍も皇帝直属とし、宦官の専横を抑えるために宦官は学問をしてはならないという布告を出した。地方制度も当初は元と同じく行中書省を置いていたが、洪武9年(1376年)に行中書省を廃止。行中書省は民政・財政・監察・軍政の権限を持つ強大な組織であったが、これらの権限をそれぞれ民政・財政を司る承宣布政使司(長官は布政使)・監察を司る堤刑按察使司(長官は按察使)・軍政を司る都指揮使司(長官は都指揮使)に分割した。
通貨については統一の20年前から応天府にて「大中通宝」という銅銭(明銭)を鋳造しおり、明成立とともに新たに「洪武通宝」を発行した。しかし中国では以前より原料の銅が不足しており、銅銭の鋳造量は北宋代の10分の1でしかなく、銅銭不足が深刻となった。これに対応するために新たに不換紙幣である「大明通行宝鈔」を発行した。しかしこの宝鈔は早々に暴落して失敗に終わる(洪武帝後の明の貨幣は銀へと移り変わっていく)。
歴代王朝と同じく明もまた塩の専売制を取った。塩の専売に携わるものは竈戸という特別な戸に編入された。明の専売制では塩を買いたいと思う商人は軍事拠点などに食料・馬草などを供給し、それと引き換えに塩の販売許可書である塩引が発行されるという形式で行われた。