基督教会
合計53名の宣教師が来日し、秋田、山形、宮城、福島、東京、静岡、大嵩に教会を形成した。
1892年、米国留学中に長老派からディサイプルス派になり、洗礼を受けなおした石川角次郎が独立宣教師として帰国。
1893年秋には、ハーヴェイ・H・ガイ博士が来日し、1903年、東京駒込に聖学院神学校(現・聖学院大学)を設立し、日本人による伝道者の育成を目指した。
本国アメリカでは、20世紀初頭に、エキュメニカル派の「ディサイプルス派」からファンダメンタリストの「クリスチャン・チャーチ」が分離する。ディサイプルスはアメリカで、バプテスト派、メソジスト派と共に大きな勢力となった。
1941年の日本基督教団成立時に会員数2662名、教会数20の「基督教会」として第三部で参加。翌年、部制解消と共に教派としての活動は廃止される。
戦後、1946年になると、FCMSは再び宣教師を派遣する。ヘンドリックスとK・C・ショーラック (Hallam C.Shorrok) が来日して、1947年旧基督教会の年会にあたる協議会を組織した。
協議会は毎年開催されたが、日本基督教団の信仰告白制定が行われる前に、1954年9月に基督教会協議会を開催して教団問題を討議。その結果、教派的活動を再び廃止することになった。
2009年11月29日、聖書復帰運動の200年を記念して一致を目指して、同じ流れを汲む、「ディサイプルス」「キリストの教会 (無楽器派) 」(チャーチ・オブ・クライスト系列)「キリストの教会 (有楽器派)」(クリスチャン・チャーチ系列)が合同礼拝を開始した。