第三艦隊 (日本海軍)
第16戦隊:足柄・長良・球磨
第17戦隊:厳島・八重山・辰宮丸
第5水雷戦隊:名取 第5駆逐隊:朝風・春風・松風・旗風 第22駆逐隊:皐月・水無月・文月・長月
第6潜水戦隊:長鯨(※潜水部隊として南方部隊指揮下で行動) 第9潜水隊:伊123・伊124 第13潜水隊:伊121、伊122
第12航空戦隊:神川丸・山陽丸(※1941年12月2日~1942年4月10日:馬來部隊に増援)
第1根拠地隊:白鷹・蒼鷹・掃海艇・駆潜艇・水雷艇・砲艦など
第2根拠地隊:若鷹・掃海艇・駆潜艇・水雷艇・砲艦など
第32特別根拠地隊
附属:山彦丸・特設運送船2隻
第三艦隊司令長官:長谷川清海軍中将
第十戦隊:海防艦出雲、軽巡天龍、軽巡龍田
第十一戦隊:砲艦安宅、鳥羽、勢多、堅田、比良、保津、熱海、二見、敷設艦八重山、駆逐艦栗、駆逐艦栂、駆逐艦蓮
第五水雷戦隊 軽巡夕張 第13駆逐隊:早苗、呉竹、若竹 第16駆逐隊:刈萱、芙蓉、夕顔、朝顔
附属:砲艦嵯峨、第一掃海隊
飯田久恒大佐 1913年9月13日 - 12月1日
(兼)飯田久恒 大佐:1913年12月1日 - 1914年5月27日
吉川安平 中佐:1914年8月8日 -
高木七太郎 少将:1915年12月13日 - 1916年4月1日
平賀徳太郎 大佐:1916年4月1日 - 1917年3月19日 (心得:1916年4月1日 - 8月1日)
飯田久恒 大佐:1917年3月19日 - 1917年12月1日
斎藤七五郎 少将:1917年12月1日 -
古川鈊三郎 少将:1918年12月1日 -
内田虎三郎 少将:1919年6月10日 -
田口久盛 少将:1920年11月20日 -
小松直幹 少将:1921年12月1日 - 1922年12月1日(解散)
草鹿龍之介少将:1942年7月14日 -
山田定義少将:1942年11月23日 -
古村啓蔵少将:1943年12月6日 -(第一機動艦隊参謀長)- 1944年10月1日(※第一航空戦隊司令官へ転任)
第一機動艦隊参謀長兼務:1944年3月1日~1944年11月15日(※解散までに古村啓蔵少将・大林末雄少将が歴任)