DNAオリガミ
これらのDNAを混ぜ合わせて、加熱および冷却する。DNAが冷えると、さまざまな留め具のDNAが長いDNAを目的の形状に引っ張る。こうして作られた形状は、電子顕微鏡や原子間力顕微鏡、またはDNAが蛍光材料に結合されている場合だと蛍光顕微鏡を含むいくつかの方法で直接観察できる。
ボトムアップ自己組織化法が、比較的穏やかな条件下でナノ構造の安価な並列合成を実現する有望な代替手段として考えられてる。
この方法が生まれて以降、CADソフトウェアを使用してこの工程を支援するソフトウェアが開発されてきた。これにより、研究者はコンピューターを使用して、特定の形状を作るために必要な正しい留め具のDNAを作成する方法を決定できる。caDNAnoは、こういったソフトウェアの一つで、DNAでこういった構造を作るためのオープンソースソフトウェア。ソフトウェアの使用により、工程が簡単になるだけでなく、手作業によるミスが大幅に減った。