天正4年興福寺別当相論
そもそも、兼深が相論の1年前から天皇に対して直接別当への任命を働きかけ、天皇が藤氏長者(晴良)に相談のないまま、将来の別当就任を兼深に約束する叡慮が示されていた事情を信長がどこまで把握していたかは不明である。
驚いた信長は万見仙千代と堀秀政を興福寺に派遣して寺務を取り扱う五師と呼ばれる5名の僧侶に事情聴取を行った。21日付で五師から提出された3か条からなる書状には「門跡である大乗院と一乗院の門主は、一度維摩会の講師を務めれば法会中でも別当に任じられる」「門跡以外の良家と呼ばれる院家は一度講師を務めた上に、もう一度維摩会を務めれば別当就任の資格を得られる」「近年の別当はいずれかの条件を満たしているが、東北院(兼深)は前回の維摩会で講師を務めているが、その後今日まで維摩会そのものが開かれていないので資格を得ることが出来ていない」と記されており、兼深は別当就任の資格を満たしていないとしていた。これを受け取った信長は23日に滝川一益と丹羽長秀を上洛させ、翌24日にこの書状を示して尋円を別当に任命するように上奏し、相論自体は結論が出されることになった。
しかし、信長は天皇の意向で本来あるべき決定がひっくり返され、自分が危惧していた「天皇の決定が掠め取られる」事態が発生したことに激怒して、それを止めなかった四人衆に蟄居と所領没収を命じ、それぞれの嫡男(勧修寺晴豊・庭田重通・中山親綱、甘露寺家は当時後継者不在)も連座した。また、兼深の居所である東北院は筒井順慶に封鎖されて兼深は興福寺からの退去を余儀なくされた。その後、8月に四人衆の所領没収は取り消され、11月には蟄居を免ぜられている。