大垣車両区
残りの3本は予備車で、0番台、1100番台、300番台および5300番台ならびに311系の代走として東海道本線静岡駅 - 米原駅間や武豊線でも運用につくこともある。
0番台・300番台は、2015年3月のダイヤ改正前の行楽シーズンに「ナイスホリデー木曽路」として塩尻駅まで入線していた。
6両編成の5000番台は東海道本線(浜松駅 - 米原駅間)の快速列車群での運用が中心である。運用数の関係上、検査入場した場合は1500番台・1600番台・1700番台のいずれか2編成併結の6両編成か0番台に300番台・5300番台・3000番台のいずれかを併結した6両編成にて代走される。8両の場合には予備の0番台か1100番台が連結して運用される。武豊線は最大編成が4両であるため、入線することはない。
2017年3月に発生した踏切事故で、Y102編成の長期運用離脱に伴い車両が不足したため、神領車両区から1100番台が1編成(B6編成)転入したが、2020年10月1日付で神領車両区へ戻っている。
ドア部分に貼り付けられたQRコード2021年金山駅へのホーム柵設置に伴いドア部分にQRコードの貼り付けが行われた。
2022年度の改正によって神領車両区に315系が投入されたため、余剰且つ不必要な1500・1600・1700番台が本区へ転属した。
2022年の改正までは詳細な番台によって運用を別けられていたが、改正からは共通運用が中心となっている。