西肥自動車
中五島高校発の夏ダイヤ・冬ダイヤに加え、奈良尾車庫前発・中五島高校発の各1便は3月 - 9月までのダイヤと10月から2月までのダイヤもある。 学休日や土日祝は中五島高校行は朝の浜串発のみ、奈良尾車庫行は朝の始発便のみの1日1往復となる。
運行休止路線
青方-津和崎線(2021年10月1日より運行休止中)
(青方 - 上五島高校前 - 榎津(奈摩) - 青砂浦別道 - 青砂ヶ浦天主堂前 - 小串入口( - 小串) -) 立串 - 江袋教会前 - 仲知教会前 - 赤波江入口 - 津和崎 青方から中通島の最北部に当たる津和崎まで運行されていたが、2021年10月1日より路線の末端部に当たる立串-津和崎間は予約制乗合タクシー「smart GOTO」の運行開始に伴って運行を休止し、残った区間は青方-立串線に改名されている。
若松島内線(2022年4月1日より運行休止中)
若松港ターミナル - (土井ノ浦) - (里の浦) - (中央小学校) - 筒ノ浦 - 堤
若松港ターミナル - 中央小学校 - 月ノ浦終点
若松港ターミナル - 中央小学校 - 筒ノ浦 - 漁生浦 - 有福西 - 有福東 - 日島 新上五島町スクールバスとして運行されていたものを引き継いで2014年4月1日から運行を開始した。 若松島内線は平日と土休日でダイヤが大幅に変わる。また、学校行事がある場合にのみ中五島高校から若松島内へ直通運行される便も存在する。 若松島内線ではnagasaki nimocaは利用できない。 予約制乗合タクシー「Smart GOTO」の導入に伴い、2022年3月31日限りで運行休止となった。
奈良尾-若松港線(2022年9月1日より運行休止中)
佐世保駅前 - 早岐田子の浦 - 伊万里 - 唐津大手口 - 前原 - 博多バスターミナル 特急・急行バスを昭和自動車と共同運行していたが、1991年に廃止。佐世保 - 唐津間のみ、昭和自動車が単独運行を続けたが、翌年には廃止された。
早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 下小森橋 - 金田橋 - 佐世保東翔高校入口 - 重尾 - 東部営業所 早岐支所シルバーボウル前発着便と併せて廃止。東部営業所を通過する宮津町線が代替となる。
小値賀港ターミナル - 笛吹 - 中村入口 - 中山 - 前方 - 小値賀空港
小値賀港ターミナル - 笛吹 - 中村入口 - 中山 - 唐見崎
小値賀港ターミナル - 笛吹 - 中村入口 - 柳波止場 - 浜津 - 斑 1992年から小値賀交通が代替運行。(北松浦郡小値賀町)
(ノンストップ便) 2005年運休・廃止
相浦桟橋線
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - 相浦 - 相浦桟橋
(松浦町国際通り以遠) - 佐世保市総合医療センター入口 - SSK西門口 - 鹿子前入口 - 長崎県立大学前 - 大潟町 - 水産市場入口 - 相浦桟橋
(小浦)真申・佐々バスセンター線
佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - 相浦郵便局前 ( - 第二ニュータウン) - 真申駅前 - 真申
佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - 相浦郵便局前 ( - 第二ニュータウン) - 真申駅前 - 小浦駅前 - 口石別道 - 佐々バスセンター
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 皆瀬局前 - 本山 - 木宮町 - 棚方 - 第二ニュータウン - 真申駅前( - 小浦駅前 - 口石別道 - 佐々バスセンター) 真申線は日野経由のみで、真申発の便は平日の朝に運行。2023年4月1日のダイヤ改正により、大野経由は平日のみ、2本が真申駅前までの区間便となった。
相浦循環線
佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - 本山 - 皆瀬局前 - 大野 - 俵町 - 松浦町中央公園口 - 佐世保駅前
(左石以遠) - 俵町 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - (日野峠 又は SSK西門口) - 鹿子前入口 - 長崎県立大学前 - 木宮町 - (中里以遠)
矢峰 - 労災病院入口 - 大野 - 皆瀬局前 - 本山 - 木宮町 - 長崎県立大学前 - (鹿子前入口以遠)
佐世保商業高校 → バイパス本山 → 木宮町 → 長崎県立大学前 → 鹿子前入口 → 日野峠 → (松浦町国際通り以遠) 相浦地区を循環する路線。日野峠又はSSK西門口から周る便と大野から周る便が設けられている。
大崎町線
佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 長崎県立大学前 - 朝日ヶ丘 - 美崎が丘 - 大崎町
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 皆瀬局前 - 本山 - 木宮町 - 長崎県立大学前 - 朝日ヶ丘 - 美崎が丘 - 大崎町
佐世保実業高校線
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - (日野峠 又は SSK西門口) - 鹿子前入口 - 椎木町 - 佐世保実業高校
矢峰 → 労災病院入口 → 大野 → 皆瀬局前 → 本山 → 木宮町 → 長崎県立大学前 → 椎木町 → 佐世保実業高校
佐世保実業高校 → 椎木町 → 長崎県立大学前 → 木宮町 → 本山 → 皆瀬局前 → 大野 → 俵町 → 松浦町中央公園口 → 佐世保駅前
佐世保駅前 - 大村 - 諫早駅前 - 矢上 - 長崎駅前 急行バスを長崎県交通局と共同運行していたが、1996年に廃止
佐世保駅前 - 早岐田子の浦 - 西海橋西口 - 大串 - 樫の浦 - 板の浦 急行バスを長崎自動車と共同運行していたが、2000年に廃止。なお、佐世保バスセンターは中扉までのホームしかなかったため、長崎自動車が前後扉の一般車を運用に充当した際は予め発券機で印字した整理券を運転士が乗客に手渡しする前扉からの乗車扱いを行っていた。
(大野・佐世保駅前 - 伊万里口 - 有田駅前 - )上有田駅入口 - 立野川内 - 三間坂 - 茅場 - 永尾駅前 - 武雄温泉駅前 - 甘久 1998年に佐世保 - 武雄間の直通運転を廃止し、佐世保からの便は上有田駅入口までに短縮。代わりに伊万里口・有田駅前 - 武雄間の区間便が運行されていたが2001年に廃止され、路線縮小されて佐世保伊万里線と統合された。なお、この時点では三間坂 - 武雄間は伊万里武雄線が運行を継続していたが、翌2002年にはこの区間も廃止された。
川棚 - 石木入口 - 火渡 - 波佐見高校前 - 岩崎 - 村木 - 東峠 2012年10月1日廃止。
(佐世保駅前 ‐ 池野 - ) 柚木 ‐ 潜木 予約制乗合タクシーの運行開始に伴い2018年3月31日に廃止された。
(伊万里 - 宮野 - )三間坂駅前 - 三間坂 - 茅場 - 永尾駅前 - 武雄温泉駅前 - 甘久 三間坂駅前 - 武雄温泉駅前(南口)間を祐徳バスが代替運行
(佐世保駅前 ‐ 早岐田子の浦 - ) 三川内山入口 - 上三川内 予約制乗合タクシーの運行開始に伴い2016年12月31日で廃止。土日祝は運休、年末年始ダイヤのため12月29日が最終運行となった。
佐世保市
北松浦郡佐々町
平戸市
松浦市
東彼杵郡 川棚町 波佐見町 東彼杵町(長崎空港特急バスが彼杵本町に停車するのみ)
大村市(長崎空港特急バスが新大村駅前、試験場前、長崎空港に停車するのみ)
西海市(西海橋西口のみ)
南松浦郡新上五島町
有田駅前 - 有田ポーセリンパーク 2000年に廃止。専用カラーの車両もあった。有田コミュニティーバスが代替。
(佐世保駅前以遠) - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 西高校入口 - 本山 - 木宮町 - 相浦桟橋 平日に11便・土日祝に4便運行されていた。相浦循環線の増便に伴って廃止された。
(大野・佐世保駅前 - 内海 - )永尾山入口 - 矢筈入口 - 高瀬入口 - 日出城 - 一位原 - 嬉野温泉 佐世保嬉野線の全便を現在の永尾山経由に変更し、日出城経由の区間は廃止。矢筈入口 - 嬉野温泉間は、祐徳バス嬉野 - 三間坂線が代替運行。
(甘久 - 武雄温泉駅前 - )茅場 - 海正原 - 梅原 - 井手の上 - 多々良 - 桃川駅前
(甘久 - 武雄温泉駅前 - )茅場 - 海正原 - 梅原 - 井手の上 - 柿田代 - 本部 - 桃川駅前
(有田駅前・三間坂駅前 - )大野入口 - 臼の川内 - 海正原 - 梅原 1990年に多々良・柿田代までに路線縮小された後、1998年に廃止。梅原には車庫もあった。 三間坂駅前 - 大野入口 - 海正原間は武雄市予約制乗合タクシーで利用可。海正原 - 柿田代間は、2010年に運行開始した武雄市市内循環バス武内・武雄線の路線の一部となった。
(卸団地南口以遠) - 大岳台中央 - 大岳台町 - 大岳台中央 - (卸団地南口以遠)
(尼潟以遠) - 大岳台町 - 大岳台中央 - (尼潟以遠) 循環系統への一本化に伴い廃止。