ドッキング (分子)
分子ドッキングのコミュニティでは、2つの手法が特に人気がある。1つは、タンパク質とリガンドを相補的な表面として記述するマッチング技術を使用している。2つ目のアプローチは、実際のドッキングプロセスをシミュレーションし、リガンドとタンパク質のペア毎の相互作用エネルギーを計算する。どちらのアプローチにも大きな利点があり、いくつかの制限もある。これらを以下に概説する。
X線結晶構造解析によって決定された結合様式を再現するドッキングプログラムの可能性は、さまざまなドッキング・ベンチマーク・セットによって評価できる。
低分子については、ドッキングとバーチャル・スクリーニングのためのいくつかのベンチマーク・データセットが存在する。例えば、高品質のタンパク質-リガンドのX線結晶構造で構成されるAstex Diverse Setやバーチャル・スクリーニングの性能を評価するためのDirectory of Useful Decoys (DUD)などがある。
ペプチド結合モードを再現する可能性のあるドッキングプログラムの評価は、「ドッキングとスコアリングの効率評価」(Lessons for Efficiency Assessment of Docking and Scoring (LEADS-PEP)) によって評価することができる。