アルファプロテオバクテリア綱
アルファプロテオバクテリアの系統関係については大まかな合意はあるものの、いくつかの目(order)については議論が続いている(例えばペラジバクター目、 リケッチア目、ホロスポラ目)。他の細菌や古細菌と同様、その分類や系統関係については現在も絶えず改定が続いている。NCBIのデータベースでは現在20の目が設定されている。一方、GTDBでは35の目が設定されている。分子系統解析とアルファプロテオバクテリアのゲノムに特徴的なインデルの分析により、アルファプロテオバクテリア綱の分岐は細菌ドメインの中ではかなり遅く、ベータプロテオバクテリア綱とガンマプロテオバクテリア綱のみがアルファプロテオバクテリア綱より後に分岐したと推定されている。