長崎奉行
柘植正寔(1775年 - 1783年)
久世広民(1775年 - 1784年)
土屋守直(1783年 - 1784年)
土屋正延(1784年 - 1785年)
戸田氏孟(1784年 - 1786年)
松浦信桯(1785年 - 1787年)
水野忠通(1786年 - 1792年)
末吉利隆(1787年 - 1789年)
永井直廉(1789年 - 1792年)
平賀貞愛(1792年 - 1797年)
高尾信福(1793年 - 1795年)
中川忠英(1795年 - 1797年) - 清俗紀聞の監修者
松平貴強(1797年 - 1799年)
朝比奈昌始(1798年 - 1800年)
肥田頼常(1799年 - 1806年)
成瀬正定(1801年 - 1806年)
曲淵景露(1806年 - 1812年)
松平康英(1807年 - 1808年) - フェートン号事件の責任を取り切腹
土屋廉直(1809年 - 1813年)
遠山景晋(1812年 - 1816年)
牧野成傑(1813年 - 1815年)
松山直義(1815年 - 1817年)
金沢千秋(1816年 - 1818年)
筒井政憲(1817年 - 1821年) - プチャーチンとの外交交渉を担当
間宮信興(1818年 - 1822年)
土方勝政(1821年 - 1827年)
高橋重賢(1822年 - 1826年)
本多正収(1826年 - 1830年)
大草高好(1826年 - 1833年)
牧野成文(1830年 - 1836年)
久世広正(1833年 - 1839年)
奉行は天領長崎の最高責任者として、長崎の行政・司法に加え、長崎会所を監督し、清国、オランダとの通商、収益の幕府への上納、勝手方勘定奉行との連絡、諸国との外交接遇、唐人屋敷や出島・オランダ商館を所管し、九州大名を始めとする諸国の動静探索、日本からの輸出品となる銅・俵物の所管、西国キリシタンの禁圧、長崎港警備を統括した。長崎港で事件が起これば佐賀藩・唐津藩をはじめとする近隣大名と連携し、指揮する権限も有していた。
17世紀ごろまでは、キリシタン対策や西国大名の監視が主な任務であった。なお、貿易の管理と統制を目的に1630年代に長崎奉行の職務を規定したお触れを出している(いわゆる鎖国の前段階)。18世紀初頭の新井白石が海舶互市新例が発布された時期は貿易により利潤を得ることが長崎奉行の重要な職務となってきた。
1800年代に入り、レザノフ来航、フェートン号事件、シーボルト事件、プチャーチン来航など、長崎奉行・出島オランダ商館双方とも騒がしくなり、奉行の手腕がますます重要視されるようになる。
長崎に詰めている奉行を長崎在勤奉行、江戸にいる方を江戸在府奉行と呼んだ。在府奉行は江戸の役宅で、江戸幕府当局と長崎在勤奉行の間に立ち、両者の連絡その他にあたった。在勤奉行の手にあまる重要問題や、先例のない事項は、江戸幕府老中に伺い決裁を求めたが、これは在勤奉行から在府奉行を通して行なわれ、その回答や指示も在府奉行を通して行なわれた。オランダ商館長の将軍拝謁の際に先導を務めたのも在府奉行であった。