大雲寺 (京都市)
元亀2年(1571年)、織田信長の比叡山焼き討ちに際して当寺も焼失している。江戸時代に入り寛永18年(1641年)後水尾天皇の後援を得て、実相院門跡義尊により本堂等が再建された。
しかし、1985年に寺が抱える多額の負債の整理のためとして、旧寺地(岩倉上蔵町303)が土木工事等の仲介を業とする会社に売却され、同年7月に建物が全て取り壊された。寺は旧境内からやや離れた石座神社東側にある塔頭宝塔院の旧地に移転し、仮本堂が建てられた。同じ時期には国宝の梵鐘が売却され一時行方不明になった(後述)。また寺宝も一時散逸したが、1998年に全て取り戻されている。
旧寺地には余慶僧正ゆかりの閼伽井(智弁水)や不動の滝、周辺には実相院宮墓、智弁(余慶)墓、昌子内親王岩倉陵などが残る。
往時の佇まいはないものの秘仏ならびに寺宝類全ては仮本堂に保管され、「脳病平癒の御利益」を求めて全国からの参拝者が絶えない。また戦後独立して天台證門宗の総本山となって法脈は絶えることなく受け継がれている。この患者の世話をする茶屋などの伝統を受けて旧寺地を含む周辺には複数の精神病院が立地している。
『源氏物語』「若紫」の巻に登場する「北山のなにがし寺」のモデルがこの寺(または鞍馬寺)であるとする説もある(歴史学者角田文衛の説)。