高等教育局
2012年11月1日、大学設置・学校法人審議会の答申を受けて、翌2日に田中眞紀子文部科学大臣が秋田公立美術大学ほか2大学の新設を不可とする公表を行った。田中はマスコミの取材に対して、就任間もない大臣(前月10月1日就任)が大学の認可・不認可という重要事項を自分の一存で決められるものではなく、事務方の意向に沿ったものであるとした。一方、大臣官房長の前川喜平(当時)は、「今は認可しない」ということと「不認可」とは異なるとして、田中の言葉が不適切だったと指摘し、官僚側と田中との間に意思疎通上の齟齬があったとした。この会見の2日後の同月8日、文部科学省は不認可の決定を撤回し、高等教育局長で秋田県副知事を務めたことのある板東久美子が認可状を手渡した。
2014年度より、これまでの「グローバル人材育成支援」事業(予算20億円)に加え、「スーパーグローバル大学創成支援」事業が実施に移され、新たに77億円の事業予算を獲得した。学生数などを基準として配賦される補助金とは異なり、審査・更新によって配賦が決定する補助金であるため、大学への天下り理事や教員受入れの温床になるのではないかという危惧が惹起されている。
特定非営利活動法人TABLE FOR TWO International理事の船橋力をプロジェクト・リーダーに起用した官民協働海外留学創出(トビタテ!留学JAPAN)事業の実施事務局である。
大学の学士号の種類が、2007年の時点で従前の29種類から580種類へと大幅に増加した事態を受け、高等教育局は学士号の種類について一定のルール化を図る方針である旨の見解を示したが、何ら措置を講じなかったため、2012年の時点では700種類を超すまでになった。
高等教育機関の設置認可
高等教育機関の質の保証
大学教育改革の支援
国立大学法人の一層の活性化
私立大学の振興
奨学金事業
留学生交流の推進