フィリスのアトリエ 〜不思議な旅の錬金術士〜
従来のアトリエシリーズは主人公の最初にいる街にアトリエを拠点として構え、そこから周囲の地域に素材の採集に出かけ、アトリエに帰って調合をするという流れだった。本作では特定の拠点を持たず、旅先でテントを立てて、そこに一時的なアトリエを構えることになる(次作にはこのようなシステムは採用されていない)。また、雪原では防寒具を着たり、高温の地域では薄着になったりと、主人公の衣装を変更できる。又、今作では4作ぶりにアトリエに入っただけではパラメータが全快しなくなった。
仲間を加える際はこれまた4作ぶりに仲間に直接話しかけなければならなくなった。その後も「アーシャのアトリエ」までのように仲間に会う毎に話しかけなければならない。ただ、パーティーメンバーを幾人か待機させて置く事も可能(当初は一人まで、公認試験合格後、ソフィーとプラフタが加入した後は三人まで)。尚、リアーネ、ソフィー、プラフタとは別れる事は出来ない(別れる為のコマンドは選択肢に表示されるが、選択しても拒否される)。
武器は今作ではシリーズで初めて、フィリス以外は二つまで装備可能になった。二つ以上装備していると、スキルコマンドの「サブ武器」メニューからその武器専用のスキルを選んで使用可能。又、使用アイテムは前作では一人につき五つまでと装備数が決まっていたが、今作では「シャリーのアトリエ」以来二作ぶりに専用の装備システムが導入され、そこにアイテムを装備可能になった。