スーパーメトロイド
ノルフェアの古代遺跡中ボス。クレテリアの個体とは違い金色である。戦闘力は1回目よりも桁違いに高く、画面奥に動いてミサイルを回避したり、スーパーミサイルを投げ返して無効化したりもする。
マリーディアの大ボス。遊泳型の甲殻生物で、巨体ながら水中ではサムス以上のスピードで襲いかかる。口からは攻撃を防ぐ防御帯ともなる粘液を大量に吐き出し、サムスの動きを鈍らせる。戦闘中には子供が登場するが攻撃はしてこない。
回転ジャンプ中にジャンプボタンを押すことで空中を移動することができる。
アンカーブロックに撃ち込むことで、向こう岸に渡ったり崖登りができる。また、特定の敵に撃ち込んでぶら下がったり、振子のように遠心力を利用して高くジャンプすることもできる、一部の敵を一撃で倒せることもある。弾に制限はない。
上に乗ると壊れすぐに復活するブロック。落ちると下から上がる事ができなくなる。