63丁目線
この時期、21丁目-クイーンズブリッジ駅とBMTブロードウェイ線の間で異なるシャトルが常時運行していた。1999年5月22日に、B系統とQ系統が21丁目-クイーンズブリッジ駅に運行を再開した。
2001年7月22日に、マンハッタン橋北側の6番街線の線路が閉鎖された。IND路線経由のB系統とQ系統は、6番街線経由の常時運行シャトルに置き換えられた。2001年12月16日に、INDクイーンズ・ブールバード線への63丁目連絡線が公式に開通し、F系統がIND路線を常時経由するように変更され、シャトルを置き換えて現在の運行系統となった。
2017年1月1日に2番街線の最初の段階が開通し、Q系統(BMTブロードウェイ線経由)が延長され、一部のラッシュ時のN系統の途中駅折り返し列車がBMT63丁目線を経由し北へ2番街線連絡となった。2017年に2番街線が開通する以前は、非常時および他路線の建設工事(前述の1995年および1998年の時期)に伴う迂回を除いては、BMT側路線は旅客営業には用いられなかった。1989年から2016年まで、定期運行には用いられていなかったことから、1995年と1998年を除いて、公式の地下鉄地図(英語版)には掲載されていなかった。2011年以前は、この線路はラッシュ時以外に車両を留置するためにも用いられていた。
BMT側の路線は、57丁目-7番街駅においてBMTブロードウェイ線の急行線からの続きとして始まり、7番街、セントラル・パーク、そして63丁目の下を走ってから北へ向きを変え、2番街の下に入りIND2番街線に合流する。この路線のマイルポストに記された路線記号はBMT方式のもので、既存の60丁目トンネルおよびBMTアストリア線のG1、G2に関連して、G3、G4となっている。
レキシントン・アベニュー-63丁目駅のすぐ西側に、2個のシーサスクロスポイント(渡り線)が設置されており、両路線の間で列車が行き来できるようになっている。この渡り線は営業運転には使われていないが、ブロードウェイ線からクイーンズ・ブールバード線へ、6番街線から2番街線へ、あるいは折り返し運転を伴うがクイーンズ・ブールバード線から2番街線へと列車を走らせることができる。