ポケモンバンク
ソフトのダウンロード自体は無料であるが、ニンテンドーeショップの残高を利用した課金制度が取られており、1年ごとに利用料金を支払う必要がある。利用料金を設けた理由は、サーバーメンテナンスや今後発売するソフトへの対応で長期のサービスになるためとしている。トップ画面の案内役およびゲーム内世界におけるシステムの開発者はゲームキューブ用ユーティリティソフト『ポケモンボックス ルビー&サファイア』に登場したアズサだが、髪型や服装などがかなり変更されている。
ポケモンを預けるごとにポケマイルポイントが貯まっていき、貯まったポケマイルポイントやバトルポイントは本作や『オメガルビー・アルファサファイア』の「ポケモンリンク」で受け取れる。持ち物を持たせたまま預ける事は出来ない為、ポケモンをポケモンバンクに預ける際は持ち物はバッグに戻され、バッグが一杯になった場合は削除される。