絹本著色後醍醐天皇御像
そして、図像の下段、それぞれ向かって右・左に、阿形の獅子・吽形の獅子が描かれているのは、そのためであるという。遠山はまた、阿弥陀を尊ぶ時宗内では、本作品の天照皇大神を大日如来、八幡大菩薩を阿弥陀如来、春日大明神を阿弥陀の補佐である不空羂索観音に見立てて崇拝されたと見られることを指摘した(#成立後の来歴)。
阿部泰郎は、文観房弘真が広めた密教思想である「三尊合行法」と関わりがあるのではないか、としている。三尊合行法とは文字通り三つの尊格(仏や菩薩など高位の存在)を合わせて修法(祈祷)を行うものである。仏教哲学的にいえば「不二」を超克したものであるが、美術的にいえば二つではなく三つのシンボルを絡めて描くことができるので、より深みや広がりが増す創造的な思想だった。学僧としても、画僧としても、優れた能力を持っていた文観の、真骨頂と言える。実際、文観の学問的著作である『遺告法』(高野山金剛三昧院蔵、高野山大学図書館寄託)にも「天照大神、八幡、春日」の神祇を三尊合行法の文脈で語ったものがある。阿部によれば、学僧として三尊合行法の思想に到達した文観が、画僧として絵画上に表現した最大の結晶の一つが本作品なのではないか、と言う。
この三社託宣の配置について、同じ南北朝時代の三社託宣(個人蔵・奈良国立博物館『神仏習合』展示品)と比較すれば、現行のものは成立時点から変わらず、同一であると考えられる。しかし、模本の様子から、模本の成立時点(永正14年(1517年)3月21日)では左と右の託宣が一時的に入れ替わっていたと見られる。これが修理等による錯簡なのか、それとも何か故意の理由があったのか、そしていつ本来の配置へ戻ったのか、といった詳細は2014年時点では不明である。