ニンテンドーeショップ
ニンテンドーeショップを利用するには3DSの本体のバージョンを最新にする必要がある。最新ではないバージョンの場合は、3DS本体をインターネットに接続して「本体の更新」を行う必要がある。本体のバージョンがVer.2.0.0-2J以上になると、3DSのHOMEメニューに『ニンテンドーeショップ』のソフトウェアが追加される。また、オンラインストアという性質上、利用時にも3DS本体をインターネットに接続する必要がある。インターネットに接続してHOMEメニューの『ニンテンドーeショップ』を起動することで、ニンテンドーeショップの各種サービスを利用することができる。
E3やカンファレンスなどの直後からは、期間限定で出展された3Dプロモーション映像がダウンロード配信される。ニンテンドー3DSカンファレンス 2011後の配信映像には当該ソフトのおしらせ機能が追加された。
2011年12月7日の更新によって、追加コンテンツの購入、体験版(起動回数制限あり)の提供、ダウンロードの後から、いつの間に通信により受信する方法も選択できるようになった。また、クレジットカード情報の保存機能や、ニュース(更新情報)のページに最新の更新があるとお知らせマークがつくようになった。
任天堂をはじめ、各メーカーによるソフトの期間限定での割引セールも度々行われている。またニンテンドーネットワークIDを登録した状態でニンテンドーeショップを起動した場合、その後はeショップを利用する際にログインが必要となる。
3DSではゲームボーイ、ゲームボーイカラー、ファミリーコンピュータ、スーパーファミコン(Newニンテンドー3DSでのみ対応)、ゲームギア、PCエンジンのソフトが、Wii Uではファミリーコンピュータ、スーパーファミコン、PCエンジン、MSX、ゲームボーイアドバンスのソフトが配信されていた。Switchでは現在配信されていない。
追加できる残高の単位は500円・1,000円・3,000円・5,000円の4種類。ただし後述の方法に限っては細かく追加することができる。
また、Wii・DSiとは違い、一度利用したクレジットカードの情報を本体に登録することができ、以後はパスワードのみで決済が可能となる。3回連続でパスワードを間違えた場合は登録された情報が削除される。3DSでは、このパスワードは登録機能追加当初は数字のみ入力が可能だったが、本体バージョンVer.4.2.0-9Jより英語の入力も可能になった。この関係で、このバージョンへの更新時に登録されたクレジットカードの情報は一旦削除されている。
ニンテンドー3DSシリーズ又はWii Uでは2022年1月18日(火)午前9時以降よりクレジットカードでの追加は出来なくなった。またこれによりNew ニンテンドー3DS、New ニンテンドー3DS LL、New ニンテンドー2DS LLではインターネットブラウザーのフィルタリング機能があったがクレジットカード認証が出来なくなる関係上、2022年1月18日(火)午前9時以降より、フィルタリング機能の設定が解除できなくなった。その他にもカラオケ JOYSOUND for Wii Uにて利用券をクレジットカードを使用する事により自動継続購入することが可能だったが、2021年10月26日以降よりチケットの自動継続購入の終了、それに伴い自動継続に付随するサービス(YouTubeへの投稿機能など)も利用できなくなった。