大村益次郎
この兵制論争中、6月21日段階での争点は、京都に駐留していた三藩の各藩兵の取り扱いをめぐってのものであった。益次郎を支持する木戸も、論争に加わり援護意見を述べたが、23日に大久保の主張に沿ったかたちで、京都駐留の三藩兵が「御召」 として東下することが決定され、この問題については大久保派の勝利に終わった。また23日の会議では、先の陸軍編制法の立案者であり、大久保の右腕ともいえる吉井友実も議論に加わり、今後の兵卒素材についての議論が始まった。ここでも大久保・吉井らの主張する「藩兵論」と益次郎や木戸が主張する「農兵論(一般徴兵論)」が激しく衝突し、議論は翌日も続いた。しかし会議の結果、兵制問題は後日改めて議論することとされ、益次郎の建軍プランの事実上の凍結が決定され、この日、25日まで続く兵制論争がほぼ決着した。
益次郎の建軍構想はこの会議の結果、ことごとく退けられることとなった。さらに25日には、大久保が益次郎の更迭を主張し始めている。憤懣やるかたない益次郎はほどなく辞表を提出したが、当時の政府内には、軍事に関して益次郎に代わるべき人物はなかった。そのため、木戸も二官八省への官制改革が行われる前日の7月7日に益次郎と面会し、益次郎を慰留するとともに改めて支持を約束し、軍務官を廃して新たに設置される兵部省に出仕することを求めた。その結果として、翌日益次郎は兵部大輔(今の次官)に就任することとなった。益次郎は「御一新は旧習を脱し、公家方を武家の風にいたし、強気にやる様のはずなしつるに、またまた卿とか大輔とか相唱へ、自然軟弱に陥り、追々武家も公家の方に引きつけらるべし」と皮肉を述べている。