うちはサスケ
第二部開始直後はカカシの作り出した幻影としての登場で、本人は長らく姿を見せなかったが、第300話で再登場する。木ノ葉へ連れ戻しにアジトへ乗り込んできたナルト達と数年ぶりに再会したが、ヤマトを筆頭とする仮の第七班を圧倒し、全身から「千鳥」を出す「千鳥流し」や、大蛇丸と同じ草薙の剣を使いこなしたり、ナルトの体内に封印されている九尾を見つけるほどの瞳術を身につけていたりと、第一部の時より格段に成長して冷静沈着になっている。また、復讐への強い思いは九尾に「自分を上回る禍々しいチャクラの質」と評されるほどでもあった。大蛇丸とはあくまで互いを利用し合っているに過ぎないために敬愛の情など皆無で、薬師カブトからしばしば言葉遣いを注意されていた。また、大蛇丸に師事してからも戦う相手を殺すといったことは避けていた。
「自分の命と体を大蛇丸に差し出すことでイタチを葬れるのであれば構わない」と大蛇丸が転生の手段(器)として執着していることも甘受していたが、結果的には病に侵されていた大蛇丸が万全でなく、いよいよ転生の時期かというタイミングで叛旗を翻す。戦いの末に強引に転生の儀式を行った大蛇丸によって肉体を吸収されそうになるが、瞳術で術を跳ね返して逆に大蛇丸のすべてを乗っ取り、アジトを後にした。その後はイタチを探索・抹殺するための戦力として、自分と同じく大蛇丸の配下だった鬼灯水月、香燐、重吾の三名を勧誘し、フォーマンセル「蛇」を組織した。
早速手がかりである暁のメンバーの捜索を開始し、デイダラとトビに遭遇する。デイダラとは両者満身創痍の状態になるまで戦い打ち負かすが、ヤケを起こした彼の自爆から逃れる際に重傷を負う。
傷を癒した後はイタチと再会し、激しい戦いを繰り広げる中で大蛇丸による「天の呪印」からイタチによって開放される形となり、最後は自ら編み出した雷遁「麒麟」を発動するが、イタチの「須佐能乎」により無効化され、絶体絶命の危機を迎える。しかし、イタチが勝利を目前にして力尽きたことにより兄弟対決は終焉を迎える。直後、うちはマダラを名乗る仮面の男により保護され、自分の目にイタチが彼を殺すために「天照」を封印していたことから、イタチにまつわる真実を仮面の男から聞かされて兄の尊さを実感したが、同時に彼を死なせてしまった後悔や深い悲しみと共に木ノ葉への憎悪を増長させ、両眼に万華鏡写輪眼を開眼した。
「蛇」を脱した後は「鷹」として行動し、イタチやうちは一族のために木ノ葉隠れへの復讐を決意、その中で共に行動している「暁」との取引で八尾の人柱力であるキラービーとの戦闘になり、圧倒的な力を見せる八尾の攻撃により一時的に瀕死の状態となるが、仲間の助けと万華鏡写輪眼に宿った瞳術「天照」により辛くも自身の勝利に終わった。
その戦いでの傷を癒した後は「鷹」のメンバーを引き連れて木ノ葉へと向かう。しかし、その途中で仮面の男に遭遇し、自分が捕まえた八尾が偽者だったことを知らされ、さらにはペインによって木ノ葉隠れが壊滅状態に陥ったことも知ると、新たな火影が復讐の対象であるダンゾウに決まったことや、間もなく五影達が緊急会議を開くという事を仮面の男から知らされ、その現場でダンゾウを討ち取るという意思を示してゼツの案内で会議の会場へと向かう。
その後はナルトやサクラとの連携で十尾と戦い、最終的にはナルトと共にオビトに打ち勝つ。その後、マダラを倒す為にマダラの所に行く決心をし、柱間からすべてのチャクラを受け取ってマダラの元へ向かうが、彼の「輪墓・辺獄」により動きを封じられ、奪われた草薙の剣で胸を貫かれて瀕死の重傷を負わされる。
その後は自身の精神世界にて六道仙人こと大筒木ハゴロモと出会い、そこで自身が彼の二人の息子の兄の方である大筒木インドラの転生者であることを知る。ハゴロモからの「この戦争の果てに何を望む」という問いに対して「イタチが自身を生かしたことで憎しみを分散させてしまった失敗から学び、本当の一人となり自身が瞳力を駆使して忍界の闇(憎しみ)をすべて一人だけで引き受ける火影になる」と答え、マダラを止めるために六道仙人の力を授かって左目に輪廻眼を開眼させた。そして「イザナミ」の無限ループから解放されたカブトの医療忍術と柱間細胞によって見事に生還する。その後、自分と同じ六道の力を得たナルトと共に十尾の人柱力となったマダラや彼を触媒に復活した大筒木カグヤに立ち向かい、最初は苦戦を強いられながらも最終的にはカカシやサクラの協力もあってナルトと共にカグヤを封印することに成功した。
だが程無くして、「現五影と尾獣を抹殺し、闇を抱える忍界のすべてを壊して一から作り直すことで革命を図る」と言い放ち、「陰」の九喇嘛を除く尾獣を幻術にかけ「地爆天星」で捕縛し、自身の目指す火影として「本当の一人」となるために「自分にとって最も親しい友」のままでいるナルトを抹殺すべく再び「終末の谷」で決闘を行う。