日本海縦貫線
また福井駅 - 金沢駅間の「ダイナスター」も廃止が予定されており、旧北陸本線のうち、敦賀駅から直江津駅までごく一部を除き、ほぼ全区間にわたり昼行特急が消滅することとなった。
夜行列車としては急行「きたぐに」が大阪駅 - 新潟駅間に運転されていた。なお、夜行列車は「きたぐに」をのぞき、新津駅から羽越本線に入るため、新潟駅は経由していなかった。その他、夜行列車に限らず新潟県以北の羽越本線方面へ直通する特急列車で新潟駅を経由したのは「白鳥」のみであった。
2010年3月12日までは定期夜行列車として急行「能登」が金沢駅 - 長岡駅間に運転されており(2010年3月13日のダイヤ改正で臨時列車に変更)、同区間は日本で複数の定期急行が重複して走る最後の区間となっていた。
東北本線に不通区間が生じた場合は、同線を経由する寝台特急「北斗星」・「カシオペア」が迂回して日本海縦貫線を経由することもあったが、これらの列車は北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間が開業する2016年3月26日までに廃止されている。
貨物列車では札幌貨物ターミナル駅と福岡貨物ターミナル駅を結ぶ高速貨物列車が1往復あり(大阪以西は東海道・山陽・鹿児島本線経由)、これは貨物列車に限らず、日本国内最長距離を走る列車である。