新疆の歴史
13世紀にモンゴル高原でチンギス・ハーンが勃興すると、1211年にウイグル王(イディクト)バルチュク・アルト・テギンは帰順した。
チンギスは彼の帰順を歓迎して息女の一人アル・アルトン(『集史』ではイル・アルタイ Īl-Altaī)を娶らせ駙馬(キュレゲン)とした。またバルチュク国王はジョチなどチンギスの4人世嗣に準ずる「第5位の世嗣」と称されるほど尊重された。
以後のモンゴル帝国でウイグル王家は「ウイグル駙馬王家」としてコンギラト駙馬家と並ぶ、駙馬王家筆頭と賞されモンゴル王族に準じる地位を得る。
モンゴル帝国および元朝では、ウイグル人官僚はモンゴル宮廷で重用され、帝国の経済を担当する大臣も輩出した。この時代、ウイグル王国地域を指して「ウイグリスタン (Ūyghristān)」と呼ばれた。
1870年、ロシアもヤクブ・ベク政権を承認した。
1870年(同治9年)、ヤクブ・ベク軍はトゥルファンを攻略して新疆東部と河西回廊の連絡を断ち、白彦虎率いる陝西省・甘粛省の回民蜂起軍の残党を吸収し、1871年末までに妥明軍を破ってウルムチ・マナス・ピチャンを占領した。
そのため同年にはロシアがイリ地方への進駐に踏み切った。しかしヤクブ・ベク政権とロシアの関係は良好で、1872年には通商条約を締結して貿易を開始した。1874年にはイギリスも通商条約を結んで、大使を交換している。さらにオスマン帝国のスルタンのアブデュルアズィズからアミールに封ぜられ、軍事教官の派遣を受けた。
なおロシアは1873年にはヒヴァ・ハン国を占領。1874年にはトルキスタン軍管区を設置。ロシアの保護国になったコーカンド・ハン国で内乱が起こるとロシア軍は1876年2月19日に侵攻、コーカンド・ハン国を滅ぼした。
こうして3ハーン国をロシア帝国の保護国とし、フェルガナ盆地全域を支配下に収め、さらに1880年には遊牧集団トルクメン人をギョクテペの戦いで制圧し、トルキスタン一帯をロシア帝国の支配下に組み入れた。
19世紀後半には、清朝統治に対する不満から回民(ムスリム)による中国全土での回民蜂起が発生する。すでに1821年の雲南省で雲南パンズェーの乱が発生しておりすでに1853年の雲南省でパンゼーの乱が発生しており、1855年には楚雄府石羊廠で、楚雄府署の官憲知府が回民から徴兵したのに反発した漢人が回民を襲撃し、さらにそれへの報復として回民兵が昆明郊外で漢人を虐殺、さらにそれへの報復として回民が昆明駐屯軍に虐殺される。この事件を受けて、各地のムスリムが蜂起し、1856年には臨安府の回民が漢人自警団によって皆殺しにされた。また、同1856年には杜文秀が大理など50余りの城市を陥落させ、清朝からの独立を主張し「スルターン・スレイマン」と名乗った。1860年には鶴慶、剣川、安寧を占領、翌年には保山、永勝、景東庁を陥落させ、雲南省の3分の2を占領した。雲南省の清朝政府軍馬如龍は奪回戦を開始するが、鎮圧は進まず、清軍が大理を奪回するのは1872年だった。
これらは西北ムスリム大反乱として発展し、1862年に陝西省と甘粛省で西北ムスリム大反乱(回民蜂起)が発生する。漢人官憲による回民の弾圧、「洗回」と称して、平穏に過ごしていた回民らを虐殺したことが原因とされ、反乱は速やかに拡大した。非回民と回民の対立は雲南や大理での衝突以来、激化しており、涼州の大靖堡(現在の甘粛省武威市古浪県)の漢人が「洗回・屠回」と称して城中の回民の虐殺をはじめ、この「洗回」は周辺地域へ伝播していった。漢人を中心としてウズベク人・キルギス人・カザフ人のようなテュルク系民族も蜂起に参加した。
アリー・ハーン・トラ(イリハン・トレ)(1944年 - 1947年)