宗教的迫害
1967年に中国のプロレタリア文化大革命に刺激されて「無神国家」を宣言、一切の宗教活動を禁止した。
以降、2023年6月12日には6回目の質問権行使の回答文書がレターパック1通と宅配袋2個の計三つに分けて文化庁に届いた。2023年8月22には7回目の質問権行使の回答が文化庁に届いたが、同年9月6日文部科学省は回答のない項目が100以上あったとして、教団側に「過料」を科すよう東京地裁に7日に通知することを決めたと発表した。
統一教会の信者を拉致監禁して棄教を迫る、統一教会信徒の拉致監禁問題が継続して発生しており、国際人権NGOである 国境なき人権が独自の調査でその事実をつきとめ、日本政府に対応を勧告した 。大学における新宗教系サークル原理研究会(CARP)に対する対策が、世界日報など統一教会系のメディアに多く登場するジャーナリスト室生忠によって問題視され、「憲法違反も何のそのと信仰の個人情報を父兄に密告する広島大学職員」と題したレポートが月刊誌「財界にっぽん」に掲載された。
オウム真理教は国土法違反事件の強制捜査などを宗教弾圧であると批判、事件の全容が発覚しなかった1990年代前半においては多くの著名人がその主張に賛同していた。一連の事件発覚後においても、事件を起こした教団の関係者であるという事で、事件に直接関わっていない一般信者や信者の家族等に対して一般生活に必要となる水道や下水等のインフラの開栓拒否及び就学の拒否等まで行うのは宗教弾圧に該当するのではないかという見解も一部であった。また後継教団のAleph信者の転入拒否問題について、映画監督の森達也らが批判している。