根本駅
単式ホーム1面1線を有する地上駅。自動券売機・自動改札機の設置はなく、TOICAは簡易TOICA改札機での対応となる。
東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、多治見駅が当駅を管理している。JR全線きっぷうりばもある。営業時間は7:15 - 19:15であるが、1日数回窓口が閉鎖される時間帯がある(平成29年3月18日現在、6回)。
ホームの美濃太田方面寄りに男女別の水洗トイレがある。