ノーヴァヤ・ガゼータ
2022年2月に開始されたロシアによるウクライナ侵攻に対しては反対を呼びかける論陣を張り、ムラトフ自身もノーベル平和賞メダルをオークションで売却しウクライナから逃れた難民を支援する意向を表明。一方でロシア政府は報道規制を強化し、当局は3月28日に2回目の警告を与えたことで裁判所に登録廃止を申請することが可能となった。ノーヴァヤ・ガゼータは同日中に業務の一時停止を表明し、軍事作戦が終了するまではウェブ上の記事も含めて新聞の発行を見合わせると発表した。
4月7日、亡命した記者らは、新たに『ノーヴァヤ・ガゼータ・ヨーロッパ』をリガで立ち上げ、YouTubeやSNSを使ってロシアのニュースを報じていく方針を表明した。編集長に就任したキリル・マルティノフ(ロシア語版)はノーヴァヤ・ガゼータ副編集長を務めるが、あくまでも独立したプロジェクトであり、ノーヴァヤ・ガゼータの支社ではないとした。なお、ラトビア語版の立ち上げも検討している。帝国主義的な価値観を持っていないこと、訪れた場所でロシア語が使われることを期待しているわけではないことを地元の人々に理解して欲しいからであるという。
このほか7月15日には元スタッフが『ノーヴァヤ・ラスカズ=ガゼータ』を創刊したが、7月24日には連邦通信・情報技術・マスコミ分野監督庁がサイトへの接続を遮断したため、サイトは7日間と9時間ほど存続しただけでアクセスできなくなった。
9月5日、モスクワの裁判所はノーヴァヤ・ガゼータの紙の発行に必要な登録を無効とした。監督当局が7月、同紙が再登録に際して定款を提出しなかったとして提訴していた。