武藤遊戯
もう1人の主人公。遊戯が千年パズルを完成させたことで、パズルに眠っていた人格が所持者の遊戯に宿る形で現世に復活を果たす。あらゆるゲームのプロフェッショナルで、圧倒的なプレイングと強運を誇る。闇の番人として心の領域を踏み越えた者=悪人に闇のゲームを持ちかけ、敗北した者に恐ろしい罰ゲームを与え裁いていく。
一人称は「オレ」だが、ごく初期の頃は「ボク」も使用している。表遊戯とともにペガサスを破ってからは、彼のことを「相棒」と呼ぶ。
表遊戯と比べて目つき、顔つきなどが鋭くなり、身長も高い。髪型は表遊戯のものに加えて針のような金色の髪が3本立つ。表遊戯と違い、ヒールのような靴を履いている。学ランをマントのように肩にかけることもある。
初期の頃は顔つきや口調、性格などは傲岸不遜なかなり邪悪なものだった。文庫版では一部、顔つきなどが後期の闇遊戯に近いものに修正されている(文庫版遊戯王第1巻より)。
性格は基本的に真面目、強気、大胆不敵で、相手を「あんた」と呼び、仲間を傷つけたり不正をする者には容赦ないが、その一方で真崎杏子とのデート中にカードショップでうれしそうな顔を見せたり、表遊戯に腕にシルバーを巻くように勧めるなど若干軽いところや不良っぽい面もある。
杏子からは好意を持たれるが、その想いに本人が気付くことは最後までなかった。
世界最強クラスのデュエリストであり、ほとんどのデュエルに勝利しているが、ペガサス・J・クロフォードとの1戦目、決闘の王国編での海馬瀬人、アニメオリジナル「ドーマ編」における初回のラフェール戦、前述の通り戦いの儀での表遊戯ではそれぞれ敗北の描写が描かれている。