村上藩
越後国 三島郡のうち - 30村(うち22村を第1次新潟県、8村を柏崎県に編入) 蒲原郡のうち - 83村(うち76村を第1次新潟県、6村を新発田藩に編入) 岩船郡のうち - 81村
明治維新後に、蒲原郡70村(旧新発田藩領11村、会津藩領11村、黒川藩領5村、三日市藩領2村、菊間藩領1村、幕府領47村、内訳は水原代官所領40村、桑名藩預所7村)、岩船郡170村(旧会津藩領59村、一橋徳川家領17村、幕府領94村、内訳は旧水原代官所領3村、米沢藩預所91村)が加わった。なお相給も存在するため、村数の合計は一致しない。
正保元年(1644年)3月、遠江国掛川藩より「家康に過ぎたるもの」として有名な本多忠勝の孫に当たる本多忠義が10万石で入り、村上藩が再び立藩した。ところが忠義はわずか5年後の慶安2年(1649年)6月、陸奥国白河藩に移封された。
代わって結城秀康の孫に当たる松平直矩が、播磨国姫路藩より15万石で入る。直矩は城郭の大改築や城下町の拡張工事を行なうなどし、村上藩の最盛期を現出した。しかし、その費用の捻出のためか、領内の検地を過酷に実施、百姓の逃散などが続出している。しかし直矩も18年後の寛文7年(1667年)6月に旧領・姫路に戻された。
入れ替わりで姫路より榊原政倫が入る。同年10月、天守三層櫓が落雷のために焼失し、以後は天守が造営されることは無かった。政倫は天和3年(1683年)2月27日に死去し、代わって養嗣子の榊原政邦が跡を継いだ。宝永元年(1704年)5月28日、政邦は姫路に移封され、入れ替わりで姫路より本多忠孝(忠義の兄の子孫)が15万石で入った。ところが忠孝は一度も村上城に入ることなく、宝永6年(1709年)9月13日に早世した。
譜代、5万石。
内藤弌信(かずのぶ)<従四位下。豊前守>
内藤信輝(のぶてる)<従五位下。紀伊守>
内藤信興(のぶおき)<従五位下。紀伊守>
内藤信旭(のぶあきら)<従五位下。豊前守>
内藤信凭(のぶより)<従五位下。紀伊守>
内藤信敦(のぶあつ)<従四位下。紀伊守。侍従>
内藤信思(のぶもと)<従四位下。紀伊守。侍従>
内藤信民(のぶたみ)<従五位下。豊前守>
内藤信美(のぶとみ)<従五位下。豊前守>