樋口一件
寿康の葬儀が終わると、捜査も本格化し、9日には当日の夜に邸内にいた樋口家に仕えている人々5名の取り調べが行われた。そのうち3名の供述には不審な点がなかったためにすぐに返されたが、雑掌である岡田佐兵衛大尉重武と苅田小四郎の供述には曖昧な点があったことから町奉行所に留め置かれて更に取り調べが続くことになった。また、事件直後から行方不明になっていた樋口家所有の刀が邸内から発見された。ここで問題になったのは樋口家譜代の家臣であった岡田は滝口の武士という身分扱いで官位を有していたことであった。官位を持っている武士を処罰する権限は町奉行にはなかったため、万一岡田が犯人だとなった場合には事前に官位の剥奪を行う必要が生じるからである。この問題については所司代や町奉行らとの折衝を続けていた武家伝奏の日野資愛が関白の鷹司政通と協議の上で官位の剥奪については差し支えないということになった。12日になって、岡田が殺害に関して自供を開始し始めたため、正式に岡田の官位を停止して揚屋に送られることになった。ところが岡田が「誡(こらしめ)の必要があった」などの意味不明な供述もあったために、町奉行では拷問を加えながら更に取り調べたところ、寿康の実の息子である近江権介樋口功康の命令によって、岡田と苅田が寿康と花井を殺害したことが明らかになった。この事態に武家伝奏の日野と所司代の間部詮勝は協議をして、朝廷内の処罰(官位剥奪)の決定後に幕府側(町奉行)が功康を揚屋に送る方針が確認された。