皇居の生物相
また吹上御苑北東部の山吹の流れには、徳川家斉が全国から名所の松の苗木40本を集めて植栽したが、大正10年(1921年)には17本程度残っていたものが、昭和61年(1986年)には植え替えた松を含めても5本にまで減少してしまった。
また、かつて吹上御苑内には数百本のモミが茂っていたが、明治38年(1905年)頃から枯死が目立つようになり、クロマツやスギの巨木も多く枯死した。モミやスギは大正時代に改めて植えられたが、大気汚染の深刻化などでなかなか生育できず、平成13年(2001年)には皇居内のモミは8本となっている。
吹上御苑では東京都内では初めて記録されたタシロランのような珍しい植物も見られる。吹上御苑でタシロランが発見されたのは平成6年(1994年)7月のことであるが、天皇、皇后が散策の折、変わった植物を見つけたことが発見のきっかけとなった。一方、平成元年(1989年)に発表された『皇居の植物』に記載されている植物で、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)の調査では確認できなかった種が55種あったが、その多くが日差しが強い環境で成長する種であるため、森林が深くなった現在の吹上御苑では生育が困難になったものと考えられている。
そして皇居は都市部に囲まれている上に周囲には濠があるため、移動能力が低い種は皇居に戻ることが困難である。後翅が退化して飛翔力を失った移動能力が低いハネカクシ類、地表性のクモ類、カニムシ類やコケガなど、自然環境が回復してきた現在もその姿を見ることが少ないはこのためであると考えられる。現在の皇居の自然環境は、海によって隔絶された大洋島の環境に類似しているとも言え、ウシガエルの大繁殖によって両生類、爬虫類、昆虫類に大きな打撃が加えられている現状も、外来種によって在来種が撹乱される事態が発生する大洋島の事例に近いものがある。
その一方、ショウジョウバエ相に見られるように皇居の環境が外部の生態系と関連を持っていることが明らかな事例もある。チョウ類やトンボ類、カワセミのように皇居を始めとする東京都内の緑地を移動しながら生活したり分布を維持している例も見られる。このことから、皇居の生物相は閉鎖性が強いとはいえ外部との関連が見られないわけではなく、皇居をはじめとする東京都内の緑地は生物の生存環境を守っていくためにも重要であることがわかる。
猛禽類であるオオタカの定住により皇居内の鳥類相に大きな変化が生じたように、皇居内の生物相は一面では常に変化を見せている。皇居の地が持つ環境的特性とともに江戸時代以前からの歴史的な経過の中で育まれていった皇居の生物相は、大都市東京の中心部にある貴重な自然環境として、最低限の維持管理のもと、保全され続けている。
皇居内では昭和25年(1950年)頃から野鳥の調査が断続的に続けられてきた。その中で皇居の鳥類相が常に変化をし続けていることが明らかとなっている。変化の中には1950年代に皇居内の樹木を傷めるという理由から追い払われたサギ類のように、人為的な理由で分布が変化した鳥もあるが、自然環境の変化によって大きな変化を見せた種も多い。
環境変化によって分布が大きく変化したことが明らかなのは、冬季に越冬を行うカモ類やオシドリなどが昭和50年(1975年)頃と比べて激減したことである。これはかつて皇居内で見られなかった猛禽類のオオタカやノスリが住み着くようになったため、カモ類やオシドリが激減したものと考えられている。なおオオタカはカモ類の次にサギ類などを捕食するようになったが、猛禽類の存在によって皇居内から多くの鳥類が減少するとやがて主にハシブトガラスを捕食するようになり、東京都内で数の増加が目立つハシブトガラスも、皇居内では数の増加が抑えられるようになった。