オーキシン
植物のインドール-3-酢酸は主にトリプトファンからインドール-3-ピルビン酸を経由して2段階でつくられることがシロイヌナズナで示されている。また、シロイヌナズナではインドール-3-アセトアルドキシムからも少しインドール-3-酢酸が合成されている。このほか、植物ではインドール-3-アセトアミドやトリプタミンなどを経由してインドール-3-酢酸が合成されている可能性もあるが、これらの生合成中間体を含む経路についてはまだよくわかっていない。
トリプトファンを経由しないでインドール-3-酢酸をつくる経路も植物で提唱されているが、これを否定する研究報告もあり、その存在については今後さらに検証が必要である。