マルタ護送船団の海戦
1798年9月2日に、教会の財宝が競売にかけられていた時に、武装した反乱軍が、クロード=アンリ・ベルグラン・ド・ヴァーボワ(英語版)将軍指揮下のフランス駐屯隊を打ちのめし、駐屯隊は月末までに首都バレッタへと退却した。駐屯隊は約3000人の規模だったが、食糧の蓄えが限られており、本国から海上を経由して食糧を届けようとするも、港に停泊しているイギリスとポルトガルの戦隊によりかなりの制約を受けた。この海上封鎖は、シチリアのパレルモを拠点とする、今や男爵となったネルソンの指揮のもとにあり、直接には「アレグザンダー」の艦長であるアレクサンダー・ボール(英語版)が仕切っていた。1799年を通じて、マルタは農作物の生産に不向きであること、地中海以外の海域での任務受諾による物資や部隊の不足、地中海西部でのエティエンヌ・ユスターシュ・ブリュイ(英語版)艦隊の出現などの様々な要因が、海上封鎖の士気を萎えさせた。しかし、駐屯隊へわずかながら食糧が届けられたにもかかわらず、ヴォーボワの駐屯隊にはだんだん飢餓と病気とが蔓延し始めた。この年の終わり近く、ボールは包囲を指揮しているマルタ兵の援助のために上陸し、アレクサンダーの指揮は、自分の代わりに一等海尉のウィリアム・ハリントンに執らせた。
1800年の1月、もし食糧の再補給がなされないのなら、バレッタは降伏の危機にあることをさとり、フランス海軍はトゥーロンで船団を準備した。