新銀行東京
400億円もの追加投資は都民1人当たりに3000円以上もの負担を強いる。野党側はこの累積赤字、追加出資を非難し、新銀行東京を強いリーダーシップで生み出した石原への批判を強めている。都知事である石原は「設立理念は正しかったが、経営がまずかった」「(旧経営陣を)紹介されて、それを受けたことの責任は感じる」等の見解を表するに留めた。なお、設立に関して都議会では日本共産党以外の会派は賛成(「東京・生活者ネットワーク」は反対意見を述べたものの、予算案は賛成)した経緯がある。
経済界で、設立理念そのものを「不良債権の温床」と批判が多かった。経済閣僚であった与謝野馨も「止めるなら今」と進言するなど、政界からの批判も起こっている。「都営銀行」の設立を石原に提案した大前研一も「中小企業融資は大銀行でも不得手な領域で、素人の都が手を出せるものではない。」と強く反対したが、石原は「国や大銀行がやらないからこそ、(都が)やらなければならない。」と譲らなかった。2003年(平成15年)11月8日の記者会見で、「(都が出資した)1000億円は、将来、数兆円になる。」と石原は述べている。
石原は議会答弁や記者会見などで「私だったら、もっと銀行を大きくできた」と発言したが、「中堅・中小企業に対する融資事業は急拡大が望める事業ではない」との指摘がある。
主に品川区と大田区の企業に融資しており、いずれも石原の三男・石原宏高の選挙地盤であることから、身内の選挙対策ではないかとも批判されている。石原の提案でおこなわれている、都の若手芸術家育成事業「トーキョーワンダーサイト」から絵画3点を購入していたことも判明した。
普通預金利息は、2月と8月の所定の日に1円未満は切り捨てした上で残高に付与される。所定の日は、第3土曜日に決算して入金は日曜日付。毎日の最終残高1,000円以上が対象で付利単位は100円。
東京都の公金収納取扱金融機関ではないため、固定資産税や住民税をはじめとする都(および特別区)の地方税の口座振替は扱わず、都職員の給与振込口座も指定できなかった。
都が定めた当初の基本計画では、2008年(平成20年)までに1兆2,000億円余の獲得を目指すも、次第に目標が引き下げられ、高金利の定期預金キャンペーンを行ってもなお、預金残高は4,284億円(2007年(平成19年)9月現在)に留まった。
2006年(平成18年)のキャンペーンで集めた預金のうち、2009年(平成21年)に3年定期 (1.5%) が満期を迎えた。5月現在の金利は0.25%(300万未満)であるため、高金利を求める預金者は、2009年(平成21年)5月時点でも3年で1.5%の金利を提示していた日本振興銀行に流れた。日本振興銀は2010年9月に破綻し、初のペイオフ発動となった。
その後も、2005年(平成17年) - 2006年(平成18年)に集めた5年物の高金利の定期預金の満期のタイミングに合わせて金利キャンペーンを行い、預金の流出抑制を図った。2006年(平成18年)夏の5年物定期の金利は破格の1.7%であったが、2011年(平成23年)8月の5年物定期の金利は0.50%で、ネットバンク程度の金利設定となった。
新銀行東京の2011年3月期決算の預金残高は1,775億円で、2010年同期より314億円 (15%) 減少した。内訳は、個人預金が366億円減る一方で、法人預金が52億円 (69%) 増えた。
2008年の400億円の追加出資の際に発表された新銀行東京の再建計画では、4年後の2012年3月期に、預金を20分の1の200億円に圧縮することとしていた。