五稜郭機関区
1989年(平成元年) - ED79形50番台を新製配置。 ただし、留置はJR北海道青函運転区(→函館運輸所青函派出所)を使用。検査も同区へ委託。
1999年(平成11年)4月1日 - ディーゼル機関車全機が鷲別機関区へ転出し、電気機関車のみの配置となる。 函館地区で折り返すディーゼル機関車への給油・仕業検査は引き続き実施。
2013年(平成25年)11月 - EH800形導入に伴う、青函派出所を含む構内のリニューアル工事を実施し、同月完了。 DL基地の転車台を撤去し1号車庫を新設。青函派出所(→EL基地)留置線の隣に在姿旋盤装置を設置。
2014年(平成26年)8月30日 - 鷲別機関区の廃止に伴い、入れ替え用を除く道内の貨物用ディーゼル機関車全機が転入。また室蘭総合鉄道部廃止に伴い、乗務員基地の室蘭派出を設置(室蘭総合鉄道部運転課を引き継ぐ)。
2016年(平成28年)3月26日 - 同日のダイヤ改正でJR北海道函館運輸所青函派出所が廃止され、同所の施設および検査設備を本区へ移管。