日本書紀
近世に入ると、儒学の立場から理解しようとする動向が見られるようになる。それまでも卜部兼方『釈日本紀』に始まり、一条兼良『日本書紀纂疏』や吉田兼倶『神書聞塵』『日本書紀神代巻抄』へと続き、さらにその周辺において忌部正通 『神代巻口訣』、劔阿『日本紀私鈔』、良遍『日本書紀巻第一聞書』『神代巻私見聞』、慈遍『旧事本紀玄義』など、仏教の要素がある注釈書は少なからずあるが、儒学が幕府の庇護を受けるようになってからは、朱子学を中心に解釈が成されていった。
中でも関係の深いのが、山崎闇斎に始まる垂加神道である。闇斎が経典としたのは、神代巻と『中臣祓』で、これに関する講義録のほか、『神代巻風葉集』という注釈の草稿が残っている。垂加神道の『日本書紀』研究は、闇斎の没後も、弟子たちによって受け継がれた。例えば谷秦山『神代巻鹽土傳』は、語彙の正確な解釈を通じて神代巻を正しく読もうとする考証学的な姿勢を貫いている。
この系統において注目すべきは、谷川士清『日本書紀通証』である。同書の神代巻では、先学の諸説を簡潔かつ的確に引用しており、その意味では「垂加派の神道説の集大成」であるが、「『釈日本紀』以来500年近くもなかった『日本書紀』全巻の本格的な注釈書」という点においても画期的で、神代巻が示す神々への崇敬から少し距離を置いた世俗化の一端と見ることもできる。
卷第二十六 天豊財重日足姫天皇(あめとよたからいかしひたらしひめのすめらみこと)斉明天皇 斎明天皇重祚 岡本宮造営 阿倍比羅夫の遠征 有馬皇子の変 伊吉博徳の書 安倍臣と粛慎(みしはせ) 百済滅亡と遺臣 西征と天皇崩御
卷第二十七 天命開別天皇(あめみことひらかすわけのすめらみこと)天智天皇 救援軍渡海 白村江の戦い 冠位の増設 西海防備 近江遷都と天智天皇の即位 藤原鎌足の死 大友皇子(おおとものみこ)太政大臣に 天智天皇崩御
卷第二十八 天渟中原瀛真人天皇(あまのぬなはらおきのまひとのすめらみことのかみのまき)天武天皇 上 大海人皇子(おおあまのみこ)吉野入り 挙兵決意 東国への出発 近江朝廷の対応 大伴吹負の奇計 大津京陥落 大和の戦場 大海人皇子の大和回復
卷第二十九 天渟中原瀛真人天皇(あまのぬなはらおきのまひとのすめらみことのしものまき)天武天皇 下 天武天皇即位 広瀬、竜田の神祭り 論功行賞と東漢氏 十市皇女の突然の薨去 筑紫大地震 吉野の会盟 律令編纂と帝紀の記録 銀の停止と銅銭使用の令 服装その他の改定 彗星の出現 八色の姓と新冠位制 諸国大地震と伊予温泉停止、土佐の田畑海没 天皇の発病と崩御
卷第三十 高天原広野姫天皇(たかまのはらひろのひめのすめらみこと)持統天皇 皇后称制 大津皇子の変 殯(もがり)の宮、国忌 天武天皇の葬送 草壁皇子の死 浄御原令の施行 持統天皇の即位 朝服礼儀の制 捕虜大伴部博麻(おおともべのはかま)の帰還 食封(へひと)の加増 藤原宮造営 大三輪高市麻呂の諫言(かんげん)と伊勢行幸 班田大夫(たたまいのまえつきみ)の派遣 益須(やす)の醴(こさけ)の泉 金光明経 藤原宮に遷る 天皇譲位
個人の手記
遣唐使の記録・私記や壬申の乱に従軍した舎人の日記などが利用されている。これらの私記・日記自体も恐らく修史用に編集されて提出されたものと見られる。
寺院の縁起
元興寺縁起を主として、寺院の縁起が参照されている。ただし対象となった寺院の範囲は狭く、たまたま参照できたものが使用されたのみで全国の寺院から記録を集めるような労は取られていない。
百済に関する記録
百済三書と呼ばれる史書(日本国内で百済系の人々によって編纂されたと推定される場合が多い)を始めとした百済の記録。特に継体天皇を取り扱った17巻などは大部分を百済関係の記事が占め、天皇の崩御年なども百済系の史書によって決定されている。
漢籍
中国の史書類等。『三国志』のような例外はあるものの、中国の史書は基本的に歴史的事件の典拠としてではなく、漢文を格調高くするための作文の典拠として用いられた。
漢籍については、それを元に『日本書紀』の本文を潤色した部位が概ね特定されており、巻毎に典拠として利用された漢籍の名前が既に整理されている。具体的には以下のようなものが利用された。
『芸文類聚』
唐初に成立した類書。45部門の項目について古来の事実、関連する詩文を収める。
『史記』
前漢代に司馬遷によって著された史書。
本文の後に注の形で「一書に曰く」として多くの異伝を書き留めている箇所が多く見られる。中国では清の時代まで本文中に異説を併記した歴史書はなく、当時としては東アジアにおいて画期的な歴史書だったといえる。あるいは、それゆえに、現存するものは作成年代が古事記などよりもずっと新しいものであるという論拠ともなっている。ただし、『釈日本紀』の開題部分には「一書一説」の引用を「裴松之三国志注の例なり」と記されており、晋の陳寿が著した『三国志』に対して宋(南朝)の裴松之が異説などを含めた注釈を付けた形式のものが日本に伝来され、『日本書紀』のモデルになった可能性はある。 なお、日本書紀欽明天皇2年3月条には、分注において、皇妃・皇子について本文と異なる異伝を記した後、『帝王本紀』について「古字が多くてわかりにくいためにさまざまな異伝が存在するのでどれが正しいのか判別しがたい場合には一つを選んで記し、それ以外の異伝についても記せ」と命じられた事を記している。この記述がどの程度事実を反映しているのかは不明であるが、正しいと判断した伝承を一つだけ選ぶのではなく本文と異なる異伝も併記するという編纂方針が、現在みられる『日本書紀』全般の状況とよく合っていることはしばしば注目されている。
『日本書紀』に記載されている暦日に基づいて当時の日本の暦法を再構築しようという試みが具体的に始まるのは江戸時代のことである。渋川春海(1639年生-1715年死)は『日本書紀』の暦についての推算を行い、日本初となる長暦(日本長暦)を作成した。春海は『日本書紀』の暦法について「日本固有のものであり、神武天皇以降推算されたもので、途中2回改暦があったもの」と想定した。18世紀後半には本居宣長(1730年生-1801年死)が「唐暦による推算であろう」と述べ、伴信友(1775年生-1848年死)は「百済の暦日を用いたものである」とした。
明治・大正期には暦日の研究は目立った進展を見せなかった。画期となったのは昭和初期の東京天文台の天文学者であった小川清彦による研究である。彼は第二次世界大戦前から戦時中にかけて、『日本書紀』に記載されている月朔について、中国から伝わった各種の暦法による推算値との比較を行い、『日本書紀』の暦法が元嘉暦、儀鳳暦であること、その暦日は当時のものではなく後世(8世紀)の偽作であることを明らかにした。小川の分析結果は当初ごく限られた人物の間に少数のコピーで配布されたのみであった。
岩波書店「日本書紀」〈日本古典文学大系 67・68〉 初版:上巻1967年(昭和42年)、下巻1965年(昭和40年)、新装版1993年(平成5年) 校注者:坂本太郎・家永三郎・井上光貞・大野晋 原文、注釈、書き下し文を収める。
岩波文庫「日本書紀」〈全5巻〉、1994年(平成6年)- 1995年(平成7年) ワイド版岩波文庫〈全5巻〉、2003年(平成15年) 「日本古典文学大系本」を改訂。原文、書き下し文、注釈を収める。 旧版「訓読 日本書紀」 黒板勝美校訂(全3巻)、1928年(昭和3年)- 1932年(昭和7年)。 改訂版で重版(復刊1987年(昭和62年))。2004年(平成16年)に一穂社でオンデマンド出版。
講談社学術文庫「全現代語訳 日本書紀」〈上・下〉 訳者:宇治谷孟。現代語訳のみ収める、最も重版した刊行本。 初版:1988年(昭和63年)、元版:創芸出版〈上・下〉、1986年(昭和61年)
小学館「日本書紀」〈新編 日本古典文学全集 2・3・4〉 1994年(平成6年)- 1998年(平成10年) 訳注者:小島憲之・直木孝次郎・西宮一民・蔵中進・毛利正守 原文、書き下し文、注釈、現代語訳を収める。