亀の井バス
別府駅・別府駅西口 JR日豊本線別府駅には東口・西口ともにバスロータリーがある。出札機能はないが、観光案内所で乗車券等を購入できる。別府市内を発着するすべての定期観光バス・一般路線バスを利用できる。
北浜バスセンター 西鉄リゾートイン別府1階に出札機能がある。定期観光バス以外は、国道10号または駅前通り上の「別府北浜」バス停を発着する。「別府北浜」バス停と合わせて別府市内を発着するすべての高速バス・定期観光バスと一部の一般路線バスを利用できる。
鉄輪待合所 別府八湯の一つ、鉄輪(かんなわ)温泉にある。別府駅行の一般路線バスは鉄輪1のりば、明礬、亀川方面の一般路線バス・観光快速ゆふりん号・福岡行き高速バスとよのくに号は県道向かい側の鉄輪2のりばに出札機能と待合スペースを備えている。 長崎行き高速バスと、福岡発のとよのくに号(降車専用)は、九州横断道路沿いの「鉄輪口」バス停に停車する。
別府交通センター 別府国際観光港第二埠頭に隣接。外廻り循環線・別府大学経由鉄輪線・観光快速ゆふりん号が停車する。 第二埠頭は宇和島運輸のターミナルであり、第三埠頭を利用するフェリーさんふらわあのターミナルは離れている。「別府観光港フェリーさんふらわあ前」バス停も上記路線が利用できる。
由布院駅前バスセンター JR久大本線由布院駅に隣接。出札機能を備え、由布市内を発着するすべての福岡、大分空港行き高速バス・一般路線バス・観光快速ゆふりん号を利用できる。
24:別府駅 - 北浜 - 餅ヶ浜 - 新港町 - 娘田 - 北石垣 - 総合庁舎 - 鉄輪 - 海地獄 - 本坊主 - みょうばんクリニック - 明礬 - 湯山 - 立命館アジア太平洋大学
大分・別府 - 大阪「ゆのくに号」(大分交通・阪急バスと共同運行)
大分・別府・宇佐・中津 - 名古屋「ぶんご号」(大分交通・大分バスと共同運行)
別府 - 湯布院「あさぎり号」(単独運行)
大分・別府 - 北九州(西鉄バス北九州・大分交通と共同運行・期間限定運行) 2010年6月11日から2011年9月25日まで(主に土・日曜・祝祭日、お盆・年末年始期間のみ)の期間限定運行。2011年3月27日までは金曜日も運行日であった。 東九州自動車道の延伸に伴って2015年3月7日より運行再開(後述する『ゆのくに号』を参照)。また、共同運行会社に大分バスが新規参入。
大分・別府 - 北九州「ゆのくに号」(大分バス・大分交通・西鉄バス北九州と共同運行) 2015年3月4日から2018年3月31日まで各停便を担当。大分側3社撤退により、西鉄バス北九州による単独運行となった。2023年3月31日をもって路線廃止。
大分・別府 - 神戸・大阪・京都「SORIN号」(大分交通、大分バス、近鉄バスと共同運行) 2019年3月31日まで担当。大分交通とともに撤退。4月1日からは近鉄バス・大分バスの共同運行に変更。
大分・別府 - 長崎「サンライト号」(大分バス・大分交通・日田バス・長崎自動車(長崎バス)・長崎県交通局(県営バス)と共同運行) 2015年7月1日より減便の上運行業務から撤退(路線自体は存続。別府地区からの予約受付・発着案内などの支援業務は引き続き行う)。
別府 - 北九州空港「BEPPU EXPRESS」(大分交通と共同運行) 2018年10月28日 - 2019年7月31日(1日1往復の試験運行を実施し、試験期間満了に伴い運行終了。)