長安口ダム
さらに那賀川上流部は豊富な森林資源を有し、筏流しによる流木輸送が古くから実施されていた。だがダム建設によって筏流しは完全に不可能となり、流筏業者は完全に失業する。失業を余儀無くされる業者1,037名に対しては補償として転廃業資金を支払うことで妥結、流筏に替わる陸上輸送の代替事業として林道約16キロメートルの敷設と、貯水池付近に二箇所の揚木場・施設を建設して林業振興を図った。
1950年より始まった補償交渉は最終的に1957年(昭和32年)、ダム完成後にようやく全ての補償交渉を終了した。ダム完成後まで補償交渉が長期化したのは異例であり、現在では考えられないことであった。それだけ当時は国土開発が最優先課題であったことが窺えるが、阿南市や小松島市などの産業発展のために、106世帯の住民・1,037名の流筏業者・1,270名の漁業関係者の犠牲の上に成り立った事業であることもまた事実である。
長安口ダム建設に伴い、上那賀町及び木沢村の106戸・106世帯が水没対象となった。1953年(昭和28年)4月、水没住民の要望で徳島県は団体交渉による補償交渉に臨んだ。住民側は代表者10名を選出して、県側と約一年半にわたる交渉を行った。だが、補償額を始めとする一般補償基準の折り合いが付かず、団体交渉は翌1954年(昭和29年)に決裂。これ以後一戸毎の個人交渉による妥結を図り71戸が補償に応じた。しかし団体交渉時に選出された10名の代表者を含む35戸は県側の補償基準を不満として最後まで強硬に反対、交渉は1955年(昭和30年)にまでもつれこんだ。4月に徳島県議会電力特別委員会が事業の進捗を図るために周旋に乗り出し、斡旋交渉を行ってようやく妥結した。
漁業権に関しては那賀川全域の漁業権を保有する那賀川漁業協同組合連合会があり、アユを始めとする漁業を生業としていた。このためダム建設に対しては組合員1,270名が一致して反対運動を展開し、この解決にも時間が掛かった。