ヤマハ・モーター・レーシング
1998年シーズンまで "チーム・レイニー" として2年間ワークスサポートを受け500ccクラスに参戦していたウェイン・レイニーが監督業を引退・チームを解散したことに伴い、新たなワークス・チーム運営のために1999年に設立された。当初チームの本拠地はオランダに置かれたが、2002年にイタリアに移転する。
初年度の1999年から2002年までは、マックス・ビアッジとカルロス・チェカをライダーにシリーズを戦った。当初はYZR500、2002年はYZR-M1を駆ったビアッジは、在籍中に通算9勝を挙げた。
2003年には、ビアッジに代わりマルコ・メランドリとアレッシャンドレ・バロスが加入。チェカのチームメイトとなる。しかしながらこの年、ヤマハチームはドゥーハンとNSRが完全にシーズンを制圧しシーズン12勝を挙げた97年以来となるGP最高峰クラス未勝利で終わり、表彰台もバロスがウェットコンディションのフランス・ルマンで得た3位表彰台1回のみとなった。マシン開発では、開幕戦の鈴鹿でリアサス2本タイプで排気管がセンターアップタイプという一風変わったプロトタイプのYZR-M1がテスト参戦(阿部典史がライディング)するなど、迷走と言っても良い内容となった。その主な理由は、エンジンの出力特性があまりにもピークパワー重視型になってしまったことによると考えられる。その証拠にバロスの開幕戦鈴鹿の予選での転倒やチェカのシーズン中の再三の転倒、そしてシーズン最終戦のバレンシア戦の終了後にジャーナリストや元GPライダーを招いて行われるインプレッション走行で、80年代の名GPライダーであるランディ・マモラがYZR-M1での走行後にチェカに対して語った「俺はお前を尊敬するぜ!
MotoGPクラスのタイヤ供給体制がブリヂストンのワンメイクに変わり、チーム分断の必要はなくなったが、前年の体制がうまくいったことから引き続き「壁」を設置することになった。ロッシとロレンソは激しいタイトル争いを展開したが、最終的にはロッシが競り勝って2年連続チャンピオンを獲得、ロレンソはシリーズ2位となった。
2010年もロッシ・ロレンソの体制を維持して臨んだ。ロレンソが18戦中9勝を遂げ、圧倒的な強さで初のチャンピオンを獲得、チームとコンストラクター部門合わせての3冠タイトル3連覇を達成した。ロッシは第4戦イタリアGPで脛骨開放骨折の重傷を負い4レースを欠場、復帰後も開幕前に負った肩の怪我に苦しみ、シーズン2勝でシリーズ3位に留まった。ロッシの欠場中、第7戦カタルニアGPにのみ開発ライダーの吉川和多留が代役参戦した。
2011年シーズンは7年間在籍したロッシがドゥカティワークスに移り、後釜としてベン・スピーズがチームに加入する。ロレンソは3勝を挙げたがシリーズ2位にとどまり、スピーズは第7戦オランダGPで初優勝しシリーズ5位となった。なおシーズン終盤にケガをしたロレンソの代役として中須賀克行が第17・18戦に参戦し第18戦バレンシアGPで6位入賞した。
2012年シーズンもロレンソ、スピーズのコンビで継続。このシーズンロレンソはシーズン5勝と優勝回数こそホンダのペドロサに劣るも(ポールポジション4回、リタイヤ2回はペドロサと同数)それ以外は全て2位という安定してポイントを稼ぎ王者奪還に成功した。