JR藤森駅
相対式ホーム2面2線を持つ地上駅で、掘り割り型の橋上駅舎である。
宇治駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託している業務委託駅である。ICカード乗車券「ICOCA」を利用することができる(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)。また、JRの特定都区市内制度における「京都市内」の駅である。