田屋川原の戦い
草野顕之は、この頃の瑞泉寺では杉谷家や竹部家のような外護者や植越が運営の主体となっており、このような勢力が強い発言権を有していたからこそ、如乗らは瑞泉寺を「不弁」であるとして距離を置いていたのではないかと推測している。これを裏付けるように、蓮欽の瑞泉寺における立場は「契約による留守分」、その子賢心は「契約往持分」と記録されており、後代に至るまで杉谷家や竹部家といった現地勢力が本願寺本流をしのぐ権勢を得ていたことが窺える。 後述するように土山御坊・本泉寺といった本願寺直系の寺院は「田屋川原の戦い」に積極的に関与した形跡が
一向一揆を主導したのは現地勢力であって、 本願寺本流はむしろ一揆に消極的であったというのは、蓮如の文明6(1474)年の加賀一揆に対する態度からも裏付けられる。蓮如は文明5年11月の捉十一カ条において「念仏者において、国の守護・地頭を専らにすべし」と述べて在地勢力を尊重したが、 このような蓮如の態度にもかかわらず翌年に加賀で一向一揆が起こり、 更にその翌年に蓮如は十カ条旋で改めて守護・地頭への協調を指示している。 すなわち、蓮如は守護勢力に対する反抗を批判否定しつつ、 一方でこのような門徒衆を破門できないというジレンマを有しており、 このような連如の立場はそのまま如乗の瑞泉寺に対する態度と共通している、と考えられる。
また、新田は永正3(1506)年の越後勢との戦いこそ研波郡全体を巻き込む最初の一向一揆であるとしつつ、この戦いの後でさえも国人の勢力が研波郡に残存していたことを示す史料があることを紹介した。その上で、 砺波郡内においては長く武士国人領主勢力と一向宗坊主の抗争が続き、加賀国のような一向宗による一円支配は成立しなかったと論じた。
久保尚文は新田二郎の批判を受けて 「闘静記」の記述を再考察し、新田氏の「闘静記」批判を継承しつつ、「闘静記」には部分的に史実と見なしうる箇所も存在するという、従米の研究を折衷する立場の論考を行った。久保は先述したように「闘静記」の一部を後世の加筆と見なすことでそれ以外の箇所は史実とみなしうると論じる一方、「田屋川原の戦いの結果、砺波郡は一向宗の支配下に入った」 という点については新田説を支持して史実に反するものと見なす。また、これに関連する史料として 「反故裏書」の「越中国坊主衆は土山坊の与力とするが、河上の分のみは瑞泉寺の与力とする」 という記述を紹介し、本来は砺波郡内の与力を土山(安養寺)と瑞泉寺で分割していたのが、後代になって両寺が砺波郡を分割支配していたというニュアンスに変化していったのではないかと推測する。