明治学院大学
体育会野球部(首都大学野球連盟2部に所属)日本の野球の黎明期には東京大学とともにその牽引役を果たした。これを記念して2013年12月神宮球場で、明治学院大学 対 東京大学戦が催された(3-2) かつて1部リーグで2度優勝したほか、通算本塁打の大学野球記録26本を持つ森山正義(2005年7月より野球部監督)はドラフトで指名されて阪神入りした。1990年度入部組までは特別な推薦枠があった。
体育会ラグビー部(2014年度に限り関東大学ラグビー対抗戦グループAグループに所属していた。)
体育会男子ラクロス部(関東学生ラクロスリーグ戦1部に所属)
体育会サッカー部(東京都大学サッカーリーグ戦1部に所属) 第42回総理大臣杯全日本大学サッカートーナメントにおいてベスト8(準々決勝進出)の成績を収めた。
体育会アメリカンフットボール部(関東学生アメリカンフットボールリーグ戦2部に所属)
体育会男子バスケットボール部(関東大学バスケットボール連盟4部Dに所属) 在籍していた中村邦彦は卒業後、1964年東京オリンピック日本代表にも選ばれた。
チアリーディング部 チアリーディング部は全国大会に出場している。
大学当局は学生スポーツに対する直接的な支援は避けてきたが、2005年より「明学スポーツを強くするプロジェクト」と銘打ち、特定のクラブに指導者の招聘を行うなどの支援を行っている。
明治学院大学の百合紋章(フルール・ド・リス)は明治学院を象徴する紋章であり、プロテスタント系ミッションスクールとしては最も早期に用いられた。これまで主に野球部の帽子等体育会各部のユニフォームに使用されてきた。最近では体育会アメリカンフットボール部がマークを復活している。
過去に青山学院大学体育会との「総合定期戦」が1970年(昭和45年)の第1回から1987年(昭和62年)の第18回まで実施されたが、申し合わせ(青山学院大学側からの申し出)により廃止された。近年(2019年で4回目となる)では、体育会女子ラクロス部が青学対明学の対抗交流戦として『学院戦』と命名し、定期戦復活を果たし両学院の交流に貢献している。またアメリカンフットボール部においては、総合定期戦廃止後も部単位で青学との定期戦を継続している。
強化クラブは以下に参照。