ウキクサ亜科
ウキクサ亜科の種は茎と葉が分化していない葉状体など極めて特異な特徴をもつことから、独立のウキクサ科 (Lemnaceae) として分類されていた。ただし胚発生の形態的特徴などから、ウキクサ科はサトイモ科に近縁であると考えられ、同じサトイモ目に分類されていた。さらに20世紀末以来の分子系統学的研究により、ウキクサ類は系統的にサトイモ科の中に含まれることが示された。そのため2020年現在では、ウキクサ類はサトイモ科の中のウキクサ亜科 (Lemnoideae) として扱われる。サトイモ科の中では、ギムノスタキス亜科+ミズバショウ亜科が最初に分岐し、次にウキクサ亜科が分岐したものと考えられている。
ウキクサ亜科には、5属40種ほどが知られている (下表)。ウキクサ亜科の中ではウキクサ属が最も複雑な植物体をもっており、系統的にも最も初期に分岐したことが示されている (右系統樹)。これに続いてヒメウキクサ属、アオウキクサ属の順で分岐し、根を欠き最も単純な植物体をもつ Wolffiella とミジンコウキクサ属が単系統群を形成すると考えられている (右系統樹)。またウキクサ類をウキクサ科として扱っていた際には、根の欠如など極めて単純な体制をもつ Wolffiella とミジンコウキクサ属をミジンコウキクサ亜科 (Wolffioideae) とし、それ以外の属を含むウキクサ亜科 (狭義のウキクサ亜科) と対置することがあった。しかしこの意味でのウキクサ亜科は明らかに側系統群となってしまう。