ヒカリ新世紀
ヒカリ新世紀の品種登録後に、コシヒカリつくばSD1号(植物ゲノムセンター)、コシヒカリえいち4号(本田技研工業)、など同じ半矮性遺伝子sd1を使った短稈コシヒカリ系統が登録出願された。コシヒカリつくばSD1号はヒカリ新世紀より穂発芽性が易であるとされた。これら後発の短稈コシヒカリ系統は戻し交雑の回数が4回から5 回であるのに対して、ヒカリ新世紀の戻し交雑回数は8回で最も多く、遺伝的にコシヒカリに近いためである。sd1遺伝子周辺のDNAマーカーを用いたモニタリングにより、sd1遺伝子周辺がコシヒカリのゲノムに置き換わっていることが確認された。ヒカリ新世紀はコシヒカリに栽培しやすさというメリットを付与したものといえる。また、コシヒカリつくばSD1号やキヌヒカリ等コシヒカリ系の短稈品種にはいずれもインディカ由来の半矮性遺伝子sd1が移入されているのに対して、ヒカリ新世紀にはジャポニカ「十石」の半矮性遺伝子sd1が移入されている。