ノゴイ
コイの自然分布域は東アジアから黒海・カスピ海にかけてのユーラシア大陸温帯で、欧米の研究者の間では、日本のコイは全て大陸から導入された外来種であると信じられていた。一方で日本の研究者は、縄文時代の貝塚や古琵琶湖層からコイの咽頭歯が出土することから、在来種として存在していたと考えていた。
2005年に琵琶湖のコイのミトコンドリアDNAを調査したところ、ユーラシア大陸のコイと塩基配列が明確に異なる個体が存在することが明らかとなった。当初は琵琶湖固有のハプロタイプと考えられたが、その後の研究で国内の他の水域でも同じか近縁のハプロタイプが確認されている。
前述の通り日本には古くから在来種のノゴイが生息している。しかしながら同時に外来系統のコイも存在している。
外国からコイが導入された最も古い記録は明治38年のドイツゴイ(カガミゴイ・カワゴイ)の輸入である。しかしながらオランダ国立自然史博物館で貯蔵されていた日本産のコイ3種の内の2種が体高の高いコイで、江戸時代には既に大陸からコイが導入されていた可能性がある。明治38年以前の明治23年に栗本鋤雲の屋敷から御蔵島に移入されたコイは移入時期から在来系統である可能性が想定されたが、実際はノゴイと外来系統の雑種による個体群だったことから、明治38年より以前から外来系統のコイが存在していたのは明らかである。
宮城県から高知県にかけての6県の湖沼や河川のコイのミトコンドリアDNAを調べたところ、半数近くかそれ以上の個体から外来系統のハプロタイプが確認されている。