源氏嫡流
事実、義家の死後を見ても、義家の嫡男である義親は反逆の疑いで平正盛に討たれて代わりに後を継いだ弟の義忠も一族の内紛で暗殺された結果、義家または義親の子とされる源為義が河内源氏の後継者となった。しかし、為義と嫡男の義朝は不仲で、義朝は廃嫡されて東国に追われた後、代わりに後継者となった弟の義賢も事件を起こして廃嫡せざるを得ずやむなく東国で力を付けてきた義朝に対抗させるために東国に送らざるを得なかった。義朝はその後鳥羽院・待賢門院に認められて官位面で父・為義を追い越し、義朝の子である義平が大蔵合戦にて義賢を討ち取るなど、義朝そのものが河内源氏に対する脅威となり、やがて保元の乱にて為義及び後継者とされていた弟の頼賢を処刑して力ずくで河内源氏の惣領となった。こうした事情から父や弟を討って惣領の地位を継いだ義朝とその子である頼朝が河内源氏の嫡流・惣領として相応しいかという疑念が持たれ続け、義朝-頼朝に反対する動きの中から義賢の遺児である義仲や一連の争いに関係しなかった為義の十男である行家を担ぐ動きも現れて、治承の乱の最中に義仲・行家の対立、義仲・頼朝の対立などの河内源氏の内紛に発展したという見方もある。
また、以仁王が平家を打倒すべく諸国の源氏に呼びかけた際に始めに挙兵した源頼政は頼光の系統で、清和源氏としては初の従三位という高位にあり、長者ともいうべき地位にあったが、従う兵はその拠点であった摂津国をはじめとする畿内に限られ、むしろ祖先の弟の系統である頼朝の方が東国において圧倒的求心力を得るに至った。それは、頼朝が清和源氏の中で嫡流であったかというよりも、東国武士を臣下としてきた河内源氏の遺産と、平家に不満のあった東国武士との政治的利害関係があればこそである。