軟質亜綱
†Saurichthyidae 科
チョウザメ目 Acipenseriformes 軟質亜綱で唯一の、現生種を含むグループ。2亜目4科が含まれ、うち1亜目2科が古い形質を保持したまま現代に生き残っている。詳細については当該記事を参照のこと。 †Peipiaosteidae 科 (絶滅) †Chondrosteoidei 亜目 (絶滅) チョウザメ亜目 Acipenseroidei チョウザメ科 Acipenceridae ヘラチョウザメ科 Polyodontidae
†Ptycholepiformes 目 (絶滅) 北アメリカにおける三畳紀・ジュラ紀の地層から出土する。
†Pholidopleuriformes 目 (絶滅) 三畳紀から知られ、1科のみが所属する。 †Pholidopleuridae 科
†Perleidiformes 目 (絶滅) 三畳紀からジュラ紀後期にかけてのグループを含む。便宜的に設置された分類群で、さまざまな改編案が提唱されている。 †Cephaloxenidae 科 †Colobodontidae 科 †Platysiagidae 科 †Peltopleuridae 科 †Cleithrolepidae 科 †Perleididae 科 †Thoracopteridae 科
†Luganoiiformes 目 (絶滅) 三畳紀の化石種が報告されているが、詳細についてはほとんどわかっていない。