コンフィデンシャルミッション
危険な敵にはロックオンサイトが付き、サイトが赤に変わると攻撃される。敵の中にはサイトが付かずいきなり攻撃してきたり、画面をただ通過するだけの敵もいる。
敵の攻撃を受けたり、民間人を誤射する度にライフが1つずつ減り、0になるとゲームオーバー。“C”“M”“F”の3つのアイテムを揃えると回復。また、ごく稀に登場するライフ回復スーツケースを撃っても1つ回復する。
弾は6発。リロードは銃口を画面外に向ける。ただし、45発撃てるアサルトライフル(使いきりで切替不能)使用時はリロード不要。
途中で特殊アクションが存在する。成功するとボーナス点が入り、失敗したらより多くの敵を相手にすることになる。また、結果次第でルートが分岐することもある。コンボショット(バーチャコップで言う3ポイントショット)、ジャスティスショットを決めるとボーナス点が入る。得点は画面上部に表示され、ゲーム中はいつでも確認できる。サイトが付く前に敵を倒した方が高得点を得られる。また、花瓶や置物などのオブジェクトも撃てば得点が入る。
得点が0以下になると、数字が赤色で表示される。
リーナの協力のおかげでアガレスの本部の位置が分った。だが、彼らは既に衛星制御系統を潜水艦に移し逃げようとしていた。CMFは2人に制御系統の奪還を命じる。機銃が仕掛けられたチューブを何とか潜り抜け、ドックへ向かう。辿り着いた先にはアガレスの総帥が待っていた。彼はいつでもどこでも、CMF本部さえ簡単に攻撃できると言い、世界地図にナイフを刺す。上着を脱いだ彼は攻撃を仕掛ける。途中、ステルスモードに切替り照明弾と剣も使って猛攻撃を仕掛けるも、最後にはCMFの銃弾に倒れ、潜水艦発着場に転落する。だが、まだ生きていた彼は別れを告げ自爆装置のスイッチを入れる。焦った2人は衛星制御系統をCMFの管理下に置き、総帥の乗る潜水艦に照準を合わせる。
粘着弾を撃って毒ガス噴き出し口を塞げ! 制限時間内に5つの吹き出し口を撃ってガスを止める。粘着弾は6発で、通常弾と同じく銃口を画面外に向けリロード。成功すると画面の歪みが早く回復する。失敗するとガスのせいで視界が悪い中防毒衣装と防毒マスクを被った敵を相手にする。この時は敵の数が多くなる。 1発でロープ銃を掛けろ! 向かい側の建物にいる館長に追いつくための近道。制限時間内に1発でロープ銃のフックを時計に向けて撃つ。成功するとロープを伝って一挙に向かい側に行ける。失敗したら背後に迫る敵のバズーカ砲による攻撃を逃れ真下の倉庫へ行く。