伊賀神戸駅
合計3面3線のホームを持つ地上駅。駅舎は伊賀鉄道側にある。
駅舎側に単式ホーム1面1線の伊賀鉄道ホームがある。かつては島式1面2線だったが、駅舎改良工事に伴う2007年7月9日の伊賀線のダイヤ変更により、6番線が廃止され、跡地は改札口から伊賀鉄道ホームへの通路となった。
その奥に相対式ホーム2面2線の近鉄ホームがある。かつては単式・島式併用の2面3線で、下りホームが島式であったが、伊賀鉄道側の線路はロープが張られて使用停止の後、駅舎改良工事時に柵が設置され線路も撤去された。
青山町寄りに引き上げ線と大阪線本線上に逆方向の片渡り線が設置されていたが、駅舎改良工事の際に廃止され、保線車両の留置線に転用された。なお、現在はその留置線も廃止され、すべて剥がされている。
伊賀鉄道では券売機で乗車券を販売しているが、改札および集札は車内で行われる。
■伊賀鉄道線 比土駅 - 伊賀神戸駅
快速急行以下の全一般列車が停車し、一部の乙特急も停車している。 停車する特急列車の詳細:阪伊乙特急については、日中は大阪難波駅発着の列車が上下共に毎時1本停車し、7時台と18時以降の下り松阪方面および大阪方面行きは毎時2本の列車が停車している。早朝には当駅始発の大阪方面行き(平日1本)も設定されているが、当駅終着の列車は設定されていない。 名阪乙特急「アーバンライナー」については、大阪方面行きは平日朝2本(土休日は1本)と18時以降の全列車、名古屋方面行きは平日・土休日共に朝3本の列車が停車する。従来、名古屋方面行きの名阪乙特急は全列車通過していたが、2016年3月19日ダイヤ変更にて大阪難波駅6時台と7時台発の2本が停車駅に追加された。
一般列車は日中は毎時3本、朝夕は毎時3 - 6本の停車本数となる。