ニューモシスチス・イロベチイ
当初は宿主特異性が知られておらず、ラット・ヒト由来株に対し、まとめて「ニューモシスチス・カリニ」(Pneumocystis carinii) との学名が与えられていた。「ニューモシスチス・イロベチイ」(Pneumocystis jiroveci) との名前が初めて提唱されたのは1976年のことで、J・K・フレンケルはヒト由来株をラット由来株と別種として命名するよう提案した。この名前はチェコの寄生虫学者、オットー・イロヴェツ(英語版) (Otto Jírovec) に因むもので、彼は1952年にヒトのニューモシスチス肺炎流行を報告した人物である。DNA解析の結果、ヒト由来株とラット由来株の間に大きな差異があると分かり、この名前は1999年に再提案されて広く使われるようになった。種小名の発音について、ストリンガーら(2002年)は "yee row vet zee"(イロヴェツィ)、ヘンリー(2017年)は[nooʺmo-sisʹtis yeʺro-vetʹze]としている。日本語転記には多くの表記揺れがあるが、2007年に日本医真菌学会は「Pneumocystis jiroveciiについては未だに日本語表記が定まっていないために臨床的あるいは教育的に混乱を来しております。そのため、我が国の医真菌学領域を代表する本学会において本菌に対する日本語表記を決定することを、日本細菌学会および日本医学会から求められました」と発表し、パブリックコメントを経て「ニューモシスチス・イロベチイ」表記を採用した。
当初、ニューモシスチスは原虫と考えられており、その命名規則には国際動物命名規約が採用されていた。国際動物命名規約に従った場合、iを重ねない P.