日豊本線
おおむね中津駅・佐伯駅・延岡駅・宮崎駅・都城駅で運転系統が分かれている。2009年10月1日から2018年3月16日まで全区間で、2018年3月17日以降は重岡駅 - 延岡駅間を除く全区間でワンマン運転を行っている。
各区間の普通・快速列車で使用される車両のまとめは使用車両節の「#普通・快速列車」を参照。各区間の運転本数は特記なければ普通・快速列車のもの、車種は特記なければ電車である。
ワンマン列車の運賃収受方式であるが、小倉駅 - 幸崎駅間・国分駅 - 鹿児島駅間ではすべての駅ですべてのドアが開く駅収受方式(都市型ワンマン)、佐志生駅 - 霧島神宮駅間は、無人駅および有人駅での営業時間外の停車時は前の車両のドアのみ開き(中扉は開かず・後ろ乗り前降り)、車内で整理券発行と運賃収受を行う車内収受式である。2006年3月18日のダイヤ改正で車内収受式であった小倉駅 - 佐伯駅間・国分駅 - 鹿児島駅間が駅収受方式となったが、2022年9月23日のダイヤ改正で、幸崎駅 - 佐伯駅間は2両ワンマンに限り車内収受式に戻された。なお、宗太郎駅については2018年3月17日のダイヤ改正まで前乗り前降りであった。
小波瀬西工大前駅 (0.0km) - (貨)苅田港駅 (4.6km)
1953年(昭和28年)2月11日:北延岡駅が開業。
1954年(昭和29年) 8月:土々呂海水浴場仮乗降場が開業(廃止時期不詳、同年中)。 11月10日:花ヶ島駅が宮崎神宮駅に改称。
1955年(昭和30年)12月1日:西大分駅 - 大分港駅間の貨物支線(大分港臨港線)が開業。
1956年(昭和31年) 2月11日:三毛門駅が開業。 2月20日:小波瀬 - 行橋間が複線化。 10月1日:天津駅が開業。 11月18日:仏崎信号場が開設。
1958年(昭和33年) 2月15日:小倉駅 - 南小倉駅間が複線化。 6月5日:南小倉駅 - 城野駅間が複線化。
1959年(昭和34年) 4月15日:狩生駅が開業。 7月20日:加草仮乗降場が開業(廃止時期不詳)。 10月1日:苅田駅の読みを「かりた」から「かんだ」に変更。
1961年(昭和36年) 3月20日:神原駅が直川駅に、三納代駅が日向新富駅に改称。 10月1日:大川司信号場が開設。小倉駅 - 宮崎駅間に京都駅発着の特急「かもめ」が運転開始。
1962年(昭和37年)10月1日:川原木信号場が開設。
1963年(昭和38年) 3月20日: 下郡信号場(初代)が廃止。 5月25日:富高駅が日向市駅に、岩脇駅が南日向駅に改称。 9月20日:葛原信号場 - 朽網駅間が複線化。
1965年(昭和40年) 3月29日:城野駅 - 葛原信号場間が複線化。 3月30日:葛原信号場が廃止。 4月1日:餅原駅が開業。 7月1日:広瀬駅が佐土原駅に改称。 9月15日:日向沓掛信号場が開設。 9月26日:苅田駅 - 小波瀬駅間が複線化。 9月29日:朽網駅 - 苅田駅間が複線化。 10月1日:門石信号場・楠ヶ丘信号場が開設。
現在は、おおむね大分駅・宮崎駅または南宮崎駅を境に運転系統が分割されているが、かつては小倉駅 - 鹿児島駅間の全区間を走破する博多駅・門司港駅・小倉駅 - 西鹿児島駅間の列車も設定されていた。また本州へ直通する特急や急行も多数運転されていたが、2009年3月14日のダイヤ改正で東京駅 - 大分駅間の寝台特急「富士」が廃止されたのを最後に全廃された。沿線の主要都市である大分市や宮崎市と福岡市は九州自動車道・大分自動車道・宮崎自動車道により結ばれており、鹿児島本線・日豊本線経由の鉄道に比べ距離が大幅に短いため、これらの高速道路を走行するマイカー・高速バスとの競争が激しい。特に福岡 - 宮崎間および新八代 - 宮崎間は子会社のJR九州バスにて高速バスに参入しており、この区間の鉄道利用客は大幅に減少している。日豊本線に並行する東九州自動車道は暫定2車線だが北九州市から宮崎市まで全線開通したこともあり、高速バスと競合するところもあるが、高速バス側の不採算による路線撤退が相次ぎ、現在は北九州 - 大分、大分空港 - 佐伯間のみとなった。
9月17日:台風18号の影響により徳浦信号場構内で大規模な土砂崩れ、津久見駅構内で冠水等、幸崎駅 - 延岡駅間で多数の被害が発生。 12月18日:臼杵駅 - 佐伯駅間で運転再開し、日豊本線が3か月ぶりに全線で運転再開。徳浦信号場は下り線のみの復旧のため、信号場機能は休止。
2018年(平成30年) 3月17日:ダイヤ改正を実施。 徳浦信号場を廃止。 牧駅と幸崎駅に駅遠隔案内システム「ANSWER」を導入。 小倉駅 - 宇佐駅間の下り快速列車を廃止。 9月28日:小倉駅 - 行橋駅間で駅ナンバリング(JF01 - JF10)を実施。
2019年(令和元年) 10月1日以降:ラインカラーを行橋 - 鹿児島間についても青色を指定。
2022年(令和4年) 4月1日:宮崎支社の発足により、市棚駅 - 五十市駅間の管轄を鹿児島支社から同支社へ移管。 9月23日:ダイヤ改正に伴い、ワンマン方式を変更 小倉駅 - 宇佐駅間で最大6両ワンマン、宇佐駅 - 中山香駅間で3両ワンマン、中山香駅 - 佐伯駅間・都城駅 - 鹿児島駅間で4両ワンマン開始。 幸崎駅 - 佐伯駅間にて2両ワンマンに限り車内収受式開始。 都城駅 - 国分駅間にて4両ワンマンに限り駅収受式開始。
2023年(令和5年)7月1日:ダイヤ修正により、上り快速列車が下曽根駅に新たに停車。
77系:豪華寝台列車(クルーズトレイン)『ななつ星in九州』専用客車。