特定秘密の保護に関する法律
日本共産党、生活の党、社会民主党。 日本共産党は、2013年(平成25年)12月2日のしんぶん赤旗の記事で「(特定秘密保護法案)推進の陣容を見てみると、日本の侵略戦争で戦犯容疑者となった政治家や特高(特別高等警察)官僚の息子や孫、娘婿が目立つ」「安倍晋三首相の祖父は、太平洋戦争開戦時の東条英機内閣で商工大臣を務め、東京裁判でA級戦犯容疑者とされた岸信介氏」「日本への核兵器持ち込みを認めた日米核密約の当事者である祖父を安倍首相は、秘密保護法の闇に隠そうとしている」「戦犯・特高人脈は、「秘密保護法案」の源流を象徴している」と述べ、特定秘密保護法案を推進する安倍晋三・町村信孝・中川雅治らの出自を問題視した。また、その前日の記事で、国防保安法と特定秘密保護法には複数の共通点があると主張している。 社民党副党首の福島瑞穂は国会論戦の中で担当大臣の森雅子に対して、同法の適性評価について都道府県警の対象者の規模を政府として試算したのかどうかを質問し、森は試算していないと答えた。
現役の某中央省庁官僚であり小説『原発ホワイトアウト』を上梓した若杉冽(仮名)は、「いずれ特定秘密だらけになり、国民の知らない間にあらゆる物事が決まる社会になってしまう」と主張。“知る権利や報道の自由への「配慮」”、“第三者機関の設置「検討」”という文言について「典型的霞ヶ関用語。本気でやるなら“義務”と書く。官僚たちは始めからそんな気はない」と批判している。若杉によれば法案は首相の「ペットマター」(その人がペットのように大切にしている案件)だという。
元検察官の郷原信郎は、「法案自体に問題があるとは言えないが、現行の刑事司法の運用の下で濫用された場合に、司法がそれを抑制することは期待できない」として反対している。
福島県で行われた公聴会では、全ての参考人が反対または再考を求めた。この翌日に衆議院の、10日後には参議院の国家安全保障に関する特別委員会で採決が行われた。
漫画家の小林よしのりは、「公務員への罰則が強化されれば、(隠す必要のない映像情報を隠したために起きた)尖閣諸島中国漁船衝突映像流出事件のようなこともなくなる」として反対している。
静岡県弁護士会に所属する弁護士の藤森克美は「特定秘密保護法は違憲」として、静岡地裁に提訴した。
日本の元通産官僚・古賀茂明は、特定秘密保護法を恐怖の3点セットの一つとして批判している
人権団体ヒューマン・ライツ・ウォッチは、内部告発者やジャーナリストに対する保護を明示し、特定秘密の定義も安全保障に著しい脅威となる情報に限定すべきとしている。
国際連合人権理事会は表現の自由担当特別報告者フランク・ウィリアム・ラ・ルー、健康への権利担当特別報告者アナンド・グローバーが「法案は透明性を脅かす」と表明した。国際連合人権高等弁務官のナバネセム・ピレーも、法案にはいくつかの懸念が十分明確になっておらず、成立を急ぐべきではないと表明した。
ヒューマン・ライツ・ウォッチが特定秘密保護法案について「秘密指定の権限や情報漏洩の処罰が広範囲過ぎ」、「公益を守るため見直しが必須」と表明した。
日本外国特派員協会は「報道の自由及び民主主義の根本を脅かす悪法であり、撤回、または大幅修正を勧告する」と表明した。
元アメリカ国防次官補・モートン・ハルペリンは共同通信のインタビューに応え、「知る権利と秘密保護のバランスを定めた国際基準を逸脱している」「過剰な秘密指定はかえって秘密の管理が困難になる」と法案を批判した。
国境なき記者団は、「世界報道の自由度ランキング 2014」で特定秘密保護法を理由に2013年(平成25年)の53位から59位にランクを下げた。なお「世界報道の自由度ランキング 2015」、そして2016年版でも特定秘密保護法を理由にランクを下げている。
藤田早苗はまた、国連の特別報告者であるデイビッド・ケイが2014年4月に来日して調査を行う際にも協力し、日本のメディアや市民団体とのコーディネーションを行った。ケイはその後、日本政府に対して放送法4条や特定秘密保護法などを改正するよう勧告した。2019年国連のデーヴィッド・ケイ報告者は2017年の勧告を日本政府がほとんど履行していないと批判する新たな報告書をまとめた。「政府はジャーナリストが批判的な記事を書いても非難は控えるべきだ」としている。