六地蔵駅
島式ホーム1面2線を有する地下駅で、ホームドアが設置されている。改札口は1箇所のみ。京都市営地下鉄の駅としては唯一、京都市外に所在している。ホーム北側には留置線が設けられている。
東西線の駅は駅ごとにステーションカラーが制定されており、当駅のステーションカラーは■勿忘草(わすれなぐさ)色である。また、「T01」の駅番号が付与されている。
京阪の六地蔵駅では同じ京阪である京津線の乗車券は発売していないが、地下鉄の六地蔵駅では御陵駅経由の連絡乗車券を発売している。 出入口は4つあり、うち3つは京都府道7号京都宇治線と外環状線のT字路交差点側に位置する。残りの1つは、JR駅のロータリー部分に至る。
京阪宇治線開業時から1960年代中期までの約50年間は、1917年(大正6年)の「大正大洪水」・1934年(昭和9年)の室戸台風・1935年(昭和10年)の2度の京都水害、1953年(昭和28年)の台風13号、1961年(昭和36年)の第2室戸台風、1965年(昭和40年)台風24号、で駅周辺が浸水するなど水害が頻発していたが、1953年の台風13号の被災を受けての河川改修計画『淀川水系改修基本計画』で天ヶ瀬ダムの築造や小栗栖ポンプ場・山科川に堤防が築かれ六地蔵駅も堤防上に移設された結果、水害の恐れはほぼなくなった。また山科川の堤防完成に前後して、外環状線の開通、醍醐石田団地、小栗栖団地が造成されるなど駅周辺の宅地化が本格化し、京阪では列車増発のため、六地蔵駅の南東側に変電所が設置された。
JR奈良線の沿線住民の増加に伴い、1980年頃からJR藤森駅と共に新駅設置が検討されていた。1984年(昭和59年)10月に京都駅 - 奈良駅間が電化され、列車増発のため1992年(平成4年)10月にJR六地蔵駅が開業。そして2004年11月に京都市営地下鉄東西線が延長、京都市営地下鉄唯一の京都市外の六地蔵駅が開業し、宇治市の北部ターミナル駅となった。JR六地蔵駅は、JR奈良線の第2期複線化工事の中で駅改良工事が行われ、2023年(令和5年)3月、駅舎が京都方に80m移転した。
京阪バス 8号経路:日野誕生院
京都京阪バス 100・107・117・127号経路:京阪六地蔵
宇治第一交通 六地蔵営業所 - 京阪宇治タクシーの営業所として京阪駅前に開設、会社譲渡で第一交通傘下の営業所に。
MOMOテラス(元近鉄百貨店 桃山店)
京都市営小栗栖団地
京都府営小栗西栖団地 京都市立小栗栖小学校 京都市立小栗栖中学校
醍醐石田団地 京都市立石田小学校
東部クリーンセンター : 醍醐石田団地に隣接する京都市のゴミ焼却処理場。以下の施設で余熱を利用するほか、発電した電力と蒸気を隣接する石田水環境保全センターへ供給していたが、合理化および施設の老朽化に伴い2013年3月をもって休止した。 東余熱利用センター : 焼却炉の余熱を利用した公共施設。温水プール・老人福祉施設・醍醐図書館が入居していたが、上記の休止に伴い、プールについては2013年1月をもって閉鎖された。
石田水環境保全センター : 山科区および伏見区醍醐地区と、山科川の支流の上流部になる滋賀県大津市藤尾小金塚地区の汚水を処理する京都市の下水処理場。窒素・リンを除去する高度処理をして山科川に排水する。現在処理場の屋上では1MWの太陽光発電が行われている。