横浜FC
迎えた翌週の10月16日、ホーム最終戦となるJ2第41節ツエーゲン金沢戦の前に行われた、3位のファジアーノ岡山がブラウブリッツ秋田に敗れ、試合開始前に1年でのJ1復帰を果たした(秋田の決勝点を挙げたのはかつて横浜FCでプロデビューを果たした青木翔大だった)。ツエーゲン金沢戦は立て続けの3失点が響いて2-3で敗北。この結果、最終節を前に横浜FCの2位、アルビレックス新潟のJ2優勝が確定した。最終節ロアッソ熊本戦では、50分時点で1-3とリードを許すも終盤に3点を加え逆転勝利。最終成績は23勝11分8敗の勝ち点80の2位。
天皇杯は、2回戦こそJFLのソニーFCに辛くもPK勝ちするが、3回戦でJ1のサンフレッチェ広島に0−5と大敗し3回戦敗退となった。
この年をもって中村俊輔が現役引退した。
20試合 - 17敗3分(2007年6月9日J1第14節ガンバ大阪戦〜2007年11月24日J1第33節名古屋グランパス戦)※J1リーグ2位記録
2016年度より弊クラブ所属の若手と大学との協力でチームを編成し、U-21タインニエン新聞国際サッカー選手権に参加している。