ベアボーンズ議会
ハリソンの構想と違い議会は存続、半数以上が議員経験者であり独立派が主流となったこの議会にクロムウェルは期待を寄せ、開会の演説で神と聖書を引き合いに出しつつ、宗教の寛容やイングランドの円滑な統治を議会に委ねる趣旨を述べ、国家権力も議会に委譲した。
こうして始まったベアボーンズ議会だが、出だしから躓いた。ランバートとハリソンの派閥抗争が議会の足並みを乱したのに始まり、十分の一税廃止を巡り第五王国派などの急進派と穏健派が対立、僅かに反対が上回り議会が提案を廃棄すると急進派が力ずくで実現させようとするなど、各派の争いが絶えず混乱が長引くばかりだった。調停に失敗したクロムウェルは当初の期待を無くし、それぞれの主張を押し通し協調性が無い議会各派のこの有様を嘆いた。イングランド国教会や大法官裁判所(英語版)廃止など教会・司法改革を矢継ぎ早に提案・実行しようとする急進派は穏健派に警戒され、ますます内部分裂が加速していった。
破局に至ったのは軍の扱いについてである。財政難に伴う軍の給料未払い、議会の軍縮画策に反発した軍がクーデターを起こしランプ議会は消滅したが、ベアボーンズ議会も同じ過ちを犯した。11月末に高級士官の無給勤務を提唱したり、軍の維持費を月別査定で将兵の給与支給を不確定にしたことで軍の怒りを買い、クロムウェルの下に結集した軍幹部は議会解散を促し、クロムウェルも議会に幻滅していたためハリソン派と決別した。