朱鷺メッセ
前述の調査報告を受け、県はデッキの設計・施工・監理を担当した計6社を相手取り、建設費など計約8億9000万円の損害賠償を求める民事訴訟を2004年9月7日付で新潟地方裁判所に提訴した。これに対しデッキの設計を担当した「構造設計集団(SDG)」は、調査報告書において原因を設計ミスと不当に公表され、合理性の無い主張によって営業損害を受けたとして、県に計約3億円の損害賠償を求めて2009年10月24日付で同地裁に反訴した。
裁判は双方の主張が平行線のまま長年にわたって行われ、2012年3月26日の判決公判で同地裁は、県側が専門家による事故調査委員会の報告書を基に通路側面の「斜材ロッド」と床板の定着部から崩壊が始まったとしたことを疑問視し、他の原因の可能性についての検討が不充分と判断した。その上で「報告書の論証過程には大きな疑問が残ると言わざるを得ない」と指摘し、県側が主張する事故原因を立証できないとした。またSDGの反訴に関しては「報告書は一定の合理性があった」として、双方の請求を棄却した。
これを受けて県は「設計・施工の技術的側面で争うよりも、そもそもの契約責任としての債務不履行責任等の法的責任を問う」と訴訟方針を変更し、同年4月9日付で被告を3者に絞ったうえで東京高等裁判所に控訴の手続きを取ったが、同高裁が和解を勧告したため協議した結果「事故は設計上の問題によって発生した」とした上で、和解金として新潟県建築設計協同組合が7500万円を、また解決金として施工業者の第一建設工業が400万円、デザインを担当した槇総合計画事務所が100万円をそれぞれ支払うとする和解勧告が2013年11月27日付で正式に示され、県は翌11月28日、この案を12月の定例県議会に提出の上で審議する方針を示し、12月4日に開会した議会での和解議案承認を経て、12月26日に正式に和解が成立した。