エゥーゴ
アーガマ
ラーディッシュ
ネェル・アーガマ
アイリッシュ
サラミス改 モンブラン サチワヌ (ティターンズから奪取) シチリア シブヤン スルガ ルネ(機動戦士Ζガンダム小説版のみ)
大型宇宙輸送艦
ラビアンローズ
アウドムラ(ジャブローで奪取後にカラバに譲渡)
スードリ(ジャブローで奪取するも後に奪還される)
グリプス戦役の一連の戦闘の結果、エゥーゴは数多くの人材・機材を喪失し、残存艦艇は旗艦アーガマと他数隻という状態だった。またティターンズの崩壊によりエゥーゴの目的が達成されたと考えた参加者もおり、組織としての勢力は著しく低下していた。
グリプス戦役終結時に戦力の大半を温存していたアクシズ(後にネオ・ジオンと改める)が地球圏の制圧に動きだした際、そのアクシズの圧力に押されるままの連邦に代わり、エゥーゴの残存部隊はガンダムタイプのMSで編成したガンダム・チームで抵抗を行った(即ち本来は"反連邦"を掲げていたエゥーゴはこの時点で連邦に味方する組織となっている)。その中心にいたのは、友人達と成り行きからアーガマに乗船し、ΖΖガンダムのパイロットを務めたジュドー・アーシタだった。(「第一次ネオ・ジオン抗争」)なお対ネオ・ジオン戦で活動したエゥーゴの戦力はアーガマ一隻(後にアーガマは地球へ降下・カラバに譲渡され、ネェル・アーガマがエゥーゴに配備された)とガンダム・チームだけである。
グリプス戦役後に地球連邦の主導権を握っていたエゥーゴであったが、思想的指導者のブレックスを失い、後を託されたシャアも行方不明になったことにより、その存在は徐々に希薄になっていき、企業利益の代弁者になっていた。アナハイムなどのコングロマリットにとってエゥーゴは、連邦内部の派閥争いで不利益を被らないようにするための保険でしかなかった。宇宙移民者の意向を反映させて、地球を再生させるという当初の目的は忘れ去られ、組織としての実体を失い、第一次ネオ・ジオン抗争によりエゥーゴは崩壊し、従来の官僚主義的な地球連邦の体制の中に飲み込まれていった。