三菱ウェルファーマ
4月1日 - 足利工場と吉富工場を統合し、製剤関連会社としてMPテクノファーマ株式会社を設立。 包装物流関連会社としてMPロジスティクス株式会社を設立。 7月 - 選択的抗トロンビン剤「アルガトロバン」を、ドイツにおいて初の自社販売開始。 9月27日 - 東京証券取引所及び大阪証券取引所第1部への上場廃止。株式移転により非上場会社となる。 10月3日 - 三菱化学(現・三菱ケミカル)と共同持株会社・株式会社三菱ケミカルホールディングス(現・三菱ケミカルグループ)を設立し、その完全子会社となる。
2006年(平成18年) 1月1日 - 海外関連会社である廣州緑十字薬業有限公司の社名を「三菱製薬(広州)有限公司」に変更。 2月20日 - 大阪支店及び営業所を現在地へ移転。 8月 - 米国投資会社「MPヘルスケア ベンチャーマネジメント インク」を会社設立。 10月 - 海外関連会社「三菱製薬研発(北京)有限公司」を会社設立。
2007年(平成19年) 2月2日 - 田辺製薬を存続会社とした企業合併契約書に調印。 2月19日 - 脳梗塞に関する一般向けウェブサイト「NO!梗塞.net」を開設。 7月31日 - サノフィ・アベンティス(現・サノフィ)の睡眠障害改善剤「アモバン錠7.5」及び「アモバン錠10」の日本における販売提携について、12月31日で終了することを発表。 10月1日 - 田辺製薬を存続会社として合併。田辺三菱製薬株式会社が発足。