タマモクロス
しかし、斜行しながら内を突いたペイザバトラーにかわされ、半馬身差の2着。日本調教馬では最先着を果たし、その1馬身4分の1後ろの3着にオグリキャップが入線した。トニービンはレース中の骨折もあって5着に終わっている。
ペイザバトラーの斜行は戒告処分となったが、タマモクロスとの併せることを未然に防いだクリス・マッキャロンの騎乗は称賛を集めた。マッキャロンは第98回天皇賞はじめ東京競馬のレースVTRを片っ端から見て「敵は日本の芦毛2頭(タマモクロスとオグリキャップ)」と考えており、斜行についても「タマモクロスとは馬体を併せないようにする」という作戦であったという。これを聞いた小原伊佐美調教師は「マッキャロンは本物の勝負師だ」と述べた。南井はジャパンカップの騎乗に対し、「4コーナーで仕掛けをワンテンポ遅らせれば負けることはなかった」と振り返っている。ジャパンカップ後、タマモクロスが年内一杯で競争生活から引退し、翌年から種牡馬入りするとのニュースが報じられた。タマモクロスの小原調教師は「引き際は大事。いい時期に引退してこそ種牡馬としての価値が高まる」と引退の理由を述べた。また小原によれば、引退を惜しむ声はあったが、オーナーがそれを押し切って決断したと言う。