マフディー戦争
この勝利からほどなくムハンマド・アフマドは死去し、無慈悲だが有能なアブダッラーヒ・イブン・ムハンマド(英語版)が後継者(ハリーファ)となり、マフディー国家を支配した。
マフディー国家はイスラム法(シャリーヤ)を元に統治を行い、13年間スーダンを支配した。聖戦(ジハード)は続けられエチオピア帝国に侵攻し、1889年3月のガラバットの戦い(英語版)で皇帝ヨハンネス4世を戦死させた。8月にはエジプトに侵入して英・エジプト軍に敗れている。1893年にはベルギー、イタリアとも交戦。戦争により重税が課せられ、民衆の不満は高まった。
この頃、大英帝国はエジプト政府の活動に深く関わるようになっていた。エジプトはヨーロッパ各国からの莫大な負債の返済に苦しんでいた。エジプトはこれ以上のヨーロッパの債権者からの干渉を避けるために利子を毎回期日通りに支払うよう保証せねばならなかった。この目的のために、汚職と官僚主義にまみれていたエジプト財務省はほとんど完全に英国人「財政顧問」の支配下に置かれるようになり、財政顧問は財政政策に関するほとんどすべての事項に拒否権を有していた。財政顧問の地位にある者(最初はオークランド・コルビン、後にサー・エドガー・ビンセント)はエジプトの財政に関して最大限の節減を行うよう指導していた。スーダン駐留軍の維持はエジプト政府にとって毎年10万エジプト・ポンドの負担となっており 、これは維持できない支出だった。
英国の会計監査官のある種の強制により、エジプト政府はスーダンから撤退して、この地を何らかの形の自治政府(おそらくマフディー)に委ねることに決定した。だが、スーダン全土に駐留しているエジプト軍を整然と撤収させることは困難なことだった。エジプト政府は英国人士官をスーダンに派遣して駐留軍の撤退を調整させるよう要請した。マフディー軍は英国市民を攻撃することは大きなリスクとなると判断するので、撤退は無事に済むであろうという期待があった。
チャールズ・“チャイニーズ”・ゴードンの派遣が提案された。
キッチナーの部隊は11,000人で、マキシム機関銃、最新の火砲を含む当時最新の兵器を装備し、河川砲艦の小艦隊に支援されていた。彼らの進攻はゆっくりと入念で、野営陣地を築きつつ進むとともに、ワジハルファからスーダン領内に補給のための鉄道を敷設した。このため、この戦役における最初の本格的な衝突は6月7日となった。キッチナーは9,000人の兵力を率いてファーケイのマフディー軍守備隊を駆逐した。
1898年、アフリカ分割を背景に英国はエジプトのスーダン領有を再主張した。キッチナーに率いられた遠征軍がエジプトで編成された。遠征軍は英兵8,200人、英人将校に率いられたエジプト兵とスーダン兵17,600人から成っていた。彼らの前進を支援するためエジプトからの鉄道が敷設された。マフディー軍(しばしばダルヴィーシュと呼ばれる)はより大軍で60,000人を数えたが、近代兵器を欠いていた。
1898年4月にアトバラの戦い(英語版)でマフディー軍を撃破し、英・エジプト軍はマフディーの首都オムドゥルマンに達した。マフディーの大軍が攻撃をかけて来たが、英軍の機関銃とライフル銃によって粉砕された。(オムドゥルマンの戦い)
残党はハリーファ・アブドゥラヒと伴に南部スーダンへ逃亡した。追撃戦の最中、キッチナーの部隊はファショダでジャン・バプティスト・マルシャン少佐率いるフランス軍と遭遇した(ファショダ事件)。最終的に英軍はウンディワエケラット(コルドファン地域)でアブドゥラヒを捕捉して殺害し、実質的にマフディー体制を終焉させた。