ゾイドフルメタルクラッシュ
ガイツの陰謀で滅ぼされたバウアー村の少年。祖父のデンケンと共に第53独立部隊に保護され、両親の敵討ちのために協力を申し出る。射撃が得意らしい(ただし射撃ゲージが上がる訳ではない)。帝国と共和国の戦争終結後、作家となって事件の顛末を物語として後世に残すことになる。
非戦闘要員
声:安井邦彦
ガイツの命令に従う帝国軍の大佐。西エウロペ侵攻部隊副長。命令に忠実で帝国誇りを重視する軍人らしい性格。ベルク逹独立部隊に私的な悪印象は持っておらず、戦闘前には「誇りを見せてみろ」と問いかける。
ストーリーの都合上、バーサークフューラーからジェノザウラーへ乗り換える。コライユ基地強襲の時には40機以上のバーサークフューラー部隊を、ランツェ基地郊外での迎撃戦では約30機のジェノザウラー部隊を率いる。
第7章ではベルクを後一歩まで追い詰めるが、助けに現れたエインガング(ルートによってはシュネル)の攻撃を受け、「帝国に栄光あれ」と叫びながら散った。ベルクはガイツを終始一貫して呼び捨てにし続けるが、彼に対しては一度階級付きで呼ぶ場面がある。
Ziファイターズモードの彼の能力値はガイツの完全上位互換。キャラクターデザインでは帽子を被っているがゲーム中に着用する事は無い。
ストーリーモード中盤で解禁される新システム。最大2人のサブパイロットを選択することで、各能力値や装備ゲージの回復速度を強化することができる。サブパイロットは、ストーリー中の闇バトルなどを通じて獲得できる。
声:松田佑貴
闇バトルに参戦する男ゾイド乗り。
理論派な性格で、データと計算を重んじる。ベルクに敗れた後は彼を恰好の研究材料と見て仲間に加わる。
赤黒いライガーゼロフェニックスか、青いライガーゼロに搭乗する。
サブパイロット専用キャラクター
格闘EX:ストライクレーザークロー 射撃EX:AZショックキャノン 追加武装EX:ソニックブーム(大型イオンブースター装備時)
大型イオンブースターを搭載し、高い機動性を誇る。追加武装EXは、ブースターで最大限に加速し、発生した衝撃波で攻撃する技。但しその過程で攻撃されることもあるため、使用には注意が必要である。
イエーガーだけでなく大型イオンブースターを装備した機体はステック上下と併用することで緊急回避を行うことが出来るようになる。
ゼロ同様、格闘EXでストライクレーザークローを発動出来るが、ゼロの物と比べ多少タイムラグがある。
Aタメのストライクレーザークローも踏み込みからの発生なので、少し距離を置いて発動させなければ返り討ちに遭い撃墜される恐れもある。
ストーリーモードで、ある条件をクリアすると使用可能となる。
声:宗矢樹頼
西エウロペ侵攻部隊の指揮官に任じられているガイロス帝国軍少将。スキンヘッドが印象的な男。
ストーリーモードの黒幕。ルドルフ皇太子(ルドルフ皇子と表現するシーンもある)を拉致し、ガイロス帝国を我が物にしようと画策する。そのためにバウアー村の地下に眠るデススティンガーを探しだし、オッフェンで発見されたオーガノイドシステムで強化しようとした。最終章でランツェ基地に登場し、ルートによって(1)アタックブースターを装備したBFシュトゥルムテュラン、(2)デススティンガー、(3)デスザウラーのいずれかに搭乗して最終ボスとなる。バトルにはならないが青いジェノブレイカーに乗っている場面もある。
第53独立部隊を捨て駒として利用する、無抵抗の村を襲う、シュネルを洗脳する、上官であるトルネードの父を謀殺する、メーアを人質に取るなど目的のためには手段を選ばない卑怯な人物。
共和国軍
声:酒井敬幸
愚鈍な大男といった風体のパルフェの手下。
会話からパルフェより年下と思われ、彼女のことを「あねさん」と呼んでつき従う。ベルクに敗れた後、何かしでかした時にはいつもパルフェが自分を庇っていてくれたので、今度は自分の代わりに彼女の助命を嘆願する。
選択によってはパルフェと共に仲間になる。階級は伍長。ホエールキング内では彼女と同部屋。
アクティブシールドユニットを装備した黒いコマンドウルフに搭乗。対パルフェ戦時には専用ボイスがある。