スーパーサイエンスハイスクール
指定期間は2010年(平成22年)度 - 2014年(平成26年)度まで(2005年(平成17年)度指定校の新規指定を含む)。
北海道 公立 北海道滝川高等学校
宮城県 公立 宮城県古川黎明中学校・高等学校
茨城県 公立 茨城県立竜ヶ崎第一高等学校
埼玉県 公立 埼玉県立熊谷西高等学校
千葉県 公立 千葉県立佐倉高等学校
千葉県 公立 千葉県立船橋高等学校
千葉県 私立 学校法人市川学園 市川中学校・高等学校
東京都 国立 東京学芸大学附属国際中等教育学校
東京都 公立 東京都立戸山高等学校
富山県 公立 富山県立富山中部高等学校
福井県 公立 福井県立藤島高等学校
静岡県 公立 静岡県立浜松工業高等学校
静岡県 私立 学校法人静岡理工科大学 静岡北中学校・高等学校
大阪府 私立 学校法人大阪医科薬科大学 高槻中学校・高等学校
兵庫県 私立 学校法人武庫川学院 武庫川女子大学附属中学校・高等学校
岡山県 公立 岡山県立岡山一宮高等学校
徳島県 公立 徳島県立徳島科学技術高等学校
宮崎県 公立 宮崎県立宮崎北高等学校
指定期間は2002年(平成14年)度 - 2004年(平成16年)度までの3年間で、既に終了済み。
現在、山形県立米沢興譲館高等学校と新潟県立長岡高等学校以外の高等学校は2005年(平成17年)度に新規指定もしくは終了経過措置校に指定されている。