クロックタワー
時計塔の再起動によりシザーマンが死に絶え、ジェニファーは生きていた友人と再会を果たす。しかし喜びも束の間、物陰に潜んでいたメアリーにより友人は機関部へと投げ落とされ死亡する。ナイフを手にしたメアリーともみ合いになり、絶体絶命に陥ったジェニファーを救ったのは彼女によって檻から助け出されたカラスの群れだった。ただ一人生き残ったジェニファーは時計塔のベランダに出て、外を見つめる。やがて惨劇の終わりを告げるように雨は止み、朝日が昇るのだった。
敵の攻撃やトラップによってジェニファーが死亡してしまうとゲームオーバー(デッドエンド)となり、タイトル画面に戻る。メインメニューからコンティニューを選択すれば、ゲームオーバー直前からやり直せる。ただし、次回作以降のように体力が一段階回復するといった措置はない。
バッドエンディングに到達したことによりジェニファーが死亡した場合は通常の死亡時同様にデッドエンド画面が表示されるが、コンティニューは不可能。
2 人の友人の死を目の当たりにしたジェニファーはガレージにあった車に乗って屋敷を脱出し、グラニット孤児院へと逃げ帰った。それから3日後、ジェニファーは自室で変死体となって発見された。
北欧の山間にひっそりとたたずむ屋敷があった。屋敷には高くそびえる時計塔があり、土地の人々はその鐘の音を合図に放牧を行ったものである。いつしか土地の人々はこう呼び習わしていた。CLOCK TOWER ―時計塔屋敷―と......。しかし、ある日時計塔の鐘の音は途絶えてしまう。まるで時を無くしてしまったかのように。
1995年―。とある孤児院にひときわ目立つ美少女を見出すことができる。名は、ジェニファー。父は失踪、その後に母親とも死に別れ、孤児院に引き取られたのである。そしてある日、彼女と友人達3人の養育先が見つかったという知らせが入った。彼女は引率してくれる教師メアリーと3人の友人達と共にその養育先へ向かう。そこがCLOCK TOWERと呼ばれる屋敷とも知らずに......。
35歳。グラニット孤児院の教師で生徒からは「メアリー先生」と呼ばれている。ジェニファー達を時計塔屋敷に引率してきた。ヒステリックな性格で生徒たちからはあまりよく思われていない。
実は本作の事件の黒幕で、バロウズ屋敷の主人サイモンの妻にして殺人鬼ボビィとダンの母。ボビィにジェニファーたちを殺害させるために屋敷におびき寄せた張本人。
展開次第で自らもジェニファーを殺害しようと迫ってくるが、返り討ちに合い死亡する。
ダンを撃退後、エレベーターで時計塔の最上階を目指したジェニファーだったが、エレベーターが唐突に停止すると共に天窓からシザーマンが侵入しなすすべもなく餌食となってしまう。