撫順戦犯管理所
1954年春、第一段階が一定の効果を出すようになると、「改造」の第二段階へと移り、戦時中の中国での罪行を全て告白し、書き出すことが要求された。中国側は「告白したものには光明があり、隠した者には暗黒がある」と繰り返し指示し、全ての罪を書くように何度も書き直しをさせた。
軍階級や師団ごとの話し合いが行われるようになると、元下級兵士による元上官の罪が指摘され、次第に皆が逃げ場を失うようになった。
さらに、告白文を講堂の壇上で発表する「坦白(たんぱい)」段階へと進められた。第39師団機関銃中隊長であった宮崎弘が1000人の日本人捕虜を前にして戦時中の中国人虐殺、試し斬り、拷問、幼児殺しなどを涙を流して絶叫しながら告白すると、他の捕虜の「認罪」が進展する転換点となった。その後宮崎弘は、撫順管理所での学習活動などを行う自主運営委員会の委員長となった。
宮崎中隊に所属していた難波靖直(中帰連会員)は以下のように回想している。
日本人捕虜の間では、「被害者にとっては命令されて実行した犯罪なら許せるということにはならない」という考え方が共有され、「加害の一端にかかわったという広義の加害責任をとるべきだと義務的に捉え」るようになっていった。亜細亜大学の石田隆至は「直接的な犯罪がないことをよかったと思わなかったことは、当時の認罪運動が相当強い同調圧力となっていたことを物語る」と指摘している。
日本人戦犯改造政策と並行して、最高人民検察院東北工作団によって検証が進められ、現場検証や目撃証言の収集が行われた。
1955年9月に、裁判が行われ、155名が起訴され、死刑求刑7名、執行猶予付き死刑求刑3名を検察院は求めた。しかし、周恩来の減刑指示により同11月に死刑求刑は却下され、1956年6月に36 名が起訴された。太原戦犯管理所から4名を加えて合計45 名が瀋陽の最高人民法院特別軍事法廷で起訴され、被告全員が罪を認め謝罪した。
起訴免除者は即日釈放となって1956年7月に帰国、実刑判決を受けた者も満期前に釈放された。1964年3月までの間に日本人戦犯は帰国した。