佐用駅
島式ホーム2面4線を持つ。駅の入口側から智頭急行の1・2番線、JRの2・1番線の順に付されている。智頭急行線、JR姫新線ともに1面2線のホームの構造で、ほぼ同一の平面上に線路が敷かれているものの、双方の線路は接続されていない。JR側の線路の外側には側線を備えている。智頭線の当初の工事実施計画では、この駅の上郡方(姫新線の新見方)に「山脇信号場」を設置して智頭線が姫新線に合流し、佐用駅で再度分岐する計画となっていた。しかし線路容量や保安上の問題、佐用駅の構内配線上の問題などから、1975年(昭和50年)の工事実施計画変更により、現状のように立体交差に改められた。
出札窓口・駅事務所は智頭急行1番線の真下にあり、盛土区間だが、平面図だけ見ればまるで高架駅のような配置である。「出札窓口・駅事務所」は、駅前広場より2メートル程度低く階段を十数段降りる様になっており洪水時には水没した事もあった。智頭急行の開業1年程度前に改装工事によってほぼ新設駅の景観となり、旧駅由来の物は無くなった。 JR西日本・智頭急行とも自動券売機を備えており、智頭急行のものは、智頭線内の自由席特急券も販売している。姫新線・智頭線ともIC乗車カードでの乗車に対応していないため、ICOCAなどの交通系ICカードを乗車券として利用することはできない。
なお、当駅は姫路駅が管理し、JR西日本交通サービスが智頭線も含めた駅業務を受託する業務委託駅である。 改札外に待合室が設置されている。
姫新線車両の夜間滞泊も設定されている。