ベリア・マゴフィン
その代わりに、南軍に州から出て行くようもとめる決議案のみを通した。マゴフィンはこの決議案に拒否権を使ったが、その拒否は差し戻されたので、従順に南軍への撤退命令を発行することになった。1861年11月、州内で暫定的連合国政府を結成するために、ラッセルビルで南部同調者が独自に調整した会議が開催された。マゴフィンは南部に同調的だったが、この会議の行動を非難した。
1861年の残りから1862年に入ってもマゴフィンと議会は衝突を続けた。公立学校が1861年の戦争勃発で妨げられた学期を継続することを認める法案のように、議会の最も機械的な法案にのみ合意した。南軍のために戦ったあるいは協力した者の市民権を剥奪する法案が特に面倒なものだった。1862年3月、マゴフィンはこの法案に拒否権を使ったが、差し戻された。また州の権限を推奨する者が、たとえ脱退を提唱していなくても、その公民権を侵害していると考えるジェレマイア・T・ボイル准将の軍隊規則に反対した。
1861年9月30日には既に議会からマゴフィンの辞任を要求する声が挙がっていた。1862年8月16日、マゴフィンは後継者を自分で選ぶことを条件に辞任の意志を表明した。副知事に選ばれていたリン・ボイドは在任中の1859年に死亡していた。上院議長代行のジョン・F・フィスクが次の知事承継順位にあった。マゴフィンはフィスクが州知事を引き継ぐことを拒否したので、フィスクが辞任し、ケンタッキー州上院はマゴフィンが選択したジェイムズ・F・ロビンソンを議長に選出した。その後の8月18日にマゴフィンが辞任し、ロビンソンが州知事に昇格し、マゴフィンの残り任期(約1年間)を務めた。