ナゴルノ・カラバフ戦争
2016年の4日戦争(英語版)で緊張は沈静化するどころか悪化した。これは1994年の停戦以来最悪の衝突となった。アルメニア国防省はアゼルバイジャンが領土を奪うため攻勢を仕掛けたのだと主張した。アゼルバイジャンの報告ではアゼルバイジャン軍兵士12人が死亡、Mi-24と戦車が撃破された。アルメニア大統領セルジ・サルキシャンはアルメニア軍兵士18人が死亡、35人が負傷したと述べた。
2020年9月27日、再びナゴルノ・カラバフでの戦闘が勃発した。アルメニア軍は、アゼルバイジャン軍が先に爆撃を行ったと主張した。一方、アゼルバイジャン軍はトルコから供与されたUCAVであるバイラクタールTB2によるアルメニア軍の地対空ミサイル車両を撃破する映像を公開した。戦闘はナゴルノ・カラバフ戦争以来最悪の規模となり、700人以上が死亡したとみられる。
2023年9月19日、アゼルバイジャン国防省は、ナゴルノ・カラバフのアルメニア支配地域における「対テロリズム作戦」の開始を発表。この軍事作戦は翌20日に終結し、アルツァフ共和国は武装解除に合意。アゼルバイジャンとの協議の結果、9月28日、サンベル・シャフラマニャン大統領が2024年1月1日をもってアルツァフ共和国の全国家機関を解散する法令に署名し、アルツァフ共和国が消滅することとなった。
冬が近づくと、民生用のエネルギーが不足し始めたため、両勢力は大規模な攻撃を控えるようになった。アゼルバイジャンによる経済封鎖は未だ続いていたが、アルメニアとナゴルノ・カラバフにはトルコを経由した援助も散発的に届いていた。しかし、震災によってメツァモール原子力発電所が閉鎖されて以降、アルメニアの電力不足と食糧不足はその深刻さを増していった。さらに、隣国グルジアでアブハジアと南オセチアの分離戦争が発生したことにより、ロシアからアルメニアへ通じていた唯一の石油パイプラインも破壊された。そのため、1992年から翌1993年の冬の寒さは湯の供給を断たれたことにより、アルメニアとナゴルノ・カラバフで特に耐え難いものとなった。穀類の供給も滞るようになったが、これに対しては各国のアルメニア人ディアスポラが本国へ寄付と援助を行った。1992年12月にはアメリカからバトゥミを経由して3万3千トンの穀物と150トンの乳児用調整粉乳がアルメニアへ届けられた。翌年2月には欧州経済共同体からECUが450万送付された。
一方、アゼルバイジャン国内に発生していた難民たちは、アゼルバイジャンとイランの両政府が設置した臨時のキャンプでの生活を強いられていた。しかし、国際赤十字によれば、12月までに毛布の配給を受けており、食糧の状態も充分であったという。また、国家財政の重要な地位を占めていた石油の輸出も、ソ連時代からの設備の老朽化と、欧米企業の投資や介入によって、完全にその利益をアゼルバイジャンのものとすることはできなかった。
ゴランボイとカルバジャルでの相次ぐ敗北、そして反露、反イラン政策により両国の親アルメニア化を招いたことにより、アゼルバイジャンでエルチベイは支持を失った。そして、ギャンジャで軍閥を形成していたスラト・フセイノフ(ロシア語版)大佐がロシアに支援されたクーデターを引き起こしたことによりエルチベイは失脚し、後任に元共産党第一書記で新アゼルバイジャン党に所属するヘイダル・アリエフが大統領となった。一時は首相に就任していたフセイノフもアリエフにより逮捕され、以降のアゼルバイジャンではアリエフによる権威主義体制が構築されてゆくこととなる。10月に大統領となったアリエフはロシア、トルコ、欧米とのバランス外交を志向し、エルチベイ政権下で脱退していたCISへも再加盟を果たした。
1994年1月初め、アゼルバイジャン軍とアフガニスタンからのゲリラが、アルメニア側に占領されていたイラン国境のフィズリ県の一部を奪回したが、フィズリ(ロシア語版)の街そのものを制圧するには至らなかった。同月10日にはマルタケルトに進軍し、いくらかのアルメニア軍兵士を捕虜としたりもしたが、アルメニア側が徴集兵、正規陸軍及び自国の内務省軍を出動させたことにより、ほどなくアゼルバイジャン軍は失速した。最終的に5千人のアゼルバイジャン人と数百人のアルメニア人が死亡し、アゼルバイジャン軍は1万5千人の兵員を喪失し撤退した。
にもかかわらず、攻撃が始まるとアルメニア軍は民間人を含むホジャリの防衛組織を武力で圧倒して空港の滑走路を破壊し、退路を断たれ回廊へ逃れようとした民間人たちに銃撃を加えた。生存者の多くも、凍死するか重度の凍傷を負い、犠牲者たちの遺体にも執拗に損傷が加えられた。事件の正確な犠牲者数は不明だが、少なく見積もったとしても485人、アゼルバイジャン当局の公式発表では女性106人と子供83人を含む613人の民間人が虐殺されたという。この他にも1257人がアルメニア側の人質となり、拷問、強姦されたとされる。ホジャリでのアルメニア人の略奪も、アルツァフ共和国政府によって合法化された。ホジャリの市長は、紛争の4年間で千人以上が殺害され、200人以上が行方不明となり、同じく200人が戦闘で負傷して300人が捕虜となったと語っている。
ホジャリの生存者らは、ムタリボフが自身の失政を隠蔽するためにホジャリからの救援要請を無視したと主張し、これに対しムタリボフは、虐殺事件そのものが自分を失脚させるために政敵のアゼルバイジャン人民戦線が仕組んだマッチポンプであると述べた。アルメニア側もムタリボフの論に同調し、虐殺を捏造であるとして否認している。ヒューマン・ライツ・ウォッチの前身であるヘルシンキ・ウォッチによる同年の調査では、制服あるいは武装した状態のアゼルバイジャンのOMONもしくは民兵が民間人の中に紛れており、アルメニア軍はそれに向けて発砲した可能性があると報告されている。
8万人を超す抗議者が議事堂を取り囲むなか、ホジャリの喪失と人命の損傷について野党人民戦線から責任を追及されたムタリボフは3月8日に議会に辞表を提出し、臨時大統領には人民戦線のヤグブ・ママドフ(英語版)が就任した。