クニマス
西湖の漁師には、この発見以前から「クロマス」と呼ばれて存在自体は知られていたが、「ヒメマスの黒い変種」程度にしか認識されていなかった。このため、西湖周辺では普通に漁獲されていたほか、一般の釣り客も10尾に1尾程度の割合で比較的簡単に釣り上げており、2010年以前にも「西湖でクニマスを釣り上げた」と再発見説を唱える者がいたという。産卵を前にして黒くなったヒメマスは不味であるとされることから、「クロマス」は釣れてもリリースされることが多かったというが、当然ながら「クロマス」を食する者もおり、伝承どおり、塩焼きにしてもフライにしても美味であったと語られている。
「クロマス」の正体がクニマスであるとの知らせを受けた西湖漁業協同組合は、クニマス繁殖域の禁漁区指定など、保護対策を検討しており、2011年3月20日の漁解禁より、クニマスが生息している可能性の高い湖北岸の約1万平方メートルを新たに自主禁漁区域に設定する方針を固めた。
2010年12月14日のクニマスが再発見のニュースから3日後の12月17日、秋田県は仙北市と共同で『クニマス里帰りプロジェクト』を発足させることを決定、12月21日から正式に活動を開始した。しかし、田沢湖の水は依然として強い酸性値が残っており、クニマスを田沢湖に戻すには程遠い状況であるため、当面はクニマスの生態調査に力を注ぐと同時に、県内の他の場所でもクニマスを養殖出来ないか、山梨県とも協力しながら検討を続けていく方針という。
1940年、電力供給増加のために田沢湖の湖水を利用した水力発電所(生保内発電所)が建設された。田沢湖から流出する湖水を賄うため、1940年1月20日から玉川の水を導入したが、玉川毒水と呼ばれる塩酸や硫酸を含む強酸性の水が大量に流入したため、1948年の調査では表層付近のpHが4.8前後と急速に酸性化し、同年にはクニマスの捕獲数はゼロになり絶滅が確認された。1965年の水質調査でも、湖の全域でpH 4.5程度であった。
しかし、それ以前に人工孵化の実験をするため、1935年に本栖湖、西湖、他にも琵琶湖や、詳しい場所は不明だが長野県、山梨県、富山県に発眼卵を送ったという記録があったため、田沢湖町観光協会では1995年11月に100万円、1997年4月から1998年12月まで500万円の懸賞金を懸けてクニマスを捜し、全国から14尾が寄せられたが、鑑定の結果いずれも「クニマス」とは認定されず、発見には至らなかった。
田沢湖での絶滅の根本的な原因は強酸性水の流入であるが、浮上稚魚期のヒメマスはサケ科魚類の中でも酸性の水に極めて弱い特性を持っているとされている。
田沢湖での「絶滅」以後も、田沢湖産クニマスは大正時代に京都大学教授・川村多実二によって採取された9個体が存在し、京都大学旧大津臨湖実験所に保管され、現在は京都大学総合博物館に所蔵されている。これを含めて日本国内に14個体、アメリカに3個体が現存する。DNAによる復活も期待されて分析を行ったが、ホルマリンによりDNAそのものが切断されていることが判明し、復活は絶望視されていた。