東トルキスタン独立運動
元々、東トルキスタンが新疆と呼称されたのは、大清帝国の時代に遡る。
その後、幾多の民族同士の摩擦を経験しながら、1912年の辛亥革命により建国された中華民国に於いて、新疆省が置かれていた。
1949年、中国共産党は、新疆の接収を行うために、鄧力群を派遣し、イリ政府との交渉を行った。
毛沢東は、イリ政府に書簡を送り、イリの首脳陣を北京の政治協商会議に招いた。
しかし、8月25日、北京に赴くためにイリ首脳陣の乗った飛行機は、クラスノヤルスクからチタに向かう途中のソ連領内(バイカル湖南端近くのカバンスキー地区)に墜落した。
首脳を失ったイリ政府は混乱に陥った。
残されたイリ政府幹部のセイプディン・エズィズィが、急遽政治協商会議に赴き、共産党への服属を表明した。
9月26日にはブルハン・シャヒディら新疆省政府幹部も、国民政府との関係を断ち共産党政府に服属することを表明した。
1955年に成立した新疆ウイグル自治区では、1957年の反右派闘争により、少数民族出身の党幹部の多くが粛清された。
1958年から開始された大躍進政策の失敗は、住民から多くの餓死者を出すこととなった。
1966年には、新疆にも文化大革命が波及し、中国本土から派遣された紅衛兵により、旧文化の象徴と目されたモスクや、宗教指導者に対する迫害が行われた。
1967年には、紅衛兵同士の武装闘争に少数民族が動員され、多くの死傷者を出すなど、新疆の社会情勢は大混乱に陥った。
ソ連は1957年6月に原爆製造に関する中国への技術供与を決定し、毛沢東は1960年代より核兵器の軍事開発(第9学会)に注力した。
新疆ウイグル自治区ロプノール付近は、1950年代から1980年にかけて軍事警備下に置かれ、核実験のための立入禁止措置がとられた。
1964年1月に中国初の核実験をロプノールで実施、1996年までに行われた中国による核実験45回のうち半分以上の23回が新疆ウイグル自治区において実施されたが、この核防護策がずさんな核実験の影響で被災したウイグル人に対する中国政府からの人道的な医療保護や実験後の核廃棄物管理も不備な状態とされる。
中国政府は、中央アジア諸国の在外ウイグル人社会が、ウイグル民族運動の拠点となっていることを警戒し続けており、1996年には上海ファイブ、2001年には上海協力機構を設立し、国内のイスラム原理主義勢力の伸張を警戒するロシアや中央アジア諸国と共に、分離主義、イスラーム過激主義に対する国際協力の枠組みを構築した。
また、2001年9月11日の米国での同時多発テロ事件以降、中国政府はブッシュ政権の唱える「対テロ戦争」への支持を表明し、ウイグル民族運動と新疆におけるテロを結びつけて、その脅威を強調している。米国のアフガニスタン侵攻の際に拘束されたグルジャ事件関係者はキューバのグアンタナモ湾収容キャンプに収監された。収監中は中国当局者がグアンタナモを訪問して尋問に参加しており、アメリカ合衆国司法省監察官のグレン・A・ファイン(英語版)によれば中国当局者と米軍の尋問官は協力して15分ごとに睡眠を中断させる「フリークエントフライヤープログラム」と呼ばれる人権侵害も行ったとされる。