フィリピン総督領
国家レベルあるいは社会階層では、スペイン国王は、インディアス枢機会議(Consejo de las Indias)を通じてフィリピン総督を統治した。イントラムロスを本拠地とする総督には、最高裁判所であるマニラ・アウディエンシアの長官、陸海軍の総司令官、国の経済計画立案者などの職務が与えられた。地方政府のすべての行政権は彼に由来し、王室の後援者として、宣教活動の監督や教会の人事を監督する権限もあった。年俸は40,000ペソであった。国王や女王へ植民地の忠誠心を確かにするために、総督は一般的にペニンスラール、つまりスペイン本国で生まれたスペイン人が務めた。
1785年3月10日、スペイン国王カルロス3世は25年憲章で王立フィリピン会社を設立させた。ベネズエラの貿易を独占していたカラカスの王立ギプスコア会社(英語版)を取り消した後、バスクに本拠を置く会社は、スペインへの喜望峰経由での発送の独占することだけでなく、中国とインドの商品のフィリピンへの輸入を独占することを認められた。オランダ人とイギリス人は、この会社をアジア貿易への直接の攻撃と見なしたため、ともに激しく反対した。 また、会社はそれを競争と見なしたアカプルコ貿易の業者(上記参照)に敵意を向けられた。このことは徐々に王立フィリピン会社(1814年)とアカプルコ貿易(1815年)の両方を停止に陥らせた。
フィリピン王立会社が最初に出航した船は、船長フアン・アントニオ・サバレタが指揮する「ヌエストラ・セニョーラ・デ・ロス・プラセレス」であった。