防衛不祥事
航空自衛隊那覇基地に所属する空曹長が非番中に爆死する事故が発生。捜査で多量の武器・弾薬を収集していたことが発覚した。
2004年 10月 - 護衛艦たちかぜ暴行恐喝事件 たちかぜ自衛官いじめ自殺事件。21歳1等海士が立会川駅で飛び込み自殺し、遺書には家族への感謝の言葉が書かれ、30代2等海曹Sへの批判と虐待の示唆も書かれており「日常的な殴る蹴るの暴行」「ガス銃 電気銃で撃つ」「視聴済みアダルトビデオを高額で買い取らせる」などの行為が書かれていた。Sはリーゼントで髪を固めサングラスを着用するなど暴力団員のような格好をしていたり艦内にエアガン ガスガンを不法に持ち込み重要精密機械があり立ち入り制限地区でゲームに興じたことが裁判で発覚。その後暴行恐喝アンケート隠蔽事件が発生。2014年5月 国が遺族に賠償を命じる判決が確定。2014年9月 海上幕僚監部はいじめ自殺事件に関わる調査書類を破棄するよう指示した当時の事案関係者34名を停職や減給の懲戒処分に処したことを発表。内部告発を行った三等海佐に対しては小野寺前防衛相が処分に対する否定的見解を表明していたこともあり処分の対象とはならなかった。
2005年 2005年前後 - ファイル共有ソフトの使用によるコンピュータウィルス感染と情報漏洩。この事件は、当時日本が購入を検討していたF-Xについて、アメリカ議会調査局が報告書で懸念していると記載されていた。 5月 - 5月31日付の読売新聞朝刊に、中国海軍の潜水艦が事故のため南シナ海で航行不能と報じられた。これに伴い、2008年3月25日陸上自衛隊警務隊は記者に情報を提供した情報本部の1等空佐を自衛隊法違反(防衛秘密の漏洩)で東京地検に書類送検。
6月12日 - 第37普通科連隊でレンジャー訓練中、疲労のため座り込んでしまった陸士長が教官の1等陸曹から「立て」などと怒鳴られた上、平手打ちを数回受け、目に障害の残る重傷を負う。1曹は12月に傷害罪で罰金40万円の略式命令、2011年4月に停職7日間の懲戒処分。陸士長は2009年8月に賠償を求めて提訴し、2011年5月、請求額の9割を受け取る内容で防衛省と和解。 8月 - さわぎり事件。自殺した乗組員の遺族が防衛省を提訴。自殺と上官の言動に因果関係があった旨が認定され、防衛省に賠償命令が下される。 10月13日 - 海上自衛隊第1術科学校特別警備課程(特別警備隊員養成部門)で7月と9月に、別隊への異動が決定していた隊員に対し「餞別の対集団格闘訓練」が行われ9月に異動予定だった隊員は急性硬膜下血腫で死亡。審判役の2等海曹が2009年8月に業務上過失致死で罰金刑。防衛省の事故調査委員会は「不必要で危険度も高かった」として2等海曹を停職20日とした他19人に懲戒処分、赤星慶治海上幕僚長に注意処分。 10月15日 - 医療機器汚職。防衛医科大学校病院眼科部長が、「ヤマト樹脂光学」(破産)社長から病院への医療機器導入で便宜を図った見返りに現金250万円を受け取っていた事、他にも前任者の当時から不適切な関係が続いていた事が判明。収賄容疑で逮捕の後、2009年3月に自衛隊員倫理規定違反で懲戒免職。刑事処分としても有罪判決が下される。 10月16日 - 硫黄島航空基地で勤務する一等海曹が歓迎会で泥酔した後、転倒して負傷。この海曹を本州まで緊急輸送するため海上自衛隊のP-3Cが出動した。P-3Cの燃料代は108万円ほどかかった。
統合幕僚監部の内部調査の結果、不適切発言の事実が確認された。現職の幹部自衛官が、国民の代表である国会議員に対して暴言を含む不適切な発言を行い、服務義務(自衛隊法第58条「品位を保つ義務」)に明らかに違反したとして、3等空佐を訓戒の処分にするとともに、指揮通信システム部からの異動を命じた。防衛省は再発防止の徹底のため、改めて服務規律の徹底を遵守する事務次官通達を発出。 5月23日 - 国会で「不存在」とした陸上自衛隊イラク派遣時の日報が見つかった問題を巡り防衛省は、陸上自衛隊研究本部(現・教育訓練研究本部)の教訓課で昨年3月に発見された日報が報告されなかったのは当時の稲田朋美防衛大臣の探索指示が徹底されなかったことや、現場の不適切な事務処理が原因だったとする調査結果を公表した。組織的隠蔽行為は否定したが、当時の研究本部の教訓課長ら3人を減給や戒告の懲戒とし、指揮監督責任として河野克俊統合幕僚長を訓戒、豊田硬事務次官を口頭注意とするなど計17人が処分を受けた。 7月~8月 - 陸上自衛隊大津駐屯地における集団カンニング事案(内部試験の保管場所を指導教官が漏らし、これを入手した学生がスマートフォンのアプリ(LINE)のグループトーク機能を使用して拡散)。2019年8月、当該行為に関与した学生及び指導職員計45名が停職処分となる。 10月26日 - 陸上自衛隊補給統制本部で、「生物剤警報器」と「広域放射線監視装置」の二つの装備品の通信機能の検査結果が書き換えられていた疑いがあると発表した。
2010年 3月 - 航空自衛隊事務用品発注官製談合事件。2005年から2008年までの3年間の全取引311件、合計75億6000万円が官製談合と判定される。防衛省は、私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律違反として公正取引委員会から排除命令を受けたイトーキほか5社を3月31日から12ヶ月間指名停止とする。防衛大臣政務官を委員長とする事案調査・検討委員会が設置され、7月の将補人事において航空自衛隊第1補給処処長(空将補)が航空幕僚監部付に更迭。12月14日付で防衛省は関係職員50人を処分、外薗健一朗航空幕僚長が監督責任を取り24日付で辞任。 9月 横須賀地方隊横須賀造修補給所で2008年から当直員達が交代で抜け出し飲酒していた事が、泥酔者が警察に保護されたことから発覚。関係職員28人が免職を含む懲戒処分となる。 自衛隊ハイチPKO派遣の2次隊に参加した隊員が宿営地内で短銃の誤射を起こしたにもかかわらず、上級部隊に虚偽の報告をしていたことが発覚。事案関係者である第5旅団の3等陸佐以下5名が停職を含む懲戒処分を受ける。 10月 - 第10普通科連隊の元連隊長3名が部外の協力団体から賛助金名目で金銭を授受していたとして減給処分。
2012年 5月 - 第2師団で2011年9月、陸曹候補生履修前教育に参加していた陸士長11人に対し、人間ピラミッドを組ませて熱したアイロンを尻に押し付ける・太腿を蹴るなどの暴行が行なわれていた事が発覚。教官及び助教を務めた第2後方支援連隊所属の2等陸曹・1等陸尉など5人が停職処分。
10月31日 - 田母神論文問題。田母神俊雄航空幕僚長が民間の懸賞論文に応募し最優秀賞を受けたが、応募作は政府統一見解に真っ向から反する内容だったことが発覚。文民統制に逆らうものであるとして幕僚長を解任される。 11月25日 - 航空自衛隊第1術科学校で校長のセクシャルハラスメントが発覚。8月下旬に女性隊員の身体を触るなどしていたという。航空幕僚監部付へ更迭の後停職処分を受け依願退職。なお、この更迭人事は当初官報にのみ記載されており防衛省から公表されていなかったことが後に指摘されたため、これを不祥事の隠蔽にあたると判断した時の防衛大臣・浜田靖一はこれ以降、1佐以上の人事発令については不定期異動を含めすべて公表するよう指示した。
2009年 7月 - 練馬駐屯地内における薬物汚染。所属隊員が大麻取締法違反で逮捕(後に懲戒免職)されたことを受け、駐屯地の隊員2000名の尿検査を実施したところ、4名から大麻の陽性反応を検出(うち2名が懲戒免職)。また、多賀城駐屯地で懲戒免職となった隊員は入隊前から薬物の使用歴があったことも判明。後日、この隊員に乾燥大麻を譲渡した小学生時代からの友人も同法違反の罪で逮捕。 8月 - 自衛隊鹿児島地方協力本部募集所長の1等陸尉が、火箱芳文陸上幕僚長も含めた全陸上自衛官14万人分の「隊員出身地カード」(隊員の本籍・家族構成・続柄・所属部隊等が記載)の内容を無許可でCD-Rに複写して部外者(先物取引業者)に売却していた事が判明。行政機関個人情報保護法違反容疑で警務隊に逮捕される。同年12月、鹿児島地裁で1尉に懲役2年、情報を購入した業者に懲役10ヶ月の実刑判決が下され、1尉は懲戒免職処分。