遺骨収集事業
空援隊の活動について登山家の野口健や麻生政権の下、舛添要一元厚生労働大臣、小池百合子元防衛大臣等の自民党国会議員が中心となり支持を表明していた。
フィリピンでは祖先が守護してくれる信仰があり、墓を暴かれ遺骨を盗掘された人がショックで自殺する等の事件が起きている。被害を受けた人たちがマニラの日本大使館へ抗議や調査するよう求めている。
委託事業で集められた遺骨に、日本人戦没者でないとみられる遺骨が多数確認されたことが日本、フィリピン政府の関係筋の話で明らかになった。両国政府に調査を求めていた被害者への賠償問題が出る可能性が高いという。
厚生労働省の調査によると、2009年度からNPO法人(空援隊)が現地の住民に対価を払い集めさせた遺骨の中に、女性や子供、死後20年程度のものなど明らかに日本人戦没者のものでは無い遺骨が相当数含まれていたことが判明。厚労省も発見現場や発見者の供述などを直接確認しないなど、ずさんな対応であった事も明らかになった。NPO法人への委託が始まった2009年度から、それまで多くても1200柱余りだった収集遺骨数が7740柱に急増し、収集方法を疑問視する声が上がっていた。
2011年10月5日、厚労省は遺骨収集事業の民間団体へ委託の見直しを発表。民間団体への委託を情報調査に限定、フィリピン人へ対価を支払わない事、遺骨を日本へ送還する前に研修を受けた厚労省職員を派遣することなどを決めた。同時に、既に日本に送還され、千鳥ケ淵戦没者墓苑に納められていた遺骨約4000柱を「日本兵以外の骨が混入している可能性がある」として、墓苑から同省内に移動させた。
2016年3月には戦没者遺骨収集を国の責務とし、一層の推進を図ることを目的とした戦没者の遺骨収集の推進に関する法律が成立した。