本店
百貨店業界では、三越伊勢丹の登記上の本店所在地は伊勢丹新宿店だが「本店」の呼称を用いず、一方で旧三越の日本橋本店には「日本橋三越本店」の名称を使用している。また、そごう・西武の登記上の本店は2022年5月まで本社機能所在地と同じ千代田区二番町(親会社のセブン&アイ・ホールディングス本社の近隣)に置かれていたが、旧西武百貨店の池袋本店を「西武池袋本店」としていた。なお、2022年5月に登記上の本店と本社機能を西武池袋本店に移転させたため、同店が名実ともに本店になっている。また、2005年から2009年には「そごう心斎橋本店」も存在したが閉店している。この他、大手百貨店で正式に「本店」を名乗っているのは阪急百貨店うめだ本店(阪急うめだ本店)、阪神百貨店梅田本店、近鉄百貨店の「あべのハルカス近鉄本店」がある。
家電量販店では、単に規模の大きい店舗を指すことが多い。このため、同じ商号の本店が各地に見られる。
書店業界でも家電量販店のように、登記上の本店所在地ではない大型店舗に「本店」を使用していることがある。ジュンク堂書店では営業上の主軸店舗に「本店」を用いている(大阪本店、池袋本店など)。なお、丸善ジュンク堂書店の登記上の本店所在地は丸善日本橋店の位置であり、2015年2月まで存在した株式会社ジュンク堂書店の商業登記上の本店は神戸市の三宮店と同じ場所であった。また、三省堂書店は登記上の本店所在地である千代田区神田神保町の店舗を「神保町本店」としているが、西武池袋本店書籍館にある店舗や名古屋駅のタカシマヤ ゲートタワーモールにある店舗もそれぞれ「池袋本店」「名古屋本店」としている。