民主進歩党
2005年2月高雄市長謝長廷を行政院院長に指名、「和解共生」で政府と党の団結を訴えた。また、2月24日には陳水扁は親民党主席の宋楚瑜と会談し、両岸関係、安全保障、台湾団結に関する10項目の共同声明を発表し政策協力を行うことを発表した。
2005年末の三合一選挙(統一地方選)では政局運営で問題続出の民進党に対し、民衆からの支持率が高い馬英九を主席とする国民党が巻き返しを図り、12月3日の投票の結果、当選は南部6県市にとどまり、長らく民進党の牙城とされていた台北県、宜蘭県の議席を失うなど、結党以来の大敗北となった。 選挙結果により蘇貞昌が主席職を引責辞職、代理として副総統の呂秀蓮が主席に就任するが、民進党内部からは呂の放言癖に対する反発が根強く、呂は辞任、2006年1月26日に新に游錫堃を選出して党内団結を図ろうとした。 その後、陳水扁が総統と兼任する形で主席となったが、2008年1月の立法委員選挙で定数113議席のうち27議席しか獲得できず大敗を喫し、陳は主席を辞任した(後任は謝長廷総統候補)。 さらに3月の総統選挙では党公認の謝長廷が国民党推薦の馬英九に敗れ、8年間続いた政権与党の座を失った。選挙結果を受け、謝候補は党主席の辞任を表明した。