王朝交替説
仮説では、記紀の天皇の代数の表記に合わせると、第10代の崇神天皇、第15代の応神天皇、第26代の継体天皇を初代とする3王朝の興廃があったとされる。崇神王朝、応神王朝、継体王朝の3王朝が存在し、現天皇は継体王朝の末裔とされている。
水野祐の学説は当時の学界で注目はされたが賛同者は少なく、その後水野の学説を批判的に発展させた学説が古代史学の学界で発表された。井上光貞の著書『日本国家の起源』(1960年、岩波新書)を皮切りに、直木孝次郎、岡田精司、上田正昭などによって学説が発表され、王朝交替説は学界で大きくクローズアップされるようになった。古代史の学説を整理した鈴木靖民も王朝交替論は「古代史研究で戦後最大の学説」と著書『古代国家史研究の歩み』で評価している。また、王朝交替説に対して全面的に批判を展開した前之園亮一も著書『古代王朝交替説批判』のなかで、万世一系の否定に果たした意義を評価している。
仮説上の崇神王朝、応神王朝、継体王朝について詳しく下述する。