9月30日事件
しかし、9月30日事件は両者の力関係を完全に逆転させた。スカルノ大統領から治安秩序回復の全権委任を得たスハルトの主導のもと、クーデター首謀者とされたウントゥン大統領親衛隊隊長の拘束が行われ、また事件に関与したとして、インドネシア共産党のジャカルタの施設が10月8日に市民の手で焼きはらわれ、中国語教育や文化活動も同時に禁止された。
さらにその後インドネシア共産党書記長のアイディットをはじめとする共産主義者約50万、特に40万人の華僑に対する集団虐殺が起きた。「20世紀最大の虐殺の一つ」とも言われ、50万人前後とも、最大推計では300万人とも言われるその数は、今日でも正確には把握されていないが、こうした共産主義者を中心とした残虐な大虐殺は、事件直後の1965年10月から1966年3月ごろまでスマトラ、ジャワ、バリで続いたと見られる。インドネシアの国民的作家プラムディヤ・アナンタ・トゥールもこのとき拘束され、以後長い獄中生活を強いられることになった。
このように共産主義勢力を物理的に破壊していく過程で大きな役割を果たしたのは国軍の他は、「共産主義者狩り」に動員された青年団、イスラーム団体およびならず者集団であった。