紀三井寺駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。2004年に橋上駅となり、両側に出入口ができた。また、両入口ともエレベーターが設置されている。改札口は1か所のみ。和歌山駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託する業務委託駅。タッチパネル式自動券売機が1台設置されている。
橋上化前は単式・島式の複合型2面3線の駅構造であった。当時は1番線が御坊方面、3番線が和歌山方面で、2番線はほとんど使われていなかった。橋上駅舎への改築に伴い、3番線は撤去され、2番線が和歌山方面に使われるようになった。構内前後の線路も直線化され、分岐器や絶対信号機を持たない停留所構造となった。似たような駅改修の例としては、関西本線(大和路線)法隆寺駅が挙げられる。
2015年8月30日よりICOCAなどの各ICカードが利用可能である。