バルト諸国占領
ホロコーストの前には、リトアニアには16万人のユダヤ人が住み、ヴィルナのガオン (Gaon of Vilna) の時代からユダヤ人の神学、哲学および学問の最大の中心地の1つであった。1941年までに、その大部分がポーランドからだった難民が国内のユダヤ人の人口を25万人に増加させていた。
1941年6月のバルバロッサ作戦の開始により、1940年に結成されたリトアニア地下政府は後にソ連で見せしめ裁判後に処刑されるその主要メンバーが前日にソビエトに逮捕されたにもかかわらず、ドイツのソ連に対する宣戦布告と同時の反乱の中でリトアニアの独立を一時的に回復させている。ナチによるリトアニアの占領が成ると間もなくその政府の解散が強制された。
6月下旬、フランツ・ヴァルター・シュターレッカー指揮下のドイツのアインザッツグルッペ・Aの分遣隊がリトアニア領内について活動を開始した。いくつかの場所でシュターレッカーの要員はユダヤ人全体に対するポグロム(いわゆるSelbstreinigungsaktionen)を奨励しようとした。シュターレッカーの1941年10月15日のまとめられた報告には、このことに対して予想しなかった困難をどのように最初体験したかという記述に失意が表れている。それでも自発的なリトアニア人 (Ypatingasis būrys) の助けと共にドイツはユダヤ人の大規模な銃殺の開始が可能だった。ドイツの文書によると1941年6月25日から26日の間、「約1,500人のユダヤ人はリトアニア人の協力者によって抹殺されている。
数十万の赤軍が国境を越えてエストニア、ラトビア、リトアニアに入った。この追加された赤軍は各国の軍隊よりかなり多かった。
国際的に孤立し、圧倒的な赤軍が国境と国内の両方にいる状態の中で、バルト三国の政府は積極的な抵抗を行わず、勝ち目のない戦争における流血を避けることが彼らの利益であると決定する。バルト三国の占領は赤軍の支援を得た共産主義者によって各国に起こされたクーデターによって達成された。
エストニア国防軍とエストニア防衛連盟の大部分は抵抗が無益であると信じるエストニア政府の命令に従い降伏し、赤軍に武装解除された。1940年6月21日、タリンのラウア (Raua) 通りに駐屯していたエストニア通信大隊のみが赤軍および「人民の自衛」と呼ばれる共産民兵に抵抗を示している。赤軍が6台の装甲戦闘車両を含めた増援をつぎ込み、闘いは日没までの数時間続いた。結局軍事的抵抗は交渉で終了し、通信大隊は降伏し、武装解除される。エストニア軍人アレクセイ・ミャンニクス (Aleksei Männikus) とヨハンネス・マンドレ (Johannes Mandre) の2人が死亡、エストニア側の負傷者は数人、ソビエト側では約10名が死亡し、それ以上の負傷者が出ている。戦いに参加したソビエト民兵は、ニコライ・ステプロフ (Nikolai Stepulov) に率いられていた。