ボストン暴動
その間イングランドでは、ジェームズ2世がますます人気を落としていた。ジェームズは自治領の問題とは別に、刑法緩和に関して、自らの支持政党であるトーリーと距離を置いていた。そして1687年には、信仰自由宣言(英語版)を発表して、信教の自由を限定的に打ち立てた。これは聖公会を頂点とする社会階層への対抗手段であった。また常備軍の力を強大にしたが、これは議会派からは議会への脅威とみなされた。さらに、カトリック教徒を軍の要職につけたのである 。ジェームズは、多くの官庁で実施を求められていた、聖公会信者であることを確認する審査律を無効にするため、自分の支持者を議員にすることさえ画策した。1688年6月に、次の王位継承予定者である息子のジェームズが誕生したのに伴い 、ホイッグ党とトーリー党の一部議員が政治的信条の違いをとりあえず棚上げし、ジェームズを退位させて、娘婿であるウィレムに即位させることを共謀した。このオランダの王族は、ジェームズに政策を再検討するように勧めたが成功せず、このイングランド王室への侵入に同意し、その後1688年11月から12月にかけて名誉革命が起き、ウィレム(ウィリアム)と王妃メアリーがイングランドの共同統治者となった。
コットン・マザーとインクリース・マザー(英語版)に率いられたマサチューセッツの宗教指導者たちは、アンドロスの統治に反対し、ロンドンの王宮への影響を狙って、反聖公会の宗教組織を結成した。ジェームズが信仰自由の宣言を発表した後、インクリースは国王に、この決意に敬意を表した感謝の手紙を送り、他のマサチューセッツの非聖公会の牧師にも、国王から好感をもたれ、かつ影響を与えるために謝意を表すように示唆した。