リンネ式階層分類体系
これらの階層の下には、各階級に「亜- sub-」をつけて細分化した中間階層が用いられる。より上位の階級になるほど注目する形質の抽象度は高くなるため、直感的に共有形質を理解することは困難となる。
基本階級のうち、門および科はのちに付け加えられたものである。リンネも科を用いたが、これは階層分類とは異なる分類概念であり、今日の意味での「科 family」は、ミシェル・アダンソン(1727年 - 1806年)のFamilles naturelles des plantes『植物の科』(1763年)によるものである。また、「門 phylum」という語を初めて用いたのは1866年のエルンスト・ヘッケル(1834年 - 1919年)で、動物界に脊椎動物門・体節動物門・軟体動物門・棘皮動物門・腔腸動物門の5門を認めた。植物に「門 division」を初めて置いたのは1883年のアウグスト・アイヒラー(1839年 - 1887年)で、種子植物を裸子植物門と被子植物門に分けた。
階層的な分類では階級の数に限りがあるため、系統関係を完全に反映させることは困難であり、完璧に系統進化を再現するような分類体系は実用的でない。より最近では、分子系統解析に発展により多くの単系統群が認識されて、流動的となってきたため、分類群を絶対的な階級におく階層的分類体系は扱いづらいこともあり、階級を置かないクレードや、相対的な「ランク」を置くことも多い。