ジョン・J・マクロイ
ドイツでの任務を終えた後、1953年から1960年までチェース・マンハッタン銀行(英語版)(1955年まではチェース・ナショナル銀行)の会長、1958年から1965年まではフォード財団の会長を務めた。また、1946年から1949年までと1953年から1958年まで、ロックフェラー財団の評議員を務めた。
1953年に最高裁判所長官フレデリック・ヴィンソンが亡くなった後、アイゼンハワー大統領は後任としてマクロイの起用を検討したが、マクロイは大企業に有利な立場にあるとみなされ、却下された。
1954年から1970年までは、外交問題評議会議長を務めた。その後任には、チェース銀行で密接に関わっていたデイヴィッド・ロックフェラーが任命された。マクロイはロックフェラー家との付き合いが長く、ハーバード時代にはロックフェラー兄弟にヨットの乗り方を教えていた。
また、1958年にアイゼンハワーが結成したドレイパー委員会の委員でもあった。
その後、ジョン・F・ケネディ、リンドン・ジョンソン、リチャード・ニクソン、ジミー・カーター、ロナルド・レーガンといった歴代大統領の顧問を務め、大統領軍縮委員会では主要な交渉者として活躍した。
1966年から1968年まで、パリに拠点を置くアトランティック国際問題研究所(英語版)の名誉会長を務めていた。
1967年末、リンドン・ジョンソン大統領は国連大使にマクロイの起用を検討し、ディーン・ラスク国務長官からこの件について打診されたが、マクロイはその申し出を断った。
マクロイはトルーマン大統領に、日本本土への侵攻は賢明ではないと説得した。1945年半ばになると、日本は戦争を終わらせる方法を模索し始め、日米和平の仲介をソ連に依頼するまでになっていた。マクロイは、解読した日本の通信によって、天皇による統治(国体護持)の保証があれば、日本に降伏する用意があることを知っていた。そこで、マクロイはトルーマンに、日本への原子爆弾投下という暗黙の脅しと、国体護持の保証をセットにした降伏条件を提示するよう助言した。そうすれば、日本の本土侵攻を阻止するために原爆投下が必要になったとき、アメリカが道徳的に優位に立てると主張したのである。しかし、マンハッタン計画の責任者の一人だったジェームズ・F・バーンズ国務長官は、ポツダム会談に向かう船の中で、マクロイの助言を無視するようトルーマンを説得した。最終的にトルーマンは、準備ができ次第、日本に原爆を投下するように命じた。
マクロイはニューヨークに渡り、当時全米でも有数の法律事務所であったカドワラダー・ウィッカーシャム・アンド・タフト法律事務所(英語版)のアソシエイトとなった。1924年にはクラバス・ヘンダーソン・アンド・デ・ガーズドーフ法律事務所(英語版)に移籍し、セントポール鉄道など多くの富裕層のクライアントを担当した。1934年、1916年のブラック・トム爆発事件についてマクロイは新たな証拠を見つけ、ドイツへの損害賠償請求訴訟を再開した。
マクロイはナチスドイツの企業のために多くの仕事をし、後に「ツィクロンB」を製造したことで知られるドイツの大手化学産業トラストIG・ファルベンに助言を与えた。1940年に政府の仕事に就いた時点で、マクロイの年収は約4万5千ドル(2020年の価値換算で83万5千ドル)、貯金は10万6千ドル(2020年の価値換算で200万ドル)に達していた。第一次世界大戦中の破壊工作事件の訴訟に関わったことで、諜報問題やドイツ事情に強い関心を持つようになった。
マクロイは1989年3月11日午後12時15分、グリニッジの自宅で肺水腫のために亡くなった。妻はその数年前にパーキンソン病により87歳で亡くなっていた。