敦賀連隊区
1907年10月1日、敦賀連隊区が新設され、管轄区域が次のとおり定められた。福井県区域は鯖江連隊区から敦賀郡を、福知山連隊区から三方郡・遠敷郡・大飯郡を編入。滋賀県区域は大津連隊区から編入した。
福井県
敦賀郡・三方郡・遠敷郡・大飯郡
滋賀県
伊香郡・東浅井郡・坂田郡・犬上郡・愛知郡・高島郡
1915年(大正4年)9月13日、大津連隊区から滋賀県神崎郡を編入し、福知山連隊区へ福井県大飯郡を移管した。
1925年5月1日、管轄区域が次のとおり変更された。福知山連隊区から大飯郡を編入。岐阜県区域は岐阜連隊区から大垣市・安八郡・揖斐郡を、旧桑名連隊区からへ海津郡・不破郡・養老郡を編入した。また、滋賀県神崎郡を京都連隊区へ移管した。
福井県
敦賀郡・三方郡・遠敷郡・大飯郡
滋賀県
高島郡・伊香郡・犬上郡・愛知郡・東浅井郡・坂田郡
岐阜県
大垣市・安八郡・海津郡・揖斐郡・不破郡・養老郡
1937年(昭和12年)7月19日、管轄区域に福井県敦賀市、滋賀県彦根市を加えた。
1941年4月1日、岐阜県区域を岐阜連隊区へ移管した。同年11月1日、敦賀連隊区が廃止され、その旧管轄区域は福井県区域を福井連隊区に、滋賀県区域は大津連隊区に編入された。