吉野
多武峯寺は上記の理由で興福寺と争っていたが、金峯山寺との間でも争いがあり、1208年(承元2年)に金峯山衆徒が多武峰寺を襲い、堂舎僧坊を焼き払い鎌足の御影像まで焼失したという(『猪隈関白日記』)。
高野山
紀伊半島南部は、重畳(ちょうじょう)たる山岳地帯であり、近世に至るまで、大和国、紀伊国、伊勢国との国境は明白でなかった。一方で吉野山金峯山寺が勢力を拡大して行く中で、西に位置し紀伊国にある高野山金剛峯寺とも寺領を巡り争いが起こっている。
1141年(永治元年)に、金峯山寺は金剛峯寺に対して「金峯山寺領遠津川郷中津川村」の利権を侵害したとして抗議している。この中津川村は、現在の野迫川村中津川で、遠津川郷は十津川村と思われるが、この当時は現在の十津川村の地域まで発展しておらず、今の大塔村(現在の五條市大塔町)、野迫川村あたりが、ここでいう「遠津川郷」であったようである。遠津川郷は金峯山寺の寺領であったのは確かだったが、遠津川郷と高野山領との境界は明確でなく、その地域に杣人(そまびと)が入り込み、新しく中津川村が出来たので、その所属を巡り争いが起こったようである。その他にも吉野執行春賢らが、高野山領をかすめて境界の標木を高野山奥院の近くに建て、ここでの鹿狩りをしたり、遠津川郷人が高野山領の大滝村(高野山奥院より南へ4kmほど)・花園村(現在のかつらぎ町大字花園)にまで入り込み牓示を立て、十津川郷の公事を勤めるよう強制するなどして、堪忍出来なくなった高野山側が1218年(建保6年)に朝廷に訴え出ているが、明確な決着は得られなかった(高野山文書、高野春秋)。