有殻アメーバ
古くは仮足の形に関わりなく有殻根足虫亜綱(Testacea)としてまとめていたが、1960年代頃から殻の有無よりも仮足の形に系統的な意味合いを認める傾向が強まった。したがって分類学上は、まずアメーバを葉状仮足を持つものと糸状仮足を持つものに分け、葉状仮足を持つもののうちで殻のあるものをここに含めるようになった。これは2005年に報告された18S rDNA配列に基づく分子系統解析によって裏付けられており、ナベカムリ目(Arcellinida)の大部分は確かにアメーボゾアに含まれる事が示されている。
ナベカムリ目は殻の組成によって分類されてきたが、上述の分子系統解析は殻の組成が系統を反映しないことを示唆している。したがってナベカムリ目内部の系統関係も早晩見直されることになろう。なかでもコクリオポディウム(カラモチアメーバ)は、細胞表面に有機的な鱗片(tectum)を持つことから、原始的な有殻アメーバと考えられ伝統的にナベカムリ目に含められてきた。しかし同時に報告された分子系統解析によって、アメーボゾアに含まれているがナベカムリ目とは独立した別個の系統に属することが示されている。
以下にナベカムリ目の分類を示すが、上述の通りの問題点を抱えた体系であることに留意されたい。