四つ仮名
次・滋・璽(ジ)、獣(ジウ)、実(ジツ)、汁・渋(ジフ)、奘・弉・襄・驤(ジャウ)、雀・鵲(ジャク)、入・戍・受・呪・需・聚(ジュ)、从・充・従・銃・縦(ジュウ)、戍・恤(ジュツ)、十(ジュッ)、恂・准・惇・凖・準(ジュン)、恕・絮・舒(ジョ)、拯・烝・垪・蒸(ジョウ)、迅・訊・糂・蕁(ジン)、事(ズ)、陏・荀・隼・笋・筍・惴・詢・諄・遵・膸・髄(ズイ)
除(ヂ)、竺(ヂク)、昵(ヂツ)、濁(ヂョク)、滌・絛(デウ)、帖(デフ)
士・巳・氏・仕・市・示・字・寺・自・似・事・侍・祀・茨・柿・食・俟・舐・祠・耆・視・孳・耜・眥・瓷・疵・眦・詞・竢・飼・辞・嗜・慈・嗣・蒔・塒・飴・漬・磁・諡・薺(ジ)、食・埴・植・殖・寔・稙・蝕(ジキ)、実・疾・嫉(ジチ)、十・什・拾・習・集・楫・輯・隰・襲(ジフ)、岑・忱・甚・尋・椹・潯・蕈・鐔(ジム)、乍・社・邪・査・柤・射・斜・蛇・貰・鉈・槎・闍・謝・藉・麝(ジャ)、上・成・羊・床・状・尚・牀・城・浄・穽・晟・常・情・盛・崢・晴・筬・誠・靖・甞・嫦・裳・静・嘗・請・償・瀞(ジャウ)、夕・勺・石・汐・芍・杓・席・射・寂・蓆・碩・瘠・藉・籍・麝(ジャク)、从・囚・寿・岫・泅・酋・茱・従・殊・袖・逎・授・訟・售・就・遒・愀・愁・頌・酬・竪・綬・銖・慵・樹・豎・雛・鰌・鷲・讐・驟(ジュ)、从・従(ジュウ)、孰・淑・塾・熟(ジュク)、朮・述・術(ジュツ)、巡・旬・吮・盾・徇・洵・唇・純・淳・殉・脣・順・循・馴・楯・蒪・醇・鶉(ジュン)、序・助・抒・叙・徐・莇・野・埜・署・耡・蜍・緒・墅・鋤・薯・嶼・曙・藷・齟(ジョ)、丞・承・乗・剰・縄(ジョウ)、尽・臣・辰・神・泰・宸・晨・萃・蜃・腎・慎・儘・燼・贐(ジン)、殳・受・洙・殊・淙・訟・頌・鉐・誦・聚・樹・叢・讐(ズ)、痿・蕊・蕋・蘂(ズイ)、崇・淙(ズウ)、熟(ズク)、朮・述・術(ズツ)、劭・邵・紹・巣・韶・誚・憔・樔・樵(ゼウ)、渉・捷・褶(ゼフ)
室町時代の前期までは、京都方言ではまだ鎌倉時代までの発音をほぼそのまま引き継いでいた。しかし、京都では室町時代の中期に チ、ヂ、ツ、ヅの破擦音化が起こり、チ、ツ、ヂ、ヅがそれぞれ [ʨi] 、[ʦu] 、[ʥi] 、[ʣu] という発音になった。このため、ジ、ズ、ヂ、ヅの四つ仮名はそれぞれ [ʑi] 、[zu] 、[ʥi] 、[ʣu] という発音になり、調音方法が摩擦音と破擦音となって音が近くなった。中国資料の『日本寄語』(1523年刊)において、日本語のチ、ツを表すのに破擦音系の漢字が使われていることから、この破擦音化は16世紀初頭までには起きていたと見られている。16世紀末のキリシタン資料における日本語のローマ字表記では、シが xi 、スが su 、チが chi 、ツが tçu 、ジが ji 、ズが zu 、ヂが gi 、ヅが zzu または dzu で表されており、四つ仮名は書き分けられていた。
このように音が接近したため、ジとヂ、ズとヅの混同が起こり始めた。
鎌倉時代頃の京都では、シ、チ、ス、ツはそれぞれ [ɕi] 、 [ti] 、 [su] 、[tu] という発音であり、チ、ツはタ、テ、トと同じく破裂音であった。ジ、ヂ、ズ、ヅはそれぞれ清音に対応する有声音で、 [ʑi] 、 [di] 、[zu] 、 [du] であった。現在の表記では、チ、ツ、ヂ、ヅがそれぞれ「ティ」「トゥ」「ディ」「ドゥ(または「デュ」)」のような発音であったと考えられる。シとスは現代と同じ発音だった。この段階では「ジ、ズ」は摩擦音、「ヂ、ヅ」は破裂音で発音の差は大きく、京都では四つ仮名はそれぞれ発音がはっきり違う仮名として使い分けられていた。ただし、1251年に書写された観智院本『類聚名義抄』にクジラとクヂラの両方の表記が見られるなど、個別の単語の中には古くから /z/ と /d/ が交替するものがあった。また、安房国(現在の千葉県南部)で生まれ育った僧である日蓮(1222年 - 1282年)の書簡には、「嫁がづ」(本来は「嫁がず」)「ぢうあう(縦横)」(本来は「じゅうわう」)などのように混同した例がかなり見られることから、関東地方では後述する音韻変化が数世紀先行して起こっており、それが西へと広がっていたと考えられている。現在の方言の状況から、東北地方ではさらに音韻変化が先行していた可能性もある。
弥次・野次(やじ)、弥次馬・野次馬(やじうま)、弥次る・野次る(やじる)、弥次郎兵衛(やじろべゑ)、八十路(やそぢ)、行き摩り・行き擦り(ゆきずり)、行き詰まる(ゆきづまる)、柚子(ゆず)、譲る(ゆづる)、夕星・長庚(ゆふづつ・ゆふつづ)、四十路(よそぢ)、捩る(よぢる)、攀ぢる(よぢる)、黄泉路(よみぢ)、万(よろづ)