伽耶
また1990年代後半からは、主に考古学的側面から、卓淳(昌原)・安羅(咸安)などの諸地域への研究が推進される一方で、前方後円墳の発見 を踏まえて一部地域への倭人の集住を認める論考が出されている。
井上秀雄は、任那日本府は『日本書紀』が引用する逸書『百済本記』における呼称であり、『百済本記』とは百済王朝が倭国(ヤマト王権)に迎合的に書いた史書だとの主張した。これ基づき、井上は日本の従来研究を否定しようと試みている。任那日本府について近代での朝鮮総督府のようなものが想定されることが多いが、実態は、半島南部の倭人の政治集団だとした。三国志『魏志』韓伝に倭について記載があるが、この倭は、百済や新羅が加羅諸国を呼称していたもので、百済・新羅に国を奪われた加羅諸国の政治集団を指すとする。逸書『百済本記』の編者は、この加羅諸国の別名と、日本列島の倭国(ヤマト王権)とを結びつけたのであり、任那日本府とヤマト王権は直接的には何の関係も持たないとする仮説を打ち出した。
高句麗・新羅に対抗するために百済・倭国と結び、倭国によって軍事を主とする外交機関(後に「任那日本府」と呼ばれた)が設置されていたとする説もある。吉田孝によれば、「任那」とは、高句麗・新羅に対抗するために百済・倭国(ヤマト王権)と結んだ任那加羅(金官加羅)を盟主とする小国連合で政治的領域を指し、地理的領域である伽耶地域とは重なり合うが一致しないこと、倭国が置いた軍事を主とする外交機関を後に「任那日本府」と呼んだと主張し、百済に割譲した四県は任那加羅が倭人を移住させた地域であったとした。また、532年の任那加羅滅亡後は安羅に軍事機関を移したが、562年の大加羅の滅亡で拠点を失ったという(→吉田1997 pp.74-78.)。
伽耶連盟の盟主となったとする人もいる、金官国・大加羅(伴跛)だけではなく、安羅加羅(慶尚南道咸安郡)、古寧加羅(慶尚北道尚州市咸昌)、星山加羅(慶尚北道星州郡)、小加羅(慶尚南道固城郡)などは六伽耶・五伽耶とまとめて呼ばれることがあった。それ以外での小国としては、多羅(慶尚南道陜川郡)、卓淳(慶尚南道昌原市)、己汶(全羅北道南原市)、滞沙(慶尚南道河東郡)等が挙げられる。
これらの地域からは前方後円墳が発見されており、日本の墓制との関連で注目されている。(→後述)