妖怪ウォッチ ぷにぷに
第2弾では『キキ&ララ』が初参加し、コラボレーション限定妖怪として「キキ&ララキラコマ」「百鬼姫(クロミ)」「ハローキティ(エンマ)」も登場する。
コロコロアニキ
開催期間:2017年9月18日~30日
コロコロコミック創刊40周年を記念したコラボ企画。『つるピカハゲ丸』『おぼっちゃまくん』『爆転シュート ベイブレード』『デュエル・マスターズ』が参加している。なお、キャラクターボイスは他のコラボキャラとは違い既存妖怪からの流用となっている。
イナズマイレブン
開催期間:2017年10月1日~15日(無印)、2018年7月1日~16日(アレスの天秤)、2019年3月16日~31日(オリオンの刻印)
ゲゲゲの鬼太郎
開催期間:2018年2月1日~15日
コラボレーション限定妖怪として「鬼太ニャン」「ウィス男」が登場。なお、コラボキャラのデザインとボイスは『映画 妖怪ウォッチ シャドウサイド 鬼王の復活』と同じものを使用している。
スナックワールド
開催期間:2018年4月1日~15日
七つの大罪
開催期間:2018年8月16日~31日(天空の囚われ人)、2021年2月16日~28日(憤怒の審判)
第1弾は『劇場版 七つの大罪 天空の囚われ人』公開に合わせたコラボ企画として、第2弾はテレビアニメ第4期『憤怒の審判』放送に合わせたコラボ企画として開催。
また『劇場版 七つの大罪 天空の囚われ人』では入場者特典としてコラボシールがプレゼントされ、そこに載っているシリアルコードを使用することで「赤猫Ver.ホーク」を取得できた。
レベルファイブオールスターズ
開催期間:2018年10月16日~31日(第1弾)、2022年10月17日~31日(第2弾)
第1弾はサービス開始3周年記念として開催。
」、6個以上の場合は枠の中に「+●」と数字が表記される。最大で「+999」まで表示され、それ以降の数は表示されないがゲーム内でカウントされている。
玩具の『妖怪メダル』にも連動し、QRコードをスマートフォンのカメラ撮影で登録できる。またゲーム内のミッションクリアで本編ゲームと連動し『妖怪ウォッチ3 スシ/テンプラ』では「ぷにニャン」「ぷにコマ」、『妖怪ウォッチ3 スキヤキ』では「卵の君」、『妖怪ウォッチ4』では「しゅらコマ」が入手出来た(現在は終了)。
アプリ内で期間限定イベントも開かれ、『シャドウサイド』『妖怪学園Y』『妖怪三国志 国盗りウォーズ』などの派生シリーズの他、本作オリジナルのストーリーや妖怪が登場したり、他企業の漫画・ゲーム作品などのキャラクターが登場するコラボイベントも行っている。
妖怪ぷにのランクはE〜A、S〜SSS、Z〜ZZZ、Uzが存在する。本作の独自要素として、種族によって技ダメージの大小が変わる「相性」があるため、本編ゲームでは種族のない妖怪やコラボキャラクターにも妖怪メダル同様の種族が便宜的に付けられている。特にスコアアタックでは、妖怪ぷにや技の組み合わせなどで他のプレイヤーと競い合ったり、リーグ上位を目指すことができる。
2017年11月17日からはこれまで「Yマネー」に統一していたゲーム内通貨が一部「Yポイント」と分化した。2022年4月18日からはスコアアタックをリニューアルし、全国ランキングを廃止しブロンズ・シルバー・ゴールド・プラチナ・ダイヤモンドのリーグ制や専用のポイントが導入された 2023年6月28日からはブロンズリーグを除く全てのリーグを対象にした上位100人のランキングが確認できるようになった。