スーパーマリオ64
DS版も概ねこの変更点を踏襲している。また、日本版におけるWii / Wii Uのバーチャルコンソール版、『スーパーマリオ 3Dコレクション』に収録されているバージョン(外国語版含む)もこの振動パック対応バージョンである。
CMには広末涼子が出演した。
最初のクッパコース。動く足場やシーソーを渡っていく。このクッパを倒すと城地下へのカギが手に入る。
砦の周りにある緑色の地面が増えて、バッタンがいる所から落ちてもミスにならないようになった。
2人から4人まで遊ぶ事ができる、スターを奪い合うモード。ダウンロードプレイのみ対応している(全員がソフトを持っていても親機からダウンロードする必要がある)。また、1人で練習することも可能(コンピューターキャラはなし)。
操作方法はメインモードと同じ。コース内のあちこちにスターがランダムで出現し、取得すると別の場所にスターが出現する(「スライダーレース」のみ例外で、スターの数・位置は固定)。操作するキャラクターはヨッシー固定(色は緑・赤・青・黄の4色)で、へんしん帽子を取ると他の3人に変身出来る。
アミダス★
ジャンピングマリオ★
ボムへいをわけろ!☆★
トランポリンマリオ☆★
かめのこうらカーリング☆
スーパージャンピングマリオ☆★
がったいアミダス☆
れんぞくコウラあて☆
スーパートランポリンマリオ☆
下画面に地図が表示される。また地形にも一部変更が加えられ、大半のコースで足場が増加または拡大された。
操作方法は「Yダッシュモード」、「タッチモード」、「デスクトップモード」の3種類の操作方法があり、ポーズメニューで切り替える事が出来る。初期設定は十字ボタンで移動し、Bボタンでジャンプし、Yボタンでダッシュする「Yダッシュモード」になっているが、タッチスクリーンでも移動出来る。また、「タッチモード」では十字ボタンは使用しない。さらに、「デスクトップモード」ではLRボタンを使用せず、十字ボタンもしくはA・B・X・Yボタンでジャンプやしゃがむなどの操作を行い、タッチペンを使用して移動が出来る(「Yダッシュモード」と「タッチモード」ではボタンの配置から左手でタッチスクリーンを操作する事になる為、DS本体に同梱されていたタッチストラップを使う事が推奨されている)。
ヨッシー以外の場合、帽子をなくした状態でパワースターを取ると、帽子は城1階の入口近くにいるキノピオが持っており、話しかければ取り戻せる(話しかけた時の台詞はキャラクターによって異なる。また、城内にいるキノピオは64版と異なる台詞を言ったり、キャラによって台詞が変わる事がある)ため、帽子を失くしたコースまで取りに行く必要がない。
ある日、マリオの元へ、ピーチ姫から城への招待状が届いた。
喜んだマリオは早速城に向かう。しかし城はひっそりと静まりかえっていて、様子がおかしい。そして、城の中に入るとどこからともなく「誰もいませんので、とっととお帰りください。ガハハハッ!」というクッパの声が聞こえてくる。
クッパは城を守るパワースターを奪い、その力でピーチ姫やキノピオ達を絵の世界に閉じ込めてしまったのである。このままでは城がクッパに乗っ取られてしまう。パワースターを奪い返す為、マリオは絵の世界の冒険に出発する。
赤いブロックから出現。取ると一定時間「はねマリオ」になる。3段ジャンプや大砲など特定の動作を取ることで飛行状態に移行する。
本作『スーパーマリオ64』の続編として、64DD用ソフト『スーパーマリオ64 2』が企画されていた。ルイージが登場する予定であったが、企画は1999年に中止となった。また、1996年のNINTENDO64スペースワールドにはサンプルのデモ用として本作の64DD版(ディスク版)が存在していた。
救出コース「おこりんぼクリキング」クリア後に使用可能(幽閉されている間は助けを求めていた)。本作ではヨッシーと共に主人公を務める。
基本能力とアクションは64版と同じ。壁キックのジャンプが使えるのはマリオだけである。
通常ジャンプと2段ジャンプは普通の高さだが3段ジャンプはヨッシーより高く、実質のジャンプ力は64版よりも向上しており、風船マリオを使うことでより高い所への移動に特化し、他のキャラより若干スピードが速い
クッパが本当のライバルと認めるのはマリオだけのようで、自動ドアはマリオでしか開ける事ができない(一度開ければマリオ以外でも入れる)。最終コースでは最初からマリオ以外でも入れるが、64版でスターが足りない時と同様に無限階段に入れられてしまう。
このためマリオを救出しなければ先のステージに進むことができず、ゲームクリアにマリオの救出は必須となっている。
その名のとおり海の入り江のコースで、大半が水で満たされており、水中には沈没船や海底洞窟がある。
海底洞窟では進んでいくと空気のある開けた場所に出る。なお、沈没船は「ちんぼつせんのおたから」のスターを取ると浮上する。緑のブロックがある。 3-1 ちんぼつせんの おたから 3-2 でてこい きょだいウツボ 3-3 かいていどうくつの おたから 3-4 うかんだフネの あかコイン(DS版は3-5) 3-5 いわのはしらへ ひとっとび(DS版はぶっとべ!いわのはしらへ、3-4) 3-6 ふきだす みずを くぐれ(DS版は3-7) 3-6 いりえの スイッチスター(DS版)