エルゲネコン
拘留者とその後に続く裁判の数が増えるにつれ、人々は何が起きているか察しはじめた。当初は知識人たちが賛成していたエルゲネコン疑惑の捜査は、同じ年のうちに起訴手続きの管理や盗聴などによる不法な証拠の入手によって非難を浴びるようになった。一連の公判が、長期化したAKP政権への批判者や評論家を黙らせるための警告に使われているという主張がなされている。2014年には告発された人々の多くが無罪とされており、専門家によって告発の根拠となった文書の一部が偽物であると証明された。
他方、宗教教育や慈善運動から病院、金融、報道に進出していった社会運動団体「ギュレン運動」の傘下にある、あるいは親エルドアン政権・親AKPのメディアがエルゲネコン疑惑について大きく時間を割いて報道し、捜査を一貫して支援してきたこと、それどころかギュレン運動の構成員が捜査に多く参加していたことも指摘されている。ギュレン運動自体が軍と対立しているわけではないが、トルコで世俗主義の守護者を自任する軍や治安組織に対し、宗教間対話やギュレン学校運営などイスラム主義とみなされかねない活動を積極的に行うギュレン運動は相性が悪いのも事実である。
なおギュレン運動と政府の関係は2013年ごろから悪化し、2014年には政権内で「並行国家」「テロ組織」と定められた。2016年の反乱事件では、実際に発生した一部の軍部隊によるクーデター未遂に際し、エルドアン大統領がギュレン運動の指導者フェトフッラー・ギュレンを黒幕と断定している。
「エルゲネコン」という名前が最初に語られたのはススルルク事件の時で、当時はギャングの一種のような扱いだった。しかしそれ以来、エルゲネコンは危険な方向へ変化してきていると言われている。次にエルゲネコンの名前が出たときはすでに軍人が絡んでおり、アメリカのCIAなどの後押しで設立されたと語られた。実際、エルゲネコン疑惑において主張される「破壊活動や暗殺で社会を不安におとしいれ、一種のパニック状態になった国民が自分たちを支持するように仕向ける」というやり方は、イタリアで行われた情報活動であるグラディオ作戦の手口、また同作戦におけるトルコ支部「コントルゲリラ」の動きに似ているとも指摘されている。
しかし、このようなアメリカ主導の謀略組織を思わせる初期のエルゲネコン像は、現在の実情とはかなり違いがあるとされる。現在のエルゲネコンは古いそれの分派組織であり、証言者によるとエルゲネコンは現在、設立当初の「コントルゲリラ」のような立ち位置を捨て、武装した秘密結社のようにふるまっている。一方で別の見方によれば、エルゲネコン構成員の容疑がかかっている者の一部は実際になんらかの罪を犯したかもしれないが、彼ら全員を共犯者とする組織のようなものはなく、ただ共通しているのはイスラム主義の色が濃いといわれる公正発展党(AKP)やエルドアン政権に反対している点だけである。