神戸電鉄粟生線
三市は、既に多年にわたり粟生線の赤字補填を行っており、乗客数や旅客運賃収入が低迷している以上更に赤字補填を継続することになる可能性が高く、それに加えて資産も買い取るとなると三市の財政負担が非常に大きくなることや、神鉄の試算に示された通り上下分離方式を導入したとしても抜本的な赤字体質からの脱却は実現しないことなどを指摘。仮に神鉄側が資産買い取り価格を下げたとしても受け入れられないとの意向を表明。沿線三市による支援策は行き詰まることになった。
これを受けて2011年12月28日、神戸電鉄本社で神鉄と関係自治体による会合が行われ、兵庫県の主導で新たな支援の枠組みを協議し、2012年1月末までに存続の結論を出すことになった。2012年2月7日に井戸敏三兵庫県知事は定例の記者会見で、兵庫県・沿線三市が神鉄と協定を締結し、2012年度から5年間無利子で40億円を貸し付け、その間に神鉄にコスト削減などの経営努力も求めながら2016年度までに全線の黒字化を促すと発表、2012年度の廃止は免れることとなった。5年間のうち2012年度・2013年度・2014年度の3年間については旅客運輸収入の目標値を定め、中間の年である2014年度にその達成状況を検証した上で、2015年度・2016年度の目標値の設定や助成期間・方法等の再検討を行うことになった。また一定以上の減収があった場合、三木市と小野市が合わせて最大計1億円を収入補填することになった。
また志染駅 - 粟生駅間において平日・土休日ダイヤともさらに昼間・夜間の減便時間帯を拡大。昼間時間帯は9時台から30分間隔、10時台から14時台まで1時間間隔、夜間時間帯は21時台半ばから30分間隔の運行となり、粟生線全体の運行本数は削減された。普通から準急への変更に伴い停車本数の減る有馬線内の準急通過駅(丸山・鵯越)については普通の増発はしなかったものの、有馬線(および神戸高速線)・三田線・公園都市線についてはいずれも全体としては増便となった。神戸電鉄は「輸送実態に合わせた見直し」と説明している。2014年11月には高齢者向けフリーパス「神鉄・高速シニアパス」の販売を2015年3月をもって終了することを決めた。神戸電鉄によると、既存の高齢者の鉄道利用には一定の役割を果たしたものの、アンケート調査の結果バス・自動車利用者からの新規の利用は少なく、鉄道利用者を増やすことにはつながっていないことが明らかになったと説明。またパスは割安な価格設定のため回数券利用等を妨げ、かえって減収減益につながっている可能性があったという。「シニアパス」廃止を受け、神戸市は2015年度より社会実験として市内全域の70歳以上の市民を対象に、一定期間神戸電鉄全線が乗り放題となる割安の乗車券の販売を行い、利用促進の方策を探った。
粟生線の収支は5年間にわたって全く改善しなかったものの、神鉄側の経費節減もあり、神鉄の鉄道事業全体は堅調に推移。既に鉄道事業の経常黒字化を達成しているため、粟生線に対する無利子融資や三木市・小野市による収入補填については延長しないことを決めた。2017年度以降も活性化協議会による利用促進策の推進や、老朽化した車両や設備の更新に関する補助などの支援は継続される。2012年度から行った無利子融資40億円については2017年度内に神鉄が県と沿線三市に一括返済することになっている。
2017年1月13日、神鉄は同年3月に実施するダイヤ変更の概要を発表し、この中で粟生線についてさらなる減便を明らかにした。発表時点で10時 - 15時台に毎時4本運転していた粟生線西鈴蘭台駅 - 志染駅間について毎時2本を減便(西鈴蘭台折り返し化)し15分間隔から30分間隔に変更した(鈴蘭台駅 - 西鈴蘭台駅間、志染駅 - 粟生駅間については変更なし)。これに伴い日中の急行は上りが準急、下りが普通に種別変更され設定がなくなった。
2020年3月14日のダイヤ改正に伴い、三木市独自の施策として、2年間の社会実験として昼間時間帯(10時台 - 14時台)の志染駅 - 三木駅区間が上下各4便増便されている。また神戸電鉄も志染駅 - 小野駅区間で上下各1便増便している。これによりこの時間帯は当路線の三木市内にある駅で、恵比須駅以遠では大村駅を除き上下5便ずつ増便される(大村駅のみ1便ずつの増便)。ただし、利用の少ない昼間時間帯・深夜時間帯を中心に列車の運行が見直されたほか、快速の設定が無くなった。
無利子融資・収入補填などの公的支援終了を受け、2017年4月、活性化協議会は「地域公共交通の活性化及び再生に関する法律」に基づく同年度から2021年度までの地域公共交通網形成計画を策定した。同計画策定に当たり、2017年3月まで沿線住民の意見を募った。沿線住民からは「相次ぐ減便やバス路線との競合により更に利用者が減るのではないか」「バスとの乗り継ぎ改善」「各駅施設・駐車場などの再整備を行って利便性を向上させる」などの声が寄せられた。地域公共交通網形成計画は2017年4月13日の活性化協議会において最終案通り決定されたが、席上募集した沿線住民の意見も紹介され、今後はこれらの声も踏まえて施策を進めることになった。2017年度は「バスとの乗り継ぎを示す時刻表の作成」「車両更新の推進」「全線開通65周年事業の実施」「沿線住民との意見交換会や出前講座の開催」等の重点事業を実施する。活性化協議会は粟生線の収支改善のみに注力せざるを得ない状況が続いており、かねてより沿線住民から要望があった施設の修繕・更新や駅構内の改良・バリアフリー化なども進展しておらず、なお課題が山積している。支援組織「粟生線サポーターズくらぶ」の会員数も減る一方であり、設立当初の3分の1にまで落ち込んでいる。