四国国分
天正15年、九州攻めが完了すると小早川隆景は秀吉の命により伊予一国を返上し、かわりに筑前・筑後および肥前のうち1郡半があたえられ、筑前名島城(福岡市東区)に入部した。隆景の養子秀包は、筑後の一部をあたえられ、天正16年に久留米城(福岡県久留米市)に入った。河野家再興を宿願としていた河野道直は、隆景の転出にともない毛利輝元の孫にあたる妻の実家安芸国竹原(広島県竹原市)へ移り、そこで死去した。かつての伊予国人層が伊予を離れ、没落していったのは、この時期のことと推定される。また、河野通直の病死と西園寺公広の暗殺が相次いで起きていることや河野通直の死去の経緯に関する記述の不自然さ(江戸時代から「生害説」があった)から、豊臣政権が伊予の旧勢力を排除するために同国に影響力を持つ小早川氏を九州へ移封させるとともに、旧領主である通直や公広を殺害した可能性も指摘されている。
隆景の九州転出後は、福島正則が東与・中予地方を中心に11万3,200石があたえられ、太閤蔵入地9万石の代官として入部、南予には戸田勝隆が所領7万石、蔵入地10万石の代官として入部した。また、中予地方の一部は粟野秀用に与えられた。伊予における秀吉の直轄領は計19万石に達し、四国のなかでは突出している。このことは、四国・九州を扼する要地として伊予の地が重視されていたことを物語る。福島正則はのちに尾張国清洲城(愛知県清須市)へ移封され、後嗣のなかった戸田氏が改易されると、伊予には小川祐忠、加藤嘉明、藤堂高虎、池田秀氏が配置された(「補説」節内の表を参照)。なお、小早川隆景が検地を実施したかどうかは明らかではないが、正則と勝隆はともに検地を実施している。 。
服属した長宗我部元親は土佐一国を安堵され、豊臣政権に繰り込まれることとなった。秀吉は、阿波国の大部分を蜂須賀家政、一部を赤松則房、讃岐国の大部分を仙石秀久、一部を十河存保にそれぞれ与えるとともに、伊予国は毛利氏がかねてより領有を主張していたのに配慮して小早川隆景、安国寺恵瓊、来島通総らを封じた。毛利氏は、以前より伊予国守護家の河野氏と縁戚関係を結んで四国地方に勢力を拡大しようとしており、四国攻略戦の際には、秀吉軍の一部として小早川隆景と吉川元長率いる大軍を伊予国に送っている(伊予では「天正の陣」と称される)。毛利氏はすでに3月の紀州攻めでも水軍を送っているので、このとき、明白に秀吉の軍事行動に動員される服属大名となった。なお、淡路国には脇坂安治と加藤嘉明が封じられた。
こうして、南海道は、紀伊に羽柴秀長、土佐に長宗我部氏、伊予には毛利麾下の大名、讃岐・阿波・淡路には豊臣系の諸大名が配されることとなった。