守護使不入
だが、戦国時代に入り、幕府の権威は低下して下剋上によって幕府の力に依存せずに自力で領国を形成した戦国大名達はこの特権を否定し始めるとともに、自らの権限としてこれを付与あるいは剥奪を行うようになっていった。更に幕府によって出された守護使不入の規定に従ってきた守護大名の中からも領国の維持を名目に幕府による守護使不入の権利を公然と否定する措置を取る者が出るようになった。
例えば、明応7年(1498年)、越後守護上杉房能は、越後国内において守護使不入の主張を認めない事を宣言し、永正年間には駿河守護今川氏親が幕府の許可を得ずに遠江守護斯波氏を追って同国を支配して守護使不入地に対しても検地を行った。その後、その子・義元は、天文22年(1552年)の分国法「今川仮名目録追加」において現在の今川領国の秩序維持を行っているのは足利将軍家ではなく今川氏そのものであることを理由に、幕府権力による守護使不入地を全面否定したのである。これは、今川氏は既に室町幕府の権威によって領国を統治する守護大名ではなく、自らの実力によって領国を統治する戦国大名であることを明確に宣言したものでもあった。