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2022年4月に『新高等地図』の内容に対し、学校の教員から複数の誤りの箇所が指摘された。誤記や位置の誤りが約50カ所、索引と地図との間での表記の不一致が約600カ所、社会情勢の変化に伴う地名変更の修正漏れが約150カ所など、計1200箇所あった。2022年10月に文科省に訂正申請し、教科書を使っている学校に謝罪。2023年1月から訂正済みの教科書を再配布した。2023年2月6日時点で、全国で使用されている約36,000冊のうち、約25,000冊の再配布の要望があった。
多数の訂正が生じた理由として、新学習指導要領に合わせて内容が大規模に改訂されたことと、新型コロナウイルスの影響で在宅勤務が増え、協力会社である編集プロダクションとのコミュニケーションも不足し、校閲作業が不十分になったことが報じられている。同社は「多くの訂正箇所が残ったまま教科書が配布されたことは大変申し訳なく、痛切に反省している」とコメントしている。
この『新高等地図』は、2020年4月に文部科学省の教科書検定に提出され、2021年3月には、合格していた。文部科学省の担当者は「こうした結果になったことは遺憾だ。検定結果が不適切だったとの認識はない。最終的に網羅的な校正は教科書会社の責任で行われるものだと考えている」との見解を示した。
2023年8月9日、同社は『新高等地図』 を2026年度で廃刊にする事を発表した。