後鳥羽天皇
建久3年(1192年)3月までは、後白河法皇による院政が続いた。後白河院の死後は関白・九条兼実が朝廷を主導した。兼実は源頼朝への征夷大将軍の授与を実現したが、後に頼朝の娘の入内問題から後鳥羽天皇と関係が疎遠となった。これは土御門通親や丹後局の策謀によるともいわれる。建久7年(1196年)、通親の娘に皇子が産まれたことを機に政変が起こり、兼実の勢力は朝廷から一掃され、兼実の娘・任子も中宮の位を奪われ、宮中から追われた(建久七年の政変)。この政変には頼朝の同意があったともいう。また兼実の過度な権勢や院近臣家出身の国母七条院(藤原殖子)に対する無礼などが後鳥羽天皇の怒りと不信を招いた面もあったとみられる。
承久3年(1221年)5月14日、後鳥羽上皇は、時の執権・北条義時追討の院宣を出し、山田重忠ら有力御家人を動員させて畿内・近国の兵を召集して承久の乱を起こしたが、幕府の大軍に完敗。わずか2か月あとの7月9日、19万と号する大軍を率いて上京した義時の嫡男・泰時によって、後鳥羽上皇は隠岐島(隠岐国海士郡の中ノ島、現海士町)に配流された。父の計画に協力した順徳上皇は佐渡島に流され、関与しなかった土御門上皇も自ら望んで土佐国に遷った。これら三上皇のほかに、院の皇子雅成親王は但馬国へ、頼仁親王は備前国にそれぞれ配流された。さらに、在位わずか3か月足らずの懐成親王(仲恭天皇、当時4歳)も廃され、替わって後鳥羽の同母兄行助入道親王(守貞親王)の子である茂仁王が皇位に即き(後堀河天皇)、皇位を践んでいない行助入道親王が法皇として治天として院政を執ることになった(後高倉院)。