ヒトマイクロバイオーム
大腸には特に多数の細菌が生息しており、重量は体重70kgの成人男性で0.2kgに過ぎないが、細胞数では約40兆に及ぶと推定されている。この数は個人の全細胞の数を超える。マイクロバイオーム研究の中でもヒトマイクロバイオームは疾病等との関連性から重点的に研究が進められてきた。その中でも腸内細菌叢に関する研究が特に焦点を当てられてきており、腸管に沿って腸内細菌叢の構造が変化することや、様々な疾病との関連が明らかにされている。同様に、口腔、皮膚、膣などの微生物叢も疾患との関連などから研究されてきた。また、ヒトの微生物叢の大規模な調査として、アメリカのHuman Microbiome ProjectやヨーロッパのMetaHITなどの国家規模のプロジェクトが実施されている。
ヒトの微生物叢は腸管、口腔、皮膚、膣といった部位ごとに、構成する細菌種が異なり、例えば他者間のヒト腸管の微生物叢を比べた場合と、同一個人で腸管と口腔の微生物叢を比較した場合、前者の方が互いに類似性が高い。
膣微生物叢は偏った構造を持っており、構成種の大半がラクトバシラス属に属する細菌である。一方でラクトバシラス属には様々な種が含まれており、個々人間でもラクトバシラス属内の種の多様性は大きく異なる。また、膣の微生物群集は5つ以上の community state type (CST) と呼ばれるグループに分類することができ、それぞれ異なるラクトバシラス属菌 (L. crispatus, L. iners, L. jensenii, L. gasseri) のいずれか、またはGardnerella vaginalisを含むその他の細菌が優占している。膣微生物叢の組成はpHの影響を受け、pHが高くなるとラクトバシラス属の減少が認められる。
ラクトバシラス属は乳酸を産生することでpH3.5-4.5の酸性環境を整えており、これが膣を有害な病原体から守ると考えられている。細菌性膣炎は膣の疾患で、悪臭を伴う、白色粘稠の分泌物が症状として認められる。細菌性膣炎では、pHが上昇し、ラクトバシラス属が減少する一方で、Gardnerella vaginalisなどラクトバシラス属以外の細菌が増加することが知られる。