ハプスブルク家
一方で婚姻による所領の流失にも敏感であった。そのため、叔父と姪やいとこ同士(二重いとこの場合もあった)という血族結婚を数多く重ね、一族外に所領が継承される事態を防ごうとした。その結果、17世紀頃には誕生した子供の多くが障害を持っていたり、幼くして死亡するという事態が起こった。カール5世以降、下顎前突症(歯を見せたときに上の歯より下の歯が前にある。所謂「ハプスブルクの顎」)の人物が一族に多くなっており、カール5世は不正咬合により食事は丸呑み状態であったことが伝えられている。特にスペイン・ハプスブルク家ではカルロス2世のような虚弱体質・知的障害を併せ持った王位継承者を誕生させ、スペイン王位をブルボン家に渡すこととなった。そのブルボン家も血族結婚を古くから重ねており、ブルボン家とハプスブルク家の間で頻繁に婚姻が行われるようになると、双方で夭折したり、成人に達しても身体に障害を持った人物が続出した。
しかし、ハプスブルク家には強固な当主の概念があったため、外戚に家を乗っ取られることも、また一族内で争いが起こることもまれであった(甥に暗殺されたアルブレヒト1世、フリードリヒ3世・アルブレヒト6世兄弟やルドルフ2世・マティアス兄弟の争いといった例はある)。
第一次世界大戦中、ウッドロウ・ウィルソン大統領のアドヴァイザーを務めた情報将校のウォルター・リップマンは、大統領に「ハプスブルク帝国を解体してはならない」と進言し、十四か条の平和原則にも同帝国存続の項を盛り込んだという。オーストリア=ハンガリー帝国が崩壊して第二次世界大戦が起きたあとには、「これが中欧の政治的均衡を破壊し、ヒトラーへの道を開いた」と主張していた。
1438年にアルブレヒト2世が、次いで1440年フリードリヒ3世がローマ王になってからは王位をほぼ世襲化することに成功し、1508年にマクシミリアン1世がローマ教皇から戴冠を受けずに皇帝を名乗り始める。フリードリヒ3世の時代は皇帝とは名ばかりで権威も権力も財力もなかったが、マクシミリアン1世はヴァロワ=ブルゴーニュ家への婿入りに近い形で当時のヨーロッパ最大の富裕・繁栄を誇ったブルゴーニュ領ネーデルラント、ブルゴーニュ自由伯領(フランシュ=コンテ)を、その子世代の婚姻関係によってスペイン王国、ナポリ王国、シチリア王国などを継承し、皇帝カール5世の下でヨーロッパの一大帝国を現出させた。当時のスペインは中南米を植民地として支配していたため、カール5世の領土は「日の沈まぬ」大帝国であった。さらにカール5世の弟フェルディナント1世がハンガリー王、ボヘミア王に選出されたため、ハプスブルク家は東欧における版図を飛躍的に拡大した。
カトリックの擁護者としてプロテスタントと戦ったカールは、1521年に祖父マクシミリアン1世の所領を弟フェルディナントと分割した。また、父フィリップ美公や母フアナ女王を通じて相続した所領は1556年に息子フェリペ2世に継がせた。こうしてハプスブルク家はスペイン系ハプスブルク家とオーストリア系ハプスブルク家に分かれた。1549年に取り交わされた協定で弟フェルディナント1世の子孫が神聖ローマ皇帝位を世襲することになった。