イスラム・カリモフ
宗教に対しても強いスタンスで対峙した。独立系イスラム教に対し規制を強化した。1998年、過激派を防ぐという名目で宗教を制限する法律を採択しモスクを事実上の国家支配下に置いた。
1999年2月16日、タシュケントで爆破事件(ウズベク語版、英語版)が発生。政府はこれをカリモフ暗殺の試みとみなし、ウズベキスタン・イスラム運動(IMU)の仕業だと非難し、大規模な一斉捜査や投獄を行った。ステートメディアによる反IMUプロパガンダも行われた。しかし明確な証拠が出てこず、単にウズベキスタン国民の権利が損なわれただけに終わった。
2001年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件以降、「テロとの戦い」という文脈で、イスラム原理主義や過激派の脅威を排除するために数千人のイスラム教徒と、独立系の宗教指導者を恣意的に投獄した。熱湯を浴びせられて殺害された例も報告された。