コウマクノウキン門
コウマクノウキン類の核分裂は完全に閉鎖型であり、核分裂中に核膜は極部分も含めて維持される。これは、ツボカビ門の核分裂において極部分の核膜に開口部(極窓)ができることと対照的であり、より派生的な菌群(接合菌、担子菌、子嚢菌)に似ている。
またコウマクノウキン類は典型的な層状のゴルジ体もたず、この点でも派生的な菌類に似ている。ただしコウマクノウキン門の初期分岐群であるフィソデルマ類は層状のゴルジ体をもつ。
有性生殖が知られているものでは、コウマクノウキン門の菌類は基本的に単相(染色体を1セットもつ)の配偶体(gametothallus, gametophyte)と複相(染色体を2セットもつ)の胞子体(sporothallus, sporophyte)の間で世代交代を行う(下図2)。配偶体と胞子体がほぼ同形同大であるもの(同形世代交代)から一方の世代が小さいもの(異形世代交代)があるが、一方の世代を欠くものもある。
配偶体は配偶子嚢を形成し、その中に配偶子をつくる(上図2a, b)。相補的な性(配偶子に大小がある場合は雌雄とよばれる)の配偶子嚢が別々の菌体に形成されるもの(雌雄異体)と、同じ菌体に形成されるもの(雌雄同体)がある。配偶子は後方1本鞭毛をもち、相対する性のものが同じ大きさである場合(同型配偶子; 上図2b)と、大小(雌雄)が明らかである場合(異型配偶子; 上図2a)がある。雌雄の分化がある場合、雄性配偶子嚢と雄性配偶子はカロテンを含み橙色を呈することがある。接合後の接合子は2本の鞭毛を残して遊泳し (動接合子 planozygote)、着生して胞子体へと成長する(図2a, b)。