長枝誘引
最大節約法や最尤法などの形質状態法は枝ごとの進化速度の一定性を仮定していないものの、先述の通り多重置換を過小評価してしまう傾向にある。特に多重置換を全く考慮しない最節約法においてこの影響は大きい。例えば、Graur et al. (1991) では10種類のタンパク質のアミノ酸配列を用いてネズミがモルモットよりもヒトに近縁であるとし、齧歯目の単系統性を否定した。しかし解析に用いられたリポタンパク質リパーゼの進化速度がモルモットにおいて大きくなっていることが Hasegawa et al. (1992) で指摘され、長枝誘引の強い影響を受けたことが明らかにされた。最尤法においても、多重置換を正しく評価できない進化モデルを適用された場合に誤った系統樹が導かれる。
稲垣 (2007) によると、最大節約法は強く長枝誘引の影響を受け、データサイズが大きい場合に顕著となった。最尤法では、進化モデルが真の歴史と解析において合致する場合にデータサイズの増大に伴って長枝誘引の影響を除去できた。