赤塚駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅である。2・3番線ホームには、Suica専用のグリーン券売機がある。2番線は上下両用の待避線で、土休日のみ上り1本が使用する。上りの朝4本と夜時間帯のときわ号が当駅に停車する。
橋上駅舎を備える。改札口は一箇所で、南北自由通路により北口・南口に連絡している。改札口横に、改札内外どちらからも利用できるKIOSKが置かれている。北口は小さなデッキになっており、再開発ビルや水戸市営の駐車場・駐輪場と接続している。駅舎改築に合わせてバリアフリー対応がなされ、地上と改札階間、改札階とホーム間とすべてにエレベーターが利用できる。
JR東日本ステーションサービスが駅業務を受託する業務委託駅であり、友部駅が管理する。みどりの窓口・Suica対応自動改札機・指定席券売機が設置されている。