霊元天皇
近衛基熙は御禊行幸の中止は神慮にかなわないとして反対し、霊元の兄の尭恕法親王もこの大嘗祭は朝廷も幕府も誰一人納得しておらず、神を欺くものであると強く批判した。このため、次の中御門天皇即位の際には大嘗祭は行うことはできず、再び中絶することとなる。霊元はこの他にも石清水八幡宮放生会や賀茂祭の再興を行っている。
霊元は太上天皇となった後、仙洞御所に入って院政を開始し、以後仙洞様とよばれるようになる。霊元の院政は後水尾院政と異なり、朝廷の機構を掌握するのではなく、仙洞御所に別個の機構を確立して、そこから朝廷機構に指示を下すというものであり、以降江戸時代の院政の慣行となる。仙洞御所では霊元の意思で選定された院評定が合議を行い、霊元に任じられた院伝奏が幕府と連絡を取り扱った。また朝廷の主宰者であるという意識を強く持っており、東山天皇が成人するまで本来天皇が行う儀式である四方拝を仙洞御所にて行っている。
これら霊元の姿勢は朝廷執行部との確執を生んだ。元禄元年(1688年)10月、霊元と対立していた近衛基熙の正室常子内親王から霊元に対して基熙が左大臣を辞退する意向であることが伝えられている。表向きの理由は長年左大臣を務めたことで他の者が昇進できなくなっていることや譲位に関連する儀式が終わったことを上げている。しかし、霊元は将来的には基熙が関白に就任すべきであるとして慰留をしながらも、基熙の本心は関白昇進を一条冬経に先を越されたことで面目を失ったからだと指摘し、基熙が関白になれなかったのは「神慮」であると述べて却って基熙を憤慨させている(『基熙公記』元禄元年10月26日条)。