連合国軍最高司令官総司令部
連合国軍による最初の仕事は、日本全国の軍施設に進駐し日本軍の武装解除を進めることであった。イギリス軍やアメリカ軍により残存していた使用可能な兵器類は全てスクラップ、もしくはテストのために持ち去られ、その一方で施設としての軍用地はその多くを駐留軍が引き継ぎ、占領政策の礎とした。例えば、当時の最先端科学分野で日本が著しい進歩を遂げていた理研のサイクロトロン研究や、ロケット戦闘機「桜花」、巨大潜水艦など根こそぎ接収され、それらの研究環境も破壊された。日本の研究所の調査を担当した米国の科学者らは、日本のサイクロトロン実験設備を詳細に見てそのレベルの高さに驚き「なぜ日本は原子爆弾を製造しなかったのか」と疑問を呈し、英国もGHQ最高司令部宛てに「鍋釜以外は日本に作らせるな」と申し入れをした記録も残っている。
物理的な軍事力剥奪の次に進めたのが法的な整備であり「国民主権」「基本的人権の尊重」という民主主義の基本を備えると共に、「戦争放棄」を謳った憲法(日本国憲法)を作成し日本政府に与えた(日本の戦争放棄は幣原喜重郎首相も考えていたとマッカーサーは記録している。また、幣原は自らの著書である『幣原喜重郎―外交五十年』のなかで、戦争放棄や軍事力の解体を考えていた事を明らかにしている)。また、天皇・皇室の神聖性の除去、国家神道の廃止、軍国主義教育の廃止、第六潜水艇に代表される多くの軍人の顕彰施設の破壊など、明治からの社会思想を解体した。
法務局(LS)
公衆衛生福祉局(PHW)
民政局(GS:Government Section 政治行政)
民間諜報局(CIS:Civil Intelligence Section)
天然資源局(NRS:Natural Resources Section 農地改革など)
経済科学局(ESS:Economic & Scientific Section 財閥解体など)
民間情報教育局(CIE:Civil Information & Educational Section 教育改革など)
統計資料局(SRS)
民間通信局(CCS:Civil Communication Section)
1946年1月段階で11部局、後に14部局へ拡大している。GHQ/AFPAC側の幕僚部に、法務部(JA)、監察部(IGS)、医務部(MS)、防空部(AAS)、通信部(SS)、兵器部(OS)、広報部(PRS)など各部が置かれていた。「非軍事化・民主化」政策で主導権を発揮したGSはルーズベルト政権下でニューディール政策に携わった者が多数配属されて日本の機構改造に活動した。GSとG2は日本の運営を巡って対立し、GSは片山と芦田両内閣を、G2は吉田内閣をそれぞれ支持して政権交代や昭和電工事件に影響し、逆コース以後は国務省の意向も踏まえG2が勢力を広めている。