真言律宗
叡尊は荒廃した既存仏教に対する批判から律宗の覚盛とともに、これまで国家が定めた手続きによる方法しか認められていなかった出家戒の授戒を自らの手で行った(自誓授戒)。その後、戒律に対する考え方の違いから覚盛と一線を画するが、彼の依頼による西大寺再興を引き受けて、続いて海龍王寺・法華寺・般若寺などの再興に従事して、朝廷の許可なくして独自の戒壇を設置した。
続いて弟子の忍性が登場して叡尊が十分に達せられなかった民衆への布教に才覚を示して、鎌倉に極楽寺を建立した。
これが真言律宗の起源であるが、当初叡尊自身やその門人は真言宗の再興の一環として出家戒を基とする律宗再興を図ったものであり、自らを真言宗の一派である「西大寺流」として規定して行動していた。しかし、当時においては律宗の新派と見られていた。なお、叡尊の行動は通説では旧仏教内部からの改革運動と位置づけられているが、近年ではこれを真言宗・律宗の枠を超えた新宗派であるとして「鎌倉新仏教」の1つと見る説もある(「鎌倉仏教」参照)。
後継者である信空・忍性は朝廷の信任が厚く、諸国の国分寺再建(勧進)を命じられてこれを末寺化するなど、教派の拡大に努めた。自身に厳格で寺院再建のノウハウを積んだ真言律宗の僧侶主導の勧進活動に対する評価の上昇はやがて他の律宗諸派再興の動きを促し、一時は真言律宗を含めた律宗は禅宗・浄土宗などと勢力を分けて日蓮より「律国賊」との非難を受けるほどであった。
特筆されるべき事は叡尊・忍性による救済活動が非人、貧民、らい病患者に対するものであり、その数が数万人に達していたことであろう。また元寇における元軍の撃退も叡尊・忍性の呪法によるものであったと認識されていた。