パズルボブル
1人用モードの総ステージ数が全120面に増加しており、途中セーブが可能。スーパーファミコン版のような特殊バブルやボスステージは一切ないが、代わりに3段階の難易度設定があり、高難易度や終盤のステージになると下から追加のバブルが送り込まれてくるという、対CPU戦の要素を併せ持った内容になっている。エンディングはアーケード版準拠。
SFC版と同じ「記録にチャレンジ」モードも収録。また、2人用の対戦モードは対人戦のみだが、ネットワーク対戦に対応。
iPhone / iPod touch版はタイトルこそ第1作と同じであるが、バブルンがちゃっくんの家族を助けるために6つのドーム(各30面)を旅するというストーリーになっている。操作はスリングショット(『ひっぱって!!パズルボブル』)と、指でバブルをはじくタップショットの2つ。Bluetoothを用いた対戦モードやエンドレスのとことんモードも搭載されている。