シーサイドライナー (列車)
1999年3月13日のダイヤ改正時で、「シーサイドライナー」のうち2往復を特急に格上げする形で運行を開始した。大村線ハウステンボス駅以南での優等列車の運行は1988年3月に急行「平戸」が廃止されて以来11年ぶりで、特急が設定されるのは初めての事。 佐世保駅 - 長崎駅の所要時間は85分前後で、「シーサイドライナー」よりも停車駅を絞り、20分程度の所要時間短縮が図られた。
しかし、2003年3月14日のダイヤ改正で「シーボルト」は「シーサイドライナー」に格下げされる形で廃止された。
なお、2000年 - 2001年の年末年始から「シーボルト」自体が廃止されるまで、ハウステンボスのカウントダウンイベント向けの臨時特急「カウントダウンシーボルト」が運行されていた。12月31日に長崎駅→早岐駅間、1月1日にハウステンボス駅→長崎駅間の列車が運行された。