続日本紀
政治的配慮は、桓武天皇の治世の記述において顕著である。天皇の心痛となった早良親王廃太子の記事は、事件の発端となった藤原種継暗殺事件とともに、いったん記載されたものが後に削除された。削除部は平城天皇の代に復活したが、嵯峨天皇によって再び消されて今に至る。消された部分は『日本紀略』に採録されている。この背景には早良親王が怨霊になったとする説と関係があると言われている。
また、藤原広嗣の乱における謀反人・藤原広嗣に対する好意的な記事や宇佐八幡宮神託事件及び道鏡に関する記述に政治的意図が含まれているという説もある。これとは別に、編纂過程で30巻分あった内容を20巻分に圧縮されているため、重要な内容でも削除された記述があるのではないか、とする指摘もある。ただし、『日本書紀』と比べれば、続紀の信頼性はずっと高いと考えられている。“天平文化”をとりまく諸側面を解明し、本格的な実録として最初に整備された史書である。
『続日本紀』には、『官曹事類』と『外官事類』が付属した。前者は本文に掲載しなかった文書類を原文そのままに項目別に配列したもの、後者は内容不明でおそらく前者に似たものであろう。どちらも失われた。