木曜ミステリー
開始当初は20:00 - 20:54(JST、以下略)に放送していた。
1999年7月から2000年3月までの9カ月間は関東地方のみ19:59 - 20:54の放送で、1分間放送が長かった。2000年4月から9月までは『ニュースステーション』が21:54からのフライングスタートに伴い、ネット局全局でそれまでより6分早まった19:54 - 20:48に放送されていたこともあったが、同年10月から再度20:00 - 20:54に戻った。
なお2012年10月 - 2013年6月の間、回によってはテレビ朝日ほか一部系列局において通常より2分繰り上げて19:58開始とすることがあった(その他のテレビ朝日系列局では通常通り20:00からの放送)が、2013年7月以降、テレビ朝日ほか一部系列局において通常編成時には従前より2分繰り上げ・拡大の19:58開始に変更した(その他のテレビ朝日系列局では変わらず20:00から)。2015年4月よりフライングスタートを廃止し、全ネット局で20:00開始(フルネット局では2分短縮)に変更された。
2003年10月期には「開局45周年記念」として京都以外が舞台となる『西部警察2003』が全10回で放送予定だったが、ロケ先の名古屋での撮影中の事故により制作および放送が中止となり、急遽2004年1月期からスタート予定であった『新・京都迷宮案内』が繰り上がった。また、この影響で2004年に放送された『異議あり!女弁護士大岡法江』は東京が舞台となった。
2006年1月5日に新春サスペンス特別企画として、『黒いバッグの女』が放送された。「月刊ドラマ」誌2006年1月号に掲載された脚本の西岡琢也の言によれば、長年、連続ドラマ『京都迷宮案内』を手掛けてきたご褒美に何か一つ、自由に書いていいと言われて企画がはじまったドラマだという。この出演者には、橋爪功や名取裕子など、歴代作品の主役や準主役級が出演し、設定上にも「京都日報」などが登場した。なお、「京都日報」は木曜ミステリーにおいて新聞が小道具として使用されるシーンに頻出し、主人公の購読紙となっている作品(新・科捜研の女シリーズなど)もある。
2010年4月22日放送分からのジャンクションは直前番組『いきなり!黄金伝説。』の出演者(ココリコほか)が「『黄金伝説。』の後は『木曜ミステリー、○○』!」と言う演出になった。また、直後番組『木曜ドラマ』へのジャンクションは主演者が「『○○』の後は、『木曜ドラマ、○○』」と言ってから行う(こちらも『木曜ドラマ』を省く場合もあり)。
日本テレビ系『ぐるぐるナインティナイン』のコーナー『グルメチキンレース・ゴチになります!
京都迷宮案内[2] 出演:橋爪功、的場浩司、大路恵美、北村総一朗、野際陽子ほか
別れる2人の事件簿 出演:片平なぎさ、布施博、豊原功輔、仁藤優子、トミーズ雅ほか
京都潜入捜査官 出演:名取裕子、渡辺えり子、河相我聞、阿南健治、ベンガル、小野武彦ほか
科捜研の女[2] 出演:沢口靖子、小林稔侍、内藤剛志、伊藤裕子、今村恵子、羽野晶紀ほか