長講堂
当寺の起源は後白河法皇が仙洞御所に建立した持仏堂であった。その後、寿永2年(1183年)に法皇が六条西洞院にあった平業忠邸に入り、そこを御所・六条殿とすると、その地に持仏を移して新たに持仏堂を建立し長講堂と名付けた。また、六条長講堂とも呼ばれる。「長講堂」は本来は「法華長講弥陀三昧堂」と呼ばれ、法華経を講義し、阿弥陀仏を念じるための施設を指す一般名詞で同名の持仏堂が複数あった。しかし、後白河法皇のものがもっとも著名で後世に伝わったために、長講堂といえばこの施設を指すようになった。
文治4年(1188年)に火災で六条殿とともに焼失するが、後白河法皇は直ちに諸国に命じてその年のうちに再建した。建久2年(1191年)、法皇は42か国89か所に及ぶ自己の荘園を長講堂に寄進し、翌年の死に先立って長講堂ごと娘の覲子内親王に譲渡した。これらの所領群は後に「長講堂領」と呼ばれ、内親王の没後に紆余曲折の末に後深草天皇およびその子孫である持明院統が継承した。承元2年(1208年)に再び六条殿と長講堂が焼失すると、覲子内親王は一時土御門東洞院殿(現・京都御所)に移り、長講堂もその中に移転している。