日本格闘競技連盟
以下のような、過去にもめごとを起こした団体は、いずれも今日ではドン・キホーテという同一企業をスポンサーを持ち、いずれも当連盟に集っている。
修斗対パンクラス - 2002年5月11日のパンクラス興行に修斗選手が参戦することを巡り、諍いが起こった。修斗では「パンクラスの大会に出場した選手は修斗ライセンス剥奪(交付していない場合は今後の交付不許可)」という決定をした。しかしいつの間にかその決定は無きものになっている。ワールドパンクラスクリエイトが崩壊し現会社に移行する前後に、修斗選手がパンクラスに普通に出場するようになり、2009年11月23日の修斗にパンクラス選手が大挙して出場。
修斗対SRC - 2008年末、SRCが企画した「戦極育成選手トライアウト」で、合格した育成選手への報償として「アマチュア修斗への出場をコーディネート」と発表したが、これは修斗側の了承を経ないものであった。両者が協議し、2009年2月ごろ和解し共同でビジネスを企画することとした。
また、本連盟設立後の大きなイベントは、2009年12月31日の格闘技興行であったが(Dynamite!! 〜勇気のチカラ2009〜は予定通り開催)、SRCとFEGが同日開催を取りやめてDynamite!!に一本化するまでのいきさつから青木 腕折り事件、その後の抗議文提出まで、むしろ傘下団体間の軋轢が高まった感がある。しかし連盟そのものには打撃を与えていない。