エルコンドルパサー
相当強い勝ち方ですよ」と称賛し、野平祐二は1コーナーまでに馬を控えさせた蛯名の騎乗を称賛すると同時に、柴田が用いた正攻法という表現について、「2400mのレースでまともに競馬をやってちゃんと勝たせたのだから、すごいわけよ」と称している。
秋は2戦のみという予定に沿って年末のグランプリ競走・有馬記念へは出走せず、当年はこれで終えた。渡邊は「欧州の競馬などを見ていても、本当のオープン馬というものは数を使わないものだと思う。あえて言えば、ここで有馬記念を使わないことも馬主としての見識」と語った。また、「日本で一番馬券の売れるレースは有馬記念だが、世界的な視野で見たら日本の最高レースはジャパンカップであり、そちらを勝ったのだからあえて無理をすることもない」という考えもあったとしている。なお、有馬記念は復帰から2戦を経て復活したグラスワンダーが的場を背に優勝した。
当年の年度表彰・JRA賞において、エルコンドルパサーは皐月賞と菊花賞に優勝したセイウンスカイを抑え、最優秀4歳牡馬に選出された。一方、狙っていた年度代表馬には年間5戦4勝、うち日・仏でGI競走3勝という成績を挙げたタイキシャトルが208票中174票獲得という大差で選出され、エルコンドルパサーは11票獲得にとどまった。
仮定の負担重量数値で各馬の序列化を図るJPNクラシフィケーションでは、ジャパンカップでの走りが国際的に高く評価され、Lコラム(2200-2700メートル)で126ポンドの評価を獲得。日本国内ではMコラム(1400-1800メートル)122ポンドのタイキシャトルとサイレンススズカを上回った。この数値はLコラムに限ればイギリスダービー優勝馬ハイライズ(127ポンド)に次ぎ、フランスの凱旋門賞優勝馬サガミックスと並ぶ世界第2位の評価であった。
年度代表馬への投票はスペシャルウィークが83票、エルコンドルパサーが72票という結果だったが、得票1位が投票選出の規定となる過半数(107票)に達していなかったことで、11人で構成された選考委員会で審議されることになった。委員会ではまず最優秀5歳以上馬を誰にするかという審議が行われ、最初の採択でまずグラスワンダーが落選。次いでエルコンドルパサーとスペシャルウィークの間で決選投票が行われ、7対4でエルコンドルパサーが最優秀5歳以上牡馬に選出された。さらに「年度代表馬は各部門賞馬から選ぶ」という規定に沿い、年度代表馬投票で1票を獲得していたエアジハード(最優秀短距離馬・父内国産馬)との間で審議が行われた結果、満場一致でエルコンドルパサーが年度代表馬と決定した。ただしこの結果は議論を呼び、スペシャルウィークの調教師・白井寿昭や伊藤雄二といったホースマンからも異議が唱えられた。作家の木村幸治はこの結果について「スペシャルウィークも武豊も見事だった。しかし『日本競馬人が、エルコンドルパサーと蛯名正義のフランスでの仕事を"フロック"と評価した』と世界から誤解されないために、世界にしっかりと敬意を表す意味で選んだのではなかったか」と述べている。
JPNクラシフィケーションにおいては、日本調教馬として過去最高の134ポンドの評価を得た。これはモンジュー、デイラミの135ポンドにこそ及ばないが、古馬のLコラム(2200-2799メートル)では世界最高評価であり、歴代の凱旋門賞優勝馬と比較しても遜色のない数値であった。
なお、当年は馬主の渡邊に対しても東京競馬記者クラブ賞が贈られたほか、フランスにおいてはその年の競馬界で最も顕著な活躍をしたホースマンに贈られるゴールド賞を、翌年3月にはアメリカのケンタッキー競馬協会より最優秀生産者賞が贈られた。