ゴジラ (ミレニアムシリーズ)
手塚によれば、脚本段階では本作品のゴジラを弱いという意見も挙がっていたが、完成作品を観てからは何も言わなかったという。
上半身メカニカルは喜多川自らが操作している。モスラの羽ばたきに押されるシーンは、下半身のみの着ぐるみに強風を実際に当てて、ロープを喜多川が掴んで踏ん張りつつ、アップ撮影で足の芝居を行っている。特殊技術の浅田英一は、ゴジラは重量感が重要であると述べており、初代ゴジラに近いイメージであったと語っている。
原子力潜水艦に取り付くゴジラは、小型の造形物で撮影され、台車にカメラを載せて敷いたレールを移動させた。ブリッジ越しに見えるゴジラは、背びれの造形物や着ぐるみを使って撮影された。
浮上するシーンでは、水中に沈めた装置で喜多川が入った着ぐるみをリフトアップさせている。
機龍に背負投げされるシーンは、喜多川が入ったスーツをワイヤーで吊っている。当初は中に人は入らない予定であったが、浅田はマネキンを入れても死んだゴジラになってしまうと考え、安全性をテストした上で本番に至った。
戦車やメーサー車部隊と戦うシーンは、1984年版『ゴジラ』での晴海埠頭の部隊が全滅するシーンの再現となっている。
ナイトシーンでは、霧をスーツ表面に吹いてツヤを出している。
ゴジラが東京タワーを破壊するのは本作品が初である。前作の時点でも検討されていたが、東京タワーが地上波デジタル放送用のアンテナ工事のためにネットがかけられており、断念していた。
喜多川は、ゴジラの動きについて菊地の意向を受け、vsシリーズのようなどっしりとした感じを志向していた。しかし、戦闘シーンでは必死になりそれどころではなくなってしまい、悔しさも感じたが、その一生懸命さは撮ってもらえたので良かったと語っている。
喜多川は、ゴジラが機龍を仲間と思っているため、初遭遇シーンでは相手の出方を威嚇をせずに待つという姿勢で演じていたという。そのため、喜多川は手を完全に降ろして戦う意志がないことを示したかったが、菊地の意見により不採用となった。完成作品を観た喜多川は、シーンが短かったためにゴジラが逃げ出したように見えたと述べている。菊地も反省点としてもう少し手の芝居をさせた方が良かったと述懐している。
冒頭のシーンは、台風の中で暴れるゴジラを観たいという手塚により提案されたもので、ゴジラを早く出すことも意図していた。
73式戦車を踏みつぶすカットでは、下半身のみのスーツを喜多川が着用し、片足立ちの体勢を助監督の清水俊文の手を借りて支えている。
喜多川は、中でレギュレータを咥えて撮影に挑んだが、吊り上げられる際にレギュレータが外れてしまい、足も固定されている上に水を吸って重くなっているため、バランスを崩すと足が折れそうであったといい、本作品の撮影で最も恐怖を感じた場面であったと語っている。
海中を泳ぐシーンでは、ゴジラを初めてフルCGで描いている。上陸シーンでも、ヘリコプターで空撮した実景映像にスーツのゴジラを合成するなど、デジタル合成が多用されるようになった。冒頭の尾で薙ぎ払われる居酒屋は、実物大セットの映像にCGの尾を合成している。実物大セットは、黒幕を巻いたユンボのアームを尾に見立てて壊している。
CGの制作にモーションキャプチャを用いることも検討されたが、活用できる場面が少ないため、モデリングやアニメーションは手作業での制作となった。泳ぐシーンの動きは、他作品との差別化からイグアナのような横振りの動きに映画『エイリアン4』でのエイリアンのような縦の動きを加えたものとなった。
砂浜の足跡は、重機を用いて実物大のものが掘られた。足跡がCGだと思われたくないという大河原の要望により、波打ち際で作ることが検討されたが、掘ると海水が出てきてしまうことや中で俳優が芝居を行う都合などから、実際には波打ち際から離れた場所で掘られた。
また、助監督の清水俊文からの提案により、スーツ内にトランシーバーが装備され、外部からの声が聞き取りづらい火薬使用時の撮影でも指示が通りやすくなった。
撮影では新規造形のアップ用スーツのほか、機龍ゴジを改造したアクション用スーツ、眉丘や瞼が動いて顔の表情の動きを表現するスーツアクターは入らないアップ用上半身メカニカル、上半身と下半身のスーツが使用された。海用スーツの背びれも前作のものを流用している。機龍とともに飛び去るカットでは、1/2モデルも使用された。
モスラの糸に巻かれた状態は、袋状にした半透明の繊維をスーツに被せ、モスラの糸と同じく溶かした発泡スチロールを加工している。機龍に空輸されるシーンでは、綿で小型のゴジラを覆っている。
水中を泳ぐシーンは、ギニョールも作られたが、実際にはフルCGモデルで描写された。前作や『×メガギラス』とは形状が異なるため、CGは流用ではなく新規に作り直している。