食害
また、過去にイルカの食害で悩まされた壱岐も魚類の減少でイルカの出現が減少するという事態が起きている。また、ニホンカワウソやニホンアシカ絶滅の要因の一つは食害のための駆除であるとされる。イルカ追い込み漁#昭和以降、トド#人間との関係も参照。
ラッコ - 過去における乱獲で減少していたが、2003年(平成15年)以降北海道沿岸に数頭が住み着くも、ウニを大量に捕食する食害が深刻であるものの、こちらは保護されており駆除もままならない。ただし、ウニが増えすぎるとコンブが減少してしまうので、ラッコが捕食した方が環境が良くなるとされる。キーストーン種#キーストーン捕食者も参照。
スズメ - 古くから稲に対する食害が知られる。反面、稲の害虫も捕食するため、過剰な駆除は逆に害虫による被害をふやすことになる。中国においては大規模な駆除が行われたものの、害虫の増加につながったことで駆除対象から外された経緯がある。スズメ#中国におけるスズメも参照。
カモ - 大麦やレンコンなどの食害が知られるほか、養殖海苔に対する食害が1960年代頃から深刻である。この被害の原因は長年明らかでなく、「バリカン症」と呼ばれ調査が行われていたが、2014年(平成26年)に監視カメラによる観察でカモによる食害と判明した。
イナゴ・バッタ - 大量の稲などを短時間で食い荒らす蝗害が知られる。米ネブラスカ州では数百キロに及ぶ大群が発生したが、現代では殺虫剤の普及により制御可能である。他の虫害では、ヨーロッパコフキコガネ(英語版)が知られ、殺虫剤が普及していなかった20世紀以前では動物裁判を行った記録がある。