京阪山科駅
相対式ホーム2面2線を持つ地上駅。駅舎(改札口)は上下線ホームのびわ湖浜大津寄りにそれぞれ設けられており、互いのホームは構内踏切で連絡している。 かつては「びわこ号」用の追い抜き線が設置されていたが、撤去後は先発先着の平行ダイヤとなった。
大津線の他停留場と同様に、京阪本線系統の各駅への連絡乗車券は購入できない。但し、京都市営地下鉄烏丸線の丸太町駅や四条駅などへの連絡乗車券は購入可能であるため、誤購入防止のための注意書きがなされている。また大津線の各停留場では京都市営地下鉄東西線への連絡乗車券も購入可能であるが、当駅のみは東西線六地蔵駅方面への運賃が表示されておらず、東西線六地蔵駅方面を利用の際は地下鉄山科駅へ向かうように案内されている。東西線との共同使用駅である御陵駅については京津線経由のほうが運賃が安いため、地下鉄を利用する案内はなされず、大津線の運賃が表示されている。
この駅のすぐ南に京阪バスのターミナルがあり、山科各地の住宅地や醍醐・六地蔵方面への足となっている。同ターミナルは、かつては京阪の線路より北側のJR駅と挟まれた狭い場所にあったが、再開発にともなって移転した。