山中伸弥
iPS細胞研究所の附属動物実験施設で、2011 - 13年、飼育室などで管理されていた実験用の遺伝子組み換えマウスが施設内の別の部屋で見つかり、2013年の年末に文部科学省が京大に対して口頭で厳重注意を行った。2014年の3月にこの件で謝罪会見を行った。マウスの施設外への逃亡は確認されなかった。
STAP細胞問題が社会的な大騒動となっていた2014年の5月1日に、新潮社が、週刊新潮のゴールデンウィーク特大号の目玉記事として、2000年にEMBO Journal誌に発表された論文についての指摘を報道した。この指摘は、STAP騒動の中で知名度を高めていた11jigenが2013年に自身のブログで「捏造指摘ではない」という言葉とともに記載していたものであり、元ネタは2ちゃんねるのスレッド「捏造、不正論文 総合スレネオ2」の240番目のレス(2013年3月30日)と511番目のレス(2013年4月6日)である。広報が指摘を認識していたため事前に調査を済ませていたiPS細胞研究所は、新潮社から連絡されたのを受けて週刊新潮が発売される直前に記者会見を行い、山中が捏造や改竄を行ったとは認定されなかったことを発表した。ただし、14年前の実験ノートの一部が見つからなかったことについて山中は謝罪した。