神護寺
天長元年(824年)の太政官符(「類聚国史」「類聚三代格」など所載)によれば、この年、神願寺と高雄山寺の寺地を「交換」し、寺号を「神護国祚真言寺(じんごこくそしんごんじ)」とし、寺は定額寺(官が保護を与える一定数の私寺のこと)に列せられた。寺地の交換が行われたのは、神願寺の所在する土地に「汚穢」(けがれ)があり、仏法の道場としてふさわしくなかったからとのことである。ただし、最澄・空海の名が高名になるにつれて、和気氏の中でも両名が滞在した高雄山寺を改めて氏寺として位置づけようとした際に、既に氏寺と位置づけられていた神願寺の存在が障害になったために、「汚穢」を口実とした寺地の交換という形で氏寺の差し替えを行ったとする見方もある。「神護国祚真言寺」とは、「八幡神の加護により国家鎮護を祈念する真言の寺」という意味で、この寺が密教寺院であることを明確に示している。
神護寺は空海の後、弟子の実慧や真済が別当(住職)となって護持されたが、正暦5年(994年)と久安5年(1149年)に火災で焼失するなどしたため、平安時代末期には衰退していた。