呂号第三十九潜水艦
1941年(昭和16年)の昭和16年度計画(マル臨計画)により、1942年(昭和17年)8月8日、三菱重工業神戸造船所で起工。1943年(昭和18年)3月6日進水。1943年9月12日に竣工し、二等潜水艦に類別。同日、舞鶴鎮守府籍となり、訓練部隊である第一艦隊第11潜水戦隊に編入された。
11月25日、第11潜水戦隊は第六艦隊所属となる。
1943年12月25日、第34潜水隊に編入。
12月28日、呂39は舞鶴を出港し、1944年(昭和19年)1月6日にトラックに到着。17日、特設潜水母艦平安丸(日本郵船、11,616トン)に横付けして補給を行ったのちトラックを出港し、ウォレアイ環礁周辺海域に進出。
30日、ウオッゼ北東200浬地点に進出した米機動部隊の迎撃に向かうよう命ぜられる。2月1日、ウオッゼ環礁、マロエラップ環礁の航空機搭乗員の救助を命ぜられる 。2月2日、ウオッゼ付近で敵に発見されたとの緊急通信を最後に消息不明。
アメリカ側記録によると、同日夜、ウオッゼ付近で米駆逐艦ウォーカー(英語版)(USS Walker, DD-517)がレーダーで浮上している潜水艦を探知し、照明弾を発射して潜水艦を照らし出した。すると潜水艦は緊急通信を発信した後急速潜航していった。ウォーカーは潜航した潜水艦をソナー探知して追尾し、その後爆雷攻撃を行い潜水艦を撃沈した。これが呂39の最期の瞬間であり、第34潜水隊司令・清水太郎大佐、艦長の館上陸太少佐以下乗員70名全員戦死。沈没地点はウオッゼ付近、北緯09度24分 東経170度32分 / 北緯9.400度 東経170.533度 / 9.400; 170.533。
3月5日、ウオッゼ方面で亡失と認定され、4月30日に除籍された。