ペロミクサ目
ペロミクサ目は1976年にペロミクサ1属のみを含む分類群として設立されたが、1988年に鞭毛などの電子顕微鏡観察に基づきマスチゴアメーバ類を含めるようになった。この2群の近縁性は1875年とかなり古くから指摘されている。一方でトーマス・キャバリエ=スミスはミトコンドリアを持たないアメーバという共通性から、1983年にアーケアメーバとしてまとめて取り扱った。アーケアメーバ類にはさらにエントアメーバ科が含められているが、エントアメーバ科とペロミクサ目との系統関係は長い間明確にならなかった。そもそも何がアーケアメーバ類に含まれるのかがかなり流動的でエントアメーバ科が外された時期もあること、また古典的にはエントアメーバ科だと考えられていた寄生性の生物が分子系統解析によってマスチゴアメーバ科に移され、さらにエントアメーバ科自体がペロミクサ目に含まれている可能性まで示唆されていたことなどの問題が挙げられる。その間アーケアメーバ類とペロミクサ目とは同義語と捉えられることも多かった。分子情報の蓄積と解析手法の洗練が進み、2016年にエントアメーバ科はペロミクサ目には含まれないことが明確になり、この両者がアーケアメーバ綱に所属するという形で整理がなされている。