トラファルガー戦役
ヴィルヌーヴは、ロジリが来る前に出港することにした。10月20日、ヴィルヌーヴは、出港しようとしていたところを、巡回していたイギリスのフリゲート艦に見つかり、どうやら西へ向かうらしいという知らせがネルソンに届いた。ネルソンは縦列を率いて、ヴィクトリー艦上で交戦に入り、敵艦隊の戦列を切り裂いて、自らが切望した混戦に持ち込んだ。数時間に及ぶ戦闘の後、仏西艦隊の17隻の艦が拿捕され、他は破壊されたが、イギリス艦は1隻も失われなかった。この海戦で戦死したイギリスの将兵の中に、戦闘中に敵の狙撃兵により致命傷を負ったネルソンもいた。拿捕艦のうち9隻は、翌日の嵐の中で後に人為的に沈められるか、沈没した。その直後の1805年10月23日の海戦は、スペイン艦サンタ・アナを再拿捕しようとしたジュリアン・コズマオ(英語版)指揮下の数隻の艦が、追跡を何とか免れようとして起こったものだった。再拿捕中にコズマオはさらに3隻の艦を強風で難破させて失い、4隻目はイギリス艦隊により拿捕されたが、のちにこれも難破した。その後数日をかけて、イギリス艦隊と拿捕されたフランス艦船はジブラルタルに入港した。
フランス艦隊の姿は見えず、ネルソンはフランス艦隊の意図するものを理解しないままだった。ヴィルヌーヴはそのままカルタヘナに向かったが、そこで合流するはずだったスペイン艦船はマドリッドからの命令が未着だとして合流を拒んだが、ヴィルヌーヴは敢えて命令の到着を待たなかった。代わりにヴィルヌーヴは、ジョン・オードの戦隊の監視を受けつつ4月8日に速度を上げてジブラルタル海峡を通過した。カディスでフランスの74門艦エーグル(英語版)を手に入れ、大西洋を西インド諸島へ横断しようとした。そのヴィルヌーヴの後ろには、6隻のスペインの戦列艦と、フェデリコ・グラビーナ指揮下のフリゲート艦がついて来ていた。
その間ネルソンは、フランス艦隊の出航に警戒していたが、サルデーニャ沖での交戦に失敗したため、フリゲート艦で当該海域をくまなく偵察し、何らかの新しい情報を入手することにした。最終的にすべての艦隊を地中海から撤退させるべきと決心した後に、ネルソンはジブラルタル海峡へ自分で乗り出し、5月8日に、オードの艦隊の1隻から、フランス艦隊がひと月前に海峡を通ったが、北へは向かわなかったという決定的な裏付けを得た。ヴィルヌーヴが西インド諸島へ向かったことを確信したネルソンは、追跡を始めた。
ナポレオンは第一の計画を、1804年5月に提唱した。それによると、1804年の7月から9月の間に、ルイ=レネ・ド・ラトゥシュ・トレヴィル(英語版)提督下の10隻の戦列艦と11隻のフリゲート艦が、トゥーロンから包囲を突破した。この艦隊は、巡回中のホレーショ・ネルソン指揮下のイギリス艦隊をうまくかわし、大西洋に出て、フェロル沖のアレクサンダー・コクラン(英語版)指揮下の艦隊がいる所をそっと通り過ぎて、ビスケー湾に入る。そこで他の6隻の戦列艦と合流してロシュフォールに向かう。その一方で、オノレ・ジョゼフ・アントワーヌ・ガントーム(英語版)中将指揮の23隻の戦列艦が大西洋をめざして、うまく行けばウィリアム・コーンウォリス提督指揮下の海峡艦隊に勝つ。そこでトレヴィルが、海峡を堂々と航海してブローニュに向かい、侵攻艦隊を無事にイギリスへ護送する。こういう内容であったが、この計画は複雑であり、また、天気がいいこと、コクランとネルソンの艦隊を避けて通れること、コーンウォリスがおびき寄せられることといった、可能性の低いことを条件としたものだった。この計画は実行に移されなかった、トゥーロン艦隊のトレヴィルは、ネルソンと交戦する危険を冒すよりも、トゥーロンに留まることを選んでいたが、そのトレヴィルが8月19日に急逝したため、この計画は頓挫した。