南延岡駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを有する地上駅。留置線・側線を11本有し、うち東側の5本は旅客用、西側の6本は貨物用となっているが、2017年12月時点では旅客用は車止めが置かれ使用停止となっている。1本の跨線橋で駅舎2階とホーム連絡しており、橋上駅となっている。
駅舎は鉄筋コンクリート2階建てで、改札外に待合所がある。
JR九州サービスサポートが駅業務を受託する業務委託駅であり、みどりの窓口が設置されている。