大日本帝国海軍航空隊
10月には米軍がフィリピンレイテ島に上陸した。在フィリピンの日本海軍航空隊はその直前に、米機動部隊のフィリピンへの空襲および台湾沖航空戦によって、航空機の大半を失っていた。窮余の策として、航空機に爆弾を装備したまま敵艦に突入させる「特別攻撃」が行われた。特攻は当初一時的な作戦であるとされたが、結局恒常化し終戦まで続けられた。海軍の特別攻撃隊は、第一御楯特別攻撃隊や梓特別攻撃隊ほかごく一部の例外を除き「神風特別攻撃隊」(かみかぜとくべつこうげきたい)の名が冠された。
1945年(昭和20年)になると日本本土でも、マリアナ諸島・硫黄島・沖縄県から飛来する米陸軍機や、日本近海に接近した連合国機動部隊から発進した艦載機によって頻繁に日本本土空襲を受けるようになった。飛行機工場は破壊され訓練用の燃料も不足がちで、本土上空の制空権確保もままならなくなっていた。
8月15日に終戦となり、武装解除によって残存していた航空機も一部の例外を除いてすべて破壊された。形式上残っていた組織も、11月30日に海軍省が廃止されたことに伴い消滅した。
1941年(昭和16年)12月16日から1945年(昭和20年)3月20日までの帝国海軍航空隊の戦死者数は搭乗員14,242名及び士官1,579名であった。
帝国海軍は、太平洋戦争開戦時には3種類の航空機命名規則を使っていた。それらは、試作機を示す「試」の命名規則、型式番号による命名規則、航空機略号による命名規則である。
新しい設計が出来ると、最初は試作機である事を示す「試」の番号が命名される。この番号は元号の年号に基づいて命名された。例えば、三菱の零式艦上戦闘機は、最初(昭和12年)に海軍十二試艦上戦闘機と命名された。
航空機が生産に入ると、正式な型式番号を与えられた。零式艦上戦闘機の「零」は西暦1940年(昭和15年)にあたる「皇紀2600年」の下二桁から命名された 。
また1942年(昭和17年)以降、航空機にはアルファベットと数字による略号も与えられた。
最初の1文字あるいは2文字のアルファベットは、航空機の基本的な種類や使用目的を表す。
その次に、その種類の航空機として製造された型式ごとに付与する一連番号が来る。
3番目に来るアルファベットは、製造者名を示す文字であり、日本国外のメーカーも幾つか含められていた。
第三艦隊司令部は、南京付近のアメリカ海軍艦艇の存在を把握していたのだが、現場の航空部隊にはその情報が伝えられていなかった。パナイ号撃沈を知った第三艦隊司令部は翌13日、飛行機隊の指揮官4人を上海の旗艦出雲に出頭させて事情聴取し誤爆だったとして結局、三並貞三第二連合航空隊司令官の更迭、 米内光政海軍大臣から直接4人の飛行機隊指揮官へ戒告、アメリカ側に賠償金320万ドル余り支払うなど、約2週間で外交的に決着した。
日本軍は漢口に進出すると、陸海軍による重慶爆撃に踏み切った。海軍は九六式陸上攻撃機で空襲したが、援護すべき海軍戦闘機は九六式艦上戦闘機を含め、航続距離が短くて重慶の手前で引き返さざるを得ず、護衛が帰った九六陸攻は重慶上空で中国軍機の迎撃を受けていた。
1940年(昭和15年)7月、漢口の第十二航空隊に正式採用前の十二試艦上戦闘機(7月24日に零式艦上戦闘機として正式採用)が配備される。 9月13日、九六陸攻の護衛で重慶に飛来した零戦13機は中国軍27機と交戦し、被弾4機の損傷のみで敵機を全滅させる(なお中国側の記録では、空戦に参加した中国戦闘機は33機で、内、13機が撃墜され、11機が損傷している)。零戦は長大な航続距離を生かして広大な中国戦線を圧倒、1941年(昭和16年)9月までに敵を100機撃墜、160機地上撃破し、喪失は3機のみであった。これ以降、中国軍機は零戦との対決を避けて、日本軍基地をゲリラ的に襲撃するなどの戦法しか執れなかった。