菌根
ファインエンドファイト(fine endophyte, FE; fine root endophyte, FRE)は、アーバスキュラー菌根菌に似るが、やや異なる特徴をもち、系統的に異なる菌類であることが明らかとなっている。直径 2マイクロメートル (μm) 以下と非常に細い無隔壁の菌糸をもち、典型的なアーバスキュラー菌根菌(グロムス類)よりも濃く染色される根の共生菌である。根の皮層の細胞内には樹枝状体が形成されるが、その主軸は細い。菌糸の先端または途中に直径 5–10 μm ほどの膨潤構造が形成されることがあり、嚢状体ともよばれるが、アーバスキュラー菌根菌の嚢状体よりも小さい。また、直径 20 μm 以下の胞子(グロムス類の胞子は 40–1000 μm)がごく稀に報告されており、最初は無色であるがのちに褐色になるとされる。この菌根菌はグロムス類と混同され、Glomus tenue とよばれていた。しかし2010年代後半以降、この菌根菌はケカビ亜門アツギケカビ目に属するものであることが示され、Planticonsortium tenue の名が提唱されている(ただし、ファインエンドファイト = Glomus tenue とされていた生物は、アツギケカビ類の中で系統的に多様であることも示されている。
ダークセプテート・エンドファイト(dark septate endophyte, DSE)は、シダ植物を含む様々な植物の根に内生する特徴的な菌類である。根の細胞間または細胞内に伸びる菌糸は隔壁を有し細胞壁がメラニン化して暗色になり、また小菌核(小さな塊状の休眠構造)を形成する。系統的にはビョウタケ目(ズキンタケ綱)、プレオスポラ目、カプノジウム目(クロイボタケ綱)、カエトチリウム目、エウロチウム目(エウロチウム綱)、ボタンタケ目、フンタマカビ目、クロサイワイタケ目、マグナポルテ目、ミクロアスクス目、カエトスフェリア目(フンタマカビ綱)などに属する子嚢菌であることが報告されている。ダークセプテート・エンドファイトは様々な生態系、様々な植物から報告されているが、その生理的機能は必ずしも明らかではなく、宿主植物に対して相利共生的であるものから寄生的であるものまで報告されている。宿主植物に対して、可溶化や有機物分解による栄養塩の供給、病原菌からの保護、環境ストレスへの耐性が与えられると考えられている。