蛍光共鳴エネルギー移動
化学的には、両分子が共有結合によって1分子になったり、超分子複合体を形成したりすることでFRETが観測される。これを利用したものに、ホスゲン感知試薬などがある。
また特に分子生物学・生物物理学で、蛋白質間相互作用の検出に応用される。例えば、注目する2種類の蛋白質にそれぞれ異なる蛍光蛋白質(GFPを改良したCFP、YFP等)でタグを付けておくと、それらが相互作用する(結合する)ことによりFRETが観測される。(相互作用による分子配置の変化が色の変化として現れる。)またリアルタイムPCRにも応用される。
このような生物学的応用では、褪色や他の蛍光物質の妨害(自家蛍光)によりFRETが観測しにくい場合もある。これを回避する方法として、蛍光(フォトルミネセンス)でなく化学発光に同じ原理を応用した、生物発光共鳴エネルギー移動(Bioluminescence resonance energy transfer:BRET)もある。