ケロロ軍曹 メロメロバトルロイヤルZ
オープニングとストーリーモードの削除
メニュー画面(前作:スタート画面からアクセスしプラモデルのランナー風のメニュー/今作:スタート画面から選ぶ)
キャラクター選択画面(前作:プラモデルのランナー風/ガチャガチャのカプセル風orフィギアの外箱風)
ギャラリーの選択画面・BGM(前作:忍者屋敷風BGMはメニューと同じ/今作:メインはカードになり後は従来のもの右側には下に行く度ケロロがニョロロに吸われそうになる。BGMは学校の授業開始・終了のメロディと子供に騒ぎ声)
キャラクターの追加・プリセット(前作ではクリアしないと登場しない秋とモアと前作では桃華の技での登場のポール、ケロロ地球人スーツと556の登場)
キャラクターのコスチュームを選べる
1つのステージに2種類あるパターンはそのままだが、ポヨンちゃんによるパターン変更はない。
キャラクターデザインは前作ではアニメ1stシーズンに準したものが今作はアニメ2ndシーズンに準する。キャラクターによっては1stシーズン仕様にコスチュームとして変更可能。
ステージのデザイン変更 日向家・なかのちゃぶ台(木目がから新聞紙に)、ジャンプ不能になるプラモ塗料の色(黄から紫)に、かごの中(みかんがガチャガチャのカプセルに) 温泉・地下遺跡の地面の模様(ナスカの地上絵風から古代文字が書かれた大理石に) 神社・雪化粧は前作では昼間だったが今作は夕方
他
ガンダムシールド
敵からの攻撃を7回自動防御する。
ギャンシールド
敵からの攻撃を1回自動防御、防御時にミサイルを発射する。
ゲルググシールド
敵からの攻撃を3回自動防御する。