アチェ統治法
2005年9月中旬から、中央政府とアチェ州政府は法案の起草作業を開始したが、GAMはこれに参加しなかった。また、中央政府とアチェ州政府の草案では以下のような相違点が発生した。
中央政府の権限に関する相違について、『外国の立法』ではアチェ州政府が「自治政府」を前提として草案をまとめたのに対し、中央政府側は権限を縮小することで中央政府による介入の余地を残したかったようだと推測している。2006年7月11日、和平合意で定められた3月31日より遅くなったもののアチェ統治法は採択された。
アチェと国際社会とのアクセス、国軍に対する一般の裁判所の設置についての規定がない。
8月15日にはGAMの他のメンバーも同法の問題点を指摘した。GAMの前外相を名乗るザイニ・アブドゥラ(英語版)は和平を歓迎しつつも同法の和平合意に違反している点を述べ、元交渉役のテンク・カマルザマンは外国直接投資の誘致や天然資源管理に関する条文への批判を述べ、GAM武装勢力の前指揮官であるムザキル・マナフは武装勢力に所属していた3万人が政府の補償を待っていると強調した。
同年12月11日、アチェ統治法に基づいてアチェ州首相選挙が実施された。GAMは古参幹部と若手幹部の意見が対立したため地方政党を設立することができず、古参幹部と若手幹部がそれぞれ別の候補を擁立、彼ら候補者は無所属で出馬した。その結果、若手幹部の擁立した候補であるイルワンディ・ユスフとSIRA代表のムハンマド・ナザル(英語版)がそれぞれ州知事と州副知事に当選した。
ユドヨノ政権下の2004年12月にスマトラ島沖地震が発生したことが和平の切っ掛けとなった。この地震によるアチェ州の被害は死者12万8000人、行方不明者3万7千人、被災者100万人とされており、インドネシア政府と当時スウェーデンに亡命していたGAMは国際社会からの復興支援活動を促進させるため、非公式にだが停戦することに合意した。フィンランドのNGOクライシス・マネジメント・イニシアティブ(英語版) (CMI) の代表でフィンランド前大統領(当時)のマルティ・アハティサーリが仲介しヘルシンキで和平交渉が行われた。2005年1月から7月にかけて5回の会談が行われ、5月にはアチェ州の民間非常事態が解除された。8月15日、「インドネシア共和国とアチェ自由運動との間における合意に関する覚書」(ヘルシンキ和平合意)が調印された。これによりアチェ紛争は終結し、GAMは独立要求を撤回したが地方政党を設立する権利を確約され、アチェ州には強力な自治権が認められた。また、和平合意の第1条1項で2006年3月31日までにアチェ統治法を制定・施行することが定められた。9月15日には和平合意の第5条で定められたアチェ監視団がEU、ノルウェー、スイス、ブルネイ、マレーシア、フィリピン、シンガポール、タイによって設置され、和平合意の条項が実施されていった。