ニューヨーク・ヤンキース
しかしこのMM砲に代表される黄金時代は長くは続かなかった。翌1962年もリーグ優勝とワールドシリーズ優勝を果たしたが、マリスもマントルも1961年の時の成績を残すことは無かった。1963年にはリーグ優勝したが、ワールドシリーズではロサンゼルス・ドジャーズに4連敗で完敗し、ハウク監督は解任されて、翌1964年に捕手のヨギ・ベラを監督に就任させた。ベラ監督は1964年もリーグ優勝したが、ワールドシリーズではセントルイス・カージナルスと3勝3敗の第7戦に持ち込んだが敗れ、ベラ監督はわずか1年で解任されて、後任にはこの時ワールドシリーズで優勝したライバルのカージナルス監督ジョニー・キーンが就任した。結局この時代はリーグでは4連覇したが、ワールドシリーズでは2回優勝に終わった。
トッピングとウェッブは20年間に渡り球団のオーナーを務めたが、ワールドシリーズ出場を逸したのはたった5度であり、同シリーズでは10勝5敗の成績を残している。
この時にジョンソン会長はニューヨークにもフランチャイズを置くことを企図したが、ナショナル・リーグの猛反発と、ナショナルリーグのニューヨーク・ジャイアンツのオーナーがタマニー・ホール(注:民主党の派閥組織)を動かしながら、政治的妨害に出る行動をとったため、代替案として新加入する地区の一つは前年にナショナル・リーグのチームを失っていたメリーランド州ボルチモアとした。この時に創設されたボルチモア・オリオールズ(現在のオリオールズとは無関係)が後のニューヨーク・ヤンキースの起源となった。
1901年にボルチモア・オリオールズとして活動を始めたチームの最初の監督はジョン・マグローであった。ジョン・マグローはもともとバン・ジョンソンから新チームのオーナー兼監督兼三塁手として説得されてセントルイス・カージナルスから参加した人物であった。しかしこの2人は最初からうまくいかなかった。
ジョン・マグローは勝負に厳しくまた相手選手の走塁妨害などラフプレーを厭わない監督で、対してアメリカン・リーグ会長のバン・ジョンソンはナショナル・リーグのような規則の無いところでの荒っぽいプレーや喧嘩や騒動の絶えない野球ではなく、厳格なルールの適用と審判の権威の強化を目指していた。やがて決定的な対立が生じた。それはボルチモアからニューヨークへの本拠地移転であった。ジョンソン会長はニューヨークへの進出を諦めなかった。これに反抗したマグローは1902年のシーズン半ばにナショナル・リーグに鞍替えし、ニューヨーク・ジャイアンツの監督となった。
2022年現在で24人(8番と42番は永久欠番選手が2人いるので合計で22の背番号。ただし、ジャッキー・ロビンソン(42番)はヤンキースでの在籍経験はない)の背番号が永久欠番となっており、これはMLBで最多である。また、一桁の背番号は「0」以外全て永久欠番になっている(背番号「0」も2019年に球団史上初めてアダム・オッタビーノが着用し、2023年にはドミンゴ・ヘルマンが着用した)。