マンノース-6-リン酸受容体
CI-MPRとCD-MPRは同様の方法でマンノース-6-リン酸を結合する。どちらも、マンノース残基に特徴的なヒドロキシル基と重要な残基の間で水素結合を形成する。2、3、4位のヒドロキシル基との水素結合によって、マンノースのみに対する特異的な認識が行われている。
どちらのMPRでも、リガンドの結合に必要不可欠な4つの残基は共通している。これらの残基のいずれか1つでも変異が生じると、マンノース-6-リン酸への結合が失われる。これらの残基は、グルタミン、アルギニン、グルタミン酸、チロシンであり、マンノース残基のヒドロキシル基と特異的に接触して水素結合を形成する。
リソソーム酵素にはさまざまなN-グリカン構造が存在し、タイプ(高マンノース型が混合型か)、サイズ、ホスホモノエステル(マンノース-6-リン酸)かホスホジエステル(Man-リン酸-GlcNAc)か、マンノース-6-リン酸タグの数、マンノース-6-リン酸タグの位置が異なる。CI-MPRとCD-MPRはさまざまな結合部位構造をとることで、こうしたさまざまなN-グリカン構造に結合する。MPRはわずかに異なる方法でリン酸基にも結合する。CI-MPRのドメイン3は、リン酸基部分への結合のためにSer386と固定された水分子を利用する。一方、CD-MPRはリン酸基と有利な水素結合を形成するためにAsp103、Asn104、His105残基を利用する。CD-MPRはリン酸基部分と有利な水素結合を形成する二価カチオンMnを含んでいる。