大本営
海軍参謀部 第1部(作戦・戦争指導・国防方針・演習) 第1課(作戦) 第2部(軍備計画・兵器整備・運輸・補給) 第3部(情報計画・海外情報) 第4部(通信・暗号)
海軍副官部
海軍通信部
海軍戦備考査部
海軍戦力補給部(1944年5月20日設置)
海軍総合部(1945年5月27日設置)
海軍戦備部(1945年5月27日設置)
海軍戦力練成部(1945年5月27日設置)
海軍報道部(1945年6月2日大本営報道部に統合)
陸軍参謀部 総務課(人事・経理・文書) 第1部 第1課(教育:課長は教育総監部第1部第2課長の兼任 ちなみに第1部が1課から3課までを、第2部が4課から6課までを所掌していた) 第2課(作戦・防衛・兵站) 第2部 第4課(1945年4月30日廃止。業務は第12課が引き継ぐ) 第5課(ロシア情報) 第6課(欧米情報) 第7課(支那情報) 第3部 第10課(運輸) 第11課(通信) 第4部(1945年4月30日から部長は陸軍省軍務局長が兼任) 第3課(編成・動員:課長は1945年4月30日から陸軍省軍務局軍事課長が兼任) 第12課(戦争指導:課長は陸軍省軍務局軍務課長の兼任) 第14課(軍政。1943年2月13日廃止) 第16課(ドイツ・イタリア情報。1943年10月15日廃止)
中央特種情報部
陸軍副官部(長は高級副官と称し、参謀本部総務課長が兼ねた)
兵站総監部 総監(参謀次長が兼任。1945年5月16日から陸軍次官が兼任) 参謀長 (参謀本部第1部長が兼任) 運輸通信長官部 (長官は参謀本部第3部長) 野戦高等電信部 野戦高等郵便部 野戦兵器長官部(1937年11月-1943年10月は陸軍省兵器局長、以後は陸軍兵器行政本部総務部長の兼任) 野戦航空兵器長官部(航空本部第2部長の兼任) 航空通信保安長官部 野戦経理長官部(長官は陸軍省経理局長) 野戦衛生長官部(長官は陸軍省医務局長)
陸軍報道部(1945年6月2日、大本営報道部に統合)
陸軍管理部(部長は参謀本部総務課長)