教如
7月から10月にかけて阿弥陀堂を造営、翌慶長9年(1604年)に御影堂も造営、5月28日に鐘楼に釣る梵鐘を鋳造して6月6日に撞き初めが行われ、6月14日に御影堂の立柱、9月15日に御影の移徙を迎え、16日に遷座法要を行った。こうして東本願寺(真宗大谷派)が成立する。
一説によると、若き日に三河一向一揆に苦しめられた事のある家康が、本願寺の勢力を弱体化させるために、教如を唆して本願寺を分裂させたと言われているが、明確にその意図が記された史料がないため断定はできない。
現在の真宗大谷派はこの時の経緯について、「教如は法主を退隠してからも各地の門徒へ名号本尊や消息(手紙)の配布といった法主としての活動を続けており、本願寺教団は関ヶ原の戦いよりも前から准如を法主とする一派と教如を法主とする一派に分裂していた。家康の寺領寄進は本願寺を分裂させるためというより、元々分裂状態にあった本願寺教団の現状を追認したに過ぎない」という見解を示している。
東西本願寺の分立が後世に与えた影響については、「戦国時代には大名に匹敵する勢力を誇った本願寺は分裂し、弱体化を余儀なくされた」という見方も存在するが、前述の通り本願寺の武装解除も顕如・准如派と教如派の対立も信長・秀吉存命の頃から始まっており、江戸時代に同一宗派内の本山と脇門跡という関係だった西本願寺と興正寺が、寺格を巡って長らく対立して江戸幕府の介入を招いたことに鑑みれば、教如派が平和的に公然と独立を果たしたことは、むしろ両本願寺の宗政を安定させたともいえる。
退隠後、裏方と呼ばれた教如は本願寺の一角に自らの堂と住居を建立し、そこに住んだ。本願寺境内の北が移住先とされ、「北ノ御所」と称されたこの住居は現在の西本願寺太鼓楼の辺りと推定される。
当初は周りの建物の扉を閉め、隠居・謹慎の体裁を取っていた。しかし一方で勤行を続け、仏事や俗事を担当する家臣の人選も行うなど、隠居生活を送らず新たな体制作りと教化活動継続に没頭していた。また山科言経・勧修寺晴豊など知り合いの公家たちとも変わらずに交流を続け、大名、特に徳川家康と織田長益(有楽斎)・柘植与一とは親しく交際していた。家康は秀吉への対面を取り成したとされ、有楽と与一は利休の弟子という共通点から教如との親密さを推測されている。文禄4年(1595年)になると父や親鸞の御影を大量に門徒へ下付し始めるようになり、大坂の渡辺に堂宇(後の真宗大谷派難波別院)を建てたり、翌文禄5年(1596年)に「大谷本願寺 文禄丙申五暦」銘の梵鐘を鋳造して本願寺再興を画策するなど、徐々に活発な行動を見せていった。北ノ御所がもう1つの本願寺の様相を呈していく中で、三河や近江の門徒へ書状や法宝物の下付を行い、三河では慶長2年(1597年)に三河三ヶ寺(上宮寺・本證寺・勝鬘寺)が教如支持を表明、准如方の本宗寺へ参る者の葬儀を行わないことを誓約している。近江でも教如支持層が現れ教如教団形成が進み、教如派の門徒は本願寺を差し置いて、教如の堂に参詣するようになった。