エースコンバット
一部のミッションは攻略しなくてもエンディングに到達できる。
マップ画面からミッションを任意に選択し、ゲームを進めていく仕様は、『エースコンバットX』にて、大幅に進化を遂げた「Strategic AI System(ストラテジックエーアイシステム)」として採用されている。
クレジット
いわゆる「お金」。クレジットは機体の購入や僚機の雇用に使われる。ミッション報酬や、所持機体の売却で獲得できる。ミッション報酬は、「成功報酬+撃墜報酬-機体修理費」で算出される。本モードでは、残機制(下記)が採用されていることから、クレジットが生命線となっている。
残機制
1P GAMEでは、所持機体を残機(プレイヤーストック)としている。特定のミッションをクリアすると購入候補のラインナップが増え、購入することで所持機体となる。残機の上限は8機。墜落・被撃墜・売却により失われ、全て失うとゲームオーバーとなる。売値は購入時の半額となり、売却した機体はラインナップから失われてしまうので、購入の時点から慎重さを求められる。
僚機選択
ミッションによっては僚機を雇用し、同行させることができる。同行できる僚機は1ミッションにつき1人までで、事前に「自機を護衛」、「敵機を攻撃」等の指示を与えることができる。僚機は機種・パイロット名・技量(LEVEL)・雇い賃(WAGES)が設定されており、雇い賃は技量の高さに応じて高額となる。特定のミッションをクリアすると雇用可能なメンバーが増えていく(最大16人)。ミッション中に撃墜された僚機は、以降その周回中は登場しなくなる。
所持機体のカラーリングが派手。エンブレムにもなっているフェニックス(不死鳥、火の鳥)を連想させる赤いファイアーパターンは、バイクのカラーリングがモチーフとなっている。
機体の操作感覚は比較的慣性が強めで重い。
C-5輸送機など大型機との接触判定なし(ミッション17の巨大空中要塞は接触判定あり)。
地上物の目標コンテナ表示が一律「GND」で、接近するまで種類(ミサイル・機銃・その他)を判別できない。
ミサイルの誘導は強め。索敵レーダーに表示されない仕様と合わせて、難易度上昇の要因となっている。
艦船の武装(ミサイル・機銃)は、艦船本体が破壊された後も攻撃を継続する。
ミッションエリアの外周はいわゆる「見えない壁」になっており、作戦空域を離脱することはできない。
ミッション中のリトライは不可。機体や僚機を誤選択した場合は、プレイを継続するかセーブした地点からやり直すかの二択。
『エースコンバット2』とシステム上の共通点が多い(複数ある僚機(名前有り)の選択・燃料ゲージの存在、レーダー手が担当する無線、縦書きの台詞など)。またタイトルロゴのフェニックスマークも本作と『エースコンバット2』のみである。
本作では峡谷を抜けるステージが存在するが、これは狭所を抜ける要素として以降の作品にも受け継がれている。