早稲田大学新聞会
一方で早稲田大学新聞会(当時、早稲田祭実行委員会と非常に仲が良かったとされる)は独自に無料パンフレット「がんばれ!早稲田祭」を発行し広告費を募った。
この際、早稲田大学新聞会のパンフレットの広告募集に早稲田祭実行委員長の推薦文が掲載されていたこと、またこの際に早稲田大学新聞会が得たと見られる広告費(注:企業に配られた広告募集と実際のパンフレットから大学当局が推計したもの)が過去の早稲田祭実行委員会の決算報告書の数値より大幅に増加していたことなどから、大学当局は「実行委員会が意図的にプログラムへの広告募集を怠り、その分の収入が新聞会に回るように仕向けたのではないか」「実行委員会はそれ以前から広告費を実際の収入よりも過少申告し、差額を横流ししていたのではないか」と疑問視した。この疑惑に対し、早稲田祭実行委員会からは明確な回答が得られなかったとして、早稲田大学は臨時学部長会を開き、翌年1997年の早稲田祭の開催中止を決定し、1999年2月に早稲田大学新聞会のサークルとしての公認を取り消した。
これに対し早稲田大学新聞会は「広告費横流しは事実無根」だとして1999年3月に損害賠償を求める訴訟を早稲田大学に起こしたが、一審・二審とも敗訴し、2003年に最高裁への上告が棄却され敗訴が確定した。
その後早稲田大学は、「『早稲田大学新聞』は早稲田大学と無関係」とする告知文(ページに日付は記載されていないが、このページへリンクしている上位ページの更新日付は2007年7月)を出している。