ポケモンピンボール
青台のボーナスステージ2。パウワウの棲むプールのステージ。時折プールからパウワウが顔を出すので、このときにボールを当てれば1点。制限時間内に20点以上獲得すればステージクリアとなる。失敗せずにパウワウに連続してボールを当てればコンボが発生し、もらえる得点が2点、4点、8点...と増えていく(最大で256点)。制限時間は1分30秒。ボールは何度落としてもリスタートできるが、落とすと得点が少し減る。
ある条件を満たすとポケモンパネルに描かれているステージを別のものに書き換えてしまうことがある。これをマップモードといい、ステージを行き来しながらポケモンを探すことになる。何度もマップモードをクリアしていると特別なマップにいけるようになり、珍しいポケモンが出現するようになる。マップモードをクリアするごとに、マップは(Aマップのいずれか)→(Aマップのいずれか)→(Aマップのいずれか)→(Bマップのいずれか)→(Bマップのいずれか)→(Cマップのいずれか)→(Aマップのいずれか)というように変化する。Bマップ以降はマップモードでのみ出現する。
『ルビー・サファイア』に出てくるポケモンを扱った『ポケモンピンボール』。基本的なシステムは前作と同じだが、タマゴから生まれたポケモンをゲットできるなどといった新要素が盛り込まれたり、多少の変更点がある。
ピンボールの台がルビー台・サファイア台となっている。『ポケットモンスター ルビー』でしかゲットできなかったポケモンはルビー台で登場するといったようにバージョンと対応している。本作でゲットできるポケモンはホウエン図鑑で登場した201種類(デオキシスは除く)。
前作のゲットモードはGETモードに、進化モードはEVOモードに、マップモードはMOVEモードに変更されている。
GETモードでは、ポケモンをゲットするための条件が易しくなり、出現したポケモンに3回ボールを当てれば、そのポケモンをゲットすることが出来る。
EGGモードとSHOPモードを追加。