鎌倉幕府
鎌倉幕府の確立を成し遂げた源頼朝は、正治元年(1199年)1月に突然死去した。跡を継いで鎌倉殿となったのは、頼朝の嫡子で当時18歳の源頼家だった。しかし、幕府の有力者たちは若年の頼家に政務を任せることに不安を抱き、有力御家人が頼家に代わって裁判と政務を執行する十三人の合議制と呼ばれる政治体制を築いた。この合議制の中心にいたのは頼家の外戚にあたる北条氏であり、北条時政・北条義時父子は他の有力御家人を次々と滅ぼしていった(1200年:梶原景時の変、1203年:比企能員の変)。
1203年、重病に陥った頼家は、外祖父時政の手により伊豆の修禅寺へ幽閉され、弟の源実朝が次の鎌倉殿・将軍位に就くと、翌1204年に頼家は死亡した。時政ら北条氏の手勢により暗殺されたと伝えられている。時政は、3代将軍実朝を補佐して執権と呼ばれる地位に就き、政治の実権を握っていった。
一方、時宗が朝廷へ介入したことによって分裂した皇室の持明院統・大覚寺統は、さらに大覚寺統内で嫡流の邦良親王(後二条天皇の嫡男)派ともうひとつの後醍醐天皇派に分かれて対立していた。そして、朝廷の各派はこれらの争いの調停を幕府に求めたため、幕府は朝廷内の争いに巻き込まれていくことになった。
文保2年(1318年)、後醍醐天皇が即位し、元亨元年12月9日(1321年12月28日)に後宇多上皇から政務の移譲を受け、親政を開始する。
元亨4年9月19日(1324年10月7日)、後醍醐天皇は倒幕計画を疑われ、関係者として土岐頼有(土岐頼兼の子)と多治見国長らが討たれた(正中の変)。また、腹心の公家である日野資朝と日野俊基が捕らえられた。公式判決では天皇と俊基は冤罪となったが、資朝は有罪とも無罪とも言えないので佐渡島に流刑となった。天皇は実際は倒幕を企んでいたが、幕府が処分に及び腰になったので処分されなかったのだという。この天皇と幕府が対立に至る過程には諸説あり一定しない。詳細は正中の変を参照。
いずれにしても元弘元年(1331年)、後醍醐天皇は倒幕を企てた。これは吉田定房の密告によって事前に発覚し、翌年に天皇は隠岐島へ流された(元弘の乱)。しかし、これを契機に幕府・得宗に不満を持つ楠木正成、赤松則村(円心)など各地の悪党と呼ばれる武士が各地で反幕府の兵を挙げるようになる。
元弘3/正慶2年(1333年)4月、反幕府勢力の討伐のために京都へ派遣された有力御家人の足利高氏(尊氏)は名越高家が久我畷の戦いで戦死したのを見て、一転して後醍醐天皇側へつき、5月7日に六波羅探題を落とした。
これにより頼朝政権は、全国の軍事権・警察権を掌握したため、この時期をもって幕府成立とする説が有力とされている。守護・地頭には、兵糧米の徴収権、在庁官人の支配権などが与えられ、これは頼朝政権が全国的に在地支配を拡げる契機となった。この時の頼朝政権の在地支配は、まだ従来の権門勢家による支配に優越した訳ではなく、地頭の設置も平氏の旧領(平家没官領)などに限定されていた。
1189年、頼朝政権は、義経を匿ったことを口実として奥州合戦で奥州藤原氏を滅ぼし、対抗しうる武家勢力はいなくなった。頼朝政権は治承の乱から義経追捕、そして奥州合戦へと続く一連の内乱の流れの中で幕府のその基礎を固めることに成功した。このため、「内乱に勝利したから幕府ができたのではなく、幕府ができたので内乱に勝利した」とする評価もある。
1190年、頼朝は常設武官の最高職である右近衛大将に補任されたが、同職には様々な政治的制約も付随していたため、すぐに辞している。1192年、頼朝は征夷大将軍に任命される。これにより、鎌倉幕府の形成がひとまず完了することとなる。ただし、1221年の承久の乱での勝利をもって幕府の成立とする見解もある。
以上のように、鎌倉幕府は元々、源頼朝の私的政権に発している。この私的政権は、朝廷から承認されることによって、支配権の正統性を獲得していった。そのため、幕府の支配権の及ぶ範囲は守護の設置などで諸国の軍事・警察権を得たものの、支配は主として頼朝傘下の御家人に限られ、少なくとも承久の乱までは朝廷側勢力(権門勢家)の支配権を侵害しないことを原則としていた。また、幕府機構を見ると、朝廷のそれと大きく異なり、鎌倉殿の家政機関としての性格を色濃く残していた。