日本特別掃海隊
しかしながら、特別掃海隊の派遣が日本国憲法第9条に違反するとの批判が出た場合に講和条約締結問題に悪影響を及ぼすことを恐れて、政府はこの派遣そのものを秘密扱いとした。唯一の殉職者である中谷烹炊長の遺族にはアメリカから約400万円(現在の約3200万円相当)が支給されたが、これには極秘任務の口止めの意味合いも含まれていたという。日本国内での航路啓開作業でも多くの殉職者が出ていたことから、1952年にはこれらの業績を後世に伝えるため、金刀比羅宮に掃海殉職者顕彰碑が建立され、中谷烹炊長の名前も刻まれているが、特別掃海隊派遣中の殉職であることは知らされなかった。その後、大久保元長官たちの運動もあって、殉職後29年を経た1979年秋の戦没者叙勲で勲八等白色桐葉章が贈られたが、これも新聞発表は行われなかった。
なお、国連軍の指示に従わず帰投した能勢事務官は1951年1月に運輸事務官を退職することとなるが、1952年7月に海上保安官として採用され、同年8月西部航路啓開隊司令に任じられる。その後は、海上自衛隊に入隊し横須賀地方総監部副総監等を歴任し、1959年に退官する。また、第5掃海隊指揮官の大賀良平運輸事務官は、その後も海上警備隊員、警備官、海上自衛官に進み、1977年に海上幕僚長となる。
非軍事化された海上保安庁が、しかも日本が関与しない外国での戦闘行為に従事することから、隊員の間でも議論が生じた。ただし田村本部長からの最初期の通達では「朝鮮海峡での浮流機雷の掃海」とされており、また6日午後に旗艦「ゆうちどり」で行われた指揮官会議では「38度線は越えない」と明言されたことでおおむね納得し、出動準備が進められることになった。
隊によっては、艇ごとに参加・不参加の決を取らせたこともあったが、いずれも参加と決した。また下関の岸壁では、朝鮮への派遣に納得できない乗員の家族が駆けつけてきて、乗員に朝鮮派遣を思いとどまるように懇願し、他の乗員や艇長たちの説得でやっと諦めるという一幕もあり、一部の乗員は家庭の事情ということで下船した。
なお、このように事情が特殊であったことから、特別掃海隊に参加する隊員について特殊勤務手当が増額され、実質的な給与は倍額となった。ただしこのような手当てが取られていることを含めて、隊員たちには事情がほとんど知らされておらず、使命・目的が曖昧なままで危険な業務に就くことになったことから、第2掃海隊指揮官であった能勢省吾は、後に「これらのことが伝達説明されていたならば、或いは全員が使命感を自覚して、違った結果を生んだかも分からない」と述懐している。
なお占領期には日章旗・旭日旗の掲揚が禁止されていたことから、日本船舶の旗章としては、国際信号旗の「E旗」の端を三角に切り落とした日本商船管理局(SCAJAP)の旗が代わりに使用され、船体からは海上保安庁のマークも取り外された。