鞭毛菌類
また、さまざまな生化学的特徴からも、ツボカビ類とサカゲツボカビ類・卵菌類の間に大きな違いがあることが示されるようになった(下表1)。例えば細胞壁の組成では、ツボカビ類が他の菌類(接合菌、子嚢菌、担子菌)と同様にキチンを含むのに対して、サカゲツボカビ類と卵菌類はセルロースを含んでいる。またアミノ酸であるリジンの生合成において、ツボカビ類が他の菌類と同様にα-アミノアジピン酸経路(AAA経路)を用いるのに対し、サカゲツボカビ類と卵菌類はジアミノピメリン酸経路(DAP経路)を用いる。
このような特徴から、ツボカビ類は他の菌類(接合菌、子嚢菌、担子菌)に近縁であるが、サカゲツボカビ類と卵菌類は系統的にこれとは大きく異なると考えられるようになった。サカゲツボカビ類や卵菌類は、上記のように不等毛藻に近縁であると考えられ、これをまとめた生物群名としてストラメノパイルが提唱された。このような考えは20世紀末以降の分子系統学的研究からも支持され、「鞭毛菌」はまとまった生物群ではないことが確認されたため、鞭毛菌は分類群名としては扱われなくなった。