ロックマンX4
斜体は異名。スプリット・マシュラームのみ日本国外の英名が変更されていない。本作は既にレプリフォース所属の者、今回の反乱を期にレプリフォース側に加わった者に分けられ、前者はレプリフォースの「R」、後者はシグマの「Σ」が体力ゲージのアイコンとなっている。前作まではメインボスのモデルに関する掟として「ファンタジー系は実在した生き物ではなく、分かりにくいため使用禁止」とされていたが、今作から架空の動物もモデルとして使われるようになった。プレイ時の選択キャラクター(エックスとゼロ)によって、ボスキャラクターの弱点となる武器(技)が異なることも前作との違いの1つとなっている。
なお、日本国外版ではボスのボイスはそのままだが、日本語で発する台詞は掛け声を除いてカットされた(ただしドラグーンの技を発する台詞はそのまま)。また日本国外版ではクジャッカーだけ声が丸々カットされ無声になっている。
フクロウルステージの中ボス。空中戦艦の中心部。時々露出する赤いコアが弱点。それ自体は攻撃能力を持たないが、複数の護衛用小型ユニットがビーム攻撃を仕掛けてくる。ユニットは破壊可能だが、本体であるコアを破壊しない限り無限に出現する。
通常 - ポーズを構え、逆放物線状に上昇する真空の刃を纏ったエネルギー弾を左右(前後)同時に放出する。弾は敵にヒットするとその場に一定時間停滞し、対象に連続でダメージを与え続ける。対象との距離が近いほど連続ヒットさせやすい。発射時の隙は比較的大きく、空中では一瞬静止する。 チャージ - 「行け!」の掛け声とともにポーズを構え、貫通力の高い竜巻を左右(前後)同時に放出する。竜巻は水平に飛んでいき、竜巻の先端が画面端に到達すると同時に消滅する。ライジングファイアとは対照的に、縦方向への攻撃範囲は非常に狭い。発動中は行動不能で、空中では静止した状態になる。次回作『X5』でもある場面でエックス(ゼロを操作していた場合)が特殊武器の1つとして使用してくるが、このチャージ版のみで通常版は使用しない。