近江鉄道本線
1987年(昭和62年)には残されていた八日市 - 貴生川間もARC化(自動閉塞)され、近江鉄道全線が自動閉塞化された。また米原 - 八日市間もワンマン運転が開始されて、本線の全線がワンマン運転となった。1990年(平成2年)には誤出発防止と終端防護の機能のある自動列車停止装置 (ATS) が設置された。
1998年(平成10年)10月にJRが米原駅の新駅舎を建設して移転したため、近江鉄道の米原駅は取り残された状態となっていた。2005年(平成17年)から近江鉄道の米原駅の移設工事が進められ、2007年(平成19年)6月8日に開業した。新駅は約60メートルJR側に移設され、新駅に至る1609.2メートルの線路が新設された。
沿線の人口減少や自動車の普及によって1994年(平成6年)度から近江鉄道全体で赤字となり、施設の老朽化が顕著な問題となっている。近江鉄道は2016年に滋賀県へ「単独経営での運営は困難」と申し入れ、県や沿線自治体との法定協議会が開催され今後の方針が検討された。協議会の中で沿線の住民や学校に対して行ったアンケートでは高齢者や学生などにとって自動車によらない交通手段として重要という声が上がり、また民間の調査会社によって廃止で代替施策を行うより存続した方が費用面で効果的と結論を出し、近江鉄道全体で存続が決定した。