ミラフロレスの祭壇画
絵画館の祭壇画は礼拝堂のそれよりも劣っている箇所も見受けられるが、礼拝堂の祭壇画は極めて良く描かれた複製画である」とした。そして、近年の下絵や塗装技法などの研究技術の発達により、グラナダ王室礼拝堂とメトロポリタン美術館の祭壇画が絵画館の『ミラフロレスの祭壇画』よりも後に制作されたことが確定することとなった。1982年に実施された年輪年代学を用いた測定によって、グラナダ王室礼拝堂とメトロポリタン美術館の祭壇画に使用されているオーク材が、ファン・デル・ウェイデンが死去した年と考えられている1464年よりも後年の、1492年以降に切り出された木材であることが判明したのである。これに対し絵画館の『ミラフロレスの祭壇画』で使用されている木材は1406年ごろの年輪が残っており、おそらく1420年代初頭に切り出されたものと考えられている。さらに赤外線による下絵の調査で、絵画館の『ミラフロレスの祭壇画』には完成に至るまでに何度も構成が変更されていることが判明しており、このことも絵画館の『ミラフロレスの祭壇画』が模写による作品ではないことを証明している。
『ミラフロレスの祭壇画』は、イサベル1世の父であるカスティーリャ王フアン2世からの依頼で制作されたもので、1445年ごろにスペインのブルゴスの近くにあったカルトゥジオ会ミラフロレス修道院に寄進された。イサベル1世が『ミラフロレスの祭壇画』の複製画を注文したのは、このような祭壇画が「宗教的権威の高揚、あるいは作者、所有者の地位の向上」をもたらすためだったと考えられる。
『ミラフロレスの祭壇画』の左翼には、紫がかった白色のローブを身につけ、幼児キリストと見つめ合っているマリア、フードがついた赤い衣服の、杖にもたれてまどろんでいるヨセフが描かれている。マリアのローブの縁には、『ルカによる福音書』の1章46から48の「わがこころ主をあがめ・・・」で始まる「マリアの祈り」が金色の文字で書かれている。このパネルは、美術史家エルヴィン・パノフスキーが聖家族をシンプルに描いたものだと指摘するまでは、キリスト生誕が描かれていると長い間考えられていた。このパネルの縁飾りには、キリストの生涯のうち幼児キリストの神殿奉献 (en:Presentation of Jesus at the Temple) までの主要な出来事があしらわれている。
中央パネルには、赤色のローブを身につけ、磔刑に処せられたキリストの遺骸を抱きかかえるマリアと、その両脇に立つ聖ペテロと聖ルカが描かれている。二人の聖者はどちらも黒色の衣服で、初期キリスト教の確立と福音書をそれぞれ象徴している。