空母航空団
F/A-18は更に発展を続け、1992年には、F-14の後継となるF/A-18E/F スーパーホーネットの開発が決定された。単座型F/A-18Eと複座型F/A-18Fがそれぞれ2個飛行隊ずつの組み合わせを基本とするが、スーパーホーネットの導入途上においては、レガシーホーネットにナイトアタック改修を施したF/A-18C(N)、更には海兵隊のホーネット飛行隊の派遣を受ける場合もあった。そしてF-35Cライトニング IIの配備開始後は、スーパーホーネット飛行隊2個とライトニング II飛行隊2個の組み合わせに移行する予定となっている。
早期警戒機としては、従来のE-2Cシリーズの最終発達型にあたるホークアイ2000を経て、2014年より、その発達型にあたるE-2Dの配備が開始された。またヘリコプターは、哨戒ヘリコプターはMH-60R、多用途・補給支援ヘリコプターはMH-60Sに更新された。
またアメリカ海軍では、2000年代から戦闘用無人航空機(UCAV)の研究を進めており、2010年代初期にはX-47Bを開発、2013年に空母での発着艦テストを実施した。