レグナンス・イン・エクスケルシス
1587年にスコットランド前女王メアリーが処刑され、1588年にはアルマダの海戦が起きた。こうしたイングランドの徹底した反カトリック政策に報復するため、教皇シクストゥス5世はエリザベスに対する破門勅書を再び発した。アルマダの海戦が起きるまでに、イングランド人のカトリック信徒の間には棲み分けができていた。あくまでもイングランドに残ってエリザベス女王に忠誠を誓い続ける人々と、故国を脱出してエリザベスの廃位を主張するウィリアム・アレン(英語版)枢機卿やロバート・パーソンズ(英語版)のようなローマ教皇に忠誠心を抱く人々との間には距離が生じていたのである。
「レグナンス・イン・エクスケルシス」がイングランド国内の動向に与えた影響はわずかなものだった。しかしエリザベスが統治していたもう一つの王国、アイルランド王国の住民の大多数はカトリックだったため、勅書の影響は深刻だった。デズモンド伯(英語版)は教皇勅書を盾に、デズモンドの反乱を再開した。1570年の教皇勅書発布以降、アイルランドにおいてダブリンの総督府は明確にアングリカン教会を奉じることが決められたが、アイルランド議会では1613年までカトリック信徒議員が多数派を占めることが許容されていた。
エリザベスに対する破門の提議そのものは、トリエント公会議の閉会直前にあたる1563年6月、カトリック圏のルーヴァン大学神学部から建白書の形で最初に出された。教皇ピウス4世は1561年にイングランド教会のカトリック圏への復帰を要請したが拒否されており、建白を受けてエリザベスの破門を一旦は決心した。しかしこの破門提議には、ハプスブルク家からの反対が強かった。神聖ローマ皇帝フェルディナント1世はエリザベスを破門することで起きる国際情勢の混乱を考慮していないとして、不満を表明した。スペイン領ネーデルラントの宰相を務めていたアントワーヌ・ド・グランヴェル枢機卿も公会議において、エリザベスを破門すれば主君のスペイン王フェリペ2世が続けている対英宥和政策を破綻させ、イングランド国内で投獄されているカトリック司教たちの生命を危険にさらすことになるとして反対した。こうした反対を受け、ピウス4世は破門構想を撤回した。フェリペ2世は義妹のエリザベスとカトリック王侯との縁組などを利用してイングランド教会をカトリック陣営に復帰させようと考えており、ピウス4世もまたフェリペの構想を支持していた。
エリザベスの破門は、後任の教皇ピウス5世によって実行に移されることになった。ピウス5世はプロテスタント勢力に対して強硬な姿勢で臨み、前任者のピウス4世に比べると国際情勢や政治問題への配慮よりも、対抗宗教改革の推進と徹底を重視していた。イングランド諸地方におけるカトリック勢力の蜂起、スペインとイングランドの関係悪化を受け、ピウス5世は1570年2月5日にエリザベス弾劾の教会裁判を開いた。