シーケンスアラインメント
アラインメントはグラフィカルで表現されることも、テキストフォーマットでも表現されることもある。多くのシーケンスアラインメント表現において、各配列は類似残基が同列にならぶように並べられる。
多重配列アライメント(マルチプルアラインメント、英語: multiple alignment)は3配列以上を扱うペアワイズアラインメントの拡張で、進化的に保存された配列の同定などに用いられる。多重アライメント方式は与えられたシーケンス全てに対してアライメントを試みる。多重アライメントはよく、進化に関係するという仮説のグループが交わる保存配列領域の決定に用いられる。このような保存配列のモチーフは酵素の触媒の活性サイトを位置づける構造と反応機構の情報の組み合わせに用いられる。アライメントは系統樹を組み立てることで進化の関係を立証するのを助けるのにも用いられる。 多重配列アライメントはコンピュータ処理的にNP完全な組合せ最適化問題につながる問題の定式化や生成が難しい。それでもバイオインフォマティクスにおいてこれらのアライメントのユーティリティは3つ以上のアライメントに対する適切な方式の種類の開発に役立つ。
ペアワイズシーケンスアラインメントは、2配列間でのアラインメントで、部分的、あるいは全体の類似性を詳しく調べるときに用いる。