藤井猛
この挑戦者決定戦の二番勝負で藤井は「当初、先手番対局と後手番対局が交互にあると思っており、二局とも振り駒で先後を決めることを知らなかったので驚いた」と後に述べている。なお、この年度の藤井猛の成績は全棋士中トップ1位の43勝を挙げた。
初の防衛戦となる第12期(1999年度)竜王戦では、藤井猛は同じ振り飛車党である鈴木大介を挑戦者に迎えた。鈴木は挑戦権獲得時のインタビューで、全局を振り飛車で戦うとの「全・振り飛車宣言」をしていた。七番勝負で藤井は振り飛車を封印し、全局通して居飛車で戦い、4-1で防衛に成功した。なお、同1999年度は早指し将棋選手権戦で、タイトル戦以外の全棋士参加棋戦での初優勝も果たした。
2000年度、第48期王座戦では、藤井猛は羽生善治に挑戦した(竜王戦以外では初めてのタイトル挑戦)。その五番勝負と日程がオーバーラップして、第13期竜王戦七番勝負では羽生の挑戦を受け、「十二番勝負」となった。王座戦は藤井は羽生に2-3で敗れたものの、「勝っても負けてもフルセットにします」と宣言したとおりの展開となった。竜王戦では、藤井は羽生をフルセットの末4-3で下し、竜王戦史上初の3連覇を達成した。お互い自分が保持するタイトルをフルセットで防衛した。藤井猛が羽生善治の挑戦を退けて自身のタイトルを防衛したのは谷川浩司に続き2人目である。
小倉久史・杉本昌隆・藤井猛『振り飛車党宣言〈1〉新感覚の四間飛車』(MYCOM将棋文庫) (2003年7月、毎日コミュニケーションズ、ISBN 978-4-8399-1152-2)
小倉久史・杉本昌隆・藤井猛『振り飛車党宣言〈3〉新感覚の居飛穴対策』(MYCOM将棋文庫) (2003年9月、毎日コミュニケーションズ、ISBN 978-4-8399-1237-6)
小倉久史・杉本昌隆・藤井猛『振り飛車党宣言〈4〉四間飛車対左美濃』(MYCOM将棋文庫) (2004年12月、毎日コミュニケーションズ、ISBN 978-4-8956-3623-0)
藤井猛・鈴木宏彦『現代に生きる大山振り飛車』(2006年12月、日本将棋連盟、ISBN 978-4-8197-0232-4)
序盤に特徴があり、独創的な将棋で知られている。後述のように升田幸三賞を2度受賞しているが、特別賞以外の升田幸三賞を2度受賞している棋士は藤井、佐藤康光、青野照市、千田翔太の4人のみである(2023年6月現在)。
終盤、大胆に大駒を切り、露骨に相手玉に喰らい付く棋風から「ガジガジ流」というニックネームがついている。
勝負に辛いと評されることもあり、一時は丸山忠久・森内俊之と併せて「激辛三兄弟」と称されていた。
羽生世代の中でも丸山忠久同様遅れて奨励会に入会したため、何とか同世代に追いつこうと振り飛車特に四間飛車に特化することで勉強範囲を少なくした。 ただし、奨励会時代は中飛車を中心に指しており、四間飛車の定跡を本格的に研究しはじめたのは、四段昇段後である。 居飛車も全く勉強していないわけではなく、四段プロ入りが決まった三段時に棋書を買いあさり短期間ではあるが勉強している、このとき学んだ知識、感覚が革新的な四間飛車である「藤井システム」に影響している。自玉の囲いを省略して序盤から攻撃的な布陣を敷き、居飛車穴熊や左美濃を横では無く縦に攻略するのは居飛車の感覚であった。
対ゴキゲン中飛車戦法の▲5八金右超急戦の考案者。第12期(1999年度)竜王戦七番勝負の挑戦者となった鈴木大介の得意戦法がゴキゲン中飛車であったため、その対策として編み出し同シリーズで披露した。