ツボカビ門
寄生性のものの一部に植物の病原体となるものがある。ボウフラキンは蚊の防除に役立つのではないかと期待されている。
それ以外のものは、微小藻類や菌類に寄生するもの、水中の有機物に腐生的に生活しているものが多く、特に関わりを持つ場面はない。小型のものが多いので、目につく機会もほとんどない。
サヤミドロモドキ(Monoblepharis)など
後に脊椎動物に寄生するネオカリマスティクスがこの群に含まれることが判明した。しかし分子系統等の知見から、菌類の分類体系に見直しが入った結果、この門は細分された。他にこの門に含めたものではコウマクノウキン目のものがこの門から独立させられた。以下にHibbert et al.(2007)の体系を示す。
Chitridiomycota:ツボカビ門 Chytridiomycetes:ツボカビ綱 Chitridiales:ツボカビ目 Rhizophydiales Spizellomycetales Monoblepharidomycetes:サヤミドロモドキ綱 Monoblepharidales:サヤミドロモドキ目
Neocallimastigomycota:ネオカリマスティクス門
Blastcladiomycota:コウマクノウキン門
なお、ツボカビ目に所属すると考えられていた細胞内性の菌寄生菌であるロゼラ Rozella はこの群を離れてCryptomycota という門に含まれることになった。