逃亡跡
だが、逃亡跡の対策(「勧農」)を具体的に誰が仕切るのかについては、在地領主と村の間で強い対立があった。在地領主にとっては収入の維持が重要であったため、時には自己の下人に耕作させたり、村に命じて共同で耕作させる場合もあったが、その方針は村の運営・維持のために一定以上の在家百姓を必要とするという村の利益に反していたため、在地領主の「非法」として激しい抵抗を起こした。また、荘園領主が直接任じた預所の場合、本来は現地にいるべきなのに、実際には京都や本所の元に留まっている場合が多く、迎え入れた逃亡者が「穏便」(村や領主と諍いを起こさずに真面目に耕作に従事する)かの判断が困難であったため、村側に主導権を渡さざるを得ない場合も多かった。また、同じ在地領主でも預所と地頭が別個設置されているなど、複数の在地領主がいる場合には新しい耕作者の決定権やそれまでの逃亡跡の領有権を巡って相論になる場合もあった。
逃亡者が発生した場合には跡を継承・復元していくという方針は、江戸時代に至るまで原則とされていた。江戸幕府や藩は欠落(中世の逃亡に相当)が発生した場合には、その責任を村に負わせていたが、その一方で人返しの法を出したり、欠落者が帰村を望んだ場合にはその処分を軽くするなど、百姓の減少抑制に努める方針を示した。これは幕藩体制の農民統制の維持という側面もあったものの、中世以来、村側が強く押し出してきた村の運営・維持のために必要な百姓数の確保という主張を領主側も認めていたという側面も有していた。