エキソソーム複合体
既に示したように、エキソソームはリボヌクレアーゼ活性を持つタンパク質を多く含む。エキソソームは元々、RNA分子を3'末端から分解する3'-5'エキソリボヌクレアーゼだったが、これらのドメインは、進化にともなって様々な活性を得たり、失ったりしてきた。エキソソームに含まれるエキソリボヌクレアーゼは加リン酸分解(RNase PH様タンパク)か、真核細胞では加水分解(RNase R、RNase Dドメインタンパク)酵素である。加リン酸分解酵素はホスホジエステル結合の切断に無機リン酸を用い、ヌクレオチド二リン酸を放出する。加水分解酵素は切断に水を用い、ヌクレオチド一リン酸を放出する。
古細菌では、Rrp41サブユニットは加リン酸分解エキソリボヌクレアーゼである。このユニットが環構造内に3個存在し、酵素活性を担う。真核細胞では、RNase PHサブユニットには酵素活性はない。つまり、環構造内に酵素活性のあるタンパクは含まれていない。それにも関わらず、エキソソーム中心部の構造は古細菌からヒトまで高度に保存されており、何らかの重要な細胞機能を持つと考えられている。真核細胞では加リン酸分解活性が欠如する代わりに、別の加水分解酵素がリボヌクレアーゼ活性を担う。
酵母のエキソソームには加水分解酵素Rrp6、Rrp44が付随しているが、ヒトではRrp44の位置にDis3またはDis3L1が入っている。元々、S1ドメインを持つタンパクが3'-5'加水分解性エキソリボヌクレアーゼ活性を持つと考えられていたが、最近ではその活性の存在は疑問視されており、分解前の基質を複合体に結合しておく役割を持つと考えられている。