キャニオン郡 (アイダホ州)
ペイエット郡 - 北
ジェム郡 - 北東
エイダ郡 - 東
オワイヒー郡 - 南
マルヒュア郡 (オレゴン州) - 西
キャニオン郡は1891年3月7日に、コールドウェル市を郡庁所在地として設立された。郡名はコールドウェルに近いボイシ川の渓谷に因んで名付けられたとされている。しかし、ジョン・リーズとバーディス・フィッシャーは、オワイヒー郡との自然の郡境となっているスネーク川の渓谷に因んで名付けられたと考えている。ハドソン湾会社が1834年に現在のパーマ近くにボイシ砦を設立したが、1855年には放棄された。オレゴン・トレイル沿いにあったキャニオン郡を通って移民達が移動した。
オレゴン短線鉄道が1883年に開通した。