漁業
アクアポニックス - 水棲生物の糞尿や残餌を農業の肥料にする取り組み。
魚かす - 加工などで出た残渣を農業の肥料にする。
魚油 - 産業廃棄物になる部位などからバイオ燃料として利用する。
沿海部における日本漁業の歴史は古く、縄文時代の遺跡からは釣針や銛、漁網の錘として用いられた土器片錘や丸木舟などの漁具が出土しており、漁や採集によって魚介類を収獲していたと考えられる。
縄文晩期の関東地方では大型貝塚の数が減少し、クロダイ・スズキ漁を中心とする縄文型内湾漁労は消滅するに至る。弥生時代には大阪湾岸など縄文晩期から弥生中期に至るまで縄文型漁労が継続した地域も存在するが、東京湾では新たに内湾干潟の貝類を主体とするタイプの貝塚が形成されるが、遺跡から出土する魚骨は少なく、全国的に漁労は低調であったと評価される。一方で、大陸から伝来した管状土錘を用いた網漁やイイダコの蛸壺漁など、新たな漁法を用いた弥生漁労も開始された。また、三浦半島など外洋沿岸地域では外洋漁労が行われた。
弥生時代には稲作農耕が普及するが、水田と貝塚の双方を持つ弥生集落では農繁期の夏季に漁期を持つカツオなどの魚類が出土しており、銛漁・釣漁など専門性の高い漁法が用いられていることから、農耕民とは別に漁労を専門とする技術集団がいたと考えられている。また、稲作農耕の開始により水田や用水路など新たな淡水環境が生まれたことにより淡水産の魚類・貝類を対象とした漁労も開始された。
なお、北海道では稲作農耕が普及しなかったため、縄文以来の狩猟や漁労が継続された。
考古学的にも東京湾岸の漁業は中世と同様であることが指摘され、中小規模の貝塚が営まれ、管状土錘を用いた網漁が行われている。貝塚の規模、貝類の組成や出土する魚骨、漁具の種類も中世と同様で、引き続き零細な半農半漁の漁業が継続した様相を示している。
近世には大都市の影響による湾岸の富栄養化など環境改変も発生している。
生類憐れみの令と漁業
延宝8年(1680年)に将軍となった徳川綱吉は「生類憐れみの令」と総称される一連の法令を発布する。生類憐れみの令では犬をはじめとする動物愛護のみならず、牛・馬の保護や食用規制、鷹狩に用いる鷹の放鳥、鷹匠の削減など動物をめぐる総合的な政策が実施された。
生類憐れみの令では鉄砲を用いた一般庶民の狩猟も規制され、家禽を除く鳥類や観賞用の昆虫の飼育なども規制された。川の多い江戸は釣り場が多く一般庶民が釣りを行い魚を食用にしていることがあったが、生類憐れみの令では魚釣りも禁止された。ただし、生業として漁業を行う漁師の活動は制限されず、また漁獲され流通した魚の購入に関しては自由であった。宝永6年1月10日に将軍綱吉は死去し、綱吉の養子となっていた甲府徳川家の綱豊(家宣)が新将軍になると生類憐れみの令は撤廃された。
商業的に重要な魚種のリスト(英語版)では70種程度、他の魚種は未利用魚・低利用魚である。商業的に利用される魚でも形や大きさ傷などによって廃棄される。FAO(国際連合食糧農業機関)が2020年に公開したデータでは、全漁獲量の30-35%が廃棄されているとしている。
未利用魚・低利用になる理由としては、毒がある、サイズが小型・規格外、棘・骨が多くて加工しにくい、鮮度の低下が早く腐りやすい、季節が限定的、匂いやクサミがあるなどである。例として、バラムツ、アブラソコムツなどの深海魚の多くは、消化ができない油を含み下痢などを起こし最悪昏睡状態になるので、食品衛生法で販売が禁止されている。前述の様な食用として重篤な要因を除去できない未利用魚以外は、持続可能性の観点から活用法が研究されている。