種痘
その後の1870年、明治維新後の新政府もまた種痘医の免許制度を定め、種痘の推進および痘苗の頒布を行うこととし、当時種痘が盛んであった大村藩出身で、洪庵の弟子の長与専斎を責任者とした。長与は「再帰牛痘苗」の製造に成功し痘苗の安定供給の道を拓き、「牛痘種継所」を設けて日本各地へ配布できるシステムを整備した。
政府は1874年に定期の種痘を定めた文部省告示「種痘規則(国立国会図書館)」を布達、1876年に「天然痘予防規則」が制定され、1909年の「種痘法」によって国民に定着した。1884年(明治18年)には、東京神田の医師角倉賀道は私費を投じて日本最大級の牧場を開設、天然痘ワクチンの増産に務めた。このような民間の活動が全国的なムーブメントとなって撲滅への礎となった。
種痘法(明治42年法律35号)は1909年4月14日公布、1910年1月1日施行、全文20条で、その規定内容は、定期種痘および臨時種痘の実施、市町村の定期種痘の実施義務、種痘を受けるべき者の保護者の義務、医師の種痘証、痘瘡経過証、違反者に対する罰則である。なお関係法規として、種痘法施行規則(明治42年内務省令26号)、種痘施術心得(明治42年内務省告示179号)、種痘法第八条ニ依ル符号記入方(明治42年司法省令22号)、伝染病研究所痘苗、血清等販売規程(大正4年文部省令13号)、痘苗及血清其他細菌学的予防治療品製造取締規則(明治36年内務省令5号)があり、植民地においては特別法規が実施された。
1948年(昭和23年)施行の予防接種法では計3回の定期接種が義務付けられ、初回を「生後2箇月~12箇月に至る期間」、第2期を「小学校入学前6箇月以内」、第3期を「小学校卒業前6箇月以内」と定めていた。