皇位簒奪
後白河法皇の子である以仁王は、平家を後ろ盾に持つ異母弟高倉天皇が即位したのに対し、自らが皇位に就くどころか親王宣下すら受けられない現状に不満を抱き、平家政権打倒を計画するが事前に露見したために園城寺などの支持を受けて挙兵し、源頼政とともに戦うが敗死した。その際に王が令旨を出して全国の源氏に平家政権打倒を呼びかけた。その令旨に「断百王之跡」「尋天武天皇舊儀」「御即位之後。必随乞可賜勸賞也。」と書かれている(『吾妻鏡』)。これを以仁王が平家が立てた高倉・安徳両天皇の正統性を否定して、天武天皇の旧儀(先例)に倣って、平家とともに高倉上皇・安徳天皇を倒して自らが皇位に就くことを宣言し、なおかつ即位後の褒賞の約束まで行ったと言われている。以仁王は天皇の皇子であるが、現在の皇統を実力で倒して自ら皇位に即位することを宣言したという点では皇位簒奪であると言える。実際に以仁王の令旨を奉じて上洛した源義仲は、令旨を根拠に平家とともに西国に逃れた安徳天皇(高倉上皇は既に崩御)に代わって以仁王の遺児北陸宮の即位を後白河法皇に迫り、それがならないと知るや法住寺合戦を起こして後白河法皇を幽閉している。また、平家滅亡後も安徳天皇の異母弟である後鳥羽天皇の子孫が皇位を継承したのに対して以仁王に対する名誉回復がなされず、謀反人として処罰された者、すなわち「刑人」として扱われている(『玉葉』建久7年正月15日条)。
南北朝の動乱により、皇室と公家勢力の権力及その権威が低下すると共に、室町幕府の成立以来、足利将軍家の権威は皇室に迫り、実質的に日本の君主としての役割を担った。とりわけ三代将軍足利義満は朝廷への影響力を強め、公武を超越した権威と権力を持つに至った。天皇・治天の代わりに、中国の明朝皇帝から「日本国王」として冊封を受け独自の外交を行っているが、これを国内的な君主号としての天皇の権威に対抗するためであり、簒奪の為の準備の一つであるとの説がある(ただし、貿易の利便性を高める為、冊封を受けたとの説もある)。
晩年には、実子義嗣を親王に準ずる形で元服させた。義満が皇位簒奪を企てているとする論者は、義嗣を皇位に就かせ、自らは上皇(治天)に就く意図があったものとする。しかしその直後に義満は後継者不指名のまま急死し、四代将軍となった足利義持や幕府重臣により勘合貿易など義満の諸政策も停止された。