八代港
また、1996年8月10日には天草観光汽船の観光船「ブルーライナー」が操縦士の操作ミスによって大道港の防波堤に衝突する事故を起こし負傷者を出したことも旅客減少につながった。
各フェリー会社は防衛策を講じた。松島フェリーは1999年に愛媛汽船(現在は芸予汽船)より1979年製の大三島ブルーライン用大型フェリー「きのえ丸」を転籍譲渡の上「フェリーまつしま」に改称して導入。天草フェリーラインは2001年6月に設立当時より愛媛汽船から転籍導入していた「フェリーくまがわ」に代わる新型フェリー「シーガル」を、天草観光汽船や木本観光も1986年8月就航の大型観光船「ブルーライナー」に続く「ブルーライナー2」や「龍丸」「八りゅう丸」をそれぞれ導入して、輸送力の強化とサービス向上に努めた。
2003年から神園交通による「すーぱーばんぺいゆ」、翌2004年には産交バスによる「エアラインやつしろ号」の2つのバス路線が八代港から九州自動車道経由で阿蘇くまもと空港までの運行を開始し、空港からの陸路アクセスが向上した。しかし、「エアラインやつしろ号」は利用率が予想以上に大きく低迷してしまい運行開始からわずか5ヶ月で早々に廃止され、「すーぱーばんぺいゆ」も八代港まで利用する乗客はほとんどいなかった。加えて、2004年3月の九州新幹線開業で八代駅発着の優等観光列車が大きく削減されたために八代駅からの利用客も大きく減少し、さらに同時期の原油価格高騰も大きな打撃となり、フェリーの維持費用が運航会社にとって大きな負担となっていった。