サンタクルス事件
議員団訪問中止を受けて、予定されていたはずのデモは、11月11日に国連人権委員会の拷問に関する特別報告者ペーテル・コーイマンスが東ティモールを訪問することから、翌11月12日のセバスティアォンの死後2週目のミサの後にデモを行うことが決定し、独立派の指導者だったシャナナ・グスマン(後の東ティモール初代大統領)の了承を得て決定した。
東ティモールでは、人の死後1週間目に「苦い花」を、2週間目に「甘い花」を墓に捧げる習慣がある。セバスティアォンについては「苦い花」の儀式は行われず、11月12日に「甘い花」の儀式のみが行われた。11月12日のミサは、6時にモタエル教会で始まり、7時過ぎに終了した。参列者はサンタクルス墓地へ向けて行進をはじめ、約3,500人の群集に膨れ上がった。群集はすぐにデモと化し、「シャナナ万歳」「東ティモール万歳」などと口々に叫び、横断幕や東ティモール民主共和国の国旗などを掲揚して行進した。そのなかで、インドネシア国軍のゲルハン・ランタラ少佐が群集に刺されるという事件が起きた。ランタラは、翌日の軍の記者会見では死亡したと発表された。しかし、実際はジャカルタの病院へ搬送されて、回復に向かっていた。
これを機に、当局は東ティモール人学生の地下組織の摘発に乗り出した。バンドンのパジャジャラン大学では、ジャカルタの東ティモール人学生逮捕に抗議するデモが行われ、8人が逮捕された。同大学で開かれていた全ジャワ学生会連絡会の総会は、11月21日、インドネシア国軍の東ティモール撤退と東ティモール人の自決権行使を求める声明を発表した。
このほか、アジア地域でも1994年6月、市民団体によってアジア太平洋東ティモール会議(APCET)がフィリピン・マニラで開催された。この会議の開催にあたっては、直前にインドネシア政府がフィリピン政府に対して、自らが仲介しているモロ民族解放戦線(MNLF)とフィリピン政府の和平交渉の破棄を示唆し、国境海域でのフィリピン漁船拿捕などの圧力をかけ始めた。しかし、言論の自由を憲法で保障しているフィリピンでは会議の中止は難しいとして、外国人参加者の入国禁止などによって要請に応えようとした。さらに同年4月に結成されたフィリピン・インドネシア友好協会が、国益を損ねるとしてケソン地裁に仮差し止めを請求し、これが認められた。しかし、会場のフィリピン大学法学部長らが原告となって、仮差し止めの停止を求め、最高裁に提訴した。判決は、会議開始2時間前に出され、仮差し止めを違法とした。会議は、アジア太平洋東ティモール連合(APCET)を発足させ、初代名誉議長に名古屋教区の相馬信夫司教を選出して終結した。APCETは、その後、2年ごとに会議を開催している。
ポルトガルは、1975年のインドネシアとの国交断絶後、国交のない状態が続いたが、1982年の国連総会決議に基づいたハビエル・ペレス・デ・クエヤル国連事務総長の仲介で、ポルトガルとインドネシアの外相による交渉が行われた。しかし、東ティモール人の自決権の行使を求めるポルトガルに対し、インドネシアは自決権は既に行使されたと譲らず、ポルトガルとインドネシアの交渉は平行線を辿った。ポルトガルの主張は、ポルトガルが東ティモールの施政国でありインドネシア国軍の撤退を求めた国連決議に沿ったものだったが、インドネシアとの関係悪化を避けたい欧米日豪の主要国がインドネシアを支持、ないしは消極的立場をとったことから、インドネシアは国連決議を無視しつづけることができた。
交渉は、1980年代末にポルトガル議員団の東ティモール訪問を信頼醸成措置として実施することに収斂していった。1991年8月、これが合意に達し、インドネシア国会を招待者として、訪問は少なくとも11月4日までに実施されることが決定した。