雑賀衆
しかしこれ以降、織田信長に進んで従おうとする派と反織田を貫こうとする派が対立し、雑賀衆の内部は分裂することとなった。1582年(天正10年)には親織田派の鈴木孫一が反対派の土橋氏を倒すが、同年の本能寺の変によって信長が横死すると、孫一は織田信張のもとに逃亡し、土橋派が主導権を握る。
なお、毛利方が本能寺の変報を入手したのは羽柴秀吉撤退の日の翌日で、雑賀衆からの情報であったことが吉川広家の覚書(案文)から確認することができる。
以後は、もっぱら中央集権化を進めて土豪の在地支配を解体しようとする羽柴秀吉の動きに雑賀衆は一貫して反発し続け、根来衆と組んで小牧・長久手の戦いでは大坂周辺にまで出兵して尾張に出陣した秀吉の背後を脅かした。1584年(天正12年)1月、和泉国で秀吉と雑賀衆・根来衆の対立が激化し、一時、紀州勢は大坂城に迫る勢いであった。
1585年(天正13年)、秀吉は徳川家康と和解。同年3月、秀吉は和泉国で本格的な戦闘を開始し、敗走する紀州勢を追って6万の軍勢で紀伊国に攻め入った(千石堀城の戦い、第二次紀州征伐)。3月末には拠点であった太田城が落城し雑賀衆は終焉を迎えた。
かつての雑賀衆は、滅びた土豪勢力として帰農したり、各地に散らばって鉄砲の技術をもって大名に仕え、集団としては歴史から消滅した。