ゲル抽出
DNAサンプルをアガロースゲルで電気泳動した後、抽出には4つの基本的なステップがある。目的のフラグメントを特定し、対応するバンドを分離し、それらのバンドからDNAを分離し、付随する塩や汚れを除去する。
まず、ゲルに紫外線を照射して、臭化エチジウムで染色されたすべてのDNAを蛍光させる。DNAを、変異原性のある紫外線に必要以上に長くさらさないように注意しなけれればならない。目的のバンドを識別し、カバーガラスや剃刀の刃で物理的に移動する。取り出したゲルのスライスには、目的のDNAが含まれていなければならない。また、SYBR Safe DNAゲル染色と青色光照射を利用する別の方法では、臭化エチジウムや紫外線によるDNA損傷を避けることができる。
目的のDNAフラグメントを分離して洗浄するために次にあげる方法がある。
ゲル抽出キットは、いくつかの主要なバイオテクノロジーメーカーから、1サンプルあたり約1~2米ドルの最終的なコストで入手できる。これらのキットに含まれている手順書では通常、ゲルスライスを3倍量のカオトロピック剤に50 °Cで溶解した後、溶液をスピンカラム法(英語版)で処理し(DNAはカラム内に残る)、70%エタノールで洗浄し(DNAはカラム内に残り、塩と不純物は洗い流される)、少量(30 μL)の水または緩衝液でDNAを溶出する。