石岡駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを有する橋上駅になっている。上りのみ島式ホームとなっており、特急待避が可能である。橋上駅舎は2015年(平成27年)9月5日より一部供用開始、2016年(平成28年)3月工事完成。改札口は1箇所で、東西連絡通路とつながっている。
駅舎内にはみどりの窓口・自動券売機・指定席券売機・Suica対応自動改札機が設置されており、Suica専用通路もある。
旧駅舎内に出店していたコンビニエンスストアのNewDaysは、橋上駅舎工事に伴い駅舎外のプレハブ小屋で営業していたが、現在は新駅舎2階の改札口の隣にて営業している。
1番線ホームに立ち食いそば店があったが、2007年(平成19年)5月に閉店した。また、2・3番線ホームに出店していたKIOSKも閉店している。また、橋上駅舎工事に伴い旧駅舎内に出店していたパン屋も2013年12月に閉店した。
直営駅(管理駅)であり、高浜駅と羽鳥駅を管理している。当駅ではATOSが導入されている。また、当駅には日暮里駅起点80キロの距離標(キロポスト)がある。
2016年3月、自由通路2階に切り絵作家滝平二郎の作品「ふるさとの四季」4点をもとにしたステンドグラスが設置された。
関鉄グリーンバス 【石岡・やさと観光周遊バス】常陸風土記の丘・フラワーパーク・八郷蒸溜所・やさと温泉ゆりの郷行 柿岡車庫・上曽行 石岡車庫・ヒルズガーデン美野里行 石岡二高前行