ヤナゲン
銀行管理下での再建に入ったため、2000年(平成12年)9月には、同じ岐阜県を本拠地とするスーパーマーケットのバローとの間でヤナゲンストアの店舗の売買交渉を行っているという報道がされたが実現せず、その後も郊外型大型店との競合で業績不振が続いたため、2005年(平成17年)5月31日に平和堂と業務提携を行い、同年7月11日に平和堂が買収して事業を引継ぐことを発表し、同年9月1日から100%子会社として新設された株式会社ヤナゲン2店と株式会社ヤナゲンストアー7店が営業を開始した。
平和堂傘下に入った後の株式会社ヤナゲンは2006年(平成18年)3月3日に大垣本店のC館を閉鎖して返却し、売場面積を約7,000m縮小して約15,000mのA・B2館とする改装を行い、売場の廃止・集約化を進めて効率化を図る一方で、デパ地下の食品売場の高級化や、婦人雑貨売場の2倍への拡張と言ったてこ入れを行ったが業績は好転せず、2010年(平成22年)2月期まで赤字が続いた。