水戸駅
直営駅(駅長・助役配置)となっており、水戸営業統括センター所在駅。水戸営業統括センターとして、常磐線岩間駅 - 偕楽園駅、水戸線小田林駅 - 宍戸駅、水郡線常陸青柳駅 - 静駅および常陸太田支線南酒出駅 - 常陸太田駅を管理する。島式ホーム4面8線を有する地上駅。ホームは1番線から8番線まであり、2番線と3番線、4番線と5番線の間に各1本の中線が、8番線の南側には貨物列車用の8本の側線がある。1番線と8番線はホームの東側(改札外から見て手前側)しか使用しない。特に1番線は東側の階段の手前で線路が行き止まりになっている。常磐線は、上下のいずれも3 - 6番線に入線できる配線になっており、終着列車は一部の回送列車を除いて折り返し発車する方向のホームに入線する。各ホームには、エスカレーター・エレベーターがある。JR水戸駅の事務管コードは▲421116である。
橋上駅舎を備え、構内北側には7階建ての駅ビル「EXCEL(エクセル)」、南側にはビックカメラを核テナントとした駅ビル「エクセルみなみ」がある。自動券売機・多機能発売機・指定席券売機・みどりの窓口・Suica対応自動改札機が設置されている。
JR東日本と鹿島臨海鉄道は改札を共用しており、鹿島臨海鉄道の改札業務はJR東日本に委託している。以前は7・8番線ホームとの間には中間改札口が設置されており、7番線から発車する特急列車に有効な特急券または大洗鹿島線に有効な乗車券類を所持していないと入場できなかったが、現在は撤去されている。中間改札廃止後も、自由席特急券を発売する出札小屋が残っていたが、特急の全車指定席化により閉鎖・撤去(末期はJR東日本ステーションサービス委託)され、指定席券売機に移行された。