マケドニア正教会
マケドニア側は正統オフリド大主教区のヨヴァンをセルビア側の手先と決め付け、ヨヴァンはマケドニアのメディアによる彼の教会に対する非難キャンペーンに対する不満を口にした。ヨヴァンは「彼らは不安定で爆発性のある輪を人々の間に作り出し、人々をわれわれに対する仮想的なリンチへと向かわせている。」とForum 18 News Service に語った。
マケドニア政府はヨヴァンの教会の承認を拒否、その信仰の場を攻撃、ヨヴァンを犯罪者として告発した。ヨヴァンは逮捕され、主教の地位を剥奪され、国外追放された。2005年にヨヴァンは帰国、洗礼を試み、再び逮捕された。ヨヴァンは18か月の懲役を言い渡され、収監され、彼にたいする訪問は厳しく制限された。2006年3月19日、220日を刑務所で過ごした後、ヨヴァンは釈放された。このヨヴァンに対する逮捕の理由は金銭の横領であり、教会資金の不適当な使用、およびマケドニア正教会に所属していた当時の教会資金の着服というものであった。
他方、セルビア正教会はマケドニア側によるプロホル・プチニスキ(Prohor Pčinjski)修道院への出入りを禁止した。この場所はマケドニアの国民の祭日イリンデン(Ilinden、8月2日の聖エリヤの日)を祝福する場所であり、またマケドニア人民解放反ファシスト会議(ASNOM)が初めて開かれた場所であった。マケドニアの入国管理局は聖職者の服装をしたセルビア側の聖職者を頻繁に入国拒否している。
両教会による「キリスト教の朋友関係と統一」に対する呼びかけにもかかわらず、現実にはこの問題を解決する動きはほとんどなされていない。
2022年6月5日、セルビア正教会より独立正教会の地位を認めるトモスが授与され、マケドニア正教会の独立教会を認めた。