新世紀エヴァンゲリオン
監督の庵野は、学生時代に『宇宙戦艦ヤマト』と『機動戦士ガンダム』のアニメブームを体験している。『宇宙戦艦ヤマト』に関しては庵野作品全般に、オマージュととれるシーンが存在する。『機動戦士ガンダム』に関しては、庵野自身『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』のメカニックデザインを担当していた。また、『逆襲のシャア』に関してはスタッフにインタビューした同人誌を出版している。1993年放送の『機動戦士Vガンダム』を庵野は高く評価しており、VガンダムのDVDブックレットに、「この作品にハマらなかったら僕は『新世紀エヴァンゲリオン』を作る前にアニメを辞めてたかもしれない、あるいは『エヴァ』みたいなものを作る気にはならなかったと思う」と語っている。本作品の第1話は『機動戦士ガンダム』の第1話を強く意識しており、庵野はガンダムの1話を全て時系列またはチャートにまとめ、それをホワイトボードに書き出し、「完璧だ!」「こんなの、絶対越えられない!」と発言している。
庵野はアニメ業界におけるキャリアの初期に、『風の谷のナウシカ』の巨神兵の作画を担当しており、本人も巨神兵を主体とした作品を作りたがっていたが宮崎駿に拒否されたことから、巨神兵の特徴を引用してエヴァンゲリオンを制作したとも言われている。実際に、新劇場版と同時上映の短編として『巨神兵東京に現わる 劇場版』を制作している。また、戦闘シーンは特撮からの影響を強く受けている。
また庵野は一時期同人誌を集めるほどに『美少女戦士セーラームーン』にハマっていた。『美少女戦士セーラームーンS』ではセーラーウラヌス&ネプチューン変身バンク演出を手掛けている。そのため『美少女戦士セーラームーン』の登場人物・月野うさぎの声優を務めた三石琴乃を葛城ミサトの声優に起用したり、綾波レイの名前が火野レイより採られている。
全ての使徒を倒したNERVに対し、ゼーレは戦略自衛隊(戦自)を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、生きる意思を失くしていたシンジは無抵抗のまま戦自隊員に殺されようとしていた。その寸前、ミサトによってシンジは救出され、2人は初号機のケージへと向かう。しかし、ケージへの移動中、ミサトは戦自隊員の銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して留まり、区画爆破に巻き込まれ命を落とす。一方、廃人状態であったアスカは目を覚ましEVA弐号機で戦自の部隊を壊滅させるものの、ゼーレが送り込んだEVA量産機9体に倒されてしまう。シンジを乗せ、翼を現したEVA初号機がアスカの元へと飛ぶ。そこでシンジが見たのは、アスカの乗った弐号機が解体され捕食された惨状であった。シンジは絶叫し、精神を崩壊させる。
EVA初号機を依り代としてサードインパクトが始まり、全人類の肉体は液化し、その魂は「黒き月」に集められた。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人(第2使徒リリス)に取り込まれ、そこでシンジはレイやカヲルに再会するが、シンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれが個人として存在する従来の世界を望んだ。リリスは首から血を噴き出して倒れる。気がつくとシンジは赤い海に囲まれた白い砂浜にアスカと2人だけで横たわっていた。
テレビシリーズ版弐拾伍話「終わる世界」に対し「Air」、テレビシリーズ版最終話「世界の中心でアイを叫んだけもの」に対し「まごころを君に」のタイトルをもつ。
ビデオフォーマット版 2003年のリニューアルDVD発売に際して、VHS・LD・初期DVD版に収録されている増補修正版の第弐拾壱話から第弐拾四話を「ビデオフォーマット版」と呼称し、漢数字表記であった話数を、劇場版に合わせて漢字からアラビア数字に変更した(ただし、タイトルでの話数表記は従来の漢字表記)。中間アイキャッチに表示される話数も、劇場版と同じく「'」が追加された。 ビデオフォーマット版は設定や登場人物の内面描写をより詳しくしたものであり、VHS・LD化の際に増補されたカットならびに新作カットも一部加えられるなど内容が豊富であるが、テレビ版であるオンエアフォーマット版とは違い1話25分弱の枠に収まっていないため、話のリズムやテンポに違いがある。次回予告は30秒バージョンとなっていて、エンディングの際には追加シーンのスタッフテロップが入るため、オンエアフォーマット版より長くなっている。なお、初期DVDまでは第弐拾四話以降に第弐拾伍話と第25話「Air」、最終話と第26話「まごころを、君に」が併行して収録されていたが、リニューアルDVDには第25話と第26話は収録されていない。