富内郡
大政奉還後の慶応4年(1868年)4月12日、箱館裁判所(閏4月24日に箱館府と改称)の管轄となり、同年6月末、岡本監輔、王政復古を布告。東トンナイ(富内)に箱館府の公議所(裁判所)の官員を派遣して出張所を設けた。明治2年(1869年)北蝦夷地を樺太州(国)と改称、開拓使直轄領となった。明治3年(1870年)開拓使から分離のうえ樺太開拓使領となったが、明治4年(1871年)北海道開拓使と再統合し開拓使直轄領に戻り、8月29日廃藩置県となる。このころ行われた文明開化期の事象としては、神仏分離令、壬申戸籍編製、散髪脱刀令、平民苗字必称義務令公布などが挙げられる。アイヌは百姓身分だったため、平民となった。明治8年(1875年)、樺太千島交換条約によりロシア領とされたが、同条約第六款において、日本人の漁業権が認められており、露領時代の富内郡域沿岸は東海岸漁区(中知床岬から北知床岬まで)の範囲に含まれ、佐々木平次郎によって漁場が開かれていた。
享和元年(1801年)に中村小市郎(意積)が南の小実領(領の項目も参照)方面からトンナイチャ越で富内湖に抜け、富内郡域も踏査(『唐太雑記』)。その後、小一郎は北の内淵方面へ向かった。
文化5年(1808年)会津藩が樺太警固を担当し、同年、樺太検分のため、間宮林蔵も渡樺。林蔵も、南からトンナイチャ越で富内湖に抜けた。その後富内に宿泊し、北の内淵方面へ向けて踏査した。文化6年(1809年)西蝦夷地から樺太が分立、この年以降の警固は弘前藩に交代した。
松前藩復領期
情勢が安定した文政4年(1821年)松前藩領に復した。 『鈴木重尚 松浦武四郎 唐太日記』(嘉永7年(1854年)刊行)に弘化3年当時の状況の記載あり。弘化3年(1846年)に松浦武四郎がトンナイチャ越経由で訪れ、栄浜中知床岬線の前身にあたる道を通り北へ向かった。彼が郡域内で宿泊したのはトンナイチャ(富内村富内)とヲブツサキ(落帆村南負咲)であった。
樺太直捌場所の分立
安政年間(1854年~1860年)以降、東岸は中知床岬以北のオホーツク海側が幕府直捌となる。 安政3年(1856年)箱館奉行、鳥井権之助を北蝦夷地差配人に任命。 同年4月、総勢18人の調査隊は、宗谷を経て樺太の東海岸トンナイチャ(富内)、オチョホッカ(富内村落帆)を調査(敦賀屋文書)。 安政4年7月、大庄屋松川弁之助が北蝦夷地(樺太)御直場所差配人元締役となり、割当てられた場所は南のシレトコ岬(長浜郡知床村)から、本拠地ヲチョボカ(落帆村落帆)より北のシマオコタン(落帆村島古丹)までであった。 弁之助は、アイヌへの贈り物の古陣羽織なども用意し、上野高崎藩領越後国蒲原郡一ノ木戸村(現・三条市)の小林森之助を北蝦夷地東浦(カラフト東海岸)オチョポカ(落帆)に送り会所(運上屋)を建て、この年オボチョッカのみで鱒マス1,000石の漁獲を上げた。