大阪府咲洲庁舎
WTCは、1996年度の決算から債務超過に陥り、2003年3月の2002年度決算時には236億6446万円の債務超過という事実上の倒産状態にあった。そこで2003年6月に、WTCはATCや湊町開発センターとともに金融機関に債務免除を求める特定調停を大阪地方裁判所に申請した。
2004年1月31日の大阪市会での調停案受け入れの議決を経て、2004年2月12日に金融機関との間で以下の内容の特定調停が成立し、経営再建がすすめられることとなった。
大阪市が、家賃・共益費の名目で、以後40年間にわたり合計1280億円を負担し、WTCを2011年度には黒字化をさせる。
大阪市がWTCに貸し付けている200億円の債権は、125億円について債務の株式化、75億円については劣後債権化する。
金融機関は、WTCに対して有する782億円の債権のうち、137億円について債権放棄をして、残る645億円については40年間にわたり分割でWTCから返済を受ける。
WTCが債務を返済できない場合、大阪市が金融機関の損失を補償する。
2004年6月24日には、前伊藤忠都市開発社長の船越洋蔵が、民間から大阪ワールドトレードセンタービルディング社長に就任し、経営再建に取り組んだ。