京都代官
続いて4年後に所司代を含めた職務の再編成が行われて、新たに京都町奉行が発足した。その後、再び五味豊旨が継いだが、延宝8年(1680年)に五味豊旨の死去によって就任した小堀正憲以後は小堀氏による世襲となった。
小堀氏時代には知行高600石・役料1,000俵・躑躅間詰の格式が定められていた。二条城や朝廷の職務も掌ったことから属僚が多く、常時20-30名、最も多い時期には60名余が在籍していた。
役職としては、
皇室・公家領の支配と租税徴収の代行・諸作事。
二条城の管理・修繕。
京都の寺社に対する役料支給。
桂・木津・宇治・賀茂・淀といった山城国の河川交通の要所の支配。
山城国・摂津国・河内国・丹波国における天領支配。
などが挙げられる。また、大坂町奉行との管掌の調整の結果、大坂船手格を一時兼務したこともある。