国鉄タキ38000形貨車
1987年(昭和62年)のJR移行では140両全車がJR貨物に車籍を承継された。引き続き各地で石油専用列車に用いられてきたが、小規模拠点への輸送需要が漸減し拠点間大量輸送の比重が相対的に高じたこと、タキ1000形の製作進展により最高速度 95 km/h の高速石油専用列車が増加してきたことから、相対的に車両数が少なく、かつ、最高速度が 75 km/h にとどまる本形式の使用頻度は次第に減少し、需要の増加する冬季の臨時輸送を主体とした使用形態に推移していった。
1995年(平成7年)に1両(タキ38039)が熊谷貨物ターミナル内の事故で車籍除外となった以外は、2007年(平成19年)度末まで139両全車が在籍していた。2008年(平成20年)度中に4両が車籍除外され、2009年(平成21年)3月末現在の在籍数は135両である。
2009年(平成21年)4月からは一部の車両が「米タン」と通称される運用に転用された。これは米軍横田基地向け航空燃料 (JP-8) 輸送のために拝島駅 - 安善駅間で運行される専用列車で、従前から用いていたタキ35000形を本形式に置替えたものである。
2010年(平成22年)末から2011年(平成23年)の始めにかけてタキ1000形が24両(12両編成2本)投入されたが、予備車が無い状態のため、本形式も26両(13両編成2本)も併用されており、2012年(平成24年)7月時点ではこの運用が本形式を用いる最後の運用となっている。2015年(平成27年)4月の時点では本形式の存在が確認されておらず、全て専用のタキ1000形に置き換えられて事実上形式消滅した模様である。
2011年(平成23年)3月11日に発生した東日本大震災では、軽量さを買われて3月18日から始まった根岸発新潟・青森経由盛岡貨物ターミナル行き迂回燃料輸送に36両(18両編成2本)が投入された。これはタキ43000形およびタキ1000形の奥羽本線への入線実績がなかった事や、前述の通り本形式を用いた米軍燃料輸送用の車両がタキ1000形に置換えられて間もなかったため遊休状態という背景があったが、のちにJR東日本からタキ1000形の入線も可能との返事があり混用される様になった。なおこの迂回燃料輸送は東北本線が全線復旧となる4月20日まで行われたが最終便となる4月19日根岸発の分は復路が東北本線周りの高速貨扱いとなっていた為、本形式で運行されたのは4月18日根岸発分までであった。