メトロイドフュージョン
セクター1-SRXのものとは別個体の鳥人像。これはセクター2-TROを覆いつくし、更に中央動力炉のメインサイロ(電源)を機能停止に追い込んだカラームツーターの寄生源となっている個体。Xの擬態により寄生能力が強化されており、特にTROのフロア半数に根を張り巡らせている。
自身は移動手段を持たないが、フィールド上部のツボミから独特の軌道で降下する花粉弾が、フィールド下部には落ちてきたサムスを直接捕食する肉食植物「サムスイーター」がそれぞれ攻撃を行う。ある程度ダメージを受けると上半身が破壊され内部の循環機構が露出するが、その際は蕾は枯れ、プラズマビームを発射して攻撃する第2形態に移行する。コアXの擬態は寄生源の鳥人像であり、これを破壊するとカラームツーターなどがすべて活動を停止し、各フロアから消滅する。
水中の生態系を研究するエリア。エリア上部は水槽のような機械的な構造が目立つが、エリア下部は海底のような構造になっており、水辺や海底に生息する水棲生物が多数飼育・研究されている。
SA-Xが施設を破壊してXの侵入を促した結果エリア全域が水没した状態となっており、更に飼育エリアから脱走したイシュタルが暴れた影響で切れた配線が剥き出しになり、エリア上部の水中に超高電圧の電流が漏電している。
また、レベル4のセキュリティルームが存在するが、最高レベルであるため他のセクターから侵入しない限り到達する事はできない。なお、このセクターのエレベーターのみ左側に出入り口がある(他は右側)。
名前の由来は水を意味する「アクア(Aqua)」から。
大破した旧スターシップに代わる、銀河連邦政府から支給された紫を基調としたサムス専用のガンシップ。現在までの行動記録(データ)のセーブ、パワードスーツのエネルギー・ミサイル・パワーボムを最大値まで全回復することができる。また、指令を受けたり、確認したりすることもできる。
6つのセクターの上部に存在する基本的なエリア。 ドッキングベイ スターシップが停泊するエリア。 特別保管庫 惑星SR388で捕獲した原生生物と、Xに寄生されたサムスから切り取られたパワードスーツの部品が保管されていたエリア。後にSA-Xのパワーボム起動により爆発事故が発生してしまう。 冷凍保管庫 冷凍保存されたリドリーの死骸(ミイラ)が存在するエリア。 メインエレベーター 各セクターの中継エリア。個々のセクターそれぞれへのエレベーターが存在する。 オペレーションデッキ B.S.L.の軌道変更用の推進装置が存在するオペレーションルーム。 居住デッキ B.S.L.の研究員(スタッフ)が生活するエリア。ダチョラとエテコーンもここで生活していた。
中央動力炉に出現したクモのような大型生物。禍々しい頭部に強靭な顎と5つの複眼が特徴。元々はセクター2-TROの生物と推測される。
壁面を左右に反射するように移動して口から発射する火炎と前脚で掴み直接捕食する攻撃を行うが、高硬度の外皮に対して柔らかい口腔内が弱点となっている。ある程度ダメージを受けると全ての脚が除去されるが、今度は空中を回転ジャンプ(スペースジャンプ)しながら弾を吐き出して攻撃する第2形態に移行する。