円満院
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寛和3年(987年)に村上天皇の皇子悟円法親王により京都岡崎に「平等院」として創建されたと伝わるが、平安時代中期の参議・藤原資房の日記『春記』には、園城寺の明尊大僧正が長久元年(1040年)に後朱雀天皇の支援を受けて岡崎の地に新しい寺を創建し「圓滿院」と命名したという消息が記されている。
永承7年(1052年)、関白藤原頼通が父の道長の別荘であった宇治殿を寺院に改めて、平等院の明尊大僧正をこの新寺院の開山とした。そして悟円法親王の子である永円法親王が新寺院の初代院主となることになり、その際に平等院の名称をこの新寺院の名称として譲り、当院はあらたに明尊大僧正によって円満院と名付けられたとする。
悟円法親王入寺以降も当院は歴代皇族の入室する門跡寺院として、また天台宗寺門派(天台寺門宗)の三門跡の一つとして隆盛を誇った。また、通称として室町時代後期までは三井平等院とも桜井の宮とも呼ばれていた。
江戸時代の初期に現在地に移転し、正保4年(1647年)には寝殿が明正天皇より下賜されている。
1869年(明治2年)1月、大津県(現・滋賀県)庁が当院の宸殿に置かれるが、1888年(明治21年)6月、新たな県庁舎(旧滋賀県庁)が出来、移転していった。
1947年(昭和22年)、天台寺門宗から独立する。