天武天皇
天武天皇は日本古来の神の祭りを重視し、地方的な祭祀の一部を国家の祭祀に引き上げた。神道の振興は、外来文化の浸透に対抗する日本の民族意識を高揚させるためであったと説かれる。だがその努力は各地の伝統的な祭祀をそのまま保存することではなく、天照大神を祖とする天皇家との関係に各地の神を位置づけ、体系化して取り込むことにあり、究極的には天皇権力の強化に向けられていた。それぞれの地元で祀られていた各地の神社・祭祀は保護と引き換えに国家の管理に服し、古代の国家神道が形成された。
その際、天武天皇は伊勢神宮を特別に重視し、この神社が日本の最高の神社とされる道筋をつけた。壬申の乱のとき、挙兵して伊勢に入った大海人皇子は、迹太川のほとりで天照大神を望拝した。具体的には伊勢神宮の方角を拝んだことを意味すると考えられている。即位後の天皇は、娘の大来皇女を伊勢神宮に送り、斎王として仕えさせた。4年2月13日には娘の十市皇女と天智天皇の娘阿閉皇女(元明天皇)が伊勢神宮に参詣した。伊勢神宮の式年遷宮開始年については天武天皇14年(685年)と持統天皇2年(688年)の二通りの本があるが、いずれにせよ天武天皇の発意であろう。
皇后:鸕野讃良皇女(後に持統天皇) - 天智天皇皇女 第二皇子:草壁皇子(662年 - 689年) - 元正天皇・文武天皇・吉備内親王父
妃:大田皇女 - 天智天皇皇女、鸕野讃良皇女同母姉 第二皇女:大来皇女(661年 - 701年)- 伊勢斎宮 第三皇子:大津皇子(663年 - 686年)
妃:大江皇女 - 天智天皇皇女、鸕野讃良皇女異母妹 第七皇子:長皇子(? - 715年) - 文室真人・文室朝臣等祖 第九皇子:弓削皇子(? - 699年)
妃:新田部皇女 - 天智天皇皇女、鸕野讃良皇女異母妹 第六皇子:舎人親王(崇道尽敬皇帝)(676年 - 735年) - 淳仁天皇父、清原真人等祖
夫人:氷上娘 - 藤原鎌足女 皇女:但馬皇女(? - 708年)- 高市皇子妃
夫人:五百重娘 - 藤原鎌足女、氷上娘妹、のち藤原不比等妻、藤原麻呂母 第十皇子:新田部親王(? - 735年) - 氷上真人・三原朝臣祖
ここから主に在野の歴史研究家の間で様々な異説が生まれ、活発な議論が交わされた。佐々は天武天皇の正体を新羅の皇族金多遂としたが、小林惠子は漢皇子とする説を提起し、年齢逆転を唱える作家の間ではこれが有力なものとなっている。漢皇子は皇極天皇が舒明天皇と再婚する前に高向王(用明天皇の孫)との間に設けた子で、天智天皇の異父兄である。
しかし、『一代要記』などは天智天皇の年齢も記しており、そこでは天智天皇は天武天皇より年上である。中世史料内部で比較すれば天智・天武の兄弟関係は揺らがないのであって、年齢逆転は、『日本書紀』の天智生年と、中世史料から天武生年だけを取り出して比較したときに起きる。このような操作を通じて得た矛盾によって、父母を同じくする弟と明記する『日本書紀』を覆すことに、坂本太郎ら歴史学者は総じて否定的である。しかし論争の中では数字をひっくり返してつじつまを合わせる史料操作も批判され、56歳没説も支持されなくなった。結局、天武天皇の生年は不明ということになる。
母の斉明天皇が亡くなってから、中大兄皇子は即位せずに称制で統治した。天智天皇3年(664年)2月9日に、大海人皇子は中大兄皇子の命を受け、冠位二十六階制を敷き、氏上を認定し、民部と家部を定めることを群臣に宣べ伝えた。
天智天皇6年(667年)2月27日にようやく斉明天皇の葬儀があり、間人皇女が斉明天皇と合葬になり、大田皇女がその陵の前に葬られた。それぞれ、大海人にとっては母、姉(または妹)、妻にあたる人たちであった。
7年(668年)1月7日に、中大兄皇子が即位した。このとき大海人皇子が東宮になった。このことは『日本書紀』で巻28、天武天皇の即位前紀に記され、巻27の天智天皇紀には触れられていない。天智天皇紀で大海人皇子は大皇弟、東宮太皇弟、東宮 などと記される。書紀は壬申の乱の挙兵前から大海人皇子を「天皇」と記し、天武の地位について信頼を置けないところがある。そのため、書紀が書く通り大海人皇子が皇太子であったとする学者もいるが、大皇弟などは壬申の乱での天武天皇の行動を正当化するための文飾で、事実はそのような地位になかったとする説、大皇弟などは単なる尊称であって皇位継承予定者を意味するものではないなど、疑う説も有力である。