ポーランド地質調査所地質博物館
ディロフォサウルス
ケナガマンモス
ホラアナグマ
コノドント(巨大模型)(ポーランド産)
レウェシセラス(ポーランド産)
テンタキュライト(ポーランド産)
クリメニア(ポーランド産)
鉱山用トロッコ(1970年代の物)
屋外のケントロサウルス
屋外のマンモス像(地質調査所側)
一方、ポーランド人職員たちは引き続き職務につけることになったが、翌1940年4月には名称が「 Amt für Bodenforschung (”土壌調査所”)」というドイツ語名に変更されるとともに、本部はクラクフに置かれることになった。結局この戦争で地質調査所も含む建物全体の95%と備品の50%が破壊、収蔵品の70%が喪失したと見積もられている。研究に欠かせない図書室の蔵書の多くもドイツに送られたが、その一部は1944年のワルシャワ蜂起の際にも破壊されたり燃やされたりして消滅した。しかし最も被害を蒙ったのは職員や協力員らであり、その25%がこの戦争で殺された。
復旧はドイツ軍が撤退した1945年から始まったが、この時点では職員の大部分が移動していたクラクフを拠点として作業が行われた。前年1944年の8月に職員らが隠しておいた学術資料の回収や、大きく破壊された建物や設備の修復が順調になされ、1946年の秋には本部事務所をワルシャワの現在の建物内に移すことができた。その後手狭になったため、1948-1952年に敷地の南側に近代的なデザインのビルが建てられて地質調査所はそこに移った。
館のホームページ上では月替わりでクイズ形式のウェブ展示が行われている。毎月1日に出題、25日締め切りでメールによる回答を募り、正解者の中から抽選で何かが当たるという企画で、年間の最多正解者にはその年の大賞も贈られるとされる。2011年5月のクイズは「画像の水晶の中に含まれている鉱物は何でしょう?」というものである(今月のクイズ)。