攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX
海上自衛軍に属する秘密特殊部隊の通称。正式な部隊名は存在せず、公安9課と同様に組織図では存在しない事になっている。大戦中には根室奪還作戦で活躍したという。物語終盤に特殊部隊規制法案を受けて、解体命令を受けた公安9課を武力制圧するため、招集され、戦争のプロとして彼らを追い詰めていく。
厚生労働省に大規模なハッキングが行われ、機密性の高い情報が盗まれる事件が起こる。調査の結果、ハッキング元は電脳不適応児を集めた授産施設であり、被害を受けたはずの厚生労働省の態度もおかしい。そこで荒巻はトグサに授産施設への単独での潜入捜査を命じる。独特で奇妙な施設に戸惑うトグサは、自閉した車椅子の青年アオイの面倒を任される。そのアオイのルームメイトの少年・黒羽とオンバは、授産施設の皆が尊敬するという団長の話をするなど、トグサは興味を惹かれる(また、視聴者にはオンバが、声や口調から「ネットの闇に棲む男」のチャットルームの主催者・オンバと同一人物だとわかる)。トグサは、J.D.サリンジャーの『ライ麦畑でつかまえて』の一節を見つけ、これが笑い男に関係する可能性に気づく。結局、所長に正体がバレ、トグサの内偵は失敗に終わるものの、視聴者には実はアオイこそ笑い男本人かつ、黒羽たちが話す団長の正体であり、授産施設に潜入して何らかの目的のために活動していたことが明かされる(「亜成虫の森で」)。
小説版著作者の藤咲淳一は、アニメ本編の脚本にも参加している。
攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX 虚夢回路 - ISBN 4-19-905145-7
攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX 凍える機械 - 時代設定は攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG。ISBN 4-19-905147-3
攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX 眠り男の棺 - ISBN 4-19-905149-X