ドゥカティ・コルセ
カピロッシは次戦のアッセンから復帰したが、鎖骨などを骨折したジベルナウはアッセンとドニントンを欠場、一時復帰したが再手術のためブルノも欠場した。この間の代役はドイツのアレックス・ホフマンが務めた。最終戦バレンシアでもジベルナウは欠場し、代役にはこの年のスーパーバイク世界選手権王者のトロイ・ベイリスが迎えられた。ベイリスは自身のMotoGP初優勝を果たし、カピロッシも2位に入りドゥカティは初のワン・ツー・フィニッシュを獲得してシーズンを終えた。
2007年シーズンからレギュレーションが変更になり排気量が800ccに縮小されるのを受けて、ドゥカティはかなり早い時期から800ccエンジンの開発に取り掛かり、2006年の8月には20基もの様々なスペックのエンジンを完成させていた。カピロッシのチームメイトにはケーシー・ストーナーが加入した。ストーナーはチャンピオン争いをリードし続け、残り4戦となった9月23日のもてぎで自身初・チーム初のワールドチャンピオンに輝いた。
シーズンの終わり、ドゥカティのチーフエンジニアのアラン・ジェンキンスはシーズン中の功績を讃えられて「サー・ジャッキー・スチュワート・アワード」を授与された。
2008年シーズンもストーナーは残留し、新たにマルコ・メランドリをチームメイトに迎えた。メランドリはマシンへの適応に苦しみ低迷、チームとは2年契約を結んでいたが、双方が同意の上で契約期間を短縮し、1年でチームを去ることになった。