小笠原氏
江戸時代には、小笠原信之(信嶺の婿養子)がそのまま譜代大名となり、この家系は本庄、古河、関宿、高須を経て、越前国勝山(現在の福井県勝山市)2万2000石に移った。元弘3年(1333年)の小笠原宗長宛て足利高氏の書状に始まり、天正3年(1575年)の小笠原信嶺宛て武田勝頼の書状まで、信濃守護小笠原氏が伝えた計185通の文書群『勝山小笠原文書』はこの家系に伝わり、のちに東京大学史料編纂所に所蔵された。
また小笠原長巨が交代寄合旗本(伊那衆)となった。ただし江戸に拝領屋敷はなく、千村氏の屋敷に間借りしていた。
信之系(松尾小笠原):武蔵本庄藩(信之)→下総古河藩(信之、政信)→下総関宿藩(政信、貞信)→美濃高須藩(貞信)→越前勝山藩(貞信、信辰、信成、信胤、信房、長教、長貴、長守)
最後の勝山藩主だった小笠原長守は明治2年(1869年)の版籍奉還で勝山知事に任じられるとともに華族に列したが、明治4年(1871年)6月に致仕し、息子の長育が最後の藩知事に就任して、同年7月14日の廃藩置県を迎えた。
華族令施行で華族が五爵制になり、1884年(明治17年)7月8日に長育は旧小藩知事として子爵に列した。
長育の長男である2代子爵小笠原勁一は貴族院の子爵議員に当選して務めた。
勝山小笠原子爵家の邸宅は昭和前期に東京市牛込区池袋町にあった。宗旨は臨済宗だった。
信濃小笠原氏が武家故実に関わるのは小笠原長時、貞慶父子の時代になってからである。ただし、信濃小笠原氏も弓馬師範ではなかったものの、乗馬に通じていることが広く知られていたことを指摘する村石正行の論文もある。小笠原(赤沢)貞経は長時・貞慶父子より、元亀3年(1572年)には「糾方内儀外儀」(弓馬術礼法)を、天正3年(1575年)には「師範」の許状を受けたとされる。
なお、小笠原政清は同じ幕臣であった伊勢盛時(北条早雲)に娘を嫁がせたとされており、彼女の所生とされる北条氏綱以降の後北条氏歴代当主は京都小笠原氏の血を引いていた事になる。
京都小笠原氏の一族は、嫡流は幕臣として続いたが、小笠原稙盛が永禄8年(1565年)の永禄の変で将軍足利義輝とともに討死すると、稙盛の子の秀清(少斎)は浪人し、後に細川氏(後の熊本藩主細川氏)に仕えた(稙盛は永禄の変後に足利義栄に従ったため、足利義昭の時代に所領を没収されたとする説もある)。秀清は関ヶ原の戦いの際に細川ガラシャの介錯を務め殉死し、秀清の子孫は江戸時代には熊本藩の家老を務めた。また、庶流の小笠原元続は将軍足利義澄の死去後に幕府を離れ、縁戚の後北条氏を頼った。