国立研究開発法人
国立研究開発法人のなかでも、特に世界トップレベルの成果が期待される法人、具体的には理化学研究所と産業技術総合研究所に対しては「特定国立研究開発法人(スーパー法人)」として、特例法を設け特別な措置が取られる予定であったが、いわゆるSTAP細胞論文問題によって先送りとなった。
2015年(平成27年)12月18日、総合科学技術・イノベーション会議は「特定国立研究開発法人(仮称)の考え方の改訂(案)」を公表し、これまでの「総合的な研究機関」のほか「特定分野で卓越した研究機関」を追加した。これに伴い上記2機関の他に物質・材料研究機構を加えるとした。選定に際しては「研究成果の質」「研究分野の広がり」「研究成果の実用化」「自ら主体的に創造的な研究開発活動を行うことを主たる業務とする」の4条件が考慮された。2016年(平成28年)5月には、これら3機関を特定国立研究開発法人に指定する新法が成立し、同年10月1日より施行となった。
特定国立研究開発法人の特徴として、理事長の裁量によって研究者の給与を高額に設定することができるほか、日本国政府が特定の研究の実施を法人に要求することができること、また研究成果が十分でない場合には、監督省庁の国務大臣が理事長を解任する権限を持つことなどが規定されている。
類似の制度として、国立大学法人においては指定国立大学法人制度が整備されてきている。特定国立研究開発法人に指定される機関が法律で定められているのに対し、指定国立大学法人は文部科学大臣が指定する制度となっており、指定先の追加や廃止は法改正が不要となっている。