三つ目がとおる
声 - 八奈見乗児(24時間テレビ版)、緒方賢一(テレビ東京版)
写楽が住み込みで働いている中華料理屋(もしくはラーメン屋)「来々軒(らいらいけん)」の店長。犬持同様写楽の言動に手を焼いている。江戸っ子風の熱血漢で自称「バカ田大学出」だが、意外に機転が利く一面を持つ。写楽のバンソウコウは、余程不意のアクシデントが起きない限り、基本的に彼特製の「ラーメン油」を使わないと剥がせない。
アニメでは犬持の旧友であり、犬持が研究出張時に写楽を預かるほどの仲である。また「ラーメン油」の設定が登場しないため、バンソウコウは(剥がす意思があれば)誰でも剥がせるようになっている。
声 - 熊倉一雄(24時間テレビ版)、玄田哲章(テレビ東京版パイロットフィルム)、石塚運昇(テレビ東京版)
ベートーベン似の刑事。なぜか写楽がらみの事件をよく担当する。イースター島航海編では写楽との航海に付き合わされる羽目になる。自称「捜査界の学聖」(楽聖のもじり)。ベートーヴェンよろしく「私は不幸だ!」が口癖。アニメ版ではイースター島航海編での一件からヒゲオヤジとは犬猿の仲で、「へっぽこ警部」と呼ばれる。意外と腕は立ち、また推理も意外と正鵠を射ているところもある。ただし毎回のように不幸な目に遭わされる。
声 - 岸野一彦(24時間テレビ版)、嶋俊介(テレビ東京版)
写楽の養父である医師。写楽の亡き母親から、赤子の写楽を預かり育ててきた。写楽が普通の男の子として成長することを願い、彼の「第三の目」があらわにならないよう常に気を配っている。
三つ目の写楽は犬持の物言いに反発するが、犬持を父親として認めているところもある。テレビ東京版では大学の考古学教授であり、古代文明の中でも特に三つ目族の研究を専門に行っている。
声 - 石塚運昇
アニメオリジナルで、元は『魔神ガロン』などに登場する巨人。土木工事のために三つ目族が作ったが、その凶悪さゆえに解体され封印されていた。犬持教授らの復元作業により再びその姿を現し、街を破壊しはじめる。
声 - 大友龍三郎
ゴブリンの執事兼運転手を務める大男。力が強い反面ドジなところもある。邪魔者となった和登を殺すように命令を受けるが、女を直接手に掛けるのは忍びないということで湖に沈めて水死させようとした。その後、ゴブリンと共にボートに乗り遺跡に近づくが、湖水が遺跡の内部に注ぎ込まれたことで発生した渦巻に飲み込まれ水死した。
アニメ版では遺跡の中に乗り込み、写楽のオーラ(超能力)に反応しない特殊な銃を使い攻撃しようとしたものの天人鳥に倒される。
他の手塚作品にも見られるように、本作品も単行本化に際して加筆・改編が行われている。特に連載前半における修正が多く、掲載時には切れ目のない一連のストーリーとして描かれていたものが、単行本では1冊ないし2冊に収まるようにまとめられた。そのために、雑誌連載版で描かれながらも省かれたエピソードも存在する。グリーブ編の改編は特に顕著であり、雑誌連載版からの改編だけでなく、講談社コミック(KC)版と講談社コミックスペシャル(KCSP)版以降の単行本でもそれぞれ結末が異なっている。また当初は、単行本に収められなかった短編も複数あった。
『手塚治虫漫画全集』の刊行に当たっては、当時6巻まで発売されていた講談社コミックス(KC)版を打ち切りにし、その続きから優先して全集に収録されることになった。このため全集への収録順序は連載時の順序と大きく異なるものとなるが、「講談社コミックスペシャル(KCSP)」 以降の版では本来の順に戻されている。
単行本未収録話については、ファンからの要望を受け、2003年に講談社プラチナコミック版(コンビニコミック)に収録、2008年1月には講談社漫画文庫より「三つ目がとおる秘蔵短編集」として単行本未収録話を全て収録し発売している。
講談社コミックス(KC) 全6巻
講談社コミックスペシャル(KCSP) 全8巻
手塚治虫漫画全集 全13巻
講談社漫画文庫 全8巻
講談社コミックスグランドコレクション 全8巻
講談社プラチナコミック 全14巻
手塚治虫文庫全集 全7巻
2007年4月からスタートした「手塚治虫オンデマンドマガジン」サービスでは、単行本未収録話を含む全エピソードの中から自分で選んで単行本化することができるようになった。