加計学園問題
山本は「11月17日に日本獣医師会を訪問し、11月9日に獣医学部新設が決まった経緯について説明したが、四国で決めたとは言っていない。京都もあり得るという話もした。今治市の財政状況については、北村氏の要請により調べたところを概略説明したが、加計学園という特定は一切していない。」とした。
2017年7月20日、産経新聞掲載の記者会見全文では、「私から「『広域的に獣医学部が存在しない地域に限り新設を認めることになり、パブリックコメントを始めることになった。申し訳ないがご理解いただきたい』と発言いたしました。これに対して獣医師会側はそれは当然、四国の今治と決めつけた言いぶりで対応しておりました。」と獣医会側の思い込みを指摘。「記事で会合の概要というのが出ていますが、この獣医師会側の思い込みと、私の発言を混同したものでありまして、正確ではありません」と内部文書の内容の正確性を否定した。
京都については「四国に決まったという発言は全くしていません。向こう側が当然そうだろうという風に思い込んで、いろいろ発言していましたが、私はじっと聞いていて、それで最後に京都産業大からも提案があるのでその可能性もありますよといったところ、そりゃ困るということで、進めるなら今治市だけと明記してほしいという発言が向こうからありました」、1校要望に対しては「これは11月17日ですから。それ以降、京都もあり得るということを、私も言ったこともありまして、それに危機感を覚えたのか、『1校に是非してくれ』というように、強くまた要請してきたということだと思います」と獣医師会側が獣医学部新設の制限を求めたとした。
2017年11月に加計学園獣医学部は140人の定員の内、20人を海外留学生の留学枠として、韓国現地で留学生を募っていたことが報道された。ソウルで行われた説明会では加計学園の関係者も参加していた。誘致のパンフレットには「日本の獣医師は高収入」「韓国内の獣医師免許も取得できる」とPRしていた。
山本幸三地方創生相が2016年11月、日本獣医師会に「四国で新設」と伝えたとされる問題で、2017年7月21日、この発言に関する秘書官のメモ、及び自身が作成した学部新設費用の積算メモについて、既に廃棄済みと説明した。
2015年6月5日に国家戦略特区ワーキンググループが獣医学部新設を巡って愛媛県に行ったヒアリングのなかで、愛媛県側が抵抗勢力があるとの理由で、議事録を非公開とするよう求め、座長の八田達夫が了承していたことが明らかとなった。このやり取りは、2017年8月25日に公開された議事録の中で明らかとなっており、内閣府が3月に公開した議事要旨は該当部分を省略し、「公開でいいか」との質問に対し、愛媛県が応じたことになっていた。