黒井城の戦い
この後、光秀は畿内を転戦し、石山本願寺攻め(天王寺の戦い)、雑賀攻め、信貴山城の戦いなどに出陣しており、丹波に集中出来る状況ではなかった。明智軍は必要に応じて駆り出される「遊撃軍団」だったと思われる。
一方、同年4月、黒井城の荻野直正・赤井忠家は信長に詫言を伝え、赦免されていた。天正4年(1576年)と推定される4月13日付で矢野弥三郎に宛てられた織田信長朱印状があり、直正・忠家が詫言を伝えてきたため赦免したと伝え、信長方に服属した者の身上は今までと変わらず、当知行も相違ないとする内容となる。矢野弥三郎は丹後国加佐郡におり、丹後に出兵したことのある直正の赦免が丹後の矢野氏にとって不利に働かないと伝えたものと考えられる。また、この朱印状により第一次黒井城の戦いの3か月後に直正らが織田氏と和睦していたことが分かる。
赤井忠家軍は、第一次黒井城の戦いの時とは違い、波多野家からの援軍も無く、黒井城の支城もその多くが落城してしまい、兵力も激減していたと推測される。
戦いは8月9日早朝開始、光秀は敗北に終わった前回の攻略戦の反省を活かして慎重に攻め込み、仮想陣地に火をかけたり、ほら貝を吹いて混乱を装い、攻めると見せかけて退いたり、勢いに乗って追う黒井城兵を誘い込み挟撃したりと縦横無尽に攻撃した。その遊撃戦の最中、明智軍の四王天政孝隊が手薄になった千丈寺砦を攻め落とし、主曲輪に向けて総攻撃を仕掛けた。明智軍の誘導作戦で主曲輪には僅かな手勢しか置いておらず、赤井忠家も奮戦したが、最後は城に自ら火を放ち敗走する。この時の状況は「八月九日赤井悪右衛門楯籠り候黒井へ取懸け、推し詰め候ところ、人数をだし候。則ち、口童(口+童)と付け入るに、外くるはまで込み入り、随分の者十余人討ち取るところ、種々降参候て、退出」(『信長公記』)と記載されている。後一息で殲滅できるところでありながら、殲滅をしなかったのは、窮鼠猫を噛むの諺のように損害を出すのを嫌ったか、両者を取り持つ適当な仲介者が居た可能性もある。当時の合戦は、限られた地域内の住人が、敵味方になって戦う事が多く、地域・血縁で仲介役になる者が居る場合も多かった。