紀和鉄道
全線開通後は、旅客については当初予想よりほぼ2倍の収入を得たが、貨物については予想の半分にも達しない収入であった。沿線の住民は他所との往来の少ない農民がほとんどを占め、大きな旅客需要としては春と秋に関東や名古屋・京都・大阪などからの高野山への参詣客があったが、高野山参詣客は橋本駅か高野口駅で乗降するため全線の3分の1ほどしか利用しなかった。長距離の輸送を行うのが利益につながると考え、南海鉄道開通後は南海難波駅と五条駅を結ぶ直通急行列車の運転を行った。朝夕2往復(1往復は二見発着)で紀和鉄道線内は全駅停車の便もあり所要時間は4時間22分から4時間41分であった。。
貨物輸送は、吉野郡の木材、吉野郡および伊都郡の高野豆腐、伊都郡および那賀郡のみかん・穀物などの出荷、高野豆腐用の大豆、みかん用の肥料、日用雑貨などの入荷が大半であった。木材は紀ノ川の流送と競合し、鉄道輸送は積込・積卸と前後の輸送に費用がかかるため不利で、割引運賃の設定により製材された木材の輸送を獲得できた程度であった。
会社の経営はかなり苦しいものとなった。1903年(明治36年)7月7・8日には水害により全線が大きな損害を受け、仮の復旧作業を行って運転を再開するために1万6000円余りの復旧費と25日を要した。
片岡社長は、就任当時は橋の数は全部で12か所必要と説明されていたが、実際に全線を踏査すると44か所が必要であることが分かり、調査が杜撰であったことは明らかと批判した。その上で、途中の駅舎はすべて仮設構造物とし、短い橋は木橋とするなど可能な限りの倹約に務めるとした。また最大の紀ノ川橋梁について、従来イギリス式で設計されていたが、アメリカ式の設計技術が普及したことにより200フィート桁を250フィート桁に変更して費用を節減できるとした。こうした片岡社長の資金調達および工費節約の努力もあり、1899年(明治32年)12月9日に岩出村の大宮神社境内において残区間の起工式に漕ぎ着けた。残りの区間は紀ノ川に橋梁を架設する必要があるなど比較的難工事であったが、工事期限が迫っていたこともあり急速に進められ、まず1900年(明治33年)8月24日に船戸 - 仮粉河間5マイル19チェーン(約8,427 m)が開通し、11月25日に仮粉河 - 橋本間13マイル44チェーン(約21,801 m)も開通して、ここについに全線開通に漕ぎ着けることになった。最終的に建設費総額は226万903円94銭となった。
また、1903年(明治36年)に南海鉄道(後の南海電気鉄道)が紀ノ川橋梁を完成させて和歌山市駅まで3月21日に開通した。この南海鉄道との連絡のために、和歌山駅から鍋屋町にある南海鉄道連絡点まで29チェーン(約583 m)の延長工事を行い、同じ1903年3月21日に開通した。