豊肥本線
電車 - 電化区間の普通列車に使用される。電化区間は、終日利用者が多く混雑しがちであるため、日中は基本的にロングシート車の815系と821系のみが運用され、クロスシート車の817系は朝ラッシュ時のみ運用に就く(代走などの場合はこの限りではない)。 815系 817系 821系
気動車 - 電化区間を含む全線にわたって使用される。電化区間内のみを走行する気動車列車もある。熊本地震により肥後大津駅 - 阿蘇駅間が不通となっていた期間は、電化区間内のみを運転する気動車列車は下り3本・上り4本の設定となり、キハ125形とキハ185系、キハ183系は阿蘇駅以東でのみ使用されていた。 キハ200・220形 キハ125形 キハ40・キハ47・キハ140・キハ147形 - 特急「かわせみ やませみ」に使用。 キハ185系 - 特急「九州横断特急」「あそ」に使用。 キハ183系1000番台 - 特急「あそぼーい!」に使用。 MT-4000形 - 南阿蘇鉄道の気動車で、高森線からの直通列車に使用。