ムスタアリー
その後、アブドゥッラーとイスマーイールは隣接するモスクへ逃げ込み、ニザールは直ちにカイロから逃亡した。さらにムスタンスィルの死を知ったカイロの教宣長官(イスマーイール派の宗教指導者の代表でありダーイー(英語版)とも呼ばれる)のバラカートがアブドゥッラーをアル=ムワッファク(神に祝福されし者)のラカブとともにカリフであると宣言した。しかし、アル=アフダルはすぐに主導権を取り戻し、バラカートは逮捕され(後に処刑された)、アブドゥッラーとイスマーイールは監視下に置かれた末にアフマドを承認した。そして役人の大規模な集会が開かれ、アフマドがイマームでありカリフであるとしてアフマドを歓呼で迎えた。
アフマドの息子で後にカリフとなったアーミル(英語版)(在位:1101年 - 1130年)は、特にニザール派の主張から父の継承を擁護するために「アル=ヒダーヤ・アル=アーミリーヤ」と呼ばれる教書を公布した。この教書の中でアーミルは、かつてムスタンスィルが息子たちを首都の混乱から守るために地方へ送り出した際に、より高い立場にある息子ほどカイロに近い場所へ送り出されたはずであるといったいくつかの議論を展開した。この時アブー・アブドゥッラーがアッコへ、アブル=カースィム・ムハンマド(後のカリフであるハーフィズ(在位:1132年 - 1149年)の父)がアスカロンへ、ニザールがダミエッタへ送り出されたが、アフマドについては宮殿を離れることさえ許されなかった。
ポール・E・ウォーカーのような現代の歴史家は、息子たちは立場の上下によってではなく保護のためにより遠ざけられたのだとして意図的に曲解された議論であると指摘している。
同じ年(1097年)に第1回十字軍がシリアへ侵入し、アンティオキアを包囲した。アル=アフダルは使節を派遣して十字軍と接触するとともに十字軍に注意が向けられていた状況を利用して1098年7月か8月にエルサレムの支配をアルトゥク朝のトルコ人支配者から奪還した。この出来事はスンニ派の史料においてファーティマ朝が十字軍と共闘したという非難を浴びることになった。13世紀の歴史家のイブン・アル=アスィールは、ファーティマ朝がすでにエジプトへ侵攻する準備を整えていたセルジューク朝と戦うために十字軍をシリアに招き入れたとさえ主張している。シリアの分割について十字軍との合意に達したと信じていたアル=アフダルは十字軍が南下してくるとは予想しておらず、その結果、1099年のエルサレムへの侵攻に不意を突かれることになった。結局エルサレムは包囲戦の末に1099年7月15日に占領され、その後、1099年8月12日に起きたアスカロンの戦いでもアル=アフダルに率いられたファーティマ朝軍が敗北した。そしてその結果として新しい地域内の勢力図が固まった。十字軍の前進の結果、多くのシリアの人々がエジプトへ逃れたが、その影響によって1099年から1100年にかけてエジプトで大規模な食糧難が発生した。