シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
エッグマンが造った、辺りが溶岩だらけの基地の一つ。 ヒーロー(オメガ)・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(エッグマン)・・・5つの溶岩防御装置を起動させる。起動させると溶岩の水位が上昇し、足場が減る。
本作の主人公。己の真実を捜し求めて、唯一の手掛りであるカオスエメラルドを探し出す冒険に出る。
おなじみのホーミングアタックやグラインドなどといった以前のアクションのほか、今回は新たに、銃や剣など武器を使ったアクションや、乗り物に乗ってステージを移動するアクションが追加された。また、ヒーローゲージがたまることによって、ステージを時空間移動する(ボス戦では時間を遅めにする)「カオスコントロール」、ダークゲージがたまれば、衝撃波で周囲の敵を蹴散らす「カオスブラスト」が使える。能力面でソニックとの大きな違いとして、ブラックアームズ譲りの身体能力や重火器・近代兵器の取り扱いに加え、カオスエメラルドの力を引き出して様々な力を発揮し、操る事が出来る。
エッグマンのコンピュータの内部の電子世界。世界そのものはDIGITAL CIRCUITに似ている。どのミッションも難易度が高めでクリアに時間がかかる。 ヒーロー(エスピオ)・・・3つの端末にアクセスする。 ノーマル・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・回路上にある30個の爆弾を起爆させる。
カオティクス探偵事務所の所長。エスピオ、チャーミーと共に各地で何らかの情報をかぎ回っている(依頼人は不明)。ステージ上では、ヒーローサイドのミッションキャラクターとして登場。
エッグマン、マリアの祖父であり、シャドウの創造主とされる世紀の天才科学者。GUNによって処刑されている為既に故人。50年前のプロジェクトシャドウの際、ブラックドゥームとある契約を交わしていた。
空に浮かんでいる遺跡。ブラックドゥーム曰く、2000年ほど前に送り込んだ飛行神殿らしい。 ヒーロー(エッグマン)・・・遺跡の動力源である5つの宝玉を破壊する。 ノーマル・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・遺跡上にある砲台を操作し、エッグマン艦隊を5艦破壊する。