一国一城令
蒲生氏(会津藩)は家康の娘婿である事もあって、若松城の他に越後国東蒲原に津川城、陸奥国(岩代国)に二本松城、陸奥国(磐城国)に白河小峰城という具合に、旧領主・上杉氏の諸城を保有し続けた。加藤(嘉明)氏は蒲生氏より所領が小さく津川城を失い、保科氏はさらに小さくなったので若松城のみとなった。
会津松平(保科)氏は松平に改姓後に預かり地5万石余を得て藩域が陸奥国と越後国に跨るが、津川城を再築城することは出来なかった。また、築城途中だった神指城は建物を会津若松城に一部移して破却されたが、上杉景勝が会津若松城に抱いた地政学上の懸念も会津戦争で試される結果となった。
この他、熊本藩細川氏家臣松井氏(麦島城→八代城、元は加藤氏の支城)など、大名の家臣でも特に幕府に対して功績があった者の子孫の居城は、例外的に廃城の対象外とされた。熊本藩では、矢部城(愛藤寺城)(山都町愛藤寺)などを破却し、熊本城と麦島城の二城になった。1619年、麦島城は大地震によって崩壊したが、幕府は二城体制の維持を許可し、別の場所に八代城が築かれた。幕府が築城を認めたのは、島津氏に対する備えのためともいわれている。