機動戦士ガンダムSEED 連合vs.Z.A.F.T.
PSP版オリジナルモードとして、連合もしくはザフトに所属する一兵卒として部隊を率いて司令部から与えられた任務をこなしつつ、様々な任務をクリアするミッションモードが追加された。ミッションモードの数は200ステージを超える。
また、アドホックモードを使った通信を介して4人同時対戦が可能となった(PS2版では画面が分割されていたが、PSP版ではフル画面で対戦が出来る)。
なお、PS2版の隠し要素である追加機体・パイロットは最初から解禁されている。
シールドを持つMS限定ではあるが、レバーを素早く下上に入れることでシールドを前に突き出し、攻撃を無効化することができる。また、格闘をシールドガードで防いだ場合、相手を吹き飛ばし、有利な状況に持ち込むことが可能となる。また、今作ではこれまで隠しデータであったシールド耐久数値が撤廃され、シールド破壊はなくなっている。
しかしシールドガードは狙って出すこと自体が難しく、また相手の攻撃をガードするタイミングもシビアであることや、側面と後方が無防備になること、ブーストゲージを多少消費すること等からガードを使わずに後述のステップキャンセルなどで回避したほうが、後の展開を有利に持ち込める。なおシールドガードはアピールの一環として加えたもので、ゲームバランスには影響しないように留意したとの開発者発言(「ファミ通」の家庭用第一報が載った際のインタビューより)もある。
これまでは先にパイロットネームを決定した後、MSを選択する方式を取っていたが、今作では先にMSを選び、パイロットを選択する方式に変更された。なお、キラなど既存キャラクターは選択したMSに居る場合のみ選択が可能である。また、これまで同様ペア側が選択したパイロットが既存キャラクターであった場合、そのキャラクターを選択することはできない。反対に、対戦者側が既存キャラクターを使用していたとしても、プレイヤー側はその既存キャラクターを選択することができる。8月22日以降隠し要素として自由選択が解禁となった。
「機動戦士ガンダム vs.シリーズ」のアーケード版第5作。2005年7月中旬に稼動を開始した。これまでの同シリーズは『機動戦士ガンダム』における宇宙世紀世界を舞台にしていたが、今作では『機動戦士ガンダムSEED』の世界観(コズミック・イラ)を舞台にしている。
また、過去のゲームシステムを踏襲しつつも、カプコンが2003年に発売したニンテンドーゲームキューブ用ゲーム『ガチャフォース』のシステムを新たに取り入れているため、過去の戦法の中には今作ではそのまま使えないものも存在する。
2005年11月17日にPlayStation 2(以下、PS2)への移植版が発売されたが、AC版と異なり4人対戦は不可能であった。2007年4月5日に、ミッションモードと4人対戦を追加した『機動戦士ガンダムSEED 連合vs.Z.A.F.T. PORTABLE』がPlayStation Portable(以下、PSP)で発売された。
続編『機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II』が2006年6月29日に稼動開始した。