流山温泉
その後、北海道新幹線の札幌延伸が決定し役目を終えたことや、老朽化が著しいことなどを理由に2013年(平成25年)6月までに全車両が解体・撤去された。また、敷地内の無料休憩所にはJR北海道海峡線で走っていた「カーペットカー」仕様の50系客車が静態保存されていた。
しかし、これらの施設は毎年赤字を計上する厳しい経営状況となり、ダチョウ観光牧場やレストラン「停車場」等は不採算事業として廃止された。JR北海道は2016年(平成28年)3月26日の北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間開業に向け、流山温泉の再活性化を図るべく検討を重ねてきたが、最終的には現地の農業生産法人である株式会社流山が主体となり、国と北洋銀行等により組成される「6次産業化ファンド」を活用した事業スキームへ移行することとなった。こうして、JR北海道の直営事業としての営業は2015年(平成27年)2月28日をもって終了し、新会社「どさんこミュゼ株式会社」に事業譲渡した。どさんこミュゼは同エリアにおいて「どさんこ」という在来和種馬をモチーフとしたミュージアム「パド・ミュゼ (Paard Musée) 大沼流山牧場」を運営しており、JR北海道も所有する土地の一部および建物財産等を現物出資するとともに、送客面で協力を行っている。
函館本線の流山温泉駅については施設閉館後も存続していたが、利用者減少により2022年(令和4年)3月12日に廃止され、開業から20年足らずで役目を終えることとなった。