セグロミズナギドリ
元々独立種として記載されたが、旧セグロミズナギドリ(P. lherminieri)や旧ヒメミズナギドリ(P. assimilis)の亜種とする説もあった。過去には記載時のように独立種とする説もあったが、一方でこれらの分類に変更にあたり科学的根拠が提示されていたわけではなかった。近年は分子系統解析などから再び本種を独立種とする説が有力となっている。2018年に発表されたミトコンドリアDNAのシトクロムbによる分子系統解析でも、本種が狭義のP. lherminieriやP. assimilisとは近縁ではないという解析結果が得られた。
日本産鳥類目録 改訂第2版(ヒメミズナギドリの亜種)や改訂第3版(旧セグロミズナギドリの亜種)では和名が「ヲガサワラミヅナギドリ」とされていた(改訂第2版や改訂第3版は亜種の和名が重視され、種の和名がなかった)。改訂第5版以降(改訂第4版の発行時は小笠原諸島がアメリカ合衆国の統治下だったため、掲載されなかった)はP. lherminieriの和名がセグロミズナギドリとされたことに伴い、その中でも唯一日本産である亜種P. l. bannermaniの和名もセグロミズナギドリとされるようになった(改訂第5版では種と日本産亜種の和名を同一にする変更が他種でもみられる)。ミズナギドリ科の構成種は本種に限らず多くの種で背が黒いこと・本種の繁殖地が東島と南硫黄島と小笠原諸島に限定されること・地名をつけることで生息地での保護意識を高める狙いから、独立種となった本種の和名をオガサワラミズナギドリとするべきだという意見もある。