源氏長者
やがて村上源氏の源師房(関白藤原頼通養子)が源氏長者となり、以後は村上源氏のなかでも師房子孫の嫡流とされた源雅定の子孫に継承され、久我・堀川・土御門・中院の四家から選ばれることとなった(例外として、源通親の没後に弟の唐橋通資・雅親親子が任じられた例や亀山天皇の時代に久我通光の子・中院雅忠(中院家とは別家)が任じられた例、四家に適任者がいないという理由で後醍醐天皇の時に中院家の分家である北畠家の北畠親房が、同じく光明天皇の時に久我家の分家である六条家の六条有光が任命されている)。正応元年(1288年)に久我通基が初めて源氏長者宣下を受ける(宣下手続の始まり)。南北朝時代に入ると、北畠親房や六条有光の任命に危機感を抱いた久我長通は村上源氏の嫡流として久我家が源氏長者としての正統性を有することを訴える政治工作を図った。そして、正平一統とその後の後光厳天皇擁立が源氏長者の地位にも影響を与えることになる。久我長通・通相父子は最初のうちは南朝に従う姿勢を見せていたが、後光厳天皇践祚後は一貫して北朝側にあった。これに対して中院通冬と六条有光は北朝方に帰参する時期を逸して、中院・六条両家は北朝・室町幕府から冷遇されることになる。また、堀川・土御門両家は同じ時期に当主の早世が続き、北朝への忠節を示す機会に恵まれなかった。その結果、室町時代に堀川・土御門・六条の諸家は断絶し、中院家は長期の衰退を余儀なくされる。それにより、朝廷(北朝)への“不忠”を唯一免れた久我家の当主による現任上首の独占、ひいては源氏長者独占が確立した。