普通列車
中央線:東京 - 御茶ノ水間(快速・特別快速・特急のみの運行。2020年(令和2年)3月14日の改正で、それまで運行していた各駅停車〈快速用車両を用いて緩行線の線路を経由〉は廃止された)
総武本線(総武快速線):東京 - 錦糸町間(快速・特急のみの運行)
博多南線:博多 - 博多南間
上越線:越後湯沢 - ガーラ湯沢間
上記2区間は新幹線用設備を使用するものの、旅客営業上は在来線となっている。乗車のためには別途特急料金が必要となる。
(参考)七尾線:七尾 - 和倉温泉間
JR西日本が第一種鉄道事業、のと鉄道が第二種鉄道事業を行うため、重複して営業キロが設定されている区間である。この区間ではJR西日本は特急列車のみ、のと鉄道は普通列車のみを運行しているため、JR西日本の普通列車は運行されていない。なお、青春18きっぷでのと鉄道の普通列車に乗車することができる。
(参考)JR神戸線:西明石 - 加古川・姫路間および琵琶湖線
運行系統上は一部を除いて新快速・快速のみであるが、区間内の駅では快速を普通と案内している。
(過去)海峡線:中小国 - 木古内間
かつては津軽海峡線の一部を構成していた。2002年(平成14年)11月30日までは快速「海峡」が運行されていたが、その後同区間では普通列車を運行していない。2016年(平成28年)3月26日の北海道新幹線開業により、海峡線区間の在来線列車は貨物列車および団体列車のみとなっている。
1872年(明治5年)の鉄道開業以来、旅客輸送は機関車が牽引する客車列車が担っていた。電車や気動車の実用化後もこの状況は変わらず、電車は大都市近郊区間の運用が主体であり、気動車も連結両数の制約などから長距離運転には使用されず、非電化区間における比較的短距離の列車に使用されるのみであった。 1950年(昭和25年)に80系電車による長距離電車列車の運転開始と1953年(昭和28年の)総括制御運転が可能な液体式気動車キハ45000系の量産開始を契機として、動力分散方式が推進された。その結果、新性能電車や準急形気動車が実用化された昭和30年代以降動力近代化計画が決定され、客車の新製は静粛性が追求される夜行列車用に限られ、普通列車用の車両には電車・気動車が新製されることとなった。非電化区間への気動車列車の投入は非常に好評で、製造両数を上回る投入希望に応えるため客車を改造した気動車(キハ08系気動車)も作られた。
ヨーロッパ諸国の普通列車は長らく客車が主体で、機関車の付け替えを必要としない運転台付きの客車も見られる。だが、その一方で動力分散方式の列車に移行しつつある国もある。車両も2階建車両が主流で、通勤輸送と近郊輸送を両立させている。