アイソフォーム
各遺伝子は、構造や組成の異なる複数種類のタンパク質を産生する能力を有している場合がある。この過程は主にmRNAの選択的スプライシングによって調節されるが、こうした過程がヒトのプロテオームの多様性にどの程度影響を及ぼしているのかは明らかではない。というのも、mRNA転写産物レベルでの各アイソフォームの存在量とタンパク質レベルでの各アイソフォームの存在量とは必ずしも相関しているわけではないからである。
翻訳された各アイソフォームの特異性は、タンパク質の構造と機能、ならびに細胞種やそれらが産生された発生段階によって決定される。タンパク質が複数のサブユニットからなり、その各サブユニットに複数のアイソフォームが存在するときには、特異性の決定はより複雑なものとなる。
例えば、ヒトの細胞でさまざまな機能を果たすAMP活性化プロテインキナーゼ(AMPK)は3つのサブユニットからなる。
αサブユニットは触媒サブユニットで、2つのアイソフォームが存在する。α1とα2はそれぞれPRKAA1、PRKAA2遺伝子にコードされている。
βサブユニットは調節サブユニットで、2つのアイソフォームが存在する。β1とβ2はそれぞれPRKAB1、PRKAB2遺伝子にコードされている。
γサブユニットは調節サブユニットで、3つのアイソフォームが存在する。γ1、γ2、γ3はそれぞれPRKAG1、PRKAG2、PRKAG3遺伝子にコードされている。
ヒトの骨格筋で優先的に形成されるのはα2β2γ1であるが、肝臓で最も豊富なのはα1β2γ1である。