由仁駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。かつては単式ホーム・島式ホーム複合型の2面3線で島式外側の待避線の配線が珍しい形の配線であったが、1993年(平成5年)時点で岩見沢方の大部分及び転轍機が撤去されて長万部方から分岐の短い側線となっていた。また下り線(駅舎側)と上り線の間に渡り線を、待避線の外側に側線を有していたが、これらも1993年(平成5年)時点で転轍機を含め撤去されている。互いのホームは駅舎側ホーム南側と島式ホーム南側を結んだ跨線橋で連絡している。ほかに1993年(平成5年)時点で下り線側(駅舎側)に岩見沢方から分岐した側線を1線有していた。
追分駅管理の無人駅。駅舎跡地に由仁町が設置した交流施設が、線路の西側(岩見沢方面に向かって左側)に位置し下り線ホームに接している。
開業時からのものを1928年(昭和3年)に改築して使用されていた、有人駅時代のマンサード屋根に下見板張り、さらに上辺が水平という独特な形状の車寄せを有したアメリカンスタイルの駅舎は2006年(平成18年)8月に解体され、駅舎のない駅となったが、駅舎跡地に由仁町が設置した「ポッポ館 ゆに」と名付けられたふれあい交流施設が駅舎代わりに利用できる。
施設内の観光案内所内でJRの乗車券類は発売していないが、2017年 - 2019年にはJR北海道の記念入場券を発売していたことがある。駅舎内にオストメイト対応トイレを有する。