スループット
端末のLAN内への接続に関しては、今日の最新のWi-Fi仕様であるIEEE802.11acにおいても、有線LAN(GbE)による接続と比較して、レイテンシや実効速度の面で大幅に劣る。特に遅延の部分は影響が大きく、前述の帯域遅延積により測定結果は大幅に低下する。
サーバーの場合はスピードテスト要求が過度に集中した場合、サーバー近傍の通信回線の輻輳やサーバー自体の過負荷によりスループットは低下する。
また測定結果を表示するコンピューター側でも、オペレーティング・システムや、セキュリティソフトを含むさまざまなソフトウェアの負荷、NIC、ネットワーク・デバイスドライバの性能によりスループットが低下する。(次項移行も参照のこと)
スピードテストの1セッションにおいて、同時に複数のTCPコネクションを使って測定するサイトでは、同時に接続するコネクション数によっても結果は変動する。
Javaアプレット、JavaScript、Flashなどを利用したスピードテストサイトが依然として多数あるが、これらは今日のWebブラウザにおいては非標準であり、端末依存である。特にPC向けに設計されたサイトをスマートフォンやタブレットで利用した場合、例えブラウザーが同種(Chrome等)であっても正確な測定を阻害する場合もある。
またフレッツに限らず全世界的にも、IPv4ネットワークとIPv6ネットワークは論理上は切り離されたネットワークであり、IPv6インターネット接続サービスを利用する場合の各種方式においても、v4とv6とではネットワーク経路や品質が大きく異なる場合もあり、その状況下では、TCPv4通信とTCPv6通信の場合とで、1TCPコネクションのスピードテスト結果も大きく変動する。2016年時点においてスピードテストサイト側でIPv6通信への対応や、TCPv4、TCPv6通信のいずれかを区別し正しく表示するサイトはかなりの少数派である。なお、IPv4とIPv6の何れの通信が優先されるかは、端末の設定やルーター等の環境などによって異なる。さらに、スピードテストの際のアクセス傾向と、実際のWeb等のアプリケーションによる通信の際のアクセス傾向も異なるのが通常である。
インターネットの場合、通信経路は常に一定と言うわけではなく変動した場合は遅延も変化する。