中枢性免疫寛容
ネガティブセレクションでは、T細胞の自己への親和性がテストされる。もし、それらが自己のペプチドと結合する場合は、それらはアポトーシスのシグナルが送られる(クローン欠失のプロセス)。 胸腺上皮細胞は、T細胞に対して自己抗原を示し、自己に対する親和性をテストする。 転写制御因子AIRE(英語版)とFezf2(英語版)は、胸腺上皮細胞における自己組織抗原の発現に重要な役割を果たしている。 ネガティブセレクションは、皮髄境界部(皮質-延髄接合部)と胸腺髄質で起こる。
自己に結合しないが、抗原/MHC複合体を認識するCD4+またはCD8+のいずれかであるT細胞は、成熟したナイーブT細胞として二次リンパ系器官に移動する。
制御性T細胞(T reg)は、胸腺で成熟するもう一つのタイプのT細胞である。T reg細胞のセレクションは胸腺髄質で行われ、Foxp3(英語版)の転写を伴う。T reg細胞は、免疫系が活動すべきでないときに免疫系を抑制することで、自己免疫を調整するために重要な役割を果たしている。