戊辰戦争
東海道の小田原以西の諸藩は新政府に対して恭順したため、東征軍の通過当初は戦闘が起きなかった。しかし、林忠崇率いる請西藩兵および遊撃隊を中核とする旧幕府側武装勢力が房総半島から江戸湾を横断して、閏4月15日に真鶴半島へ上陸した。諸藩の脱走者等も加わってその兵力は約300人に達し、小田原藩や韮山代官に協力を働きかけた。新政府軍は林や遊撃隊が彰義隊に呼応して行動することを警戒し、上野戦争直後の旧暦5月18日(1868年7月7日)に小田原藩に対して鎮圧準備を命じた。事態を知った遊撃隊側が箱根関の小田原藩兵・中津藩兵を攻撃すると、小田原藩は一時的に佐幕派に方針転換して遊撃隊を小田原城下に招き入れた。その後、旧暦5月24日に至って小田原藩は新政府側に藩論が戻り、林や遊撃隊らは小田原藩兵の追撃を受けつつ館山などへ海路撤退した。
特に西日本では慶喜討伐令と上京命令と鎮撫軍の派遣の報を立て続けに受けることになり、所領安堵と追討回避のために親藩・譜代藩も含めて立て続けに恭順を表明し、鳥羽・伏見の戦いに関わったとして「朝敵」の認定を受けた藩ですら早々に抵抗を諦めて赦免を求めることとなった。1月末には藩主が慶喜と共に江戸に逃亡した桑名藩ですら、重臣や藩士達が城を新政府軍に明け渡し、3月には近畿以西の諸藩は完全に新政府の支配下に入った。
1月、長州軍が大坂城を接収、大坂は新政府の管理下に入った。同日、東山道鎮撫総督に岩倉具定が任命された。11日、神戸事件が起こり条約諸国と新政府が対峙する。20日、北陸道鎮撫総督・高倉永祜が発遣され、21日、新政府軍は軍事基地兼役所として奈良に大和鎮台を設置した。そして諸国との交渉が成立し、条約諸国は25日に局外中立宣言を行い、日本は内戦状態と認定された。旧幕府が国際的に承認された政府としての地位を失った一方、朝廷もまた公式政権と見做されずにあった。2月には神戸事件に誘発される形で、土佐藩士による堺事件や、勤皇派によるパークス英公使襲撃事件も発生した。
近畿では幕府および旧幕府勢力は勢力を減じ、薩長を中心とする新政府がこれに取って代わった。また新政府の西国平定と並行して東征軍が組織され、東山道・東海道・北陸道に分かれ2月初旬には東進を開始した。