第一青函丸
片道6時間運航による1日1往復半の運航は可能ではあったが、隔日ごとの運航ダイヤ逆転による貨車航送能力の波動発生回避もあり、車両渡船が本船1隻の間は、1日1往復の運航に留まっていた。同性能の第二青函丸就航後、1930年(昭和5年)10月から、これら2船で3往復運航のダイヤが組まれたが、不況のためほどなく減便となった。その後、タービンを換装し、また貨物輸送需要の回復もあって、1934年(昭和9年)12月から2船3往復運航を再開し、航路全体では9往復運航となった。
青函航路の貨物輸送量は1936年(昭和11年)以降急激に増加し、1937年(昭和12年)秋には翔鳳丸型の運航を増やし最大10往復運航が行われたが、運航便数増加により、4時間30分運航の翔鳳丸型が6時間運航の第一青函丸・第二青函丸を航海中に追い越すダイヤを組まざるを得なくなり、種々の不便が生じた。また貨物輸送量急増対策として建造された車両渡船 第三青函丸は4時間30分運航船で、1939年(昭和14年)11月就航したが、以後の新造船はこれ以上のダイヤ複雑化を避けるため、4時間30分運航船とされた。12往復の1940年(昭和15年)10月ダイヤでは、上下各1回ずつの追い越しが発生し、第六青函丸まで就航した、18往復の1944年(昭和19年)4月ダイヤでは、上下3回ずつの追い越しが発生していた。
このため、荒天時には波浪や飛沫で積載車両を損傷することも度々あり、降雪時には車両の緊締作業にも難渋をきたした。この露天の車両甲板の排水のため、両舷煙路の前方に各舷3ヵ所ずつ、後方に各舷4ヵ所ずつ914mm×610mmの放水口が設置された。船首楼内には普通船員用の厨房やトイレ・洗面所が設けられ、その下、車両甲板下第1船艙の第二甲板には普通船員居室が設けられた。
船体中央部の、前後約33mの部分には車両甲板全幅4線分を跨ぐ船橋楼が設けられ、遊歩甲板と称し、無線室、高級船員居室とその食堂、厨房、3等客室相当の馬匹付添人室などの入る甲板室が設置された。この甲板室の屋上にあたる船橋甲板の前端には船体全幅におよぶ操舵室が設けられたが、この高さは翔鳳丸型の操舵室より1層分低い位置であった。遊歩甲板室の側面は舷側まで達しておらず、この遊歩甲板両舷の露天部分に各舷1本ずつの煙突が立ち、その後方に救命艇が1隻ずつ懸架され、さらに右舷のみ煙突前に伝馬船1隻が懸架されていた。船尾にも車両甲板を跨ぐ船尾楼が設けられ、ここにヒーリング装置を遠隔操作する後部船橋が設置されたが、本船には船首舵は装備されなかったため、操舵輪はなかった。なおヒーリングタンクがボイラー室の1区画前の第2船艙両舷に設置されたため、ヒーリングポンプのある機械室まで2区画、太いパイプを引きまわすことになった。遊歩甲板と後部船橋のある船尾楼甲板間には車両甲板両舷の舷墻(ブルワーク)上に通路が設けられ、車両甲板まで下りずに交通できた。
主機械にはスイスのブラウンボベリ社製2段減速歯車付パーソンズ式反衝動併用タービンが2台搭載された。