深海魚
深海魚の捕食シーンを観察することは容易でないため、彼らが何を食べて生きているのかという問題は胃内容物を直接調べるか、身体構造・寄生虫などの間接的な情報から推測されることが多い。大深度から引き揚げられた深海魚は浮き袋の膨張・反転により、消化管内容物が漏出していることがしばしばある。また、大型の捕食魚は餌をとる頻度がかなり低いと見られ、胃の中が空っぽというケースが大半である。
このように、直接的な胃内容物の情報は限定的であることも多いが、胃内に残る生物以外の堆積物から、深海魚の食性をある程度推測することは可能である。ある深海魚の胃から砂粒が見つかるなら、その魚は直接あるいは間接的に砂泥中の生物を利用していることが分かるし、逆に堆積物がまったくないならば、これらの生物への依存度が低いと考えられる。同じソコギス亜目に属する底生魚であるトカゲギス科・ソコギス科がこのような関係にあり、系統的に近い両グループの食性が大きく異なっていることが分かる。
ある種の寄生虫が持つ厳密な種特異性(特定の中間宿主・終宿主のみに感染すること)もまた、深海魚の食性を調べるために利用されている。一部のソコダラ類に感染している寄生虫から、彼らがその中間宿主であるヨコエビ(端脚類)やアミ類を食べていることや、ソコガンギエイ属の一種 (Bathyraja richardsoni) がヨロイダラを捕食していることなどが推測されている。
軟骨魚類にはいわゆるサメ・エイおよびギンザメの仲間が所属し、底生性の深海魚が多く含まれる。
ギンザメ目 Chimaeriformes 約30種の全てが深海の底部で生活する。強靭な顎を持ち、貝類・甲殻類など硬い殻を持つ埋在動物を捕食する。 ゾウギンザメ科 Callorhinchidae テングギンザメ科 Rhinochimaeridae ギンザメ科 Chimaeridae - ギンザメ
ネズミザメ目 Lamniformes 表層から深海にかけて広い生活範囲を持つ種類が多く、純粋な深海性魚類は少ない。 ミツクリザメ科 Mitsukurinidae - ミツクリザメ メガマウス科 Megachasmidae - メガマウス
メジロザメ目 Carcharhiniformes サメ類として最大のグループであり、多くは浅海で生活しているが、トラザメ科の一部の属(ヘラザメ属・ナヌカザメ属・ナガサキトラザメ属・ヤモリザメ属)に深海魚が含まれる。多くは大陸棚で暮らす底生魚で、ほとんど泳がない。 トラザメ科 Scyliorhinidae
カグラザメ目 Hexanchiformes 含まれる5種すべてが中深層の海底付近に住む深海魚。
繁殖行動の適応はソコダラなど活発に泳ぐ底生魚よりも、チョウチンハダカのような待ち伏せ型の底生性深海魚および中層を遊泳する深海魚に顕著に認められる。タラ目やソコギス科など一部の深海魚の繁殖活動には明瞭な季節性があり、これらの仲間は浅海の生物生産が盛んな時期に合わせて産卵を行う。一般に遊泳性深海魚は小型で大量の卵を産み、底生性魚類の卵は大型だが数が少ない傾向がある。