鳥羽・伏見の戦い
2月1日、大和鎮台は改称して大和鎮撫総督府とされ、有栖川宮熾仁親王を大総督とする東征軍が進軍を開始する。併せて各地に「裁判所総督」兼「鎮台総督」(司令官)が任命されていった。
旧幕府方は1万5000人の兵力を擁しながら5000人の新政府軍に緒戦にして敗れたが、旧幕府軍の敗北の原因について『会津戊辰戦史』では、統一した命令を出す将帥がいなかったため各部隊がバラバラに戦闘して勝手に退却してしまったこと、丹波口や西国街道など複数の方面から進軍しなかったため、大軍が狭い鳥羽街道に密集して混乱し烏合の衆となってしまったこと、京都の情勢をよく理解していなかったため、戦わずに入京出来るつもりで行軍したが、その前に戦闘を仕掛けられて狼狽してしまったこと、の3点を挙げている。 また同書では、もしも一部の兵を割いて丹波口や西国街道からも進軍していれば、旧幕府軍の混乱を回避し、新政府軍の兵力を分散することができ、津藩の寝返りも防止できたはずであると指摘している。
両軍の損害は明田鉄男編『幕末維新全殉難者名鑑』によると、新政府軍112名(薩摩藩72名、長州藩38名、土佐藩2名)、旧幕府軍278名(徳川家100名、会津藩123名、桑名藩11名、大垣藩10名、浜田藩5名、新選組29名)となっている。
しかしながら外国公使の局外中立布告は4月に至っても解除されず、江戸開市事務総督を兼ねていた横浜裁判所総督の東久世通禧は4月13日、各国公使に書簡を送り、慶喜征討軍を引き上げることを条件に局外中立の令を廃止するよう求めた。
旧幕府が兵力を用いる際、条約批准済みの外国人は保護し、その方法も厳重に手配するので安心して欲しい。事態の鎮静化までにはなるだけ遠行等もなきようお心づきを頼み入ります」と、不測の事態による武力衝突時には、飽くまで徳川方へ反抗し謀略を企んでいる島津忠義の率いる薩摩藩一藩との間のもの、との政府公式見解を出した。武備を鞏めての進軍は明らかに朝廷に対する威圧行為であった。
旧幕府軍主力の幕府陸軍歩兵隊及び桑名藩兵、見廻組等は鳥羽街道を進み、会津藩、桑名藩の藩兵、新選組などは伏見市街へ進んだ。旧幕府軍の本営は淀本宮(淀姫社)に置かれ、総督は松平正質、副総督は塚原昌義であった。
慶喜出兵の報告を受けて朝廷では、2日に旧幕府側の援軍が東側から京都に進軍する事態も想定して、橋本実梁を総督として柳原前光を補佐につけて京都の東側の要所である近江国大津(滋賀県大津市)に派遣することを決めるとともに、京都に部隊を置く複数の藩と彦根藩に対して大津への出兵を命じた。だが、どの藩も出兵に躊躇し、命令に応えたのは大村藩のみであった。渡辺清左衛門率いる大村藩兵は3日未明には大津に到着したが、揃えられた兵力はわずか50名であった。
旧幕府軍(王政復古の大号令で幕府の廃止が宣言されているため)の拠点となっていた大坂城では、会津藩士と桑名藩士だけでなく幕閣にも主戦論が高まったため、12月中旬に旧幕府軍は京坂の要地に軍隊を展開した。西国街道の西宮札の辻に小浜藩兵500人、京街道の守口に伊勢亀山藩兵200余人、奈良街道の河堀口に姫路藩兵200余人、紀州街道の住吉口に紀州藩兵若干名を配した。また、枚方と淀には注進に備えて騎兵を置き、真田山と天王寺に陣営を築き、大坂、大坂城外14カ所の柵門、十三川の渡口、守口、枚方、山崎、八幡、淀を幕府陸軍で固め、伏見には幕府陸軍と新選組を配し、叛旗を翻す姿勢を取った。
12月23日と24日にかけて朝廷において、大坂城に移り音信不通となった慶喜について会議が行われた。参与の大久保利通は慶喜の謀叛と主張し、ただちに「領地返上」を求めるべきだとした。これに対し春嶽は、旧幕府内部の過激勢力が慶喜の去就を妨害をしていると考え、それでは説得が不可能として今は「徳川家の領地を取り調べ、政府の会議をもって確定する」という曖昧な命令にとどめるべきとした。岩倉も春嶽の考えに賛成し、他の政府首脳もおおむねこれが現実的と判断したため、この命令が出されることに決した。再度春嶽と慶勝が使者に立てられ、慶喜に政府決定を通告。慶喜は近日中に上京し、何故不審な行動をとったのか直接説明するよう命ぜられた。
長州兵は薩摩兵の右に位置して会津兵に対しおり、街路の左右に交互に畳を立てかけて胸壁とし射撃していた。午後8時頃、薩摩藩砲兵の放った砲弾が伏見奉行所内の弾薬庫に命中し大爆発を起こした。これにより、旧幕府軍は動揺し、しばらく射撃が止むと共に、敗走する兵が出始めた。動揺から回復した旧幕府軍は戦闘を再開し、午後11時頃になっても奉行所の高櫓から狙撃するなど抵抗を続けていた。薩摩軍は少数の兵を奉行所の門の右脇の町家に忍び込ませて放火し奉行所を焼き討ちにした。それと同じころ長州軍の挺進隊も奉行所に突入して放火した。これらの攻撃によって奉行所は炎上し、周囲を明るく照らし出したため、姿が浮かび上がった旧幕府軍の兵士は薩長軍に狙い撃ちにされた。薩摩軍の臼砲が奉行所に接近して砲弾を撃ち込むとともに薩長の小銃隊も奉行所を包囲して射撃を行った。動揺した旧幕府軍はついに後退を始めたが撤退の命令は出されなかったため各部隊の判断によって後退していった。午前0時頃、薩長軍は伏見奉行所に突入した。この時には旧幕府軍の部隊はほとんど撤退しており、抵抗は軽微であった。奉行所内には会津藩の大砲2門など多数の装備が残されていた。また、旧幕府軍は死傷者をおよそ6艘の舟に積み込んで大坂へ後送していたが、運びきれなかった死体が奉行所内の野戦病院に山のように積まれていた。奉行所内には旧幕府軍の負傷兵数十名が身動きが取れずに残されていたが、突入した薩摩兵によって全員斬り殺された。
1月8日の夜、開陽丸が大阪湾を出発、紀州大島をへて5、6里のころ、北西からの風が起きて刻一刻と猛烈になり、船は風に流された。船は普段の航路をとれなくなったため、蒸気をとめると由良に寄港しようとしたが、風任せに沖合へ流された。暴風雨がやっとおさまった10日の暁ころ、一行の船は八丈島の北、5、6里の沖に漂っていた。船中の人々はだからといって安心もできず、その日の夕方にはなんとか事なきを得て浦賀湾に入りえた。慶喜は金200両をあたえ船員をねぎらった。11日には艦艇が品川沖に入った。慶喜は12日未明を待って、浜御殿に上陸し、午前11時頃には騎馬で江戸城の西丸に入った。
幕臣・勝海舟の日記によると、「11日開陽丸が品川沖に錨を下すと、使い(の船)が有り、あかつきころに(上様、慶喜公一向は)浜の海軍所に至った。そこで私は始めて伏見の顛末を聴いた。会津候(松平容保公)、桑名候(松平定敬公)ともに、上様のお供のなかにいらっしゃった。私は詳しいことを問おうとしたが、一同の顔色は土のごとくで、互いに目配せをするばかりで口を開く者はいなかった。わずかに板倉閣老(ご老中・板倉勝静翁)から鳥羽・伏見の戦いの概略を聞くことができた」と、ひどく沈んだ様子の、江戸上陸時の慶喜一行の状況だった。
下舘立売御門あたりで鉄砲で狙撃した者がいたため、慶喜はやむをえず御台所口から御所内へ引き入ったところ、公卿らが衣冠の上にたすきをかけ東奔西走し、甲冑をつけ抜き身の槍や刀などを携えた警備兵らが左右に徘徊しており、禁中の騒動はすでにただごとではなかった。慶喜はこの様に乱れていては仕方がないと一旦兵士らを御所内から追い出し、新たに部署を定め再配置した。そのとき孝明天皇は早くも慶喜が銃撃されたと聞くと酷く心を痛め、慶喜へ勅諚を与えた。慶喜はご覧のとおり無事な旨を申し上げ、ふたたび戦線にもどった。慶喜が御所の塀の外で指揮していると、急いでくるよう御所の中からしらせがあり、とりあえずもどってみると鷹司家に潜伏している長州藩兵が塀越しに打ち出す銃丸が「カツカツ」と時たま紫宸殿の高御座の軒端にあたっており、天皇の身に危険が迫っているのはいうまでもなく明らかだった。このとき長州加担派の公卿・裏松恭光をはじめとする堂上らが、しきりに長州兵と和睦すべきだと主張し、「万一玉体(天皇の体)にご異変があれば、禁裏御守衛総督たる職掌も立つまいに」などといった。慶喜は時勢が移れば長州への入京許可も朝廷から直接でるかもしれないものの、いまは一大事で、現実の天皇を守るに一刻の猶予もないと判断し、必死の覚悟を決めると心中で断然とその意見を退け、「玉体のご安全は確かにお請け合い申し上げます」と述べると、取り急ぎ裏松ら公卿の前を去って戦線にもどった。
京都市伏見区。会津藩の陣所。京阪本線伏見桃山駅より徒歩十分。近鉄京都線桃山御陵前駅より徒歩十三分。現存は石碑のみ。