条約改正
大隈は、井上のような国際会議方式は日本にとって不利であるという認識に立って、列国間の利害の対立を利用する個別交渉の方針を採用した。それにより、1888年11月30日、かつて政府転覆計画(立志社の獄)に加担したとして収監された前歴をもつ駐米公使兼駐メキシコ公使陸奥宗光がメキシコとの間に日墨修好通商条約を締結することに成功した。陸奥がワシントンに着任してわずか半年後のことであり、これは、アジア以外の国とは初めての完全な対等条約であった。これにより、メキシコ合衆国国民は日本の法権に服することを条件に内地開放の特権が与えられた。
陸奥の交渉相手であったメキシコのロムロ駐米公使は、長くワシントン勤務を勤めたベテラン外交官であり、当初はメキシコだけが領事裁判権を放棄すれば、他の欧米諸国がメキシコに対し悪感情を抱くのではないかと考え、容易に承諾しなかったといわれる。また、税権については相互的最恵国待遇を規定していたため、実際には、第三国が日本の関税自主権を認めるまで利益が生じるのを待たなければならなかった。なお、陸奥はその後すぐにアメリカとの交渉に乗りだし、法権回復を伴う新条約締結の合意を取り付けたが、米国内の政権交代や日本本国のイギリスへの配慮、大隈案に対する国内世論の反対(後述)などが重なって成功しなかった。
大隈はまた、最恵国約款の解釈を改め、従来一国に認めた特権は無条件で他国に与えていたものを有条件主義とした。
その後、森有礼駐英公使はイギリス側の対応を探り、双方で交渉の課題と進め方について協議したが、イギリスは関税規則改正に関わる交渉にのみ応じる方針であることが判明した。1881年7月23日、イギリス外相グランヴィル伯は森駐英公使に対し、日本提出の条約改正案による交渉に反対の意を表明、東京での予備会議開催を提案した。これに対し、ドイツは、法権回復の交渉にも応じる構えがあるとの意向を示し、イギリスの方針とは異なる感触を得たが、東京での予備会議開催に対してはイギリスと同意見であり、他の各国もこれに追随した。
井上は各国の要求を容れて、改正の基礎案を審議するための予備会議(条約改正予議会)を開くこととした。12月28日の御前会議での諒承を経て、予備会議は翌1882年(明治15年)1月25日に東京の外務省で第1回がひらかれ、フランス・ドイツ・イギリスなど8か国が参加した。この後、アメリカ合衆国・ベルギーなども加わり、同年7月27日まで計21回開催された。なお、この年の3月3日、伊藤博文は明治天皇に憲法調査のための渡欧を命じられ、同月14日にはヨーロッパに向け出発している。
井上改正案は、「取らんと欲せば、必ず酬うる所なかるべからず」という方針に立ち、日本が関税を引き揚げて税収増加を図ること、日本の行政規則を条件づきで外国人に及ぼすこと、12年後に対等条約の締結を提議する権利を有することなどの代わりに、外国人には土地所有権、営業権、内地雑居権を与えようというものであり、中には、宮城県の野蒜築港後に同港を開き、区域を設けて外国人の雑居を許すという案もあった。これについては、政府部内でも佐々木高行、大木喬任、山田顕義の参議3名が、日本人は失うもの多く、得るところは少ないとして強く反対し、政府上層部の意見が分裂した。
その一方、外国人も行動範囲が「遊歩規定」によって制限されており、一般の外国人が日本国内を自由に旅行することは禁止され、外国人が遊歩区域(居留地外で外国人が自由に行動できた区域)のさらに外に出るには、学問研究目的や療養目的に限られ、その場合も内地旅行免状が必要であった。居留地の外国人が居留地外で商取引をすることは禁じられていたが、その国の領事等を通じて日本当局から土地を借り受け、一定の借地料(地税)を支払うこととなっていた。この借地権は永代借地権と称し、永久の権利とされ、他者に売買したり譲渡することが可能であった。
不平等条約の締結は、金の流出やインフレーションによる経済の混乱を引き起こすこととなり(幕末の通貨問題)、尊皇攘夷運動の激化とそれにつづく討幕運動を招いたが、実際のところ幕末期にあって問題視されたのは不平等性そのものというよりは、むしろ日米修好通商条約をはじめとする五カ国条約が朝廷の許しを得ない無勅許条約だった点にあった(これは江戸幕府はその成立期に禁中並公家諸法度により朝廷を統制し政治権力を剥奪しており、単独で条約を締結しても問題がなかったにもかかわらず、幕末に至って幕府の権威が揺らいでいたことから条約締結の正当性を担保するため、朝廷の承認を求めたところ、案に相違して朝廷から拒否されたこと、その事実を反幕府勢力に利用され、喧伝されたことに端を発する)。
慶応3年(1867年)の大政奉還と王政復古の大号令によって江戸幕府が倒れ、薩摩藩・長州藩など西南雄藩の下級武士や倒幕派公家などを中心に明治新政府が成立した(明治維新)。