あや船一件
島津氏の印判制度遵守の要請に対し、琉球側は今後の友好関係をますます連綿とすることを再確認したが、印判制度については特に言及を避けた。貿易を民間勢力に頼る琉球は島津氏の印判制度によって民間商人の渡航が制限されることは大きな問題であり、島津氏の要請を容易に是認することはできなかった。
1573年、三司官だった名護氏が島津氏老中伊集院氏に書状を送った。名護氏は本書状が私的な関係に基づくものとしたうえで島津氏を「大邦」、琉球を「陋国(小国)」と呼んで下手に出つつ親密な関係によって交際することが重要であるとしながらも、今後は印判制度問題については名護―伊集院間での外交ルートに限るとした。
琉球の対応に対し納得できなかった島津氏は1574年に琉球に対し、近ごろ琉球が違反している旧例の条々(「近来違背旧例の条々」)を書面で突きつけ、先の非を改めなければ両者の関係が悪化するだろうと警告した。これに対し琉球は尚永が新たに即位したことで国内が混乱していたことを理由に回答を延期していたと述べ、使節団を島津義久の家督相続を祝賀する目的で派遣した。これによって島津氏の要求通りあや船が派遣された。
1575年3月27日、あや船が鹿児島に到着した。しかし島津氏側は義久への祝賀儀礼の前に先に琉球へ送られた「近来違背旧例の条々」とともに以下の件について個別に回答するよう琉球の使節団に迫った。
島津氏発給の印判状を所持しない船を受け入れたこと
永禄13年(1570年)に島津家使者(雪岑)が琉球に行った際、対応が疎略だったこと
今回の進上物が先例と比べて少ないこと
雪岑の宿所に三司官(琉球の重臣)が挨拶を怠ったこと
書状受け渡しの作法が異なっていたこと
島津貴久へあや船が派遣される1559年以前、琉球はあや船について「鹿児島の主君(島津氏)代々の家督相続を祝賀するものではなく必要性に応じて派遣するもの」と認識しており、鹿児島へのあや船派遣は先例にないため島津氏へのあや船派遣を拒んでいた。しかし、嘉靖の大倭寇が発生し琉球近海の治安が悪化するなか明からの冊封使到着を控え、那覇港の安全を確保する必要があった琉球は方針を転換しあや船を派遣した。
記録に残っている中であや船が派遣された最も古い例は、1481年に足利義尚の将軍就任を祝賀する目的で派遣されたと考えられているものである。その後南九州が戦乱で混乱に陥ると(三国大乱)一時通交は中断される。混乱が収束すると通交が再開され、1559年に島津貴久へあや船が派遣された。その際、琉球は那覇港に入港する薩摩船を島津貴久から正式に認可されているか否で違法な不審船を峻別するために臨時的に琉球渡海朱印状(印判)を発行することを島津氏に対して求めた(明からの冊封使が来るにあたって琉球は明との貿易のために外国商船を那覇港の治安を維持する必要があった)。こうして島津氏の朱印状(印判制度)が琉球に対して適用されることになったが、これは冊封使が来流するにあたっての臨時的措置に過ぎなかった。なお、朱印状をもって薩摩が琉球に対して圧力を強めた契機とする通説があるが、発行を求めたのが琉球側であったこと、朱印状を持たずに琉球に渡った船を薩摩側が取り締まった記録がないことから、事実とは言えないことが分かる。