リンネ式階層分類体系
リンネは1758年、 Systema Naturae『自然の体系』第10版 において、属より高次の階級として「綱」を置き、動物の分類を行った。1735年の初版では、動物を四足綱 Quadrupedia、鳥綱 Aves、両生綱 Amphibia、魚綱 Pisces、昆虫綱 Insecta、蠕虫綱 Vermes に分けた。第10版では、初版の魚綱に含まれていたイルカやクジラを四足綱に加え、哺乳綱 Mammaliaとしたような合理的な変更だけでなく、ヤツメウナギやサメなどが両生綱に含められたように、現代からすれば明らかな改悪ともいえる変更も行われた。脊椎動物の分類は現在に近い部分も多かったが、無脊椎動物に関しては多様な動物門が1つの綱にまとめられており現在の分類とは程遠く、無脊椎動物の分類学的研究が飛躍的に進むのは1900年代初頭のパリで、1809年のジャン=バティスト・ラマルクの分類体系や1817年のジョルジュ・キュヴィエの分類体系からであった。
なお、以下の表は初版と第10版で属する生物が綱をまたぐ都合上完全には対応していない。
自然の多様性を科学として理解するために重要な貢献をしたのが自然物の体系化である。その最初の試みとして挙げられるのがリンネが1735年に著したSystema Naturae『自然の体系』とされる。自然の多様性に関連した体系化はリンネが最初であったわけではないが、リンネの著作をきっかけに体系化の問題が近代的な学問である分類学として扱われるようになったと言える。リンネは生物を階層的に分類する仕組みを採用し、自然研究の歴史における「体系的な分類学者 systematist」であるとされる。リンネは体系だった統合精神を有しており、あらゆる自然物の類似性を相対的に評価することを通じて分類・組織化することが体系化であると考えた。またリンネは体系化を植物学における「アリアドネの糸」に喩えた。植物についてのシノプシス化(synopsis、「神の創造の全貌」)には体系が必要であった。リンネが分類体系に属・目・綱などの区分を設けたのは、それぞれの区分に分類される生物群が創造主の考えた理想像を備えていると信じたためであるとされる。この当時は、まだ生物が進化するという思想はほとんどなく、生物の種は不変であると考えられていた。
リンネは自然物の理解に原理を定め、定義化を推進した。そのもっとも重要な概念が「種 species」を基本とした分類階級である。リンネは、自然物を鉱物、植物、動物に区分し、それぞれを鉱物界、植物界、動物界とし、この3界に精通した。このうちリンネが独自に研究を行ったのは植物である。