熊野三山本願所
近世初期頃には、熊野三山本願所は、熊野本願九ヶ寺と称する本願仲間を形成し、連携して本願職の遂行にあたっていた。九ヶ寺の組織化の経緯は定かではないが、史料中にある「熊野三山中」との記述などを手掛かりに、16世紀末から17世紀初頭と考えられている。九ヶ寺においては、三山庵主と称された本宮庵主・新宮庵主および那智御前庵主が、それぞれの一山の本願所を統括し、三山の頂点に新宮庵主が立っていた。
新宮庵主を特徴付けるのはその強力な権限であり、さまざまな免許権や得分を有していた。例えば、そのことを証する史料として広く知られる正徳5年(1715年)の史料には、第2条に新宮庵主には本宮や那智を越える古法があるとしてその優位性が記され、次いで第3条では本願の職をつとめる山伏・比丘尼に熊野先達号を与えられるのはただ新宮のみであって、本宮や那智は先達号を与えないことを承知しているとある他、大姉号や院号の願出に対して新宮の名で出すことを許し、奉納銀を新宮が受納する旨などが述べられている。熊野先達号とは、本来、本山派・当山派の教団の管轄下に付与されてきたものだが、新宮庵主が独自に山伏・比丘尼に熊野先達号を許していたことをこの史料は示している。
那智では文明10年(1478年)と長享2年(1488年)に造営修復を行った記録(『熊野年代記』)があり、いずれの場合にも勧進聖が造営修復の財源調達に関わったことが知られている。前者は、京・和泉・河内に諸国棟別銭の課役を賦課するとした足利義尚の御教書にもとづき、庵主が徴収にめぐったものと考えられている。後者は、栄唱比丘尼なる者が那智山の東西両座の一札を携えて奉加を募ったというが、この比丘尼が那智七本願に属したか否かは定かではない。このほか、十穀聖による勧進の事例があり、文明16年(1484年)、天文11年(1542年)の例が知られており、こうした勧進聖が那智に定着していたことが分かる。
那智の勧進の方法として指摘することができるものに、絵解き唱導、勧進札賦算のほか、西国三十三所霊場の霊験・縁起を唱導し、一般庶民を霊場巡礼に導くといったものが挙げられる。
絵解き唱導は、「那智参詣曼荼羅」「熊野観心十界曼荼羅(地獄絵)」などと呼ばれる絵画を携えて回国遊行し、各地の聴衆に対して絵画を当意即妙な語りによって説き明かすものである。絵解き唱導を担った熊野比丘尼たちは牛王宝印を文庫に入れて諸国を巡り、熊野観心十界曼荼羅によって地獄・極楽の絵解き唱導を行い、那智参詣曼荼羅により熊野権現信仰と熊野参詣の霊験を説いた。那智参詣曼荼羅の作例の年代から推定して、こうした絵解き唱導が行われたのは、中世末の室町時代から戦国期以降のことと考えられている。
新宮における本願として比較的詳しく知られているのは、末社神倉社の本願たる神倉本願である。中世の神倉社を支配したのは熊野新宮に属する清僧で、その下に神倉本願がおかれ、両者を合わせて神倉聖と称した。神倉本願は首座たる妙心寺のほか、華厳院(金蔵坊)、宝積院、三学院を含む10の院坊からなり、妙心寺は鎌倉時代に法燈国師覚心により確立されたと見られている。法燈国師は臨済宗法燈派の開祖であるとともに、高野聖の一派たる萱堂聖としても知られることから、法燈国師の影響下で妙心寺は勧進活動にあたる比丘尼たちを統率する寺院になったと考えられ、その後、室町時代の妙順尼の名が中興として伝えられている(妙心寺文書)。
妙順尼の名が見えるのは、大永年間(1521年 - 1528年)から享禄4年(1531年)にかけて神倉再興勧進にまつわる史料上においてのことで、神倉権現の霊験を説いて諸旦越に「一紙半銭」の勧進奉加を求め、結縁すれば現当二世の利益のあることを唱導したとされる。こうした点から、妙順尼による中興とは妙順尼ら神倉本願の職能、すなわち「神倉修理」(『妙心寺由緒』)における功績を顕彰したものであろう。
神倉神社は戦国時代から近世初期にかけてたびたび災害に見舞われ、神倉本願として妙心寺は、再興を目的とする勧進活動を繰り返し行った。
瀧本の諸堂を分掌する瀧庵主の成立については、それを建武年間(1334年 - 1336年)の妙音上人なる人物に求める史料や、15世紀半ばとする史料(那智瀧上不動堂本尊銘)があるが、いずれも伝説的性格のもの、もしくは本願による偽作と判断されている。瀧本の造営として早い時期のものでは、永正元年(1504年)に千手堂の勧進を行った勧進聖に関する記録があり、瀧庵主の成立はこの時期以降のことと考えられている。
大禅院は17世紀半ばに春禅(善)坊と称していたものが改称したものと云われ(『熊野年代記』)、その後、16世紀末から17世紀前半にかけての史料にその名が見えるが、それらの史料からは瀧庵主に属したとも那智阿弥に属したとも解釈でき、来歴は定かではない。いずれにせよ、瀧庵主、那智阿弥および御前庵主より遅れて成立したと見られる。