日本国紀
これらの批判に対し、著者の百田、編集者の有本香は度々再批判を行っているが、本格的な反論は行われていない。呉座は、この点を取り上げ「百田氏はツイッターでの口喧嘩には強いが、論理的な長い文章は苦手なようだ」と述べている。
ウィキペディアからの盗用疑惑に対しては、百田は「執筆にあたっては大量の資料にあたりました。その中にはもちろんウィキもあります。しかしウィキから引用したものは、全体(500頁)の中の1頁分にも満たないものです。」と自らのTwitterで述べている。
また「監修」を自認する久野潤はネット上や各種メディアで「反論」を行っている。久野に名指しで批判された呉座勇一は、たびたび反論を掲載しており、一種の論争となっている。
一方で、インターネット上などで指摘された本書の誤りが、増刷後の版では告知なく修正されている。毎日新聞は、日本人を評した言葉を発した人物が「ルイス・フロイス」と書かれていた部分が、重版後には「フランシスコ・ザビエル」に修正されていたと指摘している。 また『週刊実話』は、皇位継承に関する箇所が、告知せずに第4刷で訂正されていたと報じている。