席田用水
2つの用水はともに根尾川を水源として広大な灌漑地域を担うがゆえに、旱魃が続くとしばしば水不足が発生したが、席田用水から取水するという不利な立場にあった真桑用水は特に深刻な状態であった。
1625年(寛永2年)は旱魃が続いた。真桑用水側は「将軍に献上する瓜の灌漑」を口実に席田用水側に水の分配を要求し、この要求が届いた美濃郡代の岡田善同が席田用水側に分配を申し入れるが、席田用水側は応じなかった。真桑用水側は1634年(寛永11年)に美濃郡代の岡田善政に分水を訴え出るが、席田用水側は旧来からの証文や慣行から既得権を主張し、席田用水側の主張が認められた。
1637年(寛永14年)の旱魃で真桑用水側は、一ノ井大堰を取り壊して藪川に水を流すことを岡田善政に願い出たため、岡田善政は加納藩主の大久保忠職に申し入れを行う。席田用水側は岡田善政に、取水量が年貢の完納率に影響するとして反論を試みるが、争論の過程で岡田善政は新しい用水の分配方法を提示する。
この地域の農業用水路の起源は、水稲栽培の記録などから弥生時代であると考えられている。
現在の本巣市山口付近から本巣市海老・本巣市下真桑・北方町北方付近までは根尾川が形成した扇状地が広がっており、根尾川は洪水の度に本巣市山口以下の河道を何度も変えていた。7世紀ごろには現在の本巣市山口以下の現河道は存在せず、現在の岐阜市西郷や黒野を経て長良川へと合流する「古根尾川」と犀川の2つに分岐していた。
奈良時代前半に起きたとされる洪水で糸貫川が生じると、水量が激減した古根尾川流域では農業用水が不足するようになる。そのため中世末期までに、糸貫川から取水して東岸の席田郡など旧古根尾川流域に農業用水を供給する席田用水が整備され、同時期に山口で糸貫川から取水して西岸の本巣郡真桑周辺に農業用水を供給する真桑用水の開発が行われた。