AMBER (分子動力学)
力場という用語にもかかわらず、この式は系のポテンシャルエネルギーを定義する。力は位置に関するこのポテンシャルの導関数である。
右辺の項の意味は以下の通りである。
第一項(総和 ∑ bonds {\displaystyle \sum _{\text{bonds}}} )は、共有結合した原子間のエネルギーを表わす。この調和力(理想的なバネの力)は平衡結合長付近でのよい近似であるが、原子が離れるにつれて徐々に悪くなる。
第二項(総和 ∑ angles {\displaystyle \sum _{\text{angles}}} )は、共有結合に関与する電子軌道の配置によるエネルギーを表わす。
第三項(総和 ∑ torsions {\displaystyle \sum _{\text{torsions}}} )は、結合次数(例えば二重結合)および隣の結合あるいは孤立電子対による結合のねじれのエネルギーを表わす。
組み込みの核酸組立環境であり、原子レベルの記述が計算に役立つタンパク質や核酸を操作する過程を助ける。
中心的なシミュレーションプログラムであり、様々なオプション付きでエネルギー最小化と分子動力学のための設備を提供する。