日本ボクシングコミッション
2012年ロンドンオリンピックで、ボクシングでは48年ぶり2人目となる金メダルを獲得した村田諒太(ミドル級のメダル獲得は日本初)は当初、プロ転向を否定しアマチュアの指導者を続ける目標を語っていた。しかし2013年には正式にプロ転向を言明し、ライセンスを取得。このことが山根らアマチュアボクシング界から強い反発を受け、村田は日本アマチュアボクシング連盟(現:日本ボクシング連盟)から満場一致での(アマチュアとしての)引退勧告を受けた。アマチュアボクシング界からは「雪解けに水を差す事態だ」と村田を引き抜いたプロボクシング界へも激しい批判が飛んだ。
2013年2月3日JABF総会にて、村田のプロ転向問題を受け、プロ側と紳士協定を結ぶ必要性が話し合われた。この前日にはJPBA大橋会長から「獲得したジムは連盟に強化費を寄付すべきだ」などと提案を受けていた。日本オリンピック委員会(JOC)からの委託金はあるものの、JOCが設置した第三者特別調査委員会の調査報告書によれば、強化費配分の基準となる2010年度の経常収益およびJOCによる2012年度の競技団体ランクでボクシング競技は五輪競技中で最低レベルの評価を受け、連盟の財政規模は5,446万円程度とされており、連盟は選手育成のため合宿・海外遠征に強化費を費やしている。連盟は、国の資金で強化した選手は連盟の財産であるとして、直接勧誘の禁止、選手の引退後の生活保証などについて内規を設ける方針を示し、同年5月26日の総会でアマチュア規則細則を定めた。
安河内はJBCに対して民事訴訟を起こし勝訴が確定(※一審より安河内が勝訴。JBCの控訴上告はいずれも棄却)している(※処分撤回、地位保全、慰謝料50万が認められた)。
2022年3月31日に行われた理事会で正味財産が2期連続で300万円を割り、法人法で定められた法人継続の条件を満たせなくなったため解散することを発表。理由にコロナ禍などの影響で、2021年度末時点で正味財産がマイナス約5千万円と事実上の債務超過になったこと、後述の亀田裁判の賠償を挙げている。ただし亀田側の弁護士でもある北村晴男は「コロナ禍以前から違法行為を続けていたこと」とこの理由を否定している。JBC側は今後、名前を残しながら清算法人として再建・再出発を目指すとしている。また同年3月14日には「一般社団法人JBC」が永田有平(一般財団法人JBC理事長)により設立された。
同年5月30日、支援企業からの寄付をもって純資産額が300万円以上に復したとして、一般財団法人JBCが一転して法人継続の決議を行う(6月2日に公表)。あわせて理事長を永田から萩原実(株式会社東京ドーム顧問)に代え、これを機にガバナンス強化を図るとしている。
2006年9月27日に行われた、亀田大毅の試合終了後において、父親でありトレーナーである亀田史郎が会場の後楽園ホールにおいて息子に対しての観客のヤジに怒り暴力騒動を起こし後楽園ホールの所轄である警視庁富坂警察署が関係者に事情聴取を行うという異常な事態にまで発展した。これに対し史郎トレーナーらにJBCは厳重注意処分を行った。
次に、2007年3月24日に行われた、亀田興毅対エベラルド・モラレス戦においてレフェリーを務めた浦谷信彰に対し史郎トレーナーが暴言を吐き、浦谷がライセンス停止を含む厳正な処分を求める要望書を提出、これについて史郎トレーナーが謝罪したためJBCは厳重注意処分とした。
今度は、2007年10月11日に行われた、亀田大毅対内藤大助の試合で、大毅が内藤を試合中に繰り返し悪質なサミング・投げ飛ばす(レスリング行為)などといった反則行為を行い、それに加えセコンドの興毅の「目を狙え」といった発言をテレビカメラに撮られたり、史郎トレーナーが再度恫喝騒動を起こしたりなど、問題となった。その後、史郎トレーナーはセコンドライセンス無期限停止処分を科された。2008年に亀田兄弟は協栄ジムを離脱し、新しい会長を据えて設立された亀田ジムに所属。