海峡線
1988年(昭和63年)3月13日:海峡線中小国駅 - 木古内駅間 (87.8 km) 開業。同区間に新中小国信号場・津軽今別駅(現・奥津軽いまべつ駅)・竜飛海底駅・吉岡海底駅・新湯の里信号場を新設。線内の最高速度は開業当初120 km/hであった。
1990年(平成2年) 7月1日:新湯の里信号場が旅客駅化され、知内駅として開業。 9月12日:津軽海峡線の営業最高速度140 km/h運転に向けた速度試験を線内で実施し、485系電車を使用して160 km/hを達成した。
1991年(平成3年)3月16日:中小国駅(中小国信号所) - 木古内駅間の最高速度を従来の120 km/hから140 km/hに引き上げ、これにより青森駅 - 函館駅間の特急の所要時間が7分程度短縮された。
2002年(平成14年)12月1日:快速「海峡」が廃止され、津軽海峡線の普通列車が消滅したことに伴い、同線を通過する旅客列車が急行・特急列車のみとなる。
2006年(平成18年) 3月18日:吉岡海底駅への定期列車の停車を終了。 8月28日:吉岡海底駅が全列車通過となり、臨時駅となる。
北海道新幹線開業後は、基本的に貨物輸送のみで、在来線としての旅客列車は団体臨時列車を除き運行されていない。海峡線単独の列車はなく、すべての列車が青森駅および五稜郭駅以遠から発着する。なお、起点の中小国駅は海峡線の全列車が通過する。
旅客列車は、1988年(昭和63年)3月13日の海峡線開業時から、寝台特急「日本海」「北斗星」や特急「はつかり」、急行「はまなす」のほか、快速「海峡」が青森駅 - 函館駅間で運転されていたが、2002年(平成14年)12月1日の東北新幹線八戸駅延伸に伴うダイヤ改正で八戸駅 - 青森駅 - 函館駅間の輸送体系が見直され、「はつかり」「海峡」は廃止され、代わって特急「スーパー白鳥」「白鳥」が青森駅 - 函館駅間に設定された。これ以降、海峡線には本州側の青森駅方面から北海道側の函館駅方面へ直通する特急列車・急行列車のみが設定され、普通列車(快速含む)の設定がない区間となっていた。
そのため、津軽線蟹田駅 - 木古内駅間の各駅相互間には、乗車券のみで特急列車の普通車自由席に乗車できる特例が設けられた。これは、同じJR北海道の石勝線新夕張駅 - 新得駅間が、日本国有鉄道(国鉄)時代の1981年(昭和56年)10月1日の同線開通と同時に適用になって以来2例目である。なお、2016年(平成28年)3月21日に海峡線を経由する在来線の定期旅客列車が運行を終了したため、この特例も事実上終了した。
海峡線は、国鉄分割民営化後の1988年(昭和63年)3月13日、従来青森駅 - 函館駅間で運航されていた青函航路(青函連絡船)に代わって本州と北海道を連絡するJR線として開業した。
本州と北海道を結ぶ列車が多く運転されている。北海道新幹線との将来的な共用を考慮して新幹線規格で建設されたため、事実上のスーパー特急方式となっていた。開業時は狭軌の在来線用の線路のみが敷設されたが、2016年(平成28年)3月26日の北海道新幹線の開業に向けて、標準軌の新幹線用のレールを併設して三線軌条化された。新幹線開業後は、新幹線列車と在来線の貨物列車とが線路を共用して運行される、共用走行区間となっている。北海道新幹線と在来線の分岐点は青森側が新中小国信号場の北側(北海道寄り)、北海道側が木古内駅の西側(本州寄り)に設けられ、開業時からそれに対応した線形となっている。
保安装置は自動列車制御装置 (ATC) が採用され、開業当時東北新幹線の全線(東京駅 - 盛岡駅間)で使用されていたアナログATC(ATC-2型)との互換性を持つATC-L型が導入されていた。ただし、JR各社はその後新幹線のATCシステムのデジタル化を進め、東北新幹線では2007年(平成19年)7月22日から全線がデジタルATC (DS-ATC) へ移行したため、新幹線との互換性保持は意味を持たなくなった。