統合戦争
ASS-1の調査から得られた超先進科学(オーバーテクノロジー)を応用し、地球の科学水準を飛躍的に高める。とくに新設される宇宙軍(U.N.Spacy)の軍備拡張を急ぐ。 在来兵器への導入と、新たな対巨人全領域戦闘システム(デストロイド、バトロイド)を開発する。 月や火星に恒久基地を設け、太陽系防衛ラインを整備する。 地球各地と月面に、最終防衛兵器グランドキャノンシリーズを建設する。 月面地下で、SDF-1に次ぐ純地球製の2番艦SDF-2(のちのメガロード-01)を建造する。
しかし、人類が有史以来成し遂げられなかった地球統一を性急に推し進め、あらゆる権益を統合政府が管理しようとする「統合思想」は、当然のごとくさまざまな反発を招いた。とりわけ軍備再編とオーバーテクノロジー導入において主導権を得た旧NATO陣営に対し、蚊帳の外に置かれた旧ワルシャワ条約機構陣営の不満は大きかった。これらの軍事産業は統合思想に異を唱える世界各地の反体制勢力に兵器を供与し、陰ながら武装蜂起を支援した。こうして地球人類は大宇宙の脅威以前に、小さな惑星内で身内同士の対立を解決せねばならなくなった。
オーバーテクノロジーで開発された時空変動レーダー「サイクロプス」が、南太平洋のマヤン島近海でASS-1と似た反応を示す謎の物体AFOS(エイフォス)を発見。ハスフォード教授一派の学説で「プロトカルチャー」と呼ばれる太古の異星人が地球を訪れた際の遺物と推察され、新たなオーバーテクノロジー発見が期待された。これを狙う反統合同盟と統合軍のあいだで激しい争奪戦が行われ、その中でプロトカルチャーが人類創生に深く関与していたことが明らかとなる。最終的にAFOSが眠りから目覚めて暴走したため両軍痛み分けに終わるが、この事件はプロトカルチャーに関する特秘事項として公式記録上長く封印されることになった。
この戦闘では両軍とも開発が進んだ対巨人戦闘システムのプロトタイプを先行投入し、デストロイドやバトロイドの運用テストという意味も持つことになる。反統合同盟軍は実戦的な可変戦闘機SV-51を開発し、統合軍は対抗手段としてVF-1バルキリーの試作型VF-0フェニックスを急遽投入。ここに史上初の可変戦闘機同士の戦闘が展開される。劣勢の反統合同盟側が実用化に先駆けた背景には、対巨人戦闘システムの開発に手間取る軍事産業が意図的にオーバーテクノロジーを漏洩し、両軍の兵器を交戦させ実戦データの回収を目論んだという裏事情があった。なお、戦闘記録同様これらの兵器も長く非公式の扱いを受けることになる。