近江屋事件
渡辺は「自身と佐々木、今井ら五、六名で殺害に及んだ」と記録しているが、今井や渡辺の口述に食い違う部分が散見される。この差異についても菊地明は「今井が存命者に配慮したためである」としている。
また大正12年(1923年)には、佐々木の兄で会津藩公用人であった手代木勝任(直右衛門)の養嗣子が『手代木直右衛門伝』を私家版で刊行した。この書では、手代木勝任が没する数日前に、「坂本を殺したるは実弟只三郎なり」と述べ、龍馬が薩長同盟と「土佐の藩論を覆して倒幕に一致せしめたるをもって、深く幕府の嫌忌を買ひたり」として、「某諸侯の命」によって只三郎が3人で蛸薬師にて龍馬を殺害したとしている。同書内では「某諸侯」は京都所司代で容保の実弟でもあった桑名藩主松平定敬であったとしている。また磯田道史は松平容保を指すとしている。ただし当時の土佐藩が倒幕で一致していた事実はなく、今井の証言とも食い違う点が多い。
昭和13年(1938年)には佐々木只三郎の子孫の依頼により、高橋一雄が『佐々木只三郎伝』を私家版で刊行している。この本では「龍馬が大政奉還を主導したために幕臣に恨まれ、佐々木が渡辺吉太郎、高橋安次郎、桂早之助、土肥仲蔵、桜井大蔵、今井とともに龍馬を殺害し、手代木勝任が言い残した某諸侯は会津藩主の容保であった」としている。
京都霊山護国神社に併設されている霊山歴史館には、この説に従った展示コーナーがあり、龍馬を斬ったとされる刀が展示されている。
明治9年(1867年)には、西村兼文が著書『文明史略』において、龍馬らが「幕府ノ臣今井某等ノ為メにニ殺サル」と触れている。
明治33年(1900年)、今井は結城禮一郎の取材に応じ、その証言録が新聞に掲載されているが、結城が内容を飾って誇張したかたちで掲載された。この証言では今井が実行犯となっている。以前の証言と異同が見られることについて菊地明は「今井が当初挙げた実行者は今井自身を除き全て鳥羽・伏見の戦いで戦死していることから、今井には渡辺篤や世良敏郎ら存命者をかばう意図があったのではないか」と推測している。のちに雑誌に転載されたものを見た谷干城は、中岡からの証言と異なっていることなどから、今井の証言を「偽物」とし、「売名の手段に過ぎぬ」とたびたび発言している。このため当時は、今井の証言が「有力なものである」とは受けとめられなかった。今井は明治42年に大阪新報の記者和田天華の取材に対し、「暗殺ではなく幕府の命令による職務であった」「犯人は新選組ではない」と回答している。
大正元年(1912年)、今井の口上書に沿った事件の概要が『維新土佐勤王史』に収録された。また大正15年(1926年)に刊行された『坂本龍馬関係文書』に今井の口上書が収録されている。編者の岩崎英重は「是にて万事は解決せり」と評している。
また、大正年間には元見廻組隊士の渡辺篤が残した証言が発表された。この記録は今井の告白が掲載される以前から作成されていたものをもととして、明治41年に身内に対しての記録として作成されたものである。
紀州藩ないしは紀州藩士による報復行動だとする説。
海援隊隊士の陸奥陽之助(陸奥宗光)らは「海援隊と紀州藩の間に起こり、海援隊側の勝利に終わった訴訟「いろは丸事件」に対する、紀州藩士の恨みによる犯行である」と考えていた。また谷干城の回想によれば「紀州藩公用人の三浦休太郎(三浦安)と新選組が共謀して起きたという噂が当時から出回っており、現場に残された鞘も紀州藩士がよく使うものであった」という。そのため三浦が海援隊隊士らに襲撃され、護衛を依頼されていた新選組との間に戦闘が起こる事件(天満屋事件)が発生した。