最高裁2011年9月22日第一小法廷判決
そして、2004年1月16日には上記大綱の方針に沿った政府の「平成16年度税制改正の要綱」が閣議決定され、これに基づいて本件損益通算廃止を改正事項に含む法案として立案された所得税法等の一部を改正する法律案が、同年2月3日に国会に提出された後、同年3月26日に成立して同月31日に改正法として公布され、同年4月1日から施行された。
これに対し、上記改正後の措置法(以下「改正後措置法」という)31条においては、長期譲渡所得に係る所得税の税率が15%に軽減される一方で、上記特別控除額の控除が廃止され、また、長期譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額がある場合に、所得税法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかったものとみなすものとされ、長期譲渡所得に係る損益通算を認めないこととされた(同条1項、3項2号。以下、この損益通算の廃止を「本件損益通算廃止」という)。そして、改正法は2004年4月1日から施行されたが、上記改正後の同条の規定は同年1月1日以後に行う土地等又は建物等の譲渡について適用するものとされた(改正法附則27条1項)。