スプリング・ジャパン
2017年10月22日、IJ701便(成田→佐賀、JA03GR)が熊本空港の東北東約40kmを飛行中、機体が動揺し客室乗務員1名が腰の骨を折る重傷を負った。運輸安全委員会は航空事故と認定し、調査を進めている。
2017年11月末に一部報道によって「5月に佐賀空港で主翼揚力発生補助翼(フラップ)の準備ができていないまま離陸しようとした事案、10月に成田/新千歳線の飛行計画書が誤っていたものの気付かずに離陸してしまった事案などがありパイロット再訓練のため最大10名が乗務停止になっていた」事が報道された。
2017年11月頃から、運休、欠航、遅延、時間変更が多発し、12月には運航1か月前の運航便届け出が国土交通省航空局に出されない事案も発生している。2018年になってからも1月13日から運用機材の耐空証明検査に関する機材繰りによる欠航が発生し、1月16日以降は国内線は成田-広島、佐賀のそれぞれ1往復合計2往復便の運航だけ残して減便運航体制となる。2018年7月20日、6月からJALと整備子会社JALエンジニアリングへ航空機の管理を含む包括的な整備業務委託を開始したことで運休時4機運用での体制を保有6機運用の運航体制を構築し、運休路線などの再開に目途がつき、8月から成田-新千歳を再開し、増便、成田-広島を復便、成田-関西は8月に4日間だけ限定運航することを発表。