ムカシトカゲ目
ムカシトカゲが属する目は永らく喙頭目 (Rhynchocephalia) と呼ばれてきた。ムカシトカゲ目は喙頭目の別名と考える立場もあるが、ここでいうムカシトカゲ目と喙頭目の包括する範囲は必ずしも同じものではない。
1831年に欧米の学者に知られるようになったムカシトカゲが、実は通常のトカゲの仲間ではなく独自の目に属する特別な動物である、と気づいたのは大英博物館のアルベルト・ギュンターであった。1867年、ギュンターは上顎骨と前顎骨の間に切れ込みが入り前顎骨が嘴状になるという特徴から、その目を喙頭目(Rhynchocephalia:rhynchos=嘴(喙)・cephale=頭)と名付けた。
喙頭目には現生のムカシトカゲ以外にも化石種が含まれ、その最も有名な物がアフリカや南アメリカから豊富に出土するリンコサウルス類と呼ばれる一群であった。リンコサウルス(Rhynchosaurus:rhynchos=嘴(喙)・sauros=トカゲ)もその名の通り、嘴状の吻端を持つ動物であった。このリンコサウルス類は長い間ムカシトカゲと一緒に喙頭目の代表的動物として紹介されてきた。
しかし1969年、O. クーン (Oskar Kuhn) の指摘によりリンコサウルス類はムカシトカゲとは全く異なる主竜類に属する系統の動物であることが判明した。クーンはそれまで喙頭目とされてきた分類群を2つに分割し、それぞれムカシトカゲ目 (Sphenodontia) とリンコサウルス目 (Rhynchosauria) とした。