関西汽船
また大阪発着埠頭も、かもめ埠頭から南港フェリーターミナルに変更される。
2005年 4月1日 - ダイヤモンドフェリーと「フェリーさんふらわあ共同営業センター」を設立。各種割引の相互利用が可能になる。 9月15日 - 阪神 - 松山 - 別府航路(下り便)の神戸発着埠頭を、神戸ポートターミナルに移転。 10月1日 - 燃料油価格変動調整金を設定。
2006年 3月 - 「フェリーさんふらわあ」共通の会員制度「瀬戸内海倶楽部」開始。 10月1日 - 燃料油価格変動調整金を変更。阪神 - 別府航路の到着地入港時刻を6:20から6:30に10分繰り下げるダイヤ改定を実施。 10月10日 - 大分港が新ターミナルに移転する。
2007年 7月9日 - 「さんふらわあ こばると」が松山市沖でタンカーと衝突。「さんふらわあ こばると」の左舷に亀裂が入り、修理のため1週間欠航となる。 11月21日 - ダイヤモンドフェリーの新造船「さんふらわあ ごーるど」が、阪神 - 別府航路(下り直行便・上り寄港便)に就航。「さんふらわあ こがね」がダイヤモンドフェリー中九州航路に転配。
2008年 1月16日 - 中九州航路寄港便の大分側発着港を大分に変更し、今治への寄港を開始。これにより、別府港を発着するのは直行便のみとなる。また、神戸港の発着場所を六甲アイランドフェリーターミナルに集約し、神戸港ポートターミナルを発着する国内航路が消滅。