ボナンノ一家
ギャランテの死後、再びフィリップ・ラステリが獄中からボスとなったが、彼は1991年に獄死。その間に、内紛によりアルフォンス・インデリカートら大物幹部が殺害されたり、FBIの潜入捜査官ドニー・ブラスコことジョゼフ・ピストーネの壊滅作戦により多くの幹部が逮捕されるなど、組織は弱体化した。ピストーネの壊滅作戦は、『フェイク』として映画化された。
その後、ラステリの後を継いだジョゼフ・"ビッグ・ジョーイ"・マッシーノは強引な手段により勢力回復に一旦は成功したが、逮捕後の2004年に死刑回避のためにマフィアのボスとしては初めて当局の情報提供者となり(翌2005年に終身刑の判決)、ファミリーの権威は完全に地に墜ちた。
現在のボス代行は2009年から就任したヴィンセント・バダラメンティ(Vincent "Vinny T.V." Badalamenti)であり、彼は2012年1月に逮捕されている。
ボナンノは息子のビルにファミリーを継がせ自分は引退するという考えで譲歩を迫ったとされるが、ビルを通じた支配力が温存されると見たガンビーノに拒否された。
その後一家はボナンノに忠誠を誓うグループと、ディグレゴリオのグループに分裂し、抗争状態に突入した。後者のグループはルッケーゼ、ガンビーノ、マガディーノに加えてマリオッコの後を継いだジョゼフ・コロンボの支持を受けていた。『バナナ戦争』と呼ばれた一連の抗争は双方に多数の犠牲者を出した。1968年、当局の弾圧が厳しくなるのを恐れたコミッションは、ディグレゴリオを罷免して、ポール・シャッカに替え、事態の収拾を図った。分裂の背景には地元ニューヨークより全米や海外のビジネスを優先しているボスへの内部の不満があったとも、長年の奉仕にもかかわらず息子を相談役に据えたボナンノのトップ人事に対する古参幹部の反発があったともされるが、騒動が長引いたのは一家の弱体化を狙うガンビーノの扇動が強く働いていたとも言われた。 1969年持病が再発し、本当の引退を余儀なくされたボナンノは、息子ビルと共に忽然とニューヨークから姿を消し、事実上引退した(ツーソンに移住)。