スーパーマリオUSA
使用キャラクター(マリオなど)・ボスキャラクター(キャサリンなど)がしゃべる。使用キャラクターについては各コースをプレイ開始する、パワーアップする、裏世界でキノコなどを取る、野菜を引っこ抜く、敵などを持ち上げる、残機が増える、ミスをする、コースクリアするたびに発声される。キャサリンは色によってしゃべるセリフが変わる。 コースクリアをした際「COURSE CLEAR!」と表記される。 ボス部屋に入ったときは原作と異なるBGMが流れボスに近づくとボスがセリフを喋り原作のボスBGMに変わる。 タイトル画面がカットされており、ゲーム選択画面からゲームを選択することで直接キャラクター選択画面に移行する。 使用キャラクターの選択画面が新しくなり、ジャンプなどの性能が表示されるようになった。 つぼに入った時のBGMが新規に作られたほか、背景も新しくなった。つぼの中に敵キャラや野菜やこうら、魔法の薬が埋まっている場合もある。 爆弾やボブが爆発したとき背景が点滅しなくなったが、スパックに触れた際は背景が感電を思わせるものになった。 トンダリアの色が茶色に統一された。 ヒーボーボーとチョッキーの出現シーンがほかのボスと異なる。 エンディングでOstro(ダウチョ)とBirdo(キャサリン)の名前が入れ替わっていた点が修正されたほか、日本版のみピーチ・キノピオの名前が変更されている(ピーチ:Princess→Peach、キノピオ:Toad→Kinopio)。
通常より2回り大きく、引き抜くのに時間がかかる。投げるだけでハートを出す。地面に埋まっている場合もある。敵に当たる範囲が広いため倒しやすくなっている。
ライフの値が1になるとチビキャラクターの状態になるが、本作ではチビキャラクターになっても他作品のように狭い場所を通れるなどのメリットは特にない。ライフがすべてなくなるとミスになる。 敵を8匹倒すと、ライフ回復効果のあるハートが出現し、取るとライフが1つ回復する。 特定の場所で裏の世界(後述)に入る事でライフゲージが増えるキノコを手に入れる事が出来る(基本的に1ステージにつき2つだが、1つしかないステージもある)。
土管がない代わりにステージ各所に壺が存在する。中に入ることのできる壺もある。
ステージ中に埋まっている薬を地上に落とすとその場所に扉が出現し、その扉を入ると裏の世界に入ることができる。 先述のように特定の場所にはライフゲージが増えるキノコがある。 裏の世界の草を抜くとコインが手に入る。ステージクリア時にコイン1枚につき1回、スロットマシンに挑戦出来る。ただし同一ステージで3回以上裏の世界に入ると、3回目以降は草を抜いてもコインが出現しなくなる。 特定の場所で薬を使い、裏の世界の壺に入ると、先のワールドへワープ出来る。 ワールド1-3⇒ワールド4-1 ワールド3-1⇒ワールド5-1 ワールド4-2⇒ワールド6-1 ワールド5-3⇒ワールド7-1
本作では敵キャラクターの上に着地した場合、その敵を踏んで倒すことにはならず、その敵の上に乗ることになる。敵を足場として利用することもできる。敵の上に乗っているときにBボタンを押すとその敵を持ち上げることができる。
持ち上げた敵は他の敵に投げつけたり穴の中に投げ落としたりすることができるが、他の敵に当たらずに地上に落ちた場合は復活する。
ライフが0になったり、穴に落ちたりするとミスとなり残り人数が1人減る。残り人数が0になるとゲームオーバーとなる。『夢工場ドキドキパニック』とは異なりコンティニューが最大2回までと上限が設けられており、これを越えると最初からやり直すことになる。リメイク版はセーブ機能が追加されたため、無制限となった。
各ステージの最後にはステージのボスとしてキャサリンがおり、次のステージへの扉(マスクゲート)を開く鍵となるクリスタルを守っている。各ワールドの3エリアでは、キャサリンを倒してクリスタルを取り(World 1〜4の3エリアでは置かれてあるクリスタルを取り)開けた扉の先にボスがおり、それを倒さないとクリアにならない。7ワールドは2エリアしかなく(理由は夢工場ドキドキパニック#システムの項目の記述を参照)、ボスに関する流れが特殊である。
なお、元の『夢工場ドキドキパニック』との相違点として、セーブ機能削除以外に以下が挙げられる。
メインキャラクターがそれぞれマリオキャラクターに置き換えられている。また、残りライフ1の状態ではチビキャラになる。
舞台は「夢宇界(ムウかい)」ではなく「サブコン」という設定。
ステージ進行が個別から共有になっている。