沼田藩
上野国 群馬郡のうち - 5村 利根郡のうち - 50村
河内国 若江郡のうち - 5村(うち2村は堺県に編入) 志紀郡のうち - 5村
美作国 勝北郡のうち - 6村 英田郡のうち - 51村 勝南郡のうち - 3村
小田原征伐後、沼田領2万7000石は真田昌幸に返還されるが、昌幸は信濃上田城を居城として、地理的に離れた沼田領は嫡男の真田信之に任せる。この時期の信之は真田家当主(昌幸)の後継者であり、公的には沼田領も昌幸領の一部でしかなかったが、実質的には半独立的な体制を築いており、これが後の沼田藩の基となる。
信之は領内の検地を早くから実施して領内の支配体制を固める。慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いで、信之は徳川家康の養女(本多忠勝の娘)を妻にしていたことから東軍に与して徳川秀忠の指揮下に入る。上田城の昌幸と次男信繁(幸村)は西軍に与して、信之が属する徳川軍相手に上田城にて善戦したが、関ヶ原本戦で西軍が敗れたため、戦後は紀州九度山に蟄居となった。代わって信之に、沼田領を含む昌幸の旧領に加え3万石が加増され、9万5000石を領する大名となった(上田藩の成立)。
元和2年(1616年)、信之は上田に移り、沼田領は信之の長男真田信吉に継がれることとなった(この時点でも正式な立藩ではない)。信之は元和8年(1622年)に信濃松代藩10万石に移された。このとき沼田領は分地されるが、まだ幕府に公認された藩とはなっていない。
信吉は寛永11年(1634年)11月28日、父に先立って死去した。跡を信吉の子の熊之助が継いだが、これも寛永15年(1638年)11月6日、7歳で夭折した。