海上保安庁
自衛隊法第80条により、自衛隊の防衛出動や治安出動があった際に特に必要な場合には、内閣総理大臣の命令により防衛大臣の指揮下に組み入れられる可能性がある。これは、初期の海上保安庁(後に海上警備隊を経て海上自衛隊が創設される)の設立モデルとなったアメリカ沿岸警備隊が、戦時にはアメリカ海軍の指揮下に入って軍隊として運用される規定に倣ったものである。
ただし、防衛大臣の指揮下に入った場合でも、その行動範囲や活動権限は特に通常時と変わらない(特に武器の使用については、あくまでも警察官職務執行法に従わなければならない)ことから、あくまでも自衛隊が必要とするところ(自衛隊施設など)への警備を手厚くするよう指示したり、実際の警備行動において自衛隊と海上保安庁の各機関を一元的に指揮し、両者の連携を円滑にする程度に留まるものと思われる。また、「文面を見る限り、自衛隊法第80条は、海上保安庁法第25条と矛盾するのでないか」との指摘もあるが、防衛大臣の海上保安庁に対する指揮は、直接行われるのではなく、海上保安庁長官(文官)に対して(間接的に)行われるに過ぎない。そのため、矛盾しないものと考えられている。
内部部局として、5つの部と首席監察官が置かれている。
総務部 海上保安試験研究センター(立川広域防災基地内)
装備技術部
警備救難部
海洋情報部(中央合同庁舎第4号館)
交通部
首席監察官