新鰭類
新鰭類そのものの単系統性は広く認められているが、内部の系統関係については現在も議論が多い。本稿ではNelson(2006)によりまとめられた分類体系を示すが、詳細に関しては研究者間での異同が大きい。従来の体系ではガー目・アミア目を一つの単系統群とみなし全骨類(全骨下綱、Holostei)と呼んでいたが、2005年には両者は新鰭類に含まれ、Nelsonはアミア目および関連する絶滅目を真骨類の姉妹群として扱っている。
Halecostomi †Macrosemiiformes 目 (絶滅) ジュラ紀から白亜紀にかけて繁栄した。Macrosemiidae 科のみを含む。 †Semionotiformes 目 (絶滅) 現生のガー目との類縁関係が指摘され、両者は統合して扱われることもある。Dapediidae 科・Semionotidae 科の2科を含み、後者はペルム紀後期に出現した古いグループである。 ガー目 Lepisosteiformes †Pycnodontiformes 目 (絶滅) 三畳紀前期から始新世後期まで、テチス海とその周辺海域で繁栄した一群。イタリア北部のMonte Bolca、ドイツ南部のSolnhofenなどが主な化石の産地となっている。Pycnodontidae 科など8科が知られる。
Halecomorphi アミア目と2つの絶滅目、および残るすべての魚類(真骨類)が含まれる。 アミア目 Amiiformes †Aspidorhynchiformes 目 (絶滅) Aspidorhynchidae 科のみ1科3属を含み、ジュラ紀前期から白亜紀にかけての地層から出土している。骨格上の特徴から、真骨類に含めるべきとの見解もある。 †Pachycormiformes 目 (絶滅) Pachycormidae 科のみが所属し、少なくとも8属が知られる。ジュラ紀から白亜紀前期にかけて繁栄した。
真骨類(正真骨区) Teleostei 40目448科4,278属の下に2万6,840の現生種を含み、条鰭類魚類の大部分が所属する分類群である。下位には13の上目のほか、系統的位置付けが不明でいずれの上目にも属さない3つの絶滅群(Pholidophoriformes 目・Leptolepidiformes 目・Tselfatiiformes 目)が含まれる。アロワナ上目以下の詳細、および下位の絶滅群については、それぞれの項目を参照のこと。 †Pholidophoriformes 目 (絶滅) Pholidophoridae 科など5科で構成される。