731部隊
1940年(昭和15年)11月に満洲国の新京でペストが流行した際には、関東軍も疫病対策に協力することになり、石井防疫給水部長以下731部隊が中心となって活動し、流行状況の疫学調査や、感染拡大防止のための隔離やネズミ駆除を進めたとされる。しかし、この点についてシェルダン・ハリス(英語版)や解学詩は、ペスト流行自体が謀略や大規模人体実験、あるいは生物兵器の流出事故といった731部隊が起こしたものであったと述べている。
常石敬一は、新京や農安で発生したペスト流行については日本軍の細菌攻撃説には確かな証拠がなく、疫学調査のデータは自然流行のパターンに一致していることなどから、自然に発生した疫病だったのではないかと述べていた。
しかし、2011年の金子論文発見により、ジャーナリストの渡辺延志は、新京でのペスト流行は新京から60キロの農安で始まった731部隊の細菌攻撃に端を発しており、農安から持ち込まれた犬が入院していた新京の日本人経営の犬猫病院を起点として、ペスト菌が拡大していったと述べている。
アメリカ合衆国は、日本の敗戦直後から4次にわたって細菌戦専門家による731部隊調査団を派遣した。調査はすべて、連合国軍最高司令官ダグラス・マッカーサーと連合国軍最高司令官総司令部参謀第2部部長チャールズ・ウィロビーの全面的な協力のもとで進められ、報告書(レポート)がアメリカ国防総省あてに提出された。
第1次 - 責任者マレー・サンダース、1945年11月1日付「サンダース・レポート」、部隊組織や実験内容を詳述、人体実験への言及なし
第2次 - 責任者アーヴォ・トンプソン(Arvo T. Thompson)、1946年5月31日付「トンプソン・レポート」、部隊組織や実験内容を詳述、人体実験への言及なし
第3次 - 責任者ノーバート・フェル(Norbert H. Fell)、1947年6月20日付「フェル・レポート」、人体実験への言及あり
第4次 - 責任者エドウィン・ヒル(Edwin V. Hill)、1947年12月12日付「ヒル・レポート」、人体実験への言及あり
ウィリアムズとワラスは、731部隊の実験データの多くは元隊員たちが密かに持ち帰ったため、最終的にはアメリカ軍の戦後の生物兵器開発に生かされたと述べている。また、人体実験に手を染めたものの、ハバロフスク裁判を免れた軍医たちは連合国から戦犯として裁かれることなく、大学医学部や国立研究所や各地の病院に職を得たと述べている。
常石敬一が編訳した米軍資料によれば、アメリカ政府は、日本の生物戦研究情報は国家の安全にとって価値があり、他国に入手されないためにも「戦犯」裁判にかけるべきではない、と結論したという。
2019年11月に国立公文書館が開示決定した公文書の中に、1950年9月に厚生省復員局留守業務第3課(当時)が取り残された軍医や軍人の状況を把握するために作成した文書「業務通報(B)第50号 関東防疫給水部」が、2020年2月6日までに西山勝夫・滋賀医大名誉教授によって発見された。文書の中に、本部第一部が細菌研究と第四部が細菌生産など部隊構成や敗走経路から帰国するまでの経路、抑留された人数なども書かれていた。
北朝鮮、ソ連、中国は、朝鮮戦争でアメリカが日本軍の731部隊のデータをもとに細菌戦を実施し、また石井四郎も従軍したと主張した。
一方、キャサリン・ウエザースビー(Kathryn Weathersby)は、米軍が朝鮮戦争で細菌戦を行ったというのは、北朝鮮、ソ連、中国による捏造でありプロパガンダであるとした。メリーランド大学のミルトン・ライテンバーグは、1998年にソ連共産党中央委員会の文書を入手し、そこに「米国人に対する非難は架空のものだ」と書かれていることを明らかにした。