妙心寺 (新宮市)
その後、元和年間までに真言宗に転じたものと見え、元和8年7月付の「妙心寺由来」に真言宗を宗旨とする旨が記されている。慶安年間(1648年 – 1652年)以来、熊野三山の社家と本願との間で社務をめぐる紛争が続いたことから、延宝3年(1675年)に寺社奉行が介入し、本願寺は修験を廃して本願の職に専念するよう申し渡した。このとき、妙心寺以外の本願は修験を廃することを拒んで退転し、妙心寺のみが神倉本願にとどまった。
しかし、延宝3年の寺社奉行の裁許の後も、本願所に対する規制は厳しくなる一方であった。元禄年間には、勧進活動は公儀の許可なくしてはなしえないこととなり、享保6年(1721年)以降は熊野三山造営のための勧進状が公儀から発されるのが通例となるに及んで、本願活動は有名無実のものとなった。その後も引き続く社中と本願の相論は、延享元年(1744年)に再び寺社奉行の介入を招いた。延享の裁許では、本願は社中の下位にあることが明確化されただけでなく、宮社破損の際の補修の願出はもとより、修覆権すら認められなくなった。これ以後、妙心寺をはじめ、新宮の本願所は困窮の度を深めていった。
寛政5年(1793年)には、高辻大納言胤長の女亀姫が入寺し、それ以来、京都の公卿家の息女を住持とする門跡尼寺としての格式を喧伝したが、上述のような事情により本願とは名目に過ぎなかった。明治の神仏分離で神倉神社と分離され、最後の住持、貞宝尼が桜本姓を名乗って還俗してからは無住化した。今日では熊野速玉大社の管理下にある。毎年2月6日に行われる御燈祭では、上り子たちが神倉山上に上る前に参詣する潔斎の場となっている。