日本台湾交流協会
2009年5月1日:齋藤正樹台北事務所長が中正大学での講演で「サンフランシスコ講和条約と日華平和条約に基づき、日本が台湾の主権を放棄した後、台湾の地位は未定である」とする台湾地位未定論に言及。この直後、台湾外交部が齋藤所長を呼び、強く抗議。馬英九総統が4日前に「日華平和条約により台湾の主権が日本政府から中華民国に移譲された」とする見解を表明したばかりだった。その後、馬政権に冷遇された齋藤所長は2009年12月、辞任に追い込まれた。
2010年4月30日:亜東関係協会との間で、「2010年における日台双方の交流と協力の強化に関する覚書」を締結した。日台間で包括的な合意が締結されるのは、1972年12月の「在外事務所相互設置に関する取決め」(上述)以来のことである。
2010年12月10日:「地震、台風等に際する土砂災害の防止及び砂防に係る技術交流に関する亜東関係協会と財団法人交流協会との間の取決め」を締結。
2011年7月14日:交流協会と亜東関係協会との間で、「復興支援・観光促進に関する日台『絆(厚重情誼)』イニシアティブ」を締結。
2012年9月25日:尖閣諸島国有化に反発する台湾の漁船と海巡署の巡視船が、日本の領海に侵入したことなどに関し、今井正理事長が外交部を訪れ、楊進添外交部長と2時間にわたり会談、厳重抗議と再発防止の申し入れを行ったが、楊部長は日本の国有化について批判した。