肥後国
「旧高旧領取調帳」に記載されている明治初年時点での国内の支配は以下の通り(1,908村・851,099石7斗5升)。太字は当該郡内に藩庁が所在。幕府領は長崎奉行が管轄。下記のほか天草郡に寺社領が所在。 飽田郡(177村・72,420石余) - 熊本藩 託麻郡(59村・32,141石余) - 熊本藩 上益城郡(201村・98,284石余) - 熊本藩 下益城郡(191村・95,568石余) - 熊本藩 宇土郡(64村・35,794石余) - 熊本藩 八代郡(96村・62,985石余) - 幕府領、熊本藩 葦北郡(204村・21,023石余) - 熊本藩 玉名郡(257村・125,441石余) - 熊本藩 山本郡(62村・26,654石余) - 熊本藩 菊池郡(81村・29,572石余) - 熊本藩 合志郡(104村・51,839石余) - 熊本藩 山鹿郡(67村・36,150石余) - 熊本藩 阿蘇郡(214村・72,800石余) - 熊本藩 球磨郡(40村・64,760石余) - 人吉藩 天草郡(91村・25,661石余) - 幕府領
菊池氏 17代菊池武朝の時に南北朝が統一され国司ではなくなったが(その後菊池氏は守護に転じる)、24代菊池武包まで代々の当主は肥後守を名乗った。
笠井満秀(? - 1575年(天正3年)5月21日)長篠設楽原合戦の武田方敗走時に討死
朝比奈元智
木下家定
戸川秀安
野村直隆
熊本藩(肥後藩)、加藤家(52万石)→細川家(54万石)
高瀬藩(熊本藩支藩、3.5万石)
宇土藩(熊本藩支藩、3万石)
人吉藩、相良家(2.2万石)
富岡藩(天草藩)、山崎家(4.2万石)→天領(4.2万石→2.1万石)→戸田家(2.1万石)→天領