ハナガメ
現生種では本種のみでハナガメ属Ocadiaを構成していたが、核DNAおよびミトコンドリアDNA、短鎖散在反復配列(SINE法)に基づく分子系統解析から、本種とクサガメ属、ニホンイシガメで単系統群を形成すると推定されたためイシガメ属に含む説が有力である。一方でハナガメ属の記載がクサガメ属よりも古いため、クサガメ属の構成種とニホンイシガメをハナガメ属として分割する説もある。
旧属名Ocadiaは記載者Grayによる造語で特に意味はない。
2007年には千葉県にある更新世中期の地層から発掘された化石に基づき、化石種ニホンハナガメが記載された。
クチキレハナガメO. glyphistoma(本種とアンナンガメの雑種)やダイダイハナガメO. philippeni(本種とミスジハコガメの雑種)といった種間雑種が、誤って新種として記載されたこともある(これらの学名は抹消されている)。