絶滅収容所
近年の推定によると、ホロコーストの犠牲者数はユダヤ人が510万人(うち子供が100-200万人)、ロマや共産主義者、社会主義者、同性愛者が合わせて50万人である。ホロコーストにより全ユダヤ人の3分の1、ヨーロッパのユダヤ人に限れば実に3分の2が殺戮された。ポーランド系ユダヤ人に至っては、その90%が殺害されている。各収容所で殺された人数は、おおむね次の通りに推定されている。
アウシュヴィッツ=ビルケナウ強制収容所:約1,100,000
トレブリンカ強制収容所:少なくとも700,000
ベウゼツ強制収容所:約434,500
ソビボル強制収容所:約167,000
ヘウムノ強制収容所:約152,000
ルブリン強制収容所(マイネダク): 78,000
Maly Trostenets:少なくとも65,000
合計は250万人を超え、そのうち80%以上がユダヤ人である。したがって、これらの絶滅収容所で殺されたユダヤ人の数は、ポーランド国内におけるほぼすべてのユダヤ人を含めて、ナチスのホロコーストで殺されたユダヤ人全体の約半数を占める。
ヘスの記述によれば、「特殊部隊の隊員たちは特にこの点を注意して見張って」おり、子供たちも連れてくるよう女たちに呼びかけていた。「こうしたやり方で服を脱がされる不安感によって」泣き出すかもしれない年長の子供たちをなだめるのもゾンダーコマンドの任務であった。
しかし、こうした方法で全ての囚人が騙された訳ではなかった。ユダヤ人の中には、「それでも自分の行く手に何が待ち受けているか予想ないし理解していた」が、「目の前の恐るべき光景にもかかわらず、子供を励ますために冗談をいう勇気を見せた」者もいたとヘスは伝えている。何人かの女性は突如として「脱衣中に凄まじい悲鳴を上げたり、髪を掻き毟ったり、狂人のように叫びだすなどした」。このような場合には即座にゾンダーコマンドが駆けつけて射殺した。一方、ガス室へ連れて行かれる前に「まだ隠れている同胞の居場所を明かした」者もいた。
囚人を中に入れてドアが閉められると、微粉末状のツィクロンBがガス室の天井に開けられた特殊な孔から噴射された。収容所の指揮官は覗き穴からガス処理が済んだことを視認し、準備や後片付けの監督をするのが任務であった。ヘスは、ガスによって死亡した遺体には「痙攣の兆候が見られなかった」と報告している。アウシュヴィッツに勤務していた医師は、ツィクロンBの「肺を麻痺させる効果」により、痙攣が始まる前に死亡したためだと推定した。
ガス処理が済むと、特殊部隊員が死体を運び出して金歯を抜いたり髪を剃り落としたりしたのち、焼却炉または死体を燃やす穴へ運ばれた。いずれにせよ死体は焼却処分されるが、火は特殊部隊員によって焚かれた。