アミノアシルtRNA
テトラサイクリン系薬などのある種の抗生物質は、アミノアシルtRNAが原核生物のリボソームサブユニットに結合するのを阻害する。テトラサイクリン系薬は、翻訳中に原核生物のリボソームのアクセプター部位(A部位)にaa-tRNAが結合するのを阻害することが分かっている。テトラサイクリン系薬は、グラム陽性菌、グラム陰性菌、その他の非定型微生物の増殖を抑制する広域スペクトル抗生物質(英語版)と見なされている。
さらに、TetMタンパク質(UniProtで表示)は、通常はその作用が阻害される濃度のテトラサイクリン系薬の存在下にもかかわらず、アミノアシルtRNA分子がリボソームのアクセプター部位に結合するのを可能にすることが判明した。TetMタンパク質はリボソーム保護タンパク質と見なされており、リボソームに依存するGTPase活性を示す。TetMタンパク質の存在下では、リボソームからテトラサイクリン系薬が放出されることが研究により明らかになった。このため、テトラサイクリン分子によって阻害されることもなく、リボソームのA部位にaa-tRNAが結合できるようになる。TetOはTetMと75%類似しており、どちらもEF-Gと約45%の類似性を持っている。大腸菌のリボソームと複合体を形成するTetMの構造が解明された。
アミノ酸のバリンおよびイソロイシンの立体障害は、側鎖のβ炭素にあるメチル基によって生じる。概して、結合しているアミノ酸の化学的性質がaa-tRNAの安定性を決定している。
ナトリウム、カリウム、およびマグネシウム塩によるイオン強度の上昇は、aa-tRNAのアシル結合を不安定にすることが示されている。また、pHの上昇も結合を不安定にし、アミノ酸のα-炭素アミノ基のイオン化を変化させる。荷電したアミノ基は、誘起効果によってaa-tRNAの結合を不安定にする可能性がある。伸長因子EF-Tuは、弱いアシル結合が加水分解されるのを防ぐことによって、結合を安定化することが示されている。
全体として、エステル結合の実際の安定性が、体内での生理的pHやイオン濃度において、aa-tRNAの加水分解に対する感受性に影響する。アミノアシル化過程によって安定したaa-tRNA分子を生成することは熱力学的に有利であり、ポリペプチド合成の促進や生産性に寄与している。