猪熊事件
関係者全員死罪を主張しながら、周囲の説得により手ぬるい幕府の処分案に同意せざるを得なくなった後陽成天皇は、ままならぬ状況に絶望し、これ以降しばしば譲位を口にするようになる。
以前から天皇は、弟宮の八条宮智仁親王への譲位を望んでいたが、豊臣秀吉の猶子となったことがある親王への譲位は、豊臣家と敵対する幕府が難色を示し、また後陽成天皇の皇子・政仁親王(のちの後水尾天皇)へ徳川秀忠の娘和子(のちの東福門院)を入内させようとしていた家康の意向に沿わなかったため、譲位すらもままならない状況が続いた。結局、政仁親王への譲位は慶長16年(1611年)まで延ばされることになる。なお、和子の入内を巡るもう1つの著名な事件であるおよつ御寮人事件の四辻与津子は、猪熊教利の妹にあたる。
一方、幕府はこれを好機とし一挙に公家支配を進め、慶長18年(1613年)の「公家衆法度」の制定を招き、さらに慶長20年(1615年)の「禁中並公家諸法度」制定につながっていくこととなる。