近親婚
『古事記』『日本書紀』には王族・皇族において異母兄弟姉妹婚や叔姪婚やいとこ婚などといった近親婚の例が数多く記載されている。だが、中には景行天皇が息子の倭建命の曾孫の迦具漏比売命を妻にし大江王をもうけたという『古事記』の記録に対して、倭建命という伝説的な人物を実在の人物として組み込んだために系譜に混乱が発生したのではないかと指摘された事例もある。ただし、血の純潔さを尊重する立場から近親婚が好んで行われたことは確かなものと考えられる。大林太良は記・紀で近親婚が盛んに出てくる時期が、「仁徳天皇とその子の世代」、「敏達天皇とその子の世代」の二つの時期に限られることを指摘し、この二つの時期が王権の充実期であることから、それにともなう王統の確認の一環として近親婚があったのではないかとしている(大林,1987年)。
また、『日本書紀』の仁賢天皇紀には天皇家と全く関係がないようなただの一般人女性が異母のキョウダイ(双方の母親が母娘の関係のためオジでもある男性)と結婚している逸話も挙げられている。古代の大王家と蘇我氏、及び平安時代以降に続けられた皇室と藤原氏との婚姻も、同姓間ならぬ近親婚の累積である。
中世以降、武家社会においても、例えば足利将軍家には日野家、紀州徳川家には伏見宮家、井伊家(彦根藩)には蜂須賀家(阿波藩)、蜂須賀家には小笠原家というように、支配層上層での正妻の生家の固定が見られ、母親と同じ家の出でかつ同世代の娘との婚姻が推奨されることにより、結果的にいとこ婚、またいとこ婚などが推奨されることが多くあった。