東京都港湾局専用線
日立製作所1961年製のB-B車軸配置35トン機D35-5とD35-6は、それまで国鉄機に頼っていた芝浦線・日の出線を東京都直営で運行するために製造されたものであった。日本輸送機1969年製のB-B車軸配置35トン機D35-9はD35-5、D35-6とほぼ同型機で豊洲石炭埠頭の入換に用いられた。なお同線廃止後は浜川崎の東洋埠頭で2009年に廃止となるまでスイッチャーとして用いられた。
豊洲鉄道運輸は、田中土鉱機製の5トン機と酒井工作所1955年製B形7トン機の2両で発足した。1962年(昭和37年)に日本輸送機製B形15トン機を15-1として導入し5トン機を淘汰した。7トン機の老朽化が激しかったことから、1978年(昭和53年)12月に日本鋼管鶴見工場から日立製作所1957年製C形20トン機を購入して7トン機を淘汰した。
東京鉄鋼埠頭ではDDA0080という番号の、日立製作所1959年製C形25トン機を運用していた。また東京電力は無番号の汽車製造1955年製B形20トン機を運用していた。
東京都港湾局専用線(とうきょうとこうわんきょくせんようせん)は、かつて東京港に敷設されていた東京都港湾局運営の専用鉄道である。物流の主役がトラック輸送に移行したため1989年(平成元年)までに全廃となった。
さらに芝浦線・日の出線への貨物線の接続元である国鉄汐留駅が廃止となる影響を受けて、1985年(昭和60年)3月1日に国鉄芝浦駅と東京都の芝浦線・日の出線が廃止となった。1986年(昭和61年)1月13日には深川線のうち、晴海線が分岐する地点から豊洲石炭埠頭までの間も廃止となった。最後まで残された晴海線も、1989年(平成元年)2月10日に廃止となり、東京都港湾局専用線は全廃となった。
廃止となった路線跡は多くが再開発されており、一部に線路敷地が残されているのみである。その中でも晴海運河に架かる晴海線の晴海橋梁は最大の遺構で、現在もそのまま残されている。長らく遺構の有効活用が提案されながらも動きがない状態となっていたが、2021年(令和3年)に東京都港湾局が修繕工事を施して遊歩道化すると発表、同年2月に修繕工事が始まった。また、2020年(令和2年)10月1日より利用を開始した東京BRTの晴海BRTターミナルは、晴海機関区の跡地を利用して造成された。
東京都や国鉄は、さらなる臨港線の整備を計画していた。
東京地区の鉄道貨物輸送では、特に越中島貨物駅や総武本線方面からの貨物が東海道本線方面との間で輸送される際に何度も折り返し運転が必要なこと、大きな迂回経路を走行すること、通勤電車と線路を共用していて線路容量が限界に達していること、都心部に貨物列車が走行することなどのいくつもの問題を抱えていた。そこでこうした問題を解決する方策として東京湾岸貨物線の計画が立てられた。1960年代の構想では東京湾岸鉄道は塩浜操車場(川崎貨物駅) - 大井(東京貨物ターミナル駅) - 芝浦 - 越中島 - 葛南操車場(武蔵野線と京葉線の合流点に想定されていた操車場で市川塩浜駅付近に計画していた) - 蘇我 - 姉ヶ崎 - 木更津を結ぶことになっており、後に一部計画が変更されながら推進されて、実際に完成したところ、旅客線に転用されたところ、着工されなかったところなどに分かれることになった。
東京港地区では、晴海線から分岐して月島を経由し、築地市場の脇から汐留駅へ抜ける月島線の計画があった。これは東海道本線と豊洲・晴海方面の連絡を図ると共に、京浜工業地帯と京葉工業地域を結ぶ物流の大動脈となることも意図していた。また1960年代の東京湾岸貨物線の計画では、晴海埠頭と芝浦埠頭を結ぶ構想もあり、最終的に海底トンネルまたは可動橋とするとしても、一時的には鉄道連絡船による車両航送を行うことも検討されていた。しかし実際に着手されることはなく、計画のみに終わっている。月島線がたとえ実際に完成していたとしても、その目的は通勤・通学輸送に変質していただろうとの推測もある。