高千穂鉄道
時価約4億5千万円と評価されている資産のうち、軌道部分の評価額は約3千万円とされており、運行再開へ向けての復旧作業に着手する必要も考慮して、2006年11月時点ではこの部分のみの先行譲渡が検討された。残りの資産については、会社の清算時期を遅らせてトロッコ社(あまてらす社)へ貸与する形を取ることや、新たに受け皿機関を起こしてそこからトロッコ社(あまてらす社)へリースする形をとること、一旦沿線自治体に寄付して改めてトロッコ社(あまてらす社)に譲渡することなどが検討されていたが、課税逃れと判断される懸念があり、関係自治体との間の協議は難航した。
ただ、2007年には宮崎県知事の東国原英夫(当時)は、自らのマニフェストである「高千穂地域の交通基盤整備の支援」に沿って「鉄路は残っている。高千穂再生のためには観光鉄道として生かすことも大切だ」と運行再開の意欲を述べた。以上の他にもデュアル・モード・ビークル (DMV) を導入する構想もあった。
しかし、2007年9月6日に延岡 - 槇峰間が廃止された後、残る休止区間の槇峰 - 高千穂間についても廃止届が提出され、翌2008年12月28日に全区間が廃止された。これにより宮崎県からJR以外の鉄道事業者がなくなった。会社としての高千穂鉄道は翌2009年、清算結了により法人格が消滅している。
なお、高千穂鉄道廃止後の延岡 - 高千穂間の公共交通機関は、既存のバス路線もあった宮崎交通を中心とするバス輸送によって行われている。