国際銀行間通信協会
アメリカ同時多発テロ事件を受けて始まったテロ資金追跡プログラムが、スイフトの送金データを使って遂行されていたという。ここで露呈したセキュリティの脆弱性はオペレーティング・センターが2つしかないことによるとされた。
そこで2009年、スイスに3つ目のオペレーティング・センターが設置された。これに併せ、香港にスイフトネットの運用をモニターする管制塔を新たに設けることが決まった。従来は欧州と合衆国に1つずつおかれていた。
2007年からスイフトネットが個人メールをあつかうようになり負荷を増大させていたが、オペレーティング・センターの増設は結果的に負荷を分散させた。この個人メールはスイフト自身も利用しているが、他に6つの金融機関がユーザーとなっている。クリアストリーム、HSBC、DNB (ノルウェーの企業)、残りは全部アフリカで、ボツワナ第一国立銀行、ネドバンク、スタンダード銀行。
2013年9月15日付18日更新のデア・シュピーゲルは、アメリカ国家安全保障局がスイフトを通じて広範囲の銀行取引とクレジットカード決済をモニターしていると報じた。エドワード・スノーデンのリークによると、スイフトは狙われていたという。
2016年2月、バングラデシュ銀行経由でハッキングを受けた。これにより同行が8100万ドルを不正送金され損害を被った。シマンテックによると、後に同じマルウェアで数十の銀行がハッキングを受けた。
2022年2月26日、アメリカと欧州各国は、ロシアがウクライナへ侵攻したことに対する金融制裁として、一部のロシアの銀行をSWIFTから排除することを決定した。