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2021年8月2日に、2021年9月期の第3四半期決算の発表延期とともに、特別調査委員会の設置が発表された。結局、四半期報告書は過去の財務諸表等訂正と併せて同年10月15日に公表された。しかし、会計監査人であるあずさ監査法人は2016年9月期(上場前)から全ての訂正後連結財務諸表について意見不表明、2018年9月期第3四半期以降の訂正後四半期連結財務諸表について結論不表明とした。連結の範囲や、連結子会社である株式会社教育測定研究所に関する売上高の実在性等が疑われている。同年12月23日に行われた取締役会において、髙村、松田、関伸彦を代表取締役に再任しないことを決議。後任の代表取締役社長兼CEOには廣實学が就任し、髙村、松田、関の3人は取締役に降格となった。
EduLabは2021年12月24日、2022年1月4日が提出期限となっていた2021年9月期有価証券報告書の提出期限の期限延長申請を関東財務局へ申請し、提出期限を同年2月28日までとする承認を受け、同年2月28日に2021年9月期有価証券報告書を関東財務局へ提出した。2022年2月14日には、同日に提出期限となっていた2022年9月期第1四半期報告書の提出期限の期限延長申請を関東財務局へ申請し、提出期限を同年3月31日までとする承認を受けた。