士農工商
このため商人には町人でありながら扶持米や士分など武士身分並の待遇が与えられる者もいた。
これに類する立場として、医師の存在があげられる。尾張藩の人見黍(弥右衛門)が、「医師は素より四民の内なれど、今は別の物なり。商人の外、医ほど利の多きものはなし」(『太平絵詞』)と記したように、医師に対しては通常の四民にはない特権が認められていた。例えば、『武家諸法度』によって、上級武士以外に自由に乗ることが許されなかった駕籠の利用を、僧侶と医師に関しては例外として認められていた。更に農民や商人の子弟でも、医師のもとで医学を学び領主の許可を得れば開業が可能であり、その能力が優れていれば、幕府や藩に召し抱えられて、下級武士並の待遇が与えられることも多くあった。
さらに藩の召し抱えで、職人が昇格することも多くあった。例として田中久重が挙げられる。
異説もあるが、徒士や足軽の多くが武装した農民から発生したものであるため、「士」と「農」の違いはかなり曖昧なものであった。その転換期は戦国時代後期である。天正9年(1582年)頃から始まった太閤検地や天正16年(1588年)の刀狩によって、それまで比較的流動性があった武士と百姓が分離され、その職業(身分)が固定化されるようになった。
こうした兵農分離政策は江戸時代に強化され、職業は世襲制となった。また、「士」(武士)が「四民」ではなく支配者層として他の四民(三民)より上位に置かれ政治を行う階級とされ、苗字帯刀、切捨御免などの特権が認められ、髷の結い方、服装などに差異が設けられ、士分とそうでないものの結婚は禁止された。しかしながら、江戸時代中期頃になると貨幣経済や産業の発達により、商人が政治・経済に大きな影響力を持つようになり、大名貸のように武士が経済的に商人に依存するようになった。
このような風潮に対し、天保の改革最中の天保13年(1842年)9月の御触書には「百姓の余技として、町人の商売を始めてはならない」という文があり、併せて農村出身の奉公人の給金に制限を設けているが、これは農業の衰退に繋がる事を危惧した江戸幕府の対応策であったと考えられる。つまり、江戸時代における百姓とは農業専従者である「農人」ではなく商人、職人を含む農村居住者全般を意味する言葉であったのである。このように、実際の江戸時代の身分制度は士農工商の職業概念から大きく乖離していた。
およそ、江戸時代の身分制度は、全体としては、武士・平人・賤民の三つの身分層で成り立っていたとされる。また、熊本藩のように、時代や地方によっては「士」・「農」・「商(工・商)」の間にある程度上下身分的関係が存在し、藩が藩経済の根本として農業を重視し、百姓を本業に専念させるために「農」と「商」の政策的区別を意図して行って区別し、「農」を「商」より上位に位置づける配慮がなされ、その結果、「根本、商売ハ農より賤物」と言わしめるに至るなど、明確に身分区分が存在した藩もあった。