ゴート戦争
ベリサリウスが去った後のイタリアの大部分は東ローマの支配下にあったが、ポー川の北方にあるティチヌムとヴェローナは未だ征服されていなかった。ベリサリウスの欺瞞が明らかになると、ヴライアスの奨めにより、東ゴート族はイルディバルドを新たな王に選んだ。ユスティニアヌス帝はベリサリウスの後任となる最高司令官を任命しなかった。東ローマ軍の兵士と将軍たちは訓練もせずに略奪に耽り、新たに任命された帝国官吏たちは重税を課してすぐに信望を失った。イルディバルドはヴェネツィアとリグリアの支配を回復した。イルディバルドはトレヴィーゾで東ローマ軍を大いに破ったが、妻同士の諍いが元でイルディバルドはヴライアスを殺し、彼自身もまた541年5月に暗殺されてしまった。
オドアケルの残党のルギイ族(英語版)(イタリアに留まり、東ゴート族に味方していた)がイルディバルドの甥エラリーコを東ゴート王に推戴する。奇妙なことだが、東ゴート族はこの選出を支持した。だが、エラリーコは東ゴート族に対してユスティニアヌス帝との和平交渉を説得し、さらには秘かにイタリア全土を帝国に差し出そうと目論んでいた。彼の本意に気づいた東ゴート族は同じくイルディバルドの甥でエラリーコの従兄弟であるトーティラに鞍替えし、王位を提供した。皮肉にもトーティラ自身も帝国との交渉に入っていたが、陰謀者たちから謀議を持ちかけられると彼らに同意する。541年秋にエラリーコは殺害され、トーティラが王となった。
ローマの元老院もまた形骸化に向かい、7世紀初頭に消滅する。
教会財産もまた戦争により大きな打撃を受けており、560年に教皇ペラギウスは長く破滅的な戦争によって教会の収入は島々や半島外の領地からのみとなったと不平を述べている。しかしながら、教皇ペラギウスの指導の下、カトリックに改宗したアリウス派の教会を接収することにより、教皇庁はこの危機を乗り越えた。
568年、皇帝ユスティヌス2世はローマ人の抗議を受け、ナルセスを解任してロンギヌスを後任に任命した。
イタリアの困窮と帝国の消耗により、帝国にはイタリアの維持が困難になった。この戦争で帝国が獲得したものは儚いものであった。ユスティニアヌス帝の死から僅か3年後に侵入したランゴバルド族により、イタリア本土の大部分が奪われ、ラヴェンナ総督府 (en) と呼ばれる中央イタリアからティレニア海、ナポリに至る地域や南イタリアの一部のみが帝国の統治下に残された。ユスティニアヌス帝はイベリア半島南部にも勢力を伸ばしたが、これも数十年後にはゲルマン系部族に征服されている。
ゴート戦争以降、帝国は西方に対する領土的野心を真剣には抱かないようになった。 751年にランゴバルド族がラヴェンナ総督府を滅ぼすまで、ローマは形式的には帝国の統治下に留まっている。南イタリアの一部では、11世紀頃まで帝国による支配が続いた。