セカンドインパクト
「15年前」にセカンドインパクトが起こり、「人類の半数が死滅した」と説明されているが、「何年に」「具体的に何が起こったか」は説明されていない。また、全世界の海が赤く変色して海洋生物はそのほとんど全てが死滅し、わずかに人類が人工的に構築した環境において限られた数の個体が生存するに過ぎず、そのため、セカンドインパクト後に生まれたシンジやアスカたちは、ペンギンやカメといったありふれた海の生物を知らない、という描写がなされている。
また、セカンドインパクトの描写も変更されており、黒い球体(穴)と共に現れた4体の光の巨人(使徒のコアらしき赤い球体と頭上に光の輪を持つ)と、『新世紀エヴァンゲリオン』の「ロンギヌスの槍」状の数本の物体が描かれている。また、宇宙からの観測シーンで、セカンドインパクトの爪跡として、爆心地付近に4本の十字架状の物体が存在していることが描かれている。