海軍工機学校
また、航空機の整備術や施設設備の建築術が新たに追加され、工作学校における教育の充実が急務となった。このため新規の工作術教育は1944年6月から学生は横須賀海軍工作学校で、練習生は静岡県駿東郡清水町に新設された沼津海軍工作学校で実施することとなった。
一方で、工機学校も1943年(昭和18年)、三浦半島の相模湾側にあたる神奈川県三浦郡大楠町(現・横須賀市)に大楠分校を設けた。1945年(昭和20年)3月1日、機関学校の兵学校統合が完了したため、工機学校がその名を継承して新機関学校を名乗るとともに、大楠分校を本校に昇格することになった。横須賀校は学生に対する教育を行う一方、大楠校では練習生に対する教育を推進した。しかし7月15日、大楠校は各種術科学校と同様に繰上げ卒業が行われて閉校となり、施設は本土決戦部隊に接収された。
終戦とともに横須賀校も閉校となり、激動の変遷を繰り返してきた工機学校の歴史は終わりを告げた。跡地は青山学院と清泉寮に払い下げられ、青山学院が取得した土地は青山学院大学の分校として使われた後、横須賀学院となった。一方、清泉寮が取得した部分は清泉女学院中学高等学校として使われたが、1963年(昭和38年)に鎌倉市へ移転。そこに日本女子衛生短期大学が東京都大田区から移転して神奈川歯科大学となった。