接続行列
もう一つの例がブロックデザインである。ここでは、Xは「点」の有限集合、Yはデザインの種類に依存した規則に従うXの部分集合クラス(「ブロック」と呼ばれる)である。接続行列はブロックデザインの理論において重要な道具である。例えば、ブロックの数が少なくとも点の数である、という釣合い型不完備ブロックデザイン (BIBD) の基本定理であるフィッシャーの不等式(英語版)を証明するために使うことができる。ブロックを集合の系と見なすと、接続行列のパーマネントは完全代表系(英語版) (SDR) の数である。