エクスプレス予約
2006年度から、エクスプレス予約により乗車するとポイントが加算され、一定のポイントがたまるとグリーン料金0円でグリーン車が利用できる「グリーンプログラム」という新しいサービスを設けた。航空機のマイレージサービスのように特典航空券サービスやアップグレードサービスなどを自由に選択できるものではなく、アップグレードサービスのみであり、普通車指定席分の料金を別途支払う必要がある。乗車以外のショッピングや支払などにともなうカードポイントをアップグレードサービス用ポイントに移行できない点も航空会社のマイレージプログラムと異なる。なお、旧プラスEX会員、一部の法人用カードは本プログラムの対象外である。
たとえば、東京 - 新大阪間を6往復利用すると普通車指定席の料金で「のぞみ」のグリーン車に1回乗車できるもので、獲得ポイントは乗車距離により異なり、「ひかり」や「こだま」の場合はより少ないポイントでグリーン車に乗車できる。具体的には東京 - 新大阪間に列車種別に関わらず乗車すると90ポイントが与えられる。蓄積ポイントが1,000ポイントに達すると「のぞみ」「みずほ」のグリーン車、800ポイントで「ひかり」「さくら」のグリーン車、600ポイントで「こだま」「つばめ」のグリーン車に普通車指定席料金で乗ることができる。ただし、座席数が限られているため、このサービスで利用できる座席がすでに満席である場合は利用できない。
グリーン車への「アップグレード」に必要なポイント数は、乗車区間の長短によらず、列車種別のみで決まるため、より長距離移動の場合に利用した方が“お得感”がある。
会員専用のWebサイトまたはモバイルアプリから予約を行うことが可能である。23:30 - 翌日5:30の時間帯は夜間申込サービスとして、新規の予約の受付を行うが、実際に席が確保されるのは5:30以降である。