紀元前494年
反抗するギリシアのいくつかの都市国家を成功裏に占拠すると、アルタフェルネスに率いられたアケメネス朝ペルシア軍は、ミレトスを包囲した。ミレトスの港近くのレイド島で、決定的なレイド島の戦いが行われた。数では劣っていたが、サモス島とレスボス島からの船が撤退するまでの間は、ギリシア軍が優勢であった。しかし、突然の離脱が戦争の潮目を変え、残されたギリシア軍は壊滅された。その直後にミレトスは降伏し、イオニアの反乱は終結した。
ペルシアの指導者アルタフェルネスとマルドニオスは、イオニアの都市に自治権を認めた。彼らは賠償金を放棄し、これまでと同程度の税金だけを取った。ペルシアは、イオニアにおけるギリシアの暴政を廃し、民主主義を認めた。
ペルシアは、ディディマのアポロ神殿を焼き払った。