ザ・ペンギンズ from マダガスカル
声 - 藤村歩 / シアラ・ブラヴォ
2人組の密猟者に捕獲され、魚と一緒にニューヨークまで運ばれたヒョウアザラシの女の子。本来アザラシはペンギンの天敵なのだが「ペンギンは食べない」と言い張る。新人に南極まで連れ帰ってもらい、父親である群れのリーダーに紹介する。ペンギンズの他の3羽は彼女に対して警戒心を解こうとしなかったが、新人を追って南極に来たところをアザラシたちに捕まったのち、父親アザラシの機転で見逃してもらう。
声 - 岡林史泰 / ジェフ・ベネット
ニューヨークで放映されている夕方のニュース番組、「五時のあなた」のメインキャスターやモーニングニュース、特集番組などの司会も勤める。かなりアクティブな性格で、パフォーマンスもお手の物であり、忍者の動きを基にしているものも多い。何かがあると必ず取材しに来る。彼曰く、キャスターとしての話し方は普段の話し方とは違うらしく、一度キャスターの話し方になると急には戻せないという。番組のメンバーは、お天気キャスターのギル・フォース(Gil Force)(声 - 岩崎正寛 / アル・ローカー)、スポーツニュースのスクーター・アルバレス(Scooter Alvarez)(声 - 荻野晴朗 / アーマンド・バルデス・ケネディ)、アシスタントのボニー・チャン(Bonnie Chang)(声 - 藤村歩 / ローレン・トム)。「ヤツはニュースキャスター」でメインキャスターをクビになり、セントラルパーク動物園の職員に再就職した。しかしペンギンズのおかげで復職に成功する。
登場「タイムマシンにお願い」
過去に行けるいわゆるタイムマシン。名が味気ないのでこの名が付いた。未来の人物がこれを使って現在の同一人物と対面すると時空の連続性が狂い、地獄と化し混乱する。コワルスキーが唯一使用し、過去から来た者、過去から来てもう一度過去に行った者、現在いる者と3人が一斉に出てきてしまい、混乱を引き起こした。最終的にリコによって時空の狭間に投げ込まれたことで解決した。その後スノーコーンマシンが開発されたが、その結果アメリカ中がスノーコーンアイスに埋め尽くされた所で物語は終わる。
登場「ストップウォッチ」
ストップウォッチの形をした時間を止める装置だが発音しづらいため隊長に「ストップウォッチ」と改名された。ペンギンズはこれでアリスにイタズラしたり、かき氷売りのワゴンのかき氷をワゴンごと強奪しかき氷を食したりするが、ジュリアンにストップウォッチが奪われたあげく、ストップウォッチが壊れた。これによりジュリアンとコワルスキーを残して時間が止まり、コワルスキーが試行錯誤に直そうとするが治らないので、2人で時間が止まっている間にやりたい放題やった(その間コワルスキーはたくさん発明を行っており、超次元歯ブラシは7009個目の発明である)。その後ストップウォッチの中にジュリアンが噛んだガムが入っていたことがわかり、それを取り除いたことによりストップウォッチは直った。
登場「脳内レボリューション」
コワルスキーの研究していたもの。ドリンククーラーと耳垢リサイクラーは大爆発を起こしている。また、コワルスキーは自らの脳をハイパーチャージし、この世で一番賢いペンギンと称したが、原因不明の脳の縮小が起こり、知能が減退した。
声 - 藤村歩
ふれあい動物園にすむメンドリ。デラウェア州の農場生まれ。勝負の結果をすべて当てることから「超能力チキン」と称され、ゴリとラーから重宝されたが、実は綿密な研究と論理学によって結果を導き出している天才ニワトリだった。コワルスキー曰くペンギンズより20倍賢い。喋れないふりをしていたが実は話せる。初登場時はアメリカ大統領の座を目指していた。ペンギンズの心理も完全に分析しており、攻撃をすべて避けた。「か」を「コワ」と発音し、「コケ」や「コー」など鳴き声と重なる部分は強調する。TV中継でボクシングの結果を出そうとするがコワルスキーのダンスに気を取られたことが原因で失敗する。
その後、ペンギンズに仕返しし、デラウェア州から上院議員を目指すために再び登場したが、隊長に敗北した。
声 - 荻野晴朗 / ウェイン・ナイト
ペンギンズが月旅行を計画したときに出会った飢えたオッドアイの野良猫。一人称は「オレ」。不時着した場所を月だと思い込んだペンギンズが彼につけた名はムーン・キャット。最初は飛べない鳥だと言って、ペンギンズを食べようとしていたが、ペンギンズの帰り際にリコから魚の缶詰をもらったことに感激し、友好的になった。次の登場時には、局員Xに追われていたところに再会。ペンギンズの協力もあって無事に逃げ切れた。
シーズン2でも再登場。モート救出のためペンギンズに犬になりきることを勧め、野良犬の心理を教えた。その後ペンギンズを見捨てて逃げようとしたが、Xの時の恩を考え囮になってエルマーをペンギンズから引き離した。その後どうなったかは分からないが、彼がエルマーに自分はキツネザルだと信じ込ませたのか、エルマーと友達になっていた。
声 - 宝亀克寿 / クランシー・ブラウン
アカリスを追って地下にもぐり、47年間潜伏し続けた伝説のエージェント。新人以外の隊員は彼の存在を知っており、隊長の人生と任務のお手本。彼はアカリスに専念しすぎたため、赤というだけで反応してしまうほどになった。そのため、「アーカーリスイルスタン(Grrfurjiclestan)」に向かうようペンギンズに仕立てられ、姿を消した。
その後、アカリスによって洗脳され、ペンギンズと敵対した物の、彼らの戦略によってアカリスをとらえた。その後はクモザルを追って新人によって再び架空の地「マタデマカセーズバーグ」へと向かわされた。
声 - 宝亀克寿 / ダニー・ジェイコブズ、コンラッド・ヴァーノン
世界中におもちゃを届けるサンタクロース。代理のサンタが募金を集め、おもちゃを届けている。ジュリアン曰く古い友人(メリー・マダガスカル(2009))。魔法使いでもあり、ジュリアンたちによって切り落とされたビッグクリスマスツリーを一気に修復した。
人間が作り出したキツネザル型生態コピーロボット。愛称はジュリリン(キング・ジュリアンが命名)。火星への着陸・探検のために作られ、キツネザルの生活を習得させるためにセントラルパーク動物園のジュリアンの居住区に送られてきた。しかし、ジュリアンが教えたのはダンスだけだったため、火星に着陸したときに宇宙イカに捕獲されてしまった。シーズン2で火星から帰還。小さな宇宙イカを連れ帰り惨事となった。なお、モートはLEM-Rを嫌っている。