自由アチェ運動
2004年12月26日、スマトラ沖地震が発生しこれが和平の切っ掛けとなった。『外国の立法』によればこの地震と津波によるアチェ州の被害は死者12万8000人、行方不明者3万7000人、被災者100万人に及んだという。災害により大打撃を被ったGAMは中央政府への態度を軟化させており、同年2月からクライシス・マネジメント・イニシアティブ(英語版) (CMI) 代表でフィンランド元大統領のマルティ・アハティサーリと共にGAM指導部と接触していたユスフ・カラ副大統領は和平交渉を本格化させた。ヘルシンキで2005年1月から7月にかけて5回の和平交渉が行われ、8月15日にインドネシア政府とGAMの間でヘルシンキ和平合意が締結された。合意後にGAMの軍事部門は解散させられ、元戦闘員らの受け入れ先としてGAMアチェ移行委員会 (KPA) が設立されムザキル・マナフ(インドネシア語版)が委員長に就任した。
だが翌年の1962年、中央政府側の責任者M・ヤシン大佐の提案をダウド・ブルエが受け入れたことで9年間に及ぶアチェの反乱は幕を下ろした。
1959年、首相通達が出され、スカルノ大統領はアチェを「特別州」に指定した。東京大学の西芳美によれば、この「特別州」とは宗教、教育、伝統文化の分野で最大限の地方自治が可能であることを意味するものだという。また、東京工業大学の山本元は、スカルノ大統領は将来のアチェ州独立を仄めかしていたと記している。だが、次の大統領スカルノ政権下においてアチェ州の自主性は抑制されることになった。1974年の地方行政基本法でアチェ「特別州」は名称以外は他の州と同等とされた。また、1971年には当時東南アジア最大規模と言われた天然ガス田がロクスマウェ市近郊のモービル・オイルの鉱区から発見されたが、州政府の期待に反して天然ガス開発の主導権はインドネシア政府が握ることになった。このような石油・天然ガスの利権をめぐる問題は独立運動を高揚させ、GAMの結成につながることになった。
16日には日本に出立しようとしていた協議参加予定のGAM幹部5人がアチェで逮捕されGAMが釈放を要求する事態となったが、インドネシア政府はそれを受け入れ、「アチェ復興に向けた国際支援国会議」が開催された。この会議にはスウェーデンのGAM、インドネシア政府の他、日米両政府、アンリ・デュナン・センター、EU、世界銀行が参加した。だが、交渉ではインドネシア政府がGAMに武器の6割を国家警察に提出することなどを要求し、この交渉は決裂した。5月19日、メガワティは6カ月の軍事非常事態を宣言し、人道支援、法執行確立、行政改善、治安維持の4分野にわたる統合軍事作戦を開始した。国内メディアにはGAMの発表を報道するのを自粛するよう軍管区司令官から要請が出され、6月16日、翌月の6月、メガワティは大統領令を発令して外国人、NGO、ジャーナリストのアチェ州への移動を規制し、NGOとジャーナリストの活動を制限した。軍事非常事態宣言は11月6日に6カ月間の延長が閣議決定され、アチェ軍事作戦本部の発表によれば12月までにGAM兵1000人が死亡し2000人が逮捕されたというが、他方で中央政府は計2兆7千億ルピアの予算をこの件に費やし国軍兵士3万5千人警官1万4千人を派遣したにも関わらず、GAM幹部を逮捕することはできなかった。軍事非常事態宣言は2004年5月に解除されたものの、大統領令により民間非常事態とされ武力抗争はさらに継続した。