檀家制度
本末制度や他の幕府宗教政策もあって、寺院は社会的基盤を強固な物にすることに成功したが、一方で日本仏教の世俗化が進んだ。寺請の主体となった末寺は本山への上納など寺門経営に勤しむようになり、日本の仏教信仰は形骸化していく。檀家を持たない寺院は現世利益を標榜することで信徒と布施を集めるようになり、檀家を持つ寺もまた祖先崇拝といった側面を強くしていった。いずれにせよ、このような寺院の強権的な立場、民間信仰(祖霊信仰)とのより強い混合、また堕落は制度ができた当時から批判があり、それらは明治の廃仏毀釈に繋がっていくことになる。
第二次世界大戦以降、寺院の権限はほとんど無いにせよ、檀家制度は残っている。いわゆる葬式仏教や、檀家制度によって確立した年忌法要、定期的な墓参りは日本に根付いており、葬儀や先祖の命日法要、墓の管理を自身の家の檀那寺に委託する例は多い。しかしながら、檀家が減っていることも事実であり、檀家制度に拠る寺院の経営は難しいものとなっている。
特に平成以降、少子高齢化が加速し、実家や墓を受け継ぐ子・孫を中心とした親族がいなくなる(無縁社会)、あるいは、いても疎遠だったり遠方に住んでおり帰省もままならなかったりする家が増えつつある。自分の没後などを見据えた終活の一環などとして、菩提寺に対して檀家からの離脱や、墓の移転・撤去(いわゆる「墓じまい」)を申し入れる人もいるが、拒否されたり、高額な離檀料(後述)を請求されたりするケースもある。