3C様プロテアーゼ
3CLpro-1(英語版)- 3C様プロテアーゼ阻害剤として作用するルピントリビルに関する抗ウイルス薬
カルモフール - 抗悪性腫瘍薬として用いられるピリミジン系アナログ
エブセレン(英語版)- 抗炎症作用、抗酸化作用、細胞保護作用を持つ有機セレン系の合成薬剤分子
GC376(英語版)- ヒトおよび動物の治療用に開発中の広域スペクトル抗ウイルス薬
ルピントリビル(英語版)- 3Cおよび3C様プロテアーゼ阻害剤として作用するペプチド模倣型の抗ウイルス薬
テアフラビンジガレート(英語版)- 紅茶に含まれる抗酸化作用のある天然フェノールであるテアフラビン誘導体
3C様プロテアーゼは、P1位のグルタミンとP1'位の小分子アミノ酸(セリン、アラニン、グリシン)の間のペプチド結合を触媒的に切断することができる(右図を参照)。SARSコロナウイルス3CLは、たとえば以下のようにペプチドを自己切断することができる。
このプロテアーゼは、コロナウイルスレプリカーゼポリタンパク質(UniPlot P0C6U8)のプロセシングに重要である。これは、コロナウイルスの主要なプロテアーゼであり、非構造タンパク質5(nsp5)に相当する。これは、コロナウイルスのポリタンパク質を11個の保存部位で切断する。3C様プロテアーゼは、その活性部位にシステイン-ヒスチジン触媒二残基を持っている。システインの硫黄は求核剤として働き、ヒスチジンのイミダゾール環は一般塩基として働く。