日本ハリストス正教会
無神論を標榜するボリシェヴィキによって1917年にロシア革命が勃発しソ連が成立すると、1905年9月5日に締結されたポーツマス条約以降、数次にわたって更新されてきた日露協約にみられる極めて短い日露協商の時代は終わりを告げた。これ以降、1991年のソビエト連邦の崩壊に至るまで、日本正教会は「反露感情」のみならず「反共感情」にもさらされていくことになる。正教会は実際には共産主義国家から大弾圧を受けている被害者であり、共産主義者はこぞって正教会の「後進性」を批判しており正教会に一切の好意を持っていなかったにもかかわらず、日本正教会及びその関係者は「親露=容共」というあらぬ嫌疑をかけられてしまうこととなった。この困難な時期に最初に直面したのは大主教ニコライの後継者であったセルギイ・チホミーロフ主教(のち府主教)であった。
ロシア正教会はソ連では大規模な弾圧を受けており、ソロヴェツキー諸島の修道院群はレーニンの命令で強制収容所に転用され、救世主ハリストス大聖堂は1931年にスターリンの命令でダイナマイト爆破された。日本正教会の初代京都主教を務めたペルミの聖アンドロニクは、生き埋めにされた上で銃殺されるという特異な致命を遂げたことで知られている。1921年から1923年にかけてだけで、主教28人、妻帯司祭2691人、修道士1962人、修道女3447人、その他信徒多数が処刑されたが、1918年から1930年にかけてみれば、およそ4万2千人の聖職者が殺され、1930年代にも3万から3万5千の司祭が銃殺もしくは投獄された。
東京大主教区(大主教座:東京)、東日本主教区(主教座:仙台市)、西日本主教区(主教座:京都市)の3主教区からなる。東京大主教座が同時に日本府主教座を兼ね、日本教会のいわば本山にあたる。
2023年10月現在の「東京の大主教・全日本の府主教」はセラフィム辻永昇。
日本ハリストス正教会は1970年以降、ロシア正教会の庇護下に自治正教会の地位にある。これは同じくロシア正教会の系列にあるウクライナ正教会とほぼ同格とされる地位であり、首座主教たる府主教の承認をモスクワ総主教が行うほかは、国内教会の指導・管轄につき、完全な自律・自治を行っており、財政面でもロシア正教会から完全に独立している。
奉神礼での祈祷文はごく一部の例外(主教の祝福に対する答礼の言葉「イス・ポラ・エティ・デスポタ」や、一部の教会スラヴ語の聖歌など)を除き日本語である。奉神礼においては日本正教会訳聖書という独自の翻訳聖書を用いる(後述)。
明治の宣教拡大期から東京にはいくつかの教会が置かれていたが、明治時代から大正時代、昭和初期にかけて、さまざまな教会が設立されたり統廃合が行われたりするなどしていた。これらの各教会は関東大震災や戦災による混乱も伴った紆余曲折を経た後、都内の教会は杉並に現存する山手ハリストス正教会の他は、ニコライ堂:東京復活大聖堂を中心に連合した。ただし本格的な組織的統合は1974年に至ってからであり、この年、都内5つの教会が統合されて「中央教会」が発足した(「ニコライ堂」は大聖堂の通称であり、教会名ではない)。中央教会は1983年には「東京復活大聖堂教会」と名称を変え、現在に至っている。2004年には「東京復活大聖堂教会創立30周年記念式典」が執り行われた。
札幌ハリストス正教会 (主の顕栄聖堂)
釧路ハリストス正教会(聖神降臨聖堂) 1902年設立 2代目聖堂は函館ハリストス教会と同じ設計士 河村伊蔵
斜里ハリストス正教会(生神女福音会堂)
函館ハリストス正教会(復活聖堂) - 安政5年(1858年)に建設された領事館付属の聖堂を起源とする。現聖堂は大正5年(1916年)竣工。
旧石巻ハリストス正教会教会堂(聖使徒イオアン聖堂) - 明治13年(1880年)建設。現存する木造教会堂建築としては国内最古。
仙台ハリストス正教会(生神女福音聖堂) - 明治2年(1869年)開教。
前橋ハリストス正教会(亜使徒大主教聖ニコライ聖堂)-明治8年(1875年)開教。現在の聖堂は2015年完成。
ニコライ堂(東京復活大聖堂)(首座主教座教会) - (竣工1891年、再建1929年)
横浜ハリストス正教会 (生神女庇護聖堂) - 1878年に戸部町と花咲町の講義所で始まり、1935年に中区山手の地蔵坂上に聖堂が建設された時期もあったが、1980年には現在の神奈川区松が丘に新しく聖堂を建設した。
小田原ハリストス正教会 - 1877年に日本人が初めて洗礼を受けた時から始まり、1937年に小田原市栄町4-4-1へ移転して、現在の聖堂は1969年に建てられた。
豊橋ハリストス正教会(聖使徒福音記者マトフェイ聖堂) - 聖堂は大正4年(1915年)竣工の木造建築。
名古屋ハリストス正教会(神現聖堂) - 明治7年(1874年)現在の伏見あたりに開教。
日本ハリストス正教会の信者は1万人ほどである。ほとんどの信者は日本人であるが、日本に在住する外国人信徒も都市部などでは見受けられる。
ウクライナ紛争を背景とする「モスクワとコンスタンティノープルの断交」が起きた2019年以降、日本正教会は新生ウクライナ正教会を承認するコンスタンチノープル総主教庁、アレクサンドリア総主教庁、ギリシャ及びキプロスの正教会と断交状態にある。これは、母教会たるロシア正教会の決定に従ったものである。アンティオキア総主教庁、エルサレム総主教庁など新生ウクライナ正教会の承認を保留している全世界の正教会とは依然フル・コミュニオンの関係にある。