新秋津駅
東京都道・埼玉県道4号東京所沢線 通称:所沢街道
埼玉県道・東京都道40号さいたま東村山線 通称:志木街道
構内から西武池袋線所沢駅方面への連絡線が延びている。これは、1976年(昭和51年)に武蔵野南線が開業した際に敷設されたもので、従来池袋線池袋駅と国分寺線国分寺駅で行われていた日本国有鉄道(国鉄) - 西武鉄道間の貨車中継はこの連絡線を使って当駅で実施されることになった。西武池袋線が貨物取扱を廃止してからは、新車搬入と地方私鉄への譲渡車両輸送や改修工事で車両メーカーへ輸送される際に使用されている。なお、他の西武線とつながっていない多摩川線使用車両の武蔵丘車両検修場における検査入出場は西武鉄道との連絡線を介し、甲種輸送で八王子駅経由で武蔵境駅へと向かうルートで輸送される。
上記の側線のほか、JR東日本八王子支社の運転業務従事者定期訓練のための訓練センターが府中本町寄りに設置されており、209系を改造した訓練車1編成2両(オレンジ色の帯、車籍なし)が訓練センター構内の踏切付近に停車している。
なお、従来使用されていた105系改造の訓練車は、209系改造訓練車と入れ替わるように長野総合車両センターへ甲種輸送されている。クモヤ143-18(車籍なし)についても105系改造訓練車と同様に長野総合車両センターへ甲種輸送された。