平惟仲
しかし、同年8月に大宰府および帥の惟仲が行った非例・非法を含む『雑事九箇条』が宇佐八幡宮から朝廷に対して言上される。朝廷はこの内容を承認して大宰府に非法停止の官符を下す一方で、宇佐神宮側が神威を背景に事実を曲げて訴えていないか督察の上で遵行するように付言した。翌長保6年(1004年)3月に宇佐大宮司・大神邦利ら宇佐神宮の神職・神人ら数百名が上京して陽明門前で惟仲の苛政を愁訴する事件が発生する。宇佐神宮側は、大宰府による神宮や宮司への多くの特権侵害、特に惟仲による神宮宝殿の検封を第一に訴えた。これに対して、朝廷では度々陣定が開催され、右衛門権佐・藤原孝忠ら推問使の下向が行われる。一方で、惟仲や妻の藤原繁子が猛運動を試みたり、藤原道長の指示により惟仲の弟の生昌が九州に下向したほか、公卿の中でも権中納言・源俊賢が推問使の派遣に反対するなど、惟仲を擁護する動きがあった。結局、宇佐神宮側の訴えは認められ、6月に惟仲の釐務停止が決定、12月には大宰帥を解任(後任として藤原高遠が大弐に任官)されたが、罪には問われず中納言の官職は留任となった。
その後、同地で厠で倒れ腰を痛めたことをきっかけに病に伏し、翌寛弘2年(1005年)3月14日に薨去。享年61。最終官位は中納言従二位。この後、荼毘に付された惟仲の遺骨は、弟の生昌が大宰府から平安京に持ち帰った。惟仲の急死は宇佐宮の祟りもと噂されたという。