ヴィクトリア湖
ヴィクトリア湖は、ちょうどグレート・リフト・バレーに囲まれているが、ヴィクトリア湖の形成はこのグレート・リフト・バレーが原因であると考えられている。グレート・リフト・バレーは、約1000万~500万年前から地表が隆起し始めたと考えられているが、ちょうどヴィクトリア湖の両側に隆起が発生し、その間が陥没することで湖ができたという説が有力である。その誕生は長く100万年前とされていたが、地質学の研究から40万年前頃の誕生という説が有力となっている。湖底から採取されたボーリングによるコアサンプルの解析から誕生後少なくとも3回干上がったという説が提唱され、これによると最新では17300年前に完全に干上がったとされる。これによってヴィクトリア湖は古代湖の定義である100万年以上の歴史を持たないことになり、古代湖として紹介されなくなりつつあるが、多様な固有生物群の存在のため、完全に干上がったのではなく小さな湖沼は残存しており、古代湖の条件は残っているという説もある。
1万4000年前には現在よりも水位が26m低く、周囲にはサバンナが広がっていた。1万2500年前には最終氷期の終わった影響によって水位は急激に上昇し、それまで閉鎖湖だったものが北のナイル川水系へとあふれ出した。このときに、ヴィクトリア湖は現在のナイル川水系に接続された。その後も気候変動により、湖の水位は上下を繰り返した。
植民地経営に乗り出した両国は積極的な開発を進め、特に北岸のウガンダにおいては綿花の栽培が重要な産業となった。西のブコバでコーヒーの栽培が始まったのもこのころである。1902年にはリフトバレーの冷涼な高原地域を黒人の発言力が一定量あるウガンダから白人によるホワイト・ハイランド化が進みつつあったケニア領に移すことを狙って、ウガンダ保護領の東部州が東アフリカ保護領(ケニア)へと移管され、これによってキスムをはじめとするヴィクトリア湖北東岸はケニア領となり、ウガンダとタンガニーカで二分されていたヴィクトリア湖はケニアも加えて三分割されることとなった。第一次世界大戦ではアフリカ戦線の戦場となり、ドイツ軍のパウル・フォン・レットウ=フォルベックが湖上に創設した小艦隊はイギリス軍を悩ませた。その後、第一次世界大戦にドイツは敗北し、1919年のヴェルサイユ条約によってドイツ領タンガニーカはイギリスの国際連盟委任統治領となり、ヴィクトリア湖全域がイギリス領となった。
大戦後、イギリスは湖岸の3植民地(ウガンダ、ケニア、タンガニーカ)の合同を進め、1922年には関税同盟を結成して共通関税と域内障壁の撤廃を行った。さらに東アフリカ・シリングを共通通貨としたため、ヴィクトリア湖交易はこの時期盛んになっていった。一方、3植民地の政治統合は白人入植者が実権を握るケニアに対し、タンガニーカとウガンダが懸念をしめしたため実行されずに終わった。
第二次世界大戦後、1961年にはタンガニーカ、1962年にはウガンダ、1963年にはケニアが相次いで独立し、ヴィクトリア湖周辺はすべて独立国家となった。