シシンラン群落
シシンランは7月から8月頃に肉厚な葉の葉腋に、短い柄を持つ筒状の可憐な花を咲かせる。この花は長さ3センチメートルほどの筒状をした淡紅色の花で、花筒部が発達して花冠の先端部が5つに裂け唇状になる。山野草愛好家の間では古くから人気の高い草木のひとつであり、また、同じく国の天然記念物で絶滅危惧種でもある小型のチョウ、ゴイシツバメシジミの幼虫の餌となるのが、シシンランの「花のみ」という極めて限定された食草の制約があるため、シシンランは山野草愛好家ばかりでなく蝶類愛好家からも採取対象のターゲットとなっている。
このためシシンランは天然記念物指定エリア外の各地でも盛んに採集が行われ、そればかりか、ここ水分神社の指定地ですら盗採が後を絶たず、保全保護に務める関係者を長年悩ませている。奈良女子大学植物学教室の菅沼孝之によれば、1983年(昭和58年)11月の時点で、指定地のツクバネガシに着生していたシシンランはわずか2株であった。2株のみとなってしまったのは、一部の蝶マニアによって数年前に盗採されたことが原因であると判明しており、菅沼は「天然記念物と知っての狼藉」と厳しく非難している。その後、1本のツクバネガシの周囲に柵を設け、保護した結果、徐々に回復が進み開花する個体も見られるようになった。
ところが2012年(平成24年)の6月に、ツクバネガシに着生する約10株ものシシンランが盗難されているのが発見された。事の経緯は同年6月11日に指定地を訪れた上北山村役場の職員が、シシンランの着生するツクバネガシの老樹にロープがかかっていることを発見したため急いで警察に通報し、奈良県警の上北山村駐在所職員と村役場職員らで現場へ急行し、役場職員らの聞き取り調査から同年4月13日の時点ではロープは存在しなかったことが確認された。