ニューギニアの戦い
しかし、ホーランジアは3月30日に連合軍の大空襲を受け130機余りの航空機が地上撃破された。さらに連合軍の上陸前日の4月21日に空母部隊の空襲を受け、ホーランジアの航空機は壊滅した。
連合軍のホーランジア進攻の主目的はフィリピンに向けてさらに西進するために航空基地を開設することであった。アメリカ軍第24歩兵師団がホーランジア西側のタナメラ湾へ、第41歩兵師団が東側のフンボルト湾へ、第163連隊戦闘団および第32師団がアイタペへ上陸した。日本軍は航空偵察によりニューギニアに向かう連合軍の輸送船団を発見していたが、第18軍は上陸の前日の午後においてもマダンまたはウェワク方面に上陸する可能性が高く、ホーランジアに上陸の可能性は低いと判断していた。ホーランジアにあった日本軍は14,600名と数は多かったが、実態は第18軍の兵站部隊や第6飛行師団、海軍第9艦隊など地上戦には不向きなものばかりで、ほとんど抵抗できないまま壊滅した。将兵は西方のサルミへ陸路敗走したが、到着できた者は500名、うち内地へ生還できた者は143名という有様であった。アイタペの日本軍2,200名も同様に壊滅した。この結果、ウェワクの日本軍(第18軍)は戦線の後方に取り残されることになり、補給も完全に途絶する。一方の連合軍側はマッカーサーが自らホーランジアへ司令部を進め、そこからフィリピン奪還作戦を指揮することになる。
日本軍は戦車の大半を失ったが、アメリカ軍も逆包囲される危機に陥り後退した。飛行場占領の予定は大幅に遅れた。アメリカ軍は第34歩兵連隊を追加投入するとともに、第41歩兵師団長ホレース・ヒュラー少将は解任され、第1軍団長アイケルバーガー中将が直接作戦の指揮を取った。
第2方面軍は第35師団の第221連隊の1個大隊(マノクワリ在)等をビアク島に増援したが、大本営はビアク島守備隊の善戦を見て、本格的増援として海上機動第2旅団(旅団長:玉田美郎少将)を送り込む渾作戦を立案した。6月2日の第一次、6月8日の第二次作戦は誤判断や空襲により失敗した。連合艦隊司令部はビアク島周辺の水上部隊を撃破しない限り渾作戦は無理と判断、「大和」「武蔵」以下の戦力を整え第三次作戦を試みたが、6月11日にアメリカ機動部隊がマリアナ諸島へ来襲したため、ビアク島どころではなくなり作戦は中止となった。
ビアク島では司令部の置かれていた西洞窟が1か月の抵抗の末に6月27日についに陥落、葛目支隊長も7月2日に自決した。残存の各部隊はジャングルに逃げ込み分散自活し、アメリカ軍は8月20日、ビアク作戦の終結を発表した。日本軍の戦後の生還者は520名で、アメリカ軍の戦死者は471名、戦傷者2,443名であった。
アイタペ決戦に敗れた第18軍はウェワクへ後退した。各部隊はウェワクからセピック川流域の地域に分散し、1944年秋にアメリカ軍と交代したオーストラリア軍との散発的戦闘を繰り返しながら、原住民の協力を得て食糧を採取し自活した。サクサクのほか、草の根やトカゲ、昆虫の類など、食べられるものは何でも食べたが、将兵は飢餓と感染症に倒れていった。毒のある植物を食べて中毒死したものも少なくない。4000メートル級の山地越えでは貧弱な装備と低下した体力のために凍死者も続出している。後の証言によれば、日本兵が日本兵や現地人を襲って食べる人肉食事件が発生したとされるのもこの時期である。1944年12月に第十八軍は「友軍兵の屍肉を食す事を罰する」と布告していたが、これに反して友軍に対する人肉食が発覚した4名が処刑されている。
物資と補給能力が乏しかった日本軍では、短期決戦を重要視した戦略の基本だったため、食料などの物資の補給は、もっぱら現地調達だった。しかし、日中戦争と違い、人家や田畑が少なく、ジャングルが広がる南方戦線では、食料を徴発することもできず、獲得するのに苦労した。ニューギニア戦線での各部隊の任務としては通常の兵隊業務に加え、耕作や食料採取が任務となっていた。ごく短い期間のみ戦闘携帯食(陣中餅、乾麺包、砂糖、内容240グラムサイズの魚および牛の缶詰、麦飯、粉醤油、粉味噌などの即席食品類など)を主として、補給がされないまま少量のコメ、さご椰子澱粉(幹から採取する。『サクサク』という)、タロイモなどのイモ類、椰子の実、バナナの果実類は言うに及ばず雑草を糧とし、他にヤモリ、トカゲ、コウモリ、ワニ、ノネズミ、ヘビ、イボガエル、モグラ、ノブタなどの動物、ゲンゴロウ、トンボなどの昆虫を採取していた。特にヘビ(刺し身・串焼きなど)、ワニ(鉄板焼き)、イボガエル(スープ・肉フライなど)、ノネズミ(丸焼き)、ノブタ(丸焼き)などは希に採取される機会がありスタミナ食として珍重されたという。戦闘末期、海上封鎖によって、物資の補給が途絶えると完全に自給自足の生活を余儀なくされた。また、地域や部隊によっては、人肉食や個人的な原住民の交流などから真水や食料の取得方法を教えてもらうケースもあった。
ガダルカナル島の戦いに勝利した連合軍はソロモン諸島方面及び東部ニューギニア方面で本格的反攻に転じようとしていた。1943年3月28日、アメリカ軍統合参謀本部はカートホイール作戦を発令した。作戦は『ダンピール海峡の突破』と『ラバウルの孤立化』を目標とし、以下の地域を攻略するものであった。作戦遂行のためマッカーサーは新たに編成されたアメリカ第6軍を増援として与えられた。
ニュージョージア島の日本軍のムンダ飛行場を奪取(中部ソロモン諸島での戦い 1943年6月30日~)
ニューギニア島のラエ、サラモア、フィンシュハーフェン、マダンの攻略
ニューブリテン島西部の攻略
ブーゲンビル島の日本軍のブイン飛行場を奪取(後に、タロキナに航空基地建設に変更(北部ソロモン諸島での戦い 1943年11月1日~))