三人の哲学者
若者の姿形は綺麗な直角三角形を描くように表現されており、このことがピタゴラスの定理を意味しているのではないかという解釈が、現在にいたるまで唱えられてきた。オーストリアの著述家、詩人のカレン・ゼレニーは、ルネサンス人文学者ポリドーレ・ヴァージル(en:Polydore Vergil)はその著作で、壮年と老年の哲学者がピタゴラスの先達である古代ギリシアの哲学者ペレキュデースとタレスだと主張している。タレスはユダヤ人として描かれることがあり、ペレキュデースはシリア人だという誤った伝承が信じられていた人物だった。この解釈に対してフランク・カイムは、老年の哲学者の正体はサモスのアリスタルコスであるとしている。
また、描かれている人物たちは若年期、壮年期、老年期という人間の各世代を意味しており、古典古代、中世、そしてルネサンスという、ヨーロッパ文明史上でも重要な各時代を象徴していると主張する研究者も存在する。
アウグスト・ジェンティリは、占星術的な観点から『三人の哲学者』がアンチキリストの到来を描いた作品だとした。老哲学者が手にする羊皮紙には蝕が描かれており、天文学的な図像も見て取れるとする。1503年に発生した木星と土星のジャンクションおよび日蝕が、アンチキリストの到来の予兆だと信じられていたことがその理由であると主張した。