日本トランスオーシャン航空
それに伴い石垣発の東京/羽田線・大阪/関西線を直行化。 3月:機材刷新計画で現在のB737-400からB737-800に移行すると発表した。
2016年 1月21日:JTAの次期新機材となるB737-800初号機を北米ボーイング・フィールドのデリバリーセンターで受領した。 2月10日:B737-800初号機就航。
2018年 5月14日:沖縄出身の安室奈美恵の芸能デビュー25周年と9月の引退を記念した特別デザイン機"AMURO JET"を期間限定で就航。
2019年 5月26日:B737-400が完全退役。 6月8日:羽田 - 宮古島便に搭乗予定だった機長からアルコールが検出される 10月1日:ハワイアン航空とコードシェア開始。
2020年 4月1日:JALグループとして7年ぶりに、制服を一新
2021年 3月28日:繁忙期期間運航便として名古屋/中部 - 宮古線新規就航、名古屋/中部 - 石垣線運航再開。同時に東京/羽田 - 宮古線、石垣線、久米島(夏季運航)線においてJALとの運送の共同引受開始に伴い、JAL便としての運航開始。 4月29日:繁忙期期間運航便として大阪/関西 - 宮古線運航再開。
2023年 3月26日:JALとの運送の共同引受として東京/羽田 - 小松線、東京/羽田 - 岡山線でJAL便としての運航開始。
また2007年以降は久米島発は那覇経由となる)。 8月1日:東京/羽田 - 那覇線 就航(当社初の国内幹線路線の就航、最終便のみだが10月 - 翌年5月には那覇発のみ午前便が増便)。
1998年 10月1日:那覇 - 高知線 就航(松山線と交互で週3日の運航、2009年2月で運休)。
1999年 5月26日:那覇空港国内線ターミナルビルが現在地に移転・供用開始。これにより国内線ターミナルビルが統合され、これまで別ビルだった日本航空(JAL)や全日空 (ANA) グループ、日本エアシステム (JAS・のちにJALに統合)との乗換えが便利になる。 7月1日:大阪/関西 - 那覇線 就航。 7月15日:YS-11が与那国空港のジェット化に伴い退役。 7月16日:与那国空港のジェット化に伴い、石垣 - 与那国線がこれまでのYS-11に替わって同空港初のジェット旅客機となるボーイング737-200での運航となる。
2001年 4月1日:福岡 - 那覇線 就航(JALの一部を移管)。那覇 - 福島線をJALから移管・就航(2009年2月で運休)。
2002年 2月9日:当社初のジェット旅客機であるボーイング737-200が久米島初那覇行の便で退役、同機材では日本最後の運航となった。 7月16日:那覇 - 富山線 就航(以後2005年まで7月中旬 - 8月の夏季限定運航)。
ウルトラマンJET:JA09RK 2017年8月一般財団法人アニメツーリズム協会が選定する「訪れてみたい日本のアニメ聖地88」に「金城哲夫資料館」が選出されたことを記念した特別デザイン機。2018年10月29日~2019年9月23日運航
世界自然遺産号:JA11RK 2019年8月31日より世界自然遺産推薦地域である国頭村・大宜味村・東村・竹富町在住の小・中学生を対象に開催された図画コンクールにて最優秀賞作品の特別デザイン機
「首里城」特別デザイン機:JA08RK 2019年10月31日未明に発生した首里城火災を受け、沖縄のシンボルである首里城をデザインした「首里城」特別デザイン機を2020年1月29日〜2021年4月20日就航
初代塗装(コンベア240)
2代目塗装 (ボーイング737-200)
2代目塗装社名変更後(ボーイング737-200)
3代目塗装 (ボーイング737-400)
3代目塗装 (ボーイング767-200、JALからのリース機材)
4代目塗装(ボーイング737-400)
5代目塗装(ボーイング737-400)
「ジンベエジェット」塗装機(ボーイング737-400)
「さくらジンベエ」塗装機(ボーイング737-400)
2代目復刻塗装機(ボーイング737-400)
AMURO JET(ボーイング737-800)
2代目サクラジンベイジェット(ボーイング737-800)
おおむね日本航空のサービス基準に従うが、日本航空の便とは以下の点で異なる。
独自の機内誌『Coralway』(隔月刊)を用意している。内容は沖縄に特化しており無料で持ち帰り可。この他、日本航空の機内誌『SKYWARD』も用意している。
オーディオサービスはJAL便で提供される一部チャンネルが放送されない替わりに、JTA独自のサービスで沖縄に関係あるミュージシャンのチャンネルが設定されているのも特徴。
本土 - 沖縄線に限りオリオンビールを販売。
機内販売の商品は独自のものとなる。販売品は『Coralway』で紹介している。
ボーディングミュージックとして、同社の地元である沖縄県に因んで沖縄音楽が起用されている。