守谷駅
1階:関東鉄道常総線ホーム
2階:関東鉄道常総線・つくばエクスプレス改札口
3階:つくばエクスプレスホーム
両社間には連絡改札はないものの、双方とも同じ階に改札口がある。また、連絡コンコースには屋根があるが、中央に大きな空洞を設けたデザインとなっている。窓ガラスのステンドグラス「日本のふる里 筑波夕照とさくら」の原画・監修は切り絵作家滝平二郎が手掛けた。
2番ホームは2018年3月17日に追越設備が供用されるまでは降車専用であった。
改札口
プラットホーム
島式ホーム2面4線を有する高架駅。定期券発売駅。内側2線(2・3番線)よりつくば方面へはつくばエクスプレス総合基地への入出庫線を兼ねた折り返し線が延びている(朝の一部の上り当駅始発列車は4番線からも発車)。開業当初は当駅での速達列車の待避は構造上不可能であったが、待避設備を設置する工事が2014年より行われ、2018年3月17日に待避設備の供用を開始した。現在は北側から1番線(下り本線)・2番線(下り副本線)・3番線(上り副本線)・4番線(上り本線)という配置になっている。なお、下りホーム上には冷暖房完備と自動販売機がある待合室が設置されている。
駅務管理所所在駅であり、守谷駅務管理所として流山セントラルパーク駅 - 当駅間を管理している。つくばエクスプレス最大の拠点駅であるため、駅舎2階に駅務管理所と乗務管理所、乗務員宿泊施設などが設置されており、1階には入社式などを催すことができる唯一の社内施設(ホール)が設置されている。同じく1階には自家発電装置が備えつけられ、緊急時には本社に代わり指令室を補助する。
直流電化区間の終点であり、つくばエクスプレス総合基地の隣接駅であることから、普通列車の過半数と区間快速の一部は当駅が始発・終点となっている。以前は快速の一部に当駅始発・終点のものが存在した。当駅始発の普通列車は主に3番線発(一部4番線発)、区間快速は4番線発(一部3番線発)となっている。
当駅を出発し、本線上を北進すると、次のみらい平駅との間に、デッドセクション(直流1500V・交流20000V(50Hz)の、直流・交流接続)がある。