創星のアクエリオン
一万二千年前。天と地が分かれて間もない頃。生きるために人を狩る堕天翅と、それに反旗を翻した人間達の戦いがあった。
その戦いの中で、殺戮の天翅“アポロニアス”は1人の人間の女性・セリアンと出会い、恋に落ちる。愛するセリアンのためアポロニアスは自らの翅を捨て人間達の側につき、機械の天使「アクエリオン」を作り上げる。アポロニアスはセリアン、そして人間の青年スコルピオスと共にアクエリオンを駆り、天翅と戦った。だが、頭翅に誘惑されたスコルピオスの裏切りによりアポロニアスは命を落としてしまう。戦いは人間側の勝利により終結したが、愛する人を喪ったセリアンは嘆き哀しんだ。
そして現代。長き眠りから目覚めた堕天翅族は、アポロニアスの魂を呼び戻すため、また未だ目覚めぬ同族を目覚めさせるために、それに必要なプラーナを得ようと大規模な人間狩りを行っていた。一方人間達もそれに対抗するために「ディーバ」という組織を設立し、一万二千年前と同じく堕天翅族への反撃を開始する。
戦いの最中、ディーバのエレメント、シルヴィアと麗花は、森に住む野生児の少年アポロと出会う。自然を愛し、それを侵すもの全てを敵と見做すアポロに対し、始めは反感を覚えるシルヴィアと麗花だったが、ふとしたきっかけから彼がアポロニアスの生まれ変わりではないかという疑問を抱き......。