北海道ちほく高原鉄道
1989年(平成元年)2月28日の創立総会を経て、3月9日に北海道ちほく高原鉄道株式会社を設立登記した。3月18日にJR北海道北見運転区施設内に本社事務所を仮設し開業に向けた作業が行われた。JR北海道が提出していた池北線の廃止申請は3月29日付で認められ、翌3月30日には代替鉄道事業者認定書および第一種鉄道事業免許状が北海道ちほく高原鉄道に交付された。4月24日午前7時14分、CR70形気動車6両が北見駅1番線に到着。4月27日より試運転を開始し開業に備えた。6月3日、池北線ではさよなら列車の運転などお別れ行事が催され、80年におよぶ歴史に幕を閉じた。
1989年(平成元年)6月4日、北見駅および池田駅より開業記念列車が出発。各有人駅でも出発式が催され熱烈な歓迎を受けた。置戸町中央公民館において北海道ちほく高原鉄道株式会社開業式典を挙行。北海道内唯一の第三セクター鉄道として、日本一長い第三セクター鉄道として、JR北海道池北線改め北海道ちほく高原鉄道ふるさと銀河線は新たなスタートを切った。
2005年(平成17年)3月27日、100人以上の傍聴者が詰めかける中協議会が開催された。1箇月前の協議会で陸別町長が提案した民間会社による低コスト運営については、検証に時間をかけるべきとの声もあったが、実現性が乏しく再建は難しいとしてこれ以上の先送りはしないと表明した。この協議会で存廃結論を出す予定であったが、十勝管内の自治体がバスの運行形態や自治体負担などの議論が不十分のまま廃止を決めるのは住民に説明できないと反発したが、北海道は今後検討するとの答えに終始。訓子府町と置戸町の発言があまりないなど意見の一致がないままで協議会を終了し、結論を取締役会へ持ち越した。
引き続き取締役会が開かれ、採決をもってふるさと銀河線を廃止しバス転換する方針を決め、4月17日に開催された臨時株主総会の議決を経て鉄道事業を廃止することが正式決定した。廃止理由が「北海道と沿線自治体の財政難」となっており、撤回しろとの強硬意見もあったが、廃止という経営判断を議論したいと取り合わなかった。このような神田孝次の議事進行に失望する声もあり、感情的なしこりを残したままでの決定であった。なお、廃止届は同年4月21日に国土交通省に提出された。
ふるさと銀河線は2006年(平成18年)4月20日、さよなら列車や超満員の最終列車の運行をもって営業を終了。1989年(平成元年)のふるさと銀河線への転換から17年、1911年(明治44年)の網走線全線開通から95年で、鉄路の営業に幕を下ろした。
区間によっては開通から80年が経過、施設の老朽が進んでおり更新が図られた。
駅の建て替えはふるさと創生事業を利用した町おこしの一環で駅周辺開発とともに行われ、駅舎は複合施設化により人々が集まりやすい場所にすることとなった。1990年(平成2年)12月17日に供用開始した小利別駅を皮切りに、線内自治体の代表駅は全駅が改築され、2000年(平成12年)11月1日に供用開始した訓子府駅をもって概ね終了した。
鉄道設備は老朽化が進んでおり、鉄道軌道近代設備整備事業補助を利用して列車集中制御装置 (CTC) 導入を決定した。整備は3箇年3区間に分けて行われ、1995年(平成7年)度は北見駅から置戸駅までの30.6 kmで12月20日から使用を開始し上常呂駅を3月1日から無人化、1996年(平成8年)度は置戸駅から足寄駅までの64.