テゲバジャーロ宮崎
石崎が監督を続投。神戸から田中英雄が加入した。リーグ戦は13試合を終えて2勝11敗でリーグ最下位に低迷、同年6月に石崎が監督を退任。後任にはヘッドコーチを務めていた倉石圭二が就任した。1stステージは結局3勝12敗で最下位に終わった。2ndステージは6勝5分4敗で9位、年間通算成績は9勝5分16敗で16チーム中12位。
同年11月にJリーグ百年構想クラブの申請書類を提出した。
幼稚園保育園生から小学校低学年までを対象とし、技術だけではなく、サッカーを通して運動機会の創出、コミュニケーション、成功体験の場を提供し人間力を高めていくことをコンセプトに直営スクールとスクール講師事業を行っている。
直営スクール 加納スクール 大淀スクール
スクール講師事業 宮崎学園短期大学附属みどり幼稚園 宮崎学園短期大学附属清武みどり幼稚園
エンブレムを左胸に、そしてホームタウンである「宮崎市/新富町」を右袖に纏い2021シーズンを戦う 。
2022年 : Jリーグ初年度を終えて、改めてクラブスローガンの真摯を着実に積み上げていく、そして、真摯な姿勢で宮崎からアジアのビッグクラブになる為には、困難もたくさんあると思うが、ブレずにまっすぐ進んでいきたいという想いを込めて、縦ラインのデザインに回帰した。
2023年 : ユニフォームデザインには、ユニフォームスポンサーのZOZOも参加。真摯な姿勢でブレずにまっすぐ進んでいく想いを込め、斜めラインをユニフォームにデザイン。斜めラインには、昨シーズンよりも想いがさらに太く力強くなるよう、困難にも立ち向かい、右肩上がりで成長する意味を表現している。また、このラインはタスキをかけ合わせており、クラブ、サポーター、ホームタウン、スポンサーの力と想いを掛けて戦う姿も込めている。
監督の髙﨑康嗣が契約満了により退任。JFL時代から在籍したコンディショニングコーチの義村秀一が退任(FC岐阜のコンディショニングコーチに就任)。新監督に前・ガンバ大阪監督である松田浩が就任した。
J3アシスト王のMF徳永裕大が藤枝へ、チーム得点王のMF岡田優希が北九州へ、JFL初年度から5年間在籍したMF千布一輝が鹿児島へ完全移籍、DF奥田雄大が期限付き移籍期間満了となりカマタマーレ讃岐へ完全移籍。DF新保海鈴が期限付き移籍期間満了となった(いわてグルージャ盛岡へ期限付き移籍)。DFの瀧澤修平、綿引康(J3・SC相模原へ移籍)、神野亮太(九州サッカーリーグ・ヴェロスクロノス都農へ移籍)、MFの西田恵(J3・奈良クラブへ移籍)、三村真(中国サッカーリーグ・福山シティFCへ移籍)、FWの薗田卓馬(九州リーグ・ジェイリースFCへ移籍)が契約満了と昨年に続き2桁11人が退団した。
一方で愛媛FCから宮崎県出身のDF西岡大志、V・ファーレン長崎からJ1でプレー経験のあるFW山崎亮平をそれぞれ完全移籍で獲得。讃岐からFW青戸翔、岐阜からFW石津大介、熊本からMF東出壮太、福島ユナイテッドFCからDF北村椋太、山口からDF眞鍋旭輝が加入。金沢からFW杉浦力斗、モンテディオ山形からFW松本幹太、G大阪から現役世代別代表の南野遥海がそれぞれ期限付き移籍で加入。また、昨季オフに鹿児島へ完全移籍していたDF井原伸太郎が1年ぶりに復帰した。ユースからはMF新城暖基がトップ昇格、高卒では日章学園高校のMF金川羅彌を、大卒では順天堂大学からアンダー世代で代表経験のあるGK青木心を、福岡大学から九州大学サッカーリーグMVPのFW永田一真を獲得した。
3年連続でホームとなった開幕戦は長野に0-2で敗北。続くFC大阪戦も0-1で敗北し開幕2連敗となり単独最下位となる。しかし3節今季初アウェイとなった福島戦で今シーズン初勝利を挙げ最下位を脱出。
第7節の鹿児島とのダービー戦では永田がハットトリックを達成した。
その後もなかなか白星を挙げることが出来ず苦しいシーズンとなっていたが、天皇杯宮崎県予選決勝でミネベアミツミFCに勝利し、J昇格後初の天皇杯本戦出場を決めた。 天皇杯初戦では東海大熊本(熊本県代表)に3-0で勝利し、2018年以来の初戦突破を果たした。2回戦でサガン鳥栖(J1)に1-5で敗北。
7月1日、2024シーズンのJ2ライセンスを申請した事を公表(ただし、スタジアムがライセンス未充足である為、特例規定での申請となる。)
7月4日、元サッカー女子タイ代表コーチで、前チエンマイFCコーチの加藤光男がコーチに就任。合わせてコーチを務めていた米田兼一郎がヘッドコーチに昇格。
前半戦を6勝7分6敗の12位で終える。
8月15日、レノファ山口よりDF国本玲央を育成型期限付き移籍で獲得。
9月14日、宮崎産業経営大学所属の中別府柊太の来季加入内定を発表。Jリーグ参入後初めての地元大学選手の加入内定となる。
後半戦に入り、9試合で2勝1分6敗、得点が僅かに4と得点力不足に悩まされ、6試合連続完封を喫した盛岡戦後の9月27日、双方協議の上で松田浩が監督を退任。7月よりコーチを勤めていた加藤光男が監督に就任した。
10月24日、例外規定適用によるJ2ライセンスの交付が発表された。
監督の内藤就行が退任しアカデミー真摯コーディネーターへ就任。ヘッドコーチの倉石圭二が退任し横浜FCトップチームコーチへ就任。新潟医療福祉大学サッカー部コーチを勤めていた髙﨑康嗣が新たに監督に就任。
前年チーム得点王の藤岡浩介が岐阜へ、同2位の梅田魁人、ボランチとしてチームを支えたMF前田椋介がJ2水戸へ、MF渡邊龍が八戸、DFの大畑隆也が富山、同じくDFの井原伸太郎が鹿児島へ移籍。DF黒瀬純哉、石田皓大が現役引退。GK伊東倖希(後日JFL滋賀へ移籍)、DF宮城雅史(同北海道サッカーリーグBTOPサンクくりやまへ移籍)、MF三島勇太(同モンゴル1部ハーン・フンス・エルチムFCへ移籍)、FWサミュエル(同九州リーグヴェロスクロノス都農へ移籍)、儀保幸英(同九州リーグ沖縄SVへ移籍)が契約満了と大量13人がチームを去った。
一方で元日本代表FW工藤壮人が新加入、北九州から宮崎県出身のFW佐藤颯汰、熊本から同じく宮崎県出身のFW北村知也、鹿児島からFW薗田卓馬、秋田からMF下澤悠太、水戸からDF瀧澤修平(前年山形へレンタル移籍)、町田からFW岡田優希が完全移籍加入。また、鹿児島から2シーズン期限付き移籍していたDF神野亮太が完全移籍という形で加入。金沢からMF西田恵、山口からDF新保海鈴、徳島からDF奥田雄大が期限付き移籍で加入。