コンティグ
今日ではIllumina社製のシーケンサを利用して、ほぼ同じ長さのDNA断片の両端を部分的にシーケンスする、いわゆるペアエンドシーケンスを行うことが一般的に行われている。ここでコンティグとは、リードのオーバーラップによって連続的に伸長された配列データを指す。ライブラリを作成するDNA断片の長さは任意に設定できるため、同じ断片に由来する2つの末端配列リード間(リード内のギャップ)の距離は既知の情報である 。例えば、1000bpのDNA断片について300bpの末端の両方をシーケンスした場合、そのDNA断片に由来するリードは2つ得られ、その間には400bpの何かしらの配列が存在していることになる(300+400+300=1000 bp)。このリード内ギャップの距離情報は、コンティグの向きに関する情報を与えると共に、アセンブリによってスキャフォールド(scaffolds)と呼ばれるコンティグの集合体を作成する上で重要になる。
スキャフォールドは、既知の長さのギャップで区切られた重複するコンティグで構成される。コンティグの向き情報を考慮することで、ゲノム内で高度に反復された配列の配置を決定することが可能になる場合がある。例えば、一端のリードが反復配列を持っている場合、その対となるリードがコンティグ内に配置されていれば、自動的に反復配列の配置も推定することができる。スキャフォールド内におけるコンティグ間のギャップは、例えばPCR増幅とその後のシーケンシング(小さいギャップの場合)、あるいはBACクローニング法とシーケンシング(大きいギャップの場合)などを経ることで、シーケンスによる配列決定を進めることもできる。