ハビ・マルティネス
2012-13シーズン、8月29日にFCバイエルン・ミュンヘンに完全移籍した。移籍金は4000万ユーロに上り、ブンデスリーガの史上最高額を更新した。誕生日でもある9月2日のVfBシュトゥットガルト戦で公式戦デビューを飾ると、ユップ・ハインケス監督に「大当たり」とコメントされる活躍を見せた。11月24日のハノーファー96戦で移籍後初ゴールを決めた。チャンピオンズリーグ決勝のドルトムント戦でも先発フル出場して自身初の同大会優勝を飾った。バスティアン・シュヴァインシュタイガーとボランチのコンビを組み、バイエルンの安定した守備に貢献して3冠を達成した。2013-14シーズン、UEFAスーパーカップのチェルシー戦で決勝ゴールを決めて優勝に貢献した。
2015年12月18日にバイエルン・ミュンヘンとの契約を2021年まで延長したことを発表した。
2019-20シーズンのCL決勝のPSG戦では出場機会は無かったが、ベンチ入りし、自身2度目の同大会優勝を果たした。2020-21シーズン、移籍が報じられる中、UEFAスーパーカップのセビージャFC戦では決勝ゴールを決め、タイトル獲得に貢献。2021年5月4日、2020-21シーズン終了後にバイエルンを退団することが発表された。
2021年6月20日、カタールSCへフリーで加入した。