アーケアメーバ
1983年にトーマス・キャバリエ=スミスがアーケゾア仮説を提唱した際にアーケアメーバ門として設立されたが、この時は単にミトコンドリアを持たないアメーバという特徴でまとめられたに過ぎなかった。たとえばエントアメーバ科はミトコンドリアを二次的に喪失したと推測されて、アーケアメーバから外されたこともある。それ以外にも、取り除かれたり追加されたりすることが多く、定義は曖昧であった。しかし分子系統解析の情報からアーケアメーバはいずれもミトコンドリアを二次的に喪失したものと推定され、1997年にアメーボゾアに属する亜門とされた。これ以降、分子情報が蓄積され系統解析の手法が改善されるなかで、アーケアメーバ類の一体性は一貫して支持されている。一方アメーボゾア内部の分類体系が整理されるにつれて、アーケアメーバ類の分類階級は下門、綱、亜綱と下がっていった。