金沢総合車両所
521系(42両) 0番台2両編成21本(G編成6本、J編成10本、E編成5本)、合計42両が所属している。E編成は2020年3月14日付で金沢総合車両所から転入した。G編成(G14・G15・G17・G21・G23・G29編成)及びJ編成(J02・J04 - J08・J17 - J19・J22編成)は、2023年3月18日付で運用検修センターから転入した。 北陸本線(E編成は米原 - 福井間)と湖西線の近江今津 - 近江塩津間で運用される他、小浜線に代走で運用に就くこともある。 2016年4月1日時点ではワンマン運転対応の2両編成(E編成・J編成)24本、合計48両が所属していたが、2017年3月4日付で全車金沢総合車両所へ転出した。 2015年2月 - 3月にはIRいしかわ鉄道の実質的な新造編成2本(55/J20 → IR04・56/J21 → IR05)が開業までの35日間本区に所属していたが、この間JRでの営業運転には使用されなかった。
125系電車(14両) ワンマン運転対応で、1両編成(F編成)14本、合計14両が所属している。うち8両は福知山電車区(現:吹田総合車両所福知山支所)から転属したものである。 小浜線・舞鶴線と山陰本線綾部 - 福知山間の普通列車で運用されている。