十二年籠山行
根本中堂を中心とした東塔(とうどう)、釈迦堂を中心とした西塔の両エリアの中間地点に位置し、浄土院は東塔に所属する。822年(弘仁13年)に死去した最澄の遺体を、円仁(慈覚大師)が854年(仁寿4年)にこの地に移して安置した場所とされる。
境内の唐門、拝殿、伝教大師御廟の3点につき、国による重要文化財指定がなされている。
織田信長による比叡山焼き討ちで焼失したのち、浄土院は徳川家光の代に再建されることとなった。ただし、廟所の正確な場所は不明だったため、大方の見当で当地に建立されている。再建時には廟所を守る僧侶は誰もいない状態であった。
もともと比叡山は聖地として女人禁制であった。1872年(明治5年)に明治政府の神仏分離政策の流れの中で、神仏混淆の修験道に廃止令が出されたことを受けて解かれることとなったが、最澄の廟所である浄土院においては、なおその結界が固く守られている。聖域であるがゆえに清浄が求められ、草一本、落葉一枚残していてもいけないと、掃除地獄と呼ばれるほどの徹底した掃除が侍真以下助番、寺務員により毎日欠かすことなくなされている。
十二年籠山行(じゅうにねんろうざんぎょう)は、天台宗総本山の延暦寺にて、12年を一期として宗祖である最澄(伝教大師)に仕える行をいう。「千日回峰行」に並ぶ比叡山の難行として知られる。