サリー・ヘミングス
2000年1月、モンティチェロを所有し運営しているトマス・ジェファーソン財団の専門家集団が、『ネイチャー』誌の発行直後に始まった議論に関する研究を出版した。彼らがほぼ口を揃えて報告するのは、「父親は絶対的な確率で特定できないが、我々の得た最善の証拠で推計できるのは、トマス・ジェファーソンとサリー・ヘミングスが何度も関係を持って、サリー・ヘミングスの子供として知られる者のうちの1人あるいは全部を生んだという可能性が極めて強いことである」と述べた。委員会の一人ホワイト・ウォレンボーンは意見を異にしており、「歴史的な証拠は確認することもサリー・ヘミングスの子供たちの誰かの父親を反証するためには基本的に不十分である」と述べた。ウォレンボーンは委員会が証拠を検証し始める前に「既に結論に達していた」とし、委員会の議長はウォレンボーンの不同意を他のメンバーに示そうともしなかったと主張した。
その夫で生物学者のトマス・トラウトは学会委員会のメンバーになった。当時のバージニアには可能性のある25名の男性ジェファーソンが住んでおり、そのうちの8人はモンティチェロかその近くに住んでいたということである。
学会委員会の結論にただ一人不同意の者ポール・ラーエは、「トマス・ジェファーソンがエストン・ヘミングスの父であることよりももっと可能性があるもの」を考慮したと書いた。また「私の知らないことが1つあり、それは大変ひどいことだ。ジェファーソンは奴隷所有者とその関係者がその力を悪用する性向について表明した嫌悪感にもかかわらず、自分でもそのような虐待に関わるか、彼の広い意味での家族のメンバーの1人あるいはそれ以上に加担して虐待に寛容であったことだ」と付け加えた。
この委員会の議長であった歴史家のロバート・ターナーはジェファーソンとヘミングスの性的関係の証拠は、ビル・クリントンの弾劾を取り巻く政治的雰囲気のゆえに「急いで発表」されたことを示唆した。
財団の報告はその結論に同意できない人々に批判された。というのも、奴隷監督者エドマンド・ベイコンの回想のようなジェファーソンとヘミングスに関する学説と矛盾する証拠を含んでいないし、その結論に1人の委員が不同意であることを付け加えていないからであった。報告書はヘミングスの子供全てが1人の男を父親としているとしており、その根拠として子供たちはさらにその子供たちに互いの名前を付けたことを証拠にしていた。このことは、委員会によれば、子供たちの結び付きが強いことを示しており、また1873年のマディソン・ヘミングスに対するインタビューでも裏付けられるとした。委員会のメンバーは、その議長を含み、モンティチェロの奴隷達の子孫の口承について文書化するプロジェクトも行っており、それには利害関係の衝突の可能性もあり、また何故委員会がその結論の中で口承に重きを置いているか矛盾の可能性があると言っている(ただし、ウッドソン家の口承は除外された)。
下記の学会委員会で働いたデイヴィッド・メイアは、この委員会は、モンティチェロの奴隷監督者エドマンド・ベイコンがジェファーソンはハリエットの父ではないし、父親が誰かを知っていると主張したことに対し、マディソン・ヘミングスの証言を裏付けた奴隷のイズラエル・ジェファーソンの競合する主張を特に引用することで、同じくらい証拠として優先度のある口承に重きを置いていないと言っている。
1998年11月5日、イギリスの科学雑誌『ネイチャー』にユージーン・A・フォスターが指導するチームからDNA鑑定の研究結果が提出された。この研究は4集団の男性のY染色体ハプログループを比較していた。トマス・ジェファーソンの祖父の子孫、トマス・ウッドソン、マディソン・ヘミングスの兄弟エストン・ヘミングス(後にエストン・ジェファーソンに改名)、およびカー兄弟の祖父ジョン・カーのものであった。研究に使われたDNAデータについては、en:Jefferson DNA dataを参照。
それぞれの場合に男性は父系の子孫がいる必要があった。つまり息子の息子の息子という具合にである。上記4人の線のみにY染色体が残っていた。その結果、トマス・ジェファーソンとマーサの夫妻の直系の子孫が含まれなかった。またマディソン・ヘミングスの子孫も同様であった。これら2系統は父系の子孫が同定できなかったからである。
この研究の主要な成果は、ジェファーソン家のY染色体はエストン・ヘミングス家のものと一致し、ウッドソン家とカー家のY染色体はそれぞれ異なっていることだった。父性の問題についてこれが示唆することは、ジェファーソンが父であるかについては結論を出せず、試験された他の家族についてはより明確になったことである。ジェファーソンの孫達の論点であるサリー・ヘミングスの子供たちはカー兄弟のどちらかが父親であるということは、子供たちに複数の父親が居りカー兄弟がエストン以外の父親であるのでなければ、証明できないということであった。あるいはカー兄弟が何らかの方法でその祖父と同じY染色体を持っておらず(たとえば庶出)、かつ何らかの方法でジェファーソンが父親だったということであれば考えられる、ということであった。