名探偵コナン 時計じかけの摩天楼
声 - 山口勝平
本作の主人公であるコナンの本来の姿で、高校生探偵。
目暮の回想で、1年前に西多摩市で発生した交通死亡事故の真相を暴いていたことが判明する。
また、中盤および終盤の場面で蘭や目暮らに対し、コナンが蝶ネクタイ型変声機を使用した際の声としても登場している。
2000年に発売されたアルバム『THE BEST OF DETECTIVE CONAN 〜名探偵コナン テーマ曲集〜』に本作の主題歌「Happy Birthday」が収録されないのも変更のためだったが、2006年に発売された『THE BEST OF DETECTIVE CONAN 〜The Movie Themes Collection〜』では収録された。本作から第4作『瞳の中の暗殺者』までの主題歌は、1コーラス目の後に間奏を挟みラストサビに行く形で使用されていた。第5作『天国へのカウントダウン』以降はフルバージョンか一部をカットして使用されているうえ、舞台となった風景の実写が背景で流され、最後のアニメ映像がコナンが前を見据えるシーンは本作から第18作『異次元の狙撃手』まで毎回使用された。エピローグは尺が10秒程度と短く、BGMはなし、台詞があるのはコナンのみだったりと、以降の作品より簡素な構成となっている。
本作でオリジナルキャラクターとして初登場する白鳥任三郎は劇場版レギュラーとなり、さらに原作やテレビアニメにも登場することとなる。また、劇場版にはコナン(新一)、蘭、小五郎、博士、少年探偵団、園子の計8人が毎回登場することとなる。
第13作『漆黒の追跡者』以降に定番化する著名人のスペシャルゲスト出演は、その前身的なキャスティングが端役ながら本作ですでに行われている。
本作において使用されたバージョンの「名探偵コナン メイン・テーマ」は公開後に放送されたテレビシリーズの一部エピソードにおいてもしばらくの間劇伴として用いられたほか、後年の映画作品のテレビCMにおいても15秒に編集して使われており、2007年7月のリアレンジリニューアル後の現在は主にサブタイトル場面、稀に劇中BGMとして使用されている。
声 - 一条和矢
上述のおばあさんを制止するために飛び出したコナンと接触しそうになった、バイクのライダー。
このトラブルでターボエンジン付きスケートボードの機能が故障したため、コナンは少年から自転車を拝借することとなる。
声 - 藤城裕士
東都鉄道総合司令室の総合司令長。
坂口から爆弾の存在を知らされて驚愕するが、運転士に指示を与えて事態の収束に乗り出す。
ジャケットイラストは原作者・青山剛昌氏の描き下ろしイラストになっている。 本作のBGMは同年6月2日放送の第61話『幽霊船殺人事件(前編)』からTVシリーズでも劇伴として汎用開始、2007年7月のリニューアル以降は一部の楽曲のみだが、リアレンジされ現在も劇伴に使用されている。
声 - 藤本譲
東都鉄道総合司令室の責任者で運行部長。
犯人の要求から、爆弾が見つかるまで楠に東都環状線全線の列車のスピードを上げて時速70kmを維持させるように指令を出す。その後、小五郎や目暮警部と今後の相談をしている時に携帯電話からコナン(新一)の推理で「線路の間」である事を聞かされたため、芝浜駅貨物線に環状線の列車を避難させる新たな指令を出した。