国立医薬品食品衛生研究所
2002年には厚生労働省の施設等機関の再編の一環として、国立感染症研究所、国立公衆衛生院(現在の国立保健医療科学院)からの一部組織移管などにより組織形態の見直しを行い、遺伝子細胞医薬部、食品衛生管理部、医薬安全科学部が新設され、伊豆薬用植物栽培試験場が廃止された。2003年、化学物質情報部が安全情報部に改組された。
2005年には機能の一部が独立行政法人に移管されることとなった。医薬品等の承認審査業務を行っていた医薬品医療機器審査センターは独立行政法人医薬品医療機器総合機構に、細胞バンク部門、大阪支所(支所長のもとに、庶務課・薬品試験部・食品試験部・生物試験部の一課三部が置かれていた)、全国4ヶ所の薬用植物栽培試験場は独立行政法人医薬基盤研究所に、それぞれ移管された。
2010年の組織改編で、一部所掌の見直しが行われ、療品部が医療機器部に、生活環境化学部が生活衛生科学部に改称された。
当初、東京都府中市への移転が1989年8月に決定されていたが、府中基地跡地に係る都市計画等の手続きの見通しがたたなくなったこと等から、その実現は困難な状況となっていた。その後、神奈川県川崎市より誘致を受け、京浜臨海部ライフイノベーション国際戦略総合特区内の「川崎区殿町3丁目地区(キングスカイフロント)」への移転を発表、2017年9月から2018年1月にかけて部署単位で順次移転を行った。同年3月2日に開所式が行われ、正式に移転が完了した。
総務部
薬品部
生物薬品部
生薬部
遺伝子細胞医薬部
医療機器部
生活衛生化学部
食品部
食品添加物部
食品衛生管理部
衛生微生物部
有機化学部
機能生化学部
代謝生化学部
安全情報部
医薬安全科学部
(安全性生物試験研究センター)
毒性部
薬理部
病理部
変異遺伝部
安全性予測評価部