ティムールの征服戦争
その後、チャガタイ軍は北上するが、馳せ参じる者は増えて6千騎にまでなった。連合軍はワフシャーン川を挟んで2万のモグール軍と対峙する。夜半のティムールの奇襲が功を奏し、モグール軍は退却した。しかもトゥグルク・ティムールの訃報を受けて本国に逃げ帰ったのである。かくしてマルワーンはティムールとフサインの手に帰し、1364年にサマルカンドでクリルタイが開かれ、チャガタイ家のカーブル・シャーが新ハーンとなった。
1365年に新たにモグリスタンのハーンとなったイリヤース・ホージャは再びマー・ワラー・アンナフルに支配権を確立せんとし軍を進め、ティムール・フサインはこれをタシュケント付近で迎え撃った。チャガタイ軍は圧倒的な戦力を誇っていたにもかかわらず、モグール軍に大敗を喫したのである。ティムール・フサインは命からがら落ち延び、勢いに乗るモグール軍はサマルカンドを包囲した。だが、「サルバダール」と呼ばれる自治組織の抵抗、疫病の流行等により本国への撤退を余儀なくされる。サマルカンドを死守した「サルバダール」であったが、ティムール・フサインにとっては目の上の瘤でしかなく、即座に粛清された。
この頃からフサインは専横を極めるようになり、ティムールは彼との確執を深めるようになる。1366年の秋にウルジャイ・トゥルゲン・アガが死去すると対立は決定的になる。ティムールはメルヴ近郊のマーハーンを拠点にして挙兵する。当初は一族郎党等200騎に過ぎなかったが、フサインを巧みに翻弄する。やがてティムールは昨日の敵であったモグーリスタン・ハン国と同盟を結ぶ。この報に驚いたフサインは1368年にティムールに和約を請うが、この時に多くのチャガタイ・アミールがティムール側についた。これを好機としたティムールは翌1369年にオゴデイ家出身のソユルガトミシュを新ハーンに推戴し、フサインの拠点であるバルフを包囲した。フサインは降伏するも一族共々処刑された。
マー・ワラー・アンナフルを完全に掌握したティムールはハーン位をそのままソユルガトミシュに委ね、自らはフサインの後宮からカザン・ハーンの娘であるサライ・ムルク・ハーヌムを娶ってハーンを補佐する婿(キュレゲン)の地位に甘んじた。ユーラシアにはチンギス統原理が浸透しており、それに配慮したのである。
1370年4月9日、ティムールはチャガタイ・アミール、チンギス家の王子、サイイド等の了承を受けて王位に就く。ティムール朝の誕生である。