弥生時代
早期の北部九州の竪穴建物には、縄文時代晩期の系譜を引き継ぐと考えられる平面方形のもののほか、平面円形で中央に浅い皿状のくぼみを持ち、その両脇に小さな穴(柱穴か)を1対持つ特徴的な形態の建物が存在する。
この形態の円形竪穴建物は、同時期の朝鮮半島南部に広く分布しており、韓国忠清南道扶余郡松菊里遺跡で最初に注目されたことから、「松菊里型住居」ともよばれる(ただしこの名称は日本国内に限定して使用され、韓国考古学界ではむしろ「松菊里類型」という用語は建物跡の形態のみでなく土器や石器組成を含めた文化総体の名称として用いられることが一般的となっている)。この松菊里型住居は、縄文時代後・晩期に西日本一帯でしばしば見られる円形プランの建物跡とともに、弥生時代前期から中期にかけて主流となる円形建物の祖形となったと考えられている。
考古学では九州の研究者は北部九州在来の縄文人が弥生化したと考えるのに対し、近畿の研究者の多くは渡来人が主体的な役割を果たしたとしている。
人類学者の埴原和郎は北部九州に渡来人が来て、稲作を始め、国を作ったとしている。その後人口の増加とともに東へ移動し古墳時代には西日本一帯に広がったとする。埴原によると現代でも弥生時代から古墳時代の人口動態の影響があるという。すなわち西日本は渡来系(弥生系)人種、北海道(アイヌ)、沖縄は縄文系人種、東日本はその両者が混雑した中間種であるとしている。
九州北部では、第1期抗争後の一時的な沈静期を経て紀元前3世紀末から前2世紀初めごろに再び抗争が激化する。この時期には使用される武器に変化が生じ、半島から新たに導入された青銅製の剣や戈・矛が出現する。また石製武器にも変化が生じ、第1期抗争では朝鮮半島製の磨製石剣や磨製石鏃を模倣した形態だったが、これに日本列島独自の形態が加わり、かつ磨製石戈が導入される。
弥生時代中期に入る紀元前1世紀代になると新たに鉄製武器(剣・矛・戈・鏃)が導入され、これにより威力に劣る青銅製や石製の対人武器は次第に衰退し始める。また、紀元前1世紀代に入ると近接戦闘用武器(剣・矛・戈)のうち、剣(鉄製短剣)のみが実戦で用いられるようになり、矛・戈は実用に適さないほど大型化し、祭祀用器物へと変化していく。
瀬戸内海を中心とする中国・四国地方および近畿・東海地方でも、第1期抗争(紀元前3世紀代)後の沈静期を経て弥生中期に入る紀元前1世紀初め頃に抗争激化が始まる。当地では打製石鏃が大型化し、石剣では伝統的な打製石剣のほかに磨製石剣も使われるようになり、打製石戈が加わる。また青銅製武器や鉄製武器も徐々に導入され始めた。それらによって殺害されたと見られる受傷人骨の事例は奈良県奈良市の四分遺跡(しぶいせき)などで知られる。環濠集落は大型化し、池上・曽根遺跡(大阪府和泉市・泉大津市)や唐古・鍵遺跡(奈良県磯城郡田原本町)、朝日遺跡(愛知県清須市)などが現れる。
早期には北部九州など一部の集落に掘立柱建物の倉庫が半島から伝播するが、前期までに地下式(貯蔵穴)が主流となり、掘立柱建物はほとんど見られなくなる。貯蔵穴は円形のものが主流で、しばしば方形・長方形のものが見られ、いずれも断面形態がフラスコ状を呈する。
1936 – 1937年(昭和11 – 12年)- 奈良県唐古遺跡で行われた発掘調査で弥生土器と共に農耕具が発見されたことから、弥生土器の時代に農耕が行われていたことが明らかになり、弥生時代は農耕社会であるとされた。また、土器の変遷から時代をはかる「土器編年」が確立した。
1938年から1940年代 - 1943年(昭和18年)、静岡県静岡市で登呂遺跡が発見され、1947年(昭和22年)から1950年(昭和25年)までの発掘調査で日本初の弥生時代水田遺構が検出される。
1950年代 - 弥生時代の人骨が出土するようになり、その特徴と縄文人骨との相違点から、渡来系の人骨であるとされた。 金関丈夫の混血説 鈴木尚の文化・環境による形質変化がおきたという変形説などが発生する。
1970年代から1980年代 - 弥生時代が稲作を主体とする時代であることが定説になり、弥生時代の特徴は、稲作・農耕・高床建物・布の服・戦争などであり、渡来人によってもたらされたという考えが一般的となった。
イネと稲作、それにらに纏わる文化は一枚岩なのではなく、何層かの構造をなす。その主要なものが、縄文時代に栄えた熱帯ジャポニカと焼畑の稲作、弥生時代に渡来した温帯ジャポニカ(ジャポニカ米)と水田稲作である。
稲作の本格的な開始は紀元前10から9世紀の九州北部が最初とされる。紀元前9世紀の板付遺跡の環壕集落では既に集落内に階層差が存在したことが確認されている。
北海道では稲作農耕が需要されなかったため縄文型漁撈が継続し、海獣猟や寒流性の魚類を対象とした狩猟・漁業が行われた。
九州北部では縄文時代に外洋漁業が発達し、西北九州型結合式釣針と呼ばれる独自の釣針が生まれた。この釣針の分布は縄文時代には北部九州にとどまっているが、弥生時代には山陰地方へ普及している。
関西地方では大阪湾岸の宮の下貝塚など縄文型の貝塚が継続した事例が見られ、縄文晩期から弥生中期に至るまで継続して貝塚が営まれている。
日本人の主食は、弥生時代に水稲耕作を始めてから米を常食としていたと考えられてきたが、1917年(大正6年)内務省、1878年(明治11年)大蔵省による全国食料調査の結果から、市部・市街地及び郡部・村落部の順に米を食べる量が段々少なくなっていることなどから、必ずしもそうではないともされる。
では、弥生水田の収穫量はどのくらいであったのか。弥生時代前期は下田・下々田、中期は下田・下々田、後期(登呂)中田・下田。収穫量は多いとは言えない。1日あたりの米の摂取量は先進地帯でも前期は1勺程度、中期で6勺〜1合程度、後期でも2合を超えることはなかった。デンプン質不足量をドングリなどの堅果類で補っていた。
甕棺墓は、北部九州弥生時代前 - 中期の代表的な墓制である。前期前半段階には壷形土器をそのまま大型化した埋葬容器が使用されるが、前期末までには埋葬専用容器として独自の形状を持ったものが成立する。朝鮮半島に甕棺墓が現れるのは日本の約100年後であり、半島から伝来したとは考えにくい。その形状は壷形土器から甕形土器へと移行する。中期には北部九州各地で少しずつその形態を変えながらも基本的には同じ形質的特徴を共有する成人用大型甕棺が北部九州に定着するとともに、小児・乳幼児用に日常容器として使われる通常のサイズの甕形土器が埋葬容器として一般的に使われるようになり、甕棺墓制が確立する。同時に、成人用大型甕棺に付属する蓋として、大型の鉢形土器が成立する。甕棺墓は成人用甕棺が二つ合わせ口として組み合わされるものが一般的であるが、このほかにこの鉢形の甕棺専用蓋が用いられるものも多く、また木製や石製の蓋が使われることも多い。甕棺墓制は後期には急速に衰退して石蓋土壙墓・箱式石棺墓などに取って代わられ、糸島地域のみで細々と継続するほかは旧甕棺墓制分布域で散発的に認められるのみとなり、古墳時代までには消滅する。主たる分布域は北部九州地域でも筑前・筑後・肥前東部域であり、この周辺地域では副次的な墓制として分布する。