深草車庫
1980年(昭和55年)3月17日に廃止され、淀車庫の1期工事の完成で検車機能が淀車庫へ移譲された。
深草車庫廃止後は留置線として利用されていたが、1988年2月に深草駅の側の龍谷大学の学生の利用増により、ホーム幅を1m拡張するために東西各1本の留置線を撤去した。最終的には淀車庫の拡充に伴い東側の1本の留置線を残して、その他の留置線は撤去された。深草車庫の跡地の西側部分には京都市立砂川小学校の移転先の用地となった他、2001年9月に東急不動産が分譲するマンションが建設された。
その後深草駅の橋上駅舎の建て替えに伴い、東側に残った留置線も撤去された。
車庫の留置線の有効長の関係から、6・7両固定編成を入出庫させることができなかったため、該当する形式(2400系・700系(2代)→1000系(3代)の全編成と、5000系・2200系の7連編成の一部)は深草車庫への入庫を禁止する措置が取られていた。