財政二十箇年計画
1899年(明治32年)3月には、「台湾事業公債法」(法律第75号)を発布して、台湾総督府鉄道敷設、基隆築港、庁舎建設と水利事業のための公債を募集し、その財源で以上の事業を行った。後藤は、鉄道建設が民間会社では不可能であると認識し、この法律の発布と並んで、10か年2,880万円の鉄道国有計画として確定した。ただちに既設線(基隆-新竹)の改良と建設工事(新竹 - 高雄)が始まり、1908年(明治41年)基隆 - 高雄間で全通した。また、これらの事業と財源をもとに1908年(明治41年)から官設灌漑事業と高雄築港事業が開始された。さらに1910年(明治43年)には、林産資源の開発のために「阿里山作業所」が設置された。