吉良義昭
しかし、1560年(永禄3年)5月19日、桶狭間の戦いにおいて今川義元が討たれると、三河における今川氏の支配力が減退し、義昭は後援を失った形となった。しかも、これに乗じた松平元康(後の徳川家康)は今川氏から独立し、吉良氏をしばしば攻めるようになった。度重なる戦の末、ついに1561年(永禄4年)には松平氏への降伏を余儀なくされ、その後は岡崎へ移住させられていた。
1563年(永禄6年)、西三河に三河一向一揆が勃発。これを再起反攻の機ととらえると三河一向宗と同盟を結び、再び家康との決戦に臨んだ(一向一揆とは無関係とする説もある)。しかし力及ばず、東条城は落城させられ、義昭は三河からの撤退を余儀なくされた(実際は、しばらくの間、そのまま在国していたが、生活に窮し出国したらしい)。その後、六角承禎を頼り近江国に逃れ、最後は摂津国芥川で戦死したといわれるが、詳細は不明。
兄・義安に吉良氏の家督継承が認められ、三河吉良氏そのものは存続を許された。その後、三河吉良氏は江戸幕府のもとで高家となり、赤穂事件で知られる吉良義央を出した。事件の影響で義央の嗣子吉良義周の代に改易されている。