特別裁判所
家庭裁判所は職分管轄として少年事件と家事事件のみを取り扱うが、司法権の作用に属する事件については最高裁判所系統の通常裁判所としての家庭裁判所がこれを扱うに過ぎず、また、司法権の作用に属しない事件は非訟事件の手続きの範囲で家庭裁判所が審判するに過ぎないため、いずれも特別裁判所にはあたらない。しかし例外もある。
知的財産高等裁判所は職分管轄として知的財産権に関する紛争のみを取り扱うが、司法権の作用に属する事件を東京高等裁判所の支部としての知的財産高等裁判所が扱うに過ぎないため、これも特別裁判所にはあたらない。
憲法に定められた例外として、公の弾劾による罷免の訴追を受けた裁判官を裁判するために国会に設けられる弾劾裁判所がある(日本国憲法第64条)。
なお、明治憲法下では行政裁判法の規定に基づいて通常裁判所の系統とは別に行政裁判所が設置されていた。日本国憲法下では最高裁判所を頂点とする裁判所の組織の一部としてであれば行政裁判所を設置することは可能と解釈されているが実際には設置されていない(行政裁判所も参照)。