毎日新聞
自社の取材ヘリコプターがこれまでに2度他機との空中衝突事故を起こしている。1984年に明石市で朝日放送のチャーター機と、1994年には泉佐野市で朝日新聞社機と接触し、相手機の乗員計6人が死亡している(毎日機から死者は出なかった)。
2003年5月1日、人間の盾としてイラクに入国していた、毎日新聞社写真部記者の五味宏基(編集局付)が「取材活動の記念に」と持ち出したクラスター爆弾・M77の子爆弾の不発弾が、ヨルダンのクィーンアリア国際空港で爆発し、1人が死亡、5人を負傷させる事件を起こした。五味は逮捕、拘束され、6月1日、国家治安法廷にて過失致死・過失致傷の罪で1年6月の禁固刑の有罪判決を受けたが、ヨルダン国王アブドゥッラー2世の特赦によって6月17日に釈放された。
2006年6月、大阪府箕面市で48年間に渡って営業してきた毎日新聞販売店の経営者が、長い間新聞販売店の購読者数を遥かに上回る新聞買い取りを強制され、配達されないまま古紙回収業者に回収される押し紙の詐欺被害を受けたとし、毎日新聞社に対して6280万2913円の損害賠償を求める訴えを大阪地裁に申し立てる内部告発事件が発生した。しかし、紙面では訴えられた事実について全く報道しなかった。
2007年2月、元毎日新聞社員の吉原勇によって大阪本社売却の際に行われた地価吊上げの詳細を記した暴露本が「特命転勤―毎日新聞を救え!
2008年12月11日、産経新聞は毎日新聞と提携し、2009年10月1日付から、九州・山口地域で販売する産経新聞(九州・山口特別版)の委託印刷を毎日新聞九州センター鳥栖工場で開始した。2012年9月1日付からは、毎日新聞九州センター北九州工場でも印刷が開始された。
2007年、大阪府の毎日新聞箕面販売所に「押し紙」で提訴され、約1500万円で和解した。搬入される新聞の約50%が「押し紙」だった。
2008年、約70%の「押し紙」を強要されたとして元販売店店主に提訴された。しかし、原告の死去で判決なく、終結した。
2010年、練馬区の毎日新聞関町販売所の元店主が提訴されて、500万円で和解している。搬入される新聞の約50%が「押し紙」だった。
2012年7月10日に毎日新聞社との取引開始時から大量の「押し紙」が送られてきたために他の新聞も配達してきた男性は経営が成り立たなくなった。男性は7割を占める押し紙を減らすように毎日新聞と交渉したが、2015年8月7日に取引解除を行ったため提訴した。男性は開業直後から、毎日新聞から多量の「押し紙」が搬入されることに驚愕して裁判になることを予測して、以降の交渉の膨大な録音データを証拠として提出している。
2018年3月、兵庫県西宮市で2010年11月から開業して毎日新聞の鳴尾販売所を本社からの経営補助が必要なく、融資も受けられる経営状態だった男性が毎日新聞社の担当員から経営を持ち掛けられた南甲子園販売所を引き受けた。
総局 北陸(金沢)
2018年4月7日付夕刊で、いじめられた経験を持つ当時18歳の少女と自称17歳の少女がインターネットを通じて知り合い、苦しみや悩みを表現したシールをネット上で販売しているという内容の記事を掲載した。しかし、取材の際に自称17歳の少女が難病を理由に電話での取材を希望したため会うことはできず、その後、自称17歳の少女は実在せず、第三者が成り済ましていた可能性があることが判明したとして、2019年8月5日付夕刊で謝罪した。
2019年6月11日の1面トップで「特区提案者から指導料 WG委員関連会社 提案者から指導料200万円 会食も」との見出しで、国家戦略特区ワーキンググループ(WG)座長代理の原英史が規制改革の要望を行った会社から指導料を受け取り、会社社長と会食したとの記事を掲載したが、原は、200万円を受け取ったコンサルティング会社の経営には一切関わっておらず、そこから1円も受け取ったことはなく、要望を行った会社社長との会食も行っていないと否定した。慶應義塾大学大学院教授の岸博幸は「記者の勝手な決めつけと不正確な事実に基づく疑惑と言うしかない」と批判した。また、翌12日から15日まで連日1面トップで、原が座長代理を務めるWGを攻撃する記事を掲載したことについても、岸は「規制改革プロセスへの無理解に基づくWG批判であり、規制改革の要望を行った者を危険に晒しかねない主張である」と批判した。
2020年6月6日、「『憎悪や差別の投稿放置は暴力への加担』 ツイッター社前で100人が抗議」との見出しで、Twitter上の個人への中傷や差別的な投稿などを速やかに削除し、安心して使えるように運営してほしいと、市民らがツイッタージャパン本社前で抗議活動を行ったとの記事を掲載した。
2005年12月28日、JR羽越線で竜巻によっておこった車両転覆事故に対し、社説内で「この路線を何度も運転している運転士ならば、風の音を聞き、風の息づかいを感じられたはずだ」とする論説を掲載し、事故の原因は突風ではなく運転士の経験不足による人災であるとしてJR東日本の運行管理体制を批判したが、読者からの非難が殺到したことから、2006年2月7日に検証記事を掲載し、科学的見地を無視した感情に偏った行き過ぎた批判であったことを認めた。検証記事では「開かれた新聞」委員会委員によるコメントが寄せられており、そこでは一連の社説は責任追及を優先する論説委員の個人的感情であり、「現実とかけ離れた精神論」でしかないことが指摘されている他、非科学的な論拠しかないために説得力を持たず、「安全対策にほとんど役に立たない」と論説を批判している。
2006年8月、奈良県で妊婦が出産中に意識不明になり、他の19の病院に受け入れを断られた末に大阪の病院まで運ばれ、出産後に脳内出血により死亡するという事件が起きた。これに対し毎日新聞は10月に記事として発表し、検証キャンペーンを行った。この結果日本の母子救急搬送システムの不備が広く問われることになった。一方で、この内容について、医療従事者から、報道内容が事実に反し、科学的でないと指摘がなされたが、毎日新聞の公式見解としてはこれまでのところ「訂正すべき記載はない」として見解が対立している。第11回新聞労連ジャーナリスト大賞特別賞、第14回坂田記念ジャーナリズム賞を受賞した。