メナキノン
原核生物において、メナキノンの主たる機能は呼吸鎖や光化学系における電子伝達体である。原核生物の呼吸鎖は非常に多様であるが、多くの生物がNADH:メナキノン酸化還元酵素を持っている。これはミトコンドリアの呼吸鎖複合体Iと相同なタンパク質複合体で、NADHを酸化しメナキノンを還元する際に細胞膜を挟んでプロトンを輸送する。こうして生じるプロトン勾配を利用してATPが合成される。ほかに補酵素F420、リンゴ酸、ピルビン酸などがメナキノンに対して電子を供給する。
生じた還元型メナキノン(メナキノール)は、他の化合物に電子を渡してメナキノンに戻る。例えばメナキノール:フマル酸酸化還元酵素はミトコンドリアの呼吸鎖複合体IIと相同なタンパク質複合体で、メナキノールをメナキノンに酸化すると共にフマル酸をコハク酸へと還元する。