FC岐阜
戸塚哲也が監督に就任。8月30日、運営会社となる株式会社岐阜フットボールクラブを設立。東海リーグ1部で優勝、第30回全国地域リーグ決勝大会では、大会直前に九州サッカーリーグのニューウェーブ北九州(現ギラヴァンツ北九州)から緊急補強したFW池元友樹が計7ゴールを挙げるなど活躍したこともあり、決勝ラウンド初戦で優勝したTDKサッカー部(現ブラウブリッツ秋田)に0-1で敗れた以外5勝し準優勝、入替戦でもホンダロックSCを4-0、4-1と圧倒、連勝して、2007年からの日本フットボールリーグ(JFL)昇格を決めた。岐阜県のチームが社会人の全国リーグに所属することは、西濃運輸以来である。
チームスローガン:「共に創る STEP BY STEP BY STEP」
強化方針の相違により倉田が監督を退任したため、強化部長に就任することが内定していた元広島監督の木村孝洋が後任の監督に就任した。これに伴い強化部長は服部がGMと兼任し、チームOBの山田正道が強化部に入った。
朴基棟がKリーグ・光州FCへ移籍、吉本一謙がレンタル移籍期間満了につきFC東京に復帰、朴俊慶が退団(その後引退)。三田光(徳島から完全移籍)、李漢宰(札幌から完全移籍)、野田明弘らが加入した。また、6月に川浪吾郎(柏)が期限付き移籍で加入した。
リーグ戦は第11節(5試合目)で最下位に転落。また、第20節から6試合連続での無得点負け。成績はクラブ史上初のJ2最下位。なお、シーズン終了後に木村が監督を退任した。天皇杯は初戦(2回戦)で北九州に敗退。