ネメシス'90改
グラフィックが書き換えられ、自機や一部の敵キャラがデザインまで含め大幅に変更された外見になっている。
多重スクロールする背景が追加され、メインの背景もスムーズにスクロールするようになった。
ゲーム開始時のオープニングデモで、自機メタリオンが発進して画面手前側に飛び出すアニメーションと、エンディングデモで惑星に帰還するカットが追加されている。
効果音はADPCMで再生され、ゲーム起動時にX68000側のメモリ容量とクロックスピードを自動判定の上で、メモリ3MB以上で、かつMC68000 16MHz相当以上の動作速度であれば、疑似的にADPCM多重再生ドライバによる4重再生を行う仕様になっている。効果音にはパワーアップや爆発の音等、『グラディウス』『グラディウスII』から録音したらしいものも多い。
BGMはMIDI音源にも対応している。
パワーアップゲージの点灯部はアーケード (AC) 版『グラディウス』などのデザインを踏襲したものの、多段表示になっている。
ミサイル、レーザー、アップ/ダウンレーザーの2段階パワーアップがなくなった。これによりパワーアップゲージは以下のような構成となる。
メタリオン初期パワーメーターゲージ
メタリオン最終パワーメーターゲージ
レーザーを発射し切った後もワインダーが使用できる・オプションが4つ装備できる・シールドが画面前方から飛来してくる等、自機の性能がAC版『グラディウス』の仕様に近くなった。
アップ/ダウンレーザーは最初から広がる形のものが撃てるが、MSX版より広がり幅が狭く威力が弱い。
ナパームミサイルは弾速が非常に遅い上に地形を這わなくなり、『グラディウスII』のスプレッドボムと同じような効果の装備になった。
特殊アイテムのベクトルレーザーの性能が変化し、ほとんど広がらなくなった。
ボスを早く倒しても、追加パワーアップは1個しかもらえなくなった。
パワーアップをした瞬間は、自機が無敵になる。