モハメド・サイド・ヘルシ・モルガン
1999年5月にマレハン軍閥SNFとの戦闘が再開した。SNFは他の軍閥いくつかを集めて連合ソマリ軍(英語版)を名乗ってキスマヨに侵攻し、6月にモルガンは敗走した。一般にモルガンの「ジュバランド」はこの時に終わったとされる。連合ソマリ軍は後にジュバ渓谷連合 (JVA) と改称する。
2001年7月28日、モルガンはソマリア南部でやや内陸寄りの町ブアレをJVAから奪った。
2002年1月、英BBCは、モルガンがエチオピアからの支持を受けていると報じている。
2003年2月3日、ケニアのエルドレットでソマリアの和平交渉が行われ、モルガンも招かれたが欠席した。これにより、2004年に予定されているソマリア暫定連邦政府の初代大統領選挙への出馬資格を失った。
2004年9月6日、英BBCは、モルガンがキスマヨを攻撃するため装甲戦闘車両を少なくとも50台準備したと報じている。もっとも同じ9月にBBCによるインタビューに応じ「もう私は戦わない」と答えている。
2005年5月25日、モルガンは首都モガディシュに赴き住民の歓迎を受けた、とニュースで話題となっている。
2009年、ジブチでソマリア大統領選挙が行われており、モルガンも大統領候補に挙げられたと報じられている。ただしこの時はシェイク・シャリフ・シェイク・アフマドが当選している。
2017年にも、ファルマージョ大統領の就任式に招待されている様子が目撃されている。