万世一系
1911年(明治44年)には、国定教科書問題・南北朝正閏論争があった。学校の歴史教科書で「南北朝時代」の用語を使っていた。このことをめぐって、帝国議会で南北朝正閏論が問題化した。それ以降の教科書では、「吉野朝時代」の用語を使うことになった。この問題では、万世一系の概念の中で、皇統の一系(皇統が分立することがない)が問題になった。江戸時代から一般的であった南北朝時代の史観が、明治時代の万世一系では不適当とされた事例である。また、壬申の乱のような皇室での争いは、教科書に記述がなかった。
戦後になると戦前の皇国史観への反動とマルクス史観の流行により王朝交替説が盛んに唱えられるようになった。そのうちの多くはその後否定されるに至っているが、継体天皇の出自の問題(継体天皇王族説/継体新王朝論)など現在も議論の絶えない問題もある。