合衆国崩壊
日米開戦(前作)で親を失った日本の民間航空会社のパイロットは、復讐のためジャンボジェットをアメリカ合衆国議会議事堂に突入させるカミカゼ攻撃を行う。このテロ事件でダーリング大統領は死亡し、継承順位により副大統領のジャック・ライアンが大統領に昇格する。
ライアン新大統領が弱腰と見た反米3か国(イラン、インド、中国)は新たな陰謀に乗り出す。イランの最高指導者ダリアイはイラクの大統領を暗殺させ、イラクをイランに併合し「イスラム連合共和国」を設立した。さらにダリアイは周辺の旧ソ連圏イスラム諸国の吸収に乗り出し、サウジアラビアを次なるターゲットとする。
ダリアイはサウジアラビアに対するアメリカ軍の影響力を排除するため、ライアン大統領の暗殺、そしてアメリカ国内でエボラウィルスを使ったバイオテロを密かに計画した。また中国は台湾海峡有事を発生させ、インドは大規模演習を名目にペルシャ湾を封鎖しアメリカ海軍を牽制した。
一方、セックス・スキャンダルで失職したキールティ元副大統領は、政権への未練を捨てきれず、ライアンの大統領就任は無効であるとの訴訟を起こす。そんなとき、アメリカ国内でエボラウィルスが蔓延、異常な広がり方からバイオテロの疑いが強まる。ライアンたちは綿密な調査の結果、事件を新興国イスラム連合共和国の仕業と断定するが、国内ではアメリカ全軍にも感染が拡大するなど大混乱し合衆国崩壊の危機に陥る。
ダリアイはサウジアラビアに侵攻を開始した。ライアンはペルシャ湾にアメリカ艦隊を派遣する一方、首謀者ダリアイを暗殺する大統領令の法整備に着手する。さらにイスラエルに駐留するアメリカ軍と、国内で感染から逃れたナショナル・トレーニング・センターのアメリカ陸軍を現地に派遣、ついに第二次湾岸戦争に突入する。