神仏分離
江戸時代に入ると、儒学の発展・藩学の興隆により神仏分離政策が行われた。出雲大社でも17世紀に神仏の判然が行われている。
また、宮中では東山天皇の時代に、大嘗祭の復興が起こった。その際に、歴代天皇の位牌や仏像・仏画類を宮中にてどうすべきか、長年宮中に定着してしまった神仏の習合の実態から論争になった。しかし、その後大嘗祭と奉幣使再興などが行われるたびに宮中のみならず京都市中や他地域に対しても仏教排除が命じられた。そして、孝明天皇即位の際には公家たちの間で、即位灌頂に反対する意見も出された。