核酸構造
ステムループはRNA鎖が折り返されて塩基対を形成した構造であり、ステムと呼ばれる二重らせん部分とループと呼ばれる対合していない1本鎖領域が形成される。RNAの二次構造はヘリックス、ループ、バルジといった二次構造要素についての実験的データに基づいて予測される。バルジとインターナルループ(英語版)は、二重らせん形成領域中に対合する相手のいないヌクレオチドが存在しているときに形成される。対合しないヌクレオチドが一方の鎖にのみ存在するときはバルジが、双方に存在するときはインターナルループが形成される。テトラループ(英語版)は4塩基からなるループ構造である。リボソームRNAでよく見られるテトラループには、UNCG、GNRA、CUUG(Nは4つの塩基、Rはプリン塩基のいずれか)という3つのファミリーが存在する。UNCGが最も安定なテトラループである。シュードノットは、カブ黄斑モザイクウイルス(英語版)で初めて同定されたRNAの二次構造である。シュードノットはヘアピンループのループ領域のヌクレオチドがヘアピン外の1本鎖領域と対合してらせん構造を形成したものである。シュードノットの形状にはいくつかの種類が存在し、H型フォールドのシュードノットが最もよく研究されている。H型フォールドでは、ヘアピンループのヌクレオチドがヘアピンステム外の塩基と対合し2つ目のステムループ構造を形成する。その結果、2つのステムと2つのループを持つシュードノットが形成される。シュードノットは多様な機能を持つ構造的要素で、ほとんどのクラスのRNAに見つかる。DotKnot-PW法がシュードノット構造の予測に利用される。DotKnot-PW法では、二次構造要素やH型シュードノットとの類似性のスコアリングに基づいて構造予測が行われる。