室町時代
1429年に中山王尚氏が三山を統一して琉球王国を建国すると、明朝の冊封を受けた。国家の経済を貿易に頼る琉球王国は明のほか、朝鮮、マラッカ王国やパタニ王国、安南やアユタヤー王朝などの東南アジアにも及ぶ広範囲で独自の中継貿易を行っていた。1414年には将軍足利義持が琉球王の献上物に対する返礼の書状を贈っており、室町時代には琉球が「日本」として認識されていた。
応仁の乱で将軍の権威は大きく失墜し幕府の権力は衰退した。足利義維の「堺幕府」や足利義昭の「鞆幕府」や足利義材「放生津幕府」など足利将軍家の亡命幕府が樹立されたが軍事的な実権はある程度保たれていた。義政が隠居した後、義尚は寺社本所領と奉公衆の所領を押領していた六角行高を討伐するため、守護大名や奉公衆の軍勢を率いて将軍親征を行った(長享・延徳の乱)。義尚が陣中にて若くして病没したことで討伐軍は撤退したものの、後を継いで10代将軍の座に就いた義視の子・足利義材もまた義尚と同様に六角征伐を行っており、この時までは足利将軍は武家の棟梁、すなわち軍事的指導者としての役割を期待されていた。だが六角征伐の後、明応2年(1493年)に義材が畠山政長と協力して河内の畠山基家討伐に向かったことで義材と将軍家の運命は大きく狂うこととなる。義材と対立していた細川政元は、富子や伊勢貞宗と示し合わせて義材が京を離れた隙に挙兵し、堀越公方足利政知の息子である清晃(足利義澄)を11代将軍に擁立した(明応の政変)。孤立無援となった政長は正覚寺で自害。義材は捕縛され、上原元秀の屋敷に幽閉された(後に逃亡)。一方で、このクーデターを認めず義材の方こそが正当な将軍であるとみなした大名もいた。
鎌倉時代末期には蝦夷の反乱が鎌倉幕府を揺るがし、幕府滅亡後には蝦夷管領・安東氏が十三湊を本拠地に栄えるが、やがて南部氏の興隆により北州(蝦夷地、北海道)に逃れる。北州においては和人(大和民族)の居住勢力が広まり、土着のアイヌ民族との衝突が起こる。1457年にアイヌの酋長であるコシャマイン率いる部族が蜂起して、蠣崎氏や武田信広らと戦う。