サンフランシスコ・フォーティナイナーズ
2001年シーズンまではラムズの他にアトランタ・ファルコンズ、カロライナ・パンサーズ、ニューオーリンズ・セインツの3チームが同一地区で争った。これら3チームは全てミシシッピ川以東にあり、NFC東地区のアリゾナ・カージナルスやダラス・カウボーイズより東に位置していた。1970年から2002年までの33年間中28回はナイナーズかラムズが地区優勝を果たした。2003年から2007年まではシアトル・シーホークスが地区優勝を果たしている(2008年はカージナルスが地区優勝した)。
この試合レイ・ワーシングは4本のFGを成功、12プレーで最後はクーパーへのタッチダウンパスを決める92ヤードのドライブを達成したモンタナがMVPに選ばれたが、第3Q自陣3ヤードまで攻め込まれながら4回の攻撃をしのぎきったディフェンスの活躍も見逃せなかった。こうして2勝14敗のシーズンからわずか2年でチームはスーパーボウルを制覇した。
1982年、ストライキで短縮されたシーズン、チームは地元キャンドルスティックパークで1勝もできず3勝6敗でシーズンを終えた。この年のホームでの成績は5敗、アウェイでの成績は3勝1敗であった。NFL史上ホームで未勝利に終わったチームがアウェイで勝ち越したのはこの時のみである。
しかしこの後17年間チームは負け越しのない栄光の時代を迎えることとなる。この年モンタナは5試合連続で300ヤード以上のパスを成功させるなど、2613ヤードを投げて9タッチダウンをあげた。
1983年、チームはシーズン最後に3連勝して10勝6敗でシーズンを終え地区優勝を果たした。モンタナは3910ヤードを投げて26タッチダウンをあげた。ディビジョナルプレーオフでは敵地でデトロイト・ライオンズと対戦し17-9とリードして第4Qを迎えたが相手に2TDを許し17-23と逆転された。しかしモンタナが残り2分にソロモンへのTDパスを決めて、相手キッカーエディ・マレーの逆転を狙ったFGは失敗し24-23で勝利した。翌週のワシントン・レッドスキンズとのNFCチャンピオンシップゲームでは一時0-21とリードされながら同点に追いついたがマーク・モーズリーに決勝FGを決められて21-24で敗れた。
1988年から1990年までの3シーズン、チームはロードでも18連勝を達成した。シーズン終了後、プロテクトされなかったクレイグとロットはロサンゼルス・レイダースにプランBの制度で移籍した。またモンタナは続く2シーズンひじの怪我で欠場した。
1991年にチームはスティーブ・ヤングを先発QBとしたが彼は左手親指やひざの怪我で数試合欠場した。10試合経過したところでチームは4勝6敗とつまずいていた。控えQBのスティーブ・ボノが先発し5連勝を果たし、最終節はボノが負傷したためヤングが先発しシカゴ・ベアーズに52-14と圧勝しチームは10勝6敗でシーズンを終えてアトランタ・ファルコンズと同率となったが同地区の対戦成績で劣りプレーオフ出場を逃した。
1992年の最終週、12月28日のデトロイト・ライオンズとのマンデーナイトフットボールの試合後半、モンタナが怪我から2年ぶりに復帰しプレーを行った。彼はパス21回中15回成功し126ヤードを達成し2タッチダウンをあげて試合に勝利した。チームは14勝2敗でホームフィールドアドバンテージを確保しプレーオフに臨んだ。ワシントン・レッドスキンズを20-13で破ったがダラス・カウボーイズに20-30で敗れた。シーズンオフ、オーナー、ヘッドコーチ、モンタナの話し合いの結果、チームはモンタナをカンザスシティ・チーフスに放出することを決定した。デバートロオーナーはモンタナの残留、先発復帰を望んだがモンタナは自分がチームに残ることは自分とヤングのどちらが先発するとしても問題が起きると発言した。
SF:サンフランシスコ・49ERS、GB:グリーンベイ・パッカーズ、DET:デトロイト・ライオンズ、LA:ロサンゼルス・ラムズ、BAL:ボルチモア・コルツ (初代)、CHB:シカゴ・ベアーズ、NYY:ニューヨーク・ヤンクス、DAL:ダラス・テキサンズ
括弧内の文字はv:NFL優勝、n:NFL決勝敗退・カンファレンス優勝
8得点、14得点に終わった試合もあったもののこの年チームはレギュラーシーズン総得点、プレーオフまでの合計総得点で新記録を達成した。この記録は1998年のミネソタ・バイキングス、2007年のニューイングランド・ペイトリオッツに破られている。
チームは13勝3敗でホームフィールドアドバンテージを獲得、プレーオフでもシカゴ・ベアーズに44-15、ダラス・カウボーイズとの試合では第1Q終了時点で21-0とリードした。前半終了間際にヤングからライスへの29ヤードのタッチダウンパスが決まり、ハーフタイムを31-14で迎えた。第3Q最初のキックオフでファンブルし、それをタッチダウンに結び付けられて31-21と迫られたがヤングが自ら走りタッチダウンをあげて38-21とし、その後1タッチダウンを返されたが38-28で5度目のスーパーボウル出場を果たした。サンディエゴ・チャージャーズとのカリフォルニア州のチーム同士となった試合に49-26で勝利し史上初のスーパーボウル優勝5回を果たしたチームとなった。MVPにはこの試合で6本つのタッチダウンパスを投げたヤングが選ばれた。
1995年から1997年までの3年間もチームはプレーオフに出場したがいずれの年もグリーンベイ・パッカーズに敗れた(1997年は地元キャンドルスティックパークでの試合)。この年はライスが負傷で14試合欠場した。
1998年、チームは12勝4敗でシーズンを終えて16年連続勝ち越し、全てのシーズンで10勝以上あげた。
NFCチャンピオンシップ・ゲームではレギュラーシーズンでは連勝中であるラムズに敗れた。
2022年は開幕から若きランスを先発QBに起用することが明言され、故障がちなガロポロの去就が注目されていた。しかしシーズン開幕直前の8月29日に1年契約を結んで残留すると報じられた。迎えた開幕戦はシカゴ・ベアーズに敗れた。第2週のシーホークス戦の序盤にランスが右足首を負傷し、2023年シーズンの復帰を目指すことになった。その後はガロポロが先発QBとして出場した。ディフェンス面では開幕5試合全てを20失点以内に抑えたが、オフェンス陣はディーボ・サミュエル以外のレシーバーが今ひとつだったことから、10月20日にパンサーズとのトレードで2023年ドラフト2巡目、3巡目、4巡目指名権、2024年5巡目指名権と引き換えにRBクリスチャン・マカフリーを獲得した。第7週のチーフス戦に敗戦した時点で3勝4敗であり、一試合当たりの平均得点は20.7点であったが、ランとレシーブ両方で活躍するマカフリーを得て、残りの10試合の平均得点は30.5に向上した。平均失点も最初の7試合の19.0から、それ以降の10試合では14.4に改善し、最終的に総失点277、得失点差173はともにNFL全体1位を記録している。第13週のドルフィンズ戦1Qでガロポロが少なくともプレーオフ終盤までは復帰不可能だとされる負傷で交代すると、2022年ドラフトで"Mr.イレレバント"として最後の262位で指名されたQB ブロック・パーディーが交代出場し、レギュラーシーズンでタッチダウンパスを成功させた史上初めてのMr.
ラムズと49ersは、共にカリフォルニア州を本拠地とするチームとして、激しいライバル関係にあった。ラムズのセントルイス移転時(同地区に残留)、ライバル関係は解消したと考える者もいたが、元ナイナーズのロジャー・クレイグはラムズがホームゲームを火星で行ったとしても両チームはライバルだと述べている。2016年シーズンよりラムズがロサンゼルスに本拠を戻したため、カリフォルニア州のライバルとしての関係が復活した。
SF:サンフランシスコ・49ERS、ARI:アリゾナ・カージナルス、StL→LA→LAR:セントルイス・ラムズ→ロサンゼルス・ラムズ、SEA:シアトル・シーホークス
数字:シード順
v:スーパーボウル優勝
s:スーパーボウル敗退
c:カンファレンス決勝敗退
d:ディビジョナルプレーオフ敗退
w:ワイルドカードプレーオフ敗退
年表示の背景色が変わっている年はチームがスーパーボウルを制覇した年
SF:サンフランシスコ・49ERS、ATL:アトランタ・ファルコンズ、LA:ロサンゼルス・ラムズ、BAL:ボルチモア・コルツ
括弧内の文字はv:スーパーボウル(AFL-NFLワールドチャンピオンシップゲーム)優勝、s:スーパーボウル敗退・NFL優勝、n:NFL決勝敗退・カンファレンス優勝、c:カンファレンス決勝敗退
プレイオフは地区優勝チームのみ出場