奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
ユネスコ世界遺産センターに提出した推薦書では約1000ページを割いて包括的管理計画を説明したが、「土地所有者や利用者の推奨地の戦略的及び日常的な管理への参画等を進めること」や「主要な観光地域において適切な観光管理メカニズムや観光管理施設等の実施を追求すること」などを指摘された。これをうけ日本自然保護協会が日本政府に対して、観光における適切な来訪者数管理、インタープリテーション施設やネイチャーセンター(英語版)の設置、観光客の興味や収容力に応じた観光管理計画の策定を行う要請を表明した。また、世界遺産を観光資源と位置付けるエコツーリズム(ヘリテージツーリズム)と遺産の商品化による観光公害への対応も求められるが、奄美大島の大型クルーズ船の寄港誘致や沖縄のカジノを含む統合型リゾート誘致など従来以上の観光客増加に拍車がかかる動きがある。
しかし当時の石原伸晃環境大臣は「ユネスコのルールにのっとり、守るべきものがない場所を政治的な問題として後から加えることは環境省としては考えていない」と政治的判断を表明した。
2018年5月に奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島に登録延期勧告が発せられたことを伝える韓国の聯合ニュースは、「奄美大島は日本による植民地時代に朝鮮半島出身者が強制徴用され過酷な労働を強いられた場所で、戦場に特攻隊を送る基地や大規模な労働部隊があった。沖縄にも数千人の朝鮮半島出身者が労働者や軍人として強制連行され、相当数の女性が慰安婦として動員された」と、自然環境とは無関係の歴史的経緯を引き合いに出している。
2022年5月15日、沖縄返還50周年を迎え挙行された記念式典において、岸田文雄首相は式辞の中で「焼失した首里城再建ややんばるなど世界遺産を活かした沖縄振興に尽力する」とし、玉城デニー沖縄県知事も「世界遺産に登録された世界に誇る多様な自然環境を発信する」としたが、上記「緩衝地帯」にもあるように世界遺産と米軍基地が背中合わせにある状態について、首相は一切触れず、知事は沖縄の基地負担に言及するなど政治的見解の違いが顕わになった。