西九州新幹線
しかし、佐賀県の鹿島市と江北町は、この計画について、前述の運転計画と、利便性の大幅な低下や、将来的に並行在来線区間の利用が低迷し廃線される可能性に懸念を示し、肥前鹿島駅 - 諫早駅間の経営分離計画には同意しなかったため、2005年度(平成17年度)以降西九州ルートの事業予算が毎年計上されながら工事着手が行えない状況が続いていた。同意しなかった2自治体は「JR長崎本線存続期成会」を結成し、並行在来線の第三セクター鉄道化に反対していると同時に、第一期工事の時間短縮効果があまり見込めない・費用対効果が悪い、といった主張を行っていた。また、両自治体は長崎本線の輸送改善は新幹線建設ではなく既存区間の複線化で対応できると期成会において主張していた。しかし、両県のうち特に長崎県は、それに対し、時間短縮効果がほとんどないことや、複線化費用に対する国の補助金額が少ないために現在の国の補助予算規模では肥前山口駅 - 諫早駅間の複線化に60年近くかかること、また、補助金以外の費用はJR九州ならびに佐賀・長崎両県の負担となり、特にJR九州に負担の意思がない、等の理由を示し否定的見解を示し続けた。