エミリオ・アギナルド
1897年に入ると、本国から4万人の増派を得たスペイン軍の反攻が進み、2月15日にアギナルドの支配するカヴィテ州への進軍が始まった。翌3月のパソンサントルの戦いでは兄のクリスプロ・アギナルドが戦死し、拠点を置いていたイムスの町からアギナルドは撤退、ナイクに移動した。5月にスペイン軍はナイクに立て籠もるアギナルド軍に対する総攻撃を行い、アギナルドは一度死を覚悟したものの、副官のマリアノ・ディアス大佐の進言を受け入れて脱出を決意し、徒歩でマラゴンドンの町にまで敗走した。また、この5月のカティプナンの敗北期にカティプナンの内部抗争が発生し、アギナルド自身は一度流刑への減刑を思いつつもグレゴリオ・デル・ピラールらの進言を受け入れボニファシオを銃殺刑に処し、カティプナンの指導権を握った。
その後、マラゴンドンの町の維持も難しくなったためにアギナルドはカヴィテ州からの撤退を決断、マニラ北部のピアクナバトを目指して進軍を開始し、6月のピュライ山の戦いでスペイン軍を破った後、6月24日にピアクナバトに到達した。同年11月、ブラカン州に総司令部を置き、「ビアクナバト共和国」を樹立。自ら大統領と名乗る。その後もアギナルドはピアクナバトからフィリピン各地のゲリラ戦を指導しつつスペイン軍と交戦を続け、マニラのブルジョワ弁護士ペドロ・パテルノの仲介を得てスペイン当局と1897年12月14日に和平協定(ビアクナバト協定)を調印、スペイン側から補償金を得て亡命を申請し、アギナルドと他26人のカティプナンは同年12月31日に香港に到着した。香港の湾仔街(ワンチャイ)で自転車業を営み、これに伴いフィリピンのスペインからの独立運動もしばらく落ち着くかのように見えた。