顕如
院家、一家衆、坊官衆、御堂衆等のほか、「中世本願寺の寺院組織と身分制」によると、本願寺譜代の家臣である下間氏を核として、三綱・殿原・中居・綱所といった所務諸職が設けられていた。
弘治3年(1557年)4月17日、六角定頼の猶子(実父は三条公頼)の如春尼と結婚した。如春尼の実の姉は武田信玄の正室・三条夫人であり、信玄と顕如は義兄弟にあたる。
政略結婚とはいえ、二人の夫婦仲は良く、結婚31年目の天正16年(1588年)の七夕には、
いくとせもちぎりかわらぬ七夕の、けふまちへたるあふせなるらん 顕如
いくとせのかはらぬ物を七夕の、けふめづらしきあうせなるらん 如春尼
と歌を詠み合っている。
永禄2年(1559年)、正親町天皇の綸旨により本願寺は門跡となる。本願寺は証如・顕如と2代にわたって摂関家である九条家の猶子となって門跡に相応しい格式を得たとして門跡への昇格を求めていた。折しも青蓮院門跡である尊朝法親王が幼少で門跡の職務を行い得なかったため、青蓮院の異論が出されないまま本願寺の要求が認められたと考えられている。
永禄3年(1560年)には院家として河内国顕証寺、播磨国本徳寺、三河国本宗寺を指定し、坊官に下間氏を任じる。
永禄4年(1561年)には僧正に任じられている。
顕如の時代、本願寺教団は、証如の時代以来進めてきた門徒による一向一揆の掌握に務める一方、管領家であった細川京兆家や京の公家との縁戚関係を深めており、経済的・軍事的な要衝である大坂本願寺(石山本願寺)を拠点として、主に畿内を中心に本願寺派の寺を配置し、大名に匹敵する権力を有するようになり、教団は最盛期を迎えていた。