南星丸
錦江湾内をはじめ、九州沿岸および南西諸島海域を実習海域として日帰りや3日・4日程度の短期航海を行っている。漁獲調査の他、各種海洋調査も行っている。外部からの共同利用を受け入れている。白い船体の両弦に大きく「Nansei」と赤く描かれている。船長、航海士は准教授、助教授が務めている。見学会と称する一般公開が開催される時がある。