スーパーゼビウス ガンプの謎
コードネーム「ネオテレポーター」。頭に「ネオ」が付くが、性質自体は前作のザカートと同じ。アンジェネ出現時と、ガンプ基地に登場。
黄カプセル。ブラスターの照準が3×3範囲に広がり、1発で広範囲を破壊できるようになる。ミスすると失われる。
ムー文字が描かれたバーラ。トンネルのエリアのクリアの鍵となる地上物で、頂点だけが出ていてブラスター3発で破壊できるものと(1発目で全形→2発目でムー文字→3発目で破壊)、ムー文字が最初から出ているものと、ムー文字が無く赤く点滅しているものがありこちらはそれぞれ1発で破壊できる。さらにムー文字は3種類(見た目はそれぞれ"G","K","V"のような文字に見える)存在する(※クリアの鍵は「異なる3種類の破壊」で同一種の破壊はカウントに含まれず、ムー文字が毎回ランダムで出現するため周回によっては3種類全部が一度に出現せず2周しなければならないパターンもごく稀にある。また赤く点滅するものを破壊するとクリア条件が無効化され、そこから新たにムー文字付の「異なる3種類の破壊」しなければならなくなる)。コードネームは「ムーピラミッド」。
本作の最終ボス的存在で、扇形のメカが4つ集まったような円形の姿で出現。その後それぞれが戦闘機型に変形し、スパリオを多数撃ちながら飛び回る。自機より低い高さを飛んでいるためか本体に接触してもミスにはならず、破壊にはブラスターを使う。コードネームは「チーズケーキ」。
エリア7にある岩で、コードネームもそのまま「ロック」。攻撃してこないが、この中のどれかにエリア突破に必要なピトル(コードネーム「ブローチ」)が隠されている。
トンネル面に出現する。コードネームの「シザース」通り、後部の二対の部分を開閉させる。まっすぐ降りてきて、自機と横軸が合うとそのまま横に方向転換して直進する。
前作のデロータのような、スパリオ連射式の砲台。レフハーロと似た六角形だが、細部とスパリオの量ですぐに区別が付く。ゼビマップに登場。コードネーム「デコレーション」。
人類統治用コンピューター”ガンプ”率いる“ゼビウス軍”との長きに渡る戦いに、地球連合軍と地球人達は疲弊していた。
人類の中には厭戦気分によってガンプとの戦いを止め、降伏すべきだという意見も多くを占めるようになった中、ゼビウス軍に立ち向かえる戦闘機である1機の“ソルバルウ”が、ガンプの仕掛けた時空に巻き込まれ、そこで同胞機であるファントムを救出した時、ファントムのコンピューターから、様々なガンプの秘密と、データを受け取るのだった。
そしてソルバルウはファントムと共に、ゼビウス軍中枢であるガンプとの決戦に向かっていく。