日本国との平和条約
竹島の扱いについては草案から最終版までに下記の変遷を辿っている。
1947年3月19日版以降:日本は済州島、巨文島、鬱陵島、竹島の4島を放棄すること。 1949年11月14日、アメリカ駐日政治顧問ウィリアム・ジョセフ・シーボルドによる竹島再考の勧告。「これらの島についての日本の主張は古く、正当なものと思われる。そして多分ここにアメリカの気象観測所とレーダー基地を設置することもできるようだから安保的に望ましいことだ。」
1949年12月29日版以降:日本は済州島、巨文島、及び、鬱陵島を放棄すること。日本の保有領土の項に竹島を明記。
1951年6月14日版以降:日本は済州島、巨文島、及び、鬱陵島を放棄すること。(日本の保有領土の項は無くなる) 1951年7月19日、韓国政府、日本が済州島、巨文島、鬱陵島、竹島(韓国名:独島)、及び、波浪島を放棄することを条約に盛り込むことを求める。
1951年9月8日版(最終版):日本は済州島、巨文島、及び、鬱陵島を放棄すること。
太平洋戦争における対日本の公式な宣戦布告国家ではなく、且つ条約調印に招聘されなかった周辺国による条約否認・改定への動きもある。尖閣諸島問題で日中関係が悪化する中、2012年11月14日に中華人民共和国、韓国、ロシアによる「東アジアにおける安全保障と協力」会議が開かれた。席上、中華人民共和国外交部直属の中国国際問題研究所副所長郭憲綱は「日本の領土は北海道、本州、四国、九州4島に限られており、北方領土、竹島、尖閣諸島にくわえて沖縄も放棄すべきだ」と公式に演説した。そのためには中華人民共和国、ロシア、韓国による統一共同戦線を組んでアメリカの協力を得たうえで、サンフランシスコ平和条約に代わって日本の領土を縮小する新たな講和条約を制定しなければいけない、と提案した。
モスクワ国際関係大学国際調査センターのアンドレイ・イヴァノフは、この発言が中華人民共和国外交部の公式機関の幹部で外交政策の策定者から出たことに対し、多かれ少なかれ中華人民共和国指導部の意向を反映していると述べている。
ルクセンブルクは、条約に署名したが批准せず1953年3月10日に公文の交換により国交を回復した。
コロンビアは、条約に署名したが批准せず1954年5月28日に公文の交換により国交を回復した。なお、1957年7月22日付け官報第9172号付録資料版によるとコロンビアは1941年12月8日に日本との国交を断絶したが最後まで日本に宣戦を布告せず、戦争状態にはなかった。
1956年10月19日、ソ連と日本は講和について合意を行い、日ソ共同宣言を発した。共同宣言が発効した同年12月12日より国交が正常化し、法的にも両国間の戦争状態が終了した。宣言の第9項では「引き続き平和条約締結交渉を行い、条約締結後にソ連は日本へ歯舞群島と色丹島を引き渡す」と明記されたが、択捉島および国後島の返還をも求める日本との間で平和条約交渉は停滞しており、また、ロシアによるウクライナ侵攻に対する日本の制裁への対抗策としてロシア側が平和条約交渉の中断を発表したこともあって、北方領土問題は現在も未解決のままである。
インドネシアは条約に署名したが批准せず、1957年1月20日に署名された日本国とインドネシア共和国との間の平和条約において正式に講和することになった。
南原は1949年12月にはアメリカのワシントンD.C.での米占領地教育会議でも国際社会が自由主義陣営と共産主義陣営に二分していることから将来の戦争の可能性に言及しながら、日本は「厳正なる中立」を保つべきとする全面講和論を主張した。1950年4月15日には南原繁、出隆、末川博、上原専禄、大内兵衛、戒能通孝、丸山真男、清水幾太郎、都留重人らが平和問題談話会を結成し、雑誌『世界』(岩波書店)1950年3月号などで全面講和論の論陣を組んだ。『世界』1951年10月号は、山川均「非武装憲法の擁護」などを掲載した「特集 講和問題」を組み、大きな反響をよんだ。
こうした全面講和論に対して1950年5月3日の自由党両院議員秘密総会において吉田は「永世中立とか全面講和などということは、云うべくして到底行なわれないこと」で、「それを南原総長などが政治家の領域に立ち入ってかれこれ言う事は曲学阿世の徒に他ならない」と批判した。南原は吉田の批判に対して「学者にたいする権力的弾圧以外のものではない」「官僚的独善」と応じ、「全面講和は国民の何人もが欲するところ」と主張した。