十二イマーム派
最後のイマームたちの時代は支配者の厳しい締め付けに留意し、それまでのイマームたちが示した知識が逸脱しないように努めた。
イマーム・レザーの殉教でもって、イマームたちによる新たな努力の時代が始まったが、それは預言者の家の人たちにとって苦難の時代でもあった。イマーム時代の中で、第九代イマーム・ジャヴァード以降は、預言者の家の人たちにとって、最悪の時期であった。
カリフ・マアムーンは討論集会を開き、幼くしてイマームとなったイマーム・ジャヴァードを敵に論破させ、人々の信頼を失墜させようとした。カリフ機関は日に日に監視を強め、最終的にイマーム・ジャヴァードを殉教させる以外に途はなかった。イマーム・ジャヴァードの次の第十代イマーム・ハーディは第十代カリフ・ムタワッキルの従者がカリフに、メッカとメディナの民衆がイマームに従うことを求めていると書き送り、イマームをその力追放するように求めるまでに至った。カリフはイマーム・ジャヴァードをサーマッラーに召喚した。イマーム・ジャヴァードは20年間「アスキャル」という地区で駐屯軍に囲まれ、官憲の監視のもと、ついに殉教した。
彼の後のイマーム・ハサン・アスキャリーも、そのイマーム位は6年以上に及ばなかったものの、同じような条件下にあった。カリフ機関からの強い監視を受け、ほとんどの期間投獄されていた。同様にシーア派信徒たちが軍備を為すことがないように、カリフ機関は資金の面からも厳しく制約をかけ、彼らのいかなる種類の反抗も厳しく弾圧し、第11代イマーム・ハサン・アスキャリーも殉死した。
イマーム・フサインはムアーウィヤの時代には兄であるイマーム・ハサンと同じ理由により、ジハードに着手するのはイスラーム社会のためにならないとみなした。ムアーウィヤが死去し、イマーム・ハサンとの講和文書の項目に反して自らの子のために人々から忠誠の誓いを取り付けると、諸状況は一変した。イマーム・フサインはムアーウィヤの息子であるヤズィードがカリフとなることを認めず、バイア(臣従の誓い)を拒否した。同時期、アリーがかつて治めていたクーファから、指導者として来て欲しいという旨の手紙が来たために、それに応じて一族郎党を連れイラクへ向かった。ところが、クーファの民とフサインの叛意はウマイヤ朝の知るところとなり、クーファの町は平定され、フサインの一族はカルバラーで包囲され、戦闘の後、一族もろとも殺害された。胴体から切り離されたフサインの頭部はまずクーファに運ばれ、ヤズィードに差し出された。イマーム・フサインは彼の兄弟、モハンマド・ハナフィアに遺言をしたためて、自分の行動について次のように述べている。
「我が行動と革命の動機は、人間的欲望や嗜好のためではない。我が目的は堕落腐敗や圧制のためではなく、わが祖父すなわち預言者の信者共同体(ウンマ)が紊乱した状況を改善すること、勧善禁悪のためである」
イマーム・フサインの決起は、腐敗したカリフ機関に対する最初の集団的武装蜂起であり、イスラームとカリフ機関を別のものとして考える原因となった。
「隠れ」に基づく十二イマーム派に特徴的な政治思想に、イマーム再臨までのあいだ不在のイマームの代理としてイスラム法学者が信者を指導できるとするものがある。20世紀にホメイニーの提唱した「法学者の統治論」とそれに基づくイラン・イスラーム革命では、この思想が精神的支柱となった。
血縁関係を重視する結果から、預言者ムハンマドの娘ファーティマの子が2代目3代目を継いだが、次第に血統が途絶えるなどし、(シーア派各分派)ザイド派は第五代、イスマーイール派は第七代のイマームを誰にあてるかで分派した。このほかに十二イマーム派の内部の学派に、18世紀にシャイフ・アフマド・アフサーイーが説いたシャイヒー派があり、19世紀にバーブ教、バハイ教が生まれている。
これは当時の条件下において最もあからさまかつ最も過激な政治的立場であった。また、イマーム・ムーサー・カーズィムはサファヴァーン・ジャンマールと衝突したことも政治的な努力を継続し、カリフ側を簒奪者とする立場をとった一例である。イマームの追随者の一人であるサファヴァーンは、彼のラクダを巡礼のためにハールーンに貸していた。イマーム・ムーサー・カーズィムはこれを知り彼に叱責し、いかなる種類であっても不正なるカリフとの協力を禁止した。しかし、アリー・イブン・ヤグディーンがイマームの許可のもとで、ハールーンの宰相として、イマームの目的を具現するために尽力した場合は例外とした。
カリフは日に日にイマームに対する締め付けを強めていった。最終的にカリフの命により、イマーム・ムーサー・カーズィムはメディナの預言者モスクでの礼拝時に捕えられ投獄された。さらにバスラやバクダードに連行され、数年にわたって牢獄をたらい回しにされた挙句、殉教した。