名古屋刑務所
1968年(昭和43年)、刑務所内の印刷されていた南山大学の入学試験問題が事前に外部流出。後日、服役者と出所者が共謀して試験問題のゲラ刷りを盗み出していたことが判明した。南山大学では試験問題を直前に差し替えたほか、不利となった受験生の救済のため経済学部の合格者を100人増加させる措置を講じた。
1998年(平成10年)から2000年(平成12年)7月にかけて、窃盗罪で同刑務所に服役していた大阪府大阪市在住の元男性受刑者が、刑務官から革手錠で腹部を締められたことにより、急性腎不全を発症したとして、法務省に対し550万円の損害賠償を求める訴訟を起こした。同刑務所側は「消滅時効が成立している」と主張したが、2011年(平成23年)12月8日に大阪地方裁判所は「革手錠の使用は必要限度を越えており、違法である」として、腎不全発症との因果関係を認定し、日本国政府に対し230万円の国家賠償を命じる判決を言い渡した。
2008年(平成20年)10月から2009年(平成21年)3月にかけて男性看守部長(53)が勤務中に酒を飲んでいたとして、同刑務所は12月4日、看守部長を戒告の懲戒処分とした。
2009年(平成21年)に、受刑者に携帯電話を使わせるなどした見返りに航空券を受け取り、また刑務所の職員親睦会の会費約192万円を着服したなどとして、収賄と業務上横領の疑いで、男性刑務官を懲戒免職処分にした。