バイカル湖
ほとんどの種は海から孤立した際に取り残された海生生物が淡水に適応したものであると見られ、安定した気象条件や深部まで溶在酸素があること、湖底の複雑な構造などが生存に寄与し、またそれぞれの深度に適応したヨコエビ類とこれを捕食するカジカが多様な種の分岐を果たしたものと考えられる。このような中、一部のカジカは遊泳性を強めた生態を持つようになり、かえってバイカル湖生態系の頂点に当たるバイカルアザラシに捕食されやすくなったものもいる。
バイカルアザラシも海生から淡水に順応したもので、その起源には2つの説がある。一つは1000-1200万年前に南西ヨーロッパから続くパラテチス海盆を辿って棲み付いたものがその後に陸封されて適応したとするもの。もう一つは250-300万年前に地球が温暖化した影響から北極海が北緯61度程度まで海進したと考えられ、その時にアザラシの亜種が分布したという説である。
微生物(原生生物)の中にも固有種がおり、ペリディウム、ギムノディニウム、アステリオネラ、タベラリアなどは水質を浄化させる。バクテリア・プランクトンはバイカル湖の透明性に寄与している可能性が指摘されるが、そのメカニズム解明には至っていない。
近年では周辺にある製紙工場からの工業排水流入や、森林への殺虫剤散布の影響による水質汚染が顕著化しており、バイカル湖固有種の中には絶滅に瀕しているものもある。特に有機系塩素殺虫剤であるPCBやDDTなどを処分する際、バイカル湖に大量投棄されたということもあった。1987年から翌年にかけ、バイカルアザラシの大量死が発生したが、これは水質低下による免疫力低下を起こしているところに犬由来のジステンパーに近い病気に感染し引き起こされたものと推察された。
湖の汚染は水質悪化が深刻な北海やバルト海に相当する。バイカル湖には流出河川がアンガラ川しか無く、その排水量は湖水の0.26%に過ぎない。そのため水の交換率が低い上に、近隣諸国から流入する川の汚染や低緯度地域から流れ込む大気がもたらす物質なども汚染の原因に挙げられ、一度水質が低下すると回復が難しい。さらに最近では腫瘍など形態異常を来たしたアザラシの報告などもある。