警察庁長官狙撃事件
現場の壁にあった繊維痕と火薬痕や目撃証言から推定される犯人の身長が被疑者と合致せず、被疑者が狙撃現場にいたという証拠が弱いこと。
國松の秘書が語った3発目と4発目の発砲状況について、実行犯と主張している被疑者との供述に食い違いがあること。
Nは、2002年11月に名古屋市で銀行の現金輸送車を襲撃し拳銃で警備員を撃った強盗殺人未遂の犯人として無期懲役の刑に処せられ、岐阜刑務所で服役中である。また、Nにはこの強盗殺人未遂事件と同年に起きた八王子スーパー強盗殺人事件の犯人説も提唱されているが、Nはこの事件への関与は否定しており、疑惑を報じた週刊新潮に対して名誉毀損に対する損害賠償請求訴訟を提起し勝訴している。
長官狙撃事件の現場の近くに北朝鮮のバッジが落としてあったことから、坂本弁護士一家の失踪事件の捜査で、警察が坂本宅でオウム真理教のバッジという物証を得ながら、地下鉄サリン事件の阻止もできなかったことに対する右翼等による義憤説が当初から根強くあった。鹿島圭介は『警察庁長官を撃った男』で、國松を狙撃したと自供しながら逮捕・起訴されなかった国士的かつ戦闘マニア的な元極左活動家で、1956年に警官殺害の前科があり18年間服役した人物としてNを取り上げた。2014年8月31日にはテレビ朝日が「未解決事件スペシャル」で、2018年9月にはNHKが「未解決事件」でNを報じた。2023年3月20日には毎日新聞が、「事件当日にNの逃走を手伝った」とする事件当時21歳であった男の新証言を報じた。
また、1990年当時、城内は実際には警察庁警務局長であり、その警務局(現在の警察庁長官官房)が警備公安警察の運用に携わることはない。また、國松は警察官僚として主に公安畑を歩んでおり、警察庁刑事局長就任以前の1988年には、警視庁公安部長を務めている。その他、一橋は本書の文庫版の104ページにおいて、「発生当初、犯行に使われた銃は、線条痕から38口径のアメリカ・コルト社リボルバー(回転式拳銃)のパイソンで、弾丸は先にギザギザが入った殺傷力の高いホロー・ポイント弾、通称357マグナム弾と推定された」という、意味不明な記述をしている。
結局一橋は『噂の真相』1996年7月号に掲載された「『新潮45』のオウム・ウォッチャー 一橋文哉の盗用常習で発覚した“正体”」において、「ようするに一橋文哉は取材なんてしていなくて、資料や他紙誌の記事をつぎはぎして、あたかも独自取材のように作っているレポートなんじゃないか」として、盗作・捏造疑惑を指摘されることとなった。これに対して一橋は一切抗議していない。また城内康光の長男・城内実衆議院議員は「私の後援会副会長は國松元長官」とし、城内康光犯行関与説を一笑に付している。