科学技術庁
1956年(昭和31年)5月19日、総理府の外局として科学技術庁(長官は国務大臣)が設置された。 母体となったのは、総理府原子力局、総理府の附属機関であった科学技術行政協議会事務局および資源調査会事務局である。その他、通商産業省工業技術院からは調査部門が、特許庁からは発明奨励部門がそれぞれ移管された。 他官庁では次官職や局長職への就任機会の少ない技官を処遇するために設立された色彩も濃く、実際に、事務次官を筆頭とする本庁幹部職員の多くに技官が就任した。 実際の科学技術行政の大半は厚生省、農林省、通商産業省、運輸省、郵政省、建設省等の業所管官庁がすでに所管しており、科学技術庁の所掌事務は主に宇宙および原子力関係行政であった。組織および予算の半分以上は原子力に関するものであった。
1957年(昭和32年)8月1日、国家行政組織法改正に伴い、大臣庁は各省と同様の機構を有することができるようになり、科学技術庁次長に代えて科学技術事務次官を置いた。
2000年(平成12年)4月1日、中央省庁再編に先駆けて原子力安全委員会の事務局機能を分離し、総理府に移管した。
2001年(平成13年)1月6日、中央省庁再編に伴い、文部省と統合され、文部科学省が設置された。 この際、科学技術政策局、科学技術振興局、研究開発局は文部省の学術政策を取り込み、それぞれ科学技術・学術政策局、研究振興局、研究開発局となった。原子力局の所掌事務は内閣府原子力委員会、文部科学省、資源エネルギー庁(経済産業省の外局)に分割され、原子力安全局の所掌事務は原子力安全委員会事務局(内閣府)、文部科学省、資源エネルギー庁原子力安全・保安院に分割された。 ただし、科学技術政策局の所掌事務の内、各省各庁の所管分野にまたがる総合的な科学技術政策は内閣府に引き継がれた。内閣府の科学技術政策部局は、従前の科学技術会議の機能を拡充して設置された総合科学技術会議の事務局の機能や原子力委員会の事務局の機能を併せて担当する。この科学技術政策部局を統括する内閣府特命担当大臣(科学技術政策担当)を置くことができ、法律上は必置とはされていないが、実際の閣僚人事では欠かさず置かれている。科学技術政策の大綱を決める権限は総合科学技術・イノベーション会議が所管している。