イェール神学校
)は1867年に授与され、学部は1869年に独立した神学校になった。当時の神学校は大学キャンパスの北端、プロスペクトヒル(Prospect Hill)の頂上に新しいキャンパスが建設されることになる1929年まで、旧キャンパスの向かいに残った。
同じくニューヘイブンにある米国聖公会のバークレー神学校(Berkeley Divinity School)は、1971年にイェール神学校と提携し、同年に神学士号に代って神学修士号を付与することになった。バークレー神学校は米国聖公会とのつながりを維持し続ける一方、その学生はイェール神学校のメンバーとして認められている。イェール大学のジョナサン・エドワーズ・センターは神学校の部門であり、1720年のイェール大学卒業生で会衆派神学者ジョナサン・エドワーズに関する主要な資料資料の大規模なコレクションを保管している。宗教音楽院(Sacred Music Institute)は、神学校と音楽学部と共同で運営していて、合唱指揮、オルガン演奏、声楽、教会音楽研究、典礼研究、宗教と芸術のプログラムを提供している。
2016年5月、アンドーヴァー・ニュートン神学校のマーティン・コペンヘイバー学長は、アンドーバー・ニュートンが今後2年間でイェール神学校と正式に提携するプロセスを開始すると発表した。2016〜17学年度に、その教職員はニューヘーブンに移住し、支持教団のミニストリー教育に焦点を当てたパイロット・クラスを開始し、アンドーバー・ニュートンはその後2年間はマサチューセッツ州でも活動も続けた。2017年7月に正式な提携が調印され、バークレー神学校との取り決めと同様に、イェール神学校内でアンドーバー・ニュートン神学校がより小さなユニットとして機能するようになった。