南遣艦隊
山縣正郷中将:1943年11月30日 - 1945年3月10日(解隊後、帰国中に中国大陸で戦死、海軍大将に昇進)
第9特別根拠地隊 敷設艦:初鷹 特設艦:永興丸 第11駆潜隊
第10特別根拠地隊 掃海艇:第7号掃海艇 第44掃海隊 第9警備隊 第11潜水艦基地隊 第10港務部 第23衛所隊
第11特別根拠地隊 駆潜艇:第19号・第20号・第21号・第41号・第43号 特設艦:永福丸
第12特別根拠地隊 水雷艇:雁 特設艦:江祥丸 第14警備隊 第25警備隊 第21衛所隊 第22衛所隊
第13根拠地隊 第12警備隊 第13警備隊 第17警備隊 第12通信隊
敷設艦:八重山
駆逐艦:天津風
第21魚雷艇隊 第936海軍航空隊 第34防空隊 第51防空隊 第55防空隊 第58防空隊 第70防空隊 第88防空隊 第102防空隊 第104防空隊 第108防空隊 第112防空隊
第40設営隊
第231設営隊
第234設営隊