寺社奉行
水野忠春(1681年 - 1685年)
稲葉正往(1681年)
秋元喬知(1681年 - 1682年)
酒井忠国(1681年 - 1683年)
坂本重治(1682年 - 1687年)
板倉重形(1683年 - 1684年)
本多忠周(1683年 - 1687年)
大久保忠増(1685年 - 1687年)
酒井忠挙(1687年 - 1689年)
戸田忠真(1687年 - 1699年)
米津政武(1687年 - 1688年)
本多正永(1688年 - 1696年)
加藤明英(1689年 - 1690年)
小笠原長重(1690年 - 1691年)
松浦棟(1691年 - 1694年)
永井直敬(1694年 - 1704年)
井上正岑(1696年 - 1699年)
松平重栄(1696年 - 1702年)
阿部正喬(1699年 - 1704年)
青山幸督(1699年 - 1702年)
本多忠晴(1702年 - 1713年)
三宅康雄(1704年 - 1710年)
久世重之(1704年 - 1705年)
鳥居忠英(1705年 - 1711年)
堀直利(1705年 - 1708年)
安藤信友(1709年 - 1713年、1717年 - 1718年)
江戸時代の諸藩でも寺社奉行を設置する藩が見られるが、越後長岡藩のように寺社奉行を宗門奉行に改称した例もある。
また、柳川藩の寺社町役や戸田氏時代の大垣藩の寺社町奉行のように町奉行と統合した藩もある。
時代劇で町奉行同心や与力が、犯罪者が社寺地に逃げ込むのをみて「寺社奉行が束ねているので手出しが出来ない」と地団駄を踏むシーンが登場するが、これは事実と異なる。
犯罪者が社寺地に逃げ込んだ際には、町奉行所側が寺社奉行に対し、一定の手続きや捜査協力の申し出などにより「下手人の引き渡し」や「捕縛権の執行・代行」が行われていた。また火付盗賊改方は寺社奉行による事前了解がなくても、社寺地に立ち入っての犯罪者捜査や捕縛が認められていた。社寺側が犯罪者をかばうのが明白な場合、寺社奉行によって厳しく取り調べられ、僧侶・神職を捕縛したこともあり、社寺地が治外法権になるようなことはあり得なかった。
松平輝聴(1856年 - 1860年)
板倉勝静(1857年 - 1859年、1861年 - 1862年)
松平宗秀(1858年 - 1860年)
水野忠精(1858年 - 1860年)