神仏習合
鎌倉時代末期から南北朝時代になると、僧侶による神道説に対する反動から、逆に、神こそが本地であり仏は仮の姿であるとする神本仏迹説を唱える伊勢神道や唯一神道が現れ、江戸時代には儒学の理論により両派を統合した垂加神道が誕生した。これらは神祇信仰の主流派の教義となっていき、神道としての教義確立に貢献した。
しかし、神仏習合の考え自体は明治時代の神仏分離まで衰えることなく続いている。現在、仏教の寺院の墓地における墓石と板塔婆がそれぞれ石と木で作られることを、神社における磐座と神籬の影響とする説 があるように、近現代においても日本人の精神構造に影響を及ぼしている。
仏教が日本にもたらされた当初、仏は、蕃神(となりのくにのかみ)として日本の神と同質の存在として認識された。日本で最初に出家して仏を祀ったのは尼(善信尼)と『日本書紀』にはあるが、これは巫女が日本の神祇を祀ってきたのをそのまま仏にあてはめたものと考えられている。また寺院の焼亡による仏の祟りという考え方も生まれた、仏教には祟りという概念は無いため、神祇信仰をそのまま仏に当てはめたものと理解できる。
552年(538年説あり)に百済から欽明天皇に仏像と経文がもたらされた(仏教公伝)。欽明天皇は仏像の見事さに感銘し、群臣に仏教に帰依すべきかと意見を聞いた。これに対して蘇我稲目は「西国では皆が帰依しており日本だけ背くことはできない」と受容を勧めたが、物部尾輿や中臣鎌子らは「日本には天地に180の神がおり、蕃神を拝めば国津神たちの怒りをかう」と反対したという。