東日本旅客鉄道長野支社
長野県内のJR線のうち、中央本線塩尻駅以東・大糸線の大部分(南小谷駅以南)の路線並びに県外につながる小海線を管轄している。2021年3月31日時点で、合計348.5kmの在来線、136.5kmの新幹線、114の駅(豊野駅を含む)を管轄している。新幹線については2019年4月1日より発足した新幹線統括本部へ列車運行・線路設備管理業務を順次移管しているが、現在も元々の管轄区間が営業エリアとして位置づけられている。
長野県内の中央本線塩尻駅以西と飯田線は、東海旅客鉄道東海鉄道事業本部の管轄。
長野県小谷村の大糸線非電化区間(中土駅・北小谷駅)は、西日本旅客鉄道金沢支社の管轄。
日本国有鉄道共済組合物資部の流れをくむ企業。各駅での土産物店や飲食店の営業、駅業務の受託、人材派遣、食品スーパーの運営を行う。旧ジェイアール東日本コンビニエンスの展開したコンビニ「JC」のフランチャイジーでもあり、現在もJR東日本グループで唯一、食品スーパー「生鮮市場JC」で「JC」の名称とロゴを使用している。のちに株式会社ステーションビルMIDORIに合併された。
飯山線(森宮野原駅 - 越後川口駅、ただし越後川口駅付近は新潟支社の管轄)
2010年3月31日までの管理区間。4月1日より新潟支社の管轄下となった。
信越本線(信濃追分駅 - 篠ノ井駅、ただし信濃追分駅付近は高崎支社の管轄)
北陸新幹線が長野新幹線として部分開業する以前の管理区間。現在長野支社の管轄である軽井沢駅(但し新幹線のみ)も、当時は高崎支社の管轄下であった。現在はしなの鉄道が管理。
信越本線(長野駅 - 妙高高原駅、ただし妙高高原駅付近は新潟支社の管轄)
北陸新幹線金沢延伸までの管理区間。現在はしなの鉄道が管理。
大糸線(南小谷駅 - 北小谷駅)
国鉄長野鉄道管理局の管理区間。1987年の民営化後は西日本旅客鉄道金沢支社の管轄となった。
中央本線(坂下駅 - 塩尻駅、ただし坂下駅付近は名古屋鉄道管理局の管轄)
国鉄長野鉄道管理局の管理区間。1987年の民営化後は東海旅客鉄道東海鉄道事業本部の管轄となった(塩尻駅構内は長野支社の管轄)。
長野支社管内の駅ビルや車両基地での清掃・整備を行なっているほか、一部外部業務も受託している。2012年10月1日「長野鉄道車輌整備」より社名変更された。