浄土真宗本願寺派
本願寺派では、全国を5連区、32教区・特区(31の教区と沖縄県宗務特別区)に分けて教務所を設置し、各教区は533の組(そ)に地域割りしている。
教務所は本山境内にある宗務所の出先機関として事務全般を取り扱うほかに、各教区の開教・布教拠点としての役割を担う。
別院や教堂と併設されることが多く、この場合に教務所長は原則として別院輪番または教堂主管が兼職する。例外として東京教区教務所は築地本願寺の副宗務長のうち1人が、大阪教区教務所は本願寺津村別院の副輪番のうち1人が教務所長を兼職している。また、沖縄県宗務特別区の沖縄県宗務事務所は沖縄別院境内ではなく、那覇市天久に設置されており、沖縄別院輪番が沖縄県宗務事務所長を兼職している。
さらに、従来は1教区に1教務所長の体制であったが、宗務組織改革として教務所長の兼務を推進している。そのはじめとして、2022(令和4)年4月に石川教区と福井教区で兼務をはじめ、兼務教区にはそれぞれ副所長を設置している。
第1連区 北海道教区教務所(札幌別院) - 北海道 東北教区教務所(仙台別院) - 東北地方 東京教区教務所(築地本願寺) - 関東地方、山梨県、静岡県 長野教区教務所(長野別院) - 長野県 新潟教区教務所(新潟別院) - 新潟県下越地方、中越地方、佐渡島 国府教区教務所(国府別院) - 上越地方
三夜荘(京都市伏見区):かつて巨椋池のほとりにあった門主の別荘
別格別院は第8代蓮如の直系子孫らが開山又は復興し、蓮如の血縁を汲むものが歴代の住職を務めてきた有力寺院。 大谷宗家に準じる連枝として特別の待遇が与えられ、寺院そのものも多くの末寺を抱え、多くが寺域に寺内町を形成するなど本願寺に準じる「中本山」として権力を誇った。
別格別院という名称、規定は明治期のもの。第二次世界大戦後には本末制度が解体され、宗派の被包括寺院として末寺が独立したことで、急速に力を失った。
別格別院顕証寺 - 八尾市久宝寺、久宝寺御坊
別格別院本徳寺 - 姫路市亀山、亀山御坊
別格別院本善寺 - 吉野郡吉野町飯貝、飯貝御坊
別格別院本照寺 - 高槻市富田、富田御坊
別格別院明照寺 - 彦根市平田町、妙法山明照寺
別格別院徳応寺 - 現在の井波別院
別格別院福田寺 - 米原市長沢、長沢御坊
別格別院善福寺 - 神戸市長田、一乗山善福寺
別格別院超勝寺 - 福井市東藤島、西超勝寺(東超勝寺は真宗大谷派寺院)