山梨県駅
山梨県駅の駅位置においては、都留市を中心とする郡内地域、笛吹市を中心とする峡東地域、甲府市に近い峡中地域、市川三郷町など峡南地域の4地域が誘致に名乗りを上げた。当時の山梨県知事である横内正明は甲府盆地の市街地を縦断するルートは、用地買収の困難さ、振動騒音などの環境問題、並行する中央本線の特急列車(あずさ・かいじ)の本数が減るなどの問題が生じるとして、直線ルートの支持を表明した。
JR東海はその後、4地域を比較検討した結果、峡中地域に設置するという計画を発表した。2011年(平成23年)9月6日、甲府市、甲斐市、中央市、昭和町の4市町長ら「甲府圏域建設促進協議会」が横内知事に、中央自動車道のスマートインターチェンジが設置される予定の甲府市大津町周辺、JR身延線小井川駅近くの中央市上三條周辺2か所を候補地として提示。県主導でこの提案を基に詳細な位置を絞り込み、同年内に決定する方針を明らかにした。そして山梨県は候補地を甲府市の大津町周辺とする方針を固めたとされる。
2013年(平成25年)にJR東海が明らかにした計画では、山梨県の駅としては甲府市大津町付近とした。2018年(平成30年)3月30日に甲府市役所がリニア駅を含めたエリア別の『甲府市都市計画マスタープラン』を発表している。ただし2019年(平成31年)2月より知事に就任した長崎幸太郎は「(小井川駅付近で)身延線に接続できれば(甲府駅まで)10分で行ける」とし、位置を含めた計画の見直しを示唆し、県として小井川駅周辺と甲府市大津町周辺の比較検証を開始。しかし2019年(令和元年)10月、甲府市は市内の大津町周辺が優位とする独自の検証結果を公表した。