中世における異端審問
異端を発見し告発するべく、教皇審問の手続きは複雑に発展していった。法や手続きの細則によって、異端審問法廷の在り方は細かく定められた。もし被告が異端を手放して正統教会に戻ってきたなら、その者は赦されると共に懺悔を行うよう求められた。もし被告が異端を手放さなければ、その者は破門され、世俗権力に引き渡された。異端に課される罰は、当時のヨーロッパにおいては世俗法廷で申し渡される罰ほど重くは無かったものの、財産没収や世俗法廷への引き渡しなど、教会法の中で成文化されていた。また「異端」「信仰者」「異端容疑者」「単に疑われている者」「激しく疑われている者」「極めて激しく疑われている者」などといった異端審問法廷の重要な基本用語も定められた。
ヴァルド派は主にドイツと北イタリアで活動していた。彼らは元は教会が富をため込んでいくことに懸念を示した正統教義の平信徒のグループであったが、次第にカトリック信仰に教義を付け加えて独自の信仰を持つようになった。ヴァルド派はカタリ派と異なり唯一の神を信仰している点ではカトリック教会と同じであったが、同時に特権階級としての聖職者を認めず、すべての信徒が聖職者であると考えた。またカトリック教会が正統教義に組み込んだ聖人・殉教者崇敬を拒んだ。さらに教会とその聖職者の秘跡を行う権威を否定し、使徒の清貧(英語版)論を展開した。
各地地元の聖職者や世俗司法権力は、教皇審問のライバルであり続けた。どのような形でも、異端検察権の完全な支配を確立できた教皇はいなかった。中世の王や公、司教、世俗権力すべてが異端検察の手続き中に役割を占めていた。教皇審問は13世紀後半に最高潮に達した。この時代、異端を捌く裁判所はほとんど全面的に、教皇を含むあらゆる権力から独立していた。そのため、異端審問の乱用を根絶することはほとんど不可能だった。例えば「異端の鉄槌」 (Malleus Haereticorum)のあだ名で知られるドミニコ会士Robert le Bougreは、その残酷さと暴力性で悪名高い異端審問官だった。またヴェネツィアでは、異端審問をゆだねられたフランシスコ会士たちが、異端の財産を差し押さえたり免罪を乱売したりして私腹を肥やすといった、教会に対する欺瞞を働いていることが瞬く間に知れ渡った。彼らの汚職は教皇からも目を付けられ、1302年に活動を停止させられた。
南ヨーロッパでは、アラゴン王国に教会が運営する法廷が存在していた。ただし、このような制度は他のイベリア半島諸国やイングランドなど他の国々でも類を見ない。スカンディナヴィア諸王国では、異端審問の影響はほとんどなかった。
14世紀初頭、テンプル騎士団とベギン会が異端審問の標的となった。テンプル騎士団に関しては、その異端審問の発端が本当の異端嫌疑にあったのか、はたまた騎士団の富を欲したフランス王フィリップ4世による陰謀だったのかは定かでない。国王が騎士団に対し莫大な借金をしていたイングランドでも、おそらくそれゆえに、騎士団が迫害された。