リファレンスゲノム
ゲノムの長さは、何通りかの表現方法がある。簡単な方法は、アセンブリ中の塩基数を数えるもので、物理的距離、物理位置などと呼ばれることがある。
ゴールデンパスと呼ばれるUCSCのとった手法では、ハプロタイプ領域やPseudo autosomalなどの冗長領域を除外した長さを用いている。これは通常、物理的なマップ上にハプロタイプのシークエンシング情報を重ねるようにして構築され、スキャフォールド(骨格)の情報とすりあわされている。これはゲノムがどのように見えるかの「最良の推定値」であり、通常はギャップを含むため、典型的な塩基対アセンブリよりも長くなる。