本郷三丁目駅
文京区立真砂中央図書館
文京区立本郷小学校
文京区立本郷台中学校
東洋学園大学 本郷キャンパス
文京ふるさと歴史館
東京都水道歴史館
本郷四郵便局
本郷一郵便局
ホテル機山館
春日通り(国道254号)
島式ホーム1面2線を有する地下駅。改札口は春日寄りに1か所があるのみだが、ホームと連絡するエスカレーター・階段は2か所設置されている。ホームと連絡するエレベーターは中間部に設置されている。
駅舎と改札口は地下にあるが、地上への出口は数か所もあり複雑な上、地上までの距離もある。
かつては、5番出口への通路の途中にお忘れ物センターが設置されていたが、春日駅前の交通局春日庁舎1階に移転した。
各年度の1日平均乗降人員は下表の通りである。