新世紀エヴァンゲリオン (漫画)
貞本はアニメと漫画のフォーマットの違いを意識し、対象年齢を14、5歳に想定しつつも「難しすぎて下がらない」と語ったうえで、「神の視点」であるアニメに対して、少ない情報量で分かりやすくし、主人公の心の流れを軸にエヴァの世界観を見ることを心がけた。特に、渚カヲルに関しては登場時期や碇シンジとの関係性、性格なども大幅に変更されている。漫画版ではサンダルフォン、マトリエル、イロウル、レリエルの4体の使徒が削られているため、使徒の数は(リリン=人類を除き)全13体である。終盤の展開は旧劇場版『Air/まごころを、君に』を基にしているが、結末はシンジが再生された世界で未来へ歩み出すという独自の物になっている。なお、単行本最終巻では、本編終了後に番外編(EXTRA STAGE)として、大学時代の碇ユイと六分儀ゲンドウ、新劇場版に登場した真希波マリを描いた、1話読み切りの短編描き下ろしエピソード「夏色のエデン」が追加された。
貞本はこの漫画版執筆のために、原作アニメにはキャラクターデザインと作画の一部しか関わっていない。ただし、初期にはアイデア出しなどで第6話までは何らかの形でかかわっている。また、第24話は作画監修をしている。