クラリス・スターリング
訓練生からFBI捜査官へと昇格したクラリスは、あるときマフィアの集団と銃撃戦を繰り広げ、赤ん坊を抱いた女ボスをやむをえず射殺し、マスコミから叩かれる。クラリスの上司で彼女に嫉妬し、欲情する司法省のクレンドラーが、かつてのレクターの患者で彼に肉体をぼろぼろにされた経験をもち、彼に恨みを持つ大富豪メイスン・ヴァージャーと結託。レクターをおびき寄せるエサとして彼女を選んだことで、彼女の立場はFBIの中でさらに窮地に立たされていく。
一方、前作で脱獄に成功し、イタリアのフィレンツェでフェル博士として暮らしていたレクターは、自分のことを狙っている者の存在と、クラリスのピンチを感じ取り、自分の逮捕をめざしていたパッツィ刑事を殺害後にアメリカに帰還する。アメリカに帰還したところで、メイスンの部下に捕らえられたレクターを目撃したクラリスはその後を追う。
バージニア大学を卒業後、FBI訓練生となったクラリスはある時、行動科学課の課長ジャック・クロフォードからバッファロー・ビルによる連続殺人事件の解決のヒントを得るべく、特別捜査官としてボルティモア精神病院の監房に閉じ込められている連続猟奇殺人犯にして天才精神科医であるハンニバル・レクターを訪ねるよう依頼された。レクターは最初こそ彼女のことを「強引で清潔で多少趣味の良い田舎者」とからかい、素気無くあしらったが、囚人の一人に彼女が辱められたことの償いとして最初のヒントを与えた。
やがてマーティン上院議員の一人娘キャサリンがビルに誘拐される事件が発生。クラリスはレクターに、「キャサリン救出の成功と引き換えに待遇のよい施設への移動を保証する」とマーティン議員の名を騙った偽の取引を持ちかけ、レクターもまた彼女自身の過去に関する話をしてもらうという条件で協力を約束した。しかし、その会話を盗聴していたボルティモア院長のチルトン博士が、自分の出世のためにマーティン議員と別の取引を結び、レクターはメンフィスの監房に移送される。
クラリスは事件解決のヒントを得るべくレクターと最後の接触を試み、この時、自分を苦しめ続けている幼い日の子羊たちの叫びを告白することになる。レクターは「ありがとう、クラリス」と彼女をついに対等の存在として認める。レクターのヒントをもとに、クラリスはついにバッファロー・ビルの正体ジェイム・ガムの犯人像と居場所を突き止め、彼の逮捕とキャサリン救出に成功する。だがレクターはその捜査中に監房の看守を殺害して脱獄し、クラリスに一つのメッセージを残すとともに彼女の前から姿を消した。