国家神道
そのため、出雲神道系などの信仰が偏狭な解釈により大きく後退した。また、神社の祭神も、その土地で古来からまつられていた神々ではなく、『古事記』、『日本書紀』などの皇統譜につながる神々に変更されたものが多い。そのため、地域での伝承が途絶えた場合にはその神社の古来の祭神が不明になってしまっている場合がある。
その後、姉崎正治は従来の「宗教」の定義を疑い、キリスト教や仏教中心的で、出来上がった組織ばかりに注目するその態度を批判した。そして、宗教の本質を個人の内面の問題へと還元することによって宗教の幅が広がってゆき、神社に対する崇敬という感情も宗教の一環ではないかと疑われるようになり、神社非宗教説を揺さぶった。
戦前の上智大学では、神社は非宗教であるという理論で、クリスチャンでも神社参拝が可能であると説明するようになった。
古来より天皇の神格性は多岐に渡って主張されたが、明治維新以前の尊皇攘夷・倒幕運動と相まって、古事記・日本書紀等の記述を根拠とする天皇の神格性は、現人神(あらひとがみ)として言説化された。また、福羽美静ら津和野派国学者が構想していた祭政一致の具現化の過程では、天皇が「神道を司る一種の教主的な存在」としても位置づけられた。幕府と朝廷の両立体制は近代国家としての日本を創成していくには不都合であったが故の倒幕運動であり、天皇を中心とする強力な君主国家を築いていきたい明治新政府の意向とも一致したため、万世一系の天皇を祭政の両面で頂点とする思想が形成されていった。
具体的な国民教導に失敗した宣教使が廃止された後、神仏儒合同でおこなわれた教部省による国民教導では、「敬神愛国の旨を体すべきこと」、「天地人道を明らかにすべきこと」、「皇上を奉戴し朝旨(ちょうし。天皇の命令や指示)を遵守せしむべきこと」の3つ、「三条ノ教則」が設定された。この「三条ノ教則」を巡る解説書は仮名垣魯文の『三則教の棲道』(1873年)など多数が出された。
同じく占領期の宗教政策に関する助言を行なったアメリカの宗教学者ウィリアム・ウッダードは、このようなGHQの国家神道理解に疑義を呈し、「国家神道 (State Shinto)」とは単に神社の国家管理状態を指すものでしかなく、1930年代から1940年代初期に、国民に強制された超国家主義的・軍国主義的教義・儀礼・慣行は、神道とは全く区別される、別箇かつ独立の現象であって、神道の一派ではないとし、そのようなイデオロギーを「国体狂信主義( State Cult, Kokutai Cult )」と総称し、「国家神道」とは明確に区別されるものとした。
また、GHQの占領政策において、GHQの担当者と折衝に当たった日本の宗教学者である岸本英夫は『戦後宗教回想録』所収の「嵐の中の神社神道」で、GHQの国家神道観を、「国家神道を偏狭な国家主義思想に凝り固まった、きわめて煽動的な宗教であるとみなすことが、世界の強い一般的な世論になっていた」「ある意味では、連合国側では、国家神道の力を過大評価していたともいえよう。自らがえがき出した、国家神道の幻影におびえていたとも見られる」「官国幣社の神官以外に、いわゆる挑発的な国家主義の指導者はたくさんいたにもかかわらず、彼らは、神官こそ偏狭な国家主義思想の煽動者であったと信じ込んでいた」「神社といえば、すべて官国幣社的性格をもっていて、直接に国家によって管理経営されているものと考えていた」「官社と民社との区別を知らず、しかも神社の数からいえば、官国幣社はきわめて少数で、その大部分が民社であるというようなことは知らなかった。すべての神社を、一まとめにして、官国幣社なみに考えていたのである」などと回想している。