ヘパラン硫酸
グリピカン3(GPC3)はWntとFrizzledの双方と相互作用し、下流のシグナル伝達を開始する複合体を形成する。WntはGPC3のIdoA2SとGlcNS6Sを含むヘパラン硫酸モチーフを認識し、GlcNS6S3Sへの3-O-硫酸化は結合を強化することが実験的に示されている。
その他多くのタンパク質のHS結合特性の研究が行われている。
アンチトロンビンIII
線維芽細胞増殖因子
肝細胞増殖因子
インターロイキン-8
血管内皮細胞増殖因子
Wnt/Wingless
エンドスタチン(英語版)
硫酸化または非硫酸化IdoAに隣接したGlcNS(6S)の形成を担うグルコサミニル-6-O-スルホトランスフェラーゼ(6OST)が3種類同定されている。成熟型HS鎖にはGlcNAc(6S)も存在する。