アマルナ時代
また、自身の王名も「The one who is beneficial to Aten,またはThe living spirit of Aten」を意味する「アクエンアテン」と改名した。
しかし、アメン神の存在をすべて禁止したのではなく、共同統治者であるスメンクカーラー王をテーベのアメン神官団との仲裁役として関係の保全に努めた。また、まだ伝統的な神々への崇拝を禁止しておらず、アマルナ時代に入ってから信仰され始めたアテン神は単に崇拝を民衆に強制させたのではなく、アテンの信仰を広げて行った。
アメンホテプ4世が創り上げた「アテン」と言う神は日輪の姿をしていた。その事実は同時代の壁画からも裏付けられている。しかし、それまでのエジプトの宗教とは異なり、広く民衆のために在る神なのではなく、王アメンホテプのためだけに存在するとされた。それと同時に、一般の民衆にはアテンを崇拝するのではなく、王の権威を高る試みを行った。
エジプト古来の宗教は首都アマルナから離れた地域では他の神々が著しく少ない程度に崇拝された。特に、旧都テーベにはまだ強大な権力を保持するアメン神官団が勢力を維持しており、その周辺ではアメン信仰がいまだ活発に行われていたという。
しかし、この改革を推し進めたアメンホテプ4世によってることとなり、彼の死と共にその改革は終止符を打たれ、アメンホテプ王の死後に即位した次の代の新王ツタンカーメンの下で王宮もアマルナからメンフィスへと遷される事と成る。つい昨年まで信仰が盛んであったアテン神の崇拝は禁じられ、アテン神を彫った壁に描かれた壁画やレリーフ、偶像などはすべて破壊され、アテン神と言う存在までをも抹殺しようとした。また、従来のアメン・ラーの神々の神殿は、破壊されていたものは復元され、再びラーのものにされた。かくしてアテン神の信仰は止められ、アマルナ時代も終焉を遂げたのであった。
しかし、ツタンカーメンの墓(KV62)からは、美術作品が出土してそれらの副葬品は、その時代に作られた物やその意匠を一部継承したものであると考えられている。