熊本県の歴史
戦国期は天草にも訪れ、各氏族は争いを繰り返していた。この状況に一石を投じたのは永禄3年(1560年)、栖本氏を攻める上津浦氏を支援した松浦隆信が導入した鉄砲隊の威力だった。天草諸氏はその有効性を認め、導入のためポルトガル宣教師のキリスト教布教を許した。永禄9年(1566年)志岐鎮経は口之津の日本布教長コスメ・デ・トーレスに宣教師派遣を要請した。これに応え、ルイス・デ・アルメイダが志岐に赴いて教会堂が建設され、また 洗礼を鎮経に施しドン・ジョアンの洗礼名を与えた。この教会堂は日本布教の一大拠点となり、永禄11年(1568年)には日本中の宣教師が集まり会議が催され、元亀元年(1570年)にはトーレスの引退とフランシスコ・カブラルへの布教長引継ぎが行われた。志岐氏領地の富岡港(現:苓北町)にはカブラルとともにグネッキ・ソルディ・オルガンティノも上陸した。
最初に志岐鎮経が異議を唱えて立ち上がり、天草種元・上津浦種直・大矢野種基・栖本親高も同調して一揆を起こした。行長は3000人の兵を差し向けたが、連合した天草五人衆は5600の兵を揃え袋浦(富岡)でこれを迎え撃破した。行長は、加藤清正や肥前の有馬・大村氏からの応援を受け包囲網を形成し攻めに転じた。この戦いで清正は最も活躍し、行長は同じキリシタンの情が働き裏で投降を勧めた。しかし一揆方は本渡城に篭って徹底抗戦の態度を崩さず、多くが戦死した。志岐鎮経は薩摩に逃れ、他の四氏は最終的に降伏し、行長の家臣団に組み込まれた。
秀吉の命により清正・行長・相良氏ら九州の各大名が朝鮮へ出兵した隙を突き、天正20年(1592年)島津の家臣梅北国兼と田尻但馬らはいわゆる梅北一揆を起こした。彼らは肥後の佐敷城(芦北町)に篭って周辺にも決起を促し、さらに八代にも兵を差し向けた。だが、土地の有力者たちは容易には同調せず、相良氏ら鎮圧方の優勢をみきわめて反一揆側に加わり、梅北らは破れた。名護屋で一揆の報に触れた秀吉は、浅野長政・幸長を派遣し、一揆鎮圧と地方の諸城監視を強化させた。さらに一揆終結後には、島津歳久や阿蘇惟光が背後で糸を引いたとして断罪し、大名勢力の強化と潜在的な反乱分子押さえ込みという果実を一挙に手中にした。
元治元年(1864年)8月、幕府は九州各藩に長州への出兵を命じた。佐幕派となった熊本藩もこれに応じ、沼田勘解由率いる一番手2393人が小倉へ向かった。11月には有吉将監の二番手5436人、さらに長岡護美の3785人が続き、徳川慶勝配下に加わった。この際には長州藩の内部分裂もあり、戦闘には至らなかった。
しかし慶応元年(1865年)、長州の実権を倒幕派が握ったことなどから幕府はふたたび長州の討伐を実行に移した。熊本藩はこれに批判的ながら出兵に応じ、前回同様小倉に赴任した。幕府老中・小笠原長行指揮の下戦闘が始まったが、多くの藩や幕府軍までもが傍観を決め込み、小倉藩は苦戦した。熊本藩は唯一救援要請に応え、赤坂方面で長州軍を退けた(赤坂・鳥越の戦い。現在の北九州市立桜丘小学校付近)。しかし大局は長州側に歩があり、将軍・徳川家茂の訃報が伝わると幕府側は敗走した。小倉藩は香春まで退却し、当時6歳の幼君豊千代丸(のちの小笠原忠忱)や家臣の家族たちは熊本藩が保護した。一行の熊本滞在は半年間に及んだ。
寛永9年(1632年)、肥後国に細川忠利が入った。一行は先頭に加藤清正の零牌を掲げ、熊本城に入場すると先ず清正公廟に遥拝したという。隠居していた先代・忠興は八代城に入った。
戦国時代、主君の死に臨み家臣が追い腹を切る風習があり、これは江戸時代初頭まで続いた。細川家では寛永18年(1641年)3月に藩主細川忠利が、正保2年(1645年)閏5月には弟・立孝、同年12月には前藩主・忠興が、慶安2年(1649年)には藩主光尚が没した。このそれぞれの際、何人もの殉死者が現れた。この時の出来事を元に森鷗外は『阿部一族』『興津弥五右衛門の遺書』を著した。この作中、殉死した阿部弥一右衛門子孫の悲劇を物語っているが、現在ではこれは史実に則していないとされる。
一方、細川光尚が没した際、嫡子・細川綱利はまだ6歳であり、後継問題が生じた。幕府は熊本藩に薩摩の抑えを役割づけていたため、幼少藩主では心許ないと考え、国替もしくは宇土の細川行孝と熊本藩を二分する案も提示された。しかし、家臣が過去の功労を挙げ、また光尚の忠節溢れた遺言が好を奏し、細川家は分裂の危機を逃れた。綱利は成長後の寛文6年(1666年)、弟・利重を分家させて肥後新田藩(江戸鉄砲洲に屋敷を持ったが、後に肥後高瀬に移したことから高瀬藩とも称する)を創設し、支藩としての役割を持たせた。