緑藻植物門
これら3綱は緑藻植物門の中で単系統群を形成していることが示唆され、UTC系統群 (UTC clade; UTCはこれら3綱の学名の頭文字に由来) とよばれている (下図; ただしUTC系統群の単系統性は支持されないこともある)。またその他の緑藻植物の中で、クロロデンドロン藻綱およびペディノ藻綱がUTC系統群に近縁であることが分子系統学的研究から示唆されており、これらをまとめて "コア緑藻植物" (core chlorophytes, core Chlorophyta) とよばれ (下図3)、また緑藻植物亜門 (学名:Chlorophytina) に分類することがある。
原始的な緑色植物と考えられてきたプラシノ藻の多くは、緑藻植物門に属することが分子系統学的研究から示唆されている。これらプラシノ藻は以前はプラシノ藻綱としてまとめられていたが)、側系統群であるため、2020年現在ではふつう多数の綱に分割されている。2020年現在、緑藻植物門の中にはおよそ10綱が認識されている (下図3、下表)。また環境DNA研究 (海水など環境から直接抽出したDNAをもとにした研究) から、実体が不明の緑藻植物の初期分岐群がいくつか見つかっている。