横浜小学校 (旧制)
その後、太平洋戦争さなかの1945年(昭和20年)5月の空襲で校舎の大半を焼失。敗戦後の同年9月には、GHQにより焼失を免れた校舎の接収を受け、在校生は横浜市立吉田国民学校(後の吉田小学校)へ移された後、1946年(昭和21年)に同校へ統合され廃校となった。廃校式は来賓も無く、あまりにも寂しいものであったという。吉田小学校自体、6・3制の施行に伴い、横浜市立本町小学校へ統合となった。一方、GHQから返還を受けた校舎は1948年(昭和23年)から港中学校の校舎として利用されたが、1982年(昭和57年)に老朽化により建て替えられた。
2003年(平成15年)に創立130周年を記念して同窓会誌を作成したのをきっかけとして隔年で同窓会を行っていたが、同窓生の高齢化もあり会の幕を引くために2009年(平成21年)10月に横浜市内で卒業生による最後の同窓会が行われた。