長崎セインツ
発足時に球団側は一試合平均で1400名の動員を目標としていた。しかし、開幕直後に敗戦が続いたこともあって客足は伸び悩み、初年度の入場者数は40試合で20,621人(1試合平均515人)であった。リーグでは4番目であるものの、球団存続の危機に見舞われた前年の高知とほぼ同水準であった。
これに加えて、運営面では支援企業の獲得が球団が予想したほど進まなかった。開幕前の2008年1月に球団関係者が長崎県の金子原二郎知事に挨拶に趣いた際に、支援企業獲得でのサポートを要請したほどである。長崎市・佐世保市・島原市・離島という4つの経済圏に分かれる長崎県においては、セインツは「佐世保のチーム」といわれて支援企業獲得に難航している面もあると報じられた。解散後の地頭薗への取材では、企業や自治体への支援要請に対して「なぜこんなことをやってるの?」「お金、持ってるんでしょ?」といった対応を受けたという。
これらに対して、球団側は長崎市で予定されていた4試合を佐世保での開催に切り替えるなどの経費削減策を講じたが、大きな改善には至らず、月1千万円とされる運営費にも影響が出かねない状況となった。このため、2008年9月には、集客が予想を下回る中でこのまま支援が得られない状況が続けば、来シーズンからのリーグ脱退もあり得るという報道がなされた。リーグの鍵山誠CEOは「要請があれば資金援助を行う」とコメントしたが、地頭薗社長はスポンサー探しを可能な限り続ける意向を示した。結局、2008年度は約3,500万円の赤字を計上し、10月29日にリーグから2000万円の援助を受ける形で来シーズンもリーグに残ることが発表された。
その後、7月5日になって島田は総監督、選手兼任コーチの前田勝宏を選手兼任の監督代行とする形に変更された。後期は前期に大きく負け越した香川に3試合連続で完封勝ちを収めたりするなど戦力の向上が見られ、一時は貯金を持って3位に付けたが、後半に8連敗を喫して後退。勝率5割には届かなかったが、5位に順位が浮上した(年間でも5位)。年間でのチーム成績は、得点、防御率、失策、盗塁数がリーグワースト、本塁打と打率は低い方から2番目であった。
シーズン終了後、島田総監督・前田監督代行と藤本兼任コーチは退団。長冨浩志が新監督に、谷口功一と古屋剛がコーチに就任することが発表された。また運営スタッフも地頭薗社長はオーナー専任となり、長崎出身で元V・ファーレン長崎取締役の森貴信が2009年1月1日付で代表取締役社長に就任した。