自衛隊の旗
編成上2等海佐以下をもって充てることとされている隊司令の乗り組んでいる自衛艦に掲揚する。
自衛艦に合戦準備が下令された場合、自衛艦旗はメインマストに掲揚され、これが戦闘旗にあたる。
自衛艦旗
海上幕僚長旗
海将旗
海将補旗
代将旗
隊司令旗(甲)
隊司令旗(乙)
先任旗
長旗
自衛艦旗を表す標識を施したエアクッション艇は例外的に自衛艦旗を掲揚しない。
護衛艦のメインマストに掲揚される自衛艦旗と隊司令旗(甲)
隊司令旗(乙)
音楽科・警務科・情報科の旗の色は2010年4月に変更・追加(それ以前の旗地は白色)。
連隊旗含む部隊旗と違い部隊でなく指揮官に授与されており、離着任式の際含む指揮官の移動時には必ず同行する。
司令部において旗手が予め指定されている。
指揮官旗の序列は桜星の数がそのまま階級を示し、階級章たる桜星の数が同一の場合は横線で上級者であることが示されている。
部隊縮小や廃止時は指揮官旗も返還行事が廃止式とは別に別途行われる事もあり、その場合は上級指揮官たる方面総監へ指揮官の離任申告と指揮官旗の返還が行われ、このうち指揮官旗はそのまま広報館や司令部内の記念室等に飾られる傾向がある。