ジャン＝マリー・バレストル
前述の1989年のセナ失格問題もあり、ホンダとセナを中心にF1ブームが過熱していた日本では「フランス至上主義者のバレストルがプロストを贔屓している」という類の報道もなされた。また、1990年日本GPのセナとプロストの接触の際も「セナを処分すべきだ」とレースディレクターに突っかかっている。後任のモズレーは「立法府の長(バレストル)が司法(スチュワード)に口出しする権限はない。彼が正しかったとしてもだ(後にセナが故意に接触したことを認めている)」とこれを批判している。
ただし、単純に地元贔屓だったわけではなく、フランス国内でも意にそぐわぬ相手には強硬な態度をとった。プジョーのジャン・トッド監督(後のFIA会長)とはラリー・モンテカルロ開催を巡ってやり合い、グループBのレギュレーション改正でプジョーが締め出された時には訴訟沙汰になった(後にパリ・ダカールラリーでアリ・バタネンのマシンが盗難に遭い、失格裁定が下された時にも裁定を巡って両者は対立している)。また、自国チームのリジェとは80年代後半まで関係は良くなく、スポーツカーレースでもル・マン24時間レースのテレビ放送をめぐり主催者のフランス西部自動車クラブ(ACO)と対立し、伝統のイベントが数年間世界選手権から外れることになった。