新函館農業協同組合
1995年(平成7年)に旧若松農協(旧北檜山町)とJA非加盟の大成町農協が合併し、新・若松農協が発足。
1998年(平成10年)に、落部(八雲町)、八雲町農協、長万部町農協が合併し、北渡農協(長万部町)が発足。
1999年(平成11年)に、江差農協、熊石町農協、上ノ国町農協、乙部町農協、奥尻農協が合併し、ひやま南農協(江差町)が発足。
2002年(平成14年)に函館市農協・上磯町農協、渡島大野農協、知内農協・木古内町農協・七飯町農協・渡島森農協・砂原町農協・北渡農協(八雲町)・ひやま南(江差町)・厚沢部町農協・若松農協(せたな町)・瀬棚町農協の13つの合併によって新函館農協が発足。
2023年(令和5年)2月に北檜山農業協同組合を編入。同時に組織再編を行い、基幹支店制度を改め、「支店」及び「営農センター」とすることとなっている。
北海道の農協は元々の規模が大きい為地方単位での合併は珍しく、道南地方全体を営業区域とした大規模な広域農協となった。
多種多様な農産品、畜産品、花卉等が生産されており、中でも馬鈴薯(全域)、カーネーション(七飯町)等の特産品や、北部では乳牛や畜産も盛んである。