交差提示
抗原タンパク質はこの区画から未知の機構によって細胞質へ輸送される。細胞質では、外来抗原はプロテアソームによってプロセシングされ、ペプチドへ分解される。こうしてプロセシングされたペプチドはTAPトランスポーターによって小胞体へ輸送されるか、もしくはMHCクラスI分子へのローディングのためにエンドソームへ送り返される。この経路では、MHCクラスI分子へのローディングは小胞体やエンドソームなどの小胞の双方で生じていると考えられている。小胞体でのMHCクラスI分子へのローディングは、ペプチドローディング複合体(英語版)や、β2-ミクログロブリン、小胞体アミノペプチダーゼ、タパシン(英語版)、カルレティキュリンなどのタンパク質の助けを借りて行われる。抗原ペプチドがローディングされると、MHC分子は小胞体からゴルジ体を経て細胞表面へ輸送され、交差提示が行われる。
抗原提示細胞内ではどちらの経路も生じうるようであり、プロテアソームや食作用の阻害因子などの環境因子の影響を受けている可能性がある。