メタボロミクス
質量分析法 (MS) は代謝産物の定量及び定性的な分析ができる。GC-MSは最も一般的な組み合わせであり、最も早くから発達してきた。さらに、質量分析のフィンガープリントライブラリーが整備されつつある。MSは感度が高く、しかも非常に特異性がある。サンプルを分離せずに直接MSに流し、MS内で分離も検出も行う研究も進められている。
核磁気共鳴分光法 (NMR) は、サンプルを分離せずに検出し、サンプルを無傷で回収できる現在唯一の装置である。全ての小分子は一度に分析できる。しかし実際には質量分析法よりは感度が低い。さらに複雑な混合物のNMRスペクトルは解析が非常に難しい。
MSやNMRの他にも、HPLCと組み合わせた電気化学的な検出法や薄層クロマトグラフィーと組み合わせた放射線標識を用いた検出法がある。