佐渡開拓団跡事件
『長野県満州開拓史』の埴科郷の編によれば、戦いはほどなく終わり、ソ連兵は重傷者を射殺し、歩ける者70人ほどを集めて城壁外に連れ出し、首実検をして負傷者はやはり射殺したとされている。そして、最後の生存者と負傷者約50人が焼け残った建物に収容され、ソ連兵が外から鍵をかけた後、手榴弾を投げ込み、放火して殺害されたという。虐殺は約3時間続いた。開拓民のうち男性は兵隊にとられていた事情はここでも変わりがなく、虐殺された大多数は婦女子や老人であった。ソ連兵に輪姦されたあとで射殺された若い女性の例もあった。
更科郷開拓団では5年生以上の子どもは男女を問わず戦闘に参加することに決まっていて、木を削って木槍を作って突撃したという。『昭和史の天皇』によれば、生残った学校の先生の証言では、子どもらを率いていた団長や校長の最後の行方はついに確認できなかったものの、更科郷のこれらの子どもらはほとんどが助かっていたという。しかし、せっかく助かった者らもその後、栄養失調やチフスで多数死んだのだという。
殺害された人数は資料により異なっているので正確な数字はわからないが、約3000人のうち、約2000人が亡くなったと言われている。『満洲開拓史』によると、犠牲者数は、ソ連軍による殺害が約1500人(内訳は、清和開拓団371人、埴科郷212人、高社郷420人、阿智郷24人、更科郷294人、南信濃郷100人、笠間村43人)、集団自殺による死者が少なくとも500人以上と多く、一時に殺害された人数としては、日ソ戦争中最悪である。
1945年(昭和20年)のソ連侵攻においてソ連軍が行った民間人の虐殺事件に関して、ソ連政府・ロシア政府共に公式に言及しておらず、佐渡開拓団跡事件についても沈黙を貫いている。