日本貨物鉄道
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車両ではないが、鉄道用コンテナの多くはJR貨物が保有している(「JR貨物のコンテナ形式」参照)。コンテナは61,398個(10,753個の荷主企業などの保有分を含まず)、トップリフターやフォークリフトといった荷役機械は596台を保有する。
鉄道雑誌では、機関車の新車については他の鉄道事業者の車両と同様に紹介しているが、その他の車両の新製・廃車・転配などの消息については、2008年度以前まで他の鉄道事業者と同様に行っていた鉄道雑誌等への公表や資料提供を2009年度以降はしていない。ただし例外的に鉄道貨物協会が発行する『貨物時刻表』には機関車については毎年3月時点での機関車配置表を掲載している(2014年以前は2月時点でのデータを公表していた)。このため、2009年度以降はJR旅客会社のみに所属している車両以外の機関車・貨車の形式消滅や廃区分番台の特定については、機関車は貨物時刻表からの機関車配置表から特定することで引き続き可能であるが、貨車については独自に調査する以外に方法はなく、貨車の形式消滅を特定することはJR旅客会社のみに所属している車両を除いて極めて困難な状況になっている。
全国規模で貨物列車を運行しているため、貨物輸送用の機関車、貨車、電車を主に保有している。
2021年4月1日時点の車両の保有数は、電気機関車417両、ディーゼル機関車149両、貨物電車42両、貨車はコンテナ車が7,140両、その他が53両(荷主企業などが保有する私有貨車2,107両は含まず)である。
電気機関車は、全国に直流・交流電化路線が混在するため、それに対応した直流電化路線専用、交流電化路線専用、交直流電化両用を保有している。北海道を中心とした非電化路線の多い地区ではディーゼル機関車を有する。また国鉄から継承された車両を中心に老朽化が進んでいるため、更新(リニューアル)工事と並行して、独自設計の新車への置き換えも進められている。
貨車は、コンテナ積載用を中心に汎用的な有蓋車、長物積載用などを所有する。近年は高速 (110 km/h) 運転対応貨車や、ISO規格コンテナ(海上輸送用コンテナ=俗称「海コン」)積載対応貨車の製造が進み、汎用有蓋車などは数を減らしている。
電車では、世界的にも珍しい動力分散方式の貨車であるM250系が在籍している。
10月3日:ダイヤ改正。
1999年(平成11年)JR貨物 旧本社(大和ハウス東京ビル、東京都千代田区飯田橋3-13-1、2005年9月29日) 5月31日:本社ビルが飯田町駅跡地に移転。 7月16日:ダイヤ改正、北海道 - 本州間で輸送改善。
2000年(平成12年) 3月11日:ダイヤ改正。 3月31日:この日限りでピギーバック輸送を終了。国鉄時代の1986年11月から続いたピギーバック輸送が全廃された。 10月10日:初のオフレールステーションである羽生オフレールステーションが開業。 12月2日:ダイヤ改正、武蔵野線東部および京葉線で貨物列車の運行を開始。
2002年(平成14年) 3月23日:ダイヤ改正、北九州貨物ターミナル駅が開業。
2003年(平成15年) 10月1日:ダイヤ改正。 12月1日:神戸貨物ターミナル駅が開業。
2004年(平成16年) 3月13日:ダイヤ改正、鹿児島貨物ターミナル駅が開業。M250系電車「スーパーレールカーゴ」運転開始。
2005年(平成17年) 3月1日:ダイヤ改正。
2006年(平成18年) 3月18日:ダイヤ改正、鳥栖貨物ターミナル駅が開業。 4月1日:定期貨物列車の発着がない32駅を一斉に廃止。 10月17日: 社歌『春夏秋冬』を制定。 11月15日:「TOYOTA LONGPASS EXPRESS」運行開始。
2007年(平成19年) 3月18日:ダイヤ改正。
2008年(平成20年) 3月:GPSを使用した運転支援システムを導入。
かつて会長を務めた伊藤直彦は、日本において本来鉄道が得意とする500km以上の遠距離輸送においても鉄道貨物が衰退していった理由を幾つか列挙した際、その一つに、このストによる信頼失墜を挙げている。一旦荷主が離れた鉄道貨物の復権は容易ではなく、大阪のある大手メーカーには当時「もう二度と鉄道は使わない」とまで言われたエピソードも残っている。しかし近年は環境に負荷をかけないモーダルシフト政策や、深刻になっているトラック運転手不足問題から、鉄道貨物減少に歯止めがかかり、僅かながら増加に転じた。
しかし2020年度は、新型コロナウイルス感染症による影響で2699万トンと会社発足以来の最低となった。
JR貨物では、貨物列車の増発や速度向上、IT-FRENS&TRACEシステムの導入、貨物駅のE&S方式への改良、M250系貨物電車の運行など、ソフト面・ハード面の充実でサービスアップを目指している。また中国の最大手海運企業である中国遠洋海運集団 (COSCO) と提携を行って、「航空機より安く、コンテナ船より速い」をコンセプトにした国際複合一貫輸送「SEA&RAILサービス」を2006年3月から開始するなど、海外への事業進出も活発である。
1987年(昭和62年) 4月1日:国鉄が分割民営化され、日本貨物鉄道発足。JR貨物グループは25社。 9月10日:旅行代理店「エフ・ツーリスト」営業開始。 10月1日:30フィートの鉄道コンテナ輸送開始。
1988年(昭和63年) 3月1日:ジェイアールエフ・リース(現在のジェイアールエフ商事)を設立。 3月13日:ダイヤ改正。津軽海峡線が開業。 4月10日:本四備讃線(瀬戸大橋線)が開業。 8月4日:ジェイアールエフ・パトロールズを設立。 10月1日:福岡貨物ターミナル駅と札幌貨物ターミナル駅間を結ぶ「日本海縦貫ライナー」を新設。北海道鉄道荷物(現在の北海道ジェイアール物流)に資本参加。
1989年(平成元年) 3月11日:ダイヤ改正。 3月23日:芦別駅(三井芦別鉄道)・赤平駅発送の石炭輸送がこの日限りで終了。これにより、JR貨物の国産炭輸送が全て廃止された。 4月16日:東京貨物ターミナル駅と横浜本牧駅(神奈川臨海鉄道)間を結ぶ海上コンテナ専用列車が運行開始。
1990年(平成2年) 2月21日:中国フレートサービス(現在のジェイアール貨物・山陽ロジスティクス)を設立。 3月10日:ダイヤ改正、26両(1300トン)の長編成コンテナ列車を新設。秋田貨物駅や新潟貨物ターミナル駅が整備された。
1991年(平成3年) 3月16日:ダイヤ改正。
1992年(平成4年) 3月3日:タンクローリーを輸送するピギーバック輸送を開始。 3月14日:ダイヤ改正。