システム論
構成素が存在する物理空間と、システムが存在する位相空間の双方に渡る深い洞察を必要とされる難解な理論となっており、誤解されることが多い理論である。例えば、2000年に、日本の哲学者の河本英夫が、オートポイエーシスの基本構想の定式化において、認知系と運動系の混同に関する問題を指摘している。オートポイエーシスの起源となったハトの実験において、提唱者であるマトゥラーナが発見した、外的刺激と視神経の活動状態が対応しない問題は認知系の問題であった。しかし、マトゥラーナ自身が問題を解決するために定式化を行った、構成素を産出するプロセスは、その問題とは全く無関係な運動系としての定式化である。ここに認知系と運動系の履き違えが見られ、彼らはその誤解に未だに気付いていないと指摘している。さらに、社会学者のニクラス・ルーマンが、自身が提唱した社会システム理論に認知系としてオートポイエーシスの基本構想を導入したことも指摘している。実際に、提唱者と利用者の双方において、オートポイエーシスの基本構想に関する履き違えが起こっているのである。
日本では1995年に哲学者の河本英夫がオートポイエーシスを初めて紹介した。河本英夫は、2000年に、ウンベルト・マトゥラーナとフランシスコ・バレーラにより提唱されたオートポイエーシスの機構の問題点を指摘して機構を変更し、科学,精神,芸術が形成される過程を記述した。その後も独自の拡張を続け、医療への応用を進めて行った。
西垣通もオートポイエーシスを独自に拡張し、集合知の形成過程を論じる基礎情報学の理論体系を構築した。