機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II
シン・アスカ(声 - 鈴村健一)
アスラン・ザラ(声 - 石田彰)
ルナマリア・ホーク(声 - 坂本真綾)
レイ・ザ・バレル(声 - 関俊彦)
イザーク・ジュール(声 - 関智一)
ディアッカ・エルスマン(声 - 笹沼尭羅)
ハイネ・ヴェステンフルス(声 - 西川貴教)
サトー(声 - 山口太郎)
ラウ・ル・クルーゼ(声 - 関俊彦)
ニコル・アマルフィ(声 - 朴璐美)
ミゲル・アイマン(声 - 西川貴教)
マルコ・モラシム(声 - 竹村拓)
ザフト一般兵
ザフト赤服
スティング・オークレー(声 - 諏訪部順一)
アウル・ニーダ(声 - 森田成一)
ステラ・ルーシェ(声 - 桑島法子)
ネオ・ロアノーク(声 - 子安武人)
オルガ・サブナック(声 - 小田井涼平)
クロト・ブエル(声 - 結城比呂)
シャニ・アンドラス(声 - Shunn)
地球連合軍一般兵
キラ・ヤマト(声 - 保志総一朗)
カガリ・ユラ・アスハ(声 - 進藤尚美)
ラクス・クライン(声 - 田中理恵)
ムウ・ラ・フラガ(声 - 子安武人)
アンドリュー・バルトフェルド(声 - 置鮎龍太郎)
ヒルダ・ハーケン(声 - 根谷美智子)
マーズ・シメオン(声 - 諏訪部順一)
ヘルベルト・フォン・ラインハルト(声 - 楠大典)
ババ(声 - 花田光)
サイ・アーガイル(声 - 白鳥哲)
トール・ケーニヒ(声 - 井上隆之)
アサギ・コードウェル(声 - 松本さち)
マユラ・ラバッツ(声 - 倉田雅世)
ジュリ・ウー・ニェン(声 - 佐藤ゆうこ)
オーブ軍一般兵
機動性が上昇する。またイージスのサブ射撃等MA形態での行動を除き、全ての動作をステップかジャンプでキャンセル可能。ブーストゲージが0でも地上ステップが可能。ZDXにおける機動に類似。光の粒子を撒き散らすエフェクトになる。
ストライクフリーダム、レジェンド、ストライクノワールの3機はチャージ中に、サーチ切替で2体以上の敵機を同時ロックオンすることが可能となった。
MS ZGMF-1001/M ブレイズザクファントム(ハイネ機)(450) ZGMF-2000 グフイグナイテッド(イザーク機)(450) ZGMF-1001/M ブレイズザクファントム(ディアッカ機)(450) YMAF-X6BD ザムザザー(560) YMAG-X7F ゲルズゲー(560) GSX-401FW スターゲイザー(450) ZGMF-X88S ガイアガンダム(バルトフェルド機)(450) UMF/SSO-3 アッシュ(量産型)(270)
アーケード版では登場しなかったメビウス・ゼロも復活。
パイロット・オペレーター スウェン・カル・バヤン(声 - 小野大輔) ソル・リューネ・ランジュ&セレーネ・マクグリフ(2人で1キャラ扱い)(声 - 福山潤、大原さやか) ギルバート・デュランダル(声 - 池田秀一)
ルート G・H・Iルート Gルートは家庭用版の追加機体・追加ステージを含めた難易度やや高めのルート。Hルートは家庭用版の追加機体・追加ステージを含めた機体がランダム(ステージにより法則性は異なる)で登場するルート。Iルートは「FINAL PLUS」ステージ6面と難易度の高いこのルートオリジナルのステージ3面の最高難度ルート。