装甲騎兵ボトムズ ペールゼン・ファイルズ
声 - 長嶝高士
分隊長。32歳。階級は曹長。荒くれ者ぞろいのAT乗りでは珍しい学者タイプのパイロットで気象観測の専門家でもあり、ガレアデで出会ったキリコに興味を持つ。士官として中尉にまで昇進した過去を持つが、敵前逃亡により下士官に降格されている。基本的に冷静だが、過去のことをさらされると狼狽する一面もある。
身の危険を察知した時は常に「逃げの一手」で生き延びてきたが、惑星モナド脱出の途中、バララント兵の攻撃によって深手を負った際、自身が一足前に戦死したコチャックやゴダンと同様に異能生存体ではないことを自覚してかつ、兵士となった時から命を捨てた「覚悟」を思い出し、キリコとザキを逃すため居残り、多数の敵を巻き添えに自爆する。
声 - 諸角憲一
惑星クズスクの情報省医療収容所に勤める医師。「異能生存体」についての真実を聞き出そうとするウォッカムの命によってペールゼンに致死量を遥かに超える大量の薬物を投与し尋問を行う。しかし実はペールゼンがウォッカムの元に潜入させた部下であり、薬物の量を調整することで彼の命を助けている。
またペールゼンの命令により、ザキに対しキリコを殺害するよう洗脳を施しており、最終話ではザキのデータを今後の実験に役立てるとPS開発との関連性を匂わせる発言をしている。
声 - 石井康嗣、五王四郎ら
ギルガメス軍内部に存在する組織で、軍規違反者を自らの手で処刑し、軍を「浄化」することを目的とする。劇中では「死神シラスコ」ことゴダンの命を狙い、累計数十人の浄化委員が現れ、バーコフ分隊の前に幾度となく立ちふさがる。また、ユーグント殺害事件の真相究明にも乗り出し、内偵を命じられたワップの前に現れ情報提供も行っている。
キリコ達はもとよりユーグントやフラーもその存在を知らない組織である一方で、ワップに接触した浄化委員がバーコフ分隊員たちの過去の詳細なデータを提供したり、事件解決後の昇進を約束するなど、軍内部における影響力の高さも伺える。また、極北基地移動中の襲撃時に浄化委員会が軍歌を流した際には委員会の一員であるショキットに加えコチャックも反応を見せており、不明な点の多い組織である。
声 - 塚田正昭
少将。ネハルコの腹心で、軍情報部に所属している。ネハルコ同様、情報省所属であるウォッカムの軍部における台頭を苦々しく思っている。