長崎屋源右衛門
しかし1868年、この一帯が外国人居留地に指定されたため南飯田町(現在の築地6丁目)に移ることになる。1869年新政府から、長崎会所にある鉄砲や洋書など全てのものを鉄砲洲御役所開市御用掛に引き渡すよう命じられた。さらに波止場(荷揚場)と運上所(税関)を造ることから、再び転出を余儀なくされた。その後の源右衛門は、京都の阿蘭陀宿海老屋村上氏が京都府の権少属に就いたのとは違い官職に就くことはなく、本所小梅町(現在の墨田区向島)の裏長屋に住み、1875年8月5日5人の子供を残し没した。
1887年(明治20年)、大橋新太郎が長崎屋の跡地に出版書店博文館を開いた。
現在、長崎屋の遺構は無いが、中央区から区民史跡として登録されており、新日本橋駅4番出口の脇に文化財としての説明が書かれたプレートが掲げられている。