本明川
中・下流域の諫早平野、および諫早湾奥部の干潟を干拓した干拓地はおもに水田に用いられ、長崎県有数の穀倉地帯となっている。川・用水路・河口干潟にはさまざまな生物が見られるが、河口干潟の生物相は諫早湾干拓事業により大きく変化した。流域の産業や生物については、干拓の里資料館・干拓の里水族館・諫早市郷土館・森山郷土資料館などで展示が行われている。
上流域の急流に対して中・下流域は流れが緩やかになり、多くの支流が狭い地域に集まるため排水不良になりやすい。江戸期・寛永年間からしばしば洪水の記録があり、元禄12年(1699年)の元禄水害では死者487人を出し、現在の宇都町・天満町付近にあった諫早の集落が現在の位置へ移動することになった。また、富川渓谷の五百羅漢像は死者供養と災害防止祈願のために伊佐早茂晴の命により宝永6年(1706年)に作られたものである。
昭和32年(1957年)7月25日の「諫早豪雨」でも甚大な被害を出した。諫早豪雨以降は川幅拡張・眼鏡橋移設・橋の桁上げなど河川改修が相次いで行われた。また、毎年7月25日には死者の慰霊のための川まつりが開催されている。