ザ・ニンジャウォーリアーズアゲイン
全8ステージ。難易度はNORMAL・HARDの2つから選べる。アーケード版と違いキャラクターを選んだ後ゲームが開始する。プレイアブルキャラはKUNOICHI・NINJAの他、「KAMAITACHI」という新キャラが追加された。十字キー・Yボタン(攻撃)・Bボタン(ジャンプ)・Xボタン(ボンバー)でキャラを操作する。ゲーム内容はアーケード版と同じく残機無しのライフ制で、ライフが無くなるもしくは制限時間が無くなるとゲームオーバーとなり、コンティニューすると特定の復活ポイントまで戻される。なお、コンティニューは無限にすることが可能。そのほかアーケード版と同様に攻撃ボタン押しっぱなしによるガード・ガードからの宙返り・しゃがみが存在するが、手裏剣投げ・破損描写・2人同時プレイは削除されている。アーケード版と同じく奥行き無しの2Dアクションゲームであるが、攻撃ボタン連打からの連続技・ジャンプ攻撃・多彩な掴み技などゲーム性はベルトスクロールアクションゲームのそれである。また、キャラにより性能も大きく異なる。一部背景のオブジェクトは投げ技で壊すことが可能だが、これは最後のボス戦で重要な意味を持つ。
『ワンスアゲイン』ではさらに「YAKSHA」「RAIDEN」が操作キャラとして追加。制限時間はなくなり、代わりにノーコンティニュー状態でのステージクリアまでの時間が数えられる。また、『アゲイン』で削除されていた原作BGM・2人同時プレイ復活、ワイド画面対応、人間キャラが特定の攻撃を受けた・倒された際のエフェクトカラーを血の色に変更可能、ステージ4の敵ヘリコプター(ドアガンナー)が近未来な戦闘ヘリコプターとなった。