蟲師
原作単行本第6 -10巻から選ばれたエピソード(#各話リスト)をアニメ化したもの。総称の際は「第2期」とも言い表される。
メインのスタッフ・キャストは特別篇から変わらないが、オープニングは新作画・新曲となった。コールドオープンは特別篇のものが引き継がれている。キービジュアルなどで見られる通りタイトルに「続章」を含んだデザインの新規のロゴタイプも存在するが、劇中では1期/特別篇および原作と同一の単なる「蟲 むしし 師」ロゴとなっている。
音声収録においては独特な空間表現を目的として、ガンマイクを使用している。
当初、第二期は全24話と発表されたが、実際の放送では下記「放送略歴」などに述した通りレギュラー放送とは別に特別編として放送されたエピソードがある事、最終エピソード「鈴の雫」が劇場で上映される形となった事などにより、全話数については注釈を多く含む。詳細については#各話リスト(続章)および#放送(続章)も参照。
旅の途中、脚を休めた竹林でギンコが出会ったのは、「竹林に囚われた男と、人と白い竹の間に産まれた男の妻。」。どうやっても竹林から出る事のかなわない男の夢は、家族3人でふもとの村に戻る事......。男の願いを受けてギンコは白い竹を調査するが......。
アニメ版「日蝕む翳」ではさらなるその後が描かれている。
水路に囲まれた街。少女が、抜け殻のように意識を失う時。
離れた互いを思う気持ちが、時に意識を通わせる......。
ある日、空から鳥が降ってくるという怪異に遭遇する。村人達も不安がっていた事から主人公は虚繭を使ってヤクノと連絡を取ることにした。ヤクノは状況から十年前に村を襲った怪異ではないかという。しかし現在地から里までは遠く、とても間に合わないだろうと、代わりに知り合いの蟲師に協力を依頼したという。数日後、尋ねてきたのは体中に蟲をまとわりつかせたギンコだった。
緑豊かな山の中、1人暮らす少年は描いたモノに命を宿す「神の筆(かみのひだりて)」を持つという。噂を聞いた蟲師ギンコは調査のため、少年のもとを訪れるが......。
開墾の途中掘り出された「溶岩石から生えた1本の草」。村中の誰もが気にしなかったその草は、周囲の草木を枯らしながら瞬く間に山を覆いつくし村へと迫る。新種の蟲の噂を聞き調査にやってきたギンコは、村の蟲師が解決策として下した決定「山を焼き払う事」に疑念を抱き反対するが......。
一見して普通の両切りの紙巻き煙草だが、この煙を吹きつけると弱い蟲なら払う事ができる。蟲を散らす際に使うほか、ぬい・ギンコなど蟲を寄せ付ける体質の人間が、蟲を集めないために使う。ギンコは特に蟲を寄せ付ける体質のため、頻繁に吸っている。
蟲煙草の中身の材料は不明だが、ゲーム版では自ら調合して作ることができる。「冬の底」での描写から水に濡れると使いものにならなくなる。
なお、「緑の座」でギンコが吐き出した煙が蟲になりかけの人間に纏わり付いて捉えているが、この時に吸っていたものが同じ蟲煙草かどうかは不明。
光り輝く命の水。酒。その正体は蟲であるとも、蟲になる前の姿であるとも言われ、遥かな地の底、真の闇の中を水脈のように流れ移動しており(光脈)、これが近づいた土地(光脈筋)は緑豊かに栄え、遠ざかると枯れる。蟲師の仕事にも多く使われ、蟲師間でも高価で取引されている。蟲にとっても人にとっても何よりも美味とされる。しかし、ヒトが用いるものは死光酒であり、蟲の宴に振舞われるものよりも味は劣る。
狩房家付きの蟲師。遥か昔、狩房家の先祖の身体に禁種の蟲を封じた最古の蟲師一族の者。狩房文庫を管理している。淡幽の乳母のような存在。