ウェーコ包囲
ダビディアンが連邦法に違反したと主張するアギレラ宣誓供述書を用いて、ATFは信者たちが備蓄した大量の銃器を挙げ、武器補充に関わったコレシュと特定信者に対する捜索令状および逮捕状を取得した。捜索令状は「1993年2月28日かそれ以前」の日中午前6時から午後10時の間に捜索を命じた。コレシュは薬物との結びつきを確立して麻薬戦争の下で軍事資産を得るためにメタンフェタミンの実験室を運用している可能性がある、とATFは主張した。ATFの調査は「違法薬物ではなく銃器違反」に焦点を当てたものだが、ATFは複数の関連証拠を挙げて麻薬取締局や国防総省に支援を要請した。当初この支援要請は承認されたものの特殊部隊が疑問を呈したため、ATFにはフォート・フッドでの訓練3日間だけが与えられ、あとは医療と通信の設備が提供された。
ATFは1993年3月1日に「Showtime」という暗号名で強制捜査 を計画していた。ATFは後に、ウェーコ・トリビューン・ヘラルドの「罪深きメシア」シリーズ記事(ATFが公開を阻止しようとした)への対応で、強制捜査 が2日28日に1日繰り上がったと主張した。2月1日から、ATF捜査官は「罪深きメシア」の公表遅延について、トリビューン・ヘラルド職員と3回会合を開いた。同紙は、強制捜査 が2月22日に行われる筈で、3月1日に変更され、最終的には日付が不確定だとATFによって最初に伝えられた。
マウント・カルメルでの出来事は、刑事訴追と民事訴訟の両方に拍車をかけた。1993年8月3日、連邦大陪審は生き残ったブランチ・ダビディアン12人に対する10件の起訴状を返した。大陪審は、ブランチ・ダビディアンがとりわけ連邦職員の殺害について共謀・ほう助・教唆したほか、様々な銃器を不法に所持および使用した件で起訴した。政府は司法取引によりブランチ・ダビディアン12人のうち1人に対する起訴を取り下げた。
2ヵ月近く続いた陪審裁判の後、陪審員はブランチ・ダビディアン4人を全くの無罪とした。さらに、陪審員は殺人関連の容疑についてブランチ・ダビディアン全員を無罪としたが、5人に対しては連邦捜査官の故殺(Voluntary manslaughter:故意ではあるが計画性のない人殺し)の幇助や教唆といった軽い容疑での有罪判決を下した。またブランチ・ダビディアン8人は銃器の容疑で有罪判決を受けた。有罪判決を受けたブランチ・ダビディアンの最長刑期は40年だった
8人のうち6人は、その有罪判決と刑罰内容の双方で控訴した。彼らは、機関銃の所持禁止の合憲性、陪審員の指示、地方裁判所の裁判の実施、証拠の充足など、多くの問題を挙げて課された刑罰に反論した。
強制捜査(2月28日):連邦捜査官(ATFとFBI)75名。強制捜査と撮影中に注意を逸らすために対麻薬要員のテキサス州兵10名が搭乗したUH-60 ブラックホークヘリコプター3機。防弾装備、難燃性衣類、通常の懐中電灯、通常のカメラ (フラッシュ撮影)、ポンプアクション式散弾銃とフラッシュバングレネード、9mm拳銃、MP5サブマシンガン、M16ライフル、ボルトアクション方式狙撃銃。
包囲(3月1日から4月18日):数百人の連邦捜査官。UH-1 ヒューイヘリコプター2機。
制圧(4月19日):数百人の連邦捜査官。軍用車両(いずれも通常兵器取外し済み)M3ブラッドレー騎兵戦闘車9-10台、CSガスで武装したM728戦闘工兵車4-5台、M1A1エイブラムス主力戦車2台、M88装甲回収車1台。
支援:ディフェンダー偵察機1機、軍用車両のメンテナンスおよび使用訓練(ハンヴィーなどの支援車両含む)のためにテキサス州兵の人員多数、UC-26C偵察機の対薬物テキサス州兵とアラバマ州兵からの監視員、監視役としてデルタフォース出身の兵士3名(制圧中も存在)、助言役として米陸軍上級将校2人、監視員としてイギリス陸軍第22特殊空挺部隊の隊員2人。合計で兵士50人以上。
しかし彼らが主張するには、内部の燃焼プロセスを通してCSガスを分配するこれらの装置は、40ヤード(35m)離れた場所の水で満たされたピット溝を貫通しようと早朝に使用されたもので、建物内部で起きた火災とは異なるとの事だった。FBIによると、グレネードが発射されてから約3時間後に火災が始まったと主張している。1994年にFBIの文書が調査のため議会に引き渡されたとき、火工装置の使用を一覧にしたページが行方不明だった。特定指示書にもかかわらず火工使用の開示が6年間もされなかったため、リノが調査を要請した。FBI高官は、100人ものFBI捜査官が火工品の使用について知っていたが1999年まで誰も声を上げなかった、とニューズウィーク誌に語った。事件から1か月も経たない5月12日、テキサス州当局がこの現場をブルドーザーで地ならししたため、法医学的証拠のさらなる収集は不可能となった。
FBIは建物の壁に監視装置を埋め込み、それが掴んだいくつかの会話が政府の主張するダビディアンが火事を起こした証拠とされている。録音は不完全で理解するのがその何倍も難しく、作られた2つの転写は多くの点で違いがあった。地元紙 (San Antonio Express-News) によると、FBIの4月19日のテープがブランチ・ダビディアン裁判中に法廷で再生された時、FBIの音声専門家が聞きとったと主張する内容を聞きとれた人は殆どいなかった。テープは「雑音でいっぱいで、たまに声が認識できた。[中略]言葉は微かだった。法廷室の傍聴者には聞こえたと言う人もいれば、分からなかったという人もいた」という。
包囲が続くにつれ、コレシュはより時間をかけて交渉するようになり、それは降伏前に完成させる必要のある宗教文書を彼が書き上げられるようにするためだと報じられた。聖書のイメージ濃密な彼の会話は、現状を人質の危機として扱う連邦側の交渉者を無視するものだった。交渉団はコレシュの言葉を「聖書の泡沫(Bible babble)」と呼ぶことにした。
包囲が進むにつれ、FBI内に2つの派閥(交渉支持派と実力行使派)ができた。例えば夜通しの騒音放送による安眠妨害など、ブランチ・ダビディアンを強制的に追い出すための攻撃的手法が徐々に増えていった。教団施設の外では、M651催涙ガスグレネードやフレシェット弾を搭載したブラッドレー戦闘車両9台とM728戦闘工兵車5台が警ら巡回を始めていた。これらの車両は、周囲の柵や建物を破壊したりブランチ・ダビディアン所有の車両を粉砕するのに使用され、(ブランチ・ダビディアンからの抗議にも構わず)敷地内にある墓の上を走行することも度々あった。本館屋上にある貯水タンク3基のうち2基は、最初のATF強制捜査時に損傷を受けていた。FBIは施設のあらゆる電力と水を遮断し、中にいる人達は雨水と備蓄してあったMRE軍用レーションで生き抜くことを余儀なくされた。
攻撃的な戦術が増えるさなか、コレシュは信者の一団に退去を命じた。11人が退去して証人として逮捕され、1人が殺人の共謀罪で起訴された。
ウェーコ包囲は米国で数多くのドキュメンタリー映画や書籍の主題となっている。最初の映画はテレビのドキュメンタリードラマ『In the Line of Duty:Ambush in Waco』で、これは4月19日の制圧前となる包囲中に制作されたもので、1993年2月28日の最初の銃撃戦を待ち伏せだとした。映画脚本家は、その脚本をATF支持の「プロパガンダ」として自分の作品ではないとしている。
事件に関する最初の書籍は、1989年9月に脱会した元ブランチ・ダビディアンのマーク・ブローと1992年にコレシュにインタビューしたマーティン・キングによって共同執筆された1993年の『Inside the Cult』だった。1993年7月、現実犯罪を記す作家クリフォード・L・リネデッカーは自著『Massacre at Waco, Texas』を出版した。翌1994年には、ウェーコの事件に関する様々な文化的、歴史的、宗教的視点からのエッセイ集『From the Ashes: Making Sense of Waco』が出版された。本書には、ブランチ・ダビディアンの行動が他の千年王国宗教セクトとどの程度一致していたのか、宗教団体の信用を落とすためにカルトという語句がどのように使用されているかについてのエッセイが含まれている。これらの視点はいずれも、ウェーコでのブランチ・ダビディアンの死を防ぐことは可能だったとか「ウェーコの余波で非伝統的な宗教運動の悪魔化(邪教扱い)が衆目を集めるのは、信教の自由に対する継続的な脅威を表すものである」との信念で結ばれている。