メトロイド ゼロミッション
俗名 [ 狡猾の死神 ]
スペースパイレーツの最高幹部で、サムスの両親の命を奪った張本人。
ジャンプ力がアップし、より高く飛べるようになる他、ボールでもジャンプできるようになる。『スーパー』におけるスプリングボールと統合されている。
通常のミサイル五発分の威力を誇る強力なミサイル。ミサイル以上に弾数が少ない。グリーンゲートを開けられる。
マザーブレインを撃破した後、サムスは古代鳥人族の遺跡・チョウゾディアへ赴き、チョウゾディア最深部に存在する壁画「大軍神」と対面する。
その後、サムスはチョウゾディアを通ってパイレーツのマザーシップへと移動し、パイレーツの最高幹部・リドリーを模した「メカリドリー」と破壊する。これによってマザーシップの自爆装置が作動するが、サムスは間一髪で脱出する。
俗名 [ 地中の悪魔 ]
ブリンスタ地中に生息する一つ目の巨大なムカデのような姿をした生物。弱点は目でありミサイルのみ効く。倒すとチャージビームに変化する。
なお、戦闘が長引くと別の場所に移動してしまう。
ゲームクリア後、NES版(海外ファミコン版)初代メトロイドで遊べるようになる。セーブはパスワード方式だが、1つだけパスワードを記録しておける。
メトロイドフュージョンと通信ケーブルで通信することにより、メトロイドフュージョンのギャラリーの全イラストを閲覧することが可能になる(ただし、メトロイドフュージョン側のギャラリーが解禁になるわけではない)。
セーブファイル選択時に特定の操作をするとタイムアタックモードでゲームを開始する。ここで記録されたタイムは公式サイトでのランキングに使用された。
ハードモードでゲームクリア後、オプション項目に「サウンドテスト」が追加する。
ノーマルモードクリア後、「ハード」が追加。
ゲームクリア後(難易度関係なく)「ギャラリー」が追加。全部で8種類あり全て集めると項目が黄色になる。
ノルフェアに生息している生物。腹部が弱点である。