三大始祖
ダーレーアラビアンに遡る父系である。エクリプス自身はヘロド-ハイフライヤー親子の活躍の前に一度もチャンピオンサイア-になれなかったが、19世紀にタッチストンやストックウェルが出て父系を拡大し続けた。19世紀末には傍系のキングファーガスの子孫から史上最も強力な種牡馬であるセントサイモンが出ており、このころまでにはサラブレッドの父系において支配的な勢力を確立した。現在前述のストックウェルの子孫、ベンドアからファラリスを経てネアルコ又はネイティヴダンサーに至る父系が多く、中でも前者の主流であるノーザンダンサー系と、後者の主流であるミスタープロスペクター系は、サラブレッドから他の父系を排除する勢いで拡大している。エクリプス系内でもこれらのファラリス以外の父系に属する馬はかなり珍しくなっている。
2016年生産頭数におけるシェアは、殆どの国が90%台後半である。特に日本は99.96%に達する。比較的シェアの低い国は韓国91.7%、ブラジル92.9%などがある。
日本では、上記それぞれの父系子孫で、これらの父系を発展させた3頭を三大始祖と称する場合もある。
ダーレーアラビアン - エクリプス
バイアリーターク - ヘロド
ゴドルフィンアラビアン - マッチェム
サラブレッドの場合、エクリプスを介さないダーレーアラビアンの父系子孫は現存しておらず、ほかの系統も同様である。したがって、現存のサラブレッドについては、ダーレーアラビアンの父系子孫はすべてエクリプスの父系子孫となる。
このため、現存のサラブレッドを分類する場合、エクリプス系、ヘロド系、マッチェム系と3つに大別する場合がある。混同を避けるため前者を三大始祖、後者を三大基礎種牡馬として区別する場合もあるが、英語圏で三大基礎種牡馬(three foundation stallions)と言った場合、ダーレーアラビアン、ゴドルフィンアラビアン、バイアリータークの3頭を指す。ほかに三大根幹種牡馬などとも言う。
更に、エクリプスやヘロド、ハイフライヤーが種牡馬として登場し、オルコックアラビアン系に止めを刺した。
この系統の最後の活躍馬は1782年に生まれたエイムウェルである。既にセントレジャーやダービーと言ったレースが開始されており、ヘロドが死んでハイフライヤーの時代になろうとしていた。エイムウェルは父がマークアンソニー、その父スペクテイターで、イギリスダービーを制した。サラブレッド史上、三大父系に属さない馬として唯一のイギリスクラシック勝利馬、ということになる。しかし、種牡馬として成功できず、供用された記録すら残っていない。マークアンソニーの仔はなおも散発的に走ったが、父系は残らなかった。こうして19世紀初頭、事実上三大始祖が成立した。
アメリカンスタッドブックによると、北米には19世紀初頭段階でもオルコックアラビアンとダーシーズホワイトターク、セントヴィクターズバルブの子孫が残っていたことが記録されている。特筆すべき馬は含まれておらず(母系を通じてサラブレッド血統に残った馬は存在する)、それらも18世紀中ごろまでには全て消滅した。