フランスのマルタ占領
1798年6月6日、ゴゾ島沖にフランス艦隊が目撃された。ホンペシュは戦争評議会を招集し、民兵を召集した。マルタの戦士と民兵は騎士団員の指揮の下、ヴァレッタ、フロリアーナ、ビルグ、セングレア、コスピクアといったグランド・ハーバー沿いの要塞都市を防衛することになっていた。その他の集落や海岸線でも地元の民兵と少数の騎士団海軍の騎士が守りを固めた。
フランス艦隊では、上陸とマルタ占領の準備が進められていた。6月9日、司令官のナポレオン・ボナパルトは副官ジャン=アンドシュ・ジュノーを総長ホンペシュの元に派遣し、フランス艦隊に給水を行う許可を求めた。ホンペシュは評議会に諮ったうえで、1度に4隻までのフランス艦の入港と給水を認めることにした。これは騎士団における、戦時にマルタの港に4隻以上のキリスト教国船が入港することを禁ずる伝統に沿った決定だった。
6月10日、ナポレオンはホンペシュに最終通告を送り付けた。ナポレオンは騎士団が多数のフランス艦の入港を拒絶したことに失望したとし、フランス軍の多勢ぶりを伝え抵抗は無益であると恫喝し、その上で戦闘を避けるためにホンペシュに協定の締結を持ちかけるという内容であった。またフランス軍は騎士団を敵とみなす一方で、マルタ人の宗教と慣習、財産を尊重する、とされていた。
6月10日朝、フランス軍はマルタ島のセント・ポールズ・ベイ、センジュリアン、マルサシロクと、ゴゾ島のラムラ・ベイという計4か所から同時に上陸を始めた。