能動輸送
V型ATPアーゼ(液胞型ATPアーゼ)は膜表面にありATPアーゼ活性を示し、F型ATPアーゼと類似した構造を持つ。V1ドメインと膜内部に存在して物質の透過に機能するV0ドメインを持つ。リソソームやエンドソーム、細胞膜、分泌小胞などに発現しており、V型ATPアーゼ特異位的阻害剤バフィロマイシンA1により機能が阻害される。V型Hポンプは細胞内pHの調節に関与している。
F型ATPアーゼ(ATP合成酵素)は呼吸鎖と共役してATP産生を行う重要な分子であり、その構造中にF0およびF1ドメインを含む。H の流れとともにモーター部分が回転してATP産生を行う。