山越郡
江戸時代の山越郡域には、松前藩によってヤムクシナイ場所が開かれていた。江戸時代初期の寛文9年6月に日高国域を中心に起こったシャクシャインの戦いの際、クンヌイ(現長万部町国縫)において蝦夷軍(アイヌ)と松前藩との戦いが行われている。この戦いで、松前に攻め込むほどの勢いであった蝦夷軍が、鉄砲を主力とする松前藩の前に敗れ形成が逆転、後に平定されている。
江戸時代中期、安永2年長万部に飯生神社が創建される。寛政年間になり、それまで地形が険しく道が途絶え舟に乗り換えていた区間を、幕命を受けた松前藩によって山越郡と虻田郡の境を越える礼文華、弁辺等の山道(国道37号静狩峠の前身)が開削され、渡島国の箱館から道東や千島国方面に至る陸路(箱館から長万部までは国道5号の前身)が繋がっている。
江戸時代後期、国防のため寛政11年山越郡域は天領とされた。享和元年に渡島国亀田郡にあったものを移転し山越内関所が設けられた。これは蝦夷地への武器の持ち込みなどを取り締まる国内最北の関所であった。