こなみるく
しかし、主力商品だった『ときめきメモリアル』シリーズの人気低下や、コナミのゲームセンター事業撤退、また自社のオンライン通販サービス・コナミスタイルのサービス拡充などの理由から、新宿店以外の直営店や各地のフランチャイズ店舗の廃止が相次いだ。最後まで直営店として残っていた「聖地」新宿店も、2002年1月のチルコポルト新宿店閉店に先立つ2001年10月に閉店し、その幕を下ろすことになった。
2001年12月、新宿店はその代替として、同年7月に新宿NSビルの3Fに開設した自社のカードゲームプロモーション施設・コナミカードゲームセンターの一角に移転。その後2004年3月のカードゲームセンターの渋谷移転に伴い、こなみるくも「本店」として渋谷に移転した。
直営店は渋谷の本店のみになり、フランチャイズ店舗も往年に比べ縮小・撤退が目立ち、ほぼ有名無実の状態になっていた。2010年にコナミスタイル東京ミッドタウン店がオープンしてからは、コナミのグッズショップ並びにカードゲームセンターも同店舗に集約され、渋谷店も閉店し「こなみるく」ブランドも事実上消滅。
また、以前は「こなみるく友の会」というポイントカードのサービスもあったが、2006年に廃止されている。前述のコナミスタイル東京ミッドタウン店ではポイントサービスが復活している。
『ときめきメモリアル』シリーズの最新作である『ときめきメモリアル Girl's Side 3rd Story』や『ときめきメモリアル4』も従来作と同様にグッズが展開されているが、こなみるくブランドで展開せず、コナミスタイル限定を中心にした展開になっている。