Brainbow
あらゆるの神経画像技術と同様に、Brainbowもいくつかの制限がある。Brainbowを用いる為には遺伝子導入をした動物を少なくとも二個体育成し、交配させる必要がある。これは非常に複雑で時間のかかるプロセスである。更に言えば、たとえ遺伝子導入に成功し交配をさせたとして、その子がそれらの遺伝子を継承しているとは限らない。故に、Brainbowは実験の前に緻密な計画が必要になる。
加えて、蛍光タンパク質の発現がランダムである為、蛍光標識を精密に制御することが出来ない。特定の神経細胞が上手く識別することが出来ない可能性がある。
哺乳類は中枢神経系の神経細胞が驚くほどに多様である為、brainbowを用いることが困難である。神経細胞の密度に加え、長い管を持った軸索がある為に中枢神経系の多くの領域は高解像度で観察することが困難である。Brainbowは複雑な細胞間の環境の中である単一の細胞を観察する場合に非常に優れた手法である。しかしながら、光学顕微鏡の分解能の限界のため、神経細胞間のシナプス結合を確実に識別することは容易ではない。ただし、この問題はシナプス接続に標識をつけることである程度回避することが出来る。