色素体
色素体には3.5-25万塩基対(35-250 kb)の環状ゲノムがそれぞれ複数コピー存在している。たいていの植物の色素体ゲノムにはおよそ100遺伝子があり、rRNAやtRNAとともに、光合成や色素体遺伝子の転写・翻訳に関わるタンパク質などがエンコードされている。藻類の場合はもっと遺伝子数が多いこともある。しかしここにエンコードされているタンパク質は、色素体の構造や機能を維持するために必要な全タンパク質のうちの一部分に過ぎない。色素体タンパク質の大半は細胞核にある遺伝子にエンコードされており、細胞分化に応じて適切な色素体の発達ができるようにするため、色素体遺伝子と核遺伝子の発現は厳密に同時制御されている。色素体あたりのゲノムコピー数は変動的で、未分化の色素体では数コピー程度のものが、盛んに分裂している細胞では1000コピー以上、成熟した細胞では色素体分裂により色素体数が増えて100かそれ以下のコピー数になる。
色素体のDNAは内側の包膜に結びついた大きなタンパク質-DNA複合体として存在しており、色素体核様体と呼ばれる。それぞれの核様体粒子にはおそらく10コピー以上の色素体DNAが含まれている。原色素体では中心に核様体が1つある。発達中の色素体には、周辺部に内包膜に結合した多くの核様体がある。原色素体から葉緑体への発達過程、あるいは色素体が形態を変えるときには、核様体もその形態、数、位置を変化させる。核様体の再構成は核様体タンパク質の構成や量が変化することで起きると思われている。