BIWA WAVE
2007年8月1日から9月5日までの36日間にわたり、無断で八幡山ロープウェー山頂駅付近にある送信用の八木アンテナ1段2面のうち1面の指向方向を変更、最大実効輻射電力を14Wから200W以上に増力していた、つまり違法無線局を運用していたことが同年末に発覚した。
これに対し、総務省近畿総合通信局は運用停止11日間の行政処分を決定。2008年(平成20年)1月18日から1月28日までの運用停止処分が下り、1月17日20時から1月29日7時まで放送休止。放送局の運用停止処分が下されるのは、1950年(昭和25年)の電波法施行以来初めてであった。また、BIWA WAVEが加盟するJCBAは、理事会においてこの電波法違反が定款に違反し同法人の品位を傷つける行為と判断、会員資格停止処分(1月17日-3月31日)とすることを審議可決した。
その後放送は再開されたものの、広告収入の低下により経営が悪化したことにより(2,000万円の負債を抱えていたほか、給与の遅配も起きていた)、同年末をもって3年半にわたって行われてきた放送を休止することが発表された。12月19日の17:00から放送された特別番組『EVENING WAVE』(ナビゲーターは、ゆりりん・WAKA)をもって、自社製作番組は一旦全て終了したあと、25日をもってJ-WAVEの再送信も終了したが、当初予定されていた放送終了は行われず、フィラーによる放送が続けられた。
なお、『EVENING WAVE』放送の際、既に公式サイトが閉鎖されていたため、聴取者からのリクエストやメッセージの受付は急遽作成されたYahoo! JAPANのアカウントを利用して行われた。
2009年(平成21年)1月5日、コミュニティ放送を同じく滋賀県内で行うFMひこねの支援を受け再建に目指すことが明らかになった。
1月12日からエフエムひこねと近江コミュニティFMネットワークを結成し、同日より朝と夕方に同社のサイマル放送を開始した。この期間中は、昼間時間帯(月・火・水・金曜日の13:00-15:30)に自社製作番組『DIGGIN on SMILE』を放送していた。また、CMもネットワークTIMEではエフエムひこねと共通であった。
しかし、エフエムひこねの支援撤退により、3月31日をもって近江コミュニティネットワークによる放送を終了した。
なおBIWA WAVE代表取締役社長の曽根正幸(2008年(平成20年)12月取締役会で退任)は、FMひこね設立準備委員会の代表でもあった。
MUSIC MAGIC(月-木 17:00-20:00 DJ:ミネリカ(火)・Choco(杢))
MYCAL street(月-木 16:00-18:00)
RUNNING☆HIGH(金 17:00-20:00 DJ:舟岡昭浩・NAO)
The A★NAVI radio(月-金 21:50-22:00 DJ:K-ZONE)
DIGGIN on SMILE(土 12:00-13:00 DJ:ゆりりん)
ENDLESS DREAM(土 13:00-15:00 DJ:佐々木清次・カリスマGO-Z)
e-m station(土 17:00-19:00 DJ:土平ドンペイ・SAKI・KAZUYA)
GLOBAL EYE'S(土 19:00-20:00 DJ:林芳樹)
Club Peace PRIVATE LOUNGE(日 23:00-24:00 DJ:舟岡昭浩・山本幹雄)
DIGGIN on SMILE(月-水・金 13:00-15:30 DJ:ゆりりん)
他に収録番組が数本放送されていた。