日系アメリカ人市民同盟
と述べた事をはじめとして、2世の大半を占める労働者層からは、そのエリート主義を厳しく批判される事となった。
またJACLは、上述した通り、政府による強制収容の執行に反対しなかっただけでなく、「最も危険な任務の先頭に立ち、何処へでも出撃する」事を旨とした、日系人特攻部隊を創設する事と、同部隊の忠誠心を疑う人々を安心させる為に、隊員の家族や友人を政府の「人質」とする事などを提案した。そうした姿勢が仇となり、JACLは収容初期の時点で、日本で教育を受けた1世や帰米2世の多くからも、反感を抱かれる様になっていた。
加えて、収容所における食事や住居は、極めて劣悪なものだった事もあり、特に若い2世の間では、自身らが置かれているそれらの状況と、上述した収容所内の学校において学ぶ「アメリカの民主主義」の理念の間に矛盾を覚える者も、決して少なくなかった。その事から、収容者の間では、収容所におけるWRAとJACLによる支配体制に対し、徐々に疑心暗鬼が生じる様になった。
上述した背景もあって、重鎮メンバーの中でも、タヤマはマンザナー収容所にて1942年12月5日に、城戸はポストン収容所にて1942年9月と1943年1月28日の2度に亘って、トーマス・ヤタベとジョン・ヤマザキ(山崎節)はジェローム収容所にて1943年3月6日に、各々暴行を受ける事態に見舞われる事となった。
2000年以降、人口動態と政治の変化は、日系人コミュニティの様相にも変革をもたらし、JACLは他のアジア・太平洋諸島系アメリカ人をはじめとする、あらゆる民族集団による権利の保護、特に若い混血の会員による「ハパ(英語版)・アイデンティティ」の重要性に関する問題へ焦点を当てる事にも、その使命を拡大する事となった。
2001年9月11日のアメリカ同時多発テロをきっかけに、同国内においてアラブ系住民(英語版)に対するヘイトクライムが急増した。この事態を受けてJACLは、自身達が嘗て見舞われた経験を鑑みて、テロ発生の数日後に開いた記者会見において、一連のヘイトクライムを非難する声明を発表した。
また、ノーマン・ミネタ運輸長官は、アラブ系やムスリムであるという理由で、空港において乗機を拒否される事例が確認された事を受け、国内の各航空会社(英語版)へ、
航空会社が、人種・肌の色・国籍・民族・宗教・氏名・衣服の特徴をもとに、特定の乗客を差別の対象としない様、警告する。
様々な我が国の法令が、人種・肌の色・国籍・宗教・性別・祖先をもとに、航空会社が航空輸送の際に、特定の乗客を差別する事を、禁じている。
といった旨の通達を発出した。
上述した措置を取った事に伴い、ミネタは各方面から非難を浴びるようになった。
その後は、サカモトをはじめとするシアトルの活動家達による積極的な支援もあり、1930年8月29日には初となる全国大会が、シアトルで開催された。そこでは、「日本語学校、帰米の存在、二重国籍、1世の経済的支配及び中国情勢への日本に対する共感」が、移民社会に社会に「日本的なもの」を蔓延させる事を警戒し、アメリカ市民としての忠誠心に基づく「2世の立場」を強調する事が、改めて確認された。それに伴い、1924年に施行された『排日移民法』において「帰化不能外国人」と見なされた日系人とアジア系移民の市民権を、拡大する為のロビー活動を開始した。
まずは、1922年9月に連邦議会を通過した、帰化不能外国人である男性と結婚した女性は、アメリカ市民権を剥奪される事を定めた『ケーブル法(英語版)』を、撤廃させる事を目標とした。結果として、1931年に連邦議会は、帰化不能外国人と結婚しても、市民権を保持し続ける事が可能となる様に法改正し、1936年には撤廃される事となった。
次いで、別所南洋に代表される、第一次世界大戦に従軍した838名の1世を含めた、アジア系移民の退役軍人に対して、市民権を付与させる為のキャンペーンを開始した。この取り組みも、別所と同じ1世の退役軍人であるトクタロウ・スローカム(西村徳太郎)によるロビー活動が功を奏し、1935年6月24日にフランクリン・ルーズベルト大統領は、アジア系退役軍人へ市民権を与える『ナイ・リー法』に署名する事となった。