イギリス・ザンジバル戦争
その後ハリファは、奴隷取引を止めさせるためにドイツの支援を得て海上封鎖を行っていた帝国イギリス東アフリカ会社(英語版)(IBEAC)に広範囲の交易権を認めた。1890年にハリファが死ぬと、アリー・ビン・サイード(英語版)がスルタンとなった。スルタン・アリーは地域内の奴隷取引を禁止し(ただし奴隷保有は許された)、ザンジバルがイギリスの保護国となることを宣言し、ロイド・マシューズを内閣の首相(英語版)に任命した。また、イギリスは将来のスルタンの指名に対する拒否権を保証された。
アリーがスルタンに即位した同じ年、イギリスとドイツはヘルゴランド=ザンジバル条約を締結した。この条約で公式に東アフリカにおける権益地域の分界線を定め、ドイツはザンジバルにおける権益をイギリスに譲渡した。これにより、すでに1804年以来ザンジバルにおける奴隷禁止を目標としていたイギリス政府はザンジバルにおける影響力を高めた。
スルタン・アリーの跡を継いだハマド・ビン・スワイニー(英語版)は、1893年にスルタンとなった。ハマドはイギリスとの親密な関係を維持したが、国民の中には、国内におけるイギリスの支配拡大や、イギリス指揮下の軍隊、貴重な奴隷取引への廃止への反発があった。この反発を抑えるため、イギリス官憲はスルタンに1千名のザンジバル王宮親衛隊を創設することを認めたが、親衛隊はすぐにイギリス指揮下の警察と衝突した。親衛隊の行動に対する苦情はザンジバル・タウンのヨーロッパ居留民からも挙がった。