高島線
4倍に、発送された貨物量は50万トンから255万トンへ約5.1倍に増加した。また、単に船舶を通じて到着・発送される貨物を鉄道で中継して国内各地と結ぶ機能から、臨海工業地帯における加工・生産にかかわる輸送が増大していった。1929年(昭和4年)の統計によると、船舶で到着して鉄道で出荷された品目は主に豆粕・大豆・リン酸アンモニウム・重油・木材・小麦・石炭・台湾米・レール、鉄道で到着して船舶で出荷された品目は生糸、鉄道で到着して横浜市内で消費された品目が砂利・木炭・内地米・石材・石灰石・屑糸・木材・小麦、横浜市内で生産されて鉄道で出荷された品目が揮発油・板・麩となっている。
このころの臨港線では、高島機関区の所属機関車が主に使用されており、機種としては5500形、6750形、6760形、C58形などであった。
しかし第二次世界大戦(大東亜戦争、太平洋戦争)の勃発により、アメリカとの旅客航路は休止され、ボート・トレインの運行も中止になった。大戦前のボート・トレインの最終運行の記録は明確でないが、大戦前最後の対米航路出航が1941年(昭和16年)7月18日の浅間丸であることから、この日ではないかとされている。対米戦争開戦後は、1942年(昭和17年)4月1日から横浜港駅は帝国海軍関連の貨物専用に使用されることになった。大戦末期には横浜市は激しい空襲を受け、高島駅、入江駅、海神奈川駅、千若信号場、表高島駅なども大きな被害を受けた。しかし東横浜駅や横浜港駅は一部を損傷したのみで大半は健在であった。
東高島駅 (0.0 km) - 旧・千若信号場 - 瑞穂駅 (2.2 km) 米軍が使用している横浜ノース・ドックへ通じており、国鉄営業線としては1958年に廃止となっているが、米軍専用線となって現存している。
横浜市では横浜市六大事業の実施に伴い、三菱重工業(現・三菱造船)横浜造船所を移転させ横浜駅東口から新港埠頭までの広大な地域の再開発を行う横浜みなとみらい21計画を打ち出し、1983年(昭和58年)11月8日に着工した。これにより横浜機関区や高島駅・表高島駅などの整理が進められた。
1989年(平成元年)3月25日 - 10月1日にかけてみなとみらい21地区において市制100周年・開港130周年を記念する横浜博覧会が開催された。これに際してまだ線路の残されていた山下臨港線が活用され、1987年12月に財団法人横浜博覧会協会が第一種鉄道事業者の免許を得て、1988年11月に横浜博覧会臨港線として工事が完成、1989年3月25日から10月1日まで旅客輸送を行った。港一号橋梁北側(会場側)に日本丸駅、山下臨港線の氷川丸付近に山下公園駅の2駅のみを設置して、レトロ調気動車を運転した。博覧会終了後の運行継続を望む声もあったが、これは受け入れられなかった。