メバロン酸経路
ルート2では、5-ホスホメバロン酸は脱炭酸酵素により一段階でイソペンテニル一リン酸に変換され、続いて上記と同じリン酸化酵素によりイソペンテニル二リン酸を生じる。このルートはハロバクテリアにのみ見つかっている。一方、細菌であるクロロフレクサスにもこのルートが見つかっている。ルート3では、メバロン酸からリン酸化により3-ホスホメバロン酸を生じ、さらに連続するリン酸化により3,5-ビスホスホメバロン酸を生成する。続いて脱炭酸化によりイソペンテニル一リン酸を生じ、ルート1・2と同じリン酸化酵素によりイソペンテニル二リン酸が生成する。このルートは主にテルモプラズマ綱に限定される。最後に真核生物・細菌タイプのメバロン酸経路(ルート4)も、スルフォロブス目(Sulfolobales)にほぼ限定されているが見つかっている。これは真核生物または細菌からもたらされたと思われる。英語版も参照。
メバロン酸経路のうちメバロン酸の合成までの経路は3つすべてのドメインで比較的よく保存されているのに対し、メバロン酸以降はドメイン間、およびドメイン内でも差異を生じている。次節で述べるように、メバロン酸以降の酵素反応は大部分が互いに相同な酵素群(GHMP酵素ファミリー)によって触媒されており、この酵素群の機能的な多様化が各ドメインで複数回生じたと推測される。