カナダ合同教会
けれども、こうした出来事は、代議員たちが『教会員資格、教職者および人間の性 (Membership, Ministry and Human Sexuality)』という声明を可決させたことで、かすんでしまった。この声明では「性的指向に関係なく、イエス・キリストへの信仰を告白する者はすべて、カナダ合同教会の教会員になることが歓迎される」とあり、また「合同教会のすべての教会員は専任の教職者になる資格を有する」と述べられていた 。これら2つの声明によって、ゲイであることを公表している男性・女性が教職者になる道が開かれた 。
多くの教会員はこの声明に反対し、その後の4年間で7万8184名も教会員を減らすことになった。まとまった派閥――教職者が指導しているような――がある教会では、まるごと合同教会から離脱し、独立した教会を結成する場合もあった。ゲイの任職問題には反対しつつも教会に残ったものもいたが、その場合でも、教会の内部で「憂慮するコミュニティ (Community of Concern)」のような保守的な見解もつグループを作った。
神にいたる道はいろいろあると教会は信じている。合同教会にとってそれはイエス・キリストの道であるが、神を完全には理解できない以上、この点に関するキリスト教徒の理解が十分でないことも認めている。合同教会では、神の聖霊はキリスト教とは違った他の信仰を通して働きかけることもある、と考えている。
新世紀になってからも教会員と寄付の減少傾向は変わらなかった。2001年には総会事務局はコスト削減のために再編された。
2005年、教会は同性結婚を認める立法措置を講じるようカナダ議会に働きかけた。法律が成立すると今度は、本件の見直しを行わないようにと政府に訴えかけた。
教会は先住民寄宿学校問題の残した諸問題に対する対応を続けていた。2005年、教会はカナダ政府と先住民議会とが発表した原則的合意を歓迎した。これは、インディアン寄宿学校の元生徒に対する包括的な解決策のパッケージを定めていた。翌年、教会はインディアン寄宿学校解決協定に署名することに同意した。
2006年、第39回総会で、寛大な寄付を利用して、「イマージング・スピリット」キャンペーンを展開することを承認した。これは30代から40代の世代を対象に、信仰について話し合う場へと勧誘するキャンペーンである。「イマージング・スピリット」キャンペーンのなかには、イエスの首ふり人形、ウェディングケーキの上で手を握り合うタキシード姿の男性2人〔=ゲイのカップル:訳注〕の人形、ショッピングモールでサンタクロースの椅子に腰かけるイエス、「それが罪じゃなきゃ、セックスはどんなに楽しいだろうか」というキャプションが付いたホイップクリームの缶などの写真入りの広告が雑誌に掲載され、論議をよんだ。
新しい教会のためにデザインされた紋章は、初期キリスト教会の象徴である逆立ちした魚を想起させる、ひし形である。これは、「イエス・キリスト、神の子、救世主」の頭文字をギリシア語でつづるとιχθύς (icthyos) となり、「魚」を意味するからである。中央のXは、聖アンデレの十字架を表すと同時に、ギリシア文字のChi、つまりギリシア語のキリストを意味するΧριστόςの最初の1文字目でもある。4区画のうちの3つは創立時の3教会をそれぞれ象徴している。燃える柴は長老派、鳩はメソジスト、開いた聖書は会衆派を表している。一番下の区画のアルファとオメガは黙示録第1章8節で示された神の永遠を表している。モットーのUt omnes unum sintはヨハネの福音書第17章21節の「これ皆一つとならん為なり」を意味する。
2012年、モホークのAkwe Nia’Tetewá:nerenという成句(「すべて我がえにし」)が外周のリボン部分に追加された。また紋章の4区画の背景色についても、ファースト・ネーションの治癒の輪の伝統色を反映したものに変更された。