多良間空港
かつては石垣空港との間にもRACが就航していたが、2006年3月に廃止。RAC撤退後にはエアードルフィンが不定期便として夏期季節運航していたが、2009年11月に自己破産を申請し経営破綻した。
2013年10月には第一航空が多良間 - 石垣線の運行を2015年10月を目途に開始する計画を表明。しかし、2015年8月18日には台風の影響等で運航乗務員の訓練が遅れたため運航再開を12月1日に延期することが決定され、さらに8月28日には同社の同型機が粟国空港でフェンスに衝突する事故を起こし、原因究明まで同型機の飛行ができない可能性があることから、就航時期は未定となった。2016年8月には、第一航空が、2018年7月の那覇 - 粟国線再開を県等に打診し、石垣-多良間線についても2年後以降に就航見通しがあるとの見解を示した。しかし、第一航空の那覇 - 粟国線は2018年1月15日に運航を再開したものの、補助金等の問題から同年4月から再運休。第一航空は同年4月27日に沖縄からの撤退を表明し、石垣-多良間線の就航にも否定的見解を示した。
2020年10月、経営体制の変わった第一航空が粟国・波照間・多良間線再開の意向を示し、2021年7月に那覇-粟国線の運航を再開。2022年4月30日には石垣-多良間線の再開を予定し、使用機材はDHC-6-400型で、週2回程度の運航となる見込みとされた。しかし、2022年4月18日に本空港で離着陸訓練中に使用予定機材が滑走路を逸脱する事故を起こしたため、4月22日に石垣-多良間線の就航延期が発表された。その後、12月に就航し、月・土曜の週2日各1往復が運航されると報道されたが、使用予定機材を機長の定期審査に使用することになったため、就航はまたも延期された。