総合研究大学院大学
数物科学研究科(1988年10月設置、1989年4月学生受入開始) 構造分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 機能分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 加速器科学専攻 - 茨城県つくば市 放射光科学専攻 - 茨城県つくば市 統計科学専攻 - 東京都港区
生命科学研究科(1988年10月設置、1989年4月学生受入開始) 遺伝学専攻 - 静岡県三島市 分子生物機構論専攻 - 愛知県岡崎市 生理科学専攻 - 愛知県岡崎市
文化科学研究科(1989年4月設置、1989年4月学生受入開始) 地域文化学専攻 - 大阪府吹田市 比較文化学専攻 - 大阪府吹田市
大学本部事務局 - 横浜市緑区
総合研究大学院大学本部を中心として、各専攻を構成する基盤機関との間で協定を締結し、教員・研究者及び所属学生の受け入れを実施している。総合研究大学院大学では、国立大学法人法の規定により、大学院大学長を中心に各専攻を構成する機関の長が理事として大学理事会に参画している。大学本部における教育研究に関する重要事項は、葉山教授会にて審議される。
日本初の国立大学院大学として創立した当初は全研究科全専攻において博士後期課程のみの設置であったが、2004年度から2006年度にかけて文化科学研究科を除き各研究科とも段階的に5年一貫制博士課程へ移行した。
2023年4月1日、先端学術院を設置し、新たに国立国語研究所及び総合地球環境学研究所を、本学の基盤機関に迎え、すべての大学共同利用機関が基盤機関となる。 同時に、従前の6研究科の全専攻は、先端学術院先端学術専攻(20コース)に移行した。 これにより、学問分野の垣根を超え、基盤機関の多彩な教育リソースを全学でより柔軟に活用できるようになり教育環境の更なる充実が図られることになった。