A.I.C.O. Incarnation
声 - 内田真礼
アイコのクラスの担任。
声 - 間島淳司
桐生生命工学研究所の研究員で黒瀬や伊佐津の同僚。人工生体分野において天才的な能力を発揮し、「セル・アセンブラ」の発展形である「セル・アセンブラ2」を開発するなど最新の人工生体技術を開発していたが、公式にはバーストで死亡している。
声 - 白石晴香
本作の主人公。15歳の女子中学生。明瞭活発な性格の少女。2年前の交通事故の影響で物語当初は車椅子を使用していたが、神崎が転校してきたタイミングで自力で歩ける程度には回復した。本人は神崎らから伝えられるまで知らなかったが事故の治療のために体は人工生体で作られており、更にそれを強化する目的で治療に使われていたカーボン・ナノ・ストラクチャーの影響で打撃やナイフなどの攻撃を受けたり、高所から落下しても無事な強固な肉体を持ち合わせることになった。
2年前、父親が亡くなった事故で重傷を負い、従来の治療では助けられなかったため、史上初の脳と体を分離して治療する手術を受け、それがバーストの原因ともなった。
第9話で脳と眼球が複製体であり、体は本物だが2年前の手術で投与されたセル・アセンブラ2の影響で人工生体化していた「AICO」であることが判明する。
最終話終盤では人工生体が排出された人間の肉体を取り戻しており、包丁で指を切って出血しているシーンがある。 もう一人のアイコ 声 - 白石晴香 最終話で手術後にマターから生成されたアイコ。脳も体も人工生体であるため、通常の人間とは認められない。それらを秘匿し、普通の生活を送らせるため、神崎や香々美小春が身元を北海道の桐生第三研究所に引き受け、地元で暮らすことになった。
声 - 森なな子
CAAC対策局特務課に属する職員。南原の命でアイコをプライマリーポイントに連れていこうとする一行を妨害し、アイコの奪還を試みる。
声 - 興津和幸
CAAC対策局職員で南原の部下