超伝導量子干渉計
SQUID の極めて高い感度は生物学における研究向けに理想的である。たとえば脳磁図 (MEG) はSQUIDアレイを用いて脳内のニューロン活性について推定を行う。SQUID は脳から発せられる最も高い時間周波数 (kHz) よりもずっと速く測定を行えるので、良好な時間分解能を持つ MEG を作成できる。他の応用例として、胃の弱い磁場を記録する胃運動描写(英語版)が挙げられる。新しい応用例としては、経口投与薬の動きを追跡する磁気マーカーモニタリング法(英語版)もある。臨床現場では、循環器学の分野で磁場画像法が心臓の磁場を検知し診断やリスク層別化を行うため応用されている。
SQUID の最も一般的な商用利用例は磁気特性測定装置 (MPMS) であろう。いくつかのメーカーが既製品として製造しており、試料の磁気的特性を測ることができる。典型的には 300 mK からおよそ 400 K の温度範囲で使用される。SQUID センサの小型化により、近年では AFM のプローブに SQUID センサを装備することができるようになっている。このようなデバイスにより、表面粗さと局所的磁束を同時に計測することができるようになった。
例えば、SQUIDは低磁場核磁気共鳴画像法 (Low Field MRI) 用の磁気センサとして用いられている。強磁場 MRI では数テスラもの歳差磁場を印加する一方で、SQUID MRI では偏極磁場を印加後、マイクロテスラ領域の磁場で計測を行う。