馬喰町駅
当駅は総武本線の地下区間に設置されている駅の一つである。
開業当時はJR東日本の前身である日本国有鉄道(国鉄)の駅で最も地中深くにある駅(海抜-30.58m)だった。そのため、国鉄で一番高い野辺山駅と友好関係にあり、改札前に長野産の白樺でつくられたオブジェが設置されている。
国鉄時代に制作された駅スタンプ(わたしの旅スタンプ)には「国鉄で一番低い駅」と記されていた(JR化後は"国鉄で"を削除)が、後に高さが−27.14mに修正されたことや、さらに低い京葉線東京駅 (−29.19m) や海峡線吉岡海底駅(−149.5m、2014年3月廃止)が開業したため、2003年から2020年7月7日までのスタンプには「問屋街と歴史のある町」と記されていた。同年7月8日以降は「駅名の漢字一文字」と「駅やその地域の歴史・特徴等を表現したシンボル」を組み合わせた新しいデザインのスタンプに変更された。
JR東日本ステーションサービスが駅業務を受託している神田駅管理の業務委託駅。島式ホーム1面2線を有する地下駅である。ホーム階は地下5階。都営地下鉄新宿線の馬喰横山駅とは改札口を併設した乗り換え用の連絡通路が出入口とは別にある(都営線は上階である地下2階にホームがある)。
当駅のホームは単線シールド工法で建設した。開業時はホームの側壁が未設置だったが、1984年3月に設置された。隣駅の新日本橋駅と同様に発車ベルが用いられている。
JRの駅構内にある出入口は1 - 6番の6か所だが、うち最も東側の6番出入口は地上連絡ではなく、浅草橋交差点横断地下歩道(国土交通省管理)に直結しており、さらにC1 - C5出入口に分かれている。
ホームと西口改札を結ぶエレベーターが設置されている。改札階と地上を結ぶエレベーターはJRの駅構内および地下歩道には存在しないが、都営地下鉄馬喰横山駅・東日本橋駅A4出入口に併設されたエレベーターが利用できる。
西口・東口改札の2か所あるが、東口改札はお客さまサポートコールシステム導入に伴い終日無人となっており、遠隔対応のインターホンが設置されている。指定席券売機は西口に設置されている。NewDaysは西口側の改札外にある。