カトリック浦上教会
しかし山口愛次郎はこれに対し、「天主堂の立地は、キリスト教迫害時代に信徒たちが踏み絵を強いられた庄屋屋敷跡であり、その土地を明治時代に労苦を重ねて入手したという歴史的な背景があり、保存委員会の意向は重々理解できるが、移転は信仰上到底受け入れることはできない」という意思を決定した(浦上教会公式サイトにも同様の経過が記載されている)。
キリシタン迫害に耐え抜き、悲願として浦上天主堂を建設した原爆被害当事者である浦上教会と、結果的にアメリカへの配慮を優先した田川市長の意向が共に再建を選択したため、旧天主堂の廃墟は撤去されることになった。現在、浦上教会信徒会館2階には、再建時に発掘・収集された被爆物(溶けた聖母像や聖杯・ロザリオなど)を展示する資料室を併設しており、自由に見学することができる。
一部の遺構は保存されたとはいえ、広島県広島市の「原爆ドーム」(旧広島県産業奨励館)のように爆心地付近の惨状をありのままの姿で後世に伝えられる遺物を残せなかったこと、また原爆ドームが史跡やユネスコの世界遺産に登録され、有名な被爆遺構として見学に訪れる観光客が増えていることから、残されていれば原爆ドームと同じく世界文化遺産になった可能性が高い被爆遺構が取り壊されたことを惜しむ声も未だに多い。
2018年6月30日、UNESCO世界遺産として「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」が登録され、大浦天主堂などが認定されたが、再建された浦上天主堂はこれに含まれていない。
天主堂に於ける慰霊祭(1945年11月23日)
倒壊を免れた外壁(1945年)
倒壊した天主堂(1946年1月7日)
浦上天主堂全景(1946年春、山端庸介撮影)
国連本部の被爆聖アグネス像
爆心地公園に保存されている遺構