人吉駅
2018年3月のダイヤ改正までは普通列車2本が縦列停車していた。車両基地内へ入庫する際には、いったん八代駅方の引上線に入線し、折り返して入庫する。引上線が4両分の長さしかないため、5両編成以上の車両は直接入庫できない。車両基地にはたくさんの線路が敷かれているが、現在使用されているのはその中のごく一部となっている。なお、ホームにはかつての特急「おおよど」の号車案内が残っている。
JR九州の駅は直営駅で、みどりの窓口が設置されている。なお肥薩線で起終点の八代駅・隼人駅を除けば、出改札業務も直営で行う直営駅は当駅のみである(起終点を含めると隼人駅も直営駅)。また自動券売機(ICカード非対応)が1台設置されている。JR九州の駅本屋には待合室(コインロッカー有)、キヨスク、観光案内所が設置されている。駅本屋東側にはくま川鉄道のりば・駅裏手へつながる自由通路とくま鉄ゲストハウスが設置されている。くま川鉄道はホーム上に自動券売機1台と窓口が設置されている。駅に設置された自動販売機の一部はICカードに対応している。
駅本屋に直結した単式ホーム1面1線と島式ホーム2面4線の、3面5線のホームを有する地上駅。JR九州は駅本屋寄りの2面3線を使用し、くま川鉄道は駅本屋から最も遠い1面2線を使う。
各ホーム間の移動には従来から跨線橋が使用されてきたが、跨線橋の老朽化とバリアフリー化のため、2013年に跨線橋を閉鎖した上で跨線橋の手前に新たに構内踏切を設置した。くま川鉄道へは、新設した構内踏切で連絡しているほか、駅横から直接ホームに入場可能な跨線橋を兼ねた自由通路が利用できる。
八代側に車両基地があり、日本国内で現役唯一の石造車庫(旧人吉機関区、後身の人吉鉄道事業部は2005年(平成17年)3月に熊本鉄道事業部へ統合)があり、現在も車両停泊や、SL人吉や普通列車の清掃・給油・洗浄・留置などの役割を果たしている。なお車両停泊については2016年3月までキハ185系2-3両編成が夜間に入庫していたが、特急列車の運行見直しにより、定期列車の機関庫内での車両停泊の設定はなく、1番のりばに普通列車1両編成1本が停泊する。