プロモーター
TATAボックスはクラスIIプロモーターの中でもっともよく研究されている。 原核生物の-10ボックスと相同だと考えられているが、10bp上流にある-10ボックスに対して25~30bp上流と、転写開始部位からの距離に大きな違いがある。非鋳型鎖において共通配列TATAAAを含み、高等真核生物では右端のAが転写開始部位の25~30bp上流にある。通常、この後にさらにAかTが続き、GCに富む配列に囲まれていることが多い。共通配列には多くの例外があり、ウサギのβグロビン遺伝子の場合にはグアニンやシトシンが混ざっている。始まりもTATAではなくCATAだ。また、特化遺伝子には必ずTATAボックスはあるが、ないプロモーター(TATAレスプロモーター TATA-less promoter )もしばしば存在し、全プロモーターの50%かそれ以上である可能性が示唆されている。これらには次の2種類でよくみられる。
クラスIIプロモーター class II promoter は2つの配列から構成されている。その一つであるコアプロモーター core promoter はふつう40~60bpほどの大きさである。4つ以下に細分化されており、-33位を中心に存在するTATAボックス TATA box、そのすぐ上流のTFV IIB認識エレメント TF IIB recognition element:BRE、転写開始部位を中心とするイニシエーター initiator:Inr、さらに下流に下流プロモーターエレメント downstream promoter element:DPE のいくつかを含む。DPEはさらに細分化され、同名のDPEのほか、下流コア配列 downstream core element:DCE、モチーフ10配列 motif ten element:MTE があるコアプロモーターは基本転写因子と結合し、RNAポリメラーゼに与える。一方、クラスIIプロモーターのもう一つの要素は上流プロモーターエレメント upstream promoter element:UPE (上流制御配列 upstream control element とも)で、転写開始に関与するほかの転写因子が結合する。次の項で各エレメントを詳しく紹介する。
RNAポリメラーゼIIは伝令RNA(mRNA)前駆体のヘテロ核RNA(hnRNA)と少数の核内低分子RNA(snRNA)を転写する。