樋口真嗣
ゴジラ(1984年) - 特殊造形助手
さよならジュピター(1984年) - 特殊造形助手
ドラゴンクエスト ファンタジア・ビデオ(1988年) - 特殊撮影アドバイザー
帝都物語(1988年) - 絵コンテ
孔雀王(1988年) - ストーリーボード・特撮B班監督
丹波哲郎の大霊界 死んだらどうなる(1989年) - 絵コンテ
ウルトラマンをつくった男たち 星の林に月の舟(1989年) - 特撮演出
孔雀王 アシュラ伝説(1990年) - 絵コンテ
ウルトラQ ザ・ムービー 星の伝説(1990年) - 絵コンテ
超高層ハンティング(1990年) - 絵コンテ
妖獣大戦(1991年) - 特撮協力
ウルトラマンになりたかった男(1993年) - 特撮絵コンテ
ウルトラマンパワード(1993年) - 絵コンテ・特撮監修・ビルのミニチュア改修
南くんの恋人(1994年) - ビジュアルプランナー
YASHA-夜叉-(2000年) - VFXコーディネーター
ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃(2001年) - 特撮コンテ(ノークレジット)
まんてん(2002年) - OP演出
ヴァンドレッド(2003年) - 企画協力・OP絵コンテ
サブマリン707R(2003年) - 予告編演出
庵野秀明との親交が深く、庵野からは「盟友」と呼ばれたこともある。『新世紀エヴァンゲリオン』の主人公・碇シンジの名前の由来であることも知られる。経歴の節で述べたように『エヴァンゲリオン』や『シン・ゴジラ』など数作で共同制作も行っている。
小説家の福井晴敏とも深い交流がある。福井の著作『亡国のイージス』を読んだ樋口が感動し、福井に「第二次世界大戦」「潜水艦」「女」の3つのテーマを基にした作劇を依頼、その草案を基にした映画『ローレライ』を監督した。福井曰く、「雷と共にやってきた男」。なお、2人の好きな映画3本は完全に一致している(『日本沈没』・『新幹線大爆破』・『太陽を盗んだ男』)。ローレライ構想以来、福井作品の多くの装丁は樋口が担当している。
富野由悠季を「神」と呼び、『ローレライ』や『日本沈没』では端役で出演させている。
押井守、細田守との親交も深いが、ともにスタッフとして参画した『G.R.M. THE RECORD OF GARM WAR(ガルム戦記)』は凍結に追い込まれている。
樋口がアニメ作品に深い関わり(テレビシリーズの監督など)を持たないのは、周りに庵野秀明や原恵一(『クレヨンしんちゃん 嵐を呼ぶ モーレツ!オトナ帝国の逆襲』ほか)など、「すごい人たちがいっぱいいるため」だと自身が公言している。なお、前述のとおり2018年のテレビアニメ『ひそねとまそたん』で初めて本格的にアニメに取り組むこととなるが、これについては脚本家・岡田麿里と準備していた企画が世に出るに至らずに終わった際、岡田からの提案に乗ったことやイラストレーター・青木俊直とデザイナー・コヤマシゲトの絵に惚れ込んだ結果がきっかけとなったと述べている。