ローグギャラクシー
エンカウントした地点のダンジョンの地形がバトルにそのまま利用される。アクションRPGタイプのバトルで、操作キャラの他に仲間2人が同時にオートで行動する。エンカウントした地点からある程度離れると逃走するかどうか選択できるが、自分以外のキャラクターは敵味方ともにこの距離制限に関係なく行動する。
トランスポーターのCHARGEの表示がなくなり、ジェスターの顔にある傷が描かれている札に変更されている。なお、トランスポーターはCHARGEの表示が無くなっただけでなく、戦闘中以外はいつでもHPとAPが回復されるように改善されている。
SHOPの商品が異なり、それにより幾分ゲームの難易度も下がっている。
バトル時の装備の変更に関して、メニューを開かなくても変更できるように工夫されている。
敵キャラ12匹とボスキャラ2匹が追加されている。
ひらめきフローが一新されている(過去にあったアビリティに属するひらめきフローアイテムは変更されていない)。
上記によりアビリティが追加されている。
チェインアタックを廃止し、タイミングよくボタンを押すことで連続攻撃を行う新アビリティ、バーニングストライクが全キャラに追加された。
武器が100種類ほど増えている。防具についてもいくつか追加されている。
次レベルまでの経験値が異なる。
宝箱の位置や中身が変更されている。
水の惑星アリスティアが追加されている。
一部のダンジョン内部のデザインが変更されている。
グラディウスタワーが前作より短くなった。
幽霊船・エクストリームのトランスポーターでHPとAPが回復するようになった。
エンカウント率が下がった。
ライブトークが1000個追加されている。
惑星間移動時の1分程の待ち時間がなくなった。
いくつかの台詞の削除&追加。
なお、オリジナル版のセーブデータをそのままディレクターズカット版に使うことは出来ない。