セイバル
グループAの活動は、この時期にはすっかり衰え、南プラザの一部に居住が確認される程度となる。
グループCでは、C-79下層神殿が活動をつづけているが、ほかの区域はすっかり衰退している状況である。
グループDでは、広場Aの下層にカントゥツェ相後半に当たる時期の祭祀に使用されたと考えられる構築物が確認されている。ハーバード大の調査隊は、この時期がグループDが頂点に達した時期であって、セイバルがただの村落から重要なセンターになった時期であるとしている。
フンコ(Junco)相になるとグループAの「南プラザ」とくに構築物A-2に集中的に土器が確認される。グループCとグループDにも土器片は、確認されるものの、積極的な建築活動は全体的に停止している状況となり、ハーバード大の調査隊は、この状況を一村落にすぎない状況になったと表現している。
フンコ相の段階が過ぎるとまったくセイバルは放棄された状況となる。
1892年にグアテマラ政府によって、フェデリコ・アルテス (Fedrico Artes) が、シカゴ万博博覧会のグアテマラ・ブースに出品する目的で、マヤの石碑の型どりを行うためにペテンのマヤ遺跡の踏査を行ったのが本格的な学術調査のはじまりであった。アルテスは、アルフレッド・モーズレー(Alfred Maudslay)の下で型どりの技術を習得したゴルゴニオ・ロペス(Gorgonio Lopez)とセイバルの状況に詳しい地元ガイドのエウセビオ・カノ(Eusebio Cano)をつれてフローレスからサヤスチェ経由で、遺跡の目前で遺跡名の通称となっているセイバの木の近くを通ってセイバルに訪れた。 5 - 6本ほどの石彫で型どりを行い、翌年グアテマラシティにある新聞社「エル・グアテマラティコ」誌(El Guatemalateco)に持ち込んで、記事を掲載した。ところで、アルテスは、元々の通称であった「セイバの木のあるところ」という意味の "Ceibal" という名前について、この素晴らしい遺跡にふさわしくないと考えていた。それで、別のよい名前はないかとカノに相談したところ、セイバル近辺に生息する鳥の名を使用したらどうかと提案したのが採用され、シカゴ万博では、セイバルではなく "Saxtanquiqui" という遺跡名で石彫のレプリカが型から起こされ展示された。
グループCで南側に堤道が分岐し、南側にのびる堤道(堤道II)を分岐点から南方150mほどいくと東西約70m・南北約31mの球戯場(構築物C-9)が堤道IIの西側に接している。分岐点から南に500mほどの地点には、古典期終末段階の中央高原の影響を受けたと思われる円形状プランをもつピラミッド(構築物C-79)がある。
グループDから堤道Iとその延長である堤道IIIを西方450mほど行くとグループAに至る。グループAは3つのプラザをもち、「中央プラザ」は南北200m・東西100mほどで、北東にピラミッドA-18、東側に「神聖文字の階段」、西側にA-19と呼ばれる小球戯場と南西にA-20と呼ばれるピラミッドに囲まれている。「中央プラザ」の南側に「南プラザ」があり、その西側に、南北70m・東西60m、プラザからの高さ18.5mのセイバル最大の建造物A-24があり、「南プラザ」の中央部には古典期終末期にあたる10バクトゥンの長期暦の日付と、「メキシコ中央高原」風の人物像が刻まれていることで知られる著名な石碑群をかかえる建造物A-3がある。