水俣駅
駅と工場内との間の貨車入換用として、ニチユ製の小型蓄電池機関車が使用されていた。
原料搬入、製品出荷用の貨車が、水俣駅常備として配属されており、チッソ所有の私有タンク車(専用種別は、濃硫酸、希硝酸、酢酸及び無水酢酸、酢酸エチルなど)が主体だったが、他に国鉄のトラ40000形無蓋車の一部にも、小ロットのタンクコンテナ輸送専用運用として水俣駅常備とされたものが存在した。チッソの私有タンク車(酢酸及び無水酢酸専用)のうち、タキ3700形については、同形式の中でも特異な構造・形態の車両が多く含まれ、貨車研究者からは注目された。
かつては八代市内に本社を構えていた株式会社みずあらい水俣支店や近隣の仕出し業者森弁当が調製した幕の内弁当や御寿司などが発売されていたが、みずあらいは倒産、廃業のため1990年代後半に駅弁発売を終了している。みずあらいの廃業以降は森弁当だけが駅弁販売していたが、こちらも経営移管のため2004年3月12日の発売を以て終了した。晩年は以下の駅弁が売られていた。
御弁当
寿司
1926年(大正15年)7月21日:鉄道省川内本線の駅として開業。
1927年(昭和2年)10月17日:湯浦駅 - 水俣駅間が開業し八代駅 - 川内駅 - 鹿児島駅間が鹿児島本線に編入される。
1934年(昭和9年)4月22日:山野西線当駅 - 久木野間が開業。
1949年(昭和24年)6月1日:公共企業体である日本国有鉄道が発足。
1955年(昭和30年):現在の駅舎が完成。
1972年(昭和47年)3月15日:みどりの窓口の営業を開始。
1982年(昭和57年)11月15日:山野線貨物列車廃止。
1986年(昭和61年)11月1日:チッソ専用線を含む貨物取扱い廃止。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、九州旅客鉄道の駅となる。
1988年(昭和63年)2月1日:山野線廃止。
2004年(平成16年) 2月28日:キヨスク、ジョイロード水俣旅行センター閉店。 3月13日:九州新幹線の部分開業に伴う鹿児島本線(八代駅 - 川内駅間)の経営移管により、肥薩おれんじ鉄道の駅となる。中線、旧3番線使用停止。
2005年(平成17年)3月1日:八代駅からの当駅折り返し列車が全て出水方面に延長され、消滅。
2007年(平成19年)5月7日:水俣港発着航路廃止に伴い、フェリーとの連絡運輸終了。
2015年(平成27年) 1月10日:駅舎改装工事のため、旧改札口と待合室を閉鎖。 4月29日:駅舎リニューアルオープン。
2016年(平成28年)4月7日:クルーズトレイン「ななつ星in九州」の乗り入れ開始に伴い、停車駅となる。