ドクターマリオ
「スーパーマリオブラザーズ発売20周年記念ソフト」の1つ。2005年9月13日発売。人気が高かったパズルゲームである『ドクターマリオ』と『パネルでポン』を収録して発売。『ドクターマリオ』は『NINTENDOパズルコレクション』に収録された物と似た見た目となっている。ゲーム内容はスーパーファミコン版とほぼ同じだが、先に光るウイルスを全て消したプレイヤーが勝利となるモード「フラッシュ」が『NINTENDOパズルコレクション』版より追加されている。また、『メイド イン ワリオ』内のミニゲーム『ドクターワリオ』(Dr. WARIO)同様、オリジナルに比べてビンの高さが低く、ウイルスの数もやや少ない(最大でレベル20以降の68匹)。今作ではレベル20をクリアすると21以降をレベル選択画面で選ぶことができるようになる(ただし電源を切ると選べる最大値は20に戻る)。なお、レベルは表示上は99まで存在し、レベル99をクリアするとウイルスの数が変わらないままレベル0に戻される。『マリオテニスアドバンス』と共にゲームボーイアドバンス最後のマリオシリーズの新作ソフトであった。
2008年3月25日配信開始。『ドクターマリオ』と『もっと脳を鍛える大人のDSトレーニング』内の「細菌撲滅」を収録。キャラクターが2Dから3DCGで描画されるようになった。操作方法・ルール説明機能がつき、投下カプセルが3個先まで表示されるようになった。ニンテンドーWi-Fiコネクションによるオンライン対戦、ソフトを持っている相手との対戦のほか、ソフトを持っていない人に「フレンド対戦限定版 ドクターマリオ」を配布して対戦することもできる。対戦モードや「細菌撲滅」モードの際には、キャラクターをドクターマリオからMiiに変更できる。
2人で対戦するモード。対戦時には一度に複数のカプセルおよびウイルスを消すと相手のビンに消した数に応じてハーフカプセルが降り注ぐ(最大で一度に4個まで)。相手より先にウイルスをすべて消すか、相手のビンの上までカプセルが積み上がると1ポイント獲得。3ポイント先取で勝利となる。スピード・レベルはプレイヤーごとに変更が可能で、これに差をつけることによりハンデ戦も可能。