細川氏
幕末維新期の熊本藩主細川韶邦は、明治2年(1869年)に版籍奉還で熊本藩知事に転じるとともに華族に列する。翌明治3年には韶邦の弟で新政府の議定職、刑法事務総督、参与、麝香間祗候などを歴任した細川護久が最後の熊本藩知事に就任。明治4年の廃藩置県まで務めている。
最後の谷田部藩主細川興貫は、版籍奉還で谷田部藩知事に任じられたのを経て明治4年2月に茂木に陣屋を移し茂木藩知事となって同年7月の廃藩置県を迎えた。
最後の宇土藩主細川行真は、版籍奉還後に藩領を本藩の熊本藩に吸収された。
最後の肥後新田藩主細川利永は鳥羽・伏見の戦いの後に本藩の熊本藩の勧めで江戸を引き払い、藩地を高瀬岩崎原に定めたことで高瀬藩と改名したが、版籍奉還の際に本藩の熊本藩に藩領を吸収された。
明治17年(1884年)の華族令施行によって華族が五爵制になると熊本細川家の護久は旧大藩知事として侯爵に叙された。また宇土原と茂木と高瀬の細川家は旧小藩知事として子爵に列した。明治29年(1896年)には細川護久侯爵の三男護晃が分家華族として男爵に叙された。明治30年(1897年)には旧熊本藩で1万石を知行していた一門家臣の刑部家(旧姓長岡)の当主細川興増が旧万石以上陪臣として男爵に叙された。
歴代藩主の中で改革に乗り出したことで注目されるのが、8代重賢で、藩校時習館の創設や殖産興業など宝暦の改革と呼ばれる藩政改革を行い「肥後の鳳凰」と称され、出羽米沢藩の上杉鷹山や紀伊紀州藩の徳川治貞(紀州の麒麟)とともに江戸時代中期の三名君とされる。
幕末維新期の当主は斉護の跡を継いだ13代韶邦(初名:護順)だった。幕末期の熊本藩は実学党・学校党・勤皇党の三者の対立が激化したが、他藩のような下級藩士の進出が起きず、藩校時習館派の学校党による執政が続いたため、藩としては尊皇攘夷運動に積極的な姿勢がみせられないまま、封建体制の護持に終始して明治維新を迎えた。
歴代藩主の諱に特に通字はなく、原則的に父から1字を受けて初名を名乗り、藩主就任の折などに徳川将軍家から偏諱を受ける慣例であった(詳しくは歴代藩主の各項を参照)。12代斉護の子らは初めは父の「護」字を受けた(護前・護順・護久)が、後には将軍の偏諱を受けて慶前・慶順・喜延と改めた。しかし幕府瓦解後に喜延が護久に復して以降の細川家は「護」を通字とするようになる。細川家紋は、細川九曜、細川桜、二引両、五七桐、松笠菱のほかに桔梗紋もあり、計六つを定紋としていた(高瀬支藩文書)。
これらのことは、当初は友好的な関係にあった山名氏と細川京兆家との関係悪化を招き、応仁の乱の遠因ともなった。
成之は、応仁の乱では東軍として京兆家を盛り立てたが、細川勝元の没後、政元の時代においては、権力集中を図る京兆家としばしば対立し、摂津守護代の薬師寺元一の反乱に関与するなどした。成之は孫の一人である澄元を、京兆家・細川政元の養子に送りこむことに成功するものの、それは畿内の争乱をさらに激化させることになり、政元暗殺とその後の「永正の錯乱」へと事態は進展するのである。
なお、成之の次子の細川之勝(後の細川義春)は備中守護の細川勝久の養子となっていたが、成之の嫡男の細川政之が早世したため、義春と改名し阿波守護家を継いだ。後に義春の子の細川之持が短期間であるが備中守護にも任じられている。
成之自身は長命であったが、子である政之(1488年没)と義春(1494年没)に先立たれ、さらに永正8年(1511年)の成之の死の翌年には孫の之持が夭折するなど、短命な当主が続く。若年の当主が続く成之以降の阿波細川家においては、家宰の三好氏が台頭することになる。
京兆家の細川政元の養子となった澄元を擁した三好之長は、畿内において細川高国と抗争を続けたが敗れ、澄元もまた京兆家として主導権を取り戻せぬまま夭折する。
之持の跡を継承した細川氏之は三好元長の補佐の元で成長すると、細川晴元や元長と協調し足利義維を擁立し、堺公方とするなど京都の幕府と対立を続けた。
堺幕府の解体後は、義維を阿波に迎え、平島公方としている。江口の戦いで晴元が没落し、三好長慶が将軍足利義輝をも追放して畿内の実権を握ると、義維の将軍擁立を主張したが、義輝との全面対立を望まない長慶の弟の三好之虎と対立し、天文22年(1553年)、之虎により暗殺されることになった。
なお、之持から氏之にかけての阿波守護家の動向には不明な点が多く、異説として之持は天文年間初頭まで健在であったとする若松和三郎の説 や持隆は之持の子ではなく澄元の子(晴元の弟)とする馬部隆弘の説 が出されている。
氏之の子・細川真之は、実休とその子の三好長治の元での傀儡でしかなかった。長治が悪政により阿波を混乱させると、真之は新たに台頭しつつあった土佐の長宗我部元親と手を結び復権を図り、長治を滅ぼしたが、天正10年(1582年)に長治の弟である十河存保(異説によれば、長宗我部元親)の攻勢を受け自刃し、阿波守護家は滅亡した。
代々の当主が遠江守を称したことから、この名が定着した。また、遠州家とその分家は上野氏とも称しており、「細川」と「上野」の名乗りが併用されていた。土佐守護代家ともいう。土佐守護は細川家の嫡流である京兆家が代々つとめたが、管領でもあり京都住が常であったことから、庶流であるこの細川家が実際に土佐に在国し守護代を代々つとめた。細川頼益(よります)以降の通字は「益」(ます)、満益(みつます)以降は足利将軍家の偏諱を受けている(系図中の太字部分、細川国益(くにます)は細川高国の1字を受けている)。頼益は細川成之の母の兄でもあり、香美郡田村(現・南国市田村)に守護代館(=田村城)をおいた。 その曾孫、勝益は応仁の乱に際して東軍大将を務める細川勝元の支援のために上京、その跡を継いでいた政益(まさます)・国益も永正4年(1507年)に細川政元(勝元の子)が暗殺される(永正の錯乱)と上京し、やがて土佐は守護代不在の地となった。また、勝益の弟である細川元治は「上野玄蕃頭」と称したために、元治の子孫は玄蕃頭家と称されたが、永正の錯乱の際に元治が高国の擁立を最初に主張したことから実際に高国が京兆家を継ぐとその功労者としてその地位を高めた。その孫である細川国慶は高国の没後はその後継者である細川晴国・細川氏綱陣営の重鎮として細川晴元と戦い、一時京都を占領・支配している。
細川頼有(細川頼春の子)
細川頼長
細川持有
細川教春
細川常有
細川政有
細川元有
細川元常
細川晴貞
細川藤孝(幽斎)?