坂祝駅
相対式ホーム2面2線を有し、列車交換が可能な地上駅。線路・ホームは東西に伸びており、南側のホームは上り列車が使用する1番線(上り本線)、北側のホームは下り列車が使用する2番線(下り本線)である。下り本線側(北側)のホームへの移動手段として、屋根のない跨線橋が設置されている。貨物取扱駅であった名残で、下り本線の北側には側線が4線引かれている。
木造駅舎が1番線に接して設置されているが、美濃太田駅管理の無人駅である。2010年3月にTOICA専用の簡易改札機が設置された。かつてはJR貨物が駅業務を受託する業務委託駅であり、みどりの窓口も開設されていた。しかし、鵜沼駅からの名鉄電車(犬山方面)の乗車券は発売されていなかった。トイレが駅舎内に併設されている。
高山本線の北側には駅側から西側へデンカ坂祝サービスステーション、太平洋セメント(旧・日本セメント)坂祝サービステーション、太平洋セメント(旧・小野田セメント)美濃サービスステーションが並んでいる。各施設へ側線から専用線が分岐し、専用線上に貨車からセメントを降ろすための荷役設備がある。しかし2007年3月に美濃サービスステーションのものを最後にすべて使用されなくなった。また、駅東側の小西砕石工業所へ至る専用線もあった。