エルサレム王国
そして1254年、ジョフロワ・ド・セルジーヌ(フランス語版)指揮下の守備隊を残して彼はフランスに帰還した。
ルイ9世の遠征の最中、1246年にエルサレム王国の摂政アリックス・ド・シャンパーニュが亡くなり、摂政の地位は彼女の息子のキプロス王アンリ1世が継承した。そして聖地の現地貴族ジャン・ド・ヤッファがキプロス王国に居住するアンリ1世の代官 ( bailli ) としてアッコにて統治を担当した。その後、1253年にアンリ1世が崩御し、彼の幼い息子ユーグ2世(英語版)がキプロス王位を継承した。ユーグ2世は法的には故コンラート王と彼の息子コンラディンの摂政であったが、ユーグは年少であったことから、キプロス・エルサレムの両王国は共にユーグの母親であるプレザンス・ド・アンティオキア(英語版)が代理で統治した。この際、ジャンは依然としてアッコを拠点として 国王代理 としての地位を保持し続けた。ジャンはダマスカスのムスリム政権と講和条約を締結した上で、王国南部の要衝アスカロンの再征服を試みた。この頃エジプトを統治していたマムルーク・スルターン国はジャンの企みに対抗し、1256年にヤッファを包囲したが、ジャンはこのマムルークの包囲軍を撃破した。その後、ジャンは息子のジャン・ド・アルスフ(英語版)に国王代理 ( bailli ) の座を継承させた。
1260年にシドン領主ジュリアン・グルニエ(英語版)がモンゴル部隊を襲撃しキト・ブカの甥を討ち取り、キト・ブカが甥の死の復讐としてシドンを略奪し、その後の戦闘の際にジュリアン自身を捕虜として捕えるという事件が挙げられる。以上のように次々と道中の諸勢力を薙ぎ倒してきたモンゴル軍であったが、その進軍は突然止まった。シリアに駐屯していたモンゴル遠征軍総司令官フレグが、モンゴル帝国皇帝モンケ・ハーンの死の報を受けて、母国モンゴルへと急遽帰還したからである。フレグは帰国の際、キト・ブカに小規模のモンゴル守備軍を預けて、彼を中近東に駐屯させた。モンゴル軍主力部隊と総司令官の撤退を受け、エジプトを統治するマムルーク朝スルターンは十字軍勢力と協議の末、十字軍領土内を通過してエジプトからシリアに向かって進軍し残存モンゴル軍の駆逐を試みた。そして1260年9月、マムルーク軍はアイン・ジャールートの戦いでキト・ブカ率いるモンゴル軍を撃破した。モンゴル守備部隊の指揮官キト・ブカは戦死し、シリア地域はマムルーク朝の勢力下におさまった。しかし、この戦でマムルーク軍を指揮したスルターンのムザッファル・クトゥズは帰国の道中で暗殺された。クトゥズを暗殺したのはマムルーク朝のバイバルス将軍であった。彼はクトゥズがフランク勢力と締結した同盟に不満を抱いていた者の一人であり、その後彼が率いるマムルーク朝と十字軍勢力は再び戦火を交えることとなるのであった。
第2回十字軍の失敗はエルサレム王国に大きな悪影響を及ぼした。ヨーロッパ諸侯がエルサレムへの大規模な遠征軍の派遣を躊躇し始めたのだ。それゆえに、第2回十字軍から数十年に渡ってエルサレムには小規模な軍勢しかやって来なくなった。一方、ムスリム世界はヌールッディーンの下で徐々に統一され始め、1149年にはイナブの戦いでアンティオキア公国の軍勢が撃破され、1154年にはダマスカスが制圧された。ヌールッディーンは非常に敬虔なイスラム教徒であり、彼の治世下において、ムスリム世界の精神的・政治的統一の障害となっていたエルサレム王国に対して反撃することはジハードと見做されていた。
そんな中、エルサレムでは国王のボードゥアン3世と摂政のメリザンド(英語版)との間で確執が起き、王国は動揺していた。メリザンドは重臣のマナセス・ド・イエルジュや彼女の息子のヤッファ伯アモーリー、フランク人騎士でナーブルス領主のフィリップ・ド・ミリー(英語版)やイブラン家の支援を受けていた。
彼はこの行為で何も得ることはできず、そればかりかシャーワルを刺激し再びヌールッディーン側に鞍替えさせる原因となってしまった。その後すぐにシャーワルは暗殺され、また1169年にはシール・クーフも亡くなった。シール・クーフのファーティマ朝救援事業は彼の甥サラディンが引き継ぐこととなった。同年、マヌエル1世は300隻のビザンツ艦隊をアモーリー支援のためにエジプトに派遣し、ダミエッタがその攻撃の的となった。しかしこのビザンツ艦隊はたった3ヶ月分の食糧しか搭載していなかった。兵糧が尽きた十字軍・ビザンツ海軍は遠征の失策をお互い非難しあった。だが両国ともに、エジプト奪還のためにはお互いの支援が必要であることを認識していたため、エルサレム - ビザンツ間の同盟は維持され、更なるエジプト遠征も企図された。しかしこの遠征は最終的には実行されなかった。
十字軍のエジプト遠征は上述の通り失敗に終わり、サラディンはエジプトでスルタン(英語版)の座に就いた。その後すぐ、サラディンは旧主ヌールッディーンからの独立を試みた。ヌールッディーンは独立を画策するサラディンに対して遠征を行うべく各地から軍勢を招集していたのだが、1174年に亡くなった。ヌールッディーンの死により、サラディンはヌールッディーン側の勢力に対して優位な立場に立ちヌールッディーンの旧領シリアに対して影響力を行使し始めることができた 。1180年、ビザンツ皇帝マヌエル1世がなくなり、エルサレムは最大の同盟者を失った。
十字軍が進軍を止めていた頃、エジプトの統治者アイユーブが亡くなり、アイユーブの息子トゥーラーン・シャーがアイユーブ朝スルタンの座を継承した。その後、1250年2月に十字軍はアイユーブ朝とマンスーラにて交戦した。この戦で十字軍はアイユーブ朝に敗れ、アルトワ伯ロベール1世は戦死した。敗北後、十字軍は疫病や食糧不足に苦しみ、またナイル川が氾濫したことにより行軍すらままならない状況に追い込まれた。劣勢に追い込まれた十字軍はダミエッタへの撤退を試みたが、撤退中にアイユーブ軍の襲撃に遭い(英語版)、アイユーブ朝に大敗を喫した。数千人もの十字軍が殺戮・捕縛され、総大将のフランス王ルイ9世も捕虜に取られた。ルイ9世が捕虜として収監されている間、アイユーブ朝で政変が起き、アイユーブ朝スルタンのトゥーラーンが配下のマムルーク将軍イッズッディーン・アイバクが引き起こしたクーデターにより殺害された。その後エジプトで権力を握ったアイバクによってルイ9世は釈放された。この際、ルイ9世はアイバクに対して莫大な身代金を払うと共に、遠征序盤に征服したダミエッタをアイバクに対して返還した。釈放後、ルイ9世は約4年間にわたってアッコに滞在し、その際にアッコ・カイザリア・ヤッファ・シドンといった地中海沿岸諸都市の防備体制の強化に勤しんだ。また彼はシリアに勢力を張るアイユーブ系諸侯と講和条約を締結するとともに、ムスリム世界の背後を脅かしつつあったモンゴル帝国との協約締結を目論み、モンゴルに対して使節を派遣した。
1242年、フリードリヒ帝の息子のエルサレム王コンラートは、自身が十分成長し、フリードリヒ帝の摂政としての支援や帝国後見人による支援の必要性を否定した。しかしコンラートはまだ15歳 ( エルサレム王国において「自ら政治を行える」とされていた年齢 ) にはなっておらず、フリードリヒ帝はコンラートを通じて帝国臣下を後見人としてエルサレム王国に送還しようと試みた。しかし、アッコに勢力を張る反帝国派の諸侯らは、エルサレム王国における法律により、エルサレム諸侯は自ら摂政を選出する権利が認められていると主張し、帝国の後見人を認めようとしなかった。そしてエルサレム高等法院はアリックス・ド・シャンパーニュという女性貴族を摂政に任命した。アリックスはコンラート王の大叔母でイザベル1世の娘であり、エルサレム王国においてコンラート王と血縁的に最も近しい近親者であったからである。アリックスはティールに籠るフィランギェリの逮捕を命じ、イベリン 一族とヴェネツィア軍と共にエルサレムの軍勢はティールを包囲した。そして1243年にティールを陥落させた。これによりエルサレム王国から皇帝軍は一掃され、ランゴバルド戦争は終結した。コンラート王は治世中、一度も聖地にやってくることはなかった。また、摂政に就任したアリックスであったが、ティールを支配するフィリップ・ド・モンフォールやアッコを支配するイベリン・ド・ベイルートといったエルサレムの大貴族らの影響により、摂政として王国で権威を行使することはできなかったとされる。
13世紀後半になると、東方の遙かなたよりやってきたモンゴル人という民族が近東に姿を現した。彼らは中央アジアに勢力を築いていた遊牧民族国家のホラズム朝を駆逐し、怒涛の勢いでヨーロッパ方面に侵攻を続けていた。この頃ムスリム勢力に対して劣勢に追い込まれていた十字軍はこの新興勢力であるモンゴル人に一縷の望みを賭け、多くの教皇やフランス王ルイ9世といった十字軍の指導者達はモンゴル人に対して使節を派遣し対ムスリム同盟の締結を目論んだ。しかし、モンゴル人たちはキリスト教勢力との同盟に興味を示すことはなかった。1258年にモンゴル軍はバグダードを蹂躙し、1260年にはアレッポとダマスカスを攻め落とし、当地に残ってきたアッバース朝・アイユーブ系諸国を共に滅ぼした。この頃には既にアルメニア王ヘトゥム1世(英語版)・アンティオキア公ボエモン6世の2人のキリスト教系君主がモンゴル軍に服属していたとされる。中近東に侵攻してきたモンゴル軍の中にはネストリウス派キリスト教を信奉する者が存在したとされ、モンゴル人指揮官の1人であるキト・ブカもキリスト教徒であったものの、アッコの十字軍諸侯はモンゴル軍に対する服属を拒んだ。モンゴル軍からしても、この頃の十字軍勢力は比較的小規模な勢力であったために彼らは相手にすらされなかった。ただし両者間で多少の小競り合いは発生した。