ボヘミア王国
この後、1373年にカレル1世はバイエルン公オットー5世よりブランデンブルク辺境伯領を購入し、皇帝選挙の際にルクセンブルク家で2票を確保できる体制を作った。カレル1世は、ボヘミア王国の首都プラハを帝国の首都に定めた。
彼の元で、プラハでは旧市街の南東に新市街を建設する一大事業が勧められた。またロマネスク様式の宮殿だったプラハ城もゴシック様式に改築され、城塞としての機能が強化されたうえで皇帝の在所に定められた。カレル1世は1348年にプラハ・カレル大学を創設し、プラハを学問の中心地としようと試みた。大学内はチェコ、ポーランド、ザクセン、バイエルンという4つの「ネーション(英語版)」に分けられ、それぞれが投票権を持つ体制が作られた。しかしながら、時がたつにつれてプラハ・カレル大学はチェコ人中心主義の中核になっていった。
1378年にカレル1世が死去すると、王位は息子のヴァーツラフ4世(ヴェンツェル)に移った。既に彼は1376年にローマ王に選出されていた。しかし皇帝としての戴冠を果たせぬまま失政を重ね、1400年にはローマ王を廃位された。何とかボヘミア王位は保ったものの、彼の時代のボヘミアは不況に陥り、盗賊や私闘が横行したうえ、黒死病の流行にも見舞われた。弟のジクムント(ジギスムント)は1410年にローマ王に選出され、1433年にローマで皇帝に即位した。彼の代で、ルクセンブルク家は断絶した。
1516年、ヴラジスラフの息子ルドヴィーク幼王がボヘミア王・ハンガリー王を継いだが、彼は1526年にモハーチの戦いでオスマン帝国と争い敗死した。ここにヤゲロンキ朝が断絶したため、二重結婚でルドヴィークと強い縁戚関係にあったオーストリア大公フェルディナント1世がボヘミア王位・ハンガリー王位を請求した。彼はボヘミア王に選出され(フェルディナンド1世)、上ハンガリー(現在のスロバキアと大まかに重なる地域)を含むハンガリー北西部を支配下に入れた。これ以降、4世紀にわたってハプスブルク家(ハプスブルコヴェ朝)がボヘミアとスロバキアを支配することになった。1583年、ルドルフ2世はウィーンからプラハに遷都し、プラハは芸術の都として再び繁栄期に入った。
17世紀になると、ボヘミアはプロテスタントの拠点としてハプスブルク皇帝への抵抗の兆しを見せるようになる。1618年にプラハ市民が第二次プラハ窓外投擲事件を起こし、ヨーロッパ中を巻き込む三十年戦争が勃発した。ただし、ボヘミア諸侯は1620年の白山の戦いで皇帝軍に敗れて早期に鎮圧され、ボヘミアの自治要求運動は終わりを迎えた。1648年のプラハの戦いではスウェーデンがプラハを包囲、略奪し、終戦後は神聖ローマ皇帝もウィーンへ再遷都してしまった。