ミュータントX
1975年、19歳の若さでスタンフォード大学にて生物発生学の博士号を取得した天才科学者アダムはジェノマックス社に入社、研究者ポール・ブリードラブがひそかに進めていた研究に携わるようになる。それは遺伝子操作により、先天的に優秀な子供を作り出すという「神の領域」に踏み込んだ恐ろしい実験で、実は政府の情報機関が関わる極秘プロジェクトだった。このプロジェクトにより、超人的パワーを持ったミュータントの子供たちが誕生し、政府は彼らの特殊能力を利用しようと企む。事の重大さに気づいたアダムはポールと対決することを決意するが、その前に同社のセキュリティを担当するメイソン・エックハートが立ちはだかる。アダムは遺伝子操作を受けた子供たちの情報を含んだデータベースを持ってジェノマックスから逃亡し、身を隠す。
それから数十年後、アダムは「ミュータントX」を結成する。彼らの目的は「新たなミュータントの仲間を探し、彼らの特殊能力を維持しながら、敵であるジェノマックスと政府の手から守る」こと。ここからミュータント対人間の終わりなき戦いが始まる。