パーフェクトダーク
ミッションモードに登場する人型のキャラクターから自分の操作するキャラクターを選択できる。顔・体を別々に選択することができるため、前作に比べて自由なキャラクター・メイキングが可能となっている。
クラシックウェポン
ある条件を満たすことで前作に登場した武器の一部が「クラシックウェポン」として使用できるようになる。
対戦用アリーナ
前作に登場した対戦用アリーナの一部が、リメイクされた上で本作にも登場する。
大きく分けて5種類のプレイモードがある。
データダイン社のトップ。トレント以上に専制的な性格で、他人に指示されるのを極端に嫌う。権力に執着し、ライバルに勝つためには手段を選ばない。
エルビス (320・男性)[声:Steve Malpass]
マイアン種族のボディガード。あらゆる武器を使いこなせるよう訓練されている。キャリントンと接触するために地球を訪れたマイアンの地球大使の護衛をしていたが、軍によってその宇宙船を撃ち落され、拿捕される。地球に関するあらゆる事物に憧憬の情を抱いており、人間の言葉を喋ることができる。
ドクター・キャロル (0.5・不明)
データダイン社によって開発された人工知能で、暗号解読に長ずる。ノートパソコンの形をしており、そのディスプレイには常に人間の目のようなものが映し出されている。空中を浮遊して自律移動することもできる。モラルを持っていたためデータダイン社の悪意ある計画に疑問を抱き、離反する。その後、データダイン社の地下研究所の最奥部に幽閉されるが、キャリントン協会に救出要請を送信することに成功する。
大統領 (50・男性)
優れた知性と決断力を持つアフリカ系のアメリカ合衆国大統領。信念を貫き、公明正大な行いをすることを信条としているが、側近には恵まれていない。
ジョナサン・ステインバーグ (28・男性)[声:Steve Malpass]
キャリントン協会に所属するエージェント。協会に所属するエージェントの中で最も実戦経験が多く、ジョアンナが記録を塗り替えるまでは協会で最高のトレーニング成績を持っていた。マグナムリボルバーの使い手で、隠密行動を得意としている。フルネームはパーフェクトダーク ゼロで判明。
人が近付いたり、銃器で撃ったりすると爆発する。なお、センサーは設置から4秒後に作動する。
センサー爆弾は『大乱闘スマッシュブラザーズシリーズ』にもアイテムとして登場する。このうち『ニンテンドウオールスター!大乱闘スマッシュブラザーズ』では『ゴールデンアイ 007』に登場した「モーションセンサー爆弾」となっており、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』では本作のタイプが採用されている。なお、第3作目『大乱闘スマッシュブラザーズX』では「概要」で述べたように作品の権利がマイクロソフトに移ったことから『大乱闘スマッシュブラザーズ』オリジナルのアイテムとされ、爆弾の配色も独自のものに変更された。
リモート爆弾 (10)
1.リモート爆弾 爆弾を1個ずつ放り投げる。
2.起爆 設置したリモート爆弾を遠隔操作で起爆させる。1度に爆発する爆弾の数には限界があるため、あまり多くの爆弾を設置し過ぎると狙った位置ですぐに爆発しない場合がある。また、爆弾が自分から一定以上の距離に設置されている場合、爆弾が反応しない。
壁や天井に貼り付けて使用する爆弾。人に直接貼り付ける事も出来る。自分で爆発するタイミングを決められる。第2武器モードに切り替えなくても、AボタンとBボタンを同時に押すことで起爆させることができる。
サイキックガン (8/100)
1.感染 特殊な薬品(「鎮静剤」と表記されているが、トランキライザのそれとは異なり、別途に計算される)を1発ずつ発射する。1発でも敵に命中すると、それが味方となりプレイヤーと一緒に戦ってくれる。