小坂誠
移籍に際して、ロッテで付けていた背番号1が巨人では永久欠番になっていたこともあり、同年に引退した元木大介の2を引き継いだ。
2006年の巨人は遊撃二岡智宏、二塁仁志敏久がいたが、小坂は開幕二塁手のスタメンを勝ち取り、この年はほとんど二塁で起用された。同年4月15日の対横浜ベイスターズ5回戦(横浜)で、通算1000安打を達成したものの、打率1割台と極度の不振となり、シーズン終了後には大幅減俸を受け入れ、10月には若手と共にフェニックスリーグに参加した。10月27日に、シーズン中に取得したFA権を行使せずに巨人に残留することを表明した。
2007年から背番号を6に変更。3月30日、セ・リーグ開幕戦の対横浜戦(横浜)で史上10人目の通算250犠打を達成。翌年初頭に、越年で契約更改。肩の故障の経過を見たうえでの契約となった。出場機会は減少し、1シーズンを通した安打数はわずか3本となった。
2008年はそれまで2004年に一度しか守ったことがなかった三塁を守ることがあった(ベンチ裏で味方選手が素振りしていたバットが三塁を守っていた今江敏晃の頭部に当たるアクシデントがあったため)が、出場試合数は13試合に減少し、シーズン終了後の11月11日に、金銭トレードで東北楽天ゴールデンイーグルスへ移籍することが発表された。背番号は32。巨人からは二軍コーチへの就任を打診されていたが、現役にこだわりたいとの思いから自分で移籍を願い出たという。
200盗塁:2002年7月22日、対オリックス・ブルーウェーブ15回戦(千葉マリンスタジアム)、6回裏に二盗(投手:本柳和也、捕手:日高剛) ※史上63人目
200犠打:2003年7月12日、対オリックス・ブルーウェーブ18回戦(Yahoo! BBスタジアム)、3回表に金田政彦から投手前犠打 ※史上25人目
1000試合出場:2005年4月22日、対東北楽天ゴールデンイーグルス3回戦(フルキャストスタジアム宮城)、1番・遊撃手として先発出場 ※史上401人目
250盗塁:2005年6月3日、対阪神タイガース4回戦(阪神甲子園球場)、1回表に二盗(投手:安藤優也、捕手:矢野輝弘) ※史上36人目
1000安打:2006年4月15日、対横浜ベイスターズ5回戦(横浜スタジアム)、9回表に仁志敏久の代打で出場、木塚敦志から左中間二塁打 ※史上239人目
250犠打:2007年3月30日、対横浜ベイスターズ1回戦(横浜スタジアム)、4回表に三浦大輔から投手前犠打 ※史上10人目