RPGツクール2003
また、(2000から除かれたものもあるが)データベースでの設定項目が大幅に増加、サイドビューバトルへの移行に伴い、主人公側の戦闘アニメをはじめとしたサイドビューバトル用の素材も必要になったため、全体的な素材の量も増加しており、製作の手間はRPGツクール2000と比べ、大幅に増加した。
RPGツクール2000の機能を大幅に拡張した廉価版、RPGツクール2000 VALUE!の販売に伴い、RPGツクール2003もVer. 1.05の段階でRPGツクール2000 VALUE!からのコンバートに対応された(これに伴い、基本的な仕様が2000 VALUE!と同程度に拡張されている)。ただし、2003の廉価版は販売されていない。現在はツクールWebのラインナップからも外されており、製品自体の製造・販売も終了してしまっている(アップデートファイルは公開されている)。
2015年4月24日以降、Steam及び海外版ツクール公式サイトにて公式英語版(RPG Maker 2003)が購入可能となった。こちらは有志の開発によりバージョンアップが進められており、対応するOSが増えた他、バグの修正、エンジンやエディタの機能の強化が行われている。ただし、パッケージ版に存在したサンプルゲームは同梱されておらず、入手できるのはエディタ本体のみである。
また、ユーザーがゲームエンジンに手を加えることが公式に認められており、日本語化や新しい機能の追加など、規約を逸脱しない範囲での自由な改変が可能となっている。
基本的な概要についてはRPGツクールおよびRPGツクール2000を参照。
戦闘シーンの方式が、ドラゴンクエストシリーズで採用されているフロントビュー(敵を正面にした主人公の視点での表示)・ターン制バトルから、ファイナルファンタジーシリーズで採用されているサイドビュー(敵と主人公を第三者の視点で表示)・アクティブタイムバトルに変更された。
なお、基本的な仕様およびコンセプトは、RPGツクール2000と同じであるため、素材がそのまま利用出来る。また、RPGツクール2000で作られた作品をコンバートする事で、作品を比較的容易にRPGツクール2003に移行することも出来る。また、データベース上の制約の緩和(たとえば、2000では最高レベルが50までしか設定できなかったが、2003では99まで設定できるようになっている)、「職業」の概念の導入、各種イベントの強化・増加、自動生成ダンジョンの作成、検索機能など、ツールとしての機能はRPGツクール2000と比べて上回っていた。(自動作成したマップはコピーすれば2000での流用も可能)
一方で、発売当初は普通にプレイすることさえ不可能なほど致命的なバグが数多く存在していた(現在ではかなり改善されており、発売当初と比べてバグは大幅に解消されている)。