New スーパーマリオブラザーズ 2
『Wii』と同じく、旗を通過すると中間ポイントとなり、クリアするか別のコースで中間ポイントを通過するまでは、ミスをした後は中間ポイントから再開できる。一定以上進むと自動的に中間ポイントとなった1作目とは違い、旗を通過しないと中間ポイントにならない。チビマリオの状態で旗を通過するとスーパーマリオになるが、マメマリオの状態ではスーパーマリオにならない。
通過するまえのマークはクッパで、通過したあとは通過したキャラクターのマークで表示され、マリオは「M」のマークの赤旗、ルイージは「L」マークの緑旗で表示される。お化け屋敷と一部ステージには中間ポイントはない。
コインラッシュモードでは旗を通過しても中間ポイントにならない代わりに、残り時間を増やすことができる。50カウントと100カウントが増えるが、コースの長さによって増えるカウントが決まっている。短いコースでは50カウント、長いコースでは100カウント増える。