平城宮跡保存運動
保存運動創設以来、特別史跡になってからは文化庁管轄で、鳥や虫、さまざまな動物たちの餌場と寝ぐらとなっている草地の自然状態となっていた。これを守りつつ、文化財としての保存を運動は進めてきて市民の憩いの場となっていた。しかし、国交省管轄になってから、2012年9月24日奈良新聞で初めて報道されたが、翌日から草地を掘り起こして土系のソイルセメントで固めて、建物復元と広場築造をすることが整備であると総額800億円の公共工事として進められている。そのため保存運動と政府・国交省との大きな対立となっている。「国営平城宮跡歴史公園」の整備の方針や説明では「導入すべき機能 4自然的環境保全・創出機能 都市部に残された貴重な緑地として、自然的環境を保全・創出するとともに、その活用を図ることにより、自然体験の機会を提供します。」と表明し、環境に配慮すると言うが、特に一帯の燕の2万羽のねぐらを潰す、遊水地工事をして対立は深まっている。
一方で、国交省側では、草地は整備されていない場所という見解で、除去し広場を作り観光客を増やすのが目的の事業だと述べている。ただし2008年に国土交通省が利用者に対してアンケートをすると平城宮跡整備について「あまり手を加えず、現在の自然や歴史資源を保存する」と現状凍結を望む意見が半数超えている。
国道24号は、当時唯一の南北を結ぶ国道であったが当時狭い2車線で市内を走り、そのころには三条通りの一方通行部分もあり、奈良東部市街地を迂回するバイパスを建設し、完成後は延伸し接続して本線とする「奈良バイパス」が構想された。そして計画が発表されたが、平城宮跡内の東部分を直進し分断するルートだった。そのため、学者も加わった広範な反対運動が起きて、国は撤回し、東側に曲がって平城宮跡を迂回するルートに変更した。
このとき、2回にわたる反対運動での撤回に、市民と関係者が今後の遺跡保存に危機感を覚え、古都保存法の制定と、指定による国買収が求められた。国会を通過後、地域規制法での奈良市民による投票も行われ、特別史跡指定範囲が拡大され、徐々に買収され昭和時代に遺跡の全域買収が完了して現状の広さとなる。