閑院
鎌倉幕府は閑院を改修して紫宸殿・清涼殿を具えた本格的な殿舎を造営し、後鳥羽天皇以来8代にわたって中心的な皇居(本所)となった(閑院内裏)。この間、後堀河天皇の安貞元年(1227年)に大内裏が焼亡して以後その再建は放棄され、「本内裏」が消滅した。
閑院は宝治3年(1249年)の閑院火災など幾度かの火災に見舞われている。正元元年(1259年)に焼失したのち、同じ場所で再建されることはなかった。後深草天皇は富小路殿に移り、一方で後深草天皇の系統(持明院統)と対立していた大覚寺統は万里小路殿や二条殿を本拠とした。
閑院内裏はその後の里内裏の模範と見なされ、花園天皇の文保元年(1317年)に幕府が造営した富小路殿(冷泉富小路殿/二条富小路内裏)は、閑院内裏の復元を図ったものであった。『徒然草』第33段には、高齢の玄輝門院(洞院愔子)が50年以上前の閑院内裏の記憶から、特定の窓の形状について復元の誤りを指摘した話を載せている。