クマシーブリリアントブルー
クマシーはドデシル硫酸ナトリウム(SDS)-ポリアクリルアミドゲル電気泳動 (SDS-PAGE)の染色に用いられる(普通はR250を使う)。感度は銀染色より低いが、染色液に漬け脱色するだけ(1時間ほどでできる)という簡便さから繁用されている。透明なゲルの中にタンパク質が青いバンドとして見える。SDS-PAGEではタンパク質分子をSDSで変性させて泳動するので、ペプチド鎖の長さに従って(つまり分子量によって)分離することができる。
このほかSDSを使わず、代わりにクマシーで処理したタンパク質を電気泳動する方法(Blue native-PAGE、BN-PAGE)もある。これを使えば、変性していない自然な状態に近いタンパク質分子を、その分子(または分子複合体)の分子量ではなく大きさに従って分離することができる。クマシー分子は負の電荷を持つから、これをタンパク質に混ぜると、タンパク質分子が負に帯電しすべて陽極に向かって移動するようになる(SDSと同じ効果)。