菅直人内閣の政策
2010年9月7日午前、尖閣諸島中国漁船衝突事件が発生し中国漁船の船長を逮捕。中国は尖閣諸島を自国の領土としてレアアース禁輸や日中間の交流停止などを行い、同時期に遺棄化学兵器処理事業に携わる在中フジタ社員4名を中国の軍事管理区域を写真撮影したとして拘束した。拘束された本人らによると、軍事管理区域であると知らなかったという。
9月25日に船長が処分保留で釈放され、同30日にはフジタ社員4人のうち3人が釈放されたが残りの1人は中国の大型連休を挟んで長期間拘束された。しかし、菅首相が10月4日にブリュッセルで中国の温家宝首相と会談した際、この1人の解放を要求しなかったことが10月6日の各党代表質問に対する答弁で明らかになった。この社員は10月9日に拘束が解かれ、10月10日に帰国した。
また衝突事件のビデオを非公開にしたことについて、日中関係への配慮や日本人の反中感情を刺激させないことが理由であったとの見方が存在し、ネット上では「国民の知る権利を奪うな」と批判された。2010年11月1日、衆議院予算委員会の理事30名限定で約7分に編集したビデオが公開された。しかし、11月4日、これよりも長い44分のビデオが流出しYoutubeに投稿された。11月8日、衆院予算委員会で質疑に立つ野党側議員ら約25人に前回と同じ約7分のビデオを公開した。前回と同様、報道陣を閉めだして行われた。
日本では東京、名古屋、沖縄など各地で抗議デモがおこなわれ、日本政府の対応批判や中国への抗議をした。また、首相官邸や中国大使館に銃弾が送られるなどといった事件も起きている。
マフムード・アフマディーネジャード大統領は、2010年6月13日国営放送を通じて、核開発を進めるイランへの制裁決議に賛成した日本に対して「一度も独立した行動をとったことがない」と批判した。
仙谷由人官房長官は日韓戦後処理は不十分であるとし、改めて決着必要であると述べている。
菅首相は2010年8月10日、日韓併合100年に合わせて「反省とおわび」を表明した(いわゆる「菅談話」)。これについて民主党の松原仁衆院議員など保守系議員から批判が相次いだ一方で、毎日新聞は共感できる認識と評し、同紙と朝日新聞は談話を両国関係構築の出発点とするよう求めた。
菅直人首相は10月18日の参院決算委員会で首相談話は韓国だけでなく北朝鮮にも適用されるとの認識を示した。
長年の貴重な雨量データが途絶えるだけでなく、豪雨監視に支障を及ぼす恐れもあると指摘されているが、気象庁は「レーダーなどによる観測の精度が向上しているため、防災上の影響は少ない」としている。
2010年4月10日、中国海軍艦艇が沖縄近海、さらに沖ノ鳥島近海を航行した。6月15日、中国経済界に人脈を持つ丹羽宇一郎・伊藤忠商事相談役を日本国中国大使に起用。産経新聞はビジネス重視でこうした問題には触れないつもりなのかと批判している