リンドン・ジョンソン
また特にジョンソンが苦手とされた外交や国防の分野で、国家安全保障担当の大統領補佐官マクジョージ・バンディや同次席補佐官ウォルト・ロストウ、国務次官ジョージ・ボール、国務次官補ウイリアム・バンディ(後に国防次官補)などはそのままジョンソン政権下でも留任した。
ただしケネディ政権の事実上のNo.2であった司法長官で弟のロバート・ケネディについては、政権の継承と浮揚には不可欠な存在と考えていたが、本人がニューヨーク州から上院議員選に出馬する意向を固めて、翌年には司法長官を辞任した。一部には1964年の大統領選挙に出馬するのではという観測があったが、議員も州知事も経験のない彼はまず上院議員を目指して、ジョンソンの次の大統領を視野において政治活動を進めることとなった。これはジョンソンにとってはまず一安心であった。しかし皮肉にも4年後ベトナム戦争に対する非難が渦巻く中で、ジョンソンに再出馬を断念させたのはロバート・ケネディであった。
また、ケネディ暗殺事件直後に暗殺事件に関する調査を行うウォーレン委員会を作り、委員会に捜査権を持つ権限を与えて国内での暗殺事件に対する陰謀論やソ連やキューバに対する不安を払拭するように努めた。翌年9月にウォーレン報告として調査結果が提出されて犯人リー・ハーヴェイ・オズワルドの単独犯行とする報告であった。最高裁長官をジョンソン自身が説得して委員長に指名したが、皮肉にもジョンソンはこの報告に満足はしていなかった。
リンドン・ジョンソン政権の時代は、ベトナム戦争で厳しい批判を受け、5万数千人のアメリカ兵が戦死した。一方、その間の福祉政策を中心にしたケインズ主義的な「偉大な社会計画」などの国内施策については、ある程度評価された。