石垣海上保安部
1985年(昭和60年)7月23日 - 石垣港湾合同庁舎が竣工し、石垣海上保安部及び石垣救難方位測定局が移転。
1993年(平成5年)3月22日 - 巡視艇「みやづき」が第七管区海上保安本部に配属替。
1995年(平成7年)11月13日 - 巡視艇「あだん」配属。
1999年(平成11年) 4月1日 - 巡視船「ばんな」配属。 4月1日 - 巡視艇「てるづき」が第五管区海上保安本部に配属替。
2005年(平成17年) 2月5日 - 解役される巡視船「よなくに」(初代)の出港式を挙行。 2月 - 巡視船「よなくに」(PL128・2代)就役。 4月1日 - 石垣海上保安部航行援助センター発足。
2006年(平成18年)12月31日 - 石垣海上保安部通信所が閉所(閉所式は12月22日)。
2007年(平成19年) 1月1日 - 石垣海上保安部通信所が那覇市の第十一管区海上保安本部運用司令センターに移転統合転。 4月1日 - 平良海上保安署が宮古島海上保安署に改称。 4月1日 - - 石垣海上保安部交通課発足。
2008年(平成20年) 2月27日 - 巡視船「はてるま」(PL124)解役式挙行。 3月31日 - 巡視船「はてるま」(PL61)就役(4月21日に石垣港に入港) 6月10日 - 台湾(中華民国)の遊漁船「聯合號」が尖閣諸島付近の日本領海内で鹿児島海上保安部所属の巡視船「こしき」と衝突し沈没(聯合号事件)。