FCザクセン・ライプツィヒ
ドイツ統一の過程で1990年にクラブが再編される。同年3月、チームはFCグリューン-ヴァイス・ライプツィヒ (FC Grün-Weiß Leipzig) に名前を変更。さらに8月にSVヒェミー・ベーレン (SV Chemie Böhlen) と合併し、現在のFCザクセン・ライプツィヒが成立した。
2000-2001シーズンに1度目の債務超過に陥った。
2008年より新たに再編されたレギオナルリーガ・ノルト(4部)に所属。2008-09シーズン中の2009年2月、チームは2度目の債務超過に陥り、オーバーリーガに降格。2009-10シーズンは本拠地をかつてホームスタジアムであったアルフレート・クンツェ・シュポルトパルクに移した。
2011年5月30日、債務処理の一環としてチームは協会登録 (Vereinsregister) を抹消し、チームは2010-2011シーズンをもってその歴史を終えた。