翔鳳丸
22mの内開き手小荷物用載貨門と郵便用載貨門が設けられ、載貨門内側の車両甲板上には、直下の手小荷物室、郵便室へのハッチがそれぞれ設けられた。岸壁側でも、載貨門に対応した位置に切り欠きが設けられた。車両甲板船尾右舷舷側にも、同じ大きさの石炭積込用載貨門が設けられ、岸壁停泊中、沖側からハシケで石炭を積込み、人力で車両甲板の石炭庫積込口まで運んでいたが、ほどなく車両甲板への石炭車乗り入れによる、じか積みに変更された。これら船尾両舷の載貨門付近から船尾側は船体幅が徐々に狭くなるため、車両格納所両舷囲壁も、左舷では車両甲板船尾端から19.2m、右舷では18.7mより船尾側では下側半分が省略され、これら載貨門の内側はいきなり車両格納所となっていた。これらのほか、右舷やや前寄りにも、高さ1.2m 幅1.8mの載貨門が設けられ、就航当初は、青森・函館相互発着貨物に限り、ハシケ荷役により、この載貨門から2層下の貨物艙へ積み込んでいた。
翔鳳丸型では車両甲板船尾端の約75cm低くなった“エプロン甲板”上の定位置に、陸上軌道から続く軌道を敷設した可動橋補助桁の先端を載せると、可動橋の軌道端と車両甲板の船尾側船内軌道端が合致し、さらに後述の特殊レールを介して両軌道の連続性が確保されたため、陸上側から機関車で、車両を船内へ押し込んだり、船内から引き出したりと、軌道走行の形で車両の積卸しが行えた。
車両甲板には、車両甲板船尾端を起点とした船内軌道が3線敷設され、通常運航時接岸する左舷側から船1番線、船2番線、船3番線と呼称された。中央の船2番線は機関室囲壁で行き止まりのため軌道有効長39mと短く、荷物車2両またはワム型貨車5両、左舷の船1番線は同77m、右舷の船3番線は同81mで、それぞれワム型貨車を10両ずつ積載でき、ワム換算で合計25両の貨車積載が可能であった。
各線に積み込まれた列車の最前部の連結器は、軌道終端の車止めの連結器に連結された。各線の列車の最後部では、“乙種緊締具”と称するターンバックル付きの二股の鎖を用い、鎖の一端を最後部連結器に巻きつけ、他の二端のフックを列車後方の甲板面に設置した緊締用鉄環に掛け、ターンバックルで締め上げ、列車を引き伸ばして固定し、縦揺れによる車両の前後移動防止を図った。さらに最後部車両の車輪の後ろ側のレール上に、車輪が後方へ転動しないよう、左右両輪が当たる部分のみ断面が直角三角形になるよう枕木に切り欠きを入れた車輪止めをかまして、万一の車両の後方への逸走を防いだ。
航海船橋の下が端艇甲板で、前方の操舵室直下には甲板部高級船員居室と無線通信室の入った甲板室があり、ここからは上の操舵室へも下の1等船室区画へも屋内階段経由で行き来できたが、操舵室への屋内階段設置は国鉄船舶としては初めてであった。端艇甲板の両舷には8隻の救命ボートと、右舷前方に1隻の伝馬船がそれぞれボートダビットに懸架されており、中央には煙突が1本、その煙突の前方、1、2等食堂の屋根の部分のみ食堂の天井高さを高くするため914mm高くなっており、その中央部には更に屋根型の天窓が設置されていた。後方には後部マストが立ち、後端には操舵室同様両舷側まで張り出した後部船橋が設置されていた。
翔鳳丸型はバルト海航路の連絡船を手本としたため、かの地で行われているように、港外で回頭し、後進で入港できるよう船首舵が装備され、その操舵はこの後部船橋のテレモーターからも可能で、ここには磁気コンパスも装備されていた。船首舵はある程度の長い距離を相当の速力で後進する場合には有効であったが、青函航路では、翔鳳丸型就航に合わせ、出力400馬力クラスの補助汽船4隻を配属のうえ、翔鳳丸型は前進のまま入港し、岸壁直前で補助汽船の助けを借りて右回頭する着岸操船法がとられたため、この船首舵を有効に使う機会に恵まれず、その後の青函連絡船でも、船首舵は第二青函丸に装備された以外は装備されなかった。しかし、後部船橋は岸壁停泊中、車両積卸しを目視できるため、車両積卸し時の船体横傾斜を抑えるヒーリング装置の遠隔操縦ハンドルがここに設置され、こちらはその後も継承され、“ポンプ操縦室”と名を変えて、1977年(昭和52年)、青函連絡船として最後に建造された石狩丸(3代目)まで受け継がれた。