蓮淳
この横暴ぶりに対して一族や地方の門徒が激しく反発するようになり、 また永正の一揆(九頭竜川の戦い等)で越前から加賀へ逐われて来た藤島超勝寺・和田本覚寺(大一揆)と、加賀の国主権限も認められていた賀州三ヶ寺(若松本泉寺・波佐谷松岡寺・山田光教寺。小一揆)間の加賀国内での諍いでは、蓮淳の娘婿である超勝寺の実顕方へ介入し下間頼秀・下間頼盛兄弟を派兵するなど大小一揆のきっかけを作ったのみならず、この内紛で対立した実の兄弟(蓮如の諸子息)やその家族の処刑・追放を行った。また、この乱に関連して細川晴元によって山科本願寺を焼き討ちにされた際に証如を置き去りにして、次男実恵がいる願証寺に戻った事も非難の的になった。
晩年は河内顕証寺の住持を長男実淳に譲り、隠居号として光応寺を名乗ったが、天文11年(1542年)6月に実淳が52歳で先立った為にやむなく8月には河内顕証寺に再び戻り、同寺の住持にも復帰することとなった。天文19年8月18日(1550年9月28日)没。享年87。河内顕証寺住持の職は次男実恵の四男である証淳が継いだ。死に際して蓮淳はかつて大小一揆で罰した実悟(蓮如10男)や顕誓(蓮如4男蓮誓の長男)を赦し、破門を解くように遺言している。
証如の祖父・蓮淳に対する信頼は絶対的であり、蓮淳も証如が没する4年前まで長寿を保った事から、証如の法主時代の本願寺は事実上蓮淳によって統治されていたとまで言われている。