つくバス
2006年(平成18年)4月1日から、福祉循環バス「のりのりバス」・コミュニティバス「つくつくバス」を廃止した上で運行を開始した。
2011年(平成23年)3月までは、「のりのりバス」を基本として部分的に経路を修正した13の系統を中心とした全15系統により、市内のほぼ全集落をカバーする地域巡回型バス「地域循環」、「学園南循環」(2007年(平成19年)8月までは「センター循環」)と幹線バス的な「北部シャトル」の組み合わせで、日本のコミュニティバスの中でも有数の運行系統数・停留所数・運行本数を持っていた。一部の系統は、一般路線バス(茨城観光自動車上郷線、ジェイアールバス関東南筑波線)の事実上の廃止代替となっていた。運賃は均一制と区間制であった。
現行体制になったのは2011年(平成23年)4月1日の大改編である。乗合タクシー「つくタク」の開始と合わせてこの改編で6系統に絞った上、停留所数を削減した。これは原則として一定の人口密度を持つ地区1つにつき1ヶ所しか停留所を設置しないもので、停留所と停留所の間隔が概ね数キロメートル程度開くものであった。
これを市では「シャトル」(本来の意味は短周期の高頻度運転)という言葉を用いてあたかも速達性のある交通機関であることを匂わせたが、実際はほぼ全路線で生活道路を通るため旧「北部シャトル」並みに高い表定速度にはならず、またバスが通っていても停留所がない集落が多数生じ、乗車機会の低下を招くこととなった。これにより停留所増設の市民要望が相次ぎ、約半年おきに停留所が増えるという特異な状態となり、現行路線上においては旧運行体制時の停留所が大分復活している。ただし、市当局は「シャトル」体制自体の方針転換はしておらず、「シャトル」体制を維持しつつ設置要望の中から人口密度を基準とした取捨選択を行った上で停留所を若干数増やすという方法を採っている。
市域全体における乗車機会の低下の一方でかつてはほぼ無視していた研究機関への通勤・出張需要を取り込み、統計上の利用者数は増加傾向にある。路線・時間帯によってはコミュニティバスでは珍しいラッシュが生じる。