ムカデ
Heteroterga(ゲジ・イシムカデ・ナガズイシムカデ・オオムカデ)説 変則的な背板を基に提唱される。
Gonopodophora(ゲジ・イシムカデ)説 発達した生殖肢を基に提唱される。
Phylactometria(ナガズイシムカデ・オオムカデ・ジムカデ)説 育児習性を基に提唱される。
Amalpighiata(イシムカデ・オオムカデ・ジムカデ)説 分子系統解析の結果(後述)を基に提唱される。
21世紀以降の形態学と分子系統解析では、背気門類/側気門類説と整形類説が広く認められる。この系統関係を踏まえて、ムカデにおける様々な性質の起源と進化は次の通りに推測される。
ゲジ類は現生群のうち最初に分岐した基盤的なムカデで、そのいくつかの性質(複眼・ドーム状の頭部・上下に動く細長い顎肢・左右分節した顎肢基胸板など)と改形類に見られる共通点(増節変態・側頭器官・環状の顎肢腿節と脛節・15対の脚など)は整形類で失ったムカデの祖先形質で、すなわち複眼の欠如・平たい頭部・癒合した顎肢基胸板・曳航肢の coxal organ は側気門類の共有派生形質とされる。
増節変態の欠如・半環状の顎肢腿節と脛節・21対以上の脚は整形類の共有派生形質とされる。
3,000種以上のムカデが知られ、ゲジ(ゲジ目 Scutigeromorpha)・イシムカデ(イシムカデ目 Lithobiomorpha)・ナガズイシムカデ(ナガズイシムカデ目 Craterostigmomorpha)・オオムカデ(オオムカデ目 Scolopendromorpha)・ジムカデ(ジムカデ目 Geophilomorpha)という5つの群(目)で大まかに分けられる。絶滅した化石種まで範囲を広げると、Devonobius delta という1種のみによって知られる Devonobiomorpha目もある。
それぞれの目の単系統性は広く認められるが、現生5目の系統関係については20世紀から様々な説を提唱され、次の通りに挙げられる。
改形類 Anamorpha(改形亜綱/ゲジ亜綱、=Triakontapoda:ゲジ・イシムカデ・ナガズイシムカデ) 増節変態な成長様式(Anamorpha の場合)もしくは15対の脚(Triakontapoda の場合)を基に提唱される。
整形類 Epimorpha(整形亜綱/ムカデ亜綱、オオムカデ・ジムカデ)説 増節変態しない成長様式を基に提唱される。
背気門類 Notostigmophora(背気門亜綱、ゲジ)/側気門類 Pleurostigmophora(側気門亜綱、イシムカデ・ナガズイシムカデ・オオムカデ・ジムカデ)説 気門の位置(背面/側面)を基に提唱される。