林野庁
その後、2009年8月の第45回衆議院議員総選挙により、民主党を中心とする連立政権が成立すると特別会計廃止後の国有林経営は、事業・組織の一部独立行政法人化から、事業全体の一般会計化へと転換されることになった。民主党は総選挙に際して、「国有林野事業特別会計を廃止し、その組織・事業の全てを一般会計で取り扱う」ことを公約していた。2009年12月25日、農林水産省(赤松広隆大臣)が「森林・林業再生プラン」を公表し、国有林野事業全体を一般会計に移行させることを検討するとした。また、鳩山由紀夫内閣は同じ日に「独立行政法人の抜本的見直しについて」を閣議決定し、森林国営保険と国有林野事業の独立行政法人化は凍結されることになった。
2010年10月に行われた内閣府行政刷新会議の「事業仕分け」では、国有林野事業特別会計と森林保険特別会計も爼上にのぼった。「ワーキンググループB」(長妻昭ほか)は林野庁の示した改革案と同様に国有林野事業特別会計を「一部廃止し、一般会計化する」、「負債は区分経理して国民負担を増やさない」との評価結果を出した。森林保険特別会計は、同様にワーキンググループBが、「廃止(国以外の主体へ移管)(早急に、移管する主体を検討。それまでの間、暫定的に区分経理を維持。)」、資金のあり方については「積立ての水準を見直し、現在の保険料水準に反映」との評価結果を出した。
2011年7月、菅直人第2次改造内閣は「森林・林業基本計画」の変更を閣議決定した。
林野庁の組織とその所掌事務は、法律の農林水産省設置法、政令の農林水産省組織令及び省令の農林水産省組織規則が階層的に規定している。