キッズステーション
ただし、製作に関わっていながらもキッズステーション内で放送されていない作品もある。
catchatえいごでFRIENDS 2003年8月-2004年8月
catchatえいごでFRIENDS DX 2004年10月-2005年頃 2006年-2007年頃・不定期
あいちゃんのしつけハウツー 1999年頃-2010年頃
あいちゃんとキスゴンのフラッシュえいご 2004年3月-2009年頃
あいLOVEキスゴン 2000年頃-2009年頃
アクビガール
いきものかってみよう 2004年5月-2005年3月
イナズマイレブンGOシリーズ(劇場版のみ。第2作・第3作・第4作にテレビ東京及び一部の系列局と共同で製作委員会に参加)
ヴァイスクロイツ・グリーエン(後に毎日放送(MBS)でも地上波放送)
ウルトラマンジード
えいごでペララ 1997年頃-2010年頃
奥さまは魔法少女
お茶犬シリーズ 2003年10月-2004年3月、2006年1月-4月
おまえうまそうだな(劇場版)
おやこでクッキング 2006年4月-2016年4月
映画かいけつゾロリシリーズ(2012年公開『だ・だ・だ・だいぼうけん!』より。メ〜テレ(NBN)と共同で製作委員会参加)
怪盗ジョーカーシリーズ(TOKYO MXと共同製作)
学園アリス(後にディズニー・チャンネルでも放送)
かずいちばん 1997年頃-2010年頃
カタカナかんたん 1997年頃-2010年頃
ガラクタ通りのステイン 2003年1月-2003年3月(本放送)、2003年4月-2004年3月・2005年4月-12月(再放送)
2009年1月24日から放送される予定だった『ヘタリア』について、同作品が「韓国を侮辱している」「戦争の美化である」などとして、韓国のネチズンを中心に放映中止の主張や署名活動などが行われ、韓国の国会で取り上げられる騒ぎとなった。
キッズステーションは韓国の抗議活動とは無関係としながらも、1月16日に「諸般の事情」という名目で放送の中止が発表された。これまでも放送番組について批判や要望が寄せられたことはあったが、直前での放送中止の例はこれ以外にはない。
なお、当初から行われる予定だった『アニメイトTV』でのネット配信は、予定通りに行われている。ちなみに、関連商品を独占販売しているアニメイトでは、放送中止が決定してからも引き続きキッズステーションの放送についての案内を含んだ宣伝VTRを流していた。
キッズステーションでは放送が中止されたが、その後BS11でテレビ放送されている。
一時期は、成人向けの作品(激しい性描写はなかったが)や美少女ゲームに関する情報番組や成人向けの美少女ゲームを原作としたアニメ作品(原作は18禁だがアニメは一般向け)など、地上波において同時期および過去に放映されている作品を深夜を中心に数多く放映していた のもかつての番組編成の特徴の一つだった。また1970年代の比較的マイナーな作品を、『懐かしのアニメシアター』と題した番組枠を設けて放映していた時期もある。
しかし、2007年4月の改編で深夜アニメやUHFアニメを大幅に削減。それまでは平日の24時台に地上波と同時期の新作や旧作を日替わりで10本放映していたが、この枠を24時00分 - 24時30分までの5本に半減。その後も番組数の縮小は段階を追って進められ、一時期は地上波と同時期に放映される作品はほぼ消滅していた。
ただし、番組枠の再編を行なった2011年頃からは、再び深夜向けの作品は増加に転じている。『エリア23』と題した放送枠を23時台から24時台にかけて設定し、読売テレビ(および関連会社のYTE)が制作に関与しているUHFアニメや、人気の旧作を日替わりで放送していたが、2014年4月の改編より23時台のみの放送に再び削減され、2017年12月を以て廃止となった。
このころより旧作の話題作を集中的に放送する傾向が強まり日曜20時00分 - 23時00分枠を『コロコロアニキ伝説(レジェンド)』と銘打った専用枠とし『ダッシュ四駆郎』『爆走兄弟レッツ&ゴー!!