山門寺門の争い
『百錬抄』によれば、延久2年(1070年)3月に第32世天台座主明快が没したため、寺門派は後任に覚円を推挙したが、補任されたのは山門派の勝範であった。これをきっかけにして、寺門派の戒壇独立運動が再燃した。朝廷も協議を行うが、山門派の抵抗により勅許には至らなかった。これに対し寺門派は抗議を行うが、この際に後三条天皇が病にあるのは新羅明神の祟りだとした。朝廷は同年5月に園城寺新羅明神に奉幣するが、後三条は延久5年(1073年)に崩御した。
『一代要記』によれば、これ以降に朝廷も園城寺の戒壇建立を許可する方針に変わり、寺門派の頼豪が白河天皇に働きかけたが、これを知った山門派が承保2年(1075年)に寺門派と抗争を行い、結局うやむやになってしまった。この頼豪に由来する伝説は『平家物語』や『太平記』などに記され、のちに妖怪鉄鼠の元になった。
記される内容は史実と異なるが、園城寺には鼠を祀る十八明神社が、一方の延暦寺の門前町坂本にも鼠を鎮める鼠社が現存している。
『天台座主記』に記される後日の報告によると、中院は金堂、中門、鐘楼、大門、食堂、大講堂、唐院などが焼失。北院南院を含めると100を超える房舎が失われた。この際に鎌倉幕府は大内惟義らを奉行として修造をおこなった。
この影響により同年に延暦寺で催された六月会に派遣された勅使は、園城寺とこれに同調する南都僧兵の乱入を警戒して物々しい警備を連れて比叡山に登った。こうした不穏な動きは実行されなかったものの、東大寺が発した文書に「法衣を甲冑に、法具を弓矢に変えて参加してもらいたい」と記されている事から具体的な計画があったとみられ、両派の対立は南都北嶺の争いを巻き込んでいた。これには前年に興福寺の末寺であった清水寺を延暦寺が強引に末寺にしようとした事を発端として、延暦寺と興福寺が対立していた事も背景にあると考えられる。
『百錬抄』によれば、建保3年(1215年)3月16日に寺門派の僧兵が山門領の東坂本を攻撃し、僧兵の宿舎など30余りを焼討した。鎮圧された後にこの騒動の首謀者は断罪された。また貞応2年(1223年)ごろから、天台宗の末寺であった四天王寺の別当職が交替するたびに、山門寺門は互いに正統性を主張して争うようになった。
最澄が弘仁13年(822年)に入滅すると、共に入唐した義真が跡を継いで初世天台座主となり、最澄の宿願であった延暦寺戒壇で最初の受戒を行った。天長10年(833年)に義真は遺言で次の座主に弟子の円修を指名するが、これに最澄の直弟子らが反発し、結果として円澄が第2世天台座主に就任した。円修ら義真の弟子50人余りは比叡山から降り、室生寺に移る。以降、第4世までの天台座主は最澄の直弟子であった。この争いに、天台宗分裂の発端を伺うことができる。
円仁は入唐に先立つ天長8年(831年)に未開であった横川に入籠するが、その理由は最澄没後に起こった天台宗内の対立抗争から退くためであったと考えられる。厳しい行を修めた円仁は根本如法塔を建立して横川を開創する。横川は東塔・西塔の世俗化から逃れて修法を行う場所として整備され、円仁を慕う門徒によって円仁派が形成されていく。仁寿4年(854年)4月に円仁は第3世天台座主に補任された。円仁は遺言で横川の運営は円仁派が行い、貴族社会との私的な関係を持たないよう言い遺した。
円珍は義真の弟子であったが、円修らが追い出される騒動の時には十二年籠山行を行っている最中で比叡山に残っていた。