後水尾天皇
一説には病気の天皇が治療のために灸を据えようとしたところ、「玉体に火傷の痕をつけるなどとんでもない」と廷臣が反対したために譲位して治療を受けたともいわれているが(辻善之助等に代表される通説の「幕府の横暴に対する天皇・朝廷の抵抗としての譲位」に対し反論する洞富雄の説。)、天皇が灸治を受けた前例(高倉・後宇多両天皇)もあり、譲位のための口実であるとされている。その一方で、中世後期以降に玉体への禁忌が拡大したとする見方も存在し、後花園天皇の鍼治療に際して「御針をは玉躰憚る」として反対する意見が存在したとする記録(『康富記』嘉吉2年10月17日条)が存在し、その後鍼治療が行われなくなったとする指摘も存在する。また、霊元天皇が次帝を選ぶ際に、後水尾法皇の意思に反して一宮(のちの済深法親王)を退け、寵愛する朝仁親王(のちの東山天皇)を強引に立てたが、このときに表向きの理由とされたのが「一宮が灸治を受けたことがある」であった(小倉事件)。
以後、霊元天皇までの4代の天皇の後見人として院政を行う。当初は院政を認めなかった幕府も、寛永11年(1634年)の将軍・徳川家光の上洛をきっかけに認めることになる。その後も上皇(のちに法皇)と幕府との確執が続く。また、東福門院(和子)に対する配慮から彼女の養子とされていた後光明・後西・霊元の3天皇の生母(園光子・櫛笥隆子・園国子)に対する女院号贈呈が死の間際(園光子の場合は後光明天皇崩御直後)に行われ、その父親(園基任・櫛笥隆致・園基音)への贈位贈官も極秘に行われるなど、幕府の朝廷に対する公然・非公然の圧力が続いたともいわれている(ただし、生前の女院号贈呈には経済的待遇も付随するため、財政問題との兼ね合いもある)。