青蓮院
梶井、妙法院などと共に、青蓮院も比叡山上にあった房(坊)と呼ばれる小寺院がその起源となっている。青蓮院は比叡山東塔の南谷(現・延暦寺第三駐車場)にあった最澄が建立した青蓮坊がその起源である。青蓮坊は慈覚大師円仁、安恵、相応などの著名な僧侶の住居となり、東塔の主流をなす坊であった。
山下に移ったのは平安時代末期、青蓮坊の第12代行玄大僧正の時で、移転先は現在地のやや北西にあたる三条白川の地である。久安6年(1150年)に鳥羽上皇と皇后美福門院は行玄に帰依して青蓮坊を祈願所とした。このため、この頃から寺格が上がり始めた。その上、鳥羽上皇は第7皇子の覚快法親王を行玄の弟子として入寺させている。これ以降、当院は門跡寺院となり皇族や摂家の子弟が門主を務める格式高い寺院となった。
青蓮坊は院の御所に準じて都に殿舎を造営し、青蓮院と改称する。とはいえ、山上には青蓮坊がそのまま残されており、廃絶する室町時代まで寺籍は保たれていた。
行玄の没後は行玄の庇護者であった鳥羽法皇の皇子である覚快法親王が第2世門主となったが、その後継者については九条兼実が弟である慈鎮和尚慈円に譲らせようと覚快に圧力をかけ、他の弟子への継承を考えていた覚快がこれに反発し、更に行玄から覚快への継承に不満を抱いていた覚快の兄弟子である実寛も自身への継承を求めるなど紛糾したが、覚快の没後に慈円への継承が決まった。