台湾ニ施行スヘキ法令ニ関スル法律
しかし、六三法には立法権を包括的に委任したことに伴う問題点を抱えているという批判が出された(六三問題)。
まず、六三法の立案過程でも問題とされたが、前提としてそもそも大日本帝国憲法の効力が台湾にも及ぶかが問題とされた。具体的には、憲法が施行された後に取得した領土に対して当該憲法の効力を及ぼすためには、別途手続が必要になるのかが問題となる(実際には特段の手続はされなかった)。仮に手続を経なければ効力は及ばないとすると、天皇は憲法の制約なく台湾を統治することが可能になる。当時の政府は、帝国議会において、日本の領土である以上台湾にも憲法の効力が及ぶと答弁していたが、法学者の間では、及ばないとする見解もあれば規定によって区別されるとの見解も存在していた。
次に、当時の政府の答弁のとおり憲法の効力が台湾に及ぶと解すると、行政庁たる台湾総督に対して立法権を包括的に委任したことが憲法に反するのではないかが問題となった。具体的には、大日本帝国憲法5条は「天皇ハ帝国議会ノ協賛ヲ以テ立法権ヲ行フ」と規定し、憲法上は立法権の行使に帝国議会の関与を必要としていたこととの関係で疑義が生じ、六三法の期限を延長する度に帝国議会で問題とされた。
また、六三法は、台湾にも施行される法律が帝国議会の協賛により制定されることを排除していたわけではなかった(5条はそのことを前提に台湾に施行すべき法律は勅令で決める旨規定していた)。実際、国家予算や官吏にかかわる事項等については台湾総督による律令ではなく法律または勅令により立法をしていた。しかし、六三法の規定上は立法権が分属していたため、台湾内において法律と律令の内容が抵触した場合にどちらが優先するかという問題を引き起こした。
以上のように、六三法には立法権の抵触という問題があったため、そのような技術的な問題を解決する等の目的で、六三法に代わり1906年(明治39年)3月に明治39年法律第31号、通称三一法が制定され、翌年1月1日に施行された。
三一法においては、台湾において法律を要する事項につき台湾総督が発する律令により規定する方針(1条)は維持された(ただし、台湾総督府評議会は廃止)が、台湾に施行した法律および特に台湾に施行する目的で制定した法律および勅令に違背することができない旨の規定(5条)を設けることにより、立法の抵触を回避することにした。
ただし、六三法で問題とされていた憲法上の問題は引きずったままである。