最大節約法
数式的に表すと、系統樹の樹形の総数はn個のOTU(操作上分類単位、系統樹の葉にあたる分類群)に対して ( 2 n − 3 ) ! 2 n − 2 ( n − 2 ) ! {\displaystyle {\frac {(2n-3)!}{2^{n-2}(n-2)!}}} だけ存在するため、トータルの計算量はOTUの数に対して階乗のオーダーとなる。このため、最尤法ほどではないにせよ、計算時間の長さが指摘されている。
また、最大節約法はステップ数が最小の樹形を最適樹として扱うため、複数回の進化が同一の形質において起きている場合にその進化を検知できず、進化回数を過小評価してしまう。収斂進化が数多く起きている場合には誤った推定結果が得られることになる。長谷川英祐は、実際に起きた進化回数が少ない場合に最大節約法の有効性が高いと考えている。