糸魚川駅
日本海口駅舎の窓口・券売機は、えちごトキめき鉄道の管轄となるため、普通乗車券等についてはえちごトキめき鉄道が設定する連絡運輸範囲内のみの発券となる。このため、大糸線の乗車券は、連絡運輸範囲となっている本駅から南小谷駅までの各駅分のみ取り扱い、同駅から先の千国駅以南の各駅への乗車券などはアルプス口駅舎のみどりの券売機プラスでの取り扱いとなる。同様に、日本海ひすいラインの市振駅 - 直江津駅間は、JR西日本金沢支社管内の特別企画乗車券「北陸おでかけパス」「北陸周遊乗車券」のフリー区間となっているが、当駅ではアルプス口駅舎のみで取り扱っている。
一方で、日本海口駅舎窓口では、JR東日本新潟支社管内の特別企画乗車券のうち、えちごトキめき鉄道の区間が含まれる「えちごツーデーパス」「しらゆきWきっぷ」の2券種に限り、JR東日本のビジネスえきねっとのシステムを用いて、8時30分 - 19時30分の間のみ取り扱っている。
01 青海糸魚川・能生糸魚川線 糸魚川総合病院・能生駅前 横町五丁目・大沢
02 おうみ巡回線・03 青海通り線 糸魚川総合病院 大沢
04 今井線 中谷内
05 根知線 別所
06 西海線 来海沢
07 早川線 焼山温泉入口・笹倉温泉
09 市街地巡回線 東廻り(総合病院先回り)4本を運行
JR貨物の駅は現在、車扱貨物の臨時取扱駅となっている。ただし、接続する専用線や貨物取扱設備は当駅にはなく、貨物列車の発着もなくなっている。かつては専用線発着車扱貨物の取扱駅であり、当駅に接続する専用線が存在していた。
最後まで使用されていた専用線は、明星セメントが保有するものであった。同線は当駅から北陸本線の南に沿って西進、国道148号の高架橋下を通った後、南に方向を変え、明星セメント糸魚川工場へ至っていた。全長1.9kmでセメントの発送に使用されていたが、2003年(平成15年)3月15日限りで廃止された。
糸魚川駅には、JR貨物の乗務員基地として富山機関区糸魚川派出が設置されており、富山貨物駅 - 直江津駅間の乗務を担当する。過去には貨車の検修基地機能も有しており、上述のレンガ造機関庫に隣接して貨車の検修庫を設けていたが、周辺地域発着貨物輸送の縮小・廃止等の業務縮小により、2007年(平成19年)までに貨車検修部門を廃止し、乗務員基地機能のみとなった。
駅周辺は糸魚川市の中心部であり、市街地が広がっている。駅前広場には日本海口側、アルプス口側ともタクシーがほぼ終日にわたって待機している。