ホンダF1
第2期活動の終盤、「エンジンだけでなく車体も造ってみたい」という社内有志の希望により、水面下でリサーチカーの試作が行われた。1991年末にはV12エンジンを搭載するRC-F1 1.0X(現在ホンダ学園所蔵)、1992年にはモノコックを新造したRC-F1 1.5Xがテスト走行を行った。さらに、F1活動休止中の1996年にも、ステップドボトム仕様のRC-F1 2.0X(無限ホンダV10搭載)が製作された。1.5Xと2.0Xは黒一色のボディカラーから通称「カラス」と呼ばれた。
RC-F1プロジェクトをベースとした独自チームによるF1参戦の動きも研究所内で進められており、実戦ドライバーに飯田章を起用することも内定。1996年に飯田は国際F3000選手権にフル参戦するが、この参戦はホンダのバックアップを受けたプロジェクトの一部だった。しかしこの動きは最終的に消滅し、飯田も欧州での活動を止め帰国することとなった。
2020年10月2日17時に突如として翌2021年シーズン限りでF1事業からの撤退を発表。2050年のカーボンニュートラル実現に向けて経営資源を集中させるためだと八郷社長は説明した。背景には、メディアによって金額の捉え方について差異はあれどF1部門の開発予算が少なからず会社の経営の負担となっている状況や会社の収益構造の課題による先行き不安から、2022年以降の供給に対する不安要素は以前から囁かれていた。
しかし、レギュレーション的には予定では2024年までは現在のV6ハイブリッドパワーユニットが継続されるうえ、2020年5月には2021年からPUのアップデートの制限や2023年から新エンジンへ変わるまでの間はPUの開発を凍結する方針も決定したため、開発費の軽減も含め、2022年以降も供給するためのハードルは低くなりつつあった。また、2019年アブダビグランプリの前後に2021年まで供給契約の延長を発表したことやF1の現場にいるスタッフらは2022年以降も供給するという前提の言動をしていたことから、撤退する可能性は低いという楽観視する見方が強くなっていた。そのうえ、2015年復帰時には「二度と撤退しない」と明言していた背景や会見で参戦を継続すべきだと声があったことを認めたこともあり、この発表はあまりに突然過ぎる撤退表明であった。そのため日本のF1ファンたちから多くの困惑と批判の声が上がり、モータースポーツメディアの国内最大手であるオートスポーツ誌すら感情的な記事を掲載するほどであった。
第1期と同じく和光研究所がエンジンの開発・製造を担ったが、ヨーロッパにもエンジンのリビルド等を行う前線基地が必要との判断から、イギリス・オックスフォードシャーに通称「ラングレーオフィス」と呼ばれるファクトリーを構え、第2の拠点として使用していた。