連邦協議会
1948年12月19日、オランダはクラーイ作戦(英語版)と称された「警察活動」に乗り出し、共和軍支配下にある地域の奪還を目指した。この作戦は軍事的には成功し、ジョグジャカルタが奪還されたが、世界的な反発を招き、オランダ政府は共和派と交渉せざるを得なくなった。その結果、1949年5月7日に、ローム=ファン・ロエイエン協定(英語版)が結ばれ、これを踏まえ、共和派がBFOに合流して、デン・ハーグで開催される円卓会議に参加し、この会議でオランダはインドネシア連邦共和国へ権限を移譲することとなった。
この合意が達成される前、アナク・アグンは円卓会議の結論に向けた共通の立場を合意できるよう、連邦派も共和派も参加する汎インドネシア会議を、オランダ抜きで独自に開催することを提案した。共和派の勢力が道義上も政治上も優勢であることを考慮し、一連の会議の第1回は7月19日から22日にかけて、バタヴィアではなく共和派の拠点だったジョグジャカルタで開催されたが、これは連邦派のアナク・アグンの意向でもあった。第2回は7月20日から8月2日にかけてバタヴィアで開催された。合意された内容のおもな点には以下の諸点が含まれていた、
主権は、オランダとインドネシア共和国の双方から、インドネシア連邦共和国へ移譲される
議席150の議会下院の議席のうち、BFO諸国が100議席、インドネシア共和国が50議席を占める
議席32の上院の議席のうち、BFO諸国が32議席、インドネシア共和国が2議席を占める
インドネシア連邦共和国の軍隊は、インドネシア共和国軍のみから編成する
スカルノが大統領となり、モハマッド・ハッタが首相となる