細川政権 (戦国時代)
更に山城守護職の地位を巡って分家の阿波守護家の細川義春と幕府政所執事伊勢貞陸が争った際に政元が幕府内に大きな権力を持つ貞陸に妥協して貞陸を新しい守護にしたところ、貞陸は細川氏の被官が多く加わっている山城国一揆を弾圧して解散に追い込み、更に義春は阿波に帰国して家臣の三好之長ら国人を起用して現地内衆に対抗させるなどの反抗的な態度を示すようにもなった。
政元は元服前から修験道に凝っており、その後、修験道の修行に出かけて行ってしまい、政務を家臣任せにしていることもある(細川両家記より)。幸いにして政元には安富元家や薬師寺元長といった優秀な家臣団が存在していたこと、政元自身も文亀元年(1501年)に定めた内衆の統制と合議に関する「式条」を制定していたことから、とくに政務が乱れることは無かった。しかしこのような政元の奇行や後述の養子問題で家臣の一部が反発し、永正元年(1504年)には摂津守護代の薬師寺元一(薬師寺元長の子)と赤沢朝経による反乱が起こるなどして、これを政元は鎮圧したが、次第に細川氏内部に不穏な動きが起こり始める。
政元は女性を側に近づけず妻帯もしなかったので実子がいなかった。