雑種
人為的な移植がなければ別種との判断が揺らぐことはなかったと推測される。
イエネコとヤマネコは極めて近い種であるために交雑が発生し得る。これらでは野猫の問題が良く知られており、野生動物・在来種としてのヤマネコを保護する観点から、人為的に持ち込まれたイエネコ(ノネコ)を捕獲・駆除しなければならないという状態にあり、捕獲後の扱いに関して、これに反対意見を述べる者もあって社会問題にもなっている。このように、在来種の遺伝子プールが、外部から流入した外来種との交雑によって変異することを遺伝子汚染という。
日本では養蚕業で長年カイコが飼育されてきたこと・野生種のクワコが存在していることから、伝承として『青白』というカイコの品種がクワコと交雑したと考えられているが、現在では実際にクワコからカイコへの遺伝子移入が起こったかどうかは確認されていない。逆に、『外来種』であるカイコの遺伝子がクワコに流入したかについては、長年カイコが養蚕業で飼育されているにもかかわらず、交雑個体が野外で確認されていないこと等により起こっていないと考えられている。ただし、クワコ由来の遺伝子が交配により導入されたカイコの品種や形質(クワコツマグロ)が存在する。