イエナ・アウエルシュタットの戦い
中央軍(60,000名) - フリードリヒ・ヴィルヘルム3世、ブラウンシュヴァイク公カール・ヴィルヘルム・フェルディナント
左翼軍(42,000名) - ホーエンローエ大公フリードリヒ・ルートヴィヒ(Friedrich Ludwig)
右翼軍(28,000名) - エルンスト・フォン・リュッヒェル
予備軍(15,000名) - ヴュルテンベルク伯ヨハン・ダヴィッド・ルートヴィヒ
総兵力 - 145,000名
総司令官はフリードリヒ・ヴィルヘルム3世が務めたが、彼には軍事指揮官としての経験も能力もなく、実際の指揮は最先任将校のブラウンシュヴァイク公が執っていた。しかし、厳密に指揮権が規定されていたわけではなかったため、プロイセン軍の指揮系統はしばしば混乱した。加えて通信や伝令も徹底しておらず、指揮の不統一とあいまって各軍の連携は困難であった。連携の不備は進軍路の選択に悪影響を与え、結果としてプロイセン軍の機動力を低下させた。
総じてプロイセン軍の軍事編成や戦闘教義は七年戦争当時と大きな変化はなく、フランス軍に比べると旧式であることは否めなかった。マッセンバッハやシャルンホルストらは以前から改革の必要性を訴えていたが、軍部内では彼らは少数派であり、改革は部分的にしか実行されなかった。プロイセン軍が師団制を導入したのは、この1806年の動員時が初めてであった。
この時、エルベ川流域でフランス軍を迎え撃ち、ロシアの援軍を待つという作戦も提示されたが、これは消極的に過ぎるとして却下された。しかし、攻勢を決定したにもかかわらず、プロイセン軍の動員は遅々として進まなかった。また、指揮権の所在が明確でないため、作戦計画はまとまらず、各軍の連携は不完全なものとなった。プロイセン軍の南下が開始されたのは、ようやく9月末のことだった。こうしたプロイセン軍の初動の遅れは、フランス軍に態勢を整える時間を与えることとなった。
宣戦布告を受け取ったナポレオンだったが、当初はプロイセン軍の動きを見守っていた。9月末、敵の目標がマインツ方面への進撃と判断したナポレオンは、ただちに分散していた20万の兵力をバンベルクに結集し、逆にプロイセン野戦軍を撃破する作戦を立てた。ナポレオンが立てた作戦は次のようなものであった。まず、モルティエの第8軍団をマインツに置いて、進撃してくるプロイセン軍の対処とし、後方連絡線を保持する。残りの全軍は、テューリンゲン近郊に存在すると見られるプロイセン軍の側面に右翼から回りこむように機動し、戦略的包囲によって敵野戦軍を一挙に撃破しようというものだった。