ニホンイシガメ
本種の記載年は1834年とされることもあったが、1834年にEmys palustris var. Japonという記述があり変種として記載されたとみなされていた(1960年以降は国際動物命名規約で、動物を変種として分類することは認められていない。)。これが無効名とされるようになったため、1838年に記述があるEmys vulgaris japonicaが本種の原記載となった。
以前は和名が単に「イシガメ」とされていたが、ミナミイシガメやその亜種ヤエヤマイシガメが周知されるようになったこと・ヌマガメ科も含めてペット用に「○○イシガメ」という種が流通するようになったことから、区別のため「ニホンイシガメ」の和名が用いられるようになった。
核DNAおよびミトコンドリアDNA・短鎖散在反復配列(SINE法)による分子系統推定から、本種はイシガメ属の他種よりもクサガメやハナガメに近縁とする解析結果が得られている。