ポケットモンスターSPECIAL
『ポケットモンスターSPECIAL』〈てんとう虫コミックススペシャル〉、既刊64巻(2023年2月28日現在) 1997年8月8日発売、ISBN 4-09-149331-9 1997年12月16日発売、ISBN 4-09-149332-7 1998年5月28日発売、ISBN 4-09-149333-5 1998年12月16日発売、ISBN 4-09-149334-3 1999年4月26日発売、ISBN 4-09-149335-1 1999年11月27日発売、ISBN 4-09-149336-X 2000年4月26日発売、ISBN 4-09-149337-8 2001年8月8日発売、ISBN 4-09-149338-6 2001年8月8日発売、ISBN 4-09-149339-4 2001年8月8日発売、ISBN 4-09-149340-8 2001年12月25日発売、ISBN 4-09-149711-X 2002年4月26日発売、 ISBN 4-09-149712-8 2002年8月28日発売、ISBN 4-09-149713-6 2003年1月28日発売、ISBN 4-09-149714-4 2003年7月28日発売、ISBN 4-09-149715-2 2003年10月28日発売、ISBN 4-09-149716-0 2004年2月28日発売、ISBN 4-09-149717-9 2004年6月19日発売、ISBN 4-09-149718-7 2004年10月28日発売、ISBN 4-09-149719-5 2005年4月26日発売、ISBN 4-09-149720-9 2005年12月24日発売、ISBN 4-09-140096-5 2006年8月28日発売、ISBN 4-09-140228-3 2006年10月27日発売、ISBN 4-09-140254-2 2007年1月26日発売、ISBN 978-4-09-140318-6 2007年3月28日発売、ISBN 978-4-09-140329-2 2007年6月23日発売、ISBN 978-4-09-140366-7 2007年8月28日発売、ISBN 978-4-09-140398-8 限定版、ISBN 978-4-09-159050-3 2007年12月25日発売、ISBN 978-4-09-140456-5 2008年11月27日発売、ISBN 978-4-09-140743-6 2008年12月25日発売、ISBN 978-4-09-140770-2 2009年3月27日発売、ISBN 978-4-09-140799-3 2009年6月19日発売、ISBN 978-4-09-140839-6 2009年10月28日発売、ISBN 978-4-09-140868-6 2010年2月26日発売、ISBN 978-4-09-140887-7 2010年5月28日発売、ISBN 978-4-09-141057-3 2010年8月27日発売、ISBN 978-4-09-141118-1 2010年11月26日発売、ISBN 978-4-09-141207-2 2011年2月28日発売、ISBN 978-4-09-141208-9 2011年7月28日発売、ISBN 978-4-09-141314-7 2012年5月28日発売、ISBN 978-4-09-141468-7 2012年6月28日発売、ISBN 978-4-09-141497-7 2012年10月26日発売、ISBN 978-4-09-141537-0 2013年1月25日発売、ISBN 978-4-09-141583-7 2013年3月28日発売、ISBN 978-4-09-141644-5 2013年6月28日発売、ISBN 978-4-09-141684-1 2013年7月26日発売、ISBN 978-4-09-141688-9 2013年8月24日発売、ISBN 978-4-09-141587-5 2013年11月28日発売、ISBN 978-4-09-141625-4 2014年1月25日発売、ISBN 978-4-09-141699-5 2014年3月25日発売、ISBN 978-4-09-141708-4 初版限定特別版、ISBN 978-4-09-159185-2 2014年7月25日発売、ISBN 978-4-09-141809-8 2014年12月26日発売、ISBN 978-4-09-141894-4 2017年8月8日発売、ISBN 978-4-09-142412-9 2020年5月28日発売、ISBN 978-4-09-142745-8 特装版、ISBN 978-4-09-943066-5 2020年5月28日発売、ISBN 978-4-09-142746-5 特装版、ISBN 978-4-09-943067-2 2020年8月28日発売、ISBN 978-4-09-143234-6 2020年11月26日発売、ISBN 978-4-09-143248-3 2021年2月26日発売、ISBN 978-4-09-143277-3 2021年5月28日発売、ISBN 978-4-09-143308-4 2021年10月28日発売、ISBN 978-4-09-143343-5 2022年2月28日発売、ISBN 978-4-09-143389-3 2022年8月26日発売、ISBN 978-4-09-143527-9 2022年11月28日発売、ISBN 978-4-09-143564-4 2023年2月28日発売、ISBN 978-4-09-143585-9
ゲーム『ポケットモンスター ルビー・サファイア』をモチーフにした章。主な舞台はホウエン地方。
連載時に「ルビー・サファイア・エメラルド編」と書かれていた時期があったが正式には、ルビー・サファイア編。従来の「人とポケモンとの交流」よりも人間同士のドラマが主体となって描かれている(以降この主体が強く現れてくる)。
4年間に渡って連載され、ゲーム『ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン』・『ポケットモンスター エメラルド』はおろか、『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』発売直前まで連載が続いていたため、後の第5章・第6章・第7章の連載や単行本化に大きく影響を与えた。
また、本章の後半から山本独自の絵柄に変化していった。
伝説のポケモンの1匹・スイクンが敵を阻むため作り出す結界。スイクンの額の形をしていて完成にはある程度時間が掛かるが、一度完成するとスイクン自身と「とうめいなスズ」を持つ者以外は入る事も出る事もできなくなる。
第12章(X・Y編)
『ポケットモンスターSPECIAL X・Y』〈てんとう虫コロコロコミックス〉、全6巻 2014年4月28日発売、ISBN 978-4-09-141779-4 2014年11月28日発売、ISBN 978-4-09-141837-1 2015年6月26日発売、ISBN 978-4-09-142036-7 2015年12月28日発売、ISBN 978-4-09-142130-2 2016年6月24日発売、ISBN 978-4-09-142190-6 2016年12月28日発売、ISBN 978-4-09-142330-6
第13章(オメガルビー・アルファサファイア編)
『ポケットモンスターSPECIAL オメガルビー・アルファサファイア』〈てんとう虫コロコロコミックス〉、全3巻 2015年7月24日発売、ISBN 978-4-09-142037-4 2016年2月26日発売、ISBN 978-4-09-142137-1 2016年9月28日発売、ISBN 978-4-09-142235-4
第14章(サン・ムーン編)
本作では特殊なエネルギーがあり、他の機械と組み合わせる事で新たなポケモンを生み出したり(呼び出したり)、ポケモンを操る効果も持つ。悪の組織・勢力に悪用される事も多い。
第3章で判明したが、ジムバッジはジム戦などで一般トレーナーに配られる簡易版と、ジムリーダー自身が身分証明として所持する純正ジムバッジが存在する。
カントー地方以外の地方のジムバッジに同様のエネルギーがあるかは不明。
カントー・ジョウト地方で行われた第10回ポケモンリーグとホウエン地方のポケモンリーグではバッジを8つ集める事が予選免除の条件として挙げられ、イッシュ地方ではポケモンリーグに参加するために8つのバッジを集める必要があった。シンオウ・カロス地方ではバッジを集めた特典などは明言されていない。
「時間をとらえるモンスターボール」と呼ばれ、ガンテツの「モンスターボール作成秘伝の書」の最後に記されている伝説のボール。
ゲーム版ではセレビィを出現させるアイテムだったが、本作ではそのままセレビィを捕獲するボールとして使用される。「にじいろのはね」と「ぎんいろのはね」が捕獲網として使われているため、時間のはざまの入り口を直接開く事もできる。
ホウエン地方で起きたカイオーガとグラードンの激突から約半年後。レッドとグリーンはオーキド博士に呼び出され、マサラタウンのオーキド研究所を訪れるも当のオーキド博士はおらず、机の上には手紙とボイスチェッカーが置かれていた。ボイスチェッカーには「ポケモン図鑑を取り上げる!」というオーキド博士の言葉が吹き込まれており、何かあると感じた2人はオーキド研究所の転送装置でポケモン図鑑をオーキド博士の元に送り、手紙に同封されていたトライパスが使用出来るクチバシティの港を目指す。
その頃、クチバシティの港では長い間離れ離れだった両親と連絡のついたブルーが両親との再会のために船「シーギャロップ号」に乗り込んでいた。後にレッドとグリーンも乗り込むが、別の場所にいたブルーは肉眼では見えない正体不明の怪物に襲撃される。
やがて船は目的地・「1の島」に到着。拘束されて身動きの取れないブルーの元へブルーの両親が走り寄ってくるが、2人は突如足下に発生した闇に飲み込まれてしまう。またも両親と引き裂かれたショックでブルーはその場で意識を失ってしまう。レッドとグリーンが事を目撃した時には敵は既に去った後だった。
やがて全ての元凶が再結成したロケット団にあることを知ったレッド達はブルーの両親と攫われていたオーキド博士を助け出すため、「2の島」の老女・キワメが守ってきた3つの究極技を授かり、ロケット団首領のサカキと新幹部・三獣士との戦いに身を投じる。
ゴールド
シルバー
クリスタル