IND2番街線
しかしこの案では、クリスティー・ストリートは4線を収める幅がないため、東側のサラ・デラノ・ルーズベルト公園(英語版)を掘削する必要がある。この案では、2番街線からの列車がマンハッタン橋北側の線路を使ってブルックリンへ直通できるようにする渡り線を設けることになっている。「フォーサイス案」では、線路は公園の下で向きを変えてフォーサイス・ストリートに入り、この通りの下に駅が造られて、全長200フィート(約60メートル)の乗換通路が必要となり、他の案に比べると利便性で劣る。「深いクリスティー案」では2番街線は地下深くを走り、既存のグランド・ストリート駅よりも下を通って、駅の上下間に乗換用のコンコースを設ける。2番街線への乗換階段を収める十分な広さを確保するために、グランド・ストリート駅のプラットホームを20フィート(約6メートル)幅に拡大する必要がある。この案では渡り線は設けられず、コンフューシャス・プラザのトンネル区間は地下鉄の列車運行には用いられないことになり、代わりに地下鉄用の補助設備として用いられることになる。現状ではこれが望ましい案とされている。
ハノーバー・スクエアの終点より南では、トンネルボーリングマシンを使って2本の留置線が建設される予定であり、4本までの列車を留置する。この線路はウォーター・ストリートの地下110フィート(約34メートル)に建設され、将来ブルックリン方面へ延長する際にイースト川をくぐるトンネルが可能な深さとなっている。ウォーター・ストリートおよびホワイトホール・ストリートの交通島に換気設備を造るために開削工法が用いられる。
IND2番街線をミッドタウン全体にわたって運行する系統は、水色に塗られることになっている。以下の系統がIND2番街線の一部または全部を運行している。
63丁目より北側は、Q系統に1時間14本、T系統に1時間に14本を割り当てて、合計1時間に28本を運転する計画である。63丁目より南側では、T系統により1時間に14本のみが計画されているが、将来63丁目トンネル経由で1時間に12本が運転される可能性がある。2004年のIND2番街線に関する計画では、125丁目駅より北側に2番街の下を将来ブロンクスへ延伸できるように、また南側でもブルックリンへ延長できるように、短い線路の区間を建設することになっている。
IND2番街線の運行に必要な追加の330両の車両を留置するために、本線に沿って21丁目から9丁目まで留置線が建設される。ブルックリンのサンセット・パーク(英語版)にある36丁目-38丁目車両基地も改修されることになる。
IND2番街線のキロポストに示される記号は"S"である。2004年の最終環境影響評価に示された配線図によれば、125丁目駅以外はすべて2本の線路と1本の島式ホームを持つことになっている。72丁目駅と125丁目駅は、当初は2本のプラットホームに3線を備えた駅として着想されていた。72丁目駅は最終的に、費用削減のために島式ホームと2線を備える駅に縮小された。72丁目駅が3線になっていれば、ブロードウェイ線からの列車が2番街線本線の列車を妨げずに途中駅で折り返すことができたり、工事用列車や非営業列車の運行に柔軟性を増したりすることができていた。2018年7月に、MTAが列車本数を捌くためには2線の終点でも十分であると確定し、また3番目の線路を建設すれば周囲の建物に不必要な影響が及ぶとして、125丁目駅も1面2線の駅へと縮小された。
1990年代にニューヨーク市が経済的および財政的に回復したことを受けて、2番街線の建設を完成させようとする努力が復活した。セントラル・パークより東側を走る唯一の地下鉄幹線であるIRTレキシントン・アベニュー線の輸送量が増加し、容量と安全の問題が出てきたことから、2番街線の必要性が示された。複々線のIRTレキシントン・アベニュー線は、1955年に3番街高架線が廃止されて以来、アッパー・イースト・サイドとスパニッシュ・ハーレムにとっては唯一の都市鉄道の選択肢となっており、アメリカ合衆国で最も混雑する地下鉄路線となっていた。2015年にはレキシントン・アベニュー線の利用者は1日平均130万人に達し、これはアメリカ合衆国で利用者数が2番目の地下鉄網であるワシントンメトロの1日の総利用者数より多く、またサンフランシスコのバートとボストンのマサチューセッツ湾交通局の合計の1日利用者数よりも多い。地域のバス網も1日の様々な時間帯で同様に混雑しており、レキシントン・アベニュー線と並行するM15ローカル系統およびM15セレクトバスサービスは2016年の平日1日あたり46,000人の利用があり、年間1450万人に相当することになる。
1991年には、当時のニューヨーク州知事のマリオ・クオモは2番街線の計画の見直しと設計のために2200万ドルを割り当てたが、2年後、予算削減に直面したMTAはこの資金を資本予算から削減した。
1995年にMTAは大規模投資検討および概要環境影響書の両面についてマンハッタン・イースト・サイド・オルタナティブズの検討を開始し、レキシントン・アベニュー線の混雑を緩和しマンハッタンのイースト・サイドの交通を改善する策を検討した。この検討ではいくつかの選択肢を調査しており、レキシントン・アベニュー線を改良して輸送容量を拡大すること、バス専用車線を利用したバス網の拡張、ライトレールやフェリーの導入といったものがあった。ロジスティックな面で、1番街より2番街が選択されることになった。MTAは、ニューヨーク市郊外への新しく最適な交通連絡を決定するために、ロウアー・マンハッタン・アクセス・スタディという検討を1997年11月に開始した。63丁目からロウアー・マンハッタンまで2番街線を建設することは、この検討において挙げられた5つの選択肢の1つであった。
1999年の概要環境影響書では、63丁目から2番街を北へ125丁目まで、ロウアー・マンハッタンへはBMTブロードウェイ線経由で列車を走らせる新系統のみを提案していた。2番街線の急行列車は、モンタギュー・ストリート・トンネル経由でロウアー・マンハッタンへ走り、各駅停車はマンハッタン橋を経由してロウアー・マンハッタンは通らないことにされた。グランド・セントラル駅への支線も検討されたが、実行不可能として削除された。
大衆から強い支持があったことが部分的な理由となって、2000年4月のMTA取締役会では、スパニッシュ・ハーレムからロウアー・マンハッタンまでイースト・サイドに沿って全線にわたって地下鉄を建設することを約束した。
第1段階の開業により、Q系統が以前の終点の57丁目駅から96丁目駅へと延長された。Q系統はラッシュ時に1時間7本から10本程度の運転本数であり、対照的にIRTレキシントン・アベニュー線の急行線(4系統と5系統)は、ラッシュ時に1時間およそ30本の列車本数(双方向に2分おき)の運転本数を持つ。2004年の最終環境影響書の一環では、Q系統はラッシュ時に1時間当たり14本の運転本数で計画されていたが、この計画はMTAのダイヤ改正により改訂された。ラッシュ時のN系統は一部の列車が以前は57丁目駅で折り返していたが、2017年1月3日から96丁目まで延長され、この列車は北行においては乗客の混乱を避けるためにシービーチ線経由のQ系統と表示されるようになった。2017年11月6日から、R系統の北行列車1本が平日朝に増発された。2019年4月から2020年4月まで、14丁目トンネル閉鎖(英語版)の期間中の乗客増加を捌くために、週末と夜間のM系統も2番街線に変更された。
第2段階では、現行のすべての系統が125丁目・レキシントン・アベニューまで延長される。2004年の最終環境影響書では、予想される乗客増加に対応するためにQ系統が1時間当たり19本に増発される計画になっている。第3段階の建設のために、63丁目線へ分岐する地点に準備工事の坑口が設けられている。