モロ紛争
マルコス大統領は後に協定を破棄し、暴力が続いた。
フィリピン政府は、ミンダナオのキリスト教徒の移住者にモロと戦うために「イラガ」と呼ばれる民兵組織を結成するよう促したといわれている。イラガは殺人と人権侵害に従事し、1971年6月にモスクで女性と子供を含む65人のイスラム教徒のモロの民間人が殺害されたマニリ虐殺を行った。イラガはまた、犠牲者の体の一部を切り離して儀式で食べるカニバリズムにも関わっていたと言われている。
1974年9月24日にフィリピン陸軍は、モスクで祈っていた少なくとも1000人のモロの民間人を殺害するマリスボン虐殺を行った。
1978年にはイスラム知識人のサラマト・ハシムがイスラム国家の設立を模索するMNLFの分離グループ「モロ・イスラム解放戦線」(MILF)を設立した。これらの反乱グループとフィリピン軍との間の紛争は、マルコス政権が終わるまで続いた。