塩基性ヘリックスループヘリックス
bHLH型転写因子の多くはヘテロ二量体として機能するため、その活性はサブユニットの二量体化の段階で調節されている。一方のサブユニットについては恒常的に発現しているが、他方のサブユニットについては発現や存在量が制御されているという場合が多い。ショウジョウバエのEmcタンパク質(extramachrochaetae) は、HLH構造を持つが塩基性領域を欠くため、DNAに結合することができない。これらは他のbHLHタンパク質とヘテロ二量体を形成することで、そのタンパク質の転写因子活性を不活化する。
二量体化とDNA結合に関与するCOEドメインを持つ。
EBF1