レバノン内戦
詳細は「杉の革命」を参照
イスラエル撤退後、シリア軍も撤退すると思われたが、ベイルートやマロン派地域等からベッカー高原への兵員移動など、名目的な撤退のみにとどまったため、一時的にマロン派やドルーズ派によって反シリア運動が展開されたが、レバノン当局によって鎮圧された。ベッカー高原はヒズボラの拠点であると同時に、シリアの対イスラエル戦略の要衝とされている。長距離レーダー基地など軍事施設がひしめく地域といわれ、シリアの駐留は永続化すると考えられていた。
2004年9月、国際連合安全保障理事会はレバノン情勢に関する決議を採択した。これは駐留を続けるシリアへの撤退勧告及びヒズボラ等、武装を続ける民兵組織の解体を促す内容のものであった。ただし、シリア及びレバノン政府はこの決議を「不適切」としており、特にレバノン政府はヒズボラを「不当に占領を続けるイスラエルへの正当な抵抗」集団としている姿勢を崩さなかった。
追い詰められたアウン派はシリア軍と対決した。この戦闘は「解放戦争(英語版)」と呼ばれ、82年のイスラエル軍の侵攻を除けば、戦車や長距離砲、ロケット砲を用いた、内戦でもっとも規模の大きな戦闘となった。アウンは一時、占領者からレバノンを守る英雄として、マロン派ばかりでなくムスリムにさえ支持者があらわれた。しかし、支援は途絶え、シリア軍の猛攻の前に敗北した。立てこもっていた大統領府へのシリア空軍による爆撃が始まると、アウンはフランス大使館に逃亡し、亡命を申請した。この総攻撃はレッド・ライン協定違反だったが、イスラエルはアメリカの懐柔により、シリアへの非難を控えた。
1990年10月13日にシリア軍が出動し、アウン派を制圧した。この際、多数のアウン派将兵が逮捕・処刑されるか、シリアに連行されたといわれる。親シリア派でアウンと対立的であったハラウィを中心に、キリスト教徒・ムスリム両派の民兵組織指導者が閣僚に就任した挙国一致内閣が樹立、内戦は一応の収束がなされた。
1991年3月に国会は特赦法を可決させ、全ての政治的な意図に基づく判決を免除した。5月からは東ベイルート、ジュニエといったマロン派の本拠地に進駐したシリアが、段階的に民兵組織を武装解除および解散させていったが、シリアやイランと深い関係を持つヒズボラは除外された。国軍も派閥性を排除したレバノン唯一の武装組織としての地位を維持するための再編がなされた。
1991年7月6日にサイダで発生したPLOと国軍の戦闘(英語版)を最後に組織的戦闘は終結したが、その後も散発的な爆破テロは発生した。
1982年6月6日、PLOによる駐英大使へのテロの報復と、PLO撤退のためとして、隣国のイスラエルが越境して侵攻する(レバノン戦争(英語版)、ガリラヤの平和作戦)。イスラエル軍はLFやアマルと組み、レバノンに駐留するシリア軍を壊滅させた。この際、国産戦車メルカバを初めて実戦投入し、ソ連製の最新鋭戦車であったシリア軍のT-72を多数撃破する戦果を挙げている。6月13日に西ベイルートへ突入、国際的非難を受けながらもベイルートの包囲(英語版)を続けるが、西ベイルートが占領されたことで徹底抗戦していたPLOも8月21日に停戦に応じ、8月30日にヤーセル・アラファート率いるPLO指導部および主力部隊はチュニジアへ追放された。ここでアメリカ、イギリス、フランス、イタリアなどはPLO部隊撤退後のパレスチナ難民に対する安全保障という名目で、レバノンに多国籍軍(英語版)を派遣した。
イスラエルとしてはレバノンを親イスラエル国家として転換させ、シリアひいてはアラブの影響力をレバノンから排除したかった(これにはイスラエルが、アメリカのジミー・カーター大統領の仲介で成立したエジプトとの単独和平を意識していたとする指摘もある)ため、ファランヘ党創設者ピエール・ジェマイエル(英語版)の息子で、親イスラエル・反シリアの急先鋒であり、LFの若いカリスマ的指導者であったバシール・ジェマイエル(英語版)を大統領に就任させるつもりであった。バシールは1982年8月の大統領選挙において、ムスリム左派のボイコットを受けながらも当選したが、翌9月にファランへ党本部で演説中、爆弾テロによって就任前に暗殺されてしまった。
戦火の傷は深く、現在も内戦中に行方不明となった多くの国民が存在する。その一部には、PLO系パレスチナ難民や解放戦争時のキリスト教政府軍兵士もおり、彼らはシリアの刑務所に幽閉されていると信じられている。
15年に及ぶ断続的な戦争は、基幹産業の観光・金融を衰退させ、国土は荒廃した。1990年代はサウジアラビアに巨大な建設企業を保有するハリーリー元首相による経済復興が最優先され、ベイルートを中心に一時は復興の光が見えたが、2001年のアメリカ同時多発テロ後は、国内に駐留するシリア・イラン、ヒズボラが軒並みテロリスト・テロ国家の烙印を押され、アメリカから軍事援助を中心とする支援が凍結された。
“The Lebanon” - レバノン内戦を扱ったヒューマン・リーグの1984年の楽曲。
5月24日にはこの衝突の責任を取ってラシード・アッ=スルフ(英語版)首相が辞任、ヌールッディーン・アッ=リファーイー(英語版)による軍人政権が成立したが、ムスリムと左派政党が激烈な反対運動を全土に渡って展開し、僅か3日で退陣に追い込まれた。パレスチナ・ゲリラとファランヘ党との対立・抗争は、次第にファランヘ党を中心とする右派勢力と、ムスリムを中心とする左派勢力との政治的衝突という形になっていった。
戦闘そのものはライフル・機関銃・ロケット弾等による散発的なものであったが、マロン派とイスラム教・PLO双方の民兵組織は、対立する宗派の市民を次々に誘拐・拷問・処刑するという残虐行為を繰り広げた。特に週末は「ブラック・マンデー」と呼ばれ、虐殺が頻発した。車爆弾も次々にベイルート市内に置かれ、要人を含め多数の市民が殺傷された。誘拐は外国人観光客や外交員もターゲットとなった。当初は中立姿勢を保っていたドゥルーズ派も信徒が殺害された事により、マロン派と対立していく事になった。こうした事態に警察は対応できず、警官の職務放棄が相次いだ。また、政治や宗教と直接関係のない犯罪集団も跋扈し、ベイルートは無法地帯となった(PLOや各民兵組織はそれらの犯罪集団を配下に置き、彼らが強盗や誘拐の身代金などで得た金品を軍資金にしたという指摘もある)。