一次構造
グリコシルホスファチジルイノシトールは大きな疎水性のリン脂質であり、タンパク質を細胞膜上に繋ぎとめる。この基はC末端にアミド、エタノールアミン、種々の糖、ある種のリン脂質を介して結合する。
最終的にペプチドの側鎖は次のような共有結合で修飾される。
完全長で折りたたまれたタンパク質のC末端が、他のタンパク質のリシンのアンモニウム基に修飾されることがある。ユビキチンは代表的なもので、ユビキチンタグはタンパク質が分解を受けるシグナルとなる。
これらの修飾は翻訳後に、多くは小胞体で行われる。シアン化などのその他の化学反応は、生体内では起こらないが実験室内では行われている。
翻訳後のN末端メチオニンは常にホルミル基でブロックされている。ホルミル基(グリシンかセリンに繋がっている場合はメチオニン残基自体)は、デホルミラーゼという酵素によって除去される。