トワイライトエクスプレス
おおむね会社境界で交代する体制としていた。
大阪 - 敦賀間 - 敦賀地域鉄道部
敦賀 - 金沢間 - 金沢列車区
金沢 - 直江津間 - 富山地域鉄道部富山運転センター
直江津 - 青森間 - JR東日本
青森 - 東室蘭間 - 函館運輸所。
東室蘭 - 札幌間 - 苗穂運転所
国鉄時代はヘッドマークのデザインには視認性が重要視されており、列車名を大きく太く描くデザインが多数派であった。しかし、本列車は列車名が長いことから、ヘッドマーク全体のデザインで視認するという方針となった。
列車名をアルファベットで配し、ピンク色を基調とした斬新なデザインとした。下部には日本海をイメージした波のデザインが入れられているが、日本海縦貫線を走行していた寝台特急「日本海」のものよりも波の線や高さを抑えた、静かな波模様をイメージしている。海の部分は紫色とすることで、夕映えを表している。列車名上部にはエンブレムにも用いられている天使が描かれているが、客車に描かれたエンブレムとは違い、ラッパの先に星が追加されている。列車最後尾のテールサインにもヘッドマークと同様のロゴが用いられているが、脱ブルートレインを意識したためか、国鉄時代から用いられた「流れ星」マークは描かれていない。
ヘッドマークの製造方法には2種類あり、初期のものはシルクスクリーン印刷を使用した表面が比較的平滑なもの、その後アクリル板を型抜きして文字やイラストを作り、貼り付けたものも登場した。
2016年1月18日下関始発のみ「京の冬の旅50回記念号」として運転し、秋季では除去された琵琶湖一周ルートを冬季においてはこのツアーでのみルート設定され、下関→敦賀間をEF65 1124で敦賀→京都間をEF81 114の牽引で特別ヘッドマーク付きで運行した。2016年3月22日の大阪終着を以って特別な「トワイライトエクスプレス」を用いたツアー運転は大好評のまま無事に終了。
なお、2015年11月にEF65形機関車のうち1124号機が全般検査を経てトワイライト色に塗色変更され、11月12日に下関総合車両所で構内試運転が行われた。そして、11月20日から工臨として運用を開始し、12月6日の大阪発下関行きより特別な「トワイライトエクスプレス」の牽引を開始した。
これまでは別料金で提供していた食事を朝食1回・昼食2回・夕食1回のセットにした上で、さらにグレードアップしたフランス料理とデザート(人気のブーランジェ、パティスリーが協力)も提供された。
この編成は、使用される24系客車(旧トワ客)の検査期限が残っている間だけの運行であり2016年3月に数多くの思い出を残して特別企画は終了した。
その後は当初の計画通り、2017年6月17日デビューの「TWILIGHT EXPRESS 瑞風」に後を引き継ぎ、旧トワイライト客車は完全に役目を終え全車廃車され、梅小路に移された一部の客車を除き解体された。
大阪発は6時から、札幌発は6時45分から、それぞれ9時までは「モーニングタイム」となっており朝食を提供していた。45分刻みの定員制で希望者は乗車後に、車内で利用時間を予約することになっていた。かつては和食・洋食が選択できたが、2013年4月1日以降はブレックファーストメニューとして洋食に統一された。
朝食のメニュー(2014年7月時点)
先付け3種他
メインプレート
2015年10月1日・2日には「北陸デスティネーションキャンペーン」の開催に合わせ、日本旅行にて『トワイライトエクスプレス車両で行く福井の旅』が開催された。
この団体臨時列車の「トワイライトエクスプレス」は座席扱いの寝台車(スロネフ25・オハネフ25)とサロンカー2両を含めた4両の客車と電源車の編成で運行されている。