スレッディング (タンパク質)
スーパーファミリー(おそらく共通進化的起源): 配列同一性は低いが、その構造的および機能的特徴から進化的起源が共通である可能性が高いことを示唆するタンパク質をまとめてスーパーファミリーとする。たとえば、アクチン、熱ショックタンパク質のATPaseドメイン、およびヘキサキナーゼが一緒になってスーパーファミリーを形成している。
フォールド(主要構造の類似性): タンパク質は、同じ配列内で同じ主要な二次構造を持ち、同じトポロジー的な接続を持つ場合、共通のフォールドを持つと定義される。同じフォールドを持つ異なるタンパク質でも、二次構造の周辺要素や、ターン領域のサイズやコンフォメーションが異なることが多い。場合によっては、これらの異なる周辺領域が構造の半分を占めることがある。同じフォールドカテゴリーにまとめられたタンパク質が、進化的に共通の起源を持っているとは限らない。その構造的な類似性は、タンパク質の物理的および化学的性質が、ある種のパッキング配置や鎖トポロジーを好都合とすることから生じている可能性がある。