ゲノムプロジェクト
節足動物 Arthropoda: ネッタイシマカ(デング熱) Aedes aegypti ヒトスジシマカ Aedes albopictus Aedes triseriatus マダニ Amblyomma americanum ハマダラカ (マラリア) Anopheles gambiae: 2002年10月 ミツバチ Apis mellifera ligustica カイコ Bombyx mori:2004年2月29日 アカイエカ Culex pipiens キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster:BDGP, Celera, 2000年3月24日 ツェツェバエ (トリパノソーマ) Glossina morsitans キョウソヤドリコバチ Nasonia vitripennis
ゲノムアッセンブリングとは、大量の短いDNA断片の配列を決定し、元となった染色体のDNA配列を構築しようとする過程である。配列アセンブリングなどとも呼ばれる。ショットガン・シークエンシング法によるプロジェクトでは、サンプルから得られたDNAは断片化されている。これら一つ一つの断片はリードと呼ばれ、シーケンサーにより配列決定される。得られたリードは、バイオインフォマティクス的なアルゴリズムによりオーバーラップする部分を探索しつなぎ合わせていく。
ゲノムアッセンブリングは非常に困難な技術的問題を抱えている。それはマイクロサテライトや、SINEs、LINEsといった繰り返し配列がゲノムには大量に含まれるためである。とりわけ、ゲノムサイズの大きい動植物ではこれらのリピートは数千塩基におよんだり、大量に散在している。
結果として得られるドラフト配列は、コンティグごとにまとめられ、領域ごとの情報とリンクさせるための足場となる。