コンピテントセル
形質転換効率は用いた大腸菌の菌株によって大きく依存する。また培養条件や、カルシウム処理時の溶液組成によっても大きく変化する。作製後の保管条件の影響も大きい。形質転換を行う際の熱処理の条件も影響するとされている。得られたコンピテントセルの形質転換効率は、選択薬剤を加えた寒天培地で培養し、プラスミド1μgあたりの生じたコロニー数(cfu/μg plasmid:大きいほど効率が良い)で評価する。
特に目的とする遺伝子の含量が少ない場合では効率の高いコンピテントセルを用いることが重要となるが、効率が高く再現性のよいコンピテントセルの作製は難しいとされている。実験室で作製するとおよそ10程度が標準であるが、手際が悪いなどの理由で10程度の効率しか得られない場合もある。理化学メーカから供給されるコンピテントセルでは出荷時に10から10という高効率を達成しているが、その後の輸送や保管の条件次第で効率が低下してしまう場合も多い。