ムラサキ目
狭義ムラサキ科は、コドン属(Codon)とウェルステディア属(Wellstedia)を含めた場合、植物形態学的に特徴を見出すことが難しくなる。コドンは長らくハゼリソウ科内の特異な一群と見なされていたが、1998年には分子系統学な研究により狭義ムラサキ科により近縁であると明らかにされた。
葉緑素を欠いた完全寄生植物のレンノア属(Lennoa)とフォリスマ属(Pholisma)はかつてレンノア科(Lennoaceae)とされていたが、2014年に至りチシャノキ科の内部に位置するクレードとして認知されるようになる。いくつかの研究では、ハゼリソウ科はナマ連(Nameae)を含めた場合に側系統になることを示しているが、問題の解決には更なる研究が必要とされる。
ホプレスチグマ属(Hoplestigma)をムラサキ目に入れることについてはしばしば疑いが持たれてきたが、2014年の研究によってその位置は確固たるものとなった。 ホプレスチグマ属はカキバチシャノキ科の姉妹群であり、カキバチシャノキ科はホプレスチグマ属を含むように範囲を拡張するよう求められてきた。
ハゼリソウ属(Hydrolea)は、エイサ・グレイによって分類されてから1世紀以上もの間、ハゼリソウ科に属するものと考えられていたが、今ではナス目に属しナガボノウルシ属の姉妹群となることが分かっている。
プテレオカルパ属(Pteleocarpa)は例外的なものとして、一般的にムラサキ目に入れられていたが、その分類については強い疑いがあった。分子系統学的にはリンドウ目のゲルセミウム科の姉妹群にであることが強く支持されたため、ゲルセミウム科がこれを含むように拡張された。