宮崎カーフェリー
2代目法人はマリンエキスプレスから転籍した従業員の労働債務を引き継いだこともあり、当初から大幅な債務超過を余儀なくされていた。原油高を背景とする燃料費高騰を受け、貝塚航路からの撤退、燃料油価格変動調整金の導入、一部債務免除、大阪南港発着から神戸港発着への変更といったコスト削減を図り、収支改善を図っていた。
しかし、2009年の高速道路料金引き下げ、及び東九州自動車道延伸に伴う大分港への貨物需要流出で収益改善の見通しが立たず、また宮崎船舶から賃貸していた2隻の船舶は建造から20年以上が経過し老朽化が進行、新船建造の資金調達が課題となり、多額の債務償還の目途も立たないことから、2017年11月に特別清算を申請。金融機関などと共に地域経済活性化支援機構に支援を申し込み、3代目法人に事業譲渡を行った。
その後、2代目法人は2018年3月に商号を福岡マゼラン株式会社へ変更し、同年8月15日に福岡地方裁判所から特別清算開始決定を受け、翌2019年2月19日付で清算結了により法人格が消滅した。