鴨川 (淀川水系)
中津川
雲ケ畑川 祖父谷川 雲ケ畑岩屋川
この説は地質調査や地形観察という科学的根拠を伴っていたため、歴史学者の共感を広く得て、以後書籍のみならず新聞や観光パンフレットなどで広く引用され、この「鴨川つけかえ説」は1980年代までは主流であった。一方で、史書、伝承などで鴨川に関する大工事のあったことが確認されないことから、この説に疑問を呈する史家も少なからずいた。
後に同志社大学教授の横山卓雄はこの説を地質学の観点から論じて否定した。地下鉄烏丸線の工事のときに烏丸中学校付近を掘削したところ、地下5 mに岩盤が発見された。この地下の岩盤を物理探査法を用いて調査したところ、地下山脈が船岡山地下の東から続いていることが判明。塚本説で唱えられた賀茂川の流れをほぼ直角に横切っているため、この地下山脈を越えて流れていたとは考えられず現在の賀茂川の流れは自然な流れだとした。一方で、鴨川つけかえについては、さまざまのデータをもって、塚本の示した「京都市地質図」は平安京遷都直前の扇状地の地質を示すものでなく「三万年以上前に形成された扇状地」のものであったとし、「塚本による鴨川つけかえ説は彼の集めたデータがすべて正しいとするならば論理的にも誤りがなかった。ただしそのデータがすべて正しいという仮定が成り立たなかった」と結論した。この横山の主張を受け、従来塚本説を支持して著書に紹介していた歴史学者たちも一斉に「つけかえはなかった」とするようになり、現在では塚本説に代わって定説化したかのようにうかがえる。
この横山説に対しては現在、高橋学、小谷愼二郎、荒井まさお、植村善博、加藤繁生など各分野の研究者から批判が出されている。