イージス艦衝突事故
その上で独自に航跡を推定し「回避義務は清徳丸側にあり、あたご側に回避義務はなかった以上、Aの注意義務は認められず、それを前提としていたBの注意義務も生じない」としてAとB両名に無罪判決を下した。それに先立ち、清徳丸が事故直前に2回右転し危険を生じさせたことも指摘した。
控訴期限の5月25日、横浜地検は東京高等裁判所に控訴した。同日、防衛省は地裁判決を受け、A・B両名を復職させることを発表した。
東京高等裁判所は、2013年6月11日、無罪とする判決主文を維持しつつ、その理由となる事実認定においては、地裁が独自に航跡を推定して「回避義務は清徳丸側にあり、あたご側に回避義務はなかった以上、Aの注意義務は認められず、それを前提としていたBの注意義務も生じない」と認定したことを不当とし、改めて高裁として判断した結果、検察および海保が漁船側の正確な航路や位置を特定・立証することが出来なかった、と認定した上で、「疑わしきは罰せず・疑わしきは被告人の利益に」に則って被告人側に最も有利な航路・位置を推定せざるを得ないとし、その航路・位置に基づけば被告人の刑事責任を認定できないとして、結論として無罪を導き出し、検察の控訴を棄却した。2審での無罪判決を受けて東京高検は上告を断念する方針を固めたことを明らかにし、上告期限の2013年6月26日午前0時をもって無罪が確定した。
海難審判として、2008年(平成20年)6月27日に横浜地方海難審判理事所が第63護衛隊(現・第3護衛隊群第3護衛隊)や当直士官A・Bと前艦長、戦闘指揮所監督責任者を指定海難関係人に指定して、横浜地方海難審判庁に審判開始を申し立てた。事故原因について「あたご側の監視不十分」または「漁船側の急な右転」かで、海難審判理事所理事官側(=検察側に相当)と指定海難関係人(=あたご側、被告に相当)の主張が対立。2009年(平成21年)1月22日、事故主因をあたご側と認定する裁決が下り、第3護衛隊群には安全教育の徹底を求める勧告がされた。一方で清徳丸が警告信号を行わず、衝突を避けるための協力動作を取らなかったことも一因とした。水雷長Aの過失も認定されたが、航海長Bの引き継ぎ不備と事故の因果関係はないとされている。
前艦長は、裁決言い渡し後の記者会見で死亡した漁船乗員に対し謝罪と哀悼の意を述べながらも、漁船の右転も大きな要因であるという見解を示した。
海難関係人に指定されたあたご側には二審請求権がなく、同審判所の理事官側は前艦長ら海難関係人に改善事項を指摘したこと、当該艦の所属部隊に勧告したことなどを理由に東京の海難審判所(高等海難審判庁制度はすでに廃止)への二審請求を見送った。これに伴い、横浜地方海難審判所は同艦の所属する第3護衛隊に勧告書を送付、2009年1月30日をもって裁決が確定した。