掃海隊群
2013年5月、陸上自衛隊の西部方面普通科連隊とともに、海上自衛隊がアメリカ海軍・海兵隊のドーン・ブリッツ13演習 (Operation Dawn Blitz) に参加した。この時点では、護衛隊群と掃海隊群のいずれが水陸両用作戦を担当するかが定まっておらず、演習参加艦艇の全てが護衛艦隊所属だったことから、第2護衛隊群司令(湯浅秀樹海将補)が日本側の訓練統制官となった。
しかしアメリカ側のカウンターパートとなる第7艦隊では、水陸両用作戦を担当するCTF 76が対機雷戦部隊と上陸戦部隊を一括して隷下に収めていたことから、日米の連携を図る面からは、日本側でも同様の体制とするほうが合理的だった。また2011年の東日本大震災に対する支援活動において、掃海部隊である第4海災部隊は、吃水が浅く小回りがきくうえに機雷探知機で水中異物を発見回避できるという特性を生かして、湾内深くまで進入し、捜索や物資輸送など救援活動に活躍していた。
掃海隊群では、2013年春より、護衛艦「ひゅうが」で水陸両用戦に関わる実証などの下準備を開始しており、8月9日には、掃海隊群が水陸両用戦を担当する準備を完了したことが報告された。9月には掃海隊群に両用戦幕僚が配員されるとともに、陸上自衛隊からの連絡官の派遣を受けた。2015年には、掃海隊群司令の指揮下でドーン・ブリッツ15演習及び米国派遣訓練に参加し、サンディエゴ及び同近海にて米軍、陸上自衛隊と共に島嶼防衛訓練等、水陸両用作戦に係る一連の行動(着上陸部隊に対する補給等の支援を含む。)及び水陸両用作戦に係る指揮幕僚活動を実施した。
この機会に、護衛艦隊と同格の掃海艦隊を設置する案も検討されたものの、これは実現せず、業務掃海に責任をもつ第1掃海隊群はそのままで、新設の第2掃海隊群は自衛艦隊に編入されて、機雷戦の研究開発と教育訓練の全般調整を担当することになった。しかしこの時期、残存する危険海面の一掃が計画され、西日本を基地とする第1掃海隊群とともに、東日本を基地とする第2掃海隊群も業務掃海に投入された。掃海面積をおおむねクリアした1969年3月には、第1掃海隊群も自衛艦隊に編入された。
この間、機雷掃討(minehunting)の必要から各地方隊に水中処分隊の編成が進められていたが、1965年には掃海隊群司令部にもそれぞれ7名編制の水中処分班が設置された。また昭和51年度から建造されたはつしま型では、遠隔操作の無人潜水機(ROV)である75式機雷処分具S-4が搭載された。同型の就役とともに、第11掃海隊以下10番台の隊が復活して各掃海隊群に配属され、40番台の隊は地方隊へ、また30番台の隊は支援船へと世代交代が進んだ。
編成(1989年末)
第1掃海隊群 はやせ(旗艦; 呉) 第14掃海隊(佐世保) - やくしま、なるしま、ひこしま 第16掃海隊(呉)- ぬわじま、えたじま 第18掃海隊(呉)- たかしま、ひめしま 第19掃海隊(呉)- おぎしま、もろしま、ゆりしま
第2掃海隊群 そうや(旗艦; 横須賀) 第13掃海隊(横須賀) - おおしま、にいじま 第15掃海隊(横須賀) - ちちじま、とりしま 第17掃海隊(横須賀) - ははじま、かみしま 第20掃海隊(横須賀) - うきしま、あわしま、さくしま
1945年(昭和20年)の降伏に伴い、ポツダム宣言にもとづいて日本は非軍事化され、大日本帝国海軍も解体されることになった。しかし終戦の時点で、日本近海には、日本海軍の係維機雷55,347個、連合軍の感応機雷6,546個が残存しており、占領にあたって大きな障害となることが予想されたことから、連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)の指示に基づいて9月18日には海軍省軍務局に掃海部が設置され、さらに10月10日には6個地方掃海部と17個地方掃海支部が設置されて、掃海組織の再興が図られた。終戦処理に伴って、海軍省は順次に縮小解体されていったが、掃海部隊は、田村久三大佐の指揮下に、復員庁総務部掃海課、掃海監部と変遷し、復員庁閉庁後は運輸省海運総局の掃海管船部掃海課へと移行した。
一方で、日本海軍の消滅に伴う洋上治安の悪化が深刻化したことから、1948年には、これら旧海軍由来の掃海部隊も取り込む形で、運輸省傘下の法執行機関として海上保安庁が設置された。1950年6月1日には警備救難部から掃海課が切り離され、長官直轄の機関として中央に航路啓開本部、地方に航路啓開部が設置された。また1951年6月1日の機構改訂で全国を9個海上保安区に分割するのにあわせて、各管区海上保安本部に航路啓開部が設置され、掃海艇は各管区に分散配備された。この間、1950年には、朝鮮戦争を受けて日本特別掃海隊が派遣された。