只見線
IC乗車カード対応区間:なし
小出駅 - 大白川駅間は新潟支社管内、只見駅 - 会津若松駅間は東北本部管内である。正確には、大白川駅と只見駅間の六十里越トンネル内(会津若松駅起点95.7 km地点)に支社境がある。
2007年12月11日、小出駅午前7時4分着の列車をもって、大白川駅 - 小出駅間でのタブレット閉塞式の使用を終了し、特殊自動閉塞式に移行した(2007年12月4日新潟支社発表)。只見駅 - 大白川駅間は2008年9月26日に、西若松駅 - 会津坂下駅間は2011年10月7日に特殊自動閉塞式に移行している。JRの旅客線で最後のタブレット閉塞式区間として残っていた会津坂下駅 - 只見駅間についても、2012年9月23日に会津坂下駅 - 会津川口駅間が特殊自動閉塞式に切り替わり(会津川口駅 - 只見駅間はこの時点で災害により不通)、これをもってタブレット閉塞方式を行うJR旅客路線は無くなった。タブレット閉塞の設備は沿線の観光施設で保存されている。
1971年(昭和46年)8月29日 : 只見駅 - 大白川駅間(20.8 km)を延伸開業(旅客営業のみ)。田子倉駅を新設。只見線の小出駅 - 大白川駅間を会津線へ編入して会津若松駅 - 小出駅(135.2 km)を新たに只見線とする。
1972年(昭和47年)10月2日 : 客車普通列車を廃止し、旅客列車を全て気動車化。
1974年(昭和49年)10月31日 : 蒸気機関車(SL)が最後の運転(後に観光用臨時列車としてSL運行を復活)。
1979年(昭和54年) : キハ40系気動車の運用を開始。
1980年(昭和55年) 10月1日 : 大白川駅 - 小出駅間(26.0 km)の貨物営業を廃止。 12月1日 : 会津宮下駅 - 早戸駅間で、線路にあった落石に上り回送列車が乗り上げて先頭車が鉄橋脇に転落し、2両目が脱線して運転士が負傷する事故が発生。
1982年(昭和57年)8月1日 : 西若松駅 - 只見駅(85.3 km)の貨物営業を廃止。
1987年(昭和62年)4月1日 : 国鉄分割民営化に伴い東日本旅客鉄道(JR東日本)が、第一種鉄道事業者として小出駅 - 会津若松駅(基本計画では起点・終点が逆転しているためこの順序))を継承。日本貨物鉄道(JR貨物)が第二種鉄道事業者として西若松駅 - 会津若松駅(3.1 km)で貨物列車を運行。柿ノ木仮乗降場を駅に改める。
1996年(平成8年)4月16日 : 会津水沼駅 - 会津中川間駅で脱線事故が発生。
1998年(平成10年) 8月4日:平成10年8月新潟豪雨のため会津川口駅 - 小出駅間で運転を見合わせ。
8月7日:会津川口駅 - 只見駅間で運転を再開。 9月2日:只見駅 - 小出駅間で運転を再開。
1999年(平成11年)4月1日: 日本貨物鉄道が西若松駅 - 会津若松駅(3.1 km)の第二種鉄道事業を廃止。
2001年(平成13年) 10月6日 : 全線開通30周年を記念して「SL&DL会津只見号」を会津若松駅 - 会津川口駅・只見駅間で運転(この年から「SL会津只見号」として毎年運行となる)。 12月1日 : 田子倉駅を臨時駅に改める(冬季休業化、時刻表に臨時駅の表示なし)。
2004年(平成16年) 10月23日 : 新潟県中越地震により只見駅 - 小出駅間が不通となる。 11月20日 : 只見駅 - 小出駅間の運行を再開。
2005年(平成17年) 3月12日 : 早戸駅 - 会津水沼駅間の下大牧付近にて雪解けによる大規模な斜面崩壊が発生、その土砂に下り列車が乗り上げ先頭車が脱線、運転士が負傷する事故が発生。会津坂下駅・会津宮下駅 - 只見駅間が不通となり、バス代行を実施(同年4月8日運行再開)。 事故当時の編成は会津川口側よりキハ40 559とキハ48 549であった。 6月9日 : 会津中川駅 - 会津川口駅間の只見線を跨いで只見川に架かっていた町道の橋梁の撤去作業中に橋げたが一部ずり落ち、下り列車が接触して屋根が大破する事故が発生。負傷者なし。会津宮下駅 - 只見駅が不通となり、バス代行を実施(同年7月1日運行再開)。
この区間は同年9月30日まで代行バスが運行されていたが、再開当日の10月1日にも塔寺駅 - 会津坂本駅間での車両故障のため会津坂下駅 - 会津川口駅間が運転見合わせとなったことで同区間で代行バスが運行された。
豪雨災害前のダイヤでは、1日あたり会津若松駅 - 会津川口駅間は8 - 9本程度、会津川口駅 - 只見駅(冬季は大白川駅)間は3往復、只見駅(冬季は大白川駅) - 小出駅間は5往復(1往復は大白川駅発着・土曜・休日・休校日は運休)であった。全線通しての運行する場合の所要時間は、5時間程度である。2022年10月の全線復旧の際も、この運行形態を概ね踏襲しているが、使用車両の変更に伴い、全線通しの所要時間は4時間程度となっている。
会津川口駅 - 只見駅間不通時の1日あたりの列車本数は会津若松駅 - 会津川口駅間が6往復、只見駅 - 小出駅間が3往復となっており、このほかに会津若松駅 - 会津坂下駅間・大白川駅 - 小出駅間の区間列車が1往復ずつ運転されていた。
会津若松駅 - 西若松駅間には会津鉄道の列車も乗り入れており、只見線会津川口・小出方面の列車よりも本数は多い。2021年3月13日のダイヤ改正では、会津鉄道線内の始発・最終列車の繰り上げに伴い、会津鉄道の車両により只見線内(会津若松駅 - 西若松駅間)のみで完結する列車が1往復設定されている。この会津若松駅 - 西若松駅間の列車は2012年3月までにも設定されていた。