ラファエロの間
コンスタンティヌスの間の最後の絵は「コンスタンティヌス帝の洗礼」であり、死の床に伏すコンスタンティヌス帝を描いており、ペンニによって塗装されている。
この部屋は、この部屋に飾られている絵画「ボルゴの火災」に因んで呼ばれている。この絵画は、バチカン近くのボルゴ (en) で発生した大規模な火事を、教皇レオ4世が十字を切って静めたという奇跡を描いている。この部屋は、ユリウス2世の後を継いだレオ10世が音楽に興ずる間とされた。この部屋の絵画の題材はレオ3世とレオ4世の生涯から取られており、「ボルゴの火災」の他に「レオ3世の宣誓」、「レオ3世のカール大帝への授冠」、「オスティアの戦い」がある。「ボルゴの火災」はラファエロが構図を完成させてはいたが、弟子たちがフレスコ画として完成させた。他の3つの絵画にはラファエロの関与はなく、弟子によって描かれた。
「署名の間」はラファエロが最初に手がけた部屋である。この部屋はユリウス2世の書庫であり、学習に供された部屋であった。もともとはここに使徒座署名院最高裁判所 (en) が置かれていたことから、その名がある。キリスト教とそれ以前の精霊の調和、および教皇の蔵書のテーマである神学、哲学、法学、詩作の調和を表現したトンド (en) として制作されており、ルネット(壁と円天井が接する部分にある半円形の部分、en)の上に描かれている。この部屋の絵画の題材は、世俗的および霊的な知恵と、ルネサンス人文主義がともに認めるキリスト教とギリシャ哲学の調和である。この部屋で教会会議が行われ、また重要書類への教皇の署名が行われたことから、知恵と調和はもっとも適切な主題と言える。
ラファエロが1508年または1509年、最初に描いたのは「聖体の論議」である。この名前は、秘跡に対する祈りのことを示す、古い呼び方である。絵画中では地上と天上の両方に広がる存在として教会が表現されている。
コンスタンティヌスの間から西へ進むと、ヘリオドロスの間である。この部屋の絵画は1511年から1514年にかけて描かれた。部屋の名前は、その絵画の一つから取られている。この部屋は当時は公開されてはおらず、謁見の間であったと考えられているが、神またはキリストが教会に与えた保護を主題としている。この部屋には4つの絵画がある。「神殿から追放されるヘリオドロス」と「ボルセーナのミサ」では、ラファエロは依頼主であるユリウス2世(パトロン、資金提供者でもある)を絵の題材への関与ある者、もしくは見守る者として描いている。ユリウス2世の死後に描かれた「大教皇レオとアッティラの会談」では、それがユリウス2世の後を継いだレオ10世になっている。
この部屋の絵画は「署名の間」のものよりも後に描かれており、ラファエロのスタイルの変化を見てとることができる。教皇の図書室に合わせた動きの少ない静かな印象と比較すると、劇の要素を含んだ物語的な肖像画と、フレスコ画の表現力を最大に活かす工夫が見い出される。絵画中に描かれている対象物をより少なく、そしてより大きくすることで、そのものの持つ動きや感情の印象を、強く直接的に与える。また劇場のライティングと同様の効果を取り入れることで、対象物を際立たせ、その緊張感を高めている。
ラファエロは1509年の終わりから1510年の初めあたりに、3つ目の絵画の制作を始めた。これが「パルナッソス」で、ギリシャ神話ではアポローンとミューズたちが住み詩作が祭られている場所である、とされている。この絵画では、アポローンとミューズの周囲に、当時の詩人が多く描かれている。
「コンスタンティヌスの寄進状」では、コンスタンティヌス帝がローマ教皇に領地を寄進する旨を記したとする同名の偽書の内容を描いている。