回民蜂起
清軍は降伏勧告を繰り返したにもかかわらず、多くの回民が最後の甘粛省の拠点である粛州(現在の酒泉市)にこもって抵抗をつづけた。左宗棠は補給を整えたうえで、1873年から1万5千の兵で粛州を包囲した。10月に粛州は陥落し、指導者である馬文禄はじめ7千人が処刑された。生き残った者は甘粛省南部に移住させられた。蘭州から敦煌に至る河西回廊を回民の無人地帯とし、東トルキスタンとの連絡を断つ目的であった。
この蜂起の結果、漢人と回民が両方も多く殺害された。戦乱の前(1861年)に甘粛省では1945.9万人、陝西省では1394万人がいたが、蜂起が終わった1880年ではそれぞれ495.5万人と772万人だけが残した。つまり、甘粛省では総数の74.5%の1455.5万人、陝西省では総数の44.6%の622万人が死亡・逃亡した。また、甘粛省で出した死亡の件はほぼ漢人であった。戦乱の前に陝西省では70~80万いたの回民が10年後にはおよそ9万まで減少したという。
中国のムスリムは長年にわたって西アジアとのつながりを保ってきた。18世紀には、メッカやイエメンのナクシュバンディー教団で学んできた指導者たちによって、2つの系統のスーフィズムが中国西北部にもたらされた。1つは馬来遅(1681-1766)に組織されたフフィーヤ教団(虎夫耶、Khufiya)、もう1つは馬明心(1718-1781)に組織されたジャフリーヤ教団(哲合忍耶、Jahriya)である。これらの教団はより伝統的なスンナ派と共存していた。フフィーヤは清の支配を容認したため「老教」と呼ばれ、より過激なジャフリーヤは「新教」と呼ばれた。
清の官僚の腐敗とイスラム教への弾圧に対して、ジャフリーヤの回族とサラール族は1781年と1783年に蜂起したが、すぐに鎮圧された。