妙本寺
しかし、文暦元年(1234年)に竹御所が難産の末に男子を死産し、そのまま本人も死去した。その際に、持仏であった釈迦如来像を祀るための釈迦堂の建立を遺言したという。この遺言を承け、嘉禎元年(1235年)に比企谷に新釈迦堂が建立され、竹御所はその下に葬られた。寛元元年(1243年)、比企一族の出身といわれる仙覚が新釈迦堂の住持となり、寛元4年(1246年)には頼経の命により万葉集諸本の校訂を成し遂げた。 その後建長5年(1253年)、能本は鎌倉を訪れた日蓮に帰依、文応元年(1260年)には、父・能員と母の菩提を弔うべく新たに法華堂を建立し寄進した。その際に、日蓮が父に「長興」母に「妙本」の法号を授けたことから、寺号を「長興山妙本寺」と定めたと伝わっている。なお、日蓮没後には六老僧の一人・日朗が継承し、以後、比企谷妙本寺を本拠として長谷山本土寺や長栄山本門寺等を管轄した。このことから日朗門流は「比企谷門流」と呼ばれ、この3ヶ寺を併せて「朗門の三長三本」と称された。
このように比企谷門流にとって三長三本は重要な拠点であったが、本土寺は遠く離れていた事から3世以降に専従の住持が置かれたのに対し、妙本寺と本門寺は昭和16年(1941年)まで1人の住持が2ヶ寺を管轄する「両山一首制」によって護持されていた。
笛田山佛行寺(神奈川県鎌倉市笛田) 鎌倉朗師講
龍口山妙典寺(神奈川県鎌倉市腰越) 鎌倉朗師講
龍口山本龍寺(神奈川県鎌倉市腰越) 鎌倉朗師講
長藤山妙善寺(神奈川県藤沢市藤沢) 妙善寺 末:柄澤山隆昌院(神奈川県藤沢市柄沢)
正耀山法泉寺(神奈川県藤沢市亀井野)
妙法山妙行寺(神奈川県茅ヶ崎市松林)
村澤山本在寺(神奈川県茅ヶ崎市高田) 本在寺 末:遠香山浄心寺(神奈川県茅ヶ崎市香川)
本立山常顕寺(神奈川県茅ヶ崎市萩園)
如日山妙光寺(神奈川県高座郡寒川町一ノ宮)
長秋山妙元寺(神奈川県海老名市大谷)
福寿山幸延寺(神奈川県相模原市南区鵜野森)
妙栄山本盛寺(神奈川県厚木市船子)
大神山隆盛寺(神奈川県平塚市大神)
芳澤山蓮昭寺(神奈川県平塚市寺田縄)
大龍山貞性寺(神奈川県平塚市田村)
法光山長源寺(神奈川県秦野市曽屋)
覚栄山隆安寺(神奈川県伊勢原市下平間)
学清山法眼寺(神奈川県伊勢原市下粕屋)
福聚山妙輪寺(神奈川県中郡大磯町大磯)
大乗山妙昌寺(神奈川県中郡大磯町東小磯)
乗勝山妙大寺(神奈川県中郡大磯町東小磯)
妙珍山蓮昌寺(神奈川県小田原市本町)
済度山法船寺(神奈川県小田原市酒匂)
惺雄山蓮船寺(神奈川県小田原市城山)
長照山大圓寺(神奈川県南足柄市怒田)
本行院...本院。唱導院日顗により創建。開基 本行院日学(比企能本)・開山 日朗・2世 日輪・3世 日山とし日顗自らは4世となった。歴代住職は司務職として比企谷全山を総理統監した。
常住院...院家。3世・日輪により創建。経師谷にあったが一時荒廃した。後に跡地に光住院(不二庵とも)が建立され、比企谷に移転後に常住院と改称した。常住院の名称は、現在、静岡県浜松市中区の経王山常住院に継承されている。
正覺院...院家。神奈川県鎌倉市小町にある長慶山正覚院大巧寺。
妙音坊...正和3年(1314年)創建。神奈川県海老名市に移転後、神奈川県横浜市南区三春台に再移転し經力山妙音寺となる。
南之坊...現存せず
玄了坊...現存せず
大法坊...現存せず
大圓坊...九老僧大圓阿闍梨日傳の庵室。永禄8年(1565年)創建と伝わる。境内跡地は現在比企谷幼稚園となっている。
善行坊...現存せず
本成坊...現存せず
朗慶坊...現存せず
法泉坊...現存せず
西之坊...現存せず
大林坊...現存せず
龍華坊...現存せず
三光坊...正応5年(1292年)創建。慶長17年(1612年)に千葉県長生郡睦沢町大上に移転し宗久山本長寺と改称したと伝わる。