清水徳川家
幕末の慶応2年(1866年)、15代将軍徳川慶喜の弟で水戸徳川家出身の昭武が江戸時代最後の清水家当主となった。慶喜は、パリ万国博覧会への使節の派遣に当たって昭武を名代に任じ、その便宜として清水家を継がせたのである(将軍舎弟としての格式に加え、形の上で水戸家から離され同家への配慮の必要が薄れる)。昭武は当時実子のなかった慶喜から、自身の後継者候補とも目されていた。なお、その直前には14代将軍家茂の内意により元尾張藩主の茂栄が清水家を継ぐ予定だったが、将軍に就任した慶喜の意向で昭武が清水家を、茂栄が慶喜転出後の一橋家をそれぞれ相続した。
渡仏した昭武は、幕府代表として対ヨーロッパ外交に努め、また万博閉幕後もフランスに滞在して勉学にも励んだが、その間に日本では大政奉還と明治政府の樹立、さらに長兄の水戸藩主徳川慶篤の死が続いた。昭武は明治元年(1868年)に帰国すると、水戸家の家督を継ぎ、そのため清水家はまたも当主不在となった。そうした事情もあって、御三卿の他の2家が維新後に一時とはいえ田安藩・一橋藩を立藩したのと異なり、「清水藩」は立藩していない。
なお、一方でその時期の清水邸は、将軍徳川家茂の御台所・和宮の文久元年(1861年)の降嫁準備と、慶応4年(1868年)の江戸城の明け渡し後の住居として活用されていた(前者時は明屋敷、後者時は当主渡欧中で不在)。
これは、同じ御三卿である他の2家(田安家・一橋家)が、空席の場合は明屋敷となるもそれら組織が存続されたことと比して異例であった。
清水家はその後、寛政10年(1798年)に将軍徳川家斉の幼い息子敦之助を当主として再興される。敦之助は清水屋敷へ移ることのないまま翌年に夭逝するが、子だくさんであった家斉はその後も30年ほどの間に斉順、斉明、斉彊と、次々に庶子を清水家当主に据えた。このうち斉順と斉彊は清水家を出て紀伊徳川家を継ぎ、斉明は夭逝した。
清水家は弘化3年(1846年)から長らく明屋敷となる。その間、安政4年(1857年)には講武所拡張のために清水家の改易計画が出された(最終的には田安家の反対で中止)。また、安政5年(1858年)には井伊直弼が南紀派の勢力拡大を狙い、当時隠居していた津山松平家の斉民(家斉の十五男で斉明の弟・斉彊の兄)に清水家を継がせようと働きかけたが実現せず、結局20年にわたり当主不在が続くこととなった。