由比駅
単式ホーム2面2線と島式ホーム1面2線を有する地上駅。北側から駅舎、単式ホーム、島式ホーム、単式ホームの順に並んでいる。島式ホームの2・3番線が本線、単式ホームの1・4番線が副本線となっており、一部の普通列車が1・4番線で特急列車や貨物列車、ホームライナーを待避する。3つのホームは跨線橋で連絡している。
東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、富士川駅が当駅を管理している。駅舎内にはJR全線きっぷうりばや自動改札機などが設置されている。早朝・夜間は無人となる。
毎年5月3日に当駅至近の由比漁港で開催される由比桜えびまつりに合わせて、臨時列車が設定されている。当駅では折り返しが行えないため、当駅始発の列車は折り返しが行える富士駅や東田子の浦駅から当駅までは回送で運転されている。
ただし、2014年の台風18号による復旧工事中は、富士 - 由比間での折り返し運転が行われ、由比行きが一時的に設定されていた。(この時は東京寄りにある渡り線を使用しての折り返し)