マレー作戦
1942年1月3日、S作戦に関する航空協定が成立。上陸作戦は船団がシンガポールの鼻先に近迫することでもあり、反撃は激しいと予想され、日本の航空作戦は陸軍第三飛行集団と海軍第二十二航空戦隊による大規模なものであった。12日から空襲を開始したが、英機主力はシンガポールから退避した模様でほとんど敵機を補足することができなかった。
1942年1月12日、S作戦のために陸海軍は協定を成立させた。海軍の直接護衛は「川内」を旗艦とする第三水雷戦隊を主体とするもので実施し、間接護衛は馬来部隊のほぼ全力を使用する予定であった。1942年1月16日、シンガポール方面に空母を含む有力な部隊発見の報告があり、馬来部隊主力はカムラン湾から出発して敵艦隊誘出を図るも現れず19日夕帰投。しかし、第25軍の進撃は順調で1月25日ごろにはジョホール水道に到達できると判断され、18日にエンドウに上陸する予定のS作戦は意義を失った。S作戦は延期された後、中止となった。
S作戦中止で南遣艦隊は南方軍と協議し、第18師団のシンゴラ揚陸とエンドウへの資材・人員の揚陸を引き受けた。S作戦中止により、第18師団はシンゴラに上陸した後、陸路から軍主力に追及せよと命じられた。
第25軍はペラク河の橋梁が破壊されると、そのまま渡河して一気に連邦の首都であるクワラルンプールまで急追することを決し、12月25日夕に軍命令を下した。ペラク河の渡河は、第五師団が海上機動部隊との連携に便利な西方のブランジャ方面、近衛師団主力が東方のクワラカンサル方面と決定した。
第五師団では、12月26日に河村部隊の先遣大隊が砲火を冒して渡河に成功し、前岸の敵を駆逐して東部ブランジャに進出。27日、第五師団の戦列部隊の大部が渡河を終える。近衛師団では、12月25日午後6時に正木支隊が主力に先行してタイピンに進入し、近衛師団長は正木支隊の編成を解き、渡河掩護隊(近衛歩兵第4連隊)を先に渡河させて主力の渡河を掩護させることにした。26日、掩護隊に続いて近衛師団主力の渡河が開始し、先に渡河した掩護隊と英軍で戦闘が起き、27日夕に英軍は退却した。近衛歩兵第4連隊はイボウに向かい敗敵を追撃し、29日午前3時までにイボウ及びカンポンケパヤンを占領した。1月2日、師団司令部、第25軍司令部はイボウに進出した。
渡河後の作戦構想は第五師団を第一線として南進させ、近衛師団はゲマス方向に突進してクワラルンプール方面における退路を遮断するように使用する考えであった。
その後は、マレー西海岸をシンガポールに向けて猛進している近衛師団の航空支援を行ったが、イギリス軍機の活動はなおも活発であり、1月18日には菅原の司令部があるクアラルンプールも爆撃を受け、菅原は無事であったが、地上で数機の日本軍機が撃破され、死者3名を含む多数の死傷者が出た。
シンガポールのイギリス空軍には、1942年1月はじめに中東から新型戦闘機ホーカー ハリケーン2個中隊約50機が補充されており第3飛行集団の脅威となっていたが、1942年1月20日に、新鋭戦闘機ハリケーンと加藤率いる第64戦隊が初めて交戦。この空戦で隼は1機を失いつつも敵指揮官機を含むハリケーン3機を撃墜して完勝し、隼の優位性を実証している。その後もハリケーンは日本軍の空襲の迎撃に出撃するが、そのたびに損失が膨んで、イギリス軍のハリケーンへの期待は裏切られた格好となった。
そしてエンドウ沖で壊滅的な損害を被ったイギリス空軍に対して、第3飛行集団は爆撃機によりシンガポールのイギリス軍飛行場を連日攻撃し、たまらずマレー方面のイギリス空軍司令官ホッバム空軍大将やガルフォード空軍少将はシンガポールを脱出し、日本軍から撃墜撃破を逃れた残存機もジャワやスマトラ島に待避してしまった。