さまぁ〜ずの神ギ問
土曜ゴールデン時代からは、「疑問認定会議」に1〜2人、「答え解明会議」に3〜4人の毎回異なる芸能人がゲスト出演している。尚、「疑問認定会議」のゲストはさまぁ〜ずも含めて“認定員”名義で出演している。また、2018年以降の放送では、「疑問認定会議」に出演したゲストが続けて答え解明会議にも出演している。
金曜深夜・日曜時代は、毎週異なる女性芸能人が1人ゲスト出演していた。稀に、「疑問認定会議」「答え解明会議」にそれぞれ異なる2人がゲスト出演する場合があった。ただし、単発のゴールデンタイム・プライムタイムでの全国放送スペシャルでは男性芸能人もゲスト出演していた。
2018年4月21日には19:00 - 21:00に、『さまぁ〜ずの神ギ問 みんな大好きお金の疑問SP』と題した2時間の拡大版が放送されて、お金に関する疑問をメインとした内容で放送された。また、以後のレギュラー放送では、食・グルメに関する疑問などの毎回異なる一つのテーマにまつわる疑問を取り上げる内容で放送されている。
2018年5月12日より、番組公式TwitterでWEB限定新企画として、時間の関係上でテレビ放送に入れることができなかった未公開のグ問を不定期で配信されていた。さらに、フォロワーが調べてほしいと思ったグ問にはリツイートして、支持が最も多かったグ問は特別取材班がTwitter上で答えを解明されていた。
2018年9月1日の放送では、番組初の総集編が行われて、番組の最後には同年9月29日をもって番組が放送終了することが発表された。最終回は18:30 - 19:57に1時間半の拡大版で放送された。最終回では、通常と異なり「疑問認定会議」をフジテレビのリハーサル室で行われて、これまで番組に寄せられた全ての疑問が周囲に貼られており、その中からさまぁ〜ずの2人がピックアップしてどちらもリンゴを上げた場合は神ギ問と認定された。番組後半では、金曜深夜・日曜昼時代の未解決の神ギ問の「答え解明会議」が行われた。尚、ゲストは一切出演せず、レギュラーのさまぁ〜ずと宮司愛海アナウンサーのみの出演だった。これらにより、金曜深夜・日曜昼時代を含めて約3年間の放送の歴史に幕を下ろした。最後の回答は2016年5月7日に神ギ問認定された「『失うものがない人』と『守るべきものがある人』はどちらが本当は強いの?」。