ザクのバリエーション
右肩大型シールドと左肩接近戦用スパイクアーマーを撤去し、機体の装甲が薄いため、戦闘に向かないとする資料もあるようだが、一説には装甲は標準機と変わらずS型なみの戦闘力を有する、あるいは通常機に遜色はないとも言われ、定説を見ない。総生産数は100機近くと極めて少ない。
開発当初の型式番号は「RMS-06」だったが、ジオン軍の型式番号統一により「MS-06E」に改められている。
カラーリングについては、暗視塗装としての藍色や濃灰色以外にもエース機なみの目立った塗装を施すパイロットも見られ、熟練パイロットへのジオン軍の温情が垣間見られる。MS-06E-3 ザクフリッパーというマイナーチェンジ型も存在している。なお、近藤和久によるOVA『機動戦士ガンダム0080』のためのイメージイラストには、この派生型としてアイザックのように後頭部がレドーム状になったザクIIが描かれている。
一年戦争序盤におけるジオン軍の大勝の影の立役者ともいえ、連邦軍からの評価も高かったようで、終戦時に連邦軍によって接収される。一部の機体はグリプス戦役においてもコクピットの形状や偵察用の機材、スラスター類を最新のモノに更新・実戦投入されており、『機動戦士Ζガンダム』の第10話に月面で偵察活動を行うティターンズ所属の同機が描かれている。茶色に塗装されたこの機体はハイザック用のシールドも装備している。
『機動戦士ガンダム THE ORIGIN』の世界観を踏襲した漫画『機動戦士ガンダム THE ORIGIN MSD ククルス・ドアンの島』では、ザク以前に開発されたMSであるヴァッフに同様の装備をほどこしたヴァッフ強行偵察型が一年戦争以前に運用されている。
本機は最終的に三次にわたる大規模近代化改修で内部パーツの多くをハイザックのものと共有化、戦闘で失った下半身をハイザックのものへ換装、さらに旧式機でも扱えるようにしたため威力が通常のものより低いとはいえ大型ビームカノンを搭載したことによりフリッパー・カスタムと言える半ば別物にまでなっている。
漫画『機動戦士ガンダム アグレッサー』では、狙撃用MSとして運用される。タイタス中尉が「ゴースト」と名付けた本機に搭乗し、「ダークネス」と名付けたスクートに接合したヅダの135ミリ対艦ライフルを携行する。作戦時には前面にフリージーヤード(ゴッグが装備するゲル状の物質)による膜を展開、周囲に浮遊する岩石を貼り付け中央の穴からライフルの銃身だけを出して身を隠し、徹甲弾で狙撃する。「ダークネス」には近接戦闘用にアクト・ザクのブルパップ・ガンに似た火器を収納している。一年戦争末期にソロモンに向かう連邦軍第23独立艦隊を待ち伏せ、長距離から敵艦のブリッジを狙撃するが、チェイス・スカルガードのジム2機を犠牲にした策略によって特定の地点におびき寄せられる。チェイスの乗る武装したスペースポッドと一騎討ちの死闘を繰り広げ、最後はハンド・グレネードによって撃破される。