JR京都線
381系:特急「くろしお」として京都駅 - 新大阪駅間で、特急「こうのとり」として新大阪駅 - 大阪駅間で、特急「しなの」として京都駅 - 大阪駅間で運用されていた。 485・489系電車:特急「雷鳥」として京都駅 - 大阪駅間で運用されていた。 583系:急行(2012年3月 - 2013年1月まで臨時急行)「きたぐに」として京都駅 - 大阪駅間で運用されていた。 383系:特急「(ワイドビュー)しなの」として京都駅 - 大阪駅間で運用されていたが、運用区間の縮小で運行線区外となった。
「普通」は各駅に停車する列車であるが、ここではJR京都線内の全区間で「普通」として運転される列車について解説する(高槻以東のみ各駅に停車する列車については前節を参照)。国鉄時代の通称である京阪神緩行線(緩行電車)と呼ばれることがある。全区間で内側線を走行する。
日中から21時台までは1時間に8本運転されている。日中は8本とも高槻駅発着であるが、夕方ラッシュ時から21時台までは高槻駅・京都駅発着が4本ずつ運転されている。土曜・休日ダイヤの11・12時台では高槻駅・京都駅発着が4本ずつの運行である。大阪駅以西は半数がJR神戸線須磨・西明石方面、半数がJR宝塚線新三田方面(2020年3月14日のダイヤ改正より、概ね下り10 - 14時台・上り12 - 16時台は宝塚駅発着に短縮された)と直通する。
朝ラッシュ時以外は大阪駅 - 京都駅間で後続の快速より先着し、朝ラッシュ時も高槻駅 - 京都駅間は後続の快速より先着する。下りのJR宝塚線直通列車は東淀川駅 - 塚本駅間で新快速と並走し、新大阪駅・大阪駅でそれぞれ相互接続を行う(平日朝夕は相互接続を行わず別々のホームに発着)。
大阪発で平日ダイヤの朝7時台に琵琶湖線直通草津行きが1本設定されている。また、平日朝の高槻発2本はJR神戸線加古川行きとして運行されている。
快速は京都駅を越え琵琶湖線や一部は湖西線と直通し、大阪駅からは朝ラッシュ時の一部を除きJR神戸線へと直通している。JR宝塚線とは直通しない。JR京都線内の停車駅は京都駅・長岡京駅・高槻駅・茨木駅・新大阪駅・大阪駅。JR京都線の全区間を快速運転する列車は、下りは京都発基準で朝5時台から8時過ぎまでの15本(土曜・休日は5・6時台の6本)、上りは大阪発基準で朝5 - 7時台の6本(土曜・休日は5・6時台の4本)のみで、日中以降のJR京都線での快速運転区間は高槻駅 - 大阪駅間であり、京都駅 - 高槻駅間は各駅に停車する「普通」として運転している。2003年11月28日までは全区間で快速運転する列車に須磨駅・垂水駅・舞子駅を通過する設定があった。
平日朝は高槻駅→大阪駅間で外側線を走行しており、223系1000・2000番台と225系0番台・100番台を用いて130km/hで走行する。朝ラッシュ時間帯大阪方面行きはおおむね8分間隔の運転である。
大晦日深夜から元旦にかけて、JR京都線では全線(運転区間は京都駅 - JR神戸線西明石駅間)で普通のみ約30分間隔で終夜運転が実施されている。かつては奈良線にも乗り入れ、奈良駅 - (奈良線経由) - 京都駅 - 大阪駅 - 西明石駅間で運転されていたこともあったが、奈良線への乗り入れは1999年度限りで終了している。