末寺
本末制度成立以前においては、その寺院を創建した発起者(本願主)の意向や、創建あるいは再興した僧侶の所属する宗派・法流に基づく例が基本であったが、中には有力寺院が政治力(場合によっては軍事力や経済力)で周辺の中小寺院を屈服させて末寺化する場合もあった。
また、明治以前には神仏習合が行われていたことから、神社も末寺として扱われる場合もあった。極端な場合には他の宗派の寺院を強制的に末寺化する場合もあった。
従って、江戸時代以前の本末関係は非常に複雑である。宗派・法流の枠組みの中で本山が末寺の別当などの役職を補任するという後世に続く強い関係を有するものもあれば、末寺の荘園や布施などによる収入の一部を上納させて本山財政に寄与させる経済的つながりを主体とした関係もあり(特に他宗派寺院・神社を末寺とする場合には、従来の宗派を維持する保障として上納を求めた)、全くの形式的なものに留まる関係など様々であった。