普墺戦争
大ドイツ主義は多数派の理想ではあったものの、当然オーストリアが拒否した。オーストリアの掲げる中欧帝国構想を拒否しての小ドイツ主義は、精強な軍隊を持ち、ドイツでも一目置かれていたプロイセン王国が旗手となった。
過去にはナポレオン戦争やポーランド分割で協調体勢も見せていた両国だったが、プロイセンが首相オットー・フォン・ビスマルクの下、軍備増強の強硬な政策をとるに至り、オーストリアとの対立が表面化する。プロイセンは一旦はオーストリアに融和的な姿勢を示し、第二次シュレースヴィヒ=ホルシュタイン戦争(1864年)ではオーストリアと連合してデンマーク王国と戦い、シュレースヴィヒ=ホルシュタイン公国をプロイセン・オーストリア両国の共同管理とした。しかし、これはビスマルクの策略であった。プロイセンはやがてオーストリア管理地域に介入し、オーストリアを激怒させた。ここに普墺戦争が開始される。
19世紀後半、第二次産業革命の波はドイツにも流れ込んだ。しかし、小国分立で十分な経済圏が無い当時のドイツでは、重工業の健全な発展は不可能であった。
このままでは弱小な農業国から抜け出せないという焦りから、ドイツ民族の統一を求める民族主義が各地で高まったが、具体的な統一方法では意見が分かれた。特に、領土の広さだけで見れば、ドイツ本土全体に匹敵するほどの広大な領土を中東欧に持つ一方、ドイツ人地域(現在のオーストリアの版図に近い)を中枢とするとはいうものの、多数のスラヴ人・マジャール人を支配するオーストリア帝国を、統一ドイツに含めるか否かは大問題であった。
ドイツ民族以外を統一ドイツに入れるわけにはいかないという民族主義的意見、オーストリアを入れれば事実上他の地域は属国になってしまうという政治的意見、逆に現実的にはオーストリアには逆らえないという意見等があった。非ドイツ人地域を独立させてドイツ人地域オーストリアを入れる大ドイツ主義と、それを容認しない小ドイツ主義に、非ドイツ人地域もふくめた統一国家を目指す中欧帝国構想の3つの意見が分れ、それを政治的に利用する国が現れた。
オーストリアの大敗を見たフランスのナポレオン3世が戦争に介入しようとし、ビスマルクもそれ以上の深入りをするつもりはなく、休戦が成立した。1866年8月23日にプラハ条約が締結され、プロイセンはオーストリアに対して領土を要求せず、賠償金も2000万ターラーしか要求しなかったが、シュレースヴィヒ=ホルシュタイン公国全域とハノーファー王国、ヘッセン選帝侯国、ナッサウ公国、フランクフルト自由市(英語版)(現在のフランクフルト・アム・マイン)を領有してドイツ東西のプロイセン領の統合を達成し、オーストリアを統一ドイツから排除した。オーストリアは同年10月12日、イタリア王国と個別に講和条約(ウィーン条約)を結び、ヴェネト地方をイタリアに割譲した。ハノーファー王ゲオルク5世、ヘッセン選帝侯フリードリヒ・ヴィルヘルム1世、ナッサウ公アドルフ(後にルクセンブルク大公を継承)はこれにより廃位された。
プロイセンはこの後、北ドイツ連邦を結成してドイツ諸邦の盟主となり、普仏戦争(1870年 - 1871年)でフランスのナポレオン3世を破ってドイツ統一を実現することになる。一方、オーストリアは翌1867年にオーストリア=ハンガリーを成立させ、ドナウ河流域の統治に専念することになる。