茎葉体
蘚類の茎は3層の組織分化が見られ、最外層を表皮、その内側を皮層(ひそう、cortex)、中心に中心束(ちゅうしんそく、central strand;導束、conducting bundle)がある。ただし、中心束は発達しない種もある。中心束は水通導組織であり、ハイドローム(hydrome)とも呼ばれる。このハイドロームを構成する細胞は周辺よりも細胞壁が薄く、死細胞となっており、ハイドロイド(hydroid)と呼ばれる。スギゴケ類では水通導細胞は周囲の細胞より細胞壁が厚くなる。
茎の横断面は円形または楕円形である。表皮細胞のサイズは分類形質となる。
スギゴケ属 Polytrichum やニワスギゴケ属 Pogonatum などスギゴケ類の茎の構造はコケ植物の中で最も複雑である。ウマスギゴケ Polytrichum commune などの茎には水の通導を担う中央の中心束のほかに、有機物の通導を担うレプトーム(leptome)と呼ばれる栄養輸送組織がある。レプトームはレプトイド(leptoid)と呼ばれる栄養輸送細胞からなる。
茎葉体の分枝では、茎や枝の頂端細胞が切り出した細胞が分裂する際、どの時期に枝となる頂端細胞ができるかで型に分けられている。枝の起源が分裂初期にできる場合は頂生分枝(頂端分枝)といい、枝の付け根に襟を持たない無襟分枝である。対して、分裂中期以降にできる場合は側生分枝(介在分枝、節間分枝)という。側生分枝では茎の皮層や表皮に新たに枝の分裂組織ができることが多く、その場合枝の基部に茎の皮層や表皮などの組織からなる襟(えり)を持つ有襟分枝である。頂生分枝は必ず無襟分枝であるが、側生分枝は有襟分枝とは限らない。
分枝型は枝が茎のどこに位置しているかや始原細胞が何に由来するかによって異なる。位置は側面、腹面、背面につくことがあり、起源は、側葉、腹葉、茎の表皮、茎の皮層、茎の髄などのことがある。以下の分枝型が知られる。このうち、ヤスデゴケ型、ハネゴケ型、ムチゴケ型は多くの分類群に見られるが、その他はごく少数の分類群にのみみられる。
苔類では、その大半の種が属するウロコゴケ目(ツボミゴケ目)が茎葉体からなる。苔類において、分枝型が非常に重要な形質となる。