バハードゥル・シャー2世
デリーの反乱政府では、皇帝バハードゥル・シャー2世を名目上の君主とし、執行機関として兵士6人と一般人4人からなる「行政会議」が結成され(なお、行政会議はヒンドゥーとムスリムそれぞれ5人ずつからなっていた)、反乱軍総大将をバフト・ハーンに決定した。 行政会議はザミーンダーリー制を廃止し、実際の土地耕作者にその土地の権利を認めるなど、民主制に似た体制が樹立された。
イギリスが最も重視した地域は北部の3つの都市デリー、ラクナウ、カーンプルとマラーターが制圧した中部インドであった。8月にはまだ勢いがあった反乱軍も、シパーヒーら指揮官としての経験不足や、9月になるとその勢いを落とし、戦いを繰り返してもイギリス軍に敗れるようになった。やはり、イギリスとインド側反乱軍との間には圧倒的な軍事力・組織力の差があった。
そして、9月14日にイギリス軍はついに、ムガル帝国の首都デリーに総攻撃をかけ、激しい戦いが繰り広げられた(デリー包囲戦)。バハードゥル・シャー2世は包囲攻撃しているさなかヒンドゥー教徒とイスラーム教徒の協力関係の維持に尽力したが、もともと反乱には乗り気ではなかった彼はやがて降伏を決意した。
メーラトで反乱を起こしたシパーヒーらはデリーに向かい、翌11日にはデリーでシパーヒーや市民も呼応してイギリス人を追い出し、彼らを迎え入れた。シパーヒーはデリー城に入城したのち、ムガル帝国の皇帝バハードゥル・シャー2世を反乱軍の最高指導者として擁立し、ムガル帝国の統治復活を宣言した。
バハードゥル・シャー2世は反乱にあまり乗り気ではなかったが、彼らに身を委ねるほか選択肢はなかった。その夜、彼は「ヒンドゥスターンの皇帝」としてイギリスに宣戦布告する言文を発した。その文書にはこのように記されていた。
これを機に、イギリスの統治に不満をもっていたインド各地の農民、商工業者、シパーヒーらは蜂起し、反乱の中心地であるデリーを目指した。また、アワド藩王の一族、マラーター王国の宰相の養子ナーナー・サーヒブやその武将ターンティヤー・トーペー、ジャーンシー藩王国の王妃ラクシュミー・バーイー、ビハールの領主クンワール・シングら旧支配層も立ち上がった。