コナミコマンド
タイトル画面で入力するとミッキーの風船の色が変わり、ハードモードになる。
コナミコマンド自体は登場せず、町の住人の1人がコナミコマンドに対応していないことを悔しがっている。
タイトル画面で入力すると残機9+ステージセレクトになる。
攻略対象キャラクターを全てクリアした状態で主人公の姓・名・あだ名をそれぞれ漢字の「上上」・「下下」・「左右左右×」と入力するとパラメータ初期値が全て0、矢印の「↑↑」・「↓↓」・「←→←→×」と入力するとパラメータ初期値が全て999になる。
主人公のあだ名に「こなみまん」と入力すると、パラメータ初期値が全て573になる。
カラオケBOXでのデートの際、相手の女の子が登場した時に入力すると通常のデート会話の代わりにゲーム中の曲を用いたカラオケモードになる。この時に選べるのは2曲だが、曲目リスト表示時にもう一度入力すると選べる曲がPS版で4曲、SS版で6曲に増える。
デモ画面でシフトレバー、ハンドル、ペダルを使ってコナミコマンドを入力するとスタッフロールが表示される。この時流れる曲はサントラ未収録バージョンの「Meaning of the light」。
タイトル画面でPress Startが表示されている際に、コナミコマンドを入力するとゲーム中の回想シーンに登場する若い頃のAlexの服装が手に入る。
タイトル画面で上上下下左右左右BABAを入力すると残機数の初期値が9になり、上下左右BAを入力するとサウンドテストモードになる。
上上下下左右左右BA(クラシックコントローラー・ゲームキューブコントローラーの場合。Wiiリモコンでは上上下下左右左右12)でネタを獲得できる場所が2箇所ある。
1ステージ目か2ステージ目の選曲画面で4466373728(最後は左黄色→右黄色)と入れると効果音(『グラディウス』の決定音)が鳴り、これが隠し曲「グラディウス」の出現条件の一部となっていた。PS2版では前述のアナログコントローラによる別コマンドも有効(以下のPS2版作品でも同様)。
起動時のコナミロゴ中に入力すると、ボスラッシュモードでシモン・ベルモンド(初代と同じグラフィック、挙動)を操作可能。
連動企画「jubeat, GITADORA, DDRのTriple Journey」の2013年8月26日付けのお題として、総合リザルト画面の表示中にフットパネルを上上下下左右左右と入力後、モニタ側のボタンを左・右の順番で押すことにより「Chinese Snowy Dance」の解禁フラグが成立、次回プレー時に解禁されるようになっていた。
このお題においては、公式サイトのヒント画像も『グラディウス』のステージ1を模したものになっていた。なお、このイベントはコマンドの受付期間が9月2日5時までであり、実行した後は10月1日午前5時までにもう一度プレイすることで実際の解禁が行われる仕様だった。
旧作にはメニュー画面で入力すると、地方球場や、パワプロオリジナル球場が出る。サクセスの作成済み選手閲覧画面で入力すると、12球団の選手の詳細ステータスが見られる。
12球団の選手データが公開化および解禁システム変更により現行のシリーズ作品に採用していないが、『2022』の「パワフェス」モードにて、矢部明雄が「ヤベディウス」(作中におけるグラディウスにあたる)をプレイするイベントでコナミコマンドを入力すると、『パワプロクンポケット4』で登場する選手「皇帝(すめら みかど)」を仲間になることが可能。
タイトル画面時にコントローラー2で上上下下L1R1L2R2L3R3と押す(L3、R3は押し込む)と初期残機数が30機になる。しかし、クレジットを消費するかタイトル画面に戻るかで無効化される。
「コンスピラシー/Conspiracy」のアナウンスページ でコナミコマンドとエンターを入力すると、新カード「ダク・フェイデン/Dack Fayden」の画像が現れる。ズームアウトするとそのマナ・コストが判明する。