西園寺公望
5月に斉藤首相が辞意を固めると、斎藤は後継首相として岡田啓介海軍大将が適当であると西園寺に推薦した。この人選には牧野内大臣や湯浅宮内大臣も同意していたが、西園寺はもうすこし頑張ってほしいと伝えた。しかし7月3日、斉藤内閣は総辞職した。西園寺は当時体調を崩していたが、7月4日に上京し、内大臣および重臣と協議した結果、岡田が適当であると上奏した。
西園寺は中立的な立場を取ろうとしていたが、しだいに国粋派の憎悪を買うようになっていた。青年将校によるクーデターの対象にも加えられ、新聞には西園寺に対するテロ未遂事件が取り上げられるようになった。坐漁荘に派遣される警官も2名増員され、警備が強化されている最中、少年血盟団ともいうべき団体構成員が、短刀と斬奸状をもって坐漁荘を訪れ逮捕される事件も発生した。
一木枢密院議長が体調を崩し、岡田首相も天皇機関説問題などで窮地に立つ中、西園寺は二人を「死ぬまでやったらいいじゃないか」と激励している。機関説問題では西園寺も批判の対象となり、「元老重臣の大謀叛」という怪文書がまかれ、在郷軍人会の代表が坐漁荘を訪れる程であった。12月26日には牧野内大臣がとうとう辞任し、西園寺は後任に斎藤前首相を推薦した。岡田首相は近衛文麿が人心一新の点から好ましいと考えていたが、西園寺は首相を経験してからがよいと考えていた。
明治25年(1892年)10月からは賞勲局総裁と兼任で民法商法施行取調委員長、翌年には貴族院副議長、法典調査会副総裁となっている。以降、西園寺は公務でやむを得ない場合以外は調査会の会合に必ず出席し、あまり出席しなかった総裁の伊藤博文に代わり、実質的な総裁として民法や商法の審査に当たった。西園寺はこの中で戸主制度や隠居制度は封建時代の余習だとして廃止を提案している。
明治27年(1894年)には病気で辞任した井上毅の後任の文部大臣として、第2次伊藤内閣に初入閣を果たした。西園寺はいきすぎた日本中心主義を否定し、女子教育発展をもとめるなど、日本を西洋諸国のように開明進歩させる教育を唱えた。また翌明治28年(1895年)には親友の陸奥宗光外相が病気のため、外務大臣臨時代理をつとめ、乙未事変などの朝鮮半島問題への対応に当たった。明治29年(1896年)5月に陸奥が外相を辞任すると、西園寺は正式な外相となり、文部大臣と兼任したが、8月に伊藤内閣が倒れ、第2次松方内閣で数日間大臣を務めた後、両大臣を辞任した。11月には 法典調査会副総裁も辞任し、フランスへと旅立った。西園寺はフランスで教育制度や軍の内閣による統制などを研究するつもりであった。しかし、翌明治30年(1897年)に虫垂炎にかかって瀕死の状態となり、「自殺する権利すらある」と主張して皆が止める中日本に帰国した。
病がようやく癒え、明治31年(1898年)1月に第3次伊藤内閣が成立すると、ふたたび文部大臣となった。文相時代には第二次教育勅語の作成にあたったが、実現しないまま虫垂炎の後遺症を発病し、4月30日に辞任した。
しかし西園寺は次の選挙(第15回衆議院議員総選挙)のために中立的な内閣が必要であると考えており、貴族院を主体とした清浦内閣に一種の選挙管理内閣としての存在をもとめたためであった。しかし清浦内閣は超然主義的な政治運営を行ったため、各政党が反清浦で団結する第二次護憲運動を呼び込むこととなった。このため選挙での清浦派の敗北はあきらかであり、投票前日の大正13年(1924年)5月9日に清浦首相は辞意を伝えていた。
西園寺はこの選挙結果に「何処の国でも政府を握れば選挙干渉位はやるのが当り前のことだ、此政府ののろまさ加減、特に山本、床次、水野と来たら話にならないなあ」と言って笑った。西園寺は議会で多数派を握れないからといって清浦首相が辞任する必要はないとして清浦内閣の存続を促すような意見を伝えているが、これは護憲三派(憲政会、政友会、革新倶楽部)を団結させるために敵としての清浦首相が必要であると考えていたためであった。清浦内閣は選挙後も存続したが、護憲三派の結束を崩すことはできず6月7日に総辞職した。当時、後継首相は最大会派の憲政会総裁加藤高明となることは確定的であったが、一部には政友会総裁の高橋是清とあわせた二人に大命を降下させることも検討されていた。西園寺は加藤単独への大命降下を考えており、勅使徳川達孝侍従長に即答で加藤を奉答している。
1896年(明治29年)7月24日 - フランス共和国:レジオンドヌール勲章グラントフィシエ
昭和14年(1939年)2月以降、西園寺はたびたび体調を崩し、昭和15年(1940年)の夏には恒例となっていた御殿場の別荘への避暑も行わず、坐漁荘の居室に冷房設備を取り付けた。西園寺は死期を悟り、親しい人物に形見分けとして金銭を贈った。7月16日に米内内閣が崩壊し、後任に近衛が推薦される動きとなった。7月17日に西園寺のもとを内閣秘書官長石渡荘太郎が訪問して、同意が求められたが、西園寺は「この奉答だけは御免蒙りたい」として奉答を拒絶した。西園寺は「今頃、人気で政治をやろうなんて、そんな時代遅れな者じゃあ駄目だね」「踏みとどまってもやるだけの決心があるか」と近衛の資質に対して疑念を持っていた。第2次近衛内閣では反対し続けた日独伊三国同盟が成立し、「まあ馬鹿げたことだらけで、どうしてこんなことだろうと思うほど馬鹿げている」と嘆いている。
11月、西園寺は腎盂炎を発症し、それ自体は完治したものの11月24日午後9時54分に衰弱に耐えられず遂に薨去。享年92(満90歳没)。贈従一位。西園寺は「俺は死んでも坊主や神主の世話にはならぬ」として、国葬も辞退したい意向を持っていたが、結局日比谷公園で壮大な国葬が行われた。数万人が参加し、同日に公開された坐漁荘にも8000人の参観者が訪れた。墓所は多磨霊園に設けられ、東郷平八郎と向かい合うように建っている。