分島問題
その一方で先島諸島を清側に譲渡する案に関しては、清としては譲渡された場合、宮古列島と八重山列島は琉球人に返すべきと考えており、その案で行くしかないのではないかと日本側の主張に理解を示した。ところが李鴻章から会談内容の報告を受けた総理衙門は、宮古列島と八重山列島を清に譲る案に難色を示した。
4月4日の竹添進一郎と李鴻章の再交渉では、まず条約改正問題では日本人に内地通商を許せば、清の内政に悪影響を与え、そもそも琉球問題と条約改正は別問題でありリンクさせるべきではないと、改めて条約改正問題を交渉の俎上に乗せた日本側に対して強い不信感を示した。そして琉球問題に関しては3月26日の交渉時とは異なり、清はあくまで琉球王国の復活を求めており、琉球諸島南部を引き渡されたとしても清は受け取るわけにはいかないと伝えた。更に1879年8月11日付の駐日公使の何如璋からの書簡によれば、グラントと駐日アメリカ公使のビンガムが協議の上、清側に提示された分割案は琉球列島の二分割案では無くて、琉球の中部、沖縄本島とその周辺の島々に琉球王国を復活させ、北部(奄美諸島)を日本領、南部(宮古列島と八重山列島)を清領とするという三分割案であり、しかもこの案はグラントによる「公評」、すなわち仲裁裁判の判決案であると主張した。
グラントが二分割案、三分割案のいずれを提案したのか、そもそも具体的な分割案を示したことがあったのかどうかについては明らかになっていない。しかしこの李鴻章が三分割案がグラントによる仲裁裁判の判決案と主張したことは日本側に混乱をもたらすことになる。