独立リーグ連絡協議会
2010年7月9日、NPBコミッショナー事務局とJIBLAとの間で、NPBの自由契約選手と外国人選手のシーズン中のNPB移籍に関する合意が結ばれていたことが明らかになる。NPB側でシーズン中に獲得したい独立リーグのドラフト対象外選手がいた場合、NPB事務局とJIBLA事務局間で身分照会を行い、独立リーグ球団側が移籍させる意思がある場合、NPB球団に意向を伝え、以降は両球団の直接交渉となる、というもの。移籍期限はNPBの支配下登録期限と合わせ、7月31日である。この合意により、群馬ダイヤモンドペガサスのフランシスコ・カラバイヨ選手がオリックス・バファローズに移籍し、独立リーグからNPBへシーズン中に移籍した最初の事例となった。。のち、2013年に香川オリーブガイナーズからやはりオリックスに移籍したアレッサンドロ・マエストリが2例目となった。
2012年3月1日、NPB実行委員会は、NPB球団が保有する育成選手を四国アイランドリーグplusとベースボール・チャレンジ・リーグに派遣する制度を承認し、両リーグと派遣について合意した。具体的には、NPB側は1球団最大4人まで、独立リーグ側は1球団最大5人まで、派遣と受け入れが可能とされた。派遣期間はシーズン終了までだが、シーズン中の派遣または選手の入替も可能とし、給与はNPB側が負担する。派遣対象となる選手は当初入団2年目以降だったが、2013年度から外国人選手に限って1年目から派遣が認められることになった。この取り決めに基づき、2012年シーズンより、広島東洋カープの育成選手が四国アイランドリーグplusに派遣された。