山科本願寺
山科本願寺の跡地は20数回の発掘調査が行われているが、山科本願寺時代以前にも数多い遺構・遺物が発掘されており、山科本願寺やその周辺では古来より要所として発展していたようであるが、鎌倉時代以降は急速に遺跡が発見されなくなる。これは何らかの地形の変化があり、四ノ宮川と山科川によって形成された扇状地になり、水田開発が困難になったためとも推察されている。
寛正6年(1465年)、最初は大谷本願寺にあったが延暦寺宗徒の攻撃をうけ破壊されると(寛正の法難)、蓮如は越前吉崎御坊に移り、大谷本願寺の再建を願い京都に近いこの地を選んだのではと考えられている。
文明10年(1478年)に造営が開始され、「向所」「寝殿」「御影堂」、そして文明13年(1481年)の「阿弥陀堂」の落成をもって中心部「御本寺」が完成する。文明15年(1483年)には「内寺内」「外寺内」が完成する。延徳元年(1489年)山科本願寺の東側に蓮如の隠居の地となる南殿が造営される。
明応8年(1499年)3月25日、蓮如は85歳で没する。その後、第9世法主実如、第10世法主証如の時代に移っていくが、『戦国の堅城』には「山科本願寺が本格的に城郭化していったのは実如と証如の時代で、天文元年の焼き討ちに近い時代に完成されたのではないか」と記されている。