在庁官人
そのため、彼らは婚姻を通して複雑なネットワークを形成し、国司の施策が自らの意向にそぐわなければ、国司へ反抗することもしばしば見られた。特に東国では、有力者層の独自性が強く、在庁官人でありながら国司に逆らったり、武力紛争を起こしたりする者が多かった。また、在庁官人は、郡司・郷司・保司に任命されると、郡・郷・保の公領・公田を自らの所領として扱う傾向があった。中には、高級貴族・有力寺社(権門勢家)へ寄進する者さえいた。在庁官人には、在庁官人としての側面を持ちつつも、荘園の開発領主・荘官としての側面も併せ持つ者が少なくなかったのである。
こうして、平安中期以降(11世紀~12世紀)、在庁官人の多くは、在地領主として、そして武士として成長していくこととなる。その過程においては国衙と在庁官人層の出自母体たる田堵負名層の権益などを巡る経済的、軍事的緊張と、それによる武力紛争の多発が大きく関わっていた。在庁官人はあるときは田堵負名層の利益代表として反乱側に、またあるときは朝廷・国衙の権力を保証する戦士として田堵負名層を制圧する側に立ち、地域における実権を構築していったのである。その傾向は関東で特に強く、在地における国衙の目代や荘園の預所といった在庁官人を翻弄する権力の排除を志向する動きが鎌倉幕府の成立へとつながっていく。実際、鎌倉幕府の有力御家人の多くは在庁官人出身である。
鎌倉期に入っても、在庁官人を中心とした国衙行政は継続していった。しかし、鎌倉幕府が各地に配置した地頭は、在庁官人の支配範囲へ侵出していく。また、東国では多くの在庁官人が将軍と主従関係を結び御家人身分を獲得し、地頭にも任じられた。鎌倉中期の元寇を契機として、幕府権力が西国へも浸透していき、在庁官人による国衙行政は次第に弱まっていった。
室町期になると、守護に強力な権限が付与され、国衙は守護の支配下に置かれることとなった。国衙の権力は守護権力へと一元化され、国衙行政は消滅への道をたどった。そうなると、在庁官人という地位も存立基盤を失うこととなり、在庁官人は国人と呼ばれる階層へ移行していった。
国人となった在庁官人は、その多くが守護の被官に組み込まれ、在庁官人の管理していた国衙領は守護の支配する守護領へ再編成されていき、守護領国制の確立へとつながっていった。一方で、守護支配下に入ることを嫌い、独自性を持った国人として存続を図った旧在庁官人もいた。また、南北朝期の混乱に乗じて、在庁官人から守護へ成長した者(例:大内氏)もいたのである。