シグマ ハーモニクス
本作には、過去にさかのぼり殺人事件の手がかりを探していく「アドベンチャーパート」(以下、AVGパート)と、そこで調音査コマンドを使用して集めた手がかり(=刻音)をもとに推理を行う「推理」パートが存在する。刻音を使って超推理を完成させると各章のボスが出現し、そこに赴くことによってボス戦に移行。撃破すれば章クリアとなる。
法水麟を解き放った張本人であり、期せずして黒上家滅亡の歴史や多数の調律者が入り乱れる混乱を生み出した全ての元凶と言える。しかし調律者としての使命には極めて忠実であり、黒上シグマによる調律と言う目的を果たした後は自身の使命を完遂すべく大時計の元へ向かう。時の流れに逆らうシグマの意志を否定すべく巨大形態へと変貌し、生身のシグマとネオンを一蹴する。しかし最後はシグマの操縦するオルトゴールに敗北し、シグマとは最後まで相容れずも敗北は認め、潔く世界から「退場」した。 ♭ペンデュラム(フラットペンデュラム) 第VI楽章のボスであり、本作のラストボス。法水シグマがその有り余る力を存分に発揮する特殊形態。異形の時計に人型の上半身が付いたような姿で、両の腕は切り離して独自に行動させる事も可能。それまで対峙した逢魔とは比較にならない巨大さと、その外見に違わない凄まじい強さを誇り、生身とシグマとネオンでは全く歯が立たなかった。召喚されたオルトゴールとの最後の決戦を繰り広げるが、ラストバトルではその規模の違いを表すように、敵味方共に与えるダメージが通常時とは桁違いの数値となる。
声 - 小野大輔
本作の主人公。古くから続く使い人の一族、黒上家の次期頭首。17歳で、黒上家が経営する学園の学生でもある。黒上家の持つ力は「音使い」とされ、「逢魔」が歪めた時間軸を本来の流れに戻す「調律」の能力を持つ。戦闘では自らは戦わず、演奏と式札によってネオンに指示を出す。優等生である一方、普段は宿題を忘れたり遅刻を気にしなかったりとあまり良くない生活態度で勝手気ままに過ごしている。冷静沈着で大人びた性格だが、使い人として人々を助ける事に躊躇は無く、日々修行に励んでいる。趣味は読書。学園では「ネオンをドーナツで餌付けしている」と有名。
その正体は歴史の改変を修正すべく時が生み出す存在「調律者」の一人。「シグマ」とは調律者を指す言葉であり、本来は人名ではない。彼の場合は麟による「黒上家滅亡」の歴史を修正する為に、黒上ゆうをベースに生み出された。
メニュー画面から参照可能。本作の登場人物や設定についての解説が見られる。ほとんどの解説にはネオンの補足(個人的意見、感想含む)が付く。本作の設定の多くは本編では語られず、この用語集で詳しく解説される。ただし、ほとんどの項目には解禁条件が存在し、中には「超推理で最低ランクを出す」「調音査で特定の部分をタッチする」「隠しシナリオクリア後に本編の各章を再びクリアする」と言った条件もあるが、これらに対するヒントは作中には存在しない。
クリアしたイベントの再閲覧もここで行う。一度イベントを始めるとスキップ不可。
ディクソンの復讐に燃える逢魔人クリスティが引き起こした最後の事件。またしても食卓で起きた毒殺事件を皮切りに、次々と殺されていく黒上家の人々。麟は母とトランシーバーで連絡を取りつつ犯人を追うが、やがて自身も犯人の手に掛かる。その一方、ゆうの存在が時間軸から消失する現象が起こり、シグマとネオンを混乱させる。
この世界の本来の歴史とは、法水兄妹を標として逢魔が現世に溢れると言うものである。それを使い人達が歴史改変を行う事で平和な世界を作り上げた。法水シグマはこの世界を本来の姿に戻すべく生まれたが、彼が解き放った法水麟と逢魔人が更に過去を改竄して「黒上家滅亡の歴史」を作り上げてしまう。その過程で「ねねによるゆうの未来への時渡り」が発生し、月弓シグマが誕生。更にこの黒上家滅亡を修正する調律者のベースとして、未来への時渡りで不確かな存在となったゆうが選ばれてしまった為に、記憶を失ったイレギュラーな調律者・黒上シグマが誕生してしまう。これによって幾重もの歴史改竄と、複数の調律者を抱えた混沌とした状態に陥ったのが、本作の時空である。
物語冒頭でシグマ達が暮らしていた世界は、使い人によって改変された平和な世界である(正確にはシグマがゆうの記憶を元に、自身が存在できるように更に再構築した世界)。その後の突如変貌を遂げた世界は、法水麟と逢魔人によって黒上家が滅亡させられた世界。終盤でシグマが辿り着いた世界は、調律者である法水シグマが勝利しつつある事で本来の逢魔に滅ぼされた歴史に戻りかけている世界である。最終的に法水を倒したシグマによって再び平和な世界が紡がれ、シグマとネオンも新たな命としてその世界で生きて行く事となった。