海軍機関科問題
結局、1893年(明治26年)に機関学校が再設置され、教育課程は再分離された。
1894年(明治27年)の日清戦争において近代的な蒸気推進軍艦の戦闘を経験すると、機関官の役割の重要性が認識された。実績評価や機関学校生徒の募集に役立てる意図から、1896年(明治29年)には機関科士官を将校相当官から将校に変更することが検討された。この改正案は将官会議の内諾までは得られたものの、海軍軍令部が、大日本帝国憲法の規定する統帥権の行使は兵科士官の専権であり、機関科士官は従戦者にすぎないとの理由で反対したため、実現しなかった。そして、機関科士官が指揮権を一切有しないことは、1899年(明治32年)制定の内令22号「軍令承行に関する件」(軍令承行令の前身)によって明確化された。
その後も1897年のモリソン論文が紹介されたことや、アメリカ海軍の兵機一系化に刺激を受けて、機関科士官らが制度改正を求める活動が続いた。日露戦争では、旅順港閉塞作戦参加者の70%を機関科将兵からの志願者が占めるなど、機関科のさらなる活躍があった。日露戦争での活動が評価された結果、1906年(明治39年)には、機関科士官の呼称が兵科将校に準じた「機関大佐」などに変更され、最高位として機関中将が新設、軍服へのエグゼクティブ・カール(日本では「蛇の目」とも呼ばれた)の着装も認められた。しかし、軍令承行に関する改正は、あくまで将校相当官の機関官である以上は不可とされてしまった。
海軍機関科問題(かいぐんきかんかもんだい)とは、海軍の士官制度において、兵科の士官と機関科の士官に設けられた区別に関する対立のことである。19世紀前半の蒸気推進軍艦導入以降、海軍には動力装置を操作する機関要員が必要になったが、その幹部である機関科士官は、制度上で戦闘要員である兵科士官と区別されることがあった。指揮権の有無や階級制度、給与、養成課程など様々な面において異なった取り扱いがされていたが、軍艦における動力装置の重要度の高まりや機関科士官らの抗議などにより制度変更が行われた。教育制度を中心とした兵科・機関科の制度統合のことを兵機一系化(へいきいっけいか)ともいう。
1923年(大正12年)、機関局長の船橋善弥機関中将が退任に際して機関科制度改正を上申したのを受け、財部彪海相は、同年7月に教育の兵機一系化を審議する海軍教育制度調査会(委員長:岡田啓介海軍次官)を設置した。岡田次官は調査会設置に反対だったが、財部海相に押し切られる形で審議が始まった。偶然にも同年9月の関東大震災で横須賀の海軍機関学校が焼失し、江田島の海軍兵学校と同居することになったため、機関学校教官を中心に教育一系化の要求が高まった。
1924年(大正13年)4月、教育制度調査会は、教育一系化につき両論併記の形の報告を提出した。この報告書は、調査会の一員の平塚保機関局長を退席させて、兵科士官だけで最終決定してしまったものだった。その後、元帥・軍事参議官・艦隊司令長官らによる諮問会議が開かれたが、具体案には踏み込まないまま、兵機一系化は教育の能率低下を招くとの結論になった。教育制度調査会は秘密会議だったが、平塚機関局長を除外して行われた審議過程が大阪毎日新聞によって報じられ、機関科将校たちを憤慨させた。
大正デモクラシーの世相の中、一部の機関科将校は、さらなる改革を求めて水平運動を意識した議論を展開した。しかし、大正デモクラシーに危機感をもつ海軍には受け入れられなかった。この外部組織と結びついた運動は、海軍に非常に有害な影響を与えたとする評価もある。
1924年5月に、村上格一海相が教育の兵機一系化について議論を禁止する訓示を発し、論争に終止符を打とうとした。