MLH1
DNAミスマッチ修復に加えて、MLH1タンパク質は減数分裂時の乗換えにも関与している。MLH1はMLH3とヘテロ二量体を形成し、この複合体は卵母細胞の減数第二分裂中期の進行に必要であるようである。メスとオスのMLH1(-/-)変異体マウスは不妊であり、不妊はキアズマ(英語版)のレベルの低下と関係している。MLH1(-/-)変異体マウスの精子形成過程では染色体は通常より早く分離することが多く、減数第一分裂での停止が頻繁にみられる。ヒトでは、MLH1遺伝子の一般的な変異は精子の損傷と男性不妊のリスクの上昇と関係している。
MLH1タンパク質は、減数分裂中の染色体の乗換え部位に局在するようである。減数分裂時の組換えはDNAの二本鎖切断によって開始されることが多い。組換え時には、切断部のDNAの5'末端はresectionと呼ばれる過程で除去される。その後のstrand invasionの過程では、オーバーハングした3'末端は相同染色体のDNAに「侵入」し、Dループ(英語版)が形成される。
MLH1(MutL homolog 1)は、ヒトでは3番染色体(英語版)に位置するMLH1遺伝子によってコードされるタンパク質である。一般的に、遺伝性非ポリポーシス大腸がんと関係している。MLH1はマウスや出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeなど、他の生物でも研究が行われている。
その後2つの主要な過程のいずれかが起こり、乗換え型または非乗換え型の組換えが行われる(相同組換えを参照)。乗換え型の組換えはダブルホリデイジャンクション中間体の形成を伴う。乗換え型の組換えの完了にはホリデイジャンクションの解消が必要である。
出芽酵母では、マウスと同様、MLH1はMLH3とヘテロ二量体を形成する。減数分裂時の乗換えは、MLH1-MLH3ヘテロ二量体の作用によるホリデイジャンクションの解消が必要である。MLH1-MLH3ヘテロ二量体はエンドヌクレアーゼであり、スーパーコイルを形成した二本鎖DNAに一本鎖切断を形成する。MLH1-MLH3はホリデイジャンクションに特異的に結合し、減数分裂時にホリデイジャンクションのプロセシングを行う巨大複合体の一部として作用している可能性がある。MLH1-MLH3ヘテロ二量体(MutLγ)はEXO1、Sgs1(英語版)(BLM(英語版)のオルソログ)とともに解消過程を構成し、出芽酵母で乗換えの大部分を形成しする。哺乳類でも同様に機能すると考えられている。