大垣駅
※注記は「のりば」の備考を参照。
1番線 - JR東海 東海道本線:下り待避線
2番線 - JR東海 東海道本線:下り本線
3番線 - JR東海 美濃赤坂線:のりば
4番線 - JR東海 東海道本線:上り本線
5番線 - JR東海 東海道本線:上り待避線
6番線 - 樽見鉄道 樽見線:のりば
7番線 - 樽見鉄道 樽見線:のりば(ごく一部のみ)
■樽見線 大垣駅 (TR01) - 東大垣駅 (TR02)
11月1日:荷物の取り扱いを廃止。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、東海旅客鉄道の駅となる。
1992年(平成4年)5月30日:JR東海の改札口に自動改札機を設置
2006年(平成18年)11月25日:ICカード「TOICA」の利用が可能となる。
2009年(平成21年)9月19日:バリアフリー設備を備えた新しい南北自由通路が開通(愛称「水都ブリッジ)。
2012年(平成24年) 4月:旧発車ベルの使用停止。 9月16日:北口広場が全面完成。
2016年(平成28年)3月26日:1日3往復のJR西日本車(221系・223系・225系)の大垣乗入れが廃止。姫路方面への直通列車がなくなり、すべての下り普通列車が米原駅にて乗り換えとなった。また、「しなの」の大阪直通終了(当駅は通過)に伴い、当駅を経て米原駅以遠の東海道本線に直通する旅客列車は「ひだ」と「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」のみとなった。
2018年(平成30年)8月31日:駅ビル「アピオ」の営業を終了。
2019年(平成31年)4月25日:飲食店やコンビニ、ドラッグストアなどが入居する複合駅ビル「アスティ大垣」が開業。
養老鉄道は独立した地上駅舎を持つが、ホームは中間改札を挟んでつながっている。頭端式ホーム1面2線を有する地上駅で、桑名方面から揖斐方面へはスイッチバックとなる。だが渡り線が片方向であるため、1番線は桑名方面からの出入りしか対応していない。
ダイヤ上では当駅を跨いで直通運転する営業列車はなく、それぞれの方面へは乗り換えが必要である。また、出口付近には精算券の券売機がある。無人駅から乗車した場合はこの券売機で精算券を購入し、乗車駅で発行された乗車票と一緒に改札係員に渡して出場することになる。