菅直人内閣 (第2次改造)
福島第一原子力発電所の事故対応について、原子力の知識もあると自負する菅は陣頭指揮を執るという姿勢を示す。原子力災害対策特別措置法に基づく「原子力緊急事態宣言」と原子力災害対策本部の設置については、菅が「どこに根拠があるのか」と説明を求めたため、枝野官房長官や首相補佐官らが関係法令の確認作業に追われて政府の初動対応が遅れたと、海江田万里経済産業相が証言している。これに対し菅は国会事故調に参考人として招致された際、「もっと早ければという指摘は受け止めるが、首相官邸の対策室はすでに動いており結果的に支障はなかった」と釈明した。また現場が命がけの事故対応に追われている中、首相自らが事故現場視察を行うと発言。 菅は一貫して現場で事故対応の責任者となっている東京電力福島第一原子力発電所所長吉田昌郎との間に一定の信頼関係があり、官邸からの指示・命令を受けた吉田所長との連携により事故対応を官邸主導で行っていたと発言していた。だが、吉田所長は指揮系統が混乱する東京電力本社会議室ならびに官邸からの直接の指示・命令は可能な限り無視し続けたと証言。