無顎類
骨格が軟骨であるため19世紀の頃には同じように軟骨骨格を持つサメ・エイ、チョウザメと共に軟骨魚綱に入れられ、その中の円口目とされていたが、この2種類(並びに硬骨魚)とは違いがいくつもあったので分離され、円形の口を持つヤツメウナギの仲間とヌタウナギの仲間で脊索動物門脊椎動物亜門無顎上綱のように単一のグループとされた。しかし「顎を獲得していない」という共有祖先形質のみでまとめられた側系統群であり、無脊椎動物や(鳥類を除外した場合の)爬虫類などと同様、分岐学的には有効な分類名ではない。それでも、顎獲得に伴う大幅な形態の変化を記述する上での利便性から、この名称が用いられる機会は多い。「顎口類を除くすべての脊椎動物」という定義のため、例えば史上最古の魚類とされるミロクンミンギア(ハイコウイクティス)なども無顎類と見なされる。
無顎類のうちほとんどが絶滅種であるが、現在でも生息しているもの(ヌタウナギ類とヤツメウナギ類)に関しては円口類と呼ばれる。円口類の2つのグループに関しては、分子系統や詳細な形態解析から単系統の系統群をつくるとの説が一般的になってきている 。過去にはヤツメウナギと顎口類とを単系統としてまとめて「脊椎動物」と呼び、ヌタウナギをその外群とした説もあった。この場合、ヌタウナギと「脊椎動物」とをまとめて「有頭動物(Craniata)」と呼び、現在でもこの分類を採用している書籍などは少なくない。