IMRAD
概して、測定原理、装置構成、精度の妥当性の評価を行うことを目的とした論文以外の論文では、博士論文等のような大著の論文を除き装置構成そのものの説明、実験手順の説明およびその妥当性や装置構成の詳細、測定原理の妥当性については、軽く触れるにとどめるのが普通である。酷い場合は、1行程度の簡単な記述しかない場合もある。
このようになった原因の1つには、知的財産権に関する戦略や、二重投稿と解釈されることへの懸念などがある。論文に実験方法を詳しく書いた場合で、既に実験方法の妥当性を示すために提出した論文(理論や装置に関する論文)や、特許が存在した場合には、二重投稿と処断される可能性がある。また、論文に実験装置の構成について詳しく書きすぎると、実験の成功に関して必須でない部分に関しても装置構成に関する新規性が喪失されることになる場合があるなど、特許との兼ね合いの問題もある(詳細は次節で述べる)。最近では論文と特許は類似性の高いものを同一著者が同時期に提出したとしても二重投稿とはカウントせず、現実的な対応がとられるようになりつつある。
また、最近では、Methodやデータの省略が捏造の温床となったという反省から、電子版の論文には、本文とは別ファイルでSupporting Materialや、Supplemental Information等といった補足資料をオンライン上に公開し、実験方法や、実験結果の詳細を説明するケースも増えてきている。
DNAの溶液にいくつかの試薬を加えた試験管に対し 数分間の間に50°C〜90°C程度のレンジで規則的に温度昇降させればDNAが増えていくというだけである。ただし、その原理の理解や、最適条件や、阻害要因の考察等を行うことは、少なくとも学部3年相当の分子生物学の知識が必要で、装置の設計は熱工学的に極めて難しいとされる。
装置構成や実験手順のついては、論文自体にはっきりとした記述がなくても特許文献やカタログから情報を得ることができる場合もある。特許は、装置構成については近い時期に同一著者により別途特許文献が提出されている場合があるものの(下表参照)、論文に引用されない場合が多数なので調査時には注意が必要である。そのようになる理由の一つとしては、特許には権利書としての性格があり、裁判等で不利にならないような工夫をされている部分や、過去の判例等の影響を受けた記述の仕方をとることになるため、必ずしも科学的に正しいとはいえない記述が入り込む余地があり、よほどの場合を除き、論文の世界では「信頼性の高い文献」とはみなされない傾向があることによる。
「論文の内容が分からないから参考文献をあたり、参考文献の内容も分からないからさらにそこから別の参考文献をあたる」という悪循環、あるいは「分厚い総評から始め、1冊を読み終わるのに1年以上かかりそれまで何も出来ない」ということは往々にしてある。このようなことを回避するために初心者は、指導教官もしくは先輩が良い研究結果を出している研究室等で研究をスタートさせた方が良い結果を得られやすい。
山中伸弥教授のグループによる、マウスiPS細胞ヒトiPS細胞に関する論文は、Cell誌のWeb siteにて無償公開中である。
その他の入手経路としては、国立国会図書館のOPACから、論文の複写(紙媒体モノクロ印刷)への複写を有償で申し込むことができる(印刷費として1ページあたり数十円程度がかかり、送料が郵便代程度かかる)。また、所属機関(大学等)がサイトライセンスを契約している場合、所属機関の端末から読むことができる。
英語論文に対して、日本語での解説を加えたものとしては古くから多数の解説があるが、最近のものを数例紹介する。ライフサイエンス新着論文レビューに、英語で記載された原著論文の解説が記載されており、無償で閲覧できる(解説のみ)。また、どちらかというと文レベルの解説に重きを置いた文献ではあるが、半導体、化学分野については、斉藤のような文献がある。他にも、英語論文の解説をした文献としては、生物系だが英語論文セミナーシリーズなど様々な文献が販売されている。
最近では、IMARDとの対比をして、システマティックに読解していく方法を、具体的な論文を通じて科学技術英語徹底トレーニングシリーズのように、重要な論文1篇を挙げ、構造・構成の分析を実演してくれる教材も存在する。このシリーズは、ロボット工学、ライフサイエンスなどについて、具体的な英語論文1篇をあげ、IMRAD(形式)と、内容の対比を実践した教材となっている。
Yabusaki", "Yabusaki. M" 等)
姓と名の間にピリオドやカンマを打つか。
何を大文字にし、何を小文字にするか。
指名に貴族称(von,de等)や学位(Ph.D等)、資格(MD等)等をつけるか?
オーサーシップについては、今回の例では、以下のような設定で書かれている。著者の順位については一部の分野では単にABC順の場合もあるが、 通常は、記載された位置が研究への貢献度を示す。本例のように「記載された位置が研究への貢献度を示す」ような書き方の場合は、研究倫理の観点から様々な指摘が生じる場合がある 。著者の種類は概ね以下のように分類される。
ファーストオーサー:その論文の中の実験を主に行った人。今回は、薮崎さんと飛騨さんが共に第一著者という設定になっている。
ラストオーサー:研究全般に渡ってアドバイスを与えた人。実質的には研究室の教授等、その研究の予算を取ったり設備を揃えた人であったり、職位の高い人がなる。今回の設定では企業と大学の共同研究であり、壇地さん(企業の部長相当職という設定)、洞爺さんが(大学の教授という設定)の両方がこれにあたるという設定である。
コレスポンディングオーサー:その研究を発案した人。その研究の内容に責任を持つ人であり、論文に関する外部からの連絡のウインドウパーソンであり、論文の著者欄に連絡先のメールアドレスが書いてある人である。
モデルを調整するのに用いた実験パラメータの物理学的な意味を次元解析等を参考に解釈する。特に萌芽的な研究においては、「ある程度幅をもった実験結果でも取り込めるような体系を作り、実験でパラメータを抜き出し、外挿によって近縁の系に対して予測を立てる」という手法がよく採られる。
モデルは、いくつかの原理(物理法則や数理法則、経済法則等)から演繹的に作られる場合や、いくつかの実験法則をまぜた方法で構築される場合など様々な場合がある。実際の論文中で構築されたモデルそのものについて、例えば量子力学の古典的な論文中のモデルについては、江沢2002に外村彰の実験等を含む様々な有名な研究のモデルの核心となる部分が、演習問題として原著を引用した上で解説されている。また、初等的な微分方程式を用いたモデル化手法の解説が、例えばマルサスの人口モデル等を例にして、デビッド に記載されている。比較的簡単な数理モデルを実際にプログラムを組んで計算する方法自体については、例えば小高(C言語) 山田 (VB)吉村 (Excel VBA)等多数の書籍が存在する。
より、記述的なモデル構築手法としては、曲線あてはめ(非線形最小二乗法)がある。
「データをプロットしてみること」や、「理論的な考察」から、当てはまりのよさそうな曲線を考案する。
最小二乗法等を用いて、フィッティングパラメータを調整する。
誤差の評価
次元解析などから、フィッティングパラメータの持つ物理学的な意味を考察する。
例えば自由落下する物体Aの位置xと時刻tの関係を表す式は、モデル式としてとてもよいものであろう。
以下は、架空の研究について、Methods部分に実験プロトコールを記載した例である(例は架空の研究の架空の結果である)。なお、ここでは解説のために、表形式にして、文に番号を振っているが、現実の論文において本文が表形式になっているわけではない。