線路使用料
成田国際空港への線路を所有しているのは成田空港高速鉄道となっており、JR東日本成田線の成田線分岐点 - 成田空港駅間および京成電鉄本線・駒井野信号場 - 成田空港駅間は第二種として運営している。この区間の線路使用料は当初、JR東日本については年額26億円、京成電鉄については年額10億円とされていた。双方で線路使用料の計算方式が異なっており、JR東日本は自社で線路を整備して減価償却していくのと同様に次第に減額されていく枠組みであるのに対して、京成電鉄は開業後次第に旅客が増加するのに応じて増額されていく枠組みとなっている。
国鉄分割民営化当初、東海道・山陽・東北・上越の4新幹線は「新幹線鉄道保有機構」の所有とされ、東海旅客鉄道(JR東海)、西日本旅客鉄道(JR西日本)、東日本旅客鉄道(JR東日本)の3社は新幹線鉄道保有機構に対して線路使用料を支払って列車の運行を行っていた。機構は旧国鉄債務のうち約5兆7000億円(これに加えて約2兆9000億円を国鉄清算事業団に対して負担)を引き継ぎ、債務の30年元利均等返済に必要な額に管理経費を加えた額を輸送量や施設の価格に応じて3社に分割して線路使用料としていた。初年度ではJR東海4056億円、JR西日本1032億円、JR東日本1979億円であった。しかし貸付期間終了後のJRへの施設譲渡が有償か無償か定められていなかったこと、貸付料の配分が変動するため将来的な負担額が不確定であること、新幹線設備が自己資産ではないため減価償却費を計上できないことなどの問題があり、1991年10月1日付けで新幹線設備はJR3社に有償譲渡とされた。