蘇我氏
乙巳の変には、傍流である蘇我倉麻呂(蝦夷の弟)の子である蘇我倉山田石川麻呂は、中大兄皇子の協力者として関わっていた。石川麻呂はこの後に右大臣に任じられ、娘の乳娘を孝徳天皇の妃に、遠智娘と姪娘を中大兄皇子の妃にしている。また、石川麻呂の弟の蘇我赤兄も娘の常陸娘を中大兄皇子の妃としている。非蘇我氏系皇族が蘇我氏から何人もの后妃を入れているのは、新政を推進するに足る存在であることを支配者層に承認されるために、母方の親族として、伝統的かつ唯一の大臣家であった蘇我氏を選んだからである。石川麻呂自身は649年に冤罪で自害し、讒言した弟の蘇我日向も大宰府に左遷させられた(口封じとの説もある)。しかし、他の弟である蘇我赤兄と蘇我連子は、天智天皇の時代に大臣(赤兄は左大臣、連子ははっきりとは分からないが右大臣と推定されている)に任じられており、蘇我氏は一定の高い地位を保持し続けている。
連子は天智天皇の正式な即位を見ないまま死去し、赤兄ともう一人の弟である御史大夫の蘇我果安は壬申の乱で大友皇子側について敗れ、それぞれ流罪・自害となった。しかしその甥で連子の子である蘇我安麻呂は、天武天皇の信任が厚かったために蘇我氏の後を継ぎ、石川朝臣の姓氏を賜った。
乙巳の変や、蘇我田口川堀の「謀反(実際は誣告)」、蘇我倉山田石川麻呂の死、そして安麻呂が赤兄や果安とは異なり大海人皇子側についていたのは、蘇我氏内部の対立が原因であると考えられている。
このように、乙巳の変後も、倉麻呂の息子達がなお政治の中心的立場にとどまり、相次ぐ政争で衰退しながらもしばらくは蘇我氏(連子の系統)は続いた。