疾病管制署
1995年7月1日、台北市中正区林森南路6号に合同政府庁舎が落成。行政院保健局検疫総所、行政院衛生署衛生人員訓練中心、行政院衛生署麻酔薬品経理処が入居
1999年7月1日、「行政院衛生署疾病管制局組織条例」に従い、伝染病予防機能を統合し、新しい伝染病予防機能を構築。行政院衛生署防疫処、行政院衛生署予防医学研究所と行政院衛生署検疫総所が統合され、「行政院衛生署疾病管制局」が発足。
2013年6月19日、総統令により「衛生福利部疾病対策部組織法」が制定・公布され、 7月23日の行政院の省庁再編成に伴い、衛生署が衛生福利部へ、疾病対策局が衛生福利部疾病管制署に改組された。
張峰義 (2013年7月23日 - 2014年4月30日)
周志浩 (2014年5月1日 - 2014年6月16日)
郭旭崧 (2014年6月17日 - 2016年9月1日)
周志浩 (2016年9月2日 - 現任)