スーパーロボット大戦Scramble Commander the 2nd
ゲーム発売前に公式ブログの執筆者や各ゲーム系媒体の記者にゲームをプレイさせ、その体験談を公式サイトで公開した。公式ブログの執筆者からは、緑川光、置鮎龍太郎、水木一郎、各ゲーム系媒体からは週刊ファミ通編集部、ジーパラドットコム、ゲーマガ編集部、双葉社 攻略本制作班、電撃PlayStation編集部が参加している。
地球新暦74年。太平洋上に位置する南アタリア島近海の小島に未確認機が不時着。南アタリア島に本部を置く「A3」(Anti Alien Assembly;対異邦人議会)の防空隊に所属するケイジ・タチバナ少尉は、A3直属の特機部隊・獣戦機隊と共に現地に赴く。ケイジはそこで放置状態の人型機動兵器1機を発見する。そのとき、連邦軍の一派ティターンズが運用しているモビルスーツ・ハイザックの小隊が出現する。ケイジは上官に当たる獣戦機隊・藤原忍の命令で放置された人型機動兵器に乗り込み、獣戦機隊の特機ダンクーガと共にハイザック小隊を撃破する。 その後、ケイジが発見した機体「羽々斬」は、この世界の軍事バランスに重大な影響を与えるとされている「特機(特殊機動兵器)」であることが判明する。
A3は発足以降、特機を擁する研究機関と協力して侵略勢力と戦ってきた。それと並行して、10年前南アタリア島に落下した異星人のものと思われる巨大宇宙戦艦「マクロス」の調査・改修を進めてきた。人類勢力同士の争いには干渉せず中立の立場をとるA3であったが、オーバーテクノロジーの宝庫であるマクロスを事実上独占するA3に対し、他の有力な人類勢力、特に連邦軍のタカ派は敵意を隠そうとせず、度々南アタリア島に派兵するほどであった。
15年前の異次元勢力MUの出現以降、地球圏は様々な侵略勢力、また人類勢力同士の争いが続いていたが、製作元不明の特機「羽々斬」の発見を契機に、争いはさらに激しくなっていく。 その最中、ティターンズと戦っていたエゥーゴ・カラバがA3に対し同盟を持ちかける。