ミヤコタナゴ
よく似た種として同属のアブラボテ、ヤリタナゴがいる。アブラボテは本種に形態、生態とも類似するが、本種ほど湧水依存が強くないなど適応環境が幅広い感がある。また、アブラボテは西日本に分布する。ヤリタナゴは本種が幼魚の頃に酷似するが、成魚の本種はヤリタナゴより体高が高く、尾鰭が丸みを帯び、側線が不完全であり鰓蓋の後ろから胸鰭の上あたりまでしかないことで区別できる。