東京ドーム
日本ハムの本拠地ではなくなった2004年以降は、日本ハムも地方開催という形で継続して主催試合を開催しているほか、パシフィック・リーグの他球団も東京ドームで主催試合を行うようになった。日本ハム以外では、2004年に初めてオリックスが2試合、ダイエーが1試合の主催試合を東京ドームで開催したのを皮切りに、2005年と2007年から2009年にかけてはオリックスが2試合を、2010年から2019年までは楽天が毎年1試合を、ソフトバンクが2012年以降毎年1試合(2018年と2019年は2試合)を、ロッテが2016年と2018年・2019年に1試合を、西武が2018年に1試合を、それぞれ東京ドームで開催した。このように、パ・リーグの現存する6球団は全球団が主催試合の開催実績を持つ。
一方、巨人以外のセ・リーグ各球団については2010年代まで開催実績はなかったが、東京オリンピック・パラリンピック開催の関係でヤクルトとDeNAが2021年に初の主催試合を行ったほか、シーズン日程消化の兼ね合いから同年の日本シリーズの第3戦から第5戦(ヤクルト主催試合)も行われた(経緯の詳細は後述)。
なお、1952年に日本プロフェッショナル野球協約第38条によって制定された「プロ野球地域保護権」により、東京都の同権利を持たない球団が主催試合を開催する場合、権利を持つ読売ジャイアンツ・東京ヤクルトスワローズの両球団に予め承諾を得ることが前提条件となっている。
北海道日本ハムファイターズ
移転前年の2003年11月に東京ドームで開催された東京時代最後のファンフェスティバルで、今村純二球団社長(当時)が「移転後も、東京ドームで12から15試合を引き続き開催します」とファンの前で宣言した。
1988年(昭和63年)7月4日 - 日ハム対阪急戦で、ダラス・ウィリアムズ(阪急)の打球が天井に当たったが2階内野席に落ちたためファウル(特別ルール適用第1号)。 1990年(平成2年)6月5日 - ラルフ・ブライアント(近鉄)の打球が天井に当たったが二塁手が捕球してアウト(天井に当たった打球がフェアになった第1号)。東京ドーム初の認定本塁打はこの翌日に出ている(後述)。 2005年(平成17年)7月30日 - 巨人対中日戦で、通算350号本塁打まで残り1本に迫っていた江藤智(巨人)が本塁打性の特大飛球を放ったが、打球は屋根に当たりグラウンドに落下。中日の左翼手・英智に捕球され、350号は幻となった(通算350号は西武へ移籍した翌年4月15日に達成)。 2007年(平成19年)7月20日 - オールスターゲーム第1戦で、オールパシフィックの山﨑武司(楽天)が天井に当てている(結果はサードのファウルフライ)。 2010年(平成22年)7月3日 - 巨人対阪神戦で、クレイグ・ブラゼル(阪神)の打球が天井に2度当たりグラウンドに落下することなくそのまま右中間席中段へ入りホームランとなった。 打球が外野のフェア地域に設けられた懸垂物に当たった場合はホームランとなる(認定ホームラン、過去3例)。 1990年(平成2年)6月6日(1例目) - 日本ハム対近鉄戦で、ラルフ・ブライアント(近鉄)が角盈男(日本ハム)から記録。打った打球をセンター守備位置上にあるメインスピーカーに直撃させた(推定飛距離160メートル)。これをきっかけに、東京ドームはメインスピーカーに当てた認定ホームランを記録した選手に対してスピーカーの提供メーカーより賞金150万円を贈呈することにした。
ネット裏の放送席の配置は、三塁側から順に東京ケーブルネットワーク、ニッポン放送、ラジオ日本、テレビ朝日、NHK、日本テレビ、文化放送、TBSラジオ、6局共用ブース(北海道放送、CBCラジオ、ラジオNIKKEI、RKB毎日放送、朝日放送ラジオ、MBSラジオ)となっている。
6社共同ブースは、ラジオNIKKEIは日本短波放送時代に後楽園球場からプロ野球中継を行っていた名残で使用権を持っているが、2021年現在は中継の制作を行っていない。北海道放送とRKB毎日放送は交流戦の巨人主催試合、あるいは日本ハム・ソフトバンクの主催またはビジターのパ・リーグ公式戦で(2017年以前はTBSラジオの、2018年以降の平日は文化放送の、週末はニッポン放送のブースを借りる場合もある)、CBCラジオは巨人主催試合を聴取率調査期間中や一部週末デーゲームに自社制作する時に使う程度である(後者の場合は2017年まではTBSラジオの、2018年以降はRFラジオ日本のブースを借りることもある)。
東京ドームは後楽園競輪場跡地に建てられており、将来の後楽園競輪復活も視野に入れているため、グラウンド地下には一周400メートルのバンク(競走路)が格納されている。かつては「サイクルスポーツフェスティバル」と題して、模擬競輪など競輪・自転車競技に関するイベントが行われたが、同イベントは2008年を最後に開催が途絶えている。
世界選手権自転車競技大会とオリンピックは走路の周長と設備面から、現状は国際自転車競技連盟の特別承認を得ないと開催できない。東京オリンピックの自転車競技トラックレースは伊豆ベロドロームにて行われた。