熊本電気鉄道菊池線
3ドア車の01形、03形が使用される(終日1編成のみ)。2016年2月14日までは5000形、2019年7月30日までは200形も使用されていた。

6000形、1000形は上熊本-北熊本間での営業運行実績がない。
全列車とも終日2両固定編成での運用である。
藤崎宮前 - 北熊本 - 御代志間はかつて5000形が主力だった1995年11月頃までは500形と共に朝夕ラッシュ時2両編成、日中1両で運行され、北熊本駅で車両の増結・分割も行われていた。しかし、1995年12月以降に6000形が入線してからは5000形も夏休み期間や正月を除いて終日2両固定編成での運用が多くなり、2000年には完全に6000形に置き換えられて定期列車の北熊本駅での増結・分割が廃止された。
熊本電気鉄道の項にあるように同社では将来は菊池線を改軌・LRT化して熊本市電と乗り入れを行う構想を計画・提案している。これを受けて熊本県・熊本市・合志市は電鉄案のほか、市電の藤崎宮前までの延長と同一ホーム乗り換えという形も含め、検討委員会を設けて事業計画の策定を行うことが2007年3月に決定した。この計画の中で熊本電鉄は、実現の際には廃線後も同社が保有している御代志 - 大池間の敷地を用い、車両基地の整備と、旧大池駅のそばにある熊本県農業公園(菊池までの区間が廃止された後の1991年に開設)までの路線を延長する計画を表明している。