奈良井駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅。木造駅舎を有する。木曽平沢方単線、薮原方複線の交換可能駅でもある。留置線、跨線橋を有する。跨線橋が設置される前はホームの南端と駅舎の間に構内踏切があったが、現在もその名残がある。
駅舎は開業当時からの木造で、宿場町の雰囲気に合うよう所々手を入れている。木曽福島駅管理の簡易委託駅である。
旧中山道の鳥居峠越えを控え(藪原間の鳥居トンネル)、JR東海の駅では934mと最も標高が高い駅である。