木曽馬
中型馬であり、平均体高(肩までの高さ)は雌で133cm、雄で136cm。体重350kg-420kg。西洋種との交雑が少なかった地域ほど体高が低い傾向がある。改良前の明治期に比べるとまだ大きめだが、戻し交配によりだいぶ小さなサイズに戻ってきている。
鰻線がある。改良により鰻線を持つ個体は減ったが純系は今でも鰻線が見られることが多い。
短足胴長であり、体幅が広い。
性格はおとなしいと言われているが、気性の激しい馬も多い。元々温和な品種だったが西洋種との交雑で気性が変わったとも言われている。
山間部で飼育されていた為、足腰が強く、頑強である。
後肢がX状になっている。また、蹄は外向姿勢である。そのため横への踏ん張りが効き、山の斜面の移動も苦にしない。
純系は蹄が堅く農耕に使役する程度なら蹄鉄を打たなくてもよいが、西洋種との交雑によって生まれた非純系である木曽系ではかつての堅牢な蹄が失われたとされる。
木曽馬は本来先天的な側対歩だったとされるが、信州大学が過去に行った研究によると純系に近いほど側対歩の傾向を示し、外国種の血が入った木曽系(例:ノルマン系が入った種牡馬の朝日号)になるとサラブレッドなどと同じ通常の歩様(斜対歩)を示した。なお現在では側対歩ができる木曽馬はいなくなっているという。
草のみでも飼育可能。木曽馬の盲腸の長さは洋種馬に比べ30cm程長く、太さも2倍ほどあるため。
毛色は現在鹿毛が多い。頭数が減ってから種牡馬となった個体が鹿毛だったことが影響している。