新大村駅
単式ホーム1面1線を有する地上駅。
新幹線と大村線の改札口は別で、新幹線は自動改札機であるのに対し、大村線は改札がなく無人駅扱いである。乗換改札口がないため、新幹線と大村線の乗り換えの際は一旦改札口から出ることになるが、途中下車不可のきっぷであっても特例で改札口から出ることができる。大村線側は1駅早岐寄りの竹松駅までSUGOCA長崎エリアに含まれるため、簡易改札機が設置されている。