鰓曳動物
かつて、偽体腔を持つ前口動物は袋形動物門にまとめられており、線形動物や内肛動物などとともに、鰓曳動物も袋形動物門の1綱とされていた。しかし、袋形動物が単系統群ではないと考えられるようになったため、この門は使われなくなり、それぞれの綱は独立の門とされるようになった。鰓曳動物も同様で、独立の鰓曳動物門を構成するとみなされている。
分子系統学の研究から、前口動物は脱皮動物と冠輪動物の2つの系統群に分かれることが有力視されているが、鰓曳動物は脱皮動物に含まれると考えられている。脱皮動物はその名の通り脱皮をすることが特徴で、鰓曳動物もそうである。脱皮動物のなかでは、鰓曳動物は動吻動物、胴甲動物と近縁と考えられており、この3群を併せて頭吻動物(または有棘動物(英語版))にまとめることが提案されている。頭吻動物は、体表に花状器官と呼ばれる微小な構造を持つという形質を共有する。