ナポリ統連合軍司令部
当初、南部欧州連合軍は地中海戦域における2つある主要指揮命令系統のうちの一つで、他には地中海海域における海軍作戦に責任を持つ地中海連合軍がマルタに置かれていた。
1951年6月19日にアメリカ海軍のロバート・カーニー海軍大将が南部欧州連合軍司令官に着任する。地中海連合軍は1953年まで稼動しなかった。遅延の原因は米英両国間での指揮権をめぐる問題にあり、これはスエズ運河を経由して地中海に至る伝統的な海上交通路(シーレーン)の保持をイギリスが望んだ点にある。
イギリス海軍地中海艦隊の縮減とフランスの軍事機構からの脱退問題は司令部組織の再編成の必要性を強いた。1967年6月5日に地中海連合軍は解散され、ナポリに司令部施設を移設し全ての機能は南部欧州連合軍に移管された。南部欧州連合軍司令長官にはアメリカ海軍将官が常に就任しており、またアメリカ海軍在欧州海軍部隊司令官を兼務していた。
1992年から南部欧州連合軍はバルカン半島の諸紛争に介入してゆく。最初は国際連合主導の武器禁輸措置に伴う海上作戦であるマリタイム・モニター作戦が1992年7月がら開始された。