ナリタブライアン
この問題に対処するために、大久保はローテーションの間隔を詰めて多くのレースに出走させることによって同馬のエネルギーを発散させ興奮を和らげようとした。ただしこの傾向は栗東トレーニングセンター内においてのみ表れた症状であり、のちにナリタブライアンが股関節炎を発症し早田牧場で休養していたときは大人しく、様子を見るために訪れた大久保が「牧場ではこんなに穏やかで優しい目をしているのか」と言ったほどであった。
2つ目の問題は生来臆病な性格であったために疾走中に自分の影を怖がり、レースにおいて走りに集中することができなかったことである。この問題はシャドーロールを装着させて下方の視界を遮ることによって解決され、初めてシャドーロールが装着された京都3歳ステークス以降のレースでは競馬評論家の大川慶次郎が「精神力のサラブレッド」と評するほどの優れた集中力を発揮するようになった。江面弘也はナリタブライアンがシャドーロールを装着するに至った経緯について、大久保の父である亀治がかつて管理していたパッシングゴールが鼻にシャドーロールを装着してから成績が安定したことを思い出したからだと述べている。
もっともシャドーロール装着以前からナリタブライアンの関係者は同馬の素質を高く評価しており、大久保や南井は同馬が敗れたレースにおいてもその素質を賞賛するコメントを残した(ナリタブライアンの関係者による評価を参照)。
Perignon(G2ライトフィンガーズS、3着-Glフライトステークス)
オールアズワン(札幌2歳ステークス)
マイネルハニー(チャレンジカップ)
Hollyweird(3着-G3サラブレッドクラブS)
フィオーレハーバー(菊水賞、園田ジュニアカップ、園田ユースカップ)
マルヨスーパーラブ(オッズパーク・ファンセレクションin笠松)
メジャーサイレンス(桃花賞)
Confident(5勝)
マイネヴィータ - 札幌2歳ステークス2着、フラワーカップ2着、阪神ジュベナイルフィリーズ5着
ダイタクフラッグ - 毎日杯2着、皐月賞4着(クラシック三冠競走すべてに出走した唯一の産駒)
ブライアンズレター - 中央競馬36戦7勝(松籟ステークス、御堂筋ステークスなど)、地方競馬7戦5勝。中央競馬の古馬オープンクラスに進んだ唯一の産駒。また、産駒の中央競馬での最後の勝利を挙げている(2006年2月25日、阪神10R)。ちなみに、最初に種付けされた産駒(出産は最初ではない)である。
クラシック二冠を達成した。レース後、野平祐二はナリタブライアンを自身が管理したシンボリルドルフと比較し、「これからいろいろあるだろうが、現時点ではブライアンが上かな」と評した。ただし野平は股関節炎を発症したあとのナリタブライアンのレースを見て、「ルドルフを超えたかな、と思ったときもありました」「あらためて、シンボリルドルフという馬の真価が、わかるような気がします」と評価を改めている(レースに関する詳細については第61回東京優駿を参照)。
東京優駿の後、夏場は札幌・函館の両競馬場において調整された。これは避暑を行うとともに厩舎スタッフが直接調整を行うための措置であった。通常、出走予定のない競走馬に両競馬場内の馬房が与えられることはないが、ナリタブライアンの実績が考慮され、特例で許可された。9月4日の昼休みには函館競馬場内のパドックにおいてファンへの披露が行われた。北海道に滞在中、ナリタブライアンは大久保が「一時は菊花賞を回避することも考えた」と振り返るほど夏負けにより体調を崩し、調整に大幅な遅れが生じた。
ナリタブライアンの秋初戦には菊花賞トライアル競走の京都新聞杯が選択された。ナリタブライアンは単勝支持率77.8%、単勝オッズ1.0倍の圧倒的1番人気に支持されたが、北海道から栗東トレーニングセンターへ戻ったあと、それほど強い調教が課されていなかったことから体調面を懸念する声もあり、「ナリタブライアンが負けるとすればこのレース」とも言われた。