聖アグネス教会
京都地域では、1889年以来米国聖公会出身の宣教師(ジョン・マキム)らにより聖公会(日本聖公会)の積極的な布教活動が行われた。1895年には、大阪市川口居留地にあったSt. Agnes' School (照暗女学校)が京都に移転し、「平安女学院」として開校した。
1898年、日本聖公会京都地方部(現在の京都教区)の大聖堂としてこの聖堂は竣工した。献堂時に名付けられた名称は「聖三一大聖堂」であった。京都聖三一教会に属する聖堂であり、また平安女学院の礼拝堂として使用された。
なお竣工直後の平安女学院の学院日誌には、「塔の紋が菊と紛らわしいので取り替えるよう警察から指示をうけた」という内容の記述が残っている。
1923年に平安女学院生徒・教職員による教会組織として「聖アグネス教会」が組織された。その後しばらく、京都聖三一教会の会衆と聖アグネス教会の会衆がこの聖堂をともに用いることとなった。1930年、京都聖三一教会が中京区聚楽廻中町に新たに聖堂を建設して移転したことにより、この聖堂は聖アグネス教会が受け継いだ(これにより、この聖堂は「聖アグネス教会聖堂」の名で呼ばれている)。
第二次世界大戦中には軍需資材の置場として使用されたこともあるが、礼拝は続けられた。