1809年オーストリア戦役
ダヴーは問題に気づき、2000名の守備隊を残してレーゲンスブルクから彼の軍団を撤退させた。ケールハイムとバート・アプバッハの間を北上するオーストリアの隊列は、19日の早朝にノイシュタット・アン・デア・ドナウに向かい西に進んでいるフランスの4つの隊列と遭遇した。オーストリアの攻撃は緩やかでまとまりが無く、熟練のフランスの第3軍団に速やかに撃退された。ナポレオンはダヴーの防御している地点で戦闘が行われている事を理解しており、既にダヴーがオーストリア軍を撃退するための新たな戦略を考案していた。一方オーストリア軍は北のマッセナの軍団も攻撃した。マッセナは全オーストリア軍の戦線を包囲し、ダヴーへの攻撃を緩和するために南西のフライジングとランツフートを攻撃した。マッセナの軍団には後にニコラ・ウディノの軍も加わった。ナポレオンは別働隊がオーストリアの後方を掃討する間、ダヴーとルフェーヴルを合わせた軍団によってオーストリア軍を釘付けできる自信があった。
フランスの攻撃が始まると中央のオーストリア第5軍団はアーベンスベルクの戦い(英語版)で敗北し、フランスが進軍するための道を引き渡した。しかしナポレオンはこの時誤った仮説を元に動いていたため、目標を達成させる事が困難だった。
フランスはオーストリアを完全に破ったわけではなかったが、1809年10月14日、シェーンブルンの和約が締結され、オーストリアは対仏大同盟から離脱し、第五次対仏大同盟は崩壊した。この和約の結果フランスはコロシュカ地方、カルニオラ、アドリア海の港を獲得し、ワルシャワ公国はガリツィアを与えられ、バイエルン王国はチロルのザルツブルクを得て、ロシアはテルノーピリ地方を割譲によって手に入れた。オーストリアは全人口の20%に当たる300万人の人口を失った。フランツ1世は賠償金として8500万フランを支払い、ナポレオンの兄のジョゼフをスペインの王として承認し、大陸封鎖令の遵守する事に同意した。オーストリアの敗北によってフランツ1世の娘マリア・ルイーザはナポレオンと婚約した。危険な事にナポレオンはマリア・ルイーザとの婚約でオーストリアが将来の脅威となる可能性を排除出来ると考えていた。しかしこの婚約はナポレオンの考えているようにハプスブルク家と家族の結束を持つことはなかった。
これらの戦いの結果、1811年のフランス帝国はオランダ、ハンブルク、ローマなどを併合し、人口4400万人、面積75万平方kmに達し、130県から構成される大帝国を形成した。この頃のナポレオンの覇権はフランス帝国だけに留まらず、支配下のイタリア王国、兄ジョゼフ・ボナパルトが王位にあるスペイン、弟ジェローム・ボナパルトが王位にあるヴェストファーレン王国、義弟のミュラが王位にあるナポリ、同盟国のスイス連邦、ライン同盟、ワルシャワ公国に及んだ。
この戦いによる影響は全てがフランスにとって良いものではなかった。この戦争の間にチロルとヴェストファーレン王国で反乱が発生した事は、ドイツ人の間でフランス支配への不満が高まっている事を示していた。
ナポレオンは1809年の冬のスペイン戦役から丁度パリに戻ってきた時で、南ドイツのフランスの方面司令官のベルティエに今後形成されうる戦線への部隊の展開と集結の計画を教授していた。彼の概案では次の戦役は1805年と同様にドナウ川が主戦場になり、北イタリアに侵攻してくるオーストリア軍はマルモンとボアルネの軍によって拘束されると予想していた。オーストリアの主軍はドナウ川の北から攻撃してくるとナポレオンは考えていたが、この判断は誤っていた。3月30日、ナポレオンはベルティエに手紙を書き、その中でレーゲンスブルク近辺に140,000名の兵を集結させる意図を説明した。レーゲンスブルクはオーストリアの攻撃を予定している場所から遠く北に位置していた。ナポレオンのベルティエへの命令はオーストリアの攻勢が4月15日より早く開始される事はないという仮説に基づいていた。これらのオーストリアの作戦に対する誤解によって、フランス軍は戦闘開始時に部隊を適切に展開できなかった。当時フランス軍の主力は半島戦争に参加していたものの、オーストリア方面のフランス軍と同盟軍は18万に達した。しかしこれら部隊の半数がオランダ、ドイツ、ポーランドの外国兵であった。