全日本自治団体労働組合
2001年の第19回参議院議員通常選挙では、自治労組織内候補の民主党・朝日俊弘の比例区での個人得票が約21万票、2004年の第20回参議院議員通常選挙では、同じく組織内候補の民主党・高嶋良充の比例区での個人得票が約17万票にとどまるなど、その集票力に陰りが見えたとも言われたが、2007年の第21回参議院議員通常選挙では中央執行委員(組織局次長)の相原久美子が約50万票を獲得し、民主党の比例代表候補者の個人得票としては、第1位となった。しかし、2010年の第22回参議院議員通常選挙で、高嶋良充の後継となった特別執行委員の江崎孝の得票は約13万票であり、前回参院選の得票から大きく減らす結果となった。
13県本部は引き続き社民党から組織内候補を擁立し、又市征治と吉田忠智が安定して15万票前後の得票を獲得している。吉田は社民党そのものの党勢後退により第24回参議院議員通常選挙で落選したが、第25回参議院議員通常選挙では又市の後継候補として国政復帰している。
2017年10月に民進党が事実上分裂する形で立憲民主党および希望の党が結成されると、連合傘下の産別組織では最初に立憲民主党への支持を明確化し、組織内議員の1人である江崎も2017年12月に立憲民主党に移籍した。立憲民主党として初めて挑んだ第25回参議院議員通常選挙では岸真紀子が約15万票を獲得し、立憲民主党比例名簿1位となった。
2000年代からは、同じ自治体関連労組との組織統合が始まり、2002年9月5日には公営競技の組合である全国競走労働組合と、2006年1月1日には合同労働組合である全国一般労働組合と組織統合を果たした。
2001年には日本都市交通労働組合(都市交)、全日本水道労働組合(全水道)との組織統合の話が持ち上がった。自治労・都市交・全水道の三単産は2006年4月14日に地公三単産組織統合準備会を発足させ、完全な統合をめざし、過渡的な連合体として、2007年秋に地域公共サービス労働組合連合会(地域公共連合)を発足させた。これにあわせ、連合への加盟形態も、地域公共連合に変更した。2008年5月には石川県輪島市で開かれた中央委員会において、三単産の統合に伴い、自治労の名称変更をも視野に入れた基本方針が、執行部から提案され可決された。 しかし、2009年5月に組織統合は断念された。その後、地域公共連合は解散し、連合の加盟単位も、それぞれの自治労、全水道、都市交に戻した。 その後協議を進め、2013年1月の臨時大会で、都市交との組織統合に向けた内部合意をとりつけ、6月1日に都市交と組織統合を果たした。
自治労は、組織拡大に積極的に挑戦し、非正規労働が社会問題化する直前の2005年から自治体の臨時・非常勤職員の組合員化を組織拡大の前面に立てている。しかし、1999年から2006年までのいわゆる「平成の大合併」による地方公務員数の抑制、行革による自治体の外郭団体や委託先事業の整理などが響き、組合員数の減少が続いている。