パラサイト・イヴ2
年齢:27歳
主人公。誕生日は11月20日。髪型はショートヘアに変わった。前作(3年前)の時点で勤めていたN.Y.P.D.(ニューヨーク市警)を同僚への配慮から辞め、現在はM.I.S.T.のN.M.C.ハンターとしてFBIに勤務している。3年前の事件の際、覚醒させられているミトコンドリアを抱え込んでいる影響で、その美貌は全く衰えを見せていないが、本人はそのことに虚しさを憶えている。マンハッタン島封鎖事件において我が身に降りかかった宿命にショックを受け、それ以来その傷を引きずって生きている。前作では勝気な性格だったが、ミトコンドリアの暴走を恐れ感情を抑えつけているため、冷静になっており、周りからは物静かな女性と思われている。
アヤのシャワーシーンはゲーム書籍でも話題にされるシーンとして評価されている。
作中に登場する、架空のコンピュータ・ウィルスの名称。
合衆国大統領直属部隊所属の少尉。ネヴァダ研究所を制圧するために送り込まれた部隊の指揮官。任務一辺倒というわけではなく、アヤにも協力的な人物。なお、階級は少尉だが、大統領直属の部隊を指揮する立場から、四軍における少佐と同程度の権限を与えられている。
1997年クリスマス・イヴから六日間にわたって起きた、ニューヨーク州マンハッタン島を舞台とする、最初にして最大のネオ・ミトコンドリア関連事件。幼くして亡くなったアヤの姉―マヤ-にまつわるストーリーで、ネオ・ミトコンドリアの覚醒と反乱が描かれた。
『ファイナルファンタジーVIII』に登場する架空の武器。ただし、同作品に登場するものとはデザインや機能が異なる。本作においては、“No.9”が愛用する武器として、あるいは2周目以降に獲得できる特別な武器として登場する。