普遍史
普遍史こそ真理と考えていた中世ヨーロッパ人にとって、この新大陸とそこに生きる人類は、彼らの世界観を根底から揺るがした。現実の存在を無視することは叶わず、地理学者のゲラルドゥス・メルカトルも「新インド(アメリカ)とアジアは異なる大陸」という言葉を沿え、1569年に初のメルカトル図法による世界地図を作成した。
では、このアメリカ大陸とそこに住む人類(アメリカ先住民、インディオ、インディアン)は何者なのか。アウグスティヌスは人間を「理性的で死すべき動物」と定義しているが、ここで言う理性とはキリスト教を受容するだけの資質を持つか否かであった。1537年には教皇パウルス3世から「インディアンは人間であり、カトリックを理解でき、それを熱望している」という教書が宣言されたが、多くの議論が行われた。
1550年には、スペインのバリャドリッドでアメリカ先住民が人間的諸権利を持つか否かについて公開論争(バリャドリッド論戦)が行われた。『インディアス史』を著し、先住民の保護法制定に熱心だったバルトロメ・デ・ラス・カサスは権利肯定の立場で論戦に加わった。
次に、初代メニ(メネス)以下の「人間の時代」について、アルゴナウタイ遠征譚を基準年としたギリシア・ローマ史解析と同様の手法を適用して試算した結果、エジプト第1王朝は紀元前946年に始まったと定めた。しかし、これではヘロドトスが伝えるセティまでの11340年間が収まらない。この矛盾についてニュートンは、事跡が記録されていない王は実在しなかったと宣言し、初期のファラオ329名を削除する挙に出た。
これらの理論と考察から、ニュートンはエジプト王朝史を大胆に解釈し直した。それによると、初代の王メニがメンフィスを建設し、また下エジプトで勃発した反乱を鎮圧した。この時ダナオスは混乱を避けてギリシアに逃れ、造船技術を伝えた。こうして建造されたアルゴー船を用いてアルゴナウタイ遠征が実行され、その影響からエジプトは諸外国への支配力を喪失した。以後、国内のみの治世において、モイリス、ピラミッドを建設したクフ(ケオプス)などヘロドトスが事跡を記したファラオのみが実在した。結果エジプト史は大幅に短縮されてヘブライ人の歴史よりも短くなり、普遍史の枠内に収まることになった。
ただし第二帝国以後について、スレイダヌスはオットーの『年代記』を引き継ぎ、ローマについても神聖ローマ帝国まで皇帝権が継承されているとした。彼自身は宗教弾圧を加えたカトリック教会やカール5世を批判する立場にいたが、ダニエル書に則り第五の帝国は生まれ得ないという原理から、皇帝や教会を否定することはできなかった。
プロテスタントの立場から普遍史を纏める作業は、マルティン・ルターの片腕、フィリップ・メランヒトン(1497年 - 1560年)が『カリオン年代記』(1532年)で行った。その特徴は、天地創造からイエス誕生までの期間を大幅に短縮し、また『四世界帝国論』同様に聖書中心主義を貫き世界帝国をカルデアから始めた点にある。ただしそれは、カルデアの解釈を拡大し、アッシリアをその中に含むことで対応したものである。これらの点を除けばメランヒトンは古典的普遍史を継承したものだったが、彼は宗教改革の時代にドイツの各大学へ歴史学講義を設置するよう指導し、『カリオン年代記』もそこでの教科書として執筆していた。彼は、歴史学を大学学問に加える大役を果たしたが、それはプロテスタント的といえど普遍史の枠組みに基づいていた。
エジプト史に対して、ニュートンは独自の解釈を加えて普遍史との整合を持たせた。普遍史のエジプト問題は、マネトの『エジプト史』に対するエウセビオス以来の解釈が引き継がれ、根本的な解決を見ていなかった。ルネサンス期には古典復興運動からヘロドトスの『歴史』第2巻やシチリアのディオドロスの『歴史文庫』第1巻などがラテン語訳されるなど広まり、歴史研究の題材となっていた。
ニュートンはヘロドトスやディオドロスの著作を検討し、エジプトの3人のファラオ、オシリス、バッカス(ディオニューソス)、セソストリスを伝える故事に、征服事業と弟の反乱や帰国後の内政整備など共通部分が多い点に着目した。そして、聖書「列王記上」(11-14章)に登場するエジプト王シシャクが、建国当初のユダ王国初代レハベアムの時代に初めてエルサレムに侵攻したという記述と対比させ、3人のファラオは実は同一人物で、それは聖書に言うシシャクだと論じた。このように、エジプト史は単一の出来事を複数あったように伝えていると分析した。さらにこのオリシスと息子のホルスが死後神格化されたというヘロドトスの記述を根拠に、エジプト史の「神々の時代」とはファラオの死後のことを述べていると説き、事実上「神々の時代」と「人間の時代」を重ね合わせた。
ところで、普遍史の根幹たる聖書には聖書翻訳にある様に多くの種類がある。旧約聖書において原典とされるものでも、大きく「ヘブライ語版」「ギリシア語版」「サマリタン版」の3種類に分かれる。紀元前5世紀から4世紀にかけて纏められたと考えられる「ヘブライ語版」は最も古く成立した版と考えられ、本項で前述した家父長の年齢もこの版に拠っている。「ギリシア語版」は紀元前2世紀にエジプトのプトレマイオス2世が命じて翻訳されたもので、訳者の人数から「七十人訳聖書」とも呼ばれている。「サマリタン版」はユダヤ教の一派サマリア人が纏めたもので、「サマリア五書」とも呼ばれる。
これら各聖書の「版」の間には、基本的な枠組みや出来事などに大きな差異は無い。しかし、細部の字句や家父長の年齢表記などには差異が見られ、聖書の解釈、特に聖書年代学には大きな影響を与えた。
普遍史は本来宇宙論までを含むものだが、実際にはローマ帝国の遠征や貿易などを通じて認識される範疇にとどまり、『神の国』でも「(世界は)アジア、ヨーロッパ、アフリカがすべて」(16章-17)と述べられている。対蹠人と呼ばれる地球の反対側にいる人間については「いかなる根拠もない」(16章-9)と述べているが、『神の国』中には積極的に地球球体説を肯定する記述もなければ否定する記述もなく、さらに地球平面説に対する言及もないのでアウグスティヌスが世界の形状に関していかなる見解をとっていたかは『神の国』からは不明である。地球平面説#初期のキリスト教会も参照。
その一方で、ギリシア人やローマ人が信じていた伝説の怪物的人間を普遍史は取り込んだ。アウグスティヌスはこのような異型の人類を『神の国』16章-8で「奇怪な人間の起源について」という題で扱い、一本足の人類や、無頭人、またはふたなりなどを例に出しつつ、それらが「理性的で死すべき動物」である限り、彼らもまたアダムの子孫だと述べている。普遍史には、古代から受け継がれて来たこのような怪物の伝説が入り込み、「化物世界誌」という概念が中世ヨーロッパまで引き継がれていった。