嫡流
ただし、古い氏族に由来する摂関家においても長く「氏的継承」と「嫡流継承」が混在し続ける事になり、五摂家のうちの1つだけが嫡流の地位を占めるという事態は、ついに生じなかった。
一方の武家においては、武士の棟梁として台頭した河内源氏の流れを汲む源頼朝が源氏嫡流を称して、鎌倉幕府を開き、御門葉という一族や有力御家人を中心とする武家政治の基礎を形成した。 同じく鎌倉幕府で政権を掌握した北条氏も一門で幕府の要職を独占したが、執権の職は数例を除いてそのほとんどが得宗家により継承され、惣領たる地位を継ぐ嫡流の地位は非常に重んじられた。
室町時代以降、武家においては次第に惣領制が強化されつつあり、嫡流の家系が宗家・本家を形成し、庶子家が次第に庶家として、宗家の家臣として編入される例もみられたが、庶流にも一定の独自性が担保され、嫡流からの自立を図ったり、公然と逆らう者もあったほか、宗家の簒奪や打倒を図る者さえあった。特に戦国時代は室町幕府を開いた足利氏の嫡流 足利将軍家に対し、庶流の細川氏が管領として実権を奪ったり、出雲の守護で嫡流であった京極氏は庶流の尼子氏に守護の地位を簒奪されるなど、血筋では地位や権力を担保し得ない実力本位の時代でもあった。
しかし、徳川家康が江戸幕府を開いた江戸時代以降、長幼の序を重んじる徳川将軍家により、嫡流の地位は徳川氏の政権下にあって再び重視されるようになった。明治の民法旧規定では家督相続の規定である「家制度」が存在したが、太平洋戦争後の民法改正では家督制度が廃され、今日の日本では嫡流という価値観や概念は日常的なものとしては存在していない。しかし家の祭祀や家名存続を長男の責務とみなすことも多い。