メトロイド アザーエム
初期装備のビーム。チャージすることで威力の高いビームを使うことができる。アクセルチャージを取得する事にチャージの速度が上がる。
ジャンプ中、さらに2ボタンを押すと連続ジャンプができる。ただし、空中でのジャンプは元の地面の高さになると可能になるため、スーパーメトロイドの様にスペースジャンプを用いて上に進むことはできない。本作ではスクリューアタックと同時に使用可能になる。
より強力なミサイル。ミサイル発射時にチャージを最大まで行ってから発射して使用。ミサイル5発分を消費する。
セクター3内のゴミ処理施設を兼ねた、マグマ生成高炉内の溶岩を泳ぎ回っている魚のようなクリーチャー。マグマ生成高炉到着以前にも、セクター3探索中のサムスに何度か襲い掛かっていた。
溶岩内から飛びかかる、溶岩の飛沫をぶつける、溶岩弾を吐き出す等の攻撃を行う。
口内、腹部を弱点にもつ。また戦闘直前にサムスが作動させたグラップルポイント(今作のグラップルポイントは、施設内の監視、観測用カメラも兼ねるという設定)を飲み込んでおり、グラップリングビームでグラップルポイント諸共釣りあげることができる。
その正体は、銀河連邦軍の一部が生体兵器を違法に開発していた研究施設であり、軍事的利用が見込める生物の飼育や検証、戦闘能力の高いエイリアンのクローン培養、そしてそれらにサイボーグ化や遺伝子操作を施しての兵器化などを行われていた。研究を命じていた者たちの最終的な目的はスペースパイレーツを模した特殊部隊の設立であり、ゼーベス星人らのクローンのサイボーグ体、アダムがかつて提出した「メトロイド軍事化計画」の中止を説いたレポートを参考に作り出された凍結しないメトロイド、そしてそれらを制御するために作られたマザーブレインを再現した人工知能・MB(メリッサ)などの成果が既に完成していた。だが、人間を憎悪したメリッサが特殊部隊に反乱を指示したことと、クローン再生されたリドリーが施設中のクリーチャーを扇動・凶暴化させたことにより、施設そのものが本物のスペースパイレーツとその基地のような状況となってしまった。