MOTHERシリーズ
フィールドの描写が前作までの斜投影図法から正面見下ろし型(トップビュー)になっている。フィールド上ではダッシュが可能になった。
物語が章仕立てになっており、その都度メインとなるキャラクターが変わる。その総数は、直接操作できないノンプレイヤーキャラクターも含めるとシリーズ最多である。
戦闘ではBGMに合わせてテンポよくボタンを押すことで敵に連続してダメージを与えることができる。このシステムを「サウンドバトル」と呼んでいる。敵を眠らせることで鼓動が聞こえ、リズムをとりやすくなる。敵に与えたダメージは、これまでのシリーズのようなメッセージ枠内ではなく、敵の上部に数字のみ表示される。
敵を倒した際には「DP」と呼ばれるお金のようなものが手に入り、各地にいる「カエル」のもとに自動的に振り込まれる。また、フィールド上にいる「あずかりやのおじさん」に道具を預けることができる。
ゲーム内の曲を聴くことができる「サウンドプレイヤー」モードがあり、タイトル画面から入ることができる。収録曲は250曲に及び、物語の進行状況に応じて聞ける曲目が増えていく。お気に入りの曲の登録や曲順の並べ替え、リピート再生、シャッフル再生機能も搭載されている。
今作の音楽は、前作までの鈴木慶一と田中宏和に変わり、ハル研究所の酒井省吾が全曲を制作している。これは、前述のように曲数が膨大なため、開発チームの外部の作曲家に随時伝達するよりも内部にいてゲームのことを熟知している人に担当してもらう方が良いとの判断からである。戦闘曲では、従来シリーズのロックやテクノに加え、クラシック、マンボ、タンゴなど多様なジャンルが扱われている。
第1作目『MOTHER』で使用された曲「Eight Melodies」の楽譜が、小学6年生向けの音楽の教科書『新版 音楽6』(教育出版, 1992年)に掲載された。
1989年3月、第1作目『MOTHER』の開発などのため、糸井と当時の任天堂社長・山内溥により株式会社エイプが設立された。このエイプに勤めていた石原恒和が後に独立し1995年11月8日に株式会社クリーチャーズを設立、『ポケットモンスター』シリーズの開発に携わることになる。
『ポケットモンスター』(ポケモン)の生みの親である田尻智は、自分の『MOTHER』を作りたいという思いから『ポケモン』を制作した、と度々語っており、糸井にもその話を直接伝えている。
『MOTHER2 ギーグの逆襲』のプログラミングを担当した当時のハル研究所社長、後の任天堂社長・岩田聡は、糸井のウェブサイト「ほぼ日刊イトイ新聞」の創設時にコンピュータ関連の準備をほぼ全て一人で行い、その後も技術サポートを続けた。同サイトでは任天堂に関する情報を紹介するコーナー「樹の上の秘密基地」を開設している。
『MOTHER3』の開発は当初、スーパーファミコン向けとして始まり、その後、NINTENDO64、64DDとハードの変遷をたどった末、前作の発売から6年後の2000年に開発中止が宣言された。これは、開発が遅々として進まない中で任天堂の新ハードなど他のプロジェクトが次々と立ち上がり、『MOTHER3』に開発力を割くことが困難になったことによる経営判断であった。
数年後、糸井は『MOTHER』のプロデューサーであった宮本茂から「『MOTHER3』をゲームボーイアドバンスでつくるのは、ありえますか」と訊ねられる。糸井は、それまでと勝手の異なるハードの提案に不安を抱く一方で嬉しさの感情も湧き上がり、提案を受諾、『MOTHER3』の開発再開が決定した。しかし、開発は今回も難航する。旧『MOTHER3』では従来のシリーズからグラフィックなどで大きな転換を図っていたが、それが足枷となり新作の方向性が定まらない状態が続いた。試行錯誤の末、これまでのMOTHERシリーズの絵作りを踏襲するという方針が決まり開発がようやく軌道に乗ることになる。開発が大詰めに差し掛かった頃、最後の仕上げとして、ゲームの中に言葉を入れていく作業が1か月以上にわたり集中的に行われた。期間中は糸井など数人がホテルの部屋に終日缶詰め状態となり、糸井が発した言葉を周囲がチェックしExcelに入力する作業が続いた。糸井の言葉が入ったことで開発中のゲームはMOTHERシリーズとしての命を吹き込まれ、新たな『MOTHER3』は完成に至った。