伊庭貞隆
しかし、明応2年(1493年)の明応の政変の混乱に乗じて、高頼は虎千代を追放、次いで守護に任命された山内就綱(政綱の子)との戦いも制して明応4年(1495年)に赦免され守護に復職している。同年、貞隆は六角軍の旗頭として、美濃国守護・土岐成頼の後継を巡る争乱(船田合戦)で揺れる美濃国に遠征している。
国人衆のリーダー格として共に国人衆をまとめていた山内政綱が第二次六角征伐で戦死した後は貞隆に権力が集中、高頼にさえ匹敵する権勢を有していた。そんな貞隆を危険視した高頼が「伊庭連々不義の子細共候間」として貞隆の排除を決行、文亀2年(1502年)10月、伊庭領に侵攻する。六角軍に敗れ湖西に逃れた貞隆だったが、管領・細川政元の後援赤沢氏(赤沢朝経か)と共に反撃に転ずる。青地城、馬淵城、永原城を攻め落とすと高頼は観音寺城を捨て、蒲生貞秀の拠る音羽城に落ち延びた。翌年6月には細川政元が仲介に入る形で高頼と貞隆は和睦した。なお、近年の研究では、高頼と貞隆が対立していた形跡は確認できず、明応の政変後の足利将軍家の分裂に対する考え方の相違や高頼が同じ六角氏の重臣である馬淵氏(馬淵城主)を重用しようとした結果、これまで重臣の筆頭格であった伊庭氏と馬淵氏の間で権力争いが発生したために貞隆が疎んじられたとする説が出されている。