山本郡
明治22年(1889年)4月1日 - 町村制の施行により以下の村が発足。(2町24村) 能代港町 ← 能代25町(現・能代市) 檜山町 ← 檜山町[枝郷濁川村を除く]、大森村、中沢村、母体村、田床内村(現・能代市) 二ツ井村(単独村制、現・能代市) 荷上場村 ← 荷上場村、加護山(現・能代市) 榊村(単独村制、現・能代市) 浅内村 ← 浅内村、河戸川村(現・能代市) 浜口村 ← 浜田村、大口村、芦崎村(現・三種町) 鵜川村 ← 鵜川村、富岡新田村、川尻村、久米岡新田村(現・三種町) 鹿渡村 ← 鹿渡村、鯉川村、天瀬川村(現・三種町) 上岩川村(単独村制、現・三種町) 下岩川村(単独村制、現・三種町) 森岡村(単独村制、現・三種町) 金岡村 ← 豊岡金田村、外岡村、志戸橋村(現・三種町) 扇淵村 ← 扇田村、鰔淵村(現・能代市) 鶴形村(単独村制、現・能代市) 富根村 ← 飛根村、駒形村(現・能代市) 響村 ← 仁鮒村、小掛村、切石村、田代村、檜山町[枝郷濁川村](現・能代市) 藤琴村 ← 藤琴村、大沢村、太良鉱山(現・藤里町) 粕毛村 ← 粕毛村、矢坂村(現・藤里町) 種梅村 ← 種村、梅内村(現・能代市) 常盤村 ← 常盤村、天内村、外割田村、槐村、久喜沢村(現・能代市) 東雲村 ← 朴瀬村、荷八田村、吹越村、真壁地村、向能代村、落合村、須田村、竹生村、磐村(現・能代市) 塙川村 ← 塙村、石川村、畑谷村、小手萩村、内荒巻村(現・八峰町)、比八田村、外荒巻村(現・能代市)、坂形村(現・能代市、八峰町) 沢目村 ← 水沢村、目名潟村、沼田村、田中村、高野々村(現・八峰町) 八森村(単独村制、現・八峰町) 岩館村(単独村制、現・八峰町)
戦国時代後期に入ると秋田郡を領する安東氏の一族である上国家(湊家)に後嗣がなく断絶の危機を迎えたため、檜山下国家の安東愛季が湊家をも継承して安東家を統合した。これにより秋田郡と檜山郡は同一の大名の領国となり、更に陸奥国比内郡の浅利氏が安東氏に滅ぼされ比内郡が秋田郡に併合されたことにより、出羽国の北部郡域が確定した。
関ヶ原の戦い後、安東氏は常陸国宍戸に移され、入れ替わりに常陸から佐竹氏が入部すると、檜山城には佐竹家臣の小場義成、次いで多賀谷氏が入り、一国一城令によって檜山城が破却された後も館構えに変わったものの所預として明治維新まで続いた。寛文4年(1664年)、佐竹氏により檜山郡は山本郡と改称された。同時に旧来の山本郡(仙北山本郡)は仙北郡に改称されている。このような郡名の混乱の原因は、副川神社(国内最北の式内社)の比定地を政治的な理由により変更した佐竹氏の神社行政にあると見る見解がある。