闘士ゴーディアン
声 - 増岡弘
大滝博士と共に、彗星ソコネス、惑星ウカペ、惑星スカルプの異常接近により起きた異変後の世界を、第二の破局を、乗り切るために、ヴィクトールタウンと基地を造った(第14話)。
「太陽のすかし」が指し示す手がかりを追ったダイゴたちは、5万年前に地球に降りたイクストローム星人が残した移民船「アノー号」を発見する。アノー号はイクストロンが燃料であり、イクストロンを用いた機体であるゴーディアン及びイクストロンと同調するよう父に施術されたダイゴは、「プロジェクトX」の中心的人物になる。
ダイゴは軍師として合流した幼なじみのオカモト竜馬とともに、他タウンとのサントーレ同盟を設立、生き残った人々をサントーレへ避難させようとするが、マドクターはイクストローム星人と戦ったドクマ星人の子孫たちであり、選民思想の下にマドクター内部まで選別を行っていた。マドクターを裏切った人々の協力もあり、アノー号はサントーレに運び込まれ、マドクターはサントーレの秘密兵器イクストロン砲で壊滅する。だが、ドクマ大帝統は宇宙船だった毒魔殿と共に宇宙へ逃亡する。
アノー号に乗り込んだダイゴたちは、移住先の惑星を探すため宇宙へ旅立つが、いっこうにふさわしい惑星は見つからない。マドクターもアノー号を追跡し続ける。謎の声に導かれた「ゾーン9999」にて両者は最終決戦を行う。「ゾーン9999」を越えた超宇宙に至る能力を持つのはアノー号のみ。アノー号に毒魔殿が強引に激突したまま超宇宙に至った両者だが、この世界にはふさわしくないと判断されたマドクターは謎の声の主、宇宙連盟の代表アーカーシャによって消滅させられる。ダイゴたちはアーカーシャに歓迎され、生命体の微細な胞子のメッセージが地球に届けられた。このメッセージこそが、氷河期になった地球に生命が蘇る力になるのかもしれない。
声 - 黒部鉄、他
バリーたちと共に戦い、時にはケンカしながらも、ダイゴは隊員としての使命を少しずつ覚えていった。
しかし、その日々も長くは続かなかった。マドクターはヴィクトールタウンを占領するため、内部から崩壊させるべくスパイを送り込んできた。まずは手始めに反タウン組織である「青シャツ党」を利用し反乱を起こさせ、その反乱により手薄になった防衛ラインにマドクター兵を送り込み、タウンを徐々に占領する行動に出た。最初は都市の一区画のみ占領されただけであったが、ポールの裏切りにより、隣接する区画も占領されてしまう。メカコン隊は必死になって抵抗したものの、内と外からの攻撃により、タウン防衛網は少しずつ崩壊し、ヴィクトールタウン全域を占領される事態に陥った。一部の住民とメカコン隊はサントーレに避難したが、逃げ遅れた住民達が占領されたタウン内に残されてしまった。
マドクターがヴィクトールタウンをねらった理由は、地下にある超エネルギー物質、イクストロンにあった。それを利用する事で、マドクターは全世界を手中に収めようとしていた。拠点をヴィクトールタウンの中心部に移したマドクターは東西南北に将軍を配置して、サントーレを襲撃する。