ビスト財団
分離主義組織によるテロの危険が懸念されていたが、連邦軍の厳重な警備もむなしくテレビ中継で世界中が注視する中、新紀元へのカウントダウンがすんだ直後に官邸は無残にも爆破される。ラプラスは音もなく瓦解し、連邦政府初代首相リカルド・マーセナスを始めとして、構成各国の首脳や官邸スタッフもろとも、木っ端微塵に砕け散ってしまう。
貧困から報酬目当てでテロの実行に加わった若者サイアムは、仲間とともに作業艇で逃亡する最中、カウントダウン直前に官邸からの生放送で聞いた「他人の書いた筋書きに惑わされるな。“可能性”という自らの内なる神の目をもって、これから始まる未来を見据えよ」というマーセナス首相の演説を思い出す。 やがて逃亡途中に、口封じのために艇内に仕掛けられていた時限爆弾が起爆し、作業艇は実行犯達を乗せたまま爆破されてしまう。たまたま船外作業で外に出ていたサイアムは爆発に巻き込まれずにすんだものの、衝撃で吹き飛ばされ宇宙を漂い、狂乱の中で幻を見る。それはスペースコロニーが地上に落下するまだ見ぬ未来の地獄絵図であった。幻から目を覚ました時、爆破されたラプラスの破片群に取り囲まれていたサイアムは、周囲を取り巻く残骸の中に、地球光を反射して輝く不思議な箱形の物体と邂逅する。そして、奇跡的に民間船に救助された後、サイアムは物体とともに地球に帰還する。
財団設立の目的であった「ラプラスの箱」の解放、それは短い期間は人々の耳目を集めたが、世論に決定的な影響は生じることなく、サイアム・ビストの望みは形となることはなかった。それはさらに一年後の宇宙世紀0097年においても同じで、世界の枠組みが大きく変化することはなかった。この時期、ビスト財団そのものも、マーサ・ビスト・カーバインの身柄を連邦から引き戻すことができずに“見捨てる”こととなっている。
そして「箱」を秘匿し、その威光を駆使してきたビスト財団は終焉へ向かうこととなる。
「箱」の譲渡の計画を嗅ぎつけたカーディアスの妹であり、アナハイムの実質的支配者マーサ・ビスト・カーバインは連邦軍を動かし、カーディアスの屋敷のあるスペースコロニー「インダストリアル7」へ「箱」を受け取りに来たネオ・ジオンのガランシェール部隊を強襲させる。連邦軍の攻撃にガランシェール部隊も応戦し、コロニーは戦火に包まれる。戦闘の混乱の最中、カーディアスは命を落としてしまうが、ユニコーンは数奇な偶然を経て、久しく離ればなれになっていたカーディアスの実の息子であるバナージ・リンクスの手に渡ることとなる。
旧ジオン公国の指導者ザビ家の遺児ミネバ・ラオ・ザビ(偽名ではオードリー・バーン)と巡り会ったバナージは、宇宙と地球の各地で連邦軍の外郭部隊ロンド・ベル隊所属のネェル・アーガマ部隊、ミネバの護衛を勤めてきた袖付きのガランシェール隊など異なる立場の人々と邂逅し、そして地球連邦の軌跡やこの世界に住む多くの人々の考えや思いを巡らしながら、「箱」の入手をたくらむ袖付きやビスト財団を相手に、数々の散発的な戦闘を繰り返し「ラプラスの箱」が隠匿され、サイアム自身が眠る氷室へと辿り着く。