近藤勇
同年9月26日、伊東甲子太郎と篠原泰之進が近藤の妾宅を訪れ、近藤と時局を論じたという。篠原の日記によれば伊東が勤王を説き孝明天皇(同年12月25日に死去)の衛士になることを主張したのに対し、近藤は徳川幕府の趨勢を論じ議論は平行線となり、近藤は伊東らの分離を警戒したという。
慶応3年(1867年)正月18日、伊東らは九州遊説のため太宰府へ赴き、そのまま新選組から分離した御陵衛士(高台寺党)となった。伊東らは3月12日に帰京、翌13日に近藤・土方らに分離を申し出て、了承された。この際に藤堂平助・斎藤一(近藤派の間者との説あり)らがこれに加わった。
同年6月10日、新選組は会津藩預かりから隊士全員が幕臣となる。近藤は御目見得以上の格(三百俵旗本)となる。これにより近藤は幕府代表者の一員として各要人との交渉を行い、同年6月17日には幕府親藩の集会で演説を行っている。近藤は征長論を主張し、6月24日には近藤の建白書が議奏の柳原前光、正親町三条実愛に提出される。土佐藩士の日記によれば、この時期、近藤は永井尚志の紹介で土佐藩の参政である後藤象二郎を紹介され、さらに同年9月27日には岡山藩家老の日置帯刀を紹介され、長州征伐について会談したという。同年6月15日には屯所を西本願寺から不動堂村(京都市下京区)に移転しており、新選組の任務には要人警護も加わった。
同年8月8日には伊東ら御陵衛士も建白書を提出し、近藤の征長論に対し長州寛容論を主張した。