特別区
税制面でも、事務事業の特例に対応した特別の制度が存在する。通常であれば、市町村税である都民税(市町村民税法人相当分)、固定資産税、特別土地保有税、事業所税、都市計画税は都税となっている。このうち、市町村民税(法人分)、固定資産税、特別土地保有税は、「都区財政調整制度」(地方自治法第282条)により、財政調整の原資となり、都と特別区とで協議の上、都条例で配分割合を決め、特別区の財源不足額に応じて、財源調整交付金として各特別区に交付される。国有提供施設等所在市町村助成交付金、国有資産等所在市町村交付金、特別とん譲与税は、通常は市町村に交付されるが、特別区の区域においては都の収入となる。都市計画税を原資とした都から特別区への補助金として、都市計画交付金がある。地方交付税制度上も、都と特別区の区域については、両者の基準財政需要額と基準財政収入額を算定した上で、道府県分と大都市分として合算して算定(合算特例)されることになっている。
正規職員の採用制度についても、市町村とは大きく異なった特徴がある。東京都の特別区では正規職員の採用事務のほとんどを、全区からなる一部事務組合である「特別区人事・厚生事務組合」のもとに設置された「特別区人事委員会」で一括して行っている。同委員会実施の採用試験に合格した者に対し、各区役所等が面接などを行って採用者を決定する。国家公務員や国立大学法人等の採用手法と同様である。
そのほか、他の大規模な政令指定都市が通常行っている公営交通などの事業も都の主要な業務となっている(東京都交通局による都営地下鉄・都営バスの運行など)。
行政以外の面でも、特別区と市町村とで異なった扱いをする例がある。社会人野球の都市対抗大会も、特別区では各チームのホームタウンの区ではなく一律「東京都代表」という形で出場するが、他の市町村はそれぞれのホームタウンである自治体の代表として出場している。
東京都の特別区はこのことを強く意識しており、23区が共同で組織する公益財団法人特別区協議会(東京区政会館・東京都千代田区飯田橋)は「特別区制度そのものを廃止して普通地方公共団体である「市」(東京○○市)に移行する」という形での完全な地方自治権の獲得を模索している。例えば第二次特別区制度調査会は「戦時法令である東京都制下の区の制度を基礎とする特別区制度から脱却し、各々が独立しつつ自主的に協力・連合し合う東京○○市を目指す」という構想を打ち出しており、この中で「東京大都市地域に充実した住民自治を実現していくためには、戦時体制として作られ帝都体制の骨格を引きずってきた都区制度は、もはや時代遅れというほかはない。特別区が名実ともに住民に最も身近な政府として自らを確立していくためには、『大東京市の残像』を内包する『都の区』の制度から離脱することが必要である。そのためには、東京大都市地域における広域自治体と基礎自治体の役割をさらに明確に区分し、都が法的に留保している市の事務のすべてを特別区(後述の「東京○○市」)が担い、都区間で行っている財政調整の制度を廃止する必要がある」と明言している。