琴弾八幡宮
のち、唐より帰国した空海が当地に留まり、弘仁3年(812年)に、神恵院第7世住職となる。空海は法相宗を廃し、自ら刻んだ聖観世音菩薩像を祀り真言宗に改め、伽藍は奈良・興福寺にならい東金堂、中金堂、西金堂の三金堂制とし、七堂伽藍を建立。七宝山観音寺と称したと伝わる。それは、この地の地名が観音寺となった由縁でもある。観音寺の寺勢は興隆を極め、僧坊、あるいは塔頭を数ケ寺を数えたとされる。また神恵院は別当寺として寺社両務を努め、当社の維持、管理を行っていた。
当社は一般人はもとより、皇室をはじめ、名だたる武将などにも崇敬が篤く、皇室勅願所、祈祷所となり、天皇、武将が祈願や奉納をした記録が多く残る(後述)。
貞享4年(1687年)の『四国遍路道指南』によると、当社は四国八十八箇所第68番札所で、観音寺が第69番札所であった。
明治の神仏分離令により当社の八幡神の本地仏・阿弥陀如来画像(絹本著色琴弾八幡本地仏像)は、観音寺境内の西金堂に移し神恵院本堂とし、当社は琴弾神社と改名し神社単体として独立、四国霊場から切り離された。別当寺であった神恵院を第六十八番札所としたことで、一境内に2つの札所が並ぶこととなった。にちの第二次世界大戦後、琴弾八幡宮と復称した。