湘南新宿ライン
2000年代初頭、JR東日本の首都圏における在来線輸送量が下落傾向にあった。これは少子高齢化などの社会的変化に加え、東急目黒線が2000年(平成12年)に東京メトロ(当時は営団地下鉄)南北線・都営地下鉄三田線と、2001年(平成13年)からは南北線を経て埼玉高速鉄道線と相互直通運転を開始するなど、競合する他の鉄道会社が神奈川・東京・埼玉を結ぶネットワークを形成したことも理由の一つだった。こうした競合への対策として、新たに神奈川方面・東京・埼玉方面を新宿駅経由で直通する列車の設定に至った。
延長運転日は特定の土曜・休日のみ。2004年まで。
2004年(平成16年) 1月10日-2月1日:宇都宮駅 - 鎌倉駅間の臨時快速「鎌倉物語」を山手貨物線経由で運転。 6月6日:池袋駅北側の山手貨物線と埼京線の立体交差化工事が完了。これにより同駅南側での埼京線との平面交差が解消され、湘南新宿ライン列車を大幅に増やすことが可能になる。 10月16日:ダイヤ改正。湘南新宿ライン増発(38→64往復)して運転時間帯を全日に拡大、及び全列車の南北直通運転開始。日中は各系統毎時2本ずつ計4本となる。 全列車E231系グリーン車2両連結の15両編成または10両編成に統一。一部区間で120km/h運転を開始。 日中の高崎線 - 東海道線系統の列車に「特別快速」が登場。停車駅は高崎線側が池袋駅発着の快速「アーバン」(北本駅停車)、東海道線側は現在の「快速アクティー」(当時は戸塚駅通過)を踏襲した。これにより、高崎線側は上野駅発着列車のうち日中の快速「アーバン」を置き換えた。また、一部快速の高崎線内快速運転は廃止された。一方、東海道線側は東京駅発着列車の従来の運転本数(熱海駅発着普通3本・小田原駅発着普通2本・熱海駅発着快速「アクティー」1本の計毎時6本)を確保するため東京発着列車に追加する形で湘南新宿ラインが増発となった。 日中の宇都宮線 - 横須賀線系統の列車に「宇都宮線内快速」の普通が登場。停車駅は快速「ラビット」を踏襲しており、宇都宮線上野発着列車のうち日中の快速「ラビット」を置き換えた。また、横須賀線側は従来の運転本数(久里浜駅発着4本・逗子駅発着1本の計5本)を確保するため追加で湘南新宿ラインが増発となった。
7月6日:東海道線にて運行されている「湘南ライナー」において、東海道貨物線・品鶴線・大崎支線・山手貨物線を経由して新宿駅に発着する「湘南新宿ライナー」が運行開始。 12月:池袋駅 - 日光駅間に臨時快速「日光」運行開始。
1989年(平成元年):臨時快速「日光」が新宿に乗り入れ。「ホームライナー鴻巣」・「ホームライナー古河」に新宿発が新設される。
1990年(平成2年):夢空間連結の冬季臨時寝台特急「北斗星トマムスキー」が横浜駅 - トマム駅間で運行開始。以降、運転日によって東京方の発着駅を横浜駅・品川駅・新宿駅とし山手貨物線・東北貨物線経由で運行、1996年シーズンからは北海道方の発着駅を新得駅に延長した「北斗星トマムサホロ」として運行。2002年まで。
1991年(平成3年)3月19日:特急「成田エクスプレス」運行開始。新宿行及び池袋行が設定され、横須賀線品川駅から山手貨物線経由で運転。
1992年(平成4年):臨時快速「ホリデー快速日光」を特急に昇格、臨時特急「日光」が新宿駅 - 日光駅間で運行開始。
1994年(平成6年):臨時特急「日光」の運転区間を藤沢駅発着に延長して運行。その後は臨時快速で運行。
1995年(平成7年) 月日不詳:高崎線から東北貨物線・山手貨物線・大崎支線を経由して横須賀線へ直通する臨時列車「ホリデー快速鎌倉路」(高崎駅 - 鎌倉駅間)が運行開始。