スーパーマリオくん (沢田ユキオの漫画)
『月刊コロコロコミック』と学年誌の両方に掲載。単行本10〜13巻に収録。
ヨッシーのお見合い相手・チラ子の島がワリオに襲われ、救出のためマリオとヨッシーが島に向かうが、島は海賊・ブラックシュガー団に襲われ、ワリオもやられていた。島に残っていた海賊の一味をやっつけたマリオとヨッシーは奪われた黄金像を取り返すため、そしてワリオは自分の城を建てる資金集めのために、海賊の根城・キッチン島に向かう。『月刊コロコロコミック』では前述の「マリオとワリオ編」終了後、強引に本編に突入したが、単行本ではこのプロローグが本筋として採用されている。「スーパーマリオランド3 ワリオランド#ストーリー」も参照
デンプーとの決戦後、『月刊コロコロコミック』では黄金像によって突然オリジナルの「未来編」に突入する。単行本13巻にはもう1つのエピローグが収録されているが、こちらはマリオ達が敗走する形で終わっている。
掲載誌の都合でもう1つのプロローグがあり、こちらではノコノコに騙されてニセの宝島(キッチン島)に来たマリオとヨッシーが、同じく宝を狙って島に来たものの、海賊にやられてしまったワリオと出会う。そこにピーチ姫からの連絡で黄金像を取り返すことになり、城を建てる資金集めが目的のワリオと仕方なく手を組み、冒険を開始する、というものになっている。
単行本41〜44巻に収録。
ピーチ姫の誕生日、ピーチ城はプレゼントであふれんばかり。マリオ、ルイージ、そしてキノピオらは、みんなで祝っていた。そこへ、びっくりするほど大きなケーキが届く。すると、ケーキの中からクッパJr.とクッパ7人衆が飛び出してきて、ケーキでピーチ姫をさらい飛行船で飛んでいってしまった。マリオはルイージ、ヨッシー、あおキノピオ、きいろキノピオと共にピーチ姫救出に向かった。
ヨッシーが久々にレギュラーに復帰。なお、マリオ、ルイージ、ヨッシーが三人で冒険するシリーズは「マリオパーティ3編」以来となる。
クッパ7人衆が全員揃う形で登場するのは「スーパーマリオワールド編」以来となるが、同シリーズなどでマリオ達と対面済みである事には触れられておらず、本シリーズで初対面のような扱いになっている。
シーズン中に2度、ワールドを戻されやり直す旅は今作が初めてである。