福知山電車区
125系電車 2003年3月15日の小浜線敦賀駅 - 東舞鶴駅間の直流電化完成に合わせて2002年に8両(1 - 8)が投入された。2006年10月21日の北陸本線・湖西線敦賀直流化に伴い、金沢支社敦賀地域鉄道部敦賀運転センター車両管理室に転出した。 小浜線は非電化時代から東舞鶴駅構内を除き金沢支社の管轄であるが、小浜線が電化開業した当時敦賀駅構内が小浜線のホーム、留置線などの関連部分のみ直流電化され、当時は交流電化だった旧敦賀地域鉄道部、現金沢総合車両所敦賀支所(当時は福井地域鉄道部・敦賀運転派出)構内への出入りができないため、本所へ配置されていた。
381系電車 2015年10月1日時点では6両編成6本、4両編成1本のFE編成計40両が配置されていた。6両編成の2・3号車は個別の編成番号が付けられており、適宜に編成から外されて運用された。 もとは「くろしお」で運用されていた車両で、2012年以降日根野電車区から転属された。 2011年3月11日のダイヤ改正で特急「こうのとり」用に287系が新造投入された際、増備車が投入するまで日根野電車区から国鉄色塗装のモノクラス車である6両編成3本が貸し出され、FH編成として同年5月31日まで使用されていた。 上記の289系電車の導入とともに2015年10月30日に定期運用を終了した。2015年12月から2016年3月までに22両が廃車、2両が後藤総合車両所出雲支所へ転属したほか、2016年4月から同年7月までに15両が廃車され、最後まで残ったクロ381-1104も2017年3月31日付で廃車。配置が無くなった。
485系電車 1986年に特急「北近畿」用として日根野電車区などから6両編成9本(54両)が転入した。