秋田総合車両センター南秋田センター
500番台10両、700番台2両、1500番台6両が配置されている。
そのうち、ジョイフルトレイン「リゾートしらかみ」4両編成1本(くまげら編成、700番台・1500番台2両ずつ)と「クルージングトレイン」2両編成1本(500番台)が在籍する。
「クルージングトレイン」は元「リゾートしらかみ・青池編成」で4両編成を組んでいたが、2006年3月に中間1両(キハ48 1521)をくまげら編成へ組み込み、3両編成となる。
後述のHB-E300系の新・青池編成が登場したことから中間の1両(キハ48 1543)を旧・橅編成に組み込み、残った先頭車2両で新たに「クルージングトレイン」として使用が開始された。
2003年3月に3両編成で登場した旧・橅編成は、2010年12月に前述の中間車1両を組み込んだ。これににより「リゾートしらかみ」全編成の4両編成化が完了した。
旧・橅編成は、HB-E300系の新・橅編成が登場した後は一旦運休、2018年4月18日より「あきたクルーズ号」として運用再開したが、2020年9月1日に全車廃車となった。
「リゾートしらかみ」と「クルージングトレイン」以外の一般車両は、奥羽本線、五能線、津軽線で運用されたが、キハ40形同様に運用が終了した。
2021年度に500番台3両、1500番台2両が廃車された。
2022年度に500番台2両、1500番台3両が廃車された。
ケ10形貨車 各所の貨物用秤の精度校正をするための検重車。複数の標準質量の錘を積んでいた。 ケ11が配属されていたが、2001年4月3日に廃車されたことにより形式消滅している。 チキ5200形貨車 レール輸送用長物車。2020年1月31日付で配置されていた4両が廃車された。