X-ファイル シーズン2
シーズン1最終話で殺されたディープ・スロートに代わる情報提供者として、Xが登場することになった。当初、Xにはナタリア・ノグリッチがキャスティングされる予定であったが、脚本家たちがノグリッチと主演2人の相性が悪そうだと判断したため、スティーヴン・ウィリアムズが起用されることとなった。Xはディープ・スロートとは異なるタイプの情報提供者として描かれている。ディープ・スロートは比較的感じのいい人物像だったのに対して、Xは高圧的で傲慢な人物として描かれている。ニコラス・リーはシーズン1第14話「性を曲げるもの」に出演した際の演技がカーターの目に留まり、アレックス・クライチェック役にキャスティングされた。クライチェックはスカリー不在の穴を埋めるためだけに登場する予定であったが、「昇天 Part.2」以降のエピソードにも登場することになった。
ドゥカヴニーの発案を受けて、カーターとスポットニッツはシリーズにエイリアンのバウンティハンターを登場させることにした。
クライチェックがシンジケート側の人間だと知ったモルダーは彼を告発しようとしたが、クライチェックはすでに姿をくらましていた。それを受けて、スキナー副長官はX-ファイル課の再開を決定する。
それから数か月後、突然、スカリーが昏睡状態のまま病院に運び込まれた。ミスターXはモルダーにエイリアンたちに報復する方法を教えるが、モルダーは病床のスカリーの元を訪れることを優先する。スカリーは無事回復し、仕事に復帰することができた。2人はウィスコンシン州で発生していたティーンエイジャーの連続誘拐事件の捜査に当たる。捜査の過程で、地元の医師が誘拐された若者たちに地球外のバクテリアを投与していたことが判明する。その証拠を隠滅するために、クルー・カット・マン(シーズン1でディープ・スロートを殺した暗殺者)が街にやってくるが、2人に逮捕される前に地元の保安官によって射殺される。
外見が一致している医者たちが次々と殺される事件を捜査していると、2人は姿を自由自在に変えることができるエイリアン、バウンティハンターの襲撃を受けた。バウンティハンターはエイリアンのクローンを次々と殺していった。そんな中、妹のサマンサが成長した姿で戻って来た。サマンサもバウンティハンターに狙われているという。
当初、シーズン2第1話「リトル・グリーン・マン」はクリス・カーター自らその脚本を執筆する予定だった。草稿の段階で、モルダーはモスクワで捜査を行うことになっていた。実際、製作スタッフは第1話をロシアで撮影しようとしていた。しかし、スケジュールの都合でそれを断念しなければならなくなった。その結果、カーターは別のアイデアを出さなければならなくなったが、いいアイデアを思いつくことができなかった。カーターの代わりに、グレン・モーガン、ジェームズ・ウォン、ハワード・ゴードンの3人が第1話の脚本を執筆した。「リトル・グリーン・マン」はエイリアンの姿がはっきりと映るシリーズ最初のエピソードとなった(シーズン1では、エイリアンの存在こそ示唆されていたが、姿までは現さなかった)。第1話の脚本執筆が遅れたことによって生じた時間のおかげで、カーターは第6話「昇天 Part.1」の脚本を書き上げ、X-ファイル課再開に至るまでのストーリーを構想することができた。
『X-ファイル』のシーズン2(全25話)は1994年9月16日にFOXでの放送が始まり、1995年5月19日に放送が終了した。