日本高等学校野球連盟
大東亜戦争(太平洋戦争・第二次世界大戦)以前の全国中等学校優勝野球大会は朝日新聞社(大阪朝日新聞。現・朝日新聞大阪本社)、選抜中等学校野球大会は大阪毎日新聞社(現・毎日新聞大阪本社)がそれぞれ単独で主催していたが、戦後に再開するにあたって、両新聞社とは別の運営組織が必要になった。このため朝日新聞社元社長上野精一が毎日新聞社取締役大阪本社代表本田親男を誘って、全国中等学校野球連盟を立ち上げることにし、1946年(昭和21年)に発足した。
なお、この当時の朝日新聞社代表取締役野村秀雄と毎日新聞社社長高田元三郎は共に東京本社(旧:東京朝日・東京日日)出身で、中学野球運営に関するノウハウを持ち合わせていなかった。朝日新聞前社長の村山長挙と、毎日新聞前社長の高石真五郎および元社長の奥村信太郎は大東亜戦争中に帝國政府・陸海軍の発表報道(大本営発表)しか伝えられなかった責任を取っていずれも辞任していた。
初期の中野連では、運営の最前線は上野と、京都帝国大学名誉教授で後に2代会長に就く中澤良夫が担った。
日本高校野球連盟は1997年春の第69回選抜高校野球大会から、球審コールを、ボールを先、ストライクを後とする方式を採用した。それまでは大リーグをはじめこの方式が世界基準だった。国際化やAAA大会(アジア野球連盟ジュニア選手権)などを見据えて移行することとなった。高野連は1997年2月5日開催の理事会審議を経て決定し、発表した。 なお、プロ野球日本野球機構(NPB)は2010年シーズンから変更した。社会人野球や大学野球などもこれに追随した。各球場のカウント表示も「SBO」から「BSO」へと変更された。
21世紀枠の創設による、結果だけではない努力の評価による高校球児全体への啓蒙(しかし“努力”の基準も不明瞭、との批判がある)。
2003年(平成15年)の選抜大会からは新たに明治神宮大会枠・希望枠を設けた。希望枠は2008年(平成20年)の選抜大会をもって廃止。
2006年(平成18年)の選手権大会の始球式では、人命救助で社会貢献した久美浜高校野球部の4名を指名した。