JPエクスプレス
その頃、既に日本通運から先行して分離した「JPエクスプレス宅配便」の収支は、折からの景気悪化による荷動き低迷、並びに統合を見込んで設備を拡張したものの取り扱い個数が旧ペリカン便のものだけにとどまっていたため、結果として過剰設備となっており、維持費がかさむなど、毎日約1億円の赤字を計上、郵便事業、日本通運双方の持分法損益に悪影響を与える状況下にあった。それに対して日本通運の川合正矩社長は、「日本郵政側も単独では宅配便事業の経営は困難であり、統合自体がなくなることはない」との見通しを示している他、お歳暮配達時期の需要の取り込みのためには、「遅くとも11月上旬には統合しないと間に合わない」との見方を示していた。
しかし総務省は、統合計画が不採算の地方の集配を郵便事業側に任せるなど、日通側のいわゆる「いいとこ取り」であると断じ、ゆうパック部門の分離により郵便事業会社の事業が先細りになることを懸念、統合の目途は立たなくなった。
その後、日本通運は2009年10月23日にJPエクスプレスの所有株式34万株のうち20万株を郵便事業に譲渡することを発表した。出資比率は郵便事業86%、日本通運14%となり、これによりJPエクスプレスは日本通運の持分法適用関連会社から外れることになった。しかしながら、日本通運の出向者を中心とした運営は変わらないほか、今後とも日本通運はJPエクスプレスを支援していくことには変わりがない、としていた。
だが上述したように、2010年6月を以てペリカン便の取扱を取り止め、同年7月1日付で宅配便事業を日本郵便へ譲渡し、郵便事業が扱う「ゆうパック」にサービスを取り込む形で統一され、JPエクスプレスは解散・会社清算に至ることになった。JPエクスプレスの最終的な累積赤字は1,185億円に達し、このような結果に至った原因について総括が求められている。
この時点においては、「ゆうパック」については「着払い手数料廃止」と「料金受取人払承認請求受付の廃止」を除いては従前から何ら変わりなく、「ペリカン便」のみが、以下の条件によりJPEXが日通から譲受して業務を開始。なお、サービス名は、「ペリカン便」ではあるものの、サービスカラーが赤であったり、幟は「JPエクスプレス宅配便」と表示したり、2009年4月以降に販売している梱包資材にも、「ペリカン便」マークを一切用いず、「JP EXPRESS」ロゴのみとするなど、日通のサービスであるイメージが強い「ペリカン便」色が押さえられている印象がある。その他詳細は、ペリカン便を参照。
取扱店については原則従前通りだが、一部コンビニエンスストア(主に、ゆうパックとペリカン便の両方を扱っていたチェーン店)における受付が終了した。
集配業務はJPEXが担当(ただし、ターミナル店や統括支店併設の拠点を除く営業店については、2009年9月30日までの予定で大半は拠点自体を日通への委託(原則、従来日通が行っていた当時と同じ拠点を利用)という形を取る。また、従前から委託だった拠点は、同様に2009年9月30日までは、従来の委託事業者が引き続き拠点を受託する)するが、日通や郵便事業へ委託(更に日通や郵便事業が、地元中小運送会社へ再委託)するケースがある。