木曾氏
山村氏(木曾家筆頭家老職) 山村良利(三河国司山村氏三河守) 山村良候(三郎九郎・七郎右衛門・三郎左衛門) 山村良安(十三郎・甚兵衛) 山村良勝
奈良井氏
高遠氏
なお、木曽氏が武田氏に降伏した時期を弘治元年(1555年)とする説もあるが、前年であることが指摘される。
義康は娘の岩姫を人質として武田家に送るものの、信玄の三女・真理姫と嫡男・義昌の縁組により、御一門衆として遇されることになる。武田氏の下で木曽氏を継承した義昌は、永禄7年(1564年)に信玄の命で飛騨の江馬時盛支援のために出兵するが、その他は対外的な活動は見られず、祖父以来の領内経営に当っていたと思われる。
元亀4年(1573年)4月12日に信玄が死去。跡を継いだ勝頼が天正3年(1575年)5月21日に長篠の戦いで織田・徳川に敗北する。東京国立博物館所蔵「甲州・真宗・武州古文書」収録の「某起請文写」では織田・徳川・上杉らを敵と認識し、武田勝頼・木曽義昌への逆臣がないことを誓約しており、木曽家臣が提出されたものであると考えられている。年代は天正4年4月に推定されており、同時期に武田家中において提出された起請文は見られないことから、勝頼が木曽氏の動向に対して注意を払っていた資料として注目されている。
天正10年(1582年)2月以前に義昌は織田信長の誘いに応じて離叛する。この離反は同年3月の織田信忠による甲州征伐の引き金となり、武田氏滅亡へと繋がる。
武田滅亡により、義昌は織田家から安曇郡と筑摩郡の宛行を受けて深志城主(現在の松本城)となる。同年6月の本能寺の変により甲斐・信濃の武田遺領を巡り天正壬午の乱が発生する。
木曾義茂(基宗の子、別名:宗仲) 木曾経義(義茂の弟、別名:宗詮) 木曾義任(経義の子) 木曾為教(経義の子)
木曾基家(義茂の子)
木曾家仲(基家の子)
木曾家教(家仲の子、兵庫頭) 木曾家宗(家教の弟、贄川氏祖)
木曾家村(家教の子、又太郎家邨、木曾家再興者と称する) 木曾家定(家村の弟) 大石信重(家村の弟、大石氏祖) 木曾家道(家村の弟) 木曾義親(家村の子、夭折) 木曾家昌(家村の子、夭折) 木曾家景(家村の子、甲斐馬場氏祖) 木曾家満(家村の子、夭折) 木曾家重(家定の子、千村氏祖) 木曾家佐(家定の子、上野氏(牧野氏)祖) 木曾家任(家定の子、黒川氏祖)
木曾家頼(家村の甥でその養子、家道の実子)
木曾家親(家頼の子)
木曾頼豊(家親の子)
木曾信道(頼豊の子)
木曾豊方(信道の子)
木曾家賢(豊方の子) 木曾家信(家賢の弟) 木曾義光(家信の子) 木曾正行(家信の子) 木曾政春(家信の子)
木曾家豊(家賢の子) 木曾家範(家豊の弟) 木曾家益(家豊の弟) 木曾家盛(家豊の弟)
木曾義元(家豊の子) 木曾義勝(義元の弟、熱川氏祖)
木曾義在(義元の子) 木曾玉林(義在の弟、諱は不詳。古畑氏祖)
木曾義康(義在の子)
木曾義昌(義康の子) 木曾義豊(義昌の弟、上松蔵人、上松氏祖)
木曾義利(義昌の子) 木曾義春(義利の弟、豊臣秀頼に仕えたとも) 木曾義通(義利の弟、母とともに木曾に隠棲)
木曾義辰(義利の子、玄蕃充、法名:宗剣)
木曾義広(義辰の子) 木曾義徳(義広の弟) 木曾義偶(義広の弟)