短鎖脂肪酸
動物の場合、自身では合成できない代わりに、腸内細菌が短鎖脂肪酸の合成を担っている。酢酸を合成する細菌は特に酢酸菌(acetic acid bacteria; 主にアルファプロテオバクテリア綱のアセトバクター科、好気性)と呼ばれる。アルファプロテオバクテリア以外に、一部のベータプロテオバクテリアやガンマプロテオバクテリアも類似の発酵を行うことができる。酢酸菌は酸化的発酵(oxidative fermentation)と呼ばれる反応過程により酢酸を生成する。ギ酸は、アリやオオハリナシミツバチ(stingless bee)など一部の昆虫によっても生合成されることが知られている。
短鎖脂肪酸は、より長鎖の脂肪酸のβ酸化によっても生成する。偶数炭素数の脂肪酸(C16パルミチン酸など)からはアセチルCoAが、奇数炭素数の脂肪酸(C17マルガリン酸など)からはプロピオニルCoAが生成する。これらの化学物質は加水分解酵素により酢酸およびプロピオン酸に変換される。