ドルアーガの塔 〜the Phantom of GILGAMESH〜
「ナラクの民」と呼ばれる遊牧と金属加工に長けた異民族が奉る神で、プレイヤーにとっては二次職への転職とそれに伴うクラスチェンジの課題を課す神として関わる。初出は『ザ・ブルークリスタルロッド』。この神が身に着ける炎を模した具足は課金ガチャなどで入手可能。空中神殿の着想はバビロンの空中庭園からか。
ドルアーガ
邪神。『カイの冒険』でカイを石に変え幽閉した。原作『ドルアーガの塔』でギルによって滅ぼされたはずが復活したため「ドルアーガの塔」も復活した。2011年10月現在ゲーム内では未実装ではあるが、アニメ1期での描写を踏まえると塔の上部に座していると考えられる。
サキュバス
「ドルアーガの腹心」を自称する夢魔。本人はモンスターとしては登場しないが「ドルアーガの塔」の地下に「サキュバスの窟(あな)」と呼ばれるMOダンジョンが存在する。また彼女がアニメで登場した際のコスチュームは、課金ガチャや生産によって入手可能。
アンシャー
邪神。スーマール帝国のバビリム侵攻等、本世界の戦乱を招いた張本人。2011年8月に実装されたフィールド「闇神の地下道」はアンシャーがゲーム世界全体を侵略するために作った地下トンネルとされている。また塔内で謎を解くと出現する宝箱にはこの邪神の名を冠したアイテムが含まれることがあり、これを集めることで課金アイテムの一部を課金せずに得ることができる。初出は『ザ・ブルークリスタルロッド』。
ナーガル
黄泉の国を司る神。本ゲーム内ではデスペナルティーを軽減するためのアイテム名に用いられる。初出は『ザ・ブルークリスタルロッド』。
本世界の「神」は概念ではなく、数十メートルの身長を持つ巨人として古の時代に戦ったとされ、フィールド「神々の古戦場」等に神が使った武器、神の用いたチャリオットを引いたユニコーンが着用していたと思われる馬用の鎧などの巨大な遺物が地形オブジェクトとして散在している。神話上の巨人、神々の間での争いなどギリシア神話的な要素も散見される。
アヌ
本世界の太陽神、最高神。メソポタミア神話における同名の神から。スーマール帝国が建設した「塔」を神罰の雷で破壊した。アニメ版1期で言及された「アヌの夏」とは、この神の力が強まることによる邪神やモンスターの弱体化を指す言葉で、5年に一度の割合で訪れるとされるが、ゲーム内ではおおむね夏休み期間中にあたる期間を「アヌの夏」と称して塔内のボスモンスターの弱体化を行っている。
イシター
愛と戦いの女神。ゲーム内には開始地点のラジャフ村および王都バビリム市に神殿が、ラジャフ村とキシュア村の間に広がる「迷いの森」の聖域と呼ばれるフィールドとバビリム市に巨大な立像がそびえる。元ネタとなったイシュタルのように性愛を司るのかは不明。原作における主人公たちのみならず、本ゲーム内の冒険者(=プレイヤー)にも加護を与える存在としてたびたび言及される。『ザ・ブルークリスタルロッド』やPCエンジン版『ドルアーガの塔』のように、プレイヤーにヒントを与える存在ではない。
ガールー
炎の化身とされ、戦いと正義を司る闘神。バビリム市の北東方向にある「空中神殿」に座す。
サービス開始当初は、アニメをはじめとするコラボレーションを実施し、テレビCMも放映するなど、多彩なプロモーションを行ってきた。
7月30日には、遠藤雅伸による高額アイテムショップ「ボッタクル商店」が開店。また同年10月10日が、初めて「塔の日」と銘打たれイベントが行われた。