エル特急
利用者からも「普通の特急とエル特急は料金も異なるのか」といった疑問も寄せられ、列車種別として区別すること自体への否定的見解も多くなっていた。
特に、1987年(昭和62年)4月1日の国鉄分割民営化後は各会社間でその呼称に対する解釈の食い違いが目立った。例として「白山」の様に運行終了に近い1990年代には1往復しかないのにエル特急に分類されたり、速達列車を強調するための「スーパー○○」の本数が多いのにもかかわらずエル特急でなくなったりするケースも出てきた。また関西空港連絡特急「はるか」は1998年(平成10年)12月以降に自由席が設定されたが、運行本数が多いにも関わらずエル特急指定をされていない。
こうした風潮の中で東日本旅客鉄道(JR東日本)では「特急」との区別が分かりにくいということで、2002年(平成14年)12月1日のダイヤ改正により東海旅客鉄道(JR東海)から乗り入れる「しなの」を除いて自社内で運行しているすべてのエル特急の呼称を廃止し「特急」に改称した。
九州旅客鉄道(JR九州)では新しく設定された列車であっても、積極的にエル特急の呼称を使用していたが、これは系統分割・愛称の変更によるものであった。そのため基本的には旧国鉄時代に新幹線接続電車特急としてエル特急指定を受けた列車は引続き運転されていたが、JR時刻表・JTB時刻表の2008年7月号よりその呼称を廃止し、案内上でも使用を停止した。