ヘボン式ローマ字
上記のようにヘボン式は日本式・訓令式と競合関係にあり、また一時期日本政府の公的なローマ字表記から排除されていたにも関わらず、様々な分野で各種のヘボン式ローマ字が広く採用されている。
鉄道の駅名は運輸省「鉄道掲示規程」(1947年7月26日 達398号、後に数回改訂)でヘボン式を使うこととしている。表記法は「和英語林集成」の旧ヘボン式に準じており、大正時代から基本的に変化がない。長母音はマクロンを使用する。撥音はb/m/pの前でmを使用し、後ろに母音やyがあった場合、あるいは方角(東西南北)や新などを冠した後、もしくは固有名詞を合わせた地名等にはハイフンを加える。JR以外の鉄道事業者も概ね旧ヘボン式を使っているが、長母音や撥音、ハイフン後の大文字小文字の書き方等に多少の不統一が見られる(直通運転がある等で直通相手の路線が路線図に含まれる場合、自社局の方式と他社局の方式のどちらに合わせているかは事業者による)。
道路標識においては1986年10月25日の建設省「道路標識令」でヘボン式を採用している。概ね修正ヘボン式に準じた表記が採用されており、撥音はnで統一されているが、撥音の後ろに母音字またはyが続く場合の区切り記号は旧ヘボン式に準じたハイフンである。また、長母音は短母音と区別されない。
日本地質学会は1952年に地層命名にヘボン式ローマ字を使うことを決定した。気象庁は1955年3月1日の通達で気象年報・月報の地名にヘボン式を採用している。地質調査所は1984年4月17日の規程でヘボン式を採用した。水路部は訓令式ローマ字を使ってきたが、1999年にヘボン式に移行した。
国土地理院は原則として訓令式ローマ字を使用してきたが、2004年11月11日の国土地理院長達34号でヘボン式に改められた。