力場 (化学)
もう一つの制約は、タンパク質の立体構造の精緻化といった実際的応用についても強く感じられている。この問題における大きな課題は高分子の立体構造の探索空間が非常に大きくなり、20モノマーを超えると現在の標準的な計算機での計算が難しくなることにある。CASP(Critical Assessment of protein Structure Prediction)の参加者らが「分子力学の主要な問題、すなわちエネルギー最小化あるいは分子動力学が一般的に実験構造とは似ていないモデルを導くこと」を避けられるように彼らのモデルの改良を試みなかった事は知られていた。力場は種々のX線結晶構造解析およびNMR分光法において、特にXPLORプログラムを用いたタンパク質構造の精緻化にうまく適用されてきた。しかしながら、このような精緻化は一連の実験的制約によって主に決定され、力場は単に原子間障害を取り除くために使われるに過ぎない。計算の結果はDYANAプログラムに実装されている剛球体ポテンシャル(NMRデータからの計算)あるいはエネルギー関数を用いない結晶構造精緻化のためのプログラムによるものと実質的に同じである。力場の欠陥はタンパク質のホモロジーモデリングにおける主要な障害であり続けている。このような状況から、リガンドドッキングやタンパク質折り畳み、ホモロジーモデルの精緻化、計算によるタンパク質設計、膜中のタンパク質のモデリング専用の経験的スコアリング関数が開発されることとなった。
タンパク質向けの力場はタンパク質折り畳みあるいはリガンド結合に対して的外れなエネルギーを用いて動いているという意見も存在する。
分子モデリングの文脈における力場(りきば、英: force field)は、粒子の系(通常分子および原子)のポテンシャルエネルギーを記述するために用いられる関数の式および媒介変数を意味する。力場関数および媒介変数(パラメータ)セットは、実験ならびに高レベルの量子力学計算に由来する。「全原子」力場は水素を含む系の全ての種類の原子のパラメータを提供するが、「融合原子 (united-atom)」力場は、メチルおよびメチレン基中の水素および炭素原子を単一の相互作用中心として扱う。タンパク質の長時間シミュレーションに頻繁に使用される「粗い (corse-grained)」力場は、計算の効率性を上げるためにより粗い表現を用いる。
化学および計算生物学における「力場」という用語の用法は、物理学における標準的な用法とは異なっている。化学では、ポテンシャルエネルギー関数の系であり、物理学で定義される力場はスカラーポテンシャルの勾配である。