尖閣諸島問題
尖閣諸島の領有が影響を与える問題が存在する。
排他的経済水域の境界
尖閣諸島が中国領 沖縄トラフ(南西諸島の北西沖にある海盆)の端まで中国の権利が及ぶ可能性がある。 水産資源の枯渇 - 現状においても尖閣諸島北方の日中漁業協定で操業を認められた中国漁船の乱獲が進んでおり、このままでは漁業資源が枯渇してしまうことが懸念される。
尖閣諸島が日本領 日中中間線 - 国連海洋法条約の規定に沿った解決策で決着。
2012年11月9日、中華人民共和国の新聞社中国新聞網は、1990年に台湾(中華民国)軍による尖閣諸島強襲作戦「漢疆計画」があったことを報じた。その中で香港の亜州週刊(2012年11月18日号)における馬英九総統のインタビューを紹介。漢疆計画とはヘリコプターで台湾兵士が尖閣諸島に上陸をして日本の灯台を破壊し、中華民国国旗を建て、その後に撤退する計画であったという。当時の郝柏村(ハオ・バイツン)行政院院長が計画を支持し、45人の兵士が訓練にあたっていた。しかし馬は、最終的に当時の李登輝総統が計画中止を命じたと述べている。
第二次世界大戦終結前まで何処の管轄だったか、台湾か沖縄かについても争点がある。
中国の海洋調査活動については「問題を複雑化する」として否定的であり、日台間にトラブルに対処する緊急連絡窓口を設けることで合意するなど、「主権問題棚上げ論」に傾きつつある。また、中華民国当局は尖閣諸島問題で中国側との連携、協力は一切しないと再三にわたり言明している。
2008年6月に発生した聯合号事件では、中華民国側が中華民国行政院海岸巡防署の巡視船を派遣するなど緊張が高まったが、日本の海上保安庁が謝罪と賠償を表明して収束した。中国漁船衝突事件直後の2010年9月13日には、日本側EEZ内に侵入した中華民国の抗議船を保護する名目で、海岸巡防署巡防船12隻を派遣している。ここでの中華民国政府の行動は冷静であり、日中間の争いには関与せず、中国の動きに便乗しようという姿勢もなかった。2012年には中華民国の漁船団を護衛するため尖閣諸島海域に入った中華民国の巡視船が日本の巡視船に放水するという事件があった。
馬英九政権誕生以来、中華民国は積極的な中国との経済融和策を推進してきたが、2009年以降は中国の過度の経済膨張を冷静に見直し、対日関係の再構築を図るようになってきた。2009年12月の統一地方選挙でも、2010年1月~2月の立法委員補欠選挙でも国民党が敗北した。2010年6月、日本と中華民国は国境問題で大きく前進し、日本は与那国島上空の防空識別圏見直しを実施した。それが可能となったのは、亜東関係協会などによる緊密な日台協力関係のおかげである。また、台湾と共通の経済圏・文化圏を形成してきた長い歴史をもつ与那国町はさかんに台湾との交流関係を進めている。
国連による国連憲章は第6章で紛争の平和的解決を定めており、軍事的手段による解決を否定している。また安全保障理事会は、武力による紛争解決を図った国に対する軍事制裁などを定めた国連憲章第7章に基づく行動を決めることが出来る。なお当事者のひとつである中華人民共和国は常任理事国であるため拒否権をもっているが、第27条3項は『その他のすべての事項に関する安全保障理事会の決定は、常任理事国の同意投票を含む9理事国の賛成投票によって行われる。但し、第6章及び第52条3に基く決定については、紛争当事国は、投票を棄権しなければならない。』としており、仮に中国が武力による尖閣諸島問題の解決を図った場合、賛否すら表明することが出来なくなる。