連合艦隊
そのためか太平洋戦争において、連合艦隊旗艦が作戦行動を起こしたのはミッドウェー海戦のみであり、しかも帝国海軍最強の大和型戦艦である旗艦大和は機動部隊のはるか後ろを航行していたため戦闘には参加していない。
それに対し反対論も根強かった。海軍には「指揮官先頭、率先垂範」という伝統があった。また日本海海戦では東郷平八郎司令長官が旗艦三笠の艦橋先頭に立ち、戦闘中微動だにせず海戦終了後東郷長官の足跡がくっきりと残っていたという実話もある。「司令長官とはそうあるべきもの」という観念が海軍の中では確固たるものとしてあった。安全な後方(陸上)から指揮を受けるなど考えたくもなかったと思われる。
1941年(昭和16年)の戦時編制発令で多数の艦隊が編制され、連合艦隊の規模が拡大したため、第一艦隊司令部が新設され、連合艦隊司令部と分離された。その後、第一艦隊は日本本土にとどまり、連合艦隊旗艦はトラック泊地へと進出する。
1944年(昭和19年)に入るといよいよ戦争範囲は拡大しつつも敗勢が濃くなり、他艦隊へと艦船を供出していた第一艦隊は解散し、連合艦隊旗艦が含まれていた第一戦隊も第二艦隊へと編入される。軽巡洋艦大淀を連合艦隊旗艦用へ改装中、当時の連合艦隊司令長官の古賀大将が殉職する。後任の豊田大将は就任と共に、「大淀」に司令部を移し、しかも単艦で木更津沖に碇泊させた。
第1戦隊:武蔵・大和
第1連合通信隊:東京海軍通信隊・大和田通信隊
附属: 戦艦:伊勢・日向 航空母艦:大鷹・雲鷹・冲鷹 水上機母艦:日進 軽巡洋艦:北上・大井 第7駆逐隊:曙・潮・漣 標的艦:矢風・摂津 工作艦:明石 特設巡洋艦:愛国丸・清澄丸 特設工作艦:浦上丸・八海丸・山彦丸 特設水雷母艦:神風丸 特設病院船:朝日丸・高砂丸・氷川丸・天応丸・牟婁丸
防護巡洋艦 松島
戦艦 三笠
戦艦 敷島
戦艦 長門
戦艦 陸奥
戦艦 山城
戦艦 伊勢
戦艦 金剛
戦艦 榛名
戦艦 大和
戦艦 武蔵
軽巡洋艦 大淀