ジョイタ
ミラー船長は、ジョイタが沈まない船であるということを十分に知っていたはずであるから、船長が何らかの理由で死亡したか、行動できなくなった可能性があると、一部の者は想像した(甲板で見つかった血まみれの包帯は、誰かが負傷したことを示している)。ジョイタが浸水しはじめたときに、船長を頼りにすることができなくなっていたため、パニックが起きて皆が救命筏に乗り移った。ただし、この説自体は、貨物や装備が見つからなかった点を説明できない。船が放棄された際に、貨物が運び出されたと考えるしかない。
ミラーの友人、S・B・ブラウン船長 (S. B. Brown)は、ジョイタの構造をミラーは知っていたから、彼が生きていたならジョイタを離れることは絶対になかったはずだと考えた。ブラウンは、ミラーとアメリカ人一等航海士のチャック・シンプソン(Chuck Simpson)が対立関係にあるのを知っていた。ミラーとシンプソンの双方が嫌悪感を爆発させ、船上で乱闘が発生して2人とも船外に転落したか、重傷を負ったのではないか。その結果、経験豊富な船員がいなくなり、船が浸水し始めたときに船上に残った人々がパニックに陥ったのではないかと指摘した。
そのため、下甲板の浸水が徐々に進行したと考えられた。船が水中に沈むにつれ、1基しか残っていなかったエンジンでは、操舵可能な速度を維持できなくなった。そして、激しいうねりに船がつかまり、その勢いで船体が大きく傾いた。通常の船であれば沈没するほど浸水したものの、コルクのライニングと積み荷の空ドラムのおかげで浮いたままだった。
また、調査団は事故に対するミラー船長の責任を重く見た。ジョイタは、船のエンジンが1基しか使えず、他にも細かな不具合を多数抱えていた。また、無線機が正常に使える状態に整備されておらず、救命ボートの備えも不適切であった。このような状態で、外洋への航海に出たのは無謀だったと指摘した。さらに、ジョイタで有償の旅客営業を行うライセンスが失効しており、海事法にも違反していた。
船上で見つかった使用済み医療用具については、調査では触れられなかった。