ポルトガル領サントメ・プリンシペ
これは砂糖生産の減少を意味した。地域経済の中心は奴隷貿易に移っていき、ほとんどは地元のメスティコの手で行われていた。島々の地理的位置は、ギニア湾とコンゴ王国から来た奴隷が「集積」され、南北アメリカに運ぶのに最適であり、大西洋奴隷貿易の重要な交易所となった
オランダは1641年にサントメ島を占領し、1648年にポルトガル人が島を取り戻した。しかし、オランダはプリンシペ島を占領しなかった。
1753年、海賊や私掠船による頻繁な攻撃により、サントメの首都はプリンシペ島のサントアントニオに移され、諸島は1つの植民地として統治され始めた。総督は1人だけだった。首都がサントメ島に戻ったのは1852年のことだった。
19世紀初頭、ポルトガル人はロサスroçasと呼ばれる特大規模のプランテーションにコーヒーとカカオを導入し、経済を大きく成長させた。コーヒーの生産サイクルは19世紀後半に終わり、島の主な生産品はカカオに取って代わられた。その後、サントメ・プリンシペは数世代にわたって世界の主要なカカオ生産地域となり、20世紀前半の数十年間、しばしば世界一のカカオ生産地となった。
1972年、マルクス主義の民族主義政党であるサントメ・プリンシペ解放運動(MLSTP)が、独立を目的とする亡命者達によって、赤道ギニアで創設された。1974年のカーネーション革命は、ポルトガルのエスタド・ノヴォ独裁政権を終わらせ、アフリカのポルトガル植民地も脱植民地化が始まった。1975年7月12日、新しいポルトガル政権はサントメ・プリンシペの独立を認めた。