HLA-E
HLA-Eは、NK細胞による認識において特別な役割を果たす。HLA-EはMHCクラスI分子(HLA-A、B(英語版)、C(英語版)、G)のシグナルペプチドに由来する、限られたセットのペプチドを結合する。これらのペプチドはシグナルペプチドペプチダーゼ(英語版)によって小胞体膜から放出され、細胞質基質のプロテアソームによってトリミングされる。抗原処理関連トランスポーター(TAP)によって小胞体内腔へ輸送され、これらのペプチドはHLA-E分子の溝に結合する。その結果HLA-Eは正しく組み立てられ、細胞表面に発現する。NK細胞は、ヘテロ二量体型受容体CD94(英語版)-NKG2(英語版)A/B/Cを用いてHLA-Eとペプチドの複合体を認識する。CD94/NKG2AもしくはCD94/NKG2BがHLA-Eに結合した場合には、NK細胞の細胞傷害活性に対する阻害効果が生じ、細胞溶解が防がれる。一方、CD94/NKG2C(英語版)がHLA-Eに結合した場合には、NK細胞の活性化が引き起こされる。この相互作用は抗ウイルス応答において一部のNK細胞集団の増殖を開始することが示されており、CD94/NKG2Cを発現しているadaptive NK cellはヒトサイトメガロウイルス由来のペプチド抗原を特異的に認識する。