承久の乱
これに対し、後鳥羽上皇は近臣藤原忠綱を鎌倉に送り、愛妾亀菊の所領である摂津国長江荘、椋橋荘の地頭職の撤廃と院に近い御家人仁科盛遠(西面武士)への処分の撤回を条件として提示した。義時はこれを幕府の根幹を揺るがすとして拒否する。義時は弟の北条時房に1000騎を与えて上洛させ、武力による恫喝を背景に交渉を試みるが、朝廷の態度は強硬で不調に終わる。ただし後鳥羽上皇は、皇子でさえなければ摂関家の子弟であろうと鎌倉殿として下して構わないと渋々ながらも妥協案を示した。このため義時は皇族将軍を諦め、摂関家から将軍を迎えることとし、同年6月に九条道家の子・三寅(後の九条頼経)を鎌倉殿として迎え、執権が中心となって政務を執る執権体制となる。将軍継嗣問題は後鳥羽上皇にも、義時にもしこりが残った。ここで、将軍継嗣問題について語る上で問題とされているのは、実朝が生前から既に自己の後継者として皇族将軍の迎え入れを検討していたとする説である。上横手雅敬が唱えたもので、建保4年(1216年)の9月に実朝が大江広元に語ったとされる「源氏の正統この時に縮まり、子孫はこれを継ぐべからず。しかればあくまで官職を帯し、家名を挙げんと欲す」(『吾妻鏡』)を、然るべき家柄(皇室)から後継を求め、それ(皇族将軍の父)に相応しい官位を求めたとし、後鳥羽上皇もこれを承諾したために実朝を昇進させたという説である。
『六代勝事記』:承久の乱を後鳥羽上皇が不徳の「悪王」であったことに原因があるとしている。
『増鏡』:前述の北条義時と泰時の逸話と後鳥羽上皇の隠岐での様子を伝える。
幕府軍
北条義時
北条時房
北条泰時
北条時氏
北条朝時
足利義氏
三浦義村
千葉胤綱
武田信光
武田信政
小笠原長清
小山朝長
結城朝光
結城朝広
佐々木信実
大江広元
毛利季光
狩野宗茂
安達景盛
平盛綱
関実忠
後藤基綱
朝廷軍
後鳥羽上皇
藤原秀康
藤原秀能
藤原秀澄
三浦胤義
大内惟信
山田重忠
土岐光行
肥田(浅野)光時
饗庭光俊
佐々木広綱
佐々木経高
佐々木高重
糟屋久季
糟屋有久
大江親広
和田朝盛
後藤基清
五条有範
小野盛綱
鏡久綱
宮崎定範
仁科盛遠
加藤光員
八田知尚
源光行
源翔
宇野頼清
大江能範
藤原親頼
快実
惟宗孝親
勝木則宗
中条盛綱
筑後有長
神地頼経
海泉太郎
7月、首謀者である後鳥羽上皇は隠岐島、順徳上皇は佐渡島にそれぞれ配流された。討幕計画に反対していた土御門上皇は自ら望んで土佐国へ配流された(後に阿波国へ移される)。後鳥羽上皇の皇子の雅成親王(六条宮)、頼仁親王(冷泉宮)もそれぞれ但馬国、備前国へ配流された。仲恭天皇(九条廃帝、仲恭の贈諡は明治以降)は廃され、後鳥羽の同母兄行助入道親王(守貞親王)の皇子が即位した(後堀河天皇)。親幕派で後鳥羽上皇に拘束されていた西園寺公経が内大臣に任じられ、幕府の意向を受けて朝廷を主導することになる。
後鳥羽上皇の下にあった膨大な荘園群は没収され、新たに治天として後堀河天皇の院政を執ることになった行助入道親王(後高倉院)に与えられた。ただしその支配権は幕府が握っていた。
討幕計画に参加した上皇方の「合戦張本公卿」と名指しされた一条信能、葉室光親、源有雅、葉室宗行、高倉範茂ら公卿は鎌倉に送られる途上で処刑され、坊門忠信らその他の院近臣も各地に流罪または謹慎処分となった。また藤原秀康、藤原秀澄、後藤基清、佐々木経高、河野通信、加藤光員ら御家人を含む京方の武士が多数粛清、追放された。大江親広は逢坂関の東の関寺付近で行方知れずとなり、そこで死去したとも、また父広元の嘆願もあり赦免されて所領の出羽国寒河江荘に下って没したとも言われる。
乱後、院にも動員権があった在京御家人の支配は、すべて六波羅探題に委ねられ、国家の軍事力がほぼ完全に幕府の手に帰することになったことは重要である。また没収された三千余カ所に及ぶ京方所領の多くには東国御家人が地頭として入部することになった。