パシフィック・リーグ
初年度は最下位になるが、翌1994年には4位ながらも17年ぶりのシーズン勝ち越しを決め、監督を勇退し専務に専念。後任には巨人の監督を歴任した王貞治が就任した。また、後のダイエーの主力となる秋山幸二・工藤公康などを西武から獲得し、ドラフト会議でも城島健司・柴原洋のほか、逆指名制度を駆使して小久保裕紀・井口忠仁・松中信彦などを獲得するなど、チームの強化を図った。こうした補強の成果は着実に現れており、1998年にオリックスとは同率ながら、21年ぶりのAクラスとなる3位を確保した。翌年のリーグ優勝と日本一、現在に至るまでのパ・リーグ屈指の人気球団・強豪ホークス復活への礎となる。
1990年代は上記の他にも伊良部秀輝・黒木知宏・西口文也・松坂大輔・松井稼頭央・中村紀洋・T.ローズなど全国級のスーパースターがデビューしたのもこの頃である。FA制度の導入によりセパ間の人材流動も盛んになったが、主に経営体力のあるセ・リーグへの選手流出のほうが多く、パ・リーグは同一リーグ間の移籍が主であった。
他方、1997年に発覚したプロ野球脱税事件、1998年の福岡ダイエーのサイン盗み疑惑(村上球団社長が戒告と6ヵ月間球団社長職務停止、岸谷代表が1カ月間代表職務停止)など、負の歴史も存在し、NPBホームページのリーグ略史に現在でも記載されている。
1988年(昭和63年)に日本初の屋根付き球場(ドーム球場)である東京ドームが完成し、日本ハムは前身の後楽園球場と同様、巨人と本拠地を併用することになった。その後、1993年に福岡ドームが、1997年に大阪ドームが新規開業したことに加え、1999年に西武ライオンズ球場の改装により西武ドームが誕生した。
福岡ダイエーホークス(現:福岡ソフトバンクホークス)の成功と東北楽天ゴールデンイーグルスの誕生のほか、パ・リーグの各球団は、上述のプロ野球再編問題を教訓に様々な地域密着方針を打ち出している。
千葉ロッテマリーンズは、既に川崎から千葉に移転したのちも依然として観客動員数が伸び悩んでいたため、行政とも協力して千葉マリンスタジアムの「ボールパーク化構想」を打ち出した。また、サッカー・Jリーグのサポーターに影響された熱烈な応援(マリーンズサポーター)や独特な球団スタイルを創りあげることによって、ファンを増やすことにつなげた。その甲斐もあり、2005年にはリーグ優勝と31年ぶりに日本一に輝き、5年後の2010年にも再び日本一を達成した。
日本ハムファイターズは、2001年に札幌ドームが開業した事が転機となり、2004年にこれまでプロ野球球団の無かった北海道へ移転、球団名を北海道日本ハムファイターズに改称した。移転当初の北海道では長年巨人ファンが主体であり、新規ファンの開拓は困難とされていたが、地元マスメディアや自治体のバックアップ、移転後のファン獲得への努力により、既存層だけでなく野球に関心のなかった層の獲得に成功した。
1949年(昭和24年)11月26日に開かれた各球団の代表者会議で、新球団加盟の是非をめぐり日本野球連盟が分裂した。その日の午後1時には加盟賛成派の阪急ブレーブス(後のオリックス・バファローズ)、南海ホークス(後の福岡ソフトバンクホークス)、東急フライヤーズ(後の北海道日本ハムファイターズ)、大映スターズ(後の大映ユニオンズ)に新球団の毎日オリオンズ(後の千葉ロッテマリーンズ)、西鉄クリッパース(後の埼玉西武ライオンズ)、近鉄パールス(後の大阪近鉄バファローズ)も加わり、計7球団で太平洋野球連盟(たいへいようやきゅうれんめい)が発足し、結団式が行われた。閉幕まで3日を残した1949年シーズン末の事である。初年度の1950年(昭和25年)は親会社のバックアップで戦力を充実させた毎日オリオンズが優勝し、日本シリーズでも松竹ロビンスを倒し日本一に輝いた。
当初参加を予定していた大阪タイガース(後の阪神タイガース)は看板カードの巨人戦を手放せないとして最終的に離脱、日本野球連盟に残留した。こちらが現在のセントラル野球連盟、いわゆるセントラル・リーグ(セ・リーグ)である。
昭和から平成に元号が変わった1990年代前半は森祇晶監督率いる西武黄金時代が続き、1990年~1994年までパ・リーグ史上唯一の5連覇、1990年~1992年まで3年連続の日本一を飾ることになる。この頃の西武には野手陣は秋山幸二・石毛宏典・辻発彦・伊東勤・清原和博・O.デストラーデなど、投手陣は工藤公康・渡辺久信・郭泰源・石井丈裕・鹿取義隆・潮崎哲也・渡辺智男などがチームを支えた。その頃のペナントレースは、1991年に近鉄が77勝で猛追、1993年も日本ハムが1.0ゲーム差まで追い上げたが、ほぼ5年連続、常勝西武の独壇場であった。その中では新人から彗星のごとく現れた近鉄の野茂英雄が、特徴的なトルネード投法によりパ・リーグの人気を沸騰させ、デビューの1990年には18勝・287奪三振・防御率2.91で投手三冠を達成、のちにMLBにて日本人初・2度の(タイトル奪取)を達成するに至る。
一方で、本拠地球場が築40年以上を経過し、老朽化が顕著な問題となり始める。同時に、プロ野球規格の新球場が相次いで完成したため、地元の誘致もあり、既に1989年に福岡市に移転していたダイエー(旧・南海)は、ライオンズの本拠地だった平和台野球場から1993年に福岡ドームへ移転した。また1991年には当時阪急西宮球場を本拠地にしていたオリックス(旧・阪急)が神戸総合運動公園野球場(グリーンスタジアム神戸)に、1992年には当時川崎球場を本拠地としていたロッテが千葉マリンスタジアムにそれぞれ本拠地を移転した。
結果的には阪急はこの年のリーグMVPとなったブーマー・ウェルズや福本豊・今井雄太郎・佐藤義則などが活躍し、1984年に6年ぶりのパ・リーグ優勝を果たした。しかし、それでも同じく西宮を本拠としていた阪神タイガースが翌年の1985年に21年ぶりのセ・リーグ優勝、さらに球団初となる日本一になったことが日本中の大きな話題となったこともあり、結局、阪急における直接的な観客増には結びつかなかった。
南海と阪急は「球団を持つ使命は終えた」として、ともに1988年秋に南海はダイエーに、阪急はオリエント・リース(現:オリックス)に、それぞれ球団譲渡を行った。
南海の身売りにおいては、この年は球団創設50年だったが、球団売却前の1986年頃から当時の本拠地だった大阪球場を解体・撤去を見据えた難波地区再開発計画や、球団身売りに否定的だった名物オーナーの川勝傳が死去した事もあり、9月に南海の身売り発表が行われた。そして11月1日にダイエーへの球団譲渡並びに福岡市への本拠地移転が発表された。この年の南海は40歳の門田博光が本塁打王・打点王の二冠王を獲得し、年間MVPに輝いた。
一方、阪急の身売り発表が行われたのは、10月19日17時であり、川崎球場でこの年に就任した仰木彬監督率いるリーグ2位の近鉄が、優勝をかけてリーグ最下位のロッテとのダブルヘッダー1試合目を行っている最中だった(10.19)。この試合は、パ・リーグとしては異例の注目を集めた。この試合は第1試合は近鉄が勝利するも、第2試合は引き分けに終わり、西武のリーグ3連覇が決まった日でもあった。この年のリーグ優勝を逃した近鉄だったが、元号が平成に変わった1989年(平成元年)は9年ぶり3度目のリーグ優勝を果たす。
2006年には本拠地移転を契機に僅か3年で、1981年以来のリーグ優勝と1962年(東映フライヤーズ時代)以来の日本一を達成、翌2007年にはリーグV2を果たし、北海道移転後は5度のリーグ優勝(2006年・2007年・2009年・2012年・2016年)、2度の日本一(2006年・2016年)を果たしている。
東北楽天ゴールデンイーグルスも、2005年からの設立当初は2年連続最下位と苦しんだものの、2006年シーズンより野村克也が監督に就任して以降、田中将大の入団、2009年の2位及び同年CSでの健闘が注目され、ファンを開拓した。そして2011年に星野仙一監督が就任。3年目となる2013年には、球団初のパ・リーグ優勝・球団初の日本一を成し遂げた。こうして、北海道・東北においてフランチャイズ球団が地域及び球団自体に変化をもたらし、地域密着スタイルが再びクローズアップされることになった。
西武ライオンズも、経営陣が刷新された後の2008年からは、球団名に「埼玉」を掲げ、現在の埼玉西武ライオンズに改称し、西武沿線にこだわらず沿線人口の多いJR京浜東北・埼京線側の大宮公園球場でも主催試合を行うなど、地域密着の姿勢を打ち出した。