川越車両センター
2013年度からE233系7000番台が投入され、第28編成を除き2013年7月 - 2014年2月にかけて置き換えられたことに伴い、180両(第1・4・7・11-15・18・20・22-26・30-32編成)がインドネシアのジャカルタ首都圏鉄道会社に譲渡された。また、第16・17編成の内それぞれ4両が宇都宮・日光線用に転用され、小山車両センターへ転属した。
第2・3・5・6・8・9・10・19・21・27・29編成と第16・17編成の転用に回されなかった中間車、計122両は長野総合車両センターまで配給され、廃車となった。この配給の際、川越線内のホーム有効長が牽引機関車を含めて10両なので、10両全車廃車の編成はサハ1両を抜いて配給し、編成から外されたサハは後日数編成分まとめて配給された。ただし、最後の配給となった2014年1月16日の第29編成から抜かれたサハ205-82は配給されないまま川越車両センターに保留車として留置されていた。その後、12月16日に大宮総合車両センター入場の第81編成に組み込まれて同所まで回送され、2015年2月12日に長野総合車両センターへ廃車回送された。
2014年3月以降も、第28編成(10両)のみが予備車として運用されていた。これは2017年秋に予定される埼京線でのATACS導入に備えて、車両の改造工事期間中の予備車を確保するため、期間限定で運用していた。
全編成ATACS設置完了に伴い、2016年10月27日をもって運用離脱し、その内、富士急行譲渡改造を受ける4両(先頭車2両+中間車2両)が11月7日に、残りの廃車解体される中間車6両が11月10日にそれぞれ長野総合車両センターへ配給輸送、前者は11月9日付で富士急行に譲渡、3両編成に短縮の上、6000系6502編成「トーマスランド号」として2018年3月21日より営業開始。