讃岐丸 (特設水上機母艦)
817度 東経139.800度 / 7.817; 139.800の地点を単独航行中にアメリカ潜水艦「フィンバック」の攻撃を受けた。「フィンバック」は魚雷を3本発射し、うち2本が「讃岐丸」の船尾に命中して舵が折損し左推進器が脱落したが、「讃岐丸」は右舷側機械のみで航行を続けて4月1日に舞鶴に入港した。しかし、舞鶴海軍工廠のドックに余裕がないことから、約2ヵ月待機ののち、6月9日から9月24日まで生まれ故郷の三菱長崎造船所で復旧工事と特設運送艦としての艤装工事を行った。
復旧工事を終えた「讃岐丸」は、10月12日六連沖出港のヒ13船団に加入し、高雄、三亜、パラワン島東方を経て10月30日に昭南(シンガポール)に到着。その後はスラバヤを経由してモルッカ諸島方面に向かうが、12月4日にケンダリ港外で触雷して中破。損傷復旧後、1944年(昭和19年)3月11日昭南発のヒ48船団に加入して日本に向かうが、3月14日に北緯10度31分 東経105度04分 / 北緯10.517度 東経105.067度 / 10.517; 105.067の地点でまたもや触雷した。復旧後日本に帰投し、5月13日門司発のヒ63船団で再び南へ下る。ビンタン島産ボーキサイトを搭載して6月17日昭南発のヒ66船団に加わって北上し、6月26日に門司に到着した後、7月6日から30日まで三菱重工業神戸造船所で修理を行った。
竹田六吉 予備海軍大佐:1942年12月1日 - 1943年4月12日
長谷部喜藏 大佐:1943年4月12日 - 1943年7月25日
河原金之輔 大佐:1943年7月25日 - 1944年5月8日
山田鐡夫 大佐(臨時):1944年5月8日 - 1944年8月5日
上岡小彪 大佐:1944年8月5日 - 1945年1月28日戦死 ※同日、海軍少将に特進。