京ケ瀬駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。両ホームは跨線橋によって連絡している。列車の行き違いがない場合は両方向の列車とも、北口駅舎に面する1番線から発着する。なお2007年(平成19年)3月以降、定期列車で2番線から発着する列車はない。
新津駅管理の無人駅となっている。駅舎は待合室の機能のみで、簡易Suica改札機(入場用・出場用各1台)の他、乗車駅証明書発行機、トイレ(簡易水洗式)などが設置されている。また2番線に面して南口が設けられており、ホーム入口には簡易Suica改札機(入場用・出場用各1台)が設置されている。
北口駅前広場にはロータリー(車寄せ)、駐車場、駐輪場などが、南口駅前には駐輪場などが設けられている。この北口駅前広場は旧京ヶ瀬村が新設合併し「阿賀野市」となったのに伴って計画された「新市建設事業」の一環で、2006年(平成18年)から2007年(平成19年)にかけて整備されたものである。