日本学術会議
日本学術会議は政府への勧告により、東京大学附置原子核研究所など多くの共同利用研究所の設立を実現させた。また、1954年には「原子力研究と利用に関し公開、民主、自主の原則を要求する声明」(原子力研究三原則)を提言。1955年には、1957年に南極学術探検隊を派遣する会長談を公表し、政府にも提言。設営や派遣員の人選などを日本学術会議「南極特別委員会」で推進した。
当初は日本学術会議と政府の間を科学技術行政協議会(STAC)が取り持ち、提言を行政に反映させていた。しかし科学技術庁ができてSTACが同庁の科学技術審議会と衣替えし、さらに科学技術会議が発足していくと、「学術会議の提言等を実施に移す専用のルートが実質的になくなり担当する省庁の判断に任せられることとなった」と言われている。また、2005年の改革では総合科学技術会議と提言する内容に重複がないように棲み分けが図られた。
第1期から第16期までの実績を以下の表に示す。ただし、会長談話は第14期から、対外報告は第13期から始まったものである。
2020年10月には、2010年8月を最後に勧告が行われていないことが問題視された。なお、上記表に「提言」は含まれない。
仁科芳雄は1950年の3月に日本学術会議代表として渡米。仁科は「国をこえて科学者が協調して軍事研究を拒否すること」を志向し、米ソの科学者を日本が橋渡しすることを願っていた。仁科は滞米時にソビエト連邦(ソ連)の研究者との接点を探ったが、当時はなす術がなかった(仁科は翌1951年1月に死去)。
その後、日本学術会議は1952年に「ソビエト連邦および中華人民共和国と学術交流の途を開くことについて」という要望を政府に提出。1955年の5月7日から6月25日にかけて、第4期会長を務めた茅誠司を代表とする学術視察団がソ連と中華人民共和国を訪問。同年秋には中国科学院から、院長の郭沫若を代表とする科学視察団が来日した。翌1956年には学術視察団の報告書が発行されている(日本学術会議 1956)。
2002年(平成14年) - 日本が持続可能な開発のための教育(ESD)を提唱した持続可能な開発に関する世界首脳会議(環境・開発サミット、開催地は南アフリカ共和国)において、吉川弘之会長が応援演説。
2006年(平成18年) - 12月、法務大臣と厚生労働大臣から審議依頼を受け、「生殖補助医療の在り方検討委員会」を設置。2008年4月に代理出産は法律で原則禁止が望ましいとする報告書を返した。
2008年(平成20年) - 「日本学術会議憲章」を発表。
2010年(平成23年) - ホメオパシーは科学的根拠が否定されており、医療従事者は使うべきではないとする会長談話を発表。
2014年(平成26年) - 7月、内閣府の科学技術担当大臣のもとで「日本学術会議の新たな展望を考える有識者会議」が設置され、翌2015年7月に報告書がまとまる(詳細は節「#2005年改革の宿題」を参照)。
2015年(平成27年) 同年に防衛省が制定した「安全保障技術研究推進制度」について、防衛省や文部科学省と議論し「安全保障と学術に関する検討委員会」を設置。 9月7日 - 日本学術会議と中国科学技術協会間の協力覚書を締結(https://www.scj.go.jp/ja/int/workshop/abstract.pdf)
2020年(令和2年) - 10月1日、新会員の任命において学術会議が推薦した105人のうち6人が除外される(詳細は節「#政府による人事介入」や記事「日本学術会議会員の任命問題」、「菅義偉内閣#日本学術会議会員の任命問題」を参照)。
2021年(令和3年)4月22日 -「日本学術会議のより良い役割発揮に向けて」公表(https://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-25-s182-2.pdf)。
1993 - 1995年度における内訳は以下の通りで、2020年の時点でも国際関係の活動として総額2億円を計上している。なお、上述のように「アジア学術会議」は1993年から1999年まではフォーラムとして日本学術会議により開催されていた。また、2000年の時点では国際会議に対して年間8件を対象とし、1件あたり500万円から1000万円を援助していたという。
さらに日本学術会議の在り方について、梶田会長と井上信治科学技術担当大臣が中心となって今後の協議を進めることが確認された。
なお同年10月28日の国会答弁において、菅義偉首相は民間出身者や若手が少ないこと、出身や所属大学に偏りがあり多様性を考慮したと弁解した。しかし大西隆元会長は、2005年当時に比べて東京大学出身者は3割近くから17%程度へ、関東の大学在籍者の割合は63%から5割程度に減少しており、会員の偏在には改善がみられると反論している。なお、女性会員は第19期で13名だったものが第20期で42名の約20%となっており、第25期の時点では約38%にまで達している。また、同月30日の国会答弁において首相は、旧帝大所属が45%を占め、産業界は3%、50歳未満の若手は3%に過ぎないと指摘した。野党などはこの答弁に対し、任命拒否された6名のうち3名が私立大学所属であり、女性も1名いると批判している。
日本学術会議は創立当初から毎月、会員に対して
『日本学術会議月報』第1巻第1号、1951年1月 - 第5巻第6号、1955年6月、NCID AN00410327。
『JSCニュース』
『日本学術ニュース』第1巻第1号、1957年3月 - 第4巻第3号、1960年3月、NCID AN00410316
『日本学術会議月報』第1巻第1号、1960年4月 - 第37巻第3号、1996年3月、NCID AN00343434
といった会報を配布していた。これらは日本学術会議事務局、および同広報委員会によるもので、日本学術会議の予算で賄われていた。また、1951年の時点で発行していた月報、総会記録、運営審議会記録は、学会や各種研究機関を通して周知し、会員外にも年額500円で販売していた。
なお、日本学術会議が総会100回を迎えた1986年から、各種学会の機関紙に日本学術会議広報委員会文責の「日本学術会議だより」を掲載するようになる。ただし、会報として日本学術会議だよりの抜粋を記すだけの学会もあり、1995年時点では日本学術協力財団の文責になっている。また、これとは別に日本学術会議会員が所属学会誌に「日本学術会議だより」や「学術会議だより」として記事を記すこともある。
外部への広報を強化するため、月報は1996年(平成8年)に
『学術の動向』NCID AN10527590
としてリニューアルされた。これは日本学術協力財団から発行されており、購読者から購読料を取る形式に変更になっている。2009年(平成21年)12月21日には、J-STAGEでの公開も始まった。