内閣官房
遺棄化学兵器処理対策室 1997年(平成9年)10月1日設置。中国における遺棄化学兵器の廃棄に関する総合調整等を担当する。また、内閣府には実際の廃棄処理事業を実施する遺棄化学兵器処理担当室が設置されており、両室の職員は兼務している。
公文書管理検討室 2008年(平成20年)2月29日設置。公文書の管理体制や国立公文書館の拡充等の検討を担当する。
情報公開法改正準備室
医療イノベーション推進室
社会的包摂推進室
東京電力福島原子力発電所における事故調査・検証委員会事務局
放射性物質汚染対策室 2011年(平成23年)8月25日設置。
PFI法改正法案等準備室
社会保障・税一体改革情報発信推進室
行政改革実行本部
宇宙開発戦略本部事務局 2008年(平成20年)8月27日設置。宇宙開発戦略本部の事務を担当していたが、2016年(平成28年)4月1日に内閣府の宇宙開発戦略推進事務局にその機能が引き継がれ廃止された。
知的財産戦略推進事務局 2003年 (平成15年) 4月1日設置。知的財産戦略本部の事務局であったが、2016年 (平成28年) 4月1日、内閣府に移管された。
内閣官房情報通信技術総合戦略室 IT担当室と政府CIO室を統合して2013年6月4日設置。デジタル庁の設置に伴い2021年8月31日に廃止された。
新型コロナウイルス等感染症対策推進室 2021年(令和3年)11月、「新型コロナウイルス感染症対策推進室」「新型インフルエンザ等対策室」「国際感染症対策調整室」を統合し設置。内閣感染症危機管理統括庁の設置に伴い2023年8月31日に廃止された。