穴山氏
穴山衆は信吉の移封に伴い関東に移り、有泉・万沢・帯金・川方・馬場の家老衆を中心に、葦沢・佐野氏らが加わり穴山家中を取り仕切っていた。信吉の死後は有泉大学助・万沢君基(主税助)・帯金君松(形部助)・川方永養(織部)・馬場忠時(八左衛門)ら家老衆と、勘定方の葦沢伊賀守・佐野兵左衛門尉ら反家老派の対立が生じた。家老衆と反家老派の対立は常陸国山県村の年貢収納を巡り顕在化し、慶長8年(1603年)12月に家康は家老衆の万沢・帯金・川方・馬場氏と反家老派の葦沢・佐野氏を江戸へ呼び寄せ、自身の目の前で両派を対決させた。家康側近の本多正信・大久保長安らは水戸の事情を把握し、反家老衆に肩入れしていたと考えられており、慶長9年正月に家老衆の四名は改易処分となる。
家老衆の馬場忠時は小田原城主の大久保忠隣に預けられるが、忠隣は本多正信・正純親子と敵対し、慶長18年(1613年)に謀反の疑いで改易を受ける。
武田氏滅亡直後の穴山氏は織田氏従属の国衆として徳川氏に与力する位置づけであったが、本能寺の変と信君の死によって徳川氏従属の国衆へと位置づけを変えることになった。
天正壬午の乱では家康は7月9日に甲府へ着陣すると、本陣を新府城へ移して甲斐北西部の七里岩に布陣して後北条勢と対峙した。10月29日には徳川・北条同盟が成立し、後北条勢は甲斐から撤兵し、天正壬午の乱は集結した。
一方、信長死後の織田政権では、天正壬午の乱の最中である天正10年6月13日の山崎の戦いにおいて明智光秀が織田家家臣・羽柴秀吉(豊臣秀吉)により討たれる。6月27日には織田家の後継者を巡る清洲会議において、秀吉により擁立された織田信忠の嫡男・三法師(織田秀信)が後継者に定められた。その後、秀吉は天正11年(1583年)4月の賤ヶ岳の戦いにおいて柴田勝家を破り台頭すると、家康は信長の次男・織田信雄と結び秀吉と敵対した。
家康は天正12年(1584年)3月に小牧・長久手の戦いにおいて秀吉勢と戦っているが、穴山衆はこのときにも徳川方として従軍している。同年11月11日には秀吉との和睦が成立する。また、翌天正13年(1584年)8月に、家康は信濃において自立した武田遺臣真田昌幸を攻めるが、この時にも大久保忠世に付属された穴山衆が従軍している。同年閏8月から12月には信濃上田城を巡る第一次上田合戦において徳川方は敗退し、撤退する。