スーパーヒーロー作戦
声 - 関智一
ネオジャパン代表のガンダムファイター。母を殺し、父を永久冷凍刑にしたという兄・キョウジを憎み、アルティメットガンダム(後に暴走してデビルガンダムへと変貌)を追って地球へと向かう。デビルガンダムとの戦闘中、突然現れた光に飲み込まれ「混沌の時代」へ飛ばされる。古代怪獣ゴモラが眠るコンテナをデビルガンダムだと勘違いし、ゴモラを甦らせてしまう。その後は責任を取るべくガイアセイバーズに協力し、仲間になる。
後半、一時的に元の世界に戻った際、かつての師である東方不敗との戦いでシャイニングガンダムが起動しなくなったため、ゴッドガンダムに乗り換える。その後、東方不敗や凱聖バルスキーと拳を交えたことで「爆熱ゴッドフィンガー」「石破天驚拳」を繰り出せるようになる。
声 - 三木眞一郎
『新スーパーロボット大戦』からの登場。念動力を持つ青年。明るいお調子者でゲームが大好きだが、正義感が非常に強い。ライやアヤは行方不明だと思い込んでいたが、実際は危険人物として独房に閉じ込められていた。その間、「スーパーロボット大戦シリーズ」全作品をクリアしていたらしい。メタルダー=剣流星とは名前が同じことから親しくなり、その相棒のスプリンガーとはゲーム友達になる。
主人公の不思議な能力、R-GUNとSRXの関係に最初に疑問を抱く。
ウルトラマンが捕らえていた宇宙犯罪者。護送中に脱走し、主人公の駆るアールガンとウルトラマンに討伐される。
本作でのTDF基地やバビロスでセーブ要員を担当するオリジナルキャラクター。主人公の性別によるが、セーブした回数次第で恋人候補となり、エンディングで主人公のアシスタントとして登場する。
なお、彼らは後に『α』の主人公となる。また、ブルックリンはスーパーロボット大戦シリーズでは「ブリット」という愛称で呼ばれているが、本作では本名で呼ばれている。
演 - 円谷浩
後半でタイムスリップし、混乱の時代へ戻って来た主人公達を助け、彼ら元の世界にいる間により悪化したバディムのことを告げる。
ウルトラセブンが前半で戦った最後の怪獣。最初は出撃許可をもらえたリュウセイ達SRXチームによってイベント撃破され、その後改造パンドンとなるが、死ぬ覚悟を決めたセブンと、ガイアセイバーズに倒される。
新西暦195年ではDG細胞によって復活し、ギアナ高地で戦っていたドモンとマスターアジアをゼットンと共に襲撃する。
タロウの宿敵。メフィラス星人に仕え、ゴルゴダ星でエースとタロウに成り済まし、ウルトラ兄弟を十字架に磔にした。
銀河系にて最大勢力を誇る惑星間国家政府。同じ惑星での争いが絶えない地球人を蔑視する風潮がある。
ハンターキラーは「正義を振りかざして自分達に都合良く銀河系を支配しようとしている」と評している。実際に地球を犯罪組織の猛者達を留まらせる牢獄扱いしているので、彼の言うことは間違ってはいない。
エースの宿敵。ゴルゴダ星でのイベントでエースによって撃破される。
ネオジャパンの科学者で、レインの父親。才能でライゾウに劣る事から嫉妬心を持っており、その嫉妬心をウルベに利用され、彼の悪事に加担してしまう。終盤でウルベがアルティメットガンダムを暴走させた黒幕であると打ち明けるが、その直後にウルベの怒りを買い、射殺される。
ウルトラ警備隊の隊長。厳しいダンの上司であるが、部下思いの心優しい一面も併せ持つ。その人間性から部下からの信頼は厚い。中盤よりエスカレートしていく戦いに立ち向かうため、ハヤタを隊長として多くのメンバーを揃えた独立遊撃部隊ガイアセイバーズを結成した。
演 - 宮内洋
ストーリーには直接関連しないため、飛鳥五郎を殺した犯人も迷宮入り。正式に仲間入りするのは後半からであり、前半は条件次第でのペガッサ星人の地球爆破阻止とダーク基地で捕まったガイアセイバーズを助けるのみ。しかし彼の戦闘能力は高いので、終盤まで頼りになる。初対面で烈に姿や風貌から宇宙刑事アラン(『宇宙刑事ギャバン』のゲストキャラクター)と勘違いされる。
何をやらせてもNo.1の男で、鞭で大・中・小の三つの岩を全てウルトラマンの形に彫った。未来から来たドモンのことまで知っており、用心棒との勝負の時と同じような口調で話しかけた。
ウルトラ警備隊の女隊員で、ダンの恋人。ガッツ星人との戦いから疲れ果てていたダンの身を心配していた。改造パンドンとの戦いで自身の正体を打ち明けたダンを優しく受け入れた。その後、TDF基地がバディムに占領された際、囚われの身になるが、ガイアセイバーズによって救出され、ダンと再会を果たす。
かつての地球防衛機関。怪獣や異星人の侵略が激減したため、地球圏の治安維持が主任務となっている。
この時代には地球至上主義者の尖兵に成り下がっており、幾度となく宇宙移民の独立運動を弾圧し、人民から嫌悪されている。
『ウルトラセブン』に登場した怪獣。本作ではハンターキラーが光明寺博士を脅して無理矢理作らせたサイボーグ兵器となっている。