要港部
明治22年(1889年)に「鎮守府条例」を定めた際に、港務・海運を統率し、水雷隊を置いて警備する要港を模索した。この年の6月、伊藤雋吉軍令部長は候補地11港を西郷従道海軍大臣に具申したが、認可されなかった。
その11港は、鳥羽(三重県)・女川(宮城県)・宇和島(愛媛県)・竹敷(長崎県対馬)・若松(長崎県五島列島)・鹿児島(鹿児島県)・久慈(鹿児島県奄美大島)・馬関(山口県)・島前(島根県隠岐諸島)・七尾(石川県)・函館(北海道)である。
下って明治26年(1893年)11月、中牟田倉之助軍令部長は修正案を西郷大臣に商議した。11港の見直し、第五海軍区設置に伴う追加とともに、鎮守府の隷下機関と定義づけたものである。
横須賀海軍鎮守府管区 鳥羽・女川
呉海軍鎮守府管区 仙崎(山口県、馬関代替港)・佐伯(大分県、宇和島代替港)
佐世保海軍鎮守府管区 竹敷・鹿児島・久慈
舞鶴海軍鎮守府管区 島前・七尾
第五海軍区鎮守府管区 大湊(青森県、函館代替港)・厚岸(釧路)・声問(稚内)