劇場版 魔法少女まどか☆マギカ
ある日、2人がさやかの幼馴染のバイオリニストであり、秘かに想いを寄せる上条恭介が入院する病院へ見舞う帰り際、グリーフシードが孵化しかかっているのを見つける。まどかはマミへ助けを求め、合流して魔女の結界の最深部へと向う中、マミへの憧れを打ち明ける。距離を置くマミだが、まどかの「マミさんはもう一人ぼっちなんかじゃないです」という言葉に涙する。先に魔女の元へ向かっていたさやかとキュウべえの元に辿り着き、一人ではない幸せを胸に魔女やその手下と戦うマミだったが、直後に食い殺されるという無残な死を遂げる。それを見ていたまどかとさやかに、キュゥべぇが契約を迫るが、結界の入り口にてマミに邪魔をさせまいと拘束されていたほむらが現れ、魔女を倒す。
マミの死に様という過酷な現実を突き付けられた2人は魔法少女になる決意を挫かれ、その判断をほむらは歓迎する。しかし、さやかは二度と腕は動かないという宣告に絶望する恭介を前に、ケガを治すためキュゥべえと契約をする。
マミの遺志を継ぎ魔女と戦っていく決意を固めるさやか。その前に、利己主義を信念とする魔法少女・佐倉杏子が現れる。自分が生きるためのみに魔女を倒し、一般人の犠牲も厭わないというマミとは対照的な振る舞いにさやかは反発し、魔法少女同士の争いが生じる。2人の争いを止めたいも、無力ゆえに何も出来ないまどかに、今すぐ魔法少女になれば二人を止められるとキュゥべえは唆すが、そこへ現れたほむらによって争いは制止される。
SLOT劇場版魔法少女まどか☆マギカ [新編]叛逆の物語(2019年9月、メーシー)
SLOT劇場版魔法少女まどか☆マギカ [前編]始まりの物語/[後編]永遠の物語(2021年8月、ミズホ)
Pぱちんこ劇場版魔法少女まどか☆マギカ(2019年10月、京楽産業.)
Pぱちんこ劇場版魔法少女まどか☆マギカ キュゥべえver.(2020年10月、京楽産業.)
劇場版の世界展開は2012年9月13日に公式ウェブサイトにて発表され、アメリカ合衆国、フランス、イタリア、サンマリノ、韓国、台湾、香港、シンガポール、オーストラリア、カナダの10か国43都市で10月から3月にかけて前後編が上映された。サンフランシスコでのチケットはウェブページの公開から3日以内で完売した。また、『[新編] 叛逆の物語』はJapan Expo 2013にてフランスで2013年11月16日に公開されることが発表され、アメリカでも12月3日にハリウッドのエジプシャン・シアターでプレミア上映を実施した後、ロサンゼルスのダウンタウン・インディペンデントで一週間の興行を実施、アメリカ45館、カナダ30館で公開されている。また、新編の日本国外での公開はこれらや台湾、香港、韓国などに加えメキシコ、オーストラリア、ニュージーランドでも実施され、9か国107劇場での上映が行われたが、さらに他のアジア各国やヨーロッパ各国などでも公開国は拡大された。
なお、アメリカのあるアニメファンサイトでは『[新編] 叛逆の物語』に対してR指定相当と評価している。