大中湖
JR東海道本線の彦根駅-米原駅間は入江内湖を避けるように建設された。
松原内湖(まつばらないこ)
彦根市街北部にあり、江戸時代には彦根城の外堀としても機能していた。広さは73.7haあった。琵琶湖の内湖干拓事業の試験事業的な意味合いを持つ内湖である。1944年に学徒勤労動員を主力として着工され、1947年または1948年に竣工している。干拓後は主に水田となったが、滋賀県立彦根総合運動場や近江高校の敷地にもなっている。
曽根沼(そねぬま)
彦根市南西部にあり、荒神山に隣接していた。面積は87haあり、干拓後は主に水田となったが、一部の水面は残されており、曽根沼緑地公園の敷地にもなっている。
小中湖(しょうなかのこ/しょうなかこ)
琵琶湖の内湖でもっとも早くに干拓工事が始まったとされ、1943年に着工されたと考えられている。近江八幡市東部から旧能登川町南西部に跨り、干拓後は主に水田となった。住所表記では近江八幡市安土町下豊浦および東近江市きぬがさ町に相当する。大きく3つの区域に分けられ、西から順に西の湖、安土内湖(弁天内湖)、伊庭内湖と称されていた。西の湖はほとんど干拓されずに現存している。大中湖の干拓前に、弁天内湖、伊庭内湖が干拓された。現在の伊庭内湖は大中湖の一部。
津田内湖(つだないこ)
近江八幡市北西部にあり、干拓後は主に水田として使用されているが、近江八幡市立運動公園の敷地にもなっている。
水茎内湖(すいけいないこ)
近江八幡市西部にあった。湖跡の北側には187mの岡山が存在する。