東方文化学院
狩野直喜(1929年4月 - 1938年3月)
松本文三郎(1938年4月 - 1944年12月)
狩野直喜(事務取扱 1944年12月 - 1945年2月)
羽田亨(1945年2月 - 1949年3月)
古書複製事業は廃止された。
東京・京都両研究所は、その後も、定例講演会で互いに講師の交換を行うなど交流を続けた。
1938年4月:東方文化研究所において、水野清一らによる雲岡調査が始まる。
1939年1月:(新)東方文化学院・東方文化研究所、東亜研究所の委託事業「支那に於いて遼金元清の各王朝が漢民族その他の異民族統治に関して採れる政策」の研究を開始。
1940年5月:東方文化研究所、東洋暦術調査研究を開始。
この時期より、東方文化研究所、所内出版物の費用捻出その他財政困難のため、所員の中国旅行を中止。
1941年4月:(新)東方文化学院、東亜研究所の委託事業「清朝に於ける社会経済に関する研究調査」を開始。
同時期、東方文化研究所も、東亜研究所の委託事業「欧米勢力支那浸透史」・「支那民族南海発展史」の研究を始める。
1941年5月:興亜院発足により(新)東方文化学院・東方文化研究所は外務省から興亜院に移管。
これ以後、予算は国の予算から拠出されることになった。
1942年4月:(新)東方文化学院の宇佐美誠次郎研究員が治安維持法違反で逮捕。
1942年11月:両研究所は大東亜省へ移管(戦後、再び外務省に移管される)。
1943年3月:東方文化研究所、『東方文化研究所漢籍分類目録 坿書名人名通検』を刊行。
学院の主な事業は東洋文化に関する文献史料の蒐集、学術研究の報告であり、研究成果は報告書として刊行された。比較的短い論文を発表するための紀要誌として1931年『東方学報』が創刊され、東京・京都それぞれ独立した分冊が刊行された。このうち『東方学報 東京』は1944年をもって中絶したが、『東方学報 京都』は京大人文研に継承され、現在も刊行を継続している。これに加え、中国の古典典籍を「東方文化叢書」として復刻刊行する古書複製事業も行われていた(主任は荻野仲三郎)が、1938年の東西研究所の分離独立に伴い打ち切られた。
分離後の(新)東方文化学院で新設された「近世法制経済部」は中国の現状分析を中心とし、以降この部門の研究員として植田捷雄・宇佐美誠次郎・高橋勇治ら現代的な地域研究を志向する若手が専任研究員として採用され、当初の意図は措き、結果においては戦後活躍する現代中国研究者が育成されることになった。
設立の発端となったのは光緒24年(1899年)に勃発した義和団の乱である。結果として列強に敗北した清朝は莫大な賠償金の支払いを余儀なくされ、これは辛亥革命後の中華民国にも引き継がれた。1920年代になって中国国内では抗日の機運が高揚し、日本政府はこれを緩和するため文化事業の推進を図った。そこで義和団の乱の賠償金などを基金として、外務省により対支文化事業特別会計が設けられ、1923年以降、日中共同の東方文化事業が運営されることになった。この事業は当初、日中双方で構成された東方文化事業総委員会により進められ、その元で北京には人文科学研究所、上海には自然科学研究所が設立された。しかし1928年の済南事件により、東方文化事業総委員会は、中国側の委員が抗議の辞職を行ったため、活動継続が困難になってしまった。(後述#東方文化事業も参照)