2000年代のJRダイヤ改正
琵琶湖線では日中時間帯の米原発と野洲発の順序を入れ替え、野洲駅・近江八幡駅で新快速・普通が相互接続するようになった。
JR宝塚線では朝時間帯に快速が増発され、この時間帯の京都線直通の普通を全区間内側線走行に変更し、塚本駅を通過する列車はなくなった。日中の普通は207系に統一された。夕方の快速は三田駅 → 篠山口駅間で各駅停車になり、この時間帯の普通電車は新三田行きに見直された。JR東西線からの快速を篠山口行きに延長し、大阪発新三田行きの快速を増発した。中山寺駅に快速が停車するようになった。大阪発22時台の宝塚行き列車が増発された。
学研都市線では夜の快速・普通の接続駅を住道駅に変更した。また、大久保行きの区間快速が復活した。
播但線では土曜・休日に限り、221系が1往復乗り入れるようになった。
木次線では第2木曜運休の臨時列車の増発と出雲横田駅 - 備後落合駅間の減便(出雲横田発18時台と備後落合発6時台の廃止)が行われた。可部線では可部駅 - 加計駅 - 三段峡駅間が廃止された。
鷹取駅に隣接して神戸貨物ターミナル駅が開業し、神戸港駅への貨物支線(神戸臨港線)が廃止された。
西日本で改正。
西日本では、米子空港の滑走路拡張工事に伴って境線のルートを一部変更、大篠津駅が米子空港駅に、御崎口駅が大篠津町駅にそれぞれ改称された。
JR東海(東海道新幹線) 2003年10月 - 2004年9月 輸送人キロは3.6%増加(前年比)、運輸収入は3.3%増加。 断面輸送量 - 「のぞみ」と「ひかり」の合計が8%増加(前年比)、「こだま」が4%減少、合計では5%増加。 1日平均利用者数 品川駅は4.2万人。東京駅は14%減少(前年比)した。東京駅と品川駅の合計利用者数は、前年の東京駅利用者数に比べ、6%増加。新横浜駅は1%増加。 ひかりの停車本数が増加した駅の利用者数(1日平均 前年比) 小田原駅で3%増加、三島駅は1%増加、浜松駅も8%増加、豊橋は増減なし。 京浜地区 - 山陽区間「のぞみ」停車駅間の利用が前年比10%増加。
JR西日本(山陽新幹線)2004年3月期下期 新大阪駅 - 西明石駅間における断面輸送量が3.6%増加(前期比※2004年は閏年)。 岡山駅 - 首都圏で約10%、広島駅 - 首都圏で約15%、新山口駅 - 首都圏で約30%乗客数が増加。 2004年3月期下期、乗客1人あたりの平均乗車キロが増加し、輸送人キロが4.9%増加(前期比)した。 乗客一人当たりの単価が0.6%減少したものの、運輸収入は3.0%増加した。
西日本の加古川線が電化され、所要時間の短縮や初終電の繰上げ・繰り下げを実施 した。電化用として125系が4両新製投入されたほか、103系の改造車(3550番台)が16両投入された。
東日本では、小田急電鉄のダイヤ改正に伴い、相互直通の常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線でダイヤ修正。小田急との直通運転が早朝・深夜にも拡大された。
大村線を走っていたキハ183系の特急「シーボルト」が廃止された(車両は後述の「ゆふDX」に再整備)。
鹿児島本線に太宰府信号場を開設、すべての快速が大野城駅に停車するようになり、若松線二島駅 - 折尾駅間に本城駅が開業した。また、篠栗線の城戸駅が城戸南蔵院前駅に、肥薩線の霧島西口駅が霧島温泉駅にそれぞれ改称された。
この改正ではのと鉄道でも列車削減改正が行われ、蛸島駅まで来る列車は5本のみになった。
東日本の宇都宮線・高崎線を中心にダイヤ改正。
上野駅を発着する宇都宮線・高崎線普通列車の全列車にグリーン車が連結されるようになった。また15両編成で運転する列車が増え、宇都宮線は自治医大駅・石橋駅・雀宮駅のホーム延長により、宇都宮駅まで15両編成での運転が開始された。
新幹線では、上越新幹線は熊谷駅に、長野新幹線は高崎駅に停車する列車が増えた。
中央線では「あずさ」1往復を「スーパーあずさ」に変更する形で「スーパーあずさ」の増発と「かいじ」の竜王駅発着列車の増発が行われた。また「あずさ」・「スーパーあずさ」の号数が列車別から発車順に統一された。
東海道線では、新宿駅 - 小田原駅間のライナー列車1往復が185系7両編成から251系10両編成に変更され、251系が初めてライナー運用に入った。
常磐線では、三河島駅と南千住駅に通勤快速を除くすべての「普通」が停車するようになった。また川尻駅が十王駅に改称された。
仙石線に小鶴新田駅が開業した。これに伴い、仙台車両センター宮城野派出所への出入庫を兼ねた苦竹駅発着の列車は小鶴新田駅発着に変更された。
磐越西線では、平日ダイヤと土曜・休日ダイヤを統合した。
新造のE751系により、特急「スーパーはつかり」が運用を開始した。
中央・総武線各駅停車・宇都宮線では、E231系が投入された。
仙石線では仙台駅 - 陸前原ノ町駅間が地下化され、あおば通駅が設置された。
西日本の山陽新幹線でダイヤ改正を実施。ひかりレールスターの増発が行われた。
津山線の急行「つやま」を廃止し、快速列車に統合された。これによりJRで定期運転する昼行急行列車、また気動車によって運行される定期急行列車は消滅した。
アーバンネットワーク
JR京都・神戸線では、従来23時台で終了していた大阪発の新快速の運行を0時台まで拡大し、西明石行きは兵庫駅から電車線を走行するようになった。深夜時間帯の快速の通過運転区間が大阪駅 - 高槻駅間に変更され、新快速と時間が重なる列車は廃止された。播州赤穂行きの終電が新快速(姫路駅から普通、土曜・休日は姫路発)に変更された。夜の列車の運転区間の見直し(神戸・加古川行きの設定)を行った。朝に甲子園口発、夜の甲子園口止まりの列車が復活した。
学研都市線では321系が京田辺駅発着列車にも使われるようになった。
阪和線・大和路線では土曜ダイヤでのホームライナーが廃止された。
嵯峨野線の複線化工事進捗に伴い、一部列車の所要時間を短縮した。
奈良線では夜間の快速が区間快速に変更された。
乗務員の睡眠時間確保を目的にして、終電が繰り上げになった。
米子地区では、米子駅での山陰本線・伯備線と境線、出雲市駅での米子方面と浜田方面の接続改善を行った。
広島地区では休日運休の列車を土曜・休日運休に変更した。
山陽本線(岡山駅 - 岩国駅間)や山口線・宇部線では日中の快速が廃止された。七尾線では早朝4時台と夜23時台の列車が廃止され、小浜線では最終が30分ほど繰り上がった。
飯田線では、辰野駅の4時台の始発列車が廃止され、伊那松島発(5時台)に見直された。夜は岡谷発駒ケ根行きを22時過ぎから20分繰り下げ、新宿発の「スーパーあずさ」から接続するようになった。
高山本線では、22時台の高山発猪谷行きが坂上行きに見直された。