願証寺
しかし、天正2年(1574年)7月には信長の三度目の侵攻で長島本島に攻め込まれ、一揆勢は篠橋・大鳥居・屋長島・中江・長島の五城に籠城した。8月に入ると大鳥居が陥落し、篠橋の籠城者は長島城へ追い入れられた。各城では餓死者が続出し、9月29日に、ついに長島城の籠城者は退去を始めるが、信長側の一斉射撃に合って男女約1000人が殺害され、生存者は逆襲して信長側と死闘の末、北伊勢方面へ逃れた。残る中江・屋長島は四方より火をかけられて、男女約2万人が焼き殺された。しかし、長島城の最後の戦闘では、織田信広・秀成・信成・信次・信直・佐治信方など、多くの織田一門を討死させている。
一方、願証寺は長島城陥落の日に5世顕忍が討死し、2世実恵の妻が海に入水、3世証恵の弟証栄も死亡した他、4世証意に嫁いでいた武田勝頼妹菊姫も同日に死亡したという伝承がある。また、14歳だった顕忍は自刃して果てたとも伝わっている。しかし、顕忍の弟で2歳の顕恵は川から救出されて生き延び、願証寺家臣の手によって大坂本願寺へ送り届けられ、本願寺により正統と認められた。顕恵はのちに近江国日野に願證寺を興した。