グリーン車
こうして2+1人掛けの3列配置が国鉄の民営化以降主流となっていったが、JR東日本では1993年(平成5年)に営業運転を開始した255系以降の特急形車両では、ジョイフルトレイン以外ではわずかな例外を除き、定員確保の観点から再度国鉄時代のような2+2の配置となっている。なお、JR東日本では自社線内に限り、グリーン車を利用する場合は新幹線および一部の特急を除いて乗車距離が300 km以内のグリーン料金が他のJR各社より240 - 1,000円安く設定されている。また、JR東海でも、最初期に登場したサロハ371形では2+1配置を採用したが、後に導入したクロ383形では2+2配置に戻されている。
新幹線では車体幅が在来線より広いこともあり、東海道新幹線開業時から基本的に2+2列の配置である。例外は、100系・200系にかつて存在した1 - 4人個室と、いわゆるミニ新幹線として在来線規格で製造された400系が2+1列として設定されたのみである。なお、ミニ新幹線用として後に製造されたE3系以降は定員確保のため2+2列で配置されている。
座席についても、従来からの標準であったリクライニング機構、テーブル、フットレストのみならず、レッグレストを設置したり、特にJR民営化直後に登場した列車では各席に小型液晶テレビを設置したり、音楽を配信するオーディオ・ヴィジュアルサービスを提供したりするものまでが出現した。また、サービス面でも、フリードリンク・菓子類や雑誌(車内誌)の提供、女性客室乗務員によるサービスなど内容の向上が見られたが、現在では経費削減のため軒並み取り止められている。
事実上JR(国鉄)路線網の一部を構成する鉄道や、JR(国鉄)との直通運転により、自社でグリーン車を保有し、運用するケースがある。また、自社車両を保有していなくても、JRからの乗り入れ列車がグリーン車を連結しているため、自社線内のグリーン料金を設定しているケースもある。以下会社名は五十音順とする。
なお、かつてJR東日本の485系がえちごトキめき鉄道日本海ひすいラインで、JR東海のキハ85系が伊勢鉄道伊勢線でグリーン車を連結していたが、どちらも会社線でのグリーン料金は不要となっていた。