各駅停車
JR宝塚線(福知山線)の大阪駅発着の列車は通勤形電車使用の列車を含めて塚本駅を通過することは前記した。なお、2003年(平成15年)11月28日まではJR京都線直通にも同様の列車が設定されていた。
『JR時刻表』(交通新聞社)など、冊子の時刻表においては電車特定区間内の掲載列車を快速などの一部列車に限定している線区がある。こうした線区では各駅停車は運行区間が限定されている場合が多いが、早朝・深夜などには例外的に全区間にわたって、または通常の運行区間を越えて各駅停車で運行する列車もあり、「各駅停車」と付すことで駅の記載自体が省略されている通過駅にも停車する列車であることを表している。なお、JR西日本ではこれも「普通」と案内されている。
中央線快速(JR東日本) - 『MY LINE 東京時刻表』において、早朝・深夜に東京・中野 - 武蔵小金井・立川・豊田・高尾・大月間および青梅線に直通する(御茶ノ水 - 三鷹間で緩行線を経由する)各駅停車に注記があった。2020年(令和2年)3月14日のダイヤ改正で、当該列車は消滅した。 また、武蔵小金井・立川・豊田 - 高尾・大月間のみを運行し、通過駅もなく案内上も各駅停車であるが、列車種別上は「快速」という電車もある。これらは事実上各駅停車であるが注記はなく、逆に中央本線(電車特定区間を外れる大月駅発着)や青梅線に直通する電車は、直通線区のページに「快速」の種別表示がある。
東海道本線・山陽本線(JR西日本の琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線、いわゆる京阪神緩行線) - 各駅停車の通常の運行区間は京都 - 西明石間だが、朝時間帯に草津駅と加古川駅を発着する各駅停車に注記がある。
関西本線(JR西日本の大和路線) - 各駅停車の通常の運行区間は王寺(一部奈良) - JR難波間だが、早朝・深夜に数本ある加茂発着の各駅停車に注記がある。なお、加茂始発・終着列車はそれ以外はすべて快速である。