上野駅
上野駅と京成上野駅の両駅を連絡駅とした定期券は発売している。
地下鉄各線の連絡は、中央改札近くにある階段・エスカレータを利用するルートが主だが、入谷改札からの動線も案内されている。
在来線のトイレは中央改札口入って正面にある駅弁店・土産物店(洋菓子)の裏側(地上。頭端式ホーム14・15番線ホームおよび16・17番線ホームの延長線上)、3・4番線ホームへの階段と5・6番線ホームへの階段との間(中2階コンコース)、9・10番線ホームと11・12番線ホームとを連絡する箇所(2階)、現行の公園口改札前(3階)、エキュート上野内1階に直結するエスカレーターの向かい側(3階)の計5か所である。なお、2020年3月の公園口駅舎の移設の後となる同年6月17日に、公園口改札外(2階)が供用開始される予定である。
2009年3月16日に、上野中央通り地下駐車場および周辺のJR上野駅・御徒町駅、東京メトロ上野駅・上野広小路駅・仲御徒町駅、京成上野駅、都営上野御徒町駅、を結ぶ地下通路が、東京都の整備で供用開始された。この8駅と上野駅は同一駅として扱わないが、東京メトロ上野駅、京成上野駅は定期券の連絡駅 として扱う。
新幹線開業以降JR駅内部の改装工事が始まり、1990年代後半に改札内部に「Dila上野」が完成した。その後、JR東日本ステーションルネッサンス「みんなのえきプロジェクト」と称して中央改札・不忍改札側の駅舎内部も改装され、東西自由通路(愛称:パンダ橋)や正面玄関「レトロ館」の「Breakステーションギャラリー」、中央改札の「グランドコンコース」、ショッピングセンター「七番街(アトレ上野)」などが整備され、2002年3月にグランドオープンした。