震旦大学
1904年9月にイエズス会の神父、フランソワ・ペラン(François Perrin、中国名:南從周)が副校長、教務長となり、馬相伯とイエズス会は教育の方法で対立することになった。1905年8月に馬相伯と一部学生は震旦学院を去り、復旦大学を設立した。
その後、震旦学院はイエズス会の管理下で発展、改組され、1906年には172人の学生を有し、革命の活動は禁じられた。1907年に盧家湾に、新校舎を作った。1909年に、聖マリア病院(現在の上海交通大学医学院附属瑞金医院)を併設し、医学部を作り、1917年には医学博士課程も設けられた。1934年には看護学校も作られた。中国のカトリック系病院の医師の75%が震旦大学の出身者となった。
1917年に震旦学院は震旦大学院に改称され、1930年に震旦大学に改名された。
1932年に震旦大学は、4学科(法学科、文学科、理工学科、医学科)となり、それまでフランス人イエズス会士が校長を務めていたが同じ年に初めて中国人の胡文耀が校長となった。1930年代には留学生も入学するようになった。1937年にアメリカの聖心修女会の援助で、震旦女子文理学院がつくられた。
1952年に共産党政権下で聖ヨハネ大学などと統合されて上海第二医学院となり、2005年に上海交通大学と統合され上海交通大学医学部となった。