連合軍専用列車
以後は、日本人の乗る列車に専用車両を連結する形態になる。これは、この頃までにイギリス連邦占領軍の規模がかなり縮小した上に、日本における輸送需要が好転してきたこともあり、週1往復ほどしか運行されない専用列車のためにダイヤの余地(スジ)を与えておくわけにはいかなくなったからだと言われている。
1951年(昭和26年)1月19日:「Allied Limited」、朝鮮戦争による基地間の移動の増加などを受けて運行区間を佐世保駅まで延長。 9月8日:サンフランシスコ平和条約に日本代表が署名。
1952年(昭和27年)3月31日:日本における「RTO」などが廃止され、専用列車の一部を切符の販売制限はするが日本人にも開放するようになり、それらの列車は「特殊列車」と呼ばれた。これによって「Allied Limited」といった列車愛称は消滅する。なお「特殊列車」の料金については、急行列車のそれとして扱われた。 4月28日:サンフランシスコ平和条約が発効し、日本の占領時代が終わる。 10月1日:1201・1202列車の始発駅が、横浜から東京に変わる。
1954年(昭和29年)10月1日:「特殊列車」は完全に日本人が乗る普通の急行列車に転換され、1201・1202列車のうち函館 - 札幌間運転のものには「洞爺」、東京 - 青森間運転のものには「十和田」と命名、さらに1001・1002列車には「西海」、1005・1006列車には「早鞆」とそれぞれ命名。
専用列車は、日本の鉄道の運営上何においても「優先」ということで運行されていたが、それ以外にもさまざまな印象を日本国民に与えたといわれている。例えば、日本の鉄道では戦争中の1944年(昭和19年)から寝台車と食堂車が廃止され、それらに使われていた車両は普通車に改造されるか、地方の駅へ空襲を避けて疎開されるなどした。
戦後連合国軍は、それら疎開されていた車両を連合国軍列車の車両として、接収・改造して「Allied Limited」などに投入した。なお、日本人が使用できる寝台車の復活は1948年(昭和23年)12月の各線での急行列車から、食堂車は1949年(昭和24年)9月の特急「へいわ」号からである。