帰ってきた 名探偵ピカチュウ
声 - 古谷徹
事件の鍵を握るポケモン。
声 - 櫻井トオル
回想に登場。ハリーに問い詰められると、コドラにRを使い暴れさせ、その隙に逃走した。2年前にR事件の犯人として逮捕された。
声 - 社本悠
レイチェルの友人。以前はポケモン共生研究所で働いていたが、閉鎖後はバンブーストリートのピザ屋に勤務している。
宝石商デニスの屋敷で宝石「オーロラの雫」の盗難事件が起こる。デニスの依頼により、ティムたちは執事バーンズの無実を証明することになる。事件を解決するも、ウッウが宝石を飲み込んで飛び去ってしまう。ティムとピカチュウは、ウッウの背中に四角いキューブが取り付けられているのを見て、何者かに操られていたのではないかと考える。
もともとはゲームの完結編として考えていたプロットを、映画『名探偵ピカチュウ』でやることになったため、ゲームでは、映画と異なる形での結末を描くこととなった。
前作ではピカチュウはティムの通訳のような役回りとなっていたが、今作ではピカチュウを直接操作するシーンが登場し、通訳を介することなくポケモン同士の会話シーンを楽しむことができる。ピカチュウが力を借りるガーディ、ヒヒダルマ(ガラルのすがた)、レントラー、ゴロンダの4匹については生活環境や設定を特に深く掘り下げて表現している。この4匹は、謎解きの仕組みとの親和性で選ばれた候補の中から、スタッフの好みが反映されて選出された。
「正解表示機能」や「つまみぐいモード」については、謎解きパートを手早く終わらせたいユーザーや配信動画を見て楽しみたいユーザーなど、さまざまな需要に応えるために実装された。