秋田戦争
庄内軍三番大隊と四番大隊は、山道口とは別の海道口を進撃した。由利郡で秋田遊撃隊、有志の二隊、亀田藩、本荘藩、矢島藩に佐賀藩の砲撃隊が加わり、鳥海山中腹の三崎峠を踏破して、女鹿(山形県遊佐町)にあった庄内軍の陣地を急襲した。庄内軍のイギリス製のライフル銃200挺と弾薬、青銅製のカノン砲などを鹵獲して、村を焼き払った。しかし、吹浦から出陣した庄内軍三番大隊と四番大隊に包囲されて、塩越(にかほ市象潟地域)に退却した。
庄内軍は本荘藩領・矢島藩領へ進軍し、7月28日に矢島、8月1日に塩越、8月2日に平沢を制圧した。
8月5日に上条(由利本荘市)で、弘前藩・本荘藩・亀田藩・福岡兵が庄内四番大隊と4時間に及ぶ銃撃戦を展開した。庄内軍の援軍により、新政府軍は退却した。そこへ、奥羽鎮撫総督府参謀の前山清一郎が久保田軍と福岡軍と共に援軍に来て、庄内軍を攻撃した。久保田軍は突撃刀槍隊で切り込みを敢行した。しかし、最終的には新政府軍が退却して、8月6日に本荘城が奪われた。また、以前から奥羽鎮撫隊監軍の山本登雲助に理不尽な采配を受けていた亀田藩は、山本が亀田藩兵を置き去りにして退却したため、庄内藩に降伏した。
8月13日から14日には庄内三番大隊・四番大隊が亀田城下に進駐し、8月17日に久保田藩は長浜(秋田市下浜長浜)付近まで追い込まれた。
国学の第一人者であった平田篤胤・佐藤信淵の生誕地である久保田藩は、もともと若手を中心として勤王思想を持つ者が他藩よりも多かった。
鳥羽・伏見の戦いから間もない慶応4年1月15日(1868年1月29日)、新政府は奥羽諸藩に東征軍を派遣するので応じるように命じた。2月17日(1868年3月10日)、京都の東征大総督府は奥羽鎮撫隊総督・九条道孝に会津・庄内両藩の処置についての回答を与えた。九条は海路仙台に到着、直ちに仙台・米沢両藩に会津討伐を命じ、4月6日(1868年4月28日)には久保田藩にも庄内討伐を命じた。
この命令を受けて久保田藩は、亀田藩、本荘藩、矢島藩(当時は立藩前)、弘前藩、新庄藩などと共同し由利地方や新庄藩に兵を集結し、庄内藩を攻めようとした。しかしこの時点では、庄内藩が討伐対象とされる経緯に疑問を持ち薩摩藩の私怨と考える兵士も多く、士気は振るわなかった。
由利地区に攻勢にでた連合軍に対し、庄内藩はこれをいち早く察知して閏4月20日(1868年6月10日)に反撃してきた。そのため、久保田連合軍は総崩れとなった。その後、仙台藩による白石同盟の呼びかけにより、この連合はなし崩し的に解散となった。
奥羽鎮撫隊の命令を受けて兵を集めていた仙台藩と米沢藩は、逆に会津支持を表明した。