諫早湾干拓事業
開門・非開門派による裁判は多数乱立し、一時期7件が同時に進行した。2019年現在でも、長崎地裁だけで3件の開門請求裁判が係争中である。さらに営農側でも「開門と野鳥食害の損害賠償請求訴訟」があり、今後「農地の整備不良で営農が破綻した」とする損害賠償請求も予定している。以下は主な訴訟のみ掲載している。
2004年8月、佐賀地方裁判所(一審) - 工事中止の仮処分を決定。
2005年5月、福岡高等裁判所(二審) - 工事中止の仮処分を取り消し。
2007年11月、干拓事業完成。
2008年6月、佐賀地裁(一審) - 開門を命じる。
2010年12月、福岡高裁(二審) - 水門開放を命令。菅首相、控訴せず。判決確定。
2013年11月、長崎地方裁判所(一審) - 水門開放請求を棄却。当面、開門してはならない。
2014年4月、佐賀地裁 - 開門しなければ制裁金を支払えと命令。(1人1日1万円)
2014年6月、長崎地裁 - 開門すれば制裁金を支払えと命令。
2014年6月、福岡高裁 - 長崎地裁の制裁金の判断は妥当である。
2014年12月、佐賀地裁 - 開門命令の判決を無力化せず。国側敗訴。2018年7月の福岡高裁へ。
2015年1月、最高裁判所 - 制裁金の判断は矛盾していても、どちらも有効と認める。判決確定。
2015年3月、佐賀地裁 - 国が開門しないので、制裁金を倍額に増やせ。
常時開門から営農側や諫早市民を守るために必要となったとされる工事は下記のとおりである。 代替水源対策(海水淡水化処理施設6カ所建設、ため池3カ所設置)および送水パイプライン(全長12.7km):349億円 常時排水ポンプ所設置(9か所) 既設堤防の補強(67か所) 既設ゲート、桶管補修(計26カ所) 既設ゲートの電動化(10か所) 排水門への汚濁膜設置(5m×1500m) 塩害防止のための自走式スプリンクラーや散水設備設置 海水浸透を防止するための地中への鋼矢板打ち込み(地下4mまで)
当初は海水化して水源として使用できなくなる調整池の代替として地下水利用が提案されたが、過去に地下水の採取によって激しい地盤沈下が発生し、標高が低くなることによって水害も酷くなるという悪循環に苦しんでいた住民はこれを拒否した。2013年7月になって農水省は地下水利用案をあきらめ、349億円かけて海水を淡水化するプラントを建設する計画を提示した。海水淡水化プラントを使って農業をするという前例は乏しく、またこれら施設が完成しても、その後の維持には年間数十億円が必要とされることも懸念された。
これらの反対運動を受けて、2001年に武部勤農林水産大臣(当時)は干拓事業の抜本的な見直しを表明し、2002年4月から28日間の短期間に堤防を開門し、その前後の合計8か月間にわたって環境調査が行われた。開門は、調整池が海水面から-1mから-1.2mまでの水位を保つ形で水門が制御され海水が調整池に導かれた。これにより調整池の大部分は塩分濃度は上昇して海水に近い塩分濃度になった。しかし、開門によって調整池の淡水魚が死滅しただけで、有明海の環境の改善は認められなかった。九州農政局では、開門試験の結果とコンピュータを使用した海水モデルでの検討をまとめ、2003年(平成15年)11月に調査報告書を作成した。内容は以下の通りであった。
開門によって調節池の堤防付近に躍層形成(水深によって塩分濃度が異なる層が形成されること)が起こり、堤防近くの底層には酸素飽和度が40%以下に低下した貪酸素層が一次的形成された。
調節池の富栄養化した水は海水によって希釈され、CODや栄養塩類濃度は低下した。しかし、環境への負荷収支はむしろ増大する傾向がみられた。調節池での植物プランクトンの活動は活発化し、光合成などによる有機化合物の発生量は増加した。
諫早湾の表層海面において、塩分濃度が2/3程度にまで低下する現象が開門期間中に2度観察された。
堤防からの排水による海面の汚濁は、諫早湾の奥に限局し、諫早湾の中央部分にまでは到達しなかった。
調節池の植物プランクトンは、海水性のものが増えたが、開門終了後には徐々に元の汽水・淡水性の植物プランクトン優位に戻った。
福岡高裁の判決を受けて、国は開門に向けての準備を始める。2011年(平成23年)1月23日、当時の農林水産大臣と農林水産副大臣が長崎県を訪問して地元関係者と意見交換を行った。また開門した場合の環境への影響を調査するために環境アセスメントを実施し、2011年10月18日にアセス準備書、2011年8月21日に修正版となるアセス評価書、2011年11月22日にはさらに修正を重ねた「諫早湾干拓事業の潮受堤防の排水門の開門調査に係る環境影響評価書(補正版)」を取りまとめて公表した。2012年11月2日、農水省は、この事業で閉門中の水門の開門調査を2013年12月から実施する方向で長崎県側と最終調整する方針である事を発表した。これは前述の判決が2013年12月までに開門調査を始めるようにと命じたものであることによる措置である。