国立メディア芸術総合センター
しかし税金の無駄遣いである、事業内容が具体的でないといった指摘(後述の#批判と賛同を参照)を受け、民主党鳩山政権下において予算執行見直しの対象となった。2009年9月17日、川端達夫・文部科学大臣は、補正予算見直し作業の過程において新設を取り止め既存の施設の整備を以って代える方針である旨を言明し、鈴木寛・文部科学副大臣も同月24日の記者会見で、東京国立近代美術館フィルムセンター相模原分館がセル画保存の施設になり得ると考えている旨の発言をした。2009年10月16日には鳩山内閣下の閣議決定により設立予算の執行が停止され、同センターの設立は撤回された。
「国立メディア芸術総合センター事業」の撤回後、代わりに推進されたのが「メディア芸術デジタルアーカイブ事業」(2010年-)および「メディア芸術情報拠点・コンソーシアム構築事業」(2010年-2014年)である。「メディア芸術デジタルアーカイブ事業」とは、メディア芸術の保存・公開などを物理的な施設によって行うのではなく、デジタルアーカイブ化によって行うものである。当初は5か年計画だったが、2015年度以降も継続している。また「メディア芸術情報拠点・コンソーシアム構築事業」とは、文化施設、大学等の連携・協力の拠点機能を果たす情報拠点・コンソーシアムの構築を目指す事業で、2010年度に森ビル株式会社がこれを受託。様々なイベントなどを行いメディア芸術を支援した。
麻生政権批判の象徴となった同センターだったが、2018年には超党派による議員立法で「メディア芸術ナショナルセンター」設置関連法案が提出(未成立)されるなど、見直しの動きがある。