U6 snRNA
遊離のU6 snRNAは、Prp24やLSm(英語版)タンパク質と結合していることが知られている。Prp24はU6 snRNAと中間複合体を形成してU4とU6の間の広範囲にわたる塩基対形成を促進し、LSmはPrp24の結合を補助している可能性がある。これらのタンパク質が結合するドメインのおおよその位置は決定されており、タンパク質は後に電子顕微鏡によって可視化されている。この研究からは、遊離したU6 snRNAでは、Prp24はU6 snRNAのtelestemと呼ばれる領域に結合し、ウリジンに富む3'テールがLSmのリングを通過することが示唆されている。U6と結合する他の重要なタンパク質にはCwc2(英語版)があり、Cwc2と触媒RNAエレメントとの相互作用によってスプライソソームの機能的な触媒コアの形成が誘導される。Cwc2とU6は、U6のISL(internal stem-loop)と呼ばれる領域と5'スプライス部位近傍領域との相互作用によってこの複合体を形成をもたらす。
コンセンサスとなる塩基対形成は5'末端の短いステムループに限定されているが、酵母など特定の生物ではより広範囲での構造形成が提唱されており、5'ステムループに加えて3'末端で分子内ステムループを形成する。
U6 snRNAはU4 snRNAと広範囲にわたって塩基対を形成することが知られている。この相互作用は3'分子内ステムループ形成と相互排他的であることが示されている。