アリゲーター上科
伝統的に、クロコダイルとアリゲーターはガビアルよりも互いに近縁と考えられており、ガビアル上科を排除したブレヴィロストレス類という分類群も考えられていた。この分類は現生種や化石種の骨格の特徴の分析に焦点を当てた形態学的研究に基づいている。しかし、後のDNAシークエンシングを用いた分子系統解析では、アリゲーターよりもクロコダイルとガビアルが近縁であることが判明した。クロコダイルとガビアルを包括する新しい系統群としてLongirostres (Longirostres) が Harshman et al., 2003 で命名された。
2018年にLee & Yatesが形態学、分子(DNAシーケンス)、層位(化石年代)のデータを同時に用いて行った年代測定の研究により、ワニ目の中での相互関係が確立された。2021年にはHekkalaらが絶滅したヴォアイ(英語版)からDNAを抽出して古代ゲノム学を用いてこれを拡張した。