菅直人
こうした中、党の分裂を懸念した前首相の鳩山由紀夫が仲介に乗り出す。鳩山は菅に小沢の出馬見送りと引き換えに枝野幹事長、仙谷官房長官の更迭や小沢の要職での起用、トロイカ体制に輿石参院会長を加えた「トロイカ+1」体制の構築などを菅に要請し、告示直前まで調整が行われたが、菅は密室談合を懸念し両者折り合わず、最後に菅-小沢会談が行われたが、結局物別れに終わった。鳩山はこれまでの菅続投支持から一転、小沢支持を表明。これを受け小沢は告示日である9月1日に出馬表明し、代表選での菅との直接対決に突入した。この代表選において菅は金銭問題が取りざたされる小沢を意識し、クリーンでオープンな党運営や雇用政策の重視を主張し、一方の小沢は衆議院総選挙での2009マニフェストの順守、地方への紐付き補助金の一括廃止、早期の消費税率アップの反対など主張した。
小沢の出馬表明当初は党内最大グループを率い、鳩山グループの支持を取り付けた小沢が国会議員票では優勢との見方もあった が、菅は世論調査で小沢を上回る支持を得たことを背景に攻勢を強め、9月14日に国会議員による投開票が行われた結果、小沢を下し再選を果たした。
9月17日、菅改造内閣発足。
自身の政治哲学である「最小不幸社会」について「恋愛とか、あるいは自分の好きな絵を描くとか、そういうところにはあまり政治が関与すべきではなくて、逆に貧困、あるいは戦争、そういったことを無くすことにこそ政治が力を尽くすべきだ」と述べている。また、「最小不幸社会」は高校時代に読んだオルダス・ハクスリーの『すばらしい新世界』の影響を受けたものであると語っている。
自民党は震災対応に対する指導力不足を指摘し、被災者の仮設住宅入居について「何としてもお盆までにすべての希望する人が仮設住宅に入れるように、私の内閣の責任として実行する」と述べたことについて自民党の野村哲郎は「根拠がない」と批判し、のちにそれが菅の個人的な目標であったことが明らかになると同党の林芳正は「リーダー失格」と批判した。
自民党の安倍晋三は2011年5月20日、自身が発行するメールマガジンにて、福島第一原子力発電所事故における海水注入対応について「やっと始まった海水注入を止めたのは、何と菅総理その人だったのです。」と発信し、「菅総理は間違った判断と嘘について国民に謝罪し直ちに辞任すべきです。」と退陣を要求した。 これに関し、菅は、中止の指示は東電側から出されたもので安倍に嘘の情報を流されたとして、謝罪と訂正を要求していたが、安倍はこれに応じずメルマガの掲載を続けたため、2013年7月16日、菅は東京地裁への提訴に踏み切った。2015年12月3日、東京地裁は、安倍の主張に事実と異なる部分があるとしながらも、記事の主要部分は真実と認め、賠償責任に至るものではないとの判決を下し、高裁、最高裁もこれを支持した。 なお、実際には事故当時の福島第一原発所長・吉田昌郎の判断により海水注入は続けられていたことが後日判明している。