醍醐寺
京都府下最古の木造建造物であり、京都に残る数少ない平安時代建築として貴重であると共に、初重内部の両界曼荼羅と真言八祖を表した壁画も現存する平安絵画として重要であり、塔本体とは別に「絵画」として国宝に指定されている。
清瀧宮本殿(重要文化財) - 永長2年(1097年)に上醍醐より分祀して創建。文明年間の兵火により焼失するが、永正14年(1517年)に再建された。本殿の西側は塔頭・無量光院の跡地。 拝殿 - 慶長4年(1599年)建立。
不動堂 - 堂前で柴燈護摩が焚かれる。
真如三昧耶堂 - 真如苑の開祖・伊藤真乗が興した密教法流「真如三昧耶流」を顕彰するため醍醐寺により1997年(平成9年)に建立された。金色の涅槃像を祀る。もとは朱雀天皇の御願による法華三昧堂として天暦3年(949年)に創建されたものだが、享徳19年(1470年)に焼失している。
祖師堂 - 向かって右に弘法大師(空海)、左に理源大師(聖宝)を祀る。慶長10年(1605年)9月、座主・義演准后の建立。
旧阿闍梨寮 - 1930年(昭和5年)、山口玄洞による建立。
旧伝法学院 - 1930年(昭和5年)、山口玄洞による建立。
大伝法院 - 観音堂を中心とする一帯は大伝法院と呼ばれる。 観音堂(旧・大講堂) - 1930年(昭和5年)、山口玄洞による建立。本尊は丈六の阿弥陀如来坐像であるが、現在は焼失した上醍醐の准胝堂の西国三十三所札所が仮に移されており、「観音堂」と改称されて堂内に納経所 がある。入り口は向かって左後ろにある。 弁天池 弁天堂 - 1930年(昭和5年)、山口玄洞による建立。
(旧)五大堂(上醍醐) - 旧国宝建造物。1932年(昭和7年)4月3日、護摩の火が屋根に燃え移り焼失、1940年(昭和15年)再建。
経蔵(上醍醐) - 旧国宝建造物。1939年(昭和14年)8月29日、山火事が飛び火して焼失。
指定文化財ではないが、1968年(昭和43年)に再建された上醍醐の准胝堂は2008年(平成20年)8月24日、落雷による火災で焼失。今後の再建が検討されている。
大日経開題 弘法大師筆
後宇多天皇宸翰当流紹隆教誡(三通)
後醍醐天皇宸翰天長印信(蠟牋)(後醍醐天皇筆・文観房弘真料紙装飾・奥書)
狸毛筆奉献表 伝弘法大師筆
理源大師筆処分状
醍醐寺文書聖教(もんじょしょうぎょう) 69,378点
宋版一切経 6,102帖(附 経箱604合) - 2017年度国宝指定
醍醐山伝法学院
種智院大学(協同経営)
洛南高等学校・附属中学校(協同経営)