JR支社境
常磐線
新地駅 - 坂元駅(東北本部管内)
藤代駅 - 取手駅(首都圏本部管内) : 藤代高等学校南西付近(日暮里起点39.9km地点)に支社境がある。
※輸送指令は羽鳥駅 - 取手駅間も首都圏本部管轄だが、羽鳥駅以北は全区間水戸支社管轄
磐越東線
いわき駅 - 赤井駅(東北本部管内)
水郡線
磐城守山駅 - 安積永盛駅(東北本部管内)
水戸線
小田林駅 - 小山駅(大宮支社管内) : 栃木県道33号線交差付近(小山起点3.1km地点)に支社境がある。
長崎本線
土井崎信号場 - 肥前大浦駅(本社直轄エリア内) : 佐賀県と長崎県の県境付近を支社境としている。
佐世保線
大町駅 - 江北駅(本社直轄エリア内) : 上り第1閉塞信号機から若干江北寄り(江北駅起点1.5km地点)に支社境がある。