蛋白質構造データバンク
日本の拠点活動は,大阪大学蛋白質研究所のProtein Data Bank Japan(PDBj)が担当している。PDBに登録されたデータは,事前に日米欧の各拠点間でデータ交換され,パブリックドメインのもとで完全に同一なデータとして一般公開される。
PDBは,生命科学研究の中心的なデータベースのひとつである。構造生物学をはじめとする基礎研究のみならず,創薬や食品工学,細胞工学などの応用分野でも欠かせない情報源となっている。バイオインフォマティクスの研究でも,PDBに代表される3次元分子構造データベースは重要な研究対象である。PDBから派生したデータベースとプロジェクトは非常に多く,蛋白質の構造・機能・進化のそれぞれの側面から,PDBの構造データの統合や分類が行われている。
2014年6月3日現在、RCSBのページでは、次の統計情報を公開している。
PDBの蛋白質データのうち、
78747件の構造は構造因子ファイルを持つ。
7795件の構造はNMR束縛ファイルを持つ。
1553件の構造は化学シフトファイルを持つ。
738件の構造は3次元電子顕微鏡マップファイルを持つ。
注意: 蛋白質構造予測により理論的に推定されたモデルは統計に含まれていない(2002年7月2日より前までは含まれていた)。
PDBの統計情報のページは毎週更新されている。