黒田保久二
しかし、七生義団の『人民新聞』では、「不敬代議士」として山本を初め西尾末広、亀井貫一郎、河上丈太郎、浅原健三、水谷長三郎の6名(いずれも無産政党)をやり玉に挙げ、各党に送り付けた6人の議員除名と自決の勧告書、さらに内野辰次郎議員に請願を取り次いで貰った6名の除名動議請願書を掲載していた。
しかし、警視庁の有松清治特捜課長は、「もし私が彼を(検察に)送るものとすれば殺人ではなく傷害致死で送る。但し最初から殺意のなかったことを申し立てておる。」と発表し、黒田を擁護してみせた。一方、東京地裁次席検事の松阪廣政は独自の現場検証の結果、警視庁の発表に疑問を持ち、殺人罪を適用すべきと判断した。その結果、内務省は警視庁に対し、黒田の「正当防衛」と発表した件について厳重警告を行った。黒田は裁判でも正当防衛を主張したが、殺人罪で懲役12年の実刑判決を受けた。
当時の報道では、山本はビールを飲んでおり、20分ほど口論した末の犯行と報じられた。しかし、これは警察が黒田を擁護したもので、実際には山本は酒を飲んでおらず、二言三言のやりとりだけで黒田は犯行に及んだという。
黒田は獄中で、「共産主義者を殺すのだから、もちろん無罪で、十万円もらえるということだったのに、こんなところにぶちこまれてしまった」とこぼしていたという(報酬については別の発言もある。後述)。つまり山本暗殺の実行犯である黒田の背後に、黒幕がいたということである。警視庁の有松は、黒田ら七生義団の団員と面識があり、酒席を共にしたこともあった。