Fastq
Sanger形式ではPhredクオリティスコアの0から93の値は、ASCIIコードでは33から126の間の文字としてエンコードされる。(実際のデータではPredクオリティスコアが60を超えることはまれで、ハイスコアが現れるとすればアセンブルされた配列や、マッピング結果中だろう)。このエンコーディングはSAM形式でも採用されている。
Illumina 1.3+ 形式ではPhredクオリティスコアの 0 から 62 を ASCII の64 から 126でエンコードする。 (しかし実際のReadのデータでは0-40の範囲にPhredスコアは収まる)
Illumina 1.5+ ではPhredスコアの0から2は少し違った意味を持っていた。0と1は使用されず、2はASCIIの66すなわち「B」としてエンコードされていた。そしてこの2も確率を表すものではなく、 Read Segment Quality Control Indicatorとして使用されていた(一部のReadの末尾に、Readのクオリティスコアが信頼できないので使用しないように、という目印としてBを付けた).