河川防衛艦隊
ニューオーリンズからほど近いミシシッピ川の水上においては、3つの別々の部隊が活動していた。1つはジョン・J・ミッチェル中佐(John K. Mitchell)が指揮する連合国海軍所属の戦隊、もう1つはルイジアナ州海軍部隊、そして最後の1つがニューオーリンズに留まった河川防衛艦隊の分遣隊であった。1862年4月20日、ジャクソン砦およびセントフィリップ砦への砲撃が始まった後、ラヴェル少将は指揮命令系統の合理化のため、全ての水上戦力に対し、以後はミッチェル中佐の指揮下に入るよう命じた。しかし、スティーブンソン船長はこの命令に公然と逆らい、「河川防衛分遣隊の全ての士官および水兵は、海軍からの独立を条件に志願している」([every] officer and man on the river defense expedition joined it on the condition that it was to be independent of the Navy.)と述べた。これは明らかな反逆行為であったものの、陸海軍間にある特異な関係を考慮し、処罰の対象とはされなかった 。
4月24日夜、ミシシッピ川を北上していたデヴィッド・ファラガット大佐指揮下の北軍艦隊が、ジャクソン砦およびセントフィリップ砦による防衛の突破に成功した。この時、南軍側は2つの砦と水上戦力の指揮命令系統を明確に調整しておらず、ミシシッピ川の防衛は協同しない2つの独立した動きに分断されていた。