南洋諸島
1944年(昭和19年)9月、アメリカ軍はパラオ諸島への侵攻を開始し、第1海兵師団をペリリュー島に上陸させた。このペリリューの戦いにおいて、日本軍は従来の戦術からゲリラ戦と縦深防御戦術に転換したためアメリカ軍に出血を強要し、73日間の戦闘で日本軍の戦死者とほぼ同数である10,786名の死傷者を出している。
ペリリューの戦い以後、1945年(昭和20年)8月15日の日本の降伏まで、連合国軍による南洋諸島での大規模な軍事行動は起こらなかった。しかし、連合軍によって日本本土との補給線を断たれた孤島では飢餓に見舞われ、ウォッジェ環礁やウォレアイ環礁などでは多数の餓死者を出した。
1945年(昭和20年)8月30日、南洋庁長官と日本海軍指揮官が米国海軍に降伏して委任統治は実質的に終了した。
終戦時の南洋諸島の在留日本人は約5万人で、そのうち約3万6千人が沖縄県人だった。
第二次世界大戦後、帰還者によって南洋群島帰還者会が組織された。那覇市識名には南洋群島戦没者慰霊碑がある。
南洋諸島の風土病としてアメーバ赤痢、デング熱、フランベジアなどがあった。南洋庁では各地に公営の病院(「医院」と称した)を設けて診療に当たらせた。(各医院は南洋庁立の病院を参照)また民間でも、南洋興発が各農場に診療所を開設して従業員の診療を行っていた。公医院の一部の医師は現地人の診察の傍ら積極的に民族学的、疫学的、医学的調査を行っていた。それら研究結果は「南洋群島地方病調査医学論文集」として南洋庁警務課が発行を行っており第一集(1933)から第五集(1939)まである。
パラオ、トラック、ポナペ、ヤルート、ヤップの各医院に勤務していた岡谷昇、長崎協三、藤井保、鮫島宗雄らは上記論文集の4集「民族生理学及病理学的研究」5集「人類学人種学的研究」でミクロネシア人の医学的、衛生学的、人類学的発表を行っている外、公学校教師の調査協力をもとに日本民族衛生学会の雑誌「民族衛生」などでもミクロネシア人の疫学的研究結果を発表している。
島民の一部には近代医療を拒否したり(モデクゲイを参照)、便所を作らないで近所の森や砂浜に排泄する習慣があったため、講話や映画によって衛生思想の普及を図ったり、共同便所の設置や汚物清掃などの事業を行っていた。