加藤清正
日本のハンセン病の歴史において大きな足跡を残したひとり、イングランド国教会の伝道師だったハンナ・リデル(女性)はこの寺で見た患者達の群を見て甚大なショックを受け、その生涯を彼らの救済に傾けた。ただし、本妙寺は日蓮宗の寺院であり、日蓮宗には元々「癩病(ハンセン氏病)は法華経を謗った報い」であるという考え方が存在し、法華経信仰とハンセン病平癒、そして熱心な日蓮宗信者とされる加藤清正が結びついたことに由来するという考えもあり、清正の死因とは結びつかないという説もある。
清正は熊本に帰る途中に発病し口がきけなくなり、健康は回復しなかった。遺言はなかった。赤尾口で荼毘に付され、そこには後に庵が建てられ静慶庵と名付けられた(九州森林管理局内に碑がある)。本葬は10月13日、嫡子虎藤(忠広)の帰国後に日蓮宗京都本山本圀寺貫主である日桓の引導により厳修された。清正の遺骸は甲冑の武装のまま石棺に朱詰めにされ、現在の廟所内の清正公像の真下にあたるところに埋葬された。
清正の死因は『当代記』の2年後に唐瘡(梅毒)で死んだ浅野幸長の項に、彼と同様に好色故の「虚ノ病」(腎虚(花柳病)か)とされている。一方で家康またはその一派による毒殺説もある。清正・幸長の両名が同じ病気でしかも急死したため、家康による毒殺ではないかとの憶測も流れた。暗殺説の中でも二条城会見での料理による毒殺、毒饅頭による毒殺など様々にある。根強い毒殺説を題材としたのが池波正太郎の『火の国の城』である。
また死因は瘡(癩病、ハンセン病)であったとする説もあり、罹患者の多かった時代には清正を祀る加藤神社に平癒を願う参詣者が多かったという。ちなみに熊本市の本妙寺は明治20年代まで梅毒やハンセン病で不具になってしまった患者達で混雑することが珍しくなかった。参拝客達に哀れみを乞い、この寺に墓がある清正を一種の神と崇め、病を治して貰おうという信仰があったからである(ただし全国の寺社でも同様の現象が起こっていた)。
父:加藤清忠(大永6年(1526年)‐ 永禄7年(1564年)) 通称・正左衛門、五郎助。斎藤道三に仕えたが、合戦で負傷し武士を辞め、刀鍛冶清兵衛のもとで鍛冶師として修行し、その娘である伊都を娶り、清正をもうける。38歳で死去。
母:聖林院(? ‐ 慶長5年(1600年)) 名は伊都。父は鍛冶屋清兵衛。天瑞院とは姉妹・従姉妹と伝わる。慶長5年(1600年)に亡くなり、妙永寺に葬られる。法名は聖林院殿天室日光大姉。
正室 - 山崎氏(生没年不詳)、山崎片家の娘。天正頃に清正に嫁したといわれ、一子・虎熊を儲けた。没年は文禄頃といわれる。なお清正の養子である百助は実弟にあたる。 長男:虎熊(生没年不詳)
継室 - 清浄院(1582年 - 1656年)、水野忠重の娘、徳川家康の養女。 次女:瑤林院(1601年 - 1666年) - 八十姫。徳川頼宣の正室。
側室:本覚院(? - 1626年) - 菊池武宗の娘。 次男:加藤忠正(1599年 - 1607年)
側室:浄光院(? - 1625年) - 赤星親武(太郎兵衛)の娘。 長女:本浄院(1598年 - 1627年) - あま姫。榊原康勝・阿部政澄の正室。
清正が肥後国を治めていたのは、天正15年(1587年)から慶長16年(1611年)の期間だが、朝鮮出兵等もあって実際に熊本に居住していた期間は延べ15年程である。清正以前の肥後は、秀吉が九州平定後に「こんなに豊かな国は見たことがない」と言ったように、国人でも豊かに暮らせたため有力大名が現われず、国人が割拠する時代が続き、佐々成政でさえも収拾できず荒廃していた。そんな中、清正は得意とする治水等の土木技術による生産量の増強を推し進めた。これらは主に農閑期に進められ男女を問わず徴用されたが、これは一種の公共工事であり、給金も支払われたためみな喜んで協力したという。
「隈本(隅本とも)」を「熊本」に改称した理由は、隈本城の改修工事が落成した際に、清正が「『隅本』より『熊本』の方が勇ましかろう」と言ったとの伝承が伝わっている。
「白川・坪井川大改修」以前は白川と坪井川は現在の熊本市役所付近で合流し下通を貫いて今の白川に流れていたが、これを現在の流路に変更したのは清正である。熊本城築城の際、予定地の側に現代でいうところの都市河川である坪井川と阿蘇からの火山灰を含んだ白川が合流する様を見て、流路を分けて城に近い坪井川を内堀に、遠い白川を外堀とする河川改修を行った。
日本手話における「加藤(カトウ)」の手話単語の1つに「両手で槍を持って前に突き出す」動作を真似たものがあるが、これは加藤清正の虎退治の故事にちなんだものといわれ、長槍がカトウをイメージさせることに由来するとされている。(ただしカトウには、他に指文字「か」+植物の藤を表す手話単語を用いる場合や、タレントの加藤茶にちなんでつけ髭を指で真似る手話単語などもある。詳しくは日本手話の項を参照のこと。)