新潟駅
新幹線ホームは高架部3階にあり、島式ホーム2面4線と「のりかえホーム」1面を持つ。11 - 14番線ホームは16両編成の列車に対応している。上越新幹線の終点で全列車停車を前提としているため熊谷駅以北の駅で唯一、通過本線を持たない。11・13・14番線ホーム頭上に電光式の乗車位置案内表示機が設置されている。2018年4月の在来線高架化第1期開業時に、11番線の線路を挟んだ反対側にホームが新設され、在来線の5番線ホームと2ヶ所の乗り換え改札を介して対面(同一平面上)での乗り換えが可能になった。このホームは「のりかえホーム」と称し、独立したホーム番号を持たず、新幹線コンコースに直接出入りすることが出来ない。のりかえホームは現在運用されている最長編成である12両編成分のみ確保されている。なお、11番線ホーム(12番線との島式ホーム)も継続して使用されており、11番線は「両側のドアが開く」新幹線ホームとなっており、新幹線駅では日本唯一である。。のりかえホームの新幹線側には上越新幹線では唯一の可動式安全柵が設置されている。下り列車到着時は11番線側のドアが先に開き、のりかえホーム側のドアが後で開く。上り列車発車時はのりかえホーム側のドアは発車の2分前に閉められる。
駅弁が販売されている。売店での販売で、在来線ホーム・新幹線ホームとも通常は立売りを行わない。
そして新潟駅周辺の在来線約2.5kmを高架化する「新潟駅連続立体交差事業」と、それに伴う駅周辺の環境整備を目的とした「新潟駅周辺整備事業」の具体案が2003年に発表され、2006年1月に都市計画が決定、同年7月に国土交通省より各事業の事業認可が順次下り、2007年から各工程が順次着手されている。
事業着手当初、市・JR新潟支社などは在来線高架部分について一部供用開始を2013年、全線供用を2015年、さらに全事業完了を2027年と目標を設定していたが、これは北陸新幹線の金沢駅開業が2014年度末の見込みであることから、それを見越した理想的な工程として設定したものだった 上、実際の工程や用地買収が遅れたため、各工程の竣工は当初の見込みより大幅に遅延することが判明した。こうした事態を受けて市とJRが工程の見直し作業を進めた結果、在来線立体交差化の全線供用目標を当初より6年遅れの2021年度中とする旨を3月29日、篠田昭新潟市長が記者会見の中で明らかにした。
両事業では、大きく分けて3段階の手順を経て都市施設を整備することとなった。事業主体は当初新潟県であったが、新潟市が2007年4月1日に政令指定都市へ移行したのに伴い、事業主体は市に継承されている。
当駅が終着駅の上越新幹線と下記の在来線3路線が乗り入れており、いずれも当駅を起点もしくは終点としている。なお、JR東日本公式サイトでは信越本線の新潟駅 - 新津駅を共用する磐越西線も当駅の所属路線と表示している。
■信越本線 - 在来線における当駅の所属線であり、当駅を終点としている。また、新津駅から磐越西線へ直通する列車も乗り入れている。
■白新線 - 当駅を起点としている。終点の新発田駅からさらに羽越本線へ直通する列車もある。
■越後線 - 当駅を終点としている。
当駅を跨いで上記の3路線を相互に直通する列車もある。