デンマーク＝ノルウェーの宗教改革
このようにしてシェラン島ではペーダー・パラディウスが苦痛を伴う改革を進めたにも関わらず、デンマークでは血を流すこともなく穏便に宗教改革が進められた。
ラテン語で書かれた教会法のデンマーク語への翻訳は1539年にデンマーク王国参事会に承認された。ブーゲンハーゲンは同年、一旦デンマークから離れたものの、1542年にデンマークに戻り、教会法の承認を遅らせていたホルシュタイン公国を訪れ、公国内の帰属に承認するよう交渉した。1542年3月9日、ブーゲンハーゲンが教会法を修正した後、スレースヴィ=ホルシュタイン教会法が地方議会で承認された。
教会法制定と並行して、ブーゲンハーゲンはルター派の教義に従い、クリスチャン3世とその妻ドロテアの戴冠式を1537年8月12日に挙行した。この日はクリスチャン3世34回目の誕生日であり、逮捕劇からちょうど一年経過していた。戴冠式はコペンハーゲンの聖母教会(英語版)で執り行われた。式では従来のラテン語ではなく、クリスチャン3世の母国語であるドイツ語が使用され、内外にデンマークの変化と、国王の権力を見せつけた。
また、1537年9月9日にはブーゲンハーゲンは、ヴィッテンブルク大学をモデルに伯爵戦争で休学中となっていたコペンハーゲン大学をルター派の大学として再興した。1550年にはデンマーク語『クリスチャン3世欽定訳聖書』の初版が刊行された。1556年にはペーダー・パラディウスがルター派の教義の概説としてAltar Bookを出版したがデンマーク全土には広がらなかった。