なんじゃ・もんじゃ・ドン!
その他、毎回就学前と思われる子供たちが出演。時々、番組劇「ナンジャーマン」においてもキャラクターたちと絡んだりもしていた。
声:安原義人
ナンジャーマンの敵役となる怪人。黒っぽい衣装を着た着ぐるみで、しっぽがある等「虫歯菌」的なイメージの風貌をしており、後に日本テレビにて放送される『それいけ!アンパンマン』のばいきんまんのようなポジションに近い。名前の通り汚い事が大好きで、いつも子供たちを汚そうと企んでいる(毎回子供たちに悪さをしたり、改変した童話の紙芝居を強制的に見せたりしていた)。武器はバイキン注射(抱えるほどの大きな注射器)。
子分として、ナンジャーマンと同じ顔をした小さなモグラが出てくる時がある。
バイキンダーのテーマソングは「いいんでないかい?バイキンダー」(歌:串田アキラ)。EP盤でリリースされたナンジャーマンの主題曲のB面に収録されていた。