STS-39
極秘のペイロードは、Multi-Purpose Release Canister (MPEC)、Radiation Monitoring Equipment III (RME III)、Cloud Logic to Optimize Use of Defense Systems-1A (CLOUDS-1A)等から構成されていた。
STS-39は、国防総省のためのミッションで、初めて秘密ではないものであった。これまで、国防総省のための7度のミッションが行われたが、それらは極秘であり、ペイロードや実験の運用や成功等の情報については、一切公表されなかった。STS-39では、Multi-Purpose Experiment Canister (MPEC)のペイロードのみが極秘とされた(ブルフォードは、他の乗組員によると「我々他の乗組員が予め知らされていなかった」間に、自身で極秘のペイロードを打ち上げたと言われている)。
1日24時間の運用ができるように、乗組員は2つのチームに分けられた。その他の活動として、大気やガスの放出、ディスカバリーの軌道環境、オービタのエンジンの点火等を赤外線から遠紫外線で観測した。また実験の一部として、5つの衛星がペイロードベイから展開され、そのうち1つがミッションの後半に回収された。
オービタのカーゴベイでは、Air Force Program-675 (AFP-675)、Infrared Background Signature Survey (IBSS)、Space Test Program-01 (STP-01)、MPEC等が運ばれた。乗組員のキャビンには、Cloud Logic to Optimize the Use of Defense Systems-1A (CLOUDS 1A)やRadiation Monitoring Equipment-III (RME-III)が収められた。