大鳥大社
神鳳寺は「真言律宗南方一派」の本山となり、畿内を中心に76寺もの末寺を擁した。神鳳寺の繁栄を影に大鳥神社は衰退していったが、幕末より国学の発展に連動して神社復権を求める声が高まった。社家である大鳥氏は断絶し、その後は和泉総社の神職が祭祀を引き継いだ。
明治になると神仏分離により神鳳寺は廃寺となり、五重塔などが破却されたが、末寺であった光明院が仏像・諸記録などを引き継いだ。
近代社格制度のもと、1871年(明治4年)5月に官幣大社に列格された。1876年(明治9年)の政府の祭神考証の結果を受け、政府は大鳥連祖神(天児屋命)に祭神を変更した。当然、神社側の反発があったが、1896年(明治29年)の内務省社寺局の通達により変更が確定した。神社側は祭神の日本武尊への復帰をたびたび求めたが、大鳥連祖神に加えて日本武尊を祀ることに至ったのは、国家管理を離れた戦後の1961年(昭和36年)になってからだった。
1905年(明治38年)8月15日、落雷により社殿は焼失し、1909年(明治42年)12月に再建されたのが現社殿である。1948年(昭和23年)に神社本庁の別表神社に加列されている。
2018年(平成30年)9月5日、台風21号により、本殿の千木の落下、鰹木の歪み、玉垣の倒壊等の被害を受ける。