真核生物
ただし葉緑体については、すでに真核生物の誕生後、藻類の祖先となる系統でのみ個別に生じた現象であると考えられており、真核生物自体の起源とは関係しない。
古細菌から真核生物への具体的な道筋はいまだ未解明であり、水素仮説、リバース・フローモデル、Eモデル など多くの仮説が提唱されている。ほとんどの仮説が、古細菌がバクテリアを取り込んだと考えているのに対して、シントロピー・モデル と呼ばれる仮説のみ、バクテリア(特にデルタプロテオバクテリア)が古細菌を取り込んだと推定しており、共生の関係性が他の説とは逆である。この説ではミトコンドリアは古細菌とは別個に取り込まれて成立したとされる。上記の説以外にも、真核生物の細胞核に類似の器官をもつ一部のバクテリア(例えばプランクトミケス)が、真核生物の起源に関与しているとする説も存在する。
前述した国際原生生物学会(ISOP)による2019年の分類の詳細は下記のとおりである: