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ISOベースメディアファイルフォーマットのボックス構造は木構造をとるが、ここでは主なボックスについて述べる。実際には多数の木構造のボックスが含まれ、さまざまなレベルの情報を柔軟に格納することができるようになっている。
ftyp:ファイルタイプの記述。ファイルの先頭にただ一つだけ含まれる。
moov:全てのメタデータを含むコンテナ。ファイル中にただ一つだけ含まれる。メタデータとして含まれる情報としては、各トラック(動画、音声など)のヘッダ情報やコンテンツの内容のメタ記述、時刻情報などが含まれる。
mdat:トラックのメディアデータ本体のコンテナ。ファイル中のmdatボックスの数は任意である。すなわち、動画と音声、動画だけ、音声だけ、あるいは複数の種類のトラックを同時に含む、などのように、任意のトラック構成を持てるようになっている。