久保田藩
これは一般士族が生活に困窮し城下町から離散し始めた時期の調査であるため、廃藩置県時点での士族人口比は更に高く半々程度であったと考えられている。
その後、幕府より一国一城令が発せられ多くの城は取り潰されるが、久保田藩は久保田の本城以外に、横手と大館の2城の存続を許される。これらは久保田藩の地方統制の一環に貢献した。この城や館に配された重臣は所預(ところあずかり)と呼ばれ、彼らも各自の家臣団を率いていたため、城地は小城下町として栄えた。
なお、佐竹一族には本家の他に有力な4家があり、常陸時代の拠点の位置に由来してそれぞれ東家、西家、南家、北家と呼ばれる。西家(小場氏、後に佐竹姓を許される)は大館、南家は湯沢、北家は角館に配され、東家は4家の筆頭として久保田城下に常住した。このように久保田藩では近世に入っても地方知行制が強く行われており、藩政中期以降は藩主の権限強化の動きに対し内紛の元となることもあった。なお、佐竹4家に藩主の相続権はなかったが、支藩の養子を経て藩主を相続したケースはある。4家の子孫としては、東洋製作所元社長佐竹義利が東家第18代当主、秋田県知事佐竹敬久が北家21代当主である。
宝暦4年(1753年)に銀札仕法を制定。これは藩が発行する銀札で銀を買い上げようとする制度だったが、結果として銀札は大暴落し、それと匁が連動していたため物価の高騰を招いた。翌年の大凶作はそれに拍車をかけ、宝暦7年、藩内で銀札推進派と反対派の内紛を引き起こした。紆余曲折の末に推進派を死罪に処すなどしてようやく解決された。(秋田騒動)
久保田藩では四年に一度の頻度で凶作に見舞われて飢饉が発生した。その度に藩財政は打撃を受け、荒廃した土地を生み出した。特に天保4年(1833年)の大凶作は「巳年のケカチ」と言われ、藩の人口のうち4分の1が餓死したとの記録がある。
戊辰戦争では周囲の奥羽列藩を敵としたことで領地の2/3に及ぶ広範囲が戦火に晒され、しかも新政府軍に与して列藩同盟軍に攻撃された周辺諸藩の藩主・藩士や西国からの援軍の賄いをすべて久保田藩が負担したため、軍事費の面でも藩財政を締め上げた。戦後に政府から与えられた賞典は戦費・戦災にまったく見合わない少額に過ぎず、借財に耐えかねた久保田藩は加護山製錬所での貨幣鋳造で凌ごうとしたが、箱館戦争が終結した明治2年5月(1869年6月)に政府は各藩独自の藩札発行・貨幣鋳造を禁止した。久保田藩は禁止以後も密鋳を続けていたとして政府で問題視され(藩の内紛から密告が行われたと言われている)、明治4年末に元勘定奉行の佐藤時之助・大山茂治右衛門ら11人の大量処罰が行われた(秋田贋金事件)。この他にも八坂丸外債事件や初岡敬治事件などもあり、政府から厳しい目で見られることになった久保田藩は、廃藩置県直前に旧藩主佐竹義堯が「戊辰の功殆んど泡影に属し候様に立ち至り候」と嘆く事態に陥っていた。