週刊少年ジャンプ編集部
後藤の退任が迫る中、若菜をはじめとする取締役会では後任に若菜の大学の後輩である鳥嶋を推す声が高まる。これを受けて、第三編集部は『WJ』編集部に編集長代理を新設し、鳥嶋を昇格させる形で就任させた。しかし、後藤は退任において後任に鳥嶋ではなく3期下の堀江を指名し、自身は『WJ』発行人及び第三編集部部長に昇格した。この決定を受け、鳥嶋は高橋を引き連れ『WJ』を離れ、新たに『Vジャンプ』(VJ)を創刊し、初代編集長に就任した。現場に顔を潰された上層部はこの決定に激怒し、鳥嶋を第三編集部次長に昇格させ堀江の直属の上司とした。これ以降、『WJ』編集部は大混乱に巻き込まれ、まともな運営が不可能となった。当時の混乱ぶりは西村の『さらば わが青春の『少年ジャンプ』』(文庫版)に詳しい。
1994年(平成6年)12月末に発売の1995年(平成7年)3・4号において、史上最高発刊部数653万部を記録。しかし、約半年後の1995年5月に看板作品であった『ドラゴンボール』が連載終了し、部数が急激に減少に転ずる。
鳥嶋体制において、その復活が図られることになる。それまでWJ編集部の編集長交代時には、前編集長より後輩が選ばれていた。鳥嶋は堀江の3年先輩であり、編集長が先輩に受け継がれた初めての事例であった。また鳥嶋は1993年(平成5年)にテレビゲームを中心とした内容の『VJ』を立ち上げて創刊編集長となっており、それまで『少年ジャンプ』編集部内での内部昇格が基本だった編集長の座に、ジャンプ系列誌とはいえ別雑誌の編集長が横滑りしてくるという点でも異例の人事だった。発行人は前任の編集長がそのまま昇格するのが慣例であったが、堀江が更迭されたため『YJ』に異動していた山路が就任。しかしこの体制の『WJ』編集部は事実上、鳥嶋がワントップで率いることになった。
編集長に就任した鳥嶋が最初にやったことは、堀江から引き継いだ10件弱の新企画をすべて潰すことだったという。
1997年(平成9年)『ONE PIECE』、1999年(平成11年)の『NARUTO -ナルト-』など、後の『WJ』の看板作品となる作品も鳥嶋体制で連載開始された。
同年、第3代編集長の西村も集英社を追われる。退社後に上梓した『さらば わが青春の「少年ジャンプ」』(文庫版)において、当時の『WJ』編集部内の混乱を暴露し話題となる。
こうした改革はなされたが、部数の下落を食い止めることはできず、ついに競合の講談社『週刊少年マガジン』に発刊部数1位の座を明け渡すことになる。
2000年の定期採用で中野博之が入社。中野は『世紀末リーダー伝たけし!』連載中に児ポ法違反で逮捕された島袋光年を見捨てず、次作『トリコ』のヒットで更生させた。また田村隆平を発掘し『べるぜバブ』を長期連載に導いた。
雑誌掲載時のアオリ文を考え、アニメの監修などを漫画家に変わって行うなど他の仕事もある。看板漫画になると、アニメなど二次創作関連の監修を行う専門のメディア担当につくこともある。
他にも『WJ』内の懸賞の商品を買ったり、『WJ』内の企画に出演したりすることもある。