呂号第百九潜水艦
1942年(昭和17年)の昭和17年度計画(マル急計画)により、1942年4月20日、川崎重工業神戸造船所で起工。1942年10月26日進水。1943年(昭和18年)4月29日に竣工し、二等潜水艦に類別。同日、佐世保鎮守府籍となり、訓練部隊である第一艦隊第11潜水戦隊に編入された。
8月14日、呂109は佐世保を出港し、24日にラバウルに到着。航海中の15日、南東方面艦隊第7潜水戦隊に編入。
9月1日、第51潜水隊に編入。
9日、呂109はラバウルを出港し、ガダルカナル島南方沖に進出して哨戒。10月2日、ラバウルに到着。
13日、呂109は輸送物資を積んでラバウルを出港し、スルミに向かう。14日にスルミに到着し、輸送物資を降ろした後出港。15日から16日にかけて、撃墜された一式陸上攻撃機の搭乗員救助を行ったが、生存者を見つけることはできなかった。その後、ラエ周辺海域に進出して哨戒。19日、米駆逐艦リード(英語版)(USS Reid, DD-369)、パーキンス(英語版)(USS Perkins, DD-377)に発見され、追跡される。そのうち、パーキンスが爆雷攻撃をしてきたが、被害はなかった。その後、リード、パーキンスに随伴していた米駆逐艦ドレイトン(英語版)(USS Drayton, DD-366)へ向け魚雷を発射するも、命中しなかった。31日、ラバウルに到着。
11月8日、呂109はラバウルを出港し、ブーゲンビル島周辺海域に進出して哨戒。24日、ラバウルに到着。