ボリス・エリツィン
しかし、1989年3月の人民代議員大会選挙にモスクワ選挙区から出馬して当選して政界復帰、急進改革派の地域間代議員グループに属し、民主綱領派のリーダーとなる。翌年の1990年5月にロシア共和国の最高会議(ロシア語版)議長(実質大統領)に就任。同年7月13日にはソ連共産党を離党した。1991年6月12日に行われたロシア共和国大統領選挙では57.3%の得票率を獲得して当選し、同年7月にロシア共和国大統領に就任。
同年8月にソ連のゲンナジー・ヤナーエフ副大統領を擁立する保守派が起こしたソ連8月クーデターの際には戦車の上からロシア国民に対し、ゼネストを呼びかけるなど徹底抗戦した。ゼネストは不徹底であったものの、軍と治安機関の大勢はクーデター派を支持せず、結果としてクーデターを失敗に終わらせ、この事件によりゴルバチョフの求心力が大きく失われ、代わってエリツィンの影響力が増大する。
1991年11月6日、エリツィンはソ連共産党系のロシア共産党が活動することを禁止し、首相(ロシア共和国閣僚会議議長)を兼任した。同年12月8日、エリツィンはウクライナのレオニード・クラフチュク大統領、ベラルーシのスタニスラフ・シュシケビッチ最高会議議長と秘密会談を行い、ロシア・ウクライナ・ベラルーシのソ連からの離脱と独立国家共同体 (CIS) の樹立を宣言することで合意した(ベロヴェーシ合意)。ソビエト連邦の崩壊は避けられなくなり、12月25日にゴルバチョフはソ連大統領を辞任。ソビエト連邦はその歴史に幕を下ろした。
ジュガーノフとの決選投票の前には、第1回投票で3位につけたアレクサンドル・レベジ退役大将を安全保障会議書記に任命して取り込み、決選投票でエリツィンは53.8パーセントを獲得し結果的に再選を果たした。
大統領選挙において新興財閥の力に大きく頼ったために第2次エリツィン政権では新興財閥の影響力が増した。また、大統領選前の1995年にエネルギー産業などの国営企業が株式を担保に金融機関から融資を受けられるようにする有償民営化が行われていたことで、新興財閥は結果として石油産業他多くの国営企業を手に入れ、さらに国有資産を私物化し、二女のタチアナ・ディアチェンコらエリツィンの親族とともに「セミヤー」と呼ばれる側近集団を形成するようになる。このような「セミヤー」との癒着によりエリツィン政権は政治腐敗が蔓延していき、特にベレゾフスキーを筆頭とする7人の銀行家(ロシア語版)と呼ばれた新興財閥が1996年から2000年までにロシアの富の50パーセントから70パーセントを支配していたともされる。
1998年5月、経済復興を実現するには力不足だとして、チェルノムイルジン首相を解任した。同首相は5年間に渡る長期首相だったが、一説によると病身の大統領に代わり副大統領然として振舞っていたこと、あるいは経済界との腐れ縁を大統領が嫌っての解任とも言われる。後任には35歳のセルゲイ・キリエンコ第一副首相兼燃料エネルギー相が就任したが、8月17日にロシア財政危機が発生。