本栖湖
前述のヒメマス、ニジマス、ブラウントラウトのほか鯉、オイカワ、ウナギ、ワカサギなどが棲息している。
外来生物法の特定外来生物であるコクチバス、オオクチバスが1990年代に密放流され、在来生態系への影響が懸念されていたが、1997年から地元漁協や山梨県による駆除活動の結果 2004年以降 2012年まで確認情報が無いことからコクチバスに関しては根絶されたと考えられる(オオクチバスに関しては2014年時点も生息している)。
2023年3月には日本では産業管理外来種に指定されており栃木県の中禅寺湖のみで生息しているはずのレイクトラウトが本栖湖でも発見され、栃木県と山梨県では密放流が行われたとみている。中禅寺湖のレイクトラウトは福島第一原子力発電所事故による放射性物質汚染の影響で2012年以降持ち出しが一切禁止され、体内の汚染濃度が減衰したため2023年4月に全面解除される予定だった。しかし、本栖湖でも個体が確認されたことから、栃木県内水面漁場管理委員会はレイクトラウトの生きた状態での持ち出しを当面禁止することになった。