全日本大学サッカー連盟
尚、天皇杯全日本サッカー選手権大会への出場に関しては、2011年まで春季に行われる主催大会である総理大臣杯全日本大学サッカートーナメントの優勝校にシード出場枠が与えられていたが、その他の大学チームの出場については、各都道府県サッカー協会が主に運営管理している社会人・クラブ・大学・高校合同の予選会に参加して勝ち抜くことが条件である。参加形式はその都道府県により異なっていて、
オープンエントリー形式で全参加チーム混在での予選・決勝トーナメントを行う。
決勝トーナメントにあらかじめ大学チームの出場枠を与えた上で、その代表枠をかけて大学のみの予選会を実施する。(東京都などは学生系予選に関東大学リーグ所属校枠と、都学連枠がある。)
などがある。(詳細については該当する都道府県サッカー協会や主催の大会を参照。)
また、2009年度まで、日本フットボールリーグ(JFL)で、希望するチームは大学サッカー連盟の推薦・承諾を得てJFL参入、ないしは全国地域サッカーリーグ決勝大会に出場してJFLを目指すという方法があったが、大学サッカー連盟加盟チームの社会人リーグとの二重加盟が規制されたため、2010年度から廃止された。これにより、流通経済大学サッカー部のJFL編成のチームが急遽クラブチーム化された。また今後JFL加盟を目指すには事実上社会人連盟加盟のクラブチームかファームチームの参加のみに制限される。