南びわ湖駅
2006年1月13日、南びわ湖駅の建設に反対する県民投票を要求する団体「新幹線びわこ栗東駅(当時の仮称名)住民投票の会」が住民投票条例の制定を求め、直接請求に必要な県内有権者数の50分の1を上回る署名を滋賀県議会に提出。当時滋賀県知事の國松善次は31日の本会議で「既に議会により予算が承認された以上、住民投票は議会制民主主義を否定するもの」として議案への反対を表明し、議案は委員会での審議を経て2月2日の本会議にて賛成5票、反対34票で否決された。
同年7月2日に投開票が行われた滋賀県知事選挙において、新駅計画を推進していた現職で地元栗東出身の國松(自民・民主・公明推薦)が約18.5万票、計画の凍結を唱えた嘉田由紀子(社民支持)が約21.7万票となり、凍結派の嘉田が当選した。
國松陣営のうち、民主党には嘉田候補への推薦を巡って激論が交わされた経緯があり、また自民党では郵政解散におけるしこりが残り、主要三党推薦による楽勝の見込みもあり選挙運動は低調であった。一方、嘉田陣営は新駅批判に加え自公民相乗りへの批判も巻き込んで盛り上がりを見せた。なお嘉田候補の得票に計画中止を唱えた辻義則候補(共産推薦)の得票約7万票を加えると、約29万票と國松候補を10万票以上引き離し、有効投票数の過半数を制していた。
建設凍結中止派は、利便性の少ない新駅では投資額を回収するだけの経済効果は出ない、と主張する。
湖西線沿線・大津市内の住民は京都駅へ、近江八幡市以北の住民にとっては米原駅へ出た方が便利である。しかも東京・博多といった遠隔地に行く場合には、「のぞみ」の停まらない新駅では、結局「のぞみ」の停車する京都駅利用となり、この駅の利用にはつながらない。また、駅へ車でやってくるパークアンドライドの場合でも、現在のところ新駅周辺の道路事情がよくないため、大きな時間短縮にはならない、と見ている。そのため、新駅を利用する住民は実質的に駅周辺と草津線沿線しか見込まれず、建設促進派の需要予測は過大であると主張する。そもそも新駅の経済的効果が高ければ、税金投入による請願駅でなくJR東海が自ら作るはず、という見方である。