アンチセンスRNA
当初、asRNAはプラスミド、バクテリオファージ、細菌のものなど、原核生物で発現するものが発見された。例えばプラスミドColE1では、RNA Iと呼ばれるasRNAが複製を制御し、プラスミドのコピー数の決定に重要な役割を果たしている。ColE1の複製はRNA IIと呼ばれるプライマーRNAの転写に依存している。RNA IIは転写されるとそのDNA鋳型と対合し、その後RNase Hによって切断される。asRNAであるRNA Iが存在する場合、RNA IとRNA IIは二本鎖を形成し、RNA IIのコンフォメーションが変化する。そのため、RNA IIはDNA鋳型と対合することができず、ColE1のコピー数は低下する。バクテリオファージP22では、asRNAであるsarがAntの発現を制御することで、溶菌サイクルと溶原サイクルの間の調節を補助する。asRNAは原核生物で発現するもの以外にも、植物で発見された。植物におけるasRNAによる調節で最もよく研究されている例は、Flowering Locus C(英語版)(FLC)遺伝子に関するものである。シロイヌナズナArabidopsis thalianaのFLC遺伝子は、花成(floral transition)を誘導するさまざまな遺伝子の発現を阻害する転写因子をコードしている。寒冷な環境では、FLC遺伝子のasRNAであるCOOLAIRが発現し、クロマチン修飾を介してFLCの発現を阻害することで開花が可能となる。哺乳類細胞におけるasRNAによる調節の典型的な例は、X染色体の不活性化である。asRNAであるXistはPRC2をリクルートし、X染色体のヘテロクロマチン化を引き起こす。
asRNAの多くの例では、エピジェネティックな修飾によって転写開始に阻害的な影響を与える。
DNAメチル化
DNAのメチル化は、遺伝子特異的な長期的なダウンレギュレーションを引き起こす。ヒトのいくつかの疾患では、asRNAによって誘導されるDNAメチル化を介した機能的タンパク質の抑制がみられる。ヘモグロビン値の低下によって組織中の酸素が不足する血液疾患であるαサラセミア(英語版)では、LUC7L(英語版)の異常な転写産物がHBA1(英語版)のasRNAとして機能し、HBA1のプロモーターのメチル化を誘導することでダウンレギュレーションを行う。他の例としては、急性リンパ性白血病や急性骨髄性白血病におけるp15(CDKN2B遺伝子)のサイレンシングが挙げられる。このサイレンシングを担うasRNAはANRIL(英語版)(antisense non-coding RNA in the INK4 locus)であり、p15をコードする同じ遺伝子座から発現する。
ヒストン修飾
真核生物細胞では、DNAはヒストンによって密にパッキングされている。