ゴエモン 新世代襲名!
コジロウの目的はゴエモンのみならず、封印されていた巨大からくり兵器ゴエモンインパクトであった。強奪されたインパクトの中で目覚めたゴエモンはコジロウとの空中戦を経て、妖魔化したコジロウを異様な力でもって退ける。ゴエモン自身もかつて妖魔に憑依されながら、それを制御したことで先代に認められてゴエモンを襲名した過去があったのだ。だがその強さに興味を抱いたムサシが現れ、ゴエモンは決闘を挑まれる。
【3巻】 美人の女に手はあげないというゴエモンに激高したムサシは猛攻を加えるが、ゴエモンは言葉通り防御ばかりで攻撃をしない。ただ一人で最強を目指すと豪語するムサシに対し、ゴエモンは皆と一緒になって強くなる事を説いて、彼女の技を打ち破る。結局は自分が大好きな父親に認めてもらいたかっただけだということに気づいたムサシは、父に似た面影をゴエモンに見て彼に恋心を抱く。だがそこにアマクサが現れ、エビスを攫ってしまう。アマクサの繰り出す巨大妖魔に苦戦するゴエモンは、寝返ったコジロウが回収してきたゴエモンインパクトを起動することでこれを退けるも、エビスを敵の本拠地逆さ城へ連れ攫われてしまう。先代や仲間たちと共に逆さ城へ乗り込んだゴエモンたちは、将軍を助け、アマクサに操られていただけのキヨ姫を解放することに成功。しかしアマクサはエビスに妖魔を憑依させ合体することで強大な妖魔となり、ゴエモンたちに襲いかかる。ゴエモンはエビスの心の強さを訴えて彼女を解放し、さらにアマクサまでも救おうとするが、アマクサは手を差し伸べられたことに満足して、崩壊する逆さ城から自分の命と引換えにゴエモンたちを帰還させる。