トロンビン
プロトロンビンの分子量は約72,000である。プロトロンビンは、N末端のGlaドメイン、2つのクリングルドメイン(英語版)、C末端のトリプシン様セリンプロテアーゼドメインという4つのドメインから構成される。第V因子をコファクターとして結合した第Xa因子は、プロトロンビンをGlaドメインと2つのクリングルドメイン(合わせてフラグメント1.2と呼ばれる)と、セリンプロテアーゼドメインのみからなるトロンビンへ切断する。トロンビンの分子量は約36,000で、構造的にはプロテアーゼのPAクラン(英語版)に属する。
全てのセリンプロテアーゼと同様、プロトロンビンはタンパク質内部のペプチド結合の分解によって活性型のトロンビンへと変換され、新たなN末端としてイソロイシンのアミノ基が露出する。セリンプロテアーゼの活性化の歴史的なモデルでは、この新たに形成されたN末端がβバレル構造の中へ挿入され、触媒残基の正しいコンフォメーションの形成が促進されると考えられてきた。活性型トロンビンの結晶構造が示すのとは異なり、水素重水素交換(英語版)質量分析の研究からはアポ型のトロンビンではN末端はβバレルに挿入されていないことが示された。トロンボモジュリンの活性型フラグメントの結合がアロステリックに作用し、N末端領域を挿入してトロンビンの活性型コンフォメーションを促進しているようである。
“Thrombomodulin as a model of molecular mechanisms that modulate protease specificity and function at the vessel surface”. FASEB Journal 9 (10): 946–55. (July 1995). doi:10.1096/fasebj.9.10.7615164. PMID 7615164.
“Time course of upregulation of inflammatory mediators in the hemorrhagic brain in rats: correlation with brain edema”. Neurochemistry International 57 (3): 248–53. (October 2010). doi:10.1016/j.neuint.2010.06.002. PMC 2910823. PMID 20541575. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2910823/.
“The life cycle of coagulation factor VIII in view of its structure and function”.