立花隆
「●●●」』文藝春秋、2004年
『イラク戦争・日本の運命・小泉の運命』講談社、2004年
『シベリア鎮魂歌 香月泰男の世界』文藝春秋、2004年。文春学藝ライブラリー文庫、2023年
『思索紀行 ぼくはこんな旅をしてきた』書籍情報社、2004年、ちくま文庫(全2巻)、2020年
『エーゲ 永遠回帰の海』書籍情報社、2005年、ちくま文庫、2020年、須田慎太郎(写真)
『天皇と東大 大日本帝国の生と死』文藝春秋(全2巻)、2005年、文春文庫(全4巻)2012-13年
『滅びゆく国家 日本はどこへ向かうのか』日経BP、2006年
『ぼくの血となり肉となった500冊 そして血にも肉にもならなかった100冊』文藝春秋、2007年
『小林・益川理論の証明 陰の主役Bファクトリーの腕力』朝日新聞出版、2009年
『立花隆の書棚』中央公論新社、2013年、薈田純一(写真)
『自分史の書き方』講談社、2013年、講談社学術文庫、2020年
『読書脳 ぼくの深読み300冊の記録』文藝春秋、2013年、文春文庫 2016年、石田英敬と巻頭対談
『四次元時計は狂わない 21世紀文明の逆説』文春新書、2014年
『死はこわくない』文藝春秋、2015年、文庫 2018年
『武満徹 音楽創造への旅』文藝春秋、2016年
『「戦争」を語る』文藝春秋、2016年
『知的ヒントの見つけ方』文春新書、2018年
『知の旅は終わらない 僕が3万冊を読み100冊を書いて考えてきたこと』文春新書、2020年1月 - 口述での回想
『サピエンスの未来 伝説の東大講義』講談社現代新書、2021年2月
1976年(昭和51年)1月には『文藝春秋』に『日本共産党の研究』の連載を開始。これに対して日本共産党側が組織的な反立花キャンペーンを展開して反論し、大論争に発展する。なお、立花自身は後年、この時の大論争によって学習・論争能力が鍛えられ、上記のロッキード裁判での田中擁護論者との論争に役立ったと述べている。
1995年(平成7年)、声優としてスタジオジブリの長編アニメーション作品『耳をすませば』で主人公の父親『月島靖也』を演じた。同年、東京大学先端科学技術研究センター客員教授に就任。1996年(平成8年) - 1998年(平成10年)に東京大学教養学部で「立花ゼミ」を主催。ゼミは2005年(平成17年)に再開された。この時期にも、画家香月泰男関連など様々な形でNHKなど放送メディアに出演した。2002年(平成14年)12月25日に大きな大腸ポリープがS字結腸に発見され切除するが、癌化を疑い自らを被写体として健康状態の患者からポリープが発見され切除、癌かどうかの病理検査、診断、告知までのドキュメンタリー番組の制作をNHKに提案。NHK側も同意して撮影開始。このとき、約束をしながら果たしていないことが7つほどあると判明。簡単には死ねないと感じる。一番の大仕事は1998年(平成10年)から連載していた『わたしの東大論』を本にする仕事であった。1999年(平成11年)頃には前妻が末期がんに侵され、彼女の依願で病院に同行を繰り返したりするが、1年間の闘病の末、2000年(平成12年)に死去。この頃よりがんへの関心を深める。
『脳死再論』中央公論社 1988年(のち文庫)
『同時代を撃つ 情報ウオッチング』全3巻、講談社 1988-90年(のち文庫)
『サイエンス・ナウ』朝日新聞社 1991年(のち文庫)
『サル学の現在』平凡社 1991年(のち文春文庫 全2巻)
『脳死臨調批判』中央公論社 1992年(のち文庫)
『電脳進化論 ギガ・テラ・ペタ』朝日新聞社 1993年(のち文庫)
『巨悪 vs 言論』文藝春秋 1993年(のち文庫 全2巻)
『臨死体験』文藝春秋(全2巻)、1994年(のち文庫)
『ぼくはこんな本を読んできた』文藝春秋、1995年(のち文庫)
『インターネット探検』講談社、1996年
『脳を究める』朝日新聞社、1996年(のち文庫)
『立花隆の同時代ノート』講談社、1997年
『インターネットはグローバル・ブレイン』講談社、1997年
『立花隆・100億年の旅』朝日新聞社、1998年(のち文庫)
『100億年の旅2 宇宙・地球・生命・脳 その原理を求めて』朝日新聞社、1999年(のち文庫)
『100億年の旅3 脳とビッグバン』朝日新聞社、2000年(のち文庫)
『人体再生』中央公論新社、2000年(のち文庫)
『21世紀 知の挑戦』文藝春秋、2000年(のち文庫)
『ぼくが読んだ面白い本・ダメな本』文藝春秋、2001年(のち文庫)
『東大生はバカになったか 知的亡国論+現代教養論』文藝春秋、2001年(のち文庫)
『解読「地獄の黙示録」』文藝春秋、2002年(のち文庫)
『「田中真紀子」研究』文藝春秋、2002年(のち『政治と情念』で文庫)
『「言論の自由」VS.