ZOIDS 帝国VS共和国 メカ生体の遺伝子
平和に油断して奇襲攻撃を許した共和国は、領土の大部分を帝国に占拠される。反攻作戦に自ら出撃しようとした大統領ヘリックII世に代わり、プレイヤーはヘリック大統領の影武者として各地を転戦する。
両軍とも全4章でミッションは計25ずつ。ストーリーの分岐などはなく、背景はオープニングや章の始めに挿入されるムービーで語られる。各マップの合間に作戦の説明などがあり、まれにマップ上でもコメントが表示されるが、明確な登場人物は存在しない。
小隊に組み込むゾイドと部隊長の割り当てを行う。1小隊には最大6ユニットの編成枠があるが、最大積載量が12で制限されている。ゾイドはS・M・L型(小型・中型・大型)でそれぞれ積載サイズが2・3・4となっているので、S型ゾイドなら6ユニット、L型ゾイドなら3ユニットまで編成可能。
範囲攻撃と強力な接近用武器が追加されている。
中型ゾイド捕獲装置をもち、小型・中型ゾイドの捕獲が可能。
水陸両用で全ゾイド中最高のHPをもち、他ゾイドの搭載が出来る他、範囲攻撃を2つもつ。
ステルス能力を持つ。全ての武器がエネルギーを必要なのでエネルギー切れが早く、対空攻撃が出来ない。
小型ゾイドとしては高いHPをもつ。対空攻撃が出来ない。
遠距離戦に特化している。帝国側のカノントータスのようなゾイド。
冷凍砲を装備でき、HPも多く、山にも登れて万能に使える。
ミサイルポッドを電磁砲に換装した機体。移動力が通常機より若干落ちている上対空攻撃が出来ない。
水中用ゾイド。値段以外全ての点でフロレシオスに劣っている。