アヤソフィア
現代トルコにおいて、アヤソフィアの建物をモスクや教会など宗教的行事の場として使うことは厳しく禁じられてきた。しかし2006年にトルコ政府は、博物館内の小部屋をキリスト教徒やイスラム教徒のスタッフが祈りを捧げる場所として使えるよう許可を出したと伝えられた。
イスラム回帰を進めるレジェップ・タイイップ・エルドアン大統領は2019年3月、アヤソフィアをモスクへ戻す方針を宣言し、トルコ政府は2020年5月29日、アヤソフィアを会場にコンスタンティノープル征服567周年記念式典を開いた。ここでイスラム教の聖典『コーラン』を朗読し、ギリシャ共和国政府は「世界中のキリスト教徒への侮辱」と抗議した。
アヤソフィア・ジャミィと呼ばれるようになったこの聖堂はトプカプ宮殿の側に位置し、オスマン帝国の君主が毎週の金曜礼拝に訪れ、帝国において最も格式の高いモスクの一つとされた。
しかしその状態は、例えばコルドバのペドロ・タファ(英語版)やフィレンツェのクリストフォロ・ボンデルモンティ(英語版)など西側のからの旅行者が記したように、教会は荒廃するに任され、扉が外されたまま放置された箇所もあった。建物の手入れと改築を命じたメフメト2世は、同年6月1日には最初の金曜礼拝に赴いた。アヤソフィアはコンスタンティノープルにおけるオスマン帝国初のモスクとなった。
1481年までに、南西の階段塔の上にミナレットが建設された。次代のスルターンであるバヤズィト2世はミナレットを北東角に設置した。このうち一つは1509年のイスタンブール地震(英語版)で倒壊したが、16世紀半ば前後に建物の東西部分に新設されたミナレットと対角線上に当る部分に移設された。16世紀にはスレイマン1世が征服したハンガリーから2基の巨大な燭台を持ち帰り、ミフラーブの両脇に据えた。セリム2世時代には建物に劣化が見え始め、建築家であり世界初の地震対策技術者とも評されたミマール・スィナンが主導した外部からの補強構造追加など幅広い補修工事が行われた。スィナンは歴史的なビザンティン建築の西端に2基の大きなミナレットを据え、さらにスルターンの特別席が作られた。南東の建物では、1576 - 1577年にセリム2世のテュルベ(英語版)(墓廟)を据えるため、1年前にS字型の角にあった総主教のテュルベが取り壊された。