ひめじ別所駅
12両編成対応の相対式ホーム2面2線の地上駅。改札口は北側(上りホーム)に1ヶ所設置されている。南側に姫路貨物駅が併設されているため、北口のみの設置である。互いのホームはエレベーターを併設した跨線橋で連絡している。トイレは改札外に設置されている。
アーバンネットワークエリアに所属しており、ICOCA及び提携ICカードが利用できる。駅業務はJR西日本交通サービスへ委託されており、姫路駅が当駅を管理している。
当駅で使用されている接近メロディは当駅が開業する前の1997年3月8日からJR神戸線内の各駅で導入されている「さざなみ」に加え、列車接近表示器から、メリーさんの羊が流れる。