遺棄化学兵器問題
遺棄化学兵器処理事業には、1999年度から2007年度までで総額540億円が投じられている。その支出内容が不透明で、不要な施設整備に用いられたりするおそれがあると批判されてきた。これに対して、日本政府は、ヘリポートや変電所の整備は処理事業に必要な範囲で、支出は適切に行われているなどと反論している。その後、大規模な施設整備が予定されたハルバ嶺事業については、前述のように調査を踏まえてロボット式の処理設備から手作業へ方針が変更された。日本政府は、一般競争入札による透明化を図るとしている。
また、処理事業に絡んで商社会社から社団法人幹部に裏金が流れたことで脱税で立件された山田洋行事件や政府に人件費の水増し請求をしてコンサルタント会社幹部が詐欺で立件されたPCI事件が発覚し、有罪判決が確定している。また、与党幹部が処理事業に絡んで口利き介入をしたり、朝鮮総連本部ビル売却問題で有罪判決を受けた緒方重威が処理事業に参入する意向があったことも報じられている。
他方、中国側は200万発が存在すると主張しているが、日本側研究者は過大であると評価している。いずれにしてもハルバ嶺は中国国内で最大の埋設量がある地点と見られている。このほか、北は黒竜江省から南は広東省に至るまでの中国各地にも旧日本軍の化学兵器は残存しており、2012年9月までに約4万8千発が回収されている。中国側はハルバ嶺以外の大量存在地として、吉林省梅河口市にも黒竜江省尚志市から移送したびらん剤弾20万発が存在すると主張しているが、やはり日本側は過大な数字であると推測している。以上の砲弾などに含有される化学剤の総量は比較的少量で、化学砲弾等の総数が約70万発であると予想していた時点でも、約500トンと推定されていた。
現存する旧日本軍の化学兵器には、既述のように「きい剤」(びらん剤)・「あか剤」(くしゃみ剤)・「みどり剤」(催涙剤)ほかが含まれている。ヒ素を含む化学剤があるため、処理に特別な配慮が必要とされる。形態には化学砲弾のほか、発煙筒式のものや保管用のドラム缶入りのものなどがある。「きい剤」または「あか剤」の化学砲弾が多くを占めると推定されている。
残存する旧日本軍化学兵器による事故も発生している。2003年8月4日にはチチハルの工事現場において地中で発見されたドラム缶から旧日本軍の化学剤が流出して1人が死亡、43人が負傷した。日中政府間協議の結果、3億円の解決金が遺棄化学兵器処理事業費の一部として支払われた。