御坂美琴
9月30日には大覇星祭での賭けによる勝利で罰ゲームとして上条と携帯電話のペア契約を結び、その日の夜に友達を助けるために戦うという上条とインデックスと再会し、事情を察して2人に協力する。
学園都市内でインディアンポーカーが流行し始めた頃、食蜂から「魂の生成」に関する実験の情報をもたらされ、「妹達」がこの実験に利用されないよう調査を行う過程でサイボーグ・ドッペルゲンガーの存在に触れる。偶然出会った「屍食部隊」と歪な協力態勢を取ることになり、自身の存在の完全消滅を願うドッペルゲンガーの頼みを聞いて義体及び飛行船内のバックアップデータを破壊する。
フランス・アビニョンでクーデターが発生した際には現地で事件に巻き込まれていた上条から連絡を受け、彼が過去の記憶を失っていたことをたまたま知ってしまう。そして後方のアックアが学園都市に攻め込んだ際に、重傷を負いながら戦場へ向かおうとしていた上条に記憶喪失を知っていることを告げて戦場へ行くのを止めようとしたが、言葉を交わしたことで自分が彼に好意を抱いていたことを自覚し、止められずに見送ることになった。
第二少年院の脱獄イベントが催された際には「超能力者でも破れない」という院長の挑発に乗せられ、黒子・初春・佐天のいつもの4人組で監獄に挑戦し、別行動していた初春に先を越されこそしたものの電子セキュリティの数々を突破して最深部まで辿り着いた。イベント後に誘拐された初春救出のため動きを起こし、負傷しながらも囮になった雷斧を撃破、そのまま少年院に戻って春暖と交戦し、初春の援護を受けて撃破する。
上条とは本編開始より1ヶ月ほど前に、不良に絡まれていた所を彼が助けに入る形で出会った。その際に自分の能力を打ち消されたことからレベル5のプライドを傷つけられたとして目の敵にしていたが、「絶対能力進化実験」の阻止以降は恋心を抱いた行動を取るようになる。その後、上条とテッラの会話を携帯電話で偶然聞き彼の記憶喪失を知り、後にそのことを知ったと打ち明けたが、逆に彼の信念を打ち明けられたことで彼への恋愛感情を自覚する。現在ではそれが美琴の大きな行動原理となっている。上条のそばにいると振り回されて思い描いた常盤台のエース像が崩れていくのを自覚しているが、苦手であっても決して居心地悪くは感じていない。
学校では上下を問わず尊敬の眼差しを向けられており、皆から慕われている。それゆえ、輪の中心に立つことは出来ても輪に混じることが出来ないため、特定の派閥には加わっていない。
自分に憧れを抱き強引にルームメイトとなった後輩の黒子には友人兼パートナーとしては信頼しているが、彼女の過剰なアプローチにはたびたび電撃の制裁を与えている。彼女を介して知り合った初春飾利と佐天涙子とも良好な友人関係を築いているが、「絶対能力進化実験」などの暗部の事情には巻き込まないよう配慮している。
郵便局の強盗に殺されそうになった小学生の黒子を超電磁砲で助けた事が黒子の話で明らかになっているが、美琴はそれを覚えていなかった。また、黒子もそれが美琴の超電磁砲だったと気付いている程度で美琴が超電磁砲を撃つ場面は見ていない。 初めて婚后光子と出会った際には、お互い名前も知らない初対面にもかかわらずすんなり友達と呼べる仲になった。
英雄としてコラボ。