長崎鉄道事業部
鹿児島本線(博多 - 鳥栖間、優等列車に限る)
長崎本線(全線、鳥栖- 神崎間は優等列車に限る)
佐世保線(早岐 - 佐世保間)
大村線(全線)
長崎工務センター
諫早工務センター
佐世保工務センター
キハ200系気動車 2020年4月1日時点では、キハ200形0番台・1000番台の2両編成2本、キハ200形550番台・1550番台の2両編成2本、キハ220形4両(1100番台1両、200番台3両)、計12両が所属していた。2021年3月11日をもって長崎地区での運用が終了し、2021年3月12日付及び同月13日付で、全車が大分車両センター・熊本車両センター・鹿児島車両センターに転属。