ピクミン
樹海のヘソにある宇宙船のギアのパーツ。
外部動力がなくても半永久的に回る。マイペースな機械らしい。青オニヨンの近くの高台にあるため見付けるのは簡単だが、回収するにはスロープを経由する必要がある。
樹海のヘソにあるパーツ。
有害物質の漏れを防ぐ(近くにはなぜかラムネのビンがある)。上述の水辺を奥へ進んだ所にある。
本編で3色のピクミンすべてと出会うとプレイできるようになる、1日でどれだけピクミンを増やせるかを競うモード。ステージは本編で登場した5つのステージだが、宇宙船のパーツが無い代わりにペレットが大量に配置され、生物や仕掛けの配置も大きく変わっている。なお、ドルフィン号がないため本編のようにオリマーの体力を回復させることはできない。
宇宙船のパーツを合計5個回収すると行けるようになる、海の中にヘソのように空いている洞窟のステージ。青ピクミンと初めて会うことができる。段差や水辺が多く、3色のピクミンを駆使しないと回収できないパーツがあるなど、前2ステージよりも難易度が高い。ピクミンたちがパーツなどを運ぶ道は最初から確保されているので、敵の邪魔さえされなければ回収は比較的容易に可能だが、壁を壊したりスロープを掛けたりしてルートをつくることで回収時間を短縮できるようになる。マロガエルやブタドックリ、パンモドキなどの生物が生息している。ポンガシグサが初登場。ダマグモやボケナメコといったボスも登場する。『ピクミン』時代のステージで唯一、『ピクミン2』で継続・リニューアルされていないステージの1つとなっている。
オリマーがエンジンを回収した後、2日目から行けるようになるステージ。チャッピーや小チャッピー、ウジンコなどの生物が生息し、様々な種類の壁が登場する。壁を2つ壊した先で黄オニヨンと出会うことができる。ボスのヘビガラスがパーツを一つ飲み込んでいる。水場が少なく、赤ピクミンや黄ピクミンだけでもほぼ全域を探索することができる。なお、水中に落ちているパーツが1つも無いため、進行上青ピクミンがいない2日目の時点でも、すべてのパーツを回収することが可能である(ただしかなりのテクニックを要する)。