イグチ目
イグチ目はイグチ類をまとめたイグチ科の上位分類に作られた分類群であった。しかしながら微細形態学や分子系統的な証拠に基づいた近年の研究で、イグチ類以外の多くの種がこの群に当てはまることがわかってきた。この群には幾つかの襞を持つキノコも含まれており、オウギタケ科、ヒダハタケ科は襞を持っている。これらはイグチ類と同じような肉質を持っており、胞子を生じる組織はたやすく傘からはがすことができ、胞子やシスチジアも良く似た顕微学的特徴を持つ。分子系統発生学での証明では幾つかの物理形状的に異なる群もイグチ目に移動しており、それにはニセショウロ科やショウロ科が含まれる。
Boletinellaceae、クリイロイグチ科は系統学分析的に違う分類とされており、ニセショウロ科、コツブタケ科、ツチグリ科、クチベニタケ科等と共にニセショウロ亜目(Sclerodermatineae)に分けられている。このため、ハンノキイグチ属とPhlebopusはイグチ類よりニセショウロ類に近い関係があると考えられている。同じく、ヌメリイグチ属はイグチ目内でもハラタケ類やショウロ類とされるクギタケ属、オウギタケ属、ショウロ属などに近い関係にあると考えられる。
幾つかの分類方法では幾つかのイグチ科の種はイグチ科から分割されオニイグチ科(Strobilomycetaceae)に分類されている。