上知令
ことに大坂周辺では、年貢の先納(翌年度分の年貢の前取り)も行われており、村々と大名・旗本のあいだには不即不離の関係が成立していた。知行所の村方に年貢などの運用を一任し、かわりに大名や旗本への月々の賄金の送金や彼らの古い借金の返済を知行所村々が引き受けるしくみもできていた。肥沃の私領と薄痩の天領を交換させられるのではないかと領主は怖れ、領民たちは莫大な借金の踏み倒しと天領になってからの年貢取立の厳格化を怖れた。
水野忠邦の同僚にあたる老中土井利位は、本領は下総国古河藩であったが、河内国や摂津国にも飛び地を持っていた。土井家は河内、摂津の農民に借金があり、農民達は上知と同時に借金が踏み倒されるのではと恐れ、土井家に繰り返し上知反対の強訴が発生した。また、御三家の紀州藩や水戸藩からも反対の声が上がった。反対派は土井利位を盟主に担いで上知令撤回と、水野忠邦の老中免職に動き出した。水野忠邦の主だった腹心達(町奉行鳥居耀蔵、勘定奉行榊原忠職)らも土井派に寝返り、鳥居に至っては忠邦の機密資料を残らず土井に流すという徹底ぶりであった。大奥も反対にまわった。忠邦は孤立し、将軍徳川家慶の裁断により上知は取りやめとなった。閏9月7日、忠邦が欠席のまま土井利位から上知令撤回の幕命が出された。閏9月13日、忠邦は辞表を提出し、上知令ともども天保の改革は挫折した。このとき、水野忠邦の屋敷前に町民が数千人も夜中に集まり、屋敷に向けて投石し、近くの辻番所をうちこわす大騒動になったといわれている。
1799年(寛政11年)、東蝦夷地仮上知(1802年以降は永上知)が断行された。江戸幕府による蝦夷地幕領化は、
1799年から1806年までの東蝦夷地(日高国浦河郡以東、太平洋側から知床半島・国後島に至る地域)の上知
1807年から1821年までの松前地(和人地)・西蝦夷地(日本海・オホーツク海側)の上知
という2段階で実施された。幕臣近藤重蔵が蝦夷地幕領化論を強固に唱え、幕府側もそれを受けて蝦夷地経営と対ロシア帝国政策が単に松前藩一藩だけの問題では済まされないという判断を下した。以降、幕府は択捉・国後の両島に津軽藩・南部藩の藩士500名ずつを派遣させ、防衛警備にあたらせた。これが第1次幕領期である。
その後、粘り強い松前藩の復領運動などにより、1821年(文政4年)、蝦夷地は松前藩に返還された。
しかし、日露和親条約による箱館開港後は再び蝦夷地は幕府領となった(第2次幕領期)。1855年(安政2年)2月、幕府が松前藩に言い渡した上知の範囲は、「東西蝦夷地及乙部以西ノ八村木古内以東ノ各村」という広大なものであり、松前藩は知内村から江差五厘沢までの狭小な範囲のみ支配を許され、この範囲を除く蝦夷島のほぼ全域が箱館奉行の管轄下に入った。2度目の上知令を出した直後より、幕府は松前藩をはじめ津軽藩、南部藩、久保田藩、仙台藩の諸藩に警備区域を割り当てたが、1859年(安政6年)9月には、上記4藩に庄内藩と会津藩を加えた奥羽6藩に蝦夷地を分与し、その開拓と防衛にあたらせることとした。