ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破
また、アスカとレイがNERV本部内のエレベーターで乗り合わせる場面(ただし会話の内容などはテレビシリーズと異なる)など、第弐拾話以降のエピソードも取り入れられた形となっている。
作画に関しても、『序』では大半がテレビシリーズから原画やタイムシートなどの素材を使用していたのに対し、本作品ではほぼ全編にわたって新規に描き下ろされている。そのため、『序』では「リビルド」を強調していたのに対し、本作品ではあまり使われていない。これは、『序』制作時に、実質的な新作にもかかわらずテレビ版の再現に拘り過ぎたという反省から、素材の流用を念頭に置いた当初の脚本を見直し、新作として制作し直されたためである。
庵野は、自身がこれまで作り上げてきたエヴァの世界を自分では破壊しきれないとして、『破』というサブタイトルを象徴する新キャラクター・マリを演じる坂本真綾との打ち合わせの際も、マリに関するより詳しいディレクションは監督の鶴巻に任せている。
NERVの北米第2支部で試験中のエヴァ4号機が支部を巻き添えに消滅し、その事故を受けて、同じくアメリカで開発されていた3号機が急遽日本に移送されることになった。3号機の起動実験ではレイとアスカがパイロット候補となったが、起動実験の日と、レイがシンジとゲンドウの和解のため企画している食事会の予定が重なっていることに気付いたアスカは、自らテストパイロットに志願する。
実験当日、アスカの乗った3号機の起動実験が開始されるが、3号機には使徒が侵入しており暴走、周囲を吹き飛ばす大爆発を起こす。ゲンドウはエヴァ3号機を第9の使徒として処理することを決定、第8の使徒戦時の損傷の修理が済んでいない零号機を待機させ、シンジの初号機のみを出撃させる。しかしシンジは3号機にまだアスカが乗っていることを知り、戦闘を拒否したため、ゲンドウは初号機の制御を無人操縦システム「ダミーシステム」へ切り替えさせる。ダミーシステムに切り替えられた初号機は3号機を徹底的に破壊。シンジは必死に止めようとするも、初号機は使徒のコアを、アスカの乗った操縦席(エントリープラグ)ごと噛み砕いた。
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キール・ローレンツ(声:麦人) - ゼーレの中心的人物、人類補完委員会の議長。(BD/DVDの「SCRIPT」で「キール」と名前を確認できるが、BD/DVD付属のブックレットには「ゼーレ01」と記されている) ペンペン(声:林原めぐみ)- ミサトの家に同居している、温泉ペンギン。 碇ユイ(声:林原めぐみ)- シンジの母。