小笠原支庁
総務課 庶務係、経理係、行政係
産業課 商工係、産業係、水産係、亜熱帯農業センター、営農研修所、畜産指導所、水産センター
土木課 工務係、道路河川係、住宅係、自然公園係
港湾課 工事第一係、工事第二係、管理係
母島出張所 事務係、技術係
※島しょ保健所小笠原出張所は福祉保健局の所管、東京都立小笠原高等学校は教育庁の所管である。