自然免疫系
樹状細胞(DC)は、主に皮膚(ランゲルハンス細胞と呼ばれることが多い)や、鼻、肺、胃、腸などの粘膜内部など、外部環境と接触する組織に存在する食作用を持つ細胞である。神経細胞の樹状突起に似ていることから名付けられたが、樹状細胞は神経系とは無関係である。樹状細胞は、抗原提示の過程で非常に重要であり、自然免疫系と獲得免疫系をつなぐ役割を果たしている。
バクテリア(およびおそらく他の原核生物)は、バクテリオファージなどの病原体から身を守るために、制限修飾系と呼ばれる独自の防御機構を利用している。このシステムでは、バクテリアは制限酵素と呼ばれる酵素を産生し、侵入してきたバクテリオファージのウイルスDNAの特定領域を攻撃して破壊する。宿主自身のDNAをメチル化することで、「自己」であることを示し、エンドヌクレアーゼによる攻撃を防ぐことができる。制限酵素と制限修飾系は、原核生物にのみ存在する。