参議
藩の勢力が温存されることを嫌った大久保(当時は大蔵卿)は有司専制体制の確立のため、大蔵省と民部省を統合し、自身が長官を務める大蔵省の権限を強大なものとした。直後に岩倉使節団の一員として大久保は木戸らと共に洋行し国内を留守にすることになり、大蔵省は留守を守る井上馨(当時は大蔵大輔)らによって牛耳られることになる。井上は「今清盛」と呼ばれるほどの権勢で新政府全体をもリードした。
職制上は閣僚代理兼次席に過ぎない大蔵大輔の井上が大きな権力を持つことになったのは、明治初年においては省卿に公卿が多く名目的に就任し、次席である大輔の方に実力者が就いて事実上の大臣業務を行っていた名残でもあり、また、大蔵省に膨大な権限が集中していたためでもある。実質的な政府の中心人物であった大久保は、この時期参議を辞して大蔵卿専任となっており、参議、省卿、大輔の間の序列が非常に曖昧になっていた。大隈が民部大輔、大蔵大輔から参議へ、卿を経ずにいわば二階級特進したのも同様の事情であり、しかも当初は大輔と参議を兼任する予定すらあった。
同年7月29日に導入された三院制体制下において、正院が設置された。その正院の中に、特に参議の意思決定の場として設けられたのが、太政官内の廟儀における「内閣」であり、後の内閣制度の萌芽となる。ただし、現在の主任の大臣に相当する卿は右院を構成し、正院(内閣・閣議)から除外されていた。明治6年(1873年)には、大蔵省の強大な権限が問題とされ、江藤新平ら反大蔵省派が勝利し、井上らは辞任。そして制度改革により正院における参議の地位向上が明確なものとなった。
続く明治六年政変においては、西郷や板垣、江藤新平といった有力者が参議を辞任するなど政府の求心力が停止する中、大久保利通は内務省を創設し自身が内務卿となると共に、参議と各省長官を兼任する制度(参議省卿兼任制)を導入し、省卿を内閣に参加させることにより、政府意思の一体化による政治の引き締めを図った。