アエギュプトゥス
この結果、200年頃までにアレクサンドリアはキリスト教の中心地のひとつに発展した。キリスト教の著名な神学者(弁証学者)であるアレクサンドリアのクレメンスとオリゲネスは、ともにこの街で生まれ、この街で生涯の多くを過ごし、著作を記し、教えを広め、議論した。
ローマ皇帝デキウス治世の250年、キリスト教は再び迫害を受けたが、それでも信者は増えていった。また、ディオクレティアヌス帝は303年に禁令を発し、キリスト教は再び迫害の時期を迎えたが、これが本格的な迫害の最後となった。ローマ皇帝コンスタンティヌス1世が312年に発したミラノ勅令 により、キリスト教の迫害は終わりを告げた。4世紀を通じてキリスト教は地位を高め、修道士パッラディウス(en:Palladius)が著述したように、その他の宗教の信者は減っていった。そして390年には、国教となったキリスト教以外の異教を禁じる勅令が発令された。ただし、エジプト南部のフィラエ神殿に残る落書きなどを見ると、異教崇拝は隠れて残り、5世紀になっても女神イシスが祭られていることがわかる。アエギュプトゥスに住むユダヤ人の多くはキリスト教徒になったが、国教を拒み改宗しなかったユダヤ人もまたかなり多く残っていた。
キリスト教会が公認され自由に活動できるようになると、今度はシスマ (教会の内部分裂)に悩まされることになった。シスマは長期にわたり、これを原因とした内乱まで起きた。アレクサンドリアの司祭アリウスの新しい教説にしたがってアリウス派と呼ばれる一派が広がり、これがアタナシオスを代表とする通説派と反目しあった。