ハナヤスリ亜綱
トクサ亜綱と薄嚢シダ亜綱およびマツバラン目の中心柱は中原型の一次木部、旧真嚢シダ類は内原型の一次木部を持ち、上記の系統樹のようにリュウビンタイ亜綱およびハナヤスリ亜綱は単系統群をなすため、最節約的にはリュウビンタイ亜綱とハナヤスリ亜綱の共通祖先で内原型に進化し、マツバラン目で再び中原型に戻ったと考えられる。また、リュウビンタイ目とハナヤスリ目の葉はトクサ類の楔葉や薄嚢シダ類の大葉と異なる性質を持つため、葉のない祖先種から独立に葉を獲得した可能性がある。マツバラン目は根を持たず地下茎を持つが、根が退化した可能性がある。大葉を持たず葉状突起を持つが、これは葉が退化したとする考えもあるが、葉が多数回起源であり、各群で独立に獲得されたためとも考えられる。また、マツバラン目の葉状突起はマツバラン属 Psilotumでは維管束を持たず、イヌナンカクラン属(イヌマツバラン属) Tmesipterisでは小葉のように1本の維管束を持つという相違点はあるが、この2群は近縁な姉妹群であることから、相同であると考えられる。
ハナヤスリ類とマツバラン類は外部形態が大きく異なるため、遺伝子を調べて初めて近縁であることが分かった。しかし、共通点もあり、大型の真嚢胞子嚢を形成し、1胞子当たり少なくとも1,000個の胞子を形成することや白色根棒状の地中性配偶体を形成しアーバスキュラー菌根菌と内生菌共生し、栄養を得ていることが挙げられる。