フライングフィッシュ (潜水艦)
8月1日、「フライングフィッシュ」は11回目の哨戒でフィリピン方面に向かった。8月9日に「フラウンダー (USS Flounder, SS-251) 」とともにマヌス島に寄港し、補給の後ダバオ湾(英語版)の哨区に到着。8月22日、「フライングフィッシュ」は北緯06度08分 東経125度45分 / 北緯6.133度 東経125.750度 / 6.133; 125.750の地点で輸送船団を発見して攻撃態勢に入ったが、反撃に出た千鳥型水雷艇と思しき艦艇と交戦し、魚雷を3本発射したものの命中しなかった。8月29日、ミオス・ウンディ島に寄港して給油を行い、哨戒を再開した。9月7日、北緯01度11分 東経124度28分 / 北緯1.183度 東経124.467度 / 1.183; 124.467のアムラン湾沿いの陸岸を観測していた所、1機の九九式双発軽爆撃機と3機の一式戦闘機、塔のような建築物が見え、これを日本側の秘匿飛行場の存在を示す証拠として通報。それらは程なく実施された第38任務部隊(マーク・ミッチャー中将)によるこの地方への攻撃に役立った。「フライングフィッシュ」はセレベス島方面で搭乗員救援等の任務に従事した後本国へ針路を向け、10月18日にミッドウェー島に寄港。10月22日、81日間の行動を終えて真珠湾に帰投。ハンターズ・ポイント造船所に回航されてオーバーホールに入った。
その後、「フライングフィッシュ」はパラオとサンベルナルジノ海峡の間を重点的に哨戒するよう命じられた。6月13日、タウイタウイ沖で小沢治三郎中将麾下の第一機動艦隊を監視していた「レッドフィン (USS Redfin, SS-272) 」が艦隊の出撃を確認し、通報したためである。第一機動艦隊は「フライングフィッシュ」が行動している海域を通過することが予想された。6月15日16時30分、「フライングフィッシュ」は北緯12度47分 東経124度22分 / 北緯12.783度 東経124.367度 / 12.783; 124.367の地点で、サンベルナルジノ海峡を通過した第一機動艦隊を発見。艦隊には少なくとも3隻の戦艦と3隻の空母がいると思われ、戦艦のうち1隻は長門型戦艦であろうと識別される。「フライングフィッシュ」がこのとき発見したのは、第一機動艦隊の前衛である丙部隊(栗田健男中将)であった。「フライングフィッシュ」はただちに追撃したものの潜航状態では到底追いつけず、発見から約2時間後の日没とともに接触を失い。日没後に浮上し艦隊発見を司令部に通報した。「フライングフィッシュ」自体は直後のマリアナ沖海戦で直接戦果を挙げることはなかったが、情報で間接的に勝利に貢献した。6月23日まで哨区にとどまった後マヌス島に針路を向け、6月30日にマヌス島に寄港。7月5日、61日間の行動を終えてブリスベンに帰投した。
250の地点で陸軍輸送船「崎戸丸」(日本郵船、9,247トン)に対して魚雷を4本発射し、2つの爆発音が聞こえて命中と判断されたが、実際には「崎戸丸」から約100m離れた所で爆発したものであり、「崎戸丸」はこれを「特殊機雷」と報告した。4月15日には北緯41度58分 東経141度08分 / 北緯41.967度 東経141.133度 / 41.967; 141.133の恵山岬灯台の沖合いで陸軍輸送船「青龍丸」(北日本汽船、1,904トン)を撃破。4月17日にも北緯42度00分 東経143度20分 / 北緯42.000度 東経143.333度 / 42.000; 143.333の襟裳岬沖で陸軍輸送船「天穂丸」(巴組汽船、2,774トン)に対して魚雷を4本発射して1本を命中させて撃沈し、4月24日にも北緯41度42分 東経141度20分 / 北緯41.700度 東経141.333度 / 41.700; 141.333の津軽海峡東口で輸送船団を攻撃し、輸送船「春日丸」(嶋谷汽船、1,374トン)を撃沈した。5月1日には北緯41度00分 東経141度25分 / 北緯41.000度 東経141.417度 / 41.000; 141.417の地点で輸送船「東栄丸」(荻布海商、2,324トン)に対して魚雷を4本発射し、2本が命中と判断されて同船を撃破した。5月11日、フライングフィッシュは48日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。ドナホ艦長はチャールズ・A・ロックウッド少将から5連続哨戒を労う休暇を与えられ、艦長がフランク・T・ワトキンス大佐(アナポリス1922年組)に一時的に代わった。
10月4日、「フライングフィッシュ」は7回目の哨戒でパラオ方面に向かった。この途中、「空母『冲鷹』が日本本土へ向けて北上中」という無電を受信し、10月18日未明、北緯19度31分 東経145度20分 / 北緯19.517度 東経145.333度 / 19.517; 145.333のサイパン島北方でジグザグで航行中の「冲鷹」に向けて魚雷6本を発射し爆発音が聞こえて1本命中と判断されたが、実際にはいずれも「冲鷹」には全く届いておらず、「冲鷹」はそのまま横須賀に向けて去っていった。10月27日夜、北緯12度02分 東経134度28分 / 北緯12.033度 東経134.467度 / 12.033; 134.467の地点でフ607船団を発見し、午前と午後の二度にわたる攻撃で魚雷を計10本発射して海軍徴傭船「南満丸」(山下汽船、6,550トン)を撃沈した。日付が10月28日に変わったあとの三度目の攻撃では「第31号哨戒艇」に対して魚雷を4本発射するも命中せず、明け方にも四度目の攻撃で魚雷を3本発射したが、命中しなかった。11月6日、34日間の行動を終えてミッドウェー島に帰投。艦長がロバート・D・リッサー少佐(アナポリス1934年組)に代わった。