Ν-ノーチラス号
正式名称「第四世代型超光速恒星間航行用超弩級万能宇宙戦艦ヱクセリヲン」。ガーゴイルは「幻の発掘戦艦」と呼んだ。
特徴として、この艦は宇宙専用ではなく大気圏での運用も考慮されている。艦の前部の左右、艦中央下部、後部の左右上下に取り付けられた合計7枚のグラヴィティウイング(重力制御翼)を展開することによって、巨大な質量ながらも重力制御によって大気圏内を飛行することが可能であり、艦体形状も超音速飛行時に発生する衝撃波に対応するべく先端から鋭利なラインを描いている。なお、艦中央部左右に取り付けられた2基のスタビライザーによって大気圏内飛行中の安定を保っている。
主機は縮退炉であり、旧ノーチラス号の主機であった対消滅機関ですら補機に過ぎない。ただし補機だけでも機体の姿勢制御や電子熱戦砲による戦闘など、飛行以外の最低限の行動は可能である。
バリヤーは限界を越えるとガラスのようにひびが入り、やがて砕け散る。なお、バリヤー発生機構は修復が完全にできないらしく、1分しか発生させることが出来ない。
その実際の能力は未知なところが多い。ネモ船長によれば、自分達の知識と操艦技術ではおそらく本来の力の数%しか引き出せないという。
デザインは山下いくとの手によるが、デザインモチーフは1968年の東宝怪獣映画『怪獣総進撃』に登場する宇宙船「ムーンライトSY-3」に『さらば宇宙戦艦ヤマト』に出てくる宇宙戦艦「アンドロメダ」を加えてある(艦首にある2基の開口部は拡散波動砲をモチーフとしたデザインになっている)。カラーリングは『マイティジャック』の万能戦艦マイティ号をイメージしている。なお山下いくとの当初デザインでは前進翼になっていたが「ムーンライトSY-3」は後退翼であり、総監督庵野秀明の趣味としてデザイン決定された(さらに遡ると、ムーンライトSY-3はサンダーバード1号をモデルにしている)。更にリボルバー式の小型艇射出機構は、特撮映画『惑星大戦争』の宇宙戦艦轟天号のオマージュである。
『ナディア』36話後半はジャンたちがエレベーターに乗り込む場面から艦橋内の会話、空中戦艦の来襲、補助エンジン始動、偽装外壁剥離、主砲発射などほとんどの場面が『宇宙戦艦ヤマト』第2話と同じカット割りで構成されており、艦長の指示のセリフも同じである。主砲発射音も庵野のこだわりにより、ヤマトの効果担当から音源を借りてきて使用している。
エクセリオンという名前は『トップをねらえ!』のヱクセリヲンと共通している。同作の「科学講座」によれば、(そちらの)ヱクセリヲンの属する第4世代の超光速大型宇宙船はエーテル流体力学によるデザインと大型バニシングモーターを装備したものとされる。
第38回では日本語のラベル(「第二バリヤー回路」「星間物質」など)が表示された計器を見ることができる。