九州平定
翌12月12日、戸次川の戦いがはじまった。家久は鶴賀城の囲みを解いて撤退し、坂原山に本陣をおいたが、その軍勢は1万8,000にふくれあがっていた。ここで軍監仙石秀久は、長宗我部元親の制止も聞かず、また十河存保も秀久に同調したため、戸次川の強行渡河作戦が採用された。島津勢は身を伏せて川を渡り切るのをみはからって急襲、虚を衝かれた秀久が敗走、兵の少なくなったところを家久軍主力が寄せた。この戦いで豊臣方は四国勢6,000のうち2,000を失い、元親の嫡子である長宗我部信親、十河存保などの有力武将を失う敗北を喫した。
12月13日、勢いづいた島津軍は大友義統が放棄した府内城を陥落させて、隠居した大友宗麟の守る丹生島城(臼杵城)を包囲した。丹生島城は、宗麟がポルトガルより輸入し「国崩し」と名付けた仏郎機砲(石火矢)の射撃もあり、島津軍に勝利した。その後北上する島津軍は杵築城(大分県杵築市)を攻めたが木付鎮直の激しい抵抗を受け敗北、豊後南部では大友家臣佐伯惟定がいったん島津方に奪われた諸城を奪回して後方を遮断した。また、志賀親次が島津義弘軍を数度にわたって破る戦いを展開した。
肥後の阿蘇から豊後に攻め込んでいた島津義弘の軍勢は12月14日、豊後山野城(竹田市久住)に移動して、そこで冬を越した。家久は豊後の府内城で、当主島津義久は日向国塩見城(宮崎県日向市塩見)で、それぞれ越年した。
小松尾城(竹田市神原)、一万田城(大分県豊後大野市朝地町池田)などは島津氏にしたがったが、岡城の城主志賀親次の激しい抵抗に苦戦し、高森城合戦で志賀親次に破られていた稲葉隊を大手門付近に抑えとして配置し、本隊は一時撤退を余儀なくされてしまった。
義久は一方では弟島津家久に兵一万余をつけて、日向表から北上して豊後に侵攻する計画を立てた。家久軍は10月、豊後松尾城(豊後大野市大野町宮迫)、豊後小牧城(豊後大野市緒方町野尻)を落とし、10月23日、大友氏の有力家臣である豊後の栂牟礼城(大分県佐伯市弥生)の佐伯惟定に使者を送ったが、惟定は多数の支城を築いたほか、佐伯湾の海上警備もおこなうなど徹底して防備につとめ、11月4日には栂牟礼城を出て堅田(佐伯市堅田)で交戦、島津勢の侵攻を阻止した。
吉川元春は島津方の宮山城を攻略したのち、小早川隆景とともに高橋元種の支城豊前松山城(福岡県京都郡苅田町)を攻め、11月7日に賀来専慶の守る宇留津城、15日にはさらに元種の支城障子岳城(福岡県京都郡みやこ町)を攻撃した。元春はこの陣のなかで病没したが、吉川勢は元種の本城香春岳城(香春町)を20日間にわたって猛攻を加え、12月上旬、元種を降伏させた。これにより、豊前はその殆どが秀吉方に屈し、豊後での戦線がのこされた。12月1日、秀吉は諸国に対し、翌年3月を期してみずから島津征討にあたることを伝え、畿内および北陸道・東山道・東海道・山陰道・山陽道などの約37か国に対し、計20万の兵を大坂に集めるよう命令を発した。