アリ・マフディ・ムハンマド
さらに、残りの国連軍も1995年1月から3月にかけて撤退した。1995年6月にアイディードはソマリア大統領就任を宣言したが、アリとの抗争も依然として続いた。そのアイディードも翌年に死亡すると、ソマリアはさらなる無秩序状態に陥った。以後、アイディードの息子らが大統領就任を宣言するが、これも実効性がなかった。
2000年7月、ジブチにおいてソマリアの暫定大統領選挙が行われた。20人以上の候補者の中から、1次予選を通過した4人の内の1人にアリは選ばれたが、この時点で立候補を辞退した。2次予選でアリはアブディカシム・サラ・ハッサンに投票し、結果ハッサンが暫定大統領に選出された。この政府は暫定国民政府と呼ばれたが、結局ほとんど実権を持つことができなかった。
2002年11月にソマリ和解会議(英語版)が隣国ケニアで開かれたが、交渉は決裂し、参加していたアリも途中で帰国した。
2004年、以前の暫定国民政府を取り込む形で暫定連邦政府が発足。アリは国民和解委員会(National Reconciliation Committee)の議長に選出された。2007年9月17日には、サウジアラビアのジッダにおいて、国民和解会議の和平協定に署名した。
2021年3月10日、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)によりナイロビにて死去。82歳没。