源智
その他、法然から、円頓戒の道具、本尊(南禅寺畔の西福寺の本尊として伝わる)、現知恩院の地である大谷の坊舎、聖教などを譲られた。法然の中陰法要において、五七日の檀那となっている。
法然没後に生じた、天台宗の延暦寺衆徒が法然教団を弾圧した嘉禄の法難のために、大谷の坊舎は、法然の廟所を含めて荒廃した。文暦元年(1234年)、奏聞を遂げ、四条天皇から仏殿に「大谷寺」、廟額に「知恩教院」、総門に「華頂山」の勅額を賜り、大谷の坊舎を「知恩院」として再興した。法然を知恩院初代とし、源智を知恩院二世としている。度重なる専修念仏に対する弾圧にもかかわらず、法然教団の維持に努めた。
嘉禎3年(1237年)、法然教団の将来を鎮西義の弁長(浄土宗二祖)に託する書状を書いたと言われる。
暦仁元年(1238年)、法然が住んだ賀茂の河原屋の旧跡である功徳院で、56歳で没した。この功徳院は、後に移転して百万遍知恩寺となった。知恩院と同様に、法然を知恩寺初代とし、源智を知恩寺二世としている。そのほか金戒光明寺も同様に源智を二世とする。
弟子に知恩寺3世蓮寂房信慧・浄信・宿蓮があり、この門流を紫野門徒という。
建治2年(1276年)、鎮西義の弁長の弟子である良忠(浄土宗三祖)が鎌倉から京にやってくると、間もなくして信慧は良忠と東山の赤築地(あかつじ)において談義を行い、両流を校合してみたところ、相違するところが全くなく符合したので、以後源智の門流は別流を立てずに、鎮西義に合流した(「赤築地の談」)。
これにより、紫野門徒の拠点であった百万遍知恩寺と知恩院は鎮西義の京での有力な拠点となった。