2006年のJリーグカップ
「AFCチャンピオンズリーグ (ACL) 出場チーム以外のJ1チームでグループリーグ→グループリーグ上位+ACL出場チームで決勝トーナメント」という基本的なレギュレーションは前回大会を踏襲しているが、ACLに伴うシード枠の関係で、グループリーグの開催方式がやや特殊な形式となっている。
また、決勝トーナメントではアウェーゴールルールが初採用となった。
2006年度J1リーグ参加18クラブが出場。 18クラブのうち、ガンバ大阪はAFCチャンピオンズリーグ2006出場のため、グループリーグは免除され、決勝トーナメントからの出場。 ACL2006に出場する東京ヴェルディ1969はJ2所属のため大会参加資格がなく、ACLに伴うシード枠は1チームのみ。
グループリーグは3月29日から開始し、ガンバ大阪以外の17チームを4チーム×3グループと5チーム×1グループの4グループに分けて、各クラブ6試合(ホーム3試合・アウェー3試合)のリーグ戦を戦う。 各グループの組み合わせは、前シーズンのリーグ戦順位をもとに決定。 4チームによる3つのグループはホーム・アンド・アウェーの2回戦総当りを行う。