クラーク撲滅運動
占領最初の1年間で6606人が逮捕され、その半数がシベリアなどに追放された。1941年6月には元政治家、軍人、経済界エリート、教師ら1万7500人が北極海やアルタイ地方などへ追放された。
1941年6月に独ソ戦がはじまり、ドイツがリトアニアを占領すると、ソ連軍は撤退にあたって、約700人のリトアニア人の囚人や捕虜を殺害した。
ソ連占領中、共産主義者のユダヤ人が、ソ連に協力したり、ソ連が設立した政権にも参加などしたため、リトアニア人の間で反ユダヤ感情が高まっていたが、ここにナチスのプロパガンダが結びつき、占領後、アインザッツグルッペンによって約20万8000人いたユダヤ人の9割が虐殺された。このほか、反ナチス的とされたリトアニア人1万5000人、その他の民族2万人、17万人の赤軍捕虜も殺害され、約6万人がドイツで強制労働させられた。
1944年にドイツを破ったソ連がリトアニアを再占領すると、ヴィルニュスの住民7万人がナチス協力者として処刑された(大半はユダヤ人だった)。33万2000人が強制収容所グラーグに収容され、それと別に2万6500人がリトアニアで殺害され、合計で45万6000人がソビエトによるテロルの犠牲となった。
クラークはもとは拳を意味し、村の金貸し、抵当権設定者、裕福な農民を意味した。しかし、富裕な農民ならだれでも時々は金貸を期待されており、人民主義者の革命家で農村の医師であったO.V.アプテクマーン(Osip Aptekman)は、富裕な農民がみんなクラークとは限らないと述べている。一方で、レーニンは、クラーク(富農)、中農、貧農を経済用語としては区別できず、富農の基準を問われると、「誰が富農かなんて、すぐにわかるだろう」と苛々しながら答えるほどの認識であった。
しかし、「富農」の定義は実際には難しく、数値による定義などはほとんど不可能であった。1927年時点では、最も豊かな農民でも、平均7人家族で、牛を2〜3頭所持と10ヘクタール以内の耕地しかもっておらず、最も豊かな農民のひとりあたりの収入は、貧農のひとりあたりの収入よりも50-56%多い程度であった。また、中農も他人を雇っており、貧農にも他人を雇うものがおり、富農だけが雇い主であったわけではなかった。こうした矛盾がありながらも、農民を階層によって区分することは、階級対立という仮定上の誤った見解の上にたっていた。
プロレタリアートを支持母体としたボリシェヴィキでは、富農をブルジョワとして敵視するだけでなく、農民そのものを「遅れた階級」として軽蔑する傾向があり、たとえばプレハーノフは農民を「残酷で無慈悲、野蛮」な「荷物を運ぶだけの動物同然」だと非難し、レーニンも農民は「浅ましいほどに利己主義的である」と侮蔑した。
第一次世界大戦中にロシア革命が発生すると、1918年2月16日にリトアニアは独立を宣言した。しかし、11月にボルシェビキはブレスト=リトフスク条約を放棄し、ドイツに割譲していたバルト三国、ベラルーシ、ウクライナをドイツから解放するための軍事闘争を開始し、リトアニア共産党はリトアニア・ソビエト社会主義共和国樹立を宣言したが、連合国とドイツによって赤軍の前進は阻止された。
ロシア内戦とポーランド・ソビエト戦争に際し、ソビエトは1920年5月にリトアニアに対する権利を永久に放棄し、リトアニアの独立を承認すると約束した。しかし、リトアニアとの講和条約で赤軍のリトアニア領通過が許可されると、赤軍はヴィリニュスを占領し、さらに工作員2000人をリトアニアへ派遣し、ソビエト政府樹立のための反乱を計画した。
1940年、世界がナチスドイツのパリ侵攻に注目しているあいだに、ソ連はバルト三国を占領し、強制的に編入した。1940年6月にはソ連共産党のモロトフが、リトアニアはラトヴィアやエストニアと反ソ連軍事同盟を結び、赤軍兵士を拷問したという嘘にもとづく非難をし、ソビエト政権の樹立と赤軍の無制限駐留とを求め、拒否する場合は軍事侵攻するという最後通牒を手渡した。