CESNUR
2014年、中国の全能神教会の信者6人が、山東省招遠市のマクドナルド店内で、勧誘を拒否した女性客を殴殺するという事件が発生した(山東招遠カルト殺人事件)。全能神教会は中国政府により「カルト」として認定されているが、CESNURのオンライン・マガジン『ビター・ウィンター』は全能神教会に対して好意的な報道を行っているとして批判されている。
太陽寺院による殺人・大量自殺の事件が明るみに出ると、フランス国民議会のカルトに関する諮問委員会は、1995年にカルト諸団体に対して批判的な内容の報告書を発表。続いて、各国政府も同様の報告書を発表した。これに対してCESNURのイントロヴィーニュは、「集団自殺で死亡した太陽寺院のメンバーは、宗教指導者のコントロールによって犠牲となったのではなく、自らの意思で行動したのだ」などと主張し、太陽寺院を擁護した。また、サイエントロジー教会に関する刑事裁判で教会側を擁護する証言を行うなど、サイエントロジー教会に対しても親和的な態度を示している。1997年、CESNUR理事のJ・ゴードン・メルトン(英語版)が、国際キリスト教会(英語版)シンガポール支部の代表として専門家証人として出廷し、同教会は「カルトではない」と主張した。さらに、ガイアナのジョーンズタウンで918人もの死者を出した人民寺院についても同様の主張を行った。
フランスのエッセイスト、ルノー・マリック(フランス語版)は、CESNURはイントロヴィーニュの主張をメディアに伝えるために「研究」という体裁をとっている団体であるとして、これを非難している。
また、学者のスティーヴン・A・ケント(英語版)とラファエッラ・ディ・マルツィオ(イタリア語版)は、「CESNURによる洗脳論争は一方的かつ極論であり、学術的な価値はない」と主張している。ケントによれば、「セクト」と人権に関する問題に取り組んでいる多くのドイツやフランスの当局者は、CESNURやイントロヴィーニュは中立ではないと見ている。
2001年、フランスのジャーナリスト、セルジュ・ガルド(フランス語版)は、CESNURは司法の場でセクトに好意的な結果がもたらされるよう組織的な介入を行っているとして、これを非難した。また、エホバの証人、サイエントロジー、太陽寺院、統一教会、オウム真理教といったセクトは、CESNURを頼りにできる団体であると認識していると論じている。
1997年のCESNUR会議で、発表者の一人が宗教団体ニューアクロポリス(英語版)に関する研究発表を行う予定だったが、その発表者自身が研究対象である同団体のメンバーであると報じられ、問題となった。これに関しては、「この発表者が同団体のメンバーであることをCESNURの設立者であるイントロヴィニエが把握していなかったとは考えにくい」と指摘されている。この問題が報じられた後、この発表者の会議への参加はキャンセルされた。