月輪陵・後月輪陵
近世になると本陵墓内には新上東門院(1620年逝去)を始めとして皇族の墓が造営されるようになり、後光明天皇(1654年崩御)に至って四条天皇以来の陵が造営された。後光明天皇より仁孝天皇(1846年崩御)までの近世の天皇陵の葬制は、火葬の儀を執り行いつつ実際に火葬は行わず土葬するようになった。また、陵は全て本陵墓に造営され、泉涌寺は名実ともに皇室の香華院となって御寺と称されるようになる。
墓制が土葬に改まった理由については、青地礼幹の『可観小説』に記される魚屋八兵衛の逸話が知られるが、史実性は疑わしい。他には江戸幕府が推進した儒教の影響や、四条天皇など天皇在位のまま崩じた際の土葬の故実に倣ったなどの説がある。
孝明天皇が1867年に崩じると、神仏分離の影響から山陵の復活を望む運動が起こる。陵は天智天皇陵の付近に造営する意見もあったが泉涌寺が反対し、本陵墓に近い後月輪東山陵に定まった。この混乱で孝明天皇の葬儀は崩御から1か月後となった。葬儀も火葬の儀は行われない完全な土葬となり、近世の天皇陵墓制は終焉した。