関鯨丸
甲板上には、鯨の捜索に用いる高性能ドローンの格納庫と飛行甲板を有する。鯨肉の箱詰め設備など設備や備品の一部は、引退した日新丸から転用された。
船尾のスリップウェイには扉が設置され、傾斜が日新丸の35度から18度に緩くなったことで、70トンのクジラの引き上げが可能になった。
冷凍設備は、日新丸では船倉を用いた1,500tの冷凍庫だったが、関鯨丸は冷凍設備に20t冷凍コンテナ40個(合計800t)を有する。積載能力は、ニタリクジラ100頭分に相当する。冷凍設備が小分けになったことで、漁獲量に応じて冷凍設備を稼動させて省エネルギー、省力化を図ると共に、荷揚げの効率化や鯨肉の品質向上が期待されている。