台湾鉄路管理局EMU900型電車
本線試運転の初日だった11月3日、パンタグラフの上昇圧力の設定ミスによる破損不具合が発生したためEMU901編成の試運転を中断した。この不具合がなかった902編成からパンタグラフを移植して2日後に試運転を再開した。
同月末には手摺の溶接不良やLED旅客案内装置の地名誤植、ドアの凹凸、座席のガタつきなどが立法院でも問題視された。入札では安全保障上の観点から中国企業が排除されているにもかかわらずドア部品や空調などが中国製だったことも判明し、入札規定で中国の車両メーカーを除外することは可能だが、他国の受注企業に対する個々の部品の産地制限は不十分で、台鉄側も『主要部品は中国製ではない』と釈明に追われた。同時期に投入されていた台中捷運の電車でも同様の産地問題が発生(台中捷運中運量電車#トラブル)している。
台鉄によるとEMU900のブレーキ性能は要求を満たしているものの、宜蘭線普悠瑪号脱線事故以降の安全性向上策の一環として、国家運輸安全調査委員会(運安会)の指導によりEMU700/800などの従来車と減速度や乗務員の取扱方法を極力揃えることが必要となり、これらの最終調整にブレーキを納入したクノールブレムゼと完成車メーカーのロテムの2社の技術者の来台が必要だった、としている。これを踏まえて他形式との連結を伴う救援訓練中だった2月2日、富岡車両基地内の曲線軌道上でEMU800型との連結に失敗し、先頭車同士の衝突事故が発生。運転台の窓ガラスとFRP製の連結器カバーが損傷した。