探偵 神宮寺三郎 危険な二人
本作を収録したPlayStation用『探偵 神宮寺三郎 アーリーコレクション』(1999年)の販売(後にゲームアーカイブスでも配信)や、Wiiのバーチャルコンソールで配信された。また、携帯アプリ用ゲームとしてリメイクされ、これを収録したニンテンドーDS用『探偵 神宮寺三郎DS いにしえの記憶』(2007年)も販売された。
コマンド選択式になっており、すべての動作は以下のコマンドによって行われる。
1作目と同様、メディアがディスクシステムのためバックアップ機能が復活した。
1作目とは異なり、ゲームオーバーが存在しない為、比較的あまり恐れずコマンドを打ちやすい。
操作するのは当然主役の神宮寺だが、一部洋子を操作する場面も存在する。洋子はタバコを吸えない。
後編の捜査中、「ボンゾ」という店に行くのに、事務所で場所を調べないと行けないようになっているが、「ホテル トキオ」に行くと場所を調べていなくても行けてしまい、その後システムの挙動がおかしくなってしまうバグが存在する。