サバ州における州外からの襲撃
越境犯罪を阻止するためにESSCOMを設立し多くの資金を投入したにも拘わらず、フィリピンの武装勢力による拉致が続いているとの批判がある。他方で、拉致に協力しているスパイがいるとの指摘もある。アブ・サヤフによる拉致被害者にはインドネシアの漁師や船員が含まれているが、これについてインドネシア軍は自国民がアブ・サヤフのスパイとして船の航路情報を漏らしている可能性を疑っている。 また、ESSCOMのセキュリティー調整情報担当官(Security Coordinating Intelligence Officer)であるハシム・ジャスティン(Hassim Justin)は、最近のサバ州での拉致は行楽地で働くスパイの協力により成功したと述べた。また、観光事業者などの雇用者は求職者がたとえ身分証明書であるMyKad(英語版)を持っていたとしても綿密に調べるべきだと主張した。
彼はまた、市民権を獲得した人物が後にマレーシアやサバ州の利益に反する犯罪行為により逮捕され有罪となった場合、当人だけでなく家族全体の市民権を無効にして追放すべきだと示唆した。ハシムはさらに、移民を減らすためにフィリピンの地域とつながりのあるサバ州の村を改名することを提案している。例えば、センポルナの村Kg Simunulはスールー諸島のテロリストによりマレーシアの警察官10名が殺害された事件のあった場所だが、この村の住民の大部分はフィリピンのSimunulから移住したことが確認されており、このような村をフィリピン由来の村名からマレーシア式の村名へ改名することでフィリピン人が移入しづらくなるかもしれないと述べている。
彼は2016年12月から翌年1月にかけて少なくともコタキナバルでの刑事事件13件、ケニンガウ(Keningau)での強盗事件1件に関与したとされており、再逮捕に抵抗して撃たれた。
2016年9月の報道では、サバ州首相ムサ・アマンとサバ州観光文化環境大臣セリ・マシディ・マンジュン(Seri Masidi manjun)はフィリピンからの移民に紛れてテロリストや過激派が州内に侵入する可能性を述べた。 また、マンジュン大臣は脅威に対抗する唯一の方法は法の施行を徹底しサバ州民の福祉を他者のそれよりも優先することだと主張し、拉致事件においてなぜ規定時間外の密入国者に対して「見つけ次第撃つ(shoot-on-sight)」措置が実行されていないのか疑問視している。
マレーシア国立防衛大学(英語版)戦略科のマレーシア人講師B・A・ハムザ(B. A. Hamzah)は、「海上での狼藉の根本的な原因を理解し対応しなければならない」と述べた。彼は主な原因として南フィリピンのムスリム教徒に国の政治、経済における支柱が与えられずスールー諸島の一部では法の執行力が弱いこと、フィリピン南部地域の貧困をあげている。結果として、多くの無職のムスリム教徒が犯罪行為に従事し、盗賊や誘拐犯などの犯罪者になっていると彼は述べている。また、南フィリピンでの武力紛争が波及した結果として拉致が発生したと述べ、3国は海を法と秩序の下におくために協力すべきだと主張している。
イギリス植民地時代、大英帝国は多数の襲撃に悩まされており、1846年に北ボルネオの海賊の拠点を探すためヘンリー・ケッペル(英語版)とジェームズ・ブルックを派遣した。 海賊と闘う長い旅の後、ラハダトゥのトゥンク(Tunk)にあった最後の海賊の拠点をイギリスは破壊した。
2013年、マレーシア政府はESSCOMとESSZONEを設立した。2014年、サバ州警察はサバ州東海域に7月19日から8月2日までの夜間外出禁止令を発令した。また、ESSZONE内に点在する小集落は犯罪行為の隠れ家として使われる恐れが指摘されており、レーダー網での監視が始まった。 元サバ州首相のハリス・サレー(英語版)は、マレーシア空軍の基地をペナン州のバターワースからサバ州のラブアンへ移転させる案を再考するようマレーシア政府に訴えた。彼はまた、空軍基地はサバ州の治安のためタワウに移転すべきだと主張した。 マレーシア運輸大臣のリオウ・ティオング・ライ(英語版)はサバ州の東海岸と島嶼部だけでなく、本土を含めたサバ州全体の安全を確保すべきだと主張した。 2015年、ブルネイ空軍(英語版)はマレーシアにS-70Aブラックホークを4機寄贈した。マレーシアはこの機体をESSZONEに侵入した武装集団との戦いに使用するとみられている。 同年2月28日、アメリカ合衆国はESSCOMに12隻のボートを提供した。これは2014年に当時のアメリカ大統領バラク・オバマがマレーシアを訪問した際に2国間で締結された協定に従ったものである。
彼は自身の運転手になったフィリピンの諜報員に接触した。任務の目的に気づいた諜報員らは命令に反抗するようになっており、ムスリムの同胞を攻撃する意思はなかった。後に、彼らは作戦そのものを隠蔽するためにマルコスの兵によって殺害された。この事件はジャビダ虐殺(英語版)として知られている。
ムスタファ州首相の任期は1967年から1975年であり、彼はこの間に統一サバ国民組織(英語版)(USNO)に代表されるような強力なムスリム団体を設立するため、新たに多くのフィリピンのタウスグ族が北ボルネオへ移住するよう奨励したと考えられていた。 ジャビダ虐殺以降、特にモロの反乱 (フィリピン)が始まってからは、モロの反乱者が自由のため、倒れた同志の報復のために戦えるよう、ムスタファ州首相が経済支援や武器支援をしていたと考えられている。これ以降、マルコスの兵はスールー諸島とミンダナオ島の反マルコス派を排除する作戦を開始した。スールー諸島とミンダナオ島では多くのインフラが破壊されてサバ州に大きな経済問題を引き起こし、ミンダナオ島から新たに推定10万のモロがサバ州への脱出を強いられた。当時のオーストラリアの新聞によると、フィリピンに残された人々の多くは既に犯罪行為に関与しており、その主な内容は密輸と武器を使用した強盗だったという。
未だに多くのモロがサバ州の各地に住んでおり、州都コタキナバルの他、サンダカン、タワウ、ラハダトゥ、ラブアン島、キナルト(英語版)、センポーナ(英語版)、テリポク(英語版)などに散らばっている。
1962年、マチェットで武装したフィリピンのモロ7人がタワウ省の小さな町クナク(Kunak)を襲撃し、実業家らが強盗の被害にあった。この7人は1963年にはセンポルナを襲撃し、住民を1人殺害した。1979年10月、48人の乗客を乗せてラハダトゥからセンポルナへ向かっていた旅客船が襲撃され、アダル(Adal)島に入港させられた。3人の乗客が銃殺され、女性1人が性的暴行の被害にあった。他の乗客はフィリピンへ連れていかれたが、すぐにフィリピン軍によって救出された。1980年、M16自動小銃で武装した6人から8人のモロがセンポルナ近くの島を襲撃し、就寝中だった村人たちを殺害した。最終的に村人の内7人が殺害され、11人が負傷した。1982年、ティンバティンバ(Timba-Timba)島の村がモロの集団に襲撃された。彼らは村人を銃撃し、強盗し、殺害した。