ミンダナオ島の戦い
広大なミンダナオ島の防衛に関し、日本軍の指揮系統は確立されていなかった。本来は既述のように第35軍司令部が統括するはずであったが、第35軍司令部のレイテ島からの移動が難航した。ミンダナオ島にアメリカ軍上陸後の3月24日にようやくセブ島に到着し、さらにカヌーに分乗してネグロス島経由ミンダナオ海横断を試みたが、連合軍の航空機や武装舟艇の攻撃を受け、4月19日に軍司令官鈴木中将は戦死した。軍参謀長の友近美晴少将のみがミンダナオ島に合流できた。友近少将は島内の掌握に努めたが、成功しなかった。
また、陸軍航空部隊は、地上の第35軍とは別系統で航空部隊だけを指揮していた。ネグロス島北部から転進してきた第2飛行師団長の寺田済一中将の指揮下に、ミンダナオ島内には約8000人の人員と戦闘機1機を持っていた。5月14日に第2飛行師団司令部が九七式重爆撃機で収容され、17日に師団も解隊されるまで、この複雑な指揮系統が残った。
結局、第30師団司令部と第100師団司令部が、それぞれの担当地区内に所在する航空隊や海軍部隊を併せて指揮することになったが、島内全体での統一的な作戦行動はできないで終わった。これは日系民間人の保護についても、十分な措置がされない結果を招いた。
日本陸軍は、ミンダナオ島をレイテ島と並んで第35軍(司令官:鈴木宗作中将)の担当地区としており、レイテ島の第35軍司令部を脱出させてミンダナオ島に配置し、「永久抗戦」態勢を構築しようと考えていた。ミンダナオ島には第30師団(師団長:両角業作中将)と第100師団(師団長:原田次郎中将)、独立混成第54旅団(旅団長:北条藤吉少将)などが駐留していた。これは、ルソン島を除けば、フィリピンの残存日本軍の中で最大の兵力であった。もっとも、第30師団は、隷下3個歩兵連隊のうち2個をレイテ島へ増援として派遣してしまっており、戦力は半減していた。他の2部隊も治安維持任務の軽装備部隊で、もともと大きな戦力は有しなかった。サンボアンガに独混第54旅団、ダバオに第100師団が配置され、第30師団は北岸のカガヤンから中部一帯にかけて分散配置されていた。島内はゲリラの活動が非常に活発なこともあり、広大な地域に分散した日本軍の連絡は困難を極め、結果的に各個撃破されることとなった。
このほか、第32特別根拠地隊や陸軍第2飛行師団がいたが、艦艇や航空機はほとんど失われていた。第32特別根拠地隊は、隷下の第33警備隊にサンボアンガを守らせ、そのほか設営隊などを改編した陸戦隊4個大隊をダバオ付近に配置して地上戦に備えていた。
また、ミンダナオ島には日本人の民間人も多数が在住していた。その多くはダバオに住んでおり、ミンダナオ島の戦いの時点では少なくとも5000人であった。