ソフトウェア特許とフリーソフトウェア
特許権者は特許権侵害者に、特許で保護される発明を継続して利用できるための許諾(ライセンス)を有償または無償で取得するよう要求する。さもなければ、特許権侵害者は特許侵害を停止しなければならない。その手段としては、可能性によるが、該当製品がこれ以上特許権侵害とならないよう、可能な限り特許を侵害する機能や要素を排除したり特許を侵害しないよう改変を加える、またはたとえ何年かけたとしても、該当特許が過度に広範な請求範囲を持っている(そのような特許の例としては、悪名高きAmazon 1-Click特許がある)としてその有効性に異議を申し立てたり、該当特許の全部ないし一部を却下に追い込むなどの対抗措置をとることになる。コンピュータ・プログラムはしばしば異なる多くの機能を実現可能なので、この不確実性はその他の発明と比較してもソフトウェアに関しては容易に起こり得る。また、ソフトウェアに関しては、特許を利用した発明は、特許権を侵害しない異なる別の手法により実現可能である。そうであるにもかかわらず、特許権が主張される要素のないソフトウェアは利用価値が低いともみられる。オープンソースの主だった人物や企業はソフトウェア特許の過度の拡大に不満を持っており、USPTOがそれら大部分に拒絶査定を下すべきであると主張する。マイクロソフト共同創業者のビル・ゲイツでさえ、1991年にこのような事を述べている。「仮にこんにち、アイディアが生み出された際に多くの人々が特許を得る方法を知り、実際にそれを得た場合、こんにちの産業は完全に立ち行かなくなっただろう。」