キリノミタケ
子実体の形質の上からは、類似した菌はほとんどない。クロチャワンタケ科のオオゴムタケ属(Galiella)に分類されているキツネノサカズキ(G. japonica (Yasuda) Otani)は、暗褐色ないしほとんど黒色の子実体を形成し、成熟すれば子実体の先端が放射状に裂開し、赤褐色ないし橙褐色の子実層を露出させることで、ややキリノミタケに似た点があるが、上部の裂片がごく短いために成熟・裂開した子実体の上面観はむしろ歯車状を呈すること・子実体の外皮層が、厚壁で多角形の細胞群で構成されること・側糸が数珠状をなさないこと・胞子の表面に微細ないぼ状突起を備えることなどにおいて異なっている。さらに、アカマツ(Pinus densiflora Sieb. & Zucc.)やモミ(Abies firma Sieb. & Zucc.)などの、針葉樹の樹皮・枯れ枝・枯れ葉などから発生する生態においても相違する。なお、キツネノサカズキは現在までのところ日本特産種であるとされている。また、その培養上の性質・アナモルフの形質・分子系統学的位置づけについては明らかにされていない。
エツキクロコップタケ属はクロチャワンタケ科(Sarcosomataceae)に置かれるが、この科の菌では子実層は鮮明な色調(白色・赤色・ピンク色・橙色・肌色など)を呈することはなく、幼時から青黒色・黒褐色ないし黒色である。キリノミタケは、エツキクロコップタケ属から分離された後もしばらくはクロチャワンタケ科に置かれたが、のちにはクロチャワンタケ科からも除外され、ベニチャワンタケ科(Sarcoscyphaceae)に分類されることとなった。さらに、子嚢の壁の構造がベニチャワンタケ科に置かれる他の属のそれと異なることが報告されるとともに、胞子(および側糸を構成する個々の細胞)が多数の核を含んでいることなどの特徴および分子系統学的情報をも踏まえ、独立したキリノミタケ科(Chorioactidaceae)が設立されるに至った。キリノミタケ科はクロチャワンタケ科の菌から進化したものと考えられており、キリノミタケ属とともにマツバノヒゲワンタケ属(Desmazierella:マツバノヒゲワンタケ D. acicola Lib. など4種を含む)・Neournula 属(N. nordamanensis Paden & Tylutki など2種を含む)・Wolfina 属(W. aurantiopsis (Ellis) Seaver を含め、3種が知られる)の計4属が含まれている。なお、キリノミタケ属はキリノミタケ一種のみからなる単型属である。