船上城
船上城は水城でもあった。船上川の河口部に港を築き、秀吉から大船二艘(もしくは小舟二百艘との説もある)を与えられ、宣教師から便も含め、瀬戸内航路を利用して堺に行き来する貿易船の中継港としても使用されていた。
右近は天正15年(1587年)に発令されたバテレン追放令にともない追放されたが、船上城は秀吉の直轄領となり何人かの城番が置かれたようである。文禄元年(1592年)3月、肥前名護屋城に向かう秀吉が立ち寄ったと思われている。この時期城下町は東西に更に拡張されたと考えられる。
関ヶ原の戦いののち慶長6年(1601年)、播磨に池田輝政が移封され姫路城を居城とした。輝政は領内に7ヵ所の支城を置き、船上城は8男利政が城主となった。その後、慶長13年(1608年)には輝政の甥の由之が明石郡の4万石を治めた。
慶長20年(1615年)の大坂の陣で大坂城が落城すると、江戸幕府の「一国一城令」により船上城は支城としての機能を失った。翌元和2年(1616年)には池田光政は鳥取城に移封(鳥取藩)、代わって小笠原忠真が船上城に入城し明石藩が立藩された。元和5年(1619年)に明石城が築城されたため、船上城は廃城となった。