モンゴルのジャワ侵攻
史弼とイグミシュはこの後時間をおいて少しずつ地位を取り戻しており、ジャワ遠征軍の将官は失敗にもかかわらず同情的に遇されたようである。
一方、ウィジャヤはモンゴル軍を追い出した翌年の1294年に正式に即位してラージャサナガラ王と称し、マジャパヒト王国を建設した。ラージャサナガラ王は早くも元貞元年(1295年)9月16日と大徳元年(1297年)10月26日に大元ウルスに使者を派遣して形式上の朝貢関係を結び、大徳2年(1298年)9月5日・大徳4年(1300年)6月20日にも使者を派遣して大元ウルスとの朝貢貿易を開始した。後述するように、モンゴルのもたらした大統合によってユーラシア大陸では陸海双方をつなぐ巨大な交易圏が形成されており、ラージャサナガラ王もこの交易圏に魅力を感じ朝貢関係を結んだとみられる。ラージャサナガラ王の地位を継承した息子の王の時代にはランガ=ラウェの乱(1309年)・ソラの乱(1311年)・ナムビの乱(1316年)・クティの乱(1319年)が頻発し多難な時期であったが、それでも延祐7年(1320年)3月3日・至治3年(1323年)2月6日・泰定2年(1325年)2月4日・泰定3年(1326年)2月23日・泰定4年(1327年)12月21日の5回にわたって大元ウルスに使者が派遣されている。こうして、使者黥面事件やジャワ遠征によって険悪な形で始まった大元ウルスとジャワ島の関係は14世紀に入って安定し、特にマジャパヒト王国に経済的な繁栄をもたらすことになった。
ジャワ島を出航したモンゴル軍は68日かけて中国大陸まで戻り、7月4日夜に泉州にまで帰還した。士卒の死者は3000を数える大敗ではあったが、一方でジャワで得た捕虜や金銀財宝、Lamuri国など道中の諸国で献上された品などは無事に持ち帰ることができ、朝廷に献上された。様々な事後処理を経て8月7日には遠征軍は解散したが、史弼ら指揮官の処分を如何にするかは議論が遅れ、帰還から半年近く経った12月19日に処分が降された。すなわち、史弼とイグミシュは「功無くして還った(無功而還)」こと、またウィジャヤを安易に解き放ち敗走の切っ掛けを作った事などを理由に杖刑とした上で家産の3分の1が没収された。一方、高興のみは一人ウィジャヤの危険性を見抜き功績が多かったことを重視され、処罰はなく逆に金50両を下賜された。
ジャワ遠征が行われた時点で既に高齢であったクビライは至元31年(1294年)正月に急速に体調を崩し、同月末に亡くなった。ジャワ遠征軍が敗退してから僅か半年以内の死であり、ジャワ遠征失敗による落胆がクビライの死期を縮めたとする見方もある。同年中にクビライの孫のオルジェイトゥ・カアン(成宗テムル)が即位すると、4月28日にジャワ遠征軍に属した将兵に対して、また10月26日にはジャワ遠征で死亡した将兵の遺族に対して厚く報いるよう詔が下されている。また、これに並行してオルジェイトゥ・カアンの即位にも貢献した重臣のウズ・テムルがジャワ遠征失敗で失脚した史弼らの名誉回復を願い、これを受けて没収された家産の返還と史弼には江西行省右丞への復職が命じられた。
日本遠征も含め、大元ウルスの海洋進出は概して失敗に終わったと見なされることが多いが、軍事的な失敗とは裏腹にモンゴル時代(元代)に経済的な交流はむしろ増加する傾向にあった。ジャワ島との関係も同様であって、ジャワ遠征の失敗にもかかわらず様々な面で経済的交流が活発化したことが指摘されている。そのため、そもそもモンゴルのジャワ遠征軍の目的は通商路の確保にこそあったのだとする見解もある。
モンゴルのジャワ遠征が海洋交易路の開拓に資した傍証の一つとして、著名なマルコ・ポーロの旅行が挙げられる。マルコ・ポーロは大元ウルスからフレグ・ウルスに嫁ぐ公主を送る船団に同乗してヨーロッパに帰還したと自ら述べているが、この船団が実在したことはペルシア語史料の『ワッサーフ史』などによって確認される。また、漢文史料の『経世大典』「站赤」にはこの船団が出発したのが至元27年(1290年)末であると記され、『東方見聞録』の記述と照らし合わせると航海の時期はモンゴルのジャワ遠征とほぼ同時期(1292年-1293年)と分かる。この事実は、まさにジャワ遠征を経てモンゴル勢力が南シナ海~インド洋の交易ルートを掌握していたことを物語る。また、マラッカ海峡を通ったマルコ・ポーロはジャワ島についても情報を仕入れており、以下のように記している。
これは伝聞情報ではあるものの、13世紀末の香辛料交易で栄えるジャワ島の状況を物語るものとして重視されている。