Bcl-2ファミリー
また、Bcl-2ファミリーのタンパク質はシトクロムcの細胞質基質への放出を誘導したり阻害したりするとも考えられている。放出されたシトクロムcはカスパーゼ-9とカスパーゼ-3を活性化し、アポトーシスを引き起こす。シトクロムcの放出はミトコンドリア内膜の透過性遷移孔によって間接的に媒介されていることも示唆されているが、外膜のミトコンドリアアポトーシス誘導性チャネル(英語版)(MAC)の早期の関与を示唆する強い証拠が得られている。
他の仮説では、Rhoタンパク質がBcl-2、Mcl-1(英語版)、Bidの活性化に関与していることが示唆されている。Rhoの阻害は抗アポトーシス性のBcl-2とMcl-1の発現を低下させ、アポトーシス促進性のBidのタンパク質レベルを増加させるが、BaxやFLIP(英語版)のレベルには影響を与えない。ヒトの培養内皮細胞において、Rhoの阻害はカスパーゼ-9とカスパーゼ-3に依存的なアポトーシスを誘導する。