スキピオニクス
呼吸器はほとんど保存されていない。肺も気嚢も何の痕跡も残っていない。長さ7mmほどの孤立した小片である気管の骨が残されており、これには10個ほどの気管軟骨輪が見られ、最前部は上部が開口しC字型をしている。軟骨輪は平均の長さが3.3mmで、厚さ0.17mmの空間で隔てられている。気管はかなり厚く、幅1mmで保存されており、この厚さはホロタイプの個体の大きさから期待される幅の半分ほどである。頸部の基部のかなり低い場所に位置し、結合組織の中に埋まりこんでいる。
胸部の前方に、直径17mmほどのほぼ円形のしみが目立つ赤い暈(かさ)状に存在する。1998年の研究ではこのしみは血液を多く含む器官である肝臓が腐ったものの痕跡である可能性が示唆された。2011年の研究ではこの赤いものが実際に血液に由来するものであることが確認された。走査型電子顕微鏡による解析の結果、この物質はヘモグロビンが変化したものである可能性の高い水和酸化鉄である褐鉄鉱で構成されることが分かった。また、特に肝臓に存在する胆汁の構成要素であるビリベルジンも存在していた。血液は同じく血液の多い器官である、心臓と脾臓に由来するものの可能性もある。爬虫類ではこれらは2葉の肝臓の間に位置している。
胸部の他の器官の痕跡も残っている可能性があり、首の基部にある有機物由来の灰色の塊は胸腺由来の可能性がある。また、この塊には結合組織や筋肉組織も含まれている。
下顎には10本の歯がある。1998年の記載では板状骨(英語版)の一部と角骨(英語版)が化石の中で上向きにずれ、偽の外下顎骨窓の印象を生じ、顎の側面に開口部があるかのように見えたため、板状骨がsupradentariumと、角骨が上角骨(英語版)とそれぞれ誤同定された。
スキピオニクスには前上顎骨に5本、上顎骨に7本、下顎の歯骨に10本の片面あたり計22本の歯があり、頭部全体で44本の歯があることになる。通常のコンプソグナトゥス科では前上顎骨歯は4本であり、驚くべきものである。他方である種のカルノサウルス類のみに5本持つものが存在する。この標本は若年な個体のものであり、歯の生え変わりサイクルはまだ始まっておらず、左右の顎の歯が完全な対称になっている。 歯にはコンプソグナトゥス科の歯に典型的な歯冠の頂点にある急な後方へのカーブがない。代わりに全体が徐々にカーブしている。最大の歯のみにある程度の「よじれ」が見られる。例外的に、下顎の歯列は上顎のものよりもさらに後方へ伸びている。前上顎骨歯は尖っていて、鋸歯が無い。前方の4本は楕円形の断面を持ち、5本目は頂点付近がより平らである。2本目の歯が一番大きい。上顎骨歯は後端の縁に鋸歯を持ち、平たい。2番目と4番目の上顎歯が大きく、4番目は全ての歯の中で最大である。下顎の10本の歯では前方の2本がかなりまっすぐで、楕円形の断片を持ち、鋸歯がない。3番目の歯には基部に鋸歯があり、頂部が平たい。他の7本は後方により曲がっており、全体的に平たく、鋸歯が頂点まである。
ホロタイプ標本にはいくつかの場所に筋組織(英語版)の化石が存在する。多くの場合、保存状態の程度は並はずれてよく、個々の繊維が識別できるのみならず個別の細胞や細胞内のサルコメア(英語版)すら識別できるものもある。 恐竜の化石の中でこのようにサルコメアが知られているのはサンタナラプトルのみであり、サンタナラプトルの筋繊維はスキピオニクスのものより4倍も厚い。元来の有機物質は小さな中空の球に置き換わっていて、その内壁は燐灰石の自形(英語版)結晶で構成されている。 頸部の基部にある灰色の有機物の塊には、筋繊維が存在し、胸骨舌骨筋と胸気管筋と同定されている。第6胴椎と第7胴椎の間の筋繊維は横突棘筋もしくは胴最長筋(Musculus longissimus dorsi)のものであるように見える。右坐骨の前方にある筋繊維は坐骨の足から大腿骨の方向に伸びている。この筋肉の同定は不確定である。これらは恥骨坐骨大腿筋( Musculus puboischiofemoralis pars medialis ワニ類の第一大腿内転筋(Musculus adductor femoris I))に相当するものである可能性があるが、この場合この筋肉は(ある種の)非鳥獣脚類では閉塞筋突起に固定されていない。