国立感染症研究所
2010年、焼却炉解体工事で便宜を図る見返りに廃棄物処理会社の社長から現金200万円を受け取ったとして、総務部会計課係長が収賄容疑で逮捕され、その後収賄と官製談合防止法違反の罪で起訴された。東京地裁は執行猶予付きの有罪判決を言い渡したが、判決の中ではその上で感染研の内部管理体制にも問題があったことが指摘された。
論文捏造
2006年、エイズ研究センターの複数の論文についての内部告発の存在が報道された。告発された論文の一つは2005年に撤回されていた。
2015年、「捏造問題にもっと怒りを」というウェブサイトのコメント欄で、エイズ研究センターやウイルス第三部の複数の論文に不自然な改変や酷似画像があることが指摘された(匿名Aによる論文大量不正疑義事件)。一部の論文については、不正行為が存在する疑いはないと判断されたことが東京大学から発表された。
2020年、新型コロナウイルス感染症のパンデミック中に、ウイルス第三部の元研究員だった岡田晴恵が、ワイドショーの生放送で「国立感染症研究所のOBの陰謀によりPCR検査を制限している」旨の発言を行った。この発言を受け、2000年頃に浮上していた岡田氏の論文疑義についての情報が有志により週刊文春に提供され、疑義の報道が行われた。
村山庁舎は、陸軍病院から戦後厚生省に移管され結核療養所(サナトリウム)となった国立療養所村山病院(現:国立病院機構村山医療センター)の敷地内に、1961年(昭和36年)に「国立予防衛生研究所ワクチン検定庁舎」として設立されたのを始まりとする。
予研村山庁舎は理研筑波研究所と並び、バイオセーフティーレベル4 (BSL4、当時はP4施設と呼ばれていた)の実験施設として設計され、1981年(昭和56年)に完成していたが、両施設とも近隣住民や武蔵村山市からの反対により、運用は当面の間BSL3までとされ、BSL4が要求される研究は行えなかった。なお、エボラウイルス属の遺伝子・血清学的診断などウイルス学的検査については村山庁舎のウイルス第一部第一室で対応可能である。
2014年の西アフリカエボラ出血熱流行に伴い、エボラ出血熱感染が疑われる患者の詳細な検査や治療薬の開発のため、2014年11月より厚生労働大臣が武蔵村山市長と協議を開始。翌2015年8月7日に村山庁舎が日本で初めてBSL4施設に指定された。
ただしこの際のBSL4施設稼働については、将来的な移転を市が条件としていたことと、村山庁舎の老朽化が指摘されていたことから、厚生労働省は2020年8月5日、武蔵村山市に対しBSL4施設の移転を検討開始することを伝えた。