高機動型ザクII
第1話に登場。アイナ・サハリンがテスト・パイロットを務める。なお、劇中でアイナは本機に関し「ザクの改良型」としか発言していない。宇宙世紀0079年10月6日、ザク・マシンガンとヒート・ホークを装備し、量産型ザクII 3機に護衛されて連邦軍勢力圏内に侵入。ジムとの交戦データの収集をこころみる。連邦軍の初期型ジムの小隊と遭遇、2機を撃破し、テリー・サンダースJr.軍曹の乗機を大破させる。その後、シロー・アマダが搭乗する先行量産型ボールと交戦。相撃ちとなって機体は爆散する。
ゲーム『機動戦士ガンダム ギレンの野望』シリーズでは、本機の開発指示をおこなうことで、リック・ドムの開発・量産化を早期化させることが可能となる。なお、本機を開発せずともリック・ドムの開発・量産化はおこなえる。
最後は連邦軍艦隊を足止めするために有志ともにとどまり、ラストでは四肢を失い漂流する本機が描かれているが、コックピット・ハッチは開いている。 マサヤ・ナカガワ専用機 『MSV』に登場。ア・バオア・クーEフィールド防空大隊所属のマサヤ・ナカガワ中尉が搭乗する機体。ブレードアンテナが頭頂部に装備されており、右肩のシールドはR-1型と同じだが、右肩ブロックのスリットは塞がれている。茶色を基調としたパーソナルカラーで塗装されており、連邦軍では一時期上半身の写真しか確認されていなかったため、迷彩を施した地上用の機体と誤認されている。 『エース・パイロットログ』ではEフィールド防空大隊のエンブレム(イノシシの図案)が設定され、同時期にプレミアムバンダイで予約が開始された『マスターグレード』の本機では左上腕部に描かれている。 エリック・マンスフィールド専用機 『MSV』に登場。ジオン本国防空本隊所属のエリック・マンスフィールド中佐が搭乗する機体。グレーの低彩度迷彩のパーソナルカラーで塗装されており、ブレードアンテナが側頭部に装備されている。右肩には本国防空隊のグリフォンのエンブレムが描かれている。ア・バオア・クー攻防戦でも確認されており、ギレン・ザビとともに本国から移動したと推測されている。 ロビン・ブラッドジョー専用機 アーケードゲーム『機動戦士ガンダム スピリッツオブジオン』に登場。「修羅の双星」の異名をもつチームの一人であるロビン・ブラッドジョー中尉が搭乗する機体。
雑誌「MJ(模型情報)」で連載されたメカニックデザイン企画『F.M.S』に登場したMS(型式番号:MS-06R-2S)。
ドズル・ザビの専用機としてソロモン工廠で開発されていた機体で、この時点で既にMS-06R-3が完成していたとされる。黒のカラーリングにFZ型に近い胴体形状をしている。武装には専用マシンガンを持ち、イラストでは他に腰に付けられた大型ヒートホークの柄や左腕部の機銃、腹部の2連メガ粒子砲などを確認することができる。このメガ粒子砲へエネルギーを供給する、専用のエネルギー・バックアップ用随伴機とともに運用される予定だった。
予想以上の早さで星一号作戦が発動されて地球連邦軍がソロモンに迫ったためにドズルはビグ・ザムを使用し、本機はデータのみがグワジンに回収された。
『MSV』で設定された機体。単に「高機動型ザクII」とされることが多いが、一部ゲームなどでは後期型とも呼ばれる。
1号機はR-2P型をベースに、ジェネレーターはMS-11用を簡略化したものに換装されており、胸部の外観はもとのR-1A型と同様に戻っている。その後製作された2号機以降も、当初はR-1A用のジェネレーターを搭載するが、2週間後には1号機と同型のものに換装される。
メイン・スラスターは推力316tのものを2基、脚部サブ・スラスターはそれぞれ58tが1基、45tが2基と、R-1型と比較してさらなる増強がなされている。またランドセルの燃料タンクの大型化などにより推進剤搭載量が18パーセント増加している。さらに脚部は大腿部を除いてふたたび新規設計されているという。装甲も、材質の変更により軽量化と耐衝撃性の向上を両立、脚部外側は増加装甲が追加されるが、後部の形状は機体によって差異があったとされる。
また、ザクIIのR-1A型まではコックピット・ハッチが左胸にあり、シートに座ると自動的に右胸のコックピットに移動する方式が採られているが、本機ではコンソールをスライド式にすることによって右胸にハッチを設け、直接コックピットへ搭乗可能なダイレクト・イン方式に変更されている。
一般に「高機動型ザクII(MS-06R)」は本機を指し、『MSV』で詳細な型式番号が設定された。『ギレンの野望』をはじめとする一部ゲームでは「改良型」とも呼ばれる。
推進剤消費量の問題を解決するため、背部と脚部の燃料タンクをカートリッジ式に改修されたのがR-1型との最大の相違点である。特に脚部のものは円筒形に形状変更されている。これにより母艦内での補給が簡便化されたほか、宇宙空間での補給も可能となり、本機を擁する小隊には補給用カートリッジを搭載したザクが随伴することとされている。以上により、作戦行動時間が延長されている。また不調であった推進器類はエリオット・レム中佐が周囲の反対を押し切り、ツィマット社製のものに換装したと言われる。
本機からコックピットに脱出システムが採用されており、緊急時にシートと基部を前方に射出することが可能となっている。基部はある程度の推進機能を持ち、太陽電池や生命維持装置なども搭載されている。搭乗時にはサバイバル・キットとの接続が可能な、専用のノーマルスーツ(M79F MK.III)とヘルメット(M78D MK.