永源寺ダム
完成以後も近江盆地の農地面積は拡大を続け、水不足による取水制限も次第に問題となった。このため用水供給の更なる安定化を図るべく1989年(平成元年)より農林水産省近畿農政局によって灌漑専用の永源寺第2ダムが計画された。型式は重力式コンクリートダムで高さは90.0mと比較的大規模である。反対運動のため未着工のままであり、この間に水需要の減少もあって、農林水産省は計画を縮小、貯水量を3割削減させた。
ところが、反対住民の建設異議申し立てを農林水産大臣が却下したことで、却下取り消しを求めた裁判が起こった。この裁判の中で、ダム地質調査に欠かせないボーリング調査を行っていなかったことが判明。2005年(平成17年)、大阪高等裁判所の控訴審判決で「調査を行わず工事を進めている永源寺第2ダム建設は違法である」と判決が下された。農林水産省は最高裁判所に上告したが、2007年10月11日、最高裁に棄却され確定判決となった。ダム建設が違法となった判決は、各方面に大きな問題を投げかけた。