京都大学人文科学研究所
2000年4月の改組により、従来の3部制より2研究部5部門制(1附属センター)に改編され、「人文学研究部」は文化研究創成・文化生成・文化連関の3部門、従前の東方部を継承する「東方学研究部」は文化表象・文化構成の2部門より成るものとされた。また東洋学文献センターは東方学研究部所管の「附属漢字情報研究センター」(漢情研)となった。
2006年4月には、イタリア国立東方学研究所、フランス国立極東学院京都支部と連携して、人文学国際研究センターを発足させた。さらに、翌2007年4月には、大学共同利用機関法人人間文化研究機構との共同によって、現代中国研究センターを発足させて、部・部門相互間、あるいは学際的な共同研究を組んでいる。
2008年、人文研本館は戦後の新・人文研の開所以来初めて吉田本部構内に所在する旧・工学部5号館(かつての地球系専攻校舎)への移転を行い、現在に至っている。かつての東一条本館は改修を経て2010年4月より附置研究所であるiPS細胞研究所の施設として使用されている。
2009年4月に(附属)漢字情報研究センターは東アジア人文情報学研究センター(人情(じんじょう)研)に改組され、所蔵の学術調査資料をデジタルアーカイブ化プロジェクトを新規事業として立ち上げた。この際所長も交代し前所長の水野直樹が就任した。
2010年4月からは「人文学諸領域の複合的共同研究国際拠点」として共同利用・共同研究拠点としての活動を開始している。