バイエルン公国
この継承法に従って、ヴィルヘルム4世、ルートヴィヒ10世、エルンスト(ドイツ語版)の3人の息子のうち、ヴィルヘルム4世が唯一の後継者となった。
しかし1508年にアルブレヒト4世が死ぬと、ヴィルヘルム4世(1550年没)とルートヴィヒ10世(1545年没)の共同統治という新たな分割が行われた。両者は多数の支持者を取り付けるなどして互いの改革を協力し合ったが、その際に遭った最も決定的な抵抗は、1541年のバイエルン国内のイエズス会の召集である。ルートヴィヒ10世が没したことで、バイエルンは再びヴィルヘルム4世のもとで一つになったことは明白となり、その息子であるアルブレヒト5世もまた別のイエズス会であったが同時に芸術と科学を保護している。その後を1579年に継いだヴィルヘルム5世は1597年の議会で、長子のマクシミリアン1世に譲位して自らは引退することを余儀なくされた。
多彩な才能の持ち主であったマクシミリアン1世は、反プロテスタント同盟の指導者であった。三十年戦争の際にはローマ皇帝フェルディナント2世から1623年にプファルツ選帝侯領を授けられているが、その内実はフェルディナンド2世が戦費の担保としてオーバープファルツを与えたというものであった。ヴェストファーレン条約で、マクシミリアン1世の選帝侯としての地位とオーバープファルツの領有権は確たるものとなると同時に、プファルツ=ジンメルン家には8つの領地からなる新プファルツ選帝侯領が創立され、マクシミリアン1世の子孫が絶えた時にはバイエルンを継承する権利があることも確認された。かくしてバイエルン公国は再編され、バイエルン選帝侯領と称されるようになる。
バイエルンを拝領したヴェルフ4世(バイエルン公としてはヴェルフ1世、1101年没)はヴェルフ家出身である。しかしながら、ヴェルフ4世は皇帝からバイエルンの地を拝領したにも係わらず、ハインリヒ4世と教皇グレゴリウス7世が争った際には教皇側に加勢している。1077年にはハインリヒ4世のバイエルンへの支配権を削がせることを理由に対立王ルドルフ・フォン・ラインフェルデンの選出を支持している。
グレゴリウス7世没後の1089年にヴェルフ4世は自身の7番目の息子であるヴェルフ5世を43年間に渡って教皇派を指導したトスカーナ女伯マティルデ・ディ・カノッサと結婚させた。しかし、1095年にヴェルフ5世はマティルデと離婚し、ヴェルフ4世自身もハインリヒ4世と和解してバイエルンを返還してもらった。1101年にヴェルフ4世が死ぬとバイエルンは息子のヴェルフ5世(バイエルン公としてはヴェルフ2世、1120年死去)とハインリヒ9世黒公(1126年没)によって継承された。特にハインリヒ9世がザクセン公マグヌスの娘かつ相続人であるヴルフヒルデ(英語版)と結婚したことによりザクセン公国を相続する権利を得たのと同然の形でその大部分の領地を手に入れた。しかしマグヌスが死ぬとローマ皇帝ハインリヒ5世は継承法を無視する形で新ザクセン公にロタール・フォン・ズップリングを指名した。