ミサイル防衛
イージスシステムはもともと優れた防空システムであるが、ミサイル防衛任務に使用するため全体に改修が必要とされた。従来、対空ミサイルとして使用されてきたRIM-66/67/156スタンダード・ミサイル2型(SM-2)は航空機迎撃用であり、高高度での弾道ミサイルの迎撃は不可能(SM-2は空力操舵タイプ)である。このため、弾道ミサイル迎撃専用のRIM-161スタンダード・ミサイル3 (SM-3)が新たに開発され、これがイージスBMDシステムの主たる武器となる。
また、このスタンダードSM-3を適切に運用し、さらに高高度の弾道ミサイルを正確に捕捉・追尾するため、AN/SPY-1レーダーをはじめとして、イージス・システムそのものにも全体的な改修が必要となる。これらの改修はスパイラル開発のコンセプトに基づいて、イージスシステムそのものとは独立して進められており、2008年12月の時点で、アメリカ軍においてはイージスBMD3.6と呼ばれるバージョンが実戦配備されつつある。これは、2004年より進められてきた開発の最初のブロック(Block 2004)の最終型で、弾道弾の追尾能力とSM-3ブロックIAの発射能力を兼ね備えており、イージスBMDの初期配備体系とされている。
イージスBMD艦は、弾道ミサイル発射を知らせる早期警戒情報を受けて、通報された方向を中心に、特定の範囲にAN/SPY-1レーダーの能力を集中させて、濃密な走査を実施する。このとき、AN/SPY-1の最大探知距離は1,000km以上にも達すると言われている。ちなみに2009年の飛翔体対処の事例において太平洋側のイージス護衛艦「きりしま」が追尾終了と報告したのは」IRBMクラスの飛翔形態において1,100km地点であった。
冷戦の終結後、ソ連の脅威に代わって戦域弾道ミサイルの拡散が大きな問題になった。そして湾岸戦争をきっかけに、弾道ミサイルの脅威が広く知られるようになると、ジョージ・H・W・ブッシュ政権の下、GPALS(Global Protection Against Limited Strikes / 限定的攻撃に対する地球規模防衛構想)が提唱された。SDIが超大国間の大規模な攻撃を想定していたのに対して、GPALSは湾岸戦争でのイラクのような国による弾道ミサイル攻撃への対処を目的とし、ソ連との共同開発も図られた。
迎撃方式も改められ、宇宙配備と地上配備の迎撃・追跡システムを組み合わせる事とされていた。後述のTHAADやパトリオットミサイル PAC-3が計画されたのはこのころである。
海上自衛隊のイージスBMD艦が、イージス弾道ミサイル防衛システムを用いて弾道ミサイルを迎撃するにあたり、弾道ミサイルの早期警戒情報を、少なくとも二つの経路で受信することができると考えられている。一つ目はIBSで配布された早期警戒情報受信することが出来るIBS/JTTを搭載したアメリカ軍のイージスBMD艦から、リンク 16を経由して情報を受信することができる。この場合、日本のイージスBMD艦が米艦の見通し距離内にいる必要がある(リンク16は見通し距離でないと通信が出来ない)。二つ目は、日本のイージスBMD艦の一部が装備する、リンク16の衛星中継版であるS-TADIL Jを経由して米艦が受信した早期警戒情報を受信することもでき、この場合には米艦と見通し距離を維持している必要はない。将来的には日本側の地上施設からS-TADIL J経由で送信することも考えられる。
2010年3月現在で、日本が保有しているミサイル防衛資産のうち、最初に交戦することとなるのが、イージスBMDシステムを備えた海上自衛隊の海上構成部隊と在日米海軍である。在日米海軍は横須賀港にアーレイ・バーク級ミサイル駆逐艦「フィッツジェラルド」、「カーティス・ウィルバー」、「ジョン・S・マッケーン」、「ステザム」、「ラッセン」、「マスティン」「マクキャンベル」を弾道ミサイル監視艦として、タイコンデロガ級ミサイル巡洋艦「シャイロー」を弾道ミサイル迎撃艦として配備している。