ポケモンカードGB
前作では原則としてルールの範囲で自由にデッキを組めたが、本作では使用するカードなどに条件をつける敵キャラが登場する。また、カードバトルにも変則的なルールが追加される場合もある。実際のカードにあった「スタジアムカード」が本作には存在しないため、その効果をイメージさせる変則ルールが多い。
移動中ならいつでもデッキの整理やカードリストの確認ができるようになり、よりプレイしやすくなった。
「ゲームセンター」という施設が登場。スロットマシンなどのミニゲームで遊ぶことができる。ゲームでためたポイントを使って新しいカードを手に入れたり、既存のカードを合成する「ブラックボックス」も使用することができる。
前作ではオリジナルカードの一部のレベルの数値が(効果の異なる)実際のカードと被っていたが、本作では区別のためいくつかのカードのレベルが修正されている。また、前作では実際のカードと全く同じであったレアリティも、本作ではゲームの設定に合わせて大量に変更されている。