ネストリウス
なお、アレクサンドリア学派(キュリロス派)はプラトン主義の系譜にあり、アンティオキア学派はアリストテレスの系譜をひいていた。
やがて、ローマ帝国内で両派の論争が激化する中、東ローマ帝国の皇帝テオドシウス2世と西ローマ帝国の皇帝ヴァレンティニアヌス3世は事態の解決を図る為に、431年にエフェソスで公会議を招集した。しかし、その場において、ネストリウス、及びアンティオキア派は、キュリロスとエフェソスの主教メムノンとの陰謀に依り、エフェソスの公会議で異端と宣告され、ネストリウスは主教職を罷免される。なお、キュリロスも騒動の一翼を担ったとして一時罷免されるが、後に復職した。
騒動終結後、ネストリウスは追われる形でエジプトに亡命し、上エジプトのイビスにある修道院にて隠遁生活を送っていたが、死の直前にあたる450年には『ダマスコのヘラクレイデス論』を著した。この書は、1910年 に再発見され、ネストリウスの研究に大きな変化をもたらす事となる。451年に現地にて客死した。
ネストリウスが異端と認定された後、ネストリウスを支持する教徒達が「ネストリウス派」を形成し、各地で活動を展開したとされることもあるが、いわゆる「ネストリウス派」の母体となったシリア語キリスト教徒コミュニティーは2世紀中に既にパルティア領内に成立し、公会議の動向と関係なくサーサーン朝内でも存続・拡大しており、この教会共同体が5世紀にネストリウスと同じ立場に立つ人々の受け皿になったものである。