四国攻め
一方、平井上総は藤田説の問題点として、この文書が書かれた天正11年12月には既に勝家は滅亡し反秀吉で提携する相手を失った長宗我部元親が苦境に立たされていた時期であり対外的に苦しい立場に置かれた元親が和平に動くことはあり得ること、また秀吉の長宗我部氏討伐の名目が三好氏の救援である以上、元親が和解の条件として讃岐・阿波を放棄して三好氏に返還する代替に秀吉と直接的な利害関係を持たない伊予を求めることは考えられることであるとして、藤木説が成立する余地があるとしている。
天正12年(1584年)正月、長宗我部氏の伊予侵攻に対応して毛利氏は河野氏援助のため伊予に派兵したため、織田政権時代からの長宗我部氏・毛利氏の関係が崩れた。3月から始まった小牧・長久手の戦いでも元親は徳川家康・織田信雄と結び、紀伊の根来・雑賀衆と協力して秀吉の背後を脅かす姿勢を見せた。6月、元親は長期の攻城の末に讃岐十河城を攻略した(第二次十河城の戦い)。この年の後半には伊予における長宗我部氏の攻撃は激しさを増し、10月19日には長宗我部方が西園寺公広の黒瀬城を攻略した。これに対抗して毛利氏も伊予に児玉就英らを増派し、河野・西園寺氏への支援を強化した。だが、11月に入ると、家康・信雄と秀吉の間で和議が結ばれることになる。
天正13年(1585年)3月から4月にかけて秀吉は紀州攻めを行い、元親の同盟勢力である根来・雑賀衆を潰した。これによって長宗我部氏は軍事的に孤立した。
津野倫明の説によると、天正12年(1584年)6月に讃岐で落城したのは十河城のみであり、東香川の十河存保は虎丸城でその後も抗戦を続けた。また森村春の阿波土佐泊城は、中富川の戦い以後も落城することはなかった。従って長宗我部氏は阿波・讃岐を完全には制圧できなかったとしている。また山本浩樹も津野の説を支持し、秀吉は海路を通じて両城への補給を続け、これによって両城は持ちこたえたと推測している。
なお、秀吉事記には「羽柴秀長・秀次は阿波土佐泊に上陸、一城を拵え、味方の樋いとなして」という記述があり、土佐泊城は存在せず豊臣軍が上陸したときに土佐泊に築城したことになっている。長宗我部軍も土佐泊には存在せず、最寄は木津城に東条関兵衛が篭っている。 また、香宗我部家伝証文には「天正11年4月是月、長宗我部元親の弟香宗我部親泰、阿波木津城を攻めて之を抜く、又淡路の洲本城を奪ふ、淡路の兵起り、洲本城を復す」という記述があり、この段階で、阿波国を平定し、さらに淡路国への影響力も及ぼしたことが窺える。