東海道・山陽新幹線
運賃は営業キロ(新岩国駅 - 徳山駅間のみ運賃計算キロ)に基づいて算出する。運賃計算を行うMARSシステムによる乗車券の経由表示には、全ての新幹線で「新幹線」と記載される。営業キロ・運賃計算キロ算出に際しては、並行する在来線と同じ路線として計算するが、中間駅が並行する在来線上にない品川駅 - 小田原駅間、三島駅 - 静岡駅間、名古屋駅 - 米原駅間、新大阪駅 - 西明石駅間、福山駅 - 徳山駅間、および並行する在来線と運賃体系が異なる新下関駅 - 博多駅間 については、在来線とは別の路線として計算する。
なお、MARSシステムで発券された東海道・山陽新幹線区間を含む乗車券においては、新幹線と並行する在来線とで運行会社の異なる「東京駅 - 熱海駅間」「米原駅 - 新大阪駅間」「新下関駅 - 博多駅間」について新幹線経由か否かを表示する12マス(4マス×3ブロック)の四角を表示する欄が設けられており、新幹線経由は「■」、在来線経由は「□」、その区間を含まない場合は「・」を示すことになっている。例えば、東京駅 - 新大阪駅間(新幹線経由)であれば「■■■■■■■■・・・・」、米原駅 - 博多駅間(米原駅 - 新大阪駅間のみ在来線)であれば「・・・・□□□□■■■■」と表示される。
特急料金・グリーン料金の算出に当たっては、国鉄時代の取り扱いを踏襲した関係から、会社ごとの特急料金を合算する九州新幹線・北海道新幹線や、会社を跨がる場合に定額を加算する北陸新幹線と異なり、会社を跨がる場合でも加算額のない一連の新幹線乗車区間の営業キロに基づいて料金が設定されており、「三角表」と称するものにより各駅間個別に定められている。