明応の政変
義材は越中から政元討伐の檄を発し、これにより能登畠山氏、越前朝倉氏、越後上杉氏、加賀富樫氏などの大名が参列して忠誠を誓い、九州の大友氏をはじめとする遠国の大名も協力の意思を示した。細川政元はただちに越中に軍を派遣したが、同年9月上旬に越中勢との戦いで大敗北を喫し、追い払われた。この結果、越中とその周辺は完全に義材方となり、京の幕府は迂闊に手を出せなくなってしまった。のち、明応7年(1498年)9月に義材は越中を出て、越前の朝倉氏を頼り、この際に義尹に名を改めている。
政元の憂慮はこれだけにとどまらなかった。正覚寺城陥落後、紀伊に逃れていた畠山尚順が政元方の基家に粘り強く抵抗しつつも力を蓄え、ついに明応8年(1499年)2月に基家を討ち、父の無念を晴らしたのである。尚順は紀伊から河内にいたる京の南方一帯に一大勢力を築き、越前の義尹と連絡を取り合いながら京を伺うなど、細川方の脅威となった。
明応8年9月以降、義尹と尚順は連携してそれぞれ越前と河内から京を挟撃しようとしたが、政元は苦戦の末に義尹を破り、義尹は周防の大内氏のもとへと逃げた。その後、尚順も挟撃作戦が失敗したことで紀伊へと引き上げたが、義尹と尚順は依然として政元の脅威であり続けた。また、政元が傀儡として擁立したはずの将軍・義澄は成長すると自ら政務を取ろうとし、両者の対立が深刻化するようになっていった。このように、政元はこの政変によって専制を確立したはずであったが、現実はそうではなく、内憂外患に苦しめられた。
そして、政元の細川京兆家と阿波細川氏といった細川庶家の対立もまた解消されなかった。