フィリピン総督領
レガスピ自身、ヌエバ・エスパーニャ副王への報告(1569年7月1日)の中で、スペインの拠点をパナイへ移した理由を述べた。やがてパナイでルソン征服の計画が立てられ、1570年5月8日に実行された。レガスピの少佐であるマルティン・デ・ゴイティとフアン・デ・サルセードの2人は、ルソンの北部を征服した。
スペインは、1526年にアロンソ・デ・サラザールによって主張されたカロリン諸島、1543年にルイ・ロペス・デ・ビリャロボスによって主張されたパラオ、1543年にベルナルド・デ・ラ・トーレによって主張された小笠原群島、1545年にイニゴ・オルティス・デ・レテスによって主張されたニューギニア島、1568年にペドロ・サルミエント・デ・ガンボアによって主張されたソロモン諸島、1595年にアルバロ・デ・メンダーニャ・デ・ネイラによって主張されたマルケサス諸島、1606年にペドロ・フェルナンデス・デ・キロスによって主張されたニューヘブリディーズ諸島を含むいくつかの太平洋の島々の領有を16世紀に主張したが、18世紀まで本格的に永住を企てることはなかった。
マニラはインディアス艦隊の西の中枢であり、マニラ・ガレオンはビコルとカヴィテに建てられた。フィリピンとスペインの間での貿易は、太平洋を経由してメキシコに(マニラからアカプルコ)、そしてカリブ海と大西洋を渡ってスペインに到達する(ベラクルスからカディス)、という形で行われた。17世紀から18世紀の間、マニラはアジア貿易の中心都市となった。中国、日本、ブルネイ、モルッカ諸島、さらにはインドからあらゆる種類の作物がマニラに送られ、アカプルコから持ち込まれた8レアルの銀で売られた。絹、磁器、香辛料、漆器や繊維製品を含むこれらの商品はアカプルコに送られ、そこからヌエバ・エスパーニャの他の地域、またペルー副王領やヨーロッパにも送られた。
最初の時期、アカプルコ貿易は植民地の主な収入源であった。貿易は1565年に開始され、19世紀初頭まで続けられた。
また、バンダラ(脱穀された米の茎の丸いスタックを表すタガログ語のマンダラが由来)と呼ばれる毎年の強制販売や米などの商品の要求があった。関税と所得税も同様に徴収された。1884年までに、貢納物は個人文書(英語版)に置き換えられ、18歳以上のすべての人が個人識別のための費用を支払う必要があった。地元のゴベルナドルシロ(英語版)が貢納物の取り立てを担当した。個人文書システムの下で納税者はスペイン当局に税金の支払いについて個別に責任を負い、個人文書の領収書を提示しなかったために逮捕された。
貢納物を渡す以外に、すべてのフィリピン人男性と16歳から60歳までの中国人移民は、「ポロ」と呼ばれる強制労働を行う義務があった。この労働は年間40日間続き、その後15日間に短縮された。労働は、道路や橋の建設や修理、公共の建物や教会の建設、森での材木の伐採、造船所での作業、軍事遠征での兵士としての役割など、さまざまな形態をとった。強制労働を行った人々は「ポリスタ」と呼ばれた。ポリスタはお金である「ファラ」を支払うことによって、労働を免除される可能性があった。ポリスタは法律に従って、彼らがしばしば受け取らなかった就業日の分の毎日の米の配給を与えられることになっていた。