仁木氏
東軍として丹波仁木成長、西軍として伊勢仁木教将が見える。また伊賀守護の仁木氏が応仁2年(1468年)の足利義視帰還に供奉しており、さらに伊賀仁木氏は文明2年(1470年)に山城国に出陣し、山城国木津で狭川氏と戦っている。そして、文明9年(1477年)に西軍の畠山義就の攻撃を受けて木津から撤退している。また、この間の文明5年(1473年)、美濃に赴こうとする一条兼良に道中の安全を依頼されていることが、『ふち河の記』からうかがえるという。
丹波仁木氏は永正年間に入っても在京活動を継続していたことが確認できる。伊勢仁木氏は鈎の陣で貞長が戦死しており、息子の高長は永正5年(1508年)の細川高国の帰還に協力している。また伊賀仁木氏の政長は、明応7年(1498年)に北畠材親と木造政宗の調停を行っているほかに、長享3年(1489年)以前から、近衛家領近江国信楽庄の代官職を担い、永正6年(1509年)頃に死去したと推察されている。そして刑部大輔は天文5年(1536年)より、史料上から姿を消すという。その跡を継いだ長政は天正2年(1574年)まで存在が確認されており、この年に高倉神社を再建している。天文10年(1541年)に細川晴元から木沢長政攻略の支援要請を受けるなど、未だ伊賀仁木氏はある程度の影響力を持った存在として認識されていたようである。
また、次のごとくともいう。細川高国の盟友である仁木高長が知られる。だが、仁木氏の伊賀支配は継続することは無く、有力土豪が割拠する状態となった。戦国時代の末には、隣国近江の六角氏綱の子の一人が継承して仁木義政を名乗り、足利義輝・足利義昭の御相伴衆として活躍した。将軍に近侍することが多かったが、六角家の武力を背景に、伊賀にもそれなりの影響力をおよぼした。仁木友梅・仁木義広・仁木長政などの名前が伊賀・伊勢の歴史に散見される。しかし、伊賀惣国一揆が成立すると、一揆勢は仁木氏館(現伊賀上野城)を襲撃、仁木氏は信楽へ逃亡し、ここに守護としての伊賀仁木氏は滅亡した。