瞑想
研究の対象となる瞑想はさまざまであるため、研究結果については、各種の瞑想の違いを理解し、どの瞑想の、どの段階の瞑想者を対象にした研究であるかを明確にする必要があると考えられるが、安藤治は、研究者たちは問題意識を持ってはいるが、まだ十分実践できていないと指摘している。
アメリカにおける瞑想研究の多くは、超越瞑想を対象としたものであった。なお、日本など東洋諸国では、瞑想研究はほとんど行われてこなかった。心身症を研究する熊野宏昭は、日本にマインドフルネスという概念が紹介された際に、日本の心身医学では「気づきとセルフコントロール」が鍵概念として重視され研究されていたため、何をいまさらという印象を持ったと述べており、安藤治は、日本やインドのように長い瞑想伝統を持つ社会では、瞑想の持つ意味を多くの人が何となく理解していることから、科学的に分析しようという西洋科学の態度がなじまなかったのではないかと指摘している。
2000年以降には、脳科学者の瞑想研究も多くみられるようになった。代表的なものとして、fMRI(磁気共鳴機能画像法)を使用し、瞑想時や平静時の脳の内側前頭前野、後帯状皮質、楔前部、下頭頂小葉などからなるデフォルトモードネットワーク(英語版)(Default mode network:DMN)の活動を調べる研究がある。デフォルトモードネットワークが活動している状態は、雑念が浮かび疲れやすいと考えられ、デフォルトモードネットワークの活動の低下は、より平静であることを表す。
同様の体験をした聖者たちの記録が、魂の暗夜を乗り切るささえとして活用される。
多くのスピリチュアルなコミュニティには、現実逃避や、現実の問題に魔術的な解決がもたらされることを期待して、瞑想などのスピリチュアルな実践に熱中している人も少なくない。トランスパーソナル心理学者・精神療法家のフランシス・ヴォ―ンは、瞑想や様々なスピリチュアルな実践に向かう人の態度に見られる問題として、スピリチュアル・アディクション(スピリチュアル中毒、スピリチュアル依存)をあげており、「スピリチュアリティへの強い欲求やこころざしには、本質的に自己の責任の放棄という要素が含まれるため、外的対象に依存しがちになり、アディクション(中毒)に陥る傾向がつねに強く潜在している」と注意を促している。精神医学や心理学が、スピリチュアルな実践を病理的なものと考えたり、疑いの目で見るのは、こうした一部の実践者たちの現実逃避的な態度も影響している。現実逃避的な人が瞑想などのスピリチュアルな実践を行う場合、依存が起きやすく、一度依存してしまうと抜け出しにくい。スピリチュアルな実践を行う自分を特別だと思い上がったり、スピリチュアルなもののみに価値を見出すような生活の破綻が起こることもあり得る。まだ自我が確立されていない場合、スピリチュアルな実践が弱い自分の自己評価を高める道具になってしまう恐れもあり、罪からの解放や浄化を目指す場合には、実践全てが贖いの儀式と化してしまうこともあり得る。
瞑想修行がすすみ、集中的瞑想の段階に入ると、新しい心的世界に直面し、様々な心的要素が現れ出でる。
アメリカ国立衛生研究所は、瞑想は一般的に、健康な人にとっては安全であると考えられると報告している。瞑想は経験豊富な優れた指導者の元で、正しい態度で行われる必要がある。精神疾患の既往、身体的な病気がある場合には、始める前に主治医等と相談し、瞑想指導者に病気について知らせることが必要である。
瞑想が宗教的文脈と切り離され、一般での実践が盛んになると、瞑想によって精神的に不調になり、精神病を患う人も現れるようになった。瞑想の臨床研究が盛んになると、瞑想の弊害も報告されるようになった。一般社会に瞑想や神秘主義が流行しているため、精神科医がそうした事象が引き起こす精神的不調や病気に関する十分な理解、援助の知識を持つ必要があるが、そうした蓄積はいまだ十分ではなく、精神科医の側からも教育と研究の必要性が指摘されている。
安藤治は、「そのような報告はまだ数は少ないが、臨床的報告としては非常に重要なものである。というのも、それは、臨床場面で安易に瞑想を適用ないし「処方」したりすることがはらむ大きな危険性を直接的に示すものだからである」、瞑想に不向きな人がおり、様々な瞑想の伝統のように瞑想には十分な準備が必要である可能性がある、と注意を促している。弊害としては、「時折起こるめまい、現実との疎外感、それまでになじみのなかった思考、イメージ、感情などが引き出され、それらに敏感になることによってもたらされる苦痛、また、不安、退屈、ゆううつ感、不快感、落ち着きのなさの増大」などが報告されており、マインドフルネス瞑想によってトラウマ記憶が思い出され、それがうつのきっかけになる恐れもある。
キリスト教神秘主義は、ギリシアの新プラトン主義から一者との合一の思想を受け継いでおり、自己の内面において一者である神との合一を目指し、その体験に至るために、瞑想も含めた「祈り」や、断食などの苦行を含む「自己否定」が実践された。ただし、キリスト教神秘主義における神との合一は、梵我一如に見られるような普遍的・根本的存在と人間や万物の同一を説く東洋の一元論とは異なり、あくまで神と人間は異なるものであるとし、合一の体験は、永遠・絶対の存在である神を有限な存在である人間が享受することであり、二元論的宇宙観に基づく。
イエズス会の創立者であるロヨラの聖イグナチオは、自らの神秘体験から霊的なトレーニングとして黙想『霊操』を作り出し、教本にまとめられている。イエズス会で司祭に叙階された者は、その前後に霊操を行う。霊操は「人間の知性、情緒、意志、さらに身体まで含む全人格的な人間教育そのもの」であると言われる。霊操は、教えを授ける者と実践する者の間に、聖霊に導かれながらも個人的なつながり、関係が結ばれるように設計されている点に、従来の修道制にはない独創性がある。
キリスト教神秘主義の思想は、十字架の聖ヨハネ『カルメル山登攀』『愛の生ける炎』、イエスの聖テレジア(アヴィラの聖テレジア)の『完徳の道』『霊魂の城』、黙想生活について書かれた『不可知の雲(英語版)』、中世の神秘思想家トマス・ア・ケンピスによるといわれる『キリストに倣いて』といった著作にあったものの、西方キリスト教では傍流に過ぎず、神との合一の体験に至るための儀式や修練、神秘主義的瞑想の方法が、禅のように体系化され確立することはなかった。