SHOP99
利益率の低い食料品や価格の変動する野菜を破格の値段で販売し、コスト削減が効かないナショナルブランド品の比率も高く、多くの100円ショップと比べて利益は極めて薄く、急激な店舗展開による人員不足など、課題は残っていた。
定価販売が原則のコンビニとは異なり、販売期限が近づいた生鮮食品などは、10円から半額の値引き販売を行うことで廃棄ロスを軽減させていたが、本来は99円の商品であるため利益を損なっていた。
また店舗名では99円均一を「売り」としてはいたが、弁当やナショナルブランドなど、商品売価が99円ではない商品も多くあった。
創立当初からPOSシステムなどは導入されておらず、全て小型の手打ちレジで代金を精算していた。その後、一部店舗では固定式でバーコードを読み取る精算端末レジも導入されたが、全店に展開される事はなかった。また店員の人員不足などのため、店舗ごとのオペレーションにバラつきが大きかった。