第13施設群
第13施設群新編時(1976年(昭和51年)3月25日)
第13施設群本部
第13施設群本部中隊「13施群-本」
第338施設中隊「338施」
第339施設中隊「339施」
第340施設中隊「340施」
第313ダンプ車両中隊「313ダ」
第313施設器材中隊「313施器」
第311地区施設隊(函館駐屯地)
2000年機能別改編時(2000年(平成12年)3月28日)
第13施設群本部
本部管理中隊「13施群-本」
第358施設中隊「358施」
第359施設中隊「359施」
第360施設中隊「360施」
第361施設中隊「361施」(倶知安駐屯地)
第301坑道中隊「301抗」
第302水際障害中隊「302水」
第13施設隊新編時(2008年(平成20年)3月26日)
第13施設隊本部
第13施設隊本部付隊「13施-本」
第360施設中隊「13施-360」
第361施設中隊「13施-361」(倶知安駐屯地)
第383施設中隊「13施-383」