顕如
こうしてかつて本願寺が持っていた強大な領主権力は顕如一代のもとで完全に失われていったのである。
天正19年(1591年)には秀吉から京都七条堀川の地に寺地を与えられたことで久しぶりに京都に本願寺が作られることになり、この地での本願寺教団の再興を期して早速本願寺(現・西本願寺)が建立された。翌天正20年(1592年)11月24日、50歳にて示寂。
顕如が没すると、大坂本願寺退去時に信長への対応をめぐって和睦派の顕如と意見を異にした強硬派の長男教如が跡を継いだが、顕如の正室で教如の母である如春尼や教如に反感を持っている顕如の側近衆などが秀吉に働きかけた結果、教如に替えて三男の准如が12世宗主に立てられることになった。教団内部での対立が進行する中、教如は徳川家康に接近し、関ヶ原の戦い後に家康により本願寺の東に新たな寺地が寄進されたことを受けて、教如と彼を支持する勢力は慶長7年(1602年)に独立して東本願寺を設立した。こうして本願寺は准如の西本願寺と教如の東本願寺とに分裂することになった。
本能寺の変後信長に代わって畿内の実権を握った羽柴秀吉と早急に好を通じた。秀吉は本願寺とその門徒が持つ経済力や技術力を利用して、大坂本願寺とその寺内町をもとにして大坂城と大坂城下町を築いて整備した。
天正11年(1583年)閏正月22日に顕如は鷺森御坊を出発すると、24日から有馬温泉で湯治を行った。2月10日に有馬温泉を出立するとそのまま名所めぐりに入り、11日に京都に入って清水寺、北野天満宮、石清水八幡宮などを参詣し18日に京都を出る。19日に宇治を見物して奈良に到着するや東大寺の大仏に、次いで翌20日には春日大社を参詣して若宮で大神楽を楽しんでいる。21日には大神神社、長谷寺を経て今井町に、22日には吉野で花見を行った後、飯貝本善寺に宿を取っている。23日には下市願行寺に宿泊し、24日に堺に着くと、25日に鷺森御坊に到着している。その間、顕如は参拝する寺社に寄進を行っている。清水寺に1000疋、北野天満宮に1000疋、石清水八幡宮に1000疋、東大寺の大仏に300疋、春日大社に2000疋、大神神社に200疋、長谷寺に300疋という具合であった。
7月には和泉国の貝塚道場を新たな本山とし、貝塚願泉寺と名を改めている。