クライナ・セルビア人共和国
1991年4月1日、議会はクロアチアからの分離を宣言した。自治州の外にあるセルビア人が多数派を占める地区でも、自身がクライナの一部に加わり、ザグレブの政府への税金の支払いを停止すると発表した。自治州は、独自の通貨、軍、郵便サービスを構築しはじめた。
クロアチアは1991年5月19日にユーゴスラビアからの独立を問う住民投票を実施し、多くのセルビア人がボイコットする中、圧倒的多数でユーゴスラビアからの独立を支持した。1991年6月25日、クロアチアとスロベニアは共にユーゴスラビアからの独立を宣言した。ユーゴスラビア人民軍はスロベニアの独立阻止を図りスロベニア紛争を引き起こし、短期間の後にこれに失敗している。これと同時期に、クロアチアのセルビア人とクロアチアの治安維持軍との衝突が発生し、双方に多数の死者が出た。セルビア人たちの中には、自身を「チェトニック」と呼ぶものも現れた。クライナのセルビア人はユーゴスラビア人民軍の支援を受け、武器を供与された。クライナ領内にいた多くのクロアチア人は弾圧を恐れてクライナを脱出するか、セルビア人勢力によって強制的に退去させられ、故郷を後にした。欧州連合や国際連合は停戦合意や和平を模索し仲介に入ったものの、何ら成果を得ることはできなかった。
1991年8月、クライナとセルビアの指導者たちの間で合意が取り交わされた。旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷の検察官は、のちにこれを、「クライナをセルビア人の支配する土地に変える目的での、クライナ領内からの非セルビア系住民の恒久的かつ武力による強制追放に乗り出すという、共同犯罪の企て」と説明している。
しかしながら、これはクライナ側が求めていた自治の水準に達しておらず、現時点においてクライナは事実上の独立国であるとして、クライナのセルビア人側はこれを既に遅すぎると判断した。
国連保護軍は停戦を維持するためにクライナ地域に広く展開したが、軽武装と多くの制約が課せられ、実際には停戦監視軍の役割を大きく超えることはなかった。保護軍は避難民のクライナへの帰還の安全を保障することは全くできていなかった。それどころか、実際にはクライナ・セルビア人共和国では、セルビア人武装勢力が実効力を持ち、避難民の帰還を不可能としていた。彼らは、クライナにおいてクロアチア人の村落や文化的・宗教的建築物を破壊し、クライナ地域に存在したクロアチア色を一掃するための活動を推し進めていた。クライナ・セルビア人共和国の政治のトップにあったミラン・バビッチは後に、この政策を推進したのはベオグラードの政府で、セルビアから送り込まれた秘密警察による、つまり究極的にはミロシェヴィッチによるものであったと証言している。ユーゴスラビア人民軍が「平和維持のため」という名目で駐留しながら実際には全面的にクライナ・セルビア人勢力の側に立っていたことからも、ベオグラードの意向がクライナにおいて強く反映されていたことが理解できる。ミロシェヴィッチはこの主張を否定しており、バビッチの発言を保身目的とする主張もある。