久留里線
平日・土曜・休日ともダイヤは共通である。木更津発着の全線通し運転列車および木更津駅 - 久留里駅間の区間列車のほか、久留里駅 - 上総亀山駅間の区間列車も設定されている。
運転本数は木更津駅 - 久留里駅間が1時間に1本程度で1日17往復、久留里駅 - 上総亀山駅間は日中に5時間以上運行がない時間帯がある。一部列車は久留里駅で乗り換えとなる。
日中は1 - 2両、朝夕ラッシュ時は2 - 3両編成で運転される。2023年までは4両編成の運行もあったが、同年3月18日のダイヤ改正に伴い当該列車は3両編成に減車された。
土日祝日および学校の長期休暇シーズンは、ラッシュ時間帯に減車が行われるが、ハイキングのシーズンの休日は日中でも4両で運転されることがある。
3両以上で運転される時は下郡駅 - 上総亀山駅間のホームが短いため進行方向、前寄り2両のみ扉扱いし3両目以降はドアカットされる。このため上総亀山駅では折り返しの際、降車終了後いったんドアを閉め、車両を1両半位前方へ移動し客扱いを再開する。2013年3月16日のダイヤ改正より、一部の列車でワンマン運転が実施されている。
2014年3月15日のダイヤ改正では、上総亀山駅発着列車の一部が久留里駅折り返しとなり、日中時間帯の列車が減便された。
2017年3月4日の改正からは、上総亀山発の一番列車が5時台から6時に、木更津発上総亀山行きの最終が21時台から20時台(久留里駅発は21時台後半)に変更され、5時台の木更津行き一番列車は久留里駅始発に短縮となり、久留里駅 - 上総亀山駅間は下り8本、上り9本の運転となった。
臨時列車や観光列車については、現在は観光シーズンに久留里駅止まりの定期列車が上総亀山駅まで延長されるのみで、ジョイフルトレインや他線所属の気動車を使用した臨時列車はほとんど運転されない。2019年からは上総亀山駅までの臨時の延長運転がゴールデンウイークや夏休み期間にも拡大された ほか、同年7月27日にはサイクルツアー実施に向けた関係自治体向けの試乗モニター調査でサイクルトレインを運行することになった。その後、サイクルトレインはB.B.BASEによる内房線の臨時列車「B.B.BASE鹿野山」との接続列車として「菜久留トレイン」の名称で運行されている。イベント列車としては2022年11月20日にJR東日本と大日本プロレス、新潟プロレスの共催により「奥房総久留里線プロレス列車」が運行された。
過去には2007年4月に「ちばデスティネーションキャンペーン」の一環としてキハ48形「びゅうコースター風っこ」を使用した臨時普通列車「風っこくるり号」が運転された。2009年には旧型客車をDE10形ディーゼル機関車が牽引する「のんびりくるり号」が運転された。