ゼーランディア城包囲戦
4月3日、コイエットは局面を打破するために海と陸の両方からの同時反撃を命令した。陸路では、トーマス・ペデル隊長率いる250人の兵士が北線尾を攻撃した。トーマス・ペデルは、ここに駐屯する陳沢軍の4,000名と戦った。陳沢は、オランダ人が攻め込む様を見て、彼は密かに700名を派遣し、水路はオランダ軍の背後に迂回した。コイエットは鄭軍がトーマス・ベデル軍の背後に潜んでいることに気づき、すぐにトーマス・ベデルに撤退するよう警告を発したが、トーマス・ベデルは敵を過小評価していたため命令を無視し、鄭軍と戦い、最終的には壊滅した。海路では、オランダ軍はヘクター号と他の大小4隻の軍艦を用いて北線尾に上陸したトーマス・バーダーを援護し、その後鄭艦隊への攻撃に転じた。オランダ軍は当初、優れた火力を駆使して鄭軍艦隊を攻撃し、鄭軍艦隊に損害を与えたが、鄭軍はすぐに優勢艦隊で包囲して反撃し、ヘクター号を沈没させ、残りの軍艦を戦場から撤退させた。
オランダは海と陸の両方の戦線で敗北を喫すると、直接対決を避けるためにゼーランディア城とプロヴィンティア城に後退し、同時にオランダ東インド総司令部のあるバタヴィアに伝令を送って助けを求め、一方鄭成功に和平を求める使者を送った。鄭成功はオランダの意図をよく知っていたので、きっぱりと拒否した。その後、鄭成功はプロヴィンティア城の包囲を強化した。水源を遮断した鄭成功の包囲下で、防衛指揮官のヴァレンティンは、城内に食料と飲料水が不足しており、増援の望みがないことを見て、わずか3日間の守備の後、やむを得ず城を出て降伏した。
鄭成功が降伏合意に従って最後までゼーランディア城に戦い渡ったオランダ兵の撤退を許した一方、戦いの過程で鄭成功軍は多くのオランダ人捕虜を生け捕りにした。条約締結後、コイエットは捕虜の返還を要求したが、鄭成功は「条約には捕虜について触れられていない」と怒って、コイエットは捕虜の返還を断念した。
戦闘が続く中、鄭成功軍が女性や子供を含む何百人のオランダ人を捕虜にした。鄭成功に捕らえられていたオランダ人捕虜の中には、オランダ人宣教師のアントニウス・ハンブルクとその娘2人、妻がいた。鄭成功はハンブルクをゼーランディア城に送り、降伏するように説得するか、さもなければハンブルクが戻ってきたときに殺されるかのどちらかを要求した。ハンブルクは、他の娘2人が捕らえられている砦に戻った。彼は城の司令官に降伏しないように促し、鄭成功の陣営に戻った。
鄭成功は最初はハンブルクを処刑しないでしたが、何か月も不利な戦いが続いた後、ハンブルクは遂に処刑された。それに加えて、中国人の間で、オランダ人が台湾の原住民に中国人を殺すように仕向けているという噂が広まったため、鄭成功は報復として約500人のオランダ人男性捕虜の処刑を命じ、さらに同じく捕虜となっていた数人の女性と子供も処刑した。
捕虜となって生き残ったオランダ人女性と子供はその後奴隷にされ、オランダ人女性は鄭成功の指揮官が自分たちの性的快楽のために徹底的に利用した後、最終的に中国の兵士に売られて彼らの妻となるよう強いられた。
しかし清はまずオランダ艦隊を送って厦門の攻略を支援するからゼーランディア城の救援を考えると返答した。コイエットはヤコブ・カオウに艦隊を率いて清軍の厦門攻撃を支援するよう命令するしかなかった。しかしヤコブ・カオウは澎湖に到着した後、風を避けて停滞し、軍隊を率いてバタヴィアに逃げ帰った。それ以来、清軍と連携して鄭軍を攻撃しようとするコイエットの試みは完全に失敗した。
鄭成功はゼーランディア城に最後の総攻撃を開始することを決意し、1662年1月25日の早朝、ゼーランディア城郊外の最後の拠点であるユトリヒ要塞への砲撃を命令した。2時間の激しい砲撃の後、鄭軍はユトリヒ砦の南側に大きな隙間を築き、続いて鄭軍歩兵が砦に突入して占領した。その後、鄭軍はユトリヒ要塞を拠点としてゼーランディア城に激しい砲撃を開始した。コイエットは自ら城壁に赴いて戦闘を監督したが、鄭軍の猛攻を受けて弾薬も援軍も尽きて何もできず、議会の同意を得て鄭成功と降伏について話し合うために使者を派遣した。最終的に双方は合意に達し、コイエットは合意された条約に従って城、武器、物資を鄭成功に引き渡し、東インド会社に所属する約900人の傭兵、従業員、おやび民間人だけを連れ去った。そして台湾におけるオランダ東インド会社の38年間の統治が終わり、鄭成功が台湾に最初の漢人政権を樹立した。
ゼーランディア城
欧州人が描いた中国人、右の兵士は鄭成功軍の精鋭重装歩兵「鉄人軍」
ゼーランディア城包囲戦、ここにも「鉄人軍」が描かれている
ゼーランディア城の降伏
台江内海から河寮港に上陸し、すぐにプロヴィンティア城を包囲し、プロヴィンティア城とゼーランディア城の間の連絡を遮断した。オランダ人は当初、鄭成功が南海峡から侵攻すると考えていたため、鄭成功が鹿耳門海峡から台江内海へ侵入したときは衝撃を受けた。この時、プロヴィンティア城に駐屯していたヴァレンティンは約400名、ゼーランディア城にいたコイエットは約1,100名しか兵力を持たず、兵力は鄭成功には遠く及ばなかった。
プロヴィンティア城の戦争準備を強化するために、コイエットはジョアン・ファン・エールドルプ隊長と200人の兵士をボートでプロヴィンティア城に派遣した。しかし、鄭成功はこの動きに気づき、鄭成功は精鋭の重装歩兵「鉄人軍」を派遣してこれを阻止した。エールドルプは敗北し、ゼーランディア城に撤退した。無事に城内に入ることができたのはわずか60名未満でした。その夜、鄭軍がプロヴィンティア城の兵糧を強奪するのを防ぐために、ヴァレンティンはプロヴィンティア城に放火するよう命じた。鄭成功は食料を確保するため、直ちに軍隊を派遣してこれを阻止した、オランダ軍はこれを見て撤退し、鄭軍は半月分の食料を確保した。エールドルプの援軍が失敗した後、ヴァレンティンは非常に不安を感じ、再びコイエットに助けを求めるために人を送った。しかし評議会は、プロヴィンティア城が危険にさらされており、ゼーランディア城自体も支援のために軍隊を派遣するには十分な軍事力がないと考えたため、ヴァレンティンの要請を拒否した。