明治神宮野球大会
また同時に、関甲新大学野球連盟・千葉県大学野球連盟2連盟、東京新大学野球連盟、東海地区大学野球連盟・北陸大学野球連盟2連盟、神奈川大学野球連盟の隔年代表制の全てを廃止。それらに代わり新たに、関東地区5連盟(関甲新大学野球連盟・千葉県大学野球連盟・東京新大学野球連盟・首都大学野球連盟・神奈川大学野球連盟)として2校、北陸東海3連盟(愛知大学野球連盟・東海地区大学野球連盟・北陸大学野球連盟)で1校とし代表決定戦を実施。更に関西地区を1増の2代表に変更。同年行なわれた代表決定戦は次の通り。 関東5連盟は各リーグ1代表の5校によるトーナメントを実施し、優勝校が第1代表(本大会にて2回戦から出場)、準優勝校が第2代表(本大会にて1回戦から出場)となる。 北陸東海3連盟は各リーグ1代表の3校によるトーナメントを実施し優勝校が代表校になる。 関西地区5連盟は先ず各リーグ1代表の5校による第1代表決定トーナメントを実施し優勝校を第1代表(本大会にて2回戦から出場)とし、第2代表(本大会にて1回戦から出場)は第1代表トーナメントで敗退した順番に順次対戦していくステップラダーによる敗者復活戦で最終的に残ったチームを当てる。
これにより、フリー抽選で組み合わせが決定する枠は、2回戦枠の6枠中2枠に実質神宮枠としてある東京六と東都を最初に決勝まで当たらない枠に振り分け、次に関東第1代表と関西第1代表を残った4枠中の2枠にそれぞれ割り当て、1回戦4枠中2枠は関東第2代表と関西第2代表が事前に当てられるため、残り2回戦2枠と1回戦2枠分の4枠となる。
2009年(第40回大会)従来の関西地区2代表の決定方法を変更。同地区所属の五連盟協議会主催により6月に開催される関西地区五大学野球連盟対校戦優勝連盟の秋季リーグ優勝校は、従来の秋季に行われる関西地区大学野球選手権大会のスーパーシード権(決勝戦が初戦となるシード権)が与えられる他に、明治神宮野球大会(大学の部)の出場権も同時に確保される(第一代表決定戦に敗れても従来行われていた敗者復活戦には回らない)。これにより、秋季の関西地区大学野球選手権大会で従来行われていた敗者復活戦制度は廃止となり、決勝進出チームが神宮大会の関西代表残りの一枠となる。すなわち、秋季の関西地区大学野球選手権大会の決勝戦は、関東地区の場合と同様の第一代表・第二代表の決定戦に変更された。
2009年 大会40周年を記念して北海道東北地区の代表枠を分離。北海道で1枠、東北で1枠とし全出場校数を11代表制に増枠・変更。
以下、2023年(第54回大会)現在の各地区の代表決定戦。
明治神宮野球大会北海道地区代表決定戦(北海道) 明治神宮野球大会東北地区代表決定戦(東北) 東京六大学野球連盟 東都大学野球連盟 関東地区大学野球選手権大会(関東) 東海・北陸・愛知三連盟王座決定戦(東海・北陸) 関西地区大学野球選手権大会(関西) 明治神宮野球大会中国・四国地区大会(中国・四国) ユニバーシアード記念九州大学野球選手権大会(九州・沖縄)
※上記した地区編成は全日本大学野球連盟での同時期の組織運営編成に準じる。