敦賀駅
その後、電車化や貨物列車削減および国鉄分割民営化に伴い、2つの機関区組織を敦賀機関区として統合した上車両検修部門および旅客関係の乗務員部門を敦賀運転所として分離し、敦賀機関区はJR貨物の、敦賀運転所はJR西日本の所属となった。敦賀運転所はさらに組織変更が行われ、福井地域鉄道部敦賀運転派出を経て、現在は金沢総合車両所敦賀支所となっている。交流電気機関車の営業用第一号となったED70 1号機は敦賀第二機関区に配置され、使用停止後も永らく敦賀運転所内に保管されていたが現在は長浜鉄道スクエアにて屋内展示されている。敦賀地域鉄道部は、北陸本線の新疋田駅と小浜線の各中間駅を管理下に置いている。
一方、貨物列車の中継としての機能もあった。前述の通称「敦賀港線」への貨物列車や専用線発着の私有タンク車による硫酸輸送などもあったが、現在は貨車継走はなく、旧機関区や側線群が整理され大きな未使用地となった。そして現在この場所には島式ホーム2面4線の高架線を持つ北陸新幹線のホームが建設されている。
かつては敦賀駅以南も交流電化であったが、北陸本線は長浜駅まで直流電化に変更し同駅まで新快速が乗り入れるようになると利用者が急増し長浜市が活性化したことから、同様に起爆剤として、2006年には湖西線永原駅 - 近江塩津駅間と北陸本線長浜駅 - 当駅間の直流化を実施し、当駅まで新快速を始めとする直流電車が乗り入れるようになった。なお、北陸本線の直流化に先駆けて、大部分の費用を地元自治体が負担する形で非電化であった小浜線を2003年に直流で電化している。
5倍の1330平方メートルとなる。
外観デザインは当初3案が存在。これに加え、先の改築計画でまとまった2代目駅舎をモチーフとした案を追加した。
JR西日本のバリアフリー化工事は、幅4mの跨線橋を新設した上で各ホームとの間にはエレベーターと上りエスカレーターを新設。
駅舎のうち、駅長室がある部分は現状のままとする。
費用は約6 - 8億円と見込まれ、2009年度当初予算へ盛り込んでJR西日本が2009年度に着手するバリアフリー化工事と同時着手、2年の工期をめどに同時完成を目指すとしていた。その後、駅舎デザインに関して市民からの提案があり計画は少々延期されたものの、2010年5月頃から仮駅舎を建設、10月22日に仮駅舎の使用を開始した。旧駅舎(待合室辺り)は解体された後、敦賀市が2013年の完成予定で建設する。
2014年4月5日、「敦賀駅交流施設オルパーク」が開館した。
なお、これらのバリアフリー設備については2012年12月16日に使用が開始された。
2024年3月16日の北陸新幹線の開業に合わせ、東口(やまなみ口)を開設し愛称も併記、現在の出入口を愛称を併記した西口(まちなみ口)とする。
北陸本線を所属線としており、当駅が起点となる小浜線を含め2路線が乗り入れている。この2路線に加えて、2つ隣の近江塩津駅から分岐する湖西線の一部列車も乗り入れ運行系統上の終着駅となっている。そのため駅ナンバリングにおいては北陸本線と湖西線の2線の駅ナンバーを持ち、北陸本線がJR-A01、湖西線がJR-B08である。
このほか、当駅からは元・敦賀港駅へ通じる北陸本線貨物支線(通称「敦賀港線」)が分岐していた。この支線はJR貨物の第一種鉄道事業路線であったが、2009年3月いっぱいで貨物列車の設定がなくなり踏切の線路が埋められて、事実上休線となっていた。その後、2019年4月に正式に廃線となった(JR貨物は北陸本線の第二種鉄道事業免許を有している)。
なお、後述する北陸新幹線の当駅 - 金沢駅間開業後、北陸本線の経営分離によりJR西日本とハピラインふくいとの境界駅になる予定である。