玄旨帰命壇
円観と交流があった真言宗・小野流の文観が真言立川流を大成して、それが次第に蔓延するに及び、ついにその影響が天台の檀那流の一派である慧光房流に波及し、神聖であった玄旨帰命壇が淫祠的な傾向を帯びたともいわれる。ただし立川流の教義・儀式は、批判弾圧した側の文献記述によるもので疑問視されている(「彼の法」集団)。
のちに阿弥陀如来への浄土信仰も取り込まれ、本堂の壇上には阿弥陀仏の像を安置した、行者の呼吸の吸吐を阿弥陀の来迎浄土と感じ取り、そこに生死の根源を究めるとする。さらに日月の精気が父母和合のときの息風に乗り胎内に入ることに始まると説く。これらは初期には、いずれも生死の根源を観じて、悟りを得ようとするものであったが、南北朝時代以降、現実の世界や愛欲の煩悩を「煩悩即菩提」の立場から積極的に仏事として肯定し、交会(性交)の儀式を以って悟りを得ようと解釈する向きが強まった。このため真言立川流の影響が多大であったが、江戸時代、天台の霊空(後述)により、これを改めて、禁圧し、現在ではその正しい部分のみを発見しようという努力がされている。
1689年(元禄2年)に、安楽院の霊空が『闢邪篇』(へきじゃへん)を著して批判し、輪王寺宮に上書したことで、典籍が没収され焚書にあい、玄旨帰命壇はついに禁断とされ廃絶したといわれる。