湖西線
また、新快速を中心にJR京都線やJR神戸線と直通運転を行っており、特に南部を中心に沿線から京阪神方面への通勤・通学路線ともなっている。近江今津駅では西日本JRバスの若江線と接続しており、京阪神と小浜市を最速・最短で結ぶルートを形成している。
比良山地東麓から比良おろしと呼ばれる局地風が発生するため、ほぼ全線が高架で真横から風を受ける当路線は徐行運転や運休といった影響が発生する。そのためJR西日本は沿線山側に防風柵を設置するなど、強風対策を行っている。
北陸新幹線の敦賀駅以南(以西)は小浜市を経由して京都市内へ南下する「小浜・京都ルート」が与党内で正式決定されており、JR西日本は並行在来線として当線の経営分離を検討しているが、北陸新幹線は滋賀県内を経由しないため、恩恵がないまま負担をさせられる懸念から滋賀県および沿線自治体は反対している。当線が経営分離された場合、大都市近郊区間内で並行在来線が経営分離される初めてのケースとなる。
113系 湖西線開業時に半自動扉、前面タイフォンへのシャッター設置などの寒地対策をした113系700番台が登場した。以来、のちに草津線電化用に登場した2700番台ともに湖西・草津線用として湖西線電車の主力となっていた。6両貫通編成が在籍していた時期もあったが、後年は4両編成に揃えられ、4両編成または2編成つないだ8両編成で山科側から永原駅までの区間で運用されていた。また、他系列車両に合わせて先頭貫通扉・貫通幌の使用は中止していた。転属投入された223系6000番台や2500番台に置き換えられ、2023年4月1日に運用終了した。 117系 新快速としての登場時から湖西線で運用され、新快速が221系に置き換えられてからは普通列車として運用されていた。半自動扉などの寒地対策は当初から湖西線での運用を考慮したものである。大半は一部の座席をロングシートに改造した旧福知山線車であり、原型車および100番台を組み込んだ編成はわずかとなっていた。8両単独編成は2010年3月12日限りで定期運用が廃止され、その後は点検等で6両編成が不足した場合に臨時で運用入りしていた。2022年5月31日付で8両編成のT1編成が廃車となり、以後は6両編成のみの運用となっていたが、転属投入された223系6000番台や2500番台または221系に置き換えられ、2023年4月1日を最後に運用を終了した。
近江今津-近江塩津間を結んでいたキハ48(1987年)
113系
117系
本路線は、国鉄時代に制定された日本国有鉄道線路名称では山科駅が起点で、近江塩津駅を終点としていたが、1987年(昭和62)年4月1日からの国鉄分割民営化により、本路線をJR西日本が承継した際に近江塩津駅が起点、山科駅が終点と国鉄時代とは起点駅・終点駅が逆になった。これは、民営化当時の運輸省に提出された「事業基本計画」によるもので、そこには「近江塩津から山科まで」と記載されている。
ただし、前出の『データで見るJR西日本』やJR各社が公示している「JR線路名称公告」では山科駅が起点で、近江塩津駅が終点となっており、また鉄道趣味誌や書籍は、国鉄時代の表記に倣い湖西線を「山科〜近江塩津間」、「山科駅から近江塩津駅まで」などと記載しているため、役所の提出書類と一般向けの書籍などでは、起点駅・終点駅の表記が逆になっている現象が起きている。
鉄道路線の正式な区間や営業キロなどは、冒頭の『鉄道要覧』や前述の「事業基本計画」の記載を基にすれば、起点駅は近江塩津駅、終点駅は山科駅となる。
気動車 - 交直セクションをまたぐ近江今津駅 - 近江塩津駅 - 敦賀駅間では、湖西線開業時から1991年まで敦賀第一機関区(JR化後敦賀運転所・現在の敦賀地域鉄道部)に配置された気動車が北陸線敦賀駅 - 米原駅 - 彦根駅間の列車と共通運用で使用されていた。 キハ20 キハ26 キハ48
電車 153系 117系に置き換えられるまで新快速として使用されていた。 419系 475系 1991年の長浜駅までの直流化に合わせ近江今津駅 - 近江塩津駅 - 敦賀駅間の列車も電車化され、419系や475系が使用されていたが、2006年10月21日の改正以後これらの定期運用はなくなっている。 125系 敦賀駅までの直流化に合わせて増備され、近江今津駅 - 敦賀駅間で使用されたが、2009年3月改正からは湖西線に乗り入れる運用はない。 201系 JR京都線・神戸線・宝塚線に直通する普通(京阪神緩行線)で運用。321系電車に置き換えられるまで使用されていた。 205系 京阪神緩行線で運用。JR京都線から堅田駅までの乗り入れのみの運用であった。 207系・321系 京阪神緩行線で現在も運用している車両で、2016年3月25日まで湖西線に乗り入れていた。207系は2004年10月16日改正で近江今津駅で滞泊する運用ができたが、2006年3月18日改正で廃止された。運用見直しにより2015年3月14日改正時点では、西明石(土休日は新三田)発近江舞子行きの1本と、堅田発西明石行きの1本の運用となっていた。
山科駅 - 近江塩津駅間をまたぐ場合、米原駅経由の乗車であっても湖西線経由の営業キロで普通運賃・料金を計算する経路特定区間の特例がある。しかし定期券の場合はそれが適用されず、実際に乗車する経路の運賃が適用されるため、米原駅経由より割安な湖西線経由の定期券では米原駅経由で利用できない。
2012年3月まで定期列車として運行されていた急行「きたぐに」号は米原駅経由で運行されていたが、この区間をまたぐ場合は湖西線経由で料金を計算していた。前記の通り定期券には適用されなかったため、定期券と急行券を併用する場合は、定期券が米原経由、急行券が湖西線経由と金額の計算経路が異なっていた。