末木文美士
『古寺巡礼奈良10 新薬師寺 新版』淡交社、2011 - 他に中田定観(住職)が執筆
『日本をつくった名僧100人』平凡社、2012 - 編者代表・菅野博史らと共著
『岩波 仏教辞典』岩波書店、第二版2002、第三版2023 - 改訂版の編者代表
『岩波哲学・思想事典』岩波書店、1998、編集委員
『シリーズ大乗仏教』春秋社、2011-2014(全10巻)、編集委員、監修は高崎直道
『日本思想史講座』ぺりかん社、2012-2015(全5巻)、編集委員
『岩波講座 日本の思想』岩波書店、2013-2014(全8巻)、編集委員
『中世禅籍叢刊』臨川書店、2013-2019(全12巻・別巻1)、編集委員
『ブッダの変貌 交錯する近代仏教』林淳、吉永進一、大谷栄一共編著、法藏館<日文研叢書>、2014
『妙貞問答を読む ――ハビアンの仏教批判』法藏館、2014
『仏教の事典』下田正弘、堀内伸二共編著、朝倉書店、2014 - 第68回毎日出版文化賞受賞(企画部門)
『現代世界と日蓮 シリーズ日蓮5』上杉清文共編著、春秋社、2015
『比較思想から見た日本仏教』山喜房仏書林、2015、編者代表
『日本仏教を捉え直す』頼住光子共編著(放送大学教材)、2018
『仏教の歴史2 東アジア』「宗教の世界史4」山川出版社、2018
『近代日本宗教史』春秋社、2020-2021(全6巻)、編集委員
『死者と霊性 近代を問い直す』岩波新書、2021、※編著(中島隆博、若松英輔、安藤礼二、中島岳志との討議)
『日本仏教史 思想史としてのアプローチ』新潮社、1992/新潮文庫、1996。解説橋本治
『日本仏教思想史論考』大蔵出版、1993
『平安初期仏教思想の研究 安然の思想形成を中心として』春秋社、1995
『仏教-言葉の思想史』岩波書店、1996
『仏教思想』放送大学教材(日本放送出版協会)、1997、改訂版2001
『解体する言葉と世界-仏教からの挑戦』岩波書店、1998
『「碧巌録」を読む』岩波書店〈岩波セミナーブックス〉、1998/岩波現代文庫(改訂版)、2018
『鎌倉仏教形成論 思想史の立場から』法藏館、1998
『日蓮入門 現世を撃つ思想』ちくま新書、2000/ちくま学芸文庫(増補版)、2010。解説花野充道(「法華仏教研究」編集長)
『中世の神と仏』山川出版社<日本史リブレット>、2003
『明治思想家論 近代日本の思想・再考 I』トランスビュー、2004
『近代日本と仏教 近代日本の思想・再考 II』トランスビュー、2004
『仏教vs.倫理』ちくま新書、2006/『反・仏教学 仏教vs.倫理』ちくま学芸文庫(増補版)、2013
『日本宗教史』岩波新書、2006
『思想としての仏教入門』トランスビュー、2006
『日本仏教の可能性』春秋社、2006/新潮文庫、2011。解説若松英輔
『他者/死者/私 哲学と宗教のレッスン』岩波書店、2007
『鎌倉仏教展開論』トランスビュー、2008