九七式水中聴音機
各地の防備衛所に本機が配備されて実用されはじめるにつれて、原因不明の特殊な騒音が発生し、聴音が不可能になる事態が報告され大きな問題になった。この騒音は8月から9月の夜間の一定の時刻に連日発生し、音響が大きく受聴器(ヘッドホン)を机に置いたままでも明瞭に聞こえる程で、音の様子は「遠方の鉄橋を汽車が渡るような音」または「高速で走るディーゼルエンジン船のような音」、「グツグツと物を煮るような音」と言う特徴を持っていた。
最初にこの騒音が発生したのは1940年(昭和15年)の豊後水道の豊後大島衛所で、続いて1941年(昭和16年)に台湾高雄防備衛所、1942年(昭和17年)舞鶴若狭湾、博奕岬・成生岬の両衛所、さらに1943年(昭和18年)には沼津の江浦湾でも確認された。
海軍では1941年(昭和16年)から1944年(昭和19年)まで、騒音が確認された各地に研究員や実験艇等を派遣して調査や実験を行い、最終的に原因は波浪の大小、潮汐、気温、気圧および海水温度とは関係なく、イシモチなどの発音魚による魚鳴音、海流変異、または海水中の上昇流である可能性が最も高いと推定されたものの、確認されるまでには至らず「不知音(しらぬね)」として永久に謎となった。
アメリカ海軍の潜水艦は1944年から45年に掛けて日本の港湾などに侵入した際に、この不知音を隠れ蓑としてしばしば利用していたと言われており、本機にとっては大きな弱点となっていた。
また海底に沈める部分の重量が過大で取扱いに不便が多く、前進基地等で簡単に装備可能な物が要求されるようになった。