シノビガミ
忍者による日本政府の諜報機関。日本の国益を何よりも重視するため、留学生を積極的に受け入れる私立御斎学園を快く思っていない。比良坂流古神道が母体となっている。
下位流派 : 生きながら黄泉の国を行き来する巫女の常夜(とこよ)、素顔を隠した女性だけの戦闘集団の醜女衆(しこめしゅう)、政府内に設置された出先機関の公安隠密局。退魔編で毒遣いでVIPを影から操る、政府御用達の病院兼娼館である麝香(じゃこう)会総合病院が追加された。
プレイヤー : 田中天
御斎学園生徒会 / 男 / 20歳
伊賀の上忍三家の一つ・藤林氏の末裔。シノビガミに遭遇したため肉体の大部分を失い、秘伝書「萬川集海」によって、仮初の体を構成している。高校2年生を5回繰り返している。現生徒会副会長。
プレイヤー : 小町梨純
ハグレモノ / 女 / 16歳
片田舎の山の中で化け狐に育てられた少女。「友達をたくさん作る」ことを【使命】としている。
『シノビガミ・リプレイ戦(1) 事無草、咲く』 富士見書房〈富士見ドラゴンブック〉、2010年。ISBN 978-4829145906
『シノビガミ・リプレイ戦(2) 妖狐、中天に舞う』 富士見書房〈富士見ドラゴンブック〉、2011年。ISBN 978-4829146088
最後の戦闘を行うシーン。ここでは生命力が0になるまで脱落することはできない。また、0になった場合は死亡することもある(プレイヤーが選択可。死亡すると最期の行動ができる)。
プレイヤー : 速水螺旋人
比良坂機関 / 男 / 39歳
英国情報局秘密情報部MI6に所属する特殊工作員。騎士道精神溢れる紳士だが、少年愛者でもある。
忍者たちの流派は大きく6つに分かれており、忍者のPCはこのうちのいずれかに属することになる。2巻からはそれぞれの下位(または同盟)流派が追加され、選択肢が増えた。