英西戦争 (1585年-1604年)
総督就任を認めず、「私によって引き立てられ、誰よりも寵愛した男が、命令に背いて私の名誉を汚した」とレスター伯を激しく非難したエリザベスの「命令」(commandment)は、レスター伯が臨席するスターテン・ヘネラールで彼女の使者によって読み上げられた。この公の場での女王の総代官に与えられた恥辱と、彼女がスペインと秘密交渉を続けていたことにより、オランダにおける彼の立場を取り返しがつかないほどに弱めてしまった。
軍事行動は、エリザベスが飢えた兵士へ約束していた資金送付を繰り返し拒否したことにより、ひどく妨げられた。イングランド軍と反乱軍は劣勢に陥り、ネーデルランド諸都市が次々とスペイン軍の手に落ちた。戦争への彼女のやる気のなさとレスター伯自身の軍事的・政治的指導力の不足、そしてオランダ政治の党派分裂と混乱した状況が、戦役の失敗の原因であった。結局、レスター伯は1587年11月に召喚され、ジョン・ノリス (en) と交代した。
1586年、西インド諸島へ航海したドレークは、サントドミンゴ、カルタヘナそしてフロリダのセントオーガスティンなどを襲撃掠奪した。
1587年2月8日に前スコットランド女王メアリーが処刑された。この事件はカトリックを憤慨させ、そしてメアリーのイングランド王位請求権は(彼女自身の意思により)フェリペ2世に委ねられた。メアリー処刑の報復のためにフェリペは、イングランド征服と、その王位にカトリック王家を就けることを誓った。フェリペ2世はイングランド侵攻を計画したが、4月19日にドレークの艦隊がカディス港を襲撃して、スペイン船5隻を焼き、30隻を鹵獲したため妨げられてしまう。この事件は「スペイン王の髭焦がし」 (Singeing the King of Spain's Beard) と呼ばれる。
7月29日、フェリペは教皇からエリザベスを打倒し(エリザベスは教皇ピウス5世によって破門されている)、彼が選ぶ者をイングランド王位に就ける許可を受けた。教皇シクストゥス5世は、この事業の財源として十字軍税の徴収を認めている。シクストゥス5世は、スペイン軍がイングランド本土に到着した際の更なる特別補助金も約束した。
フェリペ2世はイングランド侵攻のために約130隻の船(ガレオン船65隻、補給船54隻、ガレー船8隻)、8,000の兵士そして18,000の水夫を集めた。
宗教戦争(ユグノー戦争)の最中にあったフランスでは、1589年8月にアンリ3世が暗殺されてヴァロワ朝が断絶し、プロテスタント陣営の盟主であったナバラ王アンリが王位を継承した(アンリ4世)。スペインの支援を受けたカトリック同盟はこれに強く反対しており、エリザベスはアンリ4世を支援すべくウィラビー男爵 (en) 率いる兵4,000をフランスへ派遣した。
スペインは大規模なテルシオをブルターニュに上陸させてイングランド軍を駆逐した(英仏軍はブレストは辛うじて保持している)。ノルマンディーが新たな戦線となり、そして海峡を越える侵攻のもうひとつの拠点となった。1596年にスペインがカレーを奪取したため、エリザベスは更に兵2,000をフランスへ送った。戦闘は1598年まで続き、この年にフランスとスペインはヴェルヴァン条約 (en) を締結し、ユグノー戦争とスペインの介入は終わった。
イングランドは1597年のアゾレス諸島への遠征 (en) で更なる敗北を喫している。スペインはダンケルク私掠船(Dunkirkers (en) :スペインに雇われた海賊)を用いて、英蘭船舶の損害を増大させ、更なる打撃を与えた。