商船三井フェリー
2006年(平成18年) 10月17日 -【F】大洗〜苫小牧航路の東日本フェリーとの共同運航解消と運航一本化を合意。 12月15日 -【F】高速バスとフェリーのセット割引切符「パシフィック・ストーリー」の発売を開始。
2007年(平成19年) 1月2日 -【F】東日本フェリーが大洗〜苫小牧航路より撤退し単独運航となり、運航船舶が旧東日本フェリー船で統一される。 夕方便「へすていあ」が商船三井フェリーへ移管。 深夜便の「さんふらわあ みと」「さんふらわあ つくば」を東日本フェリーの「ニューれいんぼうべる」「ニューれいんぼうらぶ」と交換。 深夜便のレストラン営業を終了、自販機のみによる供食とする。 1月30日 -【F】「へすていあ」を「さんふらわあ ふらの」(初代)に改名。 3月6日 -【F】「ニューれいんぼうべる」を「さんふらわあ しれとこ」に改名。 3月21日 -【F】「ニューれいんぼうらぶ」を「さんふらわあ だいせつ」に改名、旧東日本フェリー船のさんふらわあ船名への統一を完了。 3月31日 -【C】東京〜苫小牧航路を廃止。 4月1日 【F】スイートルームを除く船室等級の呼称を変更。(二等「エコノミールーム」、二等寝台「カジュアルルーム」、一等「スタンダードルーム」、特等「デラックスルーム」) 親会社・商船三井のロゴ変更に合わせ社名ロゴを現行の「MOL商船三井フェリー」に変更。 6月1日 -【C】九州急行フェリーを合併、追浜 - 苅田航路を継承。
2010年(平成22年) 4月1日 -【F】カジュアルルームにレディースルームを設置。
いずれもRO-RO船で運航。
九州(博多)航路(NX海運と共同運航) 東京火・木・土曜発:東京→御前崎→博多→大分→東京 東京月・水・金曜発:東京→博多→岩国(博多月曜・金曜発上りのみ)→松山(博多水曜発上りのみ)→東京
九州(苅田)航路:東京港 - 苅田港 - 宇野港(土曜発上りのみ) - 坂出港(土曜発上りのみ)