本斗郡
大政奉還後の慶応4年(1868年)4月12日、箱館裁判所(閏4月24日に箱館府と改称)の管轄となり、同年6月末、岡本監輔、シラヌシ(自主)に給事・鈴木恕輔を派遣し、王政復古を布告して箱館府公議所(裁判所)の出張所を設けた。明治2年(1869年)北蝦夷地を樺太州(国)と改称、開拓使直轄領となった。明治3年(1870年)開拓使から分離した樺太開拓使領となったが、明治4年(1871年)樺太開拓使再統合により開拓使直轄領に戻り8月29日廃藩置県。このころ行われた文明開化期の事象としては、神仏分離令、壬申戸籍編製、散髪脱刀令、平民苗字必称義務令公布などが挙げられる。アイヌは百姓身分だったため、平民となった。明治8年(1875年)、樺太千島交換条約によりロシア領とされ、同条約第六款において、オホーツク海及びカムチャツカ半島周辺で日本人の漁業権が認められており、露領時代は西能登呂岬より久春内まで、西海岸漁区の範囲に含まれた。しかし、漁場経営が困難となった栖原屋が樺太から撤退、漁場労働などで生計を立てていたアイヌたちが日本国籍を選択し、ショウニとシラヌシから北海道へ移住した。残ったアイヌも生活手段を失い困窮したという。
アイヌたちは交易のため大陸から来航する山丹人に対し莫大な借財を負い、働き手の成人アイヌが借財のかたに連れ去られるなど、山丹人との間に軋轢が生じており、公議御料となった際発覚し問題となった。このため、白主に山靼(さんたん)交易会所(運上屋)を置き、松田伝十郎の改革 により山丹交易は幕府直営とし、幕吏立会いのもと白主会所のみで行われることとなった。このとき、山丹人からの借財に喘ぐ蝦夷(アイヌ)の救済措置として、支払えない負債を幕府が立替え救済している。また、借財のかたに山丹人に大陸へ連行されたアイヌが、後に山丹船で白主の会所に姿を見せることもあったという。
山丹交易改革以降、山丹人やスメレンクル夷たちとの交易は会所で儀式を行い取引、いわゆる幕府に対する朝貢形式でおこなわれ、その際小使などの役職に任命(冊封)されている。同時に、樺太北東部(敷香郡以北)に住むヲロッコやニクブンとのオロッコ交易も、白主会所でおこなわれるようになった。
当時、唐子(骨嵬)と呼ばれたアイヌと吉里迷(ギレミ、吉烈滅)の間にワシ羽などの産品の確保をめぐり軋轢が生じた。吉里迷は蒙古(モンゴル人の建てた王朝)に援軍を要請し、モンゴルの樺太侵攻を招いた(吉里迷・蒙古と唐子エゾ陣営の戦いも参照)。蒙古は1264年から1308年の間、半世紀近くの間に数千人、万人単位の兵や船1000艘など大規模なものだけでも複数回(二桁)にわたり派遣している(『元史』、『元文類』巻四十一)。
しかし、当時のアイヌの人口は少なく、兵力に割ける人数は多くて数百人とされ、武器の材料となる鉄や食料なども和人社会から供給を受けていた。また、さらに人口の少ない北樺太の住人のニヴフの一部やオロッコを加えても、蒙古の兵力に遠く及ばず対抗するのが極めて難しいことは想像に難くない。ただ、当時、安藤水軍を擁し北海道や樺太周辺で活動し組織的に蒙古に対抗しうる勢力であった安東氏 も、ワシ羽などの産品の確保の点で唐子エゾと利害が一致し、その後ろ盾になっていたことが推察される。安東氏の連携や支援を受け、唐子エゾは半世紀近く戦い続けたとみられる。唐子エゾ陣営と蒙古はほぼ互角に戦い、『元文類』巻四十一には、骨嵬(唐子エゾ)陣営が黒龍江流域に攻め込んだ記録が見える。このとき、南からの支援や援軍を監視・妨害する目的で蒙古が「果夥(クオフオ)」城を築造したとされており、この白主土城に比定する説もある。