IRTレキシントン・アベニュー線
42丁目で、メトロノース鉄道のグランド・セントラル駅にあるパーク・アベニュートンネルのために、レキシントン・アベニュー線は少し東側のレキシントン・アベニューへとずれる。グランド・セントラル-42丁目駅は、パーク・アベニューからレキシントン・アベニューにかけて斜めに位置している。グランド・セントラル駅のすぐ南側では、単線非営業の連絡線が42丁目シャトルとレキシントン・アベニュー線の南行緩行線をつないでおり、これはIRTが最初に建設した地下鉄路線の一部である。
レキシントン街の下を、緩行線が上層、急行線が下層の2層構造で北へ続き、96丁目駅北側から116丁目駅南側の間では再び複々線が平面に並ぶ。125丁目駅では再び2層構造となるが、ここでは上層が北行、下層が南行となる。これはレキシントン・アベニューの幅が狭く、複々線を平面に並べることができないためである。
ここより北で路線は複々線のレキシントン・アベニュー・トンネルでハーレム川をくぐってブロンクス区に入り、西側の2本の線路が4系統・5系統のIRTジェローム・アベニュー線となり、東側の2本の線路が6系統のIRTペラム線となる。
最初のIRTの路線(英語版)は、1900年に着工された。1902年に建設中に爆発事故が発生し、路線の上にある建物に大きな被害が出た。レキシントン・アベニュー線のうち、シティ・ホール駅から42丁目のすぐ南側までの区間は、このIRT最初の路線の一部で、1904年10月27日に開通した。1905年1月16日の深夜0時1分には、フルトン・ストリート駅までの0.3マイル(約0.48キロメートル)の延長が完成した。この時点では、北行のプラットホームのみが供用された。さらに次のウォール・ストリート駅と、フルトン・ストリート駅の南行プラットホームは、ともに1905年6月12日に開業した。
サウス・フェリー駅までの延長工事が完成して最初の営業列車がサウス・フェリー駅を発車したのは1905年7月9日23時59分のことで、IRTホワイト・プレーンズ・ロード線のウェスト・ファームズへの延長はこのすぐ後であった。ジョレールモン・ストリート・トンネルを抜けて最初の列車がブルックリンに入ったのは1908年1月9日の深夜12時45分頃であった。