長鎖散在反復配列
LINE は、標的プライム逆転写 (TPRT) と呼ばれる機構により伝播する。この機構は、カイコにおける R2 RNA要素(英語版)について初めて記載された。
ORF2(および存在する場合はORF1)タンパク質は、それらをコードするmRNAと主にcis会合し、おそらく2つのORF2と未知の個数のORF1トライマーからなるリボ核タンパク質 (RNP) 複合体を形成する。複合体は核に戻され、そこでORF2のエンドヌクレアーゼドメインにより(哺乳類ではTTAAAAヘキサヌクレオチドモチーフにおいて)DNAが開裂する。そして3′OHグループが逆転写酵素に対して開放され、LINE RNA転写物の逆転写開始が可能となる。逆転写後、標的鎖が切断され、新しく作成されたcDNAが組み込まれる。
新たな挿入により短い標的部位重複が形成される。また、新たな挿入配列の大部分は5′が大幅に(ヒトにおける平均挿入サイズは 900bp)切り詰められ、しばしば逆転している(Szak et al., 2002)。5′UTRを欠くため、新しい挿入配列のほとんどは機能しない。