将棋ソフト不正使用疑惑騒動
翌10月11日、日本将棋連盟はスマートフォンなどによる不正の疑いがあるとして、常務会において三浦に説明を求めた。この常務会において三浦は、「離席については体調が芳しくなかった」こと等の理由を説明した。
また、「自らが指した手が技巧が示す指し手と一致していたとしても、自らが指した手はプロ棋士なら自力で考えることができる手であり、一致率等はソフト指しの不正を行った根拠にはならない」旨の説明をし疑惑を否定し、実際には存在しない久保戦の30分間の離席について問われ「体調が悪かったので守衛室で休んでいた」と答えた。
通常、棋士が対局中に守衛室に行くことは稀であるため、この説明がかえって理事らの疑惑を招くことになったが、後の第三者委員会では、実際には存在しなかった30分の離席について問われ三浦が勘違いしたものと考えるのが合理的だとされている。
多数による追及的な雰囲気の中、三浦は「このような状況では対局できない」と調査を前提とした休場の意向を表明。その後三浦は自らPCおよび、スマートフォンのアプリを撮影した画像を自主的に提出。休場届の提出可否については、翌日の2016年10月12日に三浦棋士代理人と直接会って話し合った後に決めたい旨を伝えた。
その後三浦は、休場届を提出しない意向を連盟側に通達したが、期限とした翌12日15時までに休場届が提出されなかったという理由により12月31日までの公式戦出場停止処分にされた。この出場停止処分により、第29期竜王戦七番勝負に出場できなくなっただけでなく、第58期王位戦の予選において不戦敗となり、第10回朝日杯将棋オープン戦にも参加できなかった。また、連盟は10月13日に、聴取を尽くしたとして、今後追加で調査する考えがないことを明らかにした。