海上自衛隊のC4Iシステム
その後、08中防において、従来のSFシステムを基幹としてこれらの指揮管制支援システムを統合して、総合的なC4Iシステムが開発されることになった。これが海上作戦部隊指揮管制支援システム(MOFシステム)であり、1999年3月1日より運用を開始した。その後、2002年から2006年にかけて再構築が行われており、これに応じて名称も海上作戦部隊指揮統制支援システムに変更された(英名・略称には変更無し)。また平成26年(2014年)度末には海上自衛隊指揮統制・共通基盤システム(Maritime Self Defense Force Command, Control and Common Service Foundation System:MARSシステム)に発展しており、各艦の端末としては洋上ターミナル(Mobile MARS terminal:MMT)が配される。これは海上自衛隊のみならず、他自衛隊や海上保安庁などの各種情報をネットワークを介して統合・共有する機能を備えている。
自衛艦隊司令部がある海上作戦センター
方面部隊センターの一つがある横須賀地方隊
海上自衛隊は、こんごう型(63DDG)の搭載システムとしてイージスシステムを選定したが、その戦術情報処理装置 (C&D, WCS)はアメリカより完成品を輸入する形となった。またむらさめ型(03DD)のOYQ-9もイージスシステムに範をとったシステム構成となっており、全武器システムとのデジタル連接化が実現した。ハードウェア的にも、UYK-7の後継としてAN/UYK-43、UYK-20の後継としてUYK-44が採用され、さらに、ワークステーションもOJ-663/UYQ-21に更新された。また戦闘指揮所には、イージス・ディスプレイ・システム(ADS Mk.2)に類似した大画面液晶ディスプレイ(LCD)2面構成の情報表示プロジェクタが設置され、戦術情報の表示を効率化している。
さらに、たかなみ型4番艦(12DD)搭載のOYQ-9D型では、イージスシステムのベースライン7と同じくAN/UYQ-70による分散処理が導入され、5番艦(13DD)搭載のOYQ-9E型ではリンク 16に対応した。
海上自衛隊の業務系システムは、海自造修整備補給システムとして統合されている。これらはいずれも、防衛情報通信基盤(DII)を通信システムとして利用する 。
従来、海上自衛隊の後方支援体制は、補給本部・艦船補給処・航空補給処の3つの需給統制機関を中心として運営されており、業務系システムとしては、下記の3系列のシステムが独立して運用されていた。