グループIIイントロン
グループIIイントロン(英: group II intron)は、自己触媒型リボザイムのグループの1つである。特定の遺伝子内にみられる可動性遺伝因子であり、生命の全てのドメインに存在している。リボザイム活性(自己スプライシングなど)はin vitroでは高塩濃度条件下で生じるものの、in vivoでのスプライシングにはタンパク質の補助が必要である。グループIイントロン(英語版)とは対照的に、イントロンの切除はGTPの非存在下で生じ、核内でのpre-mRNAのスプライシング時のもの非常によく似た、アデニン残基を分岐点とするラリアット(投げ縄)構造が形成される。スプライソソームによるpre-mRNAのスプライシングはグループIIイントロンから進化したものである可能性があり、触媒機構に加え、グループIIイントロンのドメインVとU6/U2 snRNAとの間にも構造的類似性がみられる。また、グループIIイントロンはDNAへ部位特異的に挿入を行う能力を持ち、バイオテクノロジーにおけるツールとしても利用されている。一例として、グループIIイントロンをゲノムに部位特異的に組み込まれるよう改変を行い、レポーター遺伝子やlox部位の挿入に利用することができる。
グループIIイントロンの二次構造は6つの典型的なステムループ構造で特徴づけられ、ドメインIからVI(DI–DVIまたはD1–D6)と呼ばれている。中心部のコアから各ドメインが放射状に延び、このコアによって5'側と3'側のスプライスジャンクションは近接している。各ドメインの基部のらせん構造は中心コアの数ヌクレオチド(リンカーもしくは joiner sequenceと呼ばれる)で連結されている。ドメインIのサイズは非常に大きいため、さらにサブドメインaからdへ分けられる。グループIIイントロンは配列の差異によりサブグループIIA、IIB、IICへと分類され、ドメインIのcoordination loopなどの構造エレメントがIIBとIICのイントロンには存在するが、IIAには存在しないといった差異がみられる。グループIIイントロン全体は非常に複雑な三次構造を形成している。
グループIIイントロンには保存されたヌクレオチドはごくわずかしか存在せず、触媒機能に重要なヌクレオチドはイントロン構造全体に散らばっている。配列が厳密に保存されているわずかな例としては、5'、3'スプライス部位のコンセンサス配列(...↓GUGYG...と...AY↓...