周防国分寺
鎌倉時代初頭には周防国は造東大寺料国となり、重源が周防国に下向して阿弥陀寺の所領確保とともに松崎天満宮(防府天満宮)・玉祖神社の造替を行っていることから、周防国分寺にも庇護が加えられたと見られる。正応4年(1291年)には、幕府は周防・長門国の守護の北条実政に、一宮・国分寺に異国降伏の祈祷をさせるよう命じている。
鎌倉時代後期には、長門国分寺と同様に西大寺に寄進されて末寺となった。そして鎌倉時代末期の正中2年(1325年)には、周防国目代の覚恵により周防国分二寺が復興されている。
南北朝時代、後醍醐天皇の建武の新政では諸国一宮・二宮・国分寺の興行が企てられ、周防国分寺は後醍醐天皇第二皇子の恒良親王の立太子式の費用の一部を献上したことから諸国国分寺の首座に置かれたという。
室町時代には、東大寺支配下の国衙および本寺の西大寺、また守護大内氏からの庇護を受けた。応永24年(1417年)には伽藍が全焼したが、4年後の応永28年(1421年)にはすでに大内盛見により再建されている。またこの頃に現在の本尊の薬師如来坐像も制作されたと推測される。応仁の乱後に東大寺・西大寺の影響力が低下したのちは、大内氏に庇護を求めるとともに軍陣安泰の祈祷を行い、大内義隆の時には国分寺領として周防国・長門国の756石余が与えられている。そして周防国の領主が大内氏から毛利氏に代わると、毛利氏の庇護を受けた。