天社土御門神道
そのような中、二代将軍 徳川秀忠の娘 徳川和子の入内前に後水尾天皇がすでに四辻公遠の娘·於与津との間に皇子 賀茂宮がおり、於与津がさらに皇女を懐妊していた事が発覚する。これに激怒した秀忠は直ちに京都所司代 板倉勝重と武家伝奏 広橋兼勝を通して朝廷を探索し、「監督不行届」および、公家の不行状(怠慢)を摘発するに及んだ(「およつ御寮人事件」「万里小路事件」)。土御門久脩は職務怠慢をとがめられ、出仕停止の厳罰を受けている。
土御門泰重は陰陽家としての活躍は芳しくなかったが、後陽成上皇および後水尾天皇の近臣として朝廷に仕えており、日記『泰重卿記』は江戸時代初期(家康·秀忠期)における幕府と朝廷との関わりを知る貴重な資料となっている。後水尾天皇が幕府の態度に不満を持ち、突如退位を表明し、女一宮興子内親王(即位して明正天皇)に譲位を強行した際は武家伝奏 中院通村と共に京都所司代 板倉重宗から糾問されている。
泰重の後、土御門家は泰広、隆俊と短い間に二代の当主が替わったが(隆俊が土御門家当主になったかは不明瞭)、その間の陰陽頭職は幸徳井家が継いでおり、土御門家にとっては不遇の時代となった。同時に、土御門家にとって陰陽頭職の奪還が悲願となる。そして同時に、吉田神道の「神祇管領長上」を模範とする陰陽師の統括職を意識し始めていった。
その結果、秀次は突如として出奔した上、自害してしまう(いわゆる秀次事件)。この事件については近年、秀吉による秀次排除策ではなく、秀次による秀吉への抗議の自害であったという説もあるが、いずれにせよ秀吉は事態を収集すべく秀次の一族近臣を悉く処刑し、さらに秀次に近かった公家達をも処罰に及んだ。時の土御門家当主であった土御門久脩もその中におり、久脩は出仕停止の上、闕所される。そして「秀頼呪詛の疑惑」の咎で尾張国に配流となった。『風俗見聞録』によれば、秀吉は「(陰陽道は)国家を犯す道なり、治平の世には不益の物也と兼ねて思い来たれり」と発言したと記されている。
ただし久脩の配流以前、秀吉は京中の陰陽師(唱門師、声聞師)131名を「荒地開墾のため」として、やはり尾張や三河などに強制移住(実質的"追放")させた上、京の環境整備の一環として、安倍晴明の墓所があった五条中嶋法城寺を始めとする、晴明ゆかりの地や陰陽師の参集地を悉く破却におよんでいる。この事から、秀次事件の有無に関わらず秀吉は陰陽師に対して一種の不信感を抱いており、好機を狙って陰陽師を一掃したのではないかとも考えられる(通称「陰陽師狩り」)。しかし、京 方広寺大仏殿の建立作業開始日について、勘解由小路在昌に日時勘申をさせており、慣例として陰陽師に日次を問う事はしている。
「陰陽師狩り」の一件の後、老齢の秀吉は朝鮮侵攻や自らの衰えが専らの課題になり、追放された側の土御門久脩は尾張から若狭 名田庄の領地を往来していたとされている。いずれにせよ、東海地方に安倍晴明伝説が多数見られる事、三河萬歳をはじめとした諸芸能が、後に土御門家配下となる素地はこの時に出来たと言えよう(唱門師の芸能者化としての萬歳、傀儡など、諸々の"門付け芸"や"予祝芸"の始まり)。