核酸
構造安定エネルギーという。上で示した通り、螺旋構造の安定性はG/C含量に依存することを述べたが、実はそれだけでなく、スタッキング相互作用も関与している。水素結合は螺旋の軸に垂直に、スタッキング相互作用はほぼ平行に形成されるため、両者の、安定性への寄与を分けて考えることが可能である。 Δ G 37 ∘ {\displaystyle \Delta G_{37}^{\circ }} は37度における構造形成の自由エネルギーを意味し、 − Δ G 37 ∘ {\displaystyle -\Delta G_{37}^{\circ }} は水素結合とスタッキング相互作用の両者の寄与から予想された、安定性の指標の一つである。
この指標はI. Tinocoらが1971年に最塩基対モデルとして提案され、このモデルは「核酸の塩基対形成に関して最も影響を与えるのは既に生成している隣の塩基対である」という考えを基本にしている。