苗穂運転所
基本番台は2017年3月4日以降、特急「宗谷」「サロベツ」で使用される。
札幌方にSE-100編成、稚内方にSE-200編成を連結した4両編成で運転される。SE-104編成以外は第三セクター「北海道高速鉄道開発」所有車で、JR北海道がリースを受ける使用形態である。
2020年度にキハ261形5000番台10両が製造され、2020年7月29日付でST-5101・5201編成の5両編成(「はまなす」編成)、2021年2月12日付でST-5201・5202編成の5両編成(「ラベンダー」編成)が新製された。このうち「ラベンダー」編成は、2021年10月1日付で「北海道高速鉄道開発」へ譲渡されている。
キハ283系気動車(25両)
キハ283形11両(11 - 21)、キハ282形14両(4 - 8・108 - 111・2005 - 2009)の計25両が配置されている。2022年2月 - 3月にかけて全所属車両が釧路運輸車両所より転属された。
2023年3月18日以降、特急「オホーツク」「大雪」で使用される。
キハ40形気動車(11両)
300番台の4両 (301 - 304) 、330番台の2両(331・336)、1700番台の5両(1701・1790・1816・1818・1821)の計11両が配置されている。
1700番台は函館本線の普通ワンマン列車で使用される。
300・330番台は札沼線用として用いられたが、札沼線桑園 - 北海道医療大学間の全面電化開業以降定期運用を持っていない。