メナキノン
メナキノンはプレニル側鎖の長さによってメナキノン-4、メナキノン-7の様に区別される。この数字は側鎖を構成するイソプレン単位の数を表しており、それぞれMK-4、MK-7のように略記する。原核生物が呼吸に用いるメナキノンは通常MK-6からMK-10の範囲であるが、MK-14までが知られている。一方、多細胞動物は食餌から摂取したビタミンKを体内でMK-4に変換して用いている。
通常プレニル側鎖は全て不飽和であるが、生物によって部分的もしくは完全に飽和した側鎖を持つものがある。特に1ヶ所飽和したものをジヒドロメナキノンと呼ぶ。またプレニル側鎖の二重結合は通常全てがトランス型であるが、シス型の異性体を持つ生物も知られている。珍しい例としては側鎖にカルボニル基を含むクロロビウムキノンが挙げられる。
またナフトキノン骨格に修飾を受けた化合物を利用する生物も知られている。
メチルメナキノン(methylmenaquinone; MMK)
デメチルメナキノン(demethylmenaquinone; DMK)
ジメチルメナキノン(dimethylmenaquinone; DMMK)
メチオナキノン(methionaquinone; MTQ)