田中芳男
1838年(天保9年)8月9日、信濃国伊那郡飯田城下の中荒町(現在の長野県飯田市中央通り)に旗本千村氏の典医を務める医師田中隆三(号:如水)の三男として生まれた。隆三は1834年に長崎に留学して蘭学を修めており、医学のみならず本草学、舎密学(化学)などにも関心が深く、芳男もその影響を強く受けることになった。また、隆三は芳男に漢学を身に着けさせ、特に「人の人たる道は、この世に生まれたからには自分相応の事をして世用を為さねばならない」と教え諭した。兄が病死したため、家督と医業を継ぐことになった。
1856年(安政3年)秋、名古屋に出て尾張藩御典医で博物学者としても著名であった伊藤圭介の門下に入り、千村五郎・柳河春三らと共に書生として種痘などの西洋医学を身に着けたほか、博物学や本草学を学んだ。しかし、1858年には故郷の飯田に帰った。ただ、自宅で本草学や博物学の研究を行ったり、時には名古屋に出て伊藤圭介のもとで学問をしていたという。
妻ゑいは佐藤泰然の甥の長女で、泰然の次女きはの養女。養家の姉妹の夫に、判事の三沢元衛(今村信行の実弟)、医師の緒方惟準(緒方洪庵次男)、箕作麟祥がいる。
三女ふゆの夫・井村大吉(1873年三重県生まれ、東京帝国大学法科大学英法科卒)は、台北庁長、台湾総督府参事官などを務めた。
弟(田中隆三の六男)の田中義廉(1841年 - 1879年)は芳男と共に伊藤圭介に入門したが、1872年文部省に移り、学制発布後の教科書編纂に従事した。