津藩
そのため、倹約令を出して俸禄の借り上げを行ったが、その後も天明の大飢饉、天保の大飢饉、甲州の諸川の手伝い普請などから、遂に財政は破綻寸前となった。しかし名君で有名な第12代藩主・藤堂高兌の藩政改革により、藩財政は再建された。しかし高兌の死後(高兌は本家の藩主となっていた)、再び久居藩は財政が悪化し、第15代藩主・藤堂高聴は新田開発や雲出川の治水工事に取り組むことで藩政を再建しようとした。この改革は成功し、再び久居藩は再建された。
幕末期は本家の津藩と共に天誅組討伐に参加した。明治2年(1869年)、第16代藩主・藤堂高邦は版籍奉還により知藩事となる。明治4年(1871年)の廃藩置県で久居藩は廃藩となって久居県、安濃津県、翌年には三重県に編入された。久居藩領の一志郡は久居県を経て度会県となり、明治9年(1876年)には三重県に編入されることとなった。
歴代藩主の多くは若死、もしくは本家の津藩を継承した者が多い。