草津線
キハ17形・16形 キハ20形・キハ52形100番台 - 信楽線乗り入れ用 キハ30・キハ35・キハ36形 キハ53形0番台 - 信楽線乗り入れ用 キハ40形2000番台・キハ47形0番台・1000番台
電車 113系(吹田総合車両所京都支所所属) 草津線の主力電車として湖西線開業・草津線電化時に投入された700・2700番台が中心に使用されていた。原型の湘南色が主流だったが、車体更新後、晩年は京都・北近畿地区地域統一色となっていた。ラッピング車両「SHINOBI-TRAIN」(忍びトレイン)が2017年2月から運行されていたが2021年6月を以て運行を終了した。4両編成のほか、朝夕には4両2編成連結の8両編成も見られた。2023年4月1日夜の柘植発草津行き5391Mを最後に草津線での運用を終了した。 117系(吹田総合車両所京都支所所属) 新快速の運用離脱後に草津線で運用開始。福知山線用に一部ロングシート改造した6両編成のS編成が主に使用されていた。 2023年4月1日朝の柘植発京都行き5335Mを最後に草津線での運用を終了した。
113系
117系
蒸気機関車 D51形 草津線で使用されていた車両が稲荷公園(栗東市手原)、余野公園(伊賀市柘植町)にそれぞれ静態保存されている。甲西駅前にも静態保存されていたが、2008年にヤマザキマザックに譲渡され、同社の美濃加茂製作所で保存されていた。その後、2019年に(同社が運営する)ヤマザキマザック工作機械博物館へ移設された。 C57形 C58形 信楽線で運用する関係で、草津線でも見ることができた。 C51形 姫路駅 - 鳥羽駅間の快速列車を牽引していた。
ディーゼル機関車 DD51形 東海道本線・関西本線直通の客車列車や貨物列車を牽引していた。
客車 - いずれも、東海道本線・関西本線直通の列車に用いられた。 オハ35・オハフ33形 1980年電化時の50系投入以前は亀山客貨車区のオハフ33トップナンバーが時折、運用されていた。 オハ61・オハフ61形近郊改造1500番台 オハ41形350番台・オハ46・オハ47・スハフ42・オハフ45形 ナハ10・ナハフ10形 オハ50・オハフ50形
気動車 キハ58・キハ28・キロ28形 - 急行「くまの」「志摩」「平安」に用いられた。