シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
地中に潜むブラックアームズの生物。巨大ミミズのような姿をしており、どんな地面でも潜る事が可能。口から追尾機能を持つ小型ワームを放ってくる。
謎の軍団「ブラックアームズ」を率いる首領。なぜかシャドウの事を知っており、彼にカオスエメラルドを探し出すように指示を下す。ヒーローサイドではラスボスとなる。「ラストストーリー」では最終的に翼を持った巨大な怪物の姿「デビルドゥーム」となり、スーパー化したシャドウとの決戦に挑む。
実はボスとして登場するこのブラックドゥームはエネルギー体であり、倒してもブラックドゥームの本体は無傷である。
登場するステージと各ステージのミッション内容を記述する。()内はそのミッションをサポートするミッションキャラクター。
ブラックホークを改良して生み出された翼竜。ブラックホーク同様中には弱らせると心変わりし、背中に乗せてくれる者もいて、背中に乗った際には、口から追尾機能を持つ小型ワームを放つ攻撃ができる。また、あるステージではアークを侵略する際にブラックドゥームがシャドウにこれを用意している。
GUNトゥルーパーのエリート仕様。火気の変更はないが、ローラダッシュの最高速度と耐久力が倍近くある。
シャドウをモデルに作られたアンドロイドで、追尾ミサイルやホーミングアタックで攻撃してくる。ストーリールートによっては、このアンドロイドの存在によってシャドウが自分自身もアンドロイドの一体と思い込む。
ブラックアームズによって無惨な姿になってしまった都市。多数の車やバイクがある。 ヒーロー(ソニック)・・・ブラックアームズのタンクを破壊する。シールドを破壊しなければ、本体へダメージを与えられない。なお、ステージの最後まで行き着くとミッション失敗となる(ただし1ミスにはならず、ダークミッションへ移行して続行する)。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・ゴールリングを目指す。
キルワームを改良して生み出された生物。ブラック彗星の最終防衛ラインを守っている。キルワームより強力な攻撃を放ってくる。