モンゴルの高麗侵攻
その後、高麗王室と元皇室や元の貴人は互いに姻戚を結び、4代の高麗王は元朝宮廷において最高ランクの金印獣紐を授けられる諸王・駙馬のひとつ「駙馬高麗王」の地位を得る。元宗の子の忠烈王(在位1274年 - 1298年、復位1298年 - 1308年)にクビライの皇女クトゥルク=ケルミシュ公主(斉国大長公主 忽都魯堅迷失)が下嫁した。
第1・2次の征東行省において高麗国王は次官(長官は右丞相の阿剌罕、阿塔海ら)となった、第3次では無官となるが忠烈王の復位した際に再び左丞相に任じられた。恭愍王(在位1351年 - 1374年)に至るまで約80年間、歴代国王は世子の時期にモンゴル宮廷に人質(トルカク)として赴き、ケシクなどのモンゴル宮廷での歴代モンゴル皇帝近辺での職務に従事し、これによってモンゴル名を与えられ、またモンゴル貴人の娘を娶り、前王が逝去した後に帰国し、高麗王に就くのが慣例となる。
しかし同1232年、崔瑀はモンゴルが残したダルガチ72人を全員殺害した。さらに国王高宗と開京の民を引き連れて、京畿道沖にある江華島に朝廷を移し、モンゴルの脅威に備えて防備を固めた。モンゴル軍は陸戦には長けているが、海戦には不向きと判断したためである。崔瑀は国内の船を総動員して兵や軍事物資を江華島へ運搬した。また平民にも城や山砦、沖合の島などへの移動命令が出されたが、実現不可能な空文に過ぎなかった。江華島には強固な砦が築かれ、対岸の半島本土側にも小規模な城壁が施され、文殊山(ムンスサン、慶尚北道)には二重壁が建設された。この結果、農村の休耕や国土の荒廃を招くことになる。
しかし江華島からの退去に従わない武人は、高麗の首都警備軍である「三別抄(サムピョルチョ)」を主力として反乱を起こし、珍島臨時政府に合流してモンゴルに抵抗した。クビライはヒンドゥ(忻都)に5,000の騎兵を授けて金州に駐屯させ、元宗に三別抄討伐のための軍船を造らせる一方、後に2度の元寇に従軍することになる洪福源の子の洪茶丘(ホン・タグ)にも兵を率いさせて屯田させた。
1271年(この年からクビライは国号を「大元」と改める)アカイ率いる第1次珍島討伐は失敗に終わる。同年3月、三別抄は日本の朝廷に対して援軍と兵糧を求めたが、日本側では事態がよく理解できておらず、この要求は無駄に終わった。同5月ヒンドゥ率いる元・高麗連合軍が珍島を攻略し、モンゴルとして初めて海戦に勝利して、王温を捕らえ斬刑に処した。
なおも三別抄の指導者金通精らは、属国の耽羅国(済州島)へ逃れて耽羅国王を追い出し籠城したが、ヒンドゥ軍12,000の兵は1273年軍船108艘に分乗して耽羅を攻略。三別抄勢力を壊滅させた元朝は耽羅総管府を設置、高麗征服事業は完了した。
1350年代、元朝の衰えが顕著となると、恭愍王は親元勢力を排除し、元の外戚として権勢を振るっていた奇氏を討伐。崔瑩(チェ・ヨン)や李成桂(イ・ソンゲ)らの武人を登用して1356年に元から高麗旧領土を奪い返し、ようやくモンゴル支配から脱して独立した。そのころ、大陸で紅巾の乱が発生し、紅巾軍が朝鮮半島にも到来するが高麗軍は撃退に成功する。また同時期に倭寇の襲来にも高麗は悩まされており、1389年には朴葳(パク・ウィ)が対馬征伐を行なっている(高麗・李氏朝鮮の対馬侵攻)。
この過程で力を得た李成桂によって1392年に李氏朝鮮が成立し、高麗王朝は滅亡した。