大分連隊区
中川重之 歩兵少佐:1900年11月29日 - 1901年2月1日
花坂円 歩兵少佐:不詳 - 1901年4月4日
中川重之 歩兵少佐:1901年4月4日 - 1902年11月1日
高村成存 歩兵少佐:1902年11月1日 -
大石正之 歩兵少佐:1909年4月2日 - 1912年3月8日
国司精造 歩兵中佐:1912年3月8日 - 1913年8月22日
平山治久 歩兵中佐:1913年8月22日 - 1914年8月10日
香椎秀一 歩兵中佐:1914年8月10日 - 1915年9月21日
小木谷好之助 歩兵中佐:1915年9月21日 - 1921年7月20日
生沼昭次 歩兵大佐:1921年7月20日 -
安倍良夫 歩兵大佐:1923年8月6日 -
宇都宮三千雄 歩兵大佐:不詳 - 1928年8月10日
横沢高記 歩兵大佐:1928年8月10日 -
1890年5月20日、大分大隊区が設置され、管轄区域は次のとおり定められた。大分県区域は小倉大隊区から西国東郡・東国東郡・速見郡・大分郡を、宮崎大隊区から北海部郡・南海部郡・大野郡・直入郡を編入した。また、熊本県区域は熊本大隊区から編入した。
大分県
西国東郡・東国東郡・速見郡・大分郡・北海部郡・南海部郡・大野郡・直入郡
熊本県
山鹿郡・山本郡・菊池郡・合志郡・阿蘇郡
1896年4月1日、連隊区へ改組された際に管轄区域の変更はなかったが、郡制施行による郡の統廃合により陸軍管区表が改正(明治29年12月4日勅令第381号)され、1897年(明治30年)4月1日に熊本県区域の山鹿郡・山本郡を鹿本郡に、菊池郡・合志郡を菊池郡に変更した。
1903年2月14日、管轄区域が次のとおり変更された。宮崎県区域を宮崎連隊区から編入し、熊本県区域は鹿本郡・菊池郡を久留米連隊区へ、阿蘇郡を熊本連隊区へ移管した。
大分県
※変更なし
宮崎県
東臼杵郡・西臼杵郡