児玉・後藤政治
児玉・後藤政治にあっては、台湾植民政策の中心を産業振興に置き、そのまた中心を糖業奨励に置いた。台湾に新式製糖会社を設立すべく、児玉・後藤が財界有力者を勧説して、三井毛利その他総数95名の株主を集め、1900年(明治33年)12月に資本金1,000万円で台湾製糖株式会社を設立した。しかしながら、その後の台湾の産糖高は減少をきたしたため、台湾糖業政策の根本的計画を樹立すべく1901年(明治34年)農学博士新渡戸稲造を台湾総督府殖産局長として招聘した。その新渡戸が、1901年(明治34年)9月に提出した甘蔗の生産、製造及び市場の3方面にわたる意見書が「糖業改良意見書」である。台湾総督府は、この建議書のほとんどを受け入れ、製糖工場への補助、製糖の原料の確保と市場保護などの奨励策を展開し、製糖業を日本支配下の台湾における最大の産業に急速に発展させた。
すなわち第2条各号の行為に関わるものは、指導者たると部下たるを問わず全て死刑に処せられたのである。未遂犯も既遂犯と同等にみなされた(第3条)。兵器弾薬金銭等の支給や会合場所の提供等の幇助行為も死刑又は無期徒刑に処すとされた(第4条)。このような極めて重い刑罰内容の反面、匪徒の自首を奨励する匪徒が自首した場合の大幅な減刑が定められており、完全な刑罰の免除も可能であった(第6条)。厳罰をもって脅しをかけるだけでなく適用に大きな幅のある刑罰令であった。加えて、本令施行前の行為であっても遡って本令でもって適用するとも定めていた(第7条)。1899年(明治31年)の公布以来翌年まで1年間での同法令の適用者は1023人を数えた。後藤が1898年3月に民政長官に就任してから1902年(明治35年)までの約5年間おける匪徒の処罰者は3万2000人にのぼり、この数字は当時の台湾の人口の1パーセントを超えている。
日本領有前の台湾において貨幣制度は、清国におけると同様混乱と錯綜を極めており、貨幣の種類も百数十種類にも及ぶほどであった。前述刻印付き円銀の発行という経過的措置を経たあと、1906年(明治37年)に台湾銀行をして金貨兌換券を発行させた。