坪内祐三
同年11月29日深夜、新宿にて、筑摩書房の松田哲夫と共に帰途に就こうとしていたところをヤクザ風の二人の男から因縁をつけられ、言い返したところ、暴行を受け瀕死の重傷を負い、東京女子医科大学病院に入院、連載は休筆。この事件の顛末は『三茶日記』『文学を探せ』『文庫本福袋』に詳しい。2001年1月22日、退院。同年3月早大教育学部非常勤講師。同年6月、父親の事業の不調により赤堤の実家が競売にかけられ、人手に渡る。この件に関しては『文学を探せ』に詳しい。同年9月『慶応三年生まれ 七人の旋毛曲り』で講談社エッセイ賞受賞。
2003年3月、福田和也、リリー・フランキー、柳美里と共に同人として、季刊の超世代文芸クオリティマガジン『en-taxi』を扶桑社より創刊。作家の生原稿を古書店に処分した安原顯に対し、安原没後、創刊号で「記録の鞭」を打ち、一部で話題となる。「私は死をもってその人を赦すことをしない」「安原氏が他人をいきなり罵倒するのは、自分の駒だと思っていたはずの筆者が、その思い通りに動かなくなった時だ」など、辛辣に批判した。2006年3月、早大非常勤講師を退職。
2015年3月、坪内の文壇内幕エッセイ「酒中日記」を原作として、坪内本人も出演するドキュメンタリー映画『酒中日記』(内藤誠監督)が公開。同年11月『en-taxi』が46号で休刊。
2020年1月13日、心不全のため61歳で死去。61歳没。
2021年5月、妻・佐久間文子の回想記『ツボちゃんの話 夫・坪内祐三』(新潮社)が刊行(「新潮」で先行掲載)。
内田魯庵 『魯庵の明治』(山口昌男共編、講談社文芸文庫 1997.5)
『魯庵日記』(山口昌男共編、講談社文芸文庫 1998.7) - 明治27~44年の日記を抜粋。
『禁酒宣言 上林暁・酒場小説集』(ちくま文庫 1999.9)
『明治文学遊学案内』(筑摩書房 2000.8)
『文藝春秋 八十年傑作選』(文藝春秋 2003.3)
『饗庭篁村 明治の文学 第13巻』(筑摩書房 2003.4)『明治の文学』シリーズ 全25巻の編集も務めた。
『日本近代文学評論選 明治・大正篇』(千葉俊二共編 岩波文庫 2003.12)
『日本近代文学評論選 昭和篇』(千葉俊二共編 岩波文庫 2004.3)
『戸川秋骨 人物肖像集』(みすず書房〈大人の本棚〉 2004.3)
『福田恆存文芸論集』(講談社文芸文庫 2004.5)
『明治二十九年の大津波 復刻『文藝倶樂部』臨時増刊 「海嘯義捐小説」号』(毎日新聞出版 2011.10)
正宗白鳥 『白鳥随筆』(講談社文芸文庫 2015.5)
正宗白鳥 『白鳥評論』(講談社文芸文庫 2015.8)
十返肇 『「文壇」の崩壊』(講談社文芸文庫 2016.4)
野坂昭如 『俺の遺言 幻の「週刊文春」世紀末コラム』(文春文庫 2016.12)
内田魯庵『貘の舌』(ウェッジ文庫、2009.8)
小林信彦『うらなり』(文春文庫、2009.11)
大村彦次郎『文壇栄華物語』(ちくま文庫、2009.12)
中山康樹『愛と勇気のロック50』(小学館文庫、2009.12)、著者との対談
小林信彦『日本橋バビロン』(文春文庫、2011.9)
高見順『如何なる星の下に』(講談社文芸文庫、2011.10)
監修『銀座通 道頓堀通』(廣済堂文庫、2011.11)
監修『蕎麦通 天麩羅通』(廣済堂文庫、2011.11)
ハンス・ウルリッヒ・オブリスト『アイ・ウェイウェイは語る』(尾方邦雄訳、みすず書房、2011.11)
庄司薫『ぼくの大好きな青髭』(新潮文庫、2012.6)
鶴見俊輔『思想をつむぐ人たち 鶴見俊輔コレクション1』(河出文庫、2012.9)
北杜夫『私はなぜにしてカンヅメに大失敗したか』(実業之日本社文庫、2012.10)
吉行淳之介編『続・酔っぱらい読本』(講談社文芸文庫、2013.1)
『天才・菊池寛 逸話でつづる作家の素顔』(文藝春秋編、文春学藝ライブラリー、2013.10)
田辺茂一『わが町 新宿』(紀伊國屋書店、2014.11)
松原岩五郎『最暗黒の東京』(講談社学術文庫、2015.2)
小林信彦『流される』(文春文庫、2015.8)
吉田篤弘『木挽町月光夜咄』(ちくま文庫、2015.8)
椎名誠『うれしくて今夜は眠れない』(集英社文庫、2015.8)
『髙平哲郎スラップスティック選集別巻 私説人名事典』(ワニブックス、2016.1)
野呂邦暢『水瓶座の少女』(文遊社、2016.5)
中山康樹『超入門ボブ・ディラン』(光文社知恵の森文庫、2017.2)
後藤明生『壁の中』(つかだま書房、2017.12)
白石公子『ブルー・ブルー・ブルー』(新潮文庫、1995.5)
川本三郎『大正幻影』(ちくま文庫、1997.5)
小林信彦『回想の江戸川乱歩』(文春文庫、1997.5/光文社文庫、2004.8)
田中康夫『ペログリ日記'94〜'95 震災ボランティア篇』(幻冬舎文庫、1997.6)
石井研堂『明治事物起原 3』(ちくま学芸文庫、1997.7)
松本健一『われに万古の心あり 幕末藩士 小林虎三郎』(ちくま学芸文庫、1997.7)
田中康夫『オン・ハッピネス』(新潮文庫、1997.8)
飯塚くに『父 逍遥の背中』(中公文庫、1997.11)
『最終講義』(実業之日本社、1997.12)
薄田泣菫『茶話』(岩波文庫、1998.7) 、元版は自選(創元社)
小林信彦『ムーン・リヴァーの向こう側』(新潮文庫、1998.8)
田山花袋『東京の三十年』(講談社文芸文庫、1998.9)
『大東京繁昌記 山手篇』(平凡社ライブラリー、1999.4)
嵐山光三郎『文人悪食』(新潮文庫、2000.8)
唐沢俊一『古本マニア 雑学ノート』(幻冬舎文庫、2000.8)
『白石公子詩集』(思潮社 現代詩文庫、2000.11)
小林信彦『結婚恐怖』(新潮文庫、2000.12)
高島俊男『「週刊文春」の怪 お言葉ですが... 2』(文春文庫、2001.1)
柳田泉『明治文学研究夜話』(《リキエスタ》の会、2001.4)
伊藤正雄『新版 忘れ得ぬ国文学者たち 并、憶い出の明治大正』(右文書院、2001.6)
内田魯庵『気まぐれ日記』(《リキエスタ》の会、2001.7)
木山捷平『鳴るは風鈴 木山捷平ユーモア小説選』(講談社文芸文庫、2001.8)
小沢昭一『ぼくの浅草案内』(ちくま文庫、2001.