長島昭久
2000年9月に帰国。
2000年、衆議院東京21区の補欠選挙に民主党公認で立候補するも落選。3年間の浪人生活を経る。2003年、第43回衆議院議員総選挙に東京21区から民主党公認で立候補し、初当選を果たした。当選後は菅直人が主宰する国のかたち研究会に所属。なお、東京21区には、中選挙区時の菅の選挙区である旧東京7区が含まれ、菅直人と妻の伸子は支援者を紹介するなど選挙のノウハウを手ほどきしていた。同年、慶應義塾大学大学院法学研究科で非常勤講師(国家安全保障政策担当)。
2005年9月11日の第44回衆議院議員総選挙では小選挙区で敗れるも重複立候補していた比例東京ブロックで復活当選となり、再選される。同年9月12日、民主党代表の岡田克也が、総選挙大敗の責任をとり辞任を表明。岡田の辞任に伴う代表選挙(9月17日実施)では前原誠司の推薦人に名を連ねた。新代表となった前原の下で「次の内閣」のネクスト防衛庁長官に抜擢されるとともに、安全保障委員会の野党側筆頭理事に就任、党内の安全保障政策の取りまとめにあたる。その後、小沢一郎の「次の内閣」でもネクスト防衛庁長官に留任した。
2006年、中央大学大学院公共政策研究科で客員教授を務める。
2009年、第45回衆議院議員総選挙に東京21区から民主党公認で立候補し、前回の選挙で敗れた自民党の小川友一を破り3選。同年9月18日、鳩山由紀夫内閣の防衛大臣政務官に就任。2010年6月8日、菅直人内閣において防衛大臣政務官に再任。同年9月、菅直人第1次改造内閣の発足に伴い、政務官を退任した後には、党の外交安全保障調査会事務局長を務めた。