真宗三門徒派
如道の死後、その長男良如は多くの門徒衆と共に浄土宗に宗旨替えをしたため、教団の力は弱まり、如道の次男如浄が指導者を継ぎ、大町専修寺第2世となる。が、如浄も浄土宗に傾倒してしまった。そのため、如道の弟子道性が如浄を批判し、説得し、なんとか浄土真宗にとどまらせた。しかし、永和元年(1375年)12月に如浄が死去すると、弱体化した教団指導者と大町専修寺第3世の地位を良金(了泉)が継いだ。が、これまた浄土宗に傾倒してしまったため、至徳2年(1385年)についに道性は證誠寺に一派(真宗山元派)を立ち上げた。さらに後には道性の子如覚が誠照寺に一派(真宗誠照寺派)を設立した。
第3世良金は応永11年(1404年)に死去。第4世を某が継ぐが、彼もまた浄土宗に傾倒して教団は崩壊した。永享7年(1435年)第4世某はここに至ってついに本願寺第6世巧如によって破門され、大町専修寺は衰退の一途をたどった。そして、専修寺教団は如道の弟子であった誓願寺道願の子浄一を教団第4世として新たに擁立し、中野専照寺を建立して親鸞、如道の教えを伝えた。しかし専照寺の立場は微妙なもので、本願寺の末寺となっていた毫摂寺(真宗出雲路派本山)の末寺となってしまった(本願寺自体が天台宗青蓮院の末寺である)。
こうして、道性が建立した證誠寺、如覚が建立した誠照寺、浄一が建立した専照寺と三山が並び建ったことから如道教団は、三門徒や三門徒衆と称されるようになった。
室町時代にもそれなりの勢力を誇っていたが、配下の有力寺院の統率に欠けていたり、本願寺第8世蓮如による布教によって本願寺派に転属していったりと、戦国大名への対応をもめぐって門末の混乱が見られた。