八代港
天草フェリーラインは「このままではフェリーの存続は不可能」として再三にわたり行政側の熊本県や八代市、本社所在地の上天草市などに財政支援や新八代駅と八代港を結ぶ新たなアクセスを確立するように求めていたが、行政側は市内、県外や熊本市内からの天草までのアクセスは既に熊本市内 - 三角(国道57号) - 天草五橋経由、または松橋 - 不知火(国道266号) - 天草五橋経由の2ルートが主要ルートとして確立されていたことや港の立地上、新八代駅から港までは隣の八代駅よりも距離が長くなること、そしてターミナル駅となるはずの肝心の新八代駅の利用者数が景気低迷や観光需要の希薄などでさほど振るっていない事などを理由として対応に消極的であった。審議はされたものの、新八代駅と八代港を直に結ぶ直行バスなどの交通機関は集客性や採算性の問題などがネックとなって却下され、結局一度も設定されることは無かった。
その一方で上天草市、天草市は宇土市や宇城市と共に熊本県中心部から天草への誘致に力を入れており、熊本県、天草観光協会、JR九州も協賛、連携して三角駅や三角港を整備し、2011年10月8日より熊本駅から三角駅まで新幹線と三角港から松島合津港経由で本渡港まで運航する天草宝島ラインの観光船「シークルーズ」とを連絡する観光特急「A列車で行こう」の運行を開始した。熊本駅から天草方面まで鉄道とバス、フェリーの便利な直行ルートが確立されたことで八代港発着のフェリーは僅かに残っていた新幹線全通の効果や恩恵を全く受けられなくなり、経営そのものにとどめを刺されるほどの大打撃を受けることとなった。
こうして八代港発着のフェリーは輸送需要が皆無状態となり、2012年末に木本観光が運航を休止し、天草フェリーラインも「八代のフェリー輸送の役目は終わった」として2013年4月1日をもって無期限運航休止(事実上の廃止)となり、八代港発着の定期航路は全て消滅した。
次いで松島フェリーも経営破綻により倒産し同年11月26日限りで運航を無期限休止し、松島フェリー担当の4便は同年12月19日まで全便とも終日運休扱いとなった。同年12月20日のダイヤ改正で天草観光汽船と松島フェリーの航路が正式に廃止となり、不定期便の木本観光も航路を大幅に短縮した。定期便として唯一存続した天草フェリーラインは松島フェリーより八代港フェリーターミナルの経営を引き継ぎ、社員削減によりフェリーターミナル内のキップ売り場を閉鎖して新たに駐車場にプレハブ式のキップ売り場を設置した。この他、フェリーターミナル内の売店を閉鎖しての完全自動販売機化、インターネットによるキップの事前販売や自動車利用時の割引運賃適用サービス、宣伝広告強化などの徹底合理化と利便性の強化、対策で会社存続を図った。しかし、路線バスに代わって駅からの主要なアクセス手段となったタクシーは路線バス時代よりも運賃が2倍以上割高であり、鉄道駅から港への直通バスの大幅削減に代わって新たなアクセスルートとなるはずだった九州新幹線新八代駅から八代港への「すーぱーばんぺいゆ」も、八代市内を循環した後に港へ向かうために所要時間がかかり、直通バスの代替とはなり得ず、アクセス改善の根本的な打開策が生まれないまま利用客はさらに減少していった。また、本線航路ではなく地方交通の半島航路で県や自治体からの財政支援が得られなかったため、割高な運賃の値下げができなかった事も経営悪化に拍車をかけた。