井伊谷藩
『寛政譜』によれば、秀用には実子として4男3女がある(ほかに養子1名)。長男の近藤季用は、天正18年(1590年)の小田原合戦に父とともに井伊直政麾下として参戦し、若年ながら敵の足軽大将を討った。この功績は家康に賞された上、功績が豊臣秀吉に言上されて紅梅の胴服と馬を褒美として下された。天正19年(1591年)には家康の麾下となって蔵米1000俵を給された(のちに蔵米を知行に改めて1000石)。
小田原合戦後、井伊直政は上野箕輪城(箕輪藩)に配置され、徳川家中最大の12万石の領主となった。この頃より、井伊直政と直政附属の同心衆の関係は「上司と部下」から、主従関係へと変化を見せるようになる。『寛政譜』によれば、秀用は徳川家直属(御麾下の士)となることを願い出て井伊直政のもとを去り、長男の季用のもとに寓居した。井伊谷三人衆は独立性の強い性格であったために、井伊直政の家臣となることを拒否したと推測される(近藤家のみならず、菅沼家・鈴木家も直系は井伊家に残留していない)。
ただし、井伊家の家臣団の編成は家康の意向によっていたと見られ、家康に無許可で行われた秀用の退去は、家康の勘気を蒙った。
遺領中320石を相続(その後の加増で最終的に520石+300俵)。知行地の多くは関東にあり、井伊谷地域に陣屋は置いていないが、遠州領の石岡村や花平村の名を取り、石岡近藤家・花平近藤家あるいは花岡近藤家と呼ばれる。
5つの家は「五近藤家」と呼ばれる。このうち近藤貞用・近藤用治は交代寄合となった。