チャールズ・ダーウィン研究所
1934年、エクアドルは動物保護区として14島を指定し、保護動物の捕獲を禁止していたが、生息環境破壊に対する規制は提示されておらず、効果は認められていなかった。1954年、ガラパゴス諸島の動物繁殖行動を調査したイレネウス・アイブル=アイベスフェルトからの諸島の現状報告により、1957年、国際連合教育科学文化機関(ユネスコ、UNESCO)と国際自然保護連合(IUCN)は、ガラパゴス諸島における研究所の設立を念頭に、アイブル=アイベスフェルトおよび1952-1953年にガラパゴス諸島でフィンチ類を調査していたロバート・ボウマンの2名を派遣。3か月間にわたる調査の後、1958年初頭にその報告書が提出された。それを受けて同年、ロンドンの国際動物会議において「ガラパゴス委員会」の結成が決議された。また1959年に、エクアドルはガラパゴス諸島を国立公園に指定して全体的保全を図った。
ダーウィンの『種の起源』(1859年)が出版されてから100年目となる1959年、ガラパゴス委員会の関係者らにより、ベルギーの首都ブリュッセルに本部をおくチャールズ・ダーウィン財団が設立され、翌1960年には研究所の設立のため、ガラパゴス諸島に初代所長が派遣された。サンタ・クルス島の南沿岸のアカデミー湾に面する場所に建設が開始され、1963年末には三代目所長のもと、本棟、研究棟、気象観測施設、宿舎が完成し、1964年1月21日、正式に研究所が発足した。
サンタ・クルス島のプエルト・アヨラでは、エクアドルおよび海外の自然科学者が、ガラパゴスの陸上や海洋の生態系の保全に対する調査ならびに課題について常に研究している。1964年に設立されたチャールズ・ダーウィン研究所には、自然史展示館があり、またガラパゴス諸島の保全を後押しする教育プロジェクトを実施している。
2002年に、研究所はコスモス国際賞を受賞した。