バトルフロンティア
しかしピラミッド内にはランダムに道具が配置されており、そこで手に入れた道具をポケモンに持たせることはでき、フロンティアブレーンを含むトレーナー戦でも「すごいキズぐすり」などの道具の使用が可能である。
移動中であればメニュー画面は自由に開ける。ポケモンの順番や持ち物も、自由に変更できる。
各フロアごとに、決められた野生のポケモンが出現する。野生のポケモンとの戦闘は通常よりかなり逃げにくく設定されている。本来は確実な逃走を可能にするとくせい「にげあし」でも、必ず逃げられるとは限らない。確実に逃げられる場合はどうぐ「エネコのしっぽ」、わざ「テレポート」を使った時のみである。
フロンティアブレーンは、「ピラミッドキング」のジンダイ。3周目と10周目に登場する。勝利すると「ブレイブシンボル」がもらえる。彼は銀シンボル戦・金シンボル戦ともに伝説のポケモンしか使わないが、弱点も共通しているため攻略は容易と言える。
バトルタワーのロビーには、主人公の弟子になりたいというトレーナーが出てくる。1日1回何らかの質問をしてきて、どう答えるかによって弟子のトレーナーの使用ポケモン等が変わる。
数回回答をすると弟子は独り立ちし、シングルバトルやダブルバトルでは対戦トレーナーとして、マルチバトルではパートナー候補として現れる。さらに他の『エメラルド』とレコードを混ぜると、相手のデータにも対戦トレーナー及びパートナー候補として現れる。
弟子が一人立ちしても、新たな弟子は何度でも現れる。