イベリア連合
17世紀を通じて、オランダ、イングランド、フランスの私掠船によるポルトガル商船の襲撃が増え、またこれらの国がアフリカ、アジア、アメリカ大陸に商館を設置したため、ポルトガルは有利な香辛料貿易を独占することができなくなった。このため、ポルトガルの香辛料貿易は長い間衰退の一途をたどった。ハプスブルク家が三十年戦争でカトリック側を支援するためにポルトガルから富を流用したことも、連合内に緊張をもたらしたが、ポルトガルはブラジル植民地の保持とオランダ貿易の妨害という点において、スペインの軍事力に助けられた。これらの出来事と、アヴィス朝やイベリア連合の末期に起こった出来事は、ポルトガルを、最初にインド、次にブラジルという植民地への依存状態に陥らせることになった。
2つの王家の合体により、ポルトガルは独立した外交政策をとることができなくなり、スペインの敵はポルトガルの敵となった。イングランドは1386年のウィンザー条約以来、ポルトガルの同盟国であった。スペインとイギリスの間での戦争により、ポルトガルの最古の同盟国との関係が悪化し、ホルムズも失った。国王に対する反乱でイングランド女王エリザベス1世による援助を受けたことで、同盟の存続が確実となった。オランダとの戦争は、セイロン(現在のスリランカ)を含むアジア各国への侵略や、日本、アフリカ(ミナ)、南アメリカでの商業利権獲得につながった。ポルトガルはセイロン島全体を占領することはできなかったが、セイロン島の沿岸地域をかなりの期間支配下に置くことができた。ブラジルはフランスとネーデルラント17州によって部分的に征服された。
17世紀、ポルトガルの弱体化に乗じて、ブラジルにおけるポルトガルの領土の多くがオランダに占領され、オランダはサトウキビプランテーションの獲得に成功した。
スペインの都市セウタは、1640年のイベリア連合崩壊までポルトガル帝国の一部であったが、その後スペインに残留することを決めた。
そのため、市の紋章はポルトガル王国の紋章とほぼ同じで、赤い縁取りの上に7つの城が描かれ、5つのエスカッシャンには銀の丸が付けられている。
また、市旗のジャイロニーはリスボンの市旗と同じで、これは1415年にポルトガル軍がセウタを征服した際、この旗を最初に掲げたことを記念している。