プロトロンビナーゼ
第X因子と第V因子はどちらも、血液凝固カスケードの活性化の前は不活性な前駆体として血中を循環している。不活性な酵素前駆体の第X因子は、軽鎖(136残基)と重鎖(306残基)の2本の鎖から構成されている。軽鎖はN末端のγ-カルボキシグルタミン酸ドメイン(Glaドメイン)と2つのEGF様ドメイン(EGF1、EGF2)を含む。重鎖はN末端の活性化ペプチドとセリンプロテアーゼドメインを含む。第X因子は外因性経路の第VIIa因子-組織因子複合体、内因性経路のテナーゼ(英語版)複合体によって活性化される。内因性テナーゼ複合体は第IXa因子と第VIIIa因子から構成される。第X因子が第Xa因子に活性化される際に活性化ペプチドが切り離されるが、重鎖と軽鎖は活性化後も共有結合によって連結されたままである。
第V因子は一本鎖のコファクター前駆体として循環し、A1-A2-B-A3-C1-C2の6つのドメインを含んでいる。トロンビンはBドメインを切除することで第V因子を活性化する。他のプロテアーゼも第V因子の活性化を行うが、この切断は主にトロンビンによって行われる。切断後は第Va因子はA1、A2ドメインからなる重鎖と、A3、C1、C2ドメインからなる軽鎖によって構成される。第Va因子の重鎖と軽鎖はカルシウムなどの二価イオンを介して連結されている。
プロトロンビナーゼ複合体のどちらの構成要素も欠乏症はきわめて稀である。第V因子欠乏症はパラ血友病(parahemophilia)とも呼ばれ、染色体劣性遺伝する稀な出血障害で発生率は約100万人に1人である。先天性の第X因子欠乏症もきわめて稀であり、100万人に1人が影響を受けると推計されている。
第V因子をコードする遺伝子の点変異によって、第V因子ライデン変異(英語版)と呼ばれる血液凝固亢進障害が引き起こされる。第V因子ライデン変異では、G1691Aのヌクレオチド置換の結果、R506Qのアミノ酸変異が生じている。第V因子ライデン変異は、2つの機構で静脈血栓塞栓症のリスクを高めることが知られている。APCは通常Arg、Arg、Argの箇所で第Va因子を切断し不活性化する。Argに生じた第V因子ライデン変異の結果、APCによる不活性化に対する抵抗性が第Va因子に生じる。これが1つ目の機構である。