小菅神社 (飯山市)
JR東日本飯山線飯山駅から長電バス野沢温泉行きバス25分、関沢バス停下車、徒歩20分
その後、天正10年(1582年)3月に織田・徳川連合軍の武田領侵攻により武田氏が滅亡し、川中島四郡は織田氏の家臣・森長可が支配する。同年6月の本能寺の変により「天正壬午の乱」が発生すると、小菅は越後国の上杉景勝領となり、情勢が安定を見るとともに奥社本殿が再建された。
再建にあたっては、小菅山の経営にあたっていた別当寺院大聖院のほか、18坊が願主となり、天正19年(1591年)に完成している。完成の2年後、文禄2年(1593年)には、越後の人、金丸与八郎が鉄製鰐口を奉納している。この様に、度重なる混乱に巻き込まれながらも、越後からの鰐口奉納があったことに見られるように、小菅の宗教的権威は依然として衰えなかった。
慶長3年(1598年)2月、上杉氏の会津移封にともなって大聖院が移転した。このことにより、小菅山の再建が頓挫したとされるが、それは必ずしも正しくない。慶長11年(1606年)には、皆川氏より絵馬2面が寄進されており、大聖院の移転と小菅山の聖地としての性格は別個のものであった。また、新たな別当に神袋坊を迎えて大聖院自体も存続しているのである。
大聖院の移転が小菅の退勢をもたらさなかったことを裏付けるものとして、大聖院と小菅村の石高記録がある(表3)。文禄4年(1594年)に実施された上杉領内検地の記録『文禄三年上納員数録』によれば、大聖院の知行高は58石とされ、小菅の集落全体を下回る。以後、近世の記録を見ても、小菅の石高と大聖院の知行高には開きがあることが分かる。しばしば大聖院と小菅は同一視され、大聖院が小菅に及ぼした影響力ないし支配力は非常に大きなものと見なされる。