カロリナハコガメ
また後部縁甲板が外側へ広がり、反り返る。背甲の色彩は暗褐色や黒で、一部に黄色や橙色の不規則な斑紋が入る個体もいる。腹甲の色彩は黄色や黄褐色で、外縁やシーム周辺が暗褐色。後肢の趾は4本。頭部や四肢の色彩は灰色や暗褐色で、吻端や下顎が淡黄色になる個体もいる。
T. c. mexicana メキシコハコガメ
種内では背甲が細長く、甲高は高い。また後部縁甲板が外側へ広がるが、反り返らない。背甲の色彩は黄色や黄褐色で、シームが暗褐色。また背甲に黒や暗褐色の不明瞭な斑紋が少数入る。後肢の趾は3本。頭部の色彩は白一色か(主にオス)、褐色に白い斑紋(主にメス)が入る。
T. c. triunguis ミツユビハコガメ
最大甲長16.5センチメートル。背甲はやや扁平で、中央よりやや後方で最も高くなる。背甲の色彩は淡褐色から暗褐色で、斑紋は入らないか暗褐色の不規則な斑紋が入る。腹甲は黄色や黄褐色で、シーム周辺が暗褐色。頭部や四肢の色彩は黒や暗褐色で、黄色や橙色の斑紋が入る。後肢の趾が3本の個体が多く、和名の由来になっている。亜種小名triunguisは「3つの爪がある」の意。オスの成体は頭部が赤い個体がいる。
T. c. yucatana ユカタンハコガメ
最大甲長16センチメートル。種内では背甲は細長く、甲高が高い。後肢の趾は4本。幼体やメスの成体は背甲の色彩が黄褐色や淡褐色で、黒や暗褐色の放射状の斑紋や斑点が入る個体が多い。幼体は甲板が暗色で幅広く縁取られる。また頭部や四肢の色彩は褐色や暗黄色で、頭部に黒い斑点が入る個体が多い。さらに虹彩が褐色。オスの成体は背甲の色彩が淡色で、シームの周辺を除いて暗色斑が消失して不明瞭になる。また頭部が白くなり、虹彩が灰白色や黄白色。