ゼノサーガ エピソードII to III a missing year
物語はエピソードIIの半年後、エピソードIIIの数ヶ月前にあたる、グノーシス・テロ事件から始まる。
ジン・ウヅキは接触委員会のユリ・ミズラヒの依頼により、惑星フェルセア第二都市ゴーラサスを壊滅させたグノーシスの調査に乗り出していた。
その時に対峙した「ゲーティア」と呼ばれる少年。反U.M.N.を掲げる地下組織「スキエンティア」に所属する謎の女性、「ドクトゥス」。そして"グリモアの少女"と呼ばれる金の髪の少女「ネピリム」。
これらの邂逅により、ジンの妹であるシオンは大いなる転換を迎えることとなる。