永禄の変
織田軍はそのまま三好勢の討伐に向かい、勝龍寺城に籠る石成友通を29日に逐い落とす。山崎に布陣していた三好勢は、27日に織田の先鋒が進撃してくる前に退散していた。摂津に入った先鋒は畿内における三好氏の拠点であった芥川山城の周辺を焼き討ちし、三好長逸が城を捨てて落ち延びた後、30日に義昭が入城した。池田城を攻囲された池田勝正は激しく抵抗したが力尽きて降伏、伊丹城の伊丹親興も降伏する一方、越水城の篠原長房、河内高屋城の三好康長、三好宗渭は戦わずに退去した。篠原・三人衆らはすみやかに撤兵したためその勢力は温存され、この後も義昭陣営との抗争が続くことになるが、足利義栄は将軍となりながら上洛を果たさぬまま、この間の9月30日に病死した(義栄の死去日ついては諸説あり、将軍職を解任されたのか死去によって将軍職が空席になったのかは不明である。三好長治に伴われて阿波に下り、10月8日あるいは20日に没したともいう)。
10月4日、摂津芥川山城の義昭のもとに三好義継・松永久秀・池田勝正・畠山氏らが出仕し、彼らと信長が義昭を奉じる体制が成立する。大和に残っていた松永久通は10月8日に筒井城を攻め落とし、筒井順慶を追い出した。さらに大和一国の支配を認められた松永久秀、義昭家臣の細川藤孝・和田惟政、信長家臣の佐久間信盛が率いる軍勢が10日に大和に入り、諸城を攻略していった。松永方は信貴山城も奪還した。
四国阿波の守護代であった三好氏は、主家の阿波守護細川氏が細川宗家(京兆家)の後継争いに関わったことから畿内に進出していった。三好元長は堺公方足利義維と細川晴元を擁して時の将軍足利義晴や管領細川高国と対峙したが、高国滅亡後に堺公方側から将軍側に奔った晴元は山科本願寺とも手を組み、享禄5年(1532年)に一向一揆に攻め込まれた元長は和泉国堺の顕本寺において自刃した(享禄・天文の乱)。
元長の嫡男長慶は、父の死によってわずか10歳で家督を継いだため当初は細川晴元の下で雌伏しつつも、摂津国越水城に本拠を移して着実に勢力を伸ばし、やがて晴元と対決する。天文18年(1549年)、長慶が仇敵だった晴元の側近三好政長を摂津江口の戦いで討つと、晴元は将軍義輝と前将軍義晴を連れて近江国坂本へ没落し、岳父で近江守護の六角定頼を頼った。いったん入京した長慶はその後摂津に下って伊丹城の攻略に当たり、その間に義晴は東山で中尾城の築城に着手したものの体調が衰え、翌19年(1550年)5月に坂本南方の穴太で死去した。長慶は3月に伊丹城を攻め落として摂津の平定を終えていたが、その上洛の動きをつかんだ義輝は6月に中尾城に入り、細川晴元と六角定頼の軍も洛東に進出した。
福阿弥(治部藤通の弟)
台阿弥
松阿弥
竹阿弥
竹阿弥
金阿弥
大弐(足軽衆)
『言継卿記』には一色又三郎は討死したとあるが、実際は義昭(義秋)の偏諱を受けて秋成と名乗り、その下で活動の記録が見られる。小笠原稙盛はこの戦いで死亡したとされるが、永禄12年5月7日付の幕府奉行人連署奉書には稙盛が「令一味御敵」を理由に所領の没収を命じられたことが記されている。木下昌規は、稙盛が死を免れ、変後に三好三人衆によって擁立された足利義栄に仕えたため、後に足利義昭が将軍になると処分を受けたと推測している。
小林正信は、討死したとされる進士藤延が生き延びて明智光秀と名を変えたと推測し、光秀家中に見える進士貞連は実弟で、藤延の代わりに進士氏の家督を相続したとしている。また、藤延の妹で義輝の側室だった小侍従局は光秀の妻である妻木氏(妻木煕子)になり、小侍従局の身籠っていた子供は明智光慶になったとしている。ただし、前述のように小侍従局は1か月前に既に女児を出産しており、事実関係に矛盾が生じている。