ユダヤ古代誌
また、上記の記述のしばらく後には、洗礼者ヨハネやキリストと呼ばれたイエスの兄弟ヤコブなどの話が出てくる(第XVIII巻5章2節と第XX巻9章1節)。
ヨハネの方はヘロデ(アンティパス)が妃ファサエリスの父であるペトラ王アレタスとの戦争で全軍が壊滅してしまったという文脈において、それが「ユダヤ人の中の心ある人びとにとっては、神の意志に基づく復讐劇のように思われた」という書き出しで、その理由として、ヨアンネス(ヨハネ)という人望を集めた善人が不穏分子と思われてヘロデに処刑されてしまった経緯が記述されている。
ヤコブの方はユダヤ総督フェストスが急死して後任の総督アルビノスがユダヤに来るまでの間に、就任から間もない大祭司アナノス(同名の大祭司2人のうちの息子の方)が性急で裁きの点で冷酷無情だったため総督不在の今を絶好の機会と考え、ヤコブを律法を犯したかどで訴え石打ちで処刑したというもので、後日これを問題視した公正さや法律厳守を重んじる人たちがアグリッパス2世にこれを密告したり、アレクサンドリアから向かう最中のアルビノスにこれを連絡したので、アナノスは罷免されたという締めになっている。
逆に後半の「この者はキリストであった」は福音書に見られる記述で、「キリストと呼ばれた」という前述の言い方とも口調が違うので後のキリスト教徒による書入れの疑いが強い。
また「実際に彼を人と呼ぶことが~」の付近もイエスの神性前提なので「賢人」と食い違うので書入れの疑いが強い。(これ以外に「すると彼は三日目に~」なども書入れではないかとシューラーは主張した。)
以上より疑わしい部分を除くと文脈的に不自然な部位があるので欠落して書入れで埋められた部位あることが想像でき、洗礼者ヨハネの話では、彼の活動から処刑の下りを書いているので「イエスがしたこと(「奇跡」だけではなく具体的な事)」や「イエス処刑への流れ」があったのではないか、またフラウィウス証言に続く通算第65節(第3章4節)で「恐ろしい事(何かは書かれていない)がユダヤ人たちの間に騒乱を起こした話」に触れていながら、速攻ローマで同時期に起きたスキャンダルに移行しているので、この付近(通算62-65章)に何かあった可能性が強い。
しかし(ユダヤ戦争につながる話をメインにまとめた)『ユダヤ戦記』にはいっさいイエスに関する話がない(一部ある写本もあるが後世の書入れとされる、後述の洗礼者ヨハネやヤコブの話も『ユダヤ戦記』にはない。)事、「賢人(Σοφός ἀνήρ)」をヨセフスは皮肉の意味ではほぼ使わないので、「イエスが暴動を扇動した」ような記述ではなく(こうした人物をヨセフスは基本的に非難している)、むしろヨハネやヤコブの処刑のように「イエスが処刑されたという行為が(ひどいことだと)騒ぎになった」ことではないかとシューラーは結んでいる。