ガノンドロフ
今度は精神の神殿でシアとハイラル軍がぶつかり合うのを静観し、消耗した時を見計らってゼルダに襲い掛かる。だがマスターソードを使いこなしたリンクに撃破され、「闇が器に満ちる日も近い」と意味深な言葉を遺して姿を消した。シアとの決着後、マスターソードが引き抜かれていたことで封印の結界が弱まり、魂のかけらが解放され完全復活を果たす。転生の扉を閉じる過程でハイラル軍に倒され闇の中をさまよっていたザントとギラヒムの魂を呼び戻して従え、手始めにゲルド砂漠の魔物たちを打倒して配下に加えた。砂漠を拠点に軍を興し、トライフォースの強奪を狙う。やがてラネール渓谷のラナを襲い力のトライフォースを手に入れると、続いてハイラル城を攻めてリンクとゼルダを撃破、3つのトライフォースをそろえる。その後、ハイラルの大半を魔物で満たすがそれでは飽き足らず、覚醒の準備のためハイラル城に引き込む。その間にハイラル軍が砂漠のザントとギラヒムを退け、ハイラル城に攻め込んできたところで覚醒。自ら戦場に出るがハイラル城を取り戻されたことで力を失い敗北する。直後、哄笑と共に魔獣ガノンへと変貌。リンクたちと最後の戦いを演じる。圧倒的な力を持ちながらも諦めずに立ち向かってくる彼らに焦りを抱き、次第に追い詰められていく。最期はトライフォースの力をリンク達に取り戻され、聖三角形の輝きによって裁かれこの世界から消え去った。
前作『ゼルダの伝説』でガノン撃破後に残党がガノン復活をもくろむという物語でガノンは敵キャラクターとしては登場しないが、ゲームオーバー時にガノン復活の演出がある。日本版ではテキストで結果が示されるのみだが、北米版ではガノンのシルエットも合わせて表示される。