さいたま緑の森博物館
稲作体験教室では、地元住民による「稲仲の会」、自然観察会のリピーター、「早稲田大学匠の会」等、雑木林体験教室では、特定非営利活動法人「埼玉森林サポータークラブ」がそれぞれの専門分野で協力している。
一方、所沢市域では、2004年12月18日に設立された地元の「糀谷八幡湿地保存会」が全面開館まで運営管理を直接行っている。糀谷八幡湿地保存会は、会員数約40名で、糀谷八幡神社の宮司と氏子、および地元住民のほか、地域の研究者・NPOもメンバーとなっている。
2008年11月、入間市域では、博物館活動を自主的に支える「緑の森倶楽部」(事務局は案内所内)が結成された。緑の森倶楽部は、さいたま緑の森博物館の活動に関わる人たちの「友の会」としての組織で、自主的な自然環境調査や自然観察会等のイベント企画・実施を行っている。構成メンバーは、博物館の設立時以来、博物館主催で開催していた自然観察会の講師や、自然観察会、里山教室、体験教室などのイベント等に参加した地域の市民が友の会に参画している。