美濃ミッション
日本基督教団ら「神社非宗教論」を唱え神社参拝を容認する立場では、美濃ミッションをファンダメンタリストと呼んで非難した。美濃ミッション事件からファンダメンタリズム恐怖症が発生し、神社参拝拒否をファンダメンタリズムとする合意が形成されたという。
1967年3月26日に、日本基督教団総会議長鈴木正久が「第二次大戦下における日本基督教団の責任についての告白」を提示したことによって、上記にある批判を教団は撤回した。よって、現在はファンダメンタリズムとはしない事になっている。