ヘンリー・ペラム
しかしカートレットは危機を察知できず、ジョージ2世の信任を盾にペラムを「サー・ロバート・ウォルポールの秘書長にすぎなかったのに、なぜ私の部下になってそれ以上を期待しようとするのか」(he was only a chief clerk to Sir Robert Walpole, and why he should expect to be more under me I can't imagine)とこき下ろした。
そして1744年11月の議会招集直前、ペラムはカートレットの更迭をジョージ2世に上奏し、渋っていた国王に強引に解任を認めさせた。これにより政府内におけるペラムの首相としての地位は確固たるものとなった。同年末にはトーリー党の一部も含めた野党から広く人材を登用する内閣改造を行い、こうしたトーリーにも配慮した姿勢によって議会の広範な支持を獲得することに成功した。またウォルポール後のホイッグ党は小派閥集団に分裂していたが、そこから有力な反対党が出現することがなかったことも彼の政権の安定に寄与した。他方王太子フレデリック・ルイスのもとには多くの不満分子が結集していたが、その彼らもあまり盛んな反政府運動は見せず、ただ皇太子即位の日を待ち望んでいるといった感じだった。1745年から1746年にかけて起こったジャコバイトの蜂起も速やかに鎮圧することに成功した。
1730年5月8日からは陸軍支払長官(英語版)に就任した。1732年2月11日に庶民院での弁論においてウィリアム・パルトニーと口論になったが、庶民院議長アーサー・オンズローの仲裁で事なきを得た。1733年春にウォルポールが導入しようとした消費税法は物議を醸したが、ペラムは法案を支持したという。1734年イギリス総選挙ではサセックス選挙区とアルドバラ選挙区(英語版)の両方で当選したが、引き続き前者の代表として議員を務めた。
1739年に捨子養育院(英語版)が創設されたとき、理事の1人を務めた。
1741年の総選挙で与党ウォルポール派ホイッグの議席が大幅に減り、1742年2月にウォルポールは退陣した。反ウォルポール派の後押しを受けるカートレット男爵(1744年以降グランヴィル伯爵)を実質的な首相とする初代ウィルミントン伯爵スペンサー・コンプトン内閣が成立したが、当時の国王の閣僚人事権はいまだ大きかったので、ペラム兄弟は国王ジョージ2世の意向で政権に留まることができた。このとき、ジョージ2世とウォルポールはペラムにウィルミントン伯爵内閣で財務大臣に就任するよう求めたが、ペラムはそれを辞退した。
しかしこの間、ジョージ2世とペラムの対立は深まっていた。ジャコバイト蜂起の勃発にあたり、ペラムはジョージ2世にハノーファーからの帰国を求めたが拒否され、一方グランヴィル伯爵は本国の駐留軍だけで反乱を鎮圧できると述べ、ジョージ2世に大陸ヨーロッパでの参戦を続けるよう助言した。このようにジョージ2世はグランヴィルが失脚した後も外交政策についてグランヴィルからの影響受け続けた。
1746年2月にはこの対立が深刻化し、国王はペラムの上奏した大ピット登用の閣僚人事案を拒否した上(大ピットはハノーファー優先策に反対していたので国王から嫌われていた)、グランヴィル伯を首班とする内閣の樹立を画策した。これに対しペラムは1746年2月11日に辞任、グランヴィル伯爵とバース伯爵が組閣を試みたが、庶民院議員の支持を得られず(議員558名のうち、192名がペラムを支持、80名がグランヴィルとバースを支持)、14日にはペラムが首相に復帰した。この事件を機に国王はペラムに完全屈服する羽目となり、大ピット登用も実現させることができた。しかし同時にこの事件は「国王はホイッグ政治家によって不当に囚われている」という神話を強化することになり、ペラムは同時代のカリカチュアで「国王ヘンリー9世」(King Henry the Ninth)として度々取り上げられるようになった。
1746年4月17日、王立協会フェローに選出された。