FC岐阜SECOND
2006年に「FC岐阜B」として設立。設立目的は、2006年にFC岐阜が行ったレギュラーの入替に溢れたアマチュア選手の受け皿となることと、2012年の第67回国民体育大会(ぎふ清流国体)に向けた強化であった。
初年度に関係者による日程見落としのため、試合を放棄。棄権試合扱いとされ同年の成績を無効とされた。
2008年に「FC岐阜SECOND」に名称変更。同年には岐阜県サッカー選手権大会で優勝し、第88回天皇杯全日本サッカー選手権大会に出場した。2010年より東海社会人サッカーリーグ2部に、2011年から東海社会人リーグ1部に参入している。
なお運営会社の株式会社岐阜フットボールクラブは、長年の経営環境の悪化により、ぎふ清流国体開催後は当クラブを維持していくことは無理という認識をしていた。 当初の目的であったぎふ清流国体では、2回戦で京都府に敗れベスト8に終わったが、FC岐阜SECONDが単独で岐阜県チームとなった翌年の第68回国民体育大会(スポーツ祭東京2013)では決勝で東京都を破り、岐阜県に同競技初優勝をもたらした。
2013年、第49回全国社会人サッカー選手権大会で3位に入賞し、第37回全国地域サッカーリーグ決勝大会への出場資格を得たが辞退した。