貧酸素水塊
すでに述べたように、海底地形や潮の流れが大きく影響する。
また、生活廃水や工場廃水等の水域への流入によってもたらされる窒素やリン等の栄養塩の増加(富栄養化)は、植物プランクトンの大量発生をもたらすが、水域の水の流動性が低く海底地形が窪地等の閉鎖的な水域の場合は大量発生した植物プランクトンが海底に堆積し、結果的に貧酸素水塊の形成を促進する。
ただし、海底地形が自然な窪地であることで、貧酸素水塊が常時発生しやすく、生態系に良い影響を与えている場合もある。例えば、浜名湖北部の海底には水深10m程の窪地があり貧酸素水塊が常時発生している。この浜名湖北部の貧酸素水塊によって海底からリンが溶出することにより、都田川等の河川の豊富な栄養塩に合わさり、浜名湖北部表層で植物プランクトンが発生しやすく、主に中南部に広がる水深4m以浅の浅場に生息するアサリに豊富な餌を供給している。
多くの渦鞭毛藻のシストは無酸素条件下では発芽できない。何らかの原因で貧酸素水塊がなくなると、貝毒等の有毒渦鞭毛藻が増殖する契機に繋がると懸念されている。