内藤氏
しかし、三好家の重臣であり国貞の娘婿であった松永長頼(内藤宗勝)が嫡男の内藤貞勝に家督を継がせ自らは後見役としてこれを建て直し、波多野氏を降して、丹波のほぼ全土を支配した、永禄5年(1562年)には、前年まで内藤蓬雲軒宗勝と名乗っていた父・長頼が「備前守」を称するようになっており、貞勝は何らかの理由(死去か)で当主でなくなっているが、三好長慶死後の永禄8年(1565年)8月に赤井直正に敗れ戦死した。翌年には宗勝の甥松永孫六が守る八上城も陥落。 その後、宗勝の次男内藤如安が家督を継ぎ、元亀4年(1573年)の足利義昭と織田信長の決戦の際、丹波国人の宇津頼重とともに京都に出陣し織田信長と戦っている(槇島城の戦い)。天正3年(1575年)6月には織田信長は、内藤氏や宇津氏討伐の兵を挙げ、同年10月の黒井城の戦いで今度は明智光秀が赤井直正に破れたものの、如安が代官を務めていた亀岡が落とされ(後に1578年に丹波亀山築城)、内藤氏の八木城が落城したのは天正7年(1579年)であった。これにより戦国大名内藤氏は滅亡した。
なお、内藤如安は松永長頼の子であり、キリスト教を信仰していた。彼は豊臣秀吉に仕え、朝鮮出兵にも参戦、同族で一世代下に当たる小西行長とともに講和交渉に活躍している。のち、加賀藩に仕えるもキリスト教禁教令が発布された(1614年)、マニラに追放され、1626年同地で死去した。