九鬼隆一
天心も奔放な性格で知られ、人格面での相性は必ずしも良好でなかったと考えられている。しかし、藩閥に属せないため得意分野を確立したい九鬼と、寺社などを相手に研究を進めるため権力の支援を必要とする天心の間では利害関係が完全に一致していた。さらに両者は共に人並み外れた能力を有しており、これが20年以上にわたる両者の関係を支えた。しかし、岡倉と九鬼の妻との不倫、美術学校騒動などで関係は決裂した。
翌明治14年(1881年)に自由民権運動に歯止めをかけようとした伊藤博文らにより、いわゆる明治十四年の政変が起き、大隈重信が政府から追放された。この際に、大隈や福澤諭吉が藩閥政府に代わる内閣を組織しようとしていたとの疑惑から、福澤の影響が強い慶應義塾出身の官僚が多数官を辞することになった。この中には犬養毅、尾崎行雄などが含まれる。
しかし九鬼は、彼らと一線を画して文部省に残り、福澤の文明開化主義に反対する伝統主義的な教育政策の実施者となった。このため九鬼と福澤の関係は極度に緊張し、後に福澤の会合への招待状を誤って九鬼に送った事務担当者に対する注意の中で、『九鬼の存在は座上に犬ころがいるようなものだ』という過激な表現を福澤が用いている。なお、最終的には九鬼が福澤に謝罪する形で両者の間に和解が成された。