プロクロロン
プロクロロンから宿主へ光合成産物の供給や、有毒物質分泌による被食防御が考えられているが、その生理生態的相互関係についてはよくわかっていない。ゲノム情報からは、プロクロロンは窒素固定能を欠くと考えられている。プロクロロンが共生したホヤ類からはさまざまな生理活性物質が見つかっており、その薬理作用などが注目されている。
一方、プロクロロンは常にこれら動物の共生者としてのみ報告されており、自由生活性のものは見つかっていない。プロクロロンは宿主体外では生育できないと考えられているが、宿主であるホヤ体内での代謝や物質交換などに関してはよくわかっていない。
またこれらのホヤは、共生藻としてプロクロロンのみをもつ場合もあるが、他の藍藻が共存している例もある(被嚢中のみ)。このようなプロクロロン以外の共生藍藻の中にも、ウスボヤ科のホヤと特異的な共生関係を結んでいるものがいる。Synechocystis trididemni はウスボヤ類の共生藻として報告された種であり、ミスジウスボヤ属の一種 (Trididemnum nubilum) はこの藍藻(または類似種)のみを共生藻としている。