司法行政権
)が日本国憲法第76条第3項に基づいて良心的な判決を書くことができるのは、自分の定年が間近となり、事務総局からの転勤命令に振り回される心配がなくなった時だけであるとも言われている
裁判所法第48条は建前上、裁判官は意に反した転勤を強いられることはないと規定しているが、実際に事務総局からの転勤命令を断れば将来的に人事面で冷遇される恐れがあるため、ほとんどの裁判官は事務総局からの転勤命令に逆らうことができない仕組みになっている。この点において、日本国憲法第76条第3項と同じく裁判所法第48条も事務総局によって有名無実化されていると言える。なお、日本以外の諸外国の裁判所においては、真の意味で裁判官の独立を保障するため、日本のような上層部機関の命令による裁判官の転勤制度は存在せず、裁判官のポストに空席が生じた場合の後任については応募制となっている。
現場の裁判官による日本裁判官ネットワークからは、事務総局の命令による裁判官の転勤制度を廃止し、裁判官のポストに空席が生じた場合の後任については諸外国の裁判所と同じく応募制とすること、高等裁判所長官・地方および家庭裁判所所長・部総括判事といった重要なポストの任命については選挙制とすること、あまりにも激務な裁判官の労働条件を改善し、形骸化されている裁判官会議を復権させて、日本の裁判所を正常に機能させるためには、裁判官の人数を少なくとも現在の2倍に相当する7000人に増員する必要があるとも提言されているが、これらの提言は未だに実現されていない。
裁判所が有する司法行政権は、建前上は裁判官会議の議に基づいて執行されることが定められているものの、日本は人口の多さと比べて裁判官の定員が極端に少なく、裁判官の仕事は非常に多忙で、実際の裁判官たちは裁判官会議に時間をかける余裕がないため、実質的には最高裁判所の内部に存在する事務総局が司法行政権の全てを掌握する形になっている。元裁判官たちの証言によると、日本の裁判官会議は単に事務総局が決めたことを追認するだけの形骸化した会議に過ぎず、現在は下級裁判所事務処理規則の変更などによってその権限も大幅に縮小されてしまっているという。
日本国憲法第76条第3項の条文は「すべて裁判官は、その良心に従い独立してその職権を行い、この憲法及び法律にのみ拘束される」であるが、この条文は司法省の後身である最高裁判所事務総局によって完全に死文化された状態となっている。そもそも、前述の通り司法省自体は太平洋戦争終了後に廃止されたものの、それまで司法省から全ての裁判所と裁判官を支配・統制していた官僚たちの多くが事務総局へ移籍し、今度は最高裁判所の内部から全ての裁判所と裁判官を支配・統制する形になってしまった。このため、事務総局は「司法省の戦後の再編成版」とも形容されるほどの強大な権力を有する司法行政の中枢機関となっており、日本国憲法第76条第3項の本来の条文は事務総局によって完全にその機能を奪われた状態が続いている。実際に事務総局での勤務経験もある元裁判官の瀬木比呂志によると、日本国憲法第76条第3項の実態は「すべて裁判官は、最高裁と事務総局に従属してその職権を行い、もっぱら組織の掟とガイドラインによって拘束される」であるという。