足利義晴
その上、細川氏の家臣(内衆)の中でも柳本賢治や松井宗信のように義晴との和解を主張する者もいた。そして、何よりも義維は細川晴元が京都の実権を握った後も、治安の悪化によって上洛できなかった(=将軍として在京できる条件が揃わなかった)ために、義晴を解任して将軍宣下を受けることが出来なかったのが、彼が堺公方に留まって中央政権になり得なかった最大の要因であった(後に義維の息子・義栄が上洛しないまま将軍宣下を受けているが、この時の将軍職は空席)。
諸大名への偏諱授与や白傘袋、毛氈鞍覆、塗輿の免許、昇進申請など栄典授与を行ったのもまた、義晴のみであった。義晴が明に勘合符を求めて国書を発給したのも、将軍のとしての権限を行使したものである。義晴と義維はともに「公方」「大樹」と並び称されたが、多くの人々は義晴を正式な将軍として認めており、その差は大きかった。
朝廷は義晴のみを正統な将軍として見ており、「享禄」「天文」への改元の際には義晴方のみと交渉を持ち、義維方には諮っていない。とはいえ、「享禄」「天文」の改元を行う際に改元を要請する武家執奏と、そのための費用献上を行ったのは義晴であった。
義晴は朝廷との関係を重視した将軍であった。義晴は足利義満以来続けてきた日野家との婚姻関係に代わって、五摂家の一つ・近衛家出身の正室を迎えることにより、朝廷との関係強化を図った。他方、この結婚は将軍家よりも、近衛家の方が望んで実現したものだという見方もある。戦国時代になると、公家は所領を大名や国人に横領され、五摂家の近衛家といえども例外でなく、財政難に喘いでいた。
義晴地蔵寺(現在の大阪府交野市)
一方で『近江國滋賀郡誌』(明治14年(1881年))には、「頼珍逆修」と刻まれた彼の墓が穴太に現存すると記されている。
相傳フ在昔安福寺ト號スル寺址アリ其址中ニ墓碣アリ高サ三尺許頼珍逆修ト鐫録ス即チ義晴ノ墓ナリト未ダ之ヲ詳ニセス
5月14日、高国が失脚して京都から逃亡したのち、28日に義晴は軍勢2万(うち1万は六角勢)とともに近江坂本に移った。和睦交渉自体は晴元と義晴方の六角定頼との間で継続されたが、堺の義維が阿波に退却しなかったため、義晴は晴元を疑うようになった。そして、7月に元長が京において、地子銭の徴収を強行したため、交渉が決裂した。
9月、義晴は高島郡朽木庄に落ち延びた。朽木庄を含む高島郡内には7氏もの幕府奉公衆たる領主がおり、義晴が頼った朽木氏の当主・朽木稙綱もその一人であった。また、湖西地方の朽木は京から北東の地で最も安全が確保された地で、日本海側への逃走ルートを確保できる位置にもあり、いざとなれば義晴方の勢力がある北陸・山陰に抜けることができた。義晴は朽木滞在中、岩神に居住したが、阿野季時や大舘尚氏、大和兵部少輔なども付き従った人々も、それぞれ宿所を持っていた。
義晴は2年半にわたり、朽木において幕府政治を行った。朽木の義晴には多くの人々が付き従い、奉公衆・奉行衆・昵近公家衆・外様衆・御供衆・御部屋衆・申次衆・番衆・同朋衆・女房衆ら幕府を構成する人員が揃っており、相当数が朽木に滞在していたため、亡命先での幕府政治を可能とした。