東京武蔵野シティFC
横河武蔵野FC時代の2015年までアカデミー(普及育成部門)は横河パイオニックスが運営していた。2016年2月1日よりユースおよびジュニアユースを特定非営利活動法人武蔵野スポーツクラブへ統合し、ユースをU-18、ジュニアユースをU-15としてトップチームと一体で運営することとなった。
東京武蔵野シティFC U-18
東京武蔵野シティFC U-15
なお、アカデミー出身者は東京武蔵野シティFCの選手一覧#下部組織出身者を参照。
この年、クラブライセンスのスタジアム基準について「スタジアムを将来的に整備することをライセンス申請者が文書で約束した場合」という施設基準の例外適用要件が加わったこともあって2年ぶりにJ3ライセンスを申請し、「5年以内にスタジアムを新設すること」を要件として2020年度のJ3ライセンスが交付された。今回のライセンス交付について、クラブ代表(理事長)の井草直人は「今後は早急に新スタジアムの構想を具現化していかなければなりません」との意向を表明している。
しかし、クラブは上記J3ライセンス認定を受けた段階では、J3昇格の際に求められる「1試合平均2,000人以上動員」に届いておらず、11-12月に予定されている主催3試合で1試合4,000人以上集客することを目指して無料招待券を配布して、動員面の条件充足と2020年度のJ3昇格が認められるように目指している。