有鱗目 (爬虫類)
同じ爬虫類でも、カメ・ワニは体軸に平行な総排出腔内に哺乳類の物と相同と思われる真の陰茎をもっており、海綿体の膨張により総排出腔から押し出される。しかし有鱗目には陰茎はなく、その代わりに半陰茎(ヘミペニス, hemipenis)と呼ばれる独自の器官を持つ。
半陰茎は袋状の器官で左右に1本ずつ1対あり、通常は尾の付け根に納められている。トカゲ・ヘビの雌雄が尾の付け根の太さで見分けられることが多いのはこのためである。専門家は専用のセックスプローブと呼ばれる先端が丸くなった滑らかな棒を使い、それが総排出腔から後方の反転した半陰茎に差し込めれば雄、差し込めなければ半陰茎がないので雌、として雌雄を見分ける。半陰茎は交尾の際には体軸に直角な総排出腔から左右どちらか片方が反転することにより突出する。その反転機構のために精子の通り道は管状とはならず、精子は精溝と呼ばれる溝を伝わって雌の総排出腔に到達する。半陰茎は袋状とはいえ単純なソーセージ型の物は無く、トゲ・瘤などが複雑に発達して形状も千差万別で種によって細かく異なるので、分類や種の同定に用いられる。
小は体長数cmのトカゲから大は10m近くにもなるニシキヘビの仲間まで、その多様性において、脊椎動物の目として有鱗目に比肩しうる物は少なく、他の綱ではスズキ目とスズメ目がいる程度である。
この他に絶滅群として恐竜目・翼竜目・魚竜目・鰭竜目・獣形目が設定されており、恐竜目を竜盤目と鳥盤目に分割するなどの議論があったが、現生爬虫類としては長らくこの5目とするのが基本だった。
ヘビ類とトカゲ類が解剖学的に共通した形質を持つことは早くから知られていたが、爬虫類が3目だった頃から別々に分類されていたこの2群はなかなかまとめて扱われなかった。有鱗類(Squamata)という語はニコラウス・ミヒャエル・オッペル(Nicolaus Michael Oppel)によって1811年という早い時期に提唱されているにもかかわらず、現生爬虫類を5目(喙頭目・トカゲ目・ヘビ目・カメ目・ワニ目)から、現行と同じ4目(喙頭目・有鱗目・カメ目・ワニ目)とする分類大系が一般化したのは、やっと20世紀に入ってからである。
トカゲ目とヘビ目が有鱗目の亜目に格下げされて以降、SauriaとOphidiaはそれぞれトカゲ亜目とヘビ亜目を指す言葉となったが、一方でトカゲ亜目に対してはLacertilia、ヘビ亜目に対してはSerpentesという語を用いることも一般的となっている。
また、分岐分類学的なクレードとして、"Sauria"を使用している例があるが、これは鱗竜形類と主竜形類をまとめた群に対して最近になってあらためて名付けられたものであり、元来のSauriaとは全く別の物である。