マロニエ新宿号
その一方で、宇都宮・鹿沼方面と東京間の利用は佐野経由による所要時間延長により利用者が減り、栃木県内宇都宮 - 佐野間の区間利用が可能な制度を導入するも成果が上がらず、もともと新宿 - 宇都宮間の利用を期待していた関東自動車(関東バス)は2006年、「マロニエ新宿号」から撤退するに至った。また「足利わたらせ号」も国道50号渋滞に巻き込まれて延着が発生するなどで利用者が伸びず、減便を経て2007年に佐野 - 足利間を区間廃止して運行区間を東京 - 佐野間に短縮、愛称を「マロニエ東京号」に変更した。
同年、東京 - 佐野間の利用率も芳しかったわけではないが、佐野市が中心となって当時バス乗務員が行っていた佐野での乗車券発券作業も賄える佐野新都市バスターミナルを開設、佐野市の後ろ盾を背景として同区間の増便が行われた。
2009年8月31日には鹿沼バスターミナル - 宇都宮市内各停留所間、2013年6月2日には佐野新都市バスターミナル - 鹿沼バスターミナル間の営業運転がそれぞれ終了し、現在は新宿駅 - 佐野新都市バスターミナル間の「マロニエ新宿号」と東京駅 - 佐野新都市バスターミナル間の「マロニエ東京号」をあわせて平日28往復、土休日33往復(深夜便「ミッドナイトマロニエ号」下り1本を含む)が運行されている。
2010年10月1日より、JRバス関東の高速バスとしては初めて運賃の支払いにSuica・PASMOが使用できるようになった。また、同日より深夜便「ミッドナイトマロニエ号」を新宿駅→佐野新都市バスターミナル間で運行を開始している(下り1本)。
2016年4月4日より、新宿駅の発着場所をバスタ新宿(新宿駅新南口)に変更した。