エストニア (クルーズフェリー)
エストニアの沈没については、陰謀論が存在している。イギリスの左派系週刊誌ニュー・ステーツマン(英語版)によれば、ドイツのジャーナリストユッタ・ラーベ(英語版)が主張するところでは、違法に入手したエストニアの船首部分の破片を研究所で検査したところ、爆発の痕跡があったとしており、バルト海沿岸諸国とイギリスによるエストニアの沈船調査を拒否する合意は、諜報活動としてロシアの軍事物資を民間のフェリーを使用して密輸した事を隠蔽するものであると、疑惑を向けている。JAICの一員はこれを否定しており、破片に残された損傷はバウバイザーの脱落によるものであるとした。JAICは、ドイツ連邦材料試験研究所(英語版)の調査結果を引用し、ユッタ・ラーベの試料は、爆発を証明するものではないとした。
この陰謀論の背景には、2004年11月のスウェーデン・テレビの報道から始まった調査が存在している。スウェーデンの元税関職員が、エストニアは1994年9月に軍需物資の輸送に用いられていたと主張した。スウェーデンとエストニアの両政府はこれを受けて調査を開始し、1994年9月14日から20日にかけて爆発物ではないものの軍需物資が積載されたことを確認した。スウェーデンの国防省によれば、沈没当日には積み込まれておらず、スウェーデン税関による事前検査でも、当日に異常な活動は報告されていなかった。
エストニアの沈没は、ドキュメンタリーとして数多く取り上げられている他、創作にも反映されている。
バルティック・ストーム
ヒストリーチャンネル:Sinking of the Estonia
ゼロアワー(カナダとイギリスのテレビ番組、en:Zero Hour (2004 TV series)): The Sinking of the Estonia
海難事故の聖歌(英語版):ヤーコ・マンテュヤルヴィ(英語版)による合唱曲。
大波の魔術:ヴェリヨ・トルミスによる合唱曲。
エストニア(英語版):マリリオンの楽曲。
Vedenalainen maailma:ラウラ・シッポラ(英語版)の楽曲
フレンチアルプスで起きたこと:映画の主題と絡めて沈没時のエピソードが語られる
沈没事故の処理が一段落すると、犠牲者の関係者は遺体を回収して埋葬することを求めるようになった。同時に船体を浮揚し、事故の詳細を明らかとすることも求められた。技術的な困難さと、海底から腐敗した遺体を回収することの倫理的問題点が指摘され、加えてサルベージ作業による財政的な負担も懸念された。スウェーデン政府は、沈没地点をコンクリートで覆い埋葬する案を提案した。その準備段階として、数千トンの礫が現場海域に沈められた。
スウェーデン、フィンランド、エストニア、ラトビア、ポーランド、デンマーク、ロシア、イギリスによってなされた1995年のエストニア合意(Estonia Agreement 1995)は、事故地点を聖域化し、各国民が沈船に接近することを禁ずるものであった。これは合意に参加しなかった国を拘束できるものでは無かったが、スウェーデン海軍は少なくとも2回の不法な潜水調査を明らかにしている。現場海域は、フィンランド海軍によってレーダーを用いて監視されている。2006年5月8日には、エストニアとスウェーデンの犠牲者の関係者が、合意に参加した各国へ潜水禁止の停止を請願した。これは、新たな証拠を求めて調査する目的であるとするものであり、同時に独立した専門家による透明性のある調査も求めていた。