畠山稙長
長経は天文4年(1535年)ないし5年(1536年)頃には消息がわからなくなり(『足利季世記』では家人に毒殺されたとされ、後の軍記・系図では犯人を遊佐長教・木沢長政としているが裏付けはない)、弟の晴熙(播磨守)が擁立されている。しかし、長経と違い、晴熙は幕府から家督の承認を受けた史料が見られず、正式に義晴や晴元から家督として承認されなかった可能性がある。
そのためか、天文7年(1538年)、晴熙に代わって、畠山晴満(弥九郎)という人物が当主に擁立されている。晴満と総州家当主畠山在氏をそれぞれ河内半国守護として置いた。尾州家と総州家の実力者である長教と長政が一向一揆などの脅威に備えるため両畠山氏の和睦に動き、このような体制を構築したのであるが、実権は2人が握っていた。この晴満という人物の母方の伯父は「典厩」とされており、また、晴宣・晴熙・政国・基信と違い、本願寺の資料で稙長の弟とは書かれておらず、系図などにも名前が見えないため、この晴満の伯父の典厩は晴元方細川典厩家の細川晴賢であり、晴元側の息の掛かった人事である可能性がある。この晴満の擁立に不満を示したのか、同年8月には稙長と丹下盛賢は河内へ向かうことを計画し、この時期に上洛を目的としている尼子晴久と本願寺に音信を交わしており、更に高国残党である細川氏綱も庇護していた。
長政の滅亡後、稙長・長教は表向きは幕府・晴元方に帰参しているものの、天文13年8月頃には細川氏綱が軍事行動を計画しており、同時期に畠山稙長・遊佐長教・丹下盛賢が本願寺に細川氏の争いに関して協力を依頼しているため など、両者は水面下では依然として繋がっていた様子であり、氏綱は尼子氏とも連絡を取り続けていた。
稙長は以降も、遊佐長教に自身の姪である日野内光娘を嫁がせるなど関係を強化したほか、元晴元・長政陣営だったと思われる鷹山弘頼・安見宗房を尾州家に取り込み、大和で軍事行動をさせるなど、体制の強化に勤しむ。また、分国である越中の守護として、能登の畠山義総や証如を介し、神保長職・椎名長常の越中における抗争の和与を図った。
しかし、天文14年(1545年)4月頃に氏綱方が再度挙兵する最中、5月15日に稙長は死去した。享年37歳。「言継卿記」「厳助往年記」共に「頓死」と書かれ、急死だったと見られる。更に重臣の丹下盛賢も同時期に病死しており、以降の守護家の後退はこれらの原因も考えられる。「厳助往年記」では、稙長の死去により氏綱方牢人衆は力を失い、沈静化したという。