崇教館
内容は和漢学、数学(和算)、筆道、長沼流兵学、兵馬術、弓術、剣術、槍術、砲術、遊泳術、小笠原流習礼など。維新後には皇学、医学、数学(洋算)が追加された。
授業形態は、十三経や和漢史類の素読、復読、聴講、質問、輪読、輪講、独読、会読の方法が採用され、力量に応じて詩文作が課された。筆道は和様・漢様の両様を習得させ、兵学書は儒官が講釈した。
年末に定期試験があり、「学庸済み、四書済み、詩書済み、五経済み、十三経済み」の5段階に分け、武道は各師範家が年間の勤惰と武技の成否を元に優劣を定めた。成績優秀者、皆勤者には賞詞が与えられた。
藩学おいては小学、藩学の2段階に分け、それぞれ下中上の三等級を置いた。また藩学には和書138種、漢籍175種、兵学書63種の蔵書があった。
本来は50石取以上の諸士子弟に入学が限られ、軽輩の士は専ら武道のみを修めるものとされたが、維新後に藩学に転じた際に、卒族子弟の入学も可能となった。藩学に於いては8歳から14歳までが小学で学び、藩学に進むものとされた。生徒数は文政・天保のころは約60名、文久・元治以降は約260名、藩学に転換後は約300余名であった。
和漢学 四書、小学、近思録、五経三礼、三伝、孝経、爾雅、本朝通記、国史略、皇朝史略、日本外史、大日本史、十八史略、史記、漢書、通鑑網目、文章軌範、八大家読本、唐宋詩集類、白鹿洞書院掲示
兵学 七書、兵要録、大要録、経権提要(藩政時代) 上記のほか、歩操新式、野戦要務、歩兵程式、士官必携、築城典型、三兵答古知機(維新後)
医学(維新後) 博物学、病理学、化学、薬剤学、解剖学、治療学、厚生学
皇学(維新後) 童蒙入学門、稽古要略、古道訓蒙頌、神徳略述頌、古学二千文、荷田大人啓、皇典文彙、古語拾遺、古事記、日本紀、続日本後紀、日本後紀、続日本紀、文徳実録、三代実録、万葉集、古今集、詞の八衛