フランシスコ会
彼らの標語「会則の遵守(レグラーリス・オブセルヴァンティア、Regularis observantia)」から、このような改革派(原始会則派)をオブセルヴァンティス派といい、かつてのスピリトゥアル派的主張を吸収した。これにに対して保守派(修道院派)はコンヴェントゥアル派と呼ばれた。コンヴェントゥアル(コンベンツァル)とは、「Convent」(共住・修道院)の語に由来するもので、当時、都会に所在する修道院やそこに定住する会員を指した。この呼称は、聖フランシスコの生きていた時代から存在した。会則派(改革派)の運動は継続的なものとなり、やがてフランシスコ会の主流を占め、さらに、16世紀には会則派のなかから、イタリアのレフォルマーティ派、フランスのレコレクト派、スペインのアルカンタラ派など内部改革の運動が生じた。
1517年、教皇レオ10世によってコンヴェンツアル派と改革派は正式に分割されたが、正式な修道会としての成立はレオ十三世の治世を待つ。主流派は改革派となった。
1525年には、イタリアのサン・ポーロ・デンツに近いモンテファルコーネ修道院でマテオ・ダ・バッシ(英語版)(マテオ・バスキ)が改革派(オブセルヴァンティス小さき兄弟会)のなかから後の「カプチン小さき兄弟会」を起こした。カプチン会は、1528年、ローマ教皇教皇クレメンス7世の認可を受け、こうして、修道会派・会則派・カプチン会の3つの分派が成立した。1538年には南イタリアのナポリでクララ会から分派した女子カプチン会も創設されている。カプチン会は当初は「コンベンツァル小さき兄弟会」の庇護下にあったが、1619年に認可され、独立の修道会となった。
「清貧論争」におけるスピリトゥアル派の理論家として知られるのが、ペトルス・ヨハンニス・オリーヴィ(英語版)(ピエトロ・ディ・ジョヴァンニ・オリーヴィ)である。オリーヴィが唱えた「貧しき使用」論は、問題の本質が法的権利の如何にあるのではなく、宗教生活の実践にあることを主張し、厳格派の人びとからの絶大な支持を得た。オリーヴィによれば、「貧しき使用」こそがフランシスコ会の本質であり、修道会に加入する際の誓願に絶対的義務として掲げられている条目である。それゆえ、それはあらゆる機会、すべての行為において全面的に営まれていかなくてはならない実践項目である。その厳格な清貧を実行にうつしてこそ、人間は世俗の財への執着を滅して、この世から離脱して霊的に自由な身となるのであって、それこそがいわば人間の霊的完成の条件たりうるものであった。彼らは聖人フランチェスコのカリスマを絶対視し、その会則をキリストとの神秘的な一致に由来を発していると考え、会則はキリストの福音と同じである、とした。それゆえ、会士たるものフランチェスコの「遺言」に忠実で、「裸のキリストには裸で従う」清貧を文字通り実践していかなくてはならない、と考えるのである。したがって、彼らが教皇特権に依存する修道会のあり方に反対するのも当然であり、オリーヴィ自身はあくまでも修道会にとどまって清貧実践の道を模索したが、彼の影響を受けたスピリトゥアル派は修道会の外部に独自の集団を形成しようと試みた。
コンヴェントゥアル派とスピリトゥアル派の対立が先鋭化し、前者による後者迫害と後者の分派活動が明白になったのは、1280年代のことである。上述のようにスピリトゥアル派の中心は南フランスと北イタリアであった。
こうして、信仰の内面化が進行し、個人としての信仰の確立が求められるようになったのに加え、それと都市生活との折り合いを図る必要が生じた。ローマ教皇庁もまた、托鉢修道会が一所定住の掟をやぶり、過激な福音主義を説く点では、異端に近い要素をかかえていたことを承知しながらも、このような動きをうまく利用することで、異端の消滅と市民の教導という当時教会がかかえていた最も重要な懸案をともに解決することが可能であるとみて、これを承認し、ときには支援したと理解される。実際上も、フランシスコ会は、ドミニコ会同様、異端審問官として活動することにより、異端に対する強力な防波堤となったのであった。
しかし、フランチェスコの回心はきわめて個人的で、また彼にとってきわめて実存的な経験だったのであり、実のところ、これほど教団組織の発展になじまないものはなかった。フランチェスコ本人が経験した、その直接性は彼の存命中にすでに修道会の発展の前に力を失いつつあり、フランチェスコ自身もそれに気づき、彼は最晩年、自らの創設した修道会の運営を他者に任せて自分は少数の最初から同志とともに隠修士の生活を送った。そのあいだ彼は「遺言」も書いているが、その「遺言」とは、会則は福音書におけるキリストと使徒の生活を示したものであり、一切の註釈も加えずにそれを実践すること、および教皇からいかなる特権も受けないことであった。歴代教皇からは、この「遺言」は黙殺され、そして、修道会はフランチェスコ自身が懸念した方向に向かっていったのである。