北見丸
これらより、車両甲板全幅が車両格納所となっている車両渡船では、車両甲板上に滞留した海水は自由水として傾いた側の舷側まですばやく流れるため、貨車満載状態で停泊中であれば、波周期9秒、波高6mが転覆するか否かの臨界点で、波高6.5mでは海水滞留だけで転覆してしまうとされた。さらに、石炭焚き蒸気船では、車両甲板から機関室(機械室・ボイラー室)への開口部が多数あり、滞留した海水が機関室へ流入して機関停止し、操船不能となったことも沈没の要因とされた。
これらの浸水への対策として、車両甲板面機関室開口部の水密性が確保されている限り、車両甲板船尾側面への多数の放水口設置で、車両甲板上に流入した海水を迅速に船外へ流出させることができ、船尾扉なしでも安全性の確保されることが明らかとなった。このため洞爺丸台風後、急遽建造に着手され、1955年(昭和30年)9月に竣工した車両渡船檜山丸(初代)で初めてこの方式が採用され、日高丸(初代)もこの方式で修復工事が進められた。
日高丸(初代)は9月26日11時20分、81便として貨車43両積載し、青森第3岸壁を出航、海峡は東の風23m、波6の荒天航海で、定刻15時50分函館有川桟橋の函館第4岸壁到着のところ、約40分遅れで北口から入港したが、東風強く着岸断念し、16時33分有川埠頭沖の防波堤内の西防波堤灯台真方位84度、900m地点で両舷錨鎖175mで錨泊した。17時00分頃は平穏で沖泊めのまま乗組員交代を行ったが、18時00分頃からは南寄りの風が強くなり、19時00分には南南西の風30mとなり、19時20分には錨鎖を両舷200mまで伸ばし19時30分には、船首を風に立てるため主機運転を開始した。
この頃、無動力で防波堤内を走錨していたイタリア船籍の修繕船アーネスト号(7,341総トン)を避けるため、防波堤外へ出ようとする大雪丸(初代)が日高丸(初代)の目前を通過した。20時00分頃には風は更に強まり、両舷全速前進でも、徐々に有川埠頭方向へ走錨し、またアーネスト号に接触される恐れもあるため、21時15分、防波堤外へ出ることを決断し揚錨開始。21時45分揚錨完了して防波堤外へ向け前進し、21時58分、港口通過した。
しかし、防波堤外の波浪は猛烈を極め、船体は激しく動揺し、22時10分には車両甲板船尾開口部からの大量の海水浸入が始まり、これがボイラー室、機械室へも流入した。
20時20分、最大瞬間風速48mにもなり、車両甲板上の海水滞留増加し、機械室、ボイラー室のビルジも増加、片舷に7~8度傾斜したまま、左右に20~30度動揺しだし、ボイラー焚火も困難を極めたが、蒸気圧維持可能で、両舷主機毎分130回転に調整できた。20時13分以降は通信途絶した。
21時15分、ようやく右舷錨鎖を75mまで巻き込み、両舷機前進とし踟蹰開始。21時50分には、ヒーリング装置を使用して約10度あった左舷傾斜の修正を行ったが、水平を通り越して、22時10分には右舷傾斜となり、車両甲板の滞留水やボイラー室、機械室内のビルジが右舷へ移動し、さらに右舷へ急激に傾斜、ボイラー室のビルジが水密辷戸(すべりど)の敷居越に大量に機械室へ流入し、22時30分には ボイラー焚火不能、蒸気圧低下、主機停止、その直後積載車両横転し、右舷へ転覆、沈没してしまった。葛登支岬灯台から真方位89度、2.9km、水深約50mの地点、乗組員76名中70名が亡くなった。