海洋情報部
水路書誌の編集・刊行 - 海洋観測、天文観測および港湾調査などの成果を利用して、水路書誌の編集・刊行。
水路通報の発行 - 水路図誌を最新の状態に維持するための情報、航路標識の変更、海上における工事や作業、自衛隊やアメリカ軍が実施する射爆訓練などに関する情報を提供するため、週1回の頻度で書籍およびインターネットで更新される水路情報の発行。各管区では管区水路情報を発行する。
日本海洋データセンター - 日本唯一の総合的海洋情報データバンクである日本海洋データセンターの運営。
海の相談室 - 海事専門家だけでなく海洋レジャー関係者、一般人からの質問などへの対応、各種成果発行物の閲覧や旧版海図の複写の実施。管区海上保安本部にも設置されている。
研究業務
漂流予測モデル高度化の研究 - 人工衛星による海面水温データ、海面高度データなどの解析、水温・海流のより高度な海況把握の為の研究。
海底把握に関わる研究 - 音響測深機、海底地震計、サイドスキャンソナー、音響測距装置などを用いて海底地形の状況把握に関する研究。
測地・測量に関わる研究開発 - GPSやレーザー測距などによる測位技術の研究開発。