京極高清
祖父・持清の従弟であり、侍所所司代を勤めた多賀高忠は、室町幕府や管領・細川勝元への働きかけ、叔父・京極政経を後見役に孫童子丸が家督を継ぎ近江・飛騨・出雲・隠岐守護職に補任された。孫童子丸が幼かった為、幕府は南近江の六角政堯を守護職補佐として付ける。それに対して乙童子丸派の政光と多賀清直は反発し、文明2年9月に西軍へ寝返り、六角亀寿丸と和睦して孫童子丸派を江北(湖北)から追放しようとする。
翌年の文明3年(1471年)に孫童子丸が夭折し、新たな跡目争いが起きる。同年に幕命により六角政堯が近江守護職を補任するが、従弟の六角亀寿丸に敗れ自害する。孫童子丸派の勢力は弱まり、乙童子丸派の多賀清直が孫童子丸派の多賀高忠へ攻勢をかける。幕府の後押しを受けて多賀高忠は反撃、文明4年(1472年)9月頃までに国人衆を押さえて湖東・湖北を掌握した。
追い詰められた政光は、美濃小守護代の斎藤妙椿に援助を要請し、9月末に西軍の京極政光・京極乙童子丸・多賀清直・多賀宗直・六角亀寿丸・斎藤妙椿ら連合軍は孫童子丸派を破り、京極政経・多賀高忠らを越前へ敗走させる。
文明18年(1486年)8月に出雲に下向していた京極政経が上洛、高清の家臣多賀宗直が京極政経に通じて反乱を起こした為、高清は近江甲賀郡へ逃れたが、10月に反撃して多賀宗直を破り、翌長享元年(1487年)5月に美濃から江北へ戻った多賀宗直を討ち果たす。
一方、六角高頼は六角氏の権力強化を強める為に近江国内の公家・寺社の荘園荘園や幕臣の所領を押領し、幕府に対して反抗的な態度を示した。9代将軍足利義尚は長享元年8月に、幕府の威信回復を目指し自ら六角氏へ征伐に乗り出す(長享・延徳の乱)。
高清は征伐軍に加わったが、六角征伐の最中の長享2年(1488年)8月に京極政経・多賀経家らが挙兵した。高清は近江松尾で戦い、京極政経と多賀経家を伊勢梅津へ敗走させたが、翌延徳元年(1489年)に近江国人衆の支援を得た京極政経に敗れて追放、延徳2年(1490年)に美濃の実力者・斎藤利国(妙純)を頼り越前敦賀、次いで近江坂本へ逃れる。しかし、京極政経は10代将軍足利義材(のちの義稙)の怒りを買い失脚、明応元年(1492年)12月に家督(京極氏惣領職)交代を認められる。