京都大学フィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林
当研究林全体が日本海側気候と太平洋側気候の移行帯に属しており、年間を通じて降水量が多い。事務所構内の年平均気温は11.7°C、降水量は2,353mmで、京都市内に比べると平均気温で3-4°C低く 、降水量は約1.6倍である。標高が事務所構内より約300m上昇する東部の長治谷(標高640m)では、事務所構内に比べて年平均気温が約2°C低く、降水量も400-600mm程度多くなる。また、豪雪地帯としても知られており、事務所構内の積雪深は1m前後、長治谷では2mを超える。その年の気候にもよるが、初雪は11月に降り、4月に入っても雪が舞うこともある。12月から4月初めまで根雪に閉ざされる。
かつては自ら収益を上げることである程度の独立採算を図ることと大学の財政運営に寄与することが求められ、また借地の上に運営されていることが重なり、大規模伐採・森林の荒廃という悪循環を招くこととなった。昨今では利用者に対して門戸が広く開放されていることが研究林のオーバーユースを招き、結果として林内の環境悪化につながるという問題を抱えている。
また地域振興などを鑑みて、1993年には美山町の自然文化村と京都府青少年芦生の家のツアーについて、特例として利用者心得の順守を条件に車での入山が許可された。このような活動を受けて、1997年には芦生研究林のガイド養成講座が開設され、同年に16名のガイドが誕生した。これは、一般への説明などの観点から研究林側にも歓迎されている。
なお、1990年代後半から2000年代初頭の「みどりの日」には、毎日新聞で「芦生の森を世界遺産に」というキャンペーン記事が掲載されたこともあった。ところが、入林者の増加は下草の踏み荒らしやごみの放置、あるいはトイレの問題や水質汚染などといったオーバーユースの問題を招くこととなった。このような問題については、1998年に美山町自然文化村などとの間で研究林利用に関する覚書が交わされ、ガイド・車などの数に制限が設けられ、徐々に対策が取られている。一方で、被害に拍車をかけるように近年の暖冬傾向によってニホンジカの個体が増加、春から夏にかけて木々の若芽や下草を食べつくすという食害がひどくなっていった。オーバーユースや食害といった問題は、かつての大規模伐採とは異なった形で研究林(演習林)の荒廃を招くことから、大学側にとっても大きな問題である。なお、2000年前後には長治谷作業所が老朽化によって解体されている。
近年の大学改革の流れを受けて、京都大学においても学外研究施設の統合が実施され、芦生をはじめ北海道、和歌山、徳山に設置されていた演習林、白浜の瀬戸臨海実験所、串本の亜熱帯植物実験所、舞鶴の水産実験所がフィールド科学教育研究センターに統合改組され、従来の学部単位の施設から全学共同利用施設となった。名称も広く親しまれていた「芦生演習林」から「芦生研究林」に変更されて現在に至っている。