グレート・ノース・オブ・スコットランド鉄道
中間の区間は、ガーマスにおいてスペイ川に架かる中央径間350フィート(約110メートル)の長い橋やカレンにおける大規模な築堤と高架橋が必要であり、1886年5月になって開業した。この路線には1日4本の列車が運行され、速いアバディーンからの直行列車はエルギンに2時間45分で到達した。ハイランド鉄道のポーテッシー支線は1884年に開業したが、ハイランド鉄道はGNSRの海岸線における列車運行権を行使せず、このためにGNSRもエルギン以西に列車を走らせられなかった。
GNSRは電報を使った列車指示の方式を使って開業していたが、信号システムが改良されるにつれ、単線区間においてタブレット閉塞へと改良されつつあった。急行列車はタブレットの交換のために減速する必要があり、また頻繁に鉄道員を負傷させる方式であった。そこで機関車総監督のジェームズ・マンソンは、綿を工場で移動させるために使われていた装置を基に自動的にタブレット交換をできる装置を設計した。当初はタブレットを15マイル毎時(約24 km/h)で交換していたが、すぐに路線の最高速度で交換するようになった。フレイザーバラ線での試行ののち、この仕組みは1889年5月に海岸路線に導入され、1893年1月1日までにすべての単線区間で運用を開始した。
1890年にマンソンの後任として、当時ミッドランド鉄道で機関車総監督を務めていたサミュエル・ジョンソン(英語版)の息子、ジェームズ・ジョンソン(英語版)を機関車総監督とした。1893年に、ニールソン製の6両の車軸配置4-4-0のテンダー機関車が納入された。これは過去のGNSRの蒸気機関車のどれよりも強力であり、またクラークの煙除去装置を搭載しない最初の機関車であった。S形という形式を与えられ、加速度の高さと高速性能に優れ、これ以降のGNSRのテンダー機関車の基本となった。マンソンは、車軸配置0-4-4のタンク機関車の設計をして去っていたが、ジョンソンはその設計の火室、ボイラー、弁装置などを変更してS形テンダー機関車と同じにして、ディーサイド線用に9両を発注した。1893年に納入され、ほとんどは1900年にアバディーンの近郊列車牽引用に転用された。
1894年にウィリアム・ピッカースギル(英語版)がジョンソンの後任に就任し、1895年から1898年にかけてニールソンから26両の新型機関車を購入した。ジョンソンのS形と類似したもので、最高速度79.66マイル毎時(約128.20 km/h)を記録し、ケネスモントからダイスまでの26.5マイル(約42.6キロメートル)を23分46秒で走った。1899年にさらに10両が発注されたが、列車キロが削減されたためこのうち5両はサウス・イースタン・アンド・チャタム鉄道(英語版)に売却された。
アバディーン-インヴァネス線(英語版)は、旧GNSR鉄道線をキースまで利用しており、駅はダイス、インヴァルリー、インズチ、ハントリー、キースである。アバディーンとインヴァネスの間は1日11本の列車が走り、所要時間は約2時間15分で、さらにアバディーンとインヴァルリーの間はほぼ同数の区間列車が運行されている。2030年完成と予定されているプロジェクトで、この路線はアバディーンとインヴァネスを結ぶ定期列車を1時間おきに運転できるように改良されることになっており、インヴァネスとアバディーンに追加の通勤列車、キントアとダルクロス、インヴァネス空港のそばに新駅が設置される。
保存鉄道や観光鉄道も旧GNSR線を利用している。キース・アンド・ダフタウン鉄道(英語版)は、キースとダフタウンの間の11マイル(約18キロメートル)にイギリス国鉄108形気動車(英語版)を使った季節列車を走らせている。ストラススペイ鉄道(英語版)は、旧ハイランド鉄道線のアヴィーモア駅(英語版)からグランタウン=オン=スペイ(西)駅(英語版)まで、ハイランド鉄道とGNSRの共同駅であったボート・オブ・ガーテン駅経由で季節列車を運行している。ロイヤル・ディーサイド鉄道(英語版)は、旧ディーサイド鉄道のバンチョリー近くのミルトン・オブ・クレイシズで1マイル(約1.
1841年にロジーマウス(英語版)とクラゲラチー(英語版)を結ぶ全長16マイル(約26キロメートル)の複線鉄道、マレーシャー鉄道(英語版)が提案され、1846年に必要な免許が出たが、提案されていたGNSRのエルギン - オートン間を利用するためにルートが変更された。財務問題により建設が遅れたが、最終的に1851年にロジーマウスからエルギンまでの区間で工事が始まった。全長5.5マイル(約8.9キロメートル)の路線は1852年8月10日に開業し、エルギンからロジーマウスでの祝賀行事に向かう特別列車が運行された。一般営業は翌日から開始され、1日5本の列車が所要時間15分、途中2か所のリクエストストップがあった。一等車と二等車が連結されており、運賃は1マイルあたりそれぞれ1.5ペニー、1ペニーであった。しかし、エルギンからオートンまでの路線を建設したのはインヴァネス・アンド・アバディーン・ジャンクション鉄道であり、この路線から分岐してロシス(英語版)までの線を建設する免許がマレーシャー鉄道に1856年7月14日に与えられた。インヴァネス・アンド・アバディーン・ジャンクション鉄道はエルギンに自社の駅を建設し、マレーシャー鉄道の駅とは東側の分岐点で連絡していた。インヴァネス・アンド・アバディーン・ジャンクション鉄道は1858年8月18日に開業し、マレーシャー鉄道は8月23日から列車を走らせ始めた。
王室専用列車(英語版)は、一般営業を開始するよりも1か月近く前の1866年9月にバラター駅を利用した。当初はヴィクトリア女王は1年に1回訪問しており、1861年に王配のアルバートが亡くなると1年に2回となった。エドワード7世が1901年に国王に即位すると、再び1年に1回の訪問となった。1865年10月8日から、王室がバルモラル滞在中には1日に1回の「メッセンジャー列車」が運行された。これらの列車には一等車が連結されていたが、侍従たちには三等車の運賃が請求されていた。1850年代末から1860年代初めにかけて、GNSRとスコティッシュ・ノース・イースタン鉄道はアバディーンの共同駅をめぐって争っていた。進捗のなさにいら立ったスコティッシュ・ノース・イースタン鉄道は、ディーサイド鉄道を横断する新線を提案した。スコティッシュ・ノース・イースタン鉄道とこの新線をディーサイド鉄道に連絡する議論を行っている間に、ディーサイド鉄道をGNSRに貸し出す提案が出され、GNSRはすぐにこれを承認した。ディーサイド鉄道取締役会は1862年5月13日に貸し出しを多数決で承認し、議会は1866年7月30日にこれを承認した。アボイン・アンド・ブライマー鉄道は独立して存続したが、列車の運行はGNSRが担当した。