コウマクノウキン門
コウマクノウキン門に属する生物は、腐生性(植物遺体など生きていない有機物から栄養を得る様式)または共生(寄生を含む)して宿主から栄養を得ている。
腐生性の種は淡水または土壌から見つかるが、海からは確実な記録がない。ただし環境DNAの調査では、コウマクノウキン類のDNAは海からも見つかっている。世界中に分布するが、カワリミズカビ属やブラストクラジエラ属は特に熱帯域から亜熱帯域に多い。またコウマクノウキン類は休眠胞子嚢を形成するため、乾燥しやすい環境に適していると考えられている。カワリミズカビ属は定期的に浸水・乾燥する場所からよく単離され、その休眠胞子嚢は乾燥土壌中で30年間生存していた報告がある。アサの種子、バラ科の果実、樹枝、花粉、羽、毛、昆虫の遺骸などの基質を用いることによって、淡水や土壌からコウマクノウキン類を単離することができる。このことから、コウマクノウキン類にはセルロース、キチン、ケラチンなどの分解能をもつものがおり、このような環境において分解者として重要であると考えられている。
カワリミズカビ属や Blastocladia pringsheimii、Catenaria anguillulae はグルコース、マルトース、またはデンプンを唯一の炭素源としても生育可能である。窒素利用能には多様性があり、カワリミズカビ属は無機窒素を利用可能であるが、Blastocladiella と Catenaria は有機窒素のみが利用可能である。
コウマクノウキン門の鞭毛細胞(配偶子、遊走子)は細胞後端から後方へ伸びる1本の鞭毛をもつ。細胞中央には後端が尖った核があり、その後端は鞭毛の基底小体に密接している。核の前方にはリボソームが密集し2重膜で囲まれている領域があり、この2重膜は核膜と連続している。このリボソーム密集域は核帽 (nuclear cap) とよばれ、光学顕微鏡でも確認できる。核帽が維持されている間は、タンパク質翻訳は行われない。
鞭毛細胞の後方側部にはミトコンドリアが存在し、その外側に脂質顆粒、ミクロボディーからなる複合体(ミクロボディー-脂質粒複合体 microbody–lipid globule complex, MLC; side-body complex)があり、その外側は扁平な小包 (backing membrane) が覆っている。この構造は走光性に関わる光受容器であると考えられており、この扁平な小包に微生物型ロドプシンとグアニル酸シクラーゼの融合タンパク質が存在する。
基底小体と鞭毛の移行部では、支柱様の構造 (prop) が基底小体と細胞膜をつないでいる。
フィソデルマ属(Physoderma)はさまざまな維管束植物に寄生し、P. maydis はトウモロコシ斑点病を引き起こし(図4)、P. alfalfae は牧草であるムラサキウマゴヤシ(アルファルファ)に害を与える。また Paraphysoderma は藻類寄生性であり、アスタキサンチン生産のための Haematococcus pluvialis の大量培養やバイオ燃料生産のための Tetradesmus dimorphus の大量培養に大きな被害を与えたことがある。Polycaryum laeve はミジンコ類に寄生し、これが水産業に直接・間接的に影響することがある。
経済的な害を与える線虫や昆虫を制御するためにコウマクノウキン門の寄生菌を利用することが試みられている。トマトやイネのネコブセンチュウ、テンサイのシストセンチュウ、ワタのニセフクロセンチュウなどの抑制に、これらに寄生するフシフクロカビ属(Catenaria)が有効であることが示されている。また病気を媒介するカの抑制に、カの幼虫に寄生するボウフラキン属を利用することも試みられているが、中間宿主(ケンミジンコなど)を必要とすることや大量培養が難しいことから実用化には至っていない。
またカワリミズカビ属 (Allomyces) やブラストクラジエラ属 (Blastocladiella) は同調培養が比較的容易であるため、生物学における実験生物としてしばしば利用される。