アルカジー・グカシャン
しかし、同年3月22日には、かねてから対立関係にあった元国防相のサムヴェル・ババヤン(英語版)が企てた暗殺未遂事件によって負傷した。さらに同年12月には、アゼルバイジャン外相のヴィラヤト・グリエフ(英語版)が、グカシャンを「アゼルバイジャンからの分離独立主義者」として国際手配する考えを明らかにしている。
2006年12月にナゴルノ・カラバフ共和国憲法は改正され、以降の大統領の3選は禁じられた。憲法改正以前から大統領であったグカシャンにはこの3選禁止規定は適用されておらず、また3期目を望む国民の声も多かった。しかし、グカシャンはナゴルノ・カラバフが民主国家であるという印象を国際社会に持たせるため、次期大統領選挙への出馬を辞退した。2007年9月7日、大統領職は国家安全保障局長官であったバコ・サハキャンへと譲られた。
2023年9月19日にアゼルバイジャンがアルツァフに対して軍事作戦を行い、アルツァフはわずか1日で降伏。10月1日、アゼルバイジャン当局はアルツァフ指導者層300人を国際指名手配し、グカシャンら大統領経験者3人は10月3日までにアゼルバイジャン国家保安局によって身柄を拘束され、首都バクーに移送された。