以仁王の挙兵
その後しばらくの間、以仁王の生存説が噂され、またそれが反平家運動に利用された。園城寺と興福寺は再び平家への反抗の動きを見せ、その結果12月11日に堂塔などの宗教的要素の濃い部分には手を触れないことを条件として日本史上最初の仏教寺院への本格的武力行使となる園城寺攻撃が行われた。平氏を中心とした官軍は攻撃に慎重を期し、金堂に火が燃え移った際には戦闘を中断して鎮火に努めたという(『玉葉』・『山槐記』12月12日条。なお、『百練抄』・『平家物語』・『吾妻鏡』は大半あるいは全域が炎上したとするが、日記などの同時代史料にこうした記述はない)。だが、12月28日に平重衡らの兵によって興福寺他南都の寺院が焼き討ちにあっている(ただし、これは連絡ミスによる失火と考えられている(南都焼討))。
以仁王と頼政の挙兵は短期間で失敗したが、その影響は大きく、以仁王の令旨を奉じた源頼朝や源義仲、甲斐源氏、近江源氏などが各地で蜂起し、治承・寿永の乱の幕を開けることになる。
八条院の御所にいた以仁王の子供たちは、平頼盛が連行して出家させた。そのうちの一人が北陸に逃れて源義仲に助けられる。義仲はその皇子を「北陸宮」と名付けて、上洛時にこれを押し立てて平氏とともに西走した安徳天皇に代わって皇位に就けようと画策するが、かつて以仁王が勝手に親王を称して令旨を発行したことを不快に思っていた後白河法皇によって退けられたという。
以仁王の死後も頼朝は自らの関東支配の大義名分として以仁王の「令旨」を掲げ、寿永改元後も治承年号の文書を発給している。しかし、寿永2年(1183年)後白河法皇から『寿永二年十月宣旨』によって実質上の関東支配が公認されると、以仁王「令旨」は効力を失い、頼朝も寿永年号を使用するようになる。