名探偵コナン 天空の難破船
ミスト
ビギニング
ニキアス
シャムネコ
ブルーインファレンス
名探偵コナン メイン・テーマ (天空組曲ヴァージョン)
ロンリースカイ
チムニー
クラウディ
ロンリースカイ 2
ロンリースカイ 3
レディースカイ
アラーマ
ライトパッション
フローマント
サスキーロ
ラングレー
ティータイム
ソレカーラ
シャムネコ 2
ヴァイラス レベル
サスブロンズ
ショッキング
シップオンザボード
シャムネコ 3
ディテクティブボーイズ
ディテクティブボーイズ 2
ディテクティブボーイズ 3
ヴァイラス レベル 2
ラプター
サスコラージュ
ソンナギャン
サスシルバー
ディテクティブボーイズ 4
タイマント
フローマント 2
シュヤーク
ウエストパニック
ブルーインファレンス 2
ランドナール
ダウンネイル
サスゴールド
スクラッチ
名探偵コナン メイン・テーマ (リズムヴァージョン)
名探偵コナン メイン・テーマ (コナンが危ない)
フロムバック
ドンイアーツ
ワンペーン
サスベージュ
ロンリースカイ 4
ジェントルサックス
テロリスト
シャディマン
アクション
ドナール
ヒアノゾミ
シュヤーク 2
クライシス
ロンリースカイフィニッシュ
コミックマント
シーシーキュー
ランパープル
ランパープル Q
フローマント 3
アイリス
名探偵コナン メイン・テーマ (天空ヴァージョン) (ボーナストラック)
鈴木次郎吉の紹介、本編に登場するテロ組織「赤いシャムネコ」の解説があり、メインキャラクター以外のオープニング登場は初めてのことであった。また、毎年製作されている劇場ロゴにはコナンのシルエットはなく、オープニング映像にもロゴが登場しないという珍しい回である。劇場版シリーズでは初めて回想シーンも含めて死者が出ていない作品であるが、劇場版シリーズ恒例の爆発シーンは存在する。
服部平次と遠山和葉が初めて映画シリーズに2年連続で登場している。平次と和葉は、本作と同日に発売されたOVA『大阪お好み焼きオデッセイ』にも出演している。また、コナンと平次が電話中に話題にした「お好み焼き屋さん」は、前作『漆黒の追跡者』のコナンとの電話で平次が「黒ずくめの組織絡みの事件を解決して、今度大阪へ遊びに来たら、お好み焼き屋に連れて行ってやる」と約束していたときのことである。
毛利蘭が、『銀翼の奇術師』で怪盗キッドが新一に変装していたことを語っている。また、劇場版第9作『水平線上の陰謀』の空手の関東大会で蘭が優勝した話題を、藤岡隆道が述べる。
山口勝平は怪盗キッドとの兼任だが、本作に出てくる新一はキッドの変装であり、『水平線上の陰謀』同様、小学生時代の新一の声も高山みなみが担当しているため、山口勝平が演じる新一の出番はエピローグのみで、冒頭の解説とコナンの変声を除けば台詞は一言のみであった。
声 - 井上和彦
警視庁捜査一課のキャリア組警部。
声 - 大本眞基子
太田千秋の隣で細菌感染についてのインタビューをしていた女性アナウンサー。
細菌の危険性について解説がなされたことを受け、注意するよう呼びかけていた。
声 - 石毛佐和
番組制作会社のレポーター。
少年探偵団がいないことを「赤いシャムネコ」のリーダーに聞かれてしまう。