第32特別根拠地隊
ザンボアンガに続きアメリカ軍は4月27日にダバオ湾デゴス飛行場に突入。ダバオ地区は、4月30日から陸軍の第100師団師団長の原田次郎中将が陸海軍全部を統一指揮し、在ダバオ海軍はその指揮下で戦った。
特に32特根第二大隊澁谷中隊の善戦は目覚ましく、7割戦死の犠牲を払って前進陣地を確保しアメリカ軍の鋭鋒を転じさせた。大川内傳七南西方面艦隊司令長官は賞詞を贈ってこれを讃えたが、5月下旬にはダバオ市街までアメリカ軍に制圧され、5月31日、原田師団長はダバオ地区の陸海軍全部隊に対し長期自活態勢を命じた。 32特根は、7月1日から山中での自活自戦を「金鵄作戦」と称し士気高揚に努めたが、アメリカ軍の掃討戦による戦死者、栄養不良による餓死者、マラリアによる戦病死者を多数出して終戦を迎えた。
アメリカ軍進攻時の在ダバオ海軍兵力は約12,000名であったが、終戦時収容されたのは約8,000名。土井司令官、島村活二参謀兼副長などの司令部は復員できた。
詳細は「スールー諸島の戦い」を参照
マリアナ沖海戦における連合艦隊の壊滅により、ミンダナオ島の南西に位置するタウィタウィ泊地防衛の意義は薄らいでいたが、依然として陸軍の独立混成第55旅団(旅団長:鈴木鉄三陸軍少将)と33警の支隊がスルー諸島を守備していた。
ザンボアンガに上陸したアメリカ軍の支隊は、3月16日にバシラン島へ、4月2日にタウィタウィ群島のサンガサンガ島とボンガオ島へ、4月9日にホロ島へ相次いで上陸して戦闘が行われた結果、800名以上(ホロ島:600名、バシラン島:200名、ボンガオ島:60名ほか)の海軍兵力が、終戦時に収容されたのは約160名という惨状であった。
特にホロ島の戦闘は凄惨を極め、アメリカ軍の掃討戦とマラリアに加え、モロ族のゲリラ攻撃により多くの死者を出しながら、9月16日に終戦を知るまで続けられ、海軍の生存者はわずか30名であった。 なお、陸軍も96%戦没し生存者135名という玉砕であった。「米軍との戦いに死んだものは三分の一で、他の三分の一はマラリヤに倒れ、後の三分の一はモロ族に殺されたと称しても過言ではない」という生還者の記録もある。