オトメディウスA.D.
惑星グラディウスの秘密時空組織「G」の管制OS。
バクテリアンの兵器を開発しているペンギン姿の博士。
「聖グラディウス学園」に通う少年・根元欣也(ねもときんや)は女性恐怖症のため今まで女の子には縁のない生活を送ってきた。しかし学園祭迫るとある日、突如として宇宙より飛来した隕石と激突したことにより、体にある変化が起きてしまう。翌日からはなぜか女にモテてモテてモテまくるようになってしまったのだ。
しかし、いいことばかりは続かない。時を同じくして地球上に「バクテリアン」という宇宙人が出現し、欣也の命を狙ってきたのである。
そんな欣也の命を救ったのは謎の小型戦闘機を操る二人の美少女だった。「人類の最後の希望であるあなたを、命の限りお守りします!」惑星グラディウスから時空を超えてやって来たと言う「空羽亜乃亜」と「エリュー・トロン」。
欣也とこの二人の奇妙な学園生活が始まる......。そして謎の異星人バクテリアンとの戦いは......?