新庄藩
6万8200石→8万3200石 外様→譜代
政盛
正誠
正庸
正勝
正諶
正産
正良
正親
正胤
正令
正実
翌年(1868年)からの戊辰戦争では開戦当初の4月、新政府側の奥羽鎮撫軍が新庄に入ったため、4月23日に共に庄内領清川に攻め込むが、迎撃され惨敗した。同年、奥羽越列藩同盟に参加した。庄内藩に協力して新政府軍を圧倒したが、新庄藩の北に位置する久保田藩(秋田藩)が新政府側へ変節したのに同調し、奥羽越列同盟から離脱した。
新政府軍が再度新庄領への侵攻を期し、庄内藩ら同盟軍が主寝坂峠で防いでいた最中での離脱であり、これに激怒した庄内藩は新庄藩を攻撃、新庄城を攻め落とした。この際、城下町の大半が焼失している。その後も市街の再建は進まず、1878年(明治11年)7月半ばにこの地を訪れたイザベラ・バードは「みすぼらしい町」との感想を残している。
藩主の戸沢正実らは久保田藩に落ち延びている。以後、新庄藩は新政府軍が反撃するまでの70日間、庄内藩によって占領された。明治2年(1869年)、新政府側への変節による新政府軍優位を作り出した功績を賞されて、1万5000石を加増された。同年6月には版籍奉還により新庄藩知事となる。そして明治4年(1871年)の廃藩置県によって正実は東京に移住し、新庄藩は廃藩となって新庄県となる。そして同年9月に新庄県は山形県に編入された。