レイアウトシステム
押井は『うる星やつら2 ビューティフル・ドリーマー』『天使のたまご』で小林七郎に学びレイアウトの重要性に気付き、『機動警察パトレイバー the Movie』(1989年)から『機動警察パトレイバー 2 the Movie』(1993年)、『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』(1995年)へ至る過程でレイアウト中心の制作手法を確立。押井は「パトレイバー2」ではレイアウト作業を5カ月近く徹底的にやり、作画作業は3カ月くらいだったと話しており、「レイアウトでものを作る」という方法が「僕がアニメーションの仕事で成し遂げた最高の仕事じゃないかと思う」と自負している。1994年にはアニメ業界におけるレイアウトマンの慢性的な不足な状況を解消するべく、「パトレイバー2」で使用されたレイアウトを題材に1カットごとの演出意図を解説し、現場スタッフやスタッフを目指す人々への実践教本を想定した『Methods 押井守・「パトレイバー2」演出ノート』を上梓。アニメ業界全体のレイアウトシステム普及に大きな影響を与えた。ただし、主要スタッフの黄瀬和哉は「カメラのレンズを意識したレイアウト・システムは、あくまで押井さんの方法論であって、他の映画全てに通用するものではない。それなのに『こう作らなければいけないんだ』と捉えられるところがあって、『違うのにな』と思ったことがありました」と述べている。
現在では各原画マンが自分の持ちカットのレイアウトを描き、作画監督と演出がチェックするという形でほとんどのTVアニメでレイアウトシステムが導入されている。また、近年のデジタル化に伴って、作業効率化およびクオリティの底上げを目的に、建物などを3Dであらかじめ組んで大枠のレイアウトを決め込んだ3Dレイアウトシステムが普及しつつある。