豊原寺
しかしその後、天正元年(1573年)8月の織田信長による越前侵攻と朝倉義景の自刃、天正2年(1574年)1月の富田長繁の反乱、それに続く2月の越前一向一揆の勃発と、戦国時代後期の越前は収拾がつかない大混乱に見舞われ、同年2月、一向一揆の大軍に攻められた豊原寺はやむなく降伏し、一揆軍の大将である本願寺の坊官・下間頼照の本陣にされてしまった。4月には朝倉景鏡と共に平泉寺が一揆軍により全山を焼き討ちされて衰亡した一方で、豊原寺は命脈を保ったかに見えたが、天正3年(1575年)に織田信長の大軍が再び越前に雪崩れ込むと、9月2日、一向一揆の味方をしたかどで三千坊と言われた坊社全てを信長により焼き払われ、いったん滅亡した。
一向一揆制圧後の越前には柴田勝家が入り、その甥である柴田勝豊が豊原寺跡に入って豊原寺城を築くことになった。この時、豊原寺は勝豊の支援により復興を許されて83石を与えられ、坊頭として東得坊・西得坊が建立された。勝豊は天正4年(1576年)には新たに丸岡城を築き、豊原寺の旧地は返還された。
近世の豊原寺は、越前に入部した結城秀康から50石を寄進されるなどし、以降も江戸時代を通じて福井藩や丸岡藩からの支援を受けて白山信仰の拠点としての地位を保ったが、往古の勢力を回復するまでには至らず、明治2年(1869年)の華蔵院の焼失や神仏分離令の影響もあり、白山神社を残して豊原寺は廃寺となった。
豊原三千坊跡にある延命地蔵堂