新潟市歴史博物館
だが庁舎移転当時、開港時の運上所の建造物が遺存している例は他に無かったことから、旧庁舎はその歴史的価値を評価され、新潟港の開港100周年を機に1969年6月20日付で「旧新潟税関庁舎」として国の重要文化財に、遺構を含む敷地は「旧新潟税関」として国の史跡にそれぞれ指定され、1970年(昭和45年)1月19日付で新潟市を管理団体とする旨が公示された。旧庁舎は同年から2年間を掛けた解体修復工事によって復原され、前述の通り1972年から2003年までの間は、当館前身の新潟市郷土資料館の本館として使用された。なお前述の重文・史跡指定の際、石庫跡地については土地問題が残存していたため指定が見送られたが、1979年(昭和54年)に解決したのを受けて石庫の復元が決まり、同年12月に史跡として追加指定された。石庫の復元工事は1年半掛かりで行われ、1982年10月8日に竣工。更にみなとぴあの建設に合わせ、開港当時の荷揚げ場が復元された。荷揚げ場には河岸に沿って石段が設けられていたが、昭和時代初期の信濃川両岸の埋め立てや、1960年代に新潟市内で著しく進行した地盤沈下、さらには新潟地震によって埋没してしまったため、新潟市では1996年(平成8年)から発掘調査を実施した上、資料等を元にして工事を行い、運上所開所当時の位置に復元された。なお開所当時には石庫と並んで土蔵も所在していたが、今日においては遺存していない。