亀の井バス
1:別府駅西口 - 西野口 - 野口原 - 荘園町 - 光の園 - 原 - 竹の内 - ベネフィットフォーユー前 - 本坊主 - 海地獄 - 鉄輪 ※九大別府病院不寄り
2:別府駅西口 - 西野口 - 野口原 - 荘園町 - 九大別府病院 - 光の園 - 原 - 竹の内 - ベネフィットフォーユー前 - 本坊主 - 海地獄 - 鉄輪 2020年3月14日、日中の約半数(1時間当たり2本のうち1本)の便を九大別府病院不寄りに変更。同時に九大別府病院不寄り便を1番として独立。
西鉄グループの事業者であるが、会社設立時の経緯から九州急行バス・スピナ・株式会社ニモカと共に西鉄グループロゴを使用していない。
アメイズの主要株主である。
別府駅などの主要バス停では英語・韓国語の車内アナウンスを放送する。
別府北浜バスセンターや本社などでは書籍型の総合時刻表を配布している。2009年度版から無料化した。2013年度版は全48ページ。
2011年3月20日に大分バス・大分交通(両社は、2010年12月26日にサービス開始)とともに、西鉄グループのnimocaと同一機能のICカード「めじろんnimoca」を導入。「めじろんnimoca」販売終了後は通常のnimocaを販売している。
LED式行先表示器では「礬」の字が潰れてしまい表示できないため、LED式行先表示器を装備する車両は明礬を「明ばん」と表示している。
高速バスはかつては日野が中心だったが、1990年代半ばから三菱、2007年から日産ディーゼルを採用している。また、親会社の西日本鉄道が出資する九州急行バスからの移籍車(三菱)も導入している。車体は、近年まではすべて西工製だったが、2006年に導入したぶんご号用車両(三菱)は三菱ふそうバス製造製の純正車体となった。2010年には西鉄グループの他社から西工S型が転入したが、2010年11月現在西鉄時代の塗装のままで、社名表記等のみを変更(営業所記号・社番は抹消)して使用されている。2012年には初のジェイ・バス製高速車かつ、1999年以来13年振りとなる日野製高速車として日野・セレガを導入した。
高速バスの車体には会社名の前に「別府」が書き加えられ、「別府 亀の井バス」と標記している。(「ぶんご号」・「とよのくに号」の写真も参照)
貸切バスは大型車両が大部分を占めるが、わずかに中型・小型車両も存在する。大型車両の車体は西工製で統一しており、S型、C-I型、C-II型、SD-I型を架装する。2005年に貸切用の新塗装を導入し、全保有車両に対して塗り替え作業を順次行っている。
べっぷ地獄めぐり号
4:別府駅西口 → 西野口 → 野口原 → 九大別府病院 → 光の園 → 南原 2020年3月14日、系統番号を1番→4番へと変更。 別府営業所のある南原へ向かう路線。平日朝1便のみ運行。
倉本入口~湯布院中学校前~由布院駅前バスセンター 平日のみ運行される。
22:南原→鶴見病院東口→南石垣→餅ヶ浜→別府北浜→別府駅 平日朝片道1便のみ運行だった。