後鰓類
ミトコンドリア・核DNAの分子系統によると、解析毎に系統の細部には多少の差はあるものの、後鰓類と有肺類は互いに混在した系統になっており共に単系統ではない。最近の解析 (Klussmann-Kolb et al. 2008) によれば、スナウミウシ類と嚢舌類は、残りの後鰓類より有肺類と近縁である。
また、近年分割されるようになった傘殻類と側鰓類、頭楯類と Architectibranchia は実際に別系統である(ただしニセイワヅタブドウガイ類は解析されていない)。