デジモンストーリー
戦闘は戦術のとおり、各ダンジョンでエンカウントで出現する。前述のスキャンデータは敵デジモンと遭遇することでたまっていき、戦闘での勝敗は関係ない。敵デジモンは、1~5体が一度に現れ、5つあるレンジにそれぞれ配置される。味方デジモンは1~3体で、パーティは6体のため、3体は控えとなる。戦闘中はデジモンのすばやさが高い順に行動ができ、行動のコマンドは次のとおり。
たたかう - デジモンに4つまで装備できる装備技と、固有の必殺技のなかから技を選び発動する。
いどう - 味方デジモンのレンジを移動、または控えデジモンと交代する。
アイテム - 手持ちのアイテムを使う。
まもる - 特定のデジモンのダメージを減らすことができる。
にげる - 戦闘から逃げ出す。
時は近未来。デジタルワールドとデジモンの存在の噂を聞いた主人公は、放課後に学校のパソコンを使っていると突如デジタルワールドに来てしまう。そしてクラヴィスエンジェモン(本編のストーリーではCVエンジェモンと表記される)をはじめとするデジモンたちの元で、デジファームでデジモンを育成したり、起きた事件や謎解き、育てるデジモンのリクエスト、そして正体不明の敵などを通じ、さまざまなフィールドで戦闘を行っていく。エンカウントで出現する敵デジモンは、スキャンデータを集めるとコンバートをして新たな自分のデジモンを増やすことが出来る。
『デジモンフロンティア』を除き、『デジモンセイバーズ』を含む、デジモンシリーズのアニメの主人公勢のレギュラーデジモンたちが全員登場する(進化体は全ては出ていない)。大門大、トーマ、ヨシノといったDATSのメンバー、四聖獣、七大魔王も登場。
ニンテンドーWi-Fiコネクションを使うことによって、遠く離れた場所のプレイヤーと対戦や、デジモンのマッチングをしてデジタマをつくることができる。