笑わない科学者と魔法使いシリーズ
大学で物理学を専攻していた大倉耕介は新学期を目前に入居していたアパートの更新手数料支払いを迫られ、一旦は大学を中退して実家の八百屋を継ぐことを決意した。ところが、所属しているゼミの教授・沖島よりある条件で高級マンションの一室を家賃全額免除で用意すると持ちかけられ、中退の危機を免れる。
沖島が提示した条件とは、木花乃咲耶媛の末裔で「魔法使い」を自称する少女・咲耶の世話をすること。耕介は科学を志す者として初対面の年端も行かぬ少女が魔法を使うと言われても最初は実感が湧かなかったが、自然界にあまねく存在する精霊の姿が見える咲耶の話を聞かされる内に精霊の特徴に分子の結合と共通点が存在することを見出し、咲耶が習得した魔法もいずれは科学的に説明が可能となる現象ではないかとの確証を抱く。
ところが、咲耶に日本の未来を預言させる「時詠みの追難」を行わせるべく暗躍する秘密組織・リニエッジ機関の魔手が迫り、2人は同時期に機関が起こした新宿界隈の連続神隠し事件に否応なく巻き込まれてしまう。