ドッキング (分子)
ドッキング・スクリーン (docking screen) を実行するために、最初の要件は、関心のあるタンパク質の構造である。通常、構造は、X線結晶構造解析、NMR分光法、低温電子顕微鏡法(クライオEM)などの生物物理学的手法を用いて決定されているが、ホモロジーモデル(英語版)構築からも導き出すことができる。このタンパク質構造と潜在的なリガンドのデータベースは、ドッキングプログラムの入力として機能する。ドッキングプログラムが成功するかどうかは、検索アルゴリズムとスコアリング関数の2つの要素に依存する。
リガンドのコンホメーションは、受容体の不在時に生成され、その後ドッキングされてもよいし、受容体結合空洞 (receptor binding cavity) の存在時にオン・ザ・フライ (on-the-fly) で生成されてもよいし、フラグメントベースのドッキングを使用して、すべての二面体角の完全な回転の柔軟性を持つコンホメーションが生成されてもよい。力場エネルギー評価は、エネルギー的に合理的なコンホメーションを選択するために最も頻繁に使用されるが、知識ベースの方法も使用されている。
ペプチドは非常に柔軟性が高く、比較的大きな分子であるため、その柔軟性をモデル化することは困難な課題となっている。タンパク質-ペプチドのドッキング時にペプチドの柔軟性を効率的にモデル化するために、多くの手法が開発されてきた。