エチゼンクラゲ
特に、中国が1993年より開発を進めている三峡ダムが原因ではないかという仮説が立てられ、2006年より国立環境研究所などが検証を進めていた。また、魚類の乱獲によって動物性プランクトンが余ってしまい、それをエサとするエチゼンクラゲが大量発生、さらにはエチゼンクラゲの高密度個体群によって魚の卵や稚魚が食害されて、さらに魚類が減るという悪循環のメカニズムになっているのではないかとの指摘があった。2010年以降は逆にエチゼンクラゲが激減し、2011年には「東日本大震災で日本の原発が停止した余波」と言う説も出た。いずれも仮説の域を出ておらず、今後の研究の進展が待たれる(要するに、定期的に大発生したり、激減したりするが、人間の活動と関係があるのかどうかもよく解っていない)。
なお、オスのズワイガニを地域の誇りとして「越前がに」と呼ぶように地理的表示保護制度で登録している福井県では、「エチゼンクラゲ」は逆に名称が報道される度に福井県産の海産物のイメージダウンになることを危惧して「大型クラゲ」などと言い換えをするように報道各社に要望している。日本でエチゼンクラゲの監視に当たる漁業情報サービスセンターや水産総合研究センターなどでは、ビゼンクラゲ(スナイロクラゲ)とエチゼンクラゲを特に区別せずに「大型クラゲ」と呼称しているが、ビゼンクラゲの方は2010年代より高級食材として中国向けの輸出が増大し、乱獲によって有明海では2016年より漁獲規制が行われているほどであるため、大量発生して漁業に被害を与える大型クラゲは普通はエチゼンクラゲの方である。
対策として、漁獲された魚介類の中からエチゼンクラゲのみを選択的に分離排出する「大型クラゲ駆除効果促進ネット」が開発されている。しかし、クラゲは殺傷しなければ駆除できないという観点から、器具を使ってバラバラにして(クラゲはバラバラにしないと復活する)、エチゼンクラゲ群を文字通りの「海の藻屑」にする試みも行われている。
まず、曳航網などに設置した刃や針金でクラゲを切断する「クラゲカッター」と言うタイプの製品が存在する。2006年、エチゼンクラゲに加えてミズクラゲとアカクラゲに悩まされていた大分県漁業協同組合宇佐支店は、底引き網漁船のハッチに設置してクラゲをバラバラに切断する「クラゲカッター」を開発。2006年7月には宇佐支店青年部(全22隻)で唐津湾に繰り出してクラゲたちをバラバラに切断するミッションを行い、その実績から宇佐支店に所属する全ての底引き漁船(全81隻)に設置することが決まった。また、水産総合研究センター水産工学研究所は2009年、トロール網の後端部に格子状のステンレスワイヤーを配列した曳航網を開発した。日本海の大型クラゲ大量出現海域でこれを実際に曳航し、入網した全てのクラゲを殺傷できることを確認した。