ニホンウナギ
東京都本土部(伊豆諸島部は情報不足)
福井県
商業レベルの完全養殖は行われていないため、太平洋から回遊してきたシラスウナギ(ウナギ種苗)を河川にて捕獲し、陸上の養殖池にて養殖される。なお、日本においてウナギの養殖業を営むためには、農林水産大臣の許可が必要である。
シラスウナギの国内漁獲量には変動があるため、不足分は輸入して補填している。2017年時点では、養殖種苗用シラスウナギの採捕は都道府県の管理下で行われているが、現実には自由に行えることから密漁や密輸が横行し、漁獲枠上限を超過してウナギの減少に拍車をかけているほか、シラスウナギの売買が暴力団の資金源になっている。また、2018年には日本にて採捕されたシラスウナギの約40パーセントが、密漁や漁獲の無報告の疑いがある。
採捕したシラスウナギは、ボイラーで水温を 26 - 30°C程度に温めた養殖池に移され、ウナギ用に成分を調整した配合飼料を与えられる。養殖開始後、6 - 7か月で出荷可能な大きさにまで育つ。