スーパーマリオブラザーズ3
この仕様はSFC版にもそのまま残っているが、GBA版では修正されてダメージを受けるようになっている。
ファミコン版でのコイン表示は「$(ドルマーク)」だったがスーパーファミコンのリメイク版ではコインマークに変更された。
ファミコン版では、ステージによってアイテム等の色調が変わる場合がある。これはファミコンの性能に起因するものであり、リメイク版では見られない。
WiiのVC版では砦や城などのボスがいるコースのクリア時と爆発のフラッシュの点滅表現が、点滅するのではなく光りっぱなしになるように修正されている(1997年のポケモンショックの影響)。
ハンマーマリオは十字キーの下を押すと場所に関係なくメットの甲羅のような状態になる関係で坂を滑り降りることができないが、ハンマーマリオ以外の状態で坂を滑り降りながらハンマースーツを取ると、滑るハンマーマリオを見ることができる。
ワンワンの鎖は50回伸びると鎖が切れる(SFC、GBA版では47回目以降は鎖が光る)
叩くと、隠しキノピオの家を出現させるための残りのコイン数が画面下に表示されるため、あと何枚コインを取ればいいかが分かりやすくなった。
ワールド3の日本列島のような形の島に小島が1つ追加された。この小島は日本の佐渡島に当たる位置に存在する。
ワールド4のマップ画面にいるヒマンブロスのグラフィックが独自のものになった。
本来はワールド7クリア後に届くクッパからの手紙が、ワープゾーン経由で直接ワールド8に行った時(初回のみ)にも読まれるようになった。
ワールド8で1つ目のマップの戦艦ステージをクリアした後に行ける土管から2つ目のマップに行った時、ピーチ姫が悲鳴をあげながら連れ去られる描写が追加された(初回のみ。また、操作キャラがマリオかルイージかで若干違う)。
Pスイッチの仕様変更 SFC版まではPスイッチを押した後、効果が切れてもスイッチが押された状態で残っていたが、今作では『スーパーマリオワールド』と同じように押した後すぐに消滅するようになった。 『スーパーマリオワールド』と同じようにPスイッチでレンガブロックから変化したコインが回転するようになった。 Pスイッチを押すと、SFC版までは中身が入っているレンガブロックも見かけがコインに変化(ただし取ることはできず、上に乗れる)したが、今作では見た目がレンガブロックのまま変化しなくなった。
特定のコースにある土管でボーナスステージ専用のBGMが追加された。
クッパを倒した後のBGMが『スーパーマリオブラザーズ』、『スーパーマリオブラザーズ2』のアレンジバージョンとなった。
キャラクターのグラフィックの変更 マリオとルイージの手のグラフィックが素手だったのが、『スーパーマリオワールド』以降と同じように白い手袋を装着したものになった。 キノピオの家やスペードパネルなどでのキノピオの顔のグラフィックに口の表情が追加された。
最終エリアで、クッパの本拠地。各コースの難易度も高く、戦車や戦艦などといった兵器も登場する。なお、このエリアにはキノピオの家や隠しキノピオの家が一切なく(条件を満たしても無効)、アイテムを入手できるのは戦車1とトラップゾーンのみ。通常のコースは8-2までしかなく、ワールド中盤にある。ボスはクッパ。
1画面のみからなる特殊なアクションゲームステージで、ステージを開始するとブロスと戦うことになる。コースをクリアもしくはミスするたびにマップ内をランダムで移動する。マップ上でブロスのいる場所に行くと、Aボタンを押さなくても強制的にステージ開始となる。また、マリオ(ルイージ)がコースをクリアもしくはミスしたあと、マリオ(ルイージ)のいる場所にブロスが移動した場合、強制的にステージ開始となる。
ハンマーブロスが相手の場合はレンガブロックが配置され、叩くとスーパーキノコかファイアフラワー、スーパーこのは、1UPキノコ(ワールド5のみ)、10コインブロック(ワールド5のみ)が出現することがある。なお、これらが出現する条件はマップ上のハンマーブロスの位置によって決められている。
倒すとアイテムの入った宝箱がもらえるが、クリアしても通常ステージのようにクリアパネルにはならず、単に消滅する。オルゴールで眠らせることで回避することができる。出現するブロスの種類と数はワールドごとに決められている。
ワールド毎に対戦時の背景が変化する。ワールド3では、マップ上の水上で対戦すると地面から1キャラ分が水で覆われる。スーパーマリオ以上の状態では地上と同様に移動できるが、チビマリオの場合は水中の移動となるため移動が不自由になる。ワールド7には登場せず代わりにパックンフラワーが登場する(後述)。
リメイク版では、『スーパーマリオコレクション』内の『1』『2』と同様にハンマーブロスがハンマーを投げるときに効果音が出る。
ワールド1からワールド7までの最終目的地(最後のワールド8のクッパの城については後述)。キノピオと動物や虫(ワールド7はパックンフラワー)に変えられた王様がいる。初めて入ったときはすぐに飛行船のコースに進む。リメイク版では王様がヨッシーやドンキーコングJr.など、別のマリオシリーズのキャラクターに変更されている。飛行船移動後に再度城に入りキノピオと会話ができるが、2人プレイの場合は、コースクリアやミス時と同様にマリオとルイージが交代となる。
ワールド1:犬(リメイク版:ガラゲーロ)
ワールド2:毛虫(リメイク版:ターペン)
ワールド3:カッパ(リメイク版:ライタ)
ワールド4:怪獣(リメイク版:ドンキーコングJr.)
ワールド5:鳥(リメイク版:トンドル)
ワールド6:アシカ(リメイク版:チョロプー)
ワールド7:ファイアパックン(リメイク版:ヨッシー)
水中コースが多い。それ以外にも、地面が水面に浮き沈みするステージもある。またマップにも仕掛けがあり、舟に乗って移動する場所がある他、一部の通路が跳ね橋になっていてコースクリアやミスの度に開閉を繰り返し、タイミング次第で通行できなくなる。日本列島らしき島がある。このワールド以降(ワールド6、8~9を除く)、砦が2か所登場する。ボスはウェンディ。