外来種
アライグマ(北アメリカ原産)は日本ではテレビアニメのあらいぐまラスカルの人気から全国的に飼われるようになったが、成獣の凶暴性などから飼育放棄されたり逃げ出したりして全国に定着した。
日本では1990年代にアメリカから年間100万匹ものアカミミガメの幼体がミドリガメの名称で輸入された。このアカミミガメの流通は、1960 年代頃から始まっており、大手菓子メーカーの生体景品としてや、夜市や露店の景品として人気となったことが理由のひとつと考えられている。
野生種よりも繁殖力が旺盛なヤギ、カイウサギ、イエネコ、イエイヌなどの家畜やペットが、世界中の原生的な自然環境に定着して深刻な影響を与えている。
1995年に閣議決定した「生物多様性国家戦略」では簡単な扱いにとどまっていた外来種問題も、2002年の「新・生物多様性国家戦略」では外来種による生態系の攪乱を第3の危機として位置付けられた。2003年12月には「移入種対策に関する措置の在り方について(答申)」が中央環境審議会から提出され、外来種を包括的に扱う法律を作ることが求められた。そして、2004年5月27日に特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律(外来生物法)が可決・成立、6月2日に公布され、2005年6月から施行された。この法律では「特定外来生物等専門家会合」および「特定外来生物等分類群専門家グループ会合」で専門の学識経験者の参加のもと、特定外来生物と要注意外来生物を指定し、規制と防除に取り組むことができるようになっている。
地方自治体でも外来種対策に取り組んでいる地域がある。北海道では、絶滅の危機に瀕する生物をリストする「レッドリスト」にちなんで、外来種をその危険性をもとに区分した「ブルーリスト」を作成している。滋賀県では、「ふるさと滋賀の野生動植物との共生に関する条例」によって「指定外来種」を規定して、飼育の届け出義務や放逐の禁止を課している。
また、2008年度に文部科学省が示した中学校理科の学習指導要領に於いて、初めて外来種に関する文言が盛り込まれるようになり、外来種問題が学校教育に取り上げられ始めている。
従来その地域では見られなかった病原菌や寄生虫が外来種とともに移入された場合、人間や在来種に被害を与える場合がある。
1905年ごろのニホンオオカミの絶滅の原因の1つとして、輸入犬からの伝染病である狂犬病や犬ジステンパーによる個体数の減少が指摘されている。(タヌキやキタキツネにも同様の伝染病の被害が出ている)
タンザニアのセレンゲティ国立公園では、公園周辺に暮らす3万頭ものノイヌが持ち込んだ犬ジステンパーによってライオンの25%が死亡した。
ノネコが原因と思われる猫後天性免疫不全症候群(ネコエイズ)が、ツシマヤマネコに感染した事例も見つかっており、イリオモテヤマネコへの脅威も懸念されていたが、2010年代にはノネコを捕獲したのちに里親を探し譲渡するという活動に取り組み、全頭譲渡成功という成果を達成している。
世界各地に定着しているアルゼンチンアリ(南アメリカ原産)は、屋内に侵入したり、就寝中の人間を咬むなどして、不快害虫となっている。
IUCNガイドラインでは、根絶は最良の管理手段であり、とくに定着初期の段階では効果が高いとしている。
根絶や管理のための具体的な手法として、銃やわな、天敵導入、毒物の利用による捕獲・駆除、柵などの移動制限が挙げられる。オーストラリアでは、外来種のウサギを駆除するため、致死性の粘液腫ウイルスの導入が行われたことがあるが、ウサギの耐性獲得とウイルスの弱毒化変異により失敗した。
一度定着した侵略的な外来種を根絶することは非常に難しいが、面積の狭い地域では根絶に成功した事例がいくつかある。日本では南西諸島の島々に拡大したウリミバエに対して20年以上の歳月をかけて不妊虫放飼法と駆除を併用することで根絶を達成した。また、1999年から開始した小笠原の聟島列島の聟島、媒島、嫁島に生息するノヤギの排除事業は、柵への追い込みと射殺により2002までに完全な排除に成功し、ほかの近隣の島々でも進められている。外来海洋生物の根絶事例は、世界でもオーストラリアの閉鎖的な港(マリーナ)におけるイガイダマシの駆除の一例のみである。
各国の国内法によって外来種対策が義務化されているが、域内自由経済圏であるEUの出現にともない外来種の管理が難しくなっているという側面もある。
アフリカツメガエル、ウシガエル、オオヒキガエル、シロアゴガエル、チュウゴクオオサンショウウオ
国内外来種:アカハライモリ(八丈島)、トノサマガエル(北海道)、ニホンヒキガエル(北海道)、ヌマガエル(関東地方)、ミヤコヒキガエル(沖縄本島)、モリアオガエル(伊豆大島)
ジャワマングース(アラビアから東南アジア原産)は、ハワイや西インド諸島ではネズミ駆除を目的に、沖縄本島や奄美大島では猛毒をもつハブの駆除を目的として導入されたが、効果を上げるどころか生態系や農業に悪影響を与えてしまい失敗に終わった。
「蚊を絶やす」という和名をもつカダヤシ(アメリカ中南部原産)はボウフラの駆除を狙って日本各地に導入されたが、生息環境が類似するメダカを駆逐してしまい「メダカダヤシ」と揶揄されるまでになってしまった。
外来種対策としてその対象外来種の原産地における天敵である別の外来種を導入することがある。最も古い事例では、1868年頃のアメリカで猛威を振るっていたオーストラリアから侵入したワタフキカイガラムシの天敵であるベダリアテントウを同じくオーストラリアから持ち込んで、被害の低減に成功している。
外来種の定義を考慮すると、ペットや家畜、園芸植物などのほとんどの生物は広義の外来種であり、常に多種多様な外来種が世界中に導入されている。しかし、導入される外来種がすべて定着するわけではなく、実際に野外へ定着して分布を拡大させる生物(いわゆる侵略的外来種)の割合は10種に1種ともいわれている。したがって、多くの外来種は導入されても野生化することができず、野生化したとしても数世代の短い期間で消滅してしまう。
一方で、原産地ではあまり問題を起こさずおとなしかった生物が、侵入先で侵略性を発揮する事態も少なくない。一部の外来種が定着し、問題を引き起こすほど拡散する原因として、新たな侵入地域にはその外来種の特異的な天敵が存在しないがゆえに外来種の成長や繁殖が向上することが考えられており、天敵解放仮説と呼ばれている。また、それに関連して、天敵の不在により防御よりも成長などにエネルギーを投資するように進化する傾向が進むというEICA仮説も提唱されている。外来種の定着が別の外来種の侵入や影響を促進・悪化させる可能性も指摘されており、この現象は侵入溶解(invasional meltdown)と呼ばれる。
植物においては、高い種子生産性、耐陰性、耐寒性、アレロパシーといった特徴を有する種がとくに侵略的な外来種となりやすいとされている。