森友学園問題
大阪地方検察庁特捜部はこれらの土地取引や改竄事件などについて、「背任罪」や「証拠隠滅罪」「公用文書毀棄罪」「虚偽公文書作成罪」などの6容疑の告発を受けて捜査を行っていたが、2018年5月、捜査対象とした佐川ら38名全員を「不起訴処分」とした。
特捜部長であった山本真千子は、不起訴としては異例の記者会見を開いた。山本は値引きの根拠とされたゴミ処理費用について「不適切だと認定するのは困難」、改竄事件について「虚偽の内容の文書が作られたかという観点から検討したが、認めることは困難」と説明した。詳しい経緯は明かさなかった。
この改竄の公表を受け、内閣から独立した調査機関である会計検査院は追加検査を行い、翌2018年(平成30年)11月に、検査院の求めに応じて資料を提出することを義務づけた会計検査院法第26条の規定に違反すると認定した。しかし、"財務省において、会計検査院法第26条の規定に違反すると認められる事態に関与した職員については、既に退職していて懲戒処分の要求の対象外であったり、既に本件事態について任命権者から懲戒処分を受けていたりなどしているため、懲戒処分の要求は行わない。 "としている。 値引きの根拠についても「昨年の報告書で出した結論と変わらなかった」として、値引き額や売却額そのものは評価しなかった。
2017年3月6日、参議院は会計検査院に対し、国会法第105条に基づいて森友学園への国有地売却に関する会計検査を要請。同年11月22日、値引き額算定にあたって国側が慎重な調査検討を欠いていた、などとする検査結果が報告された。
2018年3月20日、会計検査院長の河戸光彦は予算委員会理事会で、2017年4月に会計検査院は内容が異なる「貸付決議書」が存在することに気付いていたのに、11月の報告書に記載しなかったことについて、"改竄の可能性を考慮しなかったため、報告書では内容が異なる文書の存在を記載しなかった。"と話し、謝罪した。また、河戸光彦は、同日の参院予算委員会で、"会計検査院の実施した検査において真正でない資料が提出されたことは極めて遺憾であり、あってはならないこと"と話した。
7月8日、近畿財務局の近畿財務局(以降、近畿財務局)に籠池泰典が豊中市で大阪航空局が売却先を公募している土地について照会。近畿財務局は豊中市に売却先が未定であることを確認し、8月1日に籠池に伝達。
8月13日、鴻池祥肇参議院議員の秘書が近畿財務局に、籠池が資金面の問題から土地購入について、当初は借受で数年後の購入を要望している旨を連絡。秘書は国土交通省の担当者との直交渉を要望するが、近畿財務局は大阪航空局と連携して対応することを回答。
8月21日、籠池泰典が近畿財務局を来訪し、森友学園の開設計画を説明。借受期間については2022年までを要望。大阪航空局は処分依頼をしている立場であるとして対応を近畿財務局に一任。9月2日、近畿財務局は貸付について基本的に協力する旨を通達。大阪府に連携の連絡を行う。
10月、近畿財務局は籠池に収支計画/借入返済計画の詳細説明を要求。籠池は説明資料を作成中であると報告し、該当地への植林や将来の買受の言質を要求したが、却下される。また、大阪府の府民文化部(以降、大阪府)から近畿財務局に籠池の対応に苦慮している相談があり、近畿財務局も同調。11月10日、大阪府は籠池から必要書類が提出予定日を過ぎても提出されない状況を近畿財務局に報告。12月26日、近畿財務局は籠池に書類提出を督促。籠池は大阪府の判断前に国が許可を出さないこと批判し「鴻池先生もお怒りになっていることは覚えて欲いてほしい」と発言。
また、当時の直属の上司は「(赤木さんは、ファイルを検察に提出したことで)近畿財務局の仲間が傷つくことになりはしないかと、思われていたのかなと思う」と話している。
同年4月13日、赤木雅子は近畿財務局に対し、上記の文書の情報開示請求を行うが、5月13日に開示されたのは、年金の金額や支払日などが書かれた10ページの文書しかなかった。財務省側は、コロナ禍の影響などを理由に「残りの文書については1年後の2021年5月14日までに開示決定をする」と答えた。
2021年2月、赤木雅子が国と佐川宣寿元財務省理財局長を提訴した民事裁判の中で、雅子さん側は、国に赤木ファイルの提出を命じるよう大阪地裁に申し立てた。
2021年5月、国側は組織的な改ざんについて争いがないことから「ファイルは裁判に関係せず、存否について答える必要がない」として赤木ファイルの存否さえ明らかにしていなかったが、地裁から「裁判所の命令を待たずに、任意で提出を検討するよう」要請があったことを受け、次回の口頭弁論期日(6月23日)には俊夫さんが改ざんの経緯を時系列にまとめた文書や、財務省理財局と近畿財務局の間でやりとりしたメールの記録などを任意で提出すると文書で回答した。
2021年6月22日、赤木ファイルが雅子さんの代理人弁護士の事務所に郵送で届けられた。全518ページの文書(通称「赤木ファイル」)が開示された。
1%、ごみの量を19500tと推計、8億1900万円と算定した。国土交通省航空局長の佐藤善信は、大阪航空局に過去にごみの「撤去費を算定した経験はない」が「大阪航空局の職員は公共事業の仕事を通して、国交省全体の知見を蓄積している」と国会答弁した。なお籠池泰典は、2017年5月16日民進党によるヒアリングに対し、弁護士や設計業者のやり取りの電子メールを提示、「約3m以深には廃棄物がない」とする情報もあった。
2016年4月、学校法人森友学園への国有地売却に関し、不動産鑑定士に対し、ごみ撤去費8億1900万円に加え、深さ30mから40m程度の杭打ちを必要とするような、高層建築物を想定した軟弱な地盤改良費約5億円も差し引くよう求めていたが、この不動産鑑定士は「低層の建物しか建てるつもりがないのに、そこまでは引けません」と断ったという。
2016年6月の学校法人森友学園との売買契約を巡る交渉や面会の記録について、理財局長の佐川宣寿は2017年2月24日、衆議院予算委員会で「売買契約の締結をもって、事案は終了した。記録は速やかに廃棄した」と答弁した。文書廃棄をめぐっては、2017年5月15日、弁護士らの市民団体が、公用文書等毀棄罪に抵触するとして財務省幹部7名を東京地方裁判所に刑事告訴、また6月、神戸の大学教授がコンピュータ内のデータ復元を求める仮処分を大阪地方裁判所に申し立てた。
こうした処置を行うにあたっては、今後、どこから問われても適切に対応していると言い切れることが必要になるため、そのため、違約金という条項を含めて、契約内容をきっちりしたものにしておくことが必要なわけであります。」「契約内容の中で国として譲歩できる部分は譲歩しておりますが、適正に処理していると対外的に言えるためにも是非とも必要なことであり、仮にそうした処理をしないと、多くのかたにご迷惑がかかることにもなりかねません。」と説明し、平沼の秘書も了解した。
5月29日、籠池が貸付合意書、売買予約契約書、確認書に署名。籠池夫人から近畿財務局に「現地での護摩炊き」のDVD映像を渡し、「これを見て、まっとうな人間になれ」と発言。そのほか、「近畿財務局の非行」という文書を複数の国会議員に送付したと通告。
6月4日、柳本卓治参議院議員の秘書から近畿財務局に連絡。「森本学園から10か条からなる文書が送られて、どうにかしてくれと言われている」と状況の説明を求める。近畿財務局からの説明に了解。柳本議員の秘書は「こういう商売をしているので、持ち込まれた話は聞かなければならないが、毎日のように電話を受けて困惑している。」と事情を説明し、近畿財務局の手を煩わせていることを謝罪した。
同日、契約成立のため公正証明書を作成するため、籠池と近畿財務局が大阪府の公証役場を訪問。籠池夫人が近畿財務局の代理人を不服とし、暴言を繰り返して署名を拒否。公証人が「前代未聞」と苦言を呈する事態となり、公正証書の取り交わしは延期された。
6月8日、籠池と近畿財務局との間で公正証書の取り交わしが完了。
2017年2月9日、朝日新聞は財務省近畿財務局が学校法人森友学園に払い下げた国有地の売却価格が例外的に非公表となっており、朝日新聞の調査では豊中市に売却された国有地(14億2300万円)の1割程度で、他の学校法人が7億円前後で交渉するも近畿財務局が「価格が低い」として断念した経緯のある土地であり、また、学園の理事長籠池泰典は日本会議大阪の役員で、安倍昭恵が同校の名誉校長となっていると報じた。ただし、日本会議は「籠池の日本会議大阪代表・運営委員」は虚偽の報告であり、籠池は2011年1月に日本会議からも退会していると反論している。
2月17日、衆議院予算委員会で、安倍晋三は私学設置認可や国有地払い下げに「私や妻が関係していたということになれば、首相も国会議員も辞める」と述べ、「安倍晋三記念小学校」の名目で寄付が募られていたと指摘には、「初めて知った」「私の考え方に共鳴している人から『安倍晋三小学校』にしたいとの話があったがお断りした。現役の政治家である以上、私の名前を冠にするのはふさわしくない」と答弁した。一方「妻から先生の教育に対する熱意は素晴らしいと聞いている」とも語っていたが、塚本幼稚園の教育方針に批判が集まると2月24日には「教育者としていかがなものか」と批判するようになった。
2月27日、衆議院予算委員会で、民進党は森友学園による国有地取得や、運営する塚本幼稚園で園児に「安倍首相頑張れ」「安保法制国会通過良かったです」「日本を悪者として扱う中国、韓国が心を改め、歴史でうそを教えないようお願いします」などといわせる教育は教育基本法違反の疑いがあると指摘、安倍は「園児に言ってもらいたいとは考えていないし、適切ではない」「教育の詳細は承知していない。