洪水はわが魂に及び
大木勇魚は息子で知的障害のある幼児ジンと共に、社会から逃避し、東京郊外の核避難所跡に籠もり、瞑想によって「樹木の魂」「鯨の魂」と交感して暮らしている。
勇魚は「自由航海団」の若者たちに出会う。「自由航海団」は、来たるカタストロフにそなえた集団訓練を行う、社会にうまく適応できなかった夢想的な少年たちである。
あるきっかけから「自由航海団」メムバーの女の子、伊奈子とジンは心を通わせるようになる。勇魚は「自由航海団」リーダーの喬木と「鯨の木」について話をする。勇魚と「自由航海団」は徐々に打ち解けていく。
勇魚が、妻の父である保守系の大物政治家「怪」(け)の個人秘書であった時に犯した罪を「自由航海団」のメムバーに打ち明けたことで、彼らから信頼されて仲間となる。勇魚は「自由航海団」における「言葉の専門家」として『カラマーゾフの兄弟』の講読を行い、少年らを教育する。
「自由航海団」は、自分たちの情報をマスメディアに売ったカメラマン、縮む男を尋問中に殺害してしまう。「自由航海団」の存在が公になると、核避難所は機動隊に包囲されて銃撃戦へと発展する。
勇魚はジン、ドクター、伊奈子、喬木を核避難所から脱出させ、多麻吉と共に最後まで篭城を続ける。
その中で勇魚は、自らが自認する樹木や鯨の代理人とは僭称に過ぎず、それらを殺さんと謀る人々と同じ側の人間であった事を悟る。そして機動隊の放水によって水で満たされる核避難所の中で「樹木の魂」と「鯨の魂」に最後の挨拶を送る。「すべてよし!」