宗教法人
以上の公式見解のように現在、政教分離原則に抵触するのは国や地方公共団体・公的機関が宗教活動をすることであり、靖国神社参拝も公務として参拝すると違法になる。宗教団体は私設団体であり、宗教団体が政治活動をしてはいけないというものではないし、公務員ではない宗教者が政治活動に関与したり政治思想に関する発言を公の場で行なったりすることも当然ながら政教分離の問題とは何らの関連性も無い。
法律論として解りやすく述べると ・「△議院議員 ○○」が「××寺院・神社・教会」を、公的身分で公務としての参拝は許されない。 逆説的に「△議院議員 ○○」を名乗っていても、プライベートタイムで私費で参拝している場合は法律上の問題は生じ得ない。
・また「××寺院・神社・教会」の信者・信徒である「〇〇議員」を、同輩である「××寺院・神社・教会の信徒・信者」が支持応援するのは「当然の権利」であり、そこに直接・間接問わず組織的圧力等が無ければ、法律上の問題は無い。
所轄庁は、以下に該当する場合は、宗教法人審議会の意見を聞いた上で、当該宗教法人に対し報告を求め、又は所轄庁の職員に当該宗教法人の代表役員、責任役員その他の関係者に対し質問させることができる。所轄庁の職員が質問するために当該宗教法人の施設に立ち入るときは、当該宗教法人の代表役員、責任役員その他の関係者の同意を得なければならない(法第78条2第1項)。
公益事業以外の事業の収益が、公益・宗教事業以外に使われている疑義がある
認証の取り消し事由に該当する疑義がある
解散命令の請求事由に該当する疑義がある
所轄庁は報告徴収・質問に際して、宗教法人の宗教上の特性及び慣習を尊重し、信教の自由を妨げることがないように特に留意しなければならない(法第78条2第4項)。また報告徴収・質問は犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない(法第78条2第6項)。
所轄庁が宗教法人に報告を求め、また質問した際に、当該宗教法人が報告をせず、若しくは虚偽の報告をし、また所轄庁の職員の質問に対して答弁をせず、若しくは虚偽の答弁をした場合は、宗教法人の代表機関は、10万円以下の過料に処せられる(法第88条第10項)。
宗教法人の所轄庁は、その主たる事務所を所管する都道府県知事とされるが、以下については文部科学大臣の所轄となる(法第5条)。但し、文部科学省は国としての宗教法人政策実務を担当する部署を直下に持たず、文化庁宗務課がそれを担う(文部科学省設置法第19条)。
他の都道府県内に境内建物を備える宗教法人
上記の宗教法人を包括する宗教法人
他の都道府県内にある宗教法人を包括する宗教法人
さらに、僧侶・神官等の宗教者が個人資産として、不動産・自動車等の動産を所有している場合は、相続税を始め普通に課税される。また自動車関係の道路特定財源制度諸税については、宗教法人が公益・宗教事業用に自動車を所有する場合でも、自動車税や自動車重量税などの課税がなされる。また、固定資産税が一定条件下で減免されることもあるが、地方税法では固定資産税の減免対象になる事例が鉄道用地など他にも多く列挙されており、いかにも宗教法人であるゆえの特権のように論じるのは詭弁(チェリー・ピッキングの論法)に過ぎない。
なお、宗教法人を含む公益法人へも、国税庁の税務調査は普通に行われる。そして、所轄官庁や税務署へ財産目録などの法定書類を毎年確定申告する必要もあり、税務申告に問題があれば指導もなされる。したがって「宗教法人には一切課税がされない」ことはない。その証左として、宗教法人会計に特化、あるいは強い税理士事務所が複数存在する。
但し、公益財団法人や公益社団法人等が運営する収益事業の税率と、宗教法人を含む広義の公益法人が運営する収益事業の税率との間に減額されていることなどから、宗教法人に対しても租税の公平性を確保するため、収益事業に対する税率の統一を求める声は多い。
宗教法人が公益法人として課税の優遇措置を受けていることを逆手に取り、宗教法人が運営する寺院の住職が宗教法人の収入を私的流用していたことが、税務調査で指摘された例がある。しかし、法人運営の主導的立場にある者が地位を悪用して財産を流用する不祥事は他種の法人でも生じることであり、上記の事例を宗教法人特有の問題としてあげることは失当である。