国尊王
幼少の頃、醍醐にて外祖父の白河染殿僧都に養育されていた。承久3年(1221年)、父の惟明が亡くなるが、それからわずか1か月後に承久の乱が起きて、叔父の後鳥羽上皇が配流され、その孫である仲恭天皇も鎌倉幕府によって廃位される。後鳥羽上皇の血を引かない在俗の皇子として国尊王と茂仁王(守貞親王の皇子、後に後堀河天皇)が残されていたが、天皇を後見して院政を行う治天の君も併せて必要とされる中で、父の惟明を亡くしたばかりの国尊王は候補者から早々に外されて茂仁王が即位することが決められた。
同母兄・聖海は元仁2年(1224年)12月に19歳の若さで醍醐寺の座主となっている。本来は兄たちと同様に出家する予定であったと想定されるが、嘉禄元年(1225年)鎌倉幕府の命令により出家を止められる。これは、当時の後堀河天皇が虚弱で皇子の誕生が危ぶまれたことから、鎌倉幕府が万一の用意として国尊王を皇嗣の候補として考慮したためと想定される。