サレカット・イスラム
1942年、オランダ領東インドが日本の占領下に置かれると、PSIIは再結成されたが、同年5月、軍政当局によって解散させられた。軍政当局は既存のイスラーム系団体のうち、ナフダトゥル・ウラマーやムハマディヤといった非政治的団体のみを重用し、東インドのムスリムを軍政に利用するため、これらの非政治的ムスリムを糾合して、マシュミを結成した。
日本の敗戦によって東インドにおける日本軍政が終了し、1945年8月17日、インドネシアが独立を宣言すると、オランダとのあいだで独立戦争がはじまった。その戦争期間中の1947年にPSIIは再結成され、インドネシア社会党首班のアミル・シャリフディン内閣を支持した。また、独立宣言後に再組織されたマシュミにも参加した。このときのPSII指導者は、アンワル・チョクロアミノトとハルソノ・チョクロアミノト(上記のチョクロアミノトの二人の息子)、そしてアルジ・カルタウィナタらであった。
インドネシアがオランダからの独立を達成した後、インドネシアでは1950年憲法下での議会制民主主義が導入された。1955年の第1回総選挙で、PSIIは8議席(得票率2.9%)を獲得、その後、スカルノの指導される民主主義体制期、9月30日事件を経て、スハルト政権下での1971年選挙では、10議席(同2.4%)を獲得した。この選挙自体は政権与党ゴルカルの圧勝で終わり、その後、1973年1月に政党ゴルカル法が定められ、既存の政党はイスラーム系の開発統一党(英語版)(インドネシア語:Partai Persatuan Pembangunan、略称:PPP)か非イスラーム系のインドネシア民主党 (PDI) のいずれかに統合されることになり、PSIIは前者に統合された。