スマラン事件
10月12日、インドネシア独立派の群衆がスマランの日本軍駐屯地を訪れ、再び武器の引き渡しを求めたが、城戸少佐は拒絶した。14日早朝には武装したインドネシア人の一団が日本軍駐屯地を訪れ、再び武器引き渡しを要求したが、これも日本側は拒絶した。
この間、スマランやマゲラン周辺の治安は急速に悪化した。10月12日には建設中のスマラン製鉄所にいた日本人作業員や軍人ら339人が、人民治安団(BKR)指揮下の現地人警察隊により拘束され、市内の施設に監禁された。同月13日には市内各地で、市民や赤十字関係者などの外国人・混血人の拘束が始まった。日本の民間人や、市内に下宿していた日本軍人も拘束の対象となった。日本人を含め約2000人の外国人がブル女子刑務所に監禁された。マゲラン駐屯日本軍も包囲され、司令官の中村少将が応戦を禁じたため、武器を強奪され、中部防衛隊司令部は全員拉致された。
オランダ領東インド(蘭印)は、太平洋戦争初期に日本軍が占領した後、日本の統治下にあった。蘭印の中心地であるジャワ島には停戦前の連合国軍の上陸は無かった。インドネシアの独立準備は進められていたものの、実現していなかった。
1945年8月に太平洋戦争が日本の敗戦に終わると、蘭印ジャワ島駐屯の日本軍も連合国軍によって武装解除されることになった。イギリス軍を主体とした連合国軍のジャワ島進駐は、9月8日に捕虜救護要員がジャカルタ着、9月15日に4隻のイギリス艦隊が入港、9月25日に先遣隊がジャカルタ上陸と徐々に行われた。
連合国軍の占領部隊が到着するまでの治安維持は、8月26日に結ばれたラングーンでの連合国軍東南アジア司令部(英語版)と日本の南方軍の協定に基づき、日本軍が責任を負うものとされていた。進駐してきた連合国軍の兵力は微弱で、日本軍からの治安任務交代はゆっくりとしか進まなかった。なお、ラングーン協定では、日本軍は連合国軍の少将以上の命令には厳格かつ迅速に従うものとされており、必要に応じて日本軍に治安戦闘を命じる法的根拠とされた。
スマラン事件は、ジャワ島における武器引き渡しを巡る争乱としては最大の惨劇となった。戦闘の結果、インドネシア側は1000〜2000人が死亡したとも言われる。日本軍は28人が戦死、15人が行方不明となった。また、ブル刑務所に監禁中の日本人は149人が殺害され、30人が行方不明となっている。同じ刑務所に監禁されていたオランダ系などの市民900人は日本軍による救出が間に合ったため死者は出ていない。なお、ブル刑務所で殺害された日本の民間人の1人は、インドネシアの独立を称える遺書を血で壁に書き残していたと言われる。
もっとも、インドネシア側では、公式には独立闘争期の一紛争という程度の評価しか与えられていない。インドネシア共和国国軍の戦史にも一文の記述があるだけだという。1999年の指導要領に基づくインドネシアの高校生向け歴史教科書の一冊には、武器引き渡しを巡って起きた「日本軍と青年の激しい戦い」の一例として、「10月14日から19日まで5日間続いた」と記載されている。この時期の日本軍との衝突の全般的な評価としては、最終的に主権が確立できたので無駄な犠牲ではなかったと評している。