寺田屋遭難
すぐに京都の西郷隆盛のもとに報告が行き、吉井幸輔が早馬で伏見に来て事情を調べ、西郷は軍医を派遣して治療に当たらせると共に藩邸で警護させた。
翌日、薩摩藩邸は龍馬に対する伏見奉行からの引き渡し要求を受けたが、拒否した。龍馬はその後、伏見の藩邸から京の藩邸(二本松)に移ったが、また伏見の藩邸に戻り、大阪から船で鹿児島に脱出した。そのしばらくの間は西郷隆盛の斡旋により薩摩領内に湯治などをしながら潜伏する。
なお、この事件に新撰組が関わったとの説もあったが、伏見奉行の林忠交が「肥後守」であったことから、同じ官位の京都守護職松平肥後守容保と誤認されて、それにより配下の新撰組の関与が連想されたものであった。現在は間違いであるとされるが、訂正されていない古い書籍やそれをもとにしたものには新撰組が登場する。『三吉慎蔵日記抄』によると、両名は伏見で度々新撰組の検問を無事通過しており、嫌疑を受けていた様子はない。伏見奉行が動いた理由は「薩摩藩士を騙る不逞浪人が寺田屋にいる」ということだったようである。