ゴジラアイランド
仰天号が遂にその姿を見せたのと同時刻、宇宙空間で、怪獣自動販売機からハイパーメカギドラを購入する者があった。
一方、 仰天号に搭乗していたミサトは、ザグレス襲来を告げる微弱な電波をキャッチ。その時、ヴァバルーダがミサトもろとも仰天号をトラクタービームで捕獲してしまう。しかし、仰天号を手中に収めたにもかかわらず、ランデスは暗黒大皇帝にクビを言い渡される。
その時、ハイパーメカギドラに乗って、すっかりリッチになったザグレスが舞い戻ってきた。ザグレスは、ランデスに代わって再び地球攻撃隊長に任命されたのだ。
ハイパーメカギドラの冷凍光線により、さしものゴジラもたちまち氷漬けにされてしまう。その時、トレマもザグレスを追って地球に帰還。しかし、トレマのパンナトルテは、ハイパーメカギドラの攻撃を受けて墜落してしまう。
絶体絶命の危機が迫る中、トレマの一念がゴジラに呼応して、氷を溶かす奇跡を呼んだ。復活したゴジラの前にハイパーメカギドラは退散。トレマは司令官、ルーカスと感激の再会をする。
一方、ゴジラアイランドの本当の秘密を知りたいランデスは、ミサトを連れてゴジラアイランドへ向かった。再び、あの洞窟の奥へと進む仰天号。そこでミサトとランデスは、壁面に描かれた暗黒大皇帝を目にする。そして、その壁面の向こうには、本当のゴジラアイランドの秘密が隠されていた。
ゴジラアイランドの本当の秘密。それは、2万8千光年の距離を一瞬にして超えるワープゲートの存在だった。
ゴジラアイランドの地下に眠っていた古代ムウ帝国の戦艦。ムウ帝国が誇る最強の兵器であり、かつては侵略兵器として使用されていた。最期は乗っていたランデスごとワープゲートの向こうに吸い込まれる。 『海底軍艦』の轟天号が名前と外見のモデル。