サイエントロジー
20世紀に誕生した新宗教の中でも取り分けサイエントロジー教会は活動を開始した頃から既に、アメリカ、イギリス、カナダ、ドイツ等の国々の政府、またその公安部隊と度々論争を引き起こし、何年にも渡って衝突を繰り返してきた。
報道記者、法廷、一部の政府は、サイエントロジー教会が教会側の批判者を攻撃し、その信者に残酷なまでにつけ込む違法な営利団体であると報告・指摘している。サイエントロジー教会への批判の中には、脅迫を受けて撤回されたものもあり、アメリカで行われた訴訟で証人喚問されたサイエントロジストは、自分達はサイエントロジー教会に忠誠を誓うためにそれを扇動するような虚偽的な内容の教義に服従しており、そしてサイエントロジー教会の幹部にその訴訟から手を引くよう勧告する事実無根な意見書が送られてきたり、示談を行うように繰り返し要求されたと証言した。
ドイツ政府はサイエントロジーを宗教法人ではなくむしろ営利団体であると分類しており、2007年12月3日、人権を侵害する集団としてハンブルク当局が禁止を提議したことを発表した。また、ベルギー、フランス、アイルランド、ルクセンブルク、イギリスはいまだサイエントロジーを宗教法人として認可していない。
教会側は論争を引き起こしている著作権延長法(en:Sonny Bono Copyright Term Extension Act)を支援しており、更に同様に論争の種となっているデジタルミレニアム著作権法(en:Digital Millennium Copyright Act)はサイエントロジー教会から強力な支援を受け、特にen:Online Copyright Infringement Liability Limitation Actはアメリカのインターネットプロバイダーにサーバからサイエントロジー教会の著作物を削除するよう求めた訴訟に非常な影響を受けている。
1996年の半ばから数年間、ニュースグループ「alt.religion.scientology」は不特定多数によるsporgeryを使用した数百数千のスパムメッセージによって攻撃された。教会側はこのスパム攻撃への関与を肯定も否定もしていないものの、スパムメッセージの中には教会関係者から送信されたものもあるとの調査結果を発表したものもいる。元サイエントロジストだったトリー・クリスマンは教会を去った後、様々なISPに偽名を使用し登録することでこの攻撃に加担し、教会側から金銭を受け取っていたことを告白した。後に彼女は自分の取得したアカウントからスパムメッセージの送信等が行われていたのを見たと述べている。
ウィキペディアのサイエントロジー教会に関連する記事においては、信者と批判的立場の利用者との間で長らく編集合戦が続いており、Wikipedia:中立的な観点に基づく記述を行なった利用者に対して両者からの攻撃が行なわれるなど、コミュニティ内での対立が問題化していたため議論が続けられてきた。2009年5月28日、ウィキペディア仲裁委員会は「10対0」でサイエントロジー関連IPからのサイエントロジー教会と関連記事に対する編集を禁じることを決定した。社会的な団体に対する編集禁止措置を取ったのはこれが初めてとなる。