那珂川
余笹川 - 1998年8月の台風4号による豪雨では、余笹川流域の民家が流され死者が出るなど、大きな被害が発生した。
箒川 - 蛇尾川
荒川 - 東荒川・西荒川
逆川
緒川
藤井川
桜川 - 水戸市と笠間市の境の山麓に源を発し、那珂川に流入する延長12.97キロメートル、流域面積71.7平方キロメートルの一級河川。支流に狭間川、沢渡川、逆川、下流の水戸市街地に千波湖がある。
涸沼川 - 涸沼・涸沼前川・飯田川
1656年(明暦2年)頼房は、永田茂右衛門に対し那珂川北岸に用水路の開削を命じた。茂右衛門は那珂郡下江戸(現・那珂市下江戸)において那珂川から取水、現在のひたちなか市武田に至る延長約30kmの用水路を建設した。これが小場江用水路であり、現在は常陸大宮市三美にある小場江頭首工から取水しているが、完成後350年を経過した現在でも地域の重要な農業用水源として利用されている。
水戸藩第三代藩主・徳川綱条の代には涸沼と北浦を結ぶ運河の整備が計画された。水戸と江戸を結ぶ流通を発展させることを目的に、鹿島灘を迂回せずに直接北浦から利根川を経て江戸に物資を輸送させることで、財政難にあえぐ水戸藩の財政を好転させることを目的としていた。綱条は浪人である松浪勘十郎を登用し、支出削減と年貢増徴による収入増加を図ると共に、「勘十郎堀」と呼ばれる運河を涸沼と北浦の間に建設し、流通航路確保を図ろうとした。この事業は1706年(宝永6年)に着手されたが、農民の負担が余りにも大きかった勘十郎の政策はたちまち大規模な百姓一揆を誘発し事業は頓挫。1709年(宝永9年)に責任を取らされた勘十郎は水戸藩を追放された。
那珂川(なかがわ)は、栃木県北部那須郡那須町の那須岳山麓を源とし同県東辺部を南に流れ、芳賀郡茂木町で東に向かい、茨城県を南東に流れてひたちなか市と東茨城郡大洗町の境界部で太平洋に注ぐ、一級水系那珂川の本流である。