レーゲンスブルク
修道院長は973年までレーゲンスブルク司教を兼ねていた。その後ゴルツェ(Gorze)の改革の一環としてBischofshof(司教廷)とDomkloster(大聖堂修道院)が分離し、両者は激しく対立するようになる。修道院側の目標は、司教権力の介入の排除と帝国直属(Reichsunmittelbarkeit)の獲得で、後者の目標は1295年、アドルフ・フォン・ナッサウによって承認される。以後、聖エメラム修道院は帝国修道院(Reichsstift)となる。聖エメラム修道院と似た特別の地位を獲得したのは、オーバーミュンスター(Obermünster)とニーダーミュンスター(Niedermünster)である。両者は、市域に計画的に配置、設立された修道院として出発し、後に司教座教会参事会律院(Kanonissenstift)に変えられた。ニーダーミュンスターはハインリヒ2世によって、オーバーミュンスターはコンラート2世によって帝国直属(Reichsunmittelbarkeit)を認められた。1000年頃から更に多くの修道院が設立された。ゴルツェ改革による聖パウル修道院設立をはじめとして、修道院改革によって無数の修道院がレーゲンスブルクに建設された。中世に創設された修道院ないし律院のうち、後代の世俗化(Säkularisation)を乗り越えて現在も存続しているのは三つの施設だけである。なお、歴代のレーゲンスブルク司教の中には、王権を支える尚書長官(Erzkanzler)として政治面で活躍した人物も、宗教面で傑出した人物ゆえに聖人(列聖)あるいは福者とされた(列福)司教もいる。
通過貿易(Transithandel)での成功が市の繁栄の決定的な基礎であった。12世紀には社会的分化が顕著になり、市民の組織化が行われ、ホーエンシュタウフェン朝の政策に協力しつつ、1182年以降一歩一歩自治の権限を拡大していく。獲得した一連の特権の内、決定的に重要であったのが、フィリップ・フォン・シュヴァーベンによる特権(1207年)とフリードリヒ2世による特権(1230年と1245年)である。こうしてバイエルン大公と司教は市内での支配的権力をほぼ失った。王・皇帝の賦与した特権が市の自由(Stadtfreiheit)の基礎となり、市民に市長、参事会会員を選ぶ権利を与えた。1230年以降、都市裁判所(Stadtgericht)が置かれている。最古の市章(Stadtsiegel)は1211年に遡り、市官房(Stadtkanzlei)は1242年以降存在する。市の政治をリードしたのは商業経営都市貴族(Haldelspatriziat)で、カロリング朝以来ユダヤ人商人もその一部をなしていた。都市貴族は市を寡頭支配していた。ヴィッテルスバッハ家は自家の「大公領バイエルンの中心地」(Hauptort des Herzogtums Bayern)としていたレーゲンスブルクを領邦国家バイエルンの首都(Hauptstadt des Territorialstattes Bayern)とすることができなかった。中世末期には帝国に対して負担も貢租も忠誠の誓いも(weder Steuern oder sonstige Abgaben noch die Huldigung)免除された7自由都市(sieben Freie Städte)の一つになる。