ヒカゲノカズラ綱
化石植物については「小葉植物#下位分類」を参照
PPG I (2016)分類体系による現生のヒカゲノカズラ綱の分類を示す。現生属は旧来ヒカゲノカズラ属 Lycopodium、フィログロッサム属 Phylloglossum、イワヒバ属 Selaginella、ミズニラ属 Isoëtes、スティリテス属 Stylitesの5属に分けられていたが 、のちにスティリテス属がミズニラ属に内包され、また分子系統解析の結果からヒカゲノカズラ属 Lycopodium s.l.はヒカゲノカズラ属 Lycopodium、ヤチスギラン属 lycopodiella、コスギラン属 Huperziaに分けられた。この分類では特異な形質を持つフィログロッサム属がコスギラン属に内包されてしまうため、フィログロッサム属を維持するためにより細分化された。
また、イワヒバ属の下位分類(亜属)はWeststrand と Korall (2016b)に基づく。古く、Jermy (1986)により亜属が整理されたが、Selaginella subg. Stachygynandrumが多系統群であったり、正確性に欠いていた。その後、分子系統解析により系統関係が判明したが、分類には異説もある。