ポリアクリルアミドゲル電気泳動
タンパク質の荷電は種類によって大きく異なるが、陰イオン系界面活性剤であるドデシル硫酸ナトリウム (SDS) 存在下ではSDS分子がタンパク質分子を変性させミセルを作るため、タンパク質分子は全体として陰性に荷電し陽極方向に移動する。この方法がSDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)で、核酸の場合と同様に分子量による分離が行える。通常は、タンパク質試料に還元剤である2-メルカプトエタノールを加えて煮沸し、S-S結合(ジスルフィド結合)を切断してから電気泳動するが、これによって分子量を反映した泳動結果が得られる。泳動後のタンパク質をメンブレンに転写してから免疫染色を行う手法をウェスタンブロッティングと呼ぶ。