中央本線
( )内は起点からの営業キロ。「下河原線」も参照。
101系以後の定期運用があった系列は以下のとおり。甲府電化以降の旧形車両では72系・70系・80系電車や、EF64形やさらにはEF13形、ED16形などの電気機関車にけん引された客車列車があった。
中央線快速 「中央線快速#使用車両」を参照
中央・総武線各駅停車 「中央・総武緩行線#使用車両」を参照
武蔵野線からの直通(2010年以降のむさしの号運用) 205系0番台・5000番台:京葉車両センター所属
甲信地区普通列車 119系:JR東海大垣車両区所属 123系:松本車両センター所属 115系:豊田車両センター、長野総合車両センター所属
急行列車(各列車の詳細はあずさを参照) 183・189系:アルプス 165系(169系も混用):アルプス・上高地・白馬・たてしな・かいじ・かわぐち・みのぶ・天竜・赤石・こまがね・かもしか・伊那 80系:伊那・天竜 キハ58系:アルプス・上高地・白馬・甲斐駒・八ヶ岳・のべやま・すわ・天竜・赤石・こまがね 富士急行キハ58系:かわぐち
北府中駅 - 下河原駅間 (3.8 km) の貨物支線は武蔵野線所属に移された後、1976年9月20日に廃止。
1980年(昭和55年)9月25日:信濃境駅 - 富士見駅間が複線化。立場川橋梁を含む線路付け替えにより改キロ (-0.2 km)。
1982年(昭和57年)5月17日:塩尻駅移転により小野駅 - 塩尻駅間が改キロ (+0.5 km)。
1983年(昭和58年) 6月21日:小淵沢駅 - 信濃境間が複線化。 7月5日:岡谷駅 - みどり湖駅 - 塩尻駅間 (11.7 km) の新線が開業。経路を新線経由に改め、岡谷駅 - 辰野駅 - 塩尻駅間を支線として分離。みどり湖駅が開業。 10月12日:東塩尻信号場が廃止。 11月15日:平出信号場が廃止。
1985年(昭和60年)10月31日:すずらんの里駅が開業。
民営化以降
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により神田駅 - 代々木駅間、新宿駅 - 塩尻駅間、岡谷駅 - 辰野駅 - 塩尻駅間を東日本旅客鉄道(JR東日本)が承継。日本貨物鉄道(JR貨物)が飯田町駅 - 代々木駅間、新宿駅 - 塩尻駅間、岡谷駅 - 辰野駅 - 塩尻駅間の第二種鉄道事業者となる。東京駅 - 神田駅間、代々木駅 - 新宿駅間の重複区間解消。
1990年(平成2年)3月10日:201系電車の富士急行線乗り入れを開始。辰野駅 - 塩尻駅間で区間外直通列車を除き、ワンマン運転を開始。
1993年(平成5年) 4月1日:初鹿野駅が甲斐大和駅、勝沼駅が勝沼ぶどう郷駅、別田駅が春日居町駅、石和駅が石和温泉駅に改称。 4月10日:東京圏ダイヤ改正に伴い「通勤特快」の運転開始。
鳥沢駅 - 猿橋駅間
初狩駅 - 笹子駅間
甲斐大和駅 - 勝沼ぶどう郷駅間
穴山駅 - 日野春駅間
小淵沢駅 - 富士見駅間
日出塩駅 - 木曽平沢駅間
藪原駅 - 奈良井駅間
木曽福島駅 - 倉本駅間
南木曽駅 - 坂下駅間
釜戸駅 - 瑞浪駅間
多治見駅 - 定光寺駅間
中央線快速 「中央線快速#使用車両」を参照
中央・総武線各駅停車 「中央・総武緩行線#使用車両」を参照
武蔵野線からの直通(むさしの号運用) 209系500番台:京葉車両センター所属 E231系0番台・900番台:京葉車両センター所属
甲信地区普通列車 211系:長野総合車両センター所属(立川駅以西) E127系:松本車両センター所属(小淵沢駅以西) E233系:豊田車両センター所属(大月駅以東、ただし諏訪湖祭湖上花火大会・全国新作花火競技大会各当日のみ塩尻駅まで運用) 213系:JR東海大垣車両区所属(主に飯田線直通列車) 313系:JR東海大垣車両区所属(主に飯田線直通列車)
特急あずさ・かいじ、はちおうじ、おうめ E353系:松本車両センター所属 E257系5000番台(臨時あずさ・かいじ):大宮総合車両センター所属
特急富士回遊 E353系:松本車両センター所属 E257系500番台(91号・92号、2021年度まで):幕張車両センター所属 E257系5500番台(91号・92号、2021年度から):大宮総合車両センター所属
特急成田エクスプレス(一部の列車が八王子駅まで運転するほか、過去には高尾駅〈2021年3月13日まで〉や、臨時として大月駅や、富士急行線河口湖駅まで運転) E259系:鎌倉車両センター所属
臨時列車 253系1000番台(むさしのかいじ):大宮総合車両センター所属 E257系500番台(ちばかいじ):幕張車両センター所属
E233系0番台
209系1000番台
E231系0番台(中央・総武線各駅停車)
E231系0番台(武蔵野線)
209系500番台(武蔵野線)
211系
E127系
213系
313系
E257系500番台
E353系
塩尻駅 - 中津川駅間
塩尻駅から南木曽駅までの間は、普通列車の運転本数は少なく、日中は2時間に1本程度の運転、南木曽駅 - 中津川駅間は区間列車も合わせて1時間あたり1本程度の運転である。基本的に313系2両編成によるワンマン列車で、1往復を除いて篠ノ井線松本駅まで乗り入れている。なおワンマン運転区間は中央本線の区間のみで塩尻駅 - 松本駅間は車掌が乗務する。またJR東日本長野総合車両センター所属の211系3000番台も運用に入り、こちらの場合は全区間車掌が乗務する。一部には松本駅 - 木曽福島駅・上松駅間および中津川駅 - 坂下駅・南木曽駅間の区間運転列車も設定されている(かつては南木曽・坂下駅発の名古屋駅行きや名古屋駅発坂下駅行き、神領駅発松本駅行きの直通列車も存在した(後述)。)。全列車が運転区間内の全駅に停車する。この区間の普通列車は上松駅や木曽福島駅などで上下列車の交換や特急の接続・通過待ちなどで長時間停車することがあるが、一部の列車は塩尻駅から中津川駅まで後続の特急に抜かされない。