横浜海洋科学博物館
「横浜マリタイムミュージアム」は海洋科学博物館閉館のおよそ半年後、1989年3月25日に、市政100周年・開港130周年を記念して開催された横浜博覧会のパビリオンの一つとしてオープンした。常設展示室2,116mと特別展示室353mを合わせた展示面積は、従来の博物館の約3.5倍となった。その新ミュージアムも、開館から20年を経過し展示の老朽化・陳腐化が見られるようになり、2009年に横浜港を中心とした展示に改め「横浜みなと博物館」としてリニューアルオープンした。
かつて横浜海洋科学博物館があった横浜マリンタワー3階は、貸切パーティーなどに利用できる「横浜マリンタワーホール」となった(2019年4月から2022年3月まで、改修工事のため閉館中)。
1988年1月28日の理事会では解散事由や残余財産処分、事務局職員は解散の日をもって全員退職し、日本丸財団とする旨、役員も全員解散の日をもって退任し、その一部は日本丸財団の役員になる旨が決まった。本博物館は博物館法上の登録博物館であるが、新ミュージアムは登録博物館としない旨が確認された。1988年7月1日の理事会で、同年9月30日をもって博物館を閉館し、財団を解散することが正式決定した。解散理由として、「開館以来28年近くを経過し、老朽化・狭隘化で新しい時代に即した博物館運営に制約を受けている。1987年に本館で独自に打ち出した将来構想を受け、市が日本丸メモリアルパーク内に横浜マリタイムミュージアムを建設中である。新ミュージアムは日本丸財団が一元的に管理することが最も効率的・経済的であると考えられる。横浜海洋科学博物館の管理運営を主たる目的としてきた本財団は同館閉館をもって使命を終え、基本理念・事業は新ミュージアムに継承される。」旨を発表した。8月の日曜日には、小学生向けの夏休み恒例の催し物であった「紙で船を作ろう」が6年ぶりに開催された。8月31日には、最後の企画展としてこれまで収集した資料を展示する「所蔵品展」が終了。9月30日に、27年9カ月に及ぶ歴史に終止符を打ち閉館した。
横浜海洋科学博物館(よこはまかいようかがくはくぶつかん)は、かつて神奈川県横浜市中区山下町に所在した海事博物館。1961年に横浜マリンタワー内にて開館し、約27年半の公開期間ののち、横浜みなとみらい21の横浜マリタイムミュージアム(2009年に横浜みなと博物館に改称)に役割を譲る形で、1988年9月30日に閉館した。