配列データベース
配列データベースに対しては、さまざまな手法で検索を行うことができる。
最も一般的な手法は、おそらく手元にある既知のDNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列と、類似する配列を検索することであろう。BLASTプログラムはこの種の手法を実現するプログラムとして最もよく利用されているものの一つである。
また、ある特定の遺伝子について、多数の生物種における相同な遺伝子の配列を抽出し比較するというのもよくある状況である。
多くのデータベースではホームページにおいて簡易にこうした作業が実現できるように工夫されている。しかし大量の情報を相手にする場合、ホームページ経由の作業は一般に著しく非効率的である。そこで、このような作業を自動的に行うためのプログラムやそれらのプログラムを構築するためのプログラミングライブラリが多数開発され公開されている。
配列データベースは、一つの種の生物から採られた配列だけを格納する方針で構築されることもあるし、配列決定されたすべての種の生物から採られた配列をすべて格納する方針が採られている場合もある。前者の例としては、出芽酵母のすべてのタンパク質を含む配列データベースなどが挙げられる。後者の例としては、公共の塩基配列データベースとして、日本DNAデータバンク (DDBJ) 、EMBL、NCBI GenBank が構築され、公に提供されている。
配列情報そのものだけではなく、その配列を解析した機関や研究者、遺伝子の機能、染色体上の位置など様々な情報が付随しているのが普通である。これらは分子遺伝学や生物情報学はもちろん、幅広い生物科学系の研究の基盤として重要な情報となる。