ポケットモンスター ハートゴールド・ソウルシルバー
代わりに一度登録すると削除できなくなった。 条件を満たすとジョウトとカントーのジムリーダーも登録可能になり、指定された曜日と時間に電話をかければヤマブキシティにある「かくとうどうじょう」で何度でも再戦可能になった。 デザイン変更機能が追加され、6種類のデザインを選ぶことができるようになった。 『金・銀』では洞窟やポケモンジムの中は圏外になっていて電話することは不可能になっていたが、本作ではポケギアが最新型になっているため洞窟の中でも電話は可能になっている。ただし、ごく一部圏外になってしまう場所にいる場合はかけることができない。
きのみのなる木は全てぼんぐりのなる木に統一された。『ルビー・サファイア』以降のシリーズで登場したきのみには新たな入手方法が設定されている。
『金・銀』では「そらをとぶ」で移動できる町が現在いる地方のみだったが、セキエイ高原と26番道路の2か所からだけは両方の地方の町へ移動できるようになった。 逆にこの2か所へ「そらをとぶ」でやってくる際も、カントー・ジョウトどちらからでも移動できるようになった。
わざマシン、ひでんマシンは『ダイヤモンド・パール・プラチナ』に準拠した内容に変更され、ひでんマシンは『金・銀』にあった7つに加え、新たに「ロッククライム」のひでんマシンが追加され、全部で8つが登場するとともに、「フラッシュ」がわざマシンに、「いわくだき」はひでんマシンに変更されている。
ジムバッジの効果が一部改定された。自分のポケモンの能力が上昇する効果が削除されたほか、他人のポケモンが指示を聞くレベルも変更されている。
月曜日夜のおつきみ山の広場でのつきのいしの入手条件が変更された。
その代わり、4つまでしか埋めることができない。
ぼんぐりはモンスターボールだけでなく、ポケスロンの競技での能力を強化するためのボンドリンクの材料にもなった。ただし、出来上がったボンドリンクによっては能力が低下したり変化しないことがある。ボンドリンクはショップでの購入も可能。
ハード性能の向上に伴い、グラフィックやBGMの質が大幅に向上。新たなBGMの追加や、カントー地方のBGMが『赤・緑・青・ピカチュウ』『ファイアレッド・リーフグリーン』のBGMにより近づくようにアレンジされているほか、フィールド内の湖の音や移動中の足音などの細かい環境音が流れるようになるなどの変更がある。 条件を満たすことでゲームボーイ版の『金・銀・クリスタル』の音源を再現したBGMに切り替えられるようになる。本作から新たに追加されたBGMの一部もゲームボーイの音源にアレンジされたBGMに変わる。ただし波形メモリ音源は再現されていないほか、一部のBGMや効果音は再現されない。また、変更されない楽曲を決まった曜日にラジオ番組でランダムに聴くことができる。
ジョウト図鑑およびぜんこく図鑑完成時に受け取れる表彰状は、1度しか見ることができなくなった。
「パワー」「テクニック」部門で登場。
タッチでなぞってポケモンを操作して、素早くスライドするとシュートして自分以外の3つのゴールにボールを入れていく、サッカーのような競技。シュートしなくても、ボールを運んでいくだけでも良い。相手のゴールに入れると自分の得点が+1、相手の得点が-1される。金色のボールは+2、-1。「パワー」が高いほどシュートする勢いが強く、「テクニック」が高いほど正確に移動やシュートがしやすい。