近江屋事件
襲撃を受けた中岡自身、「之はとうしても人を散々斬つて居る新選組の者だろう」と推測している。土佐藩重役寺村左膳も当日の日記に「多分、新撰組等の業なるべしとの報知也」と記している。
土佐藩の谷干城と毛利恭助は薩摩藩の中村半次郎の案内で、現場に残されていた鞘を薩摩藩邸に持参している。これを見た御陵衛士の篠原泰之進、内海次郎らが「原田左之助のものである」と証言した。一方で田中光顕は鞘については「殺害の報を聞いて現場にやってきた伊東甲子太郎が鑑定し、新選組のものとわかったが、誰であったかは判然としない」と回想している。また谷は中岡の証言にある「声音」から、犯人は「中国から四国にかけてのものであろう」と判定した。御陵衛士の阿部十郎は、「そうであるならば伊予の松山藩でありましょう」と答え、「声が似ている」ものとして伊予出身の新選組隊士原田左之助の名を挙げた。ただしこれらの証言は明治中期以降に出てきたものである。
これにより、土佐藩中枢部は「犯行は新選組によるものだ」と判定し、幕府に対して告発を行っている。これを受けて11月26日に幕府から取調べを受けた新選組局長近藤勇は関与を否定したが、世情では「新選組が犯人である」という風評が強まり、当時はこれが有力な説と見られた。
見廻組隊士だった今井信郎は、1869年(明治2年)に箱館戦争で降伏し、兵部省と刑部省によって取り調べを受けていた。このころ、坂本殺害について旧新選組隊士に取り調べが行われたが、いずれも新選組の関与を否定した。このうち大石鍬次郎が「見廻組が実行犯である」と自供したため、今井も取り調べを受け、自供することとなった。『勝海舟日記』明治2年4月15日条には、松平勘太郎(松平信敏)に聞いた話として、「今井が「佐々木唯三郎(只三郎)首トシテ」犯行に及んだことを自供した」という記述がある。このなかで勝海舟は「指示したものは佐々木よりも上の人物、あるいは榎本対馬(榎本道章)か、わからない」と記述している。
1870年(明治3年)9月2日、今井は禁固刑、静岡藩への引き渡しという判決を受けた。直接手を加えていないが龍馬殺害にかかわったこと、その後脱走して官軍に抵抗したことが罪状とされている。今井の証言をおさめた口上書には「佐々木只三郎の指示により、佐々木、今井、渡辺吉太郎、高橋安次郎、桂隼(早)之助、土肥仲蔵、桜井大三郎の七人が近江屋に向かい、佐々木・渡辺・高橋・桂の4人が実行犯となって龍馬らを殺害した」というものである。殺害の命令があった理由については「寺田屋事件の際に龍馬が同心二名を射殺したこと」を挙げている。今井は「京都見廻役小笠原長遠に命じられた」としているが、小笠原は「一切関知していない」としている。