クレメンツ・マーカム
ただし、マーカムが書いた「指揮官に対する指示」には、地理と科学の作業に同程度の優先性を付与していた。「科学対冒険」の議論は、遠征隊の帰還後に、科学的成果の幾つかについてその正確さや専門性について批判があった時に再開された。
マーカムは遠征隊の資金を確保するときに別の問題に直面した。1898年、3年間の努力の後でも、必要とされる資金のうちの僅かしか確保できていなかった。一方で、イギリスとノルウェーの血を受けた探検家カルステン・ボルクグレヴィンクが、民間の南極探検のために4万ポンド(2008年換算で300万ポンド以上)を、出版者のジョージ・ニューネス卿から確保していた(サザンクロス遠征)。マーカムは激怒し、その資金は自分のプロジェクトから逃げて行ったものだと考え、ボルクグレヴィンクを「責任逃れで、嘘つきで、詐欺師だ」と非難した。スコットランドの探検家ウィリアム・スペアズ・ブルースがマーカムに手紙を書き、国営南極遠征への参加を求めてきたが、そのブルースに対しても同様に敵対的だった。ブルースは指名を確認する文書を受け取れず、スコットランドの貴族から資金提供を受けて、自身のスコットランド国営南極遠征を編成した。
マーカムはこの軍の本部参謀に付けられ、一般的測量作業と、特にテオドロスの山城マグダラへ向かう経路の選択が責任だった。マーカムは軍隊の博物学者としても行動し、海岸から南に400マイル (640 km) を行軍する間に遭遇した生物種について報告した。ネピアに同行してマグダラの壁まで行った。戦いは1868年4月10日に起きた。ネピアの前進してくる軍隊に対してテオドロスの部隊が山を駆け下りて突撃すると、「スナイダー・ライフルが発砲を続けると、アビシニア兵は誰も抵抗できなかった。彼らはなぎ倒され、...そのように圧倒的な武力の違いの前では、最も英雄的な者もなすものが無かった」とマーカムが記していた。マーカムに拠れば、勝ち誇った軍隊がテオドロスの遺骸を発見した後、「それに対して万歳三唱し、あたかも死んだ狐に対するようだった」となっていた。マーカムは、テオドロスの悪行が多く、その残酷さは恐ろしかったが、最後は英雄として死んだと付け加えた。
ネピア将軍の命令で、マグダラの町は灰燼に帰され、その大砲は破壊された。イギリス軍はその後に出発し、マーカムは1868年7月にイングランドに戻った。この作戦に従軍したことで、1871年にバス勲章を贈られた。
このとき海軍の教官に対して無礼行為を問われて罰せられ、初めて海軍の規律を味わうことになった。マーカムは朝の8時から日没まで、甲板の上で立たされていた。1846年6月25日、マーカムはミッドシップマンへの昇級試験にパスした。10人いた同期の中では3番目だった。チリとペルーの港で過ごされた長い期間により、スペイン語を覚えることもできた。
この航海の終わり近く、マーカムの将来に対する大志は、伝統的な海軍の経歴を積むことから明らかに変わっていた。この時既に探検家かつ地理学者になろうと考えており、その志を抱いて帰路に着いた。1848年7月にポーツマスに到着すると、父に海軍を去る意思を伝えたが、父からは海軍に留まるよう説得された。マーカムは、地中海で短期間任務に就いた後、イギリスのスピットヘッドやアイルランドのコーヴ・オブ・コークを本拠とする間に活動しない期間があり、さらに海軍に対する興味を無くした。しかし、ジョン・フランクリン卿の北極遠征隊が失踪し、1850年代初期に、その新たな捜索を行う4隻の船が集められたことを知った。マーカムはその家族の影響力を使ってこの遠征の一員になることができ、1850年4月1日、この船隊の主要な2隻の艦の1つ、HMSアシスタンス乗艦を指名された。