セガ
アドバンスド大戦略シリーズ
己のダンジョン
Jリーグプロサッカークラブをつくろう!シリーズ
シーマン
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ゼルドナーシルト(開発はコーエー)
ダービー馬をつくろう!
テラ ファンタスティカ
天下人
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バハムート戦記
プロ野球チームをつくろう!シリーズ
セガネットワークスおよびセガ・インタラクティブからの移管タイトルを含む。
アレクサンドリア大戦絵巻
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生き人形の間
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イドラ ファンタシースターサーガ(運営権をアプシィに移管)
江戸前!寿司道
404 GAME RE:SET -エラーゲームリセット-
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カタチダス
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Kingdom Conquest
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ケイオスドラゴン 混沌戦争
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幻塔戦記グリフォン
源平大戦絵巻
恋空
サイキックファンタジー
サクラ革命 〜華咲く乙女たち〜
SAMURAI&DORAGONS
三国志コンクエスト
Secret Garden
シャイニング・ウインド・クロス
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シャイニング・フォース クロニクルI
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ジャンケン戦士トリプル
ジュクゴン産卵期
シン・クロニクル
隙鬼間
隙鬼間の蟲(すきまのむし)
スケルトントレーナー
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ソニックテニスDX
弾王
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チェインクロニクル
2000年6月に入交昭一郎代表取締役社長が同副社長に降格、秋元康が社外取締役を退任し、大川功会長が代表取締役社長を兼務する役員体制とした。同時にアーケードゲーム製造事業も不採算事業となり、2000年12月にアーケード機器最終組立工場であった矢口事業所(千葉県印旛郡栄町)を閉鎖し(現在はセガ・ロジスティクスサービス矢口事業所として存続)、アーケード機器組立を外注化した。また、アミューズメント施設事業を地域5社へ分社化(後にセガ アミューズメントへ統合)し、全国各地にあった支店・営業所・出張所を段階的に閉鎖した。
2001年1月31日、経営再建策「構造改革プラン」として、家庭用ゲーム機ハード事業(ドリームキャスト)からの撤退と他社家庭用ゲーム機プラットフォームへのソフト供給が香山哲最高執行責任者によって発表される。これによって約815億円の特別損失を計上し、経営破綻寸前に陥った。しかし翌日に大川功が約850億円の私財寄付という形で損失補填を表明したことで経営危機は回避されたが(2001年3月期決算は家庭用ゲーム機ハード事業撤退にかかわる費用を計上したため約520億円の赤字)、大川功は同年3月に心不全のため逝去。この経営再建策から2002年3月期以降、業績は回復基調へ移ったが、株式の無配は2004年3月期まで続くことになる。