エストニアの国籍
こうしてエストニアは、ラトビアとともに旧ソ連諸国のうちでゼロ・オプションを拒否する強硬姿勢を取った2か国の一つとなった。この対抗措置として、同月末にロシア最高会議(ロシア語版)は、在外ロシア人(英語版)から申請があった場合には自動的にロシア国籍を付与する法律を採択した。
1992年2月26日には国籍法の運用法が制定され、国籍申請に要する2年の居住期間(+1年の待機期間)を1990年3月30日から起算することが定められた。これには、運用法の発効とほぼ同時に居住期間が満期になるという申請者に有利な面もあったが、年内に実施される国民投票(英語版)・議会選挙(英語版)・大統領選挙のいずれからも申請者が排除されるという面もあった。また、他国の諜報機関やソ連軍での勤務歴のある者の申請も認められず、加えて合法的な収入を申請要件としたため、市場経済への移行期に失業した多数のロシア人も対象から外された。
しかし、結局は発給作業のパンクを理由に、7月12日以降も居住許可申請を受理し、旧ソ連パスポートの有効性を当分の間保証すると発表した。
外国人法施行に際するエストニア側の混乱にロシア側はまたも反発し、6月末にロシア外務省は、エストニア政府は一貫して非エストニア人の排除と単一民族国家の建設を企図している、との覚書を提出した。11月にはセルゲイ・ラヴロフ国連大使(英語版)が、エストニアとラトビアはロシア人の人権を蹂躙し、OSCEの勧告に従う意思も持っていない、とする報告書を人権委員会へと提出した(この時、ロシア側はエストニアのロシア人政策を「ビロードの国外追放」と形容した)。同月末にはゲンナジー・セレズニョフ下院議長が、エストニアへの経済制裁を求める文書をヴィクトル・チェルノムイルジン首相へと提出し、当時進行中であったエストニアとロシアの領有権問題解決プロセスも、ロシア外相エヴゲニー・プリマコフが態度を硬化させたことで暗礁に乗り上げるに至っている。
翌3月には「非エストニア人統合基金」が設立され、その支出額は1999年の570万クローンから2002年には850万クローンにまで拡大している。2000年3月にはエストニア語教育の拡充に基づく国籍取得政策が打ち出され、国家プログラム「エストニアの社会統合2000-2007」が議会で承認されている。
2003年3月31日には国連自由権規約人権委員会が再度の所見を決定し、エストニアでの無国籍者に対する帰化者の少なさを指摘した。そして所見は、とりわけ子供の無国籍者を減らす(保護者に帰化を呼びかける・学校で帰化促進キャンペーンを行う)よう勧告した。また、政党加入に対して設けられた国籍条項に関しても、自由権規約第22条に基づき、その締結国には非市民の政党加入可能性を考慮する義務がある、とも指摘している。
2021年の時点で、エストニアの住民構成はエストニア国籍者84.7パーセント、無国籍者5.0パーセント、外国籍者10.2パーセントであり、かつて人口の30パーセント超を占めた無国籍者数は大幅に減少している。とはいえ、1992年から2007年までのエストニアへの帰化者が14万7230人である一方、同時期にロシアへ帰化したエストニア在住者も14万7659人存在するなど、ロシア人の社会統合が順調であるとは即断できない状況でもある(2007年4月にはタリンで両民族の衝突事件(青銅の夜)も発生している)。