ヒストンH2A
H2Aは球状ドメインと長いN末端テール、そしてC末端テールから構成される。N末端テールやC末端テールが翻訳後修飾が行われる部位である。テール領域での二次構造の形成はこれまで同定されていない。H2Aにはヒストンフォールド(英語版)と呼ばれるフォールドが存在する。ヒストンフォールドは2つのループで連結された3つのヘリックスからなるヘリックスターンヘリックスモチーフであり、ヘリックスのhandshake型配置によってH2Bとの二量体化を可能にする。ヒストンフォールドは構造レベルではH2Aの間で保存されているが、この構造をコードする配列はバリアント間で異なる。
MacroH2Aバリアントの構造はX線結晶構造解析によって解明されている。保存された非ヒストンドメインにはDNA結合構造とペプチダーゼフォールドが含まれている。この保存されたドメインの機能は未解明であるが、Xist RNAの固定部位としての機能や修飾酵素としての機能の可能性が示唆されている。