三木合戦
ところが10月、織田軍の武将荒木村重が離反し(有岡城の戦い)、毛利氏について有岡城に立てこもった。村重の領国摂津は、三木城から六甲山地を挟んで南側に位置する。これによって、摂津の港で兵糧を陸揚げ花隈城から丹生山を越え三木城へという新たな補給路ができる。秀吉の部将黒田孝高が説得に向かったが、村重に捕らえられ有岡城に幽閉された。孝高の主君小寺政職が村重に呼応したために取った処置とされる。
翌年の天正7年(1579年)2月6日、一応の補給路は確保されているものの、このままでは兵糧不足に陥ることは明らかで、別所氏はこの局面を打開するために秀吉の本陣平井山へ約2500人を出兵する(平井山合戦)。しかし人数、地形共に別所氏に不利な状況であり、別所長治の弟治定が討死するなど別所側の敗戦となる。
5月、秀吉は摂津からの兵糧輸送の中継地点、丹生山明要寺と淡河城を攻略、これによって再び補給が困難となる。6月、反織田の共同戦線の一角、波多野秀治の八上城が明智光秀に落とされ、秀治は捕らえられて処刑された。13日、秀吉の部将竹中重治(半兵衛)が平井山の陣中で没した。
9月10日、毛利氏と別所氏の双方が出兵し、兵糧を三木城に運び込むという作戦が実行される(平田合戦・大村合戦)。毛利氏の補給部隊が秀吉の部将谷衛好が守る三木城西側の平田陣地を攻略して衛好を討ち取り、別所氏側は吉親率いる3000の兵が三木城外の大村付近に出兵する。