モハマッド・ユスフ・カラ
これによってゴルカルの票は割れることになったが、ユドヨノ、カラという正副大統領候補の組み合わせには、月星党 (PBB)、インドネシア公正統一党 (PKPI) 、改革の星党 (PBR) が支持を表明した。
2004年7月5日、正副大統領選が行われた。第1回投票でユドヨノとカラは33%の得票率を得て第1位になったが、当選に必要な過半数に届かなかったため、 メガワティ陣営(副大統領候補はハシム・ムザディ NU 議長)との決選投票に臨むことになった。
決選投票に向けて、メガワティ陣営が自らのインドネシア闘争民主党 (PDI-P) と、ゴルカル、開発統一党 (PPP)、福祉平和党 (PDS)、マルハエニズム・インドネシア国民党 (PNI Marhaenisme) からなる政党連合を結成したことによって、ユドヨノ・カラ陣営は重大な挑戦を受けることになった。ユドヨノはその他の諸政党からの支持集めと票固めに奔走し、カラはゴルカルに支持を求めに走った。そして、ゴルカル内の親カラ派であるファフミ・イドリス(ハビビ内閣の労働大臣)率いる一派が、党路線を無視し、ユドヨノとカラを支持すると表明した。
2004年9月20日、決選投票の結果、ユドヨノとカラは得票率60.87%を獲得し、正副大統領に選出された。