福岡トンネル
1990年(平成2年)2月から1992年(平成4年)10月までかけて、全長約6キロメートルの導水管、ポンプ場2か所、調整池1か所、水管橋4か所を建設して、トンネル内漏水のダムへの還元対策を実施した。さらにダム貯水地からの漏水対策工事を実施することになった。対策には多額の費用が必要であり、その効果を疑問視する意見もあったが、仮にトンネルに支障が生じて新幹線を止めることになれば河川管理者も社会的な非難を浴びる恐れがあるとして、対策を実施することになった。この時点でトンネルへの漏水は毎分6 - 8立方メートル程度に落ち着いていたが、対策を実施しなければ貯水池がサーチャージ水位のとき13.6立方メートル/分、常時満水位のとき7.0立方メートル/分だけトンネルへの漏水が増加すると推定された。対策により、この増加量はサーチャージ水位で6.4立方メートル/分、常時満水位で0.9立方メートル/分に抑えられると試算された。漏水対策工は貯水池内を全面的に覆うもので、コンクリートの吹付やベントナイトシートで斜面を覆い、水路には擁壁も施工した。この対策工事にもJRからの補償金を用いた。結果的にサーチャージ水位での最大漏水量は予想した範囲に収まった。
犬鳴ダム本体工事は1988年(昭和63年)6月に発注され、1994年度(平成6年度)に事業が完了した。この間、1992年(平成4年)12月から試験湛水が開始された。1997年(平成9年)5月14日にサーチャージ水位に到達し、試験湛水が成功してダムが完成した。
福岡トンネルの地質は、着工前に弾性波探査および10本のボーリングによって調査された。トンネルの大部分の地質は、三郡変成岩と呼ばれる古生代末の火成岩、火山砕屑岩の角閃片岩、千枚岩質角閃岩、輝緑凝灰岩などから構成されており、一括して緑色片岩と呼ばれている。新鮮な緑色片岩は非常に硬質で靭性に富むため、福岡市周辺では砕石としてよく用いられている。
付近の断層は、北北西から南南東への方向のものが多く、トンネルとほぼ直交して5メートルから20メートル程度の断層破砕帯となっていた。東工区の坑口から数百メートル程度は花崗岩が風化してできたマサで、西山断層を境に三郡変成岩に入り、断層粘土と思われる地帯では毎分20立方メートルにも上る突発的な湧水が発生して掘削停滞をもたらした。その後も硬質片岩の割れ目に豊富な地下水が充満しており、水のために難航する工区となった。同じ福岡トンネルでも、西工区は水が少なく岩盤も良好で、東西で大きな差を見せる結果となった。
トンネルの東工区付近では、沢の水や井戸水を飲料水や農業用水として利用していた。トンネル掘削が坑口から約300メートル進行した1971年(昭和46年)7月頃から、トンネル入口付近の草場地区を皮切りに井戸の渇水が生じ、飲料水に支障が生じた。さらに坑口から約1,000メートル進行した1972年(昭和47年)3月の大湧水後は沢水の枯渇も発生し、ちょうど田植えの準備をする時期であったために大問題となった。このため、ボーリングにより井戸を掘削して揚水・配管して約160戸に飲料水を給水した。また農業用水についても坑口やボーリング井戸、沢などから計約7,800メートルの配管を行い、約300ヘクタールの農地に対してポンプで給水する対策を行った。しかしこれらの対策をもってしても山の上の田まで完全に送水することは困難で、1975年(昭和50年)時点で約25ヘクタールの休耕田が生じた。また配水した水が冷たいために、冷害の被害も生じた。これらの対策や補償に約3億円を要した。
また福岡県の計画していた犬鳴ダム貯水池直下を通るトンネルで、約100メートルの土被りがあることからトンネルのダムへの影響はないと事前には考えていたが、実際には多くの亀裂が発達していたことから犬鳴川の河川流量を大きく減少させる結果となった。そこで地盤注入を行って止水対策を実施することにした。地上からのボーリングによる注入では範囲が広くなりボーリング長も長くなる問題があり、一方本坑からの注入では列車運行終了後に夜間作業でのみの注入となることから、水抜坑からボーリングを実施して注入を行うことにした。