皇居の生物相
キノコやカビなどの菌類の調査では、合計368種の菌類が確認された。これまで日本では発見されていない種が8種確認された他、オガサワラカミコウヤクタケのようにこれまで小笠原諸島のみで確認されていた2種と、日本では小笠原諸島のみで確認されていた種が一つ、吹上御苑内から確認された。これは現在の皇居の環境が暖地性の菌類に適したものとなっていることを示していると考えられる。
また子嚢菌類のボタンタケの一種は、吹上御苑のマテバシイの倒木や枯れ枝に多く見られ、同じ都内にある自然教育園のスダジイの倒木でも見ることができる種であるが、同属の別種で伊豆諸島の御蔵島のみで確認されている種はあるものの、現在のところ他の産地が知られておらず東京都区内の吹上御苑と自然教育園の固有種である可能性が指摘されている。
変形菌については昭和天皇が若い頃から高い関心を持っていたこともあり、調査の過程で主に昭和3年(1928年)から昭和5年(1930年)にかけて皇居で昭和天皇や側近が採集したものと判断される標本の存在が明らかとなり、64種類の変形菌が確認された。平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では98種の変形菌が確認されたが、昭和初期に確認された種の中で19種は確認されなかった。
皇居内で確認されている哺乳類としてはまずタヌキとハクビシンが挙げられる。ともにいつ頃から皇居内に住みだしたのかは不明であり、ペットとして飼われていた個体が逃げ出して繁殖した可能性もあるが、町田市付近など東京近郊の里山ではタヌキやハクビシンの生息が確認されており、皇居まで分布を広げた可能性もある。また1950年代の記録に皇居にタヌキがいるとの説が載せられていることから、タヌキについてはかなり以前から生息し続けている可能性もある。タヌキとハクビシンについては赤坂御用地内でも生息しており、特にタヌキが多く生息している。タヌキは10頭以上おり、糞の調査から皇居の生態系内で餌を得ていることが判明している。
その他、皇居内で生息が確認されている哺乳類としてはアブラコウモリとアズマモグラがある。皇居内に生息する哺乳類の中で自然分布と考えられるのはアブラコウモリとアズマモグラのみである。
カミキリムシ相に関していえば、かつて武蔵野の雑木林に生息していた種がほとんどであり、都区内ではほとんど見られなくなった種が多く確認された。
皇居内で採集された甲虫類の中で、特徴的な結果が出たのがハネカクシ類であった。ハネカクシ類は平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査、そして平成13年度(2001年度)から平成17年度(2005年度)まで続けられたモニタリング調査の結果、5科161種が確認された。皇居内のハネカクシ類は落ち葉内に生息する種が多く、また湿地性の種も多く見出された。しかし後翅が退化して飛翔力を失った移動能力が低い種は全く観察されなかった。これは吹上御苑は江戸初期にはいったん宅地化され、その後も様々な利用のされ方をする中で森林性のハネカクシ類は姿を消し、現在、皇居に良好な森林環境が戻っても、移動能力の低さゆえに皇居に戻ってくることが非常に困難であるためと考えられる。
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カニムシ類の生息状況からも、かつての皇居の環境と現状の自然環境について示唆する興味深い結果が出た。皇居内に生息が確認されたカニムシは4種であり、関東地方北部の山林でのカニムシ生息調査では、皇居内で生息が確認された4種を含む6種が確認されており、皇居内の生息種が少ないことがわかる。カニムシ類は一般的には自然が良好に保全されている森林環境を好み、人為的な自然の撹乱に弱く、人の手が入るとすぐに生息できなくなる群とされている。また皇居内に生息するカニムシ類の中ではチビコケカニムシが多く見出されたが、この種はカニムシ類の中では二次林に多く生息するなど自然の撹乱に強い種とされており、これらのカニムシ類の生息状況からは江戸時代初期に吹上御苑の多くが宅地化されて以降、様々に手を加えられていったためにカニムシの生息に適さなかった時代があったことを示している。しかし日本の温暖な地域の森林帯で多く見られるムネトゲツチカニムシも、吹上御苑内で多くの生息が確認されていることから、いったん大きく撹乱された吹上御苑内の自然環境が確実に回復へと向かっていることも明らかとなった。