アンドロメダ…
アメリカ合衆国のニューメキシコ州にある小さな村に、地球を周回していた人工衛星が落下した。軍はそれのビーコンを頼りに回収に向かったが、その村の住民たちは謎の死を遂げており、回収にきた軍の兵士たちも突然死んでしまう。
連絡を受けた政府は直ちに非常体制をとり、ワイルドファイア計画を発動させ、ストーン、ダットン、ホール、レヴィットの4人の科学者を動員して事態の収集に当たることにした。
現地に飛んだストーンとホールは、住民たちの急死は、衛星の中の微生物が住民たちを襲ったためと断定した。実はこの人工衛星は、宇宙空間に漂う未知の微生物の採集を目的としていたのだ。死者の血液を粉末状にするほどに凝固させてしまう微生物の正体は見当もつかなかった。さらに不思議なことに、住民たちの中で酒の好きな老人ジャクソンと、乳飲み児の2人だけが生存していた。
ストーンたちは、衛星と生存者2人を研究所に収容し、“アンドロメダ・ストレイン”と名付けた微生物の正体と鎮圧方法を必死に研究するが、やがてその微生物の変異で研究室も“汚染”されたことから、思わぬ事態が起きる...。