GODZILLA
演 - マルコム・ダネア
ゴジラ研究のために呼ばれた科学者。エルシーの助手。慢性鼻炎をこじらせており、すぐにくしゃみをする。
演 - ケヴィン・ダン
米軍の対ゴジラ部隊指揮官。ゴジラを確実に倒そうとする余り、反発する市長にも強気な言葉を浴びせる。
舞台はニューヨークから始まり、大西洋や南太平洋各地に拡大するが、中心となるのはオーストラリア大陸と近郊の「怪獣島」である。
主人公は第1作と同様にニック・タトプロス。また、フィリップ・ローシェも第2の主人公的な立ち位置である。彼らそれぞれの異なった視点からの苦悩と後悔も、プロットの焦点の一つとなっている。その他、新たなヒロインとしてオーストラリアで動物保護に勤しむ生物学者アンナ・チャールトン(Anna Charlton)が登場する。
ヒックス少佐も再登場し、ゴジラ殲滅を命じたことで大きな間違いを犯したと痛感することになる。
南太平洋で、日本の漁船が謎の生物に襲われ沈没する事件が起きる。某保険会社から派遣されたと語る男、フィリップ・ローシェは唯一の生存者となった老船員から何を目撃したかを問い出し、朦朧としながらも恐怖に慄いた言葉で「ゴジラ」という名が紡がれる。
翌日のチェルノブイリにて、放射線による生物への影響を調査していた生物学者のニック・タトプロスは米国務省からの要請でパナマへと向かう。半ば強引に被災地の調査チームに編入されたニックは畑違いと訝るが、そこで巨大な生物の足跡を目の当たりにし、驚愕する。続いてジャマイカや大西洋でも貨物船や漁船が次々と襲われる。
ニックは各地に残された巨大な足型や、座礁したタンカーに開けられた横穴と残された肉片などから、“フランスがポリネシア近海で長年行なっていた核実験の結果として、新種の生物が誕生した”との仮説を立てる。フィリップもまた、ジャンと呼ぶ部下たちを引き連れて現場に残された爪痕を確認し、その新種こそ一連の事件を起こした“ゴジラ”だと確信する。
互いに面識を持たないニックとフィリップが“ゴジラ”の追跡を開始した矢先、ニューヨークに未知の巨大生物が上陸し、人々は突然降って湧いた恐怖に逃げ惑う。
一方、成獣の方は巣探しをしていたニックらの目の前に姿を現した後、地上に出て、セントラルパークへと導いてから一気に攻撃しようとする米軍の意図に反して、ハドソン川に逃げ込んでしまう。そこへ待ち構えた潜水艦隊が魚雷で攻撃し、ついにはとどめを刺したと勘違いする。さらに米軍は、スタジアムをF18で攻撃し、幼獣に対して壊滅的打撃を与え、ニックらはすんでのところで外に逃げ切る。
安心したのもつかの間、成獣は生き延びており、幼獣を殺された怒りに燃えてニックらを乗せたタクシーを追って街中を追い回す。一度はトンネルに逃げ込み、事なきを得たものの、とどめを刺すにはブルックリン橋まで誘い出さねばならぬと米軍からの指令が届き、フィリップが運転するタクシーは同所に向かい、まんまとおびき出されたゴジラはF18のミサイル12発の命中によりついには絶命する。
オードリーはスクープをものにしたことでかねてから不満の種だった上司に意趣返しをし、ニックとの仲を深める。カメラマンのビクターはフィリップに肝心の撮影テープを抜かれるが、ニックからテープはいずれ返却されると伝えられる。街中もゴジラ退治の報せに沸き返るが、スタジアムの中では爆炎を免れた卵から密かに新たな幼獣が孵化していた。
日本映画のスターであり、世界的な人気を誇る映画キャラクターでもあるゴジラをハリウッドが製作するということから、発表当時は世界的に取り上げられた。
アメリカでは初日を映画史上最多の3,310館、7,363スクリーンで迎え、公開6日間でのオープニング興行成績は歴代で2位となる7,400万ドルとなった。
日本では約51億円の興行成績をあげており、これはミレニアムシリーズや平成モスラシリーズよりも高い数字である。日本の観客動員数は360万人である。これは、ミレニアムシリーズ最大のヒット作である『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』の240万人を大幅に上回った。製作費は1億3千万ドルであり、東宝映画版制作費の10倍以上と著しく巨額となったが、アメリカや他国での健闘が大きなリターンとなった。