セブパシフィック航空
1998年2月2日 - マニラ発(タクロバン経由)カガヤ・デ・オロ行き / 387便 / DC-9-32 / RP-C1507
マニラのニノイ・アキノ国際空港からフィリピン中部のタクロバンを経由してフィリピン南部のミンダナオ島北部の都市カガヤン・デ・オロに向かう387便DC-9-32(RP-C1507)が、午前11時頃に最終目的地であるカガヤン・デ・オロ空港への着陸進入中、空港より北北東約50kmの山中に激突。乗客乗員104人全員が死亡する大惨事となった。詳細は「セブパシフィック航空387便墜落事故」を参照
2013年6月2日 - マニラ発ダバオ行き / 971便 / A320-214 / RP-C3266
ダバオ空港への着陸の際、滑走路を逸脱し、前輪が滑走路脇の草地に突っ込んだ。その後機体は停止し、車輪が破損したものの、乗客165名、乗員6名は全員生還し、怪我もなかった。事故当時、雷雨によって視界が悪く、運航乗務員によると「高度を下げても滑走路からのライトをはっきりと視認できなかった」と当局へ報告されていて、当局調査で滑走路の右端灯を中心線灯と誤認し、悪天候による着陸強行が事故の原因と言われている。