北海道新幹線
海峡線との共用走行区間の三線分岐器の箇所については、電気融雪器とエアジェットに加え、スノーシェルターを整備した。軌道上の除雪を行う除雪用機械(モーターカー)については、9両の導入を予定しており、これまでの新幹線用と基本的には変わらないが、共用走行区間の三線軌道を除雪する際には、三線軌道に合わせた形状の鉄板(フランジャー)を下ろして除雪を行う。
エアジェットについては、開業時となる2016年3月には作動に伴う騒音の問題が表面化し、防音対策を担当する鉄道建設・運輸施設整備支援機構と、新函館北斗駅が立地する北斗市との間で協議が進められているが、平行線をたどる状態となっている。また、騒音問題に伴って、エアジェット設置箇所周辺には発生音に関する注意喚起標識が設置されている。
車両に着雪した雪は落下することで設備の破損などを引き起こすがある。下り列車については、新函館北斗駅到着後の全ての列車が函館新幹線総合車両所に入区し、融雪作業を受けている。また、上り列車については、新青森以南に乗り入れる列車に対して、着雪状況に応じて新青森駅で人力による雪落とし作業を行っている。
新函館北斗 - 札幌間は2012年に着工し、2030年度末に開業予定である。2023年度(令和5年度)に行われたこの区間の事業の再評価では、新函館北斗 - 札幌間の開業により、東京 - 札幌間の所要時間は開業前(以下2023年3月時点)の7時間44分から約2時間55分短縮されて4時間49分(東北新幹線 盛岡 - 新青森間の320 km/hへの速度向上を想定)、函館 - 札幌間では3時間33分から約2時間10分短縮されて1時間22分となる。なお、後述の最高設計速度の320 km/h化や青函共用走行区間の高速化等により、さらなる所要時間の短縮を目指している。航空との所要時間を比較すると函館 - 札幌間では新幹線のほうが早くなると試算されている。『北海道新聞』は札幌 - 仙台間の所要時間が現状(2018年時点)の約6時間30分 - 7時間から3時間半程度にまで短縮されることなどを踏まえ、大宮以北の区間ならば、乗り換えの手間がかかる航空機より新幹線の方が便利と見られていると報じている。また、新函館北斗 - 札幌間の整備により北海道(道南を除く)と道南の交流人口が21,000人/日から約1.1倍の23,000人/日に北海道(道南を除く)と東北地方の交流人口が4,300人/日から1.
江差駅 - 木古内駅間は2014年(平成26年)5月12日に鉄道事業が廃止され、函館バス(江差木古内線)に転換された。
JR北海道は、2016年(平成28年)3月26日の新幹線新函館北斗開業に合わせて五稜郭駅 - 木古内駅間を第三セクター鉄道会社の道南いさりび鉄道に移管(道南いさりび鉄道線となる)、同時に函館本線五稜郭駅 - 新函館北斗駅間を交流電化し、733系電車(1000番台、3両編成)を使用した函館 - 新函館北斗間のアクセス列車「はこだてライナー」を16往復(その内、下り6本・上り7本は快速列車)運行している。
なお、北海道新幹線の本州内区間である新青森駅 - 奥津軽いまべつ駅間で並行する津軽線は、運営主体が異なることから並行在来線に認定されず、JR東日本が継続運営することとなった。その後、2022年8月に豪雨災害の影響で蟹田駅 - 三厩駅間が不通になり、復旧費用が6億円掛かる見通しから不通区間の廃止(鉄道以外の手段も含めた復旧方法)が検討されている。