本土決戦
1945年1月22日、すでに沖縄戦前に解体されていた北方軍・台湾軍に加えて、1944年より本土防衛の総指揮を執っていた防衛総司令部の隷下にあった東部軍・中部軍・西部軍、及び朝鮮軍を廃止して、新たに方面軍と軍管区を新設した。これによって、作戦と軍政の分離を行い、本土決戦における指揮系統の明確化を図った。防衛総司令部はこれまでと同様に、直接部隊として東京防衛のための第36軍と第6航空軍を指揮下に置いていた。
さらに4月8日、指揮の円滑化を図るため、防衛総司令部は第1総軍・第2総軍に分割された。両総軍の指揮範囲は鈴鹿山脈を境界としていた。また、航空戦力の一元運用のため、航空総軍が新設された。この際に、第36軍は第12方面軍隷下になり、第6航空軍は航空総軍の隷下となった。
これら一連の新指揮系統の確立の結果を以下に示す。
第1総軍 第11方面軍:東北軍管区(東北地方) 第12方面軍:東部軍管区(関東・甲信越地方) 第13方面軍:東海軍管区(東海・北陸地方)
第2総軍 第15方面軍:中部軍管区(関西・中国・四国地方) 第16方面軍:西部軍管区(九州地方)
第5方面軍:北部軍管区(北海道・樺太・千島列島など北海地方)
第17方面軍:朝鮮軍管区(朝鮮半島)
第10方面軍:台湾軍管区(台湾)
『本土上陸に対する反撃作戦準備』第二復員局残務処理部、1947年。NDLJP:8815604。
レイテ沖海戦の敗北により多くの艦艇を失い、すでに組織的戦闘力を喪失していた海軍は、南東方面艦隊及び南西方面艦隊を除いた、全部隊を統一指揮するため、陸軍の指揮系統改編と同じ時期、1945年4月25日に、慶應大学日吉キャンパスに海軍総隊司令部を設置し、初代の海軍総司令長官には連合艦隊司令長官が兼務し豊田副武大将、ついで小沢治三郎中将が任命された。