カワバタモロコ
コンクリート三面化や水路の直線化などの河川・用水路の改修、水田耕作放棄による水路の乾燥化および環境悪化、宅地化の進行、ため池の埋め立てや管理放棄、アメリカザリガニ、オオクチバス・ブルーギル等の外来生物の捕食により各地で個体数が減少している。仔稚魚が小さいため、化学肥料や魚毒性の高い農薬の流入による生息環境の悪化も指摘されているに従い餌となる微生物群が変化したことも影響したとみられる。
2015年4月現在、希少野生動植物保護条例に基づいて本種の野生個体の捕獲を禁じている自治体は、静岡県・三重県・岡山県・香川県・岐阜県安八郡輪之内町である。違法な捕獲行為に対してはそれぞれ罰則規定が設けられている。
なお、本種を系統保存している主な水族館は以下の通りである。
碧南海浜水族館
滋賀県立琵琶湖博物館
神戸市立須磨海浜水族園
姫路市立水族館