コウホネ属
花弁は小さく、黄色から橙色、多数 (下図3a)。花弁の背軸面に蜜腺がある。雄しべは多数、密にらせん状につき、黄色や橙色、帯状で花糸は幅広く、葯は内向しており最初は見えないが、開花後に雄しべが外側に反転して葯が現れる (下図3a, b)。花粉は単溝粒、比較的大型で長さ 40–70 μm。子房上位、雌しべは5–36個の心皮が合着してできている。子房は心皮数の部屋に分かれており、子房室内面全面に多数の胚珠がついている (面生胎座)。雌しべの先端は、円形に広がり縁が反曲して柱頭盤となっている (下図3a, b)。柱頭盤の表面に線状の柱頭が放射状にならぶ。
雌性先熟 (雌しべが雄しべより先に成熟することで同花受粉を避ける) であり、ハナバチやハナアブ、ハエ、甲虫などによる花粉媒介が知られている。また自花受粉も報告されている。
果実は液果状、つぼ形から球形、直径 0.5–5 cm、水面より上で熟し、水中に落下、裂開して浮遊する種子塊を放出する (上図3c)。種子は卵形、長さ 3–6.5 mm、表面は平滑、種衣を欠く。染色体数は知られる限り全て 2n =34 であり、倍数性は見られない。
コウホネ属はコウホネ科 (Nuphaceae) として独立させることもあったが、2020年現在、ふつうスイレン科に含められる。スイレン科の中では、コウホネ属が最も初期に他と分かれたことが分子系統学的研究から示唆されており、子房上位 (スイレン科の他の属は子房中位から下位) などの形態的特徴もこれを支持している。このような系統関係に基づき、コウホネ属をコウホネ亜科 (Nupharoideae)、スイレン科の残りの属 (バルクラヤ属、スイレン属、オニバス属、オオオニバス属) をスイレン亜科 (Nymphaeoideae) に分類することがある。
コウホネ属の種は、萼片数、葯の長さ、雌しべの形態などに基づいて2つの節 (Nuphar, Astylus) に分けることが提唱されており、このことは分子系統学的研究からも支持されている (下図5)。この2つの節は、1種を除いて分布域の違い (旧世界と新世界) とも対応している。
形態変異が大きく、種間の明瞭な区分が困難であること、種間の雑種形成が頻繁に起こると考えられること、また染色体数がどれも同じ (2n = 34) であるため、コウホネ属内の種分類は難しく、様々な意見があり、一定していない。