W3事件
虫プロダクションは1965年(昭和40年)、アニメ用の作品『W3』を企画していたが、それとそっくり同じものが他のプロダクションで企画されていることがわかり、虫プロ内部に産業スパイがいるのではないかという疑惑が起こった。そして、虫プロ社員の中でもその疑惑が話題になり、何人かが虫プロを辞めることになった。手塚はアニメの企画と並行して同作の漫画版を『週刊少年マガジン』で連載することになるが、連載6回目で中断した後『週刊少年サンデー』に掲載誌を変更した。この突然の掲載誌変更が「W3事件」と呼ばれる。
連載誌を変えた理由について手塚は、「虫プロダクションの事情」と「W3のスポンサーはロッテで、宇宙少年ソランのスポンサーは森永という広告業界の関係」と述べている。また、手塚はこの件に関しては誰も責めておらず、講談社から刊行された「手塚治虫漫画全集」版のあとがきにおいては、講談社に迷惑をかけたことについて謝罪している。