クモタケ
外観がやや類似するものにツチカメムシタケ(Isaria macrocyticola Y. Kobay.)がある。クモタケに似て、円頭状円筒形・淡紫色で粉状の頭部と白く細い柄とからなるが、分生子柄は主軸の周囲に輪生することなく、主軸の先端からほうき状の束をなして生じること・分生子がほぼ球形であること・クモ類ではなく、ツチカメムシ(Macroscytus japonensis)の成虫を宿主とすることなどにおいて異なる。
顕著な子実体を形成することなく、宿主の体表面に直接に分生子形成構造を生じた場合、その肉眼的特徴はNomuraea rileyi (Farl.) Samson(現在では、分子系統学的解析の結果に基づいてMetarhizium rileyi (Farl.) Kepler, Rehner & Humber の学名が正しいとされている)のそれに酷似するが、後者はチョウ目の幼虫を宿主とすることで異なる。またNomuraea anemonoides Hockingはオーストラリアの土壌中から純粋分離を経て記載された種で、分生子が緑色を帯びるとともに類球形をなす点でクモタケと区別することができるというが、これらの特徴は、培養に用いる培地の組成その他によって変化し得るという示唆もある。Nomuraea anemonoides は、通常は生きた節足動物に感染してこれを斃すことはなく、腐生的に生活しているらしい。
なお、同様に人工的な分生子接種を行うことにより、チョウ目の幼虫(アメリカタバコガ・ニセアメリカタバゴガ・ツマジロクサヨトウ・イラクサギンウワバおよびAnticalsia gemmatalis)への感染をみた例も知られている。
滋賀県大津市(近江神宮境内)での調査例によれば、クモタケの寄生はキシノウエトタテグモの死因の31.5%を占めていたという。背甲幅が10 mmを越えたクモでは、約50%が感染しており、老熟した個体であるほど、クモタケによる死亡率が高まると推定されている。厳密な検証はまだなされていないが、キシノウエトタテグモへの感染は、地温が上昇してくる晩春から初夏にかけて起こるという見解があり、4月下旬に野外で捕獲したクモを室内で飼育したところ、5月下旬から6月上旬に、飼育容器内でのクモタケの子実体形成が観察された例も知られている。この例では、クモの飼育は完全な無菌条件下で行われたわけではないが、クモは野外で捕えられた時点ですでにクモタケに感染していた可能性も考えられる。なお、九州・沖縄およびマレーシアで捕えられた地中営巣性のクモ(Latouchia sp.)の飼育実験に際して、その個体数の18%からクモタケの子実体の発生をみたとの報告もあるが、この観察例では、地域ごとあるいは季節ごとの寄生率については明らかにされていない。
いっぽう、9~10月あるいは1月上旬に、白色・綿毛状の菌糸を生じたキシノウエトタテグモが野外で見出された例が少数ながらあり、また10月はじめにクモタケの子実体が採集されたという報告もある。