クロロキブス藻綱
その結果、クロロキブス属は独立の綱、クロロキブス藻綱 (Chlorokybophyceae) に分類されることが多い。また独立の門 (クロロキブス植物門 Chlorokybophyta) に分類されることもある。ただし多くの分子系統学的研究からは、クロロキブス属 (およびスピロタエニア属) はメソスティグマ属の姉妹群であることが示唆されており、クロロキブス属をメソスティグマ藻綱に分類することもある。
2019年現在、クロロキブス属には唯1種、Chlorokybus atmophyticus のみが知られている。
分子系統学的研究からは、スピロタエニア属のタイプ種である Spirotaenia condensata がクロロキブス属に近縁であることが示唆されている。しかしスピロタエニア属は古くから接合藻 (ふつうホシミドロ目のサヤマメモ科) に分類されており、2019年現在、分類学的変更の提唱はまだなされていない。スピロタエニア属の中で、Spirotaenia minuta もタイプ種と同じ系統に属することが示されている。一方、Spirotaenia muscicola は接合藻の最初期分岐群であることが示されており、新属スピログロエア属 (Spirogloea) に移されている。