ハナヤスリ科
Zhang et al. (2020) による分子系統解析の結果を示す。PPG I (2016)に含まれる属のうち、Rhizoglossum のみサンプリングされておらず、この解析結果には含まれない。
また、ナガホノナツノハナワラビでは胞子嚢が葉軸に頂生することから、同じく胞子嚢が軸に頂生するリニア類やトリメロフィトン類のような初期の維管束植物に共通しており、原始的な特徴を維持していることが指摘されている。そのため、トリメロフィトン類から直接的に派生したグループだと考えられることもある。別の説では、コエノプテリス類から進化したと考えられている。
中心柱の進化に関して、大葉シダ植物の中でも薄嚢シダ類やトクサ類、マツバラン科は中原型の一次木部を持つのに対し、リュウビンタイ科とハナヤスリ科では内原型の一次木部を持つことから、ハナヤスリ科とマツバラン科は姉妹群(ハナヤスリ亜綱)であり、リュウビンタイ類とハナヤスリ亜綱は姉妹群であるため、その共通祖先で中原型から内原型に変化し、マツバラン科で再び中原型に戻ったと考えるのが最節約的である。