核膜孔
チャネルの直径はヒトでは 5.2 nm、アフリカツメガエルでは 10.7 nmと差があり、深さは約 45 nmである。一本鎖mRNAの厚さは 0.5 – 1 nmである。哺乳類の核膜孔複合体は約 124 MDaで約30種類のタンパク質から構成され、それぞれが複数コピー存在する。対照的に、酵母 Saccharomyces cerevisiae のものは小さく、わずか 66 MDaである。
核膜孔複合体は8個のサブユニットが回転対称に配置された巨大なタンパク質複合体である。細胞質側には細胞質フィラメント、核質側には核バスケットと呼ばれる構造が突き出ていて、輸送過程ではこれらの構造と輸送される物質の相互作用が重要な役割を果たしている。実際の孔 (アウターリング) を囲む8つのタンパク質サブユニットのそれぞれから、スポーク型のタンパク質が孔へ向かって飛び出している。中心部にはplugと呼ばれる構造が認められるが、多様な外見を成し、カルシウム濃度と構造変化の関連が指摘されているものの詳細な役割は不明となっている。
核膜孔複合体はゲノムへのアクセスを制御しているため、大量の転写が必要な細胞周期のステージでは、大量の核膜孔複合体が必要である。例えば、哺乳類や酵母の細胞では、核膜孔複合体の数は細胞周期のG1期からG2期の間に倍増し、卵母細胞では、発達の初期段階の迅速な有糸分裂に備えて多数の核膜孔複合体が蓄積している。間期の細胞でも、核膜孔複合体の一部は損傷を受けるため、レベルを一定に保つためには核膜孔複合体を作り続ける必要がある。一部の細胞では、転写需要の増加によって核膜孔複合体の数が増加することもある。