アブ・サヤフ
2000年中頃からフィリピンの大都市でテロが頻発するようになり、首都マニラでも高架鉄道の車両が爆破された。2000年4月に、ボルネオ島近くのシパダン島で、外国人の観光客など20人を拉致する事件を起こした。もともと治安は良くなかったが、さらなる急激な治安悪化は社会不安を引き起こし、大統領ジョセフ・エストラーダは失脚した。これらのテロは当初、共産主義勢力が起こしたのではないかと言われたが、2001年1月に就任したグロリア・アロヨは、アメリカ同時多発テロ事件以降、一連のテロはアブ・サヤフらイスラム系過激派の仕業として、米軍を巻き込んでミンダナオ島などで掃討作戦を行った。100名以下(50名程とも言われる)までに勢力を落としていたアブ・サヤフは、この作戦でほとんど壊滅したと見られる。
2004年2月27日、マニラ湾コレヒドール島近海で旅客船スーパーフェリー14を爆破し、死者・行方不明者116名という、フィリピン史上最悪のテロ事件を引き起こした。
2007年1月、フィリピン国軍は最高指導者であるカダフィ・ジャンジャラーニが死亡したと発表した。他の幹部も死亡しており、弱体化が予想される。後任の最高指導者には司令官の投票でシリアやリビアへの留学経験もあるイスラム教学者のヤセル・イガサンが選ばれた。東南アジアのテロ組織ジェマ・イスラミアとの強い関連が指摘されている。