市役所停留場
復旧より10日後の2016年6月2日に発生。3号系統をはじめ一部系統が運転を中止、2016年6月10日に3号系統赤迫行きを除いて運転を再開。残る3号系統赤迫行きは翌年の2017年11月29日に再開した。
蛍茶屋方面(蛍茶屋支線下り)から来た線路は公会堂前交差点で長崎駅前方面(桜町支線)と西浜町方面(蛍茶屋支線上り)に分岐する。かつては3方向の軌道が相互に接続して3方分岐のデルタ線を形成していたが、後述の脱線事故に伴う対策工事により、現在は長崎駅前方面と西浜町方面との相互の移動はできない。
市民会館停留場は併用軌道区間にあり、乗り場は長崎駅前寄りと西浜町寄りの2か所に設置されている。いずれも2面のホームが2本の線路を挟んで向かい合わせに配される(相対式ホーム)。長崎駅前寄りの乗り場を使用するのは桜町支線に乗り入れる3号系統のみで、それ以外の2・4・5号系統は西浜町寄りの乗り場を使用する。2・4・5号系統側の乗り場には横断歩道橋が接続していたが、交通渋滞対策のために2002年に撤去され、合わせて乗り場が改修された。翌年には3号系統側の乗り場も改修され、ホームの拡幅延長がなされている。
3号系統と4・5号系統を全国相互交通系ICカードで乗り継ぐ場合、30分以内に乗り継ぐと2回目の運賃が無料になる(各系統の運行区間が重複する蛍茶屋方面との乗り継ぎを除く)。
かつて存在したデルタ線の一辺、長崎駅前方面と西浜町方面を結ぶ軌道は遅れて敷設された。通常の運行では使用されていなかったが、2000年10月に長崎駅前から桜町 - 西浜町 - 大波止と環状運転する循環系統が試験的に運行された際に使われた。循環系統については1934年から1937年(昭和9年から昭和12年)まで運行されていたことがあり、当時の古町停留場にも3方分岐の線路が敷かれていた。