厚生労働省
北海道厚生局(法律第152条)
東北厚生局
関東信越厚生局
東海北陸厚生局
近畿厚生局
中国四国厚生局 - 四国厚生支局(政令第154条)
九州厚生局 - 九州厚生局沖縄麻薬取締支所(政令第155条)
勤労者退職金共済機構(労働基準局)
高齢・障害・求職者雇用支援機構(職業安定局)
福祉医療機構(社会・援護局)
国立重度知的障害者総合施設のぞみの園(社会・援護局)
労働政策研究・研修機構(政策統括官)
労働者健康安全機構(労働基準局)
2016年(平成28年)4月に「独立行政法人に係る改革を推進するための厚生労働省関係法律の整備等に関する法律」(平成27年5月7日法律第17号)が施行され、独立行政法人労働安全衛生総合研究所(労働基準局)が廃止されるとともに、前身の労働者健康福祉機構がその事業・組織を引き継ぎ、現行に改称した。
国立病院機構(医政局)
医薬品医療機器総合機構(医薬・生活衛生局)
地域医療機能推進機構(医政局)
年金積立金管理運用独立行政法人(年金局)