IRTフラッシング線
フラッシング線はマンハッタンで西へ、そして南へ延長され、2015年9月13日に開通した。この区間にはハドソン・ヤードにつながる、34丁目・11番街に1駅のみ開設されたが、かつては41丁目・10番街の位置にももう1つの駅が提案されていた。資金が調達され、建設は2007年末に始まった。延長区間の開通は何度かに渡って延期された。
ニューヨーク・メッツが本拠地で試合を行うときや、フラッシング・メドウズ・コロナ・パークでスポーツのイベントがあるときなどには、運行が拡大されることがあった。逆説的であるが、フラッシング線の各駅停車は修理工事が開始される以前より開始されてからの方が定時性が高かった。
クイーンズ・ブールバードのコンクリート高架橋の6000万ドルをかけた修復工事は1989年8月21日に完了した。フラッシング線の急行運転が再開された際に、61丁目-ウッドサイド駅に止まらなくなった。このことは、急行の停車を再開させるように求める抗議活動を引き起こした。急行の停車が廃止になったのは、MTAでは急行と各駅停車の乗換に時間がかかりすぎると感じていたということがあった。また33丁目-ローソン・ストリート駅の後で各駅停車と急行が合流する際に遅れが出る恐れもこの運行方針の理由であった。急行の61丁目-ウッドサイド駅通過で、各駅停車が61丁目-ウッドサイド駅にラッシュ時には4分おき(1時間に15本)に停車できるようにするとされていたが、実際には利用者によれば、8分から10分に1本(1時間に6本から8本)程度でしかなかったという。地域の反対運動により再度ダイヤが変更されることになり、数か月後に61丁目-ウッドサイド駅に急行停車が復活した。
タイムズ・スクエア駅までの西側への延長 - 1927年3月14日開通。
1939年のニューヨーク万国博覧会に向けて、ウィレッツ・ポイント・ブールバード駅(メッツ-ウィレッツ・ポイント駅)は当初の位置より西側に移転し、123丁目の中央に建て替えられた。旧駅の残骸の一部は今でも見ることができる。鉄製の構造物が旧駅の外側のプラットホームの位置を示しており、また現在の駅の東側に改札口の名残がある。当初のウィレッツ・ポイント・ブールバード駅はフラッシング線の中では小さな駅で、2か所しか階段がなくプラットホームの屋根も短いものであったが、この建て替えにより今日のような大きな駅となった。2回の万国博覧会(1939年、1964年)で使われた階段は現在でも使われており、テニスの全米オープンなどの特別なイベントに際して供用される。万国博覧会へのフラッシング線での急行運転は1939年4月24日に開始された。中央の急行線が営業運転に用いられたのはこの時が最初で、万国博覧会以前には急行線は回送や建設作業中の迂回運行にのみ用いられていた。
現在も歴史的にも、フラッシング線を運行するIRTの列車は7系統という番号を割り当てられていたが、1948年にR12型車両(英語版)が導入されるまで、車両には表示されていなかった。BMTの列車に対しては9系統と割り当てられていたが、地図に示されるだけで列車には表示されていなかった。
1997年にB1アストリア線および緩行・急行選択ボタンを備えた進路設定装置がクイーンズボロ・プラザ駅の上層階の10両・11両編成目標位置に設置された。IDENTRAは、取り外し可能な円形の無線アンテナ装置を使い、1948年から路線に導入されていたR12型車両(英語版)、R14型車両(英語版)、R15型車両(英語版)およびR17型車両(英語版)の前部に設置された小さな取付金具にスライドさせて取り付けていた。仕組みとしてはCBTCで使われている無線トランスポンダーとよく似ており、小さな箱型の進路設定スイッチで列車種別(各駅停車または急行)を設定しておくと、無線アンテナからの信号でクイーンズボロ・プラザ駅およびフラッシング-メイン・ストリート駅近くの分岐器が所定の向きに転換されるようになっていた。これにより路線上の信号扱所の数は10から2に削減された。このシステムは、南東ペンシルベニア交通局のブロード・ストリート線(英語版)など多くの都市交通でなお使用中であり、取り外し可能な円形アンテナがトイレの便座に似ていることから「便座」などとあだ名をつけられている。
↑ フラッシング方面行の各駅停車のプラットホームだけ車いす対応、このプラットホームを使う列車はニューヨーク・メッツの試合やその他の特別な行事の時のみである