アクバル
一方、4月にマーハム・アナガの派閥は振るわず、アドハム・ハーン帰還後もマールワー遠征を行っていたピール・ムハンマド・ハーンが川で溺れて死亡してしまった。 また、重臣ムヌイム・ハーンはアトガ・ハーンとの対立から、アドハム・ハーンにその暗殺を唆していた。調子に乗りやすかったアドハム・ハーンはムヌイム・ハーンに唆され、彼自身もアトガ・ハーンが宰相であることが気にくわなかったため、その暗殺を計画した。
1562年5月16日、アドハム・ハーンは大勢の部下を連れ、アーグラ城の公謁殿で会合をしていたアトガ・ハーンを短剣で刺し殺してしまった。このとき、アクバルは寝殿で睡眠中だったが、騒ぎで目をさまし、事態を察して公謁殿へと向かった。一方、アドハム・ハーンは公謁殿を後にして後宮の前で中に入れるよう訴えていたが、テラスでアクバルと遭遇してしまった。アクバルは「よくも私の養父を殺したな」と言い、膝を屈したアドハム・ハーンは殴られて床にたたきつけられた。それから、アドハム・ハーンは脳髄が流れ出るようテラスから逆さにして2度にわたり放り投げられ、あえなく絶命した。
マーハム・アナガはこのときデリーにいたが、アドハム・ハーンの処刑を聞いてすぐさまアーグラへと駆けつけた。彼女はアクバルと面会すると、アクバルは自ら丁寧に事の次第をすべて話した。彼女はただ「陛下はよくなさいました」と言い、そのショックから立ち直れずに40日後に死亡した。
ムヌイム・ハーンはアーグラから逃げたものの捕えられ、アーグラに連行された。アクバルは彼を赦してその称号も回復させたが、その権力はすべて奪い単なる一武将とした。
だが、アクバルはバイラム・ハーンを追放してもまだ実権を掌握できなかった。バイラム・ハーン失脚後、その追い落としを計画したアクバルの乳母マーハム・アナガが最高権力者となったからである。
バイラム・ハーンの後任である宰相バハードゥル・ハーンはマーハム・アナガの傀儡でしかなく、政権は彼女の息子アドハム・ハーンやその与党によって組織されていた。ヴィンセント・スミスは彼女の一党で固められた体制を「ペチコート・ガヴァメント」と呼んでいる。
だが、マーハム・アナガの息子でアクバル乳兄弟たるアドハム・ハーンがその立場を危うくした。1560年にアドハム・ハーンはピール・ムハンマド・ハーンとともにマールワーへと遠征に行き、1561年に同地方を占領した。だが、アドハム・ハーンはマールワーの支配者バーズ・バハードゥルを取り逃がし、その寵妃で才色兼備の詩人としても名高かったループマティーを自死させてしまった。さらに、アドハム・ハーンは君主に戦利品を全て送る慣習を破るという重大な過ちを犯した。アクバルは当然この権利を主張し、自らマールワーに向かいその独善を抑えたため、アドハム・ハーンとの仲は非常に悪くなった。
1561年、ジャウンプルを統治していたウズベク人貴族ハーン・ザマーンが叛意を示したため、アクバルは東方に軍を進めて一時的ではあったものの、これを服従させた。同年末、アクバルはマーハム・アナガ子飼いの宰相バハードゥル・ハーンを罷免し、アトガ・ハーンを宰相に任命した。先帝フマーユーン以来の重臣である彼はマーハム・アナガ一派に対抗しうる存在で、彼の妻ジージー・アナガもアクバルの乳母だったため、アクバルから彼は「養父」と呼ばれていた。
この一時的な和解はアクバルがハーン・ザマーンを倒す実力を保持していないことを意味していた。
帝都に戻ったアクバルは軍の指揮権や統制権などを強化するなど改革を行い、中央政府の強化に反発する東方のハーン・ザマーンら半独立勢力は恐れを抱き、1556年に反乱を再び起こした。この反乱はアクバルの帝権に反発する者たちが一大連合の性格を帯び、アフガニスタンを統治していた皇弟ミールザー・ハキームにインド侵略を持ちかけるなどして連携を取っていた。
アフガニスタンを統治していたミールザー・ハキームはパンジャーブに侵入してきたが、 アクバルはこれを撃退した。その後すぐ、ドアーブ地方で別の皇族ら数名の反乱が起きたがアクバルはこれを破り、彼らはハーン・ザマーンとも折り合いがつかなくなり、流浪の末に各個撃破された。皇帝権力の上昇は皇族らの立場に変化をもたらし、臣従か反逆かの選択を余儀なくさせていた。
まもなく、ゴンドワナ太守アーサフ・アハーンが帰順すると、アクバルはウズベク兄弟の討伐に本腰を入れ、1567年に自らウズベク兄弟にいるマーニクプルを攻撃した。帝国軍は激流を渡ってハーン・ザマーンを襲って殺害し、バハードゥル・ハーンも捕えて処刑した。帝国軍はアラーハーバードやヴァーラーナシーにまで示威を行い、アワド地方一帯にその威令が行き届いた。
ここにウズベクの反乱は鎮圧されたが、アクバルの行った戦後処理は比較的緩やかなものであった。その例として、叛将の一人イスカンダル・ハーンは罪を免れ、もとのままのジャーギールを保証されている。また、ハーン・ザマーンのジャーギールはすべてムヌイム・ハーンに与えられ、彼はジャウンプルの太守となった。