2005年日本国際博覧会
その後、生態系を尊重する市民団体などの要望を受け入れ、2000年5月にメイン会場を愛知青少年公園(長久手会場)に変更し、万博のテーマを「自然の叡智(Nature's Wisdom)」と変更し、より環境問題と市民参加を前面に打ち出す事となった。変更後の会場である愛知青少年公園に残っていた自然を活かし、その自然自体(自然体感)も展示の目玉となった。
一方で外国パビリオンについては、これまでの万博のような各国が個性的な建築物でアピールすることとは異なり、万博協会が規格建築物(モジュール)をグランドや遊具だった所など樹木の少ない区画に建設し、参加国はモジュールの外装や内装のみで個性を発揮するという形をとった。その結果、コンパクトで省資源な環境配慮型の会場構成が実現できた。加えて、開催前の会場構成・パビリオン企画の段階から市民が積極的に参加・ボランティアセンターを設立した会場運営・周辺地域でのサポートを行う等、開催前から開催中・閉幕後にかけて市民やNGOやNPOなどが積極的に参加した。
開催から14年が経過した2018年5月、元・博覧会協会事務総長(現・全国中小企業振興機関協会会長)の中村利雄が、上海万博の跡地にできたBIEの「万博博物館」の式典に出席した際、過去の万博を示すモニュメントで、同等のハノーヴァー博や上海と、色や高さが異なっていることに気付いた。BIEに問い合わせるなどして調べると、博覧会協会が申請当時に当時の特別博(その後の「認定博」)の手数料(約4000万円相当)しか払っておらず、この時点で「特別博(認定博)」の扱いになっていたことが分かった。上記の1996年の申請の際、「新条約発効後は登録博と見なされるよう希望する」とただし書きを付けていたが、うやむやになったとみられる。
その後BIEと関係者間で調整が行われ、愛知万博の理念継承や財産管理をする地球産業文化研究所がBIEに登録博に必要な105万ユーロとの差額73万ユーロ(約9000万円)を納付。2019年11月27日にパリで開かれたBIE総会で全会一致で「登録博」への変更が認められた。