分岐点移動
真核生物における機構はもっと複雑であり、異なるタンパク質や付加的なタンパク質が関与するが、基本的には同じ経路をたどる。真核生物で高度に保存されたタンパク質であるRad54(英語版)は、ホリデイジャンクション上でオリゴマー化し、分岐点移動を促進することが報告されている。
細菌の分岐点移動の機構は、大腸菌Escherichia coliで多くの研究がなされている。大腸菌では、RuvA(英語版)とRuvB(英語版)がともに複合体を形成し、いくつかの方法でこの過程を促進する。RuvAは四量体であり、ホリデイジャンクションが"open X form"(開いたX形)となっている際に結合する。RuvAタンパク質は、ジャンクションに出入りするDNAが自由に回転したりスライドしたりできるような形で結合を行う。RuvAは酸性アミノ酸からなるドメインを持ち、ジャンクションの中心部での塩基対形成に干渉する。これによって塩基対は強制的に引き離され、相同鎖と再アニーリングすることができるようになる。
分岐点の移動が起こるためには、RuvAはRuvBならびにATPと結合していなければならない。RuvBはATPを加水分解する能力を持ち、分岐点の移動を駆動する。RuvBはヘリカーゼ活性を持つ六量体で、DNAに結合する。ATPが加水分解されると、RuvBは再結合した鎖をジャンクションから引き抜きながら回転させるが、ヘリカーゼのように鎖を分離することはない。
分岐点移動の最終段階はresolution(解離、解消)と呼ばれ、RuvC(英語版)タンパク質を必要とする。このタンパク質はホリデイジャンクションが"stacked X form"(重なったX形)となっている際に結合する。RuvCはエンドヌクレアーゼ活性を持つ二量体で、2つの鎖をほぼ同時に切断する。切断は対称的であり、その結果、一本鎖切断を持つ2つの再結合したDNA分子が形成される。