沖田十三
「死亡したというのは佐渡の誤診だった」として地球への帰還後に本格的な手術を受けて成功し、密かに療養していたと設定され、生存している姿で再登場する。水惑星アクエリアスの接近という地球人類存亡の危機に際して復帰し、再びヤマト艦長の任に就く。ディンギル率いる都市衛星ウルクと戦って辛勝を収めるが、アクエリアスの地球への接近を許してしまう。最後は地球水没を防ぐために自爆し、ヤマトと運命を共にする。
沖田の生存については、本作のスタッフで『2199』の総監督を務めた出渕裕が、「冒頭に衝突する二つの銀河とあるが、銀河の直径は約10万光年あり、衝突には10万年かかる。あれは衝突ではなく、他世界解釈で『もう一つの銀河』が重なりあったとし、もう一つの銀河にはヤマトが旅立てなかった赤い地球がある。そしてそこには発進できなかったヤマトが眠っていて、艦長室に沖田艦長がいる。それだったら登場してもおかしくない」というアイデアを進言したが採用されなかったと、インタビューで語っている。