参勤交代
制定後、諸大名は一年おきに江戸と国元を往復することが義務となり、街道の整備費用に始まり、道中の宿泊費や移動費、国元の居城と江戸藩邸の両方の維持費などにより大きな負担を強いられた。なお、水戸藩などのように参勤交代を行わない江戸定府の藩も存在した。
また、参勤の間隔が長く在府の期間が短い藩も存在した(詳細は「在府生活」を参照)。
足利尊氏の後裔を藩主とする喜連川藩は、参勤交代義務の免除および妻子の在国許可を得ていた。ただし、毎年12月に自主的に参府していた。
寛文5年(1665年)には大名証人制度が廃止され、人質として有力家臣の子弟が在府する必要はなくなったが、大名妻子の江戸在住は継続されている。
延宝元年(1673年)、讃岐高松藩主松平頼重が致仕した際、時の将軍家綱に、参勤交代の簡素化を上申した。
享保の改革
享保7年(1722年)に上米の制と呼ばれる石高1万石に対し100石の米を上納させる代わり、江戸滞在期間を半年とする例外的措置をとったことがある。この措置には幕府内に反対意見もあったようではあるが、幕府の財政難を背景に制定されたということもあり、結局享保15年(1730年)まで続けられた。