荘園整理令
『愚管抄』は記録所が頼通にも文書提出を求めた時、「そんなものはないので全て没収しても構わない」と答え、頼通の荘園のみ文書の提出を免除されたという話を伝えているが、実際には頼通の荘園も文書を提出したことや、その審査の過程で上野国土井荘などの規定外の荘園が没収されたことなどが、孫の師通の日記『後二条師通記』や『近衛家所領目録』に記されていて、このことから摂関家の経済基盤がこの荘園整理令で大打撃を受けたことがうかがえる。その一方で、頼通の荘園の中核であった平等院領が後三条天皇の即位直前に駆け込みで得た太政官符・太政官牒が有効な公験とされて整理の対象外となったことで、実際の摂関家の経済基盤への打撃はそれほど大きなものとならず、むしろ「天皇の勅許のもとに太政官符・太政官牒の発給を得て四至が確定された荘園は公認される」という原則が確立されたことで、むしろその後の荘園制の発展につながったとする指摘もある。
一方で、石清水八幡宮や興福寺等の大寺社も書類を提出しており、石清水八幡宮は審査の結果、34箇所の内13箇所が収公されるなど、大寺社勢力にも多大な影響を与えていた。
その一方で後三条天皇は、収公された審査基準外の違法荘園を国衙領に戻すだけでなく、勅旨田の名目で天皇の支配下に置くなど、事実上の天皇領荘園を構築しており、それらは後三条院勅旨田と呼ばれた。
この様に後三条天皇が発布した延久の荘園整理令は、摂関家や大寺社の経済力削減や皇室経済の復興などの成果を上げており、後の荘園整理令に大きな影響を与えた。