プエルトリコ総督領
)。ほとんどの入植者が統治者になるための修練をしなかったため、そのシステムは効果がないことが明らかになった。プエルトリコ島のスペイン人居住者は、国王に不平を述べた。
1545年以降、法的な訓練を受けた知事(gobernadores letrados)は、国王またはSanto Domingo Audienciaのどちらかによって任命された。島で最高の司法府を埋め尽くした知事は、最初に彼らのすぐ近くの地区で事件を聞き、地方のアルカルデから上訴した。次の控訴裁判所は、サントドミンゴのアウディエンシアだった。州知事は、島で最高の行政機関であることに加えて、島のカビルドの4つのレジドールのうち2つを毎年任命する権利から権力を引き出した。他のすべてのスペインの政治関係者と同様に、知事は在職期間の公式レビューであるjuicio de Residenciaの対象となった。知事は島において国王の最高の代表であったので、スペイン国王が南北アメリカで持っていたパトロン(王立パトロン)の権利のために彼らは教会を監督していた。彼らは教会の建設とメンテナンスを管理し、聖職者の給料を支払い、インディアス枢機会議によって承認された教皇勅書と回勅だけが島に出版されるようにした。
ヨーロッパと新世界の両方において増大するスペインの他のヨーロッパ諸国との軍事紛争のせいで、国王は1580年に総督の官吏を追加した。これに続き、ほとんど弁護士よりも軍人が知事や総督に任命されるようになった。彼らは司法や行政の任務において、合法的な顧問(asesor)の助けを受けた。
1809年には、フンタに代表を派遣するよう要請した。これにより、1812年から1814年、1820年から1823年の憲法制定期に至るまで、総督府の選挙制度が始まり、その代表者は増え続けた。最初の選挙はカビルドによって行われ、この頃、島には5つのカビルドが存在していた。サンフアン、サンジェルマン、アグアダ、アレシボ、コアモである。彼らはプエルトリコの代表として、クリオーリョであるラモン・パワー・イ・ジラルトを選出したが、彼がスペインに向かう前に、フンタが解散してしまったのである。その前に、フンタがカディス法廷(フェルディナンド7世が退位した後の摂政として機能していた)を招集するよう通達した。カビルドは、コルテスにおける島の代表として、権力者を選出した。
権力者はコルテスで非常に活動的な任期を送った。彼はすぐにコルテスにプエルトリコ総督の特別な権限を停止させ、また総督・大将からインテンダントの職を分離することを実現させた。彼の立法活動のハイライトはレイ・パワー(権力法)で、プエルトリコに多くの行政・経済改革を導入したが、その多くはフェルディナンド7世による1812年のスペイン憲法とコルテスの廃止後も存続したものであった。また、スペイン憲法によってプエルトリコに地方政府を導入された。より多くの民衆によって選ばれたカビルドが島に導入された。また、地方の行政・立法委員会である州議会も選出された。
プエルトリコでは、財産の多い人々にのみ参政権を付与する限定的な選挙が許可された。True political parties also emerged in this period, the Partido Liberal Reformista, which promoted autonomy for the island, and the Partido Liberal Conservador, which pushed for the island's greater integration into the political system of Spain.
自治の問題は、1895年の第二次キューバ独立戦争の開始とともに危機に陥った。The Overseas Minister, with approval from the Prime Minister, took the extra-constitutional step in 1897 of writing the Constitución Autonómica, the new measures which granted autonomy to the Caribbean islands. 運動の緊急性を考慮して、政府はこの異常な措置を承認した。