中御門天皇
女御:藤原(近衛)尚子(新中和門院、1702年 - 1720年) - 近衛家熙女 第一皇子:昭仁親王(桜町天皇、1720年 - 1750年)
典侍:藤原(清水谷)石子(権典侍局・民部卿典侍、1703年 - 1735年) - 清水谷実業女 第二皇子:公遵法親王(保良親王、1722年 - 1788年) - 天台座主、5代および7代輪王寺宮門跡 第四皇女:理秀女王(嘉久宮、1725年 - 1764年) - 宝鏡寺 第六皇女:尊乗女王(亀宮、1730年 - 1789年) - 光照院 第八皇女:周宮(真珠華院、1735年)
典侍:藤原(園)常子(新典侍局、? - 1763年) - 園基勝女 第三皇子:忠誉法親王(忠篤親王、1722年 - 1788年) - 聖護院 第三皇女:五宮(清浄法院、1724年 - 1725年)
掌侍:源(久世)夏子(源内侍、? - 1734年) - 久世通夏女 第二皇女:三宮(妙智院、1723年) 第五皇女:成子内親王(籌宮、1729年 - 1771年) - 閑院宮典仁親王妃 第七皇女:永皎女王(倫宮、1732年 - 1808年) - 大聖寺 第五皇子:信宮(妙光院、1734年)
掌侍:菅原(五条)寛子(1718年 - ?) - 五条為範女 第六皇子:遵仁法親王(寛全親王、1736年 - 1747年) - 仁和寺
妃:丹波氏(伊予局・見性院、1703年 - 1770年) - 小森頼季女、錦小路頼庸養女、のち石井行康養女 第一皇女:聖珊女王(1721年 - 1759年) - 曇華院 第四皇子:慈仁法親王(良視親王、1723年 - 1735年) - 曼殊院、仁和寺
養子 叡仁法親王(有栖川宮職仁親王の第二子) 公啓法親王(閑院宮直仁親王の第二子)
東山天皇は早急に譲位を行って自らが院政を行って父の霊元上皇の政治的影響力を削ぐ方針であり、10月には将軍徳川綱吉に来年には譲位する旨を伝えた。綱吉は11月になって来年の譲位を了承する老中奉書を朝廷に送付させるが、宝永6年(1709年)1月には綱吉が急死してしまう。そのため、綱吉の養子(実際には甥)である家宣に対する将軍宣下と慶仁親王への譲位のどちらを優先すべきか、という新たな問題が発生した。武家伝奏と京都所司代による公式の朝幕交渉と並んで、朝廷側の近衛基熙と幕府側の間部詮房の間でも秘密交渉が持たれた。幕府は今上(東山天皇)在位中の将軍宣下を希望していたが、同時に家宣が綱吉の喪に服している期間の宣下は問題があるという考え方であった。家宣の義父で故実に詳しい基熙は詮房に対し、服忌令の規定はあるものの家宣が養子になった経緯から「御忌五十日」「御服百五十日」が穏当であり、御忌が過ぎれば将軍宣下に差支えはないという見解を示し、この見解を元に家宣が五十日の御忌を経た後に将軍宣下を受け、その後に譲位が行われることになった。その後関連儀式との兼ね合いから、東山天皇から徳川家宣への将軍宣下は5月1日に、東山天皇から慶仁親王への譲位は1か月余り後の6月21日に実施されることになった。
宝永6年(1709年)6月、東山天皇から譲位されて即位。9歳で即位したため、はじめ父の東山上皇が院政を行うが、同年12月に上皇が、同月に母の櫛笥賀子も崩御している。