ムラサキウニ
健全なムラサキウニは非常に発達した生殖腺を持ち、食用になるので水産資源として扱われるが、「磯焼け」の海底にいるムラサキウニは飢餓状態であり、成長不良のために中身が少なく食用にならない。そのため、単に海藻を食害して磯焼けを引き起こすだけの有害生物として、駆除の対象になっている。
海底の海藻が死滅する「磯焼け」の状態になると、それまで生えていた褐藻類に代わってサンゴモ類が優占し、同時にムラサキウニが大発生した状態になる。そのため、ムラサキウニが海藻を食べ尽くしてしまったことが、磯焼けの原因の一つとひとつとされているが、磯焼けは海底が高温貧栄養状態に置かれたことによって褐藻類を主とする海藻の成長が阻害され、捕食者と被食者のバランスが崩れた結果、褐藻類がムラサキウニに食べ尽くされてしまったことによる。したがって、ムラサキウニが全部悪いわけではない。しかし、ムラサキウニが磯焼けの海底にせっかく生えてきた海草を生えるそばから食べてしまうため、ムラサキウニの摂食圧によって磯焼けが持続する結果になっているのは事実である。
健全な環境においては、サンゴモ類は褐藻類に覆い隠されながら生活し、また褐藻類はムラサキウニの生育を阻害するポリフェノールを分泌することからムラサキウニもあまり増えず、結果として生態系のバランスが取れている。磯焼けの状態では褐藻類が衰退し、サンゴモ類のみが優占する状態になる。サンゴモ類はムラサキウニの成長を促すジブロモメタンを分泌するため、ひとたび磯焼けが起こった場合、ムラサキウニが大発生することになる。