バシラン島
スペイン人は後にサンボアンガに戻り、スールー王国など周囲のムスリム政権と貿易の取り決めを交わし、サンボアンガは経済的に繁栄するようになった。しかしこの繁栄はムスリム政権の軍(モロ人海賊とスペインは呼ぶ)やスペイン以外の諸国による攻撃の的となりつつあった。その拠点として、サンボアンガの鼻先にあるバシラン島が選ばれた。
1747年にオランダがバシランを襲うが、現地人により撃退された。当時バシラン島ではタウスグ族の長ダトゥ・バンティラン(Datu Bantilan/Muizz ud-Din)が首長国(Yakan Karajaan of Kumalarang もしくは Tausug Karajaan of Maluso)を築いていた。次に1844年、フランスがバシラン島(彼らはタギメ Taguime と呼んだ)を占領しようとしたがこれも失敗した。スペイン領フィリピンがその後にバシラン島を征服し、イサベル2世女王にちなみフエルテ・デ・イサベラ・セグンダと名付けた石造の要塞を建設した。米比戦争ではアメリカ軍がバシラン島を制圧した。
1936年、サンボアンガを市にする法律が成立したが、当時はバシラン島も市域に含まれていた。
1948年にはバシランは独立した市になった。
1968年、フィリピン軍によるJabidah massacreで多数のモロ族(ムスリム)が殺害された。