多重整列
多重整列を手作業で行うことも不可能ではないが、通常はコンピューターに計算させる。配列を1対1で整列させるペアワイズアラインメント(pairwise alignment)よりも計算複雑性が高く、より洗練されたアルゴリズムが必要となる。最適な多重整列を求めるには非現実的な計算量が要求されるため、一般に用いられているプログラムはヒューリスティクスを用いている。