武田元信
しかし、細川政元から恩賞として深草の地を貰う約束が反故になったことから、11月に家臣と共に出奔してその後若狭に帰国してしまった。ただし、間もなく細川政元と和解して越中国に逃れた前将軍足利義材の上洛に備えている。
明応8年(1499年)10月、足利義材は畠山尚順と連携して上洛戦を開始し、まず元信の領国である若狭に向かった。これは若狭の国人たちを説き兵士を募ろうとしたと考えられる。しかし、これは成功せず、足利義材は近江の海津を通り、同年11月に坂本まで進軍した。在京していた元信は足利義澄・細川政元に加勢して後土御門天皇を警護し、結果、足利義材の上洛を退けた。足利義澄はこの功績から元信を相伴衆にしようとしたところ、細川政元が反対したため、代わりに朝廷の反対を押し切って文亀元年(1500年)に未だ叙爵を受けていない元信を従四位下に叙位させた。なお、朝廷では口宣案に既に叙位を受けていたとする虚偽の内容を盛り込んでいる。