軍艦旗
自衛艦が外国軍艦と同所に在泊し、定時の自衛艦旗の掲揚又は降下に際して外国軍艦において奏する「国歌」を聞き、又は自衛艦において外国の国歌を奏するときは、艦橋及び露天甲板にある者は自衛艦旗又は当該国の軍艦旗に対し挙手の敬礼を行い、その他の場所にある者は起立して姿勢を正す敬礼を行うものと定められている。かかる取扱いは海上自衛隊以外の海軍においても、基本的に同じである。これらの海上自衛隊における自衛艦旗に関する礼式については海上自衛隊の礼式も参照。
また、軍艦以外の船舶は、軍艦とすれ違う際、敬意を表してその掲げている国旗を半下して行なう敬礼(半旗)をするのが通例である。これを受けた軍艦は、軍艦旗を半下して答礼を行ない、また国際信号旗で“御安航を祈る(UW)”を掲揚して応える。
国連海洋法条約第三節において、潜水船その他の水中航行機器が無害通航権を行使するためには、沿岸国の領海においては海面上を航行し、かつ、その旗を掲げなければならないとされており(第20条)、潜水艦も他の軍艦に同じ権利を得るためには、国旗又は軍艦旗等を掲揚する必要がある。
アメリカ海軍や海上自衛隊のLCAC-1級エア・クッション型揚陸艇では、プロペラへの巻き込みを防ぐため、軍艦旗を掲揚せず、旗章を艇体へ塗装することで代用している。