清野謙次
彼の論文は学者らに歓迎されたが、「日本原人」とどのような人種が混じり、現在の日本人やアイヌ人になったのか明確にはされていなかった。また、坪井正五郎が原日本人論争においてアイヌ人の伝承であるコロボックルを利用していることを批判。清野が古事記や日本書紀の伝承的内容である長脛彦に言及し、発掘された長身人骨と関連づけ自説の補強としている点を批判する人もいた。
清野は大阪府の遺跡に長身人骨2例 (169.8cm, 166.3cm) があることに気づき「長身の混血が起こりつつあった」と考える。そこから連想したことは、日本書紀の神武天皇にみえる「神武天皇の御東征に際してながすね彦なるものの徒が河内大和の国境に拠って官軍を拒み頑強に抗戦した記事」であった。清野は単純にこの記事を史実とみなして人骨と結びつけ、さらに「国府に見るよりも更に多数の長身人の混入ありし村が大和地方(添下郡登弥(とみ)神社所在)にあったらしく推測される」とまで発言している。その理由は古事記に「登美能那賀須泥昆古(とみのながすねびこ)」があるからであってとし、清野はその考証に3ページを費やし「日本石器時代に於ける混血問題」の主要な柱としている。清野は自己の「日本石器時代人」説を構築する際に、文献の記載との混用を拒否したのだが、記紀だけは別格であった。
岡正雄は清野以前の研究を非難する際に「記紀その他の古典中に、何か文化物や文化自称の片々を発見して、何らの反省も疑問もなく、直ちに人種問題までもこの事実に拠って診断して顧みない例は、新見地と称する学説や著書にもこれを見るのである」と言っている。
戦後、アメリカとの密約に基づき戦犯追及を逃れ、依然として医学と考古学の分野で影響力を残し、厚生科学研究所長や東京医科大学教授を歴任。 戦時中から著していた3部作『古代人骨の研究に基づく日本人種論』(1949・岩波書店)『日本考古学・人類学史』(1955年・岩波書店)『日本貝塚の研究』(1969年・岩波書店)をまとめ、戦後に刊行した。
収集した大量の考古学・人類学関連資料を整理し、1953年ごろ、目黒の焼け跡に洋館を新築して移り住んだが、1955年12月27日に心臓麻痺で急逝した。死後、自宅に残っていた一般蔵書数千冊が入札売り立てされ、その総額は当時の金額で500万円に上ったという。