Doom 3: Maelstrom
本は最初のデーモンのアウトブレイク直後の火星へと戻る。ハイデン将軍と彼の同胞は事態が制御下にあることをケリハーに保証しようとし、同時にそれを現実にしようとした。一方、マリア・モラエテスはアルファラボ近くでジョン・ケインはマーズシティのレセプションでそれぞれ部隊を率いていた。
デルタラボのアウトブレイク地点の近くに部隊を配備しているケリー曹長は、ケインに話し異常な測定値について警告する。ケインは彼がゾンビ化した母親から救った子供を探すためにレセプションから出ていった。その後、2回目のアウトブレイクが起き、マーズシティを更に破壊、ゾンビ化し、より多くのデーモンを解き放った。
ケインはレセプションに戻らず、代わりに戦いつつ彼のもとへ向かおうとしてたアルファラボにいるマリアのもとへと向かうことに決めた。その間、マリアとアンディ・キムもマーズシティを巡って闘っていた。トライト、ピンキー、インプ、ゾンビ(彼女らが名前を付けたクリーチャー)の猛攻と戦いながら、彼女らは進み始めた。しかしその後にインプがアンディを捕まえて彼を危うく殺しかけるも寸前でマリアに阻止された。彼女の友人を救うために必死になるマリアであったが、医薬品は持ちあわせていなかった。