生瀬騒動
慶長7年(1602年)5月、常陸を支配していた佐竹義宣は徳川家康から出羽国秋田への国替えの命令(54万石から20万石への減転封)を受けた。同年、徳川家康の五男の武田信吉が、下総国佐倉10万石から、常陸国水戸15万石に封ぜられ、旧穴山家臣を中心とする武田遺臣を付けられて武田氏を再興したが、信吉は慶長8年(1603年)9月11日に21歳で死去した。代わりに同年11月、家康の十男・長福丸(のちの紀州徳川家の祖・頼宣)が2歳にして水戸20万石に封ぜられた。ただし頼宣は水戸には入らず、父家康の許で育てられた。慶長9年(1604年)には、新たに武茂(むも、栃木県那珂川町)、保内(ほない、茨城県大子町)5万石が加えられ25万石になった。このような事情から慶長14年当時、水戸藩領の実際の支配は関東郡代伊奈備前守、彦坂小刑部が行い、芦沢伊賀守が財政を担当していたため、頼宣領25万石は事実上江戸幕府直轄領であった。
なお、頼宣は慶長14年(1609年)12月12日に駿府・遠江50万石に転封された。それに伴い、同年12月22日に家康の十一男で水戸藩初代藩主となる徳川頼房(水戸徳川家の祖)が6歳にして常陸下妻10万石から移封されることになったが、頼房も幼少のため駿府城の家康の許で育てられた。元和5年(1619年)10月、頼房は17歳のとき初めて水戸藩領に赴いたが、2か月後の12月に江戸へ帰り、次の就藩は寛永2年(1625年)となった。