都営バス
2003年度からはとバスへの営業所委託が開始され、杉並支所がはとバスへ管理委託された。また同年4月に目黒支所(記号:M)を品川営業所の分駐所とした。2004年4月には葛西営業所が江戸川営業所に改称され、臨海営業所は同所の支所になり、はとバスへ管理委託された。この一連のはとバスへの管理委託の際に大規模な路線の所管換えが行われた(詳細は各営業所記事を参照)。
2005年3月には目黒分駐所が廃止となり、目黒の路線は品川に、車両はほぼ全車が港南支所(元は目黒営業所の分駐所)に転属した。2006年4月には新宿支所が新宿分駐所になり、青戸支所がはとバスへの管理委託となった(錦37系統を除く。なお同路線のために同支所内に南千住営業所青戸分駐所を新設したが、2008年4月からはとバス管理委託系統になったのに伴い、青戸支所に移管・統合された)。
2008年4月1日には大塚営業所が支所に降格し、港南支所がはとバスへの管理委託となった。翌2009年4月に新宿分駐所がはとバスへの管理委託に伴い再び新宿支所になった。
2015年3月29日をもって大塚支所が閉所となり、都02系統と上60系統は母体の巣鴨営業所に吸収され、巣鴨管轄の都02乙系統は小滝橋営業所に移管された。
2020年3月30日には、都営バスでは久々となる新設営業所として有明営業所が開設した。
都営バスではこれまで、排出ガス規制などで概ね15年程度使用して廃車となった車両を、資源の有効活用という観点から地方の事業者に中古車として譲渡していた。しかし、2004年末に三井物産の子会社が都営バスにも納入していたDPFの性能を偽装していた問題が発覚した上、性能測定に立ち会うため出張していた東京都職員も測定に立ち会っていなかった事実が発覚。この結果、当時の東京都知事であった石原慎太郎の意向もあり、2005年度の途中より中古車としての売却は中止となり、原則として15条抹消(永久抹消登録)となった。なお、2005年度の譲渡中止の決定前に譲渡契約が完了していた一部の車両は同年度中に移籍しており、同年に除籍された1992年式(Y代)も八戸市交通部・羽後交通などごく僅かながら移籍実績がある。またCNGバスは排出ガス規制対象外のため、E代までは延命して使用されていたが、F代以降の車両についてはガスボンベの使用期限の問題や維持費用コストの高さから早期除籍する方針に転換した。
石原都政下においても人道的支援においては例外とされ、スマトラ沖地震による津波の被害でスリランカ国民の足であるバスが被災したため、スリランカ政府の要請もあり、177両の車両が無償譲渡された例がある。また前述のとおり、台東区「めぐりん」専用車両(G代)は日立自動車交通へ売却されている。他にスクールバスは教育・福祉目的であることや特注車両であることから、購入年度の新しい数台は地方の事業者に譲渡されている。また、いわゆる80条バスである大田原市営バスへグリーンライナーとして使用されていたB代のいすゞ・キュービックが譲渡された。
1999年1月19日に都営バスが営業開始から75周年を迎えたことを記念して、一般公募により制定されたマスコットキャラクターである。一般公募の委託先は講談社フェーマススクールズ。「みんくる」の名称は交通局が決定し都が商標権を持っている(商標登録番号 第4441142号)。「みんくる」の名称には「みんなのくるま」「とみんのくるま」という意味が込められている(外部リンク:都営バス「みんくるの小部屋」参照)。
同1999年にリフト車6台、ノンステップ車3台、標準車1台にみんくるの特別装飾が施され、座席の表地モケットはみんくるがプリントされたデザインになった。なお、ノンステップ車は2007年にPASMOラッピングに変更されたが、2014年7月にノンステップ車4台でみんくるラッピングで復活した。この座席は2000年度購入車から都営バスに標準装備されている(貸切車とコミュニティバス、RH01専用車、市01専用車、かつて存在していた特別支援学校スクールバスを除く)。都営バスで除籍された車両が地方へ移籍後も座席はそのまま使われていることが多く、移籍車の判別ポイントにもなっている。
バス停留所の上部やバス車体の側面に掲出しているほか、2006年末からは行先表示幕(先頭部)の左側や車体後尾にもステッカーとして貼付されている。
ノンステップバスは、1997年3月に2台が導入され、翌1998年度に16台が増車された。
1997年に発売された三菱(KC-MP747K)・日デ(UA460KAM)の大型ノンステップバス2台が新宿に試験配属され、当時担当していた都庁循環線などで同年3月19日(1996年度末)から運用開始。前日には都庁前で「ノンステップバス披露式典」が開催された。1997年度以降はノンステップバスの本格導入が開始され、1999年度以降の一般路線バスの新車納入はすべてノンステップバスに統一された。これによりツーステップ車の新車納入は、1998年度(1998年12月~1999年1月投入)のいすゞ車、日デのCNGバス、日野・HIMRが最後となった。
2001年度から2003年度にかけては中型長尺ノンステップ車も導入しており、日野・レインボーHR、三菱ふそう・エアロミディMK、日産ディーゼル・JPが納入された。これは当初「らくらくステップバス」も合わせた形で車両計画を立てていたものの、障害者団体の反対を受けたため、急遽全車両をノンステップバスでの導入とすることとなった予算的な制約の面も大きかった。