長等山トンネル
山科駅には線路が6線あり、北から順に琵琶湖線上り外側線、湖西線下り線、琵琶湖線上り内側線、琵琶湖線下り内側線、湖西線上り線、琵琶湖線下り外側線となっている。
琵琶湖線の複々線はそれぞれ10‰の上り勾配で山科駅から新逢坂山トンネルへ向かうが、湖西線は琵琶湖線の更に上層を高架で跨ぐため、山科からのキロ程(以下、単にキロ程と記す)0km500m付近で湖西線下り客車線が上り18‰、湖西線上り線が上り16‰となる。そして、キロ程1km600m付近で湖西線と琵琶湖線の線路が交差し、湖西線下り客車線は下り11‰、湖西線上り線は上り1‰となり、キロ程1km760m付近でトンネル坑口となる。
一方、キロ程1km300m付近で琵琶湖線上り外側線から湖西線下り貨物線が分岐し(分岐の際の制限速度は60km/h)、キロ程1km640mでトンネル坑口となる。なお、この湖西線下り貨物線は先述した湖西線下り客車線の上り18‰を避けて上り8 - 10‰でトンネルに進入するルートであり、勾配を緩和し牽引定数を確保することで、重量のある列車が通過できるように設けられている。湖西線下り列車は、普通電車・新快速などは下り客車線を通るが、特急や貨物列車は下り貨物線を通る。