九三式中間練習機
本来の実用機の不足を補うため、本機がアルコール燃料でも稼動可能なことから、機体全体を濃緑色で塗装した上に後席に増槽としてドラム缶を装着し、機体強度と発動機推力の限界に近い250 kg爆弾を積み込んでの特攻に駆り出されることとなった。芙蓉部隊指揮官美濃部正少佐は、木更津基地で開催されたとされる連合艦隊の会議において本機のような、練習機まで特攻に駆り出そうとする軍の方針に反対したと主張しているが、フィリピンでの決戦に敗れて大量の作戦機を喪失していた日本軍は、戦力化できるものは何でもつぎ込まざるを得ない状況に追い込まれていた。
1944年11月、沖縄海軍航空隊で偵察や対潜哨戒任務を行っていた搭乗員が石垣島に派遣されて「石垣島派遣隊」として編成された。1945年4月には、連合軍が沖縄に進攻してきて沖縄戦が開始され、翌1945年5月、「石垣島派遣隊」は台湾の新竹基地に移動し第一三二海軍航空隊に編入されることとなったが、その際に全搭乗員が志願の有無にかかわらず特攻隊員に任じられた。それも、今まで操縦してきた、水上偵察機や艦上爆撃機ではない、複葉練習機の本機での特攻出撃と聞かされて、搭乗員たちは驚きを隠せなかったという。
特攻隊員は虎尾基地に移動して猛訓練を行った。元々、実戦部隊から編成された「石垣島派遣隊」の搭乗員の練度は当時の日本軍航空兵の平均から見ると高く、小隊長の下士官は操縦年数2年で飛行時間が800時間程度、もっとも若くて未熟な搭乗員でも300時間ぐらいで、約100時間の飛行時間で出撃する特攻隊員も多い中で、比較的熟練した搭乗員が揃っていたと言える。
制式採用後、川西で60機が作られたのを皮切りに、渡辺鉄工所や日本飛行機、日立航空機、中島飛行機、三菱重工業などの海軍と関係を持った航空機製造会社のほぼ全てによって大量生産が行なわれた。これは軍が主力企業以外の民間工場にも航空機制作の習熟を行なわせる施策をとっていたための持ち回り当番とされている。九三式中間練習機は海軍のあらゆる練習航空隊に配備され、1945年(昭和20年)の第二次世界大戦終結まで用いられた。安定性・信頼性が非常に高く扱い易いながらも、同時に高等曲技飛行も可能なほどの操縦性を持ち合わせ、多くの練習生がこの機体から巣立っていった。陸上機型の九三式陸上中間練習機(K5Y1)のほかに水上機型の九三式水上中間練習機(K5Y2)も相当数生産され、水上機の搭乗員養成に一役買った。一部の機体は民間でも使われ、訓練飛行や空中写真撮影などに広く用いられた。
またも、巧みな低空飛行と木製・布製の機体によって、2隻が特攻機を発見できたのが、特攻機が一旦上昇後に、突入のため急降下を開始したときであった。対空砲火は間に合わず、特攻機は「カッシン・ヤング」後部の救助艇用のダビットに命中、艦は大破し、27名が戦死し、41名が負傷するといった甚大な損害を被った、図らずも前日戦友が討ち漏らした標的に突入した形となった。
残る1機も、対潜哨戒任務中の輸送駆逐艦ホラス・A・バス (輸送駆逐艦)(英語版)に低空飛行で接近、発見されたときには同艦の船楼に命中し、それをなぎ倒し、1名の戦死者と15名の負傷者が生じた。2日渡った「第3龍虎隊」の攻撃で、アメリカ軍は1隻の駆逐艦が沈没、1隻が大破、2隻が損傷し、4隻で75名の戦死者と129名の負傷者という損害を被った。
わずか7機の本機に痛撃を被ったアメリカ軍は、練習機での特攻を脅威と認識、効果が大きかった要因を以下のように分析し、高速の新鋭機による特攻と同等以上の警戒を呼び掛けている
木製や布製でありレーダーで探知できる距離が短い。
近接信管が作動しにくい(通常の機体なら半径100フィート(約30m)で作動するが、93式中間練習機では30フィート(約9m)でしか作動しない)。
対空火器のMk.IV20mm機関砲は、エンジンやタンクといった金属部分に命中しないと信管が作動せずに貫通してしまい効果が薄い。ただし、ボフォース 40mm機関砲は木造部分や羽布張り部分でも有効であった。