マルタ包囲戦 (1798年–1800年)
イギリス海軍によるヴァレッタへの補給の遮断は1800年夏まで続き、8月の時点でフランス守備隊の状況は絶望的であった。もはや馬や駄獣、犬、猫、鶏は残っておらず、ウサギがわずかに市内に生息しており、貯水槽は空になっていた。薪すら尽きかけていたため、守備兵がフリゲート艦Boudeuseを解体して燃料にする有様だった。もはや敗北は必至となり、ヴァーボワはフリゲート艦ディアヌとジュスティスにそれぞれ約115人という最小限の人員を乗せ、トゥーロンにむけ包囲突破を図らせた。8月24日夜、両艦は良い風が吹いたのを狙って夜陰に紛れ脱出を試みたが、間もなくイギリス艦サクセスの物見に発見された。サクセスのピアード艦長は直ちに追撃を命じ、ジェネリュー(護衛船団の海戦での降伏後にイギリス海軍に編入)とノーサンバーランドが後に続いた。ソレン艦長率いるディアヌは船足が遅く、たちまちサクセスに追いつかれ、数回砲撃を交わしたところで降伏した。後にディアヌはイギリス海軍のフリゲート艦ニオベとなった。
9月下旬、ジェームズ・ソーマレズ大佐率いるぼろぼろのイギリス艦隊13隻がマルタ島に到着した。これはナイルの海戦で損傷した諸艦で緊急修理を必要としており、包囲戦を直接支援することはできない状態だった。しかしソーマレズは9月25日にマルタ人の代表と面会し、次いで彼らの代理としてフランス守備隊のヴァーボワに休戦を持ち掛けに行った。対するヴァーボワは「あなたはフランスがこの地を保持していることを忘れておられるようだ。住民たちの運命はあなたとは無関係だ。あなたの最終通告にしたって、フランス戦士たちはそんなスタイルには慣れていないのだ」と返答した。フランス軍への降伏勧告が不首尾に終わると、ソーマレズは代わりにマルタ人勢力に1200丁のマスケット銃を提供し包囲を続けさせた。ソーマレズ艦隊もこれ以上修理を遅らせるわけにはいかなかったため、月末までにジブラルタルへ去っていった。
10月12日、イギリスの戦列艦HMS アレグザンダー(アレクサンダー・ボール艦長)、HMS カローデン(トーマス・トラウブリッジ艦長)、HMS コロッサス(ジョージ・マレー艦長)がニザ侯の艦隊に合流し、封鎖が完成した。同日、ヴァーボワはヴァレッタ新市街から最後の守備隊を引き上げた。この時フランス軍への参加を希望した約100人のマルタ人民兵も同行した。この時点でフランス守備隊は3000人以上を数え、物資も潤沢だった。またフランス陣営には、聖ヨハネ騎士団から接収した戦列艦デゴ、アテニエン、フリゲート艦Carthaginoiseに加え、ナイルの海戦で生き残り9月末にマルタに帰ってきたピエール・ヴィルヌーヴ少将率いる戦列艦ギヨーム・テル、フリゲート艦ジュスティス、ディアヌからなる艦隊も駐留していた。
1799年は包囲を続けるイギリス軍やマルタ人にとってフラストレーションがたまる年となった。イギリス軍は包囲を完遂するため度々大規模な増援を要請していたが、そのたびに却下されていた。地中海のイギリス陸軍を指揮するジェームズ・セント・クレアー=アースキン少将は、ボールによるマルタ包囲よりも、イタリア半島での第二次対仏大同盟戦争とメノルカ島防衛を重視しており、大陸でフランスに敗北を喫したナポリも支援を拒否し続けていた。1月、フョードル・ウシャコフ率いるロシア艦隊が一時的にマルタ沖に現れたが、間もなくロシア・オスマン軍によるコルフ島包囲のため去ってしまった。イギリス・ポルトガル連合軍とマルタ人が食料調達に苦労する一方で、フランス側は1799年前半のうちに何度か包囲を突破して補給物資を搬入することに成功していた。1月、アンコーナから来たスクーナー1隻がヴァレッタに入港した。2月にはトゥーロンから補給物資を積んだフリゲート艦Boudeuseが到着し、包囲網をすり抜けて入港した。5月、エティエンヌ・ユースタシュ・ブリュイ提督率いるフランスの大艦隊が西地中海に進入するに至り、ネルソンはマルタ包囲に参加しているものも含めて地中海に散らばっていた艦隊を集結せざるを得なくなった。