林董
翌明治16年(1883年)に帰国、明治18年(1885年)の伊藤による内閣制度誕生につき工部省が廃止されると、代わりに新設の逓信省へ大書記官として就任、駅逓局長、内信局長を歴任した後、明治21年(1888年)に香川県知事、明治23年(1890年)に兵庫県知事を経験した。明治24年(1891年)に日本を訪問したロシアのニコライ皇太子(後のニコライ2世)の接待と5月に起こった大津事件の処理に関わった。大津事件で第1次松方内閣の外務大臣青木周蔵が引責辞任、旧知の榎本武揚が後任の外相になると、同年6月に外務次官に任じられ外務省へ戻り、榎本の外交を支えた。
続く第2次伊藤内閣の外務大臣に就任した陸奥の下でも次官として外交を支えた。明治28年(1895年)に原敬通商局長らと日清戦争の処理(下関条約)と三国干渉の対応に追われ、病気の陸奥に代わり三国干渉で交渉を担当、5月に清へ特命全権公使として赴任、11月に遼東還付条約を締結した(この間10月に日清戦争の功績で男爵に叙せられる)。明治30年(1897年)に第2次松方内閣下の駐露公使に任命されロシアへ赴任(スウェーデン・ノルウェー特命全権公使も兼任)、明治32年(1899年)のオランダのハーグで開かれた万国平和会議に委員として出席、翌明治33年(1900年)に駐英公使となりイギリスへ移り住んだ。
『有栖川二品親王欧米巡遊日記』(編)回春堂、1883年。
『後は昔の記』時事新報社、1910年。
『後は昔の記他 林董回顧録』(由井正臣校注、平凡社東洋文庫、1970年)