縄文時代
日本にも自生していたササゲ属アズキ亜属やツルマメ(ダイズ)といったマメ類は、中期中葉以降に栽培されていた可能性が高く、後期には大型化したマメが東北から九州にかけて拡散している。その他、ヒョウタン・ゴボウ・シロザ・アブラナ・キリ・ウリ。などの外来植物も確認されており栽培されていたと考えられる。
イネ・オオムギ・コムギといったイネ科植物については、晩期終末までに伝来していたことはほぼ確実であり、後期に畑作物の一つとして伝来していた可能性もある。後述するように、稲作は中期以前に遡るとする見解もあるが評価は分かれており、伝来期の古代米が水稲・陸稲・水陸未分化稲のいずれであったか、農法・立地が焼畑・常畑・水田・湿地のいずれであったかについても、議論の決着はついていない。イネは単独で栽培されていたわけでなく、オオムギ、ヒエ、キビ、アワ、ソバなどの雑穀類の栽培やアズキ・ダイズなども混作されており、畑作・稲作と並行して堅果類も弥生時代に至るまで継続して利用されていた。
北部九州の後・晩期遺跡の遺物では、焼畑農耕が行われていた可能性が高いと考えられている。福岡県下の後・晩期遺跡の花粉分析、熊本市の遺跡でイネ、オオムギ、大分県遺跡でイネなどが検出されており、東日本からも同じく後・晩期の10個所を超える遺跡からソバの花粉が検出されている。これらも焼畑農耕による栽培であると推定されている。
水運については、後期旧石器時代ごろから沿岸や島沿いの渡海が行われていたことが推定されている。縄文前期の丸木舟は鰹節型のものが多く、大型の舟は長さ7メートル・幅0.7メートルほどで、帆を立てる装置や櫂を固定する装置はない。河川における使用が推定される例が多いが、海における使用も推定しうる例もある。翡翠は列島規模で流通しており、石器石材も200 - 300キロメートルの範囲で持ち運ばれていた。黒曜石の流通域は、朝鮮半島・サハリンにまで及んだ。
狩猟対象はシカとイノシシ。植生は照葉樹林帯。最大の特徴は九州島と朝鮮半島の間に広がる多島海 を舞台とした外洋性の漁労活動で、西北九州(北松浦半島)型結合釣り針や石鋸が特徴的な漁具である。結合釣り針とは複数の部材を縛り合わせた大型の釣り針で、同じ発想のものは古代ポリネシアでも用いられていたが、この文化圏のそれは朝鮮半島東岸のオサンリ型結合釣り針と一部分布域が重なっている。
九州南部は縄文早期末に鬼界カルデラの大噴火があり、ほぼ全滅と考えられる壊滅的な被害を受けた。
日本列島の旧石器時代の人々は更新世の末まで、大型哺乳動物(ヘラジカ、ヤギュウ、オーロックス、ナウマンゾウ、オオツノシカなど。)や中・小型哺乳動物(ニホンジカ、イノシシ、アナグマ、ノウサギなど。)を狩猟対象としていた。大型哺乳動物は季節によって広範囲に移動を繰り返すので、それを追って旧石器時代人も遊動的なキャンプ生活を主体とする移動生活を繰り返してきた。移動生活の痕跡と見られるキル・サイトやブロック(遺物集中)、礫群、炭の粒子の集中する遺構(炭化物集中、炉)などは日本列島内で数千ヶ所も発見されている。竪穴建物などの施設を伴う旧石器時代の遺跡はほとんど発見されておらず、大阪府藤井寺市のはさみ山遺跡や神奈川県相模原市の田名向原遺跡・小保戸遺跡など、僅かである。
最終氷期の約2万年前の最盛期が過ぎると地球規模で温暖化に向かった。最後の氷期である晩氷期と呼ばれる約1万3000年前から1万年前の気候は、数百年で寒冷期と温暖期が入れ替わるほどで、急激な厳しい環境変化が短期間のうちに起こった。
それまでは、針葉樹林が列島を覆っていたが、西南日本から太平洋沿岸伝いに落葉広葉樹林が増加し拡がっていき、北海道を除いて列島の多くが落葉広葉樹林と照葉樹林で覆われた。コナラ亜属やブナ属、クリ属など堅果類が繁茂するようになった。北海道はツンドラが内陸中央部の山地まで後退し、亜寒帯針葉樹林が進出してきた。そして、日本海側と南部の渡島半島では、針葉樹と広葉樹の混合林が共存するようになる。また、温暖化による植生の変化は、マンモスやトナカイ、あるいはナウマンゾウやオオツノジカなどの大型哺乳動物の生息環境を悪化させ、約1万年前までには、日本列島からこれらの大型哺乳動物がほぼ絶滅してしまった。