ナリタブライアン
8月27日には前年と同じく函館競馬場で昼休みにパドックを周回するファンサービスが行われた。9月に栗東トレーニングセンターに戻ったあとも約1か月間は負荷の強い調教が積極的に課されることはなく、体調不安や調教不足を指摘する声は根強かったが、大久保は天皇賞(秋)への出走を決定。1番人気に支持されたがレース終盤に失速し12着に敗れた(なお同レース出走に関する大久保への批判についてはローテーションを巡る批判を参照)。その後、ジャパンカップ・有馬記念に出走したがそれぞれ6、4着に敗れた。
なお、主戦騎手の南井は10月14日(天皇賞(秋)の2週間前)の京都第4競走・4歳以上500万下でタイロレンスに騎乗した際、発走前にゲート内での落馬により右足関節脱臼骨折(全治4か月)を負い騎乗が不可能となったため、天皇賞(秋)では的場均が、ジャパンカップ、有馬記念および翌年の阪神大賞典では武豊が騎乗した。
股関節炎発症
前述のように阪神大賞典出走後の4月7日、ナリタブライアンは右股関節炎を発症していることが判明した。故障を発症する2か月前の1995年2月、関西テレビ・フジテレビ系列で放送されていた視聴者参加型オークション番組『とんねるずのハンマープライス』に、関係者から提供されたナリタブライアンのたてがみ数十本が出品され、44万円で落札された。競馬社会では現役競走馬の馬のたてがみを切ることは縁起が悪いというジンクスが存在するが、実際に出品から2か月後の同年4月にナリタブライアンは故障を発症した。
高松宮杯出走に関してはレースの前後を通じ、ナリタブライアンの距離適性の面から出走を疑問視ないし批判するマスコミが多かった。
大久保は出走を決断した理由について、2000年には「結局な、自分で走るのを加減している、というところがあったわけだろ。長いところを走ればそれだけ負担もたくさんかかる、ということだ。だったら、短いところを使ってみたらいいんじゃないか、と考えたわけ」と発言している。しかし、2006年には天皇賞(春)ではナリタブライアンは思い切り走っていたとして、むしろ「本当に強い馬は距離やコース形態を問わず勝てるはずだ」という信念が強く反映された出走であったと述べている。さらに、世間をあっといわせたかった、中京競馬場には一度も出走させていなかったためファンサービスの意味合いもあったとしている。これに対し大川は「本当に強い馬は距離に関係なく勝てるはずだ」という思想は競馬番組の距離体系が整備されていなかった昔の考えであり、ひどい時代錯誤だと批判した。