日本海縦貫線
長大トンネルを経由する新線に切り替えるなどの対策がとられたものの、親不知付近をはじめ、特に新潟県などにみられる日本海の海岸線まで山地が迫る区間があるその地勢や、沿線全体が豪雪地帯を通ることから、豪雨や地震による土砂崩れ、高波、雪害などの自然災害やそれによる事故で長期間不通となる事態もたびたび起きており、代替として使える並行路線が存在しないことから、長距離夜行列車などは、そのたび長期間運休を余儀なくされている。
1934年 - 北陸本線能生駅 - 筒石駅間が地滑りにより不通となる。1963年にも同様の事態が起きた。
1963年 - 三八豪雪により、北陸本線・信越本線などが約1か月間不通となる。
2000年12月 - 羽越本線村上駅 - 間島駅間で、下り線が高波に流される。翌2001年2月まで上り線のみを使用し、単線運転を行った。
2004年 - 新潟県中越地震
2005年 - JR羽越本線脱線事故
2006年7月 - 梅雨末期の集中豪雨により、羽越本線小岩川駅 - あつみ温泉駅間で土砂崩れ発生。約1か月間不通となる。
2007年 - 新潟県中越沖地震のため、信越本線青海川駅付近で土砂崩れ発生。路線が寸断され、寝台特急などに運休が出る。
2022年8月 - 南越前町周辺での集中豪雨により、線路設備に甚大な被害が発生。北陸本線敦賀駅 - 武生駅間が不通となる。