海遊館
5倍(当時)にあたるアクリルガラスが使用された。海遊館以降に造られた水族館の大型水槽はほぼ全てがアクリルガラス製になっている。
建物外観の特徴になっている三色の色分けは、地と水と火の結合を模したもの。外壁に描かれた魚の壁画はアメリカ在住イギリス人デザイナーのサージ・アイヴァン・シャーメイエフの手によるもの、またケンブリッジ・セブン・アソシエイツ環境開発研究所を率いて建物全体の設計を担当したのは、その息子のピーター・シャーメイエフ(英語版)である。
2008年2月26日に、開業以来の入館者数が5000万人に達した。6317日(約18年)での達成は国内の水族館では最速。カップルや家族連れも多く、入館者の約6割がリピーターである。
2020年、開業30周年にあわせてエントランスビルの2階トイレやミュージアムショップやその周辺ゾーンのリニューアル工事を行い、ミュージアムショップは2月22日に再オープンした。水上散歩をしているような感覚で買い物を楽しんでもらうことをねらったミュージアムショップでは、海外で活躍するグラフィック・デザイナーの野津萌や、COCHAEのデザインによるオリジナルグッズが多数起用された。
マイワシ、カタクチイワシなど
カピバラ、ピラルクー、レッドテールキャットフィッシュ、ポルカドット・スティングレイ、タイガーショベルノーズキャットフィッシュ、レッドコロソマ、ピラニアなど