蛋白質構造データバンク
BNL PDBとして
1971年に,アメリカ合衆国のブルックヘブン国立研究所(BNL)と英国のThe Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)が共同でPDBを設立し,PDBへのデータ登録はブルックヘブン国立研究所が単独で行っていた。設立以来PDBデータの磁気テープによる公開はブルックヘブン国立研究所とCCDCにより行われていたが,1976年に東京大学大型計算機センターもこれに加わった。1979年からは磁気テープによる日本国内へのデータ配布活動は,大阪大学蛋白質研究所が担うことになった。
RCSB PDBとして
1998年に,米国プロジェクトとしてのPDBはブルックヘブン国立研究所から構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB; Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) に移管され,同研究共同体 (RCSB) がPDBの登録業務を担当し,PDBのマスターファイル管理をすることになった。並行して欧州ではEMBL-EBIにMacromolecular Structure Databaseが立ち上がり,BNLと共同で開発されたAutodepシステムを用いたデータ登録が開始された。2000年には大阪大学蛋白質研究所でもRCSB PDBの協力により,アジア地区からのデータ登録受付を開始した。
wwPDBとして
PDBの3次元構造データのファイル形式は、頻繁な変更と改訂を経ている。 もともとのファイル形式は、コンピュータのパンチカードの幅の制約に従っていた。
ブルックヘブン国立研究所のスタッフによるPDBファイル形式ガイド PDBファイル形式の仕様を読むことができる。未加工の構造データを見る場合は、事前に読んでおくとよい。
PDBでは、最近はPDBデータをXML形式でも提供している(PDBML形式)。
ftp.rcsb.org 未加工のPDBデータをダウンロードできる。
PDB統計 PDBに関する統計情報を提供している。
従来のファイル形式には多くの問題が伴うため、いくつかの「清掃」プロジェクトが行われている。
MMDB; Molecular Modeling DataBase NCBIのプロジェクト
wwPDB
MMDBは、ASN.1形式を採用しており、またASN.1形式をXMLに変換した形式でも提供している。 wwPDBは、先述したように、RCSB PDB、MSD-EBI、PDBj の3つの組織により構成されており、それぞれの組織のデータベースをまたがって一貫した形式でデータを提供している。
一定の人々は、こうした状況を肯定的に認識している。