2006年モンテネグロ独立住民投票
1997年に行われた大統領選挙(英語版)ではセルビアとの関係が焦点のひとつとなり、連邦維持を主張するモミル・ブラトヴィッチ(英語版)(社会主義人民党(英語版))とモンテネグロの自主性を重んじるミロ・ジュカノヴィチ(社会主義者民主党)の対決構造となっていた。この選挙はジュカノヴィチが決選投票で僅差で征し、またこれをきっかけにユーゴスラビアからの独立問題が表面化した。敗北したブラトヴィッチは1998年にミロシェヴィッチからユーゴスラビア連邦の首相に任命され、ジュカノヴィチ政権と敵対し、ジュカノヴィチもまた首相任命に反発、モンテネグロは連邦制度を不当なものと見なすようになった。
ジュカノヴィチの大統領就任後、モンテネグロはユーゴスラビアから更に距離をとるようになり、ユーゴスラビア連邦議会共和国院では1998年5月、モンテネグロの与党が選出した議員がセルビア政府に拒絶されていた。共和国院議員の選出方法は構成共和国の国内法に委ねられていたが、ユーゴスラビア連邦憲法裁判所はモンテネグロの議員選出方法が違憲だとする判決を出し、モンテネグロ選出の議員は親ミロシェヴィッチ派のみとなり、モンテネグロ政府は連邦の法律を拒絶するようになる。
独立支持派が増えるきっかけとなったコソボ紛争では、空爆をめぐってNATOを非難した一方で、ミロシェヴィッチにも責任はあると主張し、ユーゴスラビア連邦政府に広大な権限を与えるセルビア政府の緊急命令を拒否したほか、NATO諸国との関係を断絶する同政府の方針も受け入れなかった。