ボーダーダウン
8方向レバーで自機を上下左右に動かし、3つのボタンで攻撃やスピードアップを行う。
Aボタンを押しっぱなしにすることで太く直線的なメインショットを発射、Aボタンを連射すると敵を追尾するフルレンジショットを発射する。いずれもレーザーレベル(後述)によって強化される。
Bボタンで強力なブレイクレーザーを発射する。使用時にはレーザーレベルを消費。
Cボタンを押すと自機の移動スピードを3段階に変化させられる。スピードごとに地面に接地した後に自機が破壊される(=ミス)までの時間が異なる。
残機制、ゾーンセレクト、得点稼ぎ、演出面などを複雑に融合させた、本作の最も特徴的なシステム。
各ステージには、上から順にGREEN・YELLOW・REDの「ボーダー」と呼ばれる、基本的にステージ構成が異なった3つのルートがある。ストーリーにおける設定上は、主人公が各ボーダーの自機を“R.A.I.N.システム”によって同時操作しているというもの。
ボーダーは下のものほど難易度と敵機の得点が高く設定されている。いずれのルートを通ってもゲーム内の難易度(ランク)が常に上昇していくようになっている。得点は敵機の基本点に各ボーダーの倍率を掛けたもので、GREENは1倍、YELLOWは2倍、REDは3倍となる。
ミスをすると下のボーダーへと強制移動(ボーダーダウン)され、チェックポイントからゲームが再開される。このときゲーム内で設定されたランクが大きく低下するため、「ミスをするたびに難易度が上昇する」ということは、実際には起こらない。