シグマ ハーモニクス
時紡ぎで作った道を渡り、直接時間跳躍を果たす術。凄まじい神力とそれをコントロールする繊細さが必要であり、それが可能な人間は使い人の中でも数世代に1人とさえ言われる。
通常であれば過去にしか跳べないはずだが、作中ではねねが未来への時渡りを実現させ、それは調律者を一人生み出すほどの影響を時空に与えてしまった。
AVGパートで集めた刻音をもとに推理を行う。推理は主人公の思考を表現したボード上の画面に刻音を配置する形で進める。画面上では考える謎(思考の闇)がアイコンで表示され、それに隣接する位置に関連する刻音を配置していく。刻音を配置すると正解の如何に関わらず思考の闇は晴れていく。位置によっては一つの刻音で複数の闇を晴らす「思考連鎖」が発生することもあり、また刻音の組み合わせで新たな刻音が生み出される場合もある。このようにシステム上でもいくつもの謎と情報が複雑に絡み合っているため、事件を完璧に解き明かすのは容易ではない。配置した刻印は取り外せず、一段階戻すと言った機能も無いため、やり直す場合は推理をまた最初から始めなければならない。基本的に事件の調査を一通り終えてから行うが、時にはストーリー進行のために途中まで推理を進める必要もある。
推理が完成すると主人公による解説が成され、規定の場所にボスが出現する。事実とは異なっていても完成させることができ、刻音の配置に応じた結論と解説が展開される。しかし配置の仕方によっては、主人公が無茶苦茶な結論を出したり、途中で推理を放棄してしまう場合もある。
この結果に応じてボスである大逢魔や逢魔人の強さが変化する。間違えたり解けなかったとしても超推理を完成させさえすればボスと戦えるが、推理結果が真相に近い程ボスは弱体化し、逆に間違えればそれだけ強いボスと戦う羽目になる。また、楽章クリア時には結果がS~Dのランクで表示され、真相からかけ離れている程クリアランクは下がっていく。推理完了時にも○、△、×で大雑把な判定はされる。ボスと戦う前なら何度でも再推理が可能。
厨房の昇降機の中でねねの死体が発見される。それは強力な大逢魔が守人に憑依して行った凶行だった。守人の体を乗っ取った大逢魔は自身の犯行を隠す様子もなく、逆にシグマ達に見せつけるような力業で堂々と関係者を殺害していく。
本編の全ての事件をAランク以上でクリアし、裏III楽章もクリアすると解禁される。第死楽章は「だいよんがくしょう」と読む。RPGの隠しダンジョン的な章であり、本編とは比較にならない強さの逢魔が蔓延る上、強力な中ボスも複数存在する高難易度シナリオ。反面、犯人が犯行を隠さないため推理の難易度は低く、超推理も事件全体に絡み合った謎を解き明かすのではなく事案一つ一つに対して個別に行う形となる。
声 - 藤原啓治
黒上家に代々仕える守人家の人間。守人家は使い人ではないが鍛え上げた肉体と鍛錬を積んだ武術により逢魔とも互角に渡り合う一族で、その力を持って仕える御家を守護する。
作中では現代や過去、平行世界などで何人もの仮面の執事が登場するが、いずれも別人。現代の守人はシグマの家の執事。過去の守人は静馬に仕える執事で、時に被害者、時に犯人として事件に巻き込まれる。
クリア後の第死楽章でも大逢魔に憑依された事で正気を失い、事件の犯人となる。しかし犯行の瞬間となる魂の影を堂々と残してシグマ達を挑発したり、何度もシグマ達の前に現れては己が思想を説くなど、彼自身が悪人であるかのような扱いを受けていた。 守人 乱歩(もりと らんぽ) 声 - 藤原啓治 最後の世界における守人。ゆうに仕える執事であり、シグマの乗る列車を運転する。守人の血筋通り肉弾戦が得意で、調律者相手には今一歩及ばないものの、使い人が殆ど滅び去った世界でもゆうと共に戦い続けている。最後は立ち塞がった大逢魔に列車ごと突っ込み、シグマを決戦の地へと送り届けた。
黒上家に住まう少女。札による占いを得意とする。口数が少なく、不思議な雰囲気を纏うが、義弟のゆうに対しては良き姉として接する。トマトが嫌い。
静馬と佳子の娘として黒上家で暮らしているが、実際は月弓家からの養子であり、黒上の血は引いていない。その為、逢魔人の「黒上家滅亡」と言う目的ではターゲットから外れている(但し、事件によっては何らかの理由で殺害される事はある)。
ねねとは幼名で、本名は月弓音音。ネオンのベースとなった人間である。最後の事件にて、凶行に走った犯人からゆうを守るべく、本来は不可能とされる未来への時紡ぎを成功させてしまう(その際にゆうは50年の時を超え、残ったねねは犯人に殺害された)。それにより、彼女をベースとした「シグマ」であるネオンが生まれ、未来に飛ばされたゆうは時空間においても不安定な存在となった。本来の歴史では若くして死ぬ運命には無いが、最後の世界ではゆうの未来への時渡りの影響で彼と死の運命が逆転しており、(時期は不明だが)既に交通事故でゆうを庇って他界している。その当時の姿はネオンに瓜二つだった。
ヒントアイテム。各章の事件を解くヒントが書かれている。館のどこかに隠されており、付近で調音査を行うと光って所在が分かる。また、業逢魔を倒しても手に入る場合もある。
声 - 稲田徹
逢魔の頂点に立つ「逢魔人」で、同じく逢魔人であるクリスティと恋人同士のように振る舞っている男。今回の事件の首謀者の一人。感情を剥き出しにした荒々しい性格で「いけすかねえ」が口癖。大時計に封印されていたが、何者かに解き放たれ、黒上家滅亡の歴史を生み出すべく事件を起こす。最後は自ら犯人に憑依して黒上家を全滅させる事件を起こすも、事件の謎を解き明かしたシグマ達に追い詰められ、力を奪われたことを気遣うクリスティを敢えて下がらせ、逢魔形態に変身してネオンと戦いを繰り広げる。敗北後は大時計に再び封印され、その後、同じく敗北したクリスティと共に封印の彼方へと消えて行った。 ラウドバンコラン 第IV楽章のボス。ディクソンの逢魔形態。スピーカーが付いた暴れ馬のような姿をしている。
50年前の黒上家。ある日の食卓にて、トマトのスープを口にした大婆が苦しみ出し、死亡する。テーブルには「赤茄子を啄み死にゆく老雀」という犯行予告のような俳句が書かれていた。