ジェイソン・ボーン
ベルリンでのかつてのトレッドストーンの被験者との接触やCIAのベルリン支部などを巡る内に、ランディやトレッドストーンの後方支援要員であったニッキー・パーソンズらを見つけたボーンは、事の顛末を知るうちにネスキー暗殺の一件の記憶を取り戻していく。アボットらの癒着の証拠を握ったボーンはアボットと接触し、「地球の反対側で静かに暮らしていた俺たちを、なぜ放ってくれない?」と問いかけ、「お前の血なまぐさい過去は、決して消えないんだ」と厳しい答えを返されるが、もはや自分の破滅が避けられないと悟ったアボットはボーンが去った後、やって来たランディの目の前で自決する。そしてロシアへと乗り込んだボーンは、モスクワ郊外にてグレツコフの意を受け待ち構えていた刺客キリルから銃撃を受け負傷しながらも、異常に気付いた現地警察も巻き込んだ激しいカーチェイスの末にマリーを殺したキリルに報復を果たすと、ネスキー夫妻の遺児である娘の元へ謝罪に赴き、姿を消す。
カルロスは歳をとり、悪名高さにも陰りが出始めてきた頃、彼は死ぬ前に2つのことをすると決める:一つ目はジェイソン・ボーンを殺すこと。ウェッブの家族は、ボーンが友人でありCIA職員のアレキサンダー・コンクリンと共にカルロスを殺そうとしている関係でカリブ海に身を潜めることを強いられていた。ボーンはメデューサ作戦の幹部のように振舞っていた。それは、メデューサ作戦というものが今や経済界において絶対的な影響力を持っており、アメリカ国防総省の実権を握っているNATOの将校やニューヨーク証券取引所に上場している巨大な企業にまでもその力を持っていた。ボーンたちの作戦とは、メデューサを通じてカルロスとコンタクトをとることだった。カルロスの二つ目にやるべきこととは、ノヴゴロドにあるKGBの施設を破壊することだった。カルロスはここで訓練を受けており、彼の本性などのデータがまだ残ったままだったのである。ボーンはコンクリンの助けを受けカルロスの現在地を割り出し、ちょうどKGBの施設を破壊し始めたカルロスと対峙する。最終的に、ボーンはカルロスを倒し、カリブ海の家族のもとへ帰る。