JR北海道キハ201系気動車
全車両が苗穂運転所に配置され、以下の区間で、普通列車のほかに快速「ニセコライナー」で用いられる。3両編成単独のほか、列車により本系列同士、あるいは731系電車と併結した6両編成で運用される。
ワンマン運転には対応していないため、他の気動車列車がワンマン運転を実施する函館本線小樽駅 - 倶知安駅・蘭越駅間でも車掌が乗務する。
函館本線(蘭越駅 - 小樽駅 - 札幌駅 - 江別駅) 小樽駅 - 倶知安駅・蘭越駅間での運用は、朝ラッシュ時の下り2本(蘭越・倶知安発札幌行き)、夕ラッシュ時の上り1本(札幌発倶知安行き)、夜間の上り1本(小樽発倶知安行き)が該当する。 731系電車と併結した列車は、併結区間の列車番号が9xxMとなっており、これで区別することが可能。 例として、俱知安発苫小牧行き列車(俱知安-小樽間963D、小樽-札幌間963M、札幌-苫小牧間2738M。キハ201系は札幌で解結。)がある。
札沼線(学園都市線 札幌駅 - 北海道医療大学駅) 札幌圏では唯一非電化線区でもあったこともあり、登場当初から日中時間帯を中心に運用されていたが、同区間電化後の、2012年(平成24年)10月27日ダイヤ改正で営業列車が電車に統一されたため、札沼線での運用は消滅した。
千歳線(札幌駅 - 新千歳空港駅) 登場時に札幌駅 - 千歳駅の定期運用があり、1997年10月より新千歳空港駅まで延長されたが、翌1998年3月のダイヤ改正で消滅した。
函館本線(江別駅 - 岩見沢駅) 登場当初に運用が存在した。
その他 1999年(平成11年)7月18日には臨時列車「ヘルシーサイクリング日高号」として札幌駅 - 静内駅間で運転され日高本線に入線した。