三重町駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅になっている。互いのホームは跨線橋で連絡している。駅舎は開業時のものだが、1988年に洋風な三角屋根に改装されている。2016年に駅舎の外観の塗装が、茶色とクリーム色に変更された。
JR九州サービスサポートが駅業務を受託する業務委託駅であり、みどりの窓口が設置されている。
大分方面からの折り返しが7本、豊後竹田方面からの折り返しが2本ある。当駅で豊後竹田方面から大分方面行きの朝の1本、大分方面から豊後竹田方面行きの夕方の1本が乗り換えが必要となる。平日朝6時台には当駅始発・豊後竹田行きが1本ある。
2014年(平成26年)3月15日のダイヤ改正で、大分方面からの最終列車が0時14分の到着となり、大分駅・中山香駅・柳ヶ浦駅・臼杵駅・豊後竹田駅、庄内駅と同様に日付が変わってから最終列車が到着する駅となった。