キヤノンメディカルシステムズ
ただし主要各国の競争法規制がクリアされるまでは、一時的に第三者であるMSホールディング株式会社が議決権を保有し、クリアされた時点でキヤノンの子会社となった。 重粒子線がん治療装置は事業再編の対象とはならずに引き続き東芝(東芝エネルギーシステムズ)が担当する。
2016年4月14日に熊本地震が発生した際は、熊本市中央区にある熊本支店が影響を受けたが、社員の安否確認はとれている。本社に災害対策本部を20人態勢で設置し、被災地の病院等にある同社製の医療器具の復旧の支援に向けて情報収集を行った。
2016年12月、スペインのリーガ・エスパニョーラ所属のサッカークラブ、レアル・マドリードとオフィシャルメディカルスポンサー契約を締結。期間は2020年6月末まで。
2016年12月19日、主要各国の競争法規制当局からのクリアランス取得の審査が完了したことを受け、キヤノンがMSホールディングスから当社の全株式を取得。キヤノンの完全子会社となる。
2018年1月4日付で、社名を東芝メディカルシステムズ株式会社から「キヤノンメディカルシステムズ株式会社」へ商号を変更した。商号変更後は、キヤノンの画像処理技術を組み合わせたソフトを2018年春に発売する他、製造工程においても、キヤノンの技術を導入して生産効率を高める。ただし、元東芝グループ故に英文社名はキヤノングループの「Canon(略)Inc.」に従った「Canon Medical Systems Inc.」ではなく東芝グループ流の「CANON MEDICAL SYSTEMS CORPORATION」のままである。