宗教団体法
神祇官・神祇省のもとでは、寺格に関係なく地方官が住職任命権を掌握し、本山の末寺支配権は制限されていたが、教部省のもとでは、教導職管長を設けることによって、直接的統制から管長を介在させた間接的統制へと変化させたのであった。もっとも、教院における仏教の布教が禁止されていたことから、真宗各派が教院から離脱することとなり、教部省の機能は事実上停止することとなった。また、信教の自由が欧米からもたらされると、もはや教部省を存続させることは困難となり、明治8年(1875年)5月には大教院が廃止され(明治8年教部省達書乙第4号)、明治10年(1877年)1月には教部省も廃止された(明治10年太政官布告第4号)、教部省の所掌業務は、内務省に新設された社寺局へと移管された(明治10年内務省達乙第2号)。この間、明治8年(1875年)には、「信教の自由保障の口達」(明治8年太政官達第200号)が発出されていたものの、他方において、同年には、讒謗律(明治8年太政官布告第110号)や、新聞紙条例(明治8年太政官布告111号)が制定されていたほか、教導職自体も内務省社寺局に移管されて存続した。もっとも、仏教各宗派から教導職の廃止を求める動きが起きるとともに、「神社は宗教にあらず」とする動きも起きたことから、結局、明治17年(1884年)8月には、教導職も廃止されることとなった(明治17年太政官布告第19号)。そして、教導職の廃止と同時に、「管長制度」が施行されることとなり、管長は、自己の教団に関する教規・宗制を定め、教師・住職の任免・教育に関する事項を規定し、内務卿の認可を得なければならないこととなった(明治17年太政官布告第19号)。
昭和4年(1929年)1月、田中義一内閣の勝田主計文部大臣は、再び宗教制度調査会に対して諮問し、法案の名称を「宗教団体法案」(勝田案)と改めて、第56回帝国議会に提出した。法案の名称が「宗教法案」から「宗教団体法案」へと改められた理由は、宗教そのものへの干渉であるとの批判をいたずらに惹起することのないようにするためであったとされる。
勝田案によれば、本法は、別段の規定がある場合を除くほか、宗教団体に関して適用する(1条)、本法において、宗教団体とは、教派、宗派、教団、寺院及び教会をいう(2条)、教派、宗派及び教団の監督は、主務大臣が行う(6条1項)、寺院及び教会の監督は、第一次に地方長官が、第二次に主務大臣が行う(6条2項)と規定されており、「宗教」そのものではなく、「宗教団体」を法の対象とする態度がとられていた。
勝田案においては、岡田案と異なり、宗教結社の活動に関する事前の許可制(岡田案27条)が事後の届出制(21条1項)に変更され、必要な処分をすることができるとされていた監督官庁の権限(岡田案12条)を、監督上必要がある場合に報告を徴し、又は実況の調査をすることができる旨に限定した(9条)。このように、統制の色彩が後退した理由は、宗教結社の活動について、設立認可の際に事前に取り締まるよりも、まず結社を届出によって把握して、その後に治安警察法(明治33年法律第36号)による取締(結社禁止処分など)に委ねるほうが効果的であると考えられたためであるとされている。