戦国自衛隊・関ヶ原の戦い
ある日の夜、流星雨が降り注ぐ空を見ていた少女、伊庭悠は月が赤く見えていた。不吉な予感がした悠は、仕事に行こうとする父親の伊庭明義を引きとめようとするが、本気にはしてくれなかった。しかし伊庭は、「パパは死なないぞ。」と、必ず帰ってくることを約束した。
数日後、富士山の麓にある東富士演習場では、陸上自衛隊東部方面隊第一師団による、実弾を使用した大規模な演習が行われていた。 2泊3日に及ぶこの大演習の中には、悠の父親であり、自衛官でもある伊庭の姿もあった。 突然雨や雪が降ったりという異常気象に見舞われながらも、全ての日程が無事に終わり、各部隊が帰路に着いていたさなか、天空から謎の光が降り注ぎ、伊庭とそのライバルである嶋村拓也が小隊長を務めるそれぞれの隊が、その中に飲み込まれてしまう。
気絶していた伊庭たちが目を覚ますと、そこは富士山がどこにも見えなく、近くに湖があるという、明らかに先ほどまでと周囲の状況が異なる場所にいることに気づく。 混乱する彼らの前に、仲間のヘリが空から現れ、状況を確認してみたが彼らも状況を理解しきれてはいなかった。 しかし、彼らからの情報で唯一分かったこと、それは目の前にある湖が琵琶湖であるということであった。
すぐに情報収集のため偵察を出した伊庭たちであったが、鎧を着て刀や槍を持った謎の武装集団が偵察員たちを襲撃し、なんとか撃退したものの死者が出てしまう。
安全を考えてヘリによる偵察に切り替え、大阪まで飛んでみたものの、そこにビルは1つもなく、自分たちが知る町並みとは余りにもかけ離れていたのであった。
翌日、野営をとる伊庭たちの前に、多数の鎧武者を引き連れた男が現れた。 名乗った男の名前は、戦国武将として歴史に残る石田三成の重臣として名を馳せた、島左近と同じものであった。 自分たちにここから立ち去るように迫ってきた島左近に、伊庭は今が何年か尋ねたが、帰ってきた答えは慶長5年という自分たちが本来いるはずの時代から、およそ400年前の数字であった。しかもこの年は、天下分け目の戦いと言われる関ヶ原の戦いが起きる年でもあったのだ。
島左近たちが帰ったあと、自分たちが戦国時代にタイムスリップしたことを自覚した伊庭は、歴史に干渉せず、帰るまでなんとか生き抜こうと全員に呼びかけるが、嶋村は自分たちの力を使って天下を取ろうと主張。 両者の意見は対立し、二人の間には溝ができてしまう。
島左近から、伊庭たち自衛隊の装備の話を聞いた石田三成は、その力を自分のものにするために動き出す。 同じ頃、石田三成と敵対する徳川家康も、自衛隊の存在を知り、ひそかに動き出していた。
歴史に関わらずに現代へ帰還しようとする伊庭であったが、彼の思いとは裏腹に、自衛隊は歴史の渦の中に巻き込まれてゆくのであった。