高山本線
普通列車はおおむね、美濃太田駅・高山駅・猪谷駅で運転系統が分かれている。国鉄時代から美濃太田駅 - 富山駅間、高山駅 - 富山駅間を通して走る列車も設定され、JR西日本のキハ120形が高山駅まで乗り入れていたが、2003年10月1日以後は猪谷駅を越えて直通運転を行う普通列車は設定されておらず、猪谷駅での接続が考慮されたダイヤとなっている。
過去には1991年3月から1997年10月まで岐阜駅 - 美濃太田駅間には、夜間に那加駅・各務ケ原駅・鵜沼駅に停車する快速(一部は太多線多治見駅直通)が存在した。また、国鉄時代から2023年3月18日ダイヤ改正前まで岐阜方面との高山発始発列車と高山行き最終列車は普通列車でありながら下呂駅 - 高山駅間は主要駅のみに停車していた。
そのほか、民営化前の1986年頃までは郵便車や荷物車が連結されて郵便荷物輸送も行われていた。1984年の神岡鉄道神岡線及び1986年の長良川鉄道越美南線の第三セクター移管前は両路線との直通列車が存在した。1982年頃までは普通列車でも東海道本線名古屋駅発着列車があり、富山発名古屋行きという列車も存在した。
7月24日 - 8月12日:台風11号及びその後の大雨で飛騨金山駅 - 渚駅間が被害を受け、不通になる。
1965年(昭和40年) 2月1日:全線にATS-Sを導入。 8月5日:名鉄から乗り入れる準急「たかやま」運転開始(1966年急行格上げ)。
1967年(昭和42年)3月19日:白川口駅 - 下油井駅間に鷲原信号場が開設。
1968年(昭和43年) 8月18日 - 9月12日:集中豪雨により上麻生駅 - 白川口駅間が被害を受け、不通になる(付近では飛騨川バス転落事故が発生)。 9月3日:岐阜駅 - 美濃太田駅間にCTCが導入。 9月12日:蒸気機関車の運用が終了し、ディーゼルカーやディーゼル機関車に置き換えられた。 9月25日:上麻生駅 - 白川口駅間に飛水峡信号場が開設。 9月28日:飛騨金山駅 - 焼石駅間に福来信号場が開設。 10月1日:美濃太田駅 - 高山駅間に CTC が導入。特急「ひだ」が運転開始。
1969年(昭和44年)10月1日:高山駅 - 富山駅間に CTC が導入。無煙化(高山駅にてさよならSLのセレモニーが行われる)。
1973年(昭和48年)4月20日:少ヶ野駅が廃止され、少ヶ野信号場に変更。
1980年(昭和55年)5月27日:高山駅構内にて電化起工式が行われるが、結局工事は中断し、そのまま中止になる。
1984年(昭和59年)2月1日:全国ダイヤ改正により夜行列車(急行「のりくら」)廃止。また全線に運行されていた貨物列車のうち、上枝駅(実際は高山駅の側線扱い) - 猪谷駅間を廃止。
駅名 ... ◆・◇:貨物取扱駅(◇は定期貨物列車の発着なし)、◎:有人駅(簡易委託駅を含む。これ以外の旅客駅は無人駅)
停車駅 普通... すべての駅に停車。 特急...「ひだ (列車)」参照
線路(全線単線) ... ◇・∨・∧:列車交換可、|:列車交換不可
駅番号は2018年3月より導入。
田刈屋信号場 : 1956年廃止、西富山駅 - 富山駅間(岐阜駅起点 224.4 km、北陸本線 呉羽駅 - 富山駅間、米原駅起点234.7 km)
美濃太田駅 - 下呂駅 - 高山駅 - 飛騨古川駅間では1 - 3時間に1本の割合で運行されている。ただし7 - 8時台の下呂駅 → 高山駅間では通学対応のため約15分間隔の運行もある。2023年3月18日ダイヤ改正で下呂駅 - 高山駅間では早朝・深夜の普通列車(通過駅あり)を廃止する代わりに日中に1往復増発したため運行間隔が改善されたが、飛騨古川駅 - 猪谷駅間は午後に4時間ほど運行されない時間帯がある。岐阜駅・美濃太田駅 - 下麻生駅・白川口駅・飛騨金山駅・下呂駅間および下呂駅 - 高山駅間、高山駅 - 飛騨古川駅・坂上駅間などには区間運転列車もある。
県立益田清風高校の始業式・終業式・定期試験の日には昼過ぎに飛騨萩原駅 → 下呂駅間に上りのみ臨時列車が運転されたが、2023年3月18日のダイヤ改正で当該時間帯に普通列車が増発されたため、発展的に解消された。それ以外はさわやかウォーキングや沿線の祭りにあわせて、適宜臨時列車が運行される。