レッドリスト
水産庁は2000年(平成12年)に「日本の希少な野生水生生物に関するデータブック」を発行している。これは水産資源の持続的利用を目的とし、環境省版では対象としていない海生生物含む水生生物を対象としたレッドデータブックである。評価基準及びカテゴリーは環境庁(現環境省)の1991年版カテゴリーに準じた絶滅危惧(種)、危急(種)、希少(種)、地域個体群に加え、独自のカテゴリーとして減少(種)、減少傾向、普通を設けている。最新のIUCNカテゴリー等に準拠しておらず独特のものであるため問題が指摘されている(鯨類#環境保全参照)。
日本の47都道府県全てで、レッドリスト(あるいはレッドデータブック)を作成・公表している。た、都道府県によっては、改定版を作成している場合もある。各地方自治体の状況に応じ、独自色をだしている(京都府レッドデータブックを参照)。千葉市、名古屋市、松山市などのように市町村レベルでのレッドデータブックを作成している地方自治体がある。
日本自然保護協会及び世界自然保護基金日本委員会の合同で、1989年に維管束植物のレッドデータブックが発行されている。
日本哺乳類学会においても、環境省とは独自に哺乳類のレッドリストを検討し、1997年に『レッドデータ 日本の哺乳類』を発表している。このレッドリストは、IUCN版の新旧両方のカテゴリーに対応している。
2016年7月5日に "2016 IUCN Red List of Threatened Species" が発表された。
環境庁(当時・環境省)は、1986年度から「緊急に保護を要する動植物の種の選定調査」を実施し、その結果を『日本の絶滅のおそれのある野生生物-脊椎動物編』、『同-無脊椎動物編』(通称『レッドデータブック』)として取りまとめ、1991年5月に脊椎動物編を10月に無脊椎動物編を発行した。最初の環境省版レッドリストは、レッドデータブックという形態で、動物についてのみ取り扱っていた。