フレンスブルク政府
大統領となったデーニッツは、既にドイツがその体制を維持できず、もはや降伏以外に道がないことを承知していた。そして、デーニッツはドイツの最高指導者の地位の継承が「ヒトラーには出来なかったことを成すこと」と了知していた。しかしソ連に降伏した国防軍兵士や難民がソ連軍兵士からの虐殺など容認しがたい被害を受けているとの事実を掴んでもいた。難民らからの聞き取りとソ連軍の占領していた村などをドイツ軍が奪還してからの実地調査から、「殺人、放火、拷問、暴行、略奪」の報告を海軍法務局から既に受けていたのである。このため、デーニッツは西方(イギリス軍やアメリカ軍の占領地)での投降は受け入れられるが、東方(ソ連軍)では戦闘を継続し、ソ連側に取り残されている市民や兵士の本国と西方占領地区への避難のルートと時間を確保するべきだと考え、部分的な降伏と東部地域での戦闘継続を画策した。
総統のアドルフ・ヒトラーが自殺した1945年4月末、赤軍との戦いでベルリンが陥落したため首都ベルリンにおける統治や軍事指揮が不可能となり、ヒトラーから後継者に指名されていた海軍総司令官カール・デーニッツ海軍元帥らナチス党政府の要人はプロイセン州の属州となっていたシュレースヴィヒ=ホルシュタイン州にあるフレンスブルクに行政機能を移転し、疎開政府機関として無条件降伏までの敗戦処理を執り行った。大統領の名をとってデーニッツ政府(独: Regierung Dönitz)とも呼ばれる。 この政府では「総統」に該当する職は大統領と首相に分離されており存在しなかった。
国章・国旗はヒトラー時代と同様であり、「ハイル・ヒトラー」の挨拶も当初は維持されていた。
連合国軍との間でドイツ軍の無条件降伏に向けた敗戦処理の交渉、権威が及ぶ範囲で有力なナチ党員・親衛隊(SS)隊員の要職からの解任を主な執務としたが、ドイツ全土には連合軍によって占領統治が行われており、その影響力は限定されていた。また同盟国である日本も連合国も政府としての承認は行わなかった。
5月23日には全閣僚が連合国に逮捕され、その機能を失った。その後6月5日のベルリン宣言により中央政府がドイツに存在しないことが確認され、1871年1月から続いたドイツ国の歴史に終止符が打たれた。敗戦後に中央政府がドイツに存在しない点は、ポツダム宣言の受諾により、敗戦と占領後にも中央政府が存在し続けた日本との大きな差であった。
1945年4月、総統アドルフ・ヒトラーはベルリンの総統官邸地下壕で作戦の指揮を行っていた。ベルリンは既に赤軍の攻撃下にあり、包囲・陥落も時間の問題であった。親衛隊全国指導者・内相のハインリヒ・ヒムラーはかねてから画策していた首都機能の移転を実行するべく、その地を戦災被害が比較的少なかったドイツ北部のシュレースヴィヒ=ホルシュタイン州に決めていた。
4月20日の総統誕生日にヒトラーは国防軍最高司令部(OKW)、陸軍総司令部(OKH)、空軍総司令部(OKL)、そして閣僚の避難を許可し、ドイツが戦線によって分断された時に備えて、ドイツ北部にいるドイツ軍の統帥を海軍総司令官カール・デーニッツ海軍元帥に委任した。ヒトラーから全権を委任されたデーニッツはベルリンを脱出し、キールに近いオイティンを経てプレーン(Plön)の海軍総司令部(OKM)に移り、そこで、海軍全般の指揮の他に北ドイツでの難民の輸送、補給作業を指揮することになった。
4月21日、ヒトラー、宣伝相ヨーゼフ・ゲッベルス、ナチ党官房長マルティン・ボルマンを除く主な閣僚も避難し、OKW総長ヴィルヘルム・カイテル陸軍元帥、OKW作戦部長アルフレート・ヨードル上級大将を含む国防軍最高司令部・陸軍総司令部の一部はデーニッツに合流するためプレーンへ、空軍総司令官ヘルマン・ゲーリング帝国元帥を含む空軍総司令部と国防軍最高司令部・陸軍総司令部の大半、総統官房長官ハンス・ハインリヒ・ラマースはヒトラー総統専用のベルクホーフ山荘のあるオーバーザルツベルクへ疎開した。避難した閣僚の多くはオイティンに移り、4月23日には移転初の閣僚会議が地方議会議事堂で行われた。閣僚会議の議長は閣僚の最年長で財務大臣のフォン・クロージク伯爵が務めている。