ジョセフ・ジョンストン
戦後、ジョンストンはジョージア州サバンナに住み、アーカンソー州の鉄道会社の社長を務め、1868年から1869年にかけては総合保険事業に携わるようになった。
1877年にバージニア州に戻り、リッチモンドに居を構えて、運送会社の社長になった。1879年から1881年までのアメリカ合衆国議会第46会期で民主党の代議士を務めたが1880年の選挙では再指名されなかった。
グロバー・クリーブランド大統領の時には鉄道のコミッショナーになった。
1874年に出版したジョンストンの南北戦争の時の活動分析「軍事作戦の叙述」はデイヴィスやその仲間の将軍達の多くを強く批判していた。
ジョンストンは、リーと同様に降伏した相手の寛大さを忘れることはなく、シャーマンについて彼の前で言われた意地の悪い言葉を許そうとはしなかった。戦後に親しくしていたシャーマンが死んだとき、その葬儀で棺を担ぐ人となった。1891年2月19日にニューヨークで行われた行列では、冷たい雨の中でも尊敬の印として帽子を取り続けた。年老いた将軍の健康を気遣って帽子を被るように言った者がいたが、ジョンストンは「もし私が彼の立場となり、彼がここに立っているならば、彼は帽子を被ろうとはしないだろう」と答えた。ジョンストンはその日にかぜをひき、さらに肺炎になり、数週間後に死んだ。メリーランド州ボルティモア市グリーンマウント墓地に埋葬された。
ジョンストンのための唯一知られている祈念碑は1912年にジョージア州ダルトンに建てられた。第二次世界大戦の間、アメリカ海軍はジョンストンの名前をつけたリバティ船を保有した。
シャーマン率いる北軍がジョージア州を横切り、続いて北へ両カロライナ州を行軍する、いわゆる「海への進軍」について南部の人々が段々と心配になってきたとき、大衆はジョンストンの復帰を要求した。デイヴィスは、サウスカロライナ、ジョージアおよびフロリダの集合的方面軍、さらにノースカロライナと南バージニアの方面軍の統一指揮官にジョンストンを指名した。書類上は3個軍団を率いる重職だったが実際は大した装備を持っていない老兵や州兵の集まりであり書類上の定数も満たしておらず、こけおどしに過ぎなかった。当然この程度の部隊ではジョンストンはシャーマン軍の進軍を鈍らせるためにほとんど何もできなかった。
1865年3月19日、ジョンストン軍はベントンビルの戦いでシャーマン軍を急襲して一部を捕獲し、大部隊を前にして南軍が後退する前に短期的の戦術的な成功を得た。しかしリーがアポマトックス・コートハウスで降伏したことを知ると、その2週間後の1865年4月26日、ノースカロライナ州ダーラムの近くのベネット・プレースでシャーマン軍に降伏した。これはデイヴィスの最後まで徹底抗戦せよと言う命令に逆らうものだった。
1861年にアメリカ合衆国から生まれ故郷の州が脱退してアメリカ連合国(CSA)に加入したとき、アメリカ陸軍では最高の階級であった正規軍准将の職を辞した。南軍(CSA)に合流した当初はバージニア民兵隊の少将に任命され、ハーパーズ・フェリーで指揮を執っていたストーンウォール・ジャクソンを解任し、シェナンドー軍を組織化した。
1861年6月の第一次ブルランの戦いでは、シェナンドー渓谷から自部隊を連れてP・G・T・ボーリガード准将の部隊に合流したが、その地域の地形にはなじみがなかったので、自分より若い将軍に戦闘の指揮を譲った。しかし、南軍が勝利したことでその功績の一端は自分にあることを何とか主張できた。ブルランの後、ボーリガードとウィリアム・ポーチャー・マイルズを助けて連合国軍旗のデザインと制作に関わった。軍旗を正方形にしたのはジョンストンのアイディアだった。
8月、ジョンストンは大将に昇進した。今日ならば4つ星将軍(Four-star General)と呼ばれるものである。しかし他にも3名の将軍が重用されることが分かっていたので喜べなかった。アメリカ陸軍から南軍に合流した士官の中ではジョンストンは最上位だったので、彼は自分がサミュエル・クーパー、アルバート・ジョンストンおよびロバート・E・リーの後塵を拝するべきではないと感じていた。新しい将軍5人の中ではボーリガードだけが下位にランク付けされていた。このことでジョンストンとジェファーソン・デイヴィスとの間にはわだかまりができ、戦争の期間中解消される事はなかった。