パウロ三木
12月11日、秀吉は奉行石田三成に命じてフランシスコ会のキリシタンを捕縛して誅殺するように命じた。パウロらは大阪ゼスイト派の宣教師宅で捕らえられた。三成はイエズス会派の者を除外するように主張したが、許されなかった。
捕縛された26人は、フィリピン外交使節と偽り禁制のキリスト教を布教したかどで長崎で磔刑に処すと宣告され、まず証拠として耳の一部を切断された後、京都、大阪、堺の市中を引き回され、陸路で長崎に送られ、慶長元年12月(1597年2月5日)、長崎(立山の西側にある)西坂の丘で十字架に磔にされて処刑された。享年33。
ルイス・フロイスの記録によれば、パウロ三木は十字架の上で、押しかけた群衆に向かって「自分は罪状書きにあるようなフィリピン人でなく、れっきとした日本人である。私はキリスト教を信じたというだけで殺されるのである。この理由のゆえに私は命をささげることをいとわない。私はキリストの教えに従い、自分の処刑を命じた人(豊臣秀吉)と処刑にかかわったすべての人を許したい」と叫んだという。
寛永4年(1627年)2月14日、教皇ウルバヌス8世によって列福され、文久2年(1862年)6月8日に教皇ピウス9世によって列聖された。
今日、パウロ三木の名前は、聖イグナチオ教会の運営を託されたイエズス会の聖三木図書館にその名前を留めている。