肥薩おれんじ鉄道線
定期旅客列車は普通列車のみの運行で、すべての列車において運転士のみが乗務するワンマン運転を行っている。編成は単行(1両編成)が基本だが朝夕ラッシュ時や沿線イベントなどで多客が見込まれる場合は2両編成に増車して運転され、逆に夏休み期間などは平日朝夕でも一部の列車が2両編成から1両編成に減車される。車両の増結・分割は主に車庫のある出水駅のほか、昼間に車両留置のある八代駅でも行われている。夜間は基地のある出水駅のほか、八代駅・川内駅にも車両の滞泊が設定されている。2004年の開業当時からしばらくは出水駅 - 川内駅間で3両編成の車掌乗務列車が平日の朝夕ラッシュ時に各1往復ずつ運行されていたが、徐々に短縮され、最後まで残った朝の1往復の車掌乗務列車が2013年3月のダイヤ改正で廃止されて全て最大2両編成のワンマン列車のみの運行となった。
このほか、2013年3月からは金・土・祝日を中心に観光列車「おれんじ食堂」が、2020年10月からは週1回、JR九州からの直通特急列車「36ぷらす3」が運行されている。
また、おれんじ鉄道は国鉄鹿児島本線時代から本州と九州の鹿児島県までの物流の大動脈という一面も持ち合わせており、列車による貨物輸送も盛んで、JR九州からおれんじ鉄道への移管後も深夜帯を中心に多数の貨物列車が運行されている。
門司港駅からの累計営業キロは、八代駅 - 川内駅間の経営分離前に使われていたもの
普通列車はすべての旅客駅に停車
「おれんじ食堂」の停車駅は列車記事をそれぞれ参照
*印は転換後に設置された新駅
湯浦 - 津奈木間は複線、その他の区間は単線。
たのうら御立岬公園駅と海浦駅をのぞいて列車交換が可能。
駅名標は日奈久温泉駅、新水俣駅、牛ノ浜駅の3駅が2004年の開業と同時に肥薩おれんじ鉄道のものに変更されたが、それ以外の駅は開業からしばらくはJR九州時代のものがそのまま使われていた。その後2005年中に全ての駅が現在の駅名標に取り替えられた。
メニューについてはグルメ雑誌「食楽」を発行している徳間書店と提携している。車内は全車禁煙。外部からの弁当などの食品の持ち込みは可能だが、列車内で提供された料理やデザートの持ち帰りはできない(ただし、ビュッフェで自由配布されているクッキーなどのお菓子は持ち帰り可能である)また、リビングカーは座席扱いとなるため同社の企画乗車券で乗車ができる(一部乗車不可な企画乗車券もある)が、ダイニングカーは旅行商品としての取り扱いになるため企画乗車券では乗車はできない。
座席や料理の予約については2013年の運行開始からしばらくは出水営業部内の予約センター、同社線の有人駅(肥後田浦駅をのぞく)、JR九州の主要駅窓口や旅行センター、契約旅行代理店のみで行っていたが、2018年3月17日からのホームページのリニューアルに伴い、同年4月19日からはホームページからのWeb予約を開始し、パソコンからの直接予約も出来るようになった。Web予約では座席の選択も可能となっている。
停車駅は新八代駅 - 八代駅 - 日奈久温泉駅 - 佐敷駅 - 津奈木駅 - 新水俣駅 - 水俣駅 - 出水駅 - 阿久根駅 - 薩摩高城駅 - 川内駅で、毎週金、土、日、祝日の運行である。 ただし、それ以外の運休日であっても事前に貸切予約をして料金を支払えば、貸切扱いで運行する事も出来る。
基本的なダイヤ設定は2016年版とほぼ同じだが、途中駅での発着時間が若干変更となり、4号「おれんじバー」が運行休止となった。