殺処分
自治体は、動物の引取り・譲渡等の活動の他に、多岐にわたる業務を担っている(動物愛護管理推進計画の策定・推進、一般飼い主に対する適正飼養の普及啓発や指導、多頭飼育者に対する指導・勧告・命令、動物取扱業の登録制度の運用、特定動物の許可制の運用、動物虐待事案への対応等。)。また、動物保護管理法制定当時から、公衆衛生の確保など動物の管理(動物による生命・身体・財産の侵害の防止、前回改正時からは動物による生活環境被害の防止)の観点からの施策が行政機関としての基本であり、保護法益に鑑みても優先事項とすべきである。しかしながら、近年では、動物の愛護を優先する結果、動物の管理に係る施策を十分に講じることが難しい環境に置かれる自治体もあるのではないかとの指摘もある。 そうした中で、法において動物愛護管理行政が自治事務とされた趣旨に照らし、引取りや譲渡のあり方を含め、動物愛護行政のあり方については、各自治体の実情に応じ、地域に根ざす住民や愛護団体のニーズやリソース等を踏まえて、限られた人的・物的行政リソース(人員と予算)の効率的・効果的な活用方法について、各自治体ごとに検討することが必要となっている。
なお、2021年度(令和3年度)の環境省の統計資料によると、引き取られた全ての犬猫の内、飼い主からの引き取りは犬が約9.8%(2,701頭)、猫が約23.4%(10,479頭)である。
2022年1月18日、香港当局では輸入ハムスターから人間への新型コロナウイルスのオミクロン株感染の疑いが確認されたことから2000匹を殺処分するよう命じた。