山門寺門の争い
この時に寺門派は「円仁は東大寺で小乗戒を受けているが、最初の大乗戒は義真が行ったもので、義真、円珍が正流である」とし、山門派を批判した。『元亨釈書』によると、朝廷は園城寺の戒壇設立を諸宗に諮問するが、山門派が強く抵抗したため後朱雀天皇や頼道も責任を回避して勅許が下りなかった。『扶桑略記』によれば寺門派もあきらめず、翌長暦4年(1040年)にも寺門派が騒動を起こしたり明尊が申文の奏上をおこなったりしたため、長久2年(1041年)に朝廷は再諮問を行うが、結局話が進む事は無かった。これ以降、山門寺門の争いは、園城寺戒壇の設立をめぐって争いが激しくなる。
『扶桑略記』には、長久3年(1042年)に山門派が園城寺別院の平等院(現在の円満院で、現平等院とは別)を焼討したと記されるが、詳細は不明である。
永承2年(1047年)6月に第28世天台座主の教円が没する。『天台座主記』によると、寺門派は「戒壇設立が許されないのであれば、明尊が座主に就くこと」を望み、8月には朝廷もこれを許した。しかし宣命使であった藤原永職は比叡山に登る途中で、病と称して宣命を山中に捨てて帰ってしまった。明尊はわずか3日で天台座主を辞した。
これ以降、寺門派が天台座主に就くと宣命が途中で捨て去られ短期間に辞任することが定例化する。いずれの寺門派座主も職務遂行は不可能とあきらめたうえで、名目を得るために補任されたものと考えられる。この頃、延暦寺で受戒できない寺門派は東大寺の戒壇での受戒を余儀なくされており、これについて山門派座主覚忠が「小乗戒を受けた者は天台座主になれない」と寺門派の座主就任を非難していたことが背景にある。一方で補任された寺門派座主はおおむね貴族出身であり、摂関家や上皇の権力の支持を得て補任を得ていた。
『天台座主記』によれば、正嘉2年(1257年)には「朝廷が幕府に使者を出し、戒壇設立に決着をつけてもらおうとしている」との風聞が立つ。これに対しても山門派は強硬に反対し、日吉社神輿3基を入京させて振り捨て、祇園社、北野社、日吉社を閉じる強訴を行った。朝廷は改めて戒壇勅許が無い旨の院宣を出し、日吉社神輿を新造することで鎮撫した。
しかし、寺門派はなおも諦めなかった。『吾妻鏡』によれば、正元元年(1259年)9月14日には鶴岡八幡宮寺別当隆弁が、園城寺戒壇について朝廷に訴え出るために上洛した。その甲斐あってか、翌年1月4日についに園城寺に三摩耶戒壇の設立が認められたと『天台座主記』は記す。これに対し山門派は激しく抵抗し、翌5日に大衆が蜂起。日吉七社の神輿を根本中堂に振り上げ、6日には強訴を行い、延暦寺以下末寺末社に至るまで全て閉門するストライキを決行。17日には赤山明神で示威行動を行うなど抗議する。こうした山門派の行動に抗しきれない朝廷は、19日に戒壇設立の勅許を撤回した。『吾妻鏡』によれば、この後も寺門派は幕府の助力を仰ぐが、幕府の力をもってしても戒壇設立は叶わなかった。
山門寺門の争い(さんもんじもんのあらそい)とは、天台宗が山門派(延暦寺)と寺門派(園城寺)に分裂し、長年にわたって両派の間で行われた抗争のこと。山寺両門の争乱、山門寺門の相剋などともいう。
9世紀後半に円珍が第5世天台座主に就くと台密が隆盛し、以降しばらくの間は円珍の弟子が天台宗の要職を占めるようになる。これに対し10世紀後半に円仁派の良源が第18世座主に就くと密教に重きを置く円珍派と対立し、円仁派(山門)と円珍派(寺門)が藤原摂関家や朝廷を巻き込んで争うようになった。
11世紀に至り、山門派が比叡山の戒壇から寺門派を排除すると両派の対立が決定的になり、互いに擁した僧兵による武力行使が繰り返し行われた。特に、圧倒的な人数を擁した山門派の山法師は園城寺を繰り返し焼討した。その後に両派の対立は、権門寺院の取り込みを図る武家の政権争いに巻き込まれ、平安末期には源氏と平氏に、中世には北朝と南朝に分かれて争った。
なお1945年に『宗教団体法』が廃止されると、寺門派は宗祖を円珍、総本山を園城寺とする天台寺門宗として独立して現在に至っている。
永保の焼討からしばらく両門の関係は小康を保ち、園城寺は10数年をかけて復興を遂げた。しかし約40年後に闘争が再燃した。
保安元年(1120年)の争いは、4月に山門側の大津浜住人が新大路に鳥居を建てたところ、園城寺の僧がこれを切り倒したことに始まる。山門派衆徒がこれを咎めて蜂起し、沈静化を図る園城寺は騒ぎを起こした僧を追放するが、山門派は納まらず争いに発展した。『中右記』によれば、白河院は双方を召し争いを制止するが、その際に延暦寺は「大津の山門所領にある日吉神宮に下人が遺体を捨てるのでこれを防ぐために鳥居を建てた」と主張。これに対し園城寺は「園城寺側の人領を横領する為に鳥居を建てた」と非難している。この騒動は5月4日に園城寺長吏が鳥居を再建することになって収束した。
しかし翌保安2年(1121年)5月に、寺門派の僧兵が西坂本において山門派の僧を殺傷する。これに対し山門派は洛北にある寺門派の寺を焼討し、付近の民家も破壊した。さらに寺門派もその報復として日吉社領である大津東浦と大津西浦の民家を焼き払った。ついに山門派は閏5月に大挙して園城寺を襲撃し、堂舎僧房をすべて焼き尽くした。『古事談』によると、新羅明神が寺門派の前に出現し「この寺を守護するのは堂舎ではなく、出離生死の志を護るためである。このような患難の時にこそ修学する僧徒を護るであろうと告げた」と伝える。
灰に帰した園城寺だが、白河院の庇護を受け再興した。『百錬抄』によると、長承3年(1134年)8月に盛大な落慶供養が営まれた。一方でこの後も山門派の乱行はおさまらず、両門の争いは繰り返された。『石清水文書』は、白河法皇が「天台衆徒の訴訟悪行は年を追い日に従いて連綿と絶ゆることなし」と嘆いたと伝える。