平等院
以降は浄土院が平等院を管轄していたが、承応3年(1654年には京都東洞院六角勝仙院(住心院)の天台宗寺門派の僧が塔頭・最勝院を創建し、寛文元年(1662年)からは円満院末寺最勝院住持が平等院の住持を兼ねるようになった。このことによって浄土院と最勝院は揉めることになったが、天和元年(1681年)、江戸幕府の寺社奉行の裁定によって浄土宗・天台宗寺門派の共同管理と決まった。
江戸時代の末期には荒廃が進み、明治時代になると神仏分離が行われ、鎮守社の縣神社が独立している。
1902年(明治35年)から1907年(明治40年)に掛けて大規模な「明治修理」が行われている。
現在の平等院は、天台宗寺門派から独立した天台宗系の本山修験宗聖護院末寺の最勝院と浄土宗寺院の浄土院が年交代制で共同管理している。これら2寺は共に鳳凰堂の西側にある。宗教法人平等院の設立は1953年(昭和28年)である。
1990年代以降、庭園の発掘調査・復元、鳳凰堂堂内装飾のコンピュータグラフィックスによる再現などが行われている。2001年(平成13年)にはそれまでの「宝物館」に代わり、「平等院ミュージアム鳳翔館」がオープンした。