恐竜
恐竜はそれ以外の多くの爬虫類とは異なり、胴体の直下に四肢を持つ。この特徴は、側方型の四肢に比べて体重を支えるのに都合がよく、大型化したグループが出現する素地となったとする考えがある。また、歩行の際に身体を捻る必要がないため、軽快な移動を可能にしている。
この特徴はやや遅れて哺乳類も獲得しているが、異なる点としては、恐竜は二足歩行の種が多い点である。これは、二足歩行が初期主竜類から受け継いだ、祖先的な形態だからである。初期主竜類の中でもユーパルケリアなどは身体の作りが軽快であり、一時的な二足歩行を可能としていた(現生のエリマキトカゲに近い動きだった)。竜脚類や鳥盤類の一部の様な四足歩行の恐竜は、体重の増加等の理由で二次的に四足歩行に復帰したものである。このためか、四足歩行の恐竜でも体重の大半は後足が支える形となっている。この特徴的な2足歩行かつ爪先立ちという姿勢は、その後の恐竜の繁栄にとって欠かせない要因の一つとなった。
元より軽量な小型恐竜は別として、跳躍走行(脚が全て地面から離れ、一瞬身体が宙に浮く移動方法)が可能だった大型恐竜はアロサウルスのような大型獣脚類のみだったとされている。
恐竜の二足歩行はヒトとは異なり、後足を中心に長い尾によって上半身と下半身のバランスをシーソーのようにとっていたと考えられている。恐竜の巨大な尾はバランスを取るための必然であり、ティラノサウルスおよび近縁の属に見られる縮小した前肢は、巨大化した頭部と釣り合いを取るためだとされる。恐竜に関する研究が未熟だった1970年代以前では、二足歩行、四足歩行ともに恐竜は尾を引きずりながら歩くと考えられていたが、恐竜ルネッサンスのあった1970年代以降では間違いとされ、現在の体格が提唱された。
実は、この本の出版より前に鎖骨のある恐竜の化石がいくつか発掘されていたのだが、これらの化石での鎖骨の存在は当初見落とされていた。ハイルマンは徹底的な調査を行っていたため、この本はこの分野での古典となり、この考え方はその後の40年間、ほぼすべての進化生物学者に受け入れられていた。1936年に鎖骨のある原始的な獣脚類セギサウルスが発掘されたが、その後も恐竜には鎖骨がないとするのが正当な考え方であった。1969年にジョン・オストロムらがデイノニクスを記載し(次項で詳述)、ふたたび鳥の祖先として恐竜が挙げられるようになった。その後もジャック・ゴーティエによる分岐学的手法の発達や、新たな祖先的鳥類やマニラプトラ類をはじめとする化石の発見が相次ぎ、現在では(本記事で幾度も述べられた通り)恐竜と鳥との関係はほとんど疑いのないものとなっている。
獣脚亜目 Theropoda
?エオラプトル科 Eoraptoridae - エオラプトル
?ヘレラサウルス類 Herrerasauria ヘレラサウルス科 Herrerasauridae - ヘレラサウルス、レヴェルトラプトル スタウリコサウルス科 Staurikosauridae - スタウリコサウルス (三畳紀、南米)
グアイバサウルス科 Guaibasauridae - グアイバサウルス
新獣脚類 Neotheropoda ケラトサウルス下目 Ceratosauria コエロフィシス上科 Coelophysoidea ゴジラサウルス Gojirasaurus コエロフィシス科 Coelophysidae プロコンプソグナトゥス亜科 Procompsognathinae - プロコンプソグナトゥス コエロフィシス亜科 Coelophysinae - コエロフィシス、サルトプス、メガフォサウルス ?ハルティコサウルス科 - ハルティコサウルス、ディロフォサウルス ネオケラトサウルス類(新ケラトサウルス類) Neoceratosauria ケラトサウルス科 Ceratosauridae - ケラトサウルス アベリサウルス上科 Abelisauroidea アベリサウルス科 Abelisauridae アベリサウルス亜科 Abelisaurinae - アベリサウルス カルノタウルス亜科 Carnotaurinae - カルノタウルス、インドスクス、マジュンガサウルス、ルゴプス ノアサウルス科 Noasauridae - ノアサウルス,マシアカサウルス、ヴェロキサウルス テタヌラ下目 Tetanurae ?
1861年、ドイツのゾルンホーフェンにおける後期ジュラ紀の地層より発掘された化石に基づき、Archaeopteryx(始祖鳥)が初めて報告された。始祖鳥は、それまで鳥に特有とされていた羽毛を持ちながら、発達した歯や手指、長い尾を持つなど、爬虫類のような特徴を多く保持していた。1868年には、トマス・ハクスリーがこの化石に基づき、鳥の祖先が恐竜であったと述べている。1926年に出版されたThe Origin of Birdsでゲルハルト・ハイルマン(Gerhard Heilmann、1859–1946)は、鳥は恐竜ではなく、恐竜よりも原始的な主竜類である槽歯類から分岐したと主張した。ハイルマンの主張の根拠は、当時恐竜には鎖骨がないと考えられていたことである。ドロの不可逆則により、恐竜で消失した鎖骨が鳥類で復活して叉骨に進化することはなく、恐竜と鳥の類似点はいずれも収斂進化によるとしたのである。