松阪肉牛協会
一方、肉牛協会以外にも松阪肉牛共進会と松阪肉牛生産者の会という松阪牛に関する組織が結成され、それぞれ独自の松阪牛の定義を制定していた。中でもよく認知されていた「A5・B5に限る」という規定を設けていたのが肉牛協会であった。3団体がそれぞれ松阪牛の定義を設けるという不統一の隙をついて、「松阪和牛」、「松阪産和牛」などの紛らわしい表示が横行し、販売者側が独自の定義に基づいて「松阪牛」と名付けて販売するという事態も発生した。2002年(平成14年)3月5日には大阪市の会員が近江牛の去勢牛を松阪牛と偽って販売していたとして、協会設立以来初めてとなる除名処分を下した。さらに2000年代にはBSE問題や牛肉偽装事件を経て消費者の牛肉に対する信頼が揺らぎ、松阪牛のブランド価値をも低下させてしまった。
松阪市当局はこれを曖昧だった松阪牛の定義を統一する追い風と捉え、まず肉牛協会と肉牛共進会の流通システムを参考にして2002年(平成14年)3月に松阪牛個体識別管理システムを構築、関係者と協議してシステム要領を制定し、8月より本格運用した。次に肉牛協会・肉牛共進会・肉牛生産者の会と協議して松阪牛の定義統一に乗り出し、2003年(平成15年)5月に統一が完了した。統一に当たっては当初、長年運用してきた独自の定義を変更することに対して反発が大きかったという。また統一定義の制定により松阪牛を名乗れなくなって収入が激減したとして、旧大内山村(現・大紀町)の男性から損害賠償を求める訴訟を起こされたが、2010年(平成22年)11月4日に津地方裁判所から原告敗訴とする判決が下された。