トワイライトエクスプレス
大阪発は正午前の発車であったため、13時から16時まで「ランチタイム」としてランチメニューを提供した。メニューはオムライス・カレーライスなど軽食が中心。なお大阪発は日本の列車の中では「ななつ星 in 九州」とともに、朝昼夕3食すべてを提供する数少ない列車でもあった。
札幌発は発車が14時台と遅いため、14時40分から16時まで「ティータイム」としてスイーツとコーヒー・紅茶程度のみ提供していた。
これらとは別に、2014年5月1日より数量限定ながら、大阪発では19時まで淡路屋製造の特製弁当『トワイライト特製2段重』を、札幌発では『黒毛和牛のすき焼き重』(当初は大阪発のランチメニューにもあるビーフカレー)を、それぞれルームサービスにより提供していた。これらは夕刻前に食堂車係員が各個室へ直接注文を承りに来るが、特製弁当に限り乗車3日前までなら事前予約も可能だった。特製弁当やビーフカレーの販売以前は、運行開始から2011年6月30日まで「プレヤデス弁当」を、2011年7月1日より2014年4月30日まではホットディシュとコールドディシュに温製スープ、デザートのマドレーヌなどが添えられた「ルームセット」を、それぞれ提供していた(いずれも食堂車厨房で調製)。
ランチメニューとして提供されたハンバーグステーキ
ランチメニューとして提供されたオムライス
ランチメニューとして提供されたプレヤデスサラダ
1989年7月のデビューから、今日までの25年8カ月間で延べ116万人もの利用客を運び惜しまれつつ大阪 - 札幌間の運転は終わったが、JR西日本社長の真鍋精志は2015年3月18日の定例記者会見の席上で、使用車両の老朽化は否めないものの利用客・旅行会社から多くの要望があり、JR西日本管内限定で団体臨時運転を検討するとともに、一部車両を新設の京都鉄道博物館に保存・展示予定である旨が公表された。
1号車・2号車に1室ずつ設置された2人用個室。リビングとツインベッドを備えた寝室とが別々となっており、リビングと寝室とはレースカーテンで仕切ることもできた。リビングにあるソファはエキストラベッドにもなり、オプションで3人まで利用可能だった。この他、シャワー室、洗面台・トイレ、冷蔵庫、ビデオモニター用の液晶テレビ、クローゼットなどを備えた。発車直後にウェルカムドリンクが、翌朝には新聞朝刊とコーヒーまたは紅茶が、それぞれサービスされた。
1号車の個室は列車の大阪寄り最後部(上り列車では最前部)のため展望を満喫できるが、興味本位で外から覗かれやすいため、のちにリビングの展望窓は外から見えにくいようマジックミラーに取り換えられた。デビュー当初はダブルベッドであったが、のちにツインベッドに交換されている。またシャワー室は脱衣場のない収納式の洗面台・トイレと一体となったユニットタイプであった。
2号車の個室は車両中央部に配置されているため方窓タイプとなっており、展望は満喫できない代わりにリビングにはサロンカーに設置されているものと同一の、屋根まで回り込んだ大型の曲面ガラスを備えた。ベッドは1号車が枕木に平行して配置されているのに対し、こちらはレールに平行して配置された。シャワー室はセパレートタイプで、脱衣場にもなる洗面台・トイレとは別々に設けられていた。
4月28日時点でEF81 113号機は工事用臨時列車として運用されていたほか、団体専用列車運用にも充当された(後述)。
また、2016年(平成28年)2月16日にはEF81 114号機が団体専用列車運行から再び金沢総合車両所松任本所に入場したが、同年4月8日に114号機が台車を中心とした要部検査を終え、松任本所から自走回送で敦賀運転センターに戻っており、2016年4月8日時点で保留のトワイライト色EF81機関車は44・113・114号機だけになった。ただし、2016年4月1日現在の車籍上では43号機も残っていた。同年7月28日には113号機が全般検査を完了させ、敦賀まで試運転も兼ねた回送が行われた。また、JR東日本対応のATS-Psの表記も残っている。113号機は同年9月3,4日に開催された『おわら風の盆』ツアーで「サロンカーなにわ」による団体専用列車の牽引で使われている。
「トワイライトエクスプレス」廃止後の2016年4月6日・7日にはTWILIGHT EXPRESS 瑞風デビュー前の添乗乗務員訓練と性能検査を兼ねて、大阪方からスロネフ25 503+オハ25 553+スシ24 2+オハネフ25 503+カニ24 14の順で組成した5両がEF65 1128の牽引により宮原→下関→宮原のルートで試運転を実施した。
京都鉄道博物館に保存・展示されたEF81 103
同・スロネフ25 501
京都鉄道博物館にてEF81 103・スロネフ25 501・スシ24 1・オハ25 551・カニ24 12の合計5両を保存・展示している。
展示用としては先ずスロネフ25 501・スシ24 1から配給輸送が始まり、敦賀地域鉄道部所属のEF81形電気機関車についても、2015年(平成27年)4月23日に103号機(トワイライトエクスプレス色)が京都鉄道博物館への保存目的で向日町操車場まで配給輸送が行われた。EF81 103号機およびスロネフ25 501とスシ24 1が展示保存に伴い同年4月30日付で廃車扱いになった。
合わせて京都鉄道博物館に展示するオハ25 551とカニ24 12も同施設の公式サイトで紹介された。カニ24 12については2016年(平成28年)1月6日に網干総合車両所で展示に向けた車両整備を終えて所属先に戻っている。オハ25 551・カニ24 12も開館前日の同年4月28日付で廃車扱いになった。
一方、牽引していたEF81形電気機関車のうち2015年3月16日に103号機、19日に44号機と43号機、20日に114号機が金沢総合車両所松任本所へ相次いで回送された。3月20日の時点では108・113号機のみが敦賀地域鉄道部敦賀運転センターに保留されていた。
JR西日本網干総合車両所に所属し、宮原支所に配置されている24系25形客車のうち、当列車用に内外装の改造を施した専用編成(10両編成3本)が運用されていた。ヨーロッパの豪華夜行列車オリエント急行をモデルとして、従来の「寝台列車=ブルートレイン=青」というイメージとは一線を画す日本海をイメージした深緑にトワイライトを表す金色(黄色)の帯を1本締める独自の塗色とした。なお、当初(一般客が乗車可能となった1989年12月)のA寝台車両は1号車のみだったが、同列車の好評を受け、1990年と1991年にオハネ25形を改造した2号車(スロネ25形)を組み込んで2両とした。スシ24形は485系・489系からの改造であり、廃止時点で既に車齢40年以上が経過していた。
2002年秋までに全編成の車両リニューアルが完了。内装は「木のぬくもり」をテーマにした木目調に変更され、A寝台車両やサロンカーにあるテレビモニターの更新や、7号車のミニサロンには本革のソファーを設置した。