ポル・ポト
これ以後、都市部の急進的左翼は地下に潜行して秘密活動に傾斜していくようになる。しかし1966年頃までは、後に重要な役割を示す左翼運動家の多くは、教師として左傾化した学生を生み出したり、またそれが急進的なものでないかぎりは比較的自由に政治活動をおこなっていた。1960年代半ばに入ると、ベトナム戦争へのアメリカの関与が本格化したことで右派の影響力が強まり、シハヌークの使える政治的裁量の範囲は次第に狭まっていった。
1963年2月、シハヌークの外遊中にシェムリアップ市で暴動が発生した。警官により学生が1人殺害されたことから学生の抗議デモが始まり、地方政府が警官をかばうと、最終的に地方警察本部に対する大規模な暴動へと発展した。シハヌークはこの暴動を左翼による扇動と考え、帰国後ケン・ヴァンサクとソン・センを非難した。さらに3月8日には、主要な破壊活動家左翼として34人の名前を公表した。このリストには、都市部の左派知識人のほとんど全てが載っていた。キュー・サムファンらは国民議会の非難を受け、ロン・ノルは左派の一掃をシハヌークに求め、1955年以来最大の政治危機となり、左翼にとっては最大の弾圧の危機に見舞われた。しかし、シハヌークはロン・ノルの提案を拒否し、キュー・サムファンらの辞任も撤回され、リストに挙げられた34人もシエン・アンを除いて特に処罰されることなく終わり、結局は、都市部左翼の状況に関しては元の状態に戻っていった。
また同年9月には、党名をカンボジア共産党に改名している。カンボジア共産党は後にクメール・ルージュとして知られるようになり、同党の武装組織は「ポル・ポト派」と呼称された。
ただし、ポル・ポトが帰国した時期は中華人民共和国で文化大革命が本格化する直前のことである。大躍進時代の毛沢東思想は別として、ポル・ポトが文化大革命から思想的な影響を受けたのかどうかははっきりとしない。ポル・ポト、イエン・サリ、ソン・セン、キュー・サムファン、その他のクメール・ルージュ幹部が文化大革命に対する共感を示す発言をしたことはない。また、ジャングル入りした学生の証言によれば、文化大革命前の毛沢東主義のスローガンは好まれていたが、文化大革命は事実上無視されていた。
「ジャングルの中では、北京放送を聞いて流れてくるスローガン(「張子の虎」、「農村から都市を包囲する」、「小から大へ」など)を取り上げてはいたが、文化大革命に関する会話も教育も、毛沢東思想に関する勉強も行われていなかった。党の方針は、困難で長引くが最終的には確実に勝利するはずだという闘争のことばかりだった。都市部には毛沢東の翻訳本はあふれていたが、農村部にはなかった」という。文献では、ポル・ポトやイエン・サリは、オポチュニストとして、文化大革命の思想とは関係なくむしろ利用されつつ中華人民共和国を利用したという見方が示されている。この見方は、他の文献にも見られる。
ソ連とベトナムに敵対したポル・ポトはタイとアメリカから支援された。アメリカと中華人民共和国は、ヘン・サムリン政権をベトナムの傀儡であるとしてカンボジア代表の国連総会への出席を拒否した。ポル・ポトが反ソ反越であったので、アメリカ、タイ、中華人民共和国は、ベトナム支持のヘン・サムリンよりもポル・ポト派を好ましいと考えた。
1981年9月4日、ポル・ポトとシハヌークおよび右派自由主義のソン・サンの3派による反ベトナム同盟を結んだ。ポル・ポトは、この終了を求めて公式に1985年に辞職したが、同盟内の事実上のカンボジア共産党のリーダーとして支配的影響力を維持した。
1989年、ベトナム軍はカンボジアから撤退した。1992年9月3日に国連からの派遣要請を受け自衛隊が派遣された。1993年、国連監視下で自由化されたカンボジア国民議会選挙により立憲君主制が採択された。選挙結果は、全120議席のうち、フンシンペック党が58議席、カンボジア人民党が51議席、ソン・サンの仏教自由民主党が10議席、その他1議席でありポル・ポト派はこの選挙に参加しなかった。1993年9月26日に1次、2次に渡る自衛隊の編成が解かれその後帰国した。ポル・ポト派は、新しい連立政権と戦い続けたが1996年ころまでに軍は堕落し規律も崩壊し、数人の重要な指導者も離脱した。