碇シンジ
クラスメイトでシンジの友人。トウジの妹(鈴原サクラ)が初号機の初陣となった第4の使徒戦で戦闘に巻き込まれ怪我をしたことを理由にトウジはシンジを殴る。その後、第5の使徒戦において戦闘を見るために2人でシェルターから抜け出してシンジの乗る初号機に助けられ、戦闘で苦しむシンジを見たことで同情し、シンジとトウジは和解する。以後登下校含め学校での行動を共にし、海洋研究所への見学にも2人で同行する。
幼少時に母親を亡くし、父親に捨てられたことから家族の絆や愛情というものを知らず、それがトラウマになっている。そのことから強烈に愛情に飢えており、自分の存在価値に疑問を抱き、ややナイーブで内向的な性格をしている。自分の居場所を周囲に求めながらも、痛みを恐れるあまり互いの傷つかない距離を保とうとし、その結果、表面的な付き合いをする傾向にある。
父親を苦手とし反発する一方で、内心では分かり合いたい、愛されたいという屈折した感情を抱いており、EVAに乗る理由も「父親に認められたいから」というもの。「逃げちゃダメだ」と自分に言い聞かせるセリフは、強迫観念を表すだけでなく、監督の庵野秀明自身の制作当時の心境を映したものでもある。
アスカから「すぐに謝りすぎ」と言われるほどに些細な事でも謝罪するなど、他人との深いコミュニケーションが苦手とされているが、ゲンドウ以外の人物に対しては極端に苦手という描写はなく、誰とでもそつなく会話をこなし、表面上は社交性がある。大人と対等に口をきく一方、ごく普通の中学生らしい様子を見せ、次第に感情を表に出すようになる。また切羽詰った状況下では考えるよりも行動するタイプで、対使徒戦では勇敢な姿勢や表情をみせることもある。また、控えめな性格で、優柔不断で状況に流されやすい性格と捉えられることが多いが、庵野の考えでは「自分が決めたら、梃子でも動かないような、頑なで他人を気にしない性格」だという。なお、葛城ミサトの部屋を片付けたり、綾波レイの埃っぽい部屋に躊躇するなど少々潔癖症がみられる。
シンジ役はオーディションで決まらなかったため、テープ審査による2次オーディションが行われ、1次オーディションには参加していなかった緒方恵美が選ばれた。緒方の自叙伝「再生(仮)」によれば、1994年夏、『美少女戦士セーラームーンS』の番組旅行に参加した際、演出担当の庵野に宿のエレベーターの中でオーディション参加を打診されたという。庵野は主役を緒方に演じてもらいたいと思っていたが、オーディション参加を断られたと聞いたので、2次を受けてほしいと緒方に交渉。緒方は1次オーディションを断った所属事務所に相談したが、事務所は「監督が声優に直接交渉するのはルール違反だ、絶対に参加させない」と激怒。結局緒方は事務所の反対を押し切る形でオーディションに参加した。
2009年7月に発売されたNTTドコモのSH-06A NERV(シャープ製、AQUOS SHOT SH-06Aベース)にプリインストールされている「ひつじのしつじくん」はシンジのプラグスーツを着用している。同年8月には期間限定でマチキャラとしても配信された。
NERV最高司令でシンジの父。長らく別居していたが、ゲンドウがシンジをEVAに乗せるために第3新東京市へ呼び出す。パイロットになってからも別居が続いていたが、『破』では2人でシンジの母、碇ユイの墓参りに行ったり、頑張ったシンジを褒める。第9の使徒戦では、ゲンドウが使徒に取り込まれたアスカもろとも倒そうと指示を出したため、親子関係は最悪となる。