織豊系城郭
一方でこれと異なる特徴を見出し、1990年に発表したのが中井である。中井は、出土する石垣・礎石建物・瓦に注目。これらの要素は戦国期城郭にも見られるものであるが、その3つの要素を有機的に組み合せたことを織豊系城郭の特徴とした。中井は1992年から「縄張り研究ではない新しい切り口」の研究を目的とした織豊期城郭研究会を主宰し、同時期の城郭研究を牽引。その後多くの発掘調査により石垣・瓦の編年研究が行われ、その成果により中井は自説が補強されたとしている。
なお、千田は縄張りの変遷から徳川期に至るまでその影響を見出して織豊系城郭の研究範囲に含めるが、中井はこれに異を唱え、さらに織田と豊臣の城郭にも差異が見られるとする立場から織田・豊臣城郭の名称を使用するようになっている。
両者の説は方法論が異なり、織豊系城郭の位置づけにも差異が見られるが、織田・豊臣系の城郭には他の大名の城郭に見られない特徴的な構造・縄張りが備わっていた事は、ほぼ定説となっている。また、戦国期には地域・大名ごとに特色ある城郭が築城されていたが、織豊期には織豊系城郭が画一的に全国に広がっていく特徴が指摘されており、織豊系城郭の研究は城郭そのものに留まらず、築城に意図された織豊政権の政治的な考察にも及んでいる。