日本フットサル連盟
1985年にサロンフットボール(室内サッカー)の統括権をめぐって国際サロンフットボール連盟 (FIFUSA) と国際サッカー連盟 (FIFA) の間で対立が起きると、その国際紛争から距離をとるためにサロンフットボールを組織から切り離し、いずれ問題が解決した際には再度合体するという合意の上で、1988年6月に日本サロンフットボール協会を独立させた。同協会のメンバーの多くはやがて連盟に復帰したが、ごく一部はその後も北海道だけで活動を続けている。
1990年代に入るとフットサルをとりまく環境は急速に整備されていった。1994年7月にJFA内にフットサル委員会が設置された。全国47都道府県のサッカー協会にもフットサル委員会が設置されていった。FIFAによって1994年に室内5人制ミニサッカーの競技名が「フットサル」に統一された後、1995年4月に日本ミニサッカー連盟は日本フットサル連盟に改称された。
2007年、日本フットサル連盟の主催により、日本初の全国フットサルリーグとなるFリーグが始まった。
2022年、Fリーグが日本フットサル連盟から独立し一般社団法人日本フットサルトップリーグを設立。