ゴジラvsメカゴジラ
『ゴジラvsビオランテ』に登場した特別機関「精神科学開発センター」が発展した特別機関。2人の女性職員も「先輩」と未希のことを呼んだため、彼女たちもエスパーと推測される。ここに所属する子どもたちが超能力で卵に付着していたシプニオキスから音波を読み取り、コーラスにアレンジし披露している。 ロケはサンピア多摩で行われた。『vsビオランテ』でのロケ地が使用できなかったため、別所での撮影となった。
講談社ボンボンKCにて刊行、ストーリー構成:安井尚志、作画:川石てつや
小学館てんとう虫コミックススペシャルから刊行、作画:坂井孝行
講談社版では五条梓が未登場で三枝美希がヒロインを務めており、小学館版ではメカゴジラ、ガルーダのデザインや設定が映画と違う、三枝美希が登場せず、『ゴジラvsビオランテ』の登場人物である黒木特佐が活躍するなど、それぞれ独自のストーリーが描かれている。
当初、シリーズ第20作は前作『ゴジラvsモスラ』から1年のインターバルを置き、1994年の製作が予定されていたが、前作の東京国際映画祭をはじめとしたプレビューショーにおける好評判を受け、すでに1993年末公開予定で企画が先行していた『ヤマトタケル』の製作ペンディングと本作品の製作繰り上げが決定された。さらにハリウッド版ゴジラの制作決定を受け、本作品で平成ゴジラシリーズを一旦終了させる予定だったが、ハリウッド版の制作遅延により、急遽翌年のシリーズ新作の制作も決まった。東宝プロデューサーの富山省吾は、公開時のインタビューで次作をシリーズ最終作とし、その後に新シリーズを立ち上げるという構想も語っていた。
登場怪獣について富山は、シリーズが打ち止めとなる予定であったため人気怪獣をすべて出したと述べている。製作の田中友幸によると当初、ゴジラの対戦相手はキングコングが候補にあがったが、版権などの問題から不採用となった。代わりにメカニコングを登場させる案もあった。
前作でも監督を務めた大河原孝夫は、前作の記録的ヒットを受けて本作品でも続投となった。脚本を担当した三村渉は、前作でもシノプシス制作で参加しており、採用には至らなかったが田中の好感触を得て、『ヤマトタケル』の検討用脚本を経て、本作品の執筆を手掛けた。
第17回日本アカデミー賞優秀録音賞、協会特別賞
第12回ゴールデングロス賞優秀銀賞、マネーキングスター賞。
この卵はゴジラザウルスのものであり、翼竜の巣に托卵されていたのである。
その直後、同族であるベビーゴジラを探すために、ゴジラが四日市市に上陸する。Gフォースはメカゴジラの出撃命令を下し、鈴鹿山中で両者は激突。メカゴジラの猛攻によりゴジラは圧倒されあと一歩のところまで追い詰められるが、打ち込まれたショックアンカーからエネルギーを逆流された影響でメカゴジラの機関室にトラブルが発生し機能停止に陥ったことで形勢が逆転。メカゴジラやGフォースの防衛線を突破したゴジラはそのままベビーのいる京都に進撃し国立生命科学研究所を襲うが、地下の細胞保存室に移されていたベビーゴジラを感知することはできず、諦めて大阪湾へ去った。
ベビーを研究したGフォースは、ゴジラの腰部に第二の脳を発見し、この部分を破壊することでゴジラを倒す「Gクラッシャー計画」を発案する。
ゴジラがベビーを求めていることを察したGフォースは、梓たちの反対を押し切り、ベビーを囮にしてゴジラをおびき出す作戦に出る。そしてベビーは梓の付き添いのもと、空輸コンテナで運ばれるが、時を同じくして復活したファイヤーラドンがベビーのSOSを受けて飛来し、ベビーゴジラと梓の入ったコンテナを奪取して千葉の幕張へ降り立つ。駆け付けたガルーダや修復が完了したメカゴジラによりラドンは撃退されるが、そこに同族であるベビーゴジラを保護するためにゴジラが出現。再び両者は幕張の地で激闘を開始する。
メカゴジラはガルーダと合体してスーパーメカゴジラとなり、Gクラッシャーによってゴジラの第二の脳を破壊する。ゴジラは力尽きるが、ファイヤーラドンが生命エネルギーを注ぎ込んだことで第二の脳が再生し、再び立ち上がる。
詳細は「メーサー兵器#93式自走高射メーサー砲」を参照