慶寿院
天文3年6月8日(1534年7月18日)に足利義晴との婚姻の儀が行われる。当日は雷を伴う夕立の中で儀式が行われたという(『御湯殿上日記』)。足利将軍家の御台所は足利義満以来、日野家から迎えられてきたが、ここにおいて初めて摂関家から迎えられた。この事情について、尚通の正室・徳大寺維子(徳大寺実淳の娘)と縁戚であった細川高国が推進したとする説がある。足利義晴の生母は実は出自も不明な低い身分の女性であったとする説があり、義晴は有力な外戚を持てなかったこと、近衛尚通も日野家が将軍家との婚姻で力を持つことに不満を抱いていたこと、この双方の思惑の一致から大物崩れによる高国の滅亡後も婚約が維持されたとみられている。なお、当時の義晴は戦乱の影響で六角定頼の本拠地観音寺城の近くにあった桑実寺に仮の御所を設けていた。
天文5年3月10日(1536年3月31日)に南禅寺において嫡男である義輝を生む。天文15年12月20日(1547年1月11日)に義晴が義輝に将軍職を譲る。