有明海
遠浅で干満差が大きいことから大型船用の港湾整備には工夫を要すため、三池港は日本では珍しい閘門式、熊本港は沖合の人工島形式を採用している。
長崎県 - 口之津港、須川港、島原港、島原新港、多比良港
佐賀県 - 多良漁港、鹿島港、住ノ江港
福岡県 - 三池港
熊本県 - 長洲港、百貫港、熊本港、三角港、本渡港、鬼池港
このほか漁港が30か所ほどある。有明海北部では、接続する河川下流の川岸に漁港が発達している。