常磐緩行線
また同じ年に大手電機メーカーのNEC我孫子事業場が開設されることになったことなどもあり、国鉄と協議した結果、地元の負担があればホームを設置して良いと決まったため、最終的に同駅は引き続き快速停車駅として残ることになり、緩行線電車は朝夕の混雑時間帯のみ運行することに決まった。
以上のように、常磐線関係の輸送改善計画はスムーズに行かないことが多く、常磐線は「鬼門」と揶揄されることがあった。
常磐線の運転系統が複雑になっている一因に茨城県石岡市柿岡の気象庁地磁気観測所の存在がある。取手駅以北の直流電化は現時点では課題が多く、中距離列車と通勤電車(快速電車)の車両統合ができていない。このため民営化後になって、快速線に交直両用の通勤形であるE501系電車を1995年に(2007年に上野口での運用終了)、2005年にはE531系電車を投入するなどの施策を打った。なお、西日暮里経由の割高運賃問題だが、SuicaとPASMOの相互利用開始に伴い、IC乗車券を利用した際に、従前の連絡乗車券を購入した場合よりも安くなるケースが発生する一方、逆に高くなるケースも発生している(詳細は千代田線北千住 - 西日暮里間を経由する場合の特例を参照のこと)。
近年まで指摘されてきた問題点は改善の傾向にあり、例えば運転本数が十分とはいえない状況から亀有駅・金町駅が所在する葛飾区議会では列車の増発要求がしばしば議題に上っていた点については、2014年3月のダイヤ改正で日中の増発が実施された。また、かつて金町 - 松戸間の江戸川橋梁が台風や爆弾低気圧などによる強風の影響でしばしば規制を受けることがあったが、これについても防風柵の設置工事が2015年3月に完成し、以降規制を受けることが大幅に減った。
ICカードを利用して、南千住以遠(三河島方面)・亀有以遠(金町方面)から東中野以遠(大久保方面)・高円寺以遠(阿佐ケ谷方面)あるいは船橋以遠(東船橋方面)・下総中山以遠(本八幡方面)・船橋法典以遠(市川大野方面)・南船橋以遠(二俣新町方面、新習志野方面)・市川塩浜以遠(新浦安方面、二俣新町方面)など、他社線を経由してJR線(共用駅を除く)の駅間を途中改札を通らずに乗車する場合、千代田線・東西線経由の方が低廉である場合であっても全線JR線乗車と扱われる。
なお、西船橋駅にはJR線と東京地下鉄・東葉高速鉄道の連絡通路に自動改札機が設置されたものの、経路の判別方法についてはほとんど変更されていない。したがって、西船橋経由の方が安い経路を乗車する場合には、同駅の改札通過に関わらず西船橋駅経由の運賃が適用される。
しかし国鉄は、既存の通勤路線向けに大量増備していた103系の仕様を一部変えた1000番台を投入し、抵抗制御の国鉄車は抵抗器から大量の熱をトンネルや駅の中に排出することになった。駅間距離が比較的長く地下区間で高速走行する千代田線では、特に単線シールドトンネル内での空気流動が少なく抵抗器の冷却が充分にできなかったため、103系は故障が多発し一時は運行ダイヤにまで影響を及ぼすことがあった。省電力の観点でも、相互乗り入れの車両使用料の精算は通常乗り入れ距離で相殺するのが慣例であったが、営団車と国鉄車とでは電力消費量が異なるとの会計検査院からの指摘を受け、営団は国鉄に対して電気代の分を加算して請求することになった。1981年、営団は千代田線用5000系を北綾瀬支線を除く地下線から一掃し、6000系に統一した。国鉄は営団からの要望もあって、翌1982年(昭和57年)から電機子チョッパ制御の203系を投入開始し、1986年までに置き換えが完了し、国鉄車に関しては問題が解決することになった。
1982年に我孫子 -取手間の複々線化が完成した。完成に伴い当初は暫定で快速を止めていた天王台駅は通過に変更する予定であった。しかし、従来なら上野駅まで一本で行けたのにわざわざ乗り換えなければならないうえ、各駅停車だけになると地下鉄に乗り入れるため運賃が高くなるのを目の当たりにし、不便な状況になり困ると判断した地元の住民や市などから反対運動が起き、国鉄へ引き続き停車するよう要望が出された。