グレートバリアリーフ
海面が上昇に転じると大陸島は水没し、サンゴは海丘上全体で成長するようになり、現在の小島(キー)や暗礁へと成長した。約6000年前から今日にかけての期間、グレートバリアリーフ周辺では海面上昇は起こっていない。CRCサンゴ礁リサーチセンターは、現在生育しているサンゴは8000-6000年前にサンゴ礁を形成したものが絶滅せずに繁殖しているとの見解を述べた。リーフ形成当初のサンゴ礁と似た古代の堡礁は、西オーストラリア北部のキンバリー地域で見ることができる。
世界遺産に登録されたグレートバリアリーフの地域は70のエコリージョンに分けられ、うち30はサンゴ礁のエコリージョンである。北部にはリボンリーフや三角州堆積礁が形成されているが、それ以外の地域には同種のものは見られず、環礁は存在しない。また、サンゴ礁がオーストラリア大陸と接触している部分もほとんど無い。
裾礁は広く見られ、特にウィットサンデー諸島(英語版)のような島と接触して形成されたものが南域で特に顕著である。礁湖を伴うサンゴ礁も南部で多く、北部でもプリンセスシャロット湾(英語版)沖などで発達している。中部域で最も一般的な形態は、リザード島(英語版)周辺などのような三日月礁であり、グレートバリアリーフ海洋公園最北部や南緯20-22度のスウェイン礁などでも確認される。面状礁はヨーク岬半島およびプリンセスシャロット湾からケアンズまで広く分布し、リーフ内の多くの島で発達している。一方、大陸に近いヒンチンブルック島には山、峡谷と熱帯雨林があり、ヒンチンブルック海峡(英語版)には広大なマングローブが発達している。
気候変動、公害、オニヒトデの繁殖、漁業がグレートバリアリーフの健全な状態に与える脅威は大きい。他にも、海難事故、石油流出や台風も無視できない。原生動物が引き起こすサンゴの骨格を侵す骨侵食バンド症(英語版)や汚染へ影響する珊瑚感受性(英語版)は、31種のサンゴに影響を及ぼしている。
サンゴ礁研究のためのARCセンターの報告書によれば、現在、北部地域でサンゴの67%がサンゴ礁の最悪の被害を受けて死亡したことが明らかになった。
グレートバリアリーフはグレートディヴァイディング山脈地域の顕著な特徴となっている。小さなマレー島(英語版)をその中に含んでいる。最北端の島であるブランブル・ケイとパプアニューギニア南海岸の間のトレス海峡から、最南端のレディーエリオット島とフレーザー島の間の名も無き海峡まで続いている。レディーエリオット島はブランブル・ケイから南東に直線距離で1,915 km (1,190 mi)の位置にある。約900の島のうち、600は大陸起源、300はサンゴ礁を起源とする。うち最大の島は37,379 haのヒンチンブルック島(英語版)である。
新生代以降、オーストラリア大陸は年間7cmの速度で北へ移動している。大陸東部は隆起を続けた時期があり、クイーンズランド州に長さ400kmにわたる分水界を形成した。この時期、活発な火山活動や玄武岩流が続き、花崗岩が露出した部分によっていくつかの島が形成された。そして構造盆地が形成されると、ここにサンゴが進出し始め、後の珊瑚海となった。しかし約2500万年前頃までクイーンズランド北部は温帯水域であったため、サンゴが繁殖するには海水は冷たかった。ここから、グレートバリアリーフの形成は複雑な経路をたどる。やがてクイーンズランド水域の気候は熱帯へと変わるが、同時に海深の変化も起こりサンゴ礁の成長と衰退に影響を与えた。珊瑚は直径で年間1-3cm成長するが、垂直方向の成長は年1-25cmにもなる。しかしこれには日光が欠かせず、そのために深度150m以上の場所では成長は難しい。
グレートバリアリーフが直面する別の脅威には、公害と水質汚染がある。北東オーストラリアの河川は熱帯性の洪水を起こす。これによってサンゴ礁に汚染が広がるが、この現象の90%は農場における表面流出が要因である。そしてその背景には、過剰放牧(英語版)、肥料や殺虫剤の過剰使用がある。
土壌流出問題は、自然の沈殿物堆積とフィルターの役割を担っていた沿岸部の湿地減少も拍車をかけている。この水質低下は、光や酸素を求める藻類の競争を厳しくさせる。