アーバンネットワーク
関西文化学術研究都市へのアクセス改善のため高速化と各種改良工事が行われた。松井山手駅 - 京田辺駅間の高速化工事では、大住駅・京田辺駅の構内改良、JR三山木駅付近の線路移設および高架化が行われ、列車の増発と京田辺駅までの7両編成での運行が可能になった。
さらに京田辺駅 - 木津駅間の輸送改善工事で、同志社前駅 - 木津駅間でホーム延伸工事が行われ、2010年3月13日以降、全線で7両編成での運行となり、京田辺駅での増解結作業を解消している。
奈良線同様に利用が急増し、1996年に二条駅 - 花園駅間の高架化、2000年に二条駅 - 花園駅間を複線化するなど、線路移設や部分的な複線化によって輸送改善を行ってきたが、2003年からはさらなる輸送力増強のため、京都駅 - 園部駅間の全線複線化工事および嵯峨嵐山駅・亀岡駅の改良工事と、周辺道路の混雑解消と安全確保のため花園駅 - 嵯峨嵐山駅間の高架化工事が行われた。
2008年12月14日のダイヤ改正をもって馬堀駅 - 亀岡駅間が複線化されて以来、工事の進捗に合わせて部分的に複線化されていたが、2010年3月13日のダイヤ改正時点をもって、京都駅構内の一部を除く全線が複線化された。また、国鉄型の113系・115系が運用を離脱し、JR発足後に製造された221系・223系に置き換えられた。
ICOCA(のち、他地域にも拡大。供用状況は当該項目を参照)
昼特きっぷ(2018年9月で発売終了)
Jスルーカード(すでに発売を終了し、自動券売機で乗車券に引き換えることにより使用できる)
関西1デイ納涼パス・秋の関西1デイパス・冬の関西1デイパス・春の関西1デイパス
関西おでかけパス(すでに発売を終了し、一部私鉄も利用可能な関西1デイパスに移行)