ゴールドシチー
そこを勘違いされたんじゃたまらない」と反論しており、「これからは絶対ゴールドシチーの馬主の馬には乗るもんか、とその時は決めたぐらい腹が立った」と述懐している。
ダービーの後は夏を休養に充て、9月に神戸新聞杯で復帰。騎手は本田から猿橋重利に替わった。レースでは終始3番手を保ったものの勝ったマックスビューティと逃げたヒデリュウオーを捕らえ切れず3着に終わった。続く京都新聞杯(菊花賞トライアル)ではスタート直後に外へ斜行してミリオンキャスパーを転倒させ、勝ったレオテンザンから2馬身半差で3位入線したものの失格処分となった。同時に猿橋には開催6日間の騎乗停止処分が下され、菊花賞で騎乗することができなくなった。菊花賞では新たな騎手として関西のトップジョッキーである河内洋を迎え、当日はメリーナイスに次ぐ2番人気に支持された。レースでは道中5番手から6番手の好位に付けて最後の直線に向いたが、皐月賞以来の出走だったサクラスターオーが先に抜け出し、ゴールドシチーはこれに半馬身及ばず2着となった。
12月には鳴尾記念に出走。重賞ではじめて1番人気に支持されたが、6着と敗れる。この競走の勝利馬はクラシック三冠競走に出走しなかった同期馬タマモクロスであった。
1987年はスプリングステークス(皐月賞トライアル)から始動。この競走にはメリーナイスも出走していたが、1番人気に支持されたのは好素質馬との評があったマティリアルであった。ゴールドシチーはパドックにおいて、ファンの間から失笑が漏れるほど激しく焦れこみ、レースでは道中で最後方の位置から全馬を抜き去って勝利したマティリアルから0.6秒差の6着となった。
4月19日に迎えた皐月賞は、20頭の出走馬のうち関西馬はゴールドシチーのみという、1955年以来の珍しい構成となった。マティリアルが1番人気に支持され、前哨戦の弥生賞を勝ったサクラスターオーが2番人気、ゴールドシチーは11番人気と大きく評価を下げていた。競走4日前に疝痛を起こしており体調は芳しくなく、パドックでも常とは異なり大人しい姿を見せた。レースでは直前にサクラスターオーとマティリアルを見る形で後方2番手を進むと、サクラスターオーの動きに合わせて進出、直線では一気に抜け出した同馬に及ばなかったものの、大外を追い込んで2番手争いを制し、マティリアルをアタマ差抑えての2着となった。本田は「終いに見せてくれた脚は、ほれぼれするような鋭い脚だった。これで体調が万全だったら、もっと際どい勝負になっていましたよ」と語った。