クリプト藻
クリプト藻の鞭毛は不等長〜亜等長で、種によって異なる。修飾としては鞭毛小毛や鱗片などが知られている。鱗片を持つ場合、この鱗片はロゼット状の特徴的な形態を示す。鞭毛小毛は鞭毛の軸に対して左右対称に生えているもの(両羽型)や片方にのみ生えているもの(片羽型)があり、2本の鞭毛における両羽/片羽の組み合わせも様々である。小毛は不等毛藻のそれとは異なり、軸部と先端毛から成る2部構成である(不等毛藻では基部を加えた3部構成)。クリプト藻の鞭毛小毛も不等毛藻と同様に推進力逆転の効果があると言われるが、前述のように片羽型の鞭毛や組み合わせの問題もあり、力学的な裏付けは取られていない。
Class Cryptophyceae クリプト藻綱 Family Cryptomonadaceae クリプトモナス科 Cryptomonas、Chroomonas、Rhodomonas、Plagioselmis、Chilomonas タイプ属であるCryptomonas 属を含む。Chilomonas 属では葉緑体が二次的に失われている。 Family Cryptochrysidaceae クリプトクリシス科 Cryptochrysis Family Goniomonadaceae ゴニオモナス科 Goniomonas、Cyathomonas(Goniomonas 属へ統合) 無色クリプト藻。Chilomonas とは異なり、葉緑体を獲得する以前に分岐したグループである。 Family Hemiselmidaceae ヘミセルミス科 Hemiselmis Family Katablepharidaceae カタブレファリス科 Katablepharis、Leucocryptos 無色クリプト藻。二本の鞭毛はそれぞれ遊泳鞭毛と曳航鞭毛(recurrent flagellum)として区別される。この科に関しては、カタブレファリス植物門(Division Katablepharidophyta)或いは同動物門(Phylum Kathablepharida)として独立させる意見もある。