水谷新六
また島内に自生している木の実を煮てみたがいくら煮ても柔らかくならず、無理して食べてみたところやはり嘔吐した。やがて体力が衰えて魚を獲ることもままならなくなったが、鳥たちは驚くと飲み込んでいた魚を吐き出す性質があることを知って、帰巣する鳥を驚かせて何とか魚を手に入れた。
そのうちに島のサンゴ礁付近に4,5艘の小舟を見かけたため、必死になって火を焚いて救助を求めたものの舟は立ち去ってしまった。島に取り残されて21日目の6月11日、西方から汽船がやって来るのが見えた。やはり必死になって火を焚いて救助を求めると、汽船はだんだん島に近づいてきた。近づいてみると日章旗を掲げていたため救助船であることがわかり、水谷らは伝馬船に乗り込んで汽船に漕ぎつけようとした。しかし衰弱していた水谷らではなかなか汽船までたどりつけない。すると汽船側からもボートが下ろされて水谷らを救助した。汽船は水谷らの遭難の知らせを知った台湾総督府の要請を受け、救助に向かった大阪商船の福州丸であった。もう少し救助が遅れたら9名のうちの多くが死亡したと考えられる。
水谷は香港経由で台湾へ戻り、台湾総督府から遭難についての事情聴取を受けた。結局、水谷と西村は資金難のため東沙諸島の開発を断念して、開発事業全般を西沢吉治に譲渡することになった。
5月21日、無事に東沙諸島に到着し、まず先遣隊として水谷ら3名が上陸し、6名は伝馬船を使ってジャンク船をサンゴ礁内に引き入れる作業を行った。しかし天候の急変と早い潮流のために引き入れ作業が出来なくなってしまった。取り残されることを恐れた水谷らは、慌てて曳航してもらった商船に助けを求めたものの、既に島から遠ざかっており助けは来なかった。翌朝になってジャンク船を探したもののその姿は見えず、水谷らは9名は東沙諸島に取り残された。
1901年の時と同様に、東沙諸島には中国人が滞在していた。タイマイの捕獲が目的で約1~2か月間滞在する予定とのことで、所持している食料も少なく、食べ物を分けてもらうことは無理であった。そこでやむなくカツオドリを捕まえて食べてみたが下痢を起こした。そこで魚を獲り、カツオドリの雛を食料とした。地面を約2メートルほど掘ると、塩気が強いもののなんとか飲用となる水は確保できた。しかし水谷らは野菜類を食べないため次第に栄養失調となっていった。そこでアダンの根を採取して、煮た後に試食してみたところ、激しい嘔吐に見舞われて体力低下に拍車をかける結果となった。
南鳥島に注目していたのは日本人ばかりではなかった。アメリカ人ローズヒルは1889年に南鳥島に上陸していたといい、1902年7月、南鳥島でグアノ採掘を行うためにハワイを出港した。新聞報道でそのことを知った日本政府は、当時日本海軍で最も高速であった艦船、笠置を急派する。
笠置はローズヒルに先立って南鳥島に到着し、外務省の石井菊次郎書記官と警備隊を駐留させて帰還した。その後間もなくローズヒルが来島するものの、島には警備隊が駐留しており、しかも石井から日本政府からの南鳥島領有主張の書簡と、在日アメリカ公使からの紛争回避を求める書簡を渡されたため、目的を達することなく8月初めには退去した。
その後、8月22日に南鳥島の警備隊等を撤収させるために海軍艦艇高千穂が派遣された。高千穂には当時、農商務省肥料鉱物調査所所長として日本全国でリン資源を探査していた恒藤規隆からの要請によって、恒藤の部下である技師が同乗していた。技師は南鳥島で土砂を採集して持ち帰り、分析したところリン酸の含有量が30パーセントを超える優良なグアノであることが判明した。
なお、南鳥島事件後、それまで水谷村と呼ばれていた島内の集落名は外務省の石井書記官にちなんだ石井村と改名され、また島内の地名も派遣された海軍艦艇にちなんだものへと変更されて、水谷による開拓にちなんだ命名は全て取り消された。