共同利用・共同研究拠点
北海道大学 遺伝子病制御研究所 人獣共通感染症国際共同研究所 スラブ・ユーラシア研究センター 低温科学研究所
帯広畜産大学 原虫病研究センター
東北大学 加齢医学研究所 金属材料研究所 ☆ 電気通信研究所 電子光理学研究センター 流体科学研究所
筑波大学 計算科学研究センター つくば機能植物イノベーション研究センター ヒューマン・ハイ・パフォーマンス先端研究センター
群馬大学 生体調節研究所
千葉大学 環境リモートセンシング研究センター 真菌医学研究センター
東京大学 医科学研究所 ☆ 宇宙線研究所 ☆ 空間情報科学研究センター 地震研究所 史料編纂所 素粒子物理国際研究センター 大気海洋研究所 物性研究所
東京医科歯科大学 難治疾患研究所
東京外国語大学 アジア・アフリカ言語文化研究所
東京工業大学 フロンティア材料研究所
一橋大学 経済研究所
新潟大学 脳研究所
金沢大学 がん進展制御研究所 環日本海域環境研究センター
名古屋大学 宇宙地球環境研究所 低温プラズマ科学研究センター 未来材料・システム研究所
学際大規模情報基盤共同利用・共同研究拠点 東京大学情報基盤センター ○ 北海道大学情報基盤センター 東北大学サイバーサイエンスセンター 東京工業大学学術国際情報センター 名古屋大学情報基盤センター 京都大学学術情報メディアセンター 大阪大学サイバーメディアセンター 九州大学情報基盤研究開発センター
物質・デバイス領域共同研究拠点 北海道大学電子科学研究所 東北大学多元物質科学研究所 東京工業大学化学生命科学研究所 大阪大学産業科学研究所 ○ 九州大学先導物質化学研究所
生体医歯工学共同研究拠点 東京医科歯科大学生体材料工学研究所 ○ 東京工業大学未来産業技術研究所 静岡大学電子工学研究所 広島大学ナノデバイス・バイオ融合科学研究所
放射線災害・医科学研究拠点 広島大学原爆放射線医科学研究所 ○ 長崎大学原爆後障害医療研究所 福島県立医科大学ふくしま国際医療科学研究センター
放射能環境動態・影響評価ネットワーク共同研究拠点 弘前大学被ばく医療総合研究所 福島大学環境放射能研究所 筑波大学アイソトープ環境動態研究センター ○ 日本原子力研究開発機構廃炉環境国際共同研究センター 国立環境研究所福島地域協働研究拠点 環境科学技術研究所
触媒科学計測共同研究拠点 北海道大学触媒科学研究所 ○ 大阪公立大学人工光合成研究センター 産業技術総合研究所触媒化学融合研究センター
糖鎖生命科学連携ネットワーク型拠点 名古屋大学・岐阜大学(共同設置)糖鎖生命コア研究所 ○ 創価大学糖鎖生命システム融合研究所 自然科学研究機構生命創成探究センター