新発田藩
2月15日、北陸道先鋒総督兼鎮撫使の高倉永祜、同副総督兼鎮撫使の四条隆平から勅書が届く。この勅書は藩から藩へとリレーされてきたもので、新発田は村松藩から受け取り、三日市藩へ渡すものであった。各々の藩の考えを伺いたいという趣旨で、副書に、積雪で遅れるので先に書面で通知した、承知したなら請書(うけしょ)を出すように、とあった。翌16日、勅書を三日市に送り、溝口半兵衛は御用人宮北郷左衛門とともに北陸道を南下した。請書の文言は「恐れながらなお以て忠誠に励み、王事に勤労奉るの外、他念ござなく候」というものであった。四条隆平の『北征記事』によると、3月9日に高岡で請書を渡したようである。越後各藩では一番早く、次いで糸魚川12日、高田14日、長岡、三根山16日だった。新発田は京都にいる窪田平兵衛を通じて鎮撫使の状況を知らされていたので素早い対応ができた。対照的に長岡藩は、河井継之助が不在であり、京都筋の情報も持っていなかったことから、寝耳に水で薩長勢が来ると思い込んで大騒ぎしたという。
西軍が阿賀野川を渡河すると、米沢兵は新発田兵と西軍に挟み撃ちされる危険を感じて、信濃川対岸の新潟町まで退却した。26日夜には芸州藩の砲兵隊も合流した。堀主計、吉田斧太夫と西軍諸藩で軍議が行なわれた。西軍は東軍兵力を2500人程度と見て早期進撃に消極的な論が出たが、『新潟市史』によると、米沢300人、会津50人、その他50人程度というのが実態だったようである。信濃川を挟んでの打ち合いが26日夜から27,28日と続いた。大砲は薩長の部隊は新発田城へ向かったので、26日夜は新発田の大砲のみ、翌日から新発田と芸州の砲兵が受け持った。撃ち合いの間に西軍は、最初の渡河の地点を上流4,5キロの所に定めた。寺山新田の庄屋九左衛門、天神尾新田庄屋雄吾、藤四郎、甚助らが渡河用の船30隻を集めてきた。29日未明、庄屋九左衛門は長州藩士奥平謙輔を案内し、対岸の隠密偵察をした。2人の偵察によれば対岸の東軍は意外に手薄であることが分かり、午前4時、渡河を始めた。新発田兵は丹羽済五郎ら数名が案内役をした以外は、沼垂での援護射撃を命ぜられた。東軍は退却し、米沢藩総督色部長門は自害した。色部の首は関屋の斎藤家が西軍から守りぬき、11月に色部家へ返された。