特殊救難隊
組織上は第三管区海上保安本部に属してはいるが、出動管区に限定は無く、通常の各巡視船艇の装備・人員では対応が難しい特殊な海難(船舶火災、毒物劇物の流出、転覆・沈没船からの救助)が発生した場合、各管区海上保安本部からの出場要請に基づいて航空機・ヘリコプターなどを乗り継いで現場海域へ急行する。船舶火災の消火、危険物が流出している現場での救難、水深60メートルまでの要救助者捜索及び救助、ヘリコプターから降下しての人命救助など、高度で専門的な知識や技能を必要とする特殊海難に対応している。
このように広域に出動するため、羽田特殊救難基地と羽田航空基地は、建物は別だが同じ敷地内にあり、海上保安庁で最大のヘリコプターである、エアバス・ヘリコプターズ EC 225「MH691 わかわし1号」「MH692 わかわし2号」の2機やガルフストリーム V「LAJ500 うみわし1号」「LAJ501 うみわし2号」の2機の小型ジェット機等が配備されている。現在では、本部隊と機動救難士とで管轄海域を分担することで、北海道の北側と日本海側の一部を除く日本各地の沿岸に、ヘリコプターでおおむね1時間以内に救難要員を投入できる体制が整備されている。
また、基地の隊員は国内の海難救助以外でも海外で大規模災害が発生した際には、他の管区の機動救難士や潜水士も含めて国際緊急援助隊救助チーム(消防庁、警察庁、海上保安庁ほか)の一員となり、世界中の被災した地域に派遣されることがある。2011年、ニュージーランドで発生したカンタベリー地震の災害に際し、クライストチャーチにも派遣されている。