東海道
計画変更が決まった時には、既に神戸から大阪・京都を経て大津に至る鉄道と、長浜から岐阜・名古屋を経て武豊までの鉄道が開業しており、これと琵琶湖の鉄道連絡船(太湖汽船 大津 - 長浜航路)を用いることによって武豊 - 名古屋 - 京都 - 神戸間の連絡が図られていたため、両京を結ぶ鉄道はこれを最大限に活用して早期に完成させるべきであるとの判断がなされ、これにより現行ルートが定まることになった。
結果、日本初の鉄道路線である新橋 - 横浜間もその東西幹線に組み入れる形となり、1880年代中頃(明治10年代末)より横浜から静岡を経て大府に至る区間と関ヶ原から米原を経て大津に至る区間が建設され、1889年(明治22年)7月に全通、これにより現在の東海道本線の原型が完成した。
また東海道新幹線に関しては、当初は名古屋から京都まで鈴鹿山脈を一直線にトンネルで抜けるルートでの敷設も計画されていたが、トンネルが長大になり建設に時間・費用を要する(1964年東京オリンピック前の開業予定に間に合わなくなる)こと、それに米原が北陸本線(旧:北陸道)との接続点になっていたこともあって、最終的には東海道本線に沿う現行ルートで敷設された。
以上の経緯については、中山道及び鉄道と政治の項目も参照のこと。
なお、行政区画としての東海道に属する旧律令国において、現在の東海道本線が通過せず、かつ東海道本線に直通する列車が存在しないのは、安房国・伊勢国のみである。
近江国へは不破関を通過、さらに北陸道と合流して京都へ向かう経路が、鎌倉街道の本道であると理解されていた。