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服部一三県政下の1899年(明治32年)には、以降60年にわたり県政の中心地を担うこととなる山口半六設計の壮麗なルネッサンス様式の4代目庁舎が旧コルトハウス邸の3代目庁舎隣接地に起工し、1902年(明治35年)に落成して移転した。
山口半六設計の4代目県庁舎は1945年(昭和20年)3月17日の神戸大空襲で外壁のみを残して焼失し、1948年(昭和23年)から1952年(昭和27年)にかけて再建・改修された。しかし、元から広大な県土を有する県の事務は戦後復興の進展と共に増大し、4代目庁舎の向かいに在った県立第一神戸高等女学校(学制改革後、男子校の県立第一神戸中学校と統合・共学化して兵庫県立神戸高等学校となり灘区に移転)の校舎を借り上げた仮庁舎の周辺に11の分庁舎を設置するも、機能分散に伴うサービスの低下が問題となる。そのため、第一神戸高等女学校跡地に5代目となる新庁舎を建設する方針が1960年(昭和35年)に決定され、県庁内の組織として総合庁舎建設工事事務所が設置された。