カギュ派
2人の化身ラマが交代で管長(チェンガ)を務めていたが、現在は第36代管長のディクン・チョン=ツァン・リンポチェが中国支配下のチベットのディグンティ寺に在住し、第37代のディクン・チェ=ツァン・リンポチェがインドに亡命してそこにチャンチュプリン寺を建設し、在住している。日本にも、拠点施設として「京都寶吉祥仏法センター」を持つ。また日本ガルチェン協会が活動している。。
パクモドゥ・カギュ派 (ワイリー方式: phag mo gru bka' brgyud) - ガムポパの弟子ドルジェギェルポに始まる。14〜15世紀頃、中央チベットの支配権を握った(パクモドゥパ政権)。
ドゥクパ・カギュ派 (ワイリー方式: 'brug pa bka' brgyud) - リンレーパ(ドルジェギェルポの弟子)の弟子のツァンパ・ギャレー、イェシェー・ドルジェに始まる。南ドゥク派(ロ・ドゥク派)はブータンの国教。1616年、ドゥク派は第16代教主の座をめぐって内紛を起こし、南ドゥク派と北ドゥク派の2派に分裂した。これは、それまで座主職を相伝してきたギャ氏からガワン・ナムゲルが立ったのに対して、反対派が「15世の化身ラマ」を推戴したことによる。この政争に敗れたガワン・ナムゲルは南方のモン地方に移り、そこにおいて政権を樹立した。これがブータン国家(「ドゥク・ユル」)の起源となる。