クローン・トルーパー
パージ・トルーパー(Purge Trooper)は、帝国軍樹立後に設立された対ジェダイに特化した特殊ユニットであり、帝国最後のクローン・トルーパー部隊。非クローンの人間で構成されるようになった帝国軍において唯一、ジャンゴ・フェットのクローンで構成されたこの特殊部隊は、元ジェダイを中心としたフォース感応者による暗黒面の組織「帝国尋問官(Imperial Inquisitors)」の専属部隊として、オーダー66を生き残ったジェダイの討伐を専門に活動していた。最後に製造された世代のクローンを中心に組織された彼らは、クローン戦争時代と同じく、クローン・アーマーにクローン戦争当時の武器を使用していた。また、対ジェダイ専用にエレクトロスタッフ、エレクトロバトン、エレクトロハンマーを装備し対ライトセイバー戦にも対応できた。また、フォースに対する知識にも富んでいた彼らはフォース・プッシュ等の技にも即時に対応し、対ジェダイ戦で彼らを苦しめた。
パルパティーン最高議長(ダース・シディアス)直属のクローン部隊・ショック・トルーパー(政府関係の護衛や関係施設の警備、首都コルサントの防衛、コルサント市街地のパトロールが主任務であり軍憲兵も兼ねている。また、装甲服には赤い装飾が施されている)の指揮官であり、ARCトルーパーの訓練を受けている。
戦争初期、ジェダイ・マスターのヨーダの交渉任務に護衛として選ばれたサイアは、仲間2人(リス、ジェック)のクローン兵を率いる隊長としてチームを指揮。負傷しても自らおとりを志願したり、自分達の容姿については「代り映えしない同じ顔」と述べるなど、自分たちの価値を低く見ていた。しかし、部下共々戦闘中にヨーダからフォースに基づく訓示を受けたことをきっかけに意識が変わり、戦闘中に窮地に陥ったヨーダを救う。この時、ヨーダからは「何かが変わった」と評されている。
戦争終盤、オーダー66発令後にはパルパティーン皇帝が元老院議事堂でヨーダと戦った後、パルパティーンに命じられ共和国を裏切ったヨーダ捜索任務の指揮を執っていた。
通称『バッド・バッチ(不良分隊)』。意図的な突然変異により生まれた特殊技能を持つ4人のクローンコマンドーで構成されている。後に元・ARCトルーパーも加わり5人編成となるも、クローン戦争終結直後、帝国の樹立と共に、部隊内で帝国に対する意見の相違があり、クロスヘアーが部隊を抜け、残りのメンバーは軍を脱走することになる。その高い戦闘技能は『一個師団と同等の戦力』ともいわれるほどであり、数多くの危険な任務を成功に導いた。特定の上官は存在せず、これまでに指揮官として、クローン・コマンダー・コーディの指揮下で戦ってきた他、クローン・キャプテン・レックスやジェダイ将軍アナキン・スカイウォーカーの指揮下でも活躍した。
ショック・トルーパーの一人で外交任務の警護を担当していた。終戦次点ではクローン・キャプテンに昇格している。
衛星ルゴサにおける交渉任務ではサイアの指揮下に置かれ、分離主義勢力の襲撃の中でマスター・ヨーダ、サイア、リースと共に死線を潜り抜ける。元々好戦的であり、エリートとはいえ護衛や警備任務ばかりの憲兵部門より前線で戦いたいと願っていたジェックは、外交任務に重火器を持ち込み火力こそが全てと信じていた。しかし、ヨーダとの任務の中で「武器ではなく自分の強い心で勝つことを学ぶ必要がある」と教えられる。この任務でヨーダはジェックが将来的に何らかの理由で戦死するフォース・ヴィジョンを見るも、フォースの意思を信じ彼に話さなかった。
ルゴサでの任務後、ジェックはコルサント・ガードからの転属願いを出し、第41精鋭兵団にてコマンダー・グリー率いるスカウト部隊に移動となる。ヨーダのアドバイスに従い、惑星種族との交渉や交流、共同任務を主とするこの部隊に所属することになったジェックは終戦までにクローン・キャプテンにまで昇格する。キャッシークの戦いでは司令部でヨーダに再会し、彼の補佐官を務めた。しかし、オーダー66が発動されると、彼は躊躇なくヨーダを射殺しようとする。だが、フォースでそれを予知したヨーダはコマンダー・グリー共々、ジェックの頚を躊躇なく跳ねて殺害した。これにより、ヨーダはかつての予言を自身で現実のものとすることになった。
ランパート中将の指揮下のもとで行われたカミーノの惨劇は銀河全体に「カミーノの悲劇」として伝わるが、その内容は災害によるものとして伝えられた。また、帝国軍に連行されたカミーノ・アンたちは表向きには全員が死亡したことになっている。
この惨劇の事実を表に出さないために、ランパートは作戦に関わった全クローン・トルーパーの配置転換を行った。しかし、ランパートのこの行動が作戦に参加したクローン大隊の兵士たちに帝国への不信感を抱かせることになる。作戦に参加したクローンたちはその真実を告発しようとするが、多くは行方不明となるか死体で発見されることになる。また、ランパートは認識番号の無いクローンの暗殺者を暗躍させ、自身に不利な証言をしようとしたクローンたちを暗殺していく。しかし、クローン軍全体にカミーノの真実はすでに知れ渡っており、クローンの多くから帝国への不信感が漏れ始めることになる。
一方、帝国元老院ではカミーノの崩壊により、これまで棚上げにされ続けていた「徴兵法案」についての議論が本格的に行われることになる。ベイル・オーガナ議員をはじめとする、後の反乱同盟軍創設に関わる議員たちは戦争が終わったにもかかわらず軍拡を推し進める帝国軍のやり方に異を唱えるも、ランパートや銀行グループなどの徴兵推進派はクローンの生産が困難になった銀河において、今なお残る反乱分子の掃討と治安維持のために徴兵は必要だとし、多くの議員がその意見に賛同した。
第501大隊所属のクローン・トルーパー。命令のために生き、そのためならどのような犠牲もいとわない考えを持っていたドグマは、周囲から典型的かつ模範的なクローンとして評価されていた。レックスはこの頑固なトルーパーの忠誠心を疑うことはなかったが、一方で多くの犠牲が出るであろう間違った命令でも疑問の余地を挟まず従うこの頑固な性格は、同部隊のトルーパーたちから疎まれることもあった。
アンバラの戦いにおいて、代役の指揮官を務めていたジェダイ・マスター・クレルの発する、クローンに多大な負担と危険を強いる指揮について、多くのクローンが疑問を唱える中、ドグマはこのジェダイ将軍に対し一切の疑問を持たず命令に従い、クレルの戦術こそが最も迅速かつ効果的なものであると信じていた。そのため、彼に反発するクローンたちへ苛立ちを覚え、兄弟たちへの処刑命令に対しても疑う余地なく実行しようとしていた。
クローン・トルーパーではないが、彼らと同じジャンゴ・フェットのクローンである。個体名は『アルファ』。クローン・トルーパーと異なり、成長促進などの遺伝調整は一切行われておらず、ジャンゴの「息子」として様々な戦闘技術を伝授された。「父親」ジャンゴの死後、父を殺したジェダイ・マスター、メイス・ウィンドゥへの復讐を誓い、訓練段階のクローンに潜入し訓練を積む。そして復讐の機会が訪れるも失敗し、一時は刑務所に収監されていた。その後、脱走に成功し子供の身ながら賞金稼ぎとして独立。やがて生前のジャンゴにも匹敵する、銀河系有数の賞金稼ぎとなる。父と同じ顔をしているクローンたちには複雑な感情を持っており、ある事件でクローン・トルーパーと戦闘になったとき、ボバは最後までクローンを殺すことができなかった。また、彼にはクローンの兄弟となる妹『オメガ』が存在する。
クローン軍解体後に帝国に従事したクローンは数少なく、銀河内乱の時代にはクローンは全員退役して軍内でその姿を見かけることはないと言われるような存在となっていた。しかし、銀河内乱の時代にも帝国軍に残っていたクローンも僅かに確認されている。
銀河共和国から最新鋭の兵器・艦船・戦闘機・装備を与えられ、ジェダイ将軍の率いるクローン・トルーパーはクローン大戦中、銀河系の各地で行われた数多くの戦いで、煩雑な指令系統を持つ共和国軍を勝利に導き、銀河史上屈指の軍隊と内外に広く認識された。しかしそれと同時に、銀河史上稀に見る戦いの傷跡を銀河系の各地に残した。