選考採用
2006年8月28日の市議会審査会で桝本市長は適格性が不十分な甘い採用があったことを認めた。
また8月31日には「信頼回復と再生のための改革大綱」や市長給与50%カット、6ヶ月など77人の処分が発表された。
同年10月2日に行われた不祥事調査特別委員会では2001年12月に市の幹部職員と部落解放同盟幹部との間で同年11月に市議会で採択された「同和問題に関する決議」や市が定めた同和選考採用枠計画さえ圧力によって覆されたことが明らかになった。
2006年10月に職員の分限免職基準を見直し「病気休職と復職を繰り返す職員」や「過去十年以内に懲戒処分を受けた職員が再び非行を繰り返した場合」などといった基準を明確にした。
京都市交通局も上記のように2001年度まで同和枠採用のみが設けられていた部署であり、1998年時点で1,795名が選考採用採用者で多数を占めていた。2007年には、京都市交通局の市営バスにおける幽霊バスについても、運行路線は乗客が少ないうえに担当運転手は勤務時間も短いため、労働組合の幹部が組合運動をするために運行されている“ヤミ専従”ではないかと指摘報道がされた。その後に当時の桝本頼兼京都市市長も「幽霊バス」は労働組合幹部がヤミ専従を合法的に行わうためだったものとし、市職員労働組合と交通局の不適切な関係問題も認めた。