ぷよぷよBOX
なお、相手フィールドに効果を及ぼす特技の場合は相手が組ぷよを設置した直後に発動するが、予告ぷよや日輪相殺の太陽ぷよがあった場合はそれに割り込む形で特技の発動のみが行われ、そのターンには相手のおじゃまぷよが降らなくなる(相手の組ぷよ設置 →特技効果発動→組ぷよ(→日輪相殺で太陽ぷよ落下→組ぷよ)→おじゃまぷよ落下、のようになる)。GBC版では「フリーズ」などフィールドのみに効果が及ぶ特技の場合はおじゃまぷよ落下と同時に発動していたが、本作では全て割り込みで単体発動するように変更されている。また、特技によって発動した連鎖は攻撃力が弱く調整されている。
本作に用意されている27種類の特技は、従来のDC版(N64版・PS版含む)やGBC版とは異なる内容となっており、特技の内容や名称自体は主にGBC版のものがベースだが、他機種版の要素も混ぜたものとなっており、本作独自のラインナップとなっている。また、GBC版で同名の特技がある場合も効果が若干異なり、本作での変化系の特技はぷよの無い空間には一切効果を及ぼさず、特技の効果の及ぶ「おじゃまぷよ」には固ぷよも含まれるが、太陽ぷよは含まれない。テレポート・トランスファー・ネオトランスファーといった転送系の特技については、相手がこれらの特技を使ってきた際、降らされた色ぷよは同色4個以上並んでもそのターンでは消えず、1回組ぷよを設置して初めて連結して消える(既にあった色ぷよと合わせて同色4個以上並んだ場合も同様)。