高崎車両センター
また、2009年3月14日改正で信越本線(高崎 - 横川間)での運用を終了したが、のちに再開している。
E233系の投入により、2012年9月より順次長野総合車両センターへの配給輸送が行われた。また、配給輸送された各編成は長野総合車両センターにて組み換えが行われ、運行開始までは各地に疎開留置された。グリーン車を含む付随車は廃車が進むとともに、2013年度より制御車・電動車は長野総合車両センターへの転出が進められた。
2013年3月15日をもって宇都宮線(大宮 - 小金井間)での運用から撤退するとともに、同線におけるC編成を使用した10両編成、C編成にA編成またはB編成を連結した15両編成の運用が消滅した。
2014年3月14日には、宇都宮線(上野 - 大宮間)・高崎線・上越線(高崎 - 新前橋間)・両毛線(新前橋 - 前橋間)におけるC編成を使用した10両編成、C編成にA編成またはB編成を連結した15両編成の運用も終了した。
2014年3月24日をもって、宇都宮線(宇都宮 - 黒磯間)における付属編成単独の運用を終了したが、2016年3月26日より、両毛線直通列車で運用が再開された。
2016年8月末ごろより2018年3月にかけて、107系、115系の運用を置き換えた。
2019年3月15日をもって、宇都宮線(小山 - 宇都宮間)への直通列車の運用を終了した。
高崎線時代の3000番台
A28編成矢絣柄ラッピング
クモハ211に霜取りパンタグラフが設置されたA31編成
115系(1両)
現在はT1040編成のうちクモハ115-1030のみ車籍を有している。
塗装は「湘南色」。0・300・1000番台が配置されていたが、0・300番台は高崎線での営業運転終了までに廃車となった。残る1000番台は上越線(高崎 - 水上間)、信越本線(高崎 - 横川間)、吾妻線、両毛線の普通列車で運用されていたが、2018年3月に定期運行を終了した。
1970年代までは前橋駅から東京駅経由で現在のJR東海管内富士駅まで直通する普通列車に1往復充てられていた。東海道線 (JR東日本)#国鉄時代・#使用車両、上野東京ライン#計画に至るまでの過程も参照。
107系の代走で宇都宮 - 黒磯間や日光線に入線することもあった。両毛線直通列車として宇都宮線(東北本線)(小山 - 宇都宮間)の運用もあった。
2006年夏には臨時列車ではあるが北越急行ほくほく線でも運行された。
2016年4月1日時点では4両編成も11本在籍していたが、同年9月に4本が、同年10月・同年11月・同年12月に2本ずつ計6本が廃車され、残る1本は付随車1両を廃車して3両編成となった。これにより4両編成の配置は無くなり、3両編成のみとなった。
定期運行終了後の2018年4月1日時点で在籍した3両編成10本のうち、T1040以外の9本は電動空気圧縮機 (CP) の交換、補助電源装置を電動発電機 (MG) から静止形インバータ (SIV) に交換、客室内装の更新などが施工されたリニューアル車であった。
本センターの組織は、新前橋駅隣接の本所と、籠原駅隣接の籠原派出所に分かれている。本所は所属車両の検修基地、籠原派出所は高崎線、宇都宮線、東海道本線や横須賀線に直通する上野東京ライン及び湘南新宿ラインの各中距離電車の電留基地となっている。
なお、それぞれの設備と業務については以下の通りとなる。