クレタ島の歴史
この講和でアレクシオス・カレルギスには地域の教会の管轄権や、カレルギス家及びその配下の人間とヴェネツィア人の通婚など各種の権利が認められ、以降彼はクレタ島の山間地の支配者としてヴェネツィア当局との協力関係を築いた。アレクシオス・カレルギスは「貪欲なカタルーニャ人、傲慢なジェノヴァ人、尊大なバシレイオス(ビザンツ皇帝)」よりもヴェネツィアの支配の方が好ましいと説いて、ヴェネツィアに対する反乱を抑制する姿勢を示した。
アレクシオス・カレルギスの協力によって一時安定したヴェネツィアの支配は、14世紀に入ると現地ギリシア人とヴェネツィア人入植者が協力してヴェネツィア本国に対抗するという新たな局面を迎えた。これは定住して長いクレタ島のヴェネツィア人たちが現地人と交わって「クレタ化」し、本国とは異質な秩序を構築しつつあったことや、特に本国が戦費調達や防波堤建設などのために課した税負担に対する共通の敵意によって結ばれており、1332年から1333年、1341年から1348年の間に激しい反乱が発生した。長期化した1340年代の反乱はペストの蔓延によって沈静化したが、時間と共に現地のヴェネツィア人とギリシア人の垣根は低くなる一方、本国とクレタ島の間の距離は広がった。14世紀後半に入るとこの傾向はより顕在化し、1363年にヴェネツィア本国が新税の導入を布告すると、クレタ島のヴェネツィア人は本国からの分離を宣言しギリシア人と共に反乱を起こした。これはサン・ティートの反乱(英語版)(聖ティトゥスの反乱)と呼ばれる大規模なものになった。1366年にヴェネツィアは反乱を鎮圧したが、クレタ島は荒廃し再植民を含めた復興に追われた。
クレタ島の青銅器時代の文化は伝説の王ミノスにちなみ、ミノア文明またはミノア文化と呼ばれている。この文化はクノッソスに代表される大宮殿遺構によって特徴づけられ、宮殿の登場以前から建設と再建、そして宮殿の破壊と放棄によって前宮殿時代から後宮殿時代までの時代区分が行われている。また、土器の様式の変化を用いた区分も用いられている。これは青銅器時代を初期ミノア・中期ミノア・後期ミノアの3期に分けるもので、それぞれは更に細分されている。この二つの編年大系は現在でも併用されており、両者の対応は表に記した通りである。それぞれの時代の絶対年代をどのように想定するかについては諸説あり、有力な絶対年代の割り当てには、最初期の発掘を主導したイギリス人アーサー・エヴァンズ以来発展してきた低編年と呼ばれる説と、主にサントリーニ島の大噴火時期の研究によって低編年を修正した高編年と呼ばれる説がある。いずれを用いるかについて学者の間で統一した見解は確立されておらず、研究動向は流動的となっている。
1644年、オスマン帝国の宮廷人を載せた船がマルタ騎士団の襲撃を受け、戦利品がクレタ島のハニアで売却された。オスマン帝国のスルタン、イブラーヒームはこの責任をヴェネツィアに問い、翌1645年に350隻の艦隊を派遣してクレタ島を攻撃した(クレタ戦争(英語版)、カンディア戦争とも)。オスマン帝国の攻撃にヴェネツィアは有効に対応できず、開戦から3年余りのうちにクレタ島のほぼ全域がオスマン帝国に制圧され、首都カンディアだけがヴェネツィアに残された。
オスマン帝国はカンディアを包囲したが、ヴェネツィアは東地中海に残されたこの最後かつ最大の重要拠点を守るために多大な努力を払った。その結果包囲は20年以上にもおよぶ、欧州の戦史において特筆すべき長期戦となった。オスマン帝国軍に対するヴェネツィアの戦いは特に海上の戦いにおいて数々の英雄的物語を生み出し、それに感銘を受けたキリスト教国からの支援が贈られ、最終局面ではフランスが援軍を送りさえした。しかし陸上戦闘におけるオスマン帝国の優位は揺るぐことが無く、1667年から繰り返されたオスマン帝国の総攻撃の前にフランス軍は撤退し、ヴェネツィアの司令官フランチェスコ・モロジーニは遂に1669年に継戦を断念し、9月6日、クレタ島の放棄に同意した。クレタ戦争は決定的とは言えない程度ではあるにせよヴェネツィアに大きな財政的・人的負担を強い、その結末はクレタ島を含む東地中海のヴェネツィア体制の終了を公式に告げるものとなった。
ギリシアの独立が達成された際、クレタ島のキリスト教徒たちも統合を希望していたが、列強はクレタ島がオスマン帝国領内に残存することを決定していた(ロンドン議定書)。クレタ島の反乱指導者たちは激しく抗議したが、イギリスを中心としたヨーロッパ列強は「恣意的で抑圧的な行動からの保護」以上のものを提供することを拒否した。実際には、1830年6月24日のフェルマーン(勅書)により、反乱鎮圧の貢献に対する恩賞、そして損失の代償として、クレタ島はエジプト総督ムハンマド・アリーの支配に委ねられた。ムハンマド・アリーは10年にも渡る戦争で荒廃の極致にあったこの島を統治するため、アルバニア人のムスタファ・ナーイリ・パシャ(英語版)をクレタ総督に任じた。ムスタファ・ナーイリ・パシャはムスリムとキリスト教徒を等しく武装解除させ、異教徒に課されていたハラージュの廃止、キリスト教徒に暴虐を働いた「トルコ人」の処罰などを行い、ハニア、カンディア・レスモ(レシムノン)にムスリムとキリスト教徒の名士で構成される郡政会議を設置して島内を安定させることに努めた。また、崩壊していた産業を復興させるため、オリーブや桑などを始めとした農業の勧奨と、種子や家畜の貸付けによる生産の増進、為替の整備、水道や橋梁の整備などの公共事業など、広範な改革が行われた。