マー・ワラー・アンナフル
パミール高原西部のテュルク化はすでに6世紀後半の西突厥の時代から始まっており、8世紀初頭のムグ文書にはテュルクの言葉に由来する定住民の人名や地名が確認できる。カラハン朝の時代からマー・ワラー・アンナフルは天山ウイグル王国が支配する「東トルキスタン」に対する「西トルキスタン」と化し、支配者の言語としてテュルク諸語が浸透していった。イランに移動したオグズの一団がセルジューク朝を建国した後、マー・ワラー・アンナフルはテュルク・イスラム圏の東方地域を形成していた。ティムールが台頭する14世紀までに、この地域のテュルク化はほぼ完了していたとされている。
カラハン朝は13世紀初頭、ホラズム・シャー朝のアラーウッディーン・ムハンマドによって滅ぼされ、サマルカンドは一時ホラズム・シャー朝の首都になった。しかし、程なく1219年、モンゴル高原から勃興したチンギス・カン率いるモンゴル帝国によってマー・ワラー・アンナフル全域は侵攻を受け、サマルカンドやブハラなどの諸都市はモンゴル帝国軍の攻撃によって破壊され、あるいは降伏後に城壁が破却されるなどした。モンゴルの侵入はマー・ワラー・アンナフルの経済に多大な打撃を与え、後述するティムール朝の時代に入ってかつての繁栄を回復する。
1320年頃にチャガタイ・ハン国の当主に即位したケベクは定住民との関係を重視し、マー・ワラー・アンナフルに居住するモンゴル人は都市生活とイスラーム文化に適応していった。都市生活に馴染んだマー・ワラー・アンナフルのモンゴル人と伝統的な遊牧生活を固守するハン国東部のモンゴル人の対立が深まり、1340年代にチャガタイ・ハン国は東西に分裂する。
1358年に西チャガタイ・ハン国の有力者カザガンが暗殺された後、西チャガタイ・ハン国の各地で有力アミール(貴族)が割拠する状態に陥る。モグーリスタン・ハン国(東チャガタイ・ハン国)の君主トゥグルク・ティムールは混乱するマー・ワラー・アンナフルに侵入し、1361年に一時的にチャガタイ・ハン国を再統一する。この過程の中でマー・ワラー・アンナフル内部を根拠地とするチャガタイ家のアミール層の中からバルラス部族のティムールが頭角を現し、モグーリスタンを根拠地とする他のドゥア裔のチャガタイ家の王族たちと支配地域を分けるようになる。