CP/M
80トラックのような他のフォーマットや、ハードセクタ方式のディスクは全く読めなかった。Epson QX-10などが採用した両面ディスクは半分だけデータを読むことができた。Apple IIはAppleのGCRフォーマットだけしか読めず他社のフォーマットを読めなかったため、Appleフォーマット版のCP/Mソフトを入手するか、またはシリアルポートで転送するしかなかった。
CP/M市場によるディスクフォーマットの断片化は、複数のフォーマットに対応したディスクの在庫を抱えたり、複数のフォーマットに対応したディスクコピー装置を購入したりすることをソフトメーカーに強いた一方で、IBM PCはディスクが規格化されて統一されており、1981年以降にCP/Mが急速に市場を失う要因となった。
1985年に発売されたコモドール128は末期に発売されたCP/M機で、6502ベースのCPUを採用しながら、CP/MをサポートするためにZ80も搭載していた。CP/Mを使うには、ソフトセクタ40トラックMFM方式のディスクが読み書きできるディスクドライブの1571(英語版)か1581(英語版)が必須だった。
始めて3.5インチフロッピーを採用したSony SMC-70(英語版)ではCP/M 2.2が動作した。
コモドール128、ラップトップのBondwell-2(英語版)、Micromint/Ciarcia SB-180、MSX、TRS-80 Model 4(英語版) (Montezuma CP/M 2.2が動作)なども3.5インチディスク版のCP/Mが動作した。アムストラッドPCW(英語版)は当初3インチフロッピーでCP/Mが動作し、後に3.5インチフロッピーへ切り替えた。
SCP(Single User Control Program(ドイツ語版))、SCP/M、CP/A、CP/KC、CP/L、CP/KSOB、CP/Z、MICRODOS、BCU880、ZOAZ、OS/M、TOS/M、ZSDOS、M/OS、COS-PSA、 DOS-PSA、CSOC、CSOS、CZ-CPMなど、旧東ヨーロッパには非常に多くの派生版CP/M-80が存在した。またSCP1700、CP/K、K8918-OSなどのCP/M-86の派生版も存在した。旧東ドイツのロボトロンなどが開発していた。
様々なフォーマットがハードの特徴や設計者の一存により選ばれた。CP/Mはディスクの予約領域やディレクトリ領域のサイズを指定でき、CP/Mのアプリケーションから見える論理セクタとディスク上の実際の配置である物理セクタのマッピングなどを指定可能だった。各システムはこれらのパラメーターを用いて様々なカスタマイズを加えることができたが、一度設定を決めた後は、どのような設定のディスクであるのかを調べる標準的な方法がなかった。CP/Mの時代は8インチ、5.25インチ共に様々なフロッピーディスクのフォーマットが存在しており、異なるCP/Mマシンの互換性は採用したディスクドライブのタイプやコントローラーに依存した。ディスクはハードセクタ方式とソフトセクタ方式があり、単密度や倍密度、片面や両面、35トラック、40トラック、77トラック、80トラック、セクタのレイアウト、サイズ、インターリーブなどの様々な違いがあった。異なるマシン用のディスクを読むために変換プログラムを使用できたが、これもまたディスクのタイプやコントローラーに依存した。1982年頃にはソフトセクタ、片面、40トラックの5.25インチディスクがCP/Mソフトの配布用として最も普及したフォーマットとなり、Apple II、TRS-80、Osborne 1、Kaypro II、IBM PCなど当時主流だったマシンのほとんどが採用した。変換プログラムはタイプが近いディスクドライブ用のフォーマットを読むことを可能にした。例えばKaypro IIはTRS-80、Osborne、IBM PC、Epson QX-10(英語版)などのディスクを読めた。
CP/Mは元々Control Program/Monitorの略称で、OSが起動する前の小さな内蔵モニターを意味していた。しかし商品化のため1977年11月に商標登録した際にはControl Program for Microcomputersの略であるとされた。CP/Mの名前は当時流行していたスタイルに従ったもので、例えばキルドールが開発したプログラミング言語はPL/Mであり、プライムコンピュータが開発したプログラミング言語はPL/P (Programming Language for Prime)で、いずれもIBMのPL/Iからインスパイアされた。またIBMにはCP/CMSというオペレーティングシステムがあり、キルドールはNaval Postgraduate School(NPS)で働いている時にこれを使っていた。
CP/Mの名前の変遷は、キルドールと、キルドールの妻であり共同経営者でもあるドロシー・マキュアンが、キルドールの個人的なプロジェクトに過ぎなかったCP/Mと、インテルと契約していたPL/Mをビジネスに変えるための努力の一環だった。IBMとマイクロソフトが後にパソコンの代名詞となったように、デジタルリサーチがマイクロコンピュータの代名詞となることをキルドールは意識していた。
インターギャラクティック・デジタルリサーチは後にデジタルリサーチへと社名変更の登記手続きを行った。