学問の自由
施設などの管理自治においては警察権との関係が特に問題とされる。
現代日本においては大学は治外法権を有するわけではなく、また正規の令状に基づく学内の捜査を大学が拒否することもできない。大学紛争が激しかった1969年には大学の運営に関する臨時措置法が制定されている。
また、大学当局の力では収拾がつかないほどの不法行為が発生した場合、あるいはそれらが発生する差し迫った危険が存在する場合は警察力の出動がありうる。しかし、この場合でも緊急止むを得ない場合と大学の要請のある場合に限定される。
江沢民・前中国共産党中央委員会総書記の訪日の折、早稲田大学での講演会にあたって、大学当局が自ら出席者の名簿を警察に提供していた事実が毎日新聞のスクープで発覚するという早稲田大学江沢民講演会名簿提出事件も起きている。これに対しては、大学の行為を違法とする学生によって訴訟が提起されたが、最終的に学生側勝訴で終わっている。
従来の通説的見解によれば、学問の自由の内容には、学問研究の自由、学問研究結果の発表の自由、大学における教授の自由、大学の自治が挙げられる。
このうち学問研究の自由は日本国憲法第19条の思想・良心の自由、学問研究結果の発表の自由は日本国憲法第21条の表現の自由にも含まれる。また、教授の自由については後述のように大学における教授の自由なのか高等学校以下の初等中等教育機関における教育の自由をも含むのかで論点となっている。大学の自治については学問の自由そのものを保障するため客観的に設けられる制度的保障であるとする制度的保障論が有力である。