プログラム・フォー・アクション
プログラムの一環として、スタテンアイランド鉄道は全面的に改修工事を受け、第1段階と第2段階で新車両を導入する計画になっていた。
48丁目・3番街に新しい「メトロポリタン・トランスポーテーション・センター」が建設され、ロングアイランド鉄道の新線のターミナルとなって、そこから63丁目トンネルの2層構造のうち下層へと線路が通じることになっていた。また提案されていた、ジャマイカ経由でJFK空港への新しい高速支線向けのターミナルも備えることになっていた。ターミナルは47丁目から50丁目にかけて広がり、またこの路線のトンネルは63丁目から42丁目に渡って掘られる。47丁目から42丁目までの区間は、オフピーク時の車両留置用に用いられる。グランド・セントラル-42丁目駅への乗り換えが可能となる予定で、またグランド・セントラル駅へは新たに北端側のアクセスポイントを通じて連絡できる予定であった。建設費用は、トランスポーテーション・センターの上にオフィススペースを設けることで相殺されることになっていた。島式ホーム4面と8線が2層構造に分けて設けられ(これはのちにイースト・サイド・アクセスプロジェクトとなる)、その上に改札階が設けられる。
このほかF系統の列車は平日には169丁目駅を通過する。
M系統の列車はバワリー駅に日中のみ停車する。
何本かのバスの系統が改称された。特にブルックリンを示すBの記号を付けていながら、主にクイーンズで運行されていた系統について改称された。
対照的に、63丁目線開通時にはわずかな系統変更のみであった。B系統とQ系統、それにJFKエクスプレスがマンハッタンの57丁目/6番街駅からクイーンズの21丁目-クイーンズブリッジ駅へと延長された。しかしJFKエクスプレスは6か月たたない1990年中に廃止された。2001年に63丁目線連絡線が開通した際には地下鉄網全体でさらに大規模な系統変更となり、B系統やQ系統が63丁目トンネルを通らなくなり、F系統の急行がクイーンズ・ブールバード線から63丁目線へ運行されるようになり、平日はG系統がコート・スクエア駅へ行かなくなり、かつてF、G系統が運行していたクイーンズ・ブールバード線の区間をカバーするためにV系統が設定された。しかし、それも2010年に廃止され、ブロードウェイ-ラファイエット・ストリート駅から2番街駅までの区間を除く全区間はM系統に代替された。
MTAはこの路線の放棄も検討したが、トンネルが検査されて健全であると診断されたことから、MTAはクイーンズのロングアイランドシティに、21丁目-クイーンズブリッジ駅を追加することを決定した。しかし、63丁目線の東部クイーンズへの延伸はもはや計画されていなかった。ただし、21丁目-クイーンズブリッジ駅を過ぎたところのトンネル終端部に、将来的な急行バイパス線に向けた準備工事が実施された。
1984年の提案に基づいて実行に移されたものはなかった。63丁目線は10年以上の遅れを経て、1989年に開通したが、終点は21丁目-クイーンズブリッジ駅であり、かつては壮大な計画の路線は「どこにもつながらない役に立たない地下鉄」となった。1990年に、クイーンズ・ブールバード線接続の修正案が選択され、クイーンズ・ブールバード線の緩行線と急行線の双方の線路につなげられることになった。2001年に、29丁目にある63丁目線のクイーンズの終端部からクイーンズ・ブールバード線の36丁目駅への接続が完成し、クイーンズ・ブールバード線の緩行および急行列車の双方が63丁目線へと走れるようになった。この接続工事には6億4500万ドルがかかり、大きな系統変更が行われた。1985年の接続案では、B系統、N系統(1987年までクイーンズ・ブールバード線を運行)、Q系統(当時はQB系統と呼称)、そしてK系統の復活が63丁目線経由でクイーンズ・ブールバード線またはバイパス線へと延伸されることになっており、一方F系統は53丁目経由のままとされることになっていた。連絡線工事の一環として、将来的なバイパス線や乗換駅の建設といった工事を容易にするために、新たな準備工事が実施された。
一方、イースト・ニューヨークのIRTニューロッツ線は、南へリヴォニア車両基地を通ってフラットランズ・アベニューへと延伸する計画で、この路線は地上を走る予定であった。
同じくブルックリンにおいて、BMTカナーシー線はスターレット・シティ(英語版)からの地下鉄を利用可能とする、スプリング・クリークへの東側の支線を建設する計画であった。本線もまた南側の終点であるカナーシー-ロッカウェイ・パークウェイ駅から、IRTのフラットブッシュ・アベニュー-ブルックリン・カレッジ駅そばにあるミッドウッドおよびフラットランズに新しい終点駅を設けて延伸する。このルート変更では、ニューロッツ・アベニュー駅とカナーシー-ロッカウェイ・パークウェイ駅の間の既存線路は利用しない予定であった。さらに後の計画では、この路線をINDカルバー線のアベニューI駅近くのマクドナルド・アベニューまで西に、あるいは可能ならばニュー・ユトレヒト・アベニュー/62丁目駅付近のユトレヒト・アベニューまで延長して、ブルックリン中央部を貫通する横断路線を形成する計画もあった。また、ブロードウェイ・ジャンクション駅より南でカナーシー線の線路を現在より西側に、現在は貨物列車だけが走っているロングアイランド鉄道ベイ・リッジ支線に並行して、あるいはロングアイランド鉄道とリンデン・ブールバードの間に建設が計画されていたクイーンズ・インターボロ高速道路とクロス・ブルックリン高速道路の中央分離帯に移設しようという提案もされていた。