吉野
平安時代に入ると天皇の吉野への行幸は途絶えたが、879年(元慶3年)に清和上皇が名山仏龍巡礼で龍門寺を、宇多上皇が山寺巡礼で898年(昌泰元年)に龍門寺を、900年(昌泰3年)に金峯山寺を訪れている。
また役小角が開いた修験道は、一時途絶えていたが、平安時代前期、弘法大師空海の孫弟子にあたる真言宗の僧・聖宝(天長9年(832年) - 延喜9年(909年))が、大峯山で修行を行い同地の修験道を再興している。聖宝は、吉野川の六田に渡しを作り、参詣路を整備し、お堂を建て、如意輪観音、多聞天、金剛蔵王菩薩を安置したという。この頃から金峯山は山岳信仰に密教、末法思想、浄土信仰などが融合して、多くの人々の信仰を集めることとなった。
この大峯山は、中国の後周時代(951年- 960年)に書かれた『義楚六帖』にも登場し、女人禁制などの記述がある。
その後、1007年(寛弘4年)8月に藤原道長の一行が金峯山に参詣して以来、皇族・貴族層の金峯山への参詣が盛んに行われるようになる。世に言う「御嶽詣(みたけもうで)」と呼ばれるもので、前行として五十日または百日に及ぶ「御嶽精進(みたけそうじ)」を行ってから金峯山(=御獄)に参詣する習わしである。以下に金峯山寺または金峯山に参詣した人物を列記する。
藤原斉信(1015年(長和4年))
藤原頼通(1049年(永承4年))
藤原師通(1088年(寛治2年)、1090年(寛治4年))
白河上皇(1092年(寛治6年))