自衛艦隊
※自衛艦隊直下隊群(艦隊・集団などの中間的な上部組織を持たない群)に記載した群のうち、掃海隊群については、艦隊・集団にあって群にはない掌理の規定(施行令第16条の13第3項)があり、かつ、護衛隊群(同令第17条)よりも前の条項に規定されていることから、他の群よりやや格上(艦隊・集団に準ずる位置)にあるものと考えられるが、ここでは羅列の都合上他の群と同列とした。
1961年9月1日、大改編後の編成 自衛艦隊司令部(旗艦:護衛艦「あきづき」) 護衛艦隊 司令部(旗艦:護衛艦「てるづき」) 第1護衛隊群(護衛艦「ゆきかぜ」、第7護衛隊、第8護衛隊、第9護衛隊) 第2護衛隊群(護衛艦「はるかぜ」、第1護衛隊、第5護衛隊、第10護衛隊、第11護衛隊) 第3護衛隊群(護衛艦「しい」、第3護衛隊、第4護衛隊、第6護衛隊) 第2掃海隊群(司令部、護衛艦「きり」、掃海艦「桑栄」、敷設艦「つがる」、敷設挺「えりも」、第32掃海隊、第33掃海隊、第34掃海隊) 航空集団 第1航空群(司令部、第1航空隊、第3航空隊、第1支援整備隊、鹿屋航空基地隊) 第2航空群(司令部、第2航空隊、第13航空隊、第51航空隊、第2支援整備隊、八戸航空基地隊) 第3航空群(司令部、第11航空隊、第12航空隊、第3支援整備隊、徳島航空基地隊) 第21航空群(司令部、第101航空隊、第21支援整備隊、館山航空基地隊) 第1、第2、第3海上訓練指導隊 潜水艦「くろしお」
3月27日:特別警備隊(江田島)を新編。
8月10日:第1輸送隊を廃止。
11月9日:テロ対策特別措置法により補給艦等3隻をインド洋に派遣。
2002年(平成14年)
3月12日:第1輸送隊を新編。
3月22日:開発指導隊群、プログラム業務隊を廃止、開発隊群を新編。護衛艦隊隷下に海上訓練指導隊群を新編。
2004年(平成16年)
10月23日:新潟県中越地震発生により、災害派遣を下令。
11月10日:中国潜水艦の領海内潜没航行事案に際し、防衛庁長官から海上警備行動が発令。
12月26日:スマトラ島沖地震及びインド洋津波被害に際し、艦艇を派遣。
2006年(平成18年)
4月3日:第1輸送隊を護衛艦隊隷下に編成替え。長官直轄の海洋業務群を自衛艦隊隷下に編入。護衛艦隊隷下に第1海上補給隊を新編。
2008年(平成20年)
3月26日:体制移行により、艦艇部隊及び航空部隊を大改編。
2009年(平成21年)
3月14日:海上警備行動に基づき、ソマリア沖・アデン湾へ護衛艦2隻を派遣。
2011年(平成23年)
3月11日:東日本大震災発生により、全所属艦艇に対し災害派遣を下令。
2015年(平成27年)
12月1日:海洋業務群が海洋業務・対潜支援群に改編。
2016年(平成28年)
4月14日:熊本地震発生により、災害派遣を下令。
7月1日:第1輸送隊を掃海隊群隷下に編成替え。
9月12日:伊勢志摩サミット支援の功績により、防衛大臣から第1級賞状が授与された。
2020年(令和2年)
10月1日:自衛艦隊司令部が海上作戦センター新庁舎に移転。情報業務群を艦隊情報群に改編。