プファルツ家
ドイツで発生した宗教改革の波はプファルツにも押し寄せて、フリードリヒ2世はルター派を採用する。フリードリヒ2世の試みは皇帝カール5世によって断念を余儀なくされるが、1556年に選帝侯位についた息子のオットー・ハインリヒは再びルター派を採用する。1559年にオットー・ハインリヒが男子を残すことなく没したことでプファルツ選帝侯家は断絶し、ジンメルン家のフリードリヒ3世が継承したが、それに伴い宗派もルター派からカルヴァン派に鞍替えした。フリードリヒ3世は1563年にハイデルベルク信仰問答を出版するほどの熱心なカルヴァン派であり、その結果、プファルツ家はカルヴァン派の保護者となり、首都ハイデルベルクはカルヴァン派の牙城となった。それのみならず孫のフリードリヒ4世に至っては1608年にプロテスタント同盟を結成してその指導者になるなど、遂には帝国全体のプロテスタント全体を庇護する立場にまで上り詰めた。
そのため息子のフリードリヒ5世はボヘミアの等族(有力貴族)によって1619年に国王に推戴され、これが三十年戦争の始まりとなる。かねてよりプファルツ家がプロテスタントの盟主として帝国内で幅を利かせていたことを苦々しく思っていた、狂信的なカトリック教徒であるハプスブルク家の皇帝フェルディナンド2世はこれを機に、プファルツ家並びにプロテスタントを壊滅させることにした。これに協力したのが、同じくカトリック教徒かつカトリック同盟の盟主でもあるバイエルン家のバイエルン公マクシミリアン1世であり、1620年の白山の戦いでフリードリヒ5世率いるプロテスタント軍を撃破している。
1685年にカール1世ルートヴィヒの息子であるカール2世が嗣子を残すことなく没したことで、ジンメルン家は断絶、同族でツヴァイブリュッケン家の傍系に当たるプファルツ=ノイブルク公フィリップ・ヴィルヘルムが選帝侯位を継承するが、ノイブルク家の祖フィリップ=ルートヴィヒがカトリックに再改宗していたことから、プファルツはカトリック信仰に戻ることとなった。ただし、カール2世の妹であるエリザベート・シャルロットと結婚していたオルレアン公フィリップ1世はフィリップ・ルートヴィヒの継承に異議を唱えて1687年から1697年にかけてプファルツ継承戦争(大同盟戦争)が起きることとなった。
選帝侯位を継承したヨハン・ヴィルヘルム、カール3世フィリップのいずれもが男子を残さなかったことでノイブルク家は1742年に断絶し、サリカ法に則って選帝侯位は同族であるプファルツ=ズルツバッハ公カール4世フィリップ・テオドールが継承することとなった。もっとも、カール3世フィリップは最初の妃であるルドヴィカとの間に娘エリーザベト・アウグステを儲けており、彼女はカール・テオドールの伯父にあたるヨーゼフ・カールに嫁ぎ、2人の娘であるエリーザベトがカール・テオドールに嫁いでいるため、女系を含めれば血縁上の繋がりも近い。
神聖ローマ皇帝ループレヒトの五男オットー1世がモスバッハ公領を継承したことに始まる。オットー1世の息子オットー2世はノイマルクト家断絶を受けてその遺領も継承してプファルツ=モスバッハ=ノイマルクトを形成したが、嗣子残さずして1499年に死去したことで断絶。遺領は選帝侯家のフィリップによって回収された。
庶子には恵まれたものの、嫡子を儲けることが出来なかったので1799年に断絶、選帝侯位は父方の従姉妹であり妃エリーザベト・アウグステの妹でもあるマリア・フランツィカの息子、マクシミリアン4世ヨーゼフが継承した。
プファルツ=ランツベルク家
プファルツ=ツヴァイブリュッケン公ヨハン1世の末子フリードリヒ・カジミール(英語版)の代にはじまる。息子のフリードリヒ・ルートヴィヒは1661年にプファルツ=ツヴァイブリュッケンも継承するが、自らも後継者のないまま1681年に死去、プファルツ=ランツベルク家は断絶した。
プファルツ=クレーブルク家
ヨハン1世の三男ヨハン・カジミールがクレーブルク公領を継承したことに始まる。ヨハン・カジミールはスウェーデン国王カール9世の娘でグスタフ2世アドルフの異母姉であるカタリーナと結婚したことで、2人の長男であるカール10世アドルフは1654年にスウェーデン王位を継承してプファルツ王朝を創始し、その息子であるカール11世はツヴァイブリュッケン公位をも継承し、その娘ウルリカ・エレオノーラが1720年に退位するまで王朝は続いた。 他方、クレーブルク公位はヨハン・カジーミルの次男アドルフ・ヨハン1世が相続してその息子であるグスタフ・ザムエル・レオポルトは1718年に従兄弟のスウェーデン国王カール12世が戦死したことでツヴァイブリュッケン公位も継承するも嗣子を残すことなく1731年に死去したことで断絶した。