山陽電気鉄道5000系電車
1次車からの変更点として、クロスシートの背面を化粧板仕上げへの変更、スカートの形状変更(浜(海)側の96芯ジャンパ連結器部分に切り欠きを設ける)が行われている。また、最初に登場した5500・5501は1次車と同じく妻面の雨樋がステンレス製で、5014 - 5016編成と5502・5503はこれがアルミ製に変更されている。
6両編成での運用が開始されると、5000形 (M'c) および5600形について前面貫通扉に幌枠・前面山側床下に空気管コックがそれぞれ装着され、スカートは切り欠きが山側にも拡大し3次車に似た形態となった。その後2008年に5018編成のスカートの切り欠きが再度拡大され、2011年までに5014編成・5016編成も同様の改造がなされた。
5500だけは窓枠が黒色に塗装されており、側面行先表示器もLED式に改造されている。5501については、一時的に山側の側面行先表示器がLED式に改造されていたが、のちに字幕式に戻されている。なお5501についても2020年よりLED式に改造されている。
ブレーキは山陽初となる電気指令式ブレーキのHRDA-1が採用され、引き通し線は4本の指令信号線と1本の空気配管という構成に変更された。
補助電源については冷房化以降の3000系および3050系の構成を踏襲し、3・4連組成時は5000形 (M'c) および5200形 (M') に120kVA級のGTOサイリスタ素子による富士電機製静止形インバータ(SIV)と蓄電池を、5600形に予備として6kVAのMG-303電動発電機(MG)を搭載し、空気圧縮機は直流電源駆動のHS-20-Fを5000形 (M'c) と5600形 (Tc) に搭載する。
5000系のみで6両編成化された編成については電動車ユニットが編成中に2組存在し、補助電源装置もそれぞれに搭載されていていずれか一方が故障しても運転が続行可能となるため、6両編成化時に5600形の一部は当初搭載していたMGを撤去している。
5030系の5230・5250形を組み込んだ6両編成に使用される5602 - 5605と予備編成の5600については、5230・5250形が補助電源装置を搭載しないため、これらを増結して6両編成化した際にMGを5630形と同じ出力170kVAのIGBT素子の静止形インバータ(富士電機CDA963)へ交換している。
接客設備については、当初、中央扉を境とする集団離反式固定クロスシートが採用された。扉間にはバケットタイプの固定クロスシートを設置するが、車端部にはラッシュ時対策として従来と同様のロングシートを配した。この座席配置は名古屋鉄道(名鉄)の6000系が参考にされた。
クロスシートの最前列の前には座っている乗客と立席客を仕切り、乗降を円滑にするためのスタンションポール代わりのパイプが荷棚付近まで立ち上がっている。この仕切は座席配置を見直し、転換クロスシートに変更された5020編成以降は、パネルクッション付の衝立に変更されている。
化粧板は3066編成以降と同様に大型のFRP樹脂一体成型品を採用する。また、蛍光灯には3000系1次車以来、久々に樹脂製グローブが設置された。
冷房装置は、3050系で採用された集約分散式に代えて全車とも集中式のCU-71Sが搭載されている。
運転台は山陽初のデスク型を採用、マスコン・ブレーキはツーハンドルながら前後操作式に変更された。また、本形式より当時の直通運転先の阪急電鉄と同様に、ボタン式の電気笛が運転台デスクに設置された(空気笛は従来と同様の足踏み式)。