トウヨシノボリ
また、2015年の系統樹を改訂掲載したうえで、トウヨシノボリはその多様さから、いまだ分類学的取り扱いが難しい集団であるとしており、近年では移入による交雑も各地で確認されており、その同定の困難さに拍車がかかっているとも記載されている。また、これまで提唱されたそれぞれの型が、小型で雄の第1背鰭が低い型(小型)と大型で雄の第1背鰭が高くて烏帽子形の型(大型)のどちらに当たるかを明確に示している。
現在、クロダハゼ(Rhinogobius kurodai)、トウカイヨシノボリ(Rhinogobius telma)、シマヒレヨシノボリ(Rhinogobius tyoni)、ビワヨシノボリ(Rhinogobius biwaensis)が独立種として認められている。カズサヨシノボリ(Rhinogobius sp. KZ)、オウミヨシノボリ(Rhinogobius sp. OM)に関しては独立種または亜種として認めるとする見解もあれば、認めないという見解もある。
また、小型で雄の第1背鰭が低い型(略称として小型)と大型で雄の第1背鰭が高くて烏帽子形の型(略称として大型)に対しても、亜種として認める見解もあれば、認めない見解もある。 提唱した「日本魚類館」では、型の意味合いについては言及がなく、後に種・亜種に整理される含みは読み取れない。日本淡水魚類愛護会の「トウヨシノボリの混迷」では、大型は両側回遊性で、小型は内陸性が多いようであることから、サクラマス・ヤマメのように、生態をうけて形態が変化しているだけであるとする見解を示している。