黄檗駅
相対式2面2線のホームを持つ地上駅である。
改札口は上下線で別々に設けられており、改札内でホーム同士を行き来することはできない。どちらのホームも中書島寄りに改札があり、中書島方面行きの改札には駅員が配置され企画乗車券の販売にも対応している(早朝深夜を除く)。定期券売り場は設置されていない。
物販については2006年6月30日に売店の営業を終了し、以降は飲料や新聞の自動販売機のみ営業している。
ホーム有効長は5両。
中書島方面口
宇治方面口
プラットホーム
相対式ホーム2面2線を持つ、交換設備を備えた地上駅である。構内配線が一線スルーになっていないため、快速は減速して通過する。かつては単式1面1線のホームしかなかった(現在の2番のりば)が、奈良線の輸送力増強のために1991年3月16日ダイヤ改正に合わせて相対式のホーム1面1線が新設された(現在の1番のりば)。 上り出発信号機に対しては安全側線があるが、下りは過走余裕距離が長いため設置されていない。日中は上下とも、奈良発着の普通と城陽発着の普通同士が交換する(2016年3月改正)。 宇治駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託している業務委託駅である。