檀王法林寺
まず本堂は面積および高さを拡張し、北西に位置をずらして移築され、屋根も瓦葺となった。その内陣は須弥檀が拡張され、来迎柱を建てると共に極彩色の彫刻が施されている。この改築後の姿が、現在見ることができる本堂である。また庫裏も大規模な増改築がおこなわれて単層切妻造瓦葺となり、本堂の北には主夜神堂が建立された。貞雅は創建依頼の有力檀越である井筒屋河井家の出身であったことから、この大規模修復にも一族の尽力があったのではないかと『檀王法林寺 袋中上人 - 琉球と京都の架け橋 -』では考察している。また、霊元天皇の養母であった東福門院の位牌が祀られるようになり、その菩提所となっている。
明和3年(1766年)には主夜神尊に信仰の厚かった有栖川宮音仁親王の寄進により薬医門(現在の川端門)が建立された。
なお当寺では、江戸時代中期より主夜神尊のお使いであるとする右手を上げた黒猫の招き猫が作られており、信仰されていた。これは日本最古の招き猫であるという。
こうして團王上人以後も発展してきた当寺であったが、安政2年(1855年)住持第19世の貫誉趙雲は相続すべき弟子に恵まれず没し、開山袋中より続いてきた師資相承の伝統は潰えてしまった。おりしも時代は幕末を迎え、当寺もその激流に呑まれていくこととなる。
慶応4年(1868年)に出された神仏判然令は、やがて廃仏毀釈という大きな運動となり各地で寺院・仏像・仏具・経典などの破壊がおこなわれたが、当寺においても住持第21世の笑誉弁順がこの風潮の中で還俗し、百姓となってしまった。
1871年(明治4年)には免税特権の破棄を目的とした社寺上地令が出され、境内・墓地の一部を残し山林となっているような寺地の大半が国有化された。前述したように当寺は檀信徒の寄進により寺地を拡大してきたため、御朱印地のような免税特権のある寺領はなかったが、笑誉弁順の跡を継いだ幽誉玄了は京都府の牧畜勧業政策に乗り、庭園の木石を売却した跡地で豚の飼育事業をおこなって失敗し、決して広くない寺地の一部と袋中時代の梵鐘を売り払う結果となってしまった。幽誉玄了は檀家の指弾を浴び、1873年(明治6年)に逐電してしまった。このため当寺では、幽誉玄了を歴世には数えていない。幽誉玄了の逐電により無住となった当寺は、鎮西派大本山の1つ黒谷金戒光明寺が兼帯することとなった。
明治維新の混乱により寺勢の衰えてしまった当寺を再興するため、1877年(明治10年)飛騨高山の大雄寺より住持第22世として信ヶ原譲誉(譲誉玄亮)が招聘された。譲誉は檀信徒に協力を呼びかけると共に出身の大雄寺の法類にまで助力を願い出て、当寺が抱えていた借財を返済することに成功する。また長年の間に廃れていた儀式の復興に尽力し、1880年(明治13年)に了恵上人の550回忌を厳修して上人の木造を新造すると共に「派祖望西楼」の石碑を建立した。
この悟真寺の故地である洛東三条に袋中良定が新しく草創した浄土寺院が栴檀王院 無上法林寺(せんだんのういん むじょうほうりんじ)である。この寺名は「栴檀香木の法の林に入る者は、悉く芳香に薫じられて道信者となり、菩提の種を成就する」という願いを込め付けられた。
『袋中上人絵詞伝』によれば、袋中は未渡の仏法を求めて明に渡るため慶長8年(1603年)に琉球王国に渡海し滞在していたが、大陸にわたる便船が見つからず、その間琉球で浄土念仏の教化布教を行っていた。琉球国王尚寧王にも帰依された袋中であったが、慶長11年(1606年)に尚寧王より頂いた宝物を持って帰国し、西国を経廻して伏見(現・京都市伏見区)の信者の家に身を寄せた。また、この頃伏見城代の松平定勝に拝謁して浄土宗の安心起行について聞かせたところ、松平定勝は袋中に深く帰依して師檀の契りを約している。慶長16年(1611年)袋中60歳の春、京都三条大橋あたりに住む伏見次郞兵衞が深く帰依し、この地に長く留まって欲しいと自宅裏の藪を拓いて草庵を結び袋中を迎えた。これが当寺の創始である。
この場所は中に小溝の流れがあって道俗を分へだてる清閑な所で、松平定綱より勧められた京都所司代板倉勝重もここを訪れ、袋中の道容に触れて深く渇仰している。