第三十一戦隊
指揮官:第三十一戦隊司令官
軽巡洋艦:北上(人間魚雷回天母艦)
駆逐艦:花月(旗艦)、波風
第41駆逐隊:冬月、宵月、夏月
第43駆逐隊:竹、桐、槇、榧、蔦、雉
第52駆逐隊:杉、樫、楓、梨、萩、樺、(楡)
新編時の第三十一戦隊の基幹となったのは、第三水雷戦隊の残存艦艇であった。編制上の特色は、水上艦艇が水雷戦隊時代から引き継いだ旧式駆逐艦(峯風型・神風型・睦月型)、新造の松型駆逐艦、対潜能力に優れた海防艦の混成であること、対潜航空部隊を編入されていることである。また、旗艦用として軽巡洋艦および秋月型駆逐艦を割り当てられている。
なお、福井静夫(海軍技術将校、艦艇研究家)は、第十三号型駆潜艇5隻(17号、18号、23号、37号、38号)も対潜・対空装備を増強した上で、第三十一戦隊に編入されたと述べているが、『戦史叢書第46巻』に掲載の戦時編制や第31戦隊基幹の部隊についての軍隊区分表(1944年8月20日・10月27日・12月15日・1945年7月15日等)には駆潜艇の記載はなく、大井篤の回想にも駆潜艇が所属していた旨の記述はない。 1944年(昭和19年)9月7日のGF電令作第292号による「敵潜掃蕩部隊」(指揮官:第三十一戦隊司令官)の軍隊区分において、第三南遣艦隊所属の第21駆潜隊が敵潜掃蕩部隊に編入され、第三十一戦隊司令官の指揮下に入っている。 10月4日には十一水戦の駆逐艦「桑」が敵潜掃蕩部隊に編入され、空母「海鷹」と出動予定だった。
1944年末頃には海防艦や航空部隊は編制から除かれ、ほとんど駆逐艦だけの部隊に変わった。