新日本石油
川崎事業所 - 神奈川県川崎市川崎区扇町、旧・三菱石油川崎製油所
新潟事業所 - 新潟市中央区竜が島二丁目、旧・日本石油新潟製油所
下松事業所 - 山口県下松市東海岸通、旧・日本石油精製下松製油所
市川油槽所 - 千葉県市川市本行徳
名古屋油槽所 - 名古屋市港区潮見町
神戸油槽所 - 神戸市須磨区外浜町一丁目
福岡油槽所 - 福岡市中央区荒津一丁目
日本海石油 富山油槽所 - 富山市四方北窪
LNG基地 - 釧路LNG基地・八戸LNG基地・水島LNG基地
1999年(平成11年) 4月1日 - 日本石油と三菱石油が合併し、日石三菱株式会社に商号変更(手続き上の存続会社は日本石油)。新潟製油所を日本石油加工に譲渡。 7月 - 水島製油所を日本石油精製に譲渡。 9月 - 興亜石油株式会社を子会社化。 10月 - コスモ石油と、原油調達・精製・物流・潤滑油の各部門で業務提携。 10月1日 - 川崎製油所が川崎事業所に改称。
2001年(平成13年) 3月31日 - 和歌山石油精製海南製油所での原油処理を停止。 7月1日 - ブランド名を「NiSSEKI」から「ENEOS」に統一。2016年現在、NiSSEKIの名称は一部のENEOSブランドのオートガスステーションに使われ、オレンジと赤でNISSEKI GASとペイントされている。また、希に旧日石やNiSSEKI時代の青やエメラルドのタンカーを目にすることもある。 10月1日 - 石油・天然ガス資源開発部門を日本石油開発に譲渡。
2002年(平成14年) 4月1日 - 新日本石油精製が東北石油・興亜石油を合併。 6月27日 - 新日本石油株式会社に商号変更。
野球日本代表オフィシャルスポンサー
新日本石油ENEOS(都市対抗野球最多優勝回数をもつ社会人野球界の名門チーム)
2010年度のJXホールディングス発足により、同部は「JX-ENEOS野球部」に改称された。
FC東京オフィシャルスポンサー(2001年から2009年までENEOSのロゴをユニフォームの胸に掲示)
ENEOS陸上競技部
モータースポーツ関連事業 パリ・ダカール・ラリー(WRCを含め旧三菱石油時代からチーム三菱ラリーアートをサポートしていたが、2005年から石油系スポンサーはレプソル YPFに変更) ホンダ・レーシング・F1チーム スーパーアグリF1チーム チームルマン(SUPER GT) LEXUS TEAM LeMans ENEOS
NPO法人横浜ベイスターズ・スポーツコミュニティ(横浜ベイスターズと提携して2006年に設立)
NPB12球団ジュニアトーナメント
日本オリンピック委員会オフィシャルスポンサー