ケカビ亜門
上述の3目は、元来は接合菌門接合菌綱ケカビ目に含まれていたものであった。他にトリモチカビ目、キックセラ目、ハエカビ目なども接合菌綱に含めてあった。 それらはいずれも配偶子嚢接合による接合胞子形成を有性生殖として持っているためにまとめられたものだった。しかしながら分岐分類学や分子系統の解析でこれらの単系統性が認められなくなり、接合菌門も接合菌綱も解体された。現時点ではこれらは門を定めないままに亜門以下を決める形を取っている。
ただしこの亜門ではクサレケカビ目を亜門として独立させる説も提唱されている。