メガミマガジン
他社からも萌えアニメ中心のコンセプトを持つ類似誌が増刊やムックとして刊行されたものの、いずれも比較的短命に終わっている。
2005年4月号まではアダルトアニメの紹介コーナーが設けられており、女性キャラクターの乳首が露出した場面が掲載されていたうえ、作品によってはポスターも付けていたほどであるが、それ以降は廃止されている。アダルトゲームの紹介は継続されているが、性的な場面は掲載していない。
2008年9月号で通巻100号を達成。2009年10月に学研グループの組織再編が行われたことに伴い、学研パブリッシングが発行元となる。また、同年で創刊10周年を迎えた。
2015年10月、学研パブリッシングが学研マーケティング他と合併したことに伴い、12月号より学研プラスが発行元となる。
2018年4月、『アニメディア』や『声優アニメディア』に続いて『オトメディア』と共に電子書籍版の販売を開始。
2020年2月1日付で『アニメディア』と共に編集・発行業務が学研プラスからイードに譲渡された。これに伴い、同年4月号(2月29日発売)以降は編集・発行がイード、発売は従来通り学研プラスという体制となっていた。
2022年10月、学研プラスが学研教育みらいを存続会社として合併、12月号よりGakkenが発売元となる。
デジタル・マンガ・パブリッシング社(DMP)より増刊『Megami MAGAZINE DELUXE』を再編集した北米版が刊行されている。対象年齢は16歳以上。