検事総長
他の省庁では、事務次官が政治的任命職を除く職員(いわゆる事務方)のトップであることが多いが、法務省では事務次官は検事長・次長検事・検事総長に至る検察官の出世ルートの一通過点の位置付けとなっており、この序列は、検事総長・次長検事・検事長は認証官であるが法務事務次官は認証官ではないこと、俸給の違い(検事総長は国務大臣と同額、東京高等検察庁検事長は副大臣と同額、次長検事、検事長〈東京高等検察庁検事長を除く〉は大臣政務官と同額であり、いずれも指定職8号俸である法務事務次官より多額である。なお指定職8号俸は検事1号俸と同額である)などからも窺い知れる。
なお、検事総長の直近上位職は法務大臣であり、法務事務次官の直近上位職も法務大臣(及び法務副大臣)である。従って、検事総長、次長検事および検事長は法務事務次官より格上の地位にあるが、検察官たる地位を有する者が法務事務次官となった場合、その在任中は職務上の必要性より検察官の地位を離れるのを通例とし、また各々が担当する職務・役割も異なることから、法務事務次官はその所掌事務について検事総長、次長検事および検事長の指揮、監督、命令を受けることはない。
検察官の事務と個々の事件の取調又は処分については、法務大臣より指揮を受ける(詳細は指揮権 (法務大臣)を参照)。検察庁法第25条により指揮権発動に従わなかった検事総長に対しては職務上義務違反により免職を含めた懲戒処分が下されることになる。