小笠原登
しかし、朝日新聞や毎日新聞は論争そのものを報じず、小笠原が論破されたかのように報じた。2日目、野島泰治は「らいの誤解を解く」という報告で小笠原を攻撃した。学会の座長を務めた村田正太は「らいは伝染病だという通説を否認せられますか」と小笠原に詰め寄った。小笠原が広義の伝染病と狭義の伝染病について説明した後、「伝染病であることは認めます。しかし」と発言すると、村田は「それでよろしい」と議論を打ち切った。この論争は小笠原に「ハンセン病は伝染病と言わせることが目的であり、新聞報道を否定するための演出の場であった。後日、朝日新聞は下を向いた小笠原の写真を掲載し、あたかも小笠原が一方的に論破されたかのように報道した。大阪毎日新聞やレプラも同様の論調であったが、『新愛知』は「ハンセン病は伝染するが恐るべきものではない」と報道した。
後日、らい学会は小笠原の所属先である京都帝国大学に処分を迫ったが、京都帝国大学側は拒否した。
1957年9月、馬場省二の要請で、小笠原は奄美和光園医官として着任した。小笠原を招いた馬場は多摩全生園に異動となったため、星塚敬愛園の大西基四夫が第七代園長になった。和光園における小笠原は特に新しい治療法には関心がなかったようで、漢方の研究をしていた。飄々としていた彼は、和光園の入所者の心の悩みを聞いたり、本土から奄美大島に来島した日本画家の田中一村と交わったりした。1965年6月25日、彼はらい事業功労者として表彰された。