桂川 (淀川水系)
かつて南丹市八木町や亀岡市周辺の水田や支流が生息域でだったが、八木町のアユモドキは1980年まで絶滅、かろうじて亀岡駅-馬堀駅周辺で生息が確認されている。しかし周辺での宅地開発・京都府の京都スタジアムの建設計画、台風18号による大規模な浸水被害、外来魚の侵入など、予断を許さない。
桂川は嵐山より下流・明治以降だけと区切っても、1885年(明治18年)7月の台風・1889年(明治22年)8月の台風・1896年(明治29年)7.8.9月の台風・1907年(明治40年)8月の台風・1917年(大正6年)10月の台風「大正大水害」・1950年(昭和25年)9月のジェーン台風・1953年(昭和28年)9月の台風13号・1967年7月7-12日かけての梅雨、などで桂川堤防の破堤・小畑川などの支流の破堤や桂川からの逆流による水害が多数発生している。このほか1935年(昭和10年)6月の鴨川水害のときにも天神川・御室川が氾濫、水害後河川の付け替え工事が行なわれている。
また2013年9月の台風18号では、湿った北風が桂川の源流の丹波山地にぶつかり大量の豪雨が降り注ぎ、 南丹市園部町横田で園部川が決壊・保津峡でボトルネックになる亀岡駅周辺では浸水して池のようになるなど、亀岡市・南丹市・京丹波町の2市1町で床上浸水131戸、床下浸水400戸を出し亀岡市の浄水場の取水口に濁流が流れ込み一時亀岡市内が断水した。嵐山地区では渡月橋付近からあふれ出し周辺を浸水させ、周辺旅館では宿泊客をボートに載せて避難させ、中ノ島に取り残されていた飲食店従業員12名は消防隊により午前6時半までに助け出された。
『山城国風土記』(逸文)や『日本後紀』によると、京都盆地流入以南の桂川は、古くは「葛野川(かどのがわ、葛野河)」と称されていた。古代は氾濫も多く、5世紀以降に嵯峨や松尾などの桂川流域に入植した秦氏によって治水が図られていた。「秦氏本系帳」によると、秦氏は桂川に「葛野大堰(かどののおおい)」を築いて流域を開発したといい、「大堰川」の川名もこの堰に由来すると推測される。『雑令』集解古記にも「葛野川堰」と見えることから、この大堰は実在したものと考えられている。また下嵯峨から松尾にかけての桂川東岸の罧原堤(ふしはらづつみ)も、その際に築造されたといわれる。これら秦氏による当地方の開発は、流域の古墳の分布から5世紀後半頃と見られ、現在も一帯には秦氏に関連する多くの寺社が残っている。
その後、嵐山周辺および上流域では「大堰川」または「大井川」(大堰と大井は同義)、嵐山下流域以南では「桂川」または「葛河(かつらがわ)」と称されるようになった。『土佐日記』では「桂川」、『日本紀略』では「大堰川」、『徒然草』では「大井川」の記載が見える。うち『徒然草』の第51段では、嵯峨野の亀山殿に大井川から水を引く様子を伝えている。『雍州府志』では、川の西に「桂の里」が有ることから嵯峨より南の下流域を「桂川」と呼ぶようになったとあり、それより上流にあたる嵐山流域を「大井川」としている。
平安京造営の時、現在の右京区京北町の木材を京都に運搬するなど、桂川の流れは丹波と山城、摂津の木材輸送によく用いられた。17世紀に入ると嵐山の豪商であり政商の角倉了以が桂川を開削し、現在の丹波町与木村から下流の淀や大坂まで通じることになったため、船運が発達した。園部・保津・山本・嵐山・梅津・桂津などは湊町として栄えた。