松尾大社
上古には松尾山頂の磐座(御神蹟)で祭祀が行われたといわれるが、『秦氏本系帳』では、大宝元年(701年)に勅命によって秦都理(とり)が現在地に社殿を造営し、松尾山の磐座から神霊を同地へ移したのが創建になるという。また秦忌寸知麻留女(ちまるめ)が斎女として奉仕し、さらに養老2年(718年)に知麻留女の子の秦忌寸都駕布(つがふ)が初めて祝(神職)を務めたといい、以後はその子孫が代々奉斎するとする。
社殿創建以前の祭祀については、未だ明らかではない。前述(祭神節)のように松尾大社に関する古い伝承には、大山咋神が鎮座するという『古事記』の伝承、宗像の中部大神(中津島姫命)が鎮座するという『秦氏本系帳』の伝承、秦氏に加えて賀茂氏も創立に関与したとする『秦氏本系帳』の別伝承の3種類が存在するが、これらの解釈には不明な点が多い。また、大宝元年(701年)に社殿が造営されたとする記事は『伊呂波字類抄』(平安時代末頃)にも確認されるが、『続日本紀』の同年記事に山背国葛野郡の月読神・樺井神・木島神・波都賀志神等の神稲を中臣氏に給すると見えることから、松尾大社の祭祀についても中臣氏の神祇政策が背景にあると指摘される。
なお、社殿を現在地に定めた理由も定かでないが、2014年(平成26年)3月に本殿背後の樹木を伐採した際に巨大な岩肌があらわとなったことから、松尾山頂の磐座での祭祀にならってこの巨岩のそばで祭祀を行うことを志向したとする説が挙げられている。
大社背後の松尾山は、古くから神奈備として信仰された山とされる。その山頂付近は『秦氏本系帳』に祭神が降臨したと見える「松埼日尾/日埼岑」にあたるといわれ、かつては大杉谷に残る「御神蹟(ごしんせき)」と称される巨石を磐座として祭祀が行われたと伝える。