U4 snRNA
U4 snRNAは、タンパク質に結合したsnRNPとして、U6 snRNAとともにdi-snRNPとして、U6 snRNA、U5 snRNAともにtri-snRNPとしてなど、多数の異なる形態で存在することが示されている。こうしたさまざまな形態は、penta-snRNPの活性におけるさまざまな一時的イベントに対応するものである、またはスプライソソームの組み立てと活性の段階的モデルにおける中間体である、といったことが提唱されている。
U4 snRNA(と酵母におけるアナログであると考えらえるsnR14)は、スプライシング反応の特異的触媒活性に直接関与することは示されておらず、U6 snRNAの調節因子として作用することが提唱されている。U4 snRNAは、2つの高度に保存されたステム領域でU6 snRNAと相補的塩基対を形成することにより、組み立て時にスプライソソームの活性を阻害する。この塩基対形成は、U6 snRNAがU2 snRNAとともに触媒活性に必要なコンフォメーションへと組み立てられるのを防ぐことが示唆されている。U4 snRNAが分解されてスプライソソームから除去された場合、スプライシングは効果的に停止される。U4 snRNAとU6 snRNAはin vitroでのスプライシング反応に必要であることが示されている。