グリーン車
JR北海道
「ホームライナー」(キハ261系を使用)に指定席グリーン車を設定している。
JR東海
「ホームライナー大垣」(681系・683系を使用)および「ホームライナー瑞浪」(383系を使用)に指定席グリーン車を連結している。グリーン車を利用する場合は乗車整理券は不要となる。
また、上述の通り東海道本線の熱海駅 - 沼津駅間にはJR東日本から直通する自由席グリーン車が設定されており、JR東日本同様に利用日および発売場所における料金の差異が存在している。ただしJR東海区間ではグリーン車Suicaシステムによる乗車はできない。
JR西日本・JR四国
両社を直通する快速「マリンライナー」の大半の列車に指定席グリーン車を連結している(5000系を使用)。
JR九州
朝に日豊本線の佐伯駅 → 延岡駅間で運転される普通列車(787系を使用)に自由席グリーン車を設定している。また、特急「かささぎ」から種別を変更して運行される博多駅 → 吉塚駅間の普通列車(885系を使用)に自由席グリーン車を設定している。
プレミアムグリーンは、東日本旅客鉄道(JR東日本)のE261系電車に設置されている。2020年3月14日から「サフィール踊り子」で運転されている。マークは、ブリリアントカットを図案化した独自のものが使用されている。
車内は山側を通路とし、海側にのみ1+1列シートを配置した構造。リクライニングおよびフットレストは電動となっている。座席は単純な前後転換のみならず45°左右に傾けることもでき、四人がX型に向かい合う配置にすることもできる。また、各座席1つずつコンセントが配置されている。
現在の特急・急行用グリーン車の源流となるのは、1950年に製造された初の特別二等車であるスロ60形である。翌1951年に製造されたスロ53形では、後の特急・急行用グリーン車の標準様式となる座席間隔(シートピッチ)1,160 mm、20 m級全室車の場合定員48人が確立された。この様式は、1986年の国鉄最末期に製造されたキロハ186形にまで踏襲されている。なお、後述する民営化後も定員や横2+1配列の登場などの点で差異のある車両は登場しているものの、シートピッチ1,160 mmの寸法は一部の例外を除いてスロ53形の登場後65年以上の長きにわたり踏襲され続けている。
1987年(昭和62年)の国鉄分割民営化後は、標準化を旨とした国鉄時代と異なり、国鉄を引き継いだJR旅客鉄道会社が線区や列車の事情に応じた設備のグリーン車を製造あるいは既存車を改造した。これにより、グリーン車の設備は一気に多様化した。それまでは2+2人掛けの4列配置が一般的であった座席配置も、観光需要の多い路線・列車を中心に2+1の3列配置が採用され、一部の路線を除いて新造・改造車ともに拡大する傾向にある。
また平成期以降、私鉄各社にもに僅か数百円の追加料金で横幅の広い2+1列のデラックス型シートに乗車できる列車が設定された。こうしたことなどから、シートピッチは広くても2+2では見劣りすると考える乗客の価値観の変化も影響していると考えられ、中には個室を設置する列車も現れた。