イギリス商館
そして、挽回を行うために計画した明との交易計画も失敗に終わったことから、東インド会社内部ではコックスの責任を問う声が上がった。更に日本との仲介役であったアダムスの死もイギリスの対日貿易にとって大きな痛手となった。
そのような状況下の元和9年(1623年)に発生したアンボン事件は、オランダ東インド会社による東アジア貿易支配を確立させ、イギリスの影響力を弱体化させた。イギリス東インド会社はコックスの経営責任を問うことを名目にバタビアの支社に召還して平戸の商館を閉鎖することを決定する。元和9年11月12日(1623年12月23日/1624年1月2日)イギリス商館は閉鎖され、コックスらイギリス人商館員は翌日に日本を去った。コックスは秀忠に謁見して一時的な撤退の許可を得たが、その後はイングランド内戦やクロムウェルの介入のためイギリス人の来航は数十年以上経過した後のリターン号事件まで待つことになる。
イギリス商館はその後平戸藩及びオランダ商館に管理を委託されたが、平戸での貿易が禁じられてオランダ商館が長崎に移転させられたこともあり、急速に荒廃していった。そして、延宝元年(1673年)のリターン号事件に際し、江戸幕府はイギリス人のキリスト教禁令遵守を疑ったため正式にイギリス船の来航を禁じる通告を行い、2度とイギリス商館が復活することは無かった。
イギリス商館が平戸のどこに設置されたのか正式な場所は不明である。だが、諸記録より鏡川下流にあったオランダ商館の近くと推定されており、長崎県平戸市岩の上町の幸橋のたもとには商館跡の碑が建てられている(ただし、今日では碑とは鏡川を挟んだ対岸にあたる現在の平戸市木引田町説が有力とされている)。