麻疹・風疹混合ワクチン
2006年4月の予防接種開始時点で、2回目の接種は1回目にMRワクチンの接種を受けた者に限定されていたため、2回目の接種が開始されるのは2010年4月からとなってしまい、流行予防対策としては不十分といわざるを得ず、2006年6月に予防接種法が再度改正され、1回目を単抗原ワクチンで別個に受けたものも2回目の対象に加わえられた。
2006年4月時点で2歳以上3歳未満であり、かつ単抗原の麻疹ワクチン・風疹ワクチンの接種を受けていないものは経過措置として多くの自治体で公費での任意接種が実施された。
2007年の麻疹流行対策として、一部の自治体で2回目の接種年齢を超過した児童・生徒に公費での任意接種を行われた。
国としての経過措置として、2008年4月より2013年3月まで5年間の時限措置で、中学1年生及び高校3年生も定期接種が行われた。
2008年より過去の罹患歴の有無に関わらず、ワクチン接種を行うことが出来るようになった。このため、例えば風疹罹患歴のある者に対してもMRワクチンの接種が可能となった。風疹の罹患歴は、溶連菌感染症、エンテロウイルス感染症などの誤診である場合もあり、より確実な風疹抗体の獲得機会が得られることになった。なお、実際の罹患歴や既にワクチン接種歴があっても、ワクチン接種による不利益の増大はない。