内山愚童
1909年(明治42年)5月に発覚した幸徳事件(大逆事件)に関連して、服役中だった内山も同年7月から取り調べを受けることとなった。その中で「無政府共産」の著者が内山であることが発覚し、さらに明治天皇暗殺計画を立案したとされる長野県の社会主義者・宮下太吉に対する取り調べから、宮下の動機の一つに内山から送付された「無政府共産」が含まれていることが判明した。そして同年10月18日、大阪や神戸における放言を根拠に皇太子の暗殺を謀議したとして、内山は大逆罪で再逮捕され、予審請求が行われた。
同年12月10日より、事件の公判が大審院において非公開で開始された。内山は公判において、革命の手段としては暴力的なものではなく総同盟罷工を想定していたこと、皇太子に関する発言などはなかったこと、宮下の計画に関与していないことなどを主張した。
1911年(明治44年)1月18日、内山を含む24名の被告人が死刑判決を受けた。そして1月24日に内山ら12名の被告人が死刑を執行された(管野スガのみ1月25日に執行)。36歳没。宮下、管野と新村忠雄・古河力作の4名は計画犯であることが確実視され、秋水もスガと同棲していたことから計画自体は知っていたとされる説が濃厚だが、内山を含めた7名は大逆罪に関しては無罪だったという説が強い。遺言によって内山の遺骨は林泉寺の墓地に埋葬されたが墓碑銘などはなく、自然石だけが置かれた。
1905年(明治38年)に、真宗大谷派の僧侶・伊藤証信によって「無我愛運動」が提唱された。この運動に対しては綱島梁川・徳冨蘆花らの文化人のほか、前述の堺や石川といった社会主義者からも反響が寄せられたが、特に内山は伊藤が率いる「無我苑」への入苑を真剣に考えたほど傾倒している。無我苑の機関紙「無我の愛」には内山から伊藤への書簡がいくつか掲載されており、のちに無我苑が閉鎖されてから伊藤に寄せられた書簡も確認されている。さらに、内山が伊藤の無我苑に倣って「修道苑」を建設する計画を立てていたことも明らかになっている。
1906年(明治39年)5月頃に田中正造らと共に谷中村問題に関わっていた石川は、問題に関わる中で生じた煩悶を鎮めるため、内山がいる林泉寺を訪ねて坐禅を組んでいる。その結果、石川は「十字架は生まれながら人間の負うたものだ」との回心に至った。
林泉寺の住職としての内山は、檀家に対して葬祭仏事に参加するだけでなく、曹洞宗の教えに触れて処世に活かすよう求める覚書(1906年2月1日付け)を提出している。また寺院株を批判する上書(1904年5月30・31日付け)を近隣の寺院へ書き送っている。