オスマン帝国領クレタ
この決定は明らかに、かつて何度もそうであったように、この島が海賊行為の拠点になるのを恐れたか、東地中海におけるロシア海軍の基地となるのを恐れたためである。クレタ島は新ギリシア国家に含まれるのではなく、エジプトから派遣されたアルバニア人、ムスタファ・ナーイリ・パシャ(英語版)(ムスタファ・パシャとして知られる)に統治された。彼はクレタ島のムスリムの地主と新興のキリスト教徒商人階級の統合を試みた。
後のギリシアの国家主義的歴史学はムスタファ・パシャを抑圧的な人物として描くが、イギリスとフランスの領事たちのような観察者は、彼は基本的に慎重で英国的であり、クレタ島のムスリム以上にクレタ島のキリスト教徒から支持を得るという困難に挑戦した(主教の娘と結婚し、彼女がそのままキリスト教徒でいることを許した)と報告している。しかし1834年、アテネでギリシアとクレタ島の統合を目指すクレタ委員会が設立された。
1840年、エジプトはパーマストン卿によってクレタをオスマン帝国の直接統治に戻すことを強要された。ムスタファ・パシャはギリシアで半独立的な諸侯となろうとしたが成功せず、クレタ島のキリスト教徒は彼に立ち向かって蜂起し、一時再びムスリムたちを包囲されたカンディアの中へと追い込んだ。イギリスとオスマン帝国の海軍はこの島の支配を回復するための作戦を行い、ムスタファ・パシャが島の総督であることが確認されたが、彼はイスタンブル(コンスタンティノープル)の支配に服することとされた。ムスタファ・パシャは1851年まで在職し、1851年にイスタンブルに召喚された。当時のイスタンブルでは彼は比較的高齢(50代前半)であったが、その後も昇進をつづけ、数度に渡り大宰相を務めた。