薬師寺元一
ところが、11代将軍・足利義澄がこの人事に介入して政元に命じて解任を中止させ、元一は義澄に馬や太刀などを贈っている。
同年9月4日、赤沢朝経と共に政元を廃して澄元を擁立しようという陰謀を企て、三弟の寺町又三郎(通隆の養子)とともに摂津で挙兵する。しかし、次弟の長忠らに攻められて敗れ、19日に居城の淀城が落城して捕縛された。そして、同日に政元の命令で京都に送られて、翌20日に自害を余儀なくされた。享年28。家督と守護代職は弟の長忠が継いだ。
また、芥川豊後守の養子となっていた末弟・芥川信方(信太郎)はこの反乱には加わらなかったものの、澄元派として知られており、永正5年(1508年)5月に堺にて細川高国に謀殺されている。
なお、元一の遺児である万徳丸(薬師寺国長)・岩千代丸(薬師寺国盛)兄弟は助命されて後に細川高国に召し出されているが、これは元一の正室が赤松氏の一族である摂津有馬氏の出身で、細川氏と赤松氏の関係に配慮した措置とみられている。