本郷連隊区
平尾信寿 輜重兵中佐:1899年12月1日 - 1902年5月1日
平尾信寿 後備輜重兵中佐:1902年5月1日 - 1902年9月30日
梅地庸之丞 歩兵中佐:1902年9月30日 -
梅地庸之丞 歩兵大佐:1903年1月13日 - 1905年1月27日
大久保直道 歩兵大佐:不詳 - 1906年3月14日
梅地庸之丞 歩兵大佐:不詳 - 1907年3月15日
椿冕 歩兵中佐:1907年3月15日 - 1910年11月30日
土橋彪 歩兵中佐:1910年11月30日 - 1912年9月28日
市瀬敬三郎 歩兵大佐:1912年9月28日 - 1913年8月31日
井戸川辰三 歩兵大佐:1913年8月31日 - 1915年4月12日
奥平俊蔵 歩兵中佐:1915年4月12日 - 1916年8月18日
中村安喜 歩兵中佐:1916年8月18日 - 1918年7月24日
鳥谷章 歩兵中佐:1918年7月24日 - 1919年7月25日
武川寿輔 歩兵大佐:1919年7月25日 -
生島駿 歩兵大佐:1921年頃 - 1922年8月15日
西郷従徳 歩兵大佐:1922年8月15日 - 1923年8月6日
石坂弘毅 歩兵大佐:1923年8月6日 -
谷実夫 歩兵中佐:1928年3月8日 - 1929年8月1日
吉住良輔 歩兵大佐:1930年8月1日 - 1931年8月1日
篠原三郎 歩兵大佐:1933年3月18日 - 1934年3月5日
山口三郎 歩兵大佐:1934年3月5日 -
奈良晃 歩兵大佐:1935年8月1日 - 1936年12月3日
行徳守治 歩兵大佐:1936年12月3日 -
両角業作 歩兵大佐:1938年12月10日 - 1940年9月24日
柳川真一 大佐:1940年9月24日 -
1888年5月14日、陸軍管区表(明治21年勅令第32号)が制定され、本郷大隊区の管轄区域が次のとおり定められた。
東京府
本郷区・浅草区・下谷区・南葛飾郡・本所区・深川区・南足立郡・北豊島郡
埼玉県
北足立郡・南埼玉郡・北埼玉郡・中葛飾郡・北葛飾郡・新座郡
1896年4月1日、本郷連隊区へ改組され近衛師管に属した。この時には管轄区域の変更はなかったが、同年12月、郡制施行による郡の統廃合により陸軍管区表が改正(明治29年12月4日勅令第381号)され、1897年(明治30年)4月1日に埼玉県北足立郡・新座郡を北足立郡に、中葛飾郡・北葛飾郡を北葛飾郡に変更した。この時点での管轄区域は次のとおり。
東京府
本郷区・浅草区・下谷区・南葛飾郡・本所区・深川区・南足立郡・北豊島郡
埼玉県
北足立郡・南埼玉郡・北埼玉郡・北葛飾郡
1925年5月1日、管轄区域が改められ、本郷連隊区に旧熊谷連隊区の区域であった埼玉県大里郡と児玉郡が加えられる。