ゾイドジェネシス
声 - 相沢正輝
ルージの父でミロード村の長。ゾイド乗り。乗機は先祖代々引き継がれてきたビームトータス。ルージのことをすでに一人前と認めており、近いうちに長の座を譲るつもりでいる。
ミロード村のジェネレーターを破壊されても、なおもとどまっていたが、壊れたジェネレーターに固執しても仕方がないと感じていて、ルージの討伐軍立ち上げに伴い、ハラヤードのハーラの下に村民と身を寄せることとなった。
声 - 松本保典
ディガルド軍人。ジーンの直属(別名「ディガルド四天王」)で、階級は少将(後に中将に昇格)。ボラーの教え子の一人。バイオゾイドの操縦に関して天才的な才能を持っている。趣味は釣り。ゾイド乗りとしてのプライドが高く、大量破壊兵器による勝利は望まない。部隊章は薔薇。ある日偶々出会ったルージが、ゾイド乗りとして急速に成長していくことに着目。ライバルとして認め、幾度も刃を交えることになる。
元々はディガルドに侵略されたザルツ村の出身で、その才能を見い出され軍に入った。軍人になってからは強さを求めて戦い続けており、多くの武功を立てて若くして少将まで昇りつめた。知略にも優れており、敵の行動を予測し自ら作戦を立案することもあった。
当初はジーンのことを身分を越えた友人だと思っていたが、徐々にそれが真実のものではないと疑い始める。そして、47話においてジーンの本性を知り完全に決別(裏切り)。以後、ルージたちと和解し、共闘することとなる。最終決戦ではバイオ粒子砲でバイオティラノの神の雷を沈黙させ、ガラガと共にジーンが駆るバイオティラノのゾイドコアを守る胸殻を破壊。ルージが止めを刺すための道筋を作った。
愛機はバイオメガラプトル。後にバイオヴォルケーノをジーンより受領、乗り換えた。メガラプトル受領以前はバイオラプター(隊長機)に搭乗。
声 - 間宮くるみ
料理を担当している少年。対応するメインキャラクターはレ・ミィで、勝気で丸焼き料理だけの彼女とは対照的に料理の腕が良く、性格もおとなしい。手作り料理の味はソラ・シティの食事に飽きたガラガを懐かしがらせたほど。ア・カンを「お姉さま」、ルージを「お兄さま」と呼ぶ。愛機の色はピンク。
ジーンの駆るバイオティラノの圧倒的な力の前に次々と仲間が倒れていく中、ムラサメライガーもゾイドコアを潰されてしまう。絶望的な状況の中、止めを刺そうとするジーンからルージを救おうとしたレ・ミィが、バイオティラノによって殺されそうになった瞬間、ルージの強い願いに応えてムラサメライガーの真の力である驚異的な再生能力が発動。ゾイドコアすら修復して復活、ガラガとザイリンの捨て身の攻撃でゾイドコアを露出させられたバイオティラノを、ムゲンライガーの一撃で真っ二つにして戦いを終結させた。
戦いが終わった後、勝鬨を挙げる討伐軍一行を尻目にルージは独りムラサメライガーで故郷のミロード村へと帰る。そして、ムラサメライガーが村のジェネレーターに接続され再起動しているシーンで本編は終焉しているが、後日談のエピソードを描いたCDドラマではキダ藩やアイアンロックにも顔を出していたらしい。
愛機は、村の沖で発見されたムラサメライガー。代々ゾイド乗りという家系に育ったが、ルージだけがゾイド乗りの適性が無くゾイドを動かすことが出来なかった。だが村がバイオラプターに襲われ、混乱の中で偶々乗り込んだ発掘したばかりのゾイド「ムラサメライガー」が起動する。始めは武器が無くバイオラプターに翻弄されるが、彼の願いに「御先祖様」の大刀(おおがたな)が反応、ムラサメライガーと合体し本来の姿となる。その後ラ・カンらの協力でバイオラプターを撃退するが、このゾイドはルージ以外誰にも動かすことができず、必然的にルージ専用の機体となる。その後はルージの意思に応えるかのように機体をエヴォルトさせ、ラ・カン窮地の際にハヤテライガー形態を、対バイオケントロ戦でムゲンライガー形態を得る。
声 - 谷山紀章
元交易商人という肩書きで、ガラガ率いるゲリラで参謀役を務める。その正体はソラシティから送り込まれたエージェントで、反ディガルド武装組織を発展させる任に就いていた。ソラノヒトも地上で暮らすべきと考えているロンたちは、ソラノヒトの地上支配こそを是とするディガルド担当のプロメたちと対立関係にある。彼もまた、ルージに期待する一人であり、その見聞を広めるためにコネクションをルージに紹介している。ラ・カンとは立場の違いはあれ、ルージの成長を促すという点では通じ合う様子もあった。
なお、22話から開始された「ロン先生のゾイド講座」では、レ・ミィたちとショートコント形式で様々なゾイドを紹介していた。
愛機はバンブリアン。一行の内では唯一発掘されたゾイドではなく、ソラシティで製造されたゾイド。後にグランドスターを装備し、バンブリアングランドに強化された。ロン初登場時は修理中で、少し遅れての登場となった。最初のバンブリアンはバイオヴォルケーノに追い詰められたルージを逃がすために自爆させたため、予備機の2機目に乗り換えている(2機目は1機目と装備が一部異なる)。
声 - たかはし智秋
リーダー的存在の女性。対応するメインキャラクターはラ・カンで、慎重で洞察力に富む彼とは対照的に向こう見ずな性格。キダ藩出身者であり、自分のことは「姉御」と呼んで欲しく、兄ア・ランのことは「無敵兄者」と呼んでいる。長銃を携帯し、愛機の色は赤。
ゾイドコアを心臓とし、レッゲルを燃料として動く巨大な金属生命体。本作の世界観では製造技術が残っておらず、基本的には発掘される物となっている。例外はソラノヒトとその技術を供与されたディガルド。小型ゾイドはゾイド乗りの適性があれば誰でも操縦可能だが、大型ゾイドは適性に加えて機体に適合した者だけが操縦できる。劇中曰く、ゾイドの名前は適合者が初めて操縦した時に頭の中に自然と浮かんでくるものらしい。なお、本作の本放送時にはこの時代での恐竜型ゾイドは絶滅していると説明されている(のちに恐竜型ゾイドの合体機種であるデカルトドラゴンが登場するが、これは絶滅寸前にソラシティに保護されたとされている)とされ、地上で発掘されるのは哺乳類型か爬虫類型、もしくは鳥型か昆虫型のゾイドだけで、恐竜の姿を持つゾイドは後述するバイオゾイドのみとなっている。また、過去の作品でも見られた野良ゾイドに関する設定は異なっており、人間が乗って動かされていた状態で人間が操縦不能になりそのまま放置されていたゾイドが何らかの理由で突然動き出したものということになっており、初めから動いていたゾイドは存在しない。
声 - 石森達幸
ディガルド武国の現国王。老齢であり、病を患っている。ジーンの野心についても薄々感づいていた様子だったが、41話において急逝する。しかしソラノヒトの予想より随分早い死であり、長期間服毒させられたことによる暗殺ではないかとの疑いがある。
辺境の交易都市であり、ルージやラ・カン、レ・ミィが最初に辿り着いた街。序盤の舞台であり、コトナやガラガとはここで出会った。ゾイド専用道路が存在するなど、ゾイドに関する設備も整っている。「ゾイドは左側通行!」とのこと。
ただし、コトナによると「交易都市でも小さい方」とのこと。ゲリラ討伐のためザイリン率いるディガルド軍が一時進駐するが、ゲリラ壊滅後はディガルド軍も撤退しており、後にミロード村からの避難民を受け入れることになった。
ディガルド本国に近い山奥の村。年に一度の天空祭では、伝説の竜をかたどった山車が練り歩き、各地から来た商人が市を広げる。その実体は大異変以前の文化遺産を残す秘密保管庫を有する村で、祭りに出てくる竜も、大異変に際して現れたギルドラゴンが素朴な伝説として現在に残った姿。村長は密かに頭取の二つ名で呼ばれるが、これは保管庫の鍵(音声認識システムらしい)となるキーワードで、所有者をあらわすため。保管庫の中にはバリアで保護された絵画や彫刻、立体映像装置などが当時の姿のまま残されている。
声 - 夏樹リオ
カトゥーン出身の通行商人の女性。乗機はグスタフ。ロンの知り合いで、各地を回っている。直接戦闘には参加しないが、あちこちで手に入れた対バイオゾイドの兵器を討伐軍に流している。
主人公ルージ・ファミロンの故郷で、ジェネレーターがあり海に面している。ときおり沖からゾイドを発掘し、近隣の町に売って生計を立て暮らしている。かなりの辺境で村を出た人間がここ百年間無く、ディガルド武国の侵略戦争を「どこかで戦争が始まった」程度にしか知らなかった。ディガルドとの戦闘によって村のジェレネーターが破壊されたため、村民は一時近くのハラヤードの町に避難していた。その後、最終回EDの最後でムラサメライガーを核にしてジェネレーターが再稼動し復興している。