グローバル距離テスト
二乗平均平方根偏差 (バイオインフォマティクス) (英語版) - 構造比較尺度
テンプレートモデリングスコア (英語版) - 構造比較尺度
最長連続セグメント (LCS) (英語版) - LGAプログラム内で実装されている構造比較尺度
グローバル距離計算 (GDC_sc、GDC_all) (英語版) - 類似性を評価するために (α炭素だけでなく) 完全なモデル情報を使用する構造比較尺度
ローカルグローバルアラインメント (LGA) (英語版) - 構造アラインメントプログラムと構造類似性尺度で、GDT、GDC、LCS、およびLGA_Sがある