サンガ川流域の3か国保護地域
しばしば観光客の増加は自然環境を脅かすが、この世界遺産の場合、さしたる脅威となっていない。隔絶した環境にあることなども影響し、2010年の観光客数はザンガ=ンドキ国立公園が350人、ヌアバレ=ンドキ国立公園が120人、ロベケ国立公園は55人にとどまった。
これに対し、主要な脅威となっているのが、象牙とブッシュミートなどを目的とした密猟である。象牙を求めて狩られるのがマルミミゾウである。象牙はアフリカゾウから取ることも可能だが、マルミミゾウの象牙の方がより硬く、日本の印章や三味線の撥に好まれる。日本が直接密猟者を繰り出したり、大規模な買い付けを行っているわけではないが、その需要の存在が国際市場で価値を上げ、密猟に影響している可能性は指摘されている。
もうひとつの懸念がブッシュミートである。ブッシュミートは野生生物の肉で、畜肉に比べて安価な蛋白源として、地元で流通している。もともとは持続可能な開発の枠内に収まる流通だったが、特に1990年代にコンゴ共和国内戦を経験した同国では、内戦の終了後の人口増加が、違法なブッシュミートの流通を急増させた。コンゴ共和国では特に希少な種の密猟には刑事罰を課し、監視を強化しているものの、ニシローランドゴリラやマルミミゾウなどの肉も流通している。
ヤタンザ Albizia ferruginea - yatandza とはコートジボワールでの呼称で、カメルーンでは evouvous、コンゴでは sifou-sifou や musase という呼び名がある。同じネムノキ属(英語版)の別種メペペ A. adianthifolia などと共に商業名アルビジア(Albizia)で木材として流通する。 パオロザ Bobgunnia fistuloides(シノニム: Swartzia fistuloides) - pau rosa はコンゴでの呼び名で、ほかに kisasamba ともいう。商業名パーローズ(pau rosa)で木材として流通する。 バンジェ Millettia laurentii - wengè はコンゴなどでの呼び名で、カメルーンには awong という呼び名がある。 商業名ウエンジあるいはウェンジ(wenge)で木材として流通し、カメルーンでは awong という俗名で呼ばれる。 ペリコプスィス・エラタ Pericopsis elata - 商業名アフロルモシアあるいはアフロモシア(Afrormosia)で木材として流通し、カメルーンでは andejen、コートジボワールではアサメラ(assamela)という俗名で呼ばれる。ワシントン条約(CITES)附属書IIにも記載されている。
また以下の種は推薦書で Vulnerable と評価されていることとされているものの、実際にはIUCNレッドリストにおいては未評価である。
ウルシ科: Pseudospondias microcarpa
他にはラフィアヤシやラン科、クズウコン科の植物も見られる。