魔法少女隊アルス
魔法に憧れる人間の少女アルスはある日、魔法界に迷い込む。アルスが百種の妖精を捕獲所から逃がした結果、魔法に必要な資源を失くした魔女界は大混乱に陥る。見張り番をしていたシーラとエバは罰として大人になれない魔法をかけられ、三人は魔法を解くため妖精をもう一度捕獲するように告げられる。
ハイドラが襲撃した後、妖精が逃げた秘密が漏れてしまう。魔族は禁断の黒魔法を発動するために必要な百種の妖精と真の魔導書を狙い、魔女界を攻撃するようになる。アルス一行は魔族の目的を知るため、謎の少年シグマの助けを借りて魔族界に潜入する。魔法界の命の源聖地を訪れたシーラは、魔法界が直に滅ぶこと、人間界への港が本当にあること、黒魔法で人間界を滅ぼし新天地に作り変えようと魔族の長グランデが企んでいることをシグマから知る。
シーラはアルスを眠らせ、人間界行きの船ルーデンス号に乗せる。アルスは友を助けるべく、自分の鏡を名乗る海賊レノンを連れて魔法界に戻る。
声 - 田中敦子
三賢者の一人。A地区と妖精捕獲所を司る。
魔女検定の際、石化魔法を使えなかったクーに人間界送りを宣告する。しかし、石化したアルスを元に戻した功績を見て、魔法界に留まることを認めた。
賢者になる前は兵士としてグランドマスターに仕え、魔族から真の魔導書を奪還すべくウィザードとともに出撃。その時に解放した囚人ジダンとの結婚を期に退役し、息子レノンを儲ける。人間と結婚することは魔女の間で禁忌とされているため、人里離れた村で家族と暮らしていたが、妻子の身を案じたジダンが幼いレノンを連れて逃げたことで幸せな暮らしは終わりを告げた。
長らく同胞への義務と家族への愛の間で葛藤しており、前者を選んだことを「権力欲しさに自分と父を捨てて保身に走った」と息子レノンに誤解され憎まれている。過去の罪を隠して権力を手に入れたことを同胞に告白し、息子を解放してもらう代わりにルーカに身を差し出す。怒れる同胞の手で自殺を試みるが、魔族兵に変装したジダンの手で救出される。ウィルの話を聞いて母が本当に卑劣な権力者ではなかったことを知った息子と和解し再び暮らすようになる。
最終回にて賢者としての地位を取り戻し、回復したグランドマスターや他の賢者とともに魔法界の再建に協力していることが示唆されている。
声 - 池田千草(ミレス)、小林由美子(ミレティス)
アテリアの付き人。黒い服を着ている方がミレスで、赤い服を着ている方がミレティス。
声 - 来宮良子、朴璐美(ガーナ)
魔女界の最高権威者。二百年もの時を生きているが、その力は未だに衰えていない。
百種の妖精を逃がした罰として、シーラとエバに「大人になれない魔法」をかける。
番外編として「魔法少女隊アルス THE ADVENTURE」が制作されている。内容はシリアスな本編とは違い、妖精の活躍や魔法少女隊の日常などコミカルな要素を描いた全6作。
当初「天才ビットくん」の枠内で2005年夏季に放送予定と発表されていたが、その後予定が発表されることなく放送は未定のままだった。なお、キャラクターデザインの中山大輔は2006年11月13日、ブログでのファンの発言に対し、「2年ほど前に制作終了し完成しております。現在は放送局との契約が切れるまでの間寝かせている状態です。じきにお目にかかるものとおもいます。」とコメントしている。
その後2007年になってDVDが発売されることが公式サイト上にて明らかにされ、同年11月22日に各巻2話収録の単体版全3巻(アルス巻・シーラ巻・エバ巻)と、3巻をセットにした初回限定版のDVD-BOXが発売された。
なお、このDVDが発売されたのに合わせ、テレビで放送された本編を「ディスティニー編」と称するようになっている。
韓国、台湾では「Destiny編」と共に、本「THE ADVENTURE編」もTV放送されている。なお「Destiny編」と異なり、こちらは各1話ずつの放送である。また、放送順序が下記収録エピソードと異なり、「封印された心」が最終話「疾風怒涛の魔法少女隊」の前になっている。
魔法界に住む、人間にそっくりの姿をした種族。女性は魔女、男性は魔族と呼ばれる。背中には羽の跡があり、先祖がかつて翼で空を飛んでいた証となっている。
子どもは娘であれば魔女界、息子であれば魔族界に引き取られる。息子を生んだ魔女は夫とともに魔族界に住む。 ウィザード 魔法を未だ使い続けている伝統的な魔族から成り立つ少数民族。ウィザードキングダムと異なり、黒、赤、青、茶色など色に富んだ服を着ている。 ウィザードキングダムの建国以来砂漠に追い出され、強制居住区としてミッシュ村に住まわされている。ウィザードを滅ぼそうとする軍部の攻撃で伝統が途絶えつつあり、人口もグランデ一派の魔族と比べれば少ない。光の魔法を絶やさないため、200年もの間ウィザードキングダムと戦い続けている。