トランスロコン
チャネルはペプチドがどちらの方向にも移動できるようにするので、ペプチドを特定の方向に移動させるためには、トランスロコン内に追加のシステムが必要である。トランスロケーションには3つのタイプがある。翻訳に伴って起こる共翻訳トランスロケーション(cotranslational translocation)と、翻訳後に起こる2種類の翻訳後トランスロケーション(post-translational translocation)で、それぞれ真核生物と細菌に見られる。真核生物がBiPでタンパク質を展開し、他の複合体を利用してペプチドを輸送するのに対し、細菌はSecA(英語版)ATPaseを利用する。
SecYタンパク質(英語版)
細菌分泌系(英語版)
真核生物では、翻訳後トランスロケーション (post-translational translocation; 翻訳後転座) は、BiPとSEC62(英語版)/SEC63(英語版)膜内在性タンパク質(英語版)複合体を含む他の複合体に依存している。この転移モードでは、Sec63は、BiPがATPを加水分解するのを助け、ATPはその後、ペプチドに結合してそれを「引き出す」。このプロセスは、ペプチド全体が引き抜かれるまで、他のBiP分子に対して繰り返される。
細菌では、同じプロセスが、SecA(英語版)として知られている「プッシュ」ATPaseによって行われ、引っ張る役割を担う反対側のSecDF複合体によって支援されることもある。SecA ATPaseは、「プッシュ・アンド・スライド」メカニズムを使用して、チャネルを介してポリペプチドを移動する。ATP結合状態では、SecAは2ヘリックスフィンガーを介して基質内のアミノ酸のサブセットと相互作用し、それらを (ATP加水分解により) チャネルに押し込む。次に、SecAがADP結合状態に入ると相互作用は弱まり、ポリペプチド鎖がどちらの方向にも受動的にスライドできるようになる。次に、SecAは、ペプチドの別のセクションを取得してプロセスを繰り返す。