日本占領時期のイギリス領ボルネオ
日本の侵攻作戦は、イギリス領は大日本帝国陸軍に、オランダ領は大日本帝国海軍に指令された。陸軍は第35歩兵旅団がボルネオを担当した。旅団は川口清健少将が指揮し、以前には中国南部の広州に駐留していた部隊によって編成されていた。1941年12月13日、日本の船団は、フランス領インドシナ(現・ベトナム)のカムラン湾を出航。船団の護衛は、軽巡洋艦「由良」および第三水雷戦隊第12駆逐隊(「叢雲」「東雲」「白雲」「薄雲)、第七号駆潜艇、特設水上機母艦「神川丸」だった。10隻の兵員輸送船が侵攻部隊の先発隊を運んだ。栗田健男少将が指揮する重巡洋艦「鈴谷」「熊野」および駆逐艦「吹雪」「狭霧」が支援部隊だった。日本軍は、ミリとセリアの占領後にクチンおよび近くの飛行場に進撃することを企図した。輸送船団は発見されることなく進み、12月16日の夜明けに2つの上陸部隊はイギリス軍の抵抗をほとんど受けずに、ミリとセリアを制圧した。
占領後、1941年12月26日に官庁が再開された。日本企業が設立され、必需品の独占が認められた。1942年初頭、横浜正金銀行の最初の支店がクチンの旧チャータード銀行(英語版)の建物に開設された。また、日本の拓務省は、ボルネオ島北部全体の投資を監督する事務所を開設した。東京海上火災と三菱海上火災の2つの日本の保険会社(いずれも東京海上日動火災保険の前身)が営業を開始した。
すべての自動車は、限られた補償で日本運輸株式会社によって没収された。日本人は労働者を雇い、追加の食料と支払いのために飛行場を建設したが、被拘禁者は働くことを余儀なくされた。他の東南アジアとともに、日本は原材料の供給源としてボルネオを利用した 。盗みや密輸は死刑に処せられた。陸海軍は、日本の戦争遂行を目的として、石油産業の再建を試みた。