2000年代のJRダイヤ改正
西日本では、ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ) のプレオープンに伴って桜島線にユニバーサルシティ駅が開業し、3月1日・2日は桜島線と大阪環状線が特別ダイヤで運転された。また、桜島線には「JRゆめ咲線」の愛称が与えられた。
天王寺駅構内の大和路線との連絡線複線化に伴い、阪和線では朝ラッシュ時の「関空快速・紀州路快速」6本をこのダイヤ改正で新設された大阪環状線内各駅停車の「直通快速」に変更し、関空・紀州路快速の運行体系も変更されて大幅に増発された。大阪環状線区間では大阪 - 京橋間で各駅停車に変更され、一部の時間帯は環状運転に変更された。また、「関空快速」のJR難波駅発着を廃止した。223系が60両(いずれも2500番台)追加投入され、編成両数も3両・5両から4両に統一された。日中の和泉砂川駅折り返しを日根野駅折り返しに変更した。きのくに線で朝晩に223系が御坊駅まで来るようになった。
大和路線ではJR難波発着の区間快速を快速に種別変更し、柏原発の快速が新設された。
広島地区でも快速列車の停車駅の追加を行った。
芸備線では、広島方面から備後落合駅で「奥出雲おろち号」に接続するように時刻が変更になり、最終も繰り下げになった。木次線では最終の繰上げが行われた。出雲市発大田市行きの最終が21時台終わりから22時台に繰り下げになった。
東海でダイヤ改正を実施。
高山本線の全線復旧に伴い富山駅発着の特急「ひだ」の運転が再開されたほか、普通との接続改善が行われた。
東海道本線名古屋地区では快速列車の午前中と夕方の一部列車の編成増強が行われた。
広島地区では、山陽本線に前空駅が開業した。
愛知万博開催期間中(厳密にはその前後を含む3月1日 - 9月30日)に「エキスポシャトル」が運転されていたが、万博終了に伴い名古屋駅 - 高蔵寺駅 - 岡崎駅間を直通する定期列車が運転を開始した。
台風による災害で不通となっていた高山本線は飛騨古川駅 - 角川駅間で普通のみ運行を再開した。
上野駅 - 青森駅間の寝台特急「はくつる」、函館駅 - 札幌駅間の臨時快速「ミッドナイト」が廃止された。
西日本の三江線の浜原駅 - 三次駅の復旧に伴い、暫定的なダイヤ改正を実施した。浜原駅での列車と代行バスの接続を重視した改正であった。
東海道区間では「ひかり」の1時間に1本を「のぞみ」に置き換えて定期「のぞみ」が約30分間隔で運転されるようになった。ダイヤパターンも「2-7-3」から「3-6-3」になった。また新横浜駅・新神戸駅停車列車の増発、「ひかり」の速達化が実施された。また、0系Q編成(4両編成)が運用を離脱した。なお、同年夏にはJR西日本でも700系16両編成(3000番台/B編成)の投入を開始した。
日本全国で夜行寝台列車の廃止・削減が相次ぐ中、この改正でも東京駅 - 大阪駅間の寝台急行「銀河」、京都駅 - 熊本駅・長崎駅間の寝台特急「なは」・「あかつき」が廃止されたほか、大阪駅 - 青森駅間の「日本海」、上野駅 - 札幌駅間の「北斗星」がそれぞれ1往復に削減された。これにより、東京駅発着の夜行急行と関西発着九州方面の優等列車は全廃された。さらにこのダイヤ改正により西日本所属客車による定期の寝台特急は全廃となり、EF65形の牽引の定期旅客列車は消滅となった。
駅関係では、西日本で前述のおおさか東線を含め12駅、東日本・四国・九州で各1駅が新規開業した。また西日本で2駅、九州で1駅が改称された。
JR東日本所属の485系による運転で、経年劣化に伴う故障による運休が頻発していた「白鳥」の本数を削減して、789系の特急「スーパー白鳥」に置き換え、函館駅 - 八戸駅間の「スーパー白鳥」での運行を5.5往復(ほかに函館発青森行きが1本)とした。また、「スーパー白鳥」の基本編成を5両から6両に変更した。特急「スーパー白鳥」の木古内駅への停車が拡大された。
特急「北斗」・「スーパー北斗」の森駅・八雲駅への停車が拡大された。
エル特急「ライラック」・「スーパーホワイトアロー」が増発された。
札幌近郊区間では快速「エアポート」が増発され、新千歳空港へのアクセス改善が図られた。また、小樽駅での発着ホームが4・5番線に統一されたほか、夜間帯の下り「エアポート」が白石駅に停車拡大された。
宗谷本線の旭川発始発列車が幌延行きから稚内行きに延長され、普通列車でも正午に稚内駅へ到着することが可能になった。特急「スーパー宗谷」も運行時間の変更で滞在時間が拡大した。
石勝線では朝5時台の追分発の普通を6時台新夕張発夕張行きに見直した。
札沼線(学園都市線)はあいの里教育大駅発着列車の一部をあいの里公園駅または石狩当別駅まで延長した。
北海道内相互発着のすべての特急列車と急行「はまなす」が全面禁煙化された。
函館本線張碓駅(臨時乗降場)・札沼線中徳富駅・宗谷本線智東駅(臨時乗降場)・宗谷本線南下沼駅・石北本線新栄野駅・留萌本線東幌糠駅・室蘭本線旭浜駅が廃止された。
北海道新幹線青函トンネル工事への準備に伴い、吉岡海底駅への定期列車の停車がなくなり、イベント時の臨時列車のみの停車となった。同時に、吉岡海底駅見学コースの設定も廃止された。
新型車両N700系が運転を開始して「のぞみ」の増発・所要時間の短縮が図られたほか、品川駅を始発とする列車(のぞみ99号博多行き)が新たに設定された。
また、N700系の投入・増備により、ダイヤ改正後300系の廃車が始まり、500系「のぞみ」の置き換えも開始された。