非相同組換え
非相同組換えは、大腸菌Escherichia coliで最初に発見された、自然に存在する過程である。700から1400塩基対のDNA断片がgal(英語版)やlacオペロンに挿入され、強力な極性変異を引き起こすことが発見された。その後、この機構は他の短い遺伝子配列も細菌のゲノム内の他の部位へ挿入し、それによってしばしば隣接する遺伝子の発現の変化が引き起こされることが発見された。多くの場合、隣接する遺伝子は単純にオフになるだけであるが、こうした断片の一部には強いスタートシグナルとストップシグナルを持ち、隣接する遺伝子の調節を変化させ、転写量の変化を引き起こすものがある。この遺伝子組換え機構は相同なDNA断片を用いる必要がない点で、遺伝的相同性に依存した機構とは異なる。その当時はまだ完全には理解されていなかったが、この機構は染色体の進化に変化をもたらす可能性があることが知られるようになった。