メナム河事件
この事件で、将軍が発給した朱印状が海外で粗略に扱われたことを問題視した幕府は、1631年(寛永8年)に奉書船制度を定めた。これまでは、日本人が海外に渡航して貿易するためには異国渡海朱印状があれば良かったが、今後は老中発給の長崎奉行宛て奉書の下付も必要になった。長崎奉行に朱印状を渡し、代わりに通交許可書を受け取って、それを携行して海外渡航することで、海外で朱印状を奪われ、将軍の権威が毀損されるような事態を防ぐことがこの制度の目的であった。
海外渡航の朱印状が発給されなくなったのは、この事件で「将軍の朱印状がシャムで侵害された」ことが理由であると、1631年9月10日付オランダ副使節ムイゼル宛てのオランダ商館長ナイエンローデ書簡や、フランソワ・カロンによる1634年2月7日付『平戸オランダ商館の日記』にも書かれている。なお、事件の被害者である高木はこれ以降は貿易から手を引き、幕府から高木への補償もなされていない。
このころ、幕府は海上の状況が不穏であること、交易者が渡航先で内戦に巻き込まれたりキリシタンに関与したりすることを危惧して、朱印状発行に消極的だったが、この事件を機に発給を見合わせることにした。しかし、当時の長崎奉行・竹中重義は、
日本船・日本人の出国を禁止すべきところ、貿易家に出港許可書を与えて長崎港から出したこと
1630年(寛永7年)末、島原藩主の松倉重政と竹中が2隻の船をマニラへ派遣したが、そのうち1隻には宣教師密航を助けた疑いで日本に抑留されていたポルトガル商人ジェロニモ・デ・マセドを船長とし、マカオから高木船事件解決のために派遣された使節を「竹中の使者」という資格で乗船させたこと。同船は1631年1月にマニラに着き、内密の商行為で利益をあげたこと
この2隻が1631年度の出帆シーズンにも、竹中の出港許可書によって再度マニラに赴いたこと
派遣した船が日本からもち出した商品は戦略物資である「大量の小麦粉」と「大砲鋳造用のブロンズ」であったこと、現地では2人の宣教師が通訳を務め、1632年に帰航した際には4人の宣教師が乗船していたこと
など、幕府の政策に違反することを多数行なった。竹中と松倉による派船は、「宣教師の日本潜入基地である」という口実でマニラを征服するための偵察だったと言われるが、実際にはマニラで商取引をして帰って行った(岩生成一「松倉重政の呂宋島遠征計画」『史学雑誌』45の9、1934年)。
竹中は、1633年4月3日(寛永10年2月21日)に、職権乱用と貿易における不正行為のために長崎奉行を罷免された。その直後に長崎奉行は2人制となり、不正を防ぐための相互監視体制が取られるようになった。