仙北一揆
仙北一揆は鎮圧されたが、その結果は小野寺氏にとっては大きな災厄となった。一揆平定後、上杉勢は引き上げたが、色部長真が大森城に残留し、仙北地方をきびしい統制下においた。北出羽の諸領主が、あらためて恩給地として知行宛行(ちぎょうあてがい)の朱印状を交付されたのは、この年の12月以降のことであった。小野寺氏領であった上浦郡4万7,400石のうち3分の1にあたる1万5,800石ははじめ代官領に編入されていたが、『秋田家文書』所収の秋田実季「覚書」によれば、湯沢・増田周辺(上浦郡南部)が最上義光にあたえられた。それを受けて文禄2年(1593年)、最上勢が湯沢・増田の地に進駐し、湯沢城に楯岡満茂を入れて同地を差配させている。
大谷吉継は、奥羽検地と仙北一揆平定の功績により、それまで越前国府中12万石を領していた木村重茲の知行分を秀吉から拝領したとされるが、重茲は文禄元年(1592年)に山城国淀18万石に加増移封され、その代わりに青木一矩が越前府中城の城主となっているので、吉継にあたえられた府中知行分はあくまでもその一部とみられる。上杉景勝は、小田原参陣の功などにより出羽庄内地方を加増されたが、庄内およびその背後の仙北・由利の検地はその支配を固めるものとなった。