中世における異端審問
グレゴリウス9世が異端審問を設立したのには、異端への対処に秩序と合法性を持たせる目的もあった。というのも、都市に住む群衆は異端の嫌疑をかけられた人物をさしたる裁判も経ずに火あぶりにしてしまう傾向があったからである。歴史家のトーマス・マッデン(英語版)によれば、「異端審問は多様性を破壊したり人々を抑圧しようとしたりして生み出されたものではない。むしろ不当な処刑を防止する試みであったのだ。......異端は"国(State)"に対する罪だった。ユスティニアヌス法典にみられるローマ法は、異端を第一の罪と位置付けていた。」(二重引用符部分は原文斜体強調部)初期中世には、異端として告発された者は地元の領主により裁かれていたが、ほとんどの領主はそれに応え得る神学的教育を受けていなかった。マッデンは「単純な事実として、中世の異端審問は、それが無ければ世俗君主と暴徒の支配のもとで焼かれていたであろう、何千もの数えきれない無実の人々(あるいはそこまで無実と言えない人ですら)を"救った"のである。」(二重引用符部分は原文斜体強調部)と主張している。さらにマッデンは、中世の世俗指導者たちが己の王国を守ろうとしていたのに対し、教会は魂を守ろうとしていたのだと述べている。異端審問は、異端者に対しても死罪を免れコミュニティに戻る選択肢を与えていた。
ドミニコ会とフランシスコ会は、中世初期に教会の倫理的腐敗(中にはそれら自体が異端運動に共鳴していた)への批判を行っていた二大組織であったが、彼らの手法は教義的に旧態依然としたものだった。
まず都市の住民が公共の場に集められた。異端審問官は彼らに、異端の自覚があれば一歩前に出て名乗り出る機会を与えた。自発的に己を批判したならば、その者には慈悲が与えられたのである。次いで裁判に移るために、法規上では最低でも2人の証人が必要であるとされていた。しかし誠意ある審問官は、2人の証人で満足することはほとんどなく、より多くの証人を集めて慎重に調査を行った。
元々、審問(英語: inquisition)という言葉は犯罪の容疑者を取り調べるための手続きを指していた。教会においても当初は異端に限らず、秘密結婚や重婚など幅広い罪状の審議を指していた。
フランスの歴史家ジャン=バティスト・ギロー (1866年–1953年)の定義によれば、中世の異端審問は「抑圧のためのシステムで、世俗的なものもあれば宗教的なものもあり、異端によって神学的に、あるいは社会規範の面で脅かされた教会と公権力が、宗教的な正統性と社会の秩序を守るべく連携して実施したものであった」 。
リンカン司教ロバート・グロステストは、異端を「人間の知覚により選び取られ、人間の判断により創り出され、聖書を基礎とし、教会の教えと相いれない、おおっぴらに公言された、頑強に守りを固められた考え方」と定義した。真に問題なのは、後から正せる神学的な誤り自体というよりも、頑固に持論に固執する姿勢であるとされた。またグロステストは聖書を定義に含めることで、ユダヤ教徒やムスリム、その他の非キリスト教徒を「異端」の範囲から除外している。
異端審問は、行われた地域やその方式によって、いくつにも類型が分けられる。一般に、歴史家たちは「司教異端審問」(episcopal inquisition)と「教皇異端審問」(papal inquisition)の2種類に分類することが多い。