函館運輸所
789系電車(4両) HE-300編成2両編成2本(HE-301, 302)の計4両が配置されている。 2002年(平成14年)12月1日に営業運転を開始した。 2016年3月21日まで特急「スーパー白鳥」に用いられた0番台のうち、HE-100編成とHE-200編成の3両編成各6本は2016年6月から2017年4月にかけて札幌運転所へ転属し、特急「ライラック」用として転用された。 HE-300編成の活用については現在未定となっている。(既に苗穂工場へ移動済)
733系電車(12両) 1000番台の3両編成4本 (B-1001 - 1004)計12両が配置されている。 北海道新幹線開業に伴い2016年(平成28年)3月26日から「はこだてライナー」として運転されている。
特急「北斗」で運用される。 2018年にST1106・ST1206編成が札幌運転所へ転属する一方、1400番台を含め19両が増備されている。
キハ40形気動車(15両) 1700番台の15両 (1704・1705・1762・1767・1771・1792・1800・1801・1803 - 1806・1809・1811・1813)が配置されている。 函館本線の普通ワンマン列車で運用される。 なおJR籍ではないが、江差線の道南いさりび鉄道への転換に伴い、2015年度に同鉄道へ機関換装・特別保全工事施工済みの1700番台車9両 (1793・1796・1798・1799・1807・1810・1812・1814・1815)が譲渡され、同所を拠点に運用されている。 2020年5月に700番台の1両(825)が苗穂運転所より、翌2021年3月に1700番台の5両(1704・1705・1762・1767・1771)が苫小牧運転所より転属された。 2021年4月に700番台の2両(825・837)、同年9月に700番台の2両(734)(837)、翌2022年3月に700番台の1両(802)が廃車された。