在日米軍再編
中間報告とは別に日米政府は2005年10月27日、神奈川県横須賀市の米海軍横須賀基地で横須賀港を事実上の母港とする通常動力型空母キティホークの退役に伴い、後継としてニミッツ級原子力空母を2008年より配備することに合意した。シーファー駐日米大使が同日、外務大臣町村信孝との会談でこの決定を通告、外相はこのときに受け入れを承諾したとされた。同日の記者会見の質疑で外相は、それ以前に連絡はなかった、と言明していたからである。しかしその後、中日新聞(東京新聞)は11月12日、横須賀配備について一年以上前から日米で極秘裡に検討されていたと報じている。東京新聞の記事は、2004年夏から外務省と防衛施設庁それぞれ数人ずつの幹部に限定して受け容れ準備の検討をすすめていたとし、検討にあたって米国側から原子力空母寄港時には原子炉を停止すると説明を受けたこと、原子炉の安全確保のために浚渫(しゅんせつ - 海底をさらって土砂を取り除き水深を深くすること)が必要であると日本側が認識していたこと、原子炉停止時に必要となる給電設備の改修を米国側が要請していたこと、など具体的な検討内容を指摘している。
原子力空母配備の背景には、米国政府の世界的な米軍再編の一環として横須賀基地の重視の意図があったとされる。米国元国務副長官・アーミテージが過去の在日米軍再編協議の場で、横須賀基地(横須賀港)の恒久的な利用は米国にとっての重要課題であると強調してきた経緯があるためだ。
キャンプ座間(相模原市、座間市)へ、2008年度までにアメリカ陸軍第1軍団(米ワシントン州)をUExに改編して移転。2012年度までに陸上自衛隊中央即応集団司令部も朝霞駐屯地から移転する。
チャペル・ヒル住宅地区のうち、1.1ヘクタールを住宅移設後に返還する。