大樹寺
慶長7年(1602年)、勅願寺となる。
慶長17年(1612年)1月7日、徳川家康は、三河吉良で狩りをするとして駿府城を発した。14日から数日、吉良で鷹狩に明け暮れたあと、20日に岡崎城に入った。26日、家康は大樹寺に参拝。法要のあと銀50枚を寄せ、さらに松應寺に詣でてて法要を営み、同様に銀50枚を布施した。27日には名古屋城に赴き石垣や堀の工事の指揮をして、29日に岡崎へ帰り、2月2日に岡崎を発ち、2月6日に駿府城に戻った。
元和元年(1615年)、家康は墓所の再興を命じた。
元和2年(1616年)4月17日、家康が死去。死に際しては、17代住職の了譽(りょうよ)が同席した。家康の死後は、遺言に従い、位牌が収められた。以降、歴代徳川将軍の等身大位牌が大樹寺に収められた。現存する位牌は尾張藩主徳川義直が寛永5年(1628年)に調進したものと寺では伝えられている。
元和3年(1617年)、畔柳清左衛門寿学が奉行となって、家康の祖先八代を祀るための墓の修復再建と寮舎の修造が行われた。四代親忠の墓が魂場野から当寺に移転され、五代長親、六代信忠、七代清康、八代広忠の墓が再興された(松平八代墓)。
寛永13年(1636年)、将軍家光は本堂以下の堂舎の新築を命じた。普請は寛永15年(1638年)2月より始まり、寛永18年(1641年)11月に58棟すべてが完成した。この工事は「寛永の大造営」と一般に呼ばれる。
正保元年(1644年)10月18日、家光は、酒井忠勝、阿部忠秋、阿部重次を召して、大樹寺に東照宮を造営するよう命じた。11月初め、松平正綱と大工頭の木原義久が土地点検のため岡崎に派遣された。結局、東照宮は大樹寺内には造営されず、滝山寺に造営された。