中央社会保険医療協議会
ところが、2004年に中医協汚職事件が起こると、そうした中医協の在り方が見直されることになった。2006年の社会保険医療協議会法改正により、それまでの委員構成は、診療側8名、支払側8名、公益4名の20名体制であったのが、診療側7名、支払側7名、公益6名に変わり、日医の推薦枠が減らされ、病院代表の枠と公益委員が増員された。また、診療報酬改定の基本方針は社会保障審議会の医療部会と医療保険部会の両部会が決めることとなり、中医協は具体的な点数付けを行う組織となった。
とはいえ、依然として、中医協の性格は大きく変わることがなく、2008年5月には、当時の舛添要一厚労相が「中医協の診療報酬配分の決定には透明性がない」と発言し、国民から解離した中医協の在り方を見直す必要があることを指摘した。そして、2009年10月の委員改選で、日医の推薦枠がゼロとなり、茨城・京都の地方医師会の幹部と山形大学医学部長が選ばれ、新たな中医協改革がスタートした。