鴨川 (淀川水系)
龍門堰の撤去がなされた事によりアユだけでなくサツキマスの遡上も確認された。
河川法(昭和39年法律第167号)における一級河川鴨川の起点は、京都市北区雲ケ畑の出合橋付近である。
北区雲ケ畑の桟敷ヶ岳東部の谷を源とする祖父谷川と、桟敷ヶ岳南部の薬師峠を源とする雲ケ畑岩屋川が雲ケ畑岩屋橋で合流して雲ケ畑川となる。雲ケ畑に建つ金光峯寺志明院(岩屋不動)境内に在る洞窟(神降窟)からの湧水が鴨川の始まり、最初の一滴とされて祀られている。
雲ケ畑川は、雲ケ畑の魚谷山南部の谷を源とする中津川と出合橋で合流し、これより「一級河川鴨川」となる(一級河川鴨川の起点標識は、以前は中津川側にあったが、現在は中津川との合流点に設置・修正されている)。
また、この鴨川本流とは別に、京都市右京区の芹生峠を源とする一級河川貴船川と、京都市左京区の花脊峠を源とする一級河川鞍馬川がある。両者は貴船口で合流し一級河川鞍馬川となり、山幸橋付近で鴨川と合流し大きな流れとなる。なお、貴船神社社伝においては玉依姫命が淀川・鴨川の源流を遡上した際にたどりついたのが貴船の地とされる。
鴨川は一級河川鞍馬川と合流後、北区上賀茂で京都盆地に出る。上賀茂神社(賀茂別雷神社)、下鴨神社(賀茂御祖神社)脇を南南東に流れ、賀茂大橋(加茂大橋)手前で一級河川高野川と合流する。そこから京都市内を真南に流れ、四条大橋上流で一級河川白川と合流したのち南西へ流れ、五条大橋から再度南下、九条高架橋を越えた後に南西へと流れを変え伏見区下鳥羽で一級河川西高瀬川と合流、そのまま桂川に注ぐ。また、中京区で西に高瀬川を分け、以南で並行して九条付近で再度合流する。
天然アユは戦前まで遡上していたが、1935年に発生した2度の水害対策で川底の掘り下げと多数の堰の設置で、鮎の遡上が妨げられた。そのため現在は賀茂川漁協が琵琶湖産の鮎を放流している。2011年5月に京都市や賀茂川漁協などが天然アユ復活を目指し「京の川の恵みを活かす会」を発足させた。同会はアユの遡上の妨げとなっていることが2010年の京都市の調査で確認されていた龍門堰に対して、鴨川と西高瀬川が合流する堰の左岸部分にスギ角材を使った仮設魚道を設置した。その後の同会が堰での定時観測により天然アユの遡上が確認された。翌年5月16日には四条大橋下流の堰にも竹材で作られた仮設堰が設けられた(堰の下流部の水深が浅く、アユが堰を飛び越える助走路を確保するため)。そして龍門堰は撤去された。
それは地下山脈の存在によって賀茂川の南流を否定した点についてであり、烏丸中学附近の地下山脈の存在が、標高差+20 m以上・4 km上流の上賀茂付近での賀茂川の進路選択に影響を与えないと指摘するものである。横山も地下山脈の存在を指摘しながら、それが現在なぜ5 mの堆積の下にあるのか説明しない。鴨川(古高野川)つけかえについても、横山は塚本の図に示す扇状地の形成が三万年前の古いものと言っているにすぎなく、その図で確かに出町付近から京域を南西に流れていた古高野川が、「いつ」「なぜ」南へ方向を変え鴨川となったかを説明していないとの批判がある。「三万年以上前に形成された扇状地」との主張も、「地下13 m」から発見された木片の炭素年代を根拠にしたものであり、その後その上に13 mもの土砂を堆積させた年月を考慮していないと指摘するものである。考古学的痕跡からも平安建都直前まで古高野川の細分流が左京域を北東から南西に流れて扇状地を形成しつつあったことが明らかにされている。この工事が史書に現れない理由も、造都という大事業の中では特記するほどの工事ではなかったとの指摘がある。いったん塚本説を過去のものにし定説化した横山の説だが、その最大の根拠が揺らぎだしたと言え、今後は地質学のみならず、地理学、考古学、歴史学など多様な方面から塚本、横山両説の再検討がなされるものと思われ、当面このことに言及する歴史学者たちにも慎重な対応が求められる。