小牛田運輸区
キハ48形(2両) 500番台1両、1500番台1両が配置されている。波動用の「びゅうコースター風っこ」である。 2015年度4月1日時点では一般用として500番台6両と1500番台6両も配置されていたが、前述の通り仙石線復旧・仙石東北ライン開業によるダイヤ改正に伴い、同年度内に4両が廃車され、8両が新津運輸区へ転属となり、一般用の配置はなくなった。 一般用は2両 (545, 1533) を除き、500番台+1500番台の2両編成を組成し、連結面間の貫通路拡大や座席配置の変更(キハ110系などと同様にクロスシート部は2列+1列化)、行先表示器の交換などを実施しているほか、冷房装置の搭載も進められた。基本的にはこれらの編成のみが石巻線のワンマン運転に充当された。なお、車内に運賃表示器は設置されていない代わりに、三角運賃表が掲示されていた。この一般用の500番台と1500番台12両は東北地域本社色となっていた(「石巻線マンガッタンライナー」色となった車両を除く - 後述)。 2011年3月11日、東北地方太平洋沖地震による津波で、気仙沼線松岩 - 最知間を走行していた2両(キハ48-1544・552)が流され脱線。 同年5月末に現地にて解体作業が行われた 。また、石巻線女川駅に停車中の2両(キハ48-502・1512)が津波に流され脱線、同年4月末に現地にて解体作業が行われた。これら4両は2011年3月12日付けで廃車となった。 2013年3月23日から2015年5月31日までワンマン運転対応編成のうち2本(キハ48-503・1513、538・1535)が「石巻線マンガッタンライナー」として、石ノ森章太郎のマンガキャラクターをラッピングされたデザインとなった。