穴山氏
天正14年(1586年)に家康が駿府城に居城を移した関係で江尻領は徳川氏の領域に編入されたとみられている。
豊臣政権に臣従した家康が小田原合戦後の天正18年(1590年)に関東へ移封されると、信義も河内領を離れて下総国小金領三万石の領主となり、小金城(千葉県松戸市)へ入城する(この頃、信義より信吉に改名)。いずれにせよ小金領の支配も河内領と同様に家康の直属下に行われ、信吉自身は江戸詰めで在国せず、家康は信吉家臣の支配を穴山衆の万沢・帯金両氏に担わせた。文禄元年(1592年)には下総国佐倉城(千葉県佐倉市)主となる。慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いにより、家康は河内領を含む甲斐一国を再び支配する。
慶長7年(1602年)11月には常陸国水戸藩主となっているが、翌慶長8年9月に信吉は湿瘡(しっそう、皮膚病)により死去する。信吉には正室木下氏がいたが実子がいなかったため、穴山武田家は再び断絶する。
これに対して、信虎は同年8月下旬に河内へ出兵し、駿河にいた信風の子・信友と見られる「武田八郎」の甲斐帰国を許している。これにより、穴山氏は武田方に降伏していたと考えられている。福島勢は大井氏の城である富田城(南アルプス市戸田)から甲府へ侵攻するが、武田方は同年10月16日に飯田河原の戦い(甲府市飯田町)・11月23日に上条河原の戦い(甲斐市島上条一帯)で福島勢を撃破し、甲斐から駆逐した。
享禄4年(1531年)には信虎と敵対した栗原兵庫・今井信元・飯富虎昌ら国衆が甲府を退去して信虎に抵抗し、信濃諏訪郡の諏訪頼満や大井信業らの支援を得た。国衆勢は4月12日に河原辺合戦(韮崎市)において敗退し、信虎に臣従する。信風の動向は不明であるが、没年が同年であるため、反国衆勢に加わっていた可能性が考えられている。
信友が当主となった頃も武田・今川間では抗争が続いたが、信虎の時代には天文5年3月10日に今川氏で当主の今川氏輝とその弟・彦五郎が死去することにより家督を巡る花倉の乱が発生し、信虎は氏輝の弟である善徳寺承芳(今川義元)を支援する。今川義元が当主となると武田・今川間の甲駿同盟が成立する。
こうして信虎による甲斐国内が統一されると、信友は武田宗家に従属する。信友は信虎の娘・南松院殿を正室に迎えて武田宗家との関係を強化し、居館を駿河に近い南部(南部町南部)から下山(身延町下山)に移転し、下山館を中心とした城下町を整備した。
また、穴山氏の河内領支配は山村史の観点からも注目され、勝俣鎮夫や白水智により山林資源の利用・金山経営などに関する検討が行われた。なお、金山経営については湯之奥金山の総合調査が行われている。
1999年(平成11年)には『南部町誌』が刊行され、町誌編さん委員の平山優により国衆としての台頭から武田家臣時代、織田・徳川氏に帰属し天正壬午の乱を経て滅亡に至るまでの通史が記された。
その後、武田氏研究の進捗や新出資料の増加、『戦国遺文』武田氏編や『山梨県史』の刊行などを経て研究状況が整い、『県史』通史編2では黒田基樹により穴山氏・小山田氏の概説が行われている。
秋山敬は2009年に「穴山信懸」において、独自の推論を交えた信懸期における武田宗家との政治的関係について新見解を提言している。これに対して平山優は2011年に『南部町誌』執筆部分を増補改訂した『穴山武田氏』を刊行し、系譜的位置づけ信懸暗殺の政治的背景などについて反論を行っているほか、武田家臣団における親族衆の位置づけから信君の宗家からの離反や武田家再興に関して新見解を提唱しているほか、穴山遺臣の動向についても言及している。