SARSコロナウイルス2
進化的に古く、変異前(先祖型)のものと見られている。攻撃性が低いため選択圧が弱く、相対的に割合が増加したと見られる。
コロナウイルスのスパイクタンパク質は、大きく分けてS1、S2という2つのサブユニットでできており、S1はACE2受容体との結合を、S2は宿主細胞膜との融合を担っている。スパイクタンパク質は宿主細胞内で合成された直後は1つの連続したタンパク質であるが、次の宿主細胞に感染するためには、どこかのタイミングで、S1サブユニットとS2サブユニットの境界であるS1/S2部位と、S2内部にあるS2'という部位の2箇所が、宿主の持つプロテアーゼによって開裂される必要があると考えられている。
SARS-CoV-2には、SARSコロナウイルスと異なり、スパイクタンパク質に感染力と病原性を高めるフーリン切断部位が存在する。これはサルベコウイルスの中では他に例が無いが、コロナウイルス科全体で見れば珍しいものではなく、多くのマウス肝炎コロナウイルス (MHV-JHM, MHV-A59) やヒトコロナウイルス (MERS-CoV, HCoV-OC43) などが同様の部位を保有している。
SARS-CoV-2の際立った特徴の一つは、S1/S2部位に、近縁のコロナウイルスにはみられない4つのアミノ酸配列 [PRRA] の挿入が見られることである。
ウイルスゲノムは29,903 塩基で、一本鎖プラス鎖RNAウイルスである。2019年から2020年にかけて発生した中国武漢市でのアウトブレイクにおいて肺炎患者の核酸検査陽性患者サンプルにより、ゲノム配列が決定された。このウイルスの完全ゲノム配列は上海公共衛生臨床センター、武漢市中心医院、華中科技大学、武漢市疾病予防控制中心、国立伝染病研究所(NICD)、中国疾病預防控制中心、シドニー大学らの協力によって解読され、シドニー大学のエドワード・C・ホルムズ(英語版)教授の協力の下、上海公共衛生臨床センターの張永振(英語版)教授によって2020年1月11日にVirological.org上に公開された。その後、1月14日には国際核酸配列データベースGenBankで正式に公開されている。
推定されている1年あたりの塩基置換率は、0.00084 (塩基置換/塩基/年)であり、インフルエンザウイルスの塩基置換率の約 1/6 - 1/2 倍である。