Terminate and Stay Resident
TSRプログラムは非常に便利でMS-DOSの限界を超える効力を発揮したが、同時に問題の種とも言われてきた。TSRプログラムはある意味でOSをハイジャックするものであり、TSRとアプリケーションの組合せや、TSR同士の組合せによってはシステムがクラッシュする事態が発生した。また上述したように、コンピュータウイルスにもTSRプログラムの形態をとるものもあり、それらは故意に問題を引き起こした。さらに、MS-DOSシステムにおけるプログラムのコードは、たとえハードウェアに大量のメモリが搭載されていたとしても、メモリ空間の先頭640KB(機種によっては768KB)にロードしなければならなかった(コンベンショナルメモリ)。TSRも例外ではなく、先頭640KBにコードが置かれるため、アプリケーションが利用できるメモリ範囲がそのぶんだけ減ってしまう。したがって、TSRプログラムを作成する場合、第一にそのサイズをなるべく小さくしなければならず、さまざまなベンダーのソフトウェア製品との相性を調べなければならなかった。
また、前述のようにアンロードさせるオプションが提供されないことも多かったことには理由があった。