東京大学医科学研究所附属病院
保険医療機関
難病の患者に対する医療等に関する法律に基づく指定医療機関
労災保険指定医療機関
原子爆弾被害者一般疾病医療取扱医療機関
指定自立支援医療機関(更生医療)
公害医療機関
身体障害者福祉法指定医の配置されている医療機関
臨床研修病院
生活保護法指定医療機関
エイズ治療拠点病院
結核指定医療機関
特定疾患治療研究事業委託医療機関
指定小児慢性特定疾病医療機関
難病の患者に対する医療等に関する法律に基づく指定医の配置されている医療機関
このほか、各種法令による指定・認定病院であるとともに、各学会の認定施設でもある。