河内風穴
構造支配型の横穴で多層構造を持つ。洞窟として近畿地方随一の規模 で、測量されている部分だけでも総延長約10,020 mとされている(イザナギプロジェクトによる調査結果)。
石灰洞の形成は石灰岩中の割目に沿って溶蝕が進行することにより起こり、そこで形成された空洞は水流による浸食とともに割目に沿う崩壊によって拡大していく。割目系の影響を受けて形成が進行するため、石灰洞の成因及び発達の歴史を考える上では割目系の分布とそれに伴う空洞形成に注目する必要がある。河内風穴全体の割目系は、WNW–ESE系(EW90°前後)、N–S系(NS90°前後)、NE–SW系(N40°–60°E45°前後、N40°–60°W45°前後)の3つがあり、多数の断層が認められる。NS90°前後、EW90°前後の割目系は方解石や擦痕を伴う断層である。また、WNW–ESE系の垂直な割目に沿って溶蝕が進んでいるため、この割目系が最も地下水の通りやすい開いた割目系だと考えられる。内部はこれらの割目系に支配されたボアパッセージの迷路と割目が交叉して崩落したホールで構成されている。二次生成物はドリームホール以奥でよく発達し、洞床は主に崩落礫と粘土で、一部砂や直径10 mm程度の円礫が堆積する。なお割目系の走向傾斜の表記についてはクリノメーターを参照。
洞内の空間は、旧洞部分(北半分)、中央ホール、奥部新洞(南半分)の3区域に大別することができる。
蛛形綱 カニムシ目 オウギツチカニムシ科。体長約2.7 mm。河内風穴および佐目のコウモリ穴がタイプ産地で、この2洞及びナベイケに特産の亜種である。コバヤシメクラツチカニムシ Ps. kobayasii (Morikawa, 1956)のいくつかの別亜種は奈良県洞川(Ps. k. dorogawaensis (Morikawa, 1956))や山口県秋芳洞(Ps. k. akiyoshiensis (Morikawa, 1956))など本州の洞窟に広く分布し、篠立風穴に棲息するシノダチメクラツチカニムシもその一つである。
内顎綱 粘管目 シロトビムシ科。河内風穴、佐目のコウモリ穴に加え、伊勢市奥島路、広島県帝釈峡、奈良県洞川、山口県秋吉台、愛媛県玉津村の洞窟や、福岡県水無鍾乳洞など広域の多くの標本に基づいて記載された。
昆虫綱 双翅目 クモバエ科。ニホンユビナガコウモリに寄生している。
河内風穴の動物相はこの地域の他の石灰洞に比べ非常に豊富である。ただし種数は佐目のコウモリ穴(佐目風穴)の方が僅かに多く、他の石灰洞から見つかっているガロアムシは未発見である。これらの洞窟からは多くの新種の洞窟記載と多くの洞窟動物の記録があり、生物学的に極めて重要な産地である。コバヤシミジンツボやカワチメクラチビゴミムシのように河内風穴の固有種 または鈴鹿山脈北部地域の固有種であるものは多い。そのうち、12種が河内風穴をタイプ産地として記載されている。
洞窟に生息する動物には、洞窟(またはそれに近い環境)で世代交代を繰り返す真洞穴性動物(地中性動物)および、それ以外の動物に大別される。後者は従来、ある時期に洞窟内に入る動物またはそれに寄生する動物である好洞穴性動物、および紛れ込んだ迷洞穴性動物に分けられていた。石灰洞の形成される歴史は極めて古く、その間に洞窟環境を好んで入る昆虫が知られており、世代交代を長い間繰り返すうちに環境に適応するため体型が進化していく状態が真洞穴性昆虫に多く見られる。