レイテ島の戦い
しかし、木下は、空輸任務をおこなうことなく「九九式双軽爆撃機」をタクロバン飛行場攻撃に投入することとし、「直接、戦隊長宛の軍命令が到着しない限り、この作戦には参加いたしません」と命令を遵守する土井に対して、第4航空軍から発されたとする「飛行第75戦隊は、一時的に第2飛行師団長の指揮下に入るべし」という電報を示して出撃を命じた。土井はこの電報が正当なものではないと薄々感じながらも、命令通り4機を出撃させたが、ついに1機が未帰還となった。
このことを、現地のバコロド基地に進出していた参謀長の寺田から聞いた富永は激怒し、命令違反を犯したとして即座に木下の師団長としての職務を停止し、参謀長の寺田にそのまま師団の指揮をとるよう命じた。本来、天皇による親補職である師団長は、軍司令官といえども職務の停止や解任を行うことができないものであり、冨永から木下師団長罷免の処置について事後承認を求められた南方軍は、師団長の職権を軍司令官限りの意向で停止できぬとして、その命令を修正させた。軍隊指揮の常態からは冨永の言い分が道理としても、第四航空軍司令部内の意思疎通にも機微な問題があり、南方軍は、木下を軍法会議にまでかけようとする冨永の意向は不適当であるとした。しかし、一度このようなことになった以上、木下をそのままにしておくことはできなくなり、その補職換えを中央に具申した。寺田の後任の参謀長には隈部正美少将が補任された。この人事によって第4航空軍幕僚に混乱が生じた。
一方で、執拗な第4航空軍の飛行場攻撃が弱体化したことと、比較的地盤が堅固であったタナウアンで飛行場を整備できたこともあり、順調に戦力が増強されるアメリカ陸軍第5空軍や、アメリカ海軍機動部隊の艦載機によって、多号作戦の輸送船団への攻撃は激化しており、11月11日には輸送船泰山丸・三笠丸・西豊丸・天昭丸で編成された第3次船団は艦載機の空襲で全滅している。第3次船団にも20機の第4航空軍の護衛戦闘機がついていたが、合計120機以上のアメリカ軍機の波状攻撃に8機が撃墜されてしまい、もはや大量の連合軍航空機に対し、第4航空軍による護衛任務は困難となっていた。それでも9回にもわたった海上輸送作戦で、日本軍は45,000名の兵員と物資10,000トンを揚陸することに成功して、レイテ島に上陸したアメリカ軍は想定していた以上の兵力の日本軍と戦うことになり、苦戦を強いられた挙句に、ルソン島への上陸計画を延期して予備兵力をレイテに投入せざるを得なくなっている。アメリカ第6軍は、第4航空軍による飛行場攻撃と、飛行場整備の失敗によって、航空支援が十分受けられなかったために、慎重な作戦をとりざるを得ず、レイテ島の攻略に手間取ることとなった。
制空権を喪失した日本軍であったが、作戦機によりレイテ島オルモック付近に展開する地上部隊に対する補給物資の空輸を行っている。