日咩坂鐘乳穴
2008年(平成20年)1月5日、地底湖を泳いでいた当時21歳の大学生が行方不明になる事故が発生した。6日間に渡り延べ約200人で捜索が行われたものの、前述の通り複雑で先へ進むのが困難な内部構造や、洞内が狭く酸素ボンベを持ち込めないほか、地底湖の水の流れがわからず潜水が危険であること、また水が白濁し視界が利かないことから捜索は難航し、発見されないまま打ち切られた。
また前年の2007年(平成19年)3月には、竪穴を撮影していた兵庫県の男性が転落死する事故も発生している。尚、竪穴は市教委と住民らにより設置された転落防止柵で囲まれていた。