長享・延徳の乱
近江遠征により足利義材は自信を深め、畠山尾州家の畠山政長や斯波義寛を重用するようになり、細川政元、日野富子とはますます疎遠となっていった。
明応2年(1493年)2月、足利義材は畠山政長の訴えを聞き入れ、畠山総州家の畠山義豊を討つため、河内遠征を行なった。しかし、畠山義豊は細川政元、日野富子と通じており、遠征中の足利義材を廃し、第11代将軍足利義高(のち義澄)を擁立した(明応の政変)。
これにより畠山政長は戦死、足利義材は幽閉、奉公衆は解体され、幕府の権威は大きく失墜した。討伐対象だった六角行高はこの混乱に乗じて六角虎千代を追放、次いで守護に任命された山内就綱(政綱の子)との戦いも制した。
明応4年(1495年)、六角行高は足利義高より赦免を勝ち取り、更に義高の偏諱を賜り「六角高頼」と改名した。この直後に美濃国で起きた内乱にも六角高頼は介入した(船田合戦)。
明応5年(1496年)9月、足利義材寄りと見られる斎藤妙純が近江に侵攻し、京極高清と共に京極政経を破るが六角高頼はこの侵攻を食い止め、斎藤妙純は撤退中に土一揆により戦死した。