COMICパピポ
そのため、自誌が発掘しデビューさせた生え抜きの漫画家を伸ばすことができず『フランス書院Xコミックス』でわずか1-2冊程度出しただけで雑誌から離れてゆく者も度々見られる様になる。
2000年代前半には、2新人賞共に佳作以上の雑誌掲載に直結する入賞作品がほぼ皆無という状態が続き、そのため、商業誌デビューには繋がらない新人賞と見なされて忌避され投稿作品の質的・数的な低下を招き、さらに入賞作品が出なくなるという悪循環に陥った結果、新人発掘機能を失って、やがて誌面も活力を失いはじめる。新人賞に関しては、パピポ誌上の結果発表の選評欄で、編集者が作品内容の質よりも応募数自体の不足から応募作品の質が向上しない状況を嘆くコメントを度々繰り返していた。
増刊『COMIC Zip』は、創刊初期はCHOCO『イグナクロス零号駅』が人気を博し、撫荒武吉、山中鹿元介(高雄右京)、粟田口国綱(かねこしんや)など、武蔵野美術大学出身の若手作家陣で話題となったが、2003年2月8日発売の2003年3月号をもって『パピポ』に統合という形で休刊。その後、『パピポ』自身も退潮傾向を食い止められず、2007年10月29日に発売された2007年12月号をもって休刊となり、16年5か月の歴史に幕を閉じた。
最終号となった2007年12月号では、誌面に休刊告知が掲載されている一方で、同人誌紹介コーナーと読者ページ(お便りページ)には募集要項が掲載されており、また休刊号に作品を掲載していたホーミングがブログで当時、突然の休刊だったことを記している様に、編集作業の終了の前後の差し迫った時期の唐突な休刊決定だった。