京阪9000系電車
本系列の特徴であったクロスシートは8000系と違い転換式ではなかったことや、本系列独特の座席配置が特に京阪間直通客には不評であったことから、まず、2002年に9005Fの中間車両のうち付随車4両が試験的に10000系タイプのオールロングシートに改造された。改造に際しては、車椅子スペースの補助席も撤去されている。また、同時に転落防止幌も設置されている。
2008年10月19日の中之島線開業に伴う、転換クロスシートを備えた3000系 (2代)の投入にあわせたカラーデザイン変更において、本系列は3ドア・ロングシートの一般車両(シティ・コミューター)の一翼を担うこととなり、まず9005Fが2008年12月5日に塗色変更のうえ全座席がバケット型ロングシートに格下げ改造され、以後、2009年3月19日に9001F、同年7月23日に9002F、同年9月10日に9004F、2010年1月21日に9003Fがそれぞれ改造と塗色変更を実施され、完全な通勤形車両となった。
9003Fは、2014年1月の検査の際、座席のバケットの形状はそのままでモケットが13000系と同様のタイプのものに張り替えられている。続いて9004Fも2015年(平成27年)に、9005Fも2016年(平成28年)に同様の改造がなされた。
2015年には全編成の前照灯がLED式のものに交換された。
車内灯はLED化されているが、従来通りカバーが付いている。
2015年3月に9001Fが、4月に9002Fが、中間車の9600形を抜かれて本系列初の7両編成となった。この際、9100形が電装解除されたうえで9700形に改番された。組成変更後は7200系の7両編成と同様の3M4Tとなっている。7両編成化後の編成は以下のとおりである。
9001-9501-9701+9151-9551-9651-9051
9002-9502-9702+9152-9552-9652-9052
9001F・9002Fの7両編成化の際に編成から抜かれた9601・9602は寝屋川車庫で留置されていたが、2016年に7200系7301とともに車両番号を変更のうえで10000系の10001Fに組み込まれて、同編成は7両編成となった。車両番号の変更は以下のとおりである。また、組み込みに際して座席のモケットが13000系と同じタイプに変更された。
9601→10701
9602→10751
また、2016年11月に9004Fが、2017年1月に9003Fが7両編成となった。これによって9603、9604は寝屋川車庫で留置されていたが、2017年に7200系7302とともに車両番号を変更のうえで10000系の10002Fに組み込まれて、同編成は7両編成となった。車両番号の変更は以下のとおりである。
9603→10702
9604→10752
一方で、9005Fについては8両編成のまま運用されており、7両編成4本28両と8両編成1本8両の合計36両が在籍している。