陸軍軍医学校
この鑑定結果を受けて、1993年(平成5年)9月、発掘された人骨を焼却せず、その調査・研究を行えるよう、新宿区に対し人骨の火葬・納骨の費用を支出しないよう求める住民訴訟が提訴された。
また1992年と1994年には、日本弁護士連合会が内閣総理大臣に対し人骨の調査を行うよう勧告するとともに、区に対し人骨を保管するよう勧告する人権救済申立を行った。
2000年(平成12年)12月19日、最高裁第三小法廷(奥田昌道裁判長)判決によって原告側の住民敗訴が確定。翌2001年6月、厚生労働省は人骨について、「軍医学校が研究・教育のため使った標本などだった」として国の関与を認め、人骨を新宿区から引き取り新たにつくられる納骨堂に納める方針を固めた。納骨堂は、2021年6月15日現在、国立感染症研究所内に存在する。
2011年(平成23年)2月、厚生労働省は初めて人骨の発掘作業を開始した。発掘対象地は旧厚生労働省宿舎跡地であり、1989年に人骨が発見された場所に近い。「人骨標本を隠すために厚生労働省宿舎に人が住んでいる」という証言があったため、宿舎の入居者が退去するのを待ち、建物を解体した。