フェリーさんふらわあ
大阪 - 小豆島航路(大阪港 南港コスモフェリーターミナル - 坂手港、旧 関西汽船) 2011年夏季をもって休止。 就航船:さんふらわあ あいぼり・さんふらわあ こばると
小倉 - 松山航路(小倉砂津港フェリーターミナル - 松山観光港ターミナル、旧関西汽船 2011年 - 2013年3月31日) 2011年4月1日より松山・小倉フェリーが同航路を継承。 フェリーくるしま 1986年6月竣工、1987年4月27日関西汽船に就航。4,277総トン、航海速力18.0ノット(最大21.6ノット)。 フェリーはやとも2 1986年6月竣工、1987年9月23日関西汽船に就航、2003年改造。4,238総トン。航海速力18.0ノット(最大21.5ノット)。 いずれも、全長119.0m、幅21.0m、出力11,200馬力。旅客定員530名。車両積載数:トラック73台・乗用車41台。新来島どっく大西工場建造。
大阪 - 志布志航路 さんふらわあ さつま (2代) 1993年3月15日竣工、同月24日就航、1997年改造。12,415総トン、航海速力23.3ノット(最大25.7ノット)。 2008年1月のドック入りの際、ファンネルマークが「Dマーク」に変更され、更にその後さんふらわあオレンジ(船体側面のサンマークにおけるフレア部分の色)に塗装され、Dマークは姿を消した。
2019年(平成31年/令和元年) 4月23日 - 公式ウェブサイトと大阪南港第1ターミナルのデジタルサイネージに、フェリー業界で初の人工知能案内サービス「AIさくらさん」を導入。 5月 - 「さんふらわあ さつま」「さんふらわあ きりしま」がシップ・オブ・ザ・イヤー2018大型客船部門賞を受賞。 10月18日 - 大阪南港第1ターミナル待合所のリニューアルを完了。
2020年(令和2年) 3月2日 - 新型コロナウイルス感染症に伴いレストラン営業を休止、軽食・弁当販売での供食とする。 5月2日 - 9日 - 新型コロナウイルスに伴い大阪 - 別府航路を一時休止。
2021年(令和3年)7月20日 - レストラン通常営業を再開。
2022年(令和4年)2月7日 - 本部を神戸市六甲アイランドから大阪市アジア太平洋トレードセンターO'z棟に移転。
2023年(令和5年) 1月13日 - 大阪 - 別府航路に新造船「さんふらわあ くれない」が就航。別府港新フェリーターミナル運用開始。 4月1日 - 陸運子会社であるブルーハイウェイエクスプレス九州(鹿児島市)とさんふらわあ物流(大分市)を統合し、鹿児島市にさんふらわあエクスプレスを設立。 4月14日 - 大阪 - 別府航路に新造船「さんふらわあ むらさき」が就航。 5月11日 - 「さんふらわあ くれない」がシップ・オブ・ザ・イヤー2022大型客船部門賞を受賞。 2月13日 - 商船三井フェリーとの合併計画を発表。 6月5日 - 新会社の社名「株式会社商船三井さんふらわあ」(英:MOL Sunflower Ltd.)を発表。 10月1日 - 商船三井フェリーに吸収合併され「商船三井さんふらわあ」となり解散。なお合併後もウェブサイトについては九州航路のサイトとして存続。