長宗我部氏
国親の跡を継いだ21代長宗我部元親の時代に、長宗我部氏は最盛期を迎える。元親は父・国親の遺志を継いで永禄5年(1562年)本山氏を滅ぼし、同永禄6年(1563年)には弟・親貞を吉良氏に入れ併合、同永禄12年(1569年)には安芸氏を滅ぼしている。これまでの間香宗我部氏とは同盟関係にあったが、安芸氏の打倒後、弟・親泰が入嗣し、併合が行われた。また、元亀2年(1571年)津野氏に3男の親忠が養子として入って併合を行った。このように他の六雄(大平氏は一条氏により滅亡)を支配した元親は、土佐一条氏の内乱に乗じ、追放された当主一条兼定に代わって天正2年(1574年)に兼定の子・一条内政を大津城に入れ「大津御所」として傀儡化()した。同天正3年(1575年)に一条兼定が侵攻した時には四万十川の戦いでこれを破り、一条氏の残存勢力を滅ぼして土佐国を完全に平定した。
その後、元親はさらに、白地城を拠点として伊予国や阿波国、讃岐国にも積極的に進出し、河野氏や三好氏を駆逐していき、天正13年(1585年)四国をほぼ統一したとされる。ただし、四国統一を達成したかどうかについては異論がある。しかしながら、同天正13年(1585年)に行われた羽柴秀吉の四国攻めに敗北し、土佐一国に減封される。その後は、九州征伐、小田原征伐、文禄・慶長の役と秀吉に従って転戦する。
従軍した九州征伐では、天正14年(1587年)の戸次川の戦いで元親の嫡男、長宗我部信親が戦死する。元親は世継ぎをめぐっての争いで甥の吉良親実を殺す粛清を行なったうえ、四男の長宗我部盛親に信親の娘を娶らせ、世継ぎとした。
再び長宗我部を名乗ったのは明治になってからである。
元親の甥・吉良親実(元親の弟・吉良親貞の子)の子孫は肥後藩細川氏に仕え、傍系の一族は他家に仕えるか帰農して生きながらえた。この際、島姓など他の名字に改姓し、明治時代にいたって長宗我部・長曽(曾)我部姓に復した者も多い。
元親の三女で佐竹親直に嫁いでいた阿古姫は、大坂の陣の際に伊達政宗に捕えられたが助命され、二人の息子と共に仙台藩に仕えた。息子たちはそれぞれ重臣の家に養子入りし(五十嵐元成・柴田朝意)、仙台において元親の血をつないだ。このため、阿古姫母子を頼って仙台へ行った長宗我部ゆかりの人々もおり、香宗我部貞親の養子・重親が仙台藩に召し抱えられたほか、吉松氏女(母は元親の四女)が従兄弟の朝意の継室となっている。
由井正雪の片腕といわれた丸橋忠弥(長宗我部盛澄)は、長宗我部盛親の子孫と称していた。また、幕末の尊皇志士として徳島藩士の長宗我部太七郎がおり、生野の変に参加するが、文久3年(1863年)10月14日、但馬国山口村妙見堂で自刃したという。没後、靖国神社に合祀される。
この他、『土佐物語』には山田氏、片岡氏を加えた9氏が有力豪族として記載されている。
このように最も弱い勢力であった長宗我部氏は、19代兼序(兼序は法名。正式名は元秀)の時、岡豊城を追われ、一時滅亡する。その経緯には、諸説ある。
兼序は主君細川政元存命時はその威を借りて勢力を伸ばしたが前述の政元暗殺後、周辺豪族の反感を買い永正5年(1508年)、本山・山田・吉良・大平連合軍3千により落城したという説(『土佐物語』)。
吸江庵の寺領問題で、大津城を拠点とした天竺氏に滅ぼされたという説。
いずれの説においても、戦乱で兼序の遺児千雄丸は城を脱出し、土佐一条氏のいる中村に落ち延びて保護されたとされる。
千雄丸は土佐一条氏当主一条房家の下で元服して長宗我部国親を名乗った。そして房家の配慮により永正15年(1518年)岡豊城に帰還して長宗我部氏を復興、20代当主となる。国親は本山氏と表向き手を結んだ上で、吉田氏と婚姻関係を結び地位の安定を図ると共に、近在の天竺氏・横山氏・山田氏ら周辺豪族を滅ぼし、勢力を拡張した。永禄3年(1560年)には本山氏に反旗を翻し長浜の戦いで敗走させたが、同永禄3年(1560年)病死した。