トマール
しかしながら、反宗教改革の嵐はポルトガルを覆うこととなる。また、隣国スペインのポルトガルへの圧力も徐々に大きくなる中で、詔で、「ポルトガル国内に居住しているユダヤ人は、速やかにキリスト教徒になること、ただし、ポルトガル国内から立ち去ることは禁止する」旨を発表した。この詔の背景には、ユダヤ人がポルトガルから立ち去ることで、ポルトガル海上帝国を支えてきた知識と商業資本が流出することを危惧したとされる。とはいえ、反ユダヤ人の嵐が吹き止むことはなく、裕福なユダヤ人は、ポルトガルを立ち去り、ポルトガルを立ち去ることができなかったものは改宗を余儀なくされた。また、数百人もののユダヤ人と新教徒は、逮捕され、宗教裁判所による判決で火刑の処分を受けた。
1581年、スペインとポルトガルの同君連合が成立する。フィリペ1世の指示を受けたコルテスにトマールは統治されることとなった。