DNAトポイソメラーゼ
II 型トポイソメラーゼ(type II topoisomerase)の反応では、2本鎖が同時に切断されその切れ目の間を別の2本鎖が通過する。切れ目が再結合すると、リンキング数は二つ変化する。反応は ATPを要求する。
IIA 型トポイソメラーゼは、進化的に広く保存されており、超らせんの緩和に加えて、複製後に生じる娘2重鎖DNA間の絡まり(カテナン [catenane])の解消も担う。後者の活性は、真核細胞では topoisomerase II (topo II) が、細菌では topoisomerase IV (topo IV) がこれを担う。真核生物の topo II は、抗がん剤のエトポシド(etoposide)やテニポシド(teniposide)のターゲットとなる。
大腸菌を含む多くの細菌は DNA gyraseと呼ばれる、もう一種の IIA 型トポイソメラーゼを有する。DNA gyraseは負のDNA超らせんを導入する活性をもち、キノロン(quinolone)系抗生物質のターゲットとなる。
IIB 型トポイソメラーゼは、古細菌や植物等に見出される。真核生物のSpo11(減数分裂期の組換えに先立ってDNA2重鎖切断を担う酵素)は IIB 型と構造的に類似するが、DNAの再結合活性はもたないため通常トポイソメラーゼには分類されない。