清凉寺
享禄3年(1530年)に円誉が当寺に入り、初めて十二時の念仏を勤修してより、本寺は浄土宗の寺となる。釈迦堂(本堂)は、慶長7年(1602年)に豊臣秀頼によって寄進・造営されたが、その後、寛永14年(1637年)に発生した嵯峨大火で類焼し、本堂以下の伽藍が被災した。また、大地震の被害もあって伽藍の破損は甚大となる。
本寺の釈迦像は、前述のとおり、10世紀に宋で制作されたものであるが、中世頃からはこの像は模刻像ではなく、インドから招来された栴檀釈迦像そのものであると信じられるようになった。こうした信仰を受け、元禄13年(1700年)より、本尊の江戸に始まる各地への出開帳が始まる。また、徳川綱吉の母である桂昌院の発願で、伽藍の復興が行われた。
このように、三国伝来の釈迦像・生身の釈迦は信仰を集め、清凉寺は「嵯峨の釈迦堂」と呼ばれて栄えた。しかし、明治時代の神仏分離によって愛宕山白雲寺は愛宕神社になり、山下別当寺であった当寺は愛宕山から分離された。
一方、母体であった棲霞寺は次第に衰微してやがて清凉寺に吸収されたが、今に残る阿弥陀堂や、阿弥陀三尊像(国宝、現在は霊宝館に安置)に、その名残をとどめている。