ネメシス'90改
全体的にザコ敵の動きが速くなっており、一部MSX版では出てこなかったザコが追加・差し替え等されている。
敵を全滅させる青カプセルは、原作では出現箇所が固定されていたが、本作ではAC版シリーズのようにパワーアップカプセルn個出現毎に出現する。
ボスの攻撃パターンに一部変更や追加がある。またコアの遮蔽板を破壊すると1周目から大量の撃ち返し弾が発生する。
5面では『沙羅曼蛇』3面のようなプロミネンスが地表から噴き出すようになった。
2面と5面にオリジナルのボスが追加され、「ミスフィッツ艦」(3面)と「メイヘム艦」(4面)は1回ずつの登場となった。
ボス艦内の地形が変更され、狭くなった。また、ボスを倒した後のコア残骸にはバリアとの当たり判定があり、艦内へ入る時バリアを装着していてもこれに削られて無くなってしまう。
エクストラステージは、2面・4面・6面の特定の場所から入るように変わった。エクストラステージ内の地形なども変更されている。
折り返し面で、オリジナルステージが出てくることがある。
多数の滝が登場する美しいステージだが、滝に触れてしまうとミスになる。『グラディウスIII』2面のような泡も登場する。ボスも『グラディウスIII』の2面ボス「バブルアイ」に酷似している。BGMは「スペーストリッキーエリアのテーマ」。
破壊不可能な多量の隕石の中を進んでいく。『沙羅曼蛇』の5面のようなイメージである。ボスは「ビッグコアMk.II」を小型にしたような外見。BGMは「帰還のテーマ」。