PLOS
2001年に、スタンフォード大学の生化学者であるパトリック・O・ブラウンと、カリフォルニア大学バークレー校の計算生物学者でハワード・ヒューズ医学研究所の研究者でもあるマイケル・アイセン(英語版)が中心となって立ちあげられた。当初はあらゆる学術雑誌の全文に、誰でも自由に無料でアクセスできるようにするよう呼びかけるプロジェクトであった。「BioMed Central」などがこれにすぐ応えてオープンアクセス化を進めた他、「米国科学アカデミー紀要」 (PNAS) 誌などが、発行後半年以上経過した記事をオープンアクセスにした。その他の多くの出版社は、著者自身が未定稿版 (プレプリント) などを公開するセルフアーカイブに頼り続けていた。
出版活動は、2003年8月13日に1冊目の査読付きのオンライン科学雑誌である「PLOS バイオロジー(英語版)」を発行し、その後も医学や計算生物学、遺伝学などの専門雑誌を立ち上げた。2006年に創刊した「PLoS Clinical Trials」は、同年に発行を開始した「PLoS ONE」に吸収される形で発行を休止した。