FC刈谷
その間に5月31日のガイナーレ鳥取戦から8月2日のソニー仙台FC戦まで10連敗(6試合連続無得点)を喫した。そのため急遽アマラオが選手として復帰することとなった。またシーズン途中で前年まで主力だった篠川雅仁を呼び戻したり、FC岐阜から車東訓を期限付きで、神奈川大学から大石治寿、さらに東海学園大学から在学中の3選手を獲得した(なお、うち2人は11月をもってFC刈谷を退団。九州リーグのMSU FCへ移籍した。)。しかし、その後も伸び悩み9月12日の鳥取戦に4-2で勝利するまで、21試合連続未勝利となった。鳥取戦以降は5勝3分1敗と持ち直したものの、17位の成績。入れ替え戦に出場したがツエーゲン金沢に敗れて、15年ぶりに東海リーグへの降格となった。
シーズン終了後に浮氣哲郎の監督退任と選手兼コーチだったアマラオの2010年からの監督就任が発表された。また5選手が2009年をもって退団あるいは引退、池上礼一もシーズン途中に負った怪我の具合が思わしくなく退団、FC岐阜から期限付き移籍中の4選手も契約満了で退団となった(FC岐阜からも戦力外で退団となった。その後姜曉一とは2010年2月にFC刈谷へ完全移籍で再加入した)。
2010年は9選手が新たにFC刈谷の一員として加わり、また加藤知弘と西原拓己が選手兼コーチとして監督のアマラオを支えることとなり、一年でのJFL復帰をめざすことになった。