木曽馬
日本列島において馬は古墳時代の4世紀末から5世紀にかけて伝来し、信濃国・甲斐国など東日本の中央高地では西日本に先行する4世紀末代のウマが出土している。飛鳥時代(6世紀頃):美濃国恵那郡(後の信濃国筑摩郡→長野県西筑摩郡神坂村、現・岐阜県中津川市)にて、馬の放牧が始まる(注:木曽地域は中世以前は美濃国恵那郡の一部である)。
平安時代~江戸時代:武士の馬、農耕馬、荷馬として活躍。女性にも扱える120cm~130cm台の小さな体格と木曽の山間部に耐えうる脚力が重宝された。
鎌倉時代後期、鎌倉幕府を滅亡させた新田義貞の軍が用いた軍馬の骨が遺跡より多く発掘され、DNA鑑定の結果、木曽馬であった事がわかっている。
江戸時代:長い期間武将などに木曽馬が好まれて購入されたことにより良質な馬が多数外部に流出。優れた個体が産地で減ってしまったため改良が試みられることとなり、寛文5年南部馬の牝馬30頭が導入され木曽馬の牡馬と交配された。また江戸時代には経済的に苦しい農家が多かったことから馬の小作制度が普及し数百頭、時には千頭ほどを所有し貸し付ける馬主業が広く行われていた。
明治時代~大正時代:乗用馬、農耕馬として飼育数が増加。しかし中型馬である為、軍用馬としては不適格とされる。国や県を通じた指示により東北や愛知にいた西洋種であるアラブ、アングロアラブ、トロッター、ハクニー、アングロノルマンといった品種の種牡馬の導入と木曽馬牝馬との交配を進めた上に種牡馬以外の牡馬は去勢されたため、純系の木曽馬の数は激減し体型・体高も変化。大型化が続き明治25年には128.9cmだった体高は昭和23年には146.4cmを記録した。より大きな仔を得るために木曽馬の牡をアラブ種の牝と交配した例も少ないながらも存在した。
大型化や華奢な体型化は地元民が望んだものではなく、アラブやアングロアラブの子ではあったものの木曽馬に近かったともひそかに行われた純系木曽馬の牡馬との交配で生まれたとも言われている木曽馬系種牡馬らが人気を博したという。
1943年(昭和18年):種牡馬は外国種に取って代わられ最後の木曽馬系種牡馬宝玉号を最後に木曽馬系牡馬は全て去勢され淘汰。洋種との雑種ばかりとなり血量が高い純系で繁殖に使えるのは牝馬のみという事態に陥った。
1946年(昭和21年):木曽馬復元活動開始。開田などには外国種との交雑を敬遠し未去勢牡馬との混牧を利用することでひそかに木曽馬同士で交配させ得ていた純系がいたことから、木曽馬の血が濃い馬たちの生産が可能となったという。戻し交配で復元する努力も進められ、木曽馬系の体高も低くなっていくこととなった。
1969年(昭和44年):木曽馬保存会設立。
1983年(昭和58年):木曽町開田高原で飼育の木曽馬が長野県天然記念物に指定。(品種全体ではなく馬ごとの指定。)
2000年(平成12年):東京都稲城市平尾で飼育の木曽駒花ちゃん(嶺花号)が、長野県の木曽御嶽山のふもとの開田村で誕生。
2019年(令和元年):農林水産省によると木曽地域にいる木曽馬の頭数は138頭。うち約30頭は木曽馬の里 木曽馬乗馬センターにおり、繁殖活動以外にも乗馬やホースセラピー業務に従事。かつて需要が無くなったことで絶滅寸前に陥った経験をふまえ、乗馬といった利用を進め活躍の場を創出することが目指されている。木曽種は近親交配(親子交配、半きょうだい間交配)による奇形率の上昇などがあり、弊害を種牡馬選びや計画的な交配によって解消することが課題となっている。