益田氏
5代兼季は石見の莫大な所領を子らに分封した結果、周布氏・末元氏・丸茂氏・多根氏などの庶流が生まれた。南北朝時代になると益田宗家は北朝方、三隅・福屋・周布などの分家は南朝方に付いた。
観応の擾乱が勃発すると、益田氏は大内弘世と共に中国探題であった足利直義方に付いた。その後直義方が劣勢になると大内氏は足利尊氏方に寝返り、益田氏もそれにならった。以後益田氏は大内氏の傘下として石見国人の筆頭の地位を築いた。応仁の乱で益田兼堯・貞兼父子は大内政弘に従い石見で大内教幸や吉見信頼の反乱を鎮圧して石見の勢力を伸ばし、益田宗兼・尹兼父子は大内義興に従軍して永正5年(1508年)に上洛するまでになった。
天文20年(1551年)、大寧寺の変で大内義隆が陶晴賢ら重臣の謀反で討たれると、益田藤兼は晴賢と縁者の立場から晴賢主導の大内氏に従った。しかし、天文24年(1555年)の厳島の戦いで晴賢が毛利元就に討ち取られると藤兼も翌弘治2年(1556年)に元就の次男・吉川元春に益田領へ攻め込まれ、翌3年(1557年)に降伏、以降は毛利氏に従属することとなった。子の元祥も引き続き毛利氏に仕えたが、関ヶ原の戦いで毛利氏は減封、元祥も石見益田を離れて長門須佐に移った。以後、益田氏は長州藩の永代家老として毛利氏に仕え、問田益田家など分家三家も寄組として繁栄した。幕末に禁門の変で長州軍の指揮を執り、長州征討で責任を取って切腹した益田親施(右衛門介)は子孫である。ちなみに、同時代の長州藩士である周布兼翼(周布政之助)も前述の周布氏の一族出身である。
明治以降は男爵に叙爵された。現在、子孫は萩市須佐には在住せず、東京都内に在住している。
初代は藤原忠平の9世の子孫、石見守藤原国兼といわれる。国兼の先祖は藤原実頼とも藤原真夏とも(この場合は藤原実綱の孫)される。国兼の父は、有隆とも久通とも有定ともされる。永久2年(1114年)、石見に赴任するために下向。任期終了の永久6年(1118年)以降も石見に留まり続け、そのまま土着豪族化した。その際、石見上府(浜田御神本)に拠点を構え、御神本氏を称した。系図によっては、地域の有力者とする史料もあることから、地元の有力者との婚姻関係を結びながら土着化していったと考えられている。
国兼の子は、系図によって兼実・兼真・季兼と名前が異なっている。益田氏の出自に関して、藤原季兼と名前を共にする、1153年〜1157年にかけて石見国司であった源季兼との関係が指摘されている。季兼の女は藤原資長との間に兼光を生んでいるが、益田氏の系図で祖とされる国兼の従兄弟にあたる藤原実光の子が資長である。益田氏が国兼を藤原氏系図の中に位置づけた際に、季兼との関係も影響したため、益田氏一族が「兼」の一字を通字としたのも季兼との関係があると考えられる。
3代兼栄、4代兼高の代で益田氏は石見に有力武士団を形成した。兼高は石見の在庁官人として石見における地位を確立し、あわせて石見押領使に補任された。また、兼高の代で居館を益田に移し(建久9年、1192年)、これ以降益田氏に改める。なお、兼高の次男の兼信は三隅(みすみ)氏を名乗って分家三隅氏を、三男の兼広が福屋(ふくや)氏を興す。三者は一族を同じにする者として氏神御神本大明神の祭礼を共同で行うなどしていた。一般的には益田氏を御神本氏の惣領家とすることが多いが、三隅・福屋氏の系図史料が不足していることから、御神本一族惣領が益田氏であると断定するには至っていない。