熊本鉄道事業部
当センター配置の電車は全車両がワンマン運転に対応している。
815系(NT編成) 2両編成14本 (NT001 - 014) の計28両が配置されている。このうち、NT007 - 010の4編成は豊肥本線高速鉄道保有の所有車両であったが、2015年度に九州旅客鉄道へ売却された。なお、これまで当センター所属だったNT027(元NT015)編成は、2016年3月に大分車両センターへ転属した。
817系(VT編成) いずれも2両編成で、500番台3本 (VT501, 512, 516)、1500番台1本 (VT1507) の計4本8両が配置されている。いずれの編成も座席が転換式クロスシートからロングシートに改造された編成である。VT521編成以外の全車が直方車両センターからの転属車(ただし、VT12編成は直方→大分→当センターの順で配置)である。 2017年3月に直方から1000番台1本 (VG112) が転属、VT112となった。
熊本車両センター(くまもとしゃりょうセンター)は、熊本県熊本市西区蓮台寺の熊本駅付近にある、熊本支社管轄の車両基地であり、元々は同支社熊本鉄道事業部の管轄であった。