フニペロ・セラ
セラは1770年に現在のモントレーとなる地域に移動し、サンカルロス・ボロメオ・デ・カルメロ伝道所を設立した。セラはアルタ・カリフォルニアの「ファーザー・プレジデンテ」としてそこに留まった。1771年、伝道所をカルメルに移して「カルメル伝道所」となり、本部として機能した。セラの統率のもとに、サンアントニオ・デ・パドア、サンガブリエル・アルカンジェル、サンルイ・オビスポ・デ・トロサ、サンフアン・カピストラーノ、サンフランシスコ・デ・アシス、サンタクララ・デ・アシスおよびサン・ブエナヴェンチュラの各伝道所を設立した。1782年4月21日にサンタバーバラ・プレシディオ(砦)を造ったときもいたが、フェリペ・デ・ネヴェ総督の敵意のためにそこに伝道所を建てることはできなかった。
セラはカリフォルニアでの伝道(ミッション)を、イエズス会のやり方に倣った。武装したスペイン軍隊と共にセラはインディアンたちの平和な村々を襲い、酋長や呪い師を「異端者」として真っ先に捕え、拷問を加えて脅迫し、火炙りにしてこれを殺した。大人も子供も構わず、インディアンたちを動物のように捕まえ、柵の中に追い込み、「死にたくなければカトリック教徒に入信するように」とインディアンたちを脅迫し、逆らう者たちを殺した。
フランシスコ会の記録者フランシスコ・パロウ(英語版)神父の報告では、セラが指導したフランシスコ会士の支配による最初の3年の間、インディアンたちの大人と子供が76人が洗礼を受けさせられ、これを拒否した131人が殺されて埋められた。同時期にフランシスコ会がインディアンに対して行った他所でのミッション状況は以下のとおりである。
「サンノゼ・コモンデュ(英語版)でのミッション」-洗礼数94人、殺害数241人
伝道所の軍司令官ですら、インディアンたちの食物がはなはだしく不十分であると認め、「彼らの労働が非常に苛烈であり」、それが「朝から晩まで続くこと」、そして、「彼らの労働の困難さ」を報告している。カロリー摂取量は十分な食事条件の1つに過ぎず、もう一つの問題として、栄養価の問題があった。セラがミッション・インディアンたちに強いた食事内容には、ビタミンAとC、さらに高品質のタンパク質とリボフラビンが深刻に不足していた。結果として生じるひどい栄養失調は、不潔で窮屈な生活環境の中で、彼らを感染症に一層かかりやすくしたのである。
カリフォルニアのミッション・インディアンたちの骨学上の分析によれば、彼らの骨格は、白人による侵略以前のそれよりもかなり小さくなり、急激に質的降下を描いている。他地域のそれと比較して、ことにミッション・インディアンにおいてはそれが顕著だった。発達成長の遅れは、セラによる「ミッション」での食事の栄養的な不足、または劣悪な食事と伝染病の複合影響に起因していた。
伝道所によるプランテーション以外では、ミッション・インディアンたちはスペイン軍の野営地で強制労働を課せられた。1人のフランス人が19世紀前半に伝道所や軍での生活を調べた後に、宣教師たちとインディアンたちの関係についてこう述べている。「これは名義上異なっているだけの、奴隷所有者と奴隷だ。」。捕虜となったミッション・インディアンたちは、牢獄のような伝道所で性行為を控えるようになった。これに対しスペイン人聖職者たちは子作りを強要した。それでも拒んだインディアンの男女については、生殖器を強制検査した。それでも拒んだあるインディアン女性は50回も鞭に打たれ、「子供と思うように」と木製の人形を無理やり抱かされた。
その熱心さによって、人々を悔悛させるために特別な手段、たとえば説教壇にいるときに、石で自分の胸を叩いたり、自分を鞭打ったり、あるいは裸の胸に火の付いた松明を当てたり、を使うことになった。セラは9箇所の伝道所を建てた。
1768年、セラはバハ・カリフォルニアのインディアン伝道のために選ばれた15人のフランシスコ会の者の上級者に指名された。スペイン国王カルロス3世が1768年2月3日に「ヌエバ・エスパーニャ」からイエズス会伝道団の追放を命じた後、フランシスコ会がバハ・カリフォルニア半島の伝道管理を肩代わりすることになった。セラは「ファーザー・プレジデンテ」(神父達の長)になった。1768年3月12日、セラは太平洋岸のサンブラス港から船に乗ってカリフォルニアに向かった。1769年早く、ガスパー・デ・ポルトローラ総督と共にそのアルタ・カリフォルニア遠征に同行した。その途中の5月14日にヴェリカタのサンフェルナンド・レイ・デ・エスパーニャ伝道所を建てた(バハ・カリフォルニア全体で唯一のフランシスコ会伝道所)。この隊が7月1日にサンディエゴに到着したとき、カリフォルニアの21の伝道所では最初のものであるサンディエゴ・デ・アルカラ伝道所を始めるために後に残った(近くのヴィジタ・デ・ラ・プレゼンタシオンもセラの指導で設立された)。