忍岡聖堂
徳川綱吉が将軍の地位を継ぐと、元禄元年(1688年)以後毎年のように忍岡聖堂を訪問するようになった。そして、3年目の元禄3年(1690年)の訪問後の7月になって、綱吉は林信篤に対して忍岡聖堂に対する異議を伝えた。すなわち、
儒教の振興は国家=江戸幕府の事業で聖堂はその政策の中心であるべきなのに、現在の聖堂は尾張藩の資金で林家が私的に建築した施設であること。
聖堂のある忍岡は本来は寛永寺の敷地であり、教えの違う2つが同居する形態になっていること。
を、挙げて幕府が新たに聖堂を建立することを通告した。間もなく、幕府は神田台の湯島(当時の本郷と神田の境界線は明確ではなく、湯島の中でも神田に属している地域もあった)に敷地を確保して、新たな聖堂を造営した。新しい聖堂は尾張藩による忍岡聖堂よりも規模を大きくし、綱吉によって「大成殿」と命名されて徳川義直の「先聖殿」に代わる「大成殿」の額の文字を自ら記し、更に孔子などの画像も狩野益信に命じて新たに描き直さるなど、忍岡聖堂が持つ「尾張色」を極力排除して江戸幕府による国家的な施設への転換を図った。元禄4年(1691年)2月7日、松平輝貞によって孔子像や神位が忍岡から湯島に移され、11日には綱吉自らが老中大久保忠朝や加藤明英・柳沢保明ら側近たちを付き従えて新聖堂での初めての釈奠に参列した。また、林家とその私塾も湯島に移されて聖堂の一部に含まれることとなり、以後「湯島聖堂」と称されることとなった。
その後、忍岡聖堂の建物は元禄11年(1698年)9月6日に発生した勅額火事によって焼失し、以後再建されることは無かった。