日本書紀
博士は矢田部公望。現在断片として伝わっている私記丁本がその私記であると推測されている。
『日本書紀』には訓読や書名をあげての文献引用など、本文とは別に分注(分註)と呼ばれる割注記事がみられる。かつては分注は後世の創作とする説も存在したが、今日では『日本書紀』成立当初から存在していたと考えられている。また、前述の「一書に曰く」も平安期の写本の断簡の中には分注と同じ体裁で書かれており、原本では分注の一部であった可能性がある。成立当初からの分注の存在は『日本書紀』独自の形式であるが、前述の『三国志』の裴松之による注のように中国の歴史書において後世の人物が本文に注を付けてさらに後々に伝えられる例は存在しており、『日本書紀』の編者がこうした注の付いた中国の歴史書の影響を受けた可能性がある。
『日本書紀』は神功紀・応神紀にはいると飛躍的に外国の記述、特に朝鮮半島での出来事や倭国と朝鮮との関わりについての記述が増える。この時期の記述には朝鮮の史書である『三国史記』と対応する記述があり、また倭国から中国への遣使記録が中国各王朝の正史にあることから、『日本書紀』の年次と外国史書の年次を比較することができる。
巻9(神功紀)は39年条に「魏志倭人伝」に登場する倭の女王卑弥呼の遣使記事を載せ、神功皇后と卑弥呼を同一人物として描いている。この卑弥呼の遣使は魏の景初3年(239年)のことであるため、『日本書紀』は神功皇后39年を239年に設定していることがわかる。そして神功紀には同じく百済の王の崩御・即位記事があり、神功皇后55年に百済の肖古王(近肖古王(375年死亡)が死亡したこと、神功皇后56年に王子貴須(近仇首王、375年即位)が即位したこと、神功皇后64年に枕流王が即位したことなどが記されている。『三国史記』や『東国通鑑』の近肖古王の記述に基づくならば近肖古王の死は西暦375年ということになりこれが神功皇后55年に対応する。