宗教事業協会
就任後間もないにもかかわらずこの様に大胆な改革を進めたことが、多くのバチカン内の改革派と信者からの支持と喝采(そして対象者とその利害関係者からの抵抗と非難)を受けたが、教皇在位わずか33日目の1978年9月28日の午前4時45分にバチカン内の自室で遺体となって発見された。
急死後にヴィヨ国務長官に対する更迭布告文書がヨハネ・パウロ1世の寝室から紛失したことや、死後直ぐに死体に防腐措置が取られるなど、不可解な証拠隠滅や情報操作が行われた上に、ヨハネ・パウロ1世によるバチカン銀行の改革と自らの追放を恐れていたマルチンクス大司教が、普段は早朝に起床することがないにもかかわらず、なぜか当日早朝に教皇の寝室近辺にいたことが判明し、更迭が言い渡されていたヴィヨ国務長官やマルチンクス大司教、そしてマルチンクス大司教と関係の深かった「ロッジP2」のリーチオ・ジェッリ代表、さらにこの2人と関係の深い、アンブロシアーノ銀行のロベルト・カルヴィ頭取らによる謀殺説が囁かれることになった。