上山藩
その後、上山には飛騨高山藩から金森頼旹が3万8700石で入ったが、元禄10年(1697年)6月に美濃郡上藩へ転封となった。
同年9月15日、備中庭瀬藩から松平信通が3万石で入り、ようやく藩主家が安定する。しかし小藩にありがちの財政難が延享年間から発生し、百姓一揆も頻発した。延享4年(1747年)には五巴徒党一揆、明和8年(1771年)には逃散一揆、天保5年(1834年)には徳政一揆が起こって、合計8名が処刑されている。文化6年(1809年)には藩校・天輔館(後に明新館)が設立された。
幕末になると幕府に重用され、大坂警備や江戸市中警備に出兵した。慶応2年には洋式兵学を取り入れた。慶応3年12月、江戸市中で浪人による放火が相次ぎ、その主犯が薩摩藩であることを突き止め、時の藩主松平信庸は自ら兵を率いて薩摩藩邸を攻撃した。これに出羽庄内藩、武蔵岩槻藩、越前鯖江藩が同行した(江戸薩摩藩邸の焼討事件)。
慶応4年(1868年)、戊辰戦争が始まる奥羽越列藩同盟に参加、同盟方針に従って総督・山村求馬率いる洋式軍隊を出羽久保田藩に派兵する。山村求馬は出羽新庄藩の裏切りにより戦死、その後は庄内藩と行動をともにして久保田城を包囲した。また、飛び地であった七日市が長岡に近かったため北越戦争に巻き込まれ、別働隊を長岡に派遣した。米沢藩が新政府に恭順すると、背後からの攻撃を恐れて軍を引き上げ降伏恭順し、版籍奉還を迎えた。
当時の軍楽隊であった上山藩鼓笛楽隊が上山藩鼓笛楽保存会として現存しており、当時の洋式軍隊と軍楽隊の保存会が存在する数少ない地域である。