日本鉄道労働組合連合会
さらにJR西労組、JR四国労組、JR九州労組がJR総連を脱退し、JR東海ユニオンと合流、1992年5月18日、国労を脱退した日本鉄道産業労働組合総連合(鉄産総連)と組織統合をして日本鉄道労働組合連合会が発足する。JR総連には旧動労系のJR東海労働組合(略称:JR東海労)・JR西日本労働組合(略称:JR西労)が結成され参加した。
これにより、JR東海、西日本、四国、九州の各社でJR連合は最多数の組合になったものの、JR東日本やJR北海道、JR貨物では少数派となっている。また旧鉄労系は国労の民同右派が、鉄産総連は民同左派をそれぞれ淵源としていて、1951年の「平和3原則」をめぐる国鉄民同の分裂以来40年余を経て旧民同系が再統一されることとなった。
JR連合は、JR総連を革マル派の影響下にあり、JR総連系が多数派を占めるJR東日本やJR北海道において会社がJR総連系の組合に「異常に偏重する労政」が行われていると主張し、革マル派の排除・暴力追放などの「民主化闘争」を進めており、国労とも「民主化闘争」で共闘するケースがある。一方、JR総連側は、JR連合系が多数派を占めるJR東海やJR西日本において、JR福知山線列車事故の要因ともなった日勤教育や、JR連合系以外の組合に所属する者に対し昇進等の差別が行われていると批判している。