ツアー・オブ・ジャパン
第1回大会から実施。旧修善寺町が合併して伊豆市になる前は「修善寺ステージ」と呼ばれていた。日本サイクルスポーツセンターの周回コースを中心にレースが行われる。周回コースの一部は普段は日本競輪選手養成所の生徒の訓練専用コースであり、一般には開放されていない。なお、第13回大会までは8kmの周回コースが使われていたが、第14回大会からは8km周回コースの途中からサイクルスポーツセンター正門と競輪学校正門を経由する12.2kmの大回りのコースが採用された。このステージで総合優勝争いにはほぼ決着がつけられる。
第10回大会:静岡県伊豆市(旧修善寺町)・日本サイクルスポーツセンター8km周回コース~伊豆スカイライン亀石峠IC 110.48km (8km×5周 + 70.48km)
第11回~第13回大会:伊豆市修善寺駅前~日本サイクルスポーツセンター8km周回コース 第11回大会 128.50km (非競技区間8.5km + 8km×15周) 第12回大会 112.50km (非競技区間8.5km + 8km×13周) 第13回大会 96km (非競技区間8.5km+) (8km×12周)
第14回大会以降:日本サイクルスポーツセンター12.2km周回コース 第14回大会 97.6km (12.2km×8周) 第15回大会以降 146.4km (12.2km×12周)
第1回から最終ステージとして使用されていて、大井埠頭及びその周辺を周回する。コースはまったくの平坦で逃げを決めるのは非常に難しいが、最後のステージ優勝をかけてアタック合戦が展開されることが多い。過去に一度だけ東京ステージでの個人総合優勝の逆転劇があった。また、周回コースでは前座として実業団レース(以前は市民レース)が開催される。
品川区大井埠頭周回コース (非競技区間3.8km+) 112.0km (14.0km + 7km×16周)
第1回から第3回まで開催。大阪ステージの翌日に、現在もシマノ鈴鹿ロードレースで自転車ロードレースでも使用されている鈴鹿サーキットで開催されていた。2輪・4輪コースと逆回りで、レイアウトも若干異なるコースであった。奈良ステージの開始に伴い終了となっている。
三重県鈴鹿市・鈴鹿サーキット周回コース 146.60km(5.864km×25周)
ツアー・オブ・ジャパンには個人とチームにそれぞれ賞が設定されている。個人賞は四つあり、各ステージ終了後の表彰セレモニーでそれぞれの1位選手にリーダージャージが授与され、次のステージで着用する義務を負う。なお、ひとりの選手が複数の個人賞部門で1位となった場合、表彰セレモニーでは重複してジャージが授与されるが、レースでは個人総合時間賞→ポイント賞→山岳賞→ヤングライダー賞の順番に優先して着用し、残りは原則として該当個人賞部門の次位選手が着用する。サプライヤーは第14回大会まではパールイズミだったが、第15回大会ではチャンピオンシステムが供給する(これと同時に金剛力士をあしらった新デザインに変更された)。