東三条殿
正暦1年(990年)7月の兼家の死後、東三条殿は父の後を継いで摂関となっていた嫡男道隆に継承されたと見られる。同年10月に、中宮藤原定子は東三条第より入内している 。また、引き続き詮子の里第として用いられたらしく、詮子は幾度か内裏から職御曹司を経て東三条第(南院)に下っている。
翌年の正暦2年(991年)9月、詮子は職御曹司で出家して日本最初の女院となり、この居宅の名より「東三条院」を院号とした。ただ、11月に内裏を退出して以降は、道長の土御門殿を御所とし、東三条殿に住むことはなかった 。
正暦4年(993年)3月、摂政道隆の邸宅であった東三条第の南院が全焼する。本院は焼失を免れたらしく、南院もすぐに再建され、翌年11月には完成した。『大鏡』には、この頃に道隆嫡男の伊周が南院において弓の遊びを開催した際に、思いかけずやってきた道長を道隆が歓待したが、弓の勝負で自家の繁栄を誓言した道長が勝って青ざめたという逸話が伝えられている(ただしこの南院は伊周邸の二条殿とする解釈もある)。また、長徳元年(995年)1月、冷泉上皇の御所鴨院が焼亡した際には、近傍ということもあり、東三条第に難を逃れている。長徳元年(995年)4月、病の重くなった道隆は南院で出家した後、薨じた。
『保元物語』によれば、東三条殿には頼長と結ぶ崇徳上皇方の軍勢が集結し、謀反を計画したという。7月8日、頼長の宇治滞在中に、後白河天皇の軍が東三条殿を接収した。これをきっかけに、後白河天皇・忠通側と崇徳上皇・頼長側による保元の乱が勃発し、3日後には天皇と藤原忠通以下、天皇側の文武百官がここに立て籠もった。この乱で勝利した天皇は忠通に東三条殿を返還した。
乱の翌年、忠通は東三条殿の修理を行ない、7月から1月ほど後白河天皇が里内裏として利用した後、忠通娘の藤原聖子(皇嘉門院)に譲られた。里内裏とした際には、寝殿を紫宸殿、東対を清涼殿に充てて、遣水の上にある御車寄廊を常御所として用いたことが、『兵範記』に記録されている。その後、二条天皇も一時期里内裏として利用した。
その後、皇嘉門院から忠通嫡男の近衛基実(近衛家 始祖)に譲られたが、仁安元年(1166年)7月に基実が早逝すると、その室平盛子が伝領した。10月には平滋子所生の皇太子憲仁親王(後の高倉天皇)の立太子の儀が行なわれ、そのままその御所となったが、同年12月末、憲仁親王の着袴の儀が行なわれた2日後に火災で焼失した。以後は再建されずに荒廃し、しばしば里内裏となった閑院に面する「東三条の森」となった。