亀山天皇
その一方で、好色ぶりでも知られ、出家後も様々な女性と関係をもって多くの子供を儲けている。また、笛・琵琶・催楽馬・神楽・朗詠など様々な芸能に通じ、持明院統の後伏見上皇(大甥にあたる)の願いを受けて、乾元元年(1302年)には蹴鞠を、翌年には朗詠を伝授している。
正応3年(1290年)、宮中に甲斐源氏の浅原為頼父子が押し入り、伏見天皇暗殺未遂事件(浅原事件)が起きた。この事件は初め北条氏による霜月騒動に連座し、所領を没収されたことによる浅原の反抗かと思われたが、大覚寺統系の前参議三条実盛の関与が疑われ、それを受けて伏見天皇と関東申次西園寺公衡は亀山法皇が背後にいると主張した。しかし後深草法皇はその主張を退けた。また亀山法皇も幕府に事件には関与していない旨の起請文を送ったことで、幕府はそれ以上の捜査には深入りせず、三条実盛も釈放された。
孫の後二条天皇朝であった嘉元3年(1305年)9月に亀山殿で崩御、宝算57。遺詔で末子であり当時3歳の恒明親王の立太子の意思を示し、親王の伯父である左大臣西園寺公衡が実現工作に動いたために、後宇多上皇の強い反発を招き大覚寺統内部に混乱を招いた。
なお、安嘉門院の猶子となっていたようであり、後深草上皇(持明院統)が長講堂領を手にしていたのに対し、弘安6年(1283年)9月に安嘉門院が没すると、幕府に使者を遣わして裁定を受け、安嘉門院の遺領(八条院領)を半ば強引に相続した。以降は、子孫の大覚寺統に受け継がれ、後醍醐天皇まで大覚寺統の主な経済基盤になった。
追号の亀山院は、在所の名亀山殿にちなむ。父後嵯峨院が嵯峨野に建造した離宮亀山殿を伝領し、退位後は仙洞としてそこで崩御している。
ほかに、同じく父後嵯峨院が洛東東山禅林寺(永観堂)の南部に文永元年(1264年)に造営した離宮禅林寺殿に由来する禅林寺殿の異称もある。なお、この離宮は伝領した後に亀山院自身が寺院化し、正応4年(1291年)に京都五山の上位南禅寺となった。
また、居所から万里小路殿、年号から文応皇帝の異称もある。
典侍:藤原(正親町三条)実任女 第五皇子:守良親王(? - ?) - 五辻宮家の祖
典侍:藤原(法性寺)雅子 - 法性寺雅平女 第二皇女:憙子内親王(昭慶門院)(1273年 - 1324年)
典侍:平時仲女(帥典侍) 第九皇子:順助法親王(1279年 - 1322年) 第十一皇子:慈道法親王(1282年 - 1341年) 第二十皇子:行円法親王
宮人:藤原(洞院)禖子 - 洞院実雄女 第三皇女:理子内親王(1274年 - 1282年)
宮人:貫川(京極院雑仕) 皇女:北政所(? - 1329年) - 近衛家基室、近衛経平母
宮人:玄駒法師女 兼良親王
宮人:藤原寿子 - 藤原景房女 叡雲法親王(定良親王)
宮人:三条公親女 性恵法親王
宮人:小倉公雄女 恒雲法親王
宮人:民部卿三位 - 北畠師親女もしくは広橋経光女。後、亀山天皇の孫の後醍醐天皇との間に護良親王を儲ける。 聖護院准后尊珍法親王