鞭毛菌類
鞭毛菌類は、ふつうツボカビ類(広義)、サカゲツボカビ類、卵菌類の3群を含む。古くは1つの分類群としてまとめられ、鞭毛菌門(Mastigomycota)、または真菌門の鞭毛菌亜門(Mastigomycotina)に分類されていた。多くの菌類は鞭毛細胞を欠くが、鞭毛は多くの真核生物に見られる構造であり、鞭毛細胞をもつことは原始形質を残したものであると考えられていた。また上記のように菌体が単純なものが多いことも、鞭毛菌が原始的な菌類であることを示していると考えられていた。
しかし、上記のような鞭毛菌3群の鞭毛細胞の形態的差異は、これらが系統的に異質なものであることを示しているとも考えられるようになった。サカゲツボカビ類や卵菌類の前鞭毛には管状小毛が付随しており、この2群は二毛菌類(Dicontomycetes)としてまとめられることもあったが、この特徴は不等毛藻(褐藻や珪藻)などにも見られることから、これらが近縁であることも示唆された。