吟味方
証拠が明白でありながら自白をしない容疑者に対しては、拷問がなされる。
拷問を行なっても自白をさせるべきとされた罪は、享保7年(1722年)に町奉行・大岡忠相により「殺人・放火・盗賊」の3種が、元文5年(1740年)に水野勝彦により「関所破り・謀書謀判(文書偽造)」を加えた5種とされた。これは『公事方御定書』下巻第83条に記載されており、上記以外の場合に拷問を適用する場合は評定所一座の評議を必要とした。なお、審理中に死罪に該当するような犯罪を犯していたことが発覚した場合も、拷問が行なわれた。
笞打・石抱・海老責・「釣責(つるしぜめ)」の4種類があり、このうち拷問にあたるのは釣責のみで、残る3つは「牢問(ろうどい)」「責問(せめどい)」と呼ばれ拷問とは区別されていた。
笞打と石抱は穿鑿所で、海老責と釣責は拷問蔵で行われた。穿鑿所は牢屋敷内にあり、8畳敷2間と、8畳間の吟味席・6畳間の同心物書所があった。拷問蔵も牢内にあり、2坪が畳敷きの座敷で、残り3坪は白洲だった。牢問は町奉行の権限で実施できたが、拷問を行うには老中の許可が必要だった。
海老責は、笞打や石抱が行われた後、数日あけて、身体が快復した後に行なわれねばならなかった。
当時の刑事裁判は、検察官に相当する官職はなく、裁判役所である町奉行所が捜査・審理をして、被疑者の罪状を追及、判決を下すところまで行なった。弁護人の制度もなく、被疑者の弁護権も認められていなかった。
出入筋で密通のような可罰的事案が取り上げられることや、出入筋で始まった裁判が役所の判断で吟味筋に切り替えられることもあった。
さらに、出入筋で刑事的強制がなされ判決で刑罰が科されることや、「差紙(さしがみ)」と呼ばれる召喚状を出して奉行所への出頭を被疑者に命じて、吟味筋が開始される場合もあった。
なお、明治3年(1870年)5月に刑部省が定めた刑事訴訟手続きは、裁判役所が捜査・審理・処罰をするという、江戸時代の吟味筋の手続をほぼ踏襲した糾問主義的なものであった。