文久の改革
安政の大獄以来、逼塞に追い込まれていた徳川慶喜、松平慶永らが表舞台に復帰したことにより、幕府の改革は進むかに見えたが、やがて久光との意見の相違が明らかとなり、対立する。なお、久光は帰国の最中、生麦事件を起こすこととなった。
改革の必要があったとはいえ、外様大名の父の圧力、およびそれまで政治的実権を有していなかった朝廷の圧力により改革を強要されたことは、幕府の権威に著しいダメージを与えた。それとともに朝廷の権威は相対的に上昇し、幕府は翌年の将軍家茂に対する上洛要求の勅命にも屈する。そして将軍上洛を契機に、幕府の権力も江戸と京都に分裂し、幕府崩壊に至るまで分裂状態は完全に回復されないまま、その寿命を縮めた。
一方京都でも、久光の行動と寺田屋事件などの影響により、薩摩藩・会津藩などを中心とする公武合体(幕政改革)派と、長州藩や真木和泉らの志士などを中心とする尊王攘夷派の間で、京都政界の主導権を巡る対立が激しさを増していく。また勅命の成功によって、それまで政治的発言を封じられていた少壮公卿もまた発言力を増大させ、中川宮朝彦親王・二条斉敬ら公武合体派と三条実美・姉小路公知はじめとする尊攘派公家が激しく対立する。これらの動きが翌年の八・一八政変、翌々年の禁門の変などにつながっていくことになった。
人事改革 若年の将軍・徳川家茂を補佐する役として一橋家当主・徳川慶喜を将軍後見職に任命。前越前藩主・松平慶永を新設の政事総裁職に任命。ここまでは勅書による改革の指示に沿ったものである。 これとは別に、京都における尊王攘夷過激派の擡頭によって悪化した治安の取り締まりのため、従来の京都所司代の上に京都守護職を新設し、会津藩主・松平容保を任命した(京都所司代は廃止されていない)。
制度改革 参勤交代の緩和 - それまで隔年交代制であった大名の参勤交代を3年に1度に改め、江戸在留期間も100日とした。また、人質として江戸に置かれていた大名の妻子についても帰国を許可することとなった(大名証人制度の緩和)。これは幕府制度確立以来の根本制度の変革であり、幕府権力の低下を意味し、国内外に大いに反響を呼んだ。 洋学研究の推進 - それまでの蕃書調所を洋書調所と改め、洋学研究を梃入れするとともに、榎本武揚、西周らをオランダへ留学させた。 軍事改革 - 幕府陸軍の設置、西洋式兵制(三兵戦術)の導入、兵賦令(旗本から石高に応じて農兵もしくは金を徴収する)の発布などが行われた。 「服制変革ノ令」の発布 - 4月15日に出され、幕府初期以来礼服に用いられてきた長熨斗・長袴が廃止され、より実用的な服装による形式的な服装・儀礼の簡素化が行われた。 「郡県制の設置」 - 藩を廃止して郡県制にする幕政改革を小栗忠順が提案したが、反対した長州藩を潰すための第二次長州征伐で長州藩の近代化兵器と西洋式兵制で幕府軍が敗退したため実現しなかった。