近衛経忠
しかし、後醍醐が京都を脱して吉野に潜幸すると、天皇への旧恩から吉野朝廷(南朝)への参仕を決意。職を辞するも、当然認められなかった。
ついに延元2年(1337年)4月、京都を出奔して南朝へ赴いた。これに激怒した北朝側は経忠の関白職を解いて基嗣をその後任とし、子の経家・冬実は昇進停止となった。南朝では左大臣の任にあったものの、志を得なかったのか、興国2年(1341年)京都に戻っている。しかし、ここにおいても冷遇されたらしく、亡屋1宇・所領2ヶ所を受領した他は正体なき有様であったため、藤氏長者の立場を利用し、関東の小山氏・小田氏に呼びかけて藤氏一揆(藤原氏同盟)を企て、自ら天下の権を執らんとしたという。この一件については、経忠が北朝との和睦工作を進めるに当たって、障害となる主戦派の北畠親房を排除する動きとの見方がある。
一揆の計画が頓挫した後も京都に留まったと思われ、正平一統の折には家門を安堵されて、近衛第に入っている。しかし、間もなく一統が破綻すると追放され、南朝の行宮がある賀名生(奈良県五條市)に赴いたのであろう。正平7年(1352年)8月12日に出家、翌日水腫のために薨去。享年51。
勅撰和歌集には計3首が入集しているが、その内訳は、『続後拾遺和歌集』・『新拾遺和歌集』・『新続古今和歌集』に各1首である。