ウィキペディア日本語版
ウィキペディアは数度のサーバ故障によるサイトダウンを経験している。2003年4月5日18時08分から4月6日17時37分(いずれも日本時間)の間、ウィキペディアのサーバが故障し、書き込みができなくなった。サーバダウンは後に、2003年12月・2004年6月、および2005年2月にも起こっている。
しかし大勢においては、このような事故はウィキペディアの拡大には影響を及ぼしていない。10000項目を超える頃から、ウィキペディア日本語版はほぼ同じペースの成長率で項目を増大させていき、数ある小さなプロジェクトの一つから、ウィキペディアプロジェクト有数の規模を誇る代表的なプロジェクトへと発展していった。
作業内容の負担の大きさから管理者数が不足している。プロジェクト内の犯罪予告案件を通報していた管理者の「海獺」は、「2010年時点で最低100人は管理者が必要」と指摘している(2013年5月現在56人)。なお、2009年末に管理者を増やすキャンペーンなどが行われたものの、結局2014年3月現在管理者数約50人程度にとどまっている。ただし、削除者のような管理者の権限の一部を持った者が、管理の補佐をするようになった。
記事の内容にまったく関係ない投稿や、記述をするなどのいたずらなどの荒らし行為も増えている。これに対してはIPユーザーによるものが多いため、ログインした利用者のみが編集できる「半保護」という処置が取られることが多い。具体例としては、あるロックミュージシャンの身長に関して根拠のない内容を記入する荒らし行為が広範囲に発生し、半保護などの処置が取られた例が挙げられる。また、不祥事が発生した人物や話題となった事柄の記事に編集が集中するケースも多く、例として「高輪ゲートウェイ駅」での編集合戦が挙げられる。
5文字であるが、「日本の政治問題」に収録されている項目でウィキペディアには全く見つけることができないものが15項目あった。また、「日米安全保障条約」「教科書裁判」のような記事でも当時は日本大百科全書の方が長い記述文字数で、ユーザーの関心や適切な参考文献を得にくい記事は短くなる傾向にあると推定されている。
この他、出典(参考文献)を明記した記事が非常に少なく、2008年10月20日時点の記事のダンプデータによると、<ref>タグを用いたインライン形式の出典(脚注)を設けた記事は45,676件である。これは、当時の総記事数511,877件の8.9%である。脚注を補足説明に使っている記事もあるため、出典が明記されている記事はこの数よりも若干少ないと考えられる。参考文献が示されている記事もあるが、記事のどの部分がその文献からの情報によるものかはっきりしないことがある。ウィキペディアが掲げている三大方針のうちの「検証可能性」を満たしている可能性があり、かつ出典がどの部分に対応するのか明らかになっている記事は、データの解析の上では全体の1割程度である。
また、後述されているような宣伝や売名行為、荒らしなどによって信頼性への悪影響が懸念されている。
なお、インターネット市場調査会社のアイシェアが2007年11月に行ったアンケート調査では、「ウィキペディアの内容を信用するか」という設問に対し「信用する」と回答した人は4割弱(39.4パーセント)に留まり、6割以上の人はあまり信用していないことが分かっている。信用されない理由としては「内容が改変できる」が40パーセント、「中立的な立場ではないと思える」が38パーセント、「調査機関が関わっていない」が9.8パーセントとなっている。
日本語版を含むウィキペディアを運営するウィキメディア財団によると、ウィキペディアの編集者の約9割を男性が占めていると推定されている。記事については、全世界のウィキペディアの人物記事のうち男性の記事が8割を占め、女性の記事は2割に留まっている。日本版のウィキペディアでは女性の記事の割合が比較的多く22.3%と世界で14番目だが、自身もウィキペディアの編集者の1人である武蔵大学准教授の北村紗衣は、日本ではAV女優や声優など男性目線での女性に関する記事は多いものの、女性の芸術家や科学者の記事は少ないと指摘している。