千々石ミゲル
ところが、喜前が治める大村藩内はバテレン追放令後も布教が盛んであったため、この方針はキリシタン派の反発を招き「大敵は喜前、その根源は清左衛門(ミゲル)」とされた。喜前はミゲルを藩政から遠ざけさせただけでなく、この騒動の鎮静化を図るために見せしめ的に処罰した。さらに島原の日野江藩に身を寄せるも、本家筋として肥前有馬氏を継いでいたもう一人の従兄弟で、やはりキリシタン大名であった有馬晴信の遺臣に瀕死の重傷を負わされる暗殺未遂が起きるなど、親キリシタン派からも裏切り者として命を狙われ、長崎へ移り住むに至る。晩年については現在も謎に包まれているが、2003年に自らの領地であった伊木力で子息の千々石玄蕃による墓所と思われる石碑が発見されており、領内で隠棲したものと考えられる。
伊木力の伝承では、大村喜前に対する恨みを弔うため、伊木力から大村藩の方を睨むようにして葬られたという。