高岡城
しかしながら、廃城後も高岡町奉行所の管理下で、加賀藩の米蔵・塩蔵・火薬蔵・番所などが置かれ、軍事拠点としての機能は密かに維持された。これは加賀藩の越中における東の拠点であった魚津城も同様であった。街道の付け替えの際には、濠塁がそのまま残る城址を街道から見透かされるのを避けるため町屋(定塚町)を移転して目隠しにしたといわれる。また、廃城後に利長の菩提を弔うために建立された瑞龍寺や周囲に堀を備える利長の墓所自体も高岡城の南方の防御拠点としての機能を併せ持つものとして配置されたと考えられている。なお、江戸時代の古図の中には城址を「古御城」の名称で記しているものがある。
城内におかれた米蔵等は1821年(文政4年)の高岡大火の際にほぼ全焼したが、その後再建され明治に射水郡議事堂が建設されるまであったという。
2006年(平成18年)4月6日、高岡城は日本城郭協会により「日本100名城」に富山県内から唯一選ばれた。また、2015年4月24日、「加賀前田家ゆかりの町民文化が花咲くまち高岡-人、技、心-」の構成文化財として日本遺産にも認定される。