スクウェア (ゲーム会社)
サガ フロンティア2(1999年4月1日、6,800円、RPG)
サイバーオーグ(1999年4月22日、5,800円、アクション)
レーシングラグーン(1999年6月10日、5,800円、レース・RPG)
聖剣伝説 レジェンド オブ マナ(1999年7月15日、6,800円、アクションRPG)
フロントミッションサード(1999年9月2日、6,800円、シミュレーションRPG)
デュープリズム(1999年10月14日、5,800円、アクションRPG)
クロノ・トリガー(1999年11月2日、4,800円、RPG)
クロノ・クロス(1999年11月18日、6,800円、RPG)※ディスク2枚組
パラサイト・イヴ2(1999年12月16日、6,800円、アクションRPG)※ディスク2枚組
チョコボスタリオン(1999年12月22日、4,800円、シミュレーション)
チョコボコレクション(1999年12月22日、7,800円、その他)※ディスク3枚組
ベイグラントストーリー(2000年2月10日、6,800円、RPG)
ファイナルファンタジーIX(2000年7月7日、7,800円、RPG)※ディスク4枚組
ファイナルファンタジー(2002年10月31日、3,800円、RPG)
ファイナルファンタジーII(2002年10月31日、3,800円、RPG)
ファイナルファンタジーI・II プレミアムパッケージ(2002年10月31日、8,800円、RPG)※ディスク2枚組
1999年7月 - CG部門を株式会社スクウェアヴィジュアルワークスに、サウンド部門を株式会社スクウェアサウンズに、品質管理・ユーザーサポート部門を株式会社スクアーツにそれぞれ完全子会社として分社化。完全子会社として株式会社スクウェアネクスト(株式会社ゲームデザイナーズ・スタジオ→SQEX)を設立。
1999年10月 - 『ゼノギアス』の開発メンバーを中心とした社員が辞職・独立し、モノリスソフトを設立。
2000年1月 − 大阪開発部長の藤岡千尋及び水野哲夫元社長を中心とした社員が辞職・独立し、アルファドリームを設立。
2000年1月29日 - プライベートイベントスクウェア・ミレニアムを開催、オンラインサービスPlay OnlineとファイナルファンタジーIX、X、XIの計3作を同時発表
2000年2月 - 『クロノ・トリガー』のグラフィックディレクターをした蒲田泰彦を中心とした社員が辞職・独立し、ポンスビックを設立。
2000年5月 - 開発事業部の統廃合が行われた(通称FFシフト)。武市智行社長に代わり鈴木尚副社長が社長となる。