軍管区司令部
分離とは言っても、軍管区司令官は方面軍司令官が兼務し、参謀長以下も同様で、人事面ではほとんどが重なっていた。司令部内には一部に軍管区の仕事にだけ従事する要員もいたが、このレベルで作戦と地域行政は分離していなかった。軍管区の一つ下、師管区のレベルで、師管区司令部が地域向けの動員・行政を一手に引き受ける仕組みが作られた。
軍管区司令部は、従来の軍司令部の組織人員をほぼそのまま引き継いで発足した。同時に新設した東北軍管区のためには、千島列島の防衛についていた第27軍を解いて司令部だけ本州に移し、第11方面軍司令部兼東北軍管区司令部にした。
同じ司令部が二つの顔を持っていたわけだが、軍事的観点からすると、師団などの作戦部隊を指揮する方面軍のほうが重要である。しかし報道機関への窓口となり、地域防衛を束ね、空襲警報を発令するのは軍管区司令部であったから、国民にとって軍管区司令部は目立つ存在であった。