ピクミン2
毒壁の向こうにある。名前どおり2層目以降は機械的なフロアで、7層目ではタマコキンが2体登場する。最初のフロアのみ雪に覆われている。機械の部品のようなお宝が多い。バクダン岩が20個以上出現するフロアがあるなど危険な部分もあるが、休憩フロアが2層あり(4・8層目)、3・4層目には白のポンガシグサが、8層目には紫のポンガシグサやポポガシグサが3~4つ生息する洞窟である。空を飛んでいる生物やサクレウラメなどバクダン岩を扱う生物が多く生息している。
お宝は16個。ボスはダマグモキャノン。倒すと探検キット「ソーラーシステム」(洞窟内が明るくなる)を入手できる。
白い花園の地下3階で出会う。体が小さく、他のピクミンよりも速く移動できる。また、毒に耐性があるうえ身も体に毒を持ち、敵が食べると毒に侵されダメージを受け、耐久力の弱い敵ならば即死させることができる。運搬速度も他のピクミンより早く、毒を利用してわざと食べさせて瞬殺させるなど、スピードクリアに有利である。赤い目には探知能力があり、地中に埋まったお宝を掘り出せる。故に地下洞窟では白ピクミンがいないと全回収できないこともある。紫ピクミンの次に仲間にできる。
パネルを入れ替え、チャッピーに狙われないようピクミンをゴールへ連れていく。一度入れ替えたパネルは再び動かすことはできない。ピクミンとチャッピーは向いている方向に1ターンに1マス動くが、ゴールへの道が出来るとピクミンはすぐさまゴールへと向かう。
予めゲームキューブに接続されたカードeリーダー+にゲームキューブ本体から3種類のゲームをダウンロードし、市販のカードe+をカードeリーダー+にスキャンさせるとゲームが可能であり、カードは別売りで1パック5枚入り200円である。シリーズ1は2004年4月29日、シリーズ2は同年7月29日に発売した。シリーズ1・2ともに赤黄青の3色を発売し、それぞれ赤にはひっこぬき~、黄にはてくてく~、青にはつなげて~のゲーム用のカードが入っている。いずれもピクミン2のみで使用できる。ちなみにWii版では遊べない。その他にもピクミン2同梱のおためしカードやファミ通の付録、クラブニンテンドーの景品などのカードがあった。また、カードにはゲームに登場する生物の説明や画像が記載されている。
毒壁の向こうにある。中ボスは登場しないが、こちらは混沌の魔窟以上に生物が密集している。ゲーム中でも一二を争う難易度を誇るが、百戦錬磨の穴と比べて戦法を工夫すれば突破が容易になるため、プレイヤーの操作が左右される洞窟である。ポンガシグサは一切生息しておらず、コッパチャッピーも登場しない。
他の洞窟で見られる地下へ続く穴は、ピクミンを連れずオリマーのみが穴まで行けば次のフロアへ行けたが、水中の城にあったように、一部のフロア(1層目・7層目・11層目)では次のフロアへの穴が岩で塞がれており、ピクミンに壊してもらう必要がある。そのため、穴までの戦闘を避けて通れない場所もある。
お宝は洞窟の中でも最も多く、21個ある。ボスはヘラクレスオオヨロヒグモ。
「食神の台所」を思わせる、おもちゃ箱のステージ。上空にフーセンドックリが舞い、回収作業を妨害する。