海軍機関科問題
反発した機関科将校の一部は、新聞各紙に意見を投稿して機関科問題について訴え、大臣訓示を批判した。そのため、同年6月には、加藤寛治第二艦隊司令長官も、「現状維持の結論は伏見宮博恭王大将や東郷平八郎元帥らの熟議を経て最善と判断されたのであるから、機関科将校は現在の制度を天分と心得るべき」旨の訓示を発して、事態の鎮静化を図った。
1924年末、帝国海軍は、前記の教育制度調査会の答申に基づき、将官のみに限って兵科士官と機関科将校の区分を撤廃し、階級名を「海軍大将・海軍中将・海軍少将」に一本化する制度改正を行い、海軍省機関局も廃止した。この大正13年改正により、制度上は、将官になれば機関科将校が全てのポストに就けることになり、機関科将校が兵科将校と同様に大将に親任されることが可能になったが、現実には、兵科出身将官と機関科出身将官が同等に扱われることはなかった。
なおも機関科将校側としては不満が収まらなかったが、前述の村上海相訓示により、以後約10年間に渡って表立った議論は封殺されることになった。教育課程は兵機二系統に据え置かれ、機関学校は舞鶴に再建された。兵学校に比べて機関学校への入学希望者が不足する問題は、機関学校の入試を兵学校より先行させ、合格者は兵学校の受験資格を失わせる手法により生徒の確保を図ることになったが、事情を十分知らないまま機関学校を受験した者からは不満が出た。