交通科学博物館
国鉄分割民営化後、財団はJR西日本と東日本旅客鉄道(JR東日本)が共同で引き継いだが、交通博物館閉館後の2009年8月1日付で本部を当館内に移し、JR西日本が単独で管掌する関連組織として再出発した。
しかし、施設・設備の老朽化や手狭になったこともあり、2016年をめどに、京都市下京区にある梅小路蒸気機関車館を拡張する形で新たな鉄道博物館を建設し(2013年12月に「京都鉄道博物館」に名称決定)、2014年4月6日に交通科学博物館を閉館することになった。同館の収蔵資料は新博物館に移設するが、閉館後の利用法については「大阪環状線改造プロジェクト」の一環として施設の開発が進められ、2019年にオープンした(詳細は後述)。2015年になって、展示車両の一部(D51形蒸気機関車、DD13形ディーゼル機関車、DF50形ディーゼル機関車)については、京都鉄道博物館ではなく、岡山県津山市の津山まなびの鉄道館(津山扇形機関車庫)に移設されることが発表された。
2008年度の入館者数は289,800人であった。
2011年5月に大阪ステーションシティがオープンしてからは、サウスゲートビル内に当館の案内所が設置されていた。閉館後の2014年7月19日から8月17日まで、同施設の夏季プロモーション「Fun Fan Festa 2014」で、旧蔵品の一部が展示公開された。