高等教育局
なお、「実践的な職業教育を行う新たな高等教育機関の制度化に関する特別部会」は生涯学習政策局との共管であり、文部科学審議官が統括している。
高等教育の制度設計に一貫性や整合性がなく統制もとれていないため、学位・資格の授与や生涯学習政策なども絡んで制度的な混乱が看過できない状況にあり、加えて雇用のミスマッチやニート増大の元凶のひとつにもなり始めているといった報告が多方面からなされている。
詳細は「薬学部」、「看護学部」、「専門職学位」、「経営学修士」、「法科大学院」、「公共政策大学院」、「臨床心理士」、および「専門職大学院」を参照 ※医療制度と連動しない薬学部6年制への移行は当初から批判にさらされた。また、社会科学系では修士号ばかりか当該分野の学士号さえ持たずに教職に就く者が少なくない中で、看護学系博士号の大量増員(年500人ペース)についても、看護教育の質をかえって低下させるのではないかと懸念する声があがった(博士号取得者の比率を主要国なみに引き上げるとする施策を看護学系で吸収しようとの文部科学省の方針に基づくが、博士号取得者の比率が低いのは人文科学・社会科学・理学分野である)。
2015年(平成27年)3月の教育再生実行会議の第6次提言を受けて、「職業実践力育成プログラム(BP)認定制度」を設けた。厚生労働省との連携で、専門職学位や公的資格の取得を目指す課程ではなくとも、相応の「履修証明」であればこれに認定し、教育訓練給付制度の対象として、厚労省から年最大48万円の受給を可能とした。
2015年に退職した吉田大輔・前局長の早稲田大学への再就職に関して天下りのあっせんの疑惑が報じられた(文部科学省天下り問題)。