山科駅
JR西日本などは、2007年から市内のバスの渋滞を回避できるとして行楽客の京都市内移動に鉄道利用を促すPRを行っており、南禅寺や平安神宮など東山エリアへの観光地へは山科駅から地下鉄東西線利用を勧めている。ちなみに片道201キロを越える乗車券の場合「京都市内着」として当駅がそのまま利用でき追加の運賃を要しないが、近距離、特に大阪・神戸方面から来る場合は電車特定区間や特定区間運賃の対象から外れるため、京都駅で下車する場合に比して運賃が高くなる。
JR西日本 - 2021年度の1日平均の乗車人員は28,426人であり、JR西日本の駅としては第22位である。京都府内のJR西日本の駅で上位50位以内の駅は京都駅と当駅のみである。
京都市営地下鉄 - 2021年度の1日平均の乗降人員は35,165人である。
JR西日本の駅の1日平均乗車人員、ならびに京都市交通局の駅の1日平均乗車人員および乗降人員の推移は以下の通りである。
1879年(明治12年)8月18日:初代駅が開業。 現在の山科駅から京都市外環状線を南へ約3kmにある名神高速道路の立体交差部分の北側の側道を西へすぐの所にあった。のちに旧線敷地が名神高速に転用され、起工式が行われたため、両方の記念碑が設置されている。
1921年(大正10年)8月1日:鉄道省東海道本線馬場駅(→膳所駅)- 京都駅間ルート変更により、大津駅(3代目)- 京都駅間に2代目駅(現駅)が開業(一般駅)。旧駅は旧線と合わせ廃止。 昭和初期に京阪電気鉄道が東海道本線の廃線跡を利用して新京阪線(現・阪急京都線)の西向日町駅(現・西向日駅)から支線を大津方向へ延長する計画がされ、初代山科駅付近に「勧修寺駅」の設置が予定されていた。そして京阪宇治線からも六地蔵駅から奈良街道沿いに新線の建設が計画され、両方の新線が接続する地点に『山科駅』が造られる予定だった。その場所は現在京阪バス山科営業所となっていて、宇治線への接続ルートは新奈良街道になっている。
1971年(昭和46年)10月1日:貨物取り扱いを廃止。
1974年(昭和49年)7月20日:湖西線の当駅 - 近江塩津駅間が開業。
東西線 東野駅 (T06) - 山科駅 (T07) - 御陵駅 (T08) 括弧内は駅番号を示す。