三条坊門殿
ところが、6代将軍になった弟の義教は、永享3年(1431年)になって義満の先例に倣うとして今度は室町殿を再興して移り住んだ。当時、室町殿は「上御所」、三条坊門殿は「下御所」と称されていた(『建内記』嘉吉元年10月23日条)。幼少にして8代将軍になった足利義政は、当時母方の一族である烏丸資任の邸宅で育てられていたが、資任の邸宅をそのまま烏丸殿と称して居住し、室町殿・三条坊門殿のどちらにも入らなかった。室町殿は早世した7代将軍足利義勝(義政の兄)が死去した場所であったことから、義政の御所を室町殿ではなく三条坊門殿に移すことになったが、諸大名の反対により室町殿に変更された。これは、尊氏以来、守護や幕臣たちは将軍の居宅の周囲に住むことが求められ、将軍が居宅を変えると彼らも屋敷を移転させていたが、ここにおいて、守護達は下京にある三条坊門殿よりも烏丸殿と同じ上京にあり自分達の屋敷を移転させる必要性の無い室町殿を望んだことによる。また成長した義政も父・義教に倣って室町殿に住むことを希望したことによって守護達の考えを結果的に追認した。その結果、義政は室町殿・東山殿へと移り住み、三条坊門殿は用いられることなく、荒廃していった。