加計学園問題
2017年5月17日、朝日新聞が「これは総理のご意向」等と記された加計学園の獣医学部新設計画に関する文部科学省の文書の存在を報道した。これに対して、内閣官房長官の菅義偉は「全く、怪文書みたいな文書じゃないか。出どころも明確になっていない」と述べた。
5月19日、5月22日、文科省内の共有フォルダを調査、文部科学大臣の松野博一が文書の存在を確認できなかったとし、追加調査を行わない方針を示した。
5月23日、東京新聞は2016年11月9日の国家戦略特別区域諮問会議(議長:安倍晋三)は獣医学部設置の地理的条件の「獣医師系養成大学等の存在しない地域」との素案に「広域的に」と「限り」を加え、文部科学省の「既存の大学・学部では対応が困難な獣医師養成の構想が具体化」という修正案は通らなかったと報じた。
5月25日、前文部科学省事務次官の前川喜平が記者会見を行い、「あったことをなかったことにはできない」「在籍中に共有していた文書で確実に存在していた」とし、「平成30年4月開学を大前提に逆算して、最短のスケジュールを作成し、共有していただきたい。これは官邸の最高レベルが言っていること」「総理のご意向だと聞いている」とされる文書の存在について「獣医学部の新設について、自分が昨年秋に、担当の専門教育課から説明を受けた際、示された」と証言、2016年9月28日の打ち合わせで「『獣医学部新設に係る内閣府からの伝達事項』との文書を示されたと記憶している」と述べた。
2016年11月9日、国家戦略特別区域諮問会議にて「先端ライフサイエンス研究や地域における感染症対策など、新たなニーズに対応する獣医学部の設置」の対応として「獣医師が新たに取り組むべき分野における具体的需要に対応するため、現在、広域的に獣医師系養成大学等の存在しない地域に限り獣医学部の新設を可能とするための関係制度の改正を、直ちに行う。」と決定した。
2016年11月18日、改正(案)として「上記趣旨を満たす平成30年度に開設する獣医学部の設置を定めた国家戦 略特別区域計画について内閣総理大臣の認定を受けたときには、当該獣医 学部の設置認可申請の審査については、大学、大学院、短期大学及び高等 専門学校の設置等に係る認可の基準(平成15年文部科学省告示第45号)第 1条第4号の規定は、適用しないこととする。」を作成。2016年11月18日~2016年12月17日の間パブリックコメントを募集した。
2016年11月22日、会⻑短信「春夏秋冬(40)」にて日本獣医師会の会長である藏内勇夫は「このような国家戦略特区による獣医学部の新設は、文部科学省、獣医系大学等多くの関係者による半世紀にもわたる獣医学教育の国際水準達成に向けた努力と教育改革に全く逆行するものです。」と批判し「地方獣医師会及び構成獣医師をはじめ関係の皆様方には、今回の国際会議を成功させ、日本全国に”One Health”の連携体制を確立した力を結集し、必ずや将来に禍根を残すであろう無責任な決定に対し、総力を挙げて反対して行きましょう。」と反対した。