ヨーロッパ作戦戦域
1944年1月に彼はETOUSAの指揮を再開し、次の月には、連合軍遠征部隊最高司令部(SHAEF)の最高司令官として任命された。彼は、ヨーロッパにおける戦闘が終了する1945年5月まで、2つの地位を兼任することになる。1944年2月より、SHAEFは作戦指揮を、ETOUSAは戦略指揮を行なった。
一部の部隊は作戦指揮下と戦略指揮下の間を何度か異動した。例えば、アメリカ第6軍は地中海作戦戦域の元に配属され、ドラグーン作戦に従事し、トゥーロンとカンヌの間の南フランスへの侵攻を行なった。しかし、1944年8月15日に行なわれた侵攻後1月たって、SHAEF(そしてETO)へ移管された。
1944年の終わりまで、アイゼンハワーはSHAEFを通し、3つの強力な連合国軍集団を指揮していた。北に陸軍元帥バーナード・ロ・モントゴメリーに指揮されたイギリス第21軍集団、オマー・ブラッドレー大将に指揮されたアメリカ第12軍集団、南にヤコブ・L・デバース中将に指揮されたアメリカ第6軍集団である。イギリス第21軍集団と第6軍集団に配属されたフランス軍は、ETOUSA の一部ではなかったが、戦争において、SHAEF の指揮下の作戦部隊のほとんどがアメリカ軍であった。