XVII型コラーゲン α1
XVII型コラーゲン α1は、1,497アミノ酸残基の単量体(分子量180 kDa)のポリペプチドが3つ会合したホモ三量体のタンパク質である 。アミノ酸残基数は、細胞内ドメインが466個、膜貫通ドメインが23個、細胞外ドメイン(エクトドメイン:ectodomainとも呼ばれる)が1008個である。細胞外ドメインは15個のコラーゲン配列(COL1~COL15、collagenous sequences) があり、16個の非コラーゲン配列(NC1~NC16、non-collagenous sequences)で分断されている。アミノ酸番号567-808のコラーゲン配列・COL15は232個のアミノ酸からなり、他のコラーゲン配列に比べ極端に大きい 。
図2のドメイン構造モデルに対応させて、単量体のN末端側からC末端側へと説明する。
N末端側・・・細胞内にある466アミノ酸残基の約55 kDaの球状ドメインで、インテグリンβ4、プレクチン、 ジストニン(dystonin、BP230)、カテニン、αアクチニン、ケラチン中間径フィラメントに結合する。
膜貫通ドメイン・・・23アミノ酸残基。NC16Bドメイン。
NC16Aドメイン・・・細胞膜から細胞外にでたすぐの76個のアミノ酸からなるドメインである。「NC16A」の「NC」は「non-collagenous」(非コラーゲン配列の)の頭文字、「16」は(非コラーゲン配列の)16番目の意味。