邪教
安土桃山時代から江戸時代初期にかけて、その前の室町末期に日本へ流入したキリスト教に対して太閤豊臣秀吉と続く初代将軍徳川家康が警戒感を示すようになる。秀吉は死の直前の1597年(慶長元年)、フランシスコ会の布教を挑発的として宣教師、信徒ら26人を死刑に処させる「二十六聖人の殉教」を起こした。
江戸幕府発足後、2代将軍徳川秀忠の世だった1612年(慶長17年)に出された禁教令を皮切りに、キリシタン(隠れキリシタン)を邪教の徒として弾圧した。転向(棄教)に応じた元キリシタン(転びキリシタン)も、最高6世代の後まで監視されるなど弾圧は苛烈を極めた。
一方、日蓮宗不受不施派は民こそが国の主役であると考え、正義を重視するという考えから徳川幕府の出す命令に対して非服従を貫き、幕府は「邪宗門」と位置づけた。また宗門改などを通じた宗教統制に入らなかった民間宗教、新宗教なども邪宗門に分類された。
1690年(元禄3年)、寛永寺座主(輪王寺宮)に公弁法親王が就くと、それから10年ほどの間に玄旨帰命壇、立川流が完全に断絶。当時立川流は『彼の法』との混同により玄旨帰命壇共々性交渉によって本尊と一体化することを柱とした教義とされたため、これをきっかけにして淫祠邪教(いんしじゃきょう)という言葉が確立した。
また、幕府としては容認されたものの藩レベルでは一向宗を邪教とみなし禁止したところもあった。この際に隠れキリシタンと同様、信仰を守るため神道ないしは修験道と融合した新たな宗派が生まれた例もある。