奥羽本線
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により東日本旅客鉄道に承継。同時に日本貨物鉄道が全線の第二種鉄道事業者となる。津軽新城駅 - 青森信号場 - 東青森駅間の営業キロ設定が廃止。日本貨物鉄道が新青森駅 - 青森信号場間に第二種鉄道事業の営業キロを設定。
1990年(平成2年) 3月10日:秋田操駅が秋田貨物駅に改称。山形新幹線直通化による改軌工事のため、赤岩駅のスイッチバックが廃止。 9月1日:山形新幹線直通化による改軌工事のため、板谷駅・峠駅・大沢駅のスイッチバックが廃止。
1991年(平成3年) 3月16日:糠ノ目駅が高畠駅に、大鰐駅が大鰐温泉駅に改称。 8月27日:米沢駅 - 上ノ山駅間が山形新幹線直通化による改軌工事のため運休およびバス代行。 9月3日:福島駅 - 蔵王駅間の日本貨物鉄道の第二種鉄道事業が廃止。 10月8日:関根駅 - 上ノ山駅間が山形新幹線直通化による改軌工事のため運休およびバス代行。 11月3日・4日:切替工事のため福島駅 - 山形駅間の全列車が運休、バス代行。 11月5日:福島駅 - 山形駅間が標準軌に改軌。ただし普通列車は全て米沢駅で系統分割されたほか、快速「ざおう」が福島駅 - 米沢駅・赤湯駅間と米沢駅 - 山形駅間で運転を開始した。笹木野駅 - 庭坂駅間が複線化。
1992年(平成4年) 7月1日:山形新幹線が開業。福島駅 - 山形駅間に「山形線」の愛称が名付けられる。上ノ山駅がかみのやま温泉駅、北上ノ山駅が茂吉記念館前駅に改称。 9月1日:福島駅 - 山形駅でPRCを導入
7月8日:この日までに、庭坂駅 - 赤岩駅間のトンネル内 (約4.8 km) で、携帯電話不通区間が解消。 12月15日:峠駅 - 大沢駅間および芦沢駅 - 舟形駅間のトンネル内(約2.0 km)で、携帯電話不通区間が解消。
2021年(令和3年) 3月12日:赤岩駅が廃止。 3月13日:泉外旭川駅が開業。
2022年(令和4年) 8月3日:大雨による災害(令和4年8月豪雨)の影響で東能代駅 - 大館駅間が不通になる。 8月9日:集中豪雨に見舞われ大釈迦駅 - 鶴ケ坂駅間で路盤が崩落。浪岡駅 - 新青森駅間で運休。 8月11日:弘前駅 - 浪岡駅間が朝7時頃から運転再開。普通列車のみ1日10往復の臨時ダイヤで運行。 8月14日:大館駅 - 弘前駅間が始発から、東能代駅 - 鷹ノ巣駅間が夕方に運転再開。なお、大館 - 弘前間は8月16日まで、東能代 - 鷹ノ巣間は当面間引き運行となる。 8月17日:浪岡駅 - 新青森駅間が復旧。なお、浪岡駅 - 新青森駅間を含む大館駅 - 青森駅間については、普通列車に関しては正常ダイヤに戻った。 10月7日:鷹ノ巣駅 - 大館駅間が復旧。同日から、特急「つがる」も全区間で運転再開。
2023年(令和5年) 1月10日:板谷駅と大沢駅が冬季通過駅となる(2023年は3月26日まで実施)。 5月27日:追分駅 - 和田駅間及び弘前駅 - 青森駅間においてICカード「Suica」の利用が可能となる。
2024年(令和6年)春以降:かみのやま温泉駅 - 村山駅間の全ての駅で「Suica」が利用可能になる(予定)。
そのため津軽新城駅 - 青森駅では毎時2 - 3本運転されている。
2010年12月4日の改正において、青森駅 - 弘前駅間で朝5時台の列車と弘前駅終着時刻が日付を跨ぐ最終列車、弘前駅 - 大館駅間で5時台と22時台に列車が増発された。
2019年4月現在、下りには夕方から夜にかけて秋田から弘前・青森行きの快速列車が各1本、上りには朝に大館と弘前から秋田行きの快速列車が各1本(計2往復)設定されている(ただし2018年のダイヤ改正以降、これらの快速列車は秋田駅から八郎潟駅まで各駅停車となった)。このうち朝6時台の大館発秋田行き快速列車は、2002年11月30日までこの区間で設定されていた快速「しらゆき」のうち最速達列車であった「しらゆき2号」のダイヤを引き継いだものである。残り3本は2016年3月26日のダイヤ改正で減便された特急「つがる」の代替で設定されたものであり、このため弘前発着の列車も青森方面との接続が考慮されていて、3本とも秋田駅 - 青森駅間を特急と大差ない3時間前後で到達可能なダイヤである。2016年3月25日まではこのほかにも、かつて秋田駅 - 鹿角花輪駅(花輪線)間で設定されていた急行「よねしろ」(2002年12月1日より快速に格下げ)のダイヤを引き継いだ秋田駅 - 大館駅間の快速列車1往復(下り秋田発18時台、上り大館発8時台)が運転されていたが、その後、前述の快速列車と時刻が近接するためそれらに統合され廃止となっている。
当区間は湖西線・北陸本線・IRいしかわ鉄道線・あいの風とやま鉄道線・えちごトキめき鉄道日本海ひすいライン・信越本線・白新線・羽越本線とともに「日本海縦貫線」を形成していることから、通称として当区間を「奥羽北線」、福島駅 - 秋田駅を「奥羽南線」と称することがある。これらは全線開通前に「奥羽北線」「奥羽南線」と呼ばれた区間とは異なる。
優等列車以外は、大きく分けて秋田駅 - 大館駅間、大館駅 - 弘前駅間、弘前駅 - 青森駅間の3系統に分割された運行体系となっており、さらに秋田駅 - 八郎潟駅・東能代駅間、鷹ノ巣駅 - 大館駅・弘前駅間および碇ヶ関駅 - 弘前駅間の区間列車や、秋田駅 - 追分駅間では男鹿線、弘前駅 - 川部駅間では五能線への直通列車がそれぞれ設定されている。おおむね1 - 2時間に1本程度の運行であるが、秋田駅 - 追分駅・八郎潟駅間、弘前駅 - 青森駅間では1時間に1 - 3本程度運行されている。また、秋田駅 - 青森駅間の直通列車が2019年3月改正の時点で毎日1.5往復設定されている。一部列車はワンマン運転を行っている。2010年代半ば以降、大館駅での系統分割が減少し、弘前駅での系統分割が増加する傾向にある。上りのみ羽越本線への直通列車も運行されており、東能代発酒田行きが2本、休日運休の八郎潟発新屋行きが1本運行されている。 2016年3月26日の改正で、津軽新城駅 - 青森駅間の列車が新設され、そのうち夕方の1本は、津軽線蟹田発津軽新城行きで運行される。