丸の内御三家
Jリーグの設立後も、それまで国内のプロ化を推進する存在だった読売クラブおよび後身団体のヴェルディ川崎との間の軋轢は残されたままとなった。双方は1990年代を通じて、放映権問題、本拠地問題、チーム呼称問題、ネルシーニョの日本代表監督就任問題、などの是非を巡って対立を続けた。
1993年のJリーグ開始と前後して日本サッカー界がメディアの注目を集めるようになった時期から御三家にも変化が生じるようになり、オランダ人のハンス・オフト、ブラジル人のパウロ・ロベルト・ファルカン、御三家外の加茂周が登用されるなど、かつての影響力は低下しているとも評される。その一方で、1999年に日本代表監督のフィリップ・トルシエの解任騒動が浮上した際には、御三家の内の古河電工および早稲田大学出身者が解任派、三菱重工および慶應義塾大学出身者が続投派に分裂し、水面下で駆け引きが行われたとの見方がなされた。JFA内部では1990年代以降も古河や三菱の出身者が要職を占めるケースが多く、会長は川淵三郎(古河電工)、犬飼基昭(三菱重工)、小倉純二(古河電工)、大仁邦彌(三菱重工)、田嶋幸三(古河電工)と、2010年代に入った後も両社の出身者が続いている。
代表監督は3社の出身者や縁故者でほぼ固められており、1980年代後半には日産自動車の監督を務めていた加茂周の日本代表監督への起用が検討された際には、日産出身であったことが障壁となり見送られた。その一方で三菱出身の横山謙三のように、1990 FIFAワールドカップ予選で惨敗を喫するなど成績が低迷しファンからも選手からも能力に疑問を呈され、批判を受けながらも、御三家出身者ということでその座を安堵された者もいた。ただし、上記の様な財政状況から有能な指導者を直接雇用することが困難であったことや、指導者としての能力を問う以前に派遣元となる企業側の事情が最優先されていたためという指摘もある。
こうした姿勢から旧態依然と批判を受け、御三家の本元となる各サッカー部が1980年代に入った後も日本人アマチュア選手による純血主義を貫き、プロ志向の読売や日産などに比して魅力を失っていた点からも、サッカー界における指導的立場を失うものと考えられた。一方、1980年代後半に入ると御三家の中でも革新的な意見を持つ古河出身の木之本や三菱出身の森健兒らが中心となったプロサッカーリーグ設立構想が浮上し、古河出身の川淵三郎を初代チェアマンとしたJリーグの設立へと繋がった。