会計検査院
会計検査院は、意志決定機関である検査官会議と事務総局で組織される。会計検査院は、「内閣の統轄の下における行政機関」でないため、国家行政組織法の適用は受けず、その内部組織は、法律の会計検査院法並びに会計検査院規則である会計検査院法施行規則及び会計検査院事務総局事務分掌及び分課規則が規定している。
2018年3月12日、会計検査院は、2017年2月から4月にかけて行われた森友学園問題に関わる決裁書類の検査の際、財務省から提出された決裁書類と、国土交通省から提出された決裁書類とに違いがあることをその時点で把握していたが、財務省の言い分を鵜呑みにし、2018年3月に至るまで参議院予算委員会に報告しなかったことを明らかにし、院長が謝罪した。
2018年5月28日、2017年9月に同問題の報告書について、国会への提出前に、事前に国土交通省と財務省と協議し、撤去費用の試算を記載しないことを決定していたことが暴露され、財務省の太田充理財局長もこれを認めた。
検査官は、会計検査院の意思決定機関である「検査官会議」を構成する(会計検査院法第2条、第11条)。
会計検査院の長たる検査官は通例「会計検査院長」と呼ばれるが、会計検査院法においては「会計検査院長」という形での官職の規定はされておらず、「会計検査院の長」(会計検査院法第3条)または「院長」(同法第10条・14条・19条の3等)とのみ規定されているため、これを受けて、会計検査院の長たる検査官を他の検査官と区別するために、「検査官(院長)」・「院長たる検査官」・「会計検査院長たる検査官」等と表記する場合もある。国家公務員法55条、特別職の職員の給与に関する法律1条では、「会計検査院長」と規定されている。
特別職の職員の給与に関する法律別表第一により、会計検査院長には国務大臣と同額の、院長以外の検査官には大臣政務官と同額の俸給が支給される。