サンフランシスコ・フォーティナイナーズ
チームのチアリーディングチームは、サンフランシスコ・フォーティナイナーズ・ゴールドラッシュ・チアリーダーズ(San Francisco 49ers Gold Rush Cheerleaders、略称: サンフランシスコ・ゴールドラッシュ)である。1983年に創設されて以降、フォーティナイナーズの試合だけでなく、チャリティーイベントへの参加や日本を含む海外公演なども行っている。かつて1946年から1970年までザ・ナイナー・ナゲッツ(The Niner Nuggets)と呼ばれるチアリーディングがおり、NFL唯一のチアリーダーとして活動していた。
女優のテリー・ハッチャーが1984年に在籍していたほか、日本人の安田愛(2001年 - 2003年)、杉谷季子(2001年)、齋藤佳子(2004年)、石田真紀(2006年 - 2008年)、佐竹美帆(2011年)、石阪愛理(2014年 - 2015年)、中野友理(2014年 - 2015年)も所属していた。
:1度対戦 :2度対戦
バック・ショー (1946-1954)
レッド・ストレイダー (1955)
フランキー・アルバート (1956-1958)
レッド・ヒッキー (1959-1963)
ジャック・クリスチャンセン (1963-1967)
ディック・ノーラン (1968-1975)
モンテ・クラーク (1976)
ケン・マイヤー (1977)
ピート・マッカリー (1978)
フレッド・オコナー (1978)
ビル・ウォルシュ (1979-1988)
ジョージ・シーファート (1989-1996)
スティーブ・マリウチ (1997-2002)
デニス・エリクソン (2003-2004)
マイク・ノーラン (2005-2008)
マイク・シングレタリー (2008-2010)
ジム・トムシュラ (暫定) (2010)
ジム・ハーボー (2011-2014)
ジム・トムシュラ (2015)
チップ・ケリー(2016)
カイル・シャナハン (2017-)
マイク・ノーラン
マイク・シングレタリー
ジム・ハーボー
チームのマスコットは、1970年代に誕生したゴールドラッシュの炭鉱者をモチーフとしたサワードウ・サム(Sourdough Sam)である。現在のマスコットは2代目であり、かつて1950年代にクレメンテインというラバのマスコットも存在していた。
クラークヘッドコーチはわずか1シーズンでゼネラルマネージャーのジョー・トーマスによって解任された。
1977年、エドワード・J・デバルトロ・ジュニアがチームを買い取った。前ダラス・カウボーイズのQBスティーブ・ディバーグと契約した。ケン・マイヤーヘッドコーチが就任したが開幕から5連敗しその内2試合は完封された。続く6試合中5試合で勝利を収めたがその後3連敗し5勝9敗でシーズンを終えた。期待されたプランケットは9タッチダウンしかあげられなかった。ディフェンスラインのトミー・ハート、クリーブランド・イーラムがこの年プロボウルに選出された。またウィルバー・ジャクソンとデルビン・ウィリアムズは合計1600ヤードを走った。ジーン・ワシントンがチームのエースレシーバーとなったが彼はこの年でチームを去った。この年のオフシーズンチームはバッファロー・ビルズからO・J・シンプソンを獲得、マイアミ・ドルフィンズのWRフレディ・ソロモンとデルビン・ウィリアムズをトレード、プランケットを放出、マイアーヘッドコーチもクビにしてピート・マッカリーを新ヘッドコーチとして迎えた。
1978年、チームはシンシナティ・ベンガルズ、タンパベイ・バッカニアーズ戦にしか勝てず2勝14敗で終えた。シンプソンがチームのラッシングリーダーとなったが、ひざの故障を抱えた彼は600ヤード未満の記録に終わった。またウィルバー・ジャクソンも怪我でシーズンのほとんどを欠場した。
1979年には低迷した成績によってドラフト全体1位の指名権が得られるはずであったがシンプソンの獲得でこれを失っており、補強の失敗の責任を取らされてジョー・トーマスGMは解任された。
2017年も開幕から9連敗を喫し、地区最下位が確定した。第7週から先発QBをブライアン・ホイヤーから新人のC・J・ベサードに変更した後、第10週、ジャイアンツに勝利してシーズン全敗を回避。さらに、第12週の試合終盤に負傷したベサードに代わり、トレード期限直前にペイトリオッツから獲得したQBジミー・ガロポロが出場し始めるとチーム成績は上昇し、カンファレンス最下位を免れた。
2018年、開幕3試合目にしてガロポロが膝靭帯を断裂してシーズン絶望となった。4年ぶりに地区最下位を脱したが、4勝12敗に終わり5年連続してプレーオフを逃した。
2019年はガロポロおよびタイトエンドのジョージ・キトル、新人のディフェンシブエンドのニック・ボーサなどの活躍により、最終戦でシアトル・シーホークスに勝って13勝3敗と前年から大幅に成績を改善し、第1シードで6年ぶりにプレーオフに進出した。この年のレギュラーシーズンは、敗北した3試合を含む8試合が7点差以内と接戦が多く、最後の5試合は3勝2敗で終えたが、いずれも最後の10秒以内の得失点によって決着がついた。プレーオフでは初戦でミネソタ・バイキングスに勝ち、6シーズンぶりにNFCチャンピオンシップゲームに進み、グリーンベイ・パッカーズを破って7年ぶりにスーパーボウルに出場した。スーパーボウルではカンザスシティ・チーフスと対戦し第3Q終了時点で20-10とリードしていたが、第4Qに3TDを奪われ20-31で敗れた。
最終節のデンバー・ブロンコス戦では0-13とリードされながらオーバータイムの末26-23で破りブロンコスをプレーオフ争いから脱落させた。また前年NFCチャンピオンになった同地区のシアトル・シーホークスからも2勝をあげた。チームはマイアミ大学から入団して2年目のフランク・ゴアをエースRBに決めたがゴアはチーム記録であり、その年NFCトップの1,695ヤードを走り8タッチダウンをあげてプロボウルの先発選手にも選ばれた。
2007年シーズン開幕前、元ヘッドコーチのビル・ウォルシュが白血病で亡くなった。オフシーズンにバッファロー・ビルズのコーナーバック、ネイト・クレメンスがチームに加入し当時NFLのディフェンス選手として史上最高額となる8年間で8000万ドルの契約を結んだ。この年ドラフト1巡目に指名したLBパトリック・ウィリスはこの年のAP通信によって最優秀新人守備選手に選ばれた。シーズン開幕からアリゾナ・カージナルス、セントルイス・ラムズに連勝し1998年以来となる好スタートを切ったが4試合目のシアトル・シーホークス戦でエースQBのアレックス・スミスが肩を負傷し戦線を離脱した。彼の代役としてトレント・ディルファーが起用されたがチームは第3週から第12週まで8連敗を喫し5勝11敗に終わった。
2008年、オフシーズンにチームはショーン・ヒルと3年間の再契約を結んだ。またフリーエージェントでジャスティン・スミス、アイザック・ブルース、J・T・オサリバンを獲得した。
ダラス・カウボーイズとはプレーオフで9度対戦している。1970年、1971年のNFCチャンピオンシップゲーム、1972年のディビジョナルプレーオフでチームは3年連続敗れた。1981年のチャンピオンシップゲームでは試合終了間際にモンタナからクラークへの決勝TDパス(ザ・キャッチ)が決まりナイナーズが勝利した。1992年から1994年までの3年間もNFCチャンピオンシップゲームで対戦し事実上の頂上対決と言われた。1992年、1993年はチームは敗れたが1994年に勝利し、その後第29回スーパーボウルを制している。両チームはスーパボウルを5回制しており、これはピッツバーグ・スティーラーズとニューイングランド・ペイトリオッツの6回に次ぐ記録である。その後26年間プレーオフでの対戦はなかったが、2021年ワイルドカードゲームで23-17、2022年ディビジョナルラウンドで19-12といずれも勝利を収めている。