西日本高速道路
中央自動車道 西宮線(東近江市から西宮市まで(除八日市IC)) - 名神高速道路
近畿自動車道 天理吹田線 近畿自動車道・西名阪自動車道 名古屋神戸線(甲賀市から神戸市まで(含甲賀土山IC)) - 新名神高速道路 松原那智勝浦線 阪和自動車道 敦賀線(三木市から小浜市まで(含小浜IC)) - 舞鶴若狭自動車道
中国縦貫自動車道 - 中国自動車道
山陽自動車道 吹田山口線 - 山陽自動車道・(播磨自動車道) 宇部下関線 - 山陽自動車道
中国横断自動車道 姫路鳥取線 - 播磨自動車道・(鳥取自動車道) 岡山米子線 - 岡山自動車道・米子自動車道 尾道松江線 - 尾道自動車道・松江自動車道 広島浜田線 - 広島自動車道・浜田自動車道
山陰自動車道 鳥取益田線 山陰自動車道
四国縦貫自動車道 - 徳島自動車道・松山自動車道
四国横断自動車道 阿南中村線 - 高松自動車道・高知自動車道 内海大洲線 - 松山自動車道
九州縦貫自動車道 鹿児島線 - 九州自動車道 宮崎線 - 宮崎自動車道
九州横断自動車道 長崎大分線 - 長崎自動車道・大分自動車道 延岡線 - 九州中央自動車道(嘉島JCT-益城TB間のみ)
東九州自動車道 - 東九州自動車道
関西国際空港線 - 関西空港自動車道
関門自動車道 - 関門橋
沖縄自動車道 - 沖縄自動車道
高速自動車国道のうち、中国横断自動車道姫路鳥取線や山陰自動車道長門美祢線、九州横断自動車道延岡線(九州中央自動車道の嘉島JCT-益城TB間を除く)は、機構との協定の対象にされていない。これは、国幹会議で整備計画が策定されている区間がまったくないか、または新直轄方式の採用により事業主体が国である区間のみとなっているためである。