バニラ・エア
2019年10月26日をもって運航終了。
2014年1月29日から2月1日までの間、初号機である「JA01VA」の油圧系統の一部に不具合が生じて点検したところ部品交換が必要となり、この部品を海外から取り寄せとなったため、期間中に1月29日に4便、30日・31日・2月1日に6便ずつ、と期間中の全運航便数が12便のため、最大 半数の大規模欠航が発生した。この欠航対応の際、欠航案内が当日空港で乗客がチェックインするまで分からなかったり、払戻・変更対応も窓口が限られ電話に至っては月曜日から金曜日までの昼間のみの対応や利用者の格安航空会社に対する運賃システムの不理解により混乱を来した。
2014年5月3日、那覇発成田行きJW806便にて前脚のステアリングにトラブルが発生し、2時間20分の遅延。
2014年5月16日に、機長の退職や新規採用が予定通りに進まず運航要員が確保できないため、同年6月1日から30日までの間に運航される計154便の欠航を決定・発表した。なお、7月1日以降の運航便は機長の確保が出来るとのことで通常運航されている。
2016年(平成28年)4月17日、JW104便(台北発成田着、乗客159名)に搭乗していた国際線旅客を、成田国際空港到着時に誤って国内線ターミナルへ誘導し、50名の搭乗客が入国に必要な手続きを経ずに、日本へ密入国した事案が発生、一部乗客の申し出で発覚した。 当日、15時から17時頃まで、成田国際空港付近が強風のため数便のゴーアラウンド・ダイバートが発生。JW104便は中部国際空港へダイバートし、給油を行った後に、成田国際空港へ21時45分に到着後、成田国際空港・東京空港交通の配車担当者が、同便を中部国際空港発の国内便と誤認し、乗客は3台のランプバスに分乗し、全てが成田国際空港の国内線到着口へ案内された(このため、一時は159名全てが東京入国管理局成田空港支局を通過しない「日本への密入国」となってしまった)。