幡ヶ谷駅
一方、新宿駅1 - 3番線発着となる京王線側は初台駅と同様に各駅停車を含む全列車が通過となった。この段階では京王線側は地上だったが、複々線化後の1983年7月17日、初台駅 - 当駅付近の京王線側も地下化され、連続立体交差事業が竣工した。そのため、初台駅と異なり京王線のトンネル内にホームはない。
2004年から駅の改修工事を開始、エレベーターの新設やホームを除く床・壁・天井に至るまでほぼすべてを張り替え、または上から貼るなど改修、従来の圧迫感のある暗いイメージから脱却した。
2008年10月頃、ホーム初台寄りに非常階段を設置した。地上の出口は1番線、2番線ともに国道20号の中央分離帯の中、首都高速4号新宿線の高架下で、幡ヶ谷出入口のほぼ真下にある。
地上駅時代は18メートル級6両編成対応の相対式ホームを有し、各駅停車のみが停車していた。当時の改札口は現在南口となっている京王幡ヶ谷ビルがある位置にあり、そこから初台方面に向かってホームが伸びていた。現在ではホームは撤去されているが、駅東側にある「京王コインパーク」内に地上駅時代に使われていた鉄道柵が残されており、当時の面影を偲ぶことができる。
なお、幡ヶ谷駅から代々木上原駅に至る都市計画道路(補助211号線)が計画されており、ホームがあった場所の一部は道路になっている。