明石淡路フェリー
2010年9月3日、親会社であるツネイシホールディングスは「高速道路割引の影響が大きい」として、他の株主である明石市と淡路市に対し、航路廃止と会社の清算を申し入れたことが明らかになった。これを受けて明石市は並行して高速船を運航する淡路ジェノバラインに対し、当フェリーとの合併・統合を要請したほか、会社清算にさいして従業員の退職金などに充当するため、「あさしお丸」を1億円でタイの会社へ売却する方針を決め、これに伴い9月21日から運航便数が36便に減便となった。
同年10月15日、明石市とフェリー側の協議の結果、11月15日の運航をもって航路を休止することが明らかになった。同日の明石港発17時40分の便をもって営業を終了し、従業員は同日付で解雇となる。なお、同社の負債総額は11月末で4,000万円に達する見通しで、最後に残った「あさかぜ丸」の売却益を負債解消に充当するとした。これにより、高速道路を通行できない車両が自走して本州と淡路島を行き来することができなくなった。
一方、航路休止直前の同年11月、淡路ジェノバラインが航路の運航を承継し2011年3月の運航再開を目指すことを表明した。岸壁など施設使用料の減額や使用する船舶の手配など詳細の交渉が引き続き行われたが、航路復活に意欲的だった明石市長(当時)の北口寛人がフェリー支援についての発言に関して市議会による問責決議を受けたのち2011年4月の選挙に不出馬を決めたことから協議が停滞した。
同年12月24日、ツネイシホールディングスは同日に開かれた明石淡路フェリーの臨時株主総会により、全保有株式の淡路ジェノバラインへの譲渡と、派遣していた役員の退任により、経営から撤退したことを発表した。