建武の新政
非効率的な御家人制を撤廃し(#御家人制の撤廃)、地方の武士→守護→総大将(鎮守府将軍、鎌倉将軍府、陸奥将軍府等)という命令系統に再編した。
全軍指揮権 天皇 - 後醍醐天皇。 鎮守府将軍 - 足利尊氏。#足利兄弟の重用も参照。しかし、尊氏が離れた後は、慣習通り奥州のみの管轄となった(北畠顕家)。
洛中(京都市内) 親衛隊 武者所 - 軍事官僚。天皇の親衛隊。追捕(ついぶ、犯罪者等の逮捕)、国家転覆計画の阻止(例:西園寺公宗の事件)など重要任務に当たった。新田義貞、楠木正成、高師直など。 (窪所) - 宮中の要所を守護した親衛隊という説と、訴訟事務を担当した事務官僚という説があり、いまだに決着を見ていない。楠木正季や結城親光など。 警備の実務 大番役 - 京都市中の警固役。鎌倉時代の鎌倉幕府からの引き継ぎ。 篝屋 - 京都市中の警固役。鎌倉時代の六波羅探題からの引き継ぎ。 (検非違使庁) - 律令制での本来の京都警備担当だが、建武政権では警備の任務はほとんど行わず、基本的には裁判所として活動した。
地方 関東:鎌倉将軍府 - 足利直義。 東北:陸奥将軍府 - 北畠顕家。 九州:専門の機関は置かれなかったが、鎮守府将軍の尊氏が軍事を担当した。
この時代の宋学隆盛の影響は、『徒然草』や『太平記』、連歌を大成した二条良基の歌論といった文芸にも影響を見ることができる。
研究史:1965年に佐藤進一が「後醍醐天皇は宋学をモデルとした皇帝独裁政治を企み鎌倉幕府を滅ぼした」という説を発表し、後には森茂暁もこの説に沿って解説をする等、この独裁君主論は長らく通説として支配的だった。しかし、新田一郎が指摘するように、宋学そのものに君主独裁に直接的に結びつく内容は存在しない。小川剛生も、難関な哲学体系である宋学と討幕運動を結び付けるのは、飛躍がありすぎるとしている。宋学の一つである朱子学が曲解されて、上下の身分秩序を重んじる名分論に発展したのは、多くは山崎闇斎ら江戸時代の学者の産物である。また、佐藤は宋学を勉強するうちに宋の独裁政を学んだのだと主張するが、史料的根拠がない上に、そもそも(名前から誤解しやすいが)宋学は宋の国学ではなく、宋学が中華王朝を支える学問になったのは、後醍醐天皇が1339年に崩御してから30年近く経ってから成立した明(1368–1644年)の代からである。思想だけではなく、法制の側からも、1990年代からの研究の進展により、後醍醐天皇は鎌倉時代末からの流れに沿って中央集権化を徐々に進める傾向ではあったものの、独裁制と名付けられるほど特徴的なものではなかったことが示されている。
日本の律令制を参照
さらに、後醍醐天皇が帰京した6月5日から2日内に、尊氏は天皇から東国や九州といった地方の戦功認定処理を全面的に任され、「地方の戦功認定者→尊氏→後醍醐」という経路で戦功認定報告が行き渡るように設定された。こうして尊氏は、後醍醐天皇から信任された恩賞認定を通して、地方の守護ら有力者武士団と、強固な関係を築いていった。
尊氏は鎮守府将軍となったのは前述したが、これは決してお飾りの地位ではなく、建武政権においては実質の最高軍事責任者だった。東北には陸奥将軍府があり、関東には鎌倉将軍府があるため、これらの地域では実際に権限を行使する機会がなかったが、九州で北条氏残党の反乱が発生した時には、鎮守府将軍としての権限を発動して九州の武将を指揮した実例がある。
研究史:足利氏寄りの史書『梅松論』に、公家たちが「無高氏(尊氏なし)」と吹聴する描写があることから、かつては尊氏が政治の中枢から排斥されたとする説が主流だった。しかし、その後、1978年に網野善彦が、一次史料の綸旨と施行状の研究から、尊氏は鎮西軍事指揮権(九州の全軍指揮権)を任されていたのではないかと指摘し、伊藤喜良と森茂暁らも研究を進めて網野説を支持した。2002年には吉原弘道が、網野説を発展させて、尊氏は(九州に限らず全国の)全軍指揮権を持ち、建武政権の軍事部門の責任者となっていたのではないかと論述し、他の研究者からも肯定的に紹介されている。吉原によれば、『梅松論』の「尊氏なし」というのは実際の状況ではなく、尊氏の異例の昇進へ公家たちが抱いた不満を現してるのではないかという。