日本アジア航空
日本 成田国際空港(1978年5月までは東京国際空港) 中部国際空港(2005年2月までは名古屋空港) 関西国際空港(1994年9月までは大阪国際空港) 那覇空港
台湾 台湾桃園国際空港(1979年2月までは台北松山空港) 高雄国際空港
なお、一部の便については、香港国際空港にも乗り入れ、利用者への便宜を図っていたが、2005年2月17日より台北 - 香港間は運休とされた。
また、香港発着の同便は香港 - バンコクを日本航空の便名の運航に用いていた。
以前は那覇空港 - 台湾桃園国際空港の航路を日本航空のボーイング767で運航していたが、後に運休となっている。また、関西国際空港が開港した際はJAA日台関係の航路以外の自前運行の路線として関西国際空港 → バリ・デンパサール国際空港 → スカルノハッタ国際空港(ジャカルタ) → 関西国際空港や名古屋空港~グアム航路を運航(名古屋~グアムは日本航空の機体を用いて運航)していたが、後に日本航空に移管されている。なお、1990年代前半までは日本航空が運航していたグアム・サイパン線に日本アジア航空の機体を使用することもあり(この場合ビデオサービスはなし)、タイムテーブルにはその旨が記載されていた。
その後の両国間の輸送量の増加を受けて、マクドネル・ダグラス DC-10-40型機やボーイング747-200/300型機を導入した。1990年代以降はグアム、当時英国の植民地であった香港やインドネシアのリゾート地デンパサール、首都ジャカルタ路線の運航も行ったほか、関西国際空港や名古屋空港発の路線も開設した。
1992年に金融機関などを対象とした第三者割当増資を行ったため、日本航空の完全子会社でなくなった(出資比率は90.5%になった)が、2004年に株式会社日本航空システム(のちの株式会社日本航空)の完全子会社となった。