ボガチョンコフ事件
防衛庁は計52人を処分した。防衛庁長官であった虎島和夫は自主的に給料の5分の1(1ヵ月)を返納した。
また、この事件では海自幹部が機密文書をコピーしていた事が判明するなど、防衛庁の秘密保全態勢が問題になった。防衛庁は秘密保全の態勢を強化する為に調査隊を改組して防諜を任務とする情報保全隊を2003年に設立した。
その後、情報保全隊は2009年8月1日付で防衛大臣直轄の自衛隊情報保全隊に再編された。
Hの情報は警察庁警備局外事課に持ち込まれ、警視庁公安部外事第一課と神奈川県警察本部外事課による合同捜査本部が立ち上げられた。Hとボガチョンコフの接触場所が都内に限られていたため、警視庁が主体となってHに対する視察を継続すると、Hが資料を渡している場面が現認された。さらに2000年9月7日、東京都港区浜松町のダイニングバーに2人が入り、Hがボガチョンコフに書類袋を手渡した直後、15名ほどの合同捜査本部員はHおよびボガチョンコフの身柄を確保。H三佐はその場で逮捕された。
ボガチョンコフは任意同行に応じず、大使館員を迎えに来させてその場を後にした。大使館に着いたボガチョンコフは同僚のGRUに、工作が摘発され三佐が逮捕された事を報告した後、本国に打電し、それから大使に事の顛末を報告している。2日後の午後12時28分、ボガチョンコフは成田空港からモスクワ行きのアエロフロート582便に乗ってロシアに帰国した。
結局、Hはボガチョンコフに防衛研究所の組織図など数十点、そして秘密指定文書である「戦術概説」という教本と防衛力整備計画に反映される「将来の海上自衛隊通信のあり方」の2点を渡した。その中にはアメリカ軍から得た情報も含まれていた。ボガチョンコフは報酬をH三佐に渡していた。