ヴィルヘルム・カナリス
しかし第二次世界大戦の開戦前より、カナリスにはヒトラーの戦争も辞さない外交政策に対して疑念が生じ始め、それは時と共に増大した。彼は部長として情報機関を指揮していたが、ヒトラー暗殺とクーデターを計画していた部下のハンス・オスターやハンス・フォン・ドホナーニに協力していた。
1944年2月半ば、カナリスは国防軍情報部長から解職された。同年7月20日にヒトラー暗殺未遂事件が発生するとその3日後にライバルの親衛隊情報部 (国家保安本部第VI局)のヴァルター・シェレンベルクに逮捕された。
ドイツ敗戦の直前である1945年4月に国家保安本部長のエルンスト・カルテンブルンナーは、国防軍情報部の金庫からカナリスの反逆を示す証拠文書を発見し、4月5日にこれをヒトラーに報告した。ヒトラーは即座にカナリスとその関係者の処刑を命じた。4月9日にカナリスは、ディートリヒ・ボンヘッファーやハンス・オスターとともにフロッセンビュルク強制収容所で絞首刑に処された。
カナリスは日記に「ハイドリヒに心を開いて一緒に仕事をするのは、たぶん無理だろう。あいつは血も涙もない狂信者になってしまった...。」と書いている。それでも1942年のハイドリヒの葬儀ではカナリスは涙を見せている。
国防軍情報部長としてカナリスが携わった工作には、IRAの対英テロやフランコ将軍のクーデター、アラブの民族主義者によるパレスチナ、イラク、エジプトにおける反英運動の支援などがある。また1936年には、日本と対立する中華民国と友好関係にあった陸軍主流派に逆らい、日独軍事協力を推進し、駐独日本大使大島浩と共に日独防共協定を成立に導いた。1939年8月末のポーランド侵攻の口実作りのためのグライヴィッツ事件の工作に、カナリスのアプヴェーアはうまく理由をつけて参加を拒否し、グライヴィッツ事件はSDのみで実行することとなった。1937年カナリスは大本営陸軍参謀本部から派遣された陸軍大佐大越兼二と対ソ戦争についてナチスに知られること無く秘密裏に研究を行った。その結果は対ソ戦は日独ともに国を滅ぼすというものであった。また、日本の米英との戦争は国を危うくするものと結論された。日独とも平和的手段で国力を高め、諸国民の信望を集めるべきだ、というのが彼ら二人の結論であった。カナリスは日独とも平和以外に生きる道はないと信じており、ナチス党への不信をあらわにしていたのである。大越大佐は1938年転任を命じられ、日本に帰任した。