シュマルカルデン同盟
さらにカール5世は巧みな政治手腕によって同盟の盟主ともいえるヘッセン方伯フィリップの娘婿で、ヨハン・フリードリヒの又従弟にあたるザクセン公モーリッツを味方にすることに成功した。
1546年、シュマルカルデン同盟は、ついにカール5世に向かって宣戦布告し、戦端を開いた。これがシュマルカルデン戦争である。
カール5世は困難な状況をものともせずに各地で同盟軍を撃破し、1547年4月にはミュールベルクの戦いで同盟軍を再び打ち破り、指導者であったヨハン・フリードリヒとフィリップの2人を捕虜とした。シュマルカルデン同盟を崩壊させたカール5世は、アウクスブルクに帝国諸侯、都市代表者を集め、ルター派を異端とする暫定規定の受諾を迫った。
しかし、プロテスタントだったモーリッツは、このやり方を不満とし、1552年に反旗を翻してカールが滞在していたインスブルックを強襲して逃亡させた。その後カールは弟のフェルディナント1世にモーリッツとの和平交渉を委ねた。
1552年8月、パッサウでルター派を容認する旨の和平条約(パッサウ条約)が結ばれた。こうして最終的に1555年にアウクスブルクでアウクスブルクの和議が結ばれるが、これはパッサウ条約を原型としたものだった。