最終戦艦withラブリーガールズ
過去の大戦で海底に沈んだ艦船と融合した未知の生命体「アビス」の急襲により、人類は地球上の総人口の過半数を失う危機的状況に見舞われた。世界各国の科学者が「アビス」への対抗手段確立のために研究を進めた結果、艦船への変形能力に適合した遺伝子の存在が解明される。
こうして、「アビス」の脅威から人類を救うべく世界各国から集められた「適合者」である少女たちの戦いが始まるのであった。