嫌気呼吸
現在、様々な代謝系が真正細菌、古細菌から見つかってきている。代謝系の多様さは真核生物の比ではない。鉄細菌と呼ばれる、鉄を還元してエネルギーを得る系も存在し、TMAO(トリメチルアミンオキサイド)、DMSO(ジメチルスルフォキシド)といった有機化合物をエネルギー源にする生物群も存在する。これらの代謝系は未解明な部分が多い。
フマル酸呼吸は呼吸鎖複合体 IIで行われる嫌気呼吸であり、よく知られた代謝系である。