アフマド・カディロフ
1999年、バサエフらは隣国ダゲスタンへ義勇兵を率いて侵攻を開始(ダゲスタン戦争)、合わせてロシア政府への爆弾テロを引き起こした。これを停戦違反と判断したロシアのプーチン政権は二度目の介入を決断し、第二次チェチェン紛争が勃発する。ヴラジーミル・プーチン首相(当時)は前紛争の英雄の一人であり、マスハドフとバサエフの両者と敵対するカディロフの後ろ盾という形で戦争を進める事を望み、カディロフも自派の司令官らとロシア軍に協力した。自らの復権やワッハーブ派への攻撃が目的の一つにあるにせよ、復興に失敗したチェチェンの閉塞した状態への危機感もカディロフがロシアと手を結んだ一因であった事に疑いはない。
進撃するロシア軍が首都グロズヌイ占領に成功すると、2000年6月20日にプーチン首相はチェチェンを再び連邦内の自治共和国に戻した上でカディロフをその暫定政府大統領に任命した。2003年10月5日、独立派がボイコットする中で大統領選挙を開催したカディロフは80.84%の得票を得て当選し、10月19日に正式な大統領に就任した。カディロフは反対派の弾圧を行うなど強権的な方法で統治を断行しており、この選挙についても公正とは言い難い点が存在していた。また彼はロシアの支援による復興へと立場を変えており、反対派からは「モスクワからの影響」を指摘された。だが終わりのない紛争に嫌気が差した国民の中で、ロシア主導の和平と復興を提示するカディロフを支持する風潮があったのも事実である。
反対派への粛清や掃討作戦を強化する一方、カディロフは反対派兵士に対して投降すればその罪を許して治安組織などで職を与える「恩赦」を出し、治安回復に努めた。