ウィリアム・ストートン
ストートンは魔女裁判に加えて、1869年に起こったウィリアム王戦争に対する植民地の対応を監督することになった。当時は現在のメイン州を含んでいたマサチューセッツは、ヌーベルフランスとの戦争の最前線にあり、北部フロンティアの町がフランスとインディアンからの襲撃でかなりの被害を蒙った。フィップス総督はしばしばメインに行ってそこの防御物建設を監督したので、ストートンはマサチューセッツに残って諸般の事情を監督することになった。そのような総督不在の間に、例えばストートンは、同様に襲撃で破壊されていた隣接するニューハンプシャー植民地を守るための小さな民兵隊立ち上げに責任があった。1694年初期、フィップスが職権乱用という告発に答弁するためにロンドンに呼び戻された。フィップスが出発したのは11月になってからであり、その後はストートンが総督代行となった。フィップスは1695年初期にロンドンで死亡した。まだフィップスに対する告発に対して審問が行われる前のことだった。
ストートンは自身を急場の世話人と見ており、王室が新しい総督を指名するまで政府を運営した。その結果、植民地議会にかなりの程度で自治権限を与えることになり、その慣習ができると後の総督と議会の関係が複雑になった。
ストートンはイングランドで別の地位を得られる見込みが少なかったので、1662年にマサチューセッツに戻った。ドーチェスターやケンブリッジで何度か説教を行ったが、恒久的な神父の地位の申し出は断った。その代りに政治と土地開発に関わるようになった。1671年から1686年までほぼ毎年、植民地の補佐評議会委員となり(総督評議会の前身)、1673年から1677年および1680年から1686年にはニューイングランド連邦の植民地代表となった。1684年の選挙で、植民地認証の問題について中道的姿勢を示したために、(ストートンやバークリーなどと共に)植民地の敵と呼ばれたジョセフ・ダドリーは、評議員会への再選を果たせなかった。ストートンは辛うじて過半数をとって再選されたが、ダドリーの友人であり事業上の共同経営者だったので、抗議のために就任を拒んだ。
1676年、ピーター・バークリーと共にイングランドで植民地の利益を代弁する委員に選ばれた。その受けた指示事項は何とか達成することができた。現在のメイン州においてマサチューセッツの主張する土地所有権と対立するフェルディナンド・ゴージズとジョン・メイソンの相続者から、土地の権利を取得することを認められた。この権利を1,200ポンドで取得し、そこを弟のヨーク公ジェームズのためにその権利を取得しようと考えていたチャールズ2世の怒りを買うことになった。