本郷台駅
大船駅管理の業務委託駅(JR東日本ステーションサービス委託)。島式ホーム1面2線を有する地上駅で、駅本屋は線路の南側に設けられている。
開業当初からこの構造となっている。線路はほぼ北東から南西に走っており、1番線の南側には貨物用着発線3本と電留線3本があり、その南側に駐車場がある。着発線および電留線には、夜間から早朝にかけて車両が留置されているが、すべて当駅 - 大船駅間で回送されている。電留線は開業時から3本であるが、将来的にこれを10本に増設できるように設計されており、土地が確保され駐車場として利用されているほか、駅本屋の上空に高架を通してここに線路を敷くことができるよう、駅舎の両脇に未使用の橋脚が作られている。着発線は、夜間の留置のほかは、総合車両製作所の甲種輸送の時間調整、根岸線への団体列車の折り返し・留置に使用される。
駅は北側の丘陵に接した盛り土上に設置されており、ホームが斜面上、駅本屋が地平に置かれているため、高低差がある。改札口からホーム下まで、前述の6本の線路と駐車場をくぐる幅7メートル・長さ40メートルの地下道1本が延びており、地下道からホームへはエスカレータ(ホーム港南台側)、エレベーター(ホーム中程)、階段(ホーム大船側)を使って至る。
指定席券売機・自動改札機、改札口があるほか、改札内に男女別のトイレが設けられている。改札外の駅舎内には、改札口側から東に向かって、レッツキヨスク本郷台1号店、大船軒の立ち食い蕎麦屋、NewDaysがある。
JRの特定都区市内制度における「横浜市内」に属する。根岸線では、当駅が横浜市内の西限となる。