菊池氏
18代菊池兼朝は必ずしも室町幕府に忠実ではなかったが、これまで守護であった阿蘇氏が阿蘇郡にしか勢力が及んでいない実情をみた室町幕府は兼朝を肥後守護職に任じた。次の19代菊池持朝の時代には大内氏とともに室町幕府に反抗的な少弐氏・大友氏と戦い、大友氏が持っていた筑後守護職を与えられた。ところが、20代菊池為邦の代に大友氏が幕府から罪を許されて筑後を大友氏と菊池氏の半国守護にすることになると、これに反発した為邦は大友氏と戦い、今度は幕府の怒りを買った菊池氏が筑後守護職を奪われてしまった。
一方、菊池氏の本国である肥後でも阿蘇郡は前守護である阿蘇氏が阿蘇大宮司の立場を利用して同郡を掌握しており、菊池氏の勢力は小国地方に浸透したのみであった。球磨郡と芦北郡も鎌倉初期からの領主である相良氏が掌握しており、内乱時に菊池氏の安堵を得ることはあっても原則的には自立した存在であった。そして、八代郡を支配していた名和氏も菊池氏とは長年南朝方としてともに闘ってきた間柄で菊池氏とともに室町幕府に従った後も自立した存在であり続けた(宇土郡を支配する宇土氏が滅亡すると、同郡も併合している)。菊池氏が守護として確実に支配できた地域は天草郡と「国中」と称された7郡(玉名・山本・山鹿・菊池・飽田・託磨・益城各郡)および筑後守護時代に影響下に入った筑後の一部地域に限られており、それも後述の内紛によって縮小していくことになる。
父である18代菊池兼朝を追って当主に就いた19代菊池持朝のころから菊池氏一族の間で家督をめぐる争いが持ち上がるようになっていたが、20代菊池為邦の弟で宇土氏の養子になっていた宇土為光が、甥である21代菊池重朝に対して1484年(文明16年)挙兵、敗れたものの重朝没後1501年(文亀元年)再度挙兵した。為光に追われた22代菊池能運は有馬氏を頼って玉名を経由して島原に逃れ、翌1502年(文亀2年)城重岑・隈部運治らと呼応して為光を自刃させた。能運は戦いに勝利したものの、戦傷がもとで1504年(永正元年)わずか23歳で死亡し、以後菊池氏の家督は庶流から輩出されるようになり、菊池氏家督は阿蘇氏や大友氏に横取りされ、こうして菊池氏は滅亡した。
能運の死後肥後国では下克上が進み戦国時代に突入したとされるが、菊池氏の遺領は菊池三家老と言われた赤星氏・城氏・隈部氏らが領するところとなった。
↑ 一族・菊池重安の子。22代能運のはとこにあたる。
↑ 阿蘇惟憲の子。
↑ 菊池氏一門。菊池武澄流詫摩氏からの養子。
↑ 米良則忠の代から菊池に復姓。
↑ 大友義長の子。19代持朝の来孫にあたる。
赤星氏
赤星親家
赤星統家 - 親家の子。大友義統より「統」の1字を賜う。
隈部氏
隈部親永
隈部親泰
城氏
城親冬
城親賢
城親基
鹿子木氏
鹿子木親員(寂心)
鹿子木鎮有 - 親員の孫。大友義鎮(宗麟)より「鎮」の1字を賜う。
宇土氏
宇土為光 - 菊池持朝の子、為邦の実弟。
竹崎氏
竹崎季長
豊田氏
西郷氏