日本学術会議
1983年から始まったもので、日本学術会議会員による代表団を派遣している。当初は年に2か国で、1983年度はアメリカ、マレーシア、1984年度はスウェーデン、タイ王国、1985年度はフランス、大韓民国と展開していった。1985年には7名の代表団を送っており、科学技術政策や教育、学術研究の問題点について調査、議論していた。
2009年にバングラデシュ科学アカデミー(英語版)と、2012年にブルガリア科学アカデミー(英語版)と、2013年にイスラエル科学・人文アカデミーと、2014年に韓国行政研究院・韓国科学技術アカデミー(英語版)と、2015年に中国科学技術協会(英語版)との協定・協力覚書実施していった。2020年現在は各国のアカデミーと公開シンポジウムやワークショップも開催している。
特にカナダとは2005年から「日本・カナダ女性研究者交流事業」を開始している。これは2004年当時の会長・黒川清が、2004年の日本とカナダの外交開始75周年を記念する事業をカナダ大使館から打診されたことが契機に始まった。女性研究者の交流事業が中心になったのはカナダの女性進出が進んでおり日本は遅れていたためで、お茶の水女子大学に実働が要請され、室伏きみ子が推進した。2010-2012年度は体制見直しのため休止されたものの、日本学術振興会とカナダ王立協会の共同主催で継続されている。
日本学術会議の役割のパラダイムシフトを求めた吉川の考えは「吉川理論」とも言われ、批判を集めながらも改革をリードした。
吉川の尽力により、総合科学技術会議における議論では日本学術会議側の意見がかなり尊重されたという。第18期で副会長を務めた黒川清が第19期会長を務め、組織再編が行われた第20期も途中まで会長を務めた(ただし、第19期の任期は2年間)。黒川は臨床医師経験者として初めて会長に就任し、吉川の改革を継承して2005年の組織改革を推進。法改正に伴う国会審議でも参考人として出席した。在米経験が長くメールも英語で返すという黒川は、アジア学術会議を軌道に乗せ、日本カナダ女性研究者交流事業も発足させた。
第20期の残りから第21期の途中までは金澤一郎が会長を務める。第21期の残りは広渡清吾が務め、その後は大西隆(第22-23期)、山極寿一(第24期)と続く。この間、2010年から「学術の大型研究計画に関するマスタープラン」が始まっており、マスタープラン2010、2011、2014、2017、2020と続いている。また、2020年9月に『未来からの問い ― 日本学術会議100年を構想する ―』を発行した。2020年10月からの第25期は梶田隆章が会長を務めている。
政府の行政改革(中央省庁等改革基本法)を契機に、日本学術会議も改革が求められるようになる。1997年の第17期初頭、会長の吉川弘之は「日本学術会議はかつてのような大型陳情団体ではない」と宣言し、ほぼ一人で内部討議のための改革提言を書き上げる。吉川は私的諮問委員会 「未来構想懇談会」を設け、日本学術会議としての改革基本構想を議論していき、1999年の連合部会で案を示すが議論は紛糾する。第18期に入ると「日本学術会議の在り方に関する委員会」を設置し、吉川は『学術の動向』に論文を発表。さらに委員会は中間まとめを2002年4月の総会で報告し、これが改革の「学術会議案」になっていく(最終報告書は2003年2月)。
また、中央省庁等改革基本法の第十七条の九には「日本学術会議については、総務省に置くものとするが、総合科学技術会議において、その在り方を検討すること」と定められており、総合科学技術会議は2001年5月に「日本学術会議の在り方に関する専門調査会」を設置。2003年2月に最終報告が出され、同年7月に「日本学術会議の改革の具体化について」がまとめられた。これには学術会議案がかなり反映されたという。
2004年に法改正がなされ、会員はコ・オプテーション(英語版)方式で選出されることになった。
日本学術会議の予算規模は約10億円であり、イギリスの王立協会やアメリカの3アカデミーと比較して、収入源の違いはあるものの大幅に少ない。1993 - 1995年度における内訳は以下の通り。1994年度の予算が多いのは、会員推薦時期によりその分の経費が計上されたためである。
2020年10月の内閣官房長官による発表では、総額は約10億5000万円、「人件費などを含む政府・社会などに対する提言」で2億5000万円、「各国アカデミーとの国際的な活動」で2億円、「科学の役割についての普及・啓発」と「科学者間のネットワーク構築」でそれぞれ1000万円、「事務局人件費・事務費など」で5億5000万円と発表された。
なお、2020年度予算で会員手当は、交通費宿泊費を別として会員が総額7500万円、連携会員が総額1億300万円であった。会議の出席に対して日当は出るものの、「手当や旅費支払いの一時凍結や受領辞退」を事務局から会員に依頼する状況であると報道されている。また、事務局の常勤職員50人の人件費として約3億9000万円がかかっていたという。
日本学術会議は政府に対する勧告や答申、外部に対して見解、声明、談話などの公表を行っており、
勧告 - 「科学的な事柄について、政府に対して実現を強く勧めるもの」
要望 - 「科学的な事柄について、政府及び関係機関等に実現を望む意思表示をするもの」
声明 - 「科学的な事柄について、その目的を遂行するために特に必要と考える事項について、意思等を発表するもの」
答申 - 「専門科学者の検討を要する事柄についての政府からの問いかけに対する回答」
提言 - 「科学的な事柄について、部、委員会又は分科会が実現を望む意見等を発表するもの」
インパクトレポート - 「提言」のフォローアップのため、提言が与えた社会的影響を調査したもの
会長談話 - 「緊急な課題等について、日本学術会議会長から発する談話」
といったものがある。なお、外部への提案書には英語版や中国語版を出す場合がある。
さらに「栄誉会員」が認定されるとともに、事務局には約50名のスタッフ(2008年時点)がいる。
なお、2005年の組織改編までは連携会員は存在せず、研究連絡委員会の委員という肩書で登録学術研究団体から選出されており、1997年の時点で2,370名であった。会員選出方法の詳細は次節「#選出方法とその変遷」を、選出方法改革の経緯については「#組織構成の変革」節を参照。
会員の任命から次の任命までの3年間が日本学術会議の活動の一単位となっており、会長・副会長の任期も同じ3年間(再任可)である。ただし任期中に役員の交代が行われる場合もしばしばある。基本的には3年間の活動単位が一期となっており、現在は第25期(2020年(令和2年)10月 - 2023年(令和5年)9月)。なお、会員選出方法が変わった第12期は1年半延長され、第19期は1年短縮されている。