生長の家本流運動
教団側は社会事業団側から過去27年間にわたって著作権料の請求がなかったこと等を根拠に「生長の家の文書伝道を阻害することを目的に、本件訴訟を巡る紛争を引き起こしたもの」と判断して全面的に争う姿勢を示し、教団と教文社側も対抗して訴訟を行ったが、いずれも教団・日本教文社の敗訴(本流運動側の勝訴)となった。
また、社会事業団は教団に対して教団が信徒に配布している「肌守り」や永代供養に使用する「霊牌」の著作権を主張し、その使用停止を求めた。2015年に第一審判決では社会事業団側の主張が全面的に認められたが、2016年の控訴審では教団側の逆転勝訴となり社会事業団は敗訴した。社会事業団は上告した。
さらに、2020年に教団が「神示」を収録した書籍の出版を予告したところ、社会事業団及び光明思想社は出版差し止めを求め訴訟を提起、2023年の第一審判決において社会事業団及び光明思想社の訴えは棄却(教団側の勝訴)された。
このように、本流運動による教団側への裁判闘争は現在も続き、教団と本流運動は全面的な対立関係にある。
本流運動系の諸団体の中で、もっとも強硬に教団を非難する団体として谷口雅春先生を学ぶ会(学ぶ会)とその出版部門光明思想社(教団側の「日本教文社」に相当する社)が結成されると、両者の対立は激化した。学ぶ会の運動の特徴の一つは、インターネット上で教団や雅宣を非難する文章や戦前期・戦後の政治活動期の雅春の思想を拡散したことであり、こうした活動が日本の右傾化(ネット右翼の出現等)の一因になったとの指摘もある。
また、生長の家の代表的な聖典である『生命の実相』の著作権を管理していた社会事業団は、『生命の實相 ‹革表紙版›』の復刻版の印税の支払いがないとして教団と日本教文社相手に訴訟を行うと同時に、日本教文社に対して生命の実相をはじめとする社会事業団が著作権を管理するすべての聖典の出版契約の更新を拒絶した。