魔法少女リリカルなのはA's PORTABLE -THE BATTLE OF ACES-
ストーリー節に記された背景世界で、通常の6面に条件を満たすと追加される2面で構成されるストーリーを展開していくモードである。プレイヤーキャラクターによって異なる展開が用意されている。
また、ストーリーモードをクリアすることにより、各キャラクターに用意されたスキル(後述)を他のキャラクターに開放し、他のキャラクターがそれらのスキルを使用することができるという趣向が設けられている。