護衛艦隊
第2護衛隊群(佐世保) 群直轄艦(佐世保)- DDH-144 くらま 第2護衛隊(佐世保)- DD-132 あさゆき, DD-133 しまゆき 第6護衛隊(佐世保)- DD-151 あさぎり, DD-152 やまぎり, DD-157 さわぎり 第62護衛隊(佐世保)- DDG-170 さわかぜ, DDG-173 こんごう
第3護衛隊群(舞鶴) 群直轄艦(舞鶴)- DDH-141 はるな 第3護衛隊(舞鶴)- DD-124 みねゆき, DD-126 はまゆき 第7護衛隊(大湊)- DD-125 さわゆき, DD-155 はまぎり, DD-156 せとぎり 第63護衛隊(舞鶴)- DDG-172 しまかぜ, DDG-175 みょうこう
第4護衛隊群(呉) 群直轄艦(呉)- DDH-142 ひえい 第4護衛隊(呉)- DD-127 いそゆき, DD-128 はるゆき, DD-131 せとゆき 第8護衛隊(呉)- DD-129 やまゆき, DD-130 まつゆき 第64護衛隊(佐世保)- DDG-169 あさかぜ, DDG-176 ちょうかい
ATS-4201 あづま(呉)
ATS-4202 くろべ(呉)
AOE-421 さがみ(佐世保)
AOE-422 とわだ(呉)
AOE-423 ときわ(横須賀)
AOE-424 はまな(佐世保)
4個の護衛隊群を持つことで、周期訓練(ローテーション)を行ないながら、常に1個か2個の護衛隊群を高度な練成状態で脅威に対する即応体制が整えられる。艦艇は定期的な保守・修理や改修工事をドック内で行なわねばならず、長期に渡るドック入りが明けた後は乗組員の再訓練が求められ、新造艦や新たな装備があれば習熟訓練が必要であり、外国への表敬訪問や共同軍事作戦で長期間の遠洋派遣もあるため、常に海上防衛力を保持するためにこのようなローテーションが必要とされている。
4個護衛隊群の32隻とは別に護衛艦隊直轄の5個護衛隊に合計16隻の護衛艦(小型の乙型護衛艦および旧式汎用護衛艦)が配備されており、有事においては沿海防衛用の戦力として地方総監が運用を行う。「平成26年度以降に係る防衛計画の大綱」において、護衛艦隊直轄護衛隊は6個護衛隊に拡大され、護衛艦定数も合計で54隻に増加することが予定されている。
地域配備部隊 第11護衛隊(横須賀)DD-152 やまぎり, DD-153 ゆうぎり, DD-154 あまぎり 第12護衛隊(呉)DD-158 うみぎり, DE-229 あぶくま, DE-234 とね 第13護衛隊(佐世保)DD-157 さわぎり, DE-230 じんつう, FFM-3 のしろ, FFM-4 みくま 第14護衛隊(舞鶴)DD-151 あさぎり, DD-156 せとぎり, DE-232 せんだい 第15護衛隊(大湊)DD-155 はまぎり, DE-231 おおよど, DE-233 ちくま
護衛艦隊直轄部隊 海上訓練指導隊群(司令部:横須賀)横須賀・呉・佐世保・舞鶴・大湊各海上訓練指導隊、水上戦術開発指導隊 第1海上補給隊(隊:横須賀)AOE-422 とわだ(呉), AOE-423 ときわ(横須賀), AOE-424 はまな(佐世保), AOE-425 ましゅう(舞鶴), AOE-426 おうみ(佐世保) 第1海上訓練支援隊(呉)ATS-4202 くろべ, ATS-4203 てんりゅう