舞浜リゾートラインディズニーリゾートライン
沿線の集客施設であった「東京ベイNKホール」の閉鎖や、オフィシャルホテルが従業員の通勤用に特定輸送バスの運行を開始したこと、東京ディズニーシーへの来園客の大幅減少やアクセスの多様化に伴い輸送人員の減少が著しく進んでいること、昨今の海外情勢から警戒警備などの安全対策を強化しなければならないことなどから、現行運賃の25%値上げを国土交通大臣に申請した。 4月1日 - 2月9日の申請内容の通り、開業以来初の運賃改定を実施(2007年3月9日認可)。
2008年(平成20年) 1月10日 - パスネットカードの販売を終了。 4月10日 - 東京ディズニーリゾート25周年にあわせ、キャストの着用しているコスチュームをリゾートライナーの車体基本カラーでもあるアイボリー色を基調とした、新しいコスチュームに変更。なお、女性のコスチュームは東京ディズニーリゾートのコスチュームでは初めて七分袖を採用した。
2009年(平成21年)3月14日 - ICカード「PASMO」を導入。
2011年(平成23年) 3月11日 - 東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)およびこれに伴う電力供給逼迫の影響で運行を休止。 4月2日 - 運行再開。ただし当面5割減便。
2013年(平成25年)12月13日 - 2014年(平成26年)4月1日からの消費税率引き上げに伴う運賃上限変更認可を国土交通省に申請。
東京ディズニーランド「ディズニー・イースター 2017」2017年4月4日 - 6月14日 東京ディズニーシー「ディズニー・イースター 2017」2017年4月4日 - 6月14日 東京ディズニーランド「ディズニー夏祭り 2017」2017年7月8日 - 8月31日 東京ディズニーシー「ディズニー・パイレーツ・サマー 2017」2017年7月8日 - 8月31日 東京ディズニーランド「ディズニー・ハロウィーン 2017 2017年9月1日 - 10月31日 東京ディズニーシー「ディズニー・ハロウィーン 2017」2017年9月1日 - 10月31日 東京ディズニーランド「クリスマス・ファンタジー 2017」2017年11月1日 - 12月25日 東京ディズニーシー「クリスマス・ウィッシュ 2017」2017年11月1日 - 12月25日 東京ディズニーランド「スター・ウォーズ・プログラム"フィール・ザ・フォース"」(レイ) 2017年12月1日 - 2018年3月19日 東京ディズニーランド「スター・ウォーズ・プログラム"フィール・ザ・フォース"」(カイロ・レン)2017年12月1日 - 2018年3月19日 東京ディズニーランド「アナとエルサのフローズンファンタジー 2018」2018年1月8日 - 3月19日 東京ディズニーシー「ピクサー・プレイタイム 2018」 2018年1月8日 - 3月19日 東京ディズニーシー「ダッフィーのハートウォーミング・デイズ 2018」2018年1月8日 - 3月19日 東京ディズニーシー「ディズニー・イースター 2018」 2018年3月20日 - 6月6日
この他、駅券売機での購入ができない、フリーきっぷもキャンペーン対象になる。