ナイル川
一方でヌビアの独立は、この時代も保たれた。メロエの王国が滅ぼされたのは350年頃で、エチオピア北部を本拠とするアクスム王国によってとされているが、異説もある。メロエ滅亡後、ヌビアは北のノバティア、ドンゴラを首都とする中部のマクリア、ハルツーム周辺を本拠とする南のアロディアの3王国に分かれた。
395年にはローマ帝国は東西に分裂し、エジプトは東ローマ帝国領となった。4世紀から5世紀にかけてはエジプトでもヌビアでもキリスト教が受け入れられたが、639年のイスラム帝国の侵攻によってエジプトは征服され、以後イスラム化した。なお、その後もヌビア地域ではキリスト教王国が長く命脈を保ったものの、北のイスラム勢力からの圧力によって徐々に弱体化し、最後まで残ったアロディアも14世紀頃には滅亡して、イスラム教徒によるフンジ王国などが建国された。19世紀に入るとエジプトでオスマン帝国から半独立の王朝を作り上げたムハンマド・アリーがヌビアへと侵攻し、フンジ王国を滅ぼし、さらにその南に居住するヌエル人やディンカ人やシルック人を征服して、現在のスーダンの版図に至る中流域をエジプトの支配下に組み入れた。イスマーイール・パシャの時代にはさらに南下して、1869年にはスーダン南端のゴンドコロ(現在のジュバ)まで侵攻して支配下にして赤道州を設置し、1874年にはチャールズ・ゴードンを初代総督に任命してウガンダ方面への進出を図った。
ナイル川の源流がほぼ確定されると、イギリスなどのヨーロッパ列強が、この地域に手を伸ばし始めた。特に最下流のエジプトに強力な利害を持つイギリスが熱心であった。もしナイル上流が他の列強によって支配された場合、ナイルの水に頼っているエジプトが甚大な被害を被る可能性が有ったからである。こうした中、エジプトの圧政に耐えかねた人々の中からムスリムのシャイフであるムハンマド・アフマドが、1881年にマフディー戦争を起こした。1882年にエジプトを保護国化したイギリスはチャールズ・ゴードンを派遣したものの、1885年にはハルツームが陥落し、ゴードンも殺害されて、マフディー国家は、ほぼ現在のスーダンの領域まで領土を拡大させ、イギリスは一時スーダンからの撤退を余儀なくされた。
しかし、その南、当時はエジプト最南端であった赤道州には総督のエミン・パシャが残留し、孤立しながらも何とか独立を保っていた。このエミン・パシャの扱いが、その後、イギリスとドイツの間で争点になった。エミン・パシャは本名をシュニッツァーと言うドイツ人であり、彼を救出すると称して、イギリスとドイツがそれぞれ軍を派遣したのである。この救出作戦はヘンリー・モートン・スタンリー率いたイギリス隊が成功させ、1889年にエミン・パシャは「救出」されて赤道州政府は滅亡した。