三職推任問題
根拠
「御両御所へ御返事被出候」=信長は正親町天皇と誠仁親王に返事をすると言い、村井に返事が行ったにもかかわらず、以降、朝廷に信長任官のための動きが何も見られないこと
信長が以前に右大臣兼右近衛大将を辞官したとき、「まさに万国安寧四海平均の時、重ねて登用の勅命に応じ~」と言っており、まだ万国安寧四海平均=日本を統一する前に任官する理由がないこと
堀新、谷口克広、藤井譲治などがこの説をとっている。
もっともこの説には、過去の経緯から、自身の就任を辞退して代わりに信忠の昇進を求める可能性も含まれる。また、天下統一後になんらかの官職に任官したか、無官のままか、それとも天皇よりも上を目指したかなど、その後の信長がとったであろう動きにもさまざまな見解がある。
堀新は勅使に同行した勧修寺晴豊の日記「天正十年夏記」(晴豊記の断簡)で信長の官職のことを触れていないこと、信長上京の時に朝廷に除目をめぐる動きがないことをもって就任を断ったのであると断定している。
この論争は現在も継続しており、いまだ定説と見なされる見解は確定していない。