延暦寺
2006年4月21日、延暦寺にて指定暴力団山口組の歴代組長の法要を実施した。この件については事前に滋賀県警察から「組織の権力誇示と香典名目の資金集めに利用される」として法要の中止要請がなされていたが、延暦寺側は「これは単なる宗教の行事」として要請を拒絶し、その後、延暦寺内阿弥陀堂において法要式典の中では最高級とされる「特別永代回向」に最高幹部ら100名近い組員が参加し執り行われた。
同寺を含め全国にある約75,000の寺が所属する財団法人全日本仏教会は、約30年前の1976年、全日本仏教徒会議において「暴力団排除」の決議を行っており、また2006年3月13日には全日本仏教会理事長である安原晃が「組織暴力団の義理かけ法要への協力を止めよう」との声明を発表した直後であった。法要後、全日本仏教会は、これらの決議及び声明を無視した延暦寺側に対して遺憾の意を表明した。
後日法要が終わったのち、この式典について延暦寺法務部は報道陣に対し「次からは暴力団の法要は拒否したい」とのコメントを述べた。その後、同寺は5月18日に大津市内で「一山協議会」を開き、代表役員の執行と、6人の執行局役員全員が責任を取って総辞職した。その中で同寺は寺院関係者及び全日本仏教会への謝罪を表明しており、ホームページにおわびを掲載、宗内の約3000寺に「おわび状」を郵送している。
その後同寺は、歴代組長の家族ら少人数での位牌参拝を認めていたが、各自治体で暴力団排除条例が相次いで制定されるなど、暴力団排除への社会的気運が高まってきたことなどから、2011年に同寺は山口組に対し、参拝を止めるよう伝達し、山口組もこれを了承した。
そもそもは慈覚大師円仁が唐の五台山・文殊菩薩堂に倣って創建したものである。
十三重石塔
文殊楼鐘楼 - 国連平和の鐘と呼ばれる。
星峯稲荷社 - 祭神:荼枳尼天
総持坊
蓮如堂 - 浄土真宗本願寺派の本願寺8世蓮如が18歳の時にここで念仏の修行をしたという。
八部院 - 1991年(平成3年)再建。
登天天満宮
大講堂(重要文化財) - 寛永11年(1634年)建立。もとは東麓・坂本の東照宮の讃仏堂であったものを1964年(昭和39年)に現在地に移築したもの。重要文化財だった旧大講堂は寛永19年(1642年)に完成した裳階付きの大堂だったが、1956年(昭和31年)に放火による火災で焼失した。本尊は大日如来坐像。本尊の両脇には向かって左に日蓮、道元、栄西、円珍、右に法然、親鸞、良忍、真盛、一遍の像が安置されている。いずれも若い頃延暦寺で修行した僧で、これらの肖像は関係各宗派から寄進されたものである。外陣には釈迦を始めとして仏教や天台宗ゆかりの高僧の肖像画が掲げられている。
鐘楼 - 開運の鐘、世界平和の鐘と呼ばれる。
瑞雲院
前唐院 - 慈恵大師良源(元三大師)の住房。
国宝殿 - 山内諸堂の本尊以外の仏像や絵画、工芸品、文書などを収蔵展示する。「国宝殿」という名称は、最澄が著わした『山家学生式』の中の「一隅を照らす これ則ち国宝なり」という言葉から採られたもの。
7 専念寺 - 客番 延暦寺文珠楼 - 8 永観堂禅林寺
1942年7月30日、落雷による火災で以下の建造物1件、工芸品1件が焼失した。
(旧)横川中堂 - 旧国宝建造物。
銅筒 - 金銅経箱(現国宝)の付属品だったもの
1956年10月11日、上司に叱られたのを恨んだ延暦寺受付係の18歳の少年による放火により以下の建造物2件、彫刻5件(いずれも当時重要文化財)が焼失した。
旧大講堂
旧大講堂鐘台
木造大日如来坐像(旧大講堂 御本尊)
木造弥勒菩薩坐像
木造持国天・多聞天立像(平安時代初期)
木造阿弥陀如来坐像(平安時代初期)
銅造釈迦如来坐像(室町時代)