国鉄分割民営化
国鉄分割民営化の時点で、累積赤字は37兆1,000億円に達していた。このうち、25兆5,000億円を日本国有鉄道清算事業団が返済し、残る11兆6,000億円を、JR東日本・JR東海・JR西日本・JR貨物・新幹線鉄道保有機構(1991年解散)が返済することになった。経営難の予想された、JR北海道・JR四国・JR九州は、返済を免除された。
国鉄改革最大の目的といわれた巨額債務の解消であるが、結果は失敗ともいえる。一つには、国鉄時代からの累積赤字は利子が複利を生み、雪だるま式に膨れあがって行き、利払いだけで年1兆円を超えるなど、手の施しようがない巨額に達していたという事情がある。これについては、赤字額が小さいうちに、日本国政府が介入をしていれば防げた事態である。しかし前述の通り、政府は独立採算の建前から、補助金の交付は最小限にして、国鉄自身に借金させる仕組みを続けさせていた。単年度に限って言えば、国鉄末期の1984年度に旅客部門は黒字に転換したが、累積赤字を返済するには焼け石に水どころか、利子の返済すら全く足りなくなっていた。
民営化により市場原理を活用したことにより、本業である鉄道での収益は好転した。
またJR西日本はローカル線で日中に保線を行う際に列車を運休していたが、対象となる時間帯は閑散時間帯とされる平日日中で、あらかじめ告知された月1回のみの実施である。
1999年に鉄道事業法が改正され2000年3月から施行されたことにより、赤字路線の廃止手続きが、これまでは国の許可が必要であったものが、届出で可能に改正され簡略化された。法改正以降は、JR地方交通線のうち、可部線の末端部が2003年に廃止され、2010年の災害から運休となっていた岩泉線が2014年3月限りで廃止、2014年5月12日に江差線の木古内駅 - 江差駅間も廃止された。江差線と岩泉線は沿線地元自治体の同意を得て廃止届が出されている。
このほか、2009年に災害で運休となった名松線の末端区間について、JR東海が廃止を地元に打診(その後自治体の協力を条件に存続)したり、2010年4月にJR西日本社長が定例会見で一部のローカル線のバス転換について関係自治体に打診済と述べるなど、一部に廃止を検討する動きが2010年代より出始めた。JR北海道は、江差線に続いて留萌本線の末端部に当たる留萌駅 - 増毛駅間を廃止する意向を2015年8月に表明し、2016年6月29日に提出した廃止届により、同区間は2016年12月5日付で廃止となった。
JR西日本は三江線について、2016年9月30日に廃止届を提出し、2018年4月1日付で廃止した。
山崎率いる主流派である分割・民営化容認派(右派)は国労を脱退し、やがて鉄産総連を結成した。この修善寺大会をきっかけに国労は内部崩壊を起こし、力を大きく失った。鉄産総連結成は、JRに採用されるための次善の策として、社会党側の働きかけもあったとされる。一方で、全面対決一本槍の六本木体制や国鉄の労使関係に失望し、職場単位で脱退が相次ぎ、国労からは分割民営化までの間に国鉄そのものを退職した人を含めて20万人以上の組合員が脱退、合理化により職員(社員)の総数も大幅に減少しているものの少数組合に転落した。
上記の通り、分割民営化議論に先立って1980年に成立した国鉄再建法に基づき、当時すでに輸送密度の低い不採算路線の廃止が進められていた。1981年より、3次にわたって廃止対象となる特定地方交通線の選定が進められ、最終的に83線が選定された。沿線住民などの反対があったが、1983年の白糠線を皮切りに、45路線が廃止(バス転換)、36路線が第三セクター化、2路線が私鉄に譲渡され鉄道として存続した。この措置は分割民営化が正式に決定されても継続され、民営化後の1990年、宮津線の第三セクター・北近畿タンゴ鉄道への転換、鍛冶屋線、大社線の廃止を最後に、各路線の処遇は決着した。かつての「赤字83線」廃止に比べると、かなり順調に廃止が進んだと言える。この路線の整理は分割民営化とは無関係に始まったものであったが、民営化会社がこれらの不採算路線をほとんど引き継がずに発足する結果をもたらした。
大都市部(特に首都圏)では急激な人口集中によって鉄道通勤事情が極度に悪化しており、対策を求められた国鉄では「通勤五方面作戦」を展開するなどして輸送力の増強に努めた。だが、これに要する費用には国からの補助金はほとんどなく、国鉄の自己負担となっていた。新幹線の建設にも巨額の費用が投じられ、建設費はそのまま国鉄の債務として積み上がっていった。それに加えて、大蔵省(現:財務省)は日本国政府が責任を持つ財政投融資を制限し、政府保証の無い特別鉄道債券を発行させたので、国鉄はより高利の負担が必要になった。有利子の借金で資金調達を行う仕組みを続けた結果、国鉄の赤字を急速に拡大させた要因となった。1969年から工事費に政府の補助金交付が開始され、1976年からローカル線維持費である「地方交通線特別交付金」などが追加された。だが、既に「焼け石に水」の状態であった。
日本鉄道建設公団の発足以降は、こうしたローカル線の建設費用は国が負担するようになったが、営業開始後の赤字は国鉄の負担であった。昭和50年代からは、それまでの運賃抑制分を取り戻すように50%の運賃値上げが行われ、その後も毎年運賃値上げが行われた。だが、首都圏の路線や新幹線においても利用者が減少を招いたため、収支改善にはつながらなかった。
政府は1980年(昭和55年)に、「最後の自主再建プラン」と評された日本国有鉄道経営再建促進特別措置法(国鉄再建法)を成立させた。この中で人員の削減や地方の新規路線の建設凍結、輸送密度による路線の区分(幹線・地方交通線・特定地方交通線)と、それに基づく措置として特定地方交通線の国鉄からの分離・バス転換、地方交通線への割増運賃の導入といった施策を盛り込んだ。