有用微生物群
比嘉は、EMが放射性物質を除去できる、「EMを徹底して活用することにより、居住地域における放射能汚染対策は万全となる事も再確認されました」「多くの事例やベラルーシ国立放射線生物研究所の協力も得て、EMによる根本的な放射能対策が可能であることも実証されています」「内部被曝の問題も根本的に解決できる可能性が十分あることも明らかとなりました」と主張している。
東日本大震災では、EM推進団体が東北の農場での実験や避難所にEMを配布している。環境大臣政務官の高橋比奈子衆議院議員(自由民主党)が、EMで「放射性物質が除去できる」と主張している。フリーライターの六本木博之によると、高橋議員が理事を務めていたEM推進団体・NPO法人地球環境共生ネットワーク(U-net)では、各地のボランティア団体の協力でEMを大量に培養・配布しているという。またEMによる除染を行うボランティア団体に公益信託の基金から助成金が支出されたケースもあり、EM推進派の議員は与野党どちらにもいると指摘している。
比嘉照夫はEMを2000種の有用と思われる微生物から、安全を確認した5科10属81種の微生物群であると述べている。彼は「一般に食品加工に使われる微生物を用い、共生関係が保てるため個々の微生物の培養ではあり得ないような、pH4以下での微生物の存在も確認される」としている。
山形大学理学部物質生命化学科准教授の天羽優子は2015年以降に、天羽が「客観的な効果が認められていない」とする自治体による岡山と広島の報告と自身の仮説を根拠に、EM推進派は「十分な実験的根拠を欠いたまま、政策としてEM利用の推進を求める署名を集めたり、有用微生物利活用推進議連を国会に作り、トップダウンで行政を動かしてEMの利用を勧めようとしている。つまり、科学の成果を社会に伝えて利用する手順を先に破っているのである」と指摘している。(なお2015年時点で自治体報告では効果ありの報告もある。#使用事例を参照。雑誌論文でも既に出版されている。#水質を参照。)
このうち岡山の1996年の岡山県環境保護センター年報は、実際には効果について多様な報告である。
児島湖から障害となる植物プランクトンを採集し、試験管内でEMの有無にかかわらず繁殖した。
用水路では効果はあるが永久的ではなかったため再処置する必要があった。
小規模の池では透明度の向上やCODなどの改善が見られたが、閉鎖された池で効果を確認できなかった。
青森の沖館川で県がEM投入を実施し、誤差の範囲であるが全検査地でヘドロが減ったという報告をまとめており、これを朝日新聞青森版が「効果なし」と報道してからこのような表現で拡散されており、県の調査担当者も「効果がないとは言っていない」と朝日の報道を否定しているという。
新潟市議会の2015年2月の定例会本会議では、議員の深谷成信の「EMを児童が飲食することについて、その安全性をどのように確認されていたのか」という質問に、教育長の阿部愛子は「学校では、平成24年度の総合的な学習の時間の指導計画を作成する際に、EMの効果や活用方法について事前に情報を収集しており、EMを利用した食品が複数あることやEMが食品の加工に利用されている場合があることなどについて確認しました。そこで、EMを授業の導入で提示したと聞いています」、今後は公的機関で安全性が検証されるまで飲食は控えると答弁した。深谷はプール掃除への利用について、実際に効果があるか検証されていない、「少し考えられたほうがいい」と述べた。 #安全性も参照。
2016年8月には、武雄市が管理する幼稚園が、プール開きの際にきれいな水を入れたプールに「EM液」を投入したとブログに書き、批判が起きた。幼稚園側はBuzzFeed Japanの取材に対し、婦人会が毎年持ってきてくれるので使わないのも申し訳ないと思って投入した、「今のところ、子どもたちへの害は確認されていない」と述べている。物理学者の菊池誠は、EMで水がきれいになるというのは迷信であり、雑菌をまいているだけなので衛生面で悪いと指摘した。 #水質も参照。