日本ボクシング連盟
前述した通り(#オリンピックへの選手派遣)、プロボクシング界との交流はオリンピック出場を巡り対立して以来、年間表彰選手を合同で表彰する以外公式には行われておらず、特に1990年代半ば以降のプロアマ間は事実上の断絶状態にあった。プロ転向を目指す選手は強化指定からも除外された。
また、元プロ選手のアマ転向やプロアマ交流戦はおろか、アマ関係者がプロと何らかの形で接触する事さえ事実上認められなかった。過去に中岸風太が中学時代にプロのエキシビションに参加したことを理由にアマチュア選手登録を停止され裁判に至ったケースなどがある。
このような冷え切った状況が長く続いたプロアマ関係であったが、2010年(平成22年)に山根明がJABF副会長に就任すると、就任を祝うパーティーで同年に日本プロボクシング協会(JPBA)会長に就任した大橋秀行と握手を交わし、相互協力を約束した。
なお、断絶時にもオリンピック日本代表選手と世界チャンピオンがスパーリングを行うなど選手レベルの交流は全くなかったわけではないが、公にされることはほとんどなく黙認されていた。それが、公式に認められた形となり、ボクシングマスコミでもスパーリングの様子などが取り上げられるようになった。
また、一部JPBA加盟ジムではJABFにも加盟してアマチュア活動も行っているが、JABF公式戦ではジム名ではなく選手の勤務先などを所属扱いとし、JBCライセンス保持者のセコンド入りを禁止されていた。
山根は、国際大会への選手派遣や選手強化費の増額等の改革がロンドン五輪での好成績をもたらしたことなどにより、第67回岐阜国体開催期間中の同年10月7日、国体会場の岐阜産業会館で開催された理事会において全会一致で終身会長に就任し、同年12月には、アジアボクシング連盟 (ASBC) がアジアのボクサーの躍進を機に、関係者に感謝し奨励するために新設したという年間賞で、最優秀会長に選出された。
2013年2月、AIBAが設立するプロ団体APBへの関わりを検討する専門委員会の設置が承認された。また、AIBAのルール変更を受け、同年7月1日以降の国内試合でもルールが改定されることになった。主な変更点は、10点法の採用(10点満点の減点方式で、10対10の採点は避ける。従来は加算方式)、RSCを廃止しTKOとすること(主審はストップを最小限に抑える)、成年男子の試合におけるヘッドギアの廃止、セコンドを3人まで認めること(従来は2人)、出場選手の年齢上限を41歳の誕生日前日とすること(従来は35歳の誕生日前日)、ワンデーソフトコンタクトレンズを申告の上着用容認など。