日本とポルトガルの関係
マシュー・ペリーの黒船来航によって1854年に日米和親条約、1858年に安政五カ国条約が結ばれ日本が開国すると、1860年にはポルトガルも日本と日葡和親条約・日葡修好通商条約を調印し、215年ぶりに通商が再開されるとともに、正式な外交関係が結ばれることとなった。この時期にはポルトガルはかつてのアジア植民地を既に大部分失っており、アジアでの経済・貿易活動は専らマカオとポルトガル領ティモールを中心に行われるようになった。
第一次世界大戦では、日本とポルトガルは連合国陣営としてともに参戦している。1922年のワシントン会議には日葡両国を含めた9カ国が出席し、ともに九カ国条約を批准した。
第二次世界大戦が始まるとポルトガルは中立を宣言したが、日本軍にティモール島を占領され、自国への攻撃拠点となることを恐れたオーストラリア、及び周辺の権益(オランダ領東インド)を保有するオランダによってポルトガル領ティモールは保障占領される。一方香港やオランダ領東インドを占領した日本軍は、当初は中立を謳ったポルトガル領には侵攻しなかったが、ポルトガル政府の黙認の元1942年には日本軍がティモール島全島を掌握し、終戦までの3年間日本による支配が行われた。この間外交関係は一時途絶している。
出島を建設した時点では、幕府はポルトガルの追放を考えていなかった。しかし1637年に島原の乱が起こると、キリスト教徒の結束を恐れた幕府は布教を行う可能性のあるポルトガルとの貿易を取りやめることとし、1638年にマカオから江戸に派遣されたカピタン・モールの将軍への謁見を拒否した。しかし現実には、マカオからもたらされる中国産の生糸や絹織物などに大きく依存していたために、幕府はポルトガルとの貿易の途絶をためらった。
しかし、1639年に幕府はオランダ商館長のフランソワ・カロンから聞き取りを行い、当時オランダが統治していた台湾経由で中国産の生糸や絹織物を輸入できることを確認した。そのためポルトガルとの貿易を途絶しても支障がないことを確認した幕府は、同年に長崎奉行や九州地方の大名などに、ポルトガル船の入港の禁止や沿岸警備体制の構築を目的とした通達(「第5次鎖国令」)を発布し、ポルトガルとの関係を断絶した。1640年にはマカオから日本へ貿易再開を嘆願する使節が派遣されたが、全員捕えられ処刑されている。
「鎖国」中は日本とポルトガルは直接的な接触を行うことは無かったが、東南アジア各地に残された日本人町ではポルトガル人との交易も暫くの間続いた。また、オランダ風説書などのオランダ人によってもたらされた情報によってポルトガルとスペインの動向はある程度江戸幕府も把握しており、英国船リターン号が1673年に貿易再開を求めて来航した際には、事前に英国王がポルトガル女王と結婚した事実なども把握していた。