大津事件
2007年、新たに発見された子供2人分の遺骨がニコライの行方不明の子らであるかどうか、詳細なDNA鑑定がなされた。大津で負傷したニコライの血がついたシャツは、エルミタージュ美術館に保管されていた。最初に検査にあたったマサチューセッツ・メディカル・スクール大学 (University of Massachusetts Medical School) のエフゲニー・ロガエフ教授 (Professor Evgeny Rogaev) は、「(古い血液から劣化したDNAを取り出すことは)かなり難しいだろうと思っていたが、驚いたことに非常に状態のよいDNAを抽出できた」と語った。
ロガエフ教授と、共に検査に臨んできたDirector of Research AFDILのMichael Coble博士は、1991年に発掘されていた遺骨のうち、女性の遺骨(推定アレクサンドラ)と子供3人分の遺骨がミトコンドリアDNA鑑定によって母子関係にあると証明した。新たに出てきた子供二人分の遺骨も、女性の遺骨と母子関係にあると証明した。そして、ニコライの血液のDNAにより、ニコライと父子関係にあることを確認した。
Coble博士は「遺骨がニコライとアレクサンドラの子である可能性は、そうでない可能性の実に4兆倍になる」と語った。2009年2月、2人は子供2人が行方不明だったニコライ夫妻の子・アナスタシア(またはマリア)とアレクセイであると正式に発表した。