コミックマーケットが抱える問題
2000年代に入ると、一般参加者としての児童・生徒の参加が増加している。その上、コミックマーケットや各同人誌即売会では成年向けの本と一般向けの本の売り場が厳密に区別されていない ため、必然的に成年向け同人誌を目にする機会が多くなり、通常の書店より購入が容易になるという問題が発生している。
このため、同人誌即売会においてはこのような性描写の氾濫が最も問題視されている(「性描写の問題」と「パロディによる著作権の問題」は、本来別の問題であるが、一括りの問題とされることがある。後述の「東京都や警察庁の表現規制方針」も参照されたい)。また、コミックマーケットで多数のサークルで成人向けを扱う状況から、「成人向け作品を販売するイベント」との誤解や偏見が持たれている状況も多々存在する。
企業ブースでは成人向けゲームを主に制作している会社も出店しているが、それら店舗での商品購入の際に配布される紙袋が"過激"であるとして問題になったことがある。これをうけてか、2012年の夏コミ(C82)以降はあまりに過激な図柄のものについては激減している。
かつて茨城県龍ケ崎市に存在した印刷会社「木内印刷」は、価格が非常に安く、同社を利用するサークルも多かったが、文字化け状態のまま印刷する、乱丁率の高さなど仕事そのものの低品質さに加え、印刷の遅れから前日搬入を行えず、やむなく準備会がサークル側への救済措置として当日朝の搬入を認めるなど、トラブルを多々起こしていた。特に規定外搬入については以前から繰り返しており、準備会からも改善要請を再三行ったにもかかわらず改善が見られず、さらに開催ごとに必要な搬入企業登録料も支払われていない状況が続いていた。
こうした違反を繰り返したことを鑑みて、準備会は2008年11月に木内印刷に対し、同年冬のC75以降は出入禁止にする旨を通告した。この措置によって木内印刷は業績が急落し、倒産に追い込まれた。
一方で、コミックマーケットには著作権者である出版社やゲームソフト関連企業などによる企業ブースの出展も増えてきており、コミケットでも販売される同人作品を調査して人材発掘を行う企業も少なくなく、また現状では著作権侵害が親告罪であることから、同人誌とそれを売る場であるコミックマーケットは事実上黙認されている。
また、多くの作品を二次創作に利用されている角川グループホールディングスの角川歴彦会長は2010年に「コミケからは才能豊かなクリエーターが生まれた。出版社が著作権を独占してコミケが収縮していたら、それは生まれてこなかったかもしれない」と語っていた。