水戸ホーリーホック
チームスローガン:彩 (いろどり)
開幕3連勝で第2節には首位に立ち、次節には首位をあけわたしたものの、開幕から12戦無敗(7勝5分)で第9節から再び首位となる。第13節でシーズン初敗戦と同時に首位陥落した後、1位と2位を推移するが、第18節から4戦勝てず、前半戦終了時点で4位。後半戦も、J1昇格プレーオフ圏内の6位以上を維持していたが、第34、35節でシーズン初の連敗を喫し7位に転落、直後に首位柏に勝利し5位浮上したものの、第38節徳島に敗れ8位に後退、第40節に再び4位浮上したが、最終2節で徳島、甲府、そして得失点差で並んでいた山形に総得点の差でかわされ7位となり、過去最高順位は達成したものの、僅差でプレーオフ進出を逃した。
2008年から新日本プロレスとのコラボ企画を行なっている。2月14日にひたちなか市松戸体育館で行われた新日本プロレスひたちなか大会において、ホーリーくんやチアリーダーが登場するなどして盛り上げた。6月13日の鳥栖戦には、6月15日の水戸市民体育館で行われる新日本プロレス水戸大会の宣伝も兼ねて、サッカー経験者である蝶野正洋の始球式参加や「I am Chono!!」シートを限定販売を行った。
しかし、第13節ホーム東京V戦から3連敗し、同節から後半戦初戦の第22節アウェー東京V戦まで10試合で2勝1分7敗と不調に陥り、順位も12位まで下げる。後半戦も、第32節ホーム鳥取戦から3連勝したものの、それ以外シーズン終了まで連勝がなく、最終順位は22チーム中13位に留まった。ただし観客動員については1試合平均3,973人となり2004年の記録を更新した。
9月28日、2013年度のJリーグクラブライセンス申請においてJ2ライセンスの対象となり、2012年度のリーグ戦の成績が6位以内でもJ1への自動昇格もしくはプレーオフ参加の対象とならないことがJリーグから発表された。なおクラブとしてはJ1昇格の目標を早期に達成するために、KsスタのJ1規格への改修・増築を行う間、J1規格に適合し2009年までの本拠地であった笠松運動公園陸上競技場への「一時的な復帰」も視野に入れて、同競技場を管理する茨城県など関係自治体・各方面と協議をすることも示唆している。