原木栽培
菌床栽培のように加熱殺菌した原木に種菌を接種する方法。蒸気で殺菌する方法もあるが、ドラム缶で原木を煮沸する方法もある。害菌に対する抵抗力の弱いマンネンタケ、ヤマブシタケ、マイタケ栽培などで利用される。
キノコ(菌種)と使用する樹種と樹齢には相性があり、ミズナラ、ポプラ、サクラ、クヌギ、コナラ、ブナ、カキ、クリ、クルミ、シラカンバ、ヤナギ、ケヤキ、シデ、クワ、エノキ、カエデなどの落葉広葉樹が利用される。ヒラタケなどの一部のキノコにおいては、スギ、ヒノキ、カラマツなどの針葉樹やイチョウを利用しても発生が望めるが、落葉広葉樹を原木とした時と比較して子実体の発生量は少なくなる。栽培するキノコの種類によってそれぞれ適した原木が異なる。シイタケに適した樹種はクヌギ、コナラ、ミズナラであり、ナメコに適した樹種はサクラ、トチノキ、カエデ、ブナ、コナラである。また、ヒラタケでは、リンゴ、エノキ、ヤマフジ、クルミ、ヤナギ、リンゴ、ポプラ、ハンノキ、タラノキ、シデ、ミカン、アオギリ、エゴノキ、クワ、ヤマナラシ、ハリギリ、ネムノキ、ホオノキ、ブナ、サクラ、シラカンバ、ムクノキ、カキ、モミジなど、様々な樹種において適している。。樹齢は10〜30年程度のものが利用される。
明治時代以降には、1907年、三村鐘三郎の「胞子の粉末を水に混ぜ込みホダ汁として使用する方法」や「完熟したホダ木から得られた木片を原木に埋め込む方法」、1930年(昭和5年)、森本彦三郎の「シイタケの純粋培養された鋸屑種菌による栽培方法」、などの技術的進歩をへて1935年頃までに全国に普及し、1943年(昭和18年)、現在と同じ方法が森喜作の「くさび型木片にシイタケ菌を純粋培養した種駒による栽培」で人工栽培技術は確立され、1945年(昭和20年)以降、他のキノコにも応用されて行く。シイタケは生だけでなく「乾燥」させた物が広く利用されたため、商品価値が高く積極的に研究がされた。