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南側の橋は旧海軍工廠方面への専用線(戦後は貨物ヤード上り引き上げ線)が通っていたが、現在はレールが撤去され歩道橋として再整備され使用されている。また、その東側の踏切(堺川踏切)は以前、本線と専用線が通る複線の踏切であったが、現在は専用線が撤去・アスファルト舗装され、遮断機の位置が変更され単線の踏切となっている。堺川踏切が単線の踏切であるにもかかわらず列車進行方向指示器を装備しているのは複線の踏切であった時代の名残である。さらにその東側で堺川を渡る橋梁は、現在でも本線と専用線の2本の橋梁が南北に並んでいる。専用線用地はその橋梁を東に渡り海上自衛隊呉教育隊の敷地まで伸びているが、雑草に覆われておりレールが残存しているか否かははっきりしない。
貨物取扱い廃止(1986年)後も貨物ヤードの線路群は2000年頃まで大部分がそのまま放置されていたが、呉駅南側再開発が本格化するにつれそれらは撤去され、今ではその面影はほとんどない。
駅北西(旧呉市交通局本庁舎がある区域)側にもかつては数本の側線があった。また、駅北東側にある1番線の安全側線は、2000年頃まではさらに先まで伸びており、駅東側の中央桟橋(呉港)方面に向かう道路の手前に車止め(第3種車止め)が設置されていた。そこからスイッチバックするように1本の側線が1番ホーム東端に隣接して建っていた工事用車両の小さな車庫に繋がっていた。現在は通常の安全側線として使用される部分以外は撤去され、車庫も解体され存在しない。駅西側の、3番線を合流させたあとの2番線の延長線上には、電化された下り引き上げ線が残されており、構内西端の二河川東踏切手前で車止め(第3種車止め)が設置されている。この側線は安全側線としての役割を兼ねている。