SkyOS
かつてオープンソースだったことから、SkyOSはフリーソフトウェアに関する多くの議論を巻き起こした。
しばしば、SkyOSはGPLに違反していると非難されてきた。すなわち、OS開発は非常に複雑な作業であり、Szeleneyはこれまでの間にフリーソフトウェアからコードを盗用しているに違いないという主張である。実際にはSzeleneyはオープンソース開発者側に貢献している。ライセンス上要求されていない場合でも、SzeleneyはSkyOS用にオープンソースに修正を加えたとき、それを全て公開している。
一部のベータテスタはSzeleneyがSkyOSの開発を完全にやめてしまった場合、彼らの投資が失われることを懸念しており、それと関連してSkyOSをオープンソース化すべきだという主張がなされることがある。実際、Szeleneyは開発を中断した際に開発をやめてしまう可能性に言及している。
APIには各種パーミッションの設定があるが、実際にはパーミッションを設定してもシステムはそれに従わずに動作している。開発中のOSであるため、意図的にこのようになっているという。
SkyOSの通信プロトコル部分は独自設計であり、実際の環境で大々的に評価されたことがない。今のところ、SkyOSの動作しているマシンへの侵入が試みられたという話はない。
「パスワード付きフォルダ」という機能があり、ファイルシステムレベルで実装されているため、アプリケーションから通常のAPIでファイルにアクセスする場合、必ずユーザーがパスワードを入力する必要がある。しかし、パスワード付きもパスワードなしも、ファイルは全て同じ形でディスクに格納されているため、その構造を知っていれば通常のAPIを使わずにファイルにアクセスすることは可能である。
SkyOSの安定性は徐々に改善してきているが、実際はユーザーによって異なる。ハードウェア構成が正しければほとんどシステムクラッシュは起きないが、サポートしていないハードウェアの場合は頻繁にクラッシュし、ブートすらできないこともある。包括的なハードウェアサポート状況の一覧は、システムが頻繁に修正されるため存在していない。