GNU/Linux名称論争
また、「GNU」および「Linux」という名称はどちらも意図的に「Unix」という名称が絡んでおり、Unixは常に概念的にカーネルと同様にCライブラリおよびユーザーランドツールを含んでいた。1991年のLinuxカーネルのバージョン0.01から0.11へのリリースノート(バージョン0.12までGPL条項下でリリースされなかった)においてトーバルズは、「悲しいことに、カーネルはそれ自身ではあなたに何ももたらしません(中略)LinuxのほとんどのツールはGNUソフトウェアを使用しています。」と述べている。トーバルズはまた、1992年のアンドリュー・タネンバウムとリーナス・トーバルズの議論において、「(私だけでなく)指摘されたように、Linuxカーネルは完全なシステムのほんの一部でしかありません」と述べている。
「Linux」という言葉は、カーネル、オペレーティングシステム、あるいはLinuxディストリビューション全体のいずれかを指し、しばしばこの3つの間で混乱を招いている。メディア関係者は、トーバルズが1991年に(単にカーネルではなく)Linuxオペレーティングシステム全体を一から作ったと断定してしまったり、トーバルズは他のグラフィカルインターフェイスやGNUツールのようなコンポーネントの開発を監督しているとか、カーネルの新しいリリースはMicrosoft Windowsのようなカーネル以外の多くのものが同時に変わるプロプライエタリオペレーティングシステムと同様に、ユーザの目に見える変更がなされているといった誤りをしばしば犯している。