古細菌
このほかの呼称としては、Mendosicutes(メンドシクテス)や古バクテリア類、後生細菌といった表現もみられる。いずれも古い用語であり、使用頻度は下がっている。英語圏でもまだArchaeabacteriaは使用されており、特に著名な研究者であるトーマス・キャバリエ=スミスらがこの語を用いている。2分岐説(エオサイト説)において、アーキア(Archaea)を真核生物を含む範囲に拡張する場合、原核生物のみを指して古細菌と便宜上呼称する場合もある。なお、中国語でも当初は古細菌と呼ばれていたが、「Archaea」に対しては、「古菌」や「古生菌」という漢字名が広く使用されている。
「古細菌」という名称は、「菌」や「細菌」を含むが、狭義の菌類(真菌)や狭義の細菌(真正細菌)とは異なる。細菌(Bacteria)が菌(Fungi)で無いのと同様に、古細菌(Archaea)は菌類でも細菌でも無く、系統も全く異なっている。分類学上は菌類が真核生物ドメインに含まれ、細菌が細菌ドメイン、古細菌が古細菌ドメインを構成している。なお、ラテン語名である「Archaea」という名称も、1854年にアゴダチグモ科の化石種に与えられているが、古細菌と直接の関係はない。
Ignicoccus hospitalis(大きい方がI. hospitalis)"Sulfolobus tengchongensis" RT8-4の電子顕微鏡写真詳細は「クレン古細菌」を参照2018年現在64種が記載。温泉などにいる好熱好酸菌、80°C以上の高温を好み海底熱水噴出孔などにいる超好熱菌などを含む。ESCRT複合体で分裂する。古細菌固有のDNA複製酵素であるDファミリーDNAポリメラーゼを欠く。テルモプロテウス目以外はヒストンを持たないことが多い。