忍者
その後明治になり、江戸幕府から明治新政府へ政権が移ると、警察、日本陸軍、日本海軍が創設され、忍者もその役目を終えることになった。活躍できる場を失った彼らはその後、陸軍や警察関係(警察官)の職業など、技能を活かすために新たに創設された職に就いた者や、明治になって職業選択の自由が出来たことから全く違う職に就いた者など、生きた経緯は別れるようになり、それぞれの子孫が現在に至る。
明治末期〜大正年間には立川文庫の作家たちによって、猿飛佐助、霧隠才蔵など忍者ものが創作され人気を博した。
また、映画の実用化により、特撮技術を用いた忍者ものが創作された。1921年公開の牧野省三監督の映画『豪傑児雷也』は、日本初の特撮映画と言われる。この映画では、現代に至るも創作作品で継承されている、煙とともに消える忍者が描写されるが、これは1902年に世界最初の劇映画として製作された『月世界旅行』の特撮技法をそのまま踏襲したものであり、もちろん史実ではない。
太平洋戦争後の1950年代後半より、小説や時代劇、劇画などに忍者が多く取り上げられるようになり、忍者は再び日本人の間で広く認知されるようになった。これらに描かれる忍者は主に使用する忍術の非現実性などから批判を受けることもあるが概ね好評と言え、平成期には『るろうに剣心』『NARUTO -ナルト-』などの漫画を原作としたアニメ作品が制作され、国内のみならず海外においても人気を集めている。
天武天皇 - 天文遁甲に通じていたことを根拠に豊田有恒が忍者説を唱えた。通常、この「天文遁甲」は忍術ではなく占術のことと解釈されている。
杉谷善住坊 - 織田信長を狙撃して失敗した根来衆。
果心居士 - 戦国時代 幻術師
山本勘助(菅助) - 甲斐武田氏の足軽大将・伝説的軍師。勘助を忍者とする記録は見られないが、近代には新田次郎の歴史小説『武田信玄』で忍者として描かれた。
滝川一益 - 織田信長仕官までの経歴が不詳で、甲賀出身であることから、忍者との関係が取り沙汰される。
石川五右衛門 - 安土桃山時代の盗賊。古典芸能から映画まで忍術使いとして描かれた作品多数。
松尾芭蕉 - 伊賀出身の俳諧師。忍者説の初出は1966年に松本清張と樋口清之が発表した共著『東京の旅』である(該当項参照)。
間宮林蔵 - 薩摩藩の鹿児島城に潜入して城中の蘇鉄に名前を刻んだ偉業で知られる公儀隠密。