ペプチドマスフィンガープリンティング
逆に欠点は、検索対象のタンパク質が必ずデータベースに存在していなければならないことである。また多くの PMF 用検索プログラムは、未知のタンパク質が単一であることを前提としている。そのようなプログラムで複数のタンパク質が混在している試料を分析すると、検索に深刻な支障をきたす。そのため一般的には、 PMF で同定を行うタンパク質は何らかの方法で単離しておく必要がある。2-3 種類を超える多種類のタンパク質の混合物を分析するには、もっと同定の確度の高い MS/MS を別途用いる必要がある。従って PMF で探索されるタンパク質は、 SDS-PAGE や二次元電気泳動によって分離されたものである場合が多い。これらの手法により分離したタンパク質も、MALDI-TOF/TOF や nanoLC-ESI-MS/MS などの装置によって MS/MS 解析を行うことは可能である。
分析されるタンパク質は前述の通り電気泳動で分離されてきたものが一般的である。試料調製の過程においてタンパク質は修飾される。例えばシステイン残基が形成するジスルフィド結合は分析の妨げとなるため、還元およびチオール基のアルキル化処理や、アクリルアミド処理が行われる。
次にタンパク質はトリプシン・キモトリプシン・V8プロテアーゼなどの消化酵素によって消化断片へと分解される。典型的には基質となるタンパク質と酵素の量比は 50:1 ほどであり、これを混合して一晩処理する。消化されてできたペプチド断片はアセトニトリルで抽出の後、減圧乾燥される。これを少量の蒸留水で溶き、質量分析の試料とする。