笹子トンネル (中央本線)
しかしこれは鉄道局から技術的に困難であるとされ、甲府 - 松本間のみが免許されることになり、さらに再検討を行っているうちに国有鉄道による中央本線計画が開始されたこともあり、計画を放棄して1893年(明治26年)に免許状返納を命じられた。
また甲州街道に沿って東京と直結する鉄道を主張する一派もあり、雨宮敬次郎らは八王子 - 甲府間を結ぶ山梨鉄道を1889年(明治22年)に出願した。これは甲信鉄道の計画では甲府盆地東部に益がないことを考慮してのものであった。しかし、先願の甲信鉄道が御殿場起点を八王子起点に改める可能性があるとして、この計画は却下された。この計画は後の中央本線にほぼ沿うものとなっており、笹子峠を越える予定とされていた。最急勾配は22.7パーミルでトンネルの長さは約2 kmとされていたが、これが本当に可能であったかは疑問視されている。
一方、西南戦争に伴う軍事輸送などで鉄道の威力を認識した大日本帝国陸軍は1887年(明治20年)、当時の参謀本部長有栖川宮熾仁親王からの建議案において、海岸近くに敷設する鉄道は海上の敵からの攻撃を受けて破壊されやすく防備上不利であり、内陸を貫通する鉄道が必要であると主張した。
5気圧)の公称16馬力のもので、1900年(明治33年)8月には小仏トンネルで使用されていた同一仕様のボイラーが東側坑口に増設されて2台となった。また西側坑口では1900年(明治33年)9月から、従来の蒸気機関に代わって電力を利用してウェスティングハウス・エレクトリック製の直流100 V40馬力電動機を運転して空気圧縮機を駆動するようになり良好な結果を得た。削岩機は当初切り広げにも投入されたが、最も掘削が困難で全体の進行に影響を与えるのは導坑掘削であったため、最終的にすべて導坑掘削のみに投入された。当初は東西それぞれ3台ずつ使用したが、常時2台を使用している状況で不足が感じられたため、輸入品を基に国内で7台を模造し、さらに1台を別途導入して、最終的に東西7台ずつの合計14台が使用された。
通信手段も用意され、1897年(明治30年)10月には八王子 - 黒野田 - 初鹿野 - 勝沼を結ぶ電信が開通し、資材の輸送計画などに用いられた。1899年(明治32年)になり電力が得られるようになると、発電所・工事事務所・坑内の大マンホールを結んで電話が設置された。これにより、それまで工事計画や材料の輸送などの伝達は徒歩で往復2時間もかかかっていたが、電話の開通によって大幅に作業効率が改善された。
坑内では、当初カンテラが照明に用いられており、そこから発せられる一酸化炭素等の有害物質によって空気が汚染されていた。
また、西側坑口では1898年(明治31年)7月に馬が導入され、さらに1901年(明治34年)1月には牛に変更された。牛馬の力は電気機関車には劣ったが、人力よりははるかに優れていたという。
笹子トンネル東口で運転された電気機関車は、国鉄の記述した資料などでは日本初であるとするものがあるが、実際には足尾銅山などで使用の先例があると指摘されている。導入にあたっては軌間を30インチ(762 mm)に変更している。電力は別途水力発電所を建設してやはり笹子川の上流から導水し、水車はジェームスレッフェル製横軸ダブルディスチャージタービン46.5馬力、落差80フィート(約24 m)、毎分900回転のものを、発電機はゼネラル・エレクトリック製550 V・90 A・45 kWのものを設置した。これを架空式の電車線に送電し、電気機関車はボールドウィン・ロコモティブ・ワークスおよびウェスティングハウス・エレクトリック製の2軸12トン15馬力の鉱山用機関車を導入した。貨車はアルトゥル・コッペル製のものであった。
電気鉄道導入の効果は大きく、坑内の空気を汚染しないばかりか、それまでずりが坑内に溜まりがちで工事に支障をきたすことがあったのが一掃され、逆に運ぶものがないと掘削を催促されるほどであった。材料の運搬にも便利で不要な資材を坑内に保管する必要が無くなり、現場の整理整頓が進んだ。また作業員の出入りにおいても便乗することができたため、労力の軽減につながった。