特許庁
2006年(平成18年)7月、出願情報などを一元管理する新たな基幹系システム設計開発の入札を実施。東芝ソリューション、日立製作所、NTTデータの3社が応札し、技術点では最下位であったが、99億2500万円と予定価格の6割以下を提示した東芝ソリューションが落札した。さらに同庁は、アクセンチュアとコンサルタント契約も結んだ。しかし、2012年(平成24年)1月、計画不備で開発は中止(2013年に新計画で再開)。会計検査院は、同システム開発費用やコンサルタント料約54億5100万円の全てを会計法などに違反する「不当事項」であり、無駄な支出だったとした。東芝ソリューション及びアクセンチュアは、2013年9月に費用全額に利子を加えた約56億円を返納している。同システム開発事業の落札の背景として、東京地検特捜部が目を向けたのが、元経済産業大臣の二階俊博だと指摘されている。
2010年(平成22年)6月22日、審判官が基幹系システムリニューアル事業の入札情報提供の見返りにNTTデータから200万円のタクシー券を受け取っていたことが発覚し、同NTTデータ社員と共に逮捕された。
任務達成のため、経済産業省設置法により以下に関する事務をつかさどると規定されている(23条)。
工業所有権に関する出願書類の方式審査
工業所有権の登録
工業所有権に関する審査、審判
指導その他の工業所有権の保護及び利用に関する事務
民間における技術の開発に係る環境の整備(4条1項7号)
弁理士に関すること(4条1項56号)
所掌事務に係る国際協力に関すること(4条1項58号)
アジア地域を中心に、開発途上国への法整備支援として、知的財産権法に関する制度整備及び運用体制強化のための支援活動を展開している。開発途上国における投資環境整備の一環であり、独立行政法人国際協力機構(JICA)や世界知的所有権機関(WIPO)ジャパン・トラスト・ファンド等の枠組みが利用されている。