恵那郡
承平年間(931年 - 938年)、勤子内親王の求めに応じて源順が編纂した和名類聚抄に、当時の恵奈郡にあった六箇所の郷が記述されている。しかし郡司が居た郡家郷については記述が無いが、恵那市の大井町・長島町あたりと推測される。
坂本郷 - 中津川市坂本周辺
繪上郷 - 長野県木曽郡
繪下郷 - 中津川市の中津川恵下周辺が推測される。
竹折郷 - 恵那市武並町竹折周辺
安岐郷 - 中津川市阿木周辺
淡氣郷〔手向郷〕 - 恵那市山岡町の上手向・下手向を中心として明智町、上下村(上矢作町)、佐々良木(三郷町)、瑞浪市陶町など
現・中津川市) 苗木村 ← 苗木村、瀬戸村(現・中津川市) 落合村(単独村制。現・中津川市) 坂下村 ← 坂下村、上野村、川上村(現・中津川市) 付知村、加子母村(それぞれ単独村制。現・中津川市)
明治23年(1890年) 10月24日 - 苗木村が町制施行して苗木町となる。(4町45村) 12月27日 - 大井村が町制施行して大井町となる。(5町44村)
明治30年(1897年) 4月1日 - 以下の町村の統合が行われる。(5町23村) 陶村 ← 猿爪村、大川村、水上村(現・瑞浪市) 竹折村 ← 藤村、竹折村(現・恵那市) 笠置村 ← 毛呂窪村、姫栗村、加茂郡河合村(現・恵那市) 阿木村 ← 阿木村、飯沼村(現・中津川市) 坂本村 ← 茄子川村、千旦林村(現・中津川市) 中津町 ← 中津川町、手賀野村、駒場村(現・中津川市) 吉田村 ← 大田村、阿妻村、吉良見村、大泉村(現・恵那市) 遠山村 ← 馬場山田村、久保原村、上手向村(現・恵那市) 鶴岡村 ← 下手向村、原村、釜屋村、田代村(現・恵那市) 明知町 ← 明知町、野志村、杉野村、東方村(現・恵那市) 福岡村 ← 福岡村、下野村(現・中津川市) 本郷村 ← 富田村、飯羽間村(現・恵那市) 4月16日 - 付知村が町制施行して付知町となる。(6町22村) 8月1日 - 郡制を施行。
山口村諏訪神社の慶長16年(1611年)11月の棟札には「恵那郡木曽山口村」と記されている。
寛文9年(1669年)木曾代官の山村甚兵衛より尾張御領宛、木曽の所属について提出した書状によると、「然ハ御家中城侍在所持御書出候様ニと今度自公儀被仰出候付 当福島ハ濃州恵那郡之内ニ候哉 信州之内ニ候哉 先年絵図公儀ヘ上申候時分聞被成度候間得其意存候 当地興禅寺ニ有之候鐘銘ニハ恵那郡と有之候ヘ共 是ハ古ニ詮儀無覚束存候 木曽ハ信州之物と申唱 先年木曽絵図ニハ信州之内共 濃州之内共断書ハ不仕其地ヘ絵図指上申候 其節承及候ハ信州一国之絵図ハ 真田伊豆守殿 濃州一国絵図ハ岡田将監殿より一枚絵図ニ御認め 公儀ヘ上申由ニて殿様[尾張徳川家]御領分も美濃之絵図ハ将監殿[美濃代官]ヘ被遣 木曽絵図ハ伊豆守殿[松代城主]ヘ派遣候由承及申候然共聢(しか)と覚不申候 此段ハ其御地ニて如可申と存候 左と御座候ヘハ 木曽ハ弥信濃絵図に入可申と存候」とある。
寛文11年(1671年)山村甚兵衛より千村平右衛門への書状覚の中の触状に 尾州御国奉行に伺いたてたところ「木曽の儀、信濃国中に相極候ヘハ」触状はそのまま廻すようにとの指示を与えているところから、この寛文の頃になると木曽は信濃国の中とはっきりしたのだろう。
延喜式神名帳より後に作成された『美濃国神名帳』には恵奈郡七社(式内社)があり、その他、国史見在社として、長田神がある。
坂本神社
中川神社
恵奈神社 恵那山頂上にある神社。
加上明神 中津川市川上(かおれ)にある恵那神社。
阿氣明神 中津川市阿木字大門の八幡神社と推定される。
長窪明神 恵那市明智町杉野字長窪にある八幡神社と推定される。
鴈栖明神 所在地不明。
長田神 貞観6年(864年)の日本三代実録に美濃国長田神に神階奉授の記述があり、新撰美濃志では、恵那市長島町永田字田中の神社址を推定している。