日本学術会議会員の任命問題
一方、内閣府の2018年(平成30年)の文書では、「首相に推薦のとおりに任命すべき義務があるとまでは言えない」という見解を示していた。当時の会長であった山極寿一は、この文書について「全く知りません。文書があることも聞かされていない」と発言した。
なお、日本学術会議法の解釈を上記1983年(昭和58年)政府法解釈から変更したのかという問題については、内閣法制局、加藤官房長官とも「解釈変更ではない」との見解を示している。
任命しない理由
任命をしないと判断した理由について、この問題が取り上げられた2020年(令和2年)10月初めの時点では、首相は「総合的・俯瞰的な活動を確保する観点」から判断したと説明した。その後、同月26日にNHKの番組に出演した頃から、多様性の重要さを強調するようになった。菅首相は10月28 - 30日の国会答弁で「民間出身者や若手が少なく、出身や大学に偏りが見られることを踏まえ、多様性が大事ということを念頭に私が判断した」と述べた。
メディアで取りざたされる「任命しない理由」
任命しなかった理由に関しては、菅首相は「総合的・俯瞰的な判断」を繰り返し、個々人の具体的にどこが問題だったのかについては「個々人の問題にお答えすることは差し控える」としている。