子嚢菌門
ところが Neurospora tetrasperma や Podospora anserina などでは胞子は4個しか形成されず、個々の胞子には2個の核が含まれる。そのためこれらの種では単独で稔性があり、一見では自家和合性に見える。これを二次的自家和合性といい、このような菌糸体も異核共存体である。
遺伝学の研究には完全(有性)世代が必要である。古くから遺伝学に用いられてきたアカパンカビ Neurospora crassa は最初から完全世代が知られている。コウジカビ属Aspergillus は不完全菌類であるが、完全世代の知られるEmericella nidulans(=Aspergillus nidulans)が遺伝学の研究に用いられる。
なお、担子菌では接合後に菌糸が発達して菌糸体を新たに形成し、これを二次菌糸と言うが、子嚢菌類ではタフリナ類などをのぞいては二次菌糸は子実体にのみ見られる。
分生子形成などの無性生殖でのみ繁殖する菌を不完全菌という。それらは実際には有性生殖を有している可能性があるが、それを実際に確認することは難しい。また有性生殖を実際には行っていない可能性もある。その多くが子嚢菌類に属すると考えられている。ただし子嚢菌類にも不完全世代(アナモルフ)を発達させない例もあるし、担子菌系の不完全菌も知られている。かつては有性生殖が確認出来ない限りは正しい分類が出来ないとしていたが、現在では遺伝情報からその分類上の位置を推定することが可能となっている。
地衣類は菌類と藻類の共生体として知られ、古くは植物の一つの分類群として扱われたこともある。だが、現在ではむしろ、菌類のあり方の一つと見なされ、菌類として分類されている。菌類としては担子菌や不完全菌の例もあるが、その大部分は子嚢菌であり、地衣類全体の中で子嚢菌が占める率は99%にもなる。また、子嚢菌の中で地衣化しているものの割合は46%に達し、子嚢菌のあり方としても地衣化は重要な位置を占める。子嚢菌に含まれる37目のうちで地衣化した種を擁するのは16目あり、そのうち6目では知られている種のすべてが地衣、7目では大部分が地衣である。
酵母では個々の細胞がそのまま子嚢に変化する。またタフリナでは宿主植物の表面に子嚢を並べてつけるのみ。