乱獲
漁業による生態系への影響としては、「混獲(こんかく)」の問題がある。
これは、漁をする際に、目的以外の生物を網や針などの漁具にからめて、誤って獲ってしまうことである。アホウドリなどの海鳥、イルカやクジラなどの鯨類、そしてウミガメ類など、中には絶滅の危機にある海の野生生物も、数多くこの混獲の犠牲になっている。
また何らかの理由により放置された網や糸などの漁具に野生生物が絡まる「幽霊漁業/ゴーストフィッシング」も深刻な問題となっている。
漁具の多くはプラスチック製である。海中に放置された漁具は長い間ゴーストフィッシングの温床となるだけでなく、やがてはマイクロプラスチックとなり、世界的な海洋汚染の原因となる。
また、本来獲る必要がなく、商業的にも価値の無い魚なども、混獲されたものはただ捨てられてしまうケースが数多くある。また、サメのように、漁獲した後、高く売れるヒレの部分(フカヒレ)のみを切り取って、身を海に捨ててしまう例もある。
毎年、混獲の犠牲になっている海の生きものは、膨大な数になると見られており、海の環境を悪化させる大きな要因としても、問題視されている。