生物多様性の観点から重要度の高い湿地
岩美地先沿岸
唐川湿原
牧谷湿原
菅野湿原
多鯰ヶ池
神戸ノ上湿地
中海
隠岐島周辺沿岸
宍道湖
神西湖
十六島周辺沿岸
赤名湿原
隠岐島(島後)の陸水域
能義平野の水田地帯
地倉沼
岡山平野の河川および周辺水田
錦海塩田跡地
児島湖および阿部池
永江川河口
味野湾および玉野湾
笠岡湾・北木島周辺
蒜山上徳山地区の湿地
鯉ヶ窪湿原およびおもつぼ湿原
細ノ洲
ハチの干潟および賀茂川河口
安芸灘生野島
安芸湾三津口
帝釈川
世羅台地の湧水湿地およびため池群
東広島市の湧水湿地およびため池群
東八幡原および西八幡原
宮島
広島湾江田島
安芸灘屋代島
佐波川・椹野川河口,秋穂湾,山口湾
厚東川・有帆川・厚狭川河口
厚狭川下流農業用水系
秋芳洞の地下水系
小野湖
仙崎湾の汽水域および阿武川河口
青海島周辺沿岸
油谷湾
鳴門海峡
吉野川および勝浦川の河口部と周辺
ジョガマル池
黒沢湿原
大津田川流域の用水路網
橘湾
蒲生田海岸および周辺湿地
伊島および周辺沿岸
日和佐大浜海岸
牟岐大島周辺沿岸
出羽島の大池
浅川湾の汽水域
宍喰地先沿岸
豊島ため池群
満濃池および周辺のため池群
土器川河口
東讃部および中讃部の水田・ため池群
加茂川河口
医王池湿地
高縄半島のため池群
重信川河口
皿ヶ嶺湿地
赤蔵ヶ池
お吉泉と周辺水路
肱川下流域の農業用水系
鹿野川ダム
伊方町地先沿岸
宇和海島嶼部周辺沿岸
御荘湾の汽水域
龍河洞の地下水系
物部川杉田ダム
旧夜須町地先沿岸
室戸岬周辺沿岸
横碆周辺沿岸
須崎湾の汽水域
浦ノ内湾
サンショウウオの生息湿地
四万十川下流域・河口
四万十市トンボ自然公園
土佐清水鵜碆・平碆,見残し,沖の島周辺沿岸
飯豊連峰湿原群
尾瀬ヶ原および尾瀬沼
北茨城市地先海岸
伊師浜,小貝浜および高磯
那珂湊地先沿岸
千波湖
涸沼
霞ケ浦・北浦水系の河川・湖沼群
利根川下流部
菅生沼
那須山麓湿地群
大田原市の湧水湿地
鬼怒川中流域の河川敷と周辺湿地
上河戸・河戸新田のため池群
鬼怒沼湿原
中禅寺湖
湯ノ湖,戦場ヶ原,小田代原の周辺湿地
弁天沼湿原
宇都宮周辺湿地
渡良瀬遊水地および周辺水田
多々良沼・城沼および多々良川
茂林寺沼湿原
八瀬川
利根川源流山稜高層湿原群
芳ヶ平湿原など草津周辺湿原群
覚満淵湿原および赤城大沼
武尊山周辺湿原群
大峰沼湿原
杉戸町の遊水池
宝蔵寺沼
見沼代用水
白子川流域の湧水群
妙音沢の大沢・小沢
狭山丘陵周辺の湿地
犬吠埼周辺沿岸
九十九里浜
東総地域のため池群および周辺水路
小野川
北総地域の谷津田
はきだし沼
じゅん菜池
市川市大町周辺の谷津田
房総丘陵小櫃川・養老川・夷隅川水系の水田・休耕田
成東湿原
鋸山・富山・愛宕山周辺の水田・休耕田
一宮川・夷隅川の河口部