丹波酒井氏
波多野氏に敗れた酒井氏は一時期は衰退したものの、その傘下で重臣に起用された。初田酒井氏の酒井豊教は波多野元秀の書状の発給を行い活躍する。
酒井氏は16世紀頃に旧丹南町一帯に支城館を構え、往来の勢力を取り戻しつつあり、栗栖野城、油井城(尾ノ上城)、油井西城、南矢代城、大沢城、高仙寺城、波賀野城、等々を築いた。『栗栖野信政等連署寄進状』では1564年に一族は団結を図るため、高仙寺を共通の氏寺として酒井四家の大将らは十石ずつ、計四十石を同寺に寄進した。また天正四年(1576年)には八上城城主波多野秀治が油井と矢代へ一反の田を社田として寄進し、波多野氏との連携も欠かさなかった。
1570年代頃から明智光秀の丹波攻めが開始される。このとき酒井氏は波多野氏側として明智勢に対抗した。天正7年(1579)2月18日に、明智光秀が鍛冶である宮田村の次郎太郎と矢代村の与五郎の諸役を免除したという史料が残っている。このことから、この時点で既に酒井氏の所領が明智方の支配下にあることがわかる。つまり、これ以前に酒井氏の諸城が全て落城し、酒井氏は没落したものと思われる。
波多野三兄弟の一人、波多野秀香は波多野秀治の義弟であり、油井酒井氏から波多野氏に養子として迎えられたと言われている。