西肥自動車
佐世保駅前 → 松浦町国際通り → 佐世保市総合医療センター入口 → 西小島町 → 鴛の浦分道 → 赤崎 → 船越 → 下船越 → 展海峰 動植物園経由便へ統合されて廃止された。
川棚 - くじゃく園入口 - 国民宿舎前 2007年10月1日廃止。
大岳台循環線
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 中央病院入口 - 川下 - 尼潟 - 大岳台東口 - 卸本町入口 - 桜馬場 - 日宇駅前 - 大和町西龍橋 - 大宮町 - (佐世保駅前以遠) 行きと帰りで経由地が異なり、行きが尼潟経由の場合は帰りが桜馬場経由に、行きが桜馬場経由の場合は帰りが尼潟経由となり、どちらのルートでも西大和で周回が完結する。 下の原橋線同様、2022年3月24日の改正までは全便させぼバスによる委託運行であったが、大半の便が西肥バス運行便となった。
2015年4月18日にSASEBOクルーズバスとして運行開始。佐世保市内の観光名所を回るバスで、佐世保市交通局が運行していた定期観光バスの代替として新設された。佐世保観光コンベンション協会が運行主体となり、西肥自動車が運行する。ガイドが乗務し観光案内を行う。佐世保駅みなと口で乗降するのが基本であるが、九十九島パールシーリゾートでも降車が可能であるほか、始発便はハウステンボスでも乗車が可能で、最終便はハウステンボスでも降車が可能。木曜日は運休。日野・セレガを改造した専用車が使用される。
2015年10月1日より運行内容を変更し、便数を5本から4本にし、コースは所要時間約60分(ハウステンボスで乗車または降車する場合は90分)の単一コースから所要時間の異なるAコース・Bコース・Cコース・プレミアムコースの4種類となった。午前にAコースを2便運行し、午後の3便目は第2・第4土曜日がプレミアムコースでそれ以外の日はBコース、4便目はCコースが運行される。
2022年8月31日をもってクルーズバスとしての運行を終了。同年11月に貸切バスへ転換され、観光ツアー用として運行されるほか、特別仕様大型サロンバスとして貸し出しも行われている。
烏帽子岳線
佐世保駅前 - 松浦町 - 花園町 - 山手町 - 烏帽子岳 山手循環を抜けて烏帽子岳山頂目前の展望所まで向かう山岳路線。佐世保駅前発着で朝・昼・夕の1日3往復運行。
戸尾・山祗循環線
(松浦町以遠) - 京町 - 戸尾中央通 - 山祗町 - 勝富町 - 島瀬町 - (松浦町中央公園口以遠)
(松浦町以遠) - 京町 - 戸尾中央通 - 山祗町 - 勝富町 - 京町 - 佐世保駅前( - 大宮町 - 大和町西龍橋 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 黒髪)
(伊万里 - 東山代駅前 - )里 - 下大久保 - 上大久保 - 滝川内 - 川内野
(伊万里 - )東山代駅前 - 脇野 - 下大久保 - 上大久保 2009年4月1日廃止。会員制の「元気バス」(ひぜん観光委託)が代替。
2020年(令和2年) 6月28日 : 従来の長崎スマートカード対応端末の更新に伴い、nimocaの取扱を開始。 前述のとおり、長崎スマートカードは前日の6月27日をもって西肥バスでの新規発売(定期券を含む)や積増が終了となり、取扱開始に合わせて「nagasaki nimoca」の発売を開始(種類はnimoca・スターnimoca・小児用nimoca・障がい者用nimocaの4種類)。 交通系ICカード全国相互利用サービスにより、Kitaca・PASMO・Suica・manaca・TOICA・PiTaPa・ICOCA・はやかけん・SUGOCAも利用が可能となる。 当日より、長崎スマートカードの払戻時に発生していた手数料が無料化される(ただし、積増時のプレミアや利用ポイントは払戻の対象外となり、カード残額から11分の10に割り戻した額での払戻となるため、利用終了までに残額全てを使い切ることが推奨されていた)。 9月30日 : この日をもって、佐世保市敬老パス・福祉パスを除く長崎スマートカードの利用を終了。
(佐世保駅前 - )柚木 - 徳道 - 上宇戸・潜木 アタゴ商事が「ほたるバス」として代替路線バスを運行をしていたが、現在は廃止になり、予約制乗合タクシーが代替運行
九十九島水族館線
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 鹿子前入口 - パールシーリゾート九十九島水族館
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - SSK西門口 - パールシーリゾート九十九島水族館
パールシーリゾート九十九島水族館 → 鹿子前入口 → 長崎県立大学前 → 木宮町 → バイパス本山 → 佐世保商業高校 九十九島遊覧船が発着する九十九島パールシーリゾートへの連絡路線。佐世保駅前を発着するSSK経由便には快速便が毎日5往復運行されている。また、平日朝には相浦地区を周ってバイパス本山を経由する佐世保商業高校行も1本設けられている。
九十九島観光公園線
(佐世保駅前以遠) - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 西小島町 - 天石 - 鴛の浦分道 - 九十九島動植物園前 - 船越 - 下船越 - 展海峰 - 九十九島観光公園 2022年3月24日のダイヤ改正に伴い、従来の展海峰線を動植物園経由に一本化したうえで、九十九島観光公園まで延伸した路線 2023年4月1日のダイヤ改正に合わせて停留所名が変わり、「動植物園前」は「九十九島動植物園前」に変更した。
若葉循環線
(佐世保駅前以遠) - 福石観音前 - 観音裏 - 須田尾入口 - 下須田尾 - 若葉中央 - 観音裏 - 福石観音前 - (佐世保駅前以遠) 1時間に1本程度運行。幹線の福石観音前から1区間先の観音裏以北で反時計回りの循環運転をする。
佐世保駅前 - 松浦町国際通り - 佐世保市総合医療センター入口 - 日野峠 - 沖田自衛隊入口 - 敷島橋 - 自衛隊本部前 平日・土曜に早朝1往復が設定されていたが、駐屯地周辺の官舎住まいや自動車通勤で陸自職員の利用が低迷し、2018年10月31日に廃止された。翌日より起終点を佐世保実業高校便に改められた。
槍巻 - 世知原 - 吉井 - 佐々バスセンター 既存の知見寺線全便を吉井発着とする代替対応が取られた。 2023年改正では知見寺線の一部便が世知原発着となり、世知原 - 吉井間は減便となった。
松浦鉄道に10.17%を出資する有力株主。この関係から、松浦鉄道の最寄り駅が無人駅で周辺に高校がある大野待合所(最寄り駅左石駅)、江迎バスセンター(最寄り駅江迎鹿町駅)では松浦鉄道の定期券・回数券も発売している。
ハウステンボス西門 ‐ ホテルヨーロッパ前 ‐ ハウステンボス港町 ハウステンボスのフリーゾーン有料化に伴い乗り入れが不可となったことにより2015年4月30日で廃止。西門までは従来通り運行されている。
もみじが丘を経由する黒髪発着便がほとんどで、日宇バイパスを経由する西高校入口発着便は1日1往復(西高校入口発は夕方、下原橋発は朝)の運行となる。 2022年3月24日の改正までは全便させぼバスによる委託運行であったが、西高校入口発着便については西肥バスによる運行となった。
広田工業団地線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - バイパス中央 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 広田工業団地 - 石浜 - 広田三丁目 - 重尾( - 佐世保東翔高校) 日宇駅前 - 卸本町入口間を日宇バイパス(バイパス中央)で経由し、住吉橋から広田工業団地を通り、石浜で折り返して広田駐在所前へ進む路線。朝には佐世保東翔高校までの通学便もある。
エコスパ佐世保・クレールの丘線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔インター口 ( - エコスパ佐世保) - クレールの丘中央 - 有福 - 観潮橋 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾 大塔町から大塔インター口に進み、クレールの丘団地内を横断、有福から観潮橋を周って早岐中町以降は重尾発着のルートに合流する路線。