アユモドキ
一方で京都府亀岡市では本種の生息地の周辺に大規模スポーツ施設の建設計画がスタートしたのちの2013年に日本魚類学会より京都府知事および亀岡市市長に対し質問状が提出された(京都スタジアム#建設までの経緯)。
桂川水系個体群での2006 - 2013年における生後1年未満の個体数は0 - 2,236匹、生後1年以上の個体数は、79 - 727匹と推定されている。このうち2008年は生後1年未満の個体が捕獲されず、近隣のため池から多数のオオクチバスが侵入したことが原因だと考えられている。旭川水系個体群は、2010 - 2015年に50 - 160匹が産卵場所で確認されている。吉井川水系個体群の生息数は30 - 500匹と推定され、2015年における生息数は約210匹と推定されている。
絶滅危惧IA類 (CR)(環境省レッドリスト)
人工孵化や飼育法は確立しており、神戸市立須磨海浜水族園・滋賀県立琵琶湖文化館(休館)・姫路市立水族館などで累代飼育が行なわれている。大阪府水生生物センターでは、精子の凍結保存に成功している。
2012年に閉館した大阪市の大阪市水道記念館でもアユモドキがイタセンパラとともに飼育されていたが、2018年7月までにそれぞれ最後の個体が死亡し、市の飼育は終了した。大阪市は文化庁に「天然記念物滅失届出書」を提出した。