オメプラゾール
視力障害、低ナトリウム血症、間質性肺炎、横紋筋融解症、錯乱状態
である。(発現率未記載の副作用は頻度不明)
1991年のレビューでは、1%以上に見られる副作用として、頭痛(7%)、眩暈(2%)、上気道感染症(2%)、咳嗽(1%)、腹痛(5%)、下痢(4%)、嘔気(4%)、嘔吐(3%)、酸逆流(2%)、便秘(2%)、背部痛(1%)、脱力感(1%)、発疹(2%)が挙げられている。そのほか、Clostridium difficile 腸炎(偽膜性大腸炎)に伴う下痢の再発、骨密度減少に続発する骨折、低マグネシウム血症が発生する可能性もある。
ビタミンB12や鉄の吸収不全が起こる懸念もあるが、サプリメントを摂取していれば問題はならない。
プロトンポンプ阻害薬(PPI)、特にオメプラゾールが使われる様になって以来、急性間質性腎炎(英語版)が報告される様になった。
PPIの長期間使用と胃底腺由来のポリープ(胃底腺ポリープとは区別される)生成は強く相関しているが、癌の原因とはならず、PPIの中止で回復する。PPI使用と胃癌発生の相関関係はないが、PPIを使う事で胃癌や他の重篤な消化器疾患の症状が隠されることがある。