マリオ&ルイージRPG2
ゲームはベビィコマンドのチュートリアルである「過去のキノコ城」からスタートする。その後「現在のキノコ城」でストーリーが始まり、大人アクションのコマンドのチュートリアルを挟んだ後、お城に出現した「タイムホール」に入って「過去のキノコ王国」に行き、そのステージをクリアして現在のキノコ城に戻る。すると戻ってきたキノコ城で何らかのイベントが起こり、また新たなタイムホールが出現する。マリオたちは再びそのタイムホールで過去のキノコ王国に行き、ステージをクリアする。基本的にはこの流れの繰り返しである。現在のキノコ城に戻ってきたときに、キノじいと若いキノじいが新たなアクションを教えてくれることもある。また、一度クリアしたステージには何度でも行くことができる。また、現在のキノコ王国周辺地には行くことはできない。
『スーパーマリオサンシャイン』のシャインのシルエットが描かれていて、その中にMまたはLの文字が書かれたブロック。Mと書かれている場合はブロックの色が赤く、大人マリオでないとたたけない。Lの場合は緑色で、大人ルイージでないとたたけない。たたくとベビィがいる部屋に「シャインブロック」という顔のあるシャインが描かれたブロックが出現し、それをたたくとベビィがいる部屋を一定時間明るく照らすことができる。一定時間がたつと再び部屋が暗くなり、シャイン発射ブロックの色がランダムで変化する。なお、シャインブロックをたたくキャラを間違えると、ベビィたちがその部屋の最初に戻されてしまう。
4人が大砲から打ち上げられ、空中から敵を踏みつける。踏みつけるときに対応したキャラのボタンを入力することで敵に大ダメージを与えられる。
ゲドンコ星人に襲われた過去のキノコタウン。ショップがある。スターの丘への土管がある。
モンスターには「攻撃のクセ」というものが必ずあり、それをよく見ることで、マリオ側・ルイージ側のどちらに攻撃してくるか、あるいは攻撃が頭上へのフェイントであるかどうかなどがわかる。また、マリオ側のブラザーアイテムがそうであるように、モンスター側も1ターンに何度も攻撃してくることがある。