横浜フリューゲルス
Jリーグ発足を前にエドゥー、フェルナンド・ダニエル・モネール、アウドロらを獲得。開幕戦は清水エスパルスに3-2で競り勝つスタートを切った。チームは1st、2ndステージとも7位に終わった。
2ndステージでの途中でJリーグの優勝が絶望となったため、加茂監督は天皇杯に目標を切り換えことることとし、思惑通り快進撃を続けることが出来た(1回戦:田辺製薬、2回戦:浦和レッズ、準々決勝:ヴェルディ川崎、準決勝:サンフレッチェ広島)。決勝では、1stステージの王者アントラーズに終了間際に2-2の同点とされ延長戦となるも、延長戦で4ゴールを決め6-2で勝利。Jリーグ開幕後初の天皇杯で優勝した。
1991年にJリーグに加盟。Jリーグ開幕時の加盟クラブのひとつ。 ホームタウンは当初東京都町田市とする計画で、町田青年会議所が中心の「町田にプロサッカークラブを誘致する会」が設立され誘致活動を行っていたが、ホームスタジアムとなる予定だった町田市立陸上競技場の整備問題などを解決できず断念。結局ホームタウンは神奈川県横浜市、ホームスタジアムは三ツ沢公園球技場(後に横浜国際総合競技場も追加)となった。
練習会場は当初、同市神奈川区にある全日空菅田総合グラウンドを使用していたが、1994年からは戸塚区保土ヶ谷大洋球場(大洋ホエールズの練習場)跡に建設されたフリューゲルス・東戸塚トレーニングセンターを使用した。チームの合併後はF・マリノスが練習場として使用したが、横浜みなとみらい21のマリノスタウンへの移転後は横浜FCが使用するようになった(後述)。
長崎県立総合運動公園陸上競技場
熊本市水前寺競技場
鹿児島県立鴨池陸上競技場
各年度の開催試合数は横浜フリューゲルスの年度別成績一覧#年度別入場者数を参照のこと。
フリューゲルス(全日空スポーツ)最大の出資者で、合併を主導したANAは、合併後のF・マリノスも運営した「横浜マリノス株式会社」に30%資本参加したが、主要株主は引き続き、70%の株式を所有する大手自動車メーカーの日産自動車だった上、ANAは2002年2月には全株式を日産に売却した。2011年にはユニフォームでの社名掲示位置が背中から袖に変更、さらに2013年を以てユニフォームスポンサーから撤退した。国際線航空便のエコノミークラス割引運賃制度として使われていた「とび丸航空券」は1999年2月から「GET」に改変され、現在は「エコ割」となっている。
フリューゲルスの共同出資者であった佐藤工業は、2002年3月に会社更生法の適用を申請し、2009年9月にその手続きが完了した。フリューゲルス解散後もサッカーに対する同社の積極的な姿勢は残り、2011年1月21日には日本サッカー協会と協定書を交わし、同協会が進める「JFAこころのプロジェクト」(ユメセン)に協賛企業としての支援を開始した。同社の本社がある富山県では2007年11月に設立されたカターレが2009年からJ2に参入し、佐藤工業は出資はしなかったものの、カターレの主催試合ではベンチ広告のスポンサーとなっている。