アンチトロンビン
反応部位の切断はトロンビンをトラップさせるが、切断された反応部位ループは結合したプロテアーゼとともに移動し、ループはβシートAの中央部に新たに6つ目のストランドを形成する。この反応部位ループの動きは切断がなくとも誘導されることがあり、その結果構造はPAI-1(英語版)の生理的な潜在型(latent)コンフォメーションと同一となる。そのため、アンチトロンビンの反応部位ループが切断されていない状態でタンパク質の本体に取り込まれたコンフォメーションは、潜在型アンチトロンビン(latent antithrombin、L-antithrombin)と呼ばれる。PAI-1とは対照的に、アンチトロンビンのネイティブコンフォメーションから潜在型コンフォメーションへの変換は不可逆的である。
ネイティブ型のアンチトロンビンは加熱のみ、またはクエン酸存在下での加熱によって潜在型アンチトロンビンへと変換される。しかし極度の加熱がなくとも、37°C(体温)で血中を循環するアンチトロンビンは24時間で10%が潜在型アンチトロンビンへと変換される。
現在では、アンチトロンビンの遺伝的変異の特定は比較的容易である。しかしながら、現代的同定技術が利用されるようになる以前は、アンチトロンビンの変異にはトポニム、すなわち欠乏症患者の居住する町や都市の名称が変異の名称として利用されていた。その後、現代的な変異同定によってアンチトロンビンの多くのトポニムが実際には同一の遺伝的変異によるものであることが示された。例えばアンチトロンビン-Toyama(富山)は-Kumamoto(熊本)、-Amien、-Tours、-Paris-1、-Paris-2、-Alger、-Padua-2、-Barcelonaと同一の変異である。