真言宗山階派
僧階(全15級) 1級 大僧正 2級 権大僧正 3級 中僧正 4級 権中僧正 5級 少僧正 6級 権小僧正 7級 大僧都 8級 権大僧都 9級 中僧都 10級 権中僧都 11級 少僧都 12級 権小僧都 13級 大律師 14級 律師 15級 権律師
権大僧都(種智院大学卒業者)
住職(得度と度牒を受け、四度加行の後、伝法灌頂に入壇。練行を行った者。)
さらに伏見城築城のために境内地に新たに道路を建設され、山の破壊、諸堂移転、氷室池を埋め立てられるに至った。
江戸時代、寛永年間には、朝廷より御所の建物の下賜があり、これ以降、伽藍の再建が本格的に始まった。1682年(天和2年)、霊元天皇第1皇子済深親王が29世門跡に補され、寺領は1012石に加増し、経済的な基盤も確立した。
明治時代に入り、明治政府の宗教政策により、他の真言宗宗派と1879年(明治12年)に合同し、東寺の傘下に入って定額寺となる。1986年(明治19年)、長者候補寺院に選出、事相本山となった。
1901年(明治34年)、真言宗古義派の四派聨合に際しては東寺とともに参画したが、1907年(明治40年)、勧修寺を本山とする真言宗山階派として独立する。
1941年(昭和16年)3月、古義真言宗・新義真言宗系の宗派が政府の政策によって合同し、大真言宗が成立する。
戦後1952年(昭和27年)に独立し、真言宗山階派となり、現在に至っている。