本栖湖
湖岸は山梨県南都留郡富士河口湖町及び南巨摩郡身延町に属するが、湖面は境界未定である。上九一色村(現・甲府市および富士河口湖町)では、湖面全てが村に属すると主張していた。最大水深は富士五湖で最も深く、面積は3番目の大きさである。富士箱根伊豆国立公園の特別地域内にある。
流入・流出河川はないが、同じ富士五湖の西湖や精進湖とは透水性が高いスコリア層などを通して地下水が行き来しているとみられる。湖面の高さは海抜約900mで、降雨などがあっても水位がほぼ連動して変化する。これは、3湖が平安時代初期まで剗の海と呼ばれた一つの湖で、富士山の延暦2年(800年)噴火による溶岩流で本栖湖が分かれ、さらに貞観大噴火(864年)で残った部分が西湖と精進湖に分断されたためである。
こうした地理的条件や歴史から、火山灰などの湖底堆積物から富士山の噴火史を推測する研究・分析の対象となっている
本栖湖と西湖の間で、溶岩流の上に形成された森林が今日の青木が原樹海である。なお、この三湖及び流入河川は海に面していない内陸県では唯一の二級水系となっている。
湖岸のうち、富士河口湖町側は「本栖」地区、身延町側は「中ノ倉」および「釜額」地区に属するが、身延町側には人家はほとんどない。2021年12月1日現在の本栖地区の人口は99人。。