燃料フィルター
バイオディーゼル燃料を導入する場合、事前に燃料フィルターを交換し、定期的な点検を励行することが元売り会社から指示されている場合がある。
元売り会社の多くは「バイオディーゼルの洗浄性能が高く、従来の軽油では問題にならなかったスラッジが流出するため」としているが、製品の製造工程によっては精製が不十分でグリセリンが完全に除去しきれておらず、原料油脂(トリグリセリド)が残留している場合、スラッジ(固まり)が発生してピストンリングを固着させたり、燃料フィルターの目詰まりを発生させることがある。
また、低温時におけるパラフィン分の析出が軽油よりも顕著となることで燃料フィルターが詰まりやすくなるとされる場合もあり、バイオディーゼルを導入する際には軽油よりもより頻繁な燃料フィルターの点検や、場合によっては燃料ヒーターの導入も必要になるなどの短所が顕在化する場合がある。