DNAメチル化
その他の、DNAメチルトランスフェラーゼは植物で発現してはいるが、既知機能を持たない(Chromatin Datbaseを参照)。
細胞がどのようにしてde novo DNAメチル化の位置を決定しているかは明らかではないが、これまでの証拠から、(全てではないが)多くの位置で、RNA指令型DNAメチル化(英語版) (RNA-directed DNA methylation: RdDM) が関わっていることが示唆されている。RdDMでは、特定のRNA転写産物がゲノムDNA鋳型から産生され、このRNAが二重鎖RNA分子と呼ばれる二次構造を形成する。二重鎖RNAは、small intefering RNA (siRNA) あるいはmicroRNA (miRNA) 経路によって、このRNAを産生したオリジナルのゲノム位置の de novo DNAメチル化を指令する。この種の機構は、RNAウイルスとトランスポゾンの両方またはいずれか一方に対する細胞性防御において重要であると考えられている。RNAウイルスおよびトランスポゾンは共に、宿主ゲノムに対して変異源性がある二重鎖RNAをしばしば形成する。これらが潜伏しているゲノム位置がメチル化されることによって、よく分かっていない機構により、これらのRNA転写を停止、細胞内で不活性とし、ゲノムを変異効果から防御する。