ヤルカンド・ハン国
モグーリスタン・ハン国(東チャガタイ・ハン国)・ハンのアフマド・アラクの次男のスルタン・サイードは、ティムール朝の王族バーブルの保護を受けてカーブルで3年を過ごした。モグーリスタンに帰還したスルタン・サイードは東トルキスタン西部を支配するドゥグラト部の有力者ミールザー・アバー・バクルを追放し、1514年にハンを称した。当時モグーリスタン東部のトルファンにはサイードの兄のマンスールが建てたウイグリスタン・ハン国が存在し、両者は互いの権威を認めず争うがやがて和解し、モグーリスタンに2つの政権が並立した。サイードは草原地帯の確保を試みるが、ウズベク、カザフに圧迫され、支配領域はカシュガル、ヤルカンドを中心とするタリム盆地西部のオアシス地帯に限定されていた。マンスールが明に対する聖戦(ジハード)を行っていた頃、北方の草原地帯を喪失したサイードはラダック、バルーチスターンに聖戦を行った。サイードの跡を継いだアブドゥッラシード・ハン1世は強大な勢力を有するドゥグラト部と対立し、ドゥグラト部の有力者サイイド・ムハンマド・ミールザーは処刑され、サイードの治世に功績を挙げたミールザー・ハイダル・ドゥグラトは国外に亡命する。
サイードの治世以降、多くのマー・ワラー・アンナフルのスーフィー(イスラーム神秘主義の修行僧)が東トルキスタンを巡錫するようになり、サイードとアブドゥッラシードはスーフィーに帰依した。
スルターンの称号を持つ王族がオアシス地帯に割拠したヤルカンド・ハン国では従前のモンゴル国家のような統一した軍事行動の展開が困難になり、また草原地帯を失った遊牧モグールの定住化によって軍事力が低下した。モグールの有力者はオアシス農地を領有しており、彼らの土地所有を認めるハンの勅令(ヤルリク)が存在する。軍事力の低下を補うために新たな遊牧集団が編入され、スルタン・サイードの代からヤルカンド・ハン国に仕えていたクルグズは、アブドゥッラーの治世に入ると宮廷・地方の要職の多くを占めるようになっていた。17世紀半ばにはカラヤンチュクと呼ばれるオイラトの集団が傭兵としてハンに従っていた。