海峡線
このため、北海道新幹線開業にあわせて海峡線もデジタルATC (DS-ATC) を導入している。
開業当初、青函トンネル内には竜飛海底駅・吉岡海底駅が設置されていた。これらは同トンネルの避難施設を活用した見学施設であり、見学者以外の一般旅客が利用することはできない特殊な駅であった。吉岡海底駅は北海道新幹線工事の資材基地として使用されるため、2006年(平成18年)3月18日に定期列車の停車を終了し、同年8月28日から見学コースが中止されて全列車通過となった。竜飛海底駅も2013年(平成25年)11月11日から見学コースが終了して全列車通過となった。
2014年(平成26年)3月15日に竜飛海底駅・吉岡海底駅・知内駅が廃止された後、当路線の津軽今別駅(2016年3月26日からは奥津軽いまべつ駅) - 木古内駅間は、JRの全路線で最も駅間距離が長い区間となった(営業キロ:74.8 km)。当路線の中間駅は津軽今別駅のみとなったが、津軽今別駅も2015年(平成27年)8月10日から全列車通過となり、2016年3月26日付で正式に廃止され、北海道新幹線の奥津軽いまべつ駅として再開業した。