第一次ネオ・ジオン抗争
混乱極まる中、ハマーン軍の拠点コア3はグレミー軍の拠点アクシズ及びその居住ブロックモウサが衝突して共に壊滅。ハマーン軍のマシュマー・セロ、キャラ・スーン、グレミー軍の量産型キュベレイ部隊やラカン・ダカラン率いるドーベン・ウルフ隊など、主だった戦力は相打ちで壊滅。プルツーを伴ってクィン・マンサで前線に出たグレミーはガンダム・チームに倒され、プルツーは重傷を負いながらもジュドーらに保護される。全てを喪ったハマーンはジュドーとの決着を付けるべくキュベレイで出撃するが、壮絶な一騎討ちの末に敗れて散った。また、行方不明となったジュドー捜索に最期の力を振り絞ったプルツーも命を落とす。その後、主を失った旗艦サダラーンが連邦・エゥーゴ艦隊に投降した際、ミネバは影武者であることが判明する。
宇宙世紀0089年1月17日、ネオ・ジオンの自滅的敗北によるエゥーゴの勝利という形で第一次ネオ・ジオン抗争は終結した。ネオ・ジオン軍の多くは連邦軍に投降したが、この時期に地球連邦の実権を掌握していたのがエゥーゴであったため、彼らが冷遇されることは無かった。これは、地球連邦政府がスペースノイドに関心を持っていなかったことも影響している。結果的にブライトの目論見はその尽力にも関わらず報われず、連邦・エゥーゴの増援艦隊の到着は戦闘終結後だった。ネェル・アーガマとラビアンローズ(撃沈)だけが孤軍奮闘するという結果にジュドーは激怒し、エゥーゴ上層部を含む大人達への不満をブライトにぶちまける。ブライトは大人の代表としてジュドーの制裁を甘受。ジュドーにとって唯一の朗報はリィナがセイラ・マスの庇護で無事だったことだけだった。
アーガマはシャングリラを出港しラビアンローズと接触。アーガマの本格的な改修作業が実施される。同時にΖ計画の最終形にしてエゥーゴの最新鋭機ΖΖガンダムを受領する。一方、ビーチャとモンドはエンドラ隊に情報を漏洩。ΖΖのメインパイロットとなったジュドーの活躍もあり、マシュマーとその増援に来たキャラ・スーンを撃退するが、戦闘中にジュドーの妹リィナを連れ去られてしまう。
一方、ネオ・ジオン側ではマシュマーの指揮官としての適性を疑問視する向きがあり、キャラは監督・叱咤目的、場合によっては指揮代行者として派遣されたのだった。結果、マシュマーは度重なる失態によりエンドラ隊から解任される。
3月25日、アーガマは補給のため、サイド1開発時代に作られ既に忘れられたコロニー「ムーン・ムーン」に寄港する。ムーン・ムーン住民の内紛に巻き込まれ、また、先に入港していたエンドラ将兵と交戦状態となるが、エンドラを撃沈しキャラを捕虜にした。モンドはサラサ、ラサラの双子の姉妹と出会ったことを契機にして心境を変化させる。