産経新聞の報道
大量破壊兵器の捜索が難航するにつれ「独裁政権打倒の是非が、この戦争の大義を問う鍵である」と主張を変え、発見が絶望的になると「戦争に大義や正義を主張するのは無意味」と主張した。小林よしのりは、イラク戦争中数度にわたって『新・ゴーマニズム宣言』の中で石井の主張を批判している。
2004年1月6日の朝刊で、イラク戦争後のバグダッドでストリートチルドレンの社会復帰を支援している高遠菜穂子の活動を顕彰する記事を一面写真付きで掲載した。しかし、渡航自粛勧告の後に起きたイラク日本人人質事件の報道では高遠を含めた人質と自衛隊撤退をアピールした人質家族などの批判を繰り返し掲載し、4月11日の「産経抄」において、「誤解を恐れずにいえば、“いわぬこっちゃない”とは、本来、人質になった三人の日本人に対していわねばならぬ言葉だ。イラクでは日本人外交官も殺害されて治安悪化は深まっていた。外務省は再三、最高危険度の『退避勧告』を行ってきたのである」として自業自得と非難し、4月14日の「産経抄」では、「第一の声明文については、日本のイスラム学者が「非イスラム的だ」 と指摘しているのがまこと興味深い。では何的かというと“日本的だ”と いうのである(中略)これらの声明文には何らかの形で日本人がかかわっているのだろうか」と自作自演説を客観的に報道する。人質の生還後、国民の大勢が支持した自己責任論から、被害者宅へのイタズラ電話が問題となったが、社説「主張」にて「真摯な忠告もあろう」などと全てがイタズラではないのではないかと論じた。また、同年11月に起きたイラク日本人青年殺害事件(同様に、日本政府に自衛隊のイラクからの撤退を求めた武装グループが要求を拒否され、人質を殺害)に関する「産経抄」の論評の中で、「この春の日本人人質事件(上記のイラク日本人人質事件のこと)の家族の反応とは、天と地ほどの差がある。
産経は、「記事には絶対の自信がある、広告を用いた報道への介入だ」と反論した。
2008年3月22日、沖縄県で宅配された産経と『世界日報』に、被害少女への批判と、実名と思しき名前が記されたチラシが折り込まれていたことがわかり、『琉球新報』に批判された。チラシは沖縄県の国旗国歌推進県民会議の惠忠久会長が依頼したもので、被害女性への批判に加え、「自民党と公明党支持者は翌23日に予定されていた抗議の県民大会に参加すべきでない」という内容であった。産経は『琉球新報』の取材に対し「チラシの扱いは販売店が判断するが、公序良俗に反する内容は扱わないように注意している」と返答した。
2008年4月2日、大阪本社版にて、3月13日に行なわれた大阪府門真市立第三中学校の卒業式において『国歌斉唱不起立 担任全員、指導認める 門真の第三中 「内心の自由ある」』と、君が代斉唱の際に生徒一人を除いて全員が起立しなかった問題を報じた。このことについて、戸田久和・同市市議会議員は独自に調査を行った結果、教員達は「立つ立たないは個人の自由。自分で判断せよ」と思想・良心の自由に基づき説明しただけであり、産経は取材もせずに記事を書いた疑いがあると主張し、この報道が右翼団体が市役所前で街宣を行い、市教育長への面談を申し入れる事態を誘発したと批判した。
2008年10月、ロス疑惑で逮捕された時の写真をYahoo! JAPANを通じて掲載したとして三浦和義から名誉毀損でヤフー (企業)と共に東京地方裁判所に提訴され、「無用な写真」として賠償を命じられる。2012年2月20日、両社とも控訴を取り下げ、66万円の賠償命令が確定。
2009年4月5日、海賊対策でソマリア沖に派遣されていた海上自衛隊が不審船を追い払った行為を全面的に肯定する主張を掲載した。