古代末期のキリスト教
しかし、不満を持った軍部はケントゥリオ(百人隊長)フォカスを皇帝へと押し立ててマウリキウスを処刑した。ペルシアとの戦争は継続し、ビザンツ軍は惨敗を続けた。このフォカスの時代は混乱がひどく、恐怖政治が展開され、ビザンツの暗黒時代と呼ばれる。
610年、カルタゴのヘラクレイオスがフォカスを打倒して、ローマ皇帝に即位した(在位:610年 - 641年)となった。しかし、613年のペルシアとの戦争で敗れて、シリアが陥落し、翌年にはエルサレムも陥落した。626年、ペルシアはアヴァール人とスラブ人と同盟を組んでコンスタンティノープルを包囲したが持ちこたえ、都を離れて転戦していたヘラクレイオスは627年にペルシアの奥深くに侵攻し、翌年にペルシアの都クテシフォンに迫って、ペルシアは全面降伏した。こうしてヘラクレイオスは、東ローマ帝国領のシリア・エジプト・エルサレムへ侵攻したサーサーン朝ペルシアとの東ローマ・サーサーン戦争 (602年-628年)に勝利し、領土を奪回した。
3世紀からローマ帝国はサーサーン朝ペルシアとは衝突を繰り返してきた。ペルシア王シャープール1世とゴルディアヌス3世とのシリア・メソポタミア戦争(242年 - 260年)では皇帝ウァレリアヌスが捕虜となり行方不明となった。その後、ペルシア王シャープール2世とローマ皇帝コンスタンティウス2世・ユリアヌスとの戦い(344年-363年)、ペルシア王バハラーム5世・ヤズデギルド2世とテオドシウス朝との戦争(422-450)が起こった。
343年のサルディカ宗教会議で東西合同会議は決裂し、東方司教はユリウス1世ら西方司教を破門し、西方司教も東方司教を破門したため、東西教会は分裂(シスマ)した(381年の和解まで)。東西教会分裂のため、西方教会の司教のみがサルディカ宗教会議を続行し、司教座の保持の適法性と判断権が認められ、ローマ司教の首位権(教皇権)が強化された。
アリウス派はニカイア信条に代わる信条を作成した。カイサリアのアカキウスはキリスト従属説に立って、「神と相似する(ホモイウシオス)とした。360年、アリウス派は東皇帝コンスタンティウス2世を動かして、コンスタンティノポリス会議を開いて、アリウス派信条を制定した。これによって、アタナシオスは三度目の追放処分を受けて、エジプトへ追放された。しかし、アタナシオスはエジプトの修道士アントニオスと交わり、味方につけた。この頃、コンスタンティノポリスに聖ソフィア大聖堂が建立された。
その後、ユリアヌス帝(在位:361年 - 363年)はギリシア文化に傾倒し、伝統宗教を復興させ、キリスト教教師を追放したが、ユリアヌスはペルシア遠征で戦死した。
後継のヨウィアヌス帝(在位:363年 - 364年)はアタナシオスの働きかけをうけてニカイア信条派を支持した。363年、ヨウィアヌスはシリアとトルコの国境にあるニシビスをペルシアサーサーン朝シャープール2世に割譲し退却したため、シリアのエフレムなどはエデッサに逃れた(シャンルウルファ#エデッサのキリスト教史)。
グレートブリテン島はローマ帝国の属州ブリタンニアとして支配されていたが、アイルランド人やサクソン人の反乱、そしてイタリアやガリアなどへのゲルマン人侵入によって、ホノリウス皇帝は410年に属州ブリタンニアを引き上げた。ブリテン島ではその後ケルト民族ブリトン人が支配していたが、5世紀半ばになると北海沿岸のサクソン人、アングル人、ジュート人などのゲルマン民族がブリテン島に上陸した。ケルト人とローマ人の血を引いたブリトン貴族アルトゥリウスはサクソン人を迎え撃ち、このアルトゥリウスがアーサー王のモデルといわれる。やがて6世紀にアングロ・サクソン人による七王国(ヘプターキー)が誕生した。