市島謙吉
以後3期務めた。
明治31年(1898年)の風邪を契機に体調が悪化、明治34年(1901年)新潟で入浴中に喀血し、遂に衆議院議員を辞職、政治活動を断念した。高田早苗の薦めによって東京専門学校図書館長に就任、翌年小野梓の遺志であった東京専門学校の私立大学改組が実現し、早稲田大学初代図書館長となった。大正6年(1917年)早稲田騒動で辞するまで初代早稲田大学図書館長として和漢洋の蔵書の拡充に奔走した。大正4年(1915年)には大隈伯後援会会長となって大隈重信の晩年の政治活動を支え、大正11年(1922年)の大隈死去の際には葬儀委員長も務めた。
明治36年(1903年)日本文庫協会(後日本図書館協会)を設立・初代館長、第一回図書館事項講習会を行い日本の司書制度の濫觴となった。大日本文明協会、国書刊行会、日清印刷(現大日本印刷)等にも携わり、印刷業界でも精力的に活動した。晩年は随筆も多く執筆した。
昭和14年(1939年)に脳溢血で倒れる。昭和19年(1944年)死去。翌年の東京大空襲で牛込区東五軒町の居宅は全焼。家督は二男昂が継いだ。
生誕150年にあたる平成22年(2010年)、早稲田大学中央図書館前及び新発田市市島邸に銅像が設置された。