人吉駅
八代市や熊本市方面からの観光利用が多い八代方面は特急列車が運行されるなど比較的本数が多いが、宮崎県・鹿児島県との県境の山間部を通る当駅 - 吉松駅間は観光列車「いさぶろう・しんぺい」を含めて1日3往復のみの運転である。
湯前線の列車は国鉄・JR九州時代、第三セクター化後の初期には八代方面との直通運転があったが、現在はすべて当駅 - 湯前駅間のみの運行となっている。
かつては特急「おおよど」、急行「えびの」、「くまがわ」、近年も特急「くまがわ」、「九州横断特急」など様々な優等列車が当駅に停車していたが、2016年3月26日ダイヤ改正で優等列車が全て廃止され、快速列車と普通列車のみの停車駅となった。 その後、2017年春頃より新しい観光特急列車「かわせみ やませみ」が熊本駅 - 当駅で運行されている。さらに2018年3月17日のダイヤ改正で鹿児島本線直通の快速列車が廃止され、肥薩線の運行本数の見直しや時刻の繰り上げ繰り下げが行われた。ただし、朝の普通列車1本は終点の八代駅で列車番号を切り替えて快速列車(熊本行き)となる。
2009年(平成21年) 4月1日:くま川鉄道の駅が人吉温泉駅へ改称。 4月25日:2005年(平成17年)58654「SLあそBOY」が運転終了。2009年(平成21年)4月25日に機関車を復元される。これに伴い客車をリニューアルされ、「SL人吉」運転開始。
2010年(平成22年)7月21日:整備されていた人吉駅前広場が新たに完成。東側広場に、名物のからくり時計が中央に移設される。
2013年(平成25年):構内跨線橋を廃止、構内踏切を設置。
2014年(平成26年):構内跨線橋を撤去。
2016年(平成28年)3月26日:特急「九州横断特急」の人吉発着便及び特急「くまがわ」が廃止され、優等列車の乗り入れがなくなり、普通・快速列車のみとなる。
2017年(平成29年)3月4日:特急(D&S列車)「かわせみ やませみ」が運転開始。
2018年(平成30年)3月17日:鹿児島本線直通の快速列車が廃止。
2020年(令和2年)7月4日:令和2年7月豪雨の影響によりJR九州、くま川鉄道ともに営業休止。