崇福寺跡
一般に古代寺院の造営は長時間を要し、法興寺は金堂の完成まで18年、栗原寺は塔の完成まで21年を要しており、崇福寺の造成は山寺という特殊性や壬申の乱の混乱もあり困難を伴っていたと考えられている。肥後は『崇福寺綵錦寶幢記』の「辛未之年、勅旨詳矣」の記述により完成を天智天皇10年(671年)とするが、櫻井は3年足らずで完成するとは思えないとし、『公事根源』に「天智天皇の国忌は崇福寺にて行われる。朱鳥2年(687年)より始まる」とあることから、この頃までに金堂などの建立が終わっていたと推測している。
また持統天皇3年(689年)に逝去した草壁皇子の追善法会が行われた可能性や後述する推測などにより、持統天皇が父天智天皇の勅願寺である崇福寺を庇護したという説がある。 その後『続日本紀』によると大宝元年(701年)に「近江志我山寺封。起庚子年(700年)計満三十年」と定められる。大宝禄令では寺封は5年とするのと比べて例外的な優遇処置を受けたと言える。こうした厚遇について櫻井は、同時期に山科陵の造営や天智天皇の命日を国忌に定めた事と合わせて、天智天皇の追善意識を高揚する目的があったと推測している。その寺封の満了前である天平元年(729年)には「紫郷山寺者入官寺之例」とあり、官寺として朝廷の庇護を引き続き受けたと考えられる。
盛安寺にある木造十一面観音立像は、崇福寺伝来との伝承があるが来歴は不明。平安末期の作と思われ、四臂で錫杖を持つ。重要文化財に指定されている。
園城寺の五別所の一つ、尾蔵寺は『寺門伝記補録』に慶祚が11世紀初め頃に崇福寺から十一面観音霊像を移して建立したと記されている。その後に尾蔵寺は廃絶したが、十一面観音立像は微妙寺に伝わり、現在は三井寺文化財収納庫にて展示。この縁起が正しければ崇福寺伝来の十一面観音立像である。桧一木造りで像高80.8cm。像の特徴などから平安初期(9世紀前半)の作とみられ、重要文化財に指定されている。
鞍馬寺には「造崇福印」と刻された銅印が伝わっている。
町田久成は1890年に園城寺子院・光浄院の住職になるが、崇福寺の住職も兼任しその復興に奔走した。『町田久成略伝』(東京大学史料編纂所蔵)や『志賀山再建并梵鐘浄財募縁』(園城寺蔵)によると、白衣観音の願筆の揮毫、あるいは智証大師一千年遠忌にあたり園城寺朝鮮鐘を模して崇福寺鐘の鋳造を企画し、浄財を募って崇福寺の復興に充てようとしていた。なお、崇福寺鐘は完成後に光浄院に置かれていたが、昭和18年に軍に供出された。しかし鋳つぶされることなく終戦を迎え、昭和21年に園城寺に返還され円満院に仮安置されたようだが現在は所在不明。
中尾根の建築群は南北を谷に挟まれ、東に向かい下がっていく尾根を平坦に削って設けた40m×18m程度の平場にある。東は塔跡、西は小金堂跡と考えられ、それぞれ礎石と基壇を残す。その二つを囲うように別の基壇が中尾根北側に東西方向に33mほど残っているが、同様の基壇が尾根筋を固めるように東側や南側にもあったと考えられている。その基壇は根石から控えて切石が並べられており、二重基壇と考えられる。基壇は小金堂と塔の中間部分で階段状になっている。
塔跡は3間四方で一辺が約6.2m。基壇が残るが根石はほとんど残っていない。基壇中央の地表から1.2m下、岩盤を掘り下げて塔心礎を据えている。塔心礎は長辺1.8m、短辺1.5mの自然石だが、上面は平滑に仕上げられて中央に径52cm、深さ10cm程度の柱座が穿たれている。また塔心礎の南側面も平滑に仕上げられ、奥行21cm、高さ18cmほどの舎利孔が穿たれ、石で蓋をされていた。舎利孔内部は朱で塗られ、金箔が押されていた。舎利孔内から舎利容器などが出土したが、後述する理由により出土状況は定かではない。四天柱と側柱の礎石は径75cmの円柱座が刳りだされ、側柱の礎石は地覆受けも付いている。礎石は一部剥落しており火災の影響と思われる。この塔は文献資料により三重塔と考えられている。
小金堂跡は間口3間、奥行き3間(もしくは間口3間、奥行き2間で東面に庇が付く)で、周囲に基壇があり一部根石も残されていた。小金堂は東面しており『扶桑略記』に本尊が阿弥陀如来とする記述に合致している。
また塔より東には南北方向に並ぶ3つの礎石があり、塔などと軸が揃っていることから関連する施設の跡と思われる。用途は定かではないが、梶原義実は2間四方の鐘楼であった可能性を指摘している。