相同組換え
組換えの解消過程では、strand invasionの過程で形成されたホリデイジャンクションは切断され、2つの別個のDNA分子へと戻る。この切断はRuvAB複合体とRuvCが相互作用したRuvABC複合体によって行われる。RuvCは 5'-(A/T)TT(G/C)-3' の配列を切断するエンドヌクレアーゼである。この配列はDNA中に約64ヌクレオチドにつき1か所という高頻度で存在する。切断前にRuvCは、DNAを覆っている2つのRuvA四量体の1つと置き換わる形でホリデイジャンクションに接近するようである。RuvCがどのようにホリデイジャンクションを切断するかによって、「スプライス型」と「パッチ型」の産物のどちらか形成されるかが決定される。スプライス型産物は乗換え型産物であり、組換え部位周辺を境として遺伝物質の再配置が行われる。一方パッチ型産物は非乗換え型産物であり、組換え産物にはパッチ状のハイブリッドDNAが生じるだけである。
Strand invasionの直後から、ホリデイジャンクションは分岐点移動の過程でDNAに沿って移動する。このホリデイジャンクションの移動で起こっているのは、2つの相同なDNA二重らせんの間での塩基対の交換である。分岐点移動の触媒に際しては、最初にRuvAタンパク質がホリデイジャンクションを認識して結合し、RuvBタンパク質をリクルートしてRuvAB複合体を形成する。リング型構造のATPアーゼであるRuvBタンパク質がホリデイジャンクションの両側へそれぞれロードされ、分岐点移動の駆動力を供給する2つのポンプとして機能する。2つのRuvBのリングの間では、ジャンクション部分のDNAを挟むように2組のRuvA四量体が組み立てられる。供与側と受容側のDNA二重らせんはどちらもRuvA上で巻き戻され、タンパク質のガイドのもと、一方の二重らせんから他方の二重らせんへの移動が起こる。
多くの細菌において、RecBCD経路はDNAの二本鎖切断を修復する主要な組換え経路であり、この過程に関与するタンパク質は広範囲の細菌に存在している。二本鎖切断は紫外線や他の放射線、化学的変異原によって引き起こされる。二本鎖切断は一本鎖のニックまたはギャップを含むDNAの複製によって生じることもある。こうした状況はcollapsed replication forkと呼ばれる複製フォークの崩壊状態を引き起こし、RecBCD経路を含むいくつかの相同組換え経路によって修復される。
RecBCD経路では、RecBCDと呼ばれる3つのサブユニットからなる酵素複合体が二本鎖DNAの切断部のほぼ平滑な末端(英語版)に結合することで組換えが開始される。RecBCDがDNAの末端に結合すると、RecBとRecDサブユニットのヘリカーゼ活性によってDNA二重らせんの巻き戻しが開始される。RecBはヌクレアーゼドメインも持っており、巻き戻し過程で生じた一本鎖DNAを切断する。この巻き戻しは、RecBCDがChi部位(英語版)とよばれる特定のヌクレオチド配列(5'-GCTGGTGG-3')に到達するまで継続される。
Chi部位に到達すると、RecBCDの活性は劇的に変化する。DNAの巻き戻しは数秒間停止し、その後当初の約半分の速度で再開される。これは、Chi部位に到達するまでは速いRecDヘリカーゼによって巻き戻しが行われていたが、Chi部位の通過後は遅いRecBヘリカーゼによって巻き戻しが行われるようになるためであると考えられている。