JR支社境
海峡線
中小国駅 - 木古内駅(北海道支社管内)
羽越本線
羽後本荘オフレールステーション - 酒田駅(関東支社管内)
東北本線
新白河駅 - 黒磯駅(関東支社管内)
常磐線
岩沼駅 - 泉駅(関東支社管内)
函館本線
江部乙駅 - 滝川駅(本社直轄エリア内) : 一丁目通との交差付近(函館起点372km地点)に支社境がある。
釧網本線
桂台駅 - 鱒浦駅(釧路支社管内) : 網走トンネルの釧路方出入口付近(東釧路起点163.6km地点)に支社境がある。
富良野線
学田駅 - 富良野駅(本社直轄エリア内) : 富良野駅の下り場内信号機を支社境としている。