Japan Skeptics
超常現象関連の有望な研究には、助成もしている。助成が行われた研究の例としては、気功の研究や、健康に良いと主張する水製品の検証などがある。
総会とは別に講演会を開くこともある。最初の公開講演会は、1993年12月18日に日本橋公会堂で開催された。講演をしたのは大槻義彦と、のちに2代目会長となる安斎育郎の2人で、前者の演題が「超常現象の科学と非科学」、後者が「超能力・心霊現象の社会史」であったという。
また、安斎は会長就任以前から、手品によって超能力を再現するというパフォーマンスを披露する公開講座を大学で開いていた。会長就任後も、ジャパン・スケプティクス会員の高校教師らと共に同様の講座を開講した。こうした講座は、小中学校の教師たちに、超常現象を信じる小・中学生への接し方をつかんでもらうことも企図していた。安斎の編著書には、Japan Skeptics 教育分科委員の面々と共に刊行した『これってホントに科学?』『ホントにあるの? ホントにいるの?』(いずれもかもがわ出版)もある。
ほか、歴代会長らは、フォトンベルトなどを援用する歯科医師の事件(医師法違反)や、テレビの霊能力番組を巡る議論など、疑似科学の疑いのある事象を扱った報道などでコメントを寄せている。
アメリカでは懐疑主義者の団体として、1976年にCSICOPが発足していた。そのCSICOPの会誌を購読していた寿岳潤(天文学者、東海大学教授・当時)のもとに、日本で類似団体を作らないかという誘いがあった。他方で高橋昌一郎(論理学者)はアメリカ留学中に現地の関係者から同様の提案を受けていたという。
他方、1990年前後の日本のテレビ番組では、霊能力や超能力を題材にした番組が日常的に放送されていた。その様な状況にさしたる関心を示さない自然科学者が多かった中で、大槻義彦(物理学、早稲田大学教授・当時)は積極的に超常現象批判をテレビで展開していた。
その大槻、前述の寿岳と高橋、さらに久保田裕(朝日新聞記者)、桑原輝明(丸善編集者)の5人が中心となって、懐疑主義団体設立の準備が進められた。会の正式発足直前には「超常現象(怪奇現象)の科学的究明をする会」という仮称でも告知されていたが、正式名称はJAPAN SKEPTICS となった。初代会長は寿岳潤、副会長は大槻義彦(1993年まで)。設立総会は1991年4月6日。
発足当時は霊能力や超能力がブームであったこともあり、「これまで科学研究の対象としてはタブー視されていた超常現象に積極的に科学の光を当てて行こうという動き」として注目されていた。
機関誌として Journal of the JAPAN SKEPTICS を刊行している。かつては並行して レポート集と会務報告を兼ねたNEWSLETTERも発行していたが(1991年 - 2007年、全62号)、Journal of the JAPAN SKEPTICS に統合された。