パルスフィールドゲル電気泳動
微生物の核型分析
出芽酵母の人工染色体(YAC)などを使う長いDNA断片のクローニング
細菌性食中毒から検出された原因菌の疫学的解析
電場の交替させかたによって、大まかに2通りに分けることができる。なお、初期にはOFAGE(orthogonal-field agarose gel electrophoresis)という電極が直交し電場が均一でない装置が使われていたため、泳動結果が非常に見づらかった。現在では均一な平行電場を用いるため、通常のアガロースゲル電気泳動と同様な泳動結果が得られる。
様々な要素によって泳動速度や結果が変化する。
(CHEFやRGEの場合)2つの電場の方向が成す角度は120度が標準的であるが、角度を小さくするとより速く泳動が進む。96度から165度まで変化させても分離能にはほとんど影響がない。
もっとも単純な方法がFIGE(Field Inversion Gel Electrophoresis)である。これは電場をかける向きを定期的に反転させ続けるだけのものである。移動速度は同じでも、分子量の小さいDNA断片ほど迅速に反転できるため、次第に分子量に応じて分離されることになる。この方法は簡便だが、600キロ塩基対程度までしか分離できない。改変法として、反転させるだけでなく電場の強さも変化させるZIFE(zero integrated field electrophoresis)がある。これらは通常のアガロースゲル電気泳動の装置の電源部に比較的単純な改造を加えるだけで実現できる。
TAE緩衝液とTBE緩衝液の両方が使われる。温度上昇を防ぎ泳動速度を上げるために、0.5倍または0.25倍濃度の緩衝液を利用するのが普通である。