京都総合運転所
同社近畿統括本部が管轄し、発足当初から、電車・気動車・客車といったあらゆる種類の特急形車両が配置され、西日本における優等列車の運用をほぼ一手に引き受ける名門車両基地として、配置車両の運用範囲も北は青森から南は九州まで非常に広範囲にわたっていた。普通列車用として山陰本線京都地区で運用される気動車・客車も配置されていた。これらはJR発足後に京都駅 - 園部駅間が電化された際に近郊形電車に置き換えられた。
2012年6月1日に検修体制の見直しにより、京都総合運転所は廃止され、本所は吹田総合車両所京都支所に、野洲派出所は網干総合車両所宮原支所野洲派出所に、米原派出所は網干総合車両所宮原支所米原派出所にそれぞれ継承された。