羽越本線高速化
また、振り子車両やフリーゲージトレインの導入、小岩川駅 - あつみ温泉駅間において既に竣工している2本のトンネルなど、複線化用の施設活用については中期的課題となった。
「新潟駅付近連続立体交差事業」の事業開始当初は暫定供用開始時期を2013年度として、この際に同一ホーム乗換え化も実施される見込みであったが、工事の遅延等もあり、2012年春に各工程や竣工時期の見直しが実施された結果、暫定供用開始時期は2018年度に変更となった。そして、高架駅第一期開業が2018年4月15日に成された。
また、車両についても「いなほ」に運用されている485系をE653系1000番台に順次置き換える旨が2013年6月26日にJR東日本 新潟支社から発表され、2013年9月のダイヤ改正を前に団体臨時列車で運転開始、9月のダイヤ改正で7・8号の1往復に充当された。2014年7月11日には「いなほ」の全定期列車がE653系1000番台となり、485系での定期運用が終了した。
なお羽越本線は日本海縦貫線、および東北本線の迂回路として多くの貨物列車が走行されており、軌道の改軌を必要とするミニ新幹線方式を採用する場合はこれらの対策も必要となってくる。
山形県庄内地方への高速鉄道整備については陸羽西線をミニ新幹線化する山形新幹線機能強化といった観点からも調査されていたが、庄内地方と内陸地方を直結することによる県内交流拡大には適しているものの、時間短縮にはあまり結びつかず、首都圏方面との時間短縮や採算面では羽越本線高速化の方が有効という結果となっている。
山形県庄内地方は上越新幹線、山形新幹線、東北新幹線いずれの路線からも遠く、高速道路の整備も進んでおらず、庄内空港以外の高速交通網から取り残されつつあった。
東北地方における高速鉄道網の整備においては、1982年に東北新幹線が大宮駅-盛岡駅間で開業し、以後延伸を重ね2010年には東京駅から新青森駅までの全線が開通した。また、ミニ新幹線として1992年に山形新幹線が山形駅まで開業、1999年には新庄駅まで延伸開業し、1997年には秋田新幹線が開業するなど、整備されてきた。これにより東北地方と東京の間を往来する場合、多くの地域ではこのいずれかの路線を利用するようになり、以前よりも所要時間が短縮される効果が見られている。一方で庄内地方などの羽越本線沿線地域での東京との往来は、国鉄時代から羽越本線、信越本線、上越線、高崎線を経由するようにダイヤが組まれており、1982年の上越新幹線開業以降も新潟駅で在来線特急から上越新幹線に乗り換えるというダイヤが組まれてきた。庄内地方北部の主要駅である酒田駅から新潟駅までの所要時間は2013年3月改正のダイヤでも2時間10分前後で、上越新幹線に乗り換えて東京駅までは4時間30分前後を要しており、これは上越新幹線開業時とあまり変わっていない。なお、庄内地方と東京を往来するには新庄駅から山形新幹線を利用する選択肢もあるが、2013年3月改正のダイヤでは陸羽西線を走る列車は快速が1往復あるほかはすべて普通列車であり、さらに新庄駅で30分 - 1時間程度の待ち合わせが必要となっており、東京との往来に適しているとは言えない状況となっている。