日本在来馬
注:頭数は、2011年および1990年現在の飼養頭数。各保存団体報告値を日本馬事協会が取りまとめ。
このほか、純血種が絶滅してしまっている中・大型在来馬として、南部馬・三春駒・三河馬・能登馬・土佐馬・日向馬・薩摩馬・甲斐駒・ウシウマなどがある。これらは主に軍馬として利用されていた。また、寒立馬は南部馬と外来馬の交配種とされる。
日本在来馬の起源は、古墳時代に国家方針として軍馬・家畜馬として、モンゴル高原から朝鮮半島を経由し国内へ導入された蒙古系家畜馬(モウコウマ)にある。
朝鮮半島からの馬の移送は対馬海峡を渡って対馬へ船で運び、そこから玄界灘を渡って九州本土へ船で運んだ。馬の移送は難度が高く、対馬は重要な中継拠点だった。
競走馬理化学研究所とネブラスカ大学などのチームが日本在来馬8品種と世界の32品種のDNAを比較し、日本在来馬は、モンゴル在来馬の祖先が対馬を経由して輸入され、全国に広がった事がわかった。まず対州馬と野間馬が分岐し、ここから木曽馬や北海道和種馬の北上するグループと、御﨑馬やトカラ馬など南下するグループに分かれ、南下グループは南西諸島経由で与那国馬まで至ったという(2020年アニマル・ジェネティクス掲載)。
福岡県の津屋崎町にある渡半島には「神代に放ち給うた馬の牧跡」の言い伝えがあり、現在でも牧の大明神の祠が残っている。