捷号作戦
その頃現地陸軍を統括する南方総軍では、アメリカ軍機動部隊が跳梁跋扈する現状を再認識し、従来の陸軍の「航空隊は敵攻略部隊攻撃を優先する」という方針よりも、海軍と協力してアメリカ軍機動部隊殲滅を図る方が良いのではと考えるようになり、大本営にその旨意見具申するが承認されるところまでには至らなかった。しかし9月24日に中部フィリピンへの空襲が起こると南方総軍は第四航空軍に対して機動部隊攻撃強化を下令するとともに機動部隊への攻撃の必要性を再度意見具申した。大本営は当初は従来通り陸軍航空隊は敵上陸部隊攻撃を主務として空母機動部隊への攻撃を控えるよう指示していたが、その後参謀を派遣して現地視察を行った結果、要望も無理からぬことと判断しこれを容認する。
これにより9月19日に第一航空艦隊と陸軍第四航空軍は現地協定「対機動部隊戦闘協定」を結び、陸軍航空兵力も敵機動部隊攻撃に使用することが可能となり、「捷号作戦に関する陸海軍中央協定」で取り決められた攻撃目標の分担は形骸化する。
戦闘協定締結後も第一航空艦隊は消耗した戦力の回復に努め、10月1日時点での展開配備航空戦力は以下の通りだった
甲戦闘機(零戦各型):保有数193機、内稼働数108機 丙戦闘機(月光ほか):保有数22機、内稼働数10機 艦上爆撃機(九九式艦爆、彗星):保有数16機、内稼働数8機 艦上攻撃機(九七式艦攻、天山):保有数33機、内稼働数30機 陸上攻撃機(一式陸攻各型):保有数27機、内稼働数21機 艦偵(彩雲ほか):保有数3機、内稼働数0機
このため連合艦隊参謀神重徳と軍令部参謀榎尾義男がマニラに飛び、南西方面艦隊司令部にて司令長官三川軍一以下司令部要員、第一遊撃部隊からも参謀長小柳冨次と作戦参謀の大谷藤之助がマニラまで来て、8月10日に会議を行った。
小柳は、第一遊撃部隊を船団攻撃のためレイテ湾に突入させるという作戦を聞き、「この計画は、敵主力との撃滅を放棄して、敵輸送船団を作戦目標としているがこれは戦理の常道から外れた奇道である。我々は飽くまで敵主力撃滅をもって第1目標となすべきと考えているのだが。」と主張した。これに対し、神は「敵主力の撃滅には、機動部隊の航空兵力が必要です。しかしサイパン攻防戦で大打撃を受けた機動部隊と航空隊の再建には、少なくとも半年の日時が必要です。いまは、その余裕が全くありません。同時に敵が次の目標としているのがフィリピンであることは明白です。そこでフィリピンの基地航空兵力と呼応して、第一遊撃部隊の全力をもって敵上陸船団を撃滅していただきたい。それがこの作戦の主眼なのです。」と答えた。また、神は「フィリピンを取られたら本土は南方と遮断され、日本は干上がってしまいます」「したがって、この一戦に聯合艦隊をすり潰しても、フィリピンを確保できるのなら、あえて悔いはありません。国破れてなんの艦隊やある。殴り込みあるのみです。これが長官のご決心です。」と発言した。さらに小柳が「敵主力との決戦なくして突入作戦を実現するなどということは不可能です。よって、栗田艦隊はご命令どおり輸送船団を目指して敵港湾に突進するが、万一、途中で敵主力部隊と対立し、二者いずれかを選ぶべきやという場合、輸送船団をすてて、敵主力の撃滅に専念します、差支えありませんか?
1944年(昭和19年)8月初頭、海軍部はアメリカ軍の正面兵力を航空機約9,300機(空母航空兵力1450機を含む)、空母21~25隻、補助空母約40~50隻、地上兵力約47個師団と推定していた。一方の日本側は8月中旬を目途に、航空機は陸海軍合わせて約3,000機、空母航空兵力で250機が整備可能と予測され、空母9隻(年内竣工予定の3隻を含む)、補助空母3隻、地上兵力約100個師団(うち戦車師団4)の兵力があった。あ号作戦 (1944年)で壊滅的打撃を受けた日本海軍の次期決戦における航空戦備の予定は、飛行機と搭乗員の充足可能上限まで捻出したものであったが、飛行機の生産に問題があった。1944年4月以降、生産の予定と実績の差は増大の一途をたどっており、生産計画や予定は不可能なのが明らかになっており、あ号作戦直後の7月と9月に急激な減産をきたした。搭乗員の養成はあ号作戦での大損耗にも拘わらず、前年来の搭乗員急速養成がようやく実を結び始め、人数では所要員数を充足することが可能となっていた。しかし、分隊長以上の飛行幹部が著しく不足しており、士官搭乗員のほとんどが若年搭乗員の隊付尉官で、隊付尉官はAからDの4段階評価における「D」である「要錬成者」が9割を占めており、その内訳は、A技量者164名、B技量者285名、C技量者330名、D技量者3885名となっていた。
これら作戦要領、戦策を元に、第二航空艦隊は準備にかかるが、その実情は大本営計画での数よりも大きく遅れていた。9月15日時点で一番進捗状況が良い艦爆隊、陸攻隊でも計画の8割の程の充足率であり、戦闘機隊は5割、艦隊の「目」である偵察機隊に至っては4割にも満たなかった。大本営計画自体、アメリカ軍の投入戦力から見て必要最低限の数を揃える計画である以上、それよりも少ない数しか確保できないことは第二航空艦隊司令部としては重大な問題であった。そのため大本営では稼働率に見合った保有機の増加を決断。特に充足率の低く、かつ「あ」号作戦の戦訓から増強が必要と考えられた戦闘機の増強 優先されることになった。
10月1日時点での第二航空艦隊の展開配備航空戦力は以下の通りだった
甲戦闘機(零戦各型):保有数193機、内稼働数108機 乙戦闘機(紫電ほか):保有数96機、内稼働数70機 丙戦闘機(月光ほか):保有数33機、内稼働数22機 艦上爆撃機(九九式艦爆、彗星):保有数46機、内稼働数24機 陸上攻撃機(一式陸攻各型):保有数62機、内稼働数34機 陸上爆撃機(銀河):保有数100機、内稼働数60機 重爆(飛龍):保有数36機、内稼働数22機 艦偵(彩雲ほか):保有数31機、内稼働数18機
同月初旬、第二航空艦隊に供給される航空機の10月分は次の通り決定された。
零戦五二型は本来の35機の供給を50機に追加。但し旧式の二一型を返納。
紫電二一型は本来の15機の供給を25機に追加。但し一一型10機を返納。
彗星艦爆は本来の5機の供給を20機に追加。
一式陸攻は本来の0機の供給を10機に追加。
その数は延べ数で約400機に及んだ。第一航空艦隊は8月下旬に実施された航空戦隊の南フィリピンから中部フィリピンへの移動などで航空機の損害は軽微(地上にて5機が大破)だったが地上施設に相当の損害が生じた。またこの空襲は全くの奇襲となり、部隊の早期警戒網が十分ではないことが実証された。
空襲を受けたダバオでは、所在の第三十二特別根拠地隊より、貴下の各隊に「近く敵の上陸があるかもしれないから警戒を厳重にせよ」と注意喚起がなされた。翌10日4時ごろ、ダバオの南方に位置する小湾サランガニ湾にあるサランガニ見張り所より「湾口に敵上陸用舟艇が見える」との一報が根拠地隊司令部に届く。司令は第一航空艦隊司令部に通報し夜明けに航空偵察を実施してもらうよう依頼したが、サランガニ警備隊は8時ごろに「湾口に上陸用舟艇多数みゆ」「陸軍と協力水際でこれを殲滅戦とす」とあわただしく打電、一航艦司令部は不審に思いつつもセブ基地に配備の偵察機による偵察を指示するが、この指令の通達が遅れ偵察機の発進は16時05分となった。
9時30分にはダバオ見張り所も「敵水陸両用戦車がダバオ第二基地に向かっている」と通報。根拠地隊司令は不審に思い確認を命じたが、直後に見張り所の指揮官(兵曹長)自らが司令部に赴き「自ら確認しており来襲は間違いない」と報告したので、根拠地隊は敵のダバオ上陸を信じ陸戦準備が貴下の各隊に伝えられ、暗号書の焼却も開始された。