スイスの宗教改革
1536年、ジュネーヴに滞在していたカルヴァンは、福音主義的改革を導入しようとしていたヴィルヘルム・ファレルに援助を懇請され、協力した。この年の5月、ベルンの援助を受けて福音主義に転じたジュネーヴであったが、いまだ改革の緒についたばかりで方針も定まっていなかった。1537年1月16日、カルヴァンら牧師団は市参事会に教会改革案を提出した。ただちに新しい「信仰告白」を含むカテキズムが刊行され、市民はこの「信仰告白」に対して宣誓を求められた。しかし、カルヴァンらはこの「信仰告白」が守られているか厳しく監督したために、市民の間に改革に対する抵抗感が芽生えた。また当初から市参事会は、カルヴァンらの主張の中に教会権を世俗の権力から独立させようとする意図があることに気づいていた。1538年4月23日新しい市参事会が発足すると、カルヴァンとファレルは追放され、カルヴァンはマルティン・ブツァーの勧めにより、ストラスブールのフランス人難民教会の説教師を務めることとした。この間1539年にカルヴァンはビューレンのイデレッテと結婚した。ジュネーヴで再び福音主義派が勢いを盛り返し、再び招聘を受けて1541年9月13日カルヴァンはジュネーヴへと帰還した。帰任早々の9月20日カルヴァンは「教会規定」を立法化し、牧師・教師・長老・執事という4職を定め、「神権政治」を開始した。牧師と教師は説教などを通じて司牧の役割を担い、聖書解釈の問題などについて定期的に審議した。
長老は、牧師・教師とともに監督院を形成して、市内のどの家でも自由に立ち入ることができる権利を有し、市民生活を監督した。執事は教会施設の管理と救貧を担った。
「神権政治」開始後の最初の5年間に、56件の死刑判決と78件の追放がおこなわれ、反対派はことごとく弾圧された。1559年には神学大学が設立され、プロテスタント系の神学大学としては、すぐにヴィッテンベルク大学に勝るほどの勢いとなった。
カルヴァン死後の1566年にはツヴィングリ派との間で合同がなり、スイスの改革派は統一され勢力を強めた。ツヴィングリ派から分離発展した再洗礼派はその信仰を守る信者のみで共同体を構成しようとし、農村部では自治運動と結びつくこともあった。
カルヴァン主義はやがてフランスでは組織化されてユグノー戦争を惹起し、スコットランドにおいては1560年に国教会の地位を獲得した。
1600年ごろには、カトリック・プロテスタント各々のカントンのみによる分離会議が開かれていた。しかし、民衆の間で好まれた演劇などを考慮すれば、このような状況にもかかわらず、スイス人として自由と協調に基づいた国民意識が存在していたことを推測することが出来る。彼らにとって、ヴィルヘルム・テルやニコラウス・フォン・フリューエは相変わらず「古き良き盟約者団」の象徴であり、国民的英雄であった。
カルヴァンの政治思想には2つの要点がある。