神戸市バス
1988年から1990年にかけては、六甲アイランドへ向かう臨時路線が1990年の新交通システム「六甲ライナー」開業まで運行された。
狭隘路線用に1973年の廃車まで運用され保存されていたボンネットバスが1989年に復活し、「こべっこ号」の愛称が付与されるとともに、神戸まつりなどのイベントで登場するようになった。しかし、経年で運転の継続が困難になったことから1993年に中型トラックを改装してボンネットバスを模した車体を載せたレプリカが新造され、「こべっこII世号」と命名された。従来の「こべっこ号」は西区に1990年に新設された車両工場で静態保存されている。
1990年4月からは、都心部の観光地を周遊するレトロ調バス「シティー・ループ」の運転が開始された。
1995年1月17日に発生した阪神・淡路大震災では、兵庫県内の各地で大きな被害を受けた。神戸市内でも鉄道網が寸断される中、市バスは運転再開可能な箇所から順次運転が再開され、地下鉄復旧までの代行バスも運転された。
バリアフリー化の推進のため、1998年よりノンステップバスの導入が開始された。在来車との識別のため、塗装は緑の部分が深緑からライトグリーンに変更されている。当初はフルフラットの3扉車が投入されたが、2000年以降は前中2扉車の導入となった。
2001年7月7日の神戸市営地下鉄海岸線開業などに伴って、バス路線の重複解消、路線短縮などの再編が行われた。2005年には西神地区の5路線が神姫バスに移譲され、神戸市バスの明石駅・大久保駅への乗り入れが無くなった。
定期観光バス事業も2002年3月をもって廃止され、定期観光バスは神姫バスに継承された。シティー・ループも2003年4月に神戸交通振興へ移管された。