証如
本願寺の住職として証如は、報恩講をはじめ、歴代住職の命日法要などの各種行事を取り仕切った。各地域の帰依者へも法宝物を授与し、全国の門徒と宗教的な繋がりを結んだ。門徒側も宗教役による勤仕が求められていた。
山科本願寺時代からみられた朝廷や幕府への接近は、寺格の上昇をもたらした。証如自身は蓮如、実如が任じられた前代までの僧官を超えて大僧都、権僧正に任じられた。さらに関白二条尹房からは、公家社会の一員ということを象徴する四方膳や高麗縁の大紋が入った上畳の使用を許された。天文7年6月には後柏原天皇、後奈良天皇の寿牌と位牌を授けられ、大坂御坊本堂に安置した。その他に『三十六人家集』を下賜されるなど、朝廷から種々の文物が証如の許に贈られた。一方で本願寺側も、朝廷へ献納金を進上していた。当時本寺であった青蓮院門跡との関係も良好であり、門跡尊鎮からは様々な恩恵を得た。証如はこのような朝廷や公家社会との関係を存分に生かし、大坂御坊に移動した本願寺の地位を前代以上に上昇させることに成功した。
寺内では、領主として寺内町を統治しており、近隣の領主との交渉も行った。寺内町から年貢・地子を収得する一方、外部権力から寺内町の諸公事免許などの特権を得ていた。検断行為もしており、寺内町での紛争における自力救済行為を取り締まるなど、証如の支配は戦国大名の領主支配との共通性も見出されている。