あきつ丸
先代の「神州丸」も航空艤装が施されていたが、搭載機の発進にはカタパルトを使用する射出型であり、これは航空機の急速な発達により建造後数年で実質的な意味を失ってしまい、なおかつその運用難度からも使用される事は殆どなかった。その経験から「あきつ丸」は全通飛行甲板を有する空母型となり、島型船橋・マスト・煙突は右舷に寄せられ飛行甲板の下には航空機格納庫を備えている。飛行甲板後端に設置された航空機用エレベーターで、格納庫から飛行甲板へ航空機を移動した。搭載機の目的は「神州丸」同様、上陸戦時に搭載機(戦闘機)を発進させての上陸部隊の支援であった。機体は九七式戦闘機13機の搭載が計画されている。
搭載機の発船(発艦)にこそ飛行甲板を使用するが、「神州丸」同様に着船(着艦)は想定されておらず、機体は占領した敵飛行場・臨時造成飛行場に着陸、陸上・水上に不時着・不時着水するか、操縦者は乗機を捨て落下傘降下によって収容される(なお、これに擬似する運用能力を持つ船舶としては、のちの第二次世界大戦時に輸送船団護衛のためイギリス海軍が実戦投入したCAMシップが該当する)。「神州丸」と同じくカタパルトによって発船した戦闘機は、敵機を迎撃した防空戦闘後には陸上の飛行場に向かうか、船団付近に不時着水ないし落下傘降下し操縦者は収容されていた(このCAMシップおよびMACシップは一般の輸送船(商船)を臨時に改装したものであり、日本の「神州丸」以下特種船と異なり揚陸艦ではない)。そのため、通常の空母なら着船コースとなる船尾中央にはデリックが屹立しており、着船制動装置・着船指揮装置も無く、エレベーターの装備位置も飛行甲板後端のみとなる。
1Fcs長は、下志津陸軍飛行学校にて対潜要員学生の教官であった寺尾靖陸軍大尉(陸士55期)、部下の隊員9名は全てが特操1期の陸軍少尉である、操縦者全員が将校の飛行部隊であった。
加古川陸軍飛行場に移動した1Fcsは改装中の「あきつ丸」にて模擬発着船訓練を実施、こののち岩国海軍航空隊へ出向き、柱島泊地にて大竹の海軍潜水学校の協力を受け同年春頃から夏頃にかけて実際の潜水艦を用いた本格的な対潜哨戒訓練を行っている。この広島湾上の訓練中、1Fcsの碓氷少尉操縦機にエンジン故障が発生、同泊地に停泊中の空母「隼鷹」を発見した少尉は無線で「隼鷹」に対し緊急着艦要請を行ったが断られ、仕方なく「隼鷹」左舷部へ不時着水する事故が起きている。この事故機は「隼鷹」のクレーンによって引揚られたが、ワイヤー固定位置が悪いために主翼が折れ廃棄扱いとなった。また、3日ほど機体は飛行甲板上に置かれていたが、「隼鷹」の呉入港時に一緒に持って行かれてしまったため行方不明となっている
7月30日、改装が終了した「あきつ丸」は宇品へ帰還し1Fcsと三式連絡機8機は乗船、輸送任務も兼ねていたために小豆島と天保山を経て小樽へ向けて出港、この道中1Fcsは太平洋上にて爆雷投下試験を実施している。小樽で昆布を積載し宇品へ帰還したが8月6日には門司へ移動、翌7日から主に門司-釜山航路にて「あきつ丸」は輸送任務、1Fcsは対潜哨戒任務に就く事になった。
一方、片倉恕陸軍少佐以下水戸陸軍飛行場を根拠として三式連絡機2機を用いた審査も始まり、爆雷投下試験を経たのち、陸軍航空審査部飛行実験部のある多摩陸軍飛行場にて模擬発着船試験が行われた。これは海軍の母艦飛行機隊搭乗員の模擬着艦訓練とほぼ同様の、飛行場に石灰にて飛行甲板を描いたものであった。7月、播磨造船所に近い加古川陸軍飛行場に移動した三式連絡機2機は、播磨灘にて改装工事も終盤になった「あきつ丸」を使用した着船試験を開始。同月、赤色と青色の着船指揮灯を目印にタッチ・アンド・ゴーを実施し、翌8月、まず会田智陸軍中尉機が、続いて畠山基陸軍曹長機がフックを用い着船を行い成功した。
対潜哨戒機となった三式連絡機の捜索可能幅は高度300mで左右各600mであり、目視により哨戒を行う操縦者・偵察者(同乗者)は双眼鏡のほかに航法目標弾または特設浮標発煙弾を携帯。警戒海域においては3機の三式連絡機が発船し1番機は船団の前方5kmないし6km、2番・3番機は左右2.5kmを円弧状に飛行し対潜哨戒を行い、敵潜発見時には無線等を使用し護衛艦艇以下船団と僚機に報告する。
「神州丸」の射出発船が滑走発船になっただけの「あきつ丸」の航空機運用の難しさは特に変わらず、またそれ以上に実戦たる上陸戦で搭載機を使用する機会がなかったため、当初の計画通りに「搭載戦闘機」を「実戦」で「使用」する事は無かった。飛行甲板・格納庫は航空機・車両・舟艇等の海上輸送用の搭載スペースとして使用され、一例として一式戦「隼」機体輸送任務時には分割した「隼」数十機を搭載し従事している。甲板に大型物資の積載が可能な事は全通飛行甲板の利点を大いに生かすものであった。しかし、のちに「あきつ丸」はその航空機運用能力を見込まれ、上陸戦ではなく対潜戦用の護衛空母と変貌を遂げる事となる。
航空機を運用しない場合、飛行甲板には「臨時設備」と称し対空用に20mm高射機関砲7基(九八式高射機関砲)、対水上用に15cm重加農4基(八九式十五糎加農)を増設可能である。後部スポンソン(右舷4基・左舷1基分)に4基が配備される大口径大威力重砲たる八九式十五糎加農を初め、多数の20mm高射機関砲や75mm高射砲、さらに基筒式75mm三八式野砲10基の装備はこの種の艦船としてはかなりの重武装である(野戦砲であるため野戦運用の制約が無い艦砲と違い速射性能・方向射界で大きく劣るが、15cm加農4門の砲火力と最大射程は単純比較で五十口径三年式十四糎砲を主砲とする海軍の旧式軽巡洋艦天龍型相当)。
飛行甲板には黒・明灰・灰の三色迷彩が施され、船体は軍艦色と呼称される灰色一色であった。