日本の哺乳類一覧
〔在来1科〕
ニホンザル Macaca fuscata 【固】 ホンドザル(亜種) M.f.fuscata 【本/絶滅のおそれのある地域個体群(環境省レッドリスト):北奥羽・北上山系、金華山/固】 種子島には人為分布。下北半島の群れはサル類の世界北限。生息地5か所が天然記念物。 ヤクシマザル (ヤクザル)(亜種) M.f.yakui 【島(屋)/固】
【移】 タイワンザル Macaca cyclopis 【本】 台湾原産。伊豆半島・和歌山県・青森県で野生化。ニホンザルと交雑。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
【移】 アカゲザル Macaca mulatta 【本】 房総半島南部で野生化。ニホンザルと交雑。
ヒト (ホモ・サピエンス) Homo sapiens 【ほぼ全国】 各地に広く分布。
(タヌキ Nyctereutes procyonoides ) ホンドタヌキ(亜種)【屋久島では国内移入種】N. p. viverrinus 【本・島(佐)】 隠岐諸島には人為分布。山口県向島タヌキ生息地は天然記念物。 エゾタヌキ(亜種) N. p. albus 【北】 奥尻島には人為分布。
(キツネ(アカキツネ、アカギツネ) Vulpes vulpes ) ホンドキツネ(ホンドギツネ)(亜種) V. v. japonica 【本】 キタキツネ(亜種) V. v. schrencki 【北】 【移】ギンギツネ V. v. fulva 【北】 シベリアやアラスカのキツネで、黒い体毛の血統。毛皮獣だが、野生化したものがキタキツネと交雑している可能性がある。
(オオカミ(ハイイロオオカミ) Canis lupus ) エゾオオカミ(亜種) C. l. hattai 【北/絶滅(環境省レッドリスト)】 最後の記録は1896年。 ニホンオオカミ(亜種) C. l. hodophilax 【本/絶滅(環境省レッドリスト)】 1905年奈良県もしくは1910年福井県での捕獲が最後。 【家】 イエイヌ(亜種)(ノイヌ) C. l. familiaris 【北・本・島】 離島などで固有種を圧迫。
ニホンイイズナ(亜種) M. n. namiyei 【本/準絶滅危惧(NT)(環境省レッドリスト)/固】
(オコジョ Mustela erminea )【高山帯】 エゾオコジョ(亜種) M. e. orientalis 【北/準絶滅危惧(NT)(環境省レッドリスト)】 平地では移入種のニホンイタチ・ミンクの圧迫により姿を消す。 ホンドオコジョ(亜種) M. e. nippon 【本/準絶滅危惧(NT)(環境省レッドリスト)/固】
【移】 アメリカミンク(ミンク) Mustela vison 【北】 北米原産。1960年代から。平地でエゾオコジョ・ニホンイタチを圧迫。養魚場等にも被害。
【移】 フェレット Mustela furo 原種はヨーロッパケナガイタチ。
ニホンアナグマ Meles anakuma
(カワウソ(ユーラシアカワウソ) Lutra lutra) ニホンカワウソ(亜種) L.l.nippon 【本/絶滅(環境省レッドリスト)】 1983年高知県の死体発見が最後。特別天然記念物。2012年絶滅種に指定。 ニホンカワウソ(亜種) L.l.whiteleyi 【北/絶滅(環境省レッドリスト)】 2012年絶滅種に指定。
ラッコ Enhydra lutris 【海/絶滅危惧IA類 (CR)(環境省レッドリスト)】 北海道東部沿岸で一旦絶滅。近年、千島列島のものが冬期に知床・根室周辺に出現。
(クリハラリス Callosciurus erythraeus ) 【移】 タイワンリス(亜種) C.e.thaiwanensis 【本】 台湾南部原産。観光用に放され、神奈川県以西に定着。ニホンリスを圧迫。ツバキ等の食害も。
(キタリス Scriurus vulgaris ) エゾリス(亜種) S. v. orientis 【北】
ニホンリス(ホンドリス) Sciurus lis 【本/絶滅のおそれのある地域個体群(環境省レッドリスト):中国地方、九州地方/固】 九州・中国地方では絶滅寸前。
(シマリス(シベリアシマリス、アジアシマリス) Tamias sibiricus ) エゾシマリス(亜種) T.s. lineatus 【北/情報不足(DD)(環境省レッドリスト)】 【移】 チョウセンシマリス(亜種) T.s. barberi 【本・北】 ペットが各地で逸出・野生化。エゾシマリスと交雑の恐れ。
(タイリクモモンガ Pteromys volans ) エゾモモンガ(亜種) P. v. orii 【北/固】
ニホンモモンガ(ホンシュウモモンガ、ホンドモモンガ、モモンガ) Pteromys momonga 【本/固】
ムササビ(ホオジロムササビ) Petaurista leucogenys 【本/固】
セイウチ Odobenus rosmarus 【海】 北極海周辺から、ごくまれに北海道・青森県に迷行。
日本の哺乳類一覧(にほんのほにゅうるいいちらん、list of mammals in Japan)では、日本に生息する野生哺乳類について記す。
コキクガシラコウモリ Rhinolophus cornutus 【北・本・島(対・南)】 オリイコキクガシラコウモリ(亜種) R.c.orii 【島(奄美大島)/絶滅危惧IB類 (EN)(環境省レッドリスト)】
オキナワコキクガシラコウモリ Rhinolophus pumilus 【島(南)/固】 オキナワコキクガシラコウモリ(亜種) R.p.pumilus 【島(南)/絶滅危惧IB類 (EN)(環境省レッドリスト)/固】 ミヤココキクガシラコウモリ(亜種) R.p.miyakonis 【島(宮古島)/絶滅(環境省レッドリスト)/固】
ヤエヤマコキクガシラコウモリ Rhinolophus perditus 【島(先)/絶滅危惧II類 (VU)(環境省レッドリスト)/固】 石垣島・西表島。
キクガシラコウモリ Rhinolophus ferrumequinum 【北・本・島(対)】日本に分布するものをニホンキクガシラコウモリ R.f.nippon という亜種とする場合もある。
〔在来2科〕
日本列島はアジア大陸に隣接した島嶼(とうしょ)群であり、氷期に大陸から移入した生物が孤立個体群として独自に進化を遂げてきた。また、南北に3,000kmと長く、3,000m以上の高山地帯をもつため、亜寒帯から亜熱帯までの多様な環境が含まれる。このような背景のもと、日本に生息する約130種の陸生哺乳類のうち3割を超える固有種、7属の固有属による、多様かつ独特の哺乳類相が存在している。その一方で、北海道や対馬などのユーラシア大陸に近い地域では、それら固有種に加え大陸系の種も生息している。
日本の哺乳類相は、北海道と本州の間にあるブラキストン線、トカラ列島と奄美群島の間にある渡瀬線で区切られており、これらを境に異なる動物群が生息している。また、動物地理学的に見れば、渡瀬線以北に分布する旧北区系の動物群と、渡瀬線以南に分布する東南アジアを起源とする東洋区系の動物群の2群に構成される。
この項では、竹島や尖閣諸島など領有権争いがある場所(詳しくは尖閣諸島問題、竹島を参照)にのみ生息する種も日本固有種とする。