日本エアコミューター
3社間で国土交通省持続可能な地域航空のあり方に関する研究会の示す指針に沿った運用を目指すとみられる。
2018年7月、前述の兵庫県但馬空港ターミナル購入機体(JA05JC)が受領後通常塗装で暫く運航していたが同年9月に但馬オリジナル塗装「コウノトリ号」とすることが発表され、鹿児島空港JAC格納庫にてJALエンジニアリングによって但馬空港推進協議会、地元市町、兵庫県、但馬空港ターミナルが作成した『朝日の中を未来に向け飛翔するコウノトリ』をコンセプトとしたデザインに兵庫県鳥でもある「コウノトリ」に「優雅」「飛翔」「幸福」のイメージを託し、但馬が「羽ばたく」「飛躍する」というメッセージを表した塗装を施し、同年10月にお披露目就航した。なお、同機はこのような納入経緯から同社が鹿児島本社であるため、支援している奄美・琉球世界自然遺産登録ステッカー貼付はされていないし、他社機整備時貸し出し運用も出来ない。
個別委託でAMX1機、JALグループ内委託でHAC4機、EAS LLPによる委託でORC2機で合計3社7機のATR 42の整備委託を受ける見込みでJAC保有9機が予備機として貸し出し運用されるがJAC自体運用機の予備が少なく、他社貸し出し時、その他の機体で機体トラブルなどが発生すると(AMX貸し出し時のHAC機トラブルとかも発生している)、他社便はJAC機で運航されているのにJAC便は欠航が発生しやすくなる、おかしな状況が起きている(後述トラブル欄、JA09JC納入前トラブル参照)。
JALの鶴丸採用に合わせ、ホワイトボディに黒で「JAPAN AIR COMMUTER」と表記され、尾翼に鶴丸が配されたデザインである。ただし鶴丸内の表記は「JAL」である。
2代目塗装のサーブ340
3代目塗装のサーブ340
4代目塗装のサーブ340
DHC-8-Q400型機(3代目塗装)
DHC-8-Q400型機(4代目塗装)
会社設立以来、ターボプロップ機(プロペラ機)のみ運航している。すべて普通席のみで、クラスJ等の上級クラスは設定されていない。
2017年5月にATR42就航後、地元鹿児島での報道で2019年度末までに機材更新によってATR42を2019年度末まで順次導入し、運用しているDHC-8-Q400とSaab340は売却退役予定で機材統一を図り、保有する航空機を18機から半分の9機体制にすることを明らかとなった。保有機数減少に伴う運航路線についてはDHC-8-Q400運航路線を中心にJALグループのジェイエアへ移管し、運航するエンブラエル E-Jetへの変更しジェット化することで輸送力、就航率などを強化していく方針とした。その後、計画を見直し保有機材は11機となっている。
また、2016年に鹿児島にATRスペアパーツセンターを設置し、2018年4月にはATR72/42-600型のフルフライトシミュレーターを国内で初めて導入、鹿児島空港内空港施設所有棟内設置し、日本に於けるATR訓練、整備などの運用拠点となっている。
2022年現在(事業計画込み)、就航地は15空港ある。 路線特質上、離島生活路線が多く、路線によっては日一便路線もあり欠航、遅延が発生すると利用者に大きな影響が出ることもある。
大阪/伊丹 - 但馬、屋久島
福岡 - 出雲、鹿児島、屋久島※
出雲 - 隠岐
鹿児島 - 松山、種子島※、屋久島※、喜界※、奄美※、徳之島※、沖永良部※、与論※
奄美 - 喜界※、徳之島※、与論(与論行きのみ)※
徳之島 - 沖永良部※
沖縄/那覇 - 奄美(那覇発のみ直行便、奄美発は与論経由)※、沖永良部※、与論(那覇行きのみ)
奄美群島の国立公園指定によって更なる誘客や世界自然遺産登録活動応援のため、2018年7月から奄美=徳之島=沖永良部=那覇を「奄美群島アイランドホッピングルート」として就航している。
2022年7月15日からグループ内路線再編によりRACの那覇 - 奄美便を移管する形で奄美→与論→那覇→奄美の三角運航路線を就航。同時に奄美 - 与論便を統合する形となるため、JALグループとして奄美発那覇行き直行便および与論発奄美行き直行便が消滅(ともに逆方向の片道のみ直行便存続)するが、その後JALグループ国内線運賃改定で2023年4月12日以降であれば直行便運賃と変わらない運賃になることが発表されている。
※はANAとのコードシェア便(一部便を除く)。