ミステリー列車を追え!
鉄道好きの小学生・一条大和は全国の鉄道に詳しい。彼が乗り合わせた憧れの寝台特急「北斗星」で誘拐事件が発生!?拉致されたのは与三野陽太。大和は陽太救出に奔走するが、偶然乗り合わせた幼馴染のアイドル、二神・C・マリナも協力したいと申し出て手伝うことになり、陽太を無事に救出する。
誘拐事件で助けてくれたお礼に陽太は大和とマリナを新幹線に招待、京都へ向かう三人で鉄道旅行を楽しむが、車内で拾ったスマートフォンから事件の予告が...またも事件に巻き込まれてしまう。