湘南新宿ライン
新宿駅発着の横須賀線「普通」・東海道線「快速」(土曜・休日のみ)、池袋駅・新宿駅発着の宇都宮線・高崎線全列車、及び大船発大宮行「普通」はすべて廃止された。同時に東海道線・横須賀線の東京駅・横浜駅発着列車、宇都宮線・高崎線の上野駅発着列車の一部を削減し、湘南新宿ラインに移行した。なお、朝と夜の増発分は改正前の宇都宮線・高崎線の池袋駅・新宿駅発着ダイヤを踏襲した列車が多い。
2004年(平成16年)12月31日から2005年(平成17年)1月1日にかけての年末年始終夜運転限定で高崎線 - 横須賀線直通の系統を運行した。大崎駅 - 大船駅間を含めて全区間が各駅停車であった。翌年以降は通常の系統である宇都宮線 - 横須賀線系統の普通のみ運行されている。
2006年(平成18年):自治医大駅 - 宇都宮駅間各駅のホーム有効長を15両編成分に延伸。小金井駅が宇都宮線内での15両編成対応ホームの北限だったため同駅で増解結をしていたが、工事完了にて宇都宮発着の列車が一部を除き15両化される。
2008年(平成20年)3月15日:ダイヤ改正。平日朝の時間帯に宇都宮線 - 横須賀線系統を1往復増発(64→65往復、土曜・休日62往復のまま)。
2009年(平成21年)3月14日:ダイヤ改正。夜間帯に高崎線 - 東海道線系統を1往復増発(平日65→66往復、土曜・休日62→63往復)。これにより、平日・土休日ともに高崎線 - 東海道線系統が宇都宮線 - 横須賀線系統よりも1往復多く運転されることになる。また、土休日の7往復と平日の1往復が15両化され、土休日は63往復中57往復が15両で運行されるようになった。
2010年(平成22年)3月13日:ダイヤ改正。西大井駅 - 新川崎駅間に武蔵小杉駅が開業。