藤村排斥事件
ほどなくして負けが込むようになり、巨人に首位を明け渡した。
同じ頃、マネージャー兼スカウトであった青木一三は野田オーナーに対して辞意を訴える。田中義一球団代表と、阪神電気鉄道本社から出向した下林良行常務の間に意見の違いが多く、思うように働けないという理由であった。青木によると、阪神甲子園球場でのナイターの際に、野田にこのことを訴えたが、その場で野田の説得を受けて辞表を取り下げた。しかし、青木はこの際、待遇面で選手に不満が生じており、「このまま放っておいたら、暮れに事件が起きますよ」と述べたという。青木の言う「待遇面の問題」とは、青木が安い俸給で獲得した小山正明・吉田義男・三宅秀史らの若手選手が、主力となっても一向に待遇がよくならないことを指していた。契約更改の席では藤村の俸給を基準に他の選手の金額を決定していた上、藤村自身が球団の提示した金額に異を唱えなかったという事情もあった。青木は、阪神電鉄本社の一部の意向を押しつけている下林常務に原因があると考えていたが、選手が球団常務の辞任を求めるのは筋が通らないため、藤村に矛先を向けることにしたという。
結局このシーズンは巨人から4.5ゲーム差の2位という結果に終わる。
シーズン終了後の11月2日、大映スターズでコーチから監督への就任が決まった松木が来阪したのを機に、選手有志が松木の監督就任を祝うという名目で会合を開いた。
2リーグ制に移行した1950年、阪神の監督には戦時中にチームを離れていた松木謙治郎が復帰して就任した(当初は選手兼任)。松木はプロ野球再編問題の際に主力選手の移籍で弱体化したチームの再建にあたった。松木に対する選手の信望は高かったが、1954年オフに松木は監督を辞任した。その際松木は後任に助監督だった藤村富美男を推薦し、世間からは藤村か御園生崇男のいずれかに落ち着くとみられていた。しかし、球団代表の田中義一はセ・リーグ会長の鈴木龍二を通じて藤本定義の招聘を目指すも失敗。オーナーの野田誠三自らが人選に動き、岸一郎を後任監督に据えた。だが、岸は阪神はおろかプロ野球界での経験がまったくなかった。加えて、岸はベテランも若手も分け隔てなく起用する方針を打ち出し、藤村や真田重蔵らベテランは激しく反発した。1955年シーズン途中の5月下旬に岸は病気療養を名目に休養。藤村が選手兼任で代理監督に就任し、チームは成績を3位で終える。
藤村は1956年に選手兼任のまま正式に監督に就任。このシーズンは7月から8月にかけて勝ち進み、8月11日には読売ジャイアンツ(巨人)に5ゲーム差を付ける首位に立った。藤村の後年の回想では、この時期フロントから「選手権の相手チームを研究させようか」と打診を受けるくらいであったが、チーム内では不協和音が生じており、藤村は「ちょっと待ってください。実はチームの中がこういう風な状態になっている」と述べるほどであったという。