生物学の哲学
ひとつには、遺伝的プログラム(核酸のなかに刻みこまれている)、つまり「遺伝子型」があった。もうひとつには、拡張された身体すなわちソーマ、つまり「表現型」があった。生物学の視点から一般化するときには、比較的確率的かつ非普遍的な性質を伴うが、20世紀の物理学にも似たような側面がある。標準的な科学哲学が物理学のそのような側面を説明しようとしているのは、生物学のそのような性質を説明する助けとなる。
このようなことがあって、近接要因や説明、つまり表現型を扱う「なぜ」の疑問と、進化的要因を含めた究極要因、つまり遺伝子型を扱う「なぜ」の疑問とを区別するに至った。この明確化は、エルンスト・マイヤーらが1940年代に自然選択によるダーウィン的進化と遺伝の遺伝学的モデルをじつにうまく調停したときの一環である。それ以来、概念を明確化することにかかわることが、これらの哲学者の多くを特徴づけることになった。些細なことであるが、ここで思い起こされるのは、生物学にはミクロ生物学から生態学までさまざまであるものの、すべてに共通する科学的な基盤があるということである。生物学の哲学を完成するためには、これらの営為すべてを説明する必要がある。これと比べると些細ではないのだが、生物学の哲学は、目的論という概念の箱を開けてしまった。
生物学は、他の科学に比べ、体系立った理論的に導かれることが少ない 。このことは、特に、ゲノミクスのような様々な「ミクス系」の分野において、ハイスループット・スクリーニング技術が利用可能になり、その複雑性からデータ駆動型が主流になって以降顕著になった。またこのようなデータ集約的な科学的発見は、経験主義、理論、コンピュータシミュレーションに次ぐ第4の科学的方法であると考える者もいる。一方で、この考えを否定するものもいる。
クラカウアーらは「機械学習は、メカニズムに関する理論構築の準備としてデータを前処理する強力な手段であるが、それを科学的探究の最終目標と考えるべきではない」また、「あらゆるハイスループットデータから必要な関連情報を抽出するための基本として、腫瘍生物学の理解が不可欠である」と語っている。というのも、がん免疫療法の大成は、基礎生物学の理解から得られたものであるため、やはり基礎理論の重要性は無碍にできないと主張する。
生物学における理論は、物理学に比べると厳密には形式化されていない。しかし物理学と同じように、1)古典的な数学的分析理論に加え、2)統計学に基づく理論、3)コンピュータ・シミュレーション、4)概念的/言語的分析といった手法が研究の際に用いられる。しかし一部には生物学が科学として進歩する為には、より厳密な数学モデルに寄らなければ、「虚無を語る」理論になる危険性があるとの意見もある。
他にも、腫瘍生物学研究における細胞のシグナル伝達プロセスの解明では、今まで個々の遺伝子やタンパク質の機能を特定することに主眼が置かれてきた。しかし、ジェーンズはは、細胞の意思決定を駆動するシグナル伝達の「背景」にある要因を示し、より体系的な研究方法の必要性を示した。
生物学の哲学または生物哲学(英: Philosophy of biology、稀にバイオ・フィロソフィ)は、科学哲学の分野の一つであり、生物学や医学における、認識論的・形而上学的・倫理的な問題を取り扱うものである。