スカイマーク
同様の意見書は2002年にも提出しており、その際はANAと日本航空 (JAL) が運賃の値下げを取りやめている。また、今回の発表の翌日、福岡線・千歳線の運賃をさらに値下げするとも発表した。しかし2008年4月23日、ANAは2008年6月の羽田 - 福岡線でSKYより安い割引運賃を初めて導入することを発表した。
2009年9月の中間決算では、売上高は210億円と前年を下回ったが、営業利益、経常利益、純利益はいずれも20億円程度の黒字となり、これらの利益は日本の航空会社の中では一番大きかった。経費削減などの営業努力が結実する結果となり、世界金融危機で赤字に苦しむJALやANAと好対照の結果となった。
2009年9月にボーイング737型シミュレーターを2機、10月に客室乗務員訓練施設を相次いで社内に整備し、自社での乗務員の育成に乗り出している。
2010年12月に日本空港ビルデングより東京国際空港の空港施設使用料の値上げ要請があったが、2011年1月28日にSKYは空港旅客ターミナルビルのボーディング・ブリッジ (PBB) 使用回数の少なさなど使用料値上げに対し合理的根拠がないと主張し、利用者に対する値上げ分の代理徴収を拒否した。これに対し、日本空港ビルデングは空港施設使用料の未払い分、約7億円の支払いを求めて訴訟を提起し、2012年11月に東京地方裁判所は、日本空港ビルデングの主張を全面的に認めて、スカイマークに請求全額の支払いを命じる判決を下した。スカイマークは控訴せず全額を支払った。
2015年1月28日、臨時取締役会において民事再生法適用の申請を決議し、東京地裁に申請した。事業は継続し、運転資金については投資ファンドのインテグラルが、つなぎ融資の実施を行う。社長である西久保は退任し、取締役会長であった井手隆司が代表取締役会長に、取締役であった有森正和が代表取締役社長に就任した。
1月29日、新社長である有森が記者会見を行った。経営破綻の理由として、A330のリース料負担が円安の影響で増大したことや、A380の契約解除に伴う7億ドルの違約金の存在を挙げ、ANAやJALなど同業大手からの出資については「第三極」の立場から否定した。また、2月から座席数が多くコストがかかるA330の運航を取りやめ12路線で減便し、3月29日以降は沖縄県の石垣空港および宮古空港から撤退する意向を明らかとした。一方、ANA、JALとのコードシェアについては、予定通り3月末から開始見込み。
民事再生法適用申請を受け、東証では2015年3月1日をもってスカイマークの上場廃止を決定し、同1月28日付で整理銘柄に指定した。 同日以降、2月になって前社長で筆頭株主であった西久保は株式を売却しており、2日に1702万株(18.63%)、3日に116万株(1.27%)、4 日に80万株(0.88%)を売却した。
16日 - 18日および20日の点検記録はあったが、1月19日は担当整備士が運航開始までに当該点検作業を実施しなければならないという認識はあったものの、他の整備作業が輻輳し、出発までに当該整備を実施できそうになかったことに加え操縦系統に特段の不具合が見受けられなかったことから、点検を実施しないまま機体を出発させ、点検記録がないまま該当機は6営業便運航されたことが判明した。該当機は航空局の指摘を受け20日 - 29日の間運航を外れ再度点検し安全を確認後に復帰している。担当整備士は20日に通常業務から外し、処分を検討している。1月30日に航空局は安全運航の前提である整備の確実な実施の観点から重大な問題であり、同社に対して厳重注意を行うとともに、2月13日までに必要な再発防止策とともに報告するよう指示した。2月13日に、再発防止策として安全意識の再徹底とコンプライアンス教育を強化し、整備の確実な実施に関する厳重注意に関わる改善計画書を国土交通省へ提出した。また、安全統括管理者の松尾愛一郎取締役が役員報酬の1か月分10%を自主返上した。3人の担当整備士については1か月10%の減給処分とし、ラインメンテナンス部長をけん責処分とする処分も実施された。
2023年2月7日に、60歳代の男性整備士が、酒気を帯びた状態で機体の整備に当たっていたことが明らかとなった。この整備士は、法律で義務付けられているアルコール検査を受けないまま整備に当たった上、必要な整備の一部を実施することなく、かつ記録を偽造していた。この整備士が担当した航空機は、そのまま運航していた模様である。国土交通省は同社に対し、業務改善勧告などの行政指導を実施した上、再発防止策の報告を求めている。
2014年11月にA380の違約金や燃料費の高騰などによる経営の悪化を改善するため、A330運航の羽田発着の幹線を中心に日本航空(JAL)へ業務提携を要請していることを明らかにした。しかし、JALは会社更生に伴って2016年度まで路線計画や投資計画が国土交通省航空局の監視下にあり(8.10ペーパー)、国交相が許可するか不透明なうえ、スカイマークが大幅な赤字を抱えていること、またスカイマーク側が独立経営を望んでいることから、JALによる直接出資は行われず共同運航(コードシェア)程度の提携に留まるものとみられていた。その後、国土交通省はスカイマークがJALのみに業務提携を要請したことに対して「公的資金で再生したJALだけに路線を拡大させるわけにはいかない」として難色を示し、5年間に限って3社(スカイマーク、JAL、全日本空輸)で共同運航させる意向を示した。スカイマークはJALのみとのコードシェアを、ANAはJAL抜きでのコードシェアを望んでいたが、結果的にスカイマーク側は国交省の意向を受け入れ、2015年夏ダイヤを目途に羽田空港発着のスカイマーク便においてJAL、ANAと3社で共同運航を実施する方向で協議することが決定した。