クルアーン
このように非イスラム教徒やリベラル・ムスリムが行ってきた議論はクルアーンを合理的に解釈して説明したが、しかしこれはクルアーンを神に直接に由来する奇蹟だとする教条的・保守的イスラムの信仰との対立を生んでいる。また、売り上げ的には世界のベストセラーのひとつであるが作者が誰かという問題がある。歴史的にみればムハンマドであるが、イスラム教徒の間では現在でもアッラーフであるという意見が主流である。
クルアーンの編纂(書物としての成立)についての研究が対立を生む場合がある。1993年、カイロ大学アラビア語科助教授ナスル・アブゼイド(en:Nasr Abu Zayd)が発表した「口頭で伝承されたクルアーンのうち、何を含めるか、どの口語で書くべきなのかが正統カリフ時代に激しい論議を生んだ」という研究が「無神論的」であると批判された。その内容が問題視され、原理主義的な教授陣の反対によりナセルは教授就任を拒否された。ムスリム同胞団員の弁護士は彼をカーフィル(背教者)とし、よってムスリム女性と婚姻を続けることはできず、夫人と離婚しなければならないと訴え出た。1994年、裁判所は訴えた弁護士が婚姻関係については第三者であるという理由で一度は退けたものの、第二審で逆転。イスラム教徒なら誰にでも宗教を擁護し、訴え出る権利があるとした。ナセルは背教者であり離婚すべきとの判決が下された。その後、過激派の指導者がナセルへの制裁を認める発言をするなど危険な状況となり、彼はイブテハル・ユーニス夫人とともにオランダに亡命することになった。