アチェ州
その後もアチェ軍のゲリラ的抵抗は果てしなく続き、オランダは1880年アチェ戦争終結を宣言して、占領地域の防衛に専念した。1883年イギリス船がアチェ軍支配地域に漂着したため、戦争が再開され、1904年になってようやく完全平定された。この戦争によるアチェ側の被害は戦死5万から10万、負傷100万以上と推定されている。オランダ側も総計1万以上の死者を出した。
1942年オランダ領東インド全域を占領した日本軍をアチェ側は当初解放軍として歓迎し日本軍も独立運動に着手した、のちの独立運動時に元日本軍がこの地でオランダ軍と戦闘になり死亡している。1949年インドネシアがオランダから独立すると、スカルノ大統領の政府はアチェを北スマトラ州に併合、アチェ人はこれを外国の占領とみなし抵抗した。このため、インドネシア共和国政府は1959年アチェを特別州とし、高度な自治を認めたが、抵抗運動はなお続いた。
とりわけアチェ自治州が埋蔵する石油や天然ガスはインドネシア共和国政府と契約した外国企業によって採掘が行われているため、これらの資源収入がインドネシア政府に吸い上げられ、アチェ側は地元に利益が還元されないことへの不満が強く、宗教的にもジャカルタ政府の世俗主義的政策は保守的なムスリムであるアチェ人の反発を引き起こした。このためアチェの分離独立を要求する自由アチェ運動が高潮した。旧スハルト政権時代の1976年12月4日、自由アチェ運動 (GAM: Gerakan Aceh Merdeka) がピディ県(英語版)の山中でアチェ・スマトラ国の独立を宣言し、1979年にはスウェーデンに亡命政府を樹立している。