大垣車両区
以下の計314両が配置されている。
0番台4両編成15本(Y1 - Y15編成)
300番台2両編成16本(Y31 - Y46編成)
1100番台4両編成10本(J1 - J10編成)
1100番台4両編成2本(J11 - J12編成)
1500番台3両編成3本(J151 - J153編成)
1600番台3両編成4本(J161 - J164編成)
1700番台3両編成3本(J171 - J173編成)
3000番台2両編成16本(R101 - R116編成)
5000番台6両編成17本(Y101 - Y117編成)
5300番台2両編成5本(Z1 - Z5編成)
313系は番台によって車内構造や仕様が異なるため、編成番号が細かく別けられている。
1700番台2本及び3000番台以外は東海道本線(静岡駅 - 米原駅間)と武豊線で普通・快速列車として使用されている。
1500番台3本、1600番台4本、1700番台1本は東海道本線(掛川駅 - 米原駅間)で常に2編成連結の6両編成で使用されている。
1700番台は3本のうち2本は飯田線と中央本線(辰野駅 - 上諏訪駅間、岡谷駅 - 塩尻駅間)、篠ノ井線(塩尻駅 - 松本駅間)で、残りの1本は1500番台または1600番台と連結して6両編成で東海道本線(掛川駅 - 米原駅間)で使用されている。
3000番台は2011年10月に119系の置き換え用として神領車両区から転入した車両で、2015年3月のダイヤ改正現在、13本が飯田線(豊橋駅 - 辰野駅間)・中央本線(辰野駅 - 茅野駅間)と東海道本線大垣駅 - 美濃赤坂駅間のワンマン列車を中心に使用されている。