元 (王朝)
民間の掌握にあたっても、元では、個々の民と皇帝との個人的主従関係が重視された。元は戸籍を作成するにあたり、各戸を「軍戸」「站戸」「匠戸」「儒戸」「民戸」などの数十種ある職業別の戸籍に分け、職業戸は戸ごとに世襲させた。儒戸は上ですでに触れたが、軍戸や站戸は、軍役や駅站に対する責任を負う代わりに免税などの特権を享受し、一般の民戸に比べると広大な土地を領有する特権階級となった。軍戸や站戸はかつての漢人世侯の配下の兵士たちが軍閥解体後に編成されたものが主で、モンゴルに対する旧功により特権を与えられたのだと理解される。地域的にも、モンゴルに帰順したのが早い華北に偏っていたといわれている。
こうした政治制度がとられた結果、モンゴルは必然として、モンゴルに帰順した順序によって、支配下の民族の扱いに厳格な格差が存在した。これが有名な、モンゴル人・色目人・漢人・南家の四等身分制度である。四等身分制度が実施されたため、漢人南家の高級官吏は万人無二と称される様に非常な小数に抑えられていた。但しこの身分制度で支配の頂点に立っていたモンゴル人でも没落して奴隷になる者もいた。クビライも皇帝即位以前からウイグル人・契丹人・漢人・女真人などからなる多種族混成のブレイン・実務集団を抱えている。
モンゴル・元代には有名なマルコ・ポーロ、イブン=バットゥータのように、西方からの旅行者が数多く中国にやってきたことで知られるが、それだけ交易など様々な理由で元の領土に留まった無名の人々も非常に多く、彼らにより幾つかの西方の情報と技術が持ち込まれた。
例えば、モンケの時代にモンゴル宮廷に招聘されたイラン出身のジャマールッディーンにより暦法が持ち込まれた。1271年に回回司天台と呼ばれる天文台が作られた際の天体観測機器には国内の技術と観測形態が使用されている。クビライの側近であった中国人学者郭守敬は、回回司天台の観測結果をもとに新しい暦である授時暦を作り1年を365.243日と定め、この暦は明の滅亡まで使用された。大元朝と友好関係にあったイルハン朝のフレグによって創設されナスィールッディーン・トゥースィーらによって運営されたマラーゲの天文台と天体観測データーの交換が活発に行われた。
しかし、最終的にはアリクブケの劣勢と混迷をみてチャガタイ家などの西部諸王がアリクブケから離反し、1264年、アリクブケはクビライに降伏した。この一連の争乱を、勝利者クビライを正統とする立場から、「アリクブケの乱」という。
アリクブケの降伏によりモンゴル皇帝の位は再び統合されたが、西の中央アジア方面では、アリクブケの乱がもたらした混乱が皇帝の権威に決定的な打撃を与えていた。1265年、クビライは西方の諸王家の当主たちに呼び掛けて統一クリルタイを開催を計画したが、ほどなく西方遠征軍の司令でイルハン朝の始祖となった次弟フレグ、ジョチ・ウルス当主ベルケ、クビライを支持していたチャガタイ家の当主アルグが次々と死去し、この統一クリルタイによって自身の全モンゴル帝国規模の正式なモンゴル皇帝位の承認を目論んでいたクビライの計画は、大きく頓挫した。
1266年、クビライはアルグの死による欠を補いチャガタイ家と中央アジアの動向を掌握するため、チャガタイ家の傍流バラクをチャガタイ家の本領であるイリ方面へ派遣した。しかし、バラクはクビライから共同統治を指示されていたにもかかわらず、クビライの命と称してチャガタイ家新当主ムバーラク・シャーから権力を奪い取り、自ら新当主を宣言してクビライに叛乱を起こした。バラクはカイドゥの領土を侵犯しマー・ワラー・アンナフルへ侵攻する構えを見せ、カイドゥはこれに対抗するためジョチ・ウルスへ救援を求めた。