天山ウイグル王国
「五番目の世嗣」として格別の厚遇を受けたウイグル王家はモンゴル帝国治下で繁栄を続けたが、1260年代に始まるオゴデイ家のカイドゥがカアンたるクビライに叛旗を翻したことで状勢は急変した。チャガタイ家を併合し、中央アジアで急速に勢力を拡大したカイドゥの勢力(「カイドゥの国」、カイドゥ・ウルスとも呼ばれる)はクビライの支配する大元ウルスと対立し、ウイグリスタンは両勢力の抗争の最前線となってしまった。1275年にはカイドゥに臣従したチャガタイ家のドゥアが天山ウイグル王国の首都カラ・ホジョを包囲し、時の君主コチカル・テギンは自らの娘を差し出すことで滅亡を免れた(カラ・ホジョの戦い)。しかし、これ以後もカイドゥ・ウルスの攻撃は続き、ウイグル王家はカラ・ホジョからクムル(哈密)、クムルから永昌へと東方に移住せざるを得なくなった。永昌に移住したウイグル王家はこの地に定住し、以後ウイグル王家は一時的にウイグリスタンに帰還することはあったものの、基本的には永昌地方の王家として歴史を終えた。一方、ウイグル王家に代わってウイグリスタンを支配したのがドゥアを初めとするチャガタイ王家で、ドゥア家は14世紀初頭にカイドゥ・ウルスを乗っ取り、遅くとも1320年代のケベクの治世にウイグリスタン支配を確立した。チャガタイ家によるウイグリスタン支配は、15世紀以後にもモグーリスタン・ハン国に受け継がれた。