大学予科
國學院大學予科 - 文科(1946年度から3年制に移行) 戦後、代替校として國學院高等学校が設立
上智大学予科 - 文科(1942年度から3年制に移行)
東京農業大学予科 - 理科(1946年度から3年制に移行) 戦後、代替校として東京農業大学第一高等学校が設立
関西学院大学予科 - 文科(1946年度から3年制に移行)
東亜同文書院大学予科 - 文科(1945年廃止)
高野山大学予科 - 文科(1946年度から3年制に移行)
大阪理工科大学予科 - 理科(1946年度から3年制に移行、現:近畿大学)
3年制・2年制両設
関西大学予科 - 文科 第一大学予科(3年制)・第二大学予科(2年制、1933年設置)
専修大学予科 - 文科 第一部(3年制)・第二部(2年制)
拓殖大学予科 - 文科 第一部(2年制)・第二部(3年制) → 紅陵大学予科 1940年、北多摩郡小平村に移転 1944-45年は学生募集停止(1946年再開) 戦後、代替校として紅陵高等学校(現:拓殖大学第一高等学校)が設立
大谷大学予科 - 文科
慶應義塾大学予科 - 文科・理科 1934年、神奈川県橘樹郡日吉村(現在の横浜市港北区日吉)に移転
興亜工業大学予科 - 理科(現:千葉工業大学)
駒澤大学予科 - 文科 戦後、代替校として駒澤大学高等学校が設立
大正大学予科 - 文科
東京慈恵会医科大学予科 - 理科(1921年度 - 1928年度は2年制) 戦後、代替校として慈恵高等学校が設立されるが、設置者の方針転換によって1954年に廃止された。
東洋大学予科 - 文科
日本医科大学予科 - 理科(1926年度 - 1933年度は2年制) 1932年、川崎市小杉に移転
藤原工業大学予科 - 理科(1944年廃合、現:慶應義塾大学理工学部)
満洲医科大学予科 - 理科(現:中国医科大学)
龍谷大学予科 - 文科
立教大学予科 - 文科
立正大学予科 - 文科
愛知大学予科 - 文科
霞ヶ浦農科大学予科 - 理科(1949年茨城県に移管され茨城県立農科大学に改組、現:茨城大学農学部)
玉川大学予科 - 文科・理科
東海大学予科 - 文科・理科