フランス領イオニア諸島
1798年9月24日、連合艦隊はキチラ島の占領に成功、1799年3月にはイオニア諸島のケルキラ島の占領に成功した。
ロシア艦隊のウシャコフ提督はキチラ島占領の際に島の住民らにフランス軍を追い出した後は住民らの希望に沿った自治政府を設立することを約束しており、さらにはコンスタンティノープル総主教グレゴリオ5世が1798年に発表した教書においてフランスを激しく非難、ロシア・オスマン帝国のみが本当の自由を与えることを述べており、イオニア諸島の過去の特権復活を約束していた。そのため、フランス軍の司令部が置かれたケルキラ島を除いたイオニア諸島の人々らはフランス軍の排除に協力的であった。
加えて、対岸の実力者アリー・パシャはスルタンへの忠誠を行なって、ロシア、オスマン帝国に協力を申し出たため、1799年3月3日、ケルキラ島は陥落した。そのため、イオニア諸島はロシア、オスマン帝国による共同管理下に置かれ、フランス領イオニア諸島は終焉を迎えた。
フランス軍はイオニア諸島を占領すると各島に住む正教徒、カトリック教徒、ユダヤ教徒の代表者を集めて臨時自治政府を設立させたが、これにはブルジョアジーだけではなく、農民、手工業者らの参加も認められた。
そのため、1797年7月、ケルキラ島ではフランス軍歓迎の祭りが開かれ、町の広場には「自由の樹」が植えられ人々はその樹の周りを踊りながら「ラ・マルセイエーズ」を謳った。しかし、島内の反ユダヤ主義者らは深夜に「自由の樹」を切り倒すとフランス軍に対してユダヤ教徒代表を加えた事を抗議した。
これに対してフランス軍は事態収拾のためにこれらの騒動の首謀者を逮捕しようとしたが、ケルキラ島の守護聖人「スピリドン」教会の宝をフランス軍が略奪しようとしているという噂が流れたため、民衆らが蜂起する事態に至った。このため、ケルキラ島の島民らは占領初期よりフランス支配にたいして不信を抱いており、時には敵意を隠さなかった。一方で「愛国社会教育協会」が設立されて啓蒙主義理念の伝播を行なうなど、フランスびいきの教養人らが居り、ナランティス兄弟、ロベルドス伯、ブルガリス、ブルバキス一族などが親仏派と目されていた。