新薬師寺
前述のとおり、新薬師寺には香山薬師寺または香薬寺という別名があったことが知られるが、『正倉院文書』にはこれとは別にやはり光明皇后創建を伝える「香山寺」という寺の名が散見され、この香山寺と新薬師寺との関係についてはさまざまな説がある。
正倉院には、東大寺の寺地の範囲を示した「東大寺山堺四至図」(とうだいじさんかいしいしず)という絵図があるが、この絵図を見ると、現・新薬師寺の位置に「新薬師寺堂」、東方の春日山中に「香山堂」の存在が明記され、絵図が作成された天平勝宝8年(756年)の時点でこの両建物が並存していたことが明らかである。福山敏男は、新薬師寺と香山薬師寺は同じ寺院の別称だとしたうえで、「山堺四至図」にみえる「香山堂」を「香山寺」と認め、香山寺は『続紀』にみえる天平17年(745年)9月の薬師悔過実施と七仏薬師造立の勅命に基づいて創建されたものとした。毛利久は、香山寺と新薬師寺は後に合併して、春日山中の香山寺は奥の院的存在になったとみなし、香山寺と香山薬師寺は同じ寺院の別称とした。