今市4人殺傷事件
死刑確定後、藤波は死刑囚(死刑確定者)として東京拘置所に収監されていたが、2006年(平成18年)12月25日に同所で死刑を執行された(75歳没)。この日には藤波以外にも、1975年(昭和50年)8月に千葉県市川市で知人の会社社長(当時47歳)を撲殺した秋山芳光(東京拘置所在監:77歳没)や、広島タクシー運転手連続殺人事件(1996年発生)の犯人H・H(広島拘置所在監:44歳没)ら、3人の死刑が執行されており、4人同時の死刑執行は、1997年(平成9年)8月以来のことだった。なお、藤波と秋山の死刑執行時の年齢は、いずれもそれ以前の被死刑執行者で戦後最高齢とされていた古谷惣吉(没年齢:71歳3か月)を上回るものでもあった。
この日、東京拘置所の教誨師である黒木安信は、8時30分までに拘置所へ行くように言われ赴いている。9時20分、藤波は車椅子で、笑顔を浮べながら礼拝所へ入ってきたという。藤波は「先生、わたしは大丈夫ですから......」「わたしはイエスのもとに還るのですから」と言い、却って黒木を気遣う様子だった。黒木が聖書を読み、ともに祈った。この間、15分間だった。
その後、手錠を掛けられ目隠しをされた藤波は「わたしは取り返しのつかないことをしてしまいました。
被害者にお詫びします。キリストに出会えて本当によかったと思います」と言い、更に黒木のほうを向いて、「イエスさまにお会いしたら先生がいつまでも牧師の務めを果たせるようにお伝えします」と言った。そして車椅子から降ろされ、看守に両脇を支えられて処刑された。
黒木は看守たちに「国家がこのような処刑をする、これは国家の罪である。法がある限り誰かが負わねばならないことである。それをあなたがたが負われたのです。あなたがたにたたりはありません」と述べ、一方で検察官5人、矯正局長、拘置所長に向って、「一二月二五日に処刑するとは、あなたたちはキリスト教を馬鹿にしているとしか思えない」「七五歳になった老人を何故このような仕方で殺さなければならないのですか。病で自然に死んでいいのではないですか。法務省の者たちは人間を見ていないのです」と抗議したという。
藤波は処刑台でプロテスタント牧師の向井武子の名を挙げ、「向井さんによろしくお伝えください」とも黒木に述べていた。黒木はこの日の晩に向井へ電話を掛け、「わたしが死んだら藤波芳夫さんの処刑について公表してください」と告げていた。そのため処刑の模様については、黒木が2015年(平成27年)に亡くなって後、初めて向井により公表された。