陣屋
水原代官所(新潟県阿賀野市) - 天領の代官陣屋。平面図を元に復元された。
佐渡奉行所(新潟県佐渡市) - 慶長8年(1603年)、徳川幕府の天領であった佐渡島を管理するため、相川に建てられた奉行所。相川陣屋とも呼ばれた。
飯島陣屋(長野県飯島町) - 天領の代官陣屋。古文書や発掘調査を元に本陣が復元された。歴史民俗資料館となっている。
山田奉行所( 三重県伊勢市御薗町) - 伊勢神宮の守護・造営修理と祭礼、遷宮、門前町の支配、伊勢・志摩における訴訟、鳥羽港の警備・船舶点検などを担当した江戸幕府の奉行所。
三日月陣屋(兵庫県佐用町) - 播磨国佐用郡 藩庁の長屋門と橋が復元された。付属する物見櫓は現存建物。
甑島居地頭仮屋(鹿児島県薩摩川内市下甑島) - 文禄年中(1595年)島津氏が代官所を置いた。慶長16年(1611年)薩摩藩は居地頭仮屋を置き、本田伊賀守を甑島居地頭に任じ、爾来23代にわたって統治した。
屋久島奉行所(鹿児島県屋久島町) - 薩摩藩が屋久島支配のために、はじめ代官所、元禄期以降は屋久島奉行所とも言った)を当地に置いた。在番奉行が詰め、船の通行に必要な書類の発行、島の民政全般を司った。
大島代官所(鹿児島県奄美市) - 慶長18年(1613年)薩摩藩が設置した代官所。
喜界島代官所(鹿児島県喜界町) - 元禄6年(1693年)薩摩藩が設置した代官所。
徳之島代官所(鹿児島県徳之島町) - 元和2年(1616年)薩摩藩が設置した代官所。
沖永良部代官所(鹿児島県知名町) - 元禄3年(1690年)薩摩藩が設置した代官所。