ソユーズロケット
一方で、ソユーズ2の開発も進められた。エンジンのRD-107・108の107A・108Aへの新型化を通じてソユーズFGが生産されたが、これはアナログ制御装置であった。その後デジタル制御装置を装備したソユーズ2が生産された。しかし、初期型のソユーズ2.1aは3段目エンジンに古いRD-0110を利用していた。ソユーズ2.1aは2004年11月4日にプレセツクで弾道飛行実験が開始され、2006年10月23日にバイコヌールで軌道飛行実験が行われた。更新型のソユーズ2.1bでは3段目も新型のRD-0124に変えられており、2006年12月27日にバイコヌール宇宙基地からCOROTを乗せて初飛行を行った。ただしソユーズ2の運用開始後も、当初は有人打ち上げにはソユーズFGが、プログレスの打ち上げではソユーズUが使われ、ソユーズ2は商用にのみ利用されていた。ソユーズ2への移行は、2010年代後半に完了した。またその後にソユーズ2.1vという、2段目エンジンをNK-33に変え、3段目にRD-0124を利用する小型バージョンも開発された。
2005年1月19日、欧州宇宙機関とロシア宇宙庁はギアナ宇宙センターからのソユーズSTロケットの打ち上げに合意した。赤道に近いため、ソユーズは3段目に依存して2.7トン-4.9トンの貨物を太陽同期軌道に運べるようになった。
2018年10月17日、ロシア連邦宇宙局は打上げに失敗したソユーズロケットについて、有人打ち上げミッションに復帰する前に3回の無人打上げを予定していると発表。有人用ソユーズでの宇宙飛行士の打上げは、無人用ソユーズを用いた3回の無人ミッションが成功し、調査が十分に行われない限り実施されない。2018年10月11日のソユーズの打上げでは、ブースターの分離に失敗していることが確認されており、それを含めた原因調査が行われる。
2018年10月25日、ロシア連邦宇宙局は無人用ソユーズを用いた1回目の無人打ち上げミッションに成功したと発表。有人用ソユーズでの宇宙飛行士の打上げは、無人用ソユーズを用いた3回の無人ミッションが成功し、調査が十分に行われない限り実施されない。2018年10月11日のソユーズの打上げでは、ブースターの分離に失敗していることが確認されており、それを含めた原因調査が行われる。
2018年10月31日、ロシア連邦宇宙局は同年10月11日の有人用ソユーズの打ち上げ失敗の事故原因を調査、「1段目のロケットブースターを切り離す際にセンサーが誤作動を起こし、2段目のロケットに衝突した」とする調査結果を発表。同年12月3日からの国際宇宙ステーションへの有人宇宙飛行の再開を明言した。
2018年12月3日、同年10月11日の事故後初となる有人での打ち上げに成功。国際宇宙ステーションへの有人宇宙飛行が再開された。