イデユコゴメ綱
特異な生育環境や光合成色素組成、単純な細胞構造のため、その分類学的位置については藍藻、緑藻、クリプト藻、灰色藻、紅藻などさまざまなグループに分類する意見があった。進化的位置についても、藍藻から真核藻類への進化過程にある生物とする考えや、藍藻を細胞内共生させた生物とする考えなどがあった。その後、紅藻(紅色植物)との類縁性が多く指摘されるようになり、分子系統解析からも、この藻群が紅藻に属することが支持されるようになった。
その特異性から、比較的古くから独立の綱とすることが提唱されていた。おそらく現生紅藻の中で最も初期に分かれたグループであり、イデユコゴメ門 (Cyanidiophyta)またはイデユコゴメ亜門 (Cyanidophytina)として、他の紅藻と分けられている(2019年現在、後者が一般的)。
2020年現在、9種ほどが知られ、ふつう1目2科(または3科)4属に分類される(下表1, 2, 図4)。ただし綱内の分類については、過渡的な状況にある。環境DNAの調査から、この藻群の中には未だ明らかではない大きな多様性が存在することが示されている。
イデユコゴメ藻綱に属する4属の比較(下表1)、および2020年現在の一般的な種までの分類体系(下表2)を下に示す。