野球日本代表
これに対しNPB側は「商標類似」などルール上の問題はないとし、「SAMURAI JAPAN(サムライ・ジャパン)」の取り下げをしなかったことで、日本ホッケー協会理事からは「オレたちの方が早かったのだから金を取れ」という意見も出た。これについて、当時NPBの加藤良三コミッショナーは「双方の代表が親しまれ、さらに活躍できるように協力、応援をお願いしたい」と配慮するコメントを残したが、WBCで日本代表の活躍を見た永井は「“侍ジャパン”の名前がこうして表に出ていることに関しては、複雑な思いもありますね」とも語った。
2012年の代表常設化後はチームの呼称として、「侍ジャパン」が正式に使われることとなった。「侍ジャパン」という愛称は、トップチームを含む全世代の事を指しているので、社会人代表や大学代表が出場する場合も「侍ジャパン」と称している。そのため、「トップチーム=侍ジャパン」ではない。