こちら葛飾区亀有公園前派出所 THE MOVIE2 UFO襲来! トルネード大作戦!!
ここ最近、亀有ではUFOの目撃情報が相次いでいた。両津勘吉は早速本田速人を巻き込み、UFO騒ぎに便乗して一儲けしようと企む。河川敷の草を踏み分けてニセのミステリーサークルを作り、人を集めてUFOグッズを売りさばくが、例によって大原部長の大目玉を喰らい失敗に終わるのだった。
数日後、公園前派出所のメンバーは慰安旅行の計画を立てていた。行き先がハワイであると知り、両津は小学校時代の親友でハワイへと転校した「田中竜平」との思い出を懐かしむ。当時ラジコンUFOに精通していた竜平を丸め込み再び金儲けを画策する両津だったが、先日の騒ぎもあって1人留守番を命じられてしまう。
出国当日、両津は荷物に紛れ込むことでこっそり飛行機に同乗する。機内ではCA、到着後はツアーガイドにに成りすまし、竜平に会いにいくための軍資金を大原と寺井から巻き上げようとするが、あまりの強引さから詐欺師を疑われホノルル警察に追い回される。捕まるかと思われたが、寸前で少女の操縦する小型セスナ機にしがみつき脱出に成功する。
両津を助けたのは卓越した操縦技術を持つ15歳の少女ミーナだった。彼女の協力で両津は竜平の住む町でありミーナの故郷・ヒロに到着する。しかし竜平は10年以上前に既に亡くなっていること、ミーナは彼の一人娘であることを聞かされるのだった。