翔鶴 (空母)
また後述の攻撃で大破した翔鶴に艦戦1・艦爆1が強行着艦している。瑞鶴艦攻1機が不時着して白露に救助、瑞鶴艦爆1機が神川丸に救助、古鷹が翔鶴艦戦3(直衛機)と艦爆2・瑞鶴艦爆1、勝泳丸が翔鶴艦爆1を救助した。翔鶴搭乗員戦死者は攻撃隊隊長の高橋赫一少佐を含む36名であった。
しかし、第17任務部隊も撃破される前に攻撃隊計82機(75機とも)を発進させていた。アメリカ軍攻撃隊はスコールに隠れた瑞鶴を見逃し、翔鶴に殺到した。MO機動部隊の陣形は混乱しており、相互掩護できる状態ではなかった。ヨークタウン攻撃隊(艦戦6、艦爆24、艦攻9)は翔鶴に対し爆弾6発、魚雷命中3本を報告。レキシントンの攻撃隊(艦戦9、艦爆22、艦攻12)は爆弾3発、魚雷命中5本、翔鶴撃沈確実を報告した。アメリカ軍側は多数の魚雷命中を報告しており、命中していたが不発だった可能性もある。 だが爆弾は大きな損害を与えた。午前9時40分以降、計3発の爆弾が命中、至近弾8発を記録。最初の1発は艦首前甲板左舷に命中して両舷主錨を吹き飛ばし前部エレベーターは陥没して停止、飛行甲板前部も損傷したため、さらに前甲板右舷下方の航空用ガソリン庫に引火し大火災が発生した。2発目は飛行甲板右舷後部(後部短艇甲板附近)に命中し、短艇が火災を起こした。3発目は艦橋後方の機銃台・信号マスト付近に命中、艦橋勤務兵や付近の機銃要員に多数の死傷者が出た。最終的に戦死者109名、重軽傷者114名に及んだ。瑞鶴からは水平線上にマストだけ見えていた翔鶴から火柱があがり、黒煙に包まれる光景が目撃された。瑞鶴の見張員が「翔鶴沈没」と錯覚するほどの様子だったという。
第五航空戦隊(翔鶴、瑞鶴、秋雲)は機動部隊に所属して真珠湾攻撃に参加した。 艦上攻撃機隊48機が宇佐基地、艦上爆撃機隊54機が大分基地、艦上戦闘機隊36機は佐世保海軍航空隊の大村飛行場を基地として、離着艦訓練や錦江湾、志布志湾、佐伯湾での訓練を行い、11月16日佐世保基地にいた加賀以外の第一航空艦隊空母5隻は佐伯湾にて艦載機部隊を各陸上基地から離陸させて着艦収容した。
その時の佐伯湾にはハワイ作戦に参加するほとんどの24隻の艦船が集まっており、翌17日午後に山本五十六連合艦隊司令長官の視察を受けた。各艦船は機動部隊としての行動をごまかすため、11月18日時間をずらしてバラバラに佐伯湾を離れ、第五航空戦隊は豊後水道を他艦とは逆に北上して別府湾で停止した。 そして日付が19日になった午前0時に再び動き出して艦隊が最終集結する千島列島の択捉島単冠湾を目指し、艦隊集結予定日通り11月22日に単冠湾へ入った。各艦打ち合わせと兵器整備の後、11月26日機動部隊は単冠湾を出港し艦列を連ね、一路ハワイ真珠湾へと向かった。
第一次攻撃隊 99艦爆26機=指揮官:飛行隊長高橋赫一少佐、零戦5機=指揮官:分隊長兼子正大尉 第二次攻撃隊 97艦攻27機=指揮官:分隊長市原辰雄大尉
艦爆1機が未帰還となり、搭乗員2名が戦死した。帰路ではミッドウェー島砲撃にともなうミッドウェー島空襲や、ウェーク島の戦いに伴うウェーク島空襲に参加する予定もあったが、前者は中止され、後者は第二航空戦隊が担当することになった。 父島南西海面で第二補給部隊、駆逐艦8隻と合流した。補給を実施したのち、12月24日になって呉軍港へ帰投する。
真珠湾攻撃作戦から帰投すると、12月31日付で翔鶴・瑞鶴搭載の常用機定数は艦上戦闘機、艦上爆撃機、艦上攻撃機各18機に削減されて二航戦と同じとなり、投射重量は3分の2となった。
1942年(昭和17年)1月5日、日本を出撃して1月14日トラック泊地に到着する。南洋部隊指揮官(第四艦隊司令長官井上成美海軍中将)の指揮下に入り、ラバウル攻略作戦に従事する。1月17日、トラック泊地を出発、20日には空母4隻(赤城、加賀、瑞鶴、翔鶴)でラバウル空襲を敢行する。ラバウル空襲後、五航戦は主隊と分離してパプアニューギニアへ向かう。21日、特別空襲隊(瑞鶴、翔鶴、筑摩、不知火、陽炎、霞、霰)として東部ニューギニアの拠点(ラエ、サラモア、マダン)を空襲するなど、南方方面で活動した。また翔鶴の零戦が遭遇した連合軍飛行艇を撃墜、飛行艇生存者を第六戦隊の重巡青葉が収容している。 一連のラバウル攻略作戦支援を終えると、今度は基地航空部隊の同地進出を支援する。
続いて第二次攻撃隊の発進が開始されたが、瑞鶴艦攻発進が遅れたため、翔鶴艦爆隊(関衛少佐、艦爆19・零戦5)は瑞鶴隊を待たずにアメリカ軍機動部隊へ向かった。旗艦(翔鶴)が南下する一方、瑞鶴は航空隊発進のため風上へ向かい、20kmも離れる。孤立した翔鶴は珊瑚海海戦に続いてアメリカ軍機の集中攻撃を受けることになった。爆弾4発(飛行甲板後部左舷3発、右舷後部に1発)が命中、高角砲弾の一部誘爆はあったが致命傷にはならず、機関は健在だった。特に煙突冷却用ポンプは効果を発揮し、事前に被弾火災想定訓練をおこなっていた事が被害を最小限にしたといえる。また艦橋防空指揮所の有馬(翔鶴艦長)が右舷前方から接近するドーントレスの一群に対し「取舵」を下令したところ、塚本(翔鶴航海長)は珊瑚海海戦の経験から独断で面舵へ転舵(アメリカ軍艦爆隊と反航態勢)。爆弾4発命中にとどめた。塚本航海長は「艦長の命令だからといって、ミスミス悪いことと知りながら盲従していたら、おそらく全弾命中して『翔鶴』の運命は終わりであったろうと思う」と、南雲長官や草鹿参謀長の面前でも命令違反を犯したと回想している。有馬も取舵転舵を下令した事は失敗だったと認め、塚本を叱責する事態にはならなかった。