村山等安の台湾出兵
日本側による台湾領有の試みは、村山等安の後に長崎代官となった末次平蔵にも引き継がれる。1620年代になると台湾に勢力範囲を広げつつあったオランダと日本側の間にトラブルが起きるようになった。
1625年、末次平蔵が派遣した朱印船2隻がオランダ側より10パーセントの関税の支払いを命じられた。しかし日本側は将軍の朱印状を得ている商人であり、そもそも台湾を領有していると主張して支払いを拒んだ。オランダ側は貨物の生糸を没収し、平蔵はこの事件を幕府に訴え出た。末次平蔵は台湾に対する権益を主張し、1627年(寛永4年)に台湾の新港の住民数名を日本に連行し、11月には徳川家光に謁見を求めた上で台湾全土を将軍に献上しようと試みた。しかし幕府側は平蔵の台湾献上要請に応じなかった。
1628年(寛永5年)末次平蔵は台湾に2隻の船を派遣し、前年、家光に謁見させようと試みた台湾住民を送還したが、2隻の船には武器や火薬が積載されていた。オランダ側は態度を硬化させ、台湾に帰還した住民たちを逮捕して将軍からの下賜品を没収し、積荷の武器や火薬を押収して船長を抑留した。交渉の結果、妥協が成立するものの今度は日本に来航したオランダ船やオランダ商館を舞台にトラブルが続いた。これらのトラブルをタイオワン事件と呼ぶ。