日本医療団
終戦後、厚生省医務局長東龍太郎は戦時中に設立された営団・公団の解散命令を見て(帝都高速度交通営団を除けば民需に転換し得るものも例外なく解散された)、日本医療団もいずれ解散命令が下ることを予想。GHQと接触して自発的解散を決断。職員のなぜ解散するのかという質問には「天の声である」と返答した。
1947年、医師会、歯科医師会及び日本医療団の解散等に関する法律(昭和22年法律第128号)により、11月1日をもって解散が決定した。残務整理は多数の訴訟を抱えていたことから時間がかかり、清算結了の登記は1977年12月であった。
結核療養所の国有化については五大都市の市長が1947年5月20日に抗議を申し入れ、1954年には東京都も加わって返還運動を行なったが、返還されることはなかった。
清算においては想定外である多額の剰余金が発生したが、前記法律によれば剰余金は国庫に全額納めなければならなかったため、1953年に法律を改正し、剰余金を公的医療機関の整備のために使用できるようにした。