東日本旅客鉄道
JR東日本が管轄している。
桐生駅 わたらせ渓谷鐵道と共用。JR東日本が管轄している。
寄居駅 秩父鉄道・東武鉄道と共用。秩父鉄道が管轄している。
大原駅 いすみ鉄道と共用。JR東日本が管轄している。
五井駅 小湊鐵道と共用。ただし構内は中間改札で別れている。JR東日本が管轄している。
銚子駅 銚子電気鉄道と共用。JR東日本が管轄している。
北千住駅 東武鉄道・東京地下鉄と共用。改札口ごとに各社が管轄している。
高尾駅 京王電鉄と共用。ただし構内は中間改札で別れている。改札口ごとに各社が管轄している。
厚木駅 小田急電鉄と共用。ただし構内は中間改札で別れている。小田急電鉄が管轄。
鎌倉駅 江ノ島電鉄と共用。ただし構内は中間改札で別れている。改札口ごとに各社が管轄している。
八丁畷駅 京浜急行電鉄と共用。京浜急行電鉄が管轄。
十日町駅 北越急行と共用。ただし構内は中間改札で別れている。改札口ごとに各社が管轄している。
小諸駅 しなの鉄道と共用。しなの鉄道が管轄。
松本駅 アルピコ交通と共用。JR東日本が管轄。
埼玉新都市交通 - ニューシャトルを運営。約35%を出資。
東京臨海高速鉄道 - りんかい線を運営。
交通新聞社 - 旧・弘済出版社。
ジェフユナイテッド - JR東日本と古河電気工業が出資するJリーグチーム「ジェフユナイテッド市原・千葉」。
ケーブルテレビ品川
メディアさいたま
UQコミュニケーションズ
成田空港高速鉄道
仙台空港鉄道
日本旅行 - 2002年からはJR西日本の連結子会社。
JR東日本台湾事業開発(中国語: 台灣捷爾東事業開發股份有限公司、英語: JRE Business Development Taiwan, Inc.) - 駅弁を含む飲食業や駅、ホテル業、ビルなどの不動産業を運営のため、台湾・台北市に2018年4月3日設立。2019年、現地で日本の旅行商品販売やインバウンド情報を発信する「JAPAN RAIL CAFE」を市内(台北南山広場内「微風南山アトレ」)に開設。2021年8月、JR東日本グループとしてホテルの海外初出店となる「ホテルメトロポリタン プレミア 台北」に台湾台北市で開業。
ウェスト・ミッドランズ・トレインズ - イギリスの列車運行会社。
羽沢横浜国大駅(相模鉄道) 綾瀬駅(東京地下鉄) 直江津駅(えちごトキめき鉄道) 豊野駅(しなの鉄道) 西若松駅(会津鉄道) 好摩駅(IGRいわて銀河鉄道) 八戸駅(青い森鉄道) 野辺地駅(青い森鉄道)
社歌は『明け行く空に』。1988年4月制定。歌詞は社内公募で選ばれたものに伊藤アキラが補作詞した。作曲は森田公一による。歌手はサーカス(非売品のカセットテープやCDが存在する)。
JR東日本管内全域に及ぶダイヤ改正は、JR発足後から1993年までは他のJR各社に合わせて毎年3月にダイヤ改正を行っていたが、1994年は全国的なダイヤ改正がこの年に限り12月に実施され、1993年と1995年から2005年は12月にダイヤ改正を独自に実施していた(1997年・2003年・2004年は10月に実施)。2006年以降は一部(特に北海道旅客鉄道〈JR北海道〉、四国旅客鉄道〈JR四国〉)を除くJR各社に合わせる形で毎年3月に実施している(ただし2011年は東日本大震災の影響で4月9日に延期した。また2010年12月4日や2012年9月29日など、3月以外にもダイヤ改正を行った年がある)。
初めて他社のICカード乗車券の相互利用が可能となる。 10月16日:東京近郊区間を拡大。 10月23日:新潟県中越地震により鉄道施設に甚大な被害が発生、上越新幹線が脱線。 11月27日:新潟近郊区間を新設。
2005年(平成17年) 1月24日:中期経営構想『ニューフロンティア2008 ― 新たな創造と発展』発表。 3月31日:磁気式イオカード販売終了。 12月25日:JR羽越本線脱線事故発生。
2006年(平成18年)2月10日:磁気式イオカードの自動改札機での取り扱い停止。
2007年(平成19年) 3月18日:春のダイヤ改正で、管内のすべての新幹線および在来線特急を禁煙にする(喫煙車両の全面廃止)。関東地方を中心とする非JR系交通事業者のICカード乗車券「PASMO」の発売開始に合わせ、SuicaとPASMOの相互利用も開始。 3月25日:JR東日本外国語版サイトをリニューアルし、海外向けインターネット指定席予約サービスサイト「JR-EAST Shinkansen-Reservation」を開設。かつてのworld eki-netの後継サービスで、新サービスではJR東日本エリアに限定されている。旧サービスで提供していた東海道・山陽新幹線は含まれない。また、同日に全国で初めて外国語(英語、中国語、韓国語)による列車運行情報を提供開始。
2008年(平成20年) 3月15日:東京近郊区間を拡大。 3月29日:Suicaと東海旅客鉄道(JR東海)のICカード乗車券「TOICA」との相互利用開始。 4月1日:『グループ経営ビジョン2020-挑む-』発表。
8月20日:東日本大震災で被災した気仙沼線の柳津駅 - 気仙沼駅間をBRTで仮復旧(2013年には大船渡線気仙沼駅 - 盛駅間もBRTで仮復旧)。これにより、1988年以来24年ぶりにバス事業を再開。「気仙沼線・大船渡線BRT」も参照。
2013年(平成25年)3月23日:交通系ICカード全国相互利用サービスが開始され、Suicaと「manaca」「PiTaPa」との間で相互利用が開始。
2014年(平成26年) 4月1日:岩泉線廃止。東京・新潟近郊区間を拡大、仙台近郊区間を新設。新津車両製作所の車両製造事業等を会社分割により総合車両製作所に譲渡し、同社の新津事業所とする。 10月1日:東京近郊区間を拡大。 10月28日:世界貿易機関(WTO)政府調達協定の対象から除外。
2015年(平成27年) 3月14日:北陸新幹線 長野駅 - 上越妙高駅 - 金沢駅間開業、JR東日本は長野駅 - 上越妙高駅間の営業主体となる。信越本線 長野駅 - 直江津駅間を経営分離し、長野駅 - 妙高高原駅間をしなの鉄道に、妙高高原駅 - 直江津駅間をえちごトキめき鉄道に移管。 同時に、上野東京ライン(東京駅 - 上野駅間)が開業。 5月30日:東日本大震災で被災した仙石線の全線復旧に合わせ、東北本線支線の松島駅 - 高城町駅間(仙石東北ライン)が開業。 8月-9月:東京都内のJR東日本の施設で連続放火事件が発生。
2016年(平成28年) 2月23日:JR東日本共通ポイントサービスである「JRE POINT」を開始。
2009年(平成21年) 2月13日:JR東日本所有の信濃川発電所での悪質な不正取水を受け、国土交通省北陸地方整備局が同発電所の水利権を取り消す行政処分を発表。 3月14日:Suicaと北海道旅客鉄道(JR北海道)のICカード乗車券「Kitaca」との相互利用開始。同日、東京近郊区間を拡大。
2010年(平成22年) 2月1日:クレジットカード事業を株式会社ビューカードに分割。 3月13日:Suicaと九州旅客鉄道(JR九州)のICカード乗車券「SUGOCA」、西日本鉄道(西鉄)のICカード乗車券「nimoca」、福岡市交通局(福岡地下鉄)のICカード乗車券「はやかけん」との相互利用を開始した。PASMO以外の非JR系交通事業者のICカード乗車券で初めて相互利用が開始。 4月1日:紀ノ国屋の全株式を取得し、完全子会社化。 12月4日:東北新幹線 八戸駅 - 新青森駅間開業。東北本線 八戸駅 - 青森駅間を経営分離し、青い森鉄道(運行)・青森県(保有)に移管。
2011年(平成23年) 3月11日:東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)により、東北方面の路線を中心に甚大な被害を受ける。これにより、東北新幹線などの運転停止や、計画停電に伴う首都圏の近距離路線の運行制限、旅行客減少などの影響により、過去最大の減収を記録。 4月29日:東北新幹線(東京駅 - 新青森駅間)全線で運転を再開(9月22日まで暫定ダイヤで運転)。
2012年(平成24年) 4月2日:東京急行電鉄の子会社東急車輛製造(後の横浜金沢プロパティーズ、2016年10月に東京急行電鉄に吸収合併され消滅)の鉄道車両事業を取得し、総合車両製作所とする。
上野駅は、2015年度の上野東京ライン開通の影響で(上野駅で乗降しない)通過客が増えることから利用者減が危惧されていたが、東海道線方面からのアクセスが容易になったこともあり、利用者は増加している。
大崎駅は2000年度は山手線単独駅であり、乗車人員も5万人台だったが、2002年12月の埼京線、湘南新宿ライン、りんかい線の開業後は徐々に利用者数が増え、2018年度には有楽町駅、立川駅の2駅を抜いて14位に躍り出た。
秋葉原駅は2000年度時点で17位であったが、つくばエクスプレスの開業もあり、2006年度に上野駅を抜いてベスト10に入った。さらに2007年度に高田馬場駅を追い抜き、その後も順調に利用者数を増加させている。その一方、上野駅は2005年度まではベスト10にランクインしていたが、2006年度に高田馬場駅に追い抜かされた。2007年度から北千住駅・川崎駅に次いで13位に落ちた。
東北地方の駅では、東日本大震災の影響で、仙台駅の乗車人員が1万人以上減少するなどの大幅な減少を記録したほか、一部の駅がデータ無しとなった。しかし、2012年度に入り大半の駅で増加を記録し、特に仙台駅は仙石線あおば通駅開業後では最も多い乗車人員となった。
2020年度はコロナ禍の影響により多くの駅で2割以上の減少率を記録し、前年と比べて半分以上少なくなった駅もあった。また、この影響で横浜駅は9年ぶりに東京駅を追い抜き3位に入った。
9月:弘済整備株式会社(現・株式会社JR東日本環境アクセス)の株式取得、子会社化。
2000年(平成12年)11月29日:中期経営構想『ニューフロンティア21』発表。
2001年(平成13年) 1月26日:山手線新大久保駅で転落死亡事故発生。 4月1日:東京支社の一部を分離。大宮支社発足。 6月22日:改正JR会社法が公布(成立は2001年6月15日)。本州3社が本法の適用から除外され、JR東日本の純粋民間会社(非特殊会社)化が実現。 11月18日:ICカード乗車券「Suica」のサービスを開始。 12月1日:湘南新宿ライン運行開始。
2002年(平成14年) 日立物流より、東京モノレールを買収して傘下に収め、モノレール事業も行なうこととなる(ただし運営は同社のままで運賃体系も従来のまま)。 1月21日:日本国外向けインターネット指定席予約サービスworld eki-net開始(2005年12月22日終了)。 6月21日:日本鉄道建設公団(現・独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構)が保有していた株式50万株がすべて売却され、完全民営化。 12月1日:東北新幹線 盛岡駅 - 八戸駅間開業。東北本線 盛岡駅 - 八戸駅間を経営分離し、盛岡駅 - 目時駅間をIGRいわて銀河鉄道に、目時駅 - 八戸駅間を青い森鉄道(運行)・青森県(保有)に移管。男性社員の制服変更。
2003年(平成15年) 9月1日:男性運転士の制服変更。 10月28日:女性社員の制服変更。
2004年(平成16年) 8月1日:Suicaと西日本旅客鉄道(JR西日本)のICカード乗車券「ICOCA」との相互利用開始。
「上越新幹線」は東北新幹線(東京駅 - 大宮駅)と上越線(越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅)との総称。 「北陸新幹線」は東北新幹線(東京駅 - 大宮駅)と上越新幹線(大宮駅 - 高崎駅)との総称。 「山形新幹線」は東北新幹線(東京駅 - 福島駅)と奥羽本線(福島駅 - 新庄駅)の総称。 「秋田新幹線」は東北新幹線(東京駅 - 盛岡駅)と田沢湖線(全線)と奥羽本線(大曲駅 - 秋田駅)の総称。 「山手線」は東北本線(田端駅 - 東京駅)と東海道本線(東京駅 - 品川駅)との総称。 「横須賀線」は東海道本線(東京駅 - 品川駅 - 武蔵小杉駅 - 鶴見駅 - 大船駅)との総称。 「高崎線」は東北本線(東京駅 - 大宮駅)との総称。 「常磐線」は東北本線(東京駅 - 日暮里駅、岩沼駅 - 仙台駅)との総称。 「内房線」は外房線(千葉駅 - 蘇我駅)との総称。 「湘南新宿ライン」は東北本線(大宮駅 - 田端駅)と山手線(田端駅 - 蛇窪信号場)と東海道本線(蛇窪信号場 - 大船駅)の総称。 「埼京線」は山手線(大崎駅 - 池袋駅)と赤羽線(全線)と東北本線(赤羽駅 - 大宮駅)の総称。 「京浜東北線」は東北本線(大宮駅 - 東京駅)と東海道本線(東京駅 - 横浜駅)の総称。 「相鉄線直通」は山手線(新宿駅 - 大崎駅)と東海道本線貨物支線(大崎駅 - 鶴見駅 - 羽沢横浜国大駅)の総称。 「仙台空港アクセス線」は東北本線(名取駅 - 仙台駅)と、仙台空港鉄道の仙台空港線(全線)の総称。 「仙石東北ライン」は東北本線(仙台駅 - 松島駅 - 高城町駅)と仙石線(高城町駅 - 石巻駅)の総称。 「男鹿なまはげライン」は奥羽本線(秋田駅 - 追分駅)と男鹿線(全線)の総称。