南遣艦隊
直属:厳島
第24特別根拠地隊 水雷艇:雉 第4警備隊 第6警備隊
第25特別根拠地隊 急設網艦:若鷹 第125駆潜隊 第7警備隊 第20警備隊 第21警備隊 第24通信隊 第25通信隊
第26特別根拠地隊 急設網艦:蒼鷹 掃海艇:第4掃海艇 掃海艇:第5号掃海艇 第18警備隊 第19警備隊 第21警備隊
附属 第50防空隊 第56防空隊 第105防空隊 第106防空隊 第107防空隊 第110防空隊 第114防空隊 第115防空隊 第202設営隊 第203設営隊 第213設営隊 第224設営隊 第225設営隊
旗艦:重巡洋艦鳥海(第二艦隊、第4戦隊より)
第七戦隊(第二艦隊より):重巡洋艦熊野・鈴谷・最上・三隈
第三水雷戦隊(第一艦隊より):軽巡洋艦川内 第11駆逐隊:吹雪・白雪・初雪 第12駆逐隊:叢雲・東雲・白雲 第19駆逐隊:磯波・浦波・敷波・綾波
第4潜水戦隊(連合艦隊直属より)軽巡洋艦鬼怒・特設潜水母艦名古屋丸 第18潜水隊:伊53・伊54・伊55 第19潜水隊:伊56・伊57・伊58 第21潜水隊:呂33・呂34
第5潜水戦隊(連合艦隊直属より)軽巡洋艦由良・特設潜水母艦りおでじゃねろ丸 第28潜水隊:伊59・伊60 第29潜水隊:伊62・伊64 第30潜水隊:伊65・伊66
第9潜水隊(第三艦隊第6潜水戦隊より):機雷敷設潜水艦伊123・伊124
第4航空戦隊(当初は比島部隊だったが、蘭印作戦時に馬来部隊へ加入):軽空母龍驤、駆逐艦汐風
第12航空戦隊(第三艦隊より):特設水上機母艦神川丸・山陽丸・機雷敷設艦辰宮丸(第三艦隊第17戦隊より)・長沙丸
第22航空戦隊(第十一航空艦隊より) 元山海軍航空隊 美幌海軍航空隊
第12駆潜隊:第7号駆潜艇、第8号駆潜艇、第9号駆潜艇
第12特別根拠地隊
通信隊・海軍陸戦隊一個中隊:工作艦朝日・病院船朝日丸・給炭艦室戸(連合艦隊附属より)
澤田虎夫少将:1941年7月31日 - 1942年1月3日(第一南遣艦隊へ改名後も留任)