ゲル電気泳動
これは、より低い電圧と多くの時間を意味するが、より良い結果である。LBは比較的新しく、5 kbp以上のフラグメントの分離には効果がない。ただし導電性が低いため、はるかに高い電圧(最大35 V/cm)で使用でき、定型の電気泳動の分析時間が短かくなることを意味する。極めて低い伝導率の媒体(1 mMのホウ酸リチウム)を使用した3%アガロースゲルでわずか1塩基対の大きさの違いを分離できた。
ほとんどのSDS-PAGEタンパク質分離は、ゲル内のバンドの鮮明さを大幅に向上させる不連続バッファーシステム(英語版)(またはDISC)を使用して行われる。不連続ゲルシステムでの電気泳動では、電気泳動の初期段階でイオン勾配が形成され、すべてのタンパク質が単一の鋭いバンドに集中する等速電気泳動(英語版)と呼ばれるプロセスが起こる。タンパク質の大きさによる分離は、ゲルの下部にある「分離」領域で行われる。この分離ゲルは通常、細孔径が非常に小さいため、タンパク質の電気泳動移動度を決定するふるい分け効果が得られる。