知久氏
武田氏が下伊那に本格的に侵攻するのは、上杉謙信の支援を受けた村上義清の反攻(第一次川中島の戦い)を退けた後の、天文23年(1554年)となる。鈴岡小笠原家の鈴岡城を落とした武田氏に対し、下伊那の諸豪族はほとんどが恭順したが、知久頼元は臣従を拒否したため、武田氏の侵攻を受けることとなる。1554年夏、頼元嫡男の知久頼康は伴野本郷からの攻撃を察知し伴野本郷南堂に本陣を置いて秋山虎繁・山本勘助ら武田勢を迎え撃つが敗北、頼康は戦死する。更に武田勢は南下し知久郷に迫ったため、頼元は座光寺貞信らと共に神之峰城に籠城するが落城した。『勝山記』によれば、捕縛された頼元と貞信は甲斐へ護送され、河口湖の鵜の島へ幽閉された後に天文24年5月に船津(富士河口湖町船津)において処刑されている。残された一族は知久遠重のように武田氏に臣従する者と他国(主に東海から関東各地)に散る者に分かれ、知久頼氏(頼元の次男あるいは孫)は牢人となり、徳川氏に身を寄せる。
天正10年(1582年)3月の織田・徳川連合軍による甲州征伐で武田氏が滅亡し、同年6月に本能寺の変が発生すると、甲斐・信濃をめぐる「天正壬午の乱」が発生する。