アーバスキュラー菌根
アーバスキュラー菌根では、菌根菌(アーバスキュラー菌根菌)が根の内部に侵入する。根から菌糸が伸びているが、根の外部形態には大きな変化は見られない(上図1, 下図2a)。菌糸は根の細胞内(細胞壁と細胞膜の間)に侵入し、細かく分枝して樹枝状体(アーバスキュル、アーバスキュール; arbuscule)を形成する(下図2)。樹枝状体では、宿主植物と菌根菌の間で栄養交換がおこなわれる(下記参照)。また菌根菌の菌糸は、しばしば植物細胞間や細胞内で球形に膨潤し、栄養貯蔵用(中性脂質が多い)の嚢状体(ベシクル; vesicle)を形成する(下図2a, c)。19世紀末に嚢状体が、20世紀初頭に樹枝状体がそれぞれ命名された。また根から根外へ伸びた菌糸(根外菌糸、外生菌糸、外菌糸)は直径2–10マイクロメートル (μm)と細く、高度に分枝しており、根から25センチメートル離れた場所まで伸びることもある(上図1, 下図2a)。また、ときに菌根菌糸が異なる植物に菌根を形成したり、異なる植物の菌根菌糸が互いに吻合して菌根菌ネットワークを形成し、異なる植物の間で無機養分や有機物が転送されている。
アーバスキュラー菌根はもっとも普遍的な菌根であり、維管束植物の約80%の種に見られるとされる。身近な植物では、スギナ、ゼンマイ、ワラビ、ソテツ、イチョウ、スギ、ヒノキ、アボカド、コショウ、サトイモ、ユリ、タマネギ、イネ、コムギ、トウモロコシ、ススキ、シバ、ツユクサ、バナナ、ブドウ、スミレ、カタバミ、シロツメクサ、ダイズ、イチゴ、リンゴ、キュウリ、ミカン、カエデ、ナス、トマト、コーヒー、ミント、オオイヌノフグリ、ニンジン、レタス、ヒマワリなどに見られる。マメ科植物は根粒(窒素固定を行う細菌との共生構造)を形成すると同時に、アーバスキュラー菌根をもつ。
シダ植物の配偶体(前葉体)は根をもたないが、アーバスキュラー菌根と同様の共生構造がしばしば見られる。同様に、コケ植物も根をもたないが、苔類のコマチゴケ綱、ゼニゴケ綱、ツボミゴケ綱の初期分岐群、およびツノゴケ類には、アーバスキュラー菌根と同様の共生構造が見られる(下図6)。