クモ綱
かつてクモガタ類に共通と言われ、単系統群を示唆するとされる性質も、多くが何らかの退化や欠如で、多足類と六脚類(共通点が多くてかつて近縁とされ、分子系統解析により遠縁だと判明した2群)のように収斂進化の可能性があるものだけでなく、当てはまらない例外がある・ウミグモにも共通される・誤記載/諸説/循環論法なものがあるなど、全体として懐疑的だと指摘される。
一方で、クモ・ウデムシ・サソリモドキ・ヤイトムシなどからなる系統群(四肺類 Tetrapulmonata)の単系統性と内部系統関係は、多くの形態学と分子系統学的分析からほぼ一致の結論が与えられており、系統関係の揺らぎは少ない。サソリはかつて特定の形質に基づいてウミサソリに近縁(後述)・最も基盤的なクモガタ類・走脚亜綱の基盤的な群・ザトウムシに近縁(Stomothecata をなす)などとされてきたが、後に四肺類との類縁関係の方が分子系統解析・遺伝子重複・書肺の構造など複数のエビデンスに有力視され、共に蛛肺類(Arachnopulmonata)にまとめられる。なお、蛛肺類以外のクモガタ類の系統位置は不確実で、2010年代以降の分子系統解析は様々な相容れない結果を出している。
現生節足動物の中で、クモガタ類(クモガタ綱 Arachnida)はカブトガニ類(カブトガニ目 Xiphosura)・ウミグモ類(ウミグモ綱 Pycnogonida)とともに鋏角類(鋏角亜門 Chelicerata)に属し、そのうちクモガタ類とカブトガニ類は真鋏角類(Euchelicerata)にまとめられる。
クモガタ類の内部系統については、古くから様々な説が提唱された。例えばサソリを他のクモガタ類(Lipostena)より基盤的とする、クモガタ類を書肺類 Pulmonataと無肺類 Apulmonataの二つに分け、もしくは一部の群を走脚亜綱 Dromopodaとしてまとめる、などがある。
しかし、クモガタ類の内部系統は議論的であり、その単系統性もしばしば疑問視されている。特に分子系統解析では、クモガタ類全体とダニ類の単系統性は賛否両論で、伝統的分類ではクモガタ類より早期に分岐したとされるカブトガニ類やウミグモ類が特定のクモガタ類に近縁など、形態学上の類似から大きく逸した結果もある。ウミグモ類との直接的な類縁関係は否定的だが、カブトガニ類に対する非単系統性は2010年代後期から注目されつつあり、クモガタ類の起源と進化、および絶滅した化石鋏角類との系統仮説に大きな影響を与えていた(詳細は後述)。