新幹線総合車両センター
P9 - P19編成は2006年(平成18年)までに、P8, P20 - P22編成は2012年(平成24年)3月までに、P1 - P7編成は同年10月までに新潟新幹線車両センターへ移籍した。
E6系電車
量産先行車のS12編成が配置されていた。2014年(平成26年)2月27日に量産化改造と同時にZ1編成に改名され、秋田車両センターへ移籍した。
925形電車
新幹線電気軌道総合試験車「ドクターイエロー」。6両編成2本(S1・S2編成)と軌道検測車1両が配置されており、軌道検測車については2編成が共用する形であった。E926形電車にその役目を譲り、2001年(平成13年)に全車廃車された。
952形・953形電車
フル規格用高速試験電車「STAR21」。952形(東京方4両)と953形(盛岡方5両)を連結した9両編成1本(S5編成)の形で配置されていた。1998年(平成10年)に廃車されたが、構内に2両が保存されている。
961形電車
フル規格用高速試験電車。6両編成1本(S3編成)が配置されていた。1990年(平成2年)に廃車されたが、構内に両先頭車が保存されている。
E954形電車
フル規格用高速試験電車「FASTECH 360 S」。8両編成1本(S9編成)が配置されていたが、2009年(平成21年)9月7日に廃車された。
E955形電車
ミニ新幹線用高速試験電車「FASTECH 360 Z」。6両編成1本(S10編成)が配置されていたが、2008年(平成20年)12月12日に廃車された。
構内に先頭車が保存されている961形