日本エアシステム
エアバスA300-B4-2C
エアバスA300-B2K-3C
エアバスA300-600R
ボーイング777-200
マクドネル・ダグラスDC-9-40
マクドネル・ダグラスDC-10-30 (ER)
マクドネル・ダグラスMD-90-30
マクドネル・ダグラスMD-81 (DC-9 Super80) TDA時代に導入した「DC-9 Super80」とJAS時代の「MD-81」はコックピット仕様に差異があるため、運航面では別機種扱いとされていた。
マクドネル・ダグラスMD-87
日本航空機製造YS-11
ビーチクラフト B200スーパーキングエア
ヒューズ369HS
アエロスパシアルAS350B
NAL日東航空
パイパーPA-18スーパーカブ
デ・ハビランドDHC-2ビーバー
デ・ハビランドDHC-3オター
グラマンG44スーパーウィジョン
グラマンG73マラード
コンベアCV-240
デ・ハビランドDH114-1Bヘロン
デ・ハビランドDH114タウロン
ビーチクラフトD-50ツインボナンザ
エアロコマンダー500A
セスナ170
セスナ170B
セスナ172
セスナ172B
セスナ172C
セスナ172D
セスナ175B
FAL富士航空
ビーチクラフトC-18Sツイン・ビーチ
ビーチクラフトC-50ツインボナンザ
ビーチクラフトD-50ツインボナンザ
パイパーPA-23アパッチ
コンベアCV-240
デハビランドDH114-1Bヘロン
デハビランドDH114タウロン
セスナ172
NJA北日本航空
セスナ170B
セスナ195
ダグラス DC-3A
コンベアCV-240
エアロコマンダー680F
TAW東亜航空
デハビランドDH104-1Bダヴ
日本の航空会社では初めて、すべての座席にテレビモニターが設置されたエコノミークラスであった。ボーイング777型機における2-5-2の9アブレスト配置は、日本航空や全日本空輸にはない独自のものであり、満席状況の最混雑時を除くと実質上2-2-2-2の8アブレストとして運用されるとともに、3-5人グループ客は同列に配席するなど顧客の立場において柔軟な運用が行われた。
レインボーカラーへの切替に端を発したのは、1981年から導入されたエアバスA300からである。1979年開催の国際航空宇宙ショーにエアバス社は、エアバス・インダストリー社のコーポレートカラーのデモ機に「東亜国内航空のロゴと社名」を書き込んでデモフライトを行った。これに感激した同社役員がエアバス社にデザインの譲り受けを申し入れ、同社機の新しいデザインが決まった。「東亜国内航空」のイメージは、同社初のワイドボディ機である同機の導入と共に一新されることになった。
続いて導入されたマクドネル・ダグラスMD-81にもエアバス色からオレンジを抜いた類似のカラーが施され、既存の保有機も順次同様のカラーに変更され、「日本エアシステム」への社名変更2年後の1990年頃までに「レッド&グリーン」カラーは子会社保有機の一部を除き一掃された。オレンジを抜いた理由は、機体の大きさに合わせたという説と、マクドネル・ダグラス社がエアバス塗装を拒否したという説がある。ただし、DC-10はオレンジを抜いていないエアバス塗装で納入されている。逆に小型のYS-11はオレンジ抜きの塗装となっている。一方でより小型のB200はオレンジ込みの4色であった。
日本エアシステム運航機は塗装の多様さで有名であり、デザインの多くは虹をイメージしたもので「レインボー・デザイン」と呼ばれた。
和田アキ子(1990年/ハートフルJAS)
中村吉右衛門(1991年/ホノルル線就航)
平賀雅臣(1997年/レインボーセブン就航)
山口智子(2001年/バースデー割得)
山口智子(2001年/ウルトラ割得)
山口智子(2002年/ウルトラ割得ジャンプ)
沢田研二・田中裕子(2002年/結婚記念日割得)
ノースウエスト航空やKLMオランダ航空、中国南方航空と日本国内の主要路線や東京/成田 - アムステルダム線(KLMオランダ航空の機材・乗務員で運航)などの国際線のコードシェア運航を行っていた他、マイレージの提携も行っていた。2009年9月時点ではワールドパークスでは日本航空インターナショナルの路線でマイルを加算することはできなかった。ただし実際にはノースウエスト航空が独自に行う(日本航空を含む国内航空各社とは無関係)「ニッポン500マイルキャンペーン」で一般会員の場合年間10回に限り会社・距離・運賃にかかわらず一律500マイルを加算することができた。また、日本航空に統合後も日本航空インターナショナルの路線で特典旅行することは可能だったが、2008年10月1日以降特典旅行に交換できる会員は上級会員か指定された提携クレジットカード会員のみに制限され、その後2009年4月1日をもって日本航空との提携解消に伴いこれらの会員でも交換できなくなった。
JA5130、三重県・横山商店