メタルギアソリッド ポータブル・オプス
声 - 若本規夫
FOX隊員。ビッグ・ボス除隊後のFOXの中心人物。CIAから核兵器を盗み出し、ICBMをソ連へ発射すると脅迫する。強化版CQCである「CQCエンハンサー」を使う。最高の司令官を作り出すための「相続者計画」により産み出された兵士であり、ザ・ボスをモデルとしている。その為、彼女に直接指導を受けていたスネークとはある意味での兄弟にあたると本人は語っている。またヴォルギン大佐の凶行とザ・ボスの抹殺が、何者かにより仕組まれていたものだと語るが真相は不明。ヌルを一撃で倒すほどのESP能力者であり、兵士の心に直接語りかける圧倒的な演説力を持つ。スネークに敗北後、兵士達の楽園「アーミーズヘブン」を作るための遺産を彼に受け渡した。「ジーン(Gene)」とは「遺伝子」を意味する。コードネームは「ヴァイパー(毒蛇)」。特定の条件を満たせばプレイヤーキャラとして使用可能。専用武器「ボウイナイフ」を持っている。
声 - 藤本たかひろ
元ソ連兵。ジーンに賛同して蜂起をするがスネークとキャンベルの説得により仲間になる。ジーンの演説により暴走したソ連兵の流れ弾からスネークを庇い死亡する。どのエリアでどの敵兵を捕まえても最初の一人目は必ずジョナサンになる。
説得の際に、スネークに優秀な兵士だと褒められただけあって、全体的にスキルが高めである(スネークとほぼ同じ威力のCQCを使える)ことと、コードネームではなく固有の名前を持つ点以外の特性は声も含めて他のソ連兵と同じ。エンディングに名前は登場しない。
敵の位置を表示するレーダーが新たなタイプになり登場。『MGS3』は特定のアイテムを装備しなくてはならなかったが、本作では『MGS』『MGS2』のような常に表示されるタイプである。しかし、敵の位置を点で表示するソリトンレーダー(『MGS』『MGS2』に登場)と違い、どの方向で物音がしたか視覚化して表示する「サラウンドインジケーター」となっている。ソリトンレーダーとは違い、敵に発見されても表示される(ソリトンレーダーは敵に発見されると使えない)。
PSPで以前に発売されていた、カードを用いた『メタルギアアシッド』シリーズとは違い、本作は『メタルギアソリッド』シリーズの流れを汲む戦略諜報アクションゲームとなっており、本作ならではの数々の新システムも導入されている。
声 - 後藤沙緒里
静かにジーンに付き従い、強力なESP能力を持つFOXの「少女隊員」。核の被爆を受けた時に人格が2つに分かれており、医療チーフのエルザとは双子の姉妹ということになっている。冷淡な性格で、スネークが世界を滅ぼすという予知をしたためメタルギアRAXAに乗り込み、スネークを追いつめるもスネークにメタルギアRAXAを撃破され、消息不明となる。特定の条件を満たせばプレイヤーキャラとして使用可能だが、既にエルザがいる場合は登場しない。エルザとの違いは、髪の色、目つき、口調、ステータスと初期装備。