戦時猛獣処分
一連の殺処分の中で、3頭のインドゾウの処分は特に著名である。うち気性の荒い「ジョン」については、命令が下る以前の8月13日に餓死による殺処分が着手され、17日目の8月29日に餓死した。処分命令により、残る2頭も餓死の方法で殺処分されることになった。飼育係の菅谷吉一郎は、気性の荒いジョンは処分は仕方ないと思っていたが、気性が穏やかで性格も優しかった「トンキー」と「ワンリー」(別名「花子」)は何とか救ってやりたいと、福田園長代理に懇願したという。後述のように福田も、トンキー達を救う為に他の動物園への譲渡を検討したが、大達の反対で潰える事となった。ワンリーは9月11日、最後まで生き残ったトンキーも9月23日午前2時42分に餓死し、上野動物園のゾウは全滅した。トンキーの場合、実に絶食開始から30日という長き苦痛と苦悶に満ちた日々であった。空いた象舎は資材置き場となったが、後に1945年(昭和20年)4月13日の東京空襲で焼夷弾多数の直撃を受けて破壊された。
なお、ゾウの処分に餓死の方法が用いられた経緯について、当初は薬殺が試みられたと福田は回想している。福田によると、最初のジョンの場合、食欲を増すために絶食させたうえで、硝酸ストリキニーネを入れた毒入りジャガイモを与えたが、繊細なゾウには分かってしまい吐き出した。そのほかのゾウも同じように毒餌を受け付けなかったという。毒薬の注射も試みられたが厚い皮膚に針が刺さらず失敗し、やむなく餓死という苦渋の選択が取られたとする。
また、1952年、上野動物園飼育企画長の林寿郎により、カバ、キリン、チーター、ブチハイエナなど48頭の動物がケニアの動物商から購入され(その中のカラカル2頭は喧嘩で死亡したが、その後寄港したマニラにてヒムネバト2羽が加わリ、動物は再び48頭になった)、名古屋港、神戸港、横浜港に陸揚げされた。カバの「重吉」(東山動物園。2001年没)、キリンの「タカオ」(上野動物園。1980年没)などが有名(日本のカバの約半数は「重吉」の子孫である)。
第二次世界大戦後も、1950年に朝鮮戦争が勃発した際には日本への戦闘拡大が危惧され、動物園での対策が検討されている。上野動物園では、1950年末から1951年1月にかけて『上野動物園非常事態計画』『非常事態打開計画資料』というマニュアルをまとめた。同園では、戦時猛獣処分の再現や空襲被害による動物の死亡を避けるため、伊豆大島への疎開を行う方針であった。なお、1951年5月から6月にかけてゾウの「はな子」とライオン1頭が伊豆大島へと派遣されているが、これは戦争とは無関係で、平時の移動動物園の巡業の一環である。
処分の対象にはライオンやオオカミ、ハイエナ、ホッキョクグマなどが含まれた。処分対象となった種は、戦後の1947年頃に再取得されるまでベルファスト動物園では見られなかった。一方、ゾウは処分を免れて戦争を生き延びたものがあった。中でも、シェイラ(Sheila)と名付けられた子供のゾウは、殺処分を避けるため、ある飼育員の家の裏庭に一時期の夜間は匿われていた。ベルファスト動物園によるとシェイラを保護していた人物は長らく詳細不明で、「ゾウの守護天使」と称されて同園史上の謎とされてきたが、2009年に、女性飼育員の一人が母親と一緒にシェイラを匿ったことが判明したという。この女性飼育員は、男性飼育員たちが出征したために代用職員となっていた人物で、他の職員の帰宅後に密かにシェイラを檻から出して近所の自宅に連れ帰り、また朝には動物園に戻していた。住民の通報で事件は発覚し、女性飼育員は解雇されたが、以後も空襲の夜には動物園を訪れてシェイラが怯えないようなだめていたという。