草鹿任一
開戦後の1942年(昭和17年)10月1日、第11航空艦隊司令長官に補せられ出征。同年12月24日、南東方面艦隊司令長官となり終戦まで指揮を執った。ガダルカナル島奪回を目標に米豪連合軍と激戦を繰り広げたが叶わず、その後もラバウルを根拠地として連日の航空戦を展開した。しかし連合軍の攻勢は激しく、戦線視察に訪れた連合艦隊司令長官・山本五十六も搭乗機を撃墜され戦死した。草鹿が少尉候補生として練習艦隊で指導を受けたのが山本であり、親しい間柄であった。山本戦死の際はその出発を飛行場で見送った草鹿の悲嘆は大きかった。
連合軍のムンダ、コロンバンガラ上陸を迎え、草鹿はブインに将旗を進め指揮にあたったが、敗勢は挽回できず、隷下部隊の玉砕が相次いだ。連合軍は連合艦隊の根拠地であったトラック基地を襲い、所在の艦船、航空機は壊滅的被害を受けた(トラック島空襲)。これに伴い隷下の航空部隊はラバウルを離れることとなり、草鹿は連合軍の攻撃に備え長期篭城の構えを取った。第8方面軍司令官の今村均陸軍大将と協力し、ラバウルに洞窟設備を造り、兵器の開発、新戦法の考案を進めたほか、自給自足の体制を確立するため、農地の開墾、生活必需品の独自生産を行った。
終戦の際、連合軍側は降伏文書調印の代表者として今村大将を指名するが、草鹿は「海軍は陸軍の指揮下に入ったことはない。建軍の本筋から考えて陸軍には海軍の降伏調印の権限は有さない」と頑なに主張し、海軍側の代表者として今村と連名で調印した。
連合軍の飛び石作戦により孤立を余儀なくされ、自給体制を取っていたラバウルでは終戦直後の復員の目処が立たなかった。1945年(昭和20年)10月頃の日本本土からの放送で帰国は4年後との情報を得たラバウルの日本軍は自給態勢を継続すると共に、人材を育成して戦後の復興に役立てるため、陸海軍一体となって委員を組織して兵隊の教育に努めることとなり、旧制中学の6年レベルを標準として教科書(倫理、数学、物理、化学、歴史、法制、経済、英語、詩歌等)を作成して各部隊に配布を実施したが、想定より早い1946年(昭和21年)3月頃から復員輸送が始まった。
豪軍による戦犯調査に対しては、部下を庇う発言や行動に徹した。自分自身が知らない部下が起こした事件や問題に対しても「それは自分が命令した」、「それは自分の責任である」と主張し、「私を罰することで部下の責任は問わないで欲しい」と要望したので、豪軍の担当者にも高潔な人物として非常に良い印象を与えたといわれる。自らも戦犯指名を受けたが無罪となり、1947年(昭和22年)2月に帰国した。戦犯問題では元第八艦隊司令長官三川軍一(38期)及び元参謀長大西新蔵(42期)の裁判において、問題となった艦船の所属を巡って対立している。三川、大西は起訴却下となった。
復員後は公職追放となり、長男と共に製本・出版を営む『光和堂』を開業する傍ら、旧部下の世話を積極的に行い、復員局に足しげく通っては、ラバウルで苦楽を共にした部下の状況を確認していたという。