コンゴ動乱
同年11月24日にアメリカとソ連が一致して採択された国連安保理決議第169号はカタンガが独立国家であるとの言い分を「完全に拒絶」して、「法と秩序の回復と維持においてコンゴ中央政府を支援」するために、ONUCの部隊にあらゆる措置を講じることを認めるという、より踏み込んだ内容になっている。カタンガは挑発行為をエスカレートさせ、ONUCはこれに対してカタンガ憲兵隊が築いたバリケードを解体し、戦略上重要なエリザベートヴィル周辺地域を奪取することを目的とした「ウノカト作戦」を開始した。国際的な圧力に直面したチョンベは1962年12月に中央政府の権威を受け入れ、カタンガ国憲法の放棄とカタンガ地域の分離独立要求を放棄することに原則的に同意するキトナ協定に署名した。しかし、宣言の後にカタンガ憲兵隊はONUCに対する嫌がらせをし続けてチョンベとアドゥラの話し合いは行き詰まりに達した。カタンガ国に対する支援が減少し、最大の支援国であったベルギーですら支援をためらうようになっていき、この国家の先がもう長くないことが予感された。
1962年12月24日には、ONUCとカタンガ憲兵隊がエリザベートヴィル近郊で衝突し、戦闘が勃発した。停戦交渉が行われたが失敗に終わり、ONUCはエリザベートヴィルを占領した直後に停戦合意が成立した。ONUCのインド人部隊は命令に背く行動を起こしてジャドヴィルを占領し、カタンガ国支持者の再編成を未然に阻止した。ONUCはカタンガの他の地域を徐々に制圧し、1963年1月21日にチョンベが最後の拠点としていたコルヴェジを明け渡したことでカタンガ国は事実上消滅した。
1950年代に入り、ベルギー領コンゴにもパン・アフリカ主義が普及した。独立を目指す運動は民族的な理由や地理的な理由から数多くの政党や政治グループが成立することによって分断され、互いに対立し合った。最大の政治団体であるコンゴ国民運動(英語版)(MNC)は様々な政治的背景の相違を乗り越えて「妥当な時期」に独立を達成することに専念する統一戦線を組んでいた。パトリス・ルムンバ、シリル・アドゥラ、ジョゼフ・イレオが中心になって党の綱領を作成したが、ジョゼフ・カサブブは内容があまりにも穏健的過ぎるとして非難し、署名を拒否した。党の実力者となったルムンバは1959年終わりには58,000人のメンバーを抱えていたと主張した。
MNCの最大のライバルとなったジョゼフ・カサブブ率いるアバコ党(英語版)(ABAKO)は即時独立と地域へのアイデンティティーの促進を根底として、MNCより急進的な思想を主張していた。ABAKOはMNCよりも民族主義的な立場を取っていた。独立したコンゴは植民地時代以前に存在していたコンゴ王国の後継としてコンゴ族によって統治されるべきという主張であった。
モイーズ・チョンベ率いるコナカ党(英語版)(CONAKAT)は第三の主要政治団体であった。主にカタンガ州南部の利害を代表し、連邦主義を提唱していた。この他にもアフリカ連帯党(英語版)(PSA)のような社会主義の民族主義政党や、少数派民族集団の利害を代表する派閥なども結成された。
MNCは当時のアフリカで最大の民族主義政党であったが、多くの問題で異なる立場を取る様々な派閥を抱えていた。このために穏健派と急進派の二分化が進行した。
コンゴ動乱の勃発以降、新たに独立したアフリカ諸国はかつての宗主国との関係構築について様々な態度を示した。穏健派寄りのフランス語圏のアフリカ諸国はフランスとの関係を維持するためにブラザビル・グループ(英語版)を形成し、急進的なアフリカ諸国はパン・アフリカ主義に基づいた連合を求めてカサブランカ・グループ(英語版)を形成した。南ローデシアは少数派の白人が多数派の黒人を支配する政治体制の変更を譲らずに、イギリスとの交渉が何度も決裂した後、一方的に独立を宣言した(ローデシアの一方的独立宣言(英語版))。
1965年から1979年まで行われたチャド内戦(英語版)では、チャド民族解放戦線(英語版)(FROLINAT)がフランソワ・トンバルバイ政権による南部優遇策を明白に拒否して「チャドにはカタンガは存在しない」という公式声明を発表した。1967年から1970年まで行われたビアフラ戦争では北の民族集団の利益が特権化されていて自分達が差別されていると主張するイボ族がナイジェリアから分離して独立国家を形成した。このビアフラ共和国とカタンガ国の分離主義活動は学術論文で頻繁に比較されてきた。ビアフラはカタンガとは異なり、限られた国々から外交上の承認を受けることに成功し、地元の石油企業に関与している西側諸国からの支援を拒否した。ビアフラ共和国は1970年に敗北し、ナイジェリアに再統合された。
ベルギーによるコンゴの植民地化(英語版)は19世紀後半に始まった。国王レオポルド2世はベルギーの国際的な地位と威信の欠如に不満を感じ、当時はまだ大部分が未調査のままであったコンゴ盆地周辺の植民地拡大策を支援するようにベルギー政府を説得しようとした。植民地拡大に消極的なベルギー政府との考えのズレは最終的にレオポルド2世が自分自身の利益のために植民地を統治する方向へと導くことになった。1885年に緩衝国になることを期待した欧米諸国から支持を受け、レオポルド2世の私領「コンゴ自由国」の成立が国際的に認められた。しかしながら、自由国政府当局によるコンゴの先住民に対する暴力や冷酷な搾取は強烈な外交圧力を生むことになり、1908年にベルギー政府が直轄で統治するベルギー領コンゴが成立した。
ベルギー政府によるコンゴの植民地支配は政府・キリスト教の伝道活動・民間企業の「三位一体」を基準としていた。
1960年7月11日には、CONAKATの指導者モイーズ・チョンベは南部のカタンガ州が首都をエリザベートヴィルに置き、彼自身が初代大統領に就任するカタンガ国としてコンゴ共和国から独立することを宣言した。豊富な資源を有するカタンガ地域は近接する銅の世界的産地、北ローデシアのカッパーベルトと伝統的に緊密な経済関係にあった。CONAKATはさらに、カタンガの人々は他のコンゴ人とは民族的に異なっていると主張した。州の採掘作業によって得られた収益をコンゴの他の地域と共有することを避け、より多く保有するためのカタンガ住民の分離独立欲求の高さが離脱の動機の一つであった。もう一つの大きな要因はコンゴの中部および北東部における治安の崩壊である。カタンガの分離独立を発表したチョンベは「我々は混沌から脱出している」と述べた。
カタンガの大手鉱山会社ユニオン・ミニエール・デュ・オー・カタンガ(UMHK)はMNCが独立後に会社の資産を国有化するのでは無いかと警戒し、ベルギーによる植民地支配が終了する以前からCONAKATに対する支援を開始していた。
1964年8月末からシンバ反政府勢力は後退を開始した。アルベールヴィルとリサラは8月下旬と9月上旬に国民軍が奪還した。モブツと手を組んだチョンベはシンバを嫌う、かつてはカタンガの分離主義活動に貢献した元傭兵連中を呼び戻した。マイク・ホアー(通称マッド・マイク)が指揮し、中部アフリカや南部アフリカ出身の白人で編成された傭兵部隊は第5コマンドー部隊の名で知られている。第5コマンドー部隊は国民軍の陣頭指揮を担当したが、広範囲に及ぶ許可されていない殺害に拷問、略奪行為、反乱軍から奪還した地域における大量強姦を行っていたことから悪名高かった。ホアーですら記者会見の中で、部下について「ゾッとするような凶悪犯」と言及したほどであった。その他、傭兵部隊にはボブ・ディナールが率いる第6コマンドー部隊、ジャン・シュラムが率いる第10コマンドー部隊などがあった。これらの傭兵部隊はCIAからも物質的援助を受けていた。
1964年11月には敗北を恐れたシンバ反政府勢力が支配地域の白人住民を捕らえてスタンリーヴィルに連行した。