メトロイド アザーエム
「概要」で述べたように本作は全てWiiリモコン単体での操作となっている。普段は操作視点がレトロスタジオが手がけた『メトロイドプライム』シリーズとは異なり、TPSのような三人称視点がメインで、リモコンを横持ちにした「ファミコンスタイル」で操作を行う。状況によって、リモコンを縦持ちにしてポインタを画面に向けると、一人称視点の「サーチングビュー」モードに切り替えるFPSのような主観視点となる。『メトロイドプライム』シリーズと共通している点は、「サーチングビュー」モードにおいてバイザーを通して見るので視界が制限されており、また、アームキャノンが見え隠れすることである。
ゲーム進行は、特定の箇所・イベントで行われるアダムからの通信などの指示を受けて行い、エリアの進行ルート上に存在する「ナビゲーションブース」の装置を使用することで新たに表示されるマップを頼りに目的地へ向かうという仕組みになっている。そのため、一部を除いてプレイヤーの目的が明確な状態での進行となり、謎解き要素はその過程においてのルート開拓が主である。
今作のサムスは設定上、ゲーム開始後のチュートリアルから全ての装備が使用できる状態となっている。しかし本編ではボトルシップ探索の権限を持つアダムら銀河連邦軍第7小隊の管理下で行動するため、ごく一部(後述)を除いた追加装備のほとんどはストーリーの進行に応じてアダムの許可を受け使用可能になるという形式になっている。
収集アイテムはミサイル装填数を増やす「ミサイルタンク」を始め、サムスの能力を向上させる計5種が登場する。また新登場の追加装備である「ディフュージョンビーム」「シーカーミサイル」はボス撃破時のアイテムとして登場し、入手したその場から使用可能となる。
サーチングビュー中にターゲットをロックオンしてAボタンを押すことで発射できる。ビームより威力が高く敵をホーミングする機能も持つが弾数制限がある。ステージ中のミサイルタンクを取ると弾数上限が上がっていき、補給はコンセントレーションもしくはナビゲーションブースで行う。
高温地帯のダメージを受けなくなり、敵から受けるダメージも軽減する。本作ではスーツの外見は当初から従来のバリアスーツの外見となっているため色以外の外見は変化しない。