インドネシアによる東ティモール侵攻
併合下の東ティモールでは、インドネシアによる強権的支配が行われた一方、国連をはじめとする国際世論に助けられ、フレティリンによる武装抵抗が続いた。
1997年、タイのバーツ急落に端を発した通貨危機が波及しインドネシアも経済危機に直面した。スハルトは国際通貨基金から3,300万ドルに及ぶ支援を受ける条件として、一族が関与する独占企業の廃止や、非生産的な大プロジェクトの撤回を迫られた。国民の不満を誘発し、各地で抗議デモや暴動が相次いだことにより、1998年5月にスハルトは退陣を余儀なくされユスフ・ハビビが大統領を引き継いだ。
ハビビは就任後間もなくして東ティモール住民に対し自治拡大を提案。1999年1月には東ティモール住民が拡大自治案を拒否した場合には独立を容認するという方針を打ち出した。同年5月、インドネシア、ポルトガル、国連の間で拡大自治案受け入れに関し東ティモール住民による直接投票で民意を確認することで合意した。
1999年6月、国連安保理は住民投票支援のため国際連合東ティモール・ミッション(UNAMET)を設立。
同年8月、住民投票が行われ、東ティモール住民の78.5%が拡大自治案を拒否し独立を選択した。
投票結果発表直後、結果を不満とする統合派の武装組織によって武力紛争が発生し、26万人もの難民が発生した。これを受けて同年9月15日、国連安保理決議により同地における平和と安全の回復等を任務とする多国籍軍東ティモール国際軍(INTERFET)が設立。多国籍軍の展開後、統合派の武装組織は西チモールへ逃亡したが、その後武装闘争を放棄する旨を宣言し自ら解体した。
10月、国際連合東ティモール暫定行政機構(UNTAET)が設立。
2001年8月、制憲議会選挙を実施。9月、第二次暫定内閣が発足。
2002年4月の大統領選挙を経て、同年5月20日、東ティモール民主共和国が正式に独立。この年、22万人以上の難民が帰還を果たした。
インドネシアは本格的な侵攻を見据え、1975年10月16日からベニー・ムルダニ少将の総指揮下で数千人規模の兵員による軍事介入を開始した。オーストラリアのジャーナリスト5人が殺害された事件(英語版)が発生したのもこの時期である。
11月28日の東ティモール民主共和国の独立宣言を受け、インドネシアは併合派のUDTおよびAPODETIに働きかけ東ティモールのインドネシアへの併合を求める「バリボ宣言」を発表させた。
東ティモール民主共和国の独立は旧ポルトガル領植民地のモザンビークなど4か国と中国が承認したのみで、国際的に広い支持は得られていなかった。オーストラリアは前政権の方針を維持するとの総督との誓約に従い、ポルトガルを引き続き主権者とみなした。12月6日にアメリカ合衆国のジェラルド・フォード大統領、ヘンリー・キッシンジャー国務長官がインドネシアのスハルト大統領と会談し、軍事介入に理解を示した。