豊臣秀長
天正6年(1578年)に東播磨地域で別所長治が反旗を翻し、兄と共に制圧に明け暮れることとなり、支配の後退した但馬を再度攻めることとなった。同年、黒井城の戦いに援軍として参戦する。
天正7年(1579年)、別所長治の三木城への補給を断つため丹生山を襲撃する。続いて淡河城を攻めるが、淡河定範の策により撤退した。しかし定範が城に火を放ち、三木城に後退したため補給路を断つことに成功する(三木合戦)。但馬竹田城より丹波北部の天田郡、何鹿郡に攻め入り江田氏の綾部城を攻略し落城に追い込む。
天正8年(1580年)1月に別所一族が切腹し、三木合戦が終戦する。同年、秀吉軍が但馬国有子山城を落城させ、但馬国平定が完了する。戦後、但馬国7郡10万5千余石と播磨国2郡を与えられた。同年5月、有子山城に入る。祐豊の子山名堯煕は羽柴家家臣として召し抱えられ鳥取城攻めに従軍する。それに伴い但馬国人の多くは羽柴家家臣となった。
天正9年(1581年)3月に毛利家から吉川経家が鳥取城に入城する。秀吉は鳥取城を取り囲み、兵糧攻めが開始される(鳥取城の戦い)。秀長も鳥取城の包囲する陣城の一つを指揮する。同年10月、経家の切腹により終戦する。
天正10年(1582年)4月、秀吉軍は備中高松城を包囲し、水攻めを行う(備中高松城の戦い)。秀長は鼓山付近に陣を張り参戦する。6月には水攻めの効果により、城主・清水宗治が切腹する。
智雲院:秀長の正室。秋篠伝左衛門の娘。院号は慈雲院芳室紹慶
側室:興俊尼、興福院旧地に五輪墓碑が残り、藤誉光秀大姉の法号が記される