美濃太田車両区
民営化後まで配置されていた車両のみ。
DD51形ディーゼル機関車 749・791が配置されており、後者は「ユーロライナー」塗装であった。主に工事列車の牽引で使用されていた。前者は2007年3月に、後者は2007年5月にそれぞれ廃車回送が行われた。
DE10形ディーゼル機関車 工場に入出場する車両の牽引や車両基地内での入換作業などで使用されていた。2008年度に全車廃車となった。
DE15形ディーゼル機関車 除雪用車両。1531・1541が配置されていた。1541号機はは2012年度にJR西日本に売却。1531号機のみが保留車として浜松工場に留置されていたが、2012年度に全車廃車となった。
12系客車 トロッコファミリー号に使用されていたスハフ12形2両が配置されていた。
オハフ17形 トロッコファミリー号に使用されていたオハフ17形2両が配置されていた。
14系客車 ユーロライナー増結用の車両(ユーロピア)が配置されていた。
キハ58系気動車 普通列車や急行用に配置されていた。2001年度をもって定期運用を離脱した。2002年度以降はキロ28 2303のみが保留車として在籍していたが、2008年度に廃車された。
キハ11形気動車 2014年4月時点では100番台17両と借入車200番台2両が配置されていた。全車両がワンマン運転に対応していた。 高山本線岐阜 - 白川口間や太多線で運用されていた。トイレがないため高山本線美濃太田以北にはほとんど乗り入れなかった。車両数に余裕があったため、鈴鹿サーキットでのF1日本グランプリ開催時などは他地区へ貸し出されることもあった。 2015年3月のダイヤ改正をもって定期運用がなくなり、同月に100番台7両が廃車され、3両が伊勢車両区に転出した。