北朝 (日本)
南北朝合一の条件を無視して、後小松天皇が称光天皇に譲位して以降、北朝天皇家の子孫が皇位を独占して継承するようになった。後小松上皇自身が編纂を命じた『本朝皇胤紹運録』にて、北朝の天皇が歴代天皇とされ、南朝の天皇は皇位が認められず「〇〇親王」といった表記がなされたり、正親町天皇の代まで南朝の忠臣とされる楠木氏が朝敵とされていたり、後村上天皇の国母であり南朝の女院である新待賢門院が無視されたりと(孝明天皇の生母である新待賢門院。女院号が重複しているのはこれが唯一である)、江戸時代までは北朝が正統とされてきた。しかし、名分論による南朝正統論が主に尊王攘夷派で盛んに主張されると、その後の明治政府によって南朝が正統とされるようになった。当時は一応『皇統譜』にも北朝天皇は記載され、学問上では両朝並立とされていたが、桂内閣の失脚を目論む一派によって国史教科書の南北朝並立の記述が問題視され、明治44年(1911年)、曖昧な形であったが、明治天皇が最終的に南朝を正統に決定したため、政府は皇統譜令(旧皇統譜令)第41条を定めて、北朝の天皇は皇統譜から除外された。歴代天皇から除外された北朝の天皇の皇位について文部省は、「光厳院は御追号なり。光厳天皇と称することあれどもこれ嘗て皇位に即き給ひしとの意にあらず、一の尊称として申すなり。かかる尊称としては文武天皇の御父草壁皇子を岡宮天皇と称し、光格天皇の御父典仁親王を慶光天皇と称する等の例あり。本科書には光厳院に関し御歴代の天皇と区別するが為に、御追号のままを記せり。足利氏の擁立せる光明院等亦同じ。」と、光厳天皇以下北朝の天皇は皇位継承しておらず、閑院宮典仁親王などと同様の「尊称天皇」であるとの見解を示している。
後小松天皇
後亀山天皇
明徳3年(1392年)、南朝の後亀山天皇との和睦が成立し、神器は返還され(北朝から接収したものと、南朝がもとから持っていたとするもののどちらなのかははっきりとしない)、明徳の和約によって南朝が北朝に吸収される形で南北朝合一が実現。しかし、後小松天皇は南朝の皇位を認めず、足利義満との講和で決められた譲位の形での三種の神器の渡御は単なる移動の形で行われ、義満が強引に決めた後亀山への尊号宣下も不即位天皇に贈られるものとして行われた。