ノーザンブロッティング
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RNAサンプルはRNAの二次構造形成を阻害するための変性剤としてホルムアルデヒドを含んだアガロースゲルを用いた電気泳動によって分離されるのが一般的である。泳動後のゲルをブロッティングする前にエチジウムブロマイドで染色し、UV照射下で観察することで、RNAの量と品質を確認することもある。尿素を加えたポリアクリルアミドゲルを用いた電気泳動でもRNAを分離することができるが、これは断片化したRNAやマイクロRNAに対して用いられることが多い。 サンプルの隣にはRNAラダー(分子量マーカー)を共に泳動して、得られたRNAの長さなどを調べることも多いが、全RNAサンプルの場合はリボソームRNAをマーカーの代わりとして用いることもできる。リボソームの大サブユニットは分子量28S(約5,000 塩基対)、小サブユニットは分子量18S(約2,000 塩基対)であるため、泳動像には2本の目立つバンドが現れる(右図)。
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