国家神道
近代における神道行政の管轄機関としては、まず1867年(慶応3年)に発せられた王政復古の大号令や、翌年の「祭政一致の布告」の理念に基づいて復興された神祇官が設置された。しかし、神祇官の実務は思うようには行かず、1871年8月に神祇官は太政官下の一組織である「神祇省」へと格下げされ、さらに翌年には神仏合同の組織である教部省へと改組されるに至った。この教部省も神仏双方の反発によりわずか3年で解散した。その後は内務省の一部局で、しかも宗教行政一般を管轄するに過ぎない社寺局において神道行政は管轄されることとなった。その後、1900年(明治33年)に社寺局から神社局が分離して、神道行政が他の宗教行政と区分されるようになった。神社局は後に神祇院へ改組されるが、有効な政策がないまま敗戦により廃止された。
慶応3年(1868年)、王政復古の大号令。
慶応4年 (1868年)、神祇事務科の設置。すぐに神祇事務局に改称。
慶応4年 (1868年)、神仏分離令。同年、神祇事務局を改め、古代の律令制にならって神祇官とする。祭政一致の制度を復活し、諸神社神主等を神祇官に附属するものとした。
明治2年 (1869年)、東京招魂社(後の靖国神社)、楠木社(後の湊川神社)を創設。明治天皇は東京招魂社に実質5千石(名目は1万石)の社領を「永代祭粢料」として与え、毎年の収入源とさせた。同年、宣教使を置く。天長節、神武天皇祭などを定め、全国的に遥拝式を実施。
明治3年 (1870年)、大教宣布の詔。
明治4年 (1871年)、伊勢神宮以下、すべての神官社家の世襲を廃し、神祇官および地方庁に神職の任免権を与えた。「官社以下定額及神官職員規則等」(明治4年5月14日太政官布告)により、伊勢神宮を頂点として官国幣社、府藩県社、郷社の位階を定め、官国幣社長官は華族等から選任、国幣社長官は府藩県の参事の兼任とし、世襲神職のすべてを「改補新任」することとした。
明治4年 (1871年)、「郷社定則」(明治4年7月4日太政官)により全国の神社と神職を序列化した。また1戸籍区に1郷社を置き、他の氏神は村社として郷社に付属するものとした。
明治4年 (1871年)、神祇官廃止、神祇省設置。
明治4年 (1871年)、伊勢神宮の神宮大麻を地方官を通して全国700万戸に1個2銭で強制配布することに決め、翌年から実施。
1880-1881年の論争。東京の日比谷に設けられた神道事務局神殿の祭神をめぐって神道界に激しい教理論争が起こった。神道事務局は事務局の神殿における祭神として造化三神(天之御中主神、高御産巣日神、神産巣日神)と天照大神の四柱を祀ることとしたが、その中心を担っていたのは伊勢神宮大宮司の田中頼庸ら「伊勢派」の神官であった。これに対して千家尊福を中心とする「出雲派」は「幽顕一如」を掲げ、祭神を大国主大神を加えた五柱にすべきとした。
伊勢派のなかにも出雲派支持者が多く出たが、伊勢派の幹部はこれを危惧し、明治天皇の勅裁により収拾した(神道事務局神殿は宮中三殿の遙拝殿と決定、事実上の出雲派敗北)。政府は、神道に共通する教義体系の創造の不可能性と、近代国家が復古神道的な教説によって直接に民衆を統制することの不可能性を認識したといわれている。