ムスリム同胞団
新生エジプト共和国の実権を握るナーセルはナギーブ大統領にとって邪魔な存在であり、同胞団にとっても、汎アラブ主義・社会主義を指向するナーセルは危険な存在であった。1954年に同胞団がナーセル暗殺を謀り失敗すると、ナーセルは「同胞団と共謀して暗殺を謀った」としてナギーブを逮捕して失脚させ、自ら第2代大統領に就任した。ナーセルは同胞団を非合法化し、指導者を投獄の末に拷問・処刑するなど、徹底的な弾圧を加えた。1950年代 - 1960年代にはアラブ社会主義が隆盛し、同胞団の掲げるイスラム復興は魅力を失っていった。迫害の中で活動は停滞し、同胞団は「消滅」したとも考えられた。
同胞団のイデオローグであったサイイド・クトゥブ(Sayyid Qutb、1906年-1966年)は、創設者のバンナーと同年の生まれで、バンナーと並ぶ重要人物である。
ムスリム同胞団はイスラーム法(シャリーア)の実施を主張している。これを機械的に適用した場合は、エジプト内のコプト(キリスト教徒)はズィンミーとして厳しい差別・抑圧に苦しまざるを得ないとの懸念を抱く者がおり、実際に同胞団が国内のコプトに対してジズヤ(人頭税)の支払いを求めたこともあった。ゆえにコプトの中には同胞団を敵視する者もいる。ただし、同胞団は、コプトへのジェノサイド・追放も辞さないジハード団などの過激派組織に対しては批判的である。また、コプトとの融和に向けた動きも行っているほか、クリスマスにコプト教会を守る活動を行うことを表明した。2011年から2012年にかけて行われた人民議会選挙においては、一部のコプト司祭らが同胞団系の「自由と公正党」に投票したことを明言した。
キリスト教徒の間ではムルシー政権がキリスト教抑圧策や社会のイスラム化を打ち出すのではないかと懸念されていた。そのため就任当初、ムルシーはコプト教会やカトリックの指導者と会談し、キリスト教徒が今後苦難を耐えることはない、と確約した。しかし、キリスト教徒側はムルシーの政権運営に不満を強め、コプト正教会の最高指導者タワドロス2世は、キリスト教徒に対する暴力行為を放置しているとして、ムルシー政権を批判した。
2013年クーデター後の騒乱の中で同胞団によるキリスト教会襲撃も行われたとも報道された。このような報道に対してタワドロス2世は、「それは間違いだ。犠牲はキリスト者だけではなく、イスラム教の兄弟も同様だ。テログループが襲撃しているのは教会だけではなく、あらゆる施設を攻撃して破壊を繰り返している」「キリスト者も大多数のイスラム教の兄弟姉妹も厳しい環境下で助け合って生きている」と述べ、同胞団対コプトの図式を否定した。
同胞団について日本のマスメディアでは、朝日新聞は「イスラム政治組織」と、読売新聞は「イスラム主義組織」と表現しているが、これ以外は、「イスラム原理主義組織」とも「穏健派イスラム主義組織」とも表現している。このことについては、朝日新聞の川上泰徳が「日本のメディアがいまなおムスリム同胞団を「イスラム原理主義」と呼んでいるとしたら、メディアとしては不見識と言わざるを得ない」と指摘している。
同胞団の内部では長年、非暴力を貫くグループと、状況によっては暴力を容認するグループが対立しているとされる。第3代最高指導者ウマル・ティリムサーニー(在任1973-86)は社会奉仕活動を強化し、穏健化の道を選んだ。彼に続く指導者たちも穏健化路線を堅持した。しかし、クーデター後はシーシー政権による弾圧が強まり、同胞団内部では過激派が台頭しているとされる。
日本の一部中東専門家や記者は、「ムスリム同胞団は慈善団体であり、穏健なムスリム集団であって、過激派イスラムでも、原理主義者の集団でもない」としている。しかし、佐々木良昭が理事長を務める特定非営利活動法人・日本イスラム連盟は、このような単純な見方を否定している。それによると、同胞団はムハンマド・アリー朝を倒すために誕生した革命集団で、エジプト革命 (1952年)を実現した。しかし、自由将校団に革命を横取りされ、ナーセルによって徹底的に弾圧された。やがて同胞団が体制に妥協的になり、闘争精神が低下したため、同胞団内部の過激派が離脱した。また、サウジアラビアに亡命した者の中には、イスラム大学の教授に就任し、同胞団の理論を講義した者もいる。その影響を受けた者の中にはウサマ・ビン・ラディンがいた。パレスティナのハマースも同胞団の分派であり、思想の根本は同胞団の理論である、としている。
2011年、シリアにアラブの春が波及し、シリア内戦が勃発すると同胞団はアサド政権に対抗する。同年11月、各国の同胞団に影響力を持っていたトルコの首相レジェップ・タイイップ・エルドアンはシリアの大統領バッシャール・アル=アサド(B.アサド)に対して、閣僚ポストの4割を同胞団に与えるなら、反体制派の鎮静化に協力すると伝えたとされる。しかし、宿敵である同胞団を受け入れよと要求してきたことに不信感を抱いたB.アサドはこの提案を拒絶した。するとエルドアンはアサド政権打倒のために対シリア経済制裁を発動し、シリアのスンニ派反政府武装勢力(ISILと関連の深い組織を含む)を支援した。エルドアンのこうした動きはスンニ派諸国の喝采を浴びた。
同胞団はシリア国民評議会(英語版)(SNC)に参加して反体制派への影響力を行使しようとした。しかし同評議会には参加組織が多すぎる上に組織間の連携を欠き、同胞団を含めシリア国内への基盤が弱かったため、現地へ影響を及ぼすことはできなかった。