原城
1990年(平成2年)から発掘調査が開始され、破壊された城の残骸の中に大量の人骨が発見された。人骨と同時に当時の十字架やメダル、ロザリオ等も発見された。
2000年(平成12年)の調査では、国内最大級となる虎口遺構が確認された。虎口の空間は南北90メートル(以降m)、東西80mのほぼ正方形であった。発掘当初の予想を越える規模であり、全国的に見ても最大級の虎口となる。 また、城内の主通路には玉砂利が敷かれていることも確認された。
2004年(平成16年)からの調査では、当時のキリスト教関係施設に使用されていた花十字紋瓦の破片も発見されている。キリシタン大名が所有していた城郭からの初めての出土となった。
本丸西側からは立て籠もった一揆軍が使用したと推測される竪穴建物跡群が検出された。一辺が約2~3mを測る方形の竪穴建物跡で、床面は焼けており、中からは多くの陶磁器や瓦、人骨などが出土した。竪穴建物跡群は規格性があり、同一集落を基本とした家族単位で使用したと考えられている。