メアリー・セレスト
メアリー・セレストの乗組員と同乗していたブリッグズら家族の消息を巡るこの事件最大の謎は、総帆状態で航行可能な船を遺棄した乗員がパニックに陥った原因である。
1,ブリッグズ家族の逃亡(乗員の叛乱)
ただしニューイングランドのピューリタンであるブリッグズは公明正大な人間として知られている。アメリカ南北戦争の従軍後に船乗りとなった一等航海士アルバート・リチャードソンを含む船員の評判も素晴らしく良い。
2,海賊の襲撃
頑丈な船と船荷を残す理由が考えにくく、拉致した船員らの身代金を取ろうとした事実もない。
3,海震や漏斗雲をもつ暴風雨(水上竜巻)などの自然現象
上方に吸い上げられる海水でパニックに陥った乗員がボートを降ろし、本船を遺棄した説。
仮に海水を吸い上げるような強大な水上竜巻であれば船体を破壊し、当時の地震の記録が無いために合理的根拠を欠く。
4,アルコール樽を原因とするもの
歴史家コンラッド・バイヤー(Conrad Byer)の最も有力で信憑性のあるこの説によれば、船倉から漏れたアルコールのもやが激しく吹き出したため、全員救命ボートに移るよう指示。