押井版ルパン三世
だが、社会が豊かになり金を出せば何でも買える時代になった現代ではお宝という夢は成立せず、泥棒というルパンのようなキャラクターは成り立たない」という問題意識を持っていたため、『カリオストロの城』ではルパンに少女の心を盗ませた。宮崎と同じ考えであった押井も、「これ以上見るに耐えないっていうか、死人を踊らせるに等しいのは見るに耐えない」という気持ちがあったため、最終的にルパンを完結させるような内容を構想、ルパンに虚構を盗ませ「ルパンは最初から存在しなかった」と思わせるような脚本を作り上げた。押井は後に「宮さんが僕に期待した役割はまず間違いなくそうだったはずなんです」「自分はやりそこなったけど、自分より後の世代であるあんたの手でルパンに引導を渡せ、ということだったと僕は理解している」と発言している。なお、「ルパンは最初から存在しなかった」とは正確には、ルパンの正体は次元大介、石川五ェ門、峰不二子の3人であり、この3人が交代で変装していたのがルパンというものだった。
公開時期も決まり、劇場で配布された制作中の東宝映画を紹介するリーフレットには「世紀末、彼は時代を盗んだ」のキャッチコピーと共に押井監督ルパンが予告されていた。だが、押井が拘った下記の脚本はプロデューサーの理解を得られず押井は降板、企画は頓挫した。
2012年に公開されたアニメ映画『009 RE:CYBORG』は、当初は押井守が監督に予定されており、そのときのアイデアは天使の化石がおさめられた巨大な塔が東京に建造され、そこに主人公の島村ジョーが登っていくというもので、本作の構想の一部が流用されたものだった。
構想の流用については、他にも以下のような例が挙げられる。
ルパン三世シリーズのメインキャラクター5人は登場するものの、峰不二子は他の4人には最後まで会わない。盗まれた化石を元にルパンを追跡する→『機動警察パトレイバー the Movie』で虚構性を明らかにした刑事2人の役目として使われる。
主人公が不確定→『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』。
虚構の中で東京を壊滅させる→『機動警察パトレイバー 2 the Movie』。
クライマックス、ルパンがバベルの塔を昇っていく→『機動警察パトレイバー the Movie』の箱舟描写に生かされる。
事件の黒幕が冒頭で物語から退場する→『機動警察パトレイバー the Movie』の帆場。
脚本を手掛けた『ルパン三世 PART6』第10話「ダーウィンの鳥」では天使ならぬ“堕天使(ルシファー)の化石”が登場する。