阪神本線
路線の専用軌道化を推し進めるに当たり、神戸の併用軌道区間については当初高架線によって解消を計画していたが、市の要請で地下線に変更した。同じ様に高架線での神戸三宮乗り入れを計画していた阪急は、地下線への計画変更に終始反対していて長らく工事に取り掛かることができなかったため、先に市街地への乗り入れを果たすことが競争で優位に立つ要因であると判断し、阪神電気鉄道側は譲歩したと見られている。
1933年に三宮駅への乗り入れを果たした後、阪急の三宮駅乗り入れを控えた1936年には中心地の元町乗り入れを達成し、「大阪の中心から神戸の中心へまたずにのれる」とアピールした。なお、1934年に三宮駅から先の区間の敷設免許を申請した際には、湊川駅まで延伸して山陽電気鉄道と接続する予定であったが、資材と予算の都合もあり、元町駅までを突貫工事で完成させて当面の措置としたといわれている。
なお阪神電気鉄道は、本線の線形の不利を補おうと、第二阪神線なる別線を張り付けでの複々線化も一時は検討していた。その計画は結果的には頓挫したが、一部は伝法線(→西大阪線→阪神なんば線)として開業している。さらに上記の元町駅・湊川駅への延伸も、本来はこの計画の一環として計画されたものであった。
同社はまた、阪神国道(今の国道2号)上に路面電車を敷設する計画が上がった際には、阪急以上の脅威となる可能性を危惧し、積極的に介入を行った。これは1927年に阪神国道電軌として開業し、翌年には阪神へ合併され、同社の国道線となっている(1975年までに全線廃止)。
●:停車、▲:時間帯・列車により停車、△:臨時停車の場合あり、
|・↓・↑:通過、↓・↑片方向のみ運転
普通:全駅に停車(表中省略)。S特急は当線内では神戸三宮駅 - 元町駅で運転され、両駅に停車する。
区間特急:平日朝に大阪梅田行きのみ運転、区間急行:平日朝のみ運転、快速急行:神戸三宮発着。
#印のある駅は列車待避可能駅
駅番号は2014年4月より導入。
↑ 運転系統としての「京都本線」。同線の正式な起点は「十三駅」。
↑ 大阪難波行きは大阪難波駅で準急または普通に変更し、近鉄奈良線まで直通運転。
↑ 但し、平日朝の普通尼崎行きの一部に、尼崎駅から快速急行神戸三宮行きに変更し本線に直通する列車がある。
神戸高速線・山陽電鉄本線内の停車駅は直通特急については「直通特急 (阪神・山陽)」を参照。直通特急以外は両線内とも各駅に停車。
緩急接続は、基本的に尼崎駅で急行・快速急行(平日朝の大阪梅田行きは区間急行、早朝・深夜時間帯は直通特急・特急)に、千船駅と尼崎センタープール前駅で特急・直通特急の、御影駅で快速急行の、それぞれ通過待ちを行う。西宮駅では早朝・深夜の一部列車を除いて直通特急・特急と快速急行または西宮駅発着の急行に、御影駅と高速神戸駅でそれぞれ直通特急・特急に接続する。加えて下りは野田駅で急行(平日朝ラッシュ時は千船駅で区間急行)に接続するほか、早朝・夜間に甲子園駅で直通特急・特急に接続する列車、大阪梅田駅発甲子園駅止まりの急行から接続を受ける列車もある。
2009年3月20日実施のダイヤ改正で、2006年10月28日改正時から実施されていたジェットカーによる山陽電鉄東須磨駅までの乗り入れ運用が廃止された。ただし新開地駅までの乗り入れは継続している(早朝から朝にかけて平日3本、土休日2本と土休日夜に1本)。
5700系や5500系リノベーション車両には乗降扉の横に自動ドアボタンが設置されており、これらの車両で運用する列車のうち緩急接続や通過列車の待避で長時間(2分以上)停車する駅においては、車内温度維持のため乗降客がドアを開閉する半自動扱いとしている。なお、半自動扱いをした場合は、発車直前に自動扱いに切り替えて一旦ドアを全開閉する。