情報本部
情報本部長(指定職5号)には陸将、海将又は空将の自衛官が任命される。また、本部長は2009年(平成21年)6月3日に公布された「防衛省設置法の一部を改正する法律」に基づき新設された防衛会議の構成員となる。本部長は自衛官を退官後、内閣衛星情報センター所長(指定職6号、本省審議官級)に就任するケースが多い。副本部長には防衛省大臣官房審議官(旧:防衛庁長官官房審議官、官名は防衛書記官)を本務とする者がその職を兼補する形で任命される。
さらに、その下に情報専門スタッフとして4名の情報官が置かれる。内訳は、事務官が1名と自衛官が3名であり、事務官は各国の安全保障・国防政策に関する情報を統括し、自衛官は各々の担当地域の軍事情勢の統括を行う。また、情報官とは別に情報評価官と情報保全官がそれぞれ1名ずつ配置されている。情報評価官は情報本部が実施する情報の収集整理について、その効果的な実施を図る観点から行う評価に関する事務を司る。情報保全官は防衛省における情報保全の確保を図る見地から情報本部の所掌事務に関する重要事項に係るものを総括整理する役割を担う。
内部組織の詳細については公表されていないため、下記の組織図は現在までに公文書等で確認できるもののみを記述している。