ヨウェリ・ムセベニ
1979年6月国民諮問会議は内紛によりユセフ・ルレに代えてゴッドフリー・ビナイサを新議長に選んだ。ビナイサも権力闘争で地位を追わることになる。11月にムセベニは国防相から地域協力相へ転任し、ビナイサは軍を掌握しようとした。オイテ・オジョク参謀長を解任しようとしたビナイサはパウロ・ムワンガ、ムセベニ、オケロらのクーデターで逆に軟禁された。ムセベニを副議長とする大統領委員会は12月に総選挙を実施すると発表した。
今日ではよく知られた人物であるムセベニがウガンダ愛国運動 (UPM) を結成したのはこの頃で、オボテのウガンダ人民会議 (UPC)、保守党 (CP)、民主党 (DP) などと戦った。UPCとDPが有力候補であると考えられた。公式結果はUPCの勝利を宣言し、ムセベニのUPMは126議席中の1議席のみを獲得した。投票の信頼性に関し多くの不規則が妥協された。選挙計画では、委員長のパウロ・ムワンガは各候補が別々の投票箱を持つべきとしたUPCの主張を支持した。これは他の政党から投票の操作が容易になるとして猛然と反対された。浮動票がUPCに流れた可能性もあった。一般に親UPCの北部ウガンダの有権者数は反UPCのブガンダと比較して少なかった。不正選挙の疑いがムワンガの公式発表までに広まり、敗北した政党は選挙違反の例を挙げて新政権の承認を拒否した。
UPDAとHSMの敗北により兵力は神の抵抗軍 (LRA) へと引継がれ、LRAの被害はアチョリ自らに及んだ。
ムセベニは評判を回復するために人権の尊重を訴えたが、NRM も少年兵の使用 を非難された。NRA は公正さを認められるよう努めたがすぐに失墜した。ある村人は「ムセベニの部下が最初に来たとき、よく活動し私たちも彼らを歓迎した、しかし、彼らは人々を逮捕し殺し始めた。」と語った。
1989年6月アムネスティ・インターナショナルは "Uganda, the Human Rights Record 1986–1989" と題したウガンダの人権報告書を発表した。それは NRA の部隊により遂行された数多の人権侵害を報告した。戦闘の最も激しい局面の1つの1988年10月から12月の間に NRA はグルの町とその周りの約10万の住民を強制移住させた。兵士は強制移住の際に家や穀倉を焼き数百人を超法規的に処刑した。しかしながらアミンやオボテ政権の間に行われたような系統的な拷問の報告はほとんどなかった。結論で報告書は
NRM 政権の人権の履行状況は政権獲得後4年間で初期の数ヶ月よりどう見ても悪化している。しかしながら、複数の評論家と観測者が「大量の人権侵害へ逆戻りする傾向がある」として、「ウガンダは悪い政府の手で苦しめられるよう運命づけられている」と言うのは事実ではない。
としていくらかの希望を伝えた。