相良丸 (特設水上機母艦)
小橋義亮 大佐:1941年9月20日 - 1942年4月18日
松原雅太 後備海軍大佐:1942年4月18日 - 1943年1月30日
神田嘉穂 大佐:1943年1月30日 - 1943年8月28日
12月10日にシンゴラ近海に到着後は、シンゴラを拠点として引き続き対潜哨戒に従事し、1942年(昭和17年)1月26日にはアナンバス諸島に移動してパレンバン攻撃支援などを行った。2月21日付で第一南遣艦隊(小沢治三郎中将・海軍兵学校37期)主力部隊に編入され、昭南(シンガポール)に進出して昭南近海やマラッカ海峡方面で艦載機による対潜哨戒、機雷および水中障害物の捜索を行う。3月9日にはペナンに到着して水上機基地設営の後、スマトラ島北部、アンダマン諸島方面の作戦に協力。一連の作戦が一段落した6月14日、ケッペル港第三船渠に入渠して福井静夫技術少佐の考案による迷彩塗装が施された。整備終了後は再びマラッカ海峡、アンダマン諸島方面での対潜哨戒に従事した。この後、12月1日付で特設運送艦に類別変更される事が内定したため、搭載航空機を東印部隊に移管した。
横須賀に帰投後、1943年1月から2月、「相良丸」は陸軍部隊のウェワクへの輸送(丙一号輸送と丙三号輸送)に参加した。「相良丸」などの丙一号輸送での任務は第二十師団主力の釜山からウェワクへの輸送、丙三号輸送での任務は第四十一師団主力の青島からウェワクへの輸送であった。「相良丸」は集合地の釜山に1月7日に着いた。丙一号輸送では「相良丸」は第六戦隊(「北上」、「大井」)、「讃岐丸」とともに第一輸送隊として1月9日に釜山を出発し、パラオを経由して1月19日にウェワクに到着した。「相良丸」と「讃岐丸」はパラオで南洋興発の農林部員50名と第二特別根拠地隊の設営隊員150名も乗せた。「相良丸」の輸送内容は人員1086名、車両10両、物件2829梱であった。