ザ・レイプ・オブ・南京
前掲論文において、秦は本書の四十数枚の掲載写真のうち、「首切り」のカテゴリーが7枚、「性犯罪」の関連が4枚であると残虐行為の写真を限定し、撮影者の名や日付が記入されているものがないので、すべてニセモノだと断定している。しかし、本書には秦が選別した写真以外にも、首切りや性犯罪、あるいは虐殺の写真が掲載されている(マギーフィルムや村瀬守保の写真など)。これについて、巫召鴻は、秦は残虐行為などに係る写真を選別した結果、すべてが出所不明だったという印象を与えているが、実際には残虐行為の写真のうち、出所不明であると思える写真を選別したものが秦の言う11枚の写真であったというべきであると指摘している
前掲論文で、秦は、ニセモノであると断定している11枚の写真のうち、何らかの検討をしているものは、前述のアサヒグラフの写真を含め、3枚だけである。秦が検討した3枚の写真のうちの1枚は、確実な写真であるとする指摘がある。また、秦が言及しなかった別の写真についても、「近隣した時間に同じ場面を」別の角度から撮影した写真が、南京戦に参加した日本の部隊の軍人の遺品から発見され、これを根拠に、合成説等がなりたたないとする記事が、2008年9月に朝日新聞に掲載された。同記事では秦郁彦へのインタビューも掲載され、その写真については秦も合成写真説が成り立たないことを認めた。
なお、批判については、たしかに本書には誤りも多いものの、総じて対象となる事件の本質にかかわるものでなく、何よりも著者であるチャン本人が取材で集めた事件被害の経験者らの証言集・口述集である点に値打ちがあることを無視してはならないという主張がある。
秦郁彦によれば、本書の出版直後には、『ニューズウィーク』『ワシントン・ポスト』『ニューヨーク・タイムズ』が「扇情的な見出しを打って持ち上げた」のに対し、「情熱は買うが歴史書としては不適切」、「中共も同じ事をチベットでやった」などの例外的な批判が少数見受けられた程度であったとされるが、その後、日本について詳しいとされる研究者から批判されるようになった。
カリフォルニア大学のジョシュア・A・フォーゲルは「きわもの的書物」と表現で、歴史的事実の誤認があると主張している。
スタンフォード大学歴史学教授のデイビッド・M・ケネディは、本書の副題The Forgotten Holocaust of World War II(第二次世界大戦における忘れられたホロコースト)が旧日本軍の行為とホロコースト(ユダヤ人大虐殺)を同視するものであるが、「南京での出来事が、ユダヤ人大虐殺との比較に値するかどうかはおそらく、別の問題であろう。また、チャン氏が断言するようにそれらの出来事が完全に忘れられてしまったのかどうかも明らかではない」と主張している。
ワシントン・アンド・リー大学東アジア史教授ロジャー・B・ジーンズは、本書を「不完全な歴史(half-baked history)」と評した上で、「当時の南京の人口を大きく水増しし」、「東京裁判を無批判に受け入れている」と主張、セントオラフ大学歴史学教授ロバート・エンテンマンは「チャン氏が提示する日本の歴史的な背景はありきたりで単純で、固定観念にとらわれており、しばしば不正確である。