四原因説
経験科学が発展し反スコラ的気運が高まる中で、いずれの軸も二原因から一方だけ取り上げられ、時間軸からは目的因が、階層軸からは形相因が排除されていった。つまり、しばしば一つに融合されがちだった形相因と目的因とが共に却けられ、目的論から因果論への移行が促された。理由の説明はWhyでなくHowで問うべきとされ、「なぜ」という問いが「何のために」(=目的。スコラ哲学のpropter quid)の意味に解されやすいのを避けたわけである。質料因については、非アリストテレス的な近代的世界観では物質と同視されるようになり、それは本質的に変化を受けるものであるから原因としては言わずもがなのことと考えられ、探求に価するのは作用因のみと見なされた。
近代科学では古典的な四原因説は批判され、諸原因の作用因への一元化が進んだ。形相因・目的因は形而上学に属し自然学は質料因・作用因を扱うべきであると言うのが、フランシス・ベーコン『学問の尊厳と進歩』(1623年)の学問分類であった。デカルトは、自然学においては作用因のみを研究すべきであることを主張した。デイヴィッド・ヒュームは『人間本性論』(1739年)で因果性の種類区別を否定している。
しかし科学史家トーマス・クーンの見る所では、ガリレオやケプラーらの機械論的力学に始まって他領域に拡がった数学的な形式化(formulation)が展開されるにつれ、例えば運動の規則性が方程式という公式(formula)で示されるように形相(form)から結果が導出されることとなり、再びアリストテレス流の形相因による説明と――「実質的にではないが構造的に」――類似するに至っている。