エンドペプチダーゼ
通常、特定のアミノ酸に対して非常に特異性を持つ。エンドペプチダーゼの例には、次のようなものがある。
トリプシン - プロリンが後(C末端側)にないアルギニン又はリシンの後を切断する。非常に特異性が高く、pH8で最もよく働く。
キモトリプシン - プロリンが後にないフェニルアラニン、トリプトファン、チロシンの後を切断する。またヒスチジン、メチオニン、ロイシンの後をよりゆっくりと切断する。pH8で最もよく働く。
エラスターゼ - プロリンが後にないアラニン、グリシン、セリン、バリンの後を切断する。
テルモリシン - プロリンの前(N末端側)にないイソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシン、バリンの前を切断する。アラニン、アスパラギン、ヒスチジン、トレオニンの後を切断することもある。熱に安定である。
ペプシン - プロリンの前にないロイシン、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシンの前を切断する。他と違い、特異性が高くない。pH2で最もよく働く。
エンドペプチダーゼV8 - グルタミンの後を切断する。pH8で最もよく働く。