国鉄分割民営化
さらに、異なる会社へ直通する列車の乗務員の交代、車両の保守管理の担当、車両使用料の精算、運賃の計算と精算、担当する車両基地の割り振り、設備の分割と使用経費の分担など様々な問題に対して、新たなルールの制定が必要となった。
会社間の実際の分割場所は、境界駅の場内信号機外方(駅から見て外側)となった。1つの駅の設備についてはすべて1つの会社で担当するという考え方としたためである。東海道本線来宮駅についても丹那トンネルの中にある東海道本線上りの場内信号機が境界であり、その内方(東京方)がJR東日本、外方がJR東海となるが、トンネル構造物は分割できないため、トンネル全体をJR東海が管理している。なお、東海道本線米原駅は下り場内信号機をJR東海とJR西日本の境界とすると複雑になりすぎることから、東京方下り第一閉塞信号機が境界である。また、亀山駅については、JR東海の管轄駅であるが、駅構内西側にある亀山機関区はJR西日本の路線となる関西本線亀山駅以西を担当していたため、JR西日本に帰属することになった。これは、廃止予定であった後身の伊勢運転区が、この地域におけるJR東海の車両基地を維持するために一転して存続となるという副次的な効果をもたらした。
既述のように、分割民営化以前に決定された特定地方交通線の整理は民営化から3年以内に完了したが、その後地方ではそれ以外の赤字ローカル線についても過疎化や少子高齢化、道路網整備によるモータリゼーション化の進展による利用者の減少により一部で廃止された。一方、国鉄再建法により既存の民間運輸事業者に譲渡された2路線(下北交通大畑線、弘南鉄道黒石線)はその後赤字の増加などで廃止された。第三セクター化路線も2006年4月全廃の北海道ちほく高原鉄道を皮切りに神岡鉄道・三木鉄道・高千穂鉄道が利用者の減少に伴う赤字の増大や自然災害による被災などを理由に全線廃止、のと鉄道は路線の大半を廃止している。黒字を計上しているのは大都市圏に近く条件に恵まれた愛知環状鉄道(同社であっても、愛知県からの補助金を差し引くと黒字計上できた期はほとんどない)などごく一部に限られており、各社に給付された転換交付金も金利低下による運用益の減少などで大きく目減りしている。2000年代以降にはいわゆる「上下分離」方式により、線路の所有と運営企業を分離した路線(若桜鉄道若桜線・信楽高原鐵道信楽線)や、従来の事業者が線路の所有のみとなり運営企業を変更した路線(北近畿タンゴ鉄道宮津線)も出現している。
国鉄分割民営化によって、国鉄はその事業等を以下の12承継法人に承継した。
北海道旅客鉄道株式会社(JR北海道)
東日本旅客鉄道株式会社(JR東日本) - 2002年6月、完全民営化。
東海旅客鉄道株式会社(JR東海) - 2006年4月、完全民営化。
西日本旅客鉄道株式会社(JR西日本) - 2004年3月、完全民営化。
四国旅客鉄道株式会社(JR四国)
九州旅客鉄道株式会社(JR九州) - 2016年10月、完全民営化。
日本貨物鉄道株式会社(JR貨物)
財団法人鉄道総合技術研究所(JR総研) - 2011年4月、公益財団法人に移行。
鉄道情報システム株式会社(JRシステム)
鉄道通信株式会社(JR通信) - 現:ソフトバンク。
新幹線鉄道保有機構 - 1991年10月、解散。
日本国有鉄道清算事業団 - 国鉄の法人登記を承継し、現在の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構(JRTT)に引き継がれている。1998年10月、解散。