ゲーム脳
これを知ったあるブログ運営者が日本自閉症協会(現・NPO法人東京都自閉症協会)に質問メールを送付したことを受け、協会は森に抗議文書を送付したが、森は自身の発言を否定しており、録音した音声などの正式な発言記録も残されていなかった。そのため、協会は抗議を撤回し、ウェブサイトに森への謝罪文を掲載することとなった。森は「ゲームで自閉症になるとは言っていないが、川崎医科大学(岡山県)小児科教授の片岡直樹がテレビにより自閉症類似の症状となるという研究を行っているのを紹介したことがある。自閉症の話を扱う際は、慎重に発言している」とした。
しかし、森の著書『ITに殺される子どもたち-蔓延するゲーム脳』(2004年刊)には「多動児や自閉症は先天的なものだけが原因とはいえない」という趣旨の記述が残されている。また、のちにある個人により、2004年に行われたゲーム脳を題材とした講演(伝聞で発言したとされる講演とは別の会場で行われたもの)の音声が公開された。ここでは川崎医科大学の研究について言及しているが、自閉症を抱えた子どもたちを「おかしい子ども」と表現し、「テレビ・ビデオが原因で自閉症の状態になる」「岡山では100人に1人が自閉症であるが、先天的なものは非常に少ない」という森の発言が残されている。
大阪大学教授の菊池誠は2006年のNHKの番組で、ゲーム脳をマイナスイオン、ゲルマニウムの効用、水からの伝言などとともにニセ科学として「科学的に信頼しうる根拠がない」「子供がゲームをしすぎるのは科学ではなくしつけの問題。しつけの根拠に科学を求めてはいけない」などと指摘した。それに続けて、社会に結論だけを求める風潮が蔓延しつつあるとの疑問を呈した。また、菊池は自身のブログにおいても批判を書いている。
ゲーム脳理論が教育者やマスメディアに支持される一方で、学者・有識者などからは、ゲーム脳に対する根強い反証や批判も少なくなく、マスメディアによりこれらの批判が報じられることもある。これらは森が提唱した仮説の否定であり、「ゲーム脳」とは無関係な事象への言及、たとえば「ゲームを遊びすぎることの肯定」につながるものではない。