MO作戦
連合艦隊も空母増強の必要を認めたが、第二航空戦隊は本作戦に不適当と考え、練度の低い第五航空戦隊を加賀と入れ替えて実戦経験を積ませることにした。4月10日、第二段作戦第一期兵力部署を発令した際にその入れ替えを実行した。さらに12日、連合艦隊司令長官は第五戦隊、第五航空戦隊、第7、第27駆逐隊の南洋部隊編入(4月18日付)を実施した。
5月、珊瑚海海戦が発生。 5月10日13時30分、珊瑚海海戦の結果を受けて連合艦隊は「ポートモレスビー攻略作戦を第三期に延期す」と発令した。5月18日、軍令部はFS作戦間に再び実施することに改め、FS作戦と第二次MO作戦を指示した。しかし、6月にミッドウェー海戦(MI作戦)で空母4隻を失い、ミッドウェー島の攻略も失敗したため、6月11日、軍令部はFS作戦の延期とポートモレスビー陸路攻略のための作戦路の探索を命じた。
7月11日、FS作戦の中止が発令された。FS作戦は基地航空兵力をソロモン諸島から逐次南方に推進する構想であったが、航空兵力整備の現状等からみて無理があると判断されためであった。しかしポートモレスビーの攻略は将来FS作戦を実施するため、また南東方面航空戦激化の現状を改善するため、実施する必要があった。