甲南中学校・高等学校
オリエンテーション合宿 - 中学1年生はオリエンテーション合宿に1泊2日で国立淡路青少年交流の家に宿泊する。2012年度までは奥琵琶湖マキノホテルで1泊2日で宿泊していた。今では、ユニトピア篠山で宿泊している。
演劇鑑賞 - 毎年5月に行う。
灘甲戦 - 毎年6月に灘中学校・高等学校と灘・甲南定期試合(灘甲戦)を催している。
新制甲南大学創設当時、近隣の新制灘高等学校から多数の生徒が甲南大学に入学した。その事が縁で甲南高等学校と灘高等学校の間で交流戦が行われるようになった。一年ごとに甲南・灘と場所を交代(奇数年は甲南、偶数年は灘)して開催される。
高校修学旅行 - 毎年6月中旬に高校2年生が修学旅行に北海道・東北に4泊5日で宿泊する。
臨海学舎 - 毎年7月中旬、竹野浜シーサイドホテルに海水浴に3泊4日で宿泊する。
中学体験学習 - 毎年11月初に、中学2年生は英語研修合宿を行う。2012年度までは、岡山県の牛窓 カリヨンハウスに2泊3日で宿泊していた。2017年度より、カリヨンハウスでの宿泊を再開した。2018年度の中学2年生はクラスを解体し各クラス3名ほどを選んで5組を結合するようにした。
生物研究部
化学研究部
物理研究部
数学研究部
ブラスアンサンブル部(Konan Brass Ensemble,通称KBE)
器楽部
ESS部
文芸部
将棋部
美術部
書道部
鉄道研究部
新聞部
放送部(Konan Broadcasting System,通称K.B.S.)
クラシック同好会