ポケモンコロシアム
謎の組織との戦いを繰り広げながら、彼らによってココロを閉ざされ戦闘マシーンと化したポケモン「ダークポケモン」を「スナッチ」(奪い取ること)し、「リライブ」という手段でココロを開き、元のポケモンに戻していく事が冒険の目的である。エンディング後は、リライブしたポケモンとGBA版のポケモンの通信交換が可能となる。
基本的なシステムはGBA版ポケットモンスターとほぼ同じものを踏襲しているが、全ての戦闘はポケモンを2体ずつ繰り出す「ダブルバトル」で行われる。他の相違点として、町やダンジョンへ移動する場合は全体マップから選択する、セーブはゲーム内のパソコン端末でしか行えない等がある。次作では本編同様どこでもセーブできるようになった。
『ルビー・サファイア』等の携帯機版と比較すると、いきなりレベルが高い状態で始まり(Lv25から。ただし主人公もエーフィ、ブラッキーと強力なポケモンを連れているので調整はされている)、前述の通りバトルが(GBA版ではシナリオ中機会の少ない)ダブルバトルのみ、対戦相手の強力な戦略と思考能力、野生のポケモンを捕獲できないため不確定要素のあるダークポケモンの使用が事実上必須、基本的にトレーナーとのバトルでしかレベルを上げられない上に敵のレベルは総じて高めである等、まず携帯機版をクリアしていることを前提としているかのような高い難易度である。
本作の主人公。「人のポケモンを奪う」という悪党の集まり、スナッチ団の元団員。団のスナッチマシンを盗み出し、アジトごと爆破しエーフィ・ブラッキーとスナッチ団を出る。その事件以降、裏切り者として追われることになりながらもシャドーに立ち向かっていく。スナッチ団を抜けた理由は不明。
用意されている名前候補はレオ、ユータ、タツキ。
GBA用ソフト『ポケットモンスター ルビー・サファイア』(後に発売された『ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン』『ポケットモンスター エメラルド』にも対応。ただし、エメラルドの場合、対戦時に出てくる主人公は「ルビー・サファイア」の姿になる)で育てたポケモンで、ノンプレイヤーキャラクター、または他のプレイヤーと対戦することができるモード。システム的にはほぼ『ポケモンスタジアム』の踏襲である。しかし、使用ポケモンや持たせるアイテムの重複は不可能。
『スタジアム』の特徴のひとつであった対戦時の実況は存在せず、同様にポケモンの鳴き声もGBA版の電子音そのままであり、アレンジはされていない。また、『ルビー・サファイア』以前から登場した251匹のポケモンのグラフィックは、ほとんどが『スタジアム』より流用されたものであり、さらに攻撃モーションも1種族毎に1通りのみとなっている。一方、『スタジアム』にはなかった追加要素として、クリア特典で獲得できる「ポケクーポン」が挙げられる。クリアしたものの難易度に応じて獲得できるポイントであり、貴重なアイテムと引き替えができる。特に一部のきのみは当時この方法でしか入手できなかった。
対戦モードではいずれも使用するポケモンに制限は無いが、いわゆる「伝説のポケモン」を使用すると勝ち抜いたときにもらえる「ポケクーポン」が減額されるペナルティがある。