折田彦市
1897年(明治30年)には京都帝国大学が設立されることとなった。第三高等学校長の折田は、牧野伸顕(文部次官)、木下広次(文部省専門学務局長、元第一高等学校校長)、永井久一郎(文部省会計課長)とともに創立委員に任命され、審議にあたっている。文部省内の当初案では三高を昇格して帝国大学にする案もあり、関西への大学新設を働きかけてきた経緯から、折田を京都帝大総長の有力候補とする観測もあったが、結局初代総長には木下広次が就任した。第三高等学校は施設を京都帝国大学に譲渡し、吉田神社参道(東一条通)を隔てて南側の二本松地区(現・京都大学吉田南構内)に移転した。第三高等学校は大学予備教育機関として転換され、予科が復活設置される一方で専門学部は廃止された。
1910年(明治43年)11月、校長を辞任。突然の辞任の理由について折田は語っておらず、はっきりしない。折田は前年還暦を迎えており、おそらく老齢と健康問題によるものと推測されている。折田彦市前校長退任式と酒井佐保新校長就任式は11月27日に武道場で行われた。折田は「三高三十年の感想は、わずかな時間に尽くすべくもない。私の生活は第三高等学校であった」と退任の挨拶を述べ、生徒の中には涕泣するものもあったという。
三高では校長が交替するたびに、生徒が新校長に校風の遵守を求めるということが風習であったが、その始まりは、1910年(明治43年)、折田校長退任式と同時に行われた酒井校長就任式である。酒井が新任挨拶の中で三高の「自由主義的」な校風に触れ、その放恣を厳しく戒めたところ、生徒たちは次々に発言を求め、伝統と校風を強調するとともに、新校長にその遵守を迫ったという。1922年(大正11年)には、生徒の統制を強めた第3代校長金子銓太郎に対する激しい排斥運動が起こっている。金子に代わった第4代校長森外三郎以後、溝淵進馬、森総之助といった歴代の校長は折田校長時代の三高を卒業した人物であり、その学校運営は折田を範としたものになった。
三高の「自由の学風」は、隣接地にあり人的な交流も活発であった京都帝国大学の学風に影響を与えたと考えられており、新制京都大学の「自由の学風」にもつながっているとされる。後年、折田の銅像へのいたずらが激化した際、京都大学当局は「折田彦市先生は、第三高等学校の校長として京大の創設に尽力し、京大に自由の学風を築くために多大な功績を残した人です」という看板を設置している。