長崎県交通局
1996年(平成8年)以降は「ポニーバス」の愛称で日野・リエッセが本格導入され、矢上地区や諫早市内でも新規路線の開設が進められた。リエッセの生産終了後は、代替としてリエッセII・ロングボデーが導入されている。 2011年(平成23年)には、元・長崎市コミュニティバス「らんらん」の車両を譲受し、1960-70年代の県営バス復刻塗装を施して、同年12月より長崎市内中心部を循環する「ながさきお買いものバス」を開設した。その後、2015年(平成27年)4月以降は当該車両を片淵 - 長崎駅前線に転用し、「ながさきお買いものバス」は廃止となった。 市内路線で使用される中古車両は、2009年(平成21年)に横浜市営バスからいすゞ車、羽田京急バスから三菱車がそれぞれ初めて導入され、その後も横浜市営バスの中古車両を中心に数を増やしている。2014年(平成26年)からは東京都営バスの中古車両の導入も行われている。
前中4枚折戸車の試験導入前後には、吊り革の輪の部分を2本のベルトでV字型に支える方式が採用されていたが、本格採用には至らなかった。
「ポニーバス」8C17
新車で導入された中型車の例 4F53
中古車両の例 1B53(元横浜市交通局車両)
九州急行バス株式会社
雲仙ロープウェイ株式会社
貸切バスの塗色は、1959年(昭和34年)度購入の冷房車に当時の外国人専用車のカラーをベースとした白色基調の塗色(前述の長距離路線用に同じ)が採用され、好評のため以後も冷房車を中心にこの塗色で購入されるようになった。「白バス」とも呼ばれた。
また、別に専用色が施されたこともあった。
現在のカラーは1983年(昭和58年)導入の空港連絡バスより導入され、初代エアロバスのサンプルカラーをベースに青基調に塗り分けを改めたスタイルとなっている。この年以降、すべての貸切・高速バスがこの塗装となっている(9E20号車の写真を参照)ほか、大部分の長距離路線用車両もこのカラーに変更されている。ただし、1991年(平成3年)までに導入された「りんどう号」専用車は共同運行事業者の九州産交バスと共通の専用色であったが、後にこのカラーに変更、もしくはそのまま廃車された。なお側面のロゴは当初は「KEN-EI BUS」であったが、のちに「NAGASAKI KEN-EI BUS」に変更されている。
バスガイドらが古くから歌い続けている県営バスの愛唱歌は「走れ青バス」である。現在も貸切や高速バスは青基調の車体であるが、真っ赤な路線バスのイメージとは違うものとなっている。
なお、カラーについては、長崎県交通局サイト内の「70周年記念誌サイト」掲載の写真を参照されたい。
80年代から採用されている青基調の貸切・高速バス塗装(「ランタン号」5E52)
8月 - 東京パラリンピック輸送関係で長崎、諫早、福岡の各営業所から貸切車両を東京に派遣。
2022年(令和4年) 4月1日 - 長崎自動車との長崎市内のバス路線共同経営が国土交通省から3月に認可され、これによる路線再編、ダイヤ改正を実施。 両事業者の重複路線のうち、東長崎地区・日見地区は長崎県交通局、滑石地区は長崎自動車による運行に原則として一本化。日見地区ではさらに、日中の需要に合わせ便数・運行間隔を調整。これらにより効率化を図る。 長崎県交通局は東長崎地区の長崎自動車廃止便を補う一部増便を実施。滑石地区では逆の対応がなされる。 5月16日 - 諫早駅再開発に伴い、諫早バスターミナルが新施設に移転。 ターミナル(発券カウンター・待合室等)は諫早駅再開発ビル(イーサ)1階に設置。その前面の諫早駅東公共交通広場内に乗降場7バースを設置。 9月23日 - 西九州新幹線の開業に伴い、大村市内線でダイヤ改正を実施し、北部循環線を新設。 10月1日 - 東長崎地区で、4月1日の路線再編後も長崎自動車運行で残っていた地域線が、長崎市コミュニティバス東部線に転換の上、運行事業者は長崎県交通局となる。これにより東長崎地区のバス運行は長崎県交通局に完全に一元化。また、同日からは長崎市中心部において、商業施設や公共施設を周遊する新路線「まちなか周遊バス」を、長崎自動車との共同運行で開設。 12月13日 - 収支改善を図る経営改善策の一環として、2023年度に子会社の長崎県央バスを廃止し、事業を2024年度から交通局に統合する方針を長崎県議会観光生活建設委員会で表明。
2023年(令和5年)5月1日 - 矢上営業所を長崎市平間町373-2(旧:長崎バス東長崎営業所跡地)に移転し、東長崎営業所に改称