緑色植物亜界
緑色植物の共通祖先は、藍藻 (シアノバクテリア) が細胞内共生 (一次共生 primary endosymbiosis) することによって葉緑体を獲得したと考えられている。灰色植物と紅色植物 (紅藻) も一次共生によって葉緑体を獲得したと考えられており、緑色植物を合わせてこの3群は一次植物 (primary plants) ともよばれる。これら3群の起源となった一次共生は共通の現象であったと考えられており、つまりこの3群は共通祖先を有する。一般的に、この3群は真核生物の中で単系統群を形成していると考えられており、合わせてアーケプラスチダ (古色素体類, Archaeplastida) にまとめられ、また正式な分類群名としては、植物界 (学名:Plantae) が充てられることがある。
アーケプラスチダを構成する一次植物3群の中で、緑色植物と紅色植物は、葉緑体 (色素体) にペプチドグリカンからなる壁をもたないこと、集光性クロロフィルタンパク質複合体 (LHC) をもつこと、などの派生的な特徴を共有しており、色素体の分子系統としても緑色植物と紅色植物の近縁性が示唆されることが多い。しかし核タンパク質などに基づく系統解析からは、一次植物3群の系統関係については、はっきりした結果は得られていない (2019年現在)。いずれにせよ、アーケプラスチダの中で、緑色植物はクロロフィル b をもつこと、フィコビリンを欠くこと、チラコイドが重なってラメラを形成すること、などの点で特異であり、このような変化が緑色植物の共通祖先で起こったと考えられている。