文部科学省
文部科学省が主管する独立行政法人(2023年4月1日現在、計22法人) 国立特別支援教育総合研究所 大学入試センター 国立青少年教育振興機構 国立女性教育会館 国立科学博物館 物質・材料研究機構 防災科学技術研究所 量子科学技術研究開発機構 国立美術館 国立文化財機構 教職員支援機構 科学技術振興機構 日本学術振興会 理化学研究所 宇宙航空研究開発機構 日本スポーツ振興センター 日本芸術文化振興会 日本学生支援機構 海洋研究開発機構 国立高等専門学校機構 大学改革支援・学位授与機構 日本原子力研究開発機構
国立大学法人:全国85法人
大学共同利用機関法人(計4法人) 人間文化研究機構 自然科学研究機構 高エネルギー加速器研究機構 情報・システム研究機構
主管する特殊法人(2023年4月1日現在、計2法人) 日本私立学校振興・共済事業団 放送大学学園(総務省と共管)
特別の法律により設立される民間法人、特別の法律により設立される法人および認可法人は所管しない。