南海9000系電車
4両編成の新造直後は普通運用を中心に充当されていたが、7000系と同様に編成ごとの補助電源装置が1基しか搭載されていなかった影響で、基本は故障時のシステムの冗長性確保を考慮した、2編成を併結した8両編成での運用が主流であった。
主にラッシュ時の急行・空港急行・羽倉崎以北の区間急行運用などに充当されていた。
本系列はブレーキ指令の読替装置を搭載していないため、従来のHSC系電磁直通ブレーキを搭載する7000系・7100系・3000系や10000系との併結は不可能となっている。1000系とは1992年から併結対応改造が施工されたものの、方向幕の動作に難があったことや、本系列はこれらと搭載冷房機のメーカーおよび空調制御方式も異なるため、併結して営業運転を行うには温度調節に不都合があることから、1000系との併結運転は試運転を除き実施されていない。
一方、2011年に登場した特急「サザン」座席指定車の12000系はブレーキ方式等がほぼ共通していたことから、実際に併結運転が可能となった。
2015年12月10日に12000系と併結して運用されて以降、「サザン」の自由席車にも用いられている。
2018年8月21日から9月22日までは、特別企画として「泉北ライナー」専用車両の泉北高速鉄道12000系と併結してサザンの自由席車運用に充当された。
車両運用に収拾がつかない場合は、単独で普通運用に入ることがあった。そのため、サザン運用を開始する前までは都合上1編成が予備車となり羽倉崎検車区に留置されていた。2015年以降は予備車の1編成を一部指定席「サザン」運用に回すことで予備体制は解消されている。
平日朝ラッシュ上り(難波行き)の8両編成の急行・空港急行の難波方から4両目(4号車)は女性専用車のため、4号車となることのある和歌山市・関空方先頭車(クハ9501形偶数番号車)には「女性専用車」ステッカーが貼られている。
4両同士を併結した8両編成で運転される空港急行(2015年8月)
4両編成に12000系を併結した特急「サザン」(2016年12月)