プライマー (生物)
「縮退プライマー」は微生物生態学において極めて有用であり、広く用いられている。これにより未培養の微生物からの遺伝子増幅や遺伝情報の知られていない生物からの遺伝子回収が可能となる。通常、縮退プライマーは GenBank にある遺伝子配列を整列させて設計される。個々の塩基にIUPAC縮退塩基表記を用いることにより配列間の違いを取り入れることができる。設計後、PCRプライマーはそれらの順列全ての混合物として合成される。
このようなプライマー予測を実行できるプログラムとしては次のようなものが挙げられる。
CODEHOP: サーバー上で走らせることができるが、サーバーは停止している。ブロックフォーマットを用いる。
HYDEN: windows 上でコマンドプロンプトから実行する実行可能ファイルとして提供される。
iCODEHOP: これもブロックフォーマットを使うが、サポートが停止された。
FAS-DPD: 最近の Java アプリケーション。