霊元天皇
霊元上皇は表向きは反対をせず、元禄5年(1692年)には上皇から仙洞御所に持ち出された国史や記録を禁裏文庫に返還したいとの意向が示され、6月には仙洞御所にある文献の目録が天皇に贈られるが、朝廷内部より禁裏文庫の補修・増築の必要性が指摘されたために実際の返還は親政開始に合わせることになった。元禄6年9月12日には天皇の親政開始を前提として議奏の追加(中御門資熙・久我通誠・清水谷実業)が行われている。
ついに元禄6年(1693年)10月23日には、譲位後に霊元が政務に口出ししてはならないという将軍綱吉の意志が伝えられた(ただし、前述のように院政は事実上停止しており、親政への移行作業には京都所司代なども関与している)。これを受けて11月26日には政務の完全な移譲が行われた。しかし霊元上皇は裏面からの介入を諦めようとははしなかった。
東山天皇と近衛基熙が取り組んだのは、霊元の影響力排除であった。基熙は幕府と連携し、元禄13年(1700年)までに霊元派の公家を重職から排除している。また将軍綱吉も積極的に朝廷支援を行うようになり、宝永2年(1705年)には禁裏御料を1万石増進し、宝永3年(1706年)には仙洞御料を3千石増進している。しかし、その一方で、綱吉と幕府は東山天皇の生母で霊元が寵愛する松木宗子とその信任が厚い議奏中御門資熙を支援して親幕府派に取り込んで、霊元及び基熙の両方を牽制させようとしたことで朝廷は表は資熙が、奥は宗子とその母の東二条局(河鰭秀子)が掌握する結果となり、事態が混沌とすることになった。
霊元は幕府の要請に応じ、後継者である鍋松のために「家継」の名を与えた。更に正徳4年(1714年)4月の徳川家康百回忌には、自筆の経文を下賜している。9月には皇女八十宮吉子内親王と家継の婚約を実現させたが、こちらは家継死去のために実現しなかった。こうして霊元が近衛家への厚遇と幕府との連携に転じたことで、近衛家や幕府の不満は和らいでいった。
しかし霊元自身の近衛家に対する憎悪は残っており、享保17年(1732年)2月に書かれ、下御霊神社に奉納された自筆願文の中で「執政すでに三代」を重ねた「私曲邪佞の悪臣」「邪臣」を神や将軍の力で排除されるよう祈願している。これは基熙の孫に当たる当時の関白近衛家久を指したものと見られている。
正徳3年(1713年)8月、落飾して法皇となる。法名は素浄。これ以降、天皇が法皇になった例は無く、最後の法皇となった。
享保2年(1717年)、幼年を理由に行われてこなかった(霊元上皇・法皇が代わりに行って来た)中御門天皇の四方拝実施と共に院政は終了する。
享保17年(1732年)8月6日、崩御、宝算78。