サンフランシスコにおける人民寺院
人民寺院信者のボブ・ヒューストンとジョイス・ショーの夫妻は、サンフランシスコ市ポトレロ・ヒル(英語版)に家を所有しており、この場所は教団の共同生活施設として使用されていた。ヒューストンが社会主義理論の詳細をジョーンズに繰り返し質問してから、ジョーンズはしばしばヒューストンの事を「鈍感な知識人」、「階級の敵」と呼び、他の信者達に対してもヒューストンを軽んじる様に勧めていた。ヒューストンは、少なくとも2回、教団の「ボクシングの試合」に出場させられ、そこで罰と称して暴行を受け、鼻血を流し、家族の眼前で辱めを受けた。
その一方で、ショーはコミューンの運営と、サンフランシスコにおける全教団信者の医療調整からのストレスに苦しんでいた。教団内で彼女が絶え続けた心理的虐待によって挫折し、ショーは1976年7月の行われた教団信者のほぼ全員が参加したクロスカントリーバス旅行の間に教団を脱走した。教団の捜索隊が派遣される可能性を恐れたショーは、オハイオ州に向かって出発する前に、友人とソノマ郡フェアグラウンズ(英語版)に3週間滞在した。
1976年10月2日、ショーは教団が録音を行っている回線を使ってヒューストンに電話をかけ、彼に教団を脱退するように誘い、加えて関係修復を申し出た。この3日後、ヒューストンの死体がサザン・パシフィック鉄道の操車場で発見された。教団側は、ヒューストンは死亡する日の朝、偶然にも教団を脱退したと主張した。
その中でミルクは、「ジョーンズ牧師は、マイノリティのコミュニティやその他様々な場所で、最高の性格の人物として広く知られています」と書いている。また、ティモシー・ストーンについて、ミルクは「ティモシー・ストーンが明らかに大胆な嘘を用いて、下院議員の前でこの様な状況を誇示することを考えるなどとんでもないことだ」と書いている。そして手紙の最後で、「大統領、ストーン氏の行動と止めさせる必要があります。サンフランシスコのコミュニティのほぼ全てとジョーンズ牧師を知っているすべての人々にとって、この種の怒りが起こっている状況は大変不快です」としめている"。
更にジョーンズは、サンフランシスコの教団職員たちへ、メディアからの猛攻撃に備える様に伝えた。この攻撃と戦うために、教団は、ジョーンズにグレースと性的関係を持つように求め、ジョーンズが監護権紛争の対象となっている子供の父親であると主張する、ストーンによって署名された文書を様々な新聞に送付した。コラムニストのカーンは、クロニクル誌の自身のコラムにこの文書を転載した。