宮古駅
駅舎に接する切欠きホーム1面2線(0・1番線)と島式ホーム1面2線(2・3番線)、合計2面4線のホームを持つ列車交換可能な地上駅である。互いのホームは跨線橋(車椅子用昇降機付き)で連絡している。
JR東日本の駅舎と三陸鉄道の駅舎は別々に設けられていたが、2019年3月からリアス線の経営移管に伴いJR東日本と三陸鉄道の駅舎が統合され、旧JR駅舎を三陸鉄道の管轄で共同使用する現在の形となった。三陸鉄道の車両が所属する運行本部の車庫が構内の盛方に設けられている。
駅舎にはJRみどりの窓口、三陸鉄道出札窓口(リアス線窓口)、三鉄ツーリスト(旧宮古駅旅行センター跡地、土休日休業)、三陸鉄道とJRの短距離自動券売機、立ち食いそば(地元業者が運営)がある。また駅舎に隣接して、三鉄直営売店「さんてつや」がある(JR東日本東北総合サービス運営「ぐるっと遊」跡地)。
JRの駅業務は三陸鉄道社員が担当するが、旅行業扱いでなく、三陸鉄道への業務委託駅扱いのため、みどりの窓口においてJR単独の定期券の発売・クレジットカードの使用・えきねっとの受け取りが可能。入場券は三陸鉄道発行分のみ発売している。