早良親王
種継暗殺に早良親王が実際に関与していたかどうかは不明である。しかし、東大寺の開山である良弁が死の間際に、当時僧侶として東大寺にいた親王禅師(早良親王)に後事を託したとされること(『東大寺華厳別供縁起』)、また東大寺が親王の還俗後も寺の大事に関しては必ず親王に相談してから行っていたこと(実忠『東大寺権別当実忠二十九ヶ条』)などが伝えられている。桓武天皇は道鏡事件での僧侶の政治進出の大きさに、弊害と、その原因として全般にまつわる奈良寺院の腐敗があると問題視していた。種継が中心として行っていた長岡京造営の目的の一つには、東大寺や大安寺などの奈良寺院の影響力排除があった。桓武天皇は種継暗殺事件の背後に奈良寺院の反対勢力を見た。それらとつながりが深く、平城京の寺の中心軸の東大寺の組織の指導者で、奈良仏教界でも最高位にいた早良親王の責任を問い、これらに対して牽制と統制のために、遷都の阻止を目的として種継暗殺を企てたとの疑いをかけ、事実上の処刑に及んだとする。一方で、早良親王主導による東大寺の修繕事業に関わった技術者や職人が長岡京の造営事業に転用されており、少なくても遷都事業を推進する立場に立っていたとする反論があり、桓武天皇と藤原乙牟漏の子である第一皇子・安殿親王の成長につれて、親王周辺の人々が、天皇や種継(乙牟漏の従兄)が皇太子の交替を画策しているのではないかと疑念を抱いたことが原因とする説もある(ただし、天皇や種継が実際に廃太子を画策していたかは不明)。