京都先端科学大学附属中学校・高等学校
京都学園高等学校の特進コースを特進ADVANCEDコースに名称変更、特進BASICコースを設置
2006年(平成18年) - 制服のデザインを変更する。
2008年(平成20年) - 光楠館竣工。光楠館の名は創設者の辻本光楠に由来する。
2009年(平成21年) - 特進棟完成。体操着のデザインを変更する。
2014年(平成26年) - 学校法人京都学園より学校法人京都光楠学園が分離独立。京都学園大学は学校法人京都学園の、本学は学校法人京都光楠学園による運営となる(ただし、京都学園高等学校卒業者を対象とした京都学園大学への進学枠は維持)
2015年(平成27年) - 創立90周年記念事業の一環として翠嵐館竣工。翠嵐館の名は校歌の「見よ衣笠の翠嵐の」という句から取られた。また、制服・体操服のデザインを変更する。文部科学省より「スーパーグローバルハイスクール(SGH)」指定校となる。
2019年(平成31年) - 新食堂棟のK.G Café Phi Φ [ファイ] 竣工。
2021年(令和3年) - 京都先端科学大学(旧:京都学園大学)を運営する学校法人永守学園(旧:学校法人京都学園)と学校法人京都光楠学園が合併。校名が京都学園中学校・高等学校から京都先端科学大学附属中学校・高等学校へと変更される。また、文部科学省より令和3年度「WWL(ワールド・ワイド・ラーニング)コンソーシアム構築支援事業」の拠点校に採択される。
アカデメイア・コース 国公立大学や難関私立大学を突破するための学習コース 高校では特進系コースにあたる
フロンティア・コース 海外研修(イギリスホームステイ)や情報処理技術訓練を経て、豊かな社会能力を身につけるための学習コース 高校では国際系コースにあたる