武蔵高等学校中学校
授業では、科目によっては文科省指定教科書をほとんど用いず、オリジナルのプリントや文庫本等を教材にする。一部科目では高校レベルを大きく超えた内容も扱うなど、教養教育が大きな特徴。また、夏期休暇前に行われる特別授業や、高校1年の総合講座では科目編成にとらわれない実習や講演が開かれる。
語学教育は、英語では CALL (en:Computer-assisted language learning) を取り入れるなど、先進的手法の導入に積極的である。また、中学3年より全員(高校からは選択者のみ)が週2時間の第二外国語(ドイツ語・フランス語・中国語・韓国語から選択)を学んでおり、交換留学を行っている。2009年にはテンプル大学ジャパンキャンパスとの教育・学術上の連携に関する基本協定を締結し、英語教育に関する様々な連携事業が行われている。
創立者の意向により、学業・人物ともに優秀な生徒には卒業時に「根津賞」が贈られる。また、生徒の自主研究活動に授与される「山川賞」「山本賞」という表彰制度があり、それぞれ理科的研究・文化的研究に与えられる。その他、課外の研究活動に対して研究費用の一部を補助する野外研究奨励基金が設けられており、生徒の自主的活動への援助を惜しまない校風が実際的な制度としても現れている。また、高校から海外の大学に直接進学する際の海外直接進学奨学金を設置している。