公益法人
新制度においては、従来の主務官庁制による許可制とは異なり、新たに公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律に基づき公益法人の所管が内閣総理大臣又は都道府県知事に振り分けられる。実際の審査と監督の権限は、民間人合議制機関が有し、国では内閣府公益認定等委員会がこれに当たる。都道府県における合議制機関の名称はさまざまである。振り分けの基準は、2つ以上の都道府県(海外を含む。)において公益目的事業を行う旨を定款で定めているか事務所を設置している、政令で定められる国の事務または事業と密接な関連を有する公益目的事業を行うのいずれかの場合は、内閣総理大臣の所管となる。
公益法人認定法は公益法人の公益目的事業の定義を、学術、技芸、慈善その他の公益に関する別表23種の事業各号に掲げる種類の事業であって、不特定かつ多数の者の利益の増進に寄与するものとしている。
認定の条件はいくつかあり、主たる目的とするこれらの公益目的事業の費用の比率を50%以上とし、その事業を行うに必要な経理的基礎および技術的能力を持つこと、理事や社員から雇用される者に至るすべての関係者に特別の利益を与えないことなどがある。 なお、公益目的事業については、公益法人認定法第5条第6号及び第14条の定め(公益目的事業の収入)から、「赤字事業でなければ認定されない」という誤解があるが、必ず(経常収益)-(経常費用)がマイナスでなければならないということはなく、赤字事業でなければ認定されないという認識は誤りである。
通常の一般社団法人・一般財団法人のうち、法人税法上の「非営利型法人」の要件を満たす法人は収益事業課税、それ以外の法人は全所得課税であるのに対して、公益法人は収益事業課税で、なおかつ外形的に収益事業に該当していても公益目的事業として認定されたものは収益事業から除外され非課税となる。寄附者については、公益法人が公益目的事業に対して受けた寄附については、寄附を行った個人や法人には税制上の優遇措置(「従来の公益法人との違い」の項参照)が講じられる。また、「みなし寄附金」と呼ばれる、その公益法人内部で「収益事業等」の利益の100%まで非課税の公益目的事業へ寄附をする処理ができる。これに対して、通常の一般社団法人や一般財団法人には「みなし寄附」は認められず、また寄附を行う個人や法人への税制優遇措置もない。金融資産の配当や利子等については、公益社団法人・公益財団法人には所得税や道府県民税利子割の源泉徴収はない(ただし公社債の利子については、所定の申告書を取扱金融機関へ提出した場合に限り非課税となる。所得税法11条3項、租税特別措置法第3条の3第6項を参照)が、通常の一般社団法人・一般財団法人については、非営利型の場合もそれ以外の場合も源泉徴収の対象となる。