東峰十字路事件
警察は事件後に自殺したSが東峰十字路事件に深く関与していたと目していたが、反対派の証言によればSは事件時にリンチを受ける機動隊員に覆いかぶさって「もうやめろ」と暴行を加えるグループを制止していたとされる。
この後、三里塚闘争に係る実力闘争の実行は反対同盟員に代わって新左翼活動家が行い、青年行動隊ほか反対同盟は指示役や調整役を担うこととなる。指示役となった反対同盟は時にセクト同士を競わせるようにして実力闘争をけしかけた。新左翼活動家側も実力闘争の主体としての自負を持つようになり、各セクトは援農をだしにしたり活動家の女性を嫁がせるなどして、反対同盟の実力者や集会への参加が多く弁舌が達者な反対派農家を自派へ囲い込むようになった。
このことは、地元住民と新左翼活動家の間の歪な力関係や、反対派内部の党派争いを生む遠因ともなる。条件派に移行した農家には「脱落」の烙印が押され、学生らに自己反省を書かされたり、言葉だけでなく暴力も振るわれたりもした。
なお、刑事裁判中の1983年(昭和58年)3月8日に、三里塚芝山連合空港反対同盟は「熱田派」と「北原派」に分裂し、被告の大多数が「熱田派」に属すこととなったが、3人が「北原派」となった。これに伴い、最終弁論を巡って被告団および弁護団が「熱田派系」と「北原派系」に分裂した。
空港の2期工事の着工が迫る1986年(昭和61年)10月4日、千葉地方裁判所201号法廷(石田恒良裁判長)で判決が下された。判決文には、「新空港の建設それ自体までが違法不当なものであるとまでは認められず、ましてや、その反対のためであれば、いかなる行動をもその手段、方法を問わずに合法化するほどに違法、不当なものとは到底みとめられない」としつつも、「政府、空港公団などの関係諸機関においては、新空港建設の必要性、緊急性を重視するあまり、その心情を十分理解せず、地元農民の理解と協力を求めるための努力にかけた点も窺われ」、「地元農民らが、新空港の建設に反対するに至った心情には、当裁判所としても理解しえないわけではない」と同情的な文言が盛り込まれていた。
量刑では、「暴虐の限りを尽くし、三人の警察官を死亡させるとともに、多数の警察官に重軽傷を負わせるという非人間的、冷酷、残虐な集団暴力犯罪といわざるを得ない」としつつも、「被告らが福島小隊員に対する暴行行為に直接加わったと認めるに足る証拠はない」「本件被害者に対しどのような暴行を加えたのか明らかでない以上、(中略)殊更に重刑をもって臨むのは相当でない」として傷害致死罪を適用せず、また共謀共同正犯を問うにしても科刑上公務執行妨害のみで起訴された他の被告らと大きな差異をつけることも相当ではないとしたことから、公務執行妨害罪と凶器準備集合罪などのみを有罪とし、さらに「本件審理が長期に亘り、(中略)それぞれ生活に大きな変化を来しているうえ、それぞれ有形、無形の社会生活上の不利益を受けて来ていると認められること」などが加味された。
9月16日からの新東京国際空港建設に伴う第二次行政代執行警備のため、千葉県警察代執行警備本部は千葉県警察機動隊の他、警視庁機動隊、関東管区機動隊など、総勢5300人の警備部隊を動員した。
当日早朝6時45分に代執行が宣言される。一坪共有地では日本社会党議員など一坪地主が座り込みを続けており、「砦」と呼ばれた3カ所の団結小屋には反対派住民(三里塚芝山連合空港反対同盟)と支援グループが立て篭もっていたが、警備部隊は行政代執行法に基づいてこれらを排除すべく、行動を開始した。
代執行が開始された直後から、「ゲリラ部隊」が計画に従って団結小屋周辺の後方警備を担当する部隊を次々と襲撃した。空港予定地北西側の大清水等で爆弾ゲリラやバリケード構築などの動きがあったため、対応にあたる警備当局の意識は東峰方面に向けられなかった。