金刀比羅宮
絹本著色弁財天十五童子像 1901年(明治34年)3月27日指定
紙本著色なよ竹物語絵巻 1901年(明治34年)3月27日指定
紙本墨画遊鶴図17枚 1901年(明治34年)3月27日指定
円山応挙の筆による表書院「鶴の間」の障壁画。
紙本墨画遊虎図24枚 1901年(明治34年)3月27日指定
応挙の筆による表書院「虎の間」の障壁画。日本には虎がいなかったため、虎の毛皮を見ながら描いたと伝わる。
紙本墨画竹林七賢図16枚 1901年(明治34年)3月27日指定
応挙の筆による表書院「七賢の間」の障壁画。
紙本墨画瀑布及山水図33枚 1901年(明治34年)3月27日指定
応挙の筆による表書院「山水の間」及「上段の間」の障壁画。
木造十一面観音立像 1919年(大正8年)8月8日指定
平安時代に作られた檜材の一木造、像高144cm。頭に着けられていた10面の仏や装飾および台座は失われている。旧松尾寺の観音堂の本尊であった。
太刀 銘長光 1911年(明治44年)4月17日指定
太刀 銘備州長船(以下不明)明徳(不明)年(不明)月 1923年(大正12年)3月28日指定
師光による作と伝わる。
短刀 銘筑州住国弘作 1922年(大正11年)4月13日指定
伏見天皇宸翰御歌集 1919年(大正8年)8月8日指定
大物主命
崇徳天皇
慶長9年(1604年)金光院本坊内に護摩堂が造られたとき迎えられた初代の不動明王立像は2代目を迎えたとき塔頭の多門院に本尊として移されていたがこの時海岸寺に移され、2代目の不動明王は宝物館に展示されている。護摩堂と同時期に横に造られた大師堂は廃止となり、大師像(県指定文化財)は現在の松尾寺へいち早く遷座される。多聞天と持国天を有した二天門は賢木門となる。金剛界大日如来を本尊とする多宝塔は廃棄され今は馬の銅像が立つ。大門は左右の金剛力士像が武者像に変わり存続、経蔵は文庫になり、鐘楼は麓の興泉寺北緯34度11分24.11秒 東経133度49分23.76秒 へ売却。その他にも阿弥陀堂・不動堂・摩利支天堂・毘沙門堂・孔雀堂・行者堂・三十番神社などが摂末社に変更され多くの仏像経巻仏具等が売却または焼却された。なお、神仏分離に反対していた重鎮の宥暁が住職である普門院が唯一再興し、松尾寺普門院として法灯を継承し、明治5年に「浦の谷」で焼かれた仏像仏具から逃れたいくつかの仏像を所蔵している。
近代社格制度のもと、明治4年(1871年)に国幣小社に列格し、明治18年(1885年)に国幣中社に昇格した。