九州産交バス
九州横断バス(1号-8号): 熊本 - 阿蘇 - 黒川温泉・由布院・別府 九州国際観光バスが担当していたが、同社の解散に伴い2000年より当社に継承された。以前は長崎 - 雲仙・島原 - 熊本を経て別府まで運行されていたが、2004年に同区間の運行が廃止され現在の運行ルートとなる。
運賃箱・整理券発行機・ICカードリーダーは、いずれも小田原機器製である。
もう1台も2010年代後半頃より予備車となり、2020年には定期運用から離脱ののちナブテスコオートモーティブ社によって開発されたドライバー異常時対応システム(「EDSS」)の試験車両に転用されたが、2022年8月時点では運用を離脱した模様。
当初は一般路線シャーシの標準床トップドア車が新車で投入されていたものの、1990年代中盤頃より新車での購入を差し控え、自社高速用路線車や系列貸切事業者から改造転用されたハイデッカー車両が使われるようになり、これらによって一時期は古い車両ばかりが揃っていたが、2010年代に入ると韓国製輸入車であるヒュンダイ・ユニバースが新車で投入されるようになり、旧年式車両を徐々に置き換えている。
この他、2008年より空港リムジンバスとしては珍しいノンステップバス(日野PKG-KV234N2、西日本車体工業ボディ、一般路線用のノンステップバスと同じ中乗り前降り)も2台投入されていた。約10年間運用されたのち、2020年に同じく中乗り前降り仕様でスロープ付きのワンステップバスである三菱ふそう・エアロスターが新車で2台投入。新車投入によってこれまで使用されていた旧ノンステップバスは空港リムジンバスとしての使命を終え、一般路線カラーに塗り替えられ木山営業所に転属し、一般路線車として転用されている。
中央営業所: 熊本市西区春日 2007年9月30日で廃止。熊本営業所へ移転。
小島営業所: 熊本市西区小島下町 2007年9月30日で廃止。熊本営業所へ移転。ただし、跡地は当社の貸切営業所(かつての九州産交観光本社)として引き続き入居しているため、バス停としての小島産交は現在もある。
荒尾営業所: 荒尾市荒尾・南用尺区 2006年12月1日廃止。玉名営業所と統合。 2005年4月1日に解散した荒尾市交通局(荒尾市営バス)の一部が移管されたものである。荒尾市交通局は解散時に車両・路線を産交バスに譲渡した。
菊池営業所: 菊池市隈府 2006年9月30日で廃止。山鹿・大津の各営業所および電鉄バスに移管。路線の一部は菊池市の補助により乗合タクシー(きくちあいのりタクシー)に移行。
小国営業所: 阿蘇郡小国町大字宮原影ノ木908-4 2021年頃(時期不明)に廃止。阿蘇営業所へ統合。