ソニック・ザ・ヘッジホッグ3
鉄球と、電磁波で攻撃。電磁波が止まって鉄球を回収してくる時が攻撃のチャンス。 フリーザーモービル ゾーン5のボス。冷凍ガスを噴射していない時に下のパーツを足場にして攻撃。6回攻撃を当てるとパーツが外れるので、後は本体を集中攻撃。 ボールシューター ゾーン6の第1ボス。エッグマンの乗る指令台の下部の壁の上下から、様々な軌道の鉄球を発射する。発射時にせり上がるパーツを足場に指令台を攻撃。 ビームロケット ゾーン6の第2ボス。コクピット兼ビーム発射部分とジェット噴射部分を備えた3段構成で、ダメージを与えると一段ずつ破壊される。また、コクピット周辺には小さな鉄球が周回している。 ビッグアーム ゾーン6、最終ボス。巨大な二本の腕を使った掴み攻撃がメイン。本体であるコクピット上部にはトゲ付きパーツ、後方にはジェット噴射があるため、攻撃には腕に当たらないよう正面から行わなければならない。
各6ゾーンはそれぞれ2アクト存在し、計12ステージ。 なお今作ではアクト1でもボスが出現する他、アクトごとにBGMのアレンジが異なる。 またアクト間は画面切り替えなしでシームレスに進むようになり、ゾーン間でも演出が入る。 今作では、水中がメインとなるハイドロシティゾーン以外にも、水中を進むゾーンが多いのが特徴。
湖に不時着したデスエッグの再建・発射基地。敵の攻撃が激しい上、マップは非常に広いが、所々にトリッキーかつスピードを楽しめる区間が存在する。
水中を進む箇所もあるが、息継ぎをできる泡が発生する場所がないために難易度は高い。
アクト2のボスは3種類存在するが、『ソニック&ナックルズ』にロックオンしてプレイした場合、ソニックでプレイすると3体目のボスが省略され、ナックルズでプレイすると1体目のボスが登場しない。
また、ナックルズが進むルートはソニックのルートと大きく異なっている。
2009年12月、同ゲームの音楽に関わっていたブラッド・バクサーがフランスの雑誌『Black&White』のインタビューで、マイケル・ジャクソンと共に作曲をしていたことを明かした。また、エンディングのクレジットで流れるテーマ曲と『ストレンジャー・イン・モスクワ』の類似性は偶然ではないと語っている。
また、この影響からかWindows用ソフト『ソニック&ナックルズ コレクション』(1997年)ではZONE4、5、6、エンディングテーマなどの音楽が全く別のものに変更されている(ただし、ZONE5についてはマイケル・ジャクソンとは関係なく、ブラッド・バクサーがかつて所属していたバンド、ザ・ジェットゾーンズの未発表曲『Hard Times』〈1981年〉からの流用)。なお、『ソニック&ナックルズ コレクション』で差し替えられた曲は2019年に発見されたプロトタイプにも存在し、それらの曲がマイケル・ジャクソンが関わった曲(メガドライブ版の製品版で実装されたもの)に入れ替わる前に作曲されていたことをほのめかしている。さらに『ソニックオリジンズ』(2022年)でもこれらのステージの曲はプロトタイプ版を基に差し替えられている。