BSE問題
検出限界を下回る21か月、23か月齢でのBSE判定に関しては、以前より日本国内はもとより海外の専門家の間では疑問視する声が上がっており、感染性を確認出来なかった事実は「BSE判定の失誤」との指摘を裏付けることとなった。
一方、2007年8月25日、国内2例目の非定型BSE感染牛(生後14年1か月=169か月齢)ではマウスに感染することが、動物衛生研究所・プリオン病研究センターなどの研究チームが確認された。2007年現在の迅速検査によってぎりぎり発見される定形型BSE牛や、8例目で発見された非定型異常プリオンの場合には、人間に対して危険性のないことが示唆された。なお、23か月齢(8例目)、21か月(9例目)でBSEと判定された結果、当時専門家により妥当と考えられていた30か月齢超の牛のBSE検査基準を、世界で最も厳しい20か月齢(検出限界以下)まで押し下げる結果となり、科学的に根拠が疑問視される全頭検査が続くこととなった。なお過去に大規模なBSE患畜の発生をみたヨーロッパは、2011年7月に検査月齢を72か月齢まで緩和した。
2013年1月現在、世界でBSE検査を実施している国は、日本(20か月齢だが全頭検査実施中)とEU(72か月齢)となっている。
日本国内の報道によれば、農林水産省と厚生労働省は同日午前中に米国産牛肉と牛肉加工品、生体牛の輸入を一時的に取りやめとし、輸入に必要とされる動物検疫所の輸入検疫証明書発行も停止。その日のうちに BSE 対策本部(本部長・金田英行農水副大臣)を設置した。
国内の外食産業やスーパーなど牛肉を取り扱う企業は、終日今後の対応に追われた。日本子孫基金の小若順一事務局長は毎日新聞のインタビュー取材に応え、「米国は BSE は出ないという大前提に立ち、欧州並みの対策すら取ってこなかった」ことを挙げて米国の対応を批判、米国での BSE 発生に違和感を覚えないと述べ、さらにオーストラリア産牛肉など、安全上比較的リスクの少ない市場へシフトしてこなかった企業の対応を批判した。
また、亀井善之農水相は25日午前の記者会見で、(ウェイブリッジ獣医学研究所による検査の)結果次第と条件をつけながらも、米国に対し牛の全頭検査を求めたいと言明した。
日本では2001年10月から、病死・事故死も含め、すべての牛を検査する全頭検査 (blanket testing) を実施してきた。
2005年11月19日 訪韓中の首相・小泉純一郎はカナダのマーティン首相との会談で、米国産牛肉の輸入再開に関連して「カナダ産を対等に扱う」と明言、カナダ産牛肉輸入再開を示唆した。
2005年12月12日 日本国政府が米国・カナダ産牛肉の禁輸措置を、月齢20か月以下に限定して正式解除。
2006年1月20日 日本の外資系商社の注文により、米国から輸入されたVeal(月齢4カ月半の仔牛肉 アメリカではBeef(日本語訳牛肉)ではない)に特定危険部位である脊柱が混入していたことが検疫で発覚したため、農林水産大臣中川昭一は、アメリカ合衆国連邦政府から報告があるまでの期間、内閣総理大臣小泉純一郎の了承を得て米国産牛肉(英訳、Beef(ビーフ))輸入全面停止を決定。日本国内の米国産牛肉取扱店では再度の撤去が始まった。また、これを受けてアメリカ合衆国では、アメリカ合衆国農務省による加工業者への再検査を開始した。業者側からは、業者単位での問題であるのに、全米規模で一律に規制されるということへの不満が巻き起こった。また、農務長官マイク・ジョハンズは声明を発表し「食品安全の問題ではないが、(脊柱混入は)われわれが日本との合意に従うことを怠ったものであり、容認し難い失策 (an unacceptable failure) である」と述べた。