金属プロテアーゼ
金属プロテアーゼには、以下の2つの下位分類がある。
エキソペプチダーゼ:金属エキソペプチダーゼ(EC 3.4.17)
エンドペプチダーゼ:金属エンドペプチダーゼ(EC 3.4.24)、ADAMタンパク質やマトリックスメタロプロテアーゼ等がよく知られる。
ペプチダーゼのオンラインデータベースであるMEROPSでは、ペプチダーゼファミリーは、触媒部位の種類によって、A型(アスパラギン酸)、C型(システイン)、G型(グルタミン酸)、M型(金属)、S型(セリン)、T型(トレオニン)、U型(未知)に分類されている。S、T、C型のペプチダーゼは、求核剤としてアミノ酸を用い、アシル中間体を形成し、転移酵素として働くこともできる。A、G、M型のペプチダーゼは、求核剤は活性化した水である。多くの場合、クランやファミリーを決定するフォールディングによりその触媒機能は失われるが、タンパク質の認識や結合の機能は保持される。
金属プロテアーゼの大部分は、現在50以上に分類されているうちの4つのプロテアーゼ型に分布する。これらの酵素では、通常は亜鉛であるが、二価の陽イオンが水分子を活性化する。