日本野球連盟
日本スポーツ協会の加盟団体ではあるが、JOC(日本オリンピック委員会)には直接加盟団体とはなっていない。日本学生野球協会と共に全日本野球協会を構成し、同団体を通してのJOC加盟団体となっている。
現在、元プロ選手が社会人野球に選手として登録する場合、1チームにつき年2名まで、かつ受け入れ先の企業・団体と社員選手(正社員、または契約社員・嘱託社員)の契約(クラブチームや広域複合型企業チームである場合も、何らかの社員か従業員であること)を結ぶことが義務付けられている。
また、元プロ野球選手が主宰者・監督・コーチなどの形で就任するクラブチームの結成も相次いでいる。
一方で、2011年のドラフト会議前に、「企業所属の選手は技術向上と社会教育という育成制度の理念から外れるので、指名するならば支配下選手として指名すべき」という申し入れを行なっており、NPBの育成選手契約に一定の歯止めをかけている。
なお、1リーグ時代のプロ野球を主催していた組織も日本野球連盟という名前だったが、直接の関係はないとされている。