諫早湾干拓事業
国は、長崎、佐賀、福岡、熊本の4県の海域での漁業復興のために有明海・八代海特別措置法(平成十四年法律第百二十号)を定めている。内容は以下の5項目で、2018年および2019年の農水省担当分だけで年間18億円が投入されている。
下水道、浄化槽その他排水処理施設の整備に関する事業 - 地方公共団体に補助を行い、下水道、浄化槽その他排水処理施設の整備を推進している。対象となった地域の汚水処理普及率は、平成14年度末時点の56パーセントから、平成18年度末現在で67パーセントまで改善した。
海域の環境の保全及び改善に関する事業 - 平成16年度から、有明海と八代海の2900平方キロメートルの海域で、環境整備船を運航して2006年度(平成18年度)までに浮遊ゴミ約300トンを回収した。
河川、海岸、港湾、漁港及び森林の整備に関する事業 - 菊池川河口部にて平成18年度より砂浜の復元作業を実施し、同年度内に0.4ヘクタールの整備を終えている。また有明海の海岸10地区で海岸の整備事業を実施している。熊本港では、昭和62年度から環境配慮型防波堤が設置された。有明海沿岸の51の地区では、水産物供給基盤整備事業等によって、漁港の整備を実施する地方公共団体に補助が行われた。また森林整備においても地方公共団体等に森林整備事業の補助が行われ、平成15年度から平成18年度までに指定地域で約3万6000ヘクタールの間伐等が実施され、事業費で約681億円が使用された。
漁場の保全及び整備に関する事業 - 漁場環境保全創造事業として、漁場の保全・整備を実施する地方公共団体等に補助が行われ、2003年度(平成15年度)から平成18年度までの期間に有明海で覆砂442ヘクタール、作れい14.
菅直人はかねてより自由民主党が推進していた本事業を「無駄な公共事業」として強く批判しており、政権を取る前にも市民運動家やテレビカメラを伴って水門に押しかけ、水門をただちに開けるよう要求するなどの行動を取っていた。2009年9月に民主党政権が誕生すると、翌2010年4月に民主党の検討委員会は「開門調査を行うことが適当」という見解をまとめた。同年6月に内閣総理大臣に就任した菅は、同年12月15日、国が敗訴した福岡高裁判決について上告を断念すると表明した。
これに対して中村法道長崎県知事は「国営事業として進められたのに(地元に)一切相談・報告がなく、報道で初めて聞いた。大変遺憾だ」として不快感を示した。政府内でも福岡高裁判決はあまりにも一方的であるとして上告する意見が大勢であった。諫早市長の宮本明雄(当時)や仙谷由人官房長官(当時)、鹿野道彦農林水産大臣(当時)が説得を試みたが、菅は「私が決断したことだ」と意見を変えず高裁判決を確定させた。
長崎県議会・諫早市議会・雲仙市議会・大村市議会・地元商工団体・農業関係者は、菅の判断に対する抗議の決議書を提出した。産経新聞は、菅のこの判断により諫早湾干拓事業の問題が混迷化したと批判した。諫早市長の宮本明雄は、判決確定の直前に長崎県知事の中村法道や地元住民代表らを連れて、首相官邸に菅を訪ねて陳情に行ったが、問題に精通していると自認していた菅が、実は問題に精通しているどころかほとんど何も理解していなかったと述べ、菅首相の「私なりの知見」に基づく独断と暴走が問題をこじれにこじれさせていると批判した。
2017年4月、国は漁業補償と復興のために100億円の漁業振興基金を創設して和解する提案をしたが、2018年3月、福岡高裁での和解協議で長崎県漁業者側弁護団はこれを拒否し、和解交渉は5月に打ち切られた。一方、福岡県・熊本県の漁協は国の和解案の受け入れを表明している。反対派だった佐賀県漁協も2018年5月に和解案容認の方針に転じ、残るは長崎県漁協とその同調者のみとなった。
2019年6月6日、原告団は部分に開門を行う「部分開門」の和解案を提出するが、宮本明雄諫早市長は「大雨のときだけ水門を閉めて水害を防ぐというが、そう都合よく対応できるはずはない。調節池に海水が入って農業水源として使用できなくなることには変わりなく、ありえない和解案である」としてこれを拒絶した。
2019年6月、最高裁第2小法廷(菅野博之裁判長)は、漁業側(長崎県諫早市小長井町などの漁業者を中心とした原告団)の上告を棄却し、最高裁判決では初となる「開門せず」の判断を示した。また同月、最高裁は別の原告団による開門請求裁判でも、同様に「開門せず」の判断を下した。
2008年6月27日、漁民側が起こした干拓事業と漁業被害と関連を問う裁判で、佐賀地方裁判所は漁業被害との関連を一部認め、潮受け堤防排水門について調査目的で5年間の開放を行うよう命じる判決を言い渡した。5年間という月日については開門によって生態系が回復するのに2年、その調査に3年とされた。これに対して国と主張が認められなかった漁民51人は福岡高等裁判所に控訴した。赤松広隆農林水産大臣(当時)は、未だ水門は開門されていないが、潮受け堤防排水門の開門調査に向けた環境アセスメントの結果を待たずに開門する可能性について「あり得る」と述べた。
2010年12月6日、福岡高等裁判所は佐賀地裁の一審判決を支持し、「5年間の潮受け堤防排水門開放」を国側に命じる判決を下した。判決は潮受堤防の閉め切りと漁業被害との間に因果関係を認め、期間中は高潮などの沿岸の防災上やむをえない場合を除き、水門は常時開放されるべきとした。また堤防の撤去と無期限開門については却下とした。国の責任については「大型公共工事による漁業被害の可能性がある以上、率先して解明し適切な施策を講じる義務を負う」として、「中・長期開門調査は不可欠で、これに協力しないのは立証妨害である」とし、国の主張はことごとく退けられた。
対策工事の予定地は、開門反対派である民有地や県有地(長崎県と諫早市も開門に反対)が多く、それらの場所については着工する目処が立たず、開門に向けた対策工事は実施不可能となった。2002年4月から5月にかけて短期間の開門調査では、汚染された調整池の水やヘドロによって漁業被害が出ることが懸念された。
開門判決から5年経過した2015年9月の段階でも、開門に必要な工事は地元住民の反対運動に阻まれて全く着手できなかった。諫早市長の宮本明雄は「開門調査は百害あって一利なし」と述べ、開門に向けての調査は工事は一切認めない考えを示した。また農水省が開門を求める裁判にも地元住民の証言を認めないなど、干拓に対する政府の態度に変化が生じている点を指摘し、「民主党政権になってから諫早湾干拓事業は地元の意見を置き去りにして「無駄な公共事業」の象徴にされてしまった」と述べた。農水省職員が設置した工事看板を、長崎県職員が撤去するなど、役人同士が直接対峙する場面も見られた。