視交叉上核
SCNのリズムは、主に光によって環境のリズムと同調することができる。SCNは特殊な網膜神経細胞から、網膜視床下部路を通じ、直接の神経入力を受けている。SCNに投射する網膜細胞は感光性タンパク質のメラノプシン (melanopsin) を発現しており、特にSCNの腹外側に直接投射する。メラノプシンを発現する網膜神経細胞はipRGC (Intrinsically photosensitive retinal ganglion) と呼ばれる。ipRGC が光を受けると、グルタミン酸やPACAP (Pituitary adenylate cyclase-activating peptide)が腹外側SCNに放出され、それに応答して前初期遺伝子(immediate early genes)のc-fosやPeriod1, 2などの時計遺伝子の発現が上昇する。夜行性、昼行性動物ともに、夜間の前半に光を受けると時計が遅れ(翌日の活動開始時間が遅くなる)、夜間の後半(早朝)に光を受けると時計が前進する(翌日の活動開始時間が早くなる)。