伊号第三十六潜水艦
第六艦隊司令部に状況を報告したが、打電の二時間後から終夜、そして翌日の夜まで米哨戒機が上空を捜索飛行し、時折爆弾を投下した。昼間は水上艦艇が探索し、爆雷を投下するので、捜索が終わるまで充電も十分にはできなかった。29日1000、グアム東方沖で、遠方で発生する爆雷の炸裂音を聴取。7月2日、配備点を離れる。6日から7日にかけて、昼夜を問わず米軍機を発見し、その度に急速潜航を行った。9日1020、北緯32度40分 東経132度34分 / 北緯32.667度 東経132.567度 / 32.667; 132.567の沖の島南方11浬地点付近の豊後水道で、米潜ガンネル(USS Gunnel, SS-253)に発見される。ガンネルは魚雷を4本発射してきたが、魚雷は外れて沖の島に命中し爆発した。同日、伊36は光に到着し、残された回天と回天搭乗員および整備員を降ろした後出港。6日に呉に戻って修理を受ける。
8月6日早朝、修理が完了した伊36は呉海軍工廠のドックを出渠して埠頭に係留された。同日、広島で炸裂した原爆のきのこ雲を目撃。11日、回天特別攻撃隊(神州隊)に加わるため呉を出港して平生に向かう途中、早瀬瀬戸でP-51 マスタングの機銃掃射を受ける。菅昌艦長は13m機銃弾の弾片に左肩を撃ち抜かれて重傷、航海長松下太郎大尉も負傷。燃料タンクや22号電探にも損傷を受けたため、やむなく呉に引き返した。修理には8日を要し、修理中の15日に終戦を迎えた。
11月30日、除籍。
1946年(昭和21年)4月1日、日本潜水艦を処分する「ローズエンド作戦」に参加し、五島列島沖で海没処分された。
撃沈総数は1隻であり、撃沈トン数は236トンである。撃破総数は2隻であり、撃破トン数は8,131トンである。
平成29年9月7日、五島列島沖で沈没艦の調査をしていたラ・プロンジェ深海工学会が本艦及びその他の艦の艦種を特定したと発表した。これにより沈没地点が特定された。2017年現在は正立状態で、若干艦尾を下に傾斜した状態で沈んでいる。
0745頃、八木悌二中尉(海機54期)艇、松田光雄二等飛行兵曹(甲飛13期)艇、安部英雄二等飛行兵曹(甲飛13期)艇、海老原清三郎二等飛行兵曹(甲飛13期)艇の順に、4基が一分間隔で次々と発進していった。その後、護衛艦が接近してきたため深度40mに潜航。後、大爆発音と艦体に響く程の震動が伝わってきて、計四回の爆発音を聴取。その後1回の爆発音を聴取した。0823、船団を先導していた米高速輸送艦リングネス(英語版)(USS Ringness, APD-100)が右舷後方、1000mの距離に浮上する不審物を発見。最初は鯨かと思われたが、1分後、明らかに「魚雷」の航跡がリングネスの艦尾のわずか15m後方を通過。魚雷は海面下を一直線に走り、リングネスを1000mほど通過していった後急激に右に変針して航走を終えた様に見えた。直ちに船団の全艦船に「潜水艦と魚雷に警戒せよ」と警報を送った。その直後の0825、左舷後方300mの距離で潜望鏡を発見。直ちに機銃と主砲が射撃を開始し、弾丸が潜望鏡の周囲に、雨の様に落下する中で、潜水艦は潜航した。リングネスは取り舵一杯を行い、潜水艦の推定位置に向首した所、「二本目の魚雷」が前方から急接近して、艦首から7m前を通過して行った。魚雷の気泡は全く見えず、ただ海中に青く白い航跡だけがはっきりと見えた。この魚雷は極めて直線的に航走し、最後まで直進して見えなくなった。リングネスは「潜水艦」の潜入した場所と「魚雷」の航跡から、潜水艦の伏在位置を推定して、面舵一杯で艦首をそこへ向け、0828に爆雷4個を投射した。その後速力を落してソナーで探索に努めたがソナーには全く反応がなく、何も探知出来なかった。そのうち爆雷が爆発した箇所の波が収まった水面を、油膜が浮いてきたと思い、その周囲を探索中の0845、突如として大爆発が起こった。