掩喉類
現生種は約50種で、すべてを単一の掩喉目にまとめ、その下に数科をおく。体系には若干の揺れがあるようである。日本からは15種ほどが知られる。主なものを下に示す。
暗喉目
ハネコケムシ科:フレデリケラ Fredericella、ヒナコケムシ Stephanella、ハネコケムシ Plumatella、トウアンコケムシ Gelatinella、ヒアリネラ Hyalinella
ヒメテンコケムシ科:ヒメテンコケムシ Lophopodella、カンテンコケムシ Asajirella
アユミコケムシ科:アユミコケムシ Cristatella