村上専精
翌年、帝国学士院会員となる。1923年、東京帝国大学名誉教授。 1926年 - 1928年の間、大谷大学学長をつとめた。
この間、1894年、鷲尾順敬・境野黄洋らと雑誌『仏教史林』を創刊し、1897年、『大日本仏教史』を刊行、1926年、 辻善之助らと『明治維新神仏分離史料』を編纂・刊行するなど、近代的な仏教史研究に大きく道を開いた。また、1901年、永年の仏教思想研究の成果に客観的方法論を導入して『仏教統一論』を著し、大乗非仏説を提起、大きな反響を呼んだ。とくに派内に物議が起こり、当時の法王大谷光瑩を煩わせたとして、一時、所属する真宗大谷派の僧籍を離れる(還俗)ことがあった(1901年10月13日)が、同派出身の南条文雄・ 井上円了・ 清沢満之らをはじめ幅広い分野の人々と交流、終始一貫、近代的な仏教研究と教育体制の充実・整備に力を注いだ。墓所は雑司ヶ谷霊園。