吉野
大峯修験道は平安時代前期に再興されて以来、中世にかけて大きく発展する。特に「当山派」と「本山派」の2つの派が互いに競い修験を隆盛させた。
当山派 - 真言宗系。醍醐寺三宝院の聖宝を開祖とする。先に述べたように、聖宝は参詣路を整備し、お堂を建て、如意輪観音、多聞天、金剛蔵王菩薩を安置したという。また小篠(おざさ) に伽藍を建立し、鳥住(吉野郡下市町)に鳳閣寺を建てたと伝わる。当山派では、奥駆道は逆峯(吉野→大峯→熊野)を通る。
本山派 - 天台宗系。園城寺(三井寺)聖護院の円珍を開祖とする。1090年(寛治4年)の白河法皇の熊野御幸の先達をつとめた聖護院の増誉僧正が、その功を認められ、熊野三山の検校職に補されてから、聖護院は熊野を根拠にした山伏を傘下に集めた。のちに勢力は金峯山まで及び、役小角の正当性をもって任じ、本山派と称した。本山派では奥駆道は順峯(熊野→大峯→吉野)を通る。
大峯修験道では、蔵王権現の信仰が根本であったが、地主神の金峯神社、吉野水分神社、吉野山口神社の三式内社に対する信仰も厚く神仏習合が行われていた。また「山上一体山下三体の蔵王」といわれ、山上に一体、山下に三体の蔵王権現が祀られていた。衆徒は春夏には山上に上がり社堂を守護し、冬は吉野山に下って庵を結んだ。