農業・食品産業技術総合研究機構
産業技術総合研究所(産総研)の場合は、旧工業技術院において企画及び監督を行う本院と、工業技術院傘下の研究所を全て含めて産総研の形にまとめ、その後、独立行政法人化した。農研機構の場合は、企画及び監督を行う機関である農林水産技術会議、および同事務局をそのまま農林水産省の機関として存置し、傘下の試験研究機関のみを整理統合して独立行政法人化した。このため当法人の本部機能は、独立行政法人化により新たにつくられたものである。
また、産総研と違い、農林水産省にあった全ての国立試験研究機関を一つの法人にまとめているわけではない。農林水産省傘下の試験研究機関に由来する独立行政法人は、当法人以外に、国際農林水産業研究センターがあり、他に林野庁所管の森林研究・整備機構、水産庁所管の水産研究・教育機構がある。さらに、旧農業総合研究所は、農林水産省の施設等機関である農林水産政策研究所として残されている。
次世代作物開発研究センター(旧農業生物資源研究所、作物研究所、作物ゲノム育種研究センター)
農業技術革新工学研究センター(旧生物系特定産業技術研究支援センター(農業機械化促進業務))
農業環境変動研究センター(旧農業環境技術研究所)
北海道農業研究センター
東北農業研究センター
中日本農業研究センター(旧中央農業総合研究センター)
西日本農業研究センター
九州沖縄農業研究センター
農業機械研究部門