食料 VS 燃料
各国では食料や飼料用の穀物の生産と競合しない資源的な制約の少ない原材料で製造する第二世代バイオ燃料に関する研究が進められる。一例としてセルロース分解菌の品種改良により、おが屑や間伐材等、従来はバイオエタノールの原料として使用されてこなかった原料を元にバイオエタノールを製造する技術が開発中である。セルロース細胞壁の分解は熱と化学処理を伴い、従来難しい問題であった。またセルラーゼで分解することも実施されていたが、前処理に手間がかかり大変であった。メリーランド大学カレッジパーク校のSteve Hutcheson はチェサピーク湾の沼地で発見されたバクテリア(サッカロファガス デグラダンス(英語版))が強力なセルロース細胞壁の分解能を有する事を突き止めた。Zymetis社ではさらに効率よく糖に変更するために遺伝子を組み換えて、72時間で1トンのセルロースバイオマスを糖に変換できる事を実証した。
また、シロアリの消化器官内の共生菌によるセルロース分解プロセスがバイオマスエタノールの製造に役立つ事が期待され、琉球大学や理化学研究所等で研究が進められる。
他にもメタン菌による嫌気性発酵によって下水処理施設などでメタンガスやブタンガスを生成する取り組みが進められる。