三県一局時代
開拓を巡って3県と北海道事業管理局の方針の足並みを揃えることが出来ず、加えて松方財政の影響による不況によって財政収入が伸び悩み、かえって開拓の障害となった。また、当時(1886年)の北海道全域の人口は26万5千人に過ぎず、うち半数以上にあたる15万1千人が松前藩時代以来の集住地域である函館県に集中し、逆に極寒の未開拓地が大半を占める根室県はわずか1万7千人という不均衡の問題が生じていた。そこで参議伊藤博文は1885年に、太政官大書記官金子堅太郎を北海道に派遣した。70日余りの視察を終えて帰京した金子は、現行の3県体制が機能していないことを報告した。
この報告を受ける形で1886年1月26日、3県および北海道事業管理局を統廃合して内務省管轄の北海道庁に移行することになり、3県はその役目を終えた。なお、旧函館県及び根室県の組織はそのまま北海道庁函館支庁および根室支庁として、1890年11月5日の支庁制移行まで継続されることになった。