モスバーガー
当初計画では2008年度中に緑モス化を完了する予定であったが、原料価格高騰もあり不可能となった。更に、ファストフードの領域を逸脱したメニューの提供による店舗側の混乱や、一部店舗の禁煙化により客足が遠のいた店もあり、緑モスへの改装費用負担も相まって本社の方針に反発するフランチャイズオーナーもいた。
業績が低下したこともあり、櫻田は「緑モスの路線は間違っていない」としながらも、今後は「ルールを見直しながら緑モスへの転換を進める」としている。この軌道修正を受け、赤モス・緑モスという呼称は公式には使用されなくなり、緑モス限定メニュー「モスのごはん」は「一部店舗限定」と公式サイトでは表記されるようになった。また、緑モスの代表格メニューであった匠味も、2008年に販売を終了した。
現在では看板の色でのメニューの違いは無いが、新規出店や改装により順次緑モスの店舗に転換されている。一方でCMやCIマーク、海外出店(台湾、シンガポールなど)では赤モスのロゴも使用されている。この他、従来の「モスバーガー」とは異なる業態の展開や海外事業も進めている。
2018年3月には2020年3月までに国内全店舗を全席禁煙化することを発表。この年、後述の食中毒事件の影響により11年ぶりの最終赤字へ転落した。
モスバーガーの特徴として、他のファストフード店に比べると環境への配慮がなされているという点がある。具体的には店内の食事にはガラス製のグラス、陶製のマグカップ、金属製の食器を使用、持ち帰りには紙袋のみでビニール袋は出さないなど(一部店舗では、お店から本部等会社への要望もあり、雨の日用としてビニール袋を使用している店舗もある)。
日興証券(現・SMBC日興証券)を脱サラした櫻田慧と吉野祥が、1972年3月12日、東京都板橋区の東武東上線成増駅南口に1号店をオープンさせる(当初は丸井成増店等が入居し、後にダイエー成増店として建て替えられたショッピングセンター『成増名店街』地下で実験店を営業)。店舗は同駅近隣から増えていった経緯があり、東上線沿線に老舗店が多い。この際、アメリカのハンバーガーショップ「トミーズ(Tommy's)」を経営の参考とした。
マクドナルドとの差別化を考えていたモスバーガーは、高価格、高品質という高級路線を今日まで歩んできた。高いコストをかけてでも商品の味の向上を徹底させるという経営戦略は「日本人は味にうるさいので、食べ物はうまくなければいけない」という創業者たちの理念に基づいている。創業当時は資金不足のために他のファストフード店より宣伝力が弱く、一等地への進出も難しかったため、顧客に口コミで評判を広めてもらうことでしか事業拡大が見込めなかったことも高級化を行った理由の一つである。
商品開発の際、櫻田は試作品の新開発メニューを必ず満腹の状態で試食するというポリシーがあった。「満腹の状態で食べても美味しいと感じられる商品こそが本当に美味しい食べ物である」というこだわりからであったという。
1990年代初期まではマクドナルドに似た赤地に黄色いMのロゴマークを使用していたが、白いMマークに改めている。
日本人の好みにあったハンバーガーを提供することを掲げ、日本のハンバーガーフランチャイズ店でのシェアは、日本マクドナルドに次ぎ第2位。同社の公式サイトによると、2023年4月現在での店舗数は日本国内で1287店舗(直営店42、フランチャイズ加盟店1245)、国外で457店舗(後述)となっている。
素材を厳選し、注文を受けてから作る「アフターオーダー方式」など、スローフードの要素を取り入れている(ファストカジュアル)のが特徴である。ファストフード店として分類はされているが、「ファストフード」(fast food)という語が表すように「すぐに食べる」ことは出来ず、ハンバーガーという商品をメインとして扱っていることからファストフードとされているだけだとも言え、ファストフードではなく「ハンバーガーレストラン」と分類される場合もある。
1990年代後半のマクドナルドに端を発するファストフードチェーンの値下げ戦争の中で、ハンバーガーを10円程度しか下げず、大幅な値下げを行うことはほとんどなかった。「一番売れているタバコの値段を元に“モスバーガー”の値段を考える」という、基本的なポリシーを遵守してのことである(櫻田の講演より)。
2004年12月18日から同20日の間に、「屋島西町店」(香川県高松市)でノロウイルスによる集団食中毒が発生、被害は148人に及んだ。同店は高松市保健所から12月21日より5日間の営業停止処分を受けるが、同25日、保健所による検査の結果、同店の従業員11名からも同ウイルスが検出された。同店は営業再開せず閉鎖。
2014年11月11日、「飯田橋東店」(東京都千代田区)の店頭に、中国人の女性店員を差別やいじめの対象とした黒板が立てられていたのが、ツイッターに写真付きの投稿があり発覚した。黒板に書かれていた内容は、「遅刻を何度もする中国人の女の娘に『今度遅刻したらお前の背脂でラーメン作るぞ!!』遅刻しなくなりました」というもので、翌12日、モスバーガー公式サイトでは「内容は人や国を中傷する表現」と認め、同店店長が謝罪した。
2018年9月10日、長野県上田市天神3の「モスバーガー アリオ上田店」で、腸管出血性大腸菌O121による食中毒が発生したと発表した。県内の男子小学生2人と女子小学生1人、20代女性の計4人が感染した。これにより、上田保健所は営業者に対し、10日から3日間の営業停止を命じた。同月16日、「モスバーガー茅野沖田店」(同県茅野市)で8月18日に商品を食べた20代男女2名の下痢や腹痛症状と、うち1名の入院、2人から同じ遺伝子型のO121が検出されたことを受け、諏訪保健所(長野県諏訪市)は18日までの営業停止処分にしたと発表した。この2店舗を含む関東甲信地方の19店で計28人がO121に感染した。
モスバーガーα
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モスバーガー&レストラン
モスバーガー+松屋
「モスワイワイこどもラボ」では、各所とコラボして 「モスワイワイセット」の子供向け玩具を開発している他、北関東限定オリジナルマグカップ(中国製)や、静岡県限定オリジナルマグカップ(美濃焼・日本製)など、地域に密着したグッズ開発も行われている。その他、バンダイガシャポン経由でのストラップや、モスワイワイ福袋なども企画している。