直通運転
それまでは3社直通の運用には東京メトロ車を使用した変則直通運転であった。 3月27日:田原町駅を介して福井鉄道福武線 - えちぜん鉄道三国芦原線の相互直通運転を開始。
2017年(平成29年)3月4日 青い森鉄道線 - 奥羽本線の直通運転を終了。
2018年(平成30年)3月17日 青い森鉄道線 - 八戸線の直通運転を終了。
2019年(平成31年、令和元年) 3月16日:牟岐線 - 阿佐海岸鉄道阿佐東線の相互直通運転を終了。 11月30日:相鉄新横浜線が部分開業。羽沢横浜国大駅を介して相鉄本線 - JR埼京線(一部JR川越線)の相互直通運転を開始。相鉄・JR直通線も参照。
2020年(令和2年) 3月14日:佐世保駅を介した松浦鉄道西九州線からJR九州佐世保線への直通運転を休止。 6月1日:北神急行電鉄の運営移譲により北神線が神戸市交通局の路線に組み込まれたため、両事業者間との相互直通運転は消滅。
2023年(令和5年) 3月17日:北越急行ほくほく線 - (JR信越本線) - えちごトキめき鉄道妙高はねうまラインの直通運転を終了。 3月18日:相鉄新横浜線が全線開業及び東急新横浜線が開業。日吉駅を介して東急東横線・東急目黒線の相互直通運転を、都営地下鉄三田線・東京メトロ南北線・埼玉高速鉄道埼玉スタジアム線・東京メトロ副都心線との片方向直通運転を、東武東上本線との変則直通運転をそれぞれ開始。神奈川東部方面線も参照。 7月15日:2016年熊本地震により被災していた南阿蘇鉄道高森線が全区間復旧。復旧に合わせ朝方の2本が豊肥本線肥後大津駅まで乗り入れ。