トイレ遺構
しかし、絵図に作成した年号の記載がないため、実年代の特定が難しく、V期に安政2~4年が含まれることが判明しているにとどまっている。また、絵図に相応しないトイレも多く、これは絵図以降に新設されたものではないかと考えられている。表御殿のトイレは明治11年(1878年)頃解体された。
井伊直弼が13代彦根藩主となるまでの不遇の時期、天保2年(1831年)以後15年を過ごした屋敷である埋木舎では、発掘調査により6期にわたる建て替えの変遷が確認されているが、母屋棟の北(玄関を入って左奥、来客用)・東(奥座敷につらなる一帯)にIV期に属するトイレ遺構を確認している。うち東のトイレは遺存状況が良好で、礎石列で区画されたトイレ空間のなかに2連の甕形汲取式トイレを確認している。甕には、漏らさない工夫として羽が付いており、大便用は羽まで地中に埋め込んでいるが、小便用は、口をやや傾けて地上に設置している。なお、台所棟からも3ヵ所トイレが確認されている。