後亀山天皇
弘和 (1383年冬)- 1384年4月28日
元中 1384年4月28日 - (1392年閏10月5日)
同月5日に三種の神器のみが大覚寺から北朝の後小松天皇の土御門内裏に移された。ここに南北朝時代は終わり、皇統は北朝の一統に帰することとなった。これに伴い、南朝元号である元中は廃絶し、天皇の弟で東宮位にあった護聖院宮(惟成親王か)は事実上廃太子された。後亀山は後年、両朝合一を決断した理由に関して、自らの運命をひとえに天道神慮に任せ、民間の憂いを除くためだったと述懐している。合一後、大覚寺を仙洞とした後亀山は「大覚寺殿」と称されて、幕府の被扶養者としての待遇に甘んじなければならなかった。
明徳5年(1394年)2月6日、天竜寺にて初めて義満と面会し、その結果、同月23日に「不登極帝(即位しなかった天皇)」として太上天皇(上皇(じょうこう))の尊号を贈られた。その詔書は、延元元年/建武3年(1336年)11月2日北朝の光明天皇が南朝の後醍醐天皇(後亀山の祖父)に対して太上天皇号を贈った例に準ずるものとされたが、幕府が旧北朝と後亀山双方の体面を保つために採用した苦肉の策であった。
応永4年(1397年)11月27日、尊号および兵仗を辞退し、義満もこれを了承。その後は出家を遂げて金剛心と号し、ひたすら隠遁生活に入る。