渡島沼尻駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅で、列車交換可能な交換駅となっている。ホームは千鳥式に配置され、互いのホームは駅舎側ホーム東側と対向側ホーム西側を結んだ構内踏切で連絡している。駅舎側(北側)ホームが上り線、対向側ホームが下り線となっている(番線表示なし)。そのほか上下線共に安全側線を有し、下り線の森方から構内外側に分岐し対向側ホーム手前までの、転轍機が外され、レール末端部分には枕木が上に置かれた第3種車止めが設置されている行き止りの側線を1線有する。転轍機の形状は上り線からの片開き分岐である。
駅舎は有人信号場時代からの古い木造駅舎が残っていたが、前述の通り、2021年(令和3年)11月に解体が始められている。駅舎は構内の北西側に位置し上り線ホーム入口部分に接している。一部改築されており、かつては切妻屋根が交差したL字型の建物であったが、直行する部分が解体された。またバットレスが設置されている。駅舎内にトイレを有する。ホームは2本共に、大沼方、森方の双方にスロープを有している。長大な編成の列車同士の行き違いもできる設備の中に1両分のホームが設置されている。
駅の標高は60.5mである。