東京湾
東京湾(江戸湾)は多種・大量な魚介類を産し、利根川東遷事業による生態系や環境面における東京湾への影響は明らかになっていないものの、江戸時代までは世界最大の人口を誇った大都市・江戸の人々の胃袋を満たしてきた。
しかし、とくに明治時代以降、沿岸や流入河川の流域では都市化・工業化が進み、埋立地拡大に伴う干潟など自然海岸や浅瀬の減少、水質悪化が深刻になった。特に1970年代に環境汚染はピークを迎え、海の生き物は激減、一時は「死の海」とまで呼ばれる状態にあった。
1980年代以降環境保全の取り組みが進み、水質の改善がみられ。様々な生き物が戻り、少しずつではあるが生態系を取り戻しつつある。アカエイの生息数は国内の沿岸域でも有数であるが、人間への危険性を持ち、お台場や葛西臨海公園や隅田川や荒川などの人間の生活圏にも多く生息するために注意が必要である。上述の通り、東京湾海底谷ではメガマウスやミツクリザメやダイオウイカなどの貴重な深海性の生物が発見されることもある。2005年に川崎区で発見されたホオジロザメは、オスとしては世界最大級の記録だった。ムギワラエビのように希少な固有種も見られる。
外海に面している浦賀水道の水質は比較的に良く、ジンベイザメやマンタ、マンボウなどの大型回遊魚類が館山方面で見られることがある。加えて水温が比較的に高い黒潮の影響を受けるため、南方系の魚やサンゴも生息している。特に、夏には沖縄近海で見られるような魚(死滅回遊魚)の姿を見ることも出来る。また、東京湾沿岸は、アカウミガメの産卵分布としてはほぼ北限であるとされる。