連合艦隊司令長官
移動可能な司令部としての機能を持つ大和は、実際に前線でアメリカ海軍空母機動艦隊と戦火を交えた南雲忠一中将率いる南雲機動艦隊の戦況推移を、逐一報告を受けており、戦艦座上の連合艦隊司令部として、最終的な行動を決定する戦略的判断を担当していた。
しかしその後の米豪遮断作戦におけるソロモン諸島周辺での第一次ソロモン海戦から三度に亘った大規模な海戦や、ラバウル航空基地からの航空戦を含め熟練のパイロットと空母機動部隊が漸減したタイミングで1943年の海軍甲事件が発生し、日本国民にも個人名が知れ渡る程の人気とカリスマ性を誇った山本五十六連合艦隊司令長官が戦死する事となった。
その後は当時の列強諸国と同様に海軍も総力戦体制に移行せざるを得なくなり、1944年(昭和19年)より作戦に関して必要な場合に鎮守府その他の部隊も指揮できるようになる。しかし同年10月のレイテ沖海戦の敗北後連合艦隊は弱体化し、1945年(昭和20年)4月の戦艦「大和」以下第二艦隊による沖縄突入(菊水作戦)で、纏まった水上打撃力を持つ連合艦隊は壊滅してしまう。
生き残った海軍艦艇と総力を傾けた急造造船が続いていた急造艦艇及び仮設輸送艦などは特殊潜航艇及び「警備艦」と改称された。