メリーランド方面作戦
メリーランド州とペンシルベニア州は、侵攻によって警鐘を受け怒りを増し、同時に武器を持って立ち上がった。ペンシルベニア州知事アンドリュー・カーティンは5万名の民兵徴集を要求し、ペンシルベニア生まれのジョン・F・レイノルズ少将をその指揮官に指名した(このことはマクレランやレイノルズの軍団指揮官ジョセフ・フッカーにかなりの欲求不満を起こさせたが、北軍総司令官ヘンリー・ハレックはレイノルズにカーティンの元で仕えるように命じ、フッカーには新しい師団指揮官を見付けると伝えた)。はるか北のペンシルベニア州ウィルクス・ベラでは教会と市庁舎の鐘が鳴らされ、男達を訓練に集まらせた。
メリーランドでは、まだ直接脅威を感じていなかったペンシルベニア州よりも恐慌が広く拡がった。リーが脱退側の温床であり、南軍が現れて革命を起こす機会を単に待っているだけだと不正確に考えていたボルティモアは、即座にリーに対する戦争の呼びかけを始めた。
南軍がポトマック川を渡ったという報せがボルティモアに届いたとき、その反応は即座のヒステリー様のものであり、直ぐに冷静な決議が続いた。群衆は最新版の号外を待ちながら新聞社の外の通りをうろつき、興奮を抑制するために酒類の販売が止められた。大衆は包囲戦を恐れて食料や他の生活必需品を貯蔵した。フィラデルフィアはヘイガーズタウンから150マイル (240 km)以上離れており、当面の危険性は無かったが、それでも熱狂的な準備の嵐に巻き込まれた。
リーはポトマック川を渡る撤退をうまく成し遂げ、メリーランド方面作戦すなわちこの夏の方面作戦全てを終わらせた。リンカーン大統領はマクレランの仕事ぶりに失望した。戦場での将軍の用心深さと協働行動のお粗末さが南軍を徹底的に打ち破る代わりに引き分けに終わらせたと考えた。さらにリンカーン大統領は、9月17日から10月26日まで、陸軍省や大統領自身からの繰り返し嘆願にも拘わらず、マクレランが兵器の不足や軍隊の使いすぎの怖れを理由に、ポトマック川を越えてリー軍を追求することを辞退したことに驚かされた。総司令官ヘンリー・ハレックはその公式報告書で、「打ち破られた敵を前にして、また急速な移動と活発な作戦行動に最適の季節に、これほどの大軍を長く使わないでいることは大きな失望と後悔の事態である」と書いた。リンカーンは11月7日にマクレランをポトマック軍指揮官から解任し、マクレランの軍歴は事実上終わった。アンブローズ・バーンサイド少将がポトマック軍指揮官に昇進した。
リーはメリーランドに侵略した後で、ハーパーズ・フェリーの北軍武器庫守備隊がまだ撤退していないことを知り、これを包囲して捕獲し、それによって自軍の供給線に対する脅威を取り去る決断をした。リーは自軍を4隊に分け、そのうち3隊をジャクソンの指揮下に付けてハーパーズ・フェリーに集中させた。9月15日、北軍の指揮官ディクソン・S・マイルズ大佐によってまだ適度に防御が施されていなかったハーパーズ・フェリーに対し、南軍の大砲が町を見下ろす高台に据えられた。南軍は全面から守備隊に砲撃を掛け、マイルズが12,000名以上の守備兵と共に降伏したときは歩兵による攻撃の準備をしていた。マイルズは最後の集中砲火によって致命傷を負った。ジャクソンはハーパーズ・フェリーを確保し、続いてその部隊の大半を連れてシャープスバーグにいるリーの元に向かった。町の占領を完全にするためにA・P・ヒル少将の師団が残った。