ヲシテ文献
文書内の記述によると、「原書」としたものにも先行文献(「ミソギノフミ」(『ホツマツタヱ』5アヤ2ページ)「ミミノハ」(『ホツマツタヱ』16アヤ62ページ)など)があったことが記されている。これらを基に「原書」は編纂された。アマテルカミ(記紀にいう天照大神)の崩御、アマノコヤネの逝去、そして、神代12代のウガヤフキアワセズの崩御がほぼ同時期に起こり、ヤマトウチ(記紀にいう神武東遷)が予定されたため、後世の根本資料とするために編纂され、宮中に奉納された。これが「原書」の前半部である。その後、文書内の暦で約800年後、ヤマトタケ(記紀にいう日本武尊)が崩じたのに伴い、国政の混乱が予想され、ヤマトタケの遺言に基づき、人皇12代ヲシロワケ(景行天皇)の勅令により、ヲシロワケの57年に「原書」の後半部が編纂され、宮中に奉納された。その際、前半部の校正も行われたとされる。
真書であるという立場の論者の間では、一般に『日本書紀』編纂者の意図は、中国(唐)に対する外交政策を有利にするために、日本にも皇帝に匹敵する天皇がおり、正史を漢字で記すだけの文明があると証明する必要があると考えて、漢字で記された歴史書を作ったという見方が定着している。
中国の皇帝は、天帝思想であり、天から使命を得て帝位についている。ヲシテ文献の研究家である池田満は、ヲシテ文献の中で当時カミヨ(上代/神代)と呼ばれた歴史について、記紀の編纂にあたり、地上でのできごとではなく天上でのできごとであることにし、日本の天皇も皇帝と同じく天帝であると潤色したのではないか、と推定している。ヲシテ文献のひとつ「ホツマツタヱ」のカミヨ(上代/神代)の記述の内、アマカミ(古代の天皇の名称)の記述以外、臣下であるトミ・オミ(臣)の記述は全く神代の時代の記紀に見られないからである。真書説の立場からは、朝廷が、当時の国字であったヲシテを捨て、漢字を国字に、漢文を公文書の公用語として採用した。そして記紀が成立し、日本書紀が正史とされ、漢字・漢文により表現する時代が長くなると、ヲシテを振り返るものもなくなり、いつしか秘伝の書とされるに至ったのではないかと推測されている。