マリオストーリー
フラワーランドに咲くユリ。たずねると「ゆたかなつち」をくれる。平時はやさしそうな口調だが、怒るとドスの効いた関西弁になる。横に生えているクリスタルの木とは根が絡まっており、叩くと痛みが伝わる。警告を無視して叩き続けると怒り始め、それでも止めないと出入禁止にされる(なおその後何回かユーリーに会ったら許してくれる)。
デアールの孫娘。星のふるおかで占い屋をしている。バッジや星のかけら、スーパーブロックのありかを教えてくれる(料金は内容によって異なる)。
ステージ2のボス。古代エジプト風の衣装に身を包んだカメ。カラカラ砂漠の地中に埋もれていたアラビン遺跡に潜り込んでいた。
戦闘では甲羅投げや魔術を使うほか、ワンワンを使役する。しかし、2回目の魔法攻撃は自分に降りかかり、しばらく行動不能となる。そのため、倒すには絶好のチャンスとなる。
漫画版ではマリオたちを追い詰めるも、カメキに恩のあったストーンワンワンに反旗を翻され敗北する。
ノコブロスの砦に捕らわれていた、チャキチャキしたピンクボムへいの女の子。一人称は「あたい」。4つの技のうち、全てが攻撃技。爆発を使った攻撃を得意とし、特定の敵には絶大なダメージを与えられる。FPが高い代わりに威力があり全体攻撃も可能。ただし、体全体が甲羅に覆われているメットなど、爆発が効かない敵も存在する。かつては砦で働いていたが、ノコブロスの人使いの荒さに耐えられず、反抗したことにより閉じ込められた。フィールド上でも爆発が可能で、この爆発は最強の先制攻撃であるが、ほかより仕掛けるのが難しくシビアである。また、爆発時のエフェクトはレベルが上がるたびに豪華になる。敵のボムへいは爆発すると消え去ってしまうが、彼女や敵でないボムへいは何度爆発してもすぐに復活する。
3Dの背景の中に一定の大きさの土台が浮かんでおり、上に飛び出す絵本の様な構造物が置いてあるという独特のフィールド構成をしている。フィールド間は細い道で繋がれており、ドガボン以外の敵はここを通って追ってくることはできない。
マリオ達キャラクターは紙の様にペラペラに表現されており、土管に入るときは少し丸くなって回転しながら入ったり、高い所から落ちるとひらひらと減速したりと、演出も紙の様なものが多い。また、建物に入ると壁や天井が開いて中が簡単に見られるようになるが、これは画面手前からの固定方向視点を維持するためでもある。
フィールドにはマリオ作品らしく穴や段差などの仕掛けが多数あり、マリオや仲間の能力を多用しないと解けない。中には初めて訪れた時点では解けない仕掛けもあり、一度クリアした場所に、レベルアップしたり新たなアイテムを手に入れたりした後で訪れなければならないこともある。
『スーパーマリオRPG』はコマンド入力式RPGだったが、本作の開発者はマリオらしくアクション性を持ったゲームにしようと考えた。また『ゼルダの伝説』のような謎解き要素を入れたいと思い、マリオシリーズの特徴的な敵キャラクターをゼルダの伝説のアイテムに置き換えることでゲームとして成立させられると考えた。序盤に仲間になるカメキやピンキーはゼルダの伝説のブーメランと爆弾と同じ機能を持っている。
シショーとその弟子がマリオに戦い方のコツを教えてくれる。また、彼らと闘って段位を得ることができる。ストーリーには無関係だが、一部の村の住民と段位の比較で楽しむことができる。