プラスミド
他の例には、人工遺伝子増幅中または病理学的プロセス(例えば、癌細胞の形質転換)で発生する可能性のある二重微小染色体などの、異常な染色体断片が含まれます。真核生物のエピソームは、DNAが安定して維持され、宿主細胞で複製されるという点で、原核生物のプラスミドと同様に動作する。細胞質ウイルスエピソーム(ポックスウイルス感染症など)も発生する可能性がある。ヘルペスウイルスなどの一部のエピソームは、バクテリオファージ(バクテリオファージウイルス)と同様に、ローリングサークルのメカニズムにより複製を行う。他のものは、双方向複製メカニズム(シータタイプのプラスミド)を介して複製する。いずれの場合も、エピソームは宿主細胞の染色体から物理的に分離されたままである。
エプスタインバーウイルスやカポジ肉腫関連ヘルペスウイルスを含むいくつかの癌ウイルスは、癌細胞内に潜在的な染色体的に異なるエピソームとして維持されており、ウイルスは癌細胞の増殖を促進する腫瘍遺伝子を発現する。癌では、これらのエピソームは、細胞が分裂するときに宿主染色体と一緒に受動的に複製する。これらのウイルスエピソームが溶解複製を開始して複数のウイルス粒子を生成すると、宿主細胞を殺す細胞の自然免疫防御メカニズムが活性化される。
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