アピコプラスト
アピコプラストは二次内部共生の産物であり、密接な関係にある渦鞭毛藻類の二次色素体と相同である可能性が示唆されている。太古の藍藻は真核生物細胞に取り込まれたが、宿主の真核生物細胞との共生関係を形成し分解を免れた。この新たな共生によって、真核生物と細菌の双方が利益を得た。この一次共生の結果、光合成を行う真核生物型藻類が誕生した。その後、この真核生物型藻類の子孫が従属栄養型真核生物に取り込まれ、共生関係を形成し、色素体として保存された。アピコプラストは、宿主とオルガネラの関係に有利に寄与するのに必要な機能と遺伝子だけを保存し、新たな役割を進化させてきた。150 kb以上あった祖先のゲノムは、欠失と再編成によって現在の35 kbのサイズにまで縮小された。こうした色素体の変化の過程で、アピコプラストは光合成能を喪失した。機能の喪失は進化の早い段階で起こったと考えられ、光合成を行っていたころの残存物が完全に分解され、ヌクレオモルフが消滅するのに十分な時間が経過したと考えられている。
アピコプラストは寄生虫の生存に重要な細胞小器官である。マラリア感染の治療にも用いられる抗生物質であるテトラサイクリンは、アピコプラストを標的として機能していると考えられている。アピコプラストは4つの主要な代謝経路を担っていると考えられている。