Linux
X Window Systemをルート権限で実行してハードウェアアクセラレーションを利用する機構は、その後のグラフィクスフレームワークで広く採用されることになった。また、XFree86はGLX APIを実装したUtah GLX(英語版)を取り込み、OpenGLアプリケーションがOpenGLライブラリで3Dレンダリングを利用する際にハードウェアアクセラレーションを利用出来る機構を採用した。2D・3Dレンダリングは全く異なるプログラミング技法であるため、XlibとOpenGLはそれぞれ分離した2D・3DグラフィクスドライバとしてXFree86に組み込まれた。同時期にLinuxカーネルは、カーネルレベルでグラフィクスハードウェアに直接アクセスするフレームバッファドライバを採用した。フレームバッファドライバはXFree86のXlib・OpenGLと同様に2D・3Dグラフィクスドライバとして利用可能である。ただし、Xlib・OpenGLとフレームバッファは互いに競合するレイヤーにあり、X Windowアプリケーションとフレームバッファアプリケーションはいずれか一方のみを排他的に利用する必要があった。
「Linux」とは本来Linuxカーネルを指す語であり、カーネルとはその名の通りOSの核をなすものにすぎない。これを用いて実用的なオペレーティングシステムを構成するには、他の多数のソフトウェア(ライブラリやシステムソフトウェアなど)の助力を必要とする。また、何らかの処理を行なったり業務に使用する際には各種のアプリケーションソフトウェアが必要となる。GNUプロジェクトはこうしたソフトウェアをフリーソフトウェアとして開発・提供しており、実際にほとんどのLinuxディストリビューションはライブラリ環境(GNU Cライブラリなど)やツール環境(GNU Core Utilities等)をGNUのプロダクトに依存している。そのため、LinuxカーネルとGNUプロダクトを組み合わせてUnixと同等のシステムを構成している場合は「GNU/Linux」と呼ぶべきだと主張する者もいる。この主張の他の根拠としては、「GNU自身のプロダクトではないものの、Linuxカーネルを含め多くのソフトウェアがその使用に際してユーザーライセンスとしてGNUが提唱するパブリックライセンス(GPLやLGPL等)を採用していること」や「さらにこれらのソフトウェアの多くが事実上相互依存している点」などが挙げられている。(リチャード・ストールマン、またリーナス・トーバルズ自身もGNU/Linuxと呼称している。ただし、「Revolution OS」でのインタビューにおいてリーナス・トーバルズは「すべてのLinuxをGNU/Linuxと呼称するのはばかげている」と答えている。詳細はGNU/Linux名称論争を参照。
Linux(リナックス、他の読みは#「Linux」の読み方で後述)とは、狭義にはUnix系オペレーティングシステムカーネルであるLinuxカーネルを指し、広義にはそれをカーネルとして周辺を整備したシステム全体のことをいう(GNU/Linuxも参照)。
ほとんどのLinuxディストリビューションはグラフィカルインタフェースを含んでおり、例えばGNOME (シェルとしてはGNOME Shell、Unity、Cinnamonなど) や KDE(Plasma) がある。
デスクトップにおけるLinuxのパフォーマンスは論争を呼ぶ話題であった。2007年にはCon Kolivasが、サーバでのパフォーマンスばかりに注力するLinuxコミュニティを批判した。彼はデスクトップへの関心のなさに苛立ち、Linuxカーネルの開発をやめた。その後、Linuxのデスクトップ環境を改善するための大量の開発が開始された。
多くの有名なアプリケーションは幅広いOSで動作する。例えば、Mozilla Firefox、LibreOffice、BlenderなどはLinuxを含む主要なOSで動作する。加えて、Linux用のアプリケーションとして最初に開発され、それが人気を得たために他のOS(WindowsやmacOSなど)に移植されたものもある。この例としてはGIMPやPidginなどが挙げられる。さらにLinuxをサポートするプロプライエタリなソフトウェアも増えてきている。ゲームをLinuxに移植した企業もある。有名なゲーム配信プラットフォームSteamもLinuxに対応した。アニメーションや視覚効果のスタジオではLinuxがよく使われているため、Maya、SoftimageShake、といったソフトウェアはLinux版が用意されている。
フリーソフトウェア開発の共同作業の性質によって、世界中に分散したボランティアチームがソフトウェアの翻訳を行うことが可能になっている。