ミッドウェー海戦
(現地時間6月4日01:15)レーダーで船団を発見(1:43)し、雷撃を開始した。夜間だった事で完全な奇襲になり、輸送船清澄丸が機銃掃射され、あけぼの丸に魚雷1本が命中し戦死者11名が出たが、両船とも航行に支障はなかった。この時、船団を護衛すべき第七戦隊(栗田健男少将)の重巡洋艦4隻(熊野、鈴谷、三隈、最上)は船団を見失って離れた地点にいた。これは栗田少将のミスというより田中頼三少将(船団指揮官・第二水雷戦隊司令官)の判断により、輸送船団が予定航路から北100海里地点を航行していたからである。
ミッドウェー基地からの艦隊発見の報を受け、米太平洋艦隊司令部は、B-17が攻撃した艦隊は敵主力機動部隊にあらずと判断し、第16・17両任務部隊に日本軍機動部隊と間違えて攻撃に向わないよう緊急電を打った。フレッチャー司令官も同じ判断を下し、行動を行わなかった。午後4時50分(19:50)には予想迎撃地点に向けて南西に進路を変更している。この段階では、フレッチャーとスプルーアンスも南雲機動部隊の位置を把握していなかった。
C08051578800「昭和16年12月〜昭和17年4月 蒼龍飛行機隊戦闘行動調書(3)」(MI作戦出撃分含) Ref.C08030761000「昭和17年4月1日〜昭和17年6月21日 輸送船鹿野丸の最後 其の1(ミッドウェー作戦)(1)」 Ref.C08030761100「昭和17年4月1日〜昭和17年6月21日 輸送船鹿野丸の最後 其の1(ミッドウェー作戦)(2)」 Ref.C08030680800「昭和17年5月1日〜昭和19年9月30日 特設船あるぜんちな丸戦時日誌戦闘詳報 巌嶋丸。敵潜に依る被襲撃報告(1)」 Ref.C08030020900「昭和17年5月15日〜昭和17年12月31日 第6艦隊戦時日誌戦闘詳報(1)」 Ref.C08030081200「昭和17年5月29日〜昭和17年7月31日 第1水雷戦隊戦時日誌戦闘詳報(1)」 Ref.C08030112500「昭和17年4月1日〜昭和17年6月30日 第4水雷戦隊戦時日誌(3)」 Ref.C08030745600「昭和17年3月〜 軍艦愛宕戦闘詳報(2)」
相澤淳「大本営発表とミッドウェー海戦」防衛庁防衛研究所『戦史研究年報』第7号 2004年
碇義朗『飛龍 天に在り 航空母艦「飛龍」の生涯』光人社、1994年。ISBN 4-7698-0700-7。 碇義朗『飛龍 天に在り 航空母艦「飛龍」の生涯』潮書房光人社〈光人社NF文庫新装版〉、2013年。ISBN 978-4-7698-2800-6。
池田清、野村実ほか、近現代史編纂会 編『海軍艦隊勤務』新人物往来社、2001年。ISBN 4-404-02914-4。
ニミッツ大将は、日本軍の侵攻に備えて太平洋南西部よりフレッチャー少将の第17任務部隊をハワイに呼び戻した。途中で何とか燃料を補給できたヨークタウンは5月27日に真珠湾に到着、直ちに乾ドックに入れられて突貫の応急修理工事が実施された。特に燃料タンクの損傷については、アメリカ西海岸のワシントン州ブレマートン港にて長期の修理を行う必要があるとの見通しがあったが、ハワイでの72時間の不眠不休の作業によって、空母としての機能を取り戻し、5月30日に乾ドックを出た。出撃時、艦には修理工が乗ったままであり、戦場へ向かって航行中も修理が続けられた。この応急修理について乗組員は「いいかげんな間に合わせ」と評している。ヨークタウンを母艦とする第5航空群は珊瑚海海戦で損耗していたため、修理のために本国に戻るサラトガの第3航空群と入れ替えられた。これで当時のアメリカ海軍太平洋艦隊が投入できる空母戦力の全てがミッドウェーの戦いに参戦する形が整えられた。
もし、ニミッツ大将が準備できた空母が、第16任務部隊のエンタープライズ、ホーネットの2隻のみであった場合、戦いの様相もまた違っていた可能性は高い。前述にもあるが、日本側はアメリカ海軍の太平洋における戦闘可能空母をこの時点で正規空母2-3隻、軽空母2-3隻と見積もっており、ワスプや軽空母が出現することはあっても、珊瑚海海戦で中破したヨークタウンがミッドウェー作戦に間に合うとは想像だにしていなかった。
南雲長官は、敵機動部隊の出現に備えて攻撃隊の半数を雷装で待機させることを連合艦隊と約束したが、ミッドウェー基地攻撃が不十分であるとの報告を受け、その攻撃隊を陸用爆弾に兵装転換するように命じ、敵機動部隊出現の際に攻撃できなかった。
草鹿参謀長は「山本の望みは南雲も幕僚もよく知っていた。事実状況が許す限りそうした。しかしミッドウェー基地の敵航空兵力がわれわれに攻撃を開始し敵空母も発見されていない状況でいるのかどうかわからない敵に半数を無期限に控置しておくのは前線指揮官にとして耐えられないことだった。後で問題だったとしてもあの当時の状況では南雲の決定は正当だった」と語っている。戦後、日本を占領統治した連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)で戦史室長を務めたゴードン・ウィリアム・プランゲは、当時の南雲の状況に加えて、連合艦隊からの敵情情報も敵艦隊なしだったことから、南雲の判断は妥当とし、指揮上の失策ではなく、情報上の失策であると分析している。一方、南雲司令が攻撃隊の半数待機を破る命令を出したのは索敵機が索敵範囲の先端に達する前であり、(攻略中の)図上演習において不意に米空母部隊が出現して日本が大損害を受けたことから警戒が足りなかったという批判もある。蒼龍に乗船していた攻撃隊パイロットは「ミッドウェーで日本軍が従来の教科書的な戦法から脱し得ず、敵空母確認の報告が入るまで艦船攻撃の用意をしないで基地攻撃に囚われ続けてしまった」と述べている。