滝川事件
さらに事件後、昭和10年代、小西の同僚であった浜田耕作(1937年‐1938年)と羽田亨(1938年―1945年)が京大総長に選出されている。
しかし、自由な研究や教授を大きく制限され、当時の政府や軍部の政策に協力することを求められるようになった。具体例を挙げると、京大医学部の教員による、関東軍の防疫給水部(七三一部隊)への、人材提供を上げることができる。これには、医学部長の戸田正三や、医学部教授であり人類学者・考古学者でもあった清野謙次が関わっている。
立命館大学『学園通信校友版』「百二十年の歴史を訪ねて」によると、同省は瀧川を弾圧すると末川が反対に乗り出すことを予想し、むしろ弾圧の本命を末川としていたとする説もあることを紹介している。その末川は「この事件は瀧川個人に加えられた弾圧ではなく、日本の学問の自由と大学自治に加えられた弾圧だったから京大事件と呼ぶべきだ」と繰り返し語っていた。その他の京大関係者においても滝川事件と呼ぶ者と京大事件と呼ぶ者がおり、呼称は完全に統一されていない。