津藩
1868年(慶応4年)1月に鳥羽・伏見の戦いが始まると、「薩長と会桑の私闘にくみしない」として中立を保っていたが、新政府の四条隆平が津藩陣営に勅使として訪れ、敗退した旧幕府軍への追撃を命じる。津藩守備隊を指揮していた藤堂元施と吉村長兵衛は、勅命が出た以上は官軍に協力することを決意し、対岸の幕軍砲台を砲撃して官軍の勝利に大きく貢献することになった。当初こそ中立を宣言していたものの、旧幕府側からは味方と思われていたため、「藤堂の犬侍」「その行い、藩祖(高虎)に似たり」とそしられた。その後、津藩兵は戊辰戦争で東海道の先鋒となって、各地で旧幕府軍と戦った。
1869年(明治2年)の版籍奉還で、高猷は津藩知事に任じられる。しかし1870年(明治3年)には高猷が行った藩政改革で平民による部隊が編成され、これに不満を持った士族派の長谷部一(藤堂監物)らが反対して処刑されるという庚午事変(監物騒動)が起こるなどしている。また、伊賀4郡で打ちこわし(平高騒動)も起こっているなど、高猷の失政が目立った。
1871年(明治4年)6月28日、高猷は隠居し、第12代藩主と津藩知事には藤堂高潔が就任したが、直後の7月14日に行われた廃藩置県で津藩は廃藩となり、安濃津県となった。1872年(明治5年)に三重県と改称され、1876年(明治9年)には度会県が三重県に編入された。
なお、これら養子藩主時代は幕命による手伝い普請などによる出費や天災・凶作が相次いで藩財政は悪化した。
第9代藩主・藤堂高嶷も久居藩から津藩主となった養子藩主で、藩財政の再建を中心とした藩政改革を行ったが、あまりに急性すぎる改革は周囲の反発を受け、寛政年間に津藩最大の百姓一揆が発生して改革は挫折した。
特筆すべき藩主が、第10代藩主・藤堂高兌である。高兌も久居藩から転任した藩主で高嶷の実子だったが、すでに久居藩主時代からその敏腕をもって藩政の再建に成功していた。このため、津藩の藩政でも綱紀粛正・倹約・植林や養蚕の奨励、福祉政策、文武の奨励などを実行して藩政改革を成功させ、藤堂家中興の英主と讃えられた。また、文武を推奨して藩校「有造館」を創設、伊賀にも藩校「崇広堂」を創設した。各武術の稽古場も整備され、剣術では新陰流、若山流、戸波流などの流儀が修練された。
高兌の跡を継いだ第11代藩主・藤堂高猷の時代には、凶作や地震などの天災が相次ぎ、藩の借金は明治に至るまでに212万両にまで達したといわれる。
幕末には幕府から黒船来航への対策として鳥羽藩とともに伊勢神宮と伊雑宮の防衛を命じられ、志摩地方の沿岸部には次々と台場が築かれ大砲が設置された。
慶応3年に幕命を受けて、山崎関門の守衛の任に就く。その後の王政復古により新政府が誕生した後も、政府命令で引き続き山崎関門の守衛を続けた。
寛文9年(1669年)、津藩の第2代藩主・藤堂高次が隠居して家督を子の藤堂高久に譲ったとき、次男の藤堂高通に5万石を分与して津藩の支藩である久居藩を立藩した。しかし城主格の大名でありながら、築城を許可されず、久居陣屋と城下町を建設するに留まった。
久居藩は高次が本家の嗣子が絶えた場合の無嗣子による改易に備えて設置した藩である。元禄10年(1697年)に高通の跡を継いだ藤堂高堅は、3000石をさらに分与されて5万3000石を領する藩主となる。久居藩の内部状況であるが、常に津藩の本家の慣習を踏襲し、相談も行うこととなったが、5回に渡って江戸藩邸が焼失し、さらに連年にわたって凶作が相次ぐなどの悪条件も重なって、第5代藩主・藤堂高豊、第6代藩主・藤堂高雅の頃から財政悪化が顕著となった。