ユグノー戦争
ナント勅令によって戦争は終結したものの、ユグノーに与えられた政治的自由(中傷する者からは「国家の中の国家」と言われた)は、17世紀を通じて次第に騒動の元となる。南フランスの一部にカトリックを再導入するルイ13世の決定は、ユグノーの反乱を引き起こしてしまう。1622年のモンペリエ協定により、武装したユグノーの都市はラ・ロシェルとモントーバンの2つに減らされた。これに続く戦争で、リシュリュー枢機卿が指揮する国王軍がラ・ロシェルを14ヶ月間包囲した(ラ・ロシェル包囲戦)。1629年のラ・ロシェル和議により、過去の勅命による諸特許(brevets)は全て取り消されてしまったが、プロテスタントは戦前と同じく信仰の自由は保てた。
ルイ13世の残りの治世とルイ14世の幼少期、勅令の実施は年々様々に変わった。1661年、ユグノーを敵視するルイ14世がフランス政府の実権を握ると、勅令の条文の幾つかを無視し始める。