奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
2013年1月に石垣市において日本野鳥の会の講演で、「尖閣諸島に国の天然記念物アホウドリやオオアジサシ、センカクモグラなどの貴重な動物が生息することを指摘し、世界自然遺産登録の評価基準となる生態系や生物多様性に当てはまる例で、奄美・琉球諸島を世界自然遺産にする動きの中に、尖閣諸島も含めて進めてほしい」と発表した。これはあくまで学術的見解によるものであったが、これに政治的な思惑が絡み石垣市が尖閣諸島を対象地域に含めるよう求めるようになった。こうした動きを牽制すべく、2016年の第40回世界遺産委員会において奄美・琉球を含む2018年の登録審査対象の確認作業が行われた際、中国が「尖閣諸島(釣魚島)に領土・領海問題がある」(尖閣諸島問題)として審査の反対を主張。日本は環境省が「奄美・琉球と尖閣諸島は成り立ちが全く異なり、同じ価値で登録することは考えにくい」としており、佐藤地ユネスコ代表部大使は「バッファーゾーン(緩衝地帯)も含め、範囲を外に拡張することはない」と反論する一幕があった。登録決定後に中国外務省は「先の約束を反故にしないように」と尖閣への拡張登録を行わないよう釘を刺す見解を述べた。
前述の辺野古大浦湾におけるジュゴン生息地保護は普天間基地移設の反対運動に利用されたことは否めないが、IUCNはジュゴン保護を求める勧告を3回発しており、アメリカで起こした「ジュゴン訴訟」ではサンフランシスコ連邦地裁が「ジュゴンはアメリカ国家歴史保存法(英語版)で保護されるべきで、辺野古への基地移設は違反である」との判決を下した。
危機対策での指摘事項はフイリマングース、ノネコなどの外来種の駆除、やんばる国立公園に編入される米軍北部訓練場跡地で確認された有毒な農薬のDDTやタイヤ・バッテリーなどの廃棄物の処置、奄美大島での登録範囲内を通過する奄美中央林道(市道奄美中央線)による生態系の分断と側溝への小動物の転落死や交通事故死(ロードキル・輪禍)などが上げられ、特に事故に関しては追加の取り組みを2022年12月までに世界遺産センターへの報告が義務付けられた。
一方で、捕獲された野猫が殺処分される可能性があることに対し、動物の権利(愛護)の観点から批判的意見も出されている。