第5地対艦ミサイル連隊
本土部隊:熊本県天草市、上天草市、天草郡苓北町
第301地対艦ミサイル中隊:鹿児島県奄美市、瀬戸内町、龍郷町、宇検村、大和村
1998年(平成10年)3月26日:西部方面隊直轄部隊として健軍駐屯地において編成完結。
2003年(平成15年)3月27日:第5地対艦ミサイル連隊を西部方面特科隊隷下に編合。西部方面隊の後方支援体制変換に伴い、直接支援隊を廃止し、整備部門を西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊直接支援中隊へ移管。
2011年(平成23年)11月11日:平成23年度の統合実動演習(JX)において11・12の両日、奄美大島で88式地対艦誘導弾の展開・作戦準備を公開した。10日正午に民間フェリーで鹿児島港を出港し、車両約120両は同日午後11時、奄美大島の名瀬港に到着。部隊は直ちに奄美市住用町の奄美体験交流館を拠点に、近傍の内海公園に展開を開始した。12日、報道陣が見守る中、隊員が発射装置を搭載した車両2両を設置し、発射までの手順を確認した。
2016年(平成28年)3月 :12式地対艦誘導弾が配備される。
新編時は、高射特科群のように野整備部隊の直接支援隊を編制内に加えていたが2003年(平成15年)3月に西部方面後方支援隊隷下の第101特科直接支援隊直接支援中隊に改編して指揮系統が別となった。
第5地対艦ミサイル連隊直接支援隊「5地対艦-直支」:1998年(平成10年)3月26日から2003年(平成15年)3月26日(廃止)の間。
西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊直接支援中隊「101特直支-直支」:2003年(平成15年)3月27日から2019年(平成31年)3月25日の間。隷下の直接支援隊を改称。
西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊第2直接支援中隊「101特直支-2直支」:2019年(平成31年)3月26日から直接支援中隊を改称。
西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊第3直接支援小隊(瀬戸内分屯地):2019年(平成31年)3月26日から第301地対艦ミサイル中隊を支援。
西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊第4直接支援小隊(宮古島駐屯地):2020年(令和2年)3月26日から第302地対艦ミサイル中隊を支援。
西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊第5直接支援小隊(石垣駐屯地):2022年(令和4年)3月17日から第303地対艦ミサイル中隊を支援。
西部方面後方支援隊第101特科直接支援隊第6直接支援小隊(健軍駐屯地):2023年(令和5年)3月16日から第304地対艦ミサイル中隊を支援。