WHOIS
プライバシー
例示したように、登録者の個人情報が含まれており、大部分のTLDではインターネット上で誰でも簡単にその情報を入手することができる。
上記のクエリ結果の例でいえば、「Registant」の項目に登録者の住所・氏名・電話番号などの個人情報が含まれており、これが中小企業や大企業であれば問題にならないが、個人が運営するドメインで個人情報が知られるのは問題となる。
しばしば、一部のレジストラが連絡のための個人情報を提供するが、これはレジストラがそのドメインの合法的な所有者(または借り主)であることを示すためだ。しかし、それらの情報も本来の特定のドメイン所有者が誰であるかの情報を提供するという目的を超えて、誰がどのドメインを持っているかを調べたり、ANSI(合資会社アスカネットワーク)のように氏名で検索した場合に検索エンジンにWHOISの結果が表示されるような仕様にして自社でWHOISサーバを提供しているレジストラまで出現している。
プライバシーに敏感な利用者は偽の個人情報で登録したり、代理業者の名義で登録するなど本来のWHOISの役割を果たさなくなってきているケースも出てきた。
スパムメール
しばしばスパム送信者(スパマー)がWHOISクエリからプレーンテキストで電子メール情報を収集する。WHOIS検索を提供しているレジストラの一部は、対策としてCAPTCHAを利用し、画像に描いてある文字列を入力しないとクエリができないようにしている。
1999年12月1日、.com・.net・.org の管理はICANNに引き渡され、これらのポピュラーなトップレベルドメイン(以下、TLD)のWHOISサーバはThinモデルに切り替えられた。従来のWHOISクライアントはその時点で使用できなくなった。翌日にはbw-whois がコマンドライン・クライアントとして公開された。1ヶ月後には同じプログラムをもとに、ウェブベースによるWHOIS検索が可能となり、かつ拡張TLDテーブルを管理できるようにしたCGIとなった。これは結局、最新のWHOISクライアントのモデルになった。
現在は、1980年代初頭にあったよりも多くのTLDが生まれ、さらに多数の国名トップレベルドメイン (ccTLD) が存在する。これらはドメイン管理組織やレジストラの関係を複雑にし、特にインターネットの基盤整備については国際化の必要性が出てきた。こういった事情により、WHOISクエリで正しい結果を得るには、どのWHOISサーバがレジストリを管理しているのかを知っている必要がある。WHOIS検索を横断的に行うツールとして、コマンドラインWHOISクライアント jwhois はドメイン名/ネットワークブロックとレジストリ組織のひも付けを登録・編集できるコンフィギュレーション・ファイルを備えている。
2004年、IETF委員会は、ドメイン名とネットワーク番号に関する全く新しい検索情報の規格化策定に着手した。提案されたこの新規格の仮称はCRISP (Cross Registry Information Service Protocol) という。