E5489
ただし、これらの駅もしくはこれより南で接続する路線のうち、只見線、水郡線、磐越東線については予約購入できない。
また、四国エリア内でも、土佐くろしお鉄道については、土讃線と予土線を連続して乗車する場合以外は予約購入はできない。したがって中村方面へ直通する列車に乗車する場合は窪川駅まで購入し、同社区間は着駅または車内で精算することになる。
一方、智頭急行・WILLER TRAINS(京都丹後鉄道)へ直通する特急列車への予約には対応しているが、線内の特急停車駅は受け取りに対応していないため、これらの駅から乗車する予定がある場合には、事前に受け取り対応駅での受け取りが必要となる。
2023年2月19日より、上記の区間内の乗車券(片道および往復)のみの予約も可能となった。発駅または着駅に受け取りができない駅(無人駅や他社管轄駅など)を含む場合は、受け取りについての注意文が表示される。
2011年3月12日より、九州新幹線鹿児島ルートの博多駅 - 鹿児島中央駅間が全通し、山陽新幹線と直通運転する「みずほ」・「さくら」の運行が開始された。これら山陽・九州新幹線の直通列車、ならびに九州新幹線内運転の「さくら」「つばめ」については、JR西日本とJR九州が連携して行う、インターネット予約サービスで購入が可能である。
2011年3月5日より、JR西日本では「e5489plus」に替わる「(新)e5489」サービスの導入で、JR九州では、「JR九州列車予約サービス」の機能を拡充の上、対応している。
(新)e5489サービスにおいては、JR東海エリアでは全域を対象としているが、JR東日本エリアでは以下の駅が北限の扱いとなっている。
羽越本線・白新線 新発田駅
磐越西線 五泉駅
東北本線 黒磯駅
東北新幹線 那須塩原駅
常磐線 いわき駅