本線
会社名ではJR貨物は省略している。
宗谷本線(JR北海道)
石北本線(JR北海道)
釧網本線(JR北海道)
留萌本線(JR北海道)
根室本線(JR北海道)
函館本線(JR北海道)
室蘭本線(JR北海道)
日高本線(JR北海道)
奥羽本線(JR東日本)
東北本線(JR東日本)
羽越本線(JR東日本)
信越本線(JR東日本)
総武本線(JR東日本)
中央本線(JR東日本・JR東海)
東海道本線(JR東日本・JR東海・JR西日本)
高山本線(JR東海・JR西日本)
関西本線(JR東海・JR西日本)
紀勢本線(JR東海・JR西日本)
北陸本線(JR西日本)
山陰本線(JR西日本)
山陽本線(JR西日本・JR九州)
鹿児島本線(JR九州)
日豊本線(JR九州)
筑豊本線(JR九州)
長崎本線(JR九州)
久大本線(JR九州)
豊肥本線(JR九州)
以下の路線は、本線として開業後にその呼称が消滅したものである。
名寄本線(JR北海道) 特定地方交通線に指定され、1989年(平成元年)5月1日に全線が廃止された。2023年時点で「本線」の全廃は名寄本線が唯一である。
予讃本線(JR四国)
土讃本線(JR四国)
高徳本線(JR四国)
徳島本線(JR四国) 上記4路線は1988年(昭和63年)6月1日に「本」がつかない路線名称に改められた。これによりJR四国には「本線」の名称を持つ路線は無くなっている。