水陸機動団
通信中隊は西部方面通信群の一部等をもって編成。
相浦駐屯地(長崎県佐世保市大潟町) 団本部および本部付隊 第1水陸機動連隊 第2水陸機動連隊 偵察中隊 施設中隊 通信中隊 後方支援大隊 水陸機動教育隊
相浦駐屯地崎辺分屯地(長崎県佐世保市崎辺町) 戦闘上陸大隊 本部管理中隊および第1戦闘上陸中隊 後方支援大隊 第2整備中隊 戦闘上陸直接支援小隊 水陸機動教育隊 第2教育科
竹松駐屯地(長崎県大村市) 第3水陸機動連隊準備室
湯布院駐屯地(大分県由布市) 特科大隊 後方支援大隊 第2整備中隊 特科直接支援小隊
玖珠駐屯地(大分県玖珠郡玖珠町) 戦闘上陸大隊 第2戦闘上陸中隊 後方支援大隊 第2整備中隊 戦闘上陸直接支援小隊
後方支援大隊は旅団後方支援隊に準じた編成をとる。一部、水陸機動連隊等の戦闘職種の隊員が履修する水陸両用基本訓練課程等の教育訓練を修了した隊員が所属する。
後方支援大隊本部
後方支援大隊本部付隊
第1整備中隊
第2整備中隊
補給中隊
衛生中隊