万之瀬川
下流部の加世田川との合流点付近は低地であり川幅も狭く蛇行しており、堤防の整備もほとんど行われていなかったことからしばしば水害が発生した。1682年(天和2年)、1718年(享保3年)に大きな洪水が発生しており、1802年(享和2年)には川の流路が変わるほどの大洪水に見舞われ、新しい河道は新川と呼ばれるようになった。その後も1847年(弘化4年)、1866年(慶応2年)、1896年(明治29年)、1915年(大正4年)、1928年(昭和3年)および1930年(昭和5年)に大規模な洪水が発生している。
1923年(大正12年)8月30日に発生した洪水を契機に改修工事を求める声が高まり、1925年(大正14年)から1928年にかけて調査が行われ、1932年(昭和7年)に始まった時局匡救事業の一つとして改修工事が行われることになった。同年9月に万瀬川河川改修事務所が設立され、総工費100万円をかけて河道の直線化や橋の建設が進められた。一連の工事は1940年(昭和15年)まで続けられた。
1971年(昭和46年)8月4日に台風19号の大雨で加世田川の堤防が決壊し床上浸水247戸、床下浸水1,730戸の被害があり、1983年(昭和58年)6月21日には梅雨の集中豪雨によって加世田川が氾濫し床上浸水692戸、床下浸水1,635戸の被害があった。このため河川激甚災害対策特別緊急事業として48億6千万円の費用をかけ万之瀬川の拡幅と加世田川の流路変更が行われた。