バローゾ委員会
バローゾは、たとえばエネルギーや気候変動の問題で、それぞれの担当委員ではなく委員会全体で取り組むような姿勢を持っている。またバローゾはガリレオ測位システムや欧州工科大学院といったプロジェクトを実行してきた。
さらにバローゾは再任を狙って大国寄りに行動しているということが非難されてきた。その典型として、バローゾ自身は経済自由主義の立場にあるにもかかわらずフランスの圧力を受けて、楽曲課金制度の見直しについて域内市場担当委員のマクリーヴィの方針を覆したというできごとがある。2008年7月、バローゾはフランス大統領ニコラ・サルコジ、欧州議会議長ハンス=ゲルト・ペテリング、イタリア首相シルヴィオ・ベルルスコーニらから再任への支持表明を得た。それでもバローゾは、再任を決めるのは欧州議会の各政党次第であると述べ、2008年7月19日のインタビューまで自身の考えを明らかにしてこなかった。そのうえバローゾは委員長の職にあることを「名誉であり恵まれている」と述べている。実際に、バローゾはドイツとポーランドがなかなか合意に達しなかったリスボン条約に関する協議でも委員長を辞任することなどは頭になく、自らが辞任することは「芝居地味すぎている」と考えていた。2008年10月には欧州人民党から再任について、非公式ながらも支持を得た。
バローゾ委員会の任期中に、一部の委員の政治問題が浮上してきた。委員は国内の政治にかかわらないとされているにもかかわらず、実際には国内の選挙にかかわったり、特定の候補を応援したりしてきた。たとえばルイ・ミシェルは2007年のベルギー総選挙で応援として参加し、またネリー・クルースは2005年のドイツ連邦議会選挙でアンゲラ・メルケルを、マルゴット・ヴァルストレムは2007年のフランス大統領選挙でセゴレーヌ・ロワイヤルをそれぞれ支持していた。
ミシェルは自らの行動について、このような政治への関与は欧州連合と市民とをふたたびつなげるための行動だと主張し、ヴァルストレムも、欧州委員会とのやり取りにおいて重要な役割を持つため、欧州連合はより政治的に、また議論が活発にならなければならないと自己弁護した。またヴァルストレムは、2009年の欧州議会議員選挙までに欧州規模の政党の拡充を図り、これらの政党が欧州委員会委員長候補を掲げて選挙に臨むことができるようにするという構想を打ち出した。