OMIM
OMIMのエントリにはそれぞれ固有の6桁の識別子が与えられる。
100000–299999: 常染色体遺伝子座または表現型(1994年5月15日以前に作成されたエントリ)
300000–399999: X連鎖遺伝子座または表現型
400000–499999: Y連鎖遺伝子座または表現型
500000–599999: ミトコンドリア遺伝子座または表現型
600000以降: 常染色体遺伝子座または表現型(1994年5月15日以降に作成されたエントリ)
アレル異質性(英語版)の場合、エントリのMIM番号には小数点とバリアントを特定する固有の4桁の番号が付加される。例えば、HBB(英語版)遺伝子(141900)のアレルバリアントは141900.0001から141900.0538までのナンバリングがなされている。
OMIMでは遺伝疾患の分類と命名が行われるため、これらの番号は疾患の安定識別子となる。