白峰宮
それから時代は下り幕末の動乱を憂いた孝明天皇は崇徳上皇の御霊を京都に戻し鎮魂することを提案したが、慶応2年(1866年)旧暦12月25日に実現しないまま崩御した。慶応3年旧暦1月9日に意志を継いだ明治天皇が践祚(せんそ)、上皇の命日の慶応4年旧暦8月26日讃岐に勅使が派遣され、翌日旧暦27日に京都御所で即位式が行われ、旧暦9月6日に上皇の御霊が京都の白峯宮に到着し、翌日その御霊を明治天皇が参拝した。なお、さらに翌日の旧暦8日に慶応から明治に改元されている。 当宮から崇徳上皇の御霊が京都へと戻った後、崇徳天皇社は白峰宮となり、天照大神と金山御神体カナヤマビメとカナヤマビコを祀る神社となり、神社の境内にある寺院は廃寺か移転という神仏分離令の方針で摩尼珠院は廃寺とされ摩尼珠院院主は当宮の初代神官になった。なお、明治20年に筆頭末寺の高照院が摩尼珠院の跡に移転し、天皇寺として札所を引き継ぎ、白峰宮の三ツ鳥居(三輪鳥居)から社殿に向かう参道の両脇に天皇寺高照院の境内がある。