北海道エアシステム
設立当初から日本エアシステム、そして吸収合併後における日本航空 (JAL) グループ企業の1社だったが、ワンワールドには加盟していなかった。2009年9月11日に日本航空は北海道エアシステムの経営撤退を表明、JAL保有株の買い取りを巡り北海道議会など関係自治体での論争といった紆余曲折を経て、2011年3月31日に北海道を筆頭株主としてJAL、札幌市等の就航地自治体、道内財界各社などという構成となった。JALはHACを連結会計の適用から除外できる比率まで株式を減じたため、実質的に経営から撤退、HACはJALグループから離脱した。予約発券業務については同年8月31日搭乗分をもってJALへの委託を打ち切り、翌9月1日搭乗分からは自社で行っている。JALは株式売却後も機体整備などの業務受託を継続していた。
JALグループ離脱後もしばらくの間はJALマイレージバンクのフライトマイル積算も維持していたが、2013年7月1日からはJALとのコードシェアを開始する替わりに自社便で予約した場合のマイル積算を打ち切った。JALマイレージバンクで貯まったマイルをHACとの提携特典航空券として利用する場合は7月1日以降もHAC便名での予約に限られる。また、2013年7月1日より独自のマイレージサービスのHACフライトポイントが開始された。交換はかつてのAIRDOのDOマイルと同様に搭乗券の半券を集めて郵送する仕組みとなっている。
新千歳空港 - 紋別空港、女満別空港、釧路空港、函館空港
丘珠空港 - 紋別空港
函館空港 - 旭川空港、女満別空港、釧路空港、三沢空港、仙台空港
旭川空港 - 釧路空港
新しいロゴマークが公募で決定し、2011年6月1日、丘珠空港における記念式典において披露された。 新ロゴを用いた新塗装機は、機首及び垂直尾翼上部にコーポレートカラーを配したものとなり、この塗装の初号機は2011年11月より鹿児島の日本エアコミューターでの整備を実施したJA01HCである。 「The Arc of the Sun(太陽のアーク)」塗装の2機はHACのJALグループ復帰までに塗装変更がなされず、後述のJALグループ共通の鶴丸塗装が施されることが決まったため、この塗装はJA01HCのみに施されることとなる。 なお、新塗装機となったJA01HCは、2011年12月1日の561便(丘珠→釧路)でデビューする予定であったが、機材繰りの都合により、11月30日鹿児島からのフェリー到着後、同日の567便(丘珠→釧路)で運用に復帰している。
JALグループの「The Arc of the Sun(太陽のアーク)」塗装であり、「JAL」のロゴ表記を「HAC」(Aに横棒がなくノが入る)()に置き換え、続いて「HOKKAIDO AIR SYSTEM」と表記される。
ATR 42-600 : 4機
2018年7月18日、ファンボロー航空ショーでATR42-600型機3機(確定2機、オプション1 機)の発注に関する覚書を締結。締結時に運航中だったサーブ340の3機を更新し、2020年から運航開始予定と発表。同機材は天草エアラインや同じJALグループの日本エアコミューターが運航している。重整備などは鹿児島空港にあるJACの施設で実施するため、北海道 - 鹿児島の長距離フェリーフライトが行われる。重整備などにより運用を外れる際、JACとの共通事業機設定利用し、JAC保有機が機材支援でHAC路線運航されることがあるが、JAC基本的な座席配置と客室仕様はJACの同型機と同じであるが、JACが特注した機内ストレッチャー設置機能は装備していない。なお、JACのATR42の全機が共通事業機の対象になっているわけではなく、JA01JC・JA03JC・JA04JCのうちのいずれかが貸し出される。また、国土交通省内の「持続可能な地域航空のあり方に関する研究会」はこの運用に興味を持っていて将来的に日本での地域航空の運用ベースになる可能性があるとみられている。