パーフェクトダーク
1人でプレイする場合の主なプレイモード。プレイヤーは主人公ジョアンナ・ダークを操り、次々と与えられる任務を遂行していく。
すべてのミッションには、簡単な方から順に「エージェント」、「アドバンスト」、「パーフェクト」という3つの難易度が設けられており、それによって任務の内容や敵の強さ、体力、命中率、敵の落とした銃から得られる弾の数などが変化する。ミッションをクリアした場合、それぞれの難易度についてクリアしたことを示す星印が表示される。スペシャルミッション以外のすべてのミッションを「パーフェクト」でクリアすると、敵の体力、強さ、命中力をプレイヤーが設定できる「スペシャル」が新たな難易度として出現する。
ミッションの中には「ターゲットタイム」というものが設定されているものがあり、それを達成することで「チート」と呼ばれるオプションが追加されていく。ただしチートを使用した場合はステージをクリアしたことにはならず、これにより出されたベストタイムなども記録されない。
あらかじめ設定された条件の下でシミュラントと戦うゲーム。全部で30種類のステージが用意されており、クリアしたステージの数によって対戦で使用できるルールやアリーナ、ウェポンなどが増えていく。前半は難易度が低く、対戦ルールを覚えるのに適した設定となっているが、終盤に近付くにつれて難易度が上がっていき、28以降はすべて闇タイプとの戦闘となる。
使用すると画面の右上に自分の位置を中心とする円状のレーダーを表示し、人やアイテムの相対的な位置関係を示すが、かなり大まかな座標しか表示されないため多少の慣れと注意が必要。ミッションモードでは一部のミッションでしか登場しないが、コンバットシミュレータでは設定を変更しない限り常に表示される。
ナイトアイ
いわゆるナイトビジョン。わずかな光を増幅して映像化してくれるゴーグル型のデバイス。使用中は視界が緑色に変化し、生命反応を感知するとそれを強調して示してくれる。ただし、暗所以外で使用すると視界が白っぽくなり、ほとんど何も見えなくなってしまう。
Xスキャン
X線を利用して透視を行うゴーグル型のデバイス。主に壁や扉越しに相手の位置を把握するのに用いる。ミッションモードでは痒いところへ手が届く補助ツールとして役立てることもできるが、対象が自分から一定以上、または一定以下の距離にある場合は見えなくなってしまう。
IRスキャン
熱源を感知して映像化してくれるゴーグル型のデバイスで、ミッションモードにしか登場しない。使用中は視界が赤色に変化し、脆くなった壁やスパイクロークを使用している敵など、通常は見えない物が見えるようになる。ナイトアイとは異なり、明暗によって映像が変化することは無いが、使用中は視野が極端に狭まる。
HRスコープ
最大で31倍の望遠ができるスコープ。ミッションモード限定のデバイスで、使用中は移動できない。
ブーストピル
戦闘を有利に進めるために開発された薬剤。使用すると10秒分の時間が引き伸ばされ、その間、キャラクターを含むあらゆるオブジェクトの動作が遅くなる。
レールガン 「オーブ」を1発ずつ発射する。Rボタンを押すことでXスキャン機能が発動し、その状態でCボタンの上下を押すことでズームイン、ズームアウトができる。Cボタンの上下の代わりにその左右いずれかを押すことで「サーチ」と同様の働きをする。
2.サーチ Rボタンを押し続けると自動的に敵に照準を合わせてくれる。ただし、サーチ速度は遅め。
マイアン製のハイブリッドウェポン。発射される弾はマップ上のあらゆるオブジェクトを貫通し、命中すると一撃で倒れる。ミッションモードでは、Xスキャン機能と組み合わせることで反応していない敵に対して一方的に攻撃することができる。
2007年、海外のサイトにおいておこなわれたランキング企画「最も強力なゲームの武器 TOP10」で第2位に選ばれた。なお、同ランキングの第10位にはラップトップガンが選ばれている。
デバスター (8/40)
1.Gランチャ 「Gランチャの弾」を1発ずつ発射する。
2.ウォールショット 着弾した壁などに貼り付き、数秒後に垂直に落下し、爆発する。
データダイン社製のグレネードランチャー。爆発系武器の例に漏れず非常に高い威力を持ち、クリーンヒットした場合、シールドを装備していても一撃で倒れる。発射されたグレネード弾は放物線を描いて飛ぶ。また、壁などに当たると跳ね返り、床に着弾するまでは爆発しない性質を持っているため、これを利用したトリッキーな射撃も可能である。第2武器モードの「ウォールショット」も、時間差を利用した攻撃を可能としている。
Rランチャ (1/3)
1.
コンバットシミュレータをシミュラントを加えてプレイする際、複数のシミュラントに同時指示を行うとフリーズする場合がある。 リモート爆弾を持ちながら特定の動作をすると、リモート爆弾の持ち方が変わる。
海外版ではメモリー拡張パックが必須ではない。メモリー拡張パックが無い場合には低解像度となる。
海外版に登場する「コンバットナイフ」というウェポンが、国内版には一切登場しない。
海外版にある一部の過激な表現(流血など)が、国内版では抑えられている。
海外版と国内版の間には、一部のミッションの内容に若干の違いがあり、総じて海外版の方が難易度が高い。
海外版では宮本茂がプレイアブルキャラクターとして存在する。国内版は『ペラジック2』で一瞬だけ映るのみ。
国内版の仮称として「赤と黒」というタイトルでゲーム雑誌などの発売予定に載っていた時期があった。