宇和島藩
高田村(後の旧津島村)
岩松村(後の旧津島村)
芳原村
下畑地村(後の旧畑地村)
上槙村
上畑地村(後の旧畑地村)
槙川村(後の旧清満村)
御内村(後の旧清満村)
山財村(後の旧清満村)
颪部村
御代川村
大道村
秀松村
岩淵村(後の旧清満村)
芋路谷村
野井村
近家村(後の旧津島村)
下灘浦(後の旧下灘村)
天慶4年(941年)5月、純友は大宰府を攻めて占領したが、小野好古率いる朝廷軍の追討を受けて撃破され、純友は伊予に逃亡したが、6月に橘遠保に捕縛されて息子の重太丸とともに斬殺され、純友の乱は平定された。
治承・寿永の乱(源平合戦)時には平氏追討で活躍した戦功により、源義経が朝廷より伊予守に任命されている。
室町時代になると室町幕府より宇和郡は藤原北家傍流の伊予西園寺氏の公経が知行国守となる。戦国時代になると、大内義隆、毛利元就、大友宗麟、土佐一条氏、長宗我部氏など周辺諸大名により宇和島地方は侵略を受け、西園寺氏はこれらの勢力と敵対と同盟を繰り返して存続した。長宗我部元親の四国制覇の際、西園寺公広は宇和島で抵抗したが敗れて降伏する。その直後、豊臣秀吉の四国攻めにより元親は降伏して土佐一国を安堵され、伊予は四国平定で功績があった小早川隆景の領土となり、南伊予支配は隆景の養子で異母弟の秀包に任され、家臣の持田右京が実際の支配を担当した。隆景は九州平定でも戦功を立て、そのために筑前・筑後に新たな領土を与えられて移封となり、同じく九州平定で戦功を立てた秀吉の家臣戸田勝隆が伊予大洲10万石(実際は7万石)の領主となった。ところが戸田は隆景と違い苛酷な統治を行い、元領主の西園寺公広や土居・観修寺・法華津ら西園寺旧臣をことごとく追放、後に公広を謀殺した。戸田は合戦には強いが、殺人を平気で行う狂人だったとされ、その統治では一揆がたびたび起きているが、戸田はこれを鎮圧すると反徒の大量虐殺を行ったり、板島(宇和島)城下で殺人・強奪・強姦を行ったりしたという(ただし『清良記』による脚色説も根強い。
また戸田暴君説を唱えているのは司馬遼太郎である)。ただし異説もあり、日振島の年寄に対して年貢を免除し、一揆鎮圧後に旧城主に懐柔策をしていること、荒地の開発や紅花の栽培奨励とその買上を行ったりと、戸田なりに民政の安定と殖産振興に尽力していた。戸田は秀吉の朝鮮出兵が始まると、福島正則の副将格として出兵したが、この際に宇和島地方の社寺の銘木・霊木まで伐採して船材としたということから、暴君として非難されている。文禄の役では講和交渉を務め、帰国中に巨済島で発病して文禄3年(1595年)10月に狂死し、嗣子がなく戸田家は断絶した。
戸田家が断絶した後、宇和郡7万石の領主として秀吉の家臣藤堂高虎が入った。高虎は6年を費やして板島(宇和島)城築城工事を行っている。慶長5年(1600年)9月の関ヶ原の戦いで高虎は東軍(徳川方)として参戦し、その功績により戦後、徳川家康より伊予今治藩20万石に加増移封され、板島(宇和島)には高虎の従弟藤堂良勝が城代として置かれた。ところで関ヶ原の直前、宇和郡松葉(現在の西予市宇和町)の土豪三瀬六兵衛が毛利輝元と通じて松葉騒動という反乱を起こしたが、高虎は鎮圧して支配体制を固めた。高虎は家康の下で順調に出世を遂げ、慶長13年(1608年)に伊勢津藩22万石の藩主として加増移封された。
宇和島藩は成立当初から財政が苦しかった。豊臣時代に戸田・藤堂と替わり、さらに徳川時代に富田・幕領と目まぐるしく交代したためであり、そのため領地は著しく疲弊していた。このため、仙台藩から3万両とも6万両ともいわれる借財をしたが、その返済、さらに吉田分知による3万石の喪失とその後の高直しによる10万石の石高復帰とそれによる幕府普請の負担増大などがあり、宇和島藩の財政は火の車であった。歴代藩主による藩政改革も打ち続く天災などで効果が見込めず、幕末になると宗紀・宗城・宗徳3代のトロイカ体制のためにさらに財政支出は増大し、幕末には藩財政は領民からの献金で遣り繰りする始末であった。
宗城は財政難打開のため、安政3年(1856年)に宇和島に物産方役所を設置し、特産品の開発製造販売に取り組み、朝鮮人参の栽培、寒天の製造、藩内の産物研究に取り組んだ。蒸気船に興味を示す宗城は、これからは石炭が重要になることも見据え、福岡藩から技師を招いて石炭の埋蔵調査も行っている。物産方は蝋・茶・銅・肥料・海藻など多くの品目を扱ったが、いずれも藩を潤すほどの実は上げられなかった。