FC東京
アルベル体制2年目。サガン鳥栖から小泉慶、横浜F・マリノスから仲川輝人、ファジアーノ岡山から徳元悠平を獲得した。また、いわてグルージャ盛岡に育成型期限付き移籍をしていた野沢大志ブランドンが復帰した。 開幕節となったホーム浦和戦では、オウンゴールと渡邊凌磨の得点で2-0で勝利。チームを勢いづけた。第10節終了時点での成績は4勝3分3敗の勝点15で順位も6位とまずまずの成績であった。しかし、苦手としているアウェイ福岡戦に敗れた後に、アウェイ札幌戦で大敗した。第13節、国立競技場で開催された多摩川クラシコでは、徳元と安部の得点でリーグ戦としては5年ぶりとなる勝利を遂げた。しかし、第14節から第17節にかけて1分3敗、12位と低迷したのち、第17節終了後の6月14日、アルベル監督の退任が発表された。 6月16日、清水エスパルスやモンテディオ山形を指揮したピーター・クラモフスキーが監督に就任した。
夏の移籍市場において、京都から白井康介を獲得。
7月14日、安部柊斗のRWDモレンベーク(ベルギー)への完全移籍が発表された。
ルヴァンカップグループステージは首位通過、無敗。4月28日の第4節徳島戦をもって、2021ルヴァンカップグループステージ突破が確定し、5月5日の第5節神戸戦をもってグループステージ首位通過が確定し、GS第6節は消化試合となったためか、ベンチに多くのユースの選手が入っていた。 6月5日,13日に行われたプレーオフステージは湘南と戦った。第1戦は0-1で敗戦したが、第2戦アウェーで4-1と快勝、2試合合計4-2で見事逆転突破。3年連続で9月に行われるプライムステージ(準々決勝)進出を決めた。プライムステージ準々決勝は札幌と対戦。第1戦は逆転負けを喫するも、第2戦レモンSで開催されたホームゲームで2-0で勝利し準決勝進出を決めたが、名古屋グランパスと対戦の末敗退。
6月9日に行われた天皇杯第2回戦は、東京都北区にある味の素フィールド西が丘にて行われ、順天堂大学と対戦した。前後半90分で決着がつかず、延長戦に突入したがPKにより点を取られ逆転。点を奪えず2回戦敗退となった。
11月22日、クラブ運営会社(東京フットボールクラブ株式会社)の第三者割当増資(11億5000万円)を引き受け、発行済み株式の51.3%をクラブスポンサーであるミクシィ(現・MIXI)に譲渡することを発表した。
12月5日、森下申一監督が退任。リーグ最終成績は15勝8分15敗で9位。
Jリーグカップ/コパ・スダメリカーナ王者決定戦:1回 2010
2023年7月12日、天皇杯3回戦の東京ヴェルディ戦において、味の素スタジアムの最寄駅である飛田給駅の私有地に設置されている企業広告看板への張り紙がなされたほか、生卵が投げつけ警察が器物損壊事件として捜査。また、試合前のスタンドでは発煙筒や花火が使用されたことも発覚。FC東京側ゴール裏自由席スタンド内で、火薬類等危険物の持ち込みおよび使用があった。この危険行為によって観客1名が火傷を負っていたことも明らかになった。
FC東京は同月14・15日の経過報告において、調査により火薬類等危険物の持ち込みおよび使用の申し出は4名であったこと、看板の器物損壊については犯人が出てこないことを公表し、火薬類を持ち込んだ当該人物に関しては同月28日付でJFAより日本国内で行われるすべての試合の無期限の入場禁止(本協会主催試合に加え、Jリーグや各種連盟等が主催する各カテゴリの試合を含む)処分となった。
その後同年9月1日、JFAはFC東京に対し「被害の発生及び拡大を防ぎ、観客や選手等の試合に関わる人の安全を確保するために適切な措置を講じなかった」として、罰金500万円と譴責(始末書の提出)の懲罰を課すことを決定した。
初年度監督はトップチームコーチの安間貴義が兼務していたが、7月にトップチームの監督交代に伴い安間はトップチームのコーチに専任、FC東京U-18コーチを務めていた中村忠に変更された(中村は同時にトップチームコーチにも就任)。第28節長野戦において久保建英がJリーグ最年少出場記録を更新 U-18では、U-23に登用された選手のみならず下級生にも成長を促す好循環をもたらし、同年のクラブユース選手権及びJユースカップを制した。
7月22日の鹿島戦で4失点を喫し敗れると(2 - 4)、29日の広島戦(0-2)、8月5日のプレシーズンマッチ・FCソウル戦(0-3)、12日の浦和戦(0 - 4)と連敗し、8月15日にクラブ初となるシーズン途中での監督解任が発表された。
後任監督には1995年から大熊や原の下で長くヘッドコーチを務め、この年からFC東京U-18の監督となっていた倉又寿雄が就任。第18節千葉戦から指揮を執り、布陣を4バックに戻すなど修正を施しリーグ戦を13位で終えた。
シーズン終了と共に倉又が監督を退任(U-18監督へと復帰)。12月5日に原が監督に再任された。また、この年限りでジャーン(湘南へ移籍)、三浦文丈(引退)、宮沢正史(大分へ移籍)、戸田光洋(清水へ移籍)などが退団。
2006 FIFAワールドカップ日本代表に土肥洋一と茂庭照幸の2人がクラブとして初めて選出され、茂庭はオーストラリア代表戦に出場。クラブ初のW杯出場選手となった。
チームスローガン:Moving Football 〜心をひとつに〜
城福体制3年目。2002年からユニフォームの胸スポンサーだったENEOSが撤退し補強予算が狭められる中、浅利悟が引退し、藤山竜仁が札幌へ移籍。茂庭照幸に戦力外を通告、契約交渉で折り合わずブルーノ・クアドロスが退団、佐原秀樹が期限付き移籍期間満了に伴い、川崎Fに復帰した。退団が相次いだセンターバックには大分から森重真人、全州大学校からキム・ヨングンを、また、新潟からMF松下年宏を、ブラジルのABC FCからFWリカルジーニョを期限付き移籍で獲得するも、登録選手はJ1最少の26人、選手の平均年齢はJ1で2番目の若さという陣容だった。
シーズン開幕直前、米本拓司が前十字靭帯・半月板を損傷。梶山陽平も左足首手術からのコンディション調整に苦しみ、序盤は前年のレギュラーボランチ両名を欠く厳しい選手構成となった。開幕戦こそ4年ぶりに勝利を収めたが(1 - 0 対横浜FM・味スタ)、J1中断期間前までは得失点ともに少なく引き分ける試合が多かった。
また、2010 FIFAワールドカップ日本代表に今野泰幸、長友佑都が選出された。なお、長友はW杯終了後にイタリア・チェゼーナへ期限付き移籍で退団した。W杯期間中にFW大黒将志らを獲得。大黒の得点もあってスルガ銀行チャンピオンシップで勝利し、前年に続くタイトル獲得には成功したものの、なかなか勝ち点を伸ばせないまま、9月に城福を解任。
後任に大熊清が就任したが、最終節で京都に敗戦し、最終節に勝利した神戸に入れ替わりで年間順位が16位となり、J2降格が決まった。