シーケンスアラインメント
プログレッシブ法、階層法、ツリー法は、最も似ている配列同士を最初にアラインメントし、順次配列を加えてゆくことによって多重整列を構成する方法で、Clustalの多くの版や、T-Coffeeなどがある。タンパク質構造予測に用いられる。
繰り返し法は、プログレッシブ法の弱点を補うための方法で、繰り返し最適化を行う。