明神礁
同年9月24日、第五海洋丸の遭難が発生。噴火を観測中の海上保安庁の測量船「第五海洋丸」が突然消息を絶ち、捜索の結果、噴火に巻き込まれたことを示す遺留品や船体の断片が見つかったため、田山利三郎測量課長を始めとする31名が遭難、全員殉職したものと認定された(付近の「高根礁」の爆発に巻き込まれた、との説もある。生存者や目撃者が存在しないため、真相は不明)。
1953年(昭和28年)、東京水産大学の海鷹丸が観測を実施。以前の観測結果と合わせて明神礁付近の海底図を完成させた。
その後も付近では海水の変色などがたびたび発生し、近辺海域に海底火山危険区域が設定された(平成11年8月9日に解除)。
その後、1989年(平成元年)に海上保安庁の自航式ブイ「マンボウ」による調査が行われ、明神礁が明神礁カルデラのカルデラ縁上に位置する後カルデラ丘であることが確認された。
1998年(平成10年)にも無人測量船「マンボウII」による調査が行われ、この海域の詳細な地形が明らかになっている。現在は目立った海水の変色などは確認されていないが、活発な熱水活動や噴気が確認されている。