ニホンザリガニ
20世紀前半までは数多く生息しており、食用や釣り餌などに利用されたが、それほど盛んに利用されたわけではない。後述する薬用材料としてのほうが一般的であった。
上述のように皇室の晩餐会などでは、フランス料理の一メニューとして何度も提供された記録があり、その際の絵なども残っている。1954年(昭和29年)、昭和天皇が戦後の全国行幸の一環で北海道に渡った際、旭川での宿所の晩餐で「大雪山系で採取されたザリガニのスープ」が出されている。
ニホンザリガニの個体数が減少して絶滅危惧種となり、その生息地では天然記念物に指定されているため、それ以降は食用とすることは行われていない。大正天皇の即位の際に採取地とされた支笏湖では、昭和天皇の即位の際にもニホンザリガニの提供依頼があったが、そのころにはすでに「数が集められない」と断っている。
そもそもフランス料理の「ザリガニのポタージュ」などには、ヨーロッパザリガニを使うのが正統であり、宮中晩餐会で出されていた利用法も「代用品」でしかなかった。そのほかの料理としてもアメリカザリガニやウチダザリガニのほうが世界各国で利用され、料理レシピなども充実しており、なにより食味やその大きさ的にも、ニホンザリガニをあえて食べる必要性は低かった。
なお、ニホンザリガニは他のザリガニと同様にしてモクズガニなどと同じく、肺臓ジストマの一種であるベルツ肺吸虫 Paragonimus pulmonalis (Baelz, 1880) の中間宿主でもある。
かつては、胃石(「蜊蛄石」または「オクリカンキリ」)が眼病や肺病などの民間療法の薬として使われていた。この胃石は吸収しやすい形の非結晶ACC (Amorphous Calcium Carbonate) であり、カルシウムが含まれているほか、様々な栄養素や免疫成分が凝縮されており、薬効があるためである。
秋田県大館市の桜町南と池内道下にあるニホンザリガニ生息地は、日本における生息地(自然分布)の南限であり、その保存を図る必要があるとされ、1934年(昭和9年)に、「ザリガニ生息地」として国の天然記念物に指定された(ざりがにハ、学術上著名ナル動物ニシテ、其ノ本州北部二産スルハ、動物地理学上興味アル事実ナリ。本生息地ハ、本種分布ノ南限ニ当タル)。
ところが、天然記念物指定地の周辺は、昭和40年代に急速に宅地化が進展して、ニホンザリガニの生息環境は悪化した。2002~2003年の調査では、指定地内の1ヶ所で生息が確認され、その後も目撃情報はあったものの、2012年の調査では指定地内での生息は確認されなかった。ただし、同年の調査では、市内の指定地以外の3ヶ所でニホンザリガニの生息が確認され、他の1ヶ所でも有力な目撃情報が得られている。