南遣艦隊
第9特別根拠地隊 初鷹
第10特別根拠地隊 第4・34号駆潜艇・第44掃海隊 第10港務部・第10通信隊
第11根拠地隊 第41・43号駆潜艇 第10・11警備隊
第12特別根拠地隊 雁 第14・25警備隊
第13特別根拠地隊 第12・13・17警備隊
第15根拠地隊 第11駆潜隊 第9警備隊・第11潜水艦基地隊
附属:妙高・高雄・第61号海防艦・第57号駆潜艇 第3110設営隊
1942年(昭和17年)1月3日、フィリピン攻略・警備・海上交通保護のため、軽巡洋艦「球磨」、敷設艦「八重山」、砲艦隊1隊、特別根拠地隊2隊と附属隊をもって発足した。比島作戦に協力していた第三艦隊の大部分は、一部兵力を残してさらに南方のインドネシア攻略に向かった。
新編時の第三南遣艦隊は連合艦隊に属し、南方部隊指揮官近藤信竹中将(第二艦隊司令長官)の指揮下におかれた。 第三南遣艦隊令長官に親補された杉山六蔵海軍中将は、1月6日に高雄市で軽巡球磨に将旗を掲げた。続いて1月9日にマニラへ進出、陸上に司令部を置いた。当初の任務は、マニラ湾口の封鎖や、フィリピン各地の制圧・占領であった。 2月には第一砲艦隊・第51・53駆潜隊・第31・32航空隊を増勢、2月中旬に水雷艇3隻(13日〈雉・鴻〉、15日〈粟〉)、3月6日に第6駆逐隊(響・暁・雷・電)が編入された。
同年4月10日に南西方面艦隊が発足すると、第三南遣艦隊も麾下に入った。当時、アメリカ軍のコレヒドール要塞は陥落しておらず、日本陸軍の第14軍に協力してマニラ方面の作戦に従事した。またフィリピン各地の島嶼を占領するため、護衛艦艇として第二水雷戦隊と第四水雷戦隊から駆逐隊が増強された。 5月上旬に要塞が陥落しフィリピンの米軍が降伏すると、増援の駆逐隊(第2駆逐隊〈村雨、五月雨、夕立、春雨〉、第24駆逐隊〈海風、山風、江風〉、第15駆逐隊〈親潮、黒潮、早潮〉)は原隊に復帰してミッドウェー作戦に参加した(フィリピンの戦い)。
杉山六蔵中将:1942年1月3日 - 12月1日
太田泰治中将:1942年12月1日 - 1943年9月20日
岡新中将:1943年9月20日 - 1944年8月15日
三川軍一中将:1944年8月15日(※南西方面艦隊司令長官兼任) - 11月1日
大川内伝七中将:1944年11月1日(※南西方面艦隊司令長官、第十三航空艦隊司令長官兼任) - 1945年1月8日(免第十三航空艦隊司令長官) - (降伏)
南西方面艦隊(全期間)
第30根拠地隊 第21号掃海艇 西カロリン海軍航空隊・第45・46警備隊・第30港務部・第3通信隊・第6特設輸送隊
第31特別根拠地隊 第35警備隊・第31港務部・第31通信隊
第32特別根拠地隊 第33警備隊・第32通信隊・第10特設輸送隊
第33特別根拠地隊 第36警備隊
附属:第21駆潜隊・第12魚雷艇隊・第25魚雷艇隊・第31魚雷艇隊 第955海軍航空隊・第135・136・166~168・183~185・187・204~207防空隊 第205・214・215・225・235・301・308・311・318・328・331・332・3011設営隊・第9特設輸送隊