北海道旅客鉄道
2001年(平成13年) 6月22日:改正JR会社法が施行。本州3社が本法の適用から除外されたものの、指針によりJR北海道を含むJR三島会社とJR貨物との協力関係の維持を規定。 7月1日:ダイヤ改正。 特急「おおぞら」がすべて特急「スーパーおおぞら」に統一される。夜行の特急「おおぞら」13・14号を特急「まりも」として分離。 特急「ライラック」の指定席として「uシート」を導入。「いしかりライナー」の列車種別を快速から区間快速に変更。
2002年(平成14年)12月1日:ダイヤ改正。特急「はつかり」と快速「海峡」を廃止し、485系電車による特急「白鳥」、789系電車(基本番台)による特急「スーパー白鳥」運転開始。
2003年(平成15年)3月6日:札幌駅南口駅ビル「JRタワー」開業。
2004年(平成16年) 線路と道路の両方を走行できる車両デュアル・モード・ビークル (DMV) を公開。 3月13日:ダイヤ改正。特急「ライラック」「スーパーホワイトアロー」「すずらん」、特別快速「きたみ」が全車禁煙化。
2006年(平成18年)3月18日:ダイヤ改正。夜行列車は寝台特急「日本海」の函館乗り入れを廃止。特急「利尻」を臨時特急「はなたび利尻」、特急「オホーツク」(9・10号)が臨時特急「オホーツク」(81・82号)にそれぞれ変更。道内完結の全列車が全面禁煙化。
2007年(平成19年) 3月18日:前年の道内完結の全列車に引き続き、寝台列車を除く特急列車が全面禁煙化。 9月30日:夜行の臨時特急「はなたび利尻」が廃止。 10月1日:ダイヤ改正。
特急「ホワイトアロー」に785系電車が導入され、特急「スーパーホワイトアロー」として運転開始。急行「ちとせ」「そらち」が特急「ライラック」に統合され、廃止。 特急「おおぞら」の帯広駅発着列車が分離され、特急「とかち」として運転開始。急行「狩勝」と快速「十勝」を快速「狩勝」へ統合・再編。 宗谷本線の快速「ピヤシリ」「えんれい」「すずいし」「てしおがわ」の愛称が統一され、快速「なよろ」となる。
1991年(平成3年)7月27日:ダイヤ改正。特急「とかち」が特急「スーパーとかち」に改称。
1992年(平成4年) 1月20日:改札鋏を廃止し、スタンプ押印となる。 3月14日:夜行の急行「大雪」が特急「オホーツク」(9・10号)に編入され、廃止。 7月1日:ダイヤ改正。 千歳線支線(南千歳駅 - 新千歳空港駅間。通称「空港線」)開業。快速「空港ライナー」が快速「エアポート」に改称され、快速「マリンライナー」と共に同区間への乗り入れを開始。 特急「ライラック」が札幌駅を境に系統分離され、室蘭駅 - 札幌駅間を特急「すずらん」として運転開始。また、特急「ライラック」と快速「エアポート」の直通運転開始。
1993年(平成5年)3月18日:ダイヤ改正。夜行急行「まりも」が特急「おおぞら」13・14号として編入され、廃止。
1994年(平成6年) 3月1日:ダイヤ改正。特急「北斗」の一部に281系気動車が導入され、特急「スーパー北斗」として運転開始。 5月16日:函館本線 砂川駅 - 上砂川駅間(上砂川支線)廃止。
1995年(平成7年) 9月4日:深名線廃止。
車両その他の電子設備やシステムの開発を行っていた。2016年12月1日付で「札幌交通機械」に吸収合併された。
特急列車 ホワイトアロー スーパーホワイトアロー スーパーカムイ モーニングエクスプレス(臨時) 旭山動物園号(臨時) フラノ紅葉エクスプレス(臨時) フラノスキーエクスプレス(臨時) スーパー宗谷 利尻 はなたび利尻(臨時) まんぷくサロベツ号 おおとり 流氷特急オホーツクの風(臨時) スーパー北斗(1994年 - 2020年、→「北斗」に改称) 道南さくらエクスプレス(臨時) スーパーおおぞら(1997年 - 2020年、→「おおぞら」に改称) まりも スーパーとかち(1991年 - 2020年、→「とかち」に改称) トマムサホロスキーエクスプレス(臨時) ニセコエクスプレス(臨時) ニセコスキーエクスプレス(臨時) ワッカ・ヌプリ(臨時) はつかり(JR東日本) 白鳥、スーパー白鳥(白鳥はJR東日本) さくらエクスプレス(臨時) ドラえもん海底列車(臨時) ねぶたエクスプレス(臨時) 北斗星(一部はJR東日本) エルム(臨時・一部はJR東日本) カシオペア(臨時・JR東日本) 日本海(JR西日本) トワイライトエクスプレス(臨時・JR西日本)
道内の半数以上の路線が非電化のため、所有車両の多くは気動車である。北海道で使用する車両は国鉄時代から特別の寒冷対策を施している。一般的な仕様として、小型化のうえ二重窓とした客室窓、開口幅の小さい片開き式の客用扉・出入台と客室を仕切るデッキ扉などが挙げられる。車体各部には凍結を防止するヒーターが設けられ、暖房容量も本州以南の車両に比べ大きい。電車も所有しているが、電化区間が全て交流電化であるため全て交流型電車である。JR旅客6社で両開き扉の車両と直流型電車を全く所有していないのは、JR北海道が唯一である。また国鉄時代に製造された電車全数の除籍はJR旅客6社中ではJR北海道が最速である。
JR北海道発足後に開発された車両ではデッキ扉に代わる寒冷対策として、エアカーテンの設置・客用扉の開閉を乗客のボタン操作で行う「半自動扉」の装備など、室内を物理的に分断せずに外気流入を最小限に抑える工夫がなされている。また、1991年1月8日に発生した日高本線での踏切脱線転覆事故を契機として乗務員保護対策が進められ、運転席を高い位置に設ける「高運転台仕様」としたうえで衝撃吸収構造とした車両が相次いで開発された。
過去には高速バス・航空機などの競合交通機関への対抗策として、優等列車の所要時間短縮・増発の対策もなされてきた。
12月4日:本社を札幌駅から桑園駅前の新本社ビルに移転。
1996年(平成8年) 1月10日:JR北海道を含むJR三島会社が運賃を改定し、運賃格差が発生。これにより国鉄時代より続いてきたJRグループの日本全国同一運賃体系が崩れる。 4月1日:富良野線にシルバーシートを導入(JR北海道で初めての導入)。 12月24日:731系電車が営業運転開始。
1997年(平成9年) 3月1日:公式ウェブサイトを開設(http://www.hjsd.co.jp/jrhokkaido/)。 3月22日:ダイヤ改正。特急「おおぞら」の一部に283系気動車が導入され、特急「スーパーおおぞら」として運転開始。特急「スーパーとかち」の一部が再び特急「とかち」として運転開始。201系気動車が営業運転開始。 4月1日:消費税増税に伴い運賃改定。 10月1日:普通・快速の全列車に優先席を設置。
1998年(平成10年) 11月17日:帯広ステーションビル株式会社の過度な設備投資が原因でエスタ帯広の経営が破綻し倒産。 11月21日:自動改札機導入。
1999年(平成11年)7月16日:寝台特急「カシオペア」運転開始。これに伴い、寝台特急「北斗星」の定期運転を2往復に減便。
2000年(平成12年) 3月11日:ダイヤ改正。 急行「宗谷」「礼文」に261系気動車(基本番台)が導入され、特急「スーパー宗谷」として運転開始。急行「サロベツ」「利尻」を特急列車に変更。 快速「マリンライナー」が快速「エアポート」「ニセコライナー」に再編され、廃止。 4月1日:バス事業をジェイ・アール北海道バスに譲渡。