中胚葉
中胚葉は原腸胚期から神経胚期にかけて、さらに分化する。一つの区分法として、これを中軸中胚葉・沿軸中胚葉・側板中胚葉と分ける方法がある。中軸中胚葉は脊索で、これは下記のように大部分の脊椎動物では発生初期のみ存在して後に消失するが、その働きと意味は重要である。この部分は両生類ではオーガナイザー領域から形成され、神経管を誘導し、それによって全身の体軸等を決めるものとなる。後二者は、一般には体節と側板と呼ばれる。
普通は以下のように分ける。それらからさらに分化する器官と共に、以下に記す。ただし、各部位・各器官は完全にそれぞれの部分からだけ形成されるわけではない。
脊索中胚葉 (chordamesoderm):背中側に位置する棒状の構造。神経管の下になる。 すぐに退化消失し、脊椎に置き換わる。
体節中胚葉 (somatic mesoderm):神経管両側面に分離、次第に後方に向かって細胞塊を形成することで、体節構造を作る。
中胚葉に当たる細胞が分かれて、その後のその内部に体腔が形成される。
その典型的なものは環形動物に見られるもので、卵割の初期に形成される一個の端細胞(または中胚葉母細胞)が卵割腔内で分裂し、前方に向かって体節ごとの体腔を作ってゆく。
この二分法は古典的な動物系統論に基づくものである。それによると三胚葉性の動物は原口が口になる前口動物と原口が肛門になる後口動物に分かれ、前者は螺旋卵割を行い、裂体腔を持つのに対して、後口動物は放射卵割を行って腸体腔を発達させる。しかし、このような二分法は現在では疑問視されている。
なお、脊椎動物も後口動物であるから腸体腔であり、その中胚葉は原腸壁から袋の形で分離するとの判断があった。それによると両生類の場合、神経胚期に脊索の両側で二層の壁を持つ袋の形で外胚葉と内胚葉の間に入り込み、その後に脊索との間でくびれるようにして分離する。