日朝首脳会談
同年10月29~30日、クアラルンプールで日朝国交正常化交渉第12回本会談が開催された。同年11月にも日朝安全保障協議(局長級)を開始することで合意を見たが、開催には至っていない。
翌2003年(平成15年)以降六者会合の場が設けられた。
金正日は、小泉首相に対し、以下のように特殊機関の一部が日本人を拉致した事実を認め、謝罪した。
小泉も、記者会見で、金正日から謝罪を受けたことを明らかにした。
そして、処罰したとされるのが、チャン・ボンリムとキム・ソンチョルであった。2人は1998年、職権濫用を含む6件の容疑で裁判にかけられ、チャンは死刑、キムは15年の長期教化刑に処せられたという。
しかし、この2人は対外情報調査部の副部長であって、作戦部副部長ではない。この2人は1997年8月の「調査部事件」で粛清された2人であって拉致問題とはまったく関係がない。また、対外情報調査部は工作船を有しておらず、工作船を用いた拉致事件は労働党作戦部によるものである。したがって、日本人拉致問題の責任を負うべきは、拉致の指示を出した金正日自身以外には、作戦部長だった呉克烈だったはずである
日本側の安否確認に対しては、北朝鮮側は地村保志、浜本富貴恵、蓮池薫、奥土祐木子の4人の生存を明らかにし、横田めぐみ、田口八重子、市川修一、増元るみ子、原敕晁、松木薫、石岡亨、有本恵子の8人を「死亡」と発表した。 さらに、日本側も把握していなかった曽我ひとみの拉致・生存と、横田めぐみの娘の生存も明らかにした。 久米裕、曽我ミヨシについては入国自体を確認できないとした。
実際には、その後も核実験やミサイル開発が行われており、同年12月に寧辺核施設を再開を表明すると、翌年1月には核拡散防止条約(NPT)即時脱退を表明する事態となった(北朝鮮の核実験、北朝鮮によるミサイル発射実験等を参照)。