マルエーフェリー
最終寄港(終着)地で次航海までの時間的余裕が少ない為、玉突き遅延することがある。 2017年10月9日那覇新港着をもってフェリー航路としての運航と徳之島(亀徳港)・沖永良部島(和泊港)・与論島(与論港)寄港を休止し、RO-RO航路として運航。 2019年3月からRO-RO船2隻運用体制になり定曜日寄港サービスを開始(但し船によって寄港地違いあり)。
鹿児島 - 沖縄航路(旅客フェリー航路) 鹿児島新港 - 奄美大島(名瀬港・新港地区) - 徳之島(亀徳港) - 沖永良部島(和泊港) - 与論島(与論港) - 本部港 - 那覇港(那覇ふ頭) 特等・1等船室を貸切で利用の場合は、運賃の75%を加算。 運航船舶により、等級格差が発生する。 2018年3月4日那覇出港分から一年間「フェリー波之上」上り便限定で国土交通省の「船旅活性化モデル地区事業」を活用し、利用客が規定数に達した場合のみ屋久島臨時寄港し、屋久島下船利用のみ可。同運用時鹿児島着時間が延着案内されている。
北九州 - 沖縄航路(貨物RO-RO航路) 那覇港(新港ふ頭) - 北九州港(日明ふ頭) 南西海運との協調配船週3便(マルエー:週2便/南西:週1便配船)2019年3月末から就航。
フェリーあけぼの (初代)(鹿児島航路)IMO: 8905373 /MMS: 374150000 1989年9月27日竣工、三菱重工業下関造船所建造。船舶整備公団との共有船。2003年2月に引退し、韓国の清海鎮(チョンヘジン)海運へ売却、「オハマナ(朝鮮語版)」号として就航。その後セウォル号沈没事故により会社清算され、競売複数回入札により2015年1月韓国内船舶仲介取引業者が落札。 2015年夏頃に新潟県が主体となって計画された第三セクター「日本海横断航路」事業における運航船舶として調達しようとしたが、同年10月韓国から日本への回航後に約1年の韓国における係留による性能劣化のため同事業における運用に適さない判断により受領拒否した。 しかし韓国仲介業者が契約不履行と提訴し、日本側の契約内容未解釈との仲裁判断により日本側は一部売買代金及び和解金を支払っているが、船舶所有権は韓国側仲介業者が有し、船舶自体は神田造船所に係留されている。
フェリーあかつき(「ニューあかつき」から改称、阪神航路→鹿児島航路)IMO: 9045895/MMSI: 370441000 1992年竣工、同年7月就航、2008年7月引退。6,412総トン、最大速力23.78ノット。旅客定員800名。 1992年7月、「ニューあかつき」として阪神航路に就航。2003年2月、「フェリーあかつき」に改名のうえ鹿児島航路に転配。2008年7月、「フェリーあけぼの」(2代)就航にともない引退。 引退後は船籍をパナマに変更し谷山港に係船ののちギリシャの船会社に売却したが、金融危機により同社が倒産したため約半年間係留。 2009年に日本のSHKグループが購入。
※斜字は寄港しないことがある。
東京 - 沖縄航路(貨物RO-RO航路) 東京港(若洲埠頭) - 名古屋港(金城埠頭) - 油津港 - 志布志港 - 那覇港(新港ふ頭) 2008年7月以降、与論港寄港休止。 2009年11月13日に発生した「ありあけ」海難事故(後述)の影響により一時休航していたが、代替船舶として「クルーズフェリー飛龍21」を鉄道建設・運輸施設整備支援機構から購入し修繕改修を行った後、当初予定より遅れ2010年3月18日の那覇港出港便から運航を再開した。 2014年12月7日那覇新港着(悪天候により、所定スケジュール12月6日から24時間遅れ)をもって(旅客)フェリー航路としての運航と奄美大島寄港を休止し、以降(貨物)RO-RO航路として運航。 2017年2月より東京木曜発の下り便のみ名古屋港への寄港を開始。 運航船舶巨大化に伴い本社所在奄美大島名瀬港寄港が難しく廃止されたため、2023年1月23日から代わりに宮崎県油津港への寄港を開始。
阪神 - 沖縄航路(貨物RO-RO航路) 神戸港(六甲船客ターミナル) - 大阪港(南港フェリーターミナル) - 志布志港 - 奄美大島(名瀬港・新港地区) - 那覇港(新港ふ頭) 東京-沖縄航路の与論寄港休止に伴い、与論へ臨時寄港する場合がある(Ro-Ro化により休止)。
0m、幅21.0m、深さ11.9m、ディーゼル1基。機関出力9,800ps、航海速力16.5ノット、旅客定員952名。 チャータークルーズ船としても使用。1983年中国に売船、「紫羅蘭」"Zi Luo Lan"に改名。
あまみ丸 (2代) 1968年3月18日竣工、三菱重工業下関造船所建造。船舶整備公団共有。 1,565総トン、全長83.0m、幅12.0m、深さ5.5m、ディーゼル1基1軸、機関出力3,900ps、航海速力17.0ノット、旅客定員457名。 後年は奄美海運で就航、1987年フィリピンに売船。
にほん丸 1970年3月6日竣工、三菱重工業下関造船所建造。 2,998総トン、全長106.3m、幅13.9m、深さ6.2m、ディーゼル2基2軸、機関出力8,800ps、航海速力20.5ノット、旅客定員1,895名。 主に創価学会向けチャータークルーズに使用。1976年フィリピンに売船、"Manila City"に改名。
ひかり(鹿児島航路→阪神航路) 1972年6月13日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1987年ルミナス観光に売船、「ルミナス神戸」に改造。 3,379.54総トン、全長111.35m、型幅13.90m、型深さ6.20m、ディーゼル2基、機関出力10,000ps、航海速力20.5ノット、旅客定員1,161名。
新さくら丸(東京航路) 1973年5月31日竣工、三菱重工業下関造船所建造、1979年12月フィリピンに売船、"Dona Virginia"に改名。 4,998総トン、全長143.4m、幅16.8m、深さ7.2m、ディーゼル2基、機関出力16,000ps、航海速力22.