箕作佳吉
父・箕作秋坪 ‐ 儒者・菊池陶愛の子
母・つね ‐ 箕作阮甫の三女。 甥に箕作麟祥(箕作省吾の子)、呉文聰、呉秀三
長兄・箕作奎吾 - 夭折。元幕府派遣英国留学生
二兄・菊地大麓 - 男爵、東京帝国大学総長。 子に菊池正士など、娘婿に美濃部達吉、鳩山秀夫、末弘厳太郎、平山復二郎、川村秀文
弟・箕作元八 子に箕作秋吉など、娘婿に甲野謙三など
異母妹・直子 ‐ 人類学者・坪井正五郎の妻
妻・やす ‐ 五島孝継(岐阜県士族、内務省准奏仕御用掛)の娘。5男2女をもうけたが、うち長男・阮一、三男・順三、長女・秋子、四男・矩雄の3男1女は夭折。 次男・箕作良次 (1885-?) ‐ 実業家。東京帝国大学法科大学政治学科卒業後日本郵船カルカッタ支店長をへて、昭和スレート專務取締役、冨士スレート取締役、コンマーシヤル・インデリセンス・ビユーロー專務理事、六洲商会主 五男・箕作新六 (1893-1953) ‐ 理学博士、東北大学教授。満鉄撫順化学研究所所長なども務めた。妻は穂積八束の三女。 次女・吉阪花子 (1897-?) ‐ 吉阪俊蔵の妻。子に建築家の吉阪隆正
「真珠王」こと御木本幸吉に対してアコヤガイの養殖が学理的に可能であると助言した。
日本動物学会を結成した。
三崎臨海実験所を設立した。