タンパク質立体構造分類データベース
フォールド内のドメインは、さらにスーパーファミリーに分類される。これは、構造的類似性(英語版)が進化的関連性を示すのに十分であり、したがって共通の祖先を共有するタンパク質の最大のグループである。しかし、スーパーファミリーの異なるメンバーは配列相同性(英語版)が低いため、この祖先は遠く離れた存在であると推定される。たとえば、「グロビン様」フォールドの2つのスーパーファミリーは、『グロビンスーパーファミリー(英語版)』と『αヘリックス・フェレドキシンスーパーファミリー(2つのFe4-S4クラスターを含む)』である。