原核緑藻
原核緑藻は、「フィコビリンタンパク質をもたない」という点でも藍藻の中では特異な存在である。そのためチラコイド上にフィコビリソームは存在せず、おそらくそのため一般的な藍藻と異なり、チラコイドが重なってラメラを形成する。ただしプロクロロコッカス属の一部で微量のフィコエリスリンが報告されている。
カロテノイドとしてはゼアキサンチンが存在し、それに加えてプロクロロン属やプロクロロトリックス属はβ-カロテン、プロクロロコッカス属はα-カロテンをもつ。
プロクロロン属やプロクロロトリックス属のルビスコ(リブロース-1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ)は、一般的な藍藻や緑色植物と同じform IBであるが、プロクロロコッカス属は一部の藍藻(シネココックス属など)と同様にやや特殊なルビスコ (form IA) をもつ。プロクロロコッカス属のようにform IAのルビスコをもつ藍藻は、α-シアノバクテリアとよばれ、藍藻の中で1つの系統群を構成していることが知られている。
以上のようなことが明らかとなり、現在では原核緑藻が独立の生物群(原核緑色植物門)として扱われることはなくなり、全ての原核緑藻は藍藻(シアノバクテリア門)に分類されるようになった。シアノバクテリア門の中で、原核緑藻の3属を同一の分類群(例:プロクロロン目)にまとめることもあるが、上記のようにこの3属は互いに近縁ではなく、この分類は適当ではない。ただし、藍藻の中の分類体系はいまだ暫定的である。一例として、Büdel & Kauff (2012) は、原核緑藻3属を以下のように分類している。
プロクロロン属 (Prochloron) ... クロオコックス目 プロクロロン科
プロクロロコッカス属 (Prochlorococcus) ... シネココックス目 シネココックス科
プロクロロトリックス属 (Prochlorothrix) ... プセウドアナベナ目 プセウドアナベナ科
またプロクロロコッカス属は上記のような生理生態的な多様性(強光型、弱光型など)を示し、また遺伝的にも大きな多様性をもつ(プロクロロコッカス属では多数の株でゲノム塩基配列が決定されている)。2019年現在、このような遺伝的多様性に基づいて、プロクロロコッカス属を Prochlorococcus、Eurycolium、Prolificoccus、Thaumococcus など複数の属に分けることが提唱されている。