澎湖県
1603年(万暦31年)、明朝の将軍であった沈有容が水師を率いて澎湖諸島・台湾本島に向かい、倭寇討伐を行った。この時代、澎湖には倭寇だけでなくオランダの勢力も接近していた。1604年7月20日、オランダ人が3隻の帆船で来航した。当時澎湖には守備兵力はなく、抵抗を受けることなく上陸に成功し、半軍半商の貿易活動を馬祖島で行っていた。この事態に1604年10月25日、明朝は再び沈有容を浯嶼都司として澎湖に派遣、8ヶ月後にオランダに台湾の領有権を認める代わりに澎湖諸島を再び回収している。
この頃日本にも、台湾に対して領土的な興味を持つ勢力が存在した。豊臣秀吉は「高山国」宛に朝貢を促す文書を作成し、原田孫七郎という商人に台湾へ届けさせた(高山国とは、当時台湾に存在すると考えられた国名。 実態は存在せず、朝貢の目的は果たせなかった)。また1608年には有馬晴信が、1616年には長崎代官村山等安が、いずれも成功はしなかったものの台湾へ軍を派遣した。
天啓から永暦年間(1626年 - 1658年)にかけて鄭芝龍が澎湖を支配下に置いた。