大分鉄道事業部
残ったクハ481-256も2016年10月2日付で廃車され、同日から小倉総合車両センター構内にて静態展示されている。
783系(CO編成) 2000年3月に「ソニック」「にちりんシーガイア・ドリームにちりん」用としてCO31 - 35の5両編成5本と、増結予備車4両の計29両が南福岡車両区より転属。2001年3月のダイヤ改正で「ソニック」での運用が消滅すると共に、僅か1年足らずで全車両が南福岡に復帰した。
817系(VO編成) 2003年8月にV012・V013の0番台2両編成2本4両筑豊篠栗鉄道事業部直方運輸センター(現・直方車両センター)から転入。2005年3月1日に815系N016・N017編成との交換により熊本鉄道事業部熊本運輸センター(現・熊本車両センター)に転出した。
キハ28形 2144の1両が2005年3月31日付で廃車。
キハ31形 2006年4月時点で6・8 - 11・23の6両が在籍していたが、同年7月のキハ220形200番台9両配置により筑豊篠栗鉄道事業部直方運輸センター(現・直方車両センター)に転出。
キハ40形 2002年(平成14年)時点で8038の1両が在籍していたが、2003年3月14日に鹿児島車両センターへ転出。
キハ47形 2022年4月1日の時点で3500番台 (3510) と、4500番台 (4509) 、8000番台 (8158) が各1両ずつの計3両が配置されていた。このうち、3510と4509の2両は寒冷地仕様(2軸駆動・エアサス)車である。 2023年9月23日のダイヤ改正にあわせて、上記3両すべてが佐世保車両センターに転出した。
キハ58形 154・569の2両が在籍。2両とも転入前の長崎では快速シーサイドライナーで運用。
2021年のダイヤ改正で久大本線久留米 - 日田間での定期運用がキハ200形・キハ220形に置き換えられた。 当形式のみで1 - 3両編成を組むほか、キハ47系との併結ならびにキハ47系運用の代走などに充当されていた。 100番台は、ロングシートが撤去されている。 2015年(平成27年)に1が唐津より転属した。
キハ200形・キハ220形 キハ200形は0番台+1000番台2両編成3本、0番台+5000番台2両編成1本・100番台+1100番台2両編成3本・550番台+1550番台2両編成3本の計20両が配置されている。 2015年3月にキハ200-13+キハ200-1013が転属。2021年3月に長崎よりキハ200-12+キハ200-1012が転属。 キハ220形は200番台8両・1100番台1両・1500番台4両の計13両が配置されている。 2021年3月ダイヤ改正によりキハ220-209・キハ220-1101が長崎から転属。2021年3月現在、当2両の車体のカラーはシーサイドライナー色である。 豊肥本線(大分 - 宮地間)・久大本線(全線)と鹿児島本線(鳥栖 - 久留米間)で運用される。 2018年3月のダイヤ改正までは日豊本線(亀川 - 南延岡間)でも運用されていた。
大分車両センター(おおいたしゃりょうセンター)は、大分県大分市にある九州旅客鉄道(JR九州)大分支社管轄の車両基地である。元々は同支社大分鉄道事業部の管轄であった。乗務員基地である大分乗務センターに隣接している。大分駅と下郡信号場間の回送線は豊肥本線と重複している。
大分駅を含む周辺の高架化工事の進捗に伴い、日豊本線と車両センターの間に専用の回送線が設置され、大分駅から日豊本線(中通路線)を経由して大分車両センターまでの運行も可能になった。
普通列車 日豊本線:小倉 - 大分 - 佐伯間 久大本線:大分 - 由布院間 豊肥本線:大分 - 豊後竹田間 普通列車は、大分駅を基点に3両編成以上の車両の乗務を原則担当する。主にワンマン運転のため、朝夕ラッシュ時間帯の列車に乗務することが多い。
優等列車 特急「ソニック」:博多 - 大分・佐伯間 特急「にちりん/にちりんシーガイア」:小倉・中津・大分 - 宮崎・南宮崎・宮崎空港間 特急「ゆふ/ゆふいんの森」:別府・大分・由布院 - 博多間 ※多客期の3両以上の時のみ乗務 特急「九州横断特急」:別府・大分 - 熊本間 ※多客期の3両以上の時のみ乗務