山門寺門の争い
保延6年(1140年)4月には再び両門が争う。『天台座主記』には、大津新宮(長等神社)の日吉祭に際し、園城寺の寺主慶仁の子が山門派の下級僧を殺害したことが発端と記される。山門派が激怒したことに対し、園城寺は襲来に備えて北院の北側に堀を設けて通行を遮断した。山門派僧兵はこれを埋めようとしたことから、両派の僧兵が戦闘に至った。合戦は11度に及び、山門派300人余りが死んだとされる。
『百錬抄』によれば、この事件の報復として同年閏5月から7月にかけて山門派の僧兵が大挙して園城寺を攻撃。園城寺の堂塔はことごとく焼失したとされる。また『古事談』によれば、山門派も焼討を後悔して罪障懺悔の為に写経供養を行った。その際に僧都の忠胤は「寺門僧徒は憎いが、仏法経論を非難する事は無く、焼討するいわれはない」と諭し、一同涙したと伝える。
一方で寺門派はこの時以降、ふたたび延暦寺で受戒しないと宣言した。また2年後の永治2年(1142年)3月には報復の戦いを起こして延暦寺を攻撃。延暦寺東塔の房舎数10宇と丈六堂を焼き払った。しかし逆襲を受けて、寺門派の僧房や大津の在家、園城寺別所微妙寺などが焼かれ、殺傷も行われた。その後、全焼した園城寺は復興されて、久安4年(1148年)には金堂が上棟された。
『扶桑略記』によれば、正暦4年(993年)円珍派の成算が多くの僧兵を率いて、円仁所縁の赤山明神社で乱暴を働いた。円仁派は園城寺長吏の勝算に成算を引き渡すよう要請するが、円珍派は従わず、逆に赤山明神社をさらに攻撃して比叡山への物資を略奪するなどした。この狼藉に対し円仁派は朝廷に訴えて、さらに円珍所縁の千手院はじめ円珍派の僧房を焼討し、比叡山から円珍派1000人余りを追い出した。この時に円珍像などをもって比叡山から降りた円珍派は園城寺を本拠にするようになる。これ以降、天台教団は山門派(延暦寺・円仁派・日吉大社)と寺門派(園城寺・円珍派・三井寺新宮)に二分されることとなった。寺門派の支配下となったのは、観音院、修学院、一乗寺などの洛北の寺と天智天皇勅願の崇福寺などである。