護国寺
神田にあった護持院は享保2年の火災で焼失し、跡地が火除地(護持院ヶ原)とされたため、護国寺の地に移転してきた。護持院は筑波の知足院中禅寺の江戸別院で、新義真言宗僧録であり、新義真言宗で最も格式の高い寺院であった。護国寺の東側の地(現在護国寺本坊のある付近)を占め、護持院住職が護国寺住職を兼ねるという変則的な形になった。
護持院は明治時代に神仏分離により打撃を受けて廃寺となり、旧護持院境内は護国寺のものであることが認められた。
護国寺は幕府の祈願寺で、檀家を持たなかったため、明治維新後は後ろ盾を失い、経済的な苦境に陥った。境内地5万坪のうち、東側の2万5千坪は宮家の墓所(豊島岡墓地)が造られた。これは1873年(明治6年)の明治天皇の第一皇子稚瑞照彦尊の薨去(死産)を機に、護国寺境内の東半分が皇族墓地とされたものである。また、西側の5千坪は陸軍用墓地となり、境内は2万坪ほどに縮小した。(現在、陸軍墓地は護国寺墓地の一角に整理されている)
稚瑞照彦尊の生母、葉室光子も1873年に亡くなるが、皇族墓地に入れず、護国寺境内に葬られた。
のち、境内に三条実美、山縣有朋、大隈重信らの墓所が造られるが、これは明治初年に当時の政府高官へ働きかけ、墓地の新設を認められたことによるという。