成願寺 (東近江市)
阿賀神社はほどなくして再建されたが、成願寺は戦国時代には蒲生氏、江戸時代には江戸幕府の帰依を得、寺領などを寄進され、遅ればせながら寛永17年(1640年)に至ってようやく宝寿院行承とその弟子祐盛が本堂と鐘楼を建立して復興した。僧坊も行満坊や石垣坊などが復興されたが、かつてほどの勢いはなかった。
延宝年間(1673年 - 1681年)、成願寺と村人が赤神山一帯の入会地をめぐって争い、成願寺が村人を幕府に訴えるという事件が起きた。以後70年あまりの間、両者はいがみ合い続けたがついに成願寺は敗訴した。その結果、阿賀神社の神主は村人・氏子が一年ごとに新しく任命し派遣する当番神主制が採用され、阿賀神社は成願寺の管理下から離れることとなった。
宝暦3年(1753年)、成願寺は奥之院にあった太郎坊大権現像の他にいくつかの仏教関係の宝物を阿賀神社から成願寺の本堂に移し、当寺を太郎坊大権現と称するようになった。阿賀神社は成願寺の奥之院を新たに神社の本殿に改め、太郎坊宮と称するようになった。ここに、いまだ神仏習合の形態ではあるが阿賀神社と成願寺は分かれる事となった。
1868年(明治元年)、神仏分離によって阿賀神社と成願寺は完全に分離し、1872年(明治5年)には修験道が廃止され、行満坊と石垣坊を除いて僧坊が廃寺となった。
太平洋戦争中には金属類回収令によって梵鐘が供出されている。