丸山眞男
吉本隆明は丸山をはじめとする進歩的文化人は大学から自立せず、大衆から解脱(往相)してしまっており、丸山を「上空飛行的思考」として批判した。吉本の丸山批判は新左翼・全共闘の学生などに受容された。 東大紛争では、全共闘の学生から、東大教授という立場に寄りかかった権威主義者、大衆から遊離した貴族主義者であるとして批判された。
丸山の日本ファシズム論には、ウルトラ・ナショナリズムとナショナリズムを区別できないという欠点があると言われる(松本健一『日本のナショナリズム』ちくま新書 など)。
谷沢永一は以下のような批判を行った。日本ファシズムの概念規定が『増補版 現代政治の思想と行動』のどこにもでてこないこと。同書において、日本国民を二分し、第一類型には工場主や自作農、学校教員など、第二類型には都市における文化人やジャーナリスト、学生層などと規定したこと。日本社会の中堅層である前者に対し、日本にファシズム運動があったか否かの検証もないままファシズムの社会的基盤であると断定し、かつ疑似インテリゲンチャもしくは亜インテリゲンチャと呼んで軽蔑していること。上記の理由から丸山眞男を差別意識の権化とした。
水谷三公は、かつての弟子として、学者としての丸山を尊敬しつつも、その政治的言説がアメリカを批判して北朝鮮やソ連に傾くものだったとし「外交オンチ」、「政治的蓄膿症」と言われても仕方がないと結論づけた。
『丸山眞男集』(全16巻別巻1、岩波書店、1995~1997年)、度々再刊。※別巻(増訂新版)、2015年
『丸山眞男講義録』(全7巻、東京大学出版会、1998~2000年)
『丸山眞男書簡集』(全5巻、みすず書房、2003~2004年)
『丸山眞男話文集』(全4巻、みすず書房、2008~2009年)、「丸山眞男手帖の会」編
『丸山眞男話文集 続』(全4巻、みすず書房、2014~2015年)、「丸山眞男手帖の会」編
『丸山眞男集 別集』(全5巻、岩波書店、2014年12月~) 東京女子大学「丸山眞男文庫」編、近年新たに発見された論考・随想などを集成
『丸山眞男講義録 別冊(一・二)』(東京大学出版会、2017年)
大塚久雄が、梶山力と共訳だったマックス・ヴェーバー 『プロテスタンティズムの倫理と資本主義の精神』を、のちに大塚の単独訳にしたことを、ヴェーバー研究者の安藤英治が批判し、梶山の単独訳版を改訂刊行しようとした。その際に丸山が圧力をかけてきたと、同じ研究者の羽入辰郎は批判している。
志村五郎は、丸山の漢学や音楽に関する会話や著作を「一知半解」であることを記述をあげて指摘するほか、特に朝鮮戦争に関して丸山にとって都合が悪い史実(北朝鮮側から開戦)を40年以上にわたり「不可知論」で誤魔化し続けた事実を指摘し、そこに丸山のジャーナリスト的な資質の根本的な限界を見出した。