藤壺
そして藤壺が病のため里下がりした折に関係をもち(「若紫」)、その結果、藤壺は源氏に生き写しの男御子(後の朱雀帝の東宮、冷泉帝)をもうける。何も知らない桐壺帝は高貴な藤壺が産んだこの皇子を「瑕なき玉」と歓喜し溺愛したが、藤壺の心中は複雑だった。その年の秋に中宮に立后する(「紅葉賀」)。
その後桐壺帝から朱雀帝に世は移り、桐壺院崩御と共に弘徽殿太后(朱雀帝の母)側の勢力は日に日に増大する。源氏・左大臣側の衰勢も著しく、主だった後見もいない藤壺は源氏からの更なる求愛に悩まされた末、東宮を守るために出家を選んだ(「賢木」)。
東宮が元服し帝となった後は太上天皇に准ずる母后(国母)として、前斎宮(後の秋好中宮)の冷泉帝入内に協力したりと政治手腕を発揮する。37歳の厄年で重病に伏し、それまでの冷泉帝への後見を源氏に感謝しつつ崩御。「薄雲」帖で亡くなったことから、出家後は後世の読者から「薄雲女院(うすぐも の にょいん)」と呼ばれている。
没後、源氏が紫の上に藤壺のことをうっかり語った際、それを恨み源氏の夢枕に立ったりもしている(「朝顔」)。また源氏が紫の上を見出したのも、そもそもは紫の上が藤壺の姪で彼女に瓜二つの美貌であったためであり(「若紫」)、後に朱雀院から女三宮降嫁の話を持ちかけられた折も、女三宮が紫の上同様に藤壺の姪であることにも心動かされて承諾してしまう(「若菜上」)。源氏の生涯を通じて彼の女性関係の根源に深く関わり続けた、永遠の恋人といえる存在であった。