欧米系島民
1861年12月17日(文久元年11月16日)、幕府は列国公使に小笠原の開拓を通告した。1862年1月(文久元年12月)、外国奉行水野忠徳の一行が咸臨丸で小笠原に派遣された。
水野は小笠原に赴く前に、駐日イギリス公使やアメリカ合衆国公使に接触をしている。イギリス公使オールコックは、ロシア軍艦対馬占領事件でロシアの日本への影響を阻止しその後のロシアの動向を窺い、東禅寺事件では幕府と問題を抱えていたため、通告に対して日本との貿易の伸長のみを主張し、小笠原領土に対する野心がない態度をとる。一方アメリカは公使館員A. L. C. ポートマンの名でナサニエル・セボリー宛に、水野が来島する旨をセボリーに伝える1861年12月21日付の書簡を、水野一行に託している。アメリカ公使ハリスは開拓通告に対しては、2日後幕府へ回答書で「本国政府へ報告し回答を待つ。ただし、小笠原島在住アメリカ人の既得権の保護を要請する」と記している。
日本の記録では文久元年12月19日(記録が正しければ1862年1月18日)咸臨丸は二見湾に投錨し、セボリーにポートマンの書簡が手渡される。翌日、一行とセボリーらは会談を行っている。過去のイギリス人ビーチーの占領宣言が話題に上がったりしたが、セボリーも島での生活や将来を憂いていたため、通達を受け入れた。その後日本人らが島内の木々の伐採や野獣の所在を決め、セボリーらも自らの生活に必要な分は自由に採るなどルールを決めている。一行は続いて母島にも向い、同様の通達を行っている。
その後八丈島からも入植者が送りこまれ、開拓が始まる。なお生麦事件がこじれイギリスとの一戦が懸念されると、1863年(文久3年)日本人全員に避難命令が出された。
19世紀初頭にフランス人ジャン=ピエール・アベル=レミュザが、林子平の『三国通覧図説』を引用してボニン・アイランズ (無人嶋, Bonin Islands) をヨーロッパへ紹介してから、外国の船が小笠原諸島へと寄港するようになる。それに伴い来島者が残した航海日誌や探検報告書にボニン・アイランズが現れ、その記述中に小笠原諸島に自ら住みついた白人やカナカ人(太平洋諸島の先住民)住人の記述が出現するようになる。
1827年5月、行方不明船を探索していた艦長フレデリック・ウィリアム・ビーチー(Frederick William Beechey)率いるイギリス海軍のブロッサム号(英語版)(HMS Blossom)が、琉球から東へ進路を取りボニン・アイランズをめざした。一行は6月8日に島々を発見。翌9日(または11日)に現在の父島二見港のある湾から島へ上陸してみると、前年行方不明となったイギリスの捕鯨船ウィリアム号の乗組員2人と遭遇した。彼らは湾内に停泊中に突風で難破し、その後寄港した捕鯨船ティモール号に仲間は救出されたが、2人は自らの意志で島に留まり暮らすことにした。ビーチーは島の領有宣言を記した銅板を木に打ち付けた後出航する。翌1828年5月、ロシアの調査船セニャーヴィン(Сенявин)号が二見港に着くと、前年から留まっていたウィリアム号の2人(水夫長ウィットリエンと水夫ピーターセン)と遭遇。彼ら2人は同船で島を後にした。