ルーク・ブラックバーン
ブラックバーンは改革を進めたが、民主党指導層はブラックバーンとその政権には大いに不満だった。発行した恩赦の数を非難し、州の役人に個人を指名するときも党への貢献や忠誠度をあまり考慮しなかったことに不満だった。さらに州内の新聞はブラックバーンが雄弁でないことを取り上げ、批判のネタに付け加えた。ブラックバーンは知事任期の始めに、それ以上政治的な役職を追求しないと宣言したが、それでも1883年の民主党指名大会での演説で自分の記録を弁護しようとした。しかし着席を求めるブーイングや怒号により演説の半ばで中断させられた。最後にブラックバーンはヤジに対抗して、その改革について批判されるであろうが、その政権を腐敗と批判する者は誰でも「嘘つき、基本的で悪名高い嘘つき」だと言って締めくくった。この時点で聴衆からの怒号で聞こえなくなり、演説を止めて着席するしかなくなった。
ブラックバーンは知事の任期が明けた時に公的生活から引退した。短期間バージニア州のリゾート地を訪れた後、ルイビルのゴールトハウスの部屋に戻り、医業を再開した。
1854年9月、ブラックバーンと息子のキャリーはペンシルベニア州フィラデルフィアに旅し、著名な医者のサミュエル・D・グロスの下でキャリーが修業できるようにした。フィラデルフィアに居る間にニューヨーク市ロングアイランドに近いワシントン砦で黄熱病が流行した。ニューヨーク市長がブラックバーンに患者治療の援助を求めた。ブラックバーンはその要請を受け入れ、その奉仕に対する報酬は拒んだ。1856年11月にナチェズに戻ると、妻のエラが浮腫を患って神経質な状態にあり、熱が出ていた。ブラックバーンは妻を救おうと努力したが、その病状は悪化し、その月末前に死んだ。ブラックバーンは悲しみに打ちひしがれていたので、友人がその気持ちを癒すために以前にも話していたようにヨーロッパを旅してくることを勧めた。ブラックバーンは1857年初期に行動に移り、イングランド、スコットランド、フランス、ドイツの病院を訪れた。パリに滞在しているときに、同じケンタッキー州出身のジュリア・M・チャーチルと出会った。ジュリアは姉妹や姪と共に旅していた。ブラックバーンとジュリアは旅程を途中で打ち切り、故郷に帰って、1857年11月に結婚した。ハネムーンの後、1858年1月にニューオーリンズで新居を構え、医業を再開した。ブラックバーンが書いた短い詩によると、夫妻にはアビーという娘が生まれたが、幼児の時に死亡しており、誕生日も死亡日も不明のままである。
この夫婦には息子のキャリー・ベル・ブラックバーン1人が1837年に生まれた。キャリーが生まれる直前に、ブラクバーンは麻縄と袋の製造業に大きな投資をしており、この事業が失敗したときにかなりの財産を失っていた。1843年、ブラックバーンはホイッグ党からケンタッキー州議会下院議員に選出され、1期を務めたが、特に業績は残さなかった。再選は求めず、1844年に弟と共にフランクフォートで委員を開業した。
1847年、ミシシッピ州ナチェズが経済的に繁栄していたのでそこに移転した。直ぐに地域社会の活動的な一員となり、禁酒協会の設立に貢献し、民兵隊に加わり、地元病院の管理者になった。ジェファーソン・デイヴィスやウィリアム・ジョンソンと親密な仲になった。1848年、市の健康管理官となり、ミシシッピ川バレーで黄熱病が流行した時には最初の検疫を行って成功した。ブラックバーンは私費を遣ってミシシッピ川で働く水夫のための病院を設立した。アメリカ合衆国議会に働きかけて、ミナチェズに病院を建設することに成功した。1852年に完成したときに病院の外科医に指名された。1854年、黄熱病に対して再度検疫を行い成功させた。ミシシッピ州議会がブラックバーンに、ルイジアナ州議会に働きかけて、ミシシッピ川沿いの都市を守るためにニューオーリンズで検疫所を設けるよう依頼してきた。ルイジアナ州政府はブラックバーンがそのような仕組みを構築することを承認した。
1865年10月、トロントの裁判所は、衣類のトランクがノバスコシアに向けて発送されたので、それは裁判所の管轄外にあると判断し、ブラックバーンを無罪とした。殺人に関わる陰謀に対する告発は、ブラックバーンの弁護士がそのような告発は被告が国の首長の命を狙ったときのみに告発されることを裁判所に思い出させて、取り下げとなった。ブラックバーンは裁判所で証言せず、何年か後に「知性有る紳士が信じるにはあまりに馬鹿げたこと」と非難したときが唯一の発言機会だった。
歴史家達はブラックバーンに不利な証拠の効力について意見の一致をみていない。アメリカ合衆国政府とアメリカ連合国政府のこの事件に関する記録の多くは失われた。アメリカ海軍の軍医J・D・ヘインズは刊行物『アメリカの内乱』の中で、ブラックバーンに不利な証言をした南軍のスパイは問題のある人物だったと記した。特にハイアムズは刑事免責令を受けており、その証言で報酬を受けていた。ヘインズはまた、ブラックバーンの以前の人道主義者としての評判が無視されたことを指摘した。リンカーン暗殺によるヒステリーの中で、陰謀説が溢れ、北部人はアメリカ連合国支持者なら誰でも最悪のものを信じる傾向にあった。「ニューヨーク・タイムズ」はブラックバーンを「黄熱病の悪魔」や「ぞっとする悪魔」と中傷した。歴史家のエドワード・スティアズはブラックバーンに不利な証拠が状況証拠だと認めたが、その著書『月の血』の中で、ブラックバーンが陰謀に関わったことを示すだけでなく、ジェファーソン・デイヴィスまでを含めアメリカ連合国の高官がそれを知り、容赦し、資金を出していたことを示す十分な証拠が残っていると主張した。もし事実ならば、ブラックバーンの陰謀は最初期の生物兵器になっていたことになる。