北バージニア軍
ポトマック軍第1軍団:ボーリガード大将(1861年7月21日昇進)
ポトマック軍第2軍団:グスタヴス・ウッドソン・スミス少将
ジョンストンを軍司令官として、ポトマック軍は直ちに第一次ブルランの戦いを戦い、これに勝利した。10月22日、北バージニア軍管区が正式に設立された。軍管区は以下の3つの小軍管区(District)で構成されていた。
アクイア小軍管区(Aquia District) 初代司令官:テオフィラス・ホームズ(Theophilus H. Holmes)少将 存続期間:1861年10月22日 - 1862年4月18日
ポトマック小軍管区(Potomac District) 初代司令官:P・G・T・ボーリガード大将 存続期間:1861年10月22日 - 1862年1月29日
バレー(シェナンドー渓谷)小軍管区(Valley District) 初代司令官:ストーンウォール・ジャクソン少将 存続期間:1861年10月22日 - 1865年4月9日
アクイアとポトマック小軍管区は1862年春までに消滅したが、シェナンドー渓谷には戦争の期間を通じて軍組織を維持する必要があったため、バレー小軍管区は戦争終了まで存続した。
1862年4月、ノーフォーク軍管区と半島軍管区が北バージニア軍管区に統合・拡大された。1862年春、ジョージ・マクレラン少将率いる北軍ポトマック軍の半島方面作戦が開始されると、ジョンストンはアメリカ連合国の首都であるバージニア州リッチモンド防衛のため、北バージニア軍を南方に移動させざるを得なくなった。ジョンストンは防衛戦術を取りながら北軍の侵攻を遅滞させたが、5月31日のセブンパインズの戦いで重傷を負った。