長崎ペンギン水族館
2階の亜南極ペンギン水槽の水中部分。水深4m・水量200tのプール内をペンギンが飛ぶように泳ぐ様子が見られる。日時限定で「水中飛行〜お魚キャッチ〜」という水中給餌ショーが行われる。後述する「ぎん吉」と「ペペ」の剥製も展示されている。
水深3m・水量120tの水槽にマアジ、ギンガメアジ、マダイ、クエ、ホンソメワケベラ、ツバメウオ、ハリセンボン、シロザメ、ドチザメ、アカエイ、ウツボなど長崎県近海で見られる約40種200点以上の魚が展示されている。
サンゴ礁、岩礁、干潟などを再現した複数の水槽があり、それぞれの生息域に応じた生物が見られる。長崎では見られないものもいる。 サンゴ礁 - スズメダイ類、チョウチョウウオ類、ハタタテダイ、ネンブツダイ、ナンヨウハギ、モンガラカワハギなど。 岩礁 - カワハギ、カサゴ、イシガキダイ、アイゴ、ササノハベラ、ゴンズイなど。 干潟 - トビハゼ、ムツゴロウ、シオマネキ。 釜山アクアリウム(英語版)から贈られたコウライケツギョ。 その他オオウナギ、カブトガニ、タカアシガニなど。