マリンエキスプレス
「えびの」は海外売却。
1997年12月 - 東京湾アクアライン開通に伴い、木更津航路廃止。従業員の離職対策として設立した東京ベイサービスがバス運行を開始。
1998年 4月 - 「オアシス」・「レインボー」・「オリオン」・「オーロラ」4隻を海外売却。
1997年 7月 - 大阪航路に「おおさかエキスプレス」(11,933t)就航。「美々津丸」は海外売却。
1998年 5月 - 神戸航路廃止。高千穂丸は係船の後に海外売却。
1999年 1月29日 - 本社を東京から宮崎市へ移転。
2001年11月30日 - 京浜航路の那智勝浦・高知への追加寄港を申請。
2002年 2月 - 京浜航路の宮崎線を那智勝浦港へ寄港開始。 10月 - 京浜航路の日向線を高知新港へ寄港開始。
2004年 3月24日 - 貝塚航路(貝塚港-日向細島港-宮崎港)を開設、「フェリーひむか」(旧・「れいんぼうべる」)就航。 8月 - 黒字の大阪航路・貝塚航路を、幹部社員出資による新会社・宮崎カーフェリー(2代目)へ譲渡。
2005年 6月 - 看板路線である京浜航路が6月18日より運航休止。「パシフィックエキスプレス」を売却、「フェニックスエキスプレス」を貝塚航路に転配。 10月 - 会社解散を決議。本店を東京本部に移転。 12月 - 川崎ターミナルを民間会社に売却、そのほかのターミナルは各行政へ無償にて譲渡した。 12月 - 特別清算を開始。負債は約351億円。
2006年5月 - 特別清算終結確定。これによりマリンエキスプレスは完全消滅した。