肥薩線
熊本・宮崎・鹿児島のいわゆる南九州3県を縦貫する唯一の鉄道路線である。鉄道作業局の手により、1901年(明治34年)に開通していた鹿児島線の鹿児島 - 隼人間から続く形で工事が始まり、1903年(明治36年)に吉松まで開通した。八代側からは1908年(明治41年)に人吉まで開通し、翌1909年(明治42年)に人吉 - 吉松間が開通して八代 - 鹿児島間が鹿児島本線として全通した。1927年(昭和2年)に、八代 - 鹿児島間の海岸沿いに新線が開業すると、元の区間は旧肥後国と旧薩摩国を結ぶことから「肥薩線」と改められた。さらに、1932年(昭和7年)に隼人 - 鹿児島間が日豊本線の一部となったため、残る八代 - 隼人間は、その路線名にも関らず、旧薩摩国を通らないこととなった。ただし、吉松 - 隼人間は旧大隅国に属していたが、大隅国も薩摩藩の領地ではあった。
1974年(昭和49年)から1980年(昭和55年)までは、博多 - 宮崎間の特急「おおよど」、1959年(昭和34年)から2000年(平成12年)まで熊本 - 宮崎間の急行「えびの」(当初は準急)が経由し、吉都線とともに中九州と南九州を結ぶ役割を持っていた。
2017年3月4日から運行を開始した特急列車。熊本駅 - 人吉駅間を1日3往復毎日運転される。車内は人吉球磨産の杉やヒノキを用い、リクライニングシートやボックスシート、カウンター席を配置されている。車両はキハ47形8000番台・9000番台が充当されている。
このほか、国鉄時代は門司港 - 人吉間に夜行列車が設定され、夏季や冬季の連休シーズンに不定期列車として大阪 - 人吉間に急行「ひとよし」が運行されていた。
JR九州管区内で最多を数える木造駅舎や球磨川沿いの景観、山間のループ線、スイッチバックなどが見所である。「えびの」廃止以後、特に利用者の少ない人吉 - 吉松間については廃止の可能性も取り沙汰されていたが、2004年(平成16年)3月13日の九州新幹線部分開業を期に、これらの観光資源に着目し、観光路線としての整備が進められている。近年では「SL人吉」「いさぶろう・しんぺい」「はやとの風」などの観光列車の導入が行われており、現在では周辺住民の利用とともに観光利用も多く、南九州の観光資源の一つとして定着している。
2005年(平成17年)まで豊肥本線で「SLあそBOY」として運転していた蒸気機関車58654(8620形)が修復され、2009年(平成21年)4月25日から熊本 - 人吉間で「SL人吉」としておおむね金・土・日曜日・祝日および夏休み期間中に1日1往復運転している。