ベア川の虐殺
1862年12月4日、コナーはマクギャリーをキャッシュ・バレーへの新たな遠征に送り出したが、この時は以前に盗まれていた家畜をショーショーニー族の野営地から取り戻すことが目的だった。隠密に事を進めたにも拘わらず、ショーショーニー族は野営を払い、アメリカ軍が到着する前に逃亡することが出来、川の渡し場に繋がれていた船の綱を切っていた。マクギャリーはその部隊を川向こうに渉らせることができたが、馬は渡河できなかった。油断していたショーショーニー族4人が捕まり人質として拘束され、マクギャリーはもし家畜が翌日の正午までに返されなければ、これら4人は射殺しろと命じた。ショーショーニー族はこれを無視してキャッシュ・バレーのさらに北に移動したので、捕虜達は射撃班によって処刑され、その遺体はベア川に投げ込まれた。「デザート・ニューズ」紙は、この処刑がショーショーニー族をさらに敵対的にさせ、報復を誓わせるだろうとの論説を載せた。
1862年の夏と秋にあった幾つかの出来事が、ショーショーニー族とコナー大佐の間の衝突に繋がっていった。これらのできごとを一つ一つ見ていくと重要では無いように見えるが、一つに纏めるとミシシッピ川の西側ほとんど全体に関わる広範な闘争の姿が見えてくる。この時期アメリカ合衆国全体の注意は東部州で進展する戦い(南北戦争)に向けられていた。現代の歴史家達は、2つの異なる準州司法権(ワシントン準州とユタ準州)の境界が曖昧な地域で事件が起こったために、しばしばこれらの事件を見過ごしてきた。各事件は地理的に近接した所で起こったが、それらを取り扱う管理中心は互いに1,000マイル (1,600 km) 以上離れていた。実際に現在のアイダホ州フランクリン近辺や紛争の一般的な場所はユタ準州内と考えられ、フランクリンの住民は1872年までユタ準州議会に選出した代議員を送り、ユタ州キャッシュ郡の政治に参加していた。その1872年に1つの測量チームがフランクリンなどは実際にはアイダホの中にあることを指摘した。
またビーバー・クリーク東岸やベア川沿いには一連の「射撃壕」を掘った。
おそらく最も皮肉なことは、キニー判事から逮捕令状が発行されていたサンピッチ酋長(逮捕令状で名指しされていた)が、北西部ショーショーニー族のために休戦交渉を行う目的でソルトレイクシティに居たことだった。「サクラメント・ユニオン」の通信員は、「予言者(ブリガム・ヤングのこと)がサンピッチに、モルモン教徒はキャッシュ・バレーのショーショーニー族から十分に痛い目に遭っており、さらに多くの血が流されるならば、モルモン教徒はアメリカ軍の「立場に立ち」彼等を助けるだろうと伝えた」と報告した。
コナーが戦闘に参加させる兵士の数を隠そうという偽装は成功したように見えたが、ショーショーニー族はこれらの兵士達と直接武装闘争に及ぶことすら予測していなかった。その替わりに、交渉による決着の準備をし、酋長達がアメリカ軍の士官達と話し合って、理解に達することができると考えていた。
コナー隊のキャッシュ・バレー遠征は、モンタナ道で8人の鉱山師集団に起こった出来事がきっかけだった。彼等は不運にもフランクリンの北、ショーショーニー族の主要な「冬の村」からちょうど3km以内に入ってしまった。
この鉱山師達はモンタナ道を下っていて、曲がり角を見過ごし、ベア川の西岸で沼地に突き当たり道に迷った。川は水深が深かったので渉れなかった。隊員のうち3人が泳いで川を渡り、リッチモンドに行って入植者達から食料や案内人を得ようとした。この3人が戻ってくる前に、残っていた隊員達がショーショーニー族に襲われ、ワラワラのジョン・ヘンリー・スミスと何頭かの馬が殺された。リッチモンドの住人と3人の隊員が間もなく戻り、ジョン・スミスの遺体を見付けて、リッチモンド市の墓地に埋葬した。
鉱山師達は最終的にソルトレイクシティに向かった。その中の1人、ウィリアム・ベビンズが首席判事ジョン・F・キニーの前に現れ、ジョン・スミスの殺害について宣誓供述を行った。ベビンズはまた、鉱山から別の10人がソルトレイクシティに向かっている時に、スミスが殺される3日前に殺されたと報告した。キニーはベアハンター酋長、ナピッチおよびサグウィッチの逮捕令状を発行し、準州保安官には「罪人であるインディアンを逮捕する」ためにコナー大佐の軍隊から助力を求めるよう命令した。
この法的書類は確かにコナーの動機を高める要因にはなったが、後に法的根拠はコナーがショーショーニー族に対する遠征隊を発するのに厳密に必要なものではないと語った。作戦前に陸軍省に宛てたコナーの報告書は次のようだった。