整備新幹線
整備新幹線の並行在来線は、沿線地方公共団体とJRとの合意により、JRの経営から分離されることになっており、第三セクター鉄道に転換または廃止されている。これは、高額な新幹線の施設と地方閑散線区に転落した並行在来線を両方所有運営することによる、JRの負担を軽減する措置である。ただし、JRの経営のまま残った区間もある。1996年12月25日の「整備新幹線の取扱いについて 政府与党合意」 で「建設着工する区間の並行在来線については、従来どおり、開業時にJRの経営から分離することとする」としており、今後開業する整備新幹線の並行在来線についても、同様の措置とする予定である。並行在来線では、沿線の利用者や貨物列車および並行在来線の枝線の扱い、新事業者の経営をどのように支えるかが課題となる。2022年の西九州新幹線開業時点で、廃止となった路線は、信越本線の横川駅 - 軽井沢駅間のみである。なお、既存新幹線路線の並行在来線は、経営分離される予定はない。
九州新幹線(西九州ルート)は当初導入予定であったフリーゲージトレイン(軌間可変列車)の開発に時間がかかり、開業を予定していた2022年(令和4年)度から2025年(令和7年)度以降に一旦ずれ込む見通しと発表された。その後、国土交通省は暫定措置として博多駅 - 武雄温泉駅間を在来線特急列車、武雄温泉駅 - 長崎駅間を新幹線列車とするリレー方式を採用し、西九州新幹線として2022年9月23日に開業した。