エストニアとロシアの領有権問題
しかしなおも、このエストニア側による全面的な領有権主張取り下げは国内で議論を呼んだ。
ともあれ、エストニア政府は直ちに国境条約に署名すると発表し、メリも両国が早期の条約署名に合意したと述べた。カッラスは翌12月2-3日のリスボン・OSCEサミットでの署名を期待して、サミット・エストニア代表のリーヴォ・シニヤルヴ (en) 欧州問題担当相に全権を与えた。ところが12月11日、ブリュッセルでの北大西洋協力会議において、エストニア新外相トーマス・イルヴェスがロシア外相エヴゲニー・プリマコフに署名日程の設定を迫ったところ、プリマコフはエストニアのロシア人(英語版)の人権問題を領有権問題と連携させると述べ、日程の設定を拒絶した。
そして翌1997年1月9日、プリマコフは記者会見においてバルト三国のロシア人(ロシア語版)問題を持ち出し、彼らに対する「差別」が撤廃されない限り国境条約には署名せず、また経済制裁の発動も辞さない、としてにわかに態度を硬化させた。1999年3月にはようやく、エストニア=ロシア間で国境条約の仮署名が行われたが、その後詳細部分についてロシア側が「不可」を連発したため、20世紀中に条約が締結されることはなかった。
むしろEUが東方拡大を成し遂げて以降、エストニアとの国境条約締結は、EUとの査証免除体制の導入を目指すロシア側にメリットとなるものであった。ラトビア=ロシア関係(ロシア語版)の冷却を尻目に、翌2005年前半には国境交渉が進展し、5月9日には基本的にソ連時代の国境線を承認する(すなわち、エストニア側が係争地を放棄する)形で、両国間に国境画定条約の署名が交わされた。翌6月20日にはエストニア議会が国境協定批准法を採択し、領有権問題は解決を見たかに思われた。
ところがその批准法の前文には、「1920年2月2日のタルトゥ平和条約第3条第1項で定められた国境線を部分的に変更し」という、条約案にない文言が追加されていた。この批准法はエストニア国内向けの条約付帯文書に過ぎず、国境条約そのものには影響を及ぼさないはずであった。しかし、ソ連のエストニア併合の合法性、そしてタルトゥ条約の無効性を大前提とするロシア側はこの批准法前文に激昂。国境条約も白紙撤回されるに至った。