自見庄三郎
2007年7月29日投開票の参議院議員選挙に国民新党公認で比例代表から出馬して当選し、国政に復帰した。なお、日医連の推薦を争った武見敬三は落選した。同年8月には、国民新党副代表に就任した。同年9月25日、当選後初めての総理大臣指名選挙では棄権した。その後、国民新党総務会長(のち、政策審議会長へ移行)に就任した。2009年9月、亀井久興の落選に伴い、国民新党幹事長に就任した。
2006年8月22日、国政復帰を目指して、日本医師会の政治団体である日本医師連盟(日医連)の第21回参議院議員通常選挙比例区推薦候補公募に立候補するも、日医連執行委員会での採決の結果、圧倒的大差で自民党の武見敬三参院議員に敗れた。しかし4月の日医会長選で、武見が当選した唐澤祥人会長に肩入れしたことを「政治介入」とし、強く反発していた近畿6県などの執行委員は退席した。また、2007年1月30日には、茨城県医師会の政治団体である茨城県医師連盟(委員長原中勝征)は常任委員会を開き、第21回参議院通常選挙で武見と自見の2人を推薦することを決め、日本医師連盟に背く決定を下した。
2006年10月13日、「参院選後は国民新党がキャスティングボートを握る可能性がある」として、第21回参議院議員通常選挙に国民新党の比例候補として立候補することが正式に発表された。2007年2月4日に実施された北九州市長選挙では、当選した北橋健治を支援した。当初は過去のいきさつもあり自由民主党が推薦した対立候補を支援していたが、新たな所属先である国民新党が北橋を推薦したことから、最終的に党の方針に従った。
これに対し、自見は妊婦や慢性疾患の患者は通常の季節性インフルエンザであっても重篤になるのは医学の常識であると反論し、CDC(アメリカ疾病予防管理センター)が「今回の新型インフルエンザは強毒性ではなく、教育プログラムや高校、大学での休校措置は奨励しない。」との見解を示しているとした上で、地方自治体や防疫関係者の負担が過多であり、こうした過剰な日本政府の対応による経済損失が最悪の場合、2兆円に上るおそれがあるとして再考を促したが、舛添は「CDCがすべてではない」などとして自見の意見を切り捨てた。
2011年3月11日に発生した東日本大震災による福島第一原子力発電所の事故に伴い、電力需給の不足が懸念されて内閣に設置された電力需給緊急対策本部の第2回会合(3月14日開催)では、冷凍ワクチンの保管場所が計画停電の対象になると冷凍ワクチン自体が使用できなくなる恐れがあるとして配慮を求めた。また、第5回会合(5月13日開催)では、被災地の医療機関で電力が不足しないよう配慮を求めた。
電力需給緊急対策本部の後継組織である電力需給に関する検討会合の第1回会合(7月20日開催)では、レーニンの「共産主義とは電化である。」との言葉を紹介した上で、政治は結果であり、30%を占める原子力をゼロにするのは現実的ではないとの見解を示した。さらに、「どうすれば原発を再稼働できるのか、はっきり、ビシビシと道筋をつけていただきたい。これは泥をかぶってでもやる話。強く言っておく。」と述べ、原発再稼働への理解を示し、海江田万里経済産業大臣に再稼働の道筋をつけるよう求めた。これに対し、海江田は「ありがたいお言葉」と述べ、発言を歓迎した。当時、7月13日の会見で脱原発の方針を示していた菅直人首相はこの会合に出席していない。