台湾総督府
総督官房
文教局 国民精神研修所
財務局
鉱工局 地質調査所
農商局 食糧部 獣液血清製造所
警務局
法務部
外事部
以下表中、爵位と階級はいずれも台湾総督に着任当時のものをあげ、在任中に授爵・陞爵や進級があった場合はその概略を備考にあげた。なお前職・後職の列にある「台湾」は「台湾総督府」を、「朝鮮」は「朝鮮総督府」を、「関東」は「関東都督府」を、「横鎮」は「横須賀鎮守府」を、「阪鎮」は「大阪鎮台」を、「満鉄」は「南満洲鉄道」をそれぞれ示す。また代の列の着色はそれぞれ、前期武官総督 / 文官総督 / 後期武官総督 を示す。
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台湾総督府は、明治28年(1895年)4月17日に調印された下関条約によって、台湾及び澎湖列島は日本へ割譲され、日本は台湾を領有することとなった。同年6月17日、台北において始政式が行われ、台湾総督府による台湾統治が正式に開始された。
ただし台湾総督は内閣総理大臣の、さらにのちには内務大臣や拓務大臣などの指揮監督を受けることになっており、宮中席次でも朝鮮総督が第6位なのに対して台湾総督は親任官として第11位と、陸海軍大将や枢密顧問官よりも地位が低かった。
初代総督は樺山資紀で当初は陸海軍の将官が総督を務めた。児玉源太郎総督の下で明治31年(1898年)に民政長官に就任した後藤新平は、土地改革を行いつつ、電気水道供給施設・交通施設情報施設などを整備、アヘン中毒患者の撲滅、学校教育の普及、製糖業などの産業を育成することにより台湾の近代化を推進し、一方で統治に対する叛逆者には取り締まりをするという「飴と鞭」の政策を有効に用いることで統治体制を確立した。
昭和20年(1945年)10月25日の中国側への降伏調印式において事実上その職権を停止。以後業務を台湾地区日本官兵善後連絡部へ引き継いだ。総督府直属機関の接収は、台湾省行政長官公署民政処が行い、総督府の官員の多くが「服務員」としてこれに協力した。
日本は、植民地法制についてほとんど正式な廃止手続きを行わず、台湾総督府官制(明治30年10月21日勅令第362号)も正式な廃止がされなかったが、遅くとも1949年(昭和24年)6月1日の国家行政組織法の施行の前日限りで、失効されたとされ、これにより台湾総督府は法制上も消滅した。