村上武吉
同年7月に隆景が能島攻めの軍を起こすと来島・因島水軍もこれに従ったため、孤立した能島は三好氏や塩飽水軍に兵糧の補給を要請したが、これも隆景の軍勢に阻止され、翌元亀3年(1572年)まで能島を包囲・海上封鎖されるという苦境に追い込まれた。
この後も大友宗麟は来島水軍と武吉との講和を仲介したり、「門司・赤間や伊予へと出兵して毛利を脅かす」と約束したりして、能島水軍の反毛利同盟への繋ぎ止めを図ったが、結局のところ宗麟の約した門司・赤間への出兵は空手形であり、武吉の考えは徐々に毛利との関係修復へと傾いていく。天正3年(1575年)2月には備中兵乱の平定に関して武吉が隆景に祝儀を送っており、この頃までにはかなり毛利氏との関係は改善していたと見られる。
毛利氏が織田信長と戦うと、村上水軍は小早川・児島・乃美水軍などと共に毛利方水軍として活躍した。特に天正4年(1576年)7月13日の第一次木津川口の戦いでは、自身は参加せずに嫡男の元吉が出陣して主力として戦い大勝を収めている。しかし信長の家臣・九鬼嘉隆が作った鉄船6隻と戦った天正6年(1578年)11月の第二次木津川口の戦いでは敗れた。
村上氏の遠祖は清和源氏または村上源氏ともいい、平安時代の末頃から伊予国の河野氏と結んで瀬戸内に勢力を張ったと伝わる。南北朝時代の頃、南朝のてこ入れのため北畠顕家の息子が村上家に入り村上師清と名乗ったのが後の三島村上氏の先祖となると言われるが、この人物を北畠氏側の史料では確認できないようである。いずれにせよ村上氏の出自は定かではない。
村上師清の子供は能島、来島、因島の三島に分かれて、勢力を張った。代々伊予の河野氏との関わりも深かったようであるが、周防国の大内氏の勢力が伸びてくるとその傘下にも入った。三島は一応能島を宗家としていたが、因島は安芸国の児玉氏や小早川氏と親しく、来島は伊予の河野氏に近いなどそれぞれの利害関係はかなり異なり、独自に行動することが多かった。
永正5年(1508年)、大内義興が京に上ったとき中国地方の多くの大名や国人が従ったが、武吉の曽祖父・能島雅房もこの時京に上っており、京で数人の子供を作った。これが能島で作った子供達との間で家督争いを行い、能島の内乱となる。