Pfamデータベース
新しいファミリーは、さまざまな情報源から得られているが、主にPDBと、Pfamにヒットしない遺伝子をプロテオーム全体の解析から見つけ出される。
ファミリーごとに、代表的な配列のサブセットが高品質なシードアライメントに整列される。シードアライメントの配列は、主にpfamseq(リファレンスプロテオームの非冗長データベース)から取得し、一部はUniprotKB(英語版)から補足される。このシードアライメントは、次に、HMMER(英語版)を使用したプロファイル隠れマルコフモデルの構築に使用される。そして、このHMMを配列データベースで検索し、精査された収集閾値に達したすべてのヒットをタンパク質ファミリーのメンバーとして分類する。このようにして得られたメンバーのコレクションをプロファイルHMMに位置合わせし、完全アライメントを生成する。
ファミリーごとに、手動で精査された収集閾値が割り当てられる。この閾値は、そのファミリーに対する真の適合数を最大化しつつ、偽陽性を除外するものである。偽陽性は、同じクランのものではないPfamファミリーのヒット間での重畳を観察することによって推定される。この閾値は、ファミリーHMMにマッチしたものを、タンパク質ファミリーに含める必要があるかどうかを評価するために使用される。Pfamの更新のたびに、新規ファミリーと既存ファミリーが重複しないように、収集閾値が再評価される。
Pfam内の各ファミリーについて、次のことができる。
ファミリーの説明を表示する
マルチプルアラインメントを表示する
タンパク質ドメインの構造を表示する
種の分布を調べる
他のデータベースへのリンクをたどる
既知のタンパク質の構造を表示する
エントリーには、ファミリー、ドメイン、リピート、モチーフなどの種類がある。ファミリーはデフォルトのクラスであり、単にメンバーが関連していることを示す。ドメインとは、複数のタンパク質のコンテキストに存在する自律構造単位または再利用可能な配列単位と定義されている。リピートは通常、単独では安定しておらず、ドメインまたは拡張構造を形成するために、通常、縦列反復を形成する必要がある。モチーフは通常、球状ドメインの外側にある短い配列単位である。
Pfamファミリーの説明は、ウィキペディアを使用して一般の人々が管理している(「歴史」を参照)。
リリース29.0の時点で、UniprotKB(英語版)のタンパク質配列の76.1%が、少なくとも1つのPfamドメインと一致していた。