不良債権
そして、不良債権が過大となって実質債務超過に陥った金融機関を処理した。まず、兵庫銀行が銀行として戦後初めて倒産し、更には北海道拓殖銀行のような都市銀行や、日本長期信用銀行・日本債券信用銀行のような長期信用銀行まで破綻する事態となった。破綻を逃れた他の大手銀行も、国から大規模な公的資金注入を受けてその場をしのぐ有様となった。
こうして銀行の体力が奪われたことは、バブル崩壊後の日本経済を再建する上で大きな足枷となった。銀行は融資に対して過度に慎重となり、中小企業に対する貸し渋りや貸し剥がしといった現象も目立つようになった。このため不景気に加えて、資金調達が困難となったために、新規事業の立ち上げが困難になったばかりでなく、融資を受けられないことによる倒産、さらには倒産が倒産を呼ぶ連鎖倒産、失業率上昇、中高年の自殺者も急増し、深刻な社会問題となった。
しかし、小渕内閣の下で行われた大規模な公的資金の投入によって、こうした信用収縮は収束した。それでも景気悪化もあり、不良債権は増加を続け、金融庁によれば全国銀行の金融再生法開示債権残高は平成14年3月末には43.2兆円に達していた。
銀行への資本注入のための公的資金枠は、1999年12月には70兆円にまで積み増すことが決定された。