S期
複製の直後は、娘染色分体には親染色分体に存在していたエピジェネティックな修飾の半分しか継承されない。細胞は有糸分裂に入る前に、この部分的な指示のセットを利用して機能的なクロマチンドメイン(ヌクレオソームが折り畳まれてできる構造)を再構築しなければならない。
大きなゲノム領域に関しては、古いH3-H4ヌクレオソームの継承によってクロマチンドメインを正確に再構築することができる。PRC2や他のいくつかのヒストン修飾複合体は、古いヒストンに存在する修飾を新しいヒストンへ「コピー」することができる。この過程でエピジェネティックな標識は増幅され、複製に伴う希釈を克服することができる。
しかしながら、個々の遺伝子サイズに匹敵するような小さなドメインに関しては、古いヌクレオソームはあまりにも拡散してしまうため、ヒストンの修飾を正確に伝播することができない。このような領域では、おそらくヌクレオソームの再構築の過程でのヒストンバリアントの組み込みによってクロマチン構造が制御されていると考えられている。ヒストンバリアントH3.3/H2A.Zの存在と活発な転写が行われている領域には緊密な相関があり、このことはこの機構を支持してはいるものの、その因果関係は示されていない。