船の科学館
2011年9月30日をもって本館展示を無期限で休止するとともに、青函連絡船「羊蹄丸」の展示保存を終了した。本館は開館後37年が経過して施設建屋・展示内容共に老朽化が著しく、羊蹄丸については維持費負担の点から国内団体に無償譲渡されることになった。休館は同年7月1日に公表された。7月20日から休館日までは謝恩価格として入館料が大人200円に引き下げられると共に企画展やイベントなどが開催され、休館前の2か月間で12万人以上の見学者が来館した。最終日は羊蹄丸の模擬出港などのセレモニーが実施された。
本館展示休止中は、本館展示や収蔵品を撮影した画像等を公式ホームページに掲載し、インターネットを通じて公開するという「バーチャル博物館」の試みを推進するとともに、資料の貸し出しを行う「海と船の博物館ネットワーク」の試み、本館展示のリニューアルを検討するとしているが、老朽化した本館施設の処置も含めて具体的な内容は明らかでない。
2016年9月に、隣接して建設される東京国際クルーズターミナルの工事に伴い、船首を陸側にする形で、かつて羊蹄丸が係留されていた場所に移動。
2017年4月1日に見学が再開された。