大塚製薬サッカー部
1999年、大塚FCは大塚製薬サッカー部に登録チーム名を戻し、同じようにプロ化を断念した本田技研工業サッカー部(現・Honda FC)同様、Jリーグ参入を目指すクラブチームに対峙する実業団チームとして数年を過ごすこととなる。この年は旧JFLからJ2に参加しなかったアマチュアチームなどで結成されたJFLに参戦して6位となった。また、同年の第35回全国社会人サッカー選手権大会にも出場したが1回戦で敗退した。
2002年の第4回JFLでは17試合10勝7分というリーグ無敗記録を作ったが、3位に終わり、Honda FCのリーグ優勝を許した。第82回天皇杯3回戦で名古屋グランパスエイトに敗退したのが、この年の公式戦で唯一の黒星だった。なお、この年には土居義典が復帰し、プロ選手として最後のシーズンを過ごした(翌年アマチュアとして移籍)。
2003年、大塚製薬はJFL初制覇に挑んだ。勝ち点差5の首位で迎えた後期第14節は2位のHonda FCとアウェーのホンダ都田サッカー場で対戦し、3-3で引き分け、残り1試合を残してJFL初優勝を達成した。シーズン中である8月に開催されたプレシーズンマッチでは中村俊輔が所属(当時)するセリエAレッジーナ・カルチョを迎え、中村に先制ゴールを奪われるも4-2で勝利した。第83回天皇杯は1回戦、2回戦を大勝し、3回戦は一昨年に0-5と大敗を喫した相手ジェフユナイテッド市原に再び挑むもこの年も0-5の大敗。なお、この年限りで大塚製薬のエースとして活躍してきた関口隆男が引退した。