第三青函丸
第三青函丸の縦揺れ時に船首が波にたたかれる問題を解決するため、第四青函丸ではフレアーを少なくして凌波性を改善するため、垂線間長を一気に3.2m伸ばし、113.20mとした。これにともない、船2番線の軌道有効長が96mに、船3番線では65mと約2mずつ延びたが、ワム換算の車両積載数に変化はなかった。この内側2線の延長により、船首での船内軌道終点位置が外側2線と内側2線でずれることになった。また当時戦争のため船内軌道の枕木にする良質な堅木の入手が困難となり、やむを得ず、車両甲板上に溝形鋼を上下逆に置いて溶接し、その上にレールをボルトで固定する方法がとられた。
なお、第三青函丸と第四青函丸は、船体長のほか、第三青函丸では操舵室のはるか前方にあった前部マストが、第四青函丸では操舵室直前の船体中心線上、甲板室遊歩甲板前面遊歩廊中央部から船橋楼甲板へ前方に向かって降りる階段の左舷わきへ移動した以外、大きな差異はなかった。
第四青函丸は、青函航路での15年以上にわたる車両航送の経験に基づいて、太平洋戦争開戦前に設計され、ボイラー、タービン等重要機器には国産品を採用するなど、当時の日本の技術水準と青函航路の実情に最適化した標準型車両渡船であった。鉄道省は当時増加著しい青函航路の輸送需要に、この第四青函丸の同型船を追加建造する積もりでいたが、情勢はそれを許さなかった。
1945年(昭和20年)2月には、青函連絡船用の武装として、短12cm砲1門と25mm機銃2基、爆雷16個と明示されたが、同年7月の空襲時、この第四青函丸のみ未だ武装されておらず、それ以外の連絡船には何らかの武装がなされていた。
第一青函丸、第二青函丸では車両甲板に屋根がなく、荒天時や降雪時の車両緊締作業の難渋や、波浪による車両の損傷がたびたび発生していた。このため第三青函丸では、第二青函丸で車両甲板を部分的かつ別々に覆っていた同じ高さの、船首楼甲板、船体中央部船橋楼の遊歩甲板、船尾楼の後部船橋甲板、を前後につなぎ、全通の“船橋楼甲板”とし、車両甲板のほぼ全体を覆う屋根とした。さらに車両甲板舷側も、車両甲板と船橋楼甲板の間を外板で覆い、“車両格納所”としての体裁を整え、船首楼と船橋楼の間には長さ約16m、船橋楼と船尾楼の間には長さ約29mにわたり、外舷外板に車両甲板面からの高さ3.5mを下縁とする縦1.3mの通風採光用の開口部を設け、冬期や荒天時には、これをキャンバス(帆布)で閉鎖する構造として積載車両の側面も被覆し、上記の問題を解決した。