自然科学研究機構
本部事務局 (東京都港区)
天文台事務部 (東京都三鷹市)
核研管理部 (岐阜県土岐市)
岡崎統合事務センター (愛知県岡崎市)
本部事務局は、行政機関である文部科学省への報告並びに指示を受ける機関である。 三鷹、土岐、岡崎の各キャンパスにある事務所は、経理などの管理業務を行っている。
大学の研究者などが共同で研究を進めるための機関として、相次いで設立された研究所が、2004年度の国立大学法人化に合わせ、統合及び法人化されて現在の機構になった。 1988年、総合研究大学院大学の設立に伴い、総合研究大学院大学の基盤機関として、大学院生に対する教育が開始された。
1888年 - 東京帝国大学理学部附属東京天文台を設立
1961年 - 名古屋大学プラズマ研究所を設立
1975年 - 文部省分子科学研究所を設立
1977年 - 生物科学総合研究機構を設立(基礎生物学研究所、生理学研究所)
1981年 - 生物科学総合研究機構と文部省分子科学研究所を岡崎国立共同研究機構に改組
1988年 - 東京大学東京天文台を文部省国立天文台に改組
1989年 - 名古屋大学プラズマ研究所など3機関を移管統合し、文部省核融合科学研究所を設立
2000年 - 岡崎統合バイオサイエンスセンターを設立
2004年 - 統合再編及び法人化により、大学共同利用機関法人自然科学研究機構を設立
2009年 - 新分野創成センターを設立
2015年 - アストロバイオロジーセンターを設立
2018年 4月1日 - 生命創成探究センターを設立 8月1日 - 国際連携研究センターを設立