東トルキスタン共和国
1949年、国共内戦を制した中国共産党は、新疆の接収を行うために、鄧力群を派遣し、イリ政府との交渉を行った。毛沢東は、イリ政府に書簡を送り、イリの首脳陣を北京の政治協商会議に招いた。しかし、8月27日、北京に向かった3地域の11人のリーダー達、アフメトジャン・カスィミ(Ehmetjan Qasim)、アブドゥルキリム・アバソフ(Abdulkerim Abbas)、イスハクベグ・モノノフ(Ishaq Beg Munonov)、Luo Zhi、Rakhimjan Sabirhajiev、デレリカン・スグルバヨフ(Dalelkhan Sugirbayev)らイリ首脳陣の乗った飛行機はソ連領内アルマトイで消息を絶った。首脳を失ったイリ政府は混乱に陥ったが、残されたイリ政府幹部のセイプディン・エズィズィが陸路で北京へ赴き、政治協商会議に参加して共産党への服属を表明した。9月26日にはブルハン・シャヒディら新疆省政府幹部も国民政府との関係を断ち共産党政府に服属することを表明した。
1997年2月5日、グルジャ事件(イニン事件)がグルジャ市(伊寧市)で発生。香港では600名が負傷、不明者150名、逮捕者1500名と報道された。カザフスタンの東トルキスタン統一革命民族戦線は、漢族住民55名、ウイグル人20名が死亡したと発表した。中国側は「共産党政権の転覆を目的として民族分裂主義者の破壊活動」とした。4月24日にはイリ中級法院伊寧市人民法院は公開裁判をひらき、暴動の首謀者ユスプ・トルソンら3名を死刑に処した。
1997年2月25日、ウルムチ・バス爆破事件(英語版)。
2009年7月5日に中国の東トルキスタン支配に抗議する大規模なデモがウルムチで行われ、武装警察の鎮圧によりウイグル人1,500人が射殺されたとされている。その後、1万人のウイグル人が行方不明となったと世界ウイグル会議は訴えている。なお、中国政府は、事件翌日からウイグル自治区全域で一軒々々を家宅捜索してウイグル人男性4,000人以上を拘束したことを発表するとともに、犠牲者のほとんどは漢民族であるとしている。
また、翌1945年には、ソ連領の西トルキスタンで教育や訓練を受けたカザフ人のゲリラ勢力が、アルタイ地区、タルバガタイ地区を占領し、東トルキスタン政権に合流した。
共和国の元になった反乱軍は親ソ派ウイグル知識人のアブドゥルキリム・アバソフが指導していたが、共和国政府は、ウイグル人だけではなく東トルキスタンに居住する全テュルク系ムスリムを糾合させる汎テュルク主義を標榜していた。共和国の主席には親ソ派ウズベク人の宗教指導者で主戦派のアリハーン・トラが、副主席にはグルジャの名家出身の有力者アキムベク・ホージャ(Hakim Beg Hoja / Asim Beg Hoja)が就任し、ムスリム社会の上層部の人々が積極的に政権に招聘された。
しかし実際には、共和国は軍事部門を中心に、ソ連国籍を持つロシア人やテュルク系民族出身の要員に指導されており、ソ連の強い影響下に置かれていた。共和国政府では、中国国民党との交渉で台頭した親ソ派のアフメトジャン・カスィミが次第に実権を掌握していった。