マラリア原虫
ヒトにマラリアを引き起こす最も高い原因となっている種はP. falciparumであり、これは西アフリカのゴリラに寄生するLaverania (類人猿に見られるPlasmodiumの亜属)種から進化したと一般的に受け入れられている。 遺伝的多様性からの推定では約1万年前にP. falciparumが出現したとされている。
ミトコンドリアDNA、アピコプラスト、および核DNAの遺伝子配列を調べた研究からは、P. falciparumに最も近い近縁種はP. praefalciparum(ゴリラを宿主とする)であることが支持されている。 これら 2 つの種は、チンパンジーの寄生虫 P. reichenowiと近い系統関係にあり、以前はP. reichenowiが P. falciparumの最も近い近縁種であると考えられていた。また、かつてはP. falciparumも鳥の寄生虫に由来すると考えられていた。
遺伝的多型の度合いを調べてみると、P. praefalciparumを含む近縁種と比べてP. falciparum ゲノム内の多型は極めて低いレベルであることがわかった。 これはヒトにおけるP. falciparumの起源が最近であることを示唆しており、P. praefalciparumとの共通祖先がヒトに感染することが可能になったのかもしれない 。 P. falciparumの遺伝的情報には最近の集団拡大傾向の兆候が示されており、これは農業革命による人口拡大と時期が一致している。大規模な農業の発展は、より多くの蚊の繁殖地を生み出すことによってその集団密度を増加させ、熱帯マラリア原虫の進化と拡大を引き起こした可能性がある。