ザ・ペンギンズ from マダガスカル
ペンギンズが最も恐れ、行きたがらない動物園。隊長曰く雑菌がうようよいる、いわゆる掃き溜めで、世界各国の刑務所・収容所・囚人作業所よりもいやな場所らしい。動物園を襲った動物(ハンス、サビオ、クレムゾン、ロンダのみ水族館)が送られている動物園。だがフランシスの改革によって清潔感あふれる施設へと変貌していた。
登場「ともだちは箱の中」
相手の考えていることが分かる機械。チープな回路を使うとすぐに発火する。ゲームの回路でもあまり持たない。
声 - 石井康嗣(TV版)、手塚秀彰(ザ・ムービー) / ジェフ・ベネット(TV版)、クリス・ミラー(ザ・ムービー)
ペンギンズのブレイン的存在で、状況報告と作戦の考案が彼の役目。4人の中では一番の高身長である。一人称は「私」。ボードとペンを持ち歩き、その場の状況を瞬時に分析する。そろばん、はかり、匂いのでる動物図鑑を持っている。知性には自信があるが、文字を読むのは苦手、したがって彼の計画書やレポートはほとんど絵で構成されている。脳や体にダメージを受けるとかなり幼稚な発言をすることがある。普段は落ち着いた話し方をしているが、興奮すると声が裏返る。また、意外と涙を見せることも多い。科学に関しては異常なほど興奮してしまうマニアで、周りが見えなくなってしまい仲間を危険な目に遭わせることもあるマッドサイエンティスト。実験や発明をライフワークとしているが、発明品が元でトラブルになることも多く隊長に発明を禁止されたり、回の終わりに彼にお仕置きされたこともあった。科学の力が絶対だと信じており魔法や迷信の類には否定的だが、魔法の噴水に願いをかけ、レーザー照準器付きの連発式ビームブラスターを手に入れた際には喜びのあまり「魔法だ!
声 - 宝亀克寿 / ケビン・マイケル・リチャードソン
キング・ジュリアンのお世話係であり監視役。不満な顔をしながらも毎日キング・ジュリアンと行動を共にしている。一人称は「私」。しかし状況によりジュリアンに加勢する時としない時がある。彼の不満が行き過ぎて、モートでシェイクしたスムージーや、自分の耳を掃除したサクランボをジュリアンに出したことがある。音楽が好きなキング・ジュリアンのためにヒューマンビートボックスや歌のコーラス、あるいはドラムをするなど音楽が得意。音楽以外にもマッサージやスムージー作り、また、ヨーヨーの腕で高い技術を持つ。いわゆる「常識人」であり、コワルスキーいわく哺乳類にしては頭が良く親指も使えるため、ペンギンズの任務においても活躍することが多い。ずんぐりとした体格だが、本人曰く「太っちょではなく、骨太」とのこと。一度、メイソンとフィルがアリスのオフィスにあるFAXから送られた一枚の紙から余命一日しかないと動物達から大きな勘違いをされたことがある。彼の願望は、キングとして君臨し、ジュリアンを家来にすること。
声 - 荻野晴朗、岩崎正寛、佐藤せつじ、宝亀克寿、岡林史泰、タルタエリ、藤村歩
ニューヨークに住んでいる一般市民。イベントがあるときはかなりの人が集まる。一部の男性市民は、ペンギンズの行動やモートの衝突などによって車が破壊されたときに「俺の車が!」と叫ぶことがよくある(稀に「俺のじゃない車が!」と叫んだこともある)。
声 - 岡林史泰 / ピーター・カパルディ
新人の親戚のおじさん。シーズン1では名前のみで、「人生で一番大事な船はフレンドシップ」という言葉を新人に教えていた。シーズン2で実際に登場した。レース編みと花が大好き。甥っ子の新人と同じく穏やかで優しい性格の持ち主だが、裏ではスーパー・シークレット・エージェントのスパイとして活躍している。アカリスとは因縁同士である。攻撃する時の掛け声は新人と同じく「チェストー」
声 - 込山順子
メスのダチョウ。シーズン1では台詞が無かったが、シーズン2にて台詞付きで登場。ガスが設置した水飲み場に首を突っ込んでしまった所をリコに助けてもらい一目惚れする。あの手この手でリコを自分に振り向かせようとし、最終的にリコの持つパーキーちゃんをこっそり捨てるも、自身の行動が間違いであることを悟り、ペンギンズと協力してパーキーちゃんを回収した。その後はおもちゃ屋で見つけたムキムキの男のプラスチック人形を「ケンくん」と名付けて夢中になっている。
昔、ロジャーが住んでいた下水道。ドブネズミたちの住む区域となっている。マリーンの居住区の地下にも古い下水道がある。一部の水流は魚が骨だけになるほどの強烈な流れである。
声 - 佐藤せつじ
カメラマンで、結婚式や成人式などのセレモニーを専門とする。新人曰く「動物を撮るのもうまい」。一年に1回、動物園に来てパンフレットの表紙になる動物を撮る。かわいいと思ったものしか撮らず、すぐに気が変わる。その後は若干少し偉そうな性格になっていた。それ以降では報道関係やマクスレイド局長の写真撮影時等に背景キャラとして登場した。)
声 - 荻野晴朗
登場「ナノマシンにおまかせ」
顕微鏡でないと見られないくらい小さい発明品。これを機械にかけるとグレードアップする。ペンギンズに危害を与えないように防御プロトコルをプログラムした。しかし、「バリーが猛毒を持っているから危険」という言葉に反応して防御プロトコルがエスカレートし、ちょっとしたことでもペンギンを守ろうと発展しさらにナノマシンの機械が合体してロボットのようになったが最終的にコワルスキーに危害を与えたため自分のプログラムの犠牲になり自爆、コワルスキーは隊長にこっぴどく叱られることになった。
声 - 中嶋アキ
シーズン2で登場。動物園に来ていたパパの赤ちゃん。新人の失態でベビーカーごと動物園から出て行ってしまうが、ペンギンズの手によって無事パパの元に帰された。
シーズン2では、シーズン1で登場したゲストの人間の声は主要な声優陣によって吹き替えられており、ゲスト声優が起用されたのはこの赤ちゃんのみである。