Amazon.co.jp
2006年4月18日より開始された「コンビニ・ATM・ネットバンキング払い」における支払いについて、不正にログインされたインターネットバンキングからPay-easy収納を利用して、Amazonギフト券が不正に大量購入され、換金される被害が多発しているため、Pay-easyの運営元の日本マルチペイメントネットワーク運営機構より、インターネットバンキング・モバイルバンキングによるPay-easyを利用した、「Amazon」宛ての収納サービス(代金の支払い)を一時停止とする旨の通知が各金融機関宛てになされたことにより、2016年12月30日11時より当分の間、Pay-easyを利用したインターネットバンキング・モバイルバンキングでのAmazon.co.jpの代金支払いはすべて停止されており、利用できなくなっている。客にはコンビニエンスストア、電子マネー、ATMによる決済への移行を呼びかけている。現在は使用可能である。
Amazon.co.jpでは、成人向け商品など、性的内容を含むコンテンツのカタログが削除されることがある。たとえば、東京都の青少年健全育成条例で指定された不健全図書についてはAmazonの規約で取り扱いが禁止されており、不健全図書に指定された書籍はストアから削除される。なお、不健全指定自体は販売を全面的に禁じるものではなく、18歳未満の青少年への販売を規制するものに過ぎないため、Amazon以外の通販サイトでは成人向け商品として販売が継続されている場合が多い。指定対象となった書籍のタイトルなどは東京都のウェブサイト上の不健全指定図書類一覧で確認できる。そのほか、成人向けコンテンツなどがAmazonからの説明なく削除された事例としては以下のようなものがある。
2012年3月、アダルトコミック誌『コミックエルオー』2012年4月号のカタログが削除された。
2013年8月、Kindleストアにおいて、電子書籍版アダルトコミックがAmazonから説明なく大量に削除された。
2015年5月には、成人向け漫画ではない『無邪気の楽園』などの作品が、やはりAmazonからの説明などなく削除された。『無邪気の楽園』以外にもいわゆるロリータ系の漫画作品が複数削除されているのが確認されているが、これらの作品は日本の国内法に抵触するものではなく、ほかの通信販売サイトや一般書店では問題なく販売されている。
(アマゾン ジャパン合同会社、アマゾン データ サービス ジャパン株式会社) 本社 - 東京都目黒区下目黒1丁目8番1号(Amazon Gift Cards Japan株式会社本社、アマゾン・キャピタル・サービス合同会社) 東京都江東区枝川1-15-9-538https://www.amazon.co.jp/sp?_encoding=UTF8&asin=&isAmazonFulfilled=&isCBA=&marketplaceID=A1VC38T7YXB528&orderID=&seller=ANNLLU4HTZVX9&tab=atoz&vasStoreID= 大阪支社 -大阪府大阪市北区3丁目3番3号 中之島三井ビルディング
アマゾン ファーマシー - 東京都江東区塩浜二丁目4番3号
特注本や個人著者による本、絶版となった本をアマゾンジャパンが印刷・製本・出荷するオンデマンド印刷サービス「プリント・オン・デマンド(POD)」を提供している。
主にマーケットプレイスで購入した商品において、レビューで星5つを投稿するよう呼び掛けるカードが同封されるケースが、2020年代になって相次ぐようになっている。レビューの評価を不当に吊り上げる目的があるとされ、応じた場合、Amazon.co.jpの利用規約で禁じられている「やらせ投稿」に該当するため、注意が呼び掛けられている。
2012年11月下旬までは、不良品・手違い品の理由によらず、クレジットカードによる支払いを除いて、返金は原則としてAmazonギフト券などAmazon内でしか通用しない方法で行われていた。現在では、コンビニ決済や代金引換で支払いした商品の返金が、銀行振込でも可能となった。
ヤマト運輸、佐川急便、日本郵便株式会社、カトーレック(千葉県内のみ)、摂津倉庫、TMG(西日本の一部および東京都の一部のみ)、ファイズ(デリバリープロバイダ)、SBS即配サポート(デリバリープロバイダ)、札幌通運(デリバリープロバイダ)、ジャパンクイックサービス(デリバリープロバイダ)
日本の国内宛商品などは消費税が課税される。ただし、日本国外にデジタルデータを配信するサーバを設置した電子書籍やマーケットプレイス手数料などには消費税がかからなかったが、2015年10月1日以後は、消費税が課税されると国税庁が発表した。
Amazonマーケットプレイスへ出品するには、クレジットカードの登録や電話による本人確認が必須となっている。出品された商品が購入されると、購入者はアマゾンペイメントにより支払いを行う。その後、アマゾンより手数料を控除後の代金が出品者へ支払われる(14日ごとの支払日を設けている)仕組みとなっている。