ドッキング (分子)
理論的には、探索空間(英語版)は、リガンドと対になるタンパク質のすべての可能な配向 (orientations) とコンホメーション (conformations) から構成されている。しかし、実際には現在の計算資源では、探索空間を網羅的に探索することは不可能である。これには、各分子のすべての可能な歪み(分子は動的であり、コンホメーション状態のアンサンブルの中に存在している)と、与えられた粒度レベルでのタンパク質に対するリガンドのすべての可能な回転および並進の方向を列挙する必要がある。使用されているほとんどのドッキングプログラムは、リガンド(柔軟性のあるリガンド)のコンホメーション空間全体を考慮しており、いくつかは柔軟性のあるタンパク質受容体をモデル化しようとしている。ペアの各「スナップショット」は、ポーズ (pose) と呼ばれている。
さまざまな立体配座の探索戦略が、リガンドと受容体に適用されてきた。これらには以下が含まれる:
回転可能な結合に関する系統的または確率的なねじれ角探索
分子動力学シミュレーション
遺伝的アルゴリズムは、新しい低エネルギーコンホメーションを「進化」させ、各ポーズのスコアが次の反復のための個体を選択するために使用されるフィットネス関数として機能する。