六日町駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム2面4線を有する地上駅で橋上駅舎を有する。
JR東日本新潟シティクリエイト(JENIC)が運営する業務委託駅で、管理駅は越後湯沢駅。JRと北越急行による共同使用駅で、北越急行側の駅業務はJR東日本が業務委託を受けている。
駅舎内には有人改札口・みどりの窓口・タッチパネル式自動券売機・待合室・改札外の1階と改札内の2階に化粧室・コンコース上に発車標とほくほく線の運行情報表示器が設置されている。また、バリアフリー対策として改札内コンコースと各ホームを連絡するエレベーターが3基設置されている。
自由通路の「六日町駅自由通路」は南魚沼市が管理しており、駅舎は自由通路に面する2階に設けられている。市では市民や駅利用者の潤いの醸成を目的として、合併前の旧六日町時代の1998年(平成10年)に「六日町駅自由通路・シンボル空間条例」を制定して運用を行っている。東口1階には美術館「棟方志功アートステーション」のほか、六日町観光協会の案内所があり、レンタサイクル「里山Minicle(ミニクル)」の貸出が行われている。
また、バリアフリー対策として、東口側と西口側の双方出入口にエレベーターが各1基ずつ設置されている。
住宅地があり、北越急行の本社が置かれている。西口側には新潟県立六日町高等学校および新潟県立八海高等学校をはじめとする教育機関が多く所在している。
MK 六日町=浦佐=小出 線
MH 六日町=上原=山口=八海山スキー場 線
MD 六日町=宮村=野中 線
MM 六日町=イオン六日町店=六日町車庫 線
MS 六日町=沢口=清水 線
MU 六日町=野田=五日町=大崎=浦佐 線
MB 六日町=南魚沼市民病院 線
いずれもロータリー内の「六日町駅前」停留所(MK01、MH01、MD01、MM01、MS01、MU01、MB01)を発着する。