海上公安局
海上公安局法は1952年7月31日に公布されたものの、その施行は別に法律で定める日まで延期されることになった。従って、保安庁の発足に伴って海上保安庁において行われた組織改正は、海上警備隊および航路啓開所の業務を保安庁に移すとともに海事検査部の業務を運輸省に引き継ぎ、水先審議会および海難審判理事所をそれぞれ運輸省および海難審判庁の附属機関として移管したのみで、海上保安庁は従来どおり海上保安行政を統一的に行う機関として存続することになった。
その後、1953年にも、行政改革の一環として海上保安庁を保安庁の外局とすることが検討されたが、この際には、受け入れ側である保安庁が「保安庁法の改正によって、警察組織というより防衛組織へと移行している現状で、いわば海上警察である海上保安庁を組み入れることは、異質のものを持つことになるため、好ましくない」と反対の態度を表明した。また運輸省・海上保安庁も従来と同様の理由によって反対したほか、水産業界も、保安庁に移管されると軍事が優先されて海上保安業務が二義的業務とされることが予測されるとの理由で反対した。このように各方面の反対が強かったため、結局、海上保安庁の保安庁への統合案は取りやめとなり、1954年7月1日、保安庁が防衛庁(現在の防衛省)に改組され、防衛庁設置法が施行されるのに伴い、海上公安局法は、施行されないままに廃止となった(防衛庁設置法附則第2項)。
保安庁の創設という計画は、1952年1月24日には既に読売新聞に報じられており、2月1日には、海上保安庁を運輸省から「保安省」に移すという報道もなされた。これを受けて、法案提出前の2月22日の時点で、衆議院運輸委員会において、「陰の運輸大臣」といわれた関谷勝利が海上保安庁の移管について反対の論陣を張っていた。村上義一運輸大臣をはじめとする運輸省も、当初は海上保安庁の移管について反対の姿勢を示していたが、4月5日の閣議決定を受けて、消極的賛成に転じた。
その後、法案の提出を受けて国会審議が本格化すると、海上保安庁の解体・海上公安局の新設という計画について懐疑論・反対論が噴出した。例えば改進党の船田享二は、「警備救難事務と水路・灯台の事務を分離してしまうことは、防衛ということをあまりに強く考えて、海上の保安業務の方を軽視したきらいがあるのではないか」と発言した。また緑風会の楠見義男は、保安庁に移管する事務と運輸省へ残す事務をどのような基準で決めたのか、特に運輸省としては相当重要だと考えられていたはずの海上保安行政の任務が他の機構と一体として出ていく点を質した。