ミミナシオオトカゲ
いくつかの初期の研究では、ミミナシオオトカゲをドクトカゲ科とオオトカゲ科(真のオオトカゲ)とともにオオトカゲ上科(英語版)に分類していた。それより最近の遺伝学的証拠により、ミミナシオオトカゲに最も近い親類はオオトカゲ科であることが判明した。両者の間の分化(英語版)が深いため、ほとんどの権威者は別々の科として認識し続けているが、ミミナシオオトカゲをオオトカゲ科の亜科Lanthanotinaeに含めるべきだと提案する者もいる。これら2つの分類群は共に系統群を形成しており、その姉妹群はシナワニトカゲ類(英語版)である。より高いレベルでは、これら3つの分類群の姉妹群はドクトカゲ科と、オオトカゲ下目の他の科である。最新の共通祖先は白亜紀中期に分岐した。
モンゴルの白亜紀後期の化石から知られる絶滅したCherminotus(英語版)属は、ミミナシオオトカゲ科に属すると考えられてきたが、これについては異論がある。