分子科学研究所
1963年 - 分子科学研究所設立趣意書が小谷正雄(学習院大学)、井早康正(電気通信大学)、青野茂行(金沢大学)らによって起草される。
1965年 - 12月13日、日本学術会議「分子科学研究所(仮称)」設立勧告。会長は朝永振一郎。
1973年 10月31日、学術審議会、分子科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所(仮称)を緊急に設立することが適当である旨の報告がなされる。 末頃、分子科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所の設置場所として、愛知県岡崎市明大寺町(愛知教育大学跡地)が候補地となる。
1974年 4月11日、東京大学物性研究所に「分子科学研究所創設準備室」が設置される。 7月6日、3研究所の設置場所が愛知県岡崎市に決定。
1975年 - 4月22日、国立学校設置法を一部改正する法律の施行により、文部省の附属機関として分子科学研究所が設立される。
1981年 - 生物科学総合研究機構との統合により岡崎国立共同研究機構分子科学研究所に改組。
2004年 - 法人化により大学共同利用機関法人自然科学研究機構設立。
2017年 - 主任研究員制度を導入。
3年に一度、秋に研究施設の一般公開が行われる。近年は2018年10月20日に開催された。