全国高等学校総合体育大会
以下に挙げる競技は高校総体の競技に加わっているが、全国高校選手権は別の大会として開かれている。高体連の種別としては選抜大会に含まれている。
全国高等学校サッカー選手権大会
全日本高等学校女子サッカー選手権大会 2012年度まで高体連管轄外の大会となっている。
全国高等学校柔道選手権大会 1979年より開催。インターハイは全国高等学校柔道大会であり、選手権ではない。
全日本バレーボール高等学校選手権大会 バレーボールの高校選手権は当初インターハイに含まれていたが、2010年度より全国高等学校バレーボール選抜優勝大会の後継たる大会に移管された。
全国高等学校バスケットボール選手権大会 バスケットボールの高校選手権は当初インターハイに含まれていたが、2017年度より全国高等学校バスケットボール選抜優勝大会の後継たる大会に移管された。