配列アセンブリング
ヒトのゲノムの場合では約3千5百万リードのアセンブルとなり、それらのアセンブルには大量にコンピュータを集中的に設置したり、分散コンピューティングなどを行う必要がある。
2005年頃にはパイロシークエンシグが454ライフサイエンス社から販売されるようになった。この新しい手法ではサンガー法に比べて得られるリードの長さは短く、初期の頃は100残基程度で既に250残基は読めるようになっており、2008年末には450残基まで伸びるとされている。しかし、パイロシークエンシングはサンガー法と比べてスループットが高く低コストであることから各ゲノムセンターでの採用が相次ぎ、この新しい手法によって生産された配列を利用できるようにするべくアセンブラの開発が進められている。しかし、大量のデータを相手にしなければならないこととリード中に含まれるこの手法特有のエラーのパターンに悩まされ、2004年初頭の時点では454から提供されたNewblerアセンブラが存在していただけだった。2007年半ばにはハイブリッド版のMIRAアセンブラがChevreuxらから発表され、これが最初の無料で利用できる454向けのアセンブラとなった。このハイブリッド版というのは454のリードとサンガー法のリードを混合したものをアセンブルできるという意味で、その後このような複数のシークエンシング技術による配列を処理するものはハイブリッドアセンブリと呼ばれるようになった。