全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016
残ったポジションはワイルドカード(1次ラウンド2位最上位)の枠となる。 次に、再び「ポット1」の3チームが「抽選箱1」と「抽選箱2」を抽選し(「抽選箱2」はその都度戻す)、1次ラウンド会場とグループを紐付ける。 続いて、「ポット2」の6チームが「抽選箱1」と「抽選箱2」を抽選し(どちらも、その都度必要なボールだけを入れて抽選する)、各チームのポジションを決定する。 最後に、「ポット3」の3チームが「抽選箱1」を抽選し、各チームのポジションを決定する。
試合は90分(45分ハーフ)で、同点の場合は延長戦を行わず、PK戦により勝敗を決める。
1次ラウンド・決勝ラウンドとも、試合ごとに勝ち点(90分での勝利=3、PK戦勝利=2、PK戦敗戦=1、90分での敗戦=0)を与え、3試合での累計勝ち点により順位を決定する。同勝ち点の場合は得失点差→総得点数→当該チーム間の対戦成績(各グループ2位の最上位を決める場合には比較対象としない)→PK戦における得失点差(PK戦の回数が異なる場合は比較対象としない)→反則ポイントで優劣を定め、それでも差がつかない場合は抽選とする。
優勝:FC今治
2位:ヴィアティン三重
3位:鈴鹿アンリミテッドFC
4位:三菱水島FC
上位2チームは12月7日に行われたJFL理事会でJFL昇格が正式に決定した。