がんばれゴエモン〜ゆき姫救出絵巻〜
FC版『がんばれゴエモン2』に引き続いて2人同時プレイが可能。「ふたりであそぶ」を選択するか、1Pプレイ中に2プレイヤー側のAボタンを押して途中参加することで二人で遊べるようになる。どちらか一方がゲームオーバーになっても、残ったプレイヤーの残数が2以上であればそれを使って復活できるが、その時点までに習得した術を除いて所持金やアイテムは全て無くなる。また、『2』では武器およびアイテムのパワーアップ効果が双方で共有となっていたが、本作では各自独立しており、ダメージを受けてももう片方のプレイヤーに影響することはない。
拠点エリア、ボスエリアでは、たぬきくんの場面で1人で進むか2人で進むかを選択できる。1人を選択した場合、片方のプレイヤーは待機状態となり、Aボタンによる途中参加で復帰が可能。また、上記2つのエリア限定で、伏せた一方に残りの一方がジャンプして重なると、攻撃と移動を分担できる「おんぶ」状態となる。
なお、2プレイヤー側のコントローラーでタイトル画面の「ひとりであそぶ」を選択すると、エビス丸での1人プレイが可能。
ステージクリア条件が「ステージボスを倒す」となり、クリアのために「通行手形」を3枚揃える必要が無くなった。
上記の変更に伴い、前2作でクリアのためにほぼ必須であった3D迷路ゲームがミニゲームのひとつに変更され、必ず挑む必要が無くなった。 アイテムを手に入れなければ参照できなかった地図が常時参照できるようになり、難易度も下がっている(迷路内のアイテム「地図」を入手すると通路の通過状況に関わらず全ての通路が参照できる)。また、任意に退場が可能となった他、中にあるアイテムは入るたびに復活する
ジャンプ力・移動スピードを上げる「わらじ」の入手方法がよろず屋での購入のみになった。
敵を倒した際のお金の入手経路が「敵を倒した時点で加算」から「敵が落とす小判の取得による加算」に変更された。
武器パワーアップの一形態であった飛び道具が独立した武器となり、お金を消費して放つようになった(後のサブウェポン)。
ステージ間に幕間ムービーが追加され、よりコミカルになった。
横スクロールアクションステージが追加された。
マップは9つのステージで構成され、所持金や巻物を揃えて装備を買い整えてゆく俯瞰視点画面の「町エリア」、ボスを目指して敵を倒してゆく横スクロール画面の「拠点エリア」、各ステージのボスと戦う「ボスエリア」が配置されている。
琉球を治める国王。般若一族によって国を乗っ取られてしまい、ゴエモンたちの実力を見込んで秘密の地下通路への入り口を教えてくれる。
外国人である為に基本言葉は通じないのだが、あるアイテムを入手すれば言葉が理解できる。
アクションゲーム系列のシリーズ作品としては、ファミリーコンピュータ(FC)版『がんばれゴエモン2』(1989年)より2年ぶりの新作となる。
FC版の本編シリーズのシステムを踏襲しつつ、ハードにあわせた様々な変更点・追加要素が施された他、外伝RPGシリーズからみられるようになった、和風情緒溢れる舞台に近代文明的要素をプラスした独特な世界設定が踏襲され、後のシリーズの作風の原典となった。