有明海
有明海の干満差を利用して、内陸でも港が栄えていた。
佐賀県 - 牛津、塩田津、鳴瀬、三重津
福岡県 - 瀬下
熊本県 - 高瀬、丹倍津
更新世の氷期における有明海は、東シナ海、黄海、渤海の沿岸に続く広大な干潟の一部だったと考えられている。このとき中国大陸の干潟に分布していたムツゴロウやシオマネキなどが有明海にも分布するようになった(大陸遺存種)。その後の海面上昇により、約1万年前にこの干潟が分断されたが、有明海は筑後川をはじめとした大規模河川の流入が保たれ、干潟と固有の生物も維持された。
干潟は30万年前から9万年前の間に4回あった阿蘇山の大噴火(特に4回目の噴火による堆積が主なもの)により堆積した厚い粘土層が雨により河川を経て流出し、大きな潮差によって川に押し戻されたり、再び海に流されたりを繰り返し、河口付近に堆積して形成されたと考えられている。
縄文時代前期(紀元前4000年頃)には筑紫平野・菊池平野の大部分と熊本平野・諫早平野の一部がそれぞれ満潮時に海面下となっていたが、河川による土砂運搬で次第に海岸線が後退していった。