只見線
上記事故による只見線用車両4両破損のため、2005年(平成17年)7月から2006年(平成18年)3月まで、JR東日本の東北地方他地区より車両を借り入れて運行した。 2005年は3月の脱線事故と前後の冬の豪雪とあいまって、半年間近くがバス代行という状態になった。
2007年(平成19年)12月11日 : 大白川駅 - 小出駅間を特殊自動閉塞化。
2008年(平成20年)9月26日 : 只見駅 - 大白川駅間を特殊自動閉塞化。
2011年(平成23年) 7月23日 : 全線開通40周年を記念して「只見線全線開通40周年号」を会津若松駅 - 只見駅間で運転。 7月30日 : 新潟・福島を襲った豪雨により会津川口駅 - 会津大塩駅間で只見川第5 - 第7橋梁が流失、また会津坂本駅 - 会津柳津駅間で路盤が流出し、会津坂下駅 - 小出駅間が不通となる。 8月7日 : 会津坂下駅 - 会津宮下駅間が復旧。 8月11日 : 大白川駅 - 小出駅間が復旧。 8月28日 : 7月23日に続き、「只見線40周年号」を大白川駅 - 小出駅 - 長岡駅間で再び1往復運転。 10月7日 : 西若松駅 - 会津坂下駅間を特殊自動閉塞化。 12月3日 : 会津宮下 - 会津川口間が復旧。
2012年(平成24年) 6月7日 : 只見駅 - 大白川駅間の復旧工事着手。冬前の復旧を見込む。 9月23日 : 会津坂下駅 - 会津川口駅間においてタブレット閉塞方式が廃止され、特殊自動閉塞化。 10月1日 : 只見駅 - 大白川駅間が復旧。不通区間は会津川口駅 - 只見駅間となる。
不通区間の復旧に対して、福島県庁は復旧と再開に関するPRを行い、これに呼応して福島市に本店を置く東邦銀行が2013年(平成25年)に「福島県只見線復旧基金」へ寄付を行った。只見町観光まちづくり協会においてもPRおよび寄付による復旧費用を募るサイトを開設したほか、新潟県庁公式サイトでも福島県内における状況をPRしている。
2015年(平成27年)12月、福島県と沿線市町村は、只見線が運転を再開した場合に生じる赤字分を補填する方針を示した。また2016年(平成28年)3月には、黒字の鉄道事業者に対しても災害復旧事業費の補助を受けられるよう法改正を要望した。さらに、当初約85億円と見積もられていた復旧工事費は資材や人員不足で高騰し、100億円を超える見通しとなった。
2016年(平成28年)12月26日開催の「只見線復興推進会議検討会」では、福島県と沿線市町が施設と土地を保有しJR東日本が車両を運行する「上下分離方式」を採用し、鉄道で復旧させる方針が決まった。年間の費用負担はJR東日本が7100万円で県や沿線自治体が2億1000万円になる見込み。それを受けて、福島県は2017年(平成29年)1月下旬に第7回検討会議にて前述の上下分離方式の運営方法や、駅など鉄道施設の所有者、施設の維持費2億1000万円の負担割合を協議し、福島県と新潟・会津17市町村で構成する只見線復興推進会議で鉄道復旧方針の成案を年度内に決めるとした。
2017年(平成29年)1月、福島県や市町村、有識者で構成されるプロジェクトチームが設立され、鉄道復旧後の只見線を活用した地域振興策に取り組む方針が示された。