九州地区大学野球連盟
2001年 全日本大学野球選手権大会の50回記念の特別枠として、この年に限り九州地区連盟の代表の他に沖縄県単独の代表校が出場(出場校は、支部リーグの沖縄四大学野球リーグ戦の優勝校)。
2003年 第52回全日本大学野球選手権大会にて日本文理大学が連盟代表初の優勝。
2009年 秋季から近畿大学産業理工学部が加盟。
2010年 10月開催の九州地区大学野球選手権大会秋季開催から大会の仕組み刷新。以前の全加盟チームが一堂に会するトーナメントを止めて、福岡支部(長崎の1チームも含む)、大分支部、熊本支部、宮崎支部、鹿児島支部、沖縄支部それぞれにおいて先ず予選リーグを行い、それらの各上位2チームずつの合計12チームが決勝トーナメント大会に出場する方式に変更された。
2015年 折尾愛真短期大学が加盟。
2016年 沖縄キリスト教学院大学・長崎国際大学が加盟。加盟校の増加に伴い、全日本大学野球選手権大会において連盟の出場枠が2に増加。移動距離の問題が考慮され、リーグを北部ブロック(福岡・長崎支部、大分支部)と南部ブロック(熊本支部、宮崎支部、鹿児島支部、沖縄支部)に分けることになり、北部・南部から各1チームずつ代表を選出する形に。なお北部は13チームによる入れ替えでのリーグ戦、南部は18チームによる地区予選からの決勝リーグ方式となる、将来的には連盟を南北に分離独立させる布石と見られている。
2020年 佐賀大学が加盟。
佐賀県
鳥栖市民球場
佐賀ブルースタジアム
みどりの森県営球場
みゆき球場
福岡県
久留米工業大学グラウンド野球場
県営筑豊緑地野球場
田川市民球場
田川市猪位金球場
西日本工業大学グラウンド
光陵グリーンスタジアム
長崎県
ビッグNスタジアム
佐世保市総合グラウンド野球場
大分県
別大興産スタジアム大分
だいぎんスタジアム
別府市民球場
日本文理大学さくらボールパーク
ダイハツ九州スタジアム
北部九州ブロック
春季は1部リーグの優勝校が全日本大学野球選手権大会の九州地区大学野球連盟の北部代表校として出場。
秋季は1部リーグの2018年までは優勝校及び2位が九州地区代表校を決める決勝大会へ進出。2019年からは上位3チームが九州大学野球選手権大会に出場。
南部九州ブロック
春季は決勝リーグの優勝校が全日本大学野球選手権大会の九州地区大学野球連盟の南部代表校として出場。
秋季は2018年までは決勝リーグの優勝校及び2位が九州地区代表校を決める決勝大会へ進出。2019年からは優勝、準優勝、3位が九州大学野球選手権大会に出場。
決勝大会(代表決定戦)
2018年までは北部九州ブロック及び南部九州ブロックの優勝及び準優勝大学がノーシード制のトーナメントを実施。1位から3位が、2019年からは北部と南部の上位3チームが明治神宮野球大会九州地区代表決定戦を兼ねるユニバーシアード記念九州大学野球選手権大会へ九州地区大学野球連盟代表として出場。また、北部と南部の優勝チームが代表決定戦を戦い、勝利したチームが同大会の準決勝、敗北したチームが3回戦にシードされる。ユニバーシアード記念九州大学野球選手権大会で優勝した場合に明治神宮野球大会に九州地区代表校として出場する。尚前述したコールド、サスペンデッド、タイブレークは適用しない。