ステムループ
ステムループ構造はpre-miRNAにもみられるほか、tRNAのものがよく知られている。tRNAは3つのステムループ構造と1つのステムを含み、クローバー型のパターンを形成する。翻訳時にコドンを認識するアンチコドンは、対合していないループの1つに位置している。シュードノット構造では2つのステムループが形成され、一方のループ部分が他方のステム部分を形成する。
リボザイムの多くもステムループ構造を含んでいる。自己切断反応を行うハンマーヘッド型リボザイム(英語版)では、切断反応が起こる領域は3つのステムループが集まることで形成されている。ハンマーヘッド型リボザイムの基本的な二次構造は、自己切断活性に必要である。
ステムループは原核生物のmRNAの5'UTR内に多く位置している。これらの構造はしばしばタンパク質の結合や、翻訳調節のための転写産物の抑制をもたらす。リボソームの結合部位に形成されるステムループ構造は、翻訳の開始を制御する。
ステムループ構造は原核生物のρ因子に依存しない転写終結にも重要である。転写中のmRNAに形成されるステムループは、RNAポリメラーゼのDNA鋳型からの解離を引き起こす。この過程はρ非依存的または内因性(intrinsic)転写終結として知られ、関与する配列はターミネーター配列と呼ばれる。