カブトガニ
後体は後ろが狭まった台形で、その縁に沿って6対の可動棘があり、雌ではこのうちの後方3対が小さい。腹面は1対の生殖口蓋 (genital operculum) と5対の鰓脚 (branchial appendage) という、基部が左右癒合した計6対の蓋板 (operculum) が畳んでいる。生殖口蓋の内側基部には1対の生殖孔 (gomopore)、鰓脚の内側には呼吸用の書鰓 (book gill) がある。これらの付属肢は遊泳にも用いられる。生殖口蓋の直前、いわゆる前体との接続部には、1対の唇様肢 (chilaria) という小さな付属肢が口側に向かっている。末端腹側に肛門があり、その直後からは「尾剣」という長い尾節が伸びる。
川原慶賀によるカブトガニの4つの図版。オスの背側、背甲の前部は本種の特徴である2つの窪みをもつ。
オスの腹側、前の2対の歩脚は鉤爪状に特殊化している。
メスの背側、後体の後3対の棘が短い。
メスの腹側、前の2対の歩脚は特殊化していない。
なお、上記の多くの特徴は本種に限らず、現生のカブトガニ類を含んだカブトガニ科全般の共有形質である。本種の種小名「tridentatus」は「3つの棘」を意味し、これは本種に特有で、後体の末端背面にある3つの小さな棘に由来する(他の現存種のこの部分の棘は中央1本のみ)。他に後体背側の黒い突起は他の現存種よりも多く、オス成体の背甲前縁に左右1対の窪みがあるのも本種特有の形質である。
前述の通り、本種を含むカブトガニ類は鋏角類であり、甲殻類ではない。したがって、カニよりはクモやサソリに近い。カブトガニ類の幼生は三葉虫に似ていると言われ、三葉虫型幼生(trilobite larva)の名もある。古くは三葉虫と系統的に近いと思われたこともあるが、のちに否定されている。また、見た目や和名などで、カブトエビという甲殻類と混同されることがある。
本種は他の現生カブトガニ類と同様カブトガニ科(Limulidae)に分類され、そのうち本種は同じアジア産のマルオカブトガニ(Carcinoscorpius rotundicauda)やミナミカブトガニ(Tachypleus gigas)と共にカブトガニ亜科(Tachypleininae)に、ミナミカブトガニと同じカブトガニ属(Tachypleus)に分類される。一方、北アメリカ産のアメリカカブトガニ(Limulus polyphemus)はアメリカカブトガニ亜科(Limulinae)に属する。本種は後体末端背面の3つの棘で他の現存種から、カブトガニ亜科は内肢が突出しない生殖口蓋からアメリカカブトガニ亜科と区別できる。