微生物学的検査
血液、脳脊髄液、胸水・腹水・関節液などの穿刺液が含まれる。 微生物が検出されたら必ず病的である(採取時の常在菌による汚染を除く)。 代表的な無菌検体である血液は、通常、血液培養ボトルに採取されて自動血液培養検査装置などで菌の発育を監視し、発育が認められたら分離培養・同定に進むことになる。 また、血管内留置カテーテルも血流感染の検索のため培養検査を行うことがある。
薬剤感受性検査は、細菌(および一部の真菌)を分離培養後に、一定の濃度の抗菌薬を含む培地での発育の有無により、その抗菌薬に対する感受性があるかどうかを判定するのが基本である。 ディスク拡散法がよくおこなわれていたが、 近年はMIC(最小発育阻止濃度)を報告できる微量液体培地希釈法が主流である。 MICから抗菌薬の感性・耐性を判定する基準(ブレイクポイント)にはCLSI(米国臨床検査標準協会)のものがよく用いられる。
また、薬剤感受性検査に関連して、感染管理上、重要な多剤耐性菌の同定も行われる。例として、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)、 バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌(VRSA)、 多剤耐性緑膿菌(MDRP)、多剤耐性アシネトバクター(MDRA)、バンコマイシン耐性(中等度耐性)腸球菌(VRE/VIE)、 カルバペネム耐性/カルバペネマーゼ産生腸内細菌科細菌(CRE/CPE)、メタロ-β-ラクタマーゼ産生緑膿菌などがあげられる。多剤耐性菌の産生する、ESBL(基質拡張型β-ラクタマーゼ)、メタロ-β-ラクタマーゼ、カルバペネマーゼなどは、ルーチンの薬剤感受性試験と別に確認試験を行うことがある。
その他、前述のように、遺伝子検査により薬剤耐性遺伝子を検出することもある。迅速性を重視する場合に有用である。
HIV-1ジェノタイプ薬剤耐性検査、抗酸菌薬剤感受性検査(結核菌群のイソニアジド、リファンピシンなどに対する感受性)などがある。 また、同定と同時に、薬剤感受性に関連する遺伝子の検査も行われることがあり、例としては、結核菌群のリファンピシン耐性遺伝子などがあげられる。