海上護衛隊
このため、大本営海軍部は「一、武装船舶および13ノット以上の船舶は原則として単独航行させる。 二、航路全体の護衛は不可能なので、護衛は機会的・局地的に限定する。」という指示を与えた。3隻の護衛は、おもにサイパン ― トラック ― ラバウル間に重点を置いて実施された。 創設から1ヶ月もたたない5月4日、トラック北西方面において特設巡洋艦金城山丸が米海軍潜水艦に撃沈される。第二海上護衛隊の戦力は、特設巡洋艦2隻のみとなる。そこで第四艦隊(南洋部隊)隷下の第六水雷戦隊(軽巡洋艦夕張、第29駆逐隊、第30駆逐隊)が護衛に協力し、さらに6月中旬には第四艦隊に多数の駆潜艇が配備される。 7月10日には、内南洋平定を終えて遊兵化していたを第六水雷戦隊を解隊して所属艦艇を第二海上護衛隊に編入し、ようやく対潜能力を備えた船団護衛部隊として一応完成した。8月5日には能代丸が除かれ、第一海上護衛隊より特設巡洋艦浮島丸を二海護に編入した。担当海域の広さに対して護衛戦力は不足しており、各鎮守府や連合艦隊の艦艇も臨時に内南洋部隊の指揮下に入り、護衛作戦に従事している。
ソロモン諸島の消耗戦が長期化して前線の駆逐艦が不足すると、第二海上護衛隊所属の神風型駆逐艦や睦月型駆逐艦もソロモンに引き抜かれ、順次、鴻型水雷艇や新型海防艦に置き換えられた。 1943年(昭和18年)11月15日に海上護衛総司令部が設立されると(既述)、第二海上護衛隊も麾下に入った。
中邑元司 少将:1944年5月20日 - 1945年4月15日(第四特攻戦隊に改編後も留任)
夕張
第29駆逐隊:追風 、朝凪、夕凪、夕月
特設砲艦長運丸 (新編当初から在籍)
特設巡洋艦能代丸 (新編当初から在籍、まもなく特設運送船に転籍)