木崎湖
仁科三湖周辺は自然が多く残されているが、木崎湖周辺はその中でも最も開発が進んでいるため富栄養化も進行しており、1986年から1993年まで毎年淡水赤潮が発生するほどに水質が悪化した。このために平成17年度から下水道整備や個人宅への浄化槽などの水質保全活動が始まりその後は徐々にではあるが水質が改善し、1998年を最後に赤潮は発生していない。透明度は季節変動があり、2mから8m程度。
6月の表層水温は、18°Cから22°C程度、水深10mでは10°C以下。夏期の表層水温は28°C、約28mの最深部では7°C以下である。