クロイワトカゲモドキ
2014年に発表されたミトコンドリアDNAの12S rRNAや16S rRNA・シトクロムbの分子系統推定から、本種の亜種とされていたオビトカゲモドキは他の亜種と遺伝的距離が大きいため、独立種として分割する説が有力とされる。この分子系統推定では基亜種の沖縄島南部個体群とマダラトカゲモドキの伊江島個体群が単系統群を構成するなど、基亜種と亜種マダラトカゲモドキは偽系統群という解析結果も得られている。 オビトカゲモドキとは1450万年前に分岐し、600万 - 3900万年前に各亜種が分岐したと推定されている。2017年に亜種マダラトカゲモドキの渡嘉敷島個体群が、亜種ケラマトカゲモドキG. k. sengokuiとして記載された。
IUCNレッドリスト(2017)・Reptile Database(2018)などのように各亜種を独立種とする説もある。以下の分類は日本爬虫両棲類学会(2017)に、和名は戸田(2014)・日本爬虫両棲類学会(2017)に、英名は戸田(2014)に従う。
日本(沖縄島、瀬底島、古宇利島、屋我地島)固有亜種
体形は細い。背面の体色は暗褐色や黒褐色。胴体には明瞭な横帯は入らない。胴体前半部にピンクがかった縦縞が入り、その周辺に不規則に明色の斑点が入る。虹彩は赤褐色や暗赤褐色。
日本(伊平屋島)固有亜種
他の亜種と比較すると、体形は太く幅広い。背面の体色は黒や暗褐色。胴体にピンクがかった横縞が3 - 4本入るが、縦縞や横帯の間に斑点は入らない。虹彩は赤褐色や暗赤褐色。