BS名作アニメ劇場
アルプスの少女ハイジ(2回目・2007年2月21日放送終了)
ピーターパンの冒険(2006年9月5日放送終了)
赤毛のアン(2回目・2007年8月9日放送終了)
愛の若草物語(2回目・2008年1月10日放送終了)
同様の事情で、2007年度放送作品では『家族ロビンソン漂流記 ふしぎな島のフローネ』が、2008年度放送作品では『南の虹のルーシー』が再放送されなかった。
BSアナログ放送では、2008年5月1日から「BS2」のロゴ表示の下に「アナログ」と表示されるようになった。尚、BSアナログ放送ではレターボックスサイズにて放送がされた。
BSデジタル放送では4:3(SD)にて制作された作品は4:3のスタンダードサイズで放送される。これは16:9のハイビジョンで制作された作品が番組開始当初から、永らく放送されたことがないためであったが、2010年3月から放送された「風の少女エミリー」において、当作品枠としては初の「ハイビジョン制作」作品が放送された(標準画質にダウンコンバート)。以降、本枠最終作品となる「ペリーヌ物語」までハイビジョン素材を用いた16:9サイズで放送された。
午前枠 午前枠は昼枠の再放送枠、昼枠は新作放送枠だった。 次の番組により放送休止となることがあった。 また朝のNHKニュースの放送時間の延長により、繰り下げとなることがある。 国会中継 海外ドラマの2話分再放送、または棋戦中継にともなう繰り下げ再放送 「BS夏休み(冬休み・春休み)アニメ特選」
昼枠 昼枠については国会中継による放送休止はまれだが、次の番組により放送休止または繰り下げとなることがある。 『BSおかあさんといっしょ ファミリーコンサート』 『東京マーケット情報』(BS2での迂回放送) 宝くじ抽選会中継 春の選抜高校野球、夏の高校野球の中継(準々決勝以降) 正午のNHKニュース(の放送延長) 近年はこうした場合、ほとんど放送休止となる。ただ例えば2005年11月放送の『名犬ジョリィ』が7分遅れて12時42分 - 13時07分、2008年3月19日放送の『南の虹のルーシー』が正午のニュースの2分延長と『BSおかあさんといっしょ ファミリーコンサート』の放送で12時47分 - 13時12分の放送となった。概して後番組が大相撲中継のように放送時刻の融通の利きやすいものであれば、(予告の有無にかかわらず)繰り下げとなりやすい。
夏休み拡大スペシャル 月 - 金曜 9時00分 - 9時50分(午前枠のみ。昼枠は通常放送) 『BS夏休みアニメ特選』の放送にともない、午前枠を通常の2倍に拡大してスペシャル版として放送することがある。これにより『BSおかあさんといっしょ』は放送休止となる。例えば2005年度に午前枠で当時放送中だった『フランダースの犬』が2話連続で放送された。