XVII型コラーゲン α1
「A」は、ABCのAである。つまり、「A」は、NC16ドメインの細胞外部分を「A」、膜貫通部分を「B」、細胞内部分を「C」と細分化したその「A」である。NC16Aドメインの76個のアミノ酸のうち、アミノ酸番号506-519の14個のアミノ酸にインテグリンα6が結合する。この部位が、多くの自己抗体の主要なエピトープである。エピトープは生物種特異性が高く、マウスNC16Aドメインに対するウサギ抗体はヒトNC16Aドメインとは反応しない。
NC16Aドメインのアミノ酸番号528-547・・・タンパク質分解酵素の一種であるプロプロテイン転換酵素(proprotein convertase)のフリン転換酵素(furin convertase)で切断される「XVII型コラーゲン α1」の切断部位があり、切断されると、半接着斑の接着力は低下・崩壊する。細胞外ドメイン断片は細胞膜から離れ、可溶化する。可溶化した細胞外ドメイン断片は何らかの生理活性があるのかもしれないが、現在、その生理活性は不明である。なお、ヒトではフリン転換酵素で切断されるモチーフ(短いペプチド構造)があるので、上述のように、最初は、フリン転換酵素(furin convertase)で直接切断されると思われた。