特殊作戦執行部
A Mk III型として知られるモデルの重量は電池や付属品を含めても9ポンド (4.1 kg)程度で、アタッシュケースに収めることもできた。これよりも大型で通信距離を500マイル (800 km)程度まで拡大した3 Mk II型あるいはB2型として知られるモデルの重量は32ポンド (15 kg)程度だった。
作戦地域の無線技師らは固定周波数を用いて定刻に一定間隔の送信を行うという通信手段を取っていたが、ドイツ側の三角測量で発信地が露呈するケースが増え始めると、この手順はより複雑化された。
暗号表も当初はSISから受け継がれていた。SOEの主任暗号技師レオ・マークス(英語版)は、既に脆弱性が露呈していたポエム・コード(英語版)(詩の一部をコードとして使用する手法)の改善を試みた。最終的にSOEでは作戦ごとに使い切りの暗号を設定する事になり、また暗号表は紙よりも、衣類の中に隠し易い絹の布地に印字されたものが使われた。
イタリー・パルチザンは1944年の秋から冬にかけてドイツ国防軍部隊へのハラスメント攻撃を繰り返し、イタリアでの1945年春季攻勢(英語版)の折にはジェノヴァの占領に成功している。SOEではイタリアの抵抗運動を支援すると共に様々な任務を与え、パルチザンの組織化を進めていった。物資の供給は左右どちらの政治的派閥に対しても公平に行われた。
1943年末、SOEは南イタリアのバーリにカイロ本部の支部を設置し、ここからバルカン半島での活動を指揮した。バーリの組織はフォース133(Force 133)と通称されていたが、後に作戦上の理由からフォース266と改称されている。カイロ本部が管轄するブリンディジの飛行場はバルカン半島およびポーランドへ向かう航空機の拠点となり、一時はSOE部長ガビンズが直々に指揮を取った。SOEはブリンディジ飛行場の近くに100人以上の作業員が働く大規模なパラシュート投下用コンテナの梱包場を設けていた。この梱包場はME 54という名称で、OSS局員からはパラダイス・キャンプ(Paradise Camp)と通称されていた。
1940年6月13日、新首相ウィンストン・チャーチルの指示を受けたランカスター公国宰相(英語版)モーリス・ハンキー(英語版)は、セクションDとMI Rの活動の範囲に関する調整を行った。7月1日、秘密組織の統合に関する閣僚級会議が開かれる。7月16日、戦時経済相(英語版)(Minister of Economic Warfare)のヒュー・ダルトン(英語版)が統合後の新たな組織の政治的責任者に就任し、SOEは7月22日付で正式に発足した。この際、ダルトンはアイルランド独立戦争中のアイルランド共和軍(IRA)を新組織のモデルとして用いたという。またチャーチルはこの組織に「ヨーロッパを燃え上がらせろ」(set Europe ablaze)と命じたという。統合後、グランドとホランドは通常の任務に復帰し、キャンベル・スチュアートは組織を離れた。
MI Rの部局のうち、不正規戦向け装備の開発を担っていたMI R(C)はSOEに統合されず、MD1(英語版)と改称され独立した組織として存続した。MD1は「チャーチルの玩具屋」(Churchill's Toyshop)と通称された。
1942年末にはマシンガム(Massingham)というコードネームで呼ばれた南フランスでの作戦を指導する支部がアルジェに設置された。
1940年末、インド任務部(India Mission)と呼ばれる支局が英領インドに設置され、この支局はまもなくGS I(k)と改称された。連合軍東南アジア司令部(英語版)の移動にあわせて支局はセイロンに移り、フォース136(英語版)(Force 136)と改称される。なお、インド任務部設立と同時期にシンガポール任務部(Singapore Mission)も設置されている。シンガポール任務部の目的はマレーにおける抗日抵抗運動を組織・支援することであったが、実行される前に日本軍がシンガポールを突破してしまった。シンガポール任務部の人員はフォース136に引き継がれた。
ニューヨークに設置されていたイギリス安全保障調整局(英語版)(British Security Coordination)もSOEの秘密部局の1つで、カナダ人実業家のウィリアム・S・スティーブンソン(英語版)が局長を務めていた。この部局はロックフェラー・センターの五番街630番3603号室に設置されており、英国側情報機関(SOE、SIS、MI5など)とアメリカ側諜報機関(FBI、OSSなど)との調整を担当した。
1943年、対独抵抗運動の支援を命じられたSOEエージェントらがルーマニアの落下傘降下を行った(オートノマス作戦(英語版))。降下したのはガーダイン・デ・チェーストライン(英語版)大佐、シルビウ・メチアヌ大尉(Silviu Mețianu)、アイヴァー・ポーター(英語版)の3名だったが、彼らはルーマニア国家憲兵隊(英語版)により拘束され、解放は1944年8月23日のミハイ王の政変を待たねばならなかった。