ラインハルト・ハイドリヒ
一方チェコでは、ハイドリヒの補佐をしていたベーメン・メーレン保護領親衛隊及び警察高級指導者カール・ヘルマン・フランクが、ハイドリヒ襲撃のあった日からチェコ全土に戒厳令を敷き、大々的な捜査と報復に乗り出していた。襲撃からハイドリヒが死亡するまでの間だけですでに157人が射殺されていた。 プラハの保安警察及びSD司令官のホルスト・ベーメは、プラハ近郊にある500人ほどの人口の鉱山労働者集落リディツェ村が「暗殺部隊を匿った」として、この村を報復攻撃の対象とすることをヒトラーに進言した。ヒトラーはこれを認め、1942年6月10日から11日にかけてリディツェ村虐殺が開始された。成年男性村民200人弱はその場で銃殺され、女性村民や子供は強制収容所へ送致された。
ガブツィクら暗殺部隊はプラハにある正教会の教会:聖ツィリル・メトデイ正教大聖堂の地下室に隠れていたが、ゲシュタポは自首してきたカレル・チュルダ(Karel Čurda)(戦後、反逆罪で絞首刑)から協力者の居場所を吐かせ、その協力者を拷問にかけてこの場所を突き止めることに成功した。1942年6月18日朝、ハインツ・パンヴィッツ(Heinz Pannwitz)率いる750人ほどの親衛隊部隊が教会を包囲した。二時間の戦闘の後、ガブツィクら落下傘兵は自決した。教会の司祭や助手らも殺戮された。
さらにレジャーキ村も暗殺部隊を助けていたことが判明し、6月24日にこの村の虐殺が開始された。
その他にもハイドリヒ暗殺の報復や捜査のために大勢の人が拘束され、処刑された。1942年5月28日から9月1日までの間、公式に拘束されたチェコ人だけでも3188人に及び、1357人がプラハとブリュンの即決裁判で死刑判決を受けたのだった。
ハインツの息子の証言によると、ハイドリヒの葬儀の後、ゲシュタポ本部に兄が遺した書類が入った小包を受け取り、ハイドリヒがユダヤ人絶滅政策を主導していることを知り、これに大きなショックを受けたと見られる。以降、ハインツは出版業務の陰でユダヤ人達に偽装身分証を発行し、デンマーク経由でスウェーデンへ逃れられるよう取り計らうようになった。ハインツが救出したユダヤ人の数は少なくなく、俳優カール・ヨーン(Karl John)の妻もその一人であった。しかし、1944年11月に『ディー・パンツァーファウスト』の編集員達は、州政府から調査を受けた。ハインツは偽造身分証発行のことが政府に露見したと思い、ゲシュタポの捜査の手が家族にも及ぶことを恐れて自殺した。しかし、実は州政府側はハインツの行為をまったく把握しておらず、捜査に来たのは『ディー・パンツァーファウスト』が新聞の発行を減らしていることの理由を捜査するためであった。
リナと子供たちは、ハイドリヒの死後もパネンスケー・ブレツァニーで暮らしていたが、ドイツ軍の後退により、1945年3月にここを離れ、テーゲルンゼー(Tegernsee)のカール・ヴォルフ親衛隊大将の別居中の妻の家に身を寄せた。この家がアメリカ軍に接収されたのち、身分証を偽装して「リナ・フンガー(Lina Hunger)」の名前でミュンヘン、アウクスブルク(Augsburg)、シュトゥットガルトなどを転々とし、9月7日にはイギリス軍の軍政下におかれていたフェーマルン島の父親のところへ戻っていった。
1938年10月28日にハイドリヒは、第一次世界大戦後にドイツへ移住してきたユダヤ系ポーランド人1万7000人をポーランドへ送り返す追放命令を出した。この命令に基づき、ドイツ警察はポーランド系ユダヤ人を次々とトラックや列車に乗せてポーランドへ移送しようとしたが、ポーランド政府が受け入れを拒否して国境が封鎖された。ユダヤ人たちは国境の無人地帯で家も食料も無い状態で放浪することとなり、窮乏した生活を余儀なくされた。
この中にセンデル・グリンシュパンの一家があった。センデルはパリにいる17歳の息子のヘルシェル・グリュンシュパンに惨状を訴えた。ヘルシェルはこれに激昂してドイツ大使館員エルンスト・フォム・ラートを暗殺して世にユダヤ人の惨状を訴えることを企図した。
ラート暗殺を受けて1938年11月9日から10日にかけてドイツ全土で反ユダヤ主義暴動「水晶の夜」が発生したが、この際にハイドリヒは、暴動の取り締まりを行わぬよう各地の警察署長に次のように命令している。