ポリケチド
マクロライド エリスロマイシン ピクロマイシン
ポリエン モネンシンA ラパマイシン
アセトゲニン アンノナシン ウバリシン ブラタシン
ポリエーテル アンホテリシンB
芳香族 アクチノロイジン テトラサイクリン テトラヒドロキシナフタレン アフラトキシン レスベラトロール フラバノン ラズベリーケトン ギンゲロール クルクミン
その他 エンテロシン ロバスタチン
ケトシンテース (KS): 伸長鎖基質の縮合反応を触媒する
アシルトランスフェレース (AT): スターター基質や伸長鎖基質をACPへと移す
ケトリダクテース (KR):ポリケトメチレン鎖のケトン基を還元する (水酸基が生じる)
デハイドラテース (DH):ケトン基を還元することによって生じた水酸基を脱水する(二重結合が生じる)
エノイルリダクテース (ER):生じた二重結合を還元する
アシルキャリアープロテイン (ACP):スターター基質や伸長鎖基質と結合する
チオエステレース(TE):生成物を酵素から切り離す
この中でポリケトメチレン鎖縮合反応に必須なドメインはKS、AT、ACPドメインである。その他のドメインは任意でありその有無がそれぞれの伸長反応に差を与える。例えば、あるモジュールが KS-AT-KR-ACPで構成されていれば R-CO-S-ACP→R-(CH-OH)-CH2-CO-S-ACP のような反応を触媒するし、KS-AT-ACPで構成されていれば R-CO-S-ACP→R-CO-CH2-CO-S-ACP のような反応を触媒する。
また、反復型I型PKSは一つのモジュールで複数回伸長反応を触媒する酵素でありその多くは芳香族ポリケチドを生合成する。