青春18きっぷ
青春18きっぷは1日単位(24時間)で有効の形式を取っているため、夜間の長距離移動については、当きっぷ発売以前から運行されていた夜行普通列車に加え、1980年代後半以降に全国各地で「ムーンライト」など、当きっぷでも利用可能な夜行列車が運行されてきた。しかし、2000年10月に紀勢本線で廃止されたのを最後に、夜行普通列車は消滅した。2005年以降は「ムーンライト」についても次第に運行されなくなる列車が増え、2009年春のダイヤ改正で「ムーンライトえちご」および「ムーンライトながら」が臨時化されたことにより、定期運行が無くなった。両列車は臨時列車として運行が続けられたが「ムーンライトえちご」は2014年春季を最後に設定されておらず、「ムーンライトながら」も2020年春期を最後に運行されないまま2021年に運行終了が発表された。
なお、えちごトキめき鉄道および肥薩おれんじ鉄道では、有効な青春18きっぷを提示することを条件として発売する企画乗車券が設定されている(後述)。
JRの子会社・関連会社・出資会社が運営する各路線(東京モノレール、東京臨海高速鉄道、東海交通事業、嵯峨野観光鉄道、JR九州高速船)、およびJRバス各線も利用できない。
かつての国鉄バス、およびJR直営時代のJRバス(両者とも「自動車線」と呼称され、青春18きっぷの券面に除外路線として表記されていた)も利用できなかった。ただし、JR東日本直営の自動車線である気仙沼線・大船渡線BRTは上述の通り例外として利用可能である。
JR西日本宮島フェリーは2009年以降JR西日本とは別会社となっているが、上述の通り例外として利用可能である。
日田彦山線BRTはJR九州バスの運営となっているが、上述の通り例外として利用可能である。