接合菌綱
2000年代初頭において、先述のようにグロムス目の独自性をさらに強く認め、独立門とする説なども認められつつあった。また、ハエカビ目に含まれている腐生菌のバシジオボルス類、ケカビ目に含めていたクサレケカビ類は独立目とする説が浮上している。また、これまではこの類とは関係を取りざたされていなかったもので、新たに問題となっているのがゲオシフォンである。これは、土壌性で嚢状の藻類様の生物で、実は菌糸内に藍藻が共生するという妙なもので、胞子などの菌類的な生殖器官はいっさい発見されておらず、分子系統のデータのみからグロムス類との関係が示唆されている。さらに2007年の英国菌学会報での発表では、接合菌綱そのものが解体され、その存在が認められないことになった。この体系では、以下のような形になっている。
グロムス目は独立した門であると認められ、新たにグロムス門とした。
それ以外のものについては、門の所属が確定できないとして、門を指定しないままに以下の亜門を立てる。
ケカビ亜門:ケカビ目、およびクサレケカビ目・アツギケカビ目を含む。
ハエカビ亜門:ハエカビ目のほとんどを含める。
キックセラ亜門:キックセラ目・ディマルガリス目と、トリコミケス綱に所属させていたもののうちでハルペラ目とアセラリア目を併せる。
トリモチカビ亜門:トリモチカビ目を含める。
なお、ハエカビ目に所属させていたバシジオボルスは、接合菌類とツボカビ門をつなぐ存在ではないかとされたこともあるが、現時点では所属不明との扱いになっており、ハエカビ亜門に含めていない。
無性生殖は胞子嚢胞子、分生子などによる。
胞子嚢胞子は菌糸の先端が膨らみ、内部が多数の細胞に分かれ、それぞれが胞子となるもので、外壁が壊れて散布される。この形態から発展的に変化したものに小胞子嚢、分節胞子嚢などがある。ケカビ目、トリモチカビ目などで見られる。
分生子は外生的に菌糸から出芽や分裂によって作られるもので、普通は子嚢菌や担子菌の形成するものをこう呼ぶ。コウガイケカビなどのものも古くはそう呼ばれたが、後に単胞子の小胞子嚢と判断され、接合菌類の分生子は小胞子嚢か分節胞子嚢の単胞子のものに由来するとの認識を持たれたこともある。しかし、トリモチカビ目やハエカビ目のものにはそう判断できる根拠が見受けられない。これらを真正の分生子とする判断もある。
厚壁胞子は、菌糸の一部が厚壁化したものであり、様々な菌類が形成する。グロムス目のものでは、これのみが知られる。
有性生殖は、菌糸かそれに由来する配偶子嚢が互いに接触し、融合して接合胞子を形成することによる。接合胞子は接合胞子嚢の内部にただ1個だけ作られる。多くの場合、接合胞子嚢はほぼ球形で、厚い壁を持つ。