日本基督教団
2017年、日本聖公会系列の聖路加国際病院でチャプレンをしていた日本基督教団無任所教師の男性牧師(日本聖公会の牧師ではない)から、同病院内で2度にわたり性被害を受けたとして元患者の女性が被害を訴えた。牧師は強制わいせつ容疑で書類送検されたが不起訴となったため、女性は牧師と聖路加国際病院を相手取り民事訴訟を提訴し、2022年12月に性加害行為を認定した上で損害賠償の支払いを命じる判決が下され、翌2023年1月に判決が確定した。
日本基督教団及び日本聖公会は判決を受け、それぞれ公式見解を発表した。しかし一連の問題の中で被害者女性は、民事訴訟で性被害が認定されるまで、日本基督教団及び日本聖公会の構成員が加害者である牧師を擁護し、被害者である女性の訴えをないがしろにしてきたとして、二次被害について批判した要望書を提出している。
1945年8月15日、「ラジオは朝から正午の重大放送を繰り返し予告した。その正午、教団事務所では教団統理者以下全員が整列して天皇の「玉音放送」を聞いた。そして午後2時からは統理者の司会で承詔必謹を期する祈祷会が開かれた。」
日本敗戦後の8月28日、日本基督教団統理者は「令達第14号」の「指令を全国各牧師、主任者に与えた」。その中で「聖旨を奉戴し国体護持の一念に徹し」、「皇国再建の活路を拓くべし」と指令。昭和天皇に対し、「畢意我らの匪躬の誠足らず報国の力乏しきに因りしことを深刻に反省懺悔し」た。9月20日に東久邇宮稔彦王首相に富田統理が呼ばれ、「令旨」を受けた。連合国軍最高司令官総司令部(GHQ/SCAP)は、占領政策の利益になると考え、日本基督教団の戦争責任を不問とした。また、10月25日にアメリカ合衆国から4名の教会使節団が訪問。この時に米国教会使節団は、教団の戦争責任を問わないことにした。
1945年12月5日に戦後最初の常議員会が開かれる。ここで、谷口茂寿牧師は、「教団統理者並びに役職員はこの際の戦争責任を如何に考えうるや」との質問をした。統理者は「余は特に戦争責任者なりとは思わず。されど責任を感じて辞職すべきものなりとせば今辞職するは軽きことなり。ただ重要責務山積せる今日直ちに辞職するは反って無責任なり。」と回答。富田満は1946年6月に統理を辞任したが、教団統理者と役員の戦争責任は否定し、その他の戦時中の幹部も引き続いて日本基督教団の指導者の地位を保持した。
1947年1月9日北米のエキュメニカル派の8教派が来日して、日本基督教団を支援する委員会を組織し、資金援助を行った。戦後も戦時中の幹部が教団に与えられた資金を配分する権限を持っていた。
日本基督教団およびその教会は、信徒と教師の籍をもつものにより構成される。旧教派や教会の伝統、神学的理解により、信徒と教師の違いを教会活動における職分の違いとして対等な立場と理解する教会・グループもあれば、教師に特別の信仰的権威・地位を認める教会・グループもある。また、信徒の中から長老を選出し、これに特別の信仰的役割・地位を担わせる教会・グループもある。
1995年、阪神・淡路大震災の救援のために阪神大震災救援活動センターが設けられ、桑原重夫が統括責任者、菅澤邦明が被災者仮設住宅問題実行委員長に就任した。被災者救援の話し合いのため同年2月1日、桑原と菅澤は関西学院理事会を訪問した。菅澤が理事会の席上でナイフを取り出して突きつけたために、関西学院から教団に抗議文が送られた。菅澤はマタイによる福音書11章15節でイエス・キリストが行った宮清めに基づく活動と主張した。
詳細は「日本基督教団信仰告白」を参照。