神祇官
慶応4年1月17日(1868年2月10日)に他の6つの事務科とともに神祇事務科が設置され、7科の筆頭に置かれた。同年2月3日(2月25日)に7つの事務科は総裁局のもとに事務局として再編成され、神祇事務科は神祇事務局となった。
中山忠能:明治2年7月8日(1869年8月15日) - 明治4年6月25日(1871年8月11日)
三条実美:明治4年6月27日(1871年8月13日) - 明治4年8月10日(1871年9月24日)
亀井茲監:慶応4年閏4月21日(1868年6月11日) - 明治2年5月15日(1869年7月4日)
福羽美静:明治2年5月15日(1869年7月4日) - 明治2年7月8日(1869年8月15日)