第三十一航空隊
フィリピン上陸戦が進捗したため、主力航空部隊である第十一航空艦隊は、第二次侵攻作戦のために蘭印方面へ進出することとなった。一方、本隊から断絶して組織的抵抗を断念したアメリカ合衆国陸軍はゲリラ戦に移り、現地住民のゲリラと帯同して散発的な戦闘を繰り返した。これに対応すべく、第三艦隊は自由に使用できる附属航空隊を改編し、局地戦に対応した第三十一航空隊を編成し、残敵掃討・対潜哨戒任務に当たらせた。
昭和17年(1942年)
2月1日 第三艦隊隷下「比島部隊」所属機を捻出し、マニラで開隊。第三遣艦隊附属。(艦上爆撃機8)。
4月10日 第三艦隊を第三南遣艦隊に改編、第三十一根拠地隊附属。
4月10日 コレヒドール島要塞を爆撃、マニラ湾の封鎖管制を開始。
4月23日 パラワン島でゲリラ掃討。
以後、フィリピン各地で船団護衛・対潜哨戒・ゲリラ掃討に従事。
6月30日 第三南遣艦隊附属に改編。
9月10日 ガダルカナル島争奪戦の激化にともない、ラバウルへの進出を下令。
ラバウルでの活動は資料が少ないが、主力艦爆隊である第二航空隊指揮下で活動をともにしたと考えられる。
10月頃 原隊復帰命令(詳細日不明)。第九五六海軍航空隊と交代。
11月1日 「第九五四海軍航空隊」に改称。
12月1日 編成を全面変更。