別府港
港駅(みなとえき)という愛称で呼ばれる、県内の特産品を扱う物産販売所である。大分ホーバーフェリーやソレイユエクスプレスが運航されていた時期には、センター内に出札窓口が設けられていた。
1階 - 売店・食堂
2階 - 食堂
3階 - かつては無料の温泉大浴場があったが、現在は会議などの用途に貸し出されている。
バス停留所 - 建物の東西にバス停留所があり、大分交通・亀の井バス・九州横断バス(九州産交バス)などが乗り入れている。 西側停留所 - 大分駅・別府駅方面。 東側停留所 - 第3埠頭・国東市・由布院・黒川温泉方面。バス停は3本ある。 ※大分空港などに至る北方面行きの特急バス・急行バスはこの停留所には立ち寄らず、国道上の停留所を利用する。
有料駐車場 - かつて2本の長いプラットホームを持つバスセンターであったが、乗り入れるバス路線の減少に伴い停留所が集約され駐車場となった。
浮桟橋 - センター前の海上に浮桟橋があり、大分ホーバーフェリーの定期航路や同航路廃止後の臨時寄港(チャーター便など)の際に使用していた。2020年夏前に改修されANAINTERCONTINENTALのロゴ付きの扉が設置された。