平成25年台風第18号
京都市内東部の山科区・伏見区醍醐にかけても豪雨で、山科川の支流の安祥寺川が氾濫し溢れた水が地下鉄御陵駅を浸水させた。また、六地蔵駅近くの小栗栖団地では山科川への排水ポンプ場が16日午前2時50分ごろまでに停止したため午前6時ごろには最大2メートル以上冠水して床上浸水164戸床下浸水125戸、駐車場の車約270台が水没。しかも京都市は浸水を把握しておらず市の公式発表からも抜けており、事態は住民からの通報で発覚。委託業者が確認に行くと2人いるはずの作業員が1名しかおらず、しかも怪我をして意識不明の状態で発見され、委託業者が午前6時47分ポンプ場を再起動させた。京都市は管理ミスを認め、第三者機関の算定に因り排水ポンプが停止しなかった場合との差額を賠償し、その金額を委託業者に請求する。としていたが、京都大学防災研究所のシミュレーションの結果「排水ポンプが稼働していたら床下浸水が4件以下」と報告され、委託業者は自己破産したため京都市が賠償することとなった。
このほか八幡市でも830戸が浸水するなど京都府下で3432戸の住宅が浸水し、京都府の農林水産被害は89億3,900万円に達した。
滋賀県
同じく特別警報の発表された滋賀県でも全域にわたって浸水被害が発生した。