苗穂運転所
また、キハ40-301・304は検測車であるマヤ35形客車の牽引車両として改造が施されており、前方監視カメラと建築限界測定装置が設置されている。
2020年3月に、700番台の817・822は廃車、1700番台の1824は旭川運転所へ転属となった。
2020年5月31日付で700番台の820が廃車、2021年3月30日付で1700番台の1701が苫小牧運転所より転属された。
2021年8月31日付で800番台2両(819・823)が廃車された。
400番台(401・402)は札沼線(学園都市線)末端部で2020年4月17日まで運用され、2023年3月31日付で2両とも廃車された。
キハ201系気動車(12両)
D編成の3両編成4本 (D-101 - 104) 計12両が配置されている。
快速「ニセコライナー」函館本線の普通列車で使用される。
H100形気動車(15両)
15両(1 - 15)が配置されている。試作車の1・2は、2018年2月19日付で新製配置され、残りの13両のうち3 - 8の6両は2019年9月に、9 - 15の7両は2020年1月に、新製配置された。函館本線の普通列車・普通ワンマン列車(小樽・倶知安・長万部方面)で使用されている。
苗穂運転所に在籍する「ノースレインボーエクスプレス」
お座敷車両のキハ183系6000番台
キハ261形5000番台「はまなす」編成
キハ261形5000番台「ラベンダー」編成
団体・臨時列車用(5両) ジョイフルトレインの「ノースレインボーエクスプレス」(5両編成、キハ183-5201 + キハ182-5201 + キサハ182-5201 + キハ182-5251 + キハ183-5202)が配置されている。 「ニセコエクスプレス」(3両編成、キハ183-5001 + キハ182-5001 + キハ183-5002)は2017年12月28日付で廃車された。 「旭山動物園号」(5両編成、キハ183-3 + キハ182-46 + キハ182-47 + キハ182-48 + キハ183-4)は2018年6月30日付で廃車された。 「クリスタルエクスプレス トマム & サホロ」(4両編成、キハ183-5101 + キサロハ182-5101 + キハ182-5101 + キハ183-5102)は2019年11月30日付で廃車された。 お座敷車両(2両、キハ183-6001 + キハ183-6101)は2022年5月31日付で廃車された。
キハ261系気動車(24両)
SE-100編成が2両編成4本 (SE-101 - 104) 、SE-200編成が2両編成3本 (SE-201 - 203) の14両および5000番台であるST-5101・5201編成(はまなす編成)、ST-5102・5202編成(ラベンダー編成)10両の計24両が配置されている。