鞭毛菌類
鞭毛菌類の生育環境は極めて多様であり、海水、淡水、土壌から見つかる。腐生性(植物遺体など生きていない有機物から栄養を得る)のものが多いが、陸上植物などに寄生するものも少なくない。
腐生性の鞭毛菌類を単離する方法として、カップに水サンプルまたは水と土壌サンプルを入れ、これに"餌"(基質)となるものを加える方法(釣菌法 (ちょうきんほう))がある。この際に、"餌"としてマツの花粉、ごま、セロファン、玉ねぎの皮、昆虫の翅、ヘビの抜け殻などがよく使われる。腐生性鞭毛菌の中には、これらの"餌"に含まれるセルロースやキチン、ケラチンなど難分解物質を分解できるものがいる。
鞭毛菌類の中には寄生性のものも多く知られている。宿主としては藻類や他の菌類、陸上植物、動物などがある。よく知られた例として、ジャガイモに寄生するサビフクロカビ(ツボカビ綱)やエキビョウキン(卵菌)、アブラナ科に寄生するシロサビキン(卵菌)、カエルに寄生するカエルツボカビ(ツボカビ綱)などがある。