ジョアン3世 (ポルトガル王)
1525年2月10日、従妹でカスティーリャ王フェリペ1世と女王フアナの娘でスペイン王カルロス1世(神聖ローマ皇帝カール5世)の妹でもあるカタリナ・デ・アウストリアと結婚した。王妃は毎年のように妊娠し、9子を産んだが、うち7人が夭折した。
アフォンソ(英語版)(1526年2月24日 - 1526年4月12日)
マリア・マヌエラ(1527年 - 1545年) - スペイン王フェリペ2世の最初の王妃。ドン・カルロスの母。1527年から1531年までポルトガル公。
イザベル(1528年 - 1529年)
ベアトリス(1530年2月15日)
マヌエル(英語版)(1531年 - 1537年) - 1531年から1537年までポルトガル公。
フィリペ(英語版)(1533年 - 1539年) - 1537年から1539年までポルトガル公。
ディニス(1535年 - 1537年)
ジョアン・マヌエル(1537年 - 1554年) - カール5世の娘フアナと結婚。セバスティアン1世の父。1539年から1554年までポルトガル公。
アントニオ(1539年 - 1540年)
また、イザベル・モニスとの間に庶子が1人いる。
ドゥアルテ(1529年 - 1543年) - ブラガ大司教