ゾイドバトルストーリー
帝国首都の攻略が開始された。都市部は爆撃によって瓦礫と化し、すでに帝国の敗北は時間の問題となっていた。
そんな中、共和国大統領であるヘリックは戦後の講和を見据え、ゼネバス皇帝と旧知の仲である部下、ヨハン・エリクソン大佐にその生け捕りを命じる。一方で、共和国軍の追撃を交わしたゼネバスは帝国兵トビー・ダンカン大尉とともに首都を後にした。
帝国北部海岸に位置するバレシア基地にはトビーの兄、ダニー・ダンカンが部隊を構えており、異国の地、暗黒大陸への脱出を目論むゼネバスの殿として共和国軍を迎え撃つ。そこへ現れたエリクソンはEマークを施したウルトラザウルスを駆り追撃を敢行。トビーとゼネバスたちの脱出は成功するものの、戦いでダニーが戦死した事から、トビーは兄を死に至らしめたEマークを持つウルトラザウルスへの復讐を誓う。
それから月日が経ち。
陥落し共和国領土となっていたバレシア基地に、暗黒大陸より帰還したゼネバス帝国が攻撃を加える。帝国軍の上陸は成功し、ここに両国の戦争が再開された。戦いは一進一退の攻防となるが、共和国部隊が新型巨大ゾイドの部品を発見したことから、その開発を妨害すべく、ヨハン・エリクソン大佐は最新鋭機シールドライガーを駆り、幾つかの戦場を経て研究所への攻撃を敢行する。しかし、同施設の自爆によって新型巨大ゾイドの足取りは途絶えた。
その後、トビーは完成した帝国の巨大ゾイド・デスザウラーを受領し、帝国の精鋭・スケルトン部隊とともに、共和国首都攻略を見据えた基地攻略作戦を開始する。デスザウラーはその圧倒的な性能によってゴジュラスの大部隊を葬り去り、この報せは共和国を震撼させた。首都を目指すトビーたち。その前にエリクソンとウルトラザウルスが立ちはだかり、因縁の戦いの火蓋が切って落とされた。
大陸間戦争の終結から数十年後の惑星Ziにおいては、戦争の災禍からの忌避意識から都市単位の小国家が独立・林立する状況にあり、そうしたなかで都市間を往来するキャラバンやそれを襲撃するアウトロー、さらにそれを確保する辺境警備隊が登場していた。ある日、アウトローによって軍事メーカーであるZOITEC社の積み荷が襲撃される。それによってZOITEC社の社運をかけた研究資料が奪われた事から、賞金稼ぎである猟兵団「獅子の爪」のメンバーであるケイトとサミュエルは奪還のため出撃した。「獅子の爪」のレオストライカー2体はアロザウラーやカノンフォートを退けるが、その後、ゴジュラスギガと交戦し敗走し、ザバットの助けを借りて脱出する。拠点であるホバーカーゴに戻ったサミュエルとケイトは、ZOITEC社より貸与されたライガーMにレオストライカーのデータをエミュレート。また、シールドライガーブロックスの仕様変更も行った。そして再びZOITEC社の積み荷(カーゴ)奪還へと向かった「獅子の爪」はライガーMがアロザウラーやカノンフォート、ゴルヘックスの群れと交戦。シールドライガーブロックスがゴジュラスギガと交戦する。ゴジュラスギガによって随行していたザバットが撃破されるものの、シールドライガーブロックスはマルチプルランチャーからワイヤー付きミサイルを発射し、カーゴへ向かった。また、交戦を続けていたライガーMも敵を退け、ケイトたちは奪われたカーゴの中に石化したギルベイダーを確認する。そこで惑星大異変の発生とその脱出計画の噂を思い出しながらも、ZOITEC社へと向かった。