土佐神社
これを受けて長宗我部元親は永禄10年(1567年)から社殿再建に着手し、元亀2年(1571年)に現在の本殿・幣殿・拝殿(いずれも国の重要文化財)が完成した。その再建工事の諸役には、高知平野の家臣が上下問わず課されている。また『長宗我部地検帳』によると、この頃の社領は一宮村を始めとして薊野・杓田・布師田・鴨部・石立・万々・朝倉・大高坂の各村に分布した。
江戸時代に土佐藩を治めた山内氏も土佐神社を崇敬し、第2代藩主山内忠義によって寛永8年(1631年)に楼門が、慶安2年(1649年)に鼓楼が造営されて現在に残っている(いずれも国の重要文化財)。また山内氏は、長宗我部氏が土佐国分寺で始めた千部経修行を土佐神社において再興し、毎年10月6日から12日にこれを行なっていた。江戸時代の社領としては、一宮村で7石8斗8升、薊野村で79石などと見える。
明治維新後、明治4年(1871年)に社名を「土佐神社」と改称し、近代社格制度において国幣中社に列した。戦後は神社本庁の別表神社に列している。なお、2003年度(平成15年度)には境内西側(土佐神社西遺跡)で発掘調査が実施され、寺社に関連する中世期の屋敷地が検出されている。
社記によると、江戸時代初頭まで土佐神社の祭事は年間75度あったというが、その後は27度となったという。現在の主要祭事は次の通り。
歳旦祭 (1月1日)
射初祭(いぞめさい) (1月第3日曜)
斎籠祭(いごもりさい) (3月11日-13日) 忌部3人のうち1人が本殿内陣に籠もって祈念し、その間に本殿周囲で種々の神事を行う。この間は一般の参拝は禁じている。かつては境内北西方の「斎籠岩」にて行なったという。
大祓式(夏越の祓) (6月30日)
志那禰祭(しなねまつり) (8月24日・25日)
秋祭 (10月8日)
新嘗祭 (11月23日)
大祓式 (12月31日)