科学忍者隊ガッチャマンF
声 - 稲葉実、千葉繁 、長堀芳夫、小幡研二、納谷六朗、広瀬正志、他
前作に引き続いて登場するギャラクターの一般隊員。第3のギャラクターと言うべき存在でもある。シンボルマーク、隊員服などの装備は旧ギャラクターの物を踏襲している。
また本作品の特徴として「アイアンコマンド」「ライダーコマンド」「レスラーコマンド」という特殊部隊が、一般隊員とは別に設定されている点が挙げられる。各コマンド隊員は科学忍者隊に匹敵か、それ以上の恐るべき能力を有しており、特にレスラーコマンドはサイボーグであるジョーや、力自慢の竜を軽くあしらうほどのパワーを持ち、肉弾戦で忍者隊を苦戦させるという、従来のギャラクター隊員にはなかった活躍を見せた。
ギャラクター襲名以前は、第1話のみ「エゴボスラーファミリー隊員」も配備されていた。その他にもマーストラー直属の配下やザバンダが率いる軍隊、エゴボスラーの側近兵(第25話)、伯爵家のメイドのゼルダを追跡したギャラクター隊員(第27話)、量産型飛行鉄獣「クモファントム」を操縦していたギャラクター隊員(第45話)などの特殊部隊も登場していた。
ギャラクターの特殊部隊としては第1作の「ブラックバード」「デブルスター」や『II』の「ギャラコン」などが存在したが、実力はこの各コマンドの方が上である。
前作の移動基地Gタウンに代わり、科学忍者隊の本拠地となる基地。地中深くに建造され、各Gメカ発進の際にはシャフトでせり上がり、分厚い岩盤を幾重にも重ねたゲートを開放して発進させる。なお、従来の基地と違って移動は不可能らしい。また、南部博士が常駐しないため、従来と違い研究ラボとしての機能を有さない戦闘基地的な性格が強く、鴨技師長ら整備技術者はいるが、かつて見られた科学者然とした研究者が見当たらない。第41話でギャラクターのスパイSP-2号が持ち込んだアンテナ物質によって所在地を発見され、鉄獣メカの地中魚雷攻撃で破壊された。
原点回帰を目指し、第1作の主題歌を作曲した小林亜星が再起用された。ただし、第1作で編曲を担当したボブ佐久間は本作品には不参加。
科学忍者隊はソーラーシフト計画を成功の一歩手前で阻止し、総裁Xの野望を打ち砕いた。ソーラーシフト計画で荒れ果てた地球は徐々にではあるが復興を始めていた。その一方で、ドクター・ラッフェルを失い、彼の手によりサイボーグとして生まれ変わったジョーに内蔵されたブラックボックスの解析とエネルギー補給の目処は進まず、日を追う毎に死が近づいていく。
そのころ、隕石山の崩壊したギャラクター本部では、破壊された総裁Xの頭脳、粉々になったその残骸の中で、唯一生きていた部品が活動を始め、あらゆる機械を取り込んで増殖していた。時を同じくして、マフィアのエゴボスラーファミリーは今が好機と世界征服に打って出る。エゴボスラー対ガッチャマンの初めての対決の最中、突如現れた超巨大鉄獣メカに対し、ニューゴッドフェニックスは歯が立たず大破してしまう。鉄獣メカを作り出し操っていたのは総裁Xの亡骸から誕生した総統Zであった。エゴボスラーと総統Zは利害が一致したことで結託し、新生ギャラクターを名乗ることになった。
ニューゴッドフェニックスを撃墜され、満身創痍の4人(ジョー以外)を救った鴨三郎技師長は彼らをガッチャマン基地へと迎え入れ、新たなる翼「ガッチャ・スパルタン」と新たな武器「ガッチャマンフェンサー」(剣)などを与える。ジョーのエネルギー補給の目処も立ち、健は仲間たちとともに三度ギャラクターを迎え撃つ。
しかし、ガッチャマンフェンサーは健の命をも削るという、文字通り両刃の剣であることを5人はまだ知らない。