島原鉄道線
愛野村駅(現・愛野駅):雲仙鉄道 - 1938年8月16日廃止
2022年9月23日改正ダイヤでは、諫早駅・本諫早駅 - 島原船津駅・島原港駅間に平日は約15 - 60分に1本の21往復、土休日は18往復が運行されている(うち島原港駅発着は平日18往復・土休日16往復、島原港駅行き下り始発列車のみ本諫早駅発)。このほか諫早駅 - 本諫早駅間のみ運転の区間列車が平日は下り13本・上り12本、土休日は下り14本・上り13本あり、諫早駅発の最終が22時台である。2022年9月23日のダイヤ改正で土曜・休日に休日ダイヤが導入された。
観光列車として、車内で紅茶やデザートなどの飲食物を提供する「しまてつカフェトレイン」が週末を中心に運行されている。有明海の眺望が良い大三東駅に長く停車するサービスも実施している。
全ての列車が1両編成または2両編成で運行される。1999年3月13日から1両編成の列車についてワンマン運転が開始され、2019年9月20日からは2両編成の列車についても実施している。諫早駅・本諫早駅・島原駅では全てのドアが開閉し、駅できっぷの販売および運賃の精算を行う。その他の駅では1両目後扉から整理券を取って乗車し、1両目前扉から降車する際に運賃を支払う。nimocaやSUGOCAなどのICカード乗車券での精算は一切できない。
列車番号は島原港駅・島原船津駅発着の列車が100番台、本諫早駅発着の列車が50番台となっている。本諫早駅発着の列車については60番以降の番号は使われておらず、59番より後は51-1番のように枝番を使って表している(60番台は過去に島原駅 - 島原港駅間の区間列車が使用していた)。休日ダイヤでは末尾にアルファベットの「H」が付く。全列車が気動車によって運転されているが、気動車列車を表すDは使われていない。
雲仙普賢岳の噴火以前は徹底した合理化により1985年度から黒字経営を継続し、数少ない黒字ローカル線として注目されていた。しかし、噴火災害による長期不通やそれに伴う乗客の大幅な減少により赤字に転落し、南島原駅 - 加津佐駅間が赤字の約8割を占めていたことや、雲仙普賢岳の噴火で被災した区間の復旧時に行われた防災工事で架け替えた鉄橋の固定資産税負担が過重だったことなどから、2004年度から廃止が検討され始め(同区間は1970年代にも廃止が検討されたが猛反対にあい撤回された)、島原鉄道は2007年(平成19年)1月31日に島原外港駅 - 加津佐駅間を2008年(平成20年)4月1日に廃止する方針を発表した(当初の廃止予定区間は南島原駅 - 加津佐駅間であったが、島原市の要望を受けて島原外港駅 - 加津佐駅間となった)。
普賢岳噴火災害復旧に伴って建設された設備の大半も10年余りで役目を終えることとなった。