妙香院
このため、室町時代中期(15世紀中期か)に、妙香院門跡が断絶して青蓮院の傘下に入ったと考えられている。
なお、大田壮一郎は戦国時代以前の本願寺が青蓮院門跡の支配下にあったという通説を批判して、九条兼実と弟慈円(青蓮院門跡)および息子の良快(妙香院門跡)が浄土真宗の祖である親鸞を含む法然門流と密接にあったこと(一条家は九条家から分かれた)、大谷廟堂は元々妙香院傘下の法楽寺の敷地であったこと(『存覚一期記』延慶2年条)ことから、本願寺の元々の本所は妙香院で同院が青蓮院の管理下に置かれたことで、青蓮院と本願寺の関係が成立したとする説を唱えている。従って、唯善事件などの初期本願寺における内紛の際に出されたとされる「青蓮院の裁許」とされる文書も、「妙香院の裁許」とするのが事実関係としては正しいとしている(この時期には青蓮院門跡が妙香院門跡を一時的に兼帯していたり、両者が別々に存在した時期があったりしたが、前者の時期でも裁許はあくまでも妙香院門跡としての立場によるものである)。