ポケモンスタジアムシリーズ
対戦モードにおいて特定の条件を満たすと、特別なわざや道具を持ったポケモンが手に入る。3作それぞれで貰えるものは異なる。
全ポケモン参戦を売りにした本作のもう一つのメインと言えるルール。このカップも難易度別に4つのランクがある。ポケモンの種族、レベル無制限の派手なバトルが展開できるが、同じポケモンは2体以上エントリーできない。また、プレイヤーの出場レベルは不問だが敵として登場するポケモンは全てレベル100となっている。他のポケモンと一線を画した能力値を持つミュウツーも参戦可能だが、敵としては登場しないことから、ミュウツーを使わないことを前提にバランスが調整されていると見られる。
全てのトーナメントと「ジムリーダーのしろ」を制覇するとプレイできる。最大6体の手持ちポケモンを用いて、当時最強のポケモン達とされたミュウツー・ルギア・ホウオウを引き連れたライバル(『金・銀』)との最終決戦。「裏」ではより強化されている。それぞれ、クリアすることがエンディング閲覧の条件であることは前作と同様。
全てのトーナメントと「ジムリーダーのしろ」を制覇すると出現するモード。最大6体の手持ちポケモンを用いて、当時最強のポケモンとされたレベル100(最大)のミュウツー1体に挑む最終決戦。こちらの使用ポケモンに制限は無く、全てが倒れるまでにミュウツーを倒せばよい。これをクリアーすればゲームはエンディングを迎え、通常(通称「表」)より全ての対戦モードのポケモンの強化された別ステージ「裏」が出現する。なお「裏」でも上記と同等の方法をクリアーすれば再びミュウツーと戦えるが、「表」よりも格段に強く、ゲーム内で存在しうる最強の能力値で現れる。これに勝利すれば真のエンディングを迎える。
レベル・ポケモンの種類を問わず参加可能。基本的なルールは『2』と同じ。しかし今作ではゴールするまでにジョウト・カントーの計16ジムを制覇せねばならず、さらにロケット団乱入イベントもあるためステージ数が大幅に増えた。また、1ジムあたりのトレーナーの人数も前作とは違ってまちまちである。例えば、アサギジムにはトレーナーが1人もおらず、リーダーのミカン1人だけで構成されている。