高松藩
高松藩の庇護を受けていた京都の興正寺は高松に使者を派遣し、責任者の処罰を行って新政府に謝罪することを勧めた。そこで、家老2名を切腹させて恭順の姿勢を示すことになり、藩主・頼聰も浄願寺にて謹慎、前藩主松平頼胤も江戸にて謹慎した。一方、土佐藩を中心とする討伐軍は丸亀藩・多度津藩を従えて高松に向かっていたが、高松藩と縁戚である徳島藩が討伐に消極的で、松山藩討伐にも兵力を割く必要があった土佐藩や整備されていない丸亀・多度津両藩では攻略困難と見込まれていた。そこに高松藩が恭順の見通しであることが判明し、1月20日に高松城は無血開城されると、ただちに同城に入って接収を完了させた。興正寺などの取り成しによって2月には藩主・頼聰に上京・謝罪が命じられ、土佐藩も高松城を返還して撤退した。その結果、4月15日に新政府への軍資金12万両の献上と引換に宥免された。
ところが、この一連の動きに対する藩内の不満が高まり、明治2年(1869年)9月に尊王派の松崎渋右衛門が暗殺され、頼聰以下の藩首脳はこの事件を、松崎が新政府への反逆の企てが発覚したことによる自殺として届け出た。だが、松崎と知己である木戸孝允らはこれを疑い、弾正台に再調査を命じる。その結果、藩内保守派による殺害と判明し、頼聰は明治4年(1871年)7月に閉門処分を命じられるなど、多くの藩士が処分された。
同年に廃藩置県により高松藩は高松県となる。幕末から明治初期の政府からの高松に対しての心象からか徳島や愛媛に統合され、独立した県とされることなく、結果として全国で最後に香川県として認められたのが1888年12月3日である。