薬師寺
金堂 - 1976年(昭和51年)再建。奈良時代仏教彫刻の最高傑作の一つとされる本尊・薬師三尊像(国宝)を祀る(薬師三尊像については後述)。上層は写経が納められた納経蔵となっている。再建にあたっては、「鉄は持って数百年程度、木材(ヒノキ)は千年持つ。鉄を使うとその部分から腐食する」と主張する宮大工で文化財保存技術者の西岡常一と、「台風や地震、火災からの文化財保護の観点からも鉄筋コンクリート補強が望ましい」と主張する名古屋工業大学教授竹島卓一の意見が衝突するが、結果、金堂の内陣のみは鉄筋コンクリートで造られることとなった。なお、慶長5年(1600年)に増田長盛によって再建された入母屋造の以前の金堂は、1975年(昭和50年)に興福寺へ仮金堂(現・仮講堂)として移築された。その際、寄棟造に改造されて向拝を撤去している。
東塔(国宝) - 三重塔。既出。
西塔 - 1981年(昭和56年)再建。東塔と対称的な位置に建つ三重塔。旧塔は享禄元年(1528年)に戦火で焼失している。この塔はかつての伝統様式・技法によって再建されたものである。デザインは東塔と似ているが、東塔が裳階部分を白壁とするのに対し、西塔は同じ箇所に連子窓を設けるなどの違いもある。東塔も元々は連子窓であったが修復で白壁にされている。再建に際しては、西岡常一により、西塔は鉄の使用を極力少なくし木材の乾燥収縮を考慮して東塔より約30センチ高くして再建されている。500年後には西塔も東塔と同じように材木の撓みと基礎の沈下が起きて同じ高さに落ち着く計算とのことである。
大講堂 - 2003年(平成15年)3月21日再建。
薬師寺金堂の日光・月光菩薩像と比較すると、本像には様式的には古い要素が見られるが、実際の制作時期の先後については定かでない。日光・月光菩薩像が胴部に「くびれ」の線を明瞭に刻むのに対し、本像にはそれがなく、体部の抑揚は自然なカーブで表現されている。左肩から右体側にかけては、日光・月光像にはない条帛を着する。腰から下には天衣が上下3段にU字形に掛かる。さらに、両脚部の図式的に整えられた衣文、脚部左右に鰭状に広がる裳裾の表現など、全体に左右相称性が強調されている。面相部に着目すると、口元にはアルカイック・スマイルを思わせるかすかな笑みを浮かべ、人中線を鎬立てて刻み、鼻梁が鋭角的に表される点などが古様である。腰部中央や裳裾の左右に見られる「品」字状を呈する衣文、裳裾の左右端に垂れる紐や両脚の間に見られるジグザグ状の衣文などは、前述の鰭状の衣端の表現とともに、飛鳥時代前期様式を思わせる古い要素である。頭部には飛鳥時代後期(白鳳期)の菩薩像にしばしばみられる三面頭飾を付さず、髻の側面から背面にかけて唐草文を表すのは珍しい。