ジョアン・ヴィエイラ
98%を得票した対立候補である、元哲学の講師で社会革新党(Partido para a Renovaçao Social)の代表であるクンバ・ヤラ候補を下した。国際選挙監視団は、両方の投票とも公正なものと評価し、ヴィエイラは1994年9月29日にギニアビサウで初めての民主的選挙によって選ばれた大統領となった。
1998年のクーデター未遂事件の後、ギニアビサウはヴィエイラ派の軍と反政府のリーダーであるアンスマネ・マネ派の軍との間で激しい内戦が勃発した(ギニアビサウ内戦)。1999年5月7日に反政府軍がヴィエイラ政権を退陣させた。ヴィエイラはポルトガル大使館へ避難し、7月にポルトガルへと亡命した。
別のクーデターによってクンバ・ヤラ政権が崩壊した2年後の2005年4月にヴィエイラはポルトガルからビサウへ帰還し、7月に大統領選の実施を宣言した。ヴィエイラは政治的に告発されて国外亡命しており、大統領選への立候補資格はないと考えられていたが、2005年5月に最高裁判所より立候補資格を認められた。彼がかつて所属していたPAIGCは暫定党首であったマラム・バカイ・サニャを候補に出した。
公式の選挙結果によると、ヴィエイラは6月19日の一次投票で28.17%の得票率で、マラム・バカイ・サニャに次ぐ時点であった。7月24日の二次投票では52.35%の得票率でサニャ候補を下し、10月1日に大統領の座に就任した。
2005年10月28日にヴィエイラは政権の安定維持を掲げて敵対するカルロス・ゴメス・ジュニオル首相の政府の解体を宣言し、11月2日にアリスティデス・ゴメスを首相に指名した。
2008年11月23日、反乱軍がヴィエイラの住む官邸を襲撃。護衛との間で激しい銃撃戦となり、官邸内部まで反乱軍の兵士が侵入したが、撃退された。