進行性多巣性白質脳症
有効な治療薬はない。治療は免疫抑制剤や抗癌剤など、PMLを誘発する薬剤投与を中止することであり、原疾患がAIDSの場合はHAART療法を開始することである。抗ウイルス薬の投与やJCVが5HT2Aを介することから、抗精神病薬の投与が追加されることもある。抗精神病薬の投与による改善効果に関しては議論中である。
2009年にアメリカ合衆国の研究者によって、抗マラリア薬メフロキンにJCV抑制効果があることが発表された。これを受けて日本においても「がん・感染症センター都立駒込病院」など一部の医療機関に於いて治験的使用が開始され、臨床的に有効である(病変の進行停止・JCVの検出限界値以下への抑制)との結果を得ているが、統一的な治療法の確立には至っていない。
2021年、米国・国立神経疾患・脳卒中研究所の報告によるとPD-1阻害薬ペムブロリズマブ投与により8例中5例で脳脊髄液(CSF)中のJCウイルス量が減少し、臨床的改善や安定化につながったことが示された。