ジュゴン
日本哺乳類学会のレッドリストでは、南西諸島のジュゴンを1997年に絶滅危惧種に指定しており、水産庁のレッドデータブックでも「絶滅危惧種」となっている。沖縄の場合、漁網にかかる混獲と藻場の減少などがジュゴンを危機に追い込む大きな要因となっていると見られている。2000年10月10日には国際自然保護連合 (IUCN) 総会で、「沖縄のジュゴンとノグチゲラとヤンバルクイナの保護」の決議が採択された。
縄文時代以降の南西諸島の多数の貝塚、遺跡でジュゴンの骨や歯が出土しており、出土例は奄美群島で4例、沖縄諸島で62例、宮古列島で5例、八重山列島で3例にのぼる。愛知県の貝塚や佐賀県の遺跡での出土例や、江戸時代の屋久島での捕獲例などもあり、本州・四国・九州まで迷行・漂着していた可能性もある。明治時代の1888年頃には、奄美大島から西表島までの南西諸島に広く分布し、目撃例も多かったとされる。中でも八重山列島は分布の中心とされ、戦後も、石垣島の名蔵湾、新城島周辺、西表島東部の仲間港や南西部の鹿川湾等での目撃例や捕獲例がある。
沖縄県では明治中頃からダイナマイト漁が盛んとなり、ジュゴンの捕獲数が増加した。1902年に県条例によってダイナマイト漁は禁止されたが、密猟は太平洋戦争直後まで続いた。このことが国内においてジュゴンが絶滅状態へと加速させた大きな原因の一つと考えられている。