D.B.クーパー事件
また、膝に古い傷があり、妻に飛行機から飛び降りたときについた傷だと語ったとも言われている。クーパーのように、ウェーバーはバーボンを飲み、立て続けにタバコを吸っていた。それ以外の状況証拠として、ウェーバーが1979年にシアトルとコロンビア川に旅行に行っていたことが挙げられる。このとき、ウェーバーはティナ・バーの川岸に沿って散歩していた。その4ヵ月後に、ブライアン・イングラムがその地域で身代金の紙幣を発見することになる。
FBIは1998年7月にウェーバーを被疑者から除外した。ウェーバーの指紋がハイジャックされた飛行機から検出されたどの指紋とも一致せず、ウェーバーが犯人であることを示す直接的な証拠が発見できなかったためである。後の調査で、ウェーバーのDNAはクーパーのネクタイから回収された試料と一致しないことも明らかになっている。ただし、FBIは以降に、ネクタイから発見された生体試料がクーパーに由来するものであるかは不確定であることを認めた。
FBIは飛行機の中から未特定のかすれた指紋を66点回収した。クーパーが身につけていた黒いネクタイやネクタイ留め、4つのパラシュートのうちの2つも発見した。残された2つのパラシュートのうちの1つは展開されており、キャノピーからシュラウドラインが2本切断されていた。当局はポートランドやシアトル、リノにいた目撃者や、クーパーと直接接触した全ての人々に対して尋問を行った。一連のクーパーの似顔絵が制作された。
地元警察とFBIはすぐに被疑者の尋問を開始した。800名以上が被疑者と考えられたが、20名ほどを除き捜査対象から除外された。軽犯罪の前科を持つD.B.クーパーという名前のオレゴン州在住の男がこの事件の最初の被疑者の1人だった。ハイジャック犯は実名や以前に行った犯罪で使用したのと同じ偽名を使っていた可能性があることから、ポートランド警察はこの人物に接触した。結局、この人物はすぐに被疑者から外されたが、地元の記者のジェームズ・ロング (英: James Long) が、差し迫った締切に間に合わせようとしているうちに、この人物の名前とハイジャック犯が使用した偽名とを混同した。通信社の記者 (ほとんどの情報源ではUPI通信のクライド・ジャビン <英: Clyde Jabin>、それ以外の情報源ではAP通信のジョー・フレージャー <英: Joe Frazier>) がこの誤植を転載してしまい、数多くのメディアがこれに倣った。こうして「D.B.クーパー」という通称が人々の記憶に残ることとなった。
捜索範囲を精密に決定するのは困難だった。飛行機の推定速度の若干の差異や、飛行経路の環境条件 (場所や高度によって著しく変化していた) によって、クーパーの着地地点の推測結果がかなり変化するためである。
FBIは45年間にも及んだ捜査の際に時折、目撃者の証言や数少ない物的証拠から導出した作業仮説や暫定的な結論の一部を公開した。
2018年11月、オレゴニアン誌がニュージャージー州ブルームフィールドに住んでいたウィリアム・J・スミス (英: William J. Smith、1928年 - 2018年)が被疑者の可能性があると報じる記事を掲載した。この記事はアメリカ軍のデータを解析していた研究者の調査に基づいていた。この研究者は自身の発見を2018年半ばにFBIに送付している。スミスは第二次世界大戦時の海軍での兵役を経験した人物で、クーパー事件のときは43歳だった。スミスは高校卒業後に海軍に入り、空を飛びたいと言って戦闘機乗りに志願した。海軍を退役すると、リーハイ・バレー鉄道で働き、1970年のペン・セントラル鉄道倒産のあおりを受けた。これは当時ではアメリカ史上最大規模の倒産だった。記事では、この倒産によりスミスは年金を失い、企業体制と交通産業に対する恨みを抱いたという仮説を立てている。また、年金を失ったことで突然に金が必要な状況に追い込まれたとも推測される。スミスの母校の高校の年鑑では、第二次世界大戦で死亡した同窓の一覧にアイラ・ダニエル・クーパー (英: Ira Daniel Cooper) という人物の名前を掲載していた。これが「ダン・クーパー」という偽名の由来になった可能性がある。