フレンスブルク政府
一方、5月1日にゲッベルスはベルリンの総統地下壕において自殺した。デーニッツの政府に合流することによって自らの権力を維持することを狙っていたボルマンは2日未明に総統地下壕から脱出したものの、逃亡に失敗してベルリン市内で自殺した。
5月3日、新政府は拠点をフレンスブルク郊外のミュルヴィク(ドイツ語版)にあったミュルヴィク海軍兵学校へ移した。この際、軍需相アルベルト・シュペーアとヒムラーは共に、ハンブルクの北に位置し、まだ連合軍の影響が及んでいなかったバート・ブラムシュテット(ドイツ語版)へ一時移動して会談、その後ヒムラーは国防軍将校から軍の動向を確認している。
5月5日、「フレンスブルク政府」は初閣議を開いた。また、同日にヒムラーも150人あまりの側近を連れて合流し、ゲシュタポの解体に手をつけたが、この際にSS隊員等の身分偽証工作を行ったとされる。前日のオランダのドイツ軍が降伏したのを受けて脱出したザイス=インクヴァルトはデーニッツと会談し、焦土作戦の中止及びオランダ総督としての留任を確認した(その後、ザイス=インクヴァルトはハンブルクへ逃亡したところで逮捕された)。
5月6日、デーニッツはシュレスヴィヒ=ホルシュタイン州の最高責任者としての大管区指導者ヒンリヒ・ローゼを解任、17時には入閣を望んでいたヒムラーと、東部占領地域相のアルフレート・ローゼンベルクを全ての職務から解任したほか、ヒトラー内閣の司法相オットー・ティーラック(この時点では消息不明)、生死不明であったゲッベルスを解任した。これらの解任は、フレンスブルク政府が連合国によって容認されやすくするためとも、生え抜きの党幹部の在任が新政府の障害となった事などが理由であるとされる。