ナチス・ドイツの人体実験
これは当時、ナチス・ドイツが主張していた「ユダヤ人は耳、鼻、くちびる、歩き方、あごの形などによって(我々優れたドイツ国民と)明確に区別できる」と合致した論文であった。そのため、この研究でナチスはメンゲレを評価し、1943年5月30日に占領下のポーランドに位置するアウシュヴィッツ強制収容所に異動となった。メンゲレはアウシュヴィッツ内において、特に優れた地位を持っていたわけではなかった(親衛隊の大尉であったエドゥアルト・ヴィルツが、アウシュヴィッツにおける医師の責任者であった)。しかしながらメンゲレは、双子に対する遺伝学的実験を監督した。双子は年齢と性別によって分けられ、実験の合間はバラックに収容されており、異なる薬品や染料を双子の目から注入して色の変化があるかどうかを確認したり、双子を文字通り背中から縫い合わせて結合双生児を作ることが試された。人工的に作られた結合双生児の殆どは数日以内に壊疽により死亡した。また、しばしば麻酔なしの人体解剖を行い、心臓や腎臓などの摘出実験を行っていた。
ナチス・ドイツは感染症について研究するため、各地の強制収容所の収容者に対して意図的に感染源を注射し、感染症を発症させた。研究対象となった感染症はマラリア、チフス、結核、腸チフス、黄熱病、感染性肝炎などであった。
1942年2月から1945年の4月の間、マラリアに関する研究において、ダッハウ強制収容所の収容者を対象にマラリア実験が行われた。この実験はクラウス・シリング博士の指揮下で行われ、健康な収容者に対して意図的に蚊によって直接、あるいはメスの蚊の粘液腺からの抽出物を注射し、マラリアに感染させた。マラリア感染後、被験者には薬剤の相対的な効力をテストするため、様々な薬物が投与された。1,200人以上がこれらの実験に動員され、その半数以上が死亡した。生き残った被験者も一生涯にわたる障害が残った。