郡上一揆
一方、駕籠訴人と同時期に郡上へ戻った30名の村方三役代表や藩側は、駕籠訴は却下されたと触れ回った。実際には駕籠訴の吟味は裁決が下されることなく放置された。一揆勢の中で急進派であった上之保筋の立者は一揆勢有利の裁決が下されるものと楽観視して活動を更にエスカレートさせていくが、明方筋や下川筋の立者は上之保筋の活動に必ずしも同調せず、駕籠訴の吟味についても店晒しになるのではないかと冷静に分析していた。なお、駕籠訴の吟味は進められることなく放置されたが、幕府内部では宝暦7年(1757年)から宝暦8年(1758年)にかけて、郡上藩の年貢徴収法について幕府役人である美濃代官が介入したことに関して、勘定奉行の大橋親義に対する事情聴取は続行されており、これは幕府内(特に勘定所内)での年貢増徴派と反年貢増徴派の路線対立が影響していた。
郡上帰国当初、厳しい軟禁状態に置かれた駕籠訴人であったが、宝暦7年(1757年)3月には見張り役の足軽が引き上げ、同月、庄屋宅の座敷牢に監禁されていたものが自宅軟禁へと切り替わった。その後駕籠訴人らは村預け処分は変更されないものの、駕籠訴人名義で各村に回状を回すなど一揆勢の指導的な役割を果たすようになる。
郡上藩主の金森頼錦は、郡上藩の年貢徴収法改正について、幕府役人である美濃郡代の青木次郎九郎や幕府要人の介入を求めたことが筋違いであると厳しく断罪された。また気良村甚助の違法な処刑、更には石徹白騒動の処理の不手際について厳しく指摘され、改易、盛岡藩永預けを言い渡された。ここに金森家は大名家としては断絶した。判決言い渡し後、即日金森頼錦は盛岡藩に身柄を引き取られ、まず盛岡藩の江戸藩邸に用意された囲いの間に収容された。宝暦9年(1759年)1月には幕府の許可を受けた上で盛岡に移送され、宝暦13年(1763年)の死去まで盛岡で監禁生活を送ることになる。
一方、郡上藩役人に対する判決では、石徹白騒動の責任も問われた家老の渡辺外記、粥川仁兵衛が遠島とされたが、その他の郡上藩役人への判決は比較的軽いものであり、これは2名の郡上藩役人に死罪が言い渡された石徹白騒動の判決とは対照的であった。郡上一揆に関する郡上藩役人の罪状は、美濃郡代の青木次郎九郎や幕府要人に対して郡上藩年貢徴収法改正への介入を依頼したこと、検見取の導入が強引であったこと、そして気良村甚助の違法な処刑に関与したことなどが挙げられている。
郡上一揆関連の郡上藩役人の処分が石徹白騒動の処分よりも軽かったのは、郡上藩全体を巻き込み、歩岐島騒動のような大規模な騒動を起こすなど、力で対抗してくる農民たちを相手とした郡上一揆に対し、野心家の神主、石徹白豊前と郡上藩役人の癒着が事件をこじらせることになった石徹白騒動の方が、郡上藩役人の責任追及が行いやすかったためであると考えられる。
大目付曲淵英元は事件のいきさつについて把握しておきながら、駕籠訴吟味の際に事実を述べなかった責任を問われ、御役召放、小普請入、閉門を申し渡され、勘定奉行大橋親義は本多忠央とほぼ同等の理由により改易、陸奥相馬中村藩に永預けを言い渡された。そして美濃郡代の青木次郎九郎に対しては、幕領でもない郡上藩の年貢徴収法について介入したことは筋違いであるとされ、御役召放、小普請入、逼塞を言い渡された。
百姓一揆に関連して老中、若年寄、大目付、勘定奉行といった幕府高官が大量処分されたのは郡上一揆以外に他の例は無い。しかし実際の幕府高官に対する吟味は、特に老中であった本多正珍に対しての吟味や処分は徹底さを欠き、幕府高官の郡上一揆への介入問題については、おおむね勘定奉行大橋親義らの私的理由による権力の濫用として処分が決定された。これは当時の幕府勘定所が個人の裁量による権限行使を戒め、組織による対応を進めていたことにも対応している。
また郡上一揆の裁判によって、幕府内ではあくまで農民に対する年貢増徴によって財政再建を図る本多正珍らの勢力が衰退し、田沼意次に代表される商業資本への間接税を推進する勢力が主導権を握るようになる。田沼は郡上一揆の裁判が進む中、宝暦8年(1758年)9月には加増されて1万石となって大名に列した。加増された領地は郡上一揆の判決で西丸若年寄を罷免され、改易された本多忠央の領地であった遠江の相良であり、また将軍世子家治付きの西丸若年寄を務めており、家治が将軍となった暁には権力の座に就くことが予想された本多忠央の失脚は、田沼意次が更に権勢を拡大させる要因の1つとなった。