瑞龍寺 (近江八幡市)
日蓮宗は1941年(昭和16年)に本末を解体したため、現在では旧本山・旧末寺と呼びならわしている。
嵯峨村雲別院(京都市右京区嵯峨二尊院門前往生院町) - 別院
村雲山瑞法光寺(茨城県取手市稲)
仏来山妙法寺(千葉県旭市米込)
瑞光山久遠寺(愛知県名古屋市中村区名駅)