乙丑の獄
四境戦争を前に長溥は、幕府から「福岡藩は長州藩(の過激派)を庇う気なのか」と叱責を食らうことになる。彼はまったくその気はなく、自身の開明論の立場から、幕府と長州が無用な戦争をせずにすむよう取りはからったつもりであった。しかしその思いは裏目に出た。長溥は幕府に対し、自らの意思を行動で告げなければならなくなった。
筑前勤王党は、藩財用方の牧市内を加藤司書の提言を妨害しているとして暗殺し、博多の豪商・原宗右衛門を襲い、武士ではない商人の首を黒門外に晒すなど、相次いで凶悪な暗殺事件を起こす。そして中村が起こした脱獄事件が起こり、さらには加藤が犬鳴谷に藩主の逃げ城として犬鳴御別館を建設していたが、佐幕派はこれを「加藤司書は長溥を御別館に幽閉し、長知を擁立して実権を握ろうとしている」として藩主に報告した。これに対し加藤が、大老の黒田溥整と連名で「人心一和を名分に佐幕的立場を改めて欲しい」という内容の建白書を提出したことで、長溥は激怒した。追い詰められた勤王党は、司書と月形で内部対立をしたあげく同志討ちに走り、長州周旋の功労者喜多岡勇平を暗殺した。そこへ幕府の長州再征が発令されたため、勤皇派の長州周旋の功績は完全に否定され、佐幕派の復権により藩論は幕府恭順となり、勤皇派弾圧の運びとなる。これがきっかけで1865年、藩士ならびに関係者140名以上が逮捕され、加藤・建部以下7名が切腹、月形・海津以下14名が桝木屋(福岡市中央区唐人町)で斬首(うち1名は脱獄するものの力尽き、那珂川から箱崎松原(同市東区箱崎松原)に漂着した遺体を斬られた)、野村望東尼以下15名が流罪という大弾圧が繰り広げられた。