毛利水軍
この敗戦により、石山本願寺への兵糧や武器の搬入は滞るようになり、石山本願寺の士気は低下。2年後に顕如は信長に降伏した。
この海戦後、大坂湾の制海権は織田方のものとなったが、依然として淡路島以西の制海権は毛利水軍が握り続けていた。ただし、羽柴秀吉による織田方の調略が来島村上氏の当主・来島通総と兄・得居通幸に及んだため、天正10年(1582年)に3月に来島村上氏が離反した。これに対して、毛利氏と能島・因島両村上氏が来島村上氏を攻撃したため、最終的に来島兄弟は秀吉の下に逃亡した。以降、来島氏は豊臣配下となる。
一方、天正9年(1581年)の鳥取城の戦いでも城に兵糧を搬入しようとしたが、織田軍に属していた松井康之率いる丹後水軍により撃退されている。鳥取城主・吉川経家とともに、同城支城の丸山城に籠もっていた隠岐水軍の将・奈佐日本之介も切腹した。