五稜郭駅
島式ホーム2面4線を有する地上駅。ホーム番号は駅舎側から3・4・5・6番のりばとなっている。1・2番線は側線で、6番線以降も12番線まで存在するが、いずれもホームはない。7・8番線は貨物列車の着発線となっている。本線は、下りが5番線、上りが4番線である。
駅舎は構内東側(1番線側)にあり、2つのホームとは跨線橋で連絡している。
駅舎内にはみどりの窓口・JRの自動券売機・指定席券売機・話せる券売機・いさりび鉄道の自動券売機が設置されている。
かつては売店としてキヨスクがあったが2018年(平成30年)3月に閉店、その後同年4月10日に道南いさりび鉄道が自社運営の売店を開設している。
直営駅であり、管理駅として函館本線の桔梗駅を管理下に置く。道南いさりび鉄道移管前は七重浜駅 - 釜谷駅間の各駅も管理していた。終日社員配置で営業社員のほか、信号詰所には運転社員が配置されている。
駅構内の西側にはJR北海道五稜郭車両所、構内の北側にはJR貨物五稜郭機関区がある。かつては五稜郭機関区の周囲には五稜郭操車場が広がっていた。
1967年(昭和42年)から駅そばの店舗が設けられ、2014年(平成26年)10月からは北海道キヨスクが「駅そば みかど JR五稜郭駅店」として運営していたが、店舗の老朽化のため2016年(平成28年)2月28日をもって営業を終了した。
改札口(2022年9月)
道南いさりび鉄道専用自動券売機(2016年3月)
3・4番線ホーム(2022年9月)
5・6番線ホーム(2022年9月)
跨線橋(2017年8月)
駅名標(2017年8月)
駅名標(江差線移管前)
リニューアル前の駅舎(2006年8月)