Hey! ピクミン
今作では以下の5種類が登場。近づいたり笛を吹くと仲間になり後ろについてくる。ステージ内では最大20匹のピクミンを仲間にできる。
前作『ピクミン3』の発売から4年振りとなる作品。時系列は『ピクミン3 デラックス』の追加ストーリーの後。3Dアクションのナンバリング作品と違い、シリーズ初の横スクロールアクションとなっている。開発は『ヨッシー New アイランド』などを制作したアーゼスト。
3DS用のタッチペンでの操作でピクミンに指示を出し、40以上あるステージでお宝を集めながらゴールを目指していく。キラキラエネルギーを3万個集め、ピクミンの星から脱出することが目標である。
本作の発売日と同日にピクミンのamiiboが発売。ピクミンのamiiboを読み込むとピクミンを呼び出すことができ、amiiboがレベルアップするとより多くのピクミンを呼べるようになる。大乱闘スマッシュブラザーズシリーズのオリマー、スーパーマリオシリーズ、どうぶつの森シリーズ、スプラトゥーンのamiiboにも対応している。『ピクミン2』にあった原生生物・お宝図鑑があり、マリオやルイージなどのキャラクターも図鑑に登録される。
唯一水中でも活動できる。詳細は「ピクミン (ゲームキャラクター)#青ピクミン」を参照