交通博物館
閉館後も研究者向けの写真やマイクロフィルムなどの資料の貸し出しや公開などは続けられていたが2007年(平成19年)8月31日をもってこれらの業務も鉄道博物館とその運営母体東日本鉄道文化財団に移管し、交通博物館はすべての対外業務を終了した。
鉄道関係の展示品・収蔵品のほか、国鉄バスや鉄道連絡船など国鉄が運営していた交通機関(航空・船舶・自動車)の展示品・収蔵品は、鉄道博物館へ移管された。これは、同館が運営方針の一つとして「国鉄改革およびJR東日本自体に関する資料を保存し調査研究を行う」と規定しているためである。
一方、国鉄以外の事業者による鉄道以外の展示品・収蔵品はJO-1ジェットエンジン、ハ-45エンジン、ベンツ1号車(複製)、神風号航空機模型、フォード1型自動車模型など約50点が、引き続き交通文化振興財団に運営委託されることになった交通科学博物館へ移された他、航空科学博物館や静岡理工科大学構内の静岡航空資料館など関連する博物館等へ引き取られた。
関係各所から借用していた航空・船舶・自動車部門の展示品については、原則としてそれぞれの所有者に返却された。対象となる展示品の中には戦後間もなくの進駐軍の一部である極東アメリカ軍(英語版)より貸与されていた航空エンジン(プラット・アンド・ホイットニー R-1830)があったが、これに関して現在の担当部局をアメリカ大使館に問い合わせたところ「極東アメリカ軍という組織自体が消滅しており承継する組織もないので貸与していたものは『寄付』ということにして構わない」という回答を得たという。極東アメリカ軍の貸与物資については韓国や中華民国においても類似例があり、その事後処理に沿ったものと考えられる。
交通博物館 編『交通博物館のすべて 知られざる歴史と魅力』(JTBパブリッシング、2001年) ISBN 4-533-04019-5
交通博物館 編『図説 駅の歴史 東京のターミナル』(河出書房新社ふくろうの本、2006年) ISBN 4-309-76075-9
菅建彦「交通博物館の至宝「岩崎・渡辺コレクション」」『日本写真学会誌』第67巻第2号、日本写真学会、2004年、108-112頁、doi:10.11454/photogrst1964.67.108。
国鉄バス第1号車 - 鉄道記念物
鉄道連絡船「壱岐丸」の号鐘 - 鉄道記念物
四ツ谷トンネル入口飾付兜(旧甲武鉄道の紋章入り) - 準鉄道記念物
作詞者である大和田建樹直筆の鉄道唱歌の書
東北新幹線CTCパネル実物
他