ハミギタン山
鳥類は108種が確認されており、ことに近絶滅種のフィリピンワシとフィリピンオウムは世界遺産委員会の決議文でも特筆されている。ミンダナオヒムネバト(英語版)なども見られる。また、フィリピンワシの営巣地が保護区内に適切に含まれているかどうかは、世界遺産登録に際しても論点となった。ほかに、絶滅危惧種が1種(ミゾゴイ)、危急種が11種、近危急種が1種(ホシバシペリカン)含まれており、ハミギタン山域野生生物保護区は、バードライフ・インターナショナルによって重要野鳥生息地に選定されている。
哺乳類はフィリピンヒゲイノシシ(危急種)、ハミギタンモリネズミ(英語版)、ローレンスフルーツコウモリ(英語版)など26種で、うち15種はコウモリである。両生類と爬虫類は特に固有種が多く、前者は75%(Philautus acutirostris(英語版)など)、後者は84%が該当する。
蝶は142種確認されており、ここでしか見られない4種以外にも、さらに40種の固有種が生息している。ここでしか見られない蝶のうち、矮林に生息するカザリシロチョウ属(英語版)の一種は日本人が発見したものであり、そのデリアス・マグサダナ(オランダ語版)は1995年に報告された。
この世界遺産は世界遺産登録基準のうち、以下の条件を満たし、登録された(以下の基準は世界遺産センター公表の登録基準からの翻訳、引用である)。
(10) 生物多様性の本来的保全にとって、もっとも重要かつ意義深い自然生息地を含んでいるもの。これには科学上または保全上の観点から、すぐれて普遍的価値を持つ絶滅の恐れのある種の生息地などが含まれる。 世界遺産委員会はこの基準の適用理由について、この保護区が「フィリピンの重要な生物地理学的地方における、完全で、ほぼ手付かずの高度に多様な山岳生態系を代表する」等とした。
なお、フィリピンの世界自然遺産はトゥバタハ岩礁自然公園、プエルト・プリンセサ地底河川国立公園に続き3件目だが、いずれの物件でも基準(10)は適用されている。