没収試合
選手の登録などによるミスで没収試合となることがまま見られる。学生主体の運営であることに原因があると言える場合が多い。
2004年5月8日に行われた関西学生野球春季リーグの同志社大学対関西大学1回戦で、関西大学が登録外選手を代打で出場させたため、連盟申し合わせ事項により没収試合となり、同志社大学の勝利となった。
2006年9月7日に行われた京滋大学野球秋季リーグの京都学園大学対花園大学3回戦で、京都学園大学は4-1で迎えた8回から、登録と異なる背番号の投手が登板したため、規定により没収試合となり、対戦成績2勝1敗とした花園大学が一度は勝ち点を得た。しかし、原因が京都学園大学のマネージャーのメンバー表への記入ミスだったことから連盟は再試合を決定。9月29日に行われた再試合では、京都学園大学が9回裏逆転サヨナラ勝利を挙げ、当初の結果とは逆に京都学園大学が勝ち点を得ることとなった。
2006年10月9日に行われた北東北大学野球秋季リーグの1,2部入れ替え戦、八戸工業大学(1部)対青森中央学院大学(2部)の第2戦で、青森中央学院大学側がメンバー表に選手の名前を誤って記入し、当該選手が登板して1球投じたところで相手が抗議。規定により没収試合となった。入れ替え戦は2戦先勝方式で、前日行われた第1戦では青森中央学院大学が勝利していたが、没収試合となった第2戦の直後に行われた第3戦も八戸工業大学が勝利、対戦成績が青森中央学院大学の1勝2敗となり、1部昇格を逃す結果となってしまった。