分島問題
宍戸は地図上での位置を説明した上で、改めて日本側の琉球諸島の分島と条約改正をセットとした解決案に基づく交渉を要求した。
9月3日に日本公使館で行われた第三回交渉の席では、今度は清側から節略の提示がなされた。まず条約改正の内地通商権に関しては、必ずしも拒否をするものではないが、日清両国が相互に認め合う対等の原則に基づく解決を要求した。一方、宮古列島と八重山列島の分島案に関しては恭親王奕訢も肯定的であったとした上で、実際問題としては宮古列島と八重山列島が清に編入されたとしても官吏を派遣することは困難であり、従って清としては領有の意図は無く、琉球王国を復活させるつもりであることを示唆した。宍戸は清側の回答を受け取った上で、条約改正に関しては後日書面で回答したいとした。また清側からは宮古列島と八重山列島の土地や人口等の実地調査を行いたいとの要求が出されたが、宍戸はその要求を拒否した上で、後日日本側による調査内容を示したいと回答した。日本側の現地調査拒否の理由は、清による調査団を現地に派遣すれば混乱が発生し、困難な事態が起きることが予想されるというもので、分島案が現地に漏洩することを恐れてのことであった。結局、清側から更なる実地調査の要求は無かった。
金城正篤は「琉球処分が民族の統一であるのならば、民族分断をもたらす分島問題をどう解説するのだろうか」との疑問を提起した上で、明治政府の都合次第で琉球を併合したり宮古諸島、八重山諸島を清に譲渡しようとした分島問題にこそ、琉球処分の本質があると主張した。西里喜行もまた、琉球問題を安全保障や経済権益といった国益を獲得する手段として位置付けていたと評価している。一方、独立を確保して欧米諸国と肩を並べるような国家を建設していくことを目指していた明治政府の立場からすると、国の一部を切り売りする分島問題は一見矛盾する政策に見えるが、目標達成に不可欠な条約改正を達成させるために琉球諸島の分島を行う必要があると考えており、明治政府の考え方としては特に矛盾はなかったのではとの意見もある。
清側の琉球に対する対応についても、冊封国の琉球を失う体面的な問題とともに、琉球を失えば台湾、朝鮮などに影響が波及していくことを恐れたことによるものに過ぎず、当事者たる琉球のことなど全く考慮していなかったことは明らかであるとの批判がある。
1880年8月18日、日清間の第一回交渉が北京の日本公使館で開催され、琉球問題の日清間正式交渉が始まった。日本側全権の宍戸璣は会議冒頭に正式交渉における日本側の方針を説明した書類を、清側の交渉担当者である総理衙門所属の5名に手渡した上で、本来琉球処分は日本の国内問題であり、清が関与すべきものではないが、インドがイギリスの植民地となり、ベトナムにフランスの勢力が伸長している例などを挙げた上で、日清両国は協力してヨーロッパ列強の侵略に備えるべきではないかと日清連携の重要性を強調した上で、グラントの調停もあり、清側からも琉球問題解決に向けての案を出してもらいたいと要請した。初回交渉の席では日清両国とも具体案の提示はされなかったものの、日清両国連携の立場に立って、交渉成立に向けて努力することで合意した。
第二回交渉は8月24日に総理衙門で行われた。宍戸は清側に改めて琉球諸島の分島と条約改正をセットにした日本案を説明した節略を提示し、この案で合意したいと主張した。清側は総理衙門の責任者である恭親王奕訢に案を示し、熟考の上回答したいと伝えた上で、日本が清側に引き渡すとした宮古列島、八重山列島の位置について質問した。