願行寺
明応7年(1498年)7月に本願寺九世実如より下付された寺蔵の阿弥陀如来絵像の裏書には「大和国吉野郡御領之郷秋野川」と書かれるのみで勝恵の坊号や願主名はなく、蓮如が開いたのち勝恵が住するまでの明確なことはわかっていない。願行寺の寺号は天文19年(1550年)の裏書を持つ寺蔵の実如絵像が初見である。
天正6年(1578年)10月11日、吉野門徒の拠点であった当寺は織田方の筒井順慶によって飯貝の本善寺とともに焼討ちにあった。また本願寺の東西分派に際しては西本願寺方に従った。戦国時代より江戸時代を通じて一家衆として大和国では本善寺とともに特別な地位にあり、往時は大和・近江・摂津の本願寺派など70余ヵ寺を末寺に寺内にも3ヵ寺を置いて寺役に当たらせるなど中本山として寺運盛大であった。
江戸幕府は境内一町五畝、山林四町四段七畝を除地とし、代官交代の際には表裏両門に制札を掲げて保護した。また享保年間には寺領御坊山の薬草園に幕府の採薬師植村佐平治を遣わせ指導させている。