小浜線
ただし、電化後は前述の通り休日などに一部の臨時列車が小浜駅に乗り入れる程度で、本格的な優等列車の運行はなされていない。
小浜線の中間駅で最も利用者の多い小浜駅から京都駅へは湖西線経由と山陰本線経由で距離は大差ないが、直通列車は山陰本線経由のみ設定されていた。ただし、京都駅発着の急行「丹後」など直通の優等列車は小浜線内のみ各駅停車となるなど、都市間輸送と線内の地域輸送を兼ねている側面もあった。
2001年3月2日までは小浜駅の最終が22時台であったが、繰り上げになった。
電化以前は、敦賀からの3両編成の普通列車が小浜駅で切り離し作業を行い、前1両が東舞鶴行き(1992年から4年間は天橋立行き)に、後2両は折り返し敦賀行きになる運用もあったが、電化以降は小浜駅での列車切り離しはなくなった。また、2006年の北陸本線の直流化の際には、同区間の普通列車と共通運用が組まれた。
急行「はしだて」(舞鶴線西舞鶴駅 1988年)
C58形蒸気機関車
DE10形ディーゼル機関車
毎年5月に開催される(2009年のみ秋に開催された)ウォーキングイベント「若狭・三方五湖ツーデーマーチ」の開催当日は、「若狭・三方五湖ツーデーマーチ」が敦賀発小浜行き1本(2号)と午後に小浜発敦賀行き3本(1・3・5号)が運転される。小浜線直流電化後の2003年以降は列車増発による車両不足のための応援として、113系4両編成が小浜線に入線していた。2011年は113系に代わって敦賀地域鉄道部所属の521系の4両編成で運転された。