東北新幹線
8号車が専用車両で、他の車両の指定席を確保していても、席が空いていれば自由に使うことができたが、2022年6月27日から「はやぶさ」「はやて」では指定席制となる。
2022年 (令和4年) 3月16日:福島県沖地震の影響により、福島駅 - 白石蔵王駅間で東京発仙台行き「やまびこ223号」17両編成のうち16両が脱線(東北新幹線脱線事故)。乗客・乗員共に怪我はなかったが、 高架橋の損傷や電化柱の傾斜などの被害が発生し、那須塩原駅 - 盛岡駅間で終日運転見合わせとなる。 3月22日:那須塩原駅 - 郡山駅間と一ノ関駅 - 盛岡駅間での運転を再開。全面再開は4月20日頃目標と発表。 4月2日:郡山駅 - 福島駅間で運転再開。 4月4日:仙台駅 - 一ノ関駅間で運転再開。 4月14日:福島駅 - 仙台駅間で運転再開し、全線で運転再開。全線にわたって当面の間は臨時ダイヤでの運転。 5月13日:通常ダイヤでの運転を再開。 11月22日(21日終電後):大宮駅 - 小山駅間で保守作業をしていた作業員が線路内で行方不明となる。その後24日に無事が確認された。
2023年 (令和5年) 1月31日:東京駅で13時20分発の「はやぶさ25号」が車いす乗車用の補助板を付けたまま発車する事故が発生。清掃員が気付き補助板を足で踏んで外したものの、列車は停車せず走り去る。 6月16日:貨客混載の本格化に向けた、荷物大量輸送の実証実験。臨時列車はやぶさ72号の6-8号車を荷物専用車両として、青森市の車両基地で搬入した鮮魚や生け花などが入った箱約600個を大宮駅まで輸送。
現在は、郡山駅以南のみの各駅停車の列車に「なすの」の愛称が用いられている。
山形新幹線・秋田新幹線直通列車
「つばさ」
「つばさ」は、東京駅 - 山形駅・新庄駅間で運行される山形新幹線の列車である。一部を除き、東京駅 - 福島駅間で「やまびこ」と併結運転する。使用車両はE3系で、全車指定席。東北新幹線内は東京駅・大宮駅・福島駅に全列車が停車し、上野駅・宇都宮駅・郡山駅も最速達列車の1往復を除いて、全列車が停車する。小山駅・那須塩原駅・新白河駅は全列車通過する。
「こまち」
「こまち」は、東京駅・仙台駅 - 秋田駅間で運行される秋田新幹線の列車である。全ての定期列車が東北新幹線区間で「はやぶさ」と併結運転する。使用車両はE6系で、全車指定席。東北新幹線内は東京駅・大宮駅・仙台駅・盛岡駅に全列車が停車。「はやぶさ」と同様に、全列車が大宮駅 - 仙台駅間を無停車で運行する。仙台駅 - 盛岡駅間も仙台駅発着の1往復を除く全列車が無停車で運行する。上野駅は東京行きの始発列車のみ通過し、秋田行きは全列車が停車する。
E6系の運行開始当初、同車を使用する列車は「スーパーこまち」を名乗っていた。これは、秋田新幹線車両のE3系からE6系への置き換えが完了するまでの両者の区別をするための過渡的なものであり、2014年3月15日のダイヤ改正でE6系への置き換えが完了した後は「こまち」へ統一された。
新幹線での荷物輸送は速達性と定時性が高いという利点があり、JR東日本は、鮮度が重要な食品などの荷物を車内販売準備スペースなどに載せる形での輸送を2017年に開始し、2021年には東北新幹線および相互直通運転する北海道新幹線だけでなく、上越新幹線や北陸新幹線を含めた新幹線での荷物輸送を「はこビュン」として命名して本格展開している。客車への混載では1編成当たり40 - 100箱が限界だが、トラック運転手の残業規制が強化される「物流2024年問題」を前に、2023年6月16日には東北新幹線で編成中の3両を荷物専用車とした列車を新青森駅から大宮駅へ走らせる実証実験を行ない、定期運行化を視野に入れている。新幹線による貨物輸送拡大は国土交通省も推進しており、自治体や有識者からは北海道新幹線の札幌駅延伸後を想定して、一編成を丸ごと貨物列車とする「貨物新幹線」構想も提案されている。