上田バス
以前は独鈷(とっこ)温泉ふれあいセンター竜の湯(1992年6月開業)を経由していたが、2008年3月に閉鎖されたため、以後は通らなかった。 ※1回乗車200円。一日券500円。一日券は車内でのみ購入可。このほかに別所線上田駅の窓口でのみ、別所線の一日乗車券とバスの一日乗車券がセットになったものを発売していた。
上田城下線(2021年3月27日運行終了) 上田駅 - 城下駅 令和元年東日本台風で被災し、不通となった上田電鉄別所線の代行輸送を担う路線。 2019年10月15日 - 11月15日までは上田駅 - 下之郷駅間で、11月16日から2020年3月31日までは上田駅 - 城下駅間で電車代行バスという形で運行を行っていたが4月1日に路線化された。2021年3月28日に別所線が全線で運転再開したため役目を終えた。 城下駅で別所線との接続がとられていた。 料金は別所線と統一化されており、別所線上田駅の券売機または窓口で目的地までの切符を購入すれば、そのまま電車へ乗り換えが可能であった。 バスの運転手は料金は収受せず、城下駅にいる上田電鉄の係員が回収していた(城下駅が無人の時間帯は別所線車内の運賃箱へ入れる)。
信州上田医療センター線 上田駅 - 北上田 - 信州上田医療センター
塩田線(別所線) 信州上田医療センター - 上田駅 - 千曲高校 - 創造館前 - 神畑 - 川西病院 - 塩田町駅 - 新町 - 山田 - 別所温泉駅 - 別所温泉
西丸子線 下之郷駅 - 東塩田 - 富士山 - (下組 - )林間工業団地 - 原 - 御岳堂(みたけどう) - 河原町 - 丸子町駅 ※廃止された上田丸子電鉄西丸子線の代替路線にあたる。上田交通時代は西丸子までの運行だった。かつては一部が上田駅まで延伸運行していた他、一部は大学前を起終点としていた。 ※日曜・祝祭日及びお盆(8月13日 - 16日)、年末年始(12月31日 - 1月3日)は全便運休となる。
アリオ上田線 上田駅 - アリオ上田 100円均一。
久保林線(2016年10月1日運行開始) 上田駅 - イオン上田ショッピングセンター前 - 信濃国分寺駅前 - 久保林入口 - 久保林公民館前