距離行列法
距離行列法は特にUPGMAと近隣結合法において計算速度が速い。これは両者の手法が最小二乗法や最小進化法と異なり段階的に最小進化原理を適用しているゆえ、距離行列の計算が計算量の大部分を占めているためである。
距離行列法に共通する問題点には、形質状態の差異を距離情報に変換するため情報が喪失してしまう点が挙げられる。このため、異なる配列間で同じ進化距離になる場合もコンが得られる。また、進化モデルに基づく距離行列そのものの正確な推定が困難である、という問題もある。
距離行列法を実装する系統解析ソフトウェアにはMEGAがある。