ヴュルツブルク中央駅
ヴュルツブルク周辺の路線網では、DBレギオの地域部門であるDBレギオ・ウンターフランケン (DB Regio Unterfranken) と、ドイツ鉄道の独立子会社である西フランケン鉄道が、高頻度の鉄道輸送を提供している。6本のレギオナルエクスプレスの系統がヴュルツブルクと近隣の大都市、ニュルンベルク、シュトゥットガルト、フランクフルト・アム・マイン、エアフルトと直接結んでおり、また4本のレギオナルバーンの系統が行政管区内の都市の緊密な連絡を確保している。ドイツ鉄道は、かつてのジルバーリンク車両 (Silverring) から置き換えて、機関車牽引の列車を通勤輸送に使用している。牽引する機関車は、111型 (DB-Baureihe 111)、112型、143型 (DR-Baureihe 243) で、2006年半ばからは146.2型も使用されている。バンベルク経由のニュルンベルク方面への列車は、2階建て車両を146.2型が牽引している。
マインフランケン-テューリンゲンエクスプレス以外のすべてのレギオナルエクスプレスと、トロイヒトリンゲンおよびクライルスハイムへのレギオナルバーンは、ヴュルツブルク中央駅に毎時30分の数分前に到着し、毎時30分の数分後に出発する。これにより、長距離列車の2つの系統と周期的な接続関係を構成している。ゲミュンデン・アム・マイン方面のレギオナルバーンは、ICEの41系統フランクフルト方面と接続しており、毎正時の数分前に出発する。
開業以降、鉄道の需要は増加傾向にあった。資源が不足していたために急速な経済成長が妨げられていたが、新しい路線が建設されてヴュルツブルクは鉄道網のハブとなっていった。まず1861年から、ヴュルツブルクとアンスバッハを結ぶ90kmほどの路線が建設された。この路線はアンスバッハの町が自らの管理で建設したもので、ルートヴィヒ南北鉄道の通っているグンツェンハウゼンまで到達した。こうして1864年にヴュルツブルクからアウクスブルクやミュンヘンといった大都市への短絡路線が完成した。その1年後には、ロッテンドルフとフュルトを直結する路線が開通し、従来のバンベルクを経由する路線よりも短いことからルートヴィヒ西部鉄道はこちらの経路を好むようになった。同時に、従来のバンベルクへの経路と線路を共用する、ヴュルツブルク - ロッテンドルフ間が複線化された。1866年に、ヴュルツブルクへの鉄道路線としては最後となる、オーデンヴァルト鉄道 (Odenwaldbahn) が営業を開始した。これはその当時はバイエルン領であったラインプファルツ地方をバイエルンの鉄道網とつなぐためにバイエルン王国の要求で建設されたもので、ヴュルツブルクからオスターブルケンとモースバッハを通ってハイデルベルクへと通じていた。