直行便
JR東日本の運営する上越新幹線では、東京駅 - 新潟駅間をノンストップで走る「とき」が1往復(「Maxとき313号」・「Maxとき314号」)運行されていたが、2013年(平成25年)3月の改正で消滅した。また、北陸新幹線の「あさま」で東京駅 - 長野駅間ノンストップのものが設定されていたが、2002年(平成14年)12月の改正で消滅した。
JR九州の運営する九州新幹線では、速達タイプの「つばめ」のうち、部分開業区間の新八代駅 - 鹿児島中央駅間を無停車で走るノンストップ列車が1往復(「つばめ1号」・「つばめ18号」)運行されていた。これは2011年3月、同路線の全線開業によって消滅した。
JR東海の運営する東海道新幹線では、1990年3月10日改正から2003年10月1日改正前日まで、東京駅22時発で名古屋駅行のノンストップ列車が設定されていた。1994年12月3日改正前日までは「ひかり」、同改正以降は「のぞみ」で、原則として土曜・休日運休であった。なお、東京駅 - 名古屋駅間のみ運行のノンストップ「ひかり」 は、これ以前にも1966 - 1968年頃に設定されていたことがある。