大雪丸 (初代)
しかし、終戦後、生き残った2隻の車両渡船は、まず第七青函丸が 1945年(昭和20年)8月30日、函館港北防波堤に衝突して入渠休航となり、その復帰した同年11月28日に、今度は第八青函丸が青森第1岸壁で、ヒーリング操作不調でその場に沈座してしまい、長期の休航となってしまった。この間、終戦時にはほぼ完成していた第十一青函丸が、1945年(昭和20年)10月9日就航したものの、貨車航送能力不足は歴然としていた。
これに不満を持った進駐軍は、1945年(昭和20年)12月24日、貸与したLST(戦車揚陸艦)を車両渡船に改造するよう命令し、1946年(昭和21年)3月31日から2隻のLST改造車両渡船による貨車航送が開始された。しかし期待通りの結果は得られず、青函航路の貨車航送能力は低迷したままで、北海道に駐留するアメリカ軍自身の物資輸送にも支障をきたすところとなった。
車載客船全4隻喪失による旅客輸送力不足も深刻で、多くの傭船や他航路の連絡船を使用していたが、青森桟橋で沈座し、修復中であった第八青函丸では、旅客輸送力増強への即応対策として、船橋楼甲板の本来の甲板室の前後に木造の旅客用甲板室を造設し、客載車両渡船(デッキハウス船)として1946年(昭和21年)5月、復帰した。また当時建造中であった第十二青函丸と石狩丸(初代)では、鋼製の同様の甲板室を造設し、同年5月と7月に就航し、既に就航中であった第十一青函丸では同年9月に、第七青函丸では1947年(昭和22年)9月に、それぞれ同様の鋼製甲板室が造設された。さらに1947年(昭和22年)1月には、空襲で野内沖に擱座していた第六青函丸でも、修復工事の際、鋼製甲板室が造設された。