正中の変
後醍醐がてっきり「陳謝」するのだろうと思っていた花園は、内容に驚いたという。
事件発生当時、鎌倉には邦良親王派の六条有忠が駐在していたが(『花園天皇日記』同年8月26日条)、有忠は10月13日に京都に帰還して、邦良に「御吉事」を伝え、まもなく幕府の使者が上京して正式な方針を発表するだろうと告げた(『花園天皇日記』同日条)。河内祥輔の推測によれば、9月下旬から10月上旬(有忠が鎌倉を出る時まで)には、幕府は後醍醐退位・邦良即位の方向で決まりかけていたのではないかという。
ところが、10月22日、後醍醐側近の宣房が京都に帰還しすると、事件の流れは大きく変わった(『花園天皇日記』同日条・30日条)。宣房が持ち帰った結果は、後醍醐への処分は「無為」という幕府の裁定だった。
河内は以下のように主張する。そもそも後醍醐謀反の証拠は、土岐頼員の密告以外には存在せず、六波羅はその検証を後回しにして京や幕府に広めてしまった。謀反が真なら、後醍醐退位は大覚寺統邦良派と持明院統の両方に望まれていることであるから、幕府は遠慮なく後醍醐を処分したはずである。そうならなかったのは、幕府が事件後に十分な検証をした結果、後醍醐の謀反は本当に冤罪であると認定したためであろう、という。
したがって、「元亨甲子の九月のすえつかた、やうやう事あらはれにしかども」の部分は後宇多崩御の直後に繋げるしかないが、そうすると今度は「後醍醐が幕府に敵意を持った」という記述が倒幕運動である(と親房が考える)正中元年事件の後になってしまい、親房の論理は矛盾してしまう。よって、『神皇正統記』によって、正中元年事件を倒幕計画と考えることはできないという。
親房は後醍醐が討幕を目指した理由について「皇位継承問題」説を取っている訳だが、上記に述べたように、これは正中の変討幕説とは時系列に相容れない。逆に言えば、正中の変討幕説は疑わしいので、後に後醍醐が討幕を目指した理由の一つが、親房の言う通り「皇位継承問題」である可能性は高くなってくる、と河内は主張する。
親房がなぜ正中事件討幕説を書いたのか不可解だが、河内は想像ではあるがとしつつも、後醍醐天皇が元弘の乱で討幕に成功した後に、後醍醐自身が実は正中の変も討幕運動だったというような(事実と異なる)発言を親房にしたのではないだろうか、と推測している。
第一に、元応2年(1320年)説と正中元年(1324年)説は、正中元年事件が討幕計画であることを前提の一つとしているため、討幕説そのものを論じる時にはその信頼性が揺らぐことになる。第二に、これらの全ての説が、作者が吉田定房であることを前提としている。
村井章介の元応2年(1320年)説と佐藤進一の正中元年(1324年)説は、第8条の「革命の今時」という文言について、それぞれ辛酉革命と甲子革令(これらの干支の年には王朝を揺るがす事件が起きるという当時の迷信(讖緯説))を充てたものである。しかし、河内は、これは考えすぎであり、ここでいう「革命」は「国家草創」という以上の意味はないであろう、としている。
作者定房説は小野壽人・松本周二・村田正志らによって提示されたのが始まりであるが、その根拠は『吉口伝』に、定房は後醍醐天皇の「陰謀」を度々諌め、直言を何度も上げた忠臣であった等々と書かれており、奏上覚書の内容と一致することや、「草創の事」といった言い回しが類似している点が挙げられる。しかし、河内は、『吉口伝』は定房が作者の「候補」である有力な論拠にはなるとしても、他にも直言を上げる家臣がいた中で、なぜ特に定房のみに限定されなければならないのか疑問を呈した。