2018年に発覚した医学部不正入試問題
2019年5月20日、大学の公式サイトで2019年度の医学科の一般入試の合格率を発表。男子16.9%、女子16.7%と合格率がほぼ同じになったことを公表した。不正が発覚した2018年度は男子の合格率が女子の3倍になっていた。
2020年
2020年7月25日、元理事長に対し東京国税庁が、2014年~2018年の5年間で「医学部入試で有利な取り計らいを依頼された受験生の親などから個人的に受け取った謝礼」約1億円について申告漏れを指摘したことが明らかになった。
2022年
性別や年齢を理由とした不当な差別で不合格にされたとして、元受験生の女性が東京医科大、昭和大、順天堂大の3大学に計約3600万円の損害賠償を求めた訴訟について、女性と東京医科大学で2022年3月25日付けで和解が成立。大学側は「公正な入試だったとは認めがたい」などとして女性に謝罪、和解内容には「再発防止の徹底を図るとする」という内容も盛り込まれた。
9月9日、東京地裁は集団訴訟を起こした元受験生27人について、受験費用や慰謝料として計約1826万円を賠償するよう大学に命じた。
2023年
5月30日、東京高裁は控訴審判決で、一審・東京地裁判決を一部変更し、本来合格だった4人を不合格としたことへの慰謝料を一審の150万円から200万~300万円に増額。控訴した16人中15人に受験費用や慰謝料など計約2085万円を支払うよう同大に命じ、1人は時効を理由に控訴を棄却した。
2018年11月22日、神戸大学は兵庫県出身者が受験できる医学部推薦入試の地域特別枠で、募集要項に明記せずに過疎地域出身者に有利な配点をしていたと発表した。100点満点の書類審査において、出身地域ごとに最大25点を段階的に配点していた。出身高校の所在地や保護者の居住地が医師が少ない地域だった場合は最大25点が得られ、都市部出身者は0点になる仕組みだった。地域別配点は2015年度入試から2018年度入試まで4年間行われていた。これを受けて同日、柴山昌彦文部科学大臣(当時)は、報道陣の取材に応じ、「国立大である神戸大で不適切な事案が判明したことは大変遺憾だ」と述べた。
2018年12月27日、神戸大学は得点調整をして不合格となった2人を追加合格にしたと発表した。2人のうち1人は他大学に進学しており、入学を辞退した。