ロドコッカス属
16S rRNAの解析から、コリネバクテリウム属、ノカルディア属、マイコバクテリウム属と密接に関係する。
ロドコッカス属の分類は古くから困難であるとされていた。現在、主流である遺伝学による分類手法はこの属の場合において容易ではない。理由の一つとして、ロドコッカス属のゲノムでは頻繁に遺伝的組換えが起こる。また、ゲノムは多くの線形プラスミドを含み、Rhodococcus fasciansでは非相同組換えが確認されている。そのためゲノム配列は不安定であり、ゲノム配列による分類が困難である。ただし、ロドコッカス属では遺伝子転移は稀である。上記のほか、ゲノムが不安定である理由の一つとして、遺伝的組換えによる異種の遺伝子の受け入れが容易であることが示唆されている。また、ロドコッカス属には反復性細胞壁があり、核酸の抽出を困難にする。
形態学による分類はさらに困難を極める。ロドコッカス属は多型性であるためである。例えば、増殖の対数期では細胞の形状は繊維状または短い桿状で、静止期では球状となる傾向がある。多型性は、選択の際に突然変異体を分離することを困難にする。
ロドコッカス属と放線菌綱の他の属との近縁関係を下図に示す。
Rhodococcus opacus Klatte et al. 1995, sp. nov.
Rhodococcus percolatus Briglia et al. 1996, sp. nov.
Rhodococcus phenolicus RehfussとUrban 2006, sp. nov.
Rhodococcus pyridinivorans Yoon et al. 2000, sp. nov.
Rhodococcus qingshengii Xu et al. 2007, sp. nov.
Rhodococcus rhodnii GoodfellowとAlderson 1979 (Approved Lists 1980), species. (synonym: Nocardia rhodnii(英語版))
Rhodococcus rhodochrous (Zopf 1891) Tsukamura 1974 (Approved Lists 1980), species.
Rhodococcus roseus (ex Grotenfelt 1889) Tsukamura et al. 1991, sp. nov., nom. rev.
Rhodococcus ruber (Kruse 1896) GoodfellowとAlderson 1977 (Approved Lists 1980), species. (synonym: Streptothrix rubra(英語版) Kruse, 1896)