X-49 ナイトレーベン
ジオペリアはAI制御による無人航空機であるためこの様な問題はないが、無人航空機の開発は未だ発展途上である上、情報ネットワークが非常に発達した2040年代では、両機ともハッキングの危険性が常に存在する。エアロコフィンに搭載されているデータースワローが、エレクトロスフィアとリンクしているのもそれらに拍車をかけている。ゲーム中でもナイトレーベンに対してハッキングを行い、パイロットの記憶の消去を行って操縦不能にする場面が有るほか、ジオペリアもハッキングされる場面がある。
このようにハッキングは、ナイトレーベン・ジオペリア双方にとって深刻な問題である。加えて、ナイトレーベンではパイロットの中枢神経と機体が人工神経網で深く結合しており、ハッキング等による機体への侵食がパイロットの精神に悪影響を与える可能性がある。重度の侵食の場合、記憶障害や精神崩壊を引き起こしかねない問題である。ナイトレーベン、ジオペリア共にハッキングに対する抵抗性を有してはいるが、損傷によって機能不全に陥った場合はこの限りではない。