ゴート戦争
だが、東ローマ軍の接近を知ったウィティギスは優勢な敵軍に包囲されることを避けるべく急ぎラヴェンナへ撤退した。
アリミヌムでの無血勝利はベリサリウスに対するナルセスの立場を強化し、ヨハネスを含む多くの多くの将軍たちがナルセスの側に付いた。アリミヌム救援後の軍議で、この不和は顕在化する。ベリサリウスが背後にあるアウクシウム(Auximum:現在のオージモ)の東ゴート軍を制圧して包囲されているメディオラヌム (en) (Mediolanum:現在のミラノ)を救援する作戦を主張したのに対して、ナルセスはアエミリア(Aemilia)での軍事行動を含む、やや兵力を分散させる作戦を主張した。ベリサリウスはことを完全な決裂に至らせることはせず、ナルセス、ヨハネスとともにウルウィヌム(Urbinum:現在のウルビーノ)へ進軍することとした。二派の軍隊は別々に野営するようになり、すぐにナルセスはウルウィヌムは要害堅固かつ十分な補給もあると考え至り、野営地を引き払いアリミヌムへと向かってしまった。ここから彼はヨハネスをアエミリアへ派遣し、同地を容易に制圧した。一方、ベリサリウスは町の唯一の水源の枯渇という幸運もあり、ほどなくしてウルウィヌムを陥落させる。何れにせよイタリアの東ローマ軍は二人の司令官に従うことになり、この不和はメディオラヌム救援失敗という悲劇的な結果をもたらすことになる。
この戦争は数世紀に渡りイタリアに悪影響を与え、戦闘の多くが都市包囲戦だったために都市中枢部の放棄と後背地への移動が促され、5世紀から始まっていた都市部の衰退と農村化のプロセスが完了することになる。
568年のランゴバルド族の侵入では、半島全域に略奪と破壊が広まり、歴史家ラヴェニャーニは「ゴート戦争にも劣らぬものであった」と述べている。ランゴバルド族は勝者の権利として、ローマ人たちを過酷に扱い、ランゴバルド族からの災厄を避けるために沼沢地に避難した人々がヴェネツィアをつくったとされる。しかしながら、アウタリの時代にランゴバルド族統治下のローマ人の扱いは改善し、リウトプランドの時代にほぼローマ化され、蛮族の風習は放棄されてローマ的な生活が採用されるようになった。ランゴバルド族統治下の8世紀頃には人口と経済面での回復の兆しが現れ、9世紀のカロリング時代に一応の復興が見られるようになり始めるが、完全な復興は11世紀のコムーネ(自治都市)の勃興まで待たねばならない。
ペルシャとの5年間の休戦が成立したことにより、544年にベリサリウスが200隻の艦隊を率いてイタリアに復帰したが、イタリアの状況は彼がいた頃とは全く変わっていた。帝国は未だ軍の主力を対ペルシャ戦線に投じなければならなかったため、ベリサリウスは不十分な戦力しか持つことができず、また陰謀の嫌疑を受けて一時失脚させられた身でもあったので軍司令官の職も与えられず、自前で兵士を集めねばならなかった。彼はオトラントとオシモを占領したが、兵力も資金も不足しており、コンスタンティノープルのユスティニアヌス帝に援助を懇願する手紙を送ったが、皇帝に黙殺されている。ベリサリウスは兵力不足のままローマ付近のポルトに進出した。
ローマは545年末からトーティラにより包囲されており、ベリサリウスはローマの救援を試みたがヨハネス将軍との意見の不一致もあって成功せず、546年12月に給与不払いに不満を持ったイサウリア人の裏切りにより東ゴート軍の手に落ちてしまった(ローマ略奪)。トーティラは原状復帰を条件とする和平をユスティニアヌス帝に提案したが、皇帝はこれを拒否した。和平を拒絶されたトーティラはローマの城壁を破壊して南イタリアへと兵を進めた。