第十二号掃海艇 (2代)
三瓶寅三郎 少佐:1939年8月15日 - 1939年10月20日
種子島洋二 大尉:1939年10月20日 - 1940年5月1日
(兼)福山強 大尉:1940年10月15日 - 1940年11月1日
村上忠臣 大尉:1940年11月1日 - 1940年11月20日
瀬川岩雄 予備大尉:1940年11月20日 - 1941年5月1日
羽生秀一 予備大尉:1941年5月1日 -
1月14日にモルッカ海で潜水艦30隻発見との報告があり、第十五、十六駆逐隊と第二十一掃海隊による掃討が行われたが何も見つからず、潜水艦発見の報告の大半は鯨を誤認したものとされた。
1月21日よりケンダリー攻略作戦が行われ、第二十一掃海隊も参加した。攻略部隊は1月21日にバンカ泊地から出撃し、1月24日に上陸が行われた。
次いでアンボン攻略に参加。第二十一掃海隊は第十五駆逐隊第一小隊とともに1942年1月28日にケンダリーより出発し、1月30日に攻略船団に合流。1月30日から31日の夜に船団は目的地に到着し、上陸が行われた。2月2日、第二十一掃海隊によるアンボン湾の掃海が開始されたが、「第十一号掃海艇」と「第十二号掃海艇」の防雷具展開器に機雷が触れて爆発し2隻とも航行不能となった。その後さらに「第九号掃海艇」が触雷して沈没した。
同年3月10日、第二南遣艦隊第二十一特別根拠地隊に編入。その後、スラバヤ方面で船団護衛に従事。5月には小スンダ列島戡定作戦に参加している。同年8月12日、スラバヤに入港し応急工事を行い、同月24日に完了。その後、スラバヤからマニラまで船団護衛に従事し、同年8月16日、佐世保に帰投し入渠修理を実施。同年10月24日に出渠。同年11月14日、スラバヤに入港。その後、スラバヤを拠点に船団護衛に従事。
1945年(昭和20年)4月2日、スラバヤを出港しチモール島へ輸送任務に従事。同年4月5日、フローレス島西岸沖でアメリカ海軍潜水艦・ベスゴの雷撃により撃沈。同年5月25日に除籍。