アッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道
シカゴアン(英語版): カンザスシティ - シカゴ(カンザスシティアンに対応する東行き列車)
シカゴ・エクスプレス (Chicago Express): カンザス州ニュートン(英語版) - シカゴ
シカゴ・ファースト・メール (Chicago Fast Mail): サンフランシスコ - ロサンゼルス - シカゴ
シカゴ-カンザスシティ・フライヤー (Chicago-Kansas City Flyer): シカゴ - カンザスシティ
チーフ: シカゴ - ロサンゼルス
イースタン・エクスプレス: テキサス州ラボック - テキサス州アマリロ(ウェスト・テキサス・エクスプレスに対応する東行き列車)
エル・キャピタン: シカゴ - ロサンゼルス
エルパソアン (El Pasoan): テキサス州エルパソ - ニューメキシコ州アルバカーキ
エル・トーバー (El Tovar): ロサンゼルス - シカゴ(ベレン経由)
ファーゴ・ファースト・メール/エクスプレス (Fargo Fast Mail/Express): ニューメキシコ州ベレン(英語版) - テキサス州アマリロ - カンザスシティ - シカゴ
ファースト・フィフティーン (Fast Fifteen): カンザス州ニュートン - テキサス州ガルベストン
ファースト・メール・エクスプレス (Fast Mail Express): サンフランシスコ - シカゴ(ロサンゼルス経由)
ゴールデン・ゲート: カリフォルニア州オークランド - カリフォルニア州ベーカーズフィールド(ロサンゼルスおよびサンフランシスコへの連絡バスの運行があった)
FP45型の残りの6両はそれ以降同様に塗りなおされ改番された。これ以降、新しい機関車は赤と銀に塗られ、バーリントン・ノーザン・サンタフェ鉄道となった合併以降も多くがこれを維持した。中にはBNSFと側面に表示したものもある。
「スーパー・フリート」用車両の初期の納入では、EMD GP60、GE Dash 8-40BWなどを受領し、アメリカの一級鉄道の中では唯一新しい4軸貨物機関車でノース・アメリカン・セーフティ・キャブを搭載したものを運行している。これらの機関車は高速インターモーダル輸送用に使用することを計画しているが、アッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道の最後の時期には一般運用や支線運用に用いられていることもあった。
681号機関車、テキサス州シーリー、2001年6月
ディーゼル機関車になってからの間に、いくつかの実験的・記念用の塗装パターンがあった。1つは、1984年にアッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道とサザン・パシフィック鉄道の親会社同士が合併することを予定して開発され、一部で適用されたものであった。赤・黄・黒の塗装で大きな赤い文字で側面にSFと描かれた、提案されていたサザン・パシフィック・サンタフェ鉄道 (SPSF) の塗装は、コダックから発売されていたフィルム「コダクローム」の箱に似ていたことから、コダクローム塗装と鉄道ファンに呼ばれた。鉄道ファンの間でよく言われたジョークとしては、SPSFは「そんなに早く塗り替えるべきではなかった」(Shouldn't Paint So Fast) の略であるというものがある。州際通商委員会によってその後合併は認可されなかったものの、この塗装を施された機関車はまだ時折リースなどで見ることができる。
ロッキー山脈を越える路線の建設は、それに関わる物資補給の問題から遅々として難しかった。場合によっては競合者との武装闘争も発生した。コロラド州やニューメキシコ州においてはデンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道と、そしてラトン峠を制した後はアリゾナ州やカリフォルニア州においてサザン・パシフィック鉄道と抗争があった。サザン・パシフィック鉄道と、サンタフェ鉄道の子会社であるカリフォルニア・サザン鉄道(英語版)の間で1883年9月にカリフォルニア州コルトン(英語版)で繰り広げられたフロッグ・ウォー(英語版)(線路の交差を巡って繰り広げられる争い)に代表される。しかしこの鉄道とライバル鉄道の問題は小競り合いの域をはるかに超えた。1880年代末、サンタフェ鉄道で働いてきて会長へと上り詰めたジョージ・マグーン(英語版)は、次第に健康が衰えつつあった。1899年には会長の継承問題への世間の関心と密接にリンクしていた株価は1株あたり140ドルほどから20ドルほどまで落ち込んだ。マグーンの健康は株価と共に衰え続け、1893年12月20日に亡くなった。サンタフェ鉄道はその3日後、12月23日に倒産し、ジョセフ・ラインハート(英語版)、ジョン・ジェームズ・マクック(英語版)、ジョゼフ・ウィルソン (Joseph Wilson) が破産管財人として指名された。ユニオン・パシフィック鉄道もまたライバルであったが、サザン・パシフィック鉄道ほどではなかった。ユニオン・パシフィック鉄道もまた西部において鉄道網を拡張しており、ロッキー山脈の北部に路線を持っていた。