大寧寺の変
天文14年(1545年)5月になると険悪関係は深刻度を増し、武任は剃髪をして義隆の側を去り、肥後の本家を頼って下向した。隆房らの巻き返しを受けての武任ら文治派の失脚の影響と言われる。しかし、天文17年(1548年)には義隆の要請を受け大内家に再出仕した。この頃、豊前守護代である重臣の杉重矩が不穏な動きをする隆房について義隆に進言したが、聞き入れられなかったとされる(相良武任申状)。
天文18年(1549年)2〜5月に、大内氏と毛利氏の同盟を強化するための義隆の計らいで、元就が息子たちを連れて山口を訪れて義隆に謁見する。しかし、毛利に近づくための陶の招きとも言われており(相良武任申状)、隆房の嫡男・陶長房を通じて密書のやりとりがあったとも言われる。また、この長期の滞在の間に隆房と吉川元春は義兄弟の契りを結んだ。
天文19年(1550年)になると、武任と隆房との対立が決定的となり、武任暗殺まで謀られるに至るが、事前に察知した武任は義隆に密告して難を逃れた。しかし、隆房が謀反を起こすという伝聞が流れるまでになり、義隆の側近である冷泉隆豊が義隆に隆房の誅殺を進言するほどだった。武任は美貌で評判だった自分の娘を隆房の子・長房に嫁がせることで和睦を図ろうとしたが、隆房が家柄の違いを理由に縁談を拒否したことから融和案は決裂した。
渋川氏は室町時代から代々九州探題を世襲してきたが、通説では足利義教の時代には衰退したと解されている。しかし、実際には外交・国防上の問題で、博多への影響力を残して起きたい室町幕府と大内氏・大友氏の3者の政治的なバランスの下に存続し続け、明応の政変から永正の錯乱にかけての室町幕府の分裂期には渋川氏も分裂し、大内氏と大友氏が互いに探題を擁立している状態であった。天文年間には大内義隆が擁立した渋川義基が九州探題の地位に就き、大友義鑑はこれを否認している状況であった。しかし、二階崩れの変で義鑑が暗殺され、大寧寺の変で義隆が戦死した結果、大内氏と大友氏の和解と同盟が成立したことで、渋川氏の九州探題を必要とはしなくなった。その結果、天文23年(1554年)に大友義鎮が九州探題との兼ね合いで設置されていなかった肥前守護に補任され、翌24年(弘治元年/1555年)には大内義長の命を受けた弘中隆兼が探題領であった筑前国早良郡姪浜を接収、永禄2年には大友義鎮が九州探題に任命され、同時に大内義長の滅亡後空席とされてきた大内家家督の継承を命じられている。この結果、九州探題としての渋川氏は姿を消す(庶流は小城藩家臣として存続した)。