ダライ・ラマ5世
一方、遠く中国の歴史も動いていた。ダライ・ラマ5世が幼い頃、中国では明が政権を握っていたが、その北方ではヌルハチが率いる満洲民族が力を付けていた。満洲民族は西のモンゴル高原諸勢力を次々と従え、ホンタイジが1636年に清を建国、1637年には李氏朝鮮を従え、1644年には中国を従えた。この時の清の皇帝は順治帝であった。チベットもこの新興勢力に無関心であったわけではない。当時はまだダライ・ラマ政権が確立する前であり、1640年代、ダライ・ラマ5世を始めとするチベットの有力勢力が、清の支援を受けるべくそれぞれ使者を送っている。
満洲民族はシャマニズムと同時にチベット仏教を奉ずる民族であり、清王室の信仰としてもチベット仏教は大事であったが、清が従えているモンゴル高原諸勢力も深くチベット仏教を信じており、彼らの懐柔のためにもチベット仏教の管理は重要であった。そこで順治帝は何度もダライ・ラマ5世に首都北京に出てくるよう言い、1650年には清から贈り物を添えた代表団が派遣されている。しかしこの頃にはダライ・ラマ5世の権力はほぼ確立しており、清を無理に訪問する理由はなく、しばらくは断り続けた。1652年にようやくダライ・ラマ5世は北京を訪れた。このとき順治帝は、異民族への待遇としては異例なことに、自ら北京から数日の距離まで出向いてダライ・ラマ5世を迎えている。
この際、順治帝はダライ・ラマ5世に対して改めてダライ・ラマの称号を贈り、ダライ・ラマ5世は順治帝に文殊皇帝の称号を与えている。このとき、ダライ・ラマ5世が清朝皇帝に従属したか、それとも両者対等の対面であったのかは、現代でもよく議論にされる。当時の清朝側とチベット側の記録にすでに認識の食い違いが見られる。
グーシ・ハーンの後を継いだ息子はチベットへの関心が薄く、実力も父ほどにはなかったので、チベットに自分の代理として摂政を立てたが、次第にモンゴル諸勢力の影響力は落ちていった。
1659年にツァンで、1670年にカムで反乱があったが、これらもすぐにダライ・ラマ側によって鎮圧された。
グーシ・ハーンの孫ガルダンが1671年にジュンガルを制すると、ダライ・ラマ5世はガルダンにホンタイジの位を授け、さらにガルダンが1676年にオイラト全体の支配権を持つとハーンと認定した。
清の順治帝の時代に清軍を中国に引き入れた功で雲南で貴族となっていた漢人呉三桂は、1674年に次代の康熙帝と対立して戦争になった。ダライ・ラマ5世はその前から呉三桂と交流していたこともあり、清に呉三桂をとりなしたり、戦争中に呉三桂と手紙のやり取りをしていたことなどから、清と若干のわだかまりが生じている。
1679年、ダライ・ラマ5世はサンギェ・ギャツォ(英語版)(当時数え27歳)を執政に任命した。同年、ラダックと4年にわたる戦争が始まっている。
1682年、ダライ・ラマ5世は60歳で死去。