雑賀衆
ところが信長と協力関係にあった守護河内畠山家の没落によって、本願寺を救援したい雑賀門徒と足利義昭の京都復帰を支持する非真宗門徒の思惑の一致の中で雑賀衆の本願寺支援が本格化していき、雑賀荘・十ヶ郷を中心に鈴木氏ら真宗門徒に土橋氏ら非門徒を巻き込んだ反信長連合と言う形で「雑賀一向一揆」と呼ぶべき新たな一揆が形成された(一揆内一揆の発生)。一方で、依然としてこの動きに反対する者もおり、惣国一揆としての雑賀衆としての団結に揺らぎが生じていくことになる。第一次紀伊征伐は実際には織田軍と雑賀一向一揆の戦いであり、雑賀衆でも彼らと距離を置いていた中郷(中川郷)・南郷(三上郷)・宮郷(社家郷)が織田方についたのは当然の流れであった。だが、その後の鈴木孫一・土橋守重や三郷の門徒らによる一向一揆の反撃で南郷は陥落し、雑賀衆の実権は鈴木・土橋ら一向一揆の指導者に握られる。だが、雑賀衆の一揆が持つ統制機能が失われ、石山戦争終結後の対織田政策において本願寺の意向に従って和解を図る門徒系の鈴木氏と足利義昭を支持して抵抗を続けようとする非門徒系の土橋氏の対立が深まると、一向一揆の分裂を招き、雑賀衆は解体に向かう事になった。
武内は「雑賀一揆は信長側で出陣したことはあっても、組織全体として本願寺のために参戦した事実は、一切確認できない」と結論づけている。
文禄・慶長の役の際、加藤清正の配下として朝鮮に渡ったものの、朝鮮軍に投降して日本軍と戦ったとされる沙也可、朝鮮名を金忠善(キム・チュンソン、ハングル表記:김충선)と呼ばれる人物が雑賀衆の人物であるという説がある。小説などではよく取り上げられる説であるが、根拠としては雑賀(サイカ)が訛って朝鮮読みの사야카(サヤカ)と伝わったという説や、雑賀衆は文禄・慶長の役の戦列に加わっており、銃砲技術を精通している集団に属し、秀吉方に叛意がある倭人であることから、この説が浮上したと見られる。他にも日本の史料に鈴木善之という人物が雑賀衆に存在していた記録が残されており、善之が沙也可だと仮定すると金忠善の名は、善之から取った可能性も示唆されている。あざなとして「善之」を名乗っていることが確認できている。