ザ・トゥナイト・ショー・ウィズ・ジェイ・レノ
2000年9月、カリフォルニア州の電力不足により『ザ・トゥナイト・ショー・アンプラグド』と題し、暗闇の中でろうそくと懐中電灯のみで放送した。
2001年9月11日に起こったアメリカ同時多発テロ事件の後、他の番組同様1週間放送を見合わせた。事件後初の放送では通常のオープニング・クレジット無しでアメリカの国旗を映した静かなオープニングで始まった。レノはこの事件で亡くなった人々および消防士、警察官、救急隊へのトリビュートを捧げた。レノはいつも通り政治を風刺すべきか自問したが、世界中が震撼するニュース報道の合間にひと時の休憩になることを望んだ。ジョン・マケイン議員およびバンドのクロスビー、スティルズ、ナッシュがゲスト出演した。またレノはこの事件の被害者支援組織のサポートのためのオークションを開催し、セレブリティにハーレーダビッドソンにサインを書いてもらい、自身も放送時間内にサインをして出品した。事件からしばらく経ち、オープニングでの音楽ゲストの紹介とレノの挨拶の間に大きな国旗が映し出されるようになった。
2003年5月12日、レノとケイティ・クーリックはそれぞれの役割を交替し、レノが『トゥデイ』、クーリックが『ザ・トゥナイト・ショー』の司会を務めた。レノがゲスト司会者を迎えたのはこの1回きりである。この日のゲストはマイク・マイヤーズとサイモン・コーウェルであった。
2003年8月6日、俳優のアーノルド・シュワルツェネッガーが出演し、グレイ・デイヴィス知事に対抗しリコール選挙に出馬することを表明した。10月7日、シュワルツェネッガーが当選した。
2005年1月24日、前日に亡くなった先代司会者ジョニー・カーソンの追悼特別放送を行なった。
1992年から1995年、ブランフォード・マルサリスがバンドリーダーを務めていたが、番組での自分の役割に不満を持ち降板した。マルサリスのバンドのギター奏者であったケヴィン・ユーバンクスが次期バンドリーダーとなり、『ザ・トゥナイト・ショー』および『ジェイ・レノ・ショー』に出演していたが、2010年に個人的理由により降板した。『アメリカン・アイドル』の元音楽監督であるリッキー・マイナーがユーバンクスの後任に就任した。