アエギュプトゥスのキリスト教化
その後は、キリスト単性論者が堂々と考えを主張するようになるなど、支配半分裂状態となった。しかも、そこには敵が控えており、それが正統カリフの王国であった。攻撃を繰り返して遂に東に追い詰め、遂に落させて入城し、東ローマ兵をギリシアへと引き上げさせることに成功した。7世紀以降のイスラーム化を経てエジプト固有の風土は薄れ、大きく変貌することとなった。その時代の主な首都はテーベでもなくアレクサンドリアでもなくカイロだった。
後にイスラーム王朝であるファーティマ朝、トゥールーン朝、アイユーブ朝、マムルーク朝の中心地としての役割をアエギュプトゥスは果たし、15世紀にはエジプトはオスマン帝国の支配下に入った。