桜田門外の変
桜田門外の変の襲撃者らが幕吏から大方処分されるのを見届けた薩摩藩側では、2年後の文久2年(1862年)3月16日に島津久光が藩兵を率いて鹿児島城下を発し、4月13日に入京した。さらに久光は勅使・大原重徳を擁して6月7日に薩摩藩兵と共に江戸へ入り、幕政の刷新を要求した。これを受けて幕府は御三卿・一橋慶喜を将軍後見職、前福井藩主・松平春嶽を政事総裁職に任命、春嶽の主導で直弼政権の清算を図った(文久の改革)。末期の直弼政権を支え、直弼の死後に幕閣をまとめた老中・安藤信正は、同年初めの坂下門外の変では負傷で済んでいたが、この改革で久世広周と共に老中を罷免された。また、彦根藩は幕府より石高を30万石から20万石に減らされ、さらに5万石の預地も没収され、藩主の京都守護の家職を剥奪され、会津藩主・松平容保が代わりに京都守護職へ充てられた。これに先立って、彦根藩は直弼の腹心だった彦根藩士・長野主膳と同藩士・宇津木景福を切腹より重い重罰であった斬首・打ち捨てに処したが、結局のところ減封を免れることはできなかった。
慶応2年(1866年)6月7日、第二次長州征伐で、彦根藩士510名は赤備えを着て幕府方で出陣した。彼らは鎧が夜間でも目立つことが却って仇となり長州方の遊撃隊から狙撃され、大敗を喫した。慶応4年(1868年)1月3日から6日、鳥羽・伏見の戦いでは譜代筆頭として、藩主・井伊直憲率いる彦根藩は幕府軍の先鋒を務めていたが、翻って新政府軍に付いた。彦根藩はその後も薩摩藩兵と共に東寺や大津を守備するなど、倒幕の姿勢を示した。
蓮田一五郎は、細川家から、膳所藩・本多家へ預けかえられた。蓮田には絵を描く才能があったため、細川邸にて事変の詳細を描いた。取り調べの後、文久元年(1861年)7月26日、伝馬町獄舎で幕吏により斬首された。
大関和七郎・森五六郎・杉山弥一郎・森山繁之介の4名は、熊本藩主・細川斉護邸へ趣意書を提出し自訴した。大関・森・杉山は負傷しており、森山は戦闘に参加したが無傷であった。大関和七郎は、富山藩・前田家、続いて豊岡藩・京極家へ預け替えられた。森五六郎は、臼杵藩・稲葉家、さらに大和小泉藩・片桐家へ預け替えられた。森が稲葉家家臣らへ語った記録は、『森五六三郎物語』と呼ばれている。杉山弥一郎は、村松藩・堀家に預け替えられた。森山繁之介は、一関藩・田村家、さらに足利藩・戸田家へ移された。大関・森・杉山・森山の4名とも、取り調べの後、文久元年(1861年)7月26日、伝馬町獄舎で幕吏により斬首された。
かくして襲撃の戦闘に参加した16名のうち,1名が闘死、4名が自刃、8名が自訴した。残る3名(広木松之介・増子金八・海後磋磯之介)は大きな負傷なく現場を脱し、戦闘不参加の関鉄之介・岡部三十郎や協力者とともに、計画通り京を目指した。
しかし、幕府の探索の手も拡がり、襲撃計画の首謀者である水戸浪士・金子孫二郎は薩摩浪士・有村雄助、水戸浪士・佐藤鉄三郎らと共に京へ向かったが、途上、3月9日に伊勢・四日市の旅籠で薩摩藩兵により捕縛された。金子孫二郎と佐藤鉄三郎は伏見奉行所に引き渡されて、24日江戸へ護送された。取り調べの後、金子は文久元年(1861年)7月26日、伝馬町獄舎で幕吏により斬首された。
襲撃により、藩主である直弼以外に8名が死亡し(即死者4名、重傷を負い数日中に死亡した者4名)、他に5名が重軽傷を負った。藩邸では水戸藩に仇討ちをかけるべきとの声もあったが、家老・岡本半介が叱責して阻止した。死亡者の家には跡目相続が認められたが、事変から2年後の文久2年(1862年)に、直弼の護衛に失敗し家名を辱めたとして、生存者に対する処分が下された。草刈鍬五郎など重傷者は減知の上、藩領だった下野国佐野(栃木県佐野市)へ流され揚屋に幽閉された。軽傷者は全員切腹が命じられ、無疵の士卒は全員が斬首・家名断絶となった。処分は本人のみならず親族に及び、江戸定府の家臣を国許が抑制することとなった。
井伊家の菩提寺である東京都世田谷区の豪徳寺には変で亡くなった8名の慰霊碑が、直弼の墓の後方右手に寄り添うように建っている。
平成25年(2013年)4月の彦根市長選挙において、当時現職の獅山向洋市長は、対立候補の一人の有村國知が有村次左衛門の弟の子孫であることを指摘し、そのような人物が市長選挙に出馬することは容認出来ないと主張するビラを支持団体に配布させた上、選挙の争点として訴え続けた。この行動に対しては有村だけでなく、もう一人の対立候補で獅山を破って当選した大久保貴、また市民からも批判を浴びている。
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