碇シンジ
同居人であり保護者かつ上司。家ではミサトがほとんど家事をしないため、代わりに家事を担当し、そのずぼらな性格に呆れながらも、家族を知らないシンジにとっては大きな存在となり、叱咤激励を受けながら次第に心を開いていく。しかし初搭乗時の際の「だめよ、逃げちゃ。お父さんから、何よりも自分から」という言葉は後押しになった反面、強迫観念のようにシンジの心を抑えつけることになる。
劇場版では互いにむき出しの感情をぶつけ合い、口づけと共にクロスのペンダントを渡され、シンジはそれを最後まで握り締めつつ補完計画に身を投じる。
同僚であり同居人かつクラスメイト。シンジと正反対ともいえる彼女の性格は、シンジの心を外に向けさせる効果になり、互いに口論をする場面なども見られる。時に異性として意識することもあったが、対抗心や愛憎に近い感情を向けられ、シンジを戸惑わせる存在となる。
劇場版では薬で眠っているアスカに助けを求め、偶然晒け出された彼女の半裸に欲情して自慰を行い、激しく自己嫌悪する。そして精神世界で強い愛憎を向けられるが、シンジの感情は非常に曖昧なものであり、楽な居場所として彼女の存在を求めたことで拒絶される。その後、自らが望んだ他人のいる世界で、彼女は最初の他人となる。