同志社教会
しかし、第二次世界大戦の敗戦後、復員などで学園に戻った学生・教職員が多く礼拝に参加するようになり、出席人数の増加に伴い、1946年春から主たる礼拝場所を同志社女子大学・中高構内の同志社栄光館ファウラーチャペルに移す。
戦後の同志社教会は、当時のキリスト教ブームもあって多くの学生・青年が出席し、同志社学内のキリスト教学生運動とも相まって教会活動が盛んに行われた。しかし、1968年頃から一部の学生・青年による教会のあり方への批判が激化して「教会紛争」とも言える状況となり、学生・青年による教会施設や同志社栄光館の占拠・封鎖が生じるに至り、一時、礼拝を同志社学外で行わざるを得ない状況に追い込まれた。こうした状況は1972年には正常化したが、紛争による教会員の疲弊、「学生運動」から「ノンポリ・無関心」へと急激に転じた学生気質、キャンパスの郊外展開による学生・教職員の分散、学内のキリスト教活動の停滞などの状況の中で、どのように教会活動を進めていくか、模索の時期が続いた。
現在の同志社教会は、2000年以降少しずつ高まる同志社学内でのキリスト教への関心、2013年に行われた同志社大学のキャンパス再編を背景に、同志社諸学校のキリスト教教育・活動との連携が徐々に行われるようになり、学生・生徒の出席も再び増加傾向にある。一方、伝統的に同志社教会の構成員である同志社諸学校の学生・生徒・教職員や卒業生とともに、一般市民の教会員の割合も増加し、同志社学内で礼拝を守りながら「学園の教会」と「まちの教会」の特色をあわせもつ、ユニークな教会となっている。