コードシェア便
以下の航空会社とコードシェア便による運航がある。以下に掲げる航空会社は全てスカイチームに属している。エールフランス・中国東方航空・大韓航空はマイレージの提携も行っている(2021年10月現在)。大韓航空は日本-韓国間路線に限りマイル加算・特典利用の対象となる。
エールフランス
大韓航空
中国東方航空
中国南方航空
チャイナエアライン
アエロメヒコ航空
アエロフロート・ロシア航空
ガルーダ・インドネシア航空
JALのワンワールド加盟前は、ワンワールド・スターアライアンス・スカイチーム加盟の航空会社と二社間提携によりコードシェア便が運航されていた。2018年現在もスカイチーム加盟の航空会社とのコードシェアが継続され、異なるアライアンス間におけるコードシェア便の運航が見られる。JALのワンワールド加盟後もコードシェア便の拡充が図られている。
2010年10月までは、スカイチームメンバーのアリタリア航空とのコードシェアを行っていたが、JALのイタリア線撤退により解消された。その後2018年3月にアリタリア航空はANAと提携することが公表された。
2012年3月24日までは、スターアライアンスメンバーのニュージーランド航空ともコードシェアを行っていたが、同社はJALとの間でのコードシェア便運航を打ち切り、日本側のコードシェア相手をスターアライアンスメンバーであるANAに変更した。
2017年10月28日までは、スターアライアンスメンバーのタイ国際航空ともコードシェアを行っていた。タイ国際航空はANAと同一アライアンスであったが、JALとのコードシェアは継続していた。