自衛艦隊
9月1日:航空集団隷下に第4航空群(下総)を新編。
1963年(昭和38年)
3月31日: 自衛艦隊司令部を陸上移転(吉倉地区)。 呉地方隊から第1潜水隊を編入。
4月1日:直轄艦「あきづき」を護衛艦隊に編成替え。
1965年(昭和40年)
2月1日:第1潜水隊群(司令部、護衛艦「かや」、第1・第2潜水隊)を新編。
1969年(昭和44年)
3月15日:長官直轄の第1掃海隊群を編入。
1971年(昭和46年)
2月1日:護衛艦隊隷下に第4護衛隊群を新編。
4月1日:第1揚陸隊を第1輸送隊に改称。
1973年(昭和48年)
3月1日:航空集団隷下の第3航空群(徳島)を廃止、第31航空群(岩国)を新編。
10月16日:第2潜水隊群、プログラム業務隊(横須賀)を新編。
1975年(昭和50年)
4月1日:自衛艦隊指揮支援システム(SFシステム)運用開始
1978年(昭和53年)
7月1日:海上訓練指導隊群を廃止、開発指導隊群を新編。
1980年(昭和55年)
2月26日:環太平洋合同演習(RIMPAC'80)に初参加(3月18日まで)。
1981年(昭和56年)
2月10日:潜水艦隊を新編。第1・第2潜水隊群を潜水艦隊隷下に編成替え。
3月27日:音響業務支援隊(厚木)を新編。
7月15日:航空集団隷下に第5航空群(那覇)を新編。
1982年(昭和57年)
3月27日:電子業務支援隊(横須賀)を新編。
1984年(昭和59年)
6月11日:米海軍との初の日米共同指揮所訓練を実施(15日まで)。
1986年(昭和61年)
司令部要員は50名くらいと大人数なので、旗艦には司令公室、幕僚長室、幕僚事務室、幕僚庶務室といった設備が設けられた。
初代 警備艦「けやき」(PF-295):1954年(昭和29年)7月1日 〜 1957年(昭和32年)3月31日
2代 護衛艦「ゆきかぜ」(DD-102):1957年(昭和32年)4月1日 〜 1961年(昭和36年)7月25日
3代 護衛艦「あきづき」(DD-161):1961年(昭和36年)7月26日 〜 1963年(昭和38年)3月31日
1963年(昭和38年)3月31日、自衛艦隊司令部が陸上に移転し、横須賀市吉倉に置かれたため、旗艦は廃止となる。 1965年(昭和40年)3月、船越地区に移転し現在に至っている。なお、庁舎に掲げる標札は、江田島の旧海軍兵学校の校門の標札が勝海舟の筆跡からとって鋳造された故事に倣って、東郷平八郎の筆跡を集めて構成し、鋳造したといわれている。
自衛艦隊司令部等の主な編成は次のとおりである。
司令官
自衛艦隊司令官、護衛艦隊司令官、航空集団司令官、潜水艦隊司令官は海将をもつて充てられている。
群司令
掃海隊群、護衛隊群、海上訓練指導隊群、航空群、潜水隊群、海洋業務・対潜支援群、開発隊群、艦隊情報群の長は、○○群司令とされている。
掃海隊群司令、護衛隊群司令、航空群司令、海洋業務・対潜支援群司令、開発隊群司令は海将補をもつて充てられている。
海上訓練指導隊群司令、潜水隊群司令、艦隊情報群司令は、1等海佐をもつて充てられている。
幕僚長
自衛艦隊司令部、護衛艦隊司令部、航空集団司令部、潜水艦隊司令部、掃海隊群司令部に一人置かれ、司令官(群司令)を補佐し、司令部の部内の事務を整理する。
自衛艦隊司令部、護衛艦隊司令部、航空集団司令部、潜水艦隊司令部の幕僚長は、海将補をもつて充てられている。
掃海隊群司令部幕僚長は、1等海佐をもつて充てられている。