南硫黄島原生自然環境保全地域
南硫黄島では、1982年と2007年の調査時にミナミトリシマヤモリとオガサワラトカゲの生息が確認された。ほかの爬虫類そして両生類の生息は確認されていない。特に両生類については絶海の孤島である南硫黄島にたどり着くこと自体が困難であるうえに、棲息に必須の淡水がほとんど存在しないためと考えられる。また父島などに外来種として侵入しているグリーンアノールなども現在のところ南硫黄島に侵入していないものと考えられる。
ミナミトリシマヤモリは日本国内では南鳥島に生息が確認されており、国外ではミクロネシアに分布している。オガサワラトカゲはアジア、太平洋、インド洋地域に広く分布するブートンヘビメトカゲの一亜種であるとされてきたが、最近の研究では独立種とされることもある。小笠原諸島に生息するオガサワラトカゲは、聟島列島、父島列島、母島列島の遺伝的変異が大きく、同じ火山列島である南硫黄島と北硫黄島の個体の遺伝的変異も確認される。そして南硫黄島の個体は父島列島、北硫黄島は母島列島の個体と遺伝的に近縁であるという興味深い事実が明らかになっている。
南硫黄島を構成する岩石は玄武岩であり、体積比では溶岩流とアグルチネートが島のほとんどを占める。島の急斜面が保たれているのはこのアグルチネートによるもので、強く溶結されている。山頂部には直径約150メートル、深さ30 - 40メートルの東側に開析された火口がある。火口の東側は崩落しており、噴火の記録はなく、現在噴気活動も認められない。山体全体も東斜面が西斜面よりも侵食が進んでいる。海食崖には確認されているだけで254本の岩脈が貫入している。その大部分は放射状岩脈で斑状組織を有しており、斑晶は斜長石、単斜輝石、かんらん石を含む。大型斑晶に富む岩石が多く、斑晶鉱物は最大で直径1mm近くに達する。
島の周囲の海域ではサンゴ礁の発達は悪く、海岸線に外洋の波浪が直接打ちつけるようになっている。南硫黄島周囲は水深40 - 50メートル付近までは緩やかな傾斜であるが、それ以深では急速に深度を増す。そして南硫黄島の北東約5キロには、しばしば活発な火山活動が観測されている海底火山である福徳岡ノ場が、また北北西約20キロには北福徳碓がある。
南硫黄島の誕生は数十万年前と考えられる。まず溶岩の流出を繰り返しながら小型の火山体が成長していった。短い噴火の休止期に続いて再び溶岩の流出などの火山活動が続き、今の南硫黄島山頂よりも少し東側に火山体が成長していった。その後、現在の山頂部からの噴火が始まり、現在の南硫黄島が形成された。その後、火山活動は南硫黄島の北東約5キロの福徳岡の場に移り、活動が休止した南硫黄島では侵食活動によって現在の形となったと考えられる
これら海鳥の排泄物や死骸などはハエ類やトビカツオブシムシによって分解され、直接の捕食者ではないもののハエ類やトビカツオブシムシが水鳥の捕食者の代行のような位置を占めていると考えられる。そのためハエ類やトビカツオブシムシは南硫黄島内で大発生が見られる。
また南硫黄島の固有属とされるミナミイオウヒメカタゾウムシなど、南硫黄島では後ろ羽根が退化している昆虫も見られる。これもやはり大洋島に生息する昆虫の中に見られる特徴であるが、南硫黄島定着後に後ろ羽根が退化して飛翔能力が失われた可能性と、もともと後ろ羽根が退化して飛翔能力が失われた昆虫が南硫黄島にもたらされ、分布を広げた可能性が指摘されている。なおミナミイオウヒメカタゾウムシ属については、小笠原群島に近縁であるが別属のオガサワラヒメカタゾウムシ属が広く分布しており、その関係性が注目されている。
2007年の調査では、南硫黄島では8種のアリ類が確認された。うちミナミイオウムネボソアリとイオウヨツボシオオアリの2種が新種として確認された。イオウヨツボシオオアリは台湾から中国にかけて近縁種が見られるが、ミナミイオウムネボソアリは東アジア方面には近縁種が見られず、祖先が南硫黄島近隣から漂着した種ではない可能性がある。
南硫黄島の昆虫相は全体としては貧弱であるが、2007年の調査では父島と母島では絶滅したものとされていたオガサワラハラナガハナアブが再発見されたり、採集された昆虫の中でまだ分類が明らかになっていない種があるなどまだその全貌が解明されていない。また新種と考えられるクモ類、ササラダニ類が採集されたり、世界でこれまで確認されていない陸棲のミズムシ亜目の一種が採集されているなど、南硫黄島の生物相にはまだ明らかになっていない面が残っていると考えられる。