石崎汽船
1999年(平成11年) - 松山 - 尾道航路が、しまなみ海道開通による航路再編に伴い廃止されたほか、松山 - 広島航路を縮小する。
2001年(平成13年)4月24日 - 本社の建物が登録有形文化財に登録。
2004年(平成16年) 2月 - 「シーマックス」(松山 - 門司)の下関港寄港を開始する(2006年5月以降は休止)。 4月27日 - 中島町営汽船の経営を引き継ぎ、傘下に中島汽船株式会社を設立 10月1日 - 中島汽船営業開始。
2008年(平成20年) 1月15日 - 「シーマックス」(松山 - 門司)を廃止する。 3月10日 - 松山 - 呉 - 広島の「スーパージェット」が、1日15往復から14往復に減便する(フェリー便は現状維持)。
2009年(平成21年)10月31日 - 瀬戸内海汽船とともにICい〜カードとPASPYを導入し供用を開始する。また、ICOCAの共通利用も開始する。
2013年(平成25年) 1月 - 松山・小倉フェリー株式会社を設立。 4月1日 - フェリーさんふらわあから松山 - 小倉航路を承継する。 7月 - 本社所在地が、松山市三津1丁目から同市高浜町5丁目松山観光港ターミナルに移転する。
2019年(令和元年)10月11日 - 3代目旭洋丸が就航する。
2020年(令和2年)8月1日 - 2代目翔洋丸が就航する。