国民盟約
2度の勝利で長老派教会の存続は担保されたものの、国民盟約は解散されなかった。1642年から始まった清教徒革命(イングランド内戦)の間中、盟約は事実上スコットランドの統治機関であった。盟約軍はアイルランド・カトリック同盟鎮圧のために派兵したりもしたが、こうした状況のなか国民盟約は意見の分裂が起き始めていた。スコットランドの実効支配を求める強硬派と、スコットランドは国王のもと統治されるべきとする穏健派である。両者はそれぞれイングランドの議会派・王党派と結び1644年に内戦(スコットランド内戦(英語版))を起こした。
内戦は当初モントローズ侯(チャールズ1世により伯爵から昇格)の率いる穏健派の有利に推移した。しかし冬になって強硬派がイングランドに差し向けていた援軍を戻したとき、状況は逆転していた。農繁期のスコットランドでモントローズ侯のもとに集まれる兵は少なく、リーヴェン伯・アーガイル侯に敗れた。やがてモントローズ侯は1650年に処刑され、オリバー・クロムウェルの遠征軍が来るまでの間、アーガイル侯を首長とする国民盟約がスコットランドを統治することになった。