熊本鉄道事業部
当センターに配置されている気動車の中で、キハ40系・キハ185系の全車両とキハ200系の一部は機関換装施工済み車両である。また、キハ183系を除く各系列(形式)車は全車両ワンマン運転に対応している。
キハ185系 臨時の観光特急「A列車で行こう」の専用車であるキハ185形2両 (4, 1012)が配置されている。 三角線(あまくさみすみ線。全線)で限定運用されている。 かつては「九州横断特急」→「阿蘇ゆるっと博」号で運用されていた。
キハ183系 臨時の観光特急「あそぼーい!」の専用車であるキハ183形2両 (1001, 1002) と、キハ182形2両 (1001, 1002) のいずれも1000番台車の計4両が配置されている。4両で1編成を組む。 豊肥本線(阿蘇高原線)の熊本 - 別府間の特急あそぼーいで限定運用されている。 元々はJR発足直後の1988年に「オランダ村特急」として生産された車両で、その後「ゆふいんの森II世」→「シーボルト」→「ゆふDX」→「あそぼーい!」と転用改造されている。
キハ40形 8000番台の2両 (8103, 8126) が配置されている。いずれも保留車となっており、前照灯がLEDに交換されている。 運用区間は鹿児島本線(熊本 - 八代間)・三角線(全線)・肥薩線(八代 - 人吉 - 吉松間)の快速・普通列車となっている。 8103・8126の2両とも自動切替式液体変速機(コマツ製KTF3335A)を搭載しており、JR九州所属のキハ40系気動車のなかで異彩を放っている。