南禅寺
1908年(明治41年)に京都の西賀茂の正伝寺塔頭であった南陽院を移し、1909年(明治42年)に再建された。豊田毒湛は、南禅寺の法堂を再建等して、1917年(大正6年))に78歳で遷化した。
大寧軒 - 大寧院の流れを汲む塔頭で薮内家により再興された。
帰雲院 - 南禅寺の塔頭の最初期のものである。開祖は規庵祖円(南院国師)である。南院国師の墓がある。
薝蔔林寺(南禅僧坊) - 南禅寺にある禅の専門道場。享保16年(1731年)僧堂を開単。現在の禅堂は大道恵雲禅師の働きかけにより、寛政8年(1796年)に建立されたもの。8月を除いて毎月第二日曜日に座禅会が開催されている。
正的院 - 元翁本元の塔頭で、元翁は元応元年(1319年)に南禅寺11世として住持し、正慶元年(1332年)に没し、その弟子たちにより南禅寺にも塔所が設けられて正的院となる。住職の松﨑大嶺は、玉川遠州流9代家元である。玉川遠州流は閑院宮家と有栖川宮家の宮家茶道を継承した宮家茶道の流派である。
聴松院 - 昔は聴松庵と呼ばれ、清拙正澄(南禅寺14世)の墓所である。摩利支尊天が祀られている。室町時代末期の享禄2年(1529年)細川満元が再興して現在の名前となったという。しかし、細川満元では時代が合わない。
慈氏院(達磨堂) - 義堂周信の塔頭。嘉慶元年(1387年)の創建である。石像であるダルマ立像があって、足のあるダルマと呼ばれている。寒松軒柴山全慶の墓がある。
牧護庵(法皇寺)
境外塔頭 光雲寺 - 左京区南禅寺北ノ坊町にある。