阿波戦争
2021年に行われる予定となっていた第49回衆議院議員総選挙に向けて、同年5月に自民党徳島県連は後藤田について「うそとでたらめにまみれた言動」があるなどとして、党本部に公認しないよう求める異例の事態となり、後藤田も「(申し入れは)当事者たる1区支部長や支部を無視し、不当介入。議決は前代未聞の独善。県民に真実を取り戻す」と反発するなど亀裂が表面化した。さらに選挙直前の9月には飯泉知事が県連幹部などの要請を受けて、徳島1区での立候補に向けた動きを一時見せるなど混迷した。仮に飯泉が衆院選に立候補した場合、後任の知事選候補を巡って飯泉は女性官僚の擁立を目論見、後藤田側は意を受けた参議院議員である三木亨が知事選出馬への意欲を見せるなど、衆院1区と知事選が激しい選挙戦になることが危惧されていた。このため、県連幹部の意を受けた飯泉は出馬の意向を撤回し、この混乱の責任を取る形で山口俊一が県連会長の辞任に追い込まれた。
一時は山口が郵政民営化反対の立場から自民党を離れ、2005年の第44回衆議院議員総選挙では2区で党公認となった七条と対決する構図にもなった(無所属の山口が小選挙区当選、七条も比例復活)が、選挙後の翌2006年には山口は自民党に復党している。
自民党に逆風が及ぶ中で行われた2009年の第45回衆議院議員総選挙では、1区は前回比例復活した岡本、2区が山口、3区が後藤田で、山口の復党を受けて比例四国ブロックに回ることになった七条は比例優遇は叶わず、単独13位の登載順位に置かれた。投開票では民主党の躍進から1区の仙谷に岡本は敗れ、2区も山口は民主党元職の高井美穂に初めて小選挙区で敗れたが、辛うじて比例復活で議席を死守した。3区の後藤田は民主党・新人の仁木博文を僅差で振り切った(仁木は比例復活で当選)。比例四国ブロック単独に回った七条は名簿順位が下位になったことで議席獲得には届かず落選した。七条は一度は政界引退を表明したが、2013年の上板町長選で当選し、地方首長に転じた。
変わって自民党が地滑り的な大勝を収めた2012年の第46回衆議院議員総選挙では、1区で県議から転じた福山守が仙谷を破って議席を獲得し、2区の山口、3区の後藤田も勝利し、初めて徳島県内の小選挙区を自民党が独占することとなった。
2014年の衆議院小選挙区0増5減の定数是正により、徳島県の小選挙区は3から2に減った。このため、旧徳島1区選出の福山守と旧徳島3区選出の後藤田正純の間で選挙区調整が必要になり、福山は同年の第47回衆議院議員総選挙において比例四国ブロックの上位単独候補(2位)となった。
徳島では公認を得られた後藤田陣営の県議が議会や県連の主要ポストを独占するに至り、久次米陣営の県議たちにとっては選挙結果が死活問題になりかねない状態にまで追い詰められてしまっていたため、久次米陣営は後藤田有利の状況から巻き返しをはかるためなり振り構わない選挙活動を展開した。一方の後藤田陣営もこれに対抗する形で強引な選挙活動を展開したため、選挙後、後藤田事務所が捜索を受けた他、両陣営から数百名という前例のない規模の選挙違反者が検挙されることとなった。三木系に属する武市恭信徳島県知事は党規に反して無所属候補を応援するわけにはいかないとして、自民党を離党した上で久次米の選挙活動を行った。
激しい選挙戦は投開票日の7月7日までの約1ヶ月間展開され、その過程で三木は反田中色を明確にし三木と田中の対立は避けられないものとなってしまった。そして、田中から離れた三木に福田赳夫が接近し、福田もまた選挙活動を通じて金権政治批判を展開し、後の三福連合の土台が醸成された。
選挙結果は久次米が19万6210票を獲得し、15万3388票に終わった後藤田を破り久次米が議席を守り抜いた。後に後藤田はこの選挙について「あの選挙は自分の人生の最大の汚点」と述べている。