タンパク質凝集
ミスフォールドタンパク質はユビキチンプロテアソームシステムよって除去される場合もある。このシステムはタンパク質をユビキチン化して分解の標識を付加するE1-E2-E3経路から構成される。真核生物では、タンパク質は26Sプロテアソームによって分解される。哺乳類細胞では、E3リガーゼであるCHIPはHsp70に結合したタンパク質を標的とする。酵母では、Doa10とHrd1が小胞体タンパク質に対して類似した機能を果たす。
ミスフォールドタンパク質はオートファジーによっても除去される。この過程ではタンパク質凝集体はリソソームへ運ばれる。