シャグマアミガサタケ
同じ属に置かれる種として、日本ではヒグマアミガサタケ(Gyromitra infula (Schaeff.: Fr.) Quél.)およびオオカサノボリリュウ(Gyromitra discinoides (S.Imai) S. Imai)がある。前者は頭部のしわひだが粗雑で、いくぶん頭巾状をなすことで異なる。また、後者はおもに腐朽材上(まれに地上)に発生し、子実体がむしろ平たい皿状の結実部とごく短い柄とからなることで容易に区別される。
また、別属に置かれるマルミノノボリリュウ(Pseudorhizina sphaerospora (Peck) Pouzar)も樹上に発生するもので、胞子は完全な球状を呈する。外観が非常にシャグマアミガサタケに似るものとしてオオシャグマタケ(=ホソヒダシャグマアミガサタケ Gyromitra gigas (Discina gigas (Krombh.) Eckblad)があるが、胞子に顕著な網目状の紋様を備えることから、現在ではフクロシトネタケ属(Discina)に移されている。
これらの類似種が、シャグマアミガサタケ同様に有毒であるか否かについては不明な点が多い。
参考:頭部のしわや隆起がやや単純なヒグマアミガサタケ
参考:オオシャグマタケは外観ではシャグマアミガサタケと区別しにくい
古くはノボリリュウ属(Helvella)に置かれた。長くノボリリュウ科 (Helvellaceae)の一員として扱われていたが、分子系統学的解析によればフクロシトネタケ属(Discina)やマルミノノボリリュウ属(Pseudorhizina)、およびクルミタケ属(Hydnotrya)との類縁関係が深いとされ、後3者とともに独立したフクロシトネタケ科(Discinaceae)に置かれている。