ジョニー・ケイジ
さらに2年後、特殊部隊を率いて「ネザーレルム(Netherrealm)」を襲撃したソニアが殉職し、ケイジとキャシーは悲嘆に暮れていた。時の番人クロニカがライデンを歴史から排除するべく時間の異常を発生させた結果、過去のケイジとソニアが現在に現れた。過去の自分がソニアの周りで横柄な態度をとり、迷惑をかけていることに嫌悪感を抱いた現在のケイジは、彼の態度を改善するために行動を共にする。シンジケートの黒龍会(Black Dragon)やサイバー・リン・クエイ(Cyber Lin Kuei)の戦士たちから特殊部隊の基地を守ることに成功するが、戦いで負傷。 その頃、過去のケイジとソニアは誘拐され、黒龍会の娯楽のために2人で殴り合うことを強制されていた。キャシーは特殊部隊を率いて彼らを救出し、過去のケイジは未来の自分のようになりたいと思い始めていた。DLCストーリー「Aftermath」において、過去のケイジは人間界と外界の連合を組んでクロニカの砦を襲撃しようと試みたが、シャオ・カーンとシンデルの奇襲を受け、自身と家族は囚われの身となる。