天正4年興福寺別当相論
その中で信長は双方の主張に食い違いがあることを理解した上で、「近代の慣例になっている寺法に従って、氏長者であるあなた(晴良)が決定すべき」と述べた上で、「もし(正親町)天皇の叡慮を掠め取り、間違った方向に向かいそうになったならば、あなたが諫言すべきである」と述べた。これは、寺法に基づいて晴良が尋円を任じることを支持する意見表明であった(ただし、直接尋円の名前を挙げたわけではないことに注意を要する)。晴良はこれに従って尋円を別当に任じる奉書を発給し、それは信長の書状の写しと共に10日に興福寺へ届けられた。信長は8日のうちに安土城に帰城した。
ところが、12日になって四人衆が安土城を訪れた。その後の経緯を考えると、正親町天皇の意向は兼深であることを伝えたと考えられている。これを裏付けるものとして、差出人不明ながらも、信長から瓜を贈られた謝礼と共に兼深から先例を提示されて兼深の任命に同意して四人衆を安土城に送ったことを謝罪して、処分を受けた四人衆(後述)に対する早期の赦免を取り成す内容が記された書状が残されている。信長はこの年の6月29日に儲君の誠仁親王宛てに瓜を贈っていることから、差出人は誠仁親王で、父である天皇の代わりに謝罪する意味合いがあったと考えられている。なお、金子拓は現存する史料から兼深は南北朝時代末期に複数の先例を見出したことが判明しており、兼深は信長が晴良に充てた書状の内容を確認した後も信長の言う「近代の慣例」にはその頃の例を含んでいると解釈して晴良が天皇の叡慮を掠め取っていると主張し、正親町天皇や四人衆も書状の内容が暗に尋円を支持しているとは受け止めなかったのではないかとしている。