ジェニュイン
翌1996年、春シーズンにおいて、ジェニュインは中山記念はサクラローレルの2着、安田記念はトロットサンダーの4着に敗れた。秋シーズンは4か月のブランクを経て出走した秋の天皇賞で14着に敗れた後、マイルチャンピオンシップを優勝し、GI2勝目を飾った。マイルチャンピオンシップ後、ジェニュインは有馬記念に出走したが、14着に敗れた。
1995年に入り、セントポーリア賞(500万下条件戦)と皐月賞トライアルの若葉ステークスを連勝したジェニュインは皐月賞に挑んだ。
この年の皐月賞は有力馬のフジキセキとナリタキングオーが故障により出走できず、本命馬が不在と言われる中、ジェニュインは単勝3番人気に推された。レースでは、ジェニュインは2番手から直線で抜け出す内容で優勝。重賞初制覇とともにGI初制覇を達成した。
続く日本ダービーでも2着と好走したが、陣営は真面目に走りすぎるジェニュインの気性から距離適性に限界があると感じ、秋はクラシック3冠目の菊花賞ではなく、天皇賞・秋を目指すことになった。
夏を休養にあてたジェニュインは京王杯オータムハンデキャップ2着、毎日王冠6着を経て、秋の天皇賞に出走した。レースでは、2番手から進み直線で先頭に立ったが、ゴール前でサクラチトセオーにハナ差交わされ、2着に敗れた。
続く有馬記念では、騎乗した岡部いわく「風が強かった」ためにジェニュインのテンションが上がった影響からマヤノトップガンの10着に敗れた。ただし、岡部は後日、敗因は距離の壁であるとし、「東京の2000メートルでいい勝負ができたから、中山の2500メートルでもなんとか好走できるだろう、という人間サイドの欲が出た」と語っている。