タツノコ VS. CAPCOM
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上空へ打ち上げた相手を追撃するコンボ。全キャラクター共通で右斜め下+強ボタンがエリアル開始攻撃となり、打ち上げた相手をレバー上で追うことができる。
声:森功至
キャッチコピー:飛翔する白影 / オリジナルゲーム:ギャラクター基地・強襲作戦
ジャンプの性能が高く、空中で各種必殺技を2回まで出すことができるなど、空中戦に特化した性能となっている。
LV3ハイパーコンボは「科学忍法 火の鳥」。本来は5人でしか発動できない大技である。
作詞:Miguel E. Corti、James C. Wilson / 歌:Anna Gholston with James C. Wilson
システムは『MARVEL VS. CAPCOM』(以下『MvC』)以来の、2on2のタッグバトルを適用。またボタン操作は、パンチとキックの区別の無い弱・中・強の攻撃ボタン+交代ボタンの4ボタン形式になっている。Wiiリモコン単体、およびWiiリモコン+ヌンチャクでの操作時には攻撃がボタン1つに統合されるため、弱・中・強を使い分けることができない代わりに、ボタン連打のみでチェーンコンボが出せる。
声:杉山佳寿子
キャッチコピー:夢幻の白鳥 / オリジナルゲーム:G3号の飛空テスト
地上、空中を問わず機動力が高く、設置系の必殺技により特殊なコンボが可能。
LV3ハイパーコンボは「科学忍法 火の鳥」。健のものとは性能が異なる。
彼女のエンディングは『ストリートファイターII』シリーズの春麗のエンディングのように二択が入っており、「ふつうの女の子に戻る」と「全ての悪を殲滅する」のどちらかを選ぶことで内容が変化する(アニメーションムービーは共通)。
声:ささきいさお
キャッチコピー:復讐のアウトロー
科学忍者隊の中ではパワーに優れ、重い技を取り揃えるが反面機動力は低め。ヒーローではあるがダーティーな戦い方を好み、拳銃の使用もいとわない。
頻繁にバードミサイルを発射しようとしていた原作を反映し、ハイパーコンボ「バードミサイルをぶち込んでやる!」が存在する。
LV3ハイパーコンボは「科学忍法 竜巻ファイター」。健またはジュンが登場し、二人で繰り出す。
以下、括弧内は登場作品。なお、キャッチコピーは本作独自のもの。
ドロンボー一味が経営する「ショップドロンボー」。アーケード、サバイバル、タイムアタック、オリジナルゲームで獲得したゼニー(お金)と引き換えに、キャラクターやオリジナルゲームなどを購入することができる。カプコンキャラクターは3Pカラー(『ULTIMATE ALL-STARS』ではタツノコ、カプコンキャラクターは3、4Pカラー)を購入することもできる。