京都新城
関ヶ原戦以後、引き続き高台院が用いた。この頃、南部の城郭部分が完全に取り壊され住居部分のみとなり敷地はさらに縮小されたと考えられ、『続本朝通鑑』には「初秀吉之館在京極朱雀、神君毀之、而移造二條城」とあり、慶長7年(1602年)に一部が取り壊されて二条城に運ばれたことをうかがわせる。高台院屋敷の規模は、高台院没後すぐ頃に作成されたと考えられる『京都地図屏風』に、「政所様」「木下宮内」の記入があることにより分かる。この他、徳川和子の入内を描いた洛中洛外図には、高台院屋敷と推察される屋敷の一部が描かれている。大坂の羽柴氏が断絶したことを惜しんだ高台院は晩年に甥の木下利房の次男利次を養子にとり羽柴利次と称させた。
寛永元年(1623年)、高台院が没すると、屋敷には甥の木下利房(宮内少輔)が住んだ。
羽柴利次は大名から降格され寄合(大身)の旗本として江戸に屋敷を与えられたのみだったため継承されず収公され寛永4年(1626年)に後水尾天皇が譲位の意向を示すと、幕府より仙洞御所の敷地に選ばれて解体され、御所の建物の建設を開始した。