朴憲永
朴憲永だけが他の被告と分離され、裁判も遅れて開始された。1956年12月15日、朴憲永は北朝鮮の最高裁判所で裁判を受けた。その容疑は、「1919年(三・一独立運動)から『米帝の回し者』になり、植民地時代からの反国家的スパイ活動とテロ活動、宣伝扇動行為を行い、解放後は南半部で意図的に無謀なデモやストライキを組織して多数の共産主義者を殺戮し、ついには北朝鮮政府の転覆を狙った」というものであった。他の被告に対するものにもまして馬鹿げた内容であったものの、朴憲永はこれらの容疑をすべて認めた。彼の訴追が遅れたのは、これらの容疑を認めさせるのに時間がかかったのであろうと考えられている。
裁判に出席した姜尚昊によれば、朴憲永の振る舞いはひどく曖昧だったと述べている。素直にスパイと陰謀の罪を認めたが、1953年の裁判よりも説得力がなく、たとえば朝鮮共産主義運動に関する情報を米軍に提供したか訊ねられると、朴はきっぱりと認めたが、情報は共産主義者と考える者のみに渡したと述べた。姜尚昊はまた、朴が他者を咎めることを避け、かわりに自分一人がこの犯罪に対して責任があると主張している様な印象を受けた。
北朝鮮最高裁判所は、朴憲永を「アメリカ帝国主義のスパイ」と断じ、朴憲永はその日のうちに死刑判決を受けてほどなくして処刑されたという。朴憲永、李承燁、林和ら南朝鮮から越北した有名な共産主義者幹部12名はスパイの濡れ衣を着せられて全員殺された。