ジェームズ・ステュアート (初代マリ伯爵)
その後、かつての味方で義兄弟のハントリー伯を訪ねたが協力を断られ、養父でもある大叔父のマリー司教の援助で、6隻の商船と漁船を率いて、領地であるオークニー島とシェトランド諸島に向かった後、2隻の船でマリ伯の捜索の手から逃れ、ノルウェーへ漂着した。その後はデンマークのコペンハーゲンに移され、そこで身柄を拘束された。
デンマーク王フレゼリク2世は、ボスウェルの身柄と引き換えに、スウェーデンとの戦争の際にスコットランドが2000人の兵を提供することを条件として、マリ伯に取引を持ちかけた。マリ伯は、兵力の提供は承諾したが、ボスウェルをデンマークで処刑するよう求めた。フレゼリク2世は迷った末、姉婿のザクセン選帝侯アウグストや叔父であるホルシュタイン公ハンス・ヴォルフェンビュッテル公・メクレンブルク公の3人に相談した。結果、事件を徹底的に調査し、ボスウェルの国王暗殺に関する有罪・無罪のあらゆる証拠を検討した上でデンマークの裁判所に任せるべきという結論に至った。ボスウェル伯は引き続きデンマークで拘束されることになった。
1570年1月11日、メアリーを支持するボスウェルハウ(英語版)のハミルトン氏族のジェームズ・ハミルトン(英語版)によって暗殺された。