三雲駅
相対式ホーム2面2線を持つ地上駅で、交換可能駅である。現在の駅舎は3代目で、2017年(平成29年)築である。両乗り場ともに8両編成まで停車が可能であるが、橋上駅舎化と同時に行われたホームの嵩上げは一部のみとなっており、ホームの中間部がスロープ状になっている。
草津駅が管理し、JR西日本交通サービスが駅業務を受託する業務委託駅である。ICOCA利用可能駅(相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照)。
自動改札機は簡易式のものを3台、自動券売機は定期券購入可能なタッチパネル券売機1台を備えており、トイレは改札外のみ設置されている。
駅南口のロータリー内に「三雲駅」停留所があり、湖南市コミュニティバスと甲賀市コミュニティバスの各路線が発着する。かつては北口のロータリー内に停留所があり、そこから発着していた。