大垣城
その後、西軍本隊は関ヶ原に移動、城内には福原長堯(三成の義弟)らが守将となって残ったが、関ヶ原の本戦で西軍が敗北すると東軍に攻囲され、相良頼房、秋月種長・高橋元種兄弟らの裏切りにより窮した福原は、やむなく西尾光教の仲介で降伏勧告を受け入れて落城した(大垣城の戦い)。そのときの逸話が『おあむ物語』として残っている。
江戸時代に入り、徳川家康は譜代大名として石川康通を城主にした。
1613年(慶長18年)には石川忠総によって総堀が加えられ、さらに後に松平忠良が天守を改修した。『関ヶ原合戦図屏風』(津軽本)や『正保城絵図』には、現在の復元天守とは異なる3重天守が描かれている。
1635年(寛永12年)に戸田氏鉄が城主となって以降、明治に至るまで大垣藩戸田家の居城となった。戸田氏の改修後は、並郭式に本丸と二ノ丸を並べ、その周囲を三ノ丸で囲い、更に外周は惣構としていた。本丸には北西隅に4重4階(3重4階とも)の複合式層塔型天守を上げ、3重櫓1基に2重櫓を3基、二ノ丸に月見櫓など3重櫓を4基、三ノ丸には2重櫓4基、平櫓1基などが建て並べられ、本丸に2つ、二ノ丸に1つ、三ノ丸に大手門など大小5つ、外郭に南大手門など大小7つの門が開かれていた。また、東総門から西総門にかけて、総堀の中の郭を美濃路が抜けていた。
開発により多くの遺構は失われたが、本丸の石垣および水門川として外堀の一部が残る。
移築建造物としては、市内の民家に本丸乾門が、市内長松町の天理教本眞愛分教会に清水御門が残る。また、大野町西方の民家に、どこの門かは定かではないが城門が移築され現存する。
各務原市蘇原町野口の野口城に、伝加納城移築鉄門とされていた門が各務原市に譲渡され解体調査の結果、大垣城の鉄門であることが分かった。現在修理され各務原市鵜沼宿に展示されている。
鉄筋コンクリート造で復興。鯱瓦が当時の復元に変更された。野面積の石垣は、石灰岩で作られている。