吉野口駅
1番のりばのみが単式で、残りのホームは島式である。JR線の高田・王寺方面行き列車については4番のりばに発着するが、一部の列車は5番のりばに変更される。なお、1番のりばから大阪阿部野橋方面への折り返しも可能であり、5番のりばは高田方面と五条方面の両方向への入線・発車に対応している。
2番のりばの大阪阿部野橋方面と3番のりばの五条方面は、相互に同一ホーム上での乗換えが可能である。直通運転を行なっていないJRと大手私鉄が同一ホーム上で乗り換えられるのは、全国的に珍しい。近鉄と同様の設備が存在する駅として、柏原駅が他にある。
近鉄吉野線は吉野鉄道によって開設された路線で、当駅で吉野杉の貨物受渡し(貨車直通)を行うために国鉄のレール幅に合わせて建設された。また、近鉄吉野線の壺阪山駅 - 下市口駅間のルートが距離の短い直線ルートではなく、西側の御所市にある当駅を一旦経由するルートになっているのは、そのような事情もあったからである。和歌山線で貨物輸送が行われていた時には片町線徳庵駅にある近畿車輛で製造された近鉄車両(主に南大阪線用の狭軌車両)を当駅まで甲種輸送を行い、この駅で近鉄へ引き渡されて、古市工場まで搬入したことがある。なお、1982年10月の工場移転により以降は陸送に変更されたため、近鉄への甲種輸送は廃止された。
特急列車を含む全定期旅客列車が停車する。
橿原神宮前駅 - 当駅間の区間運転列車が設定されており、夕方に当駅終着が平日2本と土休日1本、早朝と平日夕方に当駅始発が各1本設定されている。
近鉄吉野線においては両隣の駅がどちらも棒線駅のため、当駅での列車交換が頻繁に行われている。