自由パプア運動
自由パプア運動の内部組織を確定するのは難しい。1996年の最高司令官はマティアス・ウェンダであった。シドニー在住の広報員であるジョン・オンダワメは9人前後の独立した司令官がいると述べている。オーストラリアのフリーランスのジャーナリストによれば司令官は7人という。インドネシア国軍によれば自由パプア運動には「勝利の司令部」と「真実の守護者」の両翼で成り立っているという。しかし前者は1991年に率いていたプロウラーが銃殺されて以降縮小、後者が西パプア全体を統括しているという。真実の守護者のトップはプライで、勝利の司令部はロームコレムがトップである。彼はプロウラーが殺された時に彼の司令官であった。
自由パプア運動とその軍隊であるパプア解放戦線軍が分離する以前、ロームコレムが自由パプア運動の司令官であり西パプア暫定政府の首相、プライは西パプア議会議長に就任しており、この頃は組織的に最もしっかりとしていた。更にこの頃、セネガル政府は自由パプア運動の存在を認め、ダカールに大使館を開設した。
しかし対立によってロームコレムはオランダへと移り、全権はプライに委ねられた。その時、インドネシア国軍に日夜命を狙われていたためにジャヤプラの法学校から脱走したジョン・オットー・オンダワメがプライの右腕となった。これによってプライの主導権は確立された。彼は地域ごとの司令官に9人を割り当て、その多くは彼の軍隊の司令官であった。彼らは未だに活動しているが、ケリー・クワリクだけは2009年12月16日に殺害された。
2009年に自由パプア運動の指揮部隊はゴリアス・タブニによって指揮されている事がリークされた。
2011年10月24日にムリア警察署長のドミングス・オクタヴィアヌス・アウェスがムリア空港で何者かに殺害された。インドネシア国家警察は自由パプア運動の分離主義者グループの犯行と言い切り、より多くの軍隊を展開するようになった。
2012年1月8日にはバスを襲撃し3人を死亡させ4人を負傷させた、なお死者の一人は治安部隊員であった。21日には自由パプア運動所属と思われる武装した男が道沿いのコンビニにいた市民を銃殺、この被害者はトランスミグラシによって西スマトラから移住してきた人物であった。31日にはメンバーが1kgのドラッグを運んでいるのが国境で発覚し逮捕された。このドラッグはジャヤプラで売られるものであったとみられている。
2012年4月8日、インドネシアのメディアはムリア空港のエプロンを移動しているトリガナエアーの飛行機を襲撃したのは自由パプア運動であると断定した。5人の武装集団が突如飛行機に火を放ち、制御不能に陥った後建物に突っ込んだ。この襲撃でジャーナリスト1名が首に銃撃を受けて死亡した。操縦士や副操縦士、4歳の子供等が他に負傷した。これらの断定に対して西パプア側のメディアはこの事件の主犯が自由パプア運動である事を否定し、これはインドネシア軍による偽旗作戦であると報じた。
組織は大別して三つのユニットに分けられ、指導者に従って土地支配をするパプア評議会、領内で牽制と反抗をするパプア解放戦線軍、独立への国際的な支援を要請し領土問題に対する関心を上げる海外地盤の亡命評議会が存在している。しかし、多様なメラネシア系部族からなるパプア人の結集は難しく、彼らは内部対立をしてもいたが、殺害事件が相次ぐ中で再統合の兆しも見えてきている。
当初より政治的対話を志向しており、明けの明星旗の掲揚式を行ったり、パプア紛争での軍事行動も経験している。支持者は明星旗を始めとして国歌の我が地パプアやオランダ領ニューギニアの紋章を定期的に掲揚、歌唱している。軍事行動については1998年以来不可侵協定がインドネシアと締結されているが、インドネシア軍はこれを無視、自由パプア運動の行動を非合法とみなしており、独立煽動をする叛逆組織と批難をしている。司令官は9人、兵力は約6万人と推定されているが、その武器は弓矢である事も多く、近代装備には乏しい。
その一方でインドネシアの特殊部隊は彼らの掃討作戦を実行し、この対テロ部隊をオーストラリアが支援していた事が独立派から問題視されているが、オーストラリアは亡命した独立運動家にビザを出した事もある。