徳島線
2020年10月10日より徳島駅 - 阿波池田駅間でトロッコ列車「藍よしのがわトロッコ」を運転している。運転期間は主に春・秋の行楽シーズンの土日祝日に1日1往復で、徳島発下り列車名は「さとめぐみの風」、阿波池田発上り列車名は「かちどきの風」である。車両はキハ185系(キハ185-20)とキクハ32形(キクハ32-501)が使用され、車体には「Ai」の文字を阿波踊りに見立てたシンボルマークと、木綿地のテクスチャーで深い藍色「かちいろ」へと染まっていくグラデーションと3色の流曲線が特徴のラッピングが施されている。ヘッドマークの「藍」の文字は阿南市の書家・天羽汕景の作である。
トロッコ車両に乗車可能な区間は、上下とも石井駅 - 阿波池田駅間となっている。全車指定席で、1号車がトロッコ車両、2号車が座席車両となっており、座席番号は共通。下り「さとめぐみの風」では1号車が先頭となり、上り「かちどきの風」では2号車が先頭になる。
途中の停車駅は、石井駅、穴吹駅、阿波加茂駅(このほか幾つかの駅で運転停車あり)。走行中、景勝地・美濃田の淵など景観が良い区間を通過する際には徐行する。
上下便とも乗客限定の特製弁当が販売されている。
優等列車としては徳島駅 - 阿波池田駅間に徳島線特急「剣山」が運転されている。2014年3月14日までは「剣山」の一部列車と牟岐線の特急「むろと」が徳島駅を介して徳島線・牟岐線間で直通運転していたが、翌15日の改正で徳島駅を越えて運転する特急列車は廃止された。この徳島線・牟岐線直通特急は、運転終了時のダイヤでは、上下列車それぞれ直通先線区の愛称(徳島線から牟岐線へ直通する列車は牟岐線特急名の「むろと」、牟岐線から徳島線に直通する列車は徳島線特急名の「剣山」)で全区間運転され、列車番号のみ徳島駅で徳島線・牟岐線の上下方向に合わせた番号に変更されていた。
「剣山」の運転本数は徳島駅 - 阿波池田駅間を運転する列車が毎日5.5往復(下り6本・上り5本)運転されている。また、かつては通学時間帯に徳島発穴吹止まりの区間運転列車が存在していた。