皇居の生物相
別府桂「皇居のショウジョウバエ群集の季節変化とおもなショウジョウバエの世代交代」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、295-334頁、NAID 110005998913。 笹川満廣「皇居のシマバエ相」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、335-339頁、NAID 110005998914。 上宮健吉「皇居、赤坂御用地、常盤松御用邸のキモグリバエ科(双翅目)」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、341-348頁、NAID 110005998915。 友国雅章「皇居、赤坂御用地および常盤松御用邸の異翅半翅類(昆虫綱)の追加記録」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、349-354頁、NAID 110005998916。 上宮健吉、園部力雄「皇居、赤坂御用地と常盤松御用邸のコナジラミ科昆虫(半翅目、腹吻亜目)」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、355-368頁、NAID 110005998917。 松本嘉幸「皇居のアブラムシ相モニタリング調査」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、369-382頁、NAID 110005998918。 斉藤洋一、大和田守、加藤俊一、井上繁一「皇居のトンボ類モニタリング調査(2001-2005)」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、383-406頁、NAID 110005998919。 小野展嗣「皇居の庭園と濠のクモ : モニタリング調査(2001-2005)の結果」『国立科学博物館専報』第43号、国立科学博物館、2006年3月、407-418頁、NAID 110005998920。
吹上御苑内で確認されたムカデやヤスデなどの多足類は合計41種であり、うち7種は新種であると見られる。日本の多足類の中で比較的良く調査が行われている千葉県の多足類は73種とされるため、吹上御苑からは千葉県全体で確認されている多足類の半分以上にあたる数の種が確認されたことになり、これは皇居の森の豊かな生物多様性を示していると考えられる。また皇居内の多足類で特徴的な点としては、冷温帯に分布の中心がある種が確認されず、暖温帯から亜熱帯にかけて分布の中心がある種が多く見出されたことが挙げられる。吹上御苑内の多足類の生息状況は照葉樹林帯のものであると考えられ、これはかつて江戸城の建設が本格化する江戸時代以前、吹上御苑付近はシイやカシを主な樹種とした照葉樹林であったことを示唆している。
建設に用いられた多くの石材は主に伊豆半島から切り出されて運ばれ、現在の東京都青梅市からは大量の石灰が運ばれ白壁が作られるなど、各地から建築材料が運び込まれた。なお濠の中で道灌濠については太田道灌の築城時に造られたとの説もある。結局、寛永13年(1636年)から寛永15年(1638年)にかけて行われた外濠の築造によって江戸城は完成することになる。
明暦3年(1657年)の明暦の大火によって大きな被害を蒙った江戸城は、出火対策などの改造が実施されることになった。まず江戸幕府の支配体制が安定した時代には不要不急のものとされた天守の再建が断念された。続いてやはり安定した時代となって江戸城本体にほど近い現在の吹上御苑の地に親藩などの邸がある必要性が薄れ、その上、城本体の北西にあたる吹上御苑の地は冬の北西方向の季節風から城を守るためにも防火地とすることが望ましいとされ、まず明暦の大火後、徳川御三家の邸などが移転され、その後は幕臣の邸も順次移転されて、17世紀末から18世紀初めの元禄、宝永年間には現在の吹上御苑の地は庭園化されることになった。
吹上御苑は徳川家宣の代になって、全国の諸大名から珍石、名木を蒐集し、また大名たちに工事を請け負わせ、庭園施設の整備などが進められほぼ完成した。
しかしアズマモグラなど江戸時代以前から現在まで生き残り続けていると考えられる生物も存在するが、16世紀末の徳川家康の江戸城入城以降、姿を消していった生物も多かったと考えられる。特に都市化の影響は、多くの皇居内のモミ、スギの大木が枯れるなど明治末頃から顕著となり、公害問題が深刻化する1970年代には光化学スモッグによって地衣類が打撃を受け、ガの仲間のコケガが姿を消すなど、近代以降多くの動植物が姿を消したと考えられる。大型地衣類については、現在もその姿が見られない。
皇居の生物相の構成要素としては、外部から意図的に持ち込まれた植栽や、それに付随する生物の移動も重要である。例えば江戸時代に植栽されたモミとともに生き続けてきたと考えられるカイガラムシの仲間のモミニセカキカイガラムシの存在や、御苑内の落葉広葉樹の森は、かつて庭園であった時代に植栽された木々が林になったものと考えられ、現在の吹上御苑の生物相にも江戸時代に庭園化された時代の影響が残っている。そして陸産貝類、カメムシ目のように植栽によって持ち込まれた可能性が高いとされる種も見られる。また陸産貝類など多くの分類群で外来種と考えられる種の存在も確認されている。
また調査の中で、藻類、ササラダニ、ミミズなどいくつもの分類群で、新種や未記載種が発見されている。それらについては皇居が持つ豊かで多様な自然環境を示しているとともに、クマムシについてはこれまであまり調査されていなかった環境から見つかったことなど、これらの群についての調査研究がこれまで十分に行われていなかった点が、皇居の生物相調査で新種や未記載種の発見が相次いだ原因と考えられる。
またトンボ類と同じく水生のカメムシ目も静水域を好む種中心の分布であることも特徴として挙げられる。
水生のカメムシ目は、トンボ類と同じく昭和62年(1987年)、昭和63年(1988年)に調査が行われているが、このときの調査で確認された種のうち5種が平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では確認されなかった。5種とも昭和62年(1987年)、昭和63年(1988年)に確認された時、生息数が極めて少なかったため、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査では見落としをした可能性もあるが、約10年の間に絶滅した可能性も否定できない。水生カメムシ類は一般的に移動能力が低いため、東京の都市部に囲まれている皇居では、いったん絶滅してしまうと、再び皇居内で生息することは極めて困難であると考えられる。