ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
HATは伝統的に、細胞内局在によって2つのクラスに分類されている。タイプAのHATは核内に位置し、クロマチン中のヌクレオソームヒストンのアセチル化による遺伝子発現の調節に関与している。これらにはブロモドメインが存在し、ヒストン基質のアセチル化リジンの認識と結合を補助している。GCN5(英語版)、p300/CBP、TAFII250(英語版)はタイプAのHATの例であり、アクチベーターと協働して転写を亢進する。タイプBのHATは細胞質に位置し、新たに合成されたヒストンがヌクレオソームへ組み立てられる前の段階でのアセチル化を担う。このタイプのHATの標的はアセチル化されていないため、ブロモドメインは存在しない。タイプBのHATによってヒストンに付加されたアセチル基は、核内へ移行してクロマチンへ組み込まれるとヒストンデアセチラーゼ(HDAC)によって除去される。HAT1(英語版)はタイプBのHATとして知られているわずかな例の1つである。こうした歴史的分類がなされている一方で、一部のHATは複数の複合体や部位で機能するため、特定のクラスへ振り分けることが難しい場合もある。
p300/CBPもヒストン以外の基質が多く存在し、非ヒストンクロマチンタンパク質HMG1、HMG-N1/HMG14(英語版)、HMG-I(Y)、転写アクチベーターp53、c-Myb(英語版)、GATA1(英語版)、EKLF(英語版)、TCF、HIV Tat、核内受容体コアクチベーターACTR、SRC-1、TIF-2、基本転写因子TFIIE、TFIIFなどがアセチル化される。その他の基質としては転写因子Sp1、KLF5(英語版)、FOXO1、MEF2C(英語版)、SRY、GATA4(英語版)、HNF6(英語版)、HMGB2(英語版)、STAT3、アンドロゲン受容体、エストロゲン受容体α、GATA2、GATA3(英語版)、MyoD、E2F(1-3)、p73α(英語版)、Rb、NF-κB(p50, p65)、SMAD7(英語版)、インポーチンα(英語版)、Ku70、アデノウイルスE1A、D型肝炎ウイルスS-HDAg、YAP1、β-カテニン、RIP140(英語版)、PCNA、DNA代謝酵素FEN1(英語版)、チミンDNAグリコシラーゼ(英語版)、WRN、STAT6(英語版)、Runx1 (AML1)、UBF(英語版)、Beta2/NeuroD、CREB、c-Jun(英語版)、C/EBPβ、NFE2(英語版)、SREBP(英語版)、IRF2、Sp3(英語版)、YY1、KLF13、EVI1、BCL6、HNF4(英語版)、ER81、FOXO4 (AFX)(英語版)が挙げられる。