FCカルタヘナ
マヌエル・アルムニア 1999-2000
ルーベン・マルティネス 2008-2010
キコ・カシージャ 2010-2011
2023年9月11日現在
注:選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
※括弧内の国旗はその他保有国籍、もしくは市民権、星印はEU圏外選手を示す。
カルタヘナ市最大のクラブであるカルタヘナFCが深刻な財政難に陥ったため、1995年7月25日にカルタゴノバFCが設立され、フロレンティーノ・マンサーノが初代会長に就任した。1998年にセグンダ・ディビシオンB(3部)に昇格した。2003年にFCカルタヘナに改名し、会長の座はルイス・オリベル・アルベサに引き継がれたが、クラブは財政難に直面し、降格寸前に陥った。地元の実業家のフランシスコ・ゴメス・エルナンデスがクラブを救い、セグンダ・ディビシオンBでの地位を固めた。
2008-09シーズンはセグンダ・ディビシオンBグループ2を首位で終え、プレーオフを勝ち抜いて、初のセグンダ・ディビシオン(2部)昇格を決めた。2009年夏にはアーセナルFCで活躍したパスカル・シガンやスペイン代表経験のあるビクトルなどのベテラン、若手有望株のオスカル・シエルバなど、積極的な補強を施してシーズンを迎え、シーズンを通してプリメーラ・ディビシオン(1部)昇格争いに絡んだが、41節のレクレアティーボ・ウェルバ戦(0-1)に敗れて昇格の望みは潰えた。