小歩危ダム計画
こうして複数の案が呈示されたわけであるが、最終的には何れの案も採用されなかった。それは四国地方総合開発審議会の中における合意形成が図れなかったためである。その最大の原因になったのが徳島県による吉野川分水への反対であった徳島県にとっては最大の穀倉地帯である徳島平野の水源に吉野川を利用しており、慣行水利権を古くから所有している。昭和30年代に愛媛県の銅山川分水が違法取水に及んでいたことが発覚したことにより、徳島県は分水に嫌悪感を抱き、吉野川からの分水計画には強硬に反対していた。このため関係自治体との調整に手間取り、計画は手付かずのまま長期化することになったのである。こうした膠着状態が続くうち、今度は四国電力が審議会からの離脱を表明した。それは電源開発の遅れが経常利益に影響を及ぼしかねないことに苛立ちを覚えていた四国電力が、水利権問題に解決を見出せない審議会に対して痺れを切らしたのが理由である。四国電力は離脱後単独で徳島県と交渉を成立させ水力発電事業に着手、大森川と穴内川のダム計画に着手した。そして1959年(昭和34年)に大森川ダム、1963年(昭和38年)には穴内川ダムを完成させ、揚水発電による電力供給を開始した。この時点で穴内川治水計画が消滅した。
建設省と電源開発は再度吉野川総合開発の検討を行い、最終的に治水事業は早明浦ダムに絞り、小歩危ダムと池田ダムは発電専用として計画を進めることになった。1966年(昭和41年)の第44回電源開発調査審議会において出力は合計8万5,000キロワットの揚水発電に規模を減らし、池田ダムで逆調整を行う方針とし、小歩危ダムは電源開発A案に沿って高さ38.0メートル、総貯水容量1千万トンの規模で計画変更が承認され、再度調査が開始された。
経済安定本部と建設省、四国電力、1952年(昭和27年)より加わった電源開発及び四国四県の関係する機関・自治体は「四国地方総合開発審議会」を設置して吉野川水系の河川総合開発事業について協議・検討した。その結果治水(洪水調節)と利水(かんがい、水力発電)に焦点を当てた開発計画としたのである。
経済安定本部が示した原案では吉野川の本流に二つの巨大ダムを建設し、その下流に二ダムから放流された河水を平均化させて下流への水位変化を抑制する目的を持った逆調整池の計三ダムを建設し、支流の大森川と穴内川、そして銅山川にもダムを建設して治水と利水を図ろうとするものである。この後修正案が二つ、電源開発からの案も二つ出され、原案と併せると五つの案が登場した。五案の内四案は先述の巨大ダム二基を建設するのが柱となっており、一つは現在「四国のいのち」と呼ばれ四国四県の水がめとなっている早明浦ダム(さめうらダム)、そしてもう一つがこの小歩危ダムであった。以下各案における小歩危ダムの規模と役割について説明する。
修正第一案では小歩危ダムや岩戸ダムの水没予定地の関係から両ダムの計画は削除され、その代わりに小歩危ダム下流部の三好郡池田町大田付近、祖谷川合流点下流に大佐古ダムを建設し、小歩危・岩戸両ダムの目的を統一させるという案である。この大佐古ダムは高さ146.0メートル、総貯水容量6億7,600万トンであり、現在日本において最も貯水容量の大きい徳山ダム(揖斐川・岐阜県)をも超える超巨大ダム計画であったが、計画が巨大すぎたため立ち消えとなっている。