日本航空の運航機材
自主運航開始後には早くも自社でパイロットを養成するため練習機を導入し、その後もジェット訓練専用機材であるダッソー・ファルコン20を導入するなど 機材ラインナップの拡充を行った。
初等訓練はビーチクラフト・ボナンザやダイヤモンド・エアクラフト DA-40、中等訓練はビーチクラフト・バロン、多発タービンの資格取得はビーチクラフト・キングエアで行い、フライトシミュレーターや有償運航での訓練で型式別の認定を受け正式なパイロットとなる。なお運航機材以外の訓練は現地のフライトスクールに委託されているため、機材は年度よって異なる。
訓練はアリゾナ州フェニックスのファルコンフィールド飛行場やグアム国際空港で行っている。かつては下地島空港や仙台空港、アメリカのナパで行われていた。
旧塗装のビーチクラフト・キングエア
ボーイング737-800(35機、JA301J・JA302J・JA306J - JA309J・JA311J・JA314J・JA316J・JA318J・JA319J・JA322J - JA323J・JA327J - JA347J・JA349J) 国内線ではマクドネル・ダグラス社の機材を置き換えた。マグドネル・ダグラスMD-90/MD-81型機よりも座席数は増加しているが、その一方で燃費が向上している。2008年4月からはJALエクスプレス(JEX)所属機としての導入が行われた。JALエクスプレス所属機については、2014年10月のJALエクスプレスの日本航空への吸収合併により、全機が日本航空に移籍している。主に羽田発着の地方路線を中心に165席仕様(クラスJ:20席/普通席:145席)で運航中である。JALの737-800のうちJA337Jは同機種における現行鶴丸塗装の初号機となり、東日本大震災後の仙台空港初便となる羽田 - 仙台便にアサインされた。更に2016年2月からは日本トランスオーシャン航空(JTA)にも導入された。基本的な仕様と座席配置はJAL本体と共通。また、同機の最終号機であるJA350Jは2020年1月に日本トランスオーシャン航空へ移籍、追ってJA348JもJTAへ移籍された。新型コロナウイルス感染症の影響により2022年1月にJA325Jが退役し、一部のリース機が退役をした。
経年化や運航コスト圧縮のために2011年3月1日、国際線運用としてホノルル発成田行のJAL75便、国内線運用として沖縄発成田行のJAL3098便を最後に全機退役した(往路便は共に2月28日に出発)。 同機の退役により、同社のフリートから4発エンジン旅客機がなくなった。退役が迫り、成田の駐機場に集まる747-400
ボーイング747-400D ボーイング747SRに代わり、国内線運用機として導入された。ボーイング747-400との違いは、主翼端のウイングレットが取り付けられていないことである。同社の国内線向けの機体としては最大規模の機材であった。導入数は8機。有償座席数は退役時点で546席仕様(クラスJ:80席/エコノミー:466席)で運航された。主に東京 - 札幌・大阪(伊丹)・福岡・沖縄等の高需要路線(他には名古屋-沖縄)で運航された。しかし、2006年4月より前記の高需要路線の一つである伊丹空港で、4発エンジン機の就航が禁止になったことに加えて、300席から500席をカバーできるボーイング777-200/-300型機が台頭したことで国内線での活躍範囲が狭まっていった。機種削減のため、2011年2月18日の沖縄-東京線のJAL914便を最後に定期便路線から退役した(同年2月19・20日には、退役ツアーが行われた)。1972年8月1日に東京 - 沖縄線で国内線就航を開始して以来(当時は在来型)、この-400D型機の退役により同社のボーイング747による39年の国内線運航の歴史を終えた。
マクドネル・ダグラスDC-10-40 1976年から1980年代中盤にかけて-40型を導入し、国際線の他、センターギアを外して国内幹線に使用した。