大垣藩
慶長6年(1601年)2月、家康譜代の家臣・石川康通が上総国鳴渡から5万石で入った。しかし慶長12年(1607年)7月、康通が父の石川家成に先立って死去したため、家成が再び家督を継いで第2代藩主となった。慶長14年(1609年)10月、家成が死去すると、家督は養嗣子として迎えた石川忠総が継いだ。忠総が藩主の時代には大垣城に総堀が開鑿されている。忠総が大坂の陣で戦功を挙げたこともあって、元和2年(1616年)9月26日に豊後国日田藩に移封された。
元和2年(1616年)9月28日、下総国関宿藩より松平忠良(久松松平氏)が5万石で入る。治世約8年の後、寛永元年(1624年)5月18日に忠良が没すると、跡を継いだ松平憲良は幼少のため、同年9月に信濃国小諸藩へ移封された。
寛永元年(1624年)12月20日、丹波国福知山藩より岡部長盛が5万石で入る。寛永9年(1632年)11月に長盛が没し、岡部宣勝が藩主となったが、約半年後の寛永10年(1633年)3月19日に播磨国龍野藩へ移封された。
寛永10年(1633年)3月23日、山城国淀藩より松平定綱(久松松平氏)が6万石で入る。さきに藩主であった松平忠良と定綱は従兄弟の関係にあたる。定綱が大垣を治めたのは2年のみで、寛永12年(1635年)7月28日に伊勢国桑名藩へ移封された。