ヤンマー
マイクロガスコージェネおよびミラーサイクルガスコージェネが平成11年度省エネ大賞を受賞。「ヤンマーエネルギーシステム製造株式会社」を設立。
2002年(平成14年) - 創業90周年を迎え、社名を「ヤンマー株式会社」に変更する。それに伴い「ヤンマーマリンインターナショナル」「ヤンマー舶用システム株式会社」「ヤンマー物流サービス株式会社」を設立。
2003年(平成15年) - 「ヤンマーエネルギーシステム株式会社」を設立。中国に「洋馬発動機(上海)有限公司」「山東時風洋馬発動機有限公司」をそれぞれ設立。
2004年(平成16年) - 国内に「ヤンマー建機株式会社」および「ヤンマー建機販売株式会社」を、タイに「ヤンマー農機タイランド」をそれぞれ設立。
2005年(平成17年) - シンボルマーク(ブランドロゴマーク)を刷新。韓国に「ヤンマー農機韓国株式会社」を設立。
2006年(平成18年) - 立形汎用エンジンが生産累計500万台を達成。インドに駐在員事務所を開設。東近江木質バイオマス発電共同研究における試験を開始。北米でのトラクター販売会社「C.U.T. Supply Company LLC」を設立。
2007年(平成19年) - 1933年(昭和8年)に製造および販売された同社初の汎用小型水冷横型ディーゼルエンジン(発動機)「HB型」が機械遺産(8号)に認定。ヤンマー農機(株)社長に阿部修司が就任。北米における農機事業会社「YANMAR AGRICULTURAL MACHINERY AMERICA CORP」を設立。これに伴い現地にて小型汎用トラクターの生産を開始。北米の関連会社を再編成する。
2008年(平成20年)3月期までの2年間に亘り約3億円の申告漏れがあったことを、2009年(平成21年)9月に大阪国税局の税務調査で指摘されたことが判明した。このうち約2億円については、仮装や隠蔽(海外子会社との業務委託契約の委託費として計上したが、実体が無いとされた)など意図的な所得隠しと認定され、約1億数千万円を追徴課税された。 また、同社は2012年(平成24年)2月にも、海外子会社への農業機械の販売を巡り、「実質的な資金援助に乗当たる」と判断され、同国税局から2010年3月期までの3年間で約1億2,000万円の所得隠しを指摘され、このほか、2015年(平成27年)8月にも、大阪国税局の税務調査を受け、2014年3月期までの3年間で、製造工場の設備修繕費を巡り、約1億円の所得隠しを指摘された。なお、ヤンマーホールディングスによると、経理ミスなどの申告漏れ総額は約19億円で同社は重加算税を含む追徴税額約8億円を全額納付した。関係者によると、同社は、滋賀県内の製造工場の設備の修理用部品を修繕費として計上したが、同国税局は「貯蔵品として資産に計上すべきで、費用には当たらない」と認定し意図的に経費を水増しして所得を圧縮していたと判断したとみられる。
菊地陽子 - 1983年(昭和58年)頃、田植機「すこやか」シリーズおよびコンバイン「カルテット」シリーズのCMに出演。
石田えり - 1989年〜1990年(平成2年)にトラクター「スーパーフォルテ&USシリーズ 友情を大切にしようね」篇のCMに出演。1980年代末期〜1990年代初頭に象徴される農業機械のCMらしくないライトな感覚のCMが印象的だった。
中島啓江 - 1990年代中期に乗用田植機「高速ニューすこやか」シリーズのCMに出演。
森島寛晃 - 1998年(平成10年)にトラクター「エコトラ」のCMに出演。
舞の海秀平 - 1999年(平成11年)〜2001年(平成13年)に丸ハンドル(FDS:Fulltime Drive System)コンバイン「GCシリーズ」のCMに出演。その後スモールクラスのトラクター「Ke(ケー)シリーズ」のCMにも出演した。
香川真司 - 2011年にCMに出演。
緒形拳
2005年(平成17年)2月と2006年(平成18年)2月から同社のびわ工場で勤務していた派遣労働者の男性2人が、1年の派遣契約を超えた状態で派遣労働が続いたことから、2008年(平成20年)2月にこの旨を滋賀労働局に申告し、同労働局は同社に対し是正勧告を実施した。しかしこれを受け同社は、これら2人の派遣労働者を、同年9月から5ヵ月間の期限付きでの直接雇用に切り替え、翌2009年(平成21年)2月に契約が終了したとして解雇した。これについて、この2人の派遣労働者は、解雇は違法だとして、同年3月12日に、正社員としての地位確認を求める訴えを大阪地裁に起こし、2009年現在係争中。