西九州新幹線
新幹線計画を推進したい佐賀・長崎両県は、両市町との協議を継続しつつ、並行して新幹線の工事着手が可能となる方法を模索していたが、2007年(平成19年)12月17日、佐賀・長崎両県とJR九州の話し合いにより「並行在来線を引き続きJR九州が運行する方向」で合意した。合意内容は以下2点。
JR九州による並行在来線の運行は新幹線開業後の20年間とし、21年目以降の扱いについてはその時点で再び三者で協議する(JR九州の当時の社長石原進は21年目以降の扱いは「当社の他の路線と同じ」との見解を示している)。
鉄道設備はJR九州が集中的に整備した上で佐賀・長崎両県へ14億円にて有償売却し、並行在来線に指定された肥前山口駅 - 諫早駅間を「上下分離方式」で運営する。
この合意内容について、佐賀県知事の古川康は記者会見で「これは経営分離ではない、JRがそのまま続けるということにほかならない」「今回の案、合意で、鹿島市と江北町の(経営分離に対する)同意は必要なくなった」という趣旨の発言を行った。また、当初は肥前山口駅 - 諫早駅間の地上設備はJR九州から無償譲渡される予定を14億円での有償譲渡に変更しているが、これについて佐賀・長崎両県は、第三セクター鉄道設立時に想定していた車両購入費等の開業時の初期費用約16.4億円よりは少ない、と説明した。
一方でこの案については、経営分離への不同意を貫く鹿島市と江北町長を疎外した推進派三者による恣意的な合意であり、「実質的に経営分離ではないのか」との疑問の声が生じており、江北町長等も「経営分離にあたる」として直ちに異議を唱えたが、国土交通省は、2008年(平成20年)1月23日に開催された政府・与党のワーキンググループ会合において、この案は「経営分離にはあたらない」との見解を示した。
鹿児島本線・長崎本線の博多駅 - 肥前鹿島駅間に、特急「かささぎ」が1日上り9本、下り8本新設される。なお、早朝の下り1本(かささぎ101号)のみ、鹿児島本線・門司港駅 - 肥前鹿島駅の運行となるほか、従来の「かもめ」のうち佐賀駅発着の1往復も「かささぎ」に組み込まれる。
普通列車は佐賀方面からの直通電車が1日上り13本、下り11本運行されるほか、後述の非電化区間へ直通する気動車列車が運行される。
熊本総合車両所大村車両管理室:熊本総合車両所の付属機関として、新幹線車両の保守、点検を行う。大村市竹松町に設置。