スカル隊
ロイ・フォッカー少佐が小隊隊長を務め、一条輝、マクシミリアン・ジーナス、柿崎速雄(いずれも少尉)3名を率いる4機編成。空母プロメテウスに所属していたが、ゼントラーディ軍との緒戦において同艦が撃沈されたため、マクロス(宇宙空母アームド)航空隊に編属された。フォッカーと一条がゼントラーディ軍に捕まり行方不明となったため、ジーナスが大尉に昇格し、新隊長に昇進。のちに一条が復帰して3機編成となるが、メルトランディ軍との戦闘で柿崎が戦死し、ジーナスも行方不明となる。よって一条が隊長に昇進し、最終決戦においてゴル・ボドルザー打倒の特別任務を遂行する。 VF-1S(小隊指揮機:スカル1:機体番号001) VF-1A(隊員機:スカル11 - 13:機体番号011 - 013)

劇場版では部隊規模が小隊に固定され、隊長が空位になった場合は隊員が昇格し、小隊指揮用のVF-1Sを受領する形が採られている。また、劇場版のオペレーターのアナウンスではスカル小隊以外にも「エイセス」、「アポロ」、「エンジェル」という小隊の存在が語られている。
富田祐弘によるノベライズではほかにも、フォッカーと輝の間を埋める先輩パイロットが複数いるが、序盤の戦闘で戦死する。