東京大学 (1877-1886)
このこともあって医学部は池田謙斎、法理文3学部は加藤弘之と、それぞれ異なる「綜理」(現在の東大総長に相当)を頂いており、実態は2校の連合体に過ぎなかった。『東京大学100年史』においても、1877年の統合について単なる名称変更に過ぎず大学建設への積極的な方針や抱負はみられないとしている。東京大学時代の1880年以降、毎年全学部合計で50人前後(うち約半数が医学部)ではあるが、全学部が継続的に卒業生を出し続けるようになったのが、開成学校・東京医学校時代との最大の違いである。
1881年の機構改革により、同年7月6日以降、東大は初めて単一の「総理」(初代は加藤弘之)を持つことになり(同時に4学部に「学部長」職が新設された)、2校はようやく名実ともに統合され、総合大学としての東京大学が実質的に成立することになった。また、神田錦町に所在していた法理文3学部は、東京大学設立以降1885年にかけて医学部に隣接する本郷の新校舎に移転して校地の統合が完了し、現在の東大本郷キャンパスの原型が形成された。