リジェ・JS29
しかし9月になるとオーナーのギ・リジェはメガトロンエンジンへの不満も大きくなり、チューナーのハイニ・マーダーとの関係が険悪なものになっていた。ギ・リジェはそれまでも完走できないことが多いエンジンに業を煮やしていたが、第11戦イタリアGPでチームが新しいデファレンシャルギアを投入した結果、シャシーバランスが良好な方向に変化した。決勝レースでも8位と10位で2台完走を果たすまずまずの結果を残したが、ギ・リジェは「チームの新パーツの成果をエンジンが台無しにしている」と感じ、ハイニ・マーダーとの亀裂は決定的なものになった。
第15戦日本GPでは、アルヌーがスタートでラルース・ローラのフィリップ・アリオーをフェンスへと追い出し、準地元レースだったレイトンハウス・マーチのイヴァン・カペリとはヘアピンで接触、リタイアに追い込まれたカペリは激怒した。アルヌーは痛めたタイヤを交換してレースを続行し、7周を残してガス欠でリタイアとなったが、レース後JS29Cに燃費を無視したフル・ブーストの加給圧を掛けて走らせていたことが判明し「僕は絶対に、このレースでは負けるわけにはいかなかったんだ」との謎めいた発言を残した。最終戦オーストラリアGPではギンザーニがレース序盤にしてエンジントラブルが発生しリタイア、アルヌーもレースの半分で電気系統トラブルのため全滅となり、JS29Cのグランプリ参戦は終了した。
1988年は、JS29Cに代わって開幕戦からジャッド・CVエンジンを搭載した新車JS31が投入された。