ミッドナイトチャンネル
24:05 - 24:10 大河ドラマダイジェスト(放送当日のストーリーの5分版 地上波☆)
24:10 - 24:40(4 - 6月)→24:40 - 25:10(9月以後) よる★ドラ(4 - 6月はアンコール放送)
24:40 - 25:10(4 - 6月)→24:10 - 25:10(7・8月)→24:10 - 24:40(9月以後) 季節ごとの編成 4・5月 頭がしびれるテレビ(☆) 6 - 9月は週代わりの単発番組 10月7・14・21日 関ジャニ∞の明日はどっちだ(☆ 当初は9月30日から3回の放送予定だったが、台風情報のため10月7日からに延期) 10月28日 - 12月 ディープピープル(☆) 1月 - は週替わりの単発番組
25:10 - 25:40 ヨルアニ(地上波☆、ないしは教育テレビでの過去の番組のアンコール放送) 4月 - 2013年3月 へうげもの
24:00 - 24:45 世界ふれあい街歩き(☆ BSハイビジョン放送の番組を地上波初回放送。関西地区のみ上方演芸ホール=☆を放送するため同番組の放送はなし)
24:45 - 24:55 ふだん着の温泉
25:10 - 25:55 プロフェッショナル 仕事の流儀
25:55 - 26:35 探検ロマン 世界遺産
23:55 - 24:25 コンとコトン(☆)
24:25 - 25:10 ガッテン!
25:10 - 25:40 よるドラ
25:40 - 26:10 クローズアップ現代+選(当該週に放送した左記番組から、反響の多かったものを再放送)
24:00 - 24:30 アニメ(☆)
28:15 - 28:20 ミニ番組
28:20 - 28:25 手話ミニ番組
28:25 - 28:30 名曲アルバム
28:30 - 28:35 みんなのうた
28:35 - 29:00 うまいッ!
24:00 - 24:30 爆笑オンエアバトル(☆)
24:30 - 24:55 アニメSAMURAI7(☆)
25:10 - 25:40 謎のホームページ サラリーマンNEO(シーズン1 9月まで)→生物彗星WoO(10月から 地上波☆ 大相撲期間中も25:10からの放送だった)
25:40 - 26:10 ゆるやかナビゲーション ゆるナビ
24:40 - 25:25 プロフェッショナル 仕事の流儀
25:25 - 25:55 SONGS
25:55 - 26:25 タイムスクープハンター(9月まで)→週替わり(10月から)
26:25 - 26:35 特ダネ!投稿DO画
開始当初、毎週日曜日(年末年始は除く)の深夜と年数回の特定期間、機械メンテナンスのある期間は放送を一部休止していたが2000年7月以降はその期間(主に毎月第1・3週の日曜深夜と春・秋の特定期間)を設けているものの各放送局が任意で休止(または減力出力放送)日時を設定している為、以前のような一斉休止は無くなった(但し、2001年10月にNHK大阪放送会館が旧会館の隣接地に移転した時の放送設備更新時、および2004年3月と6月にNTT中継回線をアナログマイクロ波から光ファイバーのデジタル回線に移行する際に全国一斉に休止となったことがある)。
また天災(地震、台風など)や重大な事件・事故が発生した場合はその速報体制を行うため番組が休止や変更になることもある(台風・大雨災害の場合は特に特別警報に相当する大規模な暴風雨や集中豪雨の発生する恐れがあるもの以外は通常30分、若しくは1時間の間隔で最新情報を1回10 - 20分程度放送し、それ以外はフィラーとして天気図・アメダス・警報一覧などを静かめのBGMを絡ませて放送している。特別警報相当の台風(東日本台風の場合は、2019年10月12日の午前中から10月13日午前中までほぼ中断なしで、全ての定時番組を返上して断続的に台風情報を放送した)・大雨、震度6強以上のレベルの地震・津波の発生の恐れがある時や重要な事件・事故など、被害状況がひどい場合は中断せず断続的に放送することもある)。
そして1997年4月から本格的な24時間放送に移行するに当たって、帯番組としてスタートを切った。原則として毎日25 - 26時台の時間帯で編成されており、これまでに放送されたNHKのテレビ番組(これも地上波、衛星波を問わず)の中から特に視聴者の反響の多かった作品をセレクトして放送する。なお1999年までは曜日により0時台にもアンコール枠「ナイトセレクション」を継続して編成していたが、2000年の大規模改編により当番組へ統合された。
番組開始当初の1997年度は日替わりでジャンルを分けていた。
月曜深夜:地域放送セレクション(地方局が制作したローカル番組・およびBS向けの全国放送のアンコール)
火曜深夜:生活情報番組セレクション
水曜深夜:BSセレクション(BSで放送された教養番組からのアンコール放送)
木曜深夜:スポーツセレクション(直近のスポーツ中継の再放送・スポーツ関連番組からのアンコール放送。大リーグハイライトも行われた)
金曜深夜:海外ドラマセレクション
原則23:55 - 24:55 NET BUZZ(放送する番組により短縮・延長あり。短縮版である場合は24:55までフィラー番組を放送 ☆)
原則24:55 - 26:10 鶴瓶の家族に乾杯、プロフェッショナル 仕事の流儀特別篇、ファミリーヒストリーのいずれか
28:00 - 28:07 ミニ番組・NHKプレマップ他
28:07 - 28:30 うまいッ!
24:00 - 24:40 ポップジャム(☆)
24:40 - 24:45 NHKニュース(土曜日付け最終)(☆)
24:45 - 24:50 NHKプレマップ
28:25 - 28:55 国宝探訪
(2019年度前期)
23:50 - 24:40 逆転人生
24:40 - 25:10 よるドラ
25:10 - 25:40 SONGS]
25:40 - 26:10 クローズアップ現代+選(当該週に放送した左記番組から、反響の多かったものを再放送)
(2019年度後期・2020年度前期)
23:50 - 24:20 金曜日のソロたちへ(☆)
24:20 - 25:05 逆転人生
25:05 - 25:35 よるドラ
25:35 - 26:05 SONGS
26:05 - 26:35 クローズアップ現代+選(当該週に放送した左記番組から、反響の多かったものを再放送)
26:40 - 27:05 ドラマ・恋するマンハッタン
23:50 - 24:35 ブラタモリ
24:35 - 25:19 ドラマ10
28:00 - 28:10 ニッポンの里山 ふるさとの絶景に出会う旅
2000年 3月30日 - 北海道・有珠山噴火 5月3日 - 佐賀 - 広島・西鉄バスジャック事件(※)
2001年 9月1日 - 東京都歌舞伎町での雑居ビル火災(※) 9月11日 - アメリカ同時多発テロ事件 10月8日 - アフガニスタンへのテロ報復攻撃 11月13日 - アメリカン航空587便墜落事故(※)
2003年 2月1日 - コロンビア号空中分解事故(※) 3月20日 - イラク戦争開戦(フセイン政権が崩壊した後の4月3週目頃まで1時台のみ内容を変更して放送。同年4月11日以後2 - 4時台は映像散歩が流された)
2004年 4月8日 - イラク日本人拘束問題(事件解決までの間、通常編成(時間割を一部変更)を行いつつ臨時に毎時00分から5分程度のニュースを放送した) 10月24日 - 新潟県中越地震
2011年3月11日 - 東日本大震災(東北地方太平洋沖地震及び東京電力・福島第一原子力発電所での事故。
24:10 - 24:55 ポップジャム(☆)
24:55 - 25:55 今週の夜の連続ドラマ
24:45 - 25:35 プロフェッショナル 仕事の流儀
23:40 - 24:25 ブラタモリ
原則24:25 - 25:14 NHKスペシャル(原則として前週日曜 21:00 - 21:50放送分)
原則25:14 - 25:59 ドラマ10
24:15 - 25:00 その時歴史が動いた
25:00 - 25:05 NHKプレマップ
(以下10月以後)
25:05 - 25:50 ためしてガッテン