柳生川
殿田川 南殿田川 - 源流は豊橋市大岩町北山 長三川
山中川(黒福橋以東は岩田大橋を除いて銘板に内山川と表記) 地蔵川 - 源流は豊橋市岩崎町長尾(葦毛湿原) 三太郎排水路
山田川
富田川
師団都市下水路 - 高師原北部から西流
牟呂用水(新川)
1933年(昭和8年)1月から1936年(昭和11年)2月に柳生川の運河化工事が行われた。豊橋市が柳生川沿岸を工業地帯としたことで、1937年(昭和12年)10月には柳生川運河の拡張工事に着手したが、戦争が深まる中で資材や人手が不足して中止された。1943年(昭和18年)頃には柳生川沿岸にユタカ産業や第一繊維などの企業が進出している。
1953年(昭和28年)の昭和28年台風第13号では柳生川の堤防が決壊した。護岸の復旧工事と同時に運河の工事も行われ、製糸工場の燃料用石炭・大豆・菜種などを積載した船舶が柳生川を航行した。豊橋飼料(マルトグループ)の貯蔵施設が明海町に移転したことで、1998年(平成10年)頃には貨物船が柳生川に出入りすることもなくなった。