第9回日本フットボールリーグ
↑ 天皇杯出場権獲得
第9回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうちTDK SC、FC岐阜が前シーズンの全国地域リーグ決勝大会からの昇格クラブである。SC鳥取が組織変更し、ガイナーレ鳥取になった。また、ジェフ・クラブが名称を変更し、佐川急便東京SCと佐川急便大阪SCが合併した(チーム名称は佐川急便SC)。
※前年度成績=特記なきものは第8回JFL(2006年)の成績である。
色付のチームは2007年シーズン開幕時のJリーグ準加盟チーム