函館運輸所
函館駅構内にあり、主に函館本線(函館 - 長万部間)で運用される電車・気動車のほか、特急列車で運用される気動車が配置される。また、函館支社の車掌・運転士が所属している。当初は函館機関庫として発足したが、後に函館運転所に改称し現在に至る。
2023年(令和5年)4月1日現在の所属車両は以下のとおり。なお、所属車両の略号は旅客車両が「函ハコ」(函館支社=函+函館=ハコ)、機関車が「函」。車両はすべて本所に所属している。
DE10形ディーゼル機関車(3両) 1500番台の3両 (1737 - 1739)が配置されている。 現在所属する3両は1661号機(2017年釧路へ転属)とともに青函トンネル救援用として津軽今別駅や木古内駅に待機していたが、北海道新幹線開業後は運輸所内での入れ替え作業や、キハ261系・733系の苗穂工場入出場回送時の牽引車として用いられている。 また、3両ともキハ261系・733系といった密着連結器装備車と連結する際の利便性向上のため、2017年から2018年にかけ双頭(両用)連結器を装備する改造が行われている。 かつて配置され、2015年度に釧路運輸車両所と旭川運転所に転属した4両のうち2両 (1690, 1692)は黒色塗装で、「SL函館大沼号」の補機としても使用されていた。