萬昌院功運寺
糟屋武則(戦国武将、賤ヶ岳の七本槍の一人)の墓(武則の墓は自身の居城・加古川城跡である兵庫県加古川市の称名寺にもある)
水野成之(旗本、旗本奴として著名)の墓
吉良家の墓 吉良義央の墓もある(義央の墓は自身の領地であった愛知県西尾市の華蔵寺にもある)。
小林央通、清水義久の墓 元禄赤穂事件で斬殺された吉良家臣の墓。
今川家の墓 萬昌院を開いた今川長得などの墓や供養塔がある。
永井家の墓 功運寺を開いた永井尚政の一族の墓がある。永井尚長(尚政の孫)は、増上寺で行われていた将軍家の法要中に刃傷を受け殺害された人物だが、加害者の内藤忠勝は浅野長矩の叔父に当たる。これにより一旦断絶した永井家は尚長の弟によって再興され、その末裔である大和新庄藩主累代の墓も本寺にある。
栗崎家の墓 江戸時代の外科医・栗崎家三代(道喜・初代道有・二代道有)の墓。なお、二代栗崎道有は松の廊下で斬られた吉良義央を治療している。
大関増業(下野黒羽藩主、国学者)の墓
初世歌川豊国(浮世絵師)の墓
林芙美子(小説家)の墓
1960年までは当寺院内に江戸時代の町奉行・大岡忠相の墓もあったが、大岡家の菩提寺であった神奈川県茅ヶ崎市の浄見寺に移転した。
拝観は日中の時間帯のみ無料。
本堂
吉良家四代の墓
当寺院が母体となって隣接してある幼稚園「まこと幼稚園」を運営している。