堀井動物園
2007年5月6日、搬送中の肺魚を新潟県長岡市の北陸自動車道上り線に落としたが、肺魚は拾得物として届けられ、動物園に返還された。
2008年1月4日、動物を保温する赤外線ライトが原因となったボヤを起こし、ヘビ1匹が焼死した。その後、2011年2月25日未明には、倉庫の火災によってベンガルトラやマントヒヒなど多数の動物が焼死した。
2013年5月8日未明には、ヤマアラシ3頭が逃げ出し、警察も出動したが、同日夜までに全頭が捕獲された。
2015年の8月から9月までの間、めっちゃさわれる動物園でオナガザル科のアビシニアコロブス1匹、移動式の堀井動物園でタカ科のハクトウワシ1羽(いずれも特定動物)を県の許可なく飼育した動物愛護法違反の容疑で園長が逮捕、起訴された。2018年12月28日、30万円の罰金刑の判決が下り、控訴審・上訴審ともに棄却され、有罪が確定している。
「めっちゃさわれる動物園」に、施設の狭さから頭を打ち付ける異常行動が出て額から流血したライオンがおり、ネットで炎上した。動物の飼育方法をめぐっては動物愛護団体などからの問い合わせが多く、滋賀県動物保護管理センターからは文書により飼育方法の改善について指導を続けてきた。