関西六大学野球連盟
一方、残った2校(大阪商業大学と京都産業大学)は「リーグ解散は無効であり、他の4校は自主的に脱退した。」と主張し、連盟を継続維持するために、下部リーグの中から脱退した新リーグを結成した6校を除いた、かつて関西六大学に所属した実績のある大学である5校に呼びかけ、その呼びかけに応じた4校(神戸大学のみが応じなかった)を臨時に昇格させ関西六大学野球連盟の継承を宣言した。これが現在に続く関西六大学野球連盟になる。
この措置の理念は、本来的には関西六大学野球連盟(旧連盟)の継承と連合の維持継続にあったわけだが、結果的には下部3連盟からの同意が得られず、実質的に臨時昇格させた4校を含めた6校のみの固定された新リーグの結成となった。よって、連盟旗や連盟規約、英語名称なども全く一新され、連盟の結成時期も連合解体後の1982年となっている。ただし、脱退組の新リーグ側が望んでいた関西六大学野球連盟の名称を譲ることは拒否したため、脱退していった新リーグ側はやむなく関西学生野球連盟という名称を名乗ることになった。
なお、連合時代を含めた旧関六リーグの過去の記録に関しては、関西学生野球連盟側と新・関西六大学野球連盟側とが共有していく合意が再編当事になされている。
これらの経緯については関西六大学野球連盟 (旧連盟)の項も参照されたい。
平成以降の優勝校
◎:代表決定戦に勝利し明治神宮野球大会出場権獲得