山内溥
1989年には携帯型ゲーム機「ゲームボーイ」を発売し、ファミコン程ではなかったがこちらも大ヒットとなり、以降ゲームボーイシリーズが発売されるに至った。
ゲームボーイ開発時には、横井軍平に対し厳しく注文をつけた。なお、「最終デモ機が完成し受け取った際にわざと床に落として強度のテストを行った」という逸話が流布しているが、これについて任天堂広報室は「いつの間にか、そのような話ができあがった」とコメントしている。
1990年にはファミコンの後継機である「スーパーファミコン」を発売し、ファミコンを遥かに超える映像と、拡大縮小などのエフェクト機能を駆使したソフトが開発可能となり、ゲーム業界のトップ企業として君臨した。
2001年には「ゲームボーイアドバンス」、初のディスクを採用した「ニンテンドーゲームキューブ」を発売したが、プレステを上回るヒットにはなり得なかった。
社長をしていた当時、マリナーズの日本人大リーガーの佐々木主浩やイチローが、任天堂のコマーシャルに登場したこともある。イチローがMLB挑戦を表明した時には、「何が何でも獲れ」と厳命を下している。山内がマリナーズに対して口出しをしたのはこれっきりであり、基本的には金だけ出し、口を出すことはない。それどころか「飛行機が嫌いだから」という理由で、マリナーズの本拠地セーフコ・フィールドに一度も行くことはなかった。2005年には、個人保有していた任天堂の株式5000株をイチローの年間最多安打達成のお祝いとして贈呈した。
山内の死去が明らかになった直後の2013年9月23日にはセーフコ・フィールドにおいてマリナーズの試合前に、オーナーであった山内の死去を悼んで黙祷が捧げられた。大型スクリーンに山内の姿が映し出される中で1992年の球団買収でチーム移転を食い止めたことなどが紹介され、マリナーズの選手は2013年シーズン終了までユニホームにイニシャルの「HY」をデザインした喪章を着けてプレーすることになった。
なおNOAは2016年にThe Baseball Club of Seattle, L.P.の株式を10%を残して他の共同オーナーたちへ売却し、筆頭株主ではなくなっている(経緯はシアトル・マリナーズ#運営に記した)。
1996年には「NINTENDO64」を発売したが、1994年にソニーから発売されたPlayStationが、次世代ゲーム機競争を制して爆発的ヒットを記録しており、大手ゲームメーカーは「大容量CDによるムービー映像」「ボーカル楽曲や高音質のBGM」「3DCGによるゲーム制作」に魅力を感じていたことから、任天堂離れが加速していき、やがて業界トップの座をソニーに譲る結果となってしまう。
ソニーとは本来、スーパーファミコン用の「CD-ROMアダプタ」である開発コードネーム『プレイステーション』を共同開発する関係であったが、任天堂側がCD-ROM搭載を見送りフィリップスと契約して、ソニーとの契約を半ば一方的に破棄したことから、ソニーは独自ゲーム機の開発にシフトした経緯があった。結果論ではあるが、ソニーのゲーム業界への進出をさせる結果になったことは、山内の経営判断において「最大の失敗」であったと言える。
また、理由は明らかにされていないが、スクウェア作品が任天堂でのゲーム販売を許諾されなくなり、1996年から山内退任の2002年に至るまでPlaystationをメインに販売することになった事も、任天堂が苦戦することになった大きな理由であり、山内の経営判断の大きな失敗と言える。