あるぜんちな丸
しかし、攻略部隊は6月4日になってB-17やPBY カタリナの雷爆撃を受け、その攻撃は「船団中ノ最豪華船ニシテ且比較的後尾ニ占位セル」「あるぜんちな丸」を目標にしたかのようであった。「あるぜんちな丸」は固有の機銃2基に加えて陸戦隊の機銃12基の加勢を得て、航空機を撃退した。ただ、撃退したとはいえ、のちの戦訓所見では「七粍七機銃ハ殆ント其ノ効果ナキガ如シ」と対空火器の貧弱さを指摘し、「是非トモ何等カノ工作ヲ施シテ対空射程四、五千米程度ヲ有スル相当有力ナル火器ヲ成ルベク多数装備セラレンコトヲ望ム」と戦闘詳報は締めくくっている。 翌6月5日、ミッドウェー海戦が生起して南雲機動部隊が壊滅し、作戦が中止になったため攻略部隊も反転せざるを得なかった。6月13日、あるぜんちな丸、ぶらじる丸は、大宮島(グアム)に帰投した。
内地にもどった本船は、今度はアリューシャン列島への輸送任務に従事する。千代田艦長原田覚大佐の指揮下、6月28日、水上機母艦千代田とともにキスカ島への輸送を行うことになった。「あるぜんちな丸」は、第二連合特別陸戦隊(呉五特、横五特)から抽出された増強部隊、火器、弾薬、食料、石炭などを運ぶ。二水戦隷下の第18駆逐隊(不知火、霞、霰)に護衛されて6月28日に横須賀を出航し。
高額の諸経費支出があったにもかかわらず運賃引き上げが実現できず、1959年以降は「移住船運航費補助金交付要綱」と貨物部門の好調によって辛うじて航路が維持されていたが、折からの海運集約との関係もあって運輸省から移住船部門を切り離して新会社を設立するよう催促される。
このような経緯から1963年(昭和38年)に日本移住船(現:商船三井客船)が設立され、「あるぜんちな丸」を含む5隻の移住船は新会社に移籍した上で、大阪商船の裸用船として南米航路に就航し続けた。ところが、1964年(昭和39年)の東京オリンピックを過ぎると移民の退潮は一層大きくなって年間1,000名を下回るようになり、「あるぜんちな丸」の船客定員は1965年(昭和40年)以降半減され、航海回数も年3回と削減された。運航形態そのものもクルーズ客船のはしりのような感じとなって移民から大きく離れていくこととなったが依然として収入は上がらず、親会社の大阪商船三井船舶に用船に出されて船客スペースのみを商船三井客船が販売するという有様であった。1972年(昭和47年)、「あるぜんちな丸」は「にっぽん丸(初代)」と改名して引き続きクルーズ客船として運航され、1976年(昭和51年)12月10日に売却されて台湾に回航され、高雄で解体された。