織田信孝
秀吉は宿老の丹羽長秀を総大将とすることを推したが、長秀に固辞され、弔い合戦の総大将としては名目上は信孝を立てて、実際には秀吉が軍を指揮することに決まった。13日、後詰めの信孝勢は少し遅れて摂津国富田で合流するが、山崎の戦いで明智光秀を撃破して父の仇を討つことに成功した。この戦いでは信孝勢も野々懸彦之進が斎藤利三に討たれるなどしているものの、『太閤記』によれば信孝の手勢はわずか4,000で、主力の2万余を率いて実質的な総大将として全軍を指揮した秀吉がその後の主導権を握ることになった。
14日、朝廷から信孝と秀吉のもとに勅使が訪れ、太刀を授かり、勝利が祝賀された。同日、(村井貞勝の一門の)村井清三が前日深夜に野武士に討ち取られた明智光秀の首と胴体を信孝の元に届けたので、16日、本能寺の「信長はてられ候跡」に明智勢3,000の梟首と共に晒させた。また、前関白・近衛前久が本能寺の変に荷担したという噂を信じ、17日から23日までの間、軍勢を派して征伐しようという勢いで行方を捜索させたので、洛中はこのような信孝の厳しい詮議に震え上がった。しかしその後、信孝は京を去って各地を鎮撫しながら美濃に向い、情勢の鎮静化に努めた。