カピタン
寛永12年(1635年)の「第三次鎖国令」では、日本人の東南アジア方面との往来が全面的に禁止され、寛永13年(1636年)の「第四次鎖国令」では、ポルトガル人の妻子や縁者をバタビアに追放した。さらに、長崎に人工島である出島を建設して、出島に長崎ポルトガル商館を移築し、出島内にポルトガル人を収容して管理した。
寛永14年(1637年)、追いつめられたキリシタンらが島原の乱を起こすと、翌年乱を鎮圧した幕府は、ポルトガルとの貿易の打ち切りを望むようになった。寛永16年(1639年)、将軍の徳川家光と老中全員、オランダ商館長であるフランソワ・カロンとの会談が行われ、幕府側はカロンから、台湾経由で生糸などの中国製品などを確保できること、台湾に渡航している中国人が明朝からの渡航許可を与えられた商人であり、かつ、密航者ではないこと、オランダがスペインとポルトガルの妨害を跳ね返す軍事力を備えていることなどを確認し、オランダがポルトガルと朱印船の代行ができることを信じ、ポルトガルとの貿易の打ち切りを決定した。これを受けて幕府は、長崎奉行のみならず、九州地方の大名を中心とした全国の大名に、ポルトガル船の来航禁止と、ポルトガル船に対する警戒と打払いを趣旨とした命令(「第五次鎖国令」)が発布され、ポルトガル人はこれを受けて出島から追放された。
オランダは、島原の乱の鎮圧に功があったこと及び西洋諸国に関する情報収集等の目的から貿易続行を許され、寛永18年(1641年)、オランダ商館を平戸から長崎の出島に移設し、ここに「鎖国」は完成した。以後、日本における西洋諸国の商館は、長崎出島のオランダ商館のみが安政5年7月10日(1858年8月18日)の日蘭修好通商条約締結まで存在することとなった。
シマン・ブラス・デ・パイア