普天間基地移設問題
琉球新報は海兵隊の展開能力を考慮すれば沖縄県内に基地を置く必然性は低いとしている。沖縄に駐留する第3海兵遠征軍(3MEF)のうち、機動部隊である第31海兵遠征隊(31MEU)は、1年のうち約9ヶ月は強襲揚陸艦でアジア太平洋地域に展開しており、沖縄を離れている。また、航空機の航続距離延伸等の技術的革新で、海兵隊が沖縄に常駐する必要が薄れており、2012年に日米合意した米軍再編計画では、地上戦闘兵力の中核である第4歩兵連隊がグアムなどへ移転することが決まっている。肯定する立場のいう「陸上部隊と航空部隊の統合」が重要であるならば、第4歩兵連隊とともに第36海兵航空群も移転させるべきことになる。江畑謙介は著書「米軍再編」で「実際問題として高速輸送艦の実用化により、こと東アジア地域においては、米海兵隊の基地が沖縄にあろうが九州にあろうが、移動に要する時間はそれほど違わないという条件になってきた」と述べている。
グアムには太平洋戦争前より基地が建設されていたが、ブッシュ政権が世界規模での米軍再編を計画するまではそれほど大きな兵力が配置されていた訳ではなかった。グアムの基幹産業は観光であり、その8割を日本からの旅行客が占めていたものの、2000年代に入ると主に世界レベルの外的要因が後を絶たず、低落傾向に歯止めがかかっていない。在ハガッニャ総領事館が海兵移転に触れた際に挙げた要素を列挙すると次のようになる。
中国、東南アジア等の新しい観光地が脚光を浴びていること、
長期燃料代の高騰
インフルエンザ
金融不況
そのため、基地拡張と部隊及びその家族の移駐は経済活性化の起爆剤になると産業界には認識されている。
2006年、ロードマップで第3海兵遠征軍司令部、後方部隊などの移転が決まるのと前後して、グアム準州の上層は歓迎の意向を示した。準州副知事のカレオ・モイランは2006年5月下旬に来沖した際宜野湾市を訪問し、後に全面移転説を唱えることになる市長の伊波とも会談している。
なお、モイランの日本訪問に先だち、下地幹郎は2006年5月上旬にグアムを訪問し、「グアム - 沖縄間の直行便(航空路線)の開設」や「沖縄からの技術力と労働力の供給」を提案している。その関係からモイランは日本訪問時に下地とも会談しているが、この時の下地の報告ではグアム労働者は8万人となっていた。下地は一連の活動の動機として「沖縄県内の企業が県外で活躍し、外向きの沖縄経済をつくるスタートになる」との意図を明らかにしている。
結局、稲嶺条件は日米両当局から何の具体的考慮もされることなく、知事の任期切れを迎えた。
2006年11月の県知事選挙では、仲井眞弘多が、普天間基地の危険性早期除去を主眼とし、「現行案のままでは賛成できない」という公約を明らかにして当選した。
基地建設容認派が推す仲井眞が当選したことにより、辺野古沿岸を埋め立てる現行案(滑走路V字型配置案)によって施設案の具体化が進められた。進行中の環境アセスメント手続きも、当該案によっている。一方、2007年1月、島袋名護市長は建設位置を当該案よりも沖合いに移動させるよう主張、仲井眞知事も「名護市の意向を尊重する」として、建設位置を可能な限り沖合に移すことを要求したが、米国側は日米合意済みの案どおりの実施を主張した。同年4月、那覇防衛施設局は環境アセスメントのための現況調査に着手、8月には環境アセスメント方法書の県への提出、12月、沖縄県環境影響環境評価審査会は方法書の再提出を要求、2008年3月には方法書の確定、4月に環境アセスメント準備書の公告縦覧開始、10月に準備書に対する知事意見書の提出まで進んだ。
嘉手納案が消えた際、次に守屋達が考えたのが陸上から離れ、米軍の使用水域を活用したキャンプ・シュワブ沖の活用案であったと言う。
海上に移設する案は造船業界が1996年夏頃から根回しをはじめた。アメリカ側でも嘉手納案などが暗礁に乗り上げたためそのデッドロックを解くため解決策を模索し、ペリー国防長官、キャンベル国防次官補代理、モンデール駐日大使等が集まった会合で最終確認され、軍部の了解を取り付けた、本案はこのような根回しを経て9月13日のSACO作業部会でアメリカ側から提案されたが、まだ水面下での動きであった。『日経新聞』は橋本が8月頃、自らQIP工法(下記別項で詳述)の採用を提案したと報じている。当初は秘書官室止まりの話に過ぎなかったが、少数の官邸スタッフで練った上でアメリカ側に非公式に打診した。アメリカ側は検討の上提案の形で日本側に回答したのだと言う。なお、防衛庁はこの時点で兵員輸送や住宅など陸上の付属施設の点で難題が多いと慎重姿勢だったと言う。
船橋洋一によれば根回しを行ったキャンベルが一週間もの時間を要したため、事前に提案を知らされていた橋本は「米側決定に時間がかかりすぎるのでイライラしていた」という。
国民新党が主張した案(ただし同党はテニアン島案の可能性も探る立場であった)で2010年2月に党の案として推すことを固めた。過去折に触れては何度か浮上しその度に棄却されてきた経緯がある。
なお、過去メガフロートの旗振り役であった亀井静香も今回は国民新党の一員としてキャンプ・シュワブ陸上案を主張していたが、現行の埋立案には建設業者の利権批判の面から引き続き冷淡であり、自党の陸上案について「米国は(土木)利権に関係ないからな。だから(米国は)辺野古沖に、それほどこだわらないと思うんですよ。」と述べた(メガフロート案については別記)。
当時日米両国は『International workshop of VLFS』など幾つかの研究者の集まりを通じて浮体構造物関係技術の紹介に熱心であった。『International workshop of VLFS』は元々、アメリカでの移動式海上基地(後のMOB)への関心の高まりに伴って1991年にハワイ大学で最初の会合(VLFS'91)が開催された。元がMOBのために開かれたような性格があり、5年ぶり2回目となった葉山での開催(VLFS'96)でもMOB関係の発表が行われている。このような経緯から普天間問題の頃には国内の研究者向けにある程度の情報は入って来ており、VLFS'96は経済誌からも注目されている。なお、MOB関係の発表では国防総省の許諾があった旨が述べられているが、これらは動揺解析など一般的な浮体構造の研究内容ばかりであり、尚且つ日本側の受け皿は主に運輸省傘下の機関であった。自衛隊、防衛施設庁の専門誌が扱うような、攻撃に対する耐久性について掘り下げた研究は発表されていない。
なお、韓国政府は2000年代には「世界平和の島」として済州島を指定し、平和推進事業を進めていたが、先行ケースの視察のため同国海軍基地建設やアメリカ軍に反対する研究者が来沖し、普天間を視察している。
2004年4月、環境アセスメントの手続きが開始された。同年8月に普天間基地配備のCH-53ヘリコプターが大学に墜落するという沖国大米軍ヘリ墜落事件が発生した。大学が夏休み中だったことから幸い大学側の死傷者はなかったが、沖縄全体で普天間基地早期返還要求が強まることになった。墜落から間もない9月、那覇防衛施設局は上記のように辺野古沖建設予定地で環境アセスメントのためのボーリング調査に着手したが、移設反対運動や台風接近等天候不良のため中断され、調査が強行されることはなかった。
2005年、移設作業の進行遅滞を理由に政府は移設案の変更の検討を始めた。10月29日、日米安全保障協議委員会において在日米軍及び関連する自衛隊の再編に関する勧告を承認した日米両国は移設先を辺野古崎沿岸部に変更することで合意した。この合意案は、辺野古崎(住宅地域から距離約1キロメートル)に長さ1600メートルの滑走路を設置し、飛行場施設等のための埋立地をL字型に配置するもの(辺野古沿岸案)であり、稲嶺の公約の軍民共用空港ではないため、稲嶺は当該案の受け容れを拒否、岸本もこれに従い同案の受け容れを拒否した。
2006年1月22日、岸本が健康問題から2期限りで次の選挙に出馬せず名護市長を退任すると、岸本の後継を名乗り自・公推薦で基地建設容認派が推す島袋吉和が当選した。島袋は当初公約では、前年10月の案(辺野古沿岸案)を拒否していた。
稲嶺が立候補した際にもベクテルは関心を示し「陸上部に軍民共用空港を造る」という稲嶺の案はベクテルの提案とアドバイスを基にしていると言う(選挙公約では滑走路は2500m。いずれにせよSACO報告での1500mより引き伸ばされていることを守屋昌武は指摘している)。以降、QIPと沖合いポンツーン式とで入り乱れた状態となる。稲嶺当選後の1999年8月には、知事後援会の政策委員会が、辺野古地区が最も適しているとの見解を打診し、想定工法としてはベクテルの示した混成案に高い評価を与えていると言う(後援会については『琉球新報』も触れている)。アーミテージは公式に評価する意見を表明し、別の高官は「メガフロート案はもう最良の案ではなくなっている」と非公式に日本政府に伝えてきていたと言う。政治的な面としてはベクテルを通じて国防総省、国務省に太いパイプが存在するという強みがあった。Themisによればベクテル案は沖縄県だけでなく、米軍の意向も反映した案であるため、重要度が高いのだと言う。そのため、外務省、防衛庁にはベクテルの混成案で解決を図ろうと動く向きもあった。
SACO中間報告などを前提に日本政府でヘリポート検討が進められるのと並行して、民間からも様々な提案が行われた。