金門県
台湾本島のみならず、水頭港及び料羅港から対岸の中華人民共和国への海運路線も開設されている。水頭港は大陸との小三通出発地点に指定され、厦門の国際定期船中心埠頭(毎日12往復)と五通埠頭(毎日6往復)及び泉州石井港の間に定期航路が開かれており、金門と厦門、泉州の海運会社が運航している。厦門、泉州と台湾本島との移動に金門を経由する旅客も多く、航空会社が水頭港と金門空港の間に送迎サービスを行っている。
大・小金門島間は海路での連絡となっている。金城鎮水頭港と烈嶼郷九宮碼頭の間に連絡船が結ばれている。金門県の代理管轄下にある烏坵郷へは金門県からの直通交通手段はなく、台中を経由しなければならない。