相補的DNA
cDNA の合成には、(1) 全RNA(リボソームRNA、mRNAを含む)、または (2) polyA-RNA(mRNA)を鋳型とする方法がある。
また、逆転写酵素の反応開始には、RNA上に反応の開始となるプライマーをアニールさせ、3'から5’方向にcDNAを合成する必要がある。プライマーには、
polyA構造を狙ったオリゴdTプライマーにより mRNA の 3'側から選択的に cDNA を作る。
既知の cDNA配列に特異的な遺伝子特異的なプライマーを用いる。
ランダムプライマー(通常、6塩基から8塩基程度の長さのものが使われる)を用いて、mRNA のすべての領域から cDNA合成を開始させる。
といった方法がある。
cDNAの合成に用いられる逆転写酵素の種類としては、AMV(トリmyeloblastosisウイルス)、あるいは MoMuLV(モロニーマウス白血病ウイルス)由来の酵素が用いられることが多い。