車軸藻類
シャジクモ類の藻体基部からは多数の仮根 (rhizoid) が生じており、泥質の基質に藻体を固着させている。仮根は先端成長する非常に細長い無色の細胞であり、基部から液胞を含む領域、核を含む領域、白色体 (非光合成の色素体) や被覆小胞を含む領域に分かれ、先端に多数の硫酸バリウム結晶を含む液胞が存在する。この硫酸バリウム結晶は仮根の屈地性 (下方へ伸びる性質) に関わっており、平衡石 (statolith) ともよばれる。シャジクモ類において栄養塩吸収およびガス交換は藻体全体で行われるが、特に仮根で活発に行われるとも言われる。またシャジクモ類の仮根が、陸上植物の根の植物ホルモンとして知られるストリゴラクトンを分泌することが報告されている。ただし陸上植物においてストリゴラクトンの応答に関わるタンパク質の遺伝子は、シャジクモのゲノムからは見つかっていない。
シャジクモ類のほとんどの種は淡水域に生育するが、一部の種は汽水域にも分布する (例:シラタマモ)。また流水域からも見つかるが、多くは止水域に生育する (図3a, b)。ふつう砂泥質の基質上に生育する。一般的に、シャジクモ属やトリペラ属の種はアルカリ性の、フラスコモ属の種は酸性の環境に生育するものが多い。水田や用水路など浅い場所に生育するものから、非常に深い場所に生育するものまでいる。浅い場所では、水草が繁茂する前の短期間 (春から初夏) にのみ生育することもある。一般的に、シャジクモ類は特に弱光環境 (深い水深) に適応していると考えられている。Chara contraria は、水深 150 m から報告されている。シャジクモ類は、湖沼において水生被子植物の群落 (水草帯) より深い場所に群落を形成することがあり、シャジクモ帯 (車軸藻帯, Chara zone) とよばれる。日本では、特にカタシャジクモやヒメフラスコモがシャジクモ帯の主要素となることが多い。
シャジクモ類はときに密生して水底を覆う群落を形成する (Chara bed ともよばれる) (図3a, b)。
シャジクモ類の主軸 (中軸 main axis; 茎状部 stem; 枝 branch) は節部と節間部の繰り返しからなり、直径は 0.1〜4 mm、長さはふつう 5〜50 cm ほどだが、2.5 m に達する種もいる。
主軸の節部は、多数の節部細胞 (nodal cells) からなる柔組織である。節部細胞は核を1個のみもつ (単核性)。節部からは小枝が輪生する。シャジクモ属などでは、節部から皮層細胞が生じ、上部または下部へ伸長することで節間細胞を覆う皮層を形成することがある (下記参照)。
節間部は1個の巨大な節間細胞 (internodal cell) からなり、ときに長さ 20 cm に達する。節間細胞内は大きな液胞で占められており、表面付近に薄く存在する細胞質は、表層部と内層部に分かれている。表層部には、ミトコンドリアやペルオキシソーム、列状にならんだ多数の葉緑体が存在する。細胞質の内層部は、顕著な原形質流動を示す。節間細胞は多核性であり、ときに1,000個以上の核をもつ。核は、しばしばDNA量の増大を示す。節間細胞と節部細胞が接している部分には、多数の原形質連絡が集中して形成された大きな孔があり、物質輸送に大きく関わっている。