サンマルコス砦
1861年1月フロリダは南北戦争最初の数か月で合衆国から離脱した。北軍は保守要員一人を除いて要塞から撤退した。同月に南軍(別名アメリカ連合国軍)が要塞に進駐した。要塞に配置されている北軍(ユニオン(英語版)軍)の一兵士は南軍から要塞の受領証を与えられない限り、降伏出来ないと拒否した。結局、彼は受領証を受取り、要塞は一発の銃火を交えることなく南軍の手に渡った。海側の砲台の5門だけを残し、ほとんどの大砲は他の要塞に送られた。
1861年8月5日、セントオーガスティン・ブルース(英語版)(セントオーガスティンで結成された民兵隊)はマリオン要塞の南軍に入隊した。彼らは最近組織されたばかりの第3フロリダ歩兵隊のB中隊に配属された。セントオーガスティン・ブルースは南軍の一員としてテネシー州ほか各地に転戦し死傷者を出した。 12人以上のセントオーガスティン・ブルースの元隊員はセントオーガスティン市のトロマト墓地(英語版)に埋葬されている。
1862年3月11日、セントオーガスティン市長クリストバル・ブラーヴォ(Cristobal Bravo)が公式に北軍艦隊司令クリストファー・レイモンド・ペリー・ロジャーズ(英語版)(C.R.P Rogers)に降伏を演じた後、要塞はセントオーガスティンの町とともに北軍に再占領された。准将サミュエル・デュポン指揮下の北軍艦隊の到着を予期して、南軍は前日の晩にセントオーガスティンから撤退していた。
これらの学校は建前では先住民の教育目的だったが、先住民の子供たちが自分たちの言葉を話すことも、自分たちの宗教も禁じられていた。多くの子供たちは食料配給を打ち切るという脅しによって、家族から強制的に引き離された。子供たちが家に送る手紙は検閲され、多くの子供たちは夏の間、帰宅を許されず農業労働キャンプ(agricultural labor camps)に連れて行かれた。多くの人がアメリカ・インディアンの寄宿学校を無数の酷使と児童労働法違反で告発した。さらに「先住民文化の組織的絶滅(cultual genocide)」であるとして告発された。プラットの運動はカーライル・インディアン実業学校(英語版) の創立で始まった。それは450以上あるアメリカ・インディアン寄宿学校の最初の学校だった。
1886年から1887年にかけて、推定で491人のアパッチがマリオン要塞に収監されていた;その多くはチリカーワ(英語版)とアリゾナのウォームスプリングス・アパッチ(どちらもアパッチ族のバンド)だった。男は82人で残りは女子供だった。男の内14人(チャトゥー(英語版)も含まれる)はアメリカ陸軍にアパッチ・スカウト(英語版)として雇用されていた。チリカーワの中でジェロニモの妻を含む彼のバンドのメンバーがいた。
1738年に始まりスペイン人技術者ペドロ・ルイス・デ・オラーノ(Pedro Ruiz de Olano)の管理下で、要塞の内部は再設計、再工事された。内部の部屋は深く作られ、オリジナルの木製天井はヴォールトを施された天井に取り換えられた。ヴォールト天井は砲撃からの防御に優れ、大砲を堡塁の角ではなくガンデッキ に沿って配置することを可能にした。新天井のために外壁の高さを8メートルから10メートルに高くする必要があった。
1670年、チャールス・タウン(Charles Town:今日のサウスカロライナ州チャールストン)は英国植民者によって創設された。セントオーガスティンから船で2日しか離れていなかったことにより生じた、スペイン領土内へのイギリス人の入植やイギリス人交易業者による略奪がスペイン人に要塞建設を急がせることになった。 1702年アン女王戦争の初期、カロライナ植民地総督ジェイムズ・ムーア(英語版)指揮下のイギリス植民地軍はセントオーガスティン獲得の遠征に乗り出した
イギリスのセントオーガスティン攻囲(英語版)は1702年11月から始まった。 およそ1,500人の住人と兵士が2か月間要塞に籠城した。イギリスの小さな大砲は要塞の壁にほとんど効果がなかった。コキーナが効果的に砲弾の衝撃を吸収してしまったからである。 攻囲はスペイン艦隊がハバナから到着し、湾内にいた何隻かのイギリス艦を拿捕した時点で破られた。 イギリス人は敗北し、スペイン人の手に落ちることを防ぐために船を焼却する決定をした。その後カロライナ植民地へは陸路、行軍して戻った。 攻囲の結果、セントオーガスティンの町は一部はスペイン人、そして一部はイギリス人によって破壊された。