カトリック聖職者のウスタシャへの関与
フェイヤーはバチカンのポーランドでの虐殺に関する「限定的で大雑把」な知識と、「虐殺に関与していた間に教皇大使とクロアチア教会の最高指導者ステピナツ大司教の双方が教皇庁(ローマ教皇庁)と継続的に接していたというクロアチアの場合」とを比較する。国務長官マリョーネが教皇大使マルコーネに「もし猊下が相応しい場合を見付ける事が出来るならば、公式見解を示したと解釈されない様に、そしてクロアチアの領土でのユダヤ人に対する関心の節度が保たれる様に慎重な方法を採るべきです。猊下は地方の文民政権に協力している[...]という印象を常に持ち続けるべきです」と言った。フェイヤーは、バチカンが「虐殺の不道徳性について公的にファシストに挑戦するのではなく、ウスタシャ政府に外交圧力を掛ける方を好んだ」としている。
しかしながら、ロナルド・J・ライチラク教授によると、「1941年から1944年までバチカンはスロバキアからのユダヤ人追放に関して四つの公式の手紙と無数の口頭による弁明と不服申し立てを出した」という。ライチラクは1943年4月7日にピウス12世本人が出した手紙を引用する:
"聖座(教皇庁)は常にスロバキア政府が、また、スロバキア国民独自の人々の感情を解釈する事、カトリック教徒がユダヤ人種に属している人々の強制的な排除が殆ど完全に決して続行されはしないという安定した望みを抱きました。従って、聖座が共和国の領域からそのような自然の継続的な移動について知って、激しい痛みを感じています。
クロアチア独立国の建国は直ちにカトリック教会の聖職位階制や多くの司祭から歓迎された。ウスタシャの最高指導者アンテ・パヴェリッチはカトリックをクロアチア文化にとって不可欠であると見ており、反セルビアで親カトリックだった。コーンウェルは「1300年前に遡る教皇権への忠誠心」をカトリック教徒のクロアチア人からの正教徒であるセルビア人に対する恨みと共に、「クロアチア独立国の形成を下から支えた」という歴史上の実績の一つとして見ている。
バチカンの承認が幅広いクロアチア人の支持を得る為に要であったから、ウスタシャにしてみれば、「バチカンとの関係はドイツとの関係と同じ位に重要であった」。アンテ・パヴェリッチはクロアチアの独裁者になった直後の1941年5月にローマで教皇の個人的謁見を受けた。マイケル・フェイヤー(Michael Phayer)によると、「1941年に教皇の祝福を受けた後に、アンテ・パヴェリッチとウスタシャの軍人達は彼らの新しい国家で語られない虐殺を無遠慮に開始した」という。しかしながら、教皇ピウス12世はウスタシャとの関係を絶つ事を拒否し、1943年に再びパヴェリッチと面会した。ピウス12世はパヴェリッチを受け入れた事を批判され、英国外務省の非公開メモにはピウス12世は「我々の時代で最も偉大な道徳上の臆病者だ」と書かれてあった。