クローン・トルーパー
装甲服に施されたペインティングは所属部隊を表すようになり、さらに装甲服などの標準装備も改良され、様々なクローン・トルーパーの兵科や特色ある装甲服の部隊が創設された。代表的な部隊としてはクローン・キャプテン・レックスが指揮する、装甲服の随所に青い装飾の施された「第501大隊」、首都惑星コルサントの防衛・治安維持を主任務とし、時にはパルパティーンの警護を行う赤いペインティングの施された、クローン・コマンダー・サイアの指揮する「ショック・トルーパー」等がある。
装甲服は、クローン戦争初期には「フェイズIクローン・トルーパー・アーマー」が使用された。カミーノで製造されたこの装甲服はジャンゴ・フェットが身に着けていたマンダロリアン・アーマを参考に設計されており、宇宙空間において一定時間の戦闘を可能にする生命維持装置のほか、コンピューター内蔵のT字型バイザー、通信装置、重力発生装置、通信妨害装置が内蔵されており、装甲も頑丈に作られていた。また、腰のベルトには弾薬や手榴弾、電磁パルス・グレネード、アセンション・ケーブル、折り畳み式のタクティカルナイフのほかに、軍用双眼鏡や携帯用非常食なども備わっていた。しかし、カミーノの職人たちは人間工学を熟知しておらず、着心地や重さの面で欠点を持つアーマーでもあった。そのため、クローンたちの間では「ボディ・バケツ」と揶揄されることも多かった。
戦争中期になると、試作品のARC・トルーパー・アーマーより得られたデータをもとに設計された「フェイズIIクローン・トルーパー・アーマー」が誕生し、すべてのクローンが身に着けるようになる。この装甲服は人間工学をもとに設計されており、軽量化や多種多様なカスタマイズが可能な点などフェーズIの欠点の多くを改善した。
『エピソード1』におけるナブーの戦いにてシスの暗黒卿が密かに復活・暗躍していたという事実に対し、ジェダイ・マスターのサイフォ=ディアスはこの“見えざる脅威”から銀河共和国を守るために、辺境の惑星カミーノの銀河有数のクローニング技術を持つカミーノ人にクローン軍の製造を密かに発注した。当時ジェダイ騎士団と一定の距離を取っていたサイフォ=ディアスは、極秘にこの計画を進めることを決意し、銀河元老院最高議長のシーヴ・パルパティーンにのみこの計画を打ち明けた。だがサイフォ=ディアスはその後、親友であったはずのドゥークー伯爵に、彼がシスの暗黒卿となるための証明を兼ねて殺害されてしまう。しかし、計画は続行し「ティラナス」なる人物の斡旋で“銀河最強の賞金稼ぎ”と言われたジャンゴ・フェットから遺伝子提供を受け、それを元にクローンは製造されたのである。この「ティラナス」なる人物の正体はシスの暗黒卿となり授かったドゥークー伯爵の新たな名「ダース・ティラナス」のことであった。
パドメ・アミダラ議員暗殺未遂事件の首謀者を追跡していたオビ=ワン・ケノービは事件究明のために訪れたカミーノで偶然にもクローン軍団の存在を発見し、報告を受けた銀河共和国とジェダイ・オーダーには衝撃が走った。折りしも軍隊創設案が提言されている中で独立星系連合の武力行使の可能性が急速に高まったため、共和国はクローン軍団をもって共和国軍を編制して惑星ジオノーシスに派兵。以後3年間続いた銀河規模の戦闘は「クローン大戦」と呼ばれる事となる。
味方の援護を受けながらも敵地の最前線に2人のみで突入したワックサーとボイルはブラスターの飛び交う戦火の中から重症のオビ=ワンを救出、彼の命を救った。
戦争中期、アンバラ侵攻作戦に参加したワックサーは第212大隊の小隊指揮官として部隊を率いていた。この任務でワックサーは第501大隊代理指揮官であるジェダイ将軍・ポング・クレルからクローンに変装したアンバラ民兵の殲滅任務を命じられる。しかし、これはクレルによる罠であり、ワックサーの小隊は本物の第501大隊と同士討ちしてしまうことになる。クレルの罠に気づいたキャプテン・レックスの介入により全滅は免れた両部隊だが、この戦いで死傷者を多く出し、ワックサーも重傷を負う。ワックサーは最期の力でレックスにクレルの命令で攻撃したことを伝え、その後、兄弟を殺した後悔の言葉を吐きながら息絶えた。彼の死をきっかけにクレルの逮捕を決意したクローンたちは最終的に彼を反逆罪で逮捕し処刑することになる。ワックサーの死の瞬間はクローンウォーズシリーズを通して初めてキャラクターが涙を流したシーンとなる。
エコーの死後も第501大隊から離れ任務に就いていたファイヴスだが、アンバラへの進攻任務に際し、ジェダイ将軍・アナキン・スカイウォーカーの補佐として第501大隊に復帰。久しぶりの再会となるレックスや初めて出会う第501大隊の兵士たちと共に戦いに参加した。この戦闘では、スカイウォーカーがコルサントに呼び戻され、代わりに代役を務めたジェダイ・マスター・ポング・クレルによる無謀な作戦にファイヴスは苛立ちを覚えていた。最終的にクレルが裏切り者だと気付いたクローンたちはダークサイドに堕ちた彼を逮捕し処刑することになる。
戦争末期、ファイヴスはリンゴ・ヴィンダの戦いで、同僚のクローン兵タップが目の前でジェダイを殺す瞬間を目撃し拘束する。原因を探るため彼をカミーノに輸送したファイヴスだが、最終的にタップは原因不明の死を遂げてしまう。原因を探る中でカミーノアンの主任医療科学者ナラ・セが何かを隠していることを突き止める。最終的に脳内のバイオ・チップの存在に気付いたファイヴスは、自身の頭からチップを取り除き、ジェダイ・マスター・シャアク・ティにそのことを知らせる。彼女の提案もあり、コルサントのパルパティーン最高議長へ直接報告に来たファイヴスは、密室でパルパティーンからオーダー66の真実を告げられる。
クローン戦争初期に起きたライロスの戦いの後、惑星ライロスに駐留したクローン部隊を指揮したキャプテン。温厚で優しい性格のハウザーはライロス解放運動の指導者・チャム・シンドゥーラと戦いを通して友情を築く。また、彼の娘であるヘラ・シンドゥーラ―のことも心配しており、彼女が軍敷地内で粗相をした際にも、上層部には報告せず内緒で逃がしている。
帝国樹立後、ライロスへの帝国の圧政に疑問を抱いていたハウザーは帝国によるチャムの逮捕を受け離反を決心。チャムと彼を救出に来たバッド・バッチをコマンダー・クロスヘアーの罠から救う。そして、自身はその場に残り、部下たちに「自分たちは何のために戦っているのか」「こんな命令には従えない」と告げる。その姿に影響されたクローン兵たちは次々と武器を捨てた。その姿を反逆罪と捉えたクロスヘアーは他のクローンたちにハウザーと離反したクローンたちを拘束するように命令。ハウザーたちは逮捕されるが、チャムは逃亡することに成功した。この事件は、クローンはジェダイ殺害以外の命令においては抑制チップが必ずしも作用するとは限らないことを示した。
その後、ハウザーと部下たちは帝国の別の施設へ移されることになるが、エコー率いるクローン反乱ネットワークの襲撃により救助された。
クローン大戦では様々なコマンドー部隊が戦場で名を馳せた。クローン戦争の最初の戦いであるジオノーシスに投入された「デルタ分隊」は多くの任務で作戦を遂行し、その活躍はジェダイ評議会にも知れ渡っていた。コマンダー・コーディが率いる第212突撃大隊に属していた「フォックストロット・グループ」はコマンドー・キャプテン・グレガーが指揮官を務めていた。この部隊は共和国史上最大の負け戦とも言われるサーリッシュの戦いで戦闘中行方不明となる。その後、記憶喪失の状態で発見されたグレガーは、ある事件をきっかけに記憶を取り戻し、共和国軍への奇襲攻撃阻止に貢献。さらに彼は、バイオチップを頭部から取り除きオーダー66に参加せず、十数年後には反乱同盟に参加している。コマンドー・サージェント・ハンターが率いる「クローン・フォース99(別名:バッド・バッチ)」は意図的に遺伝子の大きな改変を受けた奇形クローンによる部隊であり、一騎当千も可能なほどの戦闘能力を秘めるこの実験的部隊も各地で極めて大きな戦果を挙げていた。
帝国樹立後、コマンドーたちは戦線を離れ、帝国の重要施設の警備任務のほか、帝国軍の新戦力である非クローンの人間の男女により構成されるストーム・トルーパーの訓練教官となる。しかし、自分たちの代わりに台頭することになる彼らを快く思わなかったコマンドーたちは、彼らにすべての技能を教えることはなかった。ストーム・トルーパーが正式に認可されると、彼らの指揮官を務めたほか、主要施設や要人の警護を主任務としていた。
第104大隊に所属するクローン・トルーパー。上官のシンカー軍曹とは行動をよく共にしている。
ウルフパック部隊に所属していたブーストは、コマンダー・ウォルフやジェダイ将軍プロ・クーン、上官のシンカーと共に戦争初期に起きた独立星系連合の新兵器「マレヴォランス」の攻撃を生き延びた4人の生存者のうちの一人であり、その後も多くの任務でウルフパックを支えた。大雑把な性格をしていたブーストは繊細さに欠けており、瓦礫で塞がれた扉なども撤去せずにブラスターでそのまま破壊するなど、手間のかかることを嫌っていた。また、風呂嫌いで知られ、たまにしか入らないことをシンカーから注意されていた。上官のシンカーに対してもため口で接していた。
マレヴォランス襲撃の際に宇宙空間での戦闘を生き抜いたブーストはその後もシンカーと共にフェルーシアの戦いやアリーン支援作戦に参加した。
第501大隊所属の衛生兵。同部隊のジェシー、ハードケースと親しく、多くの任務を共にした。
衛生兵として第501大隊を支えていたキックスは多くの任務で傷ついたクローンたちを救ってきた。健康において絶対的な権限を有していたキックスは階級的には上官であるジェダイ将軍やクローンの士官たちにさえ、健康に関して問題がある場合はその権限を行使して彼らに命令することもあった。また、仲間を大事にしていたキックスは、その命が無意味に危険にさらされる状況に対しては上官に対しても感情的に怒りを表していた。
戦争終盤、キックスはリンゴ・ヴィンダの戦いでおきたトルーパー・タップによるジェダイ将軍・ティプラー射殺事件の調査を任された。事件直後はこの謎を解き明かせなかったキックスだが、逃亡犯となっていたファイヴスへの協力や、その後の独自調査により独断でオーダー66の陰謀を突き止めることとなる。しかし、その事実を伝えようとした直後、キックスは分離主義者の襲撃を受け誘拐されてしまう。冷凍保存されドゥークー伯爵の元へ連行されることになったキックスだったが、輸送船はトラブルにより墜落し、ドゥークーの元へたどり着くことがなかった。
それから50年が経過し、ファースト・オーダーとレジスタンスが紛争を繰り広げていた頃、サイドン・イサノ率いる海賊団によって発見されたキックスは、ジェダイや共和国の顛末を知り、自身が共和国や兄弟たちに貢献できることは何もないと察する。そして、「銀河系最後のクローン」となったキックスはイサノの海賊団に加わり第2の人生を歩むことになる。
クローン・トルーパーの中には遺伝子操作が行われていないジャンゴ・フェットのクローンが2体存在した。1体は『アルファ』、もう一体は『オメガ』と名付けられた。
銀河帝国の樹立とクローン軍によるジェダイ殲滅、ダース・ヴェイダーによる分離主義者の幹部抹殺、ドロイド軍の機能停止によりクローン戦争は終結した。ジェダイが殲滅されたことにより銀河は再びシスの支配下となり、シス卿ダース・シディアスがシーヴ・パルパティーン皇帝として銀河帝国のすべての実権を握った。共和国の軍事の主力であったクローン・トルーパーはオーダー66により発動された抑制チップによる影響により帝国と皇帝への忠誠を示し、各惑星への軍事的圧政や帝国の敵対者の殲滅や生き残りのジェダイ狩りに従事した。なお、樹立して数年の間は装甲服は以前のフェーズIIクローン・アーマーのままであり、構成員もクローン戦争を生き抜いたクローンのみであった。
しかし、戦争が終戦したことにより、帝国にとってクローン兵の継続的な使用にデメリットが見え始めた。デメリットとしては『同じ遺伝子や見た目をしているが故に反乱組織への潜入任務が困難』『特定の遺伝子のみに作用するウイルス兵器が製造されるリスクがある』などである。特に最大のデメリットは『良質なクローン製造を維持する上での莫大なコスト』と『実戦投入までに10年もの月日を要する点』『成長加速により兵役期間が通常の兵士の半分の年数』という点であった。優秀な兵士とはいえ国家予算を圧迫するほどの資金がかかり、訓練期間の長さに対して兵役期間が通常の半分という短さであることは戦争という数年程度の短期間の軍務には適していたが、銀河全域を統治する数十年は続く軍務のために更に多くの兵士を必要としていた帝国にとって、クローン兵士はコストに見合わない投資であった。