都久夫須麻神社
慶応4年3月13日(1868年4月5日)から明治元年10月18日(1868年12月1日)まで - この期間中にいわゆる一連の「神仏分離令」が発布される。
明治元年4月1日(1868年4月23日) - 日吉大社社司らによる比叡山延暦寺に対する廃仏毀釈の暴動が起こり、竹生島弁財天社にも衝撃が走る。
明治4年(1871年/1872年) 月日未確認 - 大津県庁から、弁財天社別当宝厳寺の廃寺と、社号「弁財天社」から「都久夫須麻神社」への改称を命じられる。 月日未確認 - 本堂「弁財天社」を神社の本殿に換え、社号を「都久夫須麻神社」へ改称したうえで、宝厳寺との神仏習合を解く。それにより、宝厳寺の廃寺は辛うじて免れる。 月日未確認 - 郷社に列される。
1899年(明治32年)4月5日 - 県社に列される。本殿が古社寺保存法に基づき特別保護建造物(後の「旧国宝」ならびに「重要文化財」に相当)に指定される。
1930年(昭和5年) - 竹生島全島が名勝および史跡に指定される。
1953年(昭和28年)3月31日 - 本殿が文化財保護法に基づく国宝(新国宝)に指定され、同日付「附」指定で棟札が追加指定される。
2018年(平成30年)8月9日 - 数年来の御朱印ブームが全国へ続くなか、当社でも本来の対応を十分に行うことが難しくなったため、参拝者が自ら押す形式への切り替えを余儀なくされる。
身舎部は柱・長押などの軸部材を黒漆塗とし、飾金具を使用し、平蒔絵で草花を描く。身舎の正面中央間は黒漆塗の桟唐戸を立て、菊文様の装飾彫刻で飾る。両脇間は向かって左が菊、右が芙蓉に瑞鳥の彫刻を嵌める。背面中央間の桟唐戸は後補である。両側面の中央間は外面を舞良戸、内側は戸襖(とぶすま)とする。背面と側面も両脇間には装飾彫刻がある。身舎内部は畳敷、天井は折上格天井とする。天井の格間や戸襖には金地著色で菊・松・梅・桐などの植物を描く。庇は正面側を5間とも吹き放しとするが、内法長押より上方には各間とも装飾彫刻を入れる。庇の両側面は内法上は4間とも装飾彫刻を入れ、内法下は前寄り3間に牡丹唐草の彫刻を入れる。これらの庇部分の彫刻は途中で断ち切られている箇所があり、本来この建物に属していた彫刻ではなく、他の建物からの転用とみられる。
天忍穂耳神社(あめのおしほみみ じんじゃ)
祭神は天忍穂耳命。聖武天皇が来島・参拝して神殿を新築した際に、社前に天忍穂耳命・大己貴命の両社を創建したと伝えられている。
大己貴神社(おおなむち じんじゃ)
祭神は大己貴命。
厳島江島神社(いつくしまえのしま じんじゃ)
祭神は厳島大神(厳島神社祭神)と江島大神(江島神社祭神)。二柱とも竹生島大神(市杵島比売命)と同神である。
参道