後陽成天皇
慶長8年(1603年)、家康を征夷大将軍に任じ、江戸幕府が開かれた。朝廷権威の抑制をはかる幕府は武家伝奏を設けて更なる監視態勢を整えた。慶長10年(1605年)には譲位の意向を示し、家康も了承したため仙洞御所の造営が開始された。
後陽成の治世では朝廷内の風紀が乱れ、慶長4年には久我敦通と勾当内侍の醜聞がたち、後陽成は禁裏内での掟を定めている。掟は慶長8年に強化されたが、それでも禁裏内の風紀粛正は達成されなかった。慶長14年(1609年)6月に宮中女官の密通事件が相次いで発覚し、首謀者とされた猪熊教利と兼康頼継は逃亡した(猪熊事件)。これに激怒した天皇は被疑者らの極刑を強硬に主張し、摂家衆もこれに同意を与えてしまった。この命令は所司代板倉勝重に伝えられたものの、勝重は官女の取り調べを行うなど慎重に動き、9月23日には家康の意向が朝廷に伝えられた。天皇は自ら処罰することを諦め、家康の裁断に任せると回答した。これにより勝重の裁定で猪熊・兼康が処刑されたものの、公家衆5人と女官5人・女嬬2人を蝦夷や伊豆新島などへとそれぞれ配流するにとどめた。
慶長3年(1598年)8月13日頃から後陽成天皇は体調を崩し、10月ごろになっても体調は回復しなかった。10月18日、病気を理由とする譲位の意向を豊臣政権に伝えたが、10月21日に皇弟の八条宮への譲位を望む旨を伝えた。多数の公卿からは譲位に対して賛同を得られたが、前関白の九条兼孝や摂家衆からは事実上後継者とされていた良仁親王を廃することについては反対する意見が述べられた。この時期秀吉はすでに没しており、豊臣政権の大老徳川家康は天皇の意思を尊重すると述べたが、前田利家・前田玄以は良仁親王に譲位等と意見が分かれたことが記されている。後陽成の意図は第三皇子の三宮への譲位にあったとみられている。最終的には家康から譲位は無用との奏上がなされた。後陽成の病は慶長3年(1598年)4月ごろに快方に向かい、8月頃に回復した。一方でこの頃は秀吉の神格化についても協議が行われていたが、秀吉の遺志である「新八幡・正八幡」としての神号授与は達成されず、「豊国大明神」の神号を下している。