両都両港開市開港延期問題
開市開港の延期はなったものの、その後の道程は平坦ではなかった。攘夷運動は収まる気配を見せず、将軍徳川家茂は朝廷の圧力に屈し、文久3年5月10日(1863年6月25日)をもっての攘夷実行を約束させられた。同日、長州藩は下関の砲台から外国船への砲撃を開始、下関海峡は封鎖された。日本に戻ったオールコックは、武力による解決を決心し、下関戦争が勃発する。これに勝利した英・仏・蘭・米の四カ国連合軍に対し、幕府は自らが賠償交渉を行うことにした。オールコックの後任の英国公使ハリー・パークスは、条約に対する天皇の勅許と兵庫の早期開港を求め、慶応元年9月(1865年11月)、8隻からなる3カ国連合艦隊(米国は代理公使のみ派遣)を大坂に派遣し、その圧力の下、第一次長州征討のため京都にいた幕府首脳と交渉した。結果、安政五カ国条約に対する勅許と関税率改定を勝ち取る(翌年に改税約書が締結)。幕府は兵庫の早期開港は拒否したが、協定通りの開港は約束した。しかし、実際にはこのとき孝明天皇は兵庫開港には勅許を与えておらず、幕府が勅許を得たのは慶応3年5月24日(1867年6月26日)のことであった。
兵庫開港を協約通り実行させるため、英・仏・米の3ヵ国は18隻の大艦隊を兵庫に派遣した。大艦隊が見守る中、大阪・兵庫は慶応3年12月7日(1868年1月1日)に開市開港された。その1ヵ月後の慶応4年/明治元年1月3日(1月28日)、鳥羽・伏見の戦いが勃発、勝利した新政府は1月15日(2月8日)に新政府が外国との条約を引き継ぐ旨を宣言した。しかしながら、その後も戊辰戦争は続き、江戸・新潟の開市開港は1年遅れて明治元年11月19日(1869年1月1日)となった。既に、幕府は消滅し、江戸は東京と改称されていた。