在日米軍裁判権放棄密約事件
新原の調査によると、1953年に日本政府は在日米軍将兵の関与する刑事事件について、「重要な案件以外、また日本有事に際しては全面的に、日本側は裁判権を放棄する」とする密約に合意した。正式には『行政協定第一七条を改正する一九五三年九月二十九日の議定書第三項・第五項に関連した、合同委員会裁判権分科委員会刑事部会日本側部会長の声明』である。アメリカ側代表は軍法務官事務所のアラン・トッド中佐、日本の部会長は津田實・法務省総務課長。
その後5年間に起きた、約13000件の在日米軍関連事件の97%について、裁判権を放棄。実際に裁判が行われたのは約400件だけだった。また、新原と共同通信社が入手した『合衆国軍隊構成員等に対する刑事裁判権関係実務資料』(法務省刑事局と警察庁刑事局が1954年から1972年にかけて作成。法務省刑事局発行の「検察資料」第158号にも収録され、一部の大学図書館でも購入されている)などによると、法務省は全国の地方検察庁に「実質的に重要と認められる事件のみ裁判権を行使する」よう通達を出した。また、批判を受ける恐れのある裁判権不行使ではなく、公訴権の自主規制といえる起訴猶予処分にするよう勧めていた。これらのことが裁判権放棄密約の傍証として挙げられている。
1958年、アメリカ合衆国国務長官ジョン・フォスター・ダレスは、新日米安保条約及び日米地位協定締結にあたり、裁判権放棄を密約ではなく、日本政府に公に認めさせようとしたが、当時の首相・岸信介は国内での反発を恐れ、この要求を拒んだとしている(10月4日のこと。
以前より日本政府と在日米軍との間における、裁判権に関わる隠された合意事項(以降「密約」と呼ぶ)の存在は指摘されていたが、2008年、国際問題研究家の新原昭治がアメリカ国立公文書記録管理局で、米国側の機密指定解除により公開された公文書から、この指摘を裏付ける記述を発見してからこの問題がおおやけにされた。