堀江メール問題
なお、自民党の平沢勝栄は、民主党が証拠とされる電子メールを公開した当時から、同時期に問題となった電子メールを入手していたと公表し、後に仲介者は雑誌『Dumont』発行元、デュモンマーケティング社長の西澤孝だと既に指摘しており、同様に『週刊新潮』など週刊誌も西澤を挙げていた。
3月24日、懲罰委員会において永田は、電子メールの仲介者が西澤であることを公表し、また、自身は彼に騙されたと語った。これを受けて同委員会では4月4日に西澤の証人喚問を行なうことが決まり、同日に西澤は弁護士を通し、証人喚問を行わないように申し入れを行った(この証人喚問は後述の通り、永田の議員辞職に伴い開催されず)。また、永田は変わらず議員辞職の可能性を否定した。
3月31日、前原は記者会見を開き、永田を議員辞職させられなかったとして、党首を辞任する考えを表明した(合わせて鳩山も幹事長を辞任)。これを受けて、頑なに辞職を否定していた永田も、即日でメール問題の責任を取って議員辞職した。このため、永田に対する懲罰動議審議も途中で打ち切りとなり、仲介者である西澤の証人喚問も中止となった。また同日、民主党は、「民主党 「メール」問題検証チーム報告書」を公式ウェブサイトで公開し、事の経緯や党の責任について言及した。
さらに堀江を逮捕・拘留して捜査をしている東京地検も次席検事名で「当該メールや指摘される事実関係は把握していない」と個別の捜査案件に関わる異例の否定コメントを当日に発表した。また、ライブドアも「堀江前社長の選挙活動は、堀江が個人的にしたことで会社とは関係ない。振り込みや電子メールについては、会社として把握をしていない」と声明を出した。
一方、永田は、疑惑は事実であること、証拠となる電子メールを持っているとメディアの取材に答えた。民主党も、党首の前原誠司から、証拠の確度は高く、永田の指摘は妥当だとし、党として後援する旨のコメントを出した。さらに野田佳彦国対委員長は、国政調査権の発動についても言及し、指摘が不当というなら与党は同意すべきだと述べた。
なお、マスコミは当初より慎重であり、小泉政権に批判的だった朝日新聞も、社説でこの問題の信憑性を疑っていた。後述の通り、後に電子メールの仲介者と判明する西澤孝は、数々の捏造記事を持ち込むことで業界では有名な人物であり、西澤を出入り禁止にする出版社も複数存在するほどだった。そのため、情報提供者が西澤と判ると、この件がデマだとみなされた。