地質標本館
2階建てとなっており、1階はエントランスホールと第1展示室と第4展示室、2階には第2展示室と第3展示室がある。常設展示と企画展示(特別展)があり、鉱物や化石の標本だけでなく、日本列島の地質的構造を含む地球科学全般と地球の歴史・メカニズム、人間との関わりについて、地質調査総合センター(旧地質調査所)の研究成果を含めて展示している。近隣にある「サイエンス・スクエア つくば」に比べるとやや大人向けの展示内容となっている。多くの展示にURLが書かれたQRコードがついており、スマートフォン等で説明を読みながら見学することができる。
エントランスホールにある小さなミュージアムショップでは、地質図やオリジナルマスキングテープなどが売られている。また、運営母体である地質調査総合センターの発信する情報を商品化したブランドが存在し、過去には「化石チョコレート」が産総研敷地内のファミリーマート、およびつくばエクスプレスのつくば駅にて販売されていた。2022年には地質標本館が監修した岩石薄片の偏光顕微鏡写真を使った壁紙が館内の一部に展示されている。