海禅院
多宝塔の下には石室(東西210cm、南北164cm)があり、この中に『法華経』の「題目」が書写された15万個を超える経石が埋納されている。この経石の埋納は、徳川家康の三十三回忌である1648年6月8日(慶安元年4月17日) を期に、家康の側室で徳川頼宣の生母である養珠院が、衆生の慰霊救済と天下静謐を祈って発願したものである。この浄業には、後水尾上皇から民衆に至るまで、また僧俗を問わず多くの人々が参加するところとなり、経石の題目数の合計が250万返に達したことをもって、1649年(慶安2年)浄業は成就している。
経石が埋納された場所には、経石埋納供養の由来が刻まれた題目碑が造立され、1655年(明暦元年)には養珠院の菩提を弔うため多宝塔が建造されている。この経石埋納事業は、上皇から庶民にいたるまで貴賎の上下なく大勢の人々が参画したものであるが、江戸時代初期にあって階級を超えて多くの人々が参画したこのような法事は、我が国の歴史の中でかつてなかったことであり、題目碑にも、このことは「叡慮映石典是前代未聞奇異耳」と記されている。
1649年(慶安2年)、徳川家康の三十三回忌の際、養珠院(お万の方)が、妹背山に法華経を書写した経石を納めた石室を造り、その上に小堂を建てたのが創始である。養珠院に賛同した後水尾上皇や庶民など、身分を問わず全国から経石を集めて総数は20万個になったという。
養珠院の没後、1653年(承応2年)に紀州藩主徳川頼宣は、小堂を二層の多宝塔に改築し拝殿と唐門を建立した。その後、養珠寺の末寺になり、紀州徳川家の庇護を受けていたが明治維新で江戸幕府が滅亡すると禄を失い荒廃していき、檀家のない海禅院は多宝塔を残すのみとなった。
明治時代に紀州徳川侯爵家の意向で、海禅院は本山報恩寺の末寺となった。
1967年(昭和42年)2月14日、和歌山市指定文化財となった。 報恩寺並びにその檀家有志が1994年(平成6年)から1996年(平成8年)まで3年掛かりで痛みの激しかった多宝塔を解体修理した。
2002年(平成14年)、報恩寺執事長兼海禅院住職となった松本惠昌は、市民団体・妹背山護持顕彰会を設立し、2004年(平成16年)に養珠院が埋めた経石の再調査を行い、過去に発見された分を含め15万個以上が存在することを確認した。家康だけではなく戦死した国内の多くの人々を供養する意志があったことが、石箱に刻まれた銘文から判明した。また、顕彰会が経王堂を再建した。ただし、顕彰会は市民団体であり、海禅院に帰属する団体ではない。
2008年(平成20年)6月24日に三断橋と共に妹背山が、和歌山県指定文化財名勝・史跡和歌の浦として指定された。