ライブ・ア・ライブ
声 - 石田彰
日本人のメカニック(機械技師)。キューブの製作者。ロボットを動物や小さな子供のように優しく扱う。カークやレイチェルに対する愚痴をヒューイに対して打ち明けている所から彼との仲は特に問題は無かった様である。
スーパーファミコン版の説明書では名前が初期設定の「カトゥ」と表記されている他、各クルーの肩書きの設定も実際のゲームとは一部異なっている(攻略本では全てゲームと同じ設定に修正されている)。
HD-2Dリメイク版ではヨシユキ・カトゥーというフルネームが設定された。
声 - 赤羽根健治、三上枝織(幼年期)
近未来編の主人公。フルネームは田所 晃(たどころ あきら)。妹のカオリと共に孤児施設「ちびっこハウス」に世話になっている。幼い頃、機動隊隊長だった父・タダシ(声 - 杉田智和)をクルセイダーズに殺された過去を持ち、その頃から超能力に目覚める。無法松という人物を慕っており、彼のタイヤキ屋を手伝っている。
フィールド上で人に向かってYボタンを使うと、人の心を読む能力を使用できる。近未来編もしくは最終編の戦闘で、アキラが生存している場合は逃げるコマンドが「テレポート」に置き換わり、これを選択した場合は戦闘後に別の場所へ勝手にワープする場合がある。最終編ではこのテレポートでしかたどり着けない場所が存在する。
バトルでは、超能力で思念を送り込むことによる広範囲攻撃や、ステータス低下、行動異常・妨害による封殺やサポートを行う。
声 - 甲斐田裕子
オペレーター(通信技師)。船内では唯一の女性。ヒューイの元恋人で、今はカークと愛し合っている。思い込みが激しく感情的なところがある。ヒューイとカークといった今と過去の恋人のタイプの違いからカトゥーに異性として不信感及び不快感を懐かれている。カークと共に船内の人間関係を最悪なものとしている元凶である。
HD-2Dリメイク版ではレイチェル・クラインというフルネームが設定された。
通常、マス目の移動では約4歩、L・Rボタンによる方向転換では約8回で行動ポイントを使い切り1ターン終了となるが、素早い(ステータスの「速」の値が高い)キャラは各種行動で消費するポイントが少なく設定されており、1ターンの1回の行動の中で、より遠くに移動したり、ターンを終わらせないまま次のキャラに順番をまわすことも可能である。
敵キャラクターの中には、2マス以上の面積を占める巨大な敵も存在する(一部、プレイヤーが操作する場合もある)。これらの敵のパーツは全てマス目に沿った四角形状に区切られており(縦2マス×横2マス、縦3マス×横4マスなど)、このような敵を攻撃する場合は、技の効果範囲に影や服の一部などがほんの少しでも含まれていれば攻撃の対象にできる。逆に、繰り出す技については横の射程は縦幅分、縦の射程は横幅分だけ広くなる(例えば、縦の2マス分あるユニットが横対象の技を出す場合、縦2マス分の範囲が射程となる)。なお、敵によっては攻撃する部位によりダメージ等が異なるものもいる。
味方に関してはヒットポイント (HP) が0になると気絶して行動不能となる。他の味方が存在していればどんなに高いダメージを受けても最低でも気絶状態で受け止め、顕在している味方からエリア回復等を受ければそのままHPを回復して戦闘に復帰することができる。
ゲーム誌『ファミコン通信』の「クロスレビュー」では、8・7・7・7の合計29点(満40点)、『ファミリーコンピュータMagazine』の読者投票による「ゲーム通信簿」での評価は以下の通り、24.5点(満30点)となっている。
2022年2月のHD-2Dリメイク版発売発表にあたって、ディレクターを担当した時田貴司が当時を振り返り「クロノトリガーを仮想敵に、負けない作品を!とやりたいことを全てぶち込んだ作品です」と明かし「当時はヒットとはならず、その後クロノトリガーの制作に入るという悔しい思いをしました。」とも綴った。
声 - 桜祐
からくり源内の製造した人形。隠しキャラであり、必ずしも仲間になるわけではない。容姿はおぼろ丸そっくりだが髪の色は緑で、技も良く似たものを使うが、一部独自の技もある。ネズミが苦手で、目の前にすると暴走する。高いところから落下したり、長時間水に浸かったりすると壊れる。
コギトエルゴスム号を管理するメインコンピュータに搭載された人工知能。その役割は「船内の調和を維持する」こと。船内の端末室などを通してキューブにアドバイスを授けるが、次第に不審な動きが目立つようになる。後に仮想空間内で「マザーCOM」としてキューブの前に現れる。
HD-2Dリメイク版では10代目のAIであることから、デシムという通称が設定された。
町にはびこる、ドクロヘルメットを被った暴走集団。かつては反体制を訴えるグループとして結成されたらしいが、今やその面影はない。連続誘拐事件に関わっているらしく、怪しい動向を見せている。
クー族に崇められ、生贄を捧げ続けられていた恐竜。説明書ではスーパーファミコン版・Wii Uバーチャルコンソール版ともに「オディオサウルス」という別名でも表記されていた。
声 - 銀河万丈
最強を目指し魔人と化した破戒僧。高原が戦った6人の格闘家を抹殺し、最強の座を賭けて高原に襲い掛かる。彼の使う必殺技を覚えることはできない。
なお、スーパーファミコン版の戦闘画面では「オディー・O」と伸ばし棒付きで表記される。HD-2Dリメイク版では「オディ・O」に統一された。