古墳
馬越長火塚古墳 - 愛知県豊橋市石巻本町に所在。石室に使われた石材が吉田城に使用されたという噂がある他、太平洋戦争中には石室が弾薬庫として利用された。 重定古墳 - 福岡県うきは市浮羽町朝田に所在。石室を弾薬庫として利用。 安富古墳 - 福岡県安富天満宮境内に所在。防空壕として利用された。 ノムギ古墳 - 奈良県天理市佐保庄町に所在。防空壕・軍施設説が上がるような改装が行われていた。 二子塚古墳 - 大阪府池田市。防空壕として利用 乙塚古墳 - 岐阜県土岐市泉町久尻に所在。防空壕として利用された。 八幡観音塚古墳 - 群馬県高崎市八幡町に所在。防空壕を掘っていた時に発見された。 東赤坂古墳 - 高松市香川町浅野に所在。防空壕として使用された。 梶山古墳 - 鳥取県鳥取市国府町に所在。防空壕として使用された。
天皇・皇后・皇太后が埋葬されている御陵と皇族の埋葬されている御墓を合わせた陵墓と、陵墓の参考地は、近代以降現在では宮内庁(以前はその前身機関)が管理下に置いている。宮内省および後身の現・宮内庁は管理下になる陵墓について、学術調査を含む一切の立ち入りを厳しく制限しており、日本史研究会や歴史学研究会等の学術団体の調査要求であっても基本的に拒否の方針を執ってきた。発掘許可がほとんど下りることなく、下りたとしても極めて限定された範囲に抑えられているため、係る分野の考古学研究は重要な部分の知見を欠いたままでの発展を余儀なくされてきた。なお、陵墓の埋葬者の比定は江戸時代の儒学者・国学者などの手による文献研究を踏襲し、明治時代に宮内省が決定したもので、その後の考古学研究の進展により、緻密な編年作業が進展し、考古学者の比定と齟齬が生じているものも見られるようになった。
宮内庁が管理する陵墓は、近畿地方を中心に、北は山形県から南は鹿児島県までの1都2府30県に亘って分布している。2020年(令和2年)時点での内訳は、陵188、墓555、分骨所・火葬塚・灰塚など陵に準ずるもの42、髪歯爪塔など68、陵墓参考地46、総計899に及ぶ(※2010年〈平成22年〉時点では総計896であった。