関藤藤陰
そうこうしているうちに戊辰戦争が発生し、徳川譜代であり帰趨を鮮明にしない福山藩に対して長州藩の軍が福山城向かって進撃。藤陰は重臣達と対応を協議し、かつて著した『国論主義書』の趣意通り新政府軍に加わってその中で徳川家を救う方法を考えるという方針となり、福山藩家老・三浦義建と共に藩を代表して長州藩との交渉を行った。長州藩側はここで初めて福山藩が藩主不在の事実を確認して対応を協議し、新政府に参加していた広島藩主・浅野長勲の実弟・正桓を次期藩主として迎え入れることを条件に福山藩の恭順が許されることになった。しかし、新政府に加わり徳川家を救おうとする藤陰の意図とは裏腹に福山藩は新政府に命じられるがままであった。
明治2年(1869年)、版籍奉還によってその職務を終え隠居。廃藩置県後、旧藩主・正桓の要請によって阿部家家政差配(かつての側用人)に就任して東京に移住。正桓の相談役をつとめながら、『文章規範筆記』『阿部家傳』『詩書筆記』などを著述して晩年を過ごした。
明治9年(1876年)、死去。墓は主君・阿部正弘と同じ谷中墓地内にある。
昭和3年(1928年)、正五位を追贈された。