ゴジラ対メカゴジラ
敬介と冴子はフェリーさんふらわあからクイーンコーラルを乗り継ぎ、敬介が船上で猿人の正体をさらしたR1号を追撃するも追い詰められるが、宇宙人は何者かの銃撃で撃退されて置物ごと海中に没してしまう。翌日、宇宙人と落ちた置物は偽物で本物は船長が金庫に保管していたことが判明し、宇宙人の裏をかいてシーサーの置物を無事に沖縄へ持ち込む。そのころ、洋上の孤島には落雷を浴び続けるゴジラの姿があった。
冴子をホテルに待たせ、単身で玉泉洞へ向かった敬介は宇宙人に襲われるが、インターポールの南原によって救われる。半年前から宇宙人の陰謀を察知していたインターポールは敬介を注視しており、船上でR1号を倒したのも実は南原だった。敬介は南原の力を借り、宇宙人の服を奪って基地に侵入すると、車を宇宙人の細工で失うも処刑室で蒸し殺されかけていた宮島博士らを助け、基地から逃走する。そのころ、夜空には「赤い月が沈み」つつあった。敬介らは安豆味城跡に向かい、再び基地の破壊に向かう南原には正彦と責任を感じた宮島博士も同行する。
敬介と冴子たちは置物を持って安豆味城跡へ急ぐが、すでに宇宙人たちの手が回り、那美とその祖父・天願が人質になっていた。置物との交換を要求する宇宙人たちに、天願は「ヤマトンチューのせいでこうなった」と、敬介らをなじる。絶体絶命かと思われたその時、インターポールの田村が助けに入る。こうしてほこらに置物が設置されると、予言通りに蜃気楼によって「西から昇った」朝日の光は彼らの目の前で置物によって増幅され、万座岬の岩山を撃つ。大爆発で崩落した岩肌からはキングシーサーが姿を現すが、まだ深い眠りから覚めないままだった。
脚本は東宝作品には初参加となる山浦弘靖が担当。山浦は、監督の福田純から直接電話で依頼を受けたが起用の理由は定かではない。山浦は、憧れのゴジラシリーズに参加できたことが嬉しかった一方で、ゴジラをヒーローとして描くことには納得がいっていなかったと述懐している。
本作品の原型となった『大怪獣沖縄に集合!残波岬の大決斗』ではメカゴジラが登場しない内容になっており、その時点ではゴジラ、モスラ、アンギラス、新怪獣の「機械怪獣ガルガン」と「ガルガ星人」が登場予定で、キングシーサーを眠りから呼び覚ます「那美」がこの脚本に初登場しており、設定はそれぞれキングシーサーやメカゴジラに受け継がれた。メカゴジラの登場が決まった検討用台本時のタイトルは『残波岬の大決斗 ゴジラ対メカゴジラ』であり、その内容は侵略者R星人の尖兵のガイガンとメカゴジラにゴジラがキングバルカン(キングシーサー)とともに立ち向かうというものだった。