金峯山寺
38 南法華寺(壺阪寺) - 39 金峯山寺 - 40 丹生川上神社上社
修験道は中世末期以降、「本山派」と「当山派」の2つに大きく分かれた。本山派は天台宗系で、園城寺(三井寺)の円珍を開祖とする。この派は主に熊野で活動し、総本山は天台宗寺門派(園城寺傘下)の聖護院(京都市左京区)である。一方の当山派は真言宗系で聖宝を開祖とする。吉野を主な活動地とし、総本山は醍醐寺三宝院(京都市伏見区)であった。金峯山寺は中興の祖である聖宝との関係で、当山派との繋がりが強かった。中世の金峯山寺は山上に36坊、山下に百数十の子院を持ち、多くの僧兵(吉野大衆と呼ばれた)を抱え、その勢力は南都北嶺(興福寺と延暦寺の僧兵を指す)にも劣らないといわれた。蔵王堂は寛治7年(1093年)、嘉禄元年(1225年)、文永元年(1264年)に焼失しているが、その都度再建されている。
元弘の乱が起きると、元弘2年(1332年)に後醍醐天皇の子である護良親王が金峯山寺の僧兵を味方に付け、吉野山を要害化して吉野城とし、立て籠もった。元弘3年(1333年)2月には鎌倉幕府の二階堂道蘊が6万余騎を率いて攻め寄せてきたが、二天門で村上義光が自害している間に護良親王は退却した。