イノモトソウ科
海老原 (2016)には以下のものが示されている。
Cryptogrammoideaeリシリシノブ亜科 Coniogramme イワガネゼンマイ属、Cryptogramma リシリシノブ属、Liavea
Ceratopteridoideae ミズワラビ亜科 Acrostichum ミミモチシダ属、Ceratopteris ミズワラビ属
Pteridoideae イノモトソウ亜科 Actiniopteris アクティニオプテリス属、Angramma ハニカラクサ属、Austrogramme、Cerosora、Cosentinia、Jamesonia、Nephopteris、Onychium タチシノブ属、Pityrogramma ギンシダ属、Pteris イノモトソウ属、Pterozonium、Syngramma、Taenitis
Cheilanthoideae エビガラシダ亜科 Adiantopsis、Argyrochosma、Aspidotis、Astrolepis、Bommeria、Calciphilopteris、Cassebeera、Cheilanthes エビガラシダ属、Cheiloplecton、Dorypteris フウロシダ属、Gaga、Hemionitis、イヌアミシダ属、Mildella、Myriopteris、Notholaena チャイロエビガラシダ属、Paraceterach、Paragymnopteris ケガワシダ属、Pellaea イヌウラジロシダ属、Pentagramma、Trachypteris、Tryonella
ホウライシダ科は吸収され、他にも幾つかの科から本科に持ち込まれた属があり、他方でホングウシダ科、タカワラビ科は現在もそれぞれ別科となっており、コバノイシカグマ科については独立科とはするも本科との関係については未解決とのこと。
例えば以前は別科とされたものが現在は本科に組み入れられているものにシシラン科のものがある。ホウライシダ属とかつてシシラン科とされていたもの(シシラン属・タキミシダ属)については、形態的にははっきりと異なり、違いの定義が可能なものではあったが、分子系統の解析ではシシラン科のものがホウライシダ属の内群になる、との結果が再三報告されてきた経緯があり、情報量を増やした近年の解析の結果、この2つのグループが内群ではなく姉妹群を成す、との結果が認められるようになった。
分子系統の情報によると、本群はウラボシ目の系統樹の一番基部で分化した系統に含まれ、その中で最大のものとなっている。