宇佐市
大分県道23号中津高田線
大分県道27号耶馬溪院内線
大分県道42号山香院内線
大分県道44号宇佐本耶馬溪線
大分県道50号安心院湯布院線
大友・大内が豊前の覇権を巡って激突する際には、たいてい妙見嶽城が最前線となり、そのたびに宇佐郡衆が妙見嶽城に登っている。島津氏に豊後府内を追われた大友吉統が、最終的には妙見嶽城の田原親盛を頼ってここに籠城し、その最終防衛線として機能した。もっとも、この時点で宇佐郡衆でも大友方に残ったのは佐田氏くらいであり、他は秋月氏や島津氏に内通していた。
安土桃山時代の豊臣秀吉による九州征伐によって豊前国が黒田孝高の領分になると、宇佐郡もほぼ全体が中津城を築城した黒田氏に与えられた。ただし戦略的要地である妙見嶽城・龍王城とその直接支配地域は豊臣政権の蔵入地とされた。のちに龍王城には細川氏が入り、高田城に移った後に破却された。妙見嶽城も大友氏改易と前後して破却されたようである。
江戸時代には天領、中津藩領、島原藩領飛び地、宇佐神宮の神領が混在した。特に四日市地区には天領日田の代官所(四日市陣屋)が置かれた他、東西本願寺の別院(真宗大谷派四日市別院〈東別院〉・本願寺四日市別院〈西別院〉)が置かれ、一時は「九州御坊」として九州全体を管轄していた。
江戸時代末期(幕末)には豊前四日市陣屋(現在の宇佐市四日市地区)で、佐田秀率いる花山院隊を名乗る部隊が蜂起した。佐田らは四日市陣屋から大砲等を強奪したあと御許山に立て籠もり、長州藩との連携を模索したが、逆にこれを迷惑がった長州藩兵によって急襲・鎮圧された(御許騒動)。
長洲地区のいくつかの町を除き全域が明治以来の大字を継承している。平成の大合併の旧院内町・安心院町は大字の前に旧町名を冠している。
北宇佐(宇佐町)
小向野(宇佐町)
高森(宇佐町)
南宇佐(宇佐町)
青森(封戸村→宇佐町)
苅宇田(封戸村→宇佐町)
西木(封戸村→宇佐町)
立石(封戸村→宇佐町)
東大堀(封戸村→宇佐町)
横田(封戸村→宇佐町)
出光(北馬城村→宇佐町)
岩崎(北馬城村→宇佐町)
江熊(北馬城村→宇佐町)
金丸(北馬城村→宇佐町)
西屋敷(北馬城村→宇佐町)
橋津(北馬城村→宇佐町)
日足(北馬城村→宇佐町)
山(北馬城村→宇佐町)
両戒(北馬城村→宇佐町)
和気(北馬城村→宇佐町)
石田(四日市町)
葛原(四日市町)
城井(四日市町)
吉松(四日市町)
四日市(四日市町)
上敷田(天津村→四日市町)
上庄(天津村→四日市町)
下敷田(天津村→四日市町)
下庄(天津村→四日市町)
富山(天津村→四日市町)
中敷田(天津村→四日市町)
南敷田(天津村→四日市町)
宮熊(天津村→四日市町)
赤尾(長峰村→四日市町)
今仁(長峰村→四日市町)
大根川(長峰村→四日市町)
木部(長峰村→四日市町)
佐野(長峰村→四日市町)
清水(長峰村→四日市町)
今成(横山村→四日市町)
上元重(横山村→四日市町)
木内(横山村→四日市町)
黒(横山村→四日市町)
下元重(横山村→四日市町)
末(横山村→四日市町)
中(横山村→四日市町)
山下(横山村→四日市町)
山袋(横山村→四日市町)
麻生(麻生村→四日市町)
岳の首(麻生村→四日市町)
灘(麻生村→四日市町)
山口(麻生村→四日市町)
上高(糸口村→四日市町)
上時枝(糸口村→四日市町)