アピコンプレックス門
アピコンプレクサ類は基本的に単細胞であるが、大きさは数μmから数mmまでと極めて幅がある。細胞膜がアルベオール(alveole、胞室)という小胞に裏打ちされ、やや堅いペリクル(pellicle、外被)を形成している。アルベオールの存在やその他の特徴から、アピコンプレクサ類はアルベオラータというグループに所属させられている。ペリクルは細胞のほぼ全体を覆っているが、飲作用(ピノサイトーシス)を行うミクロポア(micropore、微小孔)の所にはない。
細胞の前端にあるアピカルコンプレックスは、元来はミゾサイトーシスに使われる構造だと考えられているが、大部分の種では宿主細胞との接触や細胞内への侵入に関与していると考えられる。先端は極輪(polar ring)という微小管の帯が取り囲んでおり、多くの原虫にはさらにコノイド(conoid、円錐体)という漏斗状の微小管束がある。開口するロプトリー(rhoptry)とミクロネーム(microneme)という小胞があり、原虫が宿主細胞に侵入するための酵素を分泌している。
もう1つの特徴として、アピコンプレクサ類の細胞にはアピコプラストと呼ばれる細胞小器官があって、3ないし4枚の膜に囲まれていることが挙げられる。その機能は脂質合成などだろうと思われるが、原虫の生存に必須であるらしい。ただしクリプトスポリジウムや(少なくとも一部の)グレガリナ類にはアピコプラストは存在しないと考えられている。アピコプラストと渦鞭毛藻の葉緑体は両方とも紅藻由来だと考えられ、したがって一般的には両分類群の共通祖先から受け継がれたものだと考えられている。しかしアピコプラストは緑藻由来だとする意見もある。