CHAOS RINGS
第2のエンディングを見ることで残りの2組のペア、オーガとヴァティー、およびアユタとマナのペアの物語が選択可能となる。1万年前のアルカ・アレーナで優勝したことによって不老不死を得て現在の人類の祖となったオーガらと、アルカ・アレーナを創設した最初のペアの片割であり毎回記憶をリセットしながら戦いに参加し続けてきたアユタは、互いに因縁浅からぬ間柄であり、物語はアルカ・アレーナの秘密へと迫っていく。その中で、既に方舟の維持が限界に近づいており、そのために戦いのルールが非道なものへとねじ曲げられていることが語られ、また各登場人物のシナリオ間は互いにパラレルワールドとなっており、シナリオごとに各登場人物の置かれた状況がやや異なっていることが示される。
全てのペアの物語を終えると、時空の収束により、結末の異なる4つのパラレルワールドを経てきた4組のペアが合流する展開となり、クオリアとの最終決戦が開始される。4組のペアは地球を呆気なく消滅させてしてしまったクオリアの力に戦意を挫かれつつも、世界のためではなく自分自身のために戦うことを決意する。戦いはまるで勝機のないもののように思われたが、彼らの戦いの結果として未来の可能性が開かれ、より科学文明の進んだ時空から宇宙戦艦の大艦隊が援軍として駆けつける。宇宙艦隊の斉射によってクオリアは殲滅され、戦いを終えた4組のペアはクオリアから救済された元の時空へと戻ってゆき、全能者は全ての作業の完了を宣言して消滅する。その後はクリア後のおまけがあるものの、本編の物語は幕を閉じる。
物語の冒頭には、プレイヤーキャラクターにならないもう1組のペアが登場するが、ゲーム開始直後に死亡し退場してしまう。