糸魚川駅
JR西日本の北陸新幹線・大糸線、えちごトキめき鉄道の日本海ひすいラインが乗り入れている。JR貨物は日本海ひすいラインのみ第二種鉄道事業として貨物列車を運行している。日本海ひすいラインは元々は当駅の所属線であった北陸本線の一部であったが、2015年(平成27年)3月14日の北陸新幹線長野駅 - 金沢駅間延伸開業に伴い、えちごトキめき鉄道へ移管された。これに伴い、在来線構内はJR西日本の在来線である大糸線も含め、えちごトキめき鉄道の管轄となった。
なお新幹線開業と北陸本線の移管に伴い、当駅はJR西日本では新潟県内で唯一の有人駅となっている。JR西日本管理の有人駅としても最東端にあたる。
新幹線の延伸開業時に運行を開始した定期列車のうち、速達タイプの「かがやき」は当駅を通過するが、各駅停車タイプの「はくたか」計15往復(東京 - 金沢間14往復、長野 - 金沢間1往復)は全列車が停車する。
JR糸魚川駅の事務管コードは▲541482を使用している。
※新幹線の停車駅は各列車記事を参照
JR西日本と鉄道・運輸機構、糸魚川市では新幹線開通に際し駅舎の改築と南北自由通路の新設を進め、北側の在来線橋上駅舎は2013年12月1日の始発列車から、自由通路は2014年9月14日の12時からそれぞれ供用が開始された。また糸魚川市では改築に合わせ駅舎出入口の愛称として、従前から設けられている北側を「日本海口(北口)」、新設された南側を「アルプス口(南口)」と命名した。
南北の駅舎は糸魚川市周辺の風景をモチーフとして設計されたもの。在来線の日本海口駅舎と自由通路は、中心市街地の雁木造と町屋をイメージした和風のデザインが用いられている。
新幹線のアルプス口駅舎のデザイン原案は「日本海と北アルプスに抱かれた、雄大な自然を感じさせる駅」で、市が2007年(平成19年)に鉄道・運輸機構に要望したデザイン構想を基に、同機構が2010年(平成22年)10月29日に市側へ提示した3案の中から選定された「C案」を基に設計されたもので、日本海の波と北アルプス、市内の姫川流域で産出されるヒスイ、市域が指定されている「世界ジオパーク」をイメージして、外装のデザインにはヒスイを表す翠色や、地層や断層を表すストライプなどが取り入れられている。
北陸新幹線 上越妙高駅 - 糸魚川駅 - 黒部宇奈月温泉駅
■大糸線 姫川駅 - 糸魚川駅