ノーフォーク海軍造船所
1861年にはバージニア州はアメリカ連合国に加入した。連合国に造船所を接収されるのを恐れた造船所指揮官は、施設と残存艦船の破壊、焼却を命じた。そして連合国軍は実際に造船所を接収しに現れ、ウィリアム・マホーン(ノーフォーク・アンド・ピーターズバーグ鉄道の社長。後に連合国軍の士官として有名になる)の巧妙な策略により武力衝突無しで造船所は確保された。合衆国軍はハンプトンローズを越えてモンロー砦へ後退した。モンロー砦は同地域で唯一残された合衆国の領土であった。
1862年初めに連合国は装甲艦「バージニア」(CSS Virginia) を、合衆国軍艦「メリマック(英語版)」(USS Merrimack) の焼損した船体を補修再利用して建造した。造船所が合衆国軍に放棄された際、メリマックは水線上部分が焼損されて取り残されていたため、バージニアは革新的な上部構造が取り付けられて完成した。バージニアは合衆国軍のハンプトンローズ封鎖におけるハンプトンローズ海戦でモニター (USS Monitor) と歴史的な装甲艦同士の海戦を行った。1862年5月に連合国軍が撤退する際には、彼らは再び造船所を炎上させた。
ノーフォークおよびポーツマスが合衆国軍に奪還されると、ゴスポート造船所はノーフォーク造船所に改称された。造船所は実際にはバージニア州ポーツマスに所在したが、同地域で最大の都市であるノーフォークの名が冠せられることとなった。合衆国海軍のこの決定は、ニューハンプシャー州ポーツマスに隣接のメイン州キタリーに所在する「ポーツマス海軍造船所」と混同されるのを避けるためであったと考えられる。