真希波・マリ・イラストリアス
シンジと最終的に結ばれたと見える相手だったことについて、アスカと結ばれることを予想していた一部のファンを中心に物議を醸した。批評家の藤田直哉は、『エヴァ』の主題にはキャラクター文化批判があるとして、これらの展開は、ファンの過度なキャラクターへの依存に敢えて突きつける意図があったと分析している。
『シン』公開後、とくにドキュメンタリー番組『プロフェッショナル 仕事の流儀 庵野秀明スペシャル』放送後、庵野の妻である安野モヨコがマリに重ねられているとする私小説的解釈がネット上で多くみられたが、スタジオカラーのスタッフは「鶴巻さんのリビドーしか入っていないキャラ」としてこれを否定している。庵野本人もこの説を直接否定し、マリの造形は鶴巻の手によるところが大きいとした。
複数の批評家は、このような私小説的な解釈に懐疑的な見方を示した。ドイツ出身の翻訳家マライ・メントラインはマリの「現実的な人間力」による「フィクションへの介入」のメタ的演出と分析した。また前述の藤田は、安野の存在が影響を与えている部分は、劇中における食事の描写や、結婚による共同生活を経た現実的な他者との共存感覚や愛といった、新劇場版における内容と作り方そのものであるとの解釈を示した。
『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』の公開時は名前が明かされておらず、2008年発売のゲーム『ぷちえゔぁ』で「マリ」という名前とともに紹介された。2009年3月14日の『破』初回前売券発売時は「×××・マリ・×××××××」と「マリ」以外の名前を隠した状態で紹介され、同年4月18日の第2弾前売券発売時にフルネームと担当声優が公開された。
初期プロットでは『破』で登場はするものの物語にはあまり介入せず、3作目である『Q』から本格的に出番を増やす予定であったが、『序』上映時の次回予告映像にマリが登場した時の観客の反響の大きさから、総監督の庵野秀明の意向で出番が増えた旨が『ヱヴァンゲリヲン全記録全集:破』の各スタッフのインタビューにより明かされている。制作初期の段階では、「マリコ」という名であった。
『破』全記録全集に収録された、画コンテ作業直前のバージョンの脚本では第8の使徒戦でマリが2号機パイロットに抜擢される。作戦会議のシーンではアスカから「マリ先輩」「ツーダッシュ、予備ナンバー」「リクルート(新兵)」と呼ばれ、シングルコンバットで好成績だが協調性の低いアスカに代えて新人だが協調性の高いマリを乗せるという筋書きになっている。戦闘シーンでは無断で搭乗したアスカに操縦を任せ、自身は自爆する使徒の衝撃を身代わりに引き受ける。