向之原駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。互いのホームは跨線橋で連絡している。旧駅舎は築74年で老朽化が進んでいたため取り壊され、2002年(平成14年)に旧駅舎をイメージした鉄骨平屋建ての新駅舎(約60m)に建て替えられた。発車メロディとして、「挾間の里唄」を採用していたが、現在は発車メロディは使用されていない。
大分方面からの列車折り返しの設備があり、当駅で1/3程度の列車が大分方面に折り返す。大分方面へは1時間に2 - 3本程度、由布院方面には1時間に1本程度(時間帯により2時間近く開く場合あり)の普通列車がある。
特急ゆふが停車するが、特急ゆふいんの森および、その代走の特急ゆふ73号・74号は当駅を通過する。なお、2012年の九州北部豪雨の際に、特急ゆふいんの森が別府・大分 - 日田間の臨時特急となった際には向之原駅に停車していた。
JR九州サービスサポートが駅業務を受託する業務委託駅であり、きっぷうりばが設置されている。
ICカードSUGOCAは出入場とチャージのみ対応。SUGOCAは当駅より由布院方面では善導寺駅までは対象外となっているが、途中下車しない限り、福岡・佐賀・大分・熊本エリアへは特例として利用することができる。