ビザンツ帝国内乱 (1341年-1347年)
その後すぐにアポカウコスに率いられた70隻の艦隊がテッサロニキに到着し、都市の軍備を強化した。テッサロニキに留まっていたシュナデノスの一族は摂政政府側へ逃れた。アレクシオス・アポカウコスの息子のヨハネス・アポカウコス(英語版)がテッサロニキの総督に任命されたものの、実質的な権力は熱心党が握っており、熱心党はその後7年間にわたりビザンツ帝国の歴史上他に類を見ない自治政権を築いた。
これらの出来事と同じ頃に摂政政府の軍隊がトラキアへ進軍し、民衆の反乱によって摂政政府側についていた都市を正式に接収した。テッサロニキを封鎖されたうえにトラキアからの補給線も断たれ、さらには兵士の脱走によってカンタクゼノスの軍隊は2,000人にまで減少した。しかもそのうち半数はフレリャの部隊に属していた。このためカンタクゼノスは北方のセルビアへ撤退せざるを得なくなり、そこでステファン・ドゥシャンに支援を求めようとした。それから間もなくフレリャもメルニクの支配権を手に入れたいと望んだためにカンタクゼノスを見捨てて摂政政府側に付いた。
カンタクゼノスは1342年7月にプリシュティナの近郊でステファン・ドゥシャンと面会した。当初セルビアの支配者は同盟を結ぶことに消極的な態度を見せたが、有力者のヨヴァン・オリヴェル(英語版)を中心とする貴族たちから圧力を受けたことで、南方へ勢力を拡大する絶好の機会を逃すわけにはいかなくなった。セルビア人の援助を切実に必要としていたカンタクゼノスは、後に本人が正反対のことを述べているにもかかわらず、実際にはセルビア人が獲得したすべての町をセルビア側がそのまま保持することに同意していたとみられている。
さらに戦争によって地方における集権的な統治体制は崩壊し、トラキア地方の支配は現地の有力者による荘園制に移行した。これらの有力者は莫大の富を抱えていたにもかかわらず、支払いの免除や公然とした言い逃れによって帝国政府への納税を回避した。そして1347年の黒死病の到来と繰り返し起こったその流行によって帝国の税収と徴兵の基盤はさらに弱まり、セルビアが獲得した領土を奪還する力を失った。
1352年の内乱の再開とともに、このような状況はアンドロニコス3世の時代に経験したようなわずかばかりの復活の機会さえも奪った。その後、ビザンツ帝国はより強力な複数の隣国による脅威にさらされ続け、自立した外交政策を追求することができず、資源が不足する不利な条件を背負い、さらなる内部抗争に見舞われた。それでもなお、帝国は偶発的な外的要因と巧みな外交術によってさらに1世紀を生き延びたものの、ついには1453年にオスマン帝国によって征服された。その一方でモレアの飛び地の帝国領だけが繁栄を続け、比較的孤立していたために内乱の惨禍を免れることができた。1349年にマヌエル・カンタクゼノスがモレアの専制公に任命されたことで半独立的なモレアス専制公領が成立し、1460年にオスマン帝国によって滅ぼされるまでビザンツ世界における最後の経済的、文化的繁栄を経験することになった。
一方のカンタクゼノスはセルビア王のステファン・ドゥシャンとアイドゥン侯国のウムル・ベイ(英語版)の支援を得て形成を逆転させることに成功した。その後、ステファン・ドゥシャンは摂政政府側へ寝返り、1345年にはウムルも支援から撤退したものの、カンタクゼノスはオスマン帝国を統治するオルハンの支援によって優勢を維持した。1345年6月には摂政政府を主導していたアポカウコスが殺害される事件が起き、歳入も減少したために摂政政府は大きな打撃を受けた。カンタクゼノスは1347年2月3日にコンスタンティノープルへ入城し、カンタクゼノスが10年間正帝として統治を続け、その後はカンタクゼノスとヨハネス5世が対等な立場で統治するという合意が成立したことで内乱は終結した。
ビザンツ帝国はアンドロニコス3世の治世に安定を取り戻しつつあったものの、長期に及んだ戦乱と他国の介入によって大きく領土を失い、国土は荒廃した。内乱に介入したステファン・ドゥシャンはアルバニアとマケドニアの大部分を征服し、セルビア帝国を樹立した。一方でブルガリア帝国はエヴロス川以北のトラキアの領土を獲得し、新興のオスマン帝国も同盟関係を通じてビザンツ帝国への影響力を拡大させた。さらに黒死病の到来とその後も続いた度重なる内紛によって帝国の再建は困難となり、1世紀後のオスマン帝国による征服へとつながることになった。歴史家のエヴァ・デ・フリース=ファン・デル・フェルデンは、この内乱を「ビザンツ帝国の「衰退」と「崩壊」を分ける破断点」であったと評している。