日本台湾交流協会
日台間の諸問題を協議するため、台湾日本関係協会との間で貿易経済会議を毎年定例的に開催している。会議には、両国の関係官庁の担当者が出席しており、たとえば、2007年の第32回貿易経済会議では、台湾側から経済部国際貿易局局長を筆頭に35名の役人が出席、日本側から経済産業省の副局長級の交渉官ら55名の役人が出席した。
このほかに重要な両国間折衝としては、日台漁業交渉や日台航空交渉、租税取決め交渉がある。いずれも民間代表機関の交渉という形をとっているが、実際は関係官庁の担当者が協議しており、事実上政府間の実務者協議となっている。
日台漁業交渉は、1996年に開始し、2005年7月の第15回協議以降は中断していたが、2009年2月に再開し、尖閣諸島(釣魚台)周辺での漁業トラブルに対応する緊急連絡窓口を沖縄県那覇市に設置することで合意した。
日台航空交渉では、2009年2月の協議で、台北(松山空港)・東京(羽田空港)間の航空路線の2010年開設で合意し就航開始、2011年11月の協議で日台路線の完全オープンスカイが合意に達した。
2015年11月には租税条約にあたる「日台民間租税取決め」を締結している。