J-BIS
採取した指紋や顔写真のデータの管理の問題が存在する。
日本に住居や家族を持つ外国人永住者が、思想・信条や宗教上の理由から指紋採取を拒否した場合に、戻るべき国がない場合でも退去命令の対象となる。
過去に日本から強制退去を受けた人物が、他人の指紋をシール等で指にはりつけ、生体認証システムをくぐり抜けて、再び不法入国した事件が発生している。
システムが導入されてから、指紋を消去または改変して入国審査をすり抜けようとする事例が発生している。2009年(平成21年)1月から10月の間に、入管難民法違反により8人の容疑者が摘発されており、導入から1年間で846人が日本の入国を拒否されている。これに加え、退去強制歴のある韓国人が、指に特殊なテープを貼り付け、日本に入国した事件が発生している。