能生駅
一方で「白鳥」の車内においても、上野方面から乗車した男性客2人が当駅で下車しようとしていたが、青森方面からの列車と併結する直江津駅において車掌から「能生駅では下車できません」と告げられ、直江津駅での下車を余儀なくされた。この2人はその後、国鉄に強く抗議したという。
この騒動から2年後の1963年(昭和38年)10月1日、新設された糸魚川駅 - 新潟駅間の準急「ひめかわ」が能生駅に停車することになり、当駅は下り1本のみではあるものの優等列車停車駅に昇格した。さらに1982年のダイヤ改正後から2000年代初頭までは、日中の急行が廃止されたことに伴う救済措置として特急「北越」1往復が停車し、正真正銘の特急停車駅となっていた時期があった。しかし、その後は当駅での特急利用客が減少したことや、北陸本線の富山駅以東の特急が「はくたか」を除いて減少したこともあり、普通列車のみの停車駅に戻った。
2015年3月のえちごトキめき鉄道への移管に際しては、新設された快速列車の停車駅となっていたが、これも2019年3月をもって廃止となった。
この結果、現在線では地すべりの時期も規模も予想困難で、抜本的な防止対策は不可能であり、危険度の高い地域を避けて新線を建設する必要があると結論付けられた。これに基づいてAからCの3つのルートが立案されて比較検討されたが、能生駅については3ルートいずれでも現在駅から約700メートル山側に移転するものとなっていた。
こうした検討のための地質調査を1964年(昭和39年)1月に完了したが、この際に相当内陸側まで調査を行っていたことや、当時世界最長となるトンネルの構想があることなどが新聞で先に報じられていたことから、地元では現在の路線と駅がなくなることへの不安が広がり、反対運動が開始された。多数の通勤通学旅客がバス輸送に転移しなければならないこと、鮮魚の搬出輸送ができなくなること、商工業に打撃があること、海水浴場の営業に問題があることなどが反対の論点で、影響を受ける糸魚川市、能生町、名立町などが連携して反対運動を行った。国鉄の地質調査委員会は3月に現在線の線増工事は不可能と結論を出したことから、各市町で反対決議がおこなわれ、反対運動が激化することになった。特に、もっとも長いトンネルとなる案では名立町には駅がなくなることから、名立町から強い反発があった。