国際連合人権理事会
2006年6月19日、人権理事会の初回会合が、ジュネーブにある国際連合欧州本部で開幕した。コフィー・アナン事務総長は、演説で、「人権分野における国際連合の活動に新しい時代が開かれた」と宣言した。また、事務総長は、「設立から5年間の見直し期間中に、主要機関へ格上げされるだけの働きを見せてほしい」と演説した。29日、人権理事会は、「強制失踪からのすべての者の保護に関する国際条約」(強制失踪防止条約)案を全会一致で採択し、総会に対し、同年中の採択を勧告した。この条約は、2006年12月20日に第61回国連総会にて採択され、2010年12月23日に発効した。 この条約案は、アルゼンチン、チリなど南米の軍事政権による、国内の反体制者の逮捕・監禁を防止することを主たる目的として、20年以上前から起案作業が進められた。しかし、関係各国の利害対立により、採択されるに至らなかった。その後、北朝鮮による日本人拉致問題などを念頭に、日本が「国境を越えた拉致」も条約案に盛り込むよう働きかけて採択のために積極的に活動した。2003年から本格的に議論が開始されて採択に至った。 この条約案は、条約加盟国に対しての強制失踪を重大な犯罪として法的に禁じるとともに刑罰を設けるよう定める。司法による手続きに基づかない逮捕、監禁、拉致の理由に、内戦などを挙げることを認めず、秘密情報員や国家の承認を受けたグループによる拉致を「人道に対する罪」と断定している。被害者やその遺族には、失踪の真相に対して知る権利を付与している。
同様に経済協力開発機構も、日本は他国に比べると「脱施設化が遅れている」と、日本国政府に勧告している。
2014年7月23日、イスラエルのガザ侵攻を非難する決議を29ヶ国の賛成多数で可決。理事会議長が派遣する調査委員会が国際人道法・国際人権法違反を調べるとしている。 当事者のパレスチナ自治政府と、アラブ諸国などが共同で決議案を提出。アメリカ合衆国が反対、欧州連合諸国と日本など17ヶ国は棄権。イスラエルは「衡平を欠く」と猛反発しており、調査に協力する可能性は低いと見られている。
2017年、国連特別報告者のデビット・ケイが日本の放送メディアの独立性を強化するため、独立した監督機関を検討する必要があると報告。
2018年6月19日、アメリカのドナルド・トランプ政権は、国際連合人権理事会からの脱退を表明した。
2019年7月11日、日本や欧州連合諸国など22カ国の大使が中国の新疆ウイグル再教育キャンプを非難する共同書簡を理事会に提出。 これに対して26日、パレスチナ自治政府とアラブ諸国、アフリカ連合諸国、イラン、パキスタン、ベラルーシ、トルクメニスタン、キューバ、ベネズエラ、フィリピン、ミャンマー、北朝鮮、シリア、ロシアなど50カ国の大使が連名で中国を支持する書簡を理事会に提出。
2020年6月17日、ジョージ・フロイドの死に端を発したアメリカ国内及び世界各地での人種差別状況について討議。
2006年5月9日、総会において、全191加盟国による無記名投票で、人権理事会の47の理事国が選出された。理事国は5つの地域グループごとに、総会の絶対過半数(96ヶ国)の得票で選出される。任期は3年で、毎年3分の1が改選される。初回である2006年選挙では、任期1年の国と任期2年の国を各々3分の1ずつ籤で決めた(なお、日本は任期2年)。理事国に選出された国と得票数は次の通り。
アフリカグループ(定数13ヶ国):ガーナ(183票)、ザンビア(182票)、セネガル(181票)、南アフリカ(179票)、モーリシャス(178票)、モロッコ(178票)、マリ共和国(178票)、ガボン(175票)、ジブチ(172票)、カメルーン(171票)、チュニジア(171票)、ナイジェリア(169票)、アルジェリア(168票)
アジア太平洋グループ(定数13ヶ国):インド(173票)、インドネシア(165票)、バングラデシュ(160票)、日本(158票)、マレーシア(158票)、パキスタン(149票)、大韓民国(148票)、中華人民共和国(146票)、ヨルダン(137票)、フィリピン(136票)、バーレーン(134票)、サウジアラビア(126票)、スリランカ(123票)