如意ヶ嶽
そしてその後シイ林へと植生が遷移していったという。2007年現在マツノザイセンチュウによる松枯れの被害などもあり、東山国有林の西側(京都側)は大部分がシイ林となっており、今後も拡大が続くとみられている。これについては景観を乱すとして、対策が協議されている状態である。ただしこれは東山国有林全体の話であり、必ずしも銀閣寺国有林に直接当てはめられる話であるとは限らない。その後、東山国有林は、1994年、ユネスコの世界文化遺産に清水寺と慈照寺が登録されたことにより、全域が「世界文化遺産貢献の深林」に設定されている。
大文字山に生息している哺乳類は大型ではニホンザルイノシシ、キツネ、タヌキ、ニホンジカから、ムササビ、ニホンテン、数種類のコウモリ。小型では何種かのネズミに至るまで、18種ないし20種程度。最も良く見られるのはムササビであるという。野鳥も多く見られ、『フィールドガイド 大文字山』にも数十種類が挙げられている。
昆虫類はクワガタムシなどが見られる。大文字山に生息するクロシジミは京都では他にこの近辺の音羽山、比叡山にしか生息しておらず、絶滅の危機にさらされているという。