熊本藩
藩財政は江戸初期から火の車であり、綱利のように力士を大勢召し抱える武断派の藩主による浪費などで、藩は江戸・大坂の大商人からの多額の借金を何度も踏み倒しており(藩内で一揆があれば改易・御家断絶があるが、大商人の借金を返さなくとも幕府から改易の心配はない)、大商人たちからは貧乏細川と嫌われたという。
幕末には藩論が勤王党、時習館党、実学党の3派に分かれた。実学党の中心は横井小楠である。小楠は藩政改革に携わったが失脚、安政5年(1858年)に福井藩主松平慶永の誘いにより政治顧問として福井藩に移った。小楠は、文久2年(1862年)に江戸留守居役らと酒宴中に刺客に襲われ一人逃亡したという罪で、翌年に熊本藩士の籍を剥奪されている。
安政7年(1860年)、桜田門外の変では大関和七郎ら4名は、熊本藩邸の8代斉護へ趣意書を提出し自訴した。熊本藩は安政の大獄では誰も罰されてない上に、細川家でも江戸城で宗孝が襲撃により落命しているため、趣意が取り上げられる事はなかった。間を置かず全員が他家に預け替えられている。
元治元年(1864年)の池田屋事件で、勤王党の中心人物宮部鼎蔵が死亡した。これにより時習館党が主流となったが、藩論は不統一のままだった。 戊辰戦争では、薩長主導の明治新政府に加わり、江戸無血開城後は、上野の寛永寺一帯に立てこもった彰義隊の討伐に参戦した。
各郡の下に「手永」が置かれていた。下記には明治3年(1870年)に編入した高瀬藩領、宇土藩領も含む。
肥後国 飽田郡 - 177村 託麻郡 - 59村 上益城郡 - 201村 下益城郡 - 191村 宇土郡 - 64村 葦北郡 - 204村 玉名郡 - 257村 山本郡 - 62村 菊池郡 - 81村 合志郡 - 104村 山鹿郡 - 67村 阿蘇郡 - 214村 八代郡のうち - 91村
豊後国 大分郡のうち - 39か村(72村) 海部郡のうち - 22か村(39村) 直入郡のうち - 2か村(6村)
※括弧内は『旧高旧領取調帳』の数字
上記のほか、明治維新後に根室国標津郡・目梨郡を管轄したが、後に仙台藩に移管された。また、幕末から明治初期のわずかな期間ではあったが、豊後国国東郡14村、速見郡36村、大分郡9村、直入郡12村の天領を預かった(全域が日田県に編入)。