ダガーラ
スーツアクターは前作でデスギドラを担当した吉田瑞穂。プールでの撮影では、水中やピラミッドのミニチュアの上で着付けなければならなかったという。水中では酸素ボンベから伸ばした10メートルのホースを装着して演じている。ボンベはセットの山陰などに隠しているが、ホースは水の中で浮いてしまうため1メートル置きほどの間隔に重りをつけて沈めている。
モスラとの体内での戦いは、『ゴジラvsモスラ』との原型になった『ゴジラの逆襲』→『ゴジラ対メカニコング』→『マイクロユニバース イン ゴジラ』のゴジラとメカニコングの戦いで検討された内容である。川北は、巨大怪獣同士の戦いだけではマンネリ化しているため、新しいビジュアルを提供する必要があったと述べている。制作にあたっては、ダガーラの体内の解剖図を作成し、モスラの進行ルートを明確にしている。
沖縄ロケでは、石垣島から竹富島へ向かう際に漁船の上からダガーラの主観撮影が行われたが、予定していた竹富島沖へのピラミッドの合成が中止となったため、このカットも用いられなかった。
デザインは吉田穣が担当。ただし、デザイン画自体が決定デザインではなく、複数の粘土原型の中から1つをもとに、他の案の良いところを合わせて決定デザインとした。MONSTERSの若狭新一は、結果的には西川伸司によるデザイン案に近くなったとも述べている。
頭部は爬虫類風だが、全体的には魚を意識したシルエットとなっている。
初期案では、頭部の前方に伸びた一本角が強調されていた。また、飛行形態の準備稿では、双胴爆撃機をイメージしたものもあった。4足歩行とする案もあったが、前作のデスギドラとの差別化からそれは避け、水中にいることがほとんどのため足をあまり映さないことからすり足状でも良いということになり、最終的にヒレ状となった。
特技監督の川北紘一は、当初は様々な海洋生物がモチーフの候補に挙がっていたが、得体の知れないものでは商品化しづらく、子供たちの愛着もわきにくいだろうとして、新しいイメージを取り入れつつも東宝の伝統的なキャラクターを踏襲したものになったと述べている。