リトアニアの内戦 (1381年-1384年)
この間、ヴィータウタスはヨガイラに忠実であり続け、スキルガイラによるアンドリュスの討伐を助けている。
アンドリュスの反乱が鎮圧された後の1387年4月28日、スキルガイラがポラツクを与えられると同時に、ヴィータウタスにトラカイが返還されるという約束が破られ、スキルガイラがトラカイとポラツクの両方を治めることになった。ヨガイラはヴィータウタスを宥めようと、彼にルーツィク(ただしルーツィク城にはポーランド人が代官として居座っていた)とヴォロディームィル=ヴォルィンスキーを与えた。しかしこれは関係のひびを修復することにはつながらず、両者の関係は険悪なものになっていった。同時に、国内にポーランドの影響が増大していくことに憤るリトアニア人たちの間では、摂政スキルガイラに対する不満が鬱積していた。彼らはリトアニア国家の法的な独立を維持し、大公国の官職をリトアニア人が占め続けることを望んでいた。ヨガイラに裏切られる形となったドイツ騎士団はジェマイティヤの所有権を主張し続け、リトアニアに戦争を仕掛け続けた。こうした情勢に後押しされる形で、ヴィータウタスは再び大公国の権力奪取を目指した。彼はまたもやドイツ騎士団国家に逃れ、リトアニアの内戦を再開した。内戦は1392年のオストルフ協定によって終結し、この協定でヴィータウタスはヨガイラに忠誠を誓うとともに、リトアニア大公国の大幅な自治権を獲得した。これにより彼はリトアニア大公となり、38年にわたってリトアニアを統治することになる。
商人たちはケーストゥティス大公の反ドイツ騎士団政策のためにリヴォニアとの貿易を中心とする経済活動を阻まれ、不満を募らせていたのだった。ヴィータウタスはトラカイで軍勢を結集してヴィリニュスを攻撃しようとしたが、ヨガイラはまんまと大公位を取り戻した。6月6日、ヨガイラはドイツ騎士団との間に2ヶ月間有効なブラジョウレ条約を結んだ。ヴィータウタスはドイツ騎士団とヨガイラの連合軍に太刀打ちできずにトラカイに退却し、トラカイの町は7月20日にヨガイラ軍に降伏した。ケーストゥティスがジェマイティヤで支持者をかき集めるあいだ、息子のヴィータウタスはフロドナで、弟のリュバルタスはハールィチ=ヴォルィーニでそれぞれ兵を募った。1382年8月3日、ケーストゥティス軍とヨガイラ軍はトラカイ近郊で決戦に臨むために対峙したが、戦いは開始されなかった。ドイツ騎士団の史料によれば、ケーストゥティスは、ヨガイラ軍がドイツ騎士団に援護されているのを見て配下のジェマイティヤ人の軍団が戦意を喪失したため、相手方が優位を悟って攻撃を仕掛けなかった。両軍は交渉を行うことで合意した。ケーストゥティスとヴィータウタスがヨガイラの野営に到着すると、親子は逮捕されてクレヴァ城の牢獄に閉じ込められた。ケーストゥティスの軍勢は散り散りになった。収監されて5日後の8月15日、ケーストゥティスが死んでいるのをスキルガイラが発見した。ヨガイラは叔父は首を吊って自殺したのだと主張したが、ヨガイラが窒息死させたという噂が広く囁かれた。ヨガイラはケーストゥティスのために盛大な異教式の葬儀を開いた。ケーストゥティスの遺骸は馬、武具、その他の貴重品とともに火葬された。