ポケモンボックス ルビー&サファイア
ポケモンは、データ化させることでパソコン内の『ボックス』に格納することができるという設定があるが、その『ボックス』の強化版という位置付けが本作である。GBA版では1ボックス当たり30体×14ボックスで計420体のポケモンしか保存できないが、本作では1ボックス当たり60体×25ボックスで計1500体ものポケモンを保存することができる。
1つのメモリーカードを、複数のGBA版のデータで共有することができる。ただし、他人のポケモン(IDナンバーが主人公と異なり、かつ最後に別のGBAデータから預けられたポケモン)は、ポケモン図鑑に100種類以上のポケモンを登録していないと移動させられない。また、『ファイアレッド・リーフグリーン』と『エメラルド』では、一度シナリオをクリアしてポケモン図鑑を「ぜんこく図鑑」にしていないと接続すらできない。
操作感覚は『ポケモンスタジアム』におけるポケモンデータの整理に近く、各ステータスごとにソート可能な表計算ソフト風の「いちらん」も健在であるが、道具をやりとりすることやポケモンを逃がすことはできず、「いちらん」画面上でポケモンを移動させることもできない。預けられる数が大幅に増えたことと、ボックス上のインターフェイスが(本編に倣って)GUIになった事以外は機能的に退化しているといえる。
全てのモードはゲームボーイアドバンス(以下「GBA」)本体とGBAケーブルを通じて接続している状態でないとプレイすることは出来ないが、起動時とセーブ時以外はGBA本体の電源を切っていても(あるいは接続していなくても)問題は無い。