カウンターシェーディング
進化発生生物学は発生学や遺伝学的見地からの証拠を総合して、体組織全体に始まり遺伝子やタンパク質や遺伝子のスイッチといったものの一つ一つに至るまでのあらゆる段階で進化がどのようにして働いたかを示した。カウンターシェーディングのある哺乳類は上半分が暗色(多くは茶色)で下半分が明色(多くは淡黄色ないし白色)であるが(ハツカネズミが好例)、この陰影の差をつくりだすのは Agouti (アグーチ)遺伝子である。アグーチがコードするタンパク質はアグーチシグナリングタンパク質(英語版) (ASP)というもので、特にメラノコルチン1受容体(英語版) (MC1R)の活動を抑制する。アグーチタンパク質が無い場合、α-メラニン細胞刺激ホルモンは、MC1R、メラノサイトを生産している細胞に、暗色の皮膚や毛皮を茶色や黒色にするユーメラニンを生成するよう刺激を出す。アグーチタンパク質が存在する場合、同機構が明るい橙赤色の色素であるフェオメラニンを生成する。胚の中の将来腹部の皮膚になる細胞の中にある遺伝子スイッチが活性化することにより、Agouti遺伝子が活性化し、成体になったときにカウンターシェーディングとして目に見えるようになる。