真宗三門徒派
本願寺勢力とは北陸の主導権争いで常に緊張関係にあり、永正3年(1506年)には一向一揆と対峙した朝倉貞景に加勢し(九頭竜川の戦い)、逆に一向一揆から焼き討ちの報復を受けている。
天正2年(1574年)に富田長繁が一向一揆と戦った際は長繁の味方をした。そのために長繁が戦死した後に一向一揆から焼き討ちを受けている。その越前一向一揆と織田信長が戦った際には織田方についた。が、本願寺によって再興されていた大町専修寺は一揆指導者を匿ったため信長に滅ぼされている。誠照寺も天正11年(1583年)の賤ヶ岳の戦いで柴田勝家についたことから後に羽柴秀吉によって多くの寺院が破却された。第11世善蓮の時、天正13年(1585年)には正親町天皇から朝廷の勅願所に命ぜられ権大僧正に任じられるが、既に有力寺院の多くが消滅、離脱しており、その勢力は完全に衰退していた。
江戸時代に入ってからは、残っていた末寺の多くも本願寺派や大谷派に鞍替えし、享保9年(1724年)には専照寺自体も天台宗妙法院門跡の院家となった。明治時代になって一時大谷派に属したが、明治11年(1878年)、真宗三門徒派として独立した。
現在、傘下の寺院は36か寺を数えるのみであるが、同じ如道教団の流れを汲む證誠寺、誠照寺、さらに真宗出雲路派毫摂寺と共に北陸の「四箇本山」を形成している。なお、令和2年(2020年)11月29日をもって、宗派名の通称表記を『真宗讃門徒派』と変更した(宗派名の公称は従来通りだが、令和5年(2023年)に公称も「真宗讃門徒派」と改める予定となっている)。