ノロドム・シハヌーク
1978年1月、ポル・ポトはカンボジア東部からベトナム領内を越境攻撃し現地住民を虐殺した。1978年12月25日、ベトナムは、カンボジアから脱出してきたヘン・サムリンやフン・センを指導者とする越境難民たちに軍事訓練を施し、カンプチア救国民族統一戦線として親ベトナムの軍を組織した。そして、カンボジア国内の反ポル・ポト派とも連携し、カンボジア国内に攻め込んだ。カンプチア革命軍は粛清の影響による混乱で指揮系統が崩壊しており、わずか2週間でカンプチア革命軍の兵力は文字通り半減する。
1979年1月7日、カンボジアに侵攻したベトナム軍がプノンペンに入ると、ポル・ポト首相はシハヌークを呼び出し、国際連合安全保障理事会においてベトナム軍の不当性を訴えるよう要請した。シハヌークはようやく、家族や側近と共にカンボジアを出国した(イエン・サリ、キュー・サムファンはシハヌーク単独での出国を主張したが、ポル・ポト自身が家族同行を許可したという)。ニューヨーク滞在中にシハヌークは随行員の監視の目を盗んで滞在先のホテルからの脱出に成功し、再び中華人民共和国に亡命することとなった。
ベトナムの影響を強く受けたヘン・サムリン政権(カンプチア人民共和国)が成立し、クメール・ルージュ軍およびポル・ポトはタイの国境付近のジャングルへ逃れた。ポル・ポトは国の西部の小地域を保持し、タイ領内からの越境攻撃も行いつつ、以後も反ベトナム・反サムリン政権の武装闘争を続けた。 1981年9月4日、マレーシアのクアラルンプールでシハヌーク、ポル・ポト、右派自由主義のソン・サンの反ベトナム三派による民主カンプチア連合政府(CGDK)(英語版)を結成して中国、アメリカ、ASEANの支援により国際連合総会で議席を有した。