S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky
Clear Sky 独自にZoneの調査を行っている派閥。他の勢力が入り込まない広大な沼地、Swampsの奥(Zone南端の西)に位置する基地で調査を続けていたが、大規模なEmissionにより他の地域とSwampsを隔てていたアノーマリーが消失し、侵入してきたRenegadesに押されていた。主人公は彼らと協力しEmission、延いてはZone奥地への進入を試みる人物を止めるべく行動する事になる。
Renegades 「裏切者」の名をしたBanditsと同様の派閥。プレイヤーを含め全派閥と敵対しているが詳細は不明。本作ではBanditsへ加入する事も可能な為、その代役とされる場面もある。プレイヤーは加入することができない。
Bandits 追い剥ぎなど、ZONE内で犯罪を行っているならず者の派閥。首領は、Yoga。Stalkersとは対立関係にある。本作では、プレイヤーが加入する事も可能。