非相同末端結合
DNA二重鎖切断によって生じたDNA末端にKuが結合し、DNA-PKcsがKu80のC末端にある12残基からなるペプチドを通してDNA末端に招集され、DNA、Ku、DNA-PKcsで構成されるDNA-PK複合体(DNA-PK)を形成する。DNA-PK同士が相互作用することでDNA末端が対合され、また対合したDNA-PKは自己リン酸化することでDNA末端を次のステップである末端処理と末端結合のためにアクセス可能とする。なおDNA-PK以外にもXRCC4とXLFの複合体で構成されるタンパク質フィラメントも対合に関係しているとも報告されている。さらにXRCC4とXLFのパラログであるPAXXがKuと相互作用することで、NHEJタンパク質をDNA損傷部分に安定化させ、NHEJを促進することが知られている。