新プラトン主義とキリスト教
新プラトン主義はグノーシス主義ともつながりを持ったが、プロティノス自身は著書「エンネアデス」第2巻第9論文においてグノーシス主義を非難している。「エンネアデス」第2巻第9論文には「宇宙の創造者や宇宙それ自体が悪であると主張する者どもに抗して」(一般的には「グノーシス主義者らに抗して」として知られる)という表題がつけられている。
ネオプラトニストらは自分たちがプラトンの思想に基づいていると信じていたために、プラトンがティマイオスで論じた、物質的世界つまりコスモスの創造者であるデーミウルゴスに対するグノーシス主義者たちの中傷を拒絶した。John D. Turner教授のような学者は新プラトン主義を正統派プラトン哲学と呼んできたが、これは部分的には、プロティノスが「エンネアデス」を通じてプラトン哲学の定まった解釈を論駁しようとしたことによるのかもしれない。プロティノスはグノーシス主義者たちが本来のプラトンの教説を崩壊させたと信じていた。
こういった哲学がキリスト教に影響を与えたにもかかわらず、ユスティニアヌス1世は再建されたアカデメイアを529年に閉鎖することによって後期新プラトン主義に損害を与えた。アカデメイアが閉鎖されたのに続いて、世俗的なコンスタンティノープル大学が開学した。コンスタンティノープル大学はこれ以前は公式には大学と呼ばれなかったが、実質的には425年にマグナウアの宮殿広間の大学として創建されていた。コンスタンティノープル大学は大学と呼ばれる前から長年にわたって学術的な公共機関であった。元々の機関はテオドシウス2世によって作られた。