フォート・フロンテナック
その後、毛皮貿易をめぐってイロコイ戦争が勃発した。フランスとイロコイ族とはそう友好的というわけでもなく、1667年に平和条約が締結されたが、1680年にふたたび戦争が勃発した。これはフォート・フロンテナックにも影響を及ぼした。1687年、デノンビル侯ジャック=ルネ・ド・ブリゼーがイロコイ族相手に軍事行動を起こし、イロコイ族の一派である、オンタリ湖南のセネカ族の領域へと進軍した。デノンビルは自らの行動を正当化するために、フォート・フロンテナックでの、平和的な話し合いに向かっているだけだと言った。そして、川を上って軍を要塞へとすすませ、フランスに友好的だった、女性や子供を含めたイロコイ先住民を、行政官であるド・シャンピニがとらえて投獄した。表向きは、デノンビル軍の部隊の配置を人に漏らさないようにするためだったがうち何名かは、ガレー船をこぐ奴隷としてフランスに送られた。その後、デノンビルはセネカ族を攻撃した。
この紛争をめぐる報復として、イロコイ族が多くのフランス植民地を攻撃した、その中にはフォート・フロンテナックも含まれていた。フロンテナックとカタラキの植民地は、1688年に2ヶ月間包囲された。要塞は破壊されなかったが、植民地は荒らされ、包囲戦中に多くのフランスの兵士が壊血病で死んだ。その後、1695年に、フロンテナック総督が再建し、今の名がつけられた。
フォート・フロンテナックの目的は、大きな収入をもたらす毛皮貿易を、西はグレート・レイクス・ベイスンに、北はカナダ楯状地にまで広げることだった。また、やはりミシシッピー川上流地域を支配下に納めるべく、フランスと競り合っていたイングランドに対しての砦の意味合いもあった。この要塞のもう一つの役目は、五大湖やオハイオ領土の軍事基地へ、支援や補給の部隊を供給することだった。フロンテナックは、この要塞により、自らの取引への野心が満たされるのを願っていた。 この要塞のそばに小さな、風の影響を受けない湾があった。フランス系住民はそこを、湖を航行する大型船の港として使っていた。カヌーしか移動手段がなかった、奥地へのオタワ川の毛皮交易ルートと違い、五大湖の下流地域では、大型船が楽に航行できた。毛皮や、支援物資などの輸送品は、五大湖下流を通る限り経費が抑えられた。フォート・フロンテナックには、この港を守る役目もあった。
要塞の初代運営者であり、司令官でもあるラ・サールは、要塞をさらに増築し、入植者を増やすために、家畜まで持ち込んだ。また、1675年に、木造だった要塞をしっかりした石造りに変えた。17世紀に書かれた、要塞についての文章にこういうのがある。