シテ宮殿
イギリスとフランスの間に起こった百年戦争は、宮殿の歴史と役割を変えた。ジャン2世が捕虜とされた後、商人頭エティエンヌ・マルセルがパリ市長に就任し台頭。1358年にマルセルの私兵がシテ宮殿に乱入し、王太子時代のシャルル5世の目の前で相談役らを殺害した事件が発生する。この反乱は鎮圧され、マルセルは暗殺された。その後、シャルル5世は安全な場所を求め、バスティーユ要塞に近いオテル・サンポール(英語版)(ルイ9世によって建てられた跡にシャルル5世によって1360年に建設された王宮であった。後に破壊)を建設し王宮とし、その後ルーヴル要塞やテュイルリー宮殿、ヴァンセンヌ城を王宮とした。
ただし、シテ宮殿を完全に放棄したわけではなく、式典や外国の重鎮とのレセプションなどを行うために頻繁に利用し、16世紀まで一部の王は宮殿内に長期滞在したが、財務・裁判所・監獄として利用されていく事となる。