四国国分
秀吉は、四国平定後の論功行賞として蜂須賀正勝(小六)に対して阿波一国約18万石を与えようとしたが、正勝は秀吉側近として仕える道を選んで辞退したため、その子息蜂須賀家政に阿波一国の領知権を与えた。ただし赤松則房領住吉1万石(板野郡)と毛利兵橘(毛利重政)領1,082石(板東郡)を除く。
家政は、当初名東郡一宮城(徳島県徳島市一宮町)に入ったが、のちに吉野川河口に近い徳島城(徳島市)に本拠を遷した。この頃、父の正勝は、豊臣政権中枢にあって四国取次の役割を担っている。
播磨国守護家の出身であった赤松則房は、中国攻めののち秀吉に臣従したが、秀吉は彼に対し播磨置塩城(兵庫県姫路市)の本領1万石を安堵したうえで阿波住吉(板野郡)1万石の領地を与えた。
四国国分によって、四国全土が豊臣政権に組み込まれることとなり、河野氏や西園寺氏などの旧勢力は没落した。また、四国平定直後より各地で検地(太閤検地)が実施され、諸大名家の石高が確定して、領主にはそれを基準として軍役が課せられることとなった。さらに、中世的な諸城郭は破棄されて各地に近世城郭が築かれるようになった。秀吉の西国平定は九州地方を残すだけとなり、瀬戸内海の制海権をほぼ掌握することとなった。
新たに四国へ入部した織豊系大名、毛利系大名はいずれも、中国地方に配された諸大名と合わせ「中国・四国衆」として、九州征伐の際には先陣をつとめることとなった。それは、在地勢力であった長宗我部氏も同様であり、戸次川の戦いに参陣した元親は嫡男信親を失っている。ただ、長宗我部氏も一方では、豊臣政権による公認を得て大名権力を強化し、近世大名への脱却をはかっている。元親は、天正16年4月(1588年5月)の後陽成天皇による聚楽第行幸の際には、関白秀吉の命令に違背しないことなどを誓い、「土佐侍従 秦(はた)元親」として朝廷の位階をうけ、他の諸大名とともに、豊臣政権を構成する大名間の序列を受け入れた。
なお、九州平定後に沙汰された九州国分は四国国分とは異なり、西日本全域の平定を達成したのちにおこなわれたものであった。言い換えると、四国国分は九州国分と比較して、西国平定の過程のなかでなされた知行割りであったため、より流動的な要素が大きく、領主の交替も多かった。
関ヶ原の戦いで西軍についた諸将は、完勝した徳川家康によって領地没収など厳しい処分が下された。豊臣恩顧の諸大名で東軍についた山内一豊、藤堂高虎、加藤嘉明は大幅に加増されて四国に配された。なお、関ヶ原の戦前にあたる1598年(慶長3年)と戦後の1602年(慶長7年)の四国地方の大名配置は以下のとおりである。
山内氏入部に際しては、土佐の領主交代に同意しない長宗我部氏の遺臣が多く、せめて1郡・2郡なりとも長宗我部氏に領地を安堵してほしいという嘆願もあった。長宗我部氏の遺臣のなかでも「一領具足」と称される土佐在郷の武士集団の抵抗は激しく、浦戸城に立てこもったが長宗我部氏重臣の計略によって討ち取られ、273名が磔刑に処せられた(浦戸一揆)。