名探偵コナン 水平線上の陰謀
事件の真相をつかんだコナンは、ウェルカムパーティーの席で阿笠博士の声を借りて推理ショーを展開し、アリバイトリックを崩してシナリオライターの日下ひろなりが犯人である証拠を提示する。日下は第一八代丸沈没事故で犠牲となった三等航海士の息子で、第一八代丸沈没事故が八代親子や八代英人、第一八代丸の副船長だったアフロディーテ号船長の海藤が保険金詐取と沖田の排斥を目的に仕組んだ事故であることを知り、復讐するべくアフロディーテ号に取材と称して乗り込んでいたのだった。
だが日下は、機関室に仕掛けておいた爆弾を爆発させ、その混乱に乗じて逃走を図る。しかしコナンと少年探偵団の追跡により、無事に日下の逃亡は阻止された。その後目暮達がやってきてコナン達を叱り、コナン達は謝ったが、彼らの目の前のアフロディーテ号では爆弾が次々と爆発し、船腹に穴が開いて浸水し始める。アフロディーテ号の沈没は最早避けられないものとなり、乗員・乗客が避難していく中、忘れ物に気付いた蘭は取りに戻るが、忘れ物を見つけた場所に取り残されてしまった。さらに、事件は解決しているかと思われたが、その裏には真犯人による更なる陰謀が隠されていた。アフロディーテ号に残った小五郎は真犯人と対峙し、自ら暴いたアリバイトリックに納得がいかず、アフロディーテ号に仕掛けられた爆弾が多すぎることに疑問を抱いていたコナンも真犯人に気付き船に向かうことにする。
真犯人はアフロディーテ号設計グループ副リーダーで八代英人の部下であった秋吉美波子だった。美波子は実は沖田の娘であり、日下から取材を受けた際に執拗に八代親子のことを聞かれたことで疑問を抱き、日下が取材の途中で席を外した隙に彼のパソコンを覗いて真の目的を知り、後日酒に酔った英人から事件の真相を聞き出したことで、父親の復讐を決意。
声 - 千葉一伸
警視庁捜査一課の刑事で巡査部長。
声 - 林原めぐみ
元黒の組織の一員かつAPTX4869の開発者で、コナンの正体を新一と知る数少ない人物の1人。
船内でかくれんぼをする際に園子と共にオニをやることになる。
コナンがモーターボートで日下を追いかけようとした時、助手席に座った。
声 - 山口勝平/ 高山みなみ(幼少時代)
コナンの本来の姿で高校生探偵。
新一としての登場は幼少期の回想と終盤でコナンの声と姿が重なる演出のみ。蘭とかくれんぼをしていた時の蘭に対する複雑な心境が描かれる。
声 - なし
八代造船の設計士で、八代貴江の夫(婿養子)。49歳。
アフロディーテ号処女航海の半月前に自動車を運転中、心臓発作を起こして崖から転落し亡くなった。
声 - 山崎和佳奈
本作のヒロイン。新一の幼馴染かつガールフレンド。空手の達人で、これまでの都大会に続き関東大会も優勝したことが判明する。
かくれんぼの最中に甲板でサッカーの練習をするコナンに新一の面影を重ねる。かくれんぼで隠れるのが異常に上手い事も判り、園子によれば「子供の頃から天井にへばりついたり、池の中に潜ったり、まるで忍者」との事。