週刊少年チャンピオン
2000 - 2001年ごろには『ななか6/17』(八神健)、『エイケン』(松山せいじ)といった「萌え系」と称される傾向の作品が開始し(両者はともにアニメ化された)、1995年以降7年間続いていた読者投稿ページ『チャンピオンカップ』も、ブロッコリーとのタイアップにより同社のマスコットキャラクターである「デ・ジ・キャラット(でじこ)」をMCに据えた『でじこのチャンピオンカップ』へとリニューアルされた。 ストーリー漫画ではその後長期連載となる『ショー☆バン』(森高夕次・松島幸太朗)や、ラーメン漫画『虹色ラーメン』(馬場民雄)などの安定した作品、原作は電気グルーヴのメンバーで俳優のピエール瀧、作画は特異な作風で知られる漫$画太郎の『樹海少年ZOO1』やアニメとまったく違う展開を見せたコミカライズ作品『スクライド』などの挑戦的な作品も見られた。
2002年には大塚公平に代わり樋口茂が編集長に就任。1990年代のチャンピオンを支えてきた長期連載が軒並み終了したが、それに代わる人気作が産まれなかったため、誌面は不安定な状態となり部数も大きく落ち込んだ。
ストーリー漫画、スポーツ漫画共に短命に終わる作品が乱発され『アクメツ』(田畑由秋・余湖裕輝)・『いっぽん!
シーカーズ〜迷宮最強のおじさん、神配信者となる〜(原作:AteRa、漫画:ナカ村田):vol.1 -
復讐姫ローラ〜お姉様を生贄にしたこの国はもう要らない〜(原作:冬月光輝、漫画:野澤阿美乃):vol.1 -