希望入団枠制度
1992年までドラフト会議では入札抽選方式、即ち複数のチームから選手が指名された場合は抽選をしていたが、この頃西武ライオンズがドラフト候補選手とその選手周辺の関係者へ多額の裏金を渡し、関連企業に入社させた後にドラフト外入団させるなどの手法により選手を囲い込み黄金期を築いたことが問題視された。そのため1991年にドラフト外や練習生制度を禁止し、かわりに上位2名に希望入団に選手が入る逆指名制度を導入することで裏金や戦力突出を防止するという策が1993年秋のドラフト会議でとられた。これが逆指名制度導入の始まりである。
2004年に一場靖弘(当時明治大学硬式野球部)に対し、巨人は約200万円、阪神は約25万円、横浜は約60万円を渡していた。
選手サイドから見た球団選択権の制限については、選手の移籍先を球団が決定するトレードの制度や、フリーエージェントの人的保障における球団選択の問題と併せて、常に論議され、制度的検討が続いている。