穴山駅
島式ホーム1面2線を持つ地上駅。ホームは嵩上げされていない。ホームから長い跨線橋が駅舎へ伸びている。ホームの東京方一部は舗装されておらず砂利が敷かれただけであって山梨県内では珍しい形態である。東京方先端部は下り線側のホームが一部欠け、上り線側よりもやや短い。2007年(平成19年)11月9日から発車メロディーが使用開始された。
1918年(大正7年)に建設された古い木造駅舎があったが、2000年(平成12年)に山小屋風の簡易なものに建て替えとなった。無人駅であり、簡易Suica改札機と乗車駅証明書発行機が設置されている。まれに管理駅の韮崎駅から駅員が派遣されて改札や乗車券取扱などの業務を行うことがある。なお、2015年(平成27年)4月1日より、駅および駅周辺の美化活動を行うボランティアとして、JR東日本OBに名誉駅長を委嘱している。
かつてはスイッチバックの駅であったが、複線化に際して廃止された。ここから日野春駅間には、曲線緩和を含めた複線化新線建設のため、廃止された区間(旧線跡)がある。
4月頃に穴山さくら祭が行われており、この時期のホリデー快速ビューやまなし も臨時停車する。