エジプト第27王朝
にもかかわらず結局アルタクセルクセス1世はイナロス2世を処刑した。それがいつ、どのように行われたのかは不明である。アルタクセルクセス1世は紀元前424年に死去した。
アルタクセルクセス1世の後継者クセルクセス2世は兄弟のソグディアノスに暗殺されたため僅かに45日しか統治できなかった。ソグディアノスもまた兄弟のオコスによって暗殺された。オコスはダレイオス2世として即位した。ダレイオス2世は紀元前423年から紀元前404年まで統治した。彼の治世の終盤にはアミルタイオスに率いられた反乱が発生した。この反乱は少なくても紀元前411年には始まっていた。紀元前405年、アミルタイオスはクレタ人傭兵の助けを得てペルシア人をメンフィスから追放し、翌年には自身がエジプトの王であることを宣言した。これによってエジプト第27王朝は終了した。ダレイオス2世の後継者アルタクセルクセス2世はエジプト再征服のための遠征を企図したが、兄弟の小キュロスとの間に生じた対立のために実施は政治的に困難であり、結局この努力は放棄された。アルタクセルクセス2世は紀元前401年頃まではエジプトの幾つかの地域で正当な王(ファラオ)であるとみなされていた。しかし反乱に対する彼の鈍い対応はエジプトの独立が確固たるものになることを許した。 その後の独立時代にはエジプト人による三つの王朝が統治した。すなわち第28、第29、第30王朝である。アルタクセルクセス3世は紀元前343年に短期間エジプトを再征服した。これはエジプト第31王朝と呼ばれている。
エジプト第26王朝最後の王プサメティコス3世は紀元前525年5月、ナイル川東岸のペルシウムの戦い(英語版)でカンビュセス2世に敗れた。プサメティコス3世はメンフィスに逃れたが、捕らえられスサで処刑された。カンビュセス2世はその年の夏までには正式なエジプトの王として即位し、初めてアケメネス朝によるエジプト統治が始まった。これを一般にエジプト第27王朝と呼ぶ。エジプトはキプロス、フェニキアと共にアケメネス朝の第6州を形成し、アリュアンデスがサトラップ(総督)に任命された。総督の居館はメンフィスに置かれた。
カンビュセス2世の治世において、エジプトの伝統的な神殿群の財源がかなり減少していることが確認できる。デモティック体でパピルスに書かれた一片の法律は、メンフィス、ヘリオポリス、ウェンケム(Wenkhem アブシール近郊)を除く全てのエジプトの神殿の資産制限を命じている。カンビュセス2世は紀元前522年頃エジプトを離れたが、ペルシアへの帰途に歿した。カンビュセス2世の地位は弟のバルディヤに継承された。だが、ベヒストゥーン碑文第1欄11-15において、バルディヤは実際には僭称者ガウマタであり、偽物であるとダレイオス1世は主張している。彼はこの僭称に気づき、バルディヤを打倒して正統な王位を回復したとしている。翌朝ダレイオス1世はペルシア王、そしてエジプトのファラオとして即位した。
ペルシアの新たな王となったダレイオス1世は、全帝国で続発した反乱の鎮圧に多くの時間を費やした。