日本航空機駿河湾上空ニアミス事故
負傷者の半数以上にあたる57人が処罰を求めている点や、史上最悪の空中衝突事故になる可能性があった点等に照らせば、刑事責任を負うのはやむを得ないといえる。本事故では国土交通省や航空会社にも一定の責任があり、このような複合的な要因が介在する事故において、個人の刑事責任を追及できるかが注目された。
一方、補足意見・反対意見で述べられた点について、欧米では、重大な事故が発生した場合、当事者を免責したうえで真実をすべて語らせ、原因究明や再発防止に役立てる考え方が主流になりつつある。自己に不利益な証言を正直に話せば有罪判決が下されるという、いわば「正直者が馬鹿を見る」構図になりかねないためでもある。しかし、裁判所の判断はそのような流れには逆行するものとなった。
ただし、航空機事故などの結果が重大なケースでは、宮川裁判長の指摘する「国民の常識」に照らして過失や因果関係を認定するハードルが下がる可能性も否めず、責任追及と原因究明をいかに相反しないように実現するかのバランスが問われる事件となった。
本事故が言い間違いというヒューマンエラーが原因で発生した点については、人的ミスを完全に防ぐことは不可能であることを前提として、安全確保のために個人の刑事責任をどう考えるべきか、改めて議論する必要があると指摘されている。また、管制官1人あたりの取扱機数が増加し、管制システムも複雑化している一方、ソフト面での安全対策が不十分なままである点も指摘された。
2008年4月11日、東京高等裁判所は一審判決を破棄、航空管制官2名に禁錮1年から禁錮1年6ヶ月、執行猶予3年の有罪判決を言い渡した。
2010年10月26日、最高裁判所第一小法廷は上告を退け、航空管制官2名に有罪判決が確定。裁判官5名のうち櫻井龍子裁判官は、ただ一人、管制官の過失責任を問うことはできない旨の反対意見を述べた。その理由として、当時のシステムや管制官の知識ではTCASの指示内容を知り得ないこと、907便機長の判断が国や航空会社の情報提供不足が引き起こした誤った判断であるために、降下指示とニアミスとの因果関係が認められないことなどを挙げている。
さらに櫻井裁判官は、本件のようなミスについて刑事責任を問うことになると、刑事責任の追及を恐れてミスを隠蔽するという萎縮効果が生じ、システム全体の安全性の向上を妨げうるとする指摘について、かかる指摘は今後検討すべき重要な問題となりうる旨を付言した。一方宮川光治裁判長は、補足意見において、かかる指摘は政策論・立法論の観点からして、国民常識にかなわず不相当であると述べた。宮川裁判長は、本事故について、「そもそも、被告人両名が航空管制官として緊張感をもって、意識を集中して仕事をしていれば、起こり得なかった事態である」とも断じている。
最高裁判決において禁錮以上の刑が確定したことにより、航空管制官2名は国家公務員法76条・38条2号の規定に基づき失職した。
両機とも機体外部に損傷は認められなかった。907便の客室では、主に座席のアームレスト部、天井板、床板、空調用ダクト等に損傷が認められた。また、急降下によって浮揚したギャレーカートの中には、天井パネルを突き破り、天井裏に跳ね上がったままとなったものもある。特に機体自体の損傷は、客室1階の後方部に集中している。958便においては、客室の損傷もなかった。
なお、907便の機材であるJA8904号機は、本件事故の約3ヶ月後にJALドリームエクスプレス21の"SWEET"号として就航した。