スーパードンキーコング
ゲーム誌『ファミコン通信』の「クロスレビュー」では、7・6・6・5の合計24点(満40点)、『ファミリーコンピュータMagazine』の読者投票による「ゲーム通信簿」での評価は以下の通り22.5点(満30点)。
足場が狭く、ウインキーを仲間にすることでしか行けない場所がある。無限に敵キャラを吐き出すドラム缶が初登場する。
GBC版『ドンキーコング2001』とGBA版ではステージが長くなっている。それに伴い、コンティニューバレルの場所もSFC版と変わっている。
巨大な紫のネッキー。踏みつける度に吐くココナッツが増える。GBA版では紫とピンクの2匹1組で襲ってくる。ココナッツを全て吐ききるまでこちらの攻撃は無効。
初めての海底遺跡。
GBC版「ドンキーコング2001」とGBA版の両方に収録。エンガードに乗ったドンキーを操作し、釣り竿で海中の魚を釣っていく。
釣り糸は上下のみ、エンガードは左右にのみ動かすことができる。釣り糸には移動に伴う慣性がかかっており、必ずしもドンキーの真下に釣り糸があるわけではない。Aボタンで釣り糸を一気に引き上げて釣り上げる。このときに道中で釣り針に引っかかった魚は全て獲得対象となる。
ただし、海上にはエンガードと別にボートが存在し(GBA版ではディディーが乗っている)、引き上げた勢いで空中に上がり落ちてくる釣り針がボートに触れないと獲得したことにならない。ボートの移動は完全にランダムであるため、釣り針の落下地点を予測する必要がある。魚を獲得すると制限時間がプラスされる。
GBC版「ドンキーコング2001」では1ステージのみ、GBA版では6つのワールドを模した6ステージが存在する(最初から全てのステージが解放済み)し、後半のステージほど難易度が高い。GBA版の各ステージにはノルマが存在し、ファンキーの部屋から選んで遊んだ際に達成するとライフバルーンがもらえる。また、GBA版では隠し要素の写真にも関係している。
キングクルールを撃退したドンキーとディディーだったが、クランキーからの説教は相変わらずだった。そしてクランキーは「『スーパードンキーコング』での華々しい活躍は(当時としては)高いレベルのCGによる演出だったのではないか? 果たして、モノクロで8ビットのゲームボーイでも面白い冒険を繰り広げられるのか」と問う。これに対して当然であると答えたドンキーとディディーだったが、クランキーの誘導尋問だった。最初からクルールと結託し、クレムリン軍団と相談してバナナを奪わせ、ドンキーたちに挑戦状を叩きつけるつもりだったのである。
蜂。空中を飛び、色によって挙動が異なる。橙は停止や左右移動・黄は上下移動・緑は半円状の往復・赤や黒は円状移動を行う。
背中にトゲがあり、灰色のクラッシャ同様に全ての直接攻撃を無効化するどころか逆にダメージを受け、ハンドスラップでもダメージを受ける。タル投げやアニマルフレンドの攻撃であれば倒せる。
GBC版『ドンキーコング2001』では全て黄色になっている。続編『2』にも本作の敵から唯一登場する(ただし、サイズは小さくなっている)。
レベル2・3に登場。かつて栄えていた文明の存在をうかがえる建築物の中を進む。あちこちにクレムリンの頭部を象ったと思われる柱が立っている。
立派な神殿のような建物も、今ではノーティ達の住処になってしまっている。
最終ボス。王冠を投げつけて攻撃してくる他、ダッシュ攻撃や、ステージの端から端までの大ジャンプ、地響きを起こして鉄球を落とすなど多彩な攻撃手段を持つ。弱点が踏みつけなのはこれまでの多くの敵と同じだが、頭に王冠があると踏みつけても返り討ちに遭う。ただしハンドスラップで何度でもバナナを盗むことは可能。死んだふりをして偽エンディングを使っての大掛かりなだまし討ちも行なう。
一定数のクレムリンを取り逃がすと強制的にゲームオーバー。
あなぼこにごようじん! 左右からやってくるアニマルフレンズが6ヶ所ある穴に落ちないように穴を塞ぎ通過させる。アニマルフレンズが通過するか、一定時間が経過すると穴は元に戻る。弾数が少なくなってくるとアニマルフレンズの移動速度も上がっていく。弾数は全部で25。弾数が0になるまでにアニマルフレンズを落とさなければクリア。また、このゲームに限りリロードしても最大2発しか撃てない。
おたずねもの 基本的には「クレムリンたたき」と同じだが、ルールが追加されている。まず画面が少し暗くなり、ある1色のクレムリンが何体か現れる。次に画面が暗くなるまで、同じ色のクレムリンしか撃ってはならない。暗くなったときに現れるクレムリンの数は一度に撃退するクレムリンの数と同じで、識別の目安となる。間違った色のクレムリンを撃つとペナルティ。弾数は全部で70。間違え過ぎたり、見逃しが多いと強制的にゲームオーバー。
ガリオンガンマン キングクルールが6ヶ所の砲台から撃ってくる大砲を撃って阻止する。撃ってくる大砲は事前に光って予告される。5発正しく撃たれた大砲は破壊され、その大砲からは狙われなくなる。弾数が0になる前に全ての大砲を破壊できればクリア。弾数は全部で36。大砲を撃たれてしまったら強制的にゲームオーバー。
最初の海底遺跡よりも、敵が厄介な場所に配置されている、ボムバレルがないとゴールできない。
レベル3「モンキー・マウンテン」
英語版は【Monkey Mountain and Chimpanzee Clouds】。洞窟内と、足場のほとんど無い空中が舞台。