種 (分類学)
しかし、リンネの時代には生物は現在言うところのEukaryote(真核生物)しか知られていなかった。現在それ以外にもMonera(モネラ、真正細菌、いわゆる狭義の細菌)、Archaea(アーキア、古細菌)、そして生物かどうかの異論もある、Virus(ウイルス)やViroid(ウイロイド)といった存在があることが知られている。そしていわゆる真核生物とはMonera とArchaea、見方によっては Virusが複数共生した複合生命体であることが定説になっている(細胞内共生説、ミトコンドリア、葉緑体、レトロウイルス等を参照)。このため、リンネの考えた種の概念は真核生物では比較的よく適合するが、それ以外のMonera、Archaea、Virus、Viroidといったものには適合性が良くない。Monera、Archaea はリンネの唱えた2名法による種名が付いているが、その概念と範囲は真核生物における物とは全く異なることに留意すべきである。Virus、Viroidではそもそも2名法による種名は付けられていない。