九条政基
永正2年(1505年)10月、政基は山城国小塩荘にも年貢収納のために下向しているが、この時には宿直に来た九条家被官人が国方勢のために殺害される有様だった。
永正4年(1507年)6月、澄之が政元の死により新たな京兆家当主となったものの、8月に政元の別の養子である細川澄元・細川高国らに討たれた(永正の錯乱)。これにより、政基の野望は打ち砕かれた。
永正8年(1511年)4月6日、政基は尚経と衝突し、双方の家司らが合戦するにまで至った。この合戦による死者は30人に及び、負傷者は数知れずという有様であった。その様相は武家の合戦と同様であり、戦国時代の摂関家を象徴するものであった。この頃、九条家は家司との結びつきが強まっており、戦国大名の「家中」(家臣団)のようなものが形成され、その存在自体が武家に近づきつつあった。
同月、政基の子息の一人・義堯が醍醐寺三宝院に住持として入寺し、室町幕府の10代将軍・足利義尹(のち義稙)の猶子となった。だが、政基が在数の殺害で先帝の勅勘を蒙っていたこともあって、義尹はこの猶子の件を後柏原天皇に伺った上で決めており、在数殺害の一件は政基の晩年になってもなお尾を引いていた。
永正13年(1516年)4月4日、死去。72歳。法号は慈眼院。墓は東福寺山内九条家墓所にある。
ところが、これを聞いた三条西実隆が「摂家准后与家礼侍臣対揚之御沙汰、頗朝儀之軽忽歟」(『実隆公記』明応5年2月5日条)と摂関家と他の一般の公家を同格に扱うこと自体が朝廷の秩序の乱れになるとして非難し、尚通も同意に消極的な態度を示した。また、政基は裁判直後に、在数の生前の不義怠慢の有様を白川忠富・中御門宣胤・徳大寺実淳・松木宗綱らに書簡で伝えて自らの立場の弁明に努め、「摂籙」を覆そうとする在数は朝敵であり、自分は朝廷を救ったものであると主張し、いわば開き直りの姿勢を見せた。このため、25日の判決は延期され、結局は太政大臣一条冬良の意見を採用して、閏2月3日に政基父子を後土御門天皇の勅勘に処し、出仕を停止することに決定した。また、九条家は家礼を持つことを禁じられた。
当時、戦国時代初期の戦乱の最中で朝廷の権威は危機に晒されていた。その中で公家社会は家格に基づく身分秩序を徹底させ、武家社会のような下克上を引き起こす要素を徹底して排除する保守的な態度を採ることで、公家社会の安定化・組織防衛を図った。
もっとも、政基父子への処分は軽微だったがその影響は少なくなく、赦免後も中御門宣胤のように九条家への不信・嫌悪から交際を断ったり、関係を離れていく公家がおり、九条家は他の摂家に比べて地位を低下させることになる。九条家を擁護した公家たちも、在数の子の在名の取立てを求め、唐橋家の存続を図るなど、当時の貴族社会に唐橋家への同情と、九条家の求心力・影響力の低下がみられる。