グリプス戦役
11月2日、エゥーゴとカラバによる地球連邦軍(実質ティターンズ占有)キリマンジャロ基地攻略作戦が開始され、エゥーゴはカラバを支援するためアーガマによる衛星軌道からの攻撃を決行。一方ティターンズは、戦艦ドゴス・ギア所属のヤザン大尉率いるハンブラビで構成された部隊に重巡洋艦アレキサンドリア所属のバーザムで構成された部隊を合流させ、衛星軌道上でアーガマを攻撃する。戦闘中にハンブラビの攻撃を受けたクワトロ大尉の百式は制御不能となり地球へ落下、助けに入ったカミーユ・ビダンのΖガンダムとともに地球への降下を余儀なくされる。両名は、フォウ・ムラサメのサイコガンダムやジェリド・メサ中尉(バイアランに搭乗)等と交戦、アムロ・レイ大尉(ディジェに搭乗)やカラバ部隊と協力し、これらを撃退。キリマンジャロ基地はカラバの突撃部隊の活躍で基地の内部が爆発、誘爆により山頂全体を爆発させ陥落する。
度重なる戦闘で物資不足に悩ませられるアウドムラは連邦の租借地ホンコンシティに拠点を置くエゥーゴの支援者ルオ商会との接触を試みる。ベルトーチカを連れてルオ商会を訪れたアムロはそこでコロニー行きのチケットを求めて訪れていたミライ・ヤシマと再会。だが、不用意に商会会長ルオ・ウーミンの名前を出したアムロは商会関係者から暴行を受けて監禁される。
一方、ブラン少佐を失ったスードリはベン・ウッダー大尉を中心に少佐の弔い合戦を挑もうと躍起になっていた。彼らに日本の「ムラサメ研究所」が協力を申し出る。研究所から派遣されたのは強化人間フォウ・ムラサメとフォウの調整役ナミカー・コーネル。そして巨大なスードリの格納庫にも収まらない謎の巨大MAだった。フォウはウッダーに単独出撃を申し入れ、巨大MAで出撃。ホンコンシティを急襲した巨大MAサイコガンダムは街を大混乱に陥れる。アムロの不在で単独出撃したカミーユはビームライフルを弾き、拡散ビーム砲での無差別攻撃を行い、MS形態に変形するサイコガンダムに慄然とする。カミーユとサイコガンダムの戦いを歯痒く見守るアムロはルオ商会を統括するステファニー・ルオと対面し、彼女を伴って避難する。カミーユは苦戦を強いられるがビームサーベルによる肉薄攻撃を敢行。物理的損傷はなかったものの、意識を斬られたと錯覚したフォウは何故か撤退する。
カラバはティターンズの新拠点ニューギニア基地攻略を予定していた。ウッダーは建設途上のニューギニアを守るべくアウドムラを最低でも足止めするという重責を担っていた。
アクシズは、グリプス2を奪われた報復として、自身らの象徴でもある小惑星アクシズをグラナダへと落下させようとする。アーガマはグリプス2のコロニーレーザーで破壊する作戦を立案するが、艦の通信設備では出力が低く連絡が取れない。そこで、小惑星アクシズ内部にある高出力の通信施設を利用すべくアーガマのトーレス他数名が侵入し、グリプス2へ打電。なお、このとき小惑星アクシズは完全に無人となっており、激突させるまで敵に奪われぬよう周囲に自軍の戦力を置くといった措置を講じていなかったため、侵入は容易であった。要請を受けたグリプス2はコロニーレーザーを照射、破壊はならなかったが落下軌道が変わり、アクシズの目論見は失敗に終わる。
一方、アウドムラはガルダ級スードリを中心とした追撃部隊の指揮官ブラン・ブルターク少佐とスードリへの協力を命令されたオーガスタ研の強化人間ロザミア・バダムの度重なる襲撃に悩ませられていた。ブランのアッシマーとロザミアのギャプランは単独飛行可能な可変機としてカミーユたちを苦しめる。アウドムラの窮地に、アムロは輸送機による体当たり攻撃を敢行しアッシマーを撃退した。
カラバはシャトル打ち上げ基地のあるヒッコリーへの案内役としてベルトーチカ・イルマを派遣する。アムロと出会ったベルトーチカは感受性の強さからアムロの繊細さと言葉とは裏腹に戦いに臆している様を見て取り、逆に好感を抱く。カミーユやカツといった若者たちに失望されていると感じていたアムロはかつての仇敵シャアからもハッパをかけられて再起しようと足掻く。
ヒッコリー到着でベルトーチカが命掛けの先導を行い、シャアを宇宙に還すという目的で覚醒したアムロはシャアから提供されたリック・ディアスで獅子奮迅の活躍を見せ、当初は帰還予定だったカミーユとMk-IIもアムロに加勢して迎撃戦に加わる。カミーユと連携したアムロはブラン少佐のアッシマーを撃墜する。こうしてクワトロ、カツと百式を乗せたシャトルもアーガマに回収される。
10月12日、ミネバ・ラオ・ザビを戴くジオン公国残党組織アクシズが、その拠点である小惑星アクシズとともに地球圏に帰還。エゥーゴはアクシズと接触するが、エゥーゴのクワトロ大尉とアクシズの実質的指導者ハマーン・カーンとの個人的確執から交渉は決裂。その頃ティターンズもまたアクシズと手を組むべく交渉を計り、ここにジオン残党討伐を大義とするティターンズと、ジオン残党そのものであるアクシズとの理不尽な同盟が築かれた。
ティターンズ側の投入戦力はドゴス・ギア、アレキサンドリアとマラサイ 5機、ハイザック 10機、ジム・キャノン 2機、ガブスレイ 2機。シロッコはまずアレキサンドリア艦隊を囮に使い、続いてドゴス・ギアを発進したジェリド隊を囮としてZ、百式を足止め、その間にドゴス・ギアをフォン・ブラウン市に降下させる。フォン・ブラウンに入港したシロッコはエゥーゴが手を引かなければ都市を全面攻撃すると脅迫。このため一時フォン・ブラウンはティターンズによって占領される。シロッコは独断行動に激怒するジャマイカンに占領軍の指揮権を譲り、治療のため艦を離れていたジェリドと付き添いのマウアーを残し、ドゴス・ギアでフォン・ブラウン市から離れる。
一度は退いたエゥーゴ側はカミーユを敵情視察に派遣。これにカツはこっそり同行。カミーユはジェリドに発見され窮地に陥るがカツに助けられる。一方、アレキサンドリア隊のヤザン・ゲーブルは偵察中に接近するアーガマを発見し、戦闘状態となる。エマのガンダムMk-IIに撃墜されたハイザックが落下したり、ヤザンのギャプランと交戦状態となったファのメタスが市街に逃げ込むなどして、フォン・ブラウン市に被害が発生した。カミーユはレコアが運んできたΖガンダムでヤザンと交戦。その最中にエゥーゴがフォン・ブラウン市の発電施設を占拠。ジャマイカンはあっさりフォン・ブラウンを放棄し撤退、ヤザンも命令を受け不服ながらも撤退した。