ウミグモ綱
ウミグモの鋏肢は、通常では真鋏角類の鋏角に相同で、すなわち第1体節由来(中大脳性)の付属肢と見なされる。しかしウミグモの鋏肢神経は、一見して脳の先頭に対応するようにも見える。この特徴に基づいて、ウミグモの鋏肢は真鋏角類の鋏角に非相同で、むしろ先節由来/前大脳性(ラディオドンタ類などの前部付属肢に相同の可能性がある)ではないかという異説は一時的に提唱された。しかしこの見解は、公表されるあとで多くの研究に否定的と評価される。ホメオティック遺伝子発現や神経発生と神経解剖学的再検証は、いずれも通説の鋏肢第1体節由来/中大脳性説を強く支持し、鋏肢神経に対応する脳の先頭は前大脳ではなく、前方に曲がった中大脳だと示される。
また、担卵肢の対応関係も議論の的とされていた。これは真鋏角類の第1脚(第3体節に対応)に相同というのが通説だが、別の異説が2つある。1つは、担卵肢と触肢の解剖学と発生学上の共通点や、一部の群(オオウミグモ科など)での基部がお互いに密着するなどの形質を根拠とし、両者は同一体節由来で、担卵肢は「重複した触肢」という説である。もう1つの説は、前述の触肢との同一体節由来を否定しつつも、上述の鋏肢先節由来/前大脳性説を踏まえて、担卵肢を真鋏角類の触肢に相同と見なしている。しかしホメオティック遺伝子発現は、通説(触肢とは別の第3体節由来)を支持し、これらの異説を否定している。
鋏肢の次、頭部の左右に1対の触肢(しょくし、palp)がある。これはクモガタ類の触肢(pedipalp)と同じ第2体節由来の付属肢である。感覚や食物の把握などに用いられ、肢節数・発達具合・および触肢そのものの有無は分類群(一部の群では雌雄)によって異なる。従来は4-10節の肢節をもつとされていたが、最多の10節をもつと思われるオオウミグモ属(Colossendeis)の触肢における「第1肢節」と見なされた付け根の膨らみは、真の肢節ではなく、単に頭部外骨格の延長部(lateral process)だと示した研究結果もある。これによれば、ウミグモの触肢の肢節数は最多9節となる。
真鋏角類ほどの癒合(中枢神経系全体が高度に癒合し、リング状の synganglion をなしている)はないが、分類群により脚の神経節が前後に密着・担卵肢と第1脚の神経節が癒合する場合もある。最終胴節の神経節の直後にあり、腹部由来と思われる退化的な神経節は幼生の段階で一時的に見られ、発育が進む度に胴節の神経節に吸収される。
ウミグモの多くの臓器は脚に格納されており、多くの生理的活動も脚が荷う。鰓など独立した呼吸器官はなく、脚の多孔質な外骨格を通じて直接にガス交換を行う(皮膚呼吸)。胴部背側にある心臓は貧弱で、その脈動で流される血リンパは脚の基部にしか届かず、果ては心臓が退化消失した分類群もある。その代わりに、脚にある大部分の血リンパと酸素を胴部に行き渡して全身の血液循環を果たすには、脚に入り込んだ消化管の枝が波打つるように、順調よく伸縮して血リンパを流動させるという独特な方法で行う。ウミグモのこのような脚と消化管の枝は、それぞれ鰓と心臓のような機能をしているとも形容される。また、生殖口と生殖腺は脚にあるため、産卵と放精も脚を通じて行う。