サキャ派
中華人民共和国は1950年頃からチベットを支配した(チベット動乱)。1960年代に始まった文化大革命ではサキャ寺のうち北寺は完全に破壊されて後に再建されるも、城砦のような南寺は破壊を免れた。
最初は勝ち進んだが、1290年にはテムル・ブカ率いるモンゴル軍の協力を得たサキャ派の軍隊に破れ、本山ディクン・ティルを焼き討ちされている。
10代目座主のデチェン・サンポ・ペルには7人の妻があり、13人の子があった。子の一人のクンガ・ロドゥが8代目帝師となった。彼は1347年、コン氏をシトク家、ラカン家、ドゥムチョー家、リンチェンカン家の4ラプダンにわけ、受け継いだ遺産も分割した。後にこの4ラプダンが対立し、代わりにカギュ派の支派パクモドゥ派が力をつけていった。サキャの小さな町は内乱寸前となり、モンゴルは1320年代末に宣政院を廃し、モンゴルとサキャ派の絆はなくなった。パクモドゥ派のチャンチュプ・ギェンツェンは反乱を起こし、1348年にツェルが、1350年にディグンが陥落した。チャンチュプ・ギェンツェンは1354年には中央チベット全域を支配するようになり、サキャ派の長と面談している。1358年にサキャ派の長は大臣に暗殺され、サキャ派のチベット支配が終わり、パクモドゥ派が支配するようになった。同時に、チベットは中国の支配を完全に脱した(その後のチベットは、モンゴルのような遊牧民族国家や清の支配を受けたり、宗教的影響を与えたりといった関係を続けていった)。