マスターチーフ
復活したダイダクトは再びコンポーザーで人類をデータ化して消去する作戦に出て、まずは『Halo 03』に隠しておいたコンポーザーの回収に向かおうとした。 しかも悪いことに、人類絶滅をもくろむコヴナントたちもまた諦めておらず、目的が一致したことでダイダクトとコヴナントは手を組むことになる。
チーフはダイダクトを止めるために協力を求めるも、インフィニティのデルリオ艦長は新たなる敵であるフォアランナーとの戦争に備えるために地球への帰還を優先した。 しかも”時代遅れの兵器”であるチーフとコルタナを排除しようとしたため、チーフは艦を降り、単独でダイダクトの発進を阻止する。しかしコルタナのミスにより失敗したため、チーフはコヴナントの船に飛び降りてダイダクトを追跡、03ことガンマヘイローにたどり着く。 そのヘイローは人類がすでに発見しており、発掘と研究の作業が軌道上の宇宙ステーションイヴァノフ研究所で進められていた。コンポーザーもまたこの宇宙ステーションに保管してあったのである。 ステーションの職員を助けつつ、責任者にコンポーザーの破壊を求める。最初は拒否されるもチーフの説明により承諾した。それから兵士や職員脱出のため防衛システムを再起動するが、コブナントの猛攻とダイダクトの不可思議な力により、コンポーザーはダイダクトの手に渡ってしまう。
ダイダクトは手始めに宇宙ステーションの職員たちをデータ化し、ステーションは壊滅してしまう。
スーツを新調し、しばらくインフィニティに所属し任務を遂行していたチーフだが、ブルーチームのフレデリック(フレッド)、ケリー、リンダらと共にコブナントからONI研究施設「アージェントムーン」確保を遂行している最中にコルタナから「メリディアンへ向かえ」とのメッセージを受け取る。 しかし、アージェントムーンにコブナントの大艦隊が迫ってきたため任務を施設の確保から爆破に変更、その後インフィニティにコルタナを追うと連絡すると「別チームが当たるため帰還せよ」と指示を受けるがチーフらブルーチームはこれを拒否、無断でメリディアンに向かった。 その後UNSCでは無許可離隊が宣言され、チーフはファイアチームオシリスに追われることとなった。
ジョンは単独でも驚異的な戦闘能力を持つが、先導者としてUNSCの海兵隊と行動を共にすることも多い。そして、彼らの多くはジョンを見て「思ったより背が高い」などと述べる。また、状況によっては「逢えて良かった」(〜嬉しい / 〜光栄です)と言う者も数多い。一方、ジョンを含みスパルタン部隊は惑星リーチで全滅したと知らされた海兵隊員も数多く、ジョンを見て驚く隊員も多数存在する。 ただ『4』以降、あまりにも俗人とかけ離れた英雄であるため「思うまま行くだけで命令はできない」という不文律が強く出回っているようである。