法華一揆
鹿苑日録記には、5月23日に法華宗が相国寺に陣取るとの噂が立ったことが記されている。この噂により、蔭涼軒主は将軍に謁見し、防備を強化することを伝えた。5月29日に相国寺の堀溝を掘る。6月16日に東門の堀に櫓を設けた。こうした中、両者を調停する者が出た。5月29日に近江の六角定頼が上洛。7月に木澤長政も調停に動く。しかし、調停は成立しなかった。
延暦寺の僧侶が日蓮宗の一般宗徒に論破されたことが噂で広まると、面目を潰されたと感じた延暦寺は6月1日に会議を開き、決議した内容を朝廷へ奏達、幕府へ言上をした。日蓮宗が「法華宗」を名乗るのを止めるよう、室町幕府に裁定を求めた。だが、幕府は建武元年(1334年)に下された後醍醐天皇の勅許を証拠にした日蓮宗の勝訴とし、延暦寺はこの裁判でも敗れた。これにより、延暦寺は京都法華衆の撃滅を決議した。
同年7月(旧暦)、延暦寺の僧兵集団が法華衆の撃滅へと乗り出した。延暦寺全山の大衆が集合し、京都洛中洛外の日蓮宗寺院二十一本山に対して、延暦寺の末寺になり上納金を払うように迫った。日蓮宗側は延暦寺のこうした要求を拒否。要求を拒否された延暦寺は朝廷や幕府に法華衆討伐の許可を求め、越前の大名・朝倉孝景を始め、敵対関係にあった他宗派の本願寺・興福寺・園城寺・東寺などにまで協力を求めた。いずれも延暦寺への援軍は断ったが、中立を約束した。なお、本願寺は7月7日に3万疋を送っている。
こうして、隆盛を誇った京都の法華衆は壊滅し、法華衆徒は洛外に追放され、その多くは堺に逃れた。天文5年閏10月7日、幕府は3ヶ条の禁令を法華宗へ出した。この3ヶ条によって、法華宗の僧侶は京都内外の徘徊、還俗と他宗への移籍すること、寺の再興が禁じられた。
以後6年間、京都においては日蓮宗は禁教となった。天文11年(1542年)に六角定頼の斡旋で朝廷から京都帰還を許す勅許が再び下った。天文15年に叡山から勅許に対して抗議があった。これに対して、法華宗は六角定頼を頼り、両者の間で調停が持たれた。天文16年(1547年)には定頼の仲介で延暦寺と日蓮宗との間に和議が成立した。その後、日蓮宗二十一本山のうちの15か寺が再建された。
なお、本圀寺は和議が成立した年の8月10日に本堂を再建し、本樽遷座式が行われた。