高瀬堰
太田川における天然アユの産卵場は高瀬堰の直下流部、河口から10km程度の一帯である事から遡上を補助する為の高瀬堰の対応が注目されるようになった。堰を管理する国土交通省は魚道の改善などを行っていたが、根本的な対応策として堰の弾力的運用を図ることとし、2005年(平成17年)10月にゲートを開放してアユの成魚回遊を補助する試験を行った。
ダムと環境について河川工学を始め自然環境(魚類・鳥類・植物など)の専門家が特定多目的ダムの環境対策について議論・検討する諮問機関「ダム管理フォローアップ委員会」が国土交通省によって設けられたが、高瀬堰については2006年(平成18年)1月13日に「第10回中国地方ダム等管理フォローアップ委員会」の会合が開かれ、『高瀬堰定期報告書』が作成された。この中で高瀬堰については植生分布・鳥類生息状況・水質など殆どの項目に関して環境基準を維持しているという調査結果が出されたが、唯一魚類については『回遊魚(アユ)への影響が一部ある』との報告がなされた。委員会の答申では更なるゲートの運用変更も検討すべきという意見が出され、国土交通省も対策を検討している。なお、太田川漁協では天然アユの遡上状況を継続して追跡調査を行うとしている。
回遊魚遡上回復は容易なことではないが、既に信濃川の西大滝ダムと宮中取水ダムにおいて環境回復のための河川維持放流を行ったところ一時は殆ど姿を消したサケが戻って来始めているという事例もある。官民による継続的な対策が今後の課題となっている。
また、八木側に太田川河川事務所施設管理課の高瀬分室が設置されており、高瀬堰のダムカードが配布されている。