ナゴルノ・カラバフ戦争
かつての冷戦時代、NATO加盟国であるトルコと国境を接するアルメニアはソ連にとって重要な戦略拠点であり、またトルコ軍の侵攻を許した過去があったため、ソ連は主戦場になると想定したアルメニアを避け、アゼルバイジャンへ多くの兵力を配置していた。当時のアゼルバイジャンが5個師団と5か所の軍用飛行場を擁していたのに対し、アルメニアには3個師団が配備されていたが軍用飛行場は存在しなかった。弾薬輸送貨車の数も、アゼルバイジャンの1万両に対しアルメニアが保有していたものは5百両に過ぎなかった。
だが、ソ連軍の解体によりアゼルバイジャン軍はゼロからの出発を余儀なくされた。国軍のみでの戦争の遂行が不可能となったアゼルバイジャンでは、国内の富裕層や近隣諸国からの援助が不可欠となり、富豪のスラト・フセイノフ(ロシア語版)は私兵として陸軍第709旅団を臨時に編制し、第23親衛自動車化狙撃師団(英語版)の兵器庫から大量の武器弾薬を購入してそれに充てた。
その一方で、アルメニア側は1990年代初頭から既に独自の軍隊の編成を開始していたため、アルメニア軍の再編は独立直後からスムーズに進めることができた。
5月18日、アゼルバイジャンでの政争を尻目にアルメニア軍は回廊内の小さな町、ラチン(ロシア語版)に攻撃を加え、ほとんど防御のなされていなかったラチンは翌日までに制圧された。その後もアルメニア軍は周辺の山岳地帯を攻略し、やがてナゴルノ・カラバフと本国のアルメニア人勢力圏は地続きとなった。同月にはナヒチェヴァンにもアルメニア軍によって砲撃が加えられている。これを受けてアゼルバイジャン国内では人民戦線の武装クーデターによって大統領府や議事堂、空港が占拠され、一時は復権していたムタリボフも政治生命を絶たれモスクワへ亡命した。6月7日には大統領が改選され、人民戦線大統領のアブルファズ・エルチベイ(ロシア語版)が議会によって次代大統領に指名された。エルチベイは徹底した親トルコ、親欧米、かつ主戦派であり、ロシアとイランに対しては冷淡であった。
これによってアルメニアでは反露感情が高まり、悪化する情勢を危惧した連邦最高会議は、1989年1月にナゴルノ・カラバフを一時的に連邦共産党の直轄地とし、状況は若干の安定を見せた。しかしこれに反発したアゼルバイジャン人民戦線がアルメニアとナゴルノ・カラバフに対する鉄道の封鎖を提案し、9月に実行された封鎖により、物資の85パーセントを鉄道輸送に頼っていたアルメニアの経済は破壊された。しかしこれは同年初夏からアルメニアがナヒチェヴァンに対して行っていた禁輸措置への対抗策だったとする反論もある。やがて鉄道網の麻痺は一部のアルメニア人武装勢力によるアゼルバイジャン人鉄道員への攻撃に繋がってゆく。反発の大きさから連邦最高会議は11月に再びナゴルノ・カラバフをアゼルバイジャンの管轄へ戻すと決議したが、エレヴァンではこれに抗議して30万人が参加するデモが繰り広げられ、アルメニア最高会議もナゴルノ・カラバフ編入決議を繰り返した。
民族間の対立は高まる一方で、1989年前期の数か月でアルメニアに住むアゼルバイジャン人とアゼルバイジャンに住むアルメニア人の間で強制的な住民交換が行われ、1988年末までに、20万人以上のアゼルバイジャン人とイスラム教徒のクルド人がアルメニアの数十の村から追放された。
民族間の対立が深まる中、1988年2月26日にゴルバチョフはナゴルノ・カラバフ統一運動指導者のゾリ・バラヤン(ロシア語版)、シルヴァ・カプティキャン(英語版)と面会し、アルメニア人の関心に答えるためのできる限りのことをすると述べた。その後アルメニアへ戻ったカプティキャンは群衆に向けて「アルメニア人は勝利した」と宣言したが、これはモスクワに対し圧力をかけるための行為だったとみられる。しかし、他の地域の領土問題に危険な前例を作ることを恐れたゴルバチョフは、3月10日にソ連憲法第78条に基づき、共和国の国境を変更することはないと宣言した。アゼルバイジャン人はゴルバチョフの意向に完全に同調したが、アルメニア人は「失地回復」こそが憲法に定められた自分たちの権利であると考えた。
6月15日、アルメニア最高会議はナゴルノ・カラバフ自治州の自国への移管を決議し、その2日後にはアゼルバイジャン最高会議がこれを否認する決議を採択した。7月5日には事態を収拾しようとエレヴァン近郊のズヴァルトノッツ国際空港に到着したソ連兵とアルメニア人市民の間で衝突が発生し、市民側に1人の死者と36人から50人の負傷者が発生した。