情報本部
情報源は地球観測衛星や内閣衛星情報センターが運用する情報収集衛星の撮影画像である。前身は1985年(昭和60年)から商用地球観測衛星の画像資料を用いて画像情報の収集・分析を行っていた陸自と空自の情報専門部隊の衛星画像担当部署であり、陸自では中央地理隊(現地理情報隊)がそれにあたり、フランスのSPOTやアメリカ合衆国のランドサットなどの撮影画像を購入して分析していた。また、1986年(昭和61年)に開設された東海大学宇宙情報センターとも分析手法の共同研究を行っていたとされる。分解能1m級の高分解衛星画像も処理できる画像情報支援システム(IMSS)も2001年(平成13年)3月から運用している。
電波部(部長:事務官)
電波情報の収集・分析(シギント)を行う。前身は、旧陸軍中央特種情報部(特情部)出身の自衛官を中心に設置された陸上幕僚監部第2部別室(通称:二別)と、その後継機関として1978年(昭和53年)に二別を改編して発足した陸上幕僚監部調査部調査第2課別室(通称:調別)である。二別から情報本部創設まで警察庁と警察庁の事実上の出先機関である内閣情報調査室に直結しており、別室長は防衛庁(当時)より先に警察庁に情報を上げて、警察庁が警察の独自情報として総理官邸に傍受情報を報告していた。