石垣島
隣接する西表島と共通する貴重な種が多数生息している。若干の差が見られるものもあり、たとえばヤエヤマスミレ(Viola tashiroi Makino)はこの両島のみに分布する固有種であるが、石垣島にはその変種のイシガキスミレ(Viola tashiroi Makino var. tairae K.Nakaj.)が分布する。
一方、未だに大半を森林に覆われている西表島に対して、古くから開発が進んだ石垣島では、森林の面積は広くなく、数を減らしている生物も多い。例えば、日本では石垣島と西表島に分布するベニボシカミキリは、石垣個体群のみが、沖縄県のレッドデータブックで絶滅のおそれのある地域個体群に指定されている。
東部の宮良川河口のマングローブや、北部の米原のヤエヤマヤシ群落は天然記念物に指定されている。西部の名蔵アンパルは、2005年にラムサール条約に基づいて保護すべき貴重な湿地に登録された。