忍たま乱太郎
初代(使用期間 - 1993年4月10日 - 2002年7月19日〈第1期 - 第10期〉) 画面左下に乱太郎、きり丸、少し遅れてしんべヱが登場し3人が扇子(乱太郎のものは緑、きり丸のものは黄、しんベヱのものは赤)を掲げると、中央に白字のサブタイトルが現れる。BGMは「忍たまファミリーご紹介の段」のイントロ部分のアレンジ。当初は、しんベヱの足ときり丸の足の一部が背景の桜の模様が描かれたピンクのラインに隠れて見えなかったが、その後修正されている。第2期-第7期では「の段」の部分が少し変更されており、サブタイトルの部分だけではなく、同部分にも「だん」とルビがふられていたが、第8期以降は、第1期のようにルビはふられなくなった。また、同期-第10期では他にもフォントが変更されており、2代目においても同一のものが使用されている。また、第10期の一部のエピソードでは、サブタイトルの部分が黒く縁取りされていたことがある。2001年4月2日に本編は作画方式をセル画からデジタル製作に移行したが、このアニメーションは引き続きセル画のまま継続していた。唯一のセル画制作。放送開始時から10年という長期にわたって一貫して使用され、サブタイトルアニメーションでは現在使用期間が最も長い。
2代目(使用期間 - 2003年4月7日 - 2007年6月12日〈第11期 - 第15期〉) 初のデジタル制作。
2002年(平成14年)4月1日(第10期) - 主題歌『勇気100%』担当歌手が、第2期放送開始から約7年半続いた光GENJI SUPER5からYa-Ya-yahへ変更され、OP(オープニング)アニメーションもCGを組み合わせたものに変更された。
2002年(平成14年)4月18日(第10期) - 善法寺伊作が初登場。
2002年(平成14年)5月12日 - 放送開始10周年を記念したイベントがZepp TOKYOで開かれ、乱太郎・きり丸・しんべヱ・山田伝蔵の着ぐるみのほか、主題歌を歌っているYa-Ya-yahのメンバー(薮宏太・赤間直哉・鮎川太陽・山下翔央・星野正樹)が出演し、ショーや歌を披露した。
2003年(平成15年)4月7日(第11期) - サブタイトルアニメーションを一新。馬飼野康二による新BGMが使用されるようになる。また、この改編期より初めてNHK以外の放送局での再放送が始まった(第1号はJ:COM東京)。
2004年(平成16年)5月19日(第12期) - レギュラー放送1000回を達成した。
2006年(平成18年)4月17日(第14期) - タソガレドキ忍軍が初登場(当初は雑渡昆奈門のみ)。
2006年(平成18年)7-8月(第14期) - NHK衛星第2にて最初期(第1期)の回を「BS夏休みアニメ特選」枠内にて放送した。
2007年(平成19年)4月2日(第15期) - 斉藤タカ丸が初登場。
2007年(平成19年)5月4日(第15期) - 放送開始15周年を記念したスペシャルアニメ『忍たま乱太郎 15年スペシャル“ドクタケ温泉の段”』を放送。
地球が回転するシーンでは、ほんの一瞬だがNHKロゴが描かれた人工衛星が現れる。乱太郎、きり丸、しんベヱなどレギュラーキャラクター以外の人物が初めて登場したOPでもある。このOPから一年生の制服の井桁模様、くの一の制服の渦巻模様が白字に変更された。 15周年スペシャル版 六年生の生徒や斉藤タカ丸が登場。最後は主要キャラ達による写真撮影で締め括られるが、シャッターが切られたと同時に乱太郎達が座っていたベンチが破損してしまう。大部分は2代目のものを流用している。
3代目 使用期間 2008年3月31日 - 2011年9月12日(第16期 - 第19期)
初のハイビジョン制作。「忍」の字が書かれた卵の中から閃光が飛び出し爆発しタイトルロゴが登場。ドクタケ忍者隊の船を兵庫水軍が襲撃するシーン(第18期以降は一年は組も加勢している)、上級生達が次から次へと登場するシーン等(第18期以降更に増加)。第18期・第19期では、映像をマイナーチェンジしたものを使用している。また、マイナーチェンジと同時に歌詞テロップの書式が変更された。初代から連続登場した「山田伝蔵の顔が回転し女装した顔に変化するシーン」は廃止されたが、山田伝蔵の女装シーン自体が存在することは現在まで継続されている。マイナーチェンジ版は山田伝蔵の女装シーンが一瞬しかないので第19期から第22期のサブタイトルアニメーションには画面右上に女装した山田伝蔵の顔が登場している(OP映像が4代目に変更された後もそのまま残されている)絵コンテ、演出、作画は藤森雅也。