神武天皇
10月、国見丘に八十梟帥を討ち、更に多くの賊たちを偽りの宴会で誅殺した。11月、磯城を支配する兄磯城を討伐し、弟磯城が恭順。12月、長髄彦と遂に決戦となった。連戦するが勝てなかった。すると急に黒雲が空を覆い、辺りも暗くなり、叩き付けるように雹が降ってきた。そして一筋の光が差したかと思うと、金色の霊鵄が現れ、彦火火出見尊の弓の先に止まり、稲光のような瑞光を発した。長髄彦の軍は眩しくて目も開けられずに降参してしまった。
それでも長髄彦は恭順しなかった。彦火火出見尊が天神の子である事を疑ったためである。長髄彦は主君の饒速日尊が持つ神器である天羽々矢と步靫(かちゆき)を見せた。それは本物であり、彦火火出見尊も自分の神器を見せた。これも本物である。長髄彦は彦火火出見尊を天神の子と認めたが、それでも屈服しなかった。そこに饒速日尊が現れ降参するよう長髄彦を説得したが、改める気持ちは無い長髄彦は饒速日尊に誅殺される事となった。
己未年2月、彦火火出見尊は精鋭を選んで土蜘蛛を討ち破り、その場所を磐余と改めた。3月、中洲(大和国)の平定が終わったため、畝傍山のホトリに全軍を招集し、奠都の詔を高らかに宣言した(八紘為宇)。そして畝傍山の東南橿原の地に宮殿を造らせた。そこが今の橿原神宮である。庚申年9月、事代主神の娘の媛蹈鞴五十鈴媛命を正妃とした。
陵(みささぎ)の名は畝傍山東北陵(うねびやまのうしとらのすみのみささぎ)。宮内庁により奈良県橿原市大久保町の遺跡名・俗称「四条ミサンザイ」 に治定されている(北緯34度29分51秒 東経135度47分16.5秒 / 北緯34.49750度 東経135.787917度 / 34.49750; 135.787917 (畝傍山東北陵(神武天皇陵)))。埋蔵文化財包蔵地とはされていない。宮内庁上の形式は円丘。
記紀によると畝傍山の北方、白檮尾(かしのお)の上にあると記されている。壬申の乱の際に大海人皇子が神懸りした際に「高市社の事代主神と身狭社の生霊神」が表れ「神日本磐余彦天皇の陵に、馬及び種々の兵器を奉れ」と神託を受けたため、 神武陵に使者を送って挙兵を報告したとされる。天武期には陵寺として大窪寺が建てられたと見られる。延喜式の第21巻の『諸陵式』によると神武天皇陵は平安初期には東西1町・南2町の広さであった。貞元2年(977年)には神武天皇ゆかりのこの地に国源寺が建てられたが、中世には神武陵の所在もわからなくなっていた。
江戸時代初期より神武天皇陵を探し出そうという動きが起こっており、水戸光圀が『大日本史』の編纂を始めた頃に幕府も天皇陵を立派にする事で幕府の権威をより一層高めようとした。元禄時代に陵墓の調査をし、歴代の天皇の墓を決めて修理する事業が行われ、その時に神武天皇陵に治定されたのが畝傍山から東北へ約700mの所にあった福塚(塚山)という小さな円墳だった(現在は第2代綏靖天皇陵に治定されている)。しかし畝傍山からいかにも遠く、山上ではなく平地にあため、福塚よりも畝傍山に少し近い「ミサンザイ」あるいは「ジブデン(神武田)」という場所にある小さな塚(現在の神武陵)という説や、最有力の洞の丸山という説もあった。
『日本書紀』によると以下の通りであり、庚午年(誕生)と甲申年(立太子)は年齢から逆算した物であり、明記された干支は甲寅年(東征開始)が最初である。機械的に西暦に置き換えた年代については「上古天皇の在位年と西暦対照表の一覧」を参照。
庚午年 誕生。
甲申年 15歳で立太子。
甲寅年 10月、45歳で東征開始。 速吸の門で珍彦を水先案内とし、椎根津彦という名を与える。 筑紫国、安芸国を経る。
乙卯年 3月、吉備国に着き、3年間軍兵を整える。
戊午年 2月、難波の碕に至る。 3月、孔舎衛坂で長髄彦に敗北。 5月、兄の五瀬命が矢傷の悪化で死亡、稲飯命と三毛入野命が熊野灘で入水。 8月、宇陀平定、吉野巡行。 9月、丹生の川上で天神地祇を祀る。 10月、国見丘で八十梟帥を討つ。 11月、磯城平定。 12月、長髄彦との決戦に勝利。饒速日尊の恭順。
己未年 2月、土蜘蛛を征伐。 3月、畝傍橿原宮(うねびのかしはらのみや)を開く。
庚申年 9月、媛蹈鞴五十鈴媛命を正妃とする。
辛酉年(神武天皇元年) 1月1日、即位(初代天皇)。正妃を立后。
神武天皇2年 2月2日、功を定め賞を行う。
神武天皇4年 2月23日、鳥見山中に皇祖天神を祀る。
神武天皇31年 4月1日、腋上の嗛間丘に巡幸、国を秋津洲と命名。
神武天皇42年 1月3日、神渟名川耳尊を皇太子とする。
神武天皇76年 3月11日、崩御。宝算は127歳(『古事記』では137歳という)。
神武天皇76年の翌年 9月12日、畝傍山東北陵に葬られる。
以後3年間は、手研耳の反逆により空位となった。