サンフランシスコ・フォーティナイナーズ
この年のプレーオフでもパッカーズと対戦したが23-27とリードされた試合時間残り3秒、ヤングからテレル・オーウェンスへのタッチダウンパス(The Catch II とも呼ばれる。)が決まり30-27で勝利した。翌週のアトランタ・ファルコンズ戦でヤングが3回のインターセプトを喫して27-30で敗れた。
1990年代終わりにチームオーナーのエドワード・デバートロ・ジュニアはルイジアナ州知事のエドウィン・エドワーズの汚職に絡んで名前が取りざたされたり、ミシシッピ川のリバーボートでのカジノが問題視された。1998年に有罪判決を受けた彼はNFLのオーナー資格を失い、妹のデニス・デバートロ・ヨークと彼女の夫のジョン・ヨークに経営権が委ねられた。
1999年、チームは3勝1敗と好スタートを切ったがアリゾナ・カージナルスとのマンデーナイトフットボールでヤングがブラインドサイドからコーナーバックのアニーアス・ウィリアムズにヒットされそのまま引退に追い込まれた。この怪我はそれほど深刻なものと見られておらず、ヤング自身も後に翌シーズンまたは2シーズン後の復帰を希望していたが、GMとなっていたビル・ウォルシュとの話し合いの結果、サラリーキャップに苦しむチーム、自分自身の将来的な健康のために引退を決意したという。ヤングを失ったチームは残り12試合中11試合を落とし1982年以来の負け越しとなった。また1979年からオフェンスラインコーチを務めたボブ・マッキトリックがシーズン終了後の2000年3月15日に亡くなった。
サンフランシスコ湾沿いの同じ大都市圏に本拠地を置いていたオークランド・レイダースとの試合は"Battle of the Bay"と呼ばれている。ただし両チームは違うカンファレンスに所属しているためレギュラーシーズンに対戦することは4年に一度のみである。プレシーズンゲームはレイダースがAFLに所属していた1967年に初めてプレシーズンゲームが行われ、13-10でナイナーズが勝利した。1970年にNFLとAFLが統合したが、この年38-7でナイナーズが勝利した。両チームの間の熱戦は、レイダースがロサンゼルスに移転した後も行われ、カリフォルニア州北部のレイダースファンは、多くがナイナーズファンとなり、州の北部と南部での対立となった。1982年にはスーパーボウルチャンピオンのナイナーズをレイダースが23-17で破った。2011年のプレシーズンゲーム第3週にキャンドルスティック・パークで行われた試合でトイレやスタンドなどで衝突が起き、スタジアムの外では拳銃も使用される事件が起きて以降、プレシーズンゲームでは対戦していない。レギュラーシーズンの対戦では8勝7敗であり、直近では2022年の第17週に対戦し、延長の末37-34でナイナーズが勝利した。なお、レイダースは2020年にラスベガスに移転した。
1949年:リーグ2位
1948年:西地区2位
1947年:西地区2位
1946年:西地区2位
序盤はリードしたが終盤にキャパニックが2インターセプト・1ファンブルロストと崩れ17対23で敗退した。このシーズンで本拠地キャンドルスティック・パークを離れた。
2014年シーズンは新本拠地のリーバイス・スタジアムで迎える最初の年となったが、序盤からハーボーHC解任の声が選手側からのリークをにおわす形で外部から挙がるなど、不穏な空気が漂った。それでもシーズン中盤まではプレーオフ争いに加わったが、終盤シーホークスに連敗したのが響き、最終成績8勝8敗で4シーズンぶりでプレーオフ進出を逃した。シーズン終了後、ハーボーは退任しミシガン大学のヘッドコーチに就任した。だがハーボー退任後、チームは連続して地区最下位に甘んじる結果となる。後任には代行HCの経験があり、ディフェンスラインコーチを務めていたジム・トムシュラが就いた。
2015年シーズンはシーズン中盤までバーノン・デービスをはじめとした主力選手の大量流出に見舞われ、更にキャパニックも負傷してQBがブレイン・ギャバートに交代するなどけが人も続出、終始チームが安定しないまま、5勝11敗で地区最下位に沈んだ。トムシュラHCは1年で解任され、後任には前フィラデルフィア・イーグルスHCのチップ・ケリーが就いた。
2016年は初戦を勝った後に、チーム史上最長の13連敗を喫してNFC最下位に沈み、2017年1月1日にHCチップ・ケリーも1年で解雇された。後任にはアトランタ・ファルコンズのオフェンス・コーディネーターであったカイル・シャナハンが就任した。