第五海洋丸の遭難
当時、水路部の編暦課長で理学博士だった塚本裕四郎は、事故から3年後の1955年(昭和30年)10月に水路部内で発表した論文『第3高根丸が明神礁付近で遭遇した洋上噴火について』で、第五海洋丸が遭遇した爆発は明神礁のものではなく、別の海底火山「高根礁」によるものだったとの説を提唱している。これは第五海洋丸の代船「明洋丸」の船長が、三重県鳥羽市の青峯山正福寺に奉納された額を発見したことに端を発する。
額は1915年(大正4年)6月に、静岡県志太郡焼津町(現・焼津市)の漁船「第三高根丸」の船長が海底火山の噴火に遭って遭難しかけた際、今後一生ベヨネース列岩で漁業をしないとの祈願を青峯山へ掛け、無事助かった御礼に奉納したものだった。額は右側に「洋上噴火遭遇の顚末」との文章が書かれ、左側に噴火と激浪にもまれる第三高根丸と青峯山の御神体の絵、下段に36名の乗組員の氏名が書かれていた。塚本は事実関係の確認のために、山崎嘉美保安官が当時船頭と機関長を務めていた2名に面接調査を実施し、額の絵と文章にはほぼ誤りがないこと、この大噴火は高根礁によるものだったことが確かめられたとしている。
海上保安庁水路部は、代表的測量船の一つであった第五海洋丸の喪失により、水路業務能力に甚大な影響を受けた。1952年(昭和27年)から1953年(昭和28年)にかけては、日本近海の海洋観測が手薄になる事態となった。同年の8月31日には「明洋丸」を代替として新たに就航させた。
第五海洋丸の遭難は「海上保安庁水路部百十有余年の海洋調査の歴史の中で最も重大な事件として記録されているばかりでなく, わが国海洋調査史上特筆すべきものである」とされ、その後、水路部におけるあらゆる海洋調査の安全性と、積極的な業務遂行の指針となった。中川久によれば、1966年(昭和41年)には初代潜水調査船「しんかい」が3カ年計画で建造されたが、その際にも水路部長からは「『第五海洋』の事故を経験している水路部にとっては, 安全がすべてに優先するという指針で運用してもらいたい」と常に話があったという。また中川は、1982年(昭和57年)6月に鹿児島県の宝島東方で気泡が噴出していた海域の調査が行われた際にも、水路部担当課からは「変色水が発見された場合は, 爆発の危険性があるので, 現場には近づかないように。変色水が無くても現場の2マイル以内には入らないように」との指示があり、近づいて確認したい誘惑に駆られながらも、第五海洋丸の惨事が脳裡をかすめ、接近を取り止めたことを記している。中川は、「いかに科学技術が進歩しようとも, このか弱い人間が自然の猛威に立ち向かって, それに勝てるわけがない。自然の力を甘く見るな。自然の力をうまく利用して物事を成功裏に導びけと「第五海洋」の教訓は, われわれに語りかけているように思えてならない」としている。