琵琶湖疏水
平安神宮南側の一部区間では観光シーズンなどに小型の遊覧船が就航することがあったが、大津から京都までの全区間での運航はトンネル区間が多いことなどから実現されてこなかった。2010年の「疏水完成120周年」の目玉事業として、トンネル区間を含んだ遊覧船就航やインクライン復活が京都商工会議所を中心に検討されたが、記念事業での運航には至らなかった。
その後、2012年の大津市長選挙で越直美が疏水の観光船運航を公約に掲げて当選、京都市長の門川大作に観光船運航の検討を呼びかけ、2013年12月には両市長がボートに乗ってルートの視察を実施。2014年1月に門川市長は京都・大津両市役所や観光協会等のメンバーによる「 琵琶湖疏水クルーズ( 仮称 )検討プロジェクトチーム」を発足させ、3月にはプロジェクトチームがトンネルの視察を実施した。
舟運については、開通から十数年は客貨とも大いに利用された。これに用いられる疏水船は決められた大きさで動力はなく、トンネル内は水底がコンクリート製であるため通常より先の尖った棹を腋で抑えて進んだ。一度に30石(米75俵)を積んで1日で京都・滋賀間を往復し、積荷は大津から下りは米・薪、伏見からの上りは呉服・塩・砂糖などであった。『大津市史』によると、最盛期の1902年(明治35年)には延べ通船数が貨物14,647隻、客船21,025隻となっている。しかし競合陸運(主として鉄道)の発展により衰退し、伏見行き下りは1935年にゼロとなり、大津行き上り貨物は1936年以降なくなった。伏見行き下りは第2次世界大戦中に運航が再開されたが、1948年(昭和23年)には蹴上インクラインも運転を停止した。昭和期最後の舟運となったのは1951年(昭和26年)9月の、大津から山科までの砂利4.5tの輸送だった。
旅客は1891年(明治24年)に大津-蹴上の下りが1時間22分30秒で4銭、上りが2時間20分で5銭だった。並行する鉄道の京都-馬場が運賃上等50銭(往復75銭)、中等30銭(往復45銭)、下等15銭よりはるかに安く、馬車も8銭を6銭に値下げして競争したという。