化学データベース
コンピュータの内部表現は、通常は化学者にグラフィック表示装置上のデータとして提示するように処理される。データ項目は化学構造式エディタを介して容易に編集できるようになっている。この種のエディタは内部的に画像データとコンピュータの内部表現とを変換している。
数多くの内部表現のフォーマットが存在し、それらの間を変換する多数のアルゴリズムも存在している。この変換のためのオープンソースユーティリティの一つに OpenBabel が挙げられる。
IUPAC 名を分子構造表現に変換したり、その逆変換を行うアルゴリズムもまた、文書から構造式情報を抽出するテキストマイニング(データマイニングの一技法)で利用される。しかし、言い回しの違いで発生する IUPAC 名の別称の存在が問題を複雑にしている。固有の「IUPAC 標準名」を制定する動き (InChI) も存在する。