ジャン・マビヨン
こうした学術上の業績によってマビヨンの名声はとみに高まり、またその学識と人格はフランス内外から高く評価された。だが、全ての人々がそれを好意的に見ていた訳ではなかった。1683年、トラピスト会改革運動の中心的存在であったアルマン・ジャン・ル・ブティリエ・ド・ランセ(fr)が、修道士は懺悔を行う者であり学問はその妨げとなっているとして、サン・モール学派とベネディクト会を激しく非難した。マビヨンはこの時も先のハーペンブレックの時と同様に反論を行うことが期待されていた。マビヨンは修道士の無教養は却って誤った信仰に導くものであるとする反論を1691年に著した。だが、マビヨンとランセは知悉の間柄であっただけに問題はこじれ、表立っての争いは避けたいと考えていたマビヨンの思惑とは裏腹に問題は解決できないまま長期化した。続いて、1698年に彼が著した『エウゼビウスのローマ書簡』(Eusebius Romanus)の中でローマのカタコンベの発掘で発見された遺体がきちんと鑑定されないまま、聖人の遺体と判断されて諸外国に送られていることに警鐘を鳴らしたことから、1701年に禁書聖省から異端の嫌疑をかけられ、当該部分の修正を余儀なくされた。更に1687年以後、マビヨンをはじめとするサン・モール学派が進めてきたアウグスティヌス全集編纂に対して、イエズス会はサン・モール学派の恩恵論が異端とされていたジャンセニスムの影響を受けているという言いがかりをつけてきたのである。