フランチェスコ・メルツィ
フランチェスコ・メルツィがレオナルドの工房の徒弟になった時から、彼の人生は概ね師匠のそれに重なることになった。レオナルドはミラノのメルツィ家で青年のフランチェスコに会った時にすぐに彼が気に入り、彼を徒弟として抱えた。フランチェスコはレオナルドの息子のようになり、レオナルドはフランチェスコの父親のようになって、フランチェスコはレオナルドが1519年に死去するまで付き添った。フランチェスコはすぐに師匠の伝説的な名声と天賦の才の背後にある彼の孤独に気づき、彼の面倒を見なくてはならないと感じ、生涯を彼に捧げた。レオナルドがメルツィ家に滞在した第2期ミラノ時代は、芸術と運河土木技術の面で彼の最も創作的な時代であるともみられている。この時期に、彼はマルテザーナ (Martesana) 運河の土木技術計画を立てたが、それは完成し、現在も使用されている。
2人は非常に親しく、一緒に暮らし、お互いを深くいたわりあったため、レオナルドとフランチェスコは同性愛の関係にあったのではないかという説がある。しかし、これらの説は議論されており、彼らの関係は決してプラトニックな、あるいは家族的な愛を越えることはなかったともいわれる。しかしながら、レオナルドの過去にもとづけば、同性愛的関係であったということはありうる。彼が女性といかなる性的、恋愛的関係を持ったという記述はない 。