武蔵野鉄道デハ5560形電車
前述のように、本形式はデハ・サハ末尾同番号同士で事実上固定編成とされ、他形式と区別されることなく運用された。
その後、戦中の混雑激化に伴い扉間のクロスシートが撤去されたが、同スペースには新たな座席は設置されなかったため、あたかも荷物電車のような空間と化した。オールクロスシート仕様であったサハ5660形については、扉間のクロスシート撤去と同時に車端部のクロスシートをロングシートに改装している。加えて、本形式の特徴である大型側窓ガラスも物資不足の影響からサッシが中央で2分割され、印象に変化が生じた。
終戦後、武蔵野鉄道は(旧)西武鉄道ならびに食糧増産株式会社を吸収合併し、1945年(昭和20年)9月に現・西武鉄道が成立したが、その後保有する全車両に対して改番を実施することとなり、本形式も1948年(昭和23年)6月に施行された一斉改番によってモハ241形241・242およびクハ1241形1241・1242(車番はいずれも初代)と改称・改番された。
なお、同時期には扉間の座席が復旧されているが、クロスシートが復活することはなく、全車ともオールロングシート仕様となった。その他、客用扉の自動扉化・クハの台車換装およびパンタグラフ撤去・側窓ガラスを1枚仕様に復元・客用扉下部のステップ撤去ならびに拡幅ステップ取り付け等の改造が順次施工されている。