大日本史
巻之二百二十五 列伝第百五十二 隠逸 -藤原高光 源成信・藤原重家 源顕基 藤原為業 佐藤義清 鴨長明
巻之二百二十六 列伝第百五十三 方技 水江浦島子 役小角 白箸翁 大津首 大津大浦 藤原並藤 伊岐是雄・卜部平麻呂 滋岳川人 弓削是雄 賀茂忠行 子保憲 安倍晴明 五世孫泰親 僧登照 吉田宜 孫興世書主 菅原峯嗣 菅原梶成 物部広泉 丹波雅忠 百済河成 巨勢金岡
巻之二百二十七 列伝第百五十四 叛臣一 - 吉備田狭 藤原仲麻呂 弓削道鏡
巻之二百二十八 列伝第百五十五 叛臣二 - 平将門 藤原純友 平忠常 安倍頼時 子貞任 源義親
巻之二百二十九 列伝第百五十六 叛臣三 - 藤原信頼 源義朝 子義平 鎌田政家
巻之二百三十 列伝第百五十七 叛臣四 - 源義仲 樋口兼光 弟今井兼平 根井幸親 浅原為頼 藤原公宗
巻之二百三十一 列伝第百五十八 逆臣 - 蘇我馬子 子蝦夷 孫入鹿
巻之二百三十二 列伝第百五九 諸蕃一 - 新羅上
巻之二百三十三 列伝第百五十 諸蕃二 - 新羅下
巻之二百三十四 列伝第百六十一 諸蕃三 - 高句麗 高麗
巻之二百三十五 列伝第百六十二 諸蕃四 - 百済上
巻之二百三十六 列伝第百六十三 諸蕃五 - 百済下
巻之二百三十七 列伝第百六十四 諸蕃六 - 任那 耽羅
巻之二百三十八 列伝第百六十五 諸蕃七 - 渤海上
巻之二百三十九 列伝第百六十六 諸蕃八 - 渤海下
巻之二百四十 列伝第百六十七 諸蕃九 - 蝦夷上
巻之二百四十一 列伝第百六十八 諸蕃十 - 蝦夷下 粛慎 女真 琉球
巻之二百四十二 列伝第百六十九 諸蕃十一 - 隋 唐
巻之二百四十三 列伝第百七十 諸蕃十二 - 宋 元 遼 金 明 吐火羅 崑崙
巻之三百七十 表第一 臣連伴造一
巻之三百七十一 表第二 臣連伴造二
巻之三百七十二 表第三 公卿一
巻之三百七十三 表第四 公卿二
巻之三百七十四 表第五 公卿三
巻之三百七十五 表第六 公卿四
巻之三百七十六 表第七 公卿五
巻之三百七十七 表第八 公卿六
巻之三百七十八 表第九 公卿七
巻之三百七十九 表第十 国郡司一
巻之三百八十 表第十一 国郡司二
巻之三百八十一 表第十二 国郡司三
巻之三百八十二 表第十三 国郡司四
巻之三百八十三 表第十四 国郡司五
巻之三百八十四 表第十五 国郡司六
巻之三百八十五 表第十六 国郡司七
巻之三百八十六 表第十七 国郡司八
巻之三百八十七 表第十八 国郡司九
巻之三百八十八 表第十九 国郡司十
巻之三百八十九 表第二十 国郡司十一
巻之三百九十 表第二十一 国郡司十二
巻之三百九十一 表第二十二 蔵人検非違使一
巻之三百九十二 表第二十三 蔵人検非違使二
巻之三百九十三 表第二十四 蔵人検非違使三
巻之三百九十四 表第二十五 蔵人検非違使四
巻之三百九十五 表第二十六 将軍僚属一
巻之三百九十六 表第二十七 将軍僚属二
巻之三百九十七 表第二十八 将軍僚属三
史館員も増員し、遠隔地へ派遣して史料収集を行い、特に南朝関係の史料を広く収集している。また、光圀は日本へ亡命した明朝遺臣である朱舜水を招聘し、彼らより歴史の正統性の意味を諭された。特に、南北朝時代の南朝方武将楠木正成の忠誠心を朱舜水に示唆された(そもそも日本の正史にとって、北朝と南朝のどちらをとるのかは最大の選択「本朝の大事」だった)。さらに、北畠親房の『神皇正統記』の影響を受けていた。
なお、光圀は『本朝通鑑』の草稿に、日本の始祖について「呉の太伯の末裔である」という記述を発見して憤慨した、という伝説がある。しかし、現行の『本朝通鑑』にそのような記述は存在せず、また、林鵞峰は『本朝通鑑』では太伯末裔説を採用しないことを明言しており、この説は否定されている。
1676年(延宝4年)6月には神武天皇から後醍醐天皇までの本紀が清書され、天和年間には『新撰紀伝』104巻として完成するが、光圀は南北朝合一の後亀山天皇期まで扱う必要性と内容上の不備を感じ、同年には彰考館に総裁を置いて機構を改革し、新館を新築して史館員も増員させ、国史以外にも詩文集など編纂事業が拡大していった。光圀は1690年(元禄3年)に西山荘へ隠棲すると、国史以外の各種事業を停止して本紀の完成を促進させ、1697年には「百王本紀」として完成させる。
巻之一百十四 列伝第四十一 - 藤原不比等 子武智麻呂 房前 宇合 麻呂 孫浜成 六世孫富士麻呂 七世孫道明 橘諸兄
巻之一百十五 列伝第四十二 - 秦河勝 阿倍御主人 大伴御行 多治比池守 道首名 石川年足 子名足 弟豊成 藤原岳守 清原有雄 丹墀門成 春枝王 長岑高名 山田古嗣 藤原高房 甘南備高直 紀夏井 南淵永河 小野恒柯 橘良基
巻之一百十六 列伝第四十三 - 高向玄理 秦朝元 阿倍仲麻呂 藤原清河 大伴古麻呂 子継人 膳大丘 平群広成 高元度 内蔵全成 清海惟岳
巻之一百十七 列伝第四十四 - 長屋王 藤原広嗣 橘奈良麻呂 孫逸勢 小野東人
巻之一百十八 列伝第四十五 - 佐伯今毛人 百済敬福 国中公麻呂 高倉福信 紀勝長 弟田上 伴善男
巻之一百十九 列伝第四十六 - 文室浄三 孫綿麻呂 秋津 浄三弟大市 船王 兄子和気王 氷上塩焼 志計志麻呂 川継 山村王 平高棟 子季長 惟範 豊前王
巻之一百二十 列伝第四十七 - 藤原永手 弟真楯 魚名 藤原豊成 藤原良継 弟百川 蔵下麻呂 良継弟子種継 種継子仲成 大中臣清麻呂 孫淵魚 曾孫正棟 玄孫国雄 和気清麻呂 子広世 真綱 仲世
巻之一百二十一 列伝第四十八 - 巨勢麻呂 大伴旅人 子家持 大野東人 田中多太麻呂 坂上苅田麻呂 道島島足 大伴駿河麻呂 百済俊哲 紀広純 藤原継縄 大伴益立 藤原小黒麻呂
巻之一百二十二 列伝第四十九 - 紀古佐美 大伴弟麻呂 坂上田村麻呂 子浄野 孫当道 巨勢野足
巻之一百二十三 列伝第五十 - 吉備真備 菅原清公
巻之一百二十四 列伝第五十一 - 藤原冬嗣 子長良 良相 良仁 弟愛発
巻之一百二十五 列伝第五十二 - 橘清友 安倍兄雄 藤原長岡 弟大津 衛 藤原松影 藤原諸葛