長崎セインツ
2009年の前期は開幕2試合目から8連勝(2引分を含む)を記録して波に乗り、そのまま首位を譲ることなく6月21日に初の前期優勝を達成した。BCリーグから移籍した根鈴雄次や末次峰明の加入で打力が向上し、酒井大介・藤岡快範・土田瑞起らの投手力が噛み合って2年目にして初のタイトルを獲得した。九州のチームとしても初の優勝である。
経営問題が再び報じられる中、後期途中の9月4日付で森球団社長は「一身上の都合」で辞任し、後任が決まるまでは地頭薗オーナーが兼任することとなった。後期は首位争いにも加わったが、最終的に勝率5割の4位であった。また、半期優勝チームとしては前年の愛媛に続いて年間個人タイトルホルダーがいなかった。
高知ファイティングドッグスとの対戦となったリーグチャンピオンシップは、高知での1・2戦に連敗したことが響き、0勝3敗で高知の優勝を許した。
10月29日のドラフト会議で、松井宏次が東北楽天ゴールデンイーグルスから育成選手枠で指名された。チームとしては初(結果的に唯一)のNPB指名者となった。