ゴーマニズム宣言
2005年8月にこれまでの靖国神社に関する章をまとめ、描き下ろしを加えて出版。戦後60周年の首相公式参拝をめぐる議論に加わった。政治家(特に首相経験者)各参拝方法に対する批判、天皇親拝に関する見解を作品内で展開した。中曽根康弘の簡略化参拝を批判。儀礼への侮蔑と小林は言い、それを咎めた松平永芳を毅然とした立派な存在と描いている。戦死者を犠牲者と見なしている小泉純一郎首相の参拝姿勢に対しては「国難に立ち向かった戦死者を奉る靖国神社の存在意義を冒涜している」と批判。天皇親拝が廃された理由を三木武夫の私人参拝発言としている。
連載以前、『月刊宝島』に『おこっちゃまくん』を約2年半連載していた。しかし、読者から反感を買うような内容が多く、編集側もページ末に作品を茶化すようなハシラ書きをしており、良好とは言えない状態が続いていた。これを見た扶桑社の『SPA!』より「ウチでもあんなのをやって欲しい」と執筆依頼を受け、1992年1月22日号より『ゴーマニズム宣言』を開始。当初のエッセイ的漫画から、社会に切り込む思想漫画と変遷し反響を呼んだ。その後、漫画活動の軸足をこれへと移していくこととなる。
『戦争論』を皮切りに、近代史から現代に至るまでの様々な問題・疑問・イデオロギーなどについて主張を展開した。
『SAPIO』連載作品。これにより、一時的に「ゴーマニズム宣言」本篇は休載状態となり、定期連載は「小林よしのりライジング」の活字版「ゴーマニズム宣言」のみになる。
第1巻「巨傑誕生篇」は2014年1月8日、第2巻「愛国志士、決起ス」は2015年12月9日、第3巻「明治日本を作った男達」は2017年7月24日、最終巻「朝鮮半島動乱す!」は2019年5月28日に刊行。
頭山満などのアジアの自立に力を尽くした志士の人生や人柄を描く。