T-J境界
メキシコのチクシュルーブ・クレーターを証拠に白亜紀末の大量絶滅は地球外天体の衝突が主要因とされるが、これと同様に小惑星あるいは彗星の衝突が三畳紀末の大量絶滅を引き起こしたという仮説もある。しかし、今のところT-J境界と正確に一致する年代の十分な大きさの衝突クレーターは発見されていない。
にも拘わらず、後期三畳紀には複数の衝突が起きており、確認された中では中生代で2番目に大規模な天体衝突もあった。ケベック州のマニクアガン湖は地球上に存在する目に見える衝突クレーターでは最も大型のものの1つであり、直径は100キロメートルに達する。Olsen et al. (1987) で科学者らはこのマニクアガン・クレーターを三畳紀末の大量絶滅と初めて結び付け、当時はクレーターの形成年代は大まかに後期三畳紀と考えられた。より正確な放射年代測定が Hodych & Dunning (1992) で行われ、マニクアガン・クレーターはT-J境界の約1300万年前にあたる約2億1400万年前に形成されたことが示された。このため、マニクアガン・クレーターが正確にT-J境界に相当する絶滅の要因である可能性は低い。とはいえマニクアガンの衝突は地球に広く影響を及ぼしており、2億1400万年前の衝撃石英の噴出物ブランケット(英語版)が遠く離れたイングランドや日本の岐阜県でも発見されている。
三畳紀の末に魚類が大量絶滅に苦しむことはなかった。条鰭綱は中期三畳紀に爆発的に進化した後、後期三畳紀で一般に多様性が徐々に低下した。これは海水準の低下あるいはカーニアン湿潤化イベントに起因する可能性もあるが、後期三畳紀よりも中期三畳紀の魚類の方が研究が進んでいるというサンプリングバイアスかもしれないと考えられている。多様性は見た目には低下したが、現生硬骨魚類の大部分を含む新鰭類は原始的な条鰭綱よりも影響が小さく、現生の魚が先のグループに取って代わり始めたことが示唆されている。
魚類と同様に海生爬虫類も中期三畳紀からジュラ紀にかけて多様性が実質的に低下したが、T-J境界で海生爬虫類の絶滅率は上昇しなかった。中生代の海生爬虫類の絶滅率が最も高かったのはラディニアンの時代であり、これは中期三畳紀の末に相当する。T-J境界あるいはその直前に絶滅した海生爬虫類の科はプラコケリス科(英語版)(板歯目の最後の科)と、シャスタサウルス科(英語版)やショニサウルス科(英語版)といった巨大な魚竜だけであった。ただし、三畳紀の末には魚竜に属レベルのボトルネック効果が生じ、三畳紀の間に誇っていたほどの解剖学的多様性と相違点は二度と戻らなかった、と主張する研究者もいる。
後期三畳紀の絶滅の最初期の証拠は両生類・爬虫類・単弓類といった陸上四足動物の大規模な変遷であった。エドウィン・H・コルバートは三畳紀 - ジュラ紀境界と白亜紀 - 古第三紀境界の絶滅と適応のシステムの類似点を描いた。彼は恐竜・鱗竜類(トカゲとその親戚)・Crocodyliformes(ワニとその親戚)がジュラ紀の始まりまでに絶滅した両生類・爬虫類の古いグループの生態的地位をどのように埋めたかを認識した。Olson (1987) では北アメリカのニューアーク層群(英語版)における動物相の変化の研究に基づいて、全ての陸上四足動物のうち42%が三畳紀末に絶滅したと推定された三畳紀の四足動物の変遷が三畳紀末に突然起こったか、あるいはより徐々に進行したのかについては、より新しい研究で議論されている。
三畳紀の間、両生類は分椎目に属するワニに似た大型の生物に主に代表されていた。最初期の平滑両生亜綱(カエルや有尾目のような現生両生類)は三畳紀に姿を現し、彼らはT-J境界を過ぎた分椎目の多様性が減じる一方で、ジュラ紀で一般的な両生類になった。分椎目の衰退は淡水生態系に余波をもたらしたものの、おそらく複数の研究者が提唱するほど急激なものではなかった。
例えば腕足動物は1990年代の発見によると白亜紀まで生き延びた。三畳紀末以前の繁栄とは打って変わって複数の分椎目のグループは三畳紀末に絶滅したが、彼らの絶滅がどれほど三畳紀の終わりに近い時期であったかは定かではない。既知の最後のメトポサウルス科(英語版)であるコスキノノドン(英語版)はレオドンタ累層(英語版)から産出しており、この層は前期レーティアンあるいは後期ノーリアンに相当する可能性がある。既知の最後のプラギオサウルス科(英語版)であるゲロトラックスはおそらくレーティアンに相当する岩石から発見されており、カピトサウルス類(英語版)の上腕骨も2018年にレーティアンの堆積層から発見された。これゆえ、プラギオサウルス科とカピトサウルス類は三畳紀のごく末に絶滅した可能性が高く、他の分椎目の大半は既に絶滅していたと考えられている。
陸上爬虫類の動物相は三畳紀の間には主竜様類が支配的で、特にフィトサウルス類と偽鰐類(現代のワニに繋がる爬虫類の系統)のメンバーが繁栄していた。前期ジュラ紀以降では恐竜と翼竜が最も一般的な陸上爬虫類となり、小型爬虫類は主に鱗竜形類(トカゲやムカシトカゲの親戚)に代表された。