ホロコースト
1940年5月頃には外務省参事官フランツ・ラーデマッハーが西方ユダヤ人をマダガスカル島に送ることを提案、この案は同年6月18日のヒトラーとムッソリーニとの会談で「マダガスカルにイスラエル国家を作ることも可能である」ということを述べているように、ヒトラーを含む上層部でも検討された。国家保安本部ゲシュタポでユダヤ人問題を担当するB4課長を務めたアドルフ・アイヒマン親衛隊中佐は戦争終結後に5年をかけて、ドイツ占領地域に住む600万人のユダヤ人をマダガスカルに送る計画に従事していた。
しかし6月24日になって、ハイドリヒは国外移送は不可能で「最終的領域的解決」が必要、という報告した。ラーデマッハーは8月になって計画が正式中止されたという報告を行っているが、少なくとも1941年2月までヒトラーが破棄していなかったとする見解もある。
大戦後期には連合国が、ドイツ政府によるユダヤ人組織的殺害が行われていると声明し、占領によって強制収容所が解放されていくことで全世界に広まった。ニュルンベルク裁判では「ユダヤ人大量虐殺」計画が罪状の一つとして取り上げられ、ルドルフ・フェルディナント・ヘスやヴィルヘルム・へトゥル(ドイツ語版)などの関係者の証言が行われ、認定された。戦後にはジェラルド・ライトリンガー(ドイツ語版、英語版)、ラウル・ヒルバーグ、ウィリアム・シャイラー等の歴史家によってこの時代のユダヤ人の運命についての通説が確立した。
ホロコーストで犠牲となったユダヤ人は当初少なくとも600万人以上とされていた。また、同時期にナチス・ドイツの人種政策(英語版)によって行われたロマ人に対するポライモス、成人の精神障害者へのT4作戦、反社会分子とされた人々(労働忌避者、浮浪者、シンティ・ロマ人など)や障害者、同性愛者(ナチス・ドイツとホロコーストによる同性愛者迫害)、エホバの証人、スラヴ人に対する迫害などもホロコーストに含んで語られることもある。主に独ソ戦における戦争捕虜、現地住民が飢餓や強制労働による死亡者に対しても「ホロコースト」の語が使用されることもあり、こうした広い概念でとらえた場合の犠牲者数は、900万から1,100万人にのぼるとする説がある。なお、この語をユダヤ人以外にも拡大使用することについては反対する意見も存在する。
一部の収容所では、収容者に対して実験が行われたことで知られる。多くの被験者は死亡するか、重篤な後遺症に苦しんだ。このような行為に携わった医師としてはヨーゼフ・メンゲレが著名である。双子についての実験も行われていた。