骨鰾上目
骨鰾上目は棘鰭上目に次いで条鰭綱の2番目に大きな上目で、5つの主要な系統を含み、非常に多様なグループとなっている。Nelson (2006) では、5つの目に現生魚種のおよそ28%にあたる1,075属7,931種が記載されている。コイ科・カラシン科・ロリカリア科・タニノボリ科の4つの科が合計4,656種を含み過半数 (59%) を占める。コイ科は淡水魚類最大の科で、脊椎動物としてもハゼ科に代わり最大の科となっている。
骨鰾類は淡水魚の約68%を占め、南極以外の全大陸と、グリーンランド・ニュージーランドを除く大きな島々に生息する。なお、およそ123の海産種(サバヒー科・ネズミギス科・ハマギギ科の大部分・ゴンズイ科の半分)もいる。
骨鰾類は、たとえば重さ300 kgに達する大型淡水魚メコンオオナマズや、全長12 mmにしかならない超小型の淡水魚 Danionella translucida など、実に多様な魚種で構成される。ヒレナマズ科のように直接空気中の酸素を呼吸するものや、水の外でもある程度生きられる Phreatobius cisternarum などの種もいる。デンキナマズ科やデンキウナギ目は発電器官をもっている。
上記のような骨鰾上目の定義では、分子系統学的な知見から単系統性に疑問が生じる。ネズミギス目はコイ目以下骨鰾系のグループよりニシン目と系統的に近縁で、ネズミギス目とニシン目で単系統群とみなすことが可能である。骨鰾上目とニシン上目は姉妹群の関係にあることが判明しており、両上目をあわせて単系統群とする「骨鰾亜区」(Ostarioclupeomorpha、ニシン・骨鰾類とも)のタクソンがあらたに定義されている。
骨鰾上目とは警報物質とウェーバー器官を有する魚種のグループで、前骨鰾系 (Anotophysi) と骨鰾系 (Otophysi) の2系統に分けられている。警報物質をもつがウェーバー器官は原始的なグループが前骨鰾系で、ウェーバー器官が発達したグループが骨鰾系である。
従来の骨鰾類は、現在骨鰾系に属する魚種のみで構成された。新たにネズミギス目が骨鰾類に加えられ、従来の骨鰾類をネズミギス目と分割するため、1970年に Rosen と Greenwood によって骨鰾系が定義された。下位分類は下記の通り。
前骨鰾系 Anotophysi ネズミギス目 Gonorynchiformes 約37種。ネズミギス科・サバヒー科は海産種である。
骨鰾系 Otophysi コイ目 Cypriniformes 約3,268種が属する魚類で2番目に大きな目。淡水魚類最大の科であるコイ科を含む。 カラシン目 Characiformes 少なくとも1,674種が南米・アフリカに分布。観賞魚として知られるテトラは本目に属する。 ナマズ目 Siluriformes 約1,727種が世界中に分布。デンキウナギ目とあわせて Siluriphysi として扱われる。 デンキウナギ目 Gymnotiformes 少なくとも173種が南米から中米にかけて分布。ナマズ目の下位分類とされる場合がある。