行政院
行政院の最高意思会議である行政院会議(内閣に相当する)は、正副院長、正副秘書長、各部会の長(大臣)、5~7名の政務委員(無任所大臣に相当)によって構成される。その他の行政組織の長は内閣閣員として出席できるが議決権は無い。直轄市の長である台北市長、新北市長、桃園市長、台中市長、台南市長、高雄市長も出席できるが、議決権は無い。
2010年の行政院組織法改正により、2012年(民国101年)から順次再編されていき、最終的に従来の39組織(8部・2会・2局・1処・3署・21委員会)から14部・8委員会・2処・1行・1院・3独立機関の合計29組織が設置されることになる。このうち部が日本の「省」に、部長が「大臣」に相当する。委員会は「委員会」に、主任委員は「委員長」に相当する。
部 内政部 外交部 国防部 財政部 教育部 法務部 経済部 交通部 環境部(2023年に行政院環境保護署から部に昇格) 農業部(2023年に行政院農業委員会から部に昇格) 衛生福利部(2013年に行政院衛生署から部に昇格) 文化部 労働部(2014年に行政院労工委員会から部に昇格) 数位発展部(2022年に新設)
委員会 僑務委員会 客家委員会 金融監督管理委員会 国家発展委員会 国軍退除役官兵輔導委員会 原住民族委員会 海洋委員会 大陸委員会 国家科学及技術委員会(2014年に行政院国家科学委員会から改組)
処 主計総処 人事行政総処
独立機関(二級) 中央選挙委員会 公平交易委員会 国家通訊伝播委員会 促進転型正義委員会(2022年解散)
独立機関(三級) 国家運輸安全調査委員会(旧・飛航安全調査委員会) 不当党産処理委員会
その他の組織 中央銀行 国立故宮博物院