第五青函丸
しかし、第1船艙第二甲板の鋼甲板が大部分撤去され、これら船首部の普通船員居室は、船橋楼甲板の甲板室内の畳敷き大広間に集約され、雑魚寝となった。これにより、ここにあった1人個室の機関部・事務部高級船員居室は廃止され、1層上の遊歩甲板へ上がったが、遊歩甲板でも従来からの1人個室の甲板部高級船員居室は廃止され、畳6畳敷きの高級船員広間が造られた。当初、海軍艦政本部監督官は船長も含めた全高級船員のここでの雑魚寝を要求してきたが、青函航路の実情を余りにも無視していたため、これでは暗号通信用の暗号書保管に責任が持てない、と反論した。結局、暗号書保管のための“機密室”を設置し、ここにソファーを入れ、その管理責任者として船長と機関長がここを共用することとした。なお、機械室後ろ隣の車軸室第二甲板は“馬匹付添人”などが利用する“その他の者室”として使用されていたが、この第二甲板は残存したものの居住設備はなくなり、“その他の者室”も廃止された。
さらに、その後ろに続く前部デッキハウス客室右舷側半分も長椅子ソファーと長テーブルを設置した食堂とし、その後ろの配膳室を拡張して厨房とする工事が行われ、これら3隻の乗客である進駐軍関係者への供食設備の充実が図られた。結局この3隻はサンフランシスコ講和条約発効に先立つ進駐軍専用列車廃止の1952年(昭和27年)4月1日まで、その指定は継続された。
デッキハウス造設による乗船者数増加のため、これら各船では救命艇が増備された。第六青函丸と第七青函丸では、前部デッキハウス両側面の船橋楼甲板に各舷2隻ずつ新設、後部デッキハウス両側面船橋楼甲板には既存の各舷1隻ずつ、中央部の甲板室の右側面の煙突前方部分に遊歩甲板を舷側まで拡張し、この遊歩甲板上に救命艇1隻新設して計7隻を装備した
第八青函丸については、ボイラー増設前の救命艇増備の詳細は不明であるが、ボイラー増設後は前部デッキハウス両側面の船橋楼甲板に1隻ずつ、後部デッキハウス両側面船橋楼甲板には2隻ずつ、中央部の甲板室では同じく右側面の煙突前方部分に遊歩甲板を舷側まで拡張し、この遊歩甲板上に救命艇1隻新設して計7隻を装備した
第十一青函丸と第十二青函丸では、遊歩甲板相当の前部デッキハウスの屋根を舷側まで拡張し、その上に各舷2隻ずつ装備し、後部デッキハウス両側面では船橋楼甲板に各舷1隻ずつ、中央部の甲板室では煙突が1本の左側面の煙突前方部分に遊歩甲板を舷側まで拡張し、この遊歩甲板上に救命艇1隻新設して計7隻を装備した。
洞爺丸台風による強風で、16時30分頃から、付近のブイに係留中のイタリア船籍の修繕船アーネスト号(7,341総トン)の係留鎖が切れ、単錨泊で走錨を始め、無動力状態のアーネスト号が20時10分頃本船船首を横切るように圧流されて、本船の錨を起こしたため、本船の走錨が始まり、船尾を浅野町の波除堤に接触しそうになり、21時25分防波堤外へ脱出、以後防波堤外で踟蹰して船位保持し、沈没を免れた。 9月27日 - 1202便(函館2岸13時20分発 青森1岸18時00分着のところ18時05分着)より復帰
1956年(昭和31年)2月 - ボートダビット取替(函館ドック)。
1957年(昭和32年)6月 - 二重底新設、デッキハウス撤去、車両甲板放水口設置、総トン数は2,927.42総トンとなる(浦賀船渠)
1959年(昭和34年)8月 - ストーカー装備(石川島重工)、2,898.30総トン
1965年(昭和40年) 7月2日 - 109便(青森3岸18時45分発 函館3岸23時15分着)で終航 9月10日 - 三井物産へ売却
W1(第五青函丸)の垂線間長113.20m、型幅15.85m、船体肋骨フレーム間隔68cmも第四青函丸と同じであったが、より薄い鋼板の使用、工作に手間のかかる船体曲線部分の極力直線化、二重底廃止、第二甲板の一部廃止、さらに諸室艤装簡易化のため船員居住区の大部屋化が進められた。建造簡易化の一環として、車両甲板にあった水はけを考慮した20cmのキャンバー(梁矢:甲板面の船体中心線が高く両舷が低い反り)は廃止され、型深は6.6mから6.8mとなり、満載喫水も4.64mから5.0mとなった。しかし居室容積減少もあり、総トン数は2,792.37トンと第四青函丸の2,903.37総トンより減少していた。
車両甲板の上はほぼ全面的に船橋楼甲板(1955年(昭和30年)建造の檜山丸(初代)以降の「船楼甲板」に相当)で覆われ、船橋楼甲板中央部には第四青函丸同様3層の小規模な甲板室が設置され、その最上層の航海船橋には船体全幅からさらに両翼が舷外まで突出した全室の操舵室が設置され、2層目の遊歩甲板には高級船員居室、無線通信室、機密室、トイレが、1層目の船橋楼甲板には普通船員居室、高級船員食堂、普通船員食堂、厨房、トイレ・洗面所、浴室などが配置された。
しかし第三青函丸、第四青函丸にあった甲板室前面の丸みは、W1(第五青函丸)では工作簡易化のためほぼ平面となり、甲板室前面遊歩廊は廃止され、甲板室両舷側の船橋楼甲板遊歩廊の屋根も廃止された。