スーパー白鳥
てこ入れの一環として、50系客車「海峡」の一部列車にカラオケ個室を設けた車両を設置(末期は非連結)。 津軽海峡線の開業当初にあった「青函トンネルブーム」は数年で収束し、以後の利用者は年々減少傾向にあった。
1998年(平成10年)3月1日:津軽海峡線開業10年を記念してアニメ『ドラえもん』とのタイアップ企画を実施し、快速「海峡」が「ドラえもん海底列車」として運行開始。以後2002年まで毎年継続。客車の車体内外部には、年度ごとにデザインの異なるシール・ステッカーが貼り付けられ、2000年からは牽引する機関車にもステッカーが貼り付けられた。
2000年(平成12年)3月11日:E751系電車導入に伴い、特急「はつかり」14往復のうち7往復を「スーパーはつかり」に変更。また、「はつかり」のエル特急指定を解除。
2001年(平成13年)9月26日:JR北海道が、快速「海峡」に代わる新型特急電車を八戸駅 - 函館駅間に導入すると発表。
2002年(平成14年)5月14日:八戸駅 - 函館駅間の特急列車の運転開始日と、愛称が「白鳥」に決定したことを発表。
また、「海峡」時代と同様にドラえもんとのび太による車内放送も実施されたが、2005年(平成17年)に行われたテレビアニメのリニューアルに伴い、声優が大山のぶ代・小原乃梨子から水田わさび・大原めぐみに交代した。
往復乗車が原則であり、吉岡海底行きは吉岡海底駅のみで降車、函館行きは吉岡海底駅のみで乗車可能であった。吉岡海底駅では車両を留置することも折り返すこともできないため、蟹田駅 - 吉岡海底駅間を回送して運転し、蟹田駅で折り返していた。また、多客期には1往復が増発された(号数は往路・復路ともに82号)。
全車指定席で定員制のため、乗車券のほかに指定席特急券・海底駅見学整理券が必要で、整理券はJR北海道管内のみどりの窓口、「ツインクルプラザ」(本州に所在する「JR北海道プラザ」を含む)、もしくは道内の旅行会社で発売していた。ただし、仙台駅・盛岡駅・秋田駅・青森駅・弘前駅・八戸駅 - 本八戸駅間・三沢駅を発駅とする「函館・大沼フリーきっぷ」を併用して利用する時に限り、JR東日本の発売箇所で海底駅見学整理券を発行していた。
函館近郊からは海底駅見学整理券がセットになった「吉岡海底駅往復きっぷ」が発売されており、「ドラえもん海底列車」乗車の時に限り指定席が利用できた。「吉岡海底駅では安全上の理由から2号車と4号車のドアのみ開く」とアナウンスがあるが、実際はすべての車両のドアが開いた。ただし乗降は2・4号車のみであり、その他の乗降ドアにはロープを張ることにより使用を制限していた。
JR東日本秋田支社が主体となって運転された臨時列車。運転当初は急行「ハーバー函館」(2003年(平成15年)は特急)でのちに「ハーバーレインボー」に改称し、その後、特急「ハーバーレインボー」になった。なお、「ハーバーレインボー」時代に1往復だけ大館 - 洞爺間で運転されたことがある。また夏祭りシーズンは「夏祭りエクスプレス」として運転されたこともあった。車両はJR北海道のキハ183系5200番台「ノースレインボーエクスプレス」を使用していた。その後、特急「ハーバー函館」を数回運転したが、この時はJR東日本青森運転所(当時)の485系1000番台6両編成で運転された。
ダイヤは基本的に秋田発土曜日朝、函館発日曜日の昼であったが、秋田発金曜日の晩発で函館着土曜日の朝着だったこともあった。