秦佐八郎
この時から秦のペスト研究が始まり、ヨーロッパ留学に旅立つ1907年(明治40年)まで続いた。8年間にわたる研究の中、防疫の実務(1899年11月、日本最初のペストが発生)に携わると共に、ペストに関する十数篇の論文を著し、柴山五郎作と共に「ペスト予防法」を策定している。後に、エールリッヒが難題の梅毒化学療法の共同研究者として秦を選んだのも、秦が長年に渡って危険極まりないペストの研究と防疫に当たってきた実績を買ったからだった。エールリッヒは「注意深き精緻正確なる君の輝かしい実験なくしては、この好結果を挙げ得なかったであろう。君の協力に対して私は深く感謝するものである」と深甚の謝意を表している。
秦は1903年(明治36年)には国立血清薬院部長を兼任しつつ、同研究所には10年間在籍していた。その間、1904年4月日露戦争で軍医として従軍し、南満州各地の野戦病院で伝染病患者の治療に当たる。1905年似島検疫所設置のため召還され、検疫にあたる。大阪の陸軍予備病院で伝染病室および細菌検査室に勤務。同年10月除隊。11月に伝染病研究所技師に戻る。この間の働きが認められて1907年からドイツに留学することとなる。
1907年(明治40年)国立伝染病研究所第三部長となる。