足利将軍家
足利義満の時代になると、足利将軍家(室町殿)は朝廷内においてもその地位を高め、最終的には太政大臣まで昇って公家社会の頂点に立った。次代の義持以降も一部修正はあるものの、足利将軍家は公卿に昇進して応仁の乱までは大臣にまで昇進可能である摂家・清華家級の家格となった。このため、足利将軍家も摂関家や清華家と同じように中下級の公家、特に将軍家と婚姻関係を結んだ日野流や実務に長けた勧修寺流の公家などを自己の家司として家政を補佐させるなど、公家社会の有力な一員となった。
応仁の乱後に幕府の衰退が明らかになると、朝廷との関係に変化が生じた。明応の政変以降に将軍家が事実上分裂し、幕府から朝廷への財政援助も望めなくなると、朝廷はどちらの陣営からでも正式な申請と御訪(必要経費の献上)があれば任官申請を認めるという一種の機械的処理を行うことで、将軍家の内紛が朝廷に影響するのを回避しようとした。
ところが、足利将軍家の義稙系(足利義稙―足利義維―足利義栄)と義澄系(足利義澄―足利義晴―足利義輝・義昭兄弟)への分裂は摂関家にも影響を及ぼした。
(改名は主なものだけを図示し、網羅してはいない)