ゴジラアイランド
ミサトは、これを最後の戦いとするべく、司令官、トレマと共に出撃する。ゴジラや司令官たちの総攻撃で、さしものハイパーメカギドラも遂に倒された。
倒されたザグレスは、命乞いをするが、トレマはとどめのビームを撃ち続ける。
と、その時、今度は仰天号が出現。何と、ランデスもしぶとく生きていた。しかも、暗黒大皇帝の命を受けたキャメロンがワープゲートを起動させようとしていた。
そして、起動したワープゲートの向こうから、暗黒大皇帝が出現。その暗黒大皇帝を、ランデスが撃つ。さらにハイパーメカギドラも復活し、大混戦となる。だが、ミサトは逆転の発想でワープゲートを逆転させ、暗黒大皇帝をX星の牢獄へ戻すことに成功し、さらにランデス、ザグレス、キャメロンもワープゲートの次元の彼方へと吸い込まれていった。
諸悪が消え去ったのもつかの間、ワープゲートがそのまま暴走を始めてしまう。全てのものがワープゲートの恐るべきパワーに飲み込まれようとする中、司令官、ミサト、トレマ、そして怪獣たちは一斉にワープゲートに集中砲火を浴びせ、災いの超兵器は遂に破壊された。
こうして、長かった戦いはようやく終結を見た。トレマは故郷のトレンディル星に帰り、ミサトとナオは転勤。必要の無くなったGガードは解体され、それを機に司令官も引退を決意する。
そして、手つかずの島となったゴジラアイランドは、その名の通り怪獣たちの本当の楽園となったのだった。
しばしの平和が続くゴジラアイランド。怪獣たちの生態研究に余念のないミサトは、かつてラドンが炎の精霊と合体して口から火炎を吐けるようになったという伝説を調べていた。そこへナオがやって来る。彼女は、Gガードストアの店長とガイラ山にハイキングへ行った際に見つけた青いキノコを見せに来たと言う。
そんな時、司令官からジュニアが倒れたと通信が入る。何と、ジュニアの背中にはナオが見つけたのと同じキノコが生えていた。直ちにタルトクープでガイラ山に飛んだミサトは、大量のキノコが群生しているのを発見する。そしてその中心に、ヘドラの新種ネオヘドラが出現した。
ネオヘドラは口から吐く煙でキノコを増殖させていた。目からのビームでタルトクープを攻撃してくるネオヘドラ。そこへゴジラが駆け付け、熱線で攻撃するが、ネオヘドラはゴジラの熱線を吸収してしまう。
すかさず口から煙を吐いて応戦するネオヘドラ。そこにラドンが助太刀に入り、衝撃波でネオヘドラを吹き飛ばす。ゴジラは何とか危機を逃れたが、ネオヘドラを倒すには10万度の熱で焼却する必要があった。ゴジラの熱線は6万度で、温度が足りない。勝利を確信したランデスは、「ゴジラアイランドキノコ化作戦」を推し進めていく。
ネオヘドラは怪獣たちを次々と襲い、背中にキノコを生やしていく。やがて島中がネオヘドラの胞子に汚染されていき、何と司令官がナオに注文したパンにまでもキノコが生えてしまう。空腹に苦しむ司令官を前に、ランデスがいやらしく食事を見せつけ降伏を迫る。
トレマとザグレスが地球を去ってから1年が過ぎた。ゴジラアイランドにはすっかり平和が訪れ、司令官もルーカスも緊張感を失っていた。
だがそんなつかの間の平和を破り、暗黒大皇帝がランデスという新たなる地球攻撃隊長を地球に差し向ける。ランデスはヴァバルーダでゴジラアイランドに向かうと、司令官に降伏を迫った。司令官はそれに対し、「破壊力のある対空レーザー砲があるぞ」とランデスを脅し、追い返すことに成功。しかし、ランデスが送り込んだ小型コンピュータロボットのキャメロンにより、対空レーザー砲が1発も撃てないことを暴かれてしまった。
ランデスは再びゴジラアイランドに進軍、ビーム砲で怪獣たちと基地を攻撃してくる。だがその時、謎の声と共に対空レーザー砲が火を噴いた。突然のことに動揺したランデスは撤退する。一体、誰が対空レーザー砲を完成させたのか?
そして基地に、1人の女性が現われる。彼女こそ、地球政府の辞令でゴジラアイランドに赴任してきた怪獣ドクターにして、司令官の一人娘・神宮寺ミサトだった。突然の娘の赴任に戸惑う司令官はミサトを追い出そうとするが、ミサトは断固としてそれを受け入れず、与えられた研究室で仕事を始める。
その時、ゴジラアイランドにミサイルが落下してきた。しかし、ミサイルは爆発せず不発に終わる。
キングシーサーがゴジラの具合を確認しているところにガイガンも現れ、ゴジラと共に温泉に浸かる。
ガイガンがとどめを刺さなかったのは、ゴジラの攻撃により自らも傷を負ったため、勝負を痛み分けにしたかったからだという。「今度こそ勝つ!」と闘志を燃やすゴジラは、キングシーサーと共に怪獣寺に篭り、修行を始めた。
翌日、ゴジラとガイガンは再び決闘を始める。戦いの最中、突然目を閉じるゴジラ。するとゴジラの体からオーラが出始めた。圧倒されるガイガンにゴジラは目をカッと見開くと、ガイガンの後方に向けて熱線を放射した。混乱したガイガンはゴジラに向けて突進するが、突然ゴジラの熱線が折れ曲がり、後方からガイガンに命中した。ガイガンが動揺した隙を突き、ゴジラが廻し蹴りを決める。倒れるガイガン。ゴジラが遂に勝利した。それは、キングシーサーが確信した通りだった。ゴジラは怪獣たちに祝福された。
ゴジラアイランドに突如、隣島のマタンゴ島に住むカマキラスが飛来した。どうやらカマキラスはメガロに追われているらしい。だがカマキラスが島の上空に差し掛かると、なぜかメガロは引き返してしまった。トレマがカマキラスに事情を聞こうとしたが、彼は力尽きてしまう。
怪獣病院に搬送されたカマキラスは、司令官たちに、ザグレスがマタンゴ島に100匹の怪獣軍団を集めていることを伝える。焦った司令官はトレマに、ゴジラを連れてマタンゴ島まで偵察に行くように命じる。
嫌な予感を覚えるトレマはゴジラと共にマタンゴ島を探るが、その予感は的中。待ち構えていたデストロイアとメガロが光線で落盤を発生させ、ゴジラとトレマを洞窟に閉じ込めてしまう。さらに地中からプロトモゲラが出現し、ゴジラに攻撃を加えた。
まるでモグラ叩きのような攻撃を繰り返すプロトモゲラに苦戦するゴジラだったが、トレマとの共闘で何とかこれを倒す。そして決死の力で穴を掘り、トレマだけは何とか洞窟から脱出させることに成功する。
ゴジラアイランドに戻ったトレマが目にしたのは、バタバタと倒れている怪獣たちの姿だった。基地は破壊され、司令官も大怪我をしたとルーカスから聞かされるトレマ。暗黒大皇帝がメカキングギドラを修理し、ザグレスがそれを使って攻め込んできたと言う。
西暦2097年。人類は怪獣との共存の時代を迎え、太平洋上のとある島に、怪獣たちの楽園ゴジラアイランドを築いた。そこには保安組織Gガードの基地もあり、司令官の神宮寺餅介とコンピューターロボットのルーカスを始めとする人々が島を管理していた。
ある日、巨大円盤ヴァバルーダが地球に襲来。各地の都市を攻撃し、次いでゴジラアイランドに飛来した。司令官はこれに対し、モゲラ、メカゴジラ、ジェットジャガーを出撃させ迎え撃つが、全滅させられてしまう。ヴァバルーダに乗っていたのはX星地球攻撃隊隊長のザグレスであり、彼女は地球人に降伏を迫る。
だがその時、謎の宇宙船が現れ、ヴァバルーダを攻撃し、撤退に追い込んだ。宇宙船に乗っていたのは宇宙海賊トレマであり、彼女は司令官とX星人を撃退する契約を結ぶ。
その時、ゴジラがスペースゴジラの飛来を予言。司令官たちも、トレマの「ゴジラが戦いたいと言っている」という言葉を信じ、ゴジラに出撃を要請する。ゴジラはトレマとの無敵のコンビネーションによって、見事スペースゴジラを撃退した。 『ゴジラvsスペースゴジラ』のライブフィルムが使用された。
Gガード司令官:団時朗
トレマ:大桑真弓
ミサト:麻生かおり
ナオ:沢村渚
ザグレス:あいざわかおり
ランデス:鵜川薫
マタンゴ島をパトロールするミサトが出会ったのは、ひたすら修行をするガイガンだった。島へ帰ったミサトは、ガイガンがゴジラを倒すために修行を続けていることを司令官から聞く。
一方、ランデスはゴジラに勝ったことのあるガイガンの話を聞きつけ、キャメロンを使ってスカウトしようと試みるが、一匹狼のガイガンはそれを拒絶する。そこで暗黒大皇帝は、ランデスに変身怪獣ドロリンをプレゼントし、卑怯な作戦を開始するよう命じた。
その作戦とは、まずゴジラに化けたドロリンにガイガンを襲わせ、さらにガイガンに化けたドロリンにゴジラを襲わせて、互いを共倒れさせようというものだった。突然の襲撃に怒った双方は、決闘、というより、喧嘩を開始。その隙を突いて、手薄になった基地をドロリンが襲う。
司令官がメカゴジラに乗ってドロリンと戦うが、敵はレーザーで砕け散ってもすぐに再生してしまう。