第一次カッペル戦争
フィリップ1世は両者に小異を捨てて大同に就くことを求めて個別に話し合ったが、それは叶わなかった。そうこうしているうちにマールブルクでペストが発生し、会議は急遽解散となった。
両者が折れ合うための機会は、翌1530年夏の帝国議会でも設けられた。しかしこの時も妥協はできずに物別れとなり、ルター派は『アウクスブルク信仰告白』を、ツヴィングリ派は『信仰の弁明』(Fidei ratio)という別々の主張を行うことになった。スイスのツヴィングリ派とドイツのルター派の大連合は遂に実現せず、ドイツではシュマルカルデン同盟が結成されることになった。同盟相手を失ったツヴィングリは、イタリアやフランスと手を組むことを模索するが、それもうまくいかず、チューリッヒでの求心力も低下していった。1531年秋に再び新旧両派の対立が激しくなり、第二次カッペル戦争が起きた時には、チューリッヒは以前のような大軍を集めることができなくなっていた。両軍は再びカッペルで対峙、今度は戦闘となり、ツヴィングリは戦死した。その亡骸は八つ裂きにされ、糞尿と一緒に焼き捨てられた。これを機に、スイスのプロテスタントと同盟していたドイツ南西部の諸都市は、スイスと手を切ってシュマルカルデン同盟に加わることになった。
翌年からはジュネーヴでジャン・カルヴァンが宗教改革をはじめ、スイスの宗教界はドイツとは一線を隔てた道を歩むようになった。
このあと、チューリッヒとベルンはウンターヴァルデンのシュタンス協定違反を糾弾し、スイスの各領邦の共同統治地域の共同統治者からウンターヴァルデンを追放しようとした。しかしカトリック5邦側はこれに応じず、両者の対立は武力衝突寸前まで高まっていった。
両派とも後ろ盾を得て相手を挑発するようになり、対立は悪化した。1529年5月、福音派のチューリッヒ勢は、共同支配地のトゥールガウ地方でカトリック派の執行官マクス・ウェールリ(Max Wehrli)を捕まえて首を刎ねた。カトリック派はこれに対抗し、5月29日にチューリッヒのヤコプ・カイザー(Jakob Kaiser)という牧師を拉致し、シュヴィーツへ連行して火あぶりにした。
ここに及び、チューリッヒは6月8日にカトリック5州に対して宣戦布告を行った。
チューリッヒには同盟各地から30,000人の兵力が集まった。一方の連合側では、あてにしていたフェルディナンドが援軍を送らなかったので、9,000しか兵がいなかった。
チューリッヒ軍を率いるのはツヴィングリである。ツヴィングリはスイス東部の要地を確保したうえで、自ら4,000の兵を率いて、チューリッヒからカトリックの地方であるツークへ軍を進めた。いよいよ国境を越えてツークへ入ろうというとき、国境の反対側ではカトリック軍が陣取っており、両軍は国境の村カッペルで対峙する格好になった。
福音派の急伸によって、カトリック派との衝突が増えていった。その典型がシュタムハイム事件である。トゥールガウ地方のシュタムハイム(Unterstammheim)はチューリッヒと隣り合っており、早くから福音派が勢力を伸ばしていた。福音派の司祭は教えに従って聖画像を教会から撤去しようとして、カトリック派と暴力沙汰になった。
問題は、トゥールガウが誓約同盟の共同支配地だったことである。トゥールガウでは下級裁判権をチューリッヒがもっていたが、上級裁判権は誓約同盟の7州が握っていた。この上級裁判権に従って福音派の司祭が捕縛されたのだが、これに怒った福音派の住民がカトリックの修道院(Kartause Ittingen)を襲って焼き払ってしまった。
チューリッヒと誓約同盟によってこの問題の話し合いが行われた結果、信仰問題は棚上げするとの条件付きで、修道院を襲撃した首謀者として、下級裁判所の親子がカトリック派に引き渡された。ところがカトリック派は、福音派の教えが悪いといってこの親子を拷問し、斬首した。
この事件のあと、この人物は福音派では殉教者とみなされるようになるとともに、カトリックに対抗する武装組織が必要だという考えに傾倒することになった。