あたご劇場
2004年(平成16年)にはファン有志によってあたご劇場の公式ウェブサイトが開設された。2004年(平成16年)7月17日、北東1kmの場所にあるイオンモール高知に高知県初のシネコンであるTOHOシネマズ高知が開館し、高知市中心部でも同年8月には本町1丁目の高知東映が閉館、2005年(平成17年)6月には本町1丁目の高知松竹ピカデリーが閉館、2006年(平成18年)1月には帯屋町1丁目の高知東宝が閉館するなど大きな影響があった。なお、TOHOシネマズ高知が開館を目指していた際には、高知市議会が反対したことでイオンモール高知の開業と同時に開館することができなかったが、訴訟で高知市が敗訴したことで建設許可が下りたという経緯がある。あたご座はミニシアターや名画座の側面を持つ映画館に転向し、以後はアート系作品から旧作まで幅広く上映している。
2009年(平成21年)1月22日、水田兼美は江ノ口川で溺れて事故死した。同年7月4日と7月5日、水田兼美を慕う自主上映団体の主催によって追悼上映会が開催され、7月4日には『牡丹燈籠』が、7月5日には『釈迦』が上映されている。水田兼美の死後には息子の水田朝雄が3代目館主となり、妹や母とともに営業を続けた。2009年(平成21年)11月8日、『築城せよ!』(古波津陽監督)上映時に阿藤快が舞台挨拶で来館した。また2010年(平成22年)3月13日に行われた『ポチの告白』(2005年製作)の上映会では、同作の監督を務めた高橋玄が舞台挨拶で来館している。