南方貨物線
当時、仮に南方貨物線を旅客・貨物併用線として工事を再開した場合の事業費は約165億円と概算されており、その建設費の捻出方法については「トラック運送業界や関係自治体(愛知県・名古屋市など)、JR東海・JR貨物などで第三セクターを設立するしかない」との見方が強かった。しかし、1992年当時の名古屋駅 - 熱田駅間の混雑率は約135%で、南方貨物線の旅客化は「意義が薄い」とされ、見送られた。1997年(平成9年)6月には、JR貨物の完全民営化のための基本問題懇談会で、南方貨物線について「将来、少なくとも貨物鉄道としてその有効活用を図ることが適当であると考えるが、種々解決すべき課題が残されていることから、今後、さらに関係者間において必要な検討・調整を進めていく必要がある」という意見が出たが、JR貨物・JR東海・名古屋市・愛知県など関係機関は、いずれも「自ら事業主体となることは考えられない」という姿勢を示しており、活用に向けた事業化は極めて難しい状況になっていた。
それ以外にも、常滑沖に建設された中部国際空港(セントレア)への空港連絡鉄道として活用する案も出されたが、これも実現しなかった。一方、西名古屋港線の旅客化工事の際には、南方貨物線が分岐できる構造となっていた高架橋がその阻害となったため、該当部分が撤去された。
その一方で高架橋の高欄(主にブロック造)は建設から20数年が経過し、経年劣化による老朽化が進んだことで、剥離・落下する危険な状況となっていた。このため、日本鉄道建設公団国鉄清算事業本部(旧:清算事業団の事業を継承)は1999年(平成11年)10月 - 2001年(平成13年)5月にかけ、高欄の撤去工事を行った。日本鉄道建設公団国鉄清算事業本部は2000年度(平成12年度)以降、南方貨物線の最終的な処理方法を決定するため、関係する事業者などへの最終意向確認を行った。この時、国鉄清算事業本部は高架橋の撤去費用に数百億円が必要となることを踏まえ、「仮に撤去しなくて済むような整備をして鉄道・道路などに使う者がいる場合、約100億円を助成する」「鉄道路線として活用する場合は高架橋などをある程度完成させてから引き渡す」などの提案を含め、JR貨物東海支社などに打診した。しかし、いずれの関係先も「鉄道としても、鉄道以外の利用にしても、自ら取得することは考えられない」と回答した。これにより、同年6月には日本鉄道建設公団国鉄清算本部により、鉄道利用の可能性が皆無であることが最終確認され、同本部は鉄道としての利用を断念することを決めた。
2001年8月、中部運輸局は南方貨物線の鉄道路線としての利用を断念し、撤去費総額300億円を前提に、2002年(平成14年)度の撤去費用46億円を予算要求した。老朽化による崩壊の危険性があることに加え、景観の改善も兼ね、2002年度から不用となった高架橋などを撤去して更地化し、土地を一般競争入札で売却することが決まった。
南方貨物線の原型は1939年(昭和14年)に鉄道省岐阜工事事務所(後の国鉄岐阜工事局)が立案した名古屋付近鉄道総合改良計画にある。当時、日中戦争勃発後の軍需輸送増大により稲沢操車場の貨車中継能力が限界に達しており、同計画では貨物輸送増強策の一環として新たに八田、勝川、大府に操車場を設けることが構想されていた。付随する貨物線の新設も検討され、それぞれ南方貨物線(八田)、北方貨物線(勝川)、東方貨物線(大府)と呼ばれていた。この中では八田操車場と南方貨物線がもっとも有力視され、1941年(昭和16年)から翌年にかけて東海道本線大府 - 枇杷島間の線増扱いで測量費が予算計上され、地形測量が実施された。
一方、鉄道省名古屋鉄道局運輸部でも岐阜工事事務所の計画と前後して貨車中継の改良計画を立てていたが、むやみに操車場を新設するのは貨車の輸送効率の面で不利であり、同局では稲沢操車場にハンプを2か所設ける一大ヤードとする案を推していた。このため八田操車場の新設は省内も賛否両論であったが、最終的には稲沢・八田の2操車場案でまとまり、1943年(昭和18年)以降も南方貨物線・八田操車場の建設を推進することとなった。しかし、戦争の激化により同年以降は予算計上できず、計画はいったん棚上げとなった。