日吉大社
かつては境内108社・境外108社といわれていた。以下に示す21社は主なものであり、山王二十一社と総称され、日吉大神と呼ばれる。旧称は江戸時代までの神仏習合時代の名称である。東本宮境内の各社は「大山咋神の家族および生活を導く神々」と説明されている。
下七社。
氏永社 - 祭神:祝部希遠(日吉社社家の生源寺家祖)
八柱社 - 祭神:五男三女神。中七社。
正覚院稲荷大明神 - 祭神:荼枳尼天
日吉大社境内古墳群 - 古墳時代後期の円墳が約70基ある。
石造仏塔 - 西本宮楼門の西にある。
橋殿橋 - 橋は途中で途切れている。
祇園石 - 牛頭天王が宿る磐座。
大威徳石 - 大威徳明王が宿る霊石。
参集殿
社務所
行者社(行者堂)
神猿舎
神馬舎
惣社 - 山王ニ十一社を祀る。
合祀社 - 子安社、子立社
日吉会館
猿塚 - 日吉大社境内古墳群のうちの一つ。
日吉三橋 - 天正年間(1573年 - 1593年)に豊臣秀吉が寄進したと伝えらている。木橋が現在の石橋に架け替えられたのは寛文9年(1669年)。大正6年(1917年)8月、日吉三橋として指定文化財となる。 大宮橋(重要文化財) - 西本宮(大宮)へ向かう参道にかかる花崗岩製の石橋反橋。 走井橋(重要文化財) - 大宮橋のすぐ下流にかかるお祓いをするための石橋反橋。 二宮橋(重要文化財) - 東本宮(二宮)へ向かう参道にかかる花崗岩製の石橋反橋。
走井祓殿社 - 祭神:瀬織津比咩、速開都比咩、気吹戸主、速佐須良比咩
走井杉
早尾神社 - 祭神:素盞嗚神。中七社。境内入口の南側に祀られている。参道を挟んだ向かいには求法寺があり、当社入口の正面階段前には六角地蔵堂がある。
境外 大政所(宵宮場) - 御旅所。日吉大社の東にある。山王祭の行事「宵宮落とし」の舞台となる。
そのために翌貞享2年(1685年)に山王神道を守るように延暦寺から厳命され、日吉社は受諾している。
1868年(明治元年)、神仏分離令が出ると日吉社は率先して仏教色を一掃し、延暦寺から独立して社名を日吉大社とした。分離令直後の4月1日、日吉大社の社司で、明治政府の神祇事務局事務掛を兼ねていた樹下茂国(じゅげしげくに)が、吉田神社(京都市)の神官らからなる「神威隊」を伴って、延暦寺に対して日吉大社の引き渡しを要求。拒否されると近在住民らとともに社殿に乱入し、仏像や経典などを破壊したり、焼き捨てたりした。これは廃仏毀釈が全国に広がる発端となった。
また、本来の祭祀の形に戻すとして、西本宮と東本宮の祭神を入れ替えた。西本宮に大山咋神を祀って主祭神とし、大己貴神(大物主神)を祀ることとなった東本宮は摂社の大神(おおみわ)神社として格下げとなった。
1871年(明治4年)、西本宮が官幣大社となる。1928年(昭和3年)、東本宮も官幣大社となると、再び西本宮と東本宮の祭神を入れ替えて江戸時代までの形に戻している。
太平洋戦争後の1948年(昭和23年)に神社本庁の別表神社に加列されている。
2006年(平成18年)6月7日、歴史的風土特別保存地区に指定された。
2015年(平成27年)4月24日、「琵琶湖とその水辺景観- 祈りと暮らしの水遺産 」の構成文化財として日本遺産に認定される。
日吉大社の例祭時には昔と変わらず延暦寺の僧も参加している。
境内入口北側には元は比叡山の里坊・竹林院だった旧竹林院庭園と、元三大師良源ゆかりの求法寺がある。