歴史の終わり
フクヤマは、彼の論文は不完全であると述べ、その理由を「現代の自然科学と技術の終わりなしには歴史の終わりはあり得ない」(『人間の終わり――バイオテクノロジーはなぜ危険か』(ダイヤモンド社, 2002年))と述べた。彼は人類が自らの進化を支配することは、自由民主主義に大きな、そして恐らく恐ろしい影響を与えるだろうと予測している。
最強の軍事国家が崩壊するなど、それ以前の国際政治学の常識では考えられないことだった。これは「武力こそ正義である」というハードパワー中心の歴史時代の終わりと、「ペンは剣よりも強い」というソフトパワー中心の脱歴史時代の始まりを意味している。
「歴史の終わり」は、たびたび「共産主義体制にたいする資本主義体制の勝利宣言」といわれるが、厳密にいえば、経済体制よりも政治体制について本質的に述べた論文であり、正確には「一組織、一党派が政治と経済を強く統制する一党独裁体制などの寡頭政治や、一個人または一王家の指導者原理、カリスマ的支配、伝統的支配による専制政治に対する、万民が平等に政治家や政策を選択できる多数決原理にもとづいたリベラルな民主主義体制の最終的な勝利宣言」と呼ぶほうが本旨に合っている(だから、ニーチェ論が重要になってくる)。フクヤマは資本主義経済、自由主義経済の生産性と効率性を高く評価しているが、民主主義体制の永続性ほど強く資本主義体制の永続性を主張しているわけではないし、その根拠を示しているわけでもない。どのように経済体制や生産構造が変化しても、どのような世界恐慌が起こっても、民主体制そのものが否定されたり、崩壊することはないと指摘しているのである。そもそも、フクヤマにとって米ソ冷戦を経済体制の争いと解釈することは歴史の誤読なのである。