金毘羅権現
明治元年(1868年)3月の神仏分離令によって同年6月金毘羅大権現は琴平神社(同年7月に金刀比羅宮と改称)と改称し、金毘羅権現は大物主と同体であるとして、主祭神の名は大物主と定められた。別当金光院は還俗し、同神社にその一切を譲り、この時点で金光院は消滅し、そのまま社務所となる。なお、塔頭の普門院は山門(現・大門)の外にあったため存続し松尾寺を継承しているとして松尾寺は廃寺とはなっていないと主張している。
全国の金毘羅宮・金毘羅権現社の多くは、大物主を主祭神とする神道の金刀比羅神社(金刀比羅宮・琴平神社・金比羅神社・金比羅宮)になっているが、各地の常夜灯や石碑等に「金毘羅大権現」の痕跡を伺うことができる。その堂の本扁額が金毘羅との表記は今でも金毘羅権現を祀るところであり、金比羅の表記は香川県琴平町の金刀比羅宮に習って主祭神が大物主に変わったところである。