九〇式機上作業練習機
さらに、昭和13年にはエンジンをさらに強力な中島製の「寿」に換装し、尾翼の改修や燃料タンクの増量を行った型が開発され九〇式二号陸上機上作業練習機(K3M3)として制式採用された。これに伴い、それまでの型は九〇式一号陸上機上作業練習機と呼ばれるようになった。これらの機体の開発は三菱で行われたが、生産は主に九州飛行機と愛知航空機で行われた。総生産機数は624機である。
胴体の形状が角型で搭載力に余裕があったため、様々な練習機器を搭載することが可能だった。加えて、操縦席とキャビン部分がフラットだったために、お互いの行き来が容易で教官と生徒とのコミュニケーションがとりやすいという利点もあった。このため、太平洋戦争中に採用された白菊より、実用面では勝るとの意見も強く、旧式機ながら終戦まで訓練、連絡、輸送等の任務で広く利用された。
なお、陸上型の他にわずかではあるが九〇式水上機上作業練習機(K3M2)も作られたが、昭和11年には全機退役している。また、輸送専用に改造した機体を九〇式陸上輸送機(K3M3-L)と呼び、落下傘部隊の母機となる九〇式陸上輸送機二型(K3M3-L2)も製造された。