日本航空
国際線の場合、すべてのクラスに『週刊文春』や『週刊新潮』などの週刊誌のほか、『婦人画報』や『an・an』、『BRUTUS』や『MEN'S EX』などのファッション雑誌、『週刊東洋経済』などの経済誌、『SEVEN SEAS』など数十種類の雑誌、子供向けの絵本や子供向けの漫画単行本も搭載されている。また、『TIME』や『Newsweek』、『The New Yorker』や『VOGUE』などの英語誌、出発地の地元有力誌も搭載されている。新聞は、ファーストクラスとビジネスクラス、プレミアムエコノミークラスには国主要紙のほか、The Wall Street JournalやFinancial Timesなどの国際経済紙、出発地の地元言語の有力紙や出発国の日本語紙などが搭載されている。
国内線の場合、普通席と「クラスJ」には機内誌以外の雑誌、新聞の搭載はないが、子供向けの絵本や子供向けの漫画単行本は用意されている。ファーストクラスには日本経済新聞、読売新聞、朝日新聞、毎日新聞、産経新聞と、The Japan Timesなどの英字紙、スポーツニッポンや日刊スポーツなどのスポーツ紙、中日新聞や西日本新聞など出発地の有力地方紙も搭載されている。
1990年代から2000年代にかけては、機体全面にディズニーキャラクターが描かれた特別塗装機である「JALドリームエクスプレス」を運航していたほか、同機のミニチュア模型も販売されていた。2013年には東京ディズニーランド開業30周年を記念した特別塗装機「JALハピネスエクスプレス」が運航されている。
なお、「JALドリームエクスプレス」の導入当初には、客室乗務員がミッキーマウスの耳をつけて乗務したほか、その後もキャラクターが描かれたエプロンを着用していた。また、「JALドリームエクスプレス」のバリエーションである「Tokyo DisneySEA号」は、「東京ディズニーシー」の日本国外での告知効果を狙って、国際線での運航も行われていた。
障害者やけが人、病人などのために、用途や体格差に合わせて用意された空港用車椅子や機内用車椅子、車椅子対応の機内トイレや点字案内、簡易筆談ボードやJALスマイルサポートカウンター(成田国際空港第2ターミナル国際線のみ)、ストレッチャーや医療用酸素ボンベなどが用意されている。なお、一部のサービスは事前予約が必要である。
2017年7月27日より、大量に発生するミニオンたちの様子が描かれた特別塗装機「JAL ミニオンジェット」を国内線に就航させている。さらに2017年12月26日からは、機内でにミニオンのヘッドレストカバー、紙コップ、ぬいぐるみを提供している。
新規参入航空会社が格安運賃で対抗してきているにもかかわらず、日本航空と全日本空輸、日本エアシステムの大手3社は「片方が動けばもう一方が追随」の結果、日本の航空業界を支配する両社の運賃に大差はなく、その差額が数百円程度に収まっていたうえ、なぜか運賃改定が両社とも数日以内に行われていたことから「事実上のカルテル」だと揶揄されることも多かった。
しかし一時期、国内線における全日本空輸との差別化は運賃にもおよび「片方が動けばもう一方が追随」というそれまでとは異なる状況になっていた。顕著な例としては、全日本空輸がバースデー割引を廃止して28日前までの予約で実質同運賃並みの運賃設定となる「旅割」を展開するのに対し、日本航空はバースデー割引を維持したまま、前述の「旅割」と同系の28日前までの予約で大幅割引の「先得割引」を新設するなど、運賃面でこれまで個人客向け運賃に弱かったと評されていた日本航空が全日本空輸より優位に立つなど、さまざまな戦略の変化が見られていた。
しかし、その後の価格競争の激化によって、2014年現在では大きな差はなくなっている。
なお、2008年4月にはJALカード会員限定で「ビジネスきっぷ」を発売した。マイルが100%積算され、最大で41%の割引となる。搭乗当日まで購入できることが特徴である。なお、繁忙期では往復運賃(ただし、往復運賃対象期間外は普通運賃)と同額になっており、文字通り当日購入するビジネス顧客をターゲットとした運賃である。なお、予約と同時にクラスJやファーストクラスの予約もできる。
自社のパイロットを養成するため、定期的にパイロット候補生を採用している。
日本の航空会社で、パイロットの養成を初等訓練から自社で行っているのは、日本航空のほかに全日本空輸がある。
ジェイエアでもパイロット候補生を独自に採用しているが、訓練は海外の訓練校に委託している。