トワイライトエクスプレス
大阪 - 青森間は、JR西日本の大阪車掌区が担当し、同区所属の約260人の車掌のうち経験豊かな40人ほどしか乗務ができなかった。過去に行われた九州、四国、山陰、首都圏方面への団体臨時運用時も当区の車掌が通しで乗務していた。後述の「団体列車『特別な「トワイライトエクスプレス」』」でも引き続き同区の車掌が乗務している。同区の担当車掌はホテルをイメージした「トワイライトエクスプレス」専用の制服を着用しており、ダブルの上着(夏は草色、冬は緑)にスラックス(夏はベージュ、冬はブラック)となっている。2015年3月12日時点のJR線で車掌が会社境界を跨いで、かつ長距離の越境乗務をしている列車は本列車(直江津 - 青森間578.6km)と「サンライズ瀬戸」・「サンライズ出雲」(米原 - 東京間445.9km)の3列車のみであった。「サンライズ瀬戸」・「サンライズ出雲」の越境乗務も翌13日発の下り列車を持って終了し、国鉄時代から続いていた夜行列車の長距離越境乗務は消滅した。2013年3月31日までは乗車記念証台紙付きの車内限定オレンジカードの発売も行っていた。
青森 - 札幌間は、JR北海道の函館運輸所が担当していた。過去には青函トンネル走行中に、4号車サロンカーで車掌がトンネルに関するクイズを出題して記念品をプレゼントしたこともあった。
団体用の専用編成。
DD51 1179+DD51 1186 牽引 特別な「トワイライト エクスプレス」
EF65 1124 牽引 特別な「トワイライト エクスプレス」
JR西日本は予てよりトワイライトエクスプレス用車両を用いた団体列車の運転を検討してきたが、2015年3月23日にその概要が正式発表された。定期運行時の10両編成からオハネ25形(510番台・520番台・560番台)4両を外し、3編成のスロネ25形500番台を集約してA個室寝台(スイート・ロイヤル)のみの8両編成に再組成して使用。切符の発売は旅行会社主催のツアーのみ。7号車のオハネフ25形500番台は「乗務員室等」と位置付けられ、一般向けには発売されなかった。この専用編成は「特別なトワイライトエクスプレス」と名付けられた。
運転コースは5月・6月の下り列車は大阪を出発して琵琶湖を一周して大阪に戻り、そこから下関まで一晩かけて走るルート、上りはその逆で終着が京都になるルートが発表されており、7月からは山陰本線を主体としたコースも追加設定された。大阪 - 敦賀 - 京都間の牽引には、大阪 - 札幌間の運転時に使用されたEF81の113・114号機が担当している。また、京都 - 下関間は下関総合車両所のEF65形機関車が使用されていた。