伏見藩
伏見城は3度に渡って築城された。文禄元年(1592年)に豊臣秀吉が指月に築城を開始したが、文禄5年(1596年)に伏見の大地震によって倒壊(指月伏見城)。近隣の木幡山(桃山丘陵)に新たな伏見城が建設された(木幡山伏見城)。慶長3年(1598年)に秀吉が伏見城で死去すると、翌慶長4年(1599年)3月には徳川家康が留守居役として伏見城に入城し、豊臣政権下の徳川家康の上方における居城となった(ただし家康は同年9月に大坂城に移った)。慶長5年(1600年)、伏見城は関ヶ原の戦いの前哨戦である伏見城の戦いで焼失した。
慶長5年(1600年)、伏見城代であった松平忠明が伏見の町奉行を兼ねた。これが伏見奉行の起源とされるが、伏見の民政については伏見廃城に伴い、元和9年12月(1624年1月)に小堀政一が登場するまでは不明な点が多い。
家康は慶長7年(1602年)までに伏見城を再建した。慶長8年(1603年)に家康が伏見城で将軍宣下を受け、慶長10年(1605年)には徳川秀忠が同様に将軍宣下を受けるなど、徳川家の上方における拠点として機能した。伏見城は大御所と将軍が上洛した際の居城とされた。伏見城代のもとには在番2組が置かれた(慶長6年(1601年)には旗本春日景定(2000石)が与力30騎を預かって大手門守衛を務め、慶長7年(1602年)には柘植清広が鉄砲足軽(同心)を預かって御門番を務めた)。