対抗宗教改革
パウルス3世の治世の最大の出来事であるトリエント公会議では、教会の組織的な問題を解決すべく枢機卿委員会が任命されたが、そこでは教義的な改革や、金儲けに走る司教たちや世俗にどっぷり浸かった司祭たちの問題、贖宥状の引き起こした混乱の解決、および財政的問題に関しては討議されなかった。その分を差し引いて考えても、1545年から1563年まで三会期にわたっておこなわれたトリエント公会議は、カトリック改革の頂点といえる出来事である。
公会議は、はっきりとプロテスタントの主張の一部を誤りであると定め、中世教会が保持していた基本構造ともいえる秘跡の思想、修道会と特定の教義の重要性を再確認した。教義においてはプロテスタントに対する一切の歩み寄りを示さず、従来の教義を再確認した。公会議の決定で重要なことは、救いにおける信仰と協働の関係を示し、伝承の重要性を認めたことである。パンとワインの聖変化がシンボリックなものでなく、真にイエスの体と血に変化すると考える「実体変化」の思想が、秘跡とともに支持された。また、宗教改革者が批判したカトリックの伝統的な信心である贖宥、巡礼、聖人や聖遺物への崇敬、聖母マリアへの信心などが霊的に意味のあるものとして再び認められ、この点でカトリック教会はプロテスタントにはっきりと一線を画すことになった。