下妻藩
藩主家が井上家に定着するまではあまり見るべきところはない。井上家は小藩さながらの悲しさから、早くから藩財政の窮乏化が始まる。これに対して第3代藩主・井上正辰は領民に重税を課したため、宝暦9年7月に農民による愁訴事件が起こり、それが幕府にも知られて治世不良のために出仕を拒まれることになるほどであった。その後は領内で洪水・旱魃が起こるなど治世は多難を極めた。このため明和年間より倹約や治水工事などが行なわれたが、あまり効果は無かった。
幕末においては、第13代藩主・井上正兼は水戸藩の天狗党鎮圧を命じられた。このとき、天狗党鎮圧のための追討軍本営が下妻に置かれたため、下妻陣屋は天狗党との激しい戦いの末に焼かれてしまった。慶応4年(1868年)の戊辰戦争においては、最後の藩主である正巳は新政府軍に与しようとしたが、旧幕府側からの圧力を受けて一部の藩士が会津藩との戦いで会津側に与したため、新政府からそれを咎められて改易に処されかけた。しかし藩の家老が懸命に弁明し、さらに佐幕派であった今村昇らを殺害したため、改易の危機をかろうじて免れた。