研究所
警察庁 科学警察研究所
水産総合研究センター 北海道区水産研究所 東北区水産研究所 中央水産研究所 日本海区水産研究所 国際水産資源研究所 瀬戸内海区水産研究所 西海区水産研究所 増養殖研究所 水産工学研究所
電子航法研究所
土木研究所
日本原子力研究開発機構(日本原子力研究所と核燃料サイクル開発機構が統合) 東海研究開発センター 原子力科学研究所 核燃料サイクル工学研究所 敦賀本部 高速増殖炉研究開発センター 原子炉廃止措置研究開発センター 大洗研究所 幌延深地層研究センター 東濃地科学センター 瑞浪超深地層研究所 人形峠科学技術センター 青森研究開発センター
量子科学技術研究開発機構(放射線医学総合研究所と日本原子力研究開発機構の量子ビーム部門と核融合部門が統合) 那珂核融合研究所 高崎量子応用研究所 関西光科学研究所 放射線医学総合研究所
日本貿易振興機構 アジア経済研究所
農業・食品産業技術総合研究機構
物質・材料研究機構 [:en](金属材料研究所と無機材質研究所が併合)
防災科学技術研究所
理化学研究所
労働安全衛生総合研究所
労働政策研究・研修機構 労働政策研究所
各研究所ごとに様々で、たとえば自然科学、人文科学、社会科学などの諸分野、あるいはそれらの中から細分化された特定の分野を対象にしたものが設立されている。また科学に限らず、様々な領域の研究所が存在している。
熊本大学・富山大学(共同設置)先進軽金属材料国際研究機構
札幌医科大学フロンティア医学研究所
会津大学宇宙情報科学研究センター
横浜市立大学先端医科学研究センター
名古屋市立大学 名古屋市立大学不育症研究センター 名古屋市立大学創薬基盤科学研究所
大阪公立大学 大阪公立大学数学研究所 大阪公立大学都市科学・防災研究センター 大阪公立大学附属植物園
和歌山県立医科大学みらい医療推進センター
兵庫県立大学自然・環境科学研究所天文科学センター
北九州市立大学環境技術研究所先制医療工学研究センター / 計測・分析センター
自治医科大学先端医療技術開発センター
慶應義塾大学パネルデータ設計・解析センター
昭和大学発達障害医療研究所
玉川大学脳科学研究所
東京工芸大学風工学研究センター
東京農業大学生物資源ゲノム解析センター
東京理科大学総合研究院火災科学研究所
野上記念法政大学能楽研究所
明治大学先端数理科学インスティテュート
早稲田大学 早稲田大学坪内博士記念演劇博物館 早稲田大学各務記念材料技術研究所
中部大学中部高等学術研究所国際GISセンター
藤田医科大学総合医科学研究所
立命館大学アート・リサーチセンター
京都芸術大学舞台芸術研究センター
大阪商業大学JGSS研究センター
関西大学ソシオネットワーク戦略研究機構
同志社大学赤ちゃん学研究センター