掃海隊群
2016年3月にはドーン・ブリッツ13演習で日本側の訓練統制官を務めた湯浅海将補が掃海隊群司令に着任、そして7月1日には、第1輸送隊および第1エアクッション艇隊が掃海隊群に隷属替えされた。またこの機会に群直轄艦及び第51掃海隊が廃止され、第1掃海隊を改編、第3掃海隊が新編された。このように水陸両用作戦への対応が進められた結果、当初は20名弱だった幕僚組織は、総勢50名以上にまで増強されている。
そして2018年12月18日に閣議決定された30大綱では、同大綱完成時にはMSC・MSOは計12隻に減勢し、これを補うためもがみ型護衛艦(30FFM)に機雷戦機能を付与して所定の機能を担保することとされた。掃海艦艇6個隊と30FFM 7個隊を2個群に編成することとされている。
2020年10月1日、部隊改編により、掃海管制艇「ゆげしま」・「ながしま」が除籍となり、第101掃海隊を廃止。掃海業務支援隊を廃止し、水陸両用戦・機雷戦戦術支援隊(略称:両機戦術隊(りょうきせんじゅつたい)、英称:Amphibious and Mine Warfare Center、英略称:AMWC)を新編。同隊は、従来の掃海業務支援に加え、水陸両用戦に関する戦術開発や、機雷掃討機能を持つ新型護衛艦「FFM」乗員への教育訓練なども行う。また、掃海隊群司令部は船越地区に完成した自衛艦隊司令部の新庁舎「海上作戦センター」に移転した。
2022年3月22日、多様な任務への対応能力を向上させた新型護衛艦(FFM=多機能護衛艦)もがみ型の2番艦「くまの」が就役し、直轄艦として編入、横須賀基地に配備された。同年4月28日、もがみ型の1番艦「もがみ」が就役し、直轄艦として編入、横須賀基地に配備された。