當麻寺
一方、剥離の際、紙に転写されたもの(印紙曼荼羅)は一部が表装されて残り、西光寺(京都市東山区清水坂)に所蔵されている。
根本曼荼羅は、製作から4世紀以上経った鎌倉時代にはすでにかなり傷んでいたようで、建保5年(1217年)には第1回の転写本である「建保曼荼羅」が制作された。この第1回転写本は京都の蓮華王院(三十三間堂)に収められ、後に當麻寺に戻ったというが、現存していない。2回目の転写本は法橋慶舜の筆で、文亀2年(1502年)に図柄が完成し、永正2年(1505年)に供養された「文亀曼荼羅」(重要文化財)、3回目の転写本は、貞享2年(1685年)の裏書がある「貞享曼荼羅」で、これらはいずれも織物ではなく絵画である。現在、當麻寺本堂(曼荼羅堂)の厨子に掛けられているのは文亀曼荼羅または貞享曼荼羅である。
根本曼荼羅は損傷が激しく、基本的には非公開である。ただし、ごく稀に博物館の特別展で公開されることがある。2013年(平成25年)4月から奈良国立博物館で行われた「當麻寺 -極楽浄土へのあこがれ-」展では30年ぶりに根本曼荼羅が公開され話題となった。2018年(平成30年)7月からも前回公開からわずか5年ぶりに修復作業が終わった根本曼荼羅が、奈良国立博物館で行われる予定の「糸のみほとけ」展で公開された。
平安時代末期、いわゆる末法思想の普及に伴って、来世に阿弥陀如来の西方極楽浄土に生まれ変わろうとする信仰が広がり、阿弥陀堂が盛んに建立された。この頃から當麻寺は阿弥陀如来の浄土を描いた「当麻曼荼羅」を安置する寺として信仰を集めるようになる。中でも浄土宗西山派の祖・証空は、貞応2年(1223年)に『当麻曼荼羅註』を著し、当麻曼荼羅の写しを十数本制作し諸国に安置して、当麻曼荼羅の普及に貢献した。
南北朝時代の応安3年(1370年)に京都知恩院12世の誓阿普観が当寺の境内に往生院(現・奥院)を創建し、それ以後は真言宗と浄土宗の二宗兼学の寺院となった。
江戸時代の宝暦年間(1751年 - 1764年)、真言宗僧のみで行われていた曼荼羅堂の法会参集に浄土宗僧の参加が認められるようになった。この頃には31の子院があったが、現在は13の子院が残る。