遺伝的連鎖
L O D = Z = log 10  probability of birth sequence with a given linkage value probability of birth sequence with no linkage = log 10  ( 1 − θ ) N R × θ R 0.5 ( N R + R ) {\displaystyle {\begin{aligned}LOD=Z&=\log _{10}{\frac {\mbox{probability of birth sequence with a given linkage value}}{\mbox{probability of birth sequence with no linkage}}}=\log _{10}{\frac {(1-\theta )^{NR}\times \theta ^{R}}{0.5^{(NR+R)}}}\end{aligned}}}
NR(non-recombinant)は組み替えの起きていない子孫の数で、Rは組み替えの起きた子孫の数を示す。分母に0.5を用いるのは連鎖していないアリル同士は50%の確率で組み替えが起きるためである(別の染色体上にある場合など)。'θ'は組み換え頻度を示す。
LODスコア (logarithm (base 10) of odds)はNewton Mortonによってで開発された。このスコアは 連鎖解析をヒトや動物、植物集団に対して行う際に、その統計的検定の計算結果として得られる。 LODスコアは、2つの座位が強く連鎖しているサンプルから得られたデータらしいか、それとも純粋に偶然にそのようなデータが得られたらしいのか、の二つの尤度の比を取ったものである。正のLODスコアは連鎖の存在を示唆し、 逆に負のLODスコアはこれらの座位が連鎖していなさそうであることを示す。 メンデル遺伝する形質間で連鎖が見られるか否かは、複雑な家系でも計算機を使ってLODスコアを計算すれば、容易に解析できる(この計算は形質間だけでなく、マーカーと形質間、2マーカー間でも可能)。
計算方法については Strachan と Read が詳細な手順を紹介しており、単純化すると以下のようなものである:
家系図を作成する
各組換え確率の予想値をたくさん用意する
各組換え確率でのLODスコアを計算する(0から0.5(連鎖していない))
最も高いLODスコアを与えた組換え確率を予想値として採用する
LODスコアは以下のように計算する