足利義晴
7月15日、六角定頼は将軍山城包囲中のさなか、秘かに義晴に使者を送って晴元との和平の仲介を行っている。定頼の背反により、義晴は為す術を失い、全面的にその要求を受け入れざるを得なくなった。
7月19日、義晴は将軍山城に火を放ち、城を出て近江坂本に向かった(『御湯殿上日記』『足利季世記』『続応仁後記』『長享年後畿内兵乱記』)。その後、21日に三好長慶や三好政長らの軍勢が天王寺の東・舎利寺において、氏綱、畠山政国、遊佐長教の軍勢に大勝した(舎利寺の戦い)。
7月29日、義晴は舎利寺の戦いの報告を伝え聞くと、定頼の仲介のもと、晴元と坂本で和睦した。近江が定頼の領国のため、表面上は晴元・定頼らの罪科を赦免とするという名目の下での和睦であった(『足利季世記』『続応仁後記』『厳助大僧正記』)。このとき、義藤は晴元と面会したが、義晴は晴元と面会しなかった。他方、この和解により、晴元の支援していた足利義維は立場がなくなり、同年12月に堺から淡路に退去し、四国へと戻った。
この一連の争いは、細川氏の内部にも大きな影響をもたらした。細川晴元は義晴・義藤父子、細川氏綱、六角定頼に為す術もなく、三好長慶とその舎弟の力を借りざるを得なかった。その一方、長慶は弟たちと協力し、京から義晴を退去させた自身の力量を見て、父の仇敵である晴元からの独立を考えるようになった。また、『細川両家記』には長慶がこの頃に範長から名を改めたことに関連して、政長・政生父子を晴元が成敗しない場合、自身が晴元を討ち果たす、内々の協議で決定したことが記されている。