窓口処理機
前述の通り、駅員が操作する前提で設計されていることを悪用し、2011年に、社員が他社線から職務乗車証で入場し、自社線内で出場した後に窓口処理機で入場記録を消去することで他社線に無賃乗車していた不正利用の事例が東日本旅客鉄道(JR東日本)や東海旅客鉄道(JR東海)で発覚しており、これを受けて各社では、職務乗車証で他社の自動改札を通過できなくする改修を行っている。
東京急行電鉄で行われた監査の結果、2014年に綾瀬駅発西日暮里駅経由の連絡普通乗車券に適用される特例措置を窓口処理機のプログラムに反映できていなかったため、窓口処理機で算出された不足賃を過剰に算出するというミスが判明し、改修が行われたという事案がある。