新潟駅
さらに、2018年4月15日から在来線高架ホームの一部開業(2 - 5番線)に伴い、在来線ホーム旧1 - 旧4番線が同年4月14日をもって使用停止され、連続立体交差事業の工事が進められる。その後高架ホーム1番線が2022年6月5日に使用開始、8・9番線は6月3日の終電をもって廃止。
上越新幹線は当駅より更に南東側へ、白新線にほぼ並行しながら高架橋が続いており、終端部には新潟新幹線車両センターが設けられている。
在来線コンコース(2022年9月)
在来線1・2番線ホーム(2022年7月)
在来線3・4番線ホーム(2022年7月)
在来線5番線ホームとのりかえホーム(2023年3月)
のりかえホーム改札(2023年3月)
新幹線11・12番線ホーム(2023年3月)
新幹線13・14番線ホーム(2023年3月)
キオスク(2018年8月)
駅弁屋(2018年8月)
直営駅(駅長・助役配置)で、周辺駅を統括管理する地区管理駅を兼ねており、信越本線のさつき野駅 - 越後石山駅間、白新線の東新潟駅 - 西新発田駅間、越後線の越後曽根駅 - 白山駅間の各駅 を管理する。
だが三新軒は2007年末を以って立ち食いそば事業から撤退し、旧4・5番線も一旦閉店。その後他の店舗同様NREの運営となり、店名も同じ「新潟庵」として2008年6月に営業を再開した。その後旧2・3番線、旧4・5番線の店舗は2009年春に閉店し、「いなほ」や「SLばんえつ物語」が発着することもあって島式ホームの中では最後まで残った6・7番線の店舗も、連続立体交差事業進捗に伴って2012年11月に閉店した。高架化後もしばらく旧1番線で新潟庵が営業していたがここも2018年11月30日をもって閉店し、在来線ホームから立ち食いそば店が消滅した。
その後改札内では新幹線ホーム13・14番線のみ残っていたが、こちらも2020年に閉店。万代口改札外にあった「やなぎ庵」も2020年9月27日をもって閉店し、新潟駅構内から立食いそば店は一時完全に姿を消した。その後新潟駅改装工事の進捗に伴い、2023年6月14日、西口改札並びに「やなぎ庵」が開店し、約二年半ぶりに新潟駅の立ち食いそば店が復活した。
1982年(昭和57年)頃まで、日本軽金属(日軽金)新潟工場、東洋瓦斯化学工業の専用鉄道(専用線)が存在した。
この専用線は越後線の白山駅 - 新潟駅間に並走する形で敷設され、信濃川橋梁の右岸東詰側(新潟方)手前付近から分岐し、信濃川に沿って日本軽金属新潟工場の敷地を通り、現在の平成大橋付近まで敷設されていた。東洋瓦斯化学、次いで日軽金が1980年(昭和55年)までに操業を停止したため廃止された。
また、1960年代中頃(昭和30年代後半)には上記専用線の下所島(現:中央区下所島)付近から、上所島(現:中央区上所三丁目)地内の新潟市中央卸売市場 構内へと分岐する引き込み線が建設され、1964年(昭和39年)末より 青果市場への鉄道輸送用として使用されたが、専用線の廃止に伴ってこの引き込み線の運用も停止され、線路も撤去された。
1984年(昭和59年)2月21日:コンピューター・トラベル・ガイド(旅コン博士)設置。
1985年(昭和60年)3月14日:直営店「ハローにいがた1号店・2号店」開店。
1986年(昭和61年) 8月1日:直営クレープ専門店「エルフィン」開店。 10月1日:直営「スナック&パブR」開店、昼は軽食喫茶店、夜は居酒屋。 11月1日:情報ステーション「ホットポット」開設及び直営ドーナツショップ「チャオ」開店。
1987年(昭和62年) 4月1日:国鉄分割民営化により、東日本旅客鉄道(JR東日本)の駅となる。 10月5日:直営のそば店「やなぎ庵」と海産物専門店開店。
1988年(昭和63年)9月:構内改良(ポイント整備工事)完成、これにより白新線と信越本線の同時入線が可能となる。
1989年(平成元年)3月30日:西側連絡通路が開通、歩行者・自転車の駅の南北往来が24時間可能となる。
1991年(平成3年)11月:新潟運転所が閉鎖、新津駅構内の新津運輸区へ移転。
1992年(平成4年)3月14日:指定券自動券売機設置(3台)。
1993年(平成5年) 2月8日:「びゅうプラザ新潟」開設。 3月18日:構内分煙化。
1998年(平成10年)12月:新幹線で自動改札機の供用を開始。
1999年(平成11年) 7月27日:駅ビル「PATIO東」がオープン。 12月17日:ISO9001認証取得。
2000年(平成12年) 6月30日:南口駅舎で南中央口の暫定供用を開始。 12月22日:駅ビル「PATIO万代」がオープン。
現在事業中の第2期(2009年 - 2021年)においては、在来線の連続立体交差化を実施。在来線ホームは新幹線ホームと同じ3階に移設され、3面5線の高架ホームとなる。ホーム本数が減少するのに伴って、信越・白新線の新潟駅 - 上沼垂信号場間には留置線が1本増設される。越後線・新潟 - 白山間は信濃川橋梁の新潟方手前までが複線化され、西跨線橋の新潟方手前の高架上に留置線が4本新設される。また白山駅も改築され、ホーム下に駅舎を移設して南北間の自由通路を設け、ホームを1本増設して2面3線とするなど輸送力の増強が図られる。
2011年10月から翌年11月にかけて複数回の線路切り替え工事が行われ、信越線・白新線の仮線化および1面2線の仮設ホーム(8・9番線)の設置が行われた(ホームの変遷については#のりばを参照)。また、越後線側では上所島・新上所島両跨道橋の複線桁への架け替えが行われ、2013年には白山駅の3線化が竣工した(詳細は白山駅 (新潟県)#白山駅周辺整備事業を参照)。
かつて旧万代口駅舎時代には立ち食いそば・うどん店が改札内外に出店しており、改札内にはすべての在来線ホームと新幹線の13・14番線にNREの運営による「新潟庵」が、改札外の旧万代口1階にJR東日本新潟シティクリエイトの運営による「やなぎ庵」、CoCoLo万代地下1階に「手打うどん さぢみ」があった。かつては西口改札前にも前述の「新潟庵」が出店していた。
改札外店舗のうち旧万代口側の2店舗は共に特徴があり、「やなぎ庵」には中華麺とチャーシュー、メンマなどラーメンの具材に、冷した和風のつゆをかけた「冷しラーメン」がある。一方の「さぢみ」は手打ち風(機械打ち)のコシの強いうどんが特徴で、生地は注文の状況に合わせてその場で打ち上げられていた。
1990年代半ばから2007年まではNREが小嶋屋(新潟県十日町市、十日町小嶋屋)と契約し、同社のブランドによる「NRE雪中庵」を店名としていた。西口改札前の店舗は2000年代前半に新設されたものである。
旧在来線地上ホーム上の店舗のうち、旧4・5番線の店舗だけは当駅で駅弁を販売する三新軒が運営し、特にブランド名は冠していなかった。