アリー・ムハンマド・ゲーディ
2006年2月、暫定連邦政府はバイドアに拠点を移した。同年3月、アメリカの支援を受けた首都モガディシュの軍閥連合平和の回復と対テロ同盟(英語版)(ARPCT)とイスラム武装勢力イスラム法廷会議(ICU)との間に戦闘が起こり、6月初めにICUが勝利した。
その6月、ゲーディはARPCTの軍閥の長ら4名を、政府の停戦命令を無視したとの理由で暫定連邦政府の閣僚から罷免した。この罷免は、暫定連邦政府がイスラム法廷会議と協力関係を結ぶための布石として行われたとする説もある。