ファーティマ朝海軍
次の数十年間のファーティマ朝海軍の活動についての情報は僅かであり、シリアでのビザンツ帝国のとの紛争期という短い武力衝突以外には、全般的に海軍は活動的でなかったようである。これは、ハムダーン朝のアレッポ首長国 (Emirate of Aleppo) の支配をめぐる992年–995年の武力衝突がその実例だった。結果として、マンジュタキン(英語版)が指揮するファーティマ朝部隊に補給を輸送したのに加え、993年の5月頃にアレクサンドリアに現れたビザンツ艦隊と争うためにファーティマ艦隊は動員された。この戦闘でファーティマ朝は70名の捕虜を得た上、次の年には海上攻撃を始め、6月頃に100名の捕虜と共に帰投した。
995年のアレッポでのマンジュタキンによる打倒後、カリフのアズィーズは新たな艦隊建設を含む大規模な再軍備を始めた。16隻の新しい艦船が建造され、2年前に発注された18隻に加わった。しかし、町の触れ役が乗組員に乗船するよう呼び掛けた996年5月15日、発生した火災が6隻の船殻を除いた艦隊と集められた貯蔵物資を破壊した。武器庫で雇われていたビザンツの戦争捕虜や、都市に居留地を持っていたアマルフィからの商人による破壊工作が疑われた。都市のキリスト教コミュニティに対する虐殺の結果、170名が殺された。
イスラムの草創期の時代には、カリフや自立した首長国の海軍は似たような方針に従い構築された。一般的に、艦隊 (al-usṭūl) は艦隊司令 (rāʾis al-usṭūl) と複数の将校 (quwwād, 単数形は qaʿīd') の指揮下に置かれたが、武装と操舵を管理した主席将校が海軍兵の指揮官 (qaʿīd al-nawātiya) であった。乗組員は海軍兵 (nawātiya, 単数形は nūtī)、漕ぎ手 (qadhdhāf)、工員(dhawu al-ṣināʿa wa'l-mihan)、発火性物質 (naffāṭūn, ナフサ) の配備と共に襲撃する人員を含む、艦上戦闘や上陸作戦のための兵士で構成された。
イフリーキヤ時代には、ファーティマ朝海軍の本部基地と武器庫は港湾都市マーディアにあった。916年にアル=マーディ・ビラー (al-Mahdi Billah) により創設されたマーディアではかねてより存在した、岩を削ってポエニ人(英語版)が造った港が利用されていた。港はファーティマ朝により修復されたことで艦船30隻分の空間が作られ、複数の監視塔と入口を横切る鎖により守られた。直ぐ近くの武器庫 (dār al-ṣināʿa) は、伝えられるところに拠れば200もの船体のためのシェルターを備えた。
しかしながら957年、バシル (Basil) 提督のビザンツ軍がパレルモ近郊のテルミニを襲い、アル=ハサンは艦隊が消滅し乗組員の多くが死亡したマツァーラ沖の嵐で大損害を被った。生存者はビザンツの攻撃を受け、艦船12隻が破壊された。957年の秋に停戦条約を更新するためのアルギュロスの別の取り組みは失敗したが、アンマールが死亡した嵐によりファーティマ艦隊が再び破壊された後、ムイッズは958年に更新された5年間の停戦条約のためにビザンツの提案を受諾した。
クレタ島回復のため960年にビザンツ帝国によるカンダクス包囲戦が始められたが、ビザンツとの停戦は維持された。クレタ島のアラブ人はファーティマ朝とエジプトのイフシード朝に支援を仰いだ。ムイッズはビザンツ皇帝ロマノス2世に、遠征軍が呼び戻されなければ報復すると脅す書簡を出し、エジプトの支配者アブー・アル=ミスク・カフル(英語版)には、961年5月のバルカで海軍を連合させ共同作戦を始めることを呼びかけた。もしカフルが断っていれば、ファーティマ軍は単独での進軍を主張しただろう。ファーティマ朝の意図を疑っていたカフルはその共同案を拒んだが、実際にムイッズの提案は、彼が異教徒に対するジハードの擁護者として自らをアピールしようとするのと同時に、スンニ派のアッバース朝とのプロパガンダ戦争における大衆消費のため、大部分が故意の始めから計算された素振りであった可能性は非常に高い。
海軍の全体的な責任は、序列内でもかなりの高位職であった海軍司令官 (ʾamīr al-baḥr) にあるとされたが、その管理は特徴的にディヴァン・アル=ジハード (dīwān al-jihād) と名付けられた特別な部署 (ディヴァン) に委ねられた。海軍は、その目的のために確保された特殊な不動産からの歳入により賄われた。総員は凡そ5000名に達し、陸軍のシステムに似た海軍の階級システムで分類され、給与体系は月当たり2、5、10、15、20枚のディナール金貨(英語版)で支払われた。更に、ファーティマ艦隊は艦上戦闘のために海軍歩兵の常備軍を有していた。少なくとも、カリフのために機動演習や作戦演習等を誇示した入念な観艦式の報告が兆候であるならば、艦隊はよく訓練されていたようである。理論的基礎に基づいた海軍戦術研究の証拠もあり、ビザンツ軍の教練書(英語版)に似た海軍の教練書の一部が残っている。一方で、アル=カルカシャンディーにより伝えられた数字が現実に近づくとすれば、そしてガレー船が必要とした人員を考慮すれば、史料で伝えられた5000名は大艦隊の乗組員として働くには不十分だった。これは動員時に、複数の史料により実際に示されている、やや海軍の結束や有効性を十中八九損なった民間船員の広範囲な徴兵が行われたことを意味する。更に、ファーティマ朝海軍の強みは、比較的少ない海運業人口しか持たない小さな海岸や、本来なら13世紀に完了する筈の、王朝が進める森林伐採による十分な木材の不足という、エジプトそのものの制約により妨げられた。これはレバントの材木、特にレバノン山脈への依存をより大きくしたが、十字軍の襲撃によってこれらへのアクセスは失われた。