メーサー兵器
木曽川でのL作戦でメーサー車が水平に樹木を切り倒すシーンは、木に火薬を仕込み、光線が触れるタイミングで着火させている。これは本番直前に特撮監督の円谷英二が思いついたものであり、本多も喜んだという。美術の井上泰幸は、とても効果的で驚いたが打ち合わせ段階では出ない案だったため、現場は大変であったと述懐している。合成を担当した川北紘一も、ランダムな着弾に光線を合わせるのに苦労した旨を語っている。
『サンダ対ガイラ』では合成スタッフを務めていた特撮監督の川北は、後年にビデオ『東宝特撮未使用フィルム大全集』制作の際に『サンダ対ガイラ』でのメーサー殺獣光線車の未使用フィルムを多数発見し、当時の撮影で時間をかけて撮影されていたことを認識したという。
『サンダ対ガイラ』の宣伝資料として、メーサー殺獣光線車各部の詳細な設定が公開されていた。
『ゴジラ対ガイガン』での光線発射シーンは『サンダ対ガイラ』からの流用であるが、新撮部分にも同じ光学合成を施して自然につながるよう編集されている。流用部分では、ガイガンやメガロが逃げ回るシーンにガイラが映っている。
『サンダ対ガイラ』の映画公開年度(1966年)の末尾2ケタを取って66式メーサー殺獣光線車という名称を商品名とする玩具などが発売されている。
暴れ回るガイラを細胞組織レベルで殲滅できる兵器として、木曽川付近で実施された「L作戦」のために出撃し、その後の晴海埠頭周辺での防衛戦も含め、ガイラをあと一歩のところまで追い詰める。