ディプロモナス
ディプロモナス亜目 Diplomonadina ヘキサミタ科 Hexamitidae - 細胞がカリオマスティゴント2つからなる。 ヘキサミタ亜科 Hexamitinae - 細胞口が2つある。Trepomonas、Trigonomonas、Gyromonas、Hexamita、Spironucleus の5属があり計30種以上が知られている。 ジアルジア亜科 Giardiinae - 細胞口がない。Octomitus、Brugerolleia、ジアルジア Giardia の3属に10種以上が知られている。
しかし1990年代以降の遺伝暗号表の研究や分子系統解析では、カリオマスティゴントの数よりも細胞口の有無の方がより上位の分類形質であるという結果になっている。まずジアルジア亜科では普遍暗号表を用いていて祖先的であるのに対し、ヘキサミタ亜科では普遍的には終止コドンであるはずのTAAおよびTAGがグルタミンを指定している。一方分子系統解析で、エンテロモナス類はヘキサミタ亜科のうちHexamita属に非常に近縁であることが示されている。したがって従来の仮説とは全く逆に、ジアルジア類が祖先的で、そこからヘキサミタ類が生じ、その中で「半分に」なったのがエンテロモナス類ということになる。このため、上に示した分類体系は、こうした研究成果を反映して組み換えられた。