湖西線
1991年(平成3年)9月14日:北陸本線米原駅 - 長浜駅間直流電化に伴う車両運用変更により、永原駅 - 近江塩津駅間を跨ぐ普通列車が気動車から交直両用電車に変更。近江今津駅 - 近江塩津駅間を平均約10分短縮したほか、近江塩津駅構内配線変更により長浜方面との直通列車が運転開始。
1994年(平成6年)9月4日:叡山駅が比叡山坂本駅に改称。
1996年(平成8年)3月16日:新快速を再び京都駅 - 近江舞子駅間で快速運転に戻し、近江今津駅(1往復のみ永原駅)まで運転区間を延長。朝ラッシュ時に敦賀発近江今津行きの普通と接続する同駅始発大阪行き快速を1本新設し、こちらは新快速よりさらに停車駅を削減。そのため臨時延長運転以来長く続けられてきた比良駅と志賀駅が通常の新快速停車駅から外される。207系電車が湖西線に初めて乗り入れる(同年7月20日で廃止)。
1997年(平成9年)3月8日:夕方18時台の京都発永原行き普通1本が快速(停車駅は新快速と同じ)に変更され、大阪方面からの新快速と接続。
1999年(平成11年)2月26日:山科駅 - 小野駅の各駅が「Jスルーカード」の利用エリアになる。
2002年(平成14年) 3月23日:和邇駅 - 近江舞子駅の各駅が「Jスルーカード」の利用エリアになる。雄琴駅(現在のおごと温泉駅)が快速の停車駅になる。 12月2日:女性専用車が導入される。