サン・ピエトロ大聖堂
グレゴリアーナの礼拝堂『救いの聖母の祭壇』(コンスタンティノポリス総主教ナジアンゾスのグレゴリオスの遺体を安置)
グレゴリアーナの礼拝堂『教皇グレゴリウス16世のモニュメント』
クレメンティーナ礼拝堂– ジャコモ・デッラ・ポルタ
クレメンティーナ礼拝堂のモザイク『布の奇跡』– アンドレア・サッキ
クレメンティーナ礼拝堂『教皇ピウス7世のモニュメント』– アルベルト・トロバウゼン
モザイク『聖ヒエロムニスの聖体拝領』– ドメニキーノ
『キリストの変容』– ラファエロ・サンティ
『聖バシレイオスの祭壇』
『教皇ベネディクトス14世のモニュメント』
『教皇ピウス8世のモニュメント』
『ブジーアの祭壇』
聖ベンチェスラオの祭壇の祭壇画 – アンジェロ・カロセッリ
聖プロチェッソとマルティアーノの祭壇のモザイク『聖プロチェッソとマルティアーノの殉教』 – ジャンボローニャ
聖エラスムスの祭壇のモザイク『聖エラスムスの殉教』 – ニコラ・プーサン
聖トマスの祭壇モザイク『聖トマスの不信』 – ヴィンチェンツォ・カムッチーニ
聖シモンとユダの祭壇のモザイク『聖ヨセフ』 – アキッレ・フーニ
聖ペテロの祭壇の祭壇画『聖ペテロの磔刑』 – グイード・レーニ
『教皇クレメンス13世のモニュメント』 – アントニオ・カノーヴァ
小舟の祭壇
『アレクサンデル7世墓碑』 – ジャン・ロレンツォ・ベルニーニ
『聖なる心の祭壇』
聖ミカエルの礼拝堂の祭壇画『聖ミカエル』 – グィード・レーニ
コロンナの礼拝堂『聖母像』
コロンナの礼拝堂『教皇レオ1世とアッティラの出会い』 – アレッサンドロ・アルガルディ
しかし財政が好転したわけではなく、別な名目で得たスペインからの拠出金を流用したり、免罪符の許可などで賄った。さらには、石材をフォロ・ロマーノから切り出す事まで許可し、古代ローマの遺跡破壊をもたらした。
ラファエロが亡くなった1520年にカポマエストロ(主任建築家)を継いでいたサンガッロは、建築が活発になりだした1538年頃から8年間にわたり工事を統括した。彼は集中式ギリシア十字形プランとパジリカ的なラテン十字形プランの折衷的な案を提示した。これは、集中式プランの前面に凱旋門風のファサードをつけ、内部にもデアンブラトーリオ(周歩廊)を設けるなど複雑なものだった。彼は自分の案を元に7.3×6.0mの木製モデルを製作させたが、それから分かる計画は、2本の高い塔や細々した装飾に過剰なまでに凝ったものだった。この計画は当初から反対意見があったが、最終的に承認された。しかしながら、1546年に亡くなったサンガッロが残した業績は、この「指物細工の傑作」と言われる木製モデルと、大聖堂の床を3m高く変更し、後年に地下礼拝堂を建設できる余地を生んだ程度に終わった。
サンガッロの死後、後任にはジュリオ・ロマーノが選ばれたが直後に世を去り、ついにミケランジェロ・ブオナローティに白羽の矢が立った。このとき彼はすでに71歳と高齢で断ったが押し切られ、それからは超人的な能力でこの計画を押し進め、根本的な解決案を作成した。彼はまず、ラテン十字のプランをブラマンテの計画した集中式プランに改編し、 主ドームを支える柱の肉厚を増すとともに、 サンガッロのプランが採光に難を抱えていた点を指摘して出来上がっていた工事部分の2/3を破壊してまで建物の輪郭を縮小した。こうして彼は、工事の規模自体を縮小してコストを切り詰め、造営工事の進捗を促したのである。
身廊ヴォールト架構は1614 年末に完成、翌年には新旧聖堂を分けていた壁が取り払われ、4月12日に新しい聖堂へ立ち入ることができるようになった。しかし、最終的な献堂式はウルバヌス8世によって1626年に行われている。マデルノによる計画は、初期キリスト教建築に遡る伝統的なバシリカではなく、レオン・バッティスタ・アルベルティが設計したマントヴァのサンタンドレーア聖堂と同じ、両側に小礼拝室を備えた単廊式教会堂に近いものである。予定では、正面ファサードの両側には塔が建設されるはずであったが、現在では下部構造(ファサードの一部と化している)のみに止まっている。
内陣の青銅製大天蓋(バルダッキーノ(イタリア語版))は、ウルバヌス8世の命を受けたジャン・ロレンツォ・ベルニーニが設計・制作した。これは1624年に着手され、1633年に完成した。バルダッキーノのねじれ柱は、旧サン・ピエトロ大聖堂のパーゴラに使われていた初期キリスト教時代の円柱を再現したもので、巨大な大聖堂の中心部に視線を集中させる効果を持つ。またベルニーニは、聖堂中心の4つの柱に、4つの聖遺物(ロンギヌスの槍の穂、聖女ヘレナの聖十字架の断片、聖ヴェロニカの布、聖アンデレの頭部)を安置する祭壇を設け、その下に縁の人物像を配した。
ベルニーニに与えられた次の仕事はマテルノが設計したファサードの鐘塔だった。既に基礎のベイは造られていたが、実は地盤の弱さが指摘され中止されていたものだった。ベルニーニは円柱を多用した設計案を元に1638年から工事を開始し、1641年には左側の塔2層目までを完成させた。
『スウェーデン女王クリスティーナの墓碑』 – カルロ・フォンターナ
『教皇レオ12世の墓碑』
奉献の礼拝堂の祭壇画『マリアの神殿への奉献』 – ジョヴァンニ・フランチェスコ・ロマネッリ
『マティルデ・ディ・カノッサ伯爵夫人の墓碑』 – ジャン・ロレンツォ・ベルニーニおよびアンドレア・ボルジ
『教皇ピウス10世のモニュメント』 – フロレスターノ・ディ・ファウスト
コーロ礼拝堂祭壇画『無原罪のお宿り』– ピエトロ・ビアンキ
『教皇グレゴリウス13世のモニュメント』
『教皇グレゴリウス14世のモニュメント』
『教皇レオ1世のモニュメント』– アレッサンドロ・アルガルディ
『教皇インノケンティウス11世のモニュメント』– ピエトロ・ステファノ・モンノ
身廊壁龕の像(向かって右側)『聖ペテロ』『アビラの聖テレサ』『パウルの聖ヴィンセント』『聖フィリッポ・ネリ』
身廊壁龕の像(向かって左側)『アレクサンドリアの聖ペテロ』『聖カミッロ』『聖イグナティオ』『パオラの聖フランチェスコ』