阪神2000系電車
2006年からは2009年3月20日からの西大阪線(現・阪神なんば線)難波延長に伴う近畿日本鉄道奈良線との相互直通運転に備えて、バンドン式密着連結器から廻り子式密着連結器への換装を開始、本系列でも2205Fより連結器の換装を実施された。
2006年には1000系が登場し、2007年10月に営業運転を開始した。この代替として2203Fが2008年2月26日付で廃車となり、2000系では震災以来初の廃車となった。
2209Fは山陽電鉄の東二見車庫で留置されていたが、2009年に廃車となった。同年にはラストナンバーの2215Fが廃車となり、2000系からユニット窓車の編成が消滅した。2010年2月には1000系1211Fの代替として2205Fが廃車となり、この時点で2000系の残存車は6両編成2本の12両のみとなった。
その後も1000系への置き換えが進められ、最後まで残っていた2211F・2207Fも2011年6月に運用を離脱した。同年7月1日付で2211Fが、9月5日付で2207Fがそれぞれ廃車となり、2000系は全廃となった。2000系の運用離脱により、副標を貫通扉に掲出する編成も消滅した。
本系列は8701・8801・8901形とともに、山陽姫路方面・近鉄奈良方面いずれにも対応していなかったことから、早期廃車対象とされた。