ヤマトよ永遠に
地球防衛軍の司令長官。地球占領後も暗黒星団帝国に対して毅然とした態度を崩さず、反感を買い処刑されかけたところを古代守に助けられ逃亡。パルチザンに参加する。ヤマトに望みをかけつつ、自身もパルチザンの指揮官として占領軍に対し反攻作戦を行っており、ほとんどヤマトを後ろから援助するだけだったこれまでの作品とは異なる活躍を見せている。
劇中では明かされないが、本作で名前が「藤堂平九郎」と決められた。
デスラーが登場しなかった唯一の作品であり(ただし、回想シーンに登場)、これまでヤマトに乗艦し古代進の傍らでともに戦ってきた森雪は、本作品では敵によって負傷したために地球に残留し、地球からヤマトの戦いを支援している。代わりにヤマトに乗艦するヒロイン的な役を、古代進の兄・守とスターシアの娘であるサーシャが務めている。
デザリアム(未来の地球)崩壊のイメージシーンにおける女性は、作画と髪の動きにシャープさが求められた結果、全てハンドトレスで描かれている。
水晶都市へ波動砲を撃つシーンでは、古代役の富山と真田役の青野がアフレコで泣き出してしまい、そのまま収録を行っている。
本作では楽曲が多くなったことで、宮川泰が「猫の手も借りたい」と実子の宮川彬良(当時浪人中)に助っ人を頼んだ。暗黒星団帝国のモチーフを渡され、戦闘シーンの曲を書くことになったが苦戦。「結局、1曲作るのに一週間も掛かった。その間に父は何十曲も作ってた」と回想するほど。その曲は戦闘シーンの尺や画面に合わせて曲調が目まぐるしく変化するもので、普通の作品ならば満足な内容だったが、プロデューサーの西崎に「これはヤマトの曲じゃない」と指摘され、敢え無く没となった。宮川彬良のヤマト音楽作曲デビューは、次回の「宇宙戦艦ヤマトIII」に持ち越される。
2019年5月4日(土)放送のクローバーラジオ特別番組「ラジオ・スイート さらば宇宙戦艦ヤマト」の番組内で「降下兵の奇襲」と「反撃」が宮川彬良氏作曲だったことが判明する。また、本作未使用曲である「反撃」は、オールナイトニッポンのラジオドラマ『宇宙戦艦ヤマト 完結編』や『宇宙戦艦ヤマト 復活編』で使用された。
元ヤマト工作班長。長官からヤマトを任され、山崎奨とともに小惑星イカロスに秘匿されているヤマトの大規模改装を行っていた。古代たちと合流した後は再び工作班長としての任に就く。
古代守からサーシャを預かって1年間育ててきており、いわば彼女の育ての親でもある。そのため彼女への情は進と同じくらいに深く、進がサーシャごと敵母星を撃つことをためらった際には、自身も同じように辛いことを伝えながらも、彼を説得しようとした。戦いが終わった後は、サーシャから育ててくれたことに対する感謝の意を告げられている。
松本零士の初期の構想では、前作から300年後を舞台とし、古代進ら宇宙戦艦ヤマトクルーたちの子孫たちを登場させるという案が考えられていた。 その後作成された松本案では舞台は前作から数年後となり、キャラクターもそれなりに年を重ねていることになっていた。主人公たちの思いとは裏腹に、地球は極端な機械化をおし進め、誤った道を歩みだしているという舞台設定があった。事故を起こした古代が、人間が宇宙船を操縦するなんてもう時代遅れだと陰口をたたかれる、入院した病院で医者の代わりに機械が治療をしている姿をみて、ここでも機械かとつぶやくなど、かなり顕著に現れている。
実際に制作された本編では、基本的にそうした描写は削除されている。しかし物語序盤で、地球防衛軍「無人艦隊」のあっけない敗北・挫折という展開で、機械化・自動化に頼り切ることの脆弱性と限界が表現されている(劇場版前作である『さらば宇宙戦艦ヤマト 愛の戦士たち』においても、デスラーらによるアンドロイド兵の使用とその敗北という形で既に描かれているモチーフであるほか、本作と相前後して制作された松本零士の『銀河鉄道999』においても、行きすぎた機械化がもたらす悲劇や残酷性・非人間性に対するアンチテーゼが主題の一つとされている)。