999号
↑ 原作ではスハ43系のスハフ43(スハフ43 1 - 3)を模している描写がほとんどである。また、劇場版第3作『エターナル・ファンタジー』では、鉄郎が車内を歩くシーンで車両番号にGE-999オハ61 819とあった。
↑ 原作アンドロメダ編やそれを原作として描かれるテレビアニメ版では、客室窓が2段窓になっているが、これは旧くは「電車窓」と呼ばれ、旧型客車の採用事例は(被災した電車から改造された戦災復旧車70系を除けば)皆無であり、10系以降の軽量新世代車両を含めても、採用したものは12系と50系、それに大井川鐵道のSLかわね路号用の一部車両(西武鉄道の旧形電車からの改造)のみである。宝島社「銀河鉄道999 PERFECT BOOK」にも同様の記載がある。
↑ 劇場版1作目ラストで999が地球を去っていく場面など。
↑ どこの星や宇宙ステーションにあるのかは不明だが、司令所で5~6人の運輸司令が999号の状況について会話するシーンも登場する。司令員個々の顔は見えない
↑ ロマンアルバムによれば「知力燃料」、宝島社「銀河鉄道999 PERFECT BOOK」では「ウラン燃料らしい」とも
↑ C62形は総数49両のため50号機は実在しない
↑ 原作での牽引機は48号機だが、『二重惑星のラーラ』で3重連になった際の2両の前補機のうち、前部の車両が50号機である。
第36話「大酋長サイクロプロス」ではリーマン星へ行く急行列車として登場している。『銀河鉄道物語』13話に登場した時、SDFに復帰する為に有紀学が本列車に間違えて乗車したが、そこで夢を失った旧友の昴と再会したものの、アルフォート軍の襲撃に巻き込まれてしまう。しかし、学の奮闘と、気力を取り戻した昴や車掌によって列車は守られ、ビッグ1に救助された。
↑ 運転区間(トレーダー⇔ニケ⇔オリオン⇔アルデバラン) 銀河の中でも安定した場所を通ることから、別名を銀河観光線ともいう。弁慶号の様なアメリカ風蒸気機関車列車がデザインモチーフ。車軸配置は2Bのテンダー式で、カウキャッチャーや大型の煙突が特徴。惑星間通勤路線。TV版第9・10話「トレーダー分岐点」では野の花線の普通列車として登場している。また鉄郎が999号以外の列車に乗車したのはこの列車が唯一である。車内は、通勤電車等にみられる、ロングシート車である。
↑ 運転区間(地球⇔トレーダー⇔アンドロメダ) 全9種類の車両中、最高速度が最も速く、推力も最も強い車両である。そのためか最も距離の長い(行先不明の謎の外銀河線は除外)大銀河本線に充当されている。この列車には他の列車にあるような「○○9号」といった別名はなく、そのまま「スリー・ナイン号」と呼ばれている。鉄郎やメーテルの所有している999号の定期券(地球⇔アンドロメダ)には「オリオン・プレアデス経由」と表記されているが、999号の停車シーンは存在せず、停車駅を公式に定めた『銀河鉄道大時刻表』においても、オリオン及びプレアデスには停車しない。また109話・110話「メーテルの旅(前後編)」では、ワープした際に別の時代の999号と遭遇している。
ナンバーはC62 50、正面のナンバープレートが黄色地に黒文字で、商品化された際に最も再現されにくい。デフレクターに黄色いGE999(Galaxy Express 999の略)の文字と、ヘッドマークが赤地に黄色の角ばった999の文字、炭水車にオリジナルのマーク(ゾロ目の優等列車がつける共通のもの)がある。
最後尾に連結されており、原作の後半と劇場版で登場している。基本的に展望車は1等車であるとされるが、公式設定上では単に『展望車』とされており、『1等展望車』とは記述されない。展望車のモデルは、特急「つばめ」「はと」に使用されたマイテ49形展望車、マイテ58形展望車と言われており、マイクロエースから発売されたNゲージ銀河鉄道999セットではマイテ58形が同封されている。また、台車は劇場版及び原作アンドロメダ編ではTR47形台車様のウィングバネ式2軸台車が描かれているが、このような形式は存在しない。原作エターナル編ではマイテ49・マイテ58が装備していたTR73形様の3軸台車となっている。
なお、劇場版で連結されている展望車は2作目の『さよなら銀河鉄道999』で戦闘衛星に撃墜され、サイレンの魔女に吸い込まれている。3作目の『エターナル・ファンタジー』ではメタノイドの自爆行為によって展望車を含め、後部車両の数両が破壊された。
またこの車両とは別に、2階建て中間車両として展望車が設定されたことがある(「パノラマ車」とも呼ばれたが、劇中には登場しない)。
座席車と個室車が存在。
リクライニングシート装備車両は内装はより新世代の車両を模している。モデルは、特急「つばめ」「はと」に使用された二等車スロ60形と言われている(実車もリクライニングシートを備えていた)が、劇場版第1作で描かれた車内は、樹脂製もしくはアルミデコラの化粧板による近代的な内装に蛍光灯照明で空調ダクトが配置されており、サロ481形もしくはサロ183形を連想させるものであった。
ただし、この車両を(3等級制での)2等車あるいは(モノクラス制での)グリーン車と称する場合もある。
同じく劇場版第1作で、個室車の存在が描かれている。ただし、等級については明記されていない。
原作1巻第5話「大盗賊アンタレス」では、一等車の車内が描かれているが、この時の一等車は二等車と同じくボックスシートになっている。アンタレスに銃で撃たれた乗客が鉄郎たちに助けを求めて来たときに、メーテルが「一等車の......グリーン車のお客さんだわ」と言ったり、TV版第42話ではフィメールが車掌から食事のサービスを受けているシーンがある。また『銀河鉄道大時刻表』では、列車編成には1等車と記載されているが、時刻表にはグリーン車のマークが付けられている。
松本作品においては、発表時期により解釈・設定が変更されているところもあるので、注意を要する。