東京駅
JR東海東海道新幹線はJR東日本の新幹線の隣の東側(八重洲寄り)にあり、その部分は自社管理区域となっていて標識のフォーマット、各種宣伝や広告などもJR東海のものである。
専用改札口は八重洲改札と、JR東日本の新幹線と並んで設置されている日本橋改札他全部で5か所がある。丸の内側からはJR東日本の在来線改札内経由(中間改札)で改札内に入れる。八重洲口を含めた出口・駅舎はJR東日本の所有のものを共同使用する形となっている。また一部の改札口には自動改札機が設置されていない。東海道新幹線とJR東日本の新幹線とを直接繋ぐ乗換口もあるが、JR他社同士で直通列車がなく、システムが統一されていないためICカード(EX-IC、Suicaなど)は利用できない(在来線乗換口を2度経由すれば利用可能)。
新幹線南乗換口の出改札業務、中央乗換口の出札業務は新幹線メンテナンス東海に委託している。
商業施設はホーム上にほぼ限られているが、2006年2月22日のJR東海社長の定例会見で「新幹線改札口を5か所から6か所に増やす」「内装や外装を全面的にリニューアルする」などの旨を明らかにしている。2012年1月に工事は完了し、2月25日より「八重洲南口改札」として開設した。また、同時に「八重洲中央口改札」の名称が「八重洲中央北口改札」に変更された。
ホームの中央にエレベーターが1台設置されている。
構内北端が東京メトロ東西線と地下でつながっている。
仮の修復だったが、当時の鉄道省や大林組の努力で日本の中央駅として恥ずかしくないデザインで修復をした逸話が伝えられている。
一方、八重洲口には、1948年(昭和23年)11月16日にモダンデザイン建築の八重洲駅舎が竣工したが、翌1949年(昭和24年)4月29日に失火で焼失。1954年(昭和29年)10月14日に鉄道会館ビルが建てられ大丸が開業した。外堀が埋め立てられて、呉服橋、八重洲橋、鍛冶橋が解体撤去された。
なお、この鉄道会館ビル建設と前後して、丸の内駅舎も更地にして、跡地に24階建ての高層ビルを建設する構想が存在した。ビルのテナントとして外国の領事館や大手商社が入居し、更に丸の内と八重洲の東西を貫通する高速道路を整備するという壮大なプロジェクトであったが、プロジェクトの中心人物であった国鉄総裁の十河信二が1963年(昭和38年)に退任したこともあり、この構想は幻となった。
基本的に構内(改札内)は全面禁煙であるが、各新幹線ホーム上に喫煙コーナーおよび喫煙ブースが設置されている。
また改札外であれば、丸の内車掌区(丸の内地下北口)横、東京駅一番街(八重洲地下中央口)などに存在する。
東北・山形・秋田・北海道・上越・北陸新幹線 東京駅 - 上野駅
東海道線・ 上野東京ライン(宇都宮線・高崎線・常磐線) 特急「踊り子」「サフィール踊り子」「湘南」・寝台特急「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」発着駅、特急「ひたち」「ときわ」停車駅 ■快速「ラビット」「アーバン」(東海道線内は普通)・■普通・■(常磐線)特別快速・■■(常磐線)快速 上野駅 (JU 02) - 東京駅 (JU 01・JT 01) - 新橋駅 (JT 02)
京浜東北線 ■快速 浜松町駅 (JK 23) - 東京駅 (JK 26) - 神田駅 (JK 27) ■各駅停車 有楽町駅 (JK 25) - 東京駅 (JK 26) - 神田駅 (JK 27)
山手線 有楽町駅 (JY 30) - 東京駅 (JY 01) - 神田駅 (JY 02)
中央線(快速) 特急「あずさ」「かいじ」一部発着駅、特急「はちおうじ」「おうめ」発着駅 ■特別快速「ホリデー快速おくたま」・■通勤特快(以上は到着列車のみ)・■中央特快・■青梅特快・■通勤快速(平日下りのみ)・■快速 東京駅 (JC 01) - 神田駅 (JC 02)
総武線(快速)・横須賀線 特急「成田エクスプレス」停車駅、特急「しおさい」発着駅、特急「湘南」到着駅 ■快速(横須賀線内は普通) 新橋駅 (JO 18) - 東京駅 (JO 19) - 新日本橋駅 (JO 20)
京葉線 特急「わかしお」「さざなみ」発着駅 ■通勤快速・■快速・■各駅停車(各駅停車は武蔵野線直通含む) 東京駅 (JE 01) - 八丁堀駅 (JE 02)
当駅にはJRの新幹線と在来線各線(後述)、東京メトロの丸ノ内線が乗り入れている。JR東日本の駅には「 TYO 」のスリーレターコードが、丸ノ内線の駅には「M 17」の駅番号が与えられている。また、当駅を発着するJR線と東京メトロ大手町駅間との連絡運輸は東西線のみ行われている。
JRの駅に乗り入れている路線は、線路名称上は、新幹線が東海道新幹線と東北新幹線の2路線、在来線が東海道本線・東北本線・総武本線・京葉線の4路線であり(詳細は路線記事および「鉄道路線の名称」を参照)、東海道本線を当駅の在来線における所属線としている。管轄会社は東海道新幹線がJR東海、東北新幹線と在来線がJR東日本となっている。これら各路線は全て当駅を起点としており、当駅構内にはこれら各線の0キロポストが設置されている。ただし、旅客案内では後述の運転系統名が使用される。案内上の「東北(本)線」は中・長距離列車を意味し、それらはかつて上野駅発着であったため、当駅では用いられていなかった。上野東京ラインの開業後、東海道新幹線における車内放送の乗り換え案内においてのみ使われるようになった。
中央本線についても当駅が起点だが(当駅に0キロポストが設置されている)、国鉄からJRへの移行時に運輸省(当時)に提出された事業基本計画および『鉄道要覧』では、当駅 - 神田駅間は東北本線とされた。これは先行敷設路線との営業距離の重複計上を行わないためのものであり、線路は独立している。また、マルスのシステム上の経路表示においても、当駅 - 神田駅間は中央本線に含まれている。
1964年(昭和39年)10月1日に東海道新幹線が開業し、1972年(昭和47年)7月15日には総武地下ホーム、1990年(平成2年)3月10日には京葉地下ホームがそれぞれ営業を開始。1991年(平成3年)6月20日には東北新幹線が乗り入れた。
2000年(平成12年)、丸の内駅舎を創建当初の姿に復原する方針がまとめられた。500億円とされた復原工事の費用は、東京駅の容積率を丸の内地区の高層ビルへ移転(売却)することで賄うことになった。復原工事自体は、2007年(平成19年)5月30日に起工 され、2012年(平成24年)10月1日に完成した。
2015年(平成27年)、上野東京ラインが開業。東北新幹線の東京駅乗り入れに伴い1983年以来分断されていた東京駅 - 上野駅間の東北本線の線路が再接続され、東海道本線との直通運転が実現した。