大学校 (1869年)
教授される学科については、「大学校」設立時に昌平学校に下された「達」によると、教育内容について(明治維新の指導理念となった)国学・神道(皇学)に優位を置きつつも、必ずしも国学至上主義ではなく漢学・洋学も講究すべきであるとし、とくに実学重視の立場から科学・兵学・医学を中心とする洋学が重要としている。だがその後明治3年2月(1870年3月)に制定された「大学規則」「中小学規則」では、国学・神道重視の姿勢は後退し、従来のような「国学・儒学・洋学」という国別の教科区分ではなく、「教科・法科・理科・医科・文科」という洋学的な教科区分が採用された。
しかし大学本校で紛争(後出)が生じたため、本校は明治3年7月12日(1870年8月8日)に閉鎖、洋学系の大学南校・大学東校は独立し、この頃より次第に洋学者が国学者・漢学者を圧倒するようになった。ついで明治4年7月18日(1871年9月2日)文部省設置とともに「大学」自体が廃止され、7月21日(新暦9月5日)文部省の管轄下に入った大学南校・東校はそれぞれ「南校」・「東校」と改称、明治5年8月(1872年9月)の学制により両校は「中学校」ついで「専門学校」と規定された。その後南校は「開成学校」(のち東京開成学校)、東校は「東京医学校」と改称され、1877年(明治10年)10月に発足する(旧)東京大学(東京帝国大学の前身)の構成母体となる。
旧幕府から継承された昌平学校・開成学校・医学校の3校を統合し、旧昌平学校系を中心とする官立教育機関として構想され、それは同時に全国の学校行政を統轄する官庁を兼ねるものとされた。その後「大学」と改称されたが、内部では洋学系と国学・漢学系の対立に悩まされ、中枢機関である「本校」が早々と休止に追い込まれ、行政官庁としては「大学」を廃止して文部省が新設されたため、単一の教育機関としてはほとんど機能しなかった。しかしこの過程で国学者・漢学者に対する洋学者の優位が確立され、以降は彼らを中心にして、のちの東京大学を頂点とする近代的公教育の制度・体系が構築されていくことになった。文部省(文部科学省)の前身であるとともに東京大学の源流諸機関の一つとされ、特に「大学南校」は東大法・理・文3学部の、「大学東校」は同医学部の前身となっているが、両校を完全に統合して単一の「大学」とする構想は、1877年の(旧)東京大学発足によっても果たされず、1881年の東大の組織改革によってようやく実現したとみられている。