バンディクート形目
以前は有袋類を有袋目にまとめ双門歯亜目Diprotodontaと多門歯亜目Polyptorodontaの2亜目に分ける説があったが、本目は歯列から多門歯亜目に含まれていたが双門歯亜目の特徴でもある癒合趾も併せ持っていた。ミミナガバンディクート科をバンディクート科に含める説もある。
2008年に発表された有袋類の核DNAのApoB・BRCA1・IRBP・RAG1・vWFの5遺伝子座の分子系統解析では、本目が単系統群であることが強く支持された。本目とフクロモグラ形目からなる単系統群(ただし最大節約法・最尤法・ベイズ法と比較してブートストラップ値は低い)がフクロネコ形目の姉妹群という解析結果も得られたが、一方でブタアシバンディクートを含んだRAG1遺伝子のみの解析では本目とフクロモグラ形目からなる単系統群はコアラとウォンバット科からなる単系統群の姉妹群で双前歯目に含まれるという解析結果が得られている。

Meredith et al.,(2008)より核DNAの5遺伝子座からベイズ法によって推定された系統図

Meredith et al.,(2008)より核DNAのRAG1遺伝子のみからベイズ法によって推定されたブタアシバンディクートを含む系統図