トーマス・J・ワトソン
しかし間もなくフォレット・ブラッドレー少将に見込まれ副官兼専属パイロットとなった。ブラッドレーはソ連へのレンドリース法関連物資の輸送責任者だった。また、末っ子のアーサー・K・ワトソンも戦争中に陸軍に入っている。
ワトソンは、出身地にも近くIBMの拠点にも近いビンガムトンに大学を創設する計画に関与した。1946年にはIBMが土地と資金を提供してシラキュース大学の分校として Triple Cities College が創設された。この大学は後にハーパー・カレッジと呼ばれるようになり、最終的にニューヨーク州立大学ビンガムトン校となった。同大学の応用科学科はワトソンの名を冠している。
終戦のころから、ワトソンは、些細なことで激怒するなど情緒が不安定になり、周囲との軋轢が増した。空軍からIBMに戻った長男のトーマス・J・ワトソン・ジュニア(IBM関係者にはトムと呼ばれることがある)との対立も激しくなった。
ワトソンは1949年9月にIBMの名誉会長に就任した。同年、トムは副社長に就任している。朝鮮戦争をきっかけにトムは軍向けのコンピュータ事業へ大規模な投資をしようとしたが、ワトソンはリスクを恐れ消極的だった。1952年には司法省が独占禁止法違反でIBMを訴えた。IBMは当時、米国内のタビュレーティングマシンの90パーセントのシェアを持っていた。トムはワトソンの反対を無視し、独断で同意にサインした。しかしワトソンは秘書を通じトムに「100%お前を信頼し評価する」と伝えた。
1956年5月8日、ワトソンはIBMの経営権をトムに引き継いだ。翌月、82歳で死去。死期を悟ったのだろうとトムは語っている。
1912年2月22日、パターソンを含むNCRの管理職30名と共に、ワトソンは独占禁止法違反で起訴された。
公判の6カ月前、後に妻となるジャネット・キトリッジと出会っている。そして公判が終わった2週間後の1913年2月13日に結婚した。裁判では有罪を宣告され、5,000ドルの罰金とマイアミ郡刑務所での1年間の収監を言い渡されている。罰金は判例から予想されていたが、収監は予想外で、ワトソンは控訴した。一方でパターソンはオハイオ州デイトンの1913年の洪水の際に人道援助を行っており、告訴が退けられている。同様にワトソンの控訴は成功し、先の評決は控訴審まで破棄された。しかし政府は控訴審を開く手間をかけないことを選択し、1915年にワトソンは全ての嫌疑について無罪とされることになった。
行き過ぎはあったが、NCRの販売手法は事務機器を販売するに当たっての最も効果的なものであった。例えば、販売特約店網の整備、直販営業部門の整備、セールスマンの歩合制とノルマ制、事務機器会社として世界初の開発部門の整備(マーケティング上有効)などである。当時の風潮として、事務機器を売るならNCRのセールスマンを雇えばよいとする考えが業界に存在していた。従って、裁判係争中のワトソンが後にIBMとなる会社に高待遇で迎えられたのも不思議なことではない。