手塚プロダクション
なお手塚プロダクションと新虫プロは、旧虫プロの設立に手塚が関わった点と、新虫プロ初の連続テレビアニメ『ワンダービートS』の制作に手塚が参加したことや、前述の手塚原作作品の権利受委託などの手塚治虫自身とその遺族・関係者を通じた人的なものを除くと資本的な面では関係が無い。
旧虫プロの倒産以後は、手塚プロダクションは独自に手塚漫画作品を原作とするアニメ作品を制作するようになった。後に人材リソースを活用するため日本国内他社が制作する作品のグロス請けを受注するなど、一般的なアニメ制作プロダクションとしての事業も行うようになった。2007年以降からは旧虫プロの出身者が多く居て人的な係わり合いのあるマッドハウス作品制作への協力も行っている。
漫画制作のために設立された経緯から漫画部が存在していたが、手塚の没後、元アシスタントの伴俊男による伝記漫画『手塚治虫物語』(『アサヒグラフ』1989年8月25日号から1991年7月26日号まで連載、1992年刊)の制作を経て、1992年5月に漫画部は解散した。