錦糸町駅
JR東日本の各線と、東京メトロの半蔵門線が乗り入れ、接続駅となっている。また、各路線に駅番号が付与されている。
JR東日本:各線(後述)
東京メトロ: 半蔵門線 - 駅番号はZ 13。
JR東日本の駅に乗り入れている路線は総武本線であり、当駅は東京駅方面の本線と御茶ノ水駅方面の支線との分岐駅となっている。当駅 - 千葉駅間は総武快速線と中央・総武緩行線との複々線区間となっている。また、特定都区市内制度における「東京都区内」に属している。
総武線(快速):急行線を走行する総武本線の近距離電車。上り列車は東京駅を起点に横須賀線への直通運転も実施している。駅番号はJO 22。
総武線(各駅停車):緩行線を走行する総武本線の近距離電車。当駅以西は総武本線の支線を経由し、御茶ノ水駅から中央本線を走行し、当駅以東は総武本線の本線を走行する。駅番号はJB 22。
東京メトロ半蔵門線の列車は東急電鉄と東武鉄道との3社直通運転を行っている。