有鱗目 (爬虫類)
口唇窩より頬窩のほうがより精巧な器官であり、水晶体の代わりに像を結ぶ孔と網膜の代わりに熱で像を映し出すピット膜を備え、まさに赤外線に対するピンホール眼としての構造を備えている。この器官は0.001-0.003°C程の微妙な温度差をも感知可能であり、哺乳類や鳥類など恒温動物の姿はヘビにとっていわば「輝いて」見える。興味深いことにピット膜に映し出された像の情報は、脳の視覚野に送られる。比喩ではなく、ピット器官はまさに眼として機能しているのである。
また、トカゲ類にはその頭頂部に第3の眼と呼ばれる頭頂眼(顱頂眼, parietal eye)がある。これはムカシトカゲが持つことで特に有名だが、より発達した頭頂眼はトカゲ類が持つ。ムカシトカゲの頭頂眼が観察できるのは幼体の頃のみで成体では皮膚に覆われてしまうのに対し、Sceloporus occidentalis (Western fence lizard)などでは成体でも頭頂部に明らかな頭頂眼が確認できる。視床上部の上生体複合体に由来する頭頂眼は、元々対の器官だったものの片方が頭頂眼に、もう片方が内分泌器官である松果体(上生体)に変化したとされ、体温調節に一役買っていると考えられている。
有鱗目において聴覚が退化していないのはトカゲ亜目のみであり、ヘビ亜目・ミミズトカゲ亜目とも鼓膜をはじめとした耳の諸器官が退化・消失している。ミミズトカゲの場合は明らかに地中生活に適応した結果である。ヘビ類の場合も一般にはそう取られているが、進化の項で述べるようにヘビが地中ではなく海生起源であった場合には、水圧に対しての鼓膜・中耳部の脆弱性、空気の千倍の密度を持ちはるかに音の伝達効率のよい水中という環境下での鼓膜破棄のデメリットの低さなど、別の理由が挙げられるだろう。