ぶゑのすあいれす丸
また、日本政府と陸軍省は討議を行い、各国赤十字社やローマ教皇庁を通じたアメリカ軍に対する抗議行動などが検討されたが、後者はのちに「効果に疑問あり」として採用されなかった。抗議文の文言に関しても検討が重ねられた。最終的に決まった抗議文は12月16日ごろから順次送信され、12月20日には日本国内向けに、抗議を行った事実を公表した。
抗議に対するアメリカ軍及び政府からの返答は1944年(昭和19年)2月に行われ、それによれば「投弾が行われたあとまで病院船の標識が明瞭ではなかった」こと、「ボートに広げられた即席の赤十字もよく見えなかった」こと、「そのボートが「ぶゑのすあいれす丸」からのものであるという証拠が見いだせなかった」ことなどを挙げて抗議は筋違いで拒否として、攻撃はあくまで偶然であったとしながらも遺憾の意を表した。日本政府はこの返答には満足せず、1944年(昭和19年)4月には「再調査した結果」に基づいて再抗議を行い、戦争末期の1945年(昭和20年)2月から3月にかけても三度目の抗議を行った。
なお、沈没時の「ぶゑのすあいれす丸」の病院船関連標識は、規定の標識のほかに数か所追加されていたが、これは別件の病院船攻撃に対するアメリカ政府の返答中に、「(アメリカの病院船は)条約規定標識とは別に、独自に追加した標識を付けている。日本の病院船もそうすればよい」ということを示唆されたことから追加されたものであった。