シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
ソニック達の仲間。今作のストーリーには関与しないが、エッグマンの基地を調査していた最中にエミーとはぐれていた。ステージのどこかに登場する。
ブラックアームズのエリート兵士。ブラック彗星の中枢・最終防衛ラインを守っている。頭脳・肉体共に最高レベルで、瞬間移動や銃撃を自在にこなしてくる。
GUN(光学レーザー)
ブラックアームズ(スプリッター、リフラクター)
中枢都市。ブラックアームズによってたくさんの爆弾が仕掛けられている。このステージにはストーリー展開上8分の制限時間があり、時間を過ぎると、爆弾の爆発に巻き込まれ1ミスとなる。 ヒーロー(ナックルズ)・・・小型爆弾20個回収する(ブラックアームズの持っている吸引型武器で吸い込む)。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・都市殲滅爆弾と呼ばれる巨大な爆弾を5つ起爆させる。