彰考館
同年には新たに総裁を設置し初代総裁には人見懋斎が選任され、享禄元年には小石川藩邸内の天神坂上に新館を設置する。
光圀は元禄3年(1690年)に隠居し西山荘での生活を送っていたが、晩年の光圀は紀伝以外の各種編纂事業を中止させ校訂作業を次世代へ持ち越すなど編纂方針を変更させ、史館員を増強させる等事業を促進させている。元禄10年(1697年)には本紀「百王本紀」が完成し、同年2月には残る列伝の完成のため総裁をはじめ主用な史館員を水戸城内へ移転させ、水戸彰考館(水館、水戸史館)を発足させた。
光圀の死後、修史事業は正徳5年(1715年)には完了し、藩主綱條の裁定で書名が『大日本史』(正徳本)と定められる。これは江館の主張した書名で、水館の主張する『皇朝新史』との間で論争があった。正徳本の完成以降にも修史事業は継続され、享保年間には安積澹泊が享保本『大日本史』を完成させ、本記・列伝に続く「志・表」の編纂が懸案事項となっていたが、澹泊の死後に修史事業は実質的な休止状態となる。
江戸後期の天明6年に総裁となった立原翠軒は光圀百年忌に際して紀伝の公刊を企図し、校訂作業が進められる。立原と藤田幽谷は編纂方針を巡り対立を深め、これは江館と水館の党派的対立に発展した(史館動揺)。このころ史館員は水戸藩出身者が多くなり、著名な史館員には長久保赤水や藤田幽谷、高橋坦室らがいる。