皇別摂家
一方、平安時代後期より御堂流の嫡流として摂政・関白・藤氏長者を継承してきた摂家の立場としては、その皇室に次ぐ貴種性を維持するために養子縁組を迎える場合には同じ摂家から養子を迎える、という認識が古くからあったが、江戸時代初期にそれが不可能になったために止むを得ずそれよりも上位の貴種性を持つ皇室から養子を迎えている。こうした貴種性を重んじる養子縁組の考え方は江戸時代に家格に基づく公家間の身分統制が強化されるとともに摂家の間で理念として確立されていくことになる。ただし、これは当時の朝廷を主導・統制してきた摂家の主張・論理であり、天皇や他の公家の間で共有されていたわけではない。
また、近衛信尋や一条昭良の相続は母親が近衛前子であったことから認められた特殊な事例で、江戸時代の朝廷や幕府にとっては前例とすべきではないと認識され、実際には皇室の血の引く摂家が生まれることを望ましくはないと考えられていた可能性がある。寛保3年(1742年)に九条家と鷹司家が相次いで当主の死去で断絶の危機に陥った時に、桜町天皇の弟である政宮(後の遵仁法親王、中御門天皇第六皇子にあたる)にいずれかもしくは二条家を相続させようと言う案が浮上したものの、天皇は親王の養子縁組が安易に行われることは皇室の威信(「王威」)を傷つけるとした上で政宮が病弱であることを理由に最後まで反対し、また摂家や武家伝奏の間では『禁中並公家諸法度』第6条にある養子縁組は同姓から迎えるという規定との兼ね合いで幕府から許可が得られるかも問題視されている。最終的には天皇・摂家・幕府との調整の結果、天皇の実子である政宮の相続は回避され、鷹司家には閑院宮家からの養子縁組が行われることとなった。
江戸時代に、摂家に次ぐ家格(清華家)の家を創始ないし相続した皇族として、
第106代正親町天皇の孫の八条宮智仁親王の第3王子で源氏(正親町源氏)を称し広幡家を興した広幡忠幸
第112代霊元天皇の曾孫の有栖川宮韶仁親王の第4王子で西園寺家を相続した西園寺公潔
がいるが、その後はいずれも養子によって相続され、子孫は「皇別」ではない。
江戸時代に摂家を相続した男性皇族は、次の3人である。
近衛信尋:第107代後陽成天皇の第4皇子。近衛家を相続。
一条昭良:第107代後陽成天皇の第9皇子。一条家を相続。
鷹司輔平:閑院宮直仁親王(第113代東山天皇の第6皇子)の第4王子。鷹司家を相続。
江戸時代までは、彼らのような出自を持つ人々を、源氏・平氏などの賜姓皇族(皇族を離脱して臣籍に降下した者及びその子孫)と同様に「王孫」と呼んでいた。
氏族・系図研究の大家であった太田亮が1920年(大正9年)刊行の『姓氏家系辞書』において近衛信尋を「皇別摂家の鼻祖」と呼んだのがこの語の初出であるが、一条家や鷹司家に対しては「皇別摂家」の語は使われなかった。太田が1934年(昭和9年)にまとめた畢生の大著『姓氏家系大辞典』は、信尋以後の近衛家を「皇胤近衛家」と呼んでそれ以前の近衛家と区別している。ただしここでは近衛・一条・鷹司3家のいずれにも「皇別摂家」を使っていない。このあと、丹羽基二なども稀に近衛家を指してこの語を用いたが、いずれにせよ広く用いられるには至らず、歴史学者が使う学術用語としても、在野の系図研究家が使う専門用語としても、この言葉が定着することはなかった。
以上のように「皇別摂家」の語は、もっぱら五摂家筆頭とされる近衛家の貴種性を表現する修辞の一つに過ぎなかったが、のちに用法を拡大し、摂家(近衛・一条・鷹司)にとどまらずその男系血統の子孫たち、つまり本家に加えて分家や他家の養子として分かれた系統についても、男系の実親子関係をたどって近世の皇室以来の血統を保持している子孫まで含まれるようになった。