ナースィル・ムハンマド・モスク
ドームは崩壊して、ブルジー・マムルーク朝(1382-1517年)のカーイトバーイ(在位1468-1495年)の治世、1487年に再建されているが、1517年にマムルーク朝を破ったオスマン帝国がカイロを奪い取ると、モスクのドームは壊され、説教壇(ミンバル)を失うなど、状態が悪化した。
1798年7月、フランス(第一共和政)のエジプト・シリア戦役(1798-1801年)において、ナポレオン・ボナパルトがカイロを占領すると、同年10月のカイロの反乱(英語版)に対して、シタデルを拠点に砲撃し、ナースィル・ムハンマド・モスクは、牢獄に改造されてギロチンが設置された。
その後、エジプトで起こったウラービー革命(1881-1882年)を鎮圧したイギリス(グレートブリテン及びアイルランド連合王国)が、1882年、軍事占領により影響力を得ると、このシタデルのモスクはさらに破壊され、刑務所および軍隊の倉庫として使用されるようになり、空間を仕切る高い隔壁が、支柱間に粗石を積んで築かれた。これに対してイギリス陸軍少佐 C・M・ワトソン (C. M. Watson) が、モスク内の様相の回復に努めたことで、モスクを塞ぐ貯蔵物が別の場所に移され、1886年までに、支柱間に増築されていた多くの隔壁が取り除かれた。そして1948年になって、それらの修築が行われたが、1947年には、イスラム文化財保存委員会(英: Committee for the Preservation of Islamic Antiquities)により、ミフラーブ(壁龕)のある壁および床面における大改修が施されている。