丹生川上神社下社
上古の由緒は不詳で、土地の古老の伝えに、丹生社の鳥居が洪水によって流されてきたので、それを拾って神体として祀ったのが創祀であるというが、当神社背後の丹生山山頂に、祭祀遺跡と思しき矩形の石群があること、また、社前を流れる丹生川流域には丹生神社が点在すること、かつては付近に、御酒井・五色井・吹分井・御食井・祈願井・御手洗井・罔象女井・降臨井・鍛人井といった多くの井戸が湧出していたことなどから、古くからの水神信仰があった可能性もある。
江戸時代前期以降、式内社の所在地についての考証が盛んになると、「式内大社 丹生川上神社」については当時「丹生大明神」と称していた当神社に比定する説が有力となった。その後、朝廷や幕府においてもこれを認めるようになり、宝永7年(1710年)に中御門天皇の勅使が差遣されたのを始め、時には祈雨の奉幣がなされ、また嘉永6年(1853年)に黒船が来航すると、翌7年に孝明天皇が当神社に宣旨を下して国家安泰を祈願し、文久2年(1862年)には攘夷を祈願するなど、二十二社の1社として遇された。文久3年(1863年)、天誅組の蜂起が起きると、橋本若狭や中井越前という当神社社家の者がこれに参画したため、討伐軍の兵火により本殿が罹災するとともに、拝殿や社務所などが焼失した。
社殿
本殿は三間社流造で、棟に千木・鰹木を置く。文久3年の天誅組討伐の兵火に罹ったために、明治18年(1885年)に修築されたもの。本殿から屋根を架した70段あまりの木階を下った場所に建つ拝殿は、正面5間側面2間の入母屋造平入で、同じく天誅組事件で灰燼に帰したため、明治34年になって復建された。なお、社殿はいずれも近年の葺替えで銅板葺とされた。
神馬 - 社伝によると、かつて朝廷より、雨を祈るときには「黒馬」を、晴れを祈るときには「白馬」が奉納された。この水神信仰が絵馬発症の起源と伝わり、京都の貴船神社へと受け継がれていったとされる。室町時代には神馬献上祭は途絶えていたが、近年水害が多いことから、復興を願い2012年(平成24年)に約600年ぶりに神馬献上祭が行われた。
牛石・蛙石 - 牛石は、形状が牛に似ていることから、いつの頃からか牛石とよばれるようになった。