エルシャダイ
悩みを振り切ったイーノックは地上に残していた肉体へと帰還し、エゼキエルと交戦するイシュタールに加勢するべくタワー内のアラキエルの階層を進む。この階層で、アラキエルが既に死亡している事が判明する。階層の更に奥へ進んだイーノックはエゼキエルと交戦し、彼女の捕縛に成功する。
エゼキエル捕縛後、イーノックはタワーの更に上へと進み、そこでアザゼルと交戦する。しかし戦闘の最中、冥界の穢れによって怪物と化したアルマロスが突如出現し、アザゼルを急襲して消滅させた後、イーノックとも戦闘状態となる。アルマロスとの戦いでイーノックは一時窮地に陥るも、満身創痍で駆けつけたイシュタールの援護もあり、アルマロスの撃破に成功する。撃破されたアルマロスは、イーノックに向けて感謝の言葉を述べつつ闇へと沈んだ。
イーノックとイシュタールは最後の堕天使セムヤザの元へ向かう。セムヤザは生命維持装置の中におり、その装置からセムヤザを解放する鍵はイシュタールであるとミカエルは語る。イシュタールは生命維持装置を解除するが、その中にセムヤザの姿はなかった。
セムヤザが魂の欠片も残らず消えている事を確認したルシフェルは、イーノックにタワーを停止させるよう示唆。イーノックは背徳の塔の機能を停止させ、内部にいた人間達を偽りの進化から解放した。 そしてイーノックが使命を果たした事を確認した評議会が洪水計画を中止したことで、物語は終幕となる。
中ボスとして登場する堕天使たちとの戦いでは、彼らの精神世界「ネザー空間」に飲み込まれることがある。この空間での戦闘は敵から数回攻撃を受けると、鎧が破壊されつくされていなくても、強制的に負け扱いで撤退させられる。負けてもゲームオーバーにはならないが、ダメージは蓄積された状態のままゲームは再開される。なお、この戦いで勝っても負けてもストーリー自体には影響はないが、勝った場合は、その敵との最後の戦いの第一形態での相手の体力が低くなる。
ゲーム内ではところどころに冥界に続く穴が開いている。中に入るとコレクションアイテム「イシュタールの骨」(入手すると「イシュタールの書」に変化)が存在する。ここでは下から沸いてくる闇(ケガレ)に捕まらないように下から上に脱出するステージになっている。
また、落ちて闇に捕まるとバッドエンドになる。
※本項目ではゲームのストーリーのみを記述し、原作小説のストーリーについては記述しない。
舞台は人類の言語、思想が分かれるよりもはるか昔の世界。神は天使達(グリゴリの天使達)に地上界の監視を命じた。命を受けた天使達は長きに渡って地上の人間達を観察していたが、その結果任務に就いた天使達の中に、人間に対し憧れを抱く者が現れ始めた。人間への憧憬を抑えられなくなった彼等は遂に堕天を決意。セムヤザを首謀者として7名の天使が地上界へ降り立ち、堕天使となった。 堕天使達は天界から持ち出した神の知恵を地上に広め、その結果人類は偽りの進化を遂げ、堕落する。また、堕天使達が人間の女性と交わったことで、天使と人間のハーフであるネフィリムが地上で増殖してしまう。
堕天使達が引き起こしたこれらの事態を憂慮した天界(エルダー評議会)は、地上界を浄化すべく大洪水の計画を決議。だがこの洪水計画に対し、人間でありながら天界でエルダー評議会の書記官を務める青年イーノックが、計画の中止を嘆願する。イーノックの嘆願に対し、評議会は計画中止の条件として「堕天使達の捕縛」を彼に命じる。 かくしてイーノックは、大洪水の執行を中止させるべく、自ら堕天使達の捕縛のために地上界へと旅立つ。
地上に降り立ったイーノックは、大天使ルシフェルとアークエンジェル達の導きの下、堕天使達の捜索を開始する。300年以上に渡る探索の末、遂に堕天使達の根拠地「背徳の塔」(通称:タワー)を発見する。
イーノックの旅をそばで見守りつつ助言を与える存在。実体がないため、白鳥の姿を借りてイーノックを「声」で導く。ミカエル(声:湯口和明)、ガブリエル(声:田中敦子)、ラファエル(声:野島裕史)、ウリエル(声:安元洋貴)の4名。
特にウリエルは、ルシフェルによると「お前(イーノック)を助けたくてうずうずしていた」らしく、オーバーブーストとブーストスキルでサポートしてくれる。
またアークエンジェルの内の一人ミカエルはルシフェルの双子の弟。
捕縛すべき7人の堕天使の一人。重力を操る力を持ち、その力の一部をサリエルに分け与えたという。最も謎の多い堕天使で、自由の民たちは誰も彼の姿を見たことがないという。
その真相はすでに死亡していたためであり、階層の石碑には彼の思いが記されている。
彼の支配する階層は金属のようなものが均一に浮いて並んでいるだけの無機質な世界となっている。