首都圏ICカード相互利用サービス
JRにおいて通過連絡運輸が設定されている区間であっても、IC乗車券で乗車した場合はJR線区間の前後のキロ程は通算されず、それぞれの区間の運賃が別個に適用される(途中改札口を1度も通らない場合は下記と同様に全区間JR線扱いとなる)ため、磁気乗車券と比べて高額となる場合がある。ただし、東京メトロ千代田線の北千住駅 - 西日暮里駅間を経由してJR常磐線と山手線などをIC乗車券で乗り継ぐ場合に限り3区間個別の合計した運賃から100円減額されるというルールを新たに設定している(JR[1]+千代田線[160円]+JR[2]-100円。JRの1と2のキロ程は通算されない)ため、ICカードで乗車した方が安くなるケースがある。適用区間は常磐線 亀有駅 - 取手駅間と、山手線・埼京線(赤羽線区間)・京浜東北線(蕨駅 - 品川駅間)・宇都宮線(赤羽駅以南)で囲まれた区域の各駅の相互発着で、これらの各駅のきっぷうりばに掲げている運賃表にはICカードで乗車した方が安くなる駅が記載されている。
なお、この他にICカード利用エリアで通過連絡運輸を行っている区間は、東京メトロ東西線中野~西船橋間経由のみである。