アブ・サヤフ
ムジャーヒディーンはサウジアラビアの資金で運営され、CIAや軍統合情報局(ISI)が訓練を行っていたが、1989年にソ連軍が全面撤収し、冷戦が終わると、ムジャヒディーンにはその後続いた内戦に参加する者もいたが、ジャンジャラーニは故郷であるフィリピンのバシラン州へ帰り、ミンダナオ島周辺のイスラム社会をキリスト教徒(カトリック)中心のフィリピンから独立させることを目的に武装組織を結成した。モロ民族解放戦線(MNLF)からの過激な分派としてジャンジャラーニにはビン・ラーディンから設立資金が渡された、とされる。「アブ・サヤフ」はかつて共に戦ったアブドゥル・ラスル・サイヤフからとった名である。アブ・サヤフはアルカーイダのラムジ・ユセフなどから軍事援助を受けた。
アブ・サヤフはミンダナオ島でフィリピン警察や軍相手にゲリラ戦を行い、マレーシアやインドネシアでも活動を行うようになっていったが、1998年にジャンジャラーニはフィリピン警察との銃撃戦で殺害される。精神的指導者を失ったアブ・サヤフは二つに分裂し、イスラム社会の独立運動より強盗や身代金目的の誘拐を繰り返す犯罪集団となり、絶頂期には4000人いた構成員も2000年頃には100人以下にまで減った。多くはモロ・イスラム解放戦線(MILF)などに合流したと考えられる。
2014年頃からは、ISILの影響下に入り始めた。2017年5月にフィリピン軍と交戦状態となりアブ・サヤフ側に多数の死者が出たが、死者の中にマレーシア人、インドネシア人、シンガポール人など6人の外国人戦闘員が確認されている。