マツキヨココカラ&カンパニー
3月31日 - グループ内の折込広告手配などを行っていたユーカリ広告を解散。
4月1日 - グループ卸売事業を行う伊東秀商事、および茂木薬品商会が共同株式移転を行い、中間持株会社としてマツモトキヨシホールセールを設立。
12月16日 - ファルコSDホールディングス(現・ファルコホールディングス)から示野薬局の全株式を譲受、完全子会社化。
2014年
3月1日 - グループ内の組織再編を実施。 モリスリテールのネット通販事業をマツモトキヨシへ承継 マツモトキヨシ中四国販売が、分割後のモリスリテールを吸収合併。
5月21日 - KDDI・沖縄セルラー電話が提供するプリペイドタイプの電子マネーサービス「au WALLET」のポイントアップ店契約を締結。これにより、グループ約1,200店舗で順次サービスを開始。決済時にWALLETポイントの付与が通常の3倍になるほか、au WALLET カードで貯まったWALLETポイントをマツモトキヨシ現金ポイントに交換することも可能となる。
8月1日 - スマートフォン・モバイル端末向け公式アプリをApp StoreおよびGoogle Playにて公開し、運用開始。
10月1日 - 茂木薬品商会の一般用医薬品関連商品の卸売事業を会社分割によって新会社に承継し、新会社の全株式をアルフレッサ ヘルスケアへ譲渡。資産管理・運用事業が残った(旧)茂木薬品商会は同日付でマツモトキヨシアセットマネジメントに商号変更。
2015年
3月1日 - 日本航空とJALカード特約店契約を締結。これにより、グループ約1,500店舗(一部店舗を除く)においてJALカードで決済した場合、マイルが2倍加算されるほか、マツモトキヨシポイントカード現金ポイントとJALマイルとの相互交換サービスも可能となる。
2007年
10月1日 - 株式移転によりマツモトキヨシの完全親会社として設立。
2008年
1月 - 会社分割によりマツモトキヨシの子会社管理事業を承継し、同社子会社(孫会社)を直接の子会社とする。
7月 - マツモトキヨシの卸売部門を継承し、事業持株会社に変更。
10月1日 - 茂木薬品商会を完全子会社化。
2009年
8月24日 - ローソンとの業務提携を発表。
12月21日 - ミドリ薬品の株式58.98%を取得し、子会社化。
2010年
1月1日 - 中島ファミリー薬局を完全子会社化。
4月1日 - ミドリ薬品を完全子会社化。
4月10日 - ラブドラッグスの株式90.8%を取得し、子会社化。
2012年
1月1日 - マツモトキヨシ甲信越販売が中島ファミリー薬局を吸収合併。
2月10日 - 山梨県内に展開するイタヤマ・メディコ、並びに大阪府を中心に展開する弘陽薬品の全株式を取得し完全子会社化。
4月1日 - マツモトキヨシの九州地区の事業を吸収分割でミドリ薬品に承継させ、承継会社の商号をマツモトキヨシ九州販売に変更。
4月2日 - 調剤事業に特化した完全子会社として、マツモトキヨシファーマシーズを設立。
5月14日 - ダルマ薬局の全株式を取得し完全子会社化。
10月1日 - エリアドミナント政策を施行 マツモトキヨシの新設分割により、中四国地区(兵庫県姫路市を含む)を管轄するマツモトキヨシ中四国販売を設立。ラブドラッグスをマツモトキヨシ中四国販売の子会社化。 モリスから同社完全子会社のモリスリテールの全株式を譲受、完全子会社化。
2013年
2月15日 - 杉浦薬品の株式を追加取得し完全子会社化。