コンドル航空
2000年以降、ルフトハンザが有していたコンドルへの株主持分は、徐々にトーマス・クック・グループへ移譲された。コンドルがトーマス・クック・グループの一員となっていく過程は、2003年3月に、コンドルがThomas Cook powered by Condorへブランドを刷新したことから顕在化した。航空機の塗装は刷新され、トーマス・クックのロゴが尾翼に描かれ、"Condor"のフォントはトーマス・クックのものが用いられるようになった。2004年1月23日、コンドルはトーマス・クック AG(英語版)の一部となり、ブランド名は再びCondorとなった。2006年12月の時点で、ルフトハンザの持分は24.9%となり、ルフトハンザの影響力は低下した。
2007年9月、エア・ベルリンとの間で株式交換取引を交わす計画を発表したが、翌年9月に断念した。
2010年12月、トーマス・クック・グループは、短距離路線用の機材としてエアバスA320を購入することを決定。2012年9月17日には、メキシコの格安航空会社、ボラリスとの間でコードシェア提携を交わした。また、2013年3月12日には、カナダの航空会社、ウエストジェット航空との間でインターライン提携を締結。これにより、コンドルの利用客はカナダへより行きやすくなるとともに、両社にとってもさらなる路線拡大に弾みがついた。