63丁目線
2001年12月16日に使用を開始し、F系統の列車が常時63丁目線に運行されるようになった。
この建設プロジェクトでは、下層にあるロングアイランド鉄道用トンネルも延長し、換気設備を統合し、下水用サイフォンを50フィート(約15メートル)下げ、既存の路線の部品の交換をし、地下水を緩和し、この区間を営業していた列車を迂回させ、クイーンズ・ブールバード線に進入する区間を6線に拡大した。この連絡線により、マンハッタンから過密となっていたクイーンズ・ブールバード線に達する新たな経路ができ、マンハッタンとクイーンズの間を運行する列車本数を増加させることができるようになった。F系統の列車が63丁目線を通るようになり、53丁目トンネル(クイーンズ・ブールバード線)を経由する系統は、新たに6番街線とクイーンズ・ブールバード線を通って設定された各駅停車のV系統になった。この系統は、M系統の列車の延長によって置き換えられて、廃止されていたものであった。
63番街線は、IND2番街線をBMTブロードウェイ線、IND6番街線およびクイーンズへと連絡する構想となっていた。BMT63丁目線が2番街線の北側から直接ブロードウェイ線につなぐことになっていた。IND2番街線の建設は1972年に始まっていたが、ニューヨーク市の財政危機により1975年に中断された。この結果として、BMT63丁目線は完成せず、レキシントン・アベニュー-63丁目駅で唐突に終点となっていた。2007年に2番街線の建設が再開され、2011年にはレキシントン・アベニュー-63丁目駅の拡張・改修工事が始まり、2番街線への連絡を完成させることになった。この改良工事により、プラットホームに建てられていた壁が撤去され、3番街側への新たな出入口が建設された。2番街線第1段階のトンネルを建設するために用いられたトンネルボーリングマシンは2011年9月22日にBMT63丁目線の下層への壁を掘りぬいた。
この路線の最初の区間は1989年10月29日に開通した。IND側の路線は57丁目駅と21丁目-クイーンズブリッジ駅の間、BMT側の路線は57丁目-7番街駅とレキシントン・アベニュー-63丁目駅の間で開業した。BMT63丁目線は旅客営業には用いられなかった。INDの路線はB系統とQ系統が走り、この時点ではQ系統はマンハッタン橋の修復工事のためにIND6番街線経由で運行されていた。Q系統は21時30分までINDの路線を走り、B系統は深夜と週末に運行した。F系統が1997年まで深夜に運行された。JFKエクスプレスは、1990年4月14日に廃止されたためIND路線を運行したのは短期間のみであった。1995年4月から11月まで、マンハッタン橋修理工事の一環として、日中と週末にマンハッタン橋北側の6番街線用線路を閉鎖し、Q系統はこの期間、BMTブロードウェイ線を経由し、レキシントン・アベニュー-63丁目駅の西側でBMT63丁目線からIND63丁目線へ転線し、クイーンズへと運行した。
1997年5月に、IND6番街線経由で63丁目シャトルが運行開始し、深夜のF系統を置き換えた。1998年2月22日から1999年5月22日まで、IND路線の建設のために、6番街線と63丁目線を結ぶ系統が運行を中断した。B系統とQ系統は57丁目駅までで打ち切られ、深夜帯のシャトルは運行中止となった。