学校法人獨協学園
だが、帝国議会開始後に財政難と民党の反対によって政府からの補助金が打ち切られたこと、文部省が帝国大学においてドイツ学を充実させる方針(東京帝国大学における独法科・独文科設置)に転換して、私学にあたる獨逸学協会学校を支援することに消極的になったこと、協会幹部や歴代校長が政府高官や著名な学者(初代:西周・2代:桂太郎・3代:加藤弘之)が占められて長期的な視野で経営できる経営者がいなかったこと、設立経緯から官吏育成を目的としていたが、実際には高等文官試験における帝国大学出身者並みの待遇が実現されず、結果的に有松英義ら数名しか合格できなかったことによって専修科存続の意義は無くなったと判断されて1895年に専修科は廃止されて組織は東京帝国大学独法科に吸収された。これによって後に民間への人材輩出に力を注いで私立大学へと発展した他の法律学校とは違う方向に向かうことになる。その後、4代校長には教員出身のドイツ語学者大村仁太郎が起用されて中学校としての道を歩むことになった。
第一次世界大戦で日本がドイツとの国交を断絶し、両国が戦争を開始すると、その時局に乗じた一部の勢力からは獨逸學協會の廃止論が出た。これは当時の時流という問題もあるものの、創立期に国家の保護を受けた事で却って自立した教育機関としての組織作り・学校経営が疎かになってしまったためのつけでもあった。
更に第二次世界大戦の敗北で、ドイツと日本が相次いで崩壊し、日本に於ける旧来のドイツ式法体系や教育制度が戦勝国アメリカ式に取って代わるようになると、学校そのものの存在意義も問われるようになった。
2008年度の関東信越国税局の税務調査にて、獨協医科大学での受託研究の人件費計上ミスなど、傘下の学校での経理ミスが見つかったため、2008年3月期までの7年分として総額11億1900万円の申告漏れが指摘された。その結果、獨協学園は2億円超を追徴課税されたが、学園側は修正申告に応じ、その全額を納付した。