JR支社境
羽越本線
酒田駅 - 羽後本荘オフレールステーション(東北支社管内)
東北本線
黒磯駅 - 新白河駅(東北支社管内)
常磐線
泉駅 - 岩沼駅(東北支社管内)
えちごトキめき鉄道日本海ひすいライン
直江津駅 - 糸魚川駅(関西支社管内)
中央本線
塩尻駅 - 多治見駅(東海支社管内)
飯田線
辰野駅 - 沢渡駅(東海支社管内)
御殿場線
国府津駅 - 下曽我駅(東海支社管内)
東海道本線
熱海駅 - 三島駅(東海支社管内)
中央本線
西荻窪駅 - 吉祥寺駅(八王子支社管内)
※輸送指令は小淵沢駅まで首都圏本部管轄
京葉線
越中島駅 - 潮見駅(千葉支社管内) : 地下区間(新東京トンネル)から地上に出る手前付近に支社境がある。
※輸送指令は全線首都圏本部管轄
武蔵野線
新松戸駅 - 新八柱駅(千葉支社管内) : 金谷寺付近(新鶴見信号場起点83.7km地点)に支社境がある。
南流山駅 - 三郷駅(大宮支社管内)
※輸送指令は全線首都圏本部管轄
成田線我孫子支線
我孫子駅 - 東我孫子駅(千葉支社管内) : 常磐線天王台駅南方(佐倉起点43.0km地点)に支社境がある。
東北本線 宇都宮線・湘南新宿ライン 赤羽駅 - 浦和駅(大宮支社管内) 京浜東北線 赤羽駅 - 川口駅(大宮支社管内) 埼京線 浮間舟渡駅 - 戸田公園駅(大宮支社管内)
※輸送指令は黒磯駅まで首都圏本部管轄
常磐線
取手駅 - 藤代駅(水戸支社管内)
※輸送指令は羽鳥駅まで首都圏本部管轄