汚い戦争
国内は5つの軍管区さらにその下位地区に分けられ、それぞれの地域の治安を軍の司令官が実質的に掌握した。右派民兵組織であるアルゼンチン反共同盟も加わり、軍の弾圧とそれに対するゲリラ攻撃が繰り返された。
1976年3月24日に軍の高官によるクーデターが発生した。陸軍のホルヘ・ラファエル・ビデラ、海軍のエミリオ・エドゥアルド・マッセラ、空軍のオルランド・ラモン・アゴスティが権力を掌握した。
軍事独裁政権は自らを「国家再編成プロセス (Proceso de Reorganización Nacional)」 と称し、ビデラとその後の指導者であるロベルト・ビオラ、レオポルド・ガルチェリ、レイナルド・ビニョーネらによる各政権が多くのリベラル派のペロニスタや左翼と見なされた反体制派市民に対する違法な逮捕、拷問、殺害、強制拉致等の様々な弾圧を行なった。特に悪名高いのが「死のフライト」と呼ばれる政治犯を生きたまま空中の飛行機から海や川に突き落とすというものであった。左右両派に対する批判者であった平和運動家アドルフォ・ペレス・エスキベルは、1977年に逮捕され拷問を受けたが、1980年にノーベル平和賞を受賞した。
その後、フォークランド戦争の敗北により軍部の威信は失墜し、政権維持はもはや不可能であることが明らかになった。1983年10月30日に総選挙が行われ、軍政の処理を行なったラウル・アルフォンシンが当選した。
軍事政権の指導者の一人であるホルヘ・ラファエル・ビデラは2012年、教会の指導者たちは政府による弾圧の共犯者だったと証言した。
1976年から1983年にかけて警察署付きの司祭であったクリスチャン・フォン・ヴェルニッヒ(Christian von Wernich)は囚人の拷問、殺害に直接関わっていた。民主化後1985年に行われた裁判において彼は容疑を否認した。1986年に汚い戦争における犯罪の追求を停止する法律が公布されると彼に対する捜査も打ち切られた。この法律が憲法に違反しているとの判断がくだされた後、2003年9月にヴェルニッヒに対する逮捕状が出され、チリの町でクリスチャン・ゴンザレスとの偽名を使い潜伏していたヴェルニッヒは逮捕された。2007年10月にヴェルニッヒは7件の殺人、42件の誘拐、32件の拷問の罪で有罪となり終身刑がくだされた。カトリック教会のヴェルニッヒに対する処分は2010年時点でも行われておらず刑務所の中で囚人に対してミサをおこなっていた。
2000年にアルゼンチン司教評議会は、軍事政権に対して反対の立場を示さず市民を庇護しなかったことを謝罪する声明を発表した。