伏見城
その後も作事は続けられたが、駿府城の改築により、翌1606年(慶長11年)頃には伏見城の作事も停止され、器材や屋敷も駿府城へ運ばれていった。家康が駿府城へ移った後は、慶長12年に松平定勝が城代となり、また大番等による在番や定番が行われた。
大坂の陣後、しばらくは二条城が将軍参内時の宿舎、伏見城が居館用として利用され続けていたが、一国一城令の主旨からも両城を維持するのは困難とし、1619年(元和5年)には伏見城の廃城が決まり、翌年から城割りが始まった。元和9年(1623年)7月16日、徳川家光の将軍宣下が実施されたが、「先年破壊残りの殿閣にいささか修飾して御座となす」(『徳川実紀』)とあり、本丸部分に若干の修復をし将軍宣下が執り行われた。その後完全な廃城となった。伏見城の天守は二条城に、また多くの建物は福山城・淀城に吸収され、それ以外にも全国各地に移築された。
徳川家康は征夷大将軍就任後、江戸城と伏見城を行き来していたが、『城と秀吉』によると「在城期間を累計すると伏見城のほうが多いのではなかろうか」とし、また『近畿の城』では「江戸幕府も初期のころ「伏見幕府」といってよい」としており、初期段階の徳川幕府に於ける伏見城の重要性を指摘している。