食虫類
Bininda-Emonds et al.(2007)によれば、現生の真無盲腸類はハリネズミ科とトガリネズミ科を合わせたクレードと、モグラ科、ソレノドン科の3系統が中生代に3分岐しているという。ハリネズミ科とトガリネズミ科とが単系統群を形成することはBeck et al.(2006)によって示されている。古生物学者のマッケンナとベルはハリネズミ形目にモグラ科とハリネズミ科を含めていたので、HuttererのSoricomorpha・ErinaceomorphaもマッケンナとベルのErinaceomorpha・Soricomorphaも、系統的には破綻したことになる。 その後、Sato et al. (2019)の推定によると、ハリネズミ科、トガリネズミ科、ソレノドン科、モグラ科は新生代に入ってからほぼ同時に分岐したとされた。これに対して分岐年代については異論もあるが、最終的には古生物学的な研究結果を待つしかないだろう。
1864年、ヴィルヘルム・ペータース Peters は、以前から食虫目に含まれていたグループには盲腸がなく、ワグナーが新たに加えたグループには盲腸があるということに気づいた。1866年、エルンスト・ヘッケルはこれに着目し、食虫目を次の2亜目に分けた:
無盲腸亜目 (Lipotyphla) - 盲腸をもたず眼が未発達で四肢が短い。ハリネズミ、トガリネズミ、モグラなど。
有盲腸亜目 (Menotyphla) - 盲腸と大きな眼と長い四肢をもつ。ツパイ、ハネジネズミ、ヒヨケザル。
その後も、2亜目をそれぞれ目に格上げする、有盲腸目の一部を独立目とするなどが提案されたが、最終的に、有盲腸類の各グループは無盲腸目とも互いにも共通点が少ないとされ、1972年にパーシー・ミルトン・バトラー Butler が、食虫目を廃止し、無盲腸目、登木目、ハネジネズミ目をそれぞれ独立目とした(ヒヨケザル目はこれより早く独立目となっていた)。
一方、化石動物でも同様のことが起こっていた。20世紀半ばに、現生の真獣類より原始的と思われた8科が、便宜的に食虫目の原真獣亜目 (Proteutheria) に分類された。しかしその後の研究で、原真獣亜目は無盲腸類とは系統的に遠いことがわかり、1972年にバトラーは、幻獣目 (Apatotheria)・レプティクティス目 (Leptictida)・パントレステス目 (Pantolesta) として独立させた。なお、これらはその後も再編が進んでいて、また、必ずしも最も原始的な真獣類とはみなされていない。
なお、バトラーは食虫目を廃止したが、有盲腸類が食虫目から分離されたとみなし、無盲腸目を食虫目と呼ぶ者も多かった。