副反応
1970-80年代に、百日咳ワクチンの副反応が激しいことが世界中のマスコミで報道された。報道をきっかけにアメリカでは訴訟が年に200件以上行われ、製薬会社は次々と賠償金を支払い、ワクチン製造から撤退した。必要なワクチンを確保するため、アメリカとイギリスでは国がワクチンの副反応を救済する補償制度を作った。現在は改良されたワクチンが使われているが、当時副反応と思われた病態のほとんどが、先天的な難治性てんかん(ドラベ症候群)であることがわかっている。
日本では、1975年に 三種混合ワクチン(DPT:ジフテリア、百日咳、破傷風)の乳児への接種が中止され、接種開始年齢を2歳以上に引き上げる対応を行った。その結果、1979年をピークとする百日咳の流行が起き、改良ワクチンがでるまでの6年間に百日咳の患者は10倍になり、100人以上が死亡した。厚生省が百日咳ワクチンの接種開始年齢を生後3か月からに訂正したのは、14年後の1989年になってからであり、1970年代前半のレベルの感染者数に戻ったのは、接種中止から20年後の1995年であった。
因果関係の不明な場合も報告は重要であり、ロタウイルスワクチンは、1998年にアメリカで承認された後に、初期の臨床試験では検出不能であった腸重積症(腸閉塞)の因果関係が翌年には判明した。
ワクチンによる低い頻度の副反応の発生は避けられず、開発段階や治験で全体像が掴みにくいため、接種開始後の迅速な情報収集と評価が重要となる。厚生労働省は、予防接種後に一定の基準(報告基準)に合致する症状が出現した際に、因果関係にかかわらず報告するよう求めている。厚生労働省の副反応報告書集計報告では、副反応報告基準の範囲外であってもすべての報告を単純集計した数字が発表されるため、実際には予防接種と無関係の紛れ込み事象が含まれている。
かつては、製造時の問題で重篤な副反応が広く生じたワクチンもあったが、現在では精製技術や有害事象を監視するシステムが進歩している。また現在使われているワクチンは、以前に比べて効果が高くなり、安全性も改善されている。
1948年 - 京都・島根ジフテリア予防接種事件は、予防接種が制度化された直後、品質保証のための検定制度が機能しておらず、不活化が不十分なワクチン接種により84人が死亡し、854人に後遺症が残った。この事件は戦後の薬害事件1号であり、世界最大の予防接種事故となった。
1955年 - カッター事件は、アメリカで不活化が不十分なカッター社製のポリオワクチンで10名が亡くなり、アメリカ史上最悪の薬害の1つになった。
1960年代 - ポリオワクチンは、弱毒化したウイルスを口から飲むもの(経口生ワクチン)だったが、ごくまれにこのワクチンが原因となるポリオの症状が起きていた。1990年代後半から、日本を含めポリオの流行していない国々ではより安全な不活化ワクチンへの切り替えが行われている。