長崎自動車
2002年より長崎スマートカードの運賃精算システムを他の県内4社局と共に導入。これに伴い、旧システムで対応していた磁気式バスカードは使用できなくなった。長崎自動車ではこれを「日本初の共通ICバスカード」としている。
2001年よりLED式行先表示器の導入を開始。現在はさいかい交通の一部のバスを除く大型バス・中型バスの全車に搭載されている。
2000年代には、事業所の再編が2度実施された。2002年には常盤町営業所を廃止してバスターミナルを併設した桜の里営業所を新設、2006年9月1日には茂里町営業所、稲佐橋営業所を廃止し、柳営業所とダイヤランド営業所を新設した。茂里町営業所の跡地には、2008年にバスターミナル併設型の大型商業施設「みらい長崎ココウォーク」をオープンさせた。
2011年からは液晶式の運賃表表示器を導入。液晶運賃表はモニターに運賃表を表示するもので、表示項目数の多寡に合わせて画面内に表示するマス目の数や大きさを変更することができる。整理券番号が12以下なら縦2マス横6マスだが、12を超すと縦3マス横8マス、24を超すと縦4マス横10マス、40を超すと縦5マス横12マスと数が増えていく。
2013年頃からはドライブレコーダーの設置も進められているほか、長崎スマートカードのシステム改良なども中期経営計画として発表された、2019年3月からは新型運賃箱も段階的に導入されている。
システム老朽化に伴う長崎スマートカードの運用終了を控え、2018年7月2日に株式会社エヌタスを設立、2019年より「エヌタスTカード」を導入して長崎スマートカードから移行した。