機動防除隊
現在では、基地長をサポートする専門家として業務調整官、また調整係も配置されて、19名の体制となっている。実働部隊としては4個隊が設置されており、それぞれ隊長・副隊長および隊員2名で構成されている。人数が少ないため、基地での常駐待機は行っていないが、隊員は基地の近隣で生活することで、365日24時間対応可能な体制を整えている。出動する場合は、基地内に次の隊が入って情報収集などのサポートを行い、更なる出動が必要になった場合は更に次の隊が基地に入ってサポートにあたる。
横浜機動防除基地には防除のための資機材も備えられているが、個々の資機材の操作とともに、専門家としてのアドバイスが重要とされている。このこともあって、特殊救難隊と同様に、現場で階級を気にして正しい進言を躊躇しないよう、制服には階級章がない。また被害の拡大防止に続く原状復帰に向けて、関係諸機関や保険会社、海洋サルベージ業者などとの連絡調整も必要となることから、体力勝負の若手ではなく、10年以上の経験豊富な海上保安官が配属されている。
このように、本部隊は、卓越した身体能力と厳しい訓練というよりは、化学知識に特化した頭脳集団という面が強い。油や有害物質の専門知識を身につけるため、隊員の一部は、横浜国立大学の理工学部に1年間通学して、業務に必要な8科目16単位を修得する。また実務的な知識を買われて、特殊救難隊OBを始めとして潜水士経験者も多数在籍している。