メトロイドフュージョン
惑星SR388に生息していたメトロイドの最終形態。シークレットラボの自爆から逃れた1体がセクター1-SRXで急成長した事で、ドッキングベイで遭遇したサムスに襲いかかる。B.S.L.が惑星SR388に衝突する前に脱出する最中に戦闘となるため制限時間以内に撃破しなければならない。攻撃能力は強靭な前腕による爪の振りかざしのみだが威力は脅威的であり、直撃すると暫く身動きする事ができなくなってしまう(レバガチャ操作で回復を早める事はできる)。
フュージョンスーツの特性上、メトロイドの弱点であるアイスビームが使用できない(アイスミサイルも無効化してしまう)ためサムスを境地に追い詰めるが、天敵のメトロイドを倒す本能に従い現れたSA-Xが瀕死のサムスを無視して乱入、最終的に返り討ちにあったSA-Xをサムスが吸収し本来のパワードスーツの能力・体質を取り戻したことでアイスビームが覚醒し、それによって有効なダメージを与えることができる。
本作で唯一Xの擬態した生命体ではない敵キャラクターである。なお、メトロイドの成長過程は4段階だが、作中の説明によると幼生体から一足飛びに成体に成長させる技術が確立しているという。終盤のマップ中には幼生体のまま大型化した抜け殻が複数出現し、途中段階の個体に遭遇することはない。
オペレーションデッキでサムスの前に立ちはだかる。攻撃能力は基本的にアイスビーム(ウェイブビーム付加)の連射攻撃とスクリューアタックの突進攻撃のみだがその破壊力は桁違いであり、さらにチャージしたプラズマビーム以外の攻撃を受け付けない(スクリューアタックは相討ちとなる)。なお、崖つかまりを多用すると、スーパーミサイルを撃って落とそうとすることがある。
アイスミサイルで瞬間的に凍結させることができるが、短時間故に反撃に利用するのは難しい。
ある程度ダメージを受けると巨大な怪物が入り混じった外見の第2形態となり、跳躍して踏みつける単純な攻撃手段に移行する。なお、このコアXを撃破するとすぐに逃亡してしまうため、この時点でアイスビームを入手することはできない。
このSA-Xはシークレットラボの自爆に巻き込まれたものとは別個体であり、アダムの推測であった「SA-Xの増殖」を裏付けている。
スターシップのコンピューター(アダム)にアクセスできる部屋。主に指令の説明などが行われ、ナビゲーションルームにアクセスしないと一部を除き他の部屋に移動する事ができない。基本的に施設の各所に設置されており、共通して全てのセクターの入り口には下記の2部屋が併設されている。