希釈平板法
この方法は微生物を扱う場合にごく基本的かつ普遍的な方法と考えられている。たとえば微生物研究法懇談会(1975)では分離法の冒頭にほぼこの方法のみしかないかのような触れ方をしている。ただしこの方法にも問題はあり、また微生物の培養一般に関わる問題も合わせて考える必要がある。
まず一般的に微生物は培養が出来なければ確認できない。また培地によって培養可能な生物が異なる。すなわち特定の培地を使う限り、必ず確認できない生物が存在する。
この方法については根本的な問題点として、その試料中に存在する生物間の関係を破壊した形でしか調べられないという点がある。これは例えば寄生性など、他の生物の存在無しには生育できないものが絶対に出現しない、ということである。また成長の早いカビなどが出現すると他のものがそれに覆われて分離しがたくなる場合がある。また成長が早くて胞子形成の良い菌種が優先して分離される傾向がある。
その上で分離法としての利点はうまくいった場合には単細胞由来のコロニーを得られやすいという点が上げられる。また希釈率を上げた場合には出現率が低い菌が分離できる場合がある。
他方で計数法としてはこの方法は便利ではあるものの、以下のような問題点が指摘されている。分離法としての使用も含め、群別に述べる。
混釈法は寒天培地と試料を混合して平板とする方法である。寒天培地は40 °C程度までは固まらないのでこの段階で試料を混ぜ合わせると細胞が死なないままに寒天培地に混入させることが出来る。そのような固形化しない程度に低温になった寒天培地に試料を一定量加えて混和し、それをシャーレ内に流し込んで平板を作る。出現するコロニーは寒天の内部に出現する。
なお、この方法でも表面に出現するコロニーはありえるし、その場合にはコロニー同士がくっつきやすくなり、また寒天中のコロニーとは様相を変える場合がある。これを避けるために試料を混和した寒天培地の平板を作った後、その上に無菌の寒天培地を流し込んで固める方法がある。これを重層培地と言い、こうすることですべてのコロニーが寒天内に出ることになる。