電脳学園
1992年7月17日、宮崎県は「宮崎県における青少年の健全な育成に関する条例」(昭和52年7月28日条例第27号)第13条1項に基づいて『電脳学園シナリオI Ver2.0』を有害図書に指定した。関係機関への通知書には処分の理由として「著しく青少年の性的感情を刺激し、その健全な成長を阻害するおそれがあるため」と記載されているため、岡田は「ヘアが無修正で描写されていたのが引っかかった」と推測し、有害指定されたことは当然であると認識していた。しかし、赤井はこの指定に猛反発し、ガイナックスはパソコン雑誌を中心に「私たち、有害指定されちゃったんです」と題する意見広告を掲載。特に、宮崎県公報における有害指定の理由が必ずしも明確でないとする点を指摘し、宮崎地方裁判所に指定の取り消しを求めて提訴するが、1994年1月24日に敗訴。1995年3月1日の福岡高等裁判所宮崎支部における控訴審でも同様に敗訴。これに対し、ガイナックスは最高裁判所へ上告するが1999年12月14日の最高裁・第三小法廷も裁判官全員一致の意見で一審・二審の判決を支持し、上告を棄却した。
なお、ガイナックスは本訴訟の敗訴後にコンピュータソフトウェア倫理機構へ加入している。また、作家の森瀬繚がニュースサイト「ファミ通.com」に寄せた記事によると、本件がコンピュータソフトウェア倫理機構設立のきっかけの一つになったという。