サン・バルテルミの虐殺
この十字架は群集がガスティーヌの邸宅を打ち壊したさいに立てられたものであったが、和議の適用を実施するカトリックとプロテスタントの混合委員会はユグノーにとって侮辱である十字架をイサン墓地へ移すよう命じた。高等法院とパリ市長はこれに反対して問題が紛糾し、結局、12月に民衆の抵抗を排除して十字架は取り除かれたが、この際に約50人が犠牲となり、群集による家屋打ち壊しが起こっている。
1572年5月にルートヴィヒ・フォン・ナッサウ(英語版)率いるユグノー軍が国境を越えてネーデルラント領エノーへ侵攻し、モンスとヴァランシエンヌを占領したとの報告がパリへもたらされると緊張はより一層高まった。ルートヴィヒ・フォン・ナッサウはネーデルラントでスペインに対する反乱を起こしたオランジュ公ウィレム1世の弟であり、兄に代わって南フランスのオランジュ公国(英語版)を統治していた人物だった。カトリックはコリニー提督がオランダ人の側に立って参戦するよう国王を説得していると信じた。事実、コリニー提督はネーデルラントでの戦争に介入するようシャルル9世を説得しており、前年の10月にはこれに成功していたが、カトリーヌがこの決定を覆している。
私は、人々が言うように、貴女が小さな子供を食べてしまうと考えたことなどございません」と返書した。
1572年2月、結婚の交渉の為にジャンヌは宮廷に出仕するが、母后の態度への不満や宮廷の腐敗を非難する手紙を息子に書き送っている。
彼女はマルグリットをプロテスタントに改宗させようと試みたが失敗に終わった。
4月12日に結婚の契約が調印され、ブルボン枢機卿が司祭ではなく伯父として祝福を行い、花婿はミサには出席せず教会の外に留まる変則的な結婚式が取り決められた。その後、ジャンヌ・ダルブレは結婚式の準備のためにパリに滞在していたが、病に倒れ6月8日に死去してしまった。検視の結果は胸部の膿瘍と結核による死であったが、プロテスタントはカトリーヌが毒を仕込んだ手袋を使ってジャンヌ・ダルブレを暗殺したと非難した。ジャンヌ・ダルブレの死により、アンリ・ド・ブルボンがナバラ王位を継承した(ナバラ王エンリケ3世)。
7月、ナバラ王アンリが騎兵800を率いてパリに入城し、また結婚式に参列するため多数のユグノー貴族が地方からパリに集まって来た。
翌1568年にロンジュモーの和議が結ばれたが、この和平は直ぐに破たんした(第三次戦争)。ユグノーは大西洋沿海地域の要塞化された拠点ラ・ロシェルへと退却し、ジャンヌ・ダルブレも15歳の息子アンリ・ド・ブルボンとともに彼らに合流した。ジャンヌはカトリーヌに対して「私たちは神と信仰を捨てるよりは死ぬことを決意してここへやって来た」と書き送っている。カトリーヌはジャンヌを「世界で最も恥ずべき女」と呼んだ。
1569年のジャルナックの戦いで王弟アンジュー公アンリ(後のアンリ3世)率いる国王軍が勝利し、コンデ公が戦死する。これにより、先に死去したナバラ王アントワーヌとジャンヌ・ダルブレ(ナバラ女王ファナ3世)の息子アンリ・ド・ブルボン(後のアンリ4世)がユグノー陣営の盟主となった。
ユグノー軍は一時苦境に陥るが、コリニー提督の指揮により巻き返し、パリへと進軍する。資金を使い果たした国王軍は1570年8月8日にサン・ジェルマンの和議(英語版)を結び、ユグノーに対してこれまで以上の寛容を余儀なくされた。