ニカラグアコメネズミ
6年後、アルフレッド・ガードナーとジェームズ・パットソンはO.borreroiをトウマウス属に分類することを提案し、この属に関する1991年の総説で、ロバート・ボスは、この種はZygodontomys brunneusと同一であるとした。
第2の標本は1966年に採取されたもので、1971年にHugh GenowaysとKnox Jonesによって発表された。彼らは、このはサワコメネズミに似ていると指摘している。後の研究者は、ニカラグアコメネズミとサワコメネズミ、そしてイダルゴコメネズミなどの種が近縁であるという説を支持している。Fiona Reidは1977年に3つ目の標本が採取されたと報告している。2006年、Marcelo Wekslerらは、以前コメネズミ属に分類されていた多くの種を、タイプ種のサワコメネズミと近縁でないということで移動させたが、ニカラグアコメネズミはそのままコメネズミ属に残された。
ニカラグアコメネズミは、現在はコメネズミ属の8つの種のうちの1つとされている。イダルゴコメネズミ節は、中央アメリカに広く分布するイダルゴコメネズミと周辺のより狭い地域に住む6種からなるが、ニカラグアコメネズミは、この節に追加されている。イダルゴコメネズミは、ニカラグア南部で、ニカラグアコメネズミとともに生息する。イダルゴコメネズミ節の体系学は多くの面が分かっておらず、現在の分類はこのグループの真の多様性を過小評価している可能性がある。コメネズミ属は、百以上に及ぶアメリカのネズミを含むコメネズミ族に分類され、さらに上位では、主に小型のネズミを含むキヌゲネズミ科のアメリカネズミ亜科に属する。