羽後交通
本荘営業所 - 福祉エリアは「福祉エリア線」となり、廃止された区間は由利本荘市有償運送事業に移行。
君ヶ野線(本荘営業所 - 組合病院前 - 松ヶ崎大町 - 岩城郵便局前 - 君ヶ野) 2012年3月末で廃止。由利本荘市コミュニティバスに移行。
高尾線(本荘営業所 - 組合病院前 - 岩谷駅前 - 下川大内小学校前 - 中俣) 2012年3月末で廃止。由利本荘市コミュニティバスに移行。
△亀田線(本荘営業所 - 組合病院前 - 松ヶ崎大町 - 亀田駅前 - 宮の下) 亀田駅前 - 宮の下間が2012年3月末で廃止。本荘営業所 - 亀田駅前は「松ヶ崎線」となり、廃止された区間は由利本荘市コミュニティバスに移行。
△本荘・笹子線(本荘営業所 - 組合病院前 - 本荘駅前 - 前郷駅前 - 矢島駅前 - 矢島案内所 - 鳥海総合支所前 - ほっといん鳥海 - 上野宅) 鳥海総合支所前 - ほっといん鳥海 - 上野宅間が2012年3月末で廃止。本荘営業所 - 鳥海総合支所は「本荘・伏見線」となり、廃止された区間は由利本荘市コミュニティバスに移行。
△中田代線(本荘営業所 - 組合病院前 - 岩谷駅前 - 中田代 - 曲沢 - 滝温泉) 2016年3月末で廃止。本荘営業所 - 岩谷駅前は「岩谷線」となり、廃止された区間は由利本荘市コミュニティバスに移行。
△黒渕線(本荘営業所 - 組合病院前 - 本荘駅前 - 石沢小学校前 - 上大琴 - 道の駅黄桜の里 - 玉米 - 黒渕) 八日町 - 黒渕間が2016年9月末で廃止。本荘営業所 - 道の駅黄桜の里は「東由利線」となり、廃止された区間は由利本荘市コミュニティバスに移行。
関東バスと共同運行
本荘・象潟 - 東京駅・新宿駅西口
本荘営業所が担当。関東バスは丸山営業所が担当。 1992年(平成4年)2月11日 - 「ドリーム鳥海号」として運行開始。ジェイアールバス東北と共同運行していた。 2018年(平成30年)10月1日 - JRバス東北が運行を休止、羽後交通の単独運行となる 2019年(平成31年)4月1日 - 関東バスが参入、路線愛称を「エクスプレス鳥海号」に変更。
新宿駅西口の停留所は、新宿駅西口14番乗り場を使用しバスタ新宿には乗り入れない。
車両は、運行開始時にボルボ・アスペローテを導入。その後は三菱ふそう・エアロクィーンI、日野・セレガを使用する。
「ドリーム鳥海号」運行開始当時の車両ボルボ・アステローペ東京駅八重洲口にて(除籍済)
「エクスプレス鳥海号」の車両日野・セレガ木場五丁目交差点にて
急行 田沢湖・秋田線(田沢湖駅前 - 角館営業所 - 境営業所 - 御所野ジャスコ前 - 秋田駅前 - 県立体育館前) 2008年4月1日に角館営業所を境に系統分割され、急行 角館・秋田線(角館営業所 - 秋田)と生保内線(角館営業所 - 田沢湖駅前)となった。また、一部「特急」便があった。 一部便は2006年3月末まで、田沢湖駅前 - 田沢湖畔の間を運行していた。4月1日~11月30日までの季節運行で、角館営業所発や秋田駅前発、県立体育館前発の便が存在した。 2006年4月より、秋田駅前 - 県立体育館前を区間運休していた。 秋田 - 境営業所の短縮路線(急行 境・秋田線)や、田沢湖駅前 - 境営業所(一部便は、12月1日~3月31日までの季節運行)、角館営業所 - 境営業所といった系統も運行され、中には角館営業所 - 田沢湖駅前といった系統まで運行されていた。
急行 角館・秋田線(角館営業所 - 角館駅前 - 花葉館前 - 上稲沢 - 境営業所 - 御所野ジャスコ前 - 牛島駅入口 - 長崎屋前 - 秋田駅前 - 県立体育館前) 先述の通り、急行 田沢湖・秋田線(一部便は特急)の系統分割に伴い、同年4月から運行開始。2010年4月で定期運行が廃止され、その後は季節運行だった。 年度により停車箇所が変更されており、2014年の運行経路は、角館営業所 - 角館伝承館入口 - 境営業所 - 御所野イオン - 秋田駅東口。2016年の運行経路は、角館営業所 - 角館伝承館入口 - 角館駅前 - 秋田駅東口だった。 角館・秋田線は、かつては貸切転用車(貸切車に方向幕・運賃箱を取り付けた車両)のみで運行していたが、後に一般の路線車も充当されるようになった。
本荘営業所 - 本荘駅前 - 石沢 - 大琴 - 道の駅黄桜の里 - 玉米 - 横手バスターミナル 本荘・横手線は全便、土・日・祝運休。 東由利線は一部便、土・日・祝運休。 東由利線は、2016年9月末で廃止(路線自体は区間廃止)となった「黒渕線」に代わって設定された。全便が東中学校、ナイス本荘インター店前を経由する。なお本荘・横手線は、かつて急行として運行されていたが、2021年4月からは種別なしでの運行となっている。 沿革にもあるように、2023年12月1日より、本荘・横手線の横手行き最終便を15分繰り下げる(予定)。
営業所のうち、車両所属のある営業所は「自動車営業所」、車両所属のない営業所は単に「営業所」と厳密には区別される。ただしバス停名など実用上は「自動車営業所」も単に「営業所」と省略される場合も見られる。