藤田元司
また、「このままでは他所で育った選手ばかりを当てにしてしまうようになり、自らの手で名選手を育て、世に輩出してきた巨人の素晴らしき伝統に傷が付く」「若い選手の育成の妨げになるだけだ」とFA制度や逆指名制度の導入にも反対していた。
2005年10月5日に堀内恒夫が巨人監督辞任の会見を行った際には、「辛い状況の中よく頑張ってくれた」と労いの言葉を掛け、同年12月4日の巨人OB会総会を堀内が欠席した際にも、「今日はホリ(堀内)が来てないけれど、みんな会ったら慰労してやってくれ。こういうところへ出てこられるムードを作ってやらないといけない」と冒頭で堀内を擁護した。別の場所で人伝に聞いた堀内は涙が止まらなかったという。
2006年2月9日18時40分、心不全のため東京都世田谷区内の病院で死去した。74歳没。戒名は「元投院球心篤應居士(げんとういんきゅうしんとくおうこじ)」。読売ジャイアンツでは藤田の数々の功績や人柄を称え、黒沢俊夫・水原茂に続く史上3人目となる球団葬を執り行った(藤田家との合同葬)。現役時代に監督を務めていた川上哲治は弔辞で、「藤田君、今日はつらくて寂しい。寂しいけれど涙を見せずに御別れを言うことにする。それが、どんなに苦しいときでも笑顔を忘れなかった君への一番の供養になると思うから。ありがとう、ありがとう、本当にありがとう。藤田君、さようなら」と別れを告げた。