ニシシマドジョウ
同属のいくつかの種が同一水系に分布することがあるが、本種は口髭が長いこと、体背部の斑紋列L1が大きく円形であること、オス成魚では胸鯺の骨質盤がくちばし状であること、などの点で区別が可能である。ただし、同一水系に分布することがあるオオシマドジョウとは、模様の特徴に傾向の違いはあるものの、区別は困難。現時点では赤血球径とミトコンドリアDNAシトクロム領域塩基配列を組み合わせた区別が確実である。分布域外の同属種としてはトサシマドジョウとよく似ているが、骨盤の形態や尾鰭付け根の黒点の特徴から区別は可能である。