ES -Eternal Sabbath-
東鵬医大の脳生理学のスペシャリスト・九条未祢。ある日、殺人事件に遭遇した彼女は、シャツに飛び散った血を忌々しそうに一瞥し、何事もなかったかのように去っていく青年から目が離せなかった。
他人の脳に侵入し、瞬時に相手の情報を読み取り、自分に都合よく改竄(かいざん)できる青年・シュロ。彼は、「Eternal Sabbath/永遠の安息日」と名付けられた、不死身の遺伝子ESが組み込まれた遺伝子操作人間だった。ESとしか呼ばれることのなかった彼は秋庭亮介という名前を得る。
そして、シュロの身体の謎を解明するために造られたクローンのイザクという少年が、生徒に入れ替わって小学校に在籍していることが判明する。彼は岩村有里という女子小学生に心を許していたが、実験のために自分を生贄にしようとした人間に報復を開始しようとしていた。未祢と秋庭は、元研究所スタッフの榊晋一郎と共に、イザクを止めるべく活動を開始する。
イザクは有里の両親を殺害したことから、有里も亡くなった母親の幻影を見せて橋から川に落として殺害してしまう。
やがて、イザクの身体に老化が現れ、絶望したイザクは世界を壊すべく、脳ハッキングして暴徒により街をパニックに陥れる。秋庭はすべての決着をつけるため、イザクと対決する。イザクは発火して亡くなり、すべては終わったかと思われた。しかし、イザクは秋庭の身体を乗っ取っていたのだ。身体を失った秋庭は精神を未祢にリンクし、未祢は秋庭の力を借りて、イザクの精神世界でイザクを倒す。
秋庭は亡くなり、榊はドイツの研究所へと旅立つ。だが未祢の身体には、秋庭との子が宿っていた。