シンガポール州
合併から1年も経たずして、人種間の緊張は劇的に高まった。特に合併後のマレーシア政府は、多くの中国系移民に市民権を与えたが、マレーシア憲法153条ではマレー人の特権が保障されており、こうした連邦政府のアファーマティブ・アクション政策に、シンガポールの中国系住民は反発した。153条には、マレー人に財政的・経済的利益が優先的に割り当てられることや、非イスラム教徒にも信仰の自由はあるものの、イスラム教を唯一の公式宗教とすることなどが定められている。一方でシンガポールのマレー人やイスラム教徒は、PAPがマレー人を虐げているという連邦政府の非難に扇動されるようになっていった。
その結果、多くの人種暴動が勃発し、秩序回復のため夜間外出禁止令が頻繁に発令された。これらは1964年人種暴動と総称されるが、なかでも規模が最大かつ最悪の事態となったのが1964年7月21日に発生した暴動である。暴動直前の1964年7月12日には、パシル・パンジャンのニュースターシネマにおいて、連邦副首相アブドゥル・ラザクの支援を受けたサイード・ジャーファル・アルバーが、リー・クアンユーを抑圧者として非難した上で、マレー人の境遇は日本統治時代よりさらに悪くなっているとする演説を行った。彼が数千人のマレー人聴衆を前に、「我々が団結すれば、この世界のいかなる権力も我々を踏みつけることはできない。
一人のリー・クアンユーどころか、千人のリー・クアンユーであってもだ。我々は彼らを打倒する」と語りかけると、群衆はリーとオスマン・ウォクを逮捕し、壊滅させようと応えた。暴動は次の週にはさらにエスカレートし、1964年7月20日付けの『ウトゥサン・マレーシア』誌で「すべてのマレー人への挑戦:UMNOユース、リー・クアンユーが非難、教師が生徒に豚肉の匂いを嗅がせることを強要、抗議」と題した記事が掲載されると、勢いは最高潮に達した。翌7月21日、カランのガス製造所付近でムハンマドの誕生日を祝う行進のなかで人種暴動が勃発し、その日の終わりまでに4人が死亡、178人が負傷した。また、暴動鎮圧時には合計で23人の死者と454人の負傷者が出た。同年9月にも暴動が発生し、交通網が寸断されたことで食品価格の高騰も招く結果となった。
当時は、インドネシアがマレーシア連邦の成立に激しく反対し、対外的な情勢も緊迫していた。インドネシアのスカルノ大統領は、マレーシアに対してコンフロンタシ(対立)を宣言し、1965年3月にはインドネシアの工作員がシンガポールのマクドナルドハウスを爆破して3人の死者が出るなど、軍事行動を進めた。また、インドネシアはマレー人と中国人の対立を煽る活動も行っていた。