オートファゴソーム
神経細胞中では、オートファゴソームは神経突起の先端で生成され、神経繊維に沿って細胞体の方に移動しながら成熟(酸性化)する。神経細胞内でオートファゴソームと共存するハンチンチンまたはHAP1が枯渇すると、この軸索輸送は中断される。
オートファゴソームは小胞体上のオメガソームと呼ばれる構造から生じ、後にファゴフォアと呼ばれる構造が引き伸ばされる。
オートファゴソームの形成は、Atg12-Atg5とLC3複合体を通じて、Atg遺伝子によって調節される。Atg12-Atg5接合体はAtg16とも相互作用し、より大きな複合体を形成する。Atg12によるAtg5の修飾は、膜の伸長に必須である。
球状構造の形成後、ATG12-ATG5:ATG16L1複合体はオートファゴソームから解離する。LC3はATG4プロテアーゼにより切断され、細胞質型LC3が形成される。LC3の切断は、オートファゴソームと標的膜の最終的な融合に必須である。LC3は小胞に必要不可欠であり、融合の最後の瞬間まで結合したままであるため、免疫細胞染色においてオートファゴソームのマーカーとして用いられる。最初に、オートファゴソームはエンドソームまたはエンドソーム由来の小胞と融合する。これらの構造はアンフィソームまたはintermediate autophagic vacuoleと呼ばれる。