遺伝子の水平伝播
通常、生物は細胞分裂によって母細胞から娘細胞へ染色体がコピーされる。しかし、腸管出血性大腸菌の毒素産生性DNAが赤痢菌のDNAから取り込まれたと推測されるように、主に原核細胞において、他の細胞から何らかの原因(バクテリオファージの感染や種の異なる細菌の接合による他の細胞のDNAの取り込みなど)によって遺伝情報の一部が組み込まれることがある。これは遺伝による継承を時間的な垂直方向(遺伝子の垂直伝播)とするならば、同時的に存在する他の生物からの影響による水平方向の遺伝であると考えることができ、「水平」伝播と名付けられた。
このような遺伝子では系統樹を作成すると、種の系統樹との間に整合性に矛盾が見られる。