チカソワン事件
一方、花蓮港における暴動の知らせを受けた森尾台東庁長は台東から急遽北上して応援に駆け付け、警部以下235名の警察隊と隘勇149名、計384名の討伐隊を結成するものの、台湾東部のみでの警察、守備隊による鎮圧は不可能と判断して台湾総督府に指示を仰いだ。時の佐久間左馬太総督は請願を受けて池内陸軍幕僚参謀を指揮官に歩兵三個中隊、山砲一個小隊、砲兵一個小隊、機関銃一個分隊からなる討伐隊を結成して急遽現地に派兵した。 また大津麟平警視総長も同日16日に基隆から奉天丸で花蓮港に上陸し、軍隊に合流した。台北庁、宜蘭庁、深坑庁、桃園庁からも警部と巡査ら90名の応援隊が駆けつけ、31日には守備隊司令官の摺澤陸軍少将も須磨 (防護巡洋艦)で上陸した。
万全の体制を整えた当局は17日から小銃と山砲をもって木瓜山腹と湖南(鯉魚潭の南方)に砲撃を加え、木瓜社とバトラン社を砲撃した。そしてウイリー事件後に敷設した隘勇線を26キロ延長し、花蓮市街北部、北埔からウイリー、チカソワン、銅門、鯉魚山の背後に迫る総延長40キロに石油発動機を据える近代的な高圧電流鉄条網を配備し、警部2名、警部補4名、巡査53名、警部補27名、隘勇149名を含め235名を配置して警備を固めた。
こうして翌年、明治42年(1909年)初頭までに計1322人が降伏した。同年2月18日に花蓮港花崗山で除隊式、並びに戦死者の追悼式を行い、19日には佐久間総督が事件の決着を内務大臣に報告した。 この事件では、日本側の死者は警部1名、巡査13名、隘勇1名、下士官以下9名、人夫3名の計27名、負傷者は27名。 対する原住民側の死者は30名とも、300名ともいう。
事件後、日本当局は帰順した原住民らに日本人犠牲者の「首級」を提出させると同時に、各社の有力者を集めて銃器の提出を徹底させた。初代花蓮港庁長・石橋亨が「わが国の制度としては軍人、警察官以外の銃器の携帯を許さず、本官すら携帯せず」と訓示することで、村田銃、モーゼル銃など2045挺を保証金交付の上で提出させた。
さらに事件から2年後の1911年までに、南勢アミの南方に位置する花東縦谷の馬太鞍、大港口(秀姑巒渓の河口付近)、台東一帯のアミ族にも銃器の提出が支持され、20040挺が押収された。 なお降伏せず逃亡した者は木瓜渓から鯉魚尾(鯉魚潭の一帯)一帯に潜伏していたが大正3年(1914年)6月のタロコ討伐までには順次帰順し、銃器125挺、弾薬194発が提出された。