秋田総合車両センター南秋田センター
136号機が配置されている。
首都圏との電車回送や臨時列車用の車両の回送を牽引する。
青森車両センターが盛岡車両センターと統合されたことにより、136号機が2016年2月2日付で、139号機が同年3月26日付で転入した。なお、139号機はその後2017年3月4日付で田端運転所に転出した。
1999年(平成11年)に701系5000番台を、翌2000年(平成12年)には狭軌用の701系の重要部検査をそれぞれ当センターで実施、新保全体系に移行した2002年(平成14年)以降も、701系以降の在来線新系列車両は、従来の重要部検査相当の装置保全までは当センターで実施されている。2003年(平成15年)から、新幹線車両の交番検査を1日2編成実施できる体制を整えた。
2004年(平成16年)4月1日に組織改正に伴い南秋田運転所は秋田車両センターに改称、2010年(平成22年)9月21日に観光列車「リゾートしらかみ」(青池編成)用のHB-E300系気動車が新製配置された。2012年(平成24年)から車両の仕業検査業務や構内入換業務、清掃業務などはJR東日本のグループ会社に委託され、同年11月19日にE6系の配置が開始、2016年(平成28年)3月26日に特急つがる用のE751系が青森車両センター(現・盛岡車両センター青森派出所)から転入、同年12月19日に交流架線式蓄電池電車のEV-E801系が新製配置された。2017年(平成29年)4月8日に当センター所属の583系が運用終了した。
2019年(平成31年)4月1日に新幹線統括本部が発足、センター内組織自体は従来通り秋田支社の管轄とする一方、新幹線用車両は本社直轄の新幹線統括本部所属で当センターに常駐する扱いとなった。2021年(令和3年)4月1日に組織改正により在来線車両が秋田総合車両センター所属となり、在来線部門が秋田総合車両センター南秋田センターと改称、新幹線部門が本社直轄新幹線統括本部管轄の秋田新幹線車両センターと改称され、新幹線車両は同センター所属となった。
1187号機・1647号機・1759号機が配置されている。
主に事業用工事列車(バラスト輸送)や臨時列車を牽引する。
かつては寝台特急の北上線迂回時や北上線経由の客車回送列車などを牽引したこともあった。
旅客車・貨車 - 〈北アキ〉...東北本部を意味する「北」と、電略で秋田を意味する「アキ」から構成される。
機関車 - 〔秋〕...秋田を意味する「秋」から構成される。
キハ58形・キハ28形気動車(アコモデーション改造車) 奥羽本線から花輪線へ直通する快速列車で運用されていた。もと急行「よねしろ」用として室内アコモデーションの大幅な改善、側面方向幕の設置など大規模な改造が施工されていた。2008年(平成20年)3月15日のダイヤ改正で前述の快速列車が廃止されたことに伴い定期運用を終了、キハ58形・28形ともに2両ずつ計4両が波動用として残存したものの、同年6月に五能線「海彦山彦号」として運転されたのを最後に引退し、同年10月に廃車解体された。
キハ58系・キハ28系・キハ22形気動車 主に奥羽本線・羽越本線・五能線・田沢湖線で運用。 五能線で運用されていたキハ58系は、1995年1月17日に発生した阪神・淡路大震災でJR神戸線(東海道本線・山陽本線)の迂回路となった播但線での輸送力確保のため、応援としてJR西日本に貸し出されて同線の普通列車として運転した実績がある(播但線#阪神・淡路大震災の迂回路としての項を参照)。
キハ59形・キハ29形気動車 ジョイフルトレイン「エレガンスアッキー」と「おばこ」の3両編成2本が所属していた。後者は、秋田新幹線開業以前は「こまち」という愛称が付与されており、「こまち」が秋田新幹線の列車愛称名になったことにより「おばこ」に変更された。 2005年ごろより休車扱いとなり、2006年3月に廃車された。
キハ110系300番台 キハ110形・キハ111形・キハ112形気動車 特急「秋田リレー」に投入。運用終了後に200番台化改造工事が施工され、飯山線・磐越西線・羽越本線に転出した。
キヤ191系気動車 2003年(平成15年)にキヤE193系気動車 (East i-D) へ置換えられ、廃車された。