アエギュプトゥス
7世紀に、東ローマ帝国とサーサーン朝(ペルシア)との間で争いが起こり、その結果のひとつとして、618年または619年からアエギュプトゥスはペルシアに占領されるようになる。争いのきっかけは東ローマ皇帝マウリキウス(582年-602年)が内乱で殺されたことで、マウキリウス帝と和睦を結んでいたペルシア皇帝ホスロー2世パルウィーズは、その報復として進軍を開始した。ホスロー2世は当初は勝ち続け、614年にエルサレムを征服し、619年にアレクサンドリアを征服した。しかし、皇帝ヘラクレイオス(610年-641年)が率いる東ローマ軍が622年に反撃を開始すると戦況は逆転し、628年2月25日にホスロー2世が死去して終戦を迎えた(Frye, pp. 167-70)。ホスロー2世の息子カワード2世はエジプトを含むペルシア軍の占領地を9月に東ローマ帝国に返還した。
ペルシアが支配している間に、アエギュプトゥスでは隠れていた単性論・合性論派が再び公然と現れた。しかし再び東ローマ帝国の支配下に入ったため、表面化した単性論・合性論派達は迫害され、彼らの長は追放された。
哲学者ヒュパティアはキリスト教徒に異教徒として殺されたが、これによって古代ギリシアから受け継がれる学問は、アエギュプトゥスでは途絶えた。他にも教会分裂を原因とする内紛は延々と続き、そのために帝国の中でもアエギュプトゥスは異質な存在となった。
また宗教的に、「イエス・キリストが人性と神性の二つを持つか、一つしか持たないか」を論点にして新しい論争が巻き起こった。当時のキリスト教では、これは帝国を二分するような大問題に発展した。381年の第1コンスタンティノポリス公会議の後、アエギュプトゥスでは単性論・あるいは合性論の主張が盛んになったが、451年のカルケドン公会議で両性論が正統教義とされるに至った。合性論派はこの決定を不服とし、自分達は正統派と同じ立場をとっているのに誤解されていて、カルケドン公会議の決定は政治的になされたものだと主張した。この後もアエギュプトゥスとシュリア属州では単性論・合性論派が隠れ潜んで正統派に抵抗し、その抗争は570年代に鎮圧されるまで続いた。その後も合性論派は分立して残り、アレクサンドリア教会の流れを汲むコプト正教会や、シリア正教会、アルメニア使徒教会などからなる非カルケドン派正教会と呼ばれる教派を形成した。