東日本旅客鉄道
旧国鉄から大量に引き継いだ103系は2009年10月に最後まで残った仙石線を含めすべての運用を終了し、他の旧国鉄型車両を中心とする老朽車両も首都圏では順次E231系、E233系、E531系などを導入して淘汰を進めている一方で、程度の良い車両は他地域の経年車両の置き換えに充てている(209系、211系など)。これは、国鉄時代には車両置き換えに際して東京・大阪の大都市圏を優先し、経年車両の置き換えに際しては比較的程度がよい車両を地方に転用させていて、JR発足後もこの体制を維持しているためである。
電車では、1990年代まで普通列車用車両の用途別の区分は通勤形と近郊形に二分されていたが、2000年に営業運用を始めたE231系で初めて通勤形と近郊形の形式上の区別を廃止し、「一般形」に統一している。詳細は「一般形車両 (鉄道)#一般形電車の登場とその後」を参照。
同社の都市圏内輸送用の一般形車両は、従来の車両から設計や製作手法を大幅に見直し、製造コストの低減を図った経済車をベースにしたものである。
正社員の減少により余剰となった社宅をジェイアール東日本都市開発がリノベーションを行い、賃貸マンションとして運用されている。
台灣捷爾東事業開發股份有限公司 捷福旅館管理顧問股份有限公司 JR East Business Development SEA Pte. Ltd.
東北・秋田新幹線 あおば、Maxあおば Maxやまびこ Maxなすの スーパーこまち
上越・長野(現在は北陸新幹線に統一)新幹線 あさひ、Maxあさひ Maxとき Maxたにがわ Maxあさま(臨時) 現美新幹線
JR東日本の車内販売は、長らく完全子会社の「株式会社日本レストランエンタプライズ」により運営されていたが、2019年7月1日より同じく東日本旅客鉄道の完全子会社である「株式会社JR東日本サービスクリエーション」が担当している。なお、以前は「聚楽ティ・エス・エス株式会社」や「株式会社エヌアールイー越川」、「北陸トラベルサービス」なども参画していたが、吸収合併や事業継承などにより、2014年10月の北陸トラベルサービスからの事業継承後から2019年7月のJR東日本サービスクリエーションへの事業譲渡までは日本レストランエンタプライズが単独で車内販売を行っていた。
特急列車 白鳥・スーパー白鳥(「スーパー白鳥」はJR北海道、2002年 - 2010年は八戸駅 - 函館駅間、2010年 - 2016年は新青森駅 - 函館駅間) はつかり、スーパーはつかり たざわ(1982年 - 1996年は盛岡駅 - 秋田駅・青森駅間、1996年 - 1997年は秋田駅 - 青森駅間) 秋田リレー号 かもしか つがる(八戸駅 - 弘前駅・青森駅間、2002年 - 2010年) 白鳥(大阪駅 - 青森駅間、1961年 - 2001年) かがやき(JR西日本) 北越 はくたか(JR西日本・北越急行) みのり あいづ、ホリデーあいづ( - 2003年) ビバあいづ、ホリデービバあいづ つばさ ウィングエクスプレス ビューわかしお おはようわかしお、ホームタウンわかしお ビューさざなみ おはようさざなみ、ホームタウンさざなみ おはようしおさい、ホームタウンしおさい すいごう あやめ ホームタウン佐倉 ホームタウン成田 スーパーひたち、フレッシュひたち さわやかひたち、ホームタウンひたち おはようフレッシュひたち、ウィークエンドフレッシュひたち 新特急なすの おはようとちぎ、ホームタウンとちぎ スペーシアきぬがわ(東武鉄道の車両) 新特急谷川 草津 スワローあかぎ ウィークエンドあかぎ あさま(一部はJR西日本の車両) そよかぜ 白山(JR西日本の車両) スーパーあずさ はまかいじ(臨時) リゾート踊り子(臨時・伊豆急行の車両) マリンエクスプレス踊り子(臨時) スーパービュー踊り子 (ワイドビュー)東海(JR東海の車両) 富士(JR九州の車両) はやぶさ(JR九州の車両) みずほ(JR九州の車両) さくら(JR九州の車両) あさかぜ(JR西日本の車両) 出雲 瀬戸(JR西日本の車両) つるぎ(JR西日本の車両) トワイライトエクスプレス(臨時・JR西日本の車両) 日本海 北陸 あけぼの(1970年 - 1990年は奥羽本線経由、1990年 - 1997年は東北本線・陸羽東線・奥羽本線経由、1997年 - 2014年は高崎線・上越線・信越本線・羽越本線経由) 出羽 鳥海 北斗星(一部はJR北海道の車両) ゆうづる はくつる エルム(臨時) カシオペア(臨時)
常磐緩行線 : 綾瀬駅より東京地下鉄(千代田線)・小田急電鉄(小田原線)と相互直通運転
上越線 : 六日町駅より北越急行(ほくほく線)が直通運転
伊東線 : 伊東駅より伊豆急行(伊豆急行線)と相互直通運転
信越本線 : 篠ノ井駅よりしなの鉄道(しなの鉄道線)が直通運転
信越本線 : 長野駅よりしなの鉄道(北しなの線)が直通運転
信越本線 : 直江津駅よりえちごトキめき鉄道(妙高はねうまライン)と相互直通運転
信越本線 : 犀潟駅より北越急行(ほくほく線)が直通運転
篠ノ井線 : 塩尻駅よりJR東海(中央西線)と相互直通運転
鹿島線 : 鹿島サッカースタジアム駅より鹿島臨海鉄道(大洗鹿島線)が直通運転
飯山線 : 豊野駅よりしなの鉄道(北しなの線)に直通運転
只見線 : 西若松駅より会津鉄道が会津線・野岩鉄道(会津鬼怒川線)・東武鉄道(鬼怒川線・日光線)に直通運転
花輪線 : 好摩駅よりIGRいわて銀河鉄道(いわて銀河鉄道線)に直通運転
八戸線 : 八戸駅より青い森鉄道(青い森鉄道線)に直通運転
大湊線 : 野辺地駅より青い森鉄道(青い森鉄道線)に直通運転
特急形車両は、使用路線ごとに仕様を特化した車両を導入する当初の方針から、設計を共通化し汎用的な使用を可能とする方針に転換しつつある。これは新幹線車両も同様で、線区によって使用車両を統一するという方針のもと、1990年代後半以降はフル規格のE2系・E7系、ミニ新幹線のE3系を中心に導入している。また2023年時点では、定期運転の気動車特急を設定していないため、JR旅客6社で唯一特急形気動車を保有していない。
なお、特急形車両の車体は普通鋼またはアルミ合金を使用することが多く、JR他社と比べて特急形へのステンレス車体の使用例が少ないため、形式全車での採用はE26系客車のみとなっている。
特急形車両のグリーン車は、JR発足後の車両では2+1人掛けの3列配置とし、他のJR各社も追随したが、255系電車以降の車両では一部を除いて2+2人掛けの4列配置となっている。これは首都圏ではグリーン車の利用が多いことから定員確保を重視したものとされる。
2021年4月1日現在、JR東日本には12の労働組合がある。カッコ内は略称。
組合員数が最大の労働組合は東日本旅客鉄道労働組合である。会社設立以来、労使共同宣言を締結し、協調路線を取っていたが、2018年の春闘において、「一律定額ベア」を要求、争議行為を予告した。そのため、会社から「労使共同宣言の失効」を通知され、以後、組合員の脱退が相次ぎ、わずか4か月の間に組織の3分の2にあたる約3万2千人が脱退し、定期大会で異例の「敗北宣言」を採択する事態となった。
脱退により大半の事業所で過半数の労組がない状況となり、労働基準法第三十六条に基づく協定(いわゆる三六協定)の締結を行うための代表者の選出として親睦団体「社友会」が設立されたが、社友会は労働組合ではない。
各労働組合のうち、東日本旅客鉄道労働組合、国鉄労働組合東日本本部、JR東日本労働組合、JR東日本新鉄道労働組合、JR東労働組合、ジェイアール・イーストユニオン、JR東日本新潟労働組合および全日本建設交運一般労働組合全国鉄道東日本本部は、会社との間で労働協約を締結している。JR東日本輸送サービス労働組合とは2020年5月15日に労働協約を締結した。
公式サイト より。一日平均。は、右欄の乗車人員と比較して増()、減()を表す。
2000年度から2011年度までは、1位 - 8位の順位はほとんど変動がなかった(一部年度で新橋駅と大宮駅が入れ替わっている)。特に2011年度は前年度と比べて1位の新宿駅から27位の町田駅まで全く順位変動がなかった。
しかし、2012年度は(公開されている)1999年度から一貫して5位となっていた東京駅が再開発事業に伴い乗車人員が増加し、横浜駅を追い抜いて4位になった。2013年度は、渋谷駅が東急東横線・東京メトロ副都心線の直通により乗車人員が3万人以上減少して25年ぶりに40万人を下回り、19年間保持してきた3位の座から一気に2ランクも下げ5位まで転落し、東京駅と横浜駅の後塵を拝することになった。また、同年度は新たに北千住駅が高田馬場駅を追い抜き、初のベスト10入りを果たした。
品川駅は堅調に利用者数を伸ばしており、長らく6位の位置にいたが、2016年度で5位になった。
渋谷駅は利用者減に歯止めがかかっておらず、先述の通り、2013年度は3位から5位へ転落し、2016年度は品川駅にも追い抜かれ6位に転落した。2008年度の東京メトロ副都心線開通時は池袋駅とともに減少傾向にあり、2013年度の副都心線と東急東横線の直通運転開始後は、池袋駅は持ち直しつつある一方、渋谷駅はその傾向がない。
3月26日:東北新幹線がこの日開業した北海道新幹線 新青森駅 - 新函館北斗駅間と直通運転開始。Suicaとicscaとの間で仙台エリア相互利用サービス開始。
2017年(平成29年) 5月1日:クルーズトレイン「TRAIN SUITE 四季島」が運行開始。 12月11日:アベリオ、三井物産との合弁事業でイギリスの列車運行会社であるウェスト・ミッドランズ・トレインズが運行を開始。
2018年(平成30年)7月3日:グループ経営ビジョン『変革2027』発表。
2019年(平成31年・令和元年) 3月23日:山田線 宮古駅 - 釜石駅間を廃止し、三陸鉄道に移管。 7月29日:社外向け広報誌『JR EAST』を2019年7月号で休刊すると発表(同年6月号の特集記事で過去の号に掲載された記事を無断改変するなどの捏造があったとの外部からの指摘を受けた措置)。 8月1日:東京都内4駅(東京・新宿・池袋・立川駅)でシェアオフィス事業を開始。 10月12日:令和元年東日本台風(台風19号)で多くの路線が被災し、特に北陸新幹線では長野新幹線車両センターが浸水して10編成(うち2編成はJR西日本所有)が水没した。 11月30日:相鉄線直通として、相模鉄道との相互直通運転を開始。東海道本線 鶴見駅 - 羽沢横浜国大駅間開業。
2020年(令和2年) 1月:東北・上越両新幹線の高架柱367本で耐震補強工事漏れが発覚。在来線についても調査開始。 3月14日:常磐線 富岡駅 - 浪江駅間の運転再開により、東日本大震災の影響による不通区間が全て復旧(BRT転換を含む)。東京近郊区間・仙台近郊区間を拡大。