2006年モンテネグロ独立住民投票
1999年8月5日、モンテネグロ政府がセルビアとの交渉を求めて発表した政治要綱では、対等なパートナーとしてセルビアと国家連合を形成すること、それぞれ独立した外交関係を保持することなどが盛り込まれており、国家連合そのものが有する権限自体は限られていた。セルビアとユーゴスラビアは憲法を無視した分離主義的な要綱として提案を拒否し、モンテネグロ議会ではこれを受けて国内の連邦施設を支配する法律が可決される。この法律に関係して、12月にポドゴリツァ空港の支配権をめぐってモンテネグロ警察と連邦軍が武力衝突する危機が生じていたが、モンテネグロが一歩引いて衝突は回避された。
この時期のモンテネグロの独自路線としては、1998年に連邦との予算交換を停止したり、1999年にモンテネグロ入国時に従来必要だったユーゴスラビア連邦のビザを不要としたり、独自の関税徴収に乗り出すといった動きがある。経済面では2000年にユーゴスラビア・ディナールに代わってドイツマルクを法定通貨とし、2002年にはユーロを採り入れている。
2000年にミロシェヴィッチが失脚すると、ヴォイスラヴ・コシュトニツァがその後任者としてユーゴスラビアの大統領に就任した。コシュトニツァは連邦の再編について提案したが、ジュカノヴィチは独立にこだわって国家連合様の制度を求めていた。