決号作戦
約10000機
1945年4月25日、海軍総隊司令部が創設され、司令部は連合艦隊、各鎮守府、各警備府を含む海軍の全部隊を統一指揮することになった(海軍総隊司令部は連合艦隊司令部を兼務)。初代の海軍総司令長官は豊田副武大将(連合艦隊司令長官と兼務)が、5月29日からは小沢治三郎中将が務めた。(なお、小沢治三郎が司令長官に補職された際に、南東方面艦隊と南西方面艦隊が海軍総隊より除かれて大本営直轄部隊に改められた。これは、両方面艦隊が遠隔地に取り残されており本土決戦には関与できなくなっていたことに加え、両方面艦隊の司令長官である草鹿任一、大川内伝七両中将が、小沢とは海軍兵学校同期とはいえ、小沢より先任で彼の指揮下に入ることが慣例上できなかったことによる。)
上陸予想地点を守備する第12方面軍などでの戦闘指導は、攻撃陣地は築城するが防御陣地の築城は行わない方針で、硫黄島の戦いや沖縄戦で実績のある、敵を内陸に引き込んでの持久戦ではなく、サイパンの戦いのような水際決戦戦術が採られていた。これは、浸透戦術や野戦砲の陣地転換を急速に反復するなどの高度な戦技を持たない粗製乱造の部隊が多い現状では、仮に持久戦を挑んでも決戦師団の到着まで戦線を維持できないと想定され、強力な防御を行うためには、もはや一か八かの玉砕戦法以外に取り得る防御戦術がないと判断された結果である。
本土決戦での戦闘教令としては、大本営陸軍部が1945年4月に示達した『国土決戦教令』がある。この教令は決戦間には傷病者の後送を行わないことを原則とする、戦闘中の部隊の後退を禁ずる、全部隊、全兵種を戦闘部隊とし、補給、衛生などを担う支援部隊であっても命令があれば突撃に参加する、敵が住民を盾にして前進してきた場合には躊躇無く敵を攻撃する(盾となっている住民の犠牲は考慮しない)など、全軍特攻の精神を持った極めて攻撃的な内容であった。
敵航空機への対処については、要撃機を完璧に隠匿して空襲から防御し、好機をみてボーイングB-29、コンソリデーテッドB-32、コンヴェアB-36、アブロ・ランカスター、Pe-8等の大型爆撃機のみを集中攻撃、小型機は原則無視する方針だった。