法務省
法務省の内部組織は一般的に、法律の法務省設置法、政令の法務省組織令及び省令の法務省組織規則が階層的に規定している。
法務庁設置法(昭和22年12月17日法律第193号)はその後に改正を重ね、中央省庁再編が始まる1999年まで存続した。
その中で、1949年(昭和24年)6月1日の行政機構改革では、法務庁は法務府に改称され内部部局が簡素化された。また、法務省を所管とする人権擁護委員法が成立した。
1952年(昭和27年)8月1日の行政機構改革では、法務府は法務省と改称され、法制に関する事務を内閣法制局に再び移管するなど、機構の大幅な整理が行われた。この行政機構改革の頃から、国家行政組織法別表において各省の筆頭に掲げられ、法務省は政府の各府省の建制順(列記する際の序列)では、内閣総理大臣が主任の大臣を務める総理府に次ぐ位置であった。
1954年(昭和29年)、国会に人権委員会設置法案が提出されるが廃案となる。1995年に日本が人種差別撤廃条約に加入したのち、2002年、2005年には人権擁護法案、2012年には人権委員会設置法案として新たに提出された。
2001年(平成13年)1月6日の中央省庁再編により、法務省設置法(昭和22年法律第193号)に基づく法務省が廃止され、法務省設置法(平成11年7月16日法律第93号)及び法務省組織令(平成12年6月7日政令第248号)に基づく法務省が設置され、各種の部局や審議会、施設機関が再設置された。
2023年度一般会計予算における予算定員は特別職8人、一般職55,214人の計55,222人である。特別職8人は、すべて法務本省であり、一般職の機関別内訳は法務本省が829人、法務総合研究所が84人、検察庁が11,865人、矯正官署が23,595人、更生保護官署が1,829人、法務局が8,926人、出入国在留管理庁が6,314人、公安審査委員会(事務局)が4人、公安調査庁が1,768人となっている。特別会計の予算定員は、東日本大震災復興特別会計(法務省所管分)9人(すべて法務局)である。
以上は定員内職員についてであるが、これとは別に法務省には非常勤職員など多数の定員外職員が在籍している。非常勤職員については2022年7月1日現在の総数は58,758人で、国の行政機関の非常勤職員(158,554人)のおよそ37%が法務省に在籍している計算である。これは更生保護ボランティアである保護司47,718人を含んでいることによる。ほかに委員顧問参与等職員が4,835人おり、厚生労働省(7,531人)の次に多い。続いて事務補助職員が3,910人、技能職員が586人、医療職員が532人、教育職員が378人などとなっている。教育職員は国の行政機関に任用された者(421人)の9割を占めている。非常勤職員とは別に再任用職員は3,178人となっている。さらに傷病や労組専従による休職が194人、育児等の休業が566人、派遣(国際機関、法科大学院、弁護士職務経験等)が39人となっている。
2007年度新司法試験における慶應義塾大学法科大学院教授による類題講義では、当該行政法教授の考査委員解任以降、司法試験委員会による調査結果により、影響が明らかでないとして何ら是正措置はとられなかった。但し、合格発表後、難問の択一行政法18問目における慶大生の正答率が5%以上高かったこと、慶大の合格率は前年の9位から3位に上昇していたことなどが明らかとなっている。
ただ、その調査方法は問題の渦中にあったと指摘された複数の慶大教授らの自己申告を調査報告とし、さらに自己申告の任意とし、申告なき者は当該調査から外されるなど不可解な点が多く指摘されている。また解任された行政法の教授に対するヒアリングなどもなされていない。
これは、行政法同様に漏洩が指摘されていた刑事法では現職の派遣検察官が講義を行っていたためとされ、よって法務省が当初から結論ありきに終始していたためとも指摘されている。
序列は総務省に次ぐ2番目となった。
2017年(平成29年)6月15日、改正組織犯罪処罰法にテロ等準備罪が新設され、日本国は国連の組織犯罪防止条約及び腐敗防止条約を受諾することとなった。
2012年(平成24年)11月9日、三条委員会である人権委員会設置を目的とする人権委員会設置法案が再度提出された。同法案の趣旨は、同委員会は、(1) 政府からの独立性を有する立場で、公権力による人権侵害行為を始めとする人権侵害行為についてより実効的な救済を図る、(2) 新たに調停・仲裁の制度を取り入れて救済を推進する、(3) 国内の人権状況等を踏まえ、内閣総理大臣、関係行政機関の長又は国会に対し意見を提出することができるというものであったが、同月16日の衆議院の解散により廃案となり、国内人権機関は未だ設置されていない。
2019年 (平成31年) 4月1日内局である入国管理局が廃止され、新たに外局に出入国在留管理庁を新設する組織改編を行った。
現行の司法法制部は、国内外の法令、法務に関する資料の整備、編纂、司法省であった1921年(大正10年)に始まる『法務資料』の刊行、霞が関の法務図書館の運営、2009年(平成21年)からは『日本法令外国語訳データベースシステム』(Japanese Law Translation)の運営などを行い、また日本司法支援センターの運営に関する業務を行っている。