熊本県の歴史
菊池川流域で発掘される古墳群は少々時代が下り、竜王山古墳(山鹿市)・山下古墳(玉名市)・院塚古墳(岱明町)が知られ、これらは日置部君(ひおきべのきみ)一族の地とみなされる。阿蘇一宮町にある中通古墳は阿蘇君(あそのきみ)の築造とされる。これらの墳墓から発掘される貝輪などは、当時の豪族がさかんな交易を行なっていたことを示している。さらに、阿蘇溶結凝灰岩から作られた舟形石棺が瀬戸内海沿岸や近畿地方の古墳にも用いられている ことから、この交易は相当広範囲にわたる規模のもので、豪族たちの権勢を支えていたと推測される。県全体で確認された古墳は約1300程を数え、これは国内の24%に当たる。
磐井の乱以後、九州への支配体制を強化した大和朝廷は、当地の軍事力の再編成や屯倉の設置など支配力を強化した。この一連の中で、火の国には大伴氏の部民が多く配された。これらは、『万葉集』巻5、『和名類聚抄(和名抄)』、東大寺出土木簡などの記述から見いだせる。『日本書紀』にある火の国の春日部屯倉(熊本市春日町)は九州中南部の豪族反乱へ睨みを利かす朝廷の出先機関という性格を有し、軍事的かつ経済的拠点としても機能した。『隋書』の中に阿蘇山噴火を記した下りがある。これは遣隋使が行われた推古天皇期に伝えられた情報と考えられており、火の国が大和朝廷にとって重要な拠点のひとつだったことを示す傍証にもなっている。
幕末、人吉藩は新宮行蔵らが教える山鹿流兵法が主流だったが、幕府の講武所で世話役を務めていた松本了一郎が洋式兵制を持ち込み、両者の対立が激化した。文久2年(1862年)、城下の火災で武具類が焼失したことを期に松本らが藩の武装を洋式へ切り替えるよう主張したが、藩主・相良頼基は許可しなかった。慶応元年(1865年)、洋式派が頑なな頼基を廃する計画を立てているとの噂が流れ、藩は山鹿流派に松本らを討たせた。これは丑歳騒動と呼ばれ、洋式派に同情が寄せられた。藩は武装の再整備に一部洋式を取り入れたが、慶応3年には次代の趨勢に乗り洋式兵制へ全面的に切り替えた。この際、人吉藩は指導を薩摩藩から受けたが、その影響によって公武合体から倒幕への傾斜が強まっていった。
この状況にさらに混沌をもたらす二つの存在が肥後国に向かっていた。一人目は南朝の征西大将軍・懐良親王であった。親王は伊予・薩摩を経て、貞和4年/正平3年(1348年)肥後の宇土に着いた。迎えた惣領を継いだ菊池武光を伴い、阿蘇惟澄の所領を通過して菊池氏の隈府山に入った。
そして二人目は足利直冬。足利尊氏の庶子ながら父に疎まれる、叔父足利直義の養子になっていた。高師直・師泰兄弟と対立していた直義は、貞和5年/正平4年(1349年)直冬を中国探題に任命し、中国地方に影響力を及ぼそうとした。しかし師直は、配下に直義を攻めさせた。この時、直義を助けたのが肥後武士・河尻幸俊だった。河尻氏は、源高明の孫・実明を源流とし、飽田南郷川尻(現:熊本市)にあった国衙役人の系統にある清和源姓の一族とされる。鎌倉時代中期には、河尻泰明が寒巌義尹を招いて大慈寺を開山し、朝廷や北条氏との関係を設けて勢力を伸ばした。肥後国の中では北朝に属していた。
河尻幸俊に招かれ肥後に入った足利直冬は、幕府の威を借りて九州の武士団に指揮下に集結する呼びかけを行い、また所領安堵などを与えた。
文化6年(1809年)に生まれた横井小楠は秀才の誉れ高く、時習館寮長を経て江戸遊学を許された。その地で藤田東湖などとの交流を持ち、水戸学の影響を大いに受けた。酒の失敗で帰国し謹慎中、彼は勉学を通して訓詁学的朱子学を教える時習館を否定する側に回り、李滉学派の儒者・大塚退野の影響を色濃く受け、道理の実践を重視する思想を身につけた。これには家老の長岡是容らが賛同し、共に学びながら、やがて政治改革を思考する「実学党」結成へと発展していった。
幅広い支持を受ける実学党は、奢侈排除や農村復興、特権商人排斥などを掲げる「時務策」を示して藩政に意見した。これには主流派であり時習館教義を採る保守傾向を持った「学校党」の反発を生み、両者は長く対立することになる。弘化年間に交流があった江戸の徳川斉昭らが蟄居の処分を受けると実学党も影響を被り、長岡是容は家老職を罷免されるなど発言力を急速に失った。その後、安政年間に実学党は、是容を中心とした「明徳派」(坪井派)と、小楠中心の「新民派」(沼山津派)に分裂する。当の横井小楠は魏源の『海国図誌』に影響され、開国と富国強兵策を奉じるが、熊本藩では理解を得られず、松平春嶽の求めに応じて福井藩へ活躍の場を移した。
また、熊本藩には国学を掲げる「勤皇党」も生まれた。 高本紫溟は本居宣長とも親交があり、時習館の教授職時代には同館に国学教科を加えもした。思想家林桜園は紫溟の弟子・長瀬真幸に学び、熊本城内の千葉城に 私塾「原道館」を創立し、2000人ともいわれる弟子に国学を教えた。
龍造寺配下にあった肥前の有馬晴信は、島津氏に通じた。天正12年(1584年)初め、裏切りに龍造寺隆信は懲罰の兵を島原に向け、島津義久はこれを好機と捉えた。3月、大将・島津家久以下の大軍を肥前に進め、龍造寺氏との決戦(沖田畷の戦い)に臨んだ島津方は激戦の末勝利を掴み、肥後の覇権を手中にした。よもや肥後武士は反抗の態度を示さず、9月8日には島津義弘が八代に到着し、12日には隈本城に入った。隈部親泰ら肥後北部の国人らも恭順の意を示す中、唯一大友氏との繋がりを持つ阿蘇氏だけが従わなかった。しかしこれも、阿蘇方の智将甲斐親直が天正13年(1585年)7月3日に没すると島津氏は攻撃を始め、御船の田代快尊・宗傳父子など、阿蘇方勢力下の城を次々を攻め落とし、翌年には阿蘇本拠の矢部を落とし、肥後制圧を完全なものとした。
島津氏は鹿児島・種子島に伝来した鉄砲を有力な武器として、九州各地の戦いで圧倒した。
島津氏は八代を拠点に、各要所に配下の番衆を置いて肥後支配を始めた。しかし、既に占拠した日向国のように地頭職に家臣を就け、その配下に地域の武士団を納めて軍事組織化するには至らなかった。これは、異なる統治手法を用いようとしたのではなく、尾張国に発した新たな時代の奔流が猶予を与えなかったためである。
平安時代後期、日本各地で武士が勃興し勢力を確立してゆく。これは肥後国においても同様に見られ、有力な武士団が形成された。しかし、いずれも肥後一国を支配下に置く「一国棟梁」に至った者は生まれず、これは豊臣秀吉の登場を待たなければならなかった。
肥後を代表する武士団は菊池・阿蘇の両氏であり、緑川流域の木原氏や諸島部の天草氏、人吉や球磨川流域に拠した関東下向系の相良氏、戦国時代に名を馳せた隈部氏なども知られている。肥後に限らず九州の武士は府官すなわち大宰府に所属する仕官を源流とするものが多く、刀伊の入寇時に戦いに当たった諸氏の記録に名が見られる。
1884年(明治17年)、宇土半島先端の三角町では、国主導の国際貿易港整備が始まり、3年後に三角港として開港した。これに関連し付帯工事として鉄道建設も計画され、1886年(明治19年)には門司 - 三角間の敷設が許可された。これには、松方デフレ終息と企業活動の活発化を背景とした鉄道待望論の盛り上がりがあった。1891年(明治24年)7月1日、長洲駅・高瀬駅(後の玉名駅)・植木駅・池田駅(後の上熊本駅)を経由して熊本駅まで繋がる鉄道が開設した。池田駅と熊本駅は市街よりもかなり西側に設置されたが、これは純粋に用地買収問題に拠るもので、鉄道忌避論の影響はなかったとされる。
鉄道は順次延伸され、1908年(明治41年)には人吉駅まで敷設された。これは、人吉藩家老家出身の渋谷礼ら有志による誘致運動が好を奏したもので、後に文部大臣となった長谷場純孝が推した海岸線ルートが採用されなかった背景には、軍部の意見もあった。球磨川沿いの鉄道路線は地域住民の足として、また観光コースとしても賑わった。翌年には鹿児島県までの路線が開通し、スイッチバックや日本初のループ式路線が採用された。