ブラガンサ王朝
1821年に宮廷はリスボンに帰還するが、ブラジルは翌1822年にブラジル帝国として独立し、摂政として残留していたペドロ王太子を皇帝ペドロ1世として擁立した。以後、ペドロ2世まで2代の皇帝が続いたが、1889年にクーデターによって帝政が廃止された。
ジョアン6世の没後、ポルトガル王位継承を巡ってペドロ1世とミゲルの兄弟が争うポルトガル内戦(1828年 - 1834年)の後、マリア2世の下で王室は権威を回復する。しかし19世紀後半の産業革命によって台頭したブルジョアジーの間に共和主義が台頭し、1910年10月5日革命によって王制は打倒され、ポルトガル最後の国王となったマヌエル2世はイギリスへ亡命した。
こうして王朝は断絶したものの、男系の家としては断絶せずに現在も続いている。