愛知機関区
1000番台35両(1002 - 1005・1008 - 1011・1013・1015・1017・1018・1020 - 1028・1033 - 1039・1042 - 1047・1049号機)が所属している。
中央本線、篠ノ井線、山陽本線、伯備線にて運用されている。
2010年3月13日のダイヤ改正以降、高崎機関区や岡山機関区に配置されていたEF64形を全機当区へ転属させ、JR貨物に在籍する全てのEF64形が当区に配置となっている。
1000番台1両、800番台5両の計6両(1028・825・857・1801・1802・1804号機)が所属している。
主に関西本線の貨物列車で運用され、以前は高山本線、紀勢本線、伊勢鉄道伊勢線でも運用されていた。2021年(令和3年)3月のダイヤ改正をもって全車両の運用が終了した。