X-ファイル シーズン3
シーズン2最終話「アナサジ」で、シガレット・スモーキング・マンに貨車ごと爆破されたモルダーだったが、アルバート・ホスティンの祈りによって辛うじて一命をとりとめた。その頃、スカリーの姉、メリッサはスカリーと間違われて銃撃され、命を落とした。真実を追い続けるモルダーとスカリーは、ナチスに加担した科学者たちが天然痘撲滅計画と並行して人体実験を極秘に行っていたことを知る。その実験では、エイリアンと人間の混血種が作り出された。
その後、モルダーはエイリアンを解剖する様子が収録されたビデオテープを入手する。そのテープを手がかりに調査を進めたモルダーは、エイリアンと人間の混血種を運搬する貨物列車に潜入することができた。しかし、モルダーはシンジケートに発見されて殺されそうになったが、ミスターXのおかげで難を逃れることができた。その頃、スカリーは自身と同じようにエイリアンに誘拐された経験を持つ女性たちに会っていた。その後、スカリーはシンジケートの幹部、ファースト・エルダーから、自分が日本人の科学者によって実験台にされていたことを知らされる。
第二次世界大戦中に沈没した潜水艦を海底から引き揚げたフランス船籍のサルベージ船の乗組員が一人を除いて全員被爆した。被ばくを免れた1人は、実はブラックオイルに感染していたのである。ブラックオイルはその一人の身体をコントロールし、母星へ帰ろうとした。何人かの体を渡り歩いたブラックオイルはアレックス・クライチェックに感染する。ブラックオイルはクライチェックの身体を操って、UFOが隠されているミサイル基地へ向かった。その頃、スカリーは姉のメリッサを殺害した犯人の行方を追っていた。