生物多様性の観点から重要度の高い湿地
木之本町の農業用水系
山門湿原
饗庭野湿原
彦根から米原地域の湧水群
河内風穴
滋賀県湖東・湖南地域のため池群
琵琶湖
淀川水系
亀岡市の水田地帯
丹後半島沿岸から若狭湾
八丁平湿原
深泥池湿地
京都市・丹波・山城地域のナゴヤダルマガエルの生息地
由良川源流域
大フケ湿原および周辺湿地
丹後・但馬地域のアベサンショウウオの生息地
生駒・信貴山麓,矢田丘陵地のため池群
丸山湿原群
尼崎市臨海部
浜甲子園
六甲山北面沢地群
神戸市北区藍那地区の湿地
淡路島中南部の農業用水系
洲本地先沿岸
家島周辺沿岸
夢前川右岸の水路
揖保川河口および新舞子海岸
砥峰高原湿地
加古川源流域および黒井川流域
羽束川および西山川
東播磨北部地域の農業用水系
あびき湿原
加古川河口
千種川水系の安室川
佐用郡佐用町の農業用水系
千種川の河口部
円山川下流域および周辺水田
岸田川支流の最上流域
お亀池
紀伊半島のキリクチの生息河川
二津野ダム
紀の川・和歌川の河口部
有田川河口
沼池
日高川河口
田辺市から日高郡のため池群
和歌山千里の浜
南紀白浜から南紀田辺
串本町田原地区の水田・湿地
串本町西岸および通夜島北岸
ゆかし潟および太田川河口
新宮藺沢浮島の森