ヤミ専従
大臣直属の「服務違反調査委員会」はこれに先立つ11月4日にこの問題に関する最終報告書を公表したが、告発については慎重な判断を求めていた。しかし給与をもらいながら組合活動をしていた行為は公的年金制度の信頼を損ねるものだとし、舛添厚労相は厳しい対応を取ることに決定した。
2008年12月26日、舛添要一厚労相は40人の職員及び元職員を背任容疑で東京地検に刑事告発した。報道によると、刑事告発の対象の40人のうちヤミ専従の当事者は現役職員の16人であり、残る24人は当時の上司らである(このうち10人はすでに退職している)。この刑事告発について日本経済新聞は「時効により刑事告発できなかった者の分を含め、不正に受け取ったとされる給与計8億3000万円については、すでに大半が労働組合から社保庁に返還されており、不起訴となる可能性もある」と報道した。
2009年2月27日 、東京地検特捜部は27日、厚生労働省が背任容疑で刑事告発した職員と上司の計40人を「すでに弁償を済ませている」などとして起訴猶予処分にした。報道によると特捜部は起訴猶予とした理由について、事実上慣習化していたこと、減給処分などで一定の社会的制裁を受けたなどとしている。
2005年、大阪市役所の職員で構成される労働組合である大阪市職員労働組合(市職)や大阪市立学校職員組合(学職組)の役員が、大阪市から給与を受け取りながら勤務をせず、上部組織の全日本自治団体労働組合大阪府本部にて組合活動をするという「ヤミ専従」をしていたことが判明した 。また、大阪市労働組合連合会(市労連)加盟で自治労傘下の大阪市従業員労働組合(市従)の役員が「ヤミ専従」や「カラ残業」を行ったとして、7人の大阪市職員から外部委員会に通報された。
また市民団体「見張り番」からも、住民監査請求が出された。この請求は同労組役員3人に対し給与など約7,800万円の返還を求めたもので、その請求書面によると同労組の役員3人はほぼ出勤することがなく、出勤したとしても「組合活動だ」と言って職場から出て行ってしまう状態でありながら残業代を受け取っていたり、同僚と登山に行った際も記録上は出勤扱いになっていた。