佐世保線
そして2000年3月11日に「彗星」との併結化に伴い「あかつき」の佐世保駅発着列車が廃止されたのを最後に、佐世保線と本州を直通する優等列車、および佐世保線に乗り入れる夜行列車は消滅した。
また、1999年3月13日から2003年3月14日までは、大村線経由の特急「シーボルト」が佐世保駅 - 長崎駅間で運行されていたが、利用不振により廃止された。
佐世保線を運行する優等列車は、特に鹿児島本線博多駅 - 鳥栖駅間の線路容量の関係から、本州直通列車を含めて、多くの列車が肥前山口駅(現:江北駅)で長崎駅発着の列車と分割・併合する多層建て列車として運行されてきたが、2011年3月12日の九州新幹線鹿児島ルートの全線開業に伴うダイヤ改正で「かもめ」と「みどり(・ハウステンボス)」の併結が終了したのを最後に、肥前山口駅で分割・併合を行う優等列車はなくなった。
江北駅で長崎本線から分岐し、長崎県北部の佐世保駅まで伸びる路線。佐世保市と佐賀市や福岡市を結ぶルートの一部となっており、山陽新幹線・九州新幹線に接続する福岡市の鹿児島本線博多駅から、佐世保駅や大村線ハウステンボス駅へ直通する特急列車が走っている。2022年9月23日からは西九州新幹線に接続する特急「リレーかもめ」が江北駅 - 武雄温泉駅間で運転されるようになり、長崎市と佐賀市や福岡市を結ぶルートの一部にもなっている。
ほとんどの区間で国道34号・国道35号と並走している。佐賀平野や早岐駅周辺は軟弱地盤地帯で、この区間は路盤が非常に悪いため単線用の架線柱の多くが、両側支持の門型の物になっている。
佐世保線内各駅のプラットホーム有効長は最大で21メートル車9両(機関車含む)に対応している。また、江北方面と佐世保方面とを行き来する列車は、構内配線の都合上早岐駅で進行方向が逆転(スイッチバック)する。特急列車が毎時1本程度運行されており、同一方向への続行運転も可能であるが、早岐駅を除いて線内の駅で先行列車を追い抜くことはほとんどない。
2022年9月23日以降は長崎本線の長崎県内区間が電化廃止となったため、同県内では大村線早岐駅 - ハウステンボス駅間と共に数少ない電化路線となっている。また、従来は全線単線であったが、同日の改正で特急「リレーかもめ」が運転されるようになり特急列車の運行本数が増えたため、途中の大町駅 - 高橋駅間が改正に先んじて複線化されている。