イーオン・フラックス
2011年に致死性のウイルスが突如発生、人類の99%が死滅したことで、世界は人類滅亡の危機に陥った。科学者トレヴァー・グッドチャイルドの開発したワクチンで生き残ったわずか500万人の人類は、救世主の子孫グッドチャイルド一族の圧政的な管理化の下、汚染された外界と壁で隔てられた都市ブレーニャで暮らしていた。病気も飢餓も戦争もないユートピア都市は秘密と虚偽で成り立っていた。
2415年、反政府組織「モニカン」の革命戦士イーオン・フラックスには、幸せな結婚をした妹ウナがいた。ところが妊娠したばかりの妹が反政府分子として抹殺され、イーオンは政府に復讐を誓う。政府要塞の警備システムの解除法を得た「モニカン」は、現君主トレヴァー8世の暗殺指令をイーオンに下す。2本の足を手に変えた改造人間シサンドラを援護に付け要塞に進入したイーオンだったが、トレヴァーを探し出して銃を突きつけた瞬間、彼と愛し合う自分の姿がありありと浮かんだ。イーオンを見たトレヴァーは彼女を別の名で呼ぶ。混乱するイーオンの頭に突然激痛が走る。イーオンはトレヴァーを殺せないまま意識を失い、崩れ落ちた。
目を覚ますとイーオンは独房に監禁されていた。事前に仕掛けていた追尾式の小型爆弾で脱出するが、トレヴァーにカプセルを与えられ、そのメッセージを読み取った彼女はトレヴァーのもとへと戻る。イーオンは戦おうとも逃げようともしない丸腰のトレヴァーに銃を突きつけるが、憎いはずの彼をどうしても撃つことができない。自分が自分ではない感覚に支配されていく。そしてトレヴァーに優しく肩を抱かれ、腕に包まれる。イーオンはもがいたが無駄だった。