ヒガシナメクジウオ
ナメクジウオ類には世界に3属35種が知られ、それらを1科にまとめる。日本には3属4種が知られる。本種が含まれるナメクジウオ属は、生殖腺が左右両側にあるのに対し、他の属では右側のみに発達することで区別出来る。本属のものは日本では本種のみである。
従来、日本産の種はインド洋から西太平洋に分布する B. belcheri と同じものとされ、この学名が使われてきた。ところが2005年に中国沿岸のナメクジウオ属に2種が存在することが示され、日本産のものは B. belcheri ではないとし、下の学名が当てられた。B. belcheriでは肛門前鰭室が80-100とずっと多いなど、形態的にも違いがあり、また遺伝子的にも違いがある。生殖時期もずれるという。
Branchiostoma ナメクジウオ属 B. japonicum ヒガシナメクジウオ
ナメクジウオの名は、この類が最初に記載された時、ナメクジの1種とされたことに基づく。そこから日本産の種の標準和名として使われるようになったものらしい。
ただし、ナメクジウオの名称は頭索動物の総称として使われることも多く、種の和名と混同しがちであるとのことで、本種だけの和名としてヒガシナメクジウオという名が提唱された。しかし、後述するように日本産の種はその後に学名が変更になった。この和名は形式的にはそれ以前の学名である B. belcheri に対して与えられたことから、安井(2012)は日本産のナメクジウオには和名がない状態であると述べている。しかしその後、改めて本種をヒガシナメクジウオと呼称している文献もあるので、本記事もそれに従った。