プテロダクティルス
Pterodactylus という名称は、1815年にコンスタンティン・サミュエル・ラフィネスク (Constantine Samuel Rafinesque) が著書の中でキュビエの命名のラテン語化として Pterodactylus Cuv. としたものと、ラフィネスクのラテン語化に気づかなかったキュヴィエが1819年に自身の論文の中でアイヒシュテット標本に対して命名したPterodactylus longirostris という形で公表したものがその始まりである。いずれにしてもこれは国際動物命名規約 (ICZN) 上、1809年にPtero-dactyle という形で発表した物を学名の記名法に合わせるため微修正しただけと判断される。すなわちICZN 33.2 において規定されている"正当な修正名"に相当し、命名の優先権と日付は保持されるので、属名の命名年は1809年となる。そのためこの名称は1812年に文書として発表されたゼメリンクのOrnithocephalus に対して優先権を持つ。
マンハイムの選帝侯コレクション中のこの奇妙な動物の化石にキュビエの注意を向けた人物であるヨハン・ヘルマンもこの動物が哺乳類説を支持した一人である。彼はこれを哺乳類と鳥類の中間に位置する哺乳類であると考えた。
ゼメリンクらと同じくこの生物は飛翔する哺乳類だと考えた人物にイギリスのエドワード・ニューマンがいる。空を飛ぶという行動様式をとる以上、爬虫類のような変温動物ではなく活動的な恒温動物でなければならないという観点によるものであった。ただし彼の説がゼメリンクと異なるのは、翼手目(コウモリ)ではなく有袋類であると考えたことである。これには1831年にゲオルク・アウグスト・ゴルトフス(英語版)がスカフォグナトゥス標本に体毛の痕跡が見られると発表したこと、さらにそれ以前にウィリアム・バックランドが記載したジュラ系ストーンズフィールド粘板岩産の"オポッサム"をめぐる論争が影響を与えていたといわれている。そのため彼が1843年に発表した復元図では、体毛と耳介をもって空を飛ぶ翼竜が描かれている。
(ゼメリンクの1810年の発表は講演であったので、規約上の正式な発表は1812年となる)
しかし、1809年の時点ではキュヴィエは種に対しては命名していなかったので、種小名としてはキュヴィエが1819年に命名したlongirostris ではなく1812年ゼメリンク命名のantiquus に優先権がある。そのためプテロダクティルス属の模式種の名称はPterodactylus antiquus となり、種への命名者もゼメリンクである。現在有効とされている命名者は以下のようになっている。
属:Pterodactylus Cuvier, 1809
模式種:Pterodactylus antiquus (Sömmerring, 1812)
また、世界で最も古く報告された翼竜であるためしばらくは空を飛ぶ爬虫類の代表格として扱われていたことから、英語の "pterodactyl" や日本語の「翼手竜」のように、この生物名に由来する言葉が翼竜目全体を指す専門的でない俗語的な言葉として使われている場合がある。