アクア・トトぎふ
飼育もしくは飼育展示されている生物のうち、公式ウェブサイトか本項のいずれかに名の挙がっている種を、おおよそ分類学に準じた形(いくぶん素人向けに開いた形)で列記する。
★印つきは、繁殖成果によって当館が日本動物園水族館協会の「繁殖賞」 を受賞した種を示すもので、2012年(平成24年)時点で5種を数える。
岐阜にすむ水生昆虫・里山の生きもの水槽
ゲンゴロウ、マツモムシ、タガメ、タイコウチなど。
淡水魚博士の探検小屋
メコン川の河岸にあって博士たちがメコン川の環境調査を行っている「メコン川淡水環境研究所」という舞台設定で、日本(釧路湿原、吉井川)、中国、東南アジアの淡水生物を展示。イトウ、オヤニラミ、エンツユイ、オオアタマガメなど。
メコン川エリア
メコンオオナマズ、テッポウウオ、オニテナガエビなど。
コンゴ川エリア
サカサナマズ、ゴライアスタイガーフィッシュ(ムベンカ)、ニシアフリカコガタワニなど。
タンガニーカ湖エリア
シクリッド(アフリカン・シクリッド)の仲間(キフォティラピア・フロントーサ、シノドンティス・マルチプンクタータス、ネオランプロローグス・ロンギオール、トロフェウス・モーリーなど)。
無顎上綱 - 頭甲綱 - ヤツメウナギ目 - ★スナヤツメ
板鰓類(サメ・エイ類) トビエイ目 - ポタモトリゴン・モトロ
条鰭類 アロワナ上目 アロワナ目 - アロワナナイフ、シルバーアロワナ、ピラルクー、バタフライフィッシュ カライワシ上目 ウナギ目 - ウナギ 骨鰾上目 コイ目 コイ科 - コイ、ギンブナ、イタセンパラ、シルバーシャーク、キンセンラスボラ(cf. ラスボラ) ドジョウ科 - スジシマドジョウ(cf. シマドジョウ) カラシン目 - ネオンテトラ、ピラニア、ヒドロキヌス(タイガーフィッシュ。cf. ムベンガ)、コロンマ ナマズ目 - ナマズ、ネコギギ、レッドテールキャットフィッシュ、オキシドラス(英語版)、メコンオオナマズ、サカサナマズ、デンキナマズ デンキウナギ目 - デンキウナギ 原棘鰭上目 キュウリウオ目 - アユ サケ目 - イトウ、サクラマス、ヤマメ、アマゴ、イワナ 棘鰭上目 ダツ目 - メダカ スズキ目 スズキ亜目 - ナイルパーチ、テッポウウオ、オヤニラミ キノボリウオ亜目 - キノボリウオ ベラ亜目 - ナイルティラピア(英語版)、エンゼルフィッシュ トゲウオ目 - ハリヨ