スター・トレック イントゥ・ダークネス
クロノスでは、ヒカル・スールーにエンタープライズの指揮を一時的に任せ、カークとスポックが、クリンゴン語を話せるウフーラを連れて地上に降り、クリンゴン人パトロール隊との交渉を試みる。だが、その最中にハリソンが銃を乱射しながら現れ、ほぼ1人でパトロール隊を全滅させる。超人的な強さを発揮するハリソンだが、エンタープライズが72個の魚雷を搭載していると聞くと、あっさり降参する。そして、エンタープライズに捕われたハリソンは自分の正体を明かす。
ハリソンの本名はカーンといい、その正体は300年前に遺伝子操作を受けて誕生した優生人類であった。彼によりカークは光子魚雷の中にカーンの72名の部下らが冷凍睡眠の状態で格納されている事実も聞かされる。そこへマーカス提督がドレッドノート級の新型戦闘艦U.S.S.ヴェンジェンスに乗ってカーク達の前に現れる。マーカス提督はカーンを引き渡すように命令するが、カークは拒否して地球へとワープで発進する。しかし、ワープ中に追いついたヴェンジェンスに攻撃され、エンタープライズは月まで2万キロの位置でワープから離脱してしまう。提督はカークの説得に応じずエンタープライズを撃墜しようとするが、ヴェンジェンスに潜入していたスコッティの妨害工作によりパワーが切れてしまう。その隙にカークとカーンはヴェンジェンスに直接飛び移り、合流したスコッティらと共にブリッジの制圧に成功する。しかし、カーンはカークの隙を突いてマーカス提督を殺害し、さらにカークらを人質にして部下らが乗った光子魚雷を引き渡すようスポックを脅迫する。
エイブラムス、カーツマン、オーチらは悪役を選ぶのは難しいと述べ、エイブラムスは「ロッデンベリーが創造した宇宙は、ある特定のものが目立つのは難しいくらいに広大である」という理由を語った。また彼らはインタビューでカーン・ノニエン・シンとクリンゴン人になる可能性について論じた。10月、カーンは登場しないと報じられた。カーツマンとリンデレフは、「ストーリーが壊れて」おり、むしろ続編というより単独の映画として機能するだろうと述べた。しかしながら12月、エイブラムスはまだ脚本が出来ていないことを認めた。
2011年1月、エイブラムスはまだ脚本を見たことが無く、自分が監督するかどうかはまだ決まっていないと語った。パラマウント映画はエイブラムスに接近し、続編を3Dにするよう要請した。J・J・エイブラムスは、本作は3Dで撮るのではなく、2Dで撮ったものをポストプロダクション時に3Dに変換し、またIMAXフォーマットでの撮影の可能性があると述べた。2月、オーチーは3月までに脚本を提出するとTwitterで述べた。脚本が完成していなかったものの、パラマウントはプリプロダクション時に融資を開始した。クリス・パインは次のジャック・ライアン映画が同様の状況に陥っていることが、先に『スター・トレック』の続編を撮影することを意味していた。4月、オーチーはワンダーコン(英語版)にて映画の脚本の第1稿が完成したことを明らかにした。