東日本フェリー
函館 - 青森航路に就航。1968年就航、1981年北海商船に売船。
第五大函丸
788.49総トン。全長61.00 m、幅12.80 m、深さ3.96 m、出力1,500馬力。航海速力15.50ノット。
旅客定員452名、車両積載数:トラック18台。楢崎造船建造。
函館 - 大間航路に就航。1969年就航、1988年売船。
第一陸奥丸
1231.80総トン。全長74.70 m、幅14.20 m、深さ4.70 m、出力6,400馬力。航海速力18.50ノット。
旅客定員357名、車両積載数:トラック24台。日立造船田熊工場建造。
函館 - 野辺地航路に就航。1969年就航、1983年売船。
室蘭丸
1215.44総トン。全長74.70 m、幅14.20 m、深さ4.70 m、出力6,400馬力。航海速力18.50ノット。
旅客定員346名、車両積載数:トラック24台。楢崎造船建造。
室蘭 - 大間航路に就航。1969年建造、1970年就航、1986年売船。
第二陸奥丸
1231.80総トン。全長74.70 m、幅14.20 m、深さ4.70 m、出力6,400馬力。航海速力18.50ノット。
旅客定員357名、車両積載数:トラック24台。日立造船田熊工場建造。
函館 - 大間航路に就航。1970年就航、1977年売船。
第六大函丸
786.02総トン。全長61.35 m、幅12.80 m、深さ4.00 m、出力2,000馬力。航海速力13.78ノット。
旅客定員618名、車両積載数:トラック18台。楢崎造船建造。
函館 - 大間航路に就航。1970年就航、1977年売船。
第十函館丸
1495.27総トン。全長82.80 m、幅16.20 m、深さ5.10 m、出力5,320馬力。
大洗 - 室蘭航路、仙台 - 苫小牧航路に就航。1987年就航、1999年イタリアへ売却。
びすば(VISVA)
2,290総トン。全長98.6 m、幅17.2 m。航海速力18.7ノット。
旅客定員456人。車両積載数:トラック35台。内海造船瀬戸田工場建造。
函館 - 青森航路に就航。1986年竣工、1999年九四フェリーボートへ売却され「九州」として就航。
船名の由来はインド神話の全ての神々の総称より。
べえだ(VEDA)
5,087総トン。全長126 m、幅20.0 m。航海速力20.9ノット。
旅客定員520人。車両積載数:乗用車15台、トラック98台。内海造船瀬戸田工場建造。
函館 - 青森航路に就航。1986年8月就航、2000年韓国へ売却。
船名の由来は、インド神話の天・空・地の三界に配置された神の総称「ヴェーダ」より。
ばるな(VARUNA、初代)
15,404総トン。全長188 m、幅24.0 m。
旅客定員607人。車両積載数:トラック156台、乗用車100台。内海造船瀬戸田工場建造。
元太平洋フェリー「だいせつ」。大洗 - 室蘭航路に就航、同航路第一船。1985年就航、1987年ギリシャへ売却。
ぼらん(VOLANS)
5,100総トン。全長126.2 m、幅20.0 m。
旅客定員520人。車両積載数:トラック88台、乗用車15台。内海造船瀬戸田工場建造。
室蘭 - 八戸、苫小牧 - 八戸、函館 - 青森航路に就航。1983年竣工。
船名の由来はアルゴ座のそばを泳ぐように見えるところから命名された「とびうお座」より。
フェリーはちのへ (初代)(FERRY HACHINOHE、初代)
1979年10月竣工。3,774総トン、全長114 m、全幅19.
2008年9月8日、北海道と青森を結ぶ3航路について、燃料費の高騰や利用客の伸び悩みなどから今年度およそ50億円の赤字が見込まれるため、同年11月末で撤退することを発表した。
主力事業である函館 - 青森航路の2隻の在来船については、親会社のリベラホールディングス傘下の道南自動車フェリーが引き継ぎ、同年12月以降も運航を継続。残りの室蘭 - 青森と函館 - 大間の航路についても、自治体の支援次第で道南自動車フェリーに引き継ぎ、運航を継続する可能性が残された。しかし、前者は支援を得られず廃止が決まった。後者は同年12月の1か月は道南自動車フェリーが支援を受けずに、2009年1月から1年間は暫定的に大間町と青森県の支援を受けて運航、2010年6月に大間町・青森県との協議で大間町の支援により2011年以降も航路は存続する見通しとなった。
2008年10月28日、金沢-釜山航路について、急激なウォン安や韓国経済の低迷などによる集荷集客の低迷や原油の高騰を理由に同年10月29日の金沢出港便をもって休止することを発表した。これで東日本フェリーがすべての航路の運航から撤退することが確定した。
その後はナッチャンRera・Worldなどの船舶を引き続き保有し、船舶貸渡業を営む会社として存続していたが、2009年11月1日付けで関連会社の東日本シップマネージメントと共に道南自動車フェリーに吸収合併(同時に津軽海峡フェリーに社名変更)され、名実ともに姿を消し、45年の歴史に幕を下ろした。