山王信仰
西本宮(大宮(大比叡))大己貴神
東本宮(二宮(小比叡))大山咋神
宇佐宮(聖真子)田心姫神
牛尾神社(八王子)大山咋神荒魂
白山姫神社(客人)白山姫神
樹下神社(十禅師)鴨玉依姫神
三宮神社(三宮)鴨玉依姫神荒魂
山王三聖には、本地仏として、大宮(大比叡神、東塔)に釈迦如来、二宮(小比叡神、西塔)に薬師如来、聖真子(横川)に阿弥陀如来が、それぞれ定められた。これらの本地仏が定着したのは、浄土教の影響により八幡神(聖真子と同一とされる)の本地仏が釈迦から阿弥陀に変わった11世紀以降と推定される。本地仏の制定について、それぞれの由来には諸説があるが、定説といえるものはないとされる。本地仏の制定は、日吉大社における、本格的な神仏習合の始まりであるともいわれる。
やがて八王子(本地千手観音)、客人(本地十一面観音)、十禅師(本地地蔵菩醍)、三宮(本地普賢菩醍)を加えて山王七社(上七社)となすなど、総本山の威容を整え始めた。そして本地垂迹説によってさらに数を増し中七社、下七社を加えて「山王二十一社」と称した。