ジェマ・イスラミア
JIはまずモルッカ諸島やスラウェシ島のポソでの紛争に介入し、9.11事件以降はインドネシア国内の西側の権益を攻撃対象としていった。9.11事件の数ヶ月後、シンガポール政府が、同国内で連続爆弾テロを企てた容疑でイスラム過激派十数人を逮捕し、彼らの所属組織をJIとして公表し、その存在が公にされた。JIはアル・カーイダやアブ・サヤフ、モロ・イスラム解放戦線、キリスト教徒からムスリムに改宗したフィリピン人たちの過激派であるラジャ・スレイマン運動(英語版)(RSM)などとの軍事面・資金面での共闘関係が指摘されている。
2002年10月12日のバリ島の爆弾テロ事件、2004年9月9日のジャカルタ・オーストラリア大使館付近での爆弾テロ事件、2005年10月1日のバリ島の爆弾テロ事件などがJIの犯行であるとされている。ハリド・シェイク・モハメド逮捕後はアル・カーイダでナンバー3の地位にあったハンバリは2005年にCIAとタイ警察によって逮捕され、その他のJIの幹部もインドネシア国家警察の対テロ特殊部隊(Detachment 88)などに相次いで逮捕・射殺され組織は一時的に弱体化した。しかし、インドネシア警察当局は2009年7月17日にジャカルタで発生したJWマリオット・ホテルとリッツ・カールトン・ホテル連続爆破事件も、組織のさらなる弱体化を懸念したバシル師の穏健路線に不満を持つ強硬派の犯行とする見解を発表している。
2009年9月17日、強硬派指導者であったヌルディン・トップが、Detachment 88との銃撃戦で死亡した。ヌルディン・トップの上官であったパキスタン人のナシール・アッバス(Nasir Abbas)は武装路線の放棄を表明するに至った。