日奈久温泉駅
日奈久地区の住民団体「日奈久おきん女会」が管理する有人駅で木造駅舎を持つ。この木造駅舎は1923年の開業当時に建築されたもので、現在もほとんど改修されずに当時のままの状態で使用されており、肥薩おれんじ鉄道では最古の駅舎である。温泉観光地にある駅のため、広い待合室を有する。駅係員は駅業務のほか、日奈久温泉街の観光案内も行っている。
駅構内は複合式2面3線で、鹿児島本線だった頃は一部の優等列車が停車したほか旧2番線を使用した当駅折り返しの列車も数本設定されていた。しかし、2004年に肥薩おれんじ鉄道に経営移管された際に旧2番線は使用停止となって出発信号機を横に向けており、実質単式ホームの2面2線となっている(佐敷駅や折口駅も同様)。有人駅である。トイレは改札内・外にある。
国鉄・JR九州時代は待合室内に鉄道小荷物窓口やキヨスクが設置され、売店では駅弁販売も行われていたが、手荷物窓口は1984年に、キヨスクも2004年に肥薩おれんじ鉄道に経営移管された際に閉鎖となり撤去された。
1927年(昭和2年)10月17日:線名改称、鹿児島本線の駅となる。
1962年(昭和37年)10月1日:貨物の取り扱いを廃止。
1970年(昭和45年)9月1日:CTC導入に伴い業務委託化。八代駅の被管理駅になり、日奈久駅長が廃止される。
1975年(昭和50年)3月10日:この日のダイヤ改正にともない、特急「有明」が初めて停車する(1往復)。
1984年(昭和59年)2月1日:荷物扱い廃止。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化にともない、九州旅客鉄道(JR九州)の駅となる。
2004年(平成16年)3月13日:九州新幹線開業にともなう路線の移管に伴い、肥薩おれんじ鉄道の駅となるとともに、日奈久温泉駅に改称する。旧2番線(中線)使用停止。
2019年(令和元年)10月1日:駅ナンバリング導入に伴い駅名標を更新。英語表記を「Hinagu Onsen」から「Hinagu-Onsen」に変更。