マリオvs.ドンキーコング ミニミニ再行進!
植物だらけの密林のラストステージ。ステージが広くてトゲの床が多い。特にプラスモードではゴールの周りには数多くの敵キャラや仕掛けが立ちふさがり、かなり難易度が高い。
ここでも、ミスとはミニマリオが壊れることを意味する。
半透明のヘイホー。赤・青・黄の3色が登場し、その色に対応するスイッチを押すとブロック化する。ブロック化している時は触れてもミスにはならない。今作ではその場にとどまっており動くことはない。
ミニマリオを焼き焦がす火の玉を吐いてくる。今作ではハンマーを持った状態でも火の玉に触れるとミスになる。火の玉は他の作品と異なり、壁に当たると跳ね返ってバウンドする。メインゲームのみ、普通のパックンフラワーが登場する。これは火を吹かず、吹くほうとキャッチボールをする。倒すことはできない。
タッチすることで出現させたり消したりできるブロック。一度に出現させられるブロックの数はステージごとに決まっている。消えているブロックの上に他のブロックが重なっている場合は出現させられない。
マリオの友達。スーパーミニマリオワールドに新しいアトラクションが追加されたために行われたお披露目イベントにゲストとして出場するが、ドンキーコングの前の人でチケットが売り切れたため、ドンキーコングに連れ去られる。
ステージは階層別からなり、各フロアに8つのコース、1つのチャレンジコース、1つのDKバトルのコースからなる。全部で4階層あり、全てクリアするとさらに難しい「プラスモード」が出現する。このモードではコース自体も難しい上、「スタート!」タッチ後のカウントダウン終了と共に一斉にミニマリオが動き出す。ギブアップも可能だが、クリアしていないステージの場合はマリオコインが1つ減る。
エンディング後に登場。B-1〜B-8までのボーナスステージである。ステージを開放するためには対応したステージのブロンズ・シルバー・ゴールドスターを一定数以上集める必要がある。特にB-8はゴールドスターを99個集める必要があるため、正真正銘のラストステージである。なお、B-4〜B-6のBGMは前作のマグマケイブのもの、B-7は前作のボスステージのもの、B-8はFINAL BOSSのものである。
自分でオリジナルステージを作ることができる。ステージは通信で手に入れたものを含めて最大140個まで保存できる。今作では不特定多数の人に公開できる機能が追加された。Wi-Fiコネクションへのアップロード時に、不特定多数に公開するか登録したフレンド間のみの公開にするかを選択することができる。アップロード時から任天堂側の審査を通し、24時間以上経過して初めて公開される。
Wi-Fiコネクションでは「評価順」「新着」「ランダム」「テンプレート」「Nintendoステージ」でステージを探すことができる。
評価順:星評価が多い順にステージが表示される。
新着:新しく公開されたステージが表示される。
ランダム:ステージがランダムで表示される。
テンプレート:作成する際に使ったテンプレートで作られたステージを限定して表示する。ステージ情報を元に分類される。
Nintendoステージ:あらかじめ任天堂側が作成し配信しているもの。
ダウンロードしたステージをクリアすると星で5段階評価をする画面が表示され、誰かにダウンロードして遊んでもらえば必ず評価はつく。評価等に関しては次回接続時に送信される。