マサチューセッツ湾植民地
クエーカー教徒に対する弾圧も厳しく行われた。クエーカーは、「内なる光」を通じて神と交信し導きを受けるという信仰であったが、全能の神にひたむきに従おうとするピューリタンの教義とは相容れなかった。クエーカー教徒は1650年代にボストンに上陸しようとしたが、ただちに植民地外に追放され、1658年から1661年までの3年間には4人のクエーカー教徒が絞首刑に処せられた。
アメリカ民主主義の源流と見られるマサチューセッツ植民地であるが、実際には非分離派の指導者の間では、支配者と被支配者をはっきり分けた権威主義的な見方が強かった。非分離派は信徒の連帯を重視し、会衆派教会を作って、その教会員にのみ自由民の資格を与えて、宗教上の目的を優先する神政政治を実施した。
1634年、また統治の問題が持ち上がった。トマス・ダドリーを指導者とする集団が自分達には隠されたままとなっていた勅許を見せてくれと要求した。そこには議会がすべての法を制定すべきこと、および「すべてのFreeman」がメンバーとなるべきことが書かれていた。この集団は勅許に書かれている通りにすることを要求したが、結果的にはウィンスロップ総督と妥協することになった。総会は町ごとに二人の代議員を選び、それに総督の諮問委員会と総督自身で構成されることとした。この総会には、「公共の蓄え(税)を徴収すること」と「議会で同意されたことは全ての者を拘束」ことについて権限を与えられた。ウィンスロップが予想していなかったことは、「拘束」の対象が総督の選挙にまで及ぶことであり、次の選挙ではダドリーが選ばれた。その後の三年間、ウィンスロップは一介の助役として務めた。
1623年のシェフィールド特許でケープ・アンがロバート・クッシュマン、エドワード・ウィンスローとその仲間に割り当てられた。1623年から1624年にかけての冬、ジョン・ホワイトと「ドーチェスター会社」がこの土地のステージポイント(現在のマサチューセッツ州グロスター)に入った。1625年、彼らはロジャー・コナンを招いて漁業植民地を運営させた。これにはプリマス植民地からも何人かが加わった。1626年までに、この試みは失敗した。ほとんどの植民者がイギリスに戻ったが、コナンはノームキーグ(1629年にセイラムと改称された)に約20名の入植者を連れて移り、交易拠点とした。
1627年頃にドーチェスター会社が破産したので、事業は「ニューイングランド会社」に要員も含めて引き継がれた。この会社がプリマスの委員会から、メリマック川(英語版)からチャールズ川までとその両側3マイル (5 km)のニューイングランドについて土地特許を受けた。
ジョン・エンデコットがピューリタンの入植者集団を連れてセイラムに入り、到着した1628年9月6日からその知事を務めた。
ピューリタンがその特許を1628年3月4日の王室勅許に変換できたときに、これらの地域の管轄が「マサチューセッツ湾会社」に置き換わり、「ニューイングランドにおけるマサチューセッツ湾の会社」と呼ばれた。1628年3月18日、マシュー・クラドックがこの会社の初代知事になった。2代目知事はジョン・ウィンスロップであった。