革命的労働者協会（解放派）
1999年6月4日、現代社派が山田茂樹を襲撃し、後遺症を残すほどの重傷を負わせた。その後さらに現代社派は私服襲撃部隊を赤砦社派の拠点のひとつであった明治大学駿河台キャンパスに送り、学生活動家を襲撃しようとした(未遂)。一連の現代社派の襲撃に対して6月13日、赤砦社派は『6・13軍声明』を発表し、現代社派との「全面戦争」を宣言した。以後、両者は活動家の襲撃を繰り返し、14件の内ゲバが発生した。
2004年の停戦までに現代社派と赤砦社派は双方合わせて10人(両党派各5人)が死亡した(下表参照)。この内ゲバの結果、現代社派は三里塚以外での重要拠点を赤砦社派に奪われた。一方、赤砦社派は学内での内ゲバを口実に明治大学当局側によって完全に学内から排除された。
また、両派ともに相手の絶滅を主張し、小型の出刃包丁やハンマーなどを使用した襲撃を続けたため逮捕者や離脱者が多数出て、組織の維持すら危うくなった。
そのため2004年6月2日、現代社派による東京三ノ輪の赤砦社派アジト襲撃(赤砦社派2名死亡。通称「6・2三ノ輪事件」)を受けても赤砦社派は報復をせず、機関紙上で「今度(襲撃に)来たら死人の山となる」と発表するにとどまった。
赤砦社
革命軍
全日本学生自治会総連合
革命的労働者協会(社会党社青同解放派)
明治大学消費生活協同組合
東北大学:「解放派の歴史的拠点」と称し、その「全国拠点化」を宣言している。
宇都宮大学
千葉大学
明治大学
駒澤大学
福井大学
名城大学
関西大学
九州大学
沖縄大学
かつては明治大学では、学生自治会が、新左翼の政治セクト、革労協により「指導」された、ごく少数の学生活動家によって(同じくブント系の活動家と連携して)支配されていた。その学生自治会は、明大から多額の自治会費を受け取っていたが、大学によって代理徴収された毎年の自治会費のうち、約半分に当たる額(約3000万円)が学生会・学苑会中執などの「自治組織」に流れていた。この「自治組織」は、明大内のサークルの部室を含む学生会館の管理運営の「実権」を掌握し、サークル部室の分配権をエサにして、多くの明大生を支配していた。さらに、彼らは明大の学館に宿泊して、学館を私物化していた。その象徴が、バリケードによって要塞化され、いわゆる「外人部隊」が泊まり込んで常時生活していた「生田学生会館(部室センター)」であった。
こうした不健全な状況を是正するために、明大は2001年、その諸悪の根源である学生自治会の公認を停止した。