日本美術刀剣保存協会
佐々木が「(重要刀剣指定を発表する機関紙に)現職理事の名前が堂々と記載されている。大臣、どうお感じですか?」と問いかけ、文部科学大臣の伊吹も「私も先生と同じ気持ちだ」と同調し、内部統治への疑義や、改善命令を視野に入れると答弁した。さらに、佐々木は、理事が他人名義で審査申請している、特定業者にのみ申請期間が過ぎても申請を許可している、2業者からの申請だけで全申請の57%を占めている、といった点から「癒着」の可能性を指摘、現地での実態把握が急務と主張した。文化庁は、現職理事の窓口規制違反だけで既に27件発生しており、財団の客観性、透明性が求められており、さらに努力したいと回答した。
2007年5月9日から5月11日にかけて、文化庁は日本美術刀剣保存協会に対し刀剣審査事業に関する臨時検査を行った。この結果、平成16年4月の特別重要刀剣審査の対象378点について、非会員もしくは非会員と思われる申請が約一割の37件、役員、職員、親族等からの申請が9件あったことが確認され、文化庁次長高塩至は、「こうした検査結果を踏まえまして、今後、改善を要する事項につきまして適切に協会を指導していく考えでございます」と述べた。