日本サッカー協会ビル
さらに5年後の1999年には、同じ渋谷区道玄坂の渋谷野村ビル3階に移転した。このビルの年間賃料は1億円を超えていたという。
1996年5月31日、2002 FIFAワールドカップの日韓共催が決定し、直後に試算した結果、2か国開催によって「収入は半減・支出は不変」となることから、2002年日韓W杯は赤字になると見込まれた。その赤字補填の為に、日韓W杯の収支試算が出た直後からJFAは資金(ストック)を貯めていった。
1997年、JFAは設立75周年を機に「JFAアクションプラン」を策定した。その中に、長沼健JFA会長は「自前のJFAハウスを持つ」と明記した。もちろん、長沼もすぐに実現するとは思っておらず、遠大な目標のつもりだった。ところが、実際に日韓W杯が終了すると、日本W杯組織委員会 (JAWOC) は約130億円の黒字を計上した。
その黒字の一部とJFAが日韓W杯の赤字補填に備えて貯めていた資金を合わせて、JFAは三洋電機株式会社が所有していたビルを約60億円で2003年に購入した。この時、長沼は既にJFA会長を退いていたが、長沼が遠大な目標としてJFAアクションプランに「JFAハウスを持つ」と記してからわずか6年後に目標が実現したのだった。
2003年9月、JFA事務局の移転と同時に日本プロサッカーリーグ(Jリーグ)、日本フットボールリーグ (JFL)、日本女子サッカーリーグなど国内のサッカー事務局や関連企業も都内各地などから移転し、同年12月22日に2002年W杯を記念した日本サッカーミュージアムを開設した。
1921年9月10日、大日本蹴球協會(現・日本サッカー協会)が誕生し、東京府京橋区宗十郎町(現在の中央区西銀座付近)にあった大日本体育協会(現日本スポーツ協会)第2代会長岸清一(日本スポーツ界発展に尽力し、日本の「近代スポーツの父」と呼ばれている)法律事務所内体協事務所を間借りして活動を開始した。
関東大震災では岸清一邸を借りるなど、岸清一からの間借りは10年に渡って続いた。その後、9年間は岸清一とは関わりのない場所を借りていたが、岸清一の遺言により100万円(現在の28億円程に当たる)が寄付され1940年に東京府神田区神田駿河台に建設された岸記念体育会館に、1941年に移転した。
以来、大日本蹴球協會は53年間もの長きにわたり、岸記念体育会館の一室を間借りしていた(1964年に岸記念体育会館が新築に伴い移転した際も、一緒に移転した)。この53年間で1947年4月1日に大日本蹴球協會から日本蹴球協会へ名称変更、1942年4月には戦況悪化で大日本體育協會が財団法人大日本体育会に再編成され、他競技団体と共にその部会(蹴球部会)となり大日本蹴球協會が一時消滅。
1974年8月31日に財団法人になり、日本サッカー協会へ名称変更(誕生より53年間の任意団体状態から脱却)と一時消滅した時期も合わせ3回名称が変わり、さらに1993年5月15日には日本初のプロサッカーリーグJリーグが開幕した。
初年度のJリーグブームにより、収入が増大したことにより、1994年に東京都渋谷区道玄坂のオフィスビル五島育英会ビル2階に移転した。