日本国家公務員労働組合連合会
合同の翌7月には官公労加盟のすべての国公労から構成される官公労下部機関の「国公部会」が発足する。
1954年7月、人事院は民間賃金が公務を9%以上上回ることを認めつつ、給与勧告を行わず、続く1955年の勧告でも政府にベースアップを求めなかった。この措置は国公労働者の不満を高め、労組間の結束を強固にする結果となり、1956年2月7日、国公部会の全組合は独自の共闘組織である「日本国家公務員労働組合共闘会議」(国公共闘)を結成し、官公労からの相対的な自律性を強めた。この国公共闘の後身が現在の国公労連である。
官公労の部会が独自の共闘組織を結成して自主性を強める動きは1950年代、他の2部会にも興り、公企労部会では公労協、地公部会では地公連が形成された。官公労の主要労組は同時に総評の中核でもあったため、官公労は総評と活動が重複することが多くなり、官公労働戦線統一の5年後である1958年8月11日、官公労は第10回大会は解散を決議した。自動的に官公労の機構である国公部会は消滅し、国公労を統合する機能は国公共闘へ一本化された。当時(1958年6月末)の国公共闘組織人員は約22万6000人であった。
文部省職員労働組合(文労)
旧文部省系機関の単一労働組合。1947年9月27日、文部省の労働組合として結成。晩期では文部科学省と同省所管の国立博物館や各種試験研究機関といった独立行政法人に単位組合をおき、同省唯一の職員団体でもあった。2011年3月31日をもって解散。なお、解散直前の組合員数は、最終調査となった2010年度労働組合基礎調査によると246名(公称268名)。なお、人事院による登録職員団体の調査によると、解散日である2011年3月31日現在、文部科学省には単一体の職員団体が1つ登録され、組織人員は12名、組織率は0.7%となっていた。こちらは厚労省調査とは異なり、国の行政機関のみを対象としており、独法は含まない。
以下の4単組は2011年9月、国公労連非加盟の2単組とともに国交労組を結成して解散した。
国土交通省全建設労働組合(全建労) - 国土交通省(旧建設省地方建設局)地方整備局(道路・河川関連部門)、工事事務所など。1949年7月9日結成。解散直前の組合員数は、2011年度労組調査によると5,192名(公称5,183名)。
全運輸労働組合(全運輸) - 国土交通省(旧運輸省)地方運輸局、地方航空局、独立行政法人交通安全環境研究所、海上技術安全研究所、電子航法研究所、航空大学校など。1962年6月25日結成。解散直前、8,619名(8,229名)。
全運輸省港湾建設労働組合(全港建) - 国土交通省(旧運輸省港湾建設局)地方整備局(港湾・空港関連部門)整備事務所など。1985年9月9日結成。解散直前、1,248名(名1,297名)。
全気象労働組合(全気象) - 気象庁、気象台、測候所など。1957年10月14日結成。解散直前、2,613名(2,500名)。