蔵王堂藩
現在の長岡市域は、戦国時代には越後守護代長尾家(のち上杉家)の一族古志長尾家が古志郡蔵王の蔵王堂城に拠って治めていた。その古志長尾家の景信が御館の乱により戦死した後は、上杉家の直接支配を受けることとなる。
その後、慶長3年(1598年)に上杉家が陸奥会津に移封すると、かわって越後に入封した堀秀治の弟堀親良が4万石を与えられて蔵王堂城主となった。堀家は慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いで東軍に属して旧領を安堵され、蔵王堂藩が成立した。
慶長7年(1602年)、親良は病気のため甥の鶴千代に藩主の座を譲った(ただし、実際は家中の内紛によるもので、親良は後に出奔して下野国真岡藩主に取り立てられる)。しかし、慶長11年(1606年)に鶴千代は早世したため、鶴千代の後見を行っていた堀直寄が治める坂戸藩へ吸収編入され、蔵王堂藩は2代で一旦は断絶する。
その後、慶長15年(1610年)、宗家の堀忠俊が家老堀直寄兄弟の内紛を収められなかった罪で除封された。豊臣家恩顧の大名の取り潰しに、騒動が利用されたともいえる。代わって徳川家康の六男松平忠輝が高田藩に入封すると、蔵王堂城もその属領となった。
元和2年(1616年)、今度は忠輝が大坂の陣における不始末から除封されると、6年前の騒動の一方の元凶であった堀直寄が8万石をもって蔵王堂に入封した。しかし、直寄は蔵王堂城が信濃川に面して洪水に弱いことから、その南にあって信濃川からやや離れた長岡(現長岡駅周辺)に長岡城を築城、城下町を移して越後長岡藩を立藩し、蔵王堂藩は2度目の廃藩(事実上、長岡藩への移行)となった。