PC-9800シリーズ
PC-9801Fと同時に、電子デバイスグループが開発したPC-100も発表された。こちらはワープロや表計算ソフトを同梱(バンドル)し、同年に発売されたApple Lisaのようなコンセプトを持っていた。PC-100はマウスや縦横切り替え利用が可能なディスプレイといった先進的な機能を備えて注目を集めたが、従来機のソフトウェアや周辺機器と互換性がなく、ビットマップ処理によるグラフィックを採用したことで文字の表示速度が遅くなったことが影響して売れなかった。さらに、PC-100のマーケティングは情報処理グループのPC-9800と競合したことでパソコン販売店を混乱させることになった。1983年(昭和58年)12月、大内はパソコン事業を8ビット家庭用パソコンを扱う日本電気ホームエレクトロニクス(1983年(昭和58年)6月に新日本電気から社名変更)と、16ビットパソコンを扱う日本電気の情報処理グループの、2つの部門に統合することを決めた。日本電気の電子デバイスグループはパソコン事業を日本電気ホームエレクトロニクスへ移管することになった。
富士通は1984年(昭和59年)2月に5インチ2HD (1MB) FDDを搭載したFM-11BSを発売し、同年12月には同じく5インチ2HD FDDを搭載したFM-16βを発売した。これに対抗して、NECは1984年(昭和59年)11月に5インチ2HD FDDを搭載したPC-9801Mを発売。このドライブは2DDフロッピーディスクを読むことができず、従来機との互換性が劣っていたため市場では成功しなかった。
1997年(平成9年)にNECの主力パソコンはPC98-NXシリーズに移ったものの、多くの制御機器等ではPC-98が依然使用されており、これらの資産をPC/AT互換機等に移行するにはユーザー側に莫大な出費(コスト増)を強いるため、CバスやMS-DOSなどの資産を継承する必要に迫られた(建設用の計算ソフトなどでも、開発経費節減のためPC-98と抱き合わせ販売されていた)。このため、その後も一部機種を継続販売していたが、2003年(平成15年)9月30日をもって受注終了、2010年(平成22年)10月末にサポート終了となった。最終モデルは「PC-9821Ra43」「PC-9821Nr300」。FC-9800シリーズも2004年1月に販売終了、2010年(平成22年)1月に保守が終了した。最終モデルは「FC-9821Ka model 1/2」。
PC-98の受注終了後は、前述の通りサードパーティによるPC-98互換機(ロムウィン社98BASEシリーズ、エルミック・ウェスコム社(後の図研エルミック社)iNHERITORシリーズなど)の製造・販売が長く続けられたが、後者は2006年(平成18年)末のインテルによる486系プロセッサの製造終了に伴い、2007年(平成19年)9月28日に受注終了、2008年(平成20年)9月30日に出荷を終了した。
PC-98はHDDのパーティションをシリンダ単位で1MBずつ区切る。1MBの区切りがシリンダの途中になった場合、そのシリンダの残りの部分は使わず、次のシリンダを起点に1MBを区切る。そのため、シリンダの大きさによっては1MBの区切り毎に未使用領域が存在することになり、HDDのパラメータによっては総容量の20%程度が無駄になる場合がある。サードパーティー製のSCSIボードには、ヘッド数やトラックあたりセクタ数を最適な値に変換してパラメータを返すことで、無駄になる容量を減らす工夫をしたものが登場した。しかし、この変換に用いる値がメーカーやボード毎に違うので、あるSCSIボードでフォーマットしたHDDは他のSCSIボードでは読めず、再フォーマットしないと使用できない場合がある。
後年になってC/H/S(または最大容量)のパラメータを手動入力もしくは既存のフォーマット状態からそれらを自動認識できる「マルチベンダ」と呼ばれる方式のSCSIボードがサードパーティーの主流となったことで互換性が取れるようになっていった。 NEC自身もサードパーティーの動向を調査した上で、1993年に55ボードの後継となるPC-9801-92 SCSIインタフェースボードを発売した。これは、NECチェックに該当するHDDは55ボード互換で動作し、該当しないHDDはパラメータを最適化(ヘッド数8、トラックあたりセクタ数32)して返すようになっている。ボード間でパラメータが違うことによるフォーマットの非互換性は解消していないが、NECがこの方式でパラメータを定めたことによりサードパーティーにパラメータの統一と互換性問題解消への指針を示した形になった。