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しかし、バイオプロスペクティングなどにより、そのような海洋遺伝資源にアクセスするには高度な技術を要し、また、公海や深海底は生物多様性条約及び名古屋議定書が適用されないため、海洋遺伝資源から得られる利益は事実上先進諸国による独占状態となる。
これに対し、途上国は海洋遺伝資源は「人類の共通の財産」(Common Heritage of Mankind:CHM)であり海洋遺伝資源から得られる利益は衡平に配分するべきと主張している。他方、先進諸国は海洋遺伝資源の取得は公海自由の原則に基づき自由であるべきと主張し、また、海洋遺伝資源に知的財産権を認めるべきか否かも問題となっている。
海洋遺伝資源へのアクセスの方法として「海洋の科学的調査」と「バイオプロスペクティング」を峻別し、バイオプロスペクティングに対して一般的な海洋の科学的調査とは異なる規制を行うという議論もあるが、両者は外観上はほぼ同様の技術を用いており明確な線引きをするのは至難である。