江原素六
江戸では、藤沢志摩守より、彰義隊の壊滅で江戸が新政府軍の制圧下であることが聞かされ、素六も残党狩りの対象となっていることを聞かされた。四谷安住町の実家に戻った素六は、親への追求を恐れた父源吾より廃嫡とされ家督は弟善次へと引き継がれ、素六は、実家から江戸の中を転々と潜伏し続けた。この間、阿部邦之助の仲介で榎本武揚と会い、榎本艦隊の脱走に加わるように要請されたが、素六はもはや大勢は決まり、戦闘をするときではないと応じなかった。8月に徳川家が駿河府中移封となり、徳川の家督を徳川慶喜から引き継いだ徳川家達が静岡に移ると、素六は静岡に移るため、小野三介と名を変え、8月19日無禄移住組にまぎれ、徳川家へ帰参するためアメリカ船の第一ニューヨーク号に乗り込んだが、天候が悪く外洋に出たとこで風浪のため下田に避難することとなった。素六の乗っていた第一ニューヨーク号の無縁移住組は、駿河府中藩庁の指示で、沼津、田中(藤枝市)、横須賀(大須賀町)の3グループに分けられ、素六は田中に向かったが、静岡に素六が潜伏していることを察知した政府は、拘束、引き渡しを藩庁に要求したため、藩庁に迷惑をかけないため、素六は小野三介を行方不明という形にし水野泡三郎と名を変え、中泉村竹原(長泉町)の土地の豪農大沼、長倉の両氏に匿われた。10月には、指名手配が解かれたこと藩庁からの連絡で知り、陸軍御用重立取扱に任じられた。明治元年(1868年)12月名を鋳三郎から、素六へと改めた。
慶応4年(明治元年)徳川家の新しい領土が駿河の地に決まると、旧幕臣の授産と西洋文化活用のため、阿部邦之助と江原素六は徳川家の新領地内に兵学校の創設を働きかけた。明治2年(1869年)に江原素六は静岡藩小参事となり、静岡藩の軍事掛と沼津兵学校掛を命ぜられた。沼津兵学校の頭取にはオランダに留学経験のある西周が付き、技術的学科だけでなく基礎的な西洋の学問として、英語・仏語、数学の微分・積分までが取り入れられた。また、沼津兵学校には附属小学校が設けられ、一貫教育を目指した。
沼津兵学校は当初徳川家兵学校と称したが、明治2年(1869年)7月の版籍奉還の後、沼津兵学校と改称された。明治3年(1870年)、主要な教授陣が沼津兵学校から政府へ出仕する中、太政官は海外視察のため、視察団員を13の大藩に2名ずつ選出させた際、素六も静岡藩より選出された。視察団は、明治4年(1871年)4月にサンフランシスコ上陸後半年アメリカに滞在し、大部分の者がヨーロッパ視察に行く中、素六は日本へと帰国した。帰国の際には、余った旅費で書籍・器械・商品見本を購入し持ち帰った。書籍は、沼津兵学校の生徒たちに与えた。明治4年(1871年)7月の廃藩置県に伴い、兵学校は政府に献納された。
慶応4年(1868年)素六27歳の時、3月に撤兵頭並、4月に昇進し撤兵頭に命じられた。すでに官軍との戦いを選ぶことは時期を失ったと思っていた素六が、戦うべしと意気まいている部下の前で官軍に従うと言えば、不忠不義と罵られ殺される恐れがあった。そのため、不本意ながら「戦」の字を大書して席を立った。素六はどちらの決定になったとしても死を覚悟し、菩提寺へ参り切腹するつもりであった。切腹前にと数学の師である近藤真琴を訪ねたが不在だったため「慷慨死に就くは易く、従容道に従うは難し」と書き記し菩提寺へと向かった。素六の置き手紙を見た近藤が駆けつけて諭したため、切腹を思いとどまる。素六は江戸から脱走した撤兵隊の部下を鎮めるため木更津へと向かった。木更津では、すでに意気盛んな兵士たちが徳川義軍府を立てていたが、作戦・防戦計画は何一つなかったため、素六は黙って見過ごすことができず、陣地の構築や、作戦行動の指揮をとることになった。官軍側参謀長が素六に降伏を進めてきた際は、部下たちの気持ちを考慮して降伏の申し出を断腸の思いで断ったとされている。市川・船橋戦争では、八幡の戦いから海神の戦闘の中で素六も弾丸で撃たれ、江原隊は壊滅した。戦いの後、従者2人と船橋の山野村に残り、鶴岡伊右衛門に匿われながら1ヶ月ほど山野村を転々とした。1ヶ月間になんとか歩けるようになり、江戸に連絡し、船橋から漁船を使い江戸に向かった。