上磯駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線を持つ地上駅で、橋上駅舎を備える。なお、1番のりばは折り返し専用の行き止まり式のホームとなっており、このホームのみ非電化である。
JR時代は五稜郭駅の管理下にあり、ジェイ・アールはこだて開発が業務を受託する業務委託駅だったが、早朝・夜間は駅員が不在であった。みどりの窓口(営業時間7時45分 - 17時35分)、自動券売機が設置されていた。なお、道南いさりび鉄道への移管後は無人駅となるが、同社仕様の自動券売機が設置される。
かつては、駅の西側にある日本セメント(現・太平洋セメント)上磯工場への専用鉄道があったが、1985年(昭和60年)3月頃に廃止された。また、上磯工場と峩朗鉱山(石灰石鉱山)及び万太郎採掘場(粘土採掘場)を結ぶ鉱山鉄道もあったが、1989年(平成元年)に廃止された。これらの鉄道についての詳細は日本セメント上磯鉄道を参照。