天理高等学校
1980年10月、秋季県大会優勝後に1年生部員に対する長期のいじめが発覚して1年の対外試合禁止となり、当時の監督が辞任した。禁止処分中に部員の喫煙が発覚し、さらに半年の処分延長となった。1990年5月、春季奈良県大会決勝直前に部内暴力事件が発覚し当時の監督が辞任した。1995年夏にも野球部寮内での集団飲酒が発覚している。1998年4月には部内での暴力事件が起こり奈良県春季大会、1999年5月には部員の暴力事件により同じく春季大会への出場を辞退している。2011年にも部内での暴力事件が発覚し、第93回全国高等学校野球選手権奈良大会を辞退している。2011年の事例では3年生部員が2年生部員を殴り、右頬骨折や耳の鼓膜が破れる重傷を負わせている。
暴力事件以外にも、2009年には2年生部員が強制わいせつ容疑で逮捕されている。