JR東海313系電車
2012年7月中旬に5000番台増備車である6両編成(Y114編成)と5300番台の2両編成(Z2編成)が日本車輛製造豊川製作所より出場した。
続いて2012年8月8日に6両編成(Y115編成)と5300番台の2両編成(Z3編成)が日本車輛製造豊川製作所より出場した。
2012年度中に、6両編成と2両編成の残り各2本も出場し、2013年3月16日のダイヤ改正では117系の運用を本番台および0番台に置き換えた。
2021年4月1日現在、6両編成5本30両と2両編成5本10両の計40両が大垣車両区に配置されている。
5次車の1100番台は3編成12両が投入され、2014年10月8日にJ8編成、12月3日にJ9・J10編成が日本車輌製造豊川製作所を出場し、大垣車両区に配属された。試運転を経て同年11月にJ8編成が、2015年1月にJ9・J10編成が東海道本線で営業運転を開始し、既存のJ編成と共通で運用されている。2021年4月1日現在、4両編成3本12両が大垣車両区に配置されている。
神領車両区所属時代はは中央線や関西線名古屋駅 - 亀山駅間のほか、愛知環状鉄道線高蔵寺駅 - 岡崎駅までの運用も存在していた。
神領車両区への315系の導入に伴い、2022年3月ダイヤ改正から大垣車両区に転属するまで関西線のみの運用となり、ラッシュ時間帯の名古屋駅 - 亀山駅間の快速、区間快速、普通列車で使用されていた。
1500番台3両編成(B100→J150編成)
前述の4両編成同様に神領車両区所属であったが、2022年3月ダイヤ改正以降は全編成が大垣車両区に転属している。
東海道線では3両編成の運用が存在しないため、3両編成同士を繋ぐ6両固定編成で米原駅 - 浜松駅間を中心に運用されている。
神領車両区所属時代は、前述の4両編成と同様に中央線、愛知環状鉄道線、関西線名古屋駅 - 亀山駅間で運用されていた。
中央線では211系3両編成と併結した6両編成による運用が大部分を占めていた。2008年3月改正までは本番台3両編成を2本併結した6両編成の運用が存在していた。
関西線では本番台単独の運用に加えて、朝夕においては後述の1300番台と併結した5両編成での運用が存在していた。
2017年3月2日早朝、Y102編成が安城市内(西岡崎駅 - 安城駅間)で乗用車と衝突し、窓ガラスの一部が大破したほか乗降扉も部分的に歪んだ。事故現場からは自走できず、救援列車(キヤ97牽引)により回送された。この時先頭(下り)側のクハ312-5002とモハ313-5302の2両は車体が修繕不可能と判断され、2019年9月14日未明にクハ312-5102とモハ313-5402の2両が、代替新造で日本車輌製造豊川製作所から名古屋工場まで陸送された。
この代替新造分2両は車体構造や内装が後述の5次車に準じているが、修復とそれによる改番扱いとなっているため製造銘板表記は2006年のままとなっている。
制御車(400番台)以外は1100番台を称する。上述の増備車共通事項以外は3次車と共通であるが、ロングシート横の袖仕切りが大型化され、車端部はスタンションポールが1本追加されており、発電ブレーキも搭載されている。
また、篠ノ井線に直通する中央西線ローカル運用(中津川駅 - 松本駅)および関西線(名古屋駅 - 亀山駅)には同区に配置された3000番台32両が投入され、ワンマン運転を開始した。これによって213系5000番台と113系(この両系列はともに大垣電車区から転属)はともに日中の大多数の運用を失った。また、朝夕に運用されていた103系や、中津川駅 - 松本駅間を中心に運用されていた165系は完全に運用を失った。
静岡運転所(現・静岡車両区)には3000番台24両が配置され、身延線・御殿場線に投入された。身延線では既に123系によるワンマン列車が運行されていたが、本系列の投入により、これらの路線では日中のほぼ全ての普通列車がワンマン運転となった。両線から捻出された115系は東海道本線に転用され、大垣電車区から113系が転属してきたこともあって、これらによって老朽化した113系初期車を淘汰した。
次項より各番台区分について解説する。編成の向きは左側が上り方(熱海・塩尻・亀山方)である。