神州丸
翌1942年(昭和17年)には太平洋戦争の開戦意義である南方資源地帯確保のため、1月11日より始められた蘭印作戦に動員される。蘭印作戦では「空の神兵」こと第1挺進団の活躍によって、最重要戦略的攻略目標であるパレンバン大油田を2月14日に制圧していたが(パレンバン空挺作戦)、首都バタビア(ジャカルタ)やバンドン要塞を擁しオランダ軍主力・イギリス軍・オーストラリア軍・アメリカ軍のABDA連合軍将兵約8万強が守備するジャワ島の制圧は最終目標となっていた。このジャワ上陸作戦には神州丸(当時は秘匿名龍城丸を使用)のみならず、竣工間もないあきつ丸(丙型特種船、神州丸に次ぐ特種船第2号)も投入され、第16軍(司令官今村均陸軍中将、参謀長岡崎清三郎少将。1941年11月15日新編)司令部が座乗する神州丸以下はバンタム、あきつ丸以下はメラクへの上陸に参加する事となった。
なお西方攻略部隊の護衛を任じられた第五水雷戦隊司令官原顕三郎少将は「現在の軽巡名取と駆逐艦16隻という戦力では護衛を完遂できない」と、今村中将に不安を訴えた。今村は南方軍(総司令官寺内寿一陸軍大将)に岡崎参謀長と作戦主任参謀を派遣して護衛戦力を増やしてくれるよう要請したが、良い返事はもらえなかった。そこで今村自身が寺内総司令官に直談判しようとしたが、その前に馬来部隊指揮官小沢治三郎海軍中将(第一南遣艦隊司令長官)に相談したところ、馬来部隊から艦艇を引き抜き第五水雷戦隊に増強すると約束した。
しかし戦闘中の1時35分、バンタム湾上陸船団の直掩である第二号掃海艇が突如轟沈した。1時38分には輸送船の佐倉丸(神州丸とともに軍司令部指定船)、続いて病院船の蓬莱丸、そして神州丸/龍城丸も魚雷を受けて大破した。当時、神州丸では第16軍司令部要員が上陸のため前部甲板にて舟艇へ移乗中であったが、右舷中央に被雷し急速に約45度傾斜した。今村陸軍中将以下の将兵は、重油の流出した海に転落した。約3時間後に泛水作業隊らによって救助された。遠距離用無線機と暗号書が海没してしまった。この椿事により、ジャワ島中部バトロールおよび東部クラガンに上陸した別働隊との直接通信が(無線機が3月5日に空輸されるまで)不能となってしまった。しかしながら第2師団を筆頭に各上陸部隊は快進撃を続け、5日には首都バタビアを占領し、7日には要衝バンドンに進出した。これによりバンドン地区防衛兵団は降伏した。8日より蘭印総督との間で降伏交渉が行われ、翌9日無条件降伏が確定する。今村陸軍中将以下第16軍は3月10日の陸軍記念日にバンドン入城をはたし、蘭印作戦は日本軍の完勝に終わった。
バンタムの西部に位置するメラクへの上陸部隊であるあきつ丸以下は、敵艦隊との遭遇も無く第2師団を無事に上陸させ、帰路に就いている。
重巡最上の誤射
戦闘後の調査によって、神州丸以下に直撃した魚雷は日本海軍の九三式魚雷(酸素魚雷)である事が判明した。