ヤマハ・YZR-M1
M1はシーズン開幕戦からチャタリングで悩まされ、2006年シーズンはヤマハにとって問題含みであることが判明した。開幕から3戦連続で全てのヤマハライダーが苦しめられ、それはウィンターシーズンの内に開発された3つの大きな機能が原因であると考えられた。すなわち、大幅なエンジンパワーの引き上げと、新たなより固いフレーム、粘着性のコンパウンドと改訂版のプロファイルを持つ新しいミシュランタイヤが絡み合ったものであった。3つの開発がほぼ同時に行われたため、通常であれば1つの開発につき細心のテストが行われるが、それがおろそかにされた。そして、この問題を理解し解決するためシーズン序盤の多くの労力が費やされた。
ヤマハとYZR-M1の開発の遅れは、バレンティーノ・ロッシのシーズンスタートの不調の原因となった。予選における低いパフォーマンスと不運のため、ロッシはシーズン半ばに手首を負傷し、その苦難は増していった。しかしながらシーズン後半にM1の問題は実質的に根絶された。そしてロッシはポイントリーダーのニッキー・ヘイデンとの間にあった大きなポイント差を削減し、第16戦には逆転しついにポイントリーダーとなった。最終戦のバレンシアGPでロッシはスタートに失敗、5周目に転倒して最下位まで沈む。一方のヘイデンは安定した走りで3位に入賞、ロッシは追い上げたものの13位でフィニッシュし、ヘイデンが逆転でタイトルを獲得した。ロッシは5勝を挙げ、ヘイデンは2勝しか挙げなかったものの、ロッシにとっては最後まで不運に見舞われたシーズンとなった。