満洲還付条約
しかし、その過程の質疑応答において、清国政府と露清銀行との間で鉱山その他の企業に対し、重大な特権譲与事項が懸案になっていることが判明し、さらに12月14日には露清銀行に条件付きで優先権を与える一契約を露清銀行の支配人との間で折衝中であることも明らかとなった。これらは李鴻章が交渉を開始し、これによって満洲還付問題の端緒を開こうとしたものであった。
小村は1902年1月25日、露清銀行の特権に関する条項は、諸国の条約上の権利を侵害するものであり、満洲撤兵問題とは本来無関係のものであるからこれを拒絶すべきであると内田公使を介して慶親王に伝えた。これに対して慶親王は、満洲を回復する機会を逃さないためには、多少の利権をロシアに譲与しても速やかなる撤兵を優先すべきだという考えを示し、日本側の理解を求めた。しかし、小村はあくまでも従来の方針を堅持し、露清銀行の件は撤兵の先決要件にはなりえず、双方無関係の問題であり、これを今持ち出すのは補償の性質を条件に加上するものであって、露清銀行の名義は用いても実際は清国の貴重な特権をロシアに付与するものにほかならない、また明らかに他国の条約上の権利を無視しており、機会均等の原則にも反するとの論駁を内田公使を通じて伝え、そのうえで、英・米両国にもこの件を連絡した。
ロシアに対しても、珍田捨巳駐露公使に電訓し、ロシアの対清要求は満洲に保有するロシアの権利防衛に必要な限度を超えたものであり、列国代表者会議に提案して協定すべき問題であると通告した。これに対してロシア側は、協約は一時的なもので清国の主権や他国の権益を少しも侵すものではないとし、列国会議の開催には反対であると応答した。清国政府が再び日本政府に助力を求めてきたので、加藤外相は清国がくれぐれも単独行動をとらないよう求めるとともに、あくまでも列国協定方式による事態解決が最善であることを確認した。ところがロシアは、4月5日付官報において「満洲に関する露清商議を断絶し、その累次声明した当初の政策を恪守して今後の発展をみる」旨を宣告し、これと同内容の通牒を関係各国に示した。これにより、満洲にかかわる案件は一段落したが、加藤外相は4月16日の小村公使宛の書簡で小村寿太郎の尽力について感謝し、その労を厚くねぎらった。
なお、イギリスが揚子江協定によって、ドイツに対してロシアの満洲占領に共同で抗議することを提案した際、ドイツ宰相ベルンハルト・フォン・ビューローはロシアとの対立を避け、同協定は満洲を対象外とするという見解を、1901年早々のドイツ帝国議会で示したため、これによってロシアの満洲侵攻の手をゆるめさせようとする日・英の意図は奏功せず、イギリスの東アジアにおける同盟相手として日本が浮上した。1901年中、日・英・独の三国同盟構想がドイツの駐英代理大使エッカルトシュタインとイギリスの植民地大臣ジョゼフ・チェンバレンの発意によって再び持ち上がったが、ソールズベリー首相は局地的な協定をドイツと結ぶことはすでに遅きに失したとの判断を示し、取り合わなかった。