旧横須賀鎮守府庁舎
第二次世界大戦の終戦後、昭和20年(1945年)8月30日に連合国軍が横須賀に進駐し、横須賀鎮守府庁舎には進駐したアメリカ軍によって星条旗が掲揚された。そして9月2日には横須賀鎮守府庁舎は他の横須賀鎮守府関連の施設とともに、正式に連合軍に接収された。昭和27年(1952年)4月28日、サンフランシスコ講和条約と日米安全保障条約が発効したことにより、連合国の占領軍から在日米軍としてアメリカ軍が駐留するようになった。そしてかつての横須賀鎮守府庁舎は在日米海軍司令部庁舎として現在も使用されている。
在日米海軍司令部庁舎となった後、建物の改築が行なわれたことがあると見られるが詳細については不明である。鎮守府庁舎時代から明らかに改変がなされた部分としては、内装の照明器具の一部が改変されており、また部屋のレイアウトも変更がなされた可能性がある。最も大きな改変は三階部分の窓のうち八ヵ所が塞がれてタイル壁になっている点である。これは昭和40年(1965年)頃に、アメリカ本国からの要請に基づき、情報を取り扱う部署がある三階部分について窓を塞ぐ改築がなされたというが、詳細は不明である。
初代の横須賀鎮守府庁舎は、大正12年(1923年)9月1日に発生した関東大震災によって倒壊した。横須賀鎮守府関連の施設では、鎮守府庁舎と同じ煉瓦造の建物は、横須賀海軍工廠庁舎以外全て大規模な損傷ないし倒壊するなど、木造と煉瓦造の建物は大きな被害を受けた。一方鉄骨造や鉄筋コンクリート造の建物の被害は比較的軽微であった。また横須賀市内では大震災によって火災が発生し、海軍機関学校の校舎が全焼するなど大きな被害を受けた。地震とそれに伴う火災による甚大な被害を目の当たりにした海軍省は、震災後の復旧では、耐震防火建築を用いた建物を建設する方針を立てた。