Hitman: Codename 47
何らかの病院の一室と見られる場所で後頭部にバーコードが入った禿頭の男が目を覚ます。彼は自分が誰なのか、どうしてここにいるかは思い出せない。スピーカーからは「父」と名乗る謎の男の声がし、彼は禿頭の男を「被験者47番」と呼ぶ。その後、47番と呼ばれた男は、スピーカーの男の指示に従って、身体能力、銃器の扱い、暗殺術のトレーニングを行い、最後にはこれらスキルを用いて警備員を殺害し、その服を奪って警備員になりすますと病院から脱走を果たす。1年後、47は様々な暗殺を請け負う国際的な秘密組織「ICA」に雇われ、「エージェント47」のコードネームを与えられる。そして、47の担当になったというオペレーターの女性ダイアナ・バーンウッドより、組織との契約に関する説明を受ける。
以降、47は組織からの依頼という形で世界各地に赴き、数々の暗殺を行っていく。香港では同地のチャイニーズ・マフィア同士で抗争を引き起こさせ、それに紛れて三合会(トライアド)の有力ボスであるリー・ホンを暗殺する。コロンビアではコカインを扱う麻薬王で人身売買も行っているパブロ・ベリサリオ・オシェを暗殺する。続いてブダペストでは国際会議の場で爆弾テロを計画していた国際テロリストのフランツ・フックスを、ロッテルダムでは過激派に旧ソ連の核爆弾を売ろうとしていた武器商人のアルカディフ・ジェゴロフをそれぞれ暗殺する。一連の任務の中で47は、オルトマイヤー教授という男の存在や、一見無関係に見えた4人の標的達が彼と関わりがあったこと、更には自分の出自にも何か関連していることを知る。