新宿駅
基本的に地下ホームは8・10両編成(各駅停車)が、地上ホームはロマンスカーと10両編成(急行・快速急行)が始発として運転する。当駅に到着する際はすべての列車が両数に関係なく最奥(車止め側、もっとも西口地上/地下改札に近いところ)の一定の場所に停車・到着する。
ロマンスカーを除き乗車と降車で別のホームを用いるが、平日休日問わず朝の時間帯は乗車ホーム側にも乗客を降車させる。特急ロマンスカーは乗客を降車させたあとに車内の清掃と点検を行い、同じホームから乗車させる。回送運転で到着した場合には到着後すぐに乗車できる。
地上ホームから出発する列車は特急ロマンスカー・快速急行・急行であり、特急ロマンスカーを除いては次の停車駅が代々木上原であるため、地上ホーム駅名標には隣の駅として代々木上原が記載されている。地下ホーム駅名標には隣の駅として各駅停車の停車駅である南新宿が記載されている。なお、かつて区間準急が運転されていた頃の地下ホーム駅名標には南新宿と代々木上原が併記されていた。
ホームののりば案内では、のりばの番号と種別(または降車専用)が表記されており、具体的な駅名は記載されていない。
地上線と地下線の分岐点(合流点)は都道四谷角筈線踏切をまたいだ先の隣の南新宿駅すぐ近くにあり、そこまでが新宿駅の構内となる。すなわち、4線が併走する部分を長く取ることによって、終日間断なく発着する列車を捌いている。
秘密戦隊ゴレンジャー(1975年) 特撮テレビドラマ。新宿駅西口にゴレンジャー秘密基地がある設定で、大型VTOL機が西口地下駐車場の排気ダクトから発進する。また、ゴレンジャーたちメンバー5人や敵・黒十字軍の仮面怪人も当駅周辺で活動している描写も多い。
CITY HUNTER(1985年) 北条司の漫画作品。当駅東口にある伝言板に「XYZ」という暗語と連絡方法を記して主人公に依頼する。
STATION(1995年、テレビドラマ放映時。漫画掲載時期は不明) 当駅をモデルにした「新新宿駅」を舞台にした漫画作品と当駅を舞台とし撮影が行われた日本テレビ系テレビドラマ(ドラマでは「JTR 新宿駅」となっていた)。
ゴジラ2000 ミレニアム(1999年) ゴジラシリーズの第23作。巨大UFOとの決着を付けるべく新宿に到着したゴジラの通行時に破壊される。
天気の子(2019年) 新海誠監督によるアニメーション映画。JR南口が登場する。2019年7月19日から9月1日までの期間限定で、山手線周辺の観光情報を発信するJR東日本による『FUN! TOKYO!』とのタイアップ企画「FUN! TOKYO! 天気の子 STATION」として、JR南口に特別装飾が施されたほか、フォトスポットの設置、Instagram連動キャンペーンが展開された。なお、タイアップ期間中は、JR南口の愛称として「天気の子 口」が使用されていた。
小田原線 □特急ロマンスカー「スーパーはこね」「はこね」「さがみ」「モーニングウェイ」「ホームウェイ」「えのしま」「ふじさん」発着駅 ■快速急行・□通勤急行(上り到着列車のみ)・■急行 新宿駅 (OH 01) - 代々木上原駅 (OH 05) ■各駅停車 新宿駅 (OH 01) - 南新宿駅 (OH 02)
ミライナタワー改札は、駅舎に直結したJR新宿ミライナタワーの出入口に面した場所に位置している。
1991年(平成3年)3月19日に開設されたこの跨線橋は、当時1 - 4番線のみ利用可能で、東端に移設前の旧・新南口が設置されていた。トイレは同改札外に設置された。
2003年(平成15年)2月1日より、現在の位置に5・6番線が設置されたことに伴い、西側の突き当たりからL字型に延伸と5・6番線への階段・エスカレータ(移設前)の新設が実施された。
2006年(平成18年)4月16日より、2003年(平成15年)の延伸部から西側への更なる延伸(このため、クランク状になっていた)と「サザンテラス口」新設が実施され、同日より7 - 14番線(現 7 - 16番線)との直接アクセスが可能になった。
さらに、2010年(平成22年)11月28日、中央部から従来の通路とT字型につながる形で跨線橋の延伸と新南口および5・6番ホームへの階段・エスカレータの移設・トイレの設置が実施され東端の旧・新南口は閉鎖された。旧・新南口は、JR高速バスターミナルへのアクセスがほかの改札口よりも最短だった(移設後の一時期は南口跨線橋東南口改札からが最短だったが、その後2011年5月11日に高速バスの乗り場が代々木駅の近くに移転したため、新宿駅から行く場合は再び新南口の方が近くなっていた)。
また、2011年(平成23年)2月27日、3・4番線の階段が移設され、5・6番線の特急ホーム階段と並ぶ形となった。
さらに、2012年(平成24年)、1・2番線の階段も移転。
当駅を東西に跨いでいる甲州街道の跨線橋(新宿跨線橋)の老朽化が進んでいることや、慢性的な交通渋滞の解消を目的として、跨線橋の架替工事が行われている。その際に新設する橋脚・架設構台の設置スペースや、人工地盤の柱設置スペースを確保するため、配線変更をする必要がある。
配線変更をするにあたり、構内に分散していた保守基地や中線・渡り線を集約化して新5・6番線を設置するスペースの捻出や、構内に多数存在するダブル・スリップ・スイッチやシングル・スリップ・スイッチなど特殊分岐器の廃止を図る必要がある。そのうち、中央線快速に関連する特殊分岐器は2007年(平成19年)4月15日の工事で廃止された。また1 - 4番線の池袋寄り線路についても配線変更する計画があり、中央線特急ホーム移設までに実施される予定であったが、工事スケジュールの都合から後回しになっている。
これまで1 - 6番線ホームと7 - 16番線ホームは乗り換えに時間がかかっていたが、2006年(平成18年)4月15日の工事によって大きく改善された(詳細は下記または埼京線・湘南新宿ラインの項を参照のこと)。
地下駅である京王新線と都営地下鉄の地上出入口は、甲州街道のJR線より西側、JRと小田急の駅の南西側にある(ただしA1出口は甲州街道西新宿1丁目交差点より約200メートル南のマインズタワー地下にある)。京王線 - 京王新線・都営新宿線 - 都営大江戸線は改札内移動が可能である。
京王新線と都営地下鉄の2 - 8出口は、JR・小田急の南口改札外と「ルミネ1」を介してつながっている。また、大江戸線C改札口を除く改札外フロアは「京王モール」を介してJR・京王・小田急の各線の西口・中央地下西口とつながっている。