マリオ&ルイージRPG3!!!
声 - チャールズ・マーティネー
本作の主人公の一人。今回はクッパがストーリーの中心ということもあり、今までのシリーズよりは悪運の強い酷な扱いやヘタレ描写は多くない。だが、冒頭では城に入るなりこけたり、会議中はずっと居眠りをしていて、クッパに吸い込まれた後にクッパの体内で敵に襲われ、助け出してくれたマリオに泣き付くなど、要点では従来どおりの扱いを受けている。後半ではモンスターの「ショクチュ」に取り込まれてマリオとはぐれるが、ショクチュにルイージが取り込まれた状態のときは他のショクチュと会話することができる。
なお、今までのシリーズから微妙にデザインが変更されて身長が2ドット分伸びており、ごく一部の通路ではマリオは通れてもルイージは頭がつっかえて通れない場所がある(ただし、ストーリー進行上問題は無い)。
キノピオたちが住んでいるピーチ城の城下町。ショッピングモールには高級ファッションショップやドクターコキノのクリニックなど様々な施設がある。
フィールド上で敵に触れると画面が切り替わり、その敵たちとのバトル(戦闘)が始まる。敵に触れる際、ジャンプやハンマー、パンチなどで敵に攻撃すると、バトルのはじめに全ての敵に少しだけダメージを与えることができる。ただし、敵に背後から接触されるとそのキャラクターが転んだ状態でバトルが始まってしまう。
バトルでは、これまでのシリーズ同様、パラメータの「SPEED(すばやさ)」の大きい順で「コマンドブロック」を選び行動をおこなう。全ての敵を倒すと勝利となり、経験値やコインなどを入手でき、経験値が一定量貯まったキャラクターはレベルアップする。しかし、マリオとルイージのHPが共に「0」になるか、クッパのHPが「0」になるとゲームオーバーとなる。なお、今作ではアイテム「リトライクロック」を持っていると、ゲームオーバーになったときに使用することができ、使用するとそのバトルをHP・SPが満タンの状態で初めからやり直すことができる(バトル中に使用したほかのアイテムも、バトル開始時の状態に戻る)。ただし、リトライクロックは手に入る数に限りがあるため、何度でもリトライができるわけではない。
バトル中の操作もフィールドと同様に、マリオとルイージはAボタンとBボタンで、クッパはXボタンとYボタンを使用する。
スタートボタンを押すと「スターメニュー」というメニュー画面が開く。そこではマリオ&ルイージやクッパの健康状態、持ち物を確認できるほか、キノコやシロップ、チキンなどを使って体力の回復や、装備品の変更などが可能。また、覚えている「スペシャルアタック」の詳細やお手本を見たり、実際に練習をすることもできる。
タッチペンで殻にこもったクッパを動かし、ノコノコを弾いて地上の敵にダメージを与える。対象はランダム。ノコノコは一定時間ごとに1体ずつ補充される。
クッパの体内にいる小さな生物たちで、宿主のクッパと共生関係にある。様々なバリエーションがある。口癖では「〜びん。」や「〜的な。」など。
いくつかバリエーションがあり、特徴的なものとしては以下のようなものなどがある。 ニンテンドーDSの形をしたヘモグロびん 「チャレンジホール」にいる。各ゲームの説明などをしてくれる。 ヘモグロじん ヘモグロびんが精神を高度に発達させて進化した存在で、悟りを開いたような常に冷静沈着な口調。クッパが生命の危機に陥った際にマリオたちを「アドレナリバー」に呼び、クッパの復活を行わせる。 ワルグロびん サングラスをかけた、チョイ悪ぶったヘモグロびん。ヘモグロびんの中では唯一明確にクッパと交信する場面のある人物で、その際に「ワシワシ詐欺」なるギャグを見せている。中には「ちがいますか?」と繰り返し言うものもいる。また、分かれ道などでワルグロびんに出会い、出題された問題に全問正解した場合、どちらへいけばいいのか教えてくれる。 ネンマク姫 「ネンマク池」というクッパの体液溜まりに住む女性。金の斧の女神のような問いかけをしてくる。池に落ちたルイージを回収して、マリオたちにバッジを渡す。 二ロン クッパの脳内で記憶の管理を行っている。コンピュータのような雰囲気を漂わせ、クッパの記憶情報をダウンロードしてそれを基に変身することもできる(作中ではマリオ、ルイージ、ピーチ姫の姿に変身した)。初対面のマリオたちを「クッパ最大の外敵(ウイルス)」と判断し、マリオとルイージの姿(クッパメモリー)に変身・分裂して排除を試みた。
バスケットから飛び出す食べ物をルイージが食べて、太って巨大化する。それをマリオが投げ上げ、投げられたルイージがボディプレスで地面をたたきつけ、衝撃波で敵全体を攻撃する。ダメージは分散せず、スイーツを食べた数が多いほど、また高く投げ上げるほど威力が増大する。ゲームの発売以前からよく公開されており、開発スタッフによると本作のテーマ『健康』を象徴する技とのこと。
3DS版では食べ物の落下速度にムラが生じるようになった。
3DS版のみ登場する、クッパに仕える7人のカメ族からなる軍団。前作の『マリオ&ルイージRPG1 DX』および『マリオ&ルイージRPG ペーパーマリオMIX』に引き続き登場しレミー以外の6人がクッパJr.のお供をすることになるが、わがままなクッパJr.に振り回され、特にロイは大きな不満を抱え反発するが、モートンはかえってクッパJr.を庇おうとしたり、彼の為にチキンを焼こうとするなど慕っている。イギーは途中で記憶喪失になりリューグーと暮らし、ウェンディはクッパJr.を気にかける描写がある。
マリオ&ルイージが探索できるダンジョンや施設がある。
クッパが吸い込んだ土管が溜め込まれているエリア。土管を通じてクッパの体内から脱出し、キノコ王国の各地にワープできる。行ける場所はゲームの進行に応じて増えていく。