核酸の二次構造
二重らせんは核酸分子における重要な三次構造の1つであり、二次構造と密接に関連している。二重らせんは連続的な塩基対が多く存在する領域で形成される。
核酸の二重らせんは通常右巻きで、塩基対を形成した2本のヌクレオチドの鎖を含む。ヘリックスは約10ヌクレオチドで1回転する。主溝(major groove)と副溝(minor groove)を含み、主溝は副溝よりも広い。DNAに結合するタンパク質の多くは、より広い主溝の側から結合を行う。二重らせんは多くの形状が可能であり、生物学的に妥当なDNAの形状はA-DNA、B-DNA、Z-DNAの3つである。RNAの二重らせんはA型DNAに似た構造を取る。
核酸の二次構造(かくさんのにじこうぞう)は、核酸ポリマー内または2本のポリマー間の塩基対の形成を指す。二次構造は塩基対を形成している塩基のリストとして表されることもある。生物のDNAとRNAの二次構造には異なる傾向がみられる。DNAの大部分は完全に塩基対を形成した二重らせんとして存在するが、RNAの大部分は一本鎖であり、リボースはヒドロキシル基が1つ多く水素結合の形成能が高いため、しばしば複雑な塩基対相互作用を形成している。
非生物学的には、DNAナノテクノロジーやDNAコンピューティングのための核酸構造のデザインにおいて塩基対のパターンが分子の全体構造を最終的に決定することとなるため、二次構造は極めて重要な考慮事項となる。