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ニンテンドージョは本作を史上最高のタートルズのゲームと評した。
エンターテインメント・ウィークリーは、「タートルズはスクリーンでピークに達したかもしれないが、ビデオゲームの世界では彼らの可能性に到達しつつある。この最新のマルチレベルの戦場では、プレイヤーは邪悪なシュレッダーの手先と戦う。」と書いている。
Game Zero誌の4人のレビュアーは、ゲームに100点満点中84.5点の総合レビュースコアを与え、グラフィックとアニメーションとコミックスタイルのグラフィックを切り替えるオプションを賞賛し、ゲームの音楽、改良されたアクション、音声を賞賛した。唯一の批判は、ハードモードでプレイしてもゲームが簡単すぎるということだった。スーパーゲーマーは、ゲームを「非常に印象的なアニメプラットフォームのベルトスクロールアクションゲーム」と呼んで、全体のレビュースコアを90%にした 。
音楽はアーケード版の前作を担当したT.M.N.T.のベテランである泉陸奥彦によって作曲された。SNES版は上原和彦と上高治己によってアレンジされ、次のT.M.N.T.ゲームである『トーナメントファイターズ』を含むいくつかのコナミのゲームも担当した。
コナミUSAのスティーブ・カウフマンの1991年初頭の証言によると、開発中のゲームの仮題は「T.M.N.T.タイムトラベラーズ」のようなものだったという。
アーケードゲームのデモ画面では、T.M.N.T.ライブコンサートから取られた曲「Pizza Power」を使用している。これは、Coming Out of their Shells Tourとして知られている。ゲームの音源は1992年にキングレコードから発売されたコンピレーションアルバム「コナミオールスターズ1993」に収録された。
『ミュータントナイトメア』に収録されている2005年版は、2003年のTMNTシリーズに準拠するように更新された新しい音楽とボイスに更新されている。これは『Turtles in Time:Re-Shelled』も同様。
オリジナルのアーケードゲームのエミュレートされた移植版は、『Teenage Mutant Ninja Turtles 3:Mutant Nightmare』のミッションの最初のステージをクリアした後にロックを解除できる。ゲームは4人用バージョン。違いには、スコアカウンターの削除、まったく新しいサウンドトラック(元のサウンドトラックの権利関係が原因と思われる)、変更された音声、アーケードと比較してわずかに途切れ途切れのフレームレートなどがある。元のバージョンと同じように、キャラクターはコントローラーによって割り当てられる。コントローラー端子が2つしかないため、マルチタップを使用しないとPlayStation 2版ではドナテルロとラファエルを使用できない。新しいサウンドトラックは、ニンテンドーDS版『ミュータントナイトメア』から再構成されたバージョンとなっている。
リリース後、『タートルズ イン タイム』はコナミのベストセラーアーケードタイトルになった。米国では、1992年9月に最も売れたSNESゲームとなった。