ノーザンブロッティング
これにより、反応を低温で行うことができ、高温によるRNAの分解を防ぐことができる。RNAがメンブレンに転写された後、UV照射や熱処理によって、RNAをメンブレンへ固定化する。その後、標識のついたプローブをRNAとハイブリダイズさせる。この段階でハイブリダイゼーションの効率と特異性に影響を与える因子として、イオン強度や粘度、RNAおよびプローブの長さ、不対合塩基対の数、塩基組成などが挙げられる。ハイブリダイゼーションののちメンブレンを洗浄して、非特異的な結合を生じているプローブを洗い流す。ハイブリダイゼーションしたプローブとRNAの複合体を、標識の種類によってX線写真などの方法によって検出したのち、デンシトメトリー(英語版)によってそのシグナルの強さを定量し、RNAの量を定量する。対照実験(ネガティブコントロール)として、マイクロアレイやRT-PCRによって標的のRNAが存在しないことが確認されているサンプルを用いることもある。