鹿沢菅平線
上田駅 - 新田- 住吉 - 神科小学校前 - 本原 - 長小学校前 - 中真田 - 真田 - 湯の平 - 大日向 - 菅平口 - 菅平ダム - 大洞 - 羽根尾 - 菅平郵便局前 - 菅平農協前 - 白金 - 西菅平
菅平口 - 下渋沢 - 上渋沢 (・・・鹿沢線側へ → 鳥居峠 - 古永井 - 赤坂 - 鹿沢温泉口 → ・・・)
菅平線は上田駅 - 真田 - 菅平口 - 西菅平間、菅平口 - 上渋沢間を結んでいた。当初の路線形態は、上田駅 - 真田 - 上渋沢間が本線、菅平口 - 西菅平間が枝線であり、国鉄バス時代は鹿沢線と一体化した輸送が行われてきたが、JR化後、群馬 - 長野県境越えの便が廃止されると上田駅 - 西菅平間が本線のような運行形態がとられるようになった。菅平高原へは上田交通(上電バス)と共同運行であったが、JRバスの終点は西菅平であり、菅平地区内では若干ルートが異なっていた。JR化後も上田駅 - 西菅平間(上田駅 - 真田間の区間便もあり)、上田駅 - 上渋沢間の便も設定されていた。1990年代の末期には菅平口 - 上渋沢間が大幅に減便され、上渋沢地区のスクールバスの要素が強くなっていった。1997年頃には観光キャンペーンの一環として、夏の時期限定で「鳥居峠」のバス停がひと夏だけ復活した(上田駅からの便のみで、鹿沢線側からの便の設定は無かった)。2000年代に入ると西菅平発着の便も一部の便が季節運行便となるなど実質的に減便され、2004年12月31日をもって菅平線からJRバスは撤退し、全区間が上電バスに移管された。