ミレトス
報復として神殿や市街は破壊され、すべての市民はバクトリアなど帝国内部に強制移住させられたが、紀元前5世紀前半に再建が許され、内陸の市域は失ったものの紀元前5世紀後半には人口は約2万人にまで復興した。
ペルシア戦争後、ミレトスはデロス同盟に参加し、アテナイの指導のもとに寡頭制政体となった。その一方で、ペルシア帝国との関係も構築し、それはアテナイの支配による抑圧の捌け口としても機能した。紀元前415年のシケリア遠征の失敗以後、アテナイの同盟支配が揺らぐと、ミレトスはスパルタのエーゲ海進出の拠点となった。ペロポネソス戦争の後、小アジアのイオニア系植民市の宗主権がペルシア帝国に返還され、ミレトスはペルシア人総督ティッサフェルネスの支配下に入る。紀元前334年にアレクサンドロス大王の東方遠征が開始されると、ミレトスは包囲攻撃を受け陥落した。
ヘレニズム時代には戦略的な重要都市の地位を維持したものの、ローマ帝国時代には小アジアの政治の中心はエフェソスに移り、ミレトスは15,000人を収容できる劇場やファウスティナ浴場が建設されるなど、文化都市として存在感を示した。しかし、土砂堆積による海岸線の後退が進み、運河によってかろうじて維持されてきた港湾機能もビザンツ帝国の時代になると完全に喪失してしまう。海上交通路を断たれたものの、近世に至るまでアナトリア方面のキャラバンサライの中継地として命脈を保った。20世紀中頃に起きた地震の被害によって街は放棄されたが、現代では古代ギリシア、ローマ時代の遺跡は観光スポットとなっている。