ワンダープロジェクトJ 機械の少年ピーノ
ディレクターの平野がMacintosh用ソフトウェアの製作に携わっていた頃に、友人がドッグショーのゲーム『パピーラブ』を遊んでいたのを見て考案したのが始まりだった。ゲームとしての企画を立ち上げたのはそれから8年後で、当初は1匹の生物を「コンペット」を育てるシミュレーションゲームの企画だった。当時のエニックスは社長である福嶋康博の考えから斬新なゲームを求めており、92ページの企画書が作られたものの、「おもしろさが伝わりづらい」として企画は通らなかった。藤本はゲームの面白さを再度考え直した結果、「ペットとのコミュニケーション」であるという考えに至り、再度企画を練り直すことになった。しかし人間を育てるゲームでは違和感が出てしまうため「木の人形(ピノッキオ)」を題材とした『ジェペットの息子』が考え出され、面白さを伝えるために企画書は130ページに及んだ。このゲームはリアルタイムにピノッキオと対話しながら育成を行う、グラフィックはアニメーションなどほぼ商品版と同じであるが、マルチエンディングという仕様は実現できなかった。しかしこれでも面白さが伝わらなかったことから、最終的にプレイヤーがどう遊ぶか、どこを操作するとどうなるのかを絵コンテで説明することで企画が通過した。開発時の紙資料はスクェア・エニックスに保管されており、2019年から始まった社内資料の電子化プロジェクトの参考として一部が公開された。
また、1匹の生物を進化させるという概念は、本作の2年前にSFCに移植された『46億年物語 はるかなるエデンへ』でもある。
「ワンダープロジェクトJ」の名は、当時の『Vジャンプ』でソフト名の募集があり、数多いハガキの中から選ばれ、この名前が付いた。
その昔、50年前の戦争で荒廃したコルロ島を復活させるために、人間に代わる労働力として『ギジン』が作られた。ギジンと人間が手を取り合って復興することにより、見事コルロ島は緑を取り戻したのである。しかし、人間は自分達よりも高い能力を持つギジン達を疎ましく思い、やがて迫害するようになる。
ギジンの生みの親「ジェペット博士」はそんな状況を解消するため、人間とギジンとの橋渡しのために人間そっくりのギジンを創り上げた。それが『機械の少年ピーノ』である。しかし、ジェペット博士はピーノ完成直後、無実の罪で城へ連れて行かれてしまう。
ジェペット博士に作り出されたインターフェイスロボ・ティンカーは非常に困っていたがその時テレビの前にいたプレイヤーのあなたがティンカーに声をかけ、協力を約束する。ティンカーとプレイヤーはジェペット博士を救い出すために、ピーノを目覚めさせ、謎の『回路J』を起動させることとなる。
そしてピーノは様々な人々との出会いで心を培い、『回路J』を起動させることに成功したが、コルロ島を戦艦の砲撃から守るためにJの力を使ってしまい、倒れてしまう。
プレイヤーは妖精のような姿のロボット・ティンカーを操作し、動き出したばかりのギジン(#ストーリー参照)・ピーノに何かの道具を提示し、行動を見てその使い方が正しい・正しくないと指示し、覚えさせる(例えば、ピーノが飲み込んではいけない物を飲み込んだ場合は殴るなど)。そして本番、イベントにてピーノに教え込んだ技術・能力を発揮させる。この繰り返しで、ピーノを成長させるのが基本となる。アイテム等のアクションはイベントシーンによっては本来の使い方とはまるで違う行動が正解の時があるので、教育しなおす必要がある場面が存在する。
ピーノには体力値と気力値が設定されており、2つとも上限は500。体力値は体を使う行動する、あるいはダッシュ移動を行うなどで減少し、気力値は頭を使う行動をすれば減少する。2つともアイテムを食べさせる事で回復できる。また、電気代100コルロ消費してポットで1日休ませ、充電することで100まで回復させることができる(既に100以上だと回復しない)。
体力が30未満、または気力が20未満になるとそれぞれの能力値に応じた危険モーションを取り、さらに減って10以下になると走る事すらできなくなり、移動が非常に遅くなる。