レイ・ランケスター
ミッチェル、ポールトン、ウェルドンらはランケスターの主要な支持者で、彼らは共同して理事会や政府、報道機関に働きかけた。最終的にランケスターは対抗の候補であったラザルス・フレッチャーに代わって1898年に館長に任命された。
対立は回避不可能だった。絶えず博物館に干渉し、改善の試みを妨害し続けるトムソンとランケスターの争いは8年間続いた。トムソンは60歳で職員に辞職を求めることができるという規約の条項を発見し、トムソンの指示によって1907年にランケスターは辞任した。代わってラザルス・フレッチャーが後任に任命された。新聞はこの問題を大きく取り上げ、ランケスターの処置に対する抗議は海外の動物学者からも行われた。ランケスターにも有力な友人がいたことは、カンタベリー大司教から多くの退職金が支払われ、翌年彼にナイトの地位が与えられたことからも分かる。
この問題はそこで終わらなかった。最終的に自然史館は、まず運営の独立を得て、それから完全に大英博物館から分離された。今日、大英図書館、大英博物館と自然史博物館は異なる建物を持ち、財政と運営はそれぞれ完全に独立している。