奇跡の詩人
1990年の出生時より先天性腹壁破裂を抱えて手術するも、低酸素性虚血性脳症の後遺症によって、脳障害を持つに至った横浜市在住の少年・日木流奈をとりあげた。日木は3歳になった1993年より、障害の民間治療としてドーマン法(人間能力開発研究所を興したグレン・ドーマンの考案によるためこの名がある)またはファシリテイテッド・コミュニケーション(FC法。「ファシリテイティド」、「ファシリテイテッド」とも)と呼ばれるアメリカ発のリハビリ療法を受けており、文字盤にある文字を(母・千史の補助によって)指すことで、他の人とコミュニケーションをはかることを可能としている。また、リハビリを毎日続けながら、その意志通達方法を使って執筆した詩が、書籍として出版。番組放送前の2002年3月まで講演活動も行い、多くの読者・聴衆に反響を与えた。重度障害児の少年がこのようなことを可能としたのは、ドーマン法の成果であると紹介された。
また両親が、まだ言葉の理解できない乳児である妹に対し、兄に「優しく触ること」などといった決まりごとを設け、それを守らなかったためにその妹を、部屋から追い出す様子も放送された。この場面に対しても、視聴者の間では「児童虐待ではないか」と問題視された。
番組に対して少なくない批判を受けたNHKは、特別に会見番組を放送するなどして「信憑性を否定する事実は無い」と広報し、番組内容に関する謝罪等は一切行わなかったが、番組制作当事者以外の専門家による意見や科学的な検証などは示さなかった。なおNHKは、この番組について、『NHKスペシャル』の番組で通常行われる再放送や海外での放送を取りやめた。日本小児科学会倫理委員会は、番組の中で紹介されているいくつかの治療方法に関して、医学的および科学的な見解から疑問を感じるとし、NHKに公開質問状を送ったが、やはり「番組作成者が間違いないと感じているので、間違いとは考えにくい」という弁明を受けた。
また、放送から数日後、講談社から日木著とされる『ひとが否定されないルール』が「NHKスペシャル大反響」の帯付きで発売され、NHKと講談社とのタイアップ疑惑も指摘された(これについてNHKは否定している)。