チェコスロバキア亡命政府
フランスが休戦し、ヴィシー政権が成立した後、7月9日にベネシュは政府承認をイギリス政府に求めた。7月18日、イギリスのイーデン外相は国民委員会を正式な亡命政府として承認する旨を書簡で伝えた。しかし亡命政府側が求める国境線の不変や、第一共和国からの法的連続性は受け入れなかった。9月30日、チャーチル首相は「チェコ人・スロバキア人の自由の回復」が戦争理由の一つであると上げたものの、将来の国境線画定には関与しないという演説を行った。10月にはヴェンツェル・ヤークシュ(en:Wenzel Jaksch)の指導に反発するズデーテン・ドイツ社会民主党からの分派も受け入れた。この分裂にはベネシュらの策動があったと見られている。
一方、本国に残ったドイツ抵抗グループの一部は、戦後チェコスロバキアから300万人にのぼるチェコ在住ドイツ人追放を求めていた。11月18日、ベネシュはナチス支持者をふくむ100万人のドイツ人移住計画を書簡で伝えた。これは後のドイツ人追放政策につながるものであった。
1941年7月、ベネシュはヤークシュらズデーテン・ドイツ社会民主党に「チェコスロバキア共和国」に賛成するか否かという条件を突きつけた。この背後にはアメリカやソ連がミュンヘン以前への復帰を支持しているということがあり、1942年8月5日にはイギリスがミュンヘン協定の無効と戦後のチェコスロバキア復活を宣言した。お墨付きを得たベネシュはヤークシュらと関係を絶ち、彼らの状況はさらに悪化した。