百済寺
その際、百済寺は六角氏の味方をして兵糧を運び入れ、また六角軍の妻子を匿うなどをしたため同月11日に信長による焼き討ちに遭い、またも全焼した。ただ、本尊の植木観音は約8km離れた場所にある奥の院に避難させて無事であった。
天正12年(1584年)、堀秀政によって仮本堂が建立される。慶長7年(1602年)には寺領146石5斗を安堵され、次いで元和3年(1617年)には将軍徳川秀忠より寺領100石を安堵される。
寛永11年(1634年)に天海大僧正の弟子亮算が入山して塔頭の千手坊の名を喜見院に変更し、当地は彦根藩の飛び地でもあったために彦根藩からの支援も得て復興が行われ、慶安3年(1650年)に本堂・仁王門・赤門が完成した。よって本堂をはじめ現在の建物はすべて近世以降の再建である。
万治元年(1658年)、井伊直滋が父である彦根藩主の井伊直孝に廃嫡されると当寺で出家している。
喜見院は今とは別の場所にあったが、元文元年(1736年)に焼失し、翌元文2年(1737年)に仁王門下の左方に移転し、1940年(昭和15年)に現在地に移転して本坊となっている。参道両側には石垣で出来た僧坊跡である百坊跡・二百坊跡・七百坊跡がある。
なお、織田信長の焼き討ちを受ける前はこの寺院で「百済寺樽」といわれる清酒を酒造していたが、焼き討ちの被害によって廃止された。2017年(平成29年)には百済寺樽の復活プロジェクトが成功し、444年ぶりに『百済寺樽』が完成、数量限定で販売された。
また、「釈迦山」という山号は大変珍しく、百済寺のみである。現在は紅葉の名所となっている。