伊弉諾神宮
しかし、『宮坊旦那追書付ニ付返答書控』によれば、社家6坊のうち東蔵坊・東林坊・円行坊・新坊・実蔵坊の5坊は退転し、宮坊だけが残ったと言う。
文政8年(1825年)の『淡路草 巻4』の記述から、法相宗とも真言宗ともいわれた神宮寺が弘治元年(1555年)に田村氏によって日蓮宗に改宗され、元禄12年(1699年)8月の『宮坊旦那追書付ニ付返答書控』の記述から、改宗に従わない社僧が追放されたとわかる。このため、中世末の一宮の管轄権は田村氏が掌握していたとする説もある。
1870年(明治3年)に名東県より、それまで2柱だった祭神を伊弉諾尊1柱と定められた。1871年(明治4年)に国幣中社に列格し、1885年(明治18年)官幣大社に昇格した。1932年(昭和7年)、前述のとおり、祭神に伊弉冉尊を合祀することが認められた。
1948年(昭和23年)に神社本庁の別表神社に加列されている。
1954年(昭和29年)には伊弉諾神社から現在の伊弉諾神宮に改称された。
1995年(平成7年)1月17日の阪神・淡路大震災で一の鳥居が倒壊するなど大きな被害を受けた。鳥居は氏子の奉納により、同年11月に神明鳥居へ形式を改め再建された。
境内には香木伝来の石碑がある。