東京湾岸警察署
また、祝電と連動する形で映画の続編「踊る大捜査線 THE MOVIE3 ヤツらを解放せよ!」の制作決定を発表した。これは湾岸地区に現実の「(東京)湾岸署」が設置が決定したことがきっかけ(フジテレビ発表)となっており、亀山は「冒頭は新湾岸署への引っ越しシーンから始まる」と発言している。2009年クランクイン、2010年公開。ちなみにエンドロールには東京湾岸署が開署したこと、東京湾岸署が当該映画作品とは関係がない旨の表示がある。劇中での設定も2010年に移転したことになっている。公開翌週の4月6日から始まった全国交通安全運動の際は、同じく神田署長役で出演の北村総一朗が一日署長を務めた。
ドラマにおける湾岸署の外観・エントランスは潮見コヤマビル(後に潮見GATE SQUAREに改称)、THE MOVIE 3以降のシリーズに出てくる新湾岸署の外観・エントランスは東京湾岸警察署と隣接しているthe SOHOが撮影に使われている。
フジテレビジョンのテレビドラマ『踊る大捜査線』の舞台となる、架空の警察署「湾岸署」のイメージが東京湾岸地区に定着していることが、名称決定に影響したとされている。
「踊る大捜査線」シリーズ・エグゼクティブプロデューサーの亀山千広(現BSフジ代表取締役社長)によれば、本署の開署に当たって、警視庁から総務を通して「名前は「東京湾岸署」で行きたいけどどうだろうか」と打診があった。テレビドラマは既に終了していたが、亀山は「僕らは映画(版)を終わらせるつもりはないので、『湾岸署』という名称が使えなくなったら困ります」と返した。2004年に和久平八郎役のいかりや長介が死去してから、亀山ら制作者はもう次回作はないと考えていたが、このやりとりがきっかけで映画の新作を作ることになったという。
2008年3月31日の開署式では「踊る大捜査線」主演の織田裕二から、『「湾岸署」刑事課強行犯係 巡査部長 青島俊作こと、俳優 織田裕二』という名義で祝電が寄せられた。
1988年に第1作が発表された今野敏の小説「安積班シリーズ」に登場する架空の警察署「東京湾臨海警察署(ベイエリア分署・湾岸分署)」の所在地は東京都江東区青海2丁目とされ、東京湾岸署の所在地と同じである。
東京湾岸署開署の時期には作中の臨海署も新庁舎に移転し東京水上署を統合するなど中規模署化された設定になっている。
なお、「臨海署」の呼称は実際に名称候補の一つとされていた。