仲本海岸
仲本海岸は竹富町が指定する海水浴場ではなく、監視員は常駐していない。海上保安庁の調査によれば、干潮時は比較的静穏だが、満潮時や潮が満ち引きする際に北西方向に強い潮流が発生する可能性が指摘されている。また、リーフエッジ付近は潮流が速いため注意が必要とされる。実際、2007年から2009年までの3年間に5件(2007年3件、2008年1件、2009年1件)の死亡事故が発生する等、水難事故が多発している。
このため、仲本海岸の監視小屋ではライフジャケットを無料で貸し出しており、黒島研究所でも入館者にライフジャケットを貸し出している。また、2012年には海上保安庁により海難事故への注意を呼びかける看板が設置されている。仲本海岸、黒島研究所、黒島診療所にはAEDも設置されている。
地元の消防団が天候や海況により遊泳禁止の措置をとっており、近年は干潮前後の時間帯のみが遊泳可能とされている。遊泳の可否は、海岸の入口に設けられた看板で示される。また、遊泳の可否や遊泳可能な時間帯は、黒島の民宿で分かるほか、当日朝に石垣港離島ターミナルに掲示され、有志によってネットで情報が提供されているため、事前に知ることができる。
ゴマモンガラ、ムラサメモンガラ、オニヒトデ、ウミヘビなどの危険生物にも注意が必要である。