司法行政権
この他、日本国憲法第80条第1項において、下級裁判所の裁判官の候補者を指名する権限は最高裁判所にあると定められているため、裁判官の道を希望する司法修習生たちの中でも事務総局の意向にそぐわないと判定された者は司法研修所の教官から任官を拒否されるという問題も指摘されている。司法研修所の教官は、現職の裁判官の中から事務総局によって任命され、司法修習生たちの中から下級裁判所の裁判官の候補者を選別する任務を帯びているとされている。なお、下級裁判所裁判官の任官については、法曹三者6名と学識経験者5名から成る下級裁判所裁判官指名諮問委員会・中央委員会を設置し、その下に全国8箇所の下級裁判所裁判官指名諮問委員会・地域委員会を設置して、これらの委員会が事務総局の諮問を受けて答申・報告を行う制度が2003年から導入されており、外部からの透明性を増すようになっていると、事務総局は説明している。しかし、下級裁判所裁判官指名諮問委員会の意見が実際の裁判官の任官にどれだけ反映されているかを事務総局は明らかにしておらず、実際には依然として事務総局の裁量のみに基づいた任官のままではないかとする疑惑も生じている。
このように下級裁判所の裁判官の候補者を指名する権限が最高裁判所にあると定めている日本国憲法第80条第1項の規定は、必然的に日本の裁判官が最高裁判所事務総局に都合の良い人物だけで統一される反民主的な裁判官の人事制度へとつながっている。このため、真の意味で裁判官にふさわしい人材を日本で確保するためには、日本国憲法第80条第1項を改正して、下級裁判所の裁判官の候補者を指名する権限を最高裁判所から剥奪し、各裁判所の裁判官会議へ権限を移行させることが必要不可欠となる。