インノケンティウス9世 (ローマ教皇)
特に、教皇はマラリアによって床に伏すことが多かったため、ファッキネッティがほとんどの実務を引き受けていた。グレゴリウス14世の先行きが短いことがわかると、スペイン派と反スペイン派の枢機卿団が活発な選挙工作を開始する。前回のコンクラーヴェ(教皇選挙)ではフェリペ2世が教皇候補者を7名に限定するほどの高圧的な介入を行ったことが、反スペイン派の枢機卿たちの反感を買っていた。この時の選挙ではそこまでの露骨な介入は行われなかったが、依然スペイン枢機卿団が大きな影響力を持っていた。
選挙自体はすんなりとファッキネッティを教皇に選び出した。しかし就任早々、スペインのフェリペ2世とフランスのカトリック同盟がアンリ4世と争うなど、多事多難であった。教皇自身にも外交のグランドプランはあったと思われるが、2か月で死去したため実現はなかった。
インノケンティウス9世が2か月の間にしたことは、2人の枢機卿を任命したことであった。そのうち1人は甥のジョヴァンニ・アントニオ・ファッキネッティであった。親族のチェーザレ・ファッキネッティも1643年に枢機卿に上げられている。