川辺川ダム
これにより好転しつつあった補償交渉は建設省の行為によって振り出しに戻り、法廷闘争などを含めて8年もの間、再度膠着状態となった。
事態が再度動き出すのは1984年(昭和59年)のことである。先に五木村が提出した55項目の要望について大筋で合意が得られ、協議会との間で遂に補償交渉を妥結する運びとなった。「取消訴訟」は一審の熊本地方裁判所で協議会側の敗訴となり、福岡高等裁判所で控訴審が争われていたが、協議会は交渉妥結に伴い、控訴を取り下げた。同時期相良村との補償交渉も合意に至り、住民との補償交渉は18年目にして全て終了した。1986年(昭和61年)には水特法に伴う水源地域の指定及び水源整備計画の告示が行われ、コミュニティ維持を図るための代替地建設が開始され、頭地部落は水没予定地から山腹へそのまま集落を移転させる方式で整備が開始された。また、国道でありながら車一台が通れるほどの幅員しかない国道445号の整備が開始され、片側一車線の整備された道路が五木村中心部 から人吉市までの間で建設され始めた。1989年(平成元年)には五木村によって「川辺川ダム建設に伴う立村計画」を発表。建設省はこの計画に沿った代替地整備を進めた。そして代替地・付け替え道路の整備が概ね終了した1996年(平成8年)、熊本県と五木村、相良村はダム本体工事の着工に同意。30年の歳月を経て漸く本体工事に取り掛かることになった。
市房ダムを再開発する。
五木村・相良村から八代市・球磨村にかけて放水路を建設する。
流域の保全・流域における対策を実施する。
宅地のかさ上げ等を実施する。
輪中堤を建設する。
しかし、一つの案で治水対策が完結しないことから複数の案を組み合わせを検討する必要があり、現実的な組み合わせ10案の中で最も安い「堤防嵩上げを中心対策案とした組み合わせ」でも(ダムの残事業費を大幅に上回る)2800億円を要し、最短で効果を発現する放水路建設案でも45年の工期が見込まれること、さらには「清流川辺川を守る県民の会」などの市民団体が(住民説明会ではなく)パブリックコメントを実施したことに強く抗議し、球磨川水系の既存4ダム(荒瀬ダム・瀬戸石ダム・幸野ダム・市房ダム)の撤去を引き続き主張するなど、案がなかなかまとまらず、9回の議論を経て令和になっても、球磨川水系の河川整備計画が策定できない状況が続いている。
2020年(令和2年)1月1日現在で一級水系で河川整備計画が策定されていないのは球磨川水系と新宮川(熊野川)水系だけである。なお、河川整備計画が策定されない中でも、国及び県は球磨川・川辺川で河道掘削・護岸補強など局所的な防災対策を継続して実施していた。
有識者会議は8回の会議を経て「川辺川ダムに関する有識者会議報告書」 がとりまとめられたが、報告書では川辺川ダムによる治水対策について「地球温暖化を踏まえ、抜本的にはダムによる治水対策が有力な選択肢」としつつも、現行の計画の見直しの必要性に言及している。結果として賛成・反対双方の意見を取りまとめたものの、委員会として賛否を明確にしないものであった。有識者会議の意見書は国土交通省・反対派団体のどちらにも与するものではない評価であったが、反対派はこのような態度も厳しく批判し、従来通り川辺川ダム中止を求めていた。
このような状況において、2008年8月には川辺川利水事業は推進としながらも川辺川ダムへの対応を保留にしていた相良村の徳田正臣村長が「現状のダム建設には反対」とする姿勢を明らかにしており、人吉市の田中市長も「ダムは自然環境悪化につながりかねず、市民の多くが否定的だ」として反対の意思表明を行っている。
2008年9月11日の県議会において蒲島熊本県知事は、「住民のニーズに求めうる『ダムによらない治水』のための検討を極限まで追求すべき」として、現行計画を白紙撤回することを求め、球磨川河川整備基本方針への不同意の方針を表明した。この発表は、直後の世論調査で県民の85%が支持した。
この判断について、蒲島知事は「『洪水を治める』発想から脱却し『洪水と共生する』という新たな考え方に立脚すべき」と述べており、ダム事業のみならず球磨川流域における治水事業への新たな指針を示すものであった。