ガイナックス
大特撮巨編ネギマン(2011年)
エアーズロック(2012年)
2011年1月、本社を小金井市梶野町から三鷹市下連雀の旧・春日電機株式会社本社ビルに移転し、同年2月には富士重工業(現・SUBARU)との共同アニメプロジェクトの「第1弾」をうたった『放課後のプレアデス』(ウェブアニメ版)を配信した。
しかし『パンティ&ストッキングwithガーターベルト』以後ヒット作を得られなかったことから、経営は2012年ごろから悪化し、かねての申し合わせによるカラーへの庵野作品使用料の支払いも滞納するようになった。滞納分について社長の山賀と取締役の武田康廣は、カラー代表の庵野に対して分割で支払うことを申し入れ、庵野もこれを了解したが、支払いが済まないうちに武田は2014年、「会社が持たない」として庵野に対して資金の借り入れを申し込んだ。ガイナックスの経営状況に危機感を覚えた庵野は、『エヴァンゲリオン』の商品化窓口やロイヤリティー分配業務移譲のスケジュールを当初の申し合わせから1年前倒しにすることを条件に、カラーから1億円を貸し付けた。
この時庵野は、カラーの主要スタッフとかかわりの大きい『トップをねらえ!』『トップをねらえ2!』『フリクリ』3作品の原作権の買い取りも山賀らに申し出て、いったんまとまりかけたものの、2015年5月には取引銀行の介入で大幅な人員整理が行われるとともに、『フリクリ』がプロダクションI.Gに売却されるなど、庵野が買い取りを提案していた3作品を含む多くの作品の権利が2014年から2015年にかけて他社に売却されたことがまもなく判明した。作品の権利や資料の散逸を懸念した庵野は、さらなる支払いの猶予や経営支援も視野に入れ、ガイナックスに経営状況の説明と返済計画の提示を何度か求めたが、ガイナックスは「経営状況に問題はなく、予定通りに返済する」としか回答しなかった。