長崎奉行
小笠原一庵(1603年 - 1606年)
長谷川重吉(1605年)
長谷川藤広(1606年 - 1617年)
長谷川藤正(1618年 - 1625年)
水野守信(1626年 - 1628年)
竹中重義(1629年 - 1633年) -豊後府内藩主。職務上の不正を追及され切腹を命じられた
今村正長(1633年)
曽我古祐(1633年)
神尾元勝(1634年)
榊原職直(1634年 - 1638年)
仙石久隆(1635年)
馬場利重(1636年 - 1652年)
大河内正勝(1638年 - 1640年)
柘植正時(1640年 - 1642年)
山崎正信(1642年 - 1650年)
黒川正直(1650年 - 1664年)
甲斐庄正述(1652年 - 1660年)
妻木頼熊(1660年 - 1662年)
島田忠政(1662年 - 1666年)
稲生正倫(1665年 - 1666年)
下曾根信由(1666年 - 1666年)
松平隆見(1666年 - 1671年)
河野通定(1666年 - 1672年)
牛込重忝(1671年 - 1681年) - その施策から「長崎の恩人」と呼ばれる。
岡野貞明(1672年 - 1680年)
川口宗恒(1680年 - 1693年)
宮城和充(1681年 - 1686年)
大沢基哲(1686年 - 1687年)
山岡景助(1687年 - 1694年)
宮城和澄(1687年 - 1696年)
近藤用高(1694年 - 1701年)
丹羽長守(1695年 - 1702年)