大溝城
本丸はおよそ正方形で、東西30間(約54m)、南北32間(約57.6m)であったとされ、発掘調査により東西約55メートル(約52m〈約58m〉)、南北約60メートル(約57m)、面積約3300平方メートルであったと推定された。天守台のある南東端以外の三隅には隅櫓が置かれていた。本丸の外郭を形成する石塁は、高さ約1-1.5メートル、幅2-3メートルであったとされ、本丸の地表の高さは湖面より約1メートルであることから、波の浸食の影響に対するものと考えられる。また、本丸の北端部で発見されたほぼ直角に曲がる石垣は、階段状であることから、そこに琵琶湖に直接通じる船着き場があったとも考えられる。
本丸外郭の石垣の基底下部からは、沈下を防ぐ胴木(どうぎ)が検出されており、また、大きな石材の間をぐり石(割栗石)で埋めて固定する安土城と同様の構築方法が認められている。石垣は、比良山地の「石きり」の石材が使用されたと打下に伝わるほか、沖島(沖の島)方面から湖上を筏によって運搬されたとも伝えられる。
天守台は、本丸の南東部に位置し、東西24メートル、南北29メートル。高さ(比高)約5メートル(最高部6.5m)となる。天守台の石材は花崗岩で、野面積みであるが、保存状態が良好な西側中央角の石垣は算木積みで補強されている。また、天守台周辺より信長の安土城と同じ文様(同笵)の軒丸瓦・軒平瓦が検出されている。