トランスミグラシ
政策によって移住者と元々の民族集団の間に諍いが生じる事となった。例えば、2001年のダヤク族とマドゥラ島出身の移住者が衝突し、数百人が死亡、数千人の移住者が家を失った。パプア州と西パプア州では問題となっており、これらの州ではキリスト教が多数派となっているが、政策によってイスラム教徒が移住したため、政府のイスラム化に対して批難する人もいる。
トランスミグラシ政策(インドネシア語: Transmigrasi)とは、オランダ東インド会社及びそれに後継するインドネシア政府によって先導された過密地域から過疎地域へと人口を移転させる政策である。ジャワ島を中心にバリ島、マドゥラ島を含めた島々からイリアンジャヤ、カリマンタン、スマトラ島、スラウェシ島を含む低密度地域へと恒久的な人口移動をする政策であり、その目的はジャワ島に於ける飢餓や過密と言う問題を減らし、貧しい労働者に職を与え、その他の島々の天然資源開発に必要な労働力を供給する所にある。しかしながら、移転先の島々に元来居住していた人々がジャワ化(英語版)やイスラム化(英語版)に対し分離運動や住民対立を引き起こすおそれがあり、物議を醸している。
ジャワ人を基本に据えた政府はより程度の高い経済的、政治的掌握を非ジャワ人の地域に得んとする手段としてこの政策があると見る古来の民族もいる。政府は移住者がその地域のアダットに合わせていない事に対して責任を追うべきであるとする意見もある。
批判者はこの政策を必要最低限の生活が出来ない人々を移住させるのに金と資源を莫大に浪費し、環境を大きく損ない、元々居た人々を殲滅せんとする物だと主張している。
この政策による環境への影響は不注意と言うよりは無視によって引き起こされた物であり、政策の履行に対する責任の欠如も指摘されている。多くの環境的論文がこの政策の評価を、土壌浸蝕により潜在的に肥沃度が減少しペストや伝染病に対する防衛が必要で、野生生物や森林、元々居た人々に対して悪影響を及ぼし、天然資源を維持する為の環境負荷の軽減が必要である、としている。しかし、報告書では、政府の監視の下でその緩和を行うのは非現実的であるとされている 。