国土交通省直轄ダム
そして2005年(平成17年)に国土交通省の諮問機関である淀川水系流域委員会が答申した計画5ダム(丹生、大戸川、余野川、川上、天ヶ瀬ダム再開発)の事業中止答申は流域自治体に大きな影響を与え、国土交通省は一旦5事業を中止する意向を示したものの流域自治体が反発。その後嘉田由紀子滋賀県知事によるダム事業見直し政策などで状況は二転三転し淀川水系の河川開発は混乱を来たした。結果5ダムのうち余野川と丹生が中止(後述)、大戸川・川上・天ヶ瀬ダム再開発事業は事業が継続している。また関西国際空港関連事業として大阪府が水利権を有していた紀の川大堰(紀の川)では、当時の橋下徹大阪府知事が2009年(平成21年)に水利権を返上している。
施工中のダムとしては足羽川ダム、大戸川ダム、天ヶ瀬ダム再開発のほか九頭竜ダムなどの貯水容量再配分などによる治水安全度向上を軸とした九頭竜川上流ダム再編事業が施工中である。なお、管内における一級河川のうち北川、円山川、揖保川、大和川水系には直轄ダムが建設されていない。大和川を除く3水系は本流にダムが建設されていないが、支流に補助多目的ダムが福井県や兵庫県、奈良県により建設、施工されている。また淀川水系の主要な支流のうち、木津川本流にはダムが建設されていない。ダム管理上の新たな問題点として天ヶ瀬ダムでは自殺者が急増したことにより一時緊急的にダムの立入を禁止し、現在はダムの夜間訪問が禁止されている。自殺防止対策として飛び降り防止柵や青色照明灯を導入するなどの対策により、2011年(平成23年)度における自殺者はゼロとなっている。