イシガメ科
最大種はボルネオカワガメで最大甲長80センチメートル。雌雄で大きさにほとんど差がない種もいれば、カンムリガメのようにオスの最大甲長が17.5cmなのに対し、メスは最大甲長が61cmに達する雌雄差の大きい種もいる。腹甲は12枚の甲板で形成される。
1990年代後半から2000年代にかけて行われた分子系統学的解析から上記の2亜科の単系統性(特にヤマガメ亜科の単系統性)は認められず、2012年現在では本科には亜科を設けない説が有力とされる。核DNAとミトコンドリアDNAの分子系統学的解析から、本科は下記の7つの単系統群で構成されると推定されている。これらの単系統群間での系統関係に関しては統一した解析結果は得られていないものの、1が初期に分化した可能性が高く、2と4が最も近縁で、2と3と4は全体として単系統群だと推定されている。
アメリカヤマガメ属
イシガメ属、ハコガメ属
インドヤマガメ属
オオヤマガメ属、シロアゴヤマガメ属、ニセイシガメ属、マルガメ属、ムツイタガメ属
カンムリガメ属、コガタセタカガメ属、ニシクイガメ属、バタグールガメ属、ハミルトンガメ属、ボルネオカワガメ属、メダマガメ属
ホオジロクロガメ属
ヤマガメ属
バタグールガメ属 Batagur Batagur baska バタグールガメ Four-toed terrapin Batagur borneoensis カラグールガメ Painted terrapin Batagur dhongoka オオセタカガメ Three-striped roofed turtle Batagur kachuga ニシキセタカガメ Red-crowned roofed turtle Batagur trivittata ビルマオオセタカガメ Burmese roofed turtle