細菌性肺炎
一般的な市中肺炎と院内肺炎では起炎菌の種類が異なる。肺炎が気管支炎にとどまるか大葉性肺炎へと広がるかは、菌の毒力と宿主の抵抗力のバランスで決まる。市中肺炎では、肺炎球菌とインフルエンザ菌が重要であり、院内肺炎の起炎菌としては緑膿菌やクレブシエラなどが重要である。
また、MRSAの院内感染が問題となっている。MRSAは、院内肺炎の原因菌となりうるが、バンコマイシンなどの一部の抗菌薬以外、ほとんどの抗菌薬に耐性である。