トゴン・テムル
即位した恵宗は従弟のエル・テグスを立太子、その母のブダシリが太皇太后として恵宗の後見人としたが、実際にはエル・テムルの死後も軍閥が政権を掌握していた。中でもエル・テムルの死後軍閥中で勢力を拡大したバヤンが中書右丞相に就任、エル・テムルの子であった左丞相テンギス(中国語版)による反乱を鎮圧すると、朝廷に強い影響力を有するようになった。
恵宗は20歳を過ぎた頃よりバヤンの専権に反発するようになり、至元6年(1340年)、バヤンと対立していたその甥のトクトと協力し、トクトによる政変を実行しバヤンを追放した。この政変の影響でブダシリとエル・テグス母子も追放され、トク・テムル以来政権を掌握してきた旧勢力は一掃されることとなった。至正5年(1345年)に、大都にマリーン朝の旅行家イブン・バットゥータが訪れている。しかし新たにトクトとその父のマジャルタイによる政権が創出されると、その勢力を駆逐すべく至正7年(1347年)、恵宗はマジャルタイ父子の政敵であった泰定帝や明宗の旧臣と協力し、二人を寧州に追放した。しかし強大な政治勢力が新たに生まれることを警戒し至正9年(1349年)には再びトクトを政権復帰させるなど、重臣間の政争に積極的に関与した。
このように中央で政争が続く中、地方では天災と疫病が相次ぎ民心は元から急速に離反していった。至正8年(1348年)には塩に対する厳格な専売制を採用したことにより、専売制に反対する塩の密売商人が中心となった蜂起を契機に反乱が各地で続発した。特に至正11年(1351年)に発生した紅巾の乱は中国全土に波及する大反乱となった。