新選組隊内において粛清された隊士
田中寅蔵 - 御陵衛士の接触。
茨木司・佐野七五三之助・富川十郎・中村五郎 - 離隊して、御陵衛士に合流を図るも叶わず、嘆願先の会津藩邸で抗議の切腹(あるいは斬殺)。
伊東一派(御陵衛士・高台寺党)人材の流出を防ぐため、また、反体制になりつつあった薩摩に近づいたことで起きた確執による粛清。 伊東甲子太郎 - 近藤に呼び出され帰り道で大石鍬次郎により斬殺。 藤堂平助・毛内有之助・服部武雄 - 伊東の遺体引取りを口実に、誘殺。
武田観柳斎 - 離隊後の薩摩との接近が命取りになり、銭取橋で斬殺。
浅野薫 - 脱走し、新選組の名を騙り金策をしたため。
柴田彦三郎 - 脱走したため。
川島勝司 - 新選組の名を騙り勝手に金策をしたため。
酒井兵庫 - 脱走の罪。