X-メン:エボリューション
シーズン3から4にかけて、番組のトーンが顕著にシリアスになりはじめた。センチネル戦後、ミュータント種はもはや秘密ではなくなった。民衆の反応は敵意の1つであった。これにより番組はより伝統的な、偏見、大衆の誤解、更に大きな脅威といった要素を伴ったX-メンのストーリーに近い物となった。シーズンが発展すると共に、本物のエグゼビアが発見され、ミスティークを打倒し、マンションは再建され、X-メンはベイヴィル高校に戻ることを許された。ワンダは(息子のクイックシルバーに間一髪で救いだされていた)マグニートーを捜索し、マグニートーがテレパシーを使うミュータント・マスターマインドを使いワンダに子どもの頃の記憶を取り戻させるまで続いた。スコットとジーンはより親密な付き合いをしはじめた一方で、シャドウキャットとアヴァランチのロマンスは終わりを迎えた。スパイクは自分の能力が制御不能になりX-メンを去り、下水施設にすむモーロックスたちと生活を始めた。
ストーリーの一部として、ローグは能力のコントロールを失い、入院した。この間、彼女はミスティークの養女であることを知った。ミスティークはデスティニィのヴィジョンを通して、自分とローグが復活する古代のミュータントの部下になる運命を予見した。待望されていたアポカリプスの帰還の物語はシーズンの最終話になった。メスメロはマグニートーを操り第二のドアを開けさせ、ミスティークとローグを最後のドアを開けさせるために使い、その過程でミスティークに石に向き合わせた。解放されたアポカリプスはX-メン、マグニートー、アコライツ、ブラザーフッドの連合軍を逃亡の過程で容易に打ちのめしている。