田母神論文問題
2008年11月11日の田母神の証人喚問が行われた参議院外交防衛委員会において、民主党参議院議員の浅尾慶一郎は、自衛隊法施行規則の第72条第2項に「任命権者は、規律違反の疑がある隊員をみだりに退職させてはならない。」とあることから、懲戒手続きを進めずに田母神を更迭したことが”みだりに退職させた”にあたるのではないかと質問した。
浅尾は過去の懲戒手続きが平均54日であり、10月31日から翌年1月21日までならば間に合うと指摘したが、浜田防衛相は「今回の場合はみだりということではなくて、その理由がしっかりあるからそういう形を取った」「今一番早い形でお辞めになっていただくのが重要だ」「基本的には一番、懲戒免職に至るまでの日数からすればこれは十か月ぐらい掛かっている」と答弁した。
東京大学名誉教授の小堀桂一郎はこの論文について「ここには私共自由な民間の研究者達が、20世紀の世界史の実相は概(おおむ)ねかうだつたのだ、と多年の研究から結論し、信じてゐる通りの歴史解釈が極(ご)く冷静に、条理を尽して語られてゐる」と語っている。『WiLL』では同年11月号で中西輝政が「田母神論文の歴史的意義」と題する論文で全面的に田母神を支持し、秦郁彦と保坂正康に反論した。西尾幹二も同誌で「何に怯えて『正論』を封じたのか」と政府の対応を批判した。
また、同誌では同年12月号で潮匡人・懸賞審査委員長を務めた渡部昇一や、櫻井よしこ・柿谷勲夫等による「田母神論文を殺すな」と題する特集を打つなど、田母神論文への反対者をリベラル左派と位置づけ、徹底抗戦の構えをとっている。さらに日本大学教授の百地章、軍事評論家の佐藤守、漫画家の小林よしのりらや、その他一部の保守系言論人も田母神への支持を表明している。
論文選考委員の一員でもあった花岡信昭客員編集委員は産経新聞紙上で「防衛省内局の役人的発想を排し、『自衛官にも言論の自由はある』とやっていたら、その後の展開はまったく違ったものになっていただろう」として、保守層の支持回復にもつながったのではないかと政権批判をし、田母神に同情的な論評をした。
また、懸賞論文で佳作になった岩田温は田母神の論文はおおむね正しいとしながらも、史料選定など一部に問題があることを指摘した上で「懸賞論文の入選作の多くが、コミンテルン陰謀論らしい。(中略)陰謀論には懲り懲りというのが、率直な感想である」と懸賞全体への批判もおこなっている。