耕三寺
石山寺多宝塔を模したもの。八角円堂とともに伽藍の中心軸線に対し正面を45度振って建っており、日本の社寺の中では唯一の配置だと言われる。登録有形文化財。
八角円堂(聖徳堂) - 本堂左方に建つ。法隆寺の夢殿を模したもの。登録有形文化財。
銀龍閣 - 八角円堂のさらに西方にある「琵琶の池」の畔に建つ。慈照寺銀閣を模したもの。登録有形文化財。
茶祖堂 - 伽藍の東南隅に建つ小堂で、1966年の竣工である。複雑な屋根形式を持つ。毎年11月3日の文化の日に茶筅に感謝の意を込める供茶式と野点の行事を行っている。
仏宝蔵 - 境内西側に建つ。新薬師寺の本堂を模したもの。登録有形文化財。
潮聲閣 - 境内西側に建つ。金本耕三が母のために建てた旧邸宅で、入母屋造の日本住宅と二階建ての洋館の二部分からなる。耕三寺建立の原点。登録有形文化財。
藤棚 - 憩いの場。
金剛館 - 境内南方に建つ宝物館。1968年完成。
未来心の丘 - 境内北方に位置する。広さ5000平方メートル、高低差は25メートル、イタリア・カッラーラ産の3000トンの大理石を用いた環境芸術。丘の上から瀬戸田の町と瀬戸内海を見渡せ、丘全体には「毘沙門天」や「光明の塔」など、大小10あまりのモニュメントが点在する。彫刻家の杭谷一東が1988年から12年をかけて作り上げたという。