本郷三丁目駅
本郷通りと春日通りの2つの幹線道路の交点となる本郷三丁目交差点を中心に、丸ノ内線と大江戸線の駅がある。付近はビジネス街であり、また大学・専門学校や小・中学校が多く立地する。さらに周辺には古くからの商店や旅館も点在する。
なお、東京大学の赤門へは南北線の東大前駅より当駅の方が至近である。
1954年(昭和29年)1月20日:帝都高速度交通営団(営団地下鉄)丸ノ内線の駅が本郷三丁目(当時)に開業。初代駅舎は鉄筋コンクリート造平屋建て。ホームは4両編成に対応した80 mの長さであった。
1960年(昭和35年) 6月15日:丸ノ内線ホームの延伸工事に着手。 9月22日:丸ノ内線ホームの延伸工事が終了。
2000年(平成12年)12月12日:都営地下鉄大江戸線の駅が開業。
2002年(平成14年)11月22日:丸ノ内線入口の改良工事が終了(駅舎改築)。
2004年(平成16年)4月1日:帝都高速度交通営団(営団地下鉄)民営化に伴い、丸ノ内線の駅は東京地下鉄(東京メトロ)に継承される。
2007年(平成19年)3月18日:ICカード「PASMO」の利用が可能となる。
丸ノ内線 御茶ノ水駅 (M 20) - 本郷三丁目駅 (M 21) - 後楽園駅 (M 22)
本富士警察署
本郷消防署
文京区湯島地域活動センター
麟祥院
湯島天満宮
関電工湯島ビル
日本基督教団 本郷中央教会
春日通り(東京都道453号本郷亀戸線)
相対式ホーム2面2線を有する地下駅。鉄骨造2階建ての駅舎で改札口は地上にある。改札口は1か所で、改札階と各ホームの中央付近とを連絡するエスカレーター、階段、エレベーターがそれぞれ設置されている。ホームまではさほど深くない。2006年にホームドアが設置された。
開業当初のプラットホームは、4両編成に対応した80 mの長さであったが、将来の6両編成化を想定して2両分40 mの延伸スペース(池袋寄りにトンネルの拡張スペース)が確保されていた。1960年(昭和35年)に6両編成対応に延伸した。
駅施設の狭隘化と老朽化が目立ってきたことやバリアフリー対応が求められたことから、2000年11月から2002年11月にかけて駅舎の建て替えやバリアフリー化を兼ねた大規模リフレッシュ工事が行われた。本郷通りや春日通りから奥まったところに駅舎があるため、周辺地域との融和や視認性の向上にデザインの主眼を置いて建て替えが行われた。