垣ノ島遺跡
縄文時代早期前半(約9000-8000年前)の竪穴建物5軒と土坑墓12基、約6500年前の縄文時代早期後半の土坑墓38基、年代不明の土坑墓が42基が発見された。縄文時代の早期の土坑墓から約9000年前の漆による装飾品としては世界最古の副葬品が出土している。
太平洋に面する海岸の段丘に立地する集落遺跡であり、垣ノ島川の下流左岸に垣ノ島A遺跡、右岸に垣ノ島B遺跡がある。縄文時代早期(約9000年前)から後期(約3500年前)にかけての縄文人の生活の痕跡と集落の変遷が残されている。中期(約4000年前)に構築された長さ120m以上の大規模な盛土遺構は国内最大級で、墓制を示す貴重な遺跡である。遺物も非常に多様で、土器や石器といった生活道具のほか、精製土器である漆塗りの注口土器、足形付土版、装飾品など20万点以上が出土している。しかし、2002年12月29日、展示室冬季休館中に発生した埋蔵文化財調査団事務所の火災により、出土品の一部が破損及び焼失した。