石垣カフェ
同年4月には学生有志が石垣カフェの裏手に単管の長屋「いしがき寮」を建造し、1部屋2万円(のち4000円)で入居者を募集した。いしがき寮には2畳1間の個室が7部屋あり、京大生や美大生など10名程度が入居した。
2005年5月、工事の延期を余儀なくされた大学側は学生側と話し合いを持った。工事の延期に伴う違約金など問題が山積していく中で、2005年8月4日の3回目の話し合いで、大学側は歩道の整備に関して学生側の提案した折衷案を採用し、学生側はカフェと長屋を自主撤去するという合意がなされた。学生側の提案は石垣や樹木を保存しつつ、歩行者や車椅子向けの「森の小道」を設けるというものだった。最後の三日間、石垣カフェは路上ライブ、路上講演会、路上盆踊りなどのイベントを連発し、8月16日、大文字の送り火が消えると同時に蛍の光を流しながら閉店した。
2006年3月31日、両者の合意した計画の下、本部構内百万遍門改善整備が竣工し、百万遍南東角に面した「新百万遍門」のほか側道が完成した。当時の副学長はメディアの取材に対して「有意義な話し合いが出来て、お互いがまあ納得出来る線で決着できたというのは非常に良かった」「私はね、やっぱりどこか学生が好きですね」と発言している。大学側の「大人の対応」と報道された。