めだかボックス
」2012年4月9日第1刷発行(4月4日発売)、ISBN 978-4-08-870421-0 「生きることは劇的だ」2012年7月9日第1刷発行(7月4日発売)、ISBN 978-4-08-870467-8 「箱庭学園第百生徒会執行部」2012年9月9日第1刷発行(9月4日発売)、ISBN 978-4-08-870501-9 「この戦いが終わったら」2012年12月9日第1刷発行(12月4日発売)、ISBN 978-4-08-870536-1 「ようこそ不知火の里へ」2013年2月9日第1刷発行(2月4日発売)、ISBN 978-4-08-870620-7 「鶴喰梟」2013年4月9日第1刷発行(4月4日発売)、ISBN 978-4-08-870650-4 「私は人間が大好きです」2013年6月9日第1刷発行(6月4日発売)、ISBN 978-4-08-870685-6 「黒神めだか健在なり」2013年9月9日第1刷発行(9月4日発売)、ISBN 978-4-08-870804-1
電子書籍としてカラー版も発売されているが、カラー版では以下のように章分けされ通巻での表示はされていない。全21巻(モノクロ版より1巻少ない)
生徒会執行編(全2巻・新書版の1-3巻前半部)
十三組の十三人編(全4巻・新書版の3巻後半-7巻前半)
球磨川事件編(全4巻・新書版の7巻後半-11巻前半)
黒神めだかの後継者編(全5巻・新書版の11巻後半-16巻・グッドルーザー球磨川はモノクロ版では15巻末尾に収録されているがカラー版では16巻に相当する後継者編5巻の先頭に収録されている)
漆黒の花嫁衣装編(全2巻・新書版の17-18巻)
不知火不知編(全3巻・新書版の19-21巻)
未来へのブーケトス編(全1巻・新書版の22巻)
「黒神めだかが卒業するまでフラスコ計画を凍結する」というスタンスをとる安心院なじみに対して生徒会が打ち出した対策。在学中は自分が学園を守り、卒業後は育てた次世代が学園を守り、その次は次世代が育てた次世代が学園を守る。それを繰り返すことで学園の平和が永遠に続く「後進を育てるシステム作り」のためのプログラム。
参加者を飛び級させる形式を取り、参加する中学生達は2学期の間、箱庭学園の1年生として学業に励みながら生徒会執行部の見習いとして仕事を補佐し、数年後の未来を見据えて組まれたカリキュラムを受ける。
632人の参加希望者の中には名の知れた者も紛れてはいたが、面白半分の冷やかしも相当数いたため、球磨川による残酷な選別(聞いただけで心が折れるスピーチ)を行い、それに耐えた5人にプログラムに参加してもらうこととなった。なお、選ばれた5人は全員安心院が潜り込ませた悪平等であったが、実は632人のうち約600人が悪平等であったとのこと。
箱庭学園の地下に広がる研究施設。ここでフラスコ計画の研究が日々行われている。地下一階から地下十三階までの13のフロアがある。時計台1階の「拒絶の扉」が唯一の出入り口。
名瀬夭歌(阿久根高貴の代理) 対 志布志飛沫
勝者 志布志飛沫
書記戦の13の決闘法の中で一番残虐な内容。学食係所有の巨大冷凍庫内、-48°Cの世界が会場。黒箱塾時代は氷室で行われていた。勝利条件は相手の身包みを全て剥ぎ、全裸にすること。零下のステージは冬眠を、身包みの剥ぐことは脱皮を見立てている。剥ぎ取った相手の衣服を自分が纏うことは可能。時間無制限でギブアップ不可。