医学館
さらに学生が予想以上に集まったことから、寛政5年(1793年)正月に陪臣医師・町医者の出席が見合わせとなったため、名実ともに幕府医官の教育機関となった。その後、文化3年(1806年)の大火で焼け落ちたため、下谷新橋通りに移転再建された。
寛政期には多紀元簡が世話役の中心となり、多紀元悳原撰「観聚方」80巻から記述を精選して『観聚方要補』10巻を編纂しようとしたが急逝した(元簡の死後に元胤・元堅兄弟が校訂を 加えて文政2年(1819年)に元簡の遺稿として刊行)。元簡の没後しばらく医学館は停滞期に入った。
天保の改革以後、医学館は最盛期を迎え、機構改革で陪臣医・町医者が出席する別会が増設された。天保13年(1842年)には受診者枠を200人に拡大することが許可され、そのため弘化2年(1845年)から薬種代金100両の増額が許可された。
しかし、多紀元堅の死後(1857年)は凋落し1868年に閉鎖された。