JR東日本E259系電車
全車両が鎌倉車両センターに配置され、253系に代わって2009年10月1日より「成田エクスプレス」の一部運用に投入された。2010年6月までに合計で6両編成22本(132両)が投入されたが、この車両数は253系の両数より21両多い。
2009年10月の運行開始までに10本(うち1本は予備)が導入され、2010年6月7日には近畿車輛からNE022編成が甲種輸送されたことで所定の6両編成22本計132両がそろった。
2012年12月1日からは、臨時列車「マリンエクスプレス踊り子」としても運用されることとなった。特急料金は「スーパービュー踊り子」と同じA特急料金が適用された。こちらは2020年3月8日をもって運行を終了した。
2014年7月26日から土曜・休日に限り、成田エクスプレス定期列車の延長運転の形で富士急行線河口湖駅まで入線していた。当初は3月から11月の期間限定だったが、好評につき2015年から通年で運転されるようになった。2019年3月16日のダイヤ改正から特急「富士回遊」の運行開始に伴い、2019年3月10日をもって運行を終了した。
2020年11月27・28日には、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行に伴う成田エクスプレス減便とこれに伴うテレワークの需要増加を受け、JR東日本が当形式を両国駅の3番線に留置させ、車両内でのテレワークを行う実証実験を行った。
連結作業中のE259系(東京駅)
マリンエクスプレス踊り子(2016年8月 川奈駅)
座席裏側には折りたたみ式テーブルと網製のシートバックポケットを設けた。
普通車は座席間隔(シートピッチ)を1,020mmで設定したが、これは253系と同一のピッチである。表地は市松模様の織物とした。5号車には車椅子が固定可能な1人がけリクライニングシートを6号車側の出入台脇に配置した。通常の座席は窓側に回転する構造であるが、この座席のみ通路側に回転する構造としている。
グリーン車では座席間隔を1,160mmに設定し、T字型の跳ね上げ式フットレストを設けたほか、座席表地を本革製とすることで差別化を図っている。本革は、座面と背ずり部分についてはパンチング加工を施して通気性の向上を図っている。
その他の設備
客室端部の出入台側には、253系と同様に大型の荷物置き場を設置した。荷物置き場と客室の間には仕切りを設けているが、仕切り扉は設けていないため、客室内から荷物置き場を直接目視することが可能である。荷物置き場は3段になっており、下段にはスーツケースを縦置きに、中段にはスーツケースを横置きに収納することが可能な寸法を確保した。また、乗客自身が操作するダイヤル式ワイヤ錠を、グリーン車の荷物置き場には24個、普通車では荷物置き場1箇所につき16個(1両で32個)設置し、荷物室天井には防犯監視カメラを設置することで、さらなるセキュリティの向上を図った。
各車両の出入台には17インチ液晶ディスプレイを1台ずつ設置したほか、普通車の出入台には折りたたみ式座席(ジャンプシート)を2つずつ設置した。客室との仕切り扉は幅1,100mmの透明な両開きの自動扉を採用した。