島原藩
島原は戦国時代、有馬氏が治めていた。キリシタン大名の有馬晴信は関ヶ原の戦いで東軍に与して本領を安堵されたが、慶長17年(1612年)、岡本大八事件により、甲斐国都留に幽閉の上、切腹に処された。しかし子の直純は、父の晴信と疎遠で幕府とも親しかったことから、事件の累が及ばず遺領を嗣いだ。直純は慶長19年(1614年)、日向国県藩(延岡藩)に加増の上、転封となった。
その後しばらく幕府領となったが、やがて元和2年(1616年)、松倉重政が大和国五条藩より4万石で入る。松倉氏は戦国時代、筒井順慶の家臣として仕えた。特に重政の父・松倉重信は島清興と共に「右近左近」と称されるほどの名将であったが、重政は父に似ず暗愚で、領民に苛酷な政治を敷き、キリシタンを厳しく弾圧した。また、彼の代に島原城が築かれ、政庁は日野江城からこちらに移った。
そして重政の後を継いだ勝家は父以上の苛酷な政治を敷き、キリシタンを厳しく取り締まった。勝家の残酷さを示すものとして、年貢を払えない者には蓑を着せて生きたまま火あぶりに処すという、いわゆる「蓑踊り」という処刑方法があったという。また、年貢を払えない者の子女を捕らえて処刑したり、幕府の歓心を得るために4万石の取立てを10万石と申告するなど、島原はまさに地獄そのものだったという。
深溝松平家は、代々、好学と篤学の家柄として知られていた。松平忠房は、その家風もあり文学・歴史・兵法・絵図など広く天下の貴重本・希有本を蒐集した。歴代藩主も学問を好み古典を愛し、これらの遺風が継承されていった。文庫の構成は文学・歴史・宗教・政治・経済・教育・風俗・自然科学・医学・産業・芸術と多岐にわたる。質・量ともに充実しており極めて貴重な資料であるといえよう。調査研究の対象として幅広く活用されており、全国各地からの来庫がある。文学書では日本で唯一の伝本である『伊勢物語聞書抄』や、最古の写本の一つである『夜寝覚』などがある。また、歴史資料でも甲斐武田氏の分国法の写本である『甲州式目』は最古の写本として知られている。『栄花物語』のように木製活字で印刷されたものや、その他にも色彩豊かに描かれる『鳥獣図鑑』は、島原藩の本草学の成果を示すものである。