リトアニアにおけるホロコースト
ドイツ占領以前のリトアニアには約21万人のユダヤ人がいたものと見られている。またリトアニア統計局の資料によれば、リトアニア国内のユダヤ人人口は1941年1月1日の時点で20万8000人とされる。ここから開戦前にソ連国内に移住した者の数(約8,500人)、カウナスやヴィリニュスのゲットーからの逃亡者数(1,500 – 2,000人)、強制収容所が赤軍によって解放された時点で生き残った人の数(2,000 – 3,000人)をそれぞれ差し引くと、ホロコーストの犠牲者は19万5000人から19万6000人であることが算出される。ホロコーストの犠牲者数を正確に算出するのは難しく、これらの数はあくまで推定であり断定はできない。犠牲者数は歴史学者によって16万5000人から25万4000人まで幅広く試算されるが、このうち多く見積もったものにはおそらくリトアニア・ユダヤ人以外の犠牲者も含まれているものと思われている。
ホロコーストの背景には、ドイツ人やリトアニア人のほかにユダヤ人自身による事件への関与もあった。
ゲットーの中では「ユダヤ警察」と呼ばれるユダヤ秩序維持隊が秩序の維持にあたっており、彼らはドイツ人からの指令を直接実施する立場にいた。カウナスのゲットーでは 60 人のユダヤ警察官が存在していた。
またヴィリニュスのゲットーではナチス・ドイツによってユダヤ長老会(ユーデンラート)というユダヤ人の自治機関が設置されたが、これは名目上は地域のユダヤ社会を代表する評議会ではあったものの実質的にはドイツ当局の指令を実行に移すための組織であったことから、「ユダヤ人絶滅プロセスに加担して、ユダヤ人を裏切った組織」であると指摘される。彼らはどのユダヤ人を絶滅拠点に移送するかを記したリストの作成まで行っていた。
ただし彼らは自民族の根絶を目的に行動していたわけではなく、あくまでユダヤ人を救うためナチスに協力せざるを得なかったのであった。例えばヴィリニュスのユダヤ長老会議長兼ユダヤ警察長のヤクフ・ゲンスは、
と証言している。すなわち彼は、ユダヤ社会全体を救うためにはその一部の犠牲はやむを得ないと考えていたのであった。
1940年、ソヴィエト連邦(ソ連)がリトアニアに侵攻、併合した(詳細は「バルト諸国占領」を参照)が、翌年6月22日、ナチス・ドイツがバルバロッサ作戦を開始しソ連に侵攻、独ソ戦が始まる。ナチス・ドイツはリトアニア人からは解放軍として歓迎され、ソ連と戦っていた非正規民兵からの支持を集めた。リトアニア人の多くはドイツによってリトアニアの再独立が認められると信じており、そのためナチス・ドイツが展開していた反ユダヤ主義政策に同調する者もいた。
攻撃を開始したその日のうちにリトアニアを制圧したナチス・ドイツはこうした状況を利用し、リトアニア人行動主義戦線(リトアニア語: Lietuvių aktyvistų frontas、LAF)にリトアニア臨時政府の樹立を認めた。スロヴァキアがナチスによって解放された後に「独立スロヴァキア」として独立が認められたこともあり、当初ナチスはリトアニアに十分な自治権を与えるものと思われていたが、その後ドイツは支配を強めるようになり、1941年8月から9月頃にはより独立志向の強いリトアニア人団体は解散させられた。
ナチス・ドイツ当局はリトアニア・ユダヤ人の組織的殺戮を指示、支援し、現地のリトアニア人協力者がその指示のもと計画を実行していった。1941年6月25日、ナチス親衛隊のフランツ・ヴァルター・シュターレッカー少将がカウナス(コヴノ)に到着し、ユダヤ人殺害をあおる内容の演説を行った。演説は当初旧国家公安局の建物で行う予定であったが関係者はそれを拒否、結局彼は街中で演説を行った 。10月15日の報告書の中でシュターレッカーは、先遣隊による行為の事実はうまく隠され、あたかも現地住民が自発的に行ったことであるかのように見せかけることに成功したと書いている。ソヴィエト併合に抵抗していた民族主義者集団のパルチザンは、リトアニアに入るやいなやすぐにドイツ当局と連絡を取り合うようになった。1941年6月25日の夜から26日にかけて、アルギルダス・クリマイティス (Algirdas Klimaitis) 率いる暴徒の群れがカウナスでユダヤ人に対しポグロム(殺戮)を起こし、ナチス保安警察 (SiPo) や親衛隊情報部 (SD) もそれを奨励した。これがナチス占領下のリトアニアで起きた最初のポグロムで、数日のうちに 1,000 人を超すユダヤ人が殺された。なお、このときの被害者の数を 1,500 人とする説や、周辺の都市での犠牲者と合わせて 3,800 人とする説もある。