騎馬民族征服王朝説
1952年、文献史家の水野祐は『日本古代王朝史論序説』を著し、それまで神武天皇以来、日本が万世一系の天皇によって統治されてきたという通念を批判し、『古事記』の崩年干支、記紀の天皇諡号、『日本書紀』に示された空位の分析・検討などの実証的な研究をもとに、古代日本は、血縁関係のない三王朝によって支配されたとする「三王朝交替説」を唱えた。そして、この三王朝を合わせて「大和朝廷」の称号を排して「日本古代王朝」と称した。三王朝とは、崇神天皇を祖とする崇神王朝(古王朝、呪教王朝)、仁徳天皇を祖とする仁徳王朝(中王朝、征服王朝)、継体天皇を祖とする新王朝(統一王朝)の各王朝である。水野説は、井上光貞によって「ネオ騎馬民族説」と命名されたが、それは、水野が騎馬の習俗を有する種族の日本列島侵入を江上が唱える4世紀初頭よりも2ないし3世紀以上古くさかのぼらせて考えるならば、その列島への渡来はある程度認めてもよいとしたからであった。のちに水野は紀元前2世紀以前ならばツングース系の種族が人種移動し、一時的ではなく、間歇的に少しずつ日本列島に土着し、原住民と混血を重ね同化したという考え方は認めてよいと言い換えている。
ただし、江上の唱えた「倭韓連合王国」なるものは、称号に対する研究が充分に進んでいない時点での臆説にすぎず、研究の進んだ今日にあってはまったく問題にされていない。何より、5世紀代の南朝の一王朝である宋が認めた称号は、あくまでも宋主体の称号であって、当時の北東アジア国際社会でどれほど客観的な価値を有するかは別問題である。河内政権で営まれた大規模な前方後円墳もまた、朝鮮半島起源ではなく大和盆地起源であることは明白である。
427年、高句麗では、長寿王の時代に国内城(現在の中国吉林省集安市東郊)にあった都城を平壌城(現在は北朝鮮の首都)に遷し、朝鮮半島へ進出した。ただし、広開土王碑文にみられるように長寿王の父にあたる広開土王を顕彰する碑文や王墓は国内城につくられた。騎馬民族征服王朝説を否定する立場からは、5世紀以降、ヤマトの朝廷が大陸から新しい文物や文化を受容したのは、こうした高句麗の南下政策などといった国際情勢に対応するため、朝鮮半島に出兵し、朝鮮半島南部の鉄資源の確保を目指して、意識的、選択的になされた変化だととらえられる。
神話に関しては、むしろ、大林太良などは、日本の神話伝説をベトナムや朝鮮半島、ミャンマー、スリランカなどの神話と比較して、その独立性を指摘しており、また「国生み神話」などにみられるように、記紀では、神話や王権の舞台として島々(大八島)を念頭に置いており、大陸に起源を求めていないことはよく知られている。