ポーランド・チェコスロバキア連合
まもなく、ポーランド亡命政府とソ連はカティンの森事件をめぐる対立から1943年4月26日に断交した。ベネシュはチェコスロバキアとソ連の間の同盟締結に向け舵を切った。同年、シコルスキがジブラルタル海峡で航空事故死をとげ、連合構想はほぼ消滅した。1943年12月、チェコスロバキア亡命政府とソ連はモスクワで20年間の同盟条約を、翌春には軍事提携を約する条約を結んだ。
ベネシュは1943年にアメリカを訪れた際もソ連を擁護し、ソ連がチェコスロバキアやポーランドを脅かすことはあり得ないと主張した。ベネシュはむしろポーランドと連合することで国家や国民の独立が失われることを恐れており、ソ連はそれを助ける同盟国であるという認識を持っていた。中・東欧の戦後構想をめぐる闘争は、短期的にはベネシュの勝利に終わった。しかし長期的に見れば、真の勝者はソ連だった。
戦後、チェコスロバキアはポーランドからザオルジェの大部分を取り戻した。しかしチェコスロバキアもポーランドも、1948年までにソ連の勢力圏に飲み込まれ、独立は名目的なものになってしまった。ベネシュは1948年の政変で共産主義勢力に政権を奪われて引退させられ、同年のうちに死去した。