ビオコ島
1963年にさらにスペイン政府はギニア湾のスペイン海外県の経済行政の自治権を与えることを決議し、自治政府が樹立された。1964年にリオムニ県と共に赤道ギニア自治区として再統一しながら、フェルナンド・ポー県とリオムニ県は別々の自治権が与えられた。1966年、赤道ギニアの憲法会議がスペインの閣僚評議会によって合意され将来の独立が決まった。フェルナンド・ポー県議会議長でもあるブビ族のエンリケ・ゴリ・モルベラが赤道ギニアの独立と1968年の憲法に備えて、1967年から1968年にマドリード憲法会議に総会の副大統領として参加し、ブビ族とファン族が統一した独立に反対を示した。1968年10月12日のフェルナンド・ポー県とリオムニ県の2つのスペイン自治県からなる赤道ギニア自治区は赤道ギニア共和国として独立した。独立後、島は現在の北ビオコ県と南ビオコ県にあたる2つの地区に分割した。赤道ギニア共和国として独立したものの、フェルナンド・ポー島(ビオコ島)とリオムニは民族、言語も異なり、距離も離れているため、対立が発生。さらにスペインはカカオプランテーションの権利を留保し、軍も駐留していたため、問題が複雑化、1969年には全スペイン人が撤退し、社会インフラが停止した。ここで国連の支援が入り、スペインの援助が再開する。以降の歴史は、赤道ギニアの歴史の項を参照。なお、1973年から1979年まではフェルナンド・ポー島から改名されマシアス・ンゲマ・ビヨゴ島(初代大統領であるマシアス・ンゲマに由来)と呼ばれ、首都名もサンタ・イサベルからマラボに改名された。その後、ブビ族の王である、モカ王(王位:1875年-1899年)の息子でマラボ王の異父母であるアドルフォ・ビオコの敬意から現在の島名であるビオコ島となっている。