鍬山神社
並列する八幡宮に関して、『矢田之祠記』では永万元年(1165年)に面降山(天岡山)に降臨したという。以来新八幡宮として鍬山宮の隣に祀っていたところ、雷雨の発生や鳩と兎の争いがあった。村人はこれを両神の不和と捉え、八幡宮を杉谷に遷したところ収まったといわれる。なお伝承との前後は不明ながら、現在鍬山宮は兎、八幡宮は鳩の神紋を用いている。
慶長14年(1609年)に両宮が現在地に遷されたのちも、争いを防ぐために両宮の間に小池が設けられ現在に至っている。
鍬山神社の創建に関しては、延宝元年(1673年)の『矢田之祠記』に伝承が残る。それによると、往古、泥湖であった亀岡盆地の開発のため出雲大神が八神と黒柄岳で談合した。そして一艘の樫の舟に乗り浮田(うけた)の峡(現在の保津峡の口)を切り開き、水を山城国方向に流して抜くことに成功して広大な平野が開拓されたと伝える。そして出雲大神は天岡山の麓に祀られ、鍬山大明神として崇められた。また、この神は出雲国における10月(神無月)の会合には出席せず、郡内の八神は鍬山神社に会した、というものである。また、開削に用いた鍬が山積みされたことから「鍬山」の社名となったと伝えられる(「亀岡盆地#湖伝承」も参照)。
社伝では鍬山宮の創建は和銅2年(709年)といい、当初は面降山裏手、現社地から北西800mほどの医王谷にあった。面降山には山頂にかけて小祠が点在しており、山頂には八幡宮が降臨したという影向石が残る。周辺には古墳も多く、また三宅地区は屯倉が設けられたという伝承から国衙ないし郡衙があったという説もあり、面降山が一帯の祭政との関わりが指摘される。
平安時代中期の『延喜式神名帳』には「丹波国桑田郡 鍬山神社」と記載され、式内社に列している。医王谷出身という医家の丹波康頼も鍬山神社を信仰したといわれ、「医王谷」の名も医学に精通した康頼に由来するという。
地名「矢田」は鍬山神社に関わるもので、8つの神田を持っていたことから「八田」と言われ、のちに源頼政が当地を拝領するにあたって「矢田」に改めたという。また、古くから神輿祭・八日祭・庭燎神楽・競馬・相撲・猿楽等といった祭礼が行われていたと伝えられるが、天正4年(1576年)に丹波へ侵攻した明智光秀によりそれらの祭礼は廃され、別当寺として大智院(現在は廃寺)が建立された。また、8つの神田も接収された。
慶長14年(1609年)、亀山城主の岡部長盛が現在地に新社殿を造営して遷し、社地も寄進した。寛永16年(1639年)には藩主の菅沼定房から社領が寄進された。
延宝9年(1681年)には杉原守親が『祭礼中興記』を記し祭礼を再興。同年に城主の松平忠晴から神輿が寄進され、以来例大祭は口丹波一の大祭「亀山祭(のち亀岡祭)」として賑わった。
明治6年(1873年)に近代社格制度において郷社に列し、昭和3年に府社に昇格した。