長崎屋
1990年3月18日、尼崎店の4階寝具売場で火災が発生した。防火扉前に商品が置かれていたため扉が閉まらず、煙が避難階段を煙突代わりに上昇。警報装置が故障していてしばしば誤作動していたため、店員が本当の火災と思わず消火活動や119番通報、避難誘導が適切に行われなかったことなどが影響し、5階食堂付近で死者15人を出す惨事となった。
こうしたカテゴリーキラーと呼ばれる専門店の導入に伴い、生鮮食品の加工・配送を行う「プロスマート生鮮センター」の利用が減少することになったため、効率化の一環として2000年10月31日にこれを閉鎖。物流機能は南日本運輸倉庫への委託へ切り替えた。
そして従来同社の強みとされていた衣料品販売も、2000年6月にレナウン系の婦人服専門店レリアンの元常務を衣料品を担当するソフト・ハード商品本部長に、同年10月11日にダイエーの婦人服部門の元ゼネラル・マーチャンダイズ・マネジャーを副本部長に各々招聘するなど外部人材を導入すると共に、全員女性の社内プロジェクトチームで作ったフロア毎の生活提案型の新コンセプトを導入した若い女性に焦点を絞ったファッションや雑貨などを扱う実験店を兼ねたファッション情報発信基地のル・パルクを12月1日に自由が丘店を業態転換する形で開設し、その成果を他の既存店の非食品売場に反映させていくことを目指すなど衣料品の抜本的な立て直しも図ろうとした。
その他にも、大型店での家電販売の強化を目指して二俣川店など3店の首都圏の大型店舗に家電大型専門店のベスト電器の導入も進めるなど、商品分野ごとに競争力を高めるための新たな営業政策が進められ、家賃引き下げ交渉による収益性の改善も進められた。
のち八戸店もこの方式での改装が行われ、2010年12月3日に複合型店舗として新装開店した。2011年に小樽店も同様に一部売場のみドン・キホーテを導入する複合型店舗として新装開店するなど長崎屋の屋号も存続させている店舗もある。
なお当社は2009年4月1日にテナント賃貸事業をドン・キホーテグループのパウ・クリエーション(現在の日本商業施設)へ移管してショッピングセンターの運営から撤退し、現在は直営の売場の営業のみを担当している。また、2008年頃から長崎屋の崎の「つくり」部右上を大から立に変更し﨑の字を使用するようになっており、MEGAドン・キホーテ店舗の看板の一部には「株式会社長崎屋」の表記を併用しているものもある。
2013年12月5日には札幌市内にMEGAドン・キホーテ新川店をイトーヨーカドー新川店跡(同年9月16日に閉店)の建物へ居抜きで出店し、長崎屋として9年ぶり(長崎屋がドン・キホーテグループ入りしてからは初)の新店舗となった。それに次いで新規出店したMEGAドン・キホーテ綾瀬店(2015年12月12日開店)もまたGMS跡地への居抜き出店となり、ドン・キホーテグループとして持っているGMSの再生モデルをもって出店を進めている。
株式会社おあしす - 外食、給食(設立:1949年(昭和24年)10月11日、出資:82.5%) 本社:市川市市川2-15-8。 平塚西店が7階建ての店舗になった際に長崎屋が食堂部としてレストランを開店した。かつては米国アイホップ社との提携して郊外型の洋菓子レストラン「アイホップ」も展開していた。 長崎屋店内を中心にファミリーレストラン「おあしす」、クレープ店「イタリアのクレープ屋さん」などを展開。給食事業(社員食堂の運営)も行っている。 2007年2月28日付で解散した上で、今後は長崎屋グループ内子会社に営業譲渡され、事業は引き続き継続されている。
株式会社長崎屋フォトサービス - ミニラボ店、写真館(設立:1987年(昭和62年)9月1日、出資:100%) 長崎屋店内を中心にミニラボ店「フォトスピード55」、子供写真館「スタジオ アミ」を展開。 2007年2月28日付で解散したうえで、今後は長崎屋グループ内子会社に営業譲渡され、事業は引き続き継続されている。
株式会社サンファンタジー - アミューズメント施設(設立:1989年(平成元年)8月1日、出資:100%) 本社:東京都中央区東日本橋2-5-1、出資比率100.0%。 長崎屋店内にて遊戯施設を運営。 2007年(平成19年)2月28日付で解散したうえで、今後は長崎屋グループ内子会社に営業譲渡され、事業は引き続き継続されている。