北朝 (日本)
ところが、これを知った南朝側は翌文和2年(1353年)に再度の京都進撃を行い、6月13日には南朝軍に追われた後光厳天皇が京都を脱出、西園寺実俊・万里小路仲房・日野時光ら少数の近臣とともに美濃国大野郡小島(現在の岐阜県揖斐川町)に落ち延びて土岐氏の庇護下に入り、9月21日に足利尊氏とともに京都に帰京するまで亡命生活を送る。更にその翌年の文和3年(1354年)12月24日には南朝方についた足利直冬・桃井直常の京都進撃によって後光厳天皇は今度は近江国蒲生郡武佐寺(現在の滋賀県近江八幡市の長光寺または広済寺とされる)に落ち延びて近江国内を転々とし、翌文和4年(1355年)3月28日に足利義詮とともに京都に帰京した。以後、南朝の京都回復は実現せず、捕えられていた三上皇のうち、文和4年8月8日に政治的実権の無かった光明法皇が、2年後の延文2年(1357年)2月18日には光厳法皇・崇光上皇及び廃太子直仁親王が北朝へ返還された。更に康安元年(1361年)12月8日にも南朝側に寝返った細川清氏らの京都進撃によって後光厳天皇は再び近江武佐寺に落ち延びて、翌貞治元年(1362年)4月21日に帰京している。正平一統以来前後合わせて4回にわたる南朝軍の京都占領及び足利軍による回復によって室町幕府の軍事力なくして北朝そのものの維持が不可能であることが明確となった。更に神器も存在せず、本来の治天の君である光厳の承認なくして即位した後光厳天皇の求心力保持は室町幕府の正統性にも影響を及ぼす問題であることからその権威の維持・上昇に幕府が積極的に関与せざるを得なくなっていった。こうした動きは後の室町幕府による朝廷への口入(武家執奏)を正当化する理由となった。
上記の通り現在の皇統譜では、明治政府の決定を踏襲して南朝を正統とし北朝の天皇を歴代天皇に数えていないが、『本朝皇胤紹運録』を筆頭にそれ以前は北朝天皇が歴代天皇として数えられていた。また、一部の著作においては、天皇系図に本朝皇胤紹運録式の代数を用いているものもある(河内祥輔・新田一郎 『天皇と中世の武家』2018、末柄豊『戦国時代の天皇』2020、など)。以下諸本における北朝天皇の代数を示す。
観応3年(1352年)8月17日に急遽践祚した後光厳天皇も、正平一統の際に南朝に接収されたため、三種の神器が無かった。しかし、北朝の八咫鏡の入っていた朱色の唐櫃が、光厳らが初め幽閉されていた石清水八幡宮に取り残されており、これを三宝院賢俊が佐女牛八幡宮に移していた。その後、再建された北朝はこれを取り寄せ、八咫鏡の代用とした(『小槻匡遠宿禰記』)。後小松天皇の治世にて、南北朝合体が実現したが、三種の神器の「帰坐」は、譲位の形式ではなく還御の体裁で行われた。それ以降も、後光厳天皇以降の北朝にあった八咫鏡の唐櫃は宮中に取り置かれたようで、延徳3年に描かれた内侍所の古図によれば、内侍所には2つの唐櫃があり、一つが元弘年間に新造され北朝に伝わったもの、もう一つが明徳の南北朝合体の際に渡御したものであるという。他にも、内侍所の2つの唐櫃を記録する史料が複数存在している。
しかし、足利政権内部の紛争から観応の擾乱が起こると、観応2年(1351年)に足利尊氏は南朝との和睦を行い、正平一統が成立。年号は統一され神器も南朝方に返されて北朝はいったん解体される。翌正平7年(北朝としては「観応3年」、1352年)、南朝は京都と鎌倉への侵攻と光厳・光明・崇光の三上皇と廃太子直仁親王の拉致を行い、一統は破棄される。京都を奪還した足利義詮は北朝再建を試みるものの上皇の不在により治天を定めることができず、三種の神器も南朝方に渡っていた。足利政権では古代の継体天皇の先例を持ち出し、光厳生母の西園寺寧子(広義門院)を治天とし、8月に三種の神器のないまま光厳皇子の弥仁親王の践祚を行って後光厳天皇として即位させ、翌月には元号を文和と定める。伊藤敬は、これを(一旦断絶した)北朝にとっての画期であるとして後光厳以後の3代を「新北朝」と呼称している。