海軍機関科問題
1924年(大正13年)末の制度改正によって、制度上は消滅した兵科出身・機関科出身の将官の区別は、依然として続いた。機関科出身将官の事実上の最高ポストは海軍省軍需局長であり、機関科出身の中将が大将に親任された例は1945年(昭和20年)に帝国海軍が消滅するまでなかった。
その状況の中、軍需局長を経て、通常は兵科出身の中将が補職される海軍艦政本部長まで進んだ杉政人(海機10期)・上田宗重(海機13期)、太平洋戦争(大東亜戦争)中に軍需局長を経ずに艦政本部長となった渋谷隆太郎(海機18期)の3名が、機関科出身の大将の候補者と目された。艦政本部長を経験した中将は大将に親任されるのが例であった。しかし杉は艦政本部長在任中に起きた友鶴事件により引責辞任・軍令部出仕を経て予備役編入、上田は艦政本部長在職のまま急逝、渋谷は艦政本部長在職中に敗戦により海軍が廃止されたため、いずれも中将で終わった。
大日本帝国海軍(以下「帝国海軍」という)は、イギリス海軍に倣って兵科士官と機関科士官を区別したが、その終焉に至るまで兵科と機関科の対立が続いた。この機関科問題は、帝国海軍の人事関係で最大の問題であり、また隠微なタブーでもあった。なお、兵科士官との間だけでなく、主計科・軍医科など他の将校相当官、兵士からの叩き上げである特務士官、高等商船学校卒や一般大学卒・予備学生経由の予備士官との関係でも、逆に機関科士官側が差別意識を持つなど軋轢があった。
帝国海軍の場合、給与の面はあまり問題にならなかったが、部隊指揮に関する軍令承行権の制限と、教育制度の統合(一系教育)の是非が中心的な争点となった。特に軍令承行権における兵科士官の優越が、部隊指揮以外の場面に拡張される傾向があり、機関科との軋轢を生んだ。その他、階級制度や高級ポストの少なさから機関科士官の昇進が厳しく制約されたことや、艦上勤務が機関長止まりであることから副長以上乗艦時の号笛栄誉が受けられないなど様々な場面で礼式に格差があったことも、機関科側には不満とされた。
機関科問題は徐々に制度改正が進み、特に太平洋戦争中には教育の一系化や軍令承行権の開放などがあったが、完全な問題解決はできないままに敗戦による海軍解体を迎えた。