ハメンクブウォノ9世
1945年8月17日、インドネシアは独立宣言の直後から、自身の直轄領をインドネシアに併合することを自ら宣言し、ハメンクブウォノ9世は分家のパクアラム8世とともにインドネシア独立戦争をサポートした。ジョクジャカルタを臨時首都とし、財政的に援助を行った。そして、ジョクジャカルタの知事として、パクアラム8世は副知事となり、さらにジョクジャカルタはスルタン領(特別州)として王族制終身知事の存続を認められた。また、ハメンクブウォノ9世はジョクジャカルタの軍隊をも指揮し、1945年から1949年まで大臣を兼任した。
しかし、オランダは再植民地化を目指し戻ってきた。ハメンクブウォノ9世はオランダへの抵抗に心骨を注ぐ。1946年に、インドネシアの中心をジョクジャカルタとし、スルタンは新政府に資金援助をした。そして、最初にインドネシアがオランダ政府との和平への解決策を模索した時にスルタンはインドネシア代表団の一員として交渉についた。
しかし、1948年12月21日に事態は悪い方に向かった。オランダは、第2次軍事行動を起こし、ジョクジャカルタを占領し、初代大統領スカルノと副大統領のハッタを逮捕した。しかし、オランダは民心のあるスルタンを倒す勇気はなかった。そして、ハメンクブウォノ9世はジョクジャカルタを去らず、知事であり続けた。