外菌根
後二者の機能はどちらかといえば菌鞘の機能と考えられており、特に緻密な表面を持つものは吸収根の表面を病原菌や環境ストレスから物理的に保護する機能を持つとされている。また、ハルティヒネットにおける菌糸の細胞間への侵入に伴い、通常の病原菌に対するのと同じ抵抗反応が菌根共生には支障ないレベルで部分的に引き起こされ、実際の病原菌の攻撃に対する抵抗反応の立ち上がりが早くなる例が知られている。菌鞘には菌根全体のバイオマスの18-84%が存在するという報告があり、その中で有害なイオンなどを捕捉することで根を保護していると考えられている。
菌根性とされる樹種のほとんどは自然環境下では菌根化して生育しているため、それらの樹木が野外で示す生理的・生態的特性には菌根の果たす機能による部分も含まれている。逆に、それらの植物から菌根を除いた「純粋な植物のみの特性」は、自然界には事実上存在しない「人工物の特性」に過ぎない。菌根のもつ上記のような機能はあるのが当然なものであり、「菌根定着により強化される」というよりは「何らかの理由で菌根が損なわれると機能不全に陥る」と捉えるべきである。ただし菌と植物との組み合わせにより菌根の特性ないし効果は異なるため、菌根があれば何でもよいわけではない。
菌根はかつて外生菌根(ectotrophic mycorrhiza)と内生菌根(endotrophic mycorrhiza)とに分けられていたが、内生菌根とされたものに含まれる複数の菌根タイプ(アーバスキュラー菌根、エリコイド菌根、ラン菌根)は相互に全く異なることが明らかになり、内生菌根という用語は使われなくなった。それに対し外生菌根とされたものはよくまとまったグループであり、そのまま外生菌根という用語を使い続ける研究者も多い。現在では菌根は純粋に形態から定義されるようになり、ectotrophic mycorrhiza(直訳すれば外部栄養性菌根)はectomycorrhiza(直訳すれば外菌根)と定義し直された。文部科学省の学術用語集には「外菌根」の方が収載されている。古い文献では sheathing mycorrhiza という語を見かけることもある。