ポケットモンスター ハートゴールド・ソウルシルバー
ぜんこくずかん入手前にジョウトずかん非掲載ポケモンを入手すると、「つよさをみる」画面で見られるずかんナンバーが???と表示される(「のろい」およびタマゴのタイプのグラフィックではない)。また、次回作の『ブラック・ホワイト』との互換性による通信が可能(ただし、1度連れてきたポケモンは2度と戻すことはできない)。
『ルビー・サファイア』以降に登場するランニングシューズが登場。本作のみオートダッシュ機能があり、下画面にあるランニングシューズのマークを起動させておけば、Bボタンを押さなくても常にダッシュの状態にできるようになった。
第1世代・第2世代のポケモン(それぞれ、『赤・緑』『金・銀』で登場し、No.001-151・No.152-251の図鑑番号が付与されている種)のグラフィックは『ダイヤモンド・パール・プラチナ』より一新。同時に、第2世代にあたるポケモンの公式イラストも全て新タッチのものに更新された。第1・第2世代のポケモンの図鑑データはリメイク前の『金・銀』と変わらない。 ナンバー252番以降のポケモンのグラフィックは『プラチナ』からの流用である。
メニュー画面は下画面に表示されるようになり、新たにタッチスクリーンの操作にも対応。これにより十字ボタンとタッチスクリーンだけでほとんどの操作ができるようになった(従来のボタン操作でも可能。ただしスタートボタンでのメニュー起動ができなくなりXボタンのみとなった)。
ダブルスロットや『ポケモンバトルレボリューション』には対応しているが、『みんなのポケモン牧場』(プラチナ対応版含む)には非対応。また『ダイヤモンド・パール・プラチナ』にあった「ふしぎなおくりもの」は最初から選べるようになっている。