ジョアン・ロドリゲス
1601年6月、教皇への従順を誓う最終誓願を立てる。これは、ロドリゲスが会士として高く評価されたというよりも、会計係の重要性のたかまりから高位の宣教師が就く必要が生まれ、ロドリゲスが誓願を立てる許可を得られたとみられている。会計係となったばかりでなく、1601年には、家康とポルトガル商人・イエズス会との直接交渉役も命ぜられ、家康の貿易代理人としてますます重要性を高めた。
家康とフランシスコ会の接近に、キリシタン容認とイエズス会の地位低下の危機の予感を得たイエズス会は、1606年、日本司教セルケイラが伏見で家康の謁見を受け、翌年にはイエズス会日本副管区長パシオとともに、駿府の家康と江戸の秀忠を訪問する。どちらでも厚遇を受け、キリシタン禁制の解かれる日も遠くないことのように思われた。
当時の日本副管区では、日本やポルトガルでの宣教保護から十分な資金を得られなかったため、マカオ=長崎間の貿易仲介によって必要な資金を得ていた。貿易の不安定さによる収入の逓減と、副管区の体制が整うのに伴い増大した出費と、日本での保護者への贈答品にかかる費用によって、副管区の会計は慢性的な赤字であり、ロドリゲスは貿易によって得られる利益の拡大に力を入れていた。秀吉や家康などからの依頼による貿易代行がそれであるが、他にも生糸の価格決定への関与などへも精力的に関わった。
その一方、これらの商行為や政治への関与は、強い反感と反撥をもたらした。イエズス会では、聖性を乱すとして、かねてより商行為への関与は否定的に見られており、強い制約が与えられていた。