三井本館
旧三井本館の管理室からスタートした三井不動産は、2003年(平成15年)4月に日本橋街づくり推進部を設置し、地域の各種団体や事業者と共同で地域活性化や再開発事業に取り組み方針を定め、三井本館の所在する室町一構街区(約1.4Ha)においても再開発を行うこととした。しかし、1998年(平成10年)に国の重要文化財に指定された三井本館を含めた同街区の建設物は容積率制度制定前に竣工した物が多く、その後制定された基準と照らすと既存不適格となり、そのまま建て替えた場合に容積が小さくなるという問題が生じた。これをクリアするために各方面と協議した結果、都が新たに重要文化財特別型特定街区を創設し、本プロジェクトが第1号指定を受けることになった。これによって、本来の特定街区における割増容積に加えて重要文化財である三井本館の床面積相当部分を割増容積として活用することが可能となり、隣接して建てられた日本橋三井タワーは、500%の容積率割増が認められ、先進的な事務所機能と最高級レベルのホテル機能を両立した超高層複合ビルとなった。
この日本橋三井タワー建設と並行して、三井本館は「動態保存」「機能更新」「保存と開発の両立」をテーマとしたリニューアル工事が着手され、外壁洗浄と石補修、ライトコート(トップコート更新)、エレベーター更新、空調や電気設備の更新が行われ、一部フロアが美術館とホテルに転用され、2006年(平成18年)3月に竣工した。