新函館北斗駅
七飯駅管理(夜間連絡先は五稜郭駅)の無人駅であった。単式ホーム・島式ホーム複合型の2面3線を有する地上駅であり、互いのホームは両ホーム北西側を結んだ跨線橋で連絡していた。駅舎側(構内西側)から1、3、4番線で、1番線が単式、3、4番線が島式ホームとなっていた。
1983年(昭和58年)時点では4番線の外側の側線、および1・3番線の間の中線(2番線)はそれぞれ貨物列車用の副本線となって運用されていた。そのほか4番線の外側に函館方からさらに分岐し、3線に分かれる側線も有していた。
1993年(平成5年)時点では4番線の外側、及び1、3番線の間の中線(2番線)、各1線を側線として有していた。このうち、少なくとも3番線の外側の側線は2013年3月時点で現存していた。そのほか1番線旭川方から分岐し2線に分かれる側線を1線、4番線の外側に側線を1線有した。
島式(一部単式)ホーム2面4線をもつ。本来は単式ホームである2番線の函館側先端の反対側を一部切り欠いて、函館方面からの行き止まりである1番線が設置されており、函館駅とのシャトル列車「はこだてライナー」専用としている。1・2番線のみ電化されており、島式の3・4番線は非電化である。2・3番線は特急列車対応の長いホームを持つが、4番線は短編成の普通列車の発着を考慮して、3番線の函館側対面のみ使用でき、森側はフェンスで封鎖されている。4番線の外側には、貨物列車用の待避線が1本ある。
多くの乗客が当駅に長く留まらず、新幹線と在来線を乗り継ぐと想定しており、在来線ホームの幅は4 - 6 m 程度とあまり広くはない。待合室なども必要最低限の構造に抑えられている。
在来線改札口および新幹線との乗り継ぎ改札口には、在来線近距離券売機、自動改札機(Kitaca非対応)が設置されている。また、新幹線との乗り継ぎ改札にはマルス端末が1台設置されており、途中の無人駅からの乗客に対する乗車券・新幹線特急券の発券と乗り越し精算が対応可能になっている。
在来線改札口
1F新幹線のりかえ改札口
2F新幹線のりかえ改札口
1・2番線ホーム
3・4番線ホーム
駅名標(在来線)