金地院
方丈(本堂、重要文化財) - 寛永4年(1627年)建立。解説は記述。
茶室「八窓席」(重要文化財) - 寛永5年(1628年)頃建立。解説は記述。
庫裏
開山堂 - 以心崇伝の塔所で、左右両側には十六羅漢像が安置されている。掛かっている勅額は後水尾天皇の筆である。
庭園「鶴亀の庭」(国指定特別名勝) - 寛永9年(1632年)に崇伝が徳川家光を迎えるために小堀遠州に作庭させたものである。遠州作と伝えられる庭は多いが、確実に遠州が作ったと分かる資料が残っている唯一の例である。全国の大名からたくさんの名石が寄進されたという。庭師は賢庭と伝わる。安土桃山時代の風格を備えた江戸時代初期の代表的枯山水庭園として知られる。方丈から見て右手に鶴が左手に亀が配されており、鶴の背には常緑樹、亀の背には落葉樹が植えられている。
牡丹尾長鳥堆黒盆 - 元代(13 - 14世紀)に製作されたもの。堆黒(ついこく)とは何層にも塗り重ねた黒漆の層を刃物で彫りだして文様を出す漆芸技法のひとつである。
以心号 - 天正9年(1581年)に梅谷元保(ばいこくげんほ)が13歳の崇伝に書き与えた道号で、これ以降、「以心崇伝」と名乗ることとなる。
以心崇伝像 - 荒廃した南禅寺を復興した崇伝の頂相(ちんそう、肖像画)で、狩野探幽により崇伝の死後に描かれたものである。
九条袈裟 - 崇伝が使用したと伝わる九条袈裟で、鮮やかな模様の中国裂(きれ)が用いられている。
以心崇伝遺偈 - 崇伝自筆の遺偈(ゆいげ)。遺偈とは高僧が死に臨んで弟子・後世への教訓などを記した漢詩である。
三十祖像 - 禅宗の祖である達磨から歴代30人の祖師像で、雪舟の流れをくむ毛利家の御用絵師・雲谷等顔により描かれた。
最嶽元良像 - 徳川将軍家の御用絵師・狩野常信が描いた金地院二世住持・最嶽元良(さいがくげんりょう)の肖像で、水戸徳川家2代藩主徳川光圀の賛がある。
紙本墨画溪陰小築図(けいいんしょうちくず) - 応永20年(1413年)作の詩画軸。詩画軸とは、絵画とこれに関連する漢詩を1つの掛軸に表し、書画一致の境地を表すものである。本図は南禅寺の僧であった子璞(しはく)の書斎に「渓隠」と名付けたのを祝い、知人が子璞の心の中の書斎を描いたとされる。太白真玄が序を書き、大岳周崇、玉畹梵芳ら6人の著名な五山僧が題詩を寄せる。書斎図(書斎を題材とした詩画軸の一種)の現存最古の作品として知られる。これらは実際の書斎を描いたのではなく、現実には市中に住みつつも俗世間を離れた、いわば理想の心象風景として描き出している。東京国立博物館寄託。
絹本著色秋景山水図・冬景山水図 - ともに北宋8代皇帝である徽宗筆と伝わる作品。実際の制作は南宋時代・12世紀とされる。足利将軍家所蔵の東山御物に含まれる唐物で、『御物御画目録』にも記されている。山梨県身延町の久遠寺に伝わる夏景山水図(国宝)と今は失われた春景幅とで四幅一対の四季山水であったといわれる。秋景・冬景ともに縦128.2センチメートル、横55.2センチメートルの画面で、秋風山水図は崖上で高木にもたれて天空を舞う鳥を眺めている高士が、冬景山水図は滝口の渓谷に佇む高士が描かれる。両幅とも画面下左右に中国の鑑蔵印「仲明珍玩」「廬氏家蔵」、右上に足利義満の鑑蔵印「天山」がある。秋景・冬景ともに将軍足利義稙の時期に大内氏に渡り、大内氏から妙智院を経て金地院に入った。京都国立博物館寄託。