国が燃える
2004年9月、第87話(42号掲載)と第88話(43号掲載)において、南京大虐殺について取り上げ、「百人斬り競争」や、逃げ惑う一般市民を機関銃掃射する場面を描写。43号には参考文献を列挙した。これに対し、資料として取り上げられた写真の矛盾点を修正して描いたとして、一部の読者や学者、右翼団体、保守政治家から捏造であるとの抗議を受け、ネット掲示板、ブログなどでも非難の声が多数上がった。
一部地方議会議員のグループは、集英社と本宮に対し抗議をおこなった。集英社は10月8日、「不適切と指摘された個所は検討を重ね、適切な処置と読者への経過説明をする」とコメントした。10月13日には「描写の参考にした写真は『ねつ造された』との指摘もある。そういう資料を使ったのは不適切だった」として、『国が燃える』の休載を発表した。
『国が燃える』は、48号より52号まで休載となったのちに連載再開されたものの、休載直前から駆け足の展開となり、翌年1月には終了した。2004年11月11日、本誌上にて問題のシーンを含む二話(計21ページ)はコミックス版では削除されると発表、2006年10月19日に該当部分未収録の単行本9巻(最終巻)が発行された。