マーヴル・スーパーヒーローズ VS. ストリートファイター
前作では出が遅かった「サイコフィールド」の性能が上がったが、その反面ハイパーコンボの「サイコクラッシャー」の発生が遅くなった。またベガワープを使ったときに分身が発生するようになっている。
本作では『ストリートファイターIII』シリーズにあった「気絶(スタン)ゲージ」が採用されている。画面中央のタイマー表示を囲っている枠がそれである。一定のダメージを受け続けると、徐々に下から枠が点滅して埋まっていき、これがいっぱいになると気絶状態になる。なお、この「スタンゲージ」の存在は特にピックアップされておらず、雑誌や攻略本はおろか、取扱説明書にも記載されていない(一部のゲーム雑誌に小さく紹介された程度である)。
『X-MEN CHILDREN OF THE ATOM』や『マーヴル・スーパーヒーローズ』にもこれに近いシステムが採用されている。本作でいうゲージではなく、体力ゲージ横の使用キャラクターの顔パネルが通常では「青」だが、一定のダメージを受け続けると「黄」(表情が少し変化する)に変わり、さらに「赤」(表情がさらに変化)に変わる。この状態でさらにダメージを受けると、気絶状態になる。
ヴァリアブルアシストで呼び出されたキャラクターは無敵ではないので、敵の攻撃を受けてしまうことがあり、2人同時にKOされる場合も起こり得る。
本作では対戦前にキャラクターの先発・後発を交換できるシステムが裏技として設けられている。やり方は対戦開始直前のデモでキックボタンを2つ以上押すというもの。
今作ではハイパーコンボでフィニッシュを決めた場合、カナダ人の男性ナレーションボイスで技の名前がコールされる。ただし全てのハイパーコンボに対してボイスがあるわけではなく、隠しキャラクターやメカ豪鬼のハイパーコンボ、ダンの「漢道」などは一括で「Hyper Combo Finish!!」というナレーションになっている。次作『MARVEL VS. CAPCOM』では、全ハイパーコンボが女性ナレーションボイスによる「Hyper Combo Finish!!」に統一された。
今作のみの演出として、対戦前のVS画面や、勝利メッセージ画面で使用(先頭側)キャラクターのボイスが一言流れる。
前作には無かった隠しキャラクターが乱入してくるシステムが設けられた。メカザンギエフ、日焼けしたさくら、シャドウが該当(パートナーとなるキャラクターはメカザンギエフとシャドウがベガ、日焼けしたさくらが豪鬼)。乱入条件は5ステージまでのハイパーコンボ、ヴァリアブルコンビネーションによるフィニッシュの回数などによって決まり、1ステージでもノーマルフィニッシュすると乱入してこない。
X-MENの初代リーダー。前作から続投する数少ないX-MENメンバー。両眼から迸る強烈なビームが武器である。「ラビットパンチ」と「ランニングネックブリーカー」のコマンドがタメコマンドに変更された。