アウラングゼーブ
だが、アウラングゼーブが敵の城塞に集中しているのにマラーターは目をつけ、デカン地方のあらゆるところで襲撃をはじめ、このため1702年から1704年にかけて北インドおよびグジャラートからハイダラーバードに至る隊商路が途絶えてしまった。マラーター王国のあるデカン西部では、安全の保証を代償に定期的に保護料が徴収されていた。その後、マラーターはハーンデーシュ、マールワー、グジャラートにまで襲撃を繰り返すようになった。
その一方、この頃になるとムガル帝国とマラーター王国との間で講和の話が持ち上がってきた。マラーター側の指揮官が和平を持ち出したのに対し、アウラングゼーブもまた長年捕虜としてきたシャーフーを解放してマラーター王にすることを考えた。そのため、1703年から双方で和平交渉が何度か行われたものの、結果としてそれは実を結ばなかった。
アウラングゼーブのデカンにおける遠征が長引くにつれ、デカンに駐留する兵士の志気は徐々に低下していき、その戦費は莫大なものとなって財政は次第に圧迫されていった。財政の悪化はマンサブダール制の動揺させ、過度の地租徴収による。近藤治は「ムガル朝にとって最も深刻な問題は、皇帝親征のムガル大軍を以てしても、マラーター軍に壊滅的打撃を与えられることが出来ないことによる皇帝権の威信の低下であった。(略)だが、今やムガル朝高官たちのアウラングゼーブに対する信頼感さえも薄らいでいった」と主張している。
1681年以降、アウラングゼーブが帝都デリーに戻らずに治世の後半をデカン戦争に費やしたことによって、帝国の重心はアウランガーバードを中心としたデカンに移り、それから生み出される影響は大きかった。特に、17世紀末から18世紀初頭、アウラングゼーブはマラーターと激しい戦争を行い、帝国の統制と権威は北インドの及ばなくなった。帝国に仕える者はデカンと北インドに分けられ、北インドで仕える者はほとんど宮廷に出仕しなくなり、なかにはマラーターと手を結ぶものも現れた。アウラングゼーブが信頼していたウラマーもまた、徴税官と同じようにジズヤから得られた税を着服し、国庫に税が届かなくなった。行政機構は壊滅し、帝国の財政を担ってきた北インドは荒廃して悲惨な状況であり、財政は年を追うごとに悪化した。
また、17世紀を通して、イギリスはマドラス、ボンベイ、カルカッタを、フランスはポンディシェリー、シャンデルナゴル(チャンダンナガル)をそれぞれ獲得し、18世紀初頭になると両国はインドの植民活動に乗り出そうとしていた。1690年代にはアウラングゼーブはボンベイでイギリス国王の肖像を刻んだルピー硬貨の鋳造を止めれず、1702年になるとアウラングゼーブの臣下がマドラスで権力を行使できなくなっていた。
アウラングゼーブは皇位継承戦争後、帝国の繁栄を維持するため、1660年代から帝国の領土拡大を目指すようになった。北西方面ではかつてサファヴィー朝との争いに敗北したために領土の拡大は望めず、北東方面ではミール・ジュムラーがアーホーム王国と交戦状態に入っていたが、一進一退であった。そのため、アウラングゼーブはデカン方面に帝国の領土拡大を目指した。
だが、アウラングゼーブはまもなく、デカンでヒンドゥーの復興を目指すマラーターの指導者シヴァージーと衝突した。マラーターはデカンを中心とした新興カースト集団で、バフマニー朝やその継承国家であるデカン・スルターン朝は彼らを傭兵などの軍事力として依存した。シヴァージーはその一つビジャープル王国の小領主の息子として生まれたが、1640年代にマラーター勢力を率いて王国に反乱を起こし、1660年代にはアラビア海に面するコンカン地方に独自の政権を持つにいたった。彼が率いるマラーター勢力は強固な山城ラーイガドを中心に多数の砦を拠点とし、西インドの重要都市スーラトなどムガル帝国の領土に何度も襲撃、略奪をおこなった。
また、アウラングゼーブは若年よりイスラーム教に傾倒し、そのため彼は「ファキール」(貧者)あるいは「ダルヴィーシュ」(托鉢僧)と呼ばれるほどの熱烈なムスリムとなった(ここでのファキール、ダルヴィーシュの意味は神秘的修行者を指す)。アウラングゼーブはアクバル以来の宗教的融和を否定したナクシュバンディー教団のシャイフ・アフマド・シルヒンディーの思想を強く受けていた。この時期、シャー・ジャハーンはヴァーラーナシーの寺院を破壊していたし、帝国の宮廷ではイスラーム復興運動が盛んとなっていた。
一方、アウラングゼーブは全く正反対のアクバル以来の融和路線を支持する兄のダーラー・シコーと激しく対立し、彼を「カーフィル」(背教者、偶像崇拝者)とさえ呼んだ。対立の要因はそれだけでなく、シャー・ジャハーンのダーラー・シコーに対するアウラングゼーブも嫉妬するほどの偏愛にあった。
とはいえ、シャー・ジャハーンはアウラングゼーブの才能を認め、高く評価していた。ダーラー・シコーは時折人々に「弟たちの間で油断ならないのは、あのナマーズィー(祈りを捧げる人)だけだ」と話していた。
アウラングゼーブはマラーターに応戦しつづけたが、1705年5月に手足に激痛を感じて倒れ、12日間公に姿を見せることはなかった。アウラングゼーブは回復したが、老齢による衰えは隠せずにデリーに帰還することにしたが、1706年1月31日からデカンのアフマドナガルにとどまった。
5月、アフマドナガルではマラーターとの間で激しい攻防戦が行われた。だが、マラーターはアフマドナガルを落とせず、そのため地方に展開した。9月になるとマラーターは一段と攻撃の手を強め、治安の悪化からアフマドナガルに入れる者はいなくなってしまった。アウラングゼーブはマラーターとの講和にも失敗し、「もはや自身に残されたのは神のみ」と語ったという。
アウラングゼーブはその晩年、自分の統治は誤りであると思うようになり、崩御後にかつて自身が争ったように息子らの間で皇位継承戦争が起こるのではないか心配するようになったという。そのためか、アウラングゼーブは崩御の2週間前、三男アーザムと五男カーム・バフシュを別々の任地に送った。フランシス・ロビンソンは「鎖を解かれた2匹のライオンを一緒にしておくわけにはいかなかった」と述べている。
1707年2月28日、アウラングゼーブは高熱に倒れたが、「イスラーム教の日に5回の祈りだけは続けさせてほしい」、と言い張ったという。