各駅停車
JRの各新幹線にも各駅停車の列車は存在するが、あくまでも「新幹線の全ての駅に停車する列車」であり、列車種別上は特別急行列車である。したがって、乗車する際は乗車券のほかに新幹線特急券も必要であり、各駅停車であっても「普通列車」ではない。なお、案内放送や発車標では、英語で新幹線を示す"Superexpress"と案内されている。
新幹線で各駅停車となる列車は路線ごとに以下の列車となる。
東海旅客鉄道(JR東海)・西日本旅客鉄道(JR西日本) 東海道新幹線・山陽新幹線 - 「こだま」
東日本旅客鉄道(JR東日本)・西日本旅客鉄道(JR西日本) 北陸新幹線 - 「はくたか」、「あさま」(東京 - 長野間)、「つるぎ」(富山 - 金沢間)
東日本旅客鉄道(JR東日本) 東北新幹線 - 「はやて」(1往復のみ設定されている)、「やまびこ」(200号台、一部列車は白石蔵王駅を通過)、「なすの」 上越新幹線 - 「とき」(400号台、一部列車は本庄早稲田駅を通過)、「たにがわ」(スキーシーズンの臨時列車は一部の駅を通過)
九州旅客鉄道(JR九州) 九州新幹線 - 「つばめ」
この他、新幹線車両を使用する博多南線(一部山陽新幹線直通)や上越線ガーラ湯沢支線(上越新幹線直通、冬期のみ)が、在来線特急列車として各駅停車で運行している(そもそもこの区間では途中駅が存在しない)。
東急大井町線の二子新地駅と高津駅を通過する各駅停車(種別表示が緑)と、停車する各駅停車(種別表示が青)が存在する。路線図では「一部の各駅停車が停車」、駅のLED表示や車内放送では「二子新地・高津にはとまりません」と案内されている。もともと両駅は大井町線ではなく田園都市線の駅であり、種別表示が緑の各駅停車(二子新地駅・高津駅通過)が走行する大井町線の線路には両駅のホームが設けられていないためである。種別表示が青の各駅停車(二子新地駅・高津駅停車)は、二子玉川 - 溝の口間を田園都市線の線路に転線して走行する。この手法は既述の南海高野線の「各駅停車」と南海本線の「普通」との関連とほぼ同一であるが、南海と違い東急では種別名を分けていない。
新幹線を除き、旅客案内においてほとんどの場合、「各駅停車」と「普通」は同じサービスを指す用語である。また、各駅に停車する列車の種別としても、「各駅停車」または「普通」のいずれかが採用される。
中には、西武鉄道のように、かつては「普通」が正式種別名であったのを「各駅停車(各停)」(2008年〈平成20年〉6月14日改正以降)に改称した例もある。
なお、時刻表・行先表示等では「普通」であっても「各駅停車」と案内する事業者もある。JR東日本では千葉支社、大宮支社、大手私鉄では、京成電鉄、東武鉄道、近畿日本鉄道、京阪電気鉄道、阪急電鉄、阪神電気鉄道などが該当する。