ぷよぷよ!!クエスト
2021年10月27日には、ゲーム内容の大幅なリニューアルが実施された。このリニューアルに関してハリガネスケルトンが2021年にまんたんウェブとのインタビューで語ったところによると、リニューアルの話が2019年ごろから持ち上がっていたとされている。この時点で本作はゲームとして成熟していたものの、起爆剤が欲しいと考えていたとハリガネスケルトンは振り返っている。 リニューアルにあたり、ひたすらぷよを消していく「とことんぷよぷよ」も、本編とは別のモードとして収録された。 その理由について、ハリガネスケルトンは「他のタイトルと比べてもぷよクエのユーザー層は幅広く、『ぷよぷよ』を遊んだことのない方も多かった。そんな方に『ぷよぷよ』も楽しんでほしいし知ってほしかった」と説明しており、このモードをきっかけに本作を知ってほしくもあり、本作をきっかけに『ぷよぷよ』を知ってほしいと話している。
また、新規プレイヤーの取り込みを図るため、時空探偵あたりとその仲間たちを主題としたメインストーリーが用意された。
リニューアルから一年が経った2022年10月中旬より、「リニューアル1周年&9.5周年キャンペーン」として特定の召喚が100連無料になるなど、大規模なイベントが開催された。
オンラインゲームの特徴としてギルドというコミュニティ機能があり、ゲームの進行が有利になる利点がある。掲示板での交流、畑でぷよ野菜を育てて交換する、ギルドタワーによるステータスボーナス、メンバーからのサポートが受けられるなどの特典のほか、ギルドで協力してプレイするイベントも定期的に行われる。また、ギルド単位で他のギルドに移転することができるようになった。
ギルドタワーはクエストやバトルで獲得することができるTP(タワーポイント)を消費することで、ギルドメンバーによる建設が可能。より高くのタワーを建設することにより受けられるステータスボーナスが増え、ギルドレベルも比例して上がっていく。
ボイスに対応したキャラクターは、既存のキャラクターか本作のオリジナルキャラクターを問わず、随時追加されている。連鎖のボイスは従来の『ぷよぷよ』シリーズとは異なり、一部の特殊なキャラクターを除いて『20th』の「ペアでぷよぷよ」のように、10連鎖までは連鎖数を「1」「2」......「10」のようにカウントアップするものに統一されており、11連鎖以降は独自のフィニッシュボイスを連呼する。原作の連鎖ボイスのような魔法や技の名前(アルルの「ばよえ~ん」など)は、本作ではおもにスキルの名称とその発動時のボイスにあてられている。下記のコラボレーションにより登場した他作品の一部キャラクターにも、撮り下ろしのボイスが実装されている場合もあれば、ライブラリ音声で実装されるケースもある。
各キャラクターごとに「ボーイズ」「ガールズ」「どうぶつ」「剣士」「めがね」「ナゾ多き」などの特徴がいくつか設定されており、特徴の共通したキャラクターが3体以上連続して並んだ場合、コンビネーションボーナスが発生し、それらの能力がアップする。レアリティやバージョンによって姿が異なる場合は、カードが所持するコンビネーションが変化する場合がある。