水俣病
これは当時は、無機水銀から有機水銀が発生する機序(メカニズム)が理論的に解明されていなかったことによる。病気の発見から約11年が経過した1967年になり、ようやくチッソ工場の反応器の環境を再現することで、無機水銀がメチル水銀に変換されることが実験的に(いまだ「理論的」にではないことに注意)証明された。しかし、排水と水俣病との因果関係が証明されない限り工場に責任はないとする考え方は、被害の拡散を防ぐための有効な手段をほとんど打てずに経年していくという重大な問題を抱えることになり、結果として大量の被害者を生みだし、地域社会はもとより補償の増大などで企業側にとっても重篤な損害を生むもとになった。
原因の特定が困難となった要因の一つとして、チッソ水俣工場と同じ製法でアセトアルデヒドを製造していた工場が当時国内に7か所、海外に20か所以上あり、水銀を未処理で排出していた場所もほかに存在したにもかかわらず、これほどの被害を引き起こしたのは水俣のみであり、かつ終戦後になってからという事実がある。この事実が化学工業界の有機水銀起源説の反証として利用されて研究が進まず、発生メカニズムの特定をとことんまで遅らせることとなった。
チッソ水俣工場では、第二次世界大戦前からアセトアルデヒドの生産を行っていたにもかかわらず、なぜ1950年過ぎから有機水銀中毒が発生したのかは、長期にわたってその原因が不明とされてきた。
1988年:3月1日に行われた水俣病の刑事裁判の上告審で、最高裁が7人の被害者に対する業務上過失致死傷害罪を認定したうえでチッソ吉岡元社長と西田元工場長の上告を棄却し、禁固2年・執行猶予3年の有罪判決。刑事訴訟後から12年ぶりで、患者の公式確認以来では32年ぶりの決着である。
1989年:『週刊新潮』2月16日号pp.31–32に「水俣病「ニセ患者」も三十年」として胎児性患者・上村智子の母親の意見を掲載。
1990年12月5日、水俣病裁判の国側の責任者として、和解拒否の弁明を続けていた環境庁企画調整局長が自殺。
1992年、水俣市の中学校の調査で、水俣病の偏見から文通を断られたり、修学旅行でからかわれるなどの差別に悩むケースが多いことがわかる。
国や原因企業などを相手に損害賠償請求訴訟を起こしていた未認定被害者らは、1995年、自民党・社会党・新党さきがけの連立与党三党による調停を受け入れ、これら訴訟の大半が取り下げられた。このときの政治解決により、被害者には一時金260万円などが原因企業から支払われたほか、医療費の自己負担分などが国や県から支給されており、その対象者は約12,700人に上る。この政治解決を受け入れずに、訴訟を継続したのが水俣病関西訴訟である。
1995年、政府、水俣病の未確認患者問題につき最終解決策を決定。村山富市首相、原因の確認・企業への対応の遅れを首相として初めて陳謝。国の法的責任には触れず。
2001年、水俣病事件で国・熊本県の責任を認める初の高裁判決が下り、チッソに対する除斥期間経過も撤回した。関西水俣病訴訟団が国・熊本県に上告を断念するように申し入れたにもかかわらず、国・熊本県が最高裁へ上告する。