特定都区市内
東京・博多間を結ぶ東海道・山陽新幹線は、在来線でのJR旅客会社毎の管轄領域で見た場合、東日本・東海・西日本・九州の4つのJR旅客会社に跨っている。
また、東海道・山陽新幹線自体も、新大阪を境に、新大阪以東の東海道新幹線間はJR東海、新大阪を除く新大阪以西の山陽新幹線区間はJR西日本、と、管轄するJR旅客会社が異なっている。
このため、特定都区市内に所在する東海道・山陽新幹線の駅のうち、以下に列挙する駅は新幹線のりばと在来線のりばとで管轄するJR旅客会社が異なっている。
東海道新幹線区間(JR東海管轄) 東京・品川・新横浜・・・在来線はJR東日本管轄 京都・新大阪・・・在来線はJR西日本管轄
山陽新幹線区間(JR西日本管轄) 小倉・博多・・・在来線はJR九州管轄
一方、東海道・山陽新幹線を管轄するJR東海とJR西日本は、2022年現在、共に株式市場に上場しており、各々の株主に対し、株主優待サービスの一環として、自社管轄内全線に係る乗車券類(除外条件有り)を割引購入出来る株主優待割引券を保有株数等に応じて配布している。この株主優待割引券を使って他社管轄に跨る乗車券類を購入する場合、自社管轄区間のみ割引対象となり、割引対象となる自社管轄区間分と割引対象とならない他社管轄区間分を分けて発売される。
JR東海とJR西日本が各々発行する株主優待割引券を使って、東海道新幹線(JR東海管轄)または山陽新幹線(JR西日本管轄)を利用することを前提に本特例適用の要件を満たす特定都区市内に属する新幹線駅発着の普通乗車券を購入する場合で、在来線のりばが「他社管轄」となっている前記列挙の駅を発着駅としている場合には、その前記列挙の駅の側では本特例は適用されず、単駅指定の形で発券される。
トクトクきっぷの中には、現在本特例にて規定されている11都市・都区部以外の都市・エリアに対し、本特例と同様の取扱方を行うものが存在する。