法人税
アマゾンジャパン株式会社は、日本に納める法人税が極めて少ないと指摘されてきた。2014年に公表されたアマゾンジャパンとアマゾンジャパン・ロジスティクスの法人税合計納税額は約11億円であった。アマゾンジャパンは商品の売主は日本法人ではなく、アメリカ合衆国ワシントン州シアトルに本社があるAmazon.com Int'l Sales, Inc.であり、同社は日本国内に支店等を有しないことをもって、国税庁に抗弁してきた。2009年、東京国税局はアマゾンの流通センター内に米国法人の機能の一部が置かれており、これが法人税法・日米租税条約に規定する恒久的施設であるとして、2003年から2005年について 140億円の追徴課税を行った。これに対してAmazon.com側は、1億2000万米ドルを銀行に供託。その後日米当局間で協議が行われ、日本の国税庁の請求は退けられることで2010年9月に最終合意に至った。
日本の法人税は、当初は法人に対する所得税の一種として導入され、明治32年 (1899年) の所得税法改正により新設された第一種所得(法人所得税)に由来する。昭和15年 (1940年) に法人に対する所得税が分離する形(法人税法の制定)によって成立した。
高度経済成長時代における基幹税の役割を果たしていたが、バブル景気のころに所得税収に抜かれ、次第にその地位を下げつつある。しかし、1980年代からの大幅な所得税減税(約30 %)、バブル崩壊後の景気低迷、1990年代後半の金融危機以後の景気後退による雇用者報酬の伸び悩み、定率減税の導入などにより所得税収が大幅に減少1991年(平成3年) :26.7兆円→2006年(平成18年):14.1兆円)、2003年(平成15年) からの量的金融緩和政策や、輸出面での好調から2006年(平成18年)には1988年(昭和63年)以来の税収項目1位となった。2007年(平成19年)の国税の税収に占める割合は、所得税に次ぎ第2位である。2008年(平成20年)は世界金融危機の影響を受け、補正予算では2位で、2009(平成21)年度の予算では、消費税とほぼ同額とされている。
また、2002(平成14)年度からは子会社などへの利益移転や損失隠し目的の簿外債務を阻止するため、連結納税制度が導入され、グループ企業が連結での業績で法人税を納税できる制度ができた。