微生物学的検査
培地上に発育した集落(コロニー)の形態・性状や、血液寒天培地においては溶血の状況を観察する。 また、集落(コロニー)から白金耳で釣菌するなどして得た菌株について、 同定培養、各種の同定キット、質量分析装置などにより、菌種を同定する。 カタラーゼ試験、オキシダーゼ試験、コアグラーゼ試験などは、同定に用いられる古典的な検査である。 免疫学的な方法で菌の血清型別を調べる場合もある(腸管出血性大腸菌O157:H7を疑う場合など)。 近年は、薬剤感受性と同定を並行して行う自動化装置や質量分析法により同定を行う場合が増えている。
上気道:インフルエンザウイルス、RSウイルス、コロナウイルス、アデノウイルス、ヒトメタニューモウイルス、新型コロナウイルス(SARSコロナウイルス2)
便:アデノウイルス、ロタウイルス、ノロウイルス
水疱内容物:水痘帯状疱疹ウイルス、単純ヘルペスウイルス