日本相撲協会
翌19日には武蔵川部屋所属力士の新型コロナ感染が判明し、師匠の15代武蔵川と同部屋所属力士が10日目から休場するなど中盤以降途中休場が続出し、終盤に入ると20日には佐渡ヶ嶽部屋と玉ノ井部屋の関係者に新型コロナ感染が判明し、審判部長を務める13代佐渡ヶ嶽と幕内最高優勝争いに関わっていた琴ノ若を含む両部屋の力士の休場が決定。さらに前日に体調不良で休場した筆頭呼出の次郎(春日野部屋)も新型コロナ感染が判明するなど協会員の途中休場が増え続けており、翌21日は浅香山部屋の関係者に新型コロナ感染が判明し、師匠の15代浅香山と部屋所属力士が12日目から休場。さらに三役格行司の木村容堂(九重部屋)も新型コロナの感染が判明し途中休場となるなど場所運営面にも影響しており、12日目には幕下以下の二番で「対戦相手双方がコロナ関連による休場で不戦敗」となる珍事も発生し取組編成も苦慮するようになっている。
22日には伊勢ノ海部屋、片男波部屋、芝田山部屋の3部屋でも新型コロナ感染が判明し、さらに同日午後には追手風部屋で幕内・遠藤の新型コロナ感染が判明したことで、各部屋所属力士が13日目から休場となった(例外として追手風部屋所属で序二段全勝優勝した日翔志はこの日の午前中の取組であったため、遠藤の感染判明前で休場の対象外だった)。このため、13日目の中入り後取組18番のうち7番で不戦が発生し、錦富士対翔猿戦から錦木対逸ノ城戦までの5番が連続で不戦となるなど前代未聞の事態となった。
千秋楽となった24日は取組進行中に八角部屋の幕内・北勝富士の新型コロナ感染が判明し、同部屋所属の幕内・隠岐の海が休場(同部屋所属の十両・北の若は判明前に取組を終えていた)。
年末年始の感染者増大を受けて、感染が特に拡大している東京都を含む1都3県(埼玉・神奈川・千葉)への政府による新型インフルエンザ等緊急事態宣言の再発出が年頭から取り沙汰されていた。これを受け、1月4日に芝田山広報部長は同月10日初日を迎える初場所を予定通り開催する方向であることを明かした。緊急事態宣言は同月7日に発出されている。
当初は初日、2日目までは上限5,000人とし、3日目以降は観客の上限を国技館の収容人数の半分にあたる約5,300人にする予定だったが、政府の要請に従い、15日間を通じて1日あたりの上限を5,000人として開催。館内2階で予定していたちゃんこの販売も中止し、場所中の協会員は発熱やその他の症状があれば検査を徹底することも確認した。なお前年度は全協会員に対する場所前の検査は抗体検査であったが、1月場所より場所前の検査は唾液PCR検査となっている。
初場所前には散発的に協会員の感染発表が行われた。同月5日には宮城野部屋所属の69代横綱白鵬の陽性が発表され、昨年来3場所続いた休場明けで進退が注目される1月場所への出場が事実上不可能となった。同部屋所属の協会員も検査を受けて全員陰性が確認されたが、感染拡大防止のため同部屋所属の全力士が1月場所を休場することとなった。
同月9日、協会員約900人に実施した一斉のPCR検査では、幕内の千代翔馬、十両の千代鳳を含む5名(関取衆のほかに九重部屋2名、友綱部屋1名の力士養成員)の陽性が新たに判明し、年末以降陽性者が発生した各部屋関係者を含め、感染または濃厚接触者の疑いのため、以下の通り1月場所の休場が決定した。