武衛陣
また応仁の乱の頃の武衛陣は数多くの櫓を備え堀を巡らすなど、合戦に備えて要塞化が推し進められ、実際に洛中の諸大名の屋形はもちろんの事、将軍の邸宅である室町第までもが無用心に焼失する中、武衛陣は最後まで持ちこたえたとされる。乱後は戦災による損壊の修復を行い、武衛家の本邸として引き続き使用された。
その後の武衛陣は、12代当主の義寛の時代頃まで武衛家の本邸として使用されたようであるが、肝心の武衛家自体が在京を断念し、領国であった尾張国の清州城へ本拠を移すと、やがて放棄されてしまったようである。
戦国期には武衛陣跡地が足利義輝、足利義昭の将軍御所である二条御所として使用されるなどしたが、前者は永禄の変で焼失し、後者は織田信長によって解体された。以降の武衛陣跡地は将軍や大名の邸宅として使用されることは無くなったが、現在でも同地周辺の地名は武衛陣町と呼ばれ、かつてこの地に武衛陣が存在していた事を偲ばせる。