臼杵城
1873年(明治6年)には城内の建物が一部を残して払い下げて撤去された。1877年(明治10年)6月1日、(西南戦争豊後方面の戦い)野村忍介指揮する薩摩軍奇兵隊の進攻に備えて、旧臼杵藩の家老であった稲葉頼が臼杵隊を組織して臼杵城に篭城。奇兵隊の襲撃に抵抗するが臼杵城は落城し臼杵は薩摩軍に占領される。6月7日、新政府軍から4個大隊と軍艦3隻の援軍が送られて、6月9日臼杵城を奪還。薩摩軍は熊田に撤退した。1887年(明治20年)には城の周囲の海が埋め立てられた。
1966年(昭和41年)には大分県の史跡に指定された。2001年(平成13年)、二の丸大手門に当たる大門櫓が木造で復元された。2017年(平成29年)には続日本100名城(193番)に選定された。