Nullsoft Scriptable Install System
NSIS Mediaというマルウェア企業が広く知られている。NSIS MediaとNSISは名前が似ているだけで全く無関係である。このため、NSISを使ったインストーラには必ずマルウェアが含まれていると思っている人もいる。インストーラが何であれ、インターネットからのダウンロードには常に注意が必要である。
一部のアンチウイルスソフトでは、(HTTPダウンロード機能を提供する)NSISdlなどのプラグインをトロイの木馬として認識することもあった。これも間違いである。NSISはスクリプトシステムなのでマルウェアの開発にも使えるが、それがNSISの目的ではないし、そういう観点では大概のプログラミング言語にも同じことが言える。