神道指令
元々氏子からの寄付で成り立っていた多くの神社は公的援助がなくなっても経営に大きな打撃を受けなかったが、経営的にも設立の経緯からも国家及び軍に全面的に頼っていた靖国神社は、宮司から軍人を外すなど改革を迫られることになった。
間接的影響として、軍国主義者のための忠魂碑や銅像の建造禁止、戦死者の公葬の禁止、官公立学校生徒の社寺立ち入り禁止等が、政府通達等を通じて行われた。
神道指令は天皇の神道儀礼(皇室神道・宮中祭祀)に制約を加えなかった。
半月後の天皇の人間宣言は神道指令に同調している。
文部省は神道指令を受け、紀元節、天長節、明治節、一月一日の四大節に際しての学校における儀式を一部変更させたが、変更されなかった儀式の中に教育勅語の奉読等が含まれていた。1946年3月に来日した米国対日教育使節団がこれを問題視し、文部省は1946年10月に国民学校令施行規則47条の詳細な儀式の規定を削除した。
この指令の趣旨は宗教団体への公金支出を禁じる日本国憲法第89条、信教の自由を保障する第20条へ取り入れられた。
神道指令は、日本で神道や仏教に比べ勢力の小さいキリスト教を後押しする効果があったのではないかとも言われる。
神社本庁は指令により神道の信仰が「不当に圧迫された」とした。
葦津珍彦は神道指令に関する1960年(昭和35年)の論文で、「重大な障害がない限り」("as long as there is no serious obstacle")占領軍は「被占領地の信仰と慣習に干渉すべきでない」("should not intervene in the religious faith or customs of an occupied area")ということがハーグ条約で定められていたとして、日本占領軍による神道の弾圧は国際法からの逸脱だと批判した。
新田均と武田秀章は神道と日本の国家は本来「区別しがたいほどに密接している」ものであり、国家と独立した歴史を持つキリスト教の政教分離と比べて神道の政教分離は非現実的であるとして、平成17年に神道指令を批判した。
島薗進と菅孝行は神道指令は神社を国家から切り離すことに主眼を置いており、天皇と皇室の祭祀に制約を加えなかった点で不徹底であったとする。