UTF-8
BOM付きには対応しないプログラムは標準的ではある。それらは、BOMを余分なデータとみなすので、問題も生ずる。
例えば、Unix系OSにおける実行可能スクリプトは、ファイル先頭が「#!」から始まるとき、それに続く文字列をインタプリタのコマンドとして認識するが、多くのシステムでは、このシーケンスが存在するとこの機能が働かず実行できない。PHPでは、<?PHPの前に出力されるため、header()関数の実行に失敗する原因となる。HLSLやGLSLのシェーダープログラムコンパイラ(fxcやglslangValidator)はBOMを処理できず、コンパイルエラーとなる。
一方、一部のテキスト処理アプリケーション(テキストエディタなど)ではBOMを前提とした動作をする。同様にこのシーケンスがない場合、UTF-8と認識できないプログラムも存在する。たとえば、Microsoft Excelでは、CSVファイルを開くとき、このシーケンスが付加されていないUTF-8の場合は正常に読み込むことができず文字化けを生ずる。