西肥自動車
佐世保駅前バスセンター
佐々バスセンター
平戸口桟橋
平戸桟橋
ハウステンボスバスセンター
川棚バスセンター
青方
有川港ターミナル
佐世保市総合医療センター入口 - 佐世保駅前 - 藤原橋 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 三川内支所前 - 伊万里口 - 三代橋 - 有田駅前 平日1往復のみの運転で土日祝日は運休。かつては佐世保武雄線として武雄市内まで運行されていたが、有田までに路線短縮された。
佐々バスセンター - 吉井 - 御橋局前 - 世知原 - 槍巻 - 開作 - 世知原温泉 予約制乗合タクシーの運行に伴い2017年3月31日で廃止。その改正では廃止区間(槍巻 - 世知原温泉間)以外の区間(佐々バスセンター - 槍巻間)の時間変更はなかった。
平日の朝には、指方から佐世保東翔高校や長崎国際大学へ行く通学ダイヤが運行されている(学休日運休)。 西海橋西口 - 佐世保東翔高校間の通学ダイヤは行きと帰りで経由地が異なり、朝の佐世保東翔高校行は金田橋経由、夕方の西海橋西口行は広田三丁目経由となる。 TAOYA西海橋/西海橋西口発の便は佐世保市総合医療センター入口行が大半で、西海橋西口発の始発便は佐世保商業高校行となるが、2023年4月1日のダイヤ改正に伴い、TAOYA西海橋便はTAOYA西海橋発の平日朝の1本のみに縮小された。
針尾小学校・口木線
(佐世保東翔高校 - )重尾 - 広田三丁目 - 宮崎橋 - 早岐駅前 - 早岐支所シルバーボウル前 - 観潮橋 - 有福 - 指方 - 浦頭 - 口木 - 針尾小学校前 - 浦頭 - 指方 - 有福 - 観潮橋 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾 平日のみの運行。口木を経由して重尾 - 浦頭間を往復する循環路線が主体だが、重尾 - 針尾小学校前の区間便が朝に1本運行されている。
宮津町線
(佐世保東翔高校 - )重尾 - 広田三丁目 - イオンタウン早岐 - 早岐駅東口前 - 花高四丁目 - 花高一丁目 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 金田橋 - 重尾 - 東部営業所 - 長畑町 - 宮津町 2022年3月24日のダイヤ改正により、佐世保駅前以遠を発着する便が廃止され、後述する東部営業所線の代替路線として、重尾を発着点として早岐・花高団地を周回するルートに変更された。
1990年代には日産ディーゼルの路線車をベースに、ハイバックシートを装備して専用カラーリングを施した特別車両を導入して運行していた。その後経年に伴って同車に代わり貸切からの転用改造車を使用していたが、2017年で消滅した。
2011年(平成23年)冬からは、名鉄観光バス・西濃華陽観光バスからの移籍車両(元貸切車)も使用。
1950年(昭和25年) 5月16日 : 佐世保 - 長崎間(大村経由)に長崎県営バスと共同で急行バスを運行開始。 11月1日 : 佐世保 - 福岡間(武雄・佐賀経由)に西鉄・祐徳バスと共同で特急バスを運行開始。(1953年(昭和28年)10月休止)
1959年(昭和34年)1月 : 佐世保海上交通を買収、子会社の西肥観光汽船として佐世保港 - 鹿子前間に観光船運航開始。
1960年(昭和35年)7月 : 各営業所で運行していたタクシー事業を統合した子会社の西肥観光タクシー(シルバータクシーの前身)を設立。
1963年(昭和38年)5月13日 : 北松浦郡田平町(現:平戸市田平町)馬の元の国道204号(通称七曲り)で平戸口発佐世保行き急行バスが路肩から斜面を転落。乗客9人が死亡、乗客・乗員14人が重軽傷。
1964年(昭和39年)12月28日 : 大阪 - 佐世保間に年末年始期間の帰省バスを運行(1976年(昭和51年)1月まで)。
1965年(昭和40年)6月21日 : 相浦線で同社初のワンマンバスを運行開始。
1966年(昭和41年)8月10日 : 佐世保 - 福岡間に西鉄・祐徳バスと共同で特急バス運行再開(「させぼ号」)。
1969年(昭和44年)3月18日 : 佐世保市万津町に新本社社屋が竣工、島地町から移転。
1977年(昭和52年)10月15日 : 長崎バスジャック事件が発生。
1985年(昭和60年)10月 : 佐世保交通センタービルが竣工、西肥バスターミナルと併設の佐世保シティホテル開業。
1986年(昭和61年)10月 : 子会社の西肥観光バスに北松浦郡、松浦市等一部地域の閑散路線を移管。
平戸高校前線
平戸口駅 - 田平港 - 猶興館高校入口 - 平戸新町 - 平戸桟橋 - 平戸新町 - 千里ヶ浜 - 川内 - 紐差 - 平戸市民病院 - 平戸高校前 平戸島内を縦断する路線である。平日昼間には平戸口駅 - 平戸桟橋間の区間便も1日1往復運行されている。 2020年9月30日までは平戸営業所 - 紐差 - 志々伎 - 宮の浦間を運行する路線だったが、同年10月1日のダイヤ改正に伴って起終点が平戸口駅に変更された一方、これまで志々伎始発・終着だった便のほとんどが平戸高校前始発・終着に短縮され、宮の浦を始終着とする便は宮の浦発が早朝、宮の浦着が最終便の各1便ずつとなり、全体の運行本数も2便減便された。さらに、2021年9月30日をもって平戸高校前 - 宮の浦間が廃止され、路線名が「平戸高校前線」となった。 なお、路線が短縮された平戸高校前-宮の浦間には代替路線として平戸ふれあいバスの紐差・宮の浦線が運行され、紐差で接続するダイヤが組まれるようになっている。
奈良尾車庫前 ( - 奈良尾港ターミナル)( - 奈良尾医療センター) - 小奈良尾脇 (- 中五島高校) - 高井旅 - 奈良尾中学校前 - 福見 ( - 福見教会下) - 中山体育館 ( - 岩瀬浦 - 中山体育館) - 浜串入口 - 浜串 岩瀬浦経由便は中山体育館から岩瀬浦内や天満神社前を回って再び中山体育館に戻る循環ルートとなる。 奈良尾車庫前行の昼の1便は高井旅の1つ前の奈良尾中学校発となる(学休日運休)。
有川-(青方)干切・浜串線
有川港ターミナル - 有川 - 中野 - 鯛の浦 - 上の佐野原 - 神之浦 - 船隠入口 - 船隠教会( - 船隠)- 干切
有川港ターミナル - 有川 - 中野 - 鯛の浦 - 神之浦 - 船隠入口 - 浜串入口
有川港ターミナル → 有川 → 青方 → 三日浦 → 上の佐野原 → 神之浦 → 船隠入口 → 浜串入口 → 浜串
有川港ターミナル ← 有川 ← 中野 ← 鯛の浦 ← 神之浦 ← 船隠入口 ← 干切 ← 船隠入口 ← 浜串入口 ← 浜串 浜串発着便は1日1往復の運行。行き帰りで経由地が異なり、浜串行は青方・上の佐野原経由、有川港ターミナル行は干切・鯛の浦経由となる。また三日浦 - 上の佐野原 - 神之浦間の道路が非常に狭隘なため、小型バスで運行されている。 学休日を除く平日には、鯛の浦発干切行の区間便(学休日の平日は出発地が有川港ターミナルとなる)や干切発中野行がそれぞれ1本ずつ運行されている。
奈良尾-中五島高校線
奈良尾車庫前 - 高井旅 - 中五島高校
浜串 - 奈良尾中学校前 - 高井旅 - 中五島高校 中五島高校行は朝の1便が浜串発(岩瀬浦・福見教会経由)となるのを除いて奈良尾車庫前発となる。また、中五島高校発の便は朝の始発が奈良尾福祉センター前・奈良尾医療センター経由、夕方以降の便は高井旅経由奈良尾車庫前行または浜串行となる。