ファージ
この時点で、プロファージは生殖サイクルを開始し、宿主細胞の溶解をもたらす。溶原サイクルが宿主細胞の生存と繁殖を可能にするので、ウイルスはその細胞のすべての子孫に複製される。この現象は溶原化と呼ばれ、プロファージを保有する細菌を溶原菌と呼ぶ。溶原サイクルと溶菌サイクルに従うことが知られているバクテリオファージの例には、大腸菌のラムダファージ(英語版)がある。
テンペレートファージの中には抗生物質への耐性遺伝子や毒素の遺伝子を持っているものがあり、細菌ゲノムに新しい機能を追加することによってその遺伝形質を細菌が獲得することがある。これは、溶原変換(英: lysogenic conversion)と呼ばれる現象であり、これによって薬剤耐性や強毒性の細菌が出現することは、医学上重要な問題と考えられている。このような実例としてO157のベロ毒素が挙げられる。ベロ毒素は一部の赤痢菌が産生する志賀毒素と同じものであり、それらの赤痢菌に感染していた毒素遺伝子を含むファージが大腸菌に感染してベロ毒素産生大腸菌が出現したと考えられている。同様の例として、バクテリオファージによって、無害なコリネバクテリウム・ジフテリアエ(英語版)(Corynebacterium diphtheriae)やビブリオ・コレラエ(英語版)(Vibrio cholerae)の菌株の、それぞれジフテリアやコレラを引き起こす強毒性の菌株への変換がある。これらの毒素をコードするプロファージを標的とした特定の細菌感染症と闘う戦略が提案されている。