アオコ
夜間の呼吸作用により溶存酸素が消費され、魚類などの動物が酸素欠乏により死滅する。湖沼は河川に比べて酸素の供給効率が低く、新鮮水による洗い流し効果も無いため、酸欠を招きやすい。また、アオコの死骸が湖底で腐敗すると、硫化水素などの還元性物質が発生し、やはり酸素を消耗する。
藍藻には非リボソームペプチドであるミクロシスチン (Microcystin-LR、略:MC-LR)などの毒素を生産する個体群が含まれており、赤潮と同様に魚類のエラを閉塞させ窒息させるほか、毒素によりカモなどの鳥類(アイガモ)の肝臓組織に蓄積し斃死を引き起こすことがある。また、アメリカ、オーストラリアなど放牧が盛んな国では、飲用した家畜の斃死被害が多発している。ヒトに対しても、1996年にブラジルで、肝不全による死者50名を出す事件が報告されているほか、発癌性(肝臓ガン)も指摘されている。