本州
動物地理区上日本列島は、鹿児島県の屋久島・種子島と奄美大島との間の渡瀬線という分布境界線により二分されている。渡瀬線より北は旧北区に属し(渡瀬線より南は東洋区)、さらに対馬海峡線によって対馬と、またブラキストン線によって北海道と区分される。その内側のうち本州は本州南岸線(江崎悌三が提唱した昆虫の分布限界線。年平均最低気温-3.5°Cの等温線)によって南北に区分され、南側は四国・九州と共通の地理区をなす。
植物区系においては、全北区系界(マツ、モミ、サクラ、カエデ、ユリの各属などに固有種が多い)に属する。植生は本州の気候では、1)南西諸島から東北南部に広がる常緑広葉樹(照葉樹)の森林、2)九州南部から北海道南部までの落葉広葉樹の森林が気候的極相となるが、そうした地域は多くない。
菌類は様々な固有種が分布する。