海軍特別警察隊
以上のように海軍特別警察隊は強制捜査や処刑に関わったことから、戦後になってBC級戦犯として処罰される隊員が多く出る結果になった。例えばポンティアナックに設けられたオランダ軍による臨時軍法会議では、36人の日本軍関係者が戦犯として裁かれたうち、少なくとも16人が特警隊関係者で、歴代ポンチャナック特警隊長のうち2人も含まれていた。ほかに特警隊関係者以外でも共犯とされた例があり、第22特別根拠地隊司令官を務めたことがあった醍醐忠重中将も命令責任を問われている。バリクパパン法廷では、住民を大量に検挙して拷問した組織的テロ行為の訴因で、16人の特警隊員が起訴されている。
慰安婦徴募関係でも、ポンチャナック特警隊長以下13人について、強制売春に関する罪が訴因の一つに掲げられていた。
なお、特殊な事例としては、戦後にオランダに対する反植民地運動に参加したことで、特警隊員3人が処罰されている。