ぷよぷよクロニクル
初代『ぷよぷよ』に則ったルール。左から3列目最上段の位置までぷよが積み上がると敗北となり、出現する組ぷよは2個組のみ。このルールでは相手から送られてきた「予告おじゃまぷよ」を減らせる「相殺」や、タテ一列分のみの隙間に入った組ぷよの上下のぷよを入れ替える「クイックターン」は不可能。また「全消し」のボーナスは発生せず、「NEXTぷよ」は一手先まで、予告おじゃまぷよは岩ぷよまでしか表示されない。
『ぷよぷよ!!』と同じく、隠しコマンドを入力すると、下記キャラクター一覧のうち「コンパイル版『ぷよぷよ』シリーズから登場」のキャラクターの連鎖ボイスが、PCエンジン版『ぷよぷよCD通』に準じた台詞(1連鎖目ボイス無し)に変化する(連鎖ボイス自体は旧作のものではなく、本作の声優が担当。ダメージボイスや勝利・敗北ボイスは変化しない)。
「RPGモード」では基本的に、各地で発生する「クエスト」を達成することでゲームが進行する。クエストにはストーリーの進行に関する「メインクエスト」と、ストーリーの進行には関係しない「サブクエスト」があり、クエストを達成すると報酬が得られることもある。当モードでの戦闘は後述する『スキルバトル』が主だが、ごく稀に通常のぷよぷよ勝負を行う場面もある。
エリアは『みどりの村 グリンプ』、『あおの村 ブルーオ』、『あかの村 レッティ』、『きいろの村 イエローム』、『むらさきの村 パープルーン』の5つがあり、全てクリアすると最終エリアの『カーラの塔』に行くことが出来る。
各エリアの住民には、手前でAボタンを押すことによって話しかけることが出来る。また、プレイアブルキャラクターも仲間になるといずれかのエリアに登場し、話しかけることが出来る。
メインクエストを全てクリアしエンディングを迎えると以降はエクストラに突入し、引き続きサブクエストを攻略することが可能となっている。
3名ずつのキャラクターでチームを組み相手プレイヤーのチームと戦う、2人対戦専用のルール。相手から送られてきたおじゃまぷよが自分のフィールドに降ったり、左から3列目最上段の×の位置までぷよがつみあがるとHPが減り、先にHPがゼロになったプレイヤーの敗北となる。
×の位置までぷよがつみあがった場合、自分のフィールドと相手から送られていた予告おじゃまぷよがすべてリセットされ、HPが残っている場合は敗北にはならずそのままプレイを続行できる。この他の対戦中の仕様は上記「RPGモード」の「スキルバトル」と同様。
『ぷよぷよ通』に則ったルール。左から3列目最上段の位置までぷよが積み上がると敗北となり、出現する組ぷよは2個組のみ。このルールでは「相殺」が可能だが、相殺しても予告おじゃまぷよが残っている場合はその残りが相殺した直後に降る。また、このルールや「よんてさき」「ブロック」「アクティブ」では「全消し」後の1連鎖目はおじゃまぷよが30個(岩ぷよ1個)分上乗せされる。
『ぷよぷよ!!』と同じく、隠しコマンドを入力すると、下記キャラクター一覧のうち「コンパイル版『ぷよぷよ』シリーズから登場」のキャラクターの連鎖ボイスが『ぷよぷよSUN』に準じた台詞に変化する。この変化は「ぷよぷよSUN」ルールにも同様に適用されるほか、後述するルール変更も同時に発生する。
ローカル通信でほかのプレイヤーと協力してボスを倒す2 - 4人用の「みんなでボス戦」モードが搭載されている。このモードでは、自分のセーブデータを使って挑戦でき、ボスを倒すとレアな「ぷよぷよカード」を入手することが可能。バトルのルールは上記の「スキルバトル」と同様だが、このモードではバトル開始時に表示される「チャンスタイム条件」を達成すると、「チャンスタイム」(「ぷよぷよフィーバー」の「フィーバーモード」と同様)が一定時間発生する。