ジェネレイターガウル
声 - 吉田古奈美
マサミやガウル達の同級生でもの静かな性格であるが実は植物学の博士号の有資格者。学園内の植物園で出会ったことからもなにかと植物に縁のある少女。ガウル達3人を優しく見守る。学園祭では金魚すくいでガウルに「赤くてちっさいの」と金魚をねだったこともある。だが、実はリュウコに監視されていた。
ガウル達の戦いに巻き込まれたことでリュウコにより体内に爆弾を仕掛けられるが、ガウル達を巻き込まないために1人で山中で自爆する結末を迎える。だが、すべてリュウコにより最初から仕組まれていたことで、このことがきっかけでガウルが暴走することになる。彼女自身も、そしてガウル達も知らなかったが、実はガウル達3人の母体卵提供者であり言うなれば3人の母親と言える存在だった。
声 - 柏倉つとむ
ガウル・コウジと同じく雨の日に現れ、皇樹学園の生徒となった16歳。実は未来世界の若き天才科学者。性格は優しいが、反面、感情に流されやすく悩むことも多い。ガウルの単純さや男らしさ、コウジの冷静さに憧れている。学園には「田中リョウ」の名で登録されている。3人の中では静かなツッコミ役になることもあるがどちらかというとボケ役。
真の目的は「インクルードセルの開発を止めさせること」であり、そのために「ネカサタクマ」との接触を何度も試みる。友達であるガウルの身体を実験のために調整しなければならなかったこと、最初の被検体であるガウルの調整目的が実は組織「クヴェレ」の目的に利用されていたことなどから自分の研究してきたことを後悔している。同じくジェネレイターであるが、コウジと時を同じくして変身したものの、やはりPhase.1のため敵わなかった。
声 - 林延年
本作の主人公。巨大な学園都市「皇樹学園都市」郊外に雨の降る日に突然現れた3人の若者のうちの1人でその後、皇樹学園の転入生となる。16歳。学生下宿「七宝荘」の住人となる肉体・体力派少年。性格は明るくおおらかで天真爛漫。常に物事を前向きに考える。また、非常に仲間思いでもあり、 困っている人を見ると放っては置けないタイプ。学生証の登記名など学園には「工藤ガウル」の名で登録されている。いつも寝ているか、食べているかの怠惰な少年だが、野性味が一部の女子の間で人気にもなっている。だが、感受性が鈍く少し抜けたところがある。
実は未来からノームホールジャンプ(時間転移)してきた未来人であり、ジェネレイターに調節改造された生体改造人間。リョウによって生体調整された最初の被検体であり、体内に埋め込まれたインクルードセルの働きを活性化させることでカブトガニを思わせる頭部のクリーチャー形態に変身する。ただし、ジェネレイターへの変身“エクソジェネレイト”するとエネルギーを大量に消費するので人の何倍もの食事と睡眠を要することになる(ガウルが普段怠惰なのはこの影響もある)。
マドカ 幼育施設でガウル達3人と同室で育てられていた少女。気質は穏やかで思慮深く、優しい。リョウと対応している性格。髪が長く、色白で、顔立ちは目が大きく大変整っている。周囲の人達が騒ぐほどの美貌。 未来世界では時間理論の研究をしていたが、彼女の理論は斬新過ぎて上層部には理解されていなかったらしい。なお、彼女らは3人ともにフェイズ4のジェネレイターに改造されている。形質は白い鳥。改造以前から3人にはテレパシーのような精神的繋がりがあり、言葉を介せず意思の疎通ができる。コウジによって与えられた偽名は「柊マドカ」。 サヤカ 冷静で冷徹であり、気質的にはコウジに対応する。マドカとほとんど同じ容姿だが、髪はより長い。意思が強く、幼児期には3人のリーダー格として振舞っていた。 スミカ 時間跳躍の際に発狂したために人となりは不明。他二人と同じ顔だが、髪は短い。行き場の無い殺意に導かれ、無作為に殺人を繰り返していた。幼児期の記憶ゆえか、ガウルに対して異常な攻撃の意志を向ける。幼少の頃はガウルのケンカ友達であり、全般的に思慮が浅く、一言で言えばガウル同様のバカだった。 彼女らがガウル抹殺作戦の指名を受けたのは、彼女らがガウル達と同じ母体細胞から生まれた、言うなれば姉妹であり、気配が同質であるために接近に気づかれないだろうという理由からであった。