日豊本線
1987年(昭和62年)4月1日: 国鉄分割民営化にともない九州旅客鉄道が小倉駅 - 大分駅 - 鹿児島駅間、日本貨物鉄道が小波瀬駅 - 苅田港駅間および日向市駅 - 細島駅間を第一種鉄道事業者として継承、日本貨物鉄道が小倉駅 - 日向市駅間の第二種鉄道事業者となる。日向市駅 - 鹿児島駅間の貨物営業が廃止。安部山公園臨時乗降場・蓮ケ池臨時乗降場が駅に変更。
1988年(昭和63年)3月13日:南行橋駅・旭ケ丘駅・姶良駅が開業。
1989年(平成元年) 3月11日:財光寺駅・加納駅が開業。 12月1日:日向市駅 - 細島駅間の貨物支線が休止。 12月22日:西小倉駅 - 中山香駅間にPRCを導入。
1991年(平成3年)7月31日:日本貨物鉄道が日向市駅 - 佐土原駅間の第二種鉄道事業を開業。
1992年(平成4年) 7月15日:延岡駅 - 宮崎駅間の軌道強化が図られ、同区間の最高速度を従来の85 km/hから110 km/hに引き上げ、同駅間の特急の所要時間が7分程度短縮される。 10月1日:小波瀬駅が小波瀬西工大前駅に改称。
1993年(平成5年) 7月24日:小倉駅 - 大分駅間の高速化工事に着手。 8月6日:平成5年8月豪雨により竜ケ水駅が大規模な土石流により埋没。竜ケ水駅に停車中の列車2編成が大破し、乗客3名死亡。西都城駅 - 鹿児島駅間が不通。
保安装置:ATS-SK、ATS-DK(2022年2月末現在、小倉駅 - 佐伯駅間、延岡駅 -田野駅が対応)
最高速度: 130 km/h(小倉駅 - 大分駅間) 110 km/h(大分駅 - 佐伯駅間、延岡駅 - 宮崎駅間) 100 km/h(隼人駅 - 鹿児島駅間) 90 km/h(国分駅 - 隼人駅間) 85 km/h(佐伯駅 - 延岡駅間、宮崎駅 - 国分駅間)
運転指令所:博多総合指令センター・大分指令センター・南宮崎指令センター
各支社の管轄区間は以下のようになっている。
JR九州本社鉄道事業本部:小倉駅 - 吉富駅間
JR九州大分支社:中津駅 - 宗太郎駅間
JR九州宮崎支社:市棚駅 - 五十市駅間
JR九州鹿児島支社:財部駅 - 鹿児島駅間
本社と大分支社の境界は山国川橋梁(県境を跨ぐ)と中津駅下り場内信号機の間に、大分支社と宮崎支社の境界は第四宗太郎トンネルの延岡方出入口と県境の間にある。
( ) 内は起点からの営業キロ。駅名・施設名は廃止時点のもの。
加治木港から鹿児島港までの船舶、バスによる代替輸送実施。 9月19日:西都城駅 - 大隅大川原駅間と国分駅 - 鹿児島駅間の運転を再開。 10月9日:大隅大川原駅 - 国分駅間の運転を再開し、2か月ぶりに全線開通。 12月1日:日向市駅 - 細島駅間の貨物支線が廃止。
1994年(平成6年)3月1日:1991年度より実施していた延岡駅 - 宮崎駅間の地上設備の改良工事(一線スルー化など)が完了、同駅間の特急の所要時間が最大13分短縮される
1995年(平成7年)4月20日:吉富駅が開業。
1996年(平成8年)6月1日 - 宮崎総合鉄道事業部発足に伴い、市棚駅 - 佐土原駅間が大分支社から鹿児島支社に移管。
1999年(平成11年)10月14日:柳ケ浦駅 - 佐伯駅間でワンマン運転開始。
2000年(平成12年)12月2日:城野駅 - 中山香駅間の指令業務が門司港指令所から博多総合指令センターへ移管される。
2003年(平成15年) 3月15日:国分駅 - 鹿児島駅間でワンマン運転開始。 10月1日:延岡駅 - 国分駅間でワンマン運転開始。
2004年(平成16年)3月13日:大分駅 - 佐伯駅間の高速化工事が完成し、この区間の最高速度が85 km/hから110 km/hに引き上げられ、同駅間の特急の所要時間が最大8分短縮される
2022年9月23日のダイヤ改正により、夕方の佐土原発着列車が日向新富発着に延長された。また、佐土原・高鍋発着の気動車列車が電車に置き換わった。
延岡 - 宮崎間高速化改良工事
延岡駅 - 宮崎駅間は宮崎空港線(田吉駅 - 宮崎空港駅間)開業にあわせて分岐器・軌道改良を含めた高速化も行っている。これは延岡と宮崎空港を結ぶ旭化成のヘリコプター社内定期便が1990年(平成2年)9月27日に乗員・乗客10人全員が死亡する墜落事故を起こしたことから、宮崎県と旭化成が一部負担して延岡と宮崎空港を直結することが求められたためである(「宮崎空港線#歴史」も参照)。延岡駅 - 宮崎駅間 (84 km) は単線で路盤が最高速度85km/h仕様になっているうえ、急カーブも多いため、特急でも約75分かかっていた。JR九州は、最高速度110km/hに耐える路盤に改良し、高速通過が可能な分岐器に交換すれば、約60分間に短縮できると試算し、高速化改良工事を1991年11月に着工した。工事は、1994年(平成6年)11月に竣工し、工事費は24億6千万円で旭化成は2億9千万円を負担した。
いずれもJR貨物が貨物列車用として保有・運用しているものでありJR九州は電気機関車を保有していない。 ED76形 : 北九州貨物ターミナル駅 - 延岡駅( - 南延岡駅)間の定期貨物列車で使用される。 EF81形 :北九州貨物ターミナル駅 - 延岡駅( - 南延岡駅)間の定期貨物列車で使用、450番台・500番台・300番台が運用されている。 EF510形 :北九州貨物ターミナル駅 - 延岡駅( - 南延岡駅)間の定期貨物列車で使用、300番台が運用されている。
2014年3月改正時点では(北九州貨物ターミナル駅) - 小倉駅 - 南延岡駅間で貨物列車が運行されている。
コンテナ車で編成された高速貨物列車が、北九州貨物ターミナル駅 - 延岡駅間に1往復、北九州貨物ターミナル駅 - 南延岡駅間に1往復運行されている。専用貨物列車は臨時便のみで定期での設定はない。牽引機関車は、ED76形電気機関車やEF81形電気機関車。
線内の貨物列車の発着駅は、西大分駅、延岡駅、南延岡駅。2017年3月4日のダイヤ改正により、西大分駅 - 南延岡駅間は月・水・金曜日のみの運転となった。
また、日豊本線の高速貨物列車は本州方面への直行便がすべて非設定であるため、本州方面へのコンテナは北九州貨物ターミナルにおいて鹿児島・山陽本線系統の便へ積み替える。
南延岡 - 鹿児島間では、貨物列車の運転がなく、2005年に「彗星」が廃止されてからは、ED76形を含む電気機関車は見られなくなった。また当線内を走る定期貨物列車は鹿児島本線系統より編成が短いうえ本数も少なく、貨物列車の走行時間帯は深夜から早朝中心である。