日本占領時期のマラヤ
具体的な事件としては、1942年2月28日のジョホール州コタ・ティンギ事件(2,000人が死亡)が挙げられ、3月4日ジョホール州ゲラン・パタ(300人死亡)、3月6日ジョホール州ベヌート(人数不明)、2月から3月にかけてジョホール・バハル、セナイ、クライ、セデナク、プーライ、レンガム、クルアン、ヨンペン、バトゥ・パハト、センガラン、パリト・バカウ、ムアールで発生(ジョホールでは最大2万5千人の中国人が殺害されたと推定される)、3月16日マラッカのタンジョンクリン(142人死亡)、3月15日ネグリ・センビラン州クアラ・ピラー(76人死亡)、3月16日ネグリ・センビラン州パリッティンギ(村全体で100人以上が殺害)。 3月18日には現在のティティの町近くのイロンロン(1474人が死亡、横小路清美少佐とその部隊によって村全体が抹殺された)。 4月にペナン島(東川少佐により数千人が殺害)。ゲリラ活動の増大に伴い、さらなる虐殺が発生した。その中には、1942年7月31日に橋本伍長指揮下の軍隊によって壊滅させられた、ネグリ・センビラン州ジュンプール地区にある人口400人の村スンガイルイを含む。
粛清虐殺のニュースは1943年2月までに西側に伝わり、中国情報筋は、シンガポールとマラヤで9万7千人の抗日中国人と疑われる中国人が日本軍によって投獄または殺害されたと述べた。同記事はまた、日本軍が相互保証制度を設け、中国人30家族からなるグループが、メンバーの誰も日本軍に敵対しないことを保証し、もし敵対者が出ればグループ全体が処刑された。
シンガポールのチャンギ刑務所と同様、マラヤ全土の主要な民間刑務所(プドゥー刑務所やタイピン刑務所など)は、拘留および処刑場として使用するために日本軍によって再建された。クアラ・カンサーのマレー大学を含め、さまざまな学校校舎が日本軍に尋問施設として再利用された。
日本人はマレー人に対して人体実験を行った疑いも持たれており 、マレー人や中国人の少女や女性を慰安婦として連れて行ったことも知られている。
終戦時にマラヤ、ジャワ、スマトラ、ビルマに残った日本軍は、1945年10月からレンパン島とガラン諸島に移送され、日本への帰還を待った。ガランは日本軍部隊によってサカエと改名された。石黒中将は連合国により5人の英国将校の監督下で島の責任者となった。エクソダス作戦のもと、20万人以上の日本軍が島を通過した。ある新聞は、憲兵隊の兵士が同胞から虐待を受けていると報じた。最後の軍隊は 1946 年 7 月に島を離れた。
日本軍に加えて、占領前または占領中にマラヤに住んでいた約7,000人の日本の民間人も日本に送還された。