建武の乱
八尺瓊勾玉はその後、異変を察知した吉野の民によって奪い返され(同時に自天王の首も奪った)自天王の母の屋敷に戻されたものの、再度、赤松側が翌年の1458年(長禄2年)に再度襲撃をかけ、再び奪還され、後南朝側に戻ることはなかった(長禄の変。この功績により赤松氏は再興)。この長禄の変での敗北を以って、後南朝は実質的に滅亡した。
その後、後南朝に属する人物の足跡としては、応仁・文明の乱の只中の1471年(文明3年)に後南朝の嫡流小倉宮の末裔とされる人物が西軍によって一時的に「新主」として擁立されたこと(瀧川政次郎が「後南朝を論ず」でそう呼んだことに倣って「西陣南帝」と呼ばれている)、1479年(文明11年)7月19日に「南方の宮」が越後から越前に移ったこと(朝廷の官僚家小槻晴富の日記『晴富宿禰記』に記されている)、『勝山記』の1499年(明応8年)霜月(11月)、伊豆国の三島(現在の三島市)に流された「王」を北条早雲が諫めて相州(相模国)に退去させたというのものがあり、これらが南朝(その後胤である後南朝を含む)の史料上の終焉とされている。
室町時代末期の説話を収録した雑書の類まで範囲を広げると、『月庵酔醒記』に登場する「南帝」の使者としての鬼まで下ることができる。この雑書は関東の武家歌人一色直朝、入道して月庵と号した人物の著作で、成立時期は天正年間(1573年から1592年)頃と推定される。従って、この説話は南朝の史料上の終焉とされている年代よりも約80年から100年程経過した天正年間の、南朝勢力の想起(この頃における南朝の追憶・心象を示唆すると考えられる)をうかがわせる格好の素材と言える。南朝とその後胤である後南朝は説話の世界で語られるようになっていたのである。