糺の森
この水路と石敷遺構の発掘作業は平成14年2月まで行われた。作業終了後には周辺にニレ科の植物が植栽され、植生の回復が図られた。
2005年(平成17年)の2月から3月にかけ、さらに石敷遺構を復元するための整備作業が行われたところ、その上に礫をほとんど含まない盛土によって形成された祭壇跡が検出された。この遺構は南北に約9m、東西は約6m、盛り土の高さは10cmから20cmほどであった。祭壇上には7ヶ所の祭祀跡があり、石で形成されたものと、土器や貨幣によって形成されたものとがあった。祭祀跡は前者の方が多く、いずれも平安時代前後のものであると推測された。一方後者は江戸時代のものと考えられた。これらの祭祀遺構は2008年(平成20年)に復元が完了し、一般公開されている。また縄文時代の土器も発掘され、その復元土器が現在‘鴨のくぼて’として下鴨神社の神事に使用されている。
糺の森は古くより人々に親しまれ、多くの古典に名を残している。その一部を掲載する。
作中、光源氏がしがらみ多く辛い世の中(都)を離れて須磨へと下る。都に残す自分の名、人の噂のなりゆきは糺の神に委ねよう、と下鴨の神を拝して詠んだ歌。また『源氏物語』には九帖「葵」があるが、この巻名は光源氏の正妻である葵の上とともに、物語の舞台となる葵祭を受けた名称でもある。
糺の神がおわすのでなければ、どうしてあなたの偽りを知ることができようか、の意。
10月の頃に下鴨神社に詣でたところ、京都の他の場所の紅葉はすでに散ってしまっていたが、糺の森の紅葉はまだ残っていた、という糺の森の遅い紅葉を詠んだ歌。歌集の成立年は定かでないが、1044年(寛徳元年) - 1053年(天喜元年)頃といわれる。
下鴨神社の歌合の場にて、下鴨神社の祀官であった鴨長明が瀬見の小川の水鏡に映る月光の美しさを詠んだ歌。この歌を詠んだ長明であるが、賀茂川(の支流)が瀬見の小川と呼ばれる事を他の参加者が知らなかったために、歌合の場では負けを喫した。後に長明は賀茂社の縁起にその旨の記述がある事を公にし、神社の秘事を軽々しく開示するとは何事か、という賀茂社の神職たちの批判を浴びながらも、自歌が正しかったことを主張した。この短歌は人々の人気を博し、後に撰された『新古今和歌集』に収録されるに至っている。
奈良の小川で行われる夏越の祓を詠んだ歌。『小倉百人一首』にも選ばれている。
糺の森の各地には鴨の七不思議と呼ばれる伝承がある。なお、連理の賢木やみたらし池の周辺は整備されており、一部は「森」の中に無い。
連理の賢木:3本のサカキのうち、2本が幹の中ほどで繋がっている神木。その形態から縁結びの象徴となっている。連理の賢木が古くなり枯れると、後継となる新たなサカキが糺の森のいずこかに生じるという。
何でも柊:本殿南西にある境内摂社の1つ、比良木神社の周囲の木、樹種によらず、みなヒイラギのように葉の周囲に鋸歯を生じると言われている。
みたらし池(御手洗池)のあわ:盛夏の土用の頃、御手洗川の源泉である御手洗池から水泡が湧く。この泡をもとに生まれた菓子がみたらし団子であるという。
泉川の石(烏縄手、烏の縄手):烏とは下鴨神社の祭神である賀茂建角身命の化身、八咫烏を指す。縄手は八咫烏へ参るための幾筋もの細長い参道のこと。その縄手の一つ、紅葉橋のたもとにはかつて雨乞い祈願の小烏社とよばれる社があり、請願が通ずると泉川の石が飛び跳ねたと言われている。
赤椿:糺の森には赤い花をつけるツバキが多い。これは、下鴨神社の神職は位階が高く、他から参拝に訪れる使いの者は一般にそれよりも低いため、位階に基づく装束の色の違いが目立たぬよう配慮したもの。
船ヶ島・奈良社旧跡:御手洗川と泉川の三角州に船ヶ島と呼ばれる一角がある。戦乱や旱魃に際してこの周辺の流れを掻き回すと、小石が跳ねて世相が落ち着くという。
切芝:糺の森のほぼ中心に位置する、古くよりの祭場。後述する切芝神事の場。
立秋前に行われる神事。御手洗池に斎竹(いみだけ)と斎矢(いみや)を立て、氏子らが50本の斎矢を一斉に争奪する。矢取神事とも呼ばれている。