ミルトン・オボテ
首相に就任したオボテは議会で当時ウガンダ国軍の副司令官であったイディ・アミンと共に金の密輸を指摘された。議会で調査とアミンの罷免を求められたオボテは憲法を停止して自ら大統領に就任し、非常事態として対立する派閥の閣僚を裁判なく逮捕監禁した。これに対しブガンダ議会が独立を宣言、オボテはアミンにブガンダ王宮を攻撃させてこれに応じ、ムテサ2世は亡命した。1967年オボテは憲法を改正して大統領権限を強化すると共に連邦制を廃止した。1969年政党を禁止、政治的な対立者の多くは裁判なく投獄された。1969年から1970年には政治パンフレットを発行した。"The Common Man's Charter" は彼の社会主義政策の概要を示した。ウガンダ国内の王国を含む部族主義の廃止を主張したが、クーデターで中断され、後の復帰時には主張されることはなかった。1970年には国内の主な企業と銀行の株の51%が国有化された。
オボテ政権は軍に依存していた。イディ・アミンは無学であったが司令官に昇任していた。1969年には二人の間に緊張が現れるようになった。1971年1月オボテのシンガポール訪問中にアミンが権力を掌握した。オボテはクーデターの2年前から西側との関係にも亀裂があった。クーデターは西側から警告され、また支援を受けたものだった。オボテはタンザニアに逃れた。