三式潜航輸送艇
自軍とも連合軍とも異なる小型の潜水艦が素人めいた操艦でノロノロと航走する様は海軍軍人や日本の民間船員の目からもいささか奇異に映ったようで、1944年7月に比島派遣隊所属の1型がフィリピン到着後に日本海軍の軍艦から「汝は何者なるや?潜水可能なるや」と味方艦艇としてまともに認識されていない打電を受ける(軍艦について詳細後述)。1型側はこの些か侮蔑めいた誰何に対し、「帝国陸軍の潜水艇也。(潜水の可否については)返答の要を認めず。」と言い返しめいた返電をした。 同年9月9日には朝鮮半島群山沖の日本郵船所属の改E型戦標船「伊豆丸」が、御厨派遣隊所属のゆ 3001級を敵艦と誤認して体当たりを行い、双方共に船体を損傷する同士討ちが発生、1944年12月30日にはフィリピン沖にて海軍の第一〇八号型輸送艦が2隻の1型を敵艦と誤認して攻撃態勢に入るも、相手が余りにも小型であり特段何もしてくる様子も無い為にそのまま見逃しており、結果として陸海軍間での同士討ちを免れるといった様々な珍事が起きている。 なお、本級は日本海軍艦艇の軍艦旗である旭日旗とは異なる陸軍風の日章旗を掲げ、あるいはセイルに描いて運用され、このことも混乱に拍車をかけた。