永禄の変
三好勢は義輝異母弟の鹿苑院院主周暠をも殺害したが、一方で当時大和にあった松永久秀は義輝の同母弟である興福寺一乗院門跡覚慶(後の足利義昭)に誓紙を差し出して身の安全を保証し幽閉するにとどめた。阿波に在国する足利義維(義冬)・義親(義栄)父子を擁する四国勢が畿内に進出してくると見越した久秀が、対抗するため自前の将軍候補を温存しようとしたとも考えられる。
畠山政頼(秋高)の重臣安見宗房は上杉謙信の重臣に宛てた6月24日付書状で謙信に挙兵を促し、慶寿院(義輝生母)の兄である大覚寺門跡義俊が越前の朝倉義景、若狭の武田義統、尾張の織田信長らを調略していることを伝えている。そして朝倉義景が松永久秀を調略し、事件から2ヵ月を経た7月28日、覚慶は義輝の旧臣一色藤長・細川藤孝らの手により奈良を脱出し、近江甲賀郡(現在の滋賀県甲賀市)の和田惟政のもとに逃れた。以来覚慶は諸大名に支援を求める書状を送り、同年11月には六角義賢の庇護を受けて野洲郡矢島(現在の滋賀県守山市)まで進出した。翌永禄9年(1566年)2月に還俗して義秋と名乗り(後に義昭)、4月には次期将軍候補の例である従五位下左馬頭に叙任された。
二人の将軍候補の陣営が拮抗して将軍空位が長期化する事態に朝廷は苦慮していた。義栄を擁する篠原長房・三好三人衆は松永久秀らとの抗争が続き、いっぽうで義秋を庇護する朝倉義景も一向一揆対策に追われて上洛どころではなかった。朝廷は双方に対して将軍就任の要件としてとりあえず銭一万疋(百貫)の献金を求めたが、先に応じたのは義栄であった。義栄は一万疋を半分に値切り、永禄11年(1568年)2月に摂津富田において将軍宣下を受けたが、畿内の情勢がなお不安定なため入京は先送りとなり、幕府の再興には至らなかった。在京する幕臣の中に事件に対する反発や義栄への非協力的な動きがあり(特に行政実務を担う奉行衆にこの動きが強く、一部は義昭の生存を知って越前に向かう)、義栄が上洛できる環境にはなかったとする指摘もある。そのため篠原・三人衆側は京都周辺にあった幕臣の所領の安堵と引換に義栄陣営への取り込みを図っていた。