アエギュプトゥスのキリスト教化
しかし、世俗政治と同様に皇帝の教会政策でも専制君主の片鱗が垣間見えることとなる東ローマ帝国の皇帝、ユスティニアヌス1世はキリスト教以外の異教の強硬な弾圧を推し進め、その一環としてエジプトの宗教の神殿の閉鎖命令が出された。遂に、最後の古代宗教の抵抗集団であったアスワンのイシス神殿、古代エジプトの遺風はついに失われることとなった。
それに伴う独自の文化、古代エジプトの神々や文字、歴代ファラオが築き上げた歴史、エジプトの砂漠の中に多くの神殿は、キリスト教などに転用した。また、フィラエ神殿は古代エジプトの宗教の中心地ではなくキリスト教の中心地としての重要性を保持することとなり、その神殿のうち5つは教会に転用されることとなった。その内のイシス神殿は聖ステファノス教会に奉献された。その過程で、多くの神像は聖母マリア(イシス神像からの転用が多かった)やイエス・キリストの像に転用されるか、破棄されるかの運命を辿った。
また、その他にも、古代エジプトの文化と宗教を守り継いだ民族のうち、唯一ヌビアのみがその信仰を後世に伝えたのであった。