セレノプロテイン
セレノシステインを含んだセレノプロテインに加えて、いくつかの細菌種で知られているセレノプロテインが存在し、そのセレンの結合は非共有結合である。このタンパク質のほとんどは(例えば、ユーバクテリウム属のニコチン酸デヒドロゲナーゼやキサンチンデヒドロゲナーゼの)活性位置としてモリブデンタンパク質の補酵素にセレン配位結合していると考えられている。セレンは、(2-セレノ-5-メチルアミノメチル-ウリジンのように)転移RNAの修飾塩基に明確に組み込まれている。
加えて、メチオニン残基に置き換わってセレノメチオニンが不特定に組み込まれるようにセレンがタンパク質に組み込まれることがある。セレノメチオニンが不特定に組み込まれたタンパク質は、セレノプロテインと見なされない。しかしながら、セレノメチオニンによってすべてのメチオニンが置換されたものは、X線による多くのタンパク質の結晶構造の決定の際の位相問題の解決の最新の技術(MAD-phasing=en:Multi-wavelength anomalous dispersion)として広く利用されている。セレノメチオニンによるメチオニンの置換は(少なくとも細菌の細胞では)許容されているように見えるが、システインに替わってセレノシステインの不特定の混入は大変毒性があるように見える。これは、中間体として遊離アミノ酸の発生を避け、かなり複雑なセレノシステイン生合成の経路とセレノプロテインへの特定の組み込みの存在の一つの理由でありえる。それゆえ、セレノシステインを含むセレノプロテインが食餌から摂取されセレン源として利用されたとしても、アミノ酸はセレノプロテインに組み込まれる新しいセレノシステインの合成に先立って分解されなければならない。