大村線
3両以上のワンマン列車は無人駅でも全てのドアが開く(客がボタンを押して半自動ドアを開ける。運賃や乗車券は駅の集札箱に入れる)。
長崎駅に直通する列車は、長崎本線の喜々津駅 - 浦上駅間では普通列車の大半が長与駅経由の旧線、「シーサイドライナー」全列車とごく一部の普通列車は市布駅経由の新線を経由している。
千綿駅・小串郷駅では前後の駅間が長く、列車交換ができないため運行上のネックとなっている。そのため手前の駅での待ち合わせが多く、上りは松原駅・川棚駅、下りは南風崎駅・彼杵駅で普通列車を中心に長時間停車する列車も多い。また、快速列車が通過する松原駅・南風崎駅においては時折運転停車も行われる。2012年以降、ハウステンボス駅では同駅を跨いで運行する列車同士の交換ができなくなったため(一方がハウステンボス駅折り返し列車の場合は交換可能)、早朝や夜間を中心に南風崎駅での列車交換が多くなっている。このほか諏訪駅および2022年9月新設の大村車両基地駅・新大村駅でも列車交換ができないが、これらの駅の前後は駅間が短いためそれほどネックにはならない。
なお、快速「シーサイドライナー」の一部が佐世保駅から松浦鉄道西九州線佐々駅またはたびら平戸口駅まで乗り入れていたが、2006年3月18日のダイヤ改正で中止された。
2009年3月14日のダイヤ改正より、松浦鉄道からの直通運転が再開された。1往復のみ設定で、下りは伊万里 - ハウステンボス間、上りはハウステンボス - たびら平戸口間に運転されていたが、2011年3月12日のダイヤ改正で松浦鉄道からの直通運転は早岐駅までに短縮され、大村線には入らなくなった。