相国寺の戦い (1551年)
また、5月5日に親長慶派の河内守護代遊佐長教が暗殺された事件も義輝の仕業とされ、畿内に不穏な空気が漂った。
7月14日、三好政勝・香西元成らが丹波国人衆など3000人を率いて再度入京、船岡山から等持院を経て相国寺に陣取った。三好軍は今度は迎撃する方針を取り、松永久秀と弟の松永長頼が摂津・阿波・和泉など諸国から集めた4万人の大軍で相国寺を包囲、明け方まで戦闘が繰り広げられた末に政勝・元成らは丹波へ敗走、相国寺は炎上した。
この戦いの結果、義輝・晴元の武力による帰京は不可能となり、彼らを後援していた六角定頼は和睦交渉を始め、定頼の死後は子の六角義賢が続けて交渉を行った結果、天文21年(1552年)1月28日に義輝の帰京が実現してひとまず平和が訪れた。しかし、晴元は和睦に納得せず徹底抗戦を続け、義輝も翌天文22年(1553年)に晴元と組んで再び長慶と敵対、畿内の戦乱は継続されていった。