MARVEL VS. CAPCOM 2 NEW AGE OF HEROES
以下に挙げるキャラクターの内、アビスは最終ステージで登場するボスキャラクターでありプレイヤーが使用することはできない。それ以外の56人(正確には55人だが、ウルヴァリンにはバージョン違いがあり2人分に数える)が使用キャラクターである。各キャラクターにはアーケード版および家庭用のパッケージ版で異なるグループ分け(アーケード版では使用可能になるタイミングが、家庭用のパッケージ版ではショップに入るレベルの条件が異なる)が行われている。
本作では、『X-MEN CHILDREN OF THE ATOM』から前作『MARVEL VS. CAPCOM』までの5作品にプレイヤーキャラクターとして登場したほとんどのキャラクターが出演するが、このうちアニタ、憲磨呂、アポカリプス、メカ豪鬼、オンスロートは登場しない。また、『X-MEN VS. STREET FIGHTER』から前作『MARVEL VS. CAPCOM』までの隠しキャラクターである通常のキャラクターのバージョン違いなども、ハイパーコンボによってチェンジできるメカザンギエフと日焼けしたさくら以外は登場しない。
各キャラクターについては、名前の後のカッコ内に示した英語版ウィキペディアの記事へのリンクも参照。日本版のゲーム中に表示されるアルファベット表記と英語表記が異なるキャラクターは、日本版 / 北米版の順に併記する。
なお、声優担当者の名前は全て「Secret」扱いになっている。
一度に最大6人もの人数が画面に登場するシステムによるメモリ不足を避けるため、キャラクターのドットが前作までよりも若干削減された。キャラクター全員がアドバンシングガードのモーションを削られている他、ジャガーノート、ブラックハートなどの巨大なキャラクターは通常のパターン画も減らされている。また勝利メッセージもカットされており、ゲームが終っても点数の集計が行われるのみになった。