海軍犯罪捜査局
在日米海軍の横須賀海軍施設内に海軍犯罪捜査局の極東本部 (FEF) がある。極東本部では、中国、日本、韓国、中国およびロシア東部を含む極東でのNCISの活動全般を管轄している。日本の横須賀、厚木、岩国、沖縄、佐世保、三沢、また韓国のソウル、釜山、鎮海に支所がある。
沖縄支所ではキャンプ瑞慶覧の事務所におよそ35名の職員がいる。日米地位協定第17条では、例外を除いて容疑者は起訴されて初めて米軍側から引き渡されることとなっており、容疑者を拘留することなく捜査を続けることになるため、起訴に持ち込むことがより困難となる。情報公開法で公開されたNCISの文書によると、2017年8月にあったレイプ事件に関しても、女性被害者側が強く訴えたにもかかわらず、起訴されることはなかった。