熊本藩
明治3年(1870年)、知藩事となり華族に列した最後の藩主・護久は、実学党を藩政の中心に据えた。護久は熊本城の解体を新政府に願い出て許可された。しかし、解体を惜しむ声があり解体の方針は凍結されることになった。 翌明治4年(1871年)、廃藩置県により熊本県となった。明治17年(1884年)、細川家は侯爵に叙爵された。
昭和58年(1983年)には、細川家第18代当主細川護煕(後の第79代内閣総理大臣)が熊本県知事に就任している。政界引退して現在は陶芸家。
戦国大名となった各氏(菊池氏、阿蘇氏、相良氏)は、北部、中部、南部と各々に拠点を構えて、ほぼ平穏な戦国前期を送っていた。
やがて菊池氏は阿蘇氏に飲み込まれる形となったが、阿蘇氏も身内の後継争い・内紛を繰り返し、最終的には豊後国の大友氏によって旧菊池領は平定され、阿蘇氏もその影響下に入った。
南で鹿児島・島津などの盾となっていた相良氏だったが、鉄砲伝来後、近代兵器を持った島津軍になすすべなく降伏した。阿蘇氏も島津軍に次々と城を落とされ滅亡した(島津氏の九州平定)。九州平定の寸前で島津軍は、大分・大友の要請により挙兵した豊臣秀吉の大軍に敗れ、肥後を放棄した(秀吉の九州平定)。