芦田川
1997年(平成9年)から2001年(平成13年)に行われた河川水辺の国勢調査(河川センサス)によると以下の種が確認されている。
植物:128科718種
魚介類:9目20科51種
底生動物:4目11科18種
鳥類:11科27目74種
両生類:2目5科8種
爬虫類:2目6科9種
哺乳類:5目7科11種
昆虫類:16目194科1186種
貴重な種としては、アカザ、エビネ、エヒメアヤメ、ギフチョウ、カジカガエル、スジシマドジョウ、メダカ、グンバイトンボ、ハグロトンボ、ゲンジボタル、ナガサキアゲハ、オオムラサキなどが確認されている。特に、特別天然記念物のオオサンショウウオは上流域の広い範囲で確認されている。一方で護岸整備による環境変化が原因となりアユモドキが絶滅したと見られている。
上流域は、世羅台地上の大半をアカマツが植生し、カワムツやオイカワなど渓谷特有の動植物が生息している。
国土交通省は、芦田川と高瀬川の合流部に「高屋川河川浄化施設」、芦田川から河川水を浄化用水として高屋川に流し流量を増やす「浄化用水導入事業」、と中津原地区に2事業を行った。
また、AEMCの考えとは別に、河口堰による汽水域の消滅も水質悪化の原因とする見解もある。河口湖は富栄養化が進みアオコが発生しているが、河口堰を管理する国交省は上記の高屋川事業により河口湖の改善もできるとしている。地元市民団体を中心に水門の常時開放を願う嘆願書を国交省や市に提出していた が、堰開放により上流からヘドロが流入し漁場が荒れるとして開放に否定的な漁師もいる こともあり、国交省は水の入れ替え促進を目的とした「弾力的放流」を継続的に行っている。
2013年(平成25年)10月22日、「芦田川環境マネジメントセンター」などと活動が重複することから、4市1町(福山、府中、尾道、井原、世羅)でつくる「芦田川水系の水を守る会」が年度末での解散を決定、43年の活動に幕が閉じられる。