蘭方医学
まず、オランダ商館医と日本人医師との交流の仲介にあたった、オランダ通詞を祖とするオランダ流外科が成立した。西玄甫(1636-1684)を祖とする西流、楢林鎮山を祖とする「楢林流外科」と吉雄耕牛を祖とする「吉雄流外科」がそれにあたる。また、前述の「カスパル流外科」を実際に流派として確立したとされる猪股伝兵衛もカスパルの通詞であった。続いて、杉田玄白らによる『解体新書』の翻訳を機に、蘭方医学への関心が急速に高まった。また、宇田川玄随がヨハネス・ダ・ゴルテルの医学書を訳した『内科選要』(『西説内科撰要』)の刊行も、従来外科のみに留まっていた蘭方医学への関心を、内科などの他分野にも拡大させたという点で『解体新書』に匹敵する影響を与えた。かくして蘭方医学は一大流派となるが、日本の医学界全般を見れば、まだまだ漢方医学の方が圧倒的であった。江戸市中では、漢方医が2万人いた中、蘭方医は4分の1の5千人である。また、外科手術をはじめとする臨床医学に関する知識の教育は、シーボルトの来日によって初めて行われている。
開国後の安政4年(1857年)、江戸幕府は長崎海軍伝習所の医学教師としてヨハネス・ポンペ・ファン・メーデルフォールトを招聘した。これ以降、日本でも自然科学を土台にする体系的な近代医学教育が行われ、4年後には蘭方専門の医療機関である長崎養生所創設に至る。こうして、蘭方医学は近代日本における西洋医学導入の先鞭を果たすこととなった。