ムハンマド・アリー
原価計算も適切ではなく、製品の原価は輸入品以上に高額となってしまった。ムハンマド・アリーは近代的な工場を整備することで歳入の大幅な増加を見込んだが、そのもくろみは失敗に終わった。
工業においても農業と同様、国家が生産者に原材料を販売し製品を公示価格で買い上げる制度が導入され、実質的な専売が行われた。この制度は手工業においては、政府が製造者から安く仕入れた製品を商人に高く販売することを可能とし、短期的には生産の効率化も実現した。しかし中長期的には製造業者の生産意欲の低下を招くこととなった。
第二次エジプト・トルコ戦争に敗れると、ムハンマド・アリーは1838年にイギリスとオスマン帝国が結んだ通商協定「バルタ・リマン協定」の実施を余儀なくされた。バルタ・リマン協定は低率の輸入関税を定め、専売制を禁止する内容で、締結された当初ムハンマド・アリーは支配領域内での協定適用を拒否していた。この協定を受け入れたことによりエジプトの専売制はほぼ崩壊し、エジプトの工業製品はヨーロッパの製品との自由競争にさらされた。自由競争によりエジプト産の製品はイギリス・インドの製品に駆逐されていった。さらに軍縮が行われたことで軍需も落ち込んだ。「バルタ・リマン協定」によりエジプトの工業は決定的な打撃を被り、衰退の一途を辿ったのである。その後のエジプトは「英国をはじめとするヨーロッパ諸国に綿花などの原材料を輸出し、工業製品を輸入するといういわば植民地型の国際分業」の中に組み込まれていくことになる。
ムハンマド・アリーは軍事行動の開始を引き伸ばしてイギリスとの交渉を続けたが、期待に反し1827年8月8日、イギリス側はムハンマド・アリーの要求に応えることなく、ギリシアへ軍隊を派遣し強力な干渉を行うことを予告した。岩永博は、イギリスがムハンマド・アリーの期待を裏切った原因として、ギリシャ独立戦争においてエジプト軍が行った虐殺や捕虜虐待に対する非難が西欧社会で湧き起こっていたことを指摘している。
イギリスとの交渉が決裂する2日前の8月6日、これ以上出兵を引き延ばせないと判断したムハンマド・アリーはアレクサンドリアから海軍を出撃させた。これに対しイギリス・フランス海軍も休戦を求め示威行動を開始し、10月13日にはロシアの艦隊も合流した。10月20日、ナヴァリノ湾においてオスマン帝国海軍が発砲したのをきっかけに戦闘となり、オスマン帝国およびエジプト海軍は艦船の4分の3を失う大敗を喫した(ナヴァリノの海戦)。この戦いでエジプト海軍は壊滅し、さらにその後行われた海上封鎖により補給路を断たれたことで陸軍の半分を飢餓で失った。ギリシャ独立戦争参戦はエジプトに多大な社会的、経済的損失をもたらすこととなった。
ムハンマド・アリーは、事態を楽観視した挙句3か国の介入に対し「狂信的・短絡的」に反発した「豚頭のスルタン」と「驢馬のような宰相」の愚鈍さが敗戦を招いたと認識し、オスマン帝国からの完全な独立を決意するに至った。
同時にアレキサンドリアへの飲料水の供給が容易となり、アレキサンドリアの水不足が解消された。マフムディーヤ運河によって、低迷していたアレクサンドリアは活力を取り戻した。
ムハンマド・アリーが権力を掌握した当初、政治の混迷が続いていたエジプトでは行政が機能せず、市民がインフラ整備を行う始末であった。また、農産物の略奪が相次ぐなど治安は極めて悪かった。治安の改善を図るため、ムハンマド・アリーは各地に軍を駐屯させ、定期的な巡視を行わせた。その成果をイギリスの領事ミゼットは「エジプト全土で驚くほど治安が確立され、ヨークシャーと同じくらい安全になった」と表現している。これにより交通・通商の安全が確保され、経済活動が促進された。
ムハンマド・アリーは農産物・工業製品の専売制を実施して多額の利益を上げた。当初は輸出製品についてのみ実施していたが、1829年以降は国内流通分にも適用された。公定価格は市場価格よりも安く設定され、それにより政府は莫大な歳入を得た。1836年、ロシアの領事はエジプトの輸出品の95%が専売によるものであると報告している。前述のように第二次エジプト・トルコ戦争に敗れ専売制を禁止する「バルタ・リマン協定」の実施を受け入れたことでエジプトの専売制はほぼ崩壊した。
1798年、イギリスとの間でエジプト経由の交易路を巡る外交戦を展開していたフランスが、自国商人の保護を理由にエジプトへの侵攻を開始した(エジプト・シリア戦役)。エジプトの宗主国であるオスマン帝国はこれに対抗するべく、カヴァラ市に対しアルバニア人非正規部隊300人の派遣を命じた。この部隊の副隊長として戦功を挙げたムハンマド・アリーは、6000人からなるアルバニア人非正規部隊全体の副司令官へと昇進した。
遡ってフランス軍の侵入以前、18世紀エジプトではマムルークたちがエジプト総督(ワーリー)を差し置いて政治の実権を掌握し、オスマン帝国からの独立を宣言するマムルークも現れていた。18世紀後半にはマムルークの派閥抗争に支配権回復を図るオスマン帝国の巻き返しが絡む権力闘争が展開され、エジプトの政治情勢は混迷を極めた。イギリス軍がフランス軍を破り、さらに両国の間に講和条約(アミアンの和約)が結ばれイギリス軍がエジプトから撤退(1803年3月)した後のエジプトでは、オスマン帝国の総督および正規軍、アルバニア人非正規部隊、親英派マムルーク、反英派マムルークが熾烈な権力闘争を繰り広げた(カイロ暴動)。
第一次エジプト・トルコ戦争の後、ムハンマド・アリーは各地でイギリスと対立するようになった。イギリスは蒸気船の実用化が進むにつれて、ムハンマド・アリーの勢力圏を通らずに地中海からインド洋に至るための経路としてユーフラテス川を重要視するようになったが、1834年にイギリス東インド会社がユーフラテス川を調査する動きを見せたことにムハンマド・アリーは反発し、調査を許可しないよう命じるとともに中流域の要衝であるデールを占領して調査・開発の進行を阻んだ。
アラビア半島では、1818年のダルイーヤ陥落後一度は放棄していた奥地を再び占領下に置き、1839年には勢力圏をペルシア湾岸にまで伸ばした。この時エジプト軍の司令官はイギリス海軍の提督に対し、当時イギリスが勢力下に置いていたバーレーンを武力をもって制圧する準備があると告げた。この件ではイギリス側の反発を受けてムハンマド・アリーが譲歩し、バーレーンへ侵攻しないよう軍に命令を出した。
イエメンではイギリスが、ムハンマド・アリーの機先を制する形で1839年1月にアデンを占領した。これによりムハンマド・アリーはモカを抑えることで独占していたコーヒー貿易の利権をイギリスに奪われた上、紅海およびインド洋に対する政治的経済的影響力を失うこととなった。
エジプトの支配がペルシア湾岸のアル・ハサー(英語版)地方、紅海沿岸のティハーマ地方に及んだことはインドへの交易路としてペルシア湾、紅海を重視するイギリスの政策に直接の影響を及ぼした。さらにイギリスは中東地域を綿製品の有力な市場とみなしていたことから、イギリスからの綿製品輸入を規制し、繊維産業の国有化と製品の専売制を敷くムハンマド・アリーの存在を「国益に対する明らかな脅威」とみなすようになった。
山内昌之はムハンマド・アリーの死後、子孫が他国からの借款に頼り「エジプトを破滅のふちに導く原因」を作った事実を指摘し、「ムハンマド・アリーはやはり<英傑>の名にふさわしい」と述べている。
ムハンマド・アリーの改革は、エジプトに大幅な人口増をもたらし、後のエジプトの発展の基礎を築いたと評される。19世紀初頭の時点で246万人、1821年に253万人余りであった人口は1847年には447万に達した。しかし通商産業、とくに工業分野における政策は、「結果的には総じて失敗に終わった」とも評される。その最大の原因は第二次エジプト・トルコ戦争に敗れエジプトが政治的自立を失ったことに求められる。敗戦によりムハンマド・アリーは、低率の輸入関税を定め専売制を禁止する通商協定の実施を余儀なくされ、ヨーロッパの製品との自由競争にさらされたエジプトの工業は衰退の一途を辿った。
ムハンマド・アリーのとった政策は近代的である反面、専制的・強圧的な要素も持っていた。イギリス政府、とりわけパーマストン子爵がムハンマド・アリーの政策を前近代的、非民主的ととらえたことは、より近代的な改革を行いつつあったオスマン帝国を支持する一因となった。
ムハンマド・アリーが実施した改革のうち、中央集権化は18世紀のマムルーク指導者アリ・ベイ(英語版)が、軍隊の近代化はオスマン帝国のスルタンセリム3世が、税制改革や産業振興策はフランス占領軍がすでに構想ないし実行していたものである。山口直彦は、ムハンマド・アリーの政治家としての優れた点は「先人の様々な試みを取捨選択し、エジプトの、そしてその時代の実情に合うようにうまく適応した」点にあると述べている。