天草エアライン
旅客機と防災消防ヘリコプターがそれぞれ1機ずつ運用されている。他に日本エアコミューター (JAC)との共通事業機が1機ある。
ATR 42-600
自社所有のみぞか号(2代目、機体記号:JA01AM)が存在する。座席数は48席。
「みぞか号」は2016年2月20日より定期便としての商業運航が始まった。親子イルカの描かれた初代「みぞか号」DHC-8のデザインを踏襲している。
みぞか号が整備に入った場合、JAC共通事業機(JAC保有機)による運航になる。なお、JACのATR42の全機が共通事業機の対象になっているわけではなく、JA01JC・JA03JC・JA04JCのうちのいずれかが貸し出される。
JACとAMXは、2015年度から整備の合理化などにおいて協力体制を構築しており、リース中にはJACとAMXの協力体制を表現したデカールが貼り付けられる。
ユーロコプター AS365N3
ひばり 機体記号:JA90MT
天草エアラインが整備・運用を行っている、熊本県防災消防航空隊の消防防災ヘリコプター。
ATR42-600 「みぞか号」
ATR42-600の機内
「みぞか号」の整備中に使用される、JACのATR42-600
熊本県防災消防航空隊の「ひばり」
天草エアラインから希望路線のペア往復チケットと、デ・ハビランド・カナダ DHC-8の模型が贈られる。 2月25日 : 新塗装機がデビュー。機体塗装は2月12日から24日にかけて行われ、塗装中は予備機材がない関係で全便が運休となった。
2014年(平成26年) 5月20日 : 機材更新としてATR42-600(48人乗り)を新規購入し、2016年1月に導入する方針が明らかにされた。 7月22日 : ATR 42-600をリースでの契約を締結したと発表。
2015年(平成27年) 4月1日 : 天草飛行場 - 福岡空港、熊本空港線と熊本空港 - 大阪国際空港(伊丹)線が日本航空とのコードシェア便となる。 8月21日 : ATR 42-600(機体記号:JA01AM)が熊本空港へ到着。 8月24日 :新機材の習熟訓練に伴い、天草飛行場 - 熊本空港 - 大阪国際空港(伊丹)線を運休、天草飛行場 - 福岡空港線を減便(2016年1月末まで)。
2016年(平成28年) 2月19日 : ボンバルディアDHC-8-100が退役。 2月20日 : ATR42-600 による定期便運航を開始。
2019年(令和元年) 10月25日 : 地域航空サービスアライアンス有限責任事業組合(EAS LLP)を設立
2022年(令和4年) 10月30日:地域航空サービスアライアンス有限責任事業組合のメンバーであるANAとコードシェア便開始
MZは、自社の旅客機の愛称「みぞか」から付けたもので、他に三つあった希望から第一希望を取得したものある。
人口減少社会で利用者の減少が進み、2017年には国土交通省持続可能な地域航空のあり方に関する研究会(座長竹内健蔵東京女子大学教授)で機体の共同保有や、将来の経営統合などを内容とする報告書が出された。2018年3月には最終とりまとめ案が提示された。上記のまとめ案を受けて、2019年10月にはAMX、ORC、JACとANA、JALを組合員とする「地域航空サービスアライアンス 有限責任事業組合」が設立された。
基本的に毎日運航だが、保有機材が1機のみで連日「天草→福岡→天草→熊本→大阪/伊丹→熊本→天草→福岡→天草→福岡→天草」の旅程をこなしている。熊本線・大阪/伊丹線と福岡線1往復は不定期に(月2-3回程度)運休している。航空機の重整備を行う場合、DHC-8で運航していた当時は1か月近く全ての便が運休していた。ATR42へ機材更新後は、自社保有機の重整備を行う期間は日本エアコミューターで運航している同型機を借り入れることとなり、長期間の運休が解消されている。しかし、整備期間中に運航機材が1機という状況は変わらず、その1機が運航中の損傷などによりトラブルが発生した場合は、損傷修復、整備のため数日欠航する事もある。また乗員訓練や審査などでも欠航便が発生することもある。
天草 - 熊本間と熊本 - 大阪/伊丹間は厳密には別路線扱いだが、同日乗り継ぎ(熊本での途中降機不可)に限り適用される「特別乗継割引運賃」が設定されており、天草 - 大阪/伊丹間で一連の搭乗が可能となっている。