木曽川上流改修工事
上流部の大部分が位置する岐阜県は下流改修実施以前から上流改修を求めていた。下流改修の計画段階にあった1886年(明治19年)10月の岐阜県知事・小崎利準が行った早期の施工要請に対して、内務大臣・山県有朋は「下流改修の後に上流改修を計画すべきで、その際には県に測量等の調査をお願いしたい」という趣旨の返答を土木局長の名で返していた。この返答には下流改修が急務であったことに加えて、財政事情などから上流改修を後回しにするという意図があったとされるが、下流改修着工翌年の1888年(明治21年)にも岐阜県は揖斐川上流および支川の測量の実施や計画の策定を求めるなど継続して要望を続けた。
地元でも大垣輪中や瀬田輪中などで上流改修を求める声は高まるが、一方で上流改修を危惧する声も存在した。加納輪中では輪中内を流れる境川・荒田川で悪水問題を抱えており、上流改修には反対(特に長良川改修には絶対反対)の立場であり、もし上流改修を行うのであれば悪水路の改修も併せて行うべきであると主張した。こういった悪水路への悪影響を懸念した反対運動は、後の時代まで根強く残り続けることとなる。