ジェームズ・マティス
(君たちがイラク市民に対して怒りや嫌悪を示すことが、即ちアルカーイダや他のならず者たちの勝利となってしまうことを忘れるな)」と訓示し、イラク市民に被害を及ぼすことを戒めた。
中将に進級したマティスは、本国に帰還して海兵隊戦闘開発コマンドの指揮官となった。
2005年にサンディエゴで行われた討論会で「You go into Afghanistan, you got guys who slap women around for five years because they didn't wear a veil. You know, guys like that ain't got no manhood left anyway. So it's a hell of a lot of fun to shoot them.(アフガニスタンへ行けば、ヴェールをつけないという理由で、女性を5年も殴り続けてきた奴らに出くわします。人間のクズとしか言いようがない。そんな奴らを撃ち殺すのは実に愉快です)」と発言した。当時の海兵隊総司令官であったマイケル・ヘギー海兵隊大将は、マティスの発言について「発言する時はもっと言葉を注意深く選ぶようマティス中将に注意した」と述べた。
2006年に第1海兵遠征軍司令官に就任した。翌年の2007年にはブッシュ大統領の指名・上院の可決により、マティスは大将に進級すると同時に統合戦力軍司令官に就任した。
NATOの変革連合軍最高司令官を2009年まで兼任した。
2010年7月にマティスは国際治安支援部隊(ISAF)司令官兼アフガニスタン駐留アメリカ軍(USFOR-A)司令官に転出することになったデヴィッド・ペトレイアス陸軍大将の後任として、ロバート・ゲーツ国防長官の推薦により、オバマ大統領より中央軍(CENTCOM)司令官に指名された。正式な指名は7月21日付けで発令された。本人事は極めて緊急性が高い人事だったこともあり速やかにアメリカ合衆国上院軍事委員会による承認プロセスがとられ、8月5日に上院軍事委員会において承認に向けた公聴会が開催された。本人事は上院軍事委員会及びその後の上院本会議での採決でも無事に承認を得て、マティスはペトレイアスの後任として8月11日付で正式にアメリカ中央軍司令官に就任した。これにより2011年7月にアレン中将が大将昇任・補職に伴って退任するまでの1年近くにわたり、同じアメリカ軍の統合軍の正副司令官ポストを共にアメリカ海兵隊出身の将官が務めるという状況が生まれた。このように同じ統合軍の正副司令官ポストを共に海兵隊出身の将官が占めるということは、史上初めてのことであった。しかし、後にオバマ政権と対イラン政策をめぐって対立し、解任となる。イランとの核合意に反対し、イランをISIL以上の脅威と考えるマティスの姿勢が原因とされる。
2013年に中央軍司令官を退任し、同年に海兵隊を退役した。