カピタニア制
全部で15のカピタニアが設立されたが、1549年までの段階で経営が成り立ちそうだったのは、以下の4つのカピタニアだけだった。
ペルナンブコ
サン・ヴィセンテ
イリェウス
ポルト・セグロ
崩壊しつつあるブラジルの植民地を救うため、1549年にジョアン3世はあらたに総督としてトメ・デ・ソウザ(英語版)を、さらにマヌエル・ダ・ノブレガ(英語版)の指導するイエズス会も植民地に送り込んだ。
彼らの規律の下で、そして後の総督であるメン・デ・サ(英語版)(1557年–1572年)の統治の下で、植民地は機能しはじめた。1580年までに、ブラジルは経済的に見込みの立つ植民地になった。
しかし以後もブラジルでカピタニア制が廃止されたわけではなく、概ね以下の三種の領域が混在していた。
ドナタリオ制に基づくカピタニア
ドナタリオでなく王に従うカピタニア
州 ( 葡: províncias )