脱ユビキチン化酵素
UBLドメインは、末端のグリシン残基を欠いていることを除いて、ユビキチンと同様の構造を持つ。18種類のUSPがUBLドメインを持つと考えられており、USP以外でUBLを持つのはOTUB1とVCPIP1(英語版)のみである。USP4、USP7、USP11、USP15、USP32、USP40、USP47には複数のUBLドメインが存在する。UBLはタンデムに並んでいることもあり、USP7のC末端には5つのタンデムなUBLドメインが存在する。 USP4、USP6、USP11、USP15、USP19、USP31、USP32、USP43では、UBLドメインは触媒ドメインに挿入されている。UBLドメインの機能にはUSP間で差異が存在するが、一般的にはUSPの触媒活性を調節する。また、プロテアソームへの局在を調節したり(USP14)、USPの触媒部位で競合することでUSPを負に調節したり(USP4)、触媒活性を増すためにコンフォメーション変化を誘導したり(USP7)することもある。他のタンパク質のUBLドメインと同様、USPのUBLドメインもβ-graspフォールドをとる。