ヤマト (宇宙戦艦ヤマト)
沈没した戦艦大和の状態は、史実と劇中で大きく異なる。1985年7月の海底調査で船体が2つに破断して主砲塔は艦体から分離して艦橋付近も粉々であることが判明したため、アニメ第1作のように左へ大きく傾いているものの比較的原形をとどめている状態とは、大きく異なっていることが明らかとなった。この事実を知ったプロデューサーの西﨑義展は、落胆したという。
イズモ計画用の移民船として建造が進められていたが、劇中1年前のイスカンダルからの技術供与により、宇宙戦艦ヤマトとして完成させられ、イスカンダルまでの航海を行う。なお、戦艦大和の残骸への偽装については、海底ドックで建造していた当時に飛来した遊星爆弾の爆撃が原因の地形変化や海水蒸発により、艦体が地表に露出してしまったためと理由付けされている。
『星巡る方舟』では3Dモデルが若干改良されており、『2199』で手描きによって補完されていたディティールの一部がモデルに組み込まれている。
『2199』制作時、デザインを担当した玉盛は航海途上での改修による形状変化なども考案していたが、単艦での未知の航海というストーリーゆえに大幅な改装はやや無理があることと、3Dモデルを作り直す手間がかかったり、使用モデルを間違えるミスが起きる可能性もあったりしたため、実現しなかった。また、制作初期のラフ画稿では、イズモ計画時代の艦のデザインも描かれている。