シン・アスカ
シンの帰還後、ルナマリアは妹メイリンと上官として仰いだアスランの仇であるシンの背中を頼り泣き崩れた。ルナマリアは「あなたは軍人として命令を実行しただけだから」と、激しい自責の念に苛まれるシンを庇う。これによりシンは何に変えてもルナマリアを守ることを決意する。親しい者を撃った者・撃たれた者として同じ痛みを共有する両者はこれを機にして一挙に距離を縮めてゆく。しかしアスランを自分の手で撃墜した影響から、以降シンの精神は常に不安定な様相を見せるようになる。
デュランダルは世界に向けた演説の中で、一連の戦争の黒幕としてロゴスを告発し、その拠点であるヘブンズベースを陥落させるべく、オペレーション・フューリーを発動する。この戦闘でシンとデスティニーはスティングが駆るデストロイを撃破するなど大きな戦果を残し、ヘブンズベース陥落に貢献した。この作戦での功績により二つ目のネビュラ勲章の受勲、及びFAITH就任を果たす。
次にプラントは、ヘブンズベースを逃れたブルーコスモスの盟主ジブリールを匿うオーブに対して宣戦を布告する。「俺がオーブを討つ」と心に決めたシンは、オーブのMS部隊を撃破し、カガリの操縦するアカツキに、撃墜寸前まで肉薄したが、宇宙から駆け付けたキラのストライクフリーダムに阻まれ、熾烈な争いの末、エネルギー切れに追い込まれている。自分がインパルスで撃破したはずの(先代)フリーダムが復活(新型のストライクフリーダムに機種変更)したことに動揺したが、フリーダムへの怨念で戦意を奮い立たせてストライクフリーダムと死闘を行った。補給を受け再度出撃した際には、アスランのインフィニットジャスティスの参戦によりデスティニーは片腕を落とされ、ザフトは撤退する。
この作品ではジェス・リブルの取材対象として、本編開始直前のインパルスガンダムのテストパイロットとしてのシンの姿が描かれている。本編とは違い無口な青年として描かれており、淡々とテストをこなすという描写がされている(これはあくまでもジェスの取材対象がシンではなく、インパルスであるという事も関係している)。
シナリオ序盤より主人公(南雲一鷹)側に協力。SEEDのストーリーが大幅に改変されており、キラとも友好的であり、初めて会った時も意気投合すると同時に「前の大戦で大事な人を失った」と察しているほか、ベルリンでも最初こそ戦うこととなるがステラを救うために共闘する。また、本作ではデスティニープランのような思想に対して、一貫してはっきりと否定的でまた、グレイス・オコナーのように自身を神のように気取る相手などに対しても強い敵対心を持つ。
結局、戦闘の最中に当のジブリールは宇宙へと逃亡し、大義名分を失って旗艦セントへレンズがアークエンジェルに撃沈されて指揮系統が混乱しタリアの判断でミネルバが代理旗艦となり艦隊を集結させてザフトは軍を退く。カガリが中心となって親ロゴス派は排除され、オーブはロゴスと決別するが、シンのオーブに対する憎悪は続いた。
宇宙へと上がったミネルバは、プラント首都アプリリウスに向けられた大量虐殺兵器レクイエムの発射を阻止すべく奮戦。シンの駆るデスティニーは、地球軍機動兵器部隊を瞬く間に撃破して、ダイダロス基地司令部を制圧、単騎の奇襲作戦を成功させ、プラント本国を救う活躍を見せた。
そんな中、議長の提示するデスティニープランが発表される。その内容に戸惑いを隠せないシンだったが、レイから自身がクローンである事、そしてもう寿命が長くない事を打ち明けられる。彼はシンに、「理不尽な運命を背負わされた自分やステラのような子供達がもう二度と生み出されないようにするために、議長の提示する未来を信じるように」と、そして「自分の代わりに議長の力となってそれを実現させるように」と強く促す。
最終決戦では、月面上でアスランのインフィニットジャスティスと交戦。SEEDを発動させ、序盤こそ互角の戦いを展開するものの、徐々に劣勢に追い込まれてゆく。戦いの中でシンはアスランの言葉に動揺し続け、家族やステラの死、アスランやオーブに対する複雑な思い、フリーダムに対する憎しみなどを脳裏に浮かべながら煩悶する。そこへ、両者の戦闘を止めようと割って入ったルナマリアのインパルスにフリーダムの幻影を重ねて錯乱、これを討とうと攻撃に出る。
時間軸が原作の最終決戦の後という設定になっており、アークエンジェル所属となっている。本作ではキラやアスランと行動を共にし、ロゴス残党の処理にあたっていたところで怪現象に巻き込まれ「惑星エリア」に転移させられる。