イースIX
バルドゥークの街では、ペンドルトン商会が関わっている鉱山による公害や、ロムンの圧政などにより貧民街は苦しんでいた。その貧民街に、商会から盗んだ金貨を与えて救っていた、ペンドルトン商会の次女であり怪人『白猫』キリシャはパーティーとして行動することになる。
地下道からバルドゥーク監獄へと潜入したアドル達は、友人の消息を探るために監獄にいた壮年の男性パークスを脱獄させ、廃屋だったバー「ダンデリオン」を開店してアジトにする。星刻騎士団に所属しており、辻斬りを行っている戦闘狂の怪人『鷹』クレドをパーティーに加え、別ルートで再びバルドゥーク監獄へと向かう。
一方、その騒ぎの中、怪人として活動中のアドルそっくりの姿をした囚人アドルが、バルドゥーク監獄の特殊棟より脱獄を図ろうとし、裏の副業に手を染めている看守グレッグや、監獄に住み着いている聖獣グザヴィエらの協力のもと活動を開始するのであった。
本作は、「イースVIII」におけるセイレン島での冒険、「イースVI」におけるカナン諸島での冒険などに続いて、「イースVII」におけるアルタゴでの冒険を終えた後に行われた、24歳になった主人公アドルの冒険日誌の一冊「バルドゥークの檻」に記されている冒険譚である。
最終ダンジョンに突入したアドル達だったが、ゾラは「アドルの記憶」にある過去の冒険で出会った強敵や人物たちの情報をもとに、錬金術により「英知の集合体」である究極のホムンクルス 《アトラ》を生み出す。アトラがいれば、「グリムワルドの夜」で怪人たちは戦わなくて済むとゾラは諭すが、怪人たちはそれを拒絶する。
その後、アトラはゾラの命令から離れて暴走。圧倒的な力を持つアトラであったが、ゾラが錬金術を途中で解除したために弱体化し、アドルたちは激しい戦闘の後にアトラを討ち取る。
★(プレイヤーキャラクター)
正体が本物の人形という怪人『人形』アネモナ、拠点ダンデリオンのウェイトレスをしていた怪人『猛牛』ユファ、車椅子暮らしをしている病気の少年である怪人『背教者』 ジュール・ノアらが仲間に加わり、アドル達は監獄に捕らわれている無実の囚人たちを解放して、バーの仲間にしていく。
やがて、星刻教によって迫害を受けたノース教の主神グリムニルは、かつて半神の戦士たちを使役し、「グリムワルドの夜」の異世界で魔物たちと戦っていたことが判明する。異世界グリムワルドとは、グリムニルが創り出した「世界を浄化する仕組み」であり、人の負の感情が魔物となり、それを滅することで世界を浄化するのだという。
マリウスと共に脱獄して街まで戻ってきた囚人アドルだったが、マリウスによって気絶させられてしまう。一方、「星刻騎士団」の団長・シャトラールは、ジュールの父であるスミノフ医師と手を組み、ロムン帝国を排除してグリア独立を図ろうと画策していた。古代種や人造モンスターなどは、そのための副産物であるという。シャトラールの手によってアプリリスは討ち取られてしまう。