クリプト藻
淡水及び海水に広く分布する。北海や大西洋ではブルームの報告もある。
細胞はおおよそ扁平な米粒型で、米で言えば胚芽のあたりに2本の鞭毛を持つ。鞭毛基部の近傍にはガレット(咽喉部)と呼ばれる陥入部があり、ガレットの内壁にはこれを取り巻くようにトリコシスト(trichocyst; 毛胞)と呼ばれる射出装置が配されている。このトリコシストはちょうどトイレットペーパーが巻かれたような状態で収納されており、射出時にはこれが螺旋状に解けて展開する。ガレットの周囲には、他に眼点や反射体(refractile body)といった光学系の器官を持つ種もある。
通常は無性的に二分裂で増殖する。少数ながら同形配偶による有性生殖も知られている。
古くから、クリプト藻はその生活環の中で異なる形態の鞭毛虫として生活する事が報告されていた。例えばProteomonas sulcata では複相世代が大型の鞭毛虫、単相世代が小型の鞭毛虫であり、それぞれのステージではペリプラストのパターンも異なる(Hill and Wetherbee 1986)。このような例はクリプト藻のごく一部だと考えられてきたが、実は大部分のクリプト藻に適用されるべき現象である事が近年報告された(Hoef-Emden and Melkonian 2003)。これにより、単相世代と複数世代における命名の重複が明らかになると共に、分類群の整理が要求される事となった。これはハプト藻と同様の問題であり、やはり培養技術や分子系統解析の発展に伴い明らかとなった問題である。
Amphidinium A. wigrense、A. latum など。取り込むクリプト藻は複数の種類があり、色素組成の異なるクリプト藻を細胞の左右に保持している例も報告されている。 Dinophysis Gymnodinium G. acidotum が専らChroomonas を取り込む。
クリプト藻の外被はペリプラスト(periplast)と呼ばれる。これは細胞膜とそれを裏打ちする板状の構造から成る。板状構造はタンパク質でできており、その規則的なパターンは分類形質としても有用である。