ミュウツー
初代『ポケモンスタジアム』でのミュウツーはプレイヤーが使えないポケモンだったが、3Dデータは収録されており、図鑑などで閲覧できた。
『ポケモンスタジアム2』ではセンターを大きく飾るパッケージポケモンとなった。作中では「ミュウツーをたおせ」という最終ステージがあり、ゲームのラスボスにあたる存在であった。同作のCMにおいては、女性が「やっぱりミュウツーよね」と発言し周囲の子供が「えー」と唖然とする演出が存在し、攻略本においてはその台詞がキャッチコピーのごとく頻繁に使われた。
『ポケモンスタジアム金銀』でも同じように、事実上の最終ボスの一角を担った。同作でのラストバトルにあたる「ライバルをたおせ」では、同作のパッケージを飾るルギア・ホウオウと共に、ミュウツーを含めた3体が相手の手持ちとなっている。
1998年公開の劇場版『ミュウツーの逆襲』およびその関連エピソードに登場するミュウツーは、凶暴さを見せつつも哲学的な一面を併せ持ち、知的で高度な悩みを抱え自問自答し続ける、どこか哀愁があり虚無的なポケモンとして描かれている。声優は『ミュウツーの逆襲』関連作品では特別出演の市村正親、それらにおける幼少期は『ミュウツーの逆襲 完全版』では森久保祥太郎、ラジオドラマ版『ミュウツーの誕生』では瀧本富士子が演じている。
市村が抜擢されたのは当時の総監督である湯山邦彦の熱心な推薦によるものである。市村は「ミュウツーの性格はオペラ座の怪人そのまま」と分析して演じたと語っており、実際にも脚本を担当した首藤剛志は生前のコラムにて、湯山が市村を推薦した理由を「劇団四季時代の市村の持ち役である『オペラ座の怪人』の主人公(怪人)は、才能がありながらも暗く屈折した人物像である点でミュウツーと同質の存在と捉えたため、彼が適任と考えたのだろう」と推測していた。市村はミュウツーの役を気に入り、後にミュウツーの大きな刺繍を施したシャツを自作して着用し、『大乱闘スマッシュブラザーズDX』でミュウツーのアフレコを行った際も相当な熱演であったことが現場スタッフから語られている。
久保雅一によると、「何だかこわいイメージがある」ため、「日本版ではあえて、「クローン」という言葉を避けて」いるという。
テレビアニメ本編では劇場版への伏線としてミュウツーが登場するシーンが断片的に描かれたが、ポケモンショックにより放送時期が遅れたために、該当するエピソードが放映されたのは劇場公開よりも後になってしまった。
タイプ:エスパー/かくとう、高さ:2.3m、重さ:127.0kg、特性:ふくつのこころ
大型・重量かつよりがっしりとした姿になり、腕や足がメガシンカ前に比べ太くなった。一方で尻尾は短くなり、瞳の色も紫から青に変わる。これまでのミュウツーにはない肉弾戦の強さを感じさせる形態となった。「こうげき」がさらに伸びを見せるようになった。これまでトップを誇ったブラックキュレムの「こうげき」をさらに超え、『X・Y』現在全ポケモン中最も高い数値になる。本来の「とくこう」も高いため物理・特殊問わず二刀流で攻撃ができるステータスとなっている。なお、映画には未登場。