ブラックマトリクス
イベントシーンはキャラの立ち絵が表示される形で展開し、演出としてアニメーションやビジュアルも盛り込まれている。また、エンディングが一種類だけだったSS版と違ってマルチエンディングとなり、あるエンディングの後にはハッピーエンド的なエピローグも存在する。
PS版はDC版のストーリーをベースとしているが、ゲーム画面や演出はSS版に近く、アニメーションではなくCGムービーが収録されている。そのため、DC版に比べるとストーリー上カットされたシーンもあり、PS版をプレイしただけでは全ての謎は明かされない。イベントシーンはSS版同様2Dキャラがマップ上に配置された状態で展開される。また、DC版にあったエピローグは存在しない(そこまでは描かれずに終わる)。キャラクターデザインは再びつちやきょうこのものになっている。
※旧約聖書をモチーフとした世界観だが、この世界では善悪が逆転しており、「平等」「自由」「正義」「友情」「弱者」「人権」「愛」が七つの大罪とされている。逆に「驕り(傲慢)」「嫉妬」「憤怒」「怠惰」「強欲」「暴食」「欲情(色欲)」が七つの美徳とされている。また、「邪悪」と言う言葉に関しては現実世界とは反対の意味で使用されている。
声:伊藤健太郎
唯一の男性ご主人様。隠しコマンドを入力した場合のみ選択可能。選択しなかった場合はパンデモニウムの街に登場。黒き羽でありながら闘技場で戦い続けている。クレージュがパーティにいれば仲間にすることが可能。男女はそれぞれ果たす役割が異なり、互いの領分を越えるべきではないと考えている。
声:中井和哉
ケルビムの息子で、マルコの親友。黒き羽でありながら奴隷のマルコと友達になり、レジスタンスを組織していた。しかしグザファンがマルコを陥れるべく大邪神の鎧を持ち出した際、罪に問われたマルコを庇って大邪神の鎧を装備して死亡。
アベルの兄。サタンの生贄の候補であり、本人もそれを渇望していたが、結局生贄はアベルに決定。腹いせにアベルを殺そうとするが、逆に刺されて死亡する。
これらはDC版のアニメシーンで語られる事実であり、PS版では彼については最後まで謎のままである。
声:青野武
牢屋にいた謎の老人。七つの大罪「人権」を象徴する。リベイラの街の神殿で大神官を務めていたが、権力争いに破れて投獄されていた。この世界では神官は角が生えていて、魔法を駆使することが出来る。その角はかつての神話に登場する天使達の子孫の証明であると、畏怖の対象となっており、囚人であるにもかかわらず看守には「やんごとなきお方」と呼ばれている。
大邪神の鎧を研究しており、当初はアベルが鎧に選ばれし者か確かめようとして旅に同行していた(悪く言えば実験台にしようとした)。パーティ内では知恵袋として活躍する。
その正体は大邪神「ラファエル」本人である。世界の全てを洗い流すゴッドの計画に反発し、ノアに方舟の作り方を教えた。そして創世記戦争には参戦せず、当時を知る者として一度も転生せずに永き時を生きていた(最終決戦では「150億年も生きている」と語っている)。
本来創世記戦争には参戦していないためラファエルの大邪神の鎧は存在しないが、ラファエル自身であるヨハネが着る鎧が大邪神の鎧となるため、ルピルピが遺した悪魔の鎧を自らの鎧に選んだ。