良如
御影堂再建前の寛永9年の幕府の命令に基づき、翌寛永10年に寺院本末帳を提出して本寺・末寺の関係を明確化して中央集権体制を形成した。寛永11年(1634年)には宗門改帳の制度化で寺請制度も出来上がり、寛永12年(1635年)の寺社奉行設置に対応する形で奉行や各藩の命令を寺院に通達する触頭も置かれ、幕府の宗教政策確立と共に本願寺教団の近世の体制も形成された。慶安年間には諸国坊主中・門徒中に五ヶ条の制誡を示し、坊主中に宛てて七ヶ条の制禁も付け加えた上、十五ヶ条の付則まで加えて門下の統制に尽力した。
このほか、寛永15年(1638年)に京都三条銀座の年寄野村屋宗句が娘の菩提のため学寮造設を発起したことをきっかけに、翌寛永16年(1639年)に今日の龍谷大学の前身となる学寮を造設した。惣集会所(講堂)と所化(学生)の寮が作られ、河内光善寺住職准玄を講主に据えて、寛永17年から末寺の僧たちを集めて講義を始め、幕府の文治政治に呼応して教学の研鑚を深めた。能化(学長)には正保4年(1647年)から豊前永照寺住職西吟が務め(准玄が西吟の前に能化を務めたともされる)、所化の生活規定など学寮の基礎確立に尽力した。