別府-万年山断層帯
地震調査研究推進本部は、2005年に公表した長期評価において、断層の走向や変位の向きから本断層帯を以下の4つに区分している。いずれも正断層で、主として相対的に隆起する方向が北側のものと南側のものとがある。
別府湾-日出生断層帯 - 大分市佐賀関北東沖の豊予海峡付近から別府湾を経て玖珠郡玖珠町まで、長さ約76km、北側が隆起。
大分平野-由布院断層帯 - 大分市から玖珠郡玖珠町南東部まで、長さ約40km、南側が隆起。
野稲岳-万年山断層帯 - 由布市湯布院町から日田市大山町まで、長さ約30km、北側が隆起。
崩平山-亀石山断層帯 - 由布市庄内町から日田市大山町まで、長さ約34km、南側が隆起。
また、大分県では1998年度から2003年度にかけて調査を行った結果、本断層帯を以下の5グループに分けている。
別府湾断層帯
別府地溝南縁断層帯
別府地溝北縁断層帯
崩平山-万年山地溝南縁断層帯
崩平山-万年山地溝北縁断層帯