金剛峯寺
高野山の危機的状況に1891年(明治24年)高野山の維持と自立存続を図るために一山が協議し、明治初期に680余ヶ寺もあった寺院を、130ヶ寺まで統廃合することを決定し、現在に近い状態へとなった。
明治中期に国内情勢が安定してくると、高野山に残る膨大な宝物の保護活動が始まった。1891年(明治24年)・1893年(明治26年)に宮内省臨時全国宝物取調局より重要宝物の鑑査状が交付された。1894年(明治27年)世間に高野山の宝物の価値を認知してもらうために金剛峯寺で宝物展を開催。1898年(明治31年)帝室博物館による高野山宝物調査と修復が行われた。1906年(明治39年)開創1100年記念大法会に向け、金剛峯寺が高野山全域に残る結界を解除したことで、全ての禁制が解かれ実質的に女人禁制も完全解除され、金剛峯寺が公式に女性の入居住を認めたこととなった。1899年金剛三昧院多宝塔、金剛峯寺不動堂などが、また1908年(明治41年)には66点もの多くの美術工芸品が旧国宝に指定されたことで、宝物館建設の声が高まった。1913年(大正2年)2年後を迎える高野山開創1100年大法会記念事業として宝物館建設を目標とする「高野山興隆会」が発足し、建設費を募る勧進運動が全国展開された。
金銀字一切経(中尊寺経)4296巻(附:漆塗経箱316合) 奥州平泉の藤原清衡が中尊寺の造立時に発願し書き写したと伝わり、のちに豊臣秀次が高野山に寄進と伝わる。紺色に染めた紙に、一行おきに金字と銀字で書いた写経。1表紙は金銀泥の宝相華唐草文様で装飾され、見返しに金銀泥で釈迦説法図や風俗図のような図柄がみられる。2世紀の作。1951年6月9日国宝指定。
法華経〈巻第六(色紙)〉 色変わりの華麗な用紙に書かれた写経。12世紀の作。1952年11月22日国宝指定。
宝簡集(54巻)・続宝簡集(77巻、6冊)・又続宝簡集(167巻、9冊) 高野山の歴史、所領、行事などに関わる古文書を巻物の形に整理したもの。西行(寺域内の草庵で修行した)、源頼朝、源義経を始めとする歴史上の著名人の自筆書状を含む。1953年11月14日国宝指定。
澤千鳥螺鈿蒔絵小唐櫃(さわちどりらさいまきえこからびつ) 平安後期の漆工芸品。金と青金の研出蒔絵を主体に螺鈿で表された千鳥には毛彫りが施され、土坡や岩などをぼかし、空間を平塵の地にするなど、技法を駆使して色彩感を出している。また、地の黒に金具の金色と螺鈿の色調が互いに映え、蓋表の主文とは別の趣を出している。1951年6月9日国宝指定。
本尊は後醍醐天皇と等身とされる愛染明王。
不動堂(ふどうどう)(国宝) - 建久8年(1197年)上皇の皇女八條女院内親王の発願により行勝上人が創建。現在の堂は14世紀初頭に再建で、高野山内では金剛三昧院多宝塔に次ぎ、2番目に古い建築物。高野山内の一心院谷から、1908年(明治41年)に現在地に移築された。桧皮葺(ひわだぶき)、入母屋造の住宅風仏堂である。当初は阿弥陀堂であったと推定されるが、後に本尊の不動明王(重要文化財)と運慶作の八大童子像(国宝)が奉安され、現在いずれも霊宝館に移されている。堂の四隅の形状がそれぞれ違い、四隅それぞれを四人の工匠が随意に造ったためと伝わる。近年の解体修理報告書によると元来、僧侶が臨終を迎えるための堂だったとの説がある。屋根が桧皮葺のため境内で火災が発生した場合、類焼しやすいため屋根にドレンチャーを設置し、バルブを開けると桧皮葺屋根がドレンチャーからの水膜で覆われるようになっている。高野山内では、檀上伽藍の御影堂、徳川家霊台の2棟、奥の院の経蔵、金剛三昧院の多宝塔など計6棟に、地上に放水銃を設置しているが、屋根にドレンチャーを設けているのは不動堂だけである。
勧学院(かんがくいん) - 子院・塔頭で後述
蓮池(はすいけ) - 名の由来は、昭和の頃まで蓮の花が咲き誇っていたため。明和年間(1764年 - 1772年)に度々の干ばつで民衆が苦しんでいたため、明和8年(1771年)頃、善女竜王像と仏舎利を池の中島の祠に祀ったと伝わる。1996年(平成8年)橋と祠を修復。
大会堂(だいえどう) - 安元元年(1175年)鳥羽上皇の皇女五辻斎院頌子内親王が父の追福のため創建。