海上護衛隊
隠岐、福江、平戸、天草、御蔵、能美
鵯、鴻
長運丸
特設巡洋艦能代丸、金城山丸、特設砲艦長運丸
1944年(昭和19年)4月10日、佐世保・鹿児島-沖縄間航路の船団護衛を担当する目的で、従来の佐世保防備戦隊を解隊・改編する形で発足した。同時に沖縄方面根拠地隊も新編され、新葉亭造少将が第四海上護衛隊司令官と沖縄方面根拠地隊司令官を兼務した。司令部は奄美大島に置かれ、佐世保鎮守府部隊に編入された。 当時、沖縄が戦場となる恐れが極めて高まってきていたが、既存の第二海上護衛隊が担当する南方航路は沖縄を通らず台湾を経由していたため、沖縄への新たな輸送ルートを設置する必要があったためである。第四海上護衛隊の司令部は沖縄を防衛する「沖縄方面根拠地隊」司令部を兼任し(上述)、沖縄への物資輸送と住民の本土疎開を推進した。戦力は微々たるもので、対馬丸をはじめとする商船の喪失は防げなかった。 1945年(昭和20年)2月25日、軍令部総長は戦時編制改訂を奏上する。