独立リーグ
新日本専門リーグ(1936年 - 1937年)
ジャパン・フューチャーベースボールリーグ(2010年)
運営会社のベースボールフューチャーは、三重県内に限定したリーグを2012年に発足させる構想を持っていることが報じられていた。その後、四国アイランドリーグplusを脱退した三重スリーアローズの受け皿として、三重県内の新リーグ設立を模索したが、スポンサーが現れず実現しなかった。また、三重スリーアローズも解散したため、リーグを構成していた球団はすべて消滅した。
関西独立リーグ (初代)(2009年 - 2013年)
当初の運営会社が初年度開幕から3か月で運営から撤退。その後もチームの参入と脱退・活動休止を繰り返し、2013年シーズン終了後に所属チームがすべて脱退した。
プロ野球マスターズリーグ(2001年設立)
2008 - 2009年シーズンを最後に公式戦をおこなっていない。
日本女子プロ野球機構(2010年設立)
2021年シーズンに所属選手がなくなり、事実上の活動停止となった。同年末に休止を正式発表。
北米ではメジャーリーグベースボール(以下、MLB)およびその傘下にあるマイナーリーグベースボール(以下、MiLB)の機構から独立した、別組織の野球リーグをいう。北米の独立リーグは19世紀末には存在していた。「ブラックソックス事件」でMLBを追放されたシューレス・ジョー・ジャクソンもこのリーグでプレーしたといわれる。
現在は、MLBやMiLBを自由契約となった選手や日本の選手も多く参加しており、リッキー・ヘンダーソンも一度MLBから自由契約になった後に独立リーグに参加。その後MLBに復帰するなど、メジャーリーガーへの登竜門的な組織であることを印象付けている。
各リーグは地方の小都市を中心に展開され、加盟チームの中には本拠地を持たない「ビジターチーム」も一部存在する。商業面においてMiLBと競合することも多く市場規模も小さいため、経営は非常に不安定。シーズン中にリーグそのものが消滅してしまう事例も少なくない。こうしたことから、リーグ間での交流試合はほとんど行われていない。過去にはノーザンリーグとノース・イーストリーグが合併していたこともあった。
独立リーグのロースターには、選手の年齢層と、MLBでのプレー年数を基準とする厳しい選手登録制限が存在する。また、MLBのスプリングトレーニングでは、シーズン直前にロースターが決まる(MLB→AAA→AA→A→ルーキーという順番で選手を振り分け、余った選手が独立リーグに流れるため)ということもあって、選手構成は常に流動的である。ノーザンリーグに加盟していたセントポール・セインツでは、史上初めて女性選手であるアイラ・ボーダーズがプレーしたことで話題となった。