檜洞丸
また、檜洞丸山頂付近における1993年から2010年にかけての長期調査では、調査本数計204本のうち32%の64本が枯死に至り、そのうち46本がブナハバチの食害を受けていたと報告されている。
一方でブナアオシャチホコによる食害が注目されるようになったのは、2005年の大発生以降のことである。八甲田山や八幡平などの東北地方の山地では約10年の周期で大発生する昆虫として知られていたが、丹沢山地においては1917年以来、実に88年ぶりの大発生であった。2005年の大発生は檜洞丸西側の石棚山稜で起こったもので、大規模被害に準ずるものであったが、翌年の2006年は目立つような被害はなく、2007年はブナアオシャチホコの発生はほとんど確認できなかったことから、2005年の大発生は一過性のものであったと推測されている。大発生の原因としては、2005年4月~6月期の降水量が例年に比べて少なかったことが、降雨の影響を受けやすい幼虫に対して有利に働いたことによるものと考えられているが、なぜ88年ぶりに突然大発生を起こしたのかは未だ不明のままである。
大気汚染物質や酸性雨による問題とあわせて檜洞丸周辺で問題となっているのが、害虫によるブナの食害問題である。この害虫とは主にブナハバチやブナアオシャチホコ(いずれも幼虫)によるものであり、食害がブナ林の衰退をさらに加速させていると考えられている。
ブナハバチによる食害が問題となり始めたのは1993年からで、それ以降毎年発生を繰り返し、5月~6月にかけてブナの葉を食い荒らしている。近年では2007年と2011年が特に規模の大きな発生年であった。このブナハバチは2000年に属レベルで新種(学名:Fagineura crenativora)として認められた昆虫であり、現在も生態の詳しい調査が続けられている。一般的に食葉性昆虫によって広葉樹が枯死に至ることは稀とされているが、ブナハバチの場合は同じ樹木個体に対して連年大きな被害を与える傾向が強く、外的ストレスに弱い樹木個体から衰弱枯死する例が後を絶たない。越地らによる檜洞丸や丹沢山おける定点観測(1997年~2005年)では、わずかな食害度であったブナの個体が、連年被害により10年足らずで枯死に至っている例が報告されている。