デポルティーボ・ラ・コルーニャ
アフリカネイションズカップ1988 ジャック・ソンゴォ
アフリカネイションズカップ1994 ペーター・ルファイ
アフリカネイションズカップ2002 ジャック・ソンゴォ
CONCACAFゴールドカップ優勝者:(2人)
2003 CONCACAFゴールドカップ オマール・ブラボ***
2009 CONCACAFゴールドカップ オマール・ブラボ***
2011 CONCACAFゴールドカップ アンドレス・グアルダード***
オマール・ブラボ(2回とも)とアンドレス・グアルダードはデポルティーボ在籍時にタイトルを勝ち取った
FIFAコンフェデレーションズカップ優勝者:(5人)
FIFAコンフェデレーションズカップ1997 ベベット
FIFAコンフェデレーションズカップ1997 セザール・サンパイオ
FIFAコンフェデレーションズカップ1997 フラビオ・コンセイソン
FIFAコンフェデレーションズカップ1997 リバウド
FIFAコンフェデレーションズカップ2001 シルヴァン・ヴィルトール
FIFAコンフェデレーションズカップ2003 シルヴァン・ヴィルトール
フラビオ・コンセイソンはデポルティーボ在籍時にタイトルを勝ち取った
夏季オリンピック優勝者:(3人)
1992 バルセロナオリンピック ホセ・エミリオ・アマビスカ
1992 バルセロナオリンピック ハビエル・マンハリン
2004 アテネオリンピック ファブリシオ・コロッチーニ
2003-04シーズンに好成績を残したのを最後に国内外で不振を極め、チーム躍進の立役者であったイルレタ監督の退任とともに黄金期は終わりを迎えることになった。この不振の理由としては、主力選手の高齢化、戦術・メンバーの固定化によるマンネリズムの蔓延、多額の負債を抱えて補強に資金を回せなくなったことなど、様々な理由が挙げられている。
2005年夏には若手の育成に長けたホアキン・カパロス監督を招聘してチームの建て直しを図った。2005-06シーズンは好調な滑り出しを見せたが、フアン・カルロス・バレロン、ジョルジュ・アンドラーデの怪我と共に失速していき、黄金期の輝きを取り戻すには至らなかった。2006-07シーズンはさらに大胆なチーム編成に乗り出し、長年チームを支えたフランシスコ・モリーナ、リオネル・スカローニ、ディエゴ・トリスタンらベテランを放出してイルレタ監督時代の面影を一掃する一方で、有望な若手選手を数多く補強し、再びヨーロッパの舞台への返り咲きを目指したが、チームは大きく低迷。2007年夏にはジョアン・カプデビラやアンドラーデなどの主力を放出し、2007-08シーズンは序盤戦で降格圏にまで低迷した。しかし、2008年1月から5バックの守備と徹底したカウンターサッカーを導入すると得点力が増加し、FCバルセロナ戦を含めた5連勝などで中位まで上昇した。
エスタディオ・サンティアゴ・ベルナベウで行われたバレンシアCFとの決勝は、1-1で迎えた83分に暴風雨の影響で中断され、3日後に83分から開始されることとなったが、この試合でアルフレド・サンタエレーナがヘディングシュートを決めてクラブ初のメジャータイトルを獲得した。
1998年夏にハビエル・イルレタ監督が就任すると、チームはスペイン屈指の戦術家であるイルレタ監督によって徹底的に鍛え上げられ、1999-00シーズンにはリーガ・エスパニョーラ制覇を達成。このシーズンのチームはブラジル代表のジャウミーニャとマウロ・シルバ、スペイン代表のフラン、オランダ代表のロイ・マカーイなどが主力選手であり、FCバルセロナとバレンシアCFに勝ち点5差を付けて優勝した。ア・コルーニャは人口約20万人程度の町であり、リーガを制したことのあるクラブの本拠地の中でもっとも人口の少ない町であった。1992-93シーズンから2003-04シーズンまでの12シーズンの間に、リーグ戦で4度2位となり、さらに4度3位となった。そしてUEFAチャンピオンズリーグには2000-01シーズンの初出場から5シーズン連続で出場し、2003-04シーズンには準決勝に到達した。イングランドのアーセナルFCやマンチェスター・ユナイテッドFC、イタリアのユヴェントスFCやACミラン、ドイツのバイエルン・ミュンヘンなど、多くの強豪クラブがデポルティーボに敗れているが、特にユヴェントスFCとは短期間に頻繁に対戦して数々の名勝負を繰り広げ、対戦成績は3勝4分1敗と勝ち越している。この黄金期のチームは「スーペル・デポル」(Super Depor)と呼ばれた。
カンペオナート・ナシオナル・デ・リーガ・デ・フトボル・インドア (2) : 2007-08, 2009–10
コパ・デ・エスパーニャ・デ・フトボル・インドア (2) : 2007-08, 2009–10
1988年夏には弁護士で政治家であるアウグスト・セサル・レンドイロが会長に就任した。この時点で借金は600万ペセタまで積み重なり、15シーズンもプリメーラ・ディビシオンから遠ざかり、財政面やスポーツ面での問題からクラブ施設を建設することができなかったが、かつてデポルティーボで選手や監督として在籍したアルセニオ・イグレシアスが再び監督に就任し、1988-89シーズンのコパ・デル・レイでは準決勝に進出した(レアル・バリャドリードに敗れた)。1989-90シーズンはリーグ戦で快進撃を続け、昇格プレーオフに出場したが、CDテネリフェに敗れて昇格は果たせなかった。1990-91シーズンはリーグ戦を2位で終え、18年ぶりにプリメーラ・ディビシオン昇格を果たすと、クラブの財政状況は改善に向かい、特に若手グループからの社会的な支援が増加した。久々のトップリーグ参戦となった1991-92シーズンは下位に低迷し、残留プレーオフを戦うことになったが、2試合のプレーオフでレアル・ベティスに勝利して残留を果たした。イグレシアス監督は4期に渡ってデポルティーボの監督を務め、ルイス・レカルテ、パコ・リアーニョ、クラウディオ・バラガン、ホセ・ルイス・リベラ、アドルフォ・アルダーナ、ドナトなど強豪クラブ在籍経験のあるベテラン選手たちと若手のフラン(地元出身)、ベベット、マウロ・シルバ(いずれもブラジル出身)らを組み合わせてチームレベルを引き上げた。1992-93シーズンはシーズンを通じて上位につけ、最終的にレアル・マドリードとFCバルセロナの2強に次ぐ3位となってクラブ史上初の欧州カップ戦(UEFAカップ)出場権を獲得した。