全日本学生自治会総連合の歴史
全学連の結成によって、日本共産党中央と学生党員との対立は再度表面化した。学生のエネルギーが高揚する場面では党中央は中心的な学生党員に「極左トロツキスト」「全学連党的傾向」「グループ主義的偏向」「インテリゲンチャ的傾向」などの批判を加えて闘争の拡大に待ったをかけるようになった。前述の大学法反対闘争は、全学連中執が党中央からの制動を受けている最中、中央からの圧迫のない九州の学生が口火を切ったものであった。
当時日共中央は、学生運動を階級闘争そのものではなく革命の条件づくりであると捉え、民主統一戦線の一翼としての地域人民闘争に重点を置いていた。一方で全学連の指導部は、学生が社会的階層として存在している以上は学生運動は反体制運動となり得るという「層としての学生運動論」、学生は労働者と同盟し先んじるという「先駆性理論」を支柱としていた。後に現れる「街頭激突主義」はこの理論が現実に現れたものであるとされる。
1950年1月7日、コミンフォルムが日本共産党を批判、日共はこれに反論する「所感」を発したが、批判を利用して党中央の権威主義的傾向を批判する者も現れた。3月、全学連中央は日共中央を批判的に総括した論文「最近の学生運動」を発表した(いわゆる「全学連意見書」)。これは宮本顕治の「ボルシェビキ的指導」を賛美し、野坂参三、伊藤律ら所感派を批判する内容であった。この意見書はまた、宮本の指導で闘争に立ち上がろうとする全学連に対して西沢隆二、御田秀一らが「極左トロツキスト」「全学連党的傾向」「ストライキマン的偏向」と批判し、大学法案反対ゼネストに対して志賀重男が「大衆から浮く」としてゼネストを禁止したこと、党中央の官僚主義的傾向、反米・帝国主義打倒を強調しないことを右翼日和見主義的であると批判した。
6月の全国学園ストと9月の全学連結成を受けて、10月8日文部省は次官名で政府の学生運動に対するはじめての方針である「学生の政治活動について」通達を発し、この通達の「学校ハ学問教育ノ場デアッテ、政治闘争ノ舞台デアッテハナラナイ。」「カカル秩序ヲ乱スヨウナ学校内ノ政治活動ハ許サルベキデハナイ。」「特定ノ政党ノ支部又ハ之ニ類スル学外団体ノ支部ヲ学内ニモツコトハ極力回避サルベキデアル。」 という内容はその後各大学の学生運動対応の指導原理となった。第二組合として「私学連」が結成されたが振るわなかった。長野師範学校では細胞の解散、自治会の全学連からの脱退を強要し、学校内外にかかわらず政治活動を行わないという誓約書を学生に書かせ、従わない29学生を退学などの処分に付し、これが戦後学生運動史上はじめての大弾圧事件となった(長野師範学校事件、のちに占領軍軍政部の介入があり学生側は法廷闘争でも敗北した)。このように次官通達を受けて各大学が共産党細胞を解散する最中、文部省は大学法案要綱(大学法案)の国会提出を図った。国立大学学長会議、日本学術会議、日本教職員組合(日教組)が反対を表明する中、全学連は独自の大学法案を発表し、それとともに九州学連を先頭に全国的なストライキを以て反対闘争に打って出た。このなかで学生運動民主化同盟(学民同)による反全学連運動も少数ながら発生した。全学連は大量処分に対しゼネストで対抗したが、これは日共中央の路線とも相いれないものであった。
反日共系の党派が四分五裂する中、全自連は徐々に勢力を取り戻していたが、1963年の日共第8回大会綱領をめぐって党中央と対立した。当時全自連活動家の多くは一段階革命論を取っていたが、日共の新綱領は当面する革命は民主主義革命であることを規定したものであった。宮本主流派に反発して春日庄次郎らが集団離党したことから、全自連からの次々と集団離党が起った(ここで離党したグループは社会主義革新運動結成準備会を組織することとなる)。第17回大会を統一大会とすべく策動するも失敗し、ブント派と協定して全自連は解体された。後に日共系の学生は安保反対・平和と民主主義を守る東京と学生共闘会議を結成、1963年安保反対・平和と民主主義を守る全国学生自治会連合(平民学連)に改称し7月の第1回大会では「明るく豊かな学生生活」路線を採択、1964年には72大学129自治会を結集して全学連再建(第15回)大会を開催して全学連を「再建」した。
第二次世界大戦中に壊滅状態にあった学生運動は、1945年秋から復活した。社会科学研究会、学生図書協議会(のちの学生図書協会)の運動、大学生協の結成などがその嚆矢であった。1946年5月には学徒救援会、文部省の推進により連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)の公認をうけて、学生の住宅確保のために学生会館が設立された。これらの動きは当時の学生が対面していた学問に接する機会の欠乏・物資と収入の欠乏、民主主義の欠乏への問題意識に突き動かされたものであった。その担い手は、勤労動員や学徒出陣から学校に戻ってきた学生たちであった。
これらの生活づくりの動きと並行して、学生の政治運動の再建として1945年9月から学園民主化闘争が起こり、これが学生自治会の出現を準備した。水戸高等学校での軍国主義校長罷免・進歩的教授復職を求めるストライキ・寮籠城闘争が校長らの罷免と処分中の教授の復職を勝ち取ったことをはじめとして、上野高等女学校、東京物理学校、北海道大学、東京工業大学、静岡高等学校、早稲田大学、東京女子大学、佐賀高等学校、東京産業大学、日本大学予科、法政大学、立命館大学、立教大学、大阪商科大学、京都大学、中央大学などで学園民主化闘争が闘われ、そのなかで社研や自治会の結成が進んでいった。
2月の第22回中央委員会では、徳江和雄以下8人の革共同関西派系中執が罷免され、3月16日から17日にかけての第15回臨時全国大会では革共同関西派と日共系の代議員を罷免、共産同と少数の革共同全国委による支配を確立した。これを受けて反主流派は東京都自治会連絡会議(都自連、全都学生自治会連絡会議とも)を結成し、全学連に対抗する運動を展開することとなる。4月10日、日共港区地区委員会が組織ごと共産同に加入する。これを受けて日共は運動の暴走を懸念し、いわゆる「お焼香デモ」路線を取る。4月26日、国会前バリケード突破闘争(4.26国会突入闘争)により唐牛健太郎が逮捕された。唐牛の盟友・篠原浩一郎の証言によると、この4.26国会前デモの前に、全学連は東京青山の田中清玄事務所で山口組の田岡一雄と引き合わされていた(児玉誉士夫らが右翼を結集するという噂が流れており、全学連に近づいてきていた田中清玄がそれに対抗しようと考えたため)。
4月に全学連主流派がゼネストを決行したものの、5月20日未明に新安保条約は強行採決された。強行採決以後、街頭は連日デモの人並みであふれかえり、6月10日には労働者との共闘でハガチー事件、6月15日の第18次統一行動日には全学連国会突入事件が発生した。174人の逮捕者を出したこの事件で、東大生の樺美智子が死亡する悲劇も起こった。