南京南駅
京滬高速鉄道
寧杭旅客専用線
合寧線
1号線 花神廟駅 - 南京南駅 - 双竜大道駅
■3号線 明発広場駅 - 南京南駅 - 宏運大道駅
S1号線 南京南駅 - 翠屏山駅
■S3号線 南京南駅 - 景明佳園駅
1・3号線の駅施設とS1・S3号線の駅施設は別々に存在する。
1・3号線の駅施設は中国鉄路総公司の駅舎の地下を南北に貫く形で位置する。1・3号線のホームは同一階で並列に配置されており、島式ホーム2面4線を有している。外側2線に1号線の電車が、内側2線に3号線の電車が発着する。
S1・S3号線の駅施設は北広場の地下を東西に貫く形で位置する。S1・S3号線のホームも同一階で並列に配置されており、相対式ホームの間に島式ホーム1面がある、3面4線を有している。南側の2線にS1線の電車が、北側の2線にS3線の電車が発着する。