トキ
しかし、禁猟区には指定されたものの生息地周辺での開発などは制限されなかった。
トキの減少の一因として農薬による身体の汚染(直接的影響)や、餌の減少(間接的影響)があげられる。1960年代に死亡したトキの体内から、有機水銀や有機塩素が確認されている(致死量かは不明)。一方、餓死した個体は確認されていない。日本で化学農薬が使用されるようになったのは1950年代以降 であり、その頃には既に20羽ほどにまで個体数を減らしていた。1953年に佐渡での生息数は12羽に半減し、これは農薬が広く使用されるようになった時期と一致するが、累積的濃縮による中毒とは考えにくい。
民間の佐渡朱鷺愛護会や愛好家の手でも小規模な保護活動が行われるようになったが、1958年(昭和33年)には11羽(佐渡に6羽、能登に5羽)にまで減少した。1959年には、天敵となるテンが人為導入された。1971年(昭和46年)には、能登半島で捕獲された「能里(ノリ)」が死亡し、佐渡島以外では絶滅した。
こうした激減の中で、個体群密度の減少によりアリー効果が起り、近親交配が繰り返されるようになったことが、産卵の失敗や孵化率の低さに影響したことも指摘されている。