ニゴロブナ
種の激減の理由としては、開発・工事による産卵場所の減少、および外来種の影響が挙げられる。後者については、ブラックバスやブルーギルなど外来魚によって、成魚や卵の捕食が実際に生じていると指摘される。しかし根本的要因ではなく、深刻化をもたらす二次的要素との見方もある。
ニゴロブナは琵琶湖のヨシ帯や内湖、水田に産卵する。そのヨシ帯の大半に湖岸堤が建設されており(1976–1991年)、内湖の数も(水田化のための干拓などにより)第二次世界大戦前の数分の一に減り、現存する内湖や田んぼへの移動も水門建設などで阻害される。
水田へのルートは、水門で阻まれたというより、圃場整備事業によって、田底がかさ上げされて段差ができたうえ、水路ではなく塩化ビニール製のパイプを通じてポンプで吸い上げて流し込む方式に代えられたため、魚の通り道がないのが現状である。