ナノダイバー
スタミナゲージを大きく消費して発動。Rと△を押すと操作しているナノダイバーが溜め体勢に入り、ボタンを離すと攻撃モーションに入る。特殊攻撃は装備している武器の種類によって効果が異なる。
近未来、突如出現したウイルスの爆発的感染によって人類は滅亡の危機にさらされていた。「LOSTウイルス」と呼ばれるこのウイルスは他のウイルスとは一線を画す高度な運動性能をもち、既存の対策は全て無効にされてしまった。
そこで患者の体内にナノサイズまで縮小した医師(ナノダイバー)を送り込み、LOSTウイルスを直接戦闘で駆逐するとともにそのデータを採取するという新たなる対策「ナノオペレーション」が実用化された。
研修を終えたばかり新人のナノダイバー(主人公)はナノオペレーションを行う組織、SOCO(ソーコー)の一員となり、人類救済のため、LOSTウイルスとの戦いに挑む。
注射器のような形状の武器で、針状の部分をウイルスに突き立てたり、薬液を噴射して戦う。攻撃力は4種の武器では飛びぬけて高いが、各モーションの発生が遅いうえに独特のものなので、使いこなすには経験が必要である。特殊攻撃は薬液を噴射した後、炸裂させて前方の広範囲を攻撃できる。基本は遠くの敵を攻撃するものだが、噴射するときに伸びる針状の部分にもダメージ判定があるので、ゼロ距離で使えば複数段の大ダメージを与えることができる。