バルコ・スキャンダル
2009年1月29日にニューヨーク・タイムズ紙によって2003年の無記名のMLBのドーピング検査の一環として提出されたボンズの尿検査サンプルが再検査でステロイドの陽性反応を示した事が報じられた。2月5日には起訴状の内容整理による3度目の起訴に伴う罪状認否が行われ、ボンズは改めて無罪を主張した。2月27日に「薬物使用を立証すると主張する尿検査や他の証拠をアンダーソンの証言無しには証拠として採用出来ない」としたサンフランシスコ連邦地裁の決定を不服とした検察側が上訴したためにボンズの公判の延期が決まった。
ボンズの裁判はまず2011年3月21日に陪審員が選出され、翌22日に冒頭陳述が開始された。この裁判でも証言を拒否したアンダーソンは同日に法廷侮辱罪で再収監された。幼少時代からの友人で元ビジネスパートナーや元交際相手の女性が召喚され、両者共にボンズ本人がステロイド使用を認める発言をしていた事を証言した。3月29日にはジェイソン・ジアンビとジェイソンの弟で元MLB選手のジェレミー・ジアンビ、ジャイアンツ時代の元チームメイトのマービン・ベナードが召喚され、3人はアンダーソンから禁止薬物の提供を受けた事を改めて証言した。4月13日に連邦地裁は司法妨害罪のみ有罪とする評決を言い渡したが、故意の薬物使用だったかについては陪審不一致で結論が得られずに審理無効となった。審理妨害罪で検察側から懲役15ヶ月が求刑されたが、同年12月15日に2年間の保護観察処分と30日間の外出禁止、250時間の社会奉仕活動の判決が下った。また、4000ドル(約30万円)の罰金も科された。