新潟新幹線車両センター
E3系電車 700番台の6両編成1本(R19編成)「GENBI SHINKANSEN(現美新幹線)」が配置されていた。 2016年(平成28年)4月より運用に就き、2021年(令和3年)3月1日付で廃車された。
E1系電車 12両編成6本(M1 - M6編成)が配置されていたが、M4編成の先頭車両 (E153-104) が鉄道博物館への展示を前提に当センターに保管されていたほかは、すべて解体された。
200系電車 2013年(平成25年)4月1日時点では、10両編成3本(K43・K47・K51編成)が配置されていた。すべてリニューアル施工済みだが、K47編成は2007年(平成19年)のJR東日本発足20周年に合わせて新製時のオリジナル塗装に復元された。 東北新幹線での定期運用は2011年(平成23年)11月18日をもって終了。以後は上越新幹線「とき」・「たにがわ」で運用されていたが、こちらも2013年3月15日をもって定期運用を終了した。