シャドウハーツ・フロム・ザ・ニューワールド
声 - 仁古泰
本作における黒幕的存在。怪しげな微笑みを浮かべる小男。年齢不詳(外見は40代前半)。自分が身元引受人となっているという体でマーロウの捜索をジョニーに依頼するが、のちにそれは意図的にジョニーを事件に関わらせるのが目的であったことを明かす。
ボストンのアーカム大学で教鞭を取る大学教授でもあるが、各地で怪しげな研究をしており、裏社会では「プロフェッサー・ギル」と呼ばれているマッドサイエンティスト。
自らの知的欲望を満たすためにレディとキラーと行動をともにする。最初はキラーに殺されそうになるが、「レディを人間に戻す方法を知っている」とウソを吐き協力者としての立場を得た。真の目的はマリス界の「門」を開き、マリスの力に溢れる世界を手に入れることであった。そこではマリスの力を自ら望む者、あるいは意志の弱い者はマリスによって醜悪な怪物と化す世界で、彼自身も「マリス・ギルバート」となり、ジョニー達の前に立ちふさがるも敗北を喫する。
声 - 園崎未恵
シカゴの街を牛耳るマフィア、アル・カポネの実妹。年齢は21歳。リカルドとは恋人同士で、いつも彼の演奏を聴きに行っているが、兄には秘密にしている。兄の心遣いで、裏社会とはまったく関わりのない生活をしていたが、マクマナスファミリーに誘拐されてしまう。求愛を断られて逆上したロイに撃たれ瀕死となっていた所に、偶然通りかかり、負の感情に共鳴したレディから「マリスの口付け」を受け、マリスと「窓」を操る怪物となってしまう。「私を殺して」「怪物なんかになりたくない」とリカルド達に訴えながらも異型の姿「マリスエドナ」と化し、彼らを襲う。最期はリカルドに礼を告げながら息絶えた。
終盤、隠しダンジョンにて彼女の魂と会話するイベントがあり、レディのことも、自分の願いを叶えてくれたリカルドのことも恨んでいないと告げている。
声 - 西村朋紘
漢寿司初代店長。その正体はヒルダの兄で、前作に登場した「ヨアヒム・ヴァレンティーナ」。前作の戦いの後、自らの技を広める為に「週刊アーツ」という雑誌を出版したが全く売れず、僅か6週間で廃刊となってしまい、借金の返済の為に家財道具を売ったところ、弟のキースにバレて逃げ出し、リオデジャネイロの街で弟子を集めて「漢寿司」を開業した。外装こそ普通の寿司屋だが、その実情は前作でも行われた「漢祭り」の会場であり、内部は「寿司十二宮」と言う異空間となっている。最後はヒルダで一騎討ちとなり見事打ち勝てば「?(ハテナ)の仮面」が手に入る。
アル・カポネに敵対心を燃やすアイリッシュ・ギャングのボス。年齢は28歳。近年シカゴに進出してきて、町の南側を手中に収めた。アル・カポネとは正反対の高圧的な支配体制には市民からも不満が多い。目的の為なら手段を選ばない性格だが、熱くなりだしたら止まらない激情家の一面も強い。カポネを刑務所に送り暗殺を謀る。エドナにも以前から色目を使っており、彼女を誘拐し、自分の女になるよう要求するが拒否され、逆上して彼女を撃ってしまう。その後エドナの仇討ちに来たリカルドも拘束するが、「マリスエドナ」と化した彼女と遭遇し、決着と共に動揺したところを最期はアル・カポネに射殺される。
バイゲンの相棒の行商人で、彼と共にアメリカ大陸を走り回る男の姿をした乙女。年齢は64歳。前作『シャドウハーツII』では双子の片割れであるピエール・マジメルと共同で商売をしていたが、今作で新たな相棒を見つけた。バイゲンの時折の暴走ぶりにショックを受けながらも、ジョニー達にはたとえダンジョンの中ですらアイテム売買をしてくれる熱血商人。
今作からの新要素。ステラチャートに設定した魔法の総称。攻撃のステラマジックは対地・中域・対空のHIT位置が決められており、この位置にいない相手には当たらない(当たらない場合は敵の名前背景が赤くなる)。また効果範囲も円形・直線・直進爆発・全体の四種類があり、円形・直線・直進爆発には、さらに大・中・小の大きさもある。
カリブの海賊砦
チェチェン・イツァ
リオデジャネイロ
マチュピチュ
モアナ村(マルケサス諸島)
ビルカバンバ
ウユニ塩湖
ギアナ高地
撫裸汁忍者の里(イグアスの滝)
近隣の部族の中でも右に並ぶ者がいない程の知識と技術を備えるガダ族の薬師。年齢は68歳。歳の割には落ち着きがない。未確認生命体(UMA)に強い関心を持っており、何とか捕獲してその未知の力を手に入れようと、ナタン達に協力を要請した。