熊本県の歴史
「天草崩れ」発覚において信者説得に宜珍らは奔走し、事を穏便に済ませた。宜珍は天草民衆の貧窮解消にも心を砕き、質が高い地元産の天草石に眼をつけて陶器製造の検討にも乗り出した。かさむ物流費から陶器製造は頓挫したが、天草石そのものを砥石として販売する道筋を立てた。宜珍はまた、天草の歴史を伝える『天草嶋鏡』著述や、地図編纂のために訪れた伊能忠敬から測量術を学ぶなどの事歴を残した。
江戸時代を通じて、天草は流罪の刑地でもあった。江戸や京・大坂などから遠島処分にあった罪人たちは、各村々に割り当てられた。彼らと村人の間ではトラブルも多く生じ、天草の住人や村役人たちは何度も流刑地免除願いを幕府に提出したが、認められることは無かった。その一方で、天保3年(1832年)に讒言で罪を得た知恩院門主の大僧都・定舜上人(残夢道人)は当地で学問を授けるなど、その高い徳から尊敬を集めた。上人は明治政府の特赦を得たが、天草へ止まり、1875年(明治8年)に生涯を終えた。
1886年(明治19年)発布された中学校令に基づき、福岡や長崎との誘致合戦の末 熊本に第五高等中学校(現:熊本大学)の設置が決定した。翌年、旧熊本洋学校や古城医学校の校舎を用いて開校し、1890年(明治23年)には黒髪村の新キャンパスに移転した。1894年(明治27年)からは高等学校令により第五高等学校となった同校では、ラフカディオ・ハーン(小泉八雲)や夏目漱石が教鞭をとったことでも知られる。
永正14年(1517年)訪れた連歌師の宗碩は、「千舟より川やちりはう柳かげ」と河尻の様子を詠んでいる。応永年間に河尻氏の勢力が衰えると、河尻は特定の支配を受けない「公界」としての性格を強めた。天文8年(1539年)菊池方と相良方が利害調整会談の場を河尻で設けたり、上京道中の島津家久一行が通る際に関銭を支払わされたなどは、この「公界」河尻ならではの事例とされる。宣教師アルメイダは永禄7年(1564年)の手紙に、河尻を指して「大なる町」という記述を残している。
建武の新政における論功で地頭職を得た名和義高が入り八代城を築いてから、城下町および八代神社の門前町として八代は繁栄した。相良氏領下の時代には、外港の徳淵浦を基点とする貿易で八代は栄えた。相良義滋・晴広は貿易船「市来丸」を建造して主に琉球貿易を行ったが、町衆による中国貿易も盛んであった。
古い由緒があるという当地の民芸品山鹿灯籠は、和紙生産の好地であった当時の山鹿を背景に発達し、寛永9年(1632年)将軍に献上された。また、山鹿灯籠まつりも江戸時代に盛んになったとされる。
小西氏改易の後宇土城は廃城となったが、細川氏時代には宇土支藩が置かれ、細川行孝が初代藩主となった。ただし城は建設されず、陣屋を拠点とした。彼は、轟水源の湧水を陣屋まで引き込む轟泉水道を建設しているが、この費用は祖父・細川忠興の茶入れや掛け軸などを本藩に売却して得た。
八代城(松江城)は一国一城令の例外として残された。これは薩摩の抑え、そして外国船来航に備えるためとされる。細川氏は正保3年(1646年)、家老職の松井家を城代として入れた。この細川氏入部に従って上野焼のいくつかの窯元も肥後へ移った。このうち、忠興とともに八代入った上野喜蔵一族は奈良木で窯を開き、万治元年(1658年)には平山に場所を移した。これは八代焼、または在所の高田手永から取って高田焼と呼ばれた。李氏朝鮮の粉青沙器の流れを組む象嵌陶器を製作し、藩の御用窯として保護を受けた。また、八代の特産物としては高田蜜柑が以前から知られており、天正2年(1574年)紀州有田の伊藤孫右衛門が八代から苗木を持ち帰り蜜柑栽培を導入したという説もある。高田蜜柑は九州遠征時の秀吉への、加藤氏時代から幕府への献上品にされた。
人吉の城下町は、青井阿蘇神社の門前町が中心だったが、近世人吉城が建設されてから市域が東側へ拡大して形成された。これは慶長12年(1607年)から寛永16年(1639年)頃に出来上がったものとされる。
永承7年(1052年)は仏教で言う末法の元年とされ、救済を求める宗教運動は肥後でも見られた。最初の例は永保元年(1081年)に建立された現在の御船町にある玉虫の如法経塔であり、著名なものは久安元年の現:山鹿市凡導寺にある滑石製経筒がある。これらの背景には肥後武士団勃興による争乱があったものと推測される。
法然に始まり、衆生救済を掲げた浄土宗の肥後伝播は、安貞2年(1228年)白川沿いの往生院で開かれた弁阿の別時念仏に始まるとされる。同年宇土西光院でも念仏を修した弁阿は、鎌倉時代に浄土宗が肥後国で広く浸透する端緒を開いた。多く建立された浄土宗阿弥陀堂の中でも、人吉・球磨地方に名刹が多く残っている。これは、鎌倉初期以降相良氏が当地を支配し、それが明治まで一貫して続いたことが大きい。湯前町にある熊本県下最古の建造物である 城泉寺(現:明導寺)や多良木町の青蓮寺はその代表であり、仏教建築や阿弥陀三尊像、法華経を収めた銅製経筒などが伝わっている。
一方、2月22日に植木で乃木希典率いる政府軍と接触した薩軍小隊はこれを急襲。官軍を敗走させ連隊旗を奪いもした。翌日も両軍は交戦し、一時退却を試みた官軍を追い薩軍は攻撃をかけた。福岡から南下中の第一・二旅団は一個中隊を急がせ25日には高瀬を抑えた。同日午後高瀬川を挟んだ戦闘となったが、この際には官軍は持ちこたえて薩軍は退却した。26日反撃を開始した官軍は歩兵第14連隊が田原坂まで敵を押し返した。だが兵糧不足を理由に退却の命が届き、しぶりつつも連隊は引き返した。この時官軍が退却せず田原坂を抑えていれば、後の凄惨な戦いは防げたのではと指摘されている。
2月22日深夜、政府軍の動向を知った西郷隆盛ら薩軍首脳は長囲策に転じ、軍を分けて北へ兵力を差し向ける決定を下した。北から熊本へ向かう路は3つあり、山鹿から南下するルートには四番大隊、高瀬から田原坂を越え植木に至るルートには一番大隊、吉次越ルートには二番大隊と六・七連合大隊が当たることとなり、25日に出発した。一方薩軍の動きを察知していた政府軍だが、慎重な山縣有朋はすぐに攻撃を指示せず、態勢整備を優先した。第14連隊と近衛歩兵第1連隊の一部を田原坂方面に、残りの近衛歩兵と東京・大阪鎮台兵を吉次峠方面へそれぞれ配置し、3月3日に進軍を開始した。
3月4日、田原坂に総攻撃を仕掛けた政府軍は、天然の要害に拠った薩軍の一斉射撃を浴びて思うように進めない。
初期のヤマト王権は、地方行政区画として県(あがた)を設置した。『日本書紀』・『筑後国風土記』には、のちの熊本県域に3つの県の記載がある。球磨県はその名称が現在も引き継がれ、閼宗県(あそ-)は阿蘇地方に対応する。八代県は現在の宇土地方を含むより広い領域を含んでいたと考えられる。緑川と氷川に挟まれた宇土半島基部では塚原古墳群に代表される120前後の前方後円墳が発掘されているが、この中のひとつ向野田古墳(宇土市松山町)には30代と推定される未婚女性が埋葬されていた。
宇土半島基部の遺跡は、装飾文様が施された国越古墳や氷川流域の丘陵部に形成された野津古墳群などに代表され、この地域は火君(ひのきみ)発祥の地とされている。火君は地域を代表する豪族であり、『古事記』では神八井耳命(かみやいみみのみこと)の後裔として、『日本書紀』や『肥前国風土記』では熊襲討伐を果たした景行天皇一行が不思議な火に誘われて至った地で土蜘蛛退治に活躍した者の子孫として記されている。そして、この故事から「火国(ひのくに)」の名称が生まれたとされる。
江田船山古墳から出土した大刀銘文から、火君など火の国の豪族は既に近畿の大伴・物部氏と関係を持っていたことが明らかになっている。豪族のひとつ建部君(たけべのきみ)は、その名が大和朝廷から軍事的部民として名を下賜された一族で、現在は熊本市黒髪・子飼本町に相当する中世までの地名武部・竹部・建部あたりを本拠としていたと思われる。
飛鳥時代から導入された律令の調庸のうち、肥後から納められる特徴的な品目に繭綿と絹織物があった。これは『和名類聚抄』および『続日本紀』中に、貢進される数量の多さとともに記されている。また、紫草も多く貢上され、これらは平城京跡や大宰府から出土した木簡にある記述に裏付けられている。この他にも、朝廷の正月節会料のための「腹赤魚(はらか)」など海産物の献上記録などが残されている。肥後国の納税能力は高く、『弘仁(主税)式』に記録された出挙稲数では、九州総計459万束のうち123万束を肥後国が占めている。そのため公営田制導入において肥後国は、延暦14年(795年)には国等級区分が「上国」から「大国」へと昇格され、その中心を担う一国に据えられた。
これら租税徴収および軍事など地方行政を遂行するため、肥後国にも条里制が布かれ、郡家(郡衙)や駅路・車路(くるまじ)が整備された。