足利義晴
今出川晴季(菊亭晴季)
勧修寺晴秀(晴右)
勧修寺晴豊(晴秀の子)
久我晴通
近衛晴嗣(のち前嗣、前久)
二条晴良
日野晴光
日野晴資(晴光の子)
もっとも、義晴自身は官位への関心を示すことなく、天文16年1月26日に義輝とともに任官の御礼の参内をしているものの、慣例であった大将拝賀の儀式もその後の内大臣任命もなかった(大将拝賀も任大臣節会も費用がかかるため、義晴は大将や大臣に就任することが費用に見合わないものと考えていた可能性もある)。
義晴は細川晴元を支柱としたものの、両者の関係は常に緊張があった。晴元が義晴に従って支援しつつも、その一方では将軍対立候補の義維を庇護するという、「ねじれた関係」を持っていたからである。義晴もそのことは十分に理解しており、自身の偏諱を与えたものの、その関係には一線を敷いていた。例えば、天文14年(1545年)2月に義晴は御所での酒宴で臣下に酒を与えたが、晴元には「意趣」(怨み)ありとして酒を与えなかった。晴元もまた同様で、同年の暮れに臣下が歳末の賀辞を献じるために参上した際、晴元だけは参上しなかった。義晴と晴元の関係悪化は結果として、義晴が晴元を切り捨て、細川氏綱に乗り換える大きな要因となった。
義晴が自身の健在なうちに将軍職を自分の息子に譲ったのは、菊幢丸(義輝)がかつて自身が将軍に就任した年齢である11歳になったことや、自分が生きているうちに息子の地位を安定させる希望があったとされる。
義晴は中尾城の完成時には重病となっており、既に一歩も進めない様態であった。それでも、義晴は果汁の粥をすすりながら進軍し、その最期の時まで京都奪還への執念を捨てることは無かったとされる(『万松院殿穴太記』)。
死の前日、義晴は絵師の土佐光茂を呼び寄せて、自らの肖像画を描かせている(『万松院殿穴太記』)。