柳ケ浦駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅。互いのホームは跨線橋とエレベーターで連絡している。単式ホームの1番のりばは下り列車が、島式ホーム南側の3番のりばは上り列車が主に使用し、島式ホーム北側の2番のりばは上下線の列車の待避や当駅始発の列車が主に使用する。また、3番のりばの南側にホームのない上り列車用の副本線が存在する。
かつては、柳ヶ浦機関区が存在し立石峠周辺に1000分の25という急勾配区間が存在したため当駅で列車の編成の組み直し、補機の連結などの作業が行われていたが、1966年(昭和41年)に「新立石トンネル」が開通して解消された。その名残として上り副本線の南側に側線が8本残っており、うち1本を保線車両の留置に使用し、ほかの7本は営業車両の夜間滞泊に利用されている。
JR九州サービスサポートが駅業務を受託する業務委託駅であり、みどりの窓口(営業時間 6:50 - 20:00)が設置されている。ICカードSUGOCAの購入と利用が可能。
大分デスティネーションキャンペーンの企画として、当駅と宇佐駅にて接近放送にあわせ接近メロディ「Welcome to おおいた」が設定された。キャンペーン終了後も引き続き使用されている。
2022年3月12日のダイヤ改正でみどりの窓口営業時間が7:30 - 15:00に短縮された。代替措置として指定券券売機が設置されている。