化学データベース
分子構造の類似性については、これ一つであると決められるような定義は存在しない。そして類似性の概念はプログラムにおける定義で依存しており、しばしば類似性の乖離度合いの逆数が使用される。2つの分子が他と比べて分子量の違いが小さい場合に類似性があるとする。また、他の種々の測定量を多変量解析で結合させて類似性とすることも見受けられる。乖離度合いは大別すると、ユークリッド距離と非ユークリッド距離とに分類される。
データベースは類似性に基づいて、「類縁」分子構造の集団にクラスター化することができる。階層的クラスタリングあるいは非階層的クラスタリングの両方の方式によって、化学的な登録項目とその属性を区分することもできる。これらの化学的属性や分子構造の性質は実験的あるいは計算化学的に決定され、デスクリプタ(物質記述子)の導出に利用される。 一般的なクラスタリング手法の一つに、Jarvis-Patrick アルゴリズム(k 近傍法)が挙げられる。