本圀寺
大本堂(祖師堂) - 1973年(昭和48年)再建。鉄筋コンクリート製。
日蓮聖人像
本師堂(釈迦堂) - 1971年(昭和46年)再建。
清正宮(清正公廟) - 願満清正大神宮ともいい、加藤清正(せいしょこさま)を祀る。1976年(昭和51年)に六条本圀寺から移築。そもそもは、加藤清正の娘・瑤林院による創建で、清正の生前墓という。
清浄院・瑤林院廟
納骨堂
九頭龍銭洗弁財天
玉房稲荷大明神
客殿(求法講院) - もとは六条本圀寺の黒書院。1971年(昭和46年)移築。
二天門
勅使門
仁王門 - 2003年(平成15年)再建。
旧書院 - もとは六条本圀寺の執事寮。1976年(昭和51年)移築。
庫裏 - もとは六条本圀寺の清正宮拝殿。1976年(昭和51年)移築。
新書院 - 2002年(平成14年)建立。
経蔵(重要文化財) - 慶長12年(1607年)再建。1976年(昭和51年)に六条本圀寺から移築。天明8年(1788年)の天明の大火で唯一焼失を免れた建物。
九名大尊神堂
鐘楼 - 1973年(昭和48年)再建。後に開運門の横に移された。その際、鐘楼自体を木製の台の上に載せるという珍しい造りに改修されている。梵鐘は文禄2年(1593年)に豊臣秀吉の姉・日秀尼が寄進したもの。
開運門(赤門) - 清正門とも呼ばれる。文禄元年(1592年)に加藤清正が寄進したもの。1996年(平成8年)に修復、復元された。
人形塚
総門「要付関」
総門の手前にある正嫡橋
開運門(赤門)
仁王門
改修される前の鐘楼
日蓮聖人像
清正宮(清正公廟)