東山霊山城
その後も築城は継続されたが、天文22年(1553年)3月8日、義輝と長慶は再び敵対することとなり、義輝は霊山城に入った。前年の12月の段階で既に一部の幕臣が晴元に内通して長慶を排除しようと画策していたが、2月になると彼らの手引きで晴元が京都西北に出没、長慶は問題解決のため義輝に内通者の奉公衆から人質を要求したことが義輝の怒りに触れたのである。
7月、長慶に対して叛いた芥川孫十郎の籠る摂津芥川山城を長慶が攻めていた際、28日に晴元が丹波から軍勢を率いて侵入して三好方の小泉秀清が守る西院城周辺に放火した。29日にも西院付近で小規模な戦闘が行われ、義輝も晴元方と手を組んだ。30日に義輝が北野の右近馬場に布陣し、内藤彦七以下の3000-4000人の軍勢が西院城を包囲したが、軍勢の損耗を恐れて攻撃を行わなかった。西院城は陥落せず、8月1日に東山霊山城は攻撃された。
『言継卿記』天文二十二年八月一日条は以下のように東山霊山城の戦いを伝えている。
「三好筑前守[長慶]人數、其外河内、和泉、大和、攝津、紀伊等人數二萬五千許上洛云々、武家[将軍足利義輝]辰下刻御出陣、舟岡に御座候、然處東山靈山御城、松田監物、三寶院衆、山中之磯谷等持之、今村紀伊守[慶満]人數取懸責之、今村源七以下五六人討死云々、其外十五六人手負有之、但松田監物生害云々、御城放火了、御無念之至也、其外自下大宮通、其西又二通三手に諸家勢上了、武家山中[舟岡山山中]へ御座被移云々、其外之人數山上へ取引之」