高千穂鉄道
県や沿線自治体が復旧費用の負担に難色を示したため全線での運転再開を断念。比較的被害が軽微な高千穂方の一部区間のみでの運転再開を検討していたが、延岡駅から日豊本線との接続が行えないことや、少子化の進行、車両更新の費用などを考慮して採算性を検討した結果、同年12月20日、高千穂鉄道としての復旧・運行再開を断念し、全線廃止を決定した。高千穂鉄道の社員27人は、2006年1月31日、清算事務にあたる2人を除いて全員解雇された。
ただし、「民間で復旧・運行再開をする企業・団体が現れれば譲渡を検討する」と発表したことを受け、宮崎県内外から複数の企業が名乗りを上げたが、鉄道運休で地元観光産業への危機感を募らせていた西臼杵郡の観光・商工関係者らが運行再開の目的で設立した、神話高千穂トロッコ鉄道株式会社(現・高千穂あまてらす鉄道株式会社)に渡す方針が最終的に固まった。しかし、試算の結果、無償譲渡にあたって双方に合わせて約3億7千万円の法人税と事業税が課税されることが判明し、調整が難航するなか、当初「2005年9月6日から1年間」として提出した全線の休止届が期限切れとなるため、翌2006年9月に被害が甚大な延岡 - 槇峰間の廃止届と、被害が比較的軽微な槇峰 - 高千穂間の休止届を提出した。