島原大変肥後迷惑
山体崩壊で大量の土砂が有明海になだれ込んできた衝撃で、10メートル以上の高さの津波が発生した。津波の第1波は約20分で有明海を横断して対岸の肥後天草に到達した。大量の土砂は海岸線を870メートルも沖に進ませ、島原側が高さ6-9メートル、肥後側が高さ4-5メートルの津波であったという。肥後の海岸で反射した返し波は島原を再び襲った。津波による死者は島原で約10,000人、対岸の熊本で5,000人を数えると言われている。津波のエネルギーは崩壊した土砂の持っているポテンシャルの1/100から1/1000程度に過ぎないとされるが、ここからも陸上に堆積した土砂の量が甚だ多かったことが判る。
肥後側の津波の遡上高は熊本市の河内、塩屋、近津付近で15-20メートルに達し、三角町大田尾で最高の22.5メートルに達した。島原側は布津大崎鼻で57メートルを超えたとの記録がある。
島原大変肥後迷惑による死者・行方不明者は合計15,000人(うち約3分の1が肥後領側)におよび、有史以来日本最大の火山災害となった。島原地方には今も多くの絵図や古記録が残っている。都司嘉宣、日野貴之の研究によると合計15,000人としているが、熊本県側は5,158人としている。
この時に有明海に流れ込んだ岩塊は、島原市街前面の浅海に岩礁群として残っており、九十九島(つくもじま)と呼ばれている。これは地形学的に言うと「流れ山」と呼ばれる地形である。同じ長崎県の佐世保市から平戸市にかけて九十九島(くじゅうくしま)と呼ばれる群島があるが、島原市の九十九島とは別のものである。