ぷよぷよBOX
上記のほかにも、以下の2つのモードが収録されている。
相殺と全消しボーナスは「ぷよぷよ通スタイル」と同様だが、スタイル選択時に様々な特技からいずれか1つを選択し、ゲージを消費して試合中にその特技を発動できる。特技のシステムは、ドリームキャスト・NINTENDO64・PlayStation版の『ぷよぷよ〜ん』(以下、DC版)のシステムとゲームボーイカラー版『ぽけっとぷよぷよ〜ん』(以下、GBC版)のシステムを双方混ぜ合わせたようなものとなっており、どちらとも内容が異なる。また、このスタイルでは組ぷよの落下アニメーションが他のスタイルと異なり、ぷよの移動がスムーズになっており、組ぷよ操作時やぷよをちぎった場合の落下速度が他のスタイルより少し遅めになっている。
試合中にぷよを消すと特技を使うためのSPゲージが貯まり、最大3本分までゲージがストックされる(GBC版と同様のゲージ型だが、最大値はDC版と同じくSP3.0相当)。ゲージが1本以上貯まっている状態で、組ぷよを操作中に特技発動ボタンを押すと、落下中の組ぷよが画面外へ切り捨てられる(DC版同様にその組ぷよは消滅)と同時にゲージを1つ消費して特技が発動する。GBC版と同じく、特技によって試合開始時に貯まっているゲージの量とぷよを消した時の貯まり具合が異なり、効果の大きい特技ほどゲージが貯まりにくい。原作とは異なり、試合終了時のゲージの蓄積量は次の試合にそのまま持ち越され、1試合中に特技を何度使ってもゲージの貯まる割合が減少することはない。