山城国一揆
また、政元や畠山基家は古市澄胤に兵の引き上げを命じたが、守護伊勢貞陸の支援を受けていた古市はこれを拒否して国人衆の抵抗の鎮圧にあたった(『大乗院寺社雑事記』明応2年12月9日条)。翌年11月には古市軍によって一揆側は敗れ、ここに山城国一揆は完全に終結を見ることとなった。
以後山城は伊勢氏の統治下に置かれたが、鎮圧から翌年の明応3年(1494年)に畠山氏の家臣が勝手に南山城に侵入、翌年にも同様の事件が発生、明応5年(1496年)に政元の家臣赤沢朝経が畠山氏の家臣を追い払うまで南山城に居座った。相次ぐ事態に伊勢氏は単独で対処出来ず山城での権力を低下させ、反対に政元の影響力が増していった。
明応6年(1497年),足利義材の支持者の畠山尚順が挙兵、危機的状況に対処するため、10月に政元の家臣香西元長を下郡守護代に就任させ、伊勢貞陸は守護職を保持するという変則的な人事が行われた。この決定は伊勢氏と細川氏の妥協であり、香西元長は以後山城で権勢を振るうようになっていった。