FC岐阜
チームスローガン:「挑戦!Challenge!」
元日本代表コーチで、甲府や京都などを率いた経験のある大木武が新監督に就任。チーム得点王のレオミネイロがレンタル期間満了となったのを始め、特別指定選手時代から在籍していた野垣内俊、主将の髙地系治、岡根直哉ら主力を含む19選手が退団。2014・2015年に在籍したヘニキが完全移籍で復帰。加えて新外国人としてスペイン人のシシーニョとビクトル、ブラジル人のクリスチャンを完全移籍で獲得。日本人ではレンタル移籍で野澤英之(FC東京)、永島悠史(京都)、福村貴幸(清水)が、完全移籍では山口の主力であった庄司悦大、前長野の山田晃平が加入。昨シーズン特別指定選手だった甲斐健太郎ら大学生3名が加入した。シーズン途中には、中島賢星がレンタル移籍で加入。
シーズン開幕直後の3月27日、田代雅也が飲酒運転による自損事故を引き起こしたことが発覚、3月31日付けで契約解除、また代表取締役社長とチーム統括部長は減給処分となった。シーズンは好不調の波が激しく、得点はリーグ10番目の56点を挙げたものの、失点が愛媛と並んでリーグで下から3番目、勝利数も町田と並び下から4番目の11勝しか挙げられなかったこともあり最終順位は18位で終わった。天皇杯は2回戦で徳島に勝利したものの、3回戦で広島に敗れた。この年限りで高木が引退した。
チームスローガン:「Challenge to...!」
松永体制3年目。
大卒9人、高卒2人を含む15人の選手を獲得。一方で、6月に片桐淳至が甲府へ移籍。リーグ戦は2008年度はホームゲームで、5月2日の東京V戦の引き分けから8月16日の札幌戦で敗れるまで、11戦負け無し(6勝5分)を記録し(2008年度はホームゲームで3勝)、目標の10位には届かなかったが、前年より1つ上の12位で終えた。
天皇杯全日本サッカー選手権大会は、4回戦でJ1千葉に勝利。準々決勝で名古屋に敗北したが、ベスト8入りを果たした。
チームスローガン:「Chance! Challenge! Change!」
松永体制2年目。
J2に昇格して初のシーズンとなり、序盤戦は4月12日の福岡戦で5分間で4点を奪って逆転勝ち するなど、第4節で3位、1巡目終了時には8位に付けた。7月12日 - 9月27日の間までは13試合勝ちなし(5分8敗、うち8月24日 - 9月23日までは6連敗)となり、9月7日の広島戦で7点、同月15日のC大阪戦で6点を失点した。J2初年度は15チーム中13位で、10勝のうちホームは3勝。3戦3敗を喫したC大阪からは3試合で合計12失点した。この年をもって森山が現役を引退。
シーズン終了後、経営危機からレギュラー選手を含む15人が退団した。
練習場は以下の通り。
長良川球技メドウ(岐阜市)
北西部運動公園(岐阜市)
岐阜県フットボールセンター(羽島郡笠松町)
各務原浄水公園(各務原市)
各務原スポーツ広場(各務原市)
養老町スマイルグラウンド(養老郡養老町)
なお、J1ライセンス取得の要件の一つである専用練習場の設置について、岐阜市市長・細江茂光は2014年9月1日の定例会見で、それの建設の判断を2014年内までに行う方針を固めた。
FC岐阜では、岐阜市に対し、岐阜市北西部運動公園 の敷地内にクラブハウスを併設した練習場の建設・整備を要望しており、それの実現へ向けた募金・署名運動「ぎふJ1チャレンジ」 を進めている。同11月2日、岐阜新聞の取材に答えた細江が、クラブハウスを整備する方針を固めたことを明らかにした。その後、多くの署名と募金に基づき、市が約3億円をかけて、2016年1月にクラブハウス機能を備えた「岐阜市スポーツ交流センター」を完成。センターは鉄骨平屋約657平方メートル。岐阜市北西部運動公園の隣に建設されている。クラブが常時優先使用できる部分は、メディカルルームや更衣室、浴槽付きシャワー室などで施設全体の4分の1程度。運動公園のグラウンド使用時は、会議室と談話室を優先的に利用でき、トレーニングルームやストレッチルームは常時、市民と共用する形となる。
FC岐阜専属のチアダンススクールとして、地域貢献と地域スポーツ文化発展を願い、2018年7月に開校
現在は、avex前面監修チームとなっている。