東京大学総合研究博物館
小石川分館の建物の形は、元々東京大学の前身の一つである東京医学校の本館である。1965年(昭和40年)に解体され、1969年(昭和44年)、現在の理学系研究科附属植物園内に移築復元された。明治初期の木造擬洋風建築特有の様相を残すとともに、東京大学の創立以前からの長い歩みを示す建物でもある。1970年(昭和45年)に重要文化財に指定された。
美術史部門 - 中国・朝鮮・日本の陶磁器などの実物資料のほか、美術作品の模写、拓本、写真資料などの研究資料を収蔵する。江戸時代を代表する狩野派の絵師・狩野探幽は古画の模写を精力的に行い、鑑定や弟子の教育に役立てたが、その探幽による古画の縮小模写を集成した『探幽縮図』は絵画史の研究資料としても貴重なものである。法隆寺金堂壁画の原寸大コロタイプ複製は、火災に遭う前の同壁画の画面の状態を知る上で貴重な資料である。
文化人類部門 - 1958年以来東京大学が進めてきたアンデス地帯学術調査団によってもたらされた石器、土器、織物等の考古資料が収蔵品の中心である。東大の調査団は、1960年から行われたペルー北部の発掘調査で、それまで知られていたチャビン文化(紀元前800年頃)をさらにさかのぼるコトシュ遺跡の神殿を発見し、古代アンデス文明の形成過程の解明に大きく寄与した。