ワジリスタン紛争
パキスタン軍は8万5千人の部隊を動員し、3年間で戦死432名・負傷1200名の激戦の末、800人のテロリストを殺害し、1400人を逮捕したことに満足し、2006年9月に北ワジリスタン和平合意を結んだ。また2007年3月、バージャウルにおけるターリバーンの指導者ファクリ・モハンマド(en:Faqir_Mohammed)とも和平合意を結んだ。
北ワジリスタン合意は以下のような内容だった。
パキスタン軍は、北ワズィーリスターンの部族地域でのインフラ再構築を援助する。
外国人武装勢力はパキスタンの領土を使用出来ない。
ターリバーンなどの武装勢力への支援は容認されない。パキスタン軍は北ワズィーリスターンに進駐し、監視にあたる。
パキスタン政府は、戦闘による犠牲者と財産の補償を部族指導者に行う。
しかし連邦直轄部族地域ではアフガニスタンから逃れてきたターリバーンの影響などにより、2004年頃から部族社会の統制に従わないイスラム原理主義思想を持つ過激派(パキスタン・ターリバーン)が育っており、イスラム的ではない住民や部族長を公開処刑にかけていた。また和平合意後にパキスタンからの越境攻撃は倍増した。一方、パキスタン国民はアメリカ合衆国の無人攻撃機「RQ-1 プレデター」による無断越境攻撃で被る民間人の被害に反感を募らせていた。
2001年12月、アフガニスタン・パキスタン国境地域のアフガニスタン側でアル・カーイダ掃討作戦を行っていた米軍に呼応する形で、パキスタン側に逃れてきたアル・カーイダを待ち受けるべく、パキスタン軍は独立以来初めて部族地域に進駐した。しかしアルカーイダやターリバーンの幹部はワジリスタンではなく、バローチスタ-ン州の州都クエッタに集結していた。2003年10月、パキスタン軍は南ワジリスタンに出撃し、2004年2月から大規模な軍事作戦を展開した。
2003年12月にはパルヴェーズ・ムシャラフ大統領を狙った暗殺未遂事件が発生した。2004年3月16日、南ワズィーリスターン管区(英語版)の中心地ワナ(英語版)にアルカーイダの幹部アイマン・ザワーヒリーが潜伏している情報を察知したパキスタン軍はワナを攻撃し、ターリバーンの間で激しい戦闘が起こった(ワナの戦い)。2004年4月、パキスタン政府は南ワジリスタンの3つの武装勢力と和平協定を結んだ。しかしこれらの協定は戦闘の停止には結びつかず、6月にはアメリカ軍が攻撃に参加し、ヘルファイアミサイルでアルカーイダとターリバーンの訓練キャンプを運営するネク・ムハンマド・ワズィール(英語版)を殺害している。