富士見ミステリー文庫
しかしながら「ミステリーという枠にとらわれない」という定義付けは、富士見ファンタジア文庫が既にあるなかでの存在理由に齟齬を生じ、読み切り短編を積極的に刊行する「初体験Project」(2006年6月~)、発売日の20日への変更(2008年4月) などをおこなうも、次第に刊行数を減らしていった。2008年頃から富士見ファンタジア文庫への移籍も開始され、2009年3月、人気シリーズ「ROOM NO.1301」「SHI-NO」両シリーズの終了を以て刊行を停止、事実上の廃刊となる。なお富士見ファンタジア文庫へ移植された作品のほか、他社ライトノベルレーベルや、角川文庫、ハードカバーなど一般書籍として新装版・続刊の刊行に至った作品も一部存する。
キャッチフレーズを「ナゾ・解ク・愉シミ」としながらもジャンル外の作品(大まかに言うなればミステリー以外にアクション、恋愛、ファンタジー設定)も扱い、リニューアル後には「富士見ミステリー文庫はあなたに恋をさせます。」と明らかに迷走していたが、正統派の作品も多く存在している。