阪神5261形電車
その後1997年から1998年にかけて5500系は5505F, 5507F, 5509Fの4連×3本が増備されるが、普通系車両の所要本数増により5261形の置き換えは発生しなかった。しかし1998年4月から1999年1月にかけて5500系5511F, 5513F, 5515Fが増備されたことにより、1次車6両は5311形5311 - 5312, 7801形2次車7835 - 7935 + 7936 - 7836とともに置き換え対象となった。
1999年3月20日、ジェットカー初の6両編成(大阪側から5261-5262+5263-5264+5269-5270)を組んでさよなら運転を実施、全車ともさよなら運転翌日の3月21日付で廃車された。
残った2次車の5271 - 5274の4両も、2000年2月の5500系5517Fの登場による置き換え対象となり、同年3月24日に運用を終了した。2000年3月27日付で4両とも廃車、5261形は形式消滅した。
なお、PE30-2A制御器を始めとする一部の部品が京福電気鉄道モハ5001形の新製に際して流用されている。