イージス艦衝突事故
当時の海上自衛隊は、イージス艦情報漏出事件や「しらね」の火災事故などが続いており、これらの責任を取って3月24日に海上幕僚長の吉川榮治を退任させ、石破茂防衛大臣が2か月分の給与返納、増田好平防衛事務次官を減給2か月など、計88人を処分した。
内閣改造を控えた2008年8月1日、石破は「(イージス艦と漁船の)衝突事故以来、けじめをつけたいと思っていた」と語り、この事件をきっかけに職を辞する考えを固めていたことを明らかにした。さらに、内閣官房の「防衛省改革会議」で改革案が策定されたことに触れ、石破は「改革会議報告書がけじめになるという気持ちを間接的に首相に伝えていた」と述べた。内閣総理大臣の福田康夫も石破からの申し出を受け入れ、福田改造内閣では石破を留任させず、後任に林芳正を任命した。