キャプテン・オリマー
働き通しだった自分へのご褒美として、休暇をもらって愛機の宇宙船「ドルフィン号」で宇宙旅行(実際は気ままな一人旅)に出たのだが、帰路においてドルフィン号が岩塊に衝突(マッシュルームティーなるお茶を飲もうと自動操縦にして席を立ったのが原因だったらしい)、それによって未開の惑星に墜落・遭難してしまう。奇跡的にもオリマー自身は気絶だけですんだのだが、ドルフィン号はバラバラになって星の各地にパーツが散ってしまい、さらに墜落した星の大気にはホコタテ星人にとっては猛毒となる「酸素」が多量に含まれており、生命維持装置のバッテリーも30日しか持たないという絶望的な状況に陥ってしまう。しかしそこで半動半植物の不思議な生命体「ピクミン」を発見、そのピクミンたちを指示して惑星に住む原生生物達との戦いを切り抜けながら、どうにか宇宙船のパーツを回収・修理することに成功、無事脱出し生還を果たす。そして後にこの時のエピソードをまとめた著書を発売している他、講演活動なども行っている。
オリマーが不時着した未知の惑星から、ドルフィン号の修復に成功し、脱出、帰還した所から始まる。
オリマーの旅行中に起きたトラブルによってホコタテ運送は倒産の危機に見舞われており、帰還したオリマーのドルフィン号も借金のカタとして差押られてしまう。だが、息子のお土産として持って帰ってきた未開の星で見つけた物体が金銭的な価値があることが判明、新入社員のルーイと共に借金返済のため唯一会社に残っていた「ドルフィン号初号機」に乗り込んで再度未開の星へと向かうこととなる。
そこで赤、黄、青ピクミンに加え、新たに紫、白ピクミンの力を得て借金返済額までお宝を集め、一旦はホコタテ星へ帰還したが、途中、ルーイが失踪、行方不明となり、新たにホコタテ運送の社長と共に三度、未開の星へ戻り、これまでのエリアに加え新たな探索エリアにて残りのお宝を集めつつ、遂にルーイをとある地下洞窟の深奥部にて発見、保護しようとするが、巨大な怪虫ヘラクレスオオヨロヒグモが出現、5色のピクミンを一掃可能なお宝を用いた強力な攻撃を前に苦戦を強いられながらも撃破し、ルーイを救出、無事にホコタテ星へ帰還した。