丹波亀山藩
明智光秀は織田信長より丹波攻略を命じられると、まず亀山盆地に進出する。天正5年(1577年)に丹波亀山城を築いて入部したのが、亀岡の近世的な始まりといわれる。天正7年(1579年)に波多野秀治が討たれて丹波が織田領になると、その功績により光秀は信長より近江坂本城と丹波1国の領有を許された。しかし天正10年(1582年)6月、光秀は本能寺の変を起こして信長を殺し、自らも信長の家臣・羽柴秀吉(豊臣秀吉)に討たれ、明智氏は滅亡した。
その後の清洲会議で羽柴秀吉が織田氏の主導権を握ると、亀山城は信長の四男で秀吉の養子となっていた羽柴秀勝(於次)が入城する。天正13年(1585年)に秀勝が早世すると、秀吉の甥に当たる豊臣秀勝(小吉)が代わって入部した。天正18年(1590年)に徳川家康が関東に移封されたため、豊臣秀勝が甲斐に入部することになると、亀山城は様々な武将が短期間で城主が変わった。秀吉の甥で養子となった羽柴秀秋(小早川秀秋)もその1人である。
文禄4年(1595年)に豊臣政権下の京都所司代であった前田玄以が亀山城に入部する。慶長5年(1600年)、関ヶ原の戦いでは前田玄以はやむを得ず西軍に加わったが、家康に西軍の情報を内通していたため、戦後に家康より所領安堵を受け、ここに丹波亀山藩が成立した。慶長7年(1602年)5月、前田玄以が死去すると、後を子の前田茂勝が継いだが、茂勝は丹波八上藩に移封され、亀山藩は天領となる。
慶長14年(1609年)、徳川氏譜代の家臣である岡部長盛が下総山崎藩から移封され、亀山藩が再立藩された。長盛が亀山藩に入ったのは、大坂藩の豊臣秀頼への対策の1つでもある。この岡部時代に亀山城下町の原型が出来上がったとされる。