土浦城
廃藩置県の2年後、1873年(明治6年)1月に、太政官符令第84号で土浦城は廃止された。本丸御殿は新治県の県庁、後に新治郡の郡役所として使われた。本丸の他の建造物もほとんど残されたが、土塁上の塀は取り壊された。二の丸以下の建物は外丸御殿を除いて取り壊され、堀が埋められた。
1884年(明治17年)に火災で本丸御殿が失われた。このとき損傷した本丸東櫓と鐘楼が撤去された。11月に郡役所の建物が御殿跡に建てられた。1899年(明治32年)に本丸と二の丸南側が亀城公園になった。
1949年(昭和24年)、キティ台風の被害を受けた西櫓は、1950年(昭和25年)、復元するという条件つきで解体された。解体時の復元予定は長く実現しなかったが、1992年(平成4年)に保管されていた部材を用いて復元された。
1998年(平成10年)には東櫓が土浦市立博物館の付属展示館として復元された。
2011年(平成23年)3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)の影響を受け、太鼓櫓門、東櫓、西櫓とすべての建造物が破損した。とくに東櫓、西櫓は白壁の欠落など大きく破損し、東櫓展示館も閉館を余儀なくされた。
2012年(平成24年)6月22日までに、櫓門、東櫓、西櫓、土塀などの修復工事が終了。同30日から順次、一般公開が再開された。
2017年(平成29年)4月6日、続日本100名城(113番)に選定された。
元和3年(1617年)に松平信吉が上野国の高崎に転じると、土浦には西尾忠永が入った。忠永の子忠照は元和6年(1620年)から7年かけて西櫓と東櫓を作らせ、元和8年(1622年)には本丸の正門を櫓門に改めた。これにより本丸は水堀と柵つきの土塁、三つの櫓で守られるようになった。
慶安2年(1649年)に西尾忠照は駿河国の田中に移った。かわって朽木稙綱が城主となり、明暦2年(1656年)に櫓門を現在ある形の太鼓櫓門に改築した。万治元年(1658年)には英庫と焔硝倉を建造した。万治元年には搦め手門と外記門を瓦葺きにした。朽木種昌の代において、土塁上の塀をすべて瓦葺に改めた。
寛文9年(1669年)に土屋数直が入った。土屋家は元来武田家の家臣で、武田家の滅亡後家康に仕え、数直の代に大名になった。後述の松平信興の時代を除いて、これ以後江戸時代を通じて土浦城の主は土屋家であった。延宝6年(1678年)に二の丸に米倉が建てられた。
松平信興時代の貞享2年(1684年)には大改修が実施され、松平家臣・山本菅助(4代、晴方)が奉行を務めた。菅助晴方は戦国期の甲斐武田家の家臣山本菅助(勘助)の子孫で、大手口・搦手口は武田流の築城術により普請している。
天和2年(1682年)から貞享4年(1687年)までは、松平信興が城主であった。信興は貞享2年(1685年)に兵庫口と不破口を作り、門を建てた。また、本丸の霞門を改築し、翌年にかけて水戸口の虎口を改良して二重丸馬出虎口とした。