長崎連隊区
1888年5月14日、陸軍管区表(明治21年勅令第32号)が制定され、長崎大隊区の管轄区域は次のとおり定められた。
長崎県
長崎区・西彼杵郡・東彼杵郡・北松浦郡・南高来郡・北高来郡・壱岐郡・石田郡
佐賀県
東松浦郡・西松浦郡
1890年5月20日、管轄区域が変更され、佐賀県区域を佐賀大隊区へ移管し、長崎区を長崎市に変更した。
1896年4月1日、大村連隊区へ改組された際に管轄区域の変更はなかったが、郡制施行による郡の統廃合により陸軍管区表が改正(明治29年12月4日勅令第381号)され、1897年(明治30年)4月1日、壱岐郡・石田郡を壱岐郡に変更した。変更後の管轄区域は次のとおり。
長崎県
長崎市・西彼杵郡・東彼杵郡・北松浦郡・南高来郡・北高来郡・壱岐郡
1903年2月14日、管轄区域に佐世保市が加えられた。
1907年10月1日、佐賀連隊区の再設置などに伴い、管轄区域を次のとおり変更した。五島警備隊区の廃止により、その旧管轄区域、南松浦郡を編入。また、北松浦郡・南高来郡を佐賀連隊区へ移管した。
長崎県
長崎市・佐世保市・東彼杵郡・西彼杵郡・北松浦郡・壱岐郡・南松浦郡
1913年(大正2年)12月1日、壱岐郡を福岡連隊区へ移管した。
1925年5月1日、佐賀連隊区の廃止などにより管轄区域が変更された。福岡県連隊区から壱岐郡・上県郡・下県郡を、旧佐賀連隊区から南高来郡・北高来郡を編入して、長崎県全域の管轄となった。その後、1941年に長崎連隊区と改称するが、管轄区域は廃止されるまで変更がなかった。