らい予防法違憲国家賠償訴訟
そしてその判決が2005年(平成17年)10月25日言い渡されたが、判決は真っ二つに分かれた。小鹿島は棄却処分を取り消さない(訴えを認めない=補償法による補償はしない)、楽生院は棄却処分を取り消す(訴えを認める=補償法による補償をする)、ということになったのである。
これを受けて小鹿島の原告らは10月26日、棄却処分を取り消さないとした25日の東京地裁判決を不服として東京高裁に控訴した。また川崎厚生労働相は2005年11月8日の会見で、棄却処分を取り消すとした台湾訴訟について東京高裁に控訴することを正式に表明した。
その後原告側は台湾訴訟の控訴の取り下げを求めると共に、両訴訟の政治的判断による早期解決を求める活動を進めた。この間にも高齢の原告団の中には、亡くなる人が続出していて、一刻も早い解決が必要な状態であった。
その後、与党では補償額を国内入所者の水準に合わせて「一人800万円」とするハンセン病補償法の改正案を、2006年1月20日からの通常国会に提出する方針を決め、一方、厚生労働省は(韓国、台湾の)ほかにパラオ、サイパン(米国)、ヤップ(ミクロネシア連邦)、ヤルート(マーシャル諸島)の4地域についても調査をし、必要に応じて追加するという方向性を打ち出した。
熊本地裁への第1次提訴が実現したのは、九州のある入所者が九州弁護士会に書いた一本の手紙からだった。この入所者は手紙の中で、長年にわたって法曹界が「らい予防法」に無関心だったことを批判していた。この批判は的を射たものであって、後の「ハンセン病問題に関する検証会議・最終報告書」の中でも、長年に渡って法曹界が無関心であり続けたと書かれている。
弁護士会はこの手紙にすぐに反応し弁護団を結成、菊池恵楓園・星塚敬愛園の2か所の療養所を弁護士が訪問して、裁判の原告となるよう直訴、その結果13名が原告となり、国家賠償請求訴訟を起こすことに同意した。熊本地裁への第1次提訴は、1998年 (平成10年) 7月31日のことである。当時全国のハンセン病療養所には約5千人の元患者が暮らしていたが提訴に躊躇する人が大半で、わずか13人 (国立療養所星塚敬愛園療養者9名と国立療養所菊池恵楓園療養者4名) からの出発だった。
一方、熊本地裁への第1次提訴と同時期に、それとは別個に群馬県の国立療養所栗生楽泉園でも国賠訴訟の動きが出ていた。
1995年(平成7年)5月12日に、ハンセン病予防事業対策調査検討委員会は中間報告書を厚生省に提出、午後に開かれた稲葉博厚生省エイズ結核感染症課長との共同記者会見の席上で、同課長が、この中間報告書の提言により、厚生省内にらい予防法見直しのための検討会を設置し、できればその意見によって、翌年の春に国会に見直しのための法律案を提出したい旨の発言を行い、厚生省が正式に見直しの検討に入ることになった。
らい予防法見直し検討会は、第1回目の会合が同年7月6日に開かれ、以後8月10日、9月14日、10月16日、10月25日、11月13日、11月24日、12月8日と計8回開かれた。
1995年12月8日にようやく最終報告書がまとまり、らい予防法廃止が確定的な状況になったが、この報告書では国として元ハンセン病患者に対して謝罪することを求めていなかった。そのため、元患者からは不満の声が出ており「謝罪しないのならば、法廃止を先伸ばしせよ」という声まで挙がっていた。
厚生省では、国が謝罪しないという不満をなだめるために、保険医療局長松村明仁ほか関係課長が手分けして、報告書の説明と称して事実上の謝罪のために全国の13か所の療養所に出向いた。大谷藤郎によると、元患者にはおおむね好意的に受け止められたという。