東よか干潟
鳥獣保護区のそばを含め、有明海全域のノリ漁場ではカモ類によるノリの食害が発生しており、俗に「バリカン症」と呼ばれている。いくつかの手段があるが、「囲い網」の設置による侵入防止は、効果が認められかつカモ類の保全に配慮できる。しかし、一部だけ対策を行えば対策をしていない漁場に被害が集中するため、多大なコストと手間がかかり現実的ではないとされる。そのため、音や超音波を発する爆音機を用いた漁場からの「鳥追い」が広く実施されているほか、一部では船上から猟銃を用いた捕獲(有害鳥獣捕獲)も行われている。
このほか、周辺の干潟の消失に伴う水鳥の「過密化」のリスクも懸念されている。
ダイゼン、メダイチドリ、ハマシギ、ミヤコドリ、ダイシャクシギ、アオアシシギ、シロチドリ
サルボウガイ、ハイガイ(環境省レッドリスト 絶滅危惧II類) 、ウミタケ(同II類)、ヘナタリ類、ゴカイ類など