徳島インディゴソックス
2007年の観客動員は前年の167%増の1試合平均1017人(出典:2007年11月1日徳島新聞)と、観戦者が増加していた。 2008年は前期こそチケット・グッズ売上が前年比30%増と好調だったのに対し後期は低迷し、観客動員は前年より約3%減の1試合平均991人にとどまった。(出典:2008年9月25日徳島新聞)
2009年の入場者数は前年比1万0140人減の2万9518人(1試合平均738人)と20%以上の減少となった。2009年10月30日のリーグ首脳の記者会見によると、売上高5100万円に対して収支は4100万円の赤字となる見込みとされた。
2010年3月10日、球団首脳とリーグの鍵山誠CEOが徳島市で開いた記者会見で、「3月31日をもって出資者であるユーセイホールディングスが球団の運営・経営から撤退すること、4月以降は当面リーグが直接経営・運営をおこないながら新たなスポンサー獲得に努めること」が発表された。会見の中でユーセイホールディングスの手束直胤社長は、4年間での累積赤字が1億5千万円にのぼることを明らかにし、不況の中で安定したスポンサー収入が見込めなかったことや、県民に幅広く浸透することができず苦しんだと語った。鍵山CEOは「この1年間にスポンサーが見つからない場合は球団の活動休止もあるかもしれないが、そうならないように最大限努力する」と述べた。
1月24日、鈴木康友の野手コーチ就任が発表された。
1月31日、張泰山の昨シーズン限りでの退団が発表された。
2017年シーズンより、リーグの他球団とともに、アンダーアーマー社による新デザインユニフォームに変更となった。
前期は序盤リードした高知を追う展開となった。5月上旬に7連勝(2引き分けを挟む)を挙げ、この間の5月7日に高知を抜いて首位に浮上した。その後は首位を譲ることなく、5月22日の香川戦に勝って5期ぶりとなる前期優勝を達成した。チームの打率・防御率・得点・盗塁などの指標でリーグトップとなり、全球団に勝ち越した。
後期について、開幕前に監督の養父は「(リーグチャンピオンシップへの出場権は得たので)思い切ったこともしてみたい。これまで投げていなかった投手を先発させたり、打順を代えたり」といったコメントもしていた。開幕から5連敗(1引き分け含む)を喫する。接戦となった中で勝率5割未満ながら残り3試合の時点で優勝の可能性が残っていたが、香川と引き分けて消滅、最終戦の高知戦に敗れて最下位となった。年間勝率は1位ながら、前期優勝チームが後期最下位となるのはリーグ史上初である。また、半期優勝を達成しながら、個人タイトル獲得者を出さなかった(2009年の長崎以来、リーグで3例目)。
好機や押せ押せムードのときには阿波踊りの伴奏で使われる鉦(かね)を使った応援も行われ徳島らしさを出している。
鳴り物を用いて応援をリードするのは、公認私設応援団「インディゴスパイダー」。同様に、公認私設応援団「IBS(インディゴブルーサポーターズ)」があるが、こちらは球団ボランティアの補助やイベントの企画などを行うサポーター。(いずれも2005年に発足) また、2008年より本拠地となった阿南市では商工会議所青年部を主体とする私設応援団「インディゴ侍」が同年より活動しており、2009年からは公募によるマスコットガール「インディゴ姫」も加えた応援をおこなっている。
バラエティ番組の企画で応援歌をはなわに作ってもらったこともあった(公式ソングとなっているかどうかは定かではない)。
前期はリーグトップだった選手の指標も年間通算では盗塁を除いて順位を下げ、監督の養父は「9月以降、思うように勝てなかった」と最終戦後の挨拶で述べた。後期に退団した外国人選手の穴が既存の若手選手では埋まり切らず、得点力が下がったと指摘されている。
4年ぶりに香川との対戦となったリーグチャンピオンシップは、第2戦に敗れたものの、投手力で香川打線を封じて3勝1敗で3年ぶり4度目の年間総合優勝を達成した。斉藤浩行、島田直也に続いてNPB指導歴を持たない監督でリーグ優勝を勝ち取っている。
信濃グランセローズとの対戦となったグランドチャンピオンシップは、第4戦までビジター・ホームで星を分け合う展開となったが、降雨コールドゲームとなった第5戦に勝利して、3年ぶり2度目の優勝を飾った。
10月27日のプロ野球ドラフト会議で、伊藤翔が埼玉西武ライオンズから3位で、また大藏彰人が中日ドラゴンズから育成1位で指名を受けた。指名は5年連続となり、伊藤は角中勝也(高知→ロッテ)以来となる「高卒一年目で支配下枠指名を受けた独立リーグ選手」となった。
シーズン終了後、11月18日に野手コーチの鈴木、11月27日に監督の養父の今シーズン限りでの退団をそれぞれ発表。養父は11月29日に会見を開き、退任後も選手のスカウティング等に関して球団に助言をおこなうと述べた。12月1日、来季監督に元埼玉西武ライオンズコーチの石井貴の就任が発表された。
シーズン開幕前の2月20日に、新コーチが衣川幸夫と深谷亮司に決定した。
3月1日付でリーグ直営からIBLJ全額出資の徳島インディゴソックス株式会社に運営が移管され、7月までに徳島県の企業であるユーセイ・ホールディングスが全株式を取得した。
コーチのほか、前年オフに捕手全員を含む選手の大量解雇を行い、大幅なメンバー入れ替えを行った。しかし、エースの角野雅俊のケガによる出遅れや前年活躍した番場由樹の不調で投手陣は手薄になり、チーム編成に大きな誤算が生じた。また捕手は経験不足が響き、投手を支えることができなかった。攻撃面では入団2年目の選手が伸び悩み、機動力を活かすことができなかった。先発投手の佐藤広樹、渡邊隆洋やストッパーの小林憲幸が好投を見せるなど明るい材料もあったが、前期、後期とも最下位に終わった。個人タイトルは小林が11セーブをあげ、最多セーブポイントを獲得した。
9月22日から10月12日まで、元メジャーリーガーの多田野数人がスポット参戦(短期在籍)。
シーズン終了後、小野和幸監督と来季の契約を結ばないことを発表した。後任には元広島東洋カープの白石静生が就任した。
2006年10月11・12日にアメリカの独立リーグチームであるセントポール・セインツと交流戦を開催した(結果はセインツの2勝)。
ホームスタジアムは発足当初は徳島県鳴門総合運動公園(オロナミンC球場)で、試合によっては徳島県営蔵本球場(命名権により、2011年 - 2020年はJAバンク徳島スタジアム、2021年からはむつみスタジアム)を兼用していた。2006年には香川県のさぬき市志度総合運動公園野球場で1試合をホームゲームとして開催している(当初からの日程)。
その後、2007年5月20日に徳島県南部健康運動公園(アグリあなんスタジアム)がオープンした。同球場は徳島県で初めて硬式野球の夜間公式戦に対応した球場で、交流戦を除く2007年の平均入場者数はこの3球場では最多となった。
2008年のシーズンはホームゲーム40試合のうち23試合をアグリあなんスタジアムで開催する一方、オロナミンC球場での開催は3試合にとどまり、実質的に本拠地を移動させた形になった。県営蔵本球場では引き続き15試合が開催された。また、2007年より三好市の吉野川運動公園野球場でも公式戦を開催している。
2009年もアグリあなんスタジアムでは主催試合の過半数となる21試合を開催したが、2010年については観客動員数の減少などを理由に主催試合38試合のうち吉野川運動公園野球場の2試合と佐世保野球場1試合(雨天代替)を除く35試合をアグリあなん14・蔵本12・オロナミンC9の割合で実施した。