湊城
しかし、それに反発した湊安東家配下の国人の一部が反乱を起こした。この反乱は愛季が鎮圧し、湊城に入ることによって両家を統合したが、このときはまだ安東氏の拠点は檜山城であった。愛季が亡くなり、子の実季が家督を継ぐと、茂季の子通季が反乱を起こしたが、実季はこれに勝利し、秋田郡の支配権を確固たるものにした。(一連の戦いの詳細は湊合戦を参照)
この後、実季は拠点を檜山城から湊城に移し、慶長4年(1599年)から湊城の大規模な改築を行った。この改築は、使用した材料や費用、日数等が書かれた詳細な記録が現存しており、新築に近いとする見解もある。江戸中期の資料には、湊城の跡地や門の位置について記載された記録があり、二重の水堀をめぐらした平城であったとされる。慶長6年(1601年)に完成したが、実季はその翌年慶長7年(1602年)に常陸宍戸に転封となり、かわりに秋田転封となった佐竹氏の佐竹義宣が入城した。しかし、安東氏の領地は5万石程度であったが佐竹氏はその約4倍、20万石の大名であったため、家臣団の屋敷なども構えるとなると湊城は狭く、また拡張の余地も少なかった。そこで、義宣は慶長9年(1604年)に久保田神明山の地に新たに久保田城を建設してそちらに移り、湊城は破却された。元和6年(1620年)には跡地に土崎神明社が建てられている。
湊城は平城であったため、取り壊し後の土地はその多くが町人の屋敷となり、江戸時代における土崎湊町の隆盛の基盤となった。