欧州のための憲法を制定する条約
第II部では欧州連合の市民としての基本権について定めている。1999年から2000年にかけてローマン・ヘルツォークを議長とするコンベンションの下で欧州連合基本権憲章が作成されていたが、従来基本条約として扱われていなかったこの憲章も欧州憲法条約の一部として統合することになった。欧州連合基本権憲章は欧州人権条約に沿った形のものとなっており、基本権の定義のほとんどは欧州人権条約に由来するものである。
欧州憲法条約では第I-44条において「強化された協力」が新たに制度化された。この制度化は、ある行動計画が欧州連合全体として実施することができない場合における複数の一部加盟国での統合の措置と解釈されている。
強化された協力のモデルとなっているのはシェンゲン協定と経済通貨統合であり、これらはほかの欧州連合の統合過程に先駆けて一部の加盟国ですでに実施されているものである。欧州憲法条約でははじめて、必要な場合において欧州連合の統一された法令や基本法の枠組みにおいて実行にずれが出るような統合についての手続が規定された。加盟国の3分の1が集まった場合において、その参加国は自らのみに有効な法令を定め、欧州連合の機関を利用することができるようになった。また強化された協力の新しい特殊形態として第I-41条第6項に規定されている、共通外交・安全保障政策の枠組み内における、恒久的な構造化された協力がある。
欧州憲法条約による変更では外務理事会と連合外相職が新設される。従来加盟国の外相は総務・対外関係理事会において連合の全般的な事案や外交政策について協議してきたが、欧州憲法条約の第I-24条では「総務理事会」と「外務理事会」に分けることを定めた。
総務理事会の議長は従来と同じく議長国の閣僚が半年後との輪番制で務めることになっているが、外務理事会の議長は新設される連合外相が務めることになる。連合外相は任期を5年とし、欧州理事会における特定多数決で任命される。
この変更により、従来行われてきた欧州連合の外交についての調整という問題が解消される。少なくとも相手に通告するということをせずに独断的な決定を行うということが頻繁にあったため、これまで政府間での調整不足がたびたび起こっていた。