京葉車両センター
不足分は、京葉タイプ前面車M61編成の改造で賄い、編成を5000番台化、1ユニット(モハ205・204-393)はM32編成へ組込み、残りの6両は東京総合車両センターからサハを組込み、編成を6M2T→4M4Tに組成して、M35編成と改番した。その際、モハ204-393を種車として改造予定のモハ204-5064に搭載するMGが改造完了まで間に合わないため、種車をモハ204-392に振り替え、ユニットを分解された。そのため、M32編成のモハ205・204-5064の種車はモハ205-393+モハ204-392、M35編成のモハ205・204-5069の種車はモハ205-392+モハ204-393となった。2005年4月6日に、M5・M10・M17編成の相互間で、また、同年10月頃にM23・M26編成とでMM'車の差替えが実施された。
2009年3月18日のダイヤ改正に伴い、横浜線増発用にM66編成を捻出、その補充分として2008年12月5日と17日に京葉線用10両編成の内8両(詳細は前述)を5000番台化して、M36編成として運用を開始した。2012年度に、M28 - M36編成の行先表示器を幕式からLED表示器に換装した。
5000番台のPT Kereta Commuter Indonesiaへ譲渡に伴う廃車は、2018年3月3日のM24編成から始まり、2018年が10編成、2019年が11編成(前述の0番台を含めると18編成)、2020年は14編成が廃車された。最後に残ったM20編成が2020年10月19日に武蔵野線での運用を終了し、同年10月21日付で廃車。