原木栽培
枯死した切り株を菌床として直接種菌を接種する方法で、既に雑菌が取り付き変色した切り株は利用しない。長木栽培と同じく山間部での栽培に適し、発生させるキノコが生育する条件を満たした環境であることが必須条件となる。ほとんどの広葉樹が利用でき、栽培可能な菌種も幅広く、キノコ発生の成功率は約60 %程度。条件が良ければナメコなどでは 3〜7年程度の収穫も行える。直径30 cm以上の切り株は長期間の発生が期待できる。「伏せ込み」作業を省くこともできる。
古川久彦; 野淵輝『栽培きのこ 害菌・害虫 ハンドブック』(増補・改訂)全国林業改良普及協会、1996年3月。ISBN 4-88138-049-4、ISBN 978-4-88138-049-9。http://ringyo.tempo.ne.jp/e_shoppy/www/list.cgi?id=G000100022S00。2021年11月30日閲覧。
最も野生に近い栽培方法。切り株に直接菌を付ける方法から、一定の長さに切断した「榾木(ほだ木)」を用いる方法などがある。一般に原木栽培と言えば、普通榾木栽培を指すことが多い。基本的に、野生のキノコが生えるのと同じ環境が必要なため、ほとんどが山林で(近年は一部、廃トンネルなど)自然のサイクルに合わせ育成(栽培)される。従って、収穫時期は各々のキノコ固有の時期になる。ゆえに気象条件だけでなく害虫や有害菌などの外部環境の影響を受けやすく、収量と品質は安定しにくいが、天然条件と変わらない方法で栽培されるため、食味は天然と同じといえる。販売される際は『原木栽培』の表示がされる。
原料木の加工状態で原木栽培は幾つかに分類される。
切り倒した切り株を使う「伐根栽培」
切り倒した幹の枝を切り払い使う「長木栽培」
100 cm程度に切断した木を使う「普通原木栽培」
15〜20 cm程度に切断した木を使う「短木栽培」と、短木を加熱殺菌した「殺菌原木栽培」
法がある。
一般的に、生の木は木材腐朽菌の成長を阻害する物質を含むため適さないとされている。原木の伐採後は数ヶ月間乾燥させ、種菌を接種し天然と同じ様な環境に置き、翌年秋の発生を待つ。