皇居の生物相
また樹林帯に生息する種は、奥多摩や神奈川県内の丘陵地にある自然林などで見られるものの、都市部ではほとんど見られなくなった種が多く見出された。これは江戸城の建設以前からの生き残りである可能性もあるが、いったん宅地化され、その後も庭園やゴルフ場などが作られた後、昭和23年(1948年)以降、武蔵野の自然を蘇らせることを願った昭和天皇の希望により多くの植物が移植された経過を考えると、移植に伴い外部から持ち込まれた種である可能性も否定できない。
皇居内で生息が確認された陸産貝類の中で最も興味深い種は新種と考えられるコオオベソマイマイ類の一種と、絶滅危惧種であるヒログチコギセルである。ヒログチコギセルは海岸付近に見られる、環境の変化に脆弱な種であるとされている。前述のような理由から皇居内の分布は自然分布ではない可能性もあるが、現在の皇居がかつて海岸沿いにあった時代から生き残ってきた可能性もある。このような都市部ではほとんど見られなくなった陸産貝類が多産することからも、皇居の陸産貝類相が豊かであることを示している。
皇居は東京都千代田区のほぼ中央に位置している。面積は約115ヘクタールあり、周囲は濠と市街地に囲まれ、生物多様性において「島」のようになっている。皇居は乾濠、蓮池濠によって東と西に分けられる。東はかつて江戸城の本丸、二の丸、三の丸があった場所で、現在は皇居東御苑となっている。西側は御所などがある吹上御苑、宮殿、宮内庁などがあり、中でも現在豊かな自然環境が見られるのは吹上御苑である。
皇居は北側の荒川、入間川水系、南側の多摩川水系に挟まれた武蔵野台地の先端部にあたる、比較的平坦な淀橋台の北東部に位置している。場所によっては標高30mを超えており、かつて都内の高層の建物が発達していなかった頃は東京都東部や千葉県方面を望むことができた。また皇居の吹上御苑内で最も標高が低いのは下道灌濠(標高約8m)である。
皇居の周囲は濠に囲まれており、西側と北側は濠によって武蔵野台地の先端部にあたる淀橋台から切り離されている。また皇居の東部は濠を挟んで低地帯と接している。また皇居内にも道灌濠などの濠が存在する。いずれの濠も自然地形ではなく人工的に構築されたものと考えられ、濠の建設に使用された外部から移入された大量の石材が確認できる。
皇居の隣にある気象庁での気象観測によれば、皇居付近の年平均気温は約15度で比較的温暖な気候であると言えるが、夏季の最高気温と冬季の最低気温との寒暖の差は約30度と比較的大きい。また降水量は夏季から秋季にかけて多く、冬季には少ない。
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このときの工事によって現在も吹上御苑内にある約1ヘクタールの大きさの大池や、大滝と滝下の流れが造られたと考えられている。そしてこの頃以降、現在の吹上御苑付近は田地、広芝、新構の3地区に分けて呼ばれるようになった。新構は南側の地域に当たり、現在は生物学御研究所、賢所、桑畑などがある地域である。田地は北部の比較的標高が低い場所で、名前の通り江戸時代には一部地域が水田とされ、米が毎年10俵ほど収穫されたという。広芝は新構と田地の中間に位置し、やはり名前の通り広い芝地が中央にあって、将軍の武術鍛錬や閲兵などに使用されていた。
徳川吉宗の時代となると、実用主義を重んじた吉宗の考えにより、多くの庭園設備は壊され、学問所や天文所、馬場や鉄砲所、そして酒や砂糖などの食品製造施設などが建てられ、クリ、ハゼノキ、サツマイモなど商品作物が植えられた。いったん装いを新たにした吹上御苑であったが、吉宗の建設した実用的な施設はやがて廃絶した。化政文化で知られる徳川家斉の時代には再び庭園としての整備が大規模に進められ、更には全国から名所の松の苗木を40本取り寄せて、山吹の流れ沿いに植えるなどした。その後、江戸時代末期にかけては吹上御苑を手入れする余裕もなかったらしく、大きな変化は無かったとされる。
皇居からは縄文土器が採集されたことがあり、また皇居東御苑の、かつて江戸城天守台があった付近には、昭和30年代まで貝塚があったことなどから、縄文時代には現在の皇居付近には人が居住していたものと考えられている。
平安時代末期には江戸氏が江戸に居館を定めたと伝えられているが、現在の皇居がある地に居館があったかどうかは明らかになっていない。室町時代の康正2年(1456年)、太田道灌が江戸城の築城を開始し、翌長禄元年(1457年)に完成したと伝えられている。その後、大永4年(1524年)になって北条氏綱が江戸城を落城させた後は北条氏の家臣である武蔵遠山氏が城主となっていた。小田原征伐により北条氏が戦国大名としては滅亡した後、徳川家康が天正18年(1590年)に江戸城に入城し、家康の本拠地となった。家康入城当時の江戸城は土塁のみで石垣は無く、また江戸城東側の日比谷付近まで海(江戸湾の日比谷入江)であった。現在の西の丸付近は山王社があって地域の信仰や行楽地であったといい、また現在の吹上御苑付近には局沢(つぼねさわ)と呼ばれ、仏教各宗派の16もの寺があった。これは江戸城の寺町としての機能があったものと考えられている。
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「皇居の生物相 II : 植物相」『国立科学博物館専報』第49号 岩科司、樋口正信、門田裕一、田中法生、細矢剛、保坂健太郎、大村嘉人、辻彰洋 ほか「皇居の生物相 : II. 植物相」『国立科学博物館専報』第49号、国立科学博物館、2014年3月、1-4頁、NAID 40020056169。 中田政司、門田裕一「皇居にのみ現存する園芸植物カモメギクの細胞学的観察」『国立科学博物館専報』第49号、国立科学博物館、2014年3月、5-10頁、NAID 40020056242。 谷口研至、草場信、中田政司、門田裕一「カモメギクの葉形と頭花はキクタニギクの変異に含まれる」『国立科学博物館専報』第49号、国立科学博物館、2014年3月、11-15頁、NAID 40020056348。 谷口研至、本原宏志郞、草場信、中田政司「NCED3a遺伝子からみたカモメギクとキクタニギクの系統関係」『国立科学博物館専報』第49号、国立科学博物館、2014年3月、17-22頁、NAID 40020056575。 上原歩、門田裕一、岩科司「皇居にのみ生育するカモメギクとキクタニギク(キク科)のフラボノイド組成の比較」『国立科学博物館専報』第49号、国立科学博物館、2014年3月、23-28頁、NAID 40020056724。