南西方面艦隊
1945年(昭和20年)1月初頭、連合軍は大船団をルソン島リンガエン湾に派遣し、6日より同湾への艦砲射撃を開始した。 1月8日、日本海軍は第13航空艦隊を南西方面艦隊よりのぞき(大川内長官は兼務職をとかれ、南西方面艦隊長官専任)、第一南遣艦隊司令長官田結穣中将の兼任とした。同日附で第二航空艦隊も解隊された。
マニラの海軍守備隊は陸軍の方針に従わず、2月初頭以降のマニラ市街戦により壊滅、第31特別根拠地隊司令官岩淵三次少将(マニラ海軍防衛部隊指揮官)は2月下旬に戦死した。
2月5日、遊兵化した東南アジア方面の部隊を再編するため、日本海軍は第五艦隊(司令長官志摩清英中将)を解隊する。第五艦隊残存戦力を基幹として、第十方面艦隊(司令長官福留繁中将)が新編された。第一南遣艦隊・第二南遣艦隊・第四南遣艦隊・第十三航空艦隊は第十方面艦隊に移管した。 3月10日には第四南遣艦隊が解隊された。
1945年(昭和20年)5月8日、第一航空艦隊は連合艦隊に復帰した(6月15日附で解隊)。 5月29日に小沢治三郎中将が連合艦隊司令長官に就任した。小沢中将と大川内中将(南西方面艦隊司令長官)は海軍兵学校同期生だったが、大川内の方が先任順位が上であった。先任者を後任者の指揮下に入れないという日本海軍の慣例のため、南西方面艦隊は小沢の指揮系統からはずされて、大本営直轄部隊に切り替えられた。最終的に南西方面艦隊が指揮したのは、第三南遣艦隊のみになっている。終戦時にはセブやミンダナオなどの主要拠点を失い、壊滅状態に陥っていた。