タマホコリカビ類
一方でタマホコリカビ類のアメーバ細胞は、変形菌 (真正粘菌) (および原生粘菌の一部) と類似しており、これらの生物群が近縁であることも示唆されるようになった。この系統群は、動菌類 (菌虫類 Mycetozoa) または真正動菌類 (Eumycetozoa) とよばれる。
やがて20世紀末以降の分子系統学的研究により、細胞性粘菌を含む広義の変形菌門 (粘菌) が菌類とは系統的に無関係であることが確認されると共に、細胞性粘菌が多系統群であることも示された。初期の分子系統学的研究では、タマホコリカビ類は真核生物の初期分岐群であることが示され、またタマホコリカビ類と変形菌の近縁性は支持されていなかった。これは、不均一な進化速度、GC含量の偏り、不十分なサンプリングなどによる人為的な結果であると考えられている。やがて分子系統学的研究の発展と共に、タマホコリカビ類は真核生物の大系統群の1つであるアメーボゾアに属し、特に変形菌 (真正粘菌) や原生粘菌の一部 (ツノホコリ類) に近縁であることが示されるようになった (つまり上記の動菌類/真正動菌類の単系統性がおおまかには支持されている) (右図)。
分類学的には、タマホコリカビ類は、アメーボゾア門内の独立綱であるタマホコリカビ綱 (学名: Dictyostelea, Dictyosteliomycetes) として、または真正動菌綱の1亜綱、タマホコリカビ亜綱 (学名: Dictyostelia, Dictyosteliomycetidae) として分類される (2020年現在)。
伝統的には、タマホコリカビ類は子実体の柄の特徴に基づいて以下の3属に分類されていた。
しかし21世紀以降の分子系統学的研究によって、この分類が系統を反映したものではないことが示されている (下図)。ムラサキカビモドキ属 (旧義) は2つの系統群に分かれ、明らかに多系統群である。またタマホコリカビ属 (旧義) は、系統的にタマホコリカビ類の大部分を占めており、この属の特徴 (細胞性の非分枝柄) がタマホコリカビ類の原始形質であることを示している (つまりこの意味でのタマホコリカビ属は側系統群)。古くはエツキタマホコリカビ属の様な非細胞性の柄が原始的な特徴であると考えられていたが、分子系統学的研究からはこのことは支持されていない。
タマホコリカビ類の分類では、細胞の集合様式 (ストリームの有無や程度)、移動体の有無、子実体の生え方 (単生、群生)、子実体の柄の組成 (細胞性、非細胞性)、柄の分枝、柄の基部の構造、柄の先端の形態、胞子の形態や顆粒の特徴、アクラシンの種類などが用いられる。タマホコリカビ類の分類学的研究は、James C.