神社本庁
神祇院は占領軍の圧力を想定せず、神社非宗教の立場で現体制を維持出来るものと思っていたが、「神道指令」の発布と同日に廃止された。一方で、葦津珍彦は厳しい弾圧があると想定しており、皇典講究所の吉田茂(“大磯の吉田”こと、のちの内閣総理大臣の吉田茂は同姓同名の別人)、神宮奉斎会の宮川宗徳とともに打開策を探っていた。
1945年(昭和20年)10月25日、葦津の「神社制度改革に対する私見」が、大日本神祇会、皇典講究所、神宮奉斎会の関係者に提示され、民間主導により、神社界の生き残りをかけた話し合いの場がもたれる。葦津案は、「正確な情報の伝達と統一ある処理を行う全国組織の構築」、「各神社の緩やかな連合体としての神社連盟」、「この神社連盟には教義についての採決権を与えない」とする内容であった。11月7-8日に、第2回の民間三団体の合同懇親会が開催され、「三団体は合同する」、「準備事務局を神祇会館に設ける」、「合同についての原案を作成して審議会を開催する」という3点が可決された。しかし、11月13日に、一つの宗教団体のように教義採決権や傘下神社の人事権をもつとする、大日本神祇会の「神社教(仮称)教規大綱案」が、設立準備審議会に提出される。これに対し、葦津は、「教義を固定化することは神社神道の本質に反し、占領下で強力な中央集権組織を造れば占領軍の干渉に有利に働く」と主張し、大日本神祇会案に強く異議を唱える。
明治末期になると、皇室祭祀関連の規定も整備され、大正に入ると全国神社の祭祀・祭式の形式も整う。
1917年(大正6年)、 日本基督教会が「神社に関する決議」声明により神社非宗教論を否定した。
1918年(大正7年)、今泉定助が皇典講究所の理事に就任し、國學院を拡充したうえ翌年國學院大學と改称。1920年(大正9年)に國學院大學は旧制大学に昇格した。今泉は1921年(大正10年)には神宮奉斎会の会長になった。
昭和期に入り、1938年には日本大学皇道学院が設立され今泉定助が院長に就任。1940年に神祇院が設置される。
1945年(昭和20年)10月4日に、連合国軍最高司令官総司令部(GHQ/SCAP)が「思想、宗教、集会及言論の自由に対する制限」を撤廃し「天皇、国体及日本帝国政府に関する無制限なる討議」を認める「自由の指令」を公布する。12月15日には、神道指令を日本政府に命じ、神祇院の廃止がされ、12月28日に「宗教法人令」が公布され即日施行され、「宗教団体法」が廃止された。
神道指令については、西洋で見られる緩やかな政府と宗教の分離とはかけ離れた、国家から宗教的要素を完全に分離させることを目的とする過激な内容との神社本庁側の見解がある。ただし靖国神社や護国神社を含めGHQにより破壊された神社はなく、国家による支援が廃止されただけである。
1946年(昭和21年)1月23日、「神道指令」に伴い、大日本神祇会、皇典講究所、神宮奉斎会の3団体が中心となり、神社本庁を設立した。
神社本庁が神宮から委託された神宮大麻を全国の神社を通じて希望する者に頒布する。神宮大麻(天照大御神の札)の初穂料の一部は神宮より神社本庁へ交付され、神社本庁の予算から神社庁また全国の神社に対して一定の割合で交付される。残りは伊勢神宮の収入となる。これによる2001年(平成13年)度の神社本庁の収入は約35億円だった。なお、神社本庁は傘下の神社に対し、一定数の神宮大麻の頒布を求めており、規定数に達しない場合も傘下の神社は札を返さない、と週刊ダイヤモンドは報じている。神宮大麻は天照皇大神の大御稜威をあまねく光被せしめる大御璽として頒布しており、一千万家庭神宮大麻奉斎運動などの目標のために実際の頒布数と年次における神社の神宮大麻請求数が異なることが指摘されている。神社本庁は、神宮大麻の頒布を活動目的の一つとしている。