Pfamデータベース
Pfamは、多細胞動物のタンパク質コード遺伝子の注釈付けに使用できる、一般的に存在するタンパク質ドメインのコレクションとして、Erik Sonhammer、Sean Eddy、Richard Durbinによって1995年に設立された。設立当初の主な目的の一つは、線虫のゲノムのアノテーション付けを支援することであった。このプロジェクトは、Cyrus Chothiaによる「One thousand families for the molecular biologist」(分子生物学者のための1000のファミリー)で部分的に推進され、タンパク質には約1,500の異なるファミリーがあり、大多数のタンパク質はそのうちのわずか1,000のファミリーに分類されると主張された。この主張に反して、Pfamデータベースには現在、固有のタンパク質ドメインとファミリーに対応する16,306件のエントリーが含まれている。ただし、これらのファミリーの多くは、構造的および機能的な類似性を含んでおり、進化上の起源を共有していることを示している(クランの項を参照)。
Pfamが設立された当時、他のデータベースと大きく異なっていた点は、エントリーに2種類のアライメントを使用していたことである。1つは、手動でチェックされた小規模なシードアライメントと、もう1つは、シードアラインメントから構築されたプロファイル隠れマルコフモデルに配列を整列させて構築された完全アライメントである。この小さなシードアライメントは、配列データベースの新しいリリースに合わせて更新することが容易である。