オーガノイドシステム
生きた化石と呼ばれるほど稀少なもので、その存在はわずか数個体が確認されている」の3種類が存在するとしている。
2016年12月に発売された「HMM ゴジュラス・ジ・オーガ」の組立説明書においては「ゾイドコアと直結させることで野生の戦闘本能を覚醒させ、同時にゾイドコアと搭乗者の意識を融合させて驚異的な戦闘力を引き出す生体本能覚醒装置」と記述されている。
2017年11月に発売された「HMM ストームソーダー」の組立説明書においては、「暗黒軍に用いられていたゾイド技術の近縁であり、装備したゾイドにマグネッサーを与えればゾイドコアをストレスフリーにさせることができる」と記述されている。
また、2016年に発売された『HMM アイアンコング プロイツェンナイツ』においてはオーガノイドシステムの発掘時期を西方大陸戦争開戦前としており、ガイロス帝国はそれによって得られた技術によって旧ゼネバス帝国のゾイドを復活・再調整したと位置付けている。その一方で、2020年に発売されたキット商品においては、オーガノイドシステムの発掘を西方大陸戦争勃発後とした説明となっている。
オーガノイドシステム(以下、OSと表記)とは、ゾイドコアを活性化させ、戦闘能力の強化と進化をもたらすプログラム。元は古代Zi人によって生み出されたテクノロジーであり、西方大陸に点在するオリンポス山や、ガリル遺跡などの古代遺跡からその情報を記した物が出土し、へリック共和国・ガイロス帝国両軍のゾイドにおいて導入された。
このシステムを搭載されたゾイドは、闘争本能の刺激によるコアの活性化に伴い従来型を上回る戦闘力・運動性・生命力を獲得し、金属細胞再生能力を劇的に高める。さらにはゾイドコアの分裂・成長を促進させる技術的な応用性をも併せ持っており、仮死状態のコアの復活や、絶滅したコアの遺伝子情報を復元することも可能となる。その反面、凶暴化したゾイドの闘争心がパイロットの精神にも多大な影響を及ぼす危険性を持ち、搭乗者に心身ともに多大な負担がもたらされるという問題点を露呈させた。OSの効果を限定的に施す調整を行えば一般兵でも扱うことは可能ではあるが、性能はシステム未調整の機体には及ばない。また、システムそのものにゾイドの精神破壊を招き、コアの寿命を極端に縮めるデメリットもあったため、ある時期を境にその採用は見送られていった。一方で、ネオゼネバス帝国ではその効力をコントロール下に置くことに成功している。
『ZOIDS SAGA II』においてパルスと呼ばれるヒョウ型のオーガノイドが登場。アーカディア王国の古代遺跡から発見されてDr.Tがオーガノイド研究のための実験をしていたが、時空融合で飛ばされた世界で出会った主人公ゼルに譲られる。
パルスはマスター(ゼル)の感情や精神に影響を受けて成長し、会話の選択肢によって体色が白・黒・青・赤に変化(能力も変化)する。オーガノイドについて、ゼルは(実在するとは思わなかったが)ゾイドを強化できる生物という程度の知識があったが、町の人々はオーガノイドを全く知らないような反応を示した。物語中では、パルスが時空融合に伴う現象である時空クレバスに反応したり、ブリッツタイガーはパルスと合体することで限界まで性能を引き出せると説明されたりした。
なお、パルスと対になる古代人の存在は不明だが、『ZOIDS STRUGGLE』のストーリーモードに登場する古代ゾイド人のルーシュが、パルスに酷似した黒い小型ゾイドを引き連れている場面がある。ただし、同作ではパルスやオーガノイドについて全く説明は無く、ストーリー的にも関連づけられていない。
その他、スーパーロボット大戦シリーズの『スーパーロボット大戦Operation Extend』でもジークなどのオーガノイドが登場する。『ゾイド -ZOIDS-』作品としての参加となるため、設定などは同アニメに準じている。