積算校費
講座には、教授1人、助教授1人、助手1~3人(非実験系:1人、実験系:2人、臨床系:3人)の定員が割り振られていたのに対し、学科目では各学科目に教授又は助教授1名のみが配置されていたこととあわせ、講座制と学科目制の間の教官当積算校費の格差が、国立大学間の旧制大学と新制大学との格差の中核をなしていた。 1999年度の実験系単価では、博士課程講座と同じ人員が配置されている前提で計算した場合でも、博士課程講座を1とすると、修士課程講座で0.58、学科目で0.50の水準となり、約2倍の格差があった。 一般に修士課程講座の助手定員は、博士課程講座に比べ少なかったため、実際の格差はこれ以上となっていた。
2000年度予算編成以降、積算校費は廃止され、教育研究基盤校費に移行した。 教育研究基盤校費では、教官数及び学生数に基づく一律単価(従前の修士課程・非実験の教官単価及び文科学生単価)による校費に、各大学を単位として積算する校費を措置することとした。大学を単位とする校費については積算の内訳はなく、それ以前の各大学の積算校費の総額と同水準になる額とされていたことから、それ以前の積算校費の大学間格差は温存された。 しかし、積算校費の廃止は、各講座に配分されるべき研究費の根拠を失わせることにより、講座制とそれを基礎にした学部教授会自治という運営方式自体を、急速に弱体化させることとなった。
公立大学の予算積算でも、国立大学の積算校費が準用される例が多かったが、積算校費の廃止後も、1999年単価を引き続き準用している例がある。