只見特定地域総合開発計画
只見特定地域総合開発計画は只見川・阿賀野川に階段式に発電所とダムを建設する計画であり、結果現在の形になった。この大規模開発によって人造湖が多数誕生したが、それは見方を変えれば昔からある只見川の自然な風景を失わせたともいえる。事実只見川が自然の姿のまま残っているのは尾瀬ヶ原から奥只見ダムまでの間と、片門ダムから阿賀野川合流点までの間程度である。特に中州を見ることは滝ダムより下流についてはほとんどない。只見川合流点から揚川ダムまでの阿賀野川も似たような状況である。ともすれば、河川の環境破壊にも見えるがダム・人造湖の出現は反面で新たなる漁業・観光資源を作り出している。
「只見川分流案」を推していた新潟県は、「只見川本流案」の採用が決定した後も頑強に自らの計画案を推し、政府や福島県に猛反発した。新潟県はOCIの結論に対して「本流案を最も有利であると前提にした上で比較検討している」として公平性に欠けると批判。また本流案は電源開発のみをその中心に据え、河川総合開発事業としての見地に立っていない、分流案は水力発電のほか農地開発による食糧増産、さらに只見川・阿賀野川の治水においても有利であり、喫緊の課題である食糧増産と電力開発を同時に遂行できるとして従来の主張を繰り返した。そして技術的な面、水没地補償の面でも本流案に比べ負担が少なくて済むとも論じた。
この新潟県の反発は中央政界にも波及した。当時の与党であった自由党内部では吉田派と鳩山派が熾烈な抗争を繰り広げていたが、新潟県選出の自由党議員は内閣総理大臣であった吉田茂に対し「分流案」を認めなければ自由党を集団で離党すると揺さぶりを掛けた。一方福島県側も福島県議会議員50名が1952年8月13日に上京し、やはり政府に対して「本流案」の貫徹を強硬に陳情した。
「川枯れ」を起こした河川の場合、その河川に建設されている水力発電所の発電方法はダム水路式発電所と呼ばれるものである。この場合、ダムから取水された水は直ちに河川には放流されず、山中を通るトンネルなどで別な地点に建設された発電所に送られ、放流される。このため、ダムと発電所の間はほとんど流水のない状態になる。こうなると漁業をはじめ河川生態系全般に深刻な影響を与えるばかりか、流砂サイクルの途絶により海岸侵食にも影響し、大井川では地元と電力会社の摩擦にまで発展した。
しかし、只見特定地域総合開発計画で建設された発電所のうち、奥只見・沼沢沼・宮下・揚川以外は、ダムから取水された水がダム本体に付設される発電所で発電されて、直接河川に放流されるダム式発電所の方式を採っているため、水量は少なくなっても「川枯れ」にはならない。ダム水路式を採用した奥只見ダムは以前はダム直下が「川枯れ」となっていたが、1997年(平成9年)の河川法改正によって河川環境の維持が治水・利水に並ぶ法の目的に挙げられたことで、奥只見ダムより大鳥ダムまでの河川流量を一定に維持するための放流設備を増設し、この区間の流水が復活した。なお、こうした放流を専門的には河川維持放流と呼ぶが、これを利用した小水力発電も日本各地で行われており、奥只見ダムでもこの放流を利用して、奥只見発電所とは別に2,700キロワットの発電を行っている。
通商産業省は9月12日に仙台市で関係する当事者・利害関係者を集めて聴聞会を開催し、両発電所の所属について聴聞を行った。この中で東北地方六県の知事・県議会・商工会議所、仙台市長・市議会、東北地方に工場を有する企業そして只見川流域住民代表は東北電力を支持し、京浜工業地帯に工場を持つ企業204社および神奈川県、群馬県、そして「本流案」の既成事実化を避けたい新潟県は東京電力を支持。膨大な只見川の電力を巡りこの問題は東北地方対関東地方の対立にまで発展した。行政訴訟も2年に及ぶ長期となり、水利権問題は泥沼の展開を見せ新聞紙上を連日にぎわせた。
この問題の根本は日本発送電分割後の水利権帰属が複雑であったためである。戦前より只見川を開発していた東京電燈の流れを汲む東京電力か、地元の河川を開発し地元へ電力を供給する東北電力か、これに利害関係者の思惑が錯綜して複雑な事態になったのである。だがこれ以上の紛争が肝心の電源開発事業の停滞を招くことを嫌った政府が電源開発と共に調停を行い、最終的に東京電力は東北電力の水利権保有を認める代わりに東北電力は東京電力に相応の電力を融通することで両社が妥結。1954年(昭和29年)1月22日に東京電力が福島地裁に行政訴訟を取り下げることで解決した。