白鳳丸 (2代)
1962年、日本海洋学会および日本水産学会の建議にもとづき、東京大学に海洋研究所が設置された。翌1963年には、さっそく研究船として「淡青丸」を建造したが、これは257総トンと比較的小型で、活動範囲は沿岸域に限定されていた。このことから、より大型で外洋域で活動できる研究船が求められるようになり、これに応じて建造されたのが、本船の先代にあたる初代「白鳳丸」であった。同船は1967年に竣工し、日本初の大型研究船として活躍したが、1980年代に入ると、搭載機器や船体設計の陳腐化が指摘されるようになってきた。これに応じて、代船として建造されたのが本船である。
本船は1989年5月の竣工後、東大海洋研の主力研究船として活躍してきた。その後、2000年代の聖域なき構造改革を背景として、2004年には、文部科学省所管の認可法人たる海洋科学技術センターから独立行政法人海洋研究開発機構への改編、また東京大学を含む国立大学の独立行政法人化とあわせて、本船と「淡青丸」は海洋研究開発機構に移管されることとなった。
船型としては長船首楼型を採用し、2層の全通甲板を備えている。また船首にはバルバス・バウが付されている。先代船では減揺タンクが設置されていたが、甲板専有面積が広いために研究者から不評であり、総トン数上の制約もあって、本船では船型やビルジキール以外の減揺措置は講じられていない。海洋研究所に所属する研究船であったため、練習船としての機能を持たない研究船としては研究者の定員が格段に多い(35名)。研究者食堂、部員食堂に加え、航海の運航に直接携わるような数名の研究者と一部の士官が食事をするための部屋(サロン)が存在する。研究室は10室あり、番号で1研、2研...と呼ばれる。
先代船では静音性を重視して純電気推進(ディーゼル・エレクトリック方式)が採用されていたが、このために航海速力は12.67ノットと比較的遅く、移動時間のために観測時間が短くなるという問題が指摘されていた。