2006年モンテネグロ独立住民投票
また、ミロシェヴィッチ政権下でセルビアと距離をとり始めたモンテネグロに対し、同体制に反発していた西側諸国は財政支援しており、経済的に苦しかったモンテネグロにとっては大きな頼りの綱であったが、ミロシェヴィッチの退陣以降、西側諸国はセルビア南部やマケドニアのアルバニア人の分離主義発揚を危惧してモンテネグロ独立に後ろ向きな姿勢をとるようになった。
欧州連合もその姿勢をとり、連邦の将来をめぐるユーゴスラビア連邦、セルビア、モンテネグロの三者交渉を仲介したときもモンテネグロ独立を回避しようとした。交渉後の2002年3月、セルビアとモンテネグロはユーゴスラビア連邦の解体と二国間の国家連合の結成で合意し、2003年2月4日にセルビア・モンテネグロが成立した。
この合意では猶予期間として3年経過後、国家連合からの離脱手続きを進める権利が認められており、セルビアにも認められた権利でありながら、事実上モンテネグロの独立可否を問うた住民投票を認めるものと解された。また、モンテネグロが離脱した場合はセルビアがユーゴスラビアの継承国となることも定められ、セルビアにとってはユーゴスラビア解体後のコソボ独立という避けたい事態を回避した形となった。
セルビア・モンテネグロ成立後は欧州連合加盟に向けて準備が進められた。欧州連合は2005年10月、加盟プロセス中の交渉の早期妥結が見込みにくいとして、モンテネグロに独立の可否を問うた住民投票の延期を求めたが、モンテネグロのフィリップ・ヴヤノヴィッチ大統領やジュカノヴィチ首相は2006年2月から4月ないし春頃に住民投票を行う見通しを示し、最終的に5月に行われた。