コレジオ
1579年に巡察師として日本を訪れたアレッサンドロ・ヴァリニャーノは、当時の日本地区の責任者であったフランシスコ・カブラルの方針を改めて、日本人聖職者育成のため各地に教育施設の設置を進めた。府内のコレジオは、1580年(天正8年)に有馬(現長崎県南島原市)と安土(現滋賀県近江八幡市安土町)に設立されたセミナリヨ、同年に臼杵(現大分県臼杵市)に設立されたノビシャド(修練院のこと)とともに、その一環として設けられたものである。
当時、府内はキリスト教の有力な庇護者であった大友義鎮(大友宗麟)の本拠地であり(ただし、宗麟は1576年(天正4年)に家督を息子の大友義統に譲り、臼杵の丹生島城に居を移して二元統治を行っている)、日本におけるキリスト教布教の拠点として、宣教師が滞在し、数多くの信者を抱えていた。
府内に開設されたコレジオでは、聖職者育成と一般教養の両方の教育が行われ、キリシタンに改宗した士族や宣教師を志す日本人・外国人に対して、キリスト教、ラテン語、音楽、数学などの講義が行われた。また、養方軒パウロなどにより外国人宣教師のための日本語の講義も行われたという。ポルトガル王国出身の宣教師・通訳で、日本に関する重要な著作を遺したジョアン・ロドリゲスは、臼杵のノビシャドを経て、府内のコレジオで学んだとされる。
しかし、府内は1586年(天正14年)に島津家久による焼き討ちに遭い、壊滅(豊薩合戦)。コレジオは、その後、1590年(天正18年)に島原の加津佐に移った。加津佐では日本初となる活版印刷機(グーテンベルク印刷機)を導入。以降、コレジオではキリシタン版の出版が行われた。