兵庫エフエム放送
その一方で、大阪市、神戸市などでエフエム大阪とKiss-FM KOBEの受信エリアが重複し、土・日曜日を中心に2局で同一番組が常に放送される結果となった。その上、岡山県や香川県、山陰地方などJFN加盟局しか存在しない地域では、遠距離ながら独自性が高く、洗練されたKiss-FM KOBEの放送がよく聴取されていたが、JFN加盟でそのメリットが失われた。このため、結果としてリスナー離れを引き起こした。なお、JFNの生放送番組ではローカル枠を中心に兵庫からの情報ゾーンとして差し替え放送を多めに行うことで独立局時代からの情報コーナーを一部維持した。
同年6月1日、旧法人は愛称と同じ株式会社Kiss-FM KOBEに商号を変更した。
2006年(平成18年)10月の番組改編で再び自社制作の番組中心の編成となった。これにより、平日 7:30 - 19:55の時間帯の大部分が自社制作の番組となった。
2007年(平成19年)7月には、大阪・心斎橋のアメリカ村に大阪支社を設置、同時に新たなサテライトスタジオ「Kiss-FM Studio@アメリカ村 MichelCube」(マイケルキューブ)も設置し、一部の番組収録や『アメリカ村@DEEP』の生放送を行うと共に、動画配信サイト「アメリカ村TV」(後述)もオープンした。また、同年9月にはサテライトスタジオ「城下町すたじお」が姫路市内に設けられ、『PUMP IT UP!』の公開生放送が開始された。
このJFN加盟を機に経営は改善され、2005年(平成17年)3月期は黒字転換を果たした。しかし、広告収入が激減し、収入は2年で3分の2に下落した。編成に於いてはJFNの番組を開始した際に自社制作番組の数が一旦大幅に減り、その後自社枠を増加させたが、2009年秋の改編期を待たずに大幅な改編を行った。
DAYBREAK BREEZIN'
GOOD MORNING KOBE
Kiss MORNINGBIX
Herb Terrace
KOBE COZY
KOBE COFFRET
Kiss AFTERNOON BREAK [from OPA STUDIO]
LUNCHTIME RIPPLE
LUNCH ON Kiss
Kiss AFTERNOON DREAM
SHELLEN'S μ-CONNECTION
Karen's Beat Access
MEGA HITS CONNECTION
Kiss SOUND WAVE
SHINGO'S RADIO SHOW〜花鳥風月
Kiss MUSIC PLANET
AFTER STAGE KOBE
MIDNITE Kiss
Kiss ARTIST FOLDER
Kiss MORNINGBIX FRIDAY
KOBE COZY FRIDAY
LUNCH ON Kiss FRIDAY
LUNCHTIME RIPPLE FRIDAY
Kiss OCEAN DREAM
Karen's Beat Access
Kiss Stopping On The Way
Kiss BIG FRIDAY
Kiss WORLD PROJECT
GALAXY MUSIC EXPRESS
HO'VID PARK
La Viena STORY for TWO
Kiss'N LAWSON Superduper RADIO
Who?
Clubhouse Sound Radio
FRIDAY NIGHT CHAT CLUB
真夜中ラジオ〜Yours〜
FEELING SEOUL
Kiss ARTIST FOLDER
2055 ARTIST LINE
SUN'S Rainbow Kiss
Sunday a-Style
Live from the EBU ※2010年12月まではTOKYO FMもネット。
今夜はBB!
Sunday link's Diary
Kiss MaiSTAR VILLAGE
ゼネテック presents cocodayo*radio
BAR山石
高橋みつおのディスカバー兵庫
SUNDAY SOUOND BAQUET → アスキングライフの「答えはきっと音の中...」
ミュージックパフェ〜ダメ親子のふたりごと〜
神戸船の旅 コンチェルト presents Antique Notesのサンデークルージング
MUSIC APPLE
片山大介のなるほど!レディオ
辛坊治郎 Sunday Kiss → 辛坊治郎 Sunday Kiss ぷらす
広正建設 presents U.K.のイマスグおもしろ相談室
高橋クリニック presents YUMIiQの今夜もBE HAPPY!
LINO LEIAプロジェクト〜もしも現役大学生アーティストがメジャーデビューするとしたら〜
Nocturne
など