鴨緑丸
それでも戦乱の影響は止まらず、1942年(昭和17年)初頭の時点では「鴨緑丸」を含む5隻11航海の規模で定期を維持するのがやっとの状態だった。昭和17年4月の船舶運営会設立を期に翌5月に航路そのものを船舶運営会に移管。以降も1943年(昭和18年)7月ごろまでは大連航路に就航したが、当時の使用船は「鴨緑丸」と「大連丸」(大連汽船、3,748トン)だけで昔日の賑やかさはなかった。8月からは台湾航路に転じて神戸と基隆間に就航したが、道中は海防艦など艦艇の護衛がついて物々しい航海となった。海軍配当船に指定された正確な時期は定かではないが、1944年(昭和19年)2月の時点では海軍配当船に指定されており、台湾航路で兵器や人員輸送にも任じていた。
1943年(昭和18年)10月25日、「鴨緑丸」は貨客船「富士丸」(日本郵船、9,138トン)および「賀茂丸」(日本郵船、8,524トン)とともにマ08船団を編成し、駆逐艦「汐風」の護衛により基隆を出港して日本本土へ向かう。しかし、10月27日未明に北緯28度25分 東経130度02分 / 北緯28.417度 東経130.033度 / 28.417; 130.033の奄美大島曽津高崎灯台西方海域で、アメリカの潜水艦グレイバック (USS Grayback, SS-208) とシャード (USS Shad, SS-235)の2隻に発見された。