相良頼基
ところが慶応元年(1865年)、了一郎が頼基を廃して、本来の正統な藩主である頼紹を擁立しようとする陰謀があるという噂が流れ出す。この真偽は定かではないが、これに反発した勤王派は9月25日に了一郎らを襲撃し、洋式派14人を上意討ちにし、逆に勤王派が主導権を掌握した。その後、山鹿流、オランダ式とも廃止され、薩摩藩よりイギリス式軍制が導入された。一連の騒動から藩内の改革が立ち遅れることとなり、慶応4年(1868年)の戊辰戦争でも、薩摩藩と協力して会津藩攻撃に加わる程度にとどまった。
明治2年(1869年)6月22日、版籍奉還により知藩事となり、明治4年(1871年)7月14日の廃藩置県で免官され、人吉県令となった。11月に人吉県は八代県に合併し、職を離れた。明治8年(1875年)5月22日、家督を養子の頼紹に譲り隠居し、明治18年(1885年)6月30日に死去した。享年45。