北海道ちほく高原鉄道
第三セクター化に必要な経営安定基金については、北海道が43億5,000円、沿線自治体が13億円、初期投資を除いた転換交付金が24億5,500万円の計81億500万円の積み立てにより「北海道ちほく高原鉄道経営安定基金」の名称で北見市に設置。目的に応じた3つの基金からなり、種類ごとに銀行預金など確実かつ有利な運用管理をし、赤字はこれらの運用益(1989年時点で約5.4 %)から補填することが決められた。
これを受けた12月の取締役会で、1991年(平成3年)秋を目処に実施することが確認され、同年5月よりJR車両の後ろに北海道ちほく高原鉄道車両を連結する方式で訓練が開始された。11月1日より、北海道ちほく高原鉄道車両は池田駅から帯広駅までの間を2往復、JR北海道車両は池田駅から足寄駅までの間を1往復、相互に乗り入れる形で開始され、北見駅では乗り入れ列車となる快速銀河号に合わせて出発式が行われた。
JR北海道あるいは旅行業者が主催する団体列車は、1992年(平成4年)5月13日にJR北海道釧路支社が企画したJR北海道発足5周年記念道東一周の旅としてジョイフルトレイン「クリスタルエクスプレス トマム & サホロ」が乗り入れたのを皮切りに、リゾート列車やお座敷列車など特急車両を中心に年間数本、JR車両による団体旅行が設定された。線内臨時列車では2001年(平成13年)7月31日から8月5日にかけて、JR北海道のC11形蒸気機関車牽引による「SL銀河号」が運行された。
沿線自治体は鉄道存続の姿勢を崩さなかったが、運賃値上げなどを行った上で北海道に対して赤字額の75 %を負担するよう要請(25 %は沿線自治体が負担)。その上で、高速道路の整備促進など地域振興は自治体の意向を尊重することを条件に、バス転換の議論も並行して進めることを容認した。これを受けた北海道は億単位の新たな負担は難しい。地域振興については早急に検討に入る旨の返答があった。また、民間から提案があった地域通貨の導入、簡易高速化、JR北海道への移管について、何れも実施困難であることが報告された。
2004年(平成16年)の協議会では、本年度は増収対策など存続に向け最大限努力し、それでも経営改善の見通しが立たなければバス転換を決める。2005年(平成17年)度は営業を継続し、赤字補填についてはこの間に限り第一基金を充てる方向とする。ただし同年度はバス転換への準備期間および鉄道廃止手続に要する期間として考えることなどが確認された。
3つの監査法人に依頼した経営分析の結果が出、2法人は「存続は困難で鉄道経営の限界を認識する時期。改善策も効果が限定的で有効な増収策は見当たらない。今後施設更新での出費も予想され、バス転換以外の方策は難しい」といった旨を表明。残る1法人は「自治体の財政支援が必要。支援がなければバス転換はやむを得ない」とした。会社の経営状況説明では、2010年(平成22年)度まで年間3億5千万円から4億600万円程度の赤字が予想され、鉄橋や車両の更新費用に29億円が必要、社員の深刻な高齢化が報告された。