紀の川
このような激烈な豪雨により紀の川の洪水流量は計画を上回る7,000トン/秒を記録し奈良県・和歌山県で浸水被害が拡大。特に奈良県は1958年(昭和33年)の台風17号の被害が復旧する暇なく水害に遭い、歳入を上回る被害額が算出され財政危機に陥る状況となった。この為国会において当時の奥田良三奈良県知事が『紀の川に多目的ダムを建設して欲しい』と第33回国会災害地対策特別委員会第4号(昭和34年11月5日)の参考人質疑で答弁する切実な状況であった。
伊勢湾台風の翌年、1960年(昭和35年)に「紀の川改修計画」は全面的に改訂され、「紀の川修正総体計画」が策定された。この際に橋本市におけるピーク時の洪水流量を7,100トン/秒とし、この中で2,600トン/秒を紀の川本川に多目的ダムを建設する事でカットする事とした。こうして建設省は『紀の川総合開発事業』として吉野郡川上村大滝地点に堤高100.0m、総貯水容量84,000,000トンの大規模特定多目的ダムを計画した。これが大滝ダムであるが、当時上流部に『十津川・紀の川総合開発事業』として農林省が大迫ダムを建設しており、この上更にダムによる犠牲を蒙る事に399戸の水没予定住民は猛烈に反発。
最初は力攻めを行ったが太田党の奇襲による打撃を受け、秀吉は得意の兵糧攻めによる攻撃に切り替えた。そしてこの時秀吉が選択したのは、備中高松城攻めと同じ水攻めであった(太田城水攻め)。
秀吉は明石則実に命じ堤を設計させ、付近を流れる紀の川を堰き止めて太田城を水没させる策に出た。推定で堤高3メートルから5メートル、堤の長さ6キロメートルの大規模な土堤であり、所伝通り3月25日に起工し、4月1日に湛水を開始したとなると全て人力であるにもかかわらずわずか6日間で完成させたことになる。十分な籠城準備が出来ていなかった城内は10日余りで兵糧が尽き、蜂須賀正勝・前野長康の降伏勧告を受諾し4月12日に太田城は開城。城主である太田宗正を始め51名が自刃して戦いは終了した。
この第二次太田城の戦いにおける秀吉の水攻めで建設された堤は、治水にも利水にも関係しない軍事的な河川工作物であるが、紀の川における初の大規模な河川工作物である。
猛烈なダム反対運動を展開し、事業は完全に膠着化した。当時東日本では八ッ場ダム(吾妻川)に対する強烈な反対運動が展開されており、計画が全く進展しないダム事業の代名詞として『東の八ッ場、西の大滝』とまで形容された。
1965年(昭和40年)4月に紀の川水系は新河川法の施行により一級水系に指定され、これ以降五條市から河口までの62.4km区間の紀の川本川と『紀の川改修計画』の指定区間である貴志川(本川合流点から6.0kmまで)が建設省直轄管理区間となった。これに伴い「紀の川工事実施基本計画」が定められ、1974年(昭和49年)の改訂を経て現在は和歌山市船戸地点におけるピーク時洪水流量を16,000トン/秒とする改修計画となっている。「紀の川改修計画」時のピーク時洪水流量から3倍強の流量となっているが、それだけ治水の難しさを物語っている。2003年(平成15年)には大滝ダムと紀の川大堰の本体が完成し、暫定的な運用が図られている。現在は2005年(平成17年)11月18日に策定された「紀の川水系河川整備計画」に基づき、環境保護も重視した河川整備が推進されているが、大滝ダム・紀の川大堰は紀の川の治水・利水の根幹として重要な位置を占めている。
日本有数の多雨地帯である大台ヶ原を水源とする紀の川は、夏季(6月~9月)に集中する降雨分布を示す。従って梅雨時期や台風の際には容易に氾濫を繰り返す河川であった。河口の沖積平野である和歌山平野では河道が度々変遷する状況であったが、豊富な水量は慢性的な水不足にあえぐ奈良盆地の人間にとって魅力的であった。
1400年代の地震・津波によって砂丘が破壊されたことにより、紀の川は和歌浦へ注いでいた河道から現在の紀伊水道へ注ぐ河道に変わった。なお、和歌浦へ注いでいた旧河道は和歌川として残っている。ただし近年では、和歌川の横断面に河床跡の砂礫が認められないことから、かつて和歌浦に注いだとする復元説には否定的な説が挙げられている。