ドクター・エッグマン
連邦政府軍「GUN」に対抗するためにエッグマンが形成した帝国だが、誰も認めていない。世界各地に大小数え切れないほどの基地があり、それらを拠点にマシン達をばらまいている。ソニックワールドアドベンチャーでは念願のエッグマンランド建設を果たしている。「愛と野望の空間」と呼称するそのエッグマンランドは、外見は観覧車などがある遊園地だが、中身は溶鉱炉や工作機械などで埋め尽くされている。
また、シリーズの舞台として彼の建設した施設は遊園地がモチーフにされることが多く、実際に経営することもある。
オープニングでもワリオと共同でマリオとソニックの邪魔をしようとするなど他の悪役に協力する場面が見られた。さらにDS版のアドベンチャーツアーズでもクッパとともに行動し、悪事の限りを尽くす。同作の最後では「その赤い帽子、見ているだけでムカムカするわい」とマリオのことも敵視するようになった描写がある。その後悔しさのあまり、クッパやメタルソニック達とともにマリオとソニック達の後をこっそりついていくも、ソニック達は案の定気づいていた。
3DS版『マリオ&ソニック AT ロンドンオリンピック』のエピソードモードでも再びクッパと手を組み、正式な選手にもかかわらず招待状が届いておらず(原因は手違いで発送されなかったため)、このことに「ソニック達が実力者の自分達を除け者にして楽しむ気だな」と激怒し、ワリオから戦利品でもらった霧の壷でオリンピックを中止にしようと企む。その後お互い真相を知り、招待状が届かなかった件も二人に同情したマリオとソニックの説得で和解し、クッパと共にオリンピックを楽しむ。この作品でソニックもエッグマンを手のかかる悪友として大事に思っていることが分かる。前日談の外伝ではメタルソニックの改造に奮闘していた。この作品ではエッグマンとクッパが名前を呼び合う場面もあり、このことからクッパとは近年友好関係にあるとされ、短気な彼を宥める冷静さを見ており、『マリオ&ソニック AT 東京オリンピック2020』では珍しく揉める場面もあるもお互いフォローしあったり、励まし合っている。