真宗大谷派岡崎別院
江戸時代に流布した親鸞の伝記である『親鸞聖人正統伝』によると、29歳の時に比叡山延暦寺を下りて法然の門下に入った親鸞が、この地に草庵を結んでここから吉水の法然の下へ通っていたと伝えられる。また、親鸞が関東から帰洛した際に最初に入ったのもこの「親鸞屋敷」と呼ばれていた岡崎草庵であったという。
享和元年(1801年)、その親鸞ゆかりの地である当地に東本願寺第20代門首達如と門徒により岡崎御坊が建立された。
1879年(明治9年)に岡崎別院と改められる。
1889年(明治22年)に新門(次の門首)の学問所である御学館が移築され、清池館と命名された(現・輪番所)。御学館では、彰如(句仏上人)が学び、1891年(明治24年)には清沢満之が主任となった。また1916年(大正5年)には金子大栄を中心に学生の勉強会である「鏡池会」が発足する。この会には後に曽我量深も参加したと記録されている。
2021年(令和3年)夏から2023年(令和5年)春にかけて岡崎別院総合整備事業として、長年の懸案事項であった境内地及び建物の経年劣化と耐震補強に対応するため、本堂・茶室の修復及び庫裏・寺務所の全面改修並びに境内地の全面整備が予定されている。
山門の横の境内地にはホテルオークラ京都 岡崎別邸が建てられている。