版籍奉還
新政府では、薩摩藩の寺島宗則や森有礼、長州藩の木戸孝允や伊藤博文らが封建的な幕藩体制の限界を指摘し、その改変を主張した。
慶応3年(1867年)11月、薩摩藩の寺島宗則が土地と人民を朝廷に返還するよう求める建白書を藩主の島津忠義に提出した。島津忠義は、慶応4年2月に親兵創設の費用として10万石を「返献」している。
慶応3年(1867年)12月、長州藩の木戸孝允は第二次長州征討で長州藩が占領していた豊前・石見を朝廷に返還するよう藩に提案した。長州藩は、慶応4年1月に豊前・石見の返上願を出し、それをうけた新政府は、長州藩の預地とするよう指示した。
木戸孝允は、慶応4年(1868年)の2月と7月に版籍奉還の必要を建言している。伊藤博文は兵庫県知事を務めていた明治元年(1868年)10月に、木戸と同様の郡県制論と、戊辰戦争後の凱旋兵士を再編して新政府軍の常備軍とする意見書を出し、明治2年正月には同じ趣旨の国是綱目(兵庫論)を提出している。その間、明治元年11月に姫路藩主の酒井忠邦は、伊藤博文の建白と連携する形で版籍奉還の建白書を提出した。
明治2年1月14日、薩摩藩の大久保利通、長州藩の広沢真臣、土佐藩の板垣退助が京都円山端寮で、薩摩藩の吉井友実が持参した草稿を元に版籍奉還についての会合を行った。3藩は合意し、肥前藩を加えた薩長土肥4藩の藩主、薩摩藩の島津忠義、長州藩の毛利敬親、土佐藩の山内豊範、肥前藩の鍋島直大が連名で新政府に対して明治2年1月20日に版籍奉還の上表を提出した。上表は、国立公文書館で公開されている。
版籍奉還の上表では、王土王民思想を大義名分に掲げて諸侯が土地や人民を「安ゾ私ニ有スベケンヤ」(私有すべきではない)とする一方で、「朝廷其宜ニ処シ、其与フベキハ之ヲ与ヘ其奪フ可キハコレヲ奪ヒ」とし、土地や人民の所有の結末についてはあいまいに表現した。
その後、諸藩からの奉還上表の提出が相次いだ。1月28日までに鳥取藩、佐土原藩、越前藩、熊本藩、大垣藩などが提出し、5月3日までにはわずかの藩を除く262藩主が提出した。当時新政府にいた大隈重信は、諸藩はいったん返上した土地や人民は政府から再交付されると期待あるいは誤解していたという見解を回想録に記している
新政府は薩長土肥の上表を「忠誠の志、深叡感被思食候」とし、天皇の東京再幸後に改めて会議を開き公論を集めて決定するとした。東京再幸は明治2年3月末に行われた。