ミネベアミツミFC
JFL昇格初戦は浜松市にある本田技研本社のチーム、Honda FCとの「ホンダ・ダービー」となった。このシーズンは15位に終わったが、大串良秀が1シーズン4本のフリーキックによるゴール(JFLタイ記録)を決めるなど、14得点の活躍を見せた。
前期は16位で折り返したが後期は思うように成績が伸びず、結局年間18位で入れ替え戦へ回り、地域リーグ決勝大会2位のFC岐阜を相手に第1戦0-4、第2戦1-4で連敗、2007年の九州リーグ降格が決定した。
川島正士が監督に就任。シーズン当初から低迷し最終節で最下位(18位)に落ちた。しかし、2014年よりJ3リーグ導入に伴い、10チームがJFLからJ3に加盟するためJFL残留となった。
Honda FC同様、プロ化の意思は無い。宮崎県のサッカー協会などからプロ化への打診はあったようだが、チームスローガンにもあるとおり「アマチュアで日本一」を目指している。
電撃ネットワークのメンバー(デビュー前)及びマネージャーを務めていた『ロック総統』と呼ばれる名物サポーターがいる。「Jへの鍵」を持って、対戦クラブ側サポーター席に乗り込み、パフォーマンスを繰り広げることが、ホンダロック、ひいてはJFLの名物ともなっている。
嘗ては唯一の「宮崎に本拠地を置く全国リーグのチーム」であったことから、2月の宮崎でのキャンプシーズンでは、多くのJリーグチームの練習試合の受け皿となることが多かった。
1月27日、ミネベアミツミによる完全子会社化に伴い、同日付でサッカー部も「ホンダロックサッカー部(ホンダロックSC)」から「ミネベアミツミフットボールクラブ(ミネベアミツミFC)」へ名称変更。
谷口研二が監督に就任。リーグ戦は過去最高となる4位で終えた。