専用貨物列車
しかし、依然各地には専用貨物列車が残っており、ダイヤ上でのネックになっていたり、また貨車の運用効率が悪かったり、また荷主からのリードタイム短縮や輸送コストの縮小などの要望に限界があったりと、専用貨物列車の高速化ないしは専用貨物列車自体を置き換えることが急務であった。そこでJR貨物では新中期経営計画「ニューストリーム2007」を策定。このなかで、これらの専用貨物列車の見直し策が盛り込まれた。従来からの拠点間大量輸送の専用貨物列車については、大量かつ高速輸送に適応した貨車を開発・導入して高速列車に格上げすることとし、これにより貨車の運用効率向上やダイヤ上のネックが緩和された。一方で化成品輸送などに多く見られた1列車を仕立てるに至らない貨車が集まった小口輸送の専用貨物列車については、荷役設備の改良や貨車の代替となるコンテナを開発したうえで、この代替となったコンテナを高速コンテナ列車に積載して置き換える計画を打ち出し、2008年(平成20年)3月15日のダイヤ改正において九州地方の小口輸送の専用貨物列車を除き、そのほとんどが高速コンテナ列車へと置き換えられた。
これにより、最終的には、特大輸送、甲種車輌輸送、拠点間大量輸送の貨物列車のみが専用貨物列車として残ることになる。