全日本野球協会
日本アマチュア野球協会は解散することとなったが、国際大会へ出場するには社会人野球と学生野球の統一チームを構成する必要があるため、より緩やかな連絡機関として、1967年に日本アマチュア野球国際委員会を構成した。同委員会はそれぞれの団体が共同で運営する付属機関という扱いとなっており、組織運営上も下部機関ということが明確になった。
野球が公開競技となったロサンゼルスオリンピックおよび1988年ソウルオリンピックへ代表チームを派遣するには競技団体は、日本体育協会に加盟している必要があった。しかし、同協会に加盟しているのは社会人野球側のみであり、社会人野球側組織の加盟者のみでチームを構成することも出来たが、過去の経緯や勝てるチームを編成する必要があるというアマチュア野球界の総意もあって、同委員会のもとで統一チームが結成され、派遣された。
1992年バルセロナオリンピックから野球が正式競技になるのに伴い、こうした特例処置をいつまでも続けるわけにはいかず、統一されたアマチュア野球組織を構成し、国際野球連盟や日本オリンピック委員会へ加盟する必要が生じた。各国際機関には既に社会人野球の統轄団体である日本野球連盟が加盟しており、一国一組織の原則から学生がオリンピックへ出場するには日本学生野球協会が日本野球連盟の傘下になるか、解散して統合するしかない状況となっていた。
過去の経緯から学生野球側は社会人野球や体協の傘下になることを嫌い、また社会人野球の傘下になることによって日本学生野球憲章との整合性に問題が出てくることから文部省が懸念を示し、交渉は難航した。しかし、勝てるチーム編成を実施する必要があるというアマチュア野球界の総意やメダル獲得を絶対条件とする世論の動きもあって、それぞれの組織は温存したままで「上部団体」ではなく「代表団体」を構成しようという方向に話がまとまった。
その結果、日本野球連盟と日本学生野球協会が構成しているアマチュア野球の代表組織でありながら、両連盟の上部団体ではないという不思議な組織である全日本アマチュア野球連盟が1990年6月20日に発足した。