三億円別件逮捕事件
井草は、渡された捜査資料を平塚の自宅ですべて書き写したが、その時の平塚は「初動で散々喰い散らかされている」と漏らすなど、捜査に乗り気ではなかったという。当初の井草も、「筆跡が違う」との平塚の言葉から、Aの存在は「まだ書けないネタ」と考えていた。しかし、記事化を強く迫る本社サブキャップに押され、筆跡のような否定材料も入れることを条件に原稿を執筆したのだという。このため、記事の掲載面も1面トップは避けられ、社会面トップとされることになった。
一方、警視庁刑事部長であった土田國保は、毎日新聞からの問い合わせによって、11日深夜にはスクープの存在を把握していた。情報漏洩に驚愕した土田はすぐさま、社会部部長に対し記事の差し止めを要請した。だが、その時には既に輪転機が回り始めていたため果たせず、報道によるAの逃亡を恐れた警視庁は、即座に見切り発車でAの身柄拘束を余儀なくされた。
1969年(昭和44年)11月頃、捜査陣は、事件前に銀行などに届けられていた脅迫状の再調査を行っていた。その中で捜査陣は、脅迫状のカナ遣いや記号、分かち書きの特徴から、犯人がカナタイプ経験者である可能性に改めて注目した。そして、都内のタイプ学院や多摩地域のテレックス導入所などを調査した結果、同月18日、犯人のモンタージュ写真に人相が似た人物として、カナダ小麦局(英語版)在日事務所職員である26歳の男性、Aが捜査線に浮上した。Aにはタイプ経験や容貌の他にも、
牛乳配達員やタクシー運転手の経験から、高い運転技術と現場周辺の土地鑑を持つ
脅迫状から検出された犯人のものと血液型が一致する
ジュラルミンケースから検出されたものと土質が似ているとされた恋ヶ窪への居住歴がある
事件に関連して掛けられた脅迫電話と声が似ている
所有するバイクや出身高校の制服、鳥打帽が犯人のそれと似ている
事件発生の2日後に転居し、その後勤務先を欠勤したうえに退職している
金に困って質屋通いをしていた
友人とともに電車に乗っていた際、「刑事が尾行している」と囁いて電車から飛び降りたことがあった
新聞で報道される三億円の犯人像と自分が似ている、と触れ回っていた
などの点で犯人として疑われる部分があった。また、現金輸送車の乗員などの目撃者にAの写真を見せたところ、「全般的に似ている」「これまで見せられた写真の中では一番良く似ている」「目が優し過ぎる」などの証言が得られていた。
カナタイプと運転技術方面を担当した捜査班は、この段階でAを8割の確率で犯人と考えていたという。その一方、Aの私信から筆跡鑑定を行った科捜研文書鑑定課長の町田欣一は、「絶対に筆跡が違う」として捜査方針に反対した。また、事件後にもAの金回りに変化がないなど否定的な材料もあったため、捜査本部はAの調べについては慎重かつ秘密裏に進めることとしていた。
この調査結果は、逮捕状の発布にかかわった裁判官にまで警告を発している点で、異例のものとして注目を集めた。
続くメディアに対する調査結果として委員会は、アリバイ判明の端緒となったのも新聞報道であるという事実はあるにせよ、「別件逮捕の段階であり、かつ否定材料の存在することが捜査当局から発表されているにも拘らず、〔A〕氏の氏名を明らかにし、同氏が三億円事件についての容疑が極めて強い印象を与える強烈な記事を掲載したことは〔A〕氏の人権を侵害するものである。特に毎日新聞のこれに関する報道は、同社の自認するように〔A〕氏の人権を無視するものがあったといわねばならない」と結論した。翌1971年(昭和46年)3月、委員会は朝日・毎日・読売・日経・サンケイ・中日の6社社長に宛て、犯罪報道に当たっては被疑者の名誉と人権を尊重するよう勧告を発した。
その後、Aは毎日新聞社と警視庁に対し損害賠償を請求した。しかし、訴訟は弁護士に任せきりであったため、毎日新聞社とは30万円で和解し、警視庁に対する訴訟はなし崩し的に取り下げられたという。