ゾイドバトルカードゲーム
『Bランク』山札に3枚まで
『Cランク』山札に4枚まで
他に類を見ない斬新なゲームシステムだったが、ルールが複雑なうえゲームバランスが洗練されているとはいえず、高性能なカード1枚の使用により状況が一変する様な事も多々あった。特に「手札枚数のバランス」に関しての設定が曖昧で、無条件に山札から3枚のカードを手札に加える事が可能なCランクのイベントカード「補給部隊」などは最たる例である。
また、基地の耐久力が低くZOCのルールも存在しないため、高速な飛行ゾイドの急襲で瞬く間に基地が破壊されてしまうことも多かった。そのため基地を使わない事を推奨されたこともある。
共和国は機動力と近接格闘に優れたゾイドが多く、帝国は遠距離戦の得意なゾイドが多いのが特徴。
攻撃の命中判定を、6面体サイコロひとつをふって行うため、どれだけ強力なゾイドやカードを揃えても、運次第ではまったくその力を発揮できないこともある。
※1:搭乗ゾイドも含め本ゲームの追加マップ『ゾイドバトルカードゲームノートマップ』が初出。ノートマップにはそれぞれの乗機のゾイドカードが付録として添付された。キャラクター自体はパイロットカードとして通常ラインナップ。
※2:本ゲーム用に一般公募から採用されたキャラクター。