長州藩
恭順派の追手から逃れていた主戦派(正義派)の高杉晋作が、慶応元年(1865年)に奇兵隊など諸隊の力を得て下関功山寺で挙兵し、美祢郡大田・絵堂の戦いで俗論派を破った(功山寺挙兵)。この後、潜伏先より帰って来た桂小五郎(木戸孝允)を加え、俗論派にかわって再び正義派が政権を握り、藩論は武備恭順に転換した。この方針に従って村田蔵六(大村益次郎)が登用され、彼の主導下で藩の軍制改革が実施された。特別資金であった撫育方の貯蓄金を放出して銃器や艦船など装備の洋式化を図って幕府の再征に備えた。
同年には、土佐藩の坂本龍馬の亀山社中の仲介でイギリスの軍艦ユニオン号を薩摩藩の名義で50,000両で購入し、これがきっかけとなって薩摩藩との関係が改善し、慶応2年(1866年)には、龍馬や中岡慎太郎を仲介として長州藩の木戸と薩摩藩の西郷隆盛、小松帯刀らが京都・薩摩藩邸において会談し、6カ条からなる薩長同盟を締結。倒幕の機運は高まった。又、5月に敬親が山口に戻った事で(周防)山口藩が再び成立する。
同年6月、幕府は諸藩の反対が強い中で第二次長州征伐を強行したが、晋作と大村益次郎の軍略により長州藩は四方から押し寄せる幕府軍を打ち破り、第二次幕長戦争(四境戦争)に勝利する。7月に大坂城で家茂が死去すると、幕府軍は撤退を決定する。長州藩に敗北した幕府の威信は急速に弱まり、大政奉還、王政復古へとつながった。