秋田戦争
8月23日、新政府軍は角館から刈和野にいたる山道口にわたって大反撃を開始する。庄内一番大隊の主力は大曲にあったが、午後4時ころ、玉川を渡河して花館を襲撃した。薩摩藩の正規軍が庄内軍の前線を突破して、大曲に進撃した。庄内藩は決死隊を編成して鹿児島軍の陣地を夜襲し、多数の兵士を捕らえた。
8月25日、庄内二番大隊の酒井吉之丞と一番大隊参謀長・坂右近助が相談し、角館攻略を決定した。8月26日午後2時頃、庄内二番大隊は南楢岡を出発して、角間川の渡しを越え、翌日の午前2時過ぎに大曲へ入った。入れ違いで庄内一番大隊が出発し、四ツ屋の浅瀬に向かったが、夜が明け新政府軍の反撃を受けたので渡河を中止した。川端より引き返し、次の戦略目標の角館を攻めることに決して、横堀に宿営した。
8月28日、国見で仙台藩兵と落ち合った。仙台藩兵を先鋒にして、庄内藩と松山藩で攻撃を開始した。新政府軍の強固な土塁陣地が多数あり、対岸高台の陣地や大威徳山の砲台から激しく仙台軍・庄内軍を砲撃した。また、生保内方面から攻める予定だった盛岡藩とも挟撃して角館を攻略する予定だったが、盛岡藩は8月26日頃すでに敗退し、9月6日には自国に引き返していた。
新政府軍には平戸藩が応援に駆けつけた。攻撃三日目、冷たい風雨が吹き荒れ、玉川が増水して渡河が不可能になり、盛岡軍も現れなかったので、角館攻略を断念。
1930年(昭和5年)に制定された秋田県民歌は4番まであるが、そのうち3番の歌詞で秋田の歴史を謳っており、秋田出身の国学者である平田篤胤・佐藤信淵と戊辰戦争で錦旗を守った先人を讃えている。ただし、県内には列藩同盟に与した亀田藩や盛岡藩の所領だった地域も含まれているためか、現在では2番までを歌うことが慣例になっている。
30日と9月1日は両陣とも攻撃準備を行っている。2日午前6時に佐賀の大砲の音を合図に、岩瀬村において久保田藩側の総攻撃が始まった。盛岡藩側も待ちかまえており、この岩瀬会戦が南部・秋田戦線の最大の戦闘となった。この戦闘では佐賀兵も一時撤退を指揮官に訴えるなど苦戦した。また、盛岡側も楢山佐渡が敗兵を厳しく叱責するなど敢闘精神を見せたが、正午頃には大勢が決まり、盛岡藩兵は撤退した。このとき、米代川沿岸にいた盛岡藩兵は久保田藩側の急迫に退路を失い、渡河する途中で多くの犠牲者を出した。大館南部の山道を辿った久保田藩の部隊は板沢村の盛岡藩の部隊を急襲、盛岡藩側は前線から離れている場所の昼食時という不意を狙われ、幹部級の戦死者4名をだし、多量の軍資金や軍需品を置き去りにして敗走した。
2日から5日にかけては大館近郊での戦いが続いた。双方必死の攻防が続いた。6日朝6時に大館への総攻撃を計画していた久保田藩側だったが、盛岡藩側は扇田村が占領され退路を断たれる危険性をおそれたのか、5日夜に既に大館を総撤退しており戦闘はなかった。6日久保田藩は大館を奪還した。
7日久保田藩兵側は藩境の町である十二所を回復した。その後、十二所地区や雪沢地区で、終戦まで一進一退の攻防が続いた。盛岡藩側も藩境を突破されないように強硬に抵抗を行った。
久保田藩では藩土の3分の2が戦火にかかり、人家の四割が焼失した。奥羽鎮撫使に随従した15藩の約1万の将兵、新庄藩・本荘藩・矢島藩から逃亡してきた藩主・藩士の家族のまかないをすべて久保田藩が負担することになり、推定総額675,000両(官軍・藩兵推定15,000人の動員費375,000両、被災領民の年貢免除分50,000両余、その他の軍諸給金25,000両、銃器購入費100,000両、汽船購入費70,000両、その他軍需品購入費55,000両)の戦費を消費した。
明治2年(1869年)6月、新政府から賞典(永世禄)として、久保田藩へ2万石、新庄藩へ1万5千石、弘前藩と本荘藩へ1万石、矢島藩へ1千石が、また岩崎藩(久保田新田藩)へは賞典金(一時金)として2千両が下賜された。これらは戦費・戦災に対してまったく見合わない少額であり、藩士・領民には廃藩置県後も新政府に対する不信感が残った。
秋田戦争で久保田藩士たちと共闘し、新政府軍では最多の戦死者を出した佐賀藩(およびその支藩である小城藩)藩士たちは、秋田市八橋の全良寺官軍墓地、新屋の忠専寺・天龍寺・葉隠墓苑、能代市二ツ井町の清徳寺に、地元住民の手によって葬られた。その後、秋田市と佐賀県武雄市との間で交流が始まり、戦後150年となる2018年には秋田・武雄両市市長出席のもと「秋田市及び武雄市の交流に関する協定書」が締結。秋田市と武雄市の間では現在も様々な取り組みが行われている(後述)。