交差提示
交差提示樹状細胞は、中枢性・末梢性の免疫寛容の促進に大きな影響を及ぼす。中枢性免疫寛容過程においては、T細胞の発生と成熟が行われる場所である胸腺内に樹状細胞は存在している。胸腺樹状細胞は、死んだ髄質胸腺上皮細胞(英語版)(mTEC)を取り込み、自己ペプチドに対して高い親和性を有する細胞傷害性T細胞に対するネガティブセレクションのために自己ペプチドをMHCクラスI分子に交差提示する。組織特異的抗原の提示はmTECによって開始されるが、mTECでのAIRE(英語版)の発現と胸腺樹状細胞によるmTECの取り込みによって強化される。中枢性免疫寛容における樹状細胞の機能については不明点が比較的多く残されているが、胸腺樹状細胞はT細胞のネガティブセレクション時にmTECを補完するものとして作用しているようである。
末梢性免疫寛容に関しては、末梢組織の休止状態の樹状細胞は自己ペプチドに対して親和性を有する細胞傷害性T細胞に対して自己寛容を促進することができる。こうした樹状細胞は細胞傷害性T細胞による獲得免疫応答を調節し、また自己組織に対して高い親和性を有するが中枢性寛容を回避することができた細胞傷害性T細胞を調節するために、リンパ節内で組織特異的抗原を提示する。交差提示樹状細胞は、自己高親和性細胞傷害性T細胞に対しアネルギー、アポトーシス、もしくは制御性T細胞への誘導を行うことができる。このことは自己免疫疾患に対する防御や、自己特異的細胞傷害性T細胞の調節と深く関係している。