地方出入国在留管理局
局長
次長(東京1、名古屋1、大阪1)
総務課
職員課(東京のみ)
会計課(東京、名古屋、大阪、福岡のみ)
用度課(東京のみ)
診察室(東京、名古屋、大阪のみ)
監理官(東京1、札幌1、仙台1、広島1、高松1)
審査監理官(東京2、名古屋1、大阪1)
警備監理官(東京2、名古屋1、大阪1)
首席審査官(札幌1、仙台1、東京16、名古屋8、大阪7、広島3、高松1、福岡3)
首席入国警備官(札幌1、仙台1、東京10、名古屋5、大阪5、広島1、高松1、福岡1)
旧地方入国管理局では札幌、仙台、広島、高松にも次長が置かれていたが、地方出入国在留管理局では廃止された。更に2021年4月に、東京の次長が2名から1名になり、福岡の次長は廃止された。
一般にブロック機関である国の地方支分部局は、部制となっており、同じ法務省の地方支分部局の矯正管区(第一部から第三部までの3部)、法務局(総務部(東京、大阪のみ)、訟務部、民事行政部、人権擁護部)、公安調査局(総務部、調査第一部、調査第二部)は部制であるが、地方出入国在留管理局は部が置かれていない。