レイテ島の戦い
攻撃の好機と考えた第16飛行団長新藤常右衛門中佐は四式戦闘機「疾風」11機にタ弾を搭載させて出撃を命じた。この攻撃は成功して第16飛行団は隊長の山崎機以下の4機「疾風」を失ったが、偵察機の報告によって地上のアメリカ軍機約100機を撃破したことが判明し、司令部に帰った富永は満面の笑みで新藤に「よくやった。偵察機が撮ってきた戦果の写真はいずれそちらに送る」と称賛の電話をかけている。しかし、新藤の再出撃の申し出に対しては「昼間攻撃に引き続き夜間攻撃を行わんとする貴官の決心は壮とするも、貴隊に残された以後の任務はなお高い。敵飛行場の夜間攻撃は、爆撃隊に実施せしむ」とし「あすは、一日中、操縦士をゆっくり昼寝させてくれ」と休養を取るように命じている。新藤は富永が第16飛行団の戦力を温存したいという好意を感じて、その配慮に感謝している
第16飛行団の攻撃で大損害を被った極東空軍司令官のケニーは、これまでに確保した飛行場にレーダーを設置して、日本軍の空襲を警戒していたが、この後も、第4航空軍の攻撃機はそれを嘲笑うかのように、山稜ごしに熟練した操縦技術で低空で侵入し連合軍のレーダーを妨害して空襲を繰り返した。1944年11月4日未明にも一式戦闘機「隼」、「九九式双軽爆撃機」、「九九式襲撃機」がタクロバン飛行場を攻撃し、アメリカ軍機41機以上が撃破され、第345爆撃航空群要員100名以上が戦死するという甚大な損害を被っている。第4航空軍の空襲に手を焼いたケニーは、タグロバンにリチャード・ボング少佐や、トーマス・マクガイア少佐など34名のエースパイロットを呼び寄せたが、わずか24時間の間にその半数が日本軍機に撃墜されて戦死している。
1944年3月 第14軍、大本営の直属(1942年6月 - )から再び南方軍に編入される
4月 南西太平洋方面連合軍司令官ダグラス・マッカーサー大将、ニューギニア・ホーランジアにフィリピン奪還司令部を置く
6月 南方軍、総司令部をシンガポールからマニラに移す
7月24日 大本営、捷号作戦準備を決定し、南方軍、関係軍司令官に下令する
7月28日 第14軍から第14方面軍に改編される。その下に第35軍創設
8月下旬 第14方面軍司令官 黒田重徳中将が更迭される
9月15日 米統合参謀本部、マッカーサー将軍に対し10/20にレイテに上陸、ニミッツ提督は「これに協力」と命令を下す
9月21、22日 米機動部隊、マニラを空襲。日本軍の被害甚大。対日協力のフィリピン大統領ラウレル、対米英宣戦を布告
9月28日 第一方面軍司令官 山下奉文大将、満州牡丹江から軍用機で立川へ。3年ぶりに日本の土を踏む
9月29日 山下大将、大本営に出頭。翌日、宮中に伺候する。山下大将、第14方面軍司令官に着任
10月5日 山下大将、軍用機で所沢飛行場を飛び立つ。翌日夕刻、マニラ市に到着
第35軍直轄部隊 参加者 10,932 戦死者 10,682 軍司令官 鈴木宗作中将戦死
第16師団(サマール島含む) 参加者 18,608 戦死者 18,028 師団長 牧野四郎中将戦死
第1師団 参加者 13,542 戦死者 12,742 セブ島へ 750名が撤退、片岡董中将生還
第26師団 参加者 13,778 戦死者 13,158 師団長 山県栗花生中将戦死 師団長(後任)栗栖猛夫少将戦死
第102師団の一部 参加者 3,142 戦死者 2,822 師団長 福栄真平中将、セブ島へ無断撤退。戦後、戦犯として死刑。
第68旅団 参加者 6,392 戦死者 6,302 旅団長 栗栖猛夫少将(第26師団師団長に転出) 旅団長(後任)沖静夫少将戦死
その他の部隊 参加者 17,612 戦死者 15,527 第30師団の歩兵第41連隊と第77連隊、第8師団の歩兵第5連隊、独立混成第55旅団の一部、海軍伊東陸戦隊など
1944年10月17日にレイテ島に連合軍大艦隊接近との偵察機からの報告があった。台湾沖航空戦で大損害を被ったアメリカ軍艦隊が接近する台風を避けて避難しているに過ぎないとの楽観論もあったが、第4航空軍司令官の富永恭次中将は大本営の戦果報道は過大であると疑っていたこともあって、これが連合軍により本格的な上陸作戦と判断し、即座に「軍は死力を尽くしてレイテ来攻の敵を撃滅せんとす」と全軍に訓示した。指揮下の精鋭第2飛行師団に、日本陸軍が航空要塞として整備してきたレイテ島西のネグロス島に進出し、迎撃準備するように命じた。実際にこの大艦隊はレイテ島上陸を目指してダグラス・マッカーサー大将が直卒する大艦隊であったが、迎撃を命じられた第2飛行師団は、航空畑一筋で歩んできた師団長山瀬昌雄中将が、15日のアメリカ軍機動部隊の空襲で重傷を負い、急遽、騎兵畑で、航空は素人の木下勇中将が後任の師団長となっており、手際の悪さから準備に数日を要してしまい、易々とアメリカ軍の上陸を許してしまった。第4航空軍は手持ちのわずか50機で、ダバオ誤報事件後の混乱で大損害を被っていた海軍第一航空艦隊の30機と共に連合軍の大艦隊を迎え撃つことになり、第一航空艦隊司令長官の大西瀧治郎中将は、少数の手持ち機で戦果を挙げるために神風特別攻撃隊を編成している。
第4航空軍は限られた手持ちの戦力で全力攻撃を行い、10月19日には20機、20日に14機の攻撃機を出撃させた。20日には出撃した飛行第62戦隊の渡辺武志大尉率いる6機の一〇〇式重爆撃機「呑龍」のうち1機が大艦隊の外縁の列で航行中であった軽巡洋艦「ホノルル」に接近、無数の対空砲火を浴びせられる中、冷静に好位置から魚雷を発射し、見事に命中させると無事に飛び去っている。