軍事貴族
一方、頼朝の政権確立後も大内惟義・源頼茂・藤原秀康など一部の軍事貴族は頼朝と主従関係を結びながらも、従来のように治天の君である後鳥羽上皇によって検非違使や北面武士に任じられて朝廷や京都市中の警固にあたるとともに朝廷の軍事力の基盤を担っていた。だが、彼らの多くが上皇が起こした承久の乱に連座して滅亡に追い込まれ、姿を消すことになった。
平氏政権の滅亡は、在地農民層を武士の起源とする見解からは、平氏が武家としての本分を忘れて公家に取り込まれてしまったのが原因とされた。しかし、公家を武家の起源とする見地から見れば、むしろ平氏は軍事貴族としての従来の立場、武家としての本分に忠実であったと言える。平氏を打倒した源氏の側が、軍事貴族としての立場より、その軍事力の源である在地領主層を基盤とする立場に移動するという、新路線を歩んだのである。
また、南北朝時代に初代美濃守護となった土岐頼貞をはじめ、室町幕府を開いて征夷大将軍となった足利尊氏も、広義的な意味で軍事貴族となるも、応仁の乱によって足利将軍家は軍事貴族の機能を喪失して下剋上を迎え、同時に土岐氏も家臣の斎藤道三に国を奪われたたことから、完全に軍事貴族の意義は途絶えてしまった。
律令国家が建設される以前の古墳時代・飛鳥時代においても、軍事を主務とする豪族が存在した。当時、ヤマト政権内において特定の職務を担当する同族集団、すなわちウヂが存在しており、その中で軍事を担当するウヂに物部氏や大伴氏、紀氏と平群氏などがあった。
しかし、7世紀後期に形成していった律令制は、官僚制を原則としており、ある氏族が特定の官職を世襲することを否定した。律令に基づいて各地に軍団が設置されると、物部・大伴両氏に代わって軍団が軍事を担うこととなった。
その後、軍団は8世紀末から9世紀にかけて廃止され、軍事動員を必要とするときは、国衙から太政官へ上申し、太政官から「発兵勅符」を得た上で、国衙が国内の各戸から兵を徴発したり健児を動員するという方式で対応していた。常置の国家正規軍は存在しておらず、必要のあるときのみ、臨時の正規軍が編成される仕組みとなっていた。
9世紀末頃になると、百姓らの偽籍・浮浪・逃亡が顕著となり、軍事動員の対象となるべき百姓を各戸ごとに把握することが困難となった。さらに、東国において群盗の横行が常態化するようになっていた。