全日本鉄道労働組合総連合会
その後、旧鉄労系と旧動労系の間で組織を二分する対立が生じ、結局鉄労色の強いJR東海労組(後のJR東海ユニオン)・JR西労組・JR四国労組・JR九州労組の4組合がJR総連を離脱した。これらの会社のJR総連支持派組合員はこれに反撥して新組合JR東海労、JR西労、JR九州労(後に解散し、一部はJR九州ユニオンへ移行)を結成、JR総連に加盟して分裂した。これらの会社では総連系の組合は少数派に転落した。その後1992年(平成4年)5月18日に、1987年(昭和62年)2月28日に国労から分離発足した旧日本鉄道産業労働組合総連合(旧鉄産総連)労働組合が総連を離脱した4組合に合流し、日本鉄道労働組合連合会(JR連合)を発足させている。なお、2006年(平成18年)7月に先述したJR九州労の解散に端を発する組織問題からJR九州ユニオンがJR総連からの脱退を表明(後に除名)。2006年8月以降、JR四国・JR九州にはJR総連加盟組合は存在しない。
JR総連には旧・日本テレコムの流れを汲むソフトバンク労働組合も加盟していたが、情報通信事業のグローバル競争などを踏まえ、2019年の第35回定期大会においてJR総連からの「卒業」の承認を受け、情報労連に移籍した。
JR総連の実質的な前身である国鉄動力車労働組合(動労本部)が革マル派の影響下にあったと公然と言われていたが、現在もなおJR総連が革マル派の影響下にあるという見方がある。
革マル派との関係については、以前から『週刊文春』や『週刊現代』などが取り上げていたが、2010年(平成22年)2月、警察庁は広報誌にて「労働運動等への介入を強めた過激派」への動向に警鐘を鳴らした上で、JR総連やJR東労組に革マル派が浸透しているとの認識を示した。これについて佐藤勉衆議院議員が第174回国会の質問答弁にて鳩山由紀夫首相に問い質したところ、鳩山首相は「JR総連及びJR東労組の影響を行使し得る立場に、革マル派活動家が相当浸透している」との答弁書を送付した。更に、8月3日に開催された第175回国会衆議院予算委員会にて衆議院議員の平沢勝栄が「JR総連及びJR東労組の政策調査部長という幹部が民主党の公認で全国比例区から出馬し当選している」と指摘、それに対して国家公安委員会委員長の中野寛成(当時)は「革マル派が相当浸透しているとの認識は事実である」「候補者が民主党から出たいと希望し、当時の民主党執行部が判断し、公認した」という趣旨の答弁を行った。