産経新聞の報道
この経緯を受けての事と思われるが、沖縄の基地の建設・物資輸送の警備を担当する警備会社テイケイが、彼らが入手した航空写真を自社の従業員4人に1日がかりでカウントさせた結果として、参加者数は1.9万人~2万人弱であったとした。産経新聞はこれを東京の警備会社の専門家が2万人弱と算出したとし、さらに、警察関係者が4万人強、専門家が2万人弱としているにもかかわらず、先の集会の主催者は11万人を訂正しようとしないと批判した。その一方で、産経新聞自身は4万人強説と2万人弱説のどちらを事実と考えているのかを明らかにせず、4万人強説の自社報道を訂正することもなければ、彼らが言うところの警察関係者の流言?を指弾することもなく、かといって2万人弱説の警備会社やその説を取る一部団体のメンバーを数字を誤っているとして批判する事もなかった。(のみならず、この頃、教科書検定の維持を主張する団体のメンバーと思われる人間による2万人弱説を、何ら疑問を付するわけでもなく、そのまま頻繁に紙面に掲載している。) 2007年11月20日、産経新聞朝刊にて、日本会議傘下の全日本学生文化会議の学生達が9月29日の沖縄県民集会について沖縄県民723人を対象にアンケートを行った結果、「参加した」が11.2%だったと報じた。(なお、当時の沖縄県の総人口は約136万人)
2008年、アパグループが主催した「真の近現代史観」懸賞論文で「大東亜戦争は侵略戦争ではなく、アメリカ合衆国のフランクリン・ルーズベルトによる策略が原因」と政府見解と異なる歴史認識を主張したため航空幕僚長を更迭された田母神俊雄について、同情的な論調を展開した。特に週刊新潮などで田母神を最優秀賞にするための工作があったのではないかと報道されたことに対しては、産経新聞客員論説解説員で当該論文の選考委員であった花岡信昭が2008年11月11日の紙面で「(疑惑の原因となった発言をした)秘書は田母神氏の受賞を最終的に認め、満場一致で決まったのである。
翌日、読売グループの日本テレビは自社番組ズームイン!!SUPER中の「新聞のミカタ」で、産経新聞のこの報道を“何の根拠あってのことか説明せよ”と批判した。結果的に小泉首相は訪朝に政府専用機を使用している。
2002年、小泉首相10月訪中決定との記事を一面にスクープとして掲載したが、同日中に福田康夫官房長官に否定された。以後、2006年の小泉退陣まで訪中は実現しなかった。
2003年6月24日、大前研一が社長を務めるコンサルティング会社と、当時不正資金提供事件で元会長らが商法の特別背任罪に問われていたダスキンとの契約について、疑義を呈する関係者の見解を掲載。大前側は、「事実無根の記事で名誉を傷つけられた」として、産経新聞社に対し2億円の損害賠償を求めて訴訟をおこした。2005年1月28日、東京地裁は、「コンサルティング業務は無形のものであり、報告書などがないからといって業務をしていない疑いがあると即断したのは拙速だ」と指摘し、産経新聞社に200万円の支払いを命じた。
2003年10月24日の産経抄で、「偽エチオピア皇帝事件」を引き合いに出して有栖川宮詐欺事件を取り上げたが、前日の毎日新聞コラム『余録』に、ほぼ同じ内容(引用元は種村季弘『詐欺師の楽園』、岩波現代文庫)が掲載されていた。
2005年4月15日付け1面に、第14回地球環境大賞の授賞式に関連して、実際にはそのような事がないにもかかわらず、秋篠宮文仁親王が「おことば」の中で『また今年から、フジサンケイグループが一体となってこの顕彰制度を主催することになり、「環境」と「経済」が両立する持続可能な社会の実現に向けて、ますますその役割を深めていくことを希望します』とフジサンケイグループの主催に言及したとする虚偽の記事を掲載した。
米兵がそういう酔った女性に乱暴したとすればまことに許しがたいが、彼は『合意だった』と供述している」「性犯罪は加害者が絶対に悪いことはいうまでもないが、こちらも相手にすきを見せないことである。誤解を恐れずに書けば、日本の至るところで風紀がゆるんでいるのではないか」と書き反論した。
2003年2月23日付け「主張」で、「性教育 児童に過激な内容は慎め」と題し、七生養護学校を不適切な性教育を行っていると批判した。詳細は「七生養護学校事件」を参照
広島平和記念式典で発表される 広島市長平和宣言 を『主張』や『産経抄』で批判している。 2003年8月7日朝刊主張において、アメリカ同時多発テロ事件に言及した“報復は暴力の連鎖しか生まない”のくだりに「対テロ作戦は国際的合意に基づくものだ」と対テロ戦争を支持。 2005年7月に原爆慰霊碑破損事件が発生したため、直後の広島平和記念式典で碑文の文言(「過ちは繰り返さない...」)を平和宣言の締めに使ったことに対し「(すべて日本が悪かったと)謝罪の呪縛にとらわれているとすれば残念である」として、文言について占領史観と批判した。 2006年8月7日朝刊主張において、「アメリカの核を非難する前に北朝鮮の核にこそ備えるべきではないか」とした。 2007年でも前年に前長崎市長・伊藤一長が平和宣言に北朝鮮の核問題を触れたことを引き合いに、「何故北朝鮮の核開発に触れないのか」と批判。 2008年8月6日には米国の核兵器のみを批判し、核実験を行っている北朝鮮に触れない秋葉忠利広島市長を批判した。2009年8月5日には“北の核についてより踏み込んだ発言を期待する”と主張(ただし、平和教育については一定の必要性を認めるなどはしていた)。広島市側は2005年の平和宣言で北朝鮮の核についても言及しているとして、この批判に対し“無視”の方針を採っている。