甘利荘
その後、甘利荘の在地領主は定かではないが、「武田福寿丸申状」『八坂神社記録』(紙背文書)に拠れば、南北朝初期に没収された石和御厨の還付を願う武田政義の子・武田福寿丸が、忠頼子孫に甘利荘が還付されたことを先例として挙げている。甲斐一条氏は忠頼死後に武田信光の子・一条信長により継承された。信長は神山町武田に鎮座する武田八幡宮へ大般若経を奉納しており、信長の孫・時信の子孫は戦国時代に甲斐・信濃の国境を防備する武川衆として配置されているなど当地との関わりが深く、甘利荘を領有していた可能性が考えられている。
鎌倉時代には本家の宝荘厳院が衰退したため、甲斐源氏の支配を脱していると考えられている。文永8年4月27日北条時宗下文『紀伊三浦文書』によれば、鎌倉時代後期に甘利荘が北条得宗家領であったことを示しており、幕府執権の北条時宗は「武田三郎入道妙意」を甘利荘南方の地頭代に任命している。このことから甘利荘においては、荘園を分割する下地中分が行われていたことが確認される。戦国期の文書には「甘利」を関した分割地名が見られる。
地頭代の「武田三郎入道妙意」は「武田姓」を称していることから甲斐源氏の一族と推定され、通称「三郎」を称していることから一条信長の子・一条義長に比定する説がある。一方で、この文書では北条氏の命で武田氏の人物が地頭代に任命されていることから、地頭は北条氏で、得宗被官であった武田氏が地頭代に任命されたと解釈する説もある。さらに、得宗被官である武田氏としては通称「三郎」を称している武田政綱・武田信家が存在しており、いずれかに該当するとする説もある。