筑後船小屋駅
1928年(昭和3年)7月20日:鉄道省により、鹿児島本線の船小屋駅(ふなごやえき)として開業。
1961年(昭和36年)10月1日:貨物取扱廃止。
1971年(昭和46年)2月20日:荷物扱い廃止。無人駅となる。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が承継。
1998年(平成10年)3月12日:南船小屋信号場 - 新八代間着工(スーパー特急方式)。
2004年(平成16年)6月24日:九州新幹線 船小屋駅設置認可。
2009年(平成21年)3月1日 :ICカードSUGOCAの利用を開始。
2011年(平成23年)3月12日:九州新幹線の博多駅 - 新八代駅間が開業し、停車駅となる。同時に筑後船小屋駅(ちくごふなごやえき)に改称。在来線の駅は九州新幹線と鹿児島本線の接続駅として従来の位置より南へ約500m移転され、同時に有人化される。
2017年(平成29年)3月11日: 新幹線ホームの駅員配置を廃止。
九州新幹線(鹿児島ルート)八代 - 西鹿児島間は、新幹線規格の構造物を建設するものの、狭軌 (1,067 mm) の線路を敷設することで在来線との直通運転を行う新幹線鉄道規格新線(スーパー特急方式)として着工されていた。1996年(平成8年)12月の「整備新幹線の取扱いについて 政府与党合意」では、九州新幹線(鹿児島ルート)の新規着工区間として船小屋 - 新八代間の新幹線鉄道規格新線が示された。この合意に基づいて、1998年(平成10年)1月に「政府・与党整備新幹線検討委員会における検討結果」が公表され、同年3月に船小屋 - 新八代間約83 kmの暫定整備計画が決定された。この時点では、博多方面から在来線(鹿児島本線)を走行する列車が船小屋駅(当時)の南方約1 kmに新設される南船小屋信号場からスーパー特急方式で建設された九州新幹線に乗り入れ、熊本・西鹿児島方面に至る計画であった。その後、2001年(平成13年)に博多 - 西鹿児島(現:鹿児島中央)間の全区間がフル規格で着工されることが決定したが、この時点で九州新幹線の船小屋駅設置は盛り込まれなかった。2004年(平成16年)6月に国土交通省は九州新幹線の建設主体である鉄道・運輸機構に船小屋駅設置を認可した。これについては、古賀誠の「政治駅」的設置だとして一部週刊誌で取り上げられている。
新幹線駅は当初、2面2線構造での計画だったが、JR九州の要望と負担により、下り線に待避線を追加した2面3線構造に変更となり着工した。また駅開業に合わせて、アクセス道路(福岡県道96号八女瀬高線)が福岡県と筑後市によって整備された。