2008年中華民国総統選挙
2005年7月に行われた党主席選挙で、馬英九が王金平立法院長に20万票以上の大差をつけるなど、以前から馬英九が国民党の候補者に選ばれる空気が出来上がりつつあった。しかし2006年後半から取りざたされた台北市長時代の特別支出費に関する横領疑惑で状況が一変する。2007年2月に馬英九が起訴されると、2月13日に中央常務委員会を開き、起訴された段階で党員としての権利が停止され一審で有罪となれば除名されるという「排黒条款」について、党章(党規約)に抵触するとして無効とする見解を示した。しかしこのことがかえって馬英九を総統選挙の候補者にするためのものだという批判を呼んだ。
国民党の予備選挙には、馬英九のほかに高雄師範大学の雷僑雲教授が出馬を表明したが、雷僑雲は予備選挙への登録に必要な署名を集めることができなかった。また、出馬が有力視されていた王金平も立候補の表明を行わなかった。このため、予備選挙への登録を行えたのは馬英九ただ一人という状況になり、国民党は5月2日、中央常務委員会において馬英九を総統選挙の候補者とすることを正式に決定した。
総統選挙には副総統候補とコンビで立候補することになるが、馬英九はこの人選に苦労することになる。当初、副総統候補を王金平と考えていたが、互いの意見が一致せず、両者の話し合いは5月31日に決裂する。6月23日、副総統候補として蕭万長元行政院長が最終的に選ばれた。