臭化エチジウム
核酸に結合して強い蛍光を発するので、特に分子生物学実験における核酸の検出用に使われている。通常はPCR産物や制限酵素処理断片のような二本鎖DNAが検出対象であるが、一本鎖RNAも検出される。これは一本鎖RNAは高次構造をとって分子内で塩基対合を作っており、ここにインターカレートされるからである。
通常はアガロースなどのゲルを用いて電気泳動を行い、ゲルに紫外線を照射して蛍光を検出する。紫外線は目や肌に有害であるため、紫外線をカットするフィルター越しに観察するか、カメラの付いた撮影装置の中で紫外線を照射する。インターカレートされる臭化エチジウムの量はDNA分子の大きさにだいたい比例するので、蛍光の強さでおよそのDNA量を見積もることができる。
塩化セシウム平衡密度勾配遠心法でDNAを分離する際にも使われる。DNAの二重らせんは、臭化エチジウムが1分子インターカレートされるごとに12度巻き戻り、そのため浮遊密度が小さく(軽く)なる。このときDNA分子の性格によってその程度に差が出るため分離が可能になる。例えば無傷の環状プラスミドにはインターカレートされにくいため、ニックの入った環状プラスミドや直鎖状DNAよりも密度が大きくなる。またインターカレートはAT塩基対の多い領域に選択性を示すため、DNA分子のGC含量に応じて分離することができる。この方法でDNA分子のGC含量を定量することもできる。
また染色体の構造異常を顕微鏡で観察する際に、染色体の凝集を和らげる目的で使われる。