林野庁
1985年8月1日 - 名古屋営林局を営林支局に改組。全国で9営林局5営林支局の構成となる。
1988年10月1日 - 林業試験場を森林総合研究所に改組。
1995年4月1日 - 林業講習所を森林技術総合研修所に改組。
1999年3月1日 - 管理部と業務部を統合し国有林野部を設置。 営林局を森林管理局に改組し、全国7か所に配置。 従来の9営林局5営林支局のうち廃止される2営林局5営林支局は暫定的に分局(北海道内4か所、青森、東京、名古屋)として残置。 営林署は森林管理署に改組。
2001年1月6日 - 指導部を森林整備部に改組。
2001年4月1日 - 森林総合研究所を分離して独立行政法人森林総合研究所を設立。
2004年4月1日 - 暫定的に置かれていた森林管理局分局(7か所)を廃止。
2006年5月26日 - 行政改革推進法が参議院本会議で可決・成立。国有林野事業の一部と森林国営保険を独立行政法人に移管することを検討すると規定。
2011年7月26日 - 菅第2次改造内閣が「森林・林業基本計画」の変更を閣議決定。
2012年6月21日 - 「国有林野の有する公益的機能の維持増進を図るための国有林野の管理経営に関する法律等の一部を改正する等の法律」が衆議院本会議で可決・成立。国有林野事業特別会計を廃止し、事業を一般会計化するもの。
2013年4月1日 - 国有林野事業特別会計の廃止、事業の一般会計化が施行。
農林水産省が主管する独立行政法人のうち、林野庁所管は2022年4月1日現在、森林研究・整備機構である(2022年4月1日現在)。森林研究・整備機構は森林及び林業に関する総合的な試験及び研究、林木の優良な種苗の生産及び配布等を行うことにより、森林の保続培養を図るとともに、林業に関する技術の向上に寄与することを目的とする(森林研究・整備機構法第3条第1項)。また、森林保険を効果的かつ効率的に行うことを目的とする(森林研究・整備機構法第3条第2項)。1905年に設置された農商務省山林局林業試験所を起源とし、1988年に林業試験場を改組するとともに森林総合研究所に改称。2001年、林野庁(施設等機関)から分離して独立行政法人となり、。2017年4月1日に森林研究・整備機構となった。主務課は林野庁森林整備部研究指導課である。
2003年(平成15年)10月に緑資源公団から独立行政法人に改組して発足した緑資源機構は、2007年(平成19年)の緑資源機構談合事件を契機に、同年度限りで廃止された。同法人が行っていた水源林造成事業等は森林総合研究所に、海外事業は国際農林水産業研究センターにそれぞれ継承された。また、森林総研と同じく2001年に林野庁から分離され独立行政法人となった林木育種センターは、2007年度に森林総合研究所に吸収統合され、林野庁が主管の独立行政法人は、森林総合研究所(現 森林研究・整備機構)のみとなった。
農林水産省が主管する特殊法人(2022年4月1日現在<)、特別の法律により設立される民間法人(特別民間法人、2022年4月1日現在)、認可法人、地方共同法人及び特別の法律により設立される法人で林野庁が主管するものはない。