ハネモ目
色素体として葉緑体のみをもつ場合(homoplastidy)もあるが、サボテングサ亜目は葉緑体とアミロプラストを両方もつ (heteroplastidy)。葉緑体はときにピレノイドをもつ。イワヅタ属では、色素体DNAがピレノイド中に局在する例が知られる。ほとんどの種は、カロテノイドとして青緑色光吸収能をもつシフォナキサンチンとシフォネインをもつが、チョウチンミドロ属はシフォナキサンチンを欠く。
ハネモ目の藻体内部は基本的にひとつながりであり、原形質の流出を防ぐ意味での傷害に対する修復機構が発達している。傷害時には、アクチン繊維が関与した細胞膜の急速な収縮が起こり、また細胞壁を閉じる栓が形成される。イチイヅタでは、傷害時にカウレルペニン (caulerpenyne) とよばれるテルペノイドからオキシトキシン2 (oxytoxin 2) を生成し、これがタンパク質を架橋して急速に栓を形成する。またカウレルペニンは、同様の反応によって植食者への化学的防御物質 (毒) として機能することが知られている。