日本組合基督教会
その後、組合とミッションの両方の委員の会議の結果、組合教会は自らに属する教会を明確に区別し、それらは伝道会社からの補助があったとしても、ミッションより独立自給することになった。このように、組合教会は日本で最初にミッションから独立し、自給自治を達成することになった。
やがて、ミッションと組合の間の不信感も解消され、教会側は直接伝道に携わる宣教師に伝道会社の客員として協力するように要望して、ミッションもこれを受けいれた。
その後、一致教会との合同の協議を重ねるも不調に終わり、同志社を拠点に活動し、「組合教会の三元老」と呼ばれた海老名弾正、小崎弘道、宮川経輝らの指導の下に日本のプロテスタントの中の三大教派の一つになる。1910年の日韓併合時より、朝鮮総督府から巨額の資金援助を受けて、渡瀬常吉を派遣し、朝鮮植民地伝道を繰り広げた。1912年には教職者142人、教会数91、教会員17816人となる。
組合教会の教職養成を一手に引き受けていた同志社神学校は1912年に専門学校令による同志社大学神学部、1920年に大学令による同志社大学文学部神学科へ移行することとなる。
1920年代ごろから天皇制を賛美した。1941年に日本基督教団に第三部として参加し組織は消滅する。
1935年(昭和10年)には長谷川初音が最初の女性牧師に就任する。