原子位置の二乗平均平方根偏差
R M S D = 1 N ∑ i = 1 N δ i 2 {\displaystyle \mathrm {RMSD} ={\sqrt {{\frac {1}{N}}\sum _{i=1}^{N}\delta _{i}^{2}}}}
ただし、δi は座標変換された i 番目の原子と参照構造で対応する原子との距離である。これは、たびたび炭素・酸素・窒素といったタンパク質主鎖での相対的に重い原子で計算され、Cα(アミノ酸中心炭素原子)のみで計算されることもある。
タンパク質が並進・回転移動を経てRMSDを最小化する最も適した重ね合わせが得られると、この最小値が値として用いられる。 n {\displaystyle n} 個の二組のベクトル v {\displaystyle \mathbf {v} } と w {\displaystyle \mathbf {w} } が与えられると、RMSDは以下のようにも表される。