南禅院
文永元年(1264年)、亀山天皇は禅林寺の南側にあるこの地に、離宮・禅林寺殿を建てた。離宮は「上の御所」(上の宮)と「下の御所」(下の宮)に分かれており、弘安10年(1287年)に亀山上皇によって、「上の御所」に持仏堂の南禅院が建立されている。
正応2年(1289年)、亀山上皇はこの地で出家して法皇となると、正応4年(1291年)に離宮・禅林寺殿を無関普門を開山として寺院化させ、龍安山禅林禅寺と名付けた。その後、禅林禅寺は規模を拡大させて名称も南禅寺と改めると、発祥の地であった持仏堂の南禅院はその塔頭とされた。
明徳4年(1393年)に焼失し、応永27年(1420年)に北山御所の寝殿を移築するが、文安4年(1447年)の南禅寺大火で再び焼失した。応仁の乱以後は荒廃していたが、元禄16年(1703年)に桂昌院(徳川綱吉の母)と円成院禅尼(木下利三の縁者)によって再興された。
1888年(明治21年)には南禅院の前に琵琶湖疏水を流す水路閣が建てられている。
1937年(昭和12年)には将棋の坂田三吉と木村義雄の対局が南禅院で行われている。