フィリスのアトリエ 〜不思議な旅の錬金術士〜
装備さえしていれば各キャラがそれを使用可能(ただし錬金術師以外のキャラは使用アイテムに制限がある)。更に今回はそれまでの「装備枠」の概念は無く、1マスにつき1つ装備が可能になっており(このマスはゲーム中で経験を積むと増えていく)、利便性は向上した。アイテムの使用回数補充の機能も健在で、今作には前作でその役割を担っていたコルネリアは登場しないが、公認試験に合格しソフィー達をパーティーメンバーに加えた後にソフィーからコルネリアを模した人形が渡され、それを使うとアイテム補充が可能になる。仕組みは彼女の好物でもあったミルクを渡すと、アイテムを使用後にアトリエに入った後に自動で回数が全快(但しミルクを渡す以前までに消費した使用数は含まない)するというもの。ただしミルクが切れると補充はされなくなる。ミルクは通常の方法では入手出来ない為、店で購入するしかない。
調合システムは前作『ソフィーのアトリエ』と同様だが、新たに乗り物などを作る「超弩級調合」が追加される。又、黄昏シリーズのように錬金レベルが一定になっていなければ調合が行えなくなっている。