守護国界章
巻中之下 謗法者の浅八大義を弾ずる章の第十五 如来の使、伝ふる所の八大義を助照する章の第十六 如来の使、伝ふる所の仏教の七善を助照する章の第十七 謗法者の浅仏教の十徳を弾ずる章の第十八 如来の使、伝ふる所の方便品の文句の短尽を助照する章の第二十 如来の使、伝ふる所の一大事を助照する章の第二十一 麁食者、示す所の一大事を駮する章の第二十二 如来の使、伝ふる所の無二無三を助照する章の第二十三 麁食者、示す所の無二無三を駮する章の第二十四 如来の使、伝ふる所の三車の体を助照する章の第二十五 麁食者、示す所の三事の体を駮する章の第二十六
巻下之上 麁食者、謬りて一切の有情皆悉く成仏するを破するを弾ずる章の第一 麁食者、謬りて、定性の二乗、無余に入りて後回心をすると破するを弾ずる章の第二
巻下之中 麁食者、謬りて報仏の智常を破するを弾ずる章の第三 真如所縁縁種子を救ふ章の第四 有漏より無漏を生ずる諍を評する章の第五 偽りて教の前後を破ナるを弾ずる章の第六 偽りて教の権実を破ナるを弾ずる章の第七 五種姓の謬を決する章の第八 謬りて小乗畢覚無種性の有情を建立するを決する章の第九 無種性有情の相を示すを讃ずる章の第十 華厳家の一乗の義を救ふ章の第十一
巻下之下 謗法者、法華を謗する詞を弾ずる章の第十二
なお、最澄の著作とされる『法華去惑』は、『守護国界章』中巻と大同小異であり、草稿ではないかと考えられている。