ボリビア独立戦争
ペルーは巨万の富が埋蔵されているポトシの鉱山を保持しようとしたため、この改革はペルーにとって喜べるものではなかった。その後の数十年間、ペルーとリオ・デ・ラ・プラタはチャルカスと政治的に、そして経済的に結びつけるべく争った。1890年5月25日、チュキサカの住民はボリビア独立戦争の火蓋を切り落とす最初の反乱に参加した。
1784年、スペインはインテンデンシア制(英語版)を導入、ラパス、コチャバンバ、ポトシ、チュキサカの4インテンデンシアを設立した。この制度では権力が少数のスペイン王直属官僚に与えられた。制度導入の目的は収入を増やすことと、ほかの権力者による権力の乱用を防ぐことであった。その後、インテンデンシア制によりアウディエンシアの権力が制限された。
ボリビア人はクリオーリョ、メスティーソ、先住民族の3種類に分けられた。権力の座についたのは影響力のある半島人(英語版)であり、彼らはスペイン本国から植民地に向かい、教会や政府の高い役職についたのであった。それ以外のボリビア人の社会地位は全てこのエリート層より下である。クリオーリョはスペイン人の血統を有するラテンアメリカ生まれの人であり、半島人のみが権力の座につけられることに不満を持ち、この不満が独立戦争の起因の1つになった。クリオーリョの下の階層はメスティーソ、すなわちスペイン人と先住民族の混血である。スペイン人と先住民族が混血した理由は、植民地でスペイン人女性が不足したためであった。
スクレを市中心部まで連れて行くために古代ローマ風のチャリオットまで準備した。
スクレは7月10日にチュキサカで会議を開き、チャルカスの国制を定めようとした。この委員会で討議された選択肢はアルゼンチンとの連合、ペルーとの連合、そして完全独立の3つであった。ボリバルの望みはペルーとの連合であったが、委員会の結論は独立だった。そして、1825年8月6日の独立宣言に委員会の全員が署名した。ボリビアの国名がボリバルを由来とすることに疑義はなかったが、ボリバル由来の国名が選ばれた理由は諸説紛々であった。一部の歴史家はボリバルがペルーとの連合を望んだため、人々がボリバルの反対を恐れて彼をなだめようとしたと主張した。ボリビアは現代でもボリバルの誕生日を祝うという。ボリバルは大統領を5か月間務め、減税を断行したほか、先住民族への援助として土地改革を行った。ボリバルが大コロンビアに戻ると、次期大統領にスクレが就任した。スクレは先住民族に強いられた税金を軽減しようとしたが、それがなければアルゼンチンによるボリビア侵攻を防ぐための大コロンビア軍を維持できなかったため、減税の計画は失敗した。
それ以降、現地のエリート層が議会を支配した。彼らはスクレの努力を支持したが、大コロンビア軍の駐留には怒った。暗殺が試みられた後、スクレは1828年4月に辞任、ベネズエラに戻った。ボリビア議会は次期大統領にラパス出身のアンドレス・デ・サンタ・クルスを選出した。サンタ・クルスは元王党派軍士官であり、1821年以降サン=マルティンの下、続いてエクアドル戦役でスクレの下で働き、1826年から1827年までペルー大統領を短期間務めた。サンタ・クルスは1829年5月にボリビアに到着、大統領に就任した。