ヨハネス5世パレオロゴス
1341年、父が早世したため9歳で即位した。ところがそのために、国政の実権は皇太后アンナ(サヴォイア伯家出身)とコンスタンティノポリス総主教ヨハネス14世カレカスが握り、摂政政府を樹立した。摂政政府は父の重臣ヨハネス・カンタクゼノスと対立し、五年以上にもわたる泥沼の内乱に突入する。内乱は1347年にカンタクゼノスの勝利に終わり、彼は娘ヘレネーをヨハネス5世と結婚させて義父となった上で自ら皇帝として戴冠してヨハネス6世カンタクゼノスを名乗り実権を握った。しかも、ヨハネス5世はなお「熱心党」支配が終了したテッサロニキの行政職に残され、首都の政局から遠ざけられてしまう。彼の周囲にはなお反カンタクゼノス派の有力者や市民が集まり、次第に対立を深めていく。
ヨハネス5世は1352年、セルビア王ステファン・ウロシュ4世ドゥシャンと同盟を結んでヨハネス6世に宣戦するも、ヨハネス6世を支援したオスマン君主オルハンに敗北し一旦亡命を余儀なくされる。その後レスボス島のジェノヴァ人領主ガッティルシオ家の支援で帰国し、1354年末にヨハネス6世を隠退させて支配権を回復した。
しかし、1341年に始まったこの内乱期の間に、帝国はテッサロニキを除くマケドニア地方の大半、エピロス、テッサリアなどバルカン半島西部の主要な領土をセルビアに奪われて殆ど失ってしまった。またライバルであった義父ヨハネス6世を支援していたトルコ人がバルカンに上陸しそのまま定着を始めてしまった。1360年代の数年間に彼らはアドリアノープルをはじめとする首都の周辺地を全て支配下に収めてしまう。復位に成功したとはいえ、ヨハネス5世にこうした問題に対処し解決するだけの能力もなくまた手段も残されてはいなかった。