女子教育
これが現在の白百合学園である。
1879年(明治12年)、イングランド国教会の宣教組織、東洋女子教育協会 (FES) からの女性宣教師ミス・メアリー・J・オクスラドが大阪川口居留地4番に永生女学校を開校(現:プール学院中学校・高等学校(大阪市生野区))。
1879年(明治12年)、米国メソジスト監督教会婦人外国伝道協会の宣教師エリザベス・ラッセルが長崎市東山手16番館に「女学校」(当初の正式な校名は不明)を開校(現:活水中学校・高等学校)。
1880年(明治13年)、ハリエット・ブリテンにより横浜山手48番に「ブリテン女学校」が設立される(現:青山学院横浜英和中学高等学校)。
1884年(明治17年)、カナダ・メソジスト教会(現在のカナダ合同教会)婦人伝道会社から派遣された宣教師ミス・カートメルにより麻布鳥居坂に東洋英和女学校が設立される。
1884年(明治17年)、米国カンバーランド長老教会外国宣教局により、大阪川口居留地にウヰルミナ女学校が開校した(現:大阪女学院中学校・高等学校(大阪市中央区))。
なお、男子の最初のミッションスクールは、1871年、チャニング・ウィリアムズ主教が築地居留地に開校した私塾である(現:学校法人立教学院)。次いで創設されたのは、1878年にジュリアス・ソーパーが築地1丁目に設立した男子校「耕教学舎」である(現:学校法人青山学院)。
キリシタン時代の日本において活躍したイエズス会は、「日本にカトリック高等教育機関を」という教皇庁の求めによって明治の終わりになって来日し、1913年(大正2年)に上智大学を開いている。