小諸藩
仙石家の上田藩移封廃藩後、小諸の地は第2代将軍・秀忠の3男忠長(甲府藩主20万石)の所領として併合された。小諸城代は屋代秀正、三枝昌吉、依田守直らが務めた。代官は設楽権兵衛、岩波七郎右衛門、平岡岡右衛門が務めた。寛永元年(1624年)に駿府藩50万石に加増で移封される。
慶安元年(1648年)、大番頭より抜擢された青山宗俊が3万石の大名として小諸に入り、また信濃国内の1万5000石の天領を預かった。宗俊は老中青山忠俊の息子で、八重原用水・御影用水などが造られている。また新田開発植林事業などが慶安年間に行なわれた。寛文2年(1662年)3月、宗俊は2万石を加増されて大坂城代に転出し、5月に丹波篠山藩に移封された。この時代に行なわれた用水路工事はかなりの難工事だったと伝わる。
このときは河井継之助の調停によって解決している。慶応4年(1868年)、康済は信濃追分において赤報隊と戦ってこれに勝利したが、これが原因で新政府に逮捕された。その後、岩倉具視や碓氷峠の守備などで功を挙げたため罪を許されたが、直後に小諸騒動が再燃して藩内で混乱が続いた。
明治元年(1868年)11月9日(新暦12月22日)、小諸藩主・牧野康済は、家臣の加藤六郎兵衛成美・牧野求馬成賢等に騙されて、家老ほか4名の斬首刑を執行。これを知った家老1名は、出奔という事件がおきて混乱を極め、統治不能となった。結局、加藤六郎兵衛・牧野求馬の謀略は露見して、加藤は永禁固(無期禁固)、牧野求馬は家は閉門、本人は禁固・出獄後は謹慎・刀取りあげ・親子兄弟以外面会禁止となったほか、加藤・牧野求馬一派は処罰された(詳細→小諸騒動)。
藩主・康済は、明治2年の版籍奉還により小諸藩知事となる。その後も藩内両派の確執が続き、江戸時代の家老に相当する大参事を自前で出すことができず、本藩の長岡から大参事を招聘した。
明治4年(1871年)7月の廃藩置県により小諸県となり、康済は従五位下に叙せられ、小諸県知事に任じられた。同年12月に小諸県は長野県に吸収された。
藩主家は、康済が康民と名を改めて、華族(子爵)に列したが、その家督を相続した康強は、妻帯をせずに子がないまま没した。このため公家出身の嵯峨公勝・南加の男子・嵯峨次郎を養子(牧野康熙と改称)として辛うじて存続された。