芳賀氏
これに対し、成綱は永正9年(1512年)高勝を自害させた。これにより家中は芳賀氏方と成綱方に二分され、「宇都宮錯乱」とよばれる内紛が勃発した。これは古河公方足利政氏と嫡子高氏(のち高基)との対立も背景にあったと見られており、政氏側に芳賀氏が、高氏方に成綱が付いていた。
内紛は2年ほど続いたが、成綱方の勝利で幕を閉じた。芳賀氏は一族の高孝(建高)が継いだが、成綱の弟・興綱がその後嗣に入っており、宇都宮氏に取り込まれる形になった。成綱は芳賀氏との内紛でまとまっていなかった家中を再編し、佐竹氏の二度の侵攻を撃退して壊滅的な被害を与え、古河公方の力も利用しつつ積極的に領土拡大を図り宇都宮氏の全盛期を築いた。しかし永正13年(1516年)に成綱が没すると、18代当主宇都宮忠綱の皆川領への度重なる無謀な侵攻によって家中は再び不安定になる。宇都宮錯乱で一族を殺され恨みを持った芳賀高経が壬生綱房、結城政朝らと内通し、忠綱を追放して一族の芳賀興綱を当主にしようと動き始める。大永6年(1526年)、芳賀興綱が結城政朝の支援を受け、成綱の跡を継いだ忠綱に叛いた。この争いは重臣の壬生氏や芳賀氏、益子勝宗ら益子氏の支持を受けた興綱および結城側の勝利に終わり、興綱が宇都宮の家督を継承した。芳賀氏の家督は高勝の弟・高経が継いだ。
高経は宇都宮興綱を支えたが、「宇都宮錯乱」で一族を失った高経と興綱の間はうまくいかず対立し、天文5年(1536年)に高経は壬生綱房と結んで興綱に反乱、興綱の子・尚綱を宇都宮当主に据え、興綱を自害に追い込んだ。しかし高経はその後、尚綱や綱房と対立し、天文10年(1541年)に高経が討ち取られ、高経の子・高照は那須氏の下へ逃れた。高照の弟の高継は益子氏が庇護した。
高継は宇都宮家の家臣として仕えたが、天正年間に一時離反したともいわれる。高継の跡は宇都宮広綱の子・高武が継いだ。高武は宇都宮一族として兄・国綱を支え活躍し、豊臣秀吉の奥州仕置では6万石を領した。
しかし慶長2年(1597年)、高武は兄・国綱の養子のことで内乱を引き起こしたとされ、宇都宮氏・芳賀氏は改易された。以後、宇都宮氏と同じく大名への再興も無く、芳賀氏は没落してしまった。なお高武の子・高成は水戸徳川家に仕えたといわれる。