分子置換
回転関数では、未知のパターソンマップを、既知のホモログ構造から得られた異なる方向のパターソンマップと比較する。歴史的にはR因子(英語版)と相関係数のいずれか一方または両方が回転関数のスコアに使用されていたが、最近のプログラムでは最尤法ベースのアルゴリズムが使用されている。2つの構造(既知および未知)が類似した配向にある場合、最も高い相関関係(したがってスコア)が得られる。この相関関係は、オイラー角または球面極角で出力できる。