海峡交流基金会
台湾側は「二つの対等な政治実体」による協議、武力行使の放棄、政治の民主化を要求し、激しく対立。「対話の強化」「人的交流の促進」の基本的原則の合意にとどまる。
1999年7月:李登輝総統が両岸関係を「特殊な国と国の関係」と定義したことに中国側が猛反発(二国論参照)。汪会長の年内訪台予定が流れる。
2000年3月:台湾の台湾総統選挙で、「国民投票による台湾共和国建設」を党綱領に掲げる民進党の陳水扁が当選。以後、両岸交渉はほぼ中断する(対照的に、後に政権を奪還する中国国民党と中国共産党の党間交流・政策協議は進展した)。
2008年3月:台湾の台湾総統選挙で、「92コンセンサスを基礎とする両岸交流」を掲げる国民党の馬英九が当選。
2008年6月3日:海基会を所管する国務院台湾事務弁公室主任(閣僚級)に、外交官の王毅駐日大使が就任。
2008年6月12日:海基会・江丙坤董事長と海協会・陳雲林会長が北京で15年ぶりのトップ会談(第一次江陳会談)。週末直航チャーター便の運行、中国住民の台湾旅行枠拡大、双方の常設連絡事務所(領事館に相当)の設置などについて合意した。 江董事長が胡錦涛中国共産党総書記との会談で「台湾側は、世界貿易機関(WTO)、アジア太平洋経済協力会議(APEC)を例として、国際組織への実務的な加盟を希望し、世界保健機関(WHO)への加盟を目標としている」と迫ると、胡総書記は「国際社会での活動空間において、双方が共同で努力し条件を作ることについては、両岸間は話し合いを行う価値がある」と応じた(2009年5月、WHO年次総会への台湾のオブザーバー参加が認められた)。