ダイヤモンドフェリー
シルバー割引 - 20%割引(繁忙期は適用不可) 旅客運賃のみに適用され、車両は対象外だが、等級差額には適用可能。またドライバー本人がJAF会員の場合は車両運賃にJAF会員割引を併用可能。
JAF会員割引 - 10%割引(通年) 会員証所持のドライバー本人と同乗者全員に適用。繁忙期を含めたすべての期間で利用可能だが、二輪車については会員本人のみに適用され、同乗者は対象外である。
身体障害者割引、知的障害者割引、精神障害者割引 - 50%割引(適用対象の詳細は公式サイトを参照) 第1種の手帳を所持している場合は全等級本人と介護者1名が5割引となり、乗用車がある場合は車両運賃も5割引となるが、二輪車は適用外である。第2種の手帳を所持している場合は本人のみが割引対象となるが、割引できる等級は2等・ツーリスト・2等寝台・スタンダードのみとなり、車両運賃と1等以上の等級は割引対象外である。
団体割引
代替として2001年9月に航路廃止され係船中だった「さんふらわあ くろしお」を用船するが、大分港に接岸できないことから同年12月中旬まで神戸 - 別府直行便として運航する。
2003年(平成15年)4月1日: 同じ商船三井グループの関西汽船と業務提携し、上りの第3便(「さんふらわあ こがね」「さんふらわあ にしき」)において大分 - 神戸間で共同運航を開始する。「クイーンダイヤモンド」が引退し3隻体制となる。瀬戸内海昼行便が就航する。
2005年(平成17年) 4月1日: 関西汽船と「フェリーさんふらわあ共同営業センター」を設立し、共通の窓口営業を開始する。これに伴い、各種割引の相互利用が可能になる。 10月1日: 中九州航路に、燃料油価格変動調整制度を設定する。
2006年(平成18年) 3月1日: 「フェリーさんふらわあ」共通の会員制度「瀬戸内海倶楽部」を発足する。 10月10日: 大分港乗り場が新ターミナルに移転する。
2007年(平成19年) 7月1日 - ブルーハイウェイライン西日本と経営統合し、大阪 - 志布志航路(南九州航路)を承継する。 11月21日 - 「さんふらわあ ごーるど」が、大阪 - 別府間の関西汽船運航便に就航する。これに伴い関西汽船の「さんふらわあ こがね」がダイヤモンドフェリー運航航路へ移り、「フェリーダイヤモンド」は引退する。
2008年(平成20年) 1月16日: 「さんふらわあ ぱーる」「さんふらわあ ごーるど」が中九州航路の直行便に就航する。また、寄港便は関西汽船運航便と統合し上下1便ずつに集約のうえ昼行便を廃止、合計6隻に減船し「スターダイヤモンド」が引退する。