台湾総督府
二・二六事件は陸軍の青年将校が起したものだったが、事件後の綱紀粛正の名のもとに海軍からも大将2名を予備役に編入することになった。この貧乏くじを引いたのが連合艦隊司令長官を退任したばかりの小林躋造海軍大将で、その処遇のために彼を台湾総督にしたのは当時の新聞が「異例中の異例人事」と評するほどの驚愕人事だった。
小林は在任4年半の間に現地人の皇民化政策を推進したが、ちょうどこの頃に海軍の南進策が国策として固まったことから、次の台湾総督も海軍出身者をということになり、長谷川清海軍大将がこれに決まった。この長谷川もそろそろ予備役に編入されておかしくない年齢だったが、台湾の軍事拠点化を推進するという建前もあって現役のまま総督に就任、ここに武官総督が復活することになった。ただし台湾軍の指揮権は依然として台湾軍司令官のもとに、後にはこれを改編した第10方面軍司令官のもとにあり、長谷川は武官総督といってもその性格は前期のそれとは大きく様相を異にするものだった。
ところが太平洋戦争で日本の敗色が濃くなった1944年暮、人材の不足や台湾決戦を想定して指揮系統を一本化するという名目のもと、第10方面軍司令官の安藤利吉陸軍大将に台湾総督を「兼任」させられると、前期総督と同等の強大な権限を持つに至った。一方で台湾人にも帝国議会の選挙権や被選挙権が与えられるなど、日本人との台湾人の関係対等化も進んだものの、翌年の終戦によって、台湾総督府も降伏し、解体されることになり、1945年10月25日、台北公会堂で安藤は陳儀中華民国台湾省行政長官との間に降伏文書を交わし、半世紀にわたった台湾総督府の歴史に幕を引いた。
台湾への入植が本格化すると、それまで清国が行政庁舎としていた巡撫衙門と布政使司衙門では手狭となったことから、これに換わる台湾総督府にふさわしい新庁舎の建設が急務となった。そこで後藤新平の提唱により、明治40年 (1907年)5月に台湾総督府新庁舎の設計懸賞が官報により告知された。これが日本初の正式な設計コンペとなった。総督府の土木局局長の長尾半平、野村一郎、建築家の辰野金吾、伊東忠太らの審査により、甲賞は該当者なく、乙賞に辰野の弟子だった長野宇平治の基本設計案が選ばれ、これが採用されることになった。
ただ長野の設計案は装飾の少ない新古典主義建築で、中央の塔も低く、総督府としての象徴性に乏しいという批判があった。そこで辰野の助言に基づいて中央塔の高さを60メートルに延長したのをはじめ、森山松之助など総督府営繕課所属の建築家によってさまざまな変更が加えられた。大正8年(1919年)の完成時には、赤レンガ造の建造物としては日本一背が高いものになった。