コインブラ大学-アルタとソフィア
1338年、アフォンソ4世の時代に、大学は一度リスボンに戻されたが、1354年に再びコインブラへと移転された。 フェルナンド1世が君臨していた1377年に、大学はまたもリスボンへ移され、150年以上にわたってそのままとなった。
1537年、ジョアン3世の時代に、大学はみたびコインブラに戻され、それ以降は他の都市に移転することは無かった。移転の背景としては、影響力を強めていた大学を首都から隔離する意図があったとされる。大学はコインブラのアルカソヴァ宮殿に置かれ、教員や全蔵書を含む大学に関する全てがリスボンから移ってきた。ジョアン3世は、前世紀にイタリアで生まれた新しい理念を導入することを試みた。彼はポルトガル人が留学するための奨学金を創設し、ポルトガルの人文主義者で当時パリにいた博識のアンドレ・デ・ゴウヴェイア(英語版)をコインブラ大学のコレジオ・ダス・アルテス(ポルトガル語版) (Real Colégio das Artes e Humanidades / Colégio das Artes, 1542-1837) の学寮長に任命した。ゴウヴェイアは、神学のエリ・ヴィネ(フランス語版)、数学のペドロ・ヌネシュ、法学や古典学のディオゴ・デ・テイヴェ(フランス語版)など、多くの教授たちを招聘した。
この時期の大学はイエズス会に委ねられており、前出のコレジオ・ダス・アルテスをはじめ、コレジオが次々と設立された。