大学共同利用機関法人
国立研究開発法人 宇宙航空研究開発機構 宇宙科学研究所 (神奈川県相模原市中央区)
大学共同利用機関である文部科学省宇宙科学研究所は、独立行政法人航空宇宙技術研究所および特殊法人宇宙開発事業団と統合されたため大学共同利用機関法人へ参加しなかったが、国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構法に基づき、大学共同利用システムという名称で大学共同利用機関としての機能を維持しており、総合研究大学院大学の基盤機関である。
独立行政法人 メディア教育開発センター (千葉県千葉市美浜区)
大学共同利用機関としては唯一単独で独立行政法人へ移行したが、平成21年度に廃止。