分子類似性
分子類似性の概念における機能とは、例えば、無機的、生物的環境内で化合物が反応相手に持つ効果である。生物的効果は化合物の生理活性量を用いることで通常は定量化されるので、その効果の類似性も同様に生理活性量で定量化できる。一般的に、機能は化合物の(他の化合物に対する)化学活性と関連している。
「分子類似性」(または「化学的類似性」)は、ケモインフォマティクスで最も重要な概念である。化合物の性質を予測し、所定の性質を持つ化学薬品を設計すること、および、利用可能な(または潜在的に利用可能な)化学薬品の構造を含む巨大なデータベースをスクリーニングすることによって医薬品設計が行われるが、その研究において分子類似性の概念は重要な役割を果たす。これらの研究は「類似した化合物は類似した性質を持つ」というJohnsonとMaggioraの類似性質原則 (similar property principle) に基づいている。