ゴジラvsモスラ
当初の企画案は『モスラVSバガン』というモスラが主役の映画だった。この企画は1990年を公開予定とし、大森一樹によって脚本が準備された。しかし『ゴジラvsビオランテ』の評判を見て、次企画はゴジラ主役の映画『ゴジラvsキングギドラ』となり、その次回作として『ゴジラVSギガモス』や先の『モスラVSバガン』を原案に、敵怪獣をバガンからゴジラに変更し、『ゴジラvsモスラ』に落ち着いた。『ギガモス』が制作されなかったのは、登場予定だったメカニコングが権利関係が東宝とRKOとの間で曖昧であったためこれを明確にしようという意図もあったが、RKO側から製作した場合トラブルが生じる可能性があるとの回答が出されたためである。東宝プロデューサーの富山省吾は、正月映画であるため新しい企画でのチャレンジよりも盤石の布陣とすることを選んだ旨を語っている。
別案には、前作の続編として宇宙怪獣のキングギドラが登場する『キングギドラの逆襲』という企画も存在したが、キングギドラが連続することを避け本作品に至った。
前作の東京国際映画祭での先行上映が好評であったことから本作品の制作が正式決定し、前作公開時に一部劇場で特報が流された。
監督は、前作までの大森一樹に替わり、前年に『超少女REIKO』で監督デビューした大河原孝夫が務めた。
丸友観光社長秘書。28歳。
インファント島が自社の地所であるため、調査に赴く拓也と雅子に同行する。社長・友兼の命令に従順で、輸送中に孵化してしまったモスラの卵の代わりにコスモスを誘拐し、友兼の下へと差し出すが、拓也たちやコスモスとの交流を経て、会社や自分の行為に対して疑問も抱いていく。
最終的には手段も犠牲も厭わず会社の利益のみに固執する友兼の醜い本性に反発し、決別した。ラストシーンでは拓也たちと共に宇宙に旅立つモスラを見送る。
川石版コミックスでは、友兼の役割を担った悪役となっている。
太平洋小笠原沖に巨大隕石が落下したことにより、メカキングギドラとの戦いで海底で眠りについていたゴジラが目覚めた。一方、南洋のインファント島では巨大台風と乱開発の影響で、地中より巨大な謎の物体が出現した。
トレジャーハンターの藤戸拓也はアユタヤでの盗掘と遺跡破壊行為の免罪を条件に、元妻の手塚雅子、島の開発を行なっている丸友観光の社員・安藤健二とともにインファント島へ調査に赴く。彼らが目にしたものはモスラの巨卵だった。丸友観光の社長である友兼は、宣伝目的でモスラの卵を日本へ輸送することを決定する。
しかし、コスモスと名乗る島の2人の小美人は、バトラの復活による危機を警告する。そんな中、北の海の氷河からバトラが目覚め日本に侵入、名古屋に現れ街を破壊し地中へと消える。一方、卵の輸送船「ありあけ丸」は太平洋フィリピン沖を曳航中にゴジラの襲撃を受ける。卵からはモスラの幼虫が孵化し、口から糸を吐いて応戦する。そこにバトラも現れ、三つ巴の戦いが始まった。
東都大学地質学教授で、同大学環境情報センター主任。雅子の上司であり姉婿にもあたる。45歳。
雅子と同様に国家環境計画局にゴジラ研究と環境破壊対策の両面で協力する。理知的で物静かな第一印象だが決断力に優れ、富士山からの避難途中、道で倒れていた母子を救出する場面もある。 富士山麓で母子を救出するシーンは、『モスラ』での福田善一郎がダムで赤ん坊を救出するシーンをオマージュしている。
ゴジラとバトラが海中に沈んで戦いを続けるさなかに海底火山が爆発。両者はマグマの中に消える。
コスモスは拓也たちと同行していたが、安藤によって誘拐され、友兼は彼女らを社のイメージキャラクターにしようと画策するが、コスモスを密かに国外の研究機関へ売り渡そうとする拓也によってコスモスは拉致される。一方、モスラはコスモスを追い、海上自衛隊の迎撃を突破して東京に上陸。拓也たちやコスモスがいるホテルの寸前にまで到達するが、改心した拓也によって解放されたコスモスの説得により大人しくなると、出動した陸上自衛隊の攻撃をものともせずに国会議事堂に繭を作り、やがて成虫へと変化を遂げる。時を同じくして富士山が噴火し、噴出する溶岩の中からゴジラが出現した。
飛び立つモスラの前に成虫となったバトラも出現。両者が横浜みなとみらいで激突しているところに丹沢山地での自衛隊迎撃ラインを突破したゴジラも現れ、再び三つ巴の戦いが始まる。