東日本旅客鉄道新潟支社
トッキーはその後新潟駅で駅ビル事業に着手し、万代口と南口の計3フロア(万代、東、西)から成る「パティオ」をオープン。2004年10月1日、新潟支社管内で駅ビル「セゾン」(新潟駅、長岡駅)と「プラトーゆざわ」(越後湯沢駅)を運営していた「越後ステーション開発」(国鉄→JR東日本と所在3市町の出資による第三セクター)を吸収合併し、この際に3駅の駅ビルの愛称を「CoCoLo(ココロ)」に統一した。この愛称は合併に際し一般公募によって決定されたもので、「2つの会社(Company)が一つになり、心をひとつにして、顧客に心をこめたサービスを提供する。顧客との心のふれあいを大切にし、郷土(Local)の愛情(Love)あふれる良い商品を、良いサービスで提供する」という理念が込められている。また2003年3 - 9月に放映された、新潟県中越地方を舞台にしたNHK朝の連続テレビ小説「こころ」も、命名の背景にあるといわれている。
トッキーはこのCoCoLoのうち新潟、湯沢でテナントを出店しており、同社直営の売店・土産品店の他、大手企業等とのフランチャイズ契約により飲食店等を展開している。また立ち食いそば・うどん店「やなぎ庵」を新潟駅(万代口・CoCoLo万代1階)と長岡駅(大手口・CoCoLo長岡1階食品館)の2か所で出店している。なお酒田駅前に出店していた「酒田そば店」は2011年3月末で閉店した。
※支社境界はいずれも停車場の無い閉塞区間上にあるため、境界線の内側の停車場(駅・信号場など)を記載している。なお、◇が付いた路線は全線が管理区間内に入っている路線、●印が付いた路線は他線接続駅しか管理区間内に入っていない路線である。
この自動改札導入に伴って2004年11月27日、新潟駅周辺30km圏内の区間が大都市近郊区間に設定された。これは東京、大阪、福岡に次ぐもの。その後2008年3月15日からSuicaのサービスエリア拡大に伴って、対象区間が延伸された。2014年4月1日にも新潟近郊区間が拡大され、その中の一部の駅でSuicaが使えるようになった。
下記の区間内各駅相互発着の運賃は最短経路で計算される。ただし区間内での途中下車はできない。また上越新幹線の区間は近郊区間に含まれない。
※太字:2014年に延伸された対象区間
信越本線:直江津駅 - 長岡駅 - 新潟駅
弥彦線:弥彦駅 - 東三条駅(全線)
越後線:柏崎駅 - 吉田駅 - 新潟駅(全線)
羽越本線:新津駅 - 新発田駅 - 村上駅
白新線:新潟駅 - 新発田駅(全線)
磐越西線:五泉駅 - 新津駅
上越線:小千谷駅 - 宮内駅
↑ 喜多方駅との間の濁川橋梁の西側の最初の踏切から若干山都寄り(会津若松起点18.3km地点)に東北本部との境界がある。
↑ 只見駅との間の六十里越トンネル内(会津若松起点95.7km地点)に東北本部との境界がある。
↑ 上越線と接続する小出駅は含まない。
↑ 信越本線と接続する柏崎駅と新潟駅は含まない。
↑ 信越本線と接続する東三条駅、越後線と接続する吉田駅は含まない。
↑ 信越本線と接続する新潟駅、羽越本線と接続する新発田駅は含まない。
↑ 森宮野原駅との間の新潟県と長野県との県境付近に長野支社との境界がある。
↑ 上越線と接続する越後川口駅は含まない。
↑ 該当箇所から若干南野駅寄りに東北本部との境界がある。
↑ 余目駅は羽越本線の駅として計上される。
上越妙高駅は接続する信越本線がえちごトキめき鉄道に移管された上に、両方向の隣の駅が新潟支社の管轄から外れているため、新潟支社の関与も駅運転・営業業務のみとなった(軽井沢駅や新青森駅のように、保線担当支社との管轄の統一等は行われなかった)が、新幹線統括本部の発足により、この管轄形態はJR東日本管内全体に拡大することになった。
管轄区域の過酷な気象条件もあいまって、駅間での長時間停車を含む運転見合わせが頻繁に発生しているが、そうしたトラブルの際の対応遅れによる長時間化や運転再開見込みの甘さ、情報発信不足がしばしば報道で問題視されている。特に、2018年1月11日の豪雪による信越本線普通列車の立ち往生の際は、三条市によるマイクロバス輸送や救助の手助けを断り、立客が発生している混雑した車内で乗客15時間半に渡って閉じ込め続けたことが大きな論争となった。
国鉄時代、新潟鉄道管理局には硬式野球部と軟式野球部があり、このうち硬式野球部はかつて土佐内吉治(元国鉄スワローズ)、今井雄太郎(元:福岡ダイエーホークスほか)など、後にプロ野球でも活躍する好選手を輩出したことでも知られた。しかし国鉄分割民営化に際し1986年限りで廃部となり、民営化後は軟式野球部のみが活動を続けていた。また両野球部は新潟市八千代二丁目(現中央区)に専用グラウンドを所有していたが、国鉄清算事業団によって新潟交通に売却され、万代シテイの駐車場に転用された。さらに2000年代に入ると新潟交通は跡地の一部を新潟総合テレビと不動産デベロッパーなどに譲渡し、その後同局の本社屋、マンションが建設された。
新潟支社は2005年、JRグループ発足20周年を機に硬式野球部を“復活”させることを決定し、2006年シーズンからの新規加盟を目指していたが、2006年12月にJR羽越本線脱線事故が発生したため計画は先送りとなり、2007年に新規加盟を申請した。社会人野球に企業チームとして登録するのは2005年のセガサミー硬式野球部以来。またJR東日本管内ではJR東日本硬式野球部、JR東日本東北硬式野球部の2チームだけが国鉄時代から活動を続けているが、JR発足後に活動を開始もしくは再開した支社の硬式野球部がこれまでに4つあり、新潟は秋田、水戸、盛岡、千葉に次いで5チーム目となる。なお、専用の練習グラウンドは新潟車両センターの敷地内に設けられている。
トッキーでは、新潟支社管内に所在するJR東日本ホテルズ各店舗の運営も行っている。
1999年、佐渡郡相川町(現:佐渡市 相川)に自然志向の滞在型ホテル「ファミリーオ佐渡相川」を6月9日に、長岡駅東口・東西連絡通路沿いにビジネスホテル「ホテルメッツ長岡」を7月21日にそれぞれオープンした。
ファミリーオ佐渡相川は開業以来、冬季間に該当する12月1日から3月31日までを全面休業としている。また2012年シーズンから、佐渡市が所有する地域交流センター「相川健康増進センターワイドブルーあいかわ」で使用している温泉(源泉名:相川温泉)を分湯して大浴場に採用するなど、サービス向上が図られている。
2013年4月8日には、新潟駅南口・西側連絡通路沿いに「ホテルメッツ新潟」を開業した。総客室数197室のうち、4階から7階をスタンダードタイプ、8・9階の2フロア50室を完全禁煙のハイグレードタイプ「スーペリアフロア」とする客室構成として、ホテルメッツとメトロポリタンホテルズの中間業態を目指す。2階にミーティングルーム設ける他、商業スペースとしてレストラン、コンビニエンスストアなどが出店する駅ビル「CoCoLo西館」が同日に開業した。