日本トランスオーシャン航空
JTAは2012年1月17日、16機体制から2013年1月までに4機削減し、12機体制とすると発表した。格安航空会社の沖縄進出を前にした構造改革の一環。これに伴い、2012年3月に那覇 - 久米島線を減便、名古屋/中部 - 石垣線を運休した。また2013年1月には石垣 - 与那国線を減便。那覇 - 久米島線・石垣 - 与那国線は琉球エアーコミューターの増便で対応する。