富士見産婦人科病院事件
この決定に対して被害者は強く反発し、その活動が実を結ぶ形で、2002年12月13日に、医道審医道分科会は、刑事事件とならなかった医療過誤についても、医療を提供する体制や行為時点における医療の水準に照らして、明白な注意義務違反が認められる場合などについては、処分の対象として取り扱うものとする、と発表した。2005年3月2日、医道審は民事裁判の結果をふまえて、元院長(当時78歳)について医師免許取り消し処分とし、勤務医3人を2年~6か月の業務停止とする行政処分を決めた。事件発覚から25年経過していた。民事判決の認定に基づき、医師免許に関する処分が行われるのは初めてであった。また、医療行為そのものが問題視されて医師免許が取り消されたのもこれが初めてであった。
元院長は「当時の医学水準からすればいずれも手術は必要だった」と主張して、免許取り消し処分の無効を求めて訴訟を起こしたが、2009年5月28日に最高裁判所は免許取り消し処分を認める判決を確定した。2011年に元院長は免許取り消し処分の無効と医師免許の再交付を求めて行政訴訟を起こしたが、2013年6月27日に東京地方裁判所(川神裕裁判長)はこの訴えを退けた。「問題とされた手術は正当だった」という元院長の主張に対し、判決は「違法性が極めて大きな手術だった」として取り消し処分を適法とした。
四〇体のうち卵巣のう腫があったのは二例。二例のうち一例の片側は正常だった」と述べた。また、臓器・診療録・摘出臓器写真・卵管造影写真・超音波断層写真の鑑定依頼をうけた慶應病院産婦人科の助教授も証言を行うなどしたものの、この時点では、すでに、傷害罪の公訴時効が成立していた。この事実認定は「学会発表に備える為の子宮摘出手術全例の臓器保存と手術全症例のビデオ撮影記録が決め手となった。なお、「利用目的なくして手術を行ったと証拠からは断定できない」、「病変が全く無く、そのことを医師が承知しながら手術した、とは証拠上断定できない」、「医師から病変を知らされた上で患者は手術に同意した」として不起訴処分としたとする見解も神津康雄から提起されているが、これは、上記名誉毀損訴訟以前の文章を転載するかたちで意見を述べた記載である。