伊賀上野藩
しかし定次は関ヶ原本戦で奮戦し、居城も奪還したため、戦後にその功績を認められて所領を安堵された(上野城の戦い)。
しかし、定次はその後も豊臣秀頼に年賀の挨拶に参城するなど、家中が徳川派と豊臣派とで分裂し幕府への忠義に疑念を持たれる要素があった。慶長11年(1606年)12月23日、上野城が火災で大きく罹災し、その復興問題から両派による抗争が再燃したが、定次にはそれを抑える力が欠如していた。こうした背景の中で慶長13年(1608年)、筒井家重臣の中坊秀祐が、家康に主君定次の悪政や鹿狩での懈怠などを訴えた結果、幕命により筒井氏は改易された。今日では、筒井氏の改易は定次の政務懈怠というよりは、大坂の豊臣家を臨む戦略上の要地である伊賀上野に豊臣氏恩顧の大名である筒井氏が存在する事が、豊臣家の取り潰しを狙う上での危険材料であると考えた家康が、陰謀を仕掛けたという説が有力視されている(筒井騒動)。
なお、定次は鳥居忠政預かりとなり、伊賀上野藩はここに廃藩となった。そして定次・順定父子は大坂冬の陣で豊臣氏と内通していたという嫌疑をかけられて、元和元年(1615年)3月に切腹し、ここに筒井宗家は完全に断絶した。その後、伊賀一国は藤堂高虎が領有、伊勢津藩の一部に組み込まれた。