アクチベーター
アクチベーターによって制御される遺伝子は、必要な転写装置をプロモーター領域へリクルートするためにアクチベーターの調節配列への結合を必要とする。
アクチベーターとRNAポリメラーゼとの相互作用は、原核生物では大部分が直接的なものであるが、真核生物では間接的なものである。原核生物では、アクチベーターはRNAポリメラーゼのプロモーターへの結合を助けるために直接的な接触を行う傾向がある。真核生物では、アクチベーターは主に他のタンパク質と相互作用し、これらのタンパク質がRNAポリメラーゼと相互作用する。
原核生物
原核生物において、アクチベーターによって制御される遺伝子のプロモーターはRNAポリメラーゼ単独で強固な結合を行うことはできない。そのため、アクチベータータンパク質がRNAポリメラーゼのプロモーターへの結合を補助する。これまさまざまな機構で行われ、アクチベーターは、プロモーターがより露出するようDNAを屈曲させてRNAポリメラーゼが効果的に結合できるようにしたり、RNAポリメラーゼと直接接触してプロモータへ固定したりする。
DNA二重らせんの溝の内部では、塩基対の官能基が露出している。DNAの配列は、水素結合、イオン結合、疎水性相互作用が可能な、独特な表面のパターンを形成する。アクチベーターも特有のアミノ酸配列を持っており、その側鎖がDNAの官能基と相互作用する。アクチベータータンパク質を構成するアミノ酸側鎖のパターンは、アクチベーターが結合する特定のDNA配列の表面の特徴と相補的となる。アクチベータータンパク質のアミノ酸とDNAの官能基との間の相補的な相互作用により、アクチベーターとその調節DNA配列との間にはぴったりとフィットするような特異性が形成される。
アクチベーターの大部分は二重らせんのより広い溝である主溝に結合するが、副溝に結合するものもある。
アクチベーター結合部位はプロモーターに極めて近接している場合も、遠く離れている場合もある。調節配列が遠く離れている場合、結合したアクチベーターがプロモーターに位置する転写装置と相互作用するために、DNAはループを形成する。
原核生物では複数の遺伝子が共に転写されるため(オペロン)、複数の遺伝子が同じ調節配列によって制御されている。真核生物では、遺伝子は個々転写される傾向があり、各遺伝子は自身の調節配列によって制御されている。アクチベーターが結合する調節配列はプロモーターの上流に位置するのが一般的であるが、下流に存在する場合や、真核生物ではイントロン内に存在する場合もある。