熊本地方裁判所
(カッコ内は在任期間と異動先)
村上敬一(1997年5月 - 1999年3月 神戸地方裁判所所長)
湯地紘一郎(1999年3月 - 2001年3月 福岡高等裁判所部総括判事)
簑田孝行(2001年3月 - 2003年3月 福岡高等裁判所部総括判事)
森岡安廣(2006年6月 - 2007年10月 大阪高等裁判所部総括判事)
古賀寛(2007年10月 - 2009年1月 福岡高等裁判所部総括判事)
小林正明(2009年1月 - 2010年5月 福岡高等裁判所部総括判事)
難波孝一(2010年5月 - 2012年8月 福岡地方・家庭裁判所小倉支部長)
永松健幹(2012年8月 - 2014年5月 福岡高等裁判所部総括判事)
後藤眞理子(2014年5月 - 2016年2月 大阪高等裁判所部総括判事)
野島秀夫(2016年2月 - 2017年10月 福岡高等裁判所部総括判事)
瀧華聡之(2017年10月 - 2019年5月 大津地方裁判所所長)
松井英隆(2019年5月 - 2021年5月 大阪高等裁判所部総括判事)
片山昭人 (2021年5月 - )
本庁
熊本市、宇土市、宇城市、合志市、菊池市(旧泗水町)、上天草市(旧大矢野町)、菊池郡大津町、菊陽町、阿蘇郡西原村、下益城郡美里町、上益城郡御船町、嘉島町、益城町、甲佐町、山都町(蘇陽総合支所管区を除く)
玉名支部
荒尾市、玉名市、玉名郡玉東町、南関町、和水町、長洲町
山鹿支部
山鹿市、菊池市(旧泗水町を除く)
阿蘇支部
阿蘇市、阿蘇郡産山村、小国町、南小国町、高森町、南阿蘇村、上益城郡山都町(蘇陽総合支所管区)
八代支部
八代市、水俣市、八代郡氷川町、葦北郡芦北町、津奈木町
人吉支部
人吉市、球磨郡錦町、多良木町、湯前町、水上村、相良村、五木村、山江村、球磨村、あさぎり町
天草支部
上天草市(旧大矢野町を除く)、天草市、天草郡苓北町
※ただし、行政事件、各支部の合議事件(裁判員裁判を含む)、玉名・山鹿・阿蘇・天草の各支部の執行事件(不動産競売、債権)、玉名・山鹿・阿蘇の各支部の少年事件は本庁で、人吉支部管内の少年事件は八代支部でそれぞれ取り扱う。