南京国民政府の行政区分
長江下流域及び辺境地区では上記の準中間行政機構が整備された。立法院はこれら準中間行政機構の存在に法的裏づけを与えなかったが、行政事務上の必要から廃止されることなく各省で運営されたため、南京国民政府も現状を承認せざるを得なくなり、共産党との対立の中で、反共政策の実効性のためにも県に対する監督強化が求められ、南京国民政府も省県二級制度の下で新たな準中間行政機構の設置の必要性に迫られた。これを行政督察専員公署と称する。
1932年(民国21年)8月6日、汪兆銘行政院院長及び黄召竑内務部長の連名で『行政督察専員暫行条例』が公布され、行政督察専員制度が正式に発足した。その設置は省政府が省会より遠距離に位置する地方で、特殊事情を有する地区に臨時に行政督専員を設置することができるとし、その職責は法令に違反しない限りにおいて省政府に対し区域内の地方行政事務を補助するものと規定された。専員は管轄区域内の県長より1名が選出され、随時管轄区域内の視察を行うと同時に、各県の地方行政の指導、管轄区域内の県長を召集しての行政会議、官僚の褒賞・懲罰、省政府及び関係官庁への状況報告と定められた。
設治局制度は清末光緒末年に遡る制度であり、東三省などの辺境地区に県を新設する際に、まず設治委員会が派遣され殖民開拓、治安維持を行い行政区画として成立するに足りると判断された際に県に昇格される制度が採用された。北京政府時代に地方行政機構としての設治局の名称が使用され、その長官を設治委員、経費は県の半額と定められた。
1931年(民国20年)6月2日、南京国民政府は『設治局組織条例』を公布、県設置がなされていない地域に暫定的な行政組織として設治局を設置、一定期間経過の後に県に昇格するものとした。設置は省政府より内務部に申請が提出され、行政院が認可するものとされ、設治局長官としては局長が設置されている。
設置地域は開発が遅れていた東北三省及び西北地区に多く設置され、1935年(民国24年)には29設治局が設置されていた。日中戦争期間中は日本軍の侵攻を受けた国民政府が重慶に疎開するなど、政治が偏西する傾向があったため、陝西、甘粛、寧夏、青海、新疆、綏遠、四川、西康、雲南、貴州の各省に多く設置される傾向があり、南京国民政府期に合計145設治局が設置されていた。
1937年(民国26年)、日中戦争が勃発すると首都・南京を日本軍に占領され、国民政府は武漢、ついで重慶に疎開している。戦争期間中、重慶は政治、軍事、経済の中心地となり、1938年に院轄市に昇格している。東省特別行政区は満洲国時代に消滅し各省級行政区画に編入されている。1939年に1月1日川辺特別行政区は西康省と改称された。
1945年(民国34年)、日本の敗戦に伴い満洲国の領域が南京国民政府の施政下に戻った。これに合わせ、政府は今まで省が抱えていた問題(後述)の解決を目指し、従来の東三省を遼寧省、安東省、遼北省、吉林省、松江省、合江省、黒竜江省、嫩江省、興安省の9省に再編した(東北新省区方案(中国語版))。 1946年(民国35年)、中ソ友好同盟条約に基づき今まで独立を認めなかったモンゴルの独立を認め、蒙古地方が廃止された。ただし、内政部は1947年(民国36年)発行の『中華民國行政區域簡表』で「その国境については未定」とした。
日本の敗戦に合わせ、南京国民政府は台湾島と澎湖諸島を接収し、台湾省設置の準備を進めた。1945年(民国34年)8月29日に政府は陳儀を台湾省行政長官に任命、8月31日には『台湾省行政長官公署組織大綱』を策定、10月2日に台北に台湾省行政長官公署が設置され、下部に9市8県を管轄する行政機構が設置された。その後、1947年(民国36年)に二二八事件が勃発すると、政府は事件を鎮圧する一方で台湾省行政長官公署を廃止し、5月17日に台湾省を正式に発足させた。これにより、中華民国政府が発足した1948年(民国37年)時点で、新政府は35省、12直轄市、1地方を管轄した(表2を参照)。