根圏細菌
これら形質の発現に手を加えられた変異体の生成は、各形質がコロニー形成の過程で果たす正確な役割についての理解を助ける。
遺伝子の同定作業の進歩は、遺伝子融合技術による無差別なスクリーニング戦略を用いて行われている。この戦略では、コロニー形成の過程で発現する遺伝子を検出するために、レポータートランスポゾンとin vitroでの発現技術(in vitro expression technology:IVET)とを利用している。
緑色蛍光タンパク質や蛍光抗体などといった分子マーカーを使用することで、共焦点レーザー走査型顕微鏡を用いて根における根圏細菌を観察することが可能となる。加えて、rRNA標的プローブを利用することで、根圏における根圏細菌の代謝活性をモニターすることができる。これら二つのアプローチの組み合わせは、根端に位置する細菌が最も活発であったことを示した。