トワイライトエクスプレス
大阪駅 - 新大阪駅 - 京都駅 - 敦賀駅 - 福井駅 - 金沢駅 - 高岡駅 - 富山駅 - 直江津駅 - 長岡駅 - 新津駅 - (この区間、客扱いなし) - 洞爺駅 - 東室蘭駅 - 登別駅 - 苫小牧駅 - 南千歳駅 - 札幌駅
このほかにも、以下の駅に運転停車していた(2014年3月15日以降、廃止まで)。
酒田駅・秋田駅・大館駅・弘前駅・青森駅・蟹田駅・五稜郭駅 上下とも停車。蟹田駅以外では運転士の交代、青森駅では車掌の交代、青森駅と五稜郭駅では機関車の付け替えが行われていた(後述)。金曜日に大阪を発つ下り列車は五稜郭駅での機関車付け替えの間に函館駅から折り返してきた「カシオペア」を先行させるダイヤになっていた。下り列車は運転日により臨時寝台特急「あけぼの」と酒田駅ですれ違った。
近江舞子駅・鯖江駅・鶴岡駅・大久保駅・津軽新城駅 下り列車のみ停車。近江舞子駅と鯖江駅では後続列車を待避していた。また、大久保駅では運転日によっては上り列車と列車交換していた。
新青森駅・越後早川駅・芦原温泉駅・大津京駅 上り列車のみ停車。芦原温泉駅と大津京駅では後続列車を待避していた。
17時30分から21時まで、夕食時間帯は「ディナータイム」としてフランス料理のコースを提供した。要予約・定員制で、乗車日5日前の23時までにみどりの窓口と旅行センターおよび主な旅行会社で食事券を購入する必要があった。1回目は17時30分から19時、2回目は19時30分から21時で2回実施され、予約の際にどちらかを指定するが、予約が集中した場合には希望に添えないこともあった。この他、フランス料理のコース同様に5日前の23時までの予約申し込み制で『日本海会席御膳』も提供していたが、こちらは食堂車内で食べることはできず、係員によるルームサービスでの提供であった。
そして2017年3月31日付でスロネフ25 502・503、スロネ25 501、オハネ25 511・512、オハ25 553、スシ24 2・3の8両と牽引機であったEF81 43号機が廃車になった。
2018年1月28日に敦賀運転センター所属のキハ120-204が後藤総合車両所でリニューアル改造から出場して所属先への配給輸送の際、宮原(操)→敦賀間を同じ敦賀運転センターのEF81 113号機が牽引仕業を担当している。
2018年2月2日には、EF81が所属している敦賀運転センター繋がりで福井県敦賀市に当列車の部品(外観エンブレム・車体番号の印字部分・寝台車のルームナンバープレート・卓上スタンドライト・食堂車テーブル・椅子・サロンカーソファ・テーブル・運転席マスコンハンドル・ブレーキ弁・標識灯等の計125点)を同年3月に譲渡するという報道があり、当初は車両も一緒に譲渡する予定だったが4月26日に敦賀市金ヶ崎周辺エリアへの、車両提供がアスベストの関係で立ち消えになったため部品提供の計画が明らかになった。敦賀市の資料によると部品詳細はEF81で14種類・19個、24系客車等で32種類113個の132点の譲渡となった。
2018年3月31日に最後まで残ったオハネフ25 503・スロネ25 502の廃車手続きを行い車籍から旧トワイライト客車が消えた。
2018年4月1日現在の専用機関車の在籍は、EF81 44,113,114となっている。