第一次星間大戦
西暦2010年4月、壊滅した地球統合政府を再建させるためにマクロスを中心として新統合政府(正式名称:新統合宇宙政府)が樹立、地球統合軍はマクロスやアポロ基地の残存兵力とブリタイ艦隊揮下のゼントラーディ兵力を再統合し、新統合軍として再編される。初代新統合政府総司令(総帥)には、マクロス艦長であるグローバルが就任し、地球人類復興の大任を担うこととなる。
同年同月、ゼントラーディ人への教育プログラムを開始、同時に希望者はマイクローン化を開始。
西暦2010年5月、新統合政府は落着したマクロスを中心に都市を建造する「マクロス・シティ計画」を発動。同様に世界各地に落着したゼントラーディ艦艇を中心に、都市の建立が開始される。ゼントラーディのマイクローン装置の技術を活用したクローニングにより、世界各地のシェルターからかき集められた動植物、種子、染色体等の複製を開始する。複製された植物や種子は、新統合政府の慎重な再生管理プログラムにより、荒廃した大地へと散布されていった。
西暦2010年6月、基幹艦隊からの爆撃を免れたアポロ基地にて、建造が中断していたマクロス級2番艦 SDF-2 メガロードを、超長距離移民船としてメガロード級移民船1番艦 SDF-2 メガロード-01に仕様変更して建造が再開される。同時に基幹艦隊再襲来に備え、太陽系内パトロールのためバルキリー大隊が配備される。
フォールド暴走事故から9か月後、ついにマクロスはゼントラーディ軍の包囲網の突破に成功、大気圏に突入すると太平洋に着水し、地球への帰還を成し遂げる。しかし統合軍総司令部は、敵軍の追跡を受けながら帰還してきたマクロスの受け入れに難色を示し、民間人の上陸も許可せず、マクロスに囮として地球圏離脱の命令を発令する。グローバルと早瀬のゼントラーディ軍に関する報告も、脱出の最中に記録映像を消失していたことと、敵軍のあまりの規模に現実感に乏しく、統合軍上層部の危機感は依然薄いままであった。
上層部の無情な決定に反発したグローバルは、マクロスを強攻型の状態で市街地を飛行させて民間人の受け入れを迫り、統合軍との一戦も辞さない構えを見せる。そんな中、マクロスと統合軍の一連のやり取りを傍受していた北米オンタリオ自治区が民間人の受け入れを表明、統合軍もオンタリオ自治区の提案を支持したことでようやくマクロス艦内の民間人に安息の日々が訪れるかに思われたが、民間人の上陸が開始された直後にカムジン艦隊がマクロスを急襲する。マクロスは全方位バリアを展開して攻撃を防ぐが、過負荷状態となったバリアが暴走して大爆発を起こし、オンタリオ自治区の中心市街地が壊滅する。
市街地が壊滅したことでオンタリオ自治区は態度を硬化させ、受け入れ提案を撤回。地球での居場所がなくなったマクロスは補給・整備を終えると、民間人を収容したまま再び宇宙へと出撃する。
地球においては、マクロス艦内に新統合軍中枢指令所を設置。
西暦2010年12月、地上に落着していたが損傷が軽微であったブリタイ艦は修復・改良を受け、新統合宇宙軍の1番艦として就役。艦長は引き続きブリタイ・クリダニクが就任する。以後ブリタイは新統合宇宙軍艦隊総司令官に就任し、地球圏防衛の任と地球文化の保守に尽力する。
西暦2011年8月、基幹艦隊の再襲来への備えと、人類種の保守・保存を目的とした人類移民計画(銀河播種計画)を立案。メガロード級による大規模長距離移民プランと、既存艦艇を再利用した小中規模近距離移民プランが併進される。この近距離移民プランの成功例が、『マクロスプラス』の舞台となる惑星エデンである。
西暦2012年1月、カムジン・クラヴシェラを首謀者としたゼントラーディ暴動勢力の強襲にて、第一次マクロス・シティ攻防戦が勃発する。マクロスは2年ぶりに再浮上し、主砲とダイダロスを含む右舷を大破しながらも撃退に成功する。この戦闘で大破したマクロスであったが、攻防戦終結後に全面大修復が行われる。第一次装甲の全面換装や主砲を含む対空砲を修復したほか、ダイダロスとプロメテウスは艦籍抹消・廃艦となり、本来接続されるはずであったアームド級を両舷に搭載し、ほぼ当初の計画通りの形状へと修復される。
劇場版では、開戦前状況はほぼテレビ版と同様であるが、ゼントラーディ軍 対 監察軍の敵対図が、ゼントラーディ軍 対 メルトランディ軍へと変更されている。それに伴い、ASS-1も監察軍所属の砲撃戦艦から、メルトランディ軍所属の長距離砲撃戦艦へと設定が変更された。
開戦時期はテレビ版と同じく西暦2009年2月であるが、ASS-1の航跡を追跡してきたブリタイ7018アドクラス艦隊による攻撃で、マクロスのフォールド失敗による冥王星軌道上への転移からほどなく、地球は全滅したとされている。また、テレビ版ではマクロス 艦内テレビ局MBS開局イベントとして開催されたミスマクロス・コンテストであるが、劇場版においてはマクロス進宙式開催セレモニーのタイアップイベントとして、南アタリア島で開催された。
土星宙域でスカル小隊所属の一条輝少尉が、アイドル歌手のリン・ミンメイを同乗させるという軍用訓練機(VT-1)の私的使用が発覚。早瀬未沙大尉と民間協力者リン・カイフン、スカル小隊隊長ロイ・フォッカー少佐が二人を連れ戻すために発艦。おりしも地球人検体入手の命を受けたカムジン03350指揮の部隊が接触し、5人全員が捕獲され、乗機も全機が鹵獲される。
ブリタイ艦内での尋問後、メルトランディ軍による奇襲の混乱に乗じて、一条と早瀬は脱出に成功するが、フォッカーはカムジン03350と交戦して戦死する。ブリタイ艦のフォールドに巻き込まれる形で、一条機のVT-1は荒廃した地球へとフォールドアウトする。
フォールドシステムの原因不明の暴走により、マクロスは南アタリア島一帯と避難民5万8千人を包括したまま、月の裏側ではなく冥王星軌道上に転移する。しかも、フォールドシステム自体が消失(システム本体のみ亜空間へフォールドしたと推測される)という事態となり、通常航行での地球帰還を余儀なくされる。更に、フォールドシステムが消失した影響で主砲発射が不可能になるなど、多数のトラブルが発生する。
これらの問題をトランスフォーメーションや、ピンポイントバリア、ダイダロスアタック等の開発により解決しながら断続的に襲来するゼントラーディ軍を退けつつ、地球への帰還を目指す。地球までの長大な距離、ゼントラーディ軍の追跡艦隊(ブリタイ艦隊)との戦力比は絶望的な状況であったが、統合海軍所属のプロメテウス級攻撃空母と、統合陸軍のデストロイドシリーズを満載した強襲揚陸艦ダイダロスも同時に転移していたことが不幸中の幸いであった。プロメテウスとダイダロスは、本来アームド級宇宙空母が結合される予定であった右舷と左舷に艦尾を改造の上結合され、マクロスの防衛任務に従事する。
ゼントラーディ軍においては、地球にはあえて侵攻せず、反応兵器のノウハウを入手するべく、マクロスを中心に広域的な包囲網を展開すると同時に地球人の実態を探るため、散発的な戦闘やスパイ活動による情報収集を繰り返しながらマクロスの追跡を開始する。
そのうえでマクロス・ブリタイ同盟艦隊が射程圏内に侵入するが、基幹艦隊からの反撃はなく、リン・ミンメイ作戦の成功を確信した同盟艦隊は、突入陣形からの一斉射撃を繰り返してフルブス・バレンスへの接近を図る。やがてカルチャーショックから立ち直った艦隊から反撃されるものの、依然指揮系統は混乱したままで、基幹艦隊の反撃は無秩序で散発的なものに過ぎなかった。
それでも400万隻対1,000隻という数の差はいかんともしがたく、敵防衛網突破に苦戦していた同盟艦隊に、戦域より離脱していたカムジン艦隊が援軍として合流する。勢いに乗った同盟艦隊は防衛網を突破し、フルブス・バレンスへの接近に成功。マクロスは艦首と、ダイダロス、プロメテウス先端にピンポイントバリアを展開させたマクロス・アタックにて内部への突入を敢行する。
マクロスはフルブス・バレンスの内部構造物を破壊しながら中枢部への突入に成功し、搭載していた全反応弾を一斉発射。誘爆から艦を防御するために全方位バリアを展開、脱出を図る。さしもの巨大要塞フルブス・バレンスも内部からの反応兵器による攻撃と引き起こされた反応炉の誘爆により衛星軌道上で爆沈。かろうじて脱出に成功したマクロスは、重力に引かれて地球に降下する。この要塞の爆発により、基幹艦隊も100万隻近い艦艇が巻き込まれる。航行可能な残存艦隊は軍規に基づき、フォールド航行にて戦域より離脱。マクロス・ブリタイ同盟艦隊の艦艇もそのほとんどが爆発に巻き込まれ、爆沈または地表へと落下していく。
こうして、両陣営とも壊滅的なダメージを受け、組織的な戦闘継続は困難となり、実質的にこの時点で第一次星間大戦はかろうじて人類の勝利という形で終結することとなる。