FCバイエルン・ミュンヘン
一度も首位に立つ事が無いという屈辱を味わいシーズン終了を待たずにクリンスマンは解任され、ユップ・ハインケスが監督に就任してチームを立て直すも無冠に終わった。
2009-10シーズン、ルイ・ファン・ハールが監督に就任。2009年夏の移籍市場ではイヴィツァ・オリッチ、アリエン・ロッベンらと共にマリオ・ゴメスを、またもブンデスリーガ史上最高額を更新する3000万ユーロで獲得すると同時にホルガー・バトシュトゥバーやダヴィド・アラバ等を下部組織から昇格させる。ブンデスリーガは攻撃的ミッドフィールダーのバスティアン・シュヴァインシュタイガーをボランチにした事が功を奏したのに加え、トーマス・ミュラーがブレイクしリーグ戦の9連勝(14節のハノーファー96戦から22節のボルシア・ドルトムント戦)を含む公式戦19試合連続無敗(8節のケルン戦から26節のフライブルク戦)の快進撃でリーグ最多の72得点とシャルケ04と共にリーグ最少タイ31失点で2年ぶり22回目の優勝DFBポカールもトーナメントを通して僅か3失点で2年ぶり15回目の優勝。自身9年ぶりとなるUEFAチャンピオンズリーグ決勝ではイタリア王者・インテル・ミラノに敗れ準優勝に終わる。なお、2009年にフランツ・ベッケンバウアーが会長職を退き、会長職にウリ・ヘーネスが、ゼネラルマネージャーにクリスティアン・ネルリンガーが就任した。
FCバイエルン・ミュンヘンのジュニアチームは、オーウェン・ハーグリーヴス、トーマス・ヒッツルスペルガー、フィリップ・ラーム、トーマス・ミュラー、バスティアン・シュヴァインシュタイガーを含む欧州の一流サッカー選手を輩出してきた。ジュニア部門は1902年に設立され、ヴェルナー・カーンおよびビョルン・アンデルソンによって運営されている。11チーム、170名を越える選手からなり、最年少は10歳以下である。
1946年設立で、19チームに280名の選手が在籍する。
ドイツチャンピオン 1954, 1955
ドイツカップ 1968
その後チームは復調し、2018年4月7日のFCアウクスブルク戦に勝利し、ブンデスリーガ6連覇を達成した。チャンピオンズリーグは準決勝でレアル・マドリードに2戦合計3-4で屈し、5年連続でスペイン勢相手に敗れることとなった。4月13日、アイントラハト・フランクフルトで監督を務めるニコ・コヴァチが2018-19シーズンから新監督に就任することが決定した。同クラブにおいてアシスタントコーチを担当する弟のロベルト・コヴァチを伴っての移籍となった。
2018-19シーズン、夏の移籍市場はシャルケからフリーでレオン・ゴレツカを獲得した他はレンタルバックのみと最小限の補強に留めた。リーグ戦は5節でアウクスブルクと引き分けると、翌節から連続完封負けを喫して6位に順位を下げた。その後、第11節でドルトムントに2-3で逆転負け、第12節で昇格組のフォルトゥナ・デュッセルドルフと3-3で引き分けるなど不振が続いた。しかし、その後は調子を取り戻し、第28節のドルトムント戦で5-0と圧勝して首位に立つと、最終的にドルトムントを勝ち点2差で振り切り、リーグ7連覇を達成した。チャンピオンズリーグはグループリーグを無敗で突破したが、ラウンド16でリヴァプールと対戦。アウェーでの第1戦は0-0で引き分けたが、ホームで1-3と敗れ、8年ぶりにベスト16で敗退した。DFBポカールは決勝でRBライプツィヒを3-0で下し、3年ぶりに優勝を果たした。このシーズン終了後、ロッベンは現役引退し、リベリはフィオレンティーナに移籍。10年にわたってクラブの黄金期を築き上げた「ロベリー」コンビに別れを告げることとなった。
2022-23シーズン、夏の移籍市場ではサディオ・マネをリヴァプールから、ノゼア・マズラウィとライアン・フラーフェンベルフをアヤックスから、マタイス・デ・リフトをユヴェントスからそれぞれ獲得した。 2月26日、クラブのメンバー会員が30万人を突破した。これはプロサッカーチームのファンクラブ会員数としては世界第一位である。冬の移籍市場ではノイアーが負傷したことによりヤン・ゾマーを、更にフリーでデイリー・ブリント、シーズン終了までのレンタルでジョアン・カンセロを獲得した。 3月24日に監督をナーゲルスマンからトーマス・トゥヘルに変更する等、シーズンを通して苦戦を強いられた。リーグ戦では第33節ライプツィヒ戦に敗れ2位に陥落し自力優勝の可能性が消滅したが、最終節でケルンに勝利し、首位ドルトムントはマインツに引き分けたことで得失点差で上回り、逆転優勝でブンデスリーガ史上初の11連覇を達成した。
2023-24シーズン、夏の移籍市場ではリュカ・エルナンデスをパリ・サンジェルマンFCに、サディオ・マネをアル・ナスルFCに、バンジャマン・パヴァールをインテルナツィオナーレ・ミラノに、また、ヤン・ゾマーやマルセル・ザビッツァーらも放出した。一方、トッテナム・ホットスパーからハリー・ケインをバイエルンのクラブ史上最高額となる約1億ユーロで獲得した。さらに、2022-23シーズンにおいてセリエAの最優秀DFに輝いたキム・ミンジェをSSCナポリから、コンラート・ライマーをRBライプツィヒから、ラファエル・ゲレイロをボルシア・ドルトムントからそれぞれ獲得した。
リザーブチームは、有望な若手選手がトップチームに昇格する前の最終段階として主に機能している。バイエルンIIのコーチはエリック・テン・ハフ、アシスタントコーチはゲルト・ミュラーとライナー・ウルリッヒである。1978年からはオーバーリーガ、1994年のレギオナルリーガの発足からはレギオナルリーガ・ズュート(南)に所属していた。2007-08シーズンに新設された3. リーガへの参加資格を得たが、2011年にレギオナルリーガに降格した。これによって1973年以来続いていたプロサッカークラブのセカンドチームが所属できる最高位のリーグへの連続所属記録が途切れた。
FCバイエルン・ミュンヘン(Fußball-Club Bayern München e. V.)は、ドイツサッカーリーグ機構(ブンデスリーガ)に加盟するプロサッカーチーム。ドイツのバイエルン州・ミュンヘンを本拠地としている。33回の国内リーグタイトルと20の国内カップの獲得、及び6度の欧州制覇を誇るクラブであり、年間収入€611.4Mの収入規模は世界3位、公式クラブメンバー30万人以上は世界1位である。