マサリク大学
学部から追放された学生の割合は、教育学部の5%から、1950年に完全に閉鎖されるに至った法学部の46%にわたる。1953年に教育学部(1946年に設立)が大学から分離された。1960年8月には、政府の命令によって薬学部が廃止され、大学名はブルノのヤン・エヴァンゲリスタ・プルキニェ大学に変更された。
1964年に教育学部が大学に再統合され、1969年に法学部が再度設立されたことで、このような状況が緩和された。しかしながら、ワルシャワ条約機構軍による1968年のチェコスロバキア侵攻に続く正常化体制(英語版)に伴い、状況は再び急速に変化した。
1990年に大学名はブルノのマサリク大学へと変更され、2006年にブルノのが削除されたことで元の名称に戻った。1989年のビロード革命の後、大学の発展は新しい時代を迎え、1991年には経済経営学部、1994年には情報学部、1998年には社会学部、2002年にはスポーツ科学部が設立された。
2002年よりブルノ・ボフニツェ(英語版)に新しいキャンパスが建設中となっている。開発の最終段階は2015年に修了しなければならない。キャンパスには、医学部の大部分、スポーツ科学部、理学部の一部だけでなく、CEITEC(英語版)やResearch Centre for Toxic Compounds in the Environment Cetocoenなどの研究施設も所在する。
2013年に大学はブルノ市と長期賃貸契約を結び、2011年に閉鎖された80年の歴史ある映画館に代わりUniversity Cinema Scalaを作った。大学の公式のセレモニー、講義、研究集会などをホスティングするなど、様々な学術的機能を備えている。