株式会社立学校
既述のとおり、学校法人立の学校と比べ財政的に不利な点もあって、約4割の学校が赤字に陥っている。また、大半が通信制高校であり、多くの生徒が特区認定を受けた地域にある本校に通学する機会は数日間のスクーリングのみと少なく、地域おこしとしての効果も限定的であった。
さらに、一部では設置母体となったサポート校等の活動と渾然一体となり、本来は禁止されているサポート校でのスクーリング実施等の教育上問題のある学校も見受けられた。
このため、政府は本制度を全国で解禁しない方針を固め、既設校は希望すれば学校法人に移行できるよう支援することとした。
構造改革特区法に基づく株式会社立の通信制高校の7割が、同法が禁じている特区外での教育活動をしているとして、文部科学省は規制に乗り出す方針を固めた。また、教育内容に関しても「不適切な状態にある」として、質の改善を促すとした。文部科学省の担当者は「脱法行為であり、教育の質も低く、高卒資格取得を売りにしたビジネス」と指摘した。 但し、{8}の「特区外で「違法」授業・試験 株式会社立の通信制高7割」の記事については、「内閣衆質一八〇第三九六号」「衆議院議員大谷啓君提出株式会社立の通信制高等学校に関する質問に対し、別紙答弁書を送付」した資料において「記事は、不正確」と述べられている。https://www.shugiin.go.jp/internet/itdb_shitsumon.nsf/html/shitsumon/b180396.htm