マケドニア正教会
ユーゴスラヴィアが分裂し、共産主義政権が崩壊したことにより、セルビア正教会とマケドニア正教会の間に新たな問題が生じた。その内容は、マケドニア正教会が自治を獲得する過程に関する問題点、および新たに独立したマケドニア共和国において少数派となったセルビア正教会の信者に関する問題、中世ネマニッチ(Nemanjić)時代におけるセルビア正教会の聖堂に関する問題である。
2つの正教会は2002年、セルビアのニシュにて妥協を図るための交渉を行い、マケドニア人を教会法が定めるところによる事実上の(de facto)独立した存在であると位置づけた。合意はマケドニア正教会の3人の主教(オーストラリア府主教ペタル(Petar)、デバル(Debar)およびキチェヴォ(Kičevo)府主教ティモテイ(Timotej)、ストルミツァ(Strumica)府主教ナウム(Naum))によって承認された。しかしこの背景には政治的圧力があったとして、後にこれらの主教たちは再びこの合意を撤回、マケドニア側の主教では唯一オフリド大主教ヨヴァン(Jovan)のみがこの合意を認める立場におかれた。その後、突如としてマケドニア共和国政府およびマケドニア正教会の首座によって合意は破棄された。それに対してセルビア正教会は正統オフリド大主教区を設置し、自治権を付与、ヨヴァンを大主教に任命した。正統オフリド大主教区はマケドニア共和国の中で孤立した立場に置かれている。
これら一連の出来事はセルビア正教会とセルビア共和国政府、そしてマケドニア正教会とマケドニア共和国政府を巻き込み、相互に非難合戦を繰り広げる事態を招いた。