BRAF
CR2はセリンとスレオニンに富む配列である。
ATP結合疎水的ポケット(C532、W531、T529、L514、A481)内への優れたフィッティングも結合親和性を高めている。ケトンリンカーの水分子との水素結合やジフルオロフェニル部分の2つ目の疎水的ポケット(A481、V482、K483、V471、I527、T529、L514、F583)へのフィッティングも非常に高い親和性での結合に寄与している。活性型Rafへの選択的な結合は末端のプロピル基が担っており、αCヘリックスの移動によって形成されたRaf選択的ポケットに結合する。活性型コンフォメーションへの選択性はpH依存的に脱プロトン化されるスルホンアミド基によってさらに高められており、活性化状態のD594の主鎖のアミドと水素結合を形成する。不活性状態では阻害剤のスルホンアミド基は主鎖のカルボニルと相互作用し、反発する。そのため、ベムラフェニブはB-Rafキナーゼドメインの活性化状態に選択的に結合する。
ヒトのRafキナーゼのキナーゼ(CR3)ドメインは、Ras-GTPを結合するCR1ドメインによる自己阻害、そしてCR2ヒンジ領域の重要なセリンとチロシン残基(c-Rafの場合S338とY341)に対して翻訳後修飾によるリン酸化が行われていないこと、という2つの機構によって阻害されている。B-Rafの活性化時には、まず自己阻害を行っているCR1ドメインにRas-GTPのエフェクタードメインが結合し、CR1ドメインはCR3ドメインから放出される。CR1とRasの相互作用は、CR1のシステインリッチサブドメイン(CRD)のRasと膜リン脂質への結合によってさらに強化される。A-Rafやc-Rafの場合、CR1を完全に放出するためにはCR2のヒドロキシル基含有残基のリン酸化が必要であるが、B-RafのCR2領域はS445が恒常的にリン酸化されている。そのため、負に帯電したリン酸化セリンはCR1調節ドメインが非結合状態となると立体的・静電的相互作用によって速やかに反発し、基質タンパク質と相互作用できるようCR3を遊離させる。