火薬陰謀事件
ベイツとキーズは、ホルベッチ・ハウスが制圧された直後に逮捕された。出頭するつもりであったというディグビーもすぐに少人数の追跡者たちに捕まった。トレシャムは11月12日に逮捕され、3日後にはロンドン塔に連行された。犯人らと親しかったモンタギュー卿、モーダント卿、ストートン卿も塔に幽閉された。ノーサンバランド伯も11月27日にここに加わった。計画の主要メンバーの中でもっとも長く逃亡に成功したのはロバート・ウィンターであった。彼はスティーブン・リトルトンと共に潜伏生活を続け、最終的にはハンフリー・リトルトン(1601年のエセックス伯の乱に参加して反逆罪で投獄された国会議員ジョン・リトルトン(英語版)の弟)の自宅であるハグリー(英語版)に匿われていた。ところが主人の食事の量に不審を抱いた料理人が裏切り、当局に通報した。こうして1月9日にロバートはスティーブンと共に当局に捕まり、主要メンバーは全員が逮捕されるか死亡したことになった。なお、2人の逃亡者の存在を否定して捜査を拒絶しようとしたハンフリーは当局の目を盗んで逃亡した。
その間、政府は陰謀が明るみに出たことを利用して、カトリック教徒への迫害を加速させた。エンフィールド・チェイスのアン・ヴォークスの家が捜索され、トラップドアや隠し通路の存在が明らかになった。恐怖に慄いた使用人たちは、この家によく滞在していたガーネットが、最近もここでミサを行っていたことを白状した。 ジョン・ジェラード神父は、ハローデンにあるエリザベス・ヴォークス(アン・ヴォークスの姉妹)の家に匿われていた。彼女はロンドンに連行され、取り調べを受けた。
ジェームズのカトリック教徒に対する態度は、前王よりも穏健であり、おそらく寛容であった。「静かで、見かけでも法に従う者は迫害しない」と誓い、また「頭と身体が共にこの島から離れて、海の向こうへと運ばれてくれれば私は嬉しく思う」と述べたように、死刑よりも国外追放の方が良い解決策だと考えていた。 カトリック教徒の中には、ジェームズの母であるスコットランド女王メアリーの殉教が、ジェームズにカトリックへの改宗を促すのではないかと考える者がおり、こうした希望的観測はヨーロッパのカトリック修道院にもあった可能性がある。 また、エリザベス女王時代から続く英西戦争は、プロテスタントの新興国であるイングランドと、カトリックの列強であるスペインという側面を持っていたが、国王に即位したジェームズは停戦を命じ、これを受けてフェリペ3世もまた両国は厳密にはまだ戦争状態にあったにもかかわらず、特使のドン・ファン・デ・タシス(英語版)を派遣してその即位を祝福した。また、戦争の一環としてイングランドはオランダ独立を求める八十年戦争に際してプロテスタントの反乱軍を支援していたが、これについてもジェームズはオランダに残ったカトリック領の支配者であるアルブレヒト7世の使節を受けるなど融和的な態度を見せた。
1604年当時、そもそもローマ・カトリック教徒が自由に礼拝できるようになることは考えにくいことであったが、このような広範囲にわたる陰謀の発見と関係者の逮捕・裁判を経て、議会は新たな反カトリック法を導入することになった。こうした対カトリック政策の変更はスペインの希望を打ち砕くものでもあった。 1606年の夏、国教忌避者に対する法律が強化された。「Popish Recusants Act」は、エリザベス朝時代の罰金と規制を復活させ、聖餐式のテストと忠誠の宣誓(至上権承認の宣誓)を導入し、また、カトリック教徒たちに「ローマ教皇に破門された君主は退位または暗殺されるべき」という教義を破棄するように求めるものであった。 カトリックが自由になるのは、それからさらに200年掛かったが、ジェームズ1世の時代においては、重要かつ忠実なカトリック教徒が政府高官として活躍していた。 確かにガーネット神父が期待していたようなカトリックに対する「寛容」のある「黄金時代」は到来しなかったが、ジェームズの治世下は比較的カトリックに寛容な時代であり、告発される者はほとんどいなかった。
劇作家ウィリアム・シェイクスピアは、『ヘンリー四世』シリーズの劇中で、ノーサンバランド伯一族の歴史を参照しており、火薬陰謀事件もまた、1600年のガウリー陰謀事件と共に、1603年から1607年の間に書かれた『マクベス』の中で参照されていたようである。 火薬陰謀事件によって、悪魔に対する関心が高まった。国王は、スコットランドだけでなくイングランド王になる前の1599年に『デモノロジー』を執筆し、異世界の力に関する大論争に参加していた。
しかし、彼は落ち着いており、自分ひとりだけの犯行だと主張した。王は彼の屈しない姿勢に感銘を受け、「ローマ人のような決断力」を持っていると評した。
11月6日、カトリックに強い憎悪を抱いていた首席裁判官ジョン・ポパム(英語版)は、ルックウッドの使用人に対し聴取を行った。その日の夜までにポパムは陰謀に関わった何名かの名前、すなわちケイツビー、ルックウッド、キーズ、ウィンター、ジョン・ライト、クリストファー・ライト、グラントを特定した。一方、「ジョンソン」は、自分の話に固執し、発見された火薬と共にロンドン塔に移送され、そこで王は彼への拷問を決定した。 当時、拷問は国王大権や枢密院、星室庁などの機関による許可がなければ禁じられていた。ジェームズは11月6日付の手紙で「まずは優しい拷問が行われるべきである, et sic per gradus ad ima tenditur [and thus by steps extended to the bottom depths], and so God speed your good work.」と述べていた。 「ジョンソン」は手鎖を受けて壁に吊るされていたと思われるが、彼はほぼ間違いなく拷問台の恐怖に晒されていた。 11月7日に自白の意思を固め、その日の遅くに情報を吐き、その後の2日間でさらに情報を吐きだした。
さらにパーシーは、自分の評判を高めたいために、(自分の交渉によって)将来の王がイングランドのカトリック教徒の安全を約束してくれた、とカトリックの仲間内に吹聴していた。そうした経緯がある中で、イングランド王となったジェームズはパーシーが期待していたほどの宗教政策の変更を行う気配を見せず、これに裏切られたと感じた彼は不満を鳴らし、暗殺も辞さない態度を見せた。ケイツビーは彼の短慮を宥める一方で、「俺はもっと確実な方法を考えているから、すぐに君に知らせる」と回答した。
当時の記録によれば、ケイツビーが最初に具体的な計画について言及したのは1604年2月のことである。ケイツビーはランベスの自宅にトマス・ウィンターを招き、貴族院での議会開会式において議場を爆破し、イングランドのカトリックを再興するという彼の計画を明かしたという。 ウィンターは有能な学者として知られており、数ヵ国語を話せ、またオランダではイングランド軍兵士として従軍した経験もあった。 彼の叔父フランシス・イングルビー(英語版)は、カトリックの司祭であったために1586年に処刑され、その後カトリックに改宗したという経緯があった。 また、この密談には、敬虔なカトリック教徒で、当時最高の剣士の一人と評され、エセックス伯の反乱にもケイツビーと共に参加したジョン・ライトもいた。 ウィンターは試みが失敗した場合の影響を懸念したが、「謀(はかりごと)を企て失敗したところでそれ以上のことはできない」というケイツビーの巧言に説得され、計画への加担を決めた。