阿波戦争
後藤田公認が田中の意向であったとはいえ、田中派内部に異論がないわけではなかった。田中派旗揚げの立役者でもあり党幹事長の橋本登美三郎は原則を曲げてまで後藤田を選挙区の公認候補とすると三木派が反発し政権運営に支障をきたしかねないことを理由に後藤田擁立には消極的であった。当時の田中政権は1972年(昭和47年)の衆院選で自民党結党以来最低議席となる大敗を喫して先の総裁選で争った田中の政敵でもある福田赳夫を行政管理庁長官に迎え、さらに1973年11月に大蔵大臣の愛知揆一が急死すると経済政策を一任するという大幅譲歩と引き換えに福田を後任に起用し、かろうじて挙党一致体制の体面を保っているという不安定な状態であった。もし三木が離反し福田と結ぶようなことがあれば田中政権が潰されかねない、そんな危惧が橋本にはあったのである。
後藤田は田中の後押しもあって徳島で急速に支持を拡大していった。そして、ついに自民党徳島県連に公認申請をするに至った。公認申請をするということは即ち久次米と直接対決をする意思表示に他ならず、自民党徳島県連は久次米派と後藤田派に党内分裂するという事態に陥った。県連幹部は話し合いにより公認候補を決定する道を模索するも両陣営は日増しに対立を深めておりまとまるはずがなかった。
きっかけは1974年の第10回参議院議員通常選挙。分裂選挙の舞台となった1人区の徳島県選挙区には現職の久次米健太郎がいたが、田中角栄首相は現職を優先するという不文律に反し内閣官房副長官であった後藤田正晴を自民党公認候補とし、現職の久次米に公認を出さなかった。徳島選挙区は三木派を率いる大物政治家三木武夫の地元で、久次米は「三木武夫の城代家老」と呼ばれていた三木側近の一人であったことから、三木は田中の決定に猛反発し、派閥をあげて党公認候補後藤田の対立候補である久次米の選挙戦を支援し保守陣営が分裂する選挙戦となった。この選挙以後長きにわたって徳島では自民党が分裂状態に陥った。
その後の徳島県では三木系と後藤田系が国政や徳島県政を巡って分裂、県議会の会派も別々となった。当初は、三木系の徳島県政への影響力は三木政権誕生と共に絶頂期を迎えていたが、その間に後藤田は地元の行脚で地盤を固め、1976年に行われた第34回衆議院議員総選挙で現役首相である三木の選挙区で後藤田が第2位で初当選する。自民党はこの選挙で議席を減らし、三木は責任を取って退陣する。以後、徳島においても三木系の影響力の低下が見られるようになった。
1977年の徳島知事選では現職の武市が4選出馬を表明し、自民党に公認を申請したが、反三木派は1974年の参院選で武市が無所属の久次米を支援したことなどを理由に武市の公認に反対し、国政に進出した後藤田も自身の選挙を妨害した武市の再選阻止を画策した。両派は党本部への公認申請を決定する県連の総務会開催をめぐって対立し、反三木派は開催延期を求めた。反三木派の県連会長の小笠も総務会開催には消極的であったが,三木派は総務会の開催を強行し、武市の公認を決め、党本部に公認するよう求めた。しかし、反三木派はこの決定に反発、対立はさらに激しさを増した。公認申請を受けた党本部も対応に苦慮しており、8月30日になって武市の公認を見送り、代わって党籍証明を出すことを妥協案として提案した。その後、最終的に福田赳夫総裁名で政治団体確認申請書が徳島県選挙管理委員会に出されたことで決着、武市の公認は見送られたものの、武市は自民党を名乗ることが可能となり、自民党から事実上支援を受けることになった。