X-ファイル シーズン5
スカリーのガンの原因がアブダクション(シーズン2の「昇天」3部作を参照のこと)にあると確信したモルダーは、治療法を知るために、シンジケートと取引する決意を固めた。自らの命を狙う人々から逃れるべく、モルダーは撃ち殺した殺し屋の死体を使って自死を偽装した。病身のスカリーがFBI内部にシンジケートのスパイがいることを突き止めていた頃、モルダーは治療法を見つけるためにペンタゴンに潜入していた。そこで出会ったマイケル・クリッチュガウから、「エイリアンは政府がでっち上げたものにすぎない」と聞かされ、モルダーは自らの信条を大きく揺さぶられることとなった。
シーズン後半、エイリアンの地球入植に反対する反乱軍という組織がアブダクション被害者を抹殺し始める。異星人側の動揺に気が付いたモルダーとスカリーは、その調査中にカサンドラ・スペンダーという女性に出会った。カサンドラは自分が何回もエイリアンに誘拐されたと主張する女性であるが、エイリアンが如何に素晴らしい存在であるかを世間に周知する運動に従事している女性でもあった。カサンドラが失踪したことを受けて、モルダーはスカリーに催眠療法を受けてもらうことにした。エイリアンに誘拐された人たちが何をされたのかを正確に知るためである。その頃、シンジケートはブラックオイルのワクチンを開発することに血眼になっていた。その後、チェスの世界大会で起きた殺人事件をきっかけに、モルダーとスカリーはギブソン・プレイズという少年の存在を知ることになる。彼にはテレパシー能力があった。しかし、X-ファイルの核心に迫りつつあった2人をシンジケートが放置するはずもなかった。