田母神論文問題
自衛隊法施行規則第71条には「調査の結果、規律違反の事実があると認めたときは、当該事案につき審理を行わなければならない」という記述がある。そのため、懲戒手続きには審理の手続きが不可欠である。しかし懲戒事案の場合、大半の対象者が審理を辞退するため防衛省側も審理辞退を求めた。しかし田母神は、岩崎航空幕僚副長から審理の辞退をするように求められたのに対し、審理してもらった方が問題の所在がはっきりすると述べ、審理辞退を行わなかった。このため田母神を「航空幕僚長たる空将」として扱った場合の定年である2009年1月21日までに審理が終わる見通しが立たず、防衛省から河村建夫官房長官に「処分に持ち込むのは無理です」との報告があったという。このため退職金への批判を懸念して懲戒にこだわっていた官邸側も折れ、「田母神が制服姿で持論を訴えたら致命的だ」と考えていた防衛省により、定年延長の取り消しが決まったという。
田母神は退職となったものの、懲戒処分ではなかったため退職金は満額支給された。与野党やマスコミから退職金の支払いに関しては与野党から疑問の声が出ており、浜田防衛大臣は「自主返納を求める」とした。
しかし田母神は2008年11月11日の参議院外交防衛委員会での答弁の中で、退職金6000万円を返納する意志は無いと述べた。佐藤正久も自身のブログ(2008年11月11日付「国防部会、田母神論文事案で紛糾す」)で田母神のこの対応を支持している。
このため制度の不備が明らかになり、政府は退職金返納基準を懲戒免職相当に拡大することを盛り込んだ国家公務員退職手当法改正案を2009年度の通常国会で提出する意向を示した。