検疫所
検疫所の主要検査施設として、東日本と西日本にそれぞれ、横浜検疫所輸入食品・検疫検査センター、神戸検疫所輸入食品・検疫検査センターが設置されており、それ以外にも成田空港検疫所、関西空港検疫所等の検査施設にて、輸入食品等の検査、海外から侵入する感染症に関する検査を行っている。
輸入食品等については、殺虫剤などの残留農薬、抗生物質などの動物用医薬品、カビ毒や重金属などの有毒有害物質、おもちゃや飲食器具、容器包装の規格、遺伝子組換え食品、食中毒の原因となる病原微生物の検出など、理化学検査および微生物学検査を行う。
また、海港・空港において検疫を実施した時に検疫感染症に感染した疑いのあるヒ卜から採取した検体、港湾衛生業務で捕獲したねずみ、蚊等の検体について、病原体検査を行う。
日本で流行していない感染症のうち、動物が媒介する動物由来感染症の国内侵入を防ぐために、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律に規定されている動物の輸入届出制度(法第五十六条の二)があり、その届出書等を検疫所において審査する。現場確認では、届出書に記載された内容と実際の貨物が合っているか、輸入動物の健康状態に問題がないか、実際に動物を目視で確認する。また、届出書および衛生証明書と貨物の内容を確認する。
届出制度の対象となる動物は、陸生哺乳類(家畜、犬、猫、あらいぐま、きつね、スカンクを除く)、鳥類(家きんを除く)、齧歯目の死体。イタチアナグマ、こうもり、サル、タヌキ、ハクビシン、プレーリードッグ、ヤワゲネズミは輸入禁止となっている。