マルタ包囲戦 (1798年–1800年)
こうしたネルソンの行動は、最近セント・ヴィンセント卿から代わった上官のジョージ・エルフィンストーン中将のみならず、トーマス・トラウブリッジら旧友にも非難されるところとなった。トラウブリッジはネルソンに対し、「もし君が友の君に対する感情を理解しているなら、君は必ずや夜のパーティーを止めてくれるだろうと思っている......私は閣下(ネルソン)に、やめるよう懇願しているのだ。」と書き送っている。1799年12月、アースキンに代わり地中海のイギリス陸軍を掌握したヘンリー・エドワード・フォックス中将は、直ちにトマス・グラハム准将率いる800人の部隊をメッシーナからマルタに回した。これは、リスボンへの帰還命令が出ていたポルトガル軍の後を埋める措置だった。一方ヴァレッタ市内では、食料不足にともない疫病が広まり始めた。フランスでブリュメール18日のクーデター(1799年11月9日)が起こり、ナポレオンが第一統領に就任したというニュースは、1800年1月に通報艦が到着したことでようやくマルタの守備隊の知るところとなった。これを受け、ヴァーボワは悪条件下においても決して降伏しないという声明を出した。