ブーム法
ブーム法(ブーム核酸抽出法)は、生体試料から核酸を単離するための固相抽出法の一つである。 ブーム法の特徴は「シリカビーズに核酸(NA)を吸着させること」である。
Boom法の基本原理 は、カオトロピック効果である 。Boom法は、即ち、カオトロピック剤の存在下での、シリカ粒子や珪藻類の核酸結合特性に基づいている。 本節では、カオトロピック効果の観点から、シリカの核酸結合性のメカニズムを説明する。
簡単に言えば、カオトロピック効果とは、水溶液中で、カオトロピックアニオン等のカオトロピック剤が水の構造を乱し、疎水結合を弱めることである。
広義には、カオトロピック剤は、タンパク質や核酸の一次構造はそのままとし、二次、三次および/または四次構造を変化させることができる物質全般を意味する。 カオトロピック塩の水溶液は、カオトロピック剤である。 カオトロピック陰イオンは、水素結合、ファンデルワールス力、疎水性効果などの非共有結合力によって媒介される分子間相互作用を阻害することによって、 システムのエントロピーを増大させる。
シリカビーズを、例えば田島ピペット(図1,2を参照)やペレットダウン等にて溶液中から回収する。 ボルテックス等を用いて、シリカビーズを、カオトロピック剤を含んだウォッシュバッファー中に再分散させる。 前記工程にて再分散させたシリカビーズを、再び回収する 続いて、アセトンを含有したアルコール水溶液んて洗浄する。 好ましくは、乾燥工程が続けて行われる。
(d)シリカビーズに結合した核酸を分離する シリカビーズに結合した核酸を、シリカビーズから分離する。洗浄された(そして、好ましくは乾燥した)シリカ - 核酸複合体 バッファー中のカオトロピック物質の濃度が低いバッファ中にいれると、 純粋なNAがバッファー中に溶出する。バッファとしては、TEバッファー、アクアbidestとして溶出緩衝液中 カオトロピック塩の濃度の最適値は、核酸の種類(DNA/RNA,ds/ss,環状、線状等)に依存する。