米原駅
琵琶湖線(東海道本線・北陸本線) 特急「びわこエクスプレス」発着駅、特急「ひだ」停車駅、特急「しらさぎ」停車駅(一部当駅発着) ■新快速(北陸本線区間は各駅に停車)・■普通(普通電車は京都駅または高槻駅以西は快速) 坂田駅(北陸本線)(JR-A11) - 米原駅 (JR-A12) - 彦根駅(東海道本線)(JR-A13) ※寝台特急「サンライズ瀬戸・サンライズ出雲」は乗務員交代のため運転停車を行う。
1964年(昭和39年)10月1日には、東海道新幹線が開業した。当初はターミナル機能を持つ駅を彦根と米原で検討し、彦根の方が都市・産業が発達していたものの連絡機能を全て彦根に移転しなければならないことや米原 - 彦根間を無駄に往復しなければならないことを考慮して米原に東海道新幹線との接続機能を置くことになった。北陸本線の電化によって不要になった土地を利用できて支障家屋が少なくなるため、新幹線の駅は駅西側に併設された。駅東側に設置した場合は家屋が密集する地域を縦断し、国道8号との立体交差によって高い部分を通らなければならなくなるため工費が増大するデメリットがあった。この工事によって、米原駅に元々併設されていた客貨車区・車掌区・ボイラー室などは新幹線より西側に総合現場事務所としてまとめられることになった。新幹線開業前から使われていた跨線橋を延伸する形で旅客通路の改良が行われた。施工は既に営業している線路や試運転が開始した新幹線に注意を払いながら行われ、き電停止や作業中止を行いながらも進められた。軌道工事のヤードは新幹線の米原駅の東京寄りに設置されたが、天野川氾濫時の浸水範囲の問題から地元と協議がつかず最小限の面積で設置された。新幹線開業に伴う米原駅の建設により駅構内の北部にある跨線橋(甲大よし架道橋)が拡幅された。
※西日本旅客鉄道・東海旅客鉄道の在来線特急・急行と、新幹線の停車駅については各列車記事を参照のこと。
在来線・新幹線とも地上駅である。現在の駅舎は2009年3月より使用開始となった橋上駅舎である。米原市管理の東西自由通路が駅の東西を結び、自由通路から在来線改札口(JR西日本)・新幹線改札口(JR東海)を利用できる。また改札内には新幹線・在来線の乗り換え改札がある。なお、在来線改札口には前述のように2020年3月18日にセブン-イレブンキヨスクJR米原駅改札口店がホーム上にあった7番のりば店から移転する形で開業し、改札内外両方から利用できるようになった。また2021年3月13日からのTOICAエリアの当駅までの拡大に伴い、TOICAエリアからの降車専用のICカード専用自動改札機(JR東海仕様)が改札内から見て一番左側に設置されている。
2009年(平成21年)7月1日から、在来線を管轄するJR西日本では京阪神近郊エリアの在来線駅のホーム上の喫煙コーナーが廃止された関係で、当駅も同日以降は在来線ホームが全面禁煙となっている。
1990年代に入り、旧国鉄が保有していた資産を売却するための基盤整備事業が実施され、構内の配線が変更された。工事は1995年(平成7年)に着工。これまではホーム5面で計9本の線路を持つ駅で、車両基地や貨物ヤードを繋いだり交直セクションを橋渡しする目的の機関車を機回し・留置するための線路が多かった。しかし、客車列車やヤード系貨物列車の廃止によって構内配線が見直された。1998年(平成10年)に完成し、東海道本線下り線のホームを中心に旅客ホームが全体的に西側に移設された。東口駅舎から国道8号の間に鉄道用地としては不要になった土地が残り、米原市によって区画整理が行われた。2007年(平成19年)6月、近江鉄道の米原駅はJR線の跡地に移転した。
1988年(昭和63年)3月のダイヤ改正以降は国鉄時代に見られた管理局の境界による弊害を受けず神戸方から新快速が米原に乗り入れるようになり、電車による米原乗り入れが大幅に増加した。また、北陸本線の特急はJR発足後以降に新幹線との接続を考慮してパターン化されていった。それに加え、1991年(平成3年)9月に長浜 - 田村間が直流電化したことで東海道本線の新快速や快速が直通するようになり、列車の本数が大幅に増加した。日中にして、1時間あたり不均等に1本のダイヤだったのが、1時間当たり2本に増加した。この直流化によって長浜は一気に関西での知名度がアップし、湖東方面と湖北方面が近くなった。