都営バス新宿支所
しかし、2000年12月12日の大江戸線環状部分が開業すると、ほぼ並行する前述2系統と四80系統(四谷駅前 - 赤坂アークヒルズ)が廃止された。
これにより、2001年時点での所管はC・H01系統と宿74・75、品97系統とそれらの出入庫系統のみとなり、営業所自体も支所に格下げされた。
2003年にはとバスに委託されなかった渋66系統と都01系統(一部)を新宿支所が担当することとなり、一時的に以前の活気を取り戻したが、2006年4月1日に渋66系統を杉並にはとバス委託で再移管され、分駐所に格下げされた。車両数も青梅支所より少なくなり、乗務員の一部も他の営業所に異動となった。
2009年4月1日、新宿分駐所ははとバスの管理委託となり組織上廃止され、同時に乗務員も全員他所に移動となった。(名称上は支所に再昇格)。この際に品川営業所から渋88系統、小滝橋営業所から早81系統が新宿支所に移管し、都01系統は共管を解消のうえ担当から外れ、C・H01系統は小滝橋営業所に移管された。
2017年4月1日より、ジェイアールバス関東の高速バス(但し、バスタ新宿発着の関東方面の一部)の休憩スペースとして提供を開始した。