三ノ宮駅
「三ノ宮」という駅名は、今ではJRと他交通機関の駅名を区別するのに役立っている(一方で、近隣の類似事例であり当駅と同日に西宮町(現在の西宮市)に開業した西ノ宮駅は、市の長年の要望もあって2007年3月18日、さくら夙川駅の開業と同時に“ノ”を省いた「西宮駅」に改称された)。駅名については、#駅名改称構想の項も参照のこと。
長らくプラットホーム上屋(屋根)は8両編成分のみ設置されていたほかホームの嵩上げもなされていない状態が続き、新快速が平日ラッシュ時や土曜・休日に12両編成での運転を開始して以降も大阪側の4両編成分には屋根がないほか、ホームと車両の床面が揃わず水平ではなかった。この部分は2005年3月1日のバリアフリー化工事完成と同時に整備されたが、それ以降もさらに大阪側(12両編成以上)の部分には上屋が設置されていない。また2007年4月1日にホームの電光掲示板が高輝度のものに、2010年8月18日には、改札口の電光掲示板が高輝度のものに交換された。駅設備については、#リニューアル構想の項も参照のこと。
かつては東京駅始発・終着の客車寝台列車が停車していたが、2005年3月1日のダイヤ改正をもって最後の停車列車であった九州方面の特急「富士」が通過となったことにより、同種の列車の停車は無くなった。なお、ダイヤ改正前日時点における下り「富士」の次の停車駅は、山口県の新山口駅であった。なお、客車ではなく電車寝台列車については、現在でもサンライズ瀬戸・サンライズ出雲(両列車は併結運転)の東京行き上り列車のみ停車している。