佐土原駅
駅舎に接した単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の合計2面3線を有する地上駅で、ホーム間の連絡には跨線橋(エレベーター付き)を使う。かつては単式ホーム1番線と島式ホーム2・3番線の2番線との間に中線が1線あったが、新跨線橋・エレベーター設置のために撤去された。この中線と1番線は非電化で、電車の進入はできない。
宮崎駅 - 当駅間の区間列車を含め2・3番線を使用する。これは、2022年9月23日実施のダイヤ改正で、宮崎~佐土原・高鍋方面の普通列車を全て気動車から電車に置き換えたため、当駅折り返しの列車でも1番線の使用が不可能になったためである。(1番線はかつて妻線が使用していたが、現在は車止めが設置されており延岡方面へ進むことはできない)。
JR九州サービスサポートが駅業務を行う業務委託駅(営業時間:7:30−13:00, 13:30−15:00)であり、きっぷうりばが設置されている。
当駅から宮崎方面はIC乗車カード「SUGOCA」の利用が可能で(相互利用可能ICカードはSUGOCAの項を参照)、簡易SUGOCA改札機が設置されている。SUGOCAは「無記名式」のみを券売機で販売しており、きっぷうりばでは販売していない。また、定期券など「記名式」のSUGOCAは購入できない。
タッチパネル式のICカード対応自動券売機が設置されており、SUGOCAポイントのチャージやICカードでの特急券の購入などが行える。また、改札内にもICカードチャージ機が設置されている。
SUGOCAの利用可能エリア(宮崎エリア)は当駅が北限となり、高鍋・延岡方面および大分県との間を行き来する場合の利用ではきない。