美濃ミッション
1934年1月、美濃ミッションの幼稚園は閉鎖する。ワイドナー宣教師は、病気により1939年12月24日に帰国途中に召天。また、1939年にフィウェル宣教師も帰国の途についた。1940年には、美濃ミッションの日本人の中心人物だった伊能倉治郎が美濃高田を離れ東京へ移ったことを契機に活動を中断する。1942年3月26日、美濃ミッションの伊能倉治郎・山中為三は治安維持法違反で投獄された。
信徒については、戦時中も信仰を守り、妥協せず、日本基督教団に加わることがなかったとされている。
美濃ミッションは聖書の無誤性、イエス・キリストの再臨を信じ、神社参拝を含むあらゆる偶像崇拝といわれることをしなかった。そのため、1929年9月24日から1945年8月15日に至る期間、激しい迫害にあった。