中国攻め
こうした中の10月に荒木村重も離反するが、義昭が摂津花隈城(神戸市中央区)に重臣を派遣して説得に努めた結果であったという。摂津有数の大名であった村重は、明智光秀などと共に石山本願寺攻めの際には先鋒にあたったが、大坂方面軍司令官の地位を佐久間信盛に奪われ、中国方面軍の司令官の地位もまた秀吉に奪われ、さらに信長の側近長谷川秀一の傲慢無礼な態度に耐えかねて将来に望みを失っていたのではないかと推定される。秀吉は、村重とは旧知の間である黒田孝高を有岡城に派遣して村重の翻意を促したが、逆に孝高が村重に捕らえられ幽閉された。
また、それまで秀吉に加勢して三木城攻略にあたっていた信忠は、急遽村重への対応に迫られて摂津へ出向いたため、秀吉はこの後僅か8,000の手勢でほぼ互角の7,000人が守る三木城を包囲しなければならなくなった。この年の6月13日には陣中で竹中重治を失っていたので、秀吉にとっては軍監2人を欠いての攻囲戦となった。秀吉は城の周囲に柵や塀を幾重にも構築して城兵の動きを封じた上で、30以上もあるという三木城の支城を各個撃破する戦略を採用した。
村重は毛利氏・本願寺と組んで謀反を起こしたものの、毛利水軍の木津川口での敗走と、それに続く11月16日の高槻城(大阪府高槻市)主高山右近、11月24日の茨木城(大阪府茨木市)主中川清秀の2人の配下の降伏によって孤立の度合いを深め、有岡城に籠城して織田軍に抗した(有岡城の戦い)。