バンダイ
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妖怪ウォッチ とりつきカードバトル
神羅万象チョコ - 食玩(カード入り菓子)であるが便宜的にここへ置く。
超獣戯牙ガオロードチョコ - 同上。
2007年4月28日、栃木県壬生町におもちゃのまちバンダイミュージアムとして装いも新たに開館。
また文化事業にも熱心な所を見せ、バブル崩壊後各社が活動を縮小する中で、世界有数のトイ・コレクションを藤田文化財団から譲り受け、軽井沢ワールドトイミュージアム(現在閉館)と栃木県壬生町の新バンダイミュージアムで公開している。同ミュージアムでは19世紀の蒸気機関模型や20世紀初頭の炭鉱模型が展示されている。また、バンダイミュージアムでは玩具だけでなく、エジソンの発明品が一堂に展示されている。
2004年4月、本社ビルを現在の場所へ移転する。この新社屋のエレベーターは4基あり、それぞれバンダイが商品化しているキャラクターの声(まめっち、仮面ライダー1号、アンパンマン、アムロ・レイ)がアナウンスするというユニークな作りになっている。
2005年9月、それまで業務提携などを行ってきたナムコと共同で持株会社を設立し経営統合。前述の高須武男の手腕により「経営は万全」とした上での統合である。持株会社・バンダイナムコホールディングスの子会社となった。この経営統合で誕生した総合アミューズメント(AM)事業グループバンダイナムコグループは、現在ゲーム業界ではソニー、任天堂に次ぐ第3位の事業規模を誇り日本のゲームソフトメーカーでは国内最大手となるまでに成長している。この時は「セガバンダイ」の時と違い、「バンダイナムコ」の名前に対する反発はほとんどなかった。
轟轟戦隊ボウケンジャー
ふたりはプリキュアSplash Star
エアポートシリーズ
ポピニカシリーズ
ジャンボマシンダーシリーズ
ピースメーカー
プラデラシリーズ
マシンロボシリーズ マシンロボ 600 CGロボ マシンロボレスキュー マシンロボ ムゲンバインシリーズ ムゲンバインビルド合体シリーズ
デジロボ・トキマ
機甲錠人メタルジョー
ロボット電卓・ロボロイド
パズルカル(パズル電卓。1988年グッドデザイン賞・受賞。)
テレビパワーシリーズ
リアルロボットレボリューション
レボルト
装着変身シリーズ - 現在はS.H.Figuartsへ移行
ウルトラコイン伝説
聖闘士聖衣大系 - 現在は聖闘士聖衣神話シリーズへ移行。
京本コレクション - 京本政樹監修のウルトラマン・仮面ライダーの巨大フィギュア
ソフビ魂シリーズ
ナックルファイター
ディスクファイター
パームトップウォーカー
ワンダーボーグ
B TRAIN(ビートレイン)、B TRAIN MINI(ビートレインミニ) - ダイキャスト成形の鉄道玩具
ミニミニレール
トレジャーガウスト
ヨーカイザー
キーボッツ
超機甲爆走ロボトライ
クラッシュギア
バクシード
化石錬成ゼルゲノム
20Q
スペースワープ
VARSX
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ant's life studio
モービルタウン
ハイパーヨーヨー
超造形魂
ケンダマクロス
もじバケる
ブーブ
バトルブレイク
ホンモノピラフレッスン
あわ曜日
破幻のジスタ
ここたまシリーズ
ラディアン
メガブロック
アニマギア
ガンダムシリーズ玩具 元祖SDガンダム タマロイド 超Cガンダム SDガンダムフルカラー MOBILE SUIT IN ACTION!! - 現在は「ROBOT魂」シリーズへ移行
天装戦隊ゴセイジャー
ハートキャッチプリキュア!
また合併反対派が山科直治を取り込んだことも影響した。
この時の責任を取り、山科誠は社長職を辞任して会長に退くも後任の茂木隆は山科誠派で、「山科体制」は維持された。
セガとは合併破談後も業務提携が続けられ、バンダイはしばらくの間、セガのゲーム機向けのソフトを優先的に開発することとなる。
ピピンの事業はその後も続けられたが1998年に撤退、同事業をてがけていたBDE(バンダイ・デジタル・エンタテインメント)は解散する。これに伴って特別損失270億円を計上。このためたまごっちのヒットにより1998年3月期の連結決算は2882億円と過去最高であったにもかかわらず、単独決算では赤字に転落した。
さらにたまごっちの大ブームの終息を見極められず、大量の在庫を抱えてしまい、1999年3月期では単独決算、連結決算ともに赤字になる。単独決算は2期連続の赤字である。この責任を取り、茂木隆は退職。山科誠も名誉会長職に退き、「山科体制」は崩壊した。
1999年に山科誠が推進した多角化を放棄し、赤字事業を清算するためにバンダイ入社三年目の高須武男が社長に就任。高須が「泥をかぶった」形で事業の整理が始まる。彼の就任中に音楽、映像、海外販社などの事業は撤退ないし縮小することになる。玩具事業に不慣れな高須武男を山科直治時代からの「大番頭」である杉浦幸昌が会長職から支援した。
同年には携帯ゲーム機市場における任天堂の一強体制を打破すべく、携帯ゲーム機「ワンダースワン」を投入して、一定の成功を収める。