茨木長隆
こうして一向一揆勢力を京都から一掃する(→享禄・天文の乱)。
しかし、頑強に抵抗を続ける一向門徒は摂津石山に本願寺を移し、引きつづき晴元政権と対抗した。この攻勢に耐えかね、天文2年(1533年)2月には細川晴元・茨木長隆主従は淡路島への逃亡を余儀なくされる。6月20日阿波国から大坂に渡った三好元長の嫡男千熊丸(後の長慶)の仲介により、証如との和睦が成立。しかしこの間、京都は木沢長政の軍が僅かに残ったほかは、一向門徒を追い払って増長した法華一揆の自検断が支配する無政府状態に置かれた。
これは荘園制を基盤とする公家・寺社など京都の諸権門の危機であり、それらに依存する晴元・長隆らの忌むところでもあった。ここに長隆らは法華一揆とも対立するようになり、天文5年(1536年)には六角定頼及び比叡山延暦寺等の兵力を利用して京都の法華一揆を弾圧(天文法華の乱)。ようやく細川晴元政権の京都での安定を確立する。