サンクタカリス
ウィサンゴカリス
ハベリア
サンクタカリスはユタカリス(Utahcaris)やウィサンゴカリス(Wisangocaris)などと共にサンクタカリス科(Sanctacarididae)に分類され、これは更にハベリアを含んだハベリア科(Habeliidae)と共にハベリア目(Habeliida、ハベリア類)としてまとめられる。ハベリア類全般はその体制、特に頭部付属肢の構成により基盤的な鋏角類と考えられる。
サンクタカリスは1988年の原記載から既に基盤的な鋏角類と考えられてきた。しかし2000年代では、本属の鋏角類的性質が一時的に否定され、代わりにメガケイラ類の近縁もしくはその一員と解釈された。2010年代中期以降では、本属に対する再検証とハベリアの再記載を基に、本属を含むサンクタカリス科はハベリア目に分類され、鋏角類的性質が再び支持を得られるようになった。
サンクタカリス(サンクタカリス属 Sanctacaris)は、カナダブリティッシュコロンビア州の堆積累層バージェス頁岩(バージェス動物群、約5億1,000万 - 5億500万年前)で見つかった模式種(タイプ種)である Sanctacaris uncata のみ含まれる。