スター・ウォーズにおける戦いの一覧
惑星ローディアが危機に瀕していたため、元老院のパドメ・アミダラと代議員ジャー・ジャー・ビンクスは実態調査のために、C-3POをつれ、ローディアに向かった。ローディアを代表する元老院議員であるオナコンダ・ファーはパドメの父が若いころに携わっていた難民救済運動を手助けしていた縁でパドメの一家とは家族ぐるみの付き合いをしており、パドメにとっては伯父同然の存在だったのである。しかしローディアに到着すると、パドメが助けようとしていたはずのオナコンダ・ファーがヌート・ガンレイの説得を受け分離主義勢力に介入してしまったことを知る。メイン・ハンガーに残されたジャー・ジャーと3POはクラブ・ドロイドの攻撃を受け、議員を救出しようとするが、パドメの宇宙船から発見されたジェダイのローブをまとったジャー・ジャーはやってきたヌート・ガンレイにジェダイと誤認されてしまう。ドロイドの攻撃を抑えたジャー・ジャーは、何度か死亡したかに思われつつも生き延びていた。水中生物の協力を得たジャー・ジャーと救援に駆け付けたグリーン中隊がガンレイを逮捕すると、パドメは「オナコンダが共和国への翻意を示したのはガンレイを捕縛するための演技であった」という体裁を整え、彼が共和国に戻れるよう取り計らった。これを受けてオナコンダは共和国に戻り、パドメに謝罪した。
ジェダイ騎士オビ=ワン・ケノービによって、分離主義勢力が銀河辺境の工業惑星ジオノーシスに大規模なバトル・ドロイド製造の拠点を造り、対共和国戦争の準備を着々と進めていたことが発覚。この事態を重く見たジェダイ評議会は、その後捕らえられてしまったオビ=ワン、アナキン・スカイウォーカー、パドメ・アミダラらの救出を名目にメイス・ウィンドゥ率いる200名からなるジェダイ騎士を派遣、反撃に出たバトル・ドロイド軍との間で遂に戦いの火蓋が切られた。
ところが既に製造されていたバトル・ドロイド軍の数は共和国側の想定を遥かに超えており、ジェダイ騎士も数に圧倒され、そのほとんどが命を落としてしまう危機的状況に陥った。しかし全滅する寸前に、グランド・マスターのヨーダが率いる20万人のクローン・トルーパーの援軍が到着。カミーノにおいて製造段階から高度な戦闘訓練を施され、強力な兵器を携えたクローン兵達は初の実戦で見事に活躍し、ジェダイとクローン・トルーパーの共和国側が逆転勝利した。しかし、敗走したドゥークー伯爵ら分離主義勢力の要人たちをことごとく取り逃がしてしまい、彼らは事実上この戦いを以て銀河共和国に対抗する新たな星系間国家、独立星系連合の成立と共和国に対する宣戦布告を宣言。銀河各地の星系でゲリラ的に戦争が拡大されることとなる。
コルサント襲撃から数日後、ジェダイ・マスターのメイス・ウィンドゥがパルパティーン元老院最高議長を襲撃するという事件が発生する。
ジェダイ騎士のアナキン・スカイウォーカーに命を救われたパルパティーンは、クローン大戦で弱体化したジェダイ騎士団が、戦争の混乱に乗じて権力を奪取しようとしたものと判断。元老院にてジェダイの危険性と抹殺の必要性を訴えた。時を同じくして銀河各地でクローン・トルーパーを率いていたジェダイ・マスター達も一斉に反旗を翻したと発表され、オーダー66が発令されクローン軍がジェダイ騎士達を処刑した。コルサントのジェダイ聖堂に残った者たちも全て反乱に加担したとされ、アナキンがクローン大戦で率いてきたクローン・トルーパーの第501大隊と共にこれを「鎮圧」した。一方故郷やウータパウを追われムスタファーに逃れていた分離主義勢力の幹部達は「戦争を終える」べくムスタファーに降り立ったアナキンによって全員「粛清」され、交戦中だったドロイド軍も機能停止された。
メイスは1人でドロイド部隊とタンクを壊滅させ、レイザーとスタックがチャムとポンズの部隊の通過に間に合うように橋を起動させた。レッスー市民は自由の戦士たちの到着に湧き、メイスはタンバーを探す間、ドロイドの対処をチャムに任せたのだった。自由の戦士たちとライトニング中隊はAATとドロイドを即座に壊滅させたのである。制御室でレイザーとスタックが数体のバトル・ドロイドに奇襲され、2体のコマンドー・ドロイドもそれに加わったが、撃退することができた。一方、TA-175はタンバーを待たずにシャトルを離陸させ、タンバーはそれを茫然と見送ることになる。TA-175はドゥークー伯爵に、タンバーが適時の撤退を拒否したと報告したのだった。予期せぬ躓きはあったが、ドゥークーは即座に都市を爆撃し、壊滅させるよう命じる。メイスはタンバーを護衛するB2スーパー・バトル・ドロイドを倒し、彼を発着場で追い詰めた。タンバーはジェダイを説得しようとするが、ウィンドゥは拒否し、優位に立つ。するとタンバーは、爆撃機が向かっているため降伏は不要だとし、自分たちは分離主義同盟の栄光と共に消滅するのだと主張した。だが爆撃機が接近すると、アナキンとアソーカが攻撃を行い、それらを全滅させる。そして自由の戦士たちとクローン・トルーパーも到着し、タンバーを包囲したのだった。タンバーがチャムに降伏条件を尋ねると、チャムは無条件降伏だと告げ、彼はしぶしぶと従った。シンデューラはウィンドゥに故郷解放への謝意を述べる。その後、シンデューラとオーン・フリー・ター議員がパレードの人々に手を振り、自由の戦士たち、クローン・トルーパー、ウィンドゥも喜びと共にそれを見守った。ライロスは解放されたのである。