琵琶湖線
JR西日本の京阪神エリアの路線網(アーバンネットワーク)の一角を成す路線である。琵琶湖の東岸を走り、滋賀県湖東・湖南地区の各都市と京都を結ぶ、滋賀県の主要路線である。京都・大阪方面への通勤・通学に利用され、大津市や草津市など京都・大阪に近い沿線はベッドタウンとして開発されている。多くの列車がJR京都線、JR神戸線へと直通運転しているほか、新快速を中心に長浜駅以北の敦賀駅方面に至る列車が設定されている。また、山科駅 - 石山駅間で、京阪京津線・石山坂本線(大津線)、近江八幡駅 - 米原駅間で近江鉄道本線・八日市線と並行しているものの、いずれも地域内輸送が中心であり、運賃や経路・速度・駅間距離・運転本数が違い過ぎることからいずれも競合する私鉄とはいえない。
ラインカラーは青(■)で、JR京都線、JR神戸線と同様にJR西日本のコーポーレートカラーがそのまま採用されている。路線記号は A であるが、湖西線の列車が乗り入れる山科駅 - 京都駅間は、重複して B も付与されている。
JR西日本の発足直後、米原駅 - 大阪駅間の愛称を公募したところ、国鉄時代から俗に呼ばれていた「湖東線」が1位であったが、JR西日本は米原駅 - 大阪駅間の愛称を「JR京都線」と決定した。
キハ189系:特急「びわこエクスプレス」2号として京都駅から草津駅まで運転されている。
HC85系:2023年3月のダイヤ改正より大阪駅 - 高山駅間の特急「ひだ」として米原駅 - 京都駅間で運転されている。
281系
285系
キハ189系
2500番台と京都支所所属の6000番台は湖西線に直通する普通列車にしか使用されず、網干本所所属の6000番台は湖西線・草津線直通には使用されない。
221系(網干総合車両所、吹田総合車両所京都支所) 普通(途中の駅から快速になる列車も含む)に使用されている。 湖西線・草津線直通列車には京都支所所属車両のみが使用されている。網干本所所属車両は湖西線・草津線直通列車には使用されない。
207系・321系(網干総合車両所明石支所) 京都駅以西でも各駅に停車する平日朝の新三田発草津行き(2022年3月11日までは西明石発草津行き)普通(京阪神緩行線)で運転されている(厳密には回送で野洲まで運転。いずれも折返しは京都まで回送するが、後者は野洲派出所で夜間滞泊する)。 321系が入る前は201系も運行されており、2006年3月17日まで設定があった。また、2003年3月15日 - 8月14日の間は103系も運行されていた。
521系(金沢総合車両所) 北陸本線内の地域輸送用として敦賀駅以北に直通可能な交直流電車が用いられ、長浜駅 - 米原駅間で普通として運転されている。ATS-Pを搭載したE編成のみが使われ、それ以外の車両は乗り入れない。
207系
221系
223系2000番台
225系100番台
321系
521系