ザクセン＝アイゼナハ
ザクセン=アイゼナハは約20年間にわたりザクセン=ヴァイマルの統治下にあった。しかし1662年に公国の分割が再び行われ、ザクセン=アイゼナハが独立した公国となった。同年にザクセン=ヴァイマル公ヴィルヘルムが死去し、4子ヨハン・エルンスト2世、アドルフ・ヴィルヘルム、ヨハン・ゲオルク1世およびベルンハルト2世の間でザクセン=ヴァイマル公国が分割された。長男ヨハン・エルンスト2世はヴァイマル公となった。また、アドルフ・ヴィルヘルムはヴァイマルから分離したザクセン=アイゼナハ公国を受け取りアイゼナハに居を構えたが、弟ヨハン・ゲオルク1世と領地を分け合わなければならなかった。ヨハン・ゲオルク1世はザクセン=アイゼナハからの収入の多くを受け取る権利を得て、マルクズールに居を構えた。アドルフ・ヴィルヘルムは1663年にブラウンシュヴァイク=ヴォルフェンビュッテル公アウグスト2世の娘マリー・エリーザベトと結婚し5子をもうけたが、そのうち4子は早世した。アドルフ・ヴィルヘルムは1668年にアイゼナハにおいて死去した。末子ヴィルヘルム・アウグストが生まれる直前のことであった。このため、ザクセン=アイゼナハはヨハン・ゲオルク1世がヴィルヘルム・アウグストの後見人として統治することとなった。しかしヴィルヘルム・アウグストも1671年に死去し、ヨハン・ゲオルク1世がザクセン=アイゼナハを単独で統治することとなった。ヨハン・ゲオルク1世は1661年に ヨハネッタ・フォン・ザイン=ヴィトゲンシュタインと結婚し、ザイン=アルテンキルヒェン伯領も1741年までザクセン=アイゼナハの統治下に置かれた。
ヨハン・エルンスト(1596年 - 1638年)
(ザクセン=ヴァイマルおよびザクセン=アルテンブルクによる分割統治)
アルブレヒト(1641年 - 1644年)
(ザクセン=ゴータとザクセン=ヴァイマルによる分割統治)
アドルフ・ヴィルヘルム(1662年 - 1668年)
ヴィルヘルム・アウグスト(1668年 - 1671年) - ヨハン・ゲオルク1世の後見下
ヨハン・ゲオルク1世(1672年 - 1686年)
ヨハン・ゲオルク2世(1686年 - 1698年)
ヨハン・ヴィルヘルム(1698年 - 1729年)
ヴィルヘルム・ハインリヒ(1729年 - 1741年)
エルンスト・アウグスト1世(1741年 - 1748年) - ザクセン=ヴァイマル公
エルンスト・アウグスト2世(1748年 - 1758年)
カール・アウグスト(1758年 - 1809年)
1809年、ザクセン=ヴァイマルと合同してザクセン=ヴァイマル=アイゼナハ大公国に統一。