真・女神転生if...
主人公が教室で居眠りしているうちに放課後となり、クラスメートに起こされる。そのとき、突然の大地震が学校を襲う。それと同時に空は見る見るうちに暗くなり、次元の裂け目が広がり学校の外に出られなくなってしまった。主人公は学校に残っていた者たちのうち1人をパートナーにし、脱出の方法を探すため学校内を駆け回る。
生徒の一人である「魔神皇」ことハザマによって、学校が魔界に落とされたことを知った主人公たちは、体育館で封印を解く鍵となる「リング」を見つけ、魔界への扉を開く。
前作までのオートマッピングは、初使用した出入り口や階段などでフロア移動をした場合、現在位置のひとつ後ろのマス(たった今通過してきたはずのマス)が記録されないという仕様があったが、本作では記録されるように改良された。
占い屋の宣託が前作と比べて具体的になっている。
攻撃魔法のランク分けがこれまでの2段階から3段階に変更された。最上位の魔法にはFC版『デジタル・デビル物語 女神転生II』と同様、名前の最後に「ダイン」が付く(アギダイン、マハザンダイン等)。
移動魔法であるトラポート、トラエストは登場しない。
悪魔の種族、種族の属性、種族内の悪魔の種類は前作をベースとしている。神霊、神将、マシン、デモノイド、ウィルス、ワクチン、メシアン、ガイアーズは登場しない。
前作でボスとして登場した悪魔の一部には、ボス版のグラフィックを縮小した画像が使用されている(ルシファー、ミカエル、ティアマット等)。
本作では、主人公が戦意を喪失してもゲームオーバーとならない。主人公とパートナーはHPパラメータが0、すなわち戦闘不能になってもガーディアンと呼ばれる様々な神と天使と悪魔が肉体に憑依し、その力を得て復活することができる。プレイ開始時は、主人公とパートナーは死んだことがないので当然ガーディアンはついていない。
ガーディアンシステムの大きな流れは、戦闘で負けてしまうと主人公は魂となってカロンの元へと飛ばされる。そこで新しい魂として守護霊となるガーディアンが出現し、再び立ち上がる力を授かり元の世界に回帰する。 死ぬたびにガーディアンを付け替えることができるが、次につくガーディアンが強いものになるか、弱いものになるかはガーディアンポイントによって変化する。ガーディアンポイントはゲージで表現され、敵を倒す毎にたまっていく。ゲージが高い状態で死ぬとより強いガーディアンが憑依し、逆に低い状態で死ぬと今より弱いガーディアンが憑依する。守護霊として憑依するガーディアンの種類によって力や体力、素早さなどのパラメータが増減する。主人公に憑依するガーディアンは性別とタイプ(後述)によって変わり、各パートナーもそれぞれ憑依するガーディアンが違う。主人公の場合は三途の川を渡るシーンだが、カロンに止められ、ガーディアンが憑依する。その後、三途の川から引き返すというシーンになる。