微生物叢
建造環境は人工的に造られた環境の事をいい、建造物や交通機関を含む全ての人工的な環境を言う。建造環境は地球上の他の環境と比較して微生物の生息には適さず、選択圧により一部の微生物しか生息しないため、自然環境と比べると独特の微生物群集を保持する。建造環境の微生物は主にヒトの皮膚や口腔微生物叢に由来すると考えられているが、一方で農村においては動物由来の微生物などより多様な微生物が生息する。コーネル大学のグループはニューヨークの地下鉄の駅構内と地下鉄車両の車内を綿棒でぬぐい、地下鉄の微生物叢の調査を行った。およそ半分の配列は未知の配列であり、残りの大半は細菌のものであった。ニューヨークの地下鉄は世界でも最大規模であり、多数のヒトが利用するにもかかわらず、この研究から得られたヒトDNA配列は0.2%を占めるに過ぎなかった。
土壌は一様ではなく、pHや塩分濃度、酸素濃度などの勾配が存在し、土壌微生物叢は土壌環境によって構成を変化させる。土壌の微生物叢では細菌と真菌が多数を占め、その比率は他の成分である古細菌、ウイルス、原生生物の100倍から10000倍に及ぶ。
地球の窒素循環には微生物叢が関わっている。窒素固定細菌は、マメ科などの植物の根に塊を作ることで土壌に窒素を蓄積する。マメ科の樹木は砂漠、半砂漠やサバンナ、熱帯雨林の紅葉樹などにも生育して土壌の窒素を保っている。他方で土壌の窒素は、脱窒素細菌の無気呼吸によって窒素ガスに変わり、空気中に送られる。この効果で、窒素が硝酸塩に変わって海に流出することを防ぎ、窒素固定細菌と脱窒素細菌による循環が作られている
↑ 昆虫類が持つ共生細菌を保持するための器官(共生器官)もbacteriomeと呼ばれる。