天社土御門神道
太閤 豊臣秀吉が死去し、政権運営が五大老と五奉行による合議制になったが、そのなかで台頭したのは石高も地位も高かった徳川家康であった。天下取りに動き始める家康と、それを阻止して豊臣政権の維持を図ろうとする石田三成らとの対立は必至であった。 追放処分を受けていた土御門久脩が嫡子である泰重と共に帰京したのは天下分け目となった関ヶ原合戦が起きた慶長5年(1600年)ごろと思われる。同年中には朝廷出仕を再開している。
関ヶ原の合戦を制した徳川家康は慶長8年(1603年)、征夷大将軍となって江戸に幕府を開くが、この時に土御門久脩は室町幕府の故実に倣って新将軍である家康に身固めの儀式と天曹地府祭を行っている。以後歴代将軍即位時には、土御門家当主が京都より江戸へ出向いた。
しかし、ながらく配流されていた事も影響してか、久脩の後継となるべき土御門泰重は陰陽頭になれず、陰陽頭職から外され、同職は賀茂氏庶流であった幸徳井家より出される事になった。なお、これには上記の理由の他に泰重の「失態(暦道における失態)」(詳細は不明)も大きな原因になったようだ。実は幸徳井家の祖は安倍氏から出ているのだが、室町期の安倍氏庶流出身である安倍友幸が師家である賀茂氏の賀茂定弘の養子に入って同氏庶流になっていた事から、陰陽頭の座は再び賀茂氏系に奪われる事になった。