噂の眞相
1994年4月号に高橋留美子の当時のチーフアシスタントの清水彩と椎名高志の結婚が報じられた際、清水の紹介文に“『らんま1/2』の作画の大部分を担当している”との記述があった。これに対し、高橋が作画をしていないとの誤解を招くとして、高橋側から1000万円の賠償を求める訴訟をおこされた。結果的には、賠償金額10万円で高橋側勝訴の判決が下った。
1993年10月号で筒井康隆が日本てんかん協会から、角川書店発行の高校国語の教科書に掲載された短編小説『無人警察』での「てんかん」の描写が差別的であるため、同作品を削除するか他の作品に差し替えるよう抗議され、さらに角川書店が『無人警察』を筒井康隆の承諾を得ずに教科書から削除したことにより、連載『笑犬樓よりの眺望』で「断筆宣言」を発表し、同連載をはじめ、すべての執筆活動を停止した。1997年、筒井康隆は『噂の眞相』等幾つかの出版社と弁護士立ち会いのもと、『自主規制撤廃に関する覚書』を取り交わして執筆活動を再開。連載を「狂犬樓の逆襲」と改題の上、1998年8月号より再開した。
文壇のスキャンダル記事も多く、『週刊文春』や『週刊新潮』など、作家への遠慮で記事化しづらい出版社系雑誌を尻目に、名物記事の一つになっていた。1994年には、作家の和久峻三に刑事告訴されている。
2000年6月に編集部を右翼団体「日本青年社」の「三多摩本部隊長・副隊長」に襲撃され、編集長の岡留と編集スタッフが負傷した。この時撮影された編集部内の写真と監視カメラの映像が、公式ホームページで公表されている。
もともと2000年に休刊予定だったが、名誉毀損等による裁判費用捻出や記事での反論のため延期。訴訟の多くが確定したため、2004年4月号をもって休刊。休刊時には、編集発行人は「黒字経営」だと同誌その他で公称していた。
同誌が掲載した「一行情報」は、単行本化され出版されている。コンビニでの販売も積極的で、特にデイリーヤマザキでは全店舗で販売され、誌内にも「全国の書店・デイリーヤマザキ(ヤマザキデイリーストア)でお買い求めください」と書かれていた。
2014年7月、デスクの神林広恵と元副編集長の川端幹人が起こした株式会社ロストニュースが株式会社サイゾーと共同で後継となるニュースサイト「LITERA」を立ち上げ、運営している。
2000年6月号で森喜朗の大学時代の東京都売春禁止条例違反での検挙歴を掲載(当時、売春防止法は未制定で、都道府県条例で、売買春を禁止(女性を買っただけで罰せられた)していた)。森喜朗は名誉毀損で民事訴訟で提訴するも、東京地裁は噂の真相側の申し立てに基づき、警視庁へ検挙歴の照会を依頼、しかし警視庁は拒否した。結局2001年、賠償金なしの和解(噂の真相は以後この件をつつかない、森は提訴を取り下げる)で決着。