次官連絡会議
閣議から主導権を奪ったと言える次官会議であるが本来は連絡機関にすぎず、各省間対立の調整は閣議と次官会議の双方に出席する官房長官の役割とされた。当時の西尾末廣官房長官は、内閣発足時に佐藤運輸次官と池田大蔵次官を官房次長に昇格させる人事に失敗したほか、日本社会党大阪府連書記長の滝川末一を官房次長(事務)に就任させ、代理として次官会議の議長として担わせてしまった。地方議員の経験しかない滝川に省庁間の調整役が務まる筈もなく、官僚としての佐藤と池田が官房次長を差し置いて次官会議をリードすることになった。このため吉田内閣と対照的に官僚の更迭すら出来ず、官僚機構に対するガバナンスが不全に陥った。
このように、政治主導でない官僚依存の次官会議の活用は、芦田内閣で明確化された。すなわち、1948年(昭和23年)8月9日に次官会議は閣議付議事項の範囲の検討を開始し、同16日に「大小なく次官会議に出し、整理の上、閣議に附する」ことを確認した。同19日には、総理庁官房総務課策定の「次官会議の運営について」が決定され、以下の4点が定められた。
各省庁より閣議に提案する案件については、原則として次官会議に附するものとすること。
閣議に附すべき案件の中、各省庁に関係しその他重要な事項については詳細な資料を配布することとし、然らざるものについては、簡潔な要領又は理由を書類にして配布すること。
議事整理の必要上、次官会議の議題は、原則として遅くとも、前日正午迄に(月曜日の会議にあつては、土曜日正午迄に)総理庁官房総務課迄申出ると共に印刷物は三十部(部数厳守)提出すること。
その結果、閣議中心の予算編成が実際には次官会議の事前審査が機能するようになった。ただし、陸海軍予算は別で、次官会議に提出することなく決まっていた。
つまり、閣議の事前審査機能があったのは次官会議でなく、陸海軍を背景に国家総動員業務を担当する企画院総裁、内閣法制局長官、内閣書記官長による内閣長官会議であった。内閣長官会議が閣議の事前審査機能を果たし、その下で次官会議が、形骸化した閣議に代わり、各省間の行政調整をなす体制が確立した。
戦後も、慣例として次官会議は存在して機能していた。必ずしも下準備をしていたとはいえないが、骨格以下の経緯をたどった。1946年(昭和21年)には、官庁職員の労働組合(官公労)との労働協約に関して、閣議と対立し政治化がなされはじめていた。
そして翌1947年(昭和22年)2月には、二・一ゼネストに突入し、官公労と内閣は対決していく。第1次吉田内閣改造と同時に、二・一ゼネストの責任は各省にあるとして、異例といえる次官の一斉更迭を実施した。新旧の次官は、大蔵省は山田義見から池田勇人(同年2月6日)、商工省は奥田新三から岡松成太郎(同12日)、運輸省は平山孝から佐藤栄作(同1日)、外務省は寺崎太郎から岡崎勝男(同4日)、内務省は飯沼一省から斎藤昇(同4日)などである。
同年2月21日、吉田茂はまた異例にも次官会議に出席し、「官紀の粛清が一番重要(......)1、人事課長をかへること、2、共産党系人物の一掃。連合国も要望す」などと訓示している。