横浜フリューゲルス
また、フリューゲルスのフロントから京都パープルサンガの統括部長に招かれた木村文治はフリューゲルスの若手6選手を京都に入団させた。
合併発表後の新チーム移籍が比較的順調に進んだ事もあり、急ごしらえで発足した横浜FCには直接フリューゲルスから移籍した選手はいなかったが、1993年のJリーグ開幕時にフリューゲルスで活躍していた高田昌明や渡邉一平などが加入した。その後も佐藤一樹などの元フリューゲルス選手が入団する中で、2005年8月にはアルビレックス新潟に在籍していた山口が加入し、山口は2006年に主将として横浜FCをJ1昇格へ導いた(その後2007年限りで引退)。なお、山口はF・マリノス使用時には近づかなかった旧東戸塚(LEOC)トレーニングセンターを横浜FCが引き継いだ際にはフリューゲルス時代と同じ場所に自分のロッカーを置き、自らの引退試合でも「フリューゲルス」の名前を使おうとしたが、上記の通りに名称の権利を持つF・マリノス(横浜マリノス株式会社)からの許可が下りず、山口は引退試合の開催自体を取りやめた。なお、山口は2012年から2014年まで横浜FCの監督を務めた。
なお、フリューゲルスのトップチーム在籍経験者のうち、現役選手として登録されているのは2019年時点で遠藤保仁のみとなっている。
開幕前のゼロックス・スーパーカップ(Jリーグの年間優勝チームと天皇杯優勝チームが対戦)で、ヴェルディ川崎と対戦。この試合では惜しくも1-2で敗れるも昨年から磨き上げてきたゾーンプレスが機能し、自信を深めて開幕を迎えることとなった。その勢いそのままに1stステージの第4節から第11節にかけ8連勝。一時は2位になるなど優勝も狙える状況だったが、終盤に山口、前園の怪我による戦線離脱が響き最終的に5位となった。さらに、攻撃の要として活躍していたアマリージャが1stステージ限りで退団・引退するとチームは低迷。2ndステージは8位に終わった。 この年限りで、エドゥー、フェルナンド・ダニエル・モネール、バウベル・ダ・シルバ・コスタらもチームを去っている。
1996年、アビスパがJリーグに参入したのに伴って横浜Fの特別活動地域のカテゴリーは消滅し、各クラブが平等に主催できるようになったが、サンガ等他クラブの主催試合も行われていた鹿児島県については、その後もフリューゲルスの主催ゲームを年1-2試合程度開催した。