クマ下目
絶滅群であるアンフィキオン科を本下目に含める説もあるが、イヌ型亜目の基部系統とする説もある。また現生群のクマ科・イタチ上科・鰭脚類は約4100万年前 - 3800万年前に分岐したと推定されている。鰭脚類の系統関係には様々な説があったが、2000年代以降では複数の分子系統解析によりイタチ上科と単系統群を形成する説が支持されている。
鰭脚類のステムグループとしてエナリアルクトス類(エナリアークトス類、enaliarctines)として知られるエナリアルクトスEnaliarctos・ピナルクティディオンPinnarctidion・Pacificotaria・Pteronarctosなどの絶滅属があり、エナリアルクトス類と現生群は鰭脚形類Pinnipedimorphaとしてまとめられる。このうちより原始的形質を持つエナリアルクトスはクラウングループの共通祖先より以前から段階的に派生した側系統群と考えられており、エナリアルクトスよりも後に派生したと考えられるピナルクティディオンなどを含む系統は鰭脚型類Pinnipediformesとして区別される。またアロキオンAllocyon・コルポノモスKolponomos・ポタモテリウムPotamotheriumなどの鰭脚類の姉妹群とされるが四肢が鰭状ではない絶滅属もあり、これらを含めたトータルクレード(PhyloCodeを参照)としてPan-Pinnipediaが2020年に提唱されている。アロキオンは最も初期に分岐した系統と考えられているが、クマ科の姉妹群である可能性もある。
下の分岐図はFlynn (2005) の6遺伝子による分子系統樹である。