下間頼秀
追放は周囲から不審の目で見られ、晴元の家臣木沢長政は証如に頼秀・頼盛兄弟の赦免を願い出たが却下され、天文6年(1537年)5月9日には加賀に証如の生害(殺害)指令が出された。そして天文7年(1538年)3月20日、近江で証如の刺客に暗殺された。
証如の日記『天文日記』や実従の日記『私心記』に頼秀・頼盛兄弟の動向が書かれており、彼等が勢力を伸ばした背景に横領・違乱を行い領国形成の野心を持つ国人門徒や一般門徒との結びつきがあったことを記している。頼秀兄弟の追放及び暗殺はこれら門徒の排斥および天文の錯乱の責任を取らせるための処分とされている。その後頼盛も翌天文8年(1539年)7月21日に暗殺、代わって和平派として活動した叔父の下間頼慶の系統が本願寺坊官として台頭したが、加賀では頼秀・頼盛兄弟として行動した者たち(別心衆)が所領争いで告発される、かつて小一揆方として戦った者たちが蜂起するなど不安定な状態が長引くことになった。