皇位継承
これによって平城天皇の直系は皇位の可能性がなくなったものの、嵯峨天皇は内外の批判を恐れて自分の実子を擁立する事に躊躇し、弟の大伴親王(後の淳和天皇)を皇太弟とした。嵯峨天皇と皇位継承紛争を防ぐために、それぞれの直系を互いに皇位に就ける迭立(てつりつ)を採用することとし、実際、嵯峨天皇 - 淳和天皇 - 仁明天皇(嵯峨天皇の子)と皇位継承され、仁明天皇の次も恒貞親王(淳和天皇の子、母は嵯峨天皇の皇女)が皇太子に立てられていた。これに対して淳和天皇は却って紛争の原因となると危惧を抱いており、嵯峨天皇に仁明天皇の次にはその皇子を立てるべきであると忠告したものの、受け入れられなかった。しかし、淳和・嵯峨両上皇の相次ぐ崩御の直後、恒貞親王を廃太子(皇太子を廃すること)とする事件(承和の変)が起こり、皇位継承は嵯峨天皇 - 仁明天皇の系統に統一されることとなった。この事件は皇統統一を狙った仁明天皇が、藤原北家の協力を得て起こしたとする説もある。かくして光仁天皇以来の天智系皇統が天武系皇統を教訓にして取り入れた兄弟間継承の相続(大兄制の実質復活)は、藤原種継暗殺事件から承和の変に至る皇位継承を巡る内紛の連鎖の招来に終わった。
仁明天皇の後、文徳天皇 - 清和天皇 - 陽成天皇と直系による皇位継承がほぼ順調に行われたが、陽成天皇が内裏で重大事件(誤って殺人を犯したとする説が有力)を起こし、退位に追い込まれてしまい、再び直系継承の下で皇統断絶の危機が訪れることになった。このときは、有力候補がおらず、廃太子となった恒貞親王や嵯峨天皇の子である源融らが候補となったが、最終的には称徳天皇崩御時の先例をとって、仁明天皇の子で年配の光孝天皇が即位して皇位を継いだ。
皇霊殿神殿に奉告の儀(こうれいでんしんでんにほうこくのぎ)とは、先祖代々の皇霊を奉る皇霊殿、及び天神地祇を奉る神殿において、「新天皇の践祚」を奉告する儀式である。「剣璽等承継の儀」が執り行われているほぼ同時刻に、宮中三殿に於いて掌典長が「新天皇の践祚」を奉告する。
約束を反故にされた南朝側は憤慨し、後南朝としてその後も存続し続けた(太平洋戦争(大東亜戦争)後まで南朝子孫を名乗る者がいた)。
一見、南北朝合一により皇位継承は再び安定したように見られたが、もう一つの問題であった北朝内部の内紛は解消されなかった。更に後小松天皇には称光天皇しか男子がおらず(称光天皇の皇太子であった後小松天皇の第2皇子は早世、実はこの他に名僧として知られた一休宗純も後小松天皇の皇子であったが、政治的事情により、早くから出家させられて皇位継承権を失っていた)、更に称光天皇には子供がいない上に虚弱体質であったために、いつ崩御してもおかしくない状態となっていた。そこで当時院政を行っていた後小松天皇は崇光天皇の孫である伏見宮貞成親王に対して、万が一の際の皇位継承を極秘に要請した。ところがその話が称光天皇に伝わると、称光天皇は激怒して貞成親王を強引に出家させ、皇位継承権を剥奪してしまった。ところが、それから程ない1428年(正長元年)に、肝心の称光天皇が崩御してしまい、後小松系の皇統が断絶してしまった。そこで後小松天皇は貞成親王の皇子であった後花園天皇を擁立させたのである。これに対して旧南朝側では北朝側の皇統は断絶しており、傍流の継承は認めないとして各地で蜂起を起こした。一時は宮中に侵入した南朝側の武士によって三種の神器を奪われる(禁闕の変)などの危機にもあったが、室町幕府はこれを鎮圧、ここにおいて初めて真の「南北朝合一」が実現したのである。