コーカンド・ハン国
ハン国は繁栄の一方で、国内政治では支配層内部における対立やカザフ、キルギスの遊牧民たちの反乱は絶えず、政権は常に不安定であった。そして1842年、ナスルッラー率いるブハラ・アミール国(ブハラ・ハン国の後身)の攻撃を受けてムハンマド・アリー・ハンとその家族がことごとく殺害されるに至り、コーカンド・ハン国はブハラの支配下に入った。首都コーカンドはブハラの軍によって占領され、コーカンドのハンにはブハラの擁立した傀儡が立てられたが、結局ブハラの支配はコーカンド・ハンの一族の間から出たシェールアリー・ハンによって覆され短期間に終わった。以後のハン国ではハン位をめぐる争いが激化して国内政治はますます混乱し、またカザフやキルギスをはじめとする遊牧民たちが勢力を増してハン国の権威を脅かした。
さらに北方ではロシア帝国がカザフ草原に進出して勢力を南進させ、ウズベク3ハン国のうちもっとも北方に位置するコーカンド・ハン国に対する軍事的圧力を強めた。