スーパーロボット大戦EX
初参戦は『戦国魔神ゴーショーグン』と『聖戦士ダンバイン』の2作品。『聖戦士ダンバイン』は『第2次』に登場する予定であったがNGになった経緯がある。入れ替わりに『第3次』に登場していた『無敵鋼人ダイターン3』、『超電磁ロボ コン・バトラーV』、『勇者ライディーン』の3作品が外れている。
『戦国魔神ゴーショーグン』の主人公グッドサンダーチームは参入が遅く、各章を行き来している上に使用できる機会が少ない。後にこの扱いが問題となり次作の『第4次スーパーロボット大戦』(以後『第4次』)では序盤から仲間になる。
本作はストーリーの関係上、DC戦争シリーズの常連である『機動戦士ガンダム』のブライト・ノアが登場しない。また、『機動戦士ガンダム0080 ポケットの中の戦争』はキャラクターのみの登場となる。