三方五湖
冬の湖魚の代表格はフナとコイであり、三方湖のたたき網漁などで漁獲される。鳥浜貝塚で出土した約1万3700年前の土器片にもコイ科の魚類を煮炊きした痕跡が残されている。小浜藩第7代藩主の酒井忠用は病気療養のために三方湖のフナを求めた。
水月湖は二重底の湖である。湖水上部(水深0-6m)は淡水、下部(水深7-40m)は硫化水素を含む無酸素の汽水となっている。
水路工事の結果、三方湖からは淡水、久々子湖からは汽水が流れ込むようになり、淡水に比べ重い汽水は湖底に滞留するようになった。この状態で湖の表面に強風が吹いても表層の淡水が攪拌されるのみで、湖底の汽水は滞留したままである。
この結果、下部の汽水は空気に触れることが無く、表層の酸素を含んだ淡水と混じり合うことも無いために、有機物分解によって酸素が消費し尽くされてしまい、酸素の代わりに汽水中の硫酸イオンを還元して硫化水素にすることで呼吸を行う硫酸塩還元細菌の活動により、2006年時点では硫化水素を多量に含んだ無酸素状態となっている。
なお、嫌気性の下層水で最も光の強度が強い上限付近では、硫化水素を光エネルギーで単体硫黄にまで酸化させ、その時に発生するエネルギーを利用して炭酸同化を行う緑色硫黄細菌を主体とする酸素非発生型の光合成細菌が濃密に生息している。
水月湖の年縞堆積物は過去7万年の年代測定の標準時計として期待されている。水月湖の年縞堆積物に関しては年縞#水月湖の年縞を参照のこと。
三方五湖には水月湖と久々子湖をつなぐ浦見川(浦見運河)と、水月湖と日向湖を結んでいる嵯峨隧道、菅湖と三方湖をつなぐ堀切の3つの人工水路がある。