御土居
明治に入ると、それまで幕府の所有していた部分も民間の所有となり、土塁上の竹を伐採して畑などに転用された。この時点では土塁自体は取り壊されていなかったが、大正期には市街地の拡大により住宅開発などのため、多くの場所で御土居が壊された。こうした中、残る御土居を保護するため、1930年(昭和5年)に8箇所が国の史跡に指定された。また1965年(昭和40年)に1箇所が追加指定されている。史跡指定地以外ではその後も撤去が進み、1960年代には史跡指定地の御土居が宅地造成業者によって破壊される事件が何度か起こった。
1967年7月9日には、集中豪雨により発生した山崩れで約100mの区間で崩壊した。
今なお「土居町」の地名が市内各所に残るが、いずれも御土居消滅後の土地にできた町と考えられる。
また、御土居西側にある凸部、いわゆる「御土居の袖」について、当時既に上の下立売通沿いに形成されていた寺院や町家を最大限取り囲んで「洛中」化しようとした意図が古地図の内容から読み取れることから、御土居の目的は洛中の明確化と、これに伴う都市と農村の分離ではないかと考察されている。 一方で、内部に既存の市街地とともに大量の田畑を抱え込んでいることを、将来的に発展を期待する地域を囲んでいるとみなすのはやや過大な評価と指摘される。
この点について、御土居の北西端にある長坂口と南西端にある東寺口に着目すると、御土居の建造には戦国期に在地化した流通上の結節点を囲い込み、商工業・流通の保護を図る遮蔽施設の機能があったとし、既存の「七口」まで御土居の延長を図ることで、結果的に御土居内部の西側に広大な田畑や村落を包含することになったとの指摘がある。 ただし、御土居が既存の七口をすべて囲い込んだわけではなく、鴨川東岸の粟田口や渋坂口は御土居の外側となり、在地性が否定された側面も存在している。