東方文化学院
東大移管を拒否した東方文化学院でも、1941年にやはり研究領域の重なる東京大学東洋文化研究所(東文研)が発足すると研究者の一本釣りが始まり所員の東文研移籍が続いた。東方文化事業自体が外務省文化事業部から新設の興亜院、次いで大東亜省に移管されると、学院の予算は義和団の乱賠償金ではなく国家予算から拠出されることになり、不要不急の事業として大幅に削減され研究活動の維持も困難になった。また、1942年、東方文化学院研究員の宇佐美誠次郎が治安維持法違反容疑で逮捕された事件は学院に強い衝撃を与えた。学院は即座に宇佐美を追放処分とし、いっそう国策に協力することで維持を図ったとされる。京都の東方文化研究所では、国策研究機関である東亜研究所の委託事業受け入れなどを余儀なくされながらも、極力従来の古典研究中心の研究方針を守ろうとしたという。
池内宏(1929年4月 - 1948年3月)
市村瓚次郎(1929年4月 - 1946年3月)
伊東忠太(1929年4月 - 1948年3月 研究員 1929年4月 - 1938年5月)
宇野哲人(1929年4月 - 1948年3月)
荻野仲三郎(1929年4月 - 1946年10月)
小柳司気太(1929年4月 - 1940年7月 研究員 1929年4月 - 1937年4月)
古城貞吉(1929年4月 - 1948年3月 研究員 1929年4月 - 1938年4月)
塩谷温(1929年4月 - 1948年3月)
島田鈞一(1929年4月 - 1937年12月 研究員 1932年3月 - 1937年12月)
白鳥庫吉(1929年4月 - 1942年4月)
杉榮三郎(1929年4月 - 1948年3月)
関野貞(1929年4月 - 1935年9月 研究員 1929年4月 - 1935年9月)
瀧精一(1929年4月 - 1945年5月)
常盤大定(1929年4月 - 1945年5月 研究員 1931年4月 - 1938年4月 嘱託 1938年4月 - 1940年4月)
旗田巍(東亜研究所委託事業研究員 1939年1月 - 1940年7月)
松本善海(東亜研究所委託事業研究員 1939年1月 - 1943年6月)
村上正二(東亜研究所委託事業研究員 1939年1月 - 1943年6月)
服部四郎(嘱託 1939年4月 - 1948年3月)
百瀬弘(東亜研究所委託事業研究員 1939年4月 - 1943年6月)
田坂興道(嘱託 1939年6月 - 1940年5月 研究員 1940年5月 - 1946年3月)
三上次男(東亜研究所委託事業研究員 1939年1月 - 1941年3月 研究員 1941年4月 - 1948年3月)
豊田穣(研究員 1940年7月 - 1946年3月)
三浦大(研究員 1941年4月 - 1942年2月)
吉澤忠(研究員 1941年5月 - 1946年3月)
永島榮一郎(研究員 1941年12月 - 1948年3月)
島田正郎(研究員 1942年6月 - 1948年3月)
窪徳忠(研究員 1942年7月 - 1948年3月)
西嶋定生(研究員 1943年9月 - 1948年3月)
重光蔵(研究員 1943年11月 - 1946年11月)
北郷康(嘱託 1944年11月 - 1947年6月)
後藤基巳(研究員 1946年10月 - 1948年3月) 他