ねんどろいど
2 - 2011年5月発売、発売元:セガ 島田美波、木下秀吉、霧島翔子、FFF団の4種。
とある科学の超電磁砲 vol.2 - 2011年6月発売、発売元:セガ 御坂美琴、佐天涙子、固法美偉、木山春生の4種。
とある魔術の禁書目録II - 2011年7月発売、発売元:セガ 上条当麻、インデックス、妹達、風斬氷華の4種。
リトルバスターズ! - 2011年7月発売、発売元:エスケイジャパン 棗鈴、能美クドリャフカ、神北小毬の3種。
とある科学の超電磁砲 vol.3 - 2011年8月発売、発売元:セガ 御坂美琴、白井黒子、初春飾利、木山春生の4種。
バカとテストと召還獣にっ! vol.3 - 2011年11月発売、発売元:セガ 姫路瑞希、木下秀吉、木下優子、清水美春の4種。
とある魔術の禁書目録II vol.2 - 2011年12月発売、発売元:セガ 一方通行、打ち止め、白井黒子、結標淡希の4種。
とある魔術の禁書目録II vol.3 - 2012年発売、発売元:セガ 御坂美琴、アニェーゼ、五和、神裂火織の4種。
縮尺が違う物や、特殊なギミックの付いた物など、基本シリーズの枠から外れたラインナップ。「でか」「根付け&チャーム」を除き縮尺は通常シリーズとほぼ同じ。
プリムラのちっちゃな大ぼうけん!?(SHUFFLE! MEMORIES) 発売元:オリゴクレース/FREEing。アニメ『SHUFFLE!』DVD付属特典のデスクトップアクセサリーを元にしたPC用ゲームとねんどろいどのセット商品。ねんどろいどとしては初となる音声ギミックを搭載。 通常版の他、アニメイト専売の照れ顔版、キャラアニ・ゲーマーズ・とらのあな専売のむー顔版(以上2007年11月発売)、ワンダーフェスティバル2008冬限定商品のメガネ顔版(2008年2月発売)があり、それぞれ表情と音声が異なる。
でか ネコアルク(月姫/MELTY BLOOD) - 2008年1月発売、HOBBYCOMPLEX01 神戸限定商品。
でか ネコアルク カオス(MELTY BLOOD) - 2008年11月発売、HOBBYCOMPLEX02 東京 限定商品。
じゃんぼ 初音ミク(キャラクター・ボーカル・シリーズ01 初音ミク) - 2012年12月発売予定、グッスマくじ 「初音ミク 2012 Winter Ver.」 A賞。 「でか」「じゃんぼ」の3商品は通常のねんどろいどの3倍近い大きさとなっている。
ケメコ(ケメコデラックス!) - 2008年6月発売、発売元:マックスファクトリー。 元々2頭身キャラのため独自ディフォルメが無く劇中と同じ造形。
ねんどろいどを題材としたiTunes用アプリ『ねんどろいど惑星』が配信されている。ゲーム『ねんどろいどディフェンス』がプレイできる。
ねんどろいどを題材としたクロスオーバー作品『ねんどろいど じぇねれ〜しょん』がPlayStation Portableでゲーム化される。尚、この作品は『東方Project』と関連作初めてPCプラットフォーム以外のゲーム作品の出演である(理由は東方Project#二次創作に関する事柄、東方Projectの版権を利用する際のガイドラインを参照。)
『初音ミク and Future Stars Project mirai』は、ねんどろいどの初音ミク及びVOCALOIDシリーズのキャラクターが登場するゲームとなっている。
『バーチャファイター5 R』のおしゃべりアイテムとして初音ミク・鏡音リン・鏡音レンが、ねんどろいどをベースにして製作され登場している。
ホビーストックが運営する3Dオンラインコミュニティサービス「Synthe」のアバターとして、ねんどろいどを元にしたアバターが使えるようになっている。
『トキメキファンタジー ラテール』とボーカロイドシリーズとのコラボレーションの一環として、背中ファッション装備にねんどろいどぷちの鏡音リンと鏡音レンが登場している。
『魔法少女リリカルなのはA's PORTABLE -THE BATTLE OF ACES-』の予約特典のダウンロードコンテンツとして「ねんどろいどなのは」の配信が予定されている。
ClariSのCD『nexus』に収録されている『アナタにFIT』がねんどろいどのテーマソングとして用いられている。
『パチスロ化物語』のさまざまな場面で、化物語のねんどろいど ぷちが使用されている。