ホルマリン
一方、主な作用が蛋白質分子の架橋反応なので、脂肪などの他の物質にはホルマリンによる固定作用は働かず、流れ出してしまう。また、ホルムアルデヒドは水溶液中で徐々に酸化してギ酸を生じるので、石灰質の硬組織を持つ脊椎動物や甲殻類の内骨格や外骨格の燐灰石や炭酸カルシウムの結晶を侵食し、損なう。そのため、こうした硬組織を持つ生物の標本作成に際しては、ホルマリン原液に炭酸水素ナトリウム(重曹)、ヘキサメチレンテトラミン(ヘキサミン)などを溶解させ、ギ酸の中和を図る、あるいは固定後に標本を水洗してアルコール(エタノール)液浸に切り替えるのが通例である。
ホルマリン処理は、生物体の肉眼的な保持のほかに、顕微鏡観察を行う標本作製の準備段階としても行われる。また、生物体を長期間保存して、後でDNAを抽出したい場合にも、冷凍庫が利用できない場合にはホルマリン浸漬が用いられることもあるが、DNA分子の塩基部分のアミノ基とも結合し、架橋反応を引き起こすのであまり好ましくない。そのため、分類学の分野で形態記載の全身標本とDNA抽出用の標本を1個体で両立させるため、全身をホルマリン固定で保存するに先立ち筋肉片など一部の組織片を生の状態で取り出し、こちらは無水エタノールやアセトンに浸漬して組標本として保存することがよく行われる。