越後府
柏崎県(第1次)編入前の管轄地域。
越後国 三島郡のうち - 22村 蒲原郡のうち - 874村(新潟町は含まず)
そこで政府は新潟府を存続したまま、これとは別に同年2月8日、越後国内の直轄地の統一的支配を目的に再度越後府(第2次)を設置して、府庁を水原の旧幕府代官陣屋に置いた。知事には新政府軍の会津征討越後口総督府参謀であった壬生基修が任命された。
2月22日には柏崎県(第1次)の廃止・合併が再度布達され、佐渡県を越後府(第2次)が当分管轄することが改めて布達された。同日、新潟府は新潟県(第1次)と改称され、管轄地を新潟町に限定し、その町政と開港場における外交のみを管掌するものとされた。
こうして、越後・佐渡両国の政府直轄地を管轄する越後府(第2次)と、新潟町政および外交を管轄する新潟県(第1次)とが並立する体制となったが、このような内政と外交の分離政策には反対の意見も強かった。また、「開港場十里四方」とされた外国人遊歩区域が、新潟町に限定された新潟県(第1次)の管轄区域を超えることに対して、府の管轄区域の拡大と機能強化を訴えていた現地の役人も批判的であった。さらに、越後全域と新潟町を統一して統治するべきであるという者の間にも、本庁を新潟町に置くべきか、水原陣屋の本庁に統合すべきかで意見の対立があった。
こうした中で政府は、内政と外交の統一案を受け入れて、7月27日、越後府(第2次)と新潟県(第1次)を廃止して両府県を統合した水原県を設置した。水原県は柏崎県(第2次)の分割を経て、1870年(明治3年)に新潟町に本庁を移転して新潟県(第2次)となり、現在に至る。なお、越後府(第2次)知事の壬生基修は引き続き水原県知事を務めた。