尼崎駅 (阪神)
そのため、配線上では2番線と5番線が主本線ではあるが、緩急接続時には待避する普通が主本線に入線し左右両方のドアを開け、優等列車の方が待避線(1番線および6番線)に入線する形にすることで、円滑な乗り換えができるようにしている。一方、平日朝ラッシュ時は車内通り抜けをさせると混雑に拍車をかけるため、普通は1番線に入線させ、直通特急と区間急行は2番線に入線する。
このほか、4番線は阪神なんば線からの当駅止まり列車の降車ホームとしても使われている。該当列車は4番線で乗客を降ろした後、ホーム西側の引き上げ線で折り返して、改めて大阪難波方面行きとして3番線に入線する。
4番線の乗車位置は阪神なんば線開業時1から10まであったが、編成両数に関係なく停止位置目標は同一であるため、2020年3月13日までは大阪難波・奈良側の乗車位置7 - 10は通常は当駅で解放される車両用であった、2020年3月14日のダイヤ改正で8両編成で尼崎より先を運転する編成があるため9 - 10が解放される車両用になっている。
本線上りホームも新ホームに切り替えられたため、新ホームの北側に新たに引かれた線路が1番線となり、旧1番線は2番線に改番。それに合わせて、北改札口が新たに開設された。なお、旧1・2番線ホームは一時閉鎖(旧2番線の線路も使用停止)され、改良工事に入った。
2008年2月2日に、旧2番線を3番線に改番のうえ、改良工事が完成した新2・3番線ホーム(旧1・2番線ホーム)の使用が開始される。それまで4番線に発着していた西大阪線の西九条行きは新3番線からの発車に変わり、改良工事で新設された新2・3番線ホームのエレベーターも使用開始となる。同時に4・5番線ホームは一時閉鎖(4番線は一時使用停止となり、5番線は本線下りホーム側のみの供用となる)され、改良工事に入った。
2009年3月20日の阪神なんば線の開通によって、4番線の営業列車の発着および4・5番線ホームの使用を再開。
本線 ■直通特急(平日朝ラッシュ時の上りの一部) 大阪梅田駅 (HS 01) ← 尼崎駅 (HS 09) ← 西宮駅 (HS 17) ■■直通特急(上記以外)・■特急 大阪梅田駅 (HS 01) - 尼崎駅 (HS 09) - 甲子園駅 (HS 14) ■区間特急(大阪梅田行きのみ運転) 野田駅 (HS 03) ← 尼崎駅 (HS 09) ← 甲子園駅 (HS 14) ■快速急行(平日朝ラッシュ時) (阪神なんば線) - 尼崎駅 (HS 09) - 甲子園駅 (HS 14) ■快速急行(平日日中以降・土休日) (阪神なんば線) - 尼崎駅 (HS 09) - 武庫川駅 (HS 12) ■急行 野田駅 (HS 03) - 尼崎駅 (HS 09) - 武庫川駅 (HS 12) ■区間急行 千船駅 (HS 06) - 尼崎駅 (HS 09) - 武庫川駅 (HS 12) ■普通 大物駅 (HS 08) - 尼崎駅 (HS 09) - 出屋敷駅 (HS 10)
阪神なんば線 ■快速急行(平日朝ラッシュ時) 西九条駅 (HS 45) - 尼崎駅 (HS 09) - (阪神本線) ■快速急行(平日日中以降・土休日) 西九条駅 (HS 45) - 尼崎駅 (HS 09) - (阪神本線) ■準急・■区間準急・■普通 大物駅 (HS 08) - 尼崎駅 (HS 09)