マクロスM3
プレイヤーは各エピソード前にブリーフィングで作戦概要を指示されたあと、使用機体とキャラクター、プラグイン(オプション装備)を選択する。使用可能な機体とプラグインは前エピソードのスコアやクリアタイム次第で増えるため、作戦遂行以外にこれらの要素も重要となる。性能が高い機体ほど、プラグインの搭載キャパシティーも多い。
ストーリーモードの各エピソードは2ないし3のステージ構成で、制限時間内に任務を遂行できれば次に進める。ただし、各エピソードの第1ステージ(エピソード4のみ第2ステージ)は「制限時間の20%以上」を残してクリアしないと、次ステージがスキップされる。ゲーム中スキップを起こさなければ最終エピソードの展開が「GOOD END」になり、一度でもスキップすると「BAD END」になるというエンディング分岐方式を採っている。このほか、一度クリアしたステージをプレイできるフリーミッションモードも用意されている。
操作系は、基本的に前方にいる敵機を複数ロックオンできる(同時ロックオン数は機体性能による)。特殊機能としてブースト・サーチボタンを使うと、ファイターモードやガウォークモードでは瞬発的な加速、バトロイドモードでは敵機の自動補足が行われる。また、ボタンの組み合わせによって緊急回避、ミサイル一斉発射、フレア散布などの特殊アクション(テクニカルコマンド)が実行できる。どちらも使用限度があり、画面上のゲージで表示される(使用しなければゲージが回復する)。
第一次星間大戦によって焦土と化した地球で、わずかに生き残った人類は、敵であった異星人ゼントラーディと共存社会を築き、種の保存のために2012年から宇宙移民計画を推進する。
生活圏の拡大によりふたたび平和な時代が訪れたかに見えたが、体制に従おうとしない一部のゼントラーディ人は辺境部の惑星で武装勢力を結成し、テロやゲリラ活動が活発化する。事態を憂慮した統合軍は、正規軍では対処困難な作戦にあたる特務部隊「ダンシング・スカル」を編成し、エースパイロットのマクシミリアン・ジーナス、ミリア・ファリーナ・ジーナス夫妻をその任に就かせる。
ダンシング・スカルは巡洋艦アルゲニクスに所属し、諜報部の極秘情報を受けて紛争地帯へ急行する。部隊の性質上、友軍の支援は望めないが、統合軍の誇るジーナス夫妻は過酷な状況を楽しむように戦場を舞う。そして、惑星クラストラニアの戦闘においてゼントラーディ人の少女兵モアラミア・ジフォンを捕獲したジーナス夫妻は、モアラミアを養女とし、かつひとりの兵士として育てることを決意する。