ゴールドシップ
有馬記念後は疲労が少ないことから放牧には出さず、引き続き岩田とのコンビでアメリカジョッキークラブカップに向かうことになった。1週前追い切りでは栗東CWコースで併走馬に大差を付ける好タイムをマークする等、好調さをアピール。中山での強さ や出走馬中唯一のGI馬であることも評価されて、当日は1.3倍の1番人気に推された。8番ゲートからまずまずのスタートを切ると、1コーナーに入る頃には後方4、5番手に付け、2コーナーでは自ら上がっていこうとするが鞍上は途中で手綱を抑え、中団に収まる。4コーナーから本格的に追い出し始めるも反応が鈍く、先団を捉えるには厳しい位置取りとなってしまい、直線でしぶとく伸びを見せるも勝ったクリールカイザーからは約4馬身差の7着に敗れた。この結果を受け、出走する可能性を残していたドバイシーマクラシックは回避し、阪神大賞典に向かうことになった。
阪神大賞典では、単勝オッズ1.6倍の圧倒的な1番人気に支持された。道中では中団につけ、早めにスパートをかけて直線では先頭集団に加わり、最後は追走するデニムアンドルビーを1馬身抑えて勝利し、同レース3連覇を達成した。重賞3連覇は史上9頭目であるが、すべて1番人気であったのは3頭目、グレード制導入後では初の記録となった。また、この勝利により、ゴールドシップは史上7頭目となる重賞10勝に到達した。
ゴールドシップは、所属する須貝厩舎に入厩した当時は大人しくしていたが、3歳の共同通信杯を前に荒々しさが目覚めた。最終追い切り後厩舎へ戻る途中、調教助手の北村浩平を振り落として右肩脱臼の大怪我を負わせ、手綱を引く厩務員の今浪隆利を何度も振り回した。さらに、管理調教師の須貝によく噛みつき、須貝はシャツを破られたり肩に痣を作ったこともあった。これらについて、引退後の雑誌のインタビューで須貝は「真面目な時もあるかと思えば、変なことをして...。気が休まることがなかった。最後の年(2015年)は円形脱毛症になってしまったよ。在厩している頃は、色々と考えさせられていたんだろうね」と証言している。また、全28戦の中で印象に残っているレースは、という問に対して真っ先に挙げたのが、スタートで大きく出遅れて15着に惨敗した2015年の宝塚記念を挙げた。須貝は「『まさか、ここでやるか?』しかなかったね。この馬だけは本当に分からない。そう思ったよ」と述べている。
今浪によるとゴールドシップはデビュー時の函館滞在時から他の馬を蹴りに行くことで有名だったといい、4歳春の時点で行われたインタビューで「3歳の春までは僕が乗って厩舎周りでも運動できたけど、今はとてもできません。曳き運動中も神経質で、他の馬を警戒しながら歩いています」と証言している。また、今浪は「3歳になって共同通信杯を使う前に、何があったか分からないけどすごく暴れた。その日からだね、シップとの闘いが始まったのは」と証言した。さらに、今浪は「危ない目には何度も遭いましたよ。大きな怪我をしていないのが不思議なくらいだけど、手綱を持っていて暴れたらぶら下がっているだけだから、下手に反抗するより黙って振り回されれば、怪我することは少ない。
クラシック第二戦の東京優駿(日本ダービー)は、皐月賞で大外から追い込み2着となったワールドエース が2.5倍で1番人気に支持され、同馬に続く3.2倍の2番人気での出走となった。スタート後、鞍上が押して出るも1コーナーでインコース後方の位置取りとなり、向こう正面では外に持ち出し馬群後方に付ける展開となった。そのまま直線に向いて後方8番手付近の位置取りから、大外を追い込むも前に届かず5着に終わり、初めて連を外すこととなった。
クラシック最終戦の菊花賞に向けて秋初戦は神戸新聞杯から始動し、単勝オッズではマウントシャスタと僅差ながら2.3倍の1番人気に支持された。道中は中団やや後方に位置取って勝負どころから徐々に進出を開始し、直線半ばで外から先頭に立つと馬場の真ん中から伸びたロードアクレイムを2馬身半突き放して2分25秒2で快勝した。
菊花賞では東京優駿を制したディープブリランテとの再戦が注目されたが、同馬が直前で屈腱炎を発症し出走を回避(同馬はそのまま引退)、さらに2着のフェノーメノは天皇賞(秋)へ向かい、3着のトーセンホマレボシは引退、4着のワールドエースは療養中 と、東京優駿において自身を除く掲示板入着馬が全て出走しなかったため、当日は本馬がメンバー中の実績最上位馬として認められ、単勝1.4倍の圧倒的な1番人気に推された。レースはスタートで一旦気合いを付けてから下げ、後方2番手で待機策を取った。2周目の向こう正面から進出を開始すると、2周目3コーナーの坂頂上付近で先頭集団に取り付き、4コーナーから直線入口では持ったまま先頭に立った。