ゴジラvsビオランテ
小林たつよし版(タイトルは映画版と同じ、ISBN 4091415814)がてんとう虫コミックス(小学館、初出『別冊コロコロコミックスペシャル』12月号)から、平野俊弘版(タイトルは『ゴジラ1990』、ISBN 4048522434)がニュータイプ100%コミックス(角川書店)から刊行されている。平野版はビオランテとの第2戦の舞台が大阪であるなどストーリーが一部変更されており、スーパーX2のデザインもかなり異なる。
桐島一人:三田村邦彦
大河内明日香:田中好子
黒木翔:髙嶋政伸
三枝未希:小高恵美
SSS9:マンジョット・ベディ
山地統幕議長:上田耕一
スーパーX2オペレーター:豊原功補、鈴木京香
ジョン・リー:ハント敬士
マイケル・ロー:デリック・ホームズ
自衛隊隊員(陸上自衛隊員):松原一馬、井上浩、吉満涼太、山田義晴、河合哲、弓家保則
秋山陸自巨大植物監視部長:辰馬伸
作戦室員:皆川衆、坂田祥一、松岡一間
サーハン(サラジア・オイル・コーポレーション日本支社長):メヒディザデ・ソレイマン
研究員:アブドゥーラ・ヘラール
コマンド(バイオメジャーのコマンド):カーティス・クレイマー、ブライアン・ウール、ロバート・コーナー
看護婦:黒岩磨聖
スーザン・ハーン(CCNキャスター):ベス・ブラット
白神英理加:沢口靖子(特別出演)
山本技術部長:永島敏行(友情出演)
大和田官房長官:久我美子(友情出演)
小山防衛庁長官:中田博久
竹田科学技術研究部長:佐々木勝彦
陸上幕僚長:荻原賢三
海上幕僚長:仙波和之
航空幕僚長:山中康司
アブドール・ザルマン(サラジア生物工学研究所所長):アイデン・ヤマンラール
ゴジラ:薩摩剣八郎
ビオランテ(第1形態):竹神昌央
ビオランテ(第2形態):柴崎滋、木村義隆
テレビレポーター(TNNテレビレポーター):相楽晴子
ニュースキャスター:松川裕美
スーパーX2整備長:武野功雄
デーモン小暮:デーモン小暮
権藤吾郎:峰岸徹
大河内誠剛:金田龍之介
白神源壱郎:高橋幸治
特技監督の川北紘一を筆頭に、特撮スタッフの多くは同年公開の『ガンヘッド』から引き継いでいる。スケジュールが短かったことから、撮影途中からチーフ助監督の松本清孝を中心としたB班が組まれ、スーパーX2の発進シーンなどを担当した。
川北は、本作品での演出的な挑戦として怪獣の主観映像や実景との合成などを取り入れている。また、ゴジラが戦う場面で風や雨などを演出したのは、黒澤映画の模倣であると述べている。一方で、操演のワイヤーが見えにくくなることから、戦闘シーンは夜が多くなり、デイシーンでも暗めに映している。
合成作業には複数企業が参加し、日本エフェクトセンターは光線作画、マリンポストはモニター画面など、各社の得意分野で分担する体制となった。川北から合成の相談を受けた東京現像所の小川利弘は、合成量が増加し、作業も複雑化していたことから一社ではまかなえないと判断し、各社に依頼し小川が管理を行った。
CGも導入されているが、当時はCGのデータをフィルムに起こすことができるソフトがなかったため、プロッターを用いて紙に印刷したCGを撮影してオプチカル合成で着色する方法など、合成自体はアナログ作業で行われた。モニター画面も、ビデオテープに収録したものを再生している。
川北は、観客を飽きさせないため2、30分に1回ヤマ場が来るよう設定し、また観客が見入ることから10分置きごとに怪獣が咆哮する場面も入れている。
陸上自衛隊一佐。40歳。
自衛隊陸幕調査部から国土庁特殊災害研究会議に出向しているが、本人は「体のいい左遷」と語っており、鬱屈した日々を過ごしている。愛用の腕時計はセイコー ファイブスポーツ(seiko 5126-8090)。事態を他人事のようにとらえた不謹慎かつ呑気な発言が目立つが、冷静な判断力と高い行動力を持つベテラン自衛官。大阪でゴジラにANEB弾を3発(うち1発は口内へ)命中させるが、その直後ツイン21の倒壊に巻き込まれ死亡する。
『ゴジラvsスペースゴジラ』には妹の千夏や親友の結城晃が登場している。 脚本を担当した大森は、執筆段階では配役に原田芳雄をイメージしていた。 権藤がツイン21の崩落によって死亡するシーンの撮影時、スタッフのミスによってカメラが回っていなかったため、崩落場面を撮り直している。
東宝プロデューサーの富山省吾は、シリーズの方向性を模索していたことと、制作費のかかる作品であるため東宝上層部が慎重であったことなどを理由に挙げている。また、小林は「花がゴジラと戦う」というイメージが多くの理解を得るのに時間がかかったと証言している。書籍『大ゴジラ図鑑』では、前作『ゴジラ』への評価がファンの期待を満たすものではなかったため、ゴジラ復活を中心に盛り上がっていたレトロブームが沈静化したことを理由に挙げている。正式にゴーサインが出たのは1989年5月に入ってからであり、前年に『ガンヘッド』が制作開始したことにより特撮映画が盛り上がりを見せたことが一因とされる。しかしこの時点でもビオランテのデザインは保留となっており、決定に至ったのは特撮班クランクイン後の同年8月下旬であった(ビオランテ#デザイン参照)。
大森は、幼少期に鑑賞した『モスラ対ゴジラ』に感銘を受け、本作品も女性的なイメージの怪獣、戦闘シーンの多さなどに影響を受けているといい、三枝未希も小美人に通ずるキャラクターであるとしている。また、リアリティのバランスや自衛隊の動かし方などは『フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ』を参考にしている。
外部スタッフが多くなったため、富山や製作担当の森知貴秀らの意向により、本作品以降エンドクレジットに可能な限り多くのスタッフを掲載している。
田中によれば、TWIN21を破壊することには反対意見も多かったが、運営に関わる松下電器は喜んで許可したと証言している。