上田駅
駅番号はBE01。単式ホーム1面1線を有する高架駅。新幹線開業後の1998年3月に、地上駅から高架駅になった。駅員配置駅で出札窓口、自動券売機、待合室がある。出札窓口では企画・記念乗車券や上田電鉄グッズのほか硬券乗車券の販売も行っている。また、別所線の定期券に加え、上田バスの定期券・回数券の取り扱いも行っている。改札内にトイレがある。
高架化以前は、JR(現:しなの鉄道)のホームと同位置にホームがあり、連絡橋を渡る形で乗り換えができたが、1998年3月に高架化され、ホームは長野側(別所線下り側)に移動している。また構内には別所線の車両基地・留置線もあったが、高架化に伴い車両基地機能は下之郷駅構内に統合されている。高架化後は留置線・側線を持たない棒線駅となっており、車両の留置はできない。ホームの壁にはかつて別所線において運用されていた「丸窓電車」の丸窓をモチーフにした円形のはめ殺し窓が配されている。高架化以来待合室に隣接しておぎのやがあり、立ち食いそばと峠の釜めしの販売を行っていたが、2013年2月に閉店した。おぎのや売店があったスペースにはコインロッカーと上田電鉄のイメージキャラクターをデザインした自動販売機が設置された。また駅事務室に隣接して上田交通不動産情報コーナーがあったがその後閉鎖され、2015年9月に同コーナー跡に焼き鳥店が開店したほか、新たに自動販売機コーナーも設けられた。高架化以前の旧駅敷地は上田交通経営の駐車場となっている。
改札口(2022年4月)
上田電鉄ホーム(2011年9月)