ゼノサーガ エピソードIII［ツァラトゥストラはかく語りき］
物語はグノーシス・テロ事件(a missing year~U.M.N.に封印されし真実の断片~)の数ヶ月後から始まる。
シオン・ウヅキはヴェクターとの決別を決意、U.M.N.に関する情報を手に入れるため反U.M.N組織スキエンティアと共にヴェクターS-Divisionに潜入する。その頃ヴェクターではT-elosが新たに開発され、KOS-MOSの破棄が正式に決定していた。
一方Jr.達は宇宙に浮かぶ謎の浮遊大陸レンヌ・ル・シャトーの調査に向かっていたが、オルムスとの戦闘中浮遊大陸が突然光を放ち、エルザが光の中に取り残されてしまう。エルザを救出するためKOS-MOSの第三種兵装を利用する事を提案するユリ・ミズラヒに従い、かつての仲間達と共にKOS-MOSを取り戻し、浮遊大陸へと向かうシオン。だがそこで彼女を待ち受けていたのは、触れることすら拒絶し続けた辛い過去の真実だった。