中央新幹線
2019年1月10日には東京都大田区の沿線住民が国土交通省に「JR東海の説明は不十分だ」として、大深度地下の使用許可の認可取り消しを審査請求した。神奈川県でも同月21日の報道では「住宅地の地下で工事が行われることになり、地盤の陥没や有害物質の排出が懸念される」として同様に認可取り消しの請求を行っている。
JR東海は、自社収入の85%(当時)を稼ぎ出す東海道新幹線の代替路線として中央新幹線を位置付け、東海道新幹線が更新工事で長期間運休することも念頭に、発足当初から中央新幹線の建設を働きかけていた。1988年、JR東海が中央新幹線を自社で運営することを前提に山梨実験線の建設費を負担する案が浮上すると、JRグループ内で対立が生じた。中でも東京圏でライバル関係にあるJR東日本は「JR東海の独走が認められたわけではない」と強く反発。JR東日本や西日本旅客鉄道(JR西日本)の在来線への影響を考慮せず、リニアの運営を独占しようとしていると激しく非難した。
1989年3月、JR東海とJR東日本、JR西日本、運輸省の幹部が極秘の会合を開いたと報道されている。『朝日新聞』によれば、この場で「中央新幹線をJR東海が一元的に経営する」「東京-甲府間と大阪-奈良間の在来線の収入減の影響は、各社間で経費配分する」ことが合意されたという。
この工事では、何本ものトンネルを掘られます。当然、大井川の流量が減ります。これが一番大きい問題ですね。第二には、残土を南アルプスに処分するということです。第三に地形が改変されます。第四に生態系が壊れます。こうした問題がございます中で、JR東海は、トンネルが掘られることによる水問題につきまして、全量を戻すと明言されていないわけであります。利水団体が求める水の確保について、JR東海が約束をして水を戻すのは当たり前のことであります。
(中略)
この水問題に関しましても、具体的な対応を示すこともなく、静岡県民に対して誠意を示すといった姿勢がないということに対し、心から憤っております。
なお、川勝に水問題を提言したのは当時のブレーンであった山﨑真之輔である。
また、同年11月30日の記者会見でも、川勝知事はJR東海に対し「南アルプストンネル(仮称)で発生したトンネル湧水の全量を恒久的にかつ確実に大井川に戻すこと」を求めた。
2018年3月13日には引き続き静岡県知事が記者会見で、中央新幹線の工事業者が指名停止処分を受けたことについて、不正がはっきりした場合はそれに応じた仕事はそちらに回せないという形で対応したい旨発言している。
同年7月11日に静岡県知事は、トンネル工事の作業員の宿舎や道路については問題はないということだが、水の問題についてはトンネル工事開始の段階で別の話としている。
続く8月29日には静岡県が、大井川の水資源が減少する問題について、トンネル工事でポンプアップしないと一部が山梨県側に流れるものとしている。静岡県内では渇水問題で節水対策として取水制限が頻発している状況で全量を静岡県側へ戻すものとしないといけないものと資料で提示している。
以下は、東京都 - 名古屋市間の概要である。
路線距離(実キロ):285.6 km
駅数:6(起終点駅含む)
複線区間:全線複線
電化区間:全線電化(交流 33,000 V)
走行方式:超電導磁気浮上方式
最高設計速度:505 km/h
最小曲線半径:8,000 m
最急勾配:40 ‰
車両基地:関東車両基地(仮称。神奈川県相模原市緑区鳥屋)および中部総合車両基地(仮称。岐阜県中津川市千旦林)の2か所
構造種別延長割合 路盤:2 % (4.1 km) 橋梁:4 % (11.3 km) 高架橋:8 % (23.6 km) トンネル:86 % (246.6 km)
JR東海は、東京から名古屋までを建設する時点では、沿線の各県に1駅ずつ中間駅を建設する構想を示している。途中で通過する県は神奈川、山梨、長野、岐阜の4県で、これら各県でどこに中間駅を建設するかの検討・誘致が行われている。なお、JR東海の松本正之社長(当時)は1県に1駅ずつ設置するのが適切だとの考えを表明している。これに対し金子一義国土交通大臣(当時)は1県に1駅は合理的な判断と評価した。
2009年12月11日には中間駅の建設費として、1駅あたり地上駅は350億円(全体整備費は460億円)地下駅は2,200億円とする試算を公表した。また、神奈川県と奈良県は地下駅を想定していることも同時に公表した。JR東海は当初、これら中間駅の建設費用は全額の地元負担を要望していたが2011年11月21日、JR東海が全額負担することを表明した。また、2013年5月13日にはJR東海が用意する中間駅の地上駅のイメージを、同年7月24日には地下駅のイメージをそれぞれ公表したが、中間駅は待合室、切符売り場などが存在しないという既存駅と比較して簡略化した構造としている。
なお、東京都 - 愛知県間の正式なルートおよび詳細な駅位置については2013年秋に決定する見込みとしていたが、その後、JR東海は同年9月18日に発表することを公表し、予定通り18日に公表された。