深く静かに潜航せよ
太平洋戦争中、豊後水道での作戦で日本海軍に自分の潜水艦をやられたため、任務を外されていたアメリカ海軍のリチャードソン中佐は、艦長が重傷を負って帰投した潜水艦ナーカ号の指揮を命ぜられた。リチャードソンの心は自分の艦と部下の仇をうち、復讐することに凝り固まっていた。
一方、副長のブレッドソーは部下の信頼も厚く、後任の艦長は自分であると信じていただけに心おさまらず、中佐の家にのりこんだが、中佐やその妻ローラの落ち着いた態度にうたれ、中佐に艦を任せ、絶対服従する事を決意する。
修理が完了したナーカ号は出航。中佐は部下に豊後水道を避けると言明したが、秘かに部下のミュラーとその水路図を研究し、「豊後ピート」とあだ名される宿敵が操る日本海軍の駆逐艦「秋風」のモデルを使って、報復の計画を練っていた。
そしてある日、ナーカ号は日本海軍の潜水艦と邂逅したが、リチャードソンは戦おうとしなかった。ブレッドソーはその態度と予定の航路前進を命ずる中佐を見て、中佐の目的地が豊後水道であることを悟った。
遂にナーカ号は「秋風」と対峙する事になり、リチャードソンに復讐の機会が訪れる。