東京奠都
明治2年(1869年)1月25日、東京への再度の行幸を前に岩倉は、天皇の意向を知らずに政府や民間で遷都があるかのように思っている者が少なからずいるために、京都や大坂の人々の動揺が大きくなっているとし、関東諸国は王化が行き届いていないため新政を施すための再幸である旨を十分に分からせるための諭令を出すよう求める建議を行った。また、政府内でも遷都論を唱えるものがいるとし、天皇の考えによる遷鼎(遷都)の沙汰もなく、臣下の身でこれを唱えることは決して承知しないと遷都論に釘をさした。
同年3月7日、翌年の3月には京都に戻り冬に大嘗祭を行なうこととして、三条らを従えて再び東京への行幸が行われた(2度目の東幸、再幸)。天皇が同年3月28日東京城に入り、ここに滞在するため東京城を「皇城」と称することとされた。このとき「天皇の東京滞在中」とした上で太政官が東京に移され、京都には留守官が設置された。ついで同年10月24日には皇后も東京に移った。こうしてこれ以降、天皇は東京を拠点に活動することになった。
天皇・皇后の東京への行幸啓の度に、公卿・諸藩主・京都の政府役人・京都市民などから行幸啓の中止・反対の声が上がり、政府は「これからも四方へ天皇陛下の行幸があるだろうが、京都は千有余年の帝城で大切に思っておられるから心配はいらない」とする諭告(『告諭大意』)を京都府から出させ、人心の動揺を鎮めることに努めた。東京再幸の反対運動の騒動の際には、時の情勢に乗じて名古屋遷都を画策するものまで現れた。
鳥羽・伏見の戦い直後の慶応4年(明治元年)1月17日(1868年2月10日)、参与・大久保利通は、総裁・有栖川宮熾仁親王に対して、明治天皇が石清水八幡宮に参詣し、続いて大坂行幸を行って、その後も引き続き大坂に滞在することを提言した。これにより、朝廷の旧習を一新して外交を進め、海軍や陸軍を整えることを図るとする。さらに同年1月23日には、太政官の会議において浪華遷都(大坂遷都)の建白書を提出するに至った。その中で宮中の「数百年来一塊シタル因循ノ腐臭ヲ一新」するために遷都が必要で、遷都先としては大坂が適していると主張している。しかし、大坂が京都に隣接しているとは言え、遷都を行えば千年の都である京都を放棄することとなるとして、これに抵抗の大きい公卿ら保守派の激しい反対を受け、同年1月26日に廃案となった。続いて大久保は、副総裁・岩倉具視を通して、保守派にも受け入れられやすい親征のための一時的な大坂行幸を提案し、同年1月29日これが決定した。