原城
さらに冬場の籠城であるにもかかわらず、竪穴建物では、個別に炉やカマドといった暖房や煮炊きにかかわる遺物や遺構の痕跡が見つかっていない。それらのことから、籠城中に失火で火災を起こさないようにした大名軍勢並みの軍規の存在を物語るといえる。
検出した石垣は、慶長年間前期の豊臣系城郭の影響を色濃く受けていた。石材の大きさは長軸が80~120cm前後になるデイサイトを主体的に用い、裏込め石には主に玄武岩の礫が使用されている。石垣の傾斜角度は56~65度を測る緩やかな勾配を取っており、それぞれの石材の角度調整を行いながら高石垣の構築を志向する傾向が現れている。本丸石垣の隅角部の角石には割面石を用いており、「矢」痕跡を残す割面石が相当数混在している。
これらの調査結果から、当時の原城は廃城とはなっていたものの、石垣や城門、櫓等の防御施設が存在しており、現在の姿となったのは、島原の乱後の破却によるものと指摘されている。