ジャパンプロレス
裏切りや契約には厳しかったと言われる馬場にしてみれば、日本テレビに大きな迷惑がかかるとして、長州の勝手な行動に対してかなり憤ったとされる。加えて長州はPWFヘビー級王者だったが、手首のガングリオン(仮病との説が有力)を理由にシリーズ全戦の欠場を明言しており、この件についてもデビュー以来3,000試合無欠場の記録を持ち、「ポスターに出ている以上は試合に出るのがトップ選手の務め」との信念を持つ馬場からすれば、許し難い行動であった。
ジャパン内部でも竹田会長や谷津、永源らは完全独立に反対の立場であり、一方で大塚社長やフロントの一部は新日本のフロント陣と復帰に向けて接触するなど今後の運営方針を巡ってバラバラに近い状態となっていた。この混乱の最中、新日本・大阪城ホールの「INOKI闘魂LIVEパート2」(3月26日)で猪木と対戦するマサ斎藤の代理人として、長州が前日の大阪のホテルで行われた調印式に登場するハプニングが起き、この動きに対し馬場が長州の行動を「全日本の契約に反する行為」と糾弾、翌27日夜に馬場がジャパン本社に乗り込んで独立の撤回とジャパン勢の全日本残留を了承させた。ところが全日本の後楽園ホール大会が行われる28日当日になって、長州、マサ斎藤、小林、保永、ヒロ斎藤らは出場を拒否して本社ビルへ籠城する事態が発生し、長州のシリーズ不参加の掲示も試合開始1時間前である17時30分に掲示された。結局、ジャパンからは全日本残留を決めていた谷津、永源、栗栖、仲野のみが後楽園ホールに姿を現し、翌日からの巡業にも合流した。この事態を受け、馬場は開幕戦直後にキャピトル東急ホテルにおいて竹田会長、大塚副会長と収拾のために会談を行い、3月30日に竹田会長、大塚副会長が長州のジャパン追放を発表し、事実上ジャパンは崩壊した。
このラインからロサンゼルスオリンピック代表の馳浩の獲得につながったほか、馳と同じロサンゼルスオリンピック代表でフリースタイル100kg超級7位入賞の石森宏一の獲得も目指していたと言われる。主力選手であった谷津はジャパン在籍時の1986年6月、全日本レスリング選手権大会へ参戦してフリースタイル130kg級で優勝を果たしている。
ジャパンが団体機能を失って以降も興行会社として存続し、全日本との業務提携は形式的に存続していた。1987年8月31日、全日本との興行契約も打ち切られて数回の全日本女子プロレスの興行を手掛けた後に興行活動からも撤退し、1991年春に登記抹消されている。
田上明のプロフィールでは「1987年8月にジャパンプロレス入団」となっているが、これは当時、田上が大相撲廃業後すぐに全日本に入門したことで(元横綱輪島大士の全日本入門もあり)、馬場が角界の目を気にして取った暫定的な措置である。田上が入門する1987年8月時点では、団体としてのジャパンは既に分裂・崩壊しており、従って田上の籍はジャパンに置いていたが、実質的には全日本所属選手だったということになる。田上は翌1988年1月に全日本に正式に移籍しデビューしている。