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職員の人事は、労働基準系統、職業安定系統、雇用均等系統の3部門でそれぞれ行われており、これまでは、部門間での人事交流はほとんど行われていなかったが、近年、組織改革の一環として、系統間の人事交流が進められている。
職員の意識にも差があり、一般的には、労働基準系統の職員は取締機関の意識が強く、職業安定系統の職員はサービス機関の意識が高い。このため情報を共有する機会も少なく、相互の信頼関係も希薄とされてきたが、近年、労働局の設置による系統間での交流の増加により連携が進みつつある。
労働基準系統の職員には、労働基準監督官試験に合格して採用された労働基準監督官、国家公務員II・III種試験に合格して採用された厚生労働事務官・厚生労働技官がある。労働基準監督官と厚生労働事務官・厚生労働技官とでは昇進・昇任の速さに相当の差があり、労働基準監督官のみが労働基準監督署長に就任できる扱いとなっている(ただし、一定の要件の下、厚生労働事務官でも労働基準監督署長になることができる政令監督官制度がある。)。