南びわ湖駅
滋賀県の動脈である琵琶湖線(東海道本線)とは直接の乗り換えができず、接続駅である草津線新駅からもおよそ400mの距離を歩く必要がある。これは新幹線新駅が草津線との交点付近より北側に離れて設置されるためで、新幹線新駅の南端にも改札があれば約200mに緩和される(新幹線ホームが全長400m)が、建設費が更に高くなるため設置されない。緩和措置として動く歩道が設置される予定であった。
2007年4月25日、23日午前に滋賀県知事後援会事務所に男の声で「長崎の事件のようになりたくなければ、新駅を作れ」という内容の脅迫電話がかかっていたことが判明、犯人は暴力団関係者を名乗っていた。滋賀県警が脅迫容疑で捜査している。
また一方で同年7月9日、栗東市役所に7月6日に「新駅建設を早く中止しないと危害を加える」という国松正一市長宛の脅迫状が届いていたことが判明。滋賀県草津警察署が脅迫容疑で調べている。