山崎の戦い
折しも、本能寺の変の報せを入手した摂津衆の一人・中川清秀から書状が舞い込み、秀吉は「上様(信長)・殿様(信忠)は危難を切り抜け膳所に下る。これに従う福富秀勝は比類なき功績を打ち立てた」という旨の返書を清秀に出した(6月5日付)。この返書は虚報であったが、光秀が大坂方面を重要視しなかったこともあり清秀・高山右近を始めとする摂津衆の多くが秀吉軍に味方する。四国の長宗我部征伐のために大坂に集結していた神戸信孝(織田信孝)・丹羽長秀は徳川家康の接待のために軍を離れており、本能寺の変の噂を伝え聞いた雑兵の多くは逃亡してしまったが、4千の兵をまとめて合流し、最終的に秀吉軍は2万を超えた。
羽柴軍は12日に富田で軍議を開き、秀吉は総大将に長秀、次いで信孝を推したが、逆に両者から望まれて自身が事実上の盟主となり(名目上の総大将は信孝)、山崎を主戦場と想定した作戦部署を決定した。なお、長秀と信孝は軍議に先立ち、光秀に内通の疑いがあった光秀の女婿・津田信澄を自刃に追い込んでいる。
一方、光秀は変後の京の治安維持に当たった後、武田元明・京極高次らの軍を近江に派遣し、京以東の地盤固めを急いだ。