遊☆戯☆王デュエルモンスターズGX
視聴者が考えたカードの募集があり、採用されたカードはアニメで使用された。
第53話 - 第104話。
一年が経ち、在校生は進級し、3年生だった丸藤亮は卒業するが、吹雪は留年した。十代のルームメイトの前田隼人はカードデザイナーになるため学園を離れた。新入生として後に十代の舎弟となるティラノ剣山が入学。編入生としてプロデュエリストのエド・フェニックス、そのマネージャーの斎王琢磨が入学する。
新入生のエドとのデュエルに勝利した十代だったが、エドが使ったデッキは売店で無造作に購入した寄せ集めのデッキだったことが分かり驚愕する。エドはすでにプロとして活躍している実力者であり、同じくプロとして活動していた亮を十代と同じ「E-HERO」デッキを用いて打ち破る。エドと十代は、どちらが真のHERO使いかを決めるべく対決するが、エドの本来のデッキである「D-HERO」により、十代は敗北してしまう。十代はそのショックから、カードが真っ白にしか見えなくなり、決闘ができなくなってしまう。その後しばらくして、学園にエドのマネージャーの斎王が入学する。「運命を見通す」と言う言葉の通りに、超常的な力を操る斎王はデュエルに負けた生徒を自らを盲信する「白の結社」の信徒に変え、信徒を増やして学園内で権力を握っていく。
一方、放浪していた十代は亜空間にさまよい、宇宙の戦士ネオスペーシアンと出会い、彼らから「正しき闇の力を持つ者」と見込まれる。十代はネオスペーシアンと敵対する宇宙人をデュエルで破り、この時に手に入れた「E-HERO ネオス」のカードを新たなエースモンスターとしてデッキの中核に据える。