正受庵
明治6年(1873年)には、正受庵は廃庵になった。正受庵がこのまま忘れ去られるのを惜しんだ臨済宗門の趣意と山岡鉄舟・高橋泥舟らの尽力により、1884年(明治17年)に妙心寺直末として再興が決された。今日に伝わる寺宝は、この時に鉄舟・泥舟らにより見つけ出されたものと、両名の尽力により関係者から寄贈されたものである。とはいえ、資金の調達や参禅者の乏しさなどの問題から思うように再興事業は進まず、一方で庵の荒廃はすすんだ。1923年(大正12年)には財団法人として正受庵保存会が設立されたが、同年の関東大震災により事業は中止に追い込まれた。その後、有志による復興の努力がなされ、1927年(昭和2年)には再び寄付を募り、1928年(昭和3年)に本堂の修築と庫裏の新築が実現した。
第2次大戦後になると、臨済宗各派の協力を得て運営が行われ、1977年(昭和52年)には本堂の修築と茶室の新築が行われた。また、1953年(昭和28年)には城山から鐘楼が移築されており、こうして現在の堂宇伽藍がととのえられた。
2004年(平成16年)の新潟県中越地震では、本堂が深刻な損傷を負った。