ニシシマドジョウ
体側の黒点は琵琶湖のものに比べ小さいが山陰や東海のものより大きい。
東海のニシシマドジョウ
分布:淀川水系を除く三重県、岐阜県南部、愛知県、長野県、安倍川水系以西静岡県。
尾鯺付け根の黒点は上のみが明瞭で、下は不明瞭。
甲信越のニシシマドジョウ
分布:信濃川水系、富士川水系。
ミトコンドリアDNAの特徴では本種であるが、模様の特徴ではヒガシシマドジョウである。体の地色は本種に近い。尾鰭付け根の黒点は上下ともに不明瞭である特徴はヒガシシマドジョウである。尾鰭の縞模様は本種が3~4列であるが、このグループではそれより多いこともあり、ヒガシシマドジョウの特徴に一致する。しかし、明らかにその模様の色彩が薄く、不明瞭であり、この特徴はどちらでもない。ヒガシシマドジョウの個体群の一つという見方もある。骨質盤や筋節数に関する研究はなく、研究が進めば、新種となる可能性もある。