ゴジラ×メカゴジラ
1999年、館山市からあるものがトラックによって運び出される。その数日後、45年ぶりに2体目のゴジラが現れ、台風とともに館山に上陸する。対特殊生物自衛隊=通称「特生自衛隊(JXSDF・Japan Counter-Xenomorph Self Defence Force)」はゴジラ迎撃を開始するが、まったく歯が立たない。
その戦渦のなか、特生自衛隊員の家城茜は操縦するメーサー殺獣光線車を誤って仲間の車両に激突させ、崖下に転落したその車両はゴジラに踏み潰される。自身の命はなんとか助かるものの、茜は仲間を殉職させたという自責の念をぬぐい去ることができないまま、責任を問われるかたちで資料課への転属を命じられる。
一方、日本政府は柘植真智子首相指揮のもと、湯原徳光ら日本有数の科学者たちを招集して対G兵器の開発に着手し、館山沖から引揚げられた初代ゴジラの骨格をもとに、4年の月日を経てついに「機龍(メカゴジラ)」を完成させる。そして柘植首相は辞職し、科学技術庁長官だった五十嵐隼人が新首相に就任する。時を同じくして、いまだ心にさまざまな葛藤を残している茜の「機龍隊」への配属が決定する。隊員のなかには、茜のミスで兄を失った葉山もおり、茜は孤立しながらも努力を重ね、機龍の正オペレーターに任命される。
製作の富山省吾は、1998年の『GODZILLA』公開後に、ゴジラファンに「日本のゴジラはこういうもの」としっかりと伝えることがミレニアムシリーズのテーマであったといい、VSシリーズとは真逆に独立した3本の作品としたいと思っていたが、前作『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』の後、次の題材は白紙であったという。そこで、時代ごとのゴジラシリーズの帰結でメインストリームであるメカゴジラを登場させることとなり、富山は本作品と次作『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS』の2本は「終わるためのゴジラ」であるといい、ミレニアムシリーズの前半3本と次の2本はまったく異なるものであるという。
メカゴジラのリニューアルは、富山が『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』製作中の2000年ごろから構想しており、企画は前作と同時に進行された。しかし、前作は大ヒットとなったものの、人気怪獣が登場していたこと、監督が知名度のある金子修介であったこと、『とっとこハム太郎』の動員に助けられたことなどがヒットした要因として分析され、次作の製作はすぐには決定せず、正式なゴーサインが出たのは2002年1月になってからであった。
脚本の三村渉が依頼を受けたのもその際であり、富山は三村が『×メガギラス』のほか、過去にメカゴジラの登場する『ゴジラvsメカゴジラ』も手掛けていたことから、時間的な都合もあって監督の手塚昌明との相性がよくメカゴジラへの理解もある三村を起用したと述べている。
ゴジラと戦う女性が主人公というストーリーは、手塚が前々年に手掛けた『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』と重複する要素であり、企画時点でもスタッフ内から指摘があった。手塚は、同作品主演の田中美里に相談したところ、釈が演じればまったく違う作品になると言われ、吹っ切ることができたと語っている。山田政史が当初執筆した脚本ではダブルヒロインという設定であったが、人物描写が分散してしまうため、ヒロインは1人にして描き直した方がいいという三村渉の進言を受けて内容が再設定され、三村が一から書いた別のシナリオが決定稿となった。主人公を1人に絞ったが、ダブルヒロインの名残りから、深くストーリーに関わる存在として少女を登場させている。
『モスラ』や『フランケンシュタインの怪獣 サンダ対ガイラ』などと関連付けた世界観は、第1作『ゴジラ』のみと繋がりがあったVSシリーズや前3作品との差別化として取り入れられた。手塚は、劇中で言及されている以外の怪獣についても特生自衛隊の戦果としてリストアップしていたが、ファン自身に考えてもらったほうが面白いと考え、これを公開していない。