箕作秋坪
前妻・つね - 箕作阮甫の娘
後妻・しん - つねの妹。箕作省吾の元妻。
長男・箕作奎吾 - 慶応2(1866)年、15歳で幕府留学生として弟の大六らとともにイギリスへ留学。明治4年大川にて溺死。
二男・箕作大六(菊地大麓) - 12歳で兄同様イギリス留学。のち東京帝国大学総長。
三男・箕作佳吉
四男・箕作元八
娘・直子 - 坪井正五郎の妻
甥・箕作麟祥、箕作秋吉、呉文聰、呉秀三