真言律宗
室町時代後期以後一時衰微したものの、江戸時代前期の明忍が再興の動きを見せ、その門人にあたる浄厳は初めて公に「真言律宗」という名乗りを用いた。
1872年(明治5年)、明治政府は諸宗派の整理を断行、その際律宗系最大の勢力であった真言律宗が元は真言宗の流れを汲むことから全律宗諸派が真言宗に組み入れられた。
その後、律宗系諸派はいずれも真言宗からの独立を求め、西大寺でも佐伯弘澄(64世長老)が運動を行った。その甲斐があり、1895年(明治28年)に律宗系の諸派は真言宗からの独立を許されて、その際に真言律宗も真言宗から独立する。ただし、明治以前真言律宗であった寺院の中には独立に従わずに真言宗寺院としての道を歩んだものもあった。
以後、西大寺を総本山としてその住職である西大寺長老が真言律宗管長を兼務する慣例となっている。