改革派教会
16世紀、ドイツ・ヴィッテンベルクにおけるマルティン・ルターの宗教改革と同時期に、スイスで最初に教会改革運動に着手した都市は、フルドリッヒ・ツヴィングリの指導したチューリヒであった。結局、ルターとツヴィングリは聖餐式に関して神学的な一致点を見いだせなかったが、それが、対ローマの同じ福音主義に立ちながらも分かたれたルター派と改革派との後の区別に繋がることになる。
宗教改革第二世代の神学者たち、特にジュネーヴの指導者ジャン・カルヴァンは、信仰告白の一致を目指して尽力したが、晩年にはルターの一派との不一致を決定的なものと自覚するに至っている。しかし、一方でカルヴァンは、ツヴィングリ戦死後の後継者ハインリッヒ・ブリンガーとの神学・信仰告白上の一致に成功し、そこでジュネーヴとチューリッヒが歩みよることとなった。これが、限定された意味では、スイスの改革派教会の起こりであるとも言える。
また、ジュネーヴやチューリッヒをはじめとした改革派諸都市が、それまで以上に亡命者や留学生の集まる国際的な中継地点となっていく経緯(たとえば、カルヴァンもそういった亡命者の一人であった)にも関係があるが、改革派教会には、もともと、亡命者の教会という特徴があった。たとえば、既にカルヴァンの時代に、ジュネーヴの教会がイタリアのピエモンテ谷で迫害に耐えていたヴァルド派の人々と公的に結び付いていたことは象徴的なことである。