ChIA-PET
ChIA-PET法(英: Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing、ペアエンドタグの配列解析によるクロマチン相互作用解析)は、クロマチン免疫沈降 (ChIP)を元にした濃縮、 Chromosome conformation capture(訳語未定), Paired-End Tags(ペアエンドタグ), および ultra-high-throughput sequencing(DNAシークエンシングおよび遺伝子参照) の組み合わせによって、染色体に含まれるDNA塩基配列の相互作用を全染色体にわたって決定するために開発された手法(Fullwood & Yijun, 2009)である。 遺伝子は、プロモーターなどの制御領域、インシュレーターなどの境界領域や転写因子結合領域(TFBS)など離れた領域からの制御も受けるばあいもある。
Figure 1. Formaldehyde is used to cross-link the DNA-protein complexes. Sonication is used to break-up the chromatin and also to reduce non-specific interactions.
Figure 2. A specific antibody of choice is used to enrich protein of interest bound chromatin fragments. ChIP material bound by the antibody are used to construct the ChIA-PET.
Figure 3. Biotinylated oligonucleotide half-linkers containing flanking MmeI sites are used to connect proximity ligated DNA fragments. Two different linkers are designed (A and B) with specific nucleotide barcodes (CG or AT) for each of the two linker sequences.
Figure 4. The linkers are ligated to the tethered DNA fragments.