サイレントスコープ
生物兵器も開発可能なテロリストによって、クローン研究の第一人者であるスコット博士が誘拐された。極秘研究であり、軍部は大規模な行動を断念せざるを得なかった。博士の知識が悪用されることを恐れた政府は、博士奪還作戦を計画する。その作戦は極めて難しい計画だった。そこで、部隊を指揮していたロバート大佐はある一人の男にすべてを託した...。
2001年にPlayStation 2に移植されている。
MOSQUITO-メカオタク 武装:UZIサブマシンガン
メカ開発を担当。メカを装備していないと平静を保てない。それゆえ日常では非常識な人間として嫌われている。研究施設にて研究員たちを人質に取る。
SMITH-組織専属パイロット 武装:フロート付プロペラ単翼機
組織の航空関係を管理しており運河にて、港で押収した兵器を強奪。寡黙な性格であり、ほとんど口を利かない。 余談だが、登場時の台詞“Go to hell”は初代のボスの一人である、Scorpionの弟のそれと同一である。彼のみHPが15有る。
BULL-山男 武装:怪力
組織に騙されてファルコン抹殺に加担。ダムの上から車やミサイルなど様々なものを投げつける。 普段は温厚で、やさしい。爆発物入りの木箱とミサイルは撃って破壊出来る。車は撃っても破壊出来ないが、投げる前にBULL本体を撃てば見当違いの所へ落下するのでダメージを喰らわずに済む。
SHAKER-一流バーテンダー 武装:殺人ルーレット、UZIサブマシンガン
闇カジノを管理、運営し、テロリストの資金源にしている。一人称は「ボクちゃん」。テロ組織の中でもかなりハイテンションで、喋りすぎ。
2050年後半。宇宙エレベーター「バベル」が建造され、人々は全世界的なエネルギー問題を解決させる。その一方で建造に関わった巨大企業連合は"Space Age Nation"、通称「SAN」を名乗り新国家設立を宣言する。旧国際連合「UEN」はSANを国家として認めないと決議されたものの、宇宙エレベーターから供給されるエネルギーに頼っていることから事実上黙認状態で承認される。そして2080年。対立関係にあった両組織間で和平条約を締結させるためにSAN代表がUENへ赴こうとするが、何者かに誘拐される。UENは代表救出作戦を展開する一方で民間軍事会社に緊急のバックアップ要請を行った。
ゲームオーバー条件もライフを全て失う他に、「エキスパート」以上で所持弾数が尽きた際にもゲームオーバーとなるよう変更された。所持弾数無限の「ノーマル」、敵の数が増加、基本難易度が上昇しているが取得できるスコアはノーマルより130%多い「エキスパート」、ライフ上限が1固定で取得できるスコアはノーマルより200%多い「ボーンイーター」が選択可能。そのうち最高難易度の「ボーンイーター」はプレイに一定条件が必要で、通常では選択不可能。
家庭用オリジナル作品である『Silent Scope 3』では初回プレイ時はステージ2〜7までステージセレクトが可能で、7ステージ全てをクリアすると、最終ステージが選択可能になる。なお、この作品のみゲームオーバーになってもコンティニューはできず、ステージセレクトからやり直しになる(進行状況はセーブされる)。『Silent Scope』にはルート分岐及びステージ分岐が、『狙撃/SOGEKI』にはステージ分岐が、『SILENT SCOPE BONE-EATER』にはルート分岐がそれぞれ存在する。