バーチャルコンソール
当時は問題なく使われていたが、時代の流れによる倫理の変化に伴い、問題が発生した言葉や差別用語となった言葉などは修正されている。 『ふぁみこんむかし話 新・鬼ヶ島』では「ひどいぶすです」が「おどろきです」、「じょしだいせいねずみ」が「じょしこうせいねずみ」に変更。 『たけしの挑戦状』では「どじんのいえ」が「げんちのいえ」に変更。 『ソーサリアン』では「かんごふ」が「ナース」に、「こじき」が「むしょく」に変更。 『ファイナルファンタジーII』では「もうもく」が「くらやみ」に変更。 『超絶倫人ベラボーマン』では「コバタ」が「タバタ」に変更。 『サラダの国のトマト姫』では「ふろうしゃ」が「なまけもの」に変更。 『MOTHER』・『MOTHER2 ギーグの逆襲』では一部のグラフィックと台詞がMOTHER1+2に近い仕様に変更。 『ストライダー飛竜』ではステージ1の背景にあったモスク形の建物が別の形状のものに変更。 『忍者龍剣伝(AC版)』ではステージ4・6の絨毯に描かれていた六芒星が削除されている。 『ワンダーボーイ モンスターランド』では「赤十字」のマークが「H」に、『アドベンチャーアイランド』ではナースがかぶっている帽子のマークが「ハート」に、『もえろツインビー シナモン博士を救え!』ではお助けカーのマークが「ハート」に変更。 『ポケモンスナップ』・『ポケモンカードGB』・『ポケットモンスター 金・銀』・『ポケットモンスター クリスタル』では「ルージュラ」の肌の色を、『ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン』以降と同じ紫に変更。
『MSX版沙羅曼蛇』では、最終ステージに進むために『グラディウス2』のROMカセットを同時に挿している必要があり、これがないと真のエンディングを見ることができなかったが、バーチャルコンソール版では単体でも真のエンディングまで進められるようになっている。なおエンディングのあと2周目以降を遊ぶためにはキーボードで「Y」を入力する必要があり、別途Wiiに対応するUSBキーボードが必要となる。 3DS版バーチャルコンソールのゲームボーイ・ゲームボーイカラー用ソフトのうち、『ポケモンカードGB』や『真・女神転生 デビルチルドレン 黒の書・赤の書』といった収集要素をすべて満たすために通信プレイが必須だったソフトは、必然的に全種類を入手することが不可能になっている。 類似の例として『ゼルダの伝説 ふしぎの木の実』ではゲームボーイアドバンスで起動した場合のみ入れる店があったが、バーチャルコンソール版ではゲームボーイカラーでプレイした際の状況を再現しているため、該当の店でのみ購入できる指輪が手に入らず、バーチャルコンソール版だけでは指輪を全種類入手できなくなっている。 一方、Wii U版バーチャルコンソールのゲームボーイアドバンス用ソフト及びニンテンドーDS用ソフトでは、一部のソフトにおいて周辺機器による通信要素の代替機能が搭載されている。
ヨーロッパ・オーストラリア地域 en:List of Virtual Console games for Wii (PAL region) en:List of Virtual Console games for Nintendo 3DS (PAL region) en:List of Virtual Console games for Wii U (PAL region)
韓国地域 en:List of Virtual Console games for Wii (South Korea) en:List of Virtual Console games for Nintendo 3DS (South Korea)
アジア地域 en:List of Virtual Console games for Nintendo 3DS (Taiwan and Hong Kong)
鮮やかな赤といったオブジェクトの色合いが問答無用で黒く変更されている。(『ニンテンドウオールスター!大乱闘スマッシュブラザーズ』) 『チャレンジャー』では、シーン1におけるバル(雷雲のキャラクター)登場時の黒と赤を使った空の色の点滅が黒一色の点滅に変更されている(ニンテンドー3DS版のみ)。 『北斗の拳』では、ラスボスを倒した際の点滅表現が削除されている。 『スーパーマリオブラザーズ3』では、砦などのボスがいるコースのクリア時と爆発のフラッシュの点滅表現が1色に変更されている。 『スーパーマリオUSA』では爆発時のフラッシュがスロー化されている。 『スターラスター』でのゲームオーバー時のビッグバンが起こるシーンなど、激しい点滅があまりにも長い場合は、該当箇所が削除されることもある。 『ソルバルウ』ではスタートの出動シーンやダメージを受けたときのシーンのフラッシュが削除されている。 『星のカービィ 夢の泉の物語』・『星のカービィ スーパーデラックス』では、ボスの撃破時と爆発時の点滅表現が画面の後ろに見えるような半透明に変更されている。
ゲームボーイ用ソフト、ゲームボーイカラー用ソフト、ゲームボーイアドバンス用ソフト、スーパーファミコン用ソフトで利用できる機能。
HOMEメニューで上記のタイトルのソフトを選択している状態で、スタートボタンかセレクトボタンを押しながらソフトを起動することで、画面が小さくなるが、3DS上画面の1ドットにオリジナル版の1ドット分を割り当てた、発売当時の解像度でプレイできる(スーパーファミコンのみ異なり、VCメニューで設定する)。
オリジナル版の解像度を変更するとゲーム画面の周囲の余白にそのハードに合わせた本体のフレームが追加され(ゲームボーイアドバンス用ソフト、スーパーファミコン用ソフトは黒枠のみ)、3D表示対応で画面の奥行きが見えるようになる(ただし、ゲーム画面は3D表示にならない)。
超ロボット生命体 トランスフォーマー』を原作とする作品。配信元による自社版権。
『ZOIDS 黙示録』、『ゾイド伝説』 - 玩具シリーズ『ゾイド』を原作とする作品。配信元による自社版権。
『北斗の拳』(セガ・マークIII版)、『北斗の拳 新世紀末救世主伝説』 - 漫画を原作としたテレビアニメ『世紀末救世主伝説 北斗の拳』を原作とする作品。
『激亀忍者伝』 - 漫画『ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズ』を原作とする作品。
『たけしの挑戦状』 - ビートたけしをモデルにしたキャラクターが登場し、たけし本人が監修した作品。
『SDガンダムワールド ガチャポン戦士 スクランブルウォーズ』、『SDガンダムワールド ガチャポン戦士2 カプセル戦記』 - アニメ『ガンダムシリーズ』内のサブシリーズ『SDガンダム』を原作とする作品。
『脳を鍛える大人のDSトレーニング』 - 川島隆太をモデルにしたキャラクターが登場し、川島本人が問題を監修した作品。