水軍
「水軍」の呼称は江戸時代以降に用いられるようになった表記であり、それ以前の古文書では「海賊」と呼ばれていた。海賊という名称には海の盗賊としてのネガティブなイメージが強いが、陸で武力を持った武士たちが政権(武家政権)の成立に至ったのに対し、海の武士団である海賊衆は権力を持たないままだったため、海賊の名称は無法者の意味がそのまま定着したとも言われる。
そのため、海賊は権力に組みこまれることを好まない独自性の強い立場であったが、戦国時代になって台頭した戦国大名に対して水軍力(海の治安維持や武力)を提供できるほど組織化された海賊衆が「水軍」と呼ばれる。なお、歴史学者の宇田川武久は戦国大名に属する水軍について「大名の直轄地から活動源となる土地を与えられた軍事集団」と定義している。また、遣明船を海賊の被害から守るため室町幕府が別の海賊衆に警固の役を課したことに由来して、戦国大名の水軍力としてその家臣にまで組み込まれた海賊衆を「警固衆」とすることが多い。
また、「船手組」(船手衆、船手方)は江戸幕府の職制としての水軍を指し、同時代の諸藩の水軍も同様に呼ばれていた。
織田信長は勢力拡大の過程で志摩の守護九鬼氏出身の九鬼嘉隆を臣属させ、九鬼氏が率いる九鬼水軍を主体とした水軍を編成した。嘉隆率いる織田氏の水軍は長島一向一揆の征伐や石山合戦に参加して活躍し、信長の死後には豊臣秀吉に引き継がれる事となる。秀吉はさらに淡路や四国を領有するとその沿海部の領主として子飼いの仙石秀久、小西行長、加藤嘉明、脇坂安治らの武将を送り込み、それぞれに水軍を編成させて九州征伐や小田原征伐に参戦させた。
戦国時代後期から江戸時代初期の大名が編成した水軍においては、安宅船と呼ばれる数十人から数百人が乗り組む巨船が配備され、巨船同士の大規模な海戦も行われるようになる。安宅船などの日本の水軍の軍船は竜骨を持たない和船の一種であるが、楯板で厳重な防備が施され、大鉄砲や大砲など強力な武装が取り付けられるようになった。その代表的なものは織田信長が命じ、九鬼嘉隆が建造した鉄甲船(鉄板で装甲した巨大安宅船)である。
秀吉は九州征伐翌年の1588年8月29日(天正16年7月8日)、刀狩令とともに海上賊船禁止令を発布し、海賊衆の財源であった海上関における通行料徴収や秀吉の許可を得ない海外貿易などの活動を禁止、海上の土豪たちに領主の支配に服することを命じた。