アビジン
塩基性の糖タンパク質であるため、アビジンは一部の応用において非特異的結合を示す。修飾アルギニンを含む脱グリコシル化アビジンであるニュートラアビジン(英語版)は、より中性の等電点(pI)を示し、非特異的結合の問題が生じた時には天然アビジンの代替物として利用可能である。脱グリコシル化された天然型アビジンはシグマ アルドリッチ(Extravidin)、サーモフィッシャー・サイエンティフィック(NeutrAvidin)、インビトロジェン(NeutrAvidin)、e-Proteins(NeutraLite)から販売されている。
アビジン-ビオチン結合の強度を考えると、アビジン-ビオチン複合体の解離はタンパク質変性を起こすほどの厳しい条件を必要とする。アビジン-ビオチン複合体の不可逆的性質は、アフィニティークロマトグラフィーにおけるアビジンの応用を制限する(捕捉されたリガンドは後で放出されるのが望ましい)。研究者らはアビジンの結合部位のチロシン残基をニトロ化あるいはヨウ素化することで可逆的な結合特性を持つアビジンを開発した。この改良アビジンはpH 4で強いビオチン結合特性を示し、pH 10以上でビオチンを放す。ビオチンに対する親和性が低下した単量体アビジンも多くの市販のアフィニティー樹脂で使用されている。単量体型アビジンは、固定化された天然アビジンを尿素あるいはグアニジン塩酸塩(6-8 M)で処理することで作られ、より低い解離定数(KD ≈ 10M)を示す。これによって、より穏和な非変性条件で、より低濃度のビオチンあるいはより穏和なpH条件を用いてアビジンマトリックスからの溶出が可能になる。架橋を伴わない単一の高親和性ビオチン結合部位としては、ストレプトアビジンを使うことができる。