碇シンジ
『スーパーロボット大戦X-Ω』では「ゴジラシリーズ」とのコラボ企画として登場した『ゴジラ対エヴァンゲリオン』で初号機カラーに塗られた3式機龍乙型に乗った他、『エヴァンゲリオン ANIMA』の機体であるスーパーエヴァンゲリオンにも搭乗した(ANIMAは旧世紀版の3年後に当たる作品だが、本作品では新劇場版『序』『破』設定での14歳のシンジがそのまま搭乗した)。
『第3次スーパーロボット大戦Z 時獄篇 / 天獄篇』においても新劇場版設定で登場。『天獄篇』では『Q』が初参戦し、第13号機に搭乗した。
『スーパーロボット大戦V』ではシンジは「エヴァ搭乗前からトウジ、ケンスケと友人」という設定。暴走した初号機をマジンガーZがほぼ単独で止め、結果的に初陣で自身とトウジ、ケンスケが甲児一人に助けられ、恩義と親愛を感じる。また、未熟者トリオ(シンジ、バナージ、ハサウェイ)として竜馬とゲッターチームの猛特訓を受けて強く逞しく成長する。その後は「第6の使徒を仲間たちのフォローで撃破」「疑似シン化で第10の使徒を倒して綾波を救出し、第9の使徒から竜馬がアスカを助けたことで二人とも生き残り、ニアサードインパクトも発生しない」「暴走したマジンガーZEROを止める」と成長ぶりを存分に発揮し、心身共に逞しいシンジとして最終話を迎える。
同僚でありクラスメイト。自分よりも父に近い存在だったことで興味を抱き、彼女の空虚ながらも毅然とした態度はシンジの心に強い衝撃を与える。ヤシマ作戦を境に彼女との間には絆のようなものが生まれ、互いに徐々に距離が近づいていく。彼女を意識しつつも時に本当の母親のように思える母性を感じることもあり、また気持ちを表に出すことを苦手とする両者が関わることにより、互いの人間的な成長が促されていく。しかし終盤、彼女の死と真相を知ったことで、シンジは困惑してしまう。
劇場版では補完計画の最中、シンジは彼女との会話の中で「もう一度みんなに会いたい」という他者が存在する世界を選択する。
クラスメイトで同じEVAパイロット。レイの怪我の状況を見てEVAに乗ることを決意する。『破』では肉が嫌いなレイに味噌汁を渡し、学校の弁当もシンジが作るようになる。