比叡山中学校・高等学校
高校には、天台宗立時代の流れをくみ、全国各地から、仏教の勉学・僧侶としての自覚形成を目的としたカリキュラムを受ける生徒が学年に数人ずつ在籍する。彼らを学園では「宗内生」と呼び、一般生徒のカリキュラムに加え、「第二宗教」という単位を取得する必要が有り教義(天台宗の教え)・法儀(天台宗の僧侶としての所作)などについて学んでいる。また、宗内生は山家寮と呼ばれる寮に寝泊まりし、朝のお勤め・掃除・自習等、日常面においても仏道を目指した生活を送っている。宗内生の進路先は、大正大学や叡山学院への進学の他、自坊での鍛錬など様々である。
中学校・高校共に、春に比叡山に登る「三塔巡拝」がある。学年によって日数、行き先は異なり(古くは1年で三塔全て制覇した)、比叡山にある3つの塔(西塔・東塔・横川)を巡拝する。また、高校の2年生(かつては3年生)は、居士林研修道場に一泊し、写経や法話・礼儀作法等を学ぶ「居士林研修」がある。