長江
これにより長江の土砂量は激増し、非常に大量の土砂を運搬する黄河のようになると危惧されるようになった。1998年の長江大洪水もこの森林乱伐による上流の保水量の低下が原因として挙げられており、これ以降中国政府は上流地域において退耕還林(農地への植林)や裸地への植林を積極的に進めるようになった。
また、長江の特に下流域においては水質の悪化も深刻である。2006年に長江に排出された汚水の総量は305億トンに達し、20年前と比べると倍増している。
長江にはいくつかの固有種が生息しているが、開発の進展に伴いこれらの貴重な生物の生息環境が大幅に変化し、いくつかの種は絶滅の危機に瀕している。特に下流域に主に生息していたヨウスコウカワイルカは、2006年に6週間の調査にもかかわらず1頭も確認することができず、絶滅が懸念されている。同じく絶滅が危惧される長江のスナメリに関しては、2012年に生息数の調査が行われた。カラチョウザメも長江に生息しているが、2014年の調査では自然生殖が確認できず、絶滅の危険性が増大したと考えられている。また、ヨウスコウカワイルカ、カラチョウザメ、スナメリのほか、洞庭湖および鄱陽湖はソデグロヅル、コウノトリの生息地であり、昇金湖(中国語版)にはアカハジロ、ソデグロヅル、コウノトリ、ナベヅルなどが生息しており、河口一帯はヘラシギ、クロツラヘラサギ、ナベヅル、ハシナガチョウザメ、マッコウクジラなどの生息地である。
長江では約30万人が漁業に従事しているが魚類の種類・数の減少が深刻であるため、中国政府は2021年から10年間、長江を禁漁とする措置を導入している。