鹿児島車両センター
485系電車 2011年4月時点で5両編成4本(DK11・12・14・15編成)、3両編成1本(DK1編成)、増結用ユニット2両(元DK16編成)、計25両が配置されていた。 特急「にちりん」、「ひゅうが」、「きりしま」で運用されていた車両で、3両編成は元「ハウステンボス」色をベースとした「K&H(きりしま&ひゅうが)」色となっている。その他の車両は赤ベースの「REDエクスプレス」色である。 2011年3月のダイヤ改正をもって営業運転を終了し、全車が保留車となった。順次廃車・解体が行われており、最後まで残ったDK1編成と増結用ユニットも、2013年(平成25年)1月に小倉総合車両センターへ回送された。このうち、2012年3月12日に小倉工場へ回送されたDK11編成は、4月28日に幕張メッセで行われたニコニコ動画の大規模イベント「ニコニコ超会議」の企画「485系公開解体買付ショー」の提供車両とされ、解体が行われた。
787系電車(BK編成) 1992年(平成4年)に特急「つばめ」で営業運転を開始した。
2011年4月1日までは「指宿運用」と「日南運用」に区別して運用されていたが、「日南運用」(日南線〈全線〉、日豊本線〈高鍋 - 西都城駅〉、肥薩線〈吉松 - 隼人駅〉、吉都線〈全線〉での運用)については同日に発足した宮崎車両センターに移管された。当センター所属車は「指宿運用」(日豊本線・鹿児島本線〈佐土原 - 西都城・国分 - 鹿児島中央間〉、指宿枕崎線〈全線〉、肥薩線〈吉松 - 隼人間〉、吉都線〈全線〉での運用)のみとなっている。なお、キハ40系気動車のうち、キハ140・147形の全車とキハ40・47形の8000・9000番台車は機関が換装されている。また、かつては原形機関に出力向上改造を施工した5000・6000・7000番台車が配置されていたが、後年に機関換装されて下記の8000・9000番台車に変更されている。
キハ40形 8000番台の5両 (8038, 8050, 8056, 8064, 8101) の計5両が配置されている。このうち8050は保留車。
キハ140形 2000番台の4両 (2061, 2062, 2066, 2127) が配置されている。 キハ140 2066は特急「指宿のたまて箱」の予備車。