ハリド・シェイク・モハメド
その後、ボジンカ計画のアメリカ国内版とも言える、国内の東西の地区で航空機を同時に爆破する計画をアルカーイダに提案、ビン・ラーディンは当初は関心を示さなかったが、1998年末にロサンゼルスなどを対象から除外した上で最終的に計画を承認した。
1999年の春から、ビン・ラーディンやアルカイダの軍事部門の指導者ムハンマド・アーティフが計画を練っていった。ビン・ラーディンは資金を提供し、作戦の実行責任者としてモハメド・アタを選出すると、モハメドは技術的な細部を担当した。
イスラエルのアリエル・シャロンが岩のドームの訪問を強行したことをきっかけにインティファーダが起こっていたことから、ビン・ラーディンは2000年中にテロをアメリカで起こすように急かされたという。
アメリカ同時多発テロ事件以後、FBIの指名手配となり、2003年3月、潜伏先のパキスタンのラーワルピンディーにて、CIAに支援されたパキスタン統合情報局(ISI)によって逮捕された。
2006年、グァンタナモ米軍基地に移送、収監された。2001年のアメリカ同時多発テロ事件の起案者とされ、2007年、これらの容疑を認めた。2008年、マイケル・ヘイデン中央情報局長官は、モハメドに対し、ウォーターボーディングによる水責め尋問を行ったことを認めた。2012年にグァンタナモ米軍基地の軍事法廷で他4名と共に裁判が開始されることが全米各紙で報道され、死刑を求刑する予定とも報じられていたが、最終的に2019年8月30日に、死刑を求刑する裁判は2021年1月11日に開廷されると決定した。