後嵯峨天皇
ただし、宝治元年(1247年)の宝治合戦直後には北条時頼以下幕府要人が「公家御事、殊可被奉尊敬由」(『吾妻鏡』宝治元年6月26日条)とする合意を行って、後嵯峨院政への全面的な協力を決定している。また、摂家将軍の代わりに宗尊親王を将軍とすることで合意する(宮将軍)など、後嵯峨院政と鎌倉幕府を掌握して執権政治を確立した北条氏との間での連携によって政治の安定が図られた時期でもあった。ただし、順徳上皇の生母である修明門院は自身が持つ広大な荘園群を背景に依然として孫にあたる上皇の皇子(忠成王もしくは異母弟の善統親王)を皇位に就けるべく活動していた形跡があり、後嵯峨院政を脅かしていたという指摘もある。
文永5年(1268年)10月に出家して法皇となり、大覚寺に移る。同9年(1272年)2月、崩御。宝算53。
後嵯峨上皇が、後深草上皇の皇子ではなく、亀山天皇の皇子である世仁親王(後の後宇多天皇)を皇太子にして、治天の君を定めずに崩御した事が、後の北朝・持明院統(後深草天皇の血統)と南朝・大覚寺統(亀山天皇の血統)の確執のきっかけとなり、それが日本史における南北朝時代、更には後南朝まで続く200年に渡る大乱の源となった。
仁治
寛元