国鉄分割民営化
労使関係では、分割民営化に協力した全日本鉄道労働組合総連合会(JR総連)が現場の主導権を握った。後に方針の対立から、鉄労系中心の日本鉄道労働組合連合会(JR連合)が分裂発足する。どちらも連合に加盟している。なお、国労は全労協に加盟している。
加えて東西冷戦終結やバブル崩壊、労使協調路線が普及した事により、JRも含めた公共交通での先鋭的な労働争議は困難となった。結果として、政府や国鉄当局が意図したストライキや順法闘争の影響力をほぼ皆無にすることには成功した(ただし、国鉄時代は違法であったストライキは民営化によって合法的なものになっているため、ストライキ後に経営側が出す「おわび」からも、国鉄時代にあった「違法なストライキ」という言葉が消えた)。唯一の例外は動労千葉の組合員が運転士の多数を組織している、千葉県の房総半島地域である。ただし、房総半島地域においても2011年以降、ストライキによるダイヤの乱れや運休は発生しておらず、以前に比べて労組の影響力は低下したといえる。
JR総連が多数派の会社では、他労組へ移籍した者に対し戻るよう執拗に詰め寄ったり、他労組の者と交流をした組合員を非難し、退職させた事例もあった。
一方、JR連合が多数派の会社においては、他労組に所属する者に対して昇進差別や日勤教育で、恫喝や罵声を浴びせて自殺に追い込ませる事例が報告されている。
2002年5月27日、国労組合員である中核派幹部や活動家が、同じ国労組合員に殴る、蹴る、首を絞めるなどの暴行をしたとして、10月7日、警視庁公安部は国労組合員8人を逮捕した。東京地方検察庁は勾留満期の10月28日に6人を起訴、さらにその翌日の29日、警視庁公安部は、中核派幹部である国労組合員2人を逮捕した。
11月18日、2人とも起訴された。
国労はJR各社にて少数派に転落した。分割民営化に反対したため、採用されなかった国労などの組合員のうち、解雇時まで清算事業団に残った1,047名が「国労闘争団」を組織。不当労働行為であるとして、地方労働委員会に裁定を申立てた。地労委はJRに救済命令を出したが、JR各社は拒否して再審査を申立てた。中央労働委員会でも闘争団側の主張は大部分認められたが、JRは逆に労働委員会を東京地方裁判所に訴えた。民営化に賛同したJR総連やJR連合も、その経緯から会社側に対し、裁定を受け入れないよう迫った。国労・動労の過去の「悪行」(遵法闘争や上尾事件・首都圏国電暴動、スト権スト、ヤミ休暇、ヤミ超勤、酒気帯び勤務など)に対する利用者からの反発や労働運動において労使協調路線が広まったこと、日本最大のナショナルセンターである連合に加盟しなかったために他の労働組合の支援があまり得られなかったこと、分割民営化に反対しながら民営化したJRに採用させろという要求に理解が得られにくかったことなどを背景にこれらの運動に対する世論の広範囲な支持は無かった。2004年、最高裁判所はJRの主張を認め、JRに責任は無い判決が確定した。先鋭化した闘争団と、国労本体との対立も深刻化した。
少数派に転落した国労は、「国鉄」がなくなった現在でも「国鉄労働組合」を名乗っている。ただし、JRが国労を相手に提訴していた損害賠償を取り下げる条件のため、国鉄の分割民営化を1995年になって認めた。分割民営化に反対した組合の労働者の排除が認められたことで、累積債務は37兆円以上に達していたが偽装倒産による解雇を可能にする前例を作ったと主張するジャーナリストもいる。