新津運輸区
2020年3月に8両全車が郡山総合車両センター会津若松派出に只見線用として転属した。転属に先立って新津仕様のオレンジ色から只見線仕様の東北地域本社色に塗装変更が行われた。2008年にキハ58系、キハ52形の置き換えを目的に8両が新製配置されたもので、当初はキハ110系と共通で信越本線、羽越本線、磐越西線、白新線、米坂線の広範囲でキハ110系と共通で運用されていたが、2018年に新潟駅高架ホームにATS-Pが導入された際、当形式はATS-P搭載改造をされなかったため、先頭車としての新潟駅乗り入れが不可能となっていた。新潟駅乗り入れが不可能になってからは運用範囲が狭められ、羽越本線(新津 - 坂町間)と米坂線において本形式同士2両編成での運用と磐越西線の会津若松 - 新潟間1往復及び信越本線の新潟 - 新津上り1本においては、キハ110系1両と2両を先頭車にして本形式2両を中間車として連結された5両編成の運用があった。
キハ58形・キハ28形気動車
2010年1月末までに最後まで配置されていた3両すべてが廃車となった。キハ28・58形2両は旧国鉄色(2003年9月塗り替え、それ以前は新潟色)で、キハ58形1両は新潟色であった。臨時列車や団体列車などに使用されたが、全車解体された。
キハ52形気動車
2011年8月3日に当時配置されていた7両すべてが廃車となり配置がなくなった。3両は旧国鉄色(2006年12月より、それ以前は新潟色)、4両は新潟色であった。当区のキハ52形の廃車によりキハ52形は形式消滅し、JRのキハ20グループそのものが消滅となった。