ウィリアム・ジョンソン (初代準男爵)
2人には子供が3人生まれ、2人は女の子でナンシーとメアリー(ポリー)、1人が男の子のジョンで、フォート・ハンターで洗礼を受けた。ジョンソンは後に息子のジョンに、自分の爵位を継がせて2代準男爵サー・ジョン・ジョンソンとし、土地を与えた。
同じころ、ジョンソンはエリザベス・ブラントと関係を持った。エリザベス・ブラントはモホーク族の女で、3人の子供が生まれた。それぞれケグネグタゴまたはブラント(1742年生まれ)、トーマス(1744年生まれ)、そしてクリスチャン(1745年生まれ)である。下の2人の息子たちは、幼くして亡くなった。1750年頃、ジョンソンには、カナジョハリエのウィリアムとして知られる息子のタガウィルンタが、モホーク族の女性、おそらくはエリザベス・ワームウッドとの間に生まれた。ジョンソンは、スザンナとエリザベスのワームウッド姉妹とは親密であったようである。また、アイルランド人女性メアリー・マクグラスとの間に、メアリーという名の女の子がいたようである。メアリーとケグネグタゴ(ブラント)、タガウィルンタ(ウィリアム)も、ジョンソンの遺言により、遺産を受け継いだ。
1759年、ジョンソンはモホーク族の女で、ジョンソンホールに引っ越したモリー・ブラント(英語版)と事実婚状態となり、モリーはジョンソンが死ぬまで配偶者として暮らした。モリーはジョセフ・ブラントの姉で、若いころのジョセフは、ジョンソンと姉と共に暮らした。ジョンソンと姉モリーとの関係は、ジョセフにモホーク族の中で大きな影響を与えた。ジョンソンとモリーの間には8人の子供が生まれ、遺言により皆父親の土地を受け継いだ。
ジョンソンはもはやイギリス軍の将軍ではなかったが、イロコイ連邦の兵と辺境地帯の民兵の指揮は続けていた。1757年8月、フランスがウィリアム・ヘンリー砦の戦いを始めた後、ジョンソンは180人のインディアン兵と1500人の民兵を連れてエドワード砦(英語版)に到着した。フランス軍の人数を過大に見積もっていた、イギリス軍将軍のダニエル・ウェッブ(英語版)は、エドワード砦からウィリアム・ヘンリー砦に救援軍を送らないことを決めたが、ウィリアム・ヘンリー砦では、多くの味方を忌まわしい惨殺で失ったイギリス兵が降伏していたのだった。ジョンソンはウェッブが救援を送らなかったことに激怒し、その嫌悪感を表すためにウェッブの目の前で裸になったなどという噂も流布した。
イギリスにとって戦況が悪化していくにつれて、ジョンソンは、イロコイ連邦の支援を得るのは困難であると気づいた。インディアンたちは負ける戦いに参加しようとはしなかった。1758年7月、ジョンソンは何とかして450人の兵士を集め、イギリス軍の新しい指揮官であるジェームズ・アバークロンビーの大規模遠征に参加させた。この作戦は、カリヨンの戦いでアバークロンビーがフランス相手に惨憺たる負け方をしたことで、不名誉なものに終わった。ジョンソンとインディアンの予備軍もこの戦いには貢献できなかった。イギリス軍がフランスの陣地に、なんら得るもののない正面攻撃を仕掛けたからだった。
しかし、ルイブールの攻略、フロンテナック砦の戦い、デュケーヌ砦の戦いと、戦況はイギリスに味方するようになった。ジョンソンはより多くのイロコイ兵を確保できるようになり、1759年の夏、ジョンソンは1000人近いイロコイ兵を率いて(事実上のイロコイ連邦軍であった)、ジョン・プリドー将軍(英語版)の遠征軍に参加し、ナイアガラ砦を攻略した。