関藤藤陰
福山に戻ると、主君・正弘が遺した誠之館の運営と藩主・阿部正教(正弘の甥・養子)の教育にあたる。ところが、わずか3年で正教も急死、跡をその弟の阿部正方が継承し、藤陰は君側御用係となった。
文久3年(1863年)、警備のために藩兵を率いて京都に向かうことになった主君の諮問に答えて『国論主義書』を著す。この中で、近いうちに徳川将軍家と朝廷が争う事態になる可能性を指摘した上で、阿部家は徳川家を朝廷へ恭順に導くのが譜代大名としての忠義であることを説いた。やがて幕府による長州征伐が決定されると、日本国内の混乱が増すばかりであることを正方に訴えて出陣を諫めるものの聞き入れられず出陣する。だが、藩主・正方は陣中で病に倒れ、指揮を家老・内藤角右衛門に委ね粕渕(島根県邑智郡)に留まるが、本隊は石見国益田(島根県益田市)で大村益次郎率いる長州藩と交戦して敗走する。その後、幕府軍が長州藩に敗北したため撤兵することになった。
慶応3年(1867年)、正方は無嗣のまま病死。これにより本来、阿部家はお家断絶となるはずであるが、大政奉還からわずか1か月後の混乱期に乗じて、正方の棺を寝室においたまま、未だに病気であると偽りの発表を続けた。