夷隅川
夷隅川流域は、国の天然記念物に指定され絶滅危惧種であるミヤコタナゴの分布域にあたり、流域内の細流や池などに現在も生息が確認されている。同じく絶滅危惧種であるメダカなども細流や池に数多く生息していたが、近年は生息数が減少している。過去にはミヤコタナゴの稚魚の放流が行われていた。
コイ、フナ、ウグイ、ウナギ、アユの放流も行われており、1991年まではサケの試験放流が行われていた。その効果もあってか、アユの遡上が確認されている。
平成6年と11年に実施された魚介類調査結果(河川水辺の国勢調査)によれば、現地確認された魚類は86種で、純淡水魚23種、回遊魚11種、汽水・海水魚52種となっている。 平成6年調査では72種が確認されたが、その種数は全国で実施された「河川水辺の国勢調査」結果で見ると長良川の88種に次いで、木曽川・揖斐川と並び全国第二位にランクされた。