漢方医学
伏羲や神農、論語、孟子、周礼や呂氏春秋などは、彼にとっては権威付けに利用する材料だったに過ぎず、彼が本当に重きを置いたのはその時代に即した新しい臨床医学であったのだ。吉益東洞は確かに傷寒論を賞賛したが、傷寒論を考証学的に扱ったのでは無い。彼の処方集「類聚方」には「求方於長沙」とあり、張仲景に基づいたことになっているが、そこには明らかに東洞本人の解釈、選別が入っている。だがともあれこの本は当時大ブームとなった。1万冊が刷られ、江戸に5千部、京、大坂に五千部が配布されたが、このうち京・大坂の五千部は一ヶ月で売り切れたという。2023年現在の日本に置いてすら、医学書が1万部、あるいは5千部を完売する例はめったないないことを考えると、まさに熱狂的大ブームだったことが分かる。
一方で彼は実臨床に於いては必ずしも傷寒論処方や自らが編んだ類聚方に拘らず、様々な処方を用いた。例えば「医事或問」には弟子とのこんな問答が記されている。
弟子曰く「古方とは仲景方のことでしょう。先生は控涎丹、七宝丸などを用いるが、古方とは言いがたいのでは無いですか?」
これに対する東洞の答えは、彼の医学に対する根本的な姿勢をよく表している。
「古方というのは世間がそう唱えているのだ。処方選択は病を治療出来るかどうかであって、昔も今も無い。しかし後世の処方には有効なものが少なく、昔のものには多いので、昔の処方を多く用いる。それで世間が古方というのだ。処方に古今の差別は無い」。
要するに、吉益東洞は徹底した臨床家であった。彼は後藤艮山らのように中国の古(いにしえ)に何かの価値を求めたわけでは無かった。
症状を含めたその患者の状態を証(しょう)と呼び、証によって治療法を選択する。証を得るためには、四診を行うだけではなく、患者を医師の五感でよく観察することがまず必要である。
西洋医学では、患者の徴候から疾患を特定することを「診断」と呼び、これに基づいて疾患に応じた治療を行う。しかし漢方医学では、治療法を決定すること自体が最終的な証となる。特に古方流派では葛根湯が最適な症例は葛根湯証であるという。しかし上述のように日本漢方にも現代では気血水、虚実、さらに五臓の概念まで取り入れられており、証がそのまま使用する処方に直結というのは必ずしも一般的では無くなってきている。