鶏が先か、卵が先か
ダーウィンの進化論によると、種は突然変異と自然選択によって時が経つにつれ変化する(漸進的進化)。この考えによれば、卵と鶏は両方とも鶏でない鳥から同時に進化したのであり、その鳥は最初の鶏の卵を産んだのではなく、時が経つうちに徐々に鶏らしくなっていったのだ。新種の発端となった個体を規定するのが鶏の遺伝子ではなく卵の遺伝子であることは認めたうえで、「この時点をもって新種とみなされうる」という時点とはどういうものか、それは親によって規定されるのか、子(卵)によって規定されるのか、という問題に立ち入らなければ進化論がこの問題に答えを与えることにはならない。
ある個体の突然変異は通常、新種とはみなされない。種の分化とは、ある集団がその母集団から分離し、相互の交配が止むという状態を伴う。 家畜種がその野生種から遺伝的に分化する過程もこの経緯をたどる。こうして分化した集団全体は新種とみなすことができる。
近縁種との交配が止んだことをもって種が確立されるのなら、確立された新種の第一世代とその親(新種ではない)との間には何の差異があるのか、という問いに対しては、形態的には何の違いもないかもしれないが、近縁種との交配能力という遺伝特性を親は持っていて子は持っていない、と答えることができる。なお、分類学的には種の確立は交配の実質的な停止であっても成立し、イノシシと豚、馬とろばなどは互いに交配が可能な別々の種である。