西園寺公経
また、関東申次に就任して幕府と朝廷との間の調整にも力を尽くした。
道家の外孫である四条天皇が仁治3年(1242年)に崩御すると皇位継承の問題が持ち上がり、道家らは順徳上皇の皇子である忠成王を擁立しようとしたが、幕府は承久の乱の関係者である順徳の皇子の擁立には反対し、乱に消極的だった土御門上皇の皇子の邦仁王の擁立を支持した。公経はこの状況を見て、直ちに縁戚の四条隆親の邸宅に邦仁王を迎えて後嵯峨天皇として践祚させた(仁治三年の政変)。政務や人事の方針を巡って道家と不仲になったが、道家の娘婿の関白近衛兼経を辞任させて、道家と不和で公経が養育していた道家の次男の二条良実をその後の摂関に据えるなど朝廷人事を思いのままに操った。さらに孫娘(嫡男実氏の娘)の西園寺姞子を後嵯峨天皇の中宮とし、寛元元年(1243年)には姞子所生の久仁親王(後の後深草天皇)を皇太子とした。以後、西園寺家から中宮を出す慣例の先駆となると共に、持明院統(後深草天皇の系譜)が幕府と近い関係を持つきっかけとなった。
寛元2年(1244年)8月29日に薨御。享年74。
多くの荘園や宋との貿易による莫大な収入で豪華奢侈を極め、処世は卓越していたが、幕府に追従して保身と我欲の充足に汲々とした奸物と評されることも多く 、その死に臨んで平経高も「世の奸臣」と日記に記している。
なお、「西園寺」の家名はこの藤原公経が現在の鹿苑寺(金閣寺)の辺りに西園寺を建立したことによる。公経の後、西園寺家は鎌倉時代を通じて関東申次となった。