溝谷
1868年(慶応4年)には宮津県、1871年(明治4年)には豊岡県の所属となり、1876年(明治9年)には京都府の所属で落ち着いた。1876年(明治9年)には外村を合併している。1889年(明治22年)時点の戸数は431戸、人口は1639人だった。1889年(明治22年)4月1日には溝谷村と等楽寺村の2村が合併して町村制を施行し、竹野郡溝谷村が発足した。
1893年(明治26年)には溝谷・吉野・鳥取・深田4か村組合立溝谷高等小学校を創設した。1910年(明治43年)には組合立溝谷高等小学校が解散し、1911年(明治44年)には溝谷尋常小学校に高等科が並置された。
1927年(昭和2年)3月7日には北丹後地震が発生し、震源に近い竹野郡や中郡では大きな被害があった。溝谷村は郷村断層から約5キロメートルの距離にあり、溝谷区の219戸中9戸(4%)、外村区の117戸中1戸(1%)が倒壊している。
1933年(昭和8年)2月1日、溝谷村・鳥取村・吉野村・深田村が合併して弥栄村が発足。弥栄村の大字として溝谷が設置された。
1955年(昭和30年)3月1日には弥栄村と野間村が合併して弥栄町が発足。弥栄町の大字として溝谷が設置された。
1982年(昭和57年)時点の世帯数は329世帯、人口は1318人だった。
2004年(平成16年)4月1日、弥栄町が周辺5町と合併して京丹後市が発足。京丹後市の大字として弥栄町溝谷が設置された。2013年(平成25年)12月31日時点の外村区の世帯数は104世帯、人口は267人であり、2014年(平成26年)12月31日時点の溝谷区の世帯数は362世帯、人口は825人だった。
2014年(平成26年)3月、京丹後市立溝谷小学校を含む弥栄町の4小学校が閉校し、新たに京丹後市立弥栄小学校が開校した。