勅願寺
松島青龍山 瑞巌寺 (臨済宗、宮城県松島町) - 淳和天皇
小比叡山 蓮華峰寺 (真言宗、新潟県佐渡市) - 嵯峨天皇
三守皇山 長光王院 大聖明王寺(真言宗醍醐派、山梨県南巨摩郡)- 高倉天皇
法輪山 正明寺 (黄檗宗、滋賀県日野町) -後水尾上皇
定額山 善光寺 (無宗派、長野県長野市)- 皇極天皇
浅間山 真楽寺 (真言宗智山派、長野県御代田町) - 用明天皇。
宝林山 安養寺 (臨済宗妙心寺派、長野県佐久市) - 後深草上皇。
金剛山 平間寺 (真言宗智山派、神奈川県川崎市) - 鳥羽上皇
普門山 長久寺 (真言宗豊山派、滋賀県彦根市) - 後三条天皇
石光山 石山寺 (東寺真言宗、滋賀県大津市) - 聖武天皇
巌金山 宝厳寺 (真言宗、滋賀県長浜市) - 聖武天皇
阿星山 長寿寺 (天台宗、滋賀県湖南市) - 聖武天皇
瑞龍山 南禅寺 (臨済宗、京都市左京区) - 亀山法皇
音羽山 清水寺 (真言宗→法相宗、京都市東山区) - 嵯峨天皇
大内山 仁和寺 (真言宗、京都市右京区) - 宇多天皇
深雪山 醍醐寺 (真言宗、京都市伏見区) - 醍醐天皇
具足山 妙顕寺 (日蓮宗、京都市上京区) - 後醍醐天皇
正法山 妙心寺 (臨済宗、京都市右京区) - 花園法皇
竜宝山 大徳寺 (臨済宗、京都市北区)- 後醍醐天皇
根本山 神峯山寺(天台宗、大阪府高槻市)- 光仁天皇
大悲山 慈眼院 (真言宗、大阪府泉佐野市) - 天武天皇・聖武天皇
躑躅山 林昌寺 (真言宗、大阪府泉南市) - 聖武天皇
薬師寺 (法相宗、奈良県奈良市) - 天武天皇
秋篠寺 (単立、奈良県奈良市) - 光仁天皇
東大寺 (華厳宗、奈良県奈良市) - 聖武天皇