暫定委員会
委員会の目的として本来想定されていなかった原爆を用いる方法についての討議は、主として1945年5月31日の会議で行われた。 科学顧問団が出席し長時間に及んだこの会議では、午前中に原爆の開発状況や戦後の状況を踏まえたソ連への対処などが討議された後、昼食中の会話で、日本に対する原爆の使用の問題が話題とされた。 このときの会話の公式記録は存在していないが、科学顧問団のアーネスト・ローレンスは、出席者のひとりが、原爆による死者はすでに空襲で殺された人数よりも多くはならないだろうとの見積もりを述べたことを記憶している。 一方、こうした会話の中でスティムソンは、ハンブルクやドレスデン、東京などに対して自分たちが行ってきた大規模爆撃に対する人々の態度の無頓着さとその無慈悲さを嘆き、その態度にロバート・オッペンハイマーは感嘆の言葉を残している。
午後の公式な議論が始まったときも、原爆が投下された場合の日本と日本の戦意に与える影響が引き続き話題とされた。 原爆で軍事目標を破壊することはこれまでの通常の爆撃と効果に違いがないという指摘を受けて、オッペンハイマーは、原爆は破壊だけでなく高く立ち上る火球の視覚的効果と中性子線が生物へと与える効果が大きいことを強調した。 こうした原爆の効果に関する議論を踏まえ、委員会では「可能な限り多くの住民に、深い心理的印象を与えることを模索すべき」であると合意された。