十六銀行
近年の店舗政策としては、店舗網の見直しが一巡したこともあり、愛知県内での営業力強化の一環として、名古屋支店の名古屋営業部への組織変更・岐阜銀行の吸収合併に伴うものを含めた名古屋地区での店舗網拡充、一部部分撤退した三河地区では豊田市・刈谷市・岡崎市・豊橋市にローンセンター(住宅ローン業務の専任部署)を設置、特に豊田支店では2007年(平成19年)には住宅ローン残高が全店1位(これまでは、岐阜県の可児支店)になるなど、好調な成果を挙げている。また、東加納支店(岐阜県)をはじめ、一部フルバンキング店舗を富裕層特化の個人専業店舗に転換する計画である。また、富裕層向けの資産運用などコンサルティング業務に特化した新型店舗「PLAZA JUROKU」を岐阜市と名古屋市中区に開設しているほか、静岡県浜松市にも進出する計画がされている。
東京支店・東京事務所
大垣支店
岡崎羽根支店
加納支店
しかし、その点親三菱3行間、そして旧東海出身者の下、中京金融界の過度な三菱化を警戒する両行や名古屋財界との関係から、十六銀行が主導的に関与できるとは限らない。また岐阜銀は元々十六系列であったが、その露骨なまでの”子会社扱”に反発し、1999年(平成11年)に旧東海傘下に移った経緯があり、とりわけ十六にとって、すんなり決着できる関係とは言い難い。また、これとは別に、水谷研治中京大学教授ら一部旧東海OBより、旧東海銀行の独立を意図とした「東海三菱銀行」構想(りそなグループの傘下で、埼玉県を中心に営業する「埼玉りそな銀行」のような形態を想定)が出るなど、三菱主導による地域銀行再編も、様々な思惑が絡んでいるのが現状である。
2008年(平成20年)11月28日付の『日本経済新聞』など各紙の報道では、同年12月1日より十六銀行が、三菱東京UFJ銀行系列で経営再建中の岐阜銀行(岐阜市)に対し資本支援するなど、両行が包括的な資本・業務提携に向けた交渉に入ることが報じられた。十六銀は数十億円の出資を検討しており、岐阜銀が発行する優先株を引き受ける方法が有力という。三菱東京UFJ銀行の地銀囲い込み戦略が進む中で、東海地方における地元金融機関の生存戦略と十六銀行との関係が注目された。
2010年(平成22年)7月30日、岐阜銀行が三菱東京UFJ銀行側からの資本支援を行うことを前提に、十六銀行は岐阜銀行を2010年度に完全子会社化し、2012年(平成24年)9月18日に吸収合併した。