ヴァルキュリアの機甲
各国は冷静さを取り戻し国連で対策が講じられるようになった。あらゆる兵器が試され、核まで用いられたもののこの巨大生物を駆除することはできなかったが、ヨートゥンハイメン(en:Jotunheimen)の遺跡で発見された七本の巨大な槍にG・Oの細胞を崩壊させる力があることが判明。国連でこれらの槍を用いる計画C.O.V Project(ヴァルキュリア騎兵計画)が持ち上がり承認される。こうして人類はG・Oへの対抗手段を手にした。
しかしこの計画にはある秘密があった。槍を振るいG・Oを倒す「ヴァルキュリア」たち、 その正体は機械ではなく、平均身長16メートルの巨人の少女たちだったのだ。人類を守るため戦わさせられる彼女たちだが、その待遇は非人道的なものだった。新しくヴァルキュリア国連騎兵隊(UNCOV)に配属された二等海尉・天宮竜一郎は、前任者にかわって「ヴァルキュリア」たちを指揮する立場を与えられる。
上からの「ヴァルキュリアを女の子扱いせよ」という注文のもと、竜一郎は試行錯誤しながら彼女たちと歩み寄り、共にG・Oの脅威と戦っていく。