TRAIN SUITE 四季島
先頭車の先頭構体部は前面衝突対策が施されており、前面ガラスはデザインを具現化させるために、3次元曲線ガラスで構成されている。また、運転室は交直流電車関連の機器のほか、EDCシステムに関する機器や海峡線の共用区間の走行に対応する機器などが配置されており、運転室後方にある展望室からの視界を良くするため、前面・側面ガラスのほか、その上部に調光機能を備えた窓ガラスを配置している。
車体側面の側出入口は車体とドアリーフを極力平滑できるとともに、戸袋が不要で車内の室内空間をより広く確保できるように、一旦車体の外側に出た後に横に開く構造の外プラグドアを採用しており、2 - 4・6・8・9号車は片引戸としているが、ラウンジを有する5号車のエントランスドアは両引戸としている。ドアの開閉の際には、オリジナルのドアチャイム(福嶋尚哉作曲)が鳴動する。
空調装置は、2-4・7-9号車は分散型のAU739形を1両あたり4台屋根上に搭載しており(7号車は車体両端部に各2台設置)、その内の3台は各個室専用とし、残りの1台を通路などの共用部用としている。また、個室専用の空調装置が故障した場合には、共用部用の空調装置のダクトをバイパスさせることで、故障した個室の室内の空調を行うことが可能としている。5・6号車はE233系の二階建てグリーン車と同様のAU729-G2形を車体両端部に搭載しており、先頭車の1・10号車には、セパレート形のAU221形を床上に2台搭載している。このうち、AU739形とAU729-G2形は三菱電機製である。
車内の機器配置は、1・10号車に振動や騒音の発生源となるディーゼル発電機や電動空気圧縮機を配置しており、2-4・8・9号車は個室と個室との間に、水関係の機器類を配置した機器室を設けている。
1日目:上野駅→(車内での昼食)→(車内で夕食、車内泊) 2日目:→函館駅(車外での朝食)→(下車観光:函館)→函館駅→(車外での昼食)→白老駅→(下車観光白老) 3日目:(宿で朝食)→東室蘭駅→洞爺駅→(車内で昼食)→新函館北斗駅・・・(2つのプラン(縄文コース、五能線コース)のいずれかを選択)・・・弘前駅→(車内泊) 4日目:→鶴岡駅→あつみ温泉駅(鶴岡、あつみ温泉のいずれかの駅で下車観光)→(車内で朝食)→新津駅(下車して燕を観光し、東三条駅で再乗車)→東三条駅→(車内で昼食)→上野駅
電動空気圧縮機は、交流440 Vの誘導電動機駆動による吐出量が1,600 l/minの除湿装置付きのMH3130-C1600S3形を1・10号車に床上に搭載している。
主電動機は冷却方式が自己通風式のかご形三相誘導電動機を搭載しており、形式はMT75Bである。
1・10号車の車体中央部の機関室の床上に搭載されている機関と主発電機(ディーゼル発電機)は主回路と補助電源用であり、機関は直噴式V型12気筒ディーゼルエンジンのDML57Z-G形(MTU製12V 4000 R43L)で、主発電機は完全ブラシレス構造の回転界磁形同期発電機のDM114形である、また、ディーゼルエンジン用の燃料タンクは床下に搭載されている。
ブレーキ方式は回生ブレーキ併用電気指令式空気ブレーキであり、ブレーキ装置を含めた関連機器を、先頭車には冗長性を向上させるため2台、中間車には1台搭載されている。その他に、抑速ブレーキ・耐雪ブレーキ・直通予備ブレーキを備えている。
列車情報管理装置(TIMS)は、E233系などに搭載されているものを基本に、CPU性能を向上させたCPU10を採用している。機能面では、E657系に搭載されているものを基本に操作性や機能向上を図っており、エンジンモードでの非電化区間や海峡線での共用走行区間の走行に必要な機能を付加している。
列車保安装置は、ATS-P・ATS-Ps・ATS-DNの機能を統合した統合形ATS車上装置を装備しており、海峡線の共用区間での走行用にDS-ATCとRS-ATCを装備している。