山九
中村汽船の負債が落ち着くまもなく、2001年3月期から財務諸表に記載が義務づけられた退職給付債務と年金資産等との差額が、それまで積み立てていた退職給付引当金ではあまりに少なかったため、さらに負債が拡大した(2000年3月期データで有利子負債が1,601億円までふくらんだ)。
近年は客先の好況や転換社債の発行などにより、有利子負債はピーク時の半分以下にまで減り、ようやく安定した(2007年3月期データで753億円)。
創業当時より日本製鉄とは緊密な関係にあり、さながら日本製鉄の物流部門の様相を呈している。副社長は日本製鉄より受け入れるのが慣例となっている。また山九は日本製鉄構内に支店、または事業所等が設置されている事も多い。副社長に限らず多くの出向受けが存在する。近年の安定株主対策により議決権割合は減ったものの、未だに大株主である。 ただし、実際には経営的影響力はほとんど無い。
株式会社スリーエス・サンキュウ
株式会社インフォセンス(旧情報システム部門)
山九プラントテクノ株式会社
山九重機工株式会社
株式会社山九海陸
サンキュウビジネスサービス株式会社
株式会社サンキュウリサーチアンドクリエイト
株式会社サンキュウトランスポート(旧陸上輸送部門)
サンキュウエアロジスティクス株式会社(旧航空貨物部門)
協和海運株式会社
中部海運株式会社
広菱倉庫運輸株式会社
周防運輸株式会社
日本工業検査株式会社
日本製鉄
等75社。