民主進歩党
民進党は政策実行経験と人材の不足から、与党としての地位を確立後、政治危機がたびたび発生した。政局の安定を図る陳水扁は国民党籍の国防部長唐飛を行政院長、游錫堃を副院長に指名したが、政権成立からわずか3ヵ月後には「八掌渓事件」が発生し、事件の処理に手間取った結果4人の作業員が死亡、游錫堃は自ら引責辞職し張俊雄が後任となった。
また「核四問題」では民進党は台湾の脱原発を政治理念としてきたが、原発推進派の唐飛がこの問題で行政院長を更迭され、張俊雄が後任に就任すると即時核四建設中止を発表。これが政治問題化し国民党により陳水扁に対する罷免要求に繋がった。民進党は妥協案として核四の建設続行を決定、これに反発する民進党内では前主席林義雄による反核四デモが発生した。またこの影響で株価が暴落するなど、経済的にも打撃を受けた民進党は、台湾独立志向の他勢力と緩やかな連合泛緑連盟を形成し政局を乗り切る政局運営が続いた。
対日関係では、8月28日を「台湾抗日記念日」とする検討部会を立ち上げたり、尖閣諸島を自国領土として土地登記するなど、積極的な姿勢を示した。
2004年の総統選挙では泛藍連盟の国民党主席連戦と親民党主席の宋楚瑜の選挙協力が成立、前回の選挙で票が割れた泛藍支持者の票を統合する選挙戦略を実施した。