スペインによるアメリカ大陸の植民地化
現コロンビアに相当する地域には1510年11月にサンタ・マリア・ラ・アンティグア・デル・ダリエン(英語版)(Santa María la Antigua del Darién)が建設され、南アメリカ初のヨーロッパ人による恒久的な植民都市となった。1524年にサンタ・マルタが建設され、1533年にはペドロ・デ・エレディア(スペイン語版、英語版)によってカルタヘナ・デ・インディアスが建設された。ゴンサロ・ヒメネス・デ・ケサーダ(英語版)はエル・ドラード伝説に基づいてサンタ・マルタから出発し、オリノコ川流域の探検を続け、現コロンビアに相当する地域に存在した最大のムイスカ人の王国を征服した。1538年にムイスカ人の首都バカタの跡にサンタフェ・デ・ボゴタが建設された。ケサーダは1539年にボゴタでベネズエラのコロから西進したニコラウス・フェーダーマン(スペイン語版、英語版)とキトから北上したセバスティアン・デ・ベナルカサールに合流したが、国王の裁定を仰ぐことで合意し、裁定によってケサーダにはヌエバ・グラナダ王国(スペイン語版、英語版)元帥の称号が授けられた。
コロンブスは1498年に第三回航海で現ベネズエラに相当する地域を訪れた。翌1499年にはアロンソ・デ・オヘダ(スペイン語版、英語版)とアメリゴ・ヴェスプッチがマラカイボ湖やマルガリータ島周辺を探検した。アメリゴはコロンブスとは異なり、到達した地をインドではなく新しい大陸だと考え、これを公表したため、この後、長い間名前が存在せず、スペイン人がインディアスと呼んだこの地は、ドイツの地図製作者マルティン・ヴァルトゼーミュラーによってヴェスプッチの名前から「アメリカ」と名付けられた。
インディオへのカトリックの布教も大々的に進められ、キリスト教への改宗と、インティやパチャママへの信仰といった本来のインディオの信仰の廃棄が暴力を背景として進んだ(強制改宗)。一方でイエズス会の布教村落が築かれたパラグアイなどではスペイン・ポルトガル王権からのインディオの保護が進んだ。
征服当初からの疫病(インディオは旧大陸の病気に免疫を持たなかった)、戦争、強制労働によって15世紀から17世紀までの間に数千万人単位のインディオの命が失われ、カリブ海の大アンティル諸島のようにインディオが絶滅した地域もあった。どれだけの人口減があったかは定かではないが、少なくともペルーでは、インカ帝国時代に1000万を越えていた人口が1570年に274万人にまで落ち込み、1796年のペルーでは108万人になった(数字はH.F.ドビンズの推計による)。
また、このような征服事業は思想的な正当化が図られた。初期においてはキリスト教信仰と、「半人間」である非キリスト教徒のインディオへの改宗事業によって思想的な正当化が図られた。