古墳時代
3世紀前期に魏の歴史文献(魏志倭人伝)において倭国王(親魏倭王)卑弥呼が現れ、その本拠地邪馬台国が音の類似性により後のヤマト王権(大和国)の母体であるとする説があるが考古学的な検証が得られずはっきりしない(詳しくは「邪馬台国#論争」を参照)。3世紀後期には奈良盆地を中心に初期の前方後円墳(纒向古墳群)が現れるようになり、この地域における強力な政権の勃興を窺わせる。
少なくとも4世紀中頃までに、畿内から北九州までの広い領域が一つの政治体(ヤマト王権)の下で統合されるようになったと考えられている。
考古学の成果では、奈良盆地勢力が列島各地の豪族勢力(吉備政権、葛城政権など)と連合しヤマト王権へ次第に成長してゆき、この過程で北部九州の勢力は衰退したことを示唆している。ただし北部九州勢力が奈良盆地へ東遷の後、奈良盆地勢力を制圧してヤマト王権となったとする見解もある。
ヤマト王権の成立期には、従前のものより格段に大規模な墓(前方後円墳)が奈良盆地を中心に登場している。弥生末期には畿内、吉備、出雲、筑紫などの各地域ごとに特色ある墓制が展開していたが(→弥生時代の墓制を参照)、前方後円墳には、それら各地域の特色が融合された様子が見られるため、ヤマト王権は列島各地域の政治勢力が連合したことによって成立したとされる。
ヤマト王権は、ヤマト地方(畿内)を本拠として本州中部から九州北部までを支配したと考えられている。ヤマト王権は倭国を代表する政治勢力へと成長すると、支配拡大の過程では大小の勢力や部族との衝突があったと考えられる。『日本書紀』などにはそれを窺わせる記述(四道将軍及びヤマトタケル説話など)があるが、詳細な事跡は判然とせず不明なままである。
前方後円墳はヤマト王権が倭の統一政権として確立してゆく中で、各地の豪族に許可した形式であると考えられている。3世紀半ば過ぎには出現期古墳が現れると見る説が通説とされるが、年輪年代測定や放射性炭素年代測定は実際には確立した技術と呼べる段階に至っておらず、その精度や測定方法の欠点・問題点などが多くの研究者からも指摘されているため、現在でも古墳時代の3世紀開始説に対する根強い反対も存在する。3世紀後半または4世紀前半には奈良盆地に王墓と見られる前代より格段に規模を増した前方後円墳が現れ、4世紀中頃から末までの半世紀の間に奈良盆地の北部佐紀(ソフ(層富)とも)の地に4基の大王墓クラスの前方後円墳が築かれ、4世紀の後葉に大阪平野に巨大古墳が約1世紀の間築造され、この世紀の終わり頃には畿内の一部に先進的な群集墳が現れる。続く5世紀の半ばには、各地に巨大古墳が築造されるようになる。それが、6世紀の終わりには日本各地で、ほぼ時を同じくして前方後円墳が築造されなくなった。これは、ヤマト王権の確立後、中央・地方の統治組織が出来上がり、より強力な政権へ成長したことの現れだと解されている。この後しばらくの間、方墳や円墳が造り続けられる。大王の墓は特別に八角墳として築造された。