神学部
戦前の旧制大学では独立した神学部を設置することは認められておらず、わずかに同志社大学が文学部神学科、立教大学が文学部宗教学科、関西学院大学が法文学部文学科宗教学専攻を設置するにとどまった。戦後の旧学制の終末期(1947年)に設立された同志社大学神学部が日本における大学神学部の嚆矢である。
同志社大学(1947年6月に旧制神学部、翌年新制神学部として設立)
東京神学大学(1949年設立)
関西学院大学(1952年設立)
上智大学(1958年設立)
西南学院大学(1966年設立)
東京基督教大学(1990年設立)
他に、学部ではないが、国際基督教大学、立教大学、南山大学、清泉女子大学、東京女子大学、ルーテル学院大学、神戸女学院大学などには学科として神学科やキリスト教学科、もしくはそれに準じるコース、副専攻制度等がある。
京都大学文学部・大学院文学研究科には、日本の国公立大学で唯一、キリスト教学研究室が存在し、キリスト教神学の研究が行われている。
バーゼル大学 神学部
チューリッヒ大学 神学部