メアリー・ローズ
敵兵の移乗攻撃を防ぐために、「メアリー・ローズ」にはパイクやビル(英語版)などの白兵戦用の武器が大量に備えられていた。『アンソニー・ロール』によると各種150本が常備されており、この数字は発掘調査によってほぼ事実と確認されている。剣と短剣は個人の所有物のため、目録には記載されていないが、大量に発見されており、その中にはイギリス最古のブロードソードも含まれている。
目録によると船には合計250張のロングボウが搭載されており、これまでに172張が発見され、約4,000本の矢、ブレーサー(アームガード)およびその他の弓術関連の機器が発見されている。テューダー朝期のイギリスでは、ロングボウの技術習得が全ての成人男性に義務付けられており、既に野砲や拳銃が導入されているにも拘らず、弓はそれら新しい射撃武器とともに大量に使用された。「メアリー・ローズ」では、下甲板に十分な高さがなかったため、ロングボウを十二分に使用できたのは、主甲板の開放部か、楼の上部だけだった。船には様々なサイズと射程の複数種の弓があった。軽い弓は狙撃に使用され、重い弓は火矢を放つために使用された可能性が指摘されている。
1514年と1546年の目録には、檣頭から敵船の甲板に投げ込めるよう設計された数百個の重い投げ矢と石灰岩も記載されているが、これらの武器が実際に搭載されていたという証拠は発見されていない。『アンソニー・ロール』に記載されている50挺の拳銃のうち、銃身が完全に残った火縄式マスケット銃5挺と、別の銃の破片11挺分が発見されている。それらは主にイタリア製で、一部ドイツ製が混じっていた。武器庫からは幾つかのガンシールドが発見された。これは木製の盾の中央に小さな銃が固定された珍しいタイプの銃器である。
2000年、チャンネル4のテレビ番組『What Sank the Mary Rose?』の中で、沈没の原因を探るため、船の縮尺模型と上甲板の兵士たちを模した金属製の重りを使った実験が試みられた。最初の実験では、船は転覆することなく、目撃者が説明した方向転換を行うことができたことが示された。2回目の実験では、「メアリー・ローズ」が旋回を試みた際に、沈没当時の報告と同様の突風を再現するために送風機が使用された。模型が方向転換したとき、上層部に当たった風で通常時よりも強い傾斜が起こり、メインデッキの砲門が喫水線より下になり、模型は数秒で沈没した。一連の出来事は、目撃者の報告通りで、特に船が沈没したのは一瞬だった。
船首の小さな船室の跡と難破船周辺の数か所から、コンパス、ディバイダ、海図作成用の棒、分度器、測深儀、潮汐計算機、速度を計測するログリール(英語版)など、これまでヨーロッパで発見された中で最も古い航海用具一式が発見された。これらの道具類の幾つかは、使われていた年代が、それまでの最古の使用記録より以前の時代の物であった。例えば海図は、それまで16世紀前半に英国の航海士が使用した記録が最古のものとされており、コンパスは1560年代まで英国の船に搭載され記録はなく、ログリールの仕様に関する最古の記録は1574年のものであった。
学術的に確認されている最初のラッター犬の例の1つが、「メアリー・ローズ」で飼われていたイングリッシュ・トイ・テリアである 。 研究者によって「ハッチ」と名付けられたこの犬の骨は、1981年の水中発掘調査で発見された。 ハッチの主な任務は、船内のネズミ駆除だった。歯のDNA検査によると、ハッチは生後18~24ヶ月の若い雄の成犬で、体毛は茶色だった 。現在、ハッチの骨は、ポーツマス海軍基地内のメアリー・ローズ博物館に展示されている。