スーパーマリオ 魔界帝国の女神
6500万年前、巨大隕石の落下によって、地球は地上世界と地下世界の2つの次元に引き裂かれた。地上世界(人間世界)からは遠い昔に絶滅したと思われていた恐竜は地下世界で進化し、地底に独自の世界を築いていた。
そして、現代のニューヨーク・ブルックリン。一人の女性が教会の前で大きな卵と小さな石を置き、その場を去って行く。それを拾った教会のシスターたちの前で、卵から人間の赤ん坊が生まれた。
それから20年後。ブルックリンで配管の仕事を請け負うマリオとルイージの兄弟は、地下の下水路で化石発掘を行う調査チームのリーダーであるデイジーと知り合う。ある日、マリオとルイージはデイジー、マリオの恋人ダニエラと外食を楽しむ。食事後、マリオとルイージと別れたダニエラが突然二人の男に誘拐され、続いてデイジーも誘拐されてしまう。マリオとルイージは後を追い地下を訪れる。そこで、デイジーが謎の入り口(次元の歪み)に引きずり込まれ、後を追うべくマリオとルイージもそこに飛び込んだ。その先には恐竜人たちが暮らす国「ダイノハッタン」が存在していた。デイジーを見失ったマリオとルイージは、ダイノハッタンの支配者クッパを非難するトードが警察に捕えられる現場を目撃し、居合わせたマリオとルイージもともに逮捕される。クッパはデイジーが持っていた、地上世界と地下世界に次元を分断した隕石の欠片を探していた。クッパの目的は隕石を完全な形へと戻し、二つに断たれた次元を修復させ、地上世界への入り口を開いて侵攻することにあった。そのためデイジーを探していたが、手下の二人組はデイジーと間違えてダニエラたちを拉致してしまった。