大掾氏
応永23年(1416年)に上杉禅秀の乱が勃発すると大掾満幹(詮国の子)を中心とする大掾氏の多くは上杉禅秀側にたつ。結局禅秀は敗れ自害し、鎌倉公方足利持氏は禅秀派の処罰をはじめる。大掾氏も本拠地である水戸城周辺の所領を没収され、持氏派の江戸通房に与えられた。満幹は水戸城の明け渡しを拒否し占拠し続けたが、応永26年(1419年)に府中へ出かけて留守にしている時に水戸城を通房によって攻め落とされた。そして遂に永享元年(1429年)12月、満幹は鎌倉で鎌倉公方持氏の命により殺害された。
大掾満幹が殺害された時に幼少であった嫡子・慶松も父とともに殺害され、慶松誕生まで子に恵まれなかったために満幹が養子縁組を結んでいた上杉教朝および千葉(馬加)康胤への大掾氏継承も認められず、持氏の支援を受けた佐竹義人が三男を当主に立てた。しかし、佐竹氏の傀儡()であり、本拠地である水戸も喪失した大掾氏は府中を中心とした小勢力に転落する。だが、永享の乱とそれに続く結城合戦で佐竹氏が鎌倉公方側とみられて室町幕府の討伐の対象になると、大掾氏でも家臣団が佐竹氏勢力を追放して満幹の末子(甥とも)である頼幹が当主に擁立された。ところが、享徳の乱が発生してかつての満幹の養子であった千葉康胤が千葉氏宗家に反旗を翻すと、頼幹(妙充)は宗家当主の千葉胤直を救うべく出兵するが享徳4年(1455年)に康胤によって討たれてしまう(『本土寺過去帳』)。頼幹の後を継いだ清幹はその後も室町幕府の意向を受けて古河公方足利成氏と戦い、勢力の回復に努めた。
南北朝時代に入ると、大掾高幹は中先代の乱では北条時行に、その後は宮方につき、楠木正家が瓜連城に入るとこれに助力する。建武3年(1336年)に瓜連城は佐竹義篤や高師冬によって攻め落とされる。翌建武4年(1337年)には府中奪取を目指す武家方に攻められ、小田治久と協力してこれを撃退した。しかし、翌建武5年(1338年)には武家方に投降し、小田治久を攻める。
その後、大掾氏は義詮、基氏と鎌倉府に仕える(大掾文幹が義詮より偏諱を賜って大掾詮国と改名している)。高幹は観応の擾乱では足利直義を支持したため窮地に陥ったが、基氏の信任を受けて勢力を回復させた。しかし高幹・詮国父子が相次いで没すると、鎌倉府による守護への所務遵行権の集中政策や庶子家の奉公衆取り立て政策の影響を受けて衰退していくことになる。
また、13世紀に入ると中央から国衙への目代派遣は行われなくなり、それまで在庁官人の中核的存在であった百済氏系税所氏も力を失い、大掾氏と血縁関係を結ぶことで常陸平氏の一族化していくことになる(平氏系税所氏の発生)。
ここで注目されるのは、大掾氏は御家人・地頭でありながら、守護の地位には就かなかったことである。守護ではなかった大掾氏は国衙をその勢力基盤とすることになり、朝廷支配の象徴であった国衙や公領、一宮(鹿島神宮)の祭礼への関与の慣例などが他の国々に比べて長く温存される結果になった(国衙文書の下限は室町時代の嘉吉2年(1442年))。一方、常陸守護の地位は鎌倉時代には小田氏が、室町時代には佐竹氏が就いていたが、彼らの国内掌握において大掾氏の存在が障害となった。小田氏は国衙の掌握を目指して大掾氏と度々激しい対立を起こし、佐竹氏も後述のように大掾氏の取り込みを図ることになる。
鎌倉時代後期、大掾孝幹が亡くなると、有力な御内人である工藤高光が大掾氏の家督に介入して自らの外孫にあたる時幹(孝幹の孫)を大掾氏の家督につけたことから内紛に発展している。