日本の儒教
南宋の朱熹によってはじめられた朱子学は、日本では宋学と称され、日本へは1199年(正治元年)に入宋した俊芿が儒教の典籍250巻を持ち帰ったのが始まりとされる。以来、渡宋した円爾弁円や中巌円月らの禅僧や元の侵攻を避け、南宋から渡ってきた知識人によって広められ、1299年(正安元年)、元より来日した一山一寧がもたらした注釈によって学理が完成されたといわれる。14世紀に入ってあらわれた天台宗の僧玄恵は朱子学に通じ、後醍醐天皇の側近として仕えたともいわれる。
南北朝時代から室町時代にかけては、京都五山や鎌倉五山など主として臨済宗の禅宗寺院において儒学が研究された。また、15世紀前半、上杉憲実によって再興された下野国の足利学校でも儒学の講義がおこなわれた。
15世紀後半の応仁・文明の乱により京都が荒廃したため、公家や僧侶などの文化人は地方へ下り、各地の大名や有力武士をたよるようになったため、儒学者も地方に拡散した。桂庵玄樹は周防の大内氏や肥後の菊池氏、薩摩の島津氏などに儒学を講じ、薩南学派の基礎をきずいた。土佐の南村梅軒は朱子学を講じ、南学(海南学派)を開いた。南学は、近世以降、京都を中心とする京学と並び、儒学の一学派をかたちづくった。
山鹿素行(1622年 - 1685年)
儒教は、堯、舜の行いに従い、文王武王の法令を信奉し、孔子を尊び、其の言を重んじ、夏・殷・周三代の礼制を踏襲している思想体系で、紀元前の中国に興る。
日本では儒教は学問(儒学)として受容され、国家統治の経世済民思想や帝王学的な受容をされたため、神道、仏教に比べて、宗教として意識されることは少ない。なお中国では儒教は「名教」「礼教」「孔教」「孔子教」という呼称があり、宗教として認知されることが多い。
また、1724年(享保9年)には、大坂の豪商たちは共同して学問所「懐徳堂」を設立し、初代の学主として三宅石庵が迎えられ、朱子学に混交した陽明学が教えられた。後に、この系列から中井竹山、中井履軒、富永仲基、山片蟠桃、佐藤一斎らが輩出される。このように朱子学に加え陽明学が地歩を固める中、『伝習録』等を通じ、幕末における維新思想をはじめとした各種の運動(大塩平八郎、吉田松陰、高杉晋作、西郷隆盛、河井継之助、佐久間象山、山田方谷 等) に影響を与えた。陽明学研究は江戸期を通じ進み、中国本土での清末における陽明学再評価時には、ほとんど忘れられていた陽明学左派李卓吾の『焚書』や『蔵書』が逆輸出されるほどであった。
その他、儒教と仏教が分離する一方、山崎闇斎によって神儒一致が唱えられ、垂加神道などの儒教神道が生まれた。朱子学を批判的に摂取する貝原益軒なども現れた。日本の儒教の大きな特色として、朱子学や陽明学などの後世の解釈によらず、論語などの経典を直接実証的に研究する聖学(古学)、古義学、古文辞学などの古学が、それぞれ山鹿素行、伊藤仁斎、荻生徂徠によって始められた。
特に山鹿素行は朱子学を批判して幕府から処罰された。彼は古学という独自の学問体系を確立し、寛文5年(1665年)、天地からなる自然は、人間の意識から独立した存在であり、一定の法則性をもって自己運動していると考えた。この考えは、門人によって纏められ山鹿流として継承される。