東京独立雑誌
1900年(明治33年)7月5日の第72号で突如廃刊され、東京独立雑誌社は解散した。その理由は、内村が校長を兼任していた女子独立学校の問題が原因で、佐伯ら社員と対立したことが原因であると言われる。
内村は東京独立雑誌の最終号に新雑誌の広告を掲載し、1900年10月に『聖書之研究』を創刊した。『聖書之研究』は内村が1930年(昭和5年)に死去するまで30年間刊行された。
一方、内村と対立した旧社員たちは、雑誌『東京論評』を創刊した。その初号には「東京独立雑誌社分裂について」という記事が付録で掲載された。