熊本鉄道事業部
キハ47・147形の運用区間はキハ47 8087・8159・9051・9082の4両が鹿児島本線・肥薩線(熊本 - 八代 - 人吉 - 吉松間。ただし、8087と9051は熊本 - 人吉間のみ)の限定運用となっている。その他の車両は豊肥本線(熊本 - 豊後竹田間)・三角線(全線)の普通列車で運用されている。
キハ200形 0・1000番台 (13+1013, 14+1014) の2両編成2本と、100・1100番台 (101+1101, 102+1102) の2両編成2本、計8両が配置されている。豊肥本線(熊本 - 宮地間)・三角線(全線)の普通列車で運用されている。 14+1014は2021年3月13日付で佐世保車両センターから転属しており、ハウステンボス塗装である。
キハ220形 200番台の4両 (206 - 209) と1100番台の1両 (1102) の計5両が配置されている。鹿児島本線(熊本 - 八代間)・肥薩線(八代 - 人吉 - 吉松間)・豊肥本線(熊本 - 宮地間)の普通列車で運用されている。 1102は指宿枕崎線の快速「なのはなDX」仕様に改造されて鹿児島に所属していた車両で、2011年3月のダイヤ改正後に営業運転終了となり、同年6月4日から6日にかけて小倉総合車両センターへ回送され、再改造を経て同年10月1日付で当センターへ転属配置されている。 2021年3月13日付で207・208の2両が佐世保から転属してきたが、更にその後2022年9月23日にダイヤ改正が行われ、その際に大分から206・209が転属してきている。。