加古川線
2022年4月現在、全線を通して運転される列車は1往復のみで、厄神駅・西脇市駅で運転系統が分かれている。ただし、全線を直通する列車も西脇市駅で列車番号が変わる。全列車が全線でワンマン運転を行っている。全列車ともドアは半自動となっている。
加古川駅 - 西脇市駅間の列車が1時間に1本、加古川駅 - 厄神駅間の列車が日中の閑散時間帯を除いて1時間に1本、西脇市駅 - 谷川駅間の列車が2 - 3時間に1本運行されている。平日朝夕の通勤時間帯は加古川駅 - 粟生駅間の区間列車も設定されている。
列車交換は、主に神野駅・粟生駅で実施されるが、運行本数の多い時間帯では厄神駅・社町駅などでも行われる。
2010年度までは4・8・12月以外の第4土曜日に保守工事のため厄神駅 - 谷川駅間で日中の列車が運休していたが、2011年度からは日中の運休時間帯を設けなくなった。その反面、保守労力軽減のため、狭隘な箇所は25 km/hの速度制限が、日本へそ公園駅 - 黒田庄駅間などで実施されている。
年に数回、貸切列車として車内で生バンド演奏に合わせて童謡や唱歌などを乗客が合唱する「歌声列車」が運転されている。