ゴジラアイランド
ゴジラアイランドでは、対獣レーザー砲の訓練が行われていた。しかし、司令官の指示が出てもレーザー砲は光線を発射しない。その原因はルーカスだった。ルーカスは、老朽化がたたってコンピューターに異常が出てしまったのだ。
一方ランデスは、地球政府からの届け物に偽装してキャメロンをGガード基地に送り込んだ。ランデスとキャメロンはわざとバトラを送り込んで撤退させるなどの自作自演で司令官の信頼度を上げ、司令官は調子の悪いルーカスよりも、性能の良いキャメロンを気に入ってしまう。
その様子に危機感を覚えたルーカスは、ミサトに自分の改造を頼む。だが、ルーカスのAIは掃除機用のコンピュータを改造したものであることが判明し、ショックを受けたルーカスは基地を飛び出してしまった。その時、スイカを海で冷やしていたランデスがヴァバルーダで飛来し、スイカと間違えてルーカスをトラクタービームで回収してしまう。
自暴自棄になったルーカスはランデスに自らを壊してくれと懇願するが、ランデスはそれをなだめると、基地に潜入しているキャメロンの映像をルーカスに見せる。キャメロンがランデスの部下であることに気付いたルーカスは騒ぎ始めるが、ランデスの電撃にコンピュータをショートさせられ、ヴァバルーダのゴミ捨て場に捨てられてしまう。
遂に作戦を開始したキャメロンは、手始めに対獣レーザー砲に細工。レーザー砲は怪獣たちを攻撃し始めた。
ミサトは研究室でドロリンを分析するが、埒が明かない。焦ったルーカスはミサトにゴジラを呼んでくるよう頼むが、忙しくて手が離せない。そこに都合よく、Gガードストアのナオが登場。彼女を見たルーカスは、強引にモゲラに乗せ、ゴジラへの伝言を頼む。
泣きながらもゴジラのいる場所に辿り着き、基地を助けるよう伝えるナオ。ゴジラはドロリンを攻撃するが、倒しても砕け散るドロリンに苦戦を強いられる。そこに助太刀したのはガイガンだった。そしてドロリンの分析も完了する。
ドロリンが砕けても再生するのは、ドロリンの本体である光の玉が土を集めているからだった。これを突き止めたミサトは、消防ジェットジャガーに乗り込み、ドロリンに放水。結果、ドロリンは溶け、逃げようとする光の玉もガイガンに破壊された。
「お主を倒すのは拙者だ」と捨て台詞を残して、ガイガンはいずこかへ飛び去っていく。
トレマは怪獣病院の保育施設を出た「ジュニア」というゴジラの息子の存在を知る。すぐにジュニアと仲良くなるトレマ。しかしジュニアをザグレスが発見し、メガロを使って誘拐してしまう。
ジュニアが誘拐されたのは、隣島の「マタンゴ島」で、奥の砦のような場所に監禁されていた。48時間以内の撤退を迫るザグレス。トレマはパンナトルテで閉じ込められた檻ごとジュニアを運び出す作戦を強行するが、あと一歩のところでバトラに阻まれてしまう。
怒ったザグレスは、砦の防御に赤外線自動砲を設置。これは、怪獣でもロボットでも熱を持った物体が近づけばたちまちに攻撃する強力な武器である。何としてもジュニアを救い出したいゴジラは、無謀とも言える強行突破を図るが、失敗に終わり、危機一髪のところをラドンに救出された。
その姿を見た司令官は、撤退して白旗を上げることを決意。だが、トレマとモスラが作戦を立案し、再びジュニア救出作戦が始まる。その作戦とは、モスラの燐粉で自動砲の赤外線センサーを狂わせることだった。
トレマはモゲラでメガロを倒し、バトラもラドンに倒される。そしてゴジラの熱線が自動砲を破壊し、作戦は見事成功した。
ザグレスは、切り札デストロイアを送り込み、怪獣たちに立ち向かわせたが、これも撃滅に成功。事態は終息を迎える。
Gガード基地内にある売店「Gガードストア」の店員。16歳。第2シーズンから出演。
作戦室でみんなが緊張しているところによく注文を取りに来て司令官の顰蹙を買うが、デリバリーサービスで危険な戦地にもいろいろな物を届ける。ミサトを姉のように慕っている。ルーカスにゴジラへの伝言を頼まれ、モゲラに乗せられて以来、何度かモゲラに乗っている。
キングシーサーが管理している神社。魔除けのお守りなどが置いており、ゴジラをスペースゴジラの悪霊から解き放った。後に暗黒大皇帝によって放火される。
度重なる敗戦で赤字財政のX星地球攻撃隊。膨れ上がった借金に苦しむザグレスは、怪獣自動販売機でグレードBのメカキングギドラを購入し、ゴジラアイランドに送り込んだ。
メカギドラはゴジラの前に着地するが、全く攻撃してこない。お互い動かない姿を見て、司令官とルーカスはガイガン戦を思い出すが、勝負はゴジラの一突きであっけなく終了してしまう。
トレマがX線やマイクロウェーブでメカギドラの体内をスキャンしてみたところ、電子頭脳やそれに相当するパーツが存在しなかった。ザグレスもこれを怪しみ、怪獣自動販売機のメーカーに問い合わせたところ、電子頭脳が別売りであることが判明。焦ったザグレスはメカギドラを取り返そうとヴァバルーダを発進させるが、燃料切れでエンストを起こしてしまう。その隙に、司令官がメカギドラに乗り込み、トレマのパンナトルテと共に攻め込んできた。
ここぞとばかりに光線を連発し、ヴァバルーダを攻撃する司令官。たちまちヴァバルーダは行動不能に陥る。だが、突如メカギドラに隕石が衝突した。バランスを崩したメカギドラを、トラクタービームで回収するザグレス。司令官は捕虜となり、トレマも一時撤退を余儀なくされる。
そしてザグレスの前に、暗黒大皇帝が現われた。先の隕石は、彼が送り込んだものだという。暗黒大皇帝は司令官に催眠術をかけるよう進言する。