ニンジャスレイヤー
声 - 小西克幸
イッキ・ウチコワシの書記長。背中に「一揆」「打毀」と書かれた2本の旗を背負う。
その正体は謎に包まれているが、フェイタルによると、ニンジャではないらしい。
声 - 中田譲治
黒いスーツに天狗の面という出で立ちで、ニンジャスレイヤー誕生以前からソウカイヤと戦い続けてきた孤高のニンジャハンター。決め台詞は「ブッダエイメン!」。原作において数少ない、ニンジャと正面から戦闘して勝利したモータルである。
改造手術で強化しているとはいえ身体能力はニンジャに劣り、基本的にはニンジャの習性を逆手に取った奇襲が中心であるが、LAN直結で引き金を制御する二丁のオートマチック拳銃「リデンプション」と「アブソリューション」による圧倒的な火力と、背負ったジェットパックによる高速立体機動で下級ニンジャ程度なら互角に戦い撃破することができる。
その正体は謎に包まれているが、自分がニンジャソウルを現代に解放してしまったと語っており、全てのニンジャソウルを地獄に送り返す事を「贖罪の聖戦」と語り、自身は「神々の使者」「贖罪の天使」と名乗っている。このような異常な信念の一方で、ニンジャとは距離を取って銃撃戦に徹したり格上と判断した場合は戦闘を避ける、戦闘以外でも助けた人間に「聖戦のためのドネート(寄付)」を要求することで活動資金を確保したり、盗聴器を仕掛けて情報源とするなど、極めて合理的な一面もある。
漆黒の装束と竜頭型のメンポを装着したニンジャ。バイオサイバネ手術により爬虫類を思わせる口に改造しているが、極端な性格が多い「シテンノ」の中では常識的な性格。
状況分析に優れ、素手のカラテだけでなく武器術の力量も高い。シャウトは「シテンノ!」。
自在に操作できる黒い霧を放つユニーク・ジツを持つが、目くらましの一種に過ぎないと自覚しており、強力なユニーク・ジツをもつレイジをアプレンティスとして迎え、彼のメンターとして指導している。
作中で交わされる言葉・文字は、現実の日本とずれた意味合いで使われるものが数多く登場する。以下はその例である。 ドーモ ニンジャが使うアイサツとして前述されているが、モータルも使用する。 オタッシャデー 別れのアイサツだが、治りようがない病気の患者に余命を伝えるときに使う「オタッシャ重点」という言葉もある。基本的には、もう一度会う予定の相手に対する別れのアイサツであり、これに対し「サヨナラ」は、ニンジャの死に際など、二度と会うことのない相手へのアイサツとして用いられる。 サヨナラ! ニンジャが致命傷を負い、ニンジャソウルが爆発四散する直前に言うアイサツ。 ユウジョウ! サラリマンや学生同士が、お互いの労苦を称えるためにかけ合うアイサツ。ニンジャのアイサツ同様、非常に重要なものとされている。 ヤクザスラング ヤクザが威嚇や攻撃する際に叫ぶ定型句。クローンヤクザやヤクザだったニンジャなども使う。代表的な句は「ザッケンナコラー!」や「スッゾコラー!」など。中には「チャルワレッケオラー!」のような元の意味が不明なスラングもある。 インガオホー 「因果応報」の意。失敗などによって登場人物が死んだ場合、地の文で感嘆詞のように使われたり、登場人物が失敗を振り返って自嘲気味に呟いたりする。 ゴウランガ!(Gouranga!) 登場人物が劇的な活躍を見せたり、絶体絶命の危機から立ち直った際などに地の文で使われる。 本来は1966年にアメリカで誕生した宗教団体ハレ・クシュリナ教団の呪文で、これを唱えることで幸福が訪れるとされる。アメリカでは信徒らによって道路や商店のシャッターなどにステッカーが多数貼られた他、ヒッピー文化と共にイギリスなどにも伝播した。
ザイバツのマスター位階に就く双子のニンジャ。
兄弟が力を合わせる事で離れた空間を繋ぐ「ポータル・ジツ」を使い、それぞれが有事に備えキョートとネオサイタマに待機している。
劇中でのスシは、魚粉末と調味料のペーストをネタとする大量生産された食品であり、登場人物がよく口にしている。
基本的には「スシ・バー」と呼ばれる店舗で提供され、回転寿司に近い有人店の「回転スシ・バー」や、人と顔を合わせずに食事が出来る「無人スシ・バー」など、店側もニーズに合わせて細分化されている。
現実の寿司に近いものは「オーガニック・スシ」と呼ばれ、高級食品とされており、ラオモト・カンなどの富裕層しか口にできない。
非常にエネルギー効率のいい食料であるとされ、ニンジャの持つニンジャ回復力を最大限に高める効果を持つため、しばしばニンジャスレイヤーは連戦中やその合間にスシを確保し食べる事がある。
ネタは卵やマグロの他、ナチョ・スシのような創作寿司もあり、ネオサイタマとキョートでも違いがある。
他にもエピソードの投稿途中に長時間途切れる際には、「スシが切れたので更新停止」などと翻訳チームのアナウンスが入ることもある。
声 - 宮下栄治
ソウカイヤのネットセキュリティを担当するハッカーニンジャ。
カラテには優れないが驚異的タイピング能力により電脳戦は敵無し。数々のLAN直結者のニューロンを破壊し廃人に追いやってきた。
自身に匹敵するハッキング能力を持つナンシーを「電子のヨメ」と呼びしつこく追い掛け回す。
平安時代に生きたニンジャ達が、何らかの原因によりキンカク・テンプルにてハラキリ・リチュアルを敢行して自害し、魂と化した(アセンション)状態。現代に出現したニンジャソウルが、人間に憑依(ディセンション)する事でその者をニンジャへと変える。
憑依後に自我を保つニンジャソウルはごくわずかであり、最初のインストラクションを終えた後は自我を失う場合がほとんどである。
憑依には何らかの選定基準があるのか、無差別なのかは不明。瀕死の老人にニンジャが憑依し、結局死亡してしまうなどの事例も起きている。分かっている事は「ニンジャソウルは同性にしか憑依しない」ということであり、現代の憑依者に男性が多いのはこのためである。またニンジャソウルが憑依すれば、人間だけでなく犬や猿、あまつさえ死体であってもニンジャになれる。
基本的にレッサーよりもグレーター、グレーターよりもアーチ・ニンジャのソウル憑依者の方が強い力を持つとされるが、カラテの練磨や戦闘経験の多寡・人生経験など憑依された本人の資質にも影響されるため、絶対的な基準ではない。その場のソウルの残量はヨロシサンのニンジャソウル測定器によって数値化できる(単位はカラテ)。
憑依者が死ぬ際は、「サヨナラ!」(Sayonara!)のアイサツと共に体内に宿るニンジャソウルのパワーが暴走し、肉体を爆発四散 せしめて最期を迎える(ただし徐々に消耗した場合爆発四散しないことがあるほか、爆発四散すら許されずに殺されたニンジャも存在する)。
アマクダリ・セクトのアクシスを束ねる「12人」の一人。
ネオサイタマの警備保障会社上位3社の筆頭株主およびネオサイタマ格闘技振興連盟会長にして、古代ローマカラテの筆頭伝承者で圧倒的カラテの持ち主。
声 - 水谷優子
リー・アラキの助手であり、愛人。自身も優秀な研究者である。
髪はボブカットでオレンジ色。劇中ではシリコンによる豊胸と明言された唯一の人物。
リー・アラキに惹かれており、胸元を強調した白衣でたびたびアプローチをかける。
ニンジャ名鑑によれば、リー先生の49番目の被検体となったのが彼女であり、最後の、そして最高の作品だったとされる。第3部で致命傷を負い、リー先生の手でアンデッド・ニンジャとなった経緯を持つ。
アンデッド・ニンジャと化してなお生前の容姿を保つが実体は無く、触れた者からカラテを吸収するカラテドレインが発動してしまうため彼女自身もリー先生に触れられない。この実体のない存在とは別に「巨大な死肉と触手と目玉の塊」と表される物理的な肉体が存在しており、ツキジ下層部全域に潜んでいる。捕らえた生物をゾンビー化させる能力も有しているらしい他に、UNIXに干渉し操る能力も秘めているようで、誕生の瞬間にダンジョン内に居合わせたユカノとエーリアスはただならぬ気配に戦慄している。
憑依しているソウルは「ヨミ・ニンジャ」のものに加え、イカ・ニンジャ・クランの上位ニンジャソウルも半ば事故のような形で憑依させている。
アマクダリ・セクトのアクシスを束ねる「12人」の一人。
表向きはネオサイタマ知事サキハシの私設秘書として行動しているが、裏ではチバの参謀役として実質的にアマクダリを牛耳っている。紳士的な口調ではあるが、モータルを見下している。
政治手腕だけでなく、憑依した「ゼウス・ニンジャ」 の電撃を操るユニーク・ジツ「デン・ジツ」も強力。
度重なるバイオニンジャの暴走、脱走を問題視されたヨロシサン製薬が、社運を賭けて開発したバイオニンジャ。
人造筋肉由来の優れたカラテと、ヨロシサン製薬が作り出したバイオ生物を服従させるヨロシ・ジツを使う。支配する者として生まれヨロシサンのCEOとなる野心を持つ。
声 - 中尾隆聖(両方)
ダークニンジャの前に現れた所属不明の謎の2人のニンジャ。獅子舞めいた外見をした巨体を持ち、丁寧な口調で喋る。手の銃口から痺れ薬が塗られた手裏剣を大量に出し、瞬時的に別の場所に瞬間移動することも可能。
伝説の私立探偵。ガンドーにとっては探偵業とピストルカラテの師匠。
劇中では既に故人であり、回想にのみ登場する。ガンドーによれば「シリアスになり過ぎて死んだ」とのこと。
ガンドーより背は低く痩せており、ストライプが入ったレトロなスーツと目元が隠れる帽子を身につけている。
原題は「Kyoto: Hell on earth」
ソウカイヤの壊滅直後、ザイバツ・シャドーギルドなる組織の襲撃によってネオサイタマは炎上した。妻子を奪ったのはソウカイヤとザイバツによる抗争が原因だと知ったフジキドは、ザイバツの本拠地キョート・リバプリックへと向かい、ナンシーから紹介された探偵タカギ・ガンドーと共にザイバツとの戦いを開始する。しかしラオモトとの死闘でナラク・ニンジャのソウルは休眠状態に陥っているため、ニンジャスレイヤーはザイバツ・グランドマスターたちを相手にこれまで以上の苦戦を強いられる。
紆余曲折の末、古の三種の神器を揃えたザイバツ首領にしてショーグン・オーバーロードの末裔、ロード・オブ・ザイバツの手により古代遺跡キョート城が浮上し、モータル生命の無差別吸収が始まった。さらにはオムラ社の決戦兵器モーターツヨシと合体したネブカドネザルの襲来、格差社会に反発したアンダーガイオン市民の暴動、無軌道ニンジャ・デスドレインによる無差別虐殺、そして密かに刃を研ぎすませていたダークニンジャとザイバツ・シテンノの謀反が重なり、キョートは生き地獄へと転じた。マッポー・アポカリプスが訪れる中、ニンジャスレイヤーはロードの首を狙い、ユカノを救うため、戦いの中で知遇を得た仲間と共にキョート城へと挑む。