NHKスペシャル
取材地であるヒマラヤ山脈・ムスタン王国の気候の厳しさを過剰に表現するため、スタッフに高山病にかかった演技をさせる、馬や少年僧が死んだ事にする、流砂や落石を人為的に発生させるなどのやらせや、企業の協賛がNHK法で規制されているのにもかかわらず、日産自動車から多額の協賛を受けたことが朝日新聞のスクープによって大きな社会問題となった。この問題では、NHKで初めてとなる訂正番組の放送と川口幹夫NHK会長の謝罪が行われた。しかし、当時NHKスペシャルのディレクターを務めていた池田信夫によると、担当ディレクターは「あれで辞めるなら、あなたの作った昔の番組はどうなのか」と開き直り、辞職しなかったという。
キャスターは大越健介(アナウンサー)、コメンテーターは鴨志田郷が担当。この影響で、『ファミリーヒストリー』の放送が延期された。
2016年 3月26日 - 「欧州緊迫 ベルギー連続テロ事件」 3月22日にベルギー連続テロ事件が発生し、急遽制作された。 4月16日 - 「緊急報告 熊本地震『震度7 活断層の脅威』」 4月14日に熊本地震が発生し、急遽制作された。キャスターは武田真一(アナウンサー・熊本県出身)が担当。
2017年 5月21日 - 「発達障害 〜解明される未知の世界〜」 発達障害プロジェクトの第1弾。当事者の感覚・認知の世界を映像化した。司会は『あさイチ』の井ノ原快彦と有働由美子が担当。 7月9日 - 「九州北部 記録的豪雨はなぜ」 九州北部の記録的豪雨を受けて急遽制作された。キャスターは阿部渉(アナウンサー)、コメンテーターは島川英介(社会部担当記者)、片田敏孝(東京大学大学院情報学環特任教授)が担当。
2022年 7月9日 - 「緊急報告・安倍元首相銃撃の衝撃」 前日(7月8日)に発生した元総理大臣である安倍晋三の銃撃事件を受けて急遽制作することを8日に発表した。
2023年 9月17日 - 「“強者のラグビー”へ ワールドカップ日本代表」 9月18日4時(日本時間)にキックオフのラグビーワールドカップ2023「日本vs.イングランド」の事前番組。この日は生放送を実施した。
2014年1月科学誌『ネイチャー』に掲載された小保方晴子、若山照彦、チャールズ・バカンティらによるSTAP細胞(刺激惹起性多能性獲得細胞)に関する論文の発表から撤回に至るまでの一連の騒動について検証した特集を放送した。この放送に対し小保方は、「ES細胞を『盗み』、それを混入させた細胞を用いて実験を行っていたと断定的なイメージの下で作られたもので、極めて大きな人権侵害があった」などと訴え、放送倫理・番組向上機構(BPO)に申立書を提出。その訴えに、放送倫理・番組向上機構は番組内に「場面転換のわかりやすさや場面ごとの趣旨の明確化などへの配慮を欠いたという編集上の問題があった」とし「そのような編集の結果、一般視聴者に対して、単なるES細胞混入疑惑の指摘を超えて」若山研究室の「元留学生作製の細胞を申立人が何らかの不正行為により入手し、これを混入してSTAP細胞を作製した疑惑があると指摘したと受け取られる内容となってしまっている。」として「これについては真実性・相当性が認められず、名誉毀損の人権侵害が認められる。」として、再発防止に努めるよう日本放送協会に勧告した。
人権侵害による勧告は、放送と人権等権利に関する委員会の判断としては最も重い。
2011年から土曜日19:30 - 22:15に2本の単発枠(原則75分)が編成されることになった。このうち『ワンダー×ワンダー』は年4回程度季節ごとに前半枠(19:30 - 20:45)の特番として放送していたが、同年12月24日を以て放送終了。『追跡 - 』は事実上終了し、日曜の定時枠のほか、主に土曜日21:00 - 22:15(まれに19:30 - 20:45も)の特番枠など随時編成し、鎌田もその進行役で出演する。同年12月に、タイトルを「追跡!真相ファイル」とリニューアルして不定期放送ながら再スタートした。この単発枠は事実上2013年3月に終了となったが、2013年4月以後の改編では、随時「土曜ドラマ」と交互(基本的に前の作品と次の作品の谷間の週 基本21:00 - 22:00だが、作品により21:50まで)で放送されていたが、2015年4月から「土曜ドラマ」を土曜日22:00 - 22:45に繰り下げることになったため、当番組は土曜日21:00 - 21:50に毎週放送されることになったが、2016年度は23時台を単発番組枠(NHK番組たまごの開発枠)とするための兼ね合いから、随時『土曜ドラマ』(基本21:00 - 22:15、作品の尺により- 21:50)と交互に入れ替えて放送することになり、レギュラー放送は日曜のみに戻ることになった。