RUNX1
Runx1はp53様転写因子(p53-like transcription factors)の1つで、ショウジョウバエで性分化や神経発生に関わっているRuntのホモログであり、DNAに結合する部分はRunt homologyドメイン(RHD)と呼ばれる。ヘテロ二量体を構成するCBFβはDNAに直接作用せず、Runx1と相互作用することで、アロステリックに調節している。RunxのアイソフォームはRunx1のほかにRunx2とRunx3があるが、RHDに関しては90%以上の相同性があり、同じような仕組みでDNAに結合していると考えられている。Runx1が認識するDNA配列は(5') Py-G-Py-G-G-T-Py (3')(Pyにはピリミジン塩基すなわちCまたはTがくる)であるが、X線結晶構造解析により特にその配列の中のG(グアノシン)3つが重要であり、それぞれ3つアルギニン(R)を介してRunx1と相互作用していることがわかっている。