固相合成法
そしてビルディングブロックがビーズに連結させたものが合成の出発物質となる。それは保護されたビルディングブロックの溶液をビーズに加え攪拌する。ビーズとビルディングブロックとの反応が完了したら、溶液を振り切り、ビーズを洗浄する。そして保護基が除去されたら上の反応ステップをにもどり繰り返す。すべての合成ステップが完了したら、合成された化合物をビーズから切り離す。
もし、ビルディングブロックに二つ以上の化合物が含まれている場合、固相合成法ではビーズ上のビルディングブロックの脱保護の前段階で次のステップが追加される。ビーズ上に官能基が残存しており、それが脱保護に反応しない場合は第三の保護基を導入することで次の脱保護条件で保護されるようにする。またこの段階で導入したビルディングブロックが欠けているものが副生成物にならないようにこの段階を完結させる。付け加えるならば、このステップを付け加えることでビーズから解離させた後の生成物の精製が容易になる。