さいたま新都心駅
乗り入れている路線は、線路名称上は東北本線1路線のみである(詳細は路線記事および「鉄道路線の名称」を参照)が、当駅には電車線を走る京浜東北線電車、および中距離電車である宇都宮線・高崎線(隣の大宮駅から分岐)の列車が停車し、旅客案内ではそれぞれ別路線として案内されている。なお、宇都宮線・高崎線の列車は列車線で運行される上野駅発着列車と、上野駅・東京駅を経由して東海道線に直通する上野東京ラインが停車する。新宿駅を発着する湘南新宿ラインや武蔵野線直通列車などは、旅客ホームが設置されていない東北貨物線上を経由するため全列車が停車しない。このため、池袋駅・新宿駅・渋谷駅方面へ移動する場合は浦和駅・赤羽駅または田端駅で、湘南新宿ライン・埼京線または山手線への乗り換えが必要となる。
宇都宮線・高崎線:宇都宮線は東京駅 - 尾久駅 - 大宮駅を経て小山駅・宇都宮駅方面を結ぶ東北本線の中距離電車。高崎線は大宮駅から分岐して熊谷駅・高崎駅方面を結ぶ中距離電車。上野駅発着系統と、上野駅・東京駅経由で東海道線に直通する上野東京ライン系統がある。- 駅番号「JU 06」
京浜東北線:東北本線の大宮駅以南で主に各駅停車運転する通勤電車。横浜駅から根岸線への直通運転も実施。 - 駅番号「JK 46」
2021年2月26日に「BECK'S COFFEE SHOP」を展開するJR東日本フーズの新業態カフェ「BECK’S STATIONLOUNGE」が開業している。
京浜東北線は、大宮駅発着のすべての列車が停車する。宇都宮線・高崎線は上野駅を通る普通列車のみの停車で、湘南新宿ライン系統および快速「ラビット」(宇都宮線)・「アーバン」(高崎線)などの速達列車や武蔵野線直通列車は全て通過となる。隣接するさいたまスーパーアリーナで大規模なイベントが開催され多数の来場客がある場合でも、快速の臨時停車は行われていない。2021年まで上野東京ラインの東海道線直通快速「アクティー」は、宇都宮線内は普通列車で運転されるため当駅に停車し、逆に当駅を通過する快速「ラビット」・「アーバン」は、東海道線内は「普通」として運転していた。
当駅は歴史的経緯により、東北貨物線の大宮操車場に隣接している。4番線の西側に、貨物線上り本線、上り待機線3本、中線2本、下り本線、下り待機線4本が並んでおり、ホームからは東北貨物線を通過する湘南新宿ラインの列車や武蔵野線直通列車、出発を待つ貨物列車や回送列車を見ることができる。貨物線は上下本線が離れている上、待機線に囲まれているため、当駅開設から現在まで、貨物線にホームを設ける計画はない。
工事や事故の影響で本来当駅停車の宇都宮線・高崎線(上野東京ライン)が東北貨物線へ臨時で迂回運転をする場合は、普通列車であっても当駅を通過する。また、ごくまれに湘南新宿ライン大宮方面行が川口駅付近のポイントを利用して当駅4番線の線路に迂回(うかい)することがあるが、湘南新宿ラインの列車が本来停車する駅ではないため、普通列車であっても当駅を通過する。
AT LINER・京成バス・国際興業バス・桜交通・西武観光バス・西武バス・東京空港交通・東武バスウエスト・千葉交通が運行する路線が発着する。