モロ紛争
MNLFの打倒と全ての人質救出に成功した後の9月28日にフィリピン政府はザンボアンガ市での軍事作戦の終了を宣言した。
2014年1月24日、フィリピン政府の主任交渉者のMiriam Coronel FererとMILFの主任交渉者であるムラド・エブラヒムは、クアラルンプールで和平協定に署名した。この合意によりフィリピン議会によって承認される法律の下で「バンサモロ」と呼ばれる新たなイスラム教徒自治区創設への道が開かれることになる。政府は2016年までにこの自治区を設立することを目指している。協定は、MILFによる反政府勢力の非活動化と引き換えにフィリピン南部の一部でのイスラム教徒の自治を求めている。MILFの部隊はMILFとフィリピン政府が選んだ第三者に銃器を引き渡した。地域警察が設立され、フィリピン軍は軍隊のプレゼンスを減らし、地域の民間軍の解散を支援した 2014年3月27日、フィリピン政府とモロ・イスラム解放戦線との間でバンサモロに関する包括的協定が締結され和平プロセスが終了した。
ニューヨーク・タイムズは、フィリピンとMILF間の和平協定は「落ち着かない南部に繁栄をもたらし、過激派グループの魅力を弱めようとしている」と主張し、徐々に縮小するアメリカ軍の対テロ作戦と結び付けた。ニューヨーク・タイムズは、アキノが南シナ海で中国に警鐘を鳴らしたことを報じた際にアキノの和平合意を「成果」として歓迎した。