マスチゴアメーバ科
古典的には鞭毛虫亜門動物性鞭毛虫綱根鞭毛虫目に所属していた。分子系統解析に基づきアメーバ動物門アーケアメーバ綱ペロミクサ目(またはマスチゴアメーバ目)の所属となっている。
マスチゴアメーバ科はミトコンドリアを欠き鞭毛を持つアメーバの3属(Mastigamoeba, Mastigina, Mastigella)を含んでいたが、分子系統解析によりMastigella属はペロミクサ科に移され、その一方で鞭毛を持たずエントアメーバ科に属していたEndolimaxとIodamoebaが組み入れられた。Mastigina属は分子情報がなく位置不詳である。したがって現在以下の3属からなるが、系統的にはMastigamoebaの大型種を含む系統Aと、それ以外の系統Bとに大別されており、Mastigamoeba属の整理が必要とされている。
マスチゴアメーバ Mastigamoeba Mastigamoeba balamuthiなど。
Endolimax 小形アメーバ(Endolimax nana)など10種以上知られている。
Iodamoeba ヨードアメーバ(Iodamoeba buetschlii)の他に数種が記載されている。