ザ・スーパー忍
これは、当時セガが家庭用や業務用で『スパイダーマン』のゲームを別途リリースする際、版権元のマーベル・コミック側から版権を取得しアーケード版のプロモーションの一環として本作にも登場する契約が改めて行われたことに由来しており、マーベル側からデザインをよりスパイダーマン寄りにしてほしいという要望が寄せられたと大場はセガとのインタビューの中で話している。 また、この修正版では起動後、セガのロゴの後にスパイダーマンとマーベル社のコピーライト表記が映し出される。
この版は1993年にメガCD用オムニバスソフト『セガクラシック アーケードコレクション』にも海外版『ザ リベンジ オブ シノビ』名で収録されている。
なお、後に他機種でリリースされた版はマーベルとの契約失効によりスパイダーマンが正式に登場出来なくなったため、全身ピンクカラーの別キャラクターとして登場するようになった。これが現時点での最終修正版「バージョン4(仮)」である(他機種版の詳細については、#移植版を参照)。 さらに、パッケージ画像メガドライブ ミニへの収録に際しては、パッケージを模したキーイラストが当時の説明書に掲載された別のものに差し替えられている。