JR支社境
ここでいう「本社直轄」は、本社鉄道事業本部の直轄であることを表している。
函館本線
熱郛駅 - 目名駅(本社直轄エリア内) : 第一白井川トンネルと第二白井川トンネルの間に支社境がある。
室蘭本線
礼文駅 - 大岸駅(本社直轄エリア内) : 新達古武トンネルの東室蘭方出口と大岸駅の間(長万部起点26.4km地点)が支社境。
中央本線
信濃境駅 - 小淵沢駅(八王子支社管内) : 山梨県と長野県の県境の若干東側(172キロポスト付近)が支社境。
小海線
甲斐小泉駅 - 小淵沢駅(八王子支社管内) : 県道11号線との交差付近(小淵沢起点1km地点)を支社境としている。
飯山線
森宮野原駅 - 足滝駅(新潟支社管内) : 長野県と新潟県の県境付近が支社境となっている。
※輸送指令は全線長野支社管轄
奥羽本線
新青森駅 - 津軽新城駅(秋田支社管内)
※輸送指令は青森駅 - 新青森駅間も秋田支社管轄
花輪線
東大館駅 - 大館駅(秋田支社管内)
田沢湖線・秋田新幹線
大地沢信号場 - 志度内信号場(秋田支社管内)
※輸送指令は全線秋田支社管轄
北上線
ゆだ高原駅 - 黒沢駅(秋田支社管内)
東北本線
油島駅 - 石越駅(東北本部管内) : 岩手県と宮城県の県境北側の最初の踏切の付近(東京起点425.0km地点)が支社境。