諫早湾干拓事業
福岡高裁は「2013年12月20日までの開門」を命令し(上告せず2010年12月に判決確定)、長崎地裁は「当面開門しないこと」を命令(2013年11月仮処分命令)した。国は基本的に開門しない方向であったが、菅首相が上告を見送ったことにより、国は相反する司法判断を突き付けられることになった。いずれを優先するか明確な取り決めはなく、その後も裁判が続くことになる。農水省での開門問題の対処は、諫早市への出向経験もあり、2015年から農村振興局長を務めた末松広行が陣頭指揮を執った。
いったんは「水門を開けろ」と判決を下した福岡高裁は逆に、2015年9月の長崎地裁の上告審判決では「漁業被害と、開門しないこととの間に因果関係は認められない」として開門を求める漁業関係者の請求を退けた。また長崎地裁が認めた一部漁業者への賠償も取り消した。この判決を受けて、菅義偉官房長官は、改めて最高裁での統一的判断を速やかに求めていき、国が背負っている相反する義務を解消に努力する方針を示している。
さらに佐賀地裁は2015年3月24日、間接強制決定が奏功せず国が支払う制裁金額が不適当であるとして、漁業者側に支払う間接強制の制裁金を日額90万円(1人当たり日額2万円)に増額することを決定した。これに対し税務署は「民事の制裁金は課税対象である」として納税するように指導した。漁業者代表は「納得できないが一時的に納税することにする。納税の是非を巡っては司法の場で争う」とした。
2019年9月現在で、2014年7月から漁業者に計12億3030万円が支払われている。漁民1人当たり年間730万円の額であるが、原則的に弁護団が管理している。このため漁業者側には、制裁金を受け取れない一方で、年収増による医療費や介護保険料の減額措置が受けられなくなったという不満が強い。制裁金は農水省が漁協に支払っており、年間3億2850万円を概算要求で毎年政府に予算化要求している。
2011年4月19日、長崎県諫早市側の干拓地の入植者や後背地の住民、長崎県農業振興公社ら352の個人と団体が、国を相手に開門の差し止めを求める訴訟を長崎地方裁判所に提訴した。長崎地裁は2013年11月12日、福岡高裁の判決を受けて国が実施しようとしている開門によって、多数の住民が農業漁業の生活基盤を失い重大な影響を受けるとし、開門に向けて作業の差止命令(仮処分)を出した。国側は開門によって漁業環境が改善される可能性があるとしたが、長崎地裁はその可能性は低いと判断し、開門にともなう環境調査についても公共性の程度は高くないとした。2010年までは水門閉鎖と漁業被害との関連を一部認める判決があったが、その後の調査や漁獲高の推移から、水門との因果関係を疑う判断に傾いた。2015年の福岡高等裁判所の判決では、タイラギやアサリ漁で漁獲高が減っていることは認定したが「漁業環境の悪化が、開門しないことに起因するとは立証されていない」として、1審の漁業者16人への計1億1100万円の賠償命令を取り消した。