ハビエル・サネッティ
アルゼンチンの得点を左側に示している
兄のセルヒオ・サネッティもサッカー選手であり、ディフェンダーとしてプレーした。インテルで5シーズンの間チームメイトだったイタリア人のクリスティアーノ・ザネッティとは同姓であるが、血縁関係はない。
1999年12月23日、7年間交際した女性とアルゼンチンで結婚式を挙げた。ふたりの出会いはサネッティが19歳・妻が14歳の時であった。妻の父親は大学教師であり、妻自身はフォトグラファーとして働いている。ふたりはコモ湖の近くに住んでおり、2005年6月11日、第1子となる長女が誕生した。2008年には第2子となる長男が誕生し、2012年5月9日には第3子となる次男が誕生した。
22-23シーズンに於いて、スペイン テルセーラ・ディビシオン(5部相当)のラシン・ムルシアFCに所属するフェデリコ・ダミアン・サネッティ(FW)は甥である。