サンフランシスコにおける人民寺院
これに対して、教団はニュー・ウェスト誌、その広告主、そしてニュー・ウェスト誌のオーナーであるルパート・マードックへの嫌がらせキャンペーンを実施した。ニュー・ウェスト誌は、教団の記事が掲載される前日には、50回の電話と70通の手紙を受け取った。グレース・ストーンとジョイス・ショーの証言を含むキルダフの記事による潜在的な危険性を懸念して、ジョーンズは教団をジョーンズタウンに移転することを決定する様に促した。ジョーンズは脱出の計画を立てるために、4日間トップ補佐官を招集した。
最終稿において、キルダフの記事には、詐欺、暴行、そして拉致の可能性に関する多数の申し立てが含まれていた。この記事が、1977年7月に出版される直前に、モスコーニは長年の同盟者であるデパートチェーン会長に、ニュー・ウェスト誌の友人に電話をして記事の内容について尋ねる様に促した。ジョーンズは、記事の内容を電話を通じて知ったその日のうちに、ガイアナへと移住した。
ジョーンズの移住は急遽行われたが、多くの人民寺院信者の移住はしっかりと準備されていた。移民帰化局(英語: Immigration and Naturalization Service、INS)のサンフランシスコ現地事務所は、ニュー・ウェスト誌の記事が公開される数週間前には、何百ものパスポートの発行要求を受け付けた。
教団がインディアナ州にあった時から焦点を合わせていた、農村部から都市部への取り組みの方向性は、完全に逆転した。サンフランシスコのリベラルでカウンターカルチャー的な拠点は、保守的なインディアナ州と比較して、より教団の掲げる政治的思想をより反映しており、サンフランシスコへ移転することで、ジョーンズと彼の信者達は、自身のイデオロギーを公にするようになった。しかしながら、ジョーンズの心霊治療儀式は、社会主義組織に参加する可能性が低い宗教保守派も引き寄せてしまったため、教団にとっても問題があった。この事情に加え、教団側は人民寺院の主張に反対する部外者たちによる陰謀を危惧しており、新しい入信者たちは慎重に選別された。
ギアリー大通りの施設に新たに入る人々は、建物の内部に自由に入ることが許されなかった。むしろ、彼らは、肥大化した訪問者たちに対して友好的な態度をとりつつ、秘かに尋問をする組織により迎えられ、「疑わしい」存在に対しては、ロビーで無期限に待つように伝えられた。教団は、入会した出席者に対して、集会における反応を監視し、加えてジョーンズの発言を「解説」するためのある種の「通訳者」を割り当てた。もし、参加者が敵対者とならないだろうと見做された場合、5週間の観察が開始され、これは通常、3週間から4週間までに、出席者の中で集会参加者の中で下らない人間をふるいにかけていた。
サンフランシスコでは、ジョーンズは不在中に不利なメディア記事から更にダメージを負うことになった。特にダメージを与えたのは、ジョーンズとの電話インタビューに続いて刊行された1978年2月18日のエクザミナー誌の記事であい、ジョン・ストーンを巡る監護権争いと、ジョンの父親である「憂慮親族」のリーダーのティムが率いるジョーンズタウンの議会調査への圧力について詳しく述べられていた。この記事は、教団の評判に壊滅的な影響を与え、ほとんどの元支持者たちは、彼らが「右翼主義者の復讐」に晒されているという教団の主張を更に疑わしくした。エグザミナー誌の記事はまた、数週間前にティモシー・ストーンからロビー活動を受けたり、手紙を受け取った下院議員のライアンの興味を惹いた。
その翌日である2月19日、ミルクはジョーンズを支持する大統領ジミー・カーターに手紙を書き、ストーン達について声明を発表した。
最終的にサンフランシスコ監督委員会(英語版)の委員になったハーヴェイ・ミルクは、アート・アグノスの対立候補としてカリフォルニア州議会議員に立候補している最中、最初に教団と面識を持った。ジョーンズは、最初ミルク陣営の人物に電話をかけ、当初アグノスの支援をしたことを詫び、ミルクの支援をしたいと申し出た。そして彼は、ボランティアをミルクの選挙運動に供出することで「それを補いたい」と語った。友人であるマイケル・ウォンが最初、ジョーンズのアグノスへの支援について語った時、ミルクは「ああ、糞野郎。私は、やつの手駒たちを連れて行くだろうが、それすらジム・ジョーンズのゲームでしかない」と言い返している。教団信者のシャロン・エイモスは、ミルクの為の教団のビラ配布運動を組織した。エイモスは、3万枚のパンフレットを供給する様に要求し、ミルク陣営は、それらを教団側に届けている。
また、カーターはジョーンズと当時のカリフォルニア州知事のジェリー・ブラウンが話した、教団での夕食会に代表者を送った。ジョーンズとカーター夫人は1977年3月に再び食事をしており、その後に書簡を交換した。一方の書簡では、ジョーンズはフィデル・カストロと最近面会しており、キューバへの支援を要望する物であった。カーターによってホワイトハウスの便箋に手書きで書かれたジョーンズへの返信は、「キューバに対する貴方の書簡は役に立つものだった。近い将来、貴方の提案が実行されることを願っている」というものであった。加えてカーターは、「選挙活動の間、貴方といることは楽しかった。(中略)貴方がすぐにルース(英語版)と会えることを願っている」とも書いていた。
短時間の面会であったが、教団は行政機関のメンバーから称賛を受けた。1976年、モンデールは教団について、「会衆が我が国の主要な社会的、及び立件上の問題に深く関与していることを知ることは、私にとって大きなインスピレーションであった」と述べている"。カーター政権下で保健教育福祉長官を務めるジョセフ・アンソニー・カリファノは、ジョーンズに対して「貴方の人道主義の原則と、個人の自由を保護することへの関心は、人間の尊厳の保護に顕著な貢献を果たした」と語った。