竜巻作戦
連合艦隊側の反応について源田は「若干批判的な空気だった」と回想し、山本は「連合艦隊司令部は(大本営の)計画に同意して、さっそく具体的計画の立案にとりかかることになった」と回想。また山本は、雄作戦実施予定日は6月7日だったと回想している。翌27日、二人はパラオを出発し、マニラと台湾経由で東京に戻った。しかし作戦検討をおこなう間に3月31日の海軍乙事件(連合艦隊司令長官古賀峯一大将行方不明)が生起。混乱のうちに雄作戦案は消滅した。
海軍乙事件以後も特四式内火艇による泊地奇襲作戦は継続され、当初はZ隊作戦と呼称。 続いて龍巻作戦と改称された。 第六艦隊司令部は従来からサイパン島転進を検討していたが、龍巻作戦のためトラック泊地から内地に帰投、特設潜水母艦築紫丸に将旗を掲げた。 4月26日、本作戦について中部太平洋方面艦隊司令長官南雲忠一中将(サイパン島所在)は「情勢に適応しないと」の理由で反対を表明した。5月3日、新編された連合艦隊(司令長官豊田副武大将、参謀長草鹿龍之介中将)は軽巡洋艦大淀に将旗を掲げた。同日、連合艦隊司令部は『竜巻作戦』発動を命じた。
龍巻部隊の攻撃目標は、敵機動部隊の航空母艦または特設航空母艦と下令された。作戦に従事する潜水艦は5隻(伊36、伊38、伊41、伊44、伊53)、このうち伊36以外の4隻は瀬戸内海に集結。5月6日頃より、広島県呉市情島、後に対岸の倉橋島の秘密基地で約800人が実戦訓練を受けた。