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TIFF6.0で導入されたJPEG圧縮については、仕様上の不備が指摘されており、後に発行されたAdobe Photoshop Technical Notesによって大幅な変更が加えられた。この変更では、従来のTIFF6.0でJPEG圧縮のために定義されていたCompression=6および関連タグを廃止し、代わりに新しくCompression=7およびそれに関連するタグが導入されている。これによって様々な問題点がクリアされ実装も容易になったことから徐々にこの形式への移行が進んでいるが、互換性などの問題から従来のCompression=6も引き続き使われている。なおCompression=6ではタグの記述方法が難解なことなどから、TIFF6.0の仕様にさえも準拠せず独自の解釈でエンコード/デコードを行うアプリケーションソフトウェアも少なくない。そのため、JPEG圧縮のTIFFファイルの中には著しく互換性の低いものがある。