コミックボンボン
その後も『トランスフォーマー』『SDガンダム』『ロックマン』『スーパーマリオ』『ゴジラ』などの人気作品を題材とした特集や漫画を連載し、ブームを巻き起こした。また、オリジナル漫画に関しても良作を多く輩出した。特に『SDガンダム BB戦士』シリーズで、『武者七人衆編』後半や、『地上最強編』などの時期の“武者ガンダム”のブレイク時である1991年から3年間は、部数で『コロコロ』を追い抜いていた。
この時期のいずれか数年程度を本誌の黄金期とする読者は多い。具体的にどの年とするかは世代によって分かれるが、「MSVのメディアミックスが行われていた創刊当初」「SDガンダムブームで部数がもっとも多かったと言われる1980年代末期から1990年代前半」「『温泉ガッパドンバ カパランテ伝説』などの対象年齢高めの漫画、『新世紀エヴァンゲリオン』やアメコミ(『ミュータント・タートルズ』、『X-MEN』など)の漫画やフィギュアの記事などマニアックな題材を扱っていた1990年代中盤」などが挙げられる。
1988年 30万部
1989年 50万部
1990年 63万部
1991年 62万部
1992年 60万部
1993年 50万部
1994年 47万部
1995年 48万部
1996年 45万部
1997年 33万部
1998年 30万部
1999年 32万部
2000年 30万部
2003年 22万部
2004年(2003年9月 - 2004年8月) 186,666部
2005年(2004年9月 - 2005年8月) 136,417部
2006年(2005年9月 - 2006年8月) 98,000部
1997年11月号 - 1998年6月号:『パロディギャグ競作 スーパーロボット大戦F』:冬凪れく、渡辺ヒデユキ、よしむらひでお、面仮銀
1997年11月号 - 2007年12月号:『SDガンダムくろにくる くるくる劇場』(途中から『SDガンダムくろにくる』→『SDガンダムフルカラー劇場』に改題):あずま勇輝※休刊後、テレビマガジン増刊「テレまんがヒーローズ」に移籍。
1998年1月号 - 12月号:『超武者ガンダム 天星七人衆』:神田正宏
1998年2月号 - 7月号:『SDガンダム列伝 ガンダム騎士団パワーズ』:ほしの竜一
1998年2月号 - 5月号:『アニメがんばれゴエモン』:こーた
1998年3月号 - 6月号:『スーパーロボット大戦F リアルストーリー』:おーくらやすひろ
1998年3月号 - 7月号:『ザ・キングオブファイターズ京』:夏元雅人
1998年3月号 - 2003年3月号:『新人まんが大賞 募集まんが!』:熊沢智道
1998年4月号 - 8月号:『新機動戦記ガンダムW Endless Waltz』:ときた洸一
1998年4月号 - 9月号:『ポケットファイター』:吉村秀雄
1998年4月号 - 1999年1月号:『ロックマン&フォルテ』:出月こーじ
1998年5月号 - 10月号:『超凄芸ゴマC学園 バトルトップ』:あおきけい
1998年5月号 - 2002年8月号:『特上へろへろくん』:かみやたかひろ
1998年7月号 - 1999年2月号:『ビーストウォーズII』:今木商事
1998年7月号 - 1999年9月号:『メダロッターりんたろう』:藤岡建機
仮面ライダーSD マイティライダーズ(あおきけい) ※完全版では収録されている
ロックマンMANIAX(有賀ヒトシ)※エンターブレイン版「ロックマンMEGAMIX」に一部収録
ロックマン8、ロックマン&フォルテ(出月こーじ)
ロックマンX4(岩本佳浩) ※但し、復刊版で収録とページ増加がされている。
トランスフォーマー ギャラクシーフォース (岩本佳浩) ※第7話から最終話である第9話は未収録。
ベムベムハンターこてんぐテン丸(かぶと虫太郎)
ニンジャじゃ阿仁丸(神矢みのる)
たまごっち関連(きむらひろき他)
ウルトラマン超闘士激伝(瑳川竜、栗原仁)※復刊版では収録されている。
みなさ〜ん!ボンバーマンですヨ!!(佐藤元)
スーパーマリオシリーズ(本山一城)※作者のホームページで発売されているDVD-Rでは収録されている。
秘伝忍法帳(シュガー佐藤)
メカ沢くん(ダイナミック太郎)※1巻発売後まもなく最終回を迎えた。
ロボットポンコッツ豪(タモリはタル)
がんばれドモンくんシリーズ(ときた洸一)
Jキッズ牙(はやさかゆう)
プルーの犬日記(真島ヒロ)※正確には1巻 - 3巻(以下続刊)とされているが、3巻発売後に58 - 60話の3話で終了した。
ウルトラ忍法帖シリーズ(御堂カズヒコ)
元祖! SDガンダム(横井孝二)
ムゲンボーグ(おだひびき) ※本誌連載は「これから最終決戦」という所で終わっており、「単行本3巻で真の最終回を書き下ろす」と書かれたが、結局3巻は出なかった。
2006年1月号から誌面が大判化され、同時に誌面の刷新と連載陣の大幅リニューアルが決行された。ホビー関係の記事を縮小し、講談社の他誌からの作家が急激に増えた。
さらに、同年7月号からはロゴマークが変更され、同時に単行本(コミックスボンボン)の背表紙についていたマスコットキャラの"Bゴン"も"爆弾マーク"に変更された。ただし、一部リニューアル以前から続く作品の単行本や、以前のものと装丁を合わせた『海の大陸NOA』3巻などでは継続してBゴンが用いられた。
増刊に関しては、2006年9月29日にファンタジー専門の『アブラカダブラ』と、2006年10月5日に以前にも発刊していたガンダム専門の『ガンダムマガジン』の2冊を10年ぶりに『ボンボン』増刊として発刊した。
しかし、リニューアル後も部数低迷に歯止めがかからず、発行部数が10万部から5万部にまでに半減した。その後、『デルトラ・クエスト』のヒットにより多少勢いを取り戻し、2007年には同作とテレビアニメ第5シリーズが始まった『ゲゲゲの鬼太郎』を大きくプッシュした。『SDガンダム』は人気が低迷し、『武者番長風雲録』『SDガンダム三国伝』の扱いは前記2作品よりも低いという見方もある。また、読み切りや新連載、『トランスフォーマー ギャラクシーフォース』などのようにアニメ人気があったのにもかかわらず打ち切りとなるような作品なども増えた。雑誌自体の分厚さは当初は大判前より薄いものだったが、紙質の変更と前述の読み切り掲載などにより次第に『月刊少年ガンガン』や『デラックスボンボン』並みの厚さとなった。
2002年2月号 - 2003年3月号:『カードファイトVマスター』:きむら繁
2002年2月号 - 7月号:『携帯電獣テレファング2』:零願雷蔵
2002年3月号 - 2003年5月号:『ウッディケーン』:横内なおき
2002年3月号 - 2003年4月号:『ムゲンボーグ』:おだひびき
2002年4月号 - 6月号:『モンスターズ・インク』:山瀬ひろみ
2002年5月号 - 2003年3月号:『SD頑駄無 武者○伝2』:一式まさと
2002年6月号 - 2007年5月号:『プルーの犬日記』:真島ヒロ
2002年7月号 - 2003年9月号:『マジャイネーション』:渡辺格
2002年7月号 - 2003年3月号:『ロボットポンコッツ豪』:タモリはタル
2002年7月号 - 2005年12月号:『ウルトラ忍法帖 輝』:御童カズヒコ
2002年8月号 - 2003年7月号:『メダロットG』:ほるまりん
2002年9月号 - 2004年8月号:『剣豪伝ルーレットバトラー』:前川たけし
2002年9月号 - 2007年1月号:『へろへろくん めっちゃワールド』:かみやたかひろ
2002年10月号 - 2003年11月号:『アソボット戦記五九 ゴー!ゴー!五九盗賊団』:今木商事、原作:有森丈時、葵ろむ、企画協力:エイベックス
2002年10月号 - 11月号:『リトルバスターQ』:とだ勝之
2002年10月号 - 2003年6月号:『ミスタードリラー』:星和弥
2002年11月号 - 2004年3月号:『真・女神転生 デビルチルドレン ライト&ダーク』:藤異秀明
2002年11月号 - 2003年6月号:『スペースフィッシャーメン』:西村としお
ボンバーマンですヨ!!』:佐藤元
1995年11月号 - 1996年11月号:『がんばれゴエモン きらきら道中〜僕がダンサーになった理由〜』:帯ひろ志
1995年11月号 - 1996年2月号:『それいけカリポテマン』:かみやたかひろ
1996年1月号 - 10月号:『ミュータントタートルズ96』:緒方信
1996年1月号 - 8月号:『ぷよぷよ4コマ ぷよよん』:平野豊
1996年2月号 - 1997年12月号:『コングルGood』:きむらひろき
1996年2月号 - 11月号:『新SDガンダム外伝 鎧闘神戦記』:ほしの竜一
1996年2月号 - 1997年1月号:『大貝獣物語 おもシェルワールド』(途中から『ギャグギャグ 大貝獣物語II』に改題):御童カズヒコ
1996年3月号 - 12月号:『超武者ガンダム 武神輝羅鋼』:神田正宏
1996年3月号 - 1998年11月号:『おきらく忍伝ハンゾー』:山中あきら
1996年5月号 - 1997年2月号:『機動新世紀ガンダムX』:ときた洸一
1996年5月号 - 1998年1月号:『がんばれ!ドモンくん ガンダムパーティ』:ときた洸一
1996年5月号 - 1998年2月号:『ストゼロ百裂ギャグ』:よしむらひでお
1996年6月号 - 8月号:『学校の怪談2』:井上大助
1996年7月号 - 1997年2月号:『江戸川探偵組』:神矢みのる
1996年7月号 - 1998年9月号:『スーパーマリオ64』:本山一城
1996年7月号 - 1998年4月号:『すげすげ凄芸ゴマC学園』:あおきけい