雑菌
雑菌というのは、特定の微生物を話の対象にしたときに、それ以外の菌類、細菌類、あるいはそれに類する微生物を総称して言う呼称である。特に、対象の微生物を扱う場合に邪魔になるものを指して言うことが多い。したがって、何を扱うかによってその対象は異なる。ある細菌を扱う細菌学者にとっては、それ以外の細菌と菌類はすべて雑菌であるし、発酵を扱う業者にとっては、発酵の過程で余計な反応を起こすような微生物がそれに当たる。病理学者にとっては、目指す病気の病原体を探すときに、その周りにいるそれ以外の細菌が雑菌である。一般の人にとっては、事実はともかく、微生物などいてほしくないと感じられれば、あらゆる微生物を雑菌と呼ぶかも知れない。この場合、黴菌という言葉の方が通りがよい。
雑菌という呼称は、生物学上の正確な分類には拠らず、様々な生物種を含む大雑把な区分であるが、対象となる環境によって、所定の生物種が含まれる割合が高くなる一方、海底の熱水鉱床や動物の腸内といったような特殊だったり通常は固有の菌類のみが存在するような環境にある菌はこのようには呼ばれない。
なおこの「雑」であるが、雑草の「雑」と同じで、雑菌という菌は存在しないため非常に曖昧な観念といえる。
納豆菌が酵母よりも旺盛な繁殖力で、蒸した米を養分にしてしまうためである。特に納豆菌だけは、他の菌と違い、熱湯消毒ができない(芽胞を形成するため)。このため杜氏は日本酒を仕込む期間の間、納豆を一切口にしない。なお米が豊作の年には、米の質の関係から、醸造に失敗しやすい事もある。これは豊作の年の米が比較的硬いため、酵母が充分繁殖するのに時間がかかり、その間に雑菌が繁殖してしまうのだという。大正4年(1915年)には、この現象(後に「大正の大腐造」とも呼ばれたという)により日本各地で醸造に失敗、酒造業全体に深刻なダメージを被ったとされている。
※なお低温殺菌法は現在、様々な飲料に利用されている。フランスワイン大腐造事件を契機に低温殺菌法が生まれて後世の食生活を豊かなものにした一方で、皮肉にもはるか昔より優れた低温殺菌法である「火入れ」技法を持っていた日本において昭和23年(1948年)に再発した大腐造は、第二次大戦後の食糧不足も相まって質の悪いアルコール添加酒や三倍醸造酒の普及の契機となり、熱心な日本酒愛好家を嘆かせている。