伏見藩
親藩 - 5万石
豊臣氏滅亡後、伏見城は重要拠点としてみなされなくなった。
元和3年(1617年)の定勝転出後、摂津高槻藩(4万石)藩主の内藤信正が伏見城代に任じられるとともに、摂津国内に加増転封された。
元和5年(1619年)には伏見城の廃城が決定、破却が開始された。伏見城代および在番士は大坂城(それまで大坂城は松平忠明の大坂藩であった)に移動することとなった。内藤信正は元和5年(1619年)7月、初代大坂城代として転出した。元和9年(1623年)に徳川家光が伏見城にて将軍宣下を受けたが、これはまだ破却を免れていた建物に装飾を加えて行われた。
伏見城の「廃城」時期については、元和9年(1623年)、寛永元年(1624年)、寛永2年(1625年)とさまざまな捉え方がある。
伏見廃城に伴う措置として、元和9年(1623年)に遠江国掛川藩主松平定綱(定勝の三男)に淀城の築城が命じられ、淀藩が立藩した(『日本史広辞典』は立藩を寛永2年(1625年)とする)。淀城の築城には伏見城の資材が転用された。伏見城の天守は二条城に移築された。寛永2年(1625年)、伏見城の門番を務めていた2組(春日組と柘植組)も二条城に移転し、二条城御門番組となった。
元和9年12月(1624年1月)、伏見城下には伏見奉行が置かれ、小堀遠州が任ぜられる。寛永9年(1632年)、伏見城南方清水谷にあった奉行所と六地蔵西町の小堀遠江守屋敷を、伏見城西方常磐町の富田信濃守屋敷跡に移転新築。そしてのちの奉行所も幕末までその屋敷に置かれることになる。