内部マケドニア革命組織
幾らかのブルガリア人やマケドニア人の歴史家(ゾラン・トドロフスキ Zoran Todorovski など)は、内部マケドニア革命組織と共産主義者の連帯を恐れたブルガリア政府に影響されたミハイロフを中心とするグループによって殺害が行われたのではないかと疑っている。しかし、いずれの説も、結論となるような決定的な歴史的証拠を欠いている。殺害事件の結果、組織内部での争いが引き起こされ、1913年のオフリド蜂起を率いたペテル・チャウレフや、アレクサンダル・プロトゲロフが殺害されるといった事件が発生した。
この戦間期におけるアレクサンドロフ、後にはミハイロフに率いられた内部マケドニア革命組織は、かつての組織左派への攻撃も行い、かつての内部マケドニア・アドリアノープル革命組織のサンダンスキ派の構成員に対する暗殺にも及んだ。サンダンスキはブルガリア共産党への接近を強めていた。ゴルチェ・ペトロフ(Гьорче Петров、Gjorche Petrov、組織右派の創始者ボリス・サラフォフ、イヴァン・ガルヴァノフらを殺害した人物)が1924年、ウィーンで暗殺された。犯行は後にミハイロフの妻となるメンチャ・カルニチウ(Mencha Karnichiu)によるものであった。このほかにも、ディモ・ハジディモフ(Dimo Hadjidimov)、ゲオルギ・スクリジョフスキ(Georgi Skrizhovski)、アレクサンデル・ブイノフ(Alexander Bujnov)、チュドミル・カンタルジエフ(Chudomir Kantardjiev)など多くの人々は1925年に殺害された。
この間、組織左派は「5月宣言」に基づいた新しい組織を結成した。
連邦主義者の派閥は1908年の青年トルコ人革命を歓迎し、後に人民連邦党(ブルガリア人部門)の一員として政治活動の主流へと加わっていった。サンダンスキやチェルノペエフといったその指導者たちはイスタンブールにおける反革命的な動きを止めるための行進に加わった。一方、かつての中央主義者の派閥はブルガリア人憲法クラブを結成し、人民連邦党と同様にオスマン帝国の選挙に加わって入った。やがて、しかし、青年トルコ人革命の体制は国粋主義的色彩を強め、マケドニアやトラキアにおける非トルコ系民族による民族主義志向に対して圧力を加える道を模索するようになっていった。これに反応した内部マケドニア革命組織の最右翼、および最左翼の指導者たちは1909年、再び武力闘争路線へと舵を切りった。1911年、新しい内部マケドニア革命組織の中央委員会が組織された。そのメンバーはトドル・アレクサンドロフ(Тодор Александров、Todor Alexandrov)、フリスト・チェルノペエフ(Христо Чернопеев、Hristo Chernopeev)、ペタル・チャウレフ(Петар Чаулев、Petar Chaulev)であった。この委員会の目的は組織の再統一を図り、より効果的なトルコ人に対する武力闘争へと向けることであった。
1903年のイリンデン蜂起の失敗は、セレス(Seres)およびストルミツァ(Strumica)地区の内部マケドニア・アドリアノープル革命組織の左派(連邦主義者)と、サロニカ(後のテッサロニキ)、モナスティル(Monastir)、ユスキュブ(後のスコピエ)地区を中心とする右派(中央主義者)の2派閥に分裂した。左派はブルガリアのナショナリズムに反対し、全ての市民と民族が互いに対等の「バルカン社会主義連邦」の創設を主張した。至上マケドニア・アドリアノープル委員会は1905年に解散したものの、内部マケドニア・アドリアノープル革命組織の右派はますますブルガリアのナショナリズムへの傾倒を強め、他方この地域では1903年以降ギリシャ人やセルビア人の武装集団が浸透をはじめ、増大するその侵入に曝されていた。1905年から1907年にかけて、内部マケドニア・アドリアノープル革命はオスマン帝国軍やギリシャ人、セルビア人の武装勢力との多くの激しい戦闘に見まわれた。そして、1907年にトドル・パニツァ(Todor Panitsa)が右派の活動家ボリス・サラフォフ(Boris Sarafov)およびイヴァン・ガルヴァノフ(Ivan Garvanov)を殺害したことにより、内部マケドニア革命組織の分裂状態は終息を迎えた。
1908年の青年トルコ人革命の後、内部マケドニア・アドリアノープル革命組織の両派閥はともに武器を降ろし、合法闘争へと移行した。