バプテスト教会
バプテストの群れでは、職務として牧師が説教と牧会を担うが、牧師も含めすべての信徒は身分においては平等であるとする万人祭司主義をとる。
特にバプテスト教会の草創期においては、信徒総会で承認さえされれば信徒であっても礼典の執行が行えたり、説教も行えたりできた。このバプテスト教会における信徒の立ち位置については、実質的に牧師が組織の中心となっていたプロテスタント教会の他教派からも批判されることがあったほどで、非常に斬新な取り組みであったことがわかる。当時、バプテスト教会で活躍した信徒指導者は、大学で神学を学んだわけでもなく、職人などの世俗的な仕事を兼ねていることも少なくなかった。そうした指導者の1人がウィリアム・キッフィンで、手工業者から貿易商人を経てパティキュラー・バプテストの牧師・指導者にもなり、1643年頃から亡くなる1701年まで貿易に従事しながらバプテスト教会の牧師として過ごした。
日基教団内に残っている北部バプテスト同盟系の旧日本バプテスト東部組合加盟教会は、日本基督教団内の一グループとして「教団新生会」を結成している。
沖縄県には1891年(明治24年)、現在の米国バプテスト同盟により伝道師として原三千之助と岡本勇とが派遣されて教会や講義所が建設される。これらの建物は、沖縄戦の中で失われている。戦いの後に教会等は再建や新設されて、1955年(昭和30年)には「沖縄バプテスト連盟」が結成される。沖縄バプテスト連盟の発展には米国バプテスト同盟と日本バプテスト同盟の他にも、南部バプテスト連盟や日本バプテスト連盟の支援を受けている。その為に1970年(昭和45年)には、両系列団体の了解を得てどちらにも所属しないことを決議してそれぞれと関係を保ちつつ独立のバプテスト教派グループとして存続している。
これらの流れとは別に、バプテストを称する群れには日本バプテスト・バイブル・フェローシップ等が在る。これは1949年に、米国バプテスト・バイブル・フェローシップ諸教会から宣教師が派遣されて始まったものである。他には、保守バプテスト同盟・単立バプテスト・日本福音同盟に加盟している日本バプテスト教会連合、自らをプロテスタントと規定していない日本バプテスト連合等が在る。