曹渓宗
1994年、総務院長選を巡り、改革派僧侶と現院長派僧侶の派閥対立が激化。組織暴力輩(暴力団)まで介入し、曹渓寺では乱闘騒ぎに発展し、警察が出動する事態になった。
2001年2月、ナヌムの家の初代園長である僧侶が、女性職員数名に対して地位を濫用して性交渉を強要した事実が発覚。問題の行為を行った僧侶は自ら会見を行い、事件について告白するとともに、園長職を辞任。後に僧籍を返還した。
2012年5月11日、白羊寺近くにある宿泊施設の一室で、修行僧らが酒を飲み、タバコを吸いながら徹夜でポーカー賭博に興じていたことが発覚し、総務院長を含む幹部6人が総辞職した。後日、この件を最初に報道した仏教系インターネット放送の代表の男性に対して暴行を加えていたことも発覚した。
2018年5月1日、MBCの報道番組PD手帳において、雪靖総務院長の隠し子疑惑等、教団高僧の各種疑惑を報道。当事者は疑惑を否定したものの、教団内外で辞任の声が高まり、結局総務院長職の辞意を表明した。以降も、MBCは度々曹渓宗を告発するニュースを報道しており、曹渓宗と対立している。
2020年2月、法住寺の僧侶らが常習的に違法賭博をしていると信徒が告発し、警察が捜査を開始し、圓行総務院長が謝罪した。
同年に大韓仏教曹渓宗が福祉法人の形で運営する韓国人元慰安婦施設「福祉法人大韓仏教曹渓宗ナヌムの家」よる寄付金などの横領疑惑で、地元警察が詐欺や業務上横領容疑で安信権前ナヌムの家所長と前「福祉法人大韓仏教曹渓宗ナヌムの家」事務局長の女性を書類送検した上で、補助金の組織的詐取容疑で運営法人も送検した。