スター・トレック イントゥ・ダークネス
西暦2259年(前作の1年後)、ジェームズ・T・カーク率いるU.S.S.エンタープライズは、未開の惑星ニビルの原住民を火山の爆発による危機から救うが、噴火口に取り残されたスポックを救助する際に宇宙船を現地人に目撃されてしまう。探査という本来の目的から逸脱した上、最優先の指令である「艦隊の誓い」に違反したカークは船長の任を解かれてしまうものの、クリストファー・パイクの温情により副官に指名される。
同じ頃、ロンドンではセクション31所属のジョン・ハリソン中佐によるテロが発生し、多数の艦隊職員が犠牲となっていた。最高司令官アレクサンダー・マーカスは地球付近にいる主だった士官たちをサンフランシスコの艦隊本部に召集するが、そこもハリソンに襲われ、パイクが犠牲となる。クリンゴン帝国の本星クロノスに逃げ込んだハリソンを、マーカス提督の命令によって再びカークの指揮下に置かれることになったエンタープライズが追う。マーカス提督は、セクション31が開発した新型光子魚雷をエンタープライズに搭載させるが、その是非をめぐってカークとモンゴメリー・スコット機関主任(スコッティ)が言い争う。結局、出発直前にスコッティが下船してしまい、パヴェル・チェコフが代理を任されることになる。また、乗員名簿に載っていなかった女性科学士官の乗船を、カークがスポックの反対を押し切って許可するが、後に彼女はマーカス提督の娘キャロル・マーカスだと判明する。
カークはマーカス提督からハリソンを殺すように命じられていたが、スポック、レナード・マッコイ、ウフーラの説得により、殺さず逮捕を決心。