加計学園問題
6月14日、追加調査を行わないとしてきた内閣府が内部調査を行うと発表した。6月15日、文部科学大臣の松野博一は「官邸の最高レベルが言っている」「総理のご意向だ」などと記され、民進党が調査を求めていた19の文書について、文部科学省の専門教育課のコンピューター内の共有フォルダ内に、同内容または酷似した内容の文書が14、確認できないものが2とし、3つの文書については「学校法人の利益に関わる内容」として「現時点では存否を含め明らかにできない」と発表、「前回確認できなかった文書の存在が明らかになったことは大変申し訳なく、真摯に受け止めている」と述べた。
同日、文部科学省は、2016年11月9日の国家戦略特区諮問会議に提出された「国家戦略特区における追加の規制改革事項について(案)」に、「広域的に」と「限り」の文言を付け加えるよう、「指示は藤原審議官いわく、官邸の萩生田副長官からあったようです」とした内閣府から文科省に送信されたメールの存在を公表した。萩生田は「修正の指示を出したことはなく、文科省が公表したメールの内容は事実に反する」と否定した。
2018年4月10日、獣医学部を新設する計画について、2015年4月、愛媛県や今治市の職員、学園幹部が柳瀬唯夫首相秘書官(当時)らと面会した際に愛媛県が作成したとされる記録文書が存在し、その文書に柳瀬氏が面会で「本件は、首相案件」と述べたと記されていることが、明らかになった。
2017年3月13日、参議院予算委員会で社民党の福島瑞穂が「安倍総理と加計孝太郎さんは長年の友人だ。政策がゆがめられているのではないか」と質問、安倍晋三は「加計理事長から頼まれたことはないし、働き掛けもしていない」「もし働き掛けて決めたならば責任を取る」「特定の名前を出すのは確証がなければ極めて失礼だ。何か週刊誌以外に証拠があるのか」「安倍政権のイメージを落とそう、安倍晋三をおとしめようと質問するのはやめた方がいい」と述べ、「鳥インフルエンザなどの人獣共通感染症が拡大する中、需要が高まっていることから獣医学部設置を特区のメニューとして追加した」と声を荒げ説明、今治市が用地を無償提供したとの一部報道に対し「無償譲渡の例は20年間で25例ある。今治市が決めたことで、私は影響の及ぼしようがない」と述べた。
5月22日、参議院決算委員会にて、日本共産党の小池晃が「加計学園ありきで特区の決定が行われたことは明らか」と追及、地方創生担当大臣の山本幸三は、「地域を限定することが適当だと私が判断した。加計学園ありきではない」と答弁した。
5月26日、民進党、共産党、自由党、社民党は、一連の問題等を「国会最大の争点」と位置づけ、証人喚問を要求。
6月13日、参議院農林水産委員会において、文科副大臣の義家弘介は内部告発者について国家公務員法(守秘義務)違反になる可能性があると述べた。
7月10日に参院閉会中審査、7月24日と25日に衆参予算委員会閉会中審査が行われた。
2018年2月5日、国会にて衆議院議員の足立康史(日本維新の会)は、獣医師会の会議録と献金を根拠に石破4条件が不当な規制だと主張した。