禁教令
戦後、日本国憲法で信仰の自由が明確に宣言されたが、政教分離に関してはフランス(ライシテに依っている)を除いた西側陣営の欧米に比べて厳格である。
テロ事件を起こしたオウム真理教に関しては破壊活動防止法を適用する計画があったが流れた(オウム真理教破壊活動防止法問題)。その結果、新たに制定された団体規制法によって後継団体Aleph等が監視下に置かれている。
攘夷論者の中にも、例えば福沢諭吉のように、キリスト教徒の内村鑑三から「宗教の大敵」と批判されながらも、『宗教の必用なるを論ず』(明治9年、1876年)、「宗教は経世の要具なり」(『時事新報』社説、1897年7月24日)などから、後世に彼の持論は単なるキリスト教排斥論者ではなかったとする研究もある
一方で、尊皇に基づく国体維持のための国家神道を進めるべく、明治15年(1882年)には神道から祭祀と宗教を分離し「祭祀を行うだけの神道は宗教ではない」という解釈を、その後明治22年(1889年)に制定された大日本帝国憲法は28条に信教の自由を保障する規定を設け、条文に「安寧秩序ヲ妨ケス」場合に「公共の福祉#一元的外在制約説」にもとづいて排斥できる、という解釈を生み、政治からは手段としても実質神道以外の宗教をほぼ排除した。なお、政府は、1911年に、無政府主義者である幸徳秋水を大逆事件で処刑しているが、その一方で、幸徳の反キリスト教の意識が政府の見解に合致していたため、幸徳の遺作である『基督抹殺論』の刊行を認めている。
明治政府として、キリスト教の活動を公式に認めるのは、明治32年(1899年)の「神仏道以外の宣教宣布並堂宇会堂に関する規定」(内閣省令第41号、7月27日付)によってである。しかし、ほぼ同時に「一般ノ教育ヲシテ宗教ノ外二特立セシムル件」(文部省訓令第12号、8月3日付)によって、私立学校の教育課程における宗教教育、および学校において宗教的儀式等を行うことを禁止しているなど、教育に関しては慎重な態度が続くことになった。
狭義の意味での禁教令は、1612年(慶長17年)及び翌1613年に江戸幕府が発令したものである。広義の意味では1587年の豊臣秀吉によるバテレン追放令や明治政府による五榜の掲示が含まれる。もっとも早い禁教令は永禄8年(1565年)と同12年(1569年)に正親町天皇が出した追放令である。これは京都から宣教師を追放するという主旨であったが、織田信長によるカトリック教会の保護政策もあって、さほど効果はなかった。
これらは一口に禁教令と言っても性格は大きく異なる。正親町天皇の追放令やバテレン追放令は、その語が示すように、宣教師の追放を目的とした主に布教権の禁止であり、キリスト教自体への弾圧は主目的ではなく、キリスト教徒に対する強制改宗というような(つまり「禁教」)政策は取られなかった。
秀吉のバテレン追放令や書簡はキリスト教に対抗して、吉田神道の宇宙起源説を引用するなど、神国思想を意識的に構築しており、家康もその基本路線を踏襲している。秀吉の書簡や家康の禁教令はキリスト教を、統一された日本の宗教(儒教、神道、仏教の三教一致)の敵であると名指しで批判して、禁教令の正当性を示そうとしており、秀吉と江戸幕府の宗教政策には禁教令の観点から継続性が見られる。
今日に知られるような弾圧と呼べるものの最も早いものは、豊臣秀吉が1596年に出した禁教令で、この時は26名のキリスト教徒が処刑されている(日本二十六聖人)。ただし、この時も主にはフランシスコ会に的を絞った物で、禁教のための継続的な政策が取られたわけではなく、後を継いだ江戸幕府もそれに倣っている。
日本において、政策としてキリスト教への弾圧が始まるのは、1612年の禁教令からであり、明治初期まで続いた。