組換えホットスポット
組換えはDNA複製のエラーによっても引き起こされ、その結果ゲノム再編成が引き起こされる。こうしたイベントは多くの場合、病理と関係している。しかしながら、ゲノム再編成は新たな遺伝子の組み合わせを生み出すため、進化の駆動力ともなると考えられている。組換えホットスポットは、ゲノム再編成による遺伝的多様性の駆動という利点と、有利な遺伝子の組み合わせを維持するために働く選択圧との相互作用によって生じたものである可能性がある。
相同組換えはRNAウイルスでも高頻度で生じる。組換えは非常に類似したウイルス間で高頻度で生じ、乗換えはゲノム中のあらゆる部位で行われるが、選択圧が働く結果、乗換え部位は特定の領域(ホットスポット)へと局在する傾向がある。例えばエンテロウイルスでは、組換えホットスポットは5' UTRとキャプシド領域との接合部、そしてP2領域の開始部位に同定されている。これら2つのホットスポットはキャプシドをコードするP1領域に隣接している。コロナウイルスでは、スパイク領域が組換えホットスポットとなっている。