コクシジウム
生活環にメロゴニー、ガメトゴニー、スポロゴニーの全てがある。ガメトゴニーに注目して以下の2亜目に分類するほか、住血胞子虫亜目をここに含めることもある。 アデレア亜目 雌雄の生殖母体が大きさは異なるがともに大きく不動性で、グレガリナ類に似た連接 (syzygy) により対になって発達する。主に無脊椎動物の消化管上皮細胞に寄生するものや、脊椎動物の血球中に寄生し吸血動物によって媒介されるものがある。7科あり、Adelina属、Haemogregarina属、ヘパトゾーン属などにおよそ500種ほど知られている。 アイメリア亜目 生殖母体が連接を行わず雌雄独立に発達し、雄性配偶子が小さくて鞭毛で運動する。主として消化管上皮や組織中の細胞内に寄生する。アイメリア属、イソスポーラ属、トキソプラズマ属、肉胞子虫属など、およそ2500種ほど知られている。科の分類には議論が多い。
2020年になり、Rhytidocystisやアグレガータなどの海産動物を宿主とする一部のコクシジウム類が基部で単系統を成すことが示され、エオコクシジウム類またはマロスポリダ類と呼ばれている。