神体山
これら古神道の信仰された場所に、現在の多くの神社神道の「社(やしろ)」が建立され、祭神は自然そのものから「尊」(みこと)といわれる人格神に取って代わっていった。このことは古代の神社の多くが神体山信仰(神奈備)に起源があり、その根拠として、神社の建築様式では基本的に「鳥居→社殿→神体山」という序列があり、参拝者の後方に神体山がある場合にも参道を考慮するとこの序列が成立するとする説からもうかがわれ、他の説もあるが、池辺弥が、古くから大規模集落にみられる祈祷や祭礼の場所としての古神道の神殿から、仏教思想の影響により、神社の本殿に神が鎮座するとする「神常在思想」が発生したとすることなども、古神道の場所に神社が建立された、とする説明に合致する。また景山春樹は古墳や塚と同様に祖霊信仰に始まり、やがて山そのものを信仰する自然神道的な形態に変遷し、後に山中の祖霊神に農耕の神の観念が重なっていったとする。
後世には古神道の山岳信仰が、密教や禅宗や道教(陰陽道)と習合した、修験道での登拝も活発化した。
三輪山と大神神社大鳥居
岩木山神社。背後が岩木山
江戸時代には、庶民の間でも富士山の登拜が広く行なわれるようになった。これは戦国時代から江戸時代初期(16世紀後半から17世紀前半)に富士山麓の人穴で修行した角行藤仏(天文10年(1541年) - 正保3年(1646年)が行なった富士信仰が起源とされる。庶民は富士山への信仰を強くし、特に江戸の各地には富士山を遥拝する富士塚が多く作られた。富士塚は土を盛って作られた人工の小さな山で、富士山がよく見えるところに作られ、山頂には浅間神社が祀られて、富士山に行くのが難しい人でも擬似的に登拜を体験できるものである。
こうした富士山信仰の高まりを受け、江戸時代には富士山信仰を基盤とした神仏混交の新宗教が多数登場した。新宗教は江戸で布教を行い富士講を組織して、江戸幕府が無視できない規模になることもあり、幕府はしばしば富士講禁制の町触を出した。例えば、1774年(安永3年)から1849年(嘉永2年)に、江戸町奉行所は7回の禁制の町触を出した。これらの新宗教は明治期の激動を経て、今でも実行教・丸山教・扶桑教などと脈絡を保っている。
富士山頂には富士山本宮浅間大社の奥宮があり、富士山の神と木花開耶姫命(このはなさくやひめ)を祭る。この女神は「火の神」ともされるが、富士山本宮浅間大社の社伝では火を鎮める「水の神」とされる。富士山の神が木花開耶姫命とされるようになった時期や由来は不詳。
浅間大社は浅間造という特殊な神社建築からなり、富士山の神様にお供え物をするという意味で富士山が真正面にみえる位置まで高くしたと言われる。