奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島
環境省と林野庁では、2003年(平成15年)に、「世界自然遺産候補地に関する検討会」を共同で設置し、自然遺産への推薦候補地を検討した結果、「知床」、「小笠原諸島」、「琉球諸島」の3地域を推薦候補地に選定した。このうち、「知床」は2005年(平成17年)に、「小笠原諸島」は2011年(平成23年)に、それぞれ自然遺産として登録されたが、「琉球諸島」については何ら手続が行われていなかった。
「琉球諸島」については、検討会の資料では「南西諸島」としての言及も見られ呼称が統一されていないが、具体的には「(大隅諸島)、トカラ列島、奄美列島、沖縄諸島、先島諸島及び大東諸島」が対象とされていた。なお、2012年(平成24年)8月から開催された「新たな世界自然遺産候補地の考え方に係る懇談会」では、「奄美・琉球諸島」と呼ばれていた。
2013年(平成25年)1月31日に開催された世界遺産条約関係省庁連絡会議で、「奄美・琉球」を世界遺産暫定リストに掲載することが決定した。対象地域は今後特定するとされたが、奄美大島、徳之島、沖縄本島北部のやんばる地域、西表島を対象地域とする方向で調整が進められているとの報道もあった。しかしながら、暫定リスト掲載申請書類作成時点で地権者との合意が得られていない地域を含んでいたため、推薦範囲の緯度経度のみを表記して具体的な島名を記載しなかったことから、世界遺産センターから記載保留と追加情報照会が通達された。