Dr.MARIO & 細菌撲滅
ビンの中のウイルスを全て消すとクリアとなる、ステージクリア型のモード。ゲームオーバーになるまでプレイできる。初期段階で選択できるレベルは20までだが、レベル20をクリアするとレベル21以降をプレイできる。ゲームオーバーになった際は同じレベルからコンティニュー可能(スピード「HI」状態ではレベル21以降不可)。ハイスコアはレベル単位になっており、持ち越しはできない。オプション設定により、マリオをMiiに変更できる(自動生成されたMiiを用いることもできる)。
プレイヤー同士で対戦するモード。「オリジナル」と「フラッシュ」の2種類から選べる。キャラクターのMiiは自由に変更できる。
『Dr.MARIO & 細菌撲滅』(ドクターマリオ アンド さいきんぼくめつ)は、Wii用サービス・Wiiウェア専用のアクションパズル。2008年3月25日のWiiウェアサービス開始と共に配信されたタイトルの1つである。『ドクターマリオ』とニンテンドーDS用ソフト『もっと脳を鍛える大人のDSトレーニング』に収録されている『細菌撲滅』の2つのパズルゲームがリメイクされ収録されている。ニンテンドーWi-Fiコネクションに対応。
2014年1月15日には、キャラクターをルイージに差し替え追加要素を加えたWii Uダウンロードソフト『Dr.LUIGI & 細菌撲滅』(ドクタールイージ アンド さいきんぼくめつ)が、2015年5月31日には、ニンテンドー3DSダウンロードソフト『Dr.MARIO ギャクテン!特効薬 & 細菌撲滅』(ドクターマリオ ギャクテン!とっこうやく アンド さいきんぼくめつ)が配信開始された。
本作で新たに導入されたシステムで、特効薬をONに設定することで登場する。特効薬を使用するには特効薬ゲージを最大まで貯める必要があり、ゲージは時間が経つと徐々に増え、カプセルやウイルスを消すとより多く増やすことが出来る。特効薬ゲージが最大になると特効薬が次のカプセルに1つ出現する(使用できる特効薬はランダムで予告に出現する)。出現する特効薬は以下の通りである。
消したい場所に配置するとすぐに発動する。配置することで、爆弾が爆発した範囲内のカプセルとウイルスを一緒に消すことができる。