人柱
江戸城研究家たちの間では、人柱とするには余りにも粗末に扱われていることや、伏見櫓を解体修理した結果伏見からの移築物ではないことが明らかであることが分かっているため、人柱説には否定的である。徳川家康の慶長期築城以前に、城内にあった寺院の墓地の人骨であろうとされており、『落穂集』などの史料には、慶長期築城以前には、複数の寺院が城内にあり、慶長期築城の時に全て移転させられたことが明確だからである(鈴木理生・黒田涼・井上宗和らの説)。 一説には、皇居と深い関わりにあった黒板勝美は宮内省から調査依頼を受け、実地見聞を1時間半程度行っただけで人柱否定説を打ち出してそのまま公的調査は終了したといい、その後、中央史壇などで供犠の話題で特集が組まれた。喜田貞吉は黒板の発言の矛盾を指摘し、批判するとともに、人柱の文化的な意味について考察を広げようとしていた。1934年(昭和9年)には坂下門近くでも5人の人骨と古銭が発見されている。なお、見つかった遺骨は震災の混乱の中、芝・増上寺で手厚く供養されたという。
日出城の人柱
大分県速見郡日出町所在の日出城址では、1960年(昭和35年)に石垣の下から人骨が入った木棺や武具の一部が発見され、調査の結果、人柱ではないかと推定され、木棺の出土地には「人柱祠」が建てられた。
また、2023年(令和5年)9月25日に日出町歴史資料館の平井義人館長が日出町中央公民館で行った講演で、同館に寄託された資料を精査した結果、日出城で発見された人骨は人柱である可能性が高くなったと述べた事を毎日新聞が報じた。