ボグド・ハーン政権
20世紀に入ると、欧米列強の植民地主義に圧倒され、清朝の衰退が顕著になっていた。そんな中、かねてより清の統治に不満のあった外蒙古諸王公は清朝からの分離独立を模索していた。1911年10月、辛亥革命によって清の実効統治が急速に弱体化すると、外モンゴルのハルハ地方の諸王侯はロシア帝国の力を頼って清からの独立を決意した。同年12月、モンゴル最高の活仏であるジェプツンダンバ・ホトクト8世を清朝皇帝に代わる君主としてボグド・ハーンに推戴する儀式が挙行された。こうして誕生したボグド・ハーン政権は、1913年には、同じく清朝からの独立運動を展開していたチベットとの間で相互承認条約を締結した。ボグド・ハーン政権の統治機構は清朝のそれをほぼ承継し、速やかな政府構築を行なった。また、内蒙古では諸王公の多くが1912年にはボグド・ハーンに帰服したため、南部境域安撫大臣を設け、1913年1月にはモンゴル軍を派遣し、一時はその大部分を制圧したが、政権の後ろ盾であるロシア帝国が中華民国北京政府との関係悪化を懸念し、モンゴル軍の内蒙古からの撤退を要求したため、断る術の無いボグド・ハーン政権は国土統一を目前にして撤収を余儀無くされた。
1915年、キャフタ条約で中国の宗主権下での外蒙古は自治のみが承認された。内蒙古でも独立を目指す動きが見られたが、内蒙古の大半の地域が漢民族居住地になっており、中国は内蒙古を手放そうとしなかった。また、漢民族が主体の内蒙古を併合することで政権の主導権を奪われることを恐れたモンゴル人の思惑もあり(既に内蒙古では、漢族がモンゴル族の5倍近い人口となっており、内蒙古をモンゴル領とした場合、モンゴル族より漢族の数の方が多くなってしまう可能性があった)、内外蒙古の合併は実現しなかった。