車両使用料
両者の車両が互いに直通相手方の路線に乗り入れる場合、互いに相手方に対する車両使用料が発生する。これは、相互直通運転の場合は事業者甲の車両が事業者乙の路線で運転される場合もあり、その場合は事業者乙から事業者甲への車両使用料が発生するからである。
基本的には、車両運用の調整により互いに他者区間の走行距離を同等とすることで相殺するのが慣例となっている。例えば、事業者甲の路線における事業者乙の車両の運用距離のほうが、事業者乙の路線における事業者甲の車両の運用距離よりも長くなりそうな場合には、直通運転に使用する編成を事業者甲の車両中心としたり、事業者甲の車両を事業者乙の線内列車に充当したりして、運用距離を調整する。
ただし、3事業者間以上にわたる直通運転で、特に変則乗り入れを伴う場合は、例えば事業者甲に対する事業者乙への使用料を、事業者丙の車両を事業者甲の車両扱いとして乗り入れるか、あるいは事業者丙の運用を増やして事業者丙が代わりに支払う方法もある(この場合は事業者丙の路線へ事業者乙の車両をその分多く乗り入れさせて事業者乙と事業者丙との間でも相殺することがある)。
また、現行のダイヤで事業者甲の車両運用距離が事業者乙の車両運用距離よりも多くなった場合には、次回のダイヤ改正で逆に事業者乙の車両運用距離を事業者甲のそれよりも多くさせて、次々回のダイヤ改正までに是正する方法が採用される事例がある。