保健室登校
西日本新聞の報道によれば、保健室登校を「出席」として扱うかどうかは、各学校の校長の裁量に任されているが多くの小中学校では出席扱いをされている、という。文部科学省が学校基本調査の際に寄せられた質疑に対して2011年(平成23年)4月にインターネット上で発表したものには、「保健室登校であっても学校には登校しているため,欠席者としては扱いません」と明記されている。こうした「出席」扱いが不登校の数値の実態を反映できない、という批判もある。長崎県では、小学校から中学校に進級するときに小学6年生時の担任が記入する「状況調査票」に「保健室等登校日数」を記入する欄を設け、その日数に欠席日数と遅刻早退日数の合計が15日以上30日未満の場合は準不登校、30日以上の場合は不登校相当としている。横浜市のある学校では過去に「保健室登校を原則認めない、嫌なら来なくて構わない」と突き放したということがあった。
高等学校においては「欠席」扱いになる場合もある。沖縄県立知念高等学校では、内規で保健室登校は認められた場合を除き、生徒出席簿上「病気欠課」扱いすると定めている。森川英子は、出欠席の認定は校長の裁量権の範囲内であることを認めつつ、保健室登校が養護教諭による教育活動と考えられることから、校長の違法ないし不当な権限行使であるように思われる、と述べている。