禰寝氏
この頃までの禰寝氏は、大隅国の国人の中では島津氏寄りの姿勢をとっていたが、その後島津氏は早世する当主が相次ぎ、その権威の低下をついて、隣に領地を構える肝付氏の攻撃が激しくなってくる。禰寝清年が当主であった享禄3年(1530年)、肝付兼興は禰寝領へも侵攻を開始したがこれは撃退することに成功している。天文12年(1543年)には種子島恵時との戦いに勝ち屋久島を領地とするが、これは翌年には奪いかえされることとなり、以後、種子島氏との対立が激化する。種子島氏側(『種子島家譜』)ではこれを「根占(禰寝)戦争」と呼び、重視するが、これに関わった禰寝一族の根占(禰寝)龍善の名は禰寝氏史料からは消されている。
清年の後を嗣いだ禰寝重長は琉球との交易や産業振興で領内の拡充を図る一方、領地の拡大をもめざし、戦国大名として成長していくことになる。この過程で種子島氏は島津氏を後ろ盾としたため、対抗上、禰寝氏は対立していた肝付氏と連合を組むこととし、永禄4年(1561年)の廻城の戦いでは肝付兼続側に付いている。その後、肝付氏、伊地知氏らと連合し、海軍を率いて鹿児島を奇襲するが、これは島津氏側の必死の防戦により失敗した。
古代にあっては建部姓を取り、大宰府在庁官人であった。後に一族は郡司職についている。11世紀半ば過ぎに、禰寝氏初代清重に遡ること4代前の藤原頼光に関わる史料が『禰寝文書』では最初の文書として上げられている。治暦5年(1069年)のことである。京で藤原氏全盛期のころ、建部姓の一族は、奥州にあって清原氏が藤原姓を名乗るように大隅国にあって藤原姓を取っていた。頼光が子女に配分した所領は広大で、荘園としての禰寝院の規模をはるかに超え、絶大な権勢を保持した。