バングラデシュ大虐殺 (1971年)
パキスタン誕生から数か月後の1948年、初代パキスタン総督のムハンマド・アリー・ジンナーは、ウルドゥー語を新国家の公用語とすることを宣言した。しかし当時、ウルドゥー語話者はパキスタンの人口の4%にすぎなかった。ジンナーは、ベンガル語の使用を支持する人々が共産主義者、国賊であるというイメージ付けを行った。政府がベンガル語を第二公用語としても認めなかったことで、ベンガル語国語化運動が沸騰し、与党のパキスタン・ムスリム連盟(英語版)に代わる政党として東パキスタンで新たに結成されたアワミ連盟への支持が強まった。1952年に東パキスタンの首都ダッカで行われた抗議行動は強制的に解散させられ、数人の抗議者が死亡した。ベンガルの民族主義者はこれらの犠牲者が自分たちの大義のために殉じたと考え、分離独立を求める声が高まっていった。
1965年の第二次印パ戦争では、軍が東パキスタンの防衛に追加の部隊を割り当てなかったことにより、さらなる不満と怒りが生じた。インドが攻撃してきた場合、ベンガル人は自国が無防備な状態に置かれることを懸念したためである。一方で、1958年のクーデターで第2代大統領に就任し独裁体制を敷いていたアユーブ・ハーンは、カシミール地方を手に入れるためには東パキスタンを失うことも厭わないという考えであった。
1970年12月に行われたパキスタンの創設後初の民主的選挙において、シェイク・ムジブル・ラフマン率いるアワミ連盟が、拠点とする東パキスタンを席巻し、東パキスタンで75パーセント、全体でも39パーセントの議席を獲得した(ただし西パキスタンでは1議席も取れなかった)。
サルミラ・ボースは、論争のある著書『Dead Reckoning: Memories of the 1971 Bangladesh War』の中で、死者数を5万人から10万人の間としたが、この本は作家・ビジュアルアーティストのナイーム・モハイエメン(英語版)、ダラム大学の人類学者ナヤニカ・ムカジー、その他ジャーナリストから強い批判を受けている。アメリカの政治学者リチャード・シソン(Richard Sisson)とレオ・E・ローズ(Leo E. Rose)は、すべての組織によって殺害された死者数を30万人と少なく見積もっており、ジェノサイドが起きたこと自体を否定している。ハワイ大学の政治学教授ルドルフ・ランメル(英語版)は、バングラデシュで約150万人が殺害されたと推定している。インドのジャーナリスト、ニーマル・セン(Nirmal Sen)は、殺害された人は約25万人で、そのうち約10万人がベンガル人、残りがビハール人だったと主張している。
死亡者の多くは、パキスタン軍が組織したラーザーカール、アル・シャムス、アル・バドルなどの過激な宗教的準軍事組織に殺害された。バングラデシュには多くの集団墓地があり 、その後も断続的に発見されている。例として、1999年8月にダッカ市街地のミルプール地区にあるモスク付近の古井戸の中で発見されたものなどがある。
2002年12月16日、ジョージ・ワシントン大学のアメリカ国家安全保障アーカイブは、ダッカとインドの米国大使館員およびアメリカ合衆国広報文化交流局(USIS)とワシントンD.C.の当局職員との間で交わされた通信を中心とする、機密解除文書コレクションを公開した。一連の文書は、バングラデシュ国内の外交機関に勤務していた米国当局者が当時知り得ていた状況を説明するために、「選択的大量虐殺」や「ジェノサイド」という言葉を用いていたことを示している。前述の「ブラッド・テレグラム」を含め、アメリカ政府はバングラデシュにおける残虐行為の状況を開戦後間もない段階で把握していた。しかし、このころ大きな変化を遂げつつあった複雑な国際情勢の中で、ニクソン政権は、ヘンリー・キッシンジャーの助言のもと、インドのソ連との友好関係を危惧し、インドと対立するパキスタンを支持する中国との国交正常化を目指していた。このような事情から、ニクソン政権は大量殺戮に関する報告を握り潰し、パキスタンの行動を非難しようとしなかった。「不信感を抱いている国務省がベンガル人殺害に関してヤヒヤ大統領を単独で非難しないよう、大統領は確認しているようだ」というホワイトハウスの録音テープが残されている。ニクソンは、パキスタンで起こっていることにアメリカ人が無関心であることを利用した。
戦争の結果、さらに800万から1000万人、主にヒンドゥー教徒の人々が、東ベンガル難民(英語版)として国を逃れ、隣国のインドに避難した。また、人口7,000万人のうち最大3,000万人の民間人が国内避難民になったと推定されている。
一方で、インド・パキスタン分離独立後の東パキスタンには主にウルドゥー語を話すイスラム教徒であるビハール人が「取り残されたパキスタン人」として居住していた。マイノリティであったこれらビハール人は独立戦争中、パキスタン側を支持したため、ベンガル人との間で人種間暴力が発生した。ビハール人はベンガル人の暴徒や民兵からの報復攻撃に遭い、1,000人から150,000人が殺害されたとされる。
バングラデシュ独立戦争中に起こったこれらの残虐行為が「国民的、人種的、民族的、宗教的な集団の全部または一部を破壊する意図をもって行われる行為」と定義される「ジェノサイド」にあたるということに関しては学術的に一定のコンセンサスがあり、バングラデシュのほぼすべての主要な出版物や新聞でもこの出来事を表現するため「ジェノサイド」という言葉が使われている。しかし、パキスタン側および一部の学者はジェノサイドであったことを否定している。