蓮台寺 (倉敷市)
天平10年(738年)行基が本尊である十一面観音菩薩と阿弥陀如来・薬師如来の垂迹である瑜伽大権現を祀って創建したのが始まりと伝えられる。平安時代末兵火にあって衰退したが、室町時代に入り増吽僧正によって中興された。江戸時代には備前国岡山藩の保護を受けた。古くから瑜伽大権現は信仰を集めてきたが、明治初年の神仏分離に伴い蓮台寺境内から由加神社(後の由加神社本宮)がつくられ、分けられた。
第二次世界大戦後の国家神道解体により、形式的には分離したままながら、僧職が本殿で祈祷を行う等事実上明治以前の形態に復し、蓮台寺により両者が一体的に運営されていた。このため由加神社としての宗教法人資格は一応保持し、神職も配置していたが、事実上休眠状態に近かった。
平成9年(1997年)3月3日、由加神社が一部の建物を占拠し、宗教法人としての独自活動を開始した。これ以降蓮台寺と由加神社は対立関係となり、蓮台寺が建物の明け渡しを求めるなど裁判沙汰にもなるが、由加神社側が独自の宗教活動を開始した経緯は当時の兄(蓮台寺住職)と弟(由加神社宮司)の間の対立が原因とされている。
由加山の瑜伽大権現と讃岐国にあった金毘羅大権現(現金刀比羅宮)を参る両参りと呼ばれる慣習が、江戸時代にはあったという。