膜内プロテアーゼ
可溶性プロテアーゼは最も早く最も詳細な特性解析がなされたものの1つであるが、膜内プロテアーゼは比較的近年になって発見されたものである。膜内でのタンパク質切断は、1990年代にDennis Selkoeなどのアルツハイマー病研究者によって、アミロイド前駆体タンパク質のプロセシング機構の1つの可能性として提唱された。疎水的な膜内での加水分解の可能性に関しては当初議論があったが、1997年にサイト2プロテアーゼが膜内プロテアーゼとして初めて実験的に同定された。