マラッカ王国
さらに海上民が多く住むビンタン島で体勢の立て直しを図り、1512年以降5回にわたってマラッカを攻撃するが失敗した。マラッカ海峡域の港湾都市は対ポルトガル連合を組んで抗戦するが、ポルトガルからマラッカを奪還することはできなかった。マームド・シャーの子アラウッディン・リアヤト・シャー(英語版)はマラッカ王室の分家であるパハン王家の協力の元、ジョホールにジョホール王国を建設した。
1509年にポルトガル遠征隊が到着した当時、マラッカは東南アジアにおける最大の中央市場として機能していたが、マラッカの陥落によって交易拠点としての機能が東南アジア各地の港湾都市に分散した。ポルトガルがマラッカ海峡の通行を管理しようとし、またイスラム商人に対して徹底的な弾圧を行ったために、隊商の交易ルートがマレー半島を陸路で横断した後にスマトラ島の西海岸を南下してスンダ海峡に到達するものに変化した。
この交易ルートの変化によってマレー半島のジョホール、パタニ、パハン、スマトラ島のアチェ、バンテンなどの港湾都市は急速に利益をあげ、国際社会内での重要性を増していった。また、マラッカから放逐されたイスラム商人は、これらのマラッカ占領後に発展した港湾都市に逃れて反ポルトガル運動を展開した。特に多くのイスラム商人が逃れたアチェ王国において、彼らは政治的に分裂していたスマトラ沿岸部の統一において大いに貢献した。