カライワシ上目
現生のカライワシ上目はカライワシ目(2科2属約8種)、ソトイワシ目(3科8属約30種)、ウナギ目(15科141属約791種)、およびフウセンウナギ目(4科5属28種)の4目で構成され、合計24科156属、およそ856種が所属する。本上目の分類はそれぞれのレプトケファルス幼生の特徴に大きく依存しているが、内部の類縁関係がそれのみによって規定できるのか、そもそもレプトケファルスの存在が真に単系統群を構成するのかという点については今なお議論がある。
以下に示す分類群以外に、系統的位置付けが不明な絶滅群としてAnaethalionidae 科 (ジュラ紀後期、3属を含む)の存在が知られている。
カライワシ目 Elopiformes カライワシ科 Elopidae イセゴイ科 Megalopidae (イセゴイ・ターポン)
ソトイワシ目 Albuliformes ソトイワシ亜目 Albuloidei ソトイワシ科 Albulidae (ギスなど) ソコギス亜目 Notacanthoidei トカゲギス科 Halosauridae ソコギス科 Notacanthidae (タヌキソコギスなど)