ペラゴニアの戦い
上記の3カ国は反ニカイア連合を構築したものの、その中で唯一のギリシア系国家(つまりはビザンツ帝国の亡命政権)であったエピロス専制侯国とその他のラテン人国家(フランコクラティア)との間にあった確執・対抗意識が戦闘に近づくにつれて表面化し、(又はニカイア帝国のスパイがそうさせたとも。)反ニカイア連合軍は統制が取れずにいた。この確執の結果、エピロスを率いていたミカエル2世はラテン系国家(アカイア公国・シチリア王国)を見放して戦闘前日に撤退。彼の落とし子ヨハネス1世ドゥーカスに至ってはニカイア陣営に鞍替えした。残されたアカイア・シチリア両軍はその翌日の戦闘でニカイア帝国軍によって打ち破られ、Villehardouinを含む多くの貴族がニカイア帝国の捕虜となった。
この戦闘により、1261年、ニカイア帝国は主だった障壁なくコンスタンティノープルを奪還し、ビザンツ帝国を復活させることに成功した。またニカイアはエピロス・テッサロニキをも征服した。(しかしながらミカエル2世により再び奪還された。) 1262年、アカイア公国の筆頭領主でありペラゴニアの戦いで敗れたのちに帝国の捕虜となっていたWilliam of Villehardouinが釈放され、代わりにモレア半島の南東部にあった3つの砦がアカイア公国からニカイア帝国に引き渡された。この3つの砦はニカイア帝国のギリシア半島制圧に向けた橋頭堡となった。その後もニカイア帝国は少しずつ少しずつ拠点となる砦などを確保していっことで、翌世紀にはギリシア半島を完全に制圧。新たにモレアス専制公領が設立された。