絹本著色後醍醐天皇御像
加えて、2006年から2010年にかけて、仏教美術研究者の内田啓一は、仏教信仰上においても後醍醐天皇を異形と言うことはできないと指摘した。 網野が異端的と見なし本作品と結びつけた「聖天供」という祈祷は、実際には息災(仏の力で病気や天災を鎮めること)の祈祷であり、そこにいかがわしい意味はない。聖天供の説明に「怨霊退散」云々と言った文句も用いられることがあるが、怨霊を退散して息災を祈るのは真言密教の常套句であり、幕府への呪詛と考えることはできないという。
内田はまた、本作品の場面が、当時の真言宗最高の神聖な灌頂(授位の儀式)である「瑜祇灌頂」であることを、『清浄光寺記録』(『十二代尊観上人系図』)・『瑜伽伝灯鈔』・『東宝記』などを用いて示した。その瑜祇灌頂にしても、確かに在俗の天皇として受けた事例は他にないものの、それを受けるに足るだけの僧としてのキャリアは着実と積んできており、その過程が特異だった訳ではない。さらに、この灌頂で、父帝の後宇多上皇もかつて身につけたことがある秘宝「犍陀穀糸袈裟」を使用するなど、天皇家において異端なのではなく、むしろ敬愛する父の宗教政策を受け継いでいることを指摘した。また、異形説を唱える網野善彦は、後醍醐は父より宗教にのめりこんだとして批判したが、内田によれば事実は逆であるという。後宇多は高野山の奥の院にこもったり、僧として弟子を取ったりなどしているが、後醍醐はそこまではしておらず、密教修行者としては父より穏健派であるという。また、後醍醐の腹心の文観についても、実際は高徳の僧であり、かつ優れた学僧・画僧であるとして、武闘派の妖僧説を否定した。