九州産交バス高速営業所
西部車庫とは別に、当社グループの車両および共同運行会社車両のための折り返し基地ならびに乗務員休憩施設を備えた本荘車庫が熊本市中央区琴平1丁目に設置されている。当営業所の「ひのくに号」を中心とした高速車のほか、西鉄バスの「ひのくに号」・大分バスの「やまびこ号」・「きりしま号」の鹿児島側事業者など、主に桜町BT発着便や熊本駅発着便など西部車庫を発着点としない路線の車両が出入りし、日中の待機・休憩場所として使用しているほか、産交バス(株)管轄の「あまくさ号」天草営業所所属車両や、桜町BT・水道町発着の一般路線バスの一部も休憩に入る。一般路線バスでは2023年1月時点では当社グループのほか、熊本バスの車両も休憩・待機場所として使用している(熊本バスでは「琴平車庫」と呼称している)。また、西鉄バスの「ひのくに号」と産交バス(株)管轄の「あまくさ号」は運行ダイヤの関係上、一部夜間停泊があるため、本荘車庫には乗務員の仮眠施設も備えられている。その他の事業者ならびに一般路線バスの夜間停泊はない。なお、当営業所の高速車はすべて西部車庫に留置するため、桜町BT・熊本駅終着の車両は営業運行終了後は回送にて西部車庫へ入庫する。
福岡線<ひのくに号>:(熊本駅)-桜町BT-熊本県庁前-福岡(博多BT-天神BT・福岡空港)
(西日本鉄道福岡高速自動車営業所との共同運行)
※スーパーノンストップ・植木IC経由・各停便福岡空港行きの3系統。博多BT・天神BT行きはスーパーノンストップ・植木IC経由のみ(福岡空港行きは博多BT・天神BTへは行かない)。熊本駅始発はスーパーノンストップの一部便のみ。
長崎線<りんどう号>:西部車庫-熊本駅-桜町BT-熊本県庁前-松原-大村IC-大村木場-諫早IC-昭和町-大橋-長崎駅前
(長崎県営バス長崎営業所との共同運行)
宮崎線<なんぷう号>:西部車庫-熊本駅-桜町BT-熊本県庁前-人吉IC-都城北-宮交シティ-宮崎駅
(宮崎交通宮崎中央営業所との共同運行)
鹿児島線<きりしま号>:西部車庫-熊本駅-桜町BT-熊本県庁前-八代IC-人吉IC-鹿児島空港-鹿児島中央駅-鹿児島本港
(鹿児島交通鹿児島支社・南国交通鹿児島営業所との共同運行)
※ただし、西部車庫(当営業所)発着・熊本駅経由は九州産交便のみ
佐世保線<さいかい号>:西部車庫-熊本駅-桜町BT-熊本県庁前-高速金立-佐世保バスセンター-ハウステンボス
(単独運行)
※佐世保側では西肥バス東部営業所が運行支援をおこなう。
神戸大阪京都線<サンライズ号>:西部車庫-熊本駅-桜町BT-熊本県庁前-三宮バスターミナル-大阪駅前-なんば-あべの橋-京都駅
(近鉄バス京都営業所との共同運行)
大阪京都線<あそ☆くま号>:西部車庫-熊本駅-桜町BT-熊本県庁前-大阪駅前-なんば-あべの橋-京都駅