ホロコースト
ナチズムにおいてはユダヤ人は人種として扱われたが、時期によって扱いはやや異なる。1933年4月11日の『職業官吏再建法暫定施行令』では、両親・祖父母のうち一人でもユダヤ教を信仰したことがある者がユダヤ人と規定、先の『職業官吏再建法(ドイツ語版)』の「アーリア条項」でいう「非アーリア人」に該当するとされた。9月29日の『ライヒ世襲農場法』では先祖にユダヤ人がいたというだけで「アーリア人」から外された。
ニュルンベルク法の一つ「帝国市民法」は「ドイツ人あるいはこれと同種の血」を持つ帝国市民にユダヤ人は含まれないとしている。さらに「帝国市民法第一次施行令」では、祖父母のうち3人以上が「人種上の全ユダヤ人」であれば、当人の信仰によらず「完全ユダヤ人」として扱われた。また、この施行令では、ユダヤ人と婚姻した者もユダヤ人となり、「非ユダヤ教徒ユダヤ人」という扱いも存在した。
11月12日には事件の後始末についての会議が行われ、その結果を踏まえゲーリングによって三つの命令が下された。その内容は事件によってドイツ国が被った総額10億ライヒスマルクの損害を「ユダヤ人」に賠償させるというものであった。1939年4月にはドイツ国籍および無国籍のユダヤ人はその全財産の20%を賠償として国に支払うこととなり、さらに破損した店舗や施設の修復も義務づけられただけでなく、損害を申請して保険金を受け取る権利すら奪われた。この決定の同日、ゲッベルスはライヒ文化協会会長の権限でユダヤ人の文化・娯楽施設への入場を禁じ、ミュンヘンでは一週間あたり引き出し可能額が100ライヒスマルクに限定された。11月13日の冬季援助活動の集会で、ゲッベルスは「ユダヤ人問題は今後ごく短期間のうちにドイツ民族の感情を満足させる解決策を見いだすであろう」と演説した。翌日の「フェルキッシャー・ベオバハター」は「ユダヤ人問題の最終解決」という見出しの記事でゲッベルスの演説を掲載し、次のように警告した。「すべてのユダヤ人は今後一切の慈悲無しに取り扱われることになるだろう。そのことを欲したのは彼ら自身なのだ。」この後もドイツ人学校からのユダヤ人生徒の排除、運転免許の剥奪、毛皮・宝石類・伝書鳩・自動車の保持禁止、第一次世界大戦の恩給停止、ベルリン市内の大規模なユダヤ人立ち入り禁止区域の設定、寝台車や食堂車の使用禁止などの措置が矢継ぎ早に行われた。 しかしこれらの措置も、新たなユダヤ人迫害の準備作業にすぎなかった。
このような計画とは別に、独ソ戦開始翌日1941年6月23日以降、進撃するドイツ軍に追随してハイドリヒの国家保安本部が組織した銃殺部隊アインザッツグルッペン(特別行動部隊)が戦線後方の占領地域に展開、時には現地ラトビア人・リトアニア人・ベラルーシ人の協力を得て、ユダヤ人住民を組織的に殺戮した。この一連の作戦において最も悲惨な例が、1941年9月29日・30日に起きたキエフ近郊バビ・ヤールでのユダヤ人大量殺害である。ユダヤ人は移住させるから集合せよとの布告で無警戒に集められ、入り組んだ地形を利用し先頭で行われる殺害を隠蔽、長い列になったユダヤ人3万7000人をアインザッツグルッペンが2日間で次々に射殺した。それ以降も同地は1943年8月まで使用されている。また、この大量殺害にはアインザッツグルッペンだけでなく武装親衛隊も関与し、8月1日にはヒムラーから武装親衛隊第二騎兵連隊に対して「すべてのユダヤ人を射殺し、ユダヤ人女性は沼へ駆り立てろ」という命令が下っている。8月3日には489名のユダヤ人を殺害させた武装親衛隊第8連隊のフリードリヒ・イェッケルン親衛隊中将が、戦争責任はユダヤ人にあり、ドイツ民族の生存を望まないユダヤ人は絶滅する必要があると演説している。
銃撃による大量殺害は、行う親衛隊員に過重な精神的負担を負わせた。
「ヒトラーはユダヤ人の追放を望んでいただけ」とするネタニヤフの主張の根拠は不明である。『ハアレツ』のChemi Shalev記者は、「これがもしネタニヤフでなければ、サイモン・ウィーゼンタール・センター、ADL(名誉毀損防止同盟)、ヤド・ヴァシェムらはすでにホロコースト否定論だと叫んでいただろう」とネタニヤフを批判した。また『ハアレツ』はヴォルフガング・G・シュヴァニッツとバリー・ルビンの"Nazis, Islamists, and the Making of the Modern Middle East"を引き、ネタニヤフが主張するようなヒトラーとフサイニーのやりとりはそもそも無く、ヒトラーがユダヤ人絶滅を決意したのは会談前と指摘した。しかし一方で、アメリカのシンクタンク「中東フォーラム(英語版)」によると、同フォーラム所属のシュヴァニッツは、「アル・フサイニーがアドルフ・ヒトラーとホロコーストの中で重要な役割を果たした共闘者であり、共犯者であったことは歴史的事実である」と主張した。ただし、ネタニヤフが主張したような二人のやりとりはなかったという。