防衛不祥事
外部からの指摘を受け使用を中止。 5月 - 北部方面後方支援隊北部方面輸送隊の隊員が北海道然別演習場での戦闘訓練中相互に実弾を発射し隊員2名が負傷。岩田清文陸上幕僚長が管理監督責任を取る形で辞任。2017年1月、空包と実弾を誤って請求した部隊の補給担当者ら25名が処分される。 遠洋航海参加中の護衛艦「あさぎり」の隊員(20代)が9月、練習艦「せとゆき」の隊員(40代)が10月に艦内にて首を吊り自殺。1人は仕事に不満を抱えていたことを示唆する遺書を書いており、過度な指導があった可能性が高いとされており、警務隊は上司や同僚から行き過ぎた指導があった可能性もあるとみて自殺の理由を捜査。 11/30に自衛官の母親が「自衛隊の南スーダンPKO(国連平和維持活動)への派遣は憲法違反」と派遣差し止めと撤退などを求めて札幌地裁に提訴。
2017年 3月 - 自衛隊南スーダン派遣の派遣日報を破棄したと説明しながら実際は保管されていたことが明らかとなったことを受け、防衛監察本部が特別防衛監察を開始。日報の電子データは2月6日の時点で同じデータが公表で翌日に公開された後に、2月15日に個人保管の資料であるなどの理由で非公表方針が決まっているなど情報公開では問題ではなかった。幹部らによる隠蔽を認定する特別防衛監察の結果が7月28日に公表され、黒江哲郎防衛事務次官や岡部俊哉陸上幕僚長ら幹部5人が停職や減給などの懲戒処分となった。その後、稲田朋美防衛大臣と黒江、岡部が引責辞任。
1佐は懲戒免職となり起訴猶予処分。 11月 - 航空自衛隊浜松基地で3等空曹が指導役の隊員から再三にわたる暴言や暴行の上「反省文100枚、でなければ辞表だ」と強要されるパワーハラスメントを受け、うつ病で自殺。上司も放置したとして2008年に遺族から防衛省と共に提訴され、2011年7月、請求8千万円に対し3千万円の賠償を命じられる判決が確定。
2006年 1月30日 - 防衛施設庁談合事件。この事件を受け防衛施設庁は、翌年防衛省に統合される形で廃止される。 2月 - 護衛艦あさゆきの関係者所有とみられるPCから海上自衛隊の暗号資料など極秘文書が流出。防衛庁は暴露ウイルス対策として自衛隊より私物PC持込排除を行った。 5月 - イラク派遣中の陸上自衛隊第9次復興支援群の准陸尉が、9mm拳銃の実弾を宿営地外で紛失したにもかかわらず、それを隠蔽していたことが発覚。イラク派遣部隊初の懲戒処分(停職)を受ける。 9月 - 航空自衛隊北部航空警戒管制団の女性士長が、勤務中の男性三曹から呼び出された上、性的暴力を受けたりし、その後基地幹部に訴え出たものの、逆に退職を強要されたため在職中の2007年5月に札幌地方裁判所に提訴。原告の隊員は提訴後の2009年3月任期満了後の継続任用拒否によって退官。2010年7月29日に同地裁は、「上下関係などを利用した性的暴行で、また、上官らが露骨に退職に追い込もうとした」として、組織的なセクシャルハラスメントと認定し、約580万円の支払いを命じた。控訴せず一審判決が確定。 5日 - 海上自衛隊大湊地方総監部に停泊中のミサイル艇が20mm機関砲を誤射し、総監部庁舎が一部破損。
別隊員の小銃紛失については8万人規模で捜索するも発見に至らず東部方面警務隊が窃盗容疑で捜査開始。2015/3に将官人事にて第10師団長が交代し事実上の更迭となった。 陸上自衛隊が保有する爆薬 火薬類のうち民間預託分88億円分について、出し入れの記録がなく費消されているとされた現物が残っているなど帳簿記録と実際の保管数が合わない状況にあることが会計検査院の監査で判明。物品管理法 火薬類取締法 武器等製造法に抵触。 11月 - 陸上幕僚監部の情報機関「運用支援・情報部別班」が冷戦中の前身・「調査第二部」時代から独断で、東ヨーロッパ・中国・韓国・ソ連などに拠点を作って、身分を偽装して入国した陸上自衛官達による情報収集活動を行なっていた事、その事実は首相や防衛大臣(当時は防衛庁長官)にも知らされていなかったことが報道される。文民統制違反の疑い。
2014年 3月13日 - イラク派遣中に軍車両事故で後遺症を患った元自衛官が不祥事や恐喝被害についての告発を行なった。 8月 防衛大学校にて2年生の男子学生が上級生から集団で連続暴行・嫌がらせを受けて抑鬱状態となり休職。8月7日、関与者を傷害罪で告訴。本省も小野寺五典大臣が「あってはならない事」と調査を命じる。民事訴訟も提起し、2019年2月、関与者8人のうち7人に対して賠償命令。 愛知県三河地方の陸上自衛隊高等工科学校元生徒が、いじめや職員の体罰に適切に対処するよう求めたが学校側が対処せず退学を余儀なくされたとして国と8人部屋で暮らした同級生ら2人を相手に計約700万円の損害賠償を求め名古屋地裁岡崎支部に提訴。