瑜伽大権現
明治元年(1868年)の神仏分離令による廃仏毀釈によって、修験道に基づく瑜伽大権現は廃された。明治6年(1873年)瑜伽山蓮台寺は廃寺は免れたものの、真言宗の由加山蓮台寺と由加神社に強制的に分離された。