南洋艦隊
清朝は1898年までに、艦艇の補充と異動で北洋水師の再建を完了したが、この過程で他の水師は保有する大型艦を召し上げられ、砲艦のみの小艦隊に成り下がった。
だがその再建された北洋艦隊は、1900年の義和団事件で江南に敗走。1905年に北洋大臣袁世凱らは四水師を解体の上で、清朝直属の海軍に統一することを決定。1909年、清朝の水上戦力は大型艦を集中運用する巡洋艦隊と小型艦主体の長江艦隊に再編成された。
その後辛亥革命で中国の首都は南京に移り、海軍司令部も移転した。このため、南洋艦隊は中華民国の海軍にまで遠くつながっているとも言える。
清朝の近代海軍は1866年から1871年にかけて、各地の督撫によって編成された。このため各水師は皇帝に従う清朝海軍の一艦隊であると同時に、各地方の有力者の私兵(軍閥)でもあり、統一運用ができるかどうかは水師間の交渉次第という、微妙な関係の下にあった。
この中で南洋水師は1867年、両江総督の曽国藩によって設立され、上海を拠点に江蘇一帯と長江沿岸の防衛を担当した。上海には曽国藩の部下だった李鴻章が1864年に設立した江南製造局があり、福建艦隊の福州船政局と並ぶ中国の大造船所となるポテンシャルを有していた。
1880年代前半にはドイツから購入した巡洋艦「南琛」「南瑞」と国産砲艦10数隻からなる戦力を有していたが、1885年に清仏戦争が勃発。南洋水師は福建水師の救援要請に応えて出撃したものの、到着前に福建水師はフランス艦隊の攻撃で壊滅(馬江海戦)。南洋水師も迎撃されて敗走し、砲艦2隻を失った(石浦海戦)。
清仏戦争後、今度は台湾の領有と朝鮮の宗主権を巡って日本との緊張が高まり、1885年以降、海軍予算は李鴻章の北洋水師に集中投入されるようになった。江南製造局は陸軍向けの銃砲増産が優先されるようになり、造船から撤退した。このため以後は大きな戦力の変化は無くなった。
1894年の日清戦争でも、広東水師のように北洋水師に加勢はせず、台湾方面の警備を行ったのみであった。そして北洋水師が壊滅すると、無傷で残った南洋水師は、清朝が新たにドイツ・イギリスに発注した艦艇が届くまでの数年間、清朝の貴重な海上戦力になった。