よこすか
「しんかい6500」との間の音波通信機や画像受信機を備え、その調査潜航を管理する司令室としての役割を担う。深海用マルチナロービーム測深機、精密音響測位システムのほか、最大運用水深4,500mの深海調査曳航システム「ディープ・トウ」を搭載するが、これはしんかい6500の潜航事前調査にも用いられる。
なお1995年より、「しんかい6500」の事前調査および救難用としてROV「かいこう」も搭載・運用するようになった。ただしその後「しんかい6500」の救難体制の変更に伴って本船に搭載する意義は薄くなったことから、「かいこう」の調査能力を十全に発揮できるよう、1997年に専門の母船「かいれい」が建造されて、そちらに移設された。またその後、JAMSTECが開発した深海巡航探査機「うらしま」の運用支援も行うようになった。