モンティチェロ
彼の最初の図書館は火事で消失、書物を移動するため議会へと寄付した2番目となる図書館は、イギリス人によって焼却された。この2番目の図書館はアメリカ議会図書館の中心部を成していた。また、著名で「(ジェファーソンの)暮らしぶりより大きい」ように見えるモンティチェロだが、家屋自体は実際には他の典型的な大邸宅よりも小さい。ジェファーソンは多くの家具が空間の無駄になると考慮し、ダイニングの食卓は食事の時間のみ組み立て、壁の一部を切り開いて収納スペースも兼ねた小部屋にベッドを建てるようにした。ジェファーソンのベッドは、保管庫(書斎)側と寝室(化粧室)の、2つの側から開くようになっている。
西側正面は非常に上品で均衡の取れたヴィラの印象を与える。北翼部分には暖炉と合体した移動式配膳台やキャスターと棚が取り付けられているテーブル、棚の付いた回転するドアがあるダイニングと、2つの来客用寝室が含まれている。
邸宅中心部は、北側と南側へ離れた小さな別棟で拡大されていた。南側付近には搾乳場、洗濯場、倉庫、釘工場、建具場など、機能的な建物群と共に、「マルベリー・ロウ」として知られる奴隷用の住居が置かれていた。現在では石職工の別棟、高い建具場の煙突、そして他の建造物の土台が残存している。長らく、マルベリー・ロウの一室にはジェファーソンの妻の死後に愛人となった奴隷サリー・ヘミングスも住んでいたが、後に彼女は中央棟の階下にあった部屋へと移動した。マルベリー・ロウの下の坂に、ジェファーソンは広大な菜園を保持していた。
モンティチェロの家屋は、20平方キロメートル(5000エーカー)ある農園の中心にあり、150人余の奴隷が仕えていた。
2004年、管財人はジェファーソンがモンタルト(Montalto、「高い山」)と呼び、シャーロッツビルの住民には「マウンテントップ・ファーム」として知られていたモンティチェロを見渡す唯一の地所である高い山岳を、俗にマクマンション(McMansion)と呼ばれる大型家屋の開発から守るために1500万ドルを費やして購入した。
リーヴィの相続人による訴訟は、ユライア・リーヴィの甥でニューヨーク在住の弁護士、不動産業者、株投資家で議会議員でもあったジェファーソン・モンロー・リーヴィ(Jefferson Monroe Levy)が、他の相続人達の権利を買い上げ財産を管理できるよう定められた1879年に和解した。その後ジェファーソン・リーヴィは叔父のユライア同様、訴訟がニューヨークとバージニアで進行している間にひどく状態の悪化したモンティチェロを、修復・修繕し保護に努めた。
1923年、民営で非営利組織であったトーマス・ジェファーソン財団が、ジェファーソン・リーヴィからモンティチェロを買収した。今日において、モンティチェロは博物館及び教育機関として管理されている。来訪者は地下貯蔵庫の各部屋と1階を見学することが出来るが、2階と3階については一般に公開されていない。
モンティチェロは、世界遺産に選定されたアメリカ合衆国で唯一の私人の住居である。また、1989年から1992年にかけ、アメリカ国立公園局歴史的建造物調査(HABS)の建築家の一団が、モンティチェロを正確に測量した製図の集積を入念に創り上げた。これら製図は現在、アメリカ議会図書館にて保管されている。この世界遺産登録にはモンティチェロと共に、ジェファーソンによるバージニア大学も含まれている。
ジェファーソンが他にデザインしたものには、バージニア州リンチバーグ近郊のポプラ・フォレスト(ポプラの森)と呼ばれる邸宅の他、リッチモンドにあるバージニア州議会議事堂がある。