ジョアン3世 (ポルトガル王)
ロヨラが推薦したのがニコラス・ボバディリャとシモン・ロドリゲスであったが、急病に倒れたボバディリャに代わりフランシスコ・ザビエルがロドリゲスと共に1540年3月にリスボンへ到着すると、感銘を受けたジョアン3世はロドリゲスをポルトガルに引き留め、翌1541年4月7日にザビエルをリスボンからインド・ゴアへ派遣した。こうしてザビエルはアジアへ赴くことになる。
以後もイエズス会との関係は継続、ロドリゲスとの協力で大学町コインブラに45人の共同体を形成、ザビエルの布教活動を各教会に広めコインブラにイエズス会士の扶持を命令、1546年にインドへイエズス会士12人派遣を取り決めた。エチオピア帝国から支援要請と引き換えにした大司教派遣を求められると、イエズス会士ピエール・ファーヴルを選出することを計画(就任前にファーヴルが急死したため代わりにジョアン・ヌネス・バレト(イタリア語版)を1556年に派遣)、1553年に王妃の近習だったフランシスコ・ボルハを王室説教師に迎え入れたりしている。
ジョアン3世の治世では初の国勢調査が開始(1527年 - 1532年)、ポルトガルの総人口は約140万人と見積もられ、首都リスボンはポルトガルの富が一極集中していた影響で人口6万5000人と総人口4.6%を占める大都市になっていた。アヴィス騎士団とサンティアゴ騎士団の王室との統合で王領地は国土の半分を占め、国王の権威はより高められ、これまで神に対して使用されていた「Najestade」の称号が国王に対して使われるようになる。海外貿易がもたらす莫大な富も相まって、代々の中央集権化が結実してポルトガルに絶対王政が敷かれた。