ネパール人民解放軍
2012年4月27日、マオイストは退職した元人民解放軍兵を糾合して「ネパール退役人民解放軍兵協会」を設立した。人民解放軍兵でマオイストの指示により党青年組織の青年共産主義者連盟(YCL)に移籍した者が3,500人以上に達した。マオイストが元人民解放軍兵に移籍を指示した背景には、移籍者の士気高揚のほか、党大会の準備、次期選挙対策などが狙いといわれている。
また、軍統合の進捗とともに、人民解放軍無資格者問題が浮上していた。国連ネパールミッション(UNMIN)が2010年1月に行った資格検査で年齢基準を満たしていないため兵站基地から退去させられた人民解放軍兵が、和平工程の恩恵から取り残されている窮状を訴え、自主退職兵に準じた処遇を政府に要求して2012年3月4日に全国各地でストライキを行った。4月19日には、元無資格人民解放軍兵がマオイストの本部に押しかけ、自主退職兵と同等の処遇(一時金支払)を求めた。その後、政府はこの要求に対して1人当たり20万ルピーを支払うことにしたが、統一共産党はこの決定に対してマオイストによる国庫の私物化として非難、政府の決定は違法かつ暫定憲法に違反するとして提訴し、最高裁判所は2012年11月4日に政府に対してこの支払いを差し止める仮決定を下した。
マオイストと7政党は、包括和平協定で人民解放軍の戦闘員をネパール国軍に統合させることで基本的に合意していた。しかし、マオイストと他党が軍統合の問題を政権抗争に利用したこと、マオイスト自身が武装勢力の温存を試みたこと、統合の仕方に関してマオイストと他の勢力の間で意見の食い違いがあったことなどの理由で、軍統合の作業はなかなか進まなかった。包括和平協定を含む関連の協定や合意、暫定憲法のなかで、人民解放軍の統合・リハビリの詳細について明記されなかったことも、合意を遅らせる原因となった。(暫定憲法には、「暫定内閣は人民解放軍の戦闘員を監督、統合、リハビリする特別委員会を設置する」とだけ記されている。)
マオイストは当初から、宿営地にいる戦闘員全員を部隊ごとネパール国軍に統合させるべきと主張した。一方、ネパール国軍の幹部や他党リーダーのなかには、マオイストをネパール軍に統合することにあからさまな反発を示す人もいた。
ネパール首相が率いる政府で国防大臣を務めた統一共産党の女性副議長のビデャ・バンダリは、国防大臣に就任した直後に、「政治的に洗脳されたマオイストを国軍に入れるわけにはいかない。彼らは党に戻るべき」と話して、物議を醸しだした。