日本のプロテスタント教派一覧
聖成基督教団
世界福音伝道団
シオン宣教団
チャーチオブクライストニュージーランド日本
日本ベテスダ教団
バルナバ福音教育宣教会
日本キリスト召団
聖イエス会
地方召会・地元にあって合一にある立場にある教会(○○に在る教会)
聖書配布協力会
基督心宗教団
イエスの方舟(極東キリスト集会)
クリスチャン・サイエンス (科学者キリスト教会)
復元イエス・キリスト教会 (復元した末日聖徒イエス・キリスト教会)
国際キリストの教会=ボストン・チャーチ (東京キリストの教会)
ファミリー・インターナショナル (愛の家族、神の子供たち)
同仁キリスト教会(基督教同仁社団)(ユニテリアン・ユニヴァーサリズム)
東京新教会(新エルサレム教会,スウェーデンボルグ派)
真イエス教会日本総会
喜びのニュース宣教会
神様の教会・世界福音宣教協会
タベラ世界宣教会
聖神中央教会
万民教会
タラッパン運動 (レムナント教会(埼玉県三郷市))
新天地イエス教証しの幕屋聖殿
イエス中心教会 (韓国エルサレム教会)
聖楽バプテスト教会 (ベレヤ運動)
キリスト教福音宣教会(摂理、JMSモーニングスター)
イエス之御霊教会
聖神中央教会
子羊の群れキリスト教会
道会
天宙統一真の王国連合 <統一協会の分離独立派、通称・中山グループ>
あいのひかり教団(アメン教団)
エホバの証人(法人名:ものみの塔聖書冊子協会)
末日聖徒イエス・キリスト教会(通名:モルモン教)- 聖書の他にモルモン書を利用している点で他の宗派とは異なる。
世界平和統一家庭連合(旧称:世界基督教統一神霊協会。通称、統一教会または統一協会)
日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団
日本チャーチオブゴッド教団
日本フォースクエア福音教団
日本オープン・バイブル教団
トータル・クリスチャン・チャーチ・グループ
イエス・キリスト福音の群
使徒の信仰伝道団
日本ユナイト・ペンテコステ教団
純福音日本国内教会
カルバリキリスト教団
サンビ教団
日本福音ペンテコステ教団
日本福音宣教会
日本フルゴスペル教団
ベタニヤ・クリスチャン・アッセンブリーズ(1961年創立)
日本ペンテコステ神之教会教団(1929年創立)
日本ベタスダ教団(2000年創立)
日本福音宣教団(1950年創立)
日本ネクスト・タウンズ・ミッション(1956年創立)
単立ペンテコステ教会フェローシップ
クリスチャン・ライフ・チャーチズ・インターナショナル
札幌キリスト召団
日本リバイバル連盟(1995年創立、超教派パラチャーチ団体)