日田駅
鉄筋コンクリート造りの駅舎に接した単式ホーム1面1線とホーム間は地下道で結ばれた島式ホーム1面2線の合計2面3線の地上駅である。他に留置線3本を有する。
2011年(平成23年)3月に国土交通省が駅のエレベーター設置方針の基準を緩和したことを受けて、同年9月21日に日田市議会が市の負担分を盛り込んだ予算案を可決し、国・日田市・JR九州が同額を負担する形で各ホームに地下道と接続するエレベーターが設置されることになった。
直営駅で、みどりの窓口・自動券売機・液晶ディスプレイ式の小型発車標が設置されている。待合所にキヨスクと楽チャリが設置されている。
改札口は駅の南口(南西側)のみにあるが、駅舎に隣接して南口と北東側(駅裏)を結ぶ地下自由通路(ホームへの地下道とは異なる)が設けられている。また駅裏にもロータリーが設けられている。
日田彦山線BRTは駅前(南口)ロータリーに設けられた乗降場を発着する。光岡駅 - 当駅間で高校の最寄り駅を経由する「高校ルート」では、駅の北側に近接するものの駅裏ロータリーには入らず、東側の跨線橋を経由して南口へ回り込むルートとなる。
かつては地元調整業者の三咲屋が「鮎寿司」「お好み栗めし」などの駅弁を販売しており、特に「天領御弁当」が知名度が高い名物駅弁であったが、2003年9月30日限りで廃業し販売を終了した。三咲屋廃業後は駅前食堂の寳屋本店が駅弁をキヨスクで販売していたが、こちらも2015年に日田駅の駅舎が大幅リニューアルされた際にキヨスクが閉店したため、販売を終了している。駅舎リニューアル後は駅弁は販売されていない。
2015年の販売終了まで売られていた駅弁は以下の通り。
たかな巻すし
たかなそぼろ弁当
鮎すし