ニューモデル軍
共和国の敵対勢力を排除するため、クロムウェルは5月に平等派を弾圧、8月にニューモデル軍を率いてアイルランド侵略を敢行、アイルランド・カトリック同盟および王党派を各地で撃破した。この時軍はアイルランドにいるカトリック勢力への憎悪に駆られて悪名高い住民虐殺を繰り返し、現在まで続くアイルランド問題の発端を作った。また侵略は兵士の未払い給料を奪った土地かその証券で弁済する側面もあり、土地売買が頻繁に行われたが、貧しい兵士達は安値で手早く土地を売るしかなくなり、土地は富裕層に渡り兵士の貧困は続くという悪循環に陥った。
1650年5月、クロムウェルは途中で遠征を切り上げ帰国、7月からスコットランド遠征(第三次イングランド内戦)に出向いた。司令官フェアファクスはスコットランドとの戦争を拒否・辞職したためクロムウェルが司令官となり、彼の指揮下でニューモデル軍は9月3日のダンバーの戦い、翌1651年9月3日のウスターの戦いで連勝、チャールズ1世の息子チャールズ2世を亡命へ追いやり内戦を終結させた。
だが軍と議会の対立は続き、議会は第一次英蘭戦争で財政が傾いたため軍の給料減額と軍縮を進め、反発した軍幹部ランバートとトマス・ハリソンはクロムウェルに解散を詰め寄り、1653年4月にランプ議会は軍と同調したクロムウェルとハリソンのクーデターで解散された。軍の士官会議は7月にベアボーンズ議会を開会させたが、この議会も軍への支給減額を図ったため12月に軍の圧力で解散され、ランバートが中心とした士官会議は『統治章典』を公布、軍を支持基盤に置いたクロムウェルを護国卿とした政権を発足させた。