エアスピネル
続く日本ダービー(東京競馬場芝2400m、GI)では3連敗を喫したこともあり7番人気と評価を落とした。レースでは常時単独5番手に付け最終コーナーでは徐々に前へ詰めていった。最後の直線では隙を見つけそこから先頭に立ち、そのまま残り100m地点まで粘るも、追い込んできたマカヒキやサトノダイヤモンド、ディーマジェスティに交わされ4着。その結果について、騎乗した武は「生まれた年が悪かった。」とコメントした。
日本ダービーの後は、山元トレセンへ放牧に出された。その後、神戸新聞杯からクラシック三冠第3戦・菊花賞に向かうことが発表された。
秋初戦となった菊花賞トライアルの神戸新聞杯(阪神競馬場芝2400m、GII)ではエアスピネルは、少し差の開いた2番人気に支持された。レースでは、珍しく鞍上の武が後方待機策を選択。しかし最後の直線で思うように伸びず5着に敗れた。
そして迎えたクラシック三冠のラスト一冠、菊花賞(京都競馬場芝3000m、GI)。単勝オッズは1番人気のサトノダイヤモンドが2.3倍、2番人気のディーマジェスティが3.2倍、3番人気のカフジプリンスが11.7倍と、完全な2強ムードとなった。エアスピネルは3000mという距離への不安がささやかれ、20.5倍の6番人気と評価を低くしてしまった。レースでは、スタートしてすぐ鞍上の武豊が、内に入れる好騎乗を見せたが、エアスピネルは道中かかってしまう。常時3番手をキープし迎えた最後の直線では、先に抜け出したサトノダイヤモンドを追走する形となった。ディーマジェスティは振り切ったものの、レインボーラインにゴール前交わされ3着となった。