海底六万哩
"海の怪物"の調査のためにアメリカ海軍はエイブラハム・リンカーン号を派遣する。怪物の正体は潜水艦ノーチラス号だった。交戦の結果、乗船していたフランス人教授ピエール・アロナックス、その娘、銛打ちのネッド・ランドなど4人が海に投げ出される。4人はノーチラス号に救助されたが、ネモ船長の捕虜となる。
同じ頃、ボンド大尉たち北軍の斥候たちの乗った気球が風に流され、ノーチラス号の近くの神秘の島に不時着する。その島には野生児の娘がいた。
娘は実はネモ船長の生き別れの娘だった。インド王子だったネモ船長は、チャールズ・デンバーによって妻を殺され、娘を奪われた。デンバーは娘を島に置き去りにし、彼女は自然の中で成長したのだった。
そのデンバーが娘の様子を見にヨットで島に戻ってくる。ネモ船長は魚雷でデンバーのヨットを破壊し、復讐を果たす。ネモ船長は娘と再会を果たした直後、死ぬ。海底で葬儀が行われ、ノーチラス号は深海に沈められる。