スーダン人民解放軍
1983年、第一次内戦の元反乱兵の説得ために政府から地方都市ボルに派遣された軍の大佐だったジョン・ガランは地方分権と民主主義の実現を求め、南北の地域格差是正など「新スーダン」の建設を掲げ、SPLAを立ち上げ、2005年7月30日に死ぬまで議長と最高司令官を兼ねた。正式名称は組織の政治部門と軍事部門の名をあわせたスーダン人民解放軍・スーダン人民解放運動 (SPLA/SPLM) だが軍事部門が突出していたためSPLAが通称となっていた。第二次内戦は宗教と民族の概念で語られることが多かったが、南部に多い原油資源の分配を巡る争いでもあった。
SPLAはソ連、エチオピアなどの支援により南部全域とアビエイ、ヌバ山地、南部青ナイル州に支配領域をひろげ一時5万人の大勢力となる。1989年北部がバシール政権となると民族イスラム戦線の影響で政党が禁止され、それら政党と国民民主同盟が結成された。幹部の大半が南部最大の部族ディンカ族だったため内紛が多発。1991年エチオピアでメレス・ゼナウィ政権が成立すると支援が弱まり、SPLAはジョン・ガランの主流派(トリット派)と、ケルビノ・クアニン・ボル(英語版)のバハル・エル=ガザル派、ヌエル人のリエック・マチャルのナシル派(のち統一派、南スーダン独立運動/軍)に分裂した。この分裂は政権側の工作にもよるものだった。ウィリアム・ニュオンは1992年に統一派に参加し、政府軍に協力しのち主流派に復帰した。