長崎自動車
田上営業所 長崎市田上1丁目2番49号 2001年(平成13年)7月16日に茂里町営業所の出張所となった後、2003年(平成15年)4月7日に稲佐橋営業所へ統合して完全に廃止。
瀬戸営業所 西海市大瀬戸町瀬戸板浦郷920番10号 2003年(平成15年)10月1日付でさいかい交通株式会社として分社化。
茂里町営業所 長崎市茂里町1番59号 2006年(平成18年)9月1日廃止。跡地はみらい長崎ココウォーク。
稲佐橋営業所 長崎市光町1番5号 2006年(平成18年)9月1日廃止。
東長崎営業所 長崎市平間町373番2号 2022年(令和4年)10月1日廃止。路線の再編に伴い東長崎地区から撤退のため閉所。施設はバス待合所に転用。 2023年(令和5年)5月1日以降は、これまで長崎市田中町にあった長崎県交通局矢上営業所を当施設に移転の上、同局「東長崎営業所」に名称変更し、供用開始。
貸切大村営業所 大村市森園町1648番1 諫早市と大村市が貸切営業区域に加わったため1982年(昭和57年)に開設された。既に廃止されており、跡地は空港線の車庫となっている。
なお、経由番号については見直しを行うという方針があるとされるが、実施には至っていない。長崎市中心部では再開発事業(新幹線、県庁舎や市庁舎の移転など)が計画されているため、番号のみならず大波止経由と市役所前経由という区分けも含めた再検討が必要と考えられている。また、経由番号の見直しにあたって行き先ごとに番号を割り振ることも検討されている。
山坂やカーブ、道幅が狭い道路などが多く存在する長崎市内であるが、長崎バスでは全路線とも基本大型バスでの運行となっている。例外として、一部に大型バスでは運行できないほど道路が狭い場所を運行する路線のみ、中型バスや小型バスで運行される体制を取っている。
運行系統の詳細は各営業所の記事を参照。
東長崎営業所存在時は網場方面からの長崎新地ターミナル行きが200番の系統番号を付番されていた。
東長崎営業所存在時は芒塚・網場方面行きが80、芒塚・矢上方面行きが90の系統番号をそれぞれ付番していた。
2020年には長崎自動車とさいかい交通で、交通系ICカード全国相互利用サービス対象のICカード利用が開始された。また同年には新地ターミナルの発車案内設備の交換を行い、ココウォークと同型のものになった。
2021年、長崎県交通局と競合していた路線を一元化する協議(長崎市域乗合バス事業共同経営計画)が行われた。
2022年、4月より滑石線を長崎自動車(長崎バス)、東長崎線を長崎県交通局(県営バス)に一元化して該当路線の運行本数を調整する共同経営体制が始まった。更に10月にもダイヤ改正を行い、バス路線の再編に伴い長崎バスが東長崎地区から撤退するため東長崎営業所は閉所され、施設はバス待合所に転用となった。また一部路線は長崎市コミュニティバスに転換した上で県営バスが運行する。
2023年、5月1日よりこれまで長崎市田中町にあった長崎県交通局矢上営業所を、長崎バスが閉所した東長崎営業所に移転の上、長崎県交通局「東長崎営業所」に名称変更し、供用が開始された。
2024年、3月31日をもって16路線(区間)23.41キロの運行を終了し、廃止する予定。長崎半島を走る岬木場線や式見桜の里線、ミニバス路線などが対象となっている。