国立病院機構長崎医療センター
1942年(昭和17年)10月、大村海軍病院として運営開始。
1945年(昭和20年)12月、厚生省へ移管され国立大村病院となる。
1947年(昭和22年)10月、高等看護学院附設。
1950年(昭和25年)7月、国立長崎病院を統合。
1971年(昭和46年)4月、臨床研修指定病院に指定。
1975年(昭和50年)4月、国立長崎中央病院と名称変更。
1999年(平成11年)3月、高度専門医療施設(肝疾患)の指定。日本初の脳死腎移植。
2001年(平成13年)1月、厚生労働省へ移管。4月、国立病院長崎医療センターと名称変更。
2004年(平成16年)4月、独立行政法人国立病院機構長崎医療センターと名称変更。
2006年(平成18年)12月、長崎県ドクターヘリ運航開始
2008年(平成20年)4月1日をもって看護学校の学生募集停止。
2009年(平成21年)4月、センター構内に活水女子大学の大村キャンパス(看護学部)を開設。
2013年(平成25年)3月25日、長崎医療センター 研修医同窓会「あかしや医師の会」を設立。
2013年(平成25年)6月1日、当院のマスコット(ゆるキャラ)、ヘリドッグ太くんが登場。国立病院機構としては初めて。
2016年(平成28年)3月、原子力災害拠点病院に指定
2018年(平成30年)4月、高度救命救急センター指定