有櫛動物
他の動物門との関連は未だ明らかでない。左右相称動物の姉妹群、刺胞動物の姉妹群、刺胞動物+平板動物+左右相称動物の姉妹群、他の全ての動物門の姉妹群などの主張がある。近年のホメオボックス遺伝子に基づいた解析結果からは、刺胞動物+平板動物+左右相称動物の姉妹群か、他の全ての動物門の姉妹群であると結論された。有櫛動物と後生動物との関係を理解することは、動物の多細胞化・複雑化などの初期の進化を理解する上で非常に重要である。