マルワーン1世
これに反発した反乱者たちは656年6月に再びマディーナに戻り、ウスマーンの邸宅を包囲した。この状況に対してウスマーンはその手紙のことは知らないと主張した。このため、手紙はウスマーンでななくマルワーンによって作成されていた可能性があると考えられている。
その後、マルワーンは命令に反していたにもかかわらず、ウスマーンの家に対する積極的な防御行動に出た。そして入口に集まっていた反乱者に対し戦いを挑んものの、戦闘で首に酷い傷を負った。伝承によれば、マルワーンは乳母であるファーティマ・ビント・アウスの治療介入によって救われ、マルワーンのマウラー(解放奴隷もしくは庇護民)であったアブー・ハフサ・ヤズィード(英語版)によってファーティマの家の安全な場所へ運ばれた。そしてその直後にウスマーンは反乱者たちの手によって殺害された。
この事件はイスラーム世界の第一次内乱(英語版)の大きな要因の一つとなった。以前に反マルワーンの扇動をしていたムハンマドの妻の一人のアーイシャ・ビント・アブー・バクルとウマイヤ家の者たちからウスマーンの死への復讐を求める声が挙がり、これらの声はムハンマドの従兄弟で娘婿であるウスマーンの後継者のアリー・ブン・アビー・ターリブ(在位:656年 - 661年)への反発の掛け声となっていった。
マルワーンはパレスチナにラウフ・ブン・ズィンバーを派遣し、ラウフは同じジュザーム族の出身で部族の指導権を争う対抗相手であったイブン・アッ=ズバイル派の総督のナティル・ブン・カイス(英語版)をメッカへ追放した。さらに、マルワーンは685年2月もしくは3月までにエジプトの首府であるフスタートのアラブ部族の有力者から重要な支援を得てエジプトの支配を回復することに成功した。エジプトのイブン・アッ=ズバイル派の総督であるアブドゥッラフマーン・ブン・ウトバ(英語版)は追放され、エジプト総督の地位にはマルワーンの息子のアブドゥルアズィーズが任命された。
その後、アブドゥッラー・ブン・アッ=ズバイルの弟であるムスアブ・ブン・アッ=ズバイル(英語版)の率いる遠征軍がパレスチナへ侵攻してきたものの、アシュダクの率いるウマイヤ朝軍が撃退に成功した。しかし、マルワーンが反対にヒジャーズへ派遣したクダーア族のフバイシュ・ブン・ドゥルジャ(英語版)が率いる遠征軍は、マディーナ東方のラバダ(英語版)でイブン・アッ=ズバイル側の軍隊の前に壊滅的な敗北を喫した。一方、これと同時期にマルワーンはユーフラテス地方中部のカイス族の動きを抑えるために息子のムハンマドを派遣し、さらにイブン・アッ=ズバイルを支持する勢力とアリー家(英語版)を支持する勢力(この勢力は正統カリフのアリーとその子孫を指導者として仰ぐイスラームの宗派であるシーア派の端緒となった)からイラクを奪回するために、ウバイドゥッラー・ブン・ズィヤードが率いる遠征軍を685年の上旬に派遣した。
マルワーンは684年の初頭までにシリアのパルミラかヤズィードの若い息子で後継者となったムアーウィヤ2世の宮廷が存在するダマスクスのいずれかの場所に滞在していた。しかしながら、ムアーウィヤ2世は即位後数週間で後継者を指名することなく死去した。その後、シリアの軍事区(ジュンドと呼ばれる)のジュンド・フィラスティーン(英語版)(現代のパレスチナ一帯)、ジュンド・ヒムス(英語版)(現代のホムス周辺)、そしてジュンド・キンナスリーン(英語版)(現代のアレッポ周辺)の総督は、ウマイヤ朝ではなくイブン・アッ=ズバイルへの忠誠を誓った。その結果、ボズワースによれば、マルワーンは「統治者としてのウマイヤ家の将来に絶望」し、イブン・アッ=ズバイルの正統性を認める用意ができていた。しかし、マルワーンはイラクを追放された総督のウバイドゥッラー・ブン・ズィヤード(英語版)から、ジャービヤ(英語版)で開かれたウマイヤ朝を支持するシリアのアラブ部族の族長との会議中にムアーウィヤ2世の後継者として志願するように勧められた。
このイスラーム共同体の指導者の地位への志願は、地位の継承に関する三つの発展途上にあった原則の間の対立を露呈することになった。
マルワーンは正統カリフのウスマーン・ブン・アッファーン(在位:644年 - 656年)の治世中に北アフリカ中央部のカルタゴに存在したビザンツ帝国のアフリカ総督府(英語版)に対する軍事行動に参加し、戦争で著しい量の戦利品を手にした。これらの戦利品は恐らくマルワーンの膨大な富の基盤を形成したと考えられ、マルワーンはその一部をイスラーム国家の首都であるマディーナの不動産に投資した。正確な時期は不明なものの、マルワーンはウスマーンの下でペルシア南西部のファールスの総督を務めた後にカリフのカーティブ(書記官)となり、そして恐らくはマディーナの財務監督者の地位にも就いていた。歴史家のクリフォード・エドムンド・ボズワース(英語版)は、ウスマーンの治世中に行われた「クルアーンの正典化」への作業において、マルワーンはこれらの地位に就いていた間に「間違いなくその作業を助けていた」と述べている 。
歴史家のヒュー・ナイジェル・ケネディ(英語版)は、マルワーンはカリフの「右腕」であったとしている。一方、イスラーム教徒による伝統的な説明によれば、クライシュ族の間におけるウスマーンの当初の支持者の多くはウスマーンがマルワーンから強い影響を受けるようになったために徐々に支持を撤回していき、以前の支持者たちは物議を醸すカリフの各種の決定を非難するようになったと伝えている。
カルブ族(英語版)のイブン・バフダル(英語版)を中心とする各部族の有力者がマルワーンをカリフに選出し、マルワーンはこれらの部族とともに同年8月に起こったマルジュ・ラーヒトの戦いでイブン・アッ=ズバイルを支持するカイス族(英語版)を破った。その後の数か月間にマルワーンはメソポタミア北部のカイス族の動きを抑えつつ現地の総督たちがイブン・アッ=ズバイル側についていたエジプト、パレスチナ、およびシリア北部に対する支配を回復させた。さらにイブン・アッ=ズバイルが支配していたイラクを再征服するためにウバイドゥッラー・ブン・ズィヤードが率いる遠征軍を派遣したものの、その最中の685年の春に死去した。マルワーンは死の前に息子たちの政権内での地位を固めた。長男のアブドゥルマリクが後継のカリフに指名され、その弟のアブドゥルアズィーズ(英語版)がエジプトの総督となった。
マルワーンは後の反ウマイヤ朝の伝承の中で無法者であり暴君たちの父であるとして非難されたが、歴史家のクリフォード・エドムンド・ボズワース(英語版)は、マルワーンは賢明で有能であるとともに決断力のある軍事指導者であり、自身の死後65年間続いたウマイヤ朝の支配力の基盤を築いた優秀な指導者であったと評している。