承久の乱
一方で、承久の乱が起きた当時は、“鎌倉幕府”というような武家政権を表現する言葉が日本にはまだなく、討伐の対象としては個人名を上げるのが自然である。平安末期の以仁王の令旨においても討伐対象としては平清盛個人の名前が挙げられており、鎌倉末期の後醍醐天皇の綸旨においても北条高時個人の名前が討伐対象として挙げられている。だからといって以仁王や後醍醐天皇が清盛や高時の排除のみを目指し、平氏政権や鎌倉幕府の打倒を目指していなかったとは考えられない。また幼児の三寅や女性の政子は討伐対象としては不適当であり、義時が当時の幕府の最高権力者であることは明らかなため(後醍醐天皇の綸旨にも、実権の全くなかった当時の幕府の将軍守邦親王の名は成人男性であるにもかかわらず挙げられていない)、北条義時の打倒=倒幕と考えるのが自然だとする反論もある。
さらに上皇軍の主力は西国守護を中心とする在京御家人で、なおかつ戦略として三浦義村など幕府内部の有力御家人の寝返りが勝利には不可欠だったため、幕府廃絶などを公言することはできなかったとする推測もある。また、慈円は西園寺公経(三寅の外祖父)に宛てた書状で「実は後鳥羽院は大変にご立腹である。三寅の下向を本心では納得せず反対していたのを、自分がいろいろと工作して漸く下向に漕ぎつけた。やはり院は自分が武士を思うようにできないのは、不本意だと思っておられるようだ」(『門葉記』)と述べており、上皇は三寅の鎌倉下向にも反対だったが慈円の説得で渋々同意したものであって、慈円は後鳥羽の挙兵の動機は将軍擁立問題に対する不満にあると認識している。