シルバープレート
広島、長崎市への原爆投下任務に用いた機体は総数15機で、主な改修点として、
尾部銃座以外の武装撤去
装甲の撤去
エンジン及びプロペラを改良型に換装
爆弾懸吊装置の改造(全く形状の異なるリトルボーイ・ファットマンどちらにも臨機対応可能)
爆弾倉扉の改造(油圧開閉方式→空気圧開閉方式)
等を施された。
また、原爆に関する全ての事項を徹底的に秘匿した(アメリカ国内でも、限られたごく一部の政治家・軍司令官クラスしか原爆計画は知らされていなかった)ため、この機体を配備した原爆投下任務部隊(第509混成部隊)の固有マーキング(円の中に前向きの矢印)も、部隊がテニアン基地に展開しパンプキン爆弾を用いた原爆投下訓練を開始する頃(1945年7月中旬)には既存の通常爆撃部隊のマーキングを流用した。こういった経緯もあって外観上通常型B-29との識別は困難である。なお、マーキングは戦後本国へ帰還したのち元に戻された。