プロモーター
1 2 転写並びDNA複製は鋳型鎖で3’から5’末端への方向に進む。よって、生物学者は鋳型鎖の5’末端側を上流 upstream、3’末端側を下流 downstream と呼ぶのが通例だ。1個のデオキシヌクレオチド(DNAの構成単位)の相対的な位置を表す際、間のデオキシヌクレオチドの数に、そこから上流なら-、下流なら+を前に付けて表記する。プロモーターの中には最初のリボヌクレオチドが塩基対形成をする転写開始点 startpoint があり、転写に関わるほかの遺伝子の位置を示す場合に『+1』とする。0と番号付けるデオキシヌクレオチドはなく、下流の1個前は-1だ。
1 2 3 DNAの塩基配列の中には、重要な意味を持つために同種間または異種間にわたって存在するものがある。これを保存された conserved と形容する。
1 2 プロモーターに結合したRNAポリメラーゼはすぐに転写を実行するわけではなく、その前準備となる開始段階を必要とする。その一環は基本転写因子と呼ばれる多数のタンパク質とともに転写開始前複合体を成すことだ。転写開始段階はさらにいくつかの手順を追うが、その各段階で複合体は変化する。
↑ TATAボックスの位置は出芽酵母ではまちまちで、中には300bp以上も上流に離れていることもある。
↑ クラスIIプロモーターはコアプロモーターと上流プロモーターエレメントを合わせた5つから構成されるが、天然で全て揃っていることは稀である。
下流プロモーターエレメント(DPE)はショウジョウバエのゲノムに非常に多い。2,000年にAlan Kutach と James KadonagaはTATAボックスと同頻度に存在することを確認した。これらは転写開始部位より約30 bp下流にあり、共通配列はG(A/T)CGである。
DPEはTATAボックスが欠損したとき、その機能を補う。実際にショウジョウバエでは、DPEがあるTATAボックス欠損プロモーターは数多い。2つは類似点が多く、ともにTF IIDという重要な基本転写因子と結合する。