新幹線総合指令所
JR九州は当指令所以外にも博多総合指令センターの新幹線総合指令室で九州新幹線指令システム(SIRIUS)を使用し、主要な指令業務と運行管理はそちらで行っている。
2010年3月13日より九州新幹線の全通前の準備関係で、九州新幹線の列車番号の末尾のアルファベットが独自のFから東海道・山陽新幹線と同じAに変更された。2010年11月からは東海道・山陽新幹線の運行管理システムである新幹線運行管理システム (COMTRAC)と九州新幹線の運行管理システムである九州新幹線指令システム (SIRIUS) が接続され、3新幹線の運行状況を一元的に把握できるようになった。
2007年10月17日、JR東海定例会見で各新幹線にて不具合発生時の運行ダイヤ調整対応においてJR各社で協議した結果、当指令所に新たに九州新幹線担当者を置く対応策を発表し、実施に関して2010年12月8日のJR東海社長会見で当指令所にJR九州の九州新幹線担当指令長が常駐し、各新幹線の輸送障害が他の新幹線に波及しないよう運行管理を一体的に行うことが発表され、2010年12月以降、JR九州の九州新幹線指令長も常駐している。