段仕込み
第三段階。第四日目の工程。略称「留」(とめ)。酵母が、環境に慣れたのを見計らって、仲添の約2倍量にあたる麹と蒸米と仕込み水を投入する。
この時点で、単純計算では最初の約8倍ほどの分量になっていることになるが、実際には醗酵が進み量的にかさがまし、20~25倍ぐらいの容積になっている。また泡あり酵母を用いた場合は、一時的とはいえ泡のためにそのはるか上を行く容積までに見かけ上は膨張するので、それを初めから計算に入れた上で仕込みタンクの大きさを決めなくてはならない。いま主流を占めているのは3t仕込みタンクで、約10tの収容能力がある。
留添をおこなったあとは、仕込みタンクの外郭部の空洞に冷水を入れたり、伝統的な製法では氷を周囲に縛りつけたりして温度管理をおこない醪の完成を待つ。温度管理の仕方や日数は吟醸系と非吟醸系とは異なるが、おおむね所要3~4週間。詳しくは「温度管理」参照。
近代科学が日本に導入されるはるか以前から用いられていた、麹と酵母を知りつくした昔の蔵人たちの知恵の賜物である。室町時代に書かれた『御酒之日記』には、すでにその方法論が記されている。この方法により酵母が活性を失わずに醗酵を進めるため、醪造りの最後には20%を超えるアルコールが生成される。これは醸造酒としては稀に見る高いアルコール度数であり、日本酒ならではの特異な方法で、世界に誇れる技術的遺産といえる。