伏見天皇
幕府の干渉が強まると永仁6年(1298年)、後伏見天皇に譲位して院政を執り行った。しかし、幕府による両統迭立の考えのもと、後宇多上皇の皇子・邦治親王(後二条天皇)が立太子し、3年後の正安3年(1301年)には、大覚寺統の巻き返しにより後伏見天皇は後二条天皇に譲位した。両統迭立の方針に従い、皇太子には伏見上皇の第四皇子・富仁親王(花園天皇)が立てられた。延慶元年(1308年)、後二条天皇の崩御に伴い、花園天皇の即位を実現し、再び院政を敷いた。正和2年(1313年)に出家し、後伏見上皇が院政を引き継いだ。文保元年(1317年)、崩御。宝算53。
伏見天皇の親政・院政時代は、持明院統と大覚寺統が解決策を見つけられず綱引きをしていた時代である。伏見天皇の政治は皮肉にも政敵である亀山上皇の政策を踏襲したものであり、朝廷における訴訟機構の刷新や記録所の充実などにより政治的権威の回復に積極的に取り組んだ。また、皇位継承に介入する鎌倉幕府に対して強い不信感を持ち、在世中は倒幕画策の噂が立てられるほどであった。このため、伏見天皇の和歌の師で一番の側近であった京極為兼が二度も流刑となっているのは、伏見天皇が反幕府的な動きを取ったことに対する見せしめではないかという説も唱えられている。