ハヤブサが守る家
ジェイコブはエマを初めとした奇妙なこどもたちを引き離してから、庭園はさみを使って何とかホローを仕留めるが、彼らが孤児院に戻った時には、ゴランがミス・ペレグリンを誘拐して去っていた。
ゴランはこどもたちに、ミス・ペレグリンを助けようとは思うなと警告する。しかしジェイコブやこどもたちは、彼がはったりをかましているだけだと確信し、ゴランを追うことに決める。灯台の近くでこどもたちに見つけられたゴランは、ミラードを撃つが怪我をさせるだけに終わる。こどもたちはまた、鳥の姿でかごに捕らわれているミス・ペレグリンとミス・アヴォセット(別のインブリン)を見つける。ジェイコブとエマに追い詰められたゴランは、鳥かごを海へ投げ落とすが、ジェイコブに撃たれて暗闇へ落ちていく。ふたりは海に落ちた鳥かごを追って、Uボートを見つける。彼らは鳥かごを取り返し、ミス・ペレグリンの救出には成功するが、ミス・アヴォセットはワイトに捕らえられUボートで連れ去られていく。またジェイコブとこどもたちは、ミス・ペレグリンが人間の姿に戻れないことに気付く。こどもたちが帰ってくると、孤児院は無残に壊されており、ワイトの後を追ってミス・ペレグリンを助ける手立てを見出す必要があると分かる。ジェイコブは父親に別れを告げるために1度現代に戻るが、仕事が終わったら必ず戻ってくると約束する。ジェイコブとこどもたちは、怪物たちを追うために船で出港するのだった。