東京医科大学病院
2002年(平成14年)10月から1年間に、立て続けに心臓弁膜症の手術を受けた患者4人が死亡した。いずれの執刀医も同一人物であるという内部告発があり、それを受けて、手術の結果は医療ミスではないかと疑った3遺族が、死亡患者3人のカルテなどの保全を司法に求めた。病院側は当初、手術ミスを否定したが、外部の専門家による調査委員会は、「執刀医の経験不足で、合併症が起き、死亡という結果に至った」との報告書を提出し、技術の未熟な外科医に執刀を続けさせた指導体制の不備などを厳しく指摘した。これを受けて、病院側はミスを認めて謝罪、理事長らトップが引責辞任を表明、担当教授、外科医が辞職した。
2003年(平成15年)当時51歳の女性患者が点滴用カテーテルを誤挿入され死亡した。女性は、平成15年7月、直腸がんの手術を受けるために入院。手術自体は成功したが、栄養剤などを点滴するために首から挿入したカテーテルが誤って血管外に入り、胸腔内に点滴液が貯留。脳に十分な酸素が供給されず意識不明となり、平成17年4月に死亡した。事故をめぐり、女性の遺族らが学校法人東京医科大に約1億円の損害賠償を求めた訴訟は、大学側が遺族に和解金を支払うことなどを条件に、東京高裁で和解が成立した。
1993年(平成5年)に特定機能病院の認定を受けるが、2005年の第2外科(心臓外科)における医療事故に係わり厚生労働省による承認取り消しを受け、指定を持たない大学病院となっていたが、2009年に特定機能病院として再承認された。