原水爆禁止日本国民会議
ただし、核禁会議は「平和のための原子力」つまり原子力発電を推進しているため、反原発については単独行動および脱原発団体との共同行動が主となる。
しかし、2011年3月11日に福島第一原子力発電所事故が起こると、脱原発を鮮明にする原水禁と、引き続き原子力の平和利用を主張する核禁会議との亀裂は大きくなった。2011年の平和大会では、原水禁の川野浩一議長が原発を問題として取り上げ、連合・核禁会議は反発した。2012年の平和大会を前に、核禁会議の鎌滝博雄専務理事は「大会で脱原発を求めるなら今後一緒に行動できない」と原水禁を批判し、さらに原水禁の挨拶に「核と人類は共存できない」との文言があることが事前に核禁会議側に問題にされた。挨拶はそのまま行われたが、平和大会に先立ち原水禁、核禁会議がそれぞれ単独で集会を開くなど、対立が深まっていった。同年10月、核禁会議は原水禁の挨拶が「大会趣旨から逸脱した」と反発、連合に「今後3団体で平和大会を開催するのは困難」と申し入れた。最終的に、核禁会議の要求が通り、2013年の平和大会は連合単独主催となり、原水禁・核禁会議は共催に退くことになった。
2011年6月、内橋克人、大江健三郎、落合恵子、鎌田慧、坂本龍一、澤地久枝、瀬戸内寂聴、辻井喬、鶴見俊輔の9名によって、さようなら原発1000万人アクションと名付けた1000万人の署名を目標とする脱原発運動が呼びかけられた。このとき原水禁は署名の宛先としての住所や電話番号を原水禁とさようなら原発1000万人アクション実行委員会で共有するなど全面的な協力を行った。