日台関係史
2002年末、外務省の内部規則が改訂され、日台間の政府当局間接触が課長補佐から課長レベルに引き上げられた。小泉純一郎首相の私的懇談会が発表した「21世紀日本外交の基本戦略」(2002年11月)では「日台関係強化の研究」の必要性を指摘。2004年以降、日本政府は台湾の世界保健機関(WHO)へのオブザーバー参加を支持する立場をとり、2005年2月には、日米政府当局が日米安全保障協議委員会(2プラス2)で合意した「共通戦略目標」で、初めて台湾海峡問題に明確に言及した。当時の町村信孝外相も、日米安保は台湾地域も対象に入ると言明した。
一方で、2003年12月、日本政府(小泉政権)は、交流協会を通じ、台湾政府(陳水扁政権)に対し、公民投票の実施について、中台関係を徒に緊張させるものであり、台湾海峡周辺の平和と安定のために慎重に対処することを希望する旨、断交後初めて台湾政府に対する「申入れ」を行った。同様の懸念表明は、2006年2月、陳水扁政権が国家統一委員会及び国家統一綱領の運用停止を発表した際にもなされた。
日本と台湾(中華民国)は、国交断絶から間もない1973年初頭、民間交流を従来通り維持させるため、実務的な窓口機関を相互に設置した(日本側は「財団法人交流協会」。台湾側は「亜東関係協会」。1992年、亜東関係協会東京弁事処は台北駐日経済文化代表処に改称)。続いて同年3月には、日本の国会議員150名余りが参加して日華関係議員懇談会(日華懇)が発足(1997年、超党派の日華議員懇談会に改組)。こうして、日台間の非公式実務交流の基本的枠組みが形成された。
国交断絶直後の台湾の中華航空の航空機にある「青天白日満地紅旗」を「国旗」として認めないなどとする見解を表明したことに抗議し、即日、日台間航空路線停止を宣言した。
その後、日華懇の働きかけと青天白日満地紅旗を国旗と認めた日本外相宮澤喜一の国会答弁もあって、1975年8月、約1年3ヶ月ぶりに日台航空路線が再開された
尖閣諸島(台湾名:釣魚台)問題は、台湾側が領有を主張し始めた1969年頃から、漁業権益や海底資源権益も絡んで日台間の最大の懸念事項となっている。台湾船による領海侵犯事件が繰り返し発生している。2010年5月には、日本防衛省が日本最西端の与那国島の防空識別圏拡大を決定したことに対し、台湾側が強く反発した。
2012年の日本の尖閣諸島国有化に対しては中華民国行政院海岸巡防署の巡視船12隻と宜蘭県蘇澳鎮から出港した漁船約40隻が同時に尖閣諸島の領海を侵犯させ、尖閣諸島の台湾領有を主張するデモ活動を行った。これに対して日本の海上保安庁は保有する約360隻の巡視船・巡視艇のうち約45隻を出動させて対応し、巡視船が放水して進路規制を行ったが、台湾の巡視船も放水でこれに応戦した。これを受けて、財団法人交流協会の今井正理事長が台湾外交部を訪れ、楊進添外交部長と2時間にわたり会談、厳重抗議と再発防止の申し入れを行ったが、楊部長は日本の国有化について批判した。また、馬英九総統はこの領海侵犯を「全力で漁民の安全を守った」「釣魚台が我が領土であることを世界に誇示した」と絶賛した。2013年には尖閣諸島周辺の北緯27度以北に暫定措置水域を定めた日中漁業協定に対抗して日本と日台漁業協定を結び、北緯27度以南の操業を日本に認めさせた。
日本の降伏後、台湾に進駐し実効支配した中国国民党の台湾当局は、日本資産の接収を実施した(接収された資産総額は、当時の貨幣価値で109億9090万円。土地を除く)。日本は、1951年9月8日、サンフランシスコ平和条約で台湾・澎湖諸島の権利、権原及び請求権を放棄したが、この講和条約には中華人民共和国、中華民国のいずれも参加しなかった。その後、日本は、アメリカの仲介により、台湾のみを実効支配する中華民国政府との二国間講和条約の交渉を開始。1952年4月28日、日華平和条約に調印、日本と台湾(中華民国)との国交が回復した(なお、サンフランシスコ平和条約および日華平和条約では台湾の主権の帰属先は未定であるという台湾地位未定論がある)。また、日本からは白団と呼ばれる有志の軍事顧問団が台湾に渡り、金門砲戦などを指導して中華人民共和国からの台湾防衛を支援した。
1957年、外相兼任のまま内閣総理大臣に就任した岸信介は、同年5月に台湾などのアジア5カ国を歴訪。
1963年9月7日、中国の通訳周鴻慶が帰国直前に台湾への亡命を求めようとして逮捕され、その後亡命意思を翻意したとして、翌年1月に中国に強制送還される事件が発生した(周鴻慶亡命事件)。
1999年6月:2000年総統選の有力候補であった宋楚瑜元台湾省主席(当時国民党籍)が訪日。羽田孜、海部俊樹元首相、小沢一郎自由党党首らと会談。
1999年11月13日:石原慎太郎東京都知事が訪台(断交後、東京都知事の公式訪問は初めて)。台湾大地震の被災状況を視察し、李登輝総統や馬英九台北市長と会談。その後、石原都知事は、2000年5月、2004年5月、2008年5月の総統就任式に毎回出席している。
2001年4月:李登輝元総統が訪日(中華民国元総統の訪日は史上初)。目的は岡山での心臓病治療。
2001年12月:連戦国民党主席が訪日(国民党主席の訪日は史上初)。海部俊樹、森喜朗両元首相らと会談。
2002年11月:菅直人民主党代表が訪台。陳水扁総統や李登輝前総統を表敬訪問。
2003年12月:森喜朗元首相が訪台(断交後、元首相の訪台は1993年の福田赳夫元首相以来2度目)。陳水扁総統と会談。
2004年12月27日:李登輝元総統が訪日。家族で名古屋、金沢、京都などを観光し、母校京都大学の恩師と再会。
2006年7月:馬英九台北市長が訪日。森喜朗元首相、武部勤自由民主党幹事長、中田宏横浜市長と会談。
2007年5月:李登輝元総統が訪日。東京で2回講演し、実兄が祀られている靖国神社を参拝。
2007年6月:謝長廷元行政院長と王金平立法院長が訪日し、椎名素夫の追悼会に出席。
2007年8月:游錫堃民主進歩党主席・元行政院長が訪日。宮沢喜一元首相の葬儀に出席。
2007年11月:2008年総統選の国民党候補の馬英九・前国民党主席が訪日。同志社大学で講演し、「未来志向の台日関係」を呼びかけ、自身も知日派を目指すと発言。安倍晋三官房長官、麻生太郎外相と会談。