相補的DNA
また、mRNA はスプライシング以外にも RNAエディティングという加工が起こるため、対応するゲノムDNA と cDNA の比較を行うことによって、エディティングサイトの特定が可能となる。
cDNA合成を逆転写酵素によって行ったのち、
λファージベクターやプラスミドにクローニングし、cDNAライブラリーを作製。標識プロープや抗体などにより cDNA ライブラリーをスクリーニングして、特定遺伝子の cDNA を単離する。
PCR法により、既知の塩基配列の情報をもとに、特定配列を増幅する(RT-PCRという)。それを直接解析するか、プラスミド等にクローニングした後、解析を行う。この方法を工夫して、未知の 5'側配列、3'側配列を増幅するのに、RACE法(Rapid Amplification of cDNA end) と呼ばれる cDNA増幅法がある。
サブトラクション法などによって、未知であるが、遺伝子発現量に差がある cDNA のみを増幅し、それを単離する。
といった解析が行われる。