余市川
江戸時代、余市川は河口付近で激しく蛇行していた。現在は余市川とは独立した二級水系となっている登川も現在の国道5号に並行するような流路で西へと流れて余市川に合流していた。また河口の幅も狭く、春先の雪解け時期には溢水しやすい状況だった。なお当時の登川の流路は「旧登川」(準用河川指定)として残っており、現在も水が流れている。
第2次世界大戦前においては、1932年(昭和7年)9月の洪水を契機に、1936年(昭和11年)から1941年(昭和16年)まで河川改修が行われていた。第2次世界大戦後も、やはり台風等による洪水を契機に1956年(昭和31年)より河川改修に着手したものの、結局その後も台風や低気圧による豪雨で数度記録的な被害を受けてきた。特に1962年(昭和37年)8月には台風9号が流域を襲撃し、10か所以上の橋が流失、3町村で浸水家屋3,046戸、流域の果樹園や水田にも大きな被害をもたらすなど、未曾有の被災状況であった。1987年(昭和62年)以降は、堤防新設や河道掘削などを含む河川改修が行われている。