中国回教協会
台湾の有力なイスラーム組織として、1949年に中国の広州で設立された「中国回民青年反共建国大同盟」に始まる中国回教青年会(繁: 中國回教青年會)がある。回教協会と回教青年会はしばし衝突しており、1971年のサウジアラビア国王ファイサル2世の来訪時には、回教協会が参加した接待行事を回教青年会は欠席した。協会と青年会はお互いを批判しあい、関係は良好とは言えなかった。しかし、決して多くないムスリムは両会の協力を望み、1978年、青年会は協会の傘下となった。
2009年、協会はインドネシアのイスラーム組織ナフダトゥル・ウラマーの台湾支部であり、駐台インドネシア経済貿易代表処と協会の協力によって設立されたPCINU台湾との綿密な協力を表明した。当時の協会の代表は、台湾に多くいるインドネシア人労働者や留学生は台湾のイスラームにおいて非常に重要であると述べた。