自由民主党税制調査会
これら長老議員の相次ぐ死去・引退によりかつてほどの独立性は薄れていった。また2003年に小泉純一郎総裁の下で自民党税制調査会改革で一部の税調幹部による非公式会議への切り込みを行った。自民税調では税制改正の審議が始まる前の年末には各業界団体等からの税制に関する要望がまとめられた資料「税制改正要望一覧表」が用意され、自民税調幹部の前で各自民党国会議員が要望等の発言をし、税調幹部が査定するのが慣例となっている。
2006年(平成18年)11月、官邸主導の人事により本間正明が政府税調の会長に互選され、会議開催場所も内閣府に移されるなど、財務省、総務省主導の体制に変化が見られた。
なお、2007年(平成19年)参議院議員選挙での民主党大勝などの影響で、民主党や公明党の党内税制調査会も影響力を増してきていた。そして、2009年の鳩山由紀夫内閣誕生後、政府と与党の税制調査会を一元化するため、民主党の税制調査会及び政府税制調査会を廃止し、新たに政治家をメンバーとする政府税制調査会を設置した。ただし2011年の野田内閣では民主党税制調査会が復活した(会長は大蔵省出身で蔵相、財務相を経験した藤井裕久)。自民党の政権復帰に伴い、2013年には有識者会議としての政府税制調査会が復活した。
自民党税制調査会の主な歴代会長には山中貞則、塩川正十郎、相澤英之、津島雄二、野田毅、宮澤洋一、甘利明などがいる。2023年現在の自民党税制調査会の会長は宮澤洋一。