側系統群
例えばシロアリは独自のシロアリ目を立てるのが標準的な扱いであった。この群はゴキブリとごく近縁なものと従来から考えられていたが、現在ではゴキブリ目の系統樹内に収まってしまうとの判断に基づき、ゴキブリ目内にシロアリ科として納められた。有髭動物(ハオリムシなど)は独立の門とされたが、現在では多毛類(ゴカイの仲間)の中の科に収まった。ウシやイノシシ、カバなどの2つに割れた蹄をもつ動物はウシ目として、クジラやイルカといった魚類体形の水生哺乳類はクジラ目として分類されていたが、現在はまとめて鯨偶蹄目とされている。
この他に側系統群と考えられている分類、呼称として、サル(ヒトを除いた霊長目)、ガ(アゲハチョウ上科、セセリチョウ上科を除いた鱗翅目)、ハチ(アリ科を除いた膜翅目)、魚類(四肢動物を除く全ての脊椎動物)、双子葉植物(単子葉植物がこの中から分化したと考えられる)などがある。
身近な例では、爬虫類と鳥類の問題がある。鳥類には翼や羽毛という特異な派生形質があるため、鳥類を一つにまとめるのは当たり前に思える。また爬虫類と鳥類を分けることは一般の人々にとっても直感的にわかりやすい。他方、鳥以外の爬虫類は互いに共通の特徴が多いから、これをひとつの分類群にまとめるのもそれなりに無理がないように見える。
しかし、これらの系統樹を作ると、鳥類は爬虫類の枝分かれの一つに位置することになる。いわば爬虫類の中のある群が特別に適応放散し、特徴的な進化を遂げたものにすぎない。したがって分岐分類学の立場では、爬虫類をまとめるならば、鳥類もそこに含まれなければならない。この立場からすると、翼・羽毛のような特定の形質だけを取り上げ、鳥類を爬虫類から除外するのは作為的な人為分類にすぎず、そのような分類は認めるべきではないと考える。
実際に変更を受けた例もある。