第一航空艦隊
1943年7月1日、経済的理由および人員や機材の不足から再建が難航していた第一航空艦隊が発足した。航空母艦を建造する時間的経済的余裕がないこと、母艦機搭乗員は教育訓練が困難であること、航空母艦の脆弱性などから西南太平洋に散在する基地を不沈空母として活用するという軍令部参謀源田実中佐の構想の下行われた。1航空隊534機を3個で1,600機程度を予定し、指揮幹部歴戦有能なものを当て、熟練者は南方方面に回したいため他は練習航空機隊教程終了程度の新人をあてた。司令部組織は簡素なものとして幕僚は新進気鋭のものを当て機動力を大きくし、訓練期間を1年として軍令部直属として消耗戦に巻き込まれないようにする予定であった。状況を見てできればもう一つ作り、各航空隊司令には航空隊出身の中佐級、飛行隊長は指導者として優秀なものをあて、機密保持と移動が容易な装備に工夫する考えであった。用法は急速な移動集中により随所に圧倒的優勢を獲得する。
1943年7月1日、第二六一海軍航空隊と第七六一海軍航空隊で基地航空部隊としての第一航空艦隊が発足した。司令長官は角田覚治中将、参謀長は三和義勇少将が任命された。6月19日、永野修身軍令部総長は「い号作戦の戦訓より編成し短期決戦を図ることが必要。1943年末には9個航空隊になる」「全編成完結後には作戦上偉大なる戦果を上げられると信じるが増勢途上においても緊急なる場合にはこれを作戦に使用する」と奏上した。
また第一段作戦終了にともなう大規模な人事異動により艦艇・航空隊とも練度が低下し、各部隊・各艦隊から「時期尚早」との反対意見がでた。作戦事前研究会で山口多聞少将(二航戦司令官)と源田実中佐が連合艦隊司令部に反対と食いついたが、連合艦隊司令部は決定済みとして取り合わなかった。
5月28日、第一機動部隊は第一航空戦隊(赤城・加賀)・第二航空戦隊(飛龍・蒼龍)・第三戦隊第2小隊(榛名・霧島)・警戒部隊(軽巡洋艦長良・第4駆逐隊〈嵐・野分・萩風・舞風〉・第10駆逐隊〈秋雲・夕雲・巻雲・風雲〉・第17駆逐隊〈谷風・浦風・浜風・磯風〉)・燃料補給部隊として内海西部を出撃する。 6月5日-6日にかけてのミッドウェー海戦で、第一機動部隊は空母4隻(赤城・加賀・飛龍・蒼龍)と母艦搭載全飛行機285を喪失した(搭乗員は8割が生還)。 日本海軍が保有する空母は正規空母2隻(翔鶴・瑞鶴)、商船改造大型空母2隻(隼鷹・飛鷹〈7月竣工予定〉)、軽空母3隻(龍驤・瑞鳳・春日丸)に減少し、飛行機搭載数の多い攻撃用空母は4隻(翔鶴・瑞鶴・隼鷹・飛鷹)という状態になった。戦訓から大型空母2(攻撃専念)・小型空母1(警戒)で航空戦隊を編成し、対空母航空決戦に徹すること、機動部隊を建制化して部隊内の思想と訓練の統一を図ることになる。7月14日、連合艦隊の戦時編制改訂にともない第一航空艦隊は廃止され、第三艦隊として再出発した。
第一航空戦隊:赤城・加賀 駆逐艦:漣
第二航空戦隊:飛龍・蒼龍 第23駆逐隊:菊月・夕月・卯月
第四航空戦隊:龍驤 第3駆逐隊:汐風・帆風
第五航空戦隊:春日丸・翔鶴 朧
その後セブ島に集結した部隊が敵航空隊に奇襲されるセブ事件もあり、1944年9月1日に250機あった零戦が12日には99機まで減少した。この責を問われた寺岡長官が更迭される。
1944年10月5日、大西瀧治郎中将は第一航空艦隊司令長官に親補され、10月20日に就任した。フィリピン沖海戦で、大西長官の主導の下、クラーク基地の第761航空隊とマバラカット基地の第201航空隊によって最初の神風特別攻撃隊による作戦が実施された。1944年10月25日、特攻によって敵空母を撃沈し初戦果をあげ活路を開いた。しかし突入する水上部隊が突然反転したため特攻戦果は作戦成功にはつながらなかった。
特攻後、大西長官は福留繁第二航空艦隊長官を説得し第一航空艦隊と第二航空艦隊を統合した連合基地航空隊を編成し、福留長官が指揮官、大西長官が参謀長を務めた。大西長官は第一航空艦隊、第二航空艦隊、721空の飛行隊長以上40名ほどを召集し、大編隊の攻撃は不可能で少数で敵を抜け突撃すること、現在のような戦局ではただ死なすより特攻は慈悲であることなどを話して特攻を指導した。
しかし実動機が払底したため、年末には台湾へ再度撤退し、フィリピン海峡越えの出撃を強いられた。1945年(昭和20年)5月10日、最後の司令長官に志摩清英中将が就任。約1ヵ月後の6月15日、第一航空艦隊は解隊された。