辻元清美
同年9月に発足した民社国連立政権の鳩山由紀夫内閣において、国土交通副大臣に就任する。当初、国対委員長の職にあった辻元は党務に携わるため就任の要請を固辞したが、福島瑞穂党首が既に閣議で辻元の国交副大臣就任を含む政務三役の人事案に同意し署名していたため、最終的には就任を受け入れた。国対委員長の職務は重野安正幹事長が代行し、2010年1月に後任の国対委員長に照屋寛徳が就任するまで国対委員長と国交副大臣の兼務が続くこととなった。国対委員長退任後、新たに設けられた社民党特命常任幹事に就任し、党執行部には残留している。
なお国会議員時代の刑事事件で有罪判決を受けた者が刑の効力が失われた後に行政府の役職に就くのは、1997年に第2次橋本改造内閣で総務庁長官に就任した佐藤孝行以来12年ぶり。ただし、佐藤孝行は、当時閣外協力をしていた社民党からの辞任要求によって、わずか12日間で辞任に追い込まれている。
2009年10月30日、JAL再生タスクフォースの解散後に設置された日本航空再建対策本部(本部長・前原誠司)の事務局長に就任した。大鹿靖明によれば、辻元は「JALの破綻はこれまで日本が経験したことのない国際大型倒産である」という認識から政府内やメガバンクとの調整にまわり、メガバンクとの会談では「いま、ここにいる人が大喧嘩したら日本の経済に大打撃を与えます。