沖縄県の歴史
摂政・三司官を人質として引き渡すのと引き換えに、首里侵入軍は那覇に退去し戦闘は一応終息した。尚寧が和睦を正式に申し入れ、4月5日に首里城が開城、軍が接収。4月15日には尚寧と共に鹿児島に出発。
翌1610年、尚寧は、薩摩藩主島津忠恒と共に江戸へ向かった。途上の駿府にて大御所徳川家康に、8月28日に江戸城にて将軍徳川秀忠に謁見した。忠恒は、家康から琉球の支配権を承認されたほか、奄美群島を割譲させ直轄地とした(ただし表面上は琉球王国の支配領地とされていた)。
1611年、尚寧と三司官は、「琉球は古来島津氏の附庸国である」などと述べた起請文への署名を強要され、これを拒んだ三司官のひとり謝名利山は斬首された。また、琉球の貿易権管轄などを書いた「掟十五条」を認めさせられ、琉球の貿易は薩摩藩が監督することとなった。こうして薩摩藩は第二尚氏を存続させながら、在番奉行を那覇に置き、琉球王国を間接支配するようになる。
以後、尚氏代々の王は江戸幕府の将軍に、使節(琉球国王の代替り毎に謝恩使・将軍の代替り毎に慶賀使)を江戸上りで派遣する義務を負い、また琉球と清との朝貢貿易の実権を薩摩藩が握るようになった。琉球王国は附庸国となって通商と技術の伝播を義務付けられたが、清にも朝貢を続けた。薩摩藩と明・清への両属という体制をとりながらも、琉球王国は独立国家の体裁を保ち、独自の文化を維持した。薩摩藩は、江戸へ琉球の使節を連れたが、その際の服装は、琉球に清使節が来た際に用いる中国風のものを着させた。
ただし輸出を請け負っているのはトカラ海域を本拠とする七島衆である。またこの史料からは、本土からの借金を米で返そうとした事も分かる。ただし結局は、その米すら払わずに踏み倒そうとしている。尚真王が必死で搾取強化に取り組んだにも関わらず、王府の財政が全然好転しなかった事が窺える。
「河充氏家譜」によれば、砂川親雲上旨屋によって、1597年に初めて宮古にサツマイモが導入された。1605年には本島にも野国総管により導入が行われた。八重山については1694年に波照間高康によって行われている。サツマイモは琉球諸島全土の食糧事情を劇的に改善した。宮古・八重山に至っては、米穀は全て在地頭目と王府に搾取されるため、下民は実に20世紀初頭までサツマイモとその葉や海藻が唯一の食糧となっており苛烈を極めた。また人口も増大したが、その反面、子供が多いと人頭税の負担額が増えるため、八重山ではしばしば嬰児殺しによる人口調節が行われ、それは明治時代まで続いた。野国総管と儀間真常の功績は現在も称えられている。因みに、薩摩にはその後1705年に琉球より伝来し、本土では琉球から来た芋としてリュウキュウイモ(琉球芋)と呼ばれ、現在はサツマイモの名称が定着している。
一方、1500年代末期頃より島津氏が琉球に対する圧力を強めたため、琉球はその対応に迫られることとなった。
この時代の記録は王府の外交文書の集成である『歴代宝案』に残されている。