ニューモシスチス・イロベチイ
初めてニューモシスチス属の存在を報告したのはブラジルの微生物学者カルロス・シャーガス(英語版)で、彼は1909年に実験動物から見つけたこの生物を報告したが、本人はシャーガス病を引き起こす原虫・クルーズトリパノソーマの生活環の一部だと誤解しており、後にヒト感染するトリパノソーマの一種として両者をまとめ、Schizotrypanum cruzi と名付けて報告した。ニューモシスチス属のシストが同じくブラジルで見つかったのは翌1910年で、報告者はイタリア人微生物学者のアントニオ・カリニ(英語版)だった。1912年には、当時パリのパスツール研究所に勤務していたデラノエ夫妻が、カリニから送られたラットの肺組織切片からニューモシスチスを見つけ、新種の原虫として新しい属を立てることを提案し、カリニの名前を取って「ニューモシスチス・カリニ」Pneumocystis carinii との学名を付けた。
ニューモシスチスがヒト病原体であると分かったのは1942年のことで、オランダ人研究者ファン・デル・メールとブルッフは、先天性心疾患を抱えていた3歳児、また104件の剖検コホートに含まれていた4歳児・21歳成人の計3件を報告した。それから9年後の1951年、チェコスロバキアにあるプラハ・カレル大学のヨゼフ・ヴァニェク (Josef Vaněk) は、ニューモシスチス・カリニが肺炎の起因菌だと診断された子ども16人の肺組織を研究して発表した。翌年、共同研究者だったオットー・イロヴェツ(英語版)が、小児のコホートで間質性形質細胞性肺炎の流行を調べ、カリニは新生児の間質性肺炎の原因であると発表した。