地対艦ミサイル連隊
新編時は、高射特科群のように野整備部隊として直接支援隊を編制内に加えていたが後方支援体制の改編よりに方面後方支援隊隷下の特科直接支援中隊へと改編された。
なお、連隊が保有する車載式レーダーでは水平線の向こう側が死角となり索敵が不可能であり、遠洋の敵艦船に対しては、海自のP-3C哨戒機からの敵艦船に関する音声情報を基に、陸自側が手作業で目標情報をシステムに入力して誘導弾を発射することになっており、複数の敵艦船への迅速な対応という観点では課題を残していた。これを自動化して解消するために、平成26年度防衛予算で火力戦闘指揮統制システムと海上自衛隊指揮統制システムの連接が、また地対艦ミサイル連隊と海自・空自とのリンク機能に関する研究が認められた。28年度予算では1式の購入予算が計上された。
2001年から2011年にかけては6個連隊が編成されていたものの、同連隊は中期防衛力整備計画 (2005)以降における整理縮減の対象とされ、一時は段階的に3個連隊(4個射撃中隊×3)及び大隊規模2個(2ないし3個射撃中隊×2)程度にまで縮小される計画となっていた。
しかし、南西諸島海域への中国人民解放軍の進出を受けて、中期防衛力整備計画 (2011)では18両の地対艦誘導弾を取得予定とし、また装備も平成24年度から新型の12式地対艦誘導弾の取得を開始している。
第1地対艦ミサイル連隊から第4地対艦ミサイル連隊は88式地対艦誘導弾システムを装備、第5地対艦ミサイル連隊のみ12式地対艦誘導弾システムを装備している。
部隊名が太字となっているものは廃止された部隊
第1地対艦ミサイル連隊(北千歳駐屯地 :4個射撃中隊基幹)北部方面隊第1特科団:第125特科大隊を母体に1992年(平成4年)3月27日新編。
第2地対艦ミサイル連隊(美唄駐屯地:4個射撃中隊基幹)北部方面隊第1特科団:第126特科大隊を母体に1993年(平成5年)3月27日新編。
第3地対艦ミサイル連隊(上富良野駐屯地:5個射撃中隊基幹)北部方面隊第1特科団:第4特科群等の人員を母体に1994年(平成6年)3月27日新編。
第4地対艦ミサイル連隊(八戸駐屯地 :2個射撃中隊基幹)東北方面特科隊:1996年(平成8年)3月29日東北方面隊直轄新編。2010年(平成22年)3月25日東北方面特科隊隷下に編合。
第5地対艦ミサイル連隊(健軍駐屯地 :8個射撃中隊基幹)西部方面特科隊:1998年(平成10年)3月26日西部方面隊直轄新編。2003年(平成15年)3月27日西部方面特科隊隷下に編合。
第6地対艦ミサイル連隊(宇都宮駐屯地:4個射撃中隊基幹)東部方面隊直轄:2001年(平成13年)3月27日東部方面隊直轄新編。2011年(平成23年)4月21日に廃止。
第7地対艦ミサイル連隊(仮称)(勝連分屯地:4個射撃中隊基幹)西部方面隊西部方面特科隊:2024年(令和6年)3月新編予定。
第8地対艦ミサイル連隊(仮称)(湯布院駐屯地:4個射撃中隊基幹)西部方面隊第2特科団(仮称):2024年(令和6年)度新編予定。