島原船津駅
単式1面、島式1面の計3線ホームの地上駅である。車両基地が併設されており、当駅で折り返す列車が多いため、留置線を数本有し、夜間滞泊がある。一番留置線側のホームはあまり使われておらず、列車の留置に使われる場合が多い。また、列車交換を行わない場合は上下とも駅舎側のホームに停車する。2008年(平成20年)3月31日までは当駅で乗務員が交代していた。
本屋前の上下本線間に格納式の給油設備がある。島原外港駅(現:島原港駅) - 加津佐駅間の廃止以前は当線の気動車は下り諫早発加津佐行きで運用後、折り返し上り列車となって当駅停車中に給油を受ける運用が組まれている例が多かった。このため上り列車の当駅停車時間が長く設定されていることが多く、乗客を乗せたまま給油作業が行われる光景が見られた。
初代駅舎は、1913年(大正2年)建築の木造2階建てであった。駅開設当初より百年以上に渡り使用されていたが、周辺の道路整備と老朽化などにより建て替えられることになった。新駅舎は旧漢字の毛筆体による正面の駅名表記、丸時計や横一線に伸びる高窓など細部に旧駅舎の意匠を残したものとなっており、正面入口をバリアフリー化した。2015年(平成27年)6月13日に落成記念式典が催され、同月16日より使用が開始された。駅名改称に際しても、正面は旧漢字の毛筆体の意匠を残して「島原船津驛」と表記している。
駅員は23時台まで配置されているが集札は行っておらずワンマン列車では運賃は車内収受となる。自動券売機は設置されていない。また、当駅では「硬券」と呼ばれる乗車券を発売する有人駅のひとつとなっている。