特選神名牒
明治9年に完成した後、内務省に蔵せられて閲覧に不便であったため、大正11年に公刊する計画が建てられた。磯部甲陽堂が刊行の準備をしていたが、印刷途中の同12年9月に関東大震災が起こり、その災禍で草稿から清書本に至る原本(内務省本)は4冊を残し、その他上述『式社崇敬社調書』や『大小神社取調書』を始め関係書類の全てを焼失した。幸いに甲陽堂の堂主が校了した580頁の紙型を携えて避難しており、印刷に回されていた原稿も行李に入ったまま回収されたため、それらを基に当時の内務省嘱託太田亮(おおた あきら)を監督に校正し、原本との対校は不可能であったが、「神社明細帳」を参考に大正当時における所在地と社格を付記して刊行された。なお、凡例によれば、原本には国史見在社の記載もあったようであるが、現刊本中には見えない。
明治元年(1868年)、神仏分離の一環として、全国神社に対しその由緒を管轄する領主へ届け出るよう通達し、次いで同2年6月10日府藩県に命じて、式内社及び各府藩県において崇敬厚い大社の由緒や社伝等を調査録上させたが、なかなか進捗しないために、翌明治3年2月29日、暫定処置として各府藩県の官幣神社の分を同年9月までに神祇官へ提出するよう改めて命じ、それらを纏めて『式社崇敬社調書』が編纂された。更に同年閏10月28日、神社規則制定の必要から府藩県に管内神社のより詳細な調査を命じ(『大小神社取調書』として結実)、それを基に同4年5月、官国幣社以下の社格が規定された。(詳しくは近代社格制度を参照)