筑紫丸 (特設潜水母艦)
その後は再び瀬戸内海での母艦任務に戻り、6月13日に伊予灘で訓練中に沈没した「伊号第三三潜水艦(伊33)」の捜索活動を潜水母艦「長鯨」とともに行った。詳しい時期は定かではないが、昭和19年末ごろには第二甲板の一部を撤去して石炭庫を設置。その後は九州で産出の石炭を阪神地区などへ輸送する任務に徹し、1945年(昭和20年)1月20日付けで特設運送艦に類別変更された。6月4日には周防灘本山沖で触雷するが、応急処置の結果沈没は免れた。8月15日の終戦を無事に迎えた「筑紫丸」は、GHQの日本商船管理局(en:Shipping Control Authority for the Japanese Merchant Marine, SCAJAP)によりSCAJAP-T127の管理番号が付与された。11月30日、海軍省の廃止に伴い特設艦船籍から除かれた。
12月1日、第二復員省の開庁に伴い、佐世保地方復員局所管の特別輸送船に定められる。戦後の「筑紫丸」は復員輸送に従事し、1946年(昭和21年)3月には日高信六郎駐イタリア大使ら在欧外交官など一行の引き揚げに際し、マニラから浦賀まで輸送した。昭和21年8月15日、「筑紫丸」は特別輸送船の定めを解かれ、8月20日付けで解傭となった。以降も引き続き復員輸送に従事。
しかし、1947年(昭和22年)5月にはラングーンからの復員兵を乗せて日本に向かった際、シンガポール付近でエンジン故障を起こして立ち往生し、応急修理を行って日本に帰国する一幕もあった。