日本占領時期のインドネシア
オランダ政府の調査は、日本軍がどのようにインドネシアで女性を慰安婦として強制雇用したかを説明した。そこでは日本軍の売春宿で働いているヨーロッパ人女性200人から300人のうち「およそ65人はほぼ確実に売春を強要された」と結論付けていた。 他の若い女性(およびその家族)は、収容所や戦時中の社会で様々な圧力に直面しており、仕事として売春提供したことは認めたが、その性質(強制的だったか否か)が明示的に述べられていないものも多い。独立後にインドネシア政府は慰安婦問題に触れ、日本政府は謝罪の書簡と拠出金を行なった(後述)。
のちの国連報告は、日本による占領中の飢饉と強制労働の結果、インドネシアでは400万人(3万人の抑留されたヨーロッパ民間人も含む)が死亡したと主張した。日本軍の資料によれば、ジャワ島の死者数は日本占領前の1939年には10万人あたり881人だったが、1944年には10万人あたり1423人に増加していた。
日本軍による植民地運営でオランダ人管理者が維持されることを期待して、大半のオランダ人は去るのを拒んだ。ところが彼らは強制収容所に送られ、日本人またはインドネシア人の交代要員が上官および技術的地位として動員された。10万人のオランダ人を中心とするヨーロッパ民間人(と若干の華人)が強制収容所へ送られ、8万人のオランダ、イギリス、オーストラリア、アメリカの連合国兵士が捕虜収容所に行き、そこでの死亡率は13%から30%だった。捕虜のうち17000人はビルマや日本へ移送され、オランダの民間人は飢餓、病気などにより16000人が死亡した。
降伏した蘭印軍兵士のうち、インドネシア人は基本的に解放が進んだが、キリスト教系で植民地統治の受益者だったアンボン人(英語版)とメナド人は強制的に兵補にされ、拒否した者には拷問が加えられた。その他のインドネシア人の元蘭印軍兵士に対しては、1942年8月から兵補の募集が進められた。
日本では1930年代からの政策にそって国策会社のインドネシア進出が増えた。日本人のインドネシア居住者は1931年の6949人がピークで、その後は日本政府と蘭印政府との間の経済的緊張から漸減していった。日本政府は、特にムスリム系政党のインドネシア人民族主義者との関係を築くために多くの人員を派遣し、インドネシア人民族主義者達も日本訪問の支援を行った。こうしたインドネシアでの民族主義奨励は、日本側のより遠大な「アジア人のためのアジア」という計画に向けた一部だった。
日本が南方へ進出をする南進論は満州事変以降に検討が進んだ。日本軍が東南アジアの占領で資源を獲得してインド洋に進出し、ドイツとイタリアがイギリス本国を封鎖してイギリスを屈服させるという案は、日本の新聞や雑誌でも報じられるようになった。アメリカは日中戦争勃発後の1939年には日米通商航海条約を破棄し、日本への資源供給を減らす政策を進めた。日本は蘭印を「資源の宝庫」と見なすようになった。
隣組の組織は日本降伏後も継続した。19世紀末から20世紀にかけて増加していた富農層にとって、隣組や字常会は村落で発言権を得るための有力な手段となった。そのため隣組はジャワ社会で続き、政府によって条例化もされた。1960年代にスハルトが大統領になると、隣組は名称をルクン・トゥタンガ(インドネシア語版、英語版)(RT)とルクン・ワルガ(インドネシア語版、英語版)(RW)として国家の統一的な制度となった。RTとRWは住民統制や情報伝達に使われ、9月30日事件(1965年)の際は、RTが各地に逃げた共産主義者の身元を確認する任務を負った。共産主義者狩りによって殺害された者は50万人から100万人に及ぶとされている。スハルト政権下で設立されて与党的な役割を果たした団体ゴルカルは、ジャワ奉公会をもとにしたともいわれている。
占領中の1942年から1945年にかけて、日本人とオランダ系インドネシア人の間に生まれた人々がいる。そうした人々は、戦後にインドネシアで暮らし続けた者やオランダに移住した者などに分かれている。オランダには数百人が暮らしているとされているが、自身が日系人だとは知らない者もいると推測されるため、正確な人口は分かっていない。素性が知られた場合は、敵の子として差別を受けた者もいる。オランダの在留日本人は、戦後和解を目的とする団体を設立している。
日本の憲兵隊は10月3日に中部ジャワ州のペカロンガンでインドネシア共和国の青年団員を殺害し、また日本軍の部隊は西ジャワ州のバンドンから共和国青年団員を追放してイギリスに都市を引き渡したが、日本人が関与した最も激しい戦闘はスマランで起きた。10月14日、ジャワ島に上陸したイギリス軍がスマラン市へ向けて進駐を開始した。退却したインドネシア側は、捕らえていた130人から300人の日本人捕虜を殺害した。日本人500人とインドネシア人2000人が殺害され、6日後にイギリス軍がスマラン市に到着した時、一度は都市の全権を放棄した日本軍はスマラン市をほぼ占拠していた。
このスマラン事件は、日本が連合軍に敗れたことを知ったインドネシア共産党がスマランで武装集団を組み、共産党下の独立を目論み行われたものであるという説もある。当時この共産党過激派によって「日本人は水道に毒を入れた」などのデマが広がっていた。共産党過激派は日本軍が反撃できないことを知って武器を奪い、日本の民間人を殺害し、ジャワ地区の防衛司令官の邸を襲撃して旅団長を監禁し日本海軍将兵らを拉致した。スマランの治安にあたっていた日本の歩兵隊は拉致日本人約400人の救出のためにインドネシア共産党過激派との戦闘を余儀なくされた。日本の歩兵隊が突入するとすでに130人の日本人が殺害されていた。
バタビアには演劇研究所が設立され、武田麟太郎らが指導にあたった。1942年6月20日に武田らはバタビアの野外劇場で『アジアの光』(佐久間勝原作、アブドゥラ・アルフィン演出)を上演した。この作品はオランダ植民地からの解放と国づくりを描いた内容で観衆に歓迎され、武田と冨澤有爲男が「新興民族万歳」を叫んだといわれている。しかし6月26日には結社・集会・敵国無線放送の聴取・政治活動や宣伝が禁止され、民族歌や民族旗も禁止された。インドネシア独立を支持していた武田は宣伝班長の町田敬二中佐に抗議し、それ以降は執筆をせずに現地の人々と交流する生活を送った。
隣組制度を普及させるための作品も作られた。紙芝居は『Roekoen Mendjadikan Sentosa』(調和は平和を作り出す)というタイトルで、配給・冠婚葬祭・看護などを通して隣組について教える内容だった。日本映画社ジャカルタ制作所は映画『Tonarigumi』(隣組)を制作し、隣組が必要な理由、組織化の方法、常会の運営などを描いた。
日本占領時に使われた日本語がインドネシアの語彙として定着した例もある。1970年代初版の中学校と高校の歴史教科書には、日本語起源の語彙としてBogodan(防護団)、Dokuritsu Zyunbi Tyoosakai(独立準備調査会)、Heiho(兵補)、Jawa Hokokai(ジャワ奉公会)、Kenpeitai(憲兵隊)などが書かれている。
クーシュウ・ケイホウ(空襲警報)もインドネシアの語彙になった。闇市での価格である闇値は、「ハルガ・クーシュウ・ケイホウ」と呼ばれた。ハルガは価格、クーシュウ・ケイホウは空襲警報を指す。
1995年時点のインドネシアの小学校から高校までの教科書103種類の中で最も多く使われている日本語は、Romusha(ロームシャ)だった。インドネシアの「ロームシャ」は、日本における「労務者」とは異なり、「日本占領時代に重労働をさせられた人々;強制労働者」という意味がある。元教育文化相で歴史教科書の編纂にも関わったヌグロホ・ノトスサント(インドネシア語版、英語版)は、ロームシャという言葉を教科書に使う理由について、次のように述べている。(1) 戦時中日本で使われ、現在もそれで意味が分かる。(2) この言葉には他に適切な訳語がない。英語でもインドネシア語でも、ずばりと表現できない。(3) 100万人以上が労務者として果てたと思っており、そうしたことも別の言葉に訳したくない理由である。
日本軍によるポンティアナックのマレー人エリートの殲滅は、代わりに新たなダヤク族エリート出現の道を作った。メアリー・F・ソマーズ・ヘイドゥーズによると、1945年5月から6月にかけて、サンガウ(英語版)にいた何人かの日本人がダヤク族による反乱で殺害された。ジェイミー・S・デヴィッドソンによると、多くのダヤク族および日本人が殺害された。この反乱は1945年4月から8月にかけて起こり、マジャン村戦争(インドネシア語版、英語版)と呼ばれた。ポンティアナック事件は、学者によって2つの事件に分けられ、異なる日にいくつかの段階で発生した集団殺害や逮捕に従って様々に分類されている。この事件はカリマンタンにいる華人コミュニティに悪影響を与えた。