寛文印知
ただし3代将軍の徳川家光の時は、慶安元年(1648年)3月17日から慶安2年(1649年)11月29日にかけて、寺社への追加の朱印状約3,150通の発給を実施しており、徳川家綱も遅れて寺社への頒布を実施する予定があった可能性がある。 また家光の時までは万石未満の旗本の一部にも朱印状による領知安堵が行われていたが、家綱による寛文印知以降は旗本への領知安堵は黒印状に統一された。
貞享元年(1684年)に徳川綱吉が将軍職を継ぐと、寛文印知の対象外であった小規模寺社を含めて朱印状などの再交付(継目安堵)を行い、大名229通、公家107通、寺社4,535通、集物7通、合計4,878通が交付された。印知の対象となった寺社は寛文印知の時に比べて3倍以上に増えた。貞享印知の状況は国立公文書館所蔵「貞享御判物御朱印改記」にまとまっており、『寛文朱印留』と同種の本が貞享印知でも作成されたことが判るが、詳細な写本は現存しない。
第6代将軍の徳川家宣は、大名への判物・朱印状230通の発給を行い、また寺社・旗本への印知実施のための御触書を出したが、寺社・旗本への印知を実施する前に死去しており、旗本への朱印状の発給は復活しなかった。次の徳川家継も早世したため、判物・朱印状発給の準備も行われなかった。第8代将軍の徳川吉宗以後将軍の交替ごとに同じように継目安堵が行われる事となった。
第14代将軍の徳川家茂は公家領の印知を行わず、寺社領の印知も東海・関東・陸奥の寺社に留まった。最後の将軍の徳川慶喜は在任期間が1年であり、一切の印知を行わなかった。