塩野義製薬
また内服では、ケフレックス(前述)に引き続いて、1981年発売のケフラールをイーライ・リリー社から導入、さらに自社研究所で1997年発売のフロモックスを創製している。これらもすべてセフェム系抗生物質である。
セフェム系抗生物質以外の、主な抗微生物薬としては、1991年に、イーライ・リリー社から塩酸バンコマイシン(グリコペプチド系抗生物質)を導入して販売開始。さらに自社研究所で、フィニバックス(カルバペネム系抗生物質)の創製に成功、2005年に販売を開始している。また2010年末には、ラピアクタ(抗インフルエンザウイルス剤)の販売を開始している。シオノギが米国のベンチャー企業(バイオクリスト)から導入して、日本国内で開発を行ったもので、世界初の注射用ノイラミニダーゼ阻害剤である。
その他にフラジール(メトロニダゾール)がある。1957年、仏・ローヌ・プーラン・ローラー社研究所で開発された抗トリコモナス剤である。1961年に国内にて販売開始、2005年になって、「ヘリコバクター・ピロリ除菌」(二次除菌)に関する効能・効果及び用法・用量が追加承認され、2010年には、除菌に関する効能・効果の範囲が拡大された。さらに2012年(平成24年)には、公知申請によって「細菌性腟症」の効能・効果及び用法・用量が追加承認された。
シオノギは、医療用医薬品市場の重点疾患領域として、感染症領域、がん性疼痛緩和領域、そして循環器領域を主力としていた。
一方で、感染症治療薬の使用量は1980年代に入ると、抗菌薬濫用による薬剤耐性菌に対する懸念から横ばい状態となり、1990年以降大幅に減少した。それに伴い、抗生物質依存度の高かったシオノギの業績は急激に落ち込んだ。それを救ったのが、クレストールである。
クレストールは1991年にシオノギで創製後、1998年にアストラゼネカが開発を引き継いだ、HMG-CoA還元酵素阻害剤(脂質異常症治療薬)である。日本での承認は2005年であり、2009年10月では、100か国以上で承認及び80か国以上で販売されている。シオノギに入る特許料も大きく、同社は2010年以降業績を大きく持ち直した。
シオノギと医療用麻薬とのつながりは、麻薬生産者協会5社のうちの一社として、1948年に、モルヒネなどオピオイドの製造販売を開始したことに始まる。1989年には「WHO方式がん疼痛治療法」で必要な、MSコンチン錠(モルヒネ徐放錠)を発売。2003年には、オキシコンチン錠(オキシコドン徐放錠)、さらに2007年には、オキノーム散(オキシコドン散剤)を発売する。MSコンチン錠とオキシコドン各製剤は、共に「がん性疼痛治療薬」として、基本となる薬剤(成分および剤型)である。
20世紀に於いて製薬業界の転機とも言えるのがペニシリンを始めとした抗生物質の発見・開発だったが、ことペリシニンに関しては第二次世界大戦直後の日本の製薬業界にとっては花形とも言え、シオノギを始め多くの会社が開発・製造に着手した。だが前述の様に、発酵技術の未熟や資金不足からシオノギは1949年に開発を断念する。自社でのペニシリン開発こそ頓挫したものの、抗菌薬そのものの基礎研究はそれ以降も継続され、1953年には、前出のイーライ・リリー社から導入した、マクロライド系抗生物質のアイロタイシンを、自社で製品化した。
さらに自社研究所で、持続性サルファ剤シノミン(スルファメトキサゾール)を新たに創製、1959年に販売を開始した。シノミンは、翌1960年には、瑞・ロシュ社へ技術導出された。そしてその後、同研究所と英・ウエルカム社研究所の合同基礎研究によって、新たにST合剤(バクタ:スルファメトキサゾール・トリメトプリム製剤)として創製され、今日まで世界中で広く使われている。
10月31日 - 株式会社UMNファーマとの間で資本業務提携契約を締結。
2018年 4月2日 - 障がい者雇用を推進するため、事業所内の清掃及びクリーニング業務を担う子会社としてシオノギスマイルハート株式会社を設立。 6月25日 - 子会社のシオノギヘルスケア株式会社がロート製薬株式会社との間で協業に向けた資本提携が発表され、当社が保有していたシオノギヘルスケアの株式の15%を同社が取得した。 7月18日 - 子会社のシオノギスマイルハート株式会社が特例子会社の認定を受ける。 10月1日 - 生産事業を担う子会社のシオノギファーマ株式会社を設立。
2019年 4月1日 - 医薬品生産事業を吸収分割により子会社のシオノギファーマ株式会社へ承継。 6月5日-創業145周年を迎える。 6月13日 - ベンチャーファンドからの出資で設立されたカーブアウトベンチャー、株式会社ピオニエを2015年10月から行ってきた共同研究の終了に伴って全株式を買い取り、子会社化。 10月1日 - 子会社の株式会社ピオニエを吸収合併。 10月4日 - エムスリー株式会社との合弁により、疾患課題解決を目的としたストリーム・アイ株式会社を設立。 12月19日 - 株式会社UMNファーマを株式公開買い付けにより子会社化。
2020年3月18日 - 株式会社UMNファーマを株式併合により100%子会社化。
2021年 10月4日 - 株式会社日立製作所並びにそのグループ会社の株式会社日立医薬情報ソリューションズとの間でグループ内のIT業務に関する戦略的かつ長期的なパートナーシップに向けた基本合意書を締結。