副大臣
小渕第2次改造内閣は1999年(平成11年)、官僚主導から政治家主導への政治の転換を目的とした中央省庁再編に伴い、併せて国会議員の議員数を10年間で25%削減することで連立政権とも合意し、また、自由民主党は第145回国会衆議院に「政府委員制度の廃止及び副大臣等の設置等に関する法律案」及び「国会審議の活性化及び政治主導の政策決定システムの確立に関する法律案」の2件を提出した。民主党はこれに対し、民営化や規制の緩和・撤廃、民間委託、地方への権限移譲など、大胆な改革が必要であり無謀な定員削減であることや、行政の持つ専門知識が国会から排除されかねないとして撤回の動議を発議し、これにより自由民主党はその後の7月13日、前者の法案を撤回し取り下げた。
一方、「国会審議の活性化及び政治主導の政策決定システムの確立に関する法律案」は参議院において社会民主党の反論は行われたが、7月に成立して結果的に政府委員制度廃止が決定した。
これにより2001年(平成13年)1月、政務次官制度が廃止され、副大臣・大臣政務官の制度に改組された。