XRCC4
二本鎖切断の形成に伴い、Kuタンパク質は切断部位を探して結合を行う。KuはXRCC4とCer/XLFをリクルートし、これらのタンパク質は協調的に相互作用してDNAの周囲を巻くヌクレオタンパク質複合体を形成する。Cer/XLFはN末端とC末端ドメインの構造やサイズがXRCC4とよく似たホモ二量体である。Cer/XLFのアルギニン64番、ロイシン65番、ロイシン115番は、XRCC4のN末端ドメインのリジン65番と99番と相互作用する。XRCC4とCer/XLFはDNAの周囲に交互に巻き付き、フィラメントバンドルを形成する。DNA-PKcsによるC末端のαヘリカルストークの高リン酸化は、この相互作用を促進する。XRCC4二量体は近接するDNA鎖上の他の二量体と結合し、NHEJの初期においてDNAを橋渡しする四量体を形成する。ライゲーション反応に先立ち、LigIVは切断部位に位置するXRCC4二量体のC末端ストークに結合し、そこに結合していた他のXRCC4二量体と置き換わる。LigIVのBRCT2ドメインはXRCC4のC末端ストークの複数の残基と水素結合を形成し、ストークの屈曲を引き起こす。LigIVの2つのBRCTドメインの間に位置するヘリックスループヘリックスクランプも広範囲で接触を行う。
V(D)J組換えは、免疫細胞(B細胞やT細胞)においてDNA上の複数の異なる遺伝子断片が再編成され、ウイルス、細菌、病原性真核生物などの外来抗原を特異的に認識するユニークなドメインを持つ抗体やT細胞受容体が産生されるようになる過程である。B細胞は抗体を産生して血中へ分泌し、T細胞はT細胞受容体を細胞表面に発現する。抗体は2つの軽鎖と2つの重鎖から構成され、抗原結合部位は2つの可変領域VLとVHから構成される。抗体構造の残りの部分は、定常領域CL、CH1、CH2、CH3からなる。マウスのκ遺伝子座は抗体の軽鎖をコードし、可変領域をコードする約300個のV断片、短いタンパク質領域をコードする4つのJ断片、定常領域をコードする1つのC断片が含まれている。B細胞の分化の際、DNAは多数のV断片・J断片の中から特定の断片がつなぎ合わされるように組換えが引き起こされ、その結果、各細胞に固有のVLを持つ軽鎖が産生されるようになる。