学問料
一方、大学別曹においても、独自に学問料を授ける例が現れるようになった。大学別曹は元々一族の学生に対する学問及びその生活の支援に重きを置いていたことから、これを奨励する意図から学問料が支給された。大学別曹における学問料の初例は和気広世が設置した弘文院によるものとされる(『日本後紀』)が、弘文院を大学別曹ではなく一種の図書館であったとする説もあり、和気広世個人が和気氏の氏上としての立場から支給した可能性もある。
特に藤原氏の大学別曹である勧学院の学問料は著名であり、藤原氏の学生の中から別途に学問料を受ける給料学生が選抜された。勧学院は藤氏長者が長となり、しかも大抵の場合は摂関あるいは一上との兼務であったから、大学寮側は表向きは拒絶し続けていたものの、実際には勧学院の給料学生は藤原氏の政治的権力を背景として、大学寮で選抜した穀倉院の給料学生と同格と見なされるようになった。このため、藤原氏出身者はより簡単な勧学院の学問料を志望し、給料学生出身者と同じ社会的待遇を受けるようになったことから、次第に他家の学生を圧迫して、藤原氏による官界支配を強化する原動力となった。
だが、平安時代末期になると、大学寮の衰退、穀倉院自体の機能低下に伴って、試験のみならず、学問料自体も名目化することとなる。