鉄道連絡船
CG鉄道(英語版)がアメリカ、アラバマ州モービルとコアツァコアルコスを結んでいる。
カフカース港(Port Kavkaz) - ウクライナ、クリミア港(Port Krym) — ケルチ海峡を横断する航路。1953年から1993年まで運航されていた。2004年にカーフェリーとして運航が再開され、さらに鉄道車両航送の可能性も検討されている。
2008年1月、さらに運航予定。
ブリティッシュコロンビア州の多くの内陸の湖 — カナディアン・ナショナル鉄道とカナダ太平洋鉄道による運航。
オンタリオ州ポート・メイトランド (Port Maitland) - アメリカ、ペンシルベニア州エリー — トロント・ハミルトン・アンド・バッファロー鉄道 による運航。
オンタリオ州ポート・バーウェル (Port Burwell) - アメリカ、オハイオ州アシュタビューラ — カナディアン・ナショナル鉄道による運航。
オンタリオ州コーバーグ (Cobourg) - アメリカ、ニューヨーク州ロチェスター — オンタリオ・カー・カンパニーによる運航。
オンタリオ州サーニア - アメリカ、ミシガン州ポートヒューロン — カナディアン・ナショナル鉄道によってセント・クレアトンネル (St. Clair Tunnel) の開通まで運航された。
オンタリオ州ウィンザー - ミシガン州デトロイト — グランド・トランク鉄道、カナディアン・ナショナル鉄道、カナダ太平洋鉄道、ミシガン・セントラル鉄道、ウォーバッシュ鉄道によって1980年代まで運航された。
ブリティッシュコロンビア州プリンスルパート - アメリカ、アラスカ州ホイッティア (Whittier) — アクアトレイン(英語版)と称し、カナディアン・ナショナル鉄道によって1982年から2021年4月まで運行された。
三池港より西鉄バス大牟田による連絡バスを介して西日本鉄道大牟田駅に接続し、連絡運輸を行っていた。2015年にやまさ海運に事業売却する形で廃止。
大村湾航路 早岐駅 - 舟津港(1897年 - 1898年) 長崎線(今の大村線と長崎本線諫早駅以西)開業まで、暫定的に設けられた航路。
長崎電気軌道長崎港内連絡船(通称「電鉄丸」)(1925年 - 1943年) 1925年に出島停留場 - 旭町・水の浦・戸町で運航が開始され、1930年には鎮西汽船の買収で大波止停留場 - 古河町 - 立神の航路も承継したが、1943年に長崎市に全航路を売却し連絡船を全廃した。1969年に連絡船を引き継いだ市営大波止航路が廃止された。
鉄道連絡船の多くは、鉄道路線の延長、太平洋戦争敗戦による領土の喪失、トンネル及び橋の完成、利用客の減少などといった理由で廃止されている。
なお現在、稚泊航路に相当する稚内 - コルサコフ間には北海道サハリン航路が、関釜航路に相当する下関 - 釜山間には関釜フェリーが、博釜航路に相当する博多 - 釜山間にはカメリアライン、JR九州高速船の「ビートル」、韓国の未来高速の「コビー」が運航されている。
また青函フェリー・宇高国道フェリー(2012年10月17日の運航を以って運休)などのように、国鉄 - JRによる航路が廃止された後でも、同区間に車輸送や地元の便を図った民間の航路が存在する区間は数多く存在する。しかし、これら路線は広大な車両待機所を確保するために、港の位置が鉄道の駅から離れていることが多く、鉄道連絡船とは言いがたい。
仁堀航路 仁方駅 - 堀江駅(1946年 - 1982年) 宇高航路の補助目的で開設。利用客がもともと少なく、更に呉・松山フェリーと競争にならなくなったため廃止となった。
吉野川航路 中原駅 - 新町橋(1916年 - 1935年) 高徳線の一部などを建設した阿波電気軌道が、吉野川の架橋資金を捻出できなかったために開設された河川連絡航路。後に国有化。鉄道架橋により廃止。
広島瓦斯電軌新宮島連絡船 新宮島駅 - 宮島桟橋(1926年 - 1931年) 1926年に現在の阿品東駅付近に新宮島桟橋を設置し直営で新宮島桟橋 - 宮島桟橋の新宮島航路を運航開始した。当初宮島線は地御前駅までしか開通しておらず連絡バスを運行していたが、翌1926年に新宮島駅まで延伸し直接乗り継げるようになった。1931年に宮島線が電車宮島駅まで延伸すると、後述の鉄道省宮島連絡船との連帯運輸をすることとなり連絡船は廃止となった。広島電鉄グループが再び直接宮島に乗り入れるのは、既存の宮島松大観光船に出資し系列化する1958年のことである。
宮島航路 宮島口駅 - 宮島桟橋(1903年 - ) 民間の航路が山陽鉄道に買収され、鉄道国有法による同社の国有化で国鉄所有になったもの。JR西日本宮島フェリーの手で現在も運航されている。宇高連絡船の廃止以降、JRグループが運航する唯一の鉄道連絡船ではあるが、JR鉄道路線との連絡運輸は、廿日市市が導入した「宮島訪問税」の導入に伴い、2023年9月を以て終了となった。
関森航路 下関駅 - 小森江駅(1911年 - 1942年) 本州と九州の連絡を行うにあたって、関門連絡船における車両航走を行うために設置された貨物専用便のこと。スペースの関係上、次項の関門航路とは九州側の設置駅が異なっていた。関門鉄道トンネルの開通に伴って廃止された。
宇高航路 宇野駅 - 高松桟橋駅・高松駅(1910年 - 1990年) 本州と四国の連絡。次項にある岡山 - 高松と尾道 - 多度津の航路を統合して開設。車両航送は1921年から。1988年の瀬戸大橋開通後は高速艇のみが残され、地元住民輸送の為に転換されたものの、これも乗客減を受けて廃止された。
青函航路 青森駅 - 函館桟橋駅・函館駅(1908年 - 1988年) 本州と北海道の連絡。車両航送は1924年から。青函トンネルの開通に伴って廃止された。