SAGAWA SHIGA FC
その後のリーグ戦でも好調を維持して、10月10日にホームズスタジアム神戸で行われたJ2のジェフユナイテッド市原・千葉との天皇杯3回戦では、後半開始早々に先制されるも御給のゴールで追いつき、同点での延長戦、さらにはPK戦に持ち込んだ。PK戦も当初リードを許すものの後に追いつく粘りを見せたが、最終的にはここで敗退となった。
その後、中3日で行われた長野とのリーグ戦を引き分けた後、10月20日にはすでにチームの活動停止(次項参照)の報道が流れていたなか、首位に立つ長崎を2-0と下した。さらに活動停止が正式発表された後の秋田との対戦も制し、7月以降のリーグ戦を13戦無敗として優勝への望みを残したが、11月3日の横河武蔵野FC戦に逆転で敗れて優勝の可能性が消えた。そして、チーム最終戦となった11月18日の藤枝MYFC戦を1-1の引き分けとし、最後のシーズンを3位で終えた。
リーグトップの得点数を挙げ、この年Jリーグ参入を争った長崎に1勝1分、讃岐には2勝と互角以上の戦いをみせたが、前年に1つのみだった引き分けが9つに増え、下位チームに対する取りこぼしもあるなど、やや安定感に欠けたシーズンとなった。DF旗手、奈良輪、MF清原がベストイレブンに選ばれるとともに、前年に続きフェアプレー賞を受賞して、チームの歴史に幕を下ろした。
引き続き中口雅史が監督を務めた。選手の離脱や補強は前年に比べて小幅なものとなったが、大卒新人2人に加えて、復帰を除いた初めての他チームからの移籍選手となるFW鳥養祐矢を迎えた。東日本大震災の影響でJFLの開幕が4月下旬となったが、開幕戦で敗れると、序盤はその後も黒星が先行した。
しかし5月下旬から、ブラウブリッツ秋田や松本山雅に逆転勝利をおさめ、Hondaとのアウェイゲームを終盤の得点で勝って調子を上げると、6月25日の町田ゼルビア戦では0-3のビハインドから終盤に3-3の引き分けに持ち込むなど、勝負強さを発揮するようになった。天皇杯のJFLシード権は逃したものの、MF清原翔平やGK村山智彦、FW鳥養などの若手の活躍とベテランとが噛み合って夏場に6連勝を果たし、混戦のリーグで首位に立った。
天皇杯滋賀県予選では決勝でMIOびわこ草津を下し、滋賀県代表として天皇杯出場。1回戦を勝ち抜いたが、10月12日の2回戦では若手メンバー主体のガンバ大阪に対して、シュート数では上回るなど持ち味をみせながら決定力を欠き、0-2で敗れた。