第3高射特科大隊
1951年(昭和26年)5月1日:第3管区隊第63連隊第5大隊として編成完結(4個高射中隊)。
第3特科連隊第5大隊
1954年(昭和29年)7月1日:陸上自衛隊発足により、第3特科連隊第5大隊に改称(3個射撃隊)。
第3特科連隊第6大隊
1962年(昭和37年)1月18日:第3管区隊の第3師団への改編に伴い、第6大隊に改編・改称(4個射撃隊)。
1969年(昭和44年)3月 :5個射撃隊編成に改編。
1976年(昭和51年)3月25日:M15A1対空自走砲から35mm2連装高射機関砲 L-90へ換装に伴い、第6大隊を2個高射中隊に改編。
1989年(平成元年)12月 :1個L-90中隊を81式短距離地対空誘導弾中隊に換装。全国で最後となるM15A1対空自走砲の実弾射撃を実施、これをもって同器材は退役となる。
第3高射特科大隊
1992年(平成04年)3月27日:第3特科連隊第6大隊が第3高射特科大隊として分離・独立、師団直轄となる。
1994年(平成06年)3月28日:師団改編に伴い、高射中隊を3個小隊に改編。
2006年(平成18年)3月27日:L-90中隊を93式近距離地対空誘導弾中隊に換装。後方支援体制変換に伴い、整備部門を第3後方支援連隊第2整備大隊高射直接支援隊へ移管。
2012年(平成24年)3月27日:創隊20周年記念行事。
2017年(平成29年) 2月 :ADCCSII型を導入。 3月27日:大隊改編。 本部管理中隊情報小隊を指揮情報中隊へ移動。 第1中隊を廃止、指揮情報中隊を新編。 第2中隊を高射中隊へ改称。