京葉線
山手線へのE235系投入に伴うE231系500番台の中央・総武線各駅停車への転属に伴い、同線用E231系0番台の一部が武蔵野線に転入し、2017年11月1日から運行を開始した。
2020年7月9日に、三鷹車両センター所属の試作編成の900番台が、大宮総合車両センターにて8両編成化及び転用改造の上転入した。
開通当時はみどりの窓口を省略した駅が多かった。東京開通時点では越中島駅・潮見駅・葛西臨海公園駅・市川塩浜駅 - 新習志野駅間・千葉みなと駅が該当した。そのためこれらの駅では100km超の乗車券が発売できず、「1,750円以上のきっぷは1,590円のきっぷをお求めになり着駅または車内で精算してください」と掲示されていた。その後、全駅に設置されたが、その後の指定席券売機の導入により、大半の駅で閉鎖された。単独駅でみどりの窓口が存在するのは2022年8月時点で舞浜駅・新浦安駅のみとなっている。
東京駅・八丁堀駅・越中島駅の地下区間3駅と蘇我駅をのぞき、首都圏の多くの線区で導入されていたような発車メロディは長い間導入されず、電子ベルを使用している駅が多く存在していた。しかし、2004年6月14日に舞浜駅にディズニーのメロディが、2005年3月26日には海浜幕張駅に千葉ロッテマリーンズ応援歌のメロディなどご当地ソングが導入され、2006年8月25日には利用者の増加から、新浦安駅でテイチク製の発車メロディが導入された。その後、老朽化した放送機器の更新を兼ねて2007年3月10日(千葉みなと駅)から同年3月25日(潮見駅)にかけて、ほかの電子ベル使用駅についても順次発車メロディが導入され、すべての駅で導入されている。発車メロディの一部はこの路線でしか採用していないものもある。
また、地下区間の3駅のコンコースやホームには、他駅とは異なる独自の案内サインが開業時より設置されている。ただし、近年は他駅と同様の標準タイプに変更されたものもみられる。
ホーム番線は蘇我駅を除き下り線から1番線となっている。
東京開業からしばらくの間、東京ディズニーランドへの連絡輸送を目的とする快速列車「シャトルマイハマ」として東京駅 - 西船橋駅間で運行していたこともある。また、休日などごくわずかに内房線や外房線からも運行した。内装はディズニーをイメージしたものになっていた。1995年に上沼垂運転区(現在の新潟車両センター)に転出し、「アルファ」と改称され主に新潟地区で運用されたが、2001年に廃車された。