主計局
また、国策統合機関として権限強化を目的として、1937年(昭和12)10月に企画院が設置されると、総動員計画の遂行上、各省および主計局に対して「予算統制事項」の実行に関する指示を行ったため、予算編成機関である主計局との間で権限争議を展開することとなる。さらに、戦時財政遂行の過程で、1941(昭和16)年度から重要政策に関する予算措置の採否は、閣議において最後的折衝を行った後に決定することとなった。閣議中心主義が強まり、1942年(昭和17年)7月、主計局の4課(予算課、決算課、調査課、法規課)は改正され、予算編成を統一的に担当してきた予算課は廃止、予算調整の統括は主計局長のもとで行われるようになり、各省所管の一般会計および特別会計の予算および決算に関する事務は、第一課から第四課までの各課で各省別に分割して取扱われるようになった。1944(昭和19)年6月には、各課で担当していた各省所管の一般会計および特別会計の予算・決算事務は第一課にまとめられ、総合的に扱われるようになる。