大韓航空機撃墜事件
各国が必死になって捜索していたブラックボックスについては、実際には事件後間もなくソ連当局によって回収されていた。ソ連当局は、コックピットボイスレコーダーとフライトデータレコーダーの分析を即座に済ませ、1983年11月28日には極秘報告書においてスパイ行為説を否定していた。だが、実際には「『スパイ飛行説』の反証となりうる可能性がある」との報告に基づき、モスクワはブラックボックス回収の事実を公表しなかった。日米は上記の事実を知らないまま、ブラックボックスを半年以上も捜索し続けていたことになる。
なお、ブラックボックスの「極秘」の回収指示書がソ連当局から樺太の地元住民に渡されていたこと、地元住民がその指示書と同じものを実際に海中から引き揚げたこと、そして、住民が密かに自宅などに持ち帰っていた部品が撃墜された大韓航空機のものであったことが、日本テレビの『大追跡』の取材によりソビエト連邦の崩壊直後の1991年に判明していた(この番組は、翌1992年4月4日に放送された。)。この番組では、ロシア国防省の許可の下、潜水艇を用いて墜落現場の撮影も行われ、事件後10年近く経っても現場付近に沈んでいた機体の残骸や犠牲者の衣服、そして遺骨の一部が撮影されていた。ジャーナリストのアンドレイ・イレーシュが入手していた引き揚げられた本の一部が日本人乗客のものと推定され、遺族に渡された。
ソ連政府によるブラックボックスの隠匿などにより、事件についての多くの疑問点が、冷戦が終結した1990年代まで解明されないままであった。だがその後、冷戦が終結したことを受けて1991年11月にパリで行なわれた国際テロ対策会議においてオレグ・カルーギンソ連国家保安委員会 (KGB) 議長顧問が「この事件の詳細を日本側に報告する」と佐々淳行(元 初代内閣安全保障室長 同事件発生当時、防衛庁(現 防衛省)長官官房の官房長として対応に関与していた。)に表明した。
その後、実際にロシア政府は回収を秘匿していた007便のブラックボックス(上記のように、記録は墜落の11分前で途切れていた。)をICAOに提出し、合わせて残された遺品の遺族たちへの引渡しを行った。ICAOはこれを高い解析技術を持つ第3国であるフランスの航空当局に提出、解析を依頼し、その結果をもとに調査の最終報告をまとめた。
それによると、航路逸脱の原因は以下のいずれかとされた。どの仮説が正しいかは、証言できる者が生存しておらず不明のままである。