四大学連合
東京医科歯科大学
東京外国語大学
東京工業大学
一橋大学
1999年(平成11年)春、かねてより国立大学協会の運営に不満を抱いていた中嶋嶺雄東京外国語大学学長が、内藤喜之東京工業大学学長、石弘光一橋大学学長とともに、偶然ドイツ連邦共和国ボンの日独学長会議に招かれる機会があった。帰国後、神田一ツ橋の如水会館のレストランで会合を行い、「国立大学独立行政法人化」(後の2004年(平成16年)実施)の論議が行われている中で、単科大学はその性質上、理系・文系にとらわれない複合領域分野に弱いという点が挙げられるため、独立行政法人化して利益を上げることができるのだろうかという不安があり、それぞれの分野で国内トップクラスの大学と言えども弱点を克服できない背景があったためか、3大学学長が語り合っているうちに3大学で協力すれば面白いことができるのではないかという話になったという。
その後、同じく各分野で評価の高い東京医科歯科大学と東京芸術大学の学長も加わって、1999年秋にはこの5大学の学長による大学連合構想が公にされた。当時の新聞には21世紀にふさわしい大学像を探る試みとして大々的に取り上げられている。しかしこの五大学連合構想について踏み込んだ話し合いが始まる前に、東京芸術大学が教授会の反対により抜けてしまう。また東京外国語大学が学内の意見がまとまらないことを理由に一時的に抜けてしまった。残る3大学で話し合いが続く中、2000年(平成12年)11月になり、東京外国語大学が大学連合に参加することを改めて表明する。