四国国分
最初に「四国国分」の沙汰がなされた15年後の慶長5年(1600年)、美濃国の関ヶ原で「天下分け目」の関ヶ原の戦いが起こったが、このとき大坂城にいた毛利輝元は四国地方への出兵を命じている。これは、秀吉亡きあとの西国を代表する五大老の一人として、また、西軍の総大将としての派兵命令であり、自身が豊臣政権における公儀権力の代行者であることを、その根拠としていた。すなわち、土佐の長宗我部氏については軍役をもって動員し、讃岐の生駒氏や阿波の蜂須賀氏には圧力を加えて当主の生駒親正・蜂須賀家政を高野山に追放し、家臣団を派遣して両国の占領におよんだ。また、徳川方についた加藤嘉明・藤堂高虎の領国であった伊予に対しては積極的に調略をおこない、とくに加藤領に対しては河野氏の惣領格とみなされていた宍戸景世(河野通軌か)を大将として直接兵力を送り込んでの激戦となった。美濃での関ヶ原本戦が1日で東軍勝利に決したため、撤兵したものの、輝元のこうした行動には「四国国分」の強い影響がみてとれる。
土佐を旧領として安堵すること
「惣領」が以後の合戦に毎回兵3,000を率いて参戦すること
惣領の弟が人質として大坂城に来ること
徳川家康との同盟禁止
という和睦条件にしたがって、長宗我部元親には土佐一国約10万石が安堵された。軍役が課せられることによって長宗我部氏は豊臣政権に組み込まれることとなり、天正14年(1586年)以降の九州征伐でも元親とその嫡子、長宗我部信親が参戦している。また、講和条件にしたがい、元親三男の津野親忠が人質として大坂に差し出された。
なお、四国平定の過程で長宗我部氏に従って豊臣政権と戦ったために秀吉から所領を没収された国人領主の一部(伊予金子氏や讃岐羽床氏など)が長宗我部氏に引き取られて土佐国内に所領を与えられている。
国分当時の阿波は、元親軍が土佐に撤退した直後のことでもあり、村落は荒廃し、農民たちの多くも戦乱で疲弊していた。そこに蜂須賀氏が入部したため、入部直後の天正13年(1585年)8月、祖谷山・木屋平・大粟山・仁宇谷など山間部の土豪層が新しい支配者の到来に抵抗して蜂起する土豪一揆が起こった(天正阿波の土豪一揆)。これに対し、蜂須賀家政は一揆の加担者には徹底した武力鎮圧で臨む一方、在地有力者に対しては巧妙な懐柔策も適宜採用して土豪層の切り崩しをはかった。また、稲田氏・益田氏・山田氏・中村氏・森氏ら尾張以来の9人の腹心を領内の要地に配し、各々300名の兵によって防備させるという支城駐屯制を敷き、阿波九城を置いた。