ユニクロン
声は中村秀利、原語版はジョン・ノーブル。
サイバトロンの創生神話に語られるかつて創造神プライマスと相争った伝説の破壊神で、物語序盤にはそのユニクロンの血の結晶とされるダークエネルゴンが登場。メガトロンが宇宙で発見したもので、死んだトランスフォーマーをテラーコンとして蘇らせる性質を持ち、さらに壊れた機械を金属生命体に変えてしまうことができる。劇中ではクリフジャンパーがこれの力で怪物と化し、それから流れ出た液体が付着した機械のパーツが虫のようなロボットに変化している。メガトロンはダークエネルゴンを取り込み生きたままパワーアップに成功する。
実は地球自体がユニクロンそのものであり、メガトロンはユニクロンを目覚めさせるためにダークエネルゴンを集めていた(それが明らかになった第24話以降ガイアユニクロンの呼称が用いられるようになる)。また岩石でできた分身体ともいえる存在を無数に作り出すことができる。
ガイアユニクロンを説得できなかったオプティマスプライムはメガトロンと共闘し、マトリクスを使いガイアユニクロンの意識を封じることに成功する。
その後、最終シーズンで完結篇である『Predacon Rising(プレダコン・ライジング)』ではサイバトロン星のコアの起動に反応して意識が復活。メガトロンの体内に残っていたダークエネルゴンを介して体を乗っ取りユニクロンメガトロンに再生強化を施し、それを自身の新たな依代にして活動を開始する。サイバトロン星に直接乗り込むとプレダコンの墓場に眠る大量のプレダコンの死骸をテラーコンに変えてサイバトロン星のコアを破壊せんと迫り、それを阻もうとしたオートボットおよびプレダコンらと激突する。オプティマスプライムがオールスパーク捜索から帰還するとオプティマスプライムと交戦、彼の持っていたオールスパークのケージを奪い取るが、既にオールスパークはオプティマスプライムが体内に取り込んでおり、自身の魂はメガトロンの身体から引き剥がされ、そしてそのケージ内部に閉じ込められる形で再び封印された。