BC級戦犯
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無実の罪や不当な罪を背負わされという主張は被疑者を含め、日本側の関係者を中心に見られる。
例として、栄養失調の捕虜にゴボウを食べさせた(直江津捕虜収容所事件)、肩凝りや腰痛の捕虜に灸を据えた収容所関係者が捕虜虐待の罪に問われ有罪とされた、などが挙げられる。ただし、これらの事実が公判で虐待として指摘されたことは確かであるが、例えば直江津では実際に異常な数の死者が出ていた等の事もあって、これだけで有罪になったのか、またはこれ以外にも虐待の事実があったがゆえに有罪の証拠として採用されたのかは不明である。
米軍における裁判でも山本七平は「“タナカという憲兵がやった”という証言があって、“やったのはこいつだ”と面通しで言われたらもうおしまいで、『私は憲兵でなく砲兵です』といくら言っても無駄だった」と回想している。一方、林博史は、一般的な軍律裁判と比較して、正確な裁判であったと評価する。
全316裁判、被告950人
シンガポール:137裁判、被告490人 1946年1月21日~1948年3月12日 カーニコバル島事件(イギリス・シンガポール裁判12号) 泰緬鉄道建設捕虜虐待事件 シンガポール華僑粛清事件(イギリス・シンガポール裁判118号) 双十節事件 昭南陸軍刑務所事件 セララン兵営事件
ジョホールバル:4裁判、被告5人
クアラルンプール:50裁判、被告84人 1946年1月30日~1948年1月12日 マラッカ事件 ネグリセンビラン州事件
タイピン:17裁判、被告36人
アロルスター:2裁判、被告16人
ペナン:1裁判、被告、35人
香港:45裁判、被告123人 1946年3月28日~1949年12月20日(イギリス裁判終了) 一宮町事件 ビーハー号事件(利根事件)
ラブアン:6裁判、被告13人
ジェッセルトン(アピ):14裁判、被告17人 アピ事件 サンダンカン事件
ビルマ:40裁判、被告131人 1946年3月22日~1947年11月21日 カラゴン事件 第一モールメン・タキン事件
全605裁判、被告総数884人。無罪判決は40%にのぼるが、これは国共内戦における政策変換によるとされる。
漢口:79裁判、被告163人
北京:89裁判、被告115人 1946年4月8日~
広東:93裁判、被告170人
瀋陽:115裁判、被告136人
南京(南京軍事法廷):28裁判、被告33人 1946年5月30日~ 百人斬り競争(中華民国南京裁判21号) 南京虐殺事件で谷寿夫中将が訴追。
済南:21裁判、被告24人
徐州:13裁判、被告35人
上海:144裁判、被告181人 ~1949年1月26日(中華民国裁判終了)
台北:12裁判、被告16人
太原:11裁判、被告11人
この中で元大佐の大井篤は中国三竈島における海軍の民間人掃討を例に、日本兵の人権、人命軽視は日中戦争の頃より醸成されて麻痺してしまっていた事も影響したと指摘している。
また、連合軍軍用機の搭乗員の捕虜に対する扱いも問題となった。田中宏巳「BC級戦犯」(ちくま新書)では、「航空機と地上部隊の戦いは『一方的に航空機が攻撃を加え地上部隊は無力感と憎悪が高まる』という具合になりやすい。この状況で軍用機が墜落して搭乗員が捕虜となった時に、ついさっきまで空中から一方的に自軍を殺戮していた者が『捕虜になった以上ジュネーヴ条約で守られる権利がある』ということなど戦場の兵士にはとうてい受け入れられない」と述べている。
同書によると、石垣島で米軍機搭乗員3人が捕虜となった後殺害された件で(後に減刑されたが)死刑判決42人という事例もあり、軍用機搭乗員捕虜の殺害では全体的に死刑判決が多くなる傾向にあったという。
戦犯逮捕の過程では、敵軍の裁きを潔しとしないという理由で自らの命を絶った者もいた。主なものを挙げると、杉山元(元帥、陸軍大将、開戦時の参謀総長)は拳銃自殺、橋田邦彦(文部大臣)、近衛文麿(元首相)の2名は服毒自殺、小泉親彦(東條内閣の厚生大臣、軍医中将)、本庄繁(元関東軍司令官、陸軍大将)は割腹自殺を行っている。なお東條英機(元首相、陸軍大将)は自殺を図ったが未遂に終わっている。