ピクミン3
制限時間内に出来るだけ多くの原生生物を倒すモード。このモードでは原生生物を倒すと、その時点でポイントが加算される。画面左上にはポイントの他に残りの原生生物の数も表示されている。ステージによってはオニヨンが設置されており、それに倒した原生生物を運ぶ事でピクミンの数を増やし、戦況を有利にする事が出来る。多くの場合、オニヨンは別々の場所に置かれている。ただ、増やす際は、運び込む時間や生まれたピクミンを抜く時間などで、無駄に時間を使ってしまう場合もあるので、時間配分を考えながら増やす必要がある。また、ステージによってはバクダン岩も置かれており、これを利用して多くのピクミンを必要とする原生生物との戦いや、土の壁等を手早く倒したり、破壊したりする事ができるため、時間短縮が可能となる。倒した原生生物の数により貰えるメダルの種類が決まり、全て倒すとプラチナメダルが貰える。
従来のストーリーモードの他、制限時間内にお題をクリアするミッションモード(2人までの協力プレイも可能)、2人対戦のビンゴモードを収録。ミッションモードはアップデートに伴い、有料追加コンテンツとして新ステージが配信された。
制限時間内に出来るだけ多くのお宝を回収するモード。このモードでは果実や原生生物を回収すると、『2』の洞窟エリアのようにポイントが加算される。また、一部このモードにのみ登場するお宝もある。回収したお宝の数により貰えるメダルの種類が決まり、全て集めるとプラチナメダルが貰える。下記のモードよりはケースが少ないがオニヨンが設置されているステージもある。
採れる果汁:2.50
回収できる数:1
運搬数:15
ドラゴンフルーツ。新種の原生生物かと見間違える程ワイルドな見た目からは想像できない位あっさりとした味わい。果肉の中にタネが豊富に入っているので貴重な食糧資源。「再会の花園」のボス、ヨロヒモムカデがいにしえのパケシスと共に飲み込んでいた。
ルーイから教えてもらい行けるようになる最後のエリア。
何故かアメニュウドウに追われるオリマーを救出するのがこのエリアの目的となっている。全体が砂漠を思わせるような風景が特徴で、これまでのエリアと異なり、多肉植物が目立っていて、目の前には、アメニュウドウが根城としている巨大な蟻塚のような独特の形をした塔がそびえ立つ。
唯一このエリアのみ果実が存在しない。なお、ここで倒す原生生物は全て死骸が残らず金色に液状化して消滅し、次の日には復活しないため、ピクミンも増やせない。
ちなみにステージ名にある『哀しき獣』とは、アメニュウドウの事を指す(実際オリマーが、書き残していた手記の中でアメニュウドウの事をこのように揶揄している)。 ラスボス:アメニュウドウ