三千院
三千院の境内は、境内南を流れる呂川(りょせん)と北を流れる律川(りつせん)という2つの川に挟まれている。呂川・律川の名は声明(しょうみょう)(仏教声楽)の音律の「呂」と「律」に由来する。境内南側には往生極楽院の正門にあたる朱雀門、西側には御殿門があるが、拝観入口は後者である。御殿門は薬医門形式で、両側に石垣と白壁をめぐらし、法親王の御殿である政所の入口にふさわしい重厚な門構えである。前述の石垣は築城で名高い近江坂本の穴太衆の築いたものである。
門から入り、大玄関から拝観順路に沿って進むと、客殿、宸殿、及びこれらを囲む庭園があり、庭園内に往生極楽院が建つ。その庭園にはわらべ地蔵が数体佇んでいる。
そこから歩いていくと弁財天が祀られており、さらに石段を上って奥の院へ進むと金色不動堂、さらに上ると観音堂がある。このほか、律川沿いには阿弥陀石仏(売炭翁石仏)や、御殿門を入った南側には写経場の円融房(えんにゅうぼう)と収蔵庫兼展示施設の円融蔵がある。
宸殿 - 本堂。1926年(大正15年)建立。宮中の紫宸殿を模して宮殿風に造られた建物で、宮中仏事を引き継ぐ行事である5月30日の宮中御懺法講(きゅうちゅうおせんぼうこう)が行われる道場。中の間には、最澄作と伝わる本尊の秘仏薬師瑠璃光如来像を安置する。