竪穴式石室
この場合も、木棺を覆う空間を残さず、直接木棺を棺床の粘土と同じ粘土で包み込んだ後、墓壙を埋める。その被覆粘土は、棒状の道具で念入りに叩き締められている。
割竹形木棺の内・外の面と石室の壁面とにベンガラ(赤色顔料)が塗られることが多い。棺の内側には朱(水銀朱)が塗られている場合もあり、ベンガラと朱の両方が用いられる場合もある。埴輪を造ることが埋葬祭祀の一部であるととらえられているので、石室構築も同様に埋葬祭祀行為であったと考えられる。 このような石室・石槨を構築するのは、密閉と防湿に配慮しており、また、首長の亡骸を棺に収め保存するとともに外敵から護るという意味もあり、さらに石で覆い固め封じ込める意味があったのではないかと推測されている。このような構築方法や埋葬の意味が5世紀以降薄れていく。
日本最大級の竪穴式石室は長野県千曲市の森将軍塚古墳のもので、長さ 7.6メートル、幅 2メートル、高さ 2.3メートルにおよぶ。
墳丘に掘った大きな土壙のそこの中央部に粘土をひく。
粘土の上に木棺を安置して遺骸を埋葬する。
木棺の四方に板石ないし割石を積み上げて壁にを構成し、壁の背後の裏込めも全て石材で充填する。
さらに四壁の上に大きな天井石数個を並べて封鎖し、その上に粘土を厚く被覆して土で埋める。