FC琉球
育成組織として以下のチームを保有する。
FC琉球U-18
FC琉球U-15宜野湾
FC琉球U-15那覇
FC琉球U-12
また、2018年には、Jリーグのクラブとしては初めてとなる学校「FC琉球高等学院」を設立した。通信制高校の鹿島朝日高等学校(学校法人鹿島学園運営)と提携し、同校の高等学校卒業資格を得られるとしている。なお、堀江貴文が設立したサポート校「ゼロ高等学院」はFC琉球高等学院を参考にしたという。
クラブスローガン :「琉球昇竜」
金鍾成体制3年目。藤澤典隆(鹿児島)、田辺圭佑(熊本)、才藤龍治(富山)、前田央樹(北九州)といった、これまでチームの軸として活躍した主力選手らが去った一方で、新卒ルーキー4名の他、藤枝から前シーズン13得点を挙げたFW枝本雄一郎、U-23北朝鮮代表MF金成純、YS横浜からMF小松駿太、大宮から元日本代表のFW播戸竜二、ノルウェーからFWカルボン・ファーデルが加入した。
1月18日には早稲田ユナイテッドとの新たな包括的業務提携の締結、2月6日にはFC琉球高等学院の4月開校、4月24日にはプロ卓球リーグTリーグに参加する琉球アスティーダとの包括協定締結、同月27日には同じく沖縄県を拠点とする、プロビーチサッカークラブソーマプライアとの包括協定締結が発表された。7月22日には、eスポーツチーム「FC琉球」の発足が発表された。
序盤は第5節から4戦勝ち無し(1分3敗)を喫するが、第9節でG大阪U-23で5試合ぶりの白星を挙げると、そこから10試合無敗(7勝3分)となり、第17節に首位に浮上。
サッカー・地域リーグ、FC琉球などがJFL昇格
Jリーグ準加盟に北九州、富山承認 琉球は見送り
サッカー元日本代表監督・トルシエ氏がFC琉球総監督就任
日本代表元監督のフィリップ・トルシエが総監督、ブルキナファソ代表元監督のジャン=ポール・ラビエ(英語版)が監督に就任。元日本代表の山下芳輝が加入した。1月にJリーグ準加盟申請を行ったが、同2月19日に開かれた社団法人日本プロサッカーリーグの理事会において、運営体制の未確立、スタジアム等設備条件の不備を理由に認められなかった。リーグ戦は入れ替え戦圏内の16位で終えたが、昨年同様レギュレーション変更によりJFLに残留した(詳細は第10回日本フットボールリーグ#レギュレーション変更を参照)。シーズン終了後にラビエが監督を退任した。
2003年:アシックス
2004年 - 2005年:ゴリラ 2004年は500円のTシャツに背番号を貼り付けたユニフォームであった。
2006年 - 2007年:キングダム(クラブオリジナルのブランド名)
2008年:カッパ
2009年 - 2010年:エレア
2011年 - 2012年:エーライン
2013年 : グランドスポート
2014年 - 2016年:マイター
2017年 - 現在:スフィーダ
第19節終了時点で10勝5分3敗の勝点35、首位をキープして夏場の1ヶ月の中断期間へ入ることになった。
中断開けの後半戦では、第23節G大阪U-23に0-2で敗れ、14試合ぶりの黒星を喫したものの、続く鹿児島・沼津との上位対決で、いずれも安定した試合運びで勝利。11月3日、第30節群馬戦を4-2で勝利し、4節・3試合を残してクラブ創設15年目、J3参入5年目にして初のJ3優勝・J2昇格を果たした。4節・3試合残しての優勝・昇格決定はJ3リーグ最速(当時)となった。ホームゲーム最終戦となる第33節相模原戦に5-1で勝利し、ホームゲーム7連勝、かつJ3リーグでは初、全カテゴリー通算でも2006年J1で浦和が達成して以来2例目となるホームゲーム年間無敗(12勝4分)でシーズンを終えた。シーズン終了後、金鍾成が監督を退任した。天皇杯は1回戦でFC今治にPK戦で敗れた。