IBAFワールドカップ
1998年の第33回大会からはプロ選手にも門戸を開き、続く2001年の第34回大会からは使用するバットも金属製から木製に変わった。この大会では、日本代表に井口資仁や高橋由伸ら複数の同国プロ野球(NPB)トップ選手が名を連ねた。ただこの大会ではキューバが大会7連覇を達成し、日本は4位に終わっている。その後は日程の都合もあってNPBから選手が派遣されることはなかった。また、世界最大のプロ野球リーグであるメジャーリーグベースボール(MLB)は選手を出さず、その傘下にあるマイナーリーグからの派遣にとどまっていた。
2006年3月、MLB主導による新たな国際大会として第1回ワールド・ベースボール・クラシック(WBC)が開催された。この大会は予選を行っておらず、主催者による招待で16か国が出場。デレク・ジーター(アメリカ)やアルバート・プホルス(ドミニカ共和国)、ヨハン・サンタナ(ベネズエラ)やイチロー(日本)など、ワールドカップには出場しないメジャーリーガーが多数参加した。これがきっかけで、IBAF内で国際大会の再編が議論されることになった。2010年にはIBAF会長リカルド・フラッカリが、ワールドカップをWBCの予選として行うという案をMLBとの協議で提案する意向を表明した。ワールドカップはこの間、2009年の第38回大会で大会参加国が初めて20を超えた。
2011年10月、パナマで16か国が参加して第39回大会が行われ、オランダがキューバを下して初優勝を飾った。同年12月、アメリカ・ダラスでIBAF総会が行われ、WBCが2013年の第3回大会から予選を導入したことから、WBCをナショナルチーム世界一決定戦と正式に位置づけ、ワールドカップが廃止されることが決まった。