パーフェクトダーク
シールド装備
プレイヤーキャラクターがシールドを装備した状態でゲームが開始される。
スーパーシールド
プレイヤーキャラクターが通常の2倍の耐久力を持つシールドを装備した状態でゲームが開始される。
シールド装備(敵)
すべてのNPCがシールドを装備した状態になる。
全敵Rランチャ
ミッションモードに登場するすべての敵キャラクターがRランチャを装備した状態になる。
暗闇モード
マップ全体が暗所となり、プレイヤーキャラクターがナイトアイを持った状態でゲームが開始される。
ジョアンナ用の武器(ソロ)
プレイヤーキャラクターが以下の武器を持った状態でミッションモードが開始される。
Rランチャ
Sライフル
Sドラゴン
ラップトップガン
フェニクス
サイキックガン
トレントのマグナム銃(DY357-LX)
ファーサイト
クラシックウェポン(ソロ)
プレイヤーキャラクターが以下の武器を持った状態でミッションモードが開始される。
PP9i
CC13
KLO1313
KF7 Special
ZZT(9mm)
DMC
AR53
RC-P45
ウェポン
クラシック照準
Rボタンを押したときに表示される照準が前作のものに変化する。
ラップトップ自動機銃 弾無制限
ラップトップガンの「自動機銃」の弾数が無制限になるほか、設置するたびに新しいラップトップガンを得られる。
高速パンチ
素手の攻撃速度が上昇する。
襲撃部隊を一掃し大統領を脱出させる必要がある。
墜落現場<対決>
襲撃部隊は撃退したもののエアフォースワンは雪原に墜落する。大統領を探し出し救出するのが目的。
ミッション6
ペラジック2<妨害>
大統領を脅迫する手段に失敗したスケダーは武力行使で深海探査船「ペラジック2」を制圧する。スケダーの目論見を阻止するためジョアンナとエルビスはペラジック2に潜入し探査作業を妨害する。
深海<別れ>
スケダーの狙いは深海に沈む古代エイリアンの船、セタンシップに搭載されている兵器だった。スケダーはそれを戦争中のマイアンたちを滅ぼすために使おうとしており更にテストとして地球を破壊しようとしていた。ジョアンナ、エルビスは兵器が使われる前に破壊するため、セタンシップに潜入する。
ミッション7
キャリントン協会ビル<防衛>
ドクター・キャロルの命を懸けた自爆によりセタンシップは破壊されスケダーの野望は阻止された。今回の功績でキャリントン、ジョアンナ、エルビスはホワイトハウスへ招待されるが出発直前にスケダー達がキャリントン協会を襲撃する。人質に取られたスタッフを救出しつつジョアンナ達は脱出を目指す。このステージでは敵全員がシールドを装備している。
ミッション8
スケダー宇宙船<制圧>
皆を逃がすため留まったジョアンナはスケダーに捕らえられてしまう。同じく捕らえられていたカサンドラの協力で脱出したジョアンナは救出に来たエルビス達と協力して宇宙船の制圧を行う。
ミッション9
スケダーの神殿<決戦>
テクスチャの高解像度化、人・銃の3Dモデルの精密化。1080p/60fps対応。
Dolby Digital 5.1ch対応。サウンドファイル圧縮率の大幅な改善。
協力・敵対ミッション、コンバット・シミュレータのオンライン対応。
ただし、すべての敵を味方にできるわけではなく、メイン・キャラクターや一部の一般の敵は決して味方にならない。また、味方となった敵が他の敵にターゲットされるか否かはミッションごとに異なる。
2.なし サイキックガンは第2武器モードを持たない。
トレント・イーストンの指示で極秘に開発されていたアイテム。外観はトランキライザのそれとほぼ同じで、命中すると思考・思想が逆転する特殊な薬品を発射する。ミッションモード限定のアイテムだが、外伝的な特殊ミッションでしか登場せず、その中で得られる弾数も非常に少ない。「サイキックガン」や「オール武器」などのチートを使うことですべてのミッションで使用することができるようになるが、「弾無制限」のチートと併用してもその効果を得られず、通常のプレイで最大携行予備弾薬数の「100」という数値を満たすことはできない。
素手 (-/-)
1.パンチ 拳で殴りつける近距離攻撃を行う。威力は低いが、殴られた相手は視界が悪くなり、そのまま殴り続けると気絶する。
2.武装解除 相手の装備している武器を叩き落とす。第1武器モードよりも威力は低いが、落とした武器を拾ってしまえば敵を無力化、ないし弱体化させることができる。
何も装備していない状態。反応されてからの使用には向かないが、ミッションモードではプレイヤーに気付いていない敵に背後から攻撃することにより相手を一撃で気絶させることができる。殺傷力を持たないため民間人への使用も可能。
ミッションによっては素手の敵兵が登場したり、武器を持っていても近距離では素手で攻撃してくることがある。