日本独立リーグ野球機構
四国アイランドリーグplus
ベースボール・チャレンジ・リーグ(ルートインBCリーグ)
九州アジアリーグ(ヤマエグループ 九州アジアリーグ)
北海道フロンティアリーグ
日本海リーグ
加盟リーグに所属する各球団は賛助会員という扱いで機構に参加している。