海軍工廠
造船実験部:呉廠に設置。
航海実験部・光学実験部・通信実験部・電池実験部:横廠に設置。
潜水艦部:呉廠に設置。潜水艦建造・計画を担当。太平洋戦争末期に特攻兵器製造のため4工廠すべてに増設。
航空廠(のちの空技廠、さらに改変して第1技術廠・第2技術廠)
横須賀工廠航空機実験部・発動機実験部の後身。横須賀市追浜に設置。
空廠
第1空廠(霞ヶ浦)・第2空廠(君津)・第11空廠(広廠航空機部の後身)・第12空廠(大分)・第21空廠(佐廠航空機部の後身・大村に移転)・第22空廠(鹿屋)・第31空廠(舞鶴)・第41空廠(大湊→千歳)・51空廠(鎮海)・第61空廠(高雄)
火薬廠
第1火薬廠(宮城県船岡)・第2火薬廠(従来の海軍火薬廠:平塚)・第3火薬廠(従来の支廠:舞鶴)
燃料廠
第1燃料廠(大船)・第2燃料廠(四日市)・第3燃料廠(従来の燃料廠・練炭製造所の後身:徳山)・第4燃料廠(新原炭鉱の後身:福岡県志免)・第5燃料廠(平壌鉱業所の後身:平壌)・第6燃料廠(台湾各地に分散・本部は高雄)
衣糧廠
第1衣糧廠(品川)・第2衣糧廠(姫路)・第3衣糧廠(札幌)
療品廠
第1療品廠(目黒)・第2療品廠(京城)