ヤン・マサリク
同年9月の第二次世界大戦開戦後の1940年に、チェコスロバキアの亡命政権がロンドンで設立された。マサリクは亡命政権の外務大臣に就任した。第二次世界大戦中、マサリクはBBCを通じてドイツ軍による占領下にあるチェコスロバキアに定期的に放送を行った。1942年にマサリクはベイツ大学から法学博士号を受け取った。
1945年5月にドイツは連合国軍に敗北し、ソ連軍によりチェコスロバキアは解放されマサリクは帰国した。その後元チェコスロバキア大統領で、ロンドンのチェコスロバキア亡命政府の代表であったエドヴァルド・ベネシュが大統領に復帰しマサリクは外務大臣となった。
しかし大戦後のチェコスロバキアはソ連の影響が強まり、1946年に実施された選挙でチェコスロバキア共産党が38%の得票を得て第一党になった。これを受けて共産党指導者クレメント・ゴットワルドを首班とする連合政党である国民戦線政府が成立し、内務省など治安機関や教育・宣伝といった重要ポストを獲得したが、マサリクはその一員として外務大臣に留任した。