カンボジア・ベトナム戦争
新たな改革を実行するに当たり、ベトナムはソ連の支援を受け、7万以上の兵力を有するカンプチア人民革命軍 (KPRAF) に数年分の武器を譲渡し始めた。その際、ベトナム防衛省国際関係部はカンボジアに、手にした武器は現在の作戦を維持するのに用いて、兵力を疲弊させかねない主要な作戦に加わらないよう助言した。
1988年、ベトナムはカンボジア国内に約10万の兵力を維持していると見積もられたが、外交での解決の目途がつくと、本格的に兵力の撤退を開始した。1989年4月から7月に、ベトナム兵24,000名が帰国した。それから1989年9月21日から26日までに、ベトナムのカンボジアへの関与は正式に終わりをつげ、残っていた26,000名が撤退した。それまでに、10年間の占領で15,000名が死に、3万名が負傷していた。しかしベトナムがカンボジアに組み込んだPRK政権に反対する武装抵抗集団は、1989年9月以降、ベトナム軍は依然としてカンボジア領土で作戦を続けていると主張した。例えば撤退後の西カンボジアの攻撃に加わった非共産主義集団は、国道69号線沿いのタマルプオク近くでベトナム特殊部隊の精鋭との衝突があったと報告した。それから1991年3月、ベトナムの部隊が、クメール・ルージュの攻撃を破ってカンポット州に再入城したと報告された。このような主張にもかかわらず、1991年10月23日、ベトナム政府はパリ和平協定に調印し、カンボジア和平を復活させようとした。
最盛期にはKPNLFの分遣隊は、12,000人から15,000人の戦闘員を擁すると見積もられたが、その3分の1は、1984年-1985年のベトナムの乾季攻勢における戦闘と脱走で失われた。それにもかかわらず、KPNLFは小集団のゲリラ戦により、ベトナムとその傀儡のカンプチア人民革命軍を苦しめつつ、作戦を続行した。
別の非共産主義組織はシハヌークにより結成されており、フランス語の頭字語フンシンペックで知られる、独立・平和・中立・協力をかかげるカンボジアのための民族連合戦線であった。この組織は、シハヌークが国連総会で味方として代表した後、クメール・ルージュとの関係を険しいものにしたとき結成された。フンシンペックの指導者として、シハヌークは国連総会において以下のことを求めた。政権時代の犯罪のため、クメール・ルージュの代表を除名すること、クメール・ルージュや、ベトナムがカンボジアに組み込んだPRKが、カンボジア人民を代表していないという根拠に基づき、カンボジアの議席を空席のままにすることである。彼はまた、ASEAN、特にタイが悪名高い共産主義組織への供給路を通って中国の武器供給を可能にし、クメール・ルージュを依然として承認しているとして批判もした。この強調や有効性、KPNLFやフンシンペックの人気にもかかわらず、この二つの抵抗組織はまとまりが薄いこと、また指導力、腐敗、人権侵害が行われているとされる点から内部分裂に苦しめられた。
ベトナム占領時代の初期には、カンボジアの抵抗組織には違いを超えて相互に限定的なつながりがあった。
しかし、その後の数か月に起きた事件で、レ・ズアンはヌオン・チアに対する評価の誤りを修正することになる。
一方プノンペンのカンボジア指導部は、同国に対するベトナムの歴史的優越の結果から、ベトナム指導部に対する逆巻く嫌悪感と恐怖感を増大させていた。カンボジアからすれば、インドシナで優勢なベトナムの戦略とは、ベトナムで訓練された党員がカンボジア共産党とラオス共産党の一部になることであった。そのため、北ベトナムで訓練された最初のクメール・ルージュ党員がカンボジアに帰国した際には、直ぐに党から粛清された。ロン・ノル政権が敗れてからは、ポル・ポトはソ連やベトナムの手先と考える人々を、党やカンボジア政府から粛清し続けた。このとき、戦争で「アメリカ帝国主義」を独力で破ったと主張するクメール・ルージュ指導部に浸透していた勝利至上主義の状況で、カンボジアはベトナムに対する戦争に乗り出し始めた。
カンボジア軍がベトナムに対する戦争を準備していたとき、ベトナムの国営メディアは1977年4月17日、民主カンプチア建国2周年記念の祝賀メッセージを送っていた。4月30日、サイゴン陥落2周年記念のこの日、カンボジアはベトナムのアンザン省北部への軍事攻撃という形で応え、ベトナム人市民数百人が殺害された。ベトナム軍はカンボジアの攻撃地点へ部隊を移動させつつ、6月7日、ベトナムは未解決の問題を討議するためのハイレベル協議を提案した。6月18日、カンボジア政府はベトナムが紛争地域から全部隊を撤収し、敵対勢力間に非武装地帯を創設すべきとの要求でこれに答えた。
この事件を受け、両国は一連の祝賀メッセージと相互訪問で外交関係を修復しようとした。1976年4月17日、ベトナム指導部は、キュー・サムファンやヌオン・チア、そしてポル・ポトがそれぞれ国家主席、人民代議員議長、カンボジア首相に「選出された」ことを祝福するメッセージを送った。更にベトナムは1976年2月にシェムリアップを「アメリカが爆撃した」と主張して非難し、先立って弾劾していたカンボジア政府の見解を擁護した。これらに対し、1976年6月にカンボジア指導部は、1975年4月のサイゴン陥落でアメリカが支援する政権が崩壊してからのち、南ベトナムを統治していた南ベトナム共和国に、建国7周年を祝うメッセージを送った。
1976年7月、ベトナム戦争終戦後の再統一国家としてベトナム社会主義共和国が建国されると、プノンペンラジオは「民主カンプチア人民と、ベトナム社会主義共和国人民の戦闘的連帯と友好は、絶えず活気に満ちて不屈なものへと発展している」と宣言するコメントを放送した。しかし同月、ポル・ポト首相は公の席で両国の関係に「障害と困難」があるとベトナムのメディア代表団に語り、ベトナムとカンボジアの緊張を増すことになった。にもかかわらず1976年9月21日、ハノイやホーチミン市とプノンペンを結ぶ最初の航空路が開設された。1976年12月、カンボジア革命組織はベトナム共産党に第4回党大会開催に関する挨拶状を送った。