大根島の熔岩隧道
大根島のマグマは深いところから噴出したと考えられていて、溶岩の中には多数の気泡が含まれている。溶岩は地中深くから噴出する際、周囲の水分を捉えながら地表に向けて上昇してくるが、その水分が374°C 、220気圧以上になると水蒸気から気化する。その際、気化した気体(火山ガス)が溶岩中に入り込むので、地上に噴出したときには、ちょうど炭酸飲料を開けた時に発生するような気泡(減圧による発泡)が溶岩中に多数生じる。そのため大根島の溶岩はすべて、非常に多くの細孔が空いた多孔質の玄武岩の溶岩である。
この発泡したガスが寄り集まって空洞をつくり、これらガスの充満した空洞同士がガスの移動によって連結し洞窟状の形状になった。本熔岩隧道の陥没したように見える洞口部(入口)は、ガス溜まりの広い空洞部が、ガスの圧力によって天井部の薄いクラスト(表層溶岩層)を突き破って噴き上げた時に崩壊したものと考えられる。その際に、わずかに流入した軟らかい溶岩流の痕跡が残っている。
特別天然記念物に指定された以降も、大根島熔岩隧道の形態や規模など詳細な全体像は十分に解明されていなかった。2003年(平成15年)、当時の八束町教育委員会は、大根島に2つある国指定天然記念物の溶岩洞窟の調査を、富士山火山洞窟研究会へ依頼委託した。
富士山火山洞窟研究会(現、火山洞窟学会)は、山梨大学大学院教授で地盤防災工学の専門家である村上幸利、山梨県文化財保護審議会の小川孝徳など、主に山梨県側の富士山山麓に点在する国指定天然記念物の溶岩洞窟や熔岩樹形などの調査や保護保全を行ってきたメンバーで構成されており、一時は荒廃していた国指定天然記念物の西湖蝙蝠穴およびコウモリ(山梨県南都留郡足和田村/現富士河口湖町)を、1998年(平成10年)に整備、防災対策、一般公開といった一連の事業を行った実績があり、大根島にある2つの溶岩洞窟の保護・保全、そして公開の是非について検討模索していた八束町教育委員会から調査を委託された。
富士山火山洞窟研究会による大根島の現地調査は同年8月29、30日の両日にかけて行われた。洞内の一部が水没しているため、調査に先立ち八束町教育委員会は大型ポンプ1台、小型ポンプ2台を使用して排水を行い、新洞で約50センチの減水を実施した。調査の主な趣旨は、立ち入り区域と禁止区域の線引き、立ち入り可能区域における危険要因の特定、それら危険要因の除去方法の提案を行うことを念頭に行われた。