プラスミド
プラスミドは、染色体ゲノムと別々に簡単に精製することができるため、特定の配列の精製のためによく利用される。ベクターや分子クローニングの用途で、プラスミドの単離が良く行われる。
プラスミドDNAを細菌から分離するには、ミニプレップ、マキシプレップ(バルクプレップ)などのいくつかの方法がある。ミニプレップは、細菌クローンが持つプラスミドが意図していたものかどうかを迅速に検討するために使用できる。収量は少なく、純度も低いが、制限消化による分析や一部のクローニング技術においては十分である。マキシプレップはミニプレップをスケールアップしたものであり、大量に培養された細菌懸濁液を利用し大量のプラスミドDNA抽出と追加の精製を行うものである。これにより、非常に純粋なプラスミドDNAを大量(例えば数百マイクログラム程度)に得ることができる。さまざまなスケール、純度、および自動化レベルでプラスミド抽出を実行できるような、様々な実験キットが市販されている。
分子生物学技術としてプラスミドの使用ために、様々なバイオインフォマティクスのソフトウェアが開発されている。これらのプログラムは、プラスミドベクターのDNA配列を記録し、制限酵素の切断部位を予測し、操作を計画するのに役立つ。ソフトウェアパッケージとしては、例えばApE、Clone Manager、GeneConstructionKit、Geneious、Genome Compiler、LabGenius、Lasergene、MacVector、pDraw32、Serial Cloner、VectorFriends、Vector NTI、WebDSVなどが知られている。これらのソフトウェアは、実際に生化学的な実験を行う前に、インシリコで実験全体をシミュレーションすることに役立つ。