シスター・プリンセス RePure
全てメディアワークスから発売。
ゲームボーイアドバンス対応ソフト。プレイステーション版『Sister Princess 2』の発売日と同じく、2003年3月20日にマーベラスエンターテイメントより発売された。
ゲームのシナリオは、アニメ版のストーリーズパートをベースにしている。1回目のプレイは可憐シナリオ固定で、2回目以降のプレイで他の11人のシナリオが選択可能になる(さらに隠しシナリオも有り)。アニメ版で展開された話の後日談的なシナリオも存在する。画面左には妹の「ドキ度」(好感度)が8段階で表示されており、プレイヤーの選択肢によって上下するこの数値によってエンディングが変化する場合がある。エンディングは妹ごとに2種類から4種類ずつ存在する。
開発時には、キャラクターズパートのCGを使用したスクリーンショットが雑誌などに掲載されていたが、発売時には咲耶・千影・春歌以外の妹のシナリオをクリアした時に「ごほうび画像」として2枚のCGのうち1枚がアルバムに追加されるのみとなった。なお、千影のごほうび画像は別の手段で追加することができるが、咲耶・春歌のごほうび画像は収録されていない。
2003年6月 - 2004年2月発売、DVD-BOX全1巻・DVD全12巻
オンエア版ではストーリーズパートのオープニングが放送枠そのもののオープニングだったため、キャラクターズパートは全話ともにオープニングが無かったが、DVD収録版ではオープニングが追加されている。 逆に、オンエア版にあった提供クレジットおよびキャラクターズパート内の1カットを使用したエンドカードはDVDには収録されていない。
2002年11月発売、ISBN 4-8402-2217-7
『キャラクターコレクション』全12巻中24話(うち12話は本作キャラクターズパートでアニメ化されたエピソード)を再録。
2003年12月発売(キングレコード)
前作『シスター♥プリンセス』と同様に、DVD収録版では作画の手直しが入った箇所が多数ある。 オンエア版にあったオープニングの最後の提供クレジット箇所(可憐が卓上に置いたオブジェが内部で雪を降らせるシーン)はDVD収録版では省略されている。 逆に、DVD収録版では第12話のエンディングで上空から雪が降るなど、オンエア版には無かった新たな演出が追加されている箇所もある。 エンディングの直後に表示されていたキャラクターズパートへの繋ぎのアイキャッチはDVDにも収録されているが、その回のキャラクターズパートに登場する妹によるナレーションは無く、効果音に差し替わっている。