分島問題
北京で日清間の交渉が始まった直後の1880年8月30日、井上外務卿は宍戸に、清露間の関係に緊張が高まり、清が苦境に立っている情勢を利用し、強気かつ速やかな交渉を指示した。清とロシア間の交渉は、そもそもいったんリバティア条約の調印後に清が再交渉を求めてきたものであり、難航を極めた。9月半ば、柳原前光駐ロシア代理公使から、ペテルブルクで行われていた交渉が北京に舞台を移す予定であるとの情報が伝えられた。これは難航する交渉に業を煮やしたロシア側が、北京に全権を派遣して談判を行う方針へと変更したためである。ロシアは清側との交渉の長期化は望んでおらず、武力による威嚇を交えて北京での交渉で問題解決を図った。
ロシア側がリバティア条約を上回る過酷な要求を突き付けてくる恐れが拭えず、また北京では日清間の琉球諸島の分島と条約改正交渉が進行中であり、日露が連携して圧力をかけてくるという清にとって最悪のシナリオも危惧され、総理衙門はロシア全権を北京に迎えることはぜひとも避けたかった。
1879年4月4日、明治政府は琉球処分の断行を日本国内外に公表した。その直後、東京に駐在中の駐日公使の何如璋は、琉球処分の断行を本国に報告した。琉球処分断行の報を受け、清の政府内では対応策について意見交換がなされた。清としては琉球そのものに対してはさほど大きな関心を持っていなかったものの、琉球王国滅亡という事態の影響が朝鮮半島に波及することを恐れており、琉球処分を受け入れることは出来なかった。総理衙門は清の国力を考えると、海を隔てた琉球への武力介入は非現実的であると判断した。また、日本側からも駐清公使の任命が決定されたこともあり、諸外国を巻き込んだ形の外交交渉を展開して、事態の好転を図る方針を主張した。
議論の中で、前駐英仏公使の郭嵩燾は、総理衙門と李鴻章に対して、当事国である日本、清が参加する形の国際会議を開催し、会議の席で、各国が琉球を保護する中で、国を建てて自主させることを決定した上で、清は朝貢を免除するという建議を行った。李鴻章は郭嵩燾の提案を評価し、琉球の朝貢免除には賛意を示した。しかし国際会議の開催とその席での各国による琉球の保護と自主の保証が成立し得るのかどうか危ぶんだ。
清は18世紀半ばにジュンガルとの長期間に及んだ清・ジュンガル戦争に勝利し、新疆をその版図に加えた。しかし新疆での清による統治は安定せず、19世紀になると反乱が頻発するようになった。そして1864年にはイスラム教徒の大反乱が勃発する。大反乱発生当時、国力が低下していた清は新疆に対する支配権をほぼ失った。権力の空白状態となった新疆では、コーカンド・ハン国の軍人であったヤクブ・ベクがカシュガルで自立し、独自にロシア、イギリスとの通商条約を締結するに至る。ヤクブ・ベクの支配地域の北方にあたるイリ地方には別の勢力が自立した。ところがロシアとの間に紛争が勃発し、1871年、ロシアはイリ地方を占領する。
新疆のイスラム教徒大反乱以前から左宗棠は陝西省、甘粛省のイスラム教徒反乱の鎮圧に当たっていたが、1873年にほぼ鎮圧に成功する。陝西、甘粛の反乱鎮圧に成功し、強力な軍事力を擁するようになった左宗棠は、西の新疆の反乱鎮圧にも意欲を見せた。1875年に清は左宗棠を新疆問題の責任者として欽差大臣に任命した。左宗棠は新疆に進攻してヤクブ・ベク政権を倒し、1878年には反乱の鎮圧に成功する。
そこで清は曽紀沢全権を通じてペテルブルクでの交渉継続をロシア側に要請するとともに、リバティア条約をもとに修正する方針へと譲歩することを決めた。9月末にはロシア側は清側の要請を受け、北京での交渉方針を引っ込め、ペテルブルクで交渉が継続されることになった。
このような緊張感を孕んだ清露間の交渉を、日本側は最大限利用しようと試みた。井上外務卿は品川忠道上海総領事には、日清間の交渉を有利かつ早期に進めるため、ロシア人と積極的に接触して日露提携を流布するように働きかけた。そして宍戸公使にも日露提携に関しての疑心暗鬼の念を利用して交渉を有利に進めるよう指示を行った。
ところが、9月末のイリ問題に関するペテルブルクでの交渉継続決定は、清とロシア間の緊張を低下させ、清は日露提携の可能性も消滅したと判断した。その結果、イリ問題に振り回されていた琉球分島問題に対し、清側がこれまでよりも強気な交渉態度に出ることが可能となった。
分島問題と条約改正を絡めた日本の外交交渉方針については、清側は条約改正に乗り気では無く、軍事力を用いてまでも琉球王国の復活にこだわっているわけでもない状況であった上に、イリ問題に乗じて交渉を優位に進めようとしたこともあり、交渉姿勢そのものが清側から強い反発、不信感を招き、やはり無理があったのではないかとの意見がある。
一方清側の外交交渉での対応については、いったん交渉が両国間で合意に達した後に、清国内の反発の結果、再交渉や調印中止に追い込まれるという構図が分島問題とイリ問題での共通の特徴として指摘できる。この点についてはイリ問題で対ロシア交渉に携わった曽紀沢が国際法、国際慣例に従ったやり方で交渉に当たるべきであると批判している。
また琉球にとってみれば、琉球のあずかり知らぬ場で日清両国が琉球諸島の分割について協議していたことになる。