東寺文書
前田綱紀や松平定信・伴信友による書写事業は膨大な文書の一部を行ったにすぎず、明治19年(1886年)帝国大学臨時編年史編纂掛(現在の東京大学史料編纂所)が京都府と共同で行った『大日本編年史』編纂事業(明治政府の修史事業を参照のこと)の一環としての東寺文書調査と『東寺古文書目録』作成の際にも、土地台帳や絵図、算用状などには関心が払われずに箱の底に打ち捨てられ、明治31年(1899年)に実施された影写本作成の際にも顧みられることはなかった。百合文書の全面的な目録作成が実施されたのは、京都府立総合資料館に移された後のことであり、この際にこれまで顧みられてこなかった約5,000通分も含めた目録の作り直し及び整理作業が実施され、昭和55年(1980年)までに『東寺百合文書目録』(全5巻)が発行された。平成9年(1997年)には国宝指定された。『大日本古文書 第10「東寺文書」』の公刊が、東京大学史料編纂所で続けられ、また並行し京都府立総合資料館(思文閣出版発行)による公刊も続けられている。『大日本古文書』は「い函」から順に平仮名函を翻刻し、京都府立総合資料館編『東寺百合文書』は「イ函」から順に片仮名函を翻刻している。平成26年(2014年)にウェブで、京都府立総合資料館が所蔵する本文書の画像約8万点の公開が開始された。
東寺が領する著名な荘園、例えば山城国乙訓郡の上久世荘・下久世荘、若狭国太良荘、播磨国矢野荘、丹波国大山荘、肥後国鹿子木荘などの経営に関する文書が長期的かつ継続的に保管されていることや、寺内の会議の議事録である「供僧評定引付」が大量に保管されていることなど、古代・中世を中心とした大寺院の運営の実態を政治・経済・社会・宗教など各分野からの分析を可能にしている。