松本藩
だが忠恒は遊興にふけり酒好きであり、短慮の上に悪食で気性も荒いという兄と正反対の暗愚の人物であった。その暗愚ぶりは享保9年(1724年)7月の犀川熊倉橋前の川干し漁で1975人を動員し、さらに8月23日には鷹狩、9月3日には松茸狩りとして現れていた。そして享保10年(1725年)7月29日、将軍吉宗の拝謁を無事終えて帰る時、江戸城中の松之大廊下で長府藩の世子毛利師就とすれ違った際に小刀を抜刀して斬りつけるという事件を起こした。忠恒は直ちに取り押さえられ、取調べでは自らの不行跡により領地が召し上げられて毛利に与えられるものと思い切りつけたと答えたが、そのような事実は全く無く忠恒の被害妄想であり、幕府は毛利に咎めなく忠恒は乱心したとして所領没収・改易とした。ただし水野家は幕府に強い影響力があり、「勲旧の世家、全く廃すべからず」として断絶だけは免れて川越藩に預けられ、叔父の水野忠穀に信濃佐久郡において7000石、また忠穀の兄水野忠照に2000石を与えて存続は許した。忠恒は医師2人をつけて川越藩に預けられた後、叔父の下で蟄居した。松本藩水野家の引き払いは9月26日までに行われ、忠毅の下に仕えた者以外は浪々の身となり悲惨な生活を送ったと伝えられる。筑摩郡は坂木代官に、安曇郡は飯島代官に預けられた。
石川家改易後の慶長18年(1613年)11月、飯田藩より小笠原秀政が8万石で入った。秀政は古河3万石から関ヶ原後に2万石を加増されて飯田藩5万石に移封されており、今回はさらに3万石を加増されての久々の旧領復帰で一族家中は大いに喜びあったという。秀政は寺社政策、多くの領内法度を制定して年貢制度を整え、前の石川康長時代に人足役や職人役に苦しんで他村・他領に逃散した百姓を帰村させるために百姓還住策をとり、百姓が帰村した場合は自由に住居地を定めて諸役も免除するという寛大な政策を行った。また地侍の力を弱めるため蔵入地(直轄地)を増やしたり、宿駅制度を整備して北国脇往還(善光寺道)の改修や整備を進めた。しかし秀政は元和元年(1615年)の大坂夏の陣で嫡男・小笠原忠脩とともに奮戦したものの戦死(忠脩は大坂の陣の間、松本城の守備を任されていたが、幕府に無断で出陣し父と合流した)。小笠原家の家督は秀政の次男・小笠原忠真が継いだ。忠真は大坂の陣における秀政・忠脩の軍功により2万石の加増を受け、10万石で播磨明石藩に移封された。この際に地元松本における小笠原家の家臣の多くが従って明石に赴いた。
野々山家 松本城三之丸に居住し知行は1500石。 野々山吉範-長義-吉任-義貴-通義-雄義=和義-悌義=行義=壮義-年義=庸義=則吉