国土交通省直轄ダム
肱川は支流数475河川と日本では淀川、信濃川、利根川に次ぐ数を有し、かつ流域最大の都市・大洲市が元々天然の遊水池となっている場所を都市化しているため水害が絶えず、鹿野川・野村両ダムの完成後も治水計画を上回る水害が発生しているため、治水機能強化を目的としている。鹿野川ダムは完成後愛媛県に管理が移管されていたが、再開発事業実施に伴い2006年(平成18年)に再び直轄管理に戻された。これに関連し、鹿野川ダム直下で肱川に合流する河辺川に山鳥坂(やまとさか)ダムが施工中である。1986年の計画当時は特定多目的ダムであったが、規模を縮小し治水ダムとして施工しているものの環境破壊として市民団体の反対運動が強く、国土交通省によるダム事業再検証の対象となったが事業は継続と決定された。しかし平成30年7月豪雨では鹿野川ダム・野村ダムの放流により流域住民に被害が出るなど地元の不信を招いている。この他ダム事業と地元との軋轢については宇摩地方の住民の悲願を叶えた柳瀬ダムで、補償交渉前に工事を開始した建設省に対し移転住民が反発、さらに当時の愛媛県土木部長が補償交渉の席上ダム湖が将来的にボートも浮かぶ観光地になることを話したところ、「故郷を失う我らの前で、ボートとは何だ」と住民たちの感情を逆撫でしたエピソードが残っている。
なお、管内の一級河川では物部川水系と土器川水系で直轄ダムが建設されていない。このうち物部川水系は1950年より物部川総合開発事業が開始され、最上流部に位置する水系最大のダム・永瀬ダム(物部川)を建設省が、下流の杉田・吉野ダムを高知県が施工し永瀬ダムは1957年(昭和32年)に完成した。完成後ダムの管理は高知県に移管されている。土器川水系では支流の前の川に前の川ダムが計画されていたが、中止されている(後述)。
緑川には本流に緑川ダム、松浦川には支流の厳木(きゅうらぎ)川に厳木ダムがそれぞれ完成し、流域の治水と利水に貢献している。さらに塩害防除や河川流下能力の向上を図るため堰を新築・改修する事業なども行われ、瀬高堰・松原堰(矢部川)、嘉瀬川大堰(嘉瀬川)、松浦大堰(松浦川)、六間堰(加勢川)が建設または改築された。大分川水系には支流の七瀬川にななせダム(旧称大分川ダム)が水系唯一の特定多目的ダムとして建設されている。
現在施工中のダムは5基ある。このうち川辺川ダム(川辺川)は1967年(昭和42年)より多目的ダムとして計画されたが水没予定地の球磨郡五木村・相良村で403戸・528世帯が移転対象となることで猛烈な反対運動が長期化。地元との補償交渉は1996年(平成8年)に妥結するものの市民団体や球磨川漁業協同組合が反対運動を継続、さらに灌漑事業者の農林水産省や電気事業者の電源開発が事業から離脱し治水ダム事業として縮小されたものの、2008年(平成20年)以降蒲島郁夫熊本県知事を始め人吉市・八代市・相良村がダム建設反対に方針を転換。翌2009年には鳩山由紀夫内閣がマニフェストに基づき川辺川ダム事業の中止を発表するなど、事業は錯綜した。その後はダム事業中止を前提にして、ダム建設中止に強く反発する五木村に対する生活再建対策事業について検討を進めていたが、令和2年7月豪雨による球磨川の災害を機に熊本県が建設容認に方針を再転換した。
一方1990年代の公共事業見直しにより中止した事業としては矢作川水系の2ダムがある。矢作川本流に1971年(昭和46年)より計画された矢作川河口堰は矢作川河口より1.7キロメートル上流に計画され、矢作川河口部の治水と衣浦臨海工業地域への工業用水道供給を目的としていたが、水道事業者である愛知県が水利権を返上して事業から撤退し事業継続の必要性が低下、2000年(平成12年)に事業が中止された。また支流上村川に計画されていた上矢作ダムは東海豪雨による矢作川・上村川流域の被害が甚大であったものの、費用対効果と迅速な治水事業の進捗という観点で矢作ダムの有効活用と河川改修を重点に置くという矢作川水系河川整備基本方針の策定を受け、2009年(平成21年)に事業は見送りとなり鳩山由紀夫内閣の前原誠司国土交通大臣によるダム事業見直しで中止が決定した。天竜川水系では戸草ダム(三峰川)があり、2001年に当時の長野県知事である田中康夫が利水事業からの撤退を表明、2008年(平成20年)には国土交通省が事業中止を表明したものの伊那市など地元の反発により中止を撤回した経緯があるが、2012年(平成24年)7月に行われた事業再検証の結果、多目的ダムとしての戸草ダム事業は中止し、治水ダムとして再度計画を検討する方向性となった。
また天竜川最大にして日本屈指のダムである佐久間ダム(天竜川)は天竜川下流の治水強化とダム機能維持を目的として2004年(平成16年)より佐久間ダム再開発事業(天竜川ダム再編事業)が計画されており、完成すれば佐久間ダムは従来の水力発電目的単独から洪水調節目的が加わり多目的ダムとなる。一方木曽川本流の丸山ダム再開発は1983年(昭和58年)の台風10号で木曽川が美濃加茂市で氾濫し、丸山ダムの治水機能向上が不可避となったことから日本国内では最大級となる20.2メートルのダム嵩上げをして治水容量を旧ダムの約3倍に拡張する新丸山ダムがある。さらに矢作ダムの放流設備を新設して治水能力を向上させる矢作ダム再生事業も施工中である。また新規ダム事業としては慢性的な水不足が頻発する豊橋市など愛知県東部の水がめおよび治水ダムがない豊川水系の治水を目的にした設楽ダム(豊川)があり、新丸山と設楽の両ダムはダム事業再検証対象となったが事業継続が決まっている。
なお、管内の一級河川において狩野川、安倍川、菊川、鈴鹿川、雲出川、宮川の各水系には直轄ダムが建設されておらず、このうち狩野川と安倍川には本支流を含めダムが全く建設されていない。ただし狩野川については狩野川台風による甚大な被害を契機に狩野川放水路が建設されている。雲出川と宮川については三重県により君ヶ野ダム(雲出川水系八手俣川)、宮川ダム(宮川)といった補助多目的ダムが完成。鈴鹿川には支流に利水専用ダム(加佐登調整池)が建設されている。
以後、淀川水系の多目的ダム事業は水資源開発公団が主体で行い、青蓮寺(青蓮寺川)、室生(宇陀川)、一庫(一庫大路次川)、布目(布目川)、比奈知(名張川)、日吉(桂川)の各ダムが建設された。また1972年(昭和47年)琵琶湖総合開発特別措置法制定により建設省・水資源開発公団・滋賀県および琵琶湖沿岸市町村が一体的に参加した琵琶湖総合開発事業が実施され、琵琶湖の多目的ダム化が図られた。これに関連し1971年(昭和46年)の淀川水系工事実施基本計画に伴い、琵琶湖に関連する河川での多目的ダム事業が計画され、丹生ダム(高時川)や大戸川ダム(大戸川)が計画された。琵琶湖の湖水流出は瀬田川洗堰で調節されるが、国直轄管理下で操作するためいわゆる「琵琶湖の水止めたろか」と滋賀県が止めることはできない(当該項目参照)。
淀川と同時期に総合開発が実施された河川としては紀の川がある。紀の川の水を奈良盆地へ導水する吉野川分水計画は奈良県300年来の悲願であったが、水利権を巡る下流の和歌山県との対立は激化し単独での事業遂行は不可能だった。戦後1949年(昭和24年)に農林省(現在の農林水産省)主導による十津川・紀の川総合開発計画で新宮川(熊野川)の水を紀の川へ導水、さらに紀の川の水を奈良盆地に導水して奈良・和歌山両県の水需要を満たす計画が立案。
ところが詳細な計画立案を行ったところ事業費約450億円(当時の額)に対し完成後の効果がわずかであり、費用対効果に著しく欠けることが判明。1953年9月に建設省は調査事務所を閉鎖して熊野川総合開発計画とそれに基づくダム計画は全て白紙となった。しかし水力発電単独目的であれば採算性が取れることから電源開発が同計画を発電単独目的に修正した熊野川開発全体計画として1954年7月より事業に着手した。現在新宮川水系にある風屋ダム(熊野川)、二津野ダム(熊野川)、池原ダム(北山川)、七色ダム(北山川)、小森ダム(北山川)、坂本ダム(東ノ川)は何れも熊野川総合開発計画に基づき計画されたダム群の後身である。
紀の川水系では和歌山県橋本市と伊都郡九度山町を流れる支流の紀伊丹生川に建設が計画されていた紀伊丹生川ダムが中止されている。治水および大阪府、和歌山市などへの利水を目的に高さ145メートルの巨大ダムが1989年(平成元年)より計画されたが景勝地の玉川峡が水没することで反対運動が強く、その後水道事業者の大阪府、和歌山市などがダム事業から撤退し費用対効果で事業の継続が困難になったことから2002年(平成14年)に中止されている。
これは高梁川流域を襲った1967年の渇水を機に、倉敷市や玉野市などへの上水道と工業用水道供給を図ると同時に洪水流下の阻害要因となっている小田川の高梁川合流点を改修により下流へ付け替え、その新合流部に柳井原堰を建設して流域の治水と利水を図る高梁川総合開発事業の中心施設であり、完成すれば高梁川水系唯一の特定多目的ダムとなる予定だった。しかし水需要の変化により倉敷市など水道事業者が事業から撤退したため、治水整備の必要性はあるものの柳井原堰については2002年に中止することが決定した。
一方、太田川本流に計画されていた吉和郷ダムは、1975年(昭和50年)策定の太田川水系工事実施基本計画において温井ダムと共に太田川の治水・利水を担う役割を持っていたが、調査のみで立ち消えとなった。ところが2005年の台風14号で太田川水系が大きな被害を受けたのを機に治水計画の見直しが検討された。中国地方整備局の諮問機関である太田川河川整備懇談会では治水・利水の新指針となる太田川水系河川整備計画策定作業において、温井ダム以外は発電用ダムしかない太田川水系既設ダム群(立岩、鱒溜、樽床、王泊、宇賀)の運用改善検討に加え、太田川本流を始め滝山川、柴山川などの主要支流における治水目的を持つ新規のダム建設について可否を検討した。過去の豪雨における降雨特徴や流域における宅地の分布状況、環境や景観への影響などを参考に検討した結果、台風14号の主要な降雨地帯でもある太田川本流や柴山川、滝山川といった上流域北西部・南西部が建設に有利との見解をまとめた。建設が有利とされた太田川上流域にかつての吉和郷ダム計画地点があることから、吉和郷ダム計画復活を匂わせる新聞報道もなされたが、現状では計画の復活があるかは未定である。
この時建設省が計画していた矢木沢ダム(利根川)、下久保ダム(神流川)、草木ダム(渡良瀬川)などが水資源開発公団(現在の独立行政法人水資源機構)に事業移管された。一方で千葉県・茨城県南部の治水・利水を目的に川治ダム(鬼怒川)と湯西川ダム(湯西川)が建設されたほか、遊水池内を掘削して貯水池を建設し、平野部の治水と利水を図るため渡良瀬遊水地内に渡良瀬貯水池(谷中湖)、荒川第一調節池内に荒川調節池(彩湖)が建設されている。また、日本有数の酸性河川だった吾妻川の中和を図るため実施された世界初の河川中和事業・吾妻川酸性水中和事業の中心施設である品木ダムは群馬県の事業として1965年(昭和40年)完成するが、1968年(昭和43年)に建設省に移管されている。
利根川水系以外での直轄ダム事業は横浜市、川崎市、横須賀市といった大都市を抱える神奈川県を流れる相模川水系で実施された。相模川水系では神奈川県により戦前から相模川河水統制事業が進められ、相模ダム(1947年)と城山ダム(1964年)が相模川本流に建設され県の水源となったが人口の増加は2ダムの供給量を凌駕。このため県西部の酒匂川水系も開発され三保ダム(河内川、1978年)が完成するが水需要に対する供給量は三保ダム完成を以ってしても不足していた。このため相模川支流の中津川に建設されたのが関東地方の直轄ダムとして最大規模を誇る宮ヶ瀬ダムである。宮ヶ瀬ダムは相模川の治水に加え相模・城山・三保の各ダムと共に神奈川県全域の水源として、さらに年間延べ訪問者数約157万人を超える神奈川県内有数の観光地として重要な位置を占めている。
最後に完成した八ッ場ダムは、1952年(昭和27年)に計画立案され、当初は吾妻川の酸性水対策の目処が立たず、1967年(昭和42年)より本格的な計画が進められたが、川原湯温泉水没を伴うため吾妻郡長野原町の猛烈な反対運動により計画が膠着。
また釜房ダムの計画も進められたが、太平洋戦争により事業は中断した。
戦後東北では1947年のカスリーン台風、翌1948年のアイオン台風で北上川や名取川、雄物川などが致命的な水害を引き起こし多数の死者を出した。治水対策が急務となった建設省は北上川と支流の江合川、および鳴瀬川を対象とした河川改訂改修計画を立案しダムによる治水を盛り込む。さらに戦後の食糧・電力不足にも対応するため1950年の国土総合開発法に基づく特定地域総合開発計画が実施され、東北では岩木川・奥入瀬川を対象とした「十和田岩木川」、北上川・鳴瀬川を対象とした「北上」、名取川を対象とした「仙塩」、米代川・雄物川を対象とした「阿仁田沢」、最上川・赤川を対象とした「最上」そして阿賀野川・只見川・信濃川を対象とした「只見」と東北6県全てが特定地域の対象となった。これに基づき北上川五大ダムなど多数の直轄ダムが建設され、一部は所在地方自治体へ管理を移管させた(後述)。さらに東北自動車道や東北新幹線開通などによる人口の増加に伴う治水安全度の低下や水需要の増大、羽越豪雨などの深刻な水害を機に阿武隈川水系や最上川水系で直轄ダム事業が進められ、阿武隈川水系では七ヶ宿ダム(白石川)、三春ダム(大滝根川)、摺上川ダム(摺上川)が、最上川水系では白川ダム(置賜白川)、寒河江ダム(寒河江川)、長井ダム(置賜野川)が、赤川水系に月山ダム(梵字川)が建設された。また、東北の直轄ダムで最も総貯水容量の多い玉川ダム(玉川)は事業の一環として玉川の酸性水を中和する施設を建設、ダム湖を利用して粒状石灰石と中和させることで長年流域住民を苦しめた玉川毒水を大きく改善させた。