総裁政府
ナイルの海戦の勝利は、フランス周辺国の同盟を促進した。ナポリ王国、オーストリア、ロシア、トルコがイギリスと同盟し、フランス包囲網を構築した。いわゆる第二次対仏大同盟である。もっともナポリ王国のフェルディナンド4世(後の両シチリア王フェルディナンド1世)は、軽率にも同盟国が戦争準備を整える前にフランスを攻勢したため、逆に破られてシチリアに逃亡するはめになった。
1799年1月、フランスはナポリを占領し、パルテノペア共和国を建国した。しかし、この勝利は前線を拡大し、軍を分散させただけだった。さらに3月初旬にはドイツに向けてライン川を渡った。しかし1799年3月21日、カール大公率いるオーストリアにシュトックアッハ(英語版)の地で敗れた。戦争終結を目的として1798年1月19日から続いていたラシュタット会議は15ヶ月間なんの成果もなく、1799年4月にオーストリアの軽騎兵がフランス使節を殺害したことで終了した。イタリア戦線では、同盟国側はロシアの陸軍元帥(後に総司令官)のアレクサンドル・スヴォーロフにオーストリア・ロシア連合軍を指揮させた。1799年4月17日、モロー率いるフランス軍はカッサーノ・ダッダで敗れ、さらにミラノ、トリノも落とされた。そのためフランスによるイタリアの傀儡政府の権威は急落してナポリから撤退、スヴォーロフは6月17日-18日、トレッビア川の激戦で再びフランス軍を破った。フランス軍はフランス周辺の各戦線で敗北を続け、占領地が奪還されていった。