アメリカ施政権下の小笠原諸島
その結果、欧米系島民による既得権益が認められ、代わりに日本による小笠原諸島領有を了承させた。幕府は翌文久2年8月(1863年9月)に八丈島から移住者30名を父島へ送ったが、同月に生麦事件が発生して日英関係が悪化したため、文久3年5月(1864年6月)に父島から撤収することになった。最終的に小笠原諸島の領有権が決定するのは、1875年(明治8年)11月に明治政府が明治丸を父島へ派遣し、欧米系島民の代表者13名と小花作助ら小笠原回収委員が会談を行ってからであった。欧米系島民は日本による小笠原諸島領有を認め、翌1876年(明治9年)9月に明治政府は諸外国に対して小笠原諸島領有を宣言した。
その後、1882年(明治15年)までに欧米系島民は全員日本に帰化した。また1881年(明治14年)には、小笠原諸島への渡航禁止令が解除され、横浜からの定期船が増便された結果、日本本土や八丈島からの移民が入植するようになった。1891年(明治24年)に硫黄島を含む火山列島、1898年(明治31年)に南鳥島が日本領となり、それらの島々にも移民が入植した。さらに第一次世界大戦の結果、日本は1920年(大正9年)に北マリアナ諸島、パラオ諸島、カロリン諸島、マーシャル諸島などの島々を委任統治領として獲得すると、小笠原諸島はそれらミクロネシアの島々と日本本土を結ぶ中継地点として繁栄した。
サンフランシスコ平和条約と南方諸島及びその他の諸島に関する日本国とアメリカ合衆国との間の協定によると、ここで定義されている南方諸島及びその他の諸島とは、孀婦岩の南の南方諸島(小笠原群島、西之島及び火山列島を含む。)並びに沖ノ鳥島及び南鳥島となっている。なお、SCAPIN-677にはこの他に中ノ鳥島の名があるが、これは実在しない島である。
また、返還まで一般住民のいる島は父島のみで、ほかに父島、硫黄島、南鳥島に米軍が駐留していた。南鳥島は1945年(昭和20年)から米軍が駐留していたが、1947年(昭和22年)の台風発生に伴う高潮で被害を受けたために撤退し、一時無人島となっていた。その後、1951年(昭和26年)から日本の気象庁がアメリカ政府の委託を受けて気象観測業務を行ったが、1963年(昭和38年)に南鳥島ロランC局が完成したことを受けて撤収し、以後返還後に至るまでアメリカ沿岸警備隊が駐留した。ほかは母島を含めて全て無人島であった。