鎮守の森
さらに、こうした分断化された植生では、そこを生活場所とする動物の行動圏が個体群を維持するのに十分なだけ確保できないことが多く、植物群落以上に動物群集の劣化は進んでいると考えられる。植物は花粉媒介、種子散布などに特定の動物を必要とするものが多いため、こうした動物群集の劣化はさまざまな形で植生そのものの変質にかかわっているとも言える。
また、直接的な人間の手による撹乱も行われる。境内には野生でない植物の植栽が行われることがよくある。また、森林内で木が倒れた場合に、それによって生じた隙間(生態学用語で言うギャップ)を、スギやヒノキなどを植え込むことで埋められることもよくある。近世の段階で、境内における林野資源の利用が進んでいたという報告もある。近年では、森林の下刈りや落ち葉掻きを行う場所もあるが、このような手入れは薪炭林や人工林ならいざ知らず、自然の森林でこれを行えば荒廃を進行させるものである。あるいは周囲から削られたり、道路の拡張などによって森林の周囲が刈られたりすることがままある。その場合、マント群落やソデ群落を失った森林は林床の乾燥などを引き起こして荒廃しやすい。また、その部分の修復にコンクリート吹きつけなど、安易で自然回復の見込めない方法を使うことが増えている。
それでもなお、いわゆる里山とは異なり、身近な森林でありながらも、人間の利用のために手を入れられる森林とは一線を画する扱いを受け、一定の存在感をもつ森であり続けて来たものである。
鎮守の森というのは、多くの神社を囲むようにして存在した森林のことで、杜の字をあてることも多い。「神社」と書いて「もり」と読ませている例もあり、古神道から神社神道が派生したことがうかがえる。また、「社叢」(しゃそう)と称されることも多い。
現代において、神社神道の神体は本殿や拝殿などの、注連縄の張られた「社」であり、それを囲むものが鎮守の森であると理解されている。本来の神道の源流である古神道には、神籬(ひもろぎ)・磐座(いわくら)信仰があり、森林や森林に覆われた土地、山岳(霊峰富士など)・巨石や海や河川(岩礁や滝など特徴的な場所)など自然そのものが信仰の対象になっている。神社境内や山中では、幹・枝ぶりが特徴的な樹木や巨木が神木と崇められている例も多い。
神社神道の神社も、元々はこのような神域や、常世(とこよ)と現世(うつしよ)の端境と考えられた、神籬や磐座のある場所に建立されたものがほとんどで、境内に神体としての神木や霊石なども見ることができる。そして古神道そのままに、奈良県の三輪山を信仰する大神神社のように山そのものが御神体、神霊の依り代とされる神社は今日でも各地に見られる。なかには本殿や拝殿さえ存在しない神社もあり、森林やその丘を神体としているものなどがあり、日本の自然崇拝・精霊崇拝でもある古神道を今に伝えている。
宮脇昭によれば、「鎮守の森」は国際植生学会では学術用語として用いられるという。