FASTA
FASTA では、シーケンスデータの記述形式として FASTAフォーマットという形式を使う。FASTAフォーマットはプレーンテキストである。1つのシーケンスのデータは、">" で始まる1行のヘッダ行と、2行目以降の実際のシーケンス文字列で構成される。ヘッダ行では、">" の次にシーケンスデータを識別するための文字列を記述し、続けてそのシーケンスデータを説明する文字列を記述する(両方とも省略してよい)。ヘッダ行の ">" と識別文字列の間にスペースを入れてはいけない。FASTAフォーマットの全ての行は、80文字未満とすることが推奨される。">" で始まる別の行が出現すると、そこでシーケンスデータが区切られ、別のシーケンスデータが始まる。
FASTA ファイルフォーマットの例を示す。
FASTAフォーマットでは、IUB/IUPAC で規定されているアミノ酸コードもしくは核酸コードで、シーケンス文字列を記述する。ただし、小文字で記述した場合は FASTA内部で自動的に大文字に変換される。また、"-"(ハイフン)でギャップを、"U" でセレノシステインを、"*" で翻訳終止を記述する。FASTAでは、クエリーのシーケンスに数字が含まれていると正しく処理をすることができない。FASTAで処理を行う前に、数字は、除去しておくか、適切な文字列("N" は不明な核酸塩基、"X" は不明なアミノ酸 を意味する)に置き換えておく必要がある。