マツモトキヨシグループ
株式会社京王ストア(東京都多摩市) - 2018年12月13日付でフランチャイズ契約を締結し、2019年3月から京王ストア店内や京王線の駅構内に出店している。
株式会社明治堂薬品(愛知県海部郡) - 2008年4月1日付でフランチャイズ契約を締結。
株式会社ヤスイ(千葉県市川市) - 2011年2月16日付でフランチャイズ契約を締結。
東京シティ・エアターミナル株式会社(東京都中央区) - 2019年2月14日付でフランチャイズ契約を締結。
株式会社スーパーバリュー(埼玉県上尾市) - 2008年4月21日付でフランチャイズ契約を締結。
株式会社遠鉄ストア(静岡県浜松市) - 2013年7月30日付でフランチャイズ契約を締結。
新和観光株式会社(東京都港区)
株式会社オークワ(和歌山県和歌山市) - 2005年9月業務提携、2012年9月6日付でフランチャイズ契約締結。
株式会社フード三国(福井県坂井市、福井県農業協同組合〈JA福井県〉の完全子会社) - 2014年12月10日付でフランチャイズ契約を締結。
株式会社ウィズハート(岐阜県高山市)
セントラル&マツモトキヨシタイリミテッド - タイ王国におけるドラッグストア事業の開発・運営。セントラル・グループとの合弁。
台湾松本清股份有限公司 - 台湾でのドラッグストア事業の開発・運営。
マツモトキヨシ香港株式会社 - 海外市場調査。
マツモトキヨシベトナム ジョイント ストック カンパニー - ベトナムにおけるドラッグストア事業の開発・運営。