ミシェル・アフラク
新事務総長となったラッザーズもアフラク派であった。ハーフィズ大統領の加入を受けて、民族指導部はバアス党の法律上の統治部門であるとされた。ビータールが首相、ウムランが国防大臣、マンスール・アル=アトラシュが革命指導国民評議会議長となり、ハーフィズは大統領職を保持した。軍事委員会のジャディードはウムラン派を逮捕することで反撃したが、ウムランもジャディード派の将校を解任することでそれに答えた。しかし、1966年2月23日、ジャディードとアサドが1966年シリアクーデターを起こし、ハーフィズ政権を打倒して、バアス党を掌握した。アフラクはシリアから逃れ、祖国に帰ることはなかった。
アフラクの失脚は、バアス党の分裂を招き、党組織はシリア派とイラク派の2つに分裂した。シリア派バアス党はジャディードとアサドを中心とし、1940年代に別のバアス運動を率いていたアルスーズィーをバアス党思想の父として奉じた。一方のイラク派バアス党はバクルとサッダーム・フセインを中心とし、これまで通りにアフラクをバアス思想創始者として扱った。クーデター直後の第9回党大会でアフラク派は追放され、イラク代表団はシリアのバアス党と決別した。一方のイラク・バアス党は同月にベイルートで、「真の」第9回党大会を開催し、アフラクを民族指導部事務総長に選出した。その際、長年の同志のビータールは離党を宣言し、バアス運動から完全に手を引くことになった。
ミシェル・アフラク(アラビア語:قعفل ميشيل’Michel Aflaq、1910年 - 1989年6月23日)は、シリアの哲学者・社会学者で、アラブ・ナショナリストである。彼の考えは、バアス主義とその政治的活動の発展に重要な役割を果たした。彼は一部のバアス主義者によってバアス主義思想の創設者であると考えられている。彼は生涯の間に様々な書籍を執筆したが、「1つの運命のための戦い」(1958年) と「アラブ革命運動の歪曲に対する闘争」(1975年)が最も有名である。
シリアのダマスカスでの中流階級の家庭に生まれた。パリのソルボンヌ大学哲学部に進学したが、そこで彼の将来の政治活動の同志となるサラーフッディーン・アル=ビータールに出会った。1932年にシリアに帰国し、共産主義者として政治的キャリアを始めた。共産党の活動家となったものの、シリア・レバノン共産党がフランスの植民地政策を支持しはじめた為、共産主義運動との関係を絶った。その後、1940年代後半にビータールと共に「アラブ復興運動」を創設した。この運動は成功し、さらに1947年にザキー・アル=アルスーズィーのアラブ・バアス組織と統合して「アラブ・バアス党」となった。アフラクは執行委員に選ばれ、さらに「アミッド」(党指導者)となった。
アラブ・バアス党は、アクラム・アル=ホーラーニーのアラブ社会党と合併し、 1953年にアラブ社会主義バアス党となった。1954年に再び党首に選出された。1950年代半ば-後半にかけて、アラブ連合共和国(UAR)を創設したエジプトのナセル大統領との関係を発展させた。
アラブバアス党の最初の大会は1947年にダマスカスで開催された。アフラクは「アミド」('長老'、または'リーダー'と訳せる)として卓越した地位を得た上に、4人から構成される執行委員会に選出され、大会で採択された綱領の下で、指導者としての確固たる地位を確立した。ビータールが民族指導部事務局長に選出された一方で、もう一つのアラブバアス運動のアルスーズィーは役職も党員資格も与えられなかった。アフラクはアミドとしてイデオロギー担当を務め、ビータールが党の日常的管理を担当した。合併問題が証明するように数名の旧アルスーズィー派のメンバーはより左傾化し、後にアフラクに批判的になっていった。。 1940年代、アフラクとビータールはバアス主義思想に関する講演を無償で行ない、1948年、日刊紙「アル=バアス」(再生)を創刊した。アフラクは、第一次中東戦争中に、シリアの早期敗退を受けてシュクリー・アル=クーワトリー政権へのデモを数回実施した。彼はクーワトリーを、地主で腐敗した資本主義者の政治家とし、シリア敗北の責任があると避難した。クーワトリーに辞任を迫り、「アル=バアス」の記事においてもクーワトリー大統領とジャミール・マルダム・ベイ首相を批判した。その後、アフラクはクーワトリー政権によって逮捕された。