房総エキスプレス
乗車予約は当初は同社フリーダイヤルまたは公式サイトのメールフォームで予約を受け付けていたが、翌2012年(平成24年)2月よりアクアライナー予約専用サイト(tokyo-aqualiner.jp)がテスト運用を開始し、同年6月に完成してクレジットカードや電子マネー(Suica、iD、Edy)での決済にも対応した。
八重洲便が好調だったため、同年5月16日からは木更津駅東口・袖ケ浦バスターミナル・木更津金田バスターミナルから東京湾アクアライン経由で、品川駅港南口行き・新宿駅西口行き・横浜駅西口(天理ビル前)行きの3ルートを新設した。いずれも料金800円均一、回数券は11枚綴り8,000円とし、同社では「大手高速バス会社の半額以下」と宣伝していた。さらに学割回数券・定期券を導入する計画もあったが、実現前に運行休止となった。
2013年(平成25年)の「新高速乗合バス」制度施行に伴い、房総エキスプレスでは新高速乗合バスへ移行せず、都市間ツアーバスから撤退し「東京アクアライナー」は同年7月31日をもって運行休止した。