諫早湾
湾奥部の潮間帯には泥干潟が広がり、泥質部を好むシチメンソウ(ミルマツナ)、ウミマイマイ、ハイガイ、タイラギ、カキ、アゲマキ、ハラグクレチゴガニ、アリアケガニ、シオマネキ、ムツゴロウなどの生物が生息していた。
1989年からは国営諫早湾干拓事業が開始され、1997年には諫早市と雲仙市に跨る約35kmの海域が締め切られた。締め切られた堤防内は干潟の乾燥化と調整池内の淡水化が進み、干潟の生物が徐々に死滅した一方、二枚貝の一種であるヒラタヌマコダキガイが激増するなどの変化が見られた。水質も汚染が進み周辺では悪臭を感じることもあり、その汚水が排出されることによって有明海全体が汚染されようとしているという指摘もある。また、工事に使用する海砂を有明海中央部海底より採取したが、締め切り直後の1997年にはその有明海中央部で貧酸素水塊が発生したことが報告されている(東,1999)。
締め切り堤防の上には諫早湾干拓堤防道路が作られ、2007年末に開通した。