ロックマンX4
基本的にそのステージのボスと弱点武器が同じ。
ゲームの記録がパスワード方式から外部・内部メモリへのセーブ方式に変更された。これによりパスワード入力の手間が省略されたが、セーブデータはメモリ媒体1つにつき3つまでしか作れない。Windows版では記録箇所の切り替えができるためさらに3つ作成でき、総計6つまで作れる。
声 - 大友龍三郎
レプリフォースの陸軍、海軍、空軍、宇宙軍を統括する最高司令官。ボディのカラーは金色を基調としている。シリーズ屈指の巨大レプリロイド。実力はもちろん、人格にも優れ、部下からの人望も厚い。両腕部に光学兵器などを仕込んでいて戦闘の際にはこれを駆使して戦う。
元々はクーデターを起こす気など更々無く、シグマの唆しにも全く耳を貸さなかったが、シグマの仕組んだイレギオンによる暴走が原因で、反逆者の汚名を着せられてしまい、部下達の身を守る為に、やむなく宣戦布告する。
クーデター勃発後は宇宙にある、占領したコロニーレーザー(=ファイナル・ウェポン)に向かい、そこで戦争の指揮を取っていたが、その後乗り込んできたエックス・ゼロと交戦するも、その道中にファイナル・ウェポンがシグマに悪用され照準が地球に向けられていることを知り、最後は自身のしたことの愚かさを詫びながら、自爆行為で自らのボディをぶつけることで破壊させると同時に壮絶な最期を遂げた。
ゼロは内部に組み込まれた「ラーニングシステム」により、ボスを倒すと攻撃技もしくは移動技を習得する。また、エックスとは異なり、その大半は武器ゲージを消費せずに使用することができる。技の大半はコマンド入力によって発動する。デフォルトの設定では、通常攻撃ボタンが□ボタン、必殺技ボタンが△ボタン、ギガアタックボタンがR2ボタンである。攻撃用ではない技もあり、該当ボスで習得した技では弱点を突けないボスが複数存在する。
声 - 麦人
エックス・ゼロとは深い因縁を持つイレギュラー。今回も復活を果たし、ダブルを製作してハンター内部へ情報操作兼破壊工作員として送り込んだ。手始めにジェネラルを唆して反乱を起こさせようとするが相手にされず、その後、レプリフォースの仕様に見せかけて作成したイレギオンにスカイラグーンを襲わせ「レプリフォース大戦」を引き起こした。
正体を隠すためか黒衣をまとい、武装も鎌状の武器を所持して死神のような姿をしている。今作でのボディのカラーリングは前作同様に黄色と紫を主体としているが、ボディ各所の装甲が分厚く全身が筋肉質な体付きを髣髴させるデザインとなっている。また肩のパーツに爪のような形をした小型の鎌状の武器を装備しており、この武器は戦闘時の際 破壊することができないものとなっている。
今作のゼロルートではシグマ本人から過去のエピソードが語られている。
イレギュラーハンターの隊長時代、とある場所を中心に、謎の赤いイレギュラー(ゼロ)に因るハンター惨殺事件が多発。ハンター・ガルマが率いる部隊が壊滅された事を受け、これ以上の犠牲を出させるわけには行かないとして単身で鎮圧する目的から自ら現場へ赴いた。始めは優位を保っていたが徐々に劣勢になり、焦りを見せた所、左腕を手刀で引き千切られて手が塞がった状態となってしまい、ゼロから容赦ない攻撃を連続して喰らい続けた事から、身体の各所が激しい損傷を受けてKOされた。
エックスはカプセルに入ることで新たなパーツを取得し、パワーアップするという特殊能力を持っている。カプセルはステージの特定の場所に隠されており、カプセルに入ればそのパーツを入手できる。なお、本作ではアームパーツが2種類存在し、ゲーム内ではカプセルに入り直すことで任意に取り替えが可能である。いずれも特殊武器のチャージも可能になる。
なお、次作『ロックマンX5』で「フォースアーマー」と命名される事が明かされるため、本項はこのアーマーをフォースアーマーと呼ぶ。コトブキヤより発売のプラモデルでもこの名称(Force Armor)で発売されている。
空中で通常攻撃ボタン:上記の2つの技は同時に取得する。ジャンプ斬りが回転斬りに変化する。コマンドの関係上、習得後は初期のジャンプ斬りが使用不可になる。また、通常攻撃では倒せない一部の敵キャラクターを破壊可能になる。
空中で+必殺技ボタン:地面に向けて、氷を纏ったセイバーを突き出しながら落下する対地攻撃。特定のステージトラップを凍結させることが可能。また、落下中は方向キー入力で僅かに前後移動が可能で、2段ジャンプまたはエアダッシュを使用することで動作を中断出来る。