櫻井錠二
このような状況下で櫻井は現在の物理化学の発展と化学が原子の運動を解析する学問となるであろうとする展望についての会長講演を行った。しかしこの講演はむしろ工業化学派の反感を呼んだと思われ、当時ドイツに滞在していた長井長義を会長として迎えるクーデター人事が翌年に行われた。その後、櫻井は化学会の役職からは長く遠ざかることになった。
1886年(明治19年)に東京大学の帝国大学への改組により、東京帝国大学理科大学の教授となった。1887年(明治20年)に学位令が発布されたことにより翌年理学博士号を受けた。1892年には沸点上昇法による分子量測定の改良法を発表、1896年(明治29年)にはグリシンやアミノスルホン酸の水溶液の電気伝導度測定について報告し、グリシン溶液の伝導度が低いのは環状構造をとるためではないかと論じた(実際にはzwitter ion構造をとるためである)。
1890年(明治23年)に櫻井は中沢岩太との間で理科教育論について論文で互いに批判を行っている。櫻井はイギリスでの体験から、初等教育から実験や理論化学について教えていくことが良いとしていた。それに対し、中沢は初等教育のうちに理論化学のような理学者向けの教育は不要と論じている。このような理論化学を軽視する傾向はドイツでの新規プロセスの開発の例を知る大学の研究者の間ではかなり薄れてきていたが、外国からの既存技術導入を優先した産業界では1930年代に外国からの技術導入が困難となるまで存続した。
1894年(明治27年)12月26日 - 勲六等瑞宝章
1898年(明治31年)6月28日 - 勲五等瑞宝章
1899年(明治32年)12月27日 - 勲四等瑞宝章
1901年(明治34年)12月27日 - 勲三等瑞宝章
1906年(明治39年)4月1日 - 勲二等瑞宝章・明治三十七八年従軍記章
1915年(大正4年)11月10日 - 大礼記念章(大正)
1916年(大正5年)5月25日 - 勲一等瑞宝章
1920年(大正9年)11月1日 - 銀杯一組
1928年(昭和3年)11月10日 - 大礼記念章(昭和)
1929年(昭和4年)2月28日 - 旭日大綬章
1931年(昭和6年)3月20日 - 帝都復興記念章
1934年(昭和9年)4月29日 - 金杯一組
1939年(昭和14年)1月28日 - 男爵・旭日桐花大綬章
イギリスのアレクサンダー・ウィリアムソンのもとへと留学し、帰国後は日本で2人目の化学系教授として東京大学の教授に補職された。帰国後は主に物理化学分野で研究活動を行ったが、むしろ東京化学会(日本化学会の前身)の運営や理化学研究所、日本学術振興会の設立など学術振興にかかわる活動が著名である。応用化学よりも理論化学を重視、また化学教育を重視する考えから、長井長義らと対立があったとされている。