山門寺門の争い
11世紀にはいると寺門派は再び藤原摂関家との関係を深める。藤原道長は寺門派の勧修・心誉に帰依し、浄妙寺、解脱寺、法成寺などの主要な職がその門弟に与えられた。また寺門派は密教を重視し公家への働きかけも活発に行い、修験の徒も多く出て熊野三山も寺門派の勢力下に入りつつあった。
長暦2年(1038年)9月に、第27世天台座主の慶命が没する。『扶桑略記』によると、園城寺の明尊が後任を望み、明尊に帰依していた関白藤原頼道もこれを認めようとした。山門派はこれに反対して「天台座主は延暦寺に住し山上で修業勉学をすることで寺務を行うことができるのであり、比叡山を降りている寺門派には資格がない」と寺門派を批判し、これに対し寺門派は「別院を建てることは仏法を広める行いであり、山上に閉じこもって安眠をむさぼる者は座主になれない」と反論。さらに山門派は「園城寺は延暦寺の末寺」とするが、寺門派は「園城寺は天智天皇の勅願寺であり寺格は園城寺が上」などとし、争論は尽きなかった。
翌長暦3年(1039年)2月に山門派3000人が法成寺に集合し、頼道邸に強訴を行う。頼道は翌日に使いを出して「天台座主は枢要な地位であり、智行を備えた者を選ぶもので、山門派に限らない。いまは明尊ほどの人材が山門派にはいない」と伝えたが、これに反発した僧徒が頼道邸内に乱入した。これに対し頼道は平直方に命じて兵に矢を射させ、僧兵もこれに応戦したため双方に死傷者がでる騒ぎとなった。朝廷は山門派の首謀者を処断したが、結局天台座主には山門派の教円が補任されて落着した。
この事件に前後して、山門派は延暦寺戒壇で寺門派が受戒することをしばしば拒むようになる。『春記』によると、長暦3年に明尊は園城寺に独自の戒壇を設立することを朝廷に願い出た。
建保2年(1214年)4月14日の日吉祭の日に唐崎で、大津東浦の長者丸と日吉神人の間で争いが起こり、多くの神人が刀傷された。山門衆徒はこれに怒り、日吉の下級役人に命じて長者丸の住宅に放火する。この騒動の最中に、園城寺の法師が火事場泥棒を働こうとして山門派と喧嘩になる。この喧嘩に大津西浦の寺門派が加勢して戦闘に及んだ。山門派は大津東浦までいったん引き上げて比叡山に連絡をおこない、100人余りの山門衆徒の加勢を待って再度の侵攻を行い、大津西浦を焼いて新宮(長等神社)辺りで合戦となった。退却する寺門派を追う山門派は勢いに乗って園城寺の僧房を焼いて引き上げた。
敗れた寺門派は納まらず、山門領の大津東浦の在家に放火をおこなった。これを見た山門派は再度園城寺を攻めて北院に討ち入り、さらに中院まで踏み込んだ。寺門衆徒は抵抗したが、15日の夕刻に園城寺に火が放たれた。『後鳥羽院宸記』によれば、このときの上がった焔は山崎にいた後鳥羽院が気が付くほどの明るさを放った。後鳥羽院は後に「保の字のつく年に園城寺が炎上する」と記している。