蘇我馬子
物部守屋が亡くなったとはいえ、いまだ仏教が全面的に受容されているとは言い難いこの時期の本格的な大伽藍寺院の建立には、賛同しない勢力も当然ながら存在したはずであり、その1人が崇峻であった可能性がある。『日本書紀』には、崇峻と仏教との関わりを示す記事は存在しない。
3つ目の齟齬は、589年に崇峻が東山道・東海道・北陸道に使者を派遣して、蝦夷国境、海浜国境、越国境を観させたという政策である。これが国造国の境界の画定を伴うものであることから、国造制の誕生を東国にもたらした契機であり、地方支配の1つの画期であったと考えられる。倭王権による地方支配が進展すれば、それを快く思わない勢力が存在したことも推察できる。
4つ目の齟齬は、591年の任那復興軍の派遣である。『日本書紀』によれば、崇峻自らが発議し、マヘツキミ層がそれに同意して、「二万余」の兵が筑紫に出陣し、新羅を問責する使者が発遣された。崇峻としてみれば、欽明以来の悲願を自分の代に一気に解決しようとしたのであろうが、隋の中国統一という国際情勢の中では時代にそぐわない政策であり、これに反対する勢力も存在したと考えられる。
崇峻天皇5年10月(592年)、天皇へ猪が献上された際に、崇峻は猪を指して「いつか猪の首を切るように、朕が憎いと思う者を斬りたいものだ」と発言し、多数の兵を召集した。馬子は崇峻天皇の発言を知り、天皇が自分を嫌っていると考え、天皇を殺害することを決意する。同年11月、馬子は東国から調があると偽って、東漢駒に崇峻天皇を殺害させた。その後、東漢駒は馬子の娘の河上娘を奪って妻とした。怒った馬子は東漢駒を殺害させた。