シュクデン
『黄史』の出版を受けて、ダライ・ラマ14世は、自身が過去にシュクデン崇拝に関与していたことが誤りであり、自らシュクデン供養を止めたことを公表した上、ゲルク派三大寺院をはじめとする宗派内での公式な儀礼でシュクデンの供養を行わないよう求めた。かわりにダライ・ラマ5世に倣って、自身の直轄寺院ナムギャル寺の儀礼体系にニンマ派の儀礼を大幅に組み込んだ。その後も、自らゾクチェンをはじめとするニンマ派の修行を積極的に行っていることを公言している。
1997年にダラムサラの路上で、仏教論理学院の学長を務めていた高僧のゲシェ・ロプサン・ギャンツォほか僧侶2名が惨殺された。チベット亡命政府、およびインド警察は、脅迫状などの証拠からシュクデン信奉者による暗殺だと認めた。これをきっかけに、ダライ・ラマ14世とチベット亡命政府は、シュクデン崇拝を非難する公式声明を再度発表した。
2007年、ダライ・ラマが南インド・カルナータカ州マイソール郡バイラクッペにある亡命キャンプを訪問した際に、セラ寺メー学堂がシュクデン崇拝を中止しないため、セラ寺ジェ学堂との完全分離を命じた。それがきっかけになり、セラ寺の周囲でシュクデン崇拝者グループと反対グループの間に暴力闘争が起こり、長期間にわたってすべての公式行事が中止され、セラ寺が6ヶ月にもわたりカルナータカ州警察の管理下におかれた。