週刊現代
これに対して週刊文春が細木を擁護する連載を始めたが、溝口は細木が連載を中止させるべく脅迫をした事実なども記述し、報道合戦は実質的に週刊現代の勝利となった。
2006年6月3日号の「小沢一郎の“隠し資産”を暴く」では小沢が政治資金で個人資産を購入していたことを追及。その後、小沢と民主党は名誉を毀損されたとして、講談社と著者の長谷川学らを訴えたが、東京高等裁判所(柳田幸三裁判長)は「記事は真実であり名誉毀損に当たらない」として小沢側の請求は棄却され、講談社側が勝訴した。
2006年7月から13回にわたって発売分より、「テロリストに乗っ取られたJR東日本の真実」と題して、JR東日本の労働組合の一つである東日本旅客鉄道労働組合(JR東労組)が、革マル派の支配下にあると報じた。JR総連とJR東労組らは、事実無根として週刊現代とライターの西岡研介を名誉毀損で提訴し、JR東日本は中吊り広告の契約を解除した。2007年1月19日、福島地方裁判所はJR総連の請求を棄却。しかし、2009年10月26日の東京地裁では「労組を私物化しているとの記述に真実と信じる理由がない」として、JR東労組の松崎明・元委員長の訴えを認め、名誉毀損の損害賠償として500万円の支払いを命じた。2010年2月23日、東京地裁は講談社側にそれぞれ220万円ずつ合計440万円の支払いを命じた。2012年3月27日、最高裁判所は上告を棄却し、名誉棄損の成立を認めて講談社などに770万円の賠償を命じた週刊現代側敗訴の判決が確定した。
2006年8月から10月にかけて、フリージャーナリストの松田賢弥による連載記事「安倍晋三『空虚なプリンス』」を掲載した。
毎週月曜日に発売。一部地域では日曜日に前倒し発売する地域もあれば、火曜日-水曜日に遅れて発売する地域もある。
柳沢きみお「新・特命係長 只野仁」 - テレビ朝日でテレビドラマ化。後続作は日刊ゲンダイ、月刊ヤングマガジンを経て、『ヤンマガWeb』『LINEマンガ』に移籍。
江川達也「家庭教師神宮山美佳」
高森朝雄・ちばてつや「あしたのジョー」(週刊少年マガジン連載時の状態に復刻し、再連載)
花くまゆうさく「不死身のニッポン」
真刈信二・あだちつよし「スパイハンドラー 怜とミレイ」
小池一夫・松森正「片恋さぶろう」
小池一夫・小島剛夕「半蔵の門」
小池一雄・池上遼一「I・餓男」
小池一雄・小島剛夕「首斬り朝」
小池一夫・小島剛夕「畳捕り傘次郎」
梶原一騎・小山春夫「陽気蝮」
こしのりょう「町医者ジャンボ!!」
七三太朗・本島幸久「担ぎ屋どおも」(2007年 - 2010年)
東海林さだお「サラリーマン専科」
ポテチ次郎「アー・ユー・ハッピー?」
こしのりょう「人生はバウンスバック」