真駒内駅
1面2線島式ホームの高架駅。駅舎は南北に細長い。2階にはホームがあり、1階には券売機・北改札口・南改札口があるほか、北海道キヨスク運営の売店とセブン-イレブン(サンクスから転換)・定期券販売所・真駒内バス発着場が設置されている。バス路線については後述する。
開業当初は1番ホームが降車専用ホーム、2番ホームが乗車専用ホームとして区別されており、麻生方面から1番ホームに到着した電車が回送列車として南側の留置線まで引き上げ、2番ホームに入線する形で折り返していた。1996年(平成8年)11月1日からは麻生方の転轍機から空いているホームに入り、ホーム上で直接折り返す方式に変更されている。ただし、麻生方の転轍機が工事のため使用停止されていた2005年(平成17年)7月1日 - 2006年(平成18年)11月30日は、開業当初の折り返し方法が使用された。
ホームと改札口間にはエレベーターが設置されている。また、南北線の地上駅では唯一上下両方向のエスカレーターが設置されている(南改札口)。駅の出入口は西側にのみ設置されている。開業当初は改札口は北側の1ヶ所のみだったが、1996年(平成8年)〜1999年(平成11年)に大規模改良工事を行い、ホーム南側にエスカレーターと南改札口が完成した。先に存在した改札口は北改札口となり、売店や切符売り場・トイレなども移転し、南側にもバスの待合室が設置された。南北線の駅では唯一切符売り場と改札口に発車標がある。
札幌市交通局によると、2020年度の1日平均乗車人員は8,665人。