1888年の磐梯山噴火
新たに形成された桧原湖、小野川湖、秋元湖が満水となった後、長瀬川中流~下流域では洪水が頻発するようになった。原因は上流部に堆積した大量の土砂が流れ下ることによって、長瀬川中流~下流では河床が上昇して洪水が起こりやすくなった上に、上流部には排水がコントロールされない桧原湖、小野川湖、秋元湖があることにあった。つまり大雨時には大量の水が湖からあふれ出し、河床が上昇した長瀬川下流で洪水を起こすというメカニズムであった。
長瀬川上流部に堆積した岩屑なだれの土砂は、厚さ数十メートルから100メートルを超えるとの推定がされている。傾斜が急な上流部では浸食がどんどん進み、一方中流から下流では大量の土砂が堆積していったのである。長瀬川は磐梯山噴火後、毎年のように水害に襲われるようになった。中でも1890年(明治23年)、1894年(明治27年)、1902年(明治35年)、1910年(明治43年)、1913年(大正2年)は大洪水となった。1902年の洪水では長瀬川流域ばかりでなく、下流に当たる猪苗代湖の湖畔の集落にも大きな被害が出た。
もちろん頻発する水害にただ手をこまぬいていたわけではない。内務省は技術者を派遣し、予算面でも配慮を行い、内務省の技術者の支援のもとで福島県は1890年(明治23年)以降、本格的な堤防建設に乗り出した。しかし問題の本質は上流からの大量の土砂の供給に伴う河床の上昇と、排水が全くコントロールされていない桧原湖、小野川湖、秋元湖の存在である。いくら堤防を造ってみたところで洪水によって決壊し、更に利水を目的とする用水も被害を受け、被災後は住民らが復旧工事に追われるといういたちごっこが繰り返された。
上記の救援活動の費用は、まず1880年(明治13年)に太政官布告により公布された、備荒儲蓄金の制度により賄われたものがあった。備荒儲蓄金とは凶作や天災時、被災者に対して国と地方が平時に蓄えていた資金を、食糧援助、小屋掛料、農具・種籾代として支給し、地租の負担が困難となった者には補助ないし貸与することを定めていた。磐梯山の噴火では炊き出しと救助米の支給、そして小屋掛代の一部として支出された。なお小屋掛代は恩賜金と義援金からなる救済金から、その多くが補助されている。
避難所の運営資金は地方税の救育費からと、一部は救済金から支出された。そして医療に関する資金は全て恩賜金と義援金からなる救済金から賄われた。
まず存続の危機に立たされたのが小野川集落であった。小野川は天然ダムの湛水の影響で集落が水没する恐れとともに、ライフラインである集落に至る唯一の道路が湖水に沈み、生活が困難となることがはっきりしたため、7月中には集落移転の方針が確定した。一方、檜原本村は当初、集落の水没は免れる見通しであったものが、10月には湖水の底に沈むことが明らかとなったため、やはり移転をしなければならなくなった。小野川集落の人々の多くは水没を免れるとされた檜原本村に移住していたが、再び移転を迫られることになった。結局檜原村の中で無傷で済んだのは早稲沢集落のみであった。
故郷を追われることになった檜原村の各集落の住民たちは、桧原湖、小野川湖、秋元湖のほとりに新たな集落を形成した。桧原湖北岸の桧原、金山は主に旧檜原本村、西岸の長峯は雄子沢、小野川湖の東北東岸の小野川は旧小野川、秋元湖西岸の秋元集落は旧秋元原の集落から移転して形成された。
一方、磐梯山東麓の泥流と土石流によって集落存続の危機に立たされた人々のうち、泥流によって畑地を失った若宮村名家については近隣の畑地を開墾し直した上で大多数の住民は居住を継続することになったが、雨が降るたびに琵琶沢の土石流の危険に晒されるようになった蚕養村白木城、磐瀬村渋谷の両集落はそれぞれ近隣へと移転することになった。
磐梯山の東麓は、噴火開始直後に岩片、礫、砂交じりの高温の爆風(ブラスト)に襲われた。爆風の勢いは極めて強く、東麓の琵琶沢方面では赤埴山の山腹で直径1メートルを超える木がなぎ倒され、ふもとの集落では人が吹き倒される、衣服が剥ぎ取られる、礫が激しく当たる、爆風に混じっていた小枝によって髪の毛や皮膚が損傷するなどの被害を受けた。また爆風は集落が無い磐梯山の北西側も襲ったことが知られていて、磐梯山北西の丸山は、爆風の影響で豊かに茂っていた森が丸裸になってしまった。しかし磐梯山の南麓や岩屑なだれが襲った北から北東にかけては、爆風の被害報告は無い。
この爆風の正体は火砕サージであると考えられている。磐梯山山麓での堆積物調査によれば、火砕サージによると考えられる堆積物は、磐梯山の東側、北東側、そして北西側から確認されている。
日本赤十字社の活動は災害発生から6日後の21日からとなった。派遣が皇后の意向で決められたという経緯から、活動は福島県など現地関係者の全面的なバックアップのもとで行われた。災害当初は整備されていなかった支援体制も21日になると整備されつつあり、患者数も徐々に少なくなっていた。そのため、派遣に実際的な意味が無かったとする見方もあるが、派遣医師が持参した医薬品や医療機器は大いに歓迎され、現地で活動中の地元医師と協力しながら救援体制の整備に一定の役割を果たし、24日で支援活動を終了した。
また皇后の派遣要請を受けて日本赤十字社の医師が救援活動に従事したことは、地元において磐梯山噴火の負傷者に対する見方を好転させ、全国的に活動が報道される中で、災害時の人命救助、負傷者支援の重要性を知らしめる機会となった。そして日本赤十字社の活動についても広く知られる機会となった。
そして後述のように1888年の磐梯山噴火は広くマスコミによって報道され、学術的な研究や支援を行いたいと、現地入りを希望する人たちが大勢現れた。その中で帝国大学医科大学も医師の派遣を計画し、福島県に打診を行ったが、現地は医師が足りているとのことで派遣は断られた。しかし医科大学大学院生であった芳賀栄次郎は会津若松出身であり、是が非でも故郷の災害救援に携わりたいと願い、同じく大学院生であった三輪徳寛とともに、帝国大学総長名の福島県知事あての紹介状を携えて現地に向かい、ボランティアで医療活動に従事した。これは日本における災害時ボランティアの先駆的な試みとなった。