トカゲ
アンギストカゲ科 Anguiedae
ギャリワスプ科 Diploglossidae
コブトカゲ科 Xenosauridae
ドクトカゲ科 Helodermatidae
ワニトカゲ科 Shinisauridae
ミミナシオオトカゲ科 Lanthanotidae
オオトカゲ科 Varanidae
アガマ科 - リュウキュウキノボリトカゲ
トカゲモドキ科 - リュウキュウトカゲモドキ
ヤモリ科 - ミナミヤモリ、ニホンヤモリ、タワヤモリ、ヤクヤモリ、オンナダケヤモリ、タシロヤモリ、ホオグロヤモリ、キノボリヤモリ、オガサワラヤモリ、ミナミトリシマヤモリ(他にも未記載種が数種生息)
イグアナ上科 - グリーンアノール(外来種)、グリーンイグアナ(外来種)
カナヘビ科 - コモチカナヘビ、アムールカナヘビ、サキシマカナヘビ、アオカナヘビ、ニホンカナヘビ、ミヤコカナヘビ
スキンク科 - ヘリグロヒメトカゲ、オガサワラトカゲ(基亜種)、ミヤコトカゲ(基亜種)、バーバートカゲ、アオスジトカゲ、ニホントカゲ、ヒガシニホントカゲ、キシノウエトカゲ、オカダトカゲ、オキナワトカゲ、イシガキトカゲ、サキシマスベトカゲ、ツシマスベトカゲ
爬虫類の中では最も種類数が多いグループで、現生種は熱帯地方を中心に7000種近くが知られており、以下のように分類される。