Fastq
FASTQファイル内では、1本の配列は4行で記述される。1行目は文字「@」で始まり、その後ろに配列のIDと、オプションとして説明を記述する。2行目は塩基配列を記述する。3行目には文字「+」を記載する。またその後ろに配列のIDを記載することもある。 4行目には2行目に記述した配列のクオリティ値を記述する。このクオリティ値は2行目の配列と同じ文字数でなければならない。
最小のFASTQファイルは、以下のようなものである:
元のSangerのFASTQファイルでは、塩基配列とクオリティ文字列の行の折り返しを許していた(その場合、数行飛びに分割される)。 しかし折り返しありのファイルでは、簡素な実装のプログラムではファイルのパージングの際にクオリティ行頭の「@」や「+」を誤ってID等の目印として認識してしまうものもあり、正確に折り返しに対応しようとすると実装が複雑となるため、折り返しありの形式は避けられることも少なくない。