ヒプナゴジア
ジェルメーヌとニールセンは、自発的なヒプナゴジア的幻覚が主に、堀の脳波ステージのステージ4(脳波の平坦化)とステージ5(シータ波紋)で起こることを発見した。
"covert-rapid-eye-movement"(隠れたレム)仮説は、覚醒-睡眠移行期にレム睡眠の隠された要素が現れるとするものである。これを支持するBódiczらは、WST(wakefulness-sleep transition)脳波とレム睡眠脳波の間には、前者とステージ2睡眠の間よりも類似性が高いことを指摘している。
ヒプナゴジア状態では、前頭筋の活動の低下や呼吸パターンの変化も指摘されている。
マイクロスリープ(ごく短い時間睡眠状態に陥る現象)は、睡眠不足などが原因であり、覚醒状態のいつでも睡眠状態に陥り、認知障害や健忘症を引き起こす可能性がある。
ジェームズ・H・オースティン(英語版)は著書"Zen and the Brain"(禅と脳)の中で、定期的な瞑想が、最初はアルファ波の段階で、後にはシータ波の段階で、入眠の後の段階でヒプナゴジアのプロセスを凍結させるという特殊なスキルが開発されるという推測を表明している。