日本国有鉄道清算事業団
解散後、固定資産やJR株式などの処分資産は、日本鉄道建設公団(鉄道公団)が継承した。その一方、債務(約24兆1000億円)については「日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律」によって、日本国政府の一般会計に組み入れられ、国自体の債務とされるとともに、「たばこ特別税」の形で組み入れられた。
鉄道公団は、さらにその後2003年(平成15年)10月1日に、運輸施設整備事業団(前身の一つが新幹線鉄道保有機構)と統合されて独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構となり、同機構の国鉄清算事業本部が業務を継承した。2008年(平成20年)4月には、清算事業の進捗により事業本部制を解かれ、国鉄清算事業管理部・国鉄清算事業用地部など、清算業務を行なう組織の総称として「国鉄清算事業関係」の名称が用いられている。
道路公団民営化という似たケースを推進した猪瀬直樹は、国鉄分割民営化を失敗と評している。現在も毎年国の一般会計で元本4000億円・利子6600億円、合わせて1兆円以上を税金で支払っていることを、自身が発行するメールマガジンにおいて「国民を騙した」と表現している。