褐藻
色素体DNAはガードルラメラの内縁に沿って分布し、リング状の色素体核様体を形成している。ピレノイドをもつ例は少ないが、シオミドロ目では突出型のピレノイドが、スキトタムヌス目では埋没型のピレノイドが見られる。
褐藻はフロログルシノールからなるポリフェノールであるフロロタンニン(phlorotannin; 右図1k, l)を蓄積し、細胞中にフィソード(褐藻胞、physode)とよばれる構造を形成していることがある。フロロタンニンは藻食動物やバクテリア、付着藻への防御、また紫外線防御として機能していると考えられている。またアミジグサ目やウルシグサ目の中には硫酸を含む種もおり、これも他生物に対する忌避物質となると考えられている。
褐藻の細胞は、マンニトールやスクロース、グリセロールを含む。これらの物質は、浸透圧調節や凍結防止に機能すると考えられている。マンニトールは転流糖(体内を転流する際の糖)ともなり(下記参照)、藻体乾燥重量の20–30%に達することもある。また褐藻では、細胞内のヨウ素濃度が極めて高いことが知られている。
褐藻の中では、シオミドロやモズク、オキナワモズク、ワカメ、マコンブなどにおいて全ゲノム塩基配列が報告されている。