チャールズ・カルバート (第3代ボルティモア男爵)
一方、メリーランドのプロテスタントは、この時までに植民地でかなりの多数派となっており、イングランドからの噂を流し、ローマ教皇の策謀を恐れて、領主政府に対する反乱を組織し始めていた。ジョセフ知事は議会招集を拒み、表向きは修理のためと言って不気味にも倉庫から武器を出させることで、事態をさらに悪くした。プロテスタントは新しい国王と女王への公式の支持が明らかにされていないことに怒り、ヘンリー・ダーナル大佐のようなカトリックが副総督となって権限を掴み武装を始めたことに不満だった。1689年夏、ジョン・クードが指揮する700名のピューリタンが、自らをプロテスタント協会と称し、ダーナル大佐が率いた領主軍を破った。ダーナルの軍は著しく小勢であり、後に「我々はこの状態でかくも怒れる人々を鎮め、流血沙汰を防止できる期待が無いので、降参した。」と記していた。
メリーランドにおけるこの「プロテスタント革命」の後、勝者であるクードとそのプロテスタント同盟者は新しい政府を興し、カトリック信仰を違法とした。
1675年、父の第2代ボルティモア男爵が死に、このとき38歳になっていたチャールズ・カルバートが、男爵位を承継するためにロンドンに戻った。この時、その政敵達がカルバートの不在を利用して、領主政府に対する難癖攻撃を始めており、1676年、『メリーランドとバージニアの逃避地から叫びを伴う苦情』という小冊子を出版して、特に国教会がないことなど多くの不満を掲載していた。聖公会もイングランド国教会もメリーランドにおける宗教的寛容の実験に満足していなかった。聖公会の聖職者ジョン・ヨー牧師はカンタベリー大主教に宛てて、メリーランドは「悲しむべき状態」にあり、「不浄のソドムと不道徳の伝染病病院に」なっていると不平を告げる手紙を送った。このことはロンドンでかなり深刻に取り上げられ、枢密院がカルバートに、彼に対して挙げられた苦情に対応するよう指示した。
これら苦情に対するカルバートの反応は挑戦的だった。反逆者と考えられる者2人を絞首刑にし、メリーランド植民地の宗教的多様さを再確認するために動いた。その文書による回答はその統治が直面する難しさを述べていた。メリーランドの開拓者は、「長老派教会、独立系、アナバプテスト、クエーカーであり、イングランド国教会やローマ・カトリック教会の信者は少ない。そのような人々をして、正反対に導く聖職者を維持することを強いるような法に満足させるのは、最も難しい任務である」と記していた。