公家町
その先駆けとして、天正13年の秋には近衛家の邸宅が上立売から今出川に移転されている。後に秀吉が関白に就任したことで、公家の集住政策には公家が朝廷に勤仕する姿の可視化の効果も期待されるようになる。続いて、天正18年(1590年)に八条宮家の創設が決定されると、内裏の北側に宮邸を造営するために同地域に居住する公家たちの移転とそのための内裏の東側に公家の集住地域を設けた。なお、この地区は既に織田政権の頃には京都市中の荒廃によって畠や空地になっていたために公家の集住先の候補に挙げられており、かつて織田信長が京都御馬揃えを行った場所でもあった。また、内裏の周囲、かつて陣中と称せられた地域をほぼ囲い込むように内裏を守る惣構が構築されているが、京都市中に御土居が構築された時期と重なるためにこの時期に行われた可能性が高い(少なくても慶長年間には既に惣構は存在しており、関ヶ原の戦いの前哨戦となった伏見城の攻防の時には惣構の惣門が閉じられている)。また、秀吉は慶長2年(1597年)に聚楽第に代わる施設として、内裏の東南に京の城(京都新城)を造営しているが、高台院の居宅となり、後にその跡地に後水尾上皇の仙洞御所が造営された。
江戸幕府も基本的には豊臣政権の方針を引き継ぎ、慶長10年(1605年)の内裏改築、慶長16年(1611年)の後陽成上皇の仙洞御所造営と共に、対象地にあった公家屋敷・寺院・町家の上地と移転を進め、公家の集住地区が更に東側に広がった(この頃まで、公家の集住が進められている中でも武家や町人の住居が混在していた)。