イレギュラーハンターX
シグマパレス2のボス。イレギュラーハンターの隊長時代でシグマが見た東南アジアの遺跡の壁画をモチーフとした防衛システム。壁画に埋め込まれた青、赤、緑の目と鼻の形をしたコアが本体であり、全てを破壊しないと倒せない。また、侵入者を左右の壁で押し潰すはずだったが、設計ミスで半分しか埋まらないが、その間は鼻が体当たりで攻撃してくる。
画面が立体になったことでパーツ射出などの演出がリアルになりデザインが若干細かくなった。また、先に鼻パーツを破壊した場合、両側の壁が半分だけ開くように変更された。ダメージが蓄積すると両目が同時に射出されるようになり(HARDでは最初から)、攻撃パターンも増えた。
ダメージを半減する。ダメージ時ののけぞりも小さくなる。
声 - 長嶝高士
マンドリル型レプリロイド。元々第17部隊所属。
隊長であったシグマに従う形で反乱に参加し、その圧倒的な戦闘力で巨大発電所を占拠した。拠点制圧は部下に任せ自分はごろ寝を決め込んで好物の電気を貪り食っている。会話では気だるそうにゆっくりと喋る。難しいことを考えるのは苦手で、シグマに賛同した動機も単に「間違っているようには見えなかったから」と短絡的なものだった。一方でシグマが狂っていると思うかエックスに質問し、イレギュラーと返答された際に「隊長が正しくてお前が間違ってると思ったことはないか?」と問いかけ(エックスは答えられていない)、答えは戦いで分かるかもしれないと話している。
オリジナル版ではその異名通り、高速のダッシュパンチを得意技としていたが、本作では腕を巨大なドリルに変形させてからパンチを繰り出すようになっており、技の出も遅くなっている。
エックスはカプセルに入ることで新たなパーツを取得し、パワーアップするという特殊能力を持っている。カプセルはステージの特定の場所に隠されており、カプセルに入ればそのパーツを入手できる。なお、カプセルの設置されているステージはオリジナル版とほぼ同じだが設置箇所が異なるものがあり、そのためオリジナル版では(裏技を使わない限り)必ず入手していたフットパーツが、本作では取らずにクリアが可能である。ただし、アームパーツはオリジナル版と同様必ず入手することになる。なおデザインはオリジナル版とは多少異なる。