明応の政変
23日、政元は挙兵を朝廷へ報告した。その理由として、自分が義材に河内征伐を反対したのに受け入れられなかったことを掲げ、ゆえに挙兵して義材を廃し、義澄を擁立したのである、と説明した。
一方、朝廷ではこの将軍擁廃立の挙兵を受けて、後土御門天皇が申次白川忠富に命じて、勧修寺教秀・甘露寺親長・三条西実隆という3名の老臣を招集した。天皇は自分の任じた将軍が廃されるという事態に烈火の如く激怒するとともに、勝仁親王も成人したので譲位をしたいと述べた。これに親長と忠富が反対し、親長は「武家が変転し難題を言ってきても、言いなりになるのが天皇の定めだ。儲君への譲位も武家側に言わせれば良い」と述べたため、天皇も思いとどまった(『親長卿記』明応2年4月23日条)。その背景には、朝廷に譲位の儀式を執り行う費用を出す余裕がなく、政変を起こした政元にその費用を借りるという自己矛盾に陥る事態を危惧したからとも言われている。
朝廷は翌24日から5日間の阿弥陀経談義を予定通り開催し、天皇も聴聞することを理由に政変に対する判断を先送りし、28日になって細川政元が御訪(必要経費の献金)を行ったことで、清晃改め義遐は従五位下に叙された。この時、宣下に関わった親長は「御訪を給わざれば相い従うべからず」と述べて、御訪300疋と引換に叙位は行ったものの、政元が将軍宣下に必要な費用までは揃えられなかったためにこちらは見送られた(『親長卿記』明応2年4月28日条)。
当時、朝廷の運営に御訪は不可欠で、政元が掌握した幕府からの御訪なくしては天皇の譲位は実現できない反面、政元といえども御訪が揃えられないと朝廷を動かせなかったという公武関係の実情を伺わせている。
足利義材は、応仁の乱で西軍の盟主に擁立された義視の嫡子である。乱が西軍劣勢で収束すると、父と共に土岐成頼を頼って美濃へ逃れていた。義材の従兄の9代将軍義尚は守護大名や奉公衆を率い、六角行高(高頼)討伐(長享・延徳の乱)のため近江へ親征するが、果たせないまま長享3年(1489年)3月に近江で病死する。
義材は父と共に上洛して10代将軍に推挙されるが、伯父の前将軍足利義政や管領細川政元などは義視の子が将軍となることに難色を示し、堀越公方・足利政知の子で天龍寺香厳院主となっていた義尚と義材の従兄清晃(足利義澄)を推す。しかし、日野富子が甥(妹の子)である義材を後援し、翌延徳2年(1490年)正月に義政が死去すると、義視の出家などを条件として義材の10代将軍就任が決定した。富子は義政の御台所、義尚の生母で、将軍家に嫁いで40年近くになり、その間将軍に代わって政務を取り仕切ることもあった。将軍家を代表するような人物でもあった彼女の支持は義材の将軍就任に大きな意味を持ち、実際に義材の家督継承を朝廷へ報告したのも彼女であった。
この決定に反対した政元や伊勢貞宗らは義視父子と対立し、4月27日に貞宗は政所頭人を辞任した。貞宗は前将軍の義尚が幼少時から側近として仕えて養育に尽くし、日野富子の信任が厚かったが、その父・伊勢貞親は文正の政変の際に義尚のために義視殺害を義政に進言して失脚しており、義材の将軍就任後に後難を恐れたためと言われている。
この政変で政元は幕政を掌握したが、奉公衆などの軍事的基盤が崩壊し、傀儡化した将軍権力は以後、政元をはじめ細川氏の権力により支えられる事となる。ただし、以後も幕府権力は存続していたとする見方もあり、伊勢貞宗は日野富子の意向で将軍義澄の後見役を務め、度々政元の行動を抑止している。また、政元の命を受け政変を主導していた政元家臣の京兆家内衆である丹波守護代の上原元秀が急死、京兆家内で政変に消極的な家臣が多数を占めるようになると、京兆家はなるべく幕府の意向を容認、前将軍義材派の巻き返しを用心する方向に切り替えたため、政変後の幕府と京兆家は協調関係に入っていたのではないかとする意見もある。
京都に残留した幕府の官僚組織は、政元ではなく幕府政所頭人で山城守護伊勢貞陸(貞宗の子)が掌握しており、政元との間で駆け引きが繰り広げられることになる。貞陸は富子の要望で義澄を後見する役目を担っており、義澄や政元の決定も貞陸の奉書作成命令をなくしては十分な有効性を発揮することは出来なかったのである。これに関連して明応の政変直後に貞陸が義材派の反撃に対抗することを名目に山城国一揆を主導してきた国人層を懐柔して山城の一円支配を目指し、政元も対抗策として同様の措置を採った。このため、国人層は伊勢派と細川派に分裂してしまい、翌年には山城国一揆は解散に追い込まれる事になった。
畠山氏は政長が自害したことで尾州家が没落、政元に支持された総州家の基家が家督を継承した。基家はすかさず尚順が逃げた紀伊を攻めたが、これは撃退されており、尾州家と総州家の分裂は依然として解消されなかった。
細川氏が偏諱として与えられていたのは下の字であり、阿波細川氏はもとより、京兆家の当主ですらこれまで「義」の字を名乗ることは許されていなかったのであるから、これは異例の処遇であった。また、義材は三条御所から一条油小路にあった細川義春の邸宅に居を移して、その寵愛ぶりを見せ、政元の対抗馬として着実にその地位を上げさせた。
義春の地位の上昇のみならず、義材自身の権威の上昇も相まって政元を追い詰めていった。義材はもともと将軍になれる立場ではなかったが、義尚の死で思いがけず将軍になったため、将軍直臣や大名たちとの結びつきが薄く、周囲の人々にその器量を示す必要があった。それこそ、義材が政元の反対を押し切ってでも戦い続けなければならない理由でもあった。そして、義材は最前線でその武勇を示し、義尚がなしえなかった六角征伐を成功、さらには河内征伐をも成功させようとして、その権威を上昇させた。その権威の上昇に伴い、天下の政治は義材を中心に回りつつあった一方、政元は周囲から孤立を深めていったことは想像に難くない。そして、義材が政元を冷遇し、政長や義春に接近していったのであるから、政元がいずれ義材や政長といった与力大名らに自分が討たれるという恐怖に駆られたとしても不思議でなく、それが政元を将軍廃立の蜂起に駆り立てた直接的な理由であったとも指摘されている。
義材によって政元の対抗馬として取り立てられた阿波細川氏の細川義春は、政変から2年後に死去し、両者の対立は終わりを見せた。一方、政元は修験道に没頭していたため子がおらず、阿波細川氏など庶家の台頭を恐れた彼はあえて細川氏からではなく、摂家の九条家から細川澄之を延徳3年に養子として迎えていた。だが、細川氏の血をひかない澄之を後継者としたことへの庶家の反発は強く、文亀3年(1503年)に政元は義春の息子・細川澄元を養子に迎え、澄之を廃嫡しなければならなかった。だが、これが原因でのちに政元が澄之派に殺害される、いわゆる永正の錯乱が発生、ひいては20年以上にわたる両細川の乱に繋がった。
明応の政変は中央だけの事件ではなく、全国、特に東国で戦乱と下克上の動きを恒常化させる契機となる重大な分岐点であり、従来は応仁の乱が戦国時代の始期とされていたが、歴史学者の鈴木良一が提唱して近年に有力になり、明応の政変が始期とされることが多くなった。また、明応の政変以降、将軍家には「義稙系(義材/義稙-(義維)-義栄)」と「義澄系(義澄-義晴-義輝-義昭)」の2系統が成立し、いずれも足利将軍家当主の別称である「室町殿」「公方」「大樹」などと呼称された。13代将軍の足利義輝が三好三人衆、松永久通に殺害された永禄の変は、一説にこの分裂を解消する意図があったと言われている。結局、将軍家の分裂は諸勢力の争いと相まって戦国時代を通して継続され、 織田信長が足利義昭を奉じて上洛したことによってようやく終結した。
赤松政則は政元の決起直後、先の六角征伐に積極的に協力し義材と親密な関係にあったことから、「政元ではなく義材に味方するのではないか」と囁かれていた。だが、政則は政元の挙兵前に彼の姉と結婚していたため、緊密な関係を構築していた。それゆえ、政則は最終的に政元へ味方することを決したのであった。
周防・長門守護・大内政弘の息子で、父の名代として河内出兵に参加していた大内義興も政元に味方している。なお、閏4月1日に京都にいた義興の実妹が若狭国の武田元信配下に誘拐される事件が発生しており(『大乗院寺社雑事記』明応2年閏4月1日条)、細川政元・武田元信が応仁の乱の時に義視・義材父子を擁して最後まで西軍として戦った大内政弘が義材に加担するのを阻止するために、義興の妹(=政弘の娘)を人質に取って、政変に同意させたとする説もある。
しかし、大名らが帰還したとはいえど、義材にはまだ政長の兵8,000がおり、残された軍勢も依然として意気盛んで、徹底抗戦の構えを見せていた。閏4月3日に武田元信が若狭から上洛して政元に合流し、赤松政則と大内義興が義遐を義材の猶子にして後を継がせる仲介案を出して事態の収拾を図ろうとしているが、これは失敗している。