トロともりもり
本作のメインとなるモードで、第1作『どこでもいっしょ』のラストシーン後から展開されるストーリーを描く。
トロが人間になるため、クロと一緒に旅をし、その先々で「ありがとう」の「おもいで」を増やしていく。ストーリーに沿ったミニゲームを攻略することで「おもいで」が増え、新たなストーリーが展開するという形式となっており、旅の過程で他の主要キャラクター達との出会いも描かれる。
『どこでもいっしょ』シリーズ全作品の足跡をたどることが可能になっており、ボツ案を含む設定資料、イラスト、楽曲などを収録。