ペルシア戦争
ダレイオス1世は、再度侵攻の準備を進めたが、エジプトの反乱とバビロンの反乱で実現できぬまま、紀元前486年 に没した。王位を継いだクセルクセス1世は遠征に乗り気ではなかったが、最初の侵攻の司令官を務めたマルドニオスの説得により、紀元前484年にバビロンを平定し、次いでエジプトを平定すると、ギリシア遠征を決意した。
紀元前481年夏、クセルクセス1世は王都スーサを発ち、全軍の集結地カッパドキア地方のクリタラ(Kritala)を経て小アジアの拠点サルディスに入ると、ギリシアの各ポリスに使者を送り降服を迫った。これにより、マケドニアやテーバイなどのポリスはペルシア側についた。一方で、ペルシアはアテナイやスパルタには使者を送らなかった。
マルドニオスやメガビュゾスらの指揮するペルシアの遠征軍は、ヘロドトスの記述によれば歩兵170万、騎兵8万、戦車隊など2万に加え水軍51万7000以上(これは三段櫂船1207隻、その他の船舶・輸送船3000隻からなる)これらにヨーロッパ各地からの援軍を加えた総計は528万3000以上という大規模なものであったという。しかしこれは明らかに誇張された数字であり、兵站学上も当時これほどの大軍勢を維持することは不可能と考えられるため、実際に動員された兵力については諸説ある。
アテナイはスパルタに援軍の要請をするとともに、奴隷を伴ってマラトンに展開し、プラタイアからの援軍を得てマラトン平野の南部に位置するヘラクレス神域に布陣した。将軍ミルティアデス率いるアテナイ・プラタイア連合軍は、この戦いでファランクス(槍を持つ重装歩兵の密集陣形)を駆使してペルシア軍を破り、敵の陸上移動を断念させた。
ペルシア艦隊は、スニオン岬を迂回してファレロン湾に艦隊を展開し、揚陸の動きを見せたが、アテナイ・プラタイア両軍がこの動きを察知してアテナイに移動したため、ペルシア軍は攻めきれず、本国へ撤退した。
マラトンの戦いの勝利によって、親ペルシア派のペイシストラトス家とアルクメオン家の人間は次々と陶片追放され、アテナイはペルシアに対して一貫した政治的態度をとるようになった。また、アテナイ民会は、マラトンの戦いで英雄視されていたにもかかわらず、私欲のために国庫に打撃を与えたミルティアデスを告発して厳格な司法権を行使したほか、軍事長官の権威を下げ、将軍職の地位を上げるとともに再任できるようにするなど、強国としての国家体制を着実に整えていった。
紀元前465年にクセルクセスが側近アルタバノス(英語版)に暗殺された。しかし、その後もさらに小競り合いが長く続いた(エウリュメドン川の戦い、第一次ペロポネソス戦争、Battle of Pampremis、Siege of Memphisなど)。両者ともに決定的な戦果を上げることなく、紀元前449年に和睦(カリアスの和約)が成立して戦争は終結した。