グクーニ・ウェディ
しかし政府は両派の対立によって7ヵ月後に瓦解し、ナイジェリアの調停によって1979年3月に大連合政府が成立した。この政府において、首班は第3勢力チャド解放人民運動のロル・モハメド・シャワが就任したが、実態はグクーニ派とハブレ派が政権を二分する北部政権となっており、10月にはシャワに代わりグクーニが大統領に就任した。
しかし、北部内の対立は解消せず、1980年3月、両派間で内戦が再発した。首都はグクーニ大統領が抑えたものの、ハブレの勢力は拡大し、1982年7月には首都ンジャメナが陥落してグクーニはシャリ川を越えて隣国カメルーンへと逃れ、さらに後ろ盾であったリビアのカダフィ大佐を頼ってリビアの首都トリポリへと落ち延びた。
1983年、リビアの大きな支援を得たグクーニは再び北からチャドへと侵攻し、ハブレ派と戦火を交えたが、敗北した。