超伝導量子干渉計
従来型 MRI システムでは信号は測定周波数の(したがって歳差磁場の)二乗根に比例する。環境温度における熱的スピン偏極が周波数の一乗に比例するのに加え、ピックアップコイルに誘起される電圧も磁化歳差の周波数に比例するためである。しかし、事前偏極ずみのスピンを非調整SQUIDで検知する場合、NMR信号強度は歳差磁場とは独立となり、地磁気程度の極めて弱い磁場下でのMRI信号検知が可能となる。SQUID MRI は強磁場 MRI システムと比較してコスト面やコンパクト性において優位である。この原理は人体の四肢撮像において実証ずみであり、将来的には腫瘍スクリーニングにも応用される予定である
別の応用例として、液体ヘリウムに浸したSQUIDをプローブとして用いる走査型SQUID顕微鏡が挙げられる。超伝導技術の進歩にしたがって、SQUIDの応用は石油の試掘(英語版)や鉱脈探査(英語版)、地震予知や地熱エネルギー探査などにも拡がりつつある。重力波検知などの様々な科学的用途における高精度運動センサとしても使われている一般相対性理論の適用限界を調べている Gravity Probe B(英語版) に用いられている四つのジャイロスコープに一つずつSQUIDセンサが用いられている。
動的カシミール効果の初観測には、改良 RF SQUID が用いられた。