結合部位
アロステリック部位(または調節部位とも)では、リガンドの結合により、タンパク質の機能が増幅または阻害される可能性がある。多量体酵素のアロステリック部位へのリガンドの結合は、多くの場合、正の協同作用を誘導する。すなわち、第一の基質の結合が好ましいコンホメーション変化を誘導し、酵素が第2の基質に結合する可能性を高める。調節部位リガンドには、ホモトロピック・リガンドおよびヘテロトロピック・リガンドが含まれ、それぞれ単一または複数のタイプの分子が酵素活性に影響を与える。
高度に調節された酵素は、しばしば代謝経路において不可欠である。たとえば、解糖系でフルクトースをリン酸化するホスホフルクトキナーゼ (PFK) は、ATPによって主に調節されている。解糖系におけるその調節は、経路の関与段階 (committing step) と律速段階であるために不可欠である。PFKはまた、異化経路を通じてATPを形成するために指定されたグルコースの量も制御する。したがって、ATPが十分のレベルでは、PFKはATPによってアロステリックに阻害される。この調節は、他の経路のために必要となる可能性のあるグルコースの予備を効率的に保存する。クエン酸回路の中間体であるクエン酸も、PFKのアロステリック調節因子として働いている。