ピコプランクトン
フローサイトメーター(Flow cytometer)と呼ばれる装置により、細胞などの粒子を粒径と光学的特性(蛍光波長など)で分別する手法。一秒間に1,000-10,000もの細胞を選り分ける事ができる。これにより、海水サンプル中のプランクトンの濃度を容易に決定することができ、同時におおよそ主要なピコプランクトンのグループ(Synechococcus、Prochlorococcus、ピコ真核プランクトン、後述)に分別することが可能である。例えば Synechococcus は、色素の二重蛍光(フィコエリスリンの橙色蛍光、クロロフィルの赤色蛍光)を検出する事で識別できる。フローサイトメトリーは生物株の確立にも有効で、より詳細な研究へとつなげる為の手法でもある。
フローサイトメトリーによる解析において、ピコ真核植物プランクトンは細胞径が1-3 μm程度のクラスターを形成し、ピコ植物プランクトンの本来の定義にそぐわない状況がしばしば見られる。これはウルトラ植物プランクトン(ultraphytoplankton)と呼ばれることもある。