中央本線
貨物列車の運行系統は、関東地方から南松本方面と、稲沢駅から南松本方面の2つに分かれている。定期貨物列車は、東線国立駅 - 塩尻駅間、西線塩尻駅 - 名古屋駅間である。2009年3月改正までは、辰野支線塩尻駅 - 辰野駅間でも貨物列車が運行されていた。
コンテナ輸送も行われており、寒冷地の山梨県・長野県へは石油(灯油・重油・ガソリンなど)の輸送が盛んである。石油は、京葉地区や京浜地区、中京地区にある製油所から内陸の油槽所へ送られている。輸送の高速化のために、タキ1000形貨車で編成された高速貨物列車も設定されている。なお、中京地区からの石油輸送が行われている背景には、タンクローリーが中央自動車道の恵那山トンネルを通れない(延長5000m超のため、危険物積載車両通行禁止)という事情もある。
また、春日井にある製紙工場の製品を輸送する、コンテナ車を連結する専用貨物列車も稲沢駅 - 春日井駅間に設定されている。かつてはワム80000形有蓋車の運用も設定されていたが、2012年3月の有蓋車全廃に伴って廃止された。
中央線の定期貨物列車が発着する駅は、八王子駅・竜王駅・多治見駅・春日井駅である。
西線でのEF64形電気機関車によるコンテナ貨物輸送(大桑駅 - 須原駅間 2010年8月20日)
西線でのEF64形電気機関車による長野県向け石油輸送(落合川駅 - 坂下駅間 2010年8月26日)
伊奈川を渡るEF64-1003牽引の石油輸送列車(2021年4月撮影 須原駅 - 大桑駅間)
JR東日本の管轄区間である東京駅 - 塩尻駅間のラインカラーおよび駅ナンバリングの路線記号は、基本的に
総武本線から御茶ノ水駅 - 三鷹駅間に乗り入れる各駅停車が黄色(■)、
東京駅 - 大月駅間の快速がオレンジ(■)、
新宿駅と立川駅 - 塩尻駅間の中距離列車が青(■)、(初狩 - 小淵沢間のみ)
となっている。
上記の区間のうち、高尾駅 - 大月駅間では駅ナンバリングの導入に合わせて「オレンジ」と「青」の両方を表記した駅名標に概ね統一されているものの、立川駅 - 高尾駅間では青を使用した駅名標はないが、新宿駅の特急発車ホーム(9・10番線)のみ青を使用している。また、オレンジ帯のE233系が定期列車で乗り入れることのない大月以西の笹子駅、甲斐大和駅ではオレンジのみを用いた駅名標が用いられており、統一性がない状態であったが、2020年の初狩駅 - 小淵沢駅間の駅ナンバリング導入に伴い青を用いたものに交換が行われた。