原水爆禁止日本協議会
1965年2月に社会党、総評系が原水協から離脱
このため原水協内部対立が起き、1963年の大会は流会。共産党は「意見の違いにかかわらず『核廃絶・核戦争阻止・被爆者救援』の三点で統一するべきだ」と主張した。
1965年2月1日、社会党、総評系労組は原水協から離脱し、原水爆禁止日本国民会議(原水禁)を創設した。
以後、原水爆禁止世界大会も、原水協系と原水禁系の2つが別々に開催されるようになる。分裂後の日本原水協は、役員のほとんどが日本共産党員で占められるようになり、共産党の指導のもとで活動する団体となってる。
日本共産党の中ソ対立を受けた日本社会党の転換
ただしその後、日本共産党・原水協が中ソ共産党に批判的になり、中ソ核保有容認から核兵器全面禁止に主張を転換させた。その一方、社会党系の原水禁は、日本社会党が反米・親ソ・親中・親北朝鮮の傾向を強めたため、その影響により、ソ連や中華人民共和国の核に対し擁護的になっていった。
運動開始当初、原水爆禁止運動は超党派で形成され、マスコミ各社もこぞって支援する「国民的運動」だった。しかし党派間のイデオロギーと私利私欲むき出しの争いを嫌い去っていく人が多く、結局のところ政治党派による系列団体化という結果に終わったという見方もある。