大日本帝国海軍の歴史
3月27日に閉塞船4隻による第二回閉塞作戦が実施されるが、これも失敗した。4月12日夜、日本側は旅順口外に機雷を敷設、出羽重遠第三戦隊司令官が指揮する部隊(防護巡洋艦4隻、装甲巡洋艦2隻臨時補強)が囮となってロシア艦隊主力(戦艦2隻、巡洋艦3隻、駆逐艦9隻)を誘い出した。第一戦隊(戦艦6隻)が救援に到着するとロシア艦隊は反転したが、この際に戦艦ペトロパヴロフスク、戦艦ポベーダが共に触雷、ペトロパヴロフスクは砲弾と魚雷の誘爆に加えてボイラーが爆発したことにより沈没し、座乗のマカロフ中将も戦死した。5月2日の夜には閉塞船12隻を投入した第三回旅順口閉塞作戦が実施されたが失敗した。5月5日からロシア側も機雷敷設を開始し、15日に八島と初瀬が触雷沈没、同日に吉野が春日に衝突されて沈没した。その前後にも3隻が触雷沈没、2隻が事故で失われた。また、2月末頃からウラジオストク巡洋艦隊が活動を始め、3月以降は第二艦隊を対その対応に割かねばならなくなっていた。なお、沈没した八島と初瀬に代わり、建造中にアルゼンチン海軍から急遽買い取った春日型装甲巡洋艦2隻が第一艦隊第一戦隊に編入された。
結局、海上からの攻撃のみでは旅順艦隊の撃滅は無理と判断した海軍は陸軍に協力を依頼し、第3軍が旅順要塞攻略を担当することとなった。
1869年8月15日には二官六省の制が制定され、兵部省の下に海軍掛が置かれた。1871年、海軍掛は海軍部と改称される。1872年4月4日に兵部省を廃し、5日海軍省が置かれた。なお、陸軍(1878年)よりは遅れたが、1886年に参謀本部海軍部が設置され(1893年に海軍軍令部に改称)、軍政と軍令が分離されている。
海軍軍人養成機関として1869年には海軍操練所が設立され(1870年に海軍兵学寮と改称)、1870年10月26日には海軍の兵式をイギリス式とすることが決定された。1872年7月にはイギリスからアーチボルド・ルシアス・ダグラスを団長とするダグラス教官団が来日、本格的な教育が開始されている。1873年1月9日、明治天皇が兵学寮に赴き艦船整列を閲し、海軍始めと定められる。海軍兵学寮は1876年に海軍兵学校と改称された(1888年に江田島に移転)。1878年に海軍兵学校附属機関学校が設置され1881年に海軍機関学校と改称(海軍三校の一つである海軍経理学校は、後れて日露戦争後の1907年創立)、1888年には上級士官の教育機関である海軍大学校が設立された。
1871年4月6日、海軍は志願兵制を採用したが、1872年12月28日に徴兵令に制定された。