シノビノ
のちの新選組三番隊組長、御陵衛士。飄々とした振る舞いの人物。生気を感じさせず、軌道の読めない不気味な剣をふるう。龍馬の命で新選組に仲間入りし、情報工作していたほか、平助を監視していた。龍馬の計画には興味がなく、力試しのため協力していた。京都襲撃計画の際に平助、沖田総司と交戦。総司をあっさり斬り、強さを見せつけるが平助の忍びの術に敗れる。
龍馬が滅ぼした村で生き残った赤ん坊。龍馬の命によりジョンに育てられる。
江戸に出没する女郎姿の人斬り。開国派の財力のある人物を狙う。葛飾応為の命と北斎の絵を狙い、五月塾を襲撃した際に甚三郎らと交戦。
正体は女装した男性で、熊本藩士の河上彦斎。女性のような見た目を馬鹿にされ、コンプレックスにしていたが、「どうせなら女性らしく美しくなって人を斬り、外見で侮辱していた人間に屈辱を与えよう」と考えるようになる。己の快楽のみで人斬りを行う人物。発行体を塗った刀で相手の目をくらます戦法を使う。坂本龍馬に心酔している。
のちの新選組副長。好戦的な性格。近藤に心酔している。短気で、山南とはよく口喧嘩をしている。煮物料理が得意。
のちの新選組局長。試衛館の中心人物。正義感が強い。
本作の主人公。58歳→65歳→72歳。忍者の末裔。伊勢国津藩伊賀に在住し、表向きは猟師で生計を立てている。忍びの能力が必要とされない平和な江戸の世の中でも鍛錬を続けていた。ある日、江戸幕府から黒船潜入の依頼を受け、受諾。普段は居眠りや腰痛・難聴を訴えるなど年齢相応の振る舞いをしているが、それは世を忍ぶ仮の姿で、任務になると隠密としての驚異的な能力を発揮する。年齢ゆえ身体能力そのものは劣化しているが、地の利を活かすなどした戦い方で対処している。
ペリーらが画策していた江戸襲撃計画を阻止した後、黒船で知り合った藤堂平助を弟子に取り、自身の後継者として育てる。平助からは「ジンジイ」と呼ばれる。7年間の修行の後、自らの体の衰えと、平助の自立を促すため、平助に対し破門を言い渡す。再び一人になった甚三郎は井伊直弼暗殺(桜田門外の変)を企てる坂本龍馬一派と交戦した際、右手と右足を失い、闇に消える。その後は体の回復を待ちながら龍馬らの動きを監視、終盤で龍馬の暗殺を計画する。
妻のたえとは死別。息子もいたが、息子らは忍びの修行に反発し家を出て行った。
五月塾塾長。葛飾北斎の親友だった。