クロロキブス藻綱
クロロキブス属は、栄養体の体制 (サルシナ状群体) から、古くは緑藻綱クロロコックム目やクロロサルシナ目に分類されていた。その後、鞭毛細胞の構造や細胞分裂様式から、ストレプト植物 (陸上植物を含む系統群) に属すると考えられるようになり、それに続く分子系統学的研究からもその系統的位置が支持された。ストレプト植物の中では、クロロキブス属は初期の段階で分かれた系統群の1つであると考えられている。形態形質や一部の分子系統解析からは、メソスティグマ藻綱の次に分岐した藻群であることが示唆されている。しかし、多くの分子系統解析からは、クロロキブス藻綱とメソスティグマ藻綱が単系統を形成することが示唆されている。また一部の分子系統学的研究 (特に色素体DNAに基づく研究) からは、クロロキブス藻綱とメソスティグマ藻綱が緑色植物の中で最も初期 (ストレプト植物と緑藻植物の分岐前) に分岐したことが示されることもある。
上記のように、クロロキブス属は陸上植物に近縁であると考えられるようになり、狭義のシャジクモ類やコレオケーテ類、接合藻などとともに広義の車軸藻綱 (Charophyceae sensu lato) に分類されるようになった。ただしこの意味での車軸藻綱は明らかに非単系統群であり、2019年現在ではふつう複数の綱に分割される。