天正4年興福寺別当相論
その間に大乗院を中心とする学侶たちは兼深の別当の資格を否定する意見を記した申状を5月27日に提出し、それは翌日には京都に到着した。趣旨としては、門跡(大乗院と一乗院、基本摂関家出身者が門主を務める)以外の院家の院主が別当を務めるには維摩会において最も重視された竪義論義の出題を行う「探題」を務める必要があるが、兼深はまだ探題を務めておらず不適切であるというものであった。ただし、兼深もこの反論は予想していたらしく、過去の先例を上げて、探題経験は必要条件ではないと主張していた。また、興福寺においても竪義論義の論義に参加する「講師」の方が重要視されており、前回永禄7年(1564年)の維摩会において講師を務めた兼深は学侶側の主張に反発していた。6月4日には学侶たちの意向を受けた尋憲が上洛した。
ところが、6月6日になって石山本願寺を攻撃中(天王寺の戦いを参照)であった織田信長が京都に帰洛した。それを知った尋憲は信長に自分達の主張を伝えるために、信長が前年の絹衣相論の混乱をきっかけに朝廷の訴訟を管掌するために任じた四人衆と呼ばれる奉行役の公卿4名(勧修寺晴右・甘露寺経元・庭田重保・中山孝親)に書状を提出した。しかし、7日に正親町天皇の異母妹で兼深の姪にあたる聖秀女王が信長に直接会って兼深への支持を願ったことから事態が急転する。信長はその日のうちに四人衆に会って事情を確認し、更に翌8日には学侶側の人物(恐らくは尋尊)とも面会した。そして、8日のうちに信長は二条晴良に書状を送った。