黒島亀人
1942年(昭和17年)11月、第三次ソロモン海戦で、宇垣がガダルカナル島飛行場砲撃に向かう「日本軍挺身艦隊」と米艦隊が遭遇することを危惧すると、黒島は「夜になったらいつもどおり米軍は逃げる」と主張して作戦を発動した。その結果待ち構えていた米艦隊と夜間艦隊戦となり、戦艦「比叡」(第十一戦隊旗艦)が舵の故障を起こしてしまう。「比叡」を敵に捕獲されることを恐れ第十一戦隊司令官阿部弘毅中将は処分許可を山本に求めた。その自沈処分を巡って処分すべきとする山本に同意した宇垣に対し「比叡が浮いている限り輸送船団に対する攻撃を吸収する可能性がある」と黒島は反論し、最終的に山本は処分待てと命令した。
1943年(昭和18年)4月初旬、山本はい号作戦のためラバウルに行った。その際、第三艦隊長官・小沢治三郎に黒島に代わる人材の推挙を依頼していた。作戦失敗が続くに連れ、黒島は山本の信頼を失い、山本は黒島の話を聞かなくなっていったという話も伝わる。山本が大勝負を好むギャンブル好きであったことから、山本は(運を)持っている人間かどうかという観点で黒島を見ていた節がある。
4月、山本の乗機が撃墜され、山本は死亡した(海軍甲事件)。黒島はたまたま腹を下して乗り合わせなかった。小沢治三郎は山本の視察計画に不安を感じ、護衛の零式艦上戦闘機を増やすよう黒島に伝えているが、結局護衛は6機しか配備されていなかった。
6月20日、軍令部出仕。
黒島らの立案したミッドウェー作戦は十余りに分けられた艦隊、船団が別の場所から異なった時間にミッドウェー島を目指すという精緻かつ複雑な作戦であった。しかし、ミッドウェー上陸の日を1942年(昭和17年)6月7日下弦の月の月出の午前0時と固定したため、作戦の柔軟性を失った。
黒島と渡辺は、事前に制空権を獲得するため、ミッドウェー基地を攻撃する実行部隊である第一航空艦隊の長官・南雲忠一と参謀長・草鹿龍之介に批判的であった。そのため、山本五十六に南雲の交代を要望したが聞き入れられなかった。 また、第一航空艦隊には敵機動部隊撃滅も命令しており、山本は、攻撃隊の半数を待機させるように南雲に指示した。しかし、黒島は命令として書き込む必要はないとしたため、命令には加えられなかった。実行部隊からは準備が間に合わないと反対の声が大きかった。黒島は、研究会で第一航空艦隊航空参謀・源田実から、「兵力を集中できるようになるまで待ち、アメリカ艦隊撃滅に重点を置くべき」と反対された。しかし、黒島は、「連合艦隊長官は一度決めた方針に邪魔が入ることを望まれない。機動部隊の主要任務は、ミッドウェー攻略支援だ」と答えた。
ミッドウェー作戦は、真珠湾に米機動部隊が在泊していることを前提としていた。そのため、連合艦隊は、真珠湾の動静確認が重要であると考え、知敵手段として潜水艦哨戒配備と二式飛行艇での敵情偵察を行うK作戦を計画したが、失敗した。この報告を受けた連合艦隊は、計画が崩れたことに何ら対策を取らなかった。