ベアボーンキット
まず、小型パソコン全般に言えることではあるものの、コンパクトさと高い拡張性を両立させているモデルは少数派である。選択できるCPUやメモリーの範囲が一般のマザーボードより少なかったり、ハードディスクも台数の制限がある場合が多い。また、デスクトップ型でも超小型のものの場合には、ハードディスクやメモリについて小型のノートパソコン向けのものを使用する設計であることも珍しくない。その為、概して組立て前のパーツの調達段階での事前の確認が必要である。また、拡張用のカードを装着可能であっても、幅の小さいロープロファイルタイプに限定される場合がある。
また、デスクトップ向けでもスリム型や小型のベアボーンでは、電源ユニットの能力もハイパワーの物は少ない上に小型化などの都合でキットやケースに合わせて作られた専用設計品である事が多く、この場合には一般的に市販されているATX電源やSFX電源への交換ができず、全体の消費電力の合計を常に勘案しながらパーツを選択しなければならない、さらに言えば電源ユニットの性能にパーツ選択が左右され時に妥協を余儀なくされるという問題がある。この電源の給電能力がネックとなり、ハイパフォーマンスのパソコンを製作する事が現実的に見て不可能なベアボーンも多い。また、これも小型パソコンにも通じることであるが、小型のベアボーンキットにハイパワーのパーツを組み込めたとしても、今度は往々にしてオーバーヒートや放熱、冷却ファンの動作音の問題など、ケース内部の熱処理にまつわる問題が付きまとうこととなる。