MHCクラスII分子
MHCクラスI分子と同様に、MHCクラスII分子もヘテロ二量体であるが、この場合はα鎖およびβ鎖という2つの均質なペプチドから構成されており、いずれもMHCにコードされている。α1、α2などのサブドメインは、HLA遺伝子内の別個のドメインを指し、各ドメインは通常、遺伝子内の異なるエクソンによってコードされており、一部の遺伝子は、リーダー配列、膜貫通配列などをコードするさらなるドメインを持っている。これらの分子は、細胞外領域だけでなく、膜貫通配列および細胞質尾部の両方を持っている。α1鎖領域とβ1鎖領域が一体になって膜遠位ペプチド結合ドメインを形成し、鎖の残りの細胞外部分であるα2領域とβ2領域が膜近位免疫グロブリン様ドメインを形成している。抗原やペプチドが結合する抗原結合溝は、2つのαヘリックス壁とβシートから構成されている。
MHCクラスI分子の抗原結合溝は両端で閉じているのに対し、MHCクラスII分子の対応する溝は両端で開いているので、提示される抗原は長く、一般的には15〜24アミノ酸残基の間の長さである。
MHC Iとは異なり、MHC IIは細胞内ではなく、細胞外の病原体を提示するためのものである。さらに、最初のステップは、食作用によって病原体を獲得することである。その後、病原体はリソソームで分解され、所望の成分が獲得され、MHC II分子にロードされる。次に、MHC II分子が表面に移動し、ヘルパーT細胞に抗原を提示する。MHC II分子は、細胞外の病原体に対応するために他の細胞を誘導するサイトカインなどの物資を放出するヘルパーT細胞を活性化する。