1分子リアルタイムシーケンシング
2019年4月、同社は800万ZMWの新しいSMRTセルをリリースし、SMRTセルあたりの想定スループットを8倍に増加させた。2019年3月の58の早期アクセスの顧客によるレポートでは、長さが約15 kbのテンプレートでセルあたり250 GBのデータが生産され、より大きな分子のテンプレートではセルあたり67.4 GBのスループットが出たことが報告された。現在、システムパフォーマンスは、高分子量の連続したリードまたは事前に修正されたHiFi(別名CCS)のリードによって報告されており、高分子量のリードの場合、全リードの約半分は長さが50 kbを超えている。
HiFiリードのパフォーマンス測定には、繰り返し読まれたアンプリコンパスを利用して補正された、PhredスコアでQ20を超える品質の補正済み配列を利用している。アンプリコンの長さは最大で20kbに抑える必要がある。
これは、同社の第6世代のポリメラーゼと第4世代のケミストリーを表し、平均リード長をさらに延長して10,000〜15,000塩基程度になり、最長のものは40,000塩基を超えた。新しいケミストリーのスループットは、シーケンスされるサンプルに応じて、SMRTセルあたり5億から10億塩基になると予想された。このケミストリーは、RS用にリリースされたものの最終バージョンとなった。
各テクノロジーにおけるスループットは、シーケンスされたDNA分子のリード長と、SMRTセルの総マルチプレックスの両方に影響される。SMRTセルのプロトタイプでは、並列DNAシーケンスを可能にする約3000 ZMWの穴が含まれていた。商業化時には、SMRTセルはそれぞれ2組の75,000で読み取られた150,000 ZMWの穴でパターン化された。2013年4月、同社は「PacBio RS II」と呼ばれる新しいバージョンのシーケンサーをリリースした。これは、150,000 ZMWの穴をすべて同時に使用して、実験ごとのスループットを2倍にしている。2013年11月の最高スループットモードでは、P5バインディング、C3ケミストリー、BluePippinサイズ選択を使用し、PacBio RS IIにおいて、SMRTセルあたり平均3億5000万塩基を産出し、また多いときには5億塩基を含むヒトゲノムのリードを産出したことが公式から発表された。ただし、このスループットは、シーケンスされるサンプルのタイプによって異なる 。P6-C4ケミストリーの導入により、SMRTセルあたりの典型的なスループットは5億ベースから10億ベースに増加した。