胡藍の獄
多くの官僚が誅殺されたり流罪となった一方、それにかわって、朝廷は百人単位で地方官の総入れ替えを行った。また、行中書省がこの事件の直後に分割され、各省に承宣布政使司(民政)・都指揮使司(軍事)・提刑按察使司(監察)の3つの役所が設置された。12月にはさらに地方官の刷新を有効にするため、官吏の考課制度が確立している。前王朝の遺制を葬り去るとともに、その構成員も入れ替えることにより、洪武帝は新たな独自権力の構築を模索したのである。
すなわち空印の案は洪武帝側による意図的な事件であり、空印文書は表向きの理由に過ぎず、江南の南人官僚を対象に行った、一大刷新であった。旧官僚と即座に入れ替え可能な人材がすでに確保されていたことも、朝廷側による事前の計画が存在したことを物語る。数百人の人材を用意できたのは、王朝の基盤が確定したことを示しており、この洪武9年という、内外ともに安定した時期を見計らって計画的に起こされたものであろう。
またこの空印の案で洪武帝の威を借り、地方官僚の摘発に最も熱心にあたったのは、宰相(右丞相)の胡惟庸と、彼によって抜擢された御史大夫の陳寧であった。陳寧は湖南出身の酷吏で、蘇州府知府だった時、納税に遅れた農民にみせしめとして焼印を捺し、「陳烙印」と呼ばれて恐れられた冷酷無比な男である。空印案件でも残酷な取り調べを行い、さすがの洪武帝もたびたびたしなめたが、その後も改めるどころか、心配して諫めた息子の陳孟麟を鞭で叩き殺すという非情さで、人々は恐れおののいたという。
いかなる高位高官でも処刑されるという前例を示し、官僚や功臣に皇帝への絶対服従を強いたものとも言える。
洪武帝は功臣や官僚の勢力を削減して皇帝に権力を集中させる一方で、血縁者を諸王として封建し、帝室の藩屏とする方針をとった。これには反対意見も多く、諸王が明朝皇帝にとって将来的に障害になるとして葉伯巨が洪武9年(1376年)にこれを諫める上書を行ったが、この意見に激怒した洪武帝は、かえって葉伯巨の処刑を命令した。皮肉にもこの時は胡惟庸がかばい、葉伯巨を死刑から投獄に変更したが、まもなく獄中で餓死している。しかし洪武帝の死後わずか数年後に、燕王朱棣(後の永楽帝)による叛乱(靖難の変)が発生し、諸王分封の弊害は早速証明されたのである。洪武帝の後を継いだ建文帝の朝廷には、若き皇帝を支えるべき経験豊かな功臣は全く残っておらず、あえなく朱棣に敗れ去った。また、洪武帝の粛清を免れて生き残った数少ない功臣である耿炳文も、建文帝に味方したとして朱棣(永楽帝)によって粛清されることになる。
王朝設立直後の混乱も収束し、元との戦いに一段落した1375年・1376年頃になると、洪武帝は本格的に内政の整備に力を注ぐようになる。洪武8年(1375年)8月、カラコルムを拠点に明軍を苦しめていた北元の将軍ココ・テムルが病死し、モンゴル勢力が北へ後退。それまで洪武帝は華北を軍政下に置いていたが、傅友徳のみを残して他の武将を引き上げさせ、外政面ではいくらかの余裕が生じるようになった。