ロドリーゴ・ダラゴーナ
1503年アレクサンデル6世が死ぬと、敵対する人々はロドリーゴを含むボルジア家の人々をサンタンジェロ城内の監獄に収監した。ルクレツィアは息子を含む自分の家族を解放するよう手紙のやり取りや姻戚関係の伝手を使って働きかけ、成功した。彼女は幼いロドリーゴを亡くなった夫の家族に養育させるよう求めた。
ロドリーゴは父親の同母姉で同じくボルジア家の人間だったスクイッラーチェ公妃サンチャの手許で養育され、1506年に彼女が死ぬと、今度は父親の異母姉のミラノ公爵未亡人イザベッラが治めるバーリの宮廷に引き取られた。母ルクレツィアは何度もロドリーゴをフェラーラ宮廷に引き取って養育しようと動いたが、失敗に終わった。ルクレツィアは息子に頻繁にプレゼントや手紙を送り、息子が9歳になるとフェラーラ大学(英語版)から家庭教師を送ってよこした。1506年、ルクレツィアはロレートのサントゥアリオ・デッラ・サンタ・カーザで息子との面会をセッティングしようとしたが、実現しなかった。1512年8月、ロドリーゴはわずか12歳で病死した。ルクレツィアは息子の死後ようやく彼の所領ビシェーリエへの訪問を許され、息子の財産の処分と宮廷の解散を行った。さらに息子の追善供養のミサに出席し、フェラーラに戻ると、息子の冥福を祈るため1か月間サン・ベルナルディーノ修道院(イタリア語版)に参籠した。ルクレツィアがアラゴン家側から息子の遺産を受け取ったのは1518年、自身の死の1年前のことだった。