首都機能移転
移転凍結以後は、国会議員も首都機能移転についての言及を避け、それぞれの移転候補地の地元国会議員たちで結成されていた首都機能を誘致する会の議員連盟は、全て解散した。2006年(平成18年)には首都機能移転担当大臣のポストが道州制担当大臣に変更された。これは、首都機能移転から道州制への政策転換を意味する。首都機能移転の利点が薄弱となり、財政問題が顕在化した現状では、実現不可能であるとの考えが大勢を占めた。また、各移転候補地では「このまま予算を使っていては、県民に説明できない」として、首都機能移転担当課の廃止・誘致活動の停止が相次いだ。小泉政権においては目玉政策として「都市再生」が遂行されたが、容積率の緩和など規制改革によって民間投資を呼び込む手法は、むしろ東京一極集中を加速させることになった。
2011年(平成23年)3月11日に東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)が発生すると、東京都内でも「帰宅困難者」の発生や計画停電の影響から交通を初めとした首都機能が麻痺し、その影響で被災地支援に影響をきたすといった事態が発生した。そのため東京一極集中の弊害が再認識され、首都機能移転構想や遷都論が一部で見直された。かねてから大阪都構想を提唱していた、橋下徹大阪府知事(当時)など関西の知事らが首都機能の関西移転について活発に発言。同年7月1日には副首都建設を目指す超党派の「危機管理都市推進議員連盟」会長の石井一も同席して、石原慎太郎と橋下徹が会談し、東京を「首都」、大阪を「副首都」とする方針で合意したとも伝えられた。