インブリード
実際、サンデーサイレンスの血脈は日本に登場してからまだ20年程度しか経っていないが、サンデーサイレンスの2×3という馬産の常識的な概念からはやや危険と考えられるインブリードを持った馬が九州産馬などで既に何頭か現れている。その中には、サンデーサイレンスの2×3とトウショウボーイの3×3を併せ持つ血統配合の馬もいるほか、今後もサンデーサイレンスの孫世代の活躍馬の繁殖入りなどで、サンデーサイレンスのインブリードは増加するものと考えられる。
なお、平成以降の日本のサラブレッド馬産における極限の近親配合は、記録に残る限りでは血統名「リトルジャスミンの1994」のトドロキヒホウの1×2(父と母の父が同じ馬)というものがあるが、これは種付け時の手違いによって起きてしまったもので、生産者の意図によるものではなかったとされている。
近年ではステイゴールド産駒のマイネルレオーネが危険で極端なインブリード競走馬として認知度が高い。ゴールデンサッシュ,サッカーボーイ2×2(50%)という、古くはコロネーションに迫るインブリード率となっている。マイネルレオーネは障害オープンの最軽量勝利記録と、中山競馬場大障害コースの日本馬最軽量出走記録を達成している。
サラブレッドは父が同じでも兄弟という扱いはされないが、ここでは説明の便宜上兄弟とする。
フライングフォックス(ガロピン3×2、ヴィデット4×3×5、ストックウェル5×5、母内にヴォルテール5×5) - 英国クラシック三冠(2000ギニー、ダービー、セントレジャー)、エクリプスSなど。仏リーディングサイアー3回
ハイタイム(ドミノ(1891)3×3×2。半兄弟同士の配合で生まれたアルティマスにさらに父の半妹を交配) - 米リーディングサイアー
コロナティオン(トウルビヨン2×2、テディ4×4) - 凱旋門賞
ニットウチドリ(マーマハル4×5、ブランドフォード5×5、テディ5×5、ファロス=フェアウェイ5×5、父内にゲインズバラ5×5×5、フライアーズドーター5×5、母内にブレニム5×5、母の父内にウガンダ5×5) - 桜花賞、ビクトリアカップ
ノーザンテースト(レディアンジェラ3×2) - 種牡馬として日本で通算10回のリーディングサイアーと大成功
ゴールデンリボー(モンスーン(1941)=スコール(1946)3×2、フェアウェイ=ファロス4×5) - 南関東三冠(羽田盃、東京ダービー、東京王冠賞) チユウオキヤプテン(ゴールデンリボーの全兄) - 大井記念、金盃
カザンウンリユウ(アングロアラブ。トモスベビー3×3、方景5×4×3×5、バラツケー5×4) - アラブダービー、全日本アラブ争覇。
ダイシンフブキ(ナスルーラ=リヴァーズ3×3×4、ネアルコ4×5×4×5、ノガーラ5×5×5) - 朝日杯3歳ステークス
オオヒエイ(アングロアラブ。スカレー2×2、方景5×5×5、ライジングフレーム5×5) - 全日本アラブ大賞典など
「劣性で有利な遺伝子」のホモ化以外の意義として、集団内で「劣性で不利な遺伝子」の割合を下げる方向に働くことや、インブリードされている数世代前の名馬の遺伝パターンの再現(ホモ化ではなく複数の遺伝子の関連を考える)などと色々理由を考えることは可能であるものの、いずれも説得力は弱い。
奇跡の血量と呼ばれる値については科学的根拠はない。そもそも18.75%というのは、単に「その祖先と、2親等より少なく3親等より多くの遺伝子を共有している」ことしか意味しない(そのうち0.78125%が重複しているので、実際の共有率は18%弱である。また祖先と同じ遺伝子が発現する率は4.88%強である)。論理的には、有利な劣性遺伝子が不利な劣性遺伝子より多いことはありえず、どの遺伝子を継承するか自然交配では選ぶことができない以上、不利な遺伝子の発現を避けるために遺伝子の重複度は極力低くなる方が望ましい(イヌで純血種より雑種の方が一般に平均寿命が長いのもこのためである)。
上記の様にインブリードは強い馬作りには効果的であるとされる反面、極端な近親交配を避ける観点から、繁殖馬とした時に交配可能な相手が限られるという問題もある。そのため、特定の血統が繁栄しすぎると、その血筋を濃く受けている繁殖馬、特に種牡馬にとっては、交配可能な相手が限定され、また似た様な血統構成を持つ数多くの種牡馬との競合にもさらされ、かえって活躍の場が狭まるという事態が起きる。
古くは「18世紀の三大名馬」の一頭に数えられるハイフライヤーや、20世紀初頭のセントサイモンに知られ、現在ではノーザンダンサー系の種牡馬にもその兆候が懸念されている。日本国内で供用された近年の種牡馬では、ノーザンダンサーの2×4を持つラムタラがノーザンダンサーの血が欧米以上に溢れ返ると言われる日本では近親交配の問題で相手が限定され、活躍できずに終わっており、その最典型として挙げられる事が多い(他方、この種牡馬については血統面以外でもサンデーサイレンス産駒の活躍による相対的なスピード能力の不足などの指摘もされている)。