在来線
並行在来線とは、整備新幹線区間に並行する形で運行する在来線鉄道のことである。
整備新幹線については、1990年(平成2年)12月24日の「整備新幹線着工等についての政府・与党申合せ」により、「建設着工する区間の並行在来線は、開業時にJRの経営から分離することを認可前に確認すること」が合意された。さらに、1996年(平成8年)12月25日の「整備新幹線の取扱いについて 政府与党合意」 において、建設着工する区間の並行在来線については、従来どおり、開業時にJRの経営から分離することとする。具体的なJRからの経営分離区間については、当該区間に関する工事実施計画の認可前に、沿線地方公共団体及びJRの同意を得て確定する。」とされた。よって、整備新幹線の開業により在来線特急等の運行が終了し、採算が見込めない路線をJRが新幹線と共に経営することによる負担増加を避けるため、JRが収益を見込めると判断した区間など(後述)以外に関しては経営分離ができるとされ、第三セクターの運営に委ねられている。なお、一部区間(信越本線 横川 - 軽井沢)では廃線となっている。
JR各社の負担軽減を理由として実施される並行在来線の経営分離は、JR時代に比べ運賃の大幅な上昇となる場合がある。「整備新幹線の建設」と「並行在来線の経営分離」が抱き合わせになったことで、整備新幹線沿線自治体を中心に並行在来線の経営が政治問題化している。JRと第三セクター区間を乗り継ぐ場合、区間によっては割引運賃が適用されている。