ポケットモンスター ルビー・サファイア
アートディレクターを担当する杉森建は過去作のポケモンが好きなユーザーが多く存在することも踏まえて過去作のポケモンを一部だけ登場させたとしているが、その一方で新規ポケモンをもう少し追加させたかったとも述べている。また、杉森は今作では過去作で実現できなかった公式イラストやテレビアニメの絵に近しい繊細な表現が可能となったとした上で、ポケモンらしくない複雑な色や形にならないようにすることを意識している。
本作の舞台となるホウエン地方は日本の九州地方がモデルとなっている。増田は両親が九州出身であり、幼少期は夏になるとよく九州に赴いて釣りをしたり昆虫を捕獲したりして遊んでいた。増田はこうした幼少期の楽しい思い出を詰め込みたいとの思いから九州をホウエン地方のモデルとした。また、ホウエンは漢字で表すと「豊縁」であり、増田はホウエン地方を「ポケモンと人、人と人の縁が豊かな場所」であると表現している。
本作では、ポケモンの鳴き声を環境音として流す手法がシリーズで初めて採用された。この時点では、プレイヤーの現在地のエンカウントテーブルを参照し、ポケモン図鑑用に用意された鳴き声を流すという仕組みだったことから、ポケモン1種類につき1つの鳴き声しか流せないうえ、情緒に欠けていたという課題が残った。
ポケモンシリーズにおいて、ポケモンが覚えられる技の数は4つ、トレーナーが所持できるポケモンの数は6体となっているが、本作の開発段階ではこれらの数の増減が検討されていた。しかし、最終的には変えることのできない絶妙なバランスであると判断され、数は据え置きとなった。