JR福知山線脱線事故
防護無線装置が補助回路及び蓄電池からの電源供給が断たれた場合においても、自動的に別電源に切り替わる装置の設置を義務化。 ただし、防護無線装置であり、非常発報装置などは対象になっていない。 東京メトロ副都心線など、運転台設置とは別に蓄電池内蔵の可搬型防護発報装置を併用することも省令基準に適合する。
JR西日本が絡んだ重大な列車事故として、1991年(平成3年)5月に発生した信楽高原鐵道での同社線内列車とJR西日本からの直通列車との正面衝突事故がある。JR西日本は信号システムを信楽高原鐵道に全く連絡せずに改変するなどの行為があったが、結局、刑事告訴はされなかった。しかし、その後、遺族側が事故原因を究明するため、1993年10月にJR西日本と信楽高原鐵道を被告とする民事裁判を提訴、1999年の大津地方裁判所判決で両社の過失が認定された。しかしJR西日本は過失責任を否定して控訴。2002年の大阪高等裁判所判決も同社の過失を認定、同社は上告を断念して判決が確定した。さらに、JR西日本が補償費用の肩代わり分として約25億円の支払いを信楽高原鐡道や県、市に求めた訴訟の判決で、大阪地方裁判所は2011年4月27日、JR西日本に3割の責任があると認定した。先の事故を起こした体質に対する反省や教訓が生かされぬまま、安全を軽視し、再び当該事故を招くことになったとの指摘がある。
また、事故列車にJRの運転士(非番)が2人乗車していたが、運転区長の業務優先や執行役員・大阪支社長の講演会への出席の指示により救助活動を行わなかったため批判された。鉄道事故調査報告書 p.29に、乗り合わせた職員(非番)と職場との遣り取りが記載されている。
ほか、JR西日本管内のATSで制限速度の設定を誤っていた箇所が多数確認された。
安全についての配慮は、当時のJR西日本資料において「安全」の記載が1箇所しかなく、軽視されていたとの指摘がされている。
運転士が疾病等により運転ができなくなった場合に、自動的に列車を停止させる装置(EB装置またはデッドマン装置)の設置を義務化。 ただし、保安装置などにより、安全が確保されている路線や同一乗務員室に2人以上の運転士が乗務する車両は、設置を除外。
被害があまりにも甚大だったため、経営陣の引責辞任は不可避であると見られていたが、後継人事は難航した。結局、2006年(平成18年)2月1日付で南谷昌二郎会長と垣内剛社長は退任し、事故後就任した山崎正夫副社長が社長に昇格、外部の住友電工から会長として倉内憲孝を迎えることになった。なお、国鉄民営化の立役者としてJR西日本への影響力が強かった井手正敬相談役もその職を辞した。なおその後井手は交通道徳協会などの道徳を説く旧国鉄系団体の役員に就任している(現在は退任)。
2009年(平成21年)7月8日、神戸地方検察庁は当時の安全担当役員だった山崎社長を業務上過失致死傷罪で在宅起訴した。これを受けて山崎社長は辞任し、後任として佐々木隆之副会長が社長に就任することとなった。
2009年(平成21年)7月23日、JR西日本は山崎前社長の在宅起訴を受け、同社長のほか事故当時の会長であった南谷昌二郎、社長であった垣内剛両顧問のほか、幹部ら29人の処分(報酬減額など)を発表した。