長講堂
その後、元の場所に長講堂は戻されるが、土御門東洞院殿内の施設も引き続き別院として用いられた。
当寺は、貞応元年(1222年)、文永10年(1273年)、建治3年(1277年)にも火災で焼失しているが、文永の火災後に後深草上皇の命により、土御門油小路に移転する。更に土御門東洞院殿の施設も光厳天皇以後、同殿が里内裏として固定化されたため、応永8年(1401年)の火災に伴う再建の際に室町幕府第3代将軍足利義満の意向で土御門東洞院殿に内裏施設を再現するために長講堂に代替地を与えて立ち退かせた。
持明院統に継承された長講堂領は一時は約200か所にのぼり、応永年間(1394年 - 1428年)にもなお112か所にのぼる荘園を保持していたが、応仁の乱の後に急速に不知行に至った。
天正16年(1588年)の豊臣秀吉による京都改造の際に現在地に移転している。現在の建物の多くは元治元年(1864年)7月の禁門の変によって引き起こされたどんどん焼けで焼失後、再建されたものである。