新潟交通電車線
また、白山前 - 東関屋間で県道(旧電車通り・はくさん通り。かつての国道8・116号で、現在の新潟県道16号新潟亀田内野線 - 新潟市道 - 新潟県道164号白山停車場女池線にあたる)を走行する軌道区間周辺の住民からは、列車の振動や騒音による公害や、狭隘な道路を走行するため自動車の通行障害が慢性的に発生することがかねてから指摘され、廃止を要求されていた。
そのためまず軌道線区間の、白山前 - 東関屋間が1992年(平成4年)3月19日限りで廃止された。この際に「レール&バスシステム」と称して東関屋駅と新潟駅万代口・南口を結ぶ列車接続を考慮した連絡バスを運行し、電車線各駅や新潟駅前、古町のバス案内所で乗継割引料金を設定した乗車券を発売する形がとられた。
次に、特に利用者が少なかった月潟 - 燕間も翌1993年(平成5年)7月31日限りで廃止され、他の鉄道路線と接続しない「孤立路線」となった。
残る東関屋 - 月潟間は沿線の道幅が狭隘で、バスでの代替が難しいと判断されたことから存続したものの、利用者減少は食い止められず、新潟交通自体の経営状況が一層悪化したことから、ついに鉄道事業からの撤退を決定。沿線市町村は存続を求めたものの、新潟県が支援を断ったため存続を断念。1999年(平成11年)4月4日の営業をもって66年の歴史に幕を下ろした。
平日朝夕などの混雑時は最大3両、休日と日中は1 - 2両での運転で、白山前 - 燕間の全区間通し列車が概ね1時間に1本、利用率が高かった白山前 - 白根間、燕 - 六分間に区間列車が多数設定されていた。また、夕方ラッシュ時に近隣にある新潟県立黒埼高等学校(現 新潟県立新潟翠江高等学校)の生徒通学用に白山前 - 木場間に1往復、早朝・夜間に白山前 - 六分間に1往復(六分駅で夜間停泊し、翌日の白山前方面初列車となる)の区間列車が設定され、白山前 - 白根間、燕 - 六分間はラッシュ時20分、日中30 - 45分間隔とそれなりの頻度で運行されていた。このほか車両基地が東関屋駅、車両留置線が燕駅にあったため、早朝に東関屋始発の燕行き、また早朝と夜間を中心に東関屋 - 白山前に出入庫を兼ねた回送列車が数本設定され、運用の関係で東関屋駅や燕駅で車両交換を行うこともあった。乗客への利便性向上のため、ほぼすべての上り白山前行き列車が東関屋駅で新潟交通バスの新潟市中心部方面、燕行き下り列車が終点の燕駅で弥彦線とそれぞれ接続を取るダイヤが組まれていた。夜間停泊は車庫のある東関屋駅で行われたほか、白根駅、六分駅、燕駅の各駅でも行われていた。