三輪山
三輪山には磐座が3か所あり、下方のものが辺津磐座(へついわくら)、半ほどのものが中津磐座(なかついわくら)、頂上付近のものが奥津磐座(おきついわくら)と呼ばれている。三輪山の頂上付近はかなり広い平地であり、そのうち高宮神社の東方の広場(東西約30m、南北10m)にたくさんある高さ約2mの岩が奥津磐座である。現在山中で見学できるのはこの奥津磐座だけである。奥津磐座や、中津磐座には巨石群の周囲を広く環状に石を据えた形跡があり、「日本書紀」巻二の天孫降臨に際しての高皇産霊尊の神勅に「天津神籬および天津磐境を起こしたて」とある磐境にあてる考えもある。大神神社の主祭神は大物主大神であるが、ほかに配神として大己貴神と少彦名神がいる。これらの祭神と山中の磐座の関係について、嘉禄2年(1226年)に出された「大三輪鎮座次第」の社伝には「奥津磐座は大物主大神、中津磐座は大己貴神、辺津磐座は少彦名神」とある。また以上の磐座のほかにもそのほかにも山ノ神(やまのかみ)岩陰祭祀遺跡、大神神社拝殿裏の禁足地遺跡、狭井神社西方の新境内地遺跡などの祭祀遺跡がある。
大物主大神を祀る大神神社(大和国一宮、奈良県桜井市)が三輪山の西麓にある。大神神社は三輪山を神体山として扱っており、山を神体として信仰の対象とするため、本殿がない形態となっている。こうした形態は、自然そのものを崇拝するという特徴を持つ古神道の流れに大神神社が属していることを示すとともに、神社がかなり古い時代から存在したことをほのめかしている。
『古事記』『日本書紀』にも三輪山伝説として大物主神の伝説が記載されており、三輪山が神の鎮座する山(神奈備)とされている。延喜式神名帳には式内大社の大神大物主神社として載せられていて、別名は三輪神社であり、三輪氏の氏神であった。鎌倉時代に入ってからは慶円がこの三輪神社を拡大し、本地垂迹説によって三輪明神と改め、別当寺として三輪山平等寺を建立した。この三輪明神は徳川将軍家などに篤く信仰された。その後明治維新を迎え、1871年(明治4年)に神社が奈良県にあてた口上書には、「神ノ山とは三輪山を指す」という記述があり、大神神社の神体山として三輪山が正式に記録された最初の記録とされる。