ぷよぷよ〜ん
相手が2ターンの間(組ぷよを2組落とすまでの間)、ぷよを高速落下できなくなる。
以下、キャラクターの声優と特技についてはDC・N64・PS版を基準に説明する。カーバンクルとドッペルゲンガーアルルは隠しキャラクターとなっている。本作の新キャラクターのうち、チコは本作で初登場のオリジナルキャラクター、アーちゃんはPC-98版『大魔導戦略物語』より登場。ドッペルゲンガーアルルについてはMSX2版『魔導物語1-2-3』などの時点で同様のモンスターが存在したが、本作では独立した設定を持っている。
DC版以外では特技で消した1連鎖目についてはスコアやSPが加算されない(おじゃまぷよの発生に影響しない)。このため、特技による倍率ボーナスがかかる場合は2連鎖目から適用される。また、N64版ではDC・PS版とは全消し時の仕様が異なり、特技で2連鎖以上して全消ししてもその回の全消しボーナスに倍率が適用されず、次回全消しボーナスを消化する際に特技を使って2連鎖以上を起こした場合に倍率ボーナスが適用される。
特技の効果の及ぶ「おじゃまぷよ」には固ぷよと得点ぷよも含まれる。
GBC版はゲームボーイにおいては初代『ぷよぷよ』以来となる漫才デモが復活したタイトルとなった。これは、GB版『ぽけっとぷよぷよ通』には敵キャラクターの紹介文や漫才デモの概念がなく、『ぽけっとぷよぷよSUN』では漫才デモの代わりにアーケード版『ぷよぷよ通』のような敵キャラクターの紹介文となっていたためである。
GBC版の漫才デモはシナリオライターが変更されており、ストーリーの大筋こそ同じではあるが道中のシナリオが新規に作り直されている。また、キャラクターの登場順が一部入れ替えられ、他機種とは違い仲間が加わらずアルルが常に単独で行動している。この他にも、パノッティがサーカスの団員に変更されていたり、チコがお祭り会場で占いの店を開いているなど、一部キャラクターの設定・描写が他機種とは異なっている(詳しくは、魔導物語及びぷよぷよシリーズの登場人物を参照)。さらに、ドッペルゲンガーアルルは、他機種では動機などが明かされないまま消滅したが、GBC版ではカーバンクルを始めとしたアルルの全てを奪い、アルルに成り代わろうとしているという設定が追加されている。ラストの展開も異なり、勝負に負けた後はアルルに諭され和解した。
キャラクターはそれぞれ、自分のフィールドに特殊な効果をもたらす「特技」を使うことができる。特技の効果はキャラクターによって異なり、それぞれのキャラクターで固有のものとなっている。
特技を使うための「SP」は画面の中央に数値とキャラクターの顔アイコンの数で示されており、自分側の顔アイコンが1つ以上(SPが1以上)ある時、組ぷよ(自分のフィールド内で移動中のぷよ)を操作中に特技発動ボタンを押すと、操作していた組ぷよがフィールド上から消滅して特技が発動する。特技を1回使うごとに顔アイコンが1つ消えてSPが1つ消費され、顔アイコンが無い時(SPが1未満の時)やアイコンが点滅していない時は特技を使用できない。試合開始時のSPは1.00(1回分)貯まっているが、ぷよを消していくことでゲージが増加し、最大で3.00(3回分)まで貯めることができる。ぷよを消した時のSPの貯まり具合はそれぞれのキャラクターの特技によって異なるほか、1試合中に特技を1回使う度に貯まる量の割合が徐々に減少していく。
声 - 引田有美 特技:お掃除大作戦 おじゃまぷよを全て消去する。 N64版のみ、この特技で起こした連鎖は攻撃力が1.25倍になる。