教派神道
1872年(明治5年)3月教部省を設け、4月には神官と僧侶に教導職を任じる。教導職は14階級あり、三条教則を宣布した。教部省は1880年に廃止されることになる。神官教導職は、当初は4月29日に東西二部制になり、東部管長は伊勢神宮祭主の近衛忠房、西部管長は出雲大社の大宮司の千家尊福で、どちらに属すかは信仰の自由としたため伊勢派と出雲派の勢力争いの様相を呈した。翌年1月30日に二部制を廃し神道として一括したが、のちに千家尊福、久我建通、稲葉正邦の3部制となり、さらに伊勢神宮の大宮司の田中頼庸を加えて4部制となったその同日には、黒住派と神道修成派が教派神道として特立することを経て、区分制は廃止となった。
1873年(明治6年)5月に、教部省は講社認可の基準である教会大意を制定し、8月には、黒住、後の禊教である吐菩加美(とほかみ)、御岳、のちの枎桑教である富士一山のほか仏教系の講社も認可された。
明治新政府の宗教行政では、神仏合同の大教宣布と教導職を成すため、1868年(明治元年)頃、神仏分離令が出され、廃仏毀釈が起こり、同年、祭政一致の制度を復活する。その宣教機関として1872年(明治5年)に大教院が設置されるが、1875年(明治8年)に解散。その代わりに神道側は同年、神道事務局を設け、そこに元来ばらばらに存在した民衆信仰的な宗教を所属させ、信者数など一定の条件を満たした教派を「独立教派」として公認した。これが教派神道の始まりである。
1876年(明治9年)の神道黒住派 (黒住教)・神道修成派に始まり、1886年(明治19年)には神道事務局が自ら「神道本局」(後に「神道大教」に改名)という一教派へと組織改編したり、1899年(明治32年)には「神宮教」が「神宮奉斎会」となって教派から離脱したりしつつ、1908年(明治41年)の天理教まで、計13派(離脱した「神宮教」も含めれば計14派)が出揃った。