マプト議定書
ニジェールでは、2006年6月、議会が条約の批准に反対して投票を行い、賛成42、反対31、棄権4であった。このイスラム教徒の国では、議定書によって禁止または廃止されるいくつかの伝統は一般的である。2009年2月、ナイジェリアのイスラム教徒の女性グループはニアメに集まり、彼女らが「悪魔的なマプト議定書」と呼ぶ、少女の結婚年齢の制限と中絶を好ましくないものとして特定することに抗議した。
一方、ジブチでは、ジブチ政府と正義なくして平和なし(英語版) (NPWJ) による呼び掛けで、女性器切除に関する準地域会議が開催され、この場で女性の性器切除に関するジブチ宣言が採択された後、2005年2月に議定書が批准された。この文書は、コーランは女性の性器切除を支持しておらず、反対に女性の性器切除の実施はイスラム教の教義に反すると宣言している。事実、女性器切除の風習はイスラム教の教義によるものではなく分布も一致しないばかりか、エチオピアはキリスト教信者が多数を占めるキリスト教国であるが、女性器切除の風習が根強い地域でもある。