大量絶滅
この推論に疑問を呈する意見もあるが、いずれも覆すまでには至っていない。疑問の証拠として、恐竜について言えば、絶滅のはるか以前から種の数(個体数ではない)が急速に減少したとされていて、隕石のみに絶滅原因を求めると理由が説明できないことが挙げられていたが、現在では種の数の急速な減少を示す証拠はない。またチクシュルーブ・クレーターはK-Pg境界線よりもかなり深く(つまり古い時代に)入り込んでおり、隕石が落下した後も恐竜は相当期間にわたって生きていたのではないかという説さえある。
もう1つの疑問として「なぜ鳥類、哺乳類や爬虫類、両生類は絶滅を免れたのか」というものがある。
現在は隕石説を中心に大規模火山活動などによる地球の内面的な要因が複合的に重なったとする説が主張されている。
2010年、ピーター・シュルツ博士(ドイツのエアランゲン大学教授)をリーダーとした12ヶ国の地質学、古生物学、地球物理学、惑星科学などの専門家40数人からなるチームは、白亜紀-古第三紀境界堆積物から得られた様々なデータ(層序学、微古生物学、岩石学、地球化学)をもとに、衝突説および火山説についてその妥当性を検討した結果、チクシュルーブ・クレーターを形成した隕石の衝突が白亜紀-古第三紀境界における大量絶滅の主要因であると結論づけた。
なお、約6550万年前の小惑星衝突より、遡ること5000万年前から恐竜はすでに絶滅へ向かっていたという新説が注目されている。英国のレディング大学とブリストル大学の研究者は、「絶滅の決定的な原因は隕石の衝突」としながらも、「衝突が起きなかったとしても恐竜は進化の活力を失っていた」としている。