ゴンゾ
1999年5月、株式会社に組織変更。2000年2月にボストン・コンサルティング・グループ出身で、株式会社ディジメーション代表取締役の石川真一郎を迎えて持株会社「株式会社ゴンゾ・ディジメーション・ホールディング」を設立。ゴンゾとディジメーションを完全子会社とし、経営の基盤を整える。GDHグループを形成し、ゴンゾ(GONZO)は単独の社名としてだけでなく、グループ全体のブランド名にもなった。
2002年4月、ゴンゾとディジメーションを合併し「株式会社ゴンゾ・ディジメーション」に商号変更。2004年7月に「株式会社ゴンゾ」に再び商号変更。併せて「株式会社ゴンゾ・ディジメーション・ホールディング」を「株式会社GDH」へ商号変更した。同年11月、GDHは東京証券取引所・マザーズ市場に上場を果たした。
2000年からテレビアニメの制作にも乗り出し、2005年に放送されたテレビアニメ『BLACK CAT』はマニア向けの作品の印象が強かったゴンゾにとって初の少年漫画誌『週刊少年ジャンプ』連載の漫画を原作とする作品であった。
2006年には初の劇場作品『銀色の髪のアギト』を公開した。ゴンゾは創立当初から世界進出を目標に掲げ、実写映画を手がけることも視野に入れ活動を行っていた。またこの年は創立15周年にあたり、記念作品『マルドゥック・スクランブル』を制作していたが制作中止となった。同じ15周年記念作品である『アフロサムライ』は米国で2010年4月時点で約40万枚のセールスを達成し、続編やゲームソフトウェアも制作された。
株式会社ゴンゾ(英: GONZO K.K.)は、アニメーションの企画、プロデュース、アニメーションの販売及び輸出入などを主な事業とする日本の企業。日本動画協会正会員。
会社組織としては1992年に設立された有限会社ゴンゾを汲むものと、2000年に設立された株式会社GDHの流れを汲むものがある。前者は2009年4月に親会社である株式会社GDHと合併し、組織上は解散したが、GDHがゴンゾを吸収合併した後、GDHをゴンゾに社名変更することで、ブランドとしてのゴンゾを維持している。