廃藩置県
筑前国 : 福岡県、秋月県
筑後国 : 久留米県、柳川県、三池県
肥前国・壱岐国 : 唐津県、鹿島県、小城県、蓮池県、佐賀県、平戸県、福江県、大村県、島原県、長崎県
対馬国 : 厳原県
肥後国 : 人吉県、熊本県、
豊前国 : 豊津県、千束県、中津県
豊後国 : 日出県、府内県、佐伯県、臼杵県、岡県、森県、日田県、杵築県
日向国 : 延岡県、高鍋県、佐土原県、飫肥県
薩摩国 ・ 大隅国 : 鹿児島県
近江国 : 宮川県、彦根県、山上県、朝日山県、西大路県、水口県、膳所県、大津県
山城国 : 京都府、淀県
丹波国 : 亀岡県、園部県、綾部県、山家県、福知山県、篠山県、柏原県
丹後国 : 舞鶴県、宮津県、峰山県、久美浜県
但馬国 : 生野県、出石県、豊岡県、村岡県
河内国 : 丹南県
和泉国 : 堺県、伯太県、岸和田県、吉見県
摂津国 : 高槻県、麻田県、大阪府、兵庫県、尼崎県、三田県
播磨国 : 姫路県、明石県、小野県、三草県、龍野県、林田県、赤穂県、安志県、山崎県、三日月県
大和国 : 柳生県、郡山県、小泉県、柳本県、芝村県、田原本県、高取県、櫛羅県、奈良県、五條県
紀伊国 : 和歌山県、田辺県、新宮県
伊勢国 : 長島県、桑名県、菰野県、亀山県、神戸県、津県、久居県、度会県
志摩国 : 鳥羽県
また軍隊は各藩から派遣された藩兵で構成されており、統率性を欠いた。そして各藩と薩長新政府との対立、新政府内での対立が続いていた。戊辰戦争の結果、諸藩の債務は平均で年間収入の3倍程度に達していた。財政事情が悪化したため、また統一国家を目指すために、自ら政府に廃藩を願い出る藩も出ていた(鳥取藩主池田慶徳、名古屋藩主徳川慶勝、熊本藩主細川護久、盛岡藩主南部利恭など)。
明治3年12月19日(1871年2月8日)、大蔵大輔・大隈重信が「全国一致之政体」の施行を求める建議を太政官に提案して認められた。これは新国家建設のためには「海陸警備ノ制」(軍事)・「教令率育ノ道」(教育)・「審理刑罰ノ法」(司法)・「理財会計ノ方」(財政)の4つの確立の必要性を唱え、その実現には府藩県三治制の非効率さを指摘して府・藩・県の機構を同一のものにする「三治一致」を目指すものとした。3つの形態に分かれた機構を共通にしようとすれば既に中央政府から派遣された官吏によって統治される形式が採られていた「府」・「県」とは違い、知藩事と藩士によって治められた「藩」の異質性・自主性が「三治一致」の最大の障害となることは明らかであった。
薩摩藩、長州藩においては膨れ上がった軍事費が深刻な問題となっており、これに土佐藩を加えた三藩から新政府直属の親兵を差し出すことで問題を回避するとともに、中央集権化が図られた。
なお、寺社もまた藩と同様に農民に年貢を課す領地を持っていたが、廃藩置県に先立つ明治4年1月5日の上知令により境内を除いて国に没収された。
明治11年(1878年)1月11日 - 静岡県のうち伊豆諸島(東京府)
明治14年(1881年)2月7日 - 滋賀県のうち若狭国・越前国(福井県)
明治20年(1887年)5月25日 - 福島県のうち越後国東蒲原郡(新潟県)
明治26年(1893年)4月1日 - 神奈川県のうち武蔵国南多摩郡・北多摩郡・西多摩郡(東京府)