金融検査マニュアル
その後、金融検査マニュアルを財務体質のぜい弱な中小・零細企業にも機械的・画一的に適用し、債務者区分を厳しく評価した結果、中小・零細企業の経営に支障が出ているとの批判が出たことから、平成14年(2002年)6月、別冊として「中小企業融資編」が策定された。
平成14年12月、同年4月に発生した富士銀行・第一勧業銀行・日本興業銀行によるみずほ銀行設立時のシステムトラブルを踏まえて、「システム統合リスク管理態勢の確認検査用チェックリストについて」が制定された。
平成15年(2003年)7月、メガバンクなどを中心に金融持株会社化が進んだことから、新たに「金融持株会社に係る検査マニュアル」が定められた。
平成19年(2007年)2月、バーゼルII(新BIS規制)と平成11年の策定以来の状況変化に対応させるため、「預金等受入金融機関に係る検査マニュアル」が全面改訂された。
平成21年(2009年)12月、中小企業金融円滑化法の施行に伴い、「預金等受入金融機関に係る検査マニュアル」に、金融円滑化編が追加された。
平成23年(2011年)3月、東北地方太平洋沖地震の発生に伴い、被災地の債務者の実態把握が困難な事態が生じたことなどから、「東北地方太平洋沖地震による災害についての金融検査マニュアルの特例措置及び運用の明確化について」が発出された。
森信親元金融庁長官は、マニュアルに過度に依存した上からの一方的な検査体制を見直し、金融機関との対話を重視する方向に舵を切り、当マニュアルの重要性は急激に下がっていった。
令和元年(2019年)12月、当マニュアルは廃止された。