自己免疫
高レベルの自己免疫は健康に有害であるが、低レベルの自己免疫は実際に有益な場合がある。自己免疫には有益な因子があるという経験をさらに突き進めると、自己免疫が哺乳類がいつまでも生き残るための自己防衛機構であることを証明するという意図で、仮説を立てることができるかもしれない。システムが無作為に自己と非自己を区別する能力を失ったわけではなく、自己の細胞への攻撃は、血液化学を恒常的に維持するために必要な代謝プロセスが循環した結果かもしれない。第二に、自己免疫は、外来抗原の利用可能性が免疫応答を制限している感染の初期段階で(すなわち、病原体がほとんど存在しない場合)、迅速な免疫応答を可能にする役割を果たしているかもしれない。Stefanovaらの研究(2002年)では、1種類のMHCクラスII分子(H-2)を発現するマウスに抗MHCクラスII抗体を注射し、CD4T細胞とMHCの相互作用を一時的に阻害した。抗MHC抗体投与から36時間後、これらのマウスから回収したナイーブCD4T細胞(非自己抗原に遭遇したことのない細胞)は、ZAP70(英語版)リン酸化、増殖、およびインターロイキン-2産生によって決定されるように、ハトシトクロムcペプチド抗原に対する応答性の低下を示した。このように、Stefanovaらは(2002年)、外来抗原が存在しない場合でも、自己MHCの認識(強すぎる場合、自己免疫疾患の原因となりうる)がCD4T細胞の応答性を支持することを実証した。
自己免疫疾患の発症にはヒトの性別も何らかの役割を果たしている可能性を示す証拠があり、ほとんどの自己免疫疾患は性関連である(表を参照)。男性が女性と同じかそれ以上に発症しやすい自己免疫疾患には、強直性脊椎炎、1型糖尿病、多発血管炎性肉芽腫症、クローン病、原発性硬化性胆管炎、乾癬などがある。
自己免疫における性別役割の理由はさまざまである。一般に、女性は男性に比べて、免疫系を誘発したときに大きな炎症反応を起こし、自己免疫のリスクが高まる。性ステロイドの関与は、多くの自己免疫疾患が、たとえば妊娠中、月経周期中、経口避妊薬の使用時など、ホルモンの変化に応じて変動する傾向があることで示される。また、妊娠歴があると、自己免疫疾患のリスクが持続的に高まるようである。妊娠中に母親と子供の間でわずかであるが直接に細胞交換されることで、自己免疫が誘発されることが示唆されている。これは、ジェンダーバランスを女性の方向に傾けることになる。
別の理論では、女性が自己免疫疾患になりやすいのは、不均衡なX染色体不活性化によるものであることを示唆している。プリンストン大学の Jeff Stewart によって提案されたX染色体不活化の偏り理論は、最近(2008年)、強皮症や自己免疫性甲状腺炎で実験的に確認されている。他にも複雑なX連鎖遺伝的感受性機構が提案され、研究が進められている。