アルジェリア内戦
イスラム武装集団は様々な新たな掃討作戦に反対する様々な泡沫集団への分割によってバラバラにされた。
大統領選挙ののち、アブデルアジズ・ブーテフリカ新大統領は、1999年に新しい法律でほとんどの反乱軍に恩赦を与えた。これで反乱軍の意欲はの大半は「改悛し」(と呼ばれる)、反乱軍兵士らは通常の生活に戻った。政府の効果的な勝利により、暴力はあらかた減少した。イスラム武装集団の固有の残党は翌年には捕捉され、2002年までには実質的には消滅した。
1998年にカビリ(英語版)で形成されたイスラム武装集団の残党は「説教と戦闘の為のサラフィー主義者集団」(GSPC)と呼ばれ、恩赦を拒否している。 この集団は民間人に対する無差別殺戮により社会から乖離していたが、戦闘員からなる軍を標的とした古典的な「イスラム武装運動・イスラム救国軍の戦略」に回帰した。 2003年10月に彼らはアル=カイーダ支援を表明した。 そして、2006年にはアイマン・アッ=ザワヒリが両方の集団の間の連帯を「祝福した("blessed union" )」翌2007年にはこの集団は名称を「イスラーム・マグリブ諸国のアル=カーイダ機構(w:Al-Qaeda in the Islamic Maghreb)」と変更し、活動を継続している。