海野平の戦い
この時は村上氏が援軍として出陣し、武田信虎は平賀周辺に火を放っただけで退散している(この戦いが村上義清の初陣とされる)。大永2年(1522年)にも大井城を攻めるが、村上氏の援軍により敗北している。
天文4年(1535年)9月、武田信虎と諏訪頼満は和睦すると、両者の間では同盟が結ばれる。信虎はさらに駿河国の今川氏や、扇谷上杉氏・山内上杉氏との同盟を成立させた。『甲陽軍鑑』によれば、武田氏は翌天文5年11月には佐久郡海ノ口城を攻略する(海ノ口城の戦い)。天文8年(1539年)には武田家臣・飯富虎昌が佐久に侵攻し、村上義清と戦っている。
天文9年(1540年)は、2月に村上軍が甲斐に侵攻、4月には武田方の板垣信方が佐久に侵攻するなど、武田氏と村上氏の激しい攻防が繰り広げられたが、結果として村上氏方が押し切られ、佐久郡は実質的に武田氏に制圧される。
武田氏の勢力は大きく後退し、佐久郡は山内上杉氏、小県郡は村上義清が支配することになる。諏訪頼重は独断で山内上杉氏との和睦を結び、領地の割譲を行った。天文10年6月に家督を継承した晴信は、翌天文11年(1542年)6月に諏訪氏との同盟を破棄し諏訪郡へ侵攻、諏訪氏を滅ぼした。諏訪頼重が山内上杉氏と領地分割を含む和睦を独断で行ったことを、晴信が盟約違反と捉えたためと考えられている。晴信はさらに信濃侵攻を進め、佐久郡を奪還。天文17年(1548年)には小県郡へ侵攻し、村上氏と上田原の戦い、砥石崩れなど直接干戈を交えることになる。また、山内上杉氏とも敵対関係に入る。
上野へ逃れた滋野一族のうち、海野棟綱はその後消息不明となり、平安より続く名族滋野三家の海野氏は事実上滅亡した。
真田幸綱は信虎追放後に禰津氏の紹介により武田晴信に出仕し家臣となる。幸綱は山内上杉氏や村上氏との戦いで活躍し、村上領となっていた本領の真田郷を奪還している(異説あり)。