尾花高夫
同年10月24日に巨人の一軍投手総合コーチへの就任が正式発表され、背番号はホークス時代と同じ「87」に決まった。
2006年から2009年まで務め、継投や投手運営など、投手部門の責任者であった。就任前年はリーグ最下位の4.80であったチーム防御率を、就任1年目の2006年には3.65、2007年は3.58、2008年は3.37と年々改善することに成功。2009年は「チーム防御率を2点台にする」と公約しその言葉通り、球団として19年ぶりとなるチーム防御率2点台の2.94とした。なお、2009年からは登録名を「高」に異体字を使用した「尾花 髙夫」とした。
2007年から2009年のリーグ3連覇にも大きく貢献し、2009年オフには一軍投手コーチとして計4球団に在籍してレギュラーシーズン最高勝率9回、日本一4回に貢献した手腕が評価され、横浜ベイスターズに監督就任を要請される。巨人とのコーチ契約が次のシーズンまで残っていたが、横浜と巨人の球団間交渉を経て、2009年11月11日に横浜監督の就任が発表された。3年契約。PL学園高校出身者としては初のNPB一軍監督就任となる。コーチはヘッドコーチに島田誠、投手コーチの岡本克道、内野守備走塁コーチに馬場敏史を招聘した。
1955年以来球団55年ぶりの95敗を喫するなど、最下位に終わった。更にチーム防御率は12球団最下位、チーム打率は2年連続12球団最下位と低迷した。