長い末端反復
LTRはRNA中間体に一部転写された後、相補的DNA(cDNA)に逆転写され、最終的にdsDNA(二本鎖DNA)へとフルLTRとして転写される。LTRはLTR特異的インテグラーゼを通じて、レトロウイルスの宿主染色体の別領域への組み込みを媒介する。初めてのLTR配列は1977年および1980年のA.P. CzernilofskyとJ. Shineに由来する。
ヒト免疫不全ウイルス(HIV)などのレトロウイルスはこの基本機構を用いている。
HIV-1(英語版)のLTRは長さが634 bpで、他のレトロウイルスLTRと同様にU3、R、U5領域に分節化されている。U3およびU5領域は転写因子サイトとLTR活性およびウイルス遺伝子発現への影響に従ってさらに分けられる。逆転写の多段プロセスの結果として、二つのそれぞれU3、R、U5領域からなる同一LTRがプロウイルスDNAの両端に存在する。LTRの端はプロウイルスの宿主ゲノムへの組み込みに関与する。ひとたびプロウイルスが組込まれると、5′端のLTRはレトロウイルスゲノム全体のプロモーターとして働き、一方で3′端のLTRは発生初期ウイルスRNAのポリアデニル化を助け、またHIV-1、HIV-2、SIVでは補助タンパク質Nef(英語版)をコードしている。
遺伝子発現に必要なシグナルの全て、すなわちエンハンサー、プロモーター(転写エンハンサーと調節エレメントの両方を持つ場合もある)、転写開始(たとえばキャッピング)、転写終結子、ポリアデニル化シグナルがLTRの内に見られる。
HIV-1では、5' UTR領域は機能的および構造的違いからいくつかのサブ領域に分類されている。