コミックマーケットが抱える問題
なお、コミケ参加者の帰宅時間帯への配慮かは不明ではあるが、後にTCKは年末開催を「プチトゥインクル競走」と銘打ってナイター競走・薄暮競走の時間帯に開催するようになり、年末開催の薄暮競走ではメインレースを16時30分頃、最終レースを18時前に設定する(つまり、最終レース終了まで観戦した場合、無料送迎バスが最寄りの大井町駅に到着するのが18時20分頃になる)など、競馬観戦客の帰宅のピークを分散させると同時に、コミケ参加者の帰宅時間帯のピークと重ならないタイムスケジュールが組まれるようになっている。
2002年(平成14年)冬のC63では、漫才イベント『M-1グランプリ』の決勝戦・敗者復活戦が東京ビッグサイトからほど近いパナソニックセンター有明スタジオで開催され、28日に設営、29日昼から夜に生放送、29日深夜から翌30日早朝にかけて撤収が実施されるスケジュールが組まれていた。このことから、大会の観覧者や出演芸能人のファンによる入り待ち・出待ちやコミケット側における東京ビッグサイト周辺の徹夜組の存在も絡めて混乱の発生が懸念されたものの杞憂に終わった。翌2003年冬のC65でも『M-1』最終決戦とコミケット期間は重なった。なお、2004年は『M-1』の開催日が数日繰り上げられコミケとの日程重複はなくなり、翌2005年からは主催者と会場の契約の兼ね合いから大会自体の会場変更が行われていたが、『M-1』は2010年に終了した(2015年に復活)。『M-1』の後継である『THE MANZAI』については、当初から決勝戦開催日とコミケの開催日は重複していない。
西日本最大の展示場であるインテックス大阪の場合だと、アクセスできる公共交通機関がOsaka Metro南港ポートタウン線のみ、2022年に新第1展示館の供用が開始されたポートメッセなごやは名古屋臨海高速鉄道あおなみ線しかアクセスできる公共交通機関がなく、人を捌ききれないため、事実上開催が不可能である。
なお2020年東京オリンピック・パラリンピックへの対応として、東京ビッグサイトに東新展示棟と西ホール付近の拡張棟(南展示棟)、東京テレポート駅付近の仮設展示場(青海展示棟)が新設され、2016年のC91より東新展示棟が使用されている。また、2019年のC96・97については、東展示棟でオリンピック関連の一部占用が始まるため、西展示棟・南展示棟(以上サークル)・青海展示棟(企業ブース)で行われた。オリンピック・パラリンピック開催終了に開催されたC99以後は、ホールの規模が拡大したことにより、会期が2日間に短縮された。
数十万人単位の参加者の誘導と会場警備には多くのボランティアが参加しているが、それ以上に年々参加者が増加しており、主催者も抜本的な混雑緩和策をめぐり苦慮を重ねている。コミックマーケットの一参加者でもある斎藤環は2005年9月30日の インターネット放送『マル激トーク・オン・ディマンド』 の番組内でコミックマーケット68の開場後の場内の様子を紹介し、参加者が膨大であるにもかかわらず、運営がほぼ混乱なく整然と行われているイベントであるとしている。
コミックマーケットは同人作品の発表・頒布の場であるが、現実を見る限りでは既存の著作物を利用しての二次創作によるものがかなりの割合を占め、その内容も非常に多岐に渡る。また人気作品では二次創作の作品数・出展サークル数は膨大になり、特に個別の作品が単体ジャンルとして成立しジャンルコードが割り振られるほどの規模にもなれば、作品数・内容の両面において各著作権者が自力で二次創作の全容を完全に把握することは現実的に見て不可能である。
また、販売される量についても、同人側の作者の知名度や人気にもよるが、コミケットで同人作品を大規模・大量に製造・販売することによって同人活動の費用はもとより自身やスタッフの生活費やスタジオの運営費用までをも職業的に稼ぎ出す者たちが近年では多数現れるほどの経済規模となっているなど、同人自体が肥大化を続けた結果として事実上の業界化を遂げており、コミケットはこのような職業的な同人サークルも一同に集うイベントとなっている実態がある。
一部の人気作家は、コミケットだけで1作で数万部単位の二次創作作品を製造・販売し、その後同人ショップに流通させる者もいる。同人活動の定義として「手渡しでの販売」が原則であるが、こうなるともはや商業活動との境はないに等しい状況となっている。
コミックマーケットは先に記載の通り多種多様な同人活動の愛好家の交流の場でもあり、社会上のルールや法律、倫理に触れない限り、表現する同人活動・作家を重んじる活動を行っている。しかし児童ポルノ規制が行われるようになった2000年初頭頃から、青少年の健全育成を目的として著作物・創作物の(主に性的表現に対する)表現規制が主張されるようになった。
2006年現在、東京都の方針に対してコミックマーケット運営側からは具体的な声明や方針は出されていない。しかし表現規制そのものがコミックマーケットの理念と相反するため、自らコミケスタッフでありかかわりの深い弁護士である山口貴士はコミケカタログに「児童ポルノ規制が同人界に悪影響を及ぼす」との声明を出したりコミケ会場で東京都青少年の健全な育成に関する条例の改正案(特に『非実在青少年』の規制案)に反対する署名が集められている。また、現状でも限られた会場の制約や犯罪・テロ対策などから徐々にではあるがコミックマーケットの規制は増やされている。
また、警察庁に関しては2006年4月にバーチャル社会のもたらす弊害から子どもを守る研究会が設置され、同年12月公表の最終報告でも同人誌や同人ソフトが倫理審査を受けていないことに対する問題提起がなされており、この点に関しては拡大準備集会で主催者側から今後の動向を注視する趣旨の見解が示されている。