クロノジェネシス
初戦はドバイシーマクラシックに出走。道中は中団を進むと、最後の直線で先に抜け出したラヴズオンリーユーを捕らえ先頭に出たものの、ゴール直前で外からミシュリフに差されてクビ差の2着に終わった。5月12日、フランスギャロから他の日本馬5頭と共に凱旋門賞へ登録したことが発表された。
続く宝塚記念ではデビューから手綱を取る北村が落馬により重傷を負ったため、クリストフ・ルメールへと乗り替わる。有馬記念に続いてファン投票1位に選出され、単勝人気も無敗で大阪杯を制した6連勝中のレイパパレを抑え1.8倍の1番人気に支持される。 レースでは好スタートから好位につけ、直線では逃げ粘るレイパパレとユニコーンライオンを残り200mからのスパートで交わし突き放して2着ユニコーンライオンに2馬身半差の完勝。2014年第55回宝塚記念にて達成されたゴールドシップ以来史上2頭目の宝塚記念連覇、スピードシンボリとグラスワンダーに次ぐ史上3頭目、牝馬では初のグランプリ3連覇を達成した。
宝塚記念制覇によってかねてから声が上がっていた凱旋門賞出走について、正式に凱旋門賞に参戦すると発表した。
2016年3月6日に北海道安平町のノーザンファームで誕生。一口馬主法人「サンデーサラブレッドクラブ」より総額1,400万円(1口35万円×40口)で募集され、ノーザンファーム早来の野崎孝仁厩舎で育成された。育成中のクロノジェネシスについて野崎厩舎長は「育成時の印象としては、そこまで目立った馬ではありませんでした。それだけにレースであれだけの切れがあるのは驚きでした」と述べている。