芙蓉部隊
進駐軍は岩川を使用することはなく、海軍に強制立ち退きさせられていた地権者たちは月野村長の尽力により他村に移住していたが、ようやく戻ってくることができて、新たな集落が形成され平穏な生活が戻った。海軍が買い取っていた土地については国有地となり、競馬場を造るという計画もあったが最終的には耕作を希望する農家に農地や宅地として払い下げられ、発電所や通信室があった地下壕などの一部破却を免れた施設で往年が偲ばれるだけになった。
美濃部は戦後に、戦没者遺族対策や農業など職を転々としたのち、旧海軍の伝手を頼って航空自衛隊に入隊、空将まで昇進後退官し、日本電装学園学園長を61歳となる1976年まで勤めた。その後、美濃部が終戦時に「10年後に集まろう」と呼びかけた岩川基地跡地に、1977年になって戦死した隊員を慰霊する「芙蓉之塔」が建立され、除幕式と記念式典が開催された。参加者は指揮官の美濃部、副官の徳倉ら元隊員38名と遺族21名の他に、山中貞則衆議院議員、大隅町長以下役職員、海上自衛隊鹿屋基地司令他自衛隊員、建設業者関係者、農業協同組合関係者など各界から246名で、上空に自衛隊機が飛来するなど盛大なものとなった。
芙蓉部隊の練成基地であった「藤枝基地」は「静浜基地」と改名され、航空自衛隊の初級操縦教育を行っている。1980年基地内に、元芙蓉部隊隊員一同により芙蓉部隊記念碑が建立された(1996年に黒御影石にて再建)。芙蓉の名は今も第11飛行教育団第2飛行教育隊のコールサイン「FUYO」として受け継がれている。
昼間の飛行場秘匿に加えて、夜間の灯火管制にも細心の注意を払い、離着陸を誘導する係員には指向性カンテラを持たせて離着陸機を誘導したが、味方を識別するため、あらかじめ飛行高度と進入方向を定めておき、それ以外の高度や方向からはカンテラの光が見えないように工夫した。そのため、少しでも進路がずれると着陸灯を見失い、被弾してどうにか帰投してきた作戦機が飛行場周辺の地面に激突して少なくはない数の機体と搭乗員を失っている。
付近の住民も協力的で、滑走路のカモフラージュ作業を積極的に手伝っている。付近住民とのふれあいで芙蓉部隊隊員を一番喜ばせたのが末吉高等女学校の女学生との交流であり、手作りの日の丸の鉢巻きのプレゼントを受けたりしている。ただし、芙蓉部隊が広く近隣住民と接触していたということはなく、飛行場に隣接する農耕地で引き続き農業を営んでいた地元農民のなかには芙蓉部隊のことを知らず、戦後しばらく経ってからも、岩川基地から深夜に出撃していた芙蓉部隊機を特攻機と誤認していたものもあった。
芙蓉部隊が岩川に移ったころには、アメリカ軍の爆撃機や戦闘機は我が物顔で南九州の日本軍飛行場、市街地、住宅などを攻撃していたが、岩川基地の秘匿に腐心していた美濃部は、多数の戦闘機を擁しながら敵機の迎撃を禁じていた。それまでの苦い経験により、美濃部は基地隠匿に関しては一切の妥協を排しており、1945年8月6日にアメリカ軍戦闘機が岩川の市街地を襲撃し、岩川駅や覚照寺を機銃掃射し市民に多数の死傷者が生じたが、その時も美濃部は戦闘機搭乗員の迎撃出撃の懇願を却下し、1か所あたり12門の九六式二十五粍高角機銃が設置された防空陣地2か所合計24門 には、超低空で飛行してくる敵機にすら絶対に発砲するなと命令していた。
この決定に基づき、美濃部はトラック基地で零戦5機を受領し部隊訓練を始めたが、2月17日のトラック島空襲により機材が失われて計画は頓挫した。
所属機を失った美濃部は、窮状を上官の第二六航空戦隊司令長官酒巻宗孝中将に訴えたところ、酒巻は美濃部に理解を示し、航空機補充のため日本本土に帰国する手配をしてくれた。美濃部は戦後に記述した自伝などで、日本海軍上層部を痛罵しているが、酒巻を始め、この後も多くの上官が美濃部の主張を聞き入れ、美濃部は海軍からさまざまな支援を受けている。1944年(昭和19年)2月末に、日本に帰国した美濃部が軍令部に零戦の補給を要望しに行った際、水上機部隊に零戦を補給することは認められなかったが、軍令部航空部員源田実中佐は美濃部の考えを支持し、代わりに零戦の新しい飛行隊を編成して、美濃部がその飛行隊長になれと言って取り計らってくれた。美濃部によれば、その時源田中佐に「航空機の生産が低下し、しかも陸上機パイロットの激減により、もっぱら迎撃に終始し、進攻兵力がすくなくなった。しかし、水上パイロットは、なおも人材豊富である。その夜間技量と零戦を併用すれば、敵中深く侵入して攻撃が可能である」と進言、夜襲飛行隊として艦隊所属の夜間戦闘機隊が編成されたのは、それ以降の事であるという。
主に第3214設営隊が作業を行ったが、ほかにも松山海軍航空隊から応援に駆けつけた海軍飛行予科練習生や、地元の住民も勤労奉仕として手伝っている。この滑走路秘匿のカモフラージュについても、美濃部の独創などと言われることもあるが、陸軍は、1944年10月から開始されたフィリピンの戦いで、第4航空軍指揮下のマリキナ飛行場において、飛行場の守備兵が雑草を刈り集めて滑走路一面に敷きつめるという擬装を岩川基地に先駆けて行っていた。マリキナ飛行場の場合は岩川基地よりも手が込んでいて、雑草が4~5時間で変色してしまうため、毎日新しい雑草を刈り集めていた。そのおかげでマリキナ飛行場は、いつも青々とした野原のように見えていたという。また、日本本土の他の「秘匿飛行場」でも同様な滑走路秘匿のカモフラージュは行われており、岩手県奥州市水沢に造成された陸軍航空隊の「秘匿飛行場」である小山飛行場においても、滑走路を秘匿するため、移動式の家屋や鉢植えなどが滑走路に置かれるなど、岩川と同じようなカモフラージュが行われている。
美濃部は作業に際して隊長の中森技術大尉とはよく会話を交わしたが、隊長以外の下士官以下の設営隊員と会話を交わすことは全くなく、のちに、設営隊員は内地人ではなかったのではないか、などと回想し、設営隊員は朝鮮半島から徴用された土工であり、酷使されていたという推測もあるが、第3214設営隊組織図では、小隊長まで日本人で構成されており、同隊戦時日誌によれば、軽症の病気は数名あったが、重病やケガで受療を要した隊員は1名もおらず、衛生状態は良好であったとされており酷使されていたとは言い難い。
※作戦損失は地上で撃破された機数を含む
芙蓉部隊の主力戦力であった彗星は、沖縄戦の特攻で零戦につぐ機数が投入されたが、それでも日本海軍各航空隊の合計で140機の損失であったのに対し、上表の通り、芙蓉部隊は単独の航空隊で、作戦内外で大量の機体を喪失しながら、指揮官の美濃部自身も自認していたように、航空本部に異例なほどに厚遇されて機体の補充は順調であり、なおかつ、補充の機体も、第11海軍航空廠で生産された新型の夜間戦闘機型彗星一二型戊や、重武装重装甲の零戦52型丙型を優先的に補充されたうえ、332空で全く故障もせずにB-29を撃墜破する戦果を上げ活躍していた彗星一二型戊を、7機全機取り上げて芙蓉部隊に配備するなど、特攻戦力の枯渇で練習機白菊まで投入した第五航空艦隊の他の航空隊と比較すると 非常に恵まれた状況であった。また、芙蓉部隊は航空本部からは夜間戦闘機隊という認識で、彗星については優先的に高速性能に優れる水冷型彗星を配備されていたが、帝都防衛のために彗星を夜間戦闘機として使用していた第302空は6機~9機の稼働機数しか配備されていないなど、他の彗星夜間戦闘機を運用している航空隊と比較しても配備機数や補充機数は非常に多かった。
我が戦力が分散していたので、戦果も挙がらなかったが、損害も少なかった
兵力の分散配備を改め、第1戦法必成上2段配備の必要があると認めて、兵力の配備基準を定める
鹿屋への空襲激化やこの度の敵機動部隊の九州接近を鑑みて、第五航空艦隊は5月13日付で以下の兵力の配置換えを命じた。
昼間索敵隊 彩雲は鹿屋と松山 紫電は鹿屋
夜間哨戒機 飛行艇は詫間 陸攻は大部と美保と一部鹿屋
夜間攻撃隊 銀河と四式重爆撃機飛龍(海軍指揮下で運用)は美保と大分又は大村
夜間戦闘機隊(芙蓉部隊を含む) 岩川または志布志
その他 従前通り
この兵力配置換え検討以前から、岩川基地は特攻機用の秘匿基地として整備工事が進んでいたが、芙蓉部隊が使用することとなった。美濃部はこの命令が出る前の5月9日に、小川次雄大尉と岩川海軍航空基地の下見をしており、いずれにしても、美濃部は5月中旬に第五航空艦隊司令部の命令通り、芙蓉部隊を鹿屋から約27kmに離れた岩川に移動させている。
岩川に移動した芙蓉部隊に、5月15日付けの辞令で、美濃部の海軍兵学校で2期後輩にあたる座光寺一好少佐が着任することとなったが、美濃部の待遇については発令がなかったので、この異動の意図を訝しんだ美濃部は、第五航空艦隊司令部に辞令の意図を確認した。第五航空艦隊司令部からは「君はマラリアで弱っているから、しばらく休め」という答えが返ってきたため、美濃部は病気を理由に自分を外し芙蓉部隊で特攻を推進させる気ではと疑った。