ウイルス潜伏
プロウイルスとエピソームの両方の潜伏は、継続的な感染とウイルス遺伝子の忠実度 (英: fidelity, フィディリティー) を保つために必要となることがある。潜伏は一般に、主に潜伏期に発現するウイルス遺伝子によって維持される。これらの潜伏関連遺伝子の発現は、ウイルスゲノムが細胞リボザイムによって消化されたり、免疫系によって発見されたりするのを防ぐように機能することがある。特定のウイルス遺伝子産物 (ノンコーディングRNAやタンパク質などのRNA転写物) もアポトーシスを阻害するか、細胞の増殖および分裂を誘発して、感染した細胞の複製をより多く生成できるようにする。
このような遺伝子産物の例は、単純ヘルペスウイルスの潜伏関連転写物(英語版) (英: latency associated transcripts、LAT) があり、主要組織適合遺伝子複合体 (MHC) を含む多数の宿主因子を下方制御し、アポトーシス経路を阻害することによってアポトーシスを妨害する。
特定のタイプの潜伏期間は、内在性レトロウイルスに起因すると考えられている。これらのウイルスは、遠い過去にヒトゲノムに組み込まれ、現在は生殖によって感染している。一般に、これらのタイプのウイルスは高度に進化し、多くの遺伝子産物の発現を失っている。これらのウイルスによって発現されるタンパク質の一部は、宿主細胞と共進化して、正常なプロセスで重要な役割を果たしている。
エピソーム潜伏(英: episomal latency)とは、潜伏期に遺伝子エピソーム(英語版)を使用することを指す。この潜伏型では、ウイルス遺伝子は安定化され、細胞質または核内に線状構造またはラリアット構造の別個の物体として浮遊している。エピソーム潜伏は、プロウイルス潜伏よりもリボザイムや宿主外来遺伝子の分解に対して脆弱である (下記参照)。
一例として、ヘルペスウイルス科のヘルペスウイルスは、いずれも潜伏感染を確立する。ヘルペスウイルスには、水痘ウイルスおよび単純ヘルペスウイルス (HSV-1, HSV-2) が含まれ、これらはすべて、神経細胞においてエピソーム潜伏を確立し、線状遺伝物質を細胞質中に浮遊させる。ガンマヘルペスウイルス亜科は、エプスタイン・バール・ウイルスの場合のB細胞など、免疫系の細胞で確立されたエピソーム潜伏と関連している。エプスタイン・バール・ウイルスの溶菌再活性化 (これは化学療法または放射線が原因である可能性がある) は、ゲノム不安定性および癌(がん)を引き起こす可能性がある。