1639年
1月20日 - ムスタファ1世、オスマン帝国第15代スルタン(* 1592年)
4月2日(寛永16年2月29日) - 大久保忠教、戦国武将、『三河物語』著者(* 1560年)
5月21日 - トマソ・カンパネッラ、イタリアの聖職者、哲学者(* 1568年)
6月1日 - メルキオル・フランク、作曲家(* 1579年頃)
7月4日 - ペトロ・カスイ・岐部、日本人キリスト教徒、イエズス会司祭(* 1587年)
7月18日 - ベルンハルト・フォン・ザクセン=ヴァイマル、軍人(* 1604年)
8月4日 - フアン・ルイス・デ・アラルコン、劇作家(* 1581年?)
8月7日 - マルティン・ヴァン・デン・ホーヴ(Martin van den Hove)、天文学者、数学者(* 1605年)
10月28日 - ステファーノ・ランディ(Stefano Landi)、作曲家(* 1587年)
11月3日 - マルティン・デ・ポレス、ドミニコ会士(* 1579年)