日本における死刑
組織的な犯罪の処罰及び犯罪収益の規制等に関する法律(組織的犯罪処罰法) 組織的な殺人罪(3条、刑法199条)
人質による強要行為等の処罰に関する法律(人質強要行為処罰法) 人質殺害罪(4条)
航空機の強取等の処罰に関する法律(ハイジャック防止法) 航空機強取等致死(2条)
航空の危険を生じさせる行為等の処罰に関する法律(航空危険行為等処罰法) 航空機墜落等致死(2条3項)
海賊行為の処罰及び海賊行為への対処に関する法律(海賊対処法) 以下の海賊行為で人を死亡させた場合(4条) 船舶強取・運行支配(2条1号) 船舶内の財物強取等(2条2号) 船舶内にある者の略取(2条3号) 人質強要(2条4号)
爆発物取締罰則 爆発物使用(1条)
日本国憲法施行後に、日本国内での内戦、日本に対する侵略・介入の軍事力行使は発生していないので、内乱罪、外患罪は適用されたことがない。
日本の刑事裁判では一般的に三審制であるが、このように死刑に関しては判決が確定した後、法務大臣が死刑執行命令に署名する前段階で、さらに法務省刑事局検事による裁判記録の審査がおこなわれ、健康状態に問題があったり、また冤罪の可能性があるなど執行に障害のある死刑囚が排除されていくため、死刑案件については事実上の四審制であると表現 されることもある。
通常、死刑該当犯罪の場合、その裁判資料は膨大なものであるから審査には相当の時間がかかる。特に、刑の執行を停止しなければならない件、非常上告の有無の件、再審の件、恩赦に相当するかどうかの件は慎重に確認される。また、この間に死刑確定者が妊娠した場合や、精神に異常をきたした場合は、書類は刑事局に戻される。
審査の結果、死刑執行に問題がないと判断され、刑事局付検事によって作成された死刑執行起案書は刑事局、矯正局、保護局の決裁を受け、これらの決裁の確認の後「死刑執行命令書」として法務省大臣官房へ送られる。
死刑執行命令書は官房長の決裁を経て、法務大臣の下へ届く。本来であれば法務事務次官の決裁が必要だが、法務大臣と法務省の事務方代表である法務事務次官の決裁が食い違っては、政治的問題になるので、法務事務次官の決裁は、法務大臣の決裁を経た案件だけに行われる。
刑事訴訟法第478条により死刑の執行に立ち会った検察事務官は執行始末書を作成し、検察官と執行施設の長又はその代理者とともにこれに押印・署名し、事件に関することそのものが全て終結する。死亡診断書の死因欄には「刑死」と記載される。この際、ボタン室に入った刑務官は、執行終了後数日間の特別休暇を与えられ実家に帰省するケースもある。
執行後、午前11時頃に法務大臣が記者会見を行い、死刑を執行した旨と執行された死刑囚の名前を公表する。
なお、マスコミでの報道における呼称は、受刑者は刑務所を出所した時点で大概は「さん」に変わるのに対し、処刑された死刑囚の場合は「さん」ではなく「元死刑囚」になることが多い。ただし、再審請求中に病死した場合など呼称の変更が速やかに行われない場合もある。
死刑確定者の遺体は、あらかじめ決めてあった引き受け先と24時間以内に連絡が取れれば遺体は納棺された上、引き取って葬儀をすることが可能であるが、実際に引き取られた死刑確定者の遺体は少ない。遺族が遺体を引き取っても死刑囚の葬儀を拒否される場合もあり、たとえば附属池田小事件の死刑囚である宅間守は獄中結婚した妻が引き取ったが、最終的には信者ではなかった大阪市内のキリスト教の教会で行われた。
祭壇には供え物の生菓子や果物が置いており、首席矯正処遇官(教育担当)から最後の飲食を勧められる。また、拘置所によっては喫煙が認められる。拘置所長が死刑確定者に最後に言い残したいことはないか尋ねる。遺言があれば教誨室で遺言を残すことができ、希望があれば遺書を書くこともできるが、時間は限られており、実際は前もって用意しておくことが多い。
一通り終わると死刑確定者は執行室へ連行される。宗教教誨師が仏教系の場合、執行までの間、読経が行われるという。死刑執行の基本的事項については絞罪器械図式(明治6年太政官布告第65号)による。刑務官らは目隠しと、腕の拘束(手錠)、足の拘束を迅速に行い、執行室に連行されると、踏み板(踏み板にはビニールテープと思われる大小2つの赤い枠が囲ってある)の上に立たされ、首にロープがかけられ(ロープの頚に当たる部分は革で覆われている)、長さを調節する。
執行責任者の合図により、ボタン室で待機する3人(拘置所によっては5人)の刑務官により同時に3つ(5人体制の場合は5つ)のボタンが一斉に押されると床板が開き、死刑確定者は執行室の下へ落下する。ボタンの一斉の操作は、誰のボタンにより操作が行われたか分からないようにする目的で行われるものである。なお、ボタンの故障あるいは配線不良等で操作できなかった場合に備え、別途、床板を操作できる非常用のハンドルがある。2018年に執行された麻原彰晃こと松本智津夫の場合で、出房から執行までは20分程度だったという。
内閣総理大臣であった吉田茂も第2次吉田内閣発足時に1ヶ月法務総裁(後の法務大臣)を兼務していたが、1947年10月に官房長が死刑執行命令書に決裁を求めたところ、チラッと目を通しただけで「これは専任大臣ができてからにしてくれ」と署名を拒否している。
また自己の信念で、死刑執行を拒否した法務大臣もいる。たとえば戦後の1964年と1968年および1990年から1992年までは死刑執行が行われなかった。そのうち1964年は、賀屋興宣(在任1963年7月 - 1964年7月)が元A級戦犯であり、収容されていた巣鴨プリズンにおいて元首相の東條英機らA級戦犯7名が絞首刑に処されるのを見送ったうえに、最期の叫びも聞いたため心情的にできなかった。後者の1968年は、赤間文三が「勘弁してくれ。今度、俺にお迎えがきたらどうする」などと発言して署名を拒否した。
1990年代初期のモラトリアム(死刑執行一時停止)は、長谷川信から梶山静六、左藤恵、田原隆と、歴代の法務大臣に引き継がれていた。