松本零士999 〜Story of Galaxy Express 999〜
その名の通り、 宇宙に5人しかいないと言われる天才科学者。彼らが打倒機械帝国目的で生みだした超兵器が、物語の重要な要素となる。
Dr.バン、トチロー、足立博士、雨森博士、真田博士の5人。
声:肝付兼太
999号の車掌。停車駅をアナウンスする。ゲームでは車掌を操作してタイタンで行方不明となった鉄郎とメーテルを探しに奔走することになるほか、原作にないシーンとしてキャプテンハーロックに救援を依頼するシーンなどがある。
声:緒方賢一
アナライザーと同じデザインだが、色はダークグレー。分離機能があったが、AI部分のユニット0だけとなっていた。
身体を取り戻した後、ヤッタランに誘われてアルカディア号に乗船する。酒と美女が好き。
声は『宇宙戦艦ヤマトシリーズ』でアナライザーを担当していた緒方が担当。『ハーロック』アニメ版にもアナライザーそっくりのロボットでロペット・ワーワーが登場しており、ワーワーも緒方が担当していた。
明日の星に到着した鉄郎たちは、この星で999号のパスなどを盗まれてしまう。鉄郎とメーテルはやむなくこの星のアパートに下宿することを余儀なくされ、鉄郎はここで「おいどん」こと大山昇太と出会う。鉄郎は昇太の部屋に居候をしながら、999の発車時間までにパスを盗んだ者を探すこととなった。
声:池田昌子
鉄郎に銀河鉄道のパスを渡し、999に乗る条件として自分も一緒に連れて行くように頼む。明日の星では、住民に自分達の存在を知られないために、星野芽衣子という偽名を使って鉄郎の姉に扮した。
第九章ではメーテルを操作して時間城の内部を探索し、ニセハーロックのところへ行くイベントがある。
声:柴田秀勝
鉄郎親子を襲った機械化人。デザインは劇場版に準じている。
原作と違い物語冒頭で鉄郎に殺されず、劇場版の時間城とも違い館惑星という場所に住んでいる。また、宇宙海賊となったガミラス人の生き残り「ネオガミラス」とは協力関係にある。
声:藤田淑子
「迷いの星」とも呼ばれる冥王星の墓守を務める機械化人。自分よりも美しい女性の存在を認めようとせずメーテルを襲い、さらには自分のそばにいて欲しいとの思いから鉄郎を襲う。
美しい女性だったという設定は原作・アニメに準じているが、本作ではミス冥王星だったという設定などが追加されたほか、永遠の美を求めた結果Dr.バンに宇宙一美しい機械の体を依頼しており、バンが自分のことを嫌って依頼を断ったのだと誤解していた。また原作・アニメでは鉄郎がシャドウによって危機的状況となりメーテルに助けられる、という展開だが、ゲームではメーテルの危機を鉄郎が救うという展開となっている。
声:平田広明
「ワルキューレの空間騎行」に登場した詩人。いつか宇宙で名を馳せたいと願って、ギター一本で渡り歩いている。プライドが高く、自分の容姿から乞食扱いされると激怒するが、自分を認めてくれた相手には誠意を尽くす漢気も持っている。
原作・アニメでは鉄郎をかばって負傷・死亡するが本作ではイベント結果次第でドクター・ゼロの治療により生存し、治療を受けているアルカディア号で鉄郎と再会する展開も用意されている。終章をクリアした際に流れるエンディングの映像では、ギターを演奏するプライダーの姿が映される。
「アンドロメダの雪女」で登場した女性の機械化人。ラーメンを食べたがっている。
本作では冥王星にラーメンを伝えた大名人・山田太朗の娘という設定で登場。冥王星の開拓者たちのために体が温まるラーメンの研究を続ける父・太朗から、作ったラーメンを毎日食べさせられていたことでラーメンが嫌いになってしまう。ついには太朗にひどいことを言ってしまい、謝れなかったことを後悔していた。
台詞はあるがボイスはない(TV版の声優は増山江威子)。