雪印集団食中毒事件
その後、雪印グループの製品が全品撤去に至るなど、親会社の不祥事とは言え、グループ会社全体の経営が悪化する。そして2001年から2002年(平成14年)にかけてBSE問題が表面化。これによって追い打ちをかけられたグループ会社の雪印食品は、雪印牛肉偽装事件(雪印乳業本体ではなく、子会社不監督)を発生させた。この事件によって信用失墜は決定的になり、グループの解体・再編を余儀なくされる結果となった。さらにこれが原因で、同社がスポンサーであった『料理バンザイ!』(テレビ朝日系)が、2002年3月31日で放送終了となった。
雪印グループはこの連続した企業不祥事により企業イメージが失墜して経営危機に陥り、農協系(主にメインバンクだった農業中央金庫及び全国農業協同組合連合会)の支援の下、他社との提携・分社化によるグループの解体・再編を実施した。雪印乳業自体はグループの乳食品事業を継承して存続した後、2009年に日本ミルクコミュニティと持株会社方式で経営統合し、2011年に日本ミルクコミュニティ共々、親会社である雪印メグミルクに吸収され消滅した。
なお、雪印グループはスキージャンプやアイスホッケーなどウィンタースポーツの振興に寄与していたが、雪印グループの再編により雪印の実業団は、(スキージャンプのチームである)「チーム雪印」を除き廃され、多くの選手が競技を続けられなくなった。
上記のような急激なイメージダウンや反発もあって、7月11日に雪印乳業全工場の一時操業停止が発表された。その後、安全点検が終了し、8月2日に厚生省が大阪工場以外の工場の安全宣言を発表したため、生産は徐々に回復していった。
しかし、その後の大阪府警察の捜査により、食中毒の真の原因が大樹工場の脱脂粉乳であることが明らかになると、8月18日に大阪府から北海道に大樹工場の調査依頼が行われ、8月19日・20日に帯広保健所の担当者が大樹工場の立ち入り調査を行った。当初、工場側は異状の発生を否定したが、大樹工場の検体から食中毒患者と同じ毒素が検出されたことから保健所がさらにヒアリングを行ったところ、停電の事実が明らかとなり、同工場が食中毒の原因であることが確認された旨を8月23日に北海道が発表するとともに、大樹工場に操業停止を命じた。
これにとどまらず、8月29日の北海道の発表により、業務日報の生産数と異なる製品が見つかったほか、4月1日製造の汚染された脱脂粉乳が7月12日製造にラベルが貼り替えられた状態で保管されているなど、日常的な改ざん・偽装が行われていることが判明した。もはやどの製品が安全であるか誰にも判別できない大樹工場は、保健所の指導を受け、やむなく9月1日に脱脂粉乳の全ての在庫を廃棄した。
その後、9月22日に大樹工場から北海道に改善計画書が提出され、保健所が安全を確認した10月13日に操業停止が解除された。
2000年3月31日、北海道にある雪印乳業大樹工場の生産設備で氷柱の落下に伴う3時間の停電が発生し、同工場内のタンクにあった脱脂乳が20度以上にまで温められたまま約4時間も滞留した。この間に病原性黄色ブドウ球菌が増殖したことで、4月1日製造分の脱脂粉乳内に毒素(エンテロトキシンA)が発生した。
本来なら滞留した原料は廃棄すべきものであったが、殺菌装置で黄色ブドウ球菌を死滅させれば安全と判断し、脱脂粉乳を製造した。工場は同日分の脱脂粉乳に細菌が異常繁殖していることを4月3日に把握したが、製造課長は叱責を恐れてこれを隠蔽。そのまま出荷されたほか、4月10日製造分の脱脂粉乳に再利用された。黄色ブドウ球菌自体は死滅したが、毒素が残ったまま脱脂粉乳は大阪工場に送られた。
この汚染された脱脂粉乳は、大阪工場(大阪府大阪市都島区都島南通)で6月21日から29日までの間に製造された「雪印低脂肪乳」に使用されたほか、6月25日・26日に製造された加工乳3種(「のむヨーグルトナチュレ」「のむヨーグルト毎日骨太」「コープのむヨーグルト」)の製造に使用され、スーパーマーケットを中心とした近畿地方一円の小売店に出荷された。