真宗出雲路派
本山の毫摂寺は、天福元年(1233年)親鸞が山城国愛宕郡出雲路(現在の京都府京都市北区)に創建し、長男の善鸞に附与したのに始まると伝えられる。その為、開祖を親鸞、第2代を善鸞としているのであるが、近代の研究によれば浄土真宗本願寺派の第3代覚如の高弟乗専が京都出雲路に毫摂寺を創建したとされる。
乗専は覚如の第四子である善入(第3代)を養子とし、今出川に寺基を移し、善入の子第4代善智は請われて越前国證誠寺(真宗山元派本山)の住持を兼ねることとなった。善智は本願寺第5代綽如の孫(荒川興行寺周覚の娘)である妙欽尼を室とし、さらに妙欽尼の弟を養子にするなど次第に本願寺と近しい関係となっていった。
第5代善幸の時、今出川毫摂寺は応仁の乱の兵火で灰燼に帰した。そのため善幸は母とともに越前山元庄(現鯖江市水落)に下向し、證誠寺に寄寓する。
第8代善鎮は寄寓先である山元庄に毫摂寺を再興するものの、文明14年(1482年)、毫摂寺の門末の他、證誠寺の門末をも引き連れて本願寺第8代蓮如に帰依して京都山科本願寺に合流した。これにより寺勢は大いに衰えた。善鎮は後に正闡坊として越前に戻り、府中御堂として本願寺派の陽願寺を建立する。その子第9代善覚は残留して毫摂寺を継ぐものの、寺勢の衰えを止めることはできなかった。
天正3年(1575年)、第11代善秀の時に織田信長軍と越前一向一揆勢の戦いに巻き込まれて山元毫摂寺の堂宇は焼失し、やむなく毫摂寺は横越庄に移転していた證誠寺に再び留錫することとなった。