Ζガンダム
『Ζ-MSV』に分類される。
Ζガンダムの試作機であるが、この時点では可変機構は導入されていない。ガンダムMk-IIがアナハイム社に届いた時点にロールアウトし、本機のフレームやアビオニクスを流用することで、短期間でΖガンダムを完成させている。
合計3機が製作され、各機に頭部ユニットをはじめとした異なるデバイスをそれぞれ搭載して比較実験をおこなっている。頭部はX1が百式型、X2がディアス型、X3がネモ型となっており、Ζガンダムには百式型(ただしIDEシステムは搭載されていない)、のちの量産型Ζガンダムにはネモ型が採用されている。
なお、Ζプラスに対してΖガンダム自体を「プロトΖ」や「プロト機」と呼称する場合もある。
漫画『機動戦士ガンダム ムーンクライシス』に登場。宇宙世紀0099年に衛星軌道警備隊に導入された可変MS。Ζプラスのフレームを利用したΖ>(ゼータプロンプト)とは異なり、フレームを再設計して大型化することによって両変形モードでの強靭さと死重量のなさを売りにしている。大気圏突入も可能と推測されるが、劇中に描写はない。なお本作は、Ζガンダム系列機が量産されたという独自の設定のため多数の派生機が登場する。「機動戦士ガンダム ムーンクライシス#登場兵器」も参照
その後、ティターンズが開発したガンダムMk-IIが同社に持ち込まれたことで状況は一変。ガンダムMk-IIに採用されたムーバブルフレームの設計思想は斬新であり、可変MSに要求される機能を十分に備えたものであった。アナハイム社は、この技術の取得後に大気圏突入能力の実証を目的としてフライングアーマーを開発。ガンダムMk-IIのオプションとして用意し、データの収集を行った。
さらにカミーユ・ビダンによる変形MS案のプロットを採用。ムーバブルフレームによる可変機構はアナハイム社所属のゲルハルト・グルック博士の手により実用化される。こうして完成したΖガンダムは「ウェイブライダー」(以下WR)と呼ばれる巡航形態への変形能力を有し、大気圏突入をも可能とする破格の汎用性を実現した。本機のムーバブルフレームの基本構造はコピーが容易であるうえに他の機体とは比較にならない強度を持っていたため、以後に開発されたMSのほとんどがどこかにこの構造を取り入れている。ジェネレーター出力も高く、高出力の超小型核融合炉を備え、ΖガンダムはU.C.100年代の機体にも近似する仕様といえる。便宜上、第3世代MSとも称される高性能MSとなった。
『ガンダム新体験-0087-グリーンダイバーズ』に登場(型式番号:MSZ-006-3)。カラーリングデザインは藤田一己。
宇宙世紀0087年12月6日の「プロスペロー号落下事件」発生の際、生存者の救出にあたったカラバの機体。型式番号の「-3」および「3号機」の名称は、あくまで機体の仕様(バージョン)を示すものであり、ベースとなった機体そのものは『マスターアーカイブ Ζガンダム』の第3ロット説、『マスターピースロールアウト Ζガンダム』の2号機に続く予備機説、『GジェネDS』ゲーム内解説での2機目説などがある。
この時点では制式にカラバに配備されていたものではなく、評価試験中の機体である。大気圏内用の主力TMSとして購入を検討中のカラバの注文に合わせ、数々の追加装備が用意されている。そのため、同一の機体でありながらも後述するホワイト・ゼータ、ストライク・ゼータのように時期によって形状やカラーリングの細部が異なる姿が確認されている。
ウェイブシューター時のリアスカート部に装着可能なオプション。熱核エンジンとプロペラントタンクが一体となっており、長距離飛行の際に用いられる。MS形態時は投棄される。