国際連合東ティモール・ミッション
8月30日に住民投票(英語版)が行なわれることとなったが、インドネシア軍・警察の治安維持活動は不活発であり、インドネシア統合派の民兵などにより治安は悪化していった。平和維持軍の投入はインドネシア政府の反発もあり実施されなかった。住民投票自体は200ヶ所の投票所で概ね成功裏に実施され、投票率は98.6%に達した。開票は9月4日までかけて行なわれ自治拡大94,388票(21.5%)、自治拡大拒否344,580票(78.5%)の結果となった。
自治拡大拒否・独立選択の結果が出たことにより、9月4日以降インドネシア統合派の民兵の活動が拡大、東ティモールの治安は大きく悪化、UNAMET要員はディリに撤退・集合、9月14日にはオーストラリア・ダーウィンまで避難した。9月15日にオーストラリア軍を中心とする平和維持の多国籍軍(東ティモール国際軍、INTERFET)投入を認める安保理決議1264が採択され、9月20日より現地展開を開始した。
治安回復によりUNAMETも東ティモールに帰還、1999年10月25日の安保理決議1272により、東ティモール独立に向けての国際連合東ティモール暫定行政機構(UNTAET)が設立された。