長崎水族館
1959~1960年:4羽、1961年:14羽、1962年:15羽、1963年:12羽、1964年:14羽、1965~1967年:15羽、1968年:14羽、1969~1970年:15羽、1971年:14羽、1972年:18羽、1973年:24羽、1974年:17羽、1975~1976年:23羽、 1977年:22羽、1978年:24羽、1979年:28羽、1980年:32羽、1981年:38羽、1982年:42羽、1983~1985年:43羽、1986年:42羽、1987年:50羽、1988年:55羽、1989年:52羽、1990~1991年:64羽、1992年:77羽、 1993年:90羽、1994年:97羽、1995年:108羽、1996年:111羽、1997~1998年:115羽、【以下閉館後】1999年:111羽、2000年:113羽、2001年:120羽
1959年4月の長崎水族館オープン当時はペンギン飼育室が未完成で、第二工期分に別館として建設予定であったが、ヒゲペンギン入来に合わせて本館1階の倉庫が急遽改装され、1959年8月5日に完成した。飼育室は面積56m(このうち12mはプールで深さは80cm)、容積106mで、隣に11mの予備室を備え、室温は5~6°Cに保たれた。本来は倉庫のため位置は観覧に不便であったものの設備においては当時の国内最新鋭で、「長崎一空気のきれいな部屋」とも言われた。
1973年には飼育種類数が8種(延べ9種)と国内最多となった。1962年の3月頃(初入館したヒゲペンギンの最後の1羽が死亡)から4月27日(オウサマペンギン初入館)の間はアデリーペンギンとマカロニペンギンが1羽ずつのみと飼育羽数が最も少なかった。
1998年の閉館時にはオウサマペンギン・ジェンツーペンギン・イワトビペンギン・マカロニペンギン・フンボルトペンギン・マゼランペンギン・ケープペンギンの7種120羽が飼育されており、その全てが長崎ペンギン水族館へと移された。
1959~1960年:1種、1961~1963年:4種、1964~1971年:5種、1972年:6種、1973年:9種、1974年:7種、1975年:6種、1976~1982年:5種、1983年:6種、1984年:7種、1985~1992年:8種、1993~1998年:7種、【以下閉館後】1999~2001年:7種