ヒュー・ピーター
同年8月からイングランドで議会派と王党派の内戦(第一次イングランド内戦(英語版))が始まると議会派に参加、この戦争でも従軍牧師としての活動を続けた。王党派に対しても敵意を向け、1645年にオリバー・クロムウェルに同行してニューモデル軍に従軍した際、10月に王党派のウィンチェスター侯爵ジョン・ポーレット(英語版)が立て籠もるベイジング・ハウス(英語版)をニューモデル軍が破壊、捕らえたウィンチェスター侯を厳しく取り調べた。1646年2月にコーンウォールへ進軍したトーマス・フェアファクスの軍にも同行、民衆に説教して王党派への非難や平和の到来を語りかけた。
一方で著述活動も開始、1643年に独立派の普及を図りアメリカの独立派牧師の著作をイングランドで出版したり、同年にオランダへ渡り議会派支持と資金援助を申し出たり、長老派の論客トマス・エドワーズ(英語版)と論争、宗教的寛容を論じる協議会に参加してアナバプテストなど分離派の統合を図った。また亡命体験を経て国際的プロテスタンティズムを身につけ、プロテスタント諸国の同盟構想を議会で演説、千年王国論を唱えてカトリック・イングランド国教会およびそれらと結びつきが深い王党派を反キリストに例え打倒を呼びかけ、議員や兵士達に大きな影響を与えた。こうしたやり方はエドワーズから「新カンタベリー大主教」「セクタリーの偉大な代理人」と揶揄されたが、ピーターは独立派の立場を貫き、1647年に議会と軍の対立が起きると軍の擁護を演説、やがてクロムウェルに接近していった。