花園天皇
後宮:正親町実子(宣光門院)(1297年 - 1360年)- 権大納言正親町実明女、太政大臣洞院公守養女 第一皇女:寿子内親王(徽安門院)(1318年 - 1358年)- 光厳天皇後宮 第二皇子:源性入道親王(業永親王)(1327年 - 1353年)- 仁和寺門跡 第三皇子:直仁親王(1335年 - 1398年)- 崇光天皇皇太子 皇女:儀子内親王(? - 1348年?) 皇子 - 聖護院 皇女 - 花山院某室
後宮:一条局(? - 1325年)- 権大納言正親町実明女 第一皇子:覚誉法親王(1320年 - 1382年)- 聖護院門跡
典侍:葉室頼子(冷泉局・別当典侍) - 勘解由次官葉室頼任女 皇女:祝子内親王(? - ?) 皇女
日野資朝は、後醍醐天皇が親政を開始する以前は、父の日野俊光と共に花園天皇に仕えていた。『花園院宸記』元応元年(1319年)閏7月4日条では、政道の学問に7、8年間励んだものの、多くの者と談じても得心のいかなかったことが、資朝と談じることで初めて「意を知る」者に出会えたと述べられている。資朝は後醍醐に仕えた後も持明院殿への出入りを許されている。
後醍醐天皇が内裏で行っていた学問は、『周易』や「四書」(つまり宋学)を重んじていたが、『花園院宸記』では「(後醍醐が日野俊基を日野家の家格を考慮せずに五位蔵人、右少弁に抜擢したことについて)諸人、唇を返す(悪口を言うこと)」、「口伝無きの間、面々に自己の風を立(てている)」、「理学を以て先となし、礼儀に拘らざる」と述べ、「近日の弊なり」と批難している。