ロックマンX6
セイバーから衝撃波を放つ。こちらをサーチして飛んでくる。
声 - 高木渉
ゲイトが開発したミジンコ型(もしくはプランクトン型)レプリロイド。非常に高い情報処理能力を生かし、有人型巨大兵器開発におけるテストパイロットを勤めていた。
確かに優秀であるが、性格に難があるのか非常に我侭で、口調に癖がある。生みの親のゲイトの指示にも従わないことが多かったらしく、ゲイトもミジニオンの存在には頭を痛めていた模様。テストプログラムを無視しがちだったために仕事仲間との喧嘩が絶えず、ついには事故に見せかけて処分されてしまった。
ナイトメア調査員として蘇った後は兵器開発所を占拠、過去に自らが試験運用を行った巨大機動兵器「ビッグ・ジ・イルミナ」をナイトメアウイルスの力で暴走させる。
戦闘では分裂したり耐久力が高い泡をいくつもばら撒いて相手を追い詰める。また、弱い攻撃だと回復されてしまう。
エックスはカプセルに入ることで新たなパーツを取得し、パワーアップするという特殊能力を持っている。カプセルはステージの特定の場所に隠されており、カプセルに入ればそのパーツを入手できる。本作では異なる3つ(または4つ)のアーマーが使用可能。フットパーツの装着によるエアダッシュ可能になるのは本作までとなる。次回作の『X7』からは通常のエックスの基本アクションとして使用可能になる。
一部のアーマーは『ロックマンX5』と同じく、ウイルスの影響でライト博士からデータとして渡され、各該当する4つのデータを全て揃えないと使用することができない。
声 - 高木渉
ハンターたちの武器、ライドアーマー、ライドチェイサーといった乗り物、施設に至るまであらゆる物の整備をこなす凄腕メカニック。ボディのカラーリング・デザインは前作と同じ。
コロニー事故の後も、休む間もなく復旧作業を続けている。彼が喋るのは一部のエンディングのみである。
地上で特殊攻撃ボタン。地上で前方にバスターを発射する。発射時の隙がX5のものより短くなっており、1発あたりの威力も高まった。また、敵との距離が近いほど威力が高くなる。強化パーツのオーバードライブ装着時は1度に5発の連弾となる。
受けるダメージが半分となり、被ダメージ時にのけぞらなくなる。アーマー装備時では機能しなくなる。
ダメージを受けた際の無敵状態の時間が少し長くなる。
一部の地帯が暗闇になり、サーチライトを頼りに進むことになる。
バスターおよび特殊武器にチャージにかかる時間が半分になる。
以下の種類がある。
ゼロナイトメアと戦わずゼロをプレイヤーキャラクターとして出さずエックスでゲームクリアすると、エックスがゲイトを連れて帰りエイリアに見せる。ゼロは隠れてそれを傍観、その場を去る。エックスとエイリアは気配を感じるもゼロに気づかず、『X5』のエックスで覚醒状態でないゼロと戦いゲームクリアした時の『X5』の事件から3年後のエンディングとつながる(ゼロナイトメアとはっきりとは出会っていないストーリーであるため、オープニングステージで遭遇した“ゼロのようなもの”は、ナイトメアだったのかそれとも本物だったのか、曖昧な言及にとどまる)。
ゼロナイトメアを倒しゼロをプレイヤーキャラクターとして出しエックスでゲームクリアすると、エックス、ゼロ、ゲイトのボディ、エイリア、ダグラス、シグナスの揃うエンディングとなる。
ゼロナイトメアを倒しゼロをプレイヤーキャラクターとして出しゼロでゲームクリアすると、ゼロが科学者レプリロイドにゼロの100年以上のコールドスリープが過程に入る「何か」の治療を依頼する(ロックマンゼロシリーズの伏線)。
ナイトメアスネークが出現し、即死効果のあるマグマが迫ってくる。
通常 - 体の周囲を回転するトンボ型オプションを3匹出現させる。出現中のオプションは特殊武器ボタンを押すことでエネルギー弾を発射(弾はグランド・スカラビッチに有効)。武器エネルギーはオプションを新たに出現させた時に消費し、また、オプションが2匹以下になると3匹まで補充される。オプション自体にも攻撃力があり、敵に直接当てることで攻撃もできるが、耐久制限があるため当て続けると消滅してしまう。
チャージ - 一定時間、オプションが一定間隔で弾を24連射する。エネルギー弾の軌道は通常時と違い、エックスを始点に放射状に進む。また、弾には地形を貫通する効果が加わるほか、オプションの耐久制限もなくなる。
ある場所で、火山弾が降り注ぐ。一部地形が変化する。どちらかと言えば現象に該当するが、弱点武器で破壊可能。
一定時間だけチャージショットを連発することができる。ゼロの場合はゼットバスターが一回の入力で五発発射されるようになる。