オオアタマガメ
1950-1980年代は腹甲、頸椎、染色体からリクガメ上科に含まれるとされていた。1980-2000年代は頭骨の形態や下縁甲板があること、尾が長いこと、ミトコンドリアDNAのチトクロムbおよび12s リボソームRNAの分子系統学的解析からカミツキガメ科(以前はリクガメ上科に含まれると考えられていた)に近縁とする説が有力とされた。しかし2000年代後半に行われた核DNAやミトコンドリアDNAの全塩基配列の分子系統学解析ではリクガメ上科に含まれるとされる。
カザフスタンの漸新世と暁新世の地層から、化石属Planiplastronの腹甲が発見されている(Planiplastron属はリンドホルメミス科の構成属である可能性もある)。大分県安心院町にある3,000,000年前(鮮新世)の地層から本種の化石が発見されており、本属の化石は世界的にも日本でしか発見されていない。
3-5亜種に分かれるとされる。