シマハイイロギツネ
北側の3島(サンミゲル島、サンタクルス島、サンタローザ島)では1990年代にイヌワシが繁殖するようになった。シマハイイロギツネは島内の頂点捕食者であったために新たな捕食者から身を守るすべを持たず、イヌワシによる捕食が主要因となって個体数が各島で壊滅的に減少した。これらの3島では個体数回復のために各島ごとにシマハイイロギツネの飼育と繁殖が順次開始された。この当時残っていた個体数はサンミゲル島で15匹、サンタローザ島で15匹、サンタクルス島でおよそ55匹であり、サンミゲル島では1999年にメス1匹を除く14匹が、サンタローザ島では2000年と翌年に全15匹が飼育下に移された(サンミゲル島における残りの1匹ものちに飼育下に入れられ野生の個体はいなくなった)。飼育下で個体数は急速に増加し、2003年から順次野生に返され始め2008年には全ての個体の解放が完了した。このころには野生下でも飼育下を上回る速度で個体数が増加するようになっていた。同時にイヌワシを減らす取り組みも行われ、1999年からはイヌワシを捕獲しカリフォルニア北東部へ放つ取り組みも行われた。さらに生態系レベルのより大きな行動として、ハクトウワシの再導入とサンタクルス島における野生化したブタおよびサンタローザ島におけるミュールジカやアメリカアカシカの駆除が行われた。
古い仮説では、シマハイイロギツネはかつて広く分布していた大陸における小型種の残存種(英語版)ではないかとされていた。しかし大陸で小型種の化石が見つからないことからこの説は否定されている。
もう一つの仮説では、更新世の間に大陸のハイイロギツネが北部の島へやって来てそこで選択圧を受けて小型化したとされ、北部の3島(サンミゲル島、サンタクルス島、サンタローザ島)が一つの大きな島になっており大陸との距離も近かった氷期の間に大陸のハイイロギツネが浮遊するごみに乗って海を渡り偶然到達したなどと考えられてきた。しかし、人間がチャンネル諸島に住み着いていたことが確実とされる最古の年代 (13,000 cal yr BP頃) よりも古い可能性がある3つのシマハイイロギツネの骨についてAMS法によるC14年代測定を行ったところ、最古のものでも完新世にあたる6,400 cal yr BP頃であった。また炭素年代測定とミトコンドリアDNAの調査を合わせた推定では島にたどり着いた年代は9,200-7,100年前とされた。これらの研究は自然に住み着いたのではなく人間(ネイティブ・アメリカン)によって持ち込まれた可能性を示しており、そのどちらなのかははっきりしていない。一方、南部の3島(サン・ニコラス島、サンタカタリナ島、サン・クレメンテ島)については従来よりネイティブ・アメリカンの手によって北部から持ち込まれたと考えられている。