本多庸一
山鹿旗之進
珍田捨巳
山鹿元次郎
古坂啓之助
平田平三
藤田匡
佐藤愛麿
伊東重
山田寅之助
中田重治
白戸八郎
小林和幸、青山学院資料センター150年史編纂室 編『本多庸一関係資料目録』青山学院150年史編纂委員会〈青山学院150年史編纂報告 1〉、2017年3月。 NCID BB23839487。全国書誌番号:22929270。
また、日本では統一的な組織でキリスト教宣教にあたったほうが合理的と考えるようになり、1907年、日本メソヂスト教会を設立する。同年青山学院の院長を退いて、初代監督となり、日本独自の宣教組織を確立した。
1909年(明治42年)の宣教開始50年記念会の感謝と、第十講演会「過去及将来に於ける宣教師の事業」の講演を担当。妻の貞子も講演をする。
1910年(明治43年)に英国エディンバラで行われた「世界宣教大会」に井深梶之助、原田助らと共に出席した。
1912年(明治45年)2月25日に、内務次官床次竹二郎の企画で、神道、仏教、キリスト教の三派の会同ために政府関者と各宗教の代表が出席した。政府は原敬内務大臣らが出席、キリスト教代表として、本多と宮川経輝、千葉勇五郎、井深梶之助ら7名が出席した。翌日、三派の大乗が再度会合して、決議案を検討した。キリスト教側はこの会同に進んで協力して、神仏二教と同等の待遇を受けたことを喜んだ。これを、三教会同という。
同年3月26日、メソジスト教会西部年会のために長崎市に滞在中、両肺気管支カタル、腸出血等の病気で死去した。4月12日夜、青山学院の弘道館で、追悼会が行われ、植村正久、中田重治らが出席した。
日本メソジスト教会最後の監督で本多の甥の阿部義宗が本多の業績を記念して、本多記念教会を設立した。