キングギドラ
氷付け光線でGガード基地を氷付けにして一時的に基地の機能を麻痺させ、ゴジラすら凍結させるが、ザグレスを追って戻ってきたトレマの呼びかけで復活したゴジラに反撃されて一時退散し、終盤で再登場する。このとき、ザグレスがいつの間にか購入していたトラクタービームを付け加えており、ワープゲートを奪おうとするが、そこに駆けつけたトレマのパンナトルテとミサトのタルトクープ、そして司令官の乗るメカゴジラとゴジラと交戦する。これにレーザー光線で応戦するもミサトたちの攻撃で左の首を破壊されたうえ、ゴジラを再度氷漬けにしようと放った氷付け光線もゴジラの放射熱線で押し返され、中央の首も破壊されてダウンする。次にザグレスは前記の修復プログラムを起動し、破壊された首が再生して復活するが、この直後にミサトがワープゲートの設定を逆転させたため、ザグレスごとワープゲートの向こうに吸い込まれる。
通常のメカキングギドラ同様、「ハイパーメカギドラ」と呼ばれることが多い。『宇宙船 YEAR BOOK 1999』ではハイパーギドラと記載している。
本作品では全編CGで描かれ、動きがスーツよりも滑らかになっている。日本版よりも翼のボリュームが増しており、尾の先端は『モスラ3』や『大怪獣総攻撃』のように棘が目立ち、翼を前脚の代わりにして地上を駆ける。中央の首は『FINAL WARS』のカイザーギドラのように前に出ている。首は各自の性格が異なっており、中央の首が真面目なリーダー格として、攻撃的でしつこい左の首や周囲に好奇心を持つ右の首に、注意したり指示したりする様子が描かれている。また、南極での覚醒時には逃げ遅れた人間を捕食する様子も描かれている。
『怪獣大戦争』のようなコードネーム、『大怪獣総攻撃』のような氷の中からの復活、『モスラ3』のような再生能力、カイザーギドラのようなエネルギー吸収能力など、歴代の登場個体の要素や能力が採用されている。
モーションアクターはジェイソン・リーズ、アラン・マクソン、リチャード・ドートンの3名で、それぞれ各頭部を担当した。監督のマイケル・ドハティがインタビューで明かしたところによれば、生き物としてリアルに表現するため、撮影現場では物理的に3名を縛っていたほか、中央の頭が「イチ」、右側の頭が「ニ」、左側の頭が「サン」もしくは「ケビン」と呼ばれていたという。なお、BGMにはスタジオで僧侶に詠唱してもらった般若心経を用いたという。
デザインは、レガシー・エフェクツ。西洋のドラゴンよりも東洋の龍に近づけるよう、2本の尻尾と3つの頭、適切なサイズの角と特別な形の翼も必要とのドハティによる指示のもと、プロダクション・デザイナーのスコット・チャンブリスが現代の文化にドラゴンが溢れかえっているので最も退屈なものになるリスクがあったと明かした結果、前述の性格が異なる首が採用されたという。