Yahoo!オークション
早くも犯罪や不正が懸念されたことから、2000年9月に専門会社と提携することによるエスクローサービスを開始した。2001年の最盛期には5社から選択できるようになっていたが、手続きが煩雑だったことなどから敬遠され、その後撤退したサービスも相次いだ。
1月15日、Yahoo!かんたん決済の手数料が無料化となり、これに伴い落札システム利用料を値上げをした。
5月26日、電子マネーのYahoo!マネーで取引が使用可能になった。
6月23日、即決価格でプレミアム登録不要で出品できる「ワンプライス出品」機能がリリースされる。ただしヤフオク!アプリ限定だった。
10月19日、落札者以外の商品名とリンク先が表示されない(閲覧できない)よう改善された(「ログイン中のID」と「落札者のID」が一致する場合のみ表示され、「非ログイン」または「IDが不一致」の場合は表示されない)。
Yahoo! JAPANが誕生してから10周年を迎えた2006年には、10周年記念企画として各種無料キャンペーンを展開した。その第一弾として、4月19日からオークションストアの出品物への入札・落札について実質的に無料開放(プレミアム会員登録をせずとも、Yahoo! JAPAN IDのみで利用可能)。続いて第二弾として、6月21日からYahoo! JAPAN IDを取得して3年以上経過しているユーザーとYahoo! BB利用者については、オークションストアの制限を撤廃し一般出品物への入札・落札の無料化を実施した(Yahoo! BBユーザーのみ、出品についても無料化)。
その後の2006年10月11日には、オークション被害の大半は出品者が原因となって発生するものとして、先の無料キャンペーンでかけられていたID別の制限を撤廃、入札・落札の完全無料化および利用登録の簡略化を実施し、プレミアム会員登録をしなくとも入札および落札ができるキャンペーンを開始した(ただし、不動産や自動車の車体など公的な手続きを要する、特定カテゴリの商品についてはこのキャンペーンは適用されない)。これには利用者を増やす狙いがあったが、一方で不正入札や不正落札が増え、一部で混乱を招いた。なお、このキャンペーンは当初2007年6月20日正午までの期限つきであったが、のちに2007年8月7日16時までに延長された。