Portable Executable
マイクロソフトはWindows NT 3.1オペレーティングシステムの登場とともにPEフォーマットに移行した。Windows 95/98/ME や Windows 3.1x上のWin32sをはじめとする、その後のWindowsはすべてPEをサポートしている。DOSとNTシステムのEXEフォーマットとの互換性を持たせるため、PE/COFFヘッダーにはMS-DOSプログラムがバイナリの先頭に組み込まれている。PEバイナリをMS-DOS上で起動させると、そのMS-DOSプログラムのほうが実行される。特に指定の無い場合、「This program cannot be run in DOS mode.」のような「DOSでは実行できない」というメッセージが表示するだけのプログラムが組み込まれる。MS-DOSプログラムの後ろに、PE固有の識別子と、COFFに似たデータ構造があり、MS-DOSヘッダによってそのオフセットが指されている。
引き続きファットバイナリの形式である。PEは.NET PE形式や、PE32+ (もしくはPE+)と呼ばれる64ビットバージョン、およびWindows CE形式など、Windowsプラットフォームの変更にも対応し続けている。