分子系統学
このような場合、古典的な系統推定は妥当性を欠くことになり、分子系統学的情報がより重視される傾向がある。中にはケルコゾアのように、分子系統学的情報以外に系統推定に使える形質が事実上見当たらない群もある。
しかし多くの生物では、系統解析に利用可能な形質がたいてい分子マーカーの他に認められる。そのため、このような生物を対象とした研究で、従来の体系の大がかりな再考が迫られる結果が出た場合、それを材料に他の形質を見直すことも行われる。たとえば環形動物と節足動物は体節制という基本的な体制にかかわる共通の特徴を持つため、近縁なものと見なされてきた。しかし、分子系統学的情報によると、それほど近縁なものではなく、むしろ節足動物は線虫などに近縁であることが判明した。共通する特徴として脱皮することが挙げられるようになり、脱皮動物という群が提唱されている。