ゲシュタポ
第二次世界大戦中、一時ドイツはヨーロッパのほぼ全域を占領下におさめ、ゲシュタポの活動もヨーロッパ中に拡大されることとなった。戦時中のゲシュタポは、ドイツ国内でも占領地でも保護拘禁と強制収容所移送を徹底した。特に1941年6月に独ソ戦がはじまると東ヨーロッパでそれは顕著となった。並行して国家保安本部はアインザッツグルッペンを組織し、東部戦線で「保安的警察措置」と称した反体制派やユダヤ人の銃殺活動を行っていた。第二局局長を務めたフランツ・ジックスは後に「ユダヤ系住民を部隊の安全にとって危険な存在とは思っていなかった」と証言しており、実態は治安活動ではなくジェノサイドの実行であった。
1941年12月に国防軍最高司令部総長ヴィルヘルム・カイテル元帥は「夜と霧」と呼ばれる法令の布告を行った。占領地で危険分子とみられた人物はゲシュタポによって「夜と霧」の中に消され、その消息は家族には一切通達されない旨が定められた。
1942年1月20日にハイドリヒはヨーロッパ・ユダヤ人の絶滅計画を策定するためにヴァンゼー会議を主催した。会議には各省の次官の他、ハインリヒ・ミュラー親衛隊中将(ゲシュタポ局長)やアドルフ・アイヒマン親衛隊中佐(ゲシュタポ・ユダヤ人課課長)などゲシュタポ幹部が出席した。絶滅政策は1941年代からすでに始まっていたが、この会議がヨーロッパ・ユダヤ人1100万人の絶滅を初めて公式に取り扱った会議となった。
ヨーロッパ・ユダヤ人の絶滅が決定されると、アドルフ・アイヒマンの指揮の下にヨーロッパ中のユダヤ人が列車に詰め込まれて移送され、絶滅収容所や強制収容所へ送り込まれるようになった。
1942年6月4日、イギリスの支援を受けたチェコ人工作員による襲撃(エンスラポイド作戦)を受けたハイドリヒがその時の負傷が原因で死去した。親衛隊とゲシュタポは報復としてリディツェ・レジャーキ両村の壊滅を含めたチェコ人虐殺を行っている。1943年1月からはオーストリア・ナチス出身のエルンスト・カルテンブルンナーが代わって国家保安本部長官となった。
戦局が悪化する中、反体制分子の監視を強める必要性が強まり、ゲシュタポの権力は肥大化し、ヒムラーですらゲシュタポの影に悩まされることになった。著名なロケット技術者のヴェルナー・フォン・ブラウンが、無断で有人ロケット開発の資金繰りをしているという情報を掴み、ゲシュタポは彼を逮捕し、処刑しようとしたが、ヒトラーの仲介により取り止めになっている。その際、ヒトラーはフォン・ブラウンに「私でも説得するのに苦労したよ」と言ったという。
一方でユダヤ系の男性と結婚した女性が、配偶者の解放を求めたローゼンシュトラーセ抗議(英語版)では、女性達の抗議に屈して彼らを解放するという例外的なケースも存在する。