日本のプロテスタント教派一覧
日本バプテスト連盟
日本バプテスト同盟
沖縄バプテスト連盟
日本基督教団新生会(日本基督教団のグループ)
日本バプテスト教会連合
日本バプテスト宣教団
福音バプテスト宣教団
保守バプテスト同盟(1964年創立)
山形福音伝道隊(1952年設立、1964年の保守バプテスト成立以降も、現在も同盟内部で活動中。)
福音バプテスト連合
カルバリー・バプテスト教会
万国バプテスト福音伝道協会
万国デフ・バプテスト福音伝道協会
日本福音教会
日本バプテスト・ミド・ミッション(1989年創立)
日本自由キリスト教会
日本福音自由教会協議会
日本基督教団 - 1941年創立、様々な会派からなる。通称は日本キリスト教団。第二次世界大戦中、当時の政府の宗教団体法により国内のプロテスタント諸派が合同した。戦後、宗教団体法の廃止により多くの教派が教団を離脱したが、教団に残った教会はそのまま戦時体制を脱却した新たな教団の形成に向かい発展した。教会によっては戦前の旧教派の影響(伝統)が強く残るところもある。
日本基督教団・ホーリネスの群(ホーリネス系)
日本キリスト合同教会(1985年創立)
超教派ブレザレン教会(1995年創立)