留萌本線
2016年(平成28年)2月17日、会計検査院は「経営安定基金運用収益への依存度が高いJR北海道及びJR四国では、景気の後退等の外部的な要因の影響を受けている状況が見受けられた」と指摘した上で、「輸送密度が低迷している線区等の経営状況を提示できるように整理しておくこと」「多額な経営安定基金資産の時価評価差額については、修繕や設備投資を計画的に行うための財源とする」など、廃止路線議論環境の整備と基金取り崩しを財源とする設備投資を求める「北海道、四国、九州各旅客鉄道株式会社の経営状況等についての報告書(会計検査院法第30条の2に基づく国会及び内閣への随時報告)を公表した。
2016年(平成28年) 4月8日、JR北海道は留萌駅 - 増毛駅間の最終運行日を「2016年12月4日」とする意向を増毛町に提案し、増毛町は「生徒はすべてバス通学となり、まちの過疎化で利用者は激減し、鉄道は地域の足としての機能を失った」「観光には大きな痛手だが受けざるを得ない」としてそれを受け入れた。同月18日には留萌市も「極度に利用の少ない路線で安全性を保つのは厳しい」として廃止に同意した。同月28日、JR北海道は留萌駅 - 増毛駅間の鉄道事業廃止届を国土交通省に提出した。この届け出では、廃止予定日は届出書提出日の1年後に当たる「2017年4月29日」とされたが、同年6月9日に行った北海道運輸局による聴取の結果、廃止予定日の繰り上げが認められたため、同年6月28日に改めて廃止予定日繰上げの届け出が行われ、予定通り2016年(平成28年) 12月4日が最終運行日となり、翌5日が廃止日となることが決定した。
2005年(平成17年)3月22日:箸別駅 - 増毛駅間で、線路脇の斜面で発生した雪崩に列車が乗り上げ脱線する事故が発生、死傷者なし。
2006年(平成18年)3月18日:東幌糠駅を廃止。
2007年(平成19年) 5月9日:秩父別駅で通学の高校生ら26名が満員状態の列車に乗車できず、タクシーで代行輸送された(詳細は「秩父別駅#その他」参照)。 10月1日:深川駅に駅番号を設定。
2010年(平成22年) 8月22日:深川駅 - 留萌駅間の開業100周年を記念して、深川駅 - 増毛駅間に団体臨時列車「留萌本線開業100周年記念号」を運行。使用車両は14系客車による3両編成。 11月3日:深川駅 - 留萌駅間の開業100周年を記念して、深川駅 - 増毛駅間に団体臨時列車「お座敷特急・留萌本線100年号」を運行。使用車両はキハ183系6000番台による3両編成。
2012年(平成24年)3月7日:箸別駅 - 増毛駅間で、線路脇の斜面から崩れ落ちた雪と土砂に列車が乗り上げ脱線する事故が発生、死傷者なし。
2013年(平成25年)1月3日:記録的な大雪により全面運休。深川駅 - 留萌駅間は8日に復旧。留萌駅 - 増毛駅間は17日に復旧。雪による運休としては異例の15日間に及ぶ運休となった。
2014年(平成26年)3月12日:留萌駅 - 増毛駅間の9駅に海抜表示板を設置。
2015年(平成27年) 2月23日:この日以降、留萌駅 - 増毛駅間で、雪崩及び斜面崩壊の危険があることから終日運転見合わせ。この時点では代行輸送は行われなかった。 3月25日:2月23日からの留萌駅 - 増毛駅間の運転見合わせが長期化したため、並行道路の路線バスが運行されていない時間帯に下り1本・上り2本のタクシー代行を開始。
以下の区間は、留萠鉄道が留萌港まで開設した石炭や木材の貨物線だったが、1941年(昭和16年)10月1日、買収と同時に留萠駅の構内線に編入された。
留萠駅 - 西留萠駅 (1.2km)
留萠駅 - 北留萠駅 (1.0km)
分岐点 - 仮古丹浜駅 (1.1km)
2016年8月2日、民進党北海道総支部連合会は「民進党北海道JR北海道路線維持対策本部」(本部長荒井聰)を8月3日に設置することを決定。同日、道議会民進党は「道議会民進党JR北海道路線維持対策プロジェクトチーム(三津丈夫座長)」を設置した。
2016年9月21日、留萌市議会が「税制特例措置の適用延長は必須」との意見を付した『JR北海道・JR四国・JR貨物に係る税制特例の恒久化等を求める意見書』を可決。
2016年10月24日、民進党北海道の「JR北海道路線維持対策本部」が、JR北海道・北海道運輸局・北海道に対し要請行動を実施し、要請書を手渡した。
2016年10月28日、北海道知事が定例記者会見で地域公共交通検討会議の下に鉄道ネットワークワーキングチーム (WT) を設置すると発表。知事がJR北海道に対して「一連の報道で地域に不安が広がっていることは大変遺憾、地域の不信を招かないよう慎重に対応していただきたい」との申し入れを行ったと説明した。しかし「JR北海道の事業範囲の見直しということについては、そういうこともあり得るかなという思いもある」とも発言し、路線廃止に一定の理解を示した。また知事は、「ワーキングチームは個別の路線の話などにまで踏み込んだものを想定しているのか」との日本経済新聞記者の質問に、知事は「性格上難しいと思う」と述べ、鉄道ネットワークワーキングチームが路線名を示して路線廃止反対を求めることは困難との認識を示した。