ミシシッピ州の歴史
アルコーンは合衆国上院議員になるために知事を辞任し、その同調者でアフリカ系アメリカ人としては初めての上院議員だったハイラム・レベルズを後釜に据えた。上院議員になってからは南部白人が政治的に制限されていた状態の撤廃に動き、連邦議会で急進派共和党が提案する社会的平等の強制には反対した。綿花に課税する連邦法を泥棒と非難し、ミシシッピ州での人種を隔離した学校を擁護した。アルコーンは元奴隷所有者であったが、奴隷制を「国という体のガン」と表現し、自分や他の多くの南部人がそれを無くしたことについて感じる満足を表明した。
1870年までに、元軍政府長官のアデルバート・エイムズがミシシッピ州から上院議員に選出された。エイムズとアルコーンはミシシッピ州における共和党の支配を争った。その政争は共和党を分裂させた。1873年、二人は知事選を争うことで決着を求めた。
エイムズは急進派共和党員とアフリカ系アメリカ人の大半に支持され、アルコーンは保守派白人とスキャラワグの大半の票を集めた。結果はエイムズが69,870票対50,490票で勝利した。
1870年代半ばから終盤にかけて、白人達はレッドシャーツやホワイトリーグといった民兵組織を使い、共和党員を役職から追い出し、黒人を脅して投票を止めさせた。白人民主党員が1876年に議会の支配を取り戻し、1880年代にはアフリカ系アメリカ人の投票権を制限する法律を成立させた。有権者登録を支配することを目指した法律が通り、投票していたアフリカ系アメリカ人の数を減らし始めた。