マリ連邦
だがスーダン共和国とセネガルの思考の違いから徐々に関係が悪化していき、遂に衝突を始める。人口と面積においてはスーダンがセネガルを圧倒していたが、経済ではセネガルがはるかに豊かであった。ケイタ大統領は、セネガルの資金を使ってスーダンの開発を進め連邦全体の底上げを図ったが、これはセネガルにとっては植民地時代よりも負担が重いものであった。
その後も関係は悪化し続け、1960年8月20日にセネガルが分離独立。
残されたスーダン共和国は同年9月22日にマリ共和国に改称し、消滅した。マリ共和国は「アフリカ統一のためなら主権の一部もしくは全てを放棄する」と規定した憲法を採択したが、皮肉にもその第一歩となるべきマリ連邦は姿を消した。
なお、マリとセネガルは対立していたが1966年に和解している。
国旗中央にある棒人間のようなものは、現地の儀式で使う仮面『カナガマスク』という。また、この国旗のカナガマスクは上下が#反転している。
フランス領スーダンの#旗にもカナガのイメージが用いられた。