デストロイア
微小体が増殖・合体して成長したもの。
掘削された後、ミクロオキシゲンを用いて活発に動き始める。水道を経てしながわ水族館の水槽内に現れ、ミクロオキシゲンの効果で熱帯魚の体組織を分解し、白骨化させて喰いつくした。事件を調査するビデオ映像のコンピュータ解析でその存在が判明するが、伊集院は「初めからこの姿ではなかったはずだ」と発言している。
ゴジラジュニアとの交戦時には、その巨体とパワーで戦いに不慣れなジュニアを終始圧倒して高い跳躍から多数の脚部で押し潰し、ミクロオキシゲン粒子を口吻から獲物の体内に注入して溶解させる攻撃で泡を吹かせるが、隙を突かれて至近距離から熱線を立て続けに受けて左右の突起を吹き飛ばされ、下記の飛行体に変身して逃げようとする。
ゴジラとの交戦時には完全体が複数の集合体に分離して集中攻撃を浴びせるが、ほとんど効果はなく全滅を経て再び合体し、再生した。この時の集合体は、ジュニアとの対戦時に比べて小さい。
ジュニアとの対決時のスーツアクターは柳田英一。柳田は、ジュニアのスーツアクターを務めた破李拳竜の弟子にあたる。
書籍『ゴジラvsデストロイア超全集』では、デストロイアはミクロオキシゲンで溶かした相手の細胞を吸収することができると説明しており、ジュニアに口を突き刺していたのは二足歩行の怪獣型(完全体)に進化するためだったのではないかと推測している。
企画当初は、初代ゴジラが亡霊となって現れるゴーストゴジラが敵怪獣として検討されていたが、メカゴジラやスペースゴジラなどゴジラに似せた怪獣の登場が続いていたことから却下され、その代わりに第1作の要素からオキシジェン・デストロイヤーをもとにした新怪獣として創作された。
特技監督の川北紘一は、デストロイアを「生きたオキシジェン・デストロイヤー」と定義しており、「ゴジラ死す」というテーマにふさわしい相手としている。脚本を担当した大森一樹は、第1作でオキシジェン・デストロイヤーについての科学考証が不明確であったため、それを現代につなげるのが難しかったと述べており、オキシジェン・デストロイヤーが直接作用したのではなく、酸素が破壊されたことにより無酸素時代の生物が蘇ったという設定になった。また、オキシジェン・デストロイヤーから誕生したことと、オキシジェン・デストロイヤーを吐けるようになるのは大森自身もよくわからないと述べている。物語序盤では、オキシジェン・デストロイヤーの使用を巡る葛藤が人間側ドラマの中心となっているが、デストロイアの登場以後はフェードアウトして明確な結論は出されておらず、川北はデストロイアの存在がゴジラの死やミクロオキシゲンを巡る物語にマッチしていたのか遊離してしまったのか判断しかねる旨を語っている。
製作初期にはバルバロイの名で検討されていたが、ギリシア語で蔑称の意味合いもあったことから変更された。
川北は、5形態の変貌がデストロイアのキャラクター性を象徴していると述べており、得体の知れなさや掴みどころのなさを表現している。