国後郡
また、オムシャ(撫育政策)ではアイヌの有力者を役蝦夷に任命、乙名たちは住民を調べ戸籍(宗門人別改帳)の作製に協力している(江戸時代の日本の人口統計も参照)。
田沼意次治世の天明6年(1786年)と寛政3年(1791年)、最上徳内が国後郡域も踏査。彼は、寛政10年(1798年)にも近藤重蔵の案内役として訪れている。
江戸時代後期、国後郡域は東蝦夷地に属していた。南下政策を強力に推し進めるロシアに備え、寛政11年国後郡域は蝦夷奉行直轄の公議御料(幕府直轄領)とされ、南部藩が泊に勤番所を置き警固を行っていた。国後郡域における間宮林蔵や松田伝十郎らの活躍も、第一次幕領期であった。文化年間には択捉航路を開いた高田屋嘉兵衛によって泊神社 (国後神社)(泊村)が創立されている。文化8年には幕吏が国後島に上陸したゴローニンを捕らえると、その報復に高田屋嘉兵衛がロシアに捕らえたゴローニン事件が起こっている。文政4年国後郡域は一旦松前藩領に復した。嘉永2年(1849年)、松浦武四郎が国後郡域にも訪れ、往路はトマリ(泊村泊)、ヲタトム(米戸賀村小田富)、シベトロ(大滝村シベトロ)、復路はヲン子ベツ(留夜別村遠音別)、フルカマフ(東沸村古釜布)、トマリ(泊村泊)に宿泊した。安政2年再び天領となり仙台藩が泊に出張陣屋を築き警固をおこなった。同6年の6藩分領以降、国後郡は仙台藩領となっていた。幕末になると、植沖神社(留夜別村)も創立されている。慶応4年4月12日、箱館裁判所(閏4月24日に箱館府と改称)の管轄となった。戊辰戦争(箱館戦争)終結直後の1869年、大宝律令の国郡里制を踏襲して国後郡が置かれた。開拓使公文録では国後郡に「クニシリ」の訓が付してあるが、後に現在の読みの「くなしり」となった。