末梢性免疫寛容
共刺激が存在しない状態での抗原応答後には、少数のT細胞はアネルギー状態となり、大部分のT細胞はアポトーシスによって迅速に失われる。この細胞死は、内因性アポトーシスファミリーのメンバーであるBIM(英語版)によって媒介される。アポトーシス促進性のBIMと抗アポトーシス因子であるBCL2のバランスによって、寛容化されたT細胞の最終的な運命が決定される。Fas/FasLもしくはTRAIL/TRAILR(英語版)相互作用による細胞傷害活性によって媒介される外因的機構も存在する。
制御性T細胞(Treg)は免疫抑制を媒介する中心的因子であり、末梢性寛容の維持に重要な役割を果たしている。Tregの表現型と機能のマスターレギュレーターはFOXP3(英語版)である。内在性Treg(nTreg)は胸腺でのネガティブセレクション時に生み出される。nTregのTCRは自己ペプチドに対する高い親和性を示す。誘導性Treg(iTreg)は従来型のナイーブヘルパーT細胞に由来し、TGF-βとIL-2の存在下での抗原認識後に発生する。iTregは消化管に多く存在し、常在微生物叢や無害な食物抗原に対する寛容を確立している。その起源とは無関係に、Tregは環境中からのIL-2の除去、抗炎症サイトカインであるIL-10(英語版)、TGF-β、IL-35(英語版)の分泌、エフェクター細胞のアポトーシスの誘導など、いくつかの異なる機構によって自己免疫応答を抑制する。CTLA-4はTregの表面に存在する分子であり、TCRによる抗原認識後の、CD28(英語版)を介したT細胞の共刺激を阻害する。