ジェイアールバス関東土浦支店
かつてはJRバス関東では土浦支店のみの存在であったUFC(アンダーフロアコックピット)仕様が2台(2007年2月廃車)と三菱ふそう・エアロクイーンMVも配置されていた。中型の日野・レインボーが配置されたこともあった。
2021年までいすゞ・ガーラSHDの2台が在籍したが、S641-97401が8月20日に、同97402が9月25日に引退。同車の引退により、ジェイアールバス関東ではスーパーハイデッカーの配置が無くなる。
現在は日野・セレガが2台貸切登録車となっている。
土浦支店の高速車 H651-00405
土浦支店の一般路線車 M527-93314
土浦支店の一般路線車 M521-94311
土浦支店の一般路線車 M524-96220(元・東急バス)
土浦支店の一般路線車 M527-95307(イオン土浦SCラッピング広告車)
土浦支店の一般路線車(日野・ブルーリボンシティハイブリッド車) L527-04506(元・JR東海バス)
過去の貸切車 S641-91401
2000年(平成12年) 南筑波線(古河三中前 - 久能)路線開業。 7月25日 東京 - 江戸崎線運行開始。 君島線、区間新設(ガーデンシティ湖南(南平台)- 追原 - 追原辻)。 霞ヶ浦線(土浦駅 - 佐原駅)直通便を廃止。 9月1日 - 麻生リレー号運行開始。 10月1日 霞ヶ浦線(常陸幸田 - 西代 - 佐原駅)廃止。桜東バスへ路線移管。 「江戸崎 - 浦向 - 幸田 - 阿波 - 江戸崎(循環バス)」運行開始。 桜東バスに移管後の十余島線「神宮寺 - 甘田 - 西代」廃止。
2001年(平成13年) 2月19日 霞ヶ浦線、バス停の名称変更(精進橋 → 霞ヶ浦高校前)。 南筑波線、バス停の名称変更(下大野十字路 → 総和郵便局前)。 南筑波線(土浦 - 古河)直通便を廃止。 6月1日 - 美浦村竜ヶ崎線を茨城観光自動車から継承。 7月11日 - 東京 - 江戸川台線運行開始。 9月17日 君島線(土浦駅 → 美浦トレセン前)廃止。美浦トレセン前 → 土浦駅は存続。 霞ヶ浦線(土浦 - 美浦トレセン前 )の系統を廃止。 霞ヶ浦線(土浦 → 美浦トレセン前 → 小角 → 江戸崎)を廃止。
2002年(平成14年) 3月1日 - らくらくミッドナイト守谷号運行開始。
東京駅 - 国際展示場駅 - 東京ビッグサイト - 東京港フェリーターミナル <東京支店が主管> 2021年12月20日より、東京駅発着便の間合い運用として運行。 乗降方式はハイデッカー車両の前乗り・前降り
※交通系ICカードに対応
ニューつくばね号 ※1991年4月1日運行開始。2006年9月30日限りで廃止。
常総ルート ※1999年2月1日運行開始。2007年1月10日 JR バス関東が撤退。
らくらくミッドナイト守谷号(東京駅→新守谷駅入口) ※2002年3月1日運行開始。2005年12月18日限りで廃止。
東京 - 江戸川台線 ※2001年7月11日運行開始。2006年2月28日限りで廃止。
いたこ・あそう号(東京 - 麻生町役場) ※1990年7月17日運行開始。2005年10月1日 JR バス関東が撤退。
麻生リレー号(江戸崎営業所 - 麻生町役場)※2000年9月1日運行開始。2002年11月30日限りで廃止。
東京 - 江戸崎線 ※2000年7月25日運行開始。2008年7月1日より関東鉄道の単独運行化。2011年3月31日限りで関東鉄道の運行も廃止。
ドリーム号(つくばセンター - 上野間)※2010年9月30日限りで廃止。
青春中央ドリーム号(下り新宿 - 小黒川PA間)
中央道昼特急号(東京 - 小黒川PA間)
ひたち号(東京駅 - 神峰営業所)※2023年7月31日限りで他支店に移管。
さいたま・つくば号
さいたま新都心駅 - 大宮駅 - 下広岡 - 並木三丁目 - 並木大橋 - 並木二丁目 - 並木一丁目 - 千現一丁目 - 竹園二丁目 - つくばセンター(つくば駅前)(常磐自動車道・東京外環自動車道・首都高速埼玉大宮線・埼玉新都心線経由) 2005年8月に首都圏新都市鉄道つくばエクスプレス(以下TX)が開業し、JRバス関東・関東鉄道が共同で運行する「つくば号」の乗客は、開業前から7割減少した。