近親交配
品種改良において望ましい形質が低頻度の劣性遺伝子に基づいている場合、形質を固定するために有効な手段となる。望ましい形質を持つ個体とその親と交配させる戻し交配は品種改良における手法の一つとされる。
野生種と比べて、飼育動物や栽培植物には近親交配の弊害が脆弱性として表れていると考えられるものも少なくない。ウシやブタのような経済動物では効率の観点から遺伝性疾患の遺伝子を持つ個体は繁殖に用いないが、趣味性の高い競走馬や愛玩動物の品種には、特定の遺伝病が顕著に多発する例も少なくない。
ペットの近親交配は野放しに近い状態が続いていたが、先天性異常を持つ個体の増加につながるとの批判から、近親交配がおこなわれた場合には血統書を発行しないなどの措置がとられつつある。
競走馬も近年は近親交配が避けられる傾向にある。競走馬の近交係数は、もともと他の家畜に比べれば低いほうで、両親の片親が同じコロナティオン(近交係数約14%)のような近交は例外的であり、日本ダービー史上最も近交係数の高い馬は、約4%のフサイチコンコルドである。かつて、8代以内に共通祖先がいないなど自然条件下ではまずありえないであろう交配も試されたが、現在では無意味だと考えられている。