義経=ジンギスカン説
シーボルトは「チンギス・ハンの伝説的な系譜を重要視しているわけではなく、憶測を逞しくしようとは思わず、義経が蒙古の戦場に登場することに推測を加えることで、歴史家の注目を集めたいのである」と結んでいる。
追放処分から30年後(1861年)再び来日し、幕府顧問となったが、蕃書調所に勤めた西周に再三に渡って義経=ジンギスカン説を正史として認めるよう薦めている。蕃書調所教授手伝の大島総左衛門高任が手塚律蔵好盛とオランダの尺度エル(el)とフート(voet)のことで議論していたが、判らないのでシーボルトに質問すると、
大島は碑文を写し、西周もシーボルトから太祖は義経、妖僧は弁慶と聞かされたが、信じなかった。蒙古字の碑文も示されたが、漢字、ラマ教の名があったと記されている。
小谷部全一郎は、自伝によれば少年期に『義経再興記』を読んで以来、アイヌ問題に興味を持ち続けたとされる。アメリカ留学中に受洗し、牧師にもなったが、帰国後まもなく聖職を辞し、家族で北海道に移住してアイヌ子弟を救済・教育する事業に取り組んだ。アイヌの人々が信仰するオキクルミが源義経ではないかという話から、改めて義経伝説に関心をもち、その後シベリア出兵時に陸軍通訳官として赴任、「成吉思汗=義経」の痕跡を調べるべく満蒙を精力的に調査し、1920年帰国。この独自調査・解釈に基づき、義経が平泉で自害せず、北海道、樺太にわたり、さらにモンゴルに渡って成吉思汗となったことを確信し、大正13年(1924年)に『成吉思汗ハ源義經也』を出版した。
国学者・伴信友は、その著『中外経緯伝草稿』第2巻(天保9年・1838年)にて、『太田道灌日記』には「世に伝ふる事あやまり多し、為朝大島にて討れ、義経衣川にて討れたりといふは偽なり、為朝は高麗へ渡り...義経は蝦夷へ落し事もしるし明なり」とあることから、中国・朝鮮の18種の史書を紐解いて義経=清祖説を独自に考証・解説した(但し、帝国大学教授・星野恒「源義経ノ話」によれば、『太田道灌日記』自体が偽書であるという)。
それによれば、元に滅ぼされた金(女真族)の領域は、明代に韃靼と称され、建州女直・海西女直及び極東最遠の野人女直の3つに大別されたが、清朝初代皇帝奴児哈赤(ヌルハチ)は、建州女直の奴児干(ヌルカン)から出て各地域を併合して満州と号した。奴児干は上記越前神保の漂流民が義経似の絵札を目撃した地である。また、『清実録』によれば、清朝の祖は、姓は愛新覚羅、名を布庫里雍順とする者が満州を開基し、その後裔・孟特穆が清朝肇祖として「原皇帝」と称されている。
考古学者・江上波夫によれば、遊牧民族・騎馬民族国家の君主は、同じ国家に所属する氏・部族長らによって君主として推戴・承認を必要とする推戴・承認制と呼べる制度があり、「軍事的・外交的活動の最高指導者としての適格性が君主の資格として、つねに非常に重視されていた」と指摘している。「内陸アジアの遊牧騎馬民族国家の君主に『勇猛な(バガトル)』『賢明な(ビルゲ)』などといった資質にもとづく名」を負わせたことは、これら遊牧騎馬民族の動的な社会に深く根ざしていた現実主義合理主義的な側面から導き出された結果と見ている。
しかし同時に、氏・部族長らによって君主として推戴・承認を受ける遊牧騎馬民族国家の君主候補者は、最初の君主を輩出した支配・中核氏族の成員に限られる、という原則が形成されており、さらに実際にはその君主の男系近親者に選択範囲が狭められる、という現象も生じている。従って、第1に「内陸アジアの遊牧騎馬民族国家」の君主の選定には、「軍事的・外交的活動の最高指導者としての適格性」が氏・部族長らにより推戴・承認されるという現実主義・合理主義的な側面と、第2に「最初の君主と同じ男系の氏族でかつ近親者でなければならない」という血統主義的な側面という、両側面が考慮されることになった。
こうした原理的な矛盾を孕みつつ推戴・承認制は、匈奴の時代からチンギス・カンの時代までほとんど改変されることなく続いたものであり、それはしばしば王族や支配氏族間の内訌の原因ともなり、さらには国家の分裂、衰退の原因ともなった、と述べている。
享保2年(1717年)、医師・加藤謙斎による『鎌倉実記』全17巻が刊行されると、引用書目に掲げられた『金史別本』なる史書が注目を浴びた。金国の正史『金史』(全135巻・1344年成立)の異本を意味したが、加藤は『鎌倉実記』最終巻の末尾に「高館没落義経金国に遁(のがるる)事」との項をたて、『金史別本』中の列将伝の一節として、以下の通り引用した(全文)。
さらに自注(私見)として、以下のように追記した。
金史列将伝にある範車国大将軍「源光録義鎮」とは、「権冠者義行」つまり義経の子で、義経自身も章宗に仕えていたという。
2年後、仙台藩史を編纂した儒者・佐久間洞巌は、『奥羽観蹟聞老志(かんせきもんろうし)』巻17「義経事実考附録」で別本を引用、義経が金に渡ったことは「異国の書に符合すれば決定疑うべからず」とした。
洞巌と文通交流のあった新井白石は、『金史別本』の記述について疑問を挟みつつもかなりの興味を抱いた。白石は水戸藩の儒者・安積澹泊への書簡で、「金逸史の事...誰某(たれがし)見候とばかりにて、写しも得られず候の事、俗人の疎放にやと、是非に及ばず候」(享保8年7月12日・1723年)としつつも、別の書簡には、「金史に義経の事候由、いかにもいかにも六七年以前に、此方へも僧家(そうけ)事候て、金史一行も残らず暮らせたる事に候、兎角見え候わぬ故、伝聞の訛(あやまり)と打ち捨てさし置き候らいき」と記したが、入手できそうだと聞くと写しを所望した(『新安書簡』『新井白石全集5』所収)。