新・世界樹の迷宮2 ファフニールの騎士
迷宮を探索中にエンカウントし、戦闘に突入する。古典的なコマンド選択式になっており、各キャラクターが習得したスキル等を駆使して戦っていく。行動によって冒険者の各自の「フォースゲージ」が貯まっていき、100%になるとスキルの効果を高める「フォースブースト」を使用できる。「フォースブースト」は使用から3ターン経過するか、ブースト中専用スキルである「フォースブレイク」を使用すると終了する。ターン経過でブーストが終了した場合は再びゲージを溜めることで使用可能になるが、ブレイクを使用した場合はゲージそのものが消滅し、街に帰還するまでブーストが使えなくなる。
ここでは新たに追加されたストーリーモードの内容について記載する。クラシックモードは世界樹の迷宮II 諸王の聖杯#ストーリーを参照。
ミズガルズ図書館に所属する主人公と幼馴染のフラヴィオは、カレドニアに伝わる儀式の護衛としてハイ・ラガード公国に向かう。世界樹の迷宮で合流した護衛対象のアリアンナと共に、ギンヌンガと呼ばれる遺跡に向かい、遺跡内部で出会った二人組の冒険者・ベルトランとクロエと共に魔物の襲撃を切り抜けるが、主人公に生じた異変により右腕が魔物のような形状に変質してしまう。遺跡の機能の停止によって閉ざされた道を切り開き、儀式を完遂、そして主人公の身に起きた異変を解決するため5人は遺跡の探索と並行し、世界樹の迷宮を冒険することとなる。
世界樹の芽と確実に戦闘できるクエスト。