ヤングガンガン
2008年10月、編集部でグラビアを担当していた男性契約社員がmixiの日記において未成年のグラビアアイドルと飲酒したという虚偽の情報、およびオタクを中傷する記述をして問題になった。スクウェア・エニックスはこの契約社員を解雇し、名前を挙げられたアイドルや関係者に謝罪した。
FINAL FANTASY XI〜THE OUT OF ORDERS〜(原作:キム・ソンジェ、作画:金炳進〈キム・ビョンジン〉、2004年創刊号 - 2005年2号)
ぎゃんぶるムスタング(塚本ケースケ、2004年創刊号 - 2005年16号)
サークルビー(極山裕、2004年創刊号 - 2005年21号)
マンホール(筒井哲也、2004年創刊号 - 2006年10号)
Missウィザード(仮)(葉月京&エヌ山+TON、偶数号連載、2004年創刊号 - 2007年4号)
戦線スパイクヒルズ(原作:原田宗典、漫画:井田ヒロト、2004年創刊号 - 2007年17号)
すもももももも 地上最強のヨメ(大高忍、2004年創刊号 - 2009年4号)
少年探偵犬神ゲル(ゴツボ☆マサル、2004年創刊号 - 2006年19号) - 『増刊ヤングガンガン』へ移籍
ユーベルブラット(塩野干支郎次、2004年創刊号 - ) - 『増刊ヤングガンガンビッグ』へ移籍
BAMBOO BLADE(原作:土塚理弘、作画:五十嵐あぐり、2004年創刊号 - 2010年18号)
ニコイチ(金田一蓮十郎、2004年創刊号 - 2012年3号)
黒神(原作:林達永〈イム・ダリョン〉、作画:朴晟佑〈パク・ソンウ〉、脚本協力:川美我〈チョン・ミア〉〈第22話から〉、2004年創刊号 - 2012年13号)
天体戦士サンレッド(くぼたまこと、2004年創刊号 - 2015年1号)
荒川アンダー ザ ブリッジ(中村光、2004年創刊号 - 2015年14号) - 月1連載
セキレイ(極楽院櫻子、2004年創刊号 - 2015年17号)