メトロリンク日本橋
開業当初は丸の内シャトルと同型のニュージーランド・デザインライン製ボディのタービン電気バス2台が専属で充当されていた。
EV-02 LYTTELTON(リトルトン)
EV-03 AUCKLAND(オークランド)
車体は白地に金色の輪が2つ描かれており、輪の部分には「江戸名所図屏風」の日本橋・京橋界隈が描かれている。メトロリンク日本橋開業前は足慣らしを兼ねて丸の内シャトルで運用されていた。 点検時は丸の内シャトル同様東京ベイシャトルと同型のデザインライン/MAN製ディーゼル車が充当されていた。但し予備車の場合、行き先表示は字数の関係で"NIHONBASHI SHUTTLE"(日本橋シャトル)または"HINOMARU"と表示されるが、一部の車両は表示部分をステッカーで覆っている。 2006年(平成18年)6月に15分間隔から10分間隔に増発された際に日本銀行本店裏の一方通行路を曲がりやすいように三菱ふそう・エアロミディMEが2台追加投入され、タービン電気バスとあわせて専用車は5台(使用3台)となった。 2009年(平成21年)には日野・ブルーリボンシティハイブリッドを投入しており、国産車の比率が高まっている。
2008年8月からは燃料に沿線の飲食店から発生した廃食用油を10%混合したBDFを採用している。
車内にキューブ型PCが接続された液晶ディスプレイを備え、映像広告を流している。
予備車(日本橋北詰)
エアロミディME(日本橋室町・日本銀行本店裏)
開業時に導入された車両
日本橋地区東エリアでは、定期運行の無料巡回バスの新路線であるEラインが開業する以前には、先述の通り、イベント開催時や多客期に、臨時の無料巡回バスが運行されていた。全てEラインと同じく日の丸自動車興業による運行で、路線バスタイプの車両や、トロリー風バス「クラシックスカイバス」が使用された。
2015年(平成27年)の秋に開催された、「東京駅~日本橋 昭和レトロめぐり」期間中の、土曜・日曜・祝日に運行された。使用車両は、「クラシックスカイバス」の外装に、都電全盛期の「黄色に赤帯」の車両を彷彿とさせるラッピングを施したものであった。