ドッキング (分子)
計算能力は過去10年間 で飛躍的に向上し、コンピュータ支援薬物設計におけるより洗練された計算集約的な手法を使用できるようになった。しかし、ドッキング方法論における受容体の柔軟性を扱うことはまだ厄介な問題である。この困難さの背後にある主な理由は、この種の計算で考慮しなければならない多数の自由度である。しかし、それを無視すると、いくつかの場合では、結合ポーズの予測面でドッキング結果が乏しくなる可能性がある。
異なるコンホメーションの同じタンパク質について実験的に決定された複数の静的構造は、しばしば、受容体の柔軟性を模倣するために使用される。あるいは、結合空洞を取り囲むアミノ酸側鎖の回転異性体ライブラリを検索して、代替的ではあるがエネルギー的に合理的なタンパク質のコンホメーションを生成してもよい。