神社本庁
翌14日に、葦津案を基調とした折衷案が、宮川宗徳から提出され、改めて、検討されることとなった。こうして、審議会は、葦津案を中心に神社界の組織構想を練り上げ、1946年(昭和21年)1月23日、「全国神社の総意に基き、本宗と仰ぐ皇大神宮の許に、全国神社を含む新団体を結成し、協力一致神社本来の使命達成に邁進し、以て新日本の建設に寄与せんことを期す。」として神社本庁設立に関する声明が発せられて宗教法人である神社本庁が発足し、2月3日をもって設立する。神社本庁の発足に従い、宗教法人法(宗教法人令)のもと、神社も、他の宗教と同じく宗教団体として扱われることとなった。
本庁の設立の際、神宮奉斎会から10万円が神社本庁に寄付され、奉斎会の地方本部奉斎所のうち「相当ノ設備ヲ有スル」(宮川による説明より)ものは神社として再発足した。たとえば東京の奉斎会本院は1946年(昭和21年)3月に神社本庁に神社設立を申請し、東京大神宮として再発足した。
1956年(昭和31年)5月、神社信仰の基本となる指針として「敬神生活の綱領」を掲げ、氏子・崇敬者の教化・育成に努めている。また、1980年(昭和55年)7月から「神社本庁憲章」を施行し、神社本庁の精神的統合の基本的規範を確立した。
鷹司統理が東京法務局に対し6月6日付けで芦原髙穗理事を「宗教法人の代表役員」(=新総長)とする登記手続きを開始したが、神社本庁の事務局はこれを「本庁内部の正式な手続を経」ていないと主張、「この緊急事態を受けて、不実の登記が完了することを防ぐため」、神社本庁の幹部職員の連名で「その者は総長の地位にない」との陳述書を旭川地方裁判所に提出、田中総長の「地位保全仮処分命令申立て」を行い、7月8日付で「芦原氏が代表役員総長の地位にないことを仮に定める」という決定(仮処分)が下された。
この仮処分決定に対し、芦原理事は9月14日、神社本庁を相手どり、自身を総長とする地位確認の民事訴訟を東京地裁に対して提起した。
9月28日、第1回口頭弁論が東京地裁で開かれ、双方の論点が整理されていることから1日で結審、12月22日に判決が言い渡されることとなった。
また、鷹司統理を支持する神職たちによる「花菖蒲ノ會」が小串和夫(熱田神宮名誉宮司)、中野幸彦(多賀大社名誉宮司)、千家尊祐(出雲大社宮司)らを発起人として、令和4年(2022)9月14日に結成され、神社本庁の正常化を目指して田中執行部の退陣を求める運動が開始された。
12月22日、東京地裁は「総長選任には役員会の議決が必要」として、芦原理事の請求を棄却した。