JR東海313系電車
2006年8月22日に営業運転を開始し、211系5000番台を置き換える形で普通列車を中心に運用された。同年10月1日のダイヤ改正からは快速列車(浜松駅・豊橋駅 - 大垣駅・米原駅)に集中的に投入されており、一部の普通列車にも使用され、朝夕には掛川駅にも乗り入れる。
併結相手は2両編成の300番台または3000番台、後述の5300番台のみである。本番台が6両固定編成であること、本番台の運用区間の東海道線名古屋地区では普通・快速列車は8両が最長編成であることから、313系0番台や1100番台、311系など他系列との併結は見られない。また、最大運転両数が4両の関西本線と武豊線には入線しない。
営業運転開始以来、東海道本線以外の線区には乗り入れることはないが、営業運転開始前には乗務員の習熟運転のための試運転で中央西線や神領車両区に入線したことがある。
1600番台 B104編成
1100番台 車内
1100番台 優先席
中央線 (名古屋地区)用。2022年3月14日現在、神領車両区に4両編成2本(8両、B4 - B5編成)、大垣車両区に3両編成4本(12両、J161 - J164編成)の計6本20両が配置されている。クハ312形以外は4両編成では1100番台、3両編成では1600番台を称する。
上述の増備車共通事項以外は1000番台初期車とほぼ同一仕様である。ただし、CP容量の変更により0番台より300番台に近い仕様となったため(形式の項を参照)、クハ312形は400番台を称する。
1100番台4両編成(B編成)
神領車両区所属で、2006年11月10日に営業運転を開始。当初は113系を置き換える形で投入されたが、2007年3月18日のダイヤ改正から、1000番台初期車と共通で運用されていた。
上記の1000番台と同様、2022年3月ダイヤ改正以降は関西線のみの運用となっている。
1600番台3両編成(B100→J160編成)
1100番台と同様に神領車両区所属であったが、1500番台と同様に2022年3月ダイヤ改正以降は全編成が大垣車両区に転属している。
3両編成同士を繋ぐ6両固定編成で、東海道線米原駅 - 浜松駅間を中心に運用されている。
2006年8月7日に営業運転を開始。当初は123系の運用を置き換える形で身延線を中心に運用されたが、同年10月1日のダイヤ改正から3000番台初期車と共通で運用されるようになり、御殿場線にも入線するようになった。
2007年3月18日に営業運転を開始。神領車両区所属であったが、1500・1600番台と同様に2022年ダイヤ改正以降は全編成が大垣車両区に転属している。豊橋運輸区に常駐し飯田線・中央本線・篠ノ井線(豊橋駅 - 上諏訪駅・岡谷駅 - 松本駅)で運用されるほか、3編成のうち1編成は大垣車両区に予備編成として常駐し、基本仕様車の代走運用に入ることもある。編成の差し換えは大垣駅 - 豊橋駅間で回送列車で行う。1700番台投入により静岡車両区では特急伊那路を除き飯田線および長野駅までの運用が消滅した。
本番台は3編成あるが、2運用しかないため同区の他の313系や211系に比べて走行距離数が少なく、走行距離数を保つために「さわやかウォーキング」などの臨時列車には優先的に充当されており、代走の必要がない場合でも1500番台・1600番台の運用に入ることもある。また、諏訪湖祭湖上花火大会開催に伴い、開催当日に臨時列車を運転するためJR東日本の車両を諏訪地区に捻出し、中央西線運用の中でJR東日本長野総合車両センター所属の115系での運用を本系列の1700番台が代走し、松本駅から中央西線中津川駅まで入線した事例もある。
後述の1300番台の投入により、2011年8月から翌年3月までに全編成が大垣車両区に転属した。 大垣車両区転属後(R100編成) 2011年8月15日に神領車両区からB301, B302, B312, B313の4編成が転入し、それぞれR101, R102, R112, R113となりR編成となったのを皮切りに、2012年4月までにB303 - B311, B314 - 316も転入し、それぞれR103 - R111, R114 - R116となり全編成が大垣区に転属した。2011年9月に神領車両区に転出した211系0番台に代わり2編成併結の4両編成で運用を開始した。2011年12月より119系を順次置き換える形で飯田線での運用を開始した。 大垣区転属に際して、ワンマン列車運賃表示機がキハ25形や1300番台と同様の液晶式のものに取り替えられた。
主な運用区間は御殿場線(国府津駅 - 沼津駅)と身延線(富士駅 - 甲府駅)である。2007年3月18日のダイヤ改正以降は123系が撤退し、両線のワンマン列車は全て本系列となっている。 イベント開催時に行われる臨時運用では通常の運用区間ではない静岡駅 ‐ 豊橋駅間の入線実績もある。 所属区の静岡車両区への入出庫および折り返し運用の関係で、東海道線 (静岡地区)熱海駅・沼津駅 - 静岡駅間での運用が存在する。また、身延線と御殿場線の相互移動は、回送列車か西富士宮駅 - 沼津駅間の普通列車(車掌乗務)により行われている。2009年3月改正では御殿場線から三島駅への直通運転が増加した影響で、三島駅 - 沼津駅間の区間列車にも充当されるようになった。 2009年3月改正から2011年3月改正までは、静岡駅 - 島田駅間での運用が存在していた。 東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)後の静岡県東部での計画停電の影響で身延線と御殿場線が全面運休になった際には、熱海駅 - 富士駅間の間引き運転の運用に6連や8連で充当された。 静岡車両区への入出庫は211系5000番台か6000番台との併結で行われており、ダイヤ改正毎に併結車両や編成両数および運転区間の変更を繰り返している。 ワンマン運転となるのは普通列車のみで(静岡車両区所属車によるワンマン運転の快速列車は存在しない)、ワンマン運行時の種別幕は緑地に白抜きで「ワンマン」と表示される(大垣車両区所属車とは表示が異なっている)。また、後述の1300番台の投入に前後して、ワンマン列車運賃表示器が大垣車両区所属車と同様の液晶式に順次取り替えられている。
2022年7月より開始のJR東海・山梨県・静岡県の連携によるアニメ「ゆるキャン△」とコラボレーションした広域周遊観光促進イベントに合わせ、静岡車両区所属3000番台V10編成に、「ゆるキャン△」の車内装飾(外装は通常のまま)を施した。
7月4日の身延発用宗行き臨時列車より運行を開始した。以降は身延線・東海道線 (静岡地区)・御殿場線の定期運用に入っている。