FRONT MISSION3
作中、とあるところで前作「2nd」の宣伝を見ることが出来る。他、作中でスクウェアのメールアドレスが隠しで存在するなど遊び要素は非常に強い。
設定資料集によれば、本作の主人公である武村和輝のイメージカラーは、優しさや清らかさを表す「白」と強さや熱情を表す「赤」の2つである。前者は「エマ編」で、後者は「アリサ編」で強調されており、多くの登場人物が持つ二面性とダブルフィーチャーシナリオを象徴しているといえる。
本作では熟練値を採用しており、全25段階(A→A☆→A☆☆→A☆☆☆→B→B☆→...→F☆☆→F☆☆☆→S)存在する。これが低過ぎると戦闘は苦戦し、逆に高過ぎると戦闘終了後の評価が低下しやすくなる。
なお、ステータスが評価値(後述)と連動するというシステムは本作のみであるが、ヴァンツァーの乗換えや武器の変更によって対処は可能である。
一方、APシステムが簡略化され、この点は『4th』『5th』でも継承された。 評価値 本作では膨大な数のステージ(各シナリオ合わせて120以上)が存在するが反面一つ一つは狭く、短くなっており、1マップにおける攻略はコンパクトなものとなった。評価値はその一環として生まれた要素で、総ダメージ量 ・敵撃破数などによってプレイヤーの力量が評価されるシステムである。 高評価を重ねた場合、後述のシミュレーターにおいて、出現する敵機に変化が生じる。 シミュレーター シナリオ進行に関係なく自由にプレイ可能な戦闘マップ。他のシリーズで言う闘技場にあたる。 APシステム・エースポイント 後述の改造システムと連動し、属性防御力・命中率・バーニア・ローラーダッシュ・回避率にAPを割り振ることで機体の性能を向上させることが出来る。 エースポイントは敵のパーツを破壊することによって得られ、パイロットのAPを向上させるポイント。