私塾立命館
東京の太政官は既成事実として「京都大学校代」の存在を認め、京都留守官の管轄の下で学校は存続されたが、結局は教官の引き抜きなど諸般の事情により、1870年(明治3年)7月には廃止されてしまう。当時「京都大学校代」は寺町今出川西入ル(現在の同志社大学構内南東端)に位置し、京都御所内の「私塾立命館」とは目と鼻の先であった。京都留守官が威信をかけて設立した「京都大学校代」がわずか300人ばかり学生しか集められずに開校から8ヶ月余りで廃止に追い込まれたのに対し、わずか徒歩10分程度のところにある一私塾が100人もの塾生を抱えきれず増築までして対応しているということが、京都留守官の逆鱗に触れたことは想像に難くない。のちに西園寺公望は、私塾立命館への「差留命令」が京都留守長官の「嫌疑」か「妬心」から出たものに違いないと述べるとともに、しばらくは閉塾に応じるが、再興の時期を待ちたいと賓師に宛てた手紙のなかで述べている。その年の12月、西園寺公望は留学先フランスへ出発。明治13年(1880年)まで日本を離れることになる。
明治時代に入り、西園寺家が東京に移った後、かつて私塾が置かれた西園寺邸跡には「白雲神社」が建立され、現在に至っている。