スーパーメトロイド
中に入るとデータセーブのみ行える。中断ならびにゲームオーバーになると、ゲームの再開は最後にセーブしたセーブユニットからのスタートとなる。マップ画面には「S」の字で表記、最後にセーブした所は太字の「S」の字で表記される(スターシップ含む)。
本作はスペースパイレーツの打倒ならびにベビーメトロイドの奪還を目的とし、そのためにはゼーベス各所の攻略が必須である。第一作でサムスによって破壊されるも、(時系列ではプライムで)パイレーツの不屈の努力によって再建されたゼーベスの要塞には、前作以上に様々な仕掛けが点在している。
ブリンスタの大ボス。ブリンスタ深部にいる巨獣で、ゼーベス最大の生命体。第1作の時とは違い遙かに大きい(第1作目はサムスと同じくらいの大きさだった)。口から岩石を吐き、指先の爪を飛ばし、腹部のからはトゲ状寄生生物を発射する。体外からの攻撃を受け付けない。
ノルフェアの大ボス。宇宙海賊の最高幹部。一つ一つの攻撃が強烈で、かつ耐久力も高い。序盤、スペースコロニーにも登場する。
ボール変形中にジャンプできるようになる。
サムスの乗船。ゼーベスに到着して以降は、クレテリアの表層に停泊している。
ここでエネルギー・弾薬(ミサイル以外も含まれる)の回復ならびにデータのセーブが可能である。
難破船の大ボス。難破船に取り憑いた謎の生命体で、この時点では旧マザーブレインの亡霊ではと言われていた。船の機能を停止させた張本人で、倒せば難破船内の一部の機能が回復する。姿を完全に消したり、霊体化して無敵になるなどでサムスを撹乱し、怪しげな青い火球を無数にばら撒く。実体化しないと攻撃が当たらない。
ジャンプ力がアップする。
ノルフェアの大半を占めるエリア。バリアスーツがないと常にダメージを受ける。
クレテリアで他の鳥人像と同じようにサムスの装備を掲げているが、それを取った直後に通路のドアが閉まって襲いかかってくるゼーベス最初のボス(取得できる装備は「ボム」である)。