欧州委員会
最初の委員会は1951年の欧州石炭鉄鋼共同体の「最高機関」であり、このとき委員長に就いたのはジャン・モネである。最高機関は新設されたばかりの欧州石炭鉄鋼共同体において超国家的に運営にあたる機関で、その業務は1952年8月10日にルクセンブルク市で開始された。1958年にローマ条約が発効し、欧州石炭鉄鋼共同体に加えて新たに欧州経済共同体と欧州原子力共同体という2つの共同体が新設された。ところがこの2つの共同体の執行機関は「最高機関」ではなく「委員会」とされた。このような名称の変更の理由は、執行機関と理事会との新たな関係によるものである。フランスなど一部の加盟国は最高機関の権限に制限を設けるべきであるとし、新設される2つの共同体の執行機関よりも理事会により大きな権限を与えるべきであると主張した。ルイ・アルマンが欧州原子力共同体の、ヴァルター・ハルシュタインが欧州経済共同体のそれぞれの委員長に就任し、欧州経済共同体の委員会は1958年1月16日にヴァル・ドゥシェス城で初の会議を開いた。欧州経済共同体委員会は以前から争われていた穀物価格に関する協定で合意に達し、また関税および貿易に関する一般協定のケネディ・ラウンドで国際的な場面に初登場した際には第三国に前向きな印象を与えた。
加盟各国から1人ずつ任命される欧州委員の任期は5年で、日本の国務大臣(いわゆる閣僚)に相当するものとされる。各欧州委員の下位には、日本の中央省庁に相当する総局 (Directorate-General) が設置されており、これらがいわゆるEU法に基づき各種行政事務を執行している。総局は欧州委員を補佐し、所掌事項に関する法案の準備を行い、並びに、委員の過半数の承認を受けた法案は欧州議会及び欧州連合理事会に諮られる。このような欧州委員会の官僚機構に対しては、乱立している欧州委員及び総局が互いに競合するような縄張り争いをして時間を無駄にしているという批判が多くなされている。さらに、欧州委員が官僚を監督する時間が不足しているために、かえって欧州委員が総局に操られているのではないかという批判もある。
欧州委員会の発表によると、2007年4月の時点で欧州委員会に正規職員又は臨時職員として雇用されていた者の人数は23,043人であった。これに加えて、9,019人が契約職員又は加盟国からの出向職員等として勤務していた。総局ごとに見てもっとも多くの職員を抱えていたのは翻訳総局の2,186人で、国籍別ではベルギーが最多の21.6%となっており、また16,626人の職員がベルギー国内に居住していると見られている。欧州委員会の官僚機構の長は事務総長であり、2005年からはキャサリン・デイが務めている。
次に掲げる組織は2021年11月時点のもの。
農業・農村開発総局 (Directorate-General for Agriculture and Rural Development)
欧州委員会は加盟国政府からは独立した立場で超国家的な権限を持つ機関として行動する。そのため欧州委員会は「ヨーロッパ人を考える唯一の機関」と表現されたこともある。委員となる人物はそれぞれの出身国の政府が1名ずつ提案するが、委員は自らを指名した出身国政府など、外部からの影響を受けないという中立性が求められる。このことは加盟国政府を代表する欧州連合理事会、市民が直接選出する欧州議会、あるいは条約において「組織化された市民社会」を代表するとうたわれている経済社会評議会とは対照的なものである。
欧州委員会の任命方法に民主的関与が欠如しているという批判が一部でなされている。欧州委員会が執行機関であるにもかかわらず、その候補は主として加盟国政府が選出しており、これはつまり市民が直接欧州委員会の人事を拒否することができないということである。もっとも、前述のように欧州委員会の人事案は欧州議会の承認を要件としており、また欧州議会は欧州委員会に対して不信任を決議することができる。ところが欧州議会議員選挙は1999年以降、その投票率が50%を下回っている。この数値はアメリカ合衆国議会など一部の国における国政選挙よりも高い数値ではあるが、アメリカ合衆国大統領とは違い、欧州委員会委員長に対する直接選挙は行われず、このことは世論からすれば欧州委員会委員長職が民主的に正当性を持つものか懐疑的に捉えられる要因となっている 。さらには選挙民が明確ではないということも問題であり、ヨーロッパ規模での市民社会の創造にあたってその民意を反映するものがないのである。リスボン条約では欧州委員会委員長の選出にあたって直前の欧州議会議員選挙と関連付けるという手続きが正式に盛り込まれた。
予算総局 (Directorate-General for Budget)
気候対策総局 (Directorate-General for Climate Action)
通信総局 (Directorate-General for Communication)
通信ネットワーク・コンテンツ・技術総局 (Directorate-General for Communications Networks, Content and Technology)
競争総局 (Directorate-General for Competition)
防衛産業・宇宙総局 (Directorate-General for Defence Industry and Space)
経済・金融総局 (Directorate-General for Economic and Financial Affairs)
教育・青年・スポーツ・文化総局 (Directorate-General for Education, Youth, Sport and Culture)
雇用・社会問題・共生総局 (Directorate-General for Employment, Social Affairs and Inclusion)
エネルギー総局 (Directorate-General for Energy)
環境総局 (Directorate-General for Environment)
1967年7月1日以前は3つの共同体の執行機関が並立していたが、ブリュッセル条約によりこの三者はジャン・レイを委員長とする単一の機関に統合された。この統合によりレイ委員会は一時的に14人にまで委員が増えたが、その後は小国からは1人ずつ、大国からは2人ずつの計9人の体制に戻された。レイ委員会は1968年に共同体における関税同盟を完成させ、また市民の直接選挙によって欧州議会の権限を強化させようと尽力した。レイは3共同体の委員会・最高機関が統合されたもとでは最初の委員長であるが、一般的にはハルシュタインが現在の形での委員会の初代委員長と考えられている。
マルファッティ委員会、マンスホルト委員会は通貨の強調について取り組み、また1973年に実施された北方への初となる共同体の拡大にもあたった。共同体の拡大により、イギリスが2人、デンマークとアイルランドが1人ずつ委員を出すこととなり、オルトリ委員会のもとで委員の数は13人となった。オルトリ委員会は経済や国際情勢が不安定だったその時期において拡大した共同体を運営することとなった。また委員会は共同体の対外的な代表として行動するようになり、ロイ・ジェンキンスが委員長になると共同体の代表として主要国首脳会議(サミット)に出席するようになった。ジェンキンス委員会に続く、トルン委員会では共同体は南方へ拡大し、また単一欧州議定書に関する作業が着手された。