ヤミ専従
また全国社保労組が結んできた100件近くの労働条件に関する「覚書」や「確認事項」、そしてこのようなヤミ専従など不適切な労使関係が「年金記録問題」の一因と批判されたこともあり、2008年3月に全国社保労組は「労使関係や当時の活動が、国民の利便性向上にマイナスをもたらした部分もある」と反省する声明を出した。
その後、自民党や「組織再生会議」の指摘のとおり、東京、大阪だけでなく京都の社会保険事務所でも1人がヤミ専従を行っていたことが社保庁の内部調査により判明し、社保庁が「組織再生会議」に報告したことが伝えられた。これにより計30人のヤミ専従が判明したが、自民党はこれについても「氷山の一角だ」と指摘した。そのため舛添要一厚生労働大臣は大臣直属の「服務違反調査委員会」を設置することとし、あらためて全職員を対象にした調査の実施と、悪質なケースについては刑事告発する方針を発表するに至った。
2008年7月23日には、社保庁から日本年金機構の移行の際には、ヤミ専従を行った社保庁職員は新機構に採用せず分限免職にすることが閣議決定された。
2008年11月5日、舛添要一厚労相はヤミ専従をしていた16人とその給与を支払った責任者について刑事告発する方針を明らかにした。