パンドラウイルス属
遺伝子の配列そのものも極めて特徴的であり、例えばサリヌスの遺伝子は約93%が既知のいかなる遺伝子配列とも共通点を見出す事が出来なかった。また、パンドラウイルス属は生態も既知のほとんどのウイルスとは非常に異なっている。典型的なウイルスの場合、入れ物となるカプシドと中に入るウイルス核酸が別々に合成され、その後カプシドの中にウイルス核酸が入り込んで満たされることでウイルスが組み立てられる。しかしパンドラウイルス属の場合は、合成と同時に組み立ても行われている。これらの性質から、パンドラウイルス属はウイルスではなく生物であり、しかも遺伝子的共通性の少なさから、新しいドメインを構成しているのではないかと発見した研究チームは考えている。また、既知の生物と数十億年前に分岐して進化した子孫がパンドラウイルス属をはじめとした巨大なウイルスなのでは無いかとする説もある。このパンドラの箱を開けたような様から、このウイルスはパンドラウイルスと命名されている。
にもかかわらず、パンドラウイルス属が生物ではなくウイルスと分類されたのは、カプシドにDNAが包まれていることや、タンパク質の翻訳やアデノシン三リン酸の合成に関わる遺伝子などが欠如していることからである。このように巨大であるために、過去の調査でもパンドラウイルス属が発見されていながら細菌として見逃されていたという可能性がある。実際、発見した研究チームの調査では、アカントアメーバ (Acanthamoeba) に寄生する生物に関する2000年に書かれた文献で、パンドラウイルス属と良く似た小片についての記載がある。また、微生物学者のジャン・ミシェル・クラブリーとシャンタル・アベルジェルによれば、ウイルスは単独で増殖する能力がないので培養することは出来ないが、仮にパンドラウイルスを細菌だと思い込んで培養に挑戦し、失敗しても、海中に生息する細菌の約60%は培養に成功していないため、細菌であるという思い込みに疑問を抱くことはないだろうと述べている。過去の同様の例として、あまりに巨大であるため、約9年間細菌に分類されていたミミウイルスがある。
アメーバが研究対象となったのは、2003年に巨大なウイルスとしては初めて記載されたミミウイルス (Acanthamoeba polyphaga mimivirus) をはじめとして、しばしばアメーバから寄生する巨大なウイルスが発見されたためである。メガウイルス・キレンシス (Megavirus chilensis) のように宿主は不明であるが、実験室の中ではアメーバに寄生することが確認されているものもある。これらの巨大なウイルスはアメーバに感染する事でアメーバを餌にしていると考えられており、ヒトには感染しない。
2013年以後は、世界各地でパンドラウイルスの発見が相次いでいる。2019年には武村政春と明石基洋が荒川 (関東)の河川敷で採取した土壌からパンドラウイルスの2種を発見し、それぞれパンドラウイルス・ハデス、パンドラウイルス・ペルセポネと命名している。