祖父君神社
文明5年(1473年)8月、当時五島を領有していた宇久氏の次郎三郎と家臣の大久保家次に、有川湾に浮かぶ萬福籠瀬に陰陽の2神が天降り、「有川・魚目の守護神として奉祀せよ」との神託があった。神託を受けて同年8月13日、同地に陰神を奉祀(後の有川・祖母君神社)。同年11月1日、同地に陽神(伊邪那岐尊)を奉祀した。だが、陸地から遠く参拝に不便だったため陽神伊邪那岐尊を御亀地瀬に奉遷。その後、陸地により近いイタツシケ瀬に再度奉遷し魚目12ヶ村の宗廟とした。しかし、イタツシケ瀬もやはり不便な地であったため、文明10年(1478年)11月、現在の宮地に奉遷した。なお、家臣の大久保は後に姓を「宮田」と改め、当社の初代神主になった。
享保3年(1718年)に事代主神、宝暦6年(1756年)に倉稲玉神を合祀。
明治初年の神仏分離令の際には、当社の神体としていた不動明王像を同郷・白鳥神社(祭神・白鳥大神)に移している。同4年(1871年)村社に列せられ、同43年(1910年)10月に神饌幣帛料供進神社に指定、昭和9年(1934年)に郷社に昇格した。昭和62年10月7日、市岐国姫神と素戔嗚神を合祀。