国鉄6200形蒸気機関車
1102(1939年) → 日曹炭鉱天塩砿業所専用鉄道 1102
1103(1942年) → 西日本鉄道(宇美線) 1103 → 鉄道省(1944年)
1107(1939年) → 江若鉄道 1107
1113(1940年) → 夕張鉄道 1113
1117(1941年) → 江若鉄道 1117 → 桜島埠頭 1117(1949年)
1118(1937年) → 江若鉄道 1118
西日本鉄道に譲渡された2両は、1944年の戦時買収により再び国鉄籍となった。番号は、八幡製鉄所へ譲渡された1090が350に、三井鉱山三池鉱業所へ譲渡された1078が20に改められた以外は、国鉄時代の番号のまま使用された。このうち、八幡製鉄所の350は先輪のボギー台車と従輪を外して軸配置を2-4-0 (1B) に改造され、前部を詰め背部炭庫を縮小して寸詰まりのユーモラスな姿となっていた。
江若鉄道の1107, 1108や日鉄鉱業の赤谷鉱業所から羽鶴鉱業所に移った1080が1960年代まで使用され、特に羽鶴鉱業所の1080は1970年代後半まで現役で使用された。1080(旧6289)は、使用終了後に非公開で保管されていたが、2008年(平成20年)7月に西日本旅客鉄道(JR西日本)へ譲渡の申し入れがされた。これを受け同社は、現在唯一残る貴重なD9系蒸気機関車であることから、2009年(平成21年)9月以降の梅小路蒸気機関車館での保存を決定した。保存実施後は同館保存機では最古の、かつ唯一の明治時代に製造された車両となる。その後、2009年11月14日に同館で日鉄鉱業からJR西日本への譲渡式が行われた。2016年4月に梅小路蒸気機関車館を拡張・改称した京都鉄道博物館で引き続き保存されている。
1000形(2代。1000 - 1035)は、6350形を小運転や入換に適するよう、従軸を1軸追加して、側水槽および炭庫・背水槽を増設し、4-4-2 (2B1) 型タンク機関車に改造したもので、4形式の「ネルソン」中、最も早く改造されたものである。全36両が1924年から1926年にかけて大宮工場、浜松工場および小倉工場で改造され、改造の終了により6350形は消滅した。側水槽は左右とも前半部上面に傾斜のついた五角形である。ボイラー火室部に設置されていたドラモンド水管は、改造の際に撤去されている。また、6300形の特徴である前端部の乙字型に屈曲したランボードのシリンダから前の部分を撤去してしまった車も存在する。改造年および施行工場、新旧番号の対照は、次のとおりである。
1924年改造(11両) 大宮工場 6373, 6368, 6367, 6354 → 1000 - 1003 浜松工場 6356, 6353, 6381, 6380 → 1013 - 1016 小倉工場 6353, 6355, 6359 → 1026 - 1028
1925年改造(24両) 大宮工場 6364, 6369, 6375, 6365, 6366, 6372, 6376, 6370 → 1004 - 1011 浜松工場 6374, 6377, 6379, 6382, 6378, 6385, 6383, 6384, 6362 → 1017 - 1025 小倉工場 6357, 6360, 6350, 6351, 6352, 6358, 6361 → 1029 - 1035
1926年改造(1両) 大宮工場 6371 → 1012
改造落成後は各工場の管内に配属されたが、後にかなり移動している。