清川口の戦い
一方、勝利した庄内軍3000名は大網口から六十里越街道を通って山形・天童攻略のために最上川西岸に布陣した。鎮撫軍は天童藩、山形藩、佐倉藩、館林藩、土浦藩、松前藩などの連合軍になり最上川対岸に配置し対抗した。4月29日には小規模の軍事衝突があったが、被害は両軍とも軽微であった。その後、閏4月4日に庄内軍は、谷地を攻撃しようとしていた鎮撫軍に先制攻撃を開始して、天童に侵攻して市街地を焼き払う(天童の戦い)。庄内軍は鎮撫軍に勝利していたが、庄内藩主は朝敵になることを恐れて、即時停戦して撤退するように厳命したので、閏4月12日に庄内軍は領地内に引き返した。
同年7月に庄内軍の一番大隊と二番大隊は白河口の戦いの応援に向かう途中、久保田藩が裏切り奥羽越列藩同盟を攻撃した。庄内への援軍の要請を受けて、庄内軍は裏切り鎮撫軍についた久保田藩および薩摩長州を中心とする鎮撫軍と2ヶ月に渡る戦闘を開始することになる。庄内軍は久保田藩内部に侵攻し、次々に攻略した。