草津線
普通列車のみの運転で、日中時間帯は平日11 - 13時台が草津駅 - 柘植駅間で1本、平日8 - 10時・14・15時台と土休日が草津駅 - 貴生川駅間で2本、貴生川駅 - 柘植駅間で1本の運行である。客車時代には多くが京都駅や鳥羽駅へ直通していたが、気動車・電車化により線内折り返しが主となった。しかし、草津線を利用する乗客の大多数の流動が大津駅・京都駅を向いていることもあり、現在も朝夕には京都駅発着の直通列車があり、平日朝には京阪神を走り抜ける網干駅行きの直通列車も1本のみ運転されている。京都発柘植行きの列車は夕方のみの運行である。草津駅 - 京都駅間も全駅に停車するが、一部の列車は外側線(列車線)を走行している。また、関西本線亀山方面に直通する列車は現在では皆無となったが、柘植駅乗り換えで亀山方面への流動も少ないとはいえ一定数存在する。
戦前から1965年まで続いた姫路駅 - 鳥羽駅間の快速列車(俗に参宮快速などと呼ばれ、戦前は食堂車も連結されていた)と、その格上げ列車の「志摩」のほか、京都駅と名古屋駅を草津線経由で結ぶ「平安」、京都駅から南紀へ向かう「くまの」などの気動車による急行列車があったが、近鉄特急網の整備などによって利用者が減少し、日本国有鉄道(国鉄)末期にいずれも廃止された。
主に、杣川(そまがわ)、野洲川沿いの甲賀地域を走る。沿線の町は、旧宿場街や農村を形成し、周辺に田畑が広がっている。比較的平地を走る区間が多いが、三雲駅 - 貴生川駅間では山と川の狭間の林を縫って旧杣街道と併走する。甲賀駅 - 柘植駅間も森林地帯を貫いている。電車運転であることや、三雲駅 - 貴生川駅間の一部区間をのぞきほぼ直線が続く上に駅間距離が長いため、単線の各駅停車としては表定速度が速い。また、草津駅から名古屋駅までの距離は、米原駅経由より草津線から四日市駅を経由する方が短い。しかし、後述の通り現在は直通列車はなく、所要時間は乗り換えなどで長くなる。
かつては三雲駅や貴生川駅で貨物営業を行っており、また東海道新幹線の開業前は関西本線と結んで東海道本線のバイパス的役割も担っていたため、関西本線と東海道本線を結ぶ貨物列車も多数運転されていたが、現在貨物営業をする駅も貨物列車の運転もない。
全線が旅客営業規則の定める大都市近郊区間の「大阪近郊区間」及びIC乗車カード「ICOCA」エリアに含まれている。路線記号は C 。