霊元天皇
その一方で、一条冬経からも基熙と同様の理由で摂関を辞退したいという意向が元禄元年2月と元禄2年10月に霊元に伝えられているが、霊元は2度とも慰留の意思を伝え、一条冬経が健康問題を理由として(2度目の)辞退の意向が固いと知るや将来の再任を前提としてこれを認めることを伝えている。かくして、元禄3年(1693年)1月、基熙が関白に就任することになった。
元禄3年10月、霊元は西本願寺に対し、門跡(法主)が参内の際には四足門透垣の外で牛車の下轅・乗轅をするように命じた。霊元の在位中は透垣の内で下轅・乗轅を行っていたことから、関白である近衛基熙や武家伝奏の千種有維・柳原資廉は困惑した。間もなく、天皇の外祖母である東二条局(河鰭秀子)の口入があり、霊元もこれに同調していることが判明する。霊元はこの新規定は西本願寺だけでなく、東本願寺・専修寺・佛光寺などの他の浄土真宗系の門跡に適用する方針であることを表明した。両本願寺などに対する院宣を受けた一条冬経は霊元の考えに賛同はするが先例を調べた上できちんと説明を尽くすことを求め、基熙が先例を改める必要がある場合でも霊元の行為は独断に過ぎると反対した。京都所司代の内藤重頼も上皇が相談もなくこのような決定を下したことに不満を抱いた。元禄4年(1691年)4月に入ると、西本願寺から基熙と京都所司代松平信興(内藤の後任)に対して門徒たちが納得しないので院宣の撤回の取り成して欲しいとの申し入れがあった。これを受けて4月8日に基熙は霊元と会談して院宣の撤回を申入れて霊元も一度はこれに同意をしたが、12日にはやはり撤回しない意思を表明した。西本願寺は東本願寺と協議をして上皇の院宣について江戸の幕府に訴えることを決め、松平信興も江戸を巻き込む前に院宣を撤回して事態を収めた方が良いと諫言した。
宝永6年12月17日(1710年)、9歳の中御門天皇に位を譲り院政を開始していた東山上皇が疱瘡で急逝し、霊元上皇の院政が再開された。
しかし、近衛基熙は綱吉のあとを継いだ将軍徳川家宣の岳父であり、霊元も融和的にならざるを得なかった。基熙の子の摂政近衛家熙を宝永7年12月に太政大臣としたほか、正徳2年(1712年)8月、家熙の娘である尚子を中御門天皇の女御にすることを許し、享保元年(1716年)には女御として入内させている。
私生活では、60歳を過ぎても中臈の松室敦子らとの間に子女を儲けているが、その一方で東山上皇に続いて京極宮文仁親王にも先立たれた准后・松木宗子が正徳元年(1711年)10月に突如仙洞御所を去って出家を果たした。江戸幕府と関係を結んで霊元や東山とも一時的に権力を争った彼女に対する朝廷の待遇は冷たく、出家から2か月後に女院の称号を贈ることになったが、女院号については宗子の出家後の法名をそのまま転用した「敬法門院」とした。
正徳2年10月、徳川家宣が急逝すると、幼君の権威を強化するため、幕府は朝廷の権威にすがろうとした。
寛文2年(1662年)12月に元服し、寛文3年(1663年)1月、兄の後西天皇から譲位されて践祚した。なお、この時、朝廷は改元を希望したが幕府がこれを拒否したことが林鵞峯の『改元物語』に記されている。
父の後水尾法皇は天皇の即位をきっかけに、清涼殿・紫宸殿における仏教祈祷を廃止して禁中での祈祷は内侍所の御神楽のみに限定して、国家的な祈祷は上七社(伊勢神宮・石清水八幡宮・賀茂別雷神社・賀茂御祖神社・松尾大社・伏見稲荷神社・平野神社・春日大社)と七大寺(延暦寺・園城寺・興福寺・東大寺・東寺・仁和寺・広隆寺)に固定することにした。これは朝儀再興の一環として中世後期以来の朝廷における祈祷の無秩序状態を解消することを目的としていたが、禁中における仏教色の抑制や将軍家の病気平癒の祈祷が禁中で行われている状況を解消して朝廷権威の回復を目指す意図も含んでおり、法皇が以前から抱いていた構想の実現であったとは言え、後に天皇が目指すことになる朝儀復興と朝廷権威の回復政策の先鞭をつけるものとなった。
また、後水尾法皇は天皇の践祚直前に葉室頼業・園基福・正親町実豊・東園基賢の4名に新天皇の近侍を命じた。彼らは年寄衆もしくは御側衆と称せられた。彼らは元々法皇の近臣で、特に園と東園は外戚(天皇の母方の伯叔父)であった。また、将軍徳川家綱の了承を得て、幼い天皇に代わって摂政鷹司信房が武家伝奏の飛鳥井雅章と正親町実豊と共に官位叙任を取り決めるように命じ、両伝奏の辞任後は摂関家の九条兼晴と近衛基熈が関与した。