フィリピン独立革命
リサール逮捕によりフィリピン同盟に参加していたアンドレス・ボニファシオは改革運動に見切りを付け、流刑の日の1892年7月6日、フィリピン独立を求める秘密結社カティプナンをマニラ市内トンド地区で結成した。彼らは1896年3月、会の機関誌である『独立』 (Kalayaan) を創刊する(弾圧を避けるため同誌の発行地は日本の横浜と偽装された)一方、フィリピンに寄港した日本海軍の練習艦「金剛」に乗船していた日本軍人との接触を求め、5月4日にはボニファシオら幹部が世良田亮艦長と会談し革命への援助を要請した。
しかしカティプナンの存在はまもなくスペイン当局の知るところになり、同年8月19日には官憲による弾圧が開始された。進退窮まったボニファシオらは8月30日に武装蜂起を開始(サン・ファン・デル・モンテの戦い)し、これにより独立革命が始まった。当初、マニラ市内の戦いではカティプナンは苦戦を強いられたものの、マニラ近郊のカビテ州に革命が波及すると独立派は勢力を巻き返し、10月にはこの地方のカティプナン組織をまとめていたエミリオ・アギナルドらによってカビテ州東部の支配が確立され、ボニファシオを中心とするカティプーナン組織から分離して独自の勢力を形成した。これをみたスペイン当局は、流刑地からマニラに召喚したリサールを反乱教唆のかどで12月30日に処刑し、独立派の反発を一層かき立てることになった。
リサール処刑の前後から独立派内部の抗争が顕在化し、独立派内の上層階級を代表するアギナルドと下層階級を代表するボニファシオと独立革命の指導権をめぐり激しく対立した。アギナルドはもともとスペインによりカビテの町長に任命された人物で、地方社会で力を持つプリンシパリーア(町役人・地方)層の出身者である。
フィリピン独立革命が失敗に終わった理由としては、もちろん中途で介入してきたアメリカとの圧倒的な軍事力の差があげられるが、フィリピン側の問題としては、ボニファシオ粛清事件に見られるように、独立派陣営内部でさまざまな背景に基づく対立が繰り返され、また上層階級を中心に自らの既得権を守るため早くから革命を裏切りアメリカに近づく者が続出するなど、米国に対抗し得るだけの十分な民族的団結力を持つことができなかったことが歴史家レナト・コンスタンティーノによって指摘されている。さらに、革命を領導すべき立場にあったアギナルドが、常に自分の出身階層の利益を優先し日和見主義的な方針しかとることができなかった性格の人物であることも、独立革命の社会基盤の弱さと関わりがあるとされる(池端雪浦)。
なおこれと関連して独立派の大半がカトリックを精神的な統合軸と考えており、この後の独立運動もその点を継承したことは、独立後の民族的少数派 - とくにムスリム系フィリピン人(いわゆるモロ族)との摩擦を呼び起こすことにもつながった(池端)。
1898年6月、武器購入のため先述の「革命委員会」から日本に派遣されたポンセ・リチャウコらは、フィリピン独立活動の実情を日本の知識人・政治家に宣伝しつつ犬養毅・宮崎滔天さらに当時滞日中であった孫文と親交を結び、憲政本党代議士・中村弥六が青木周蔵外相や桂太郎陸相を説得して中古武器(村田銃)の買い付けに成功した。この際、武器購入の実現に動いた一部の陸軍軍人(川上操六ら)や在野活動家(浪人)は、台湾の真南に位置するフィリピンがアメリカ領となることは日本の国益を脅かすものであるとし、フィリピン独立と独立派内部での親日派勢力の扶植を希望、フィリピン軍の指導者として日本の軍人・浪人を派遣する計画を立てた。
しかし1899年7月、武器を積み込み日本を出航した布引丸は上海沖で台風にあい7月21日沈没した(布引丸事件)。8月19日にはアメリカに捕らえられたフィリピン軍将校の自白により日本人6名が武器を供給するために戦線を掻い潜って、マニラに潜入していることが発覚し、ただちにアメリカに逮捕される。