リスボン条約
54か条からなる欧州連合基本権憲章では、連合市民の政治、社会、経済に関する権利がうたわれている。同憲章では欧州連合の規則や指令が、欧州連合のすべての加盟国が批准している(また欧州連合としてもこの条約に加わっているとみなされている)人権と基本的自由の保護のための条約に反してはならないとされている。廃案となった欧州憲法条約では欧州連合基本権憲章が憲法条約の一部として取り込まれ、法的拘束力を持つことになっていた。ところが欧州連合でコモン・ローの制度を持つ2つの国の1つで、憲法が成典化されていないイギリスは欧州連合基本権憲章が法的拘束力を持つことに強く反対した。議長国ドイツは改革条約において1か条で基本権憲章に言及し、そのうえで法的拘束力を持たせようとした。その条文により基本権憲章は欧州連合条約や欧州連合の機能に関する条約と法的に同等の価値を持つこととなる。
(日本語仮訳)欧州連合条約(修正後)第6条
連合は2000年12月7日の基本権憲章で定められた権利、自由、原則を2007年12月13日にリスボンにおいて採択され、諸条約と同等の価値を持つものとして承認する。憲章の規定は諸条約で定義されている連合の能力を超えて適用されることはない。憲章に定めのある権利、自由、原則は、解釈や適用を司る憲章の第7部の一般規定に従い、また憲章において言及されている規定の由来を定めた解説によって解釈されるものとする。
連合は人権と基本的自由の保護のための条約に加わる。この加入は諸条約で定義されている連合の能力に影響を与えないものとする。
人権と基本的自由の保護のための条約で保障されている基本権および加盟国に共通するそれらの権利に由来する慣習は連合の法の一般原則であり続けるものとする。
ポルトガルはドイツを後押しし、IGC への付託に対する合意取りまとめを支えた。6月の協議や16ページにわたる改革条約の枠組みが決まり、同月23日に IGC での新条約の起草作業が開始された。ドイツの後を受け議長国となったポルトガルは「欧州連合条約および欧州共同体設立条約を修正する条約草案」と題した、145ページにわたる条約本体文書と132ページにわたる12の付帯議定書および51の宣言書を提示し、起草作業の開始点として欧州連合理事会のウェブサイト上に公開した。IGC には各国政府の代表や法学者のほかに欧州議会からも欧州人民党・民主主義グループからエルマー・ブロク、欧州社会党グループからエンリケ・バロン・クレスポ、欧州自由民主同盟からアンドルー・ダフの3人の代表が送られた。
IGC が開かれるまで、ポーランドは6月に合意された内容の撤回を求めており、とくに議決方式について反発していた。その一方で協議の進行をただ1か国が妨害すると見られることを恐れ、またほかの加盟国からの政治的圧力を受けてその姿勢を弱めた。しかし一部の報道によると起草過程の期間中に、ポーランドとアイルランドはイギリスとともに人権条項の例外規定を設けることを求め、またポーランドは加盟国が立法手続を遅らせることができる規定を加えるよう求めていたとされている。アイルランドに対する例外規定が協議されていたにもかかわらず、アイルランド労働組合会議 (ICTU) は、例外規定が適用されていれば国民投票での反対を呼びかけていたという声明を出した。結局アイルランドに対する人権分野に関する適用除外は実施されなかった。
ポーランドでは大統領レフ・カチンスキがリスボン条約に懐疑的な立場をとってきた。2008年4月に議会両院でリスボン批准が承認されたが、カチンスキはただちに批准法に署名しなかった。2008年6月にアイルランドの国民投票でリスボン条約批准が拒否されると、カチンスキは「アイルランドが国民投票で承認しない限りは、ポーランドの批准法に署名しない」と表明した。カチンスキは「リスボン条約の障害になるつもりはないが、アイルランド国民が yes と言わないような条約に署名するつもりもない」という意思を繰り返し述べていった。
2009年10月、アイルランドの2度目の国民投票で賛成が大きく上回ったという結果を受けて、カチンスキはただちに批准法に署名することを表明した。同月10日、カチンスキは欧州委員会委員長ジョゼ・マヌエル・ドゥラン・バローゾ、2009年後半の欧州連合理事会議長国であるスウェーデンの首相フレドリック・ラインフェルト、欧州議会議長イェジ・ブゼクを大統領宮殿に招いて式典を行い、その場で批准法に署名した。
2007年6月21日、欧州理事会の会合がブリュッセルで行われ、拒絶された欧州憲法条約に代わって新条約を作成することで合意された。会合はドイツが議長国を務めるもとで行われ、ドイツ連邦首相アンゲラ・メルケルが議長として協議を牽引した。会合ではキプロスやマルタのユーロ導入決定など、ほかの分野に関する議論が手早く行われ、その後新条約の協議が6月23日の午前5時まで続けられた。
IGC に付託する16ページにわたる文書に合意がまとまり、その中で欧州憲法条約から「憲法」のような性格を持つ用語や欧州連合のシンボルといったものが除去される内容が盛り込まれた。そのうえで IGC に対して、欧州連合理事会での立法手続や外交政策といった重要な点について欧州憲法条約の規定の修正を求めた。イギリスやポーランドの圧力を受け、潜在的にイギリスに対する例外条項を設けるなど、欧州連合基本権憲章の適用に関して限定的にするよう求めている。
2005年にフランスとオランダにおける国民投票で欧州憲法条約の批准が否決された。欧州連合の基本条約の枠組み改定には全加盟国の賛成が必要であるため、欧州憲法条約は発効が断念された。
これを受けて2007年6月、欧州理事会において新条約の枠組みが合意され、政府間協議 (IGC) において起草、条約案が承認された。草案は2007年10月19日に合意に達し、欧州憲法条約に大幅な変更が加えられたものの欧州憲法条約とは異なり、既存の基本条約と置き換えるのではなく、修正する形をとっている。
リスボン条約では欧州憲法条約に盛り込まれていた機構改革や、市民の欧州連合への関与を強化することが規定されている。その一方で欧州憲法条約にあった欧州連合の旗のような超国家機関的な性格は取り除かれ、また特定の国には適用除外条項が規定されている。
リスボン条約の第6条第2項では、発効には全ての欧州連合加盟国の批准手続の完了を要することが規定されている。条文では2009年1月1日の発効をうたっているが、全ての加盟国による批准手続の完了に遅れが生じた場合には、完了した日の翌月の1日に発効することになっている。
実際にアイルランドが本条約批准に必要な憲法改正手続に遅れが生じるなどしたため、条約発効は2009年12月1日となった。