釈奠
同年12月には林家の私塾として運営されてきた湯島聖堂の学問所が幕府直轄とされて聖堂から分離された(昌平坂学問所)。以後も湯島聖堂における祭酒(大学頭)としての林家の地位は維持されたものの、学問所の運営及び釈奠の実施権限は幕府が掌握し、祭酒はその命令下で実務を行うだけの存在となった。更に文久2年(1862年)には祭酒の上に学問所奉行が設置されて更に権限が縮小された。こうした状況下において、寛政12年(1800年)には新たな釈奠の作法書として『釈奠私儀』が作成された。これは、古来の延喜式に基づく釈奠を時代に合わせて一部手直しを加えながら再興させることを意図したものであった。寛政異学の禁。学問吟味の導入、昌平坂学問所設置、湯島聖堂大改築と続いた正学復興の最後を釈奠の再興によって締めくくるものとしたい幕府側と、この改革で伝統的な権威の多くを否定されながらも釈奠の場における主導権を維持したい林家側との思惑の合致の産物であった。また、同年2月の釈奠からは前日に将軍の使者が代参して太刀や黄金などの献上が行われて、幕末まで継続されている。
一方、諸藩の藩校でも元禄年間以後、『庚戌釈菜記』や『釈奠私儀』を手本として釈奠が開くところが増加した。一方、朝廷においては歴代天皇が釈奠復活の志を抱きながらも、財政事情などから果たすことなく幕末に至っている。特に後光明天皇の時には釈奠復興のための方策が検討されたものの、天皇自身の早世によって実現しなかったという。