ジャワ戦争
ヨーロッパ人支配者の介入によって財政難に陥ったジャワの王族・貴族たちは、植民地政庁の下で勢力を伸ばしていた華僑の商人たちに経済的に依存するようになった。王族・貴族たちは借金の抵当として華僑商人に領土の徴税権を譲渡するようになり、外国人の保護・監督権を有していた植民地政庁の影響力も合わせて増していった。華僑はジャワ王家が分立する前のマタラム王国時代からコメ・チーク材の輸出商人や徴税人としてジャワ王家に仕え、オランダ東インド会社の下ではアヘン取引の独占権を与えられるなど、一定の影響力を有していた。明の崩壊後はジャワへの移民が増加し、各地に中国人首長を中心とする華僑社会が形成され、徴税人として仕えることでジャワ王家の主要な収入源として重視された。
1812年6月のイギリス軍のジョグジャカルタ攻略の際には、中国人首長タン・ジン・シン(インドネシア語版)がイギリス軍に食料を援助し、タン・ジン・シンはその功績により「ラデン・トゥムングン・ スチャディニンラト」の名前と上級貴族の地位及び領土を与えられ、ジャワ宮廷における華僑の影響力が増すことになった。領土を得た華僑たちは通行税・市場税などの徴税を拡大していき、そのためコメの価格高騰や流通停滞を招き、ジャワ戦争直前には徴税所が暴動で焼き討ちされるなど華僑への反感が高まっていた。
このような情勢の中で、スルタン家の王位継承問題が発生した。イギリスがジョグジャカルタを支配した際に、ダーンデルスはハメンクブウォノ2世を復位させるが、彼はイギリスの求めた領土割譲に反対したため再び廃位され、息子のハメンクブウォノ3世が即位した。
1814年にハメンクブウォノ3世が崩御した際、民衆からの人気が高い長男ディポヌゴロは母親が身分の低い妾だったため王位を継げず、次男ジャロットがハメンクブウォノ4世として即位した。1823年にハメンクブウォノ4世が崩御すると、ハメンクブウォノ2世の妃アゲンとハメンクブウォノ4世の妃ケンコノは王太子メノルを王位に就けるためオランダに掛け合った。オランダは人望のあるディポヌゴロを警戒し、13歳のメノルをハメンクブウォノ5世(インドネシア語版)として即位させ、ディポヌゴロは叔父マンクブーミと共にハメンクブウォノ5世の後見人となった。しかし、戴冠式の際にはオランダ人官吏がハメンクブウォノ5世を抱えて玉座に座ったため、ディポヌゴロは怒りを見せた。また、カペレンの領土貸与禁止令により、ディポヌゴロの財政も悪化することになり、オランダがハメンクブウォノ家の墓を破壊して新たに道路を整備したことで、これらの経緯に不満を募らせたディポヌゴロは反乱を決意する。
1824年10月29日にディポヌゴロは屋敷で集会を開き反乱計画を協議し、民衆の負担を降らすことを掲げてオランダへの反乱を宣言する。ディポヌゴロの支持者たちは、オランダへの反乱を「オランダと棄教者に対するジハード」と主張した。
ディポヌゴロ軍は武器庫や食糧庫を森の中に隠し、戦闘を続ける中で火薬・銃弾の製造を行った。さらに地形を綿密に調査し、オランダ軍よりも優位に立った。数か月間にわたり雨期が到来するとディポヌゴロ軍は攻勢を強め、一方のオランダ軍はマラリアや赤痢に苦しめられ士気が低下し、停戦を申し出た。停戦が実現すると、オランダ軍は集落にスパイを放ち分断を図り、同時にディポヌゴロ軍兵士の家族を襲撃しようとした。しかし、徴兵したジャワ人兵士が尻込みしたため、襲撃は思うような成果を上げられなかった。
オランダ軍は1826年に東インド副総督に就任したヘンドリック・メルク・デ・コック(英語版)の指揮下で態勢を立て直し、1827年には要塞の建設と本国・スラウェシ島から兵力を増強することでディポヌゴロ軍に反撃した。ジョグジャカルタを追われたディポヌゴロ軍はゲリラ戦を展開して対抗するが、戦争の長期化により兵力を維持できなくなり劣勢に立たされた。1829年に精神的指導者のキヤイ・マジャがオランダ軍に捕縛され、マンクブーミと指揮官アリバシャ・セントットも降伏した。1830年3月28日にディポヌゴロとデ・コックはマゲランで停戦交渉を行うが、ディポヌゴロはオランダ軍の待ち伏せに遭い捕縛された。捕縛されたディポヌゴロはマナド、次いでマカッサルに追放され、1855年に同地のロッテルダム要塞(インドネシア語版)で死去した。
1795年、それまでジャワを支配していたオランダ(ネーデルラント連邦共和国)はフランス革命軍に征服され、ジャワの支配権はフランスに移った。1808年1月5日にフランス帝国から派遣された東インド総督ヘルマン・ウィレム・ダーンデルス(英語版)は、ジャワ宮廷の儀礼を無視する態度を示したため、ジャワ宮廷からの反感を買った。さらに、ダーンデルスはジャワ貴族や地方領主の収入源だったチークの貿易権を取り上げ植民地政庁に独占させたためジャワ貴族たちの不満は募り、1810年11月にラデン・ランガの乱(インドネシア語版)が勃発する。乱の鎮圧後、ダーンデルスは鎮圧に消極的姿勢を示していたスルタン家(英語版)のハメンクブウォノ2世(インドネシア語版)を退位させ、スルタン家の収入源だった東北海岸領の賃借料廃止、領土の一部割譲などを定めたジョグジャカルタ処分を言い渡した。割譲された領土にはスルタン家を治めるハメンクブウォノ家(英語版)の墓があり、王家の誇りを著しく傷付けることになった。