ナゴルノ・カラバフ戦争
そして1988年2月には、ナゴルノ・カラバフ自治州政府までも公然とアルメニア本国との統一を訴えるに至った。
連邦共産党中央委員会とアゼルバイジャン政府はこの要求を拒絶したが、アルメニア共産党は領土問題の徹底的な検討を中央委員会に訴えた。2月24日には自治州党書記で親アゼルバイジャン派のボリス・ケヴォルコフ(ロシア語版)が解任され、時を同じくしてアルメニアの首都エレヴァンでも百万人が参加したと言われるソ連史上空前の規模の統一要求デモが発生した。これに対して、アゼルバイジャンの首都バクーでもカウンター・デモが行われ、国営新聞の『アゼルバイジャン(英語版)』も、ナゴルノ・カラバフがアゼルバイジャンの歴史的領土であると訴える詩人のバフティヤール・ヴァハーブザーデなど知識人たちの手紙を掲載した。
アゼルバイジャン政府の調べでは、スピタク、グガルク(アルメニア語版)とステパナヴァン(ロシア語版)で1988年11月27日から29日にかけて33人が、1987年から1989年を通してでは216人が殺害されたという。一方でアルメニア側は、1988年から1989年を通して殺害されたアゼルバイジャン人は25人であると主張している。紛争の最初の2年間での犠牲者数は推計に幅があるが、1989年10月号の『タイム』誌では、1988年2月からの死者は双方が百人を超えているとされている。アルメニアから脱出するアゼルバイジャン人も、アゼルバイジャンから脱出するアルメニア人も、双方が国境で通行料を取り立てられた。
また、1988年12月にアルメニアで数万人の犠牲者を出したスピタク震災が発生した際も、アルメニア人は「ムスリムの血を体内に入れるくらいなら死んだほうがまし」と、アゼルバイジャンから大量に送られた医薬品や輸血用血液を活用しなかった。一方でアゼルバイジャン人も、震災後にアルメニアに向けて「震災おめでとう」と書かれた列車を走らせた。加えて、この震災で中央政府に先んじて救援活動を行ったのがレヴォン・テル=ペトロシャンを始めとする対アゼルバイジャン強硬派の「カラバフ委員会(ポーランド語版)」のメンバーであったため、さらに両国の関係は冷却し、アルメニア共産党の権威も下落していった。