ミナミマグロ
その後韓国、フィリピン、南アフリカ、EUなども加盟国、または協力的非加盟国としてCCSBTに参加を表明した。
しかし割り当てられた漁獲量以上の漁獲が発覚(日本、1996年-2005年までに合計約10万トン超過、これが2006年のみなみまぐろ保存委員会での日本の割り当て漁獲枠半減(3千トン/年)の背景になったとされる。ただし水産庁はこれの懲罰的意味合いは否定し、資源管理への前向きな姿勢だとしている)したり、日本とオーストラリア・ニュージーランドが国際海洋法裁判所で対立したり(みなみまぐろ事件)、非加盟国による漁獲も続いたりと、課題は多い。
また、ミナミマグロを狙った延縄にワタリアホウドリなどのアホウドリ類が掛かって溺死するため、これも問題となっている。
食料として見た場合、ミナミマグロの体内に含まれる微量の水銀に注意する必要がある。 厚生労働省は、ミナミマグロを妊婦が摂食量を注意すべき魚介類の一つとして挙げており、2005年11月2日の発表では、1回に食べる量を約80gとした場合、ミナミマグロの摂食は週に2回まで(1週間当たり160g程度)を目安としている。