ジュゴン
一方、2017年には、個体識別されている3頭以外に子供とみられるジュゴンが目撃された例もある。
先島諸島
近年の出現記録が沖縄本島周辺に集中していることから、先島諸島(宮古列島、八重山列島)では絶滅した可能性があるとの指摘もあった。しかし、2018年度の調査で、写真等の確実な証拠はないものの、2000年以降に11件(個体5件、死体2件、はみ跡2件、ふん2件)の目撃情報があることが分かった。個体は、2018年8月に波照間島近海で第11管区海上保安本部石垣航空基地所属のヘリコプターが親子と思われる2頭のジュゴンを目撃したのをはじめ、多良間島、西表島で目撃されている。また、2019年度の調査では、宮古列島の伊良部島及び八重山列島の波照間島周辺で新たに海草のはみ跡が確認されるとともに、目撃情報も得られている。
奄美諸島等
奄美大島では1960年に捕獲・撮影されて以降は確実な記録はない。一方で奄美大島での2002年11月 - 2003年4月の聞き取り調査では、未確認だが笠利湾で複数の目撃情報もある。南西諸島以外では、2002年に熊本県牛深市沖で定置網にかかった個体が発見され放流されたが、後に死骸が漂着した例がある。