日本自治体労働組合総連合
また、統一労組懇は、これらは反共主義による労働戦線の分断で、たたかう勢力の排除を指向している、産業報国会の再生だとし、自治労反主流派は、政府・財界主導による国民・労働者犠牲の臨調・行革攻撃を支持し推進する「反共・労使一体、体制擁護」の路線に屈服する「労働運動の右傾化」だと批判していた。当時の自治労執行部は「血を流してでも共産党と対決して連合に参加し、その主導権をとる」との姿勢で連合参加を決め、同盟主導の民間先行による統一の枠組みで1989年11月21日に連合に合流した。
これに対抗するために左派勢力の動きも活発だったが、紆余曲折の末、統一労組懇に加盟していた組織を中心に、同日に独自のナショナルセンターである全国労働組合総連合(全労連)に合流した(1989年11月21日)。自治労の全国大会レベルで約5分の1程度の勢力を持っていた反主流派は、「労働者・国民の利益を守る、まともな労働組合運動を」とのスローガンを掲げ、各単組には「労働組合選択の自由」の権利があると標榜して、加盟組合ごとに自治労傘下から離脱する動きを強め事実上の分裂。連合結成に先駆け、同年3月17日に統一労組懇の自治体部会を中心として自治体労働組合全国連絡協議会(自治体全国連絡協)を組織し、11月21日に結成された全労連に加盟した。当時の勢力は公称で30万人と発表していたが実際には約20万人弱だったと見られる。これにより、自治労では反主流派が主導権を持っていた7府県の本部(愛媛県など)で一時、本部による直接の代理執行が行われるなど、機能に支障をきたした。