発酵研究所
1944年12月 - 内閣技術院と武田薬品工業との共同出資により、航空醗酵研究所設立。
1945年11月 - 文部省(現・文部科学省)所管の財団法人となり、財団法人醗酵研究所に名称変更。
1960年6月 - 応用研究部門を武田薬品工業に移管。
1961年5月 - 財団法人発酵研究所に名称変更。
2000年12月 - 文部省と通商産業省(現・経済産業省)との共管となる。
2002年7月 - 研究資源の大部分を、独立行政法人製品評価技術基盤機構・生物遺伝資源センターに移管。
2011年4月 - 公益財団法人に移行。