攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX
作詞 - Tim Jensen / 作曲・編曲 - 菅野よう子 / 歌 - Scott Matthew
翌朝、飛行機で脱出を図る2人であったが、既に所在は海坊主にバレており、草薙はライフル狙撃によって頭部を破壊され、バトーは叫ぶ(「硝煙弾雨」)。
一連の出来事から3ヶ月後。釈放されていたトグサは、他の仲間達の行方もわからず、行き場のない怒りに悶々とした生活を送っていた。世間では9課のクーデター計画が発覚して鎮圧されたことになっており、また、薬島は捜査の手が及ぶも、それはマスメディアと検察の功績になっていた。逮捕されても薬島は逃げ切るかもしれないと考え、ついにトグサは笑い男の模倣犯として自ら薬島を襲撃しようとする。と、そこにバトーが現れ、トグサを止める。バトーはトグサを連れ、全員無事な他の仲間達の元に連れていく。すべては荒巻の筋書きであり、どのみち世間に知られてしまった9課では今後の活動は難しく、再び秘密機関として結成し直す必要があったために、あえて首相の9課解体の命令に乗ったのであった。草薙もまた狙撃されたのはリモート操作の素体であり、生きていた。
草薙は、現実世界において本当の笑い男ことアオイに会いに行く。図書館にて草薙とアオイは会話をし、今回の出来事を総括する。情報の並列化がもたらす、オリジナル無き後に模倣者が続出した今回の出来事を何と命名するかのアオイの問いに、草薙は「スタンド・アローン・コンプレックス」と答える。と、同時に個性を得たタチコマ達を踏まえ、好奇心がその解決の糸口になるかもしれないとする。そこに荒巻が現れ、アオイを9課の9人目のメンバーにスカウトしようとするが、アオイは誘いを断り、草薙と荒巻は図書館を後にする(「公安9課、再び」)。
復活した9課が前と同じように事件捜査にあたるシーンで物語は終わる。