定量PCR
この方法が最も単純であるが、結果が出るのは遅く、感度も低い上、アガロースゲルの状態に左右されてしまう。そしてリアルタイムに結果を出す事はできない。
未知の試料と既知の試料を濃度の判明している近いサイズの DNA断片と共に用意する。
それぞれの試料の反応を同じ条件で同じ時間だけ(できれば同じプライマーを用い、または少なくとも同じ位のアニーリング温度で)行う。
アガロースゲル電気泳動で PCR産物を分離する。
既知と未知試料の相対的な量を測る事で未知試料を定量する。
この方法は一般的にプローブの標的配列が存在するか否かを単純にみるために使われ、「真の」定量PCR と言える場合は稀である。これは他のリアルタイムな方法に取って代わられてしまった方法であり、せいぜい半定量法である。
定量PCR(ていりょうピーシーアール、英: Quantitative polymerase chain reaction, Q-PCR)は、その産物を迅速に定量できるポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) の改良型である。これは DNA、cDNA または RNA の増幅が行われる前の総量を間接的に測る方法である。そして通常は目的の遺伝子配列が存在するかどうか、何コピー存在するのかを確かめる目的で利用される。3種類の方法があり、これらは難易度と詳細が異なる。他の PCR 同様、DNA試料は DNAポリメラーゼと温度変化によって増幅される。
アガロースゲル電気泳動、SYBRグリーン(二重鎖DNA染色)、蛍光プローブのうちのどれかがよく利用される方法である。後者2つはリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を使いリアルタイムに分析が可能である。