新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画 (漫画)
どういうわけか偶然に女性の身体に頭や手を突っ込む「事故」が多く、その度にアスカに鉄拳制裁を受ける。
小説を書くのが趣味となっており、たまに授業中にも書いている。また、小学生の時に嗜んだことがあるらしく、原作同様チェロを弾くことができる。それとは別に、過去に少しだけだが、ピアノも習っていたことがあり、学園祭で組んだバンドでキーボードを演奏している。
女装をさせられたことがあるが、意外にその姿は美少女っぽく、周囲の評判も良い。
パワーはないがとても器用らしく、どんな型をも抜いてしまう「型抜きのシンジ」の異名を持ち、型屋から出入り禁止を食らっている。また、ボールのコントロールも抜群にうまく、1巻の夏祭りではボールを使った的当て勝負で二枚抜きを達成。9巻ではバグの集合体に作戦通り見事弱点の部位にカラーボールを当てこれを撃破した。使用した武器のモデルはM16A2。
シンジの父で人工進化研究所の所長。アニメとほとんど同じこわもての外見とは裏腹に、おっちょこちょいな人柄。シンジに対しての接し方も本編とは違い、暴走気味の親馬鹿な愛情を見せている。碇ユイには頭が上がらない恐妻家で、原作のように赤木親子と関係を持つといった様子はない。
最先端技術を扱う研究所の所長でありながらメカ音痴でもあり、研究所の端末をチョップしてシステムを復旧させようとしたり、コンピュータがウイルスに侵されたと聞いて除菌剤をまくなど、大真面目な態度でトンチンカンな行動を取る。また、レイが特殊装甲の非常に重たい扉に閉じ込められたのを力でこじ開けるなど、無謀で向こう見ずな行動もするが、最後はなぜか必ず上手くいく。そのひたむきさと自信ゆえに男性所員からの信頼は絶大でカリスマ性を発揮する。その一方で女性職員からは、ゲンドウがいないと平和だといった評され方をしている。
しかし、アニメと同じ黒の上下しか服を持っていないため、髭面とサングラスの効果もあいまって、研究所から一歩外に出ると一般市民からはいつも不審者扱いされる(ちなみに同じ外見だが、運動用や海用などさまざまなタイプがあるらしい)。
当初はシンジやアスカから「ミサト先生」と呼ばれていたが、両者とも後に原作と同じ呼び方(シンジは「ミサトさん」、アスカは飛び捨て)に変わっている。レイからは一貫して「葛城先生」と呼ばれる。
毎回シンクロ率を上げるハチャメチャな案を出しては、効果を出すのだが、完全に成功した例は少なく、シンジたちからは、ミサトの努力って何か効果あったっけ?などと言われている。また、アスカやレイとシンジの恋の行方を面白がっている一面もある。
加持リョウジから頻繁に借金をしており、クラス対抗の運動会や町内会の野球大会などで勝負を吹っ掛け、借金の帳消しを試みている。最初に賭けた体育祭では勝利したが、それ以降はミサトが全敗している。
本編ではセカンドインパクトの時に負った大きな傷が体にあったが、その設定自体が無いので体に傷は無い。また、巨乳が強調される描写が目立つ。