ジャコウネコ科
始新世に出現し、現生の食肉目内では起源が古く原始的な特徴を残した分類群だと考えられている。
ジェネット亜科(ジャコウネコ亜科から分割)・ジャコウネコ亜科・タイガーシベット亜科(ヘミガルス亜科)・パームシベット亜科に区別される。
以前はコバマングース、フォッサ、マダガスカルジャコウネコといったマダガスカルに分布する種が含まれ、フォッサ亜科やコバマングース亜科を構成する説もあった。2003年に発表されたIRBPのエクソン・TTF遺伝子のイントロン・ミトコンドリアDNAのシトクロムb・ND2遺伝子の塩基配列を決定した最大節約法と最尤法、ベイズ法などによる系統解析では、マングース科のワオマングース亜科も含めたマダガスカルの食肉類のみで単系統群を形成することが強く示唆されマダガスカルマングース科Eupleridaeを構成する説が有力とされる。これらの系統解析によりキノボリジャコウネコがネコ型亜目Feliformia内でも初期に分化したことも示唆されたため、1属1種でキノボリジャコウネコ科Nandiniidaeを構成する説が有力とされる。
オビリンサン属Prionodonはジャコウネコ亜科に含める説があったが、臭腺がない・爪がひっこめられるなどの特徴から1属でオビリンサン亜科Prionodontinaeを構成する説も提唱されていた。2003年に発表されたTTF遺伝子のイントロン・ミトコンドリアDNAのシトクロムbの塩基配列を用いた最尤法による系統解析では、オビリンサン属とネコ科で単系統群を形成することが示唆されたことから独立した科Prionodontidaeを構成する説が提唱されている。
現生種の分類はVeron (2010) に従う。