ニシシマドジョウ
本種は分布域が広く、遺伝的にいくつかの集団に区別できることが知られている。そのため、ここでは4つのグループを列挙した。このグループは後に亜種となる可能性がある。
山陰のニシシマドジョウ
分布:兵庫県の日本海側、鳥取県、斐伊川以東の島根県、隠岐島後。
尾鯺付け根の黒点は上のみが明瞭で、下は不明瞭。他のニシシマドジョウと亜種レベルで異なると考えられる。
琵琶湖のニシシマドジョウ
分布:琵琶湖とその流入河川および淀川。
尾鯺付け根の黒点は上下とも明瞭であり、繋がることもある。体側斑紋は縦条に近い数珠状の斑紋列となる。上の点は大きくコンマ状。また、体側の斑紋列は繋がり帯になった個体もいる。
北陸のニシシマドジョウ
分布:福井県、石川県、富山県、岐阜県北部、新潟県。ただし新潟県での詳しい分布は不明。
尾鯺付け根の黒点は上のみが明瞭で、下は不明瞭。