糞生菌
動物の糞は、動物の種によってもその性質は大きく異なる。哺乳類では、大ざっぱに言って肉食動物のそれは粘液っぽくて臭いが強く、草食動物のそれは繊維っぽく臭いは薄い。菌類がよく観察されるのは草食動物のものとされており、ヒツジやウサギの糞がよく観察に用いられる。ネズミ類の糞も興味深いものが見られる場合が多い。しかしそうでない動物でもさまざまなものが発見されている。また、爬虫類や両生類、あるいは昆虫などの糞から発見されたものもある。鳥類の糞は一般には菌類の出現が少ないとされる。
ここでは主に草食動物の糞について説明する。糞と言えば、その動物が食べた餌から栄養を吸収した残りかすと考えがちであるが、必ずしもそうではなく、菌類から見れば元の餌より魅力的である面すらある。以下のような特徴が挙げられる。
糖類など可溶性の栄養素を多く含むこと。これはセルロースなど分解困難な成分の利用が苦手な接合菌などの成長に役立つ。また、主成分はセルロースやリグニンで、これらは子嚢菌や担子菌の多くが利用する。
窒素含有量が高いこと。これらの糞の窒素含有率は4%にも及び、一般的な菌類の基質である植物遺体(材木で0.1%以下程度)に比べるとはるかに高い。さらに、草食動物の元の餌より高いのが普通で、これは動物の分泌物や腸内細菌の活動のためである。