第3新東京市
2000年9月13日に発生した「セカンドインパクト」、および同9月20日の新型爆弾の攻撃により首都、東京都は壊滅した。その復興を断念した日本政府は、2001年に長野県松本市を暫定的な首都として第2新東京市と改称して遷都した。
その後、2004年に国会で「第二次遷都計画」が承認され、2006年に将来の新首都、第3新東京市として芦ノ湖北岸(神奈川県足柄下郡箱根町仙石原付近)に推定50兆円の建設費用をかけて2015年を目処に着工した。完成後は第2新東京市から遷都される予定となっている。
しかし、次期首都という題目は特務機関NERV(ネルフ)が日本政府の予算で建設するための方便であり、その実態は使徒迎撃専用要塞都市であり、その地下にある巨大な半球形の空洞・ジオフロント(本来は巨大な球状であるが、その89%が土砂に埋まった状態であるため、残りの11%というわずかな空間に施設が置かれている)内にNERV本部が置かれ、都市の随所にエヴァンゲリオンの射出口、兵装ビル(エヴァンゲリオンの武装の格納庫および偽装砲台)が設置されている。
第3新東京市は、使徒との戦いで度重なる被害を受け、最終的には第弐拾参話で綾波レイの操るエヴァンゲリオン零号機の自爆により壊滅的な被害を受け、芦ノ湖とつながって水没した。その後、劇場版第25話において、戦略自衛隊によるN弾道弾の攻撃により完全に破壊され、ジオフロントがむき出しにされた。
ゲーム「スーパーロボット大戦シリーズ」では、ほとんどの作品で東京が健在であるため、名称が「第2新東京市」となっている(原作の第2新東京市は存在していない)。「第3新東京市」として本格的に登場したのはラーゼフォンとの兼ね合いで東京に絶対障壁が出来て外界と隔離されていた『スーパーロボット大戦MX』からであった。また、『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』では『スーパーロボット大戦α』で第2新東京市が消滅したため、エンディングにて第3新東京市に民間人に戻ったシンジたちが引っ越してくる描写がある(NERV関連の設備が存在するのかは不明)。また、MX以外のシリーズでは東京から遷都する理由は、主に『マジンガーZ』や『ゲッターロボ』などのスーパーロボットの敵勢力の攻撃(もしくは敵勢力と東京で最終決戦を行ったための被害)が原因とされている。『第3次スーパーロボット大戦Z』では、時空振動によって転移してきた都市が、転移先の世界にすでに第2新東京市が存在していたために第3新東京市という名称に決まったとされている。