クリプトクロム
このメカニズムには、カリウムチャネルのコンダクタンスに依存したフラビンレドックスベースのメカニズムが必要であると考えられている。このCRYを介した光反応は、オプシンノックアウトしたショウジョウバエにおいて、光反応の数秒後に活動電位の発火を増加させることが示されている[38]。
クリプトクロムは、概日リズムに関与する多くの遺伝子と同様に、mRNAおよびタンパク質レベルで概日的な循環を示す。ショウジョウバエでは、CryのmRNA濃度は明暗サイクル(LD)で循環しており、明所では高濃度、暗所では低濃度となる[33]。この循環は暗所(DD)でも持続するが、振幅は減少する[33]。Cry遺伝子の転写も同様の傾向で循環する[33]。LDでは、CRYタンパク質は明所では低レベル、暗所では高レベルとなり、DDでは、CRYレベルは主観的な昼夜を通して連続的に増加する[33]。このように、CRYの発現は、転写レベルでは時計によって、翻訳および翻訳後のレベルでは光によって制御されている[33]。
また、Cryの過剰発現は、概日的な光反応にも影響を与える。ショウジョウバエでは、Cryを過剰に発現させると、ハエの低照度光に対する感度が向上する[33]。このようにCRYタンパク質レベルが光によって調節されることは、CRYが他の時計遺伝子や構成要素の上流で概日的な役割を果たしていることを示唆している[33]。