遺伝子変換
マウスに近縁な一部の哺乳類では、FxyまたはMid1遺伝子はX染色体の性連鎖領域に位置している。しかしMus musculusでは、遺伝子の3'末端がX染色体のPARと重複する転位が起こっている。PARは組換えのホットスポットとして知られている。遺伝子のPARに位置する領域ではコドンの3番目の塩基やイントロンで劇的なGC含量と置換率の増加がみられるが、遺伝子の5'側の性連鎖領域に位置する領域ではみられない。組換え率が増加した遺伝子領域でのみGC含量の増加がみられることは、この変化が選択圧ではなく偏りのある遺伝子変換によるものであることを示している。
GCに偏った遺伝子変換(GC-biased gene conversion)は、組換え時の遺伝子変換によってDNAのGC含量が増加する過程である。酵母とヒトではGCに偏った遺伝子変換の証拠が存在し、近年では他の真核生物系統でも検証が行われている。解析されたヒトのDNA配列では、乗換え率とGC含量には正の相関があることが判明している。ヒトのX染色体とY染色体の偽常染色体領域(PAR)は組換え率が高く、またGC含量も高いことが知られている。協調進化が起こっている特定の哺乳類遺伝子(リボソームオペロン、tRNA、ヒストン遺伝子など)は、非常にGC含量が高い。ヒトとマウスのヒストン遺伝子パラログの比較からは、類似した配列からなるサブファミリーに属する遺伝子(おそらく協調進化が起こっている)は、比較的独特な配列を持つ遺伝子よりもGC含量が高いことが示されている。また、ミスマッチ修復過程にもGCへの偏りの証拠が存在する。これは、メチル化シトシンの脱アミノ化によるC→T変換に対する適応である可能性が考えられている。