松浦鉄道西九州線
2002年3月22日まではたびら平戸口駅 - 佐世保駅間に快速列車が1往復設定されていた。このうち、たびら平戸口駅発の下り列車は、かつての準急「九十九島」(後の急行「平戸」)運転開始以来のダイヤをほぼそのまま継承しており、土休日や夏休みなどにはJR車両により大村線経由で長崎駅まで直通運転を行っていた(JR九州線内は快速「シーサイドライナー」として運転)。2000年3月11日ダイヤ改正時に佐世保駅高架化工事のため直通運転を休止するが、その直前の2000年1月8日からはこの直通運転列車に松浦鉄道のMR-500形(レトロン号)も使用され、JRのキハ58形+キハ65形に併結していた。
このほか1990年3月10日改正から1991年3月15日までは伊万里駅 - たびら平戸口駅間に1往復の快速列車(停車駅はたびら平戸口行は久原駅・今福駅・今福鷹島口駅・松浦駅・御厨駅、伊万里行は楠久駅・鳴石駅も停車)も運行されたが、2002年3月23日のダイヤ改正で西九州線は普通列車のみの運行となった。
2006年6月1日に佐々駅→佐世保駅間に通勤快速が下り1本設定され、通過駅のある快速列車の運行が復活した。
通勤快速の停車駅は小浦駅・棚方駅・上相浦駅・左石駅・佐世保中央駅であった。2007年3月18日のダイヤ改正で通勤快速に代わり快速が朝に下り4本・上り3本設定された。その後2008年3月15日のダイヤ改正で夕方に上り1本が増発され、2019年3月16日のダイヤ改正で下りの一部列車が中里駅に停車するようになった。2022年9月23日のダイヤ改正で朝の快速のうち下り1本が普通に格下げ、夕方の上り快速が廃止されて、朝のみ3往復の現行の運行体制となっている。
このほか2008年3月15日のダイヤ改正では土曜・休日のみ、佐世保駅→たびら平戸口駅間に快速が上り1本設定された。停車駅は佐々駅までは他の快速列車と同様で、佐々駅からは終点のたびら平戸口駅まで無停車だった。この快速は2009年3月14日のダイヤ改正で、大村線ハウステンボス駅→たびら平戸口駅間を毎日運行する快速「平戸エクスプレス」に変更された。JR線内は各駅停車で、佐々駅→たびら平戸口駅間は吉井駅と江迎鹿町駅が停車駅に追加された。2011年3月12日のダイヤ改正で、JR線への直通が早岐駅までに短縮されたのに伴い廃止された。