総合研究大学院大学
文化科学研究科 地域文化学専攻 - 大阪府吹田市 比較文化学専攻 - 大阪府吹田市 国際日本研究専攻 - 京都市西京区 日本歴史研究専攻 - 千葉県佐倉市 メディア社会文化専攻 - 千葉市若葉区(2009年4月学生募集停止、2017年3月専攻廃止) 日本文学研究専攻 - 東京都立川市(2008年3月移転)
物理科学研究科 構造分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 機能分子科学専攻 - 愛知県岡崎市 天文科学専攻 - 東京都三鷹市 核融合科学専攻 - 岐阜県土岐市 宇宙科学専攻 - 相模原市中央区
高エネルギー加速器科学研究科 加速器科学専攻 - 茨城県つくば市 物質構造科学専攻 - 茨城県つくば市 素粒子原子核専攻 - 茨城県つくば市
複合科学研究科 統計科学専攻 - 東京都立川市(2009年10月移転) 極域科学専攻 - 東京都立川市(2009年5月移転) 情報学専攻 - 東京都千代田区
生命科学研究科 遺伝学専攻 - 静岡県三島市 基礎生物学専攻 - 愛知県岡崎市 生理科学専攻 - 愛知県岡崎市
先導科学研究科 生命共生体進化学専攻 - 神奈川県三浦郡葉山町
大学本部事務局 - 神奈川県三浦郡葉山町 学融合推進センター - 神奈川県三浦郡葉山町(2010年4月葉山高等研究センター名称変更、2018年4月廃止) 統合進化科学研究センター - 神奈川県三浦郡葉山町