エゥーゴ
ヘンケン・ベッケナー(アーガマ初代艦長)
アブ・ダビア
キグナン・ラムザ
マニティ・マンデナ
メッチャー・ムチャ(技術士官)
両組織の対立は、U.C.0087年から翌0088年の1年間に及ぶ「一年戦争」以来の地球圏全体を戦場とした紛争へと発展した(グリプス戦役)。一連の戦闘のさなかにティターンズによりブレックス・フォーラが暗殺されるが、その跡を継いだキャスバル・レム・ダイクン(=クワトロ・バジーナ=シャア・アズナブル)と共にニュータイプとして最高の資質を秘めるカミーユ・ビダンや、地球での支援組織カラバに参加した一年戦争の英雄アムロ・レイ、ホワイトベースクルーであったハヤト・コバヤシらがティターンズ打倒を目指して戦い続けた。
当初は苦しい戦いを強いられていたエゥーゴだったが、ダカールの連邦議会を占拠してシャアが行ったダカール演説を機に連邦国民や連邦議会議員の世論が悪行を行うティターンズを見限ってエゥーゴに傾いたため連邦内部での力関係が一気に逆転し、傍観していたコロニーや月面都市のティターンズへの反発によって、エゥーゴは連邦軍の主導権を掌握することに成功した。アクシズの介入やティターンズ内部の主導権争いなどで戦いは混迷を極める中、メールシュトローム作戦でエゥーゴ艦隊はグリプス2の占拠に成功。コロニーレーザーでティターンズの主力艦艇を殲滅し、さらにティターンズの実権を掌握していたパプテマス・シロッコが戦死。ティターンズは組織的に壊滅し、エゥーゴはこの戦争の勝利を得た。
しかし、シロッコを倒したカミーユは精神的な崩壊に至り、シャアは最終決戦でのハマーン・カーンとの戦いの末に行方不明になった他、エマ・シーンやカツ・コバヤシ、ヘンケン・ベッケナーなどの多くの人員が死亡した(劇場版では異なる)。