ポリケチド
移動したポリケチド鎖は、次のモジュールのKSドメインへ移動し上記と同様の反応が触媒されるため、ポリケチド鎖は鎖長を伸ばしながら場所を一つずらして移動する。
各モジュールでは必要に応じて修飾ドメインが働き、ポリケチド鎖の断片を変化させる。KRドメインはβ-ケト基をβ-ヒドロキシル基に還元し、DHドメインは断片を脱水することでα-β-不飽和アルケンにし、ERドメインはα-β-二重結合を単結合に還元する。これらの修飾ドメインが実際に作用するのは伸長部分ではなく、その直前に伸長部分だった部分(直前の伸長反応の現場となったモジュールと結合していたときの伸長基質)であることに注意が必要。
以上の工程は各伸長モジュールで繰り返される。
注意:この工程はI型のモジュール型のものであり、反復型では単一モジュール上で繰り返し触媒される。
終止段階
ACPドメインからTEドメインへとポリケチドが移動する。
TEドメイン上で加水分解、または環化反応が触媒され最終生成物が放出される。