五島市立久賀小学校
843500 (旧・福江市立田ノ浦小学校))を統合。 4月6日 - 田ノ浦小学校を統合したことにより、旧・田ノ浦校区との間にスクールバスの運行を開始。 4月7日 - 完全給食を開始。
1989年(平成元年)4月1日 - 完全複式(3学級)となる。
1992年(平成4年)6月 - プールが完成。
1993年(平成5年)9月 - 久賀中学校との合同運動会を開始。
1996年(平成8年)4月 - 細石流地区児童の輸送手段がスクールボートからスクールバスに変更となる。
2004年(平成16年)8月1日 - 市町村合併で五島市が発足したことにより、「五島市立久賀小学校」(現校名)へ改称。
2009年(平成21年) 4月1日 - 五島市立蕨小学校(北緯32度49分25.1秒 東経128度53分8.5秒 / 北緯32.823639度 東経128.885694度 / 32.823639; 128.885694 (旧・五島市立蕨小学校))を統合(久賀島の小学校が1校だけとなる)。 9月 - 五島市立奥浦小学校・五島市立椛島小学校の2校と交流学習を開始。
2011年(平成23年) 3月31日 - 1984年以来休校となっていた細石流分校を廃止(最終所在地:猪之木町141番地, 北緯32度49分45.2秒 東経128度50分53.5秒)。 4月1日 - 五島市立久賀中学校の校舎に移転し、60年ぶりに小中併設校となる。
2016年(平成28年)4月 - 長崎県内で初めて「しま留学制度」が導入される。