ソマリア内戦
勢いに乗るアル・シャバブはヒズブル・イスラムの勢力地を次々に攻め落としてソマリア南部の大半を掌握し、12月になってヒズブル・イスラムの議長アウェイスは、戦闘停止とアル・シャバブへの合流を発表した。ただしヒズブル・イスラム以外の支配地域への拡大はゆるやかで、アル・シャバブはソマリア中部ガルガドゥード地域にあったガルムドゥグの大部分を占領していたが、その西のイスラム神秘主義勢力アル・スンナ・ワル・ジャマー(ASWJ、暫定政府に参加)と一進一退の攻撃を繰り広げ、のちガルガドゥード地域をASWJに奪われている。
2011年に入り、ケニア軍がソマリア暫定連邦政府軍と共同することになり、事態は変わった。暫定政府軍となったラスカンボニ運動がジュバランドで政府軍と共同してアル・シャバブを攻撃した。ソマリア南部の軍閥の多くが暫定政府軍に加わることになり、アル・シャバブは弱体化した。4月になってケニアがソマリア南西周縁に「アザニア国」を建設し、5月にはソマリランド北端のアウダル州が独自に政治運動を行った(アウダルランド)。さらに2011年11月には、エチオピア軍が中部ベレドウェインなどに再進出した。2012年にはアル・シャバブの重要拠点キスマヨがソマリア暫定連邦の支配下となった。
29日にはゲーディ首相が暫定政府要人として初めて首都入りを果たし、その他の閣僚も次々に首都入りした。2007年1月1日、エチオピア軍と暫定政府軍は、法廷連合が最後の拠点とした沿岸都市キスマユに対して激しい攻撃を加え、法廷連合は南部のケニア国境方面に撤退した。これにより、暫定政府軍は北部のソマリランドやプントランドなどの一部を除き、ソマリア全土を制圧した。後に、この侵攻作戦には米軍特殊部隊がアドバイザーとして参加(12月に現地入り)していたことが公表された。
2007年1月1日、暫定政府は法廷会議に対する勝利宣言を行った。しかし、先のオガデン戦争によって国民の対エチオピア感情は悪く、自前の軍事力が小さい暫定政府は、治安維持や軍事行動をエチオピア軍に頼らなければならないが、駐留が長引けば暫定政府への反発が広がる矛盾を抱えての出発となった。一方のエチオピア政府は、AU展開が進めば2週間程度で撤退することを示唆した。4日にアイディード副首相は、8000人規模の治安部隊創設を示唆し、また国際部隊の早期派遣を要望した。5日にはケニアで国連、AU、アラブ連合、EU、周辺各国の代表者会議が行われ、暫定政府はPKOの派遣と国際復興支援を要請した。また、ゲーディ首相はエチオピア軍が平和維持軍へ編入されることを期待すると共に、6日より国民の武装解除を強制的に実施すると宣言したが、エチオピア軍の駐留に反対する市民のデモが相次ぎ一部が暴徒化、軍や警察と銃撃戦が発生し、死傷者が出た。このような国内混乱を懸念して、フレイザー米国務次官(アフリカ担当)の訪問が無期延期となった。
国連が撤収した1995年3月、アイディード派の財政を支えた実業家アリ・アトが離脱してSNAは分裂した。アリ・アト派は8月に武装勢力13派と協力関係を樹立し、アイディード派との戦闘に突入。1996年8月、砲弾による負傷が原因でアイディード将軍が死亡すると、三男のフセイン・アイディードが後継者となった。これを機に、10月には隣国ケニアが停戦協議を持ちかけたが失敗する。
1997年12月、モハメド派、アト派、アイディード派を含む武装28派がエジプトのカイロで無条件停戦などを定めた和平協定に調印、統一政府の樹立に向けて会議を開催することで合意したものの、翌1998年3月に開かれた会議で、各派の意見対立により和平合意は延期。5月に、和平合意に向けた会議を開くことを約束したが開かれず、その後は和平協定そのものが事実上無効となってしまった。
同年7月、北西部の氏族の一部が自治国家プントランド共和国の樹立を宣言する。続いて隣国のエチオピアがエリトリアと国境紛争を起こすが、その余波でエチオピアが支援するラハンウェイン抵抗軍(RRA)が1999年6月に南西部の要衝バイドアを制圧した。