ピクミン2
オハヨー乳業
梶原乳業
北阿萬農業協同組合
九州乳業
共進舎牧農園
協同乳業
クリモト
小岩井乳業
砂谷
四国乳業
大山乳業農業協同組合
チチヤス乳業
日本酪農協同
蒜山酪農農業協同組合
井村屋製菓
岩手缶詰
極洋
ニチロ(現・マルハニチロ)
マルハ(現・マルハニチロ)
明治屋
松下電池工業(現・パナソニック エナジー社)
ドクターペッパー
セブンアップ
Sara Lee Household & Body Care
(順不同)
タイトル画面で選べるモードの1つ。1Pがオリマーと赤ピクミンを、2Pがルーイと青ピクミンを操作して対戦を行う。勝利条件は「黄色いビー玉を4個回収する」「敵チームの色のビー玉を回収する」「敵チームのピクミンが全滅」「敵チームのリーダーがダウン」の中の一つを先に達成することである。
このモードのステージでは間欠炎や水場は登場しない。また、赤ピクミンの攻撃力は青ピクミンと同等に設定されているため、色によるピクミンの能力差はない(ただし、火や水を扱う生物は登場する)。
各プレイヤーは開始時のピクミンの数を5匹から50匹まで、5匹刻みで調整することができる。
ステージは10種類のコースからプレイヤーが選べるが、各コースに3種類のマップが用意されており、この3種類からランダムで決定される。
このモードのゲキニガスプレーは通常の石化効果に加え、敵のピクミンを地面に埋める効果がある(但し一定時間で元に戻る)。
前作で登場したトラップやギミックの役割が変更されており、トラップに属性が付与されたほか、突破するのに赤以外のピクミンが必須となるしかけも出てきた。
バクダン岩がトラップに変更された。前作ではピクミンの顔程度の大きさで黄ピクミンが扱えたが、今作では巨大化し、ピクミンが扱えなくなった。落下やピクミンの攻撃、パンチなどの衝撃が加わると一定時間で爆発する。ゲキニガスプレーで石化する事もでき、この状態で攻撃した場合、爆発せずに消滅する。なお、vsモードではオリマーとルーイがバクダン岩を持ち、投げることができる。
新たなアイテムとして、ゲキカラ・ゲキニガスプレーが登場している。これらはピキノツユクサの実を回収することで作成でき、赤い実はピクミンの攻撃力と行動速度を一定時間上昇させるゲキカラスプレー、紫の実は原生生物を一定時間石化させて活動を停止させるゲキニガスプレーとなる。ゲキニガスプレーで石化させた原生生物は倒すと死骸が残らない代わりに大地のエキス(低確率でゲキカラエキス又はゲキニガエキス)を落として消滅する。次回作の『ピクミン3』ではゲキカラスプレーのみが登場、継承されている。
オリマーは前作『ピクミン』でドルフィン号と共にとある惑星に不時着し、ピクミンの力を借りてそこから脱出し、ホコタテ星に帰還する。
ある日、彼の勤めるホコタテ運送の新入社員ルーイの失態により、会社に莫大な借金がのしかかったうえ、ドルフィン号も借金のかたに売られてしまう。そんな時、オリマーがあの星からお土産に持って帰ってきていた物体をドルフィン初号機が鑑定した所、かなりの価値があることが判明する。借金を返済したい社長の命令により、オリマーはルーイを伴って再びピクミンの星へ行く。惑星に到着した際のトラブルでルーイとはぐれてしまうが、赤ピクミンの力を借りて合流を果たす。
2人は力持ちの紫ピクミンや、毒への耐性を持つ白ピクミン、さらには黄ピクミンや青ピクミンとも出会い、借金を返済できる分の宝を回収する。
ところが、オリマーがホコタテ星に向け出発した矢先に、ルーイがピクミンの惑星に置き去りなことに気付く。しかし引き返すことはできず、ホコタテ星に帰還する。
1969年に任天堂が発売した玩具「ラブテスター」がお宝として登場する。
任天堂のロゴの入ったトランプ、麻雀牌、花札などの任天堂製品がお宝として登場する。
1980年に任天堂が発売した携帯ゲーム機「ゲーム&ウオッチ」がお宝として登場する。
ファミリーコンピュータの十字キーがお宝として登場する。
ゲームキューブコントローラーのアナログスティックがお宝として登場する。
スーパーマリオワールドやスーパーマリオUSAなどに登場したカギがお宝として登場する。
ファミコンロボットのブロック各色と頭部パーツがお宝として登場する。
アカコチャッピーとタマゴが出現する。
タイル張りのコース。ステージが狭く、両チームのスタート地点であるオニヨンも近い。
北部エリアの電撃ゲートの向こうにある。地下洞窟にしては明るく、子供部屋を思わせるような洞窟。電気系のトラップや敵が多い。食神とはパンモドキのことを指し、実際に数多く生息している。
クマチャッピーとチビクマ5体が生息するエリア(4層目)やフタクチドックリ3体とチビクマが多数生息するエリア(5層目)があるなど難所も多い。
お宝は14個。ボスはオオパンモドキ。倒すと探検キット「アンチ・エレキ」(プレイヤーへの電気ダメージ無効化)を入手できる。
めざめの森で出会う。 水中での活動が可能であり、水攻撃にも強い(他のピクミンは水に耐性がなく、溺死してしまう)。また、溺れているピクミンを助けることもできる。行動範囲が広く、水中にあるお宝を回収したりトラップや原生生物を倒すなど青ピクミンが必要となる場面が多い。前作同様最後に仲間になる。