米比戦争
アメリカ合衆国からは8月14日に1万1000人の地上部隊がフィリピンを占領するために送られた。この時、フィリピン駐留アメリカ軍司令官となり、実質的なフィリピンの植民地総督となったのが、アーサー・マッカーサー・ジュニアである。(彼の三男がダグラス・マッカーサーである)
アメリカ軍はリンガエン湾でサン・ハシントの戦い(英語版)(1899年11月11日)に勝利し、マッカーサーの本隊と合流した。
黒人兵のなかに「なぜ白人のためにニガーがニガーを殺すのか」という疑問が広まり、1899年11月にはデビッド・ファーゲン(英語版)ら9人が脱走し、アギナルド軍に加わった。ファーゲンは現地兵をよく統率してアメリカ軍に痛撃を与え、その功で現地軍の大尉に昇進してフィリピン人の妻も得た。
1899年12月2日のティラード峠の戦い(英語版)で、グレゴリオ・デル・ピラール(英語版)准将はアギナルドを逃がすために戦闘を遅らせたが、ピラール本人は最後の攻撃で殺害された。
1899年2月4日、サン・フアン・デル・モンテ(英語版)の橋でアメリカ支配側に立ち入ったとされるフィリピン兵が射殺された。近年フィリピンが行った調査では、事件の現場は、現在のマニラ市内のソシエゴ通りであったとしている。当時のアメリカ合衆国大統領、ウィリアム・マッキンリーは、この事件はフィリピン側によるマニラ市内への攻撃であったと新聞に語り、責任をフィリピン側に求めた。
マッキンリー政権は、アギナルド率いる政府を犯罪者集団と呼んだため、議会を通じた正式な開戦通告は行われなかった。主な理由として2つ挙げられる。
1つ目は、フィリピン側を国と認知しないことで、国家間の戦争ではなく、政府に対する反乱であるとするためであった。しかし、この時点でアメリカ側が支配していたのはマニラのみであった。
もう1つは、米西戦争により逼迫していた財政を念頭に、アメリカ兵の戦争手当てを最小限にするため、戦争ではなく警察活動であると宣言したのであった。
1899年2月末までにアメリカ軍はなんとかマニラを手中に収め、フィリピン軍は北部へ退去せざるを得なかった。4月にアメリカ軍はクィングァの戦い(英語版)(現ブラカン州プラリデル(英語版))を制圧し、6月のフィリピン政府内の敵対派によるアントニオ・ルナ将軍の暗殺によって、フィリピンの通常軍は弱体化した。アメリカ軍の勝利はその後もザポテ橋の戦い(英語版)(1899年6月13日)で続いた。
1898年6月12日にカティプナンのフィリピン人たちは、エミリオ・アギナルドの下で独立を宣言した。6月23日から9月10日にかけて、フィリピン全土で選挙が実施され、軍民入り交じる不安定な地域それぞれの代表者を選出した。アギナルドは9月15日にマロロスのバラソアイン教会でマロロス議会(英語版)を開催し、11月13日に閉会した。