内山永久寺
更に、壮麗を極めた堂宇や什宝は住民らによりことごとく破壊・略奪の対象となり、役所の命を受けて庄屋の中山家が仏像や仏画を預かったりしていたが、それらも含めて1876年(明治9年)までにはほとんどの寺宝が失われた。この際流出した仏像・仏画・経典等はいずれも製作当時の工芸技術の精華と言うべき優品揃いであったことが知られている。海外に流出した宝物の内、ベルリン民俗学博物館が購入した真然筆と伝えられる真言八祖像などは第二次世界大戦末期のベルリン市街戦で烏有に帰した。しかし、日本国内に残存した宝物の大半が、現在重要文化財・国宝指定を受けていることは、当寺の得ていた富がいかに巨大であったかを物語るものである。
残された永久寺の各建物は荒廃するままに任されていたが、鎮守社であった住吉神社は健在であった。しかし1890年(明治23年)、住吉神社の本殿が放火されて焼失してしまうと残された拝殿は荒廃した。1910年(明治43年)、住吉神社の祭神を石上神宮の末社である猿田彦神社に合祀すると、1914年(大正3年)に拝殿も石上神宮に移築し、石上神宮摂社である出雲建雄神社の拝殿とした。1300年代に建てられたこの拝殿は、現在は国宝に指定されている。
廃仏毀釈後に再建されなかった理由については、興福寺の末寺として庇護されたことで寺を維持できた半面、地域との結びつきが薄かったためではないかとされる。
現在では当寺の敷地の大半は農地となり、本堂池と萱御所跡の碑と松尾芭蕉の歌碑、そして歴代住職の供養塔のみが残り、往時をしのぶだけである。
2013年(平成25年)、天理大学歴史研究会により復元ジオラマが作成され、天理市役所に一年間展示された。現在は同大学に保管されている。2014年(平成26年)に創建900年目を迎えた。