NAMCO x CAPCOM
声 - 関智一
ベラボーマンに酷似した黒いスーツに身をまとった、ベラボーマンの永遠の宿敵。正体はライバル会社「ミロ保険」のサラリーマンである妙島。一年前の事件では爆田軍団の一員としてベラボーマンと戦い敗れている。ベラボーマンに勝つことに執念を燃やし、行く先々で出会う様々な組織と関わりあいながら戦いを挑み続けてくる。
声 - 南央美
零児のパートナー。一見人間だが正体は仙狐と呼ばれる中国の狐の妖怪。10年前、新人だった零児に戦術のいろはを叩き込み一人前のエージェントに育て上げた先輩である。仕込み錫杖「水燐(すいれん)」と拳銃「銀(シルバー)」、そして数々の術で零児をサポートする。
765歳と高齢だが、仙狐は1000歳から成体として扱われるため、仙狐として見ればまだ若者。漫画やゲーム、インターネットなどのサブカルチャーが趣味で、大のプロレスファン。よほどの危機的状況下でない限りは、いついかなる時も軽いノリを崩さないひょうきんな性格で、コミックやゲーム作品、プロレスラーの台詞などを引用したマニアックなパロディ発言を連発する。かつては零児の父である正護と組んでいた。油揚げが好物。
身長は設定されていないが、森住によると小柄なイメージで140cmほど、『無限のフロンティア』以降は10cmアップして150cm強だという。
地獄にて罪人の裁きを行う大王。本作では魔界の統治者となっており、デミトリから「魔界の覇権を得るために倒すべき相手」と言われている。モリガンとも知り合いである。
声 - 檜山修之
魔界の名門マキシモフ家の当主。強大な魔力と高いプライドを持つヴァンパイア。ゾンビ、骸骨、宇宙生物から機械まで、ありとあらゆる敵の血を吸ってはそれを「美味」と言ってのける。安駄婆に苗字を「ましきもふ」と間違えて覚えられている。
声 - 今井由香
スタンとペアを組む女レンズハンターで、お金や儲け話に目がない。ナースなどの強力なサポートスキルを操る。スタンとの夫婦漫才のような関係は本作でも健在。
声 - 鳥海浩輔
忍者を前身とする諜報組織ストライダーズの最年少にして最強。冷静沈着な一匹狼で、同僚・飛燕の裏切りにより組織が壊滅した後もグランドマスター抹殺の使命を果たすべく単独行動をしていたが、目的が同じということでパーティ一行と手を組む。
敵対する者ならばかつて仲間であった飛燕でさえも容赦無く殺し、グランドマスターの「変革には多少の犠牲は付き物」という理想論を聞いた直後に「ならばお前が最初に死ねばいい」と一蹴する苛烈な性格の持ち主。
衣装デザインや性格設定などは『ストライダー飛竜2』に準じている。
マミーコマンドーと呼ばれるコマンドーチームの一員で、全身を包帯で包んだ異星人。言葉は話せないが、メンバーとの意思疎通はできる。敵を溶かす特殊な薬品を塗ったナイフが武器。フーバーとペアを組んでいる。
爆田博士製造のアンドロイドで、頭のマゲが巨大なピストルになっている。
声 - 野中秀哲
かつて魔界村を支配していた魔王。頭と腹に2つの顔を持つ。
ナムコとカプコンの新旧キャラクター200以上が登場する両社のクロスオーバー作品。本作のディレクターである森住惣一郎は、かつてバンプレストでスーパーロボット大戦シリーズのシナリオに関わっており、ゲームオリジナルの主人公を立てつつ著名な既存作品からのゲストが大きな位置を占める点が同シリーズと共通する要素になっている。一方で、登場ユニットが等身大の人間キャラクターであることと、アクション性を伴った戦闘システムで差別化されている。
当初はオリジナルキャラクターを使用したシミュレーションRPGの企画であり、ナムコ50周年に向けたお祭り要素としてゲストキャラクターに『ワルキューレの伝説』のワルキューレや『ゼノサーガ エピソードI[力への意志]』のKOS-MOSといった新旧様々なナムコキャラクターを登場させる予定だったが、よりインパクトのある内容にするために他社のキャラクターも登場させる案が出され、人気キャラクターを多数擁するカプコンとのコラボレーション企画に決まった。
初回購入特典は、ゲーム中に登場するキャラクターたちのオリジナルタイトルの楽曲など15曲が収録された「スペシャルサントラCD」。
この作品の後にモノリスソフトが開発を担当した『無限のフロンティア スーパーロボット大戦OGサーガ』『無限のフロンティアEXCEED スーパーロボット大戦OGサーガ』には、本作の主人公である零児と小牟、KOS-MOSなどが登場している。
声 - 渡辺英雄
各地で琵琶による弾き語りを行う奇妙な法師。原作での行動パターンを反映し、毒属性の攻撃を持つ。
声 - 置鮎龍太郎
源氏一門を滅ぼすために地獄より蘇った平家の武士。今作では案内人として付けられたたろすけとペアを組む。ストーリーが進むごとに「三種の神器」を入手して強化されていく。
本作ではシナリオ準備画面のトレーニングでダミーとして登場する。シナリオ中には登場しない。