アムロ・レイ
しかし地球降下以後、「生き残る」という以外に戦う意義を見出せぬまま、アムロの精神はやがて疲弊していく。ガルマの執拗な追撃をなんとか退けるものの、自分を戦争の駒のように扱う2代目WB艦長のブライト・ノアとはたびたび衝突し、唯一のアイデンティティとなっていた「ガンダムのパイロット」の地位さえ、ブライトの「リュウに任せよう」という発言から脅かされることとなる。これを偶然聞いてしまったアムロは脱走を決意し、ガンダムに乗って砂漠の大地に消えていく。
脱走中、砂漠の町のレストランに立ち寄ったところ、偶然ジオン公国の軍人ランバ・ラルと出会う。ラルの愛人であるクラウレ・ハモンとともに大変気に入られるが、敵同士であるがゆえに戦場で再会、対峙することになる。ラルの駆るグフを退けるものの、勝てたのは腕ではなくモビルスーツの性能のおかげだと指摘され、初めて「あの人に勝ちたい」と、パイロットとして「生き残る」以外の意味を見いだす。
その後、アムロの目の前で軍人として殉じたランバ・ラルの姿は、敵ながらにして越えねばならぬ父親のような存在としてそびえ立ち、大きな影響を与えることとなる。そして、ラルの仇を討つためにホワイトベースに特攻を仕掛けたハモンと、彼女の攻撃を身を挺して防いだリュウの死が、アムロの中に生きる意味を問いかけることとなる。
宇宙世紀0087年、23歳。かつてのガールフレンドでありハヤトの妻になっていたフラウと再会し、カツ・コバヤシに説得され共に監視を抜け出す。空港で輸送機を奪ってエゥーゴの支援組織カラバに合流し、シャア(クワトロ)と7年振りの再会を果たす。シャアからは宇宙に上がり共闘することを薦められたが、無重力の感覚への恐怖を理由に固辞している。その際、「ララァと再び会うのが怖いのか」と胸中を看破され、一年戦争時代に負ったトラウマを克服できていない自身の精神的な脆さを否定できず、ハヤトらと共に地上に留まる。また、自分より若いカミーユにガンダムMk-IIを使わせていることや、それを容認する周囲の人間たちに「不甲斐ない自分への当てつけ」といった感情を少なからず感じていたようである。
しかし、昔の自分を思い出させるカミーユ・ビダンや、ベルトーチカ・イルマに刺激され、再びMSで戦うことを決意すると、7年のブランクを感じさせない卓越した操縦技術でエゥーゴを援助。宇宙に上がったアポリー・ベイ中尉が残したリック・ディアスでカミーユを指導しながらアッシマーを撃墜したのを皮切りに、その後はリック・ディアスを改修したディジェを駆って、キリマンジャロ攻撃作戦やダカールでの戦い、ニューギニア基地攻略などで活躍した。この時は対峙する敵が同じということもあり、シャアと共闘関係となり、内心思う所はあるにしろ、シャアとアムロの人間関係は良好で、ニュータイプ同士であることもあり、それなりに信頼関係も構築されていた。
なお、一年戦争時には一人称が「僕」であったが、この頃から「俺」に変化している。ブライトに対しても一年戦争時は上官として従う立場であったが、これ以降は対等な立場として接している。
24歳。第一次ネオ・ジオン抗争においては全く姿を見せることはなかったが、アーガマが地上に降りた時のブライトとハヤト・コバヤシとの会話から、この時既に宇宙に上がっていた。
手作りの飛行機(通勤に使っていたものだが機種は不明)
RGM-88X ジェダ
最終決戦となったア・バオア・クー攻略戦でシャアの駆るジオングと交戦、両者は相打ち(ジオングは撃破、ガンダムはAパーツの頭部と両腕、Bパーツの右脚を失う大破)となり、ガンダムは破壊されるものの最終的にホワイトベースの仲間たちとの交感と再会を経て、一年戦争を生き抜く。
スマートフォンゲームアプリ『機動戦士ガンダム U.C. ENGAGE』のイベント「アムロシャアモード」では、WBのクルーを乗せたランチがSOSを発信し続けるなか、アムロがブルーム隊のサラミス級巡洋艦を見つけ収容される。サラミス級は味方の救助を続けるが、アムロはひと足先にシャトルでルナツーへ向かい治療や検査を受けたあと、ジャブローに降下し、高官たちと会談する。これは表向きは「英雄」としての丁重な扱いとしているが、実際にはアムロを危険視する高官たちによる指示であった。なお、ルナツー到着前の階級は「少尉」と呼ばれるが、その後は「大尉」と呼ばれている。
宇宙世紀0105年において、地球連邦政府の粛正を掲げる秘密結社マフティー所有の機動兵器Ξガンダムにはアムロ・レイが最後に使用したガンダムであるνを引き継ぐ意図で “ξ”(Ξ) の文字が冠されている。また、そのパイロットである秘密結社の主導者マフティー・ナビーユ・エリンことハサウェイ・ノアは初めてΞガンダムに乗り込んだ後、機体や武装ごと格納しているカーゴ・ピサがペーネロペーの狙撃を受けた際に「身構えている時には、死神は来ないものだ。ハサウェイ」と語るアムロの声が突然聞こえたことに対し、息を呑む一幕が存在する。