曹洞宗
両大本山の住職を貫首といい、2人の貫首が2年交代で管長(宗門代表)となる。管長は、有資格者で立候補者から選挙によって選出される宗門最高の位階。
尊称として住んでいる場所にちなみ、永平寺貫首を不老閣猊下(ふろうかくげいか)、総持寺貫首を紫雲台猊下(しうんたいげいか)とも呼ぶ。
永平寺 - 福井県吉田郡永平寺町 貫首:南澤道人(みなみさわ どうにん)禅師 寺紋:久我山竜胆紋(久我竜胆紋・久我竜胆車紋) 寛元2年(1244年)に、道元が越前の波多野義重の要請で開く。 永平寺東京別院(長谷寺) - 東京都港区 永平寺名古屋別院 - 愛知県名古屋市東区代官町 永平寺鹿児島出張所(紹隆寺) - 鹿児島県姶良市平松
總持寺 - 横浜市鶴見区 貫首:石附周行(いしづきしゅうこう)禅師 寺紋:五七桐紋 元亨元年(1321年)に、瑩山紹瑾が能登の定賢律師の要請で石川県輪島市門前町に開く。明治31年(1898年)に火災で焼失し、明治44年(1911年)に現在地に移転。 總持寺祖院 - 明治38年(1905年)より元の地(石川県輪島市門前町)に復興 總持寺北海道別院(法源寺) - 北海道松前郡松前町松城
歴史的には正法寺(岩手県奥州市)が奥羽二州の本山、大慈寺(熊本県熊本市南区)が九州本山であった期間があるが、元和元年(1615年)の寺院法度により永平寺、總持寺のみが大本山となる。また、江戸時代に来日した明僧、東皐心越によって開かれた曹洞宗寿昌派は祇園寺(茨城県水戸市)を本山とした。心越の法系は道元と別系であったが明治維新後、合同した。
多々良学園(2006年9月、設置者変更により高川学園高等学校・中学校となる)の破綻問題に関し、山口信用金庫と防府信用金庫から12億円の賠償を求める訴訟を2006年8月に起こされている。10月、山口地方裁判所から宗務庁ビルの仮差押命令が下った(仮差押自体は事実認定とは無関係に原告請求のみで可能で、被告の反論を要しない)。