伊号第四十六潜水艦
1941年(昭和16年)の昭和17年度計画(マル急計画)により、佐世保海軍工廠で1942年(昭和17年)11月21日起工、1943年(昭和18年)5月25日に艦艇類別等級別表に加えられ、6月3日進水、1944年(昭和19年)2月29日に竣工した。横須賀鎮守府籍となり、訓練部隊の第六艦隊第11潜水戦隊に編入されて訓練に従事。
4月2日2145、愛媛県水無瀬沖で訓練のため潜航中、同じく潜航していた呂46と衝突し、潜望鏡が損傷してしまったため修理を受ける。
5月7日、不良箇所が発見され修理を受ける。5月30日に第15潜水隊に編入。
10月19日、伊46は呉を出撃し、フィリピンレイテ島東方沖合に進出する。26日、敵輸送船団を発見したとの報告を最後に消息不明。11月19日に帰投予定だったが、帰ってこなかった。
アメリカ側記録によると、10月28日にフィリピン方面で米ジョン・C・バトラー級護衛駆逐艦「リチャード・M・ローウェル(英語版)」の攻撃を受け戦没。艦長の山口幸三郎少佐以下乗員112名全員戦死。沈没地点はフィリピン東方沖合、北緯09度45分 東経126度45分 / 北緯9.750度 東経126.750度 / 9.750; 126.750。
同年12月2日喪失認定、1945年(昭和20年)3月10日除籍。