ホパノイド
さらに、すべてのシアノバクテリアがメチルホパノイドを生成するわけではないこと、メチルトランスフェラーゼHpnPをコードする遺伝子が光合成を行わないアルファプロテオバクテリアやアシドバクテリアにも存在していることを判明した結果、メチルホパンをシアノバクテリアおよび酸素発生型光合成のバイオマーカーとすることには疑問符が付けられることとなった。
さらにはピルバラクラトンの頁岩に含まれていたとされる27億年前のバイオマーカーは、その後の詳細な分析により後世の汚染物質であると結論付けられ、否定された。現在認められている最古のトリテルペノイドは、オーストラリアの盆地で得られた16.4億年前の中原生代の(メチル)ホパンである。ただし、分子時計による解析では、ホパノイドと生合成回路が大部分共通しているステロールはすでに23億年前頃、大酸化イベント(英語版)とほぼ同時期に出現していた可能性がある。そのため、合成に酸素を必要としないホパノイドはステロールよりもさらに早くから出現していた可能性がある。
ホパノイド合成酵素(スクアレンホペンシクラーゼ)は細菌に広く分布しているのに対し、ステロール合成酵素(オキシドクスアレンシクラーゼ(英語版))は真核生物および一部の細菌に限定される。オキシドスクワレンシクラーゼの基質(オキシドスクアレン)の生合成には酸素が必須であるため、オキシドスクアレンシクラーゼの出現は大酸化イベント以降と一般には考えられている。
環化反応の後、ホパノイドは同じオペロンのshc、hpnにコードされる他のホパノイド合成酵素による修飾を受ける。例えば、ラジカルSAMタンパク質HpnHはジプロプテンにアデノシル基を付加することでC35ホパノイドであるアデノシルホパンを形成し、さらに他のhpn遺伝子産物によってさらに修飾されてバクテリオホパンテトロール(BHT)が形成される。さらにグリコシルトランスフェラーゼHpnIによってBHTはN-アセチルグルコサミニル-BHTに変換される。続いて、ホパノイド生合成関連タンパク質HpnKがグルコサミニル-BHTへの脱アセチル化を媒介し、そしてラジカルSAMタンパク質HpnKによってシクリトールエーテルが作り出される。
C30ホパノイドとC35ホパノイドは、ラジカルSAMメチルトランスフェラーゼHpnPとHpnRによって、それぞれC-2位とC-3位がメチル化される。これらのメチル化されたホパノイド(2-および3-メチルホパノイド)は地質学的に安定であり、過去の生物史を復元するためのバイオマーカーとして広く利用されてきた。しかしゲノムデータの蓄積にともない、これらメチル化されたホパノイドが従来の予想以上に多くの生物種に分布していることが明らかとなり、現在ではその有用性に疑問が持たれている。
一部の細菌(アルファプロテオバクテリアなど)では、ジプロプテンから別の五環式トリテルペノイドであるテトラヒマノール(英語版)が合成されるが、一部の真核生物(繊毛虫など)ではスクアレンから固有のシクラーゼによって、ジプポプテンを経由せず直接合成される。