全日本鉄道労働組合総連合会
JRには、本州・四国では国労・全動労などの組合員もほとんど採用されたが、定員超過の北海道・九州では、採用調査で国労・全動労の方針である「現地現職」と記入したり、白紙で提出したため採用されない組合員もいた。
鉄道労連の不採用者は全国で29名(北海道22、東日本1、西日本2、九州4。東海、四国は全員採用)、採用率は99%を超えた。一方、国労の不採用者は全国で5,049名(北海道3,400、本州3社57、四国2、九州1,550)であり、本州や四国の採用率は99%を超えたが、北海道と九州ではそれぞれ48%、43.1%だった。全動労も、北海道と九州の採用率はそれぞれ28.1%、32%だった。また、旧鉄労出身の志摩は「民営化に反対し、本来採用すべきでない人たちを採用したのだから、この人たちを絶対に本務(本来の鉄道の仕事)につけないこと。もし本務についてドライバー(運転士)や車掌をやるといつストライキをやるか分からない」と要請。JR東日本では、鉄道の本務勤務は鉄道労連が占めた一方、雇用を守るために一時帰休や期限付きで他企業(いすゞ自動車や日産自動車など)やグループ会社へ出向・派遣に応じた鉄道労連の組合員も多数いた。
2022年の時点で、選挙では主に立憲民主党を支援しているが、嘗ては民主党と生活の党を支援してきた。沖縄での活動も目立つ。2010年(平成22年)の第22回参院選では、組織内候補の田城郁が比例区で民主党公認を受け、当選している。
一方で、民主党所属議員の枝野幸男らがJR総連より献金を受けている事を、民主党政権時代に野党であった自民党議員が追及していたが、2011年(平成23年)2月10日の第177回国会での答弁にて枝野幸男(当時内閣官房長官)は「政治資金規正法に基づき適正に受領している」として返還する必要はないとの認識を明らかにした。また、2011年(平成23年)2月8日には、衆議院議員の棚橋泰文により、 内閣総理大臣を務めた菅直人(当時)がJR総連より献金を受けていた事が指摘されている。
また、小沢一郎がリベラル、中道左派的な思想に変化すると、小沢グループの議員らとも親しくなっており、山岡賢次が田城の公認を後押しした。その後、小沢が民主党を離党しても協力関係は続き、第23回参院選では比例区において、生活の党の山岡を推薦した。しかし、生活の党は1議席も取れず、山岡は落選した。そして、第24回参院選では比例区から出馬し再選を目指した田城は、高得票落選者の3位で民進党候補としては次点だった。2017年06月のJR総連定期大会に来賓として出席した民進党の選対委員長代理の近藤洋介は、2016年参議院選挙でJR総連の組織内議員であった参議院前議員の田城郁が落選したことについて、「非常に残念で、民進党の力不足でもある」と謝罪した。