宗谷本線
旭川駅 - 北旭川駅間において函館本線および室蘭本線に直通する形で高速貨物列車および専用貨物列車が運行されている。いずれもDF200形ディーゼル機関車が牽引する。高速貨物列車のうち上り2本は札幌貨物ターミナル駅を経由せず、岩見沢駅 - 苫小牧駅間を室蘭本線経由で運行する本州への直行便で、残りは函館本線札幌貨物ターミナル駅行き。さらに毎年秋から翌年春にかけては石北本線の臨時貨物列車(通称「タマネギ列車」)が北旭川駅(貨物駅) - 北見駅間に3往復運行されている。この列車については、運行経路上、新旭川駅と遠軽駅で方向転換するため、先頭と最後尾に機関車が連結されるプッシュプル運転が行われている。
括弧内は旭川駅からの営業キロ。(臨)は臨時駅を表す。
西永山駅:1967年(昭和42年)11月1日廃止。北旭川駅 - 永山駅間 (7.2 km) 。
南比布駅 (W33) :2021年(令和3年)3月13日廃止。北永山駅 - 比布駅間 (14.7 km) 。
北比布駅 (W35) :2021年(令和3年)3月13日廃止。比布駅 - 蘭留駅間 (20.2 km) 。
東六線駅 (W39) :2021年(令和3年)3月13日廃止。和寒駅 - 剣淵駅間 (41.4 km) 。
北剣淵駅 (W41) :2021年(令和3年)3月13日廃止。剣淵駅 - 士別駅間 (50.2 km) 。
下士別駅 (W43) :2021年(令和3年)3月13日廃止。士別駅 - 多寄駅間 (58.3 km) 。
(臨)智東駅:1987年(昭和62年)4月1日臨時駅化、2006年(平成18年)3月18日廃止。日進駅 - 北星駅(廃)間 (84.9 km) 。
北星駅 (W50) :2021年(令和3年)3月13日廃止。日進駅 - 智恵文駅間 (89.3 km) 。
南美深駅 (W53) :2021年(令和3年)3月13日廃止。智北駅 - 美深駅間 (95.6 km) 。
紋穂内駅 (W56) :2021年(令和3年)3月13日廃止。