長崎自動車
1992年(平成4年)10月より自動車の車検サービスを請け負っている。当初は普通乗用車と軽自動車のみを受注の対象としていたが、現在は大型車や特殊車の整備も行っている。モーターサービス部の管理下にあり、業務は神の島営業所近くの整備工場で行われる。
1987年には、本社ターミナルの老朽化した発車案内設備を交換する際、全自動化されたシステムへの交換が行われた。新しいシステムは沖電気工業と長崎バスが共同開発したもので、行き先や発車時刻、発車合図や遅延案内が全て自動化された。完全に自動化されたシステムの導入事例は長崎新地ターミナルの設備が全国初の事例となる。
運賃箱は1990年より全国に先駆けて自動精算式の運賃箱を採用している。バーコード式整理券、硬貨、共通回数券を感知し、機械によって自動で清算を行うシステムである。この新型運賃箱は順次各営業所で採用され。翌1991年1月末までに全車で取り付けが完了した。
この際に導入された運賃箱は磁気式バスカードにも対応しており、整理券にバーコードが印刷され、運賃精算の際にはバーコードで運賃を読み取り、読み取られた運賃をバスカードから差し引く方式であった。バスカードは1,000円券(利用額1,100円)、2,000円券(同2,200円)、3,000円券(同3,300円)、5,000円券(同5,500円)の4種類が存在した。
1990年のバスカード導入にあたっては、運輸省から「昭和63年度バス交通活性化補助」が交付されていた。バスカード導入で補助対象になったのは日本で初めてである。なおこの年度には、神奈川中央交通の「神奈中バスカード」システム導入も補助対象となり、1988年にバスカードを導入している。
南部・東部方面の主要路線はここから発着。敷地内に専用ホーム(乗車用4面・降車用2面)が設けてある他、バスの待機所・駐在としても機能する。新地中華街と同様にエヌタスTカード・定期券の発売窓口、エヌタスTカードの自動積み増し機と定期券更新機や売店もある。また、電子時刻表も設置されている。ココウォークの敷地にはかつて茂里町営業所があり、長崎市内初のバスターミナルであった。近鉄バスが運行している大阪・京都行きの夜行バスや長崎空港(ながさき出島道路経由、県営バスと共同)も同ターミナルから発着している。