シュードウリジン
シュードウリジンは多数の異なる技術によって同定することができる。RNAやDNA中の修飾を同定する一般的な技術は液体クロマトグラフィー/質量分析(LC/MS)である。質量分析は分子を質量と電荷で分離する。ウリジンはとシュードウリジンは質量は同じであるが、電荷が異なる。液体クロマトグラフィーはカラム中での保持時間の差によって分離を行う。シュードウリジンを同定する化学的手法では、CMC(N-cyclohexyl-N′-β-(4-methylmorpholinium)ethylcarbodiimide)と呼ばれる化合物が用いられる。CMCはシュードウリジンとウリジンの双方と結合するが、シュードウリジンのN3位に結合したCMCはアルカリ処理後も保持されるため、シュードウリジンを特異的にラベル化し、ウリジンから区別することができる。シュードウリジンに結合したCMCは、シグナル分子でタグ付けを行ってイメージングに利用することもできる。この手法をハイスループット化する研究が行われている。
シュードウリジン (英: pseudouridine、ギリシャ文字のΨや英文字のQで略記される) は、ヌクレオシドであるウリジンの異性体。リボース環とウラシルの間のグリコシド結合のN-C結合がC-C結合に置き換わっている。RNAに知られている100を超える修飾塩基としては最も一般的で、Ψはすべての生物種、ほとんどのRNAに見出されている。
転写やその後の合成過程の後、RNAは化学的に異なる100以上の修飾を受ける。こうした修飾は転写後の段階でRNAの発現を調節している可能性があり、RNAの翻訳、局在、安定化などさまざまな役割を果たしている可能性がある。シュードウリジル化もそうした修飾の1つであり、ウリジンがC5-グリコシド結合型異性体であるシュードウリジンへ変換される。ウリジンには一般的なリボースのC1位とウラシルのN1位の間のC-N結合が存在するのに対し、シュードウリジンではリボースのC1位とウラシルのC5位がC-C結合を形成している。C-C結合は、より大きな回転自由度と立体配座の柔軟性を与える。さらに、シュードウリジンにはN1位に余分な水素結合供与体が存在する。シュードウリジンは5-リボシルウラシルとしても知られ、tRNA、rRNA、snRNA、snoRNAなどの構造的RNAの構成要素として普遍的に存在している。