庄内の乱
忠棟の嫡子である伊集院忠真は都城近郊の大川原山で狩りの最中だったが、父が斬殺されたことを伝えられて馳せ戻り、一族や家臣と合議した結果、叔父の伊集院新右衛門は旧領の安堵を請うべきとしたが、元・紀州根来寺の僧で、広済寺住職となっていた客将の白石永仙は徹底抗戦を主張、結局は永仙の言を入れ島津氏宗家に対し反旗を翻すことに決定したとされている。
一方、忠真が6月18日に川上忠智に送った書状では、「父の死後、すぐに義久様の元に伺いました。義弘様と忠恒様の命に従うつもりであることを申し上げたが、義久様は全く納得せず、庄内への通行を禁止しておられる。私も父同然に扱われるつもりのようで、(知行地の)境目に放火している」とあり、義久が伊集院氏を滅ぼすつもりであったと主張している。忠真はこの書状で義弘の調停を依頼しているが、義弘は忠真に降伏を勧告している。
都城は、都之城を本城とし、恒吉城、梅北城、志和池城、梶山城、勝岡城、山之口城、月山日向城、安永城、野々美谷城、末吉城、山田城及び財部城の12箇所の外城に守られており、容易に攻めることはできない。忠真は各外城の防御を厚くし一族や家臣を配置し守りを固めた。庄内軍記によれば、忠真の兵力は2万人と記されているが、実際は8千人程度であった(高城町史)。また、直接的な兵力ではないが、物資の援助などを島津氏と領地を隣接する加藤清正、伊東祐兵らが密かに行っている。このため、両者は島津氏から抗議を受けている。
豊臣秀吉の死後、朝鮮から帰国した忠恒に石田三成もしくは徳川家康が伊集院忠棟に叛意があることを伝えたという『日州庄内軍記』の記述があるが、それを裏付ける同時代史料はない。島津氏宗家相続の際、伊集院忠棟は義久の次女である新城の婿、島津彰久を推奨しており、忠恒にとって忠棟は憎悪の対象であったといえる。また、朝鮮の役で出陣した忠恒らの遠征軍に対して、国元からの補給が満足に行われなかった。忠棟は朝鮮に出陣しておらず、忠恒らは補給不足の原因が忠棟にあると考えていた。ことなどもあり島津氏家臣からも深く恨まれていた。そこで忠恒は、義久、義弘の留守中に忠棟を呼び出し斬殺に到ったものである。
島津氏にとっては家臣であるとはいえ、朱印をもって都城8万石を給されている、つまり豊臣政権側からは島津氏から独立した大名として扱われていた忠棟を殺害したことは、豊臣政権に対する反逆ともとれる行為である。忠恒は高雄山神護寺で謹慎した。また忠棟の妻子は東福寺へ移った。当時実権を握っていた徳川家康は、主君は反逆した家臣を成敗できるとして忠恒の行為を支持し、その結果忠恒は島津邸へ戻った。
義久は、忠棟殺害は忠恒の独断によるものであり、自分は全く関与していないと石田三成に弁明している。しかし、後世の史料であるが『庄内陣記』には義弘・忠恒が共謀し義久が同意を与えたという記述があり、また、翌月の閏3月3日義久は、都城への通行を遮断し、島津氏家臣へ忠真に味方しないよう家臣から起請文を取っている。