ゴースト・スカッド
極秘会談のために、政府高官用の保養地『グランドヴィラ』に集まったA国大統領等、先進3カ国の首脳の救出及び、国際テロ集団『蒼い狼』部隊の排除。
エントランスエリア...『グランドヴィラ』に潜入すべく、エントランスエリアに侵入した『GHOST3』のアルファユニットは、プラスチック爆弾で内部に突入し、エントランスエリアを制圧するか、外部から回り込み、屋上で敵増援部隊の侵入を阻止することとなる(低レベルでは5人未満までの侵入が許されるが、ミッションレベルが上がるにつれ、許容人数が減っていく)。内部に突入した場合、途中で1階に進み人質を救出するか、2階に進み爆弾を解除する(失敗するとライフ減少)かの分岐がある。
レストランエリア...食堂の制圧作戦。1階を制圧するか、2階から後続部隊の援護射撃を行うか、地下食糧庫で待機している敵増援部隊の殲滅を行う。
ホテルエリア...中庭で見張りの戦闘員達を狙撃で排除し(失敗するとライフ減少)、宿泊施設に突入する。ベランダを通り窓の外から援護射撃を行うか(貫通能力を有する銃器を使えば、薬箱が複数取れるボーナスあり)、宿泊施設内に入り、(1)敵が多数 (2)人質救出 (3)スモーク弾で突入(人質あり)の3つの内どれか一つで部屋を制圧することになる(どれを選んでも部屋は同じ)。終盤、主犯格のアレックス・ハボックを発見するも、彼は部下に時間を稼がせ、攻撃ヘリで味方を攻撃し逃げようとする。アルファユニットは、その攻撃ヘリを携行SAMで撃ち落とすこととなる(ミッションレベルが上がるにつれ、制限時間が短くなる。また、障害物や味方などで攻撃が届かないこともある)。失敗すると逃げられる。
ライフを1目盛り分だけ回復する。
マガジンの装弾数が2倍になる(一部武器を除く)。
GHOST1/陸戦部隊
GHOST2/海兵隊
GHOST3/要人救出部隊(主人公の所属する部隊)
GHOST4/空挺部隊
GHOST5/重装備部隊
GHOST6/諜報-要人暗殺部隊
GHOST7/後方支援部隊
音を立てない装備に関する研究において日本に実在したとされる『NINJA』をモチーフに製作された、究極のナイトオペレーション用ユニフォーム。
ソードとダガーを装備し、銃器の使用が許されない場合はこれらの武器を使用し任務を遂行するとされるが、ゲーム中では任意の武器を使用可能。