ブートセクタ
PC/AT互換機では、BIOSはPBRとMBRを区別せず、パーティションも認識しない。BIOSは単に記憶媒体の第一セクタをロードして実行するだけである。フロッピーディスクの場合、それはPBRになり、ハードディスクの場合、それはMBRになる。MBR内のコードはパーティションを認識するので、アクティブに設定されているパーティションのPBRをロードして実行させる。PBRコードは二次ブートストラップローダをロードする。
さらに言えば、フロッピーであろうが、USBメモリであろうが、ハードディスクであろうが、ブート可能な記憶デバイスの第一セクタに格納されているものは、OSをブートするコードである必要はない。BIOSは単にそこにあるものをロードしてそれを実行するだけであり、その際にセクタの最後の2バイトが0xAA55になっていさえすればよい。このため、MBRにあるブートコードを容易に置換可能であり、場合によってはユーザに次にどうすべきかを選択させるような複雑なブートプログラムをロードさせることもできる。ただしこのように簡易な設計になっているため、次の節で説明するようにウイルスに狙われやすいという問題もある。