サン・ファン・バウティスタ号
サン・ファン・バウティスタ号のその後は不明であり、スペイン艦としてミンダナオ島方面へ向かったなど複数の説がある。2018年にはアメリカの奴隷史研究を行う『Project 1619』に参加している歴史家の調査により、奴隷貿易に関わっていたという説が提唱された。
使節団は約2年のマニラ滞在後、別の船で、1620年8月下旬、長崎へ到着。1620年9月20日(元和6年8月24日)、丸7年振りに仙台へ帰国した。一行が帰還した時、日本の情勢は出発前のそれと大きく変化しており、キリシタン弾圧が始まるなど、鎖国に向かっていた。これらの情勢の変化により、使節の目的だった外国との貿易協定も実現しなかった。支倉常長は帰国後まもなく病死し、ソテロは日本に密入国したために処刑され殉教した。
航海と訪欧の記録については、航海日誌を筆頭に全て帰国前に廃棄されており、日本側に支倉使節団とサン・ファン・バウティスタ号の航海に関する公的記録文書は残らなかった。バチカンの教皇庁宝物館には、伊達政宗が「奥州王」の名で送った親書が今も保管されている。この伊達政宗親書や、支倉常長がローマやイスパニア、フィリピンなどから持ち帰った品々などが仙台市博物館に保管・展示されており、それらの慶長遣欧使節資料はのちに歴史資料としては日本で初めて国宝に指定された。
現在、サン・ファン・バウティスタ号が出港した月浦には、常長像(北緯38度22分54.5秒 東経141度25分49.4秒 / 北緯38.381806度 東経141.430389度 / 38.381806; 141.430389 (月の浦公園(支倉常長像)))や出帆の地の記念碑が設置されている。