清朝統治時代の台湾
建国以来反清勢力の撲滅を目指して来た清朝は、「反清復明」を掲げる台湾の鄭氏政権に対しても攻撃を行い、1683年に台湾を制圧して鄭氏政権を滅ぼすことに成功した。だが、清国は鄭氏政権を滅ぼす為に台湾島を攻撃・制圧したのであり、当初は台湾島を領有する事に消極的であった。しかしながら、朝廷内での協議によって、最終的には軍事上の観点から領有することを決定し、台湾に1府(台湾)3県(台南、高雄、嘉義)を設置した上で福建省の統治下に編入した。ただし清国は、台湾を「化外の地」としてさほど重要視していなかった為に統治には永らく消極的であり続けた。土牛溝によって番界という台湾原住民の生活域と漢人の生活域をわけ、台湾原住民を化外の野蕃として放置し続けてきた。一方で漢人は番界に土地を借り開拓は続き徐々に原住民の生活域は圧迫され、その度に番界は策定しなおされたが、台湾本島における清国の統治範囲は島内全域におよぶことはなかった。なお、現在、中華民国政府と中華人民共和国は、清国が台湾のみでなく釣魚島(尖閣諸島)にも主権が及んでいたと主張している。
1786年11月に中部の彰化県で、天地会の会員数名が逮捕されたことを発端として暴動が発生し、県知事を含め官吏の多くが殺害された。首謀者の名をとって林爽文反乱と呼ばれるこの事件は、翌年12月に大陸から鎮定軍が派遣され1788年に終息したが、事件を契機として台湾周辺に組織的な海賊が横行するようになった。
この時期は海禁策がとられ、渡台は男性のみに限られていたが、一般にこの時期に大量の密航が行われたとされている。例えば1759年の一年間に拿捕された密航は25件、逮捕者は990余人であった。人口は増加しつづけ、1811年には195万人に到達した。