兵庫駅
JR神戸線の島式2面4線高架ホーム(2階)に加え、和田岬線用の1面1線のホーム(中2階)を持つ。
両線の乗換口には中間改札が設けられている。和田岬駅には乗車券の販売施設および改札・精算設備がなく、代わりに当駅の乗換口にそれらの機能が置かれている。和田岬駅からの乗客はまず無札で乗車し、当駅での下車時に乗車券を購入し中間改札を抜け、当駅で降りる場合は出口改札から出場、JR神戸線に乗り換える場合はその乗車券を持って列車に乗車することとなる。逆に、和田岬線に乗る場合は当駅の中間改札で乗車券は回収、定期券は確認を行う。同様の方式は東武大師線や名鉄築港線、阪神武庫川線においても採用されている。
なお、和田岬線の列車運行がない時間帯は、中間改札・和田岬線ホームともに閉鎖される。
当駅 - 鷹取駅間には山陽本線の複々線の線路とは別に単線の小運転線があり、在来線乗務員の異常時対応能力向上を図る「神戸乗務員訓練センター」が設置されている。この線路は乗務員の訓練線として使用されており、通常運転の信号機とは別に訓練用の信号機が設置されており、実際に列車(主に103系電車)を走らせて訓練が行われている。
また、当駅の南約1 kmのところに鉄道車両を数多く製造している川崎車両兵庫工場(旧川崎重工業車両カンパニー)があり、和田岬線から専用線が分岐している。川崎車両から甲種車両輸送列車が搬出される場合は、当駅で折り返し上記の小運転線を通って神戸貨物ターミナル駅へ送られる。神戸貨物ターミナル駅までは、当駅折返線の車両有効長の限界から、一度に8両までしか輸送できない。1編成9両以上になる場合は2日間に分けて搬送され、神戸貨物ターミナル駅で連結後、全国各地へ出発する。