石手寺
この堂の前にある香炉に奉納した線香の煙が絶えず名所で、堂の中に上がって参拝できる。堂は2021年改修されている。
阿弥陀堂 - 阿弥陀仏を拝観できる。明治以前は札所本尊の薬師如来坐像を祀る本堂。
鐘楼(吹放し型) - 山門を入って左の鐘は自由に撞ける。
愛媛パゴダ - レンガ造りの大きな建物。ビルマの戦没者を祀る。
観音堂 - 鉄筋コンクリート造の懸造の土台に木造入母屋造。本尊観音菩薩。
釈迦堂
毘沙門天祠
絵馬堂 - 本堂と大師堂の間にあり
十二社権現の祠 - 絵馬堂の背後にあり
穴地獄の祠
水天堂(小堂) - 甕が一つ置かれており海の干満がわかるという。
弁財天の祠 - 小池の中にあり
マントラ洞窟 - 本堂左奥から入り大師堂の背後に出る、真直ぐ進むと山の裏側に出る。金剛界・胎蔵界のマントラを表現している。
中雀門 - 本坊の区域に入る門。
大講堂 - 文殊菩薩坐像と脇仏に不動明王立像と毘沙門天立像、脇に興教大師像。
宝物館 - 安養寺時代からの寺宝を展示する。衛門三郎の再来伝説の「石」も見ることができる。
仏陀研究館 - 新しい建物で仏陀の仏像が展示されている。
安養閣 - 東門から出た外にある。
大日曼荼羅石像群 - 境外道路脇に、東寺講堂の立体曼荼羅に模した石像群(大日如来と四仏、金剛波羅蜜と四菩薩、不動明王と四明王の合計15体)が2018年設置され、さらに、釈迦如来と如意輪観音と四天王の6体が追加され2023年3月20日に開眼法要が行われた。仏陀研究館の東に入口があり、真っ暗な洞窟を通過すると不動明王を中心とする明王室と大日如来を中心とする如来室が2つの計3室あり座禅や瞑想ができる。それを抜けると石造群のある外に出る(有料300円)。
寺伝によると、十二社権現をはじめとする諸仏の来迎を夢に見た伊予太守の越智玉純が、十二社権現を祀るために建てた勅願所が、本寺の由来であるとされる。それを記念して、毎年4月4日、古式の作法に従い、諸仏の来迎を再現する「練供養」を行っている。また、その式典には奈良時代、鎌倉時代作の面や装束が用いられる。