ジョン・A・マクドナルド
1843年にイサベラ・クラーク(英語版)(Isabella Clark、1809年‐1857年12月28日没、アレクサンダー・クラークの娘)と結婚して、2人の息子をもうけた。
長男 氏名不詳(13ヶ月で夭折)
ヒュー・ジョン・マクドナルド(英語版)(1850年3月13日生 - 1929年3月29日没) - 政治家。マニトバ州首相を務めた。
1867年にアグネス・バーナード(英語版)(Agnes Bernard、1836年8月24日生 - 1920年9月5日没、トマス・バーナードの娘)と再婚して、1女をもうけた。彼女は1891年に夫の功績から連合王国貴族としてカナダ自治領及びオンタリオ州におけるアーンズクリフのマクドナルド女男爵(Baroness Macdonald of Earnscliffe, in the Province of Ontario and Dominion of Canada)に叙せられるも、爵位は彼女の死とともに廃絶した。
マーガレット・メアリー・セオドラ・マクドナルド(1869年 – 1933年)