本能寺の変
一方、本能寺南側から僅か1街(約254メートル)離れた場所に南蛮寺(教会)があったので、イエズス会宣教師達がこれの一部始終を遠巻きに見ていた。彼らの証言を書き記したものが、天正11年の『イエズス会日本年報』にある。
この日、フランシスコ・カリオン司祭が早朝ミサの準備をしていると、キリシタン達が慌てて駆け込んできて、危ないから中止するように勧めた。その後、銃声がして、火の手が上がった。また別の者が駆け込んで来て、これは喧嘩などではなく明智が信長に叛いて包囲したものだという報せが届いた。本能寺では謀叛を予期していなかったので、明智の兵たちは怪しまれること無く難なく寺に侵入した。信長は起床して顔や手を清めていたところであったが、明智の兵は背後から弓矢を放って背中に命中させた。信長は矢を引き抜くと、薙刀という鎌のような武器を振り回して腕に銃弾が当たるまで奮戦したが、奥の部屋に入り、戸を閉じた。或人は、日本の大名にならい割腹して死んだと云い、或人は、御殿に放火して生きながら焼死したと云う。だが火事が大きかったので、どのように死んだかはわかっていない。いずれにしろ「諸人がその声ではなく、その名を聞いたのみで戦慄した人が、毛髪も残らず塵と灰に帰した」としめている。
よって肩衣・袴これを遣わす」と自ら変の首謀者であることを宣言し、毛利輝元・小早川隆景に入洛の軍事行動を要請していることなどであった。
この足利義昭黒幕説を最初に明確に否定したのが宮本義己である。宮本は、6月9日に光秀が細川父子に宛てた覚書に、細川藤孝との共通の旧主である義昭の存在が全く見えないことを指摘。もし義昭が光秀の謀反に何らかの形で関わっていたとしたら、この書状で義昭を引き合いに出さないのは不自然で、信義を尊ぶ細川父子であればなおのこと有効であったはずであると主張した。宮本はこれを義昭の存在が謀反の名分にはなっていなかったことを意味すると解釈した。また打倒信長を目指して行動を続けていた義昭のもとに、信長を自決させたという密書が届けられた形跡はなく、それどころか光秀周辺とのつながりを示すような材料も全く見つかっていない。このことは毛利氏の場合も同様である。信長の死を知らせる光秀の使者が秀吉の陣営に迷い込んで捕らえられた不手際も、義昭と毛利氏が本能寺の変を全く予期していなかったことの証である。もし義昭が黒幕として光秀を操っていたのなら、あらかじめ隠密の使者の算段が調えられていたに違いないからである。吉川広家の覚書(案文)によれば、毛利氏は秀吉撤退の日の翌日にも本能寺の変報を入手していたが、変報を知った後の毛利氏も、すでに秀吉との和議が成ったことを理由に織田軍を追撃しなかった。仮に義昭が黒幕として光秀と通じていたならば、光秀が京都を抑えていた段階で(義昭を庇護する)毛利氏が秀吉への追撃を思いとどまることなどありえなかったであろうし、むしろ計画通りに一気に攻勢をかけなければいけなかったはずである。
反論として「当時のイエズス会の定収入は年2万クルザード程度であり、しかもその半分以上はインドに送金され、会を維持運営するのにも事欠く有様であった」などが挙げられ、論拠に信用に欠ける『明智軍記』などを検証も無く多数引用するなどの問題点が批判された。
高野山黒幕説
天正10年当時、高野山攻めが行われていて、高野山真言宗門徒が畿内で信長に逆らう最後の勢力だった。本能寺の変によって攻撃は中止されており、変で利益を得た勢力の1つとして黒幕説がある。
森蘭丸黒幕説
森蘭丸が事前に本能寺の変を察知していて、何らかの陰謀に関与していたと言う説。考え込んで箸を落とした光秀を見て謀反を起こす気らしいと進言したという『常山紀談』に見られる逸話あるいは『森家先代実録』などにある光秀謀反の警告から発展したもので、創作。同説では複数のパターンがあるが、例えば、『絵本太閤記』にある蘭丸による光秀殴打などから、光秀と蘭丸との敵対関係がことらさら強調されており、蘭丸は光秀を陥れ、讒言し、殺害しようと度々計画する奸臣で、それに対する反撃が本能寺の変という位置づけのものもある。
法華宗門徒黒幕説
安土宗論に敗れた法華宗が、その遺恨から、大檀那、門徒が共謀して信長を暗殺したという説。内部協力者の存在も指摘する。茶屋四郎次郎、本阿弥光悦、斎藤利堯、竹内季治などの法華宗門徒が陰謀に加わった可能性を指摘するが、それらの連携を示すような根拠は全くなく、法華宗の門徒が自派の寺院である本能寺を焼いてしまうとすれば、それは仏罰を受ける大罪であり、そのような襲撃計画を練るとも考えにくい。
織田信忠黒幕説
織田信忠と織田家臣が信長を排除しようとして本能寺の変が起きたが、計画に反して信忠が死亡してしまったとする説。