南矢代駅
2面2線の相対式ホームを持つ地上駅になっている。分岐器や絶対信号機を持たないため、停留所に分類される。駅舎は下り1番のりば側にあるが、上り2番のりば側にも簡易的な出入口がある。ホーム間の移動には跨線橋を使う。
1997年(平成9年)3月8日の複線化まで、ホームは単式1面1線のみで行き違いができなかった。このため、普通列車の一部も当駅を通過していた(二駅南隣の草野駅も同様)。
篠山口駅が管理する無人駅だが、ICOCA(および相互利用対象のICカード)が利用可能で、高額紙幣やオレンジカードが使えない簡易型自動券売機および自動改札機(集札機能のない簡易型)が設置されている。改札付近にベンチが設置されている。
なおトイレは構内にはなく、下り1番のりば側改札出てすぐのロータリーに公衆トイレ(自治体管理で多目的トイレもあり)がある。