医局
医師の派遣を受けた関連病院は、研究費を大学医局に寄付することで実質的な見返り・報酬を支払う事例が多く見られた。 また、民間の人材紹介会社からの医師紹介に対しては、紹介を受けた病院は、その医師の受け取ることになる年収の20%を紹介会社に支払わなければならないため、大学医局へ寄付金を支払うほうが「安上がり」という打算的判断も働くことがある。しかし、一度、「大学医局」から医師派遣を受けると、医師が交代するたびに、寄付金を支払うことになり、長期的には、大学医局の研究費財源として翻弄される結果となりやすい。 国公立病院、自治体病院、公的病院に比し、民間病院からの上納金は障害少なく容易に支払われまた比較的高額であるため、医局員は民間病院に出されることも多い。 大学医局は、多くの場合、この上納金について国家機関に申告しておらず、したがってこれに発生するところの国税を支払っていないといわれているが、税務上は次の例外等を除き適正に処理されており、申告漏れを指摘された事例として、昭和大学が医師派遣を当局国税局に収益事業の「斡旋業」とみなされ、関連病院から受けた寄付金について2008年3月期までの5年間で約4億6000万円の申告漏れを指摘されたものがある。昭和大学は指摘を受けて修正申告を行った。東京国税局は5年間に約120の医療機関から受けた約6億円については、医師派遣の見返りだったと判断した。 各関連病院からの大学医局への上納金が、目に余る悪質な経路、経緯を経ている場合のみ、「特捜」の捜査対象となってきた。これにおいて、大学教授逮捕のニュースが、散見される。