宇宙航空研究開発機構
本社(東京都調布市) - 調布航空宇宙センターの敷地内。
東京事務所(東京都千代田区) - 御茶ノ水ソラシティ内。主務官庁などとの連絡調整部署と衛星利用運用センター。 JAXA i - 東京丸の内のOAZO内に設置された広報施設。2010年末に閉館した。 宇宙利用推進センター大手町分室 - 宇宙利用ミッション本部の分室。主として、今後の宇宙開発利用における企業向けのPRを実施。
相模原キャンパス(神奈川県相模原市) - 宇宙科学研究所のメインキャンパス。 宇宙教育センター - コズミックカレッジなどの主催・関連団体と提携し実施
関西サテライトオフィス(大阪府東大阪市) - 産学官連携オフィス。関西の宇宙産業を担う人々の近くに設置されたオフィス。
名古屋空港飛行研究拠点(愛知県西春日井郡豊山町) - 飛行実験研究の拠点。
西日本衛星防災利用研究センター(山口県宇部市)- 政府関係機関の地方移転の一環として、山口県はJAXAの研究拠点の設置を国に提案した。これを受けて、筑波宇宙センターの一部機能を移転し、2017年2月、宇部新都市(あすとぴあ)の山口県産業技術センター内に設置された施設。山口県、山口大学と協力して、衛星データの自治体防災への活用、災害解析技術の開発、衛星データ解析ができる人材の育成、衛星データを利用した新事業創出の支援などを行っている。
ワシントン駐在員事務所(アメリカ合衆国・ワシントン特別区) - アメリカ航空宇宙局などとの連絡調整・広報事務所。
バンコク駐在員事務所(タイ・バンコク) - タイ衛星受信局の技術支援、東南アジアの宇宙関連機関との連絡調整。
パリ駐在員事務所(フランス・パリ) - ヨーロッパ宇宙機関との連絡事務所。
以下の各部が管理業務を行い、各部門ごとに下部組織に分かれ各研究テーマや開発業務を行っている(2016年3月1日時点)。
各部
経営推進部、評価・監査部、総務部、人事部、財務部、調達部、筑波宇宙センター管理部、広報部、調査国際部などの管理部門。
第一宇宙技術部門
H-IIAロケットをはじめとするロケットの打ち上げおよび人工衛星システムの研究開発と利用の促進など(旧・宇宙開発事業団)。
第二宇宙技術部門
詳細不明
有人宇宙技術部門
国際宇宙ステーションの日本実験モジュール「きぼう」や宇宙ステーション補給機「HTV」など有人宇宙システムに関する研究開発や利用の促進など。
宇宙探査イノベーションハブ 宇宙探査実験棟
宇宙科学研究所(ISAS=アイサス)
惑星探査機、天体観測衛星、工学試験衛星の開発および運用など。総合研究大学院大学に参加している(旧・宇宙科学研究本部)。
航空技術部門
日本の航空産業のための航空技術の研究開発(旧・航空宇宙技術研究所・研究開発本部航空部門)。
研究開発部門
航空宇宙技術の基盤研究・将来に向けた技術開発や各プロジェクトへの技術支援など(旧・宇宙開発事業団技術開発部門・宇宙科学研究所技術研究部門)。