新潟駅
南口側はプラーカ3そばに階段2本とエレベーター1基が設けられている。南口側ではさらに複合施設「LEXN」の2階とペデストリアンデッキで直結している。西側通路とLEXNのデッキとの間には高低差があるため、LEXN側に階段とエレベーターが設置されている。この西側通路は24時間通行可能で、歩行者の他に自転車の通行も可能である。通路内では危険防止のため、自転車は押して進むように呼びかけるアナウンス(BGM:新潟市民歌『砂浜で』)が昼間時間帯に放送され、新潟弁での放送もある。また通路上に段差が無いため、車椅子等でも介助なしに駅舎南北を通行することができる。こちらも高架化工事に伴って2013年6月25日、在来線架橋部が仮設通路へ切り替えられた。
「ホテルメッツ新潟」では、駅ナカシェアオフィス が、東西通路の西側に駅ナカシェアボックスが、また駅ビルCoCoLo南館の1階の「MOYORe:」にシェアスペースがそれぞれ分散して設置されている。
かつて南口側には駅舎は無く、駅裏側には国鉄新潟鉄道管理局時代からの車両基地である「新潟運転所」が存在していた。その後、上越新幹線の建設開始と併せて南口駅舎の新設が決定したのに伴い、1974年に電車・客車の車両基地機能は上沼垂運転区(現:新潟車両センター)へ移転したが、気動車の基地は移転の目途が立たず、新幹線開通に間に合わない状況となった。やむを得ず運転所を挟んだ位置に駅前広場を設け、2本の連絡通路を順次開設して駅舎へのアクセスを確保したものの、南口駅舎と駅前広場の間にはこの基地が長らく残ったため、利用者からは不便を訴える声が絶えなかった。1991年に新津運転所(現:新津運輸区)が開設され、ようやく全ての車両基地が撤去されたものの、跡地はその後、日本国有鉄道清算事業団に所有権が移り、一時遊休地となった後、駐車場として長らく暫定的に供用され、駅前広場も従来の位置のままであった。
南口側には駅舎へ徒歩で直接アクセスできる出入口がなかったことから、利用者からは改善を求める意見が度々寄せられていた。JR東日本新潟支社などはこれに呼応して2000年6月30日、南口駅舎から南口駅前広場に直通する「南中央口」の暫定供用を開始した。南口駅舎の中央部に設けられた中央口は、東口改札から階段・エスカレーターで1階に繋がっており、管理用道路を横断した先から、南口側の駐車場を挟んで駅前広場へと通じていた。
新潟駅万代口・南口周辺から発着する新潟交通グループの一般路線バス全路線と、新潟市が事業主体として新潟交通グループに運行業務を委託しているコミュニティバス路線(区バス)、及び高速バス「ときライナー」では、運賃精算に同社発行のIC乗車カード「りゅーと」が使用できる(臨時路線の一部便を除く)。また、りゅーとエリアの路線ではSuicaをはじめ全国10種類の交通系ICカードも使用できる。
りゅーとのチャージ機は万代口バスターミナル3番線、南口バスターミナル5番線に各1台設置されている。ただし、りゅーとエリア内ではSuicaほか10種類のICカードのチャージは取り扱っていないため、窓口チャージ・チャージ機・バス車内チャージのいずれも利用できない。りゅーと以外のICカードは残額不足の場合、駅・コンビニエンスストア等での事前チャージが必要となる。
東側通路と西側通路の相互間は南口側で直結し、前述の南口駅舎の南側歩行者通路(ペデストリアンデッキ)と駅舎2階の南側部分で連絡している。経路は(東側通路から)CoCoLo東、在来線東改札口を経由してインフォメーションセンター角を左に折れ、新幹線コンコースを南側に迂回、トイレ、南口ATMコーナーなどの横を通り、西改札口とヨドバシカメラ新潟店 A館」(2016年3月21日、移転のため閉店)の脇を抜けた先が西側通路となる。
この東西間の通路は当初設置されず、西側連絡通路の供用開始当初もこの通路はなかった。そのため利用者から「駅舎の東西が行き来できない」などといった苦情が多く寄せられ、1990年代半ばに急遽整備されたものである。駅舎そのものが自由通路の設置を想定して設計されたものではないことなどから道幅が非常に狭隘な上、通行者数も非常に多いことから利用者からは不評で、バリアフリーの観点からも再整備を求める意見が度々寄せられていた。
2009年2月のペデストリアンデッキ増設によって東西通路間の通行環境は大幅に改善されたものの、デッキは現在西口の改札口東側手前で施工を中断して暫定供用しているため(南口駅舎の空調ダクト2基が西側通路を挟み込むように設置されているため、駅舎そのものも改修する必要が生じる)、西口・西側通路側は駅舎内の通路のみが東西間のアクセス通路となる。なお、西改札口横には以前タイトーが運営するゲームセンター「ゲームメイト」が出店していたが、2008年12月末に閉店し、店舗跡は新幹線待合室と改札口周辺部の通路拡張に充当され、2009年9月中旬に順次供用を開始した。
現在の新潟市域で最初に開業した鉄道駅は、中蒲原郡沼垂町竜が島(現:新潟市中央区沼垂東・竜が島付近)に設けられた沼垂駅で、1897年(明治30年)11月20日に開設された。
当時、信濃川を挟んで左岸の新潟市と、右岸の沼垂町とは鉄道の敷設で壮絶な誘致合戦を繰り広げたが、当時の信濃川の川幅は約1kmと広く、鉄橋の建設に莫大な資金がかかることがネックとなり、信濃川右岸の萬代橋東詰付近の沼垂町流作場(りゅうさくば。現在の新潟市中央区万代・弁天・八千代付近)に「新潟駅」を設けるという折衷案で一旦は合意した。
しかし北越鉄道は地代が高いことを理由にこれを事実上拒否し、竜が島に設けた「沼垂駅」を終着駅とした。新潟市側ではこれに対する反対運動が起こったものの、政府の認可が下りたことから紛糾を極め、市側の「鉄道同志会」の構成員の一部が行動を過激化。沼垂駅を評価する人を襲撃する騒ぎを起こし、更には同年11月16日の鉄道開業予定日を控えた11月11日の早朝、沼垂駅構内の機関庫と貨物庫、新栗ノ木川の鉄橋に爆弾を仕掛け、爆破する騒動にまで発展した。
万代口バスターミナルでは全ての路線バスを発着させることができないため、駅正面から北側へ伸びる東大通沿いにもバス停が設けられており、こちらは高速路線バスのりばとなっている。なお、のりば番号はバスターミナルからの通し番号となっている。