日本青年団協議会
最高の決議機関として大会が年一回、通常は5月4日から5日にかけて日本青年館において開催される。この大会は特に「定期大会」と呼ばれている。大会には執行部のほか、代議員と呼ばれる各加盟団6名(男女各2名以上)の代表が参加する。
また、年二回以上、執行部と理事による理事会が開催される。
この他、執行部による常任理事会、また規約には謳っていないが、会長、副会長、事務局長からなる三役会が適宜開催されている。
前述の会費を納入できない加盟団は、会議にオブザーバー参加して意見を述べることはできるが、採決には参加できない。