ナリタブライアン
前述のように体調不安や調教の不足が指摘されていたにもかかわらず大久保が出走を決断して大敗したため、出走を批判するマスコミが多かった。特に大川慶次郎は、「『あれほどの馬を状態が悪いのに使ってくるわけがない』と信じていたが間違いは調教師自身の見識にあった」「あれだけの馬を調教代わりにレースに使うのは間違いである」と大久保を強く批判し、その後のジャパンカップと有馬記念を含め5歳秋における一連の出走について「関係者はよってたかってナリタブライアンをただの平凡な馬に蹴落とそうとしているのではないか」という思いを抱いたと述べている。また岡部幸雄は出走に関して、「ああいう使い方だとミソをつけてしまう」「あれだけ強かった馬の価値をただの馬に下げてしまう」「結局、日本人の感覚って、そんなもの」と批判した。
これに対し大久保は「レースに出走させることによって競走馬を鍛えるという信念に基づく出走であった」「調教の動きがよかったので出走させた」、「天皇賞(秋)に出走したことによりジャパンカップと有馬記念では成績は上昇しているので間違いだったとは思わない」としている。なお大久保は天皇賞(秋)の直後からジャパンカップ直前期までの間、ナリタブライアンの体調に関するコメントを出さないことにより限定的な取材拒否を行った。
このレースで賞金を加算したことでナリタブライアンの通算獲得賞金は10億2,691万6,000円となり、史上初めてドル換算で1,000万ドル以上の賞金を獲得し、メジロマックイーンを抜いて歴代1位(当時)となった(レースに関する詳細については第26回高松宮杯を、同レース出走に関する大久保への批判についてはローテーションを巡る批判を参照)。
屈腱炎発症・引退
高松宮杯から約1か月後の6月19日、ナリタブライアンは右前脚に屈腱炎を発症したと診断された。ナリタブライアンは同月28日に函館競馬場、8月には早田牧場新冠支場へ移送され、治療が行われた。大久保はナリタブライアンの復帰に強い意欲を見せていたが、9月に日刊スポーツがナリタブライアンの引退が決定したと報道。さらに読売新聞の取材に対して山路が引退を認めた。橋本全弘によると、この時期に大久保を除く関係者の間で引退に向けた話し合いが行われており、種牡馬となった際のシンジケート株の予約が開始されるなど引退へ向けた動きが起こっていたという。10月7日に大久保と山路、工藤の3者による話し合いが行われ、正式に引退が決定し、10日には栗東トレーニングセンターで正式な引退会見が行われた。なお、大久保は引退が決まったあともナリタブライアンを走らせることへの未練を口にしている。
11月9日には京都競馬場で、11月16日には東京競馬場で引退式が行われ、京都競馬場では菊花賞優勝時のゼッケン「4」を着け、東京競馬場では日本ダービー優勝時のゼッケン「17」を着けて引退式が行われた。関東と関西2か所で引退式が行われた競走馬はシンザン、スーパークリーク、オグリキャップに続きJRA史上4頭目であった。1997年には史上24頭目の顕彰馬に選出された。
競走内容
1996年初戦には前年と同じく阪神大賞典が選択された。レースでは前年の年度代表馬マヤノトップガンをマッチレースの末に下し、同レース連覇を果たすとともに1年ぶりの勝利を挙げた。このレースについて調教師の大久保は「手に汗を握るほど興奮した」、調教助手の村田光雄は「あんなレースは初めて見た」と語り、大久保は「あのレースでは、たとえ負けていても、勝った相手を素直に祝福できたように思います」と述べている。この第44回阪神大賞典はしばしば日本競馬史上の名勝負のひとつに挙げられるが、その一方で名勝負とされていることを真っ向から否定する意見もある(レースに関する詳細については第44回阪神大賞典を参照)。
阪神大賞典を勝利したことによってナリタブライアンの復活が印象づけられ、復帰した南井が騎乗した天皇賞(春)では1番人気に支持されたが、レースではサクラローレルに差されて2着に敗れた。大久保はこのレースにおいて、折り合いを欠いたナリタブライアンを第3コーナーでスパートさせた南井の騎乗を「武豊が乗ったらあんなふうにかかっただろうか」と非難した(レースに関する詳細については第113回天皇賞を参照)。
天皇賞(春)のあと、陣営は宝塚記念優勝を目標に据えた。ここで大久保は宝塚記念の前に一度レースに出走させる方針を立て、芝スプリント戦のGI・高松宮杯に出走させることを決定し、5月5日に出走登録が行われた。中長距離の実績馬がスプリント戦に出走するのはきわめて異例のことであったため、この出走は話題を呼んだ。また、騎手は南井から武豊に変更された。レースでは終盤に追い上げるも4着に敗れた。