基部系統
系統樹の基部で分岐した群は「原始的 (primitive)」系統と呼ばれることもあるが、これは誤りである。基部で分岐した群はその末裔である現生種が古い形質(= 原始的な形質)を保持しているとは限らない。系統樹が示すのは、共通祖先から進化したことであり、一方の群から他方が進化したことを示すわけではない。そのため、基部系統であることが故に原始的と言うことはできない。
以下の図は、Seberg et al. (2012)およびAPG IV (2016)によるキジカクシ目 Asparagales の系統樹である。キジカクシ目において、最も基部で分岐した群はラン科 である。しかし、キジカクシ目の共通祖先の花の形態はラン科とは大きく異なっていたと考えられており、ラン科の花形態はラン科の祖先が分岐した後で進化し、獲得されたものであると考えられる。
六脚類 Hexapoda の中でも、翅をもたないカマアシムシ目、トビムシ目、コムシ目(以上三群は内顎類と呼ばれる)、イシノミ目、シミ目の5群は基部系統であり、翅を獲得しておらず、原始的な形質を保持していると考えられている。以下にMisof et al. (2014)による六脚類の系統樹を示す。和名は『岩波生物学辞典 第5版』(2013)より。