水中フィルター
通常は水槽の底に設置するが、底砂(砂利)に埋める場合もある。水の流れを調整するためには追加のパイプを接続する。ろ材の汚れがひどくなってきたら、洗って再利用する。その際は、洗剤を使用せず飼育水などを利用して軽く洗い、バクテリアの死滅を防ぐ。魚に餌を与える時、濾過と共にえさも吸い込んでしまう為、フィルターから遠い場所に投下したり、フィルターの電源を一時的に切る運用方法もある。
他のフィルターと組み合わせて(サブまたはメイン)使用、またバケツなどで一時使用する場合がある。
底面ベースの使用
水中フィルターを底面式フィルター用ベースに接続して使用する方法がある。これは、底面式フィルター単体より大きな濾過能力を持つ。