近隣結合法
S i j = 1 2 ( d i j − 1 | L | − 2 ∑ k ∈ L d i k − 1 | L | − 2 ∑ k ∈ L d j k + 2 | L | − 2 ∑ i < j ∈ L d i j ) {\displaystyle S_{ij}={\frac {1}{2}}(d_{ij}-{\frac {1}{|L|-2}}\sum _{k\in L}d_{ik}-{\frac {1}{|L|-2}}\sum _{k\in L}d_{jk}+{\frac {2}{|L|-2}}\sum _{i<j\in L}d_{ij})}
この時点で実行者はどの葉同士が近縁であるかを知らないため、全ての葉で括り出しの組み合わせを試すことになる。こうして総和 S i j {\displaystyle S_{ij}} を最小にするiとjの組み合わせを発見し、それを近隣として扱う。そしてこの近隣を1つに括り出して同様の操作を繰り返し、全ての葉が近隣として結合されて無根系統樹が出来上がると推定完了となる。