コミックマーケットが抱える問題
しかしながら、書き入れ時とはいえコミックマーケット開催時は平時とは相当に異なる混雑となるため、周辺路線の駅や車内アナウンスにおいてコミックマーケット参加目的の乗客に対し「『一般の』お客様の迷惑になる」などと、コミックマーケット参加目的の乗客を他の利用客と明確に差別するかのような物言いをする駅員や乗務員もおり(特にりんかい線で顕著)、批判も上がっている。ただし、コミックマーケット参加目的の乗客があまりに多すぎて酷い混雑になることや、一部の心ないコミックマーケット参加の乗客による迷惑行為によるコミックマーケット参加目的以外の乗客からの苦情が交通各社に寄せられており、交通各社側がコミケ参加目的の乗客とそれ以外の乗客との板挟みになっていることもまた事実である。例として、2013年に東京臨海高速鉄道が公式Twitter上で、「夏休み中で子供も多く乗車しているので、コミケで買った本を車内で読むのをやめてほしい」といった趣旨の注意を呼びかけられ、こういった行為は控えられるようになった。このほか、国際展示場駅に到着する始発電車を降りた参加者が改札に向け駅構内を走る行為(いわゆる『始発ダッシュ』)についても、危険であるため止めるようにアナウンスしている。『始発ダッシュ』については半ばコミケの名物とも化しており、その様子を面白半分で撮影する者もおり、これについてもトラブルの原因となるとして遠慮して欲しいとしている。
コミックマーケットでは過去に時限発火装置や癇癪玉によるいやがらせも発生している。これ以来準備会では不審物の対策として、参加者自身による不審物確認を促す一斉点検放送を定時に行っている。1996年8月から2001年12月まで準備会には毎回脅迫状が届いている。
2008年夏のコミックマーケット74では、同年7月以降にインターネット等で複数の脅迫行為が行われ、当時の様々な事案があり、手荷物確認が行われた。準備会は行為者や以後の脅迫に対して毅然たる姿勢をとることを表明した。
2012年冬のコミックマーケット83では、10月に「黒子のバスケ」のサークル不参加を要求する脅迫状が準備会に送られたことを受け、C74と同様に安全を確保したうえでの開催が調整されていた。しかし、11月に他主催の「黒子のバスケ」同人誌即売会、および集英社主催の「ジャンプフェスタ」での「黒子のバスケ」関連イベント・グッズ販売が中止されたことを受け、警察・会場が強い懸念を持ち、会場からは通常通りの開催が行われれば以降のコミックマーケットでの東京ビッグサイトの使用が禁止される恐れがあったため、「黒子のバスケ」のサークル参加中止措置と同作品の同人誌・グッズの頒布中止要請 を発表した。
コミックマーケットの混雑した会場内で、他の参加者と連絡を取りあうのは困難な状態が続いている。携帯電話が普及する以前から、アマチュア無線やパーソナル無線で連絡を取りあう参加者も存在する。携帯電話の普及により、連絡を取りあうのは(以前と比べては)容易になったものの、コミケ当日は会場周辺の通信量が激増し、携帯電話やインターネットへのアクセスが困難な状態が続いており、C85開催時現在、時間帯によっては通信量の激増に対処しきれない状況である。C78ではソフトバンクモバイル(現・ソフトバンク、以下C87までは「ソフトバンクモバイル」、C88以降は「ソフトバンク」と表記)がTwitterでの期待を受けて対策を行った。C85ではNTTドコモ・au(KDDI)・ソフトバンクモバイル(以下携帯大手3社と表記)が移動基地局とWi-Fiアクセスポイントを装備した人員(NTTドコモは50名)を、C100では携帯大手3社に加え、楽天モバイルが会場への派遣を実施した。