長崎三福寺
最後に、やはり福建省の福州の華僑が中心となって創建されたのが、崇福寺であり、1629年(寛永6年)に超然を開山として迎えた。その創建に携わった人々の出身地域にちなんでそれぞれ「南京寺」「泉州寺(漳州寺)」「福州寺」とも称された。
3ヶ寺とも、創建当時は、特定の宗派に属する寺院ではなかった。興福寺の黙子如定、逸然性融や、福済寺の蘊謙戒琬、崇福寺の道者超元といった僧が名を成した。しかしながら、1654年(承応3年)に隠元隆琦が多くの弟子たちを連れて渡来すると、状況が一変し、当時の臨済宗黄檗派、後世の黄檗宗の寺院へと移行することとなった。以後、山城の萬福寺を本山とする黄檗派にとって、この3ヶ寺は、中国との大事な中継点になった。また、創建関係者の出身地域の別名が付けられたように、一種の同郷会館としての役割も果たしており、母国で厚く信仰されていた媽祖などの併祀なども行われた。