アメリカ同時多発テロ事件陰謀説
11調査委員会は彼らの公式調査の結果に反する決定的重大な証拠が発覚するのを恐れ、それらに対する捜査を拒否、あるいは不利な証拠を隠蔽した」と思っている、と結論付けた。
2006年9月、Ipsos-Reidの世論調査では22%のカナダ人が「9.11の攻撃について、ウサーマ・ビン=ラーディンは全く無関係で、本当は影響力のあるアメリカ人による陰謀である」と思っていることが明らかとなった。2006年10月、ニューヨーク・タイムズとCBSニュースの世論調査では28%が「ブッシュ政権の官僚のほとんどは9.11前に得ていた9.11の攻撃に関する情報について嘘をついている」と答えた。
9.11の5周年の直前、米国の各主要メディアは一斉に9.11の陰謀論についての記事を発表した。それらの中の一つタイム誌は「陰謀論は少数が唱える迷信ではない、明白な政治的事実なのだ」と述べた。上記のような報道が主要なメディアでブームのように報じられ、そして9.11陰謀論はしばしばマスコミの注目の的となるようになっていった。
アルカイーダの犯行声明が登場したことにより、一般的にはアルカイーダの犯行という認識がなされている。しかし、政府が事実を隠していたり、マスコミ報道の内容が操作されているという主張がある。
実際、ディック・チェイニー前副大統領は、911事件とアルカイダの関係性を示す証拠を持っていると公式に発言したが、2009年現在も未だにそれは提示されていない。だが、アルカイダとの戦いが続いている中で証拠を公表したりすると、内部の情報源、もしくは情報収集の方法が相手にバレてしまうのは、諜報戦の基本中の基本である。こうした説明責任と機密保持の板ばさみは、何もこの事件に限ったことではない。
また2002年4月、ミューラー・連邦捜査局長官は、「19人のハイジャック犯容疑者とアメリカ同時多発テロ事件とを結びつける書面の証拠物件を見つけることができていない」「彼らはパソコン、ノートパソコンやほかの記憶媒体も残さず、同調者と接触するようなこともせず、表向き善良なアメリカ人として生活していた」と述べた。だが、この程度のことは他の犯罪者にも多い。
犯行の声明や供述に対して疑問視する意見もある。ハイジャッカー容疑者19人のうち7人については、生存しているとの報道がある。また、ハイジャッカーの名前が搭乗者のリストに載っていないとされる。
もしくは手助けした」とする説である。アメリカでは根強い論調で、そうした視点に立ったジャーナリストや研究者による様々な著作も発刊されている。この様な動きに対して、アメリカCNNも「アメリカ国内で『陰謀説』が再燃の兆し」と報じたことがある。後に、たびたびテレビで取り扱われた。他にはマイケル・ムーア作の映画『華氏911』などがこの説をとりあげている。しかし、華氏911では事前に事件を知りえたはずのブッシュ大統領が、連絡を受けてから予定をキャンセルするまでの初動の遅さも取り上げ批判している。
自作自演説は、「アメリカ政府とアメリカ軍が、遠隔操作の貨物機やミサイル、建物内に仕掛けた爆破解体用の爆薬を使ってツインタワーやペンタゴンを破壊し、通説のようなテロ事件であると報道機関を用いて演出した」とする説である。(テロ自体はアルカイダの仕業とする)見逃し説と比較しても通説との差異は大きく、現在では見逃し説に代わる陰謀説の主流となっている。映画『ルース・チェンジ』ではこの説が取り上げられている。
アメリカのシンクタンク「アメリカ新世紀プロジェクト」(Project for the New American Century) は、2000年9月に、90ページのレポート"Rebuilding America's Defenses"を公表した。このレポートでは、アメリカの外交政策、軍事政策のあり方を論じ、複数の戦争を同時に遂行しかつ圧勝するための体制を構築する上での目標を挙げる部分で、次のように述べられている。(page51)。
このアメリカ新世紀プロジェクトのメンバーであった、Dov S. Zakheimは、CFR(外交問題評議会)のメンバーでもあり、レーガン政権で国防省要職を務め、ジョージ・ブッシュ政権で、政権発足から2004年まで大統領の外交政策顧問、アメリカ国防長官府のコンサルタントを務めた。また、彼は1987年から2001年まで、軍事技術会社 System Planning Corporationの部長職、および子会社であるSPC InternationalのCEO(最高経営責任者)であった。 なお、System Planning Corporationは、航空機を遠隔自動操縦で航行させることができる技術(Flight Termination System、Command Transmitter System)を販売している。
墜落現場にはクレーターのようなものしかなく、機体の破片や乗客の遺体がなかった(遺体が1体も見つからなかった)。尚、本件の様に航空機が超高速且つ地面に対して垂直に近い角度で墜落した場合はクレーターだけが残り、遺体や大きな残骸が殆ど残らないことが起こり得る(パシフィック・サウスウエスト航空1771便墜落事故など)。よって本説には論理的な「穴」がある。
クリーブランド・ホプキンス国際空港に93便が着陸したとする証言もある。