鹿島鉄道線
これに対し、親会社である関東鉄道による経営支援及び沿線自治体と茨城県による公的支援が5年間行われることとなり、廃線の危機は一旦回避された。しかし2005年(平成17年)のつくばエクスプレスの開業により、自社の常総線(特に取手 - 守谷間)や高速バスの利用者が減少し利益減収となった関東鉄道は、2007年度以降の経営支援を行わない方針とした。これを受け、親会社の支援なしでの鉄道経営は無理であるとして、鹿島鉄道は2006年(平成18年)3月30日に、廃止届を国土交通省に提出した。
なおこの時点で、2007年度以降の自治体と県による公的支援をどうするかは白紙状態であった。その後ぎりぎりまで存続の道が模索されたが、状況は好転せず、2007年(平成19年)4月1日に廃止された(存続運動などの経緯は鹿島鉄道を参照されたい)。廃線後の線路や駅舎は順次撤去されることになっていたが、現在は撤去作業は途中で中断され、今も線路や駅舎が一部で残っている。車両は、旧形式5両のうち4両、新形式4両のうち2両が個人に売却され、保存されている。
霞ヶ浦湖畔を走るキハ431 2007年1月20日
廃止間も無いころ常陸小川駅にて保管される車両 2007年4月21日