東京都港湾局専用線
一方、芝浦地区でも進駐軍による接収解除が進むと、東京都による臨港鉄道の整備が行われるようになった。旧陸軍および進駐軍が応急的に整備したものであった臨港線を引き継ぎ、東京都が改良工事を行って1959年(昭和34年)3月31日に芝浦埠頭の末端までの芝浦線が完成した。この路線が実際に供用開始されたのは1961年(昭和36年)4月1日からで、東京ポートサービス協会が運行を担当した。また日の出埠頭への路線も日の出線として整備され、1965年(昭和40年)4月1日から東京ポートサービス協会委託で正式営業が始まった。芝浦線、日の出線の主要貨物は、塩、肥料、セメント、雑貨などであった。また芝浦埠頭の整備に伴って、1963年(昭和38年)から1965年(昭和40年)にかけて、芝浦駅は日の出埠頭から芝浦埠頭に移転され、岸壁直背後の引き込み線を東京都専用線、山側の鉄道を国鉄営業線として整理された。