長崎鉄道事業部
817系電車(VN編成) 佐世保車両センターへ移管
キハ66系気動車 佐世保車両センターへ移管
キハ200系気動車 佐世保車両センターへ移管
キハ47形気動車 2002年(平成14年)までに他地区へ転属
キハ31形気動車 1994年(平成6年)までに他地区へ転属
キハ58系+キハ65形気動車 他地区に転属または廃車
キハ183系気動車 1000番台4両編成1本が所属していた。 特急「シーボルト」として、佐世保 - 長崎間を走っていた。「シーボルト」廃止後は一旦保留車となった後、大分車両センターに転属。2011年(平成23年)1月まで「ゆふDX」として久大本線で運用された後に熊本車両センターへ転属、同年6月からは豊肥本線の熊本 - 宮地間の特急「あそぼーい!」として運行されている。
14系客車 1994年12月3日に熊本から転属配置され、寝台特急「さくら」として、長崎・佐世保 - 東京(佐世保発着便は1999年〈平成11年〉12月4日に廃止)間を、また「さくら」佐世保発着便廃止後は「富士」と共通運用され長崎 - 東京・大分 - 東京間をそれぞれ走っていた。2005年(平成17年)3月1日の「さくら」廃止後は再び熊本に転属。
佐世保運輸センター(させぼうんゆセンター)は、長崎県佐世保市の早岐駅構内にある、九州旅客鉄道(JR九州)長崎支社管轄の乗務員基地であり、元々は同支社長崎鉄道事業部の管轄であった。長崎総合乗務センターに編入される形で廃止。