メトロイドプライム
本作の最終ボスで、甲殻を脱いだメトロイドプライムの本体。フェイゾンエネルギーの身体には従来の武器は一切効果がなく、プライム(ヘッド)が攻撃時に生み出すフェイゾン溜まりをビームに変換し、フェイゾン融合を果たしたアームキャノンによる攻撃のみダメージを与える事が出来る。プライム(ヘッド)は他のメトロイドを産出する間に姿を消して敵の目を欺くが、特定のバイザーに切り替える事で再び視認可能となる。なお、切り替えるべきバイザーの順番には規則がある。
エリートパイレーツプログラムの最終形態。
両肩と両足にフェイゾン装甲を持っており、破壊されても近くにあるフェイゾンを吸収し再生する。
吸収の際には姿が透明になりテレポートをする。この時だけダメージを与えられるが、様々なビームやバイザーを使わなければならないので、バトル+謎解きとなる。攻撃手段はエリートパイレーツとほぼ同じだが攻撃力はかなり高くなっている。また、トゥルーパー系統を呼び出して再生の時間稼ぎをする。