吉原駅
JR貨物の駅は、専用線発着のコンテナ貨物・専用線発着の車扱貨物の取扱駅となっている。ただし、2012年3月17日のダイヤ改正で貨物列車発着の設定は消滅し、現在は一部の高速貨物列車が時間調整で停車するのみである。構内の入換作業用にはDE10形ディーゼル機関車が使用されていたが、この運用もこのダイヤ改正で消滅した。
駅東側にある日本製紙富士工場鈴川製造所(旧・鈴川工場)へ続く専用線があり、コンテナや有蓋車(ワム80000形貨車)を用いる製品輸送などが行われていた。有蓋車の発送先は新座貨物ターミナル駅だった。
2000年頃まで、岳南鉄道(現・岳南電車)ホームのすぐ西にある専用線にタンク車が入線し、その北側にある物流会社向けの濃硫酸輸送が行われていた。また岳南鉄道線から分岐しジヤトコ富士事業所第一地区へ続く専用線もあった。また、北口駅舎の東側に有蓋車用の貨物ホームがあった。ホームの跡地は駐車場となっている。
東海道本線を走行する貨物列車は、前述のダイヤ改正直前には下り列車が1日1本停車し貨車の解放・連結を行っていたほか、当駅着の上り列車と当駅発の下り列車が共に1日1本設定されていた。いずれも専用貨物列車で、これらに岳南鉄道線発着の貨車も連結されていた(岳南鉄道の貨物列車は岳南電車岳南鉄道線を参照)。
岳南電車の貨物線は、貨物取扱終了後は放置され列車の入線自体が困難な状態となっていたが、2021年に「吉原駅構内での運転体験」を目標としたクラウドファンディングにより集められた約1,300万円の資金により改修を実施し、再び列車が入線可能な状態となった。2022年4月からは同線を用いた、7000形電車による運転体験(要予約)を不定期に実施している。