雲龍 (空母)
レッドフィッシュは陸上飛行機から爆雷攻撃を受け、警戒が厳重な事から重要船団の接近を悟ったという。 午後4時以降、レッドフィッシュは雲龍を中心とする船団を発見し、8分後に距離5400mで艦首より魚雷4本を発射。16時35分、雲龍は魚雷発射音を探知した。 雲龍は右に舵をとり魚雷3本まで回避したが16時37分、雲龍の右舷中央部(艦橋下部)に魚雷1本が命中した。 命中した魚雷によって第一缶室、第二缶室に浸水した。 雲龍からは潜望鏡らしきものが観察され、高角砲と機銃で応戦したが電源が停止して射撃不能となる。機械室で火災が発生しつつ右旋回を続けたが、前部予備電源も停止し、後部予備電源で非常用ディーゼル消防ポンプを作動させた。火災は鎮火したが速度が次第に低下し、やがて停止した。雲龍が停止したのは魚雷が命中した地点より、さらにレッドフィッシュ寄りの場所であった。乗組員は輸送中のトラックを投棄して傾斜回復につとめた。 一方、レッドフィッシュは爆雷攻撃を行う檜に対して魚雷4本を発射したが命中せず、目標を雲龍に変更して艦尾発射管から魚雷1本を発射した。16時45分に2本目の魚雷が雲龍の右舷前部(艦橋のやや後方)に命中した。雲龍は1本目の魚雷で右に傾斜しており、2本目の魚雷の炸裂は沈下していた下部格納庫に及んだ。下部格納庫には輸送物資として搭載された「桜花」20機があり、それらが次々と誘爆する状態となった。爆発は12.7cm高角砲弾薬庫で起った可能性も指摘される。
1944年9月26日、横須賀を出発、瀬戸内海に回航された。9月27日、3隻(雲龍、霜月、冬月)は呉に到着。第一機動艦隊司令長官小沢治三郎中将も雲龍に乗艦している。
10月1日、雲龍型3番艦葛城が竣工、同日附で第一航空戦隊が再編された。 10月15日、第一航空戦隊は雲龍型3隻(雲龍、天城、葛城)で編成。だが搭載航空隊のない第四航空戦隊の空母2隻(隼鷹、龍鳳)と同じく出撃の機会はなかった。また、このころ単装機銃を増設したという。
アメリカ軍がフィリピンに襲来してフィリピンの戦いがはじまり、10月下旬のレイテ沖海戦で日本海軍は壊滅した。第三艦隊(小沢機動部隊)においては、10月25日のエンガノ岬沖航空戦で空母4隻(瑞鶴、瑞鳳、千歳、千代田)他を喪失。雲龍所属の第601海軍航空隊も第三航空戦隊(瑞鶴)の艦載機や陸上基地に転用され、アメリカ軍との航空戦で戦力を喪失した。
小沢中将(第一機動艦隊長官)は日本に帰還したのち雲龍、続いて龍鳳に将旗を掲げたが、11月15日附で第一機動艦隊および第三艦隊は解隊。第一航空戦隊は聯合艦隊附属になる。同時に空母2隻(龍鳳、隼鷹)が四航戦から第一航空戦隊に編入される。一航戦は空母5隻(龍鳳、隼鷹、天城、雲龍、葛城)となった。