長万部駅
路線名称上は倶知安・小樽・札幌方面及び森・函館方面が「函館本線」、東室蘭・苫小牧方面が「室蘭本線」となるが、当駅を挟んで函館本線の函館方面・室蘭本線(苫小牧方面)を経由するルートは、札幌と函館・本州方面を結ぶ特急・貨物列車が全て通過するなど広域輸送の大動脈の一部として一体のルートを成している。その一方函館本線の小樽方面にそれらの列車の運行はなく、小樽方面は1日4本の普通列車のみが運行される事実上のローカル線区間となっており、JR北海道が制定している駅番号・区間カラーにおいても札幌駅 - (千歳線) - 沼ノ端駅 - (室蘭本線) - 長万部駅 - (函館本線) - 函館駅にかけてが一体の区間として「H」の記号・青が割り振られている一方で、札幌駅 - 小樽駅 - 長万部駅間の函館本線には別途「S」の記号・赤が割り振られている。
普通列車の運行系統は当駅を境に分かれており、いずれの方面においても当駅乗り入れの普通列車は全て当駅が始発・終着となる。なお、普通列車は本数が少ないことや特急列車主体のダイヤ編成をしていることもあり、当駅での普通列車同士の接続は最短でも1時間前後となる。