清浄華院
1月1日 修正会(歳末回向・除夜の鐘に続き)
1月7日 新年互礼式
2月3日 涅槃会・浄山不動講節分大祭と浄焚式
3月下旬 春季彼岸会
4月20日 開山慈覚大師忌
4月29日 畳供養
8月16日 盆施餓鬼・献灯回向法要
8月28日 染殿地蔵尊大祭
9月下旬 秋季彼岸会
9月下旬 24時間不断念仏会
11月28日 鎮守社 御火焚祭
12月26~28日 浄山不動講八千枚護摩供
12月31日 歳末回向・除夜の鐘
毎月28日 不動講護摩供養会 15時~ 但し8月は休み
そのため御所の格式と同様の建築物を誇った。
宝永5年(1708年)に境内の東にあった御土居薮が江戸幕府から下げ与えられ、後に切り開かれて墓地とされた。
また御所に近いことからしばしば上洛する幕府要人や大名の宿所となり、享保年間(1716年 - 1736年)には徳川吉宗に献上されるためベトナムから渡来したゾウ(従四位広南白象)の宿所にもなっている。将軍上洛警護や治安維持のために諸藩の藩士が多数上洛した幕末には、御所警備を担当した肥後国熊本藩や阿波国徳島藩、薩摩藩、会津藩などの藩士の宿所となった。特に会津藩は藩主松平容保が半年ほど逗留した。
明治時代に入ると明治初年まで戊辰戦争の薩摩藩の陣所の一つになった他、廃仏毀釈や浄土宗内の混乱、そして失火で伽藍を焼失するなど災難が続いたが、1911年(明治44年)の法然上人七百年大遠忌には伽藍を再興、現在に至っている。
82代法主の真野龍海が2018年(平成30年)末に2期8年の任期満了を迎えた際、次の法主を巡って清浄華院と浄土宗が対立。結局、法主は空位の状態になり、これを不服とした清浄華院が一時宗派離脱の動き見せたが周囲の説得を受けて撤回、しかし宗派側が寺側関係者を宗内の懲戒機関の審判にかけ、懲戒審議中のため法主選任の会議「浄土宗門主・法主推戴委員会」を開かないとするなど混迷を深めた。続投の意志を表明していた真野は2019年(令和元年)9月9日に97歳で遷化(死去)。2年以上の法主空位期間を経て、2021年4月に双方で覚書が取り交わされ、同年5月26日の浄土宗門主法主推戴委員会が開催され飯田実雄(長野県駒ケ根市安楽寺住職)が全会一致で選任された。