熊本電気鉄道菊池線
黒石駅を移転。須屋 - 黒石間に三ツ石駅開業。
2003年(平成15年)12月17日:藤崎宮前 - 北熊本 - 御代志間にATSを導入。
2004年(平成16年)12月9日:上熊本 - 北熊本間にATSを導入。
2008年(平成20年)4月1日:新須屋駅を移転。
2009年(平成21年)4月1日:ダイヤ改正。藤崎宮前 - 御代志間の終電車の運転時刻を大幅繰り下げ。
2013年(平成25年)3月31日:電波高専前駅を熊本高専前駅に改称。
2015年(平成27年)4月1日:交通系ICカード「熊本地域振興ICカード(くまモンのIC CARD)」に対応。
2017年(平成29年) 2月22日:藤崎線藤崎宮前駅付近で発生した脱線事故の影響で藤崎線藤崎宮前駅 - 御代志駅間が終日運休となる。翌23日の始発列車より藤崎線黒髪町駅 - 御代志間で折り返し運転を再開。 3月7日:全線で運転再開。
2018年(平成30年)5月20日:打越駅の待合所が火災で全焼。
2019年(令和元年)10月1日:再春荘前駅を再春医療センター前駅に改称。駅ナンバリング導入。
2022年(令和4年)10月10日:合志市の御代志地区土地区画整理事業に伴い、再春医療センター前駅および御代志駅を移設および改キロ (-0.2 km)。有人窓口新設に伴い御代志駅を有人化。