ゴジラ×メカゴジラ
詳細は「東宝特撮映画の怪獣対策組織#特生自衛隊」を参照
音楽は『×メガギラス』を手掛けた大島ミチルが担当。『ゴジラ』(1984年)以来、伊福部昭の曲が全く使用されなかった。
前回で音楽が効果音とゴジラの鳴き声に負けてしまったと思った大島によって、90人規模での演奏が可能なモスクワでの音楽録音が提案され、シリーズ初の海外録音が行われた。演奏はモスクワ・インターナショナル・シンフォニック・オーケストラ。大島は、日本では実現できない音の厚みを得ることができたが、スタジオの構造の都合から打楽器と金管楽器の音がすべてのマイクに入ってしまい、調整に苦労した旨を語っている。録音の模様はドキュメントとしてDVDの映像特典に収録されている。また、大島は効果音を把握するため、本作品よりダビング作業にはすべて参加している。
ゴジラのテーマは、『×メガギラス』で作曲されたものを引き続き使用している。本作品ではテンポを変えるなどしてバリエーションを増やしている。
低音から始まるゴジラのテーマに対し、メカゴジラのテーマは高音の金管楽器を用いたファンファーレ風の楽曲としている。この曲について周囲からは映画『ベン・ハー』のようだと評されたが、大島は同作品は観ていないと述べている。
機龍隊のテーマと茜のテーマは、「頑張る人間」を共通のイメージとしている。
戦闘シーンでは、各怪獣のテーマとは別にバトル音楽が設けられている。大島は、従来のゴジラシリーズでは独立したバトル音楽がなかったことは知らず、あって当たり前のものだと思っていたといい、ゴジラのテーマではテンポが遅く不向きであったと述べている。
特自二尉。
4年前に館山での初代ゴジラの骨格のサルベージ作業後にゴジラ攻撃の現場へ出動したが、茜のミスで乗っていた73式小型車をゴジラに踏み潰されて殉職する。 葉山がゴジラに踏み潰されるシーンは、特撮だけでは画が持たないという特殊技術の菊地雄一からの要望により、本編での撮影が追加された。