新世紀エヴァンゲリオン (漫画)
西暦2015年、14歳の少年・碇シンジは10年以上前に彼を捨てた父・碇ゲンドウに突然呼び出され、謎の生命体・使徒に襲撃される第3新東京市で、それを殲滅するエヴァンゲリオン(EVA)の初号機に乗り戦うよう命じられる。シンジは父を憎みながらも反発心から乗る決意をし、恐怖に耐えながら使徒に挑む。所属組織NERVの上司である葛城ミサトと同居することになったシンジは、ミサトに反発して家出するなど葛藤しながらもEVAパイロットを続け、ミサトや同級生の鈴原トウジ、相田ケンスケらと親しくなってゆく。同時に、シンジはもうひとりのパイロット・綾波レイと交流し、寡黙な彼女にとまどいながらも、共に困難な戦いを乗り越え心を通わせる。
その後、新たなパイロット惣流・アスカ・ラングレーが加わり、彼女もミサト宅に同居する。同時期にミサトの元恋人でNERV職員の加持リョウジが日本に帰還する。彼のスパイ活動を知り問い詰めるミサトに、加持はNERV本部内に極秘に隠された第1使徒・アダムの存在を教えるが、偶然その場にいたシンジもそれを知ってしまう。加持はシンジに、ゲンドウがゼーレという組織をバックに持ち、死海文書という予言書に従った計画を進めていると説明、シンジはEVAを作り出したのが自分の母・碇ユイであると知り、彼女が実験中に幼い自分の目の前で消滅したことを思い出す。