バルト諸国占領
相互援助協約はバルト諸国の主権を肯定した。1939年10月5日に調印されたラトビアとの相互援助協約を例とすればその協約の第五条は次のように宣言している:「現在の協約の強化は調印する国の主権を損なうことは全くなく、特に彼らの政治機構、経済と社会システム、および軍事手段に関してはなおさらである」
1939年9月24日、赤軍の海軍軍艦がエストニアの港沖に現れ、ソ連軍爆撃機がタリンとその近郊上空で威嚇飛行を始めた。9月25日、ソ連はバルト三国全ての空域に入り、大規模な情報収集活動を実施。ソ連政府はバルト三国がその領土にソ連の軍事基地建設と部隊の駐留を認めることを要求した。
1939年9月28日、エストニア政府は最後通告を受諾し、関連する協定に調印した。10月5日にラトビアが続き、リトアニアは10月10日に調印した。その協定はヨーロッパの戦争の期間、ソ連がバルト三国の領土にソ連の軍事基地を建設することと1939年10月からエストニアに2万5千人、ラトビアに3万人、リトアニアに2万人の赤軍駐留を認めるものだった。
1939年前半、レニングラード軍管区は既にバルト三国に向けて赤軍の約10%に当る17師団の配備を終えていた。間もなく動員が行われた。1939年9月14日、第8軍がプスコフに派遣され、動員された第7軍はレニングラード軍管区の指揮下に入った。侵攻準備はここまでに完成に近づいていた。9月26日、レニングラード軍管区には「エストニア・ラトビア国境へ部隊の集中の開始と9月29日の作戦終了」が命じられる。その命令では「攻撃開始の時刻については別の命令が発せられる」ことと伝えられる。1939年10月初めまでにソビエトはエストニア・ラトビア国境に全部で以下のような準備を終えていた。
兵力 437,325
砲撃火器 3,635
戦車 3,052
装甲車 421
車両 21,919
1939年9月、第二次世界大戦が開始された時にはバルト三国の運命は1939年8月の独ソ不可侵条約とその秘密議定書によって既に定まっていた。
バルト三国の第二次世界大戦時の被害はヨーロッパにおける最大のものの1つである。人口の損失はエストニアの25%、ラトビアの30%、リトアニアの15%と見積もられている。戦争と占領において死亡した犠牲者数はエストニアで9万人、ラトビアで18万人およびリトアニアの25万人と推定される。これには1941年のソビエトによる追放、ドイツによる追放、およびホロコーストの犠牲者を含んでいる。
ペレストロイカ期の1989年に始まったソビエト史の再評価で、ソ連は自国とドイツとの間で結ばれた1939年の秘密議定書がバルト三国への侵攻と占領を導いたとして自己批判している。
バルト三国の独立を求めた闘争は1991年に結実し、各国の独立が回復してソ連から離脱した後は、その半年後のソ連の最終的な分裂を加速した。ロシア軍は、1993年8月にバルト三国からの撤退を開始した(初めはリトアニアから)。最後のロシア軍部隊は1994年8月にバルト諸国から撤退している。ロシア政府は1998年8月まで、スクルンダ-1のレーダー基地を借りる契約を結んでいた。最後のロシア軍部隊は1999年10月にスクルンダ-1から撤退している。
1ヶ月後、ルーズベルトはロシアがルーマニア、ブルガリア、ブコビナ、東部ポーランド、リトアニア、エストニア、ラトビアおよびフィンランドを支配することができるとロシアに話したことをオットー・フォン・ハプスブルクに話している。1944年10月9日、チャーチルがモスクワでスターリンに会い、ヨーロッパの戦後の状態がはっきり計画された時点で将来への希望の道が閉ざされた。チャーチルは「終いには私は『我々が数百万人の運命に影響するこれらの問題をそんな配慮のないやり方で決着をつけたと見られれば利己的としか思われないのではないか?書類を焼こう。』と言うと、スターリンは『いや、君が持っていてくれ』と言った」と述べている。ヨーロッパの将来を決定したと広く信じられている1945年2月のヤルタ会談では、基本的にチャーチルとルーズベルト両名のソビエトによる東ヨーロッパ支配への干渉をしないというスターリンとの個人的確約の成文化が行われた。
1975年、アメリカ、欧州諸国とソ連が「調印国は戦後の確立された境界(国境という言葉を避けている)を尊重しなくてはならない」とするヘルシンキ宣言に署名した時、ソ連に対して何らかの有効な干渉を求めるバルト諸国側の望みは消された。アメリカ合衆国などは、ソビエトによるバルト諸国併合を承認しない立場を続けた。今から見れば、バルト諸国の最終的な独立と国境の回復は人権と民族自決を支持したその宣言の正当性を立証していると解釈されているが、ソ連にとってはオーデル・ナイセ線とモルドバ・バルト諸国の両併合を含めた戦後の国境変更を確定した明らかな勝利であった。
1944年の夏から秋にかけて開始され、1945年5月のクールラント・ポケットにおけるドイツとラトビア軍の降伏まで続いたドイツ軍を敗走させるための軍事的かつ政治的であり、「ソビエト・バルト民族の解放」であったソ連のバルト海攻勢の作戦の一部としてバルト諸国を再占領し、そしてソ連に徐々に吸収した。1949年1月12日、ソビエト大臣会議は、「すべての富農と彼らの家族、盗賊あるいは国家主義者の家族」とその他の人々をバルト三国から「国外追放」する命令を出した。1940年から1953年にかけて20万人以上の人々がバルト三国から国外追放されたと推定されている。その上、少なくとも7万5千人はグラグに送られた。バルト三国の大人の人口の10%が国外追放されるか強制収容所に送られている。 なお、この期間の迫害は主に被迫害者の社会的・経済的地位を理由に行われたものであり、ロシア帝国時代またはそれ以前よりこの地に居住していた多くのロシア人も共に迫害されている。