シアトリズム ドラゴンクエスト
モーモン/ピンクモーモン/マポレーナ
エルギオス
スライムタワー/メタルブラザーズ/ゴールデントーテム
スライムマデュラ
ヴァルハラー
エックス
オーガ
エルフ
プクリポ
ウェディ
ドワーフ
そして伝説へ - スタッフロールでも使用
そして伝説へ(ファミコン版)※DLC
戦闘のテーマ
戦いのとき※DLC
勇者の挑戦
勇者の挑戦(ファミコン版)※DLC
冒険の旅
冒険の旅(ファミコン版)※DLC
王宮のロンド※DLC - ダーマ神殿でも使用
ピラミッド
おおぞらをとぶ
連続での入力成功を表す用語が「コンボ」に、ランクは「ふつう」「難しい」「激ムズ」になるなど、名称が変更されている。このほか、シリーズにあわせて名称が変更になっている。
フルクリティカルを達成した場合の王冠が、クリティカルバーを全て埋めた場合のものより派手になった。
練習やプレイデモ、ミュージックプレイヤー、ムービープレイヤー、成功時の効果音の設定などは、本作では用意されていない。なお、Badとなった時の効果音が新たに作られた。
各キャラクターのCP(キャパシティポイント:アビリティの数値内の範囲で使用するものを選択する)がなくなり、代わりにMPが設定された。これにより、使える呪文・特技の際限がなくなった一方、MPの残量にも注視する必要が生じた。使うものは作戦により判断されるほか、「めいれいさせろ」では使う呪文・特技を限定できる。キャラのMP残量は下画面の上部に表示されている。
アイテムのほかにアクセサリーが装備できるようになった。いずれもパーティ全体で1つずつ装備でき、アイテムは1回使うとなくなるがアクセサリーは装備している限り何度でも有効。
1回のプレイでの宝箱の入手上限が4個になった。
BMSでモンスターへの攻撃などの結果が「ダメージ」「ミス」などとカナ表記になった。曲の操作に関する判定は英語表記。
守り人ナイン