NT File System
また、NTFSはMFTの「$BadClus」ファイルに不良クラスタの情報を記録しているため、不良クラスタを含むパーティションをパーティションコピーツールなどで丸ごと他のハードディスクにコピーすると、「$BadClus」ファイルもそのままコピーされてしまい、新しいハードディスクには不良クラスタが存在しないにもかかわらず、chkdskでは不良クラスタが存在しているように見えることがある。これを修復してリセットするには、「chkdsk 〈対象ボリューム〉 /b」を実行する(ただし、Windows VistaまたはWindows Server 2008以降のみ)。
ファイルシステム上の不良クラスタとS.M.A.R.T.におけるバッドセクタは別物である。
なお、chkdskによるNTFSの修復により、ディスク エラーの状況が悪化する場合があるため、修復の前に重要なファイルはバックアップしておくことが推奨される。また、chkntfsコマンドを使用することで、Windows起動時に自動的にchkdskを実行したり、自動実行をキャンセルしたりすることができる。
Windows XPおよびそれ以前のWindowsでは、NTFSボリュームをマウント状態にしたままでメンテナンスすることができない。Windows Vista以降ではデフォルトでバックグラウンドメインテナンスが行われている。
POSIX.1仕様ではシンボリックリンクが明記されていないことから、当初はシンボリックリンクをサポートしていなかった。その代わり、「ジャンクション」という類似の機能があるが、これはボリュームおよびフォルダに対してのみ提供される。Windows NT系ではハードリンクはサポートされており、Windows XPではコマンドラインから操作できる。Windows Vistaからシンボリックリンクにも対応するようになった。ジャンクションやシンボリックリンクは、リパース ポイントと呼ばれる機能によって実現されている。