内閣総理大臣の異議
ドイツ公法由来の機能的権力分立論は「機能法的考察」に基づく権力分立理論であって、日本でも支持を広げつつある。それによれば、執行停止は裁判所に委ねるのが「機関適正」の原則に適っている。
この制度は、もとは行政事件訴訟特例法10条に定められたものであり、当初は立法に否定的だったGHQが、平野事件を契機として、否定を覆し導入を指示したとされる。GHQがそれほどまでに「平野事件」に過剰な反応を示した背景としては、いわゆる「ニューディーラー」で構成されていたGHQのリーガルセクションが司法権に対して強い不信を抱いていたことが指摘されている。すなわち、「ニューディールの最大の妨害者であった」アメリカ連邦最高裁判所のように、日本の裁判所が来るべき社会改革を妨害することが危惧されたために、司法権の暴走を防ぐ手立てが必要とされたのである。行政事件訴訟特例法の下では米内山事件の最高裁決定により実務上は執行停止決定前に述べることで決着がついたが、執行停止決定後に述べる場合については、理論上の問題が残り、概ね司法側と行政側および学会の通説でその解釈が分かれていた。2004年の法改正において廃止が検討されたが、省庁の猛烈な反対によって今後の検討課題として見送られ、未だに現行の行政事件訴訟法27条に引き継がれている。
この条項は行特法10条には無かった規定であり、執行停止決定後に述べられた場合についての立法的解決である。すなわち、決定の前に異議が適法に述べられた場合、執行停止の申立ては却下され、決定の後に異議が適法に述べられた場合、執行停止の申立ては取り消され、始めから無かったものとされる。
また、この制度は内閣総理大臣の権限が大きいので、理由を付さねばならないのはもちろんのこと(第2項)、理由には処分の効力を存続し、処分を執行し、又は手続を続行しなければ公共の福祉に重大な影響を及ぼすおそれのある事情を示さねばならず(第3項)、やむを得ない場合でなければ異議を述べてはならず(第6項前段)、異議を述べた場合は次の常会で国会に報告しなければならない(同項後段)。
仮の義務付け及び仮の差止めにも準用されている(第37条の5 4項)。
また、無効等確認の訴えの仮の救済手続にも準用されている(第38条3項)。
「司法の優位」は「国政に対して積極的且(かつ)」能動的な作用をもつものではなく、むしろ消極的且受動的なものである」などと司法権の特質を兼子一は強調する。彼によれば、終局判決をする権限は司法権に属するが、執行停止は「行政処分の効力を一時停止させる処分であって、本案の終局判決をする権限に当然付随する権限に基づくものとは観念できない」。したがって内閣総理大臣の異議により裁判所の執行停止の権限を消滅させることは「本来の司法権の侵奪とみるのは当たらない」。