第二次大陸間戦争
デスザウラー全滅直後、帝国首都ヴァルハラではPK師団が一斉に蜂起。主力を前線に出しきり、唯一帝都に残った御飾りの皇帝守護隊と予備役の首都防衛隊は最強装備で身を固めたPK師団の前に為す術も無く一方的に駆逐されて行った。そこに臨時同盟を結んだ共和国軍と帝国正規軍の連合軍が帝都に到着、PK師団と激突した。一方の官邸地下では現ガイロス皇帝ルドルフ・ツェペリンとプロイツェンが対峙、プロイツェンは都市中にパイプをつなげたブラッディデスザウラーの核を自爆させてヘリック軍とガイロス軍をまとめて駆逐し、そしてかつてガイロス帝国に滅ぼされた“ゼネバス帝国の復興”という真の目的を語り、自ら新帝国初代皇帝を名乗る。これを知ったルドルフはガイロス皇帝として自分の国を守るべくプロイツェンにゾイドでの決闘を挑み、プロイツェンもこれを受諾。ルドルフは皇族専用機であるセイバータイガーゴールドを駆り、プロイツェンが操るBデスザウラーと戦いを繰り広げるが、力量と性能の差は埋められず危機に陥る。そこにシュバルツのアイアンコングSSが乱入、Bデスザウラーのコクピットを撃ち抜き、ルドルフのセイバータイガーGを抱えて床下に退避。ルドルフはBデスザウラーのパイプをいくつか引き千切ることに成功するが、プロイツェンの自爆は止められず首都ヴァルハラは崩壊、ルドルフの努力で連合軍は全滅こそ免れるも、その戦力の4割を失う大打撃を負ってしまった。
レッドラスト砂漠で激突した共和国軍と帝国軍の最初の会戦は兵力に勝る帝国軍が勝利した(第一次全面会戦)。西方大陸最高峰にして重要拠点でもあるオリンポス山を奪取した帝国軍は大陸に数多く存在する古代遺跡のうちの一つを発見。ここでデスザウラーの復活計画を発動させた。これを察知した共和国軍はシールドライガー、コマンドウルフで編成されたエル・ジー・ハルフォード中佐率いる独立第二高速戦闘大隊を派遣。帝国側もステファン・スコルツェニー少尉の操るセイバータイガーをもって迎え撃った。独立第二高速戦闘大隊は激戦の末にこの戦いを制し、古代遺跡内部へと突入するが、未完成段階のデスザウラーが本能により暴走を始め、その強大な戦闘力で同部隊は壊滅。だが、暴走によって崩壊し始めていたデスザウラーのコアをハルフォード中佐の捨て身の攻撃で破壊することに成功する。