鉄道建設・運輸施設整備支援機構
2010年4月27日、日本国政府の事業仕分けにおいて、JRTTの事業が取り上げられた。旧国鉄職員の年金支給や国鉄資産の売却などを行う日本国有鉄道清算業務において、2008年度決算で1兆3500億円に及ぶ利益剰余金が積み上がっていることについて、国土交通省は国庫返納に難色を示したものの、国庫返納の判定を受けた。また、鉄道技術開発費補助金について、国からJRTTを経由して鉄道事業者に交付する仕組みになっているところを、国が直接実施すべきとの判定を受けた。
2011年2月8日、日本国政府は「日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律等の一部を改正する法律案」を閣議決定した。この法案が成立した場合、JRTTの特例業務勘定の利益剰余金等を活用して鉄道施策を推進するため、JR北海道及びJR四国の経営の安定化、JR北海道、JR四国及びJR九州並びにJR貨物の設備投資への支援、整備新幹線の着実な整備、並行在来線への支援等に関する所要の措置を講じることとした。
北陸新幹線(長野―金沢間)の融雪設備工事を巡り、業者側に予定価格を示唆したとして、2014年3月4日、官製談合防止法違反罪で東京支社の設備部長が在宅起訴され、同部課長が略式起訴された。同年7月9日、東京地方裁判所は元部長に対し懲役1年2カ月執行猶予3年の判決を言い渡した。
一部の報道によると、2004年から2005年の間、魚住汎英参議院議員(当時)がかかわり合いのある熊本県内の内航海運会社の船舶使用料の延滞金について制度上認められない減免をJRTTに働きかけたが、拒否されたことに関し、理事長や国土交通省局長らを呼びつけて謝罪させ、当時の国土交通省大臣などに対し責任を問うぞとも電話をした。魚住汎英はこれに対し「内容は記憶していない」としている。