二条天皇
乱が終結した直後の12月29日に美福門院の八条邸に行幸し、翌正月には太皇太后・藤原多子を入内させる(二代の后)。『平家物語』は多子の入内を二条帝の独断とするが、後見の美福門院や側近の大炊御門経宗・葉室惟方がこのような重大問題に関与しなかったとは考えにくく、二条天皇の立場を固めるための政略的な婚姻と推測される。しかし、3月に経宗・惟方が後白河上皇の命により配流されて失脚、7月には藤原隆信・藤原雅長が院昇殿停止処分を受け、8月には中宮・姝子内親王が病により出家、11月には後見の美福門院が死去するなど二条親政派の要人が次々に消えて、二条天皇の立場は不安定となり後白河院政派が勢力を拡大した。表面的には「院・内申シ合ツツ同ジ御心ニテ」というように二頭政治が行われたが、両派の対立は深く「上下おそれをののいてやすい心なし、ただ深淵にのぞむで薄氷をふむに同じ」という状況であった。
二条天皇が頼みとしたのは、藤原伊通と平清盛だった。伊通は太政大臣として二条を補佐し、政道の意見書『大槐秘抄』を著した。また乳母・平時子を従三位典侍にするとともに、時子の夫・清盛を検非違使別当・中納言にすることで軍事的な後ろ盾とした。応保元年(1161年)9月、後白河上皇と平滋子の間に生まれた第七皇子(後の高倉天皇)を皇太子にしようとする陰謀が発覚すると、二条天皇は後白河院近臣の平時忠・平教盛・藤原成親・坊門信隆を解官した。