和田岬線
一方、様々な意見があることを考慮して「廃止した場合のイメージ」を示すにとどめ、「関係する企業や利用者など様々な関係者がいる中で地域住民だけで決定することは難しく、和田岬線のあり方について結論付けない」とした。「廃止した場合のイメージ」のみという内容は中間案から変更されておらず、意見募集に際しては存続・活用を求める意見が10以上、産業遺産として活用を求める意見が3つ寄せられている(廃止・プロムナード化を前提とした意見は2つ)。
一方、神戸市は、2001年7月に和田岬線と競合関係となる地下鉄海岸線を開業させた。地下鉄の開業によって多くの利用客が和田岬線から移るとし、和田岬線の廃線を前提として利用者数は1日平均13万人と予測をしていたが、地下鉄海岸線の利用客は予測を大きく下回った約4万人で推移し、累積赤字は約830億円に達しており、神戸市が和田岬線の廃線を求めているのは、地下鉄海岸線の利用促進を図る狙いもあるとみられている。しかし、和田岬線の乗り換え駅である兵庫駅周辺の商店街からは反発の声も上がっており、JR西日本も黒字路線で廃止を求める理由はまったくないとしながらも、廃止は地元の総意を条件に検討するとしている。
神戸市営地下鉄海岸線の開業後に乗降客数は約3割減少したものの、それでも1日の平均乗降人員は約1万人と決して少ない数ではない。ただ、三菱重工業神戸造船所などへの通勤の足が主要な役割となっている性質上、朝は和田岬行、夕方から夜にかけては兵庫行が大変な混雑となるが、逆方向の乗客は非常に少なく、列車によっては回送同然となる。また、休日にはいわゆる「鉄道乗りつくし」のためだけにこの区間を乗りに来る鉄道ファンも見られる。
和田岬駅近くに開業した神戸ウイングスタジアム(現・ノエビアスタジアム神戸)への観客輸送も担うようになり、2002年のFIFAワールドカップでは同球技場も会場となったが、輸送力不足と混雑によるトラブル発生を懸念して和田岬線では試合当日は運休とし、応援する国別にサポーターを分離した上で地下鉄海岸線御崎公園駅とJR神戸線兵庫駅とにそれぞれ徒歩で誘導した。かつては同球技場での試合に併せて臨時列車を運行し観客輸送を担ったこともあるが、2014年現在は同球技場をホームスタジアムとするサッカークラブ・ヴィッセル神戸が“JR和田岬線「和田岬駅」は運行本数が少ないのでご利用いただけない場合があります”の但し書きを示して御崎公園駅・兵庫駅からの徒歩アクセスを推奨しているほか、Jリーグの公式サイトでも同球技場のアクセスルートから和田岬線を除外している。