ソニックアドバンス3
ゾーン2のボス。
ゾーン5のボス。
基本的なシステムは、前作までとはやや異なる。今作は、5人の中から2人を選んでゲームを進めることになる。最初に選んだほうがプレイヤー、後に選んだほうがパートナーになる。ただし、使用できるキャラクターは、最初はソニックとテイルスのみである。ナックルズ、エミー、クリームは、条件を満たすことで使えるようになる(後述)。今作はクリアデータはキャラクターごとに独立してはおらず、ソニックファクトリーでキャラクターを交代することができる。今作には、各ゾーンにエリアマップが存在し、エリアマップから、アクト1-3、ボスステージ、SPステージ、ミニゲーム、ソニックファクトリーにアクセスすることができる。各ゾーンにAct1、Act2、Act3が存在するが、どのアクトからでも攻略可能である。偶数ゾーンのアクト3の最後では、ジーメルと戦うことになる。3つのアクトを全てクリアすると、ボスステージにアクセス可能になる。ボスを撃破することで、次のゾーンに行くことが出来る。次のゾーンに行っても、ソニックファクトリーから前のゾーンに戻ることが可能である。ゾーン7のみ、ボスを倒すとファイナルゾーンにアクセス可能になる。カオスエメラルドを全て集めてファイナルゾーンをクリアすることで、ソニックのみエクストラゾーンへ行ける。 ミニゲームに関しては、各ゾーンに2つずつ存在し、クリアするのにかかった時間に応じて残機数が増える。
また、今作は、通常のモードを通信により二人でプレイすることができる。この場合、1Pがプレイヤー、2Pがパートナーを操作することになり、双方がタッグアクションを使うことができる。ただし、チャオの取得やスペシャルステージへのアクセスは不可能になる。
クリアまでの最速タイム競うタイムアタックモードもある。
エッグマンが開発した、『ソニックバトル』に登場したエメルに似た姿をしているロボット。各ゾーンのアクト3で戦うことになるが、終盤カオスエメラルドの力を取り込んで暴走してしまう。