信楽高原鐵道列車衝突事故
たとえば事故時のように貴生川駅と信楽駅から同時に列車が発車して小野谷信号場ですれ違う場合であれば、貴生川駅発の列車、信楽駅発の列車双方に青信号を出すと単線区間1が信楽方向に、単線区間2が貴生川方向に切り替わり、それぞれの駅を列車が出発できる。そして両列車とも単線区間を通って小野谷信号場に到着すれば、逆に単線区間1が貴生川方向に、単線区間2が信楽方向に切り替わるので、2つの列車は信号場ですれ違って目的地に向かうことができる。注意すべきは竣工当初、小野谷信号場には下り上りともに場内信号機と出発信号機との間に反位片鎖錠が設定されていたことである。
貴生川駅構内はJR西日本の管轄であるため、信号システムはそのほとんどが信楽高原鐵道側であるものの、貴生川駅の連動装置の変更が必要になることからJR西日本および信楽高原鐵道の両社で分担して設計・施工されることとなった。それぞれ別々の会社に設計・施工を依頼し、かつ認可通りの設備で連動試験を行っている。しかし試験後の両社の無認可改造ならびに設計の相互レビューの不徹底が、信号システムの相次ぐトラブル、そして正面衝突事故につながっていくことになる。
翌2013年2月に滋賀県と甲賀市は債権放棄で受諾する特定調停が成立。その後、2013年(平成25年)4月1日、地域公共交通の活性化及び再生に関する法律に基づく鉄道事業再構築実施計画により上下分離方式に移行した。信楽高原鐵道が信楽線の第二種鉄道事業者となり、線路や車両等の鉄道施設を無償譲渡された甲賀市が第三種鉄道事業者となった。
2011年に補償での負担割合を巡るJR西日本と信楽高原鐵道との訴訟が終結し、両社と滋賀県・甲賀市が共同メッセージで安全を宣誓したのを機に、信楽高原鐵道で当時顧問となっていた北川啓一らが中心となって、この事故の教訓をまとめた冊子を編集し、図書館や関係者らに配布する予定だったが、2013年に社長となった正木仙治郎(甲賀市副市長)が「JR西日本を批判した文言がある」などとして、作成に関わった関係者にのみ配布し、冊子の存在を部外秘にしていることが、2022年5月に『毎日新聞』の報道により判明した。有識者や弁護士らからは「公表が事故の風化防止になる」「当事者企業が事故を総括する冊子を作ることは有意義であり、会社として作製を決定した以上、完成した冊子への批判があれば甘んじて受けるべきだし、死蔵しているのは社会的損失だ」との指摘が出ている。