国土交通省直轄ダム
しかし最終的には早明浦・池田の両ダムを軸にした総合開発計画に修正され、小歩危ダム計画は電源開発が水力発電専用に規模を大幅に縮小したものの大歩危・小歩危水没に対する反対が強く、1971年(昭和46年)9月16日の第56回電源開発調整審議会において小歩危ダムを取水元とする吉野川第一・第二発電所計画が中止されたことで、ダム事業も中止された。また岩戸ダム計画は自然消滅したが、ダム上流部に新宮ダムが1975年完成している。
後者については那賀川本流上流部に計画された細川内(ほそごうち)ダムと吉野川本流下流部に計画された吉野川第十堰の可動堰化が特に知られている。細川内ダムは1972年に徳島県那賀郡木頭村(現在の那賀郡那賀町)に計画された特定多目的ダムであるが、計画発表当初より木頭村が官民一体で反対運動を繰り広げ、特に1994年(平成6年)より村長に就任した藤田恵は条例の制定などを通して激しいダム反対運動を指揮した。この結果、1998年に第2次橋本内閣の建設大臣だった亀井静香が事業凍結の方針を示し、2000年(平成12年)にはダム事業が中止された。細川内ダムの中止はそれまで「聖域」とされたダム事業の在り方に対して一大転機をもたらし、以後ダム事業の中止が急増する。しかしダム中止後の那賀川流域では洪水・渇水被害が頻発。特に渇水については細川内ダム中止後の2000年からほぼ毎年発生し、2005年(平成17年)には工業用水・農業用水が完全に断水し取水制限も112日間におよぶなど流域に深刻な被害と経済損失をもたらした。このことが長安口ダムを国土交通省に移管させた一因となっている。