ペプチド合成
環状ペプチドの形成は一種のセグメント縮合で、かつ大員環形成反応である。セグメント縮合であるのでエピ化が進行しやすい。 そのため、エピ化が起こりにくい縮合法を用いる。分子内でカルボキシ基とアミノ基を縮合させるために、高度希釈法が用いられる。また縮合剤による方法では、縮合剤の濃度が高まると分子間縮合が起こりやすくなるため、縮合剤の添加は少しずつ長時間かけて行う。
環状ペプチドではどのペプチド結合で環を形成させるかに任意性がある。エピ化の起こらないグリシンのカルボキシ側や起こりにくいプロリンのカルボキシ側が第一の選択肢として選ばれる。しかし環化の成否はペプチドの立体配座に左右されるため、それについても考慮する必要がある。
望みのアミノ酸配列を持つペプチドを合成するためには、アミノ酸のカルボキシ基とアミノ基をその配列の順に従って縮合させればよい。しかし、カルボキシ基とアミノ基の縮合反応は容易には進行しない。そのため何らかの方法でカルボキシ基を活性化し、反応性を高める必要がある。
その一方で、活性化されたカルボキシ基に対しては求核性をもつ他の多くの官能基も反応してしまう。アミノ酸には側鎖にカルボキシ基、ヒドロキシ基、アミノ基、スルフヒドリル基といった求核性を持つ官能基があるため、これらの官能基がカルボキシ基と反応を起こさないように保護しておく必要がある。また後述の通りN末端からC末端へ合成を行う場合、活性化されたカルボキシ基を持つアミノ酸自体にもα-アミノ基が存在するため、これも保護しておく必要がある。しかし、アミノ酸配列上で次のアミノ酸ユニットのカルボキシ基と反応させる時には、このα-アミノ基は脱保護しておかなくてはならない。
以上のことから有機合成化学的ペプチド合成は以下のスキームで行なわれる。