神社非宗教論
(中略)決して宗教の事ではない。よって、神道者は流儀をもってこれを曲解し、自らの説を主張し他の説を圧迫しようとしている。
この中で黙雷は、神道を「朝廷の治教」(統治者の教え)と定義し、神道は宗教ではない、と主張した。すなわち、古来より天皇は天祖継承の道を奉じて君臨し、朝廷の制度や法政はそこより発し、絶大な権威をもった。この権威の源泉が"朝廷の治教"すなわち宮中祭祀であって、神道は宮中祭祀および全国の有力な官国幣社への皇室、政府の崇敬である、とした。逆に、江戸時代以来の在野の神道家の言論(平田派や水戸学など)は、皇室の崇敬とは全く無縁の一私論でしかなく、全国の地方神社も皇室の神道とは無縁の、アニミズム、シャーマニズムなど前近代的な邪教迷信にすぎない、とした。
この論理は、皇室祭祀を擁護することによって、明治初年の祭政一致の大原則との整合性は取れる一方、神道の大半を占めた在野の神道家および地方の神職、崇敬者たちを皇室の権威から切り離せることから、政府を主宰する長州閥および黙雷ら真宗サイドにとってともに都合がよい考えであった。建言を受けた木戸孝允もこの提案を受け入れることとなり、明治10年(1877年)には大教院が解散、明治12年(1879年)には、府県社以下の地方の神社への官費による保護は与えられなくなった。
神社非宗教論という法制度自体が固められると、以降はその解釈及び運用を巡って、論争や運動が行われるようになる。帝国議会が開設されると、政府と対立した自由民権運動の代議士は、近代化を推し進める政府と対峙する論理で、神道の擁護を図った。その論理は、"神道は宗教とは別のものだ"という真宗側による主張を逆手にとり、"日本の精神の骨格であり、一門一派の私的宗教とは全く異なる、その上位にあるべきものである"という、神道への崇敬を他宗教への信仰と両立させようというものであった。
衆議院は神道宣揚の建議を次々と可決させる。その中には、神社行政が内務省社寺局で行われており、仏教に対する"宗教"行政と同じ部署であるという、建前との乖離を指摘するものもあった。明治32年(1899年)、社寺局内の神社課を独立させ、神社局へと格上げされることとなった。
以降は、神社局の施策が焦点となるが、その施策は神道人が期待した、神道精神の高揚ではなく、従来の社寺局の時代と同じく、神道の言論活動を抑止するのにとどまった。
また、仏教やキリスト教からは、神道の"宗教行為"に対する批判がなされ続けた。
浄土真宗の僧侶島地黙雷らの建白以降、宗教団体法制定を巡る議論の中で、浄土真宗十派の意見として
正神には参拝し邪神には参拝せず
国民道徳的意義に於て崇敬し、宗教的意義においては崇敬する能はず
神社に向かって吉凶禍福の祈念せず
此の意義を深める神札護札を拝受する能はず
が提示されたことによるとしている。つまり、浄土真宗としては、「神道(=神社神道及び神宮神道)」は「宗教」であるとした。