ヤクブ・ゴウォン
1966年7月28日、北部勢力を中心とするクーデターが勃発し、イロンシは視察旅行中だった西部州イバダンにて殺害され、ゴウォンが代わって大統領に就任し政権を握った。このクーデターにより軍内部の東部州・イボ人勢力は迫害されるようになり、北部のカノなどでは商業勢力として勢いを増していたイボ人に対する虐殺が起こった。一方、イボ人の本拠である東部州では軍政官チュクエメカ・オジュク中佐が軍を完全に掌握してクーデター派を寄せ付けず、ここにおいて北部と東部の対立はますます先鋭化した。北部は当初ナイジェリアからの分離独立をめざしたもののアメリカやイギリスの干渉によって断念し、かわってナイジェリアの支配権を握ることにした。これに対し、ナイジェリアの富の源泉である石油産出のほとんどを握る東部はいっそう反発を強めていった。
この緊張を和らげるため1967年1月4日から5日にかけてゴウォンとオジュク、その他最高軍事評議会のメンバーが集まってガーナのアブリにおいて会議がおこなわれたものの実効性は無く、東部には迫害を逃れて100万人を越えるイボ人の難民が流入してきた。この状況を打開するため、オジュクは州内の連邦政府の資産を接収し、石油を含む税収を州で管理することとした。これをゴウォンは認めず、1967年5月5日にはゴウォンは北部を6州、東部を3州、西部、中西部、ラゴスの12州にナイジェリアを分割することを決定し、東部の勢力を弱めようとした。これに反発したオジュクと東部は5月30日に独立宣言を発し、ビアフラ共和国を宣言。