アルメニア・ソビエト社会主義共和国
さらにその後、ロシア・ソビエト連邦共和国民族問題人民委員であったヨシフ・スターリンは、ナヒチェヴァンとナゴルノ・カラバフもアゼルバイジャンの領土とすると決定した。この二つの地域はどちらも、1920年にボリシェヴィキがアルメニアの領土であると保証していたはずのものだった。
1922年3月12日から1936年12月5日までの間、アルメニアはグルジアとアゼルバイジャンと共にザカフカース社会主義連邦ソビエト共和国を構成した。この頃のアルメニア革命委員会はサルキス・カシヤンやアヴィス・ヌリジャニャンといった、若く経験の浅い急進的共産主義者によって率いられていた。彼らのとった政策は、国家の厳しい情勢や紛争による人民の疲弊を考慮しない、威圧的な手法によるものだった。ソビエト・アルメニアの歴史家であるバグラット・ボリヤンは1929年に次のように書いている。
地元のチェーカーによって引き起こされたこのような徴発行動とテロに対して、共和国の元指導者たちに率いられたアルメニア人たちは、1921年2月に反乱を起こし、エレバンから共産勢力を一度は追放している。しかし、グルジアを支配していた赤軍が呼び戻され、反乱は鎮圧された。
やがてモスクワは、それらの強硬な政策が地元住民との乖離を招いていると気付き、よりアルメニア人の心情に通じた経験豊富な穏健派のアレクサンドル・ミャスニコフを現地に派遣した。さらに同時期にネップが重なり、アルメニアは相対的に安定した状態となった。この頃のアルメニアはオスマン帝国末期の激動とは対照的な平穏を保ち、人民は中央政府から薬品や食糧などの物資を受け取り、また識字率にも大幅な向上が見られた。一方で、アルメニア使徒教会には共産主義の下で苦難の時代が続いた。
1924年1月にレーニンが死去すると、ソ連の最高権力はスターリンの手に渡った。それに伴い、アルメニアの社会・経済政策も変化を迎えた。1936年12月、ザカフカース連邦はスターリン憲法によって解体され、アルメニア、グルジア、アゼルバイジャンの3つの社会主義共和国として分割された。スターリン支配による25年間でアルメニアの状況は悪化した。工業化と教育政策が厳格に規定され、ナショナリズムは厳しく抑制された。
教会はアルメニア人虐殺とロシア帝国の同化政策によりすでに弱体化していたが、スターリンはさらに教会を迫害する措置を講じた。1920年代には教会の私有財産が没収され、司祭は迫害を受けた。1930年にはアルメニア人ディアスポラのいる各国との関係改善のため、一時期教会への弾圧は緩和された。1932年にはホレン1世(アルメニア語版)がカトリコスに叙されている。しかし、1930年代後半になると教会に対する当局の攻撃は再開され、この年代にアルメニア・カトリック教会(英語版)からの7人とアルメニア・プロテスタント教会(ロシア語版)からの1人を含めた160人以上の司祭が逮捕され、そのうち91人が銃殺された。1938年4月6日に大粛清の一環としてホレン1世が殺害され、8月4日にエチミアジンの総本山が閉鎖されたことで、弾圧は頂点に達した。だが、教会は地下へ潜伏し、あるいはディアスポラの間に信仰を伝えることで命脈を保った。
大粛清は教会のみならず、共産党員に対しても犠牲をもたらした。1937年9月、スターリンはアルメニア人の中央政治局員アナスタス・ミコヤンの忠誠心を試すために、300人の名前の入ったリストを持たせ、オールド・ボリシェヴィキが中核をなしていたアルメニア共産党 (en) の人員整理を監督させるためにエレヴァンへ派遣した。