黒山駅分岐新潟東港専用線
新潟臨海鉄道は会社としても同年10月31日をもって解散した。
廃線後、同線の鉄道施設は新潟県が引き継ぎ、西ふ頭 - 太郎代間 (1.0km) を廃止した上で現名称に改称し、黒山 - 西ふ頭間で営業を再開。この区間は新潟県の専用線扱いとして運行にあたっている。ただし、藤寄 - 西ふ頭間は当面運行予定がないため国道113号の踏切部分には舗装が施されており、事実上の休止状態にある。新潟鐵工所が経営破綻後、鉄道車両部門を引き継いだ新潟トランシスは現在も、黒山 - 藤寄間を使用して車両輸送を行っている。
また現在休止している藤寄 - 西ふ頭間は終端部が西埠頭1号岸壁に接しており、周辺がコンテナターミナルとなっている立地条件に加え、近年東港のコンテナ取扱量が増加傾向にあり、陸上輸送の効率化が課題となっている。こうした状況に対応するため、新潟県ではコンテナ貨物輸送の効率化を図る目的でコンテナターミナルへの鉄道直接乗り入れの構想実現に向け、2011年(平成23年)10月18日の「新潟県地方港湾審議会」において、新たに当路線の黒山 - 藤寄間を新潟港の港湾計画に追加し、既に港湾計画に含まれている藤寄以北の区間と合わせた全線が、東港の港湾施設の一部として機能することになった。また、同年8月23日には国土交通省に対し日本全国初の「オン・ドック・レール」の実現に向けてのプレゼンテーションを行っている。県では今後、当路線のコンテナ輸送への活用方法を探る他、高架区間の耐震補強などの設備改善についても検討を進める方針である。