Gの影忍
襲撃が頻発する木星からの資源運搬船団の護衛任務にあたるサスケら斉天大聖組。自分らが囮なのではないかという疑念は、突然の襲撃によって確信にかわる。船団を襲撃したファンネルの群れは次々と護衛MSに取り付き、それを死霊として操り始める。襲撃者の正体は、かつて亡霊と恐れられた幻の機体に瓜二つであった。そしてそれを操るフラナガンの巫女が来訪を確信する者、Gの影忍リョウガの姿もそこにはあった。投棄されたコンテナを足場に地の利を作り亡霊に接近したリョウガに、少女は目覚めるよう訴え、生きている意味を教えると囁く。だがリョウガはそれは己で見つけると返し、操縦席を反応液体で満たしての直接操縦の荒業でハッキングを打ち破る。
密教衆の山伏たちが搭乗する機体。頭部に大型レドームを搭載している。
連邦軍は、「捕縛下手忍船」を用いて忍びたちを捕まえ、難攻不落の要塞・アラヤシキを築くための労働力として運用していた。斉天大聖組を率いるサスケも捕らわれてしまい、そこで捕縛された『G』の姿を目撃する。だが連邦軍が捕らえたリョウガが拘束を脱したことをきっかけに、MS忍者たちの反乱が始まる。基地司令ですら知り得ぬ隠し通路や仕掛けの数々により、連邦軍は窮地に追い込まれる。ついに切り札たる巨大MAを繰り出すも、MS忍者たちが次々と巻き上げた隔壁を利用してリョウガの繰り出した明鏡止炎によって要塞もろとも溶解、消滅する。
百騎夜行に参加した三人組のMS忍者。それぞれカメラ、アンテナ、センサーを改造したジムを操るが、敵母体に突入した際に幻覚攻撃を受け、同士討ちの末に全滅した。
牙一族にあっても手練の忍者。デギンの命を受けてガンダムを連邦から盗み出すことに成功するが、その処遇をめぐって他の忍者と対立。勝利した瞬間、彼を連邦機と誤認したジオン艦の砲撃で命を落とした。
死に際、幻舟へガンダムをリョウガへ託すことを遺言する。彼の残したガンダムこそが後のGの影忍となる。
連邦海軍軽巡洋艦アトランティスは、嵐に閉ざされた海域の奥にあるという、観測不能の島を目指す。覆面をして乗り込んでいたリョウガの指示のもと、アトランティスは海に直立する未着弾(ロスト)コロニーに到着する。リョウガはコロニーの調査を試みるが、テンガイ操るガルバンドラムの水遁によって押し流され、コロニーの内部へと引きずり込まれる。そこで彼は、コロニー落としを生き延びた人々が平穏な暮らしを送っている様子を目にする。かつての大戦の折に行使されたコロニー落としは、それに協力した忍者たちにとっても禁じ手とされる恐ろしいものであった。テンガイはコロニー落としで人を殺めることを厭い、都市の着弾を回避して人々を救い、残された彼らの暮らしを守る道を選んでいた。目的であったコロニー落としの秘伝書をテンガイから託されたリョウガは、これを二度と世に出さぬために秘伝書を破棄する。そしてコロニー内部へ突入せんとする連邦軍軌道空挺部隊の降下船を破壊し、リョウガは何処ともなく去っていく。その背を見送るテンガイは、修羅道に落ちた自分とは違う、菩薩道を歩むリョウガの過酷な道行きを案ずる。