マルタ包囲戦 (1798年–1800年)
マルタでは、フランス当局が急速に聖ヨハネ騎士団時代の制度を撤廃していた。カトリック教会もその被害を受けた。教会の財産はフランス軍のエジプト遠征費用に充てるため略奪され、敬虔なマルタ人の怒りを買った。9月2日、教会財産が競売にかけられるにいたりマルタ人の不満が爆発した。数日のうちに数千人のマルタ人非正規兵が集結して、フランス守備隊をヴァレッタへ追い込んだ。エマヌエーレ・ヴィターレとフランチェスコ・サヴェリオ・カルアナ率いるマルタ人組織「国民会議大隊」は約1万人に膨れ上がり、ヴァレッタを包囲した。このマルタ人たちは23門の大砲と沿岸の砲艦の小艦隊をフランス軍から奪った。フランス守備隊とマルタ人は断続的に小競り合いを繰り返したものの、要塞群はあまりにも頑強でマルタ民兵の手に負えなかった。
9月中旬、反乱に味方するポルトガル艦隊がマルタ島にやってきた。ニザ侯爵ドミンゴス・ザビエル・デ・リマ率いるこの艦隊の内訳は、戦列艦ダ・コンセイサン (大砲90門、ピュイセギュール艦長)、ライーニャ・ダ・プルトゥガル (大砲74門、トマス・ストーン艦長)、サン・セバスティアン (大砲74門、ミッチェル艦長)、アフォンソ・デ・アルブケルケ (大砲74門、ドナルド・キャンベル艦長)、ブリッグ艦 Falcão (大砲24門、ダンカン艦長)となっている。またこの艦隊には、イギリス海軍から戦列艦HMS ライオン(マンリー・ディクソン艦長)と火船HMS インセンダイアリー (ジョージ・ベイカー艦長)が合流していた。このポルトガル艦隊は、ネルソンの要請によりポルトガル政府がテージョから派遣してきたものだった。艦隊はマルタにいったん停泊した後、アレクサンドリアへ向かった。ネルソンはこれをマルタに送り返し、フランス守備隊の封鎖にあたらせた。