RIM-161スタンダード・ミサイル3
非常時のBMD運用手順を追加する形で2005年に改正された自衛隊法に基づき航空総隊司令官の指揮するBMD統合任務部隊が結成され、SM-3搭載護衛艦、情報収集および警戒監視部隊、PAC-3を装備する高射部隊及び航空警戒管制部隊がそれぞれ配置されたほか、SM-3を装備する在日米軍の「シャイロー」も動員された。4月5日11:30 (JST) に発射された銀河2号は東北地方の上空を通過し、発射命令は下されなかった。
2007年と2008年にそれぞれ就役したあたご型護衛艦2隻は、当初弾道ミサイル迎撃能力を持たなかったものの、増大する北朝鮮の弾道ミサイルの脅威に対応するため、イージスシステムのアップグレードと共にSM-3の搭載能力を獲得する改修が行われることになった。2018年9月12日、改修を終えた「あたご」がハワイ沖にてSM-3ブロックIBによる迎撃試験を行い、模擬弾道ミサイルの撃墜に成功した。2番艦である「あしがら」も改修は進められているが、2020年11月現在SM-3の発射試験は行われていない。また2019年度予算において、改修後のあたご型護衛艦にSM-3ブロックIIAの搭載能力を獲得するための更なる改修予算が計上されている。
2020年より就役中のまや型護衛艦2隻は、就役当初より弾道ミサイル迎撃能力を有し、SM-3ブロックIIAを搭載している。
2018年10月に大韓民国国防省と韓国海軍が導入を検討していると発表。