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本作品のクランクインは2020年2月に行われた。しかし新型コロナウイルスの感染拡大の影響から、製作局のTBSは4月4日から4月19日にかけて、ドラマ以外も含む番組のロケ・スタジオ撮影の中止を決めた。本作品制作においても、第3話の途中と第4話の一部までを撮影していた3月末時点で撮影は中止され、6月4日に撮影を再開。6月26日に第1話が放送されることが6日に発表された。
撮影においてはガイドラインに沿ったさまざまな感染対策がなされ、撮影中止下ではキャスト・スタッフのモチベーションを維持するため、すでに撮影済みだった第1・2話の編集を進めて完成品を彼らに届けた。また綾野・星野らも感染防止のため極力外出を避けていた。再開後は、ロケセットに入る際に全身の着替えを行い、弁当は無言で食べ撮影後の飲み会も一切行なわないといった対策がされ、最終話の撮影は放送の4日前までかかっていた。
撮影で中心となる芝浦署の外観と第4機捜・第1機捜のセットは、東京都多摩市の唐木田ビル1棟を丸ごと借り切って作られたもので、エントランス、屋上、地下駐車場なども利用された。