ウィリアム・ドワイト・ホイットニー
1856年の8月28日に、彼は、エリザベス・ウースター・ボウルドインと結婚した。エリザベスは、コネティカット州の知事で上院議員のロジャー・シャーマン・ボウルドイン(英語版)の娘であった。この夫婦は6人の子供を授かった。
エドワード・ボウルドイン・ホイットニー(英語版)は、1857年8月16日に生まれて、アメリカの司法長官になった。また、息子のハスラー・ホイットニーは数学者である。
ウィルストン・クラップ・ホイットニーは、1859年4月2日に生まれて、1861年3月11日に死去した。
マーティン・パーク・ホイットニーは、1863年1月6日に生まれて、1874年1月17日に死去した。
ロジャー・シャーマン・ボウルドイン・ホイットニーは、1863年1月6日に生まれて、1874年1月17日に死去した。
エミリー・ヘンリッタ・ホイットニーは、1864年8月29日に生まれた。
マーガレット・ドワイト・ホイットニーは、1866年11月19日に生まれた。