ソマリランドの行政区画
ソマリランドと東に位置する「隣国」のプントランドとは、スール州、サナーグ州、トゲアー州東部のブーホードレ地区(別名アイン地区)をめぐって対立している。論争となっている地域はSSC地域と総称される(Sool, Sanaag, Cayn)。なおプントランドは2004年以降ソマリア政府に協力的で、将来の統合に関しても賛同している一方で、ソマリランドはソマリアからの分離独立を望んでいるため一種のイデオロギーの対立とも考えられる。
プントランドは1998年、ソマリ族の5大氏族のひとつダロッドが建国した「国家」である。プントランドはダロッドの民族統一主義を掲げ、ダロッドが多く住むSSC地域の領有権を主張した。一方のソマリランドは、歴史的にイギリス領ソマリランドに含まれていた地域として反対した。建国当初はお互い自国の氏族(ダロッド・イサック)の居住地域が実質的な領土となっており、例えばスール州は大部分がダロッド(=プントランド領)だった。2003年にプントランド軍がSSC地域に侵攻したことからソマリランド軍と戦闘となり、本格的な紛争に発展した。それ以降散発的ではあるが各地で戦闘は起きており、「国境線」は何度か変化している。例えば2007年10月のラス・アノドの戦い(英語版)ではプントランドが支配するスール州ラス・アノドを、2018年1月のトゥカレクの戦い(英語版)では同じくプントランドが支配するスール州トゥカレク(英語版)をソマリランドが攻撃し、それぞれ「奪還」している。
スール州ではトゥカレクの戦い以降、非公式の停戦状態に入っている。仲介には政府間開発機構(IGAD)とアフリカ連合ソマリアミッション(英語版)(AMISOM)が関与した。
SSC地域の統治方法は様々で、ブーホードレ(アイン)のように両国が強固に実効支配せず事実上現地住民による自治が行われている場所も存在する。また現地住民同士の氏族・支族間争いや、国境紛争への不満から独立宣言(後述)を行うといった事例が起きている。そのためSSC地域には明確な勢力図がなく、両国に属さない紛争地域として扱われることがある。
余談だがサナーグ州とスール州には石油が眠っていると予測されており、実際にプントランドは試採掘を行った(プントランドにおける石油採掘を参照)。2008年にソマリア政府が制定した石油規制法では「1991年以降ソマリアで政府を自称した団体と署名した石油関連の協定はすべて無効」とし、ソマリアの石油の権利は中央政府が持つとされた。しかし現状は守られておらずソマリランド・プントランドは勝手に採掘権を行使している。またSSC地域の石油は双方が自国領として主張し独自の石油採掘区を定めているため、区域の重複や採掘権問題に現地の地方自治体や石油企業が頭を悩ませている。