羽後本荘駅
島式ホーム2面4線を有し、その上に橋上駅舎を有する地上駅で、東口と西口は東西連絡自由通路「ごてんまりロード」で結ばれている。
JRは、1・2番線(第1ホーム)、3番線(第2ホーム)を使用する。由利高原鉄道は、4番線(第2ホーム)を使用している。通路と陸橋はJR・由利高原鉄道で共用しているが、改札口・出札口は、待合室を挟んで、JRと由利高原鉄道のものが別々にあり、乗降する会社のものを使用することになる。国鉄末期には1・2番線ホーム中間に森川弁当部が売店を営業していた(キオスク受託運営&駅弁そばうどんを販売)。また、4番線ホームにはトイレが設置されていた。
JRの駅は直営駅である。管理駅として、本楯駅 - 道川駅間の各駅を管理する。2021年8月に橋上駅舎となり、駅舎には自動券売機、自動改札機、待合室、話せる指定席券売機が設置され、西口の1階には由利本荘市の観光情報発信施設が入っている。なお、2015年9月までびゅうプラザが、2018年3月までキヨスクが営業していた。
2022年度(令和4年度)の1日平均乗車人員は906人である。
2000年度(平成12年度)以降の推移は以下のとおりである。