国民健康保険
市町村国保および組合国保には直営で医療機関を運営するところもあり、市町村国保直営施設は2011年では1145施設であった。
事務費の負担については、国保組合の場合は全額国庫負担であるが(第69条)、市町村国保については国庫負担は行われず、都道府県及び市町村ごとにそれぞれ特別会計を設けなければならない(第10条)。
市町村国保では療養の給付等に要する費用の32%、高額医療費負担対象額の25%を国が補助し(第70条)、国保組合では組合の財政力を勘案して費用の13% - 32%を国が補助することができる。
市町村国保の保険料収納率は1980年(昭和55年)頃には95%程あったが、2009年には過去最低の88.08%を記録、2012年では89.86%となった。
ただし、本来国民健康保険は国民健康保険法第9条により社会保険に加入した場合にその資格喪失を世帯主が届け出る必要があるが、就職と同時に手続きをする会社が行う従業員の健康保険及び厚生年金保険に加入によって自動喪失される国民年金に対し、同じように同時に喪失されるものと思い違いをすることによる国民健康保険と社会保険との二重加入の問題があり、実際の滞納率はより低いものである可能性がある。
なお、滞納分は滞納することなく支払った他の被保険者が負担することになっており、保険料は滞納分を見越して設定されているといわれている。また、それでも不足の場合は、一般会計からの繰り入れで補填されることになっている。
市町村の一般会計からの法定外繰入の推移は、2012年度の3,534億円から2017年度には1751億円と年々改善している。
経済的困窮者については、公的扶助の申請により医療扶助が支給されるが、これはミーンズテストに該当する場合でなければならない。このため、公的扶助を受けるに至らない程度の経済的困窮者が保険料を払えず滞納し事実上の無保険者になるケースもあり、全日本民医連の調査では2014年に受診が遅れて死亡したケースが56人で、うち無保険者は20人、短期被保険者は8人であった。このような者を対象とした無料低額診療事業を行っている病院もある。
交通事故や傷害事件など、第三者の行為(故意か過失かを問わない)によって受けた傷病による医療費は、その第三者(加害者)が損害を賠償する責任を負うことになる。しかし、損害賠償が不十分であったり遅延したりしている場合もあり、被保険者たる被害者は、国民健康保険で治療が受けることが出来る。その場合は、保険者に「第三者行為による傷病届」を提出する必要がある(施行規則第32条の6)。保険者は、加害者に代わり、一時的に治療費を立替えて支払うことになり、後日加害者にその立替え分を請求することとなる(第64条)。