長崎南山中学校・高等学校
校舎の傍に、離島や遠隔地出身者のための寮「南山寮」が建っている。
運動部のほとんどは校内に練習場を持つが、野球部・ラグビー部は長崎市三川町に専用グラウンドで練習を行っている。また専用の寮設備もある。
野球部(高校のみ) 春夏合わせ数回の甲子園出場歴がある。1997年(平成9年)夏の第79回全国高等学校野球選手権大会に出場した際、男子校のためチアリーダー部を持たない同校は、友好関係にある愛知県の南山大学チアリーダー部に応援のサポートを要請した。同部はこれに応え、試合当日は甲子園の同校応援席に長崎・愛知の合同応援団が陣取ることになった。だがこの時の対戦相手は、奇しくも愛知代表の豊田大谷高等学校であった。試合は延長12回まで縺れ、4-6で敗れた。
ラグビー部 全国大会出場経験あり 初出場の全国高校ラグビー(花園)で啓光学園に勝利し、同じく初出場の全国高等学校選抜ラグビーフットボール大会(熊谷)では完封した。 2020年(令和2年)度全国高校花園ラグビー大会出場
バスケットボール部 全国大会出場経験あり
バレーボール部 全国大会出場経験あり
サッカー部 2007年(平成19年)の全国高等学校サッカー選手権大会長崎県予選で国見高校を破った。2015年(平成27年)の同大会で県優勝し全国高校サッカー初出場。
ソフトテニス部 平成元年度全日本高等学校選抜ソフトテニス大会優勝。