宗氏
外務省管轄下で家役継続を改めて認められた宗氏は朝鮮交渉を続けたが、朝鮮政府は日本との交渉は拒否し続けた。明治3年5月に朝鮮政府側が幹伝官浦瀬最助に伝えた交渉拒否の理由は、我が国は清の属国であり清の皇帝のみを皇帝・皇上と奉唱する。これまで日本(徳川将軍)とは国主・大君という称号で付き合ってきた。それなのに突然に上国の称号たる「皇」を日本(天皇)に対して用いることはできない。この件は清にも内奏したが書契を受け取らないのは正しいと言われたので今後も日本から国使が送られても受け入れるつもりはないというものだった。同時期に釜山浦にドイツ船が現れ、その船に対馬藩の通訳が乗船していたことも朝鮮が日本を警戒する理由だった。天皇の称号を認めないことを恨んだ日本が欧州と結託して朝鮮を滅ぼす方策をとろうとしていると捉えられていたのだった。
明治4年(1872年)5月に外務省は宗氏の家役罷免を正式に決め、一方で当主宗重正を家役罷免と外交の外務省への移行を伝達するため朝鮮に派遣する案を策定した。7月の廃藩置県で厳原藩(明治2年に改称)は廃藩となったが、7月29日に当主宗重正は外務大丞となり、引き続き朝鮮外交に関与することとされたが、遣使計画は宗氏の財政問題や岩倉使節団などの諸問題が影響して実施されなかった。12月18日に重正の派遣は正式に中止され、旧厳原藩士相良丹蔵・浦瀬最助を朝鮮に派遣して宗氏の家役罷免通知と倭館からの旧厳原藩士の撤退を行うこととされた。
一方で当時の外務省に朝鮮国に関する知識はほとんどなかったので、同省が朝鮮外交を所管しつつも、同省官僚を朝鮮に派遣して同国や日朝関係についての調査を行うまでは従来通り宗氏の「私交」に任せるという「折衷案」を受け入れ、太政官はこの見解を明治2年(1869年)11月12日に宗氏に通告した。そのため宗氏はこの後も朝鮮外交権を握った。
この明治初期の外務省と宗氏の朝鮮外交二元状態について、外交一元化を目指す外務省と一元化に反対して先祖伝来の朝鮮外交の既得権を守ろうとする宗氏の対立、あるいは対朝鮮強硬派の外務省と対朝鮮穏健派の宗氏の対立として捉える向きもあるが、いずれも根拠はないとされる。まず宗氏は外交一元化に反対してなかった。自ら従来の「私交」の形の外交の改革を求めており、対馬藩だけで独占しようとしてなかった。外務省や政府との折衝や協力のもとに朝鮮との交渉打開を図ろうとしたし、明治3年11月に宗氏は家役免除も申し出ている。これは宗氏が外務省と問題意識を共有しており、近世日朝関係の解体を志向したためであるといえる。また宗氏や対馬藩が穏健派だったとすることも根拠は乏しいとされる。宗氏は強硬策について否定しておらず、寛猛どちらの道をとるか政府に伺いを立てており、当時政府が猛の道を突き進む決断に踏み切らなかったため、宗氏もそれに従って強硬策をとらなかっただけである。また対馬藩において朝鮮交渉で最も主要な役割を果たした大島友之允は幕末期からの熱心な征韓論者である。