アンフィンセンのドグマ
細胞内でのタンパク質のフォールディングは非常に複雑なプロセスであり、新たに合成されたタンパク質のターゲティング(英語版)を経た適切な細胞内区画への輸送、恒久的なミスフォールディング(誤った折りたたみ)、一時的なアンフォールド状態(折りたたみの展開)、翻訳後修飾、品質管理、シャペロンにより促進されるタンパク質複合体の形成などが含まれる。
一部のタンパク質は、正しく折りたたむためにシャペロンタンパク質の助けを必要とする。これはアンフィンセンのドグマの反証を示唆している。ただし、シャペロンはタンパク質の最終的な状態に影響を与えないようで、その機能は主に、タンパク質が最終的に折りたたまれた状態になる前に、複数のタンパク質分子が凝集するのを防ぐ働きをするようである。ただし、対象となるタンパク質を適切に折りたたむには、少なくともいくつかのシャペロンが必要である。
また、多くのタンパク質は、凝集やミスフォールドを起こす可能性がある。たとえばプリオンは、本来の折りたたみ状態とは異なるタンパク質の安定したコンフォメーションである。