京極氏
一方、弟である高知は当初から秀吉に仕え、天正19年(1591年)に近江蒲生郡5千石、文禄2年(1593年)に信濃国伊那郡6万石、翌年には10万石に加増される。
慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは初め西軍に属するが、途中から東軍へと寝返り、大津城に篭もる(徳川家康との密約があったとされている)。そして、攻め寄せた西軍の大軍勢1万5,000を相手に激しい篭城戦を行い、ついに攻め手を関ヶ原へと向かわせなかった(大津城の戦い)。この功により高次は戦後家康から若狭一国を与えられ、若狭後瀬山城8万5,000石へと加増される。翌年に高島郡7,100石も加増され9万2,000石を領有、小浜藩の成立に繋がった。秀吉の死後は兄の与力大名となっていた弟の高知も兄の家老と共に家康に従い、東北に出兵して関ヶ原の戦いにおいても最前線で功を挙げ、丹後1国を与えられ国持大名となり丹後守を称すことを許され、丹後宮津城12万3,000石を領有、宮津藩の成立に繋がった。
高数の跡を継いだ持清は、応仁元年(1467年)に足利将軍家の家督相続などから生じた応仁の乱で、1万余騎を率いて東軍に属し京都で戦い、翌年からは近江で西軍の六角高頼と戦い優勢を得るが、その最中に病死する。持清の長男の勝秀と次男の政光は既に亡くなっており、孫で勝秀の嫡子と考えられている孫童子丸が当主を継ぐが、わずか1年後に死去し、その跡を巡って政経(政高)と高清の間で争いが起きる(京極騒乱)。
始めは政経が高清を近江から追放し、出雲・隠岐・飛騨の守護職を得るが、政経はその後の六角氏との戦いに敗れ、徴税の命令に従わなかった出雲、隠岐の守護代である尼子経久を追放するも、逆に出雲の拠点である月山富田城を奪い返されたと伝わる。その後、近江で高清との争いに敗れ、追われた政経と長男材宗は経久と和睦して出雲に拠点を移したと考えられており、永正5年(1508年)に材宗の子である孫・吉童子丸へ京極氏の家督を譲って亡くなるが、吉童子丸の以後の行方はわからず、出雲は尼子経久が事実上領有、戦国大名となる尼子氏の領国となる。
当主の座を得た高清は近江にあったが、その後継を巡って次男の高吉を推す高清らと、長男の高広を推す浅井亮政らの間で争いが生じ、高清は亮政らに敗れて追放される。すぐに高清は亮政と和睦して江北へと戻るが、これを境に江北の支配権は浅井氏に奪われたと考えられている。ただし、一介の小国人に過ぎなかった浅井氏による江北支配も順調ではなく、なおしばらくは京極氏を名目上の守護と仰ぐ時代が続いた。だが、永禄3年(1560年)に浅井賢政の六角氏との断交を機に、京極高吉が復権を画策して六角氏と結び挙兵を企てるが、失敗して江北を追われ、京極氏の江北支配は完全に幕を閉じた。
高次は慶長14年(1609年)に47歳で死去、息子の忠高は大坂の陣で功績を挙げ、越前敦賀郡1郡をさらに加増される。また徳川将軍家より正室を迎え、寛永11年(1634年)、室町時代にかつて京極氏が守護として世襲した旧領国の出雲・隠岐の2カ国26万4,000石へと加増転封とされた(松江藩)。しかし、忠高は寛永14年(1637年)に嫡子の無いまま急死、末期養子に甥の高和(京極忠高の弟安毛高政の嫡男)を望んでいたが認められず改易されかけたが、高次の功績により存続を許され、高和は播磨龍野藩6万石へと移封減封、さらに讃岐丸亀藩6万石へと転封となる。丸亀藩は飛び地として、近江の一部も領していた。
高和の子である高豊も40歳で急死したため、嫡子の高或に5万1,000石を、庶子の高通に多度津藩1万石をそれぞれ継がせることになり、高或は3歳、高通は4歳で藩主となった。高或・高通の成人以降は安定した時期が続いた。
鎌倉時代は江北6郡の地頭であり、始祖の京極氏信は鎌倉幕府の評定衆を務めた。跡を継いだ宗綱は、幕府が朝廷に対し天皇の譲位を促した際の使者を務めている。
鎌倉時代末期に当主となった京極高氏(道誉)は朝廷で検非違使、鎌倉幕府で御相伴衆を務めていたが、元弘3年(1333年)に後醍醐天皇の綸旨を受けた足利尊氏が倒幕の兵を挙げるとそれに協力し、建武の新政に加わる。しかし建武の新政は武士の支持を得られず、建武2年(1335年)に北条時行らが中先代の乱を起こして鎌倉を占拠すると、道誉は尊氏に従い討伐へと向かい、相模川で時行軍の背後を奇襲し、勝利に寄与する。
尊氏が鎌倉に入り幕府設立の動きを見せ、朝廷が新田義貞を総大将とする尊氏の討伐軍を発すると、道誉は尊氏軍として義貞軍と矢作川で戦うが敗れ、手越河原の戦いでは弟の貞満も討たれ、いったんは義貞に下るが、次の箱根・竹ノ下の戦いでは尊氏方として戦い勝利する。