皇居の生物相
皇居内の生物相については、大正10年(1921年)に皇居内の植物について行われた調査をまとめた『宮城風致考』が最初の調査と考えられる。その後、昭和54年(1979年)から昭和56年(1981年)にかけては皇居内各地の樹木についての調査が行われ、昭和62年(1987年)から昭和63年(1988年)にかけて皇居内の濠や池の生物についての調査が実施された。いずれの調査も宮内庁(大正時代の調査は宮内省)の内部調査であった。
平成元年(1989年)8月には、これまでの皇居内の植物調査についてまとめた、昭和天皇も執筆に参加した生物学御研究所編の『皇居の植物』が刊行された。そして国立科学博物館によって昭和42年(1967年)より始められた、日本全体の自然史学が的総合研究が終盤に差し掛かった平成6年(1990年)に、明仁天皇が東京の都心部にありながら、動植物が多く棲息する皇居内の生物についての科学的な総合調査を行うことが望ましいとの意向を示したことがきっかけとなって、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけて皇居内の生物相についての本格的な調査、そして平成12年度(2000年度)には補足調査が行われた。平成12年(2000年)12月には調査結果がまとめられ、その後も更に皇居内の動植物のモニタリング調査が継続され、平成18年(2006年)には継続調査の結果が公表された。。
なお平成21年(2009年)から平成24年度(2012年度)までの予定で、第二期の皇居の生物相調査が実施されている。2021年8月には第三期調査が開始された。
生物学御研究所『皇居の植物』保育社、1989年。ISBN 4586307137。
国立科学博物館皇居生物相調査グループ『皇居・吹上御苑の生き物』世界文化社、2001年。ISBN 4418013032。
大和田 守(2006)「都市化と自然」、『国立科学博物館叢書4 日本列島の自然史』東海大学出版会、ISBN 4-486-03156-3
『国立科学博物館専報』
「皇居の生物相 : I. 植物相 」『国立科学博物館専報』第34号 小山博滋、近田文弘、土居祥兌、渡辺眞之、柏谷博之「皇居の生物相 : I. 植物相」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、1-5頁、NAID 110004313456。 近田文弘、秋山忍、門田裕一「皇居吹上御苑の維管束植物」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、7-43頁、NAID 110004313457。 國府方吾郎、小山博滋「皇居吹上御苑で栽培されているリュウノウギク(キク科)4個体における染色体学的形質の比較研究」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、45-50頁、NAID 110004313458。 近田文弘、西川肇、藤井寿生、工藤勝輝、村井宏、伊藤忠夫「皇居吹上御苑の森林植生」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、51-71頁、NAID 110004313459。 近田文弘、西川肇、藤井寿生、工藤勝輝、村井宏、伊藤忠夫「皇居吹上御苑の森林植生の更新」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、73-84頁、NAID 110004313460。
アブラコウモリについては皇居内で確認されているものの数は少ない、これは現在の皇居内がかなり深い森となっていて、高木が多いためアブラコウモリが餌を獲るために必要な開けた場所に乏しいことや、皇居内には夜の明かりが少ないためアブラコウモリの餌となる小型の昆虫が集まってこないことが原因であると考えられる。
アズマモグラは本州東部に分布し、東京23区内でも畑が残っている場所の多くで生息が確認できるが、市街化が進むと姿を消してしまうために山手線内側ではほとんど見ることが出来ない。皇居内では多くのアズマモグラの生息が確認されているが、遅くとも皇居周囲の濠が完成した1630年代には皇居のアズマモグラは周囲の環境から遮断され、その後は皇居内で生息を続けてきたものと考えられている。しかしDNAの塩基配列を調べたところ、現在皇居に生息するアズマモグラは東京都日野市に生息するアズマモグラと高い同一性を示し、関東地方に生息するアズマモグラと種として同一のものとみて良いことがわかった。
カイガラムシ類については、新種ないし未記載種と考えられる12種を含む9科127種が確認された。構成種を見るとシイ、タブなど照葉樹林に生息する種が中心となっているが、伊豆半島や三浦半島沿岸の普通種で確認されなかった種も多く、皇居のカイガラムシ相は関東南部沿岸の中でも北端にあたるカイガラムシ相であると考えられた。また皇居が分布の北限となっていると考えられるカイガラムシが9種確認されたが、ヒートアイランド現象に伴う温暖化によって生息が可能となったと見られる種が複数確認されている。
またモミにのみ寄生するモミニセカキカイガラムシが、皇居内にわずかに残る、江戸時代に植栽されたと考えられるモミの古木から確認された。この種は知られている皇居に最も近い生息地は東京西部の奥多摩山地と房総半島の清澄山であり、皇居近郊からは全く知られていない。モミニセカキカイガラムシはモミの古木とともに江戸時代から生き続けてきたものと推測されている。
皇居のカイガラムシ相を分析すると、やはり都市化の影響も強く見られるが、皇居近隣の都市部の普通種のうち9種が確認されず、山地性の種が8種、分布が限られている種が6種確認されているなど、皇居が都市化の影響を強く受けながらも豊富かつ多様な植生に恵まれた、都市に生息するカイガラムシ以外の種も多く生息する環境であることが明らかとなった。
アブラムシ、カイガラムシを除くカメムシ目は、41科214種が確認された。確認された種の多くは関東地方で見る普通種であるが、かつて東京都の区で行われた調査ではいずれも確認された種が200種に及ばなかったことから、皇居のカメムシ目は豊かであるといえる。ただし陸産のカメムシ目については、本来の植生は江戸城築城以降大きく改変がなされ、これまで多くの植物が植えられてきた経緯を考えると、植物の移植に伴い持ち込まれた種もあると考えられ、単純に自然分布と見なすことは無理があると考えられる。
一方、アメンボなどの水生のカメムシ目は一般的には移動能力が低く、また道灌濠などの内濠にカメムシ目の昆虫が持ち込まれる状況が考えにくいことなどから、以前より生息していたものと考えられる。皇居内の道灌濠付近は昭和天皇の希望によって吹上御苑と同じように最低限の管理のみ行われており、自然に近い環境が保全された結果、コオイムシなどの都市化に伴う環境の撹乱に弱く、東京都内ではほとんど見ることが出来なくなった種が生息している。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査で、8科37種のチョウが確認され、平成13年度(2001年度)から平成17年度(2005年度)まで続けられたモニタリング調査の中で更に11種が確認されたため、皇居内では合計48種のチョウが確認されている。皇居内ではチョウの中には東京都区内で激減しているジャコウアゲハ、ツマキチョウ、トラフシジミが多く生息していることが確認され、皇居が貴重なチョウ類の生息地であることが明らかとなった。
東京都区内では皇居以外でもチョウ類の生息状況の調査が行われている。それによると自然教育園では47種、新宿御苑では24種、常盤松御用邸からは21種、足立区元渕江公園からは27種のチョウ類が確認されている。それぞれの緑地で確認されたチョウ類のうち14種が共通種であり、また大型緑地である皇居と自然教育園、新宿御苑の確認されたチョウ類も高い一致が見られた。これは東京都区内には大小の緑地が点在しており、チョウ類は各緑地間を移動しながら分布を維持していることを示していると考えられる。また大型緑地の明治神宮でのチョウ類が種数が少ないのは、常に公園管理が行われているために草原や林縁で成育する種が見られないためと考えられる。つまり皇居内で多くのチョウ類の繁殖が見られるのは、緑地としてある程度の面積がある上に、最低限の管理のみが行われているよく発達した森林、湿地、田畑や果樹園などといった様々な環境に恵まれているからであると考えられる。