無上瑜伽タントラ
これが日本にも真言宗として伝わっている中期密教(純密)である。
しかし、インド仏教界はこれに飽き足らず、さらなるヒンドゥー教への対抗、庶民に対する訴求力・求心力の維持・強化、そして仏(世界)との合一手段探求・強化の一手として、「性」と「チャクラ」(つまるところ「クンダリニー・ヨーガ」および「シャクティ信仰」)に、よりいっそう深く踏み込んでいくことになる。こうして生み出されたのが、後に無上瑜伽タントラと総称されることになる後期密教経典群である。
『幻化網タントラ』(マーヤージャーラ・タントラ)や『大幻化網タントラ』(グヒヤガルバ・タントラ)が登場したのを皮切りに、8世紀後半には「ブッダは一切の如来達の身・語・心の源泉たる、諸々の金剛女陰に住したもうた」という衝撃的な文言から始まる『秘密集会タントラ』が成立し、11世紀の『時輪タントラ』に至るまで様々な経典が作られ、それに基づいて「性的ヨーガ」が実践されてきた。性行為は初期仏教以来の戒律と真っ向から衝突するため、僧院においてはあくまでも観想として、身体・思考操作を駆使してその状態を再現するという、伝統の立場に立つ無上瑜伽タントラの各種の三昧耶戒に基づく解釈・試行がなされた。しかし、最終的な解決をみないまま、12世紀末から13世紀初頭にかけて、イスラーム王朝であるゴール朝による北インド侵攻によって、ナーランダー大僧院、ヴィクラマシーラ大僧院といったインド仏教拠点が次々と破壊され、インド仏教はその歴史を閉じることになり、その課題は後継であるチベット仏教に残されることになる。