メトロイドフュージョン
惑星SR388に生息しているアルマジロのような大型生物。まだB.S.Lで飼育されている生物の生体情報を入手していなかったXが、過去に入手していた遺伝子情報から擬態した。オリジナルのマルカラは無毛の赤い体色をしていたが、今作のマルカラはXの擬態による影響か緑色の毛が生えた外見となっている。
身体を丸めた(モーフボール)突進攻撃や剛腕から放たれる衝撃波、口から放出する火炎放射で攻撃するが、後背部の外殻に対して柔らかい腹部が弱点となっている。なお、『メトロイドII』ではボム能力以外に有効なダメージを与えることができなかったが、本作では全ての攻撃(といってもビームとミサイルのみだが)でダメージを与えることができる。