日本学生野球協会
プロ野球で選手・コーチ・監督経験のない学生野球指導経験者が、プロ野球球団(独立リーグやメジャーリーグ球団を含む)に監督・コーチなど現場で指導する立場にない球団職員(球団取締役などの経営陣やスカウトなど)で在職した後、学生野球の団体への関与(山中正竹など)や指導(山本泰など)に復帰した例もあるが、これらの場合は選手経験者と異なりアマ資格回復などのマスコミ報道が行われていないため、選手経験者より制約が薄い可能性がある。
全国高等学校定時制通信制軟式野球大会を主催する全国高等学校定時制通信制軟式野球連盟・東京六大学野球連盟所属大学の通常の野球部への参加が困難な理工系学部を中心とした学生によって組織されている東京六大学理工系野球連盟・女子による学生野球の統括団体(全日本大学女子野球連盟・全国高等学校女子硬式野球連盟)については、日本学生野球協会の傘下に入っていないため、日本学生野球憲章の適用を受けていないが、これらの組織における元プロ選手(女子については2021年に活動を休止した日本女子プロ野球機構傘下の球団への在籍経験者を含む)の扱いは明確にされていない。
関西独立リーグ (2代目)(旧・BASEBALL FIRST LEAGUE)の下部組織として高等学校・大学に組織されている野球部は当協会非所属のため、学生野球の試合に参加できない代わりに、元プロ選手による指導が行われているが、このことが原因で、社会人野球の統括団体である日本野球連盟との間で軋轢が生じ、同連盟との協定書の締結ができず、日本独立リーグ野球機構にも加盟できなかったため、学生野球との関係や退団選手の取り扱いについても、同機構加盟リーグとの格差が設けられている。
審査室による審査結果が厳しくなるのは野球統制令によって、外部組織からの著しい制約を受けてしまった過去があるためで、単なる感情論で批判してしまうのは難しい部分があるのは否定できない。しかし、新しい時代に合わせて考え方も変えていくべきだという主張も一理あるのは事実である。そのため、近年では速やかな報告が加盟校・連盟から上がってくる場合には警告に留めるケースが増えている。逆に、2000年代以降は2ちゃんねるなどの掲示板を見た一般外部者から通報されるなどして、直接審査室へ上がるケースが増えている。このような事例が発生した場合には審査室は情報公開の観点から厳しい処置を執ることが多い。しかし、審査室自体が議事録を非公開としている(審査室規程第5条)ため、加盟校へ速やかな情報公開を求めるのであれば審査室自体も議事録を公開するべきではないかという意見もある。
また、憲章に違反する事項が発生して審査に入ると「高野連は出場可否の許認可権でもあるのか」という意見が登場することがある。前述の通り、審査を実施するのはあくまで協会審査室であり、出場停止などの処分を実施するのは日本学生野球協会会長である。