伏見荘
南北朝時代に入っても、同荘は長講堂領に含まれ、持明院統の経済的基盤となった。北朝の崇光天皇は長講堂領を伝領したが、結局その子である栄仁親王(貞成親王父)は相伝されなかった。背景には、持明院統内における後光厳院流との対立が指摘され、長講堂領以下全持明院統の所領は「親王践祚あらば直に御相続あるべし。もししからずば禁裏御管領あるべし(栄仁親王が践祚したら直ちに管領するべきであるが、もしそうでないならときの天皇が管領するように)」という亡き光厳法皇の取り決めに基づいて後小松天皇に渡っていた。一方の伏見荘について光厳法皇は、置文で次のように定めていた。
こうして伏見荘は、長講堂領から切り離されて大光明寺に寄進された上で、崇光上皇の子孫(すなわち伏見宮家)が管領することとなった。しかし、応永5年(1398年)には、足利義満の意向によって一時的に伏見宮家を離れた。ただし、先掲の置文によって、応永6年には同家に戻っている。
15世紀に入ると、伏見荘についての記録がよく残されている。これは栄仁親王息の貞成親王が、『看聞日記』と呼ばれる日記に、同荘やそこに住む荘民の様子を書き残していたためである。貞成の伏見御所は、現在JR桃山駅がある地の南東にあったとされる。
戦国時代には荒廃し、豊臣秀吉の伏見改造によって荘園としての歴史は終わった。秀吉による都市建設の影響は大きく、現在まで残る中世伏見荘の面影は限られたものになっている。