布教保護権
しかし、日本はポルトガル圏に属していながら現実にはポルトガルの植民地ではなかったことと、距離的な問題から、ポルトガル国王の日本キリシタン教会への経済支援は十分なものにはならなかった。国王が支給する年金は2000ドゥカートだったが、1570年代まではほぼ滞りなく支給されていたのが、1580年代以降は遅延、または支払われなかったり、支払われても日本まで届かなかったりといったことが多かった。
そのため、イエズス会は貿易に携わって、日本での活動費を独自に調達することとなった。マカオのイエズス会司教カルネイロは1570年(元亀元年)に生糸の貿易商人の輸出カルテルを設立。イエズス会の財務担当官(プロクラドール)が生糸を売りさばき、活動資金獲得を行なった。ポルトガル国王の布教保護権からの自立を模索したイエズス会は、大村純忠たちキリシタン大名の保護下での布教を進めていった。