新幹線通勤
東北・北海道新幹線の盛岡駅 - 新函館北斗駅間は原則として全席指定席となっている。在来線を含め、全席指定席の列車には原則として定期券での乗車ができないが、仙台駅 - 新函館北斗駅間では、特例として全車指定席列車については定期券利用者は普通車の空いている席に着席できるという扱いを行っている。もしその席の指定券を所持する乗客が来たら別の席に移動することになる。満席の場合は立席となる。
2003年9月まで全席指定席だった東海道・山陽新幹線「のぞみ」には乗車できなかった。市販時刻表の東海道・山陽新幹線のページの欄外にも「FREX・FREXパル及び在来線の定期乗車券では全車指定席の列車には乗車できません。ご乗車の場合は、乗車区間の運賃・料金を別途いただきます」と明記されていた。また、上越・北陸新幹線では臨時列車の一部に全席指定席の列車が設定されることがあるが、この場合も乗車できない(時刻表の営業案内に記載)。