旅順虐殺事件
岡部牧夫が紹介する窪田仲蔵『征清従軍日記』では、清軍の日本兵遺体に対する凌辱行為を見て復讐しようと当人が他の兵士と語り合っているさま、両軍兵士それぞれの残虐行為を受けた死体を見たこと、旅順市中の人間とみても討ち殺したこと、人家にいる者も皆殺しをはかり大抵の家にニ、三人から五、六人の死者が出たこと、日記の末尾の書込みで言い訳がましく「後日の調べによれば」として女性もいたことを記している。
しばしば殺害の報告には民間人の衣を着ていた、商人の恰好をしていたと殊更書いているものの、便衣兵と判断した根拠がなく、いずれにせよ便衣兵以外が殺害されたのは0ではないから、虐殺だとして史実であると主張する研究者もいる。
山路第一師団長は土城子事件の報復を煽っていたと当時の新聞・戦争実記に書かれており、金子堅太郎の自叙伝には、金子が山路に虐殺は事実か尋ねたところ、自身は虐殺を行わないよう訓示していたのだけれども兵が勢いでやった、兵の心理は素人には分からないと言い訳したことが書かれている。
大江志乃夫は「(死者の)過半数約六〇〇〇以上が戦闘と関係がない無辜の住民であることは絶対に動かしようがない事実である」と主張している。
一ノ瀬俊也『旅順と南京』や原田敬一『日清戦争』(吉川弘文館、2008)は、『征清従軍日記』の「山地将軍より左の命令あり。・・・今よりは土民といえども我軍に妨害する者は不残殺すべしとの令あり」との証言を引用して虐殺であったとする。菊池秀明は日本軍は多数の市民を「虐殺」したとする。
明治政府首脳陣の伊藤博文や陸奥宗光が頭を悩ませたのは、事件そのものの有無と実際の差よりも当時進行中であったアメリカとの不平等条約改正交渉への影響で、アメリカで躓けば他国との条約交渉にも影響を与えかねなかったことだった。事件の報道後、アメリカやロシアの駐日公使が陸奥を訪ね善後策を問い質し、アメリカの上院では調印された日米新条約の批准に反対する声が少し上がり始めた。明治政府は事前の清国の実情から勝つのは確実だとして、圧倒的に勝った時に起こる日本に批判的な国際世論対策を戦争当初から想定しており、陸奥宗光と各国公使も外国の新聞の報道を報告していた。日本についての情報対応は明治政府に雇われていた欧米人が担っていたのであるが、旅順での事件の対応についても日本はマスコミ対策を積極的に活用しようとした。欧州における対外情報収集活動を担ったのは、青木周蔵公使とお雇い外国人のシーボルトであったとされる。『タイムズ』の報道以後、日本政府は情報収集に努めつつ、報道に対し逐一反駁を行い、反論に努めた。口火をきった『タイムズ』の報道に対し、11月29日付けの『セントラル・ニュース』(Central News)は正当な戦闘以外での殺傷はなかったと報道した。これも陸奥の意を受けた内田康哉(駐英臨時代理公使)が工作した結果であったと推測している。
しかし、当初はマスコミ対策は功を奏せず、アメリカの新聞の中には不平等な条約改正延期もやむなしという論調が出てくる。
なお海戦後、北洋艦隊の残存艦艇が戦力温存のために威海衛に閉じこもったため、制海権を完全掌握するために威海衛攻略を目指す日本が旅順のある遼東半島付近の制海権をほぼ掌握した。9月21日、海戦勝利の報に接した大本営は、「冬季作戦大方針」の(1)旅順半島攻略戦を実施できると判断し、第二軍の編成に着手した。その後、まず第一師団と混成第十二旅団(第六師団の半分)を上陸させ(海上輸送量の上限)、次に旅順要塞の規模などを偵察してから第二師団の出動を判断することにした。10月8日、「第一軍と互いに気脈を通し、連合艦隊と相協力し、旅順半島を占領すること」を第二軍に命じた。21日、第二軍は、海軍と調整した結果、上陸地点を金州城の東・約100kmの花園口に決定した。第一軍が鴨緑江を渡河して清の領土に入った24日、第二軍は、第一師団の第一波を花園口に上陸させた。その後、良港を求め、西に30km離れた港で糧食・弾薬を揚陸した。11月6日に第一師団が金州城の攻略に成功した。14日には第二軍は、金州城の西南50km旅順を目指して前進し、18日に偵察部隊等が遭遇戦を行った。
この事件発生は大きく分けて以下の二段階ある。すなわち占領直後とそれ以降である。