ゴジラvsスペースゴジラ
本編未使用シーンの1つに鹿児島に上陸したゴジラとGフォース地上部隊が交戦するものがあり、その際に92式メーサー戦車、93式自走高射メーサー砲、74式戦車が登場している。当該シーンはDVD・Blu-ray特典の「ゴジラvsスペースゴジラ メイキング・スペシャル」で見ることができる。
本来は前作の『ゴジラvsメカゴジラ』でシリーズが一旦終了する予定であったが、トライスター版ゴジラの制作が遅れていたために急遽制作された作品である。東宝プロデューサーの富山省吾は、状況の分からない海外の都合を気にしながら制作するのは不自由なため、そちらは気にせず独自の新怪獣でやっていくことにしたと述べている。前作の主要スタッフは当時『ヤマトタケル』の撮影に入っており、監督の山下賢章や脚本の柏原寛司など平成VSシリーズの経験がなかった新規のスタッフが参加している。音楽も、伊福部昭の都合がつかなかったため、シリーズ初参加となる服部隆之が担当した。
当初は『ゴジラvsキングギドラ』に登場したキングギドラとは異なる、本来の設定の宇宙超怪獣であるキングギドラを敵に迎えた作品が検討されていたが、直前に公開された『ヤマトタケル』に登場するヤマタノオロチがギドラに似ていたことからゴジラ型の新怪獣へと企画が変更された。基本設定は、小林晋一郎による企画書『ゴジラVSネオゴジラ』を元にしている。制作が決まった際は、前作よりメカゴジラの続投が案に挙がったが、特技監督の川北紘一から「同じのじゃつまらないでしょ」という意見でモゲラに決まった。