日本とポルトガルの関係
セバスティアン・モラーレス(1588年 - 1593年)
ペドロ・マルティンス(1593年 - 1598年)
ルイス・セルケイラ(1598年 - 1614年)
しかし1587年には豊臣秀吉によってバテレン追放令が出され、ポルトガルに宣教師の退去と貿易の自由を宣告する文書が手渡された。江戸時代に入っても徳川家康によってこの政策は踏襲されている(1614年のキリスト教禁止令)。家康の晩年には、ポルトガル人の寄港地は平戸と長崎に制限された。1620年には平山常陳事件が起き、幕府のキリスト教に対する不信感は決定的なものとなった。幕府は、当時ポルトガルと同君連合にあったスペインとの関係を断ち切り、マカオに対して宣教師を乗船させないように要求した。
しかしそれでも宣教師は日本人への布教をあきらめなかった。日本とスペイン、ポルトガルの主権が及ばない東南アジアの日本町へ渡航して日本人への布教を行い、朱印船を利用してキリシタンを日本に送り込む方針をとった。中には商人や船乗りに変装し、朱印船を利用して日本に侵入する宣教師もいた。この状況を重く見た幕府は、徳川家光の親政が始まったのち、1633年から1636年にかけて、朱印船貿易やヨーロッパ諸国、中国人との貿易の管理・統制を担っていた長崎奉行を2人の旗本から任命し、新しい奉行がポルトガル船の来航する時期に合わせて長崎に赴任する際に、奉行の職務に関する通達(「鎖国令」)を発布し、禁教と国際紛争の回避を徹底させようとした。1635年の通達(「第3次鎖国令」)では、日本人の東南アジアおよび日本町への渡航が全面的に禁止され、1636年の通達(「第4次鎖国令」)では、貿易に関係のないポルトガル人およびその家族がマカオへ追放され、他のポルトガル人も長崎の出島に隔離された。