アーケアメーバ
多核多鞭毛のペロミクサ(Pelomyxa)と通常単核単鞭毛のMastigella属がある。 マスチゴアメーバ亜目 Mastigamoebina Frenzel, 1897 マスチゴアメーバ科 Mastigamoebidae Goldschmidt, 1907 鞭毛を持つ自由生活性のマスチゴアメーバ(Mastigamoeba)と、鞭毛を欠き腸管寄生性の小形アメーバ(Endolimax)およびヨードアメーバ(Iodamoeba)がある。 Rhizomastixidae科 Ptáčková et al., 2013 Rhizomastix属に2種
この他に分子情報がなく位置不詳のものとして、
Tricholimacidae科 Cavalier-Smith, 2013 Tricholimax hylaeのみ。ペロミクサ科とマスチゴアメーバ科の特徴を兼ね備える。
Endamoeba属
Mastigina属
がある。