バーゼル大学
バーゼル・ガバナンス研究所(Basel Institute on Governance)
フリードリヒ・ミーシャー研究所(Friedrich-Miescher-Institut)
バーゼル分子臨床眼科学研究所(Institut für molekulare und klinische Ophthalmologie Basel)
スイス熱帯公衆衛生研究所(Schweizerisches Tropen- und Public-Health-Institut)
スイスピース(Swisspeace)
スイス救急・災害医学センター(Schweizerisches Zentrum für Rettungs-, Notfall- und Katastrophenmedizin)
また、バーゼル大学はチューリッヒ工科大学(スイス連邦工科大学チューリッヒ校)バイオシステム学科と緊密な協力関係を維持している。