運輸省
地方運輸局→国土交通省の地方支分部局として改組(母体自体はそのまま残る)。
港湾建設局→中央省庁再編により、旧建設省地方建設局(地建)と再編され、国土交通省各地方整備局(地整)と改組。第一~第五まであった管轄区域は、地建が母体となったため力は削がれた形になり、地整の「港湾空港部」として再編される。
地方航空局→国土交通省の地方支分部局として再編。
航空交通管制部→国土交通省の地方支分部局として再編。