軍令承行令
また機関科大尉よりも兵科大尉の方が上位の階級であるなどと定めているわけではなかったが、若手の兵科将校の中には本規定を誤解・あるいは乱用して自分よりも上位の階級の他科将校に対して自分の方が上位であるかのように振舞う者も現れ、他科との軋轢の原因ともなっていた。
「軍医中将が砲術、水雷等担当の兵科少尉候補生に服従せねばならない」「下士官兵から叩き上げの特務大尉が兵学校出の少尉に服従せねばならない」といった風に、特に昭和期以降は用兵上の様々な弊害、例えば海軍機関科問題の元凶として扱われることが多く、ハンモックナンバーと並び日本型組織としての海軍の限界を示す材料として幾らかの曲解も含め多くの文学、映像作品で登場している。
1944年(昭和19年)の古賀峯一連合艦隊司令長官殉職の際には、単に連合艦隊の指揮下部隊で最も軍令承行令の序列が上であるというだけで、後方の守備部隊(南西方面艦隊)の司令長官であった高須四郎が連合艦隊司令長官代理に就任し作戦が大きく混乱した。富岡定俊海軍少将(敗戦時の軍令部第1部長)は「自縄自縛を絵に描いたような規則であった」と、戦後になって軍令承行を述懐している。