キリンホールディングス
近年は、酒類事業とバイオ事業を基軸にした総合企業を標榜し、永昌源との業務・資本提携、武田薬品から調味料事業を買収する(後のMCフードスペシャリティーズ、現・三菱商事ライフサイエンス)などの多角化を行い、2007年7月1日、それまでの事業持株会社から、純粋持株会社へ移行し、キリンホールディングスと社名変更した。なお、2007年6月30日までの「キリンホールディングス株式会社」は、持株会社の準備会社(企画部門)として設立された会社であり、2007年7月1日に麒麟麦酒株式会社(旧)が担っている国内での酒類の製造・販売事業を引き受け、事業会社として「麒麟麦酒株式会社(新)」と社名変更している。逆に、麒麟麦酒株式会社は「キリンホールディングス株式会社(新)」と社名変更し、純粋持株会社へ移行している。
それと前後して、会社分割を行い、事業子会社として、国内酒類事業会社の麒麟麦酒(旧・キリンホールディングス)、医薬品事業会社のキリンファーマ(現・協和発酵キリン→協和キリン)、経理・人事など間接業務を取りまとめる会社のキリンビジネスエキスパートなどを設立した。また、2006年10月1日に飲料事業を担当するキリンビバレッジを完全子会社化し、同年12月にメルシャンを友好的な株式公開買い付け(TOB)によって子会社化し、2007年4月1日からは、メルシャンとの営業の共同展開を開始した。また、RTD(低アルコール飲料)・焼酎などの研究開発機能をキリン醸造研究所に集約した。
2013年 1月1日 - 麒麟麦酒・キリンビバレッジ・メルシャン3社の全株式を子会社のキリングループオフィス(旧・キリンビジネスエキスパート)に譲渡、キリングループオフィスは「キリン株式会社」に商号変更。また信州ビバレッジをキリンビバレッジに譲渡。 4月・5月 - グループ会社を含め本社機能を東京都中野区の中野新都心地区(中野四季の都市)にある「中野セントラルパークサウス」に移転。
2015年 12月期の決算で、ブラジル子会社で1100億円の減損が発生し、上場来初の赤字(473億円)決算となった。
2017年 - ミャンマーのビール大手、マンダレー・ブルワリーの買収を発表。同時にブラジルキリンの全株式をオランダのハイネケングループに売却。
2019年 2月5日 - 孫会社にあたる協和発酵バイオの子会社化。 7月1日 - 中間持株会社のキリン株式会社を吸収合併し、麒麟麦酒・キリンビバレッジ・メルシャンの3社を直接子会社化。 9月6日 - ファンケルと資本業務提携。
2021年12月31日 - 子会社の協和発酵バイオから健康食品などの通信販売事業を譲受、「キリン 協和発酵バイオ通販」として事業を開始。
2023年 1月23日 - ミャンマー・ブルワリーの全株式を同社に売却。ミャンマーから撤退。 3月6日 - 本企業が開発した独自素材であるプラズマ乳酸菌を日本コカ・コーラに供給した上で同社から「プラズマ乳酸菌 免疫ケアシリーズ」として、一部地域で発売される予定。