バーニー作戦
9隻の潜水艦は、侵入後さらに3隻ずつの3群ハイドマンズ・ヘップキャッツ(英語: Hydeman's Hepcats)、ピアースズ・ポールキャッツ(英語: Pierce's Polecats)、リッサーズ・ボブキャッツ(英語: Risser's Bobcats)に分かれて行動するものとされた。
日本軍も、日本海への敵潜水艦侵入を警戒してある程度の対策は講じていた。日本海を守る対潜機雷堰構築は1943年7月の宗谷海峡東口への470個敷設を皮切りに進められ、対馬海峡には1945年4月16日から6月1日に6000個の敷設が完了したばかりだった。宗谷海峡と津軽海峡には6月末から8月に追加敷設が計画されていた。護衛・掃討兵力として、舞鶴鎮守府指揮下に5月新設の第105戦隊、大湊警備府にも4月新設の第104戦隊など海防艦部隊を置いたほか、各鎮守府・警備府の駆潜艇や対潜訓練部隊である第51戦隊、対潜哨戒機の第901空・903空などが展開していた。護衛用の燃料不足のため本格的な護送船団の編成こそ見送られていたが、主要な商船に数隻の小船団を組ませることで被害発生時の通報体制が強化されていた。このほか、海軍の防備衛所や陸軍の壱岐要塞なども海峡の監視に従事している。なお、アメリカ海軍に該当艦は無いが、日本側では1945年4月上旬にも若狭湾で敵潜水艦の出現や魚雷の航跡が報告されており、対潜艦艇が掃討に出動したことがあった。