輪中
前述のとおり、後に輪中地帯となる地域は木曽三川本川や支川が形成する扇状地以下が該当する。該当する地域では弥生時代の土器などが広い範囲で発掘されており古くから生活空間として利用されていたことが示されるものの、中世以前は自然堤防上や三角州の島状の土地が集落や耕地として利用されるのみであり、農業だけに依存せずに周囲の河川や後背湿地の沼で魚鳥を狩猟して生活していたと考えられる。この当時は土地利用自体が疎らであったため、遊水地は広大で増水時の水位変動も緩やかで多少の洪水では影響を受けなかったものの、河道変更を伴うような大洪水では被害を免れることはできなかった。
12世紀ごろになるとこの地域に荘園が進出し、これを契機に集落や耕地を守るための人工堤防が築かれるようになる。しかし輪中を完成させるためには強固な堤防を築いた上での樋門の設置が必要であり、これらを実現するには当時の技術力や荘園領主の力では不十分であったため、初期の堤防は濁流の激突を避けることに主眼が置かれた上流側のみの堤防であり、下流側に堤防を持たない「尻無堤(しりなしづつみ)」と呼ばれるものであった。尻無堤は下流側からの浸水には無防備であったが、仮に冠水しても洪水が収まれば川は元の流路へと戻り、残された土地には肥沃な粘土質の土が堆積、特に耕地の場合は逆に地力が増すといった利点もあった。
前述のとおり「輪中」の誕生は江戸時代であり、輪中を直接的に示す言葉が歴史上最初に使用されているのは「輪之内」「曲輪」が登場する1675年(延宝3年)の史料である。それ以前の輪中を思わせる記述が残る最古の史料としては、鎌倉時代の歌人飛鳥井雅有の東海道の旅日記『春の深山路』が挙げられ
現代語訳「このあたりでは、川よりも里の方が大分低くなっている。里の前には堤を山のように高く築き、家々は窪みの中にある。里の人がいうには、水が出たときには舟は堤の上を行く。まるで舟が空を飛んでいるように見える。これを聞いて、神話に出てくる天の鳩舟のことを思い出した。」
とあることから1280年(弘安3年)時点で堤防で周囲を囲んだ集落が成立していたことを伺わせるが、これが後の「輪中」と同一視できるものかは判然としない。
かつて広く信用された史料として、高須輪中について記載した『百輪中旧記』がある。『百輪中旧記』には1319年(元応元年)に
として高須輪中(古高須輪中)を最古の輪中と記載しており、かつてはこの説が採用されることが多かった。しかし、1975年(昭和50年)に原昭午が『百輪中旧記』には近世特有の用語があることや木曽川・揖斐川が当時の位置と異なることなどを指摘して、この見解を否定したのを嚆矢として史料としての性格が根本的に疑われようになり、安藤万寿男は著書『輪中 その形成と推移』で木曽川の流路変遷の矛盾点などから総合的に判断して、古高須輪中の形成時期を「1606年(慶長11年)もしくはその少し前」だとする見解を示した。
囲堤を持つ地域自体は木曽三川流域以外でも各地に存在する。日本においては明治時代以降に連続堤による治水が一般的となるが、江戸時代以前は集落や耕地をそれぞれ堤防で囲う治水が中心であり、その中でも代表的なものが木曽三川地域の「輪中」であると考えるべきである。かつては木曽三川流域以外も含めて「輪中」と総称されていたが、信濃川流域では「囲土手」、荒川・利根川流域では「囲堤」、淀川流域では「囲縄手」などの名称で呼ばれており「輪中」とは慣用されておらず、加えて木曽三川のものを意味する「輪中」には構造的な要素を含むことから全てを包括することは適切とは言えないことなどから、伊藤安男は著書『地表空間の組織』で堤防で囲まれた集落を示す総称として「囲堤集落」の用語を提唱している。
以下に代表的なものを挙げる。囲堤形成に影響した河川を「主要河川」に記すが、一級水系の本川は名前をそのまま表記し、支川については水系名を括弧書きで付した。