化石戦争
レイクスのときに犯した過ちを繰り返さないよう用心したマーシュは、すぐさまこの2人の新たな化石ハンターに金を送り、もっと化石を送るよう求めた。ウィリストンはカーリンとリード(この2人は偽名を使っていたためマーシュの小切手を現金化できなかった)と仮契約を結ぼうとしたが、カーリンはニューヘイブンに向かいマーシュと直接交渉すると決めた。カーリンと会ったマーシュは、月々決まった額の報酬を支払い、重要な化石を見つけた際にはボーナスを払うとする契約を提案した。なお必要の際は直属の「現場監督」を派遣して発掘作業を管理させる権利をマーシュが保持し、2人にはコープの部下を現場に近づかせないようにと伝えた。 カーリンはマーシュと直接会って交渉したが、結局良い条件は引き出せなかった。マーシュは自分で決めた通りの条件で2人を使えるようになったが、カーリンとリードはマーシュによって条件を無理やり飲ませられたと感じていたため、2人の心には確執と恨みの気持ちが生まれていた。 コモ・ブラフへの投資はすぐに大きな見返りがあった。マーシュ直属の作業員たちは冬期東部へ戻るのだが、リードは1877年中ずっと発掘を続け貨車何両分もの化石を列車でマーシュに送った。アメリカン・ジャーナル・オブ・サイエンス誌1877年12月号には、マーシュによって命名、記載されたステゴサウルス、アロサウルス、アパトサウルスなどの恐竜についての論文が掲載された。
3歳のとき母親をコレラで亡くし、以降父と義母とその連れ子たちと育ったが、父親とは不仲であった。生母の兄にあたる叔父ジョージ・ピーボディは著名な銀行家・篤志家であったが幼いころにその支援を受けることはなかった。とはいえ、後に叔父を説得してピーボディ自然史博物館を建設させてその館長に就任しており、ジョージ・ピーボディが1869年に死去するとその財産の一部を受け継ぎ経済的に豊かになった。なお叔父ジョージの厳格な結婚観の影響もあってか、マーシュは生涯独身であった。
あるとき2人はニュージャージー州にあるコープの泥炭土坑へ化石採集に向かった。この場所は、以前ウィリアム・パーカー・フォーク(英語版)が北米大陸ではじめてほぼ完全に四肢の揃った恐竜の化石(後に古生物学者ジョゼフ・ライディによってハドロサウルス・フォウルキーの完模式標本として記載される化石)を発見した場所であり、泥炭層にはまだ沢山の化石が残されていた。作業を終えた2人は、表面上は仲良く別れたが、マーシュはこっそり採石所の管理人に賄賂を渡し、次に化石が見つかったらコープではなく自分に回してほしいと頼んだという。その後2人は論文や出版物上で互いを攻撃するようになり、関係は悪化した。マーシュは、コープによるエラスモサウルスの復元図において「本来尻尾があるべき場所に頭がある」との誤りを指摘し(あるいは20年後にそう指摘したと主張し)コープに恥をかかせた(実際に論文で誤りを指摘したのはジョゼフ・ライディであった)。コープもお返しとばかりにカンザス州やワイオミング州でマーシュが自分だけの化石採集場所だと思っていた場所で化石を収集し、2人の関係には更に亀裂が入った。
コープとマーシュの敵対関係が周知の事実となったことにより、欧州におけるアメリカ古生物学の評価はその後何十年も貶められ続けた。さらに、報道された発掘場におけるダイナマイトの使用と両陣営の作業員による妨害工作によって貴重であったであろう無数の化石が破壊され埋没してしまった。ジョゼフ・ライディはコープとマーシュの見境のない化石争奪戦についていけないとして、西部での組織だった発掘を断念している。ライディは2人のいつ果てしない小競り合いにうんざりし引退したのだが、その結果ライディの業績は主流から取り残されることとなった。ライディの死後 オズボーンの調査によれば、コープとマーシュの論文にはライディの業績に触れられることは一言もなかったという。また2人は、相手を出し抜くのに性急なあまり 自分の発見した化石をでたらめに復元した。そのでたらめな復元に基づいて記載された新種は、2人の死後何十年も誤解と混乱を招き続けた。
2007年から2008年にかけてコープとマーシュの発掘現場の掘削調査が行われたが、その結果発掘場所の損害はそれまで報告されていたよりも少ないことが明らかとなった。モリソン自然史博物館の研究員たちは、レイクスの残した現場のスケッチを利用して、実際にはコロラド州のほとんどの発掘場ではダイナマイトは使用されていないことを突き止めた。レイクスは、現場をただ埋めただったのである。モリソン自然史博物館館長マシュー・モスブルッカーは、レイクスはわざとうそを広めたのではないかと推論する。「(レイクスは)発掘場所を巡って競争したくなかったのでしょう。コープの雇ったごろつきに心理戦をしかけていたのです。」