山門寺門の争い
仁寿3年(853年)に入唐した円珍も、円仁と同様に台密を発展・隆盛させた。貞観4年(862年)に円珍は大友氏の氏寺園城寺の別当に補される。『天台座主記』によれば、円珍は荒廃していた園城寺を修復し、その功により貞観8年(866年)に園城寺が延暦寺の支配下にはいった。貞観10年(868年)に円珍は第5世天台座主に補任される。円珍は密教の加持祈祷を求める貴族に応え、貴族社会との結びつきを強めていく。これにより延暦寺の勢力が拡大していくが、一方で顕密両学の方針が崩れていき密教化が進んだ。それと共に延暦寺内では円珍門徒が主流となり、円珍が在職した23年間に主要な職は円珍門徒が独占するようになる。円珍の没後も台密を中心に延暦寺は隆盛し、天台座主も第9世天台座主長意をのぞく第14世まで約50年間にわたって円珍派が独占した。一方で円仁の遺言を守り貴族との結びつきが弱かった円仁派は元慶寺や妙楽寺の座主に甘んじていた。
この頃から円仁派と円珍派は争っていたようで、『天台座主記』には貞観8年(866年)には比叡山の派閥争いを戒める太政官牒が出されたと記されている。また円珍が仁和4年(888年)に記した制誡で「円仁門徒と和合すべし」と円珍門徒を諭している。
『慈恵大僧正伝』には、円珍派が延暦寺を支配する中で円仁が興した横川は荒廃し、良源の頃にはわずかに2名が住するのみであったと記される。円仁派の良源は承平7年(937年)に興福寺での対論において名声を上げて藤原摂関家の庇護を受けるようになり、藤原師輔の支援を得て横川を再興した。康保3年(966年)に良源が第18世天台座主に補任されると、比叡山の密教化を改める方針をとり、広学竪義と呼ばれる僧の教育機関を設けるなど、僧風の刷新を図った。これによって良源と円珍派が対立していく。
『慈恵大僧正伝』によれば、天元3年(980年)4月に円珍門弟を主とする僧700名は良源の命に背いて読経会に参加しなかった。これに対して良源は全員の僧籍を剥奪するという厳しい処分を行う。また『叡岳要記』によれば、良源は同年9月に再建された根本中堂の落慶供養会に、円珍派が参席することを認めようとしなかった。これに反発した円珍派は朝廷に訴え出たため、仲介により園城寺長吏の余慶ら数名が参席することで落着した。