ムハンマド・アリー
エジプト総督に就任したムハンマド・アリーであったが、その支配地域はカイロ周辺とナイル川デルタの一部に限られ、上エジプトやナイル川デルタ西部はムハンマド・アリーに敵対するマムルークや遊牧部族などの支配域であった。また、現状を追認する形でエジプト総督就任を認めたに過ぎないオスマン帝国や、アミアンの和約を破棄しエジプトを対フランス戦の拠点として確保しようとするイギリスは、ムハンマド・アリーの追い落としを画策した。しかし当時の国際状勢はムハンマド・アリーに味方した。まずナポレオン戦争の渦中にあったイギリスにはエジプト情勢に深く介入する余裕がなかった。イギリス軍は1807年3月から4月にかけてエジプト上陸を試みたものの、ムハンマド・アリーによって撃退された(1807年のアレキサンドリア遠征(英語版))。4月にロゼッタ近郊のアル・ハミード(英語版)で行われた戦闘(アル・ハミードの戦い)でイギリス軍が喫した敗北(総兵力4000人中2000人が死傷)は、「第一次アフガン戦争と並んで英国が東洋で喫した最大の敗退の一つ」といわれる。ムハンマド・アリーはイギリス軍を積極的に攻撃することを避け、最終的には協定により撤退させた。その後も交渉と協調がムハンマド・アリーの対英政策の基調をなしていく。オスマン帝国も1807年から1808年にかけてセリム3世とムスタファ4世が相次いで廃位されるなど政情が混乱し、ムハンマド・アリーに対応する余裕はなかった。ムハンマド・アリーはこうしたオスマン帝国やイギリスの苦境に乗じて政治基盤の強化に乗り出し、敵対するマムルークや宗教勢力を排除または懐柔することに成功した。しかしマムルークはムハンマド・アリーに完全に服従したわけではなく、常に反旗を翻す機会をうかがっていた。
1811年、オスマン帝国はムハンマド・アリーに対し、マッカを支配下に置くなどアラビア半島のほぼ全域を支配下に置きシリアやイラクにも勢力を拡大しつつあった第一次サウード王国を攻撃するよう要請した。ムハンマド・アリーはこの要請を、いまだ完全に服従したとは言い難いマムルークの反乱を煽り自身を総督の座から追い落とそうとする計略であると察知し、後顧の憂いを断つべく苛烈な手法を用いてマムルークを粛清することを決意した。3月11日、次男アフマド・トゥーソンのアラビア遠征軍司令官任命式を執り行うという名目で有力なマムルーク400人あまりを居城におびき寄せて殺害する(シタデルの惨劇(アラビア語版))と、カイロ市内のマムルークの邸宅、さらには上エジプトの拠点にも攻撃を仕掛け、1812年までにエジプト全土からマムルークの政治的・軍事的影響力を排除することに成功した。山口直彦は、マムルーク粛清に成功したことによりムハンマド・アリーのエジプトにおける支配権は確固たるものとなり、実質的に独立王朝ムハンマド・アリー朝が成立したとしている。以後、ムハンマド・アリーは近代化政策を推し進め、国力の増強を図っていくことになる。後年、ムハンマド・アリーはマムルーク粛清について問われると、次のように答えたという。
教育分野では専門部局(後に教育省に昇格)が設置され、フランス式の初等教育制度や、ヨーロッパの技術習得に力点を置いた理工系中心の高等教育制度が導入された。また、軍事省の管轄の下、医学、薬学、獣医学、鉱物学、応用化学、農業、通信、工芸、外国語など各種専門学校も設立された。これら教育制度の整備は「その後のエジプトの発展に最も貢献した中核的な政策」と評価されており、現在エジプトが他のアラブ諸国に対し多くの教員を派遣すると同時に多くの留学生を受け入れ、「アラブ世界の知的センター」として機能している基盤を作り上げたと評される。正規の教育を受けたことがなく、47歳のときに読み書きを学び始めたムハンマド・アリーは、教育の重要性を痛感していたといわれる。
徴兵の方法は強圧的なもので、農村では軍隊が出動して村を包囲し、農民を鎖で拘束して連行した。このような方法は農民の反発を招き、1820年代前半には大規模な反乱が起こった。都市部でも祭礼に参加するために集まった商人を軍隊が包囲し、連行するといった強引な方法がとられた。キリスト教徒をも徴兵の対象に含めたことはヨーロッパ諸国からの非難を招いた。徴兵制は農村の生産力に悪影響を及ぼす一方、兵士には基本的教育が行われ、農村単位の帰属意識を越えた国民的な共同体意識が植えつけられた。軍はウラービー革命以降、エジプトで起こった民族運動において中心的な役割を担っていくことになる。1837年、ムハンマド・アリーはフランス式の志願兵制度導入を決めたがこの政策は実行されず、フランスの国民兵制に範をとった兵制が実施された。
ムハンマド・アリーが有する兵力はスーダンへの遠征を開始した時点で1万6000人であった。ギリシア独立戦争中に増強が図られ1829年に6万2150人、第一次エジプト・トルコ戦争後の1832年に12万5000人、第二次エジプト・トルコ戦争開戦直前の1838年に15万7000人に増大したが、第二次エジプト・トルコ戦争敗戦後1万8000人に削減された。一般兵卒は全員エジプト人によって構成されたが、ムハンマド・アリーはエジプト人を信用せず、上級士官には登用しなかった。士官の多くはトルコ人、チェルケス人、アルバニア人、クルド人などトルコ・チェルケス系によって構成された。
1839年4月、肺結核のため死に瀕していたマフムト2世はオスマン帝国軍8万をシリアに侵攻させた。ムハンマド・アリーは当初ヨーロッパ諸国の介入を警戒しイブラーヒーム・パシャに自制するよう命じていたがやがて迎撃に転じた。6月24日、イブラーヒーム・パシャ率いるエジプト軍は現在のトルコ共和国ガズィアンテプ付近でオスマン帝国軍を撃破し、1万4000人を捕虜にした。さらにマフムト2世が7月1日に病死し、アブデュルメジト1世が跡を継いだ直後の7月7日、オスマン帝国海軍大提督アフメット・フェウズィ・パシャ(アフマッド・ムシル)が指揮下の全艦隊を率いてムハンマド・アリーに降伏した。確執のあるヒュスレヴ・パシャがアブデュルメジト1世のもと新宰相に就任したことを、アフメット・フェウズィ・パシャが嫌ったのが原因の一つと言われている。窮地に立たされたオスマン帝国はムハンマド・アリーに対し、全支配地域における統治権の世襲を認める構えを見せた。