FC岐阜
チームスローガン:「ICHIGAN -Fight together-」
関東リーグ1部・VONDS市原前監督で、過去には清水エスパルスでも監督を務めたゼムノビッチ・ズドラヴコが新たに監督に就任。チーム統括本部長も高本詞史から木村哲昌に交替し、1年でのJ2復帰を目指したものの、J3リーグ前半戦では第5節からの3連勝などありながらも順位は4位と10位の間を推移、前半戦終了となる第17節終了時点で、1試合少ないながら8勝4分4敗の勝点28、消化試合数が同じ首位のブラウブリッツ秋田と勝点差12、1試合多い昇格圏となる2位のロアッソ熊本とは勝点差10の6位にとどまったこともあり、第16節を終えた後の9月21日、ゼムノビッチ監督の休養と、仲田建二トップチームヘッドコーチが暫定的に指揮をとることが発表され、同月25日には仲田が正式に監督に就任し、木村哲昌チーム統括本部長がアドバイザーコーチを兼任すると発表された。第17節から4連勝し、2位に勝点差1の4位まで迫ったが、直後に秋田との振替試合 を含め3連敗し 再び勝点差を広げられ、第27節には首位秋田に敗れ、その時点で優勝の可能性が完全消滅する。第33節、勝点差3の2位長野との直接対決に勝てば勝点で並ぶところだったが、0-0で引き分けたことにより得失点差で逆転昇格が難しくなり、最終節G大阪U-23戦に1-2で敗れ、同節勝利した鹿児島と鳥取に抜かれ6位でシーズンを終えた。
2001年4月、国民体育大会に向けて強化する目的で岐阜県サッカー協会により創設。2002年、岐阜経済大学が中心となって地域に根ざした総合スポーツクラブの実現を目指して設立され、特定非営利活動法人(NPO法人)スティックルバックスポーツクラブ(SSC)が運営母体となった。SSCはまず陸上競技部門とサッカー部門、2004年からラグビー部門を設立(サッカー部門の監督に西濃運輸サッカー部元監督の勝野正之が就任)。サッカー部門のトップチームはJリーグ加盟を目指すため、運営会社となる株式会社岐阜フットボールクラブ(岐阜FC)を2006年8月30日に設立した。初代代表に岐阜経済大学教授、鈴木誠が就任。これに伴いSSCのサッカー部門の育成普及事業を岐阜FCに移管、SSCは名称を「NPO法人FC岐阜スティックルバック」に変更した。
岐阜放送が2006年度のシーズン中に数回中継。ケーブルテレビのシーシーエヌがホーム戦を主に中継し、応援番組も放送。
2006年12月のJFL入れ替え戦(FC岐阜×ホンダロックSC)を、17日は岐阜放送ラジオ、シーシーエヌ、23日は岐阜放送テレビ、シーシーエヌが生中継した。
しかし累積赤字・債務超過の状況が解消されたわけではなく、2011年度には7,100万円の単年度赤字を計上(過去5期中4期が赤字)。これを受け2012年4月18日、将来のクラブライセンス制度の導入を見据える形で、岐阜FCがJリーグから予算管理団体の指定を受け、経営状態について随時指導を受けることになった。さらに同年6月20日、岐阜FCは2012年シーズン終了までに1億5,000万円の資金が不足し、7月末までに1,000万円の資金ショートが発生するとの見通しを示した。これを受けて、県内の企業・団体などはFC岐阜に資金支援する意向を表明、岐阜県や岐阜市は直接の資金援助(税金投入)は否定したものの、側面支援を約束した。岐阜FC社長の今西和男は社長給与を40%削減するとともに、「私は岐阜出身ではなく、コネもないので、私のポスト(社長)には岐阜出身者のほうがいいのではないか」と提案、近い将来の退任を示唆した。また、経費削減のために、2012年シーズンは山形戦と九州でのアウェー戦以外の遠征はすべてチームバスで行った。2012年8月20日、クラブライセンスの可否を判断するためのクラブへの事前ヒアリングにおいて、Jリーグは経営が悪化している岐阜FCについて2013年度のライセンス交付に厳しい姿勢を示した。結果的にこの年はJ2ライセンスの交付を受けたが、同時に債務超過の解消や単年度黒字計画の策定を求めるための是正を通達された。今西は8月末日付けで社長を退任、後任に岐阜県庁出身の薫田大二郎が就任した。