ミトコンドリアマトリックス
電子伝達系は、ミトコンドリア内膜のクリステに存在する。マトリックスのクエン酸回路で生産されたNADHとFADH2はプロトンと電子を放出し、NAD+とFADを再生する。プロトンは、電子伝達系の電子のエネルギーによって膜間腔に引き込まれる。2つの電子は最終的にマトリックスの酸素に受け取られ、電子伝達系を終結させる。プロトンはATPシンターゼによる化学浸透の過程でマトリックスに戻る。