三番瀬
三番瀬の猫実川河口域の蛎殻島は、1998年以降からその存在は航空写真でも確認でき、2006年現在、その大きさは4,000平米にのぼり、ウネナシトマヤガイやハゼの仲間の生息が確認されている。このカキ礁(英語版)については、「化石カキ礁と同様にカキ礁を作っており、貴重なハビタットである」との主張が一部の環境保護団体の中にある。対して、地元の漁業関係者や住民、一部の地元NPOなどの間では、浦安側の埋め立てに伴い海の流れが停滞したことや沈没船等の不法投棄物等を核としてカキの群落が90年代後半というごく近年できたにすぎないとの見解や、流れがあり底質が砂質でないとアサリ漁場としての価値も無くなるとの意見、カキ群落が青潮に与える悪影響も懸念されるという意見、アオサの発生源になっているという意見もある。
市川漁港沖と船橋三番瀬海浜公園沖には共同漁業権が設定されており、アサリ等の採取は禁止されている。猫実川河口域から日の出干潟に関しては漁業権は設定されていないが、千葉県海面漁業調整規則第37条により2.7センチメートル(cm)以下のアサリの採取をしてはならず、違反者には10万円以下の罰金が科される。また、漁具についても貝まき、まんがについても漁業者以外は使用することができない。