ヨッシーストーリー
丸っこい鳥の親子。触れてもダメージは受けない。親の後ろを歩く子供たちは連れていくことができ、タマゴと同様に投げることができる。ただし、ツボなどに入ると失われてしまう。
海底にいる貝。吐いた泡に触れると取り込まれて浮かんでしまう(敵も泡に触れると浮かぶ)。倒せないが、ポコポコ自体は触っても平気。
オバケ。姿を現しているとき、タマゴの破裂で出る花火でしか倒せない。
オバケなおしろ以外にある円形状のノコギリ。キカイなおしろとマグマなおしろでは床や壁や天井に取り付けられており、リフトなおしろでは軌道に沿って作動している。いずれも当たるとダメージを受けてしまう。
辺り一面雪に覆われたステージ。ゆきだまヘイホーやあほーどりが妨害してくる。名犬ポチも至る所に出現する。ボスはにゅうどう。
本作の舞台が絵本に閉じ込められた世界という設定であるため、『ヨッシーアイランド』が平面的な落書き風のグラフィックで表現されているのに対し、本作のステージは工作・手芸で作られたような立体的かつ写実的なグラフィックで表現されている。「割れ物注意」のマークが印刷されているダンボールや、新聞紙、布、毛糸、風船、粘土など、現実世界で目にする物がステージを形作っているほか、画面の切り替えがページをめくる演出になっている。
ジャングルに住むカエル。集団で現れて、ヨッシーをしつこく追いかけてくる。近づくと動き出すタイプもいる。食べられるほか、踏んで倒す事も可能。通常サイズのほか、小さい者もいるがどちらも特徴は同じ。無限に現れる。
蓑虫型の敵。近づくと突然糸を垂らしながら降りてくる。食べられない上、タマゴを当てても弾かれてしまうため、倒せない。
叩くとヒントをしゃべってくれる。やや毒舌。
トゲだらけの木の実。ヨッシーが近づくと突然実り、落ちてくる。不味いため、食べるとダメージを受ける。無限に現れる。
青い巨大なプクプク。こちらは水面から水を吹いてヨッシーを落として食べようとし、あかプクと同様に食べられると一発でミス。潜っていても襲われてしまう。倒せない。
ふわふわ飛んでいる、上に乗れるオバケ。
乗って走りながら転がすことで、前方へと進んでいく。走る速度を調節をしないとコントロールができず、敵に当たったり、穴に落ちてミスになる危険性がある。
主人公がちびヨッシーで小さいため、敵キャラクターは若干大きめである(例:ヘイホーとヨッシーが同じくらい)。
発売前には「ヨッシーの絵本」というタイトルで製作予定だったが、後に「ヨッシーストーリー」に変更された。
北米版の『Yoshi's Story』では、途中セーブ機能があるため、本体のリセットボタンを押してもストーリーモードのセーブデータは保持されている。
「大乱闘スマッシュブラザーズシリーズ」では、ヨッシーの勝利時のファンファーレとして今作のメインテーマの一部を使用している。
特定のコマンドを同時押しすると、ヨッシーが自滅してしまう。