マグダレーネ・フォン・バイエルン
1607年、30歳年上であるハプスブルク家のマティアス大公との縁談が持ち上がった。縁談の仲介者で大公の相談役だったウィーン司教メルヒオール・クレスル(Melchior Khlesl)は、この結婚を成立させることで、皇帝ルドルフ2世とマティアスの兄弟喧嘩において、バイエルンのマティアス支持を取り付けることを狙っていた。父ヴィルヘルム5世はこの縁談に乗り気だったが、家督を譲られていた長兄マクシミリアン1世は内オーストリア大公家のお家騒動に巻き込まれるのを嫌い、縁談を破談にした。マティアスは1608年に正式に縁談の辞退を承諾したが、今度は皇帝ルドルフ2世(35歳年上)とその従弟のレオポルト大公(1歳年上)がマグダレーネとの結婚に興味を持ち始めた。
レオポルト大公は1609年5月にミュンヘン宮廷を訪れ、マグダレーネに求婚を拒まれれば俗世を捨てて聖職者になるつもりだと宣言した。この縁談により、ルドルフ皇帝は弟マティアス大公の顔に泥を塗ろうと考えており、レオポルト大公はハプスブルク家の有力な家督相続候補者になるのを期待していた。マグダレーネはレオポルトの滞在中に彼に惹かれるようになり、マティアスとの縁談は全く望んでいなかったと公言するほどだったが、父と兄はレオポルトとの結婚を承諾しなかった。
1613年11月13日にミュンヘンにおいて、プファルツ=ノイブルク公ヴォルフガング・ヴィルヘルムと結婚した。ヴォルフガング・ヴィルヘルムは兄マクシミリアン1世の親友の1人で、バイエルン公爵家はこの結婚によって同族のプファルツ=ノイブルク公爵家が福音派からカトリックに転向することを期待していたのであった。