審査委員会
信仰原理には同意しなかったクロムウェルだが、国家教会構想は彼の信頼厚いオウエンが作り上げていたためクロムウェルの意向に沿っていたと推測される。
審査委員会のメンバーはクロムウェルに任命された委員38人で構成され、内実は独立派14人・長老派10人・バプテスト3人・俗人11人のピューリタンだった。グッドウィンやヒュー・ピーターなどクロムウェルの側近が入った審査委員会は全国委員会に、俗人で構成された追放委員会は各州委員会に位置付けられ、1653年4月以降任命された聖職者や今後聖職者に推薦される候補者を審査委員会で再審査、不適格と判定された聖職者は追放委員会により聖職禄剥奪などで事実上聖職から追放されることになった。両委員会の目的は過激な宗教を取り締まり、政治上の不満も監視、およびピューリタンによる宗教体制強化と国家教会確立にあった。
不適格の理由は不道徳行為、国教会の祈祷書使用、カトリック信仰や政府に敵意を抱いていることなどが挙げられるが、実際は両委員会とも比較的寛大で、カトリック以外はほとんどの者が聖職者の地位を保持・認可された。独立派に属するクロムウェルも宗教に寛容であり、長老派に歩み寄って支持を取り付けたり、ブロッグヒル男爵ロジャー・ボイルの推薦で穏健な監督制派のリチャード・バクスターを信仰原理を公的に定める討議へ参加させたり、1656年にクエーカーのジェームズ・ネイラー(英語版)に対する厳罰を主張する第二議会と対立したり、政府に反抗しない限り教義が異なっていても取り締まらない態度を取っていた。