豊臣秀頼
その一方で京都や大坂にいた諸大名の妻子が相次いで江戸へ移っており、江戸幕府も豊臣家に諮ることなく、越後福嶋騒動で越後高田藩を改易に、筒井騒動で伊賀上野藩を改易にするなど、徳川の天下が進んでいった。
慶長12年(1607年)1月11日、秀頼は右大臣を辞している。
慶長16年(1611年)3月、家康の計らいで後陽成天皇が後水尾天皇に譲位すると、後水尾天皇の即位に際して上洛した家康は二条城での秀頼との会見を要請する。秀頼の上洛を求める家康に対し、徳川家への臣従に繋がりかねないとして反対もあったが、加藤清正や浅野幸長ら豊臣家恩顧の大名らの取り成しもあり会見は実現する(二条城会見)。この会見の意義については、秀頼の家康への臣従を意味すると見る説と、引き続き秀頼が家康との対等性を維持したと見る説とがあり、史家の間でも見解が分かれている。
朝廷では誕生以来、秀頼を摂家豊臣家の後継者として見なしていた。これは関ヶ原後に家康に権力が移っても関白になり得る存在として朝廷内での位置づけは変わらず、慶長末年に秀頼が国家鎮護のために方広寺大仏(京の大仏)を再建した際にも供養会に朝儀を挙行し、文書を調えるなど、朝廷は秀頼のために機能した。豊臣家は幕府からは五摂家と同じく公家として扱われた。
男子の国松は逃亡したものの結局、捕らえられて処刑された。娘の天秀尼は千姫の助命嘆願の働きかけもあり仏門に入ることを条件に助命された。また元禄初頭に80歳で没した求厭は臨終の際に、自分は大坂落城時に3歳だった秀頼の次男だと語ったという(『浄土本朝高僧伝』)。求厭の語ったことが事実なら、秀吉の血筋が途絶えたのは天秀尼の死去した正保元年(1645年)ではなく、求厭上人の死去した元禄元年(1688年)ということになる。
墓所は京都市東山区の養源院ほか。また大阪市中央区の豊國神社は、父・秀吉や叔父・秀長と共に秀頼も祭神としている。
1980年、大坂城三ノ丸跡の発掘調査で人1人の頭蓋骨と別に首のない2人の骨、馬1頭の頭の骨が発見された。骨は人為的に埋葬されたものとみられ、頭蓋骨は20代男性のもので顎に介錯されたとみられる傷や、左耳に障害があった可能性が確認され、年齢や骨から類推する体格から秀頼のものではないかと推測された。骨は1983年、京都の清凉寺に埋葬された。
2011年10月13日、大坂城三ノ丸に位置する大坂城鎮守社である玉造稲荷神社に秀頼の銅像が建立された。