スキャラワグ
急進的共和党員はアルコーンに対抗し、その後援会政策には怒った。ある者は、アルコーンの政策が政治、社会、経済の総合的改革よりも「南部の古い文明の近代化」を目指しているとこぼした。
アルコーンは上院議員(1871年-1877年)になるために知事を辞職し、ハイラム・レベルズと入れ替わった。レベルズはアメリカで初めてのアフリカ系アメリカ人上院議員であった。上院議員になってからは南部白人が政治的に制限されていた状態の撤廃に動き、連邦議会で急進的共和党が提案する社会的平等の強制には反対した。綿花に課税する連邦法を泥棒と非難し、ミシシッピ州での人種を隔離した学校を擁護した。アルコーンは元奴隷所有者であったが、奴隷制を「国という体のガン」と表現し、自分や他の多くの南部人がそれを無くしたことについて感じる満足を表明した。
アルコーンはミシシッピ州共和党で他の派閥を率いるカーペットバッガーのエイデルバート・エイムズ上院議員と激しい政争を演じた。黒人の大半はエイムズを支持し、レベルズなど多くがアルコーンを支持したので党内に亀裂が生じた。1873年、両者は知事職を勝ち取ることで決着を求めた。エイムズは急進派共和党員とアフリカ系アメリカ人の大半に支持され、アルコーンは保守派白人とスキャラワグの大半の票を集めた。結果はエイムズが69,870票対50,490票で勝利し、アルコーンは州の政治から引退した。