ウィラメット川
入植者は先住民の土地を次々と侵食していき、ウィラメット川の南西部に位置するアンプクアバレーやローグバレーでは先住民と入植者の間で小競り合いが起こり、オレゴン州政府(英語版)は兵力を出して先住民の排斥に動いた。先祖から受け継いだ土地を追われた彼らは、まずウィラメットバレーに連行され、すぐにコースト・インディアン居留地(英語版)へと移送された。1855年、オレゴン州代議士であったジョエル・パーマー(英語版)は、ウィラメットバレーの先住民と次々に条約を交わしていき、渋々ながら土地の割譲に同意させた。その後、先住民は政府の手によりコースト・インディアン居留地の一角(のちのグランド・ロンド・コミュニティ(英語版))への移転を強制された。
1879年から1885年にかけて、米国沿岸測地測量局(英語版)の測量技師兼製図家であったクリーブランド・S・ロックウェル(英語版)の手により水路図が作成された。ロックウェルはウィラメット川下流部をロス島(英語版)の下手からポートランドを経由してコロンビア川まで調査し、さらにコロンビア川を下ってバチェラー島まで足を延ばした。ロックウェルの調査は17,782か所に及ぶ水深測量を実施するなど極めて詳細なものであった。彼の仕事はポートランド港の商業開放に貢献した。
19世紀後半、米国陸軍工兵隊はウィラメット川流域の水路を浚渫し、閘門や堤防を建設した。木材などの製品は、オレゴン州内の鉄道網を利用して輸送されることが多かったが、このような航路の改善により、民間企業による製品をポートランドに集積し、その経済成長に貢献した。また、ウィラメット川合流点の水深が増したため、ポートランドの北に広がるコロンビア流域から交易品がウィラメット河経由で南へ輸送することも可能となった。