クロックタワーゴーストヘッド
1999年の春、東京の高校に通う御堂島優は学校で心神喪失状態で傷害事件を起こした。その時の自分は「翔」と名乗ったと言う。自分の中の残虐非道な人格が存在するという事実に怯える優だが、彼女には心の拠り所が存在した。「ミコシサマ」というそのお守りはいつも肌身離さず持ち歩いていたが、あの事件の時はこれを手放していた。つまりミコシサマを持っている限り、翔は発現しない。優にはそれが確信できた。
事件の所為で転校を余儀なくされた優は、弁天町にある父の友人宅に居候する事になった。弁天町は薬品研究所の御膝元と言うべき小さな町であり、父の友人である鷹野初はその研究所の所長であった。
日も暮れた頃、鷹野家に到着した優だが、家の中は人気が無く、時折怪しい物音が聞こえ、どこか不気味な空気に包まれていた。家の中を歩き回る優は、やがて黄色い血を流す緑の肌のバラバラ死体を発見する。そして恐怖に駆られる優に追い打ちを掛けるように、鷹野家の次女・千夏がけたたましい笑い声と共に包丁を振り回して襲い掛かった。その優の恐怖心に呼応し、再び発現する人格・翔。惨劇の一夜が幕を開けた。
病院の外から大量に入り込んできたゾンビを前に気絶してしまった優だが、ショットガンで応戦した礎のおかげで危機を脱し、病院のすぐ隣にある弁天製薬研究所の一角で目を覚ます。礎は鷹野初が今回の事件に深くかかわっていると疑っており、彼が自宅での事件の後に研究所に入るのを見たことでその関与を確信する。礎はこの場に留まるよう優に言い残して単身、研究所内部へと潜入していってしまう。
自分に殺意を向ける謎の女性・藤香、病院で見たゾンビのような怪物、そして大鉈を引きずって迫りくる般若の面をかぶった謎の殺人鬼...。危険を掻い潜りながら探索を続ける優がたどりついたのは、自分自身の出生の秘密に纏わる、あまりにも悲しい真実であった。
敵を撃退するためのアイテム。モップ、椅子、消火器、洗面器などの日用品がほとんどで、今作では優専用の撃退アイテムとなる。別の作品で「回避ポイント」と呼ばれるもの。一度使うと無くなってしまうもの、何度でも利用可能なものの2種類がある。中にはダメージを与えられず、撃退に失敗するアイテムもある(その場合は部屋を出て逃走状態が継続)。これらや回避ポイントが全く無い部屋も多く、前作に比べると配置が疎らである。また、有効なポイントであれば必ず一撃で倒せるため、翔の銃撃よりも有利。
敵に見つかっていない状態。基本的に無音(特定の部屋をのぞく)であり、特定の箇所のクリックによる敵出現、イベントでの敵出現、一度敵を撃退後に一定時間が経過するなどして敵に見つかるとBGMが鳴ると共に逃走状態へ移行する。前作に比べると時間経過による出現頻度はかなり低く、特定のポイントをクリックする事で出現するか、敵がいるマップに入ることで遭遇するパターンが大半である。