核酸の三次構造
標準的なA型RNAの主溝(major groove)はかなり狭く、そのため副溝よりも三重鎖相互作用を形成しにくいが、いくつかのRNA構造ではmajor groove triplexが観察されている。これらの構造は塩基対とフーグスティーン型相互作用の組み合わせで構成されている。例えば、50SリボソームでみられるGGC triplex(GGC amino(N-2)-N-7, imino-carbonyl, carbonyl-amino(N-4); Watson-Crick)は、ワトソンクリック型のG-C塩基対に対し、挿入されたGが両塩基と擬フーグスティーン型の水素結合ネットワークを形成することで構成されている。major groove triplexの他の注目すべき例としては、左の図で示されたグループIIイントロンの触媒コアやヒトのテロメラーゼRNAで観察される触媒作用に必須な三重鎖、そしてSAM-IIリボスイッチ(英語版)などがある。
DNA三重鎖(英語版)も、B型DNAの主溝でフーグスティーン型または逆フーグスティーン型の水素結合を形成することによって可能である。