2000年代のJRダイヤ改正
西日本の北陸本線で、北陸新幹線建設工事に伴って東金沢駅 - 森本駅間のルートを変更し、ダイヤが修正された。営業キロは0.1km短くなった。のと鉄道では列車の削減が行われ、七尾駅発着の急行を廃止した。
西日本では、USJへのアクセス向上の一環として、特急「くろしお」・「スーパーくろしお」・「オーシャンアロー」の一部列車を西九条駅にも停車させるダイヤ修正を実施 した。
特急「東海」が廃止され、夜行快速列車「ムーンライトながら」の運転時刻や指定席の取り扱いが変更された。
静岡地区では普通列車の運転系統が見直され、運行本数の増減が行われた。車両面では313系を増備し、静岡地区および飯田線に投入した。改正前にすでに投入されていた中央本線も合わせ、東海の所有する113系・115系・123系の定期運用が廃止された。
静岡地区では普通列車の多くがロングシート車で運用されるようになり、東海道線に平日のみ1往復あった「通勤快速」が廃止された。
特急「しなの」の一部が金山駅に停車し、万博アクセス列車として中央本線と愛知環状鉄道線とを直通する「エキスポシャトル」の運行を開始した。
さらにキハ261系1000番台13両を新製導入し「とかち」1本を「スーパーとかち」に置き換え、「スーパーとかち」の運転本数は上下合わせて6本に増えた。夜行特急「まりも」が季節列車に変更された。このほか、根室本線では夜間を中心に普通の時刻が大幅に変更された。
苫小牧・函館方面では、室蘭駅発着の特急「すずらん」の使用車両が781系から785系に置き換えられたほか、新たに沼ノ端駅に停車を開始した。特急「北斗」・「スーパー北斗」の停車駅を拡大し、伊達紋別駅・長万部駅・八雲駅・森駅に停車する列車が増えた。また、糸井駅発着の普通列車を増発し、特急列車との接続が改善された。
札幌都市圏の普通・快速列車では区間快速「いしかりライナー」の停車駅を拡大し、全列車が白石駅に停車を開始した。快速運転する区間も見直され、札幌駅から手稲駅までと江別駅までの2パターンになった。この他、夕ラッシュ・夜間の列車について列車編成両数を増やし、混雑の緩和が図られた。
東海・西日本・九州を中心に改正。
西日本の山陰本線でダイヤ改正を実施。高速化により米子駅 - 益田駅間の快速にキハ126系が投入されたが、運行本数の見直しで本数が微減した。鳥取駅 - 益田駅間の特急「くにびき」が西日本初の新型特急形気動車キハ187系に置き換えられ「スーパーくにびき」に変更された。同時に特急「いそかぜ」の発着駅が益田駅になった。このほかに木次線・三江線では時刻変更が行われた。