特定地方交通線
第3次廃止対象路線から除外されたのは山田線、日南線、肥薩線。岩泉線と名松線は第2次廃止対象路線に選定され廃止承認が申請されたが、後にこの理由で除外され廃止承認申請を取り下げ)。
代替輸送道路が積雪で年10日以上通行不可能(第1次および第3次廃止対象路線には該当線区なし。第2次廃止対象路線から除外されたのは只見線、越美北線。天北線、名寄本線、池北線、標津線はこの理由で廃止承認が保留されていたが、冬季の代替輸送に問題がなくなった事を理由に廃止承認が行われたため廃止)。
平均乗車キロが30kmを超え、輸送密度が1,000人/日以上(第1次廃止対象路線には該当線区なし。第2次廃止対象路線から除外されたのは釧網本線、留萠本線、日高本線、大湊線、気仙沼線。第3次廃止対象路線から除外されたのは花輪線、釜石線、北上線、大船渡線、陸羽西線、小浜線、吉都線)。
また、旅客輸送密度が4,000人/日未満であっても、貨物輸送密度が4,000トン/日以上の路線は「幹線」に分類され、もとより廃止対象にはならなかった。
貨物輸送密度規定で幹線となった路線:夕張線、美祢線
なお、除外によらない地方交通線(輸送密度4,000人/日以上で、「幹線」の条件を満たさない国鉄維持路線)は、次の41線。
田沢湖線、陸羽東線、石巻線、男鹿線、左沢線、越後線、弥彦線、吾妻線、八高線、日光線、鹿島線、久留里線、東金線、身延線、飯田線、武豊線、太多線、高山本線、大糸線、七尾線、富山港線、城端線、氷見線、桜井線、和歌山線、播但線、加古川線、舞鶴線、赤穂線、津山線、吉備線、岩徳線、鳴門線、徳島本線、牟岐線、内子線、大村線、久大本線、筑豊本線、豊肥本線、指宿枕崎線