グリーン車
特急「スペーシア日光」としてJR東日本に乗り入れる100系「スペーシア」の個室は、JR線内ではグリーン個室として営業している。ただし、東武線内では単に個室料金としての設定でありグリーン車とは扱われていない。
自社保有の車両である100系にグリーン車を設け、グリーン料金も設定していたが、1985年(昭和60年)に普通列車での運用を廃止した。前後して「ロイヤルボックス」と称する特別席を100系と2100系「リゾート21」の各編成に設置したが、これも1990年代に入り需要減に伴う輸送量の落ち込みから普通列車への連結を中止。最終的には特急「リゾート踊り子」に使用される2100系「アルファ・リゾート21」編成の「ロイヤルボックス」がグリーン車として使用されるのみとなったが、こちらも同編成の「THE ROYAL EXPRESS」への改造のために2016年を最後に廃止された。
一方で、JR東日本からの乗り入れ列車でのグリーン車連結も急行「伊豆」時代から行われている。2021年時点では、特急「踊り子」「サフィール踊り子」が自社線内でグリーン車として営業している(後者はプレミアムグリーンも設定)。
自社で運行していた高山本線直通準急急行「たかやま」にグリーン車を設定。ただし利用率の低さから制度上3か月間程度と短期間であり、以降の設定がない。
なお上記のほか、中央線快速(東京 - 大月間)および青梅線(立川 - 青梅間)にもグリーン車の導入が予定されている。2015年2月4日の発表当初は2020年に開始予定としていたが、その後地上設備の工事に時間を要することが判明したことにより「2021年度以降の向こう5年以内」への延期が発表され、2018年4月3日には、導入予定時期を2023年度末と発表した。しかし2022年には半導体不足によってグリーン車両の新造に遅れが見込まれるとして、2023年度末よりさらに少なくとも1年は延期されると発表された。
不着席の扱い
定期列車において首都圏の普通列車グリーン車は全てが自由席であり、座席定員を超えてもグリーン券が発売されるため、確実に座れる保証はない。グリーン車乗車に際して「デッキ部分であってもグリーン券が必要」という旨の注意書きが車内とJR東日本のホームページに記載されている。この規則は首都圏の普通列車に限らず、特急列車を含むJR全線のグリーン車に適用される。
ただし、グリーン車で着席できなかった場合は、グリーンアテンダントに申し出て証明書を発行してもらい、駅の窓口でグリーン券とともに提出すると無手数料で払い戻しを受けられる。