日光東照宮
寛永11年(1634年)には、9月(9月か10月)に3代将軍・徳川家光が日光社参し、寛永13年(1636年)の21年神忌に向けて寛永の大造替が始められ、荘厳な社殿への大規模改築が行われた。総奉行(日光造営奉行)は秋元泰朝、普請は、江戸はもとより京・大坂からも集められた宮大工たちが、作事方大棟梁・甲良宗広一門の指揮の下で務めた。甲良宗広は増上寺や寛永寺の建築でも活躍した。この年には江戸に来訪した朝鮮通信使が対馬藩主・宗氏の要請で日光参詣を行っており、将軍家の政治的威光にも利用されている。正保2年(1645年)に朝廷から宮号が授与されて東照社から東照宮に改称した。国家守護の「日本之神」として、翌年の例祭からは朝廷からの奉幣が恒例となり、奉幣使(日光例幣使)が派遣された。
戊辰戦争の際、旧幕府軍が日光に集まったことで近隣で戦闘があったが、東照宮は戦禍を免れた。
明治元年(1869年)の神仏分離により、日光は神社の東照宮・二荒山神社、寺院の輪王寺の二社一寺の形式に分立した。現在でも、東照宮と輪王寺の間で帰属について係争中の施設が一部にある(後述)。明治6年(1873年)に別格官幣社に列せられ、第二次世界大戦後は神社本庁の別表神社となっていたが、1985年(昭和60年)に神社本庁を離れて単立神社となった。
昭和24年(1949年)12月26日、栃木県内を震源とする今市地震発生し、社殿の一部が被害にあった。
なお、平成25年度から平成30年度まで(2013年から2018年までの期間)に小西美術工藝社により「平成の修理」が陽明門でも行われている。この修理の「三猿」の塗り直しにおいて「目がおかしい」との批判があった。
毎年の神事以外に、50年ごとに式年祭を行っており、家康没後およそ400年の平成27年(2015年)は式年大祭とした。
徳川家康の神格化である東照大権現の本地仏には薬師如来が当てられた。