ゴジラ×メガギラス G消滅作戦
特別G対策本部・S2所属の生物学者。40歳。
ゴジラの研究が主だが、回収された巨大トンボをメガニューラと断定し、それに加えメガヌロン、メガギラスに関する生態を解説する。
小学生の少年。10歳。大の虫好きで、桐子から「昆虫博士」と呼ばれる。
山梨県白州からの引越し前に偶然ディメンション・タイドの実験を目撃し、後に時空の歪みから出現したメガヌロンの卵を拾い持ち帰るが、その不気味さに恐怖を感じ、引越し先の下水道に捨てたことで渋谷水没のきっかけを作ってしまう。そのことを隠さずに桐子に打ち明けたり、引越し前に目撃した実験を秘密にすると約束するなど、根は素直な少年である。
本編のラストで、転校先の小学校の理科室で再び出現したゴジラを目撃する場面で映画は幕を閉じる。 柏原は、淳の父親が登場しない理由について、早坂家が物語の中心ではないので出す意味はなかったといい、母子だけの方が描きやすかったと述べている。
特別G対策本部が重水素を原料にプラズマ・エネルギーの原理を応用して研究開発した対ゴジラ兵器であるマイクロブラックホール生成機。物理学者・吉沢佳乃が設計した。超マイクロ加速器で光線が当たった地点に小型の人工ブラックホールを生成し、大気圏外からゴジラを攻撃、その完全消滅をはかる。起動からブラックホール弾発射まで5分を要し、使用後1時間の冷却を要するため連続使用はできない。ただし、一撃の威力は半端でなく、発射された東京・渋谷と奇岩島では、直径100メートル範囲の地表や建物が吸収、完全消滅する。
廃校となった山梨県の白州町立白州小学校校舎での試作された10メートル大の実験機によるテスト試射後、マイクロマシンの若き天才、工藤元によって障害物の無い空から発射するために人工衛星への搭載を検討して2メートル大の縮小に成功、種子島宇宙センターから人工衛星に搭載され衛星軌道上に射出された。
撮影には、遠隔操作で回転や上下左右といった動きも可能な特殊カメラが使用された。
水没する渋谷の描写は、実際に水を張ったセットと実景にCGを合成したものが併用された。水際の街並のセットはグリーンバックで処理することも検討されたが、条件に見合わなかったため、東宝スタジオの大プールの一角に設けられた。同セットは宮益坂をモデルとしているが、渋谷の象徴として実際には見えない109を入れている。飾り替えにより2パターン作成しており、ロケハン写真を参考にビラやスプレーによる落書きなども再現している。
メガヌロンが渋谷を襲撃するシーンでは、本編班が撮影を行った。
桐子が渋谷のプールに着水する場面では、クレーンを使用してパラシュートを落下させたが、あまりにもプールの水が汚かったため、スタッフ総出で掃除が行われた。
ゴムボートが落下するシーンは、合成用プールの中にビルの足場を用いてスロープが設けられ、10本ほどのホースで水を流して撮影された。