台湾抗日運動
総督府は自ら「其の気呵勢激の間、失宜の処置も亦免れざりしものの如く、久からずして怨声起り地方官を悩殺するに至れり」と描写する様態であった。最も被害のでた阿公店地方の実状を見聞した在留外国人の物議を醸し、イギリス長老教会の牧師ファーガソンが香港デイリーニューズに人道問題として投書するほどであった。この討伐は上記のような問題を起こしながら、首領級を捕捉できず、抗日軍そのものとの戦闘がなく失敗であった。さらに長年対立していた広東系と福建系の抗日勢力を結びつけることとなった。
各地の勢力はしばしば帰順したが、何度も反旗を翻した。1902年まで漢人による抗日運動は続いたが、民間が所有する武器は没収された。これらの抗日運動で戦死又は逮捕殺害された者は1万人余り(『図解台湾史』)との説もある。しかし抗日運動が静まると台湾の産業は急速に回復し、1905年には国庫の補助を必要としなくなった。保甲制度にならい犯罪者の隣人まで連帯して罰則を課したために一般民衆は抗日活動を傍観するに留まったが、1895年から1902年までのあいだ32000人が日本軍や警察の手によって殺されたという説がある。
一旦は平定された抗日武装運動であるが、1907年に北埔事件が発生すると1915年の西来庵事件までの間に13件の抗日武装運動が発生した。規模としては最後の西来庵事件以外は小規模、または蜂起以前に逮捕されている。そのうち11件は1911年の辛亥革命の後に発生し、そのうち辛亥革命の影響を強く受けた抗日運動もあり、4件の事件では中国に帰属すると宣言している。また自ら皇帝を称するなど台湾王朝の建国を目指したものが6件あった。