週刊少年チャンピオン
』(佐藤タカヒロ)など2 - 3年の連載が続くのが良い方という状態に陥った。また、2003年から2005年までは萌え系漫画が減少し再び不良漫画が増加したが、『番長連合』(阿部秀司)や『ナンバMG5』(小沢としお)以外は軒並み低調に終わった。 それと前後して誌面におけるメディアミックス系コミカライズ作品も掲載されていたが、『カオシックルーン』(山本賢治)、や『舞-HiME』(矢立肇・キムラノボル・佐藤健悦)など)のコミカライズなどを例外として、どれも低調であった。
一方、ギャグ・コメディ漫画では『無敵看板娘』(佐渡川準)がヒットし、アニメ化もされた。コメディー漫画はかつて毎回15-16ページが業界の標準であったが、同誌では以後、8ページ以下のショートコメディーの連載本数が増えてくる。
前述の読者投稿ページは『チャンピオンロード』『黒チャンピオン党』と1 - 2年足らずのスパンで変更され低迷していたが、2005年1月に開始した西口プロレスとタイアップした『チャンピオン投稿コロシアム (CTC)』は安定した人気を獲得し、2013年9号まで続いた。ゲーム紹介欄は、2004年にそれまで掲載されていた『電気頭脳園』に代わり、神楽つなを起用した『電遊日記』が開始し、2009年まで続いた。
1970年に『月刊少年チャンピオン』が創刊したが、同社発行の『冒険王』から漫画部分を吸収する形で兄弟誌の立場になった。その後、新人作家の読切を主とした増刊号が刊行され、1980年代前半には青年誌として『週刊少年チャンピオン増刊 ヤングチャンピオン』が不定期に刊行されていた時期もあった。
現在は定期的に刊行される増刊号は存在しないが、『範馬刃牙』の総集編や、毎度!浦安鉄筋家族の新作と傑作選、新人ギャグ作家の読切を掲載した『毎度!浦安鉄筋家族 増刊』などが不定期に刊行されている。