NicoPa
2006年2月1日からNicoPa導入エリアにPiTaPaが追加で導入され、同時にICOCAもPiTaPaとの相互利用制度によって利用可能になったほか、2016年4月1日からはSuica、PASMO等全国交通系ICカードが利用可能になった(片利用)。神姫バスと神姫ゾーンバスはPiTaPa導入に際し、共にスルッとKANSAI協議会に加入している。なお両社では、PiTaPaカードを発行する予定はない。PiTaPa交通利用エリアとしての導入であるため、PiTaPaカードで乗車した場合にはポストペイ方式での利用になる。
既にNicoPaを導入したところに別途PiTaPaが導入されたのは、NicoPaにチャージ種別やプレミアム付与が存在し、他のサービスとの相互利用が困難なためと思われる。このため、PiTaPaやICOCAの導入エリアでNicoPaを利用することはできない。
NicoPaと同時にモバイルNicoPaの提供が開始され、関西のバス事業者として初めておサイフケータイでの乗車に対応したが、2012年12月31日をもってサービス終了となった。
ICカードへの一本化に伴い、同社では2007年6月30日をもって紙の定期券・回数券の販売が終了した。発売終了後も、回数券は引き続き使用可能。また、神姫グリーンバス篠山営業所では、紙式定期券の発売も実施している。
2012年3月17日より、明石市営バス運行終了に伴い、路線移譲先の山陽バス(明石地区)でも利用が開始された(神姫バスグループ会社以外では初)。なお、2021年3月7日をもってサービスを終了した。
山陽バス(明石地区)では2016年4月1日からの交通系ICカード全国相互利用サービスには対応していなかったが、2021年3月16日より交通系ICカード全国相互利用サービスに対応した。
割引運賃で利用できる特殊なNicoPaカードが存在する。これらはすべて記名式のカードとなる。
はじめに神姫バスの携帯電話用サイトよりICカード対応のアプリをダウンロードする必要がある。これによりおサイフケータイのIC領域にNicoPaカードとしての情報が記録され、その時点からカード型とほぼ同様に利用可能になる。このためデポジットは不要であり、利用開始時の残高は0円となる。