三箇城
織田氏と石山本願寺の戦いにおいて、本願寺の劣勢が明らかになってくると、一向宗からキリスト教への集団改宗も行われるようになった。天正6年(1578年)謀反の疑いにより一時閉居された後戻ってきた頼照は、家督を子の頼連に譲り、自身は会堂に籠って信仰生活に没入した。石山本願寺との戦が終わりイエズス会巡察使ヴァリニャーニを聖週祭に迎えた天正9年(1581年)が、三箇領および三箇のキリシタンにとっての最盛期であった。
天正10年(1582年)、本能寺の変の際に三箇親子は明智光秀についたが山崎の戦いで光秀が敗れたため、親子は領地を捨てて逃亡し、三箇城と教会も含めた城下は焼き討ちにあった。三箇氏の後には岡山からキリシタン武将である結城如安が移り、さらに如安が戦死した後には同じくキリシタン武将の高山右近が領主となったが、右近が大坂に新たな教会を作ったため、熱心な信者らは大坂に去った。