惣領制
ところが、鎌倉時代後期に入ると、恩賞などで与えられた武士団の所領が分散化の傾向を見せ始め、また惣領家と庶子家との血縁関係が希薄になるとともに庶子家の内部でも惣領に当たる家と庶子に当たる家が成立して惣領制が複雑な二重・三重の構造になるケースも現れ始めた。更に新規の開発も一段落したことで分割相続された所領は増加による回復を見込めなくなり、所領の細分化の方向に向かわせた。こうした中で実際に分割される所領が減少し、また分割された者一代に限って領有を認め、没後は惣領が没収するという一期分が女子の相続でみられるようになり、やがて庶子に対しても向けられるようになった。庶子の側もこうした惣領の動きに対抗して、惣領の所在地との遠隔などを理由として幕府に申し出て、惣領からの独立を認めて貰う例や、幕府における最高権力者である北条氏の被官である御内人となって惣領からの圧力を排除するようになり、惣領と庶子との対立が深まった。
南北朝時代から室町時代にかけて、惣領による統制が強化されて軍事指揮権や祭祀権を伴った惣領職の嫡長子単独相続制の実施や、惣領に大きな権力を与えた置文を作成して、庶子や女子は惣領に従属して軍役や公事に奉仕する体制が整備された。これによって、多くの武士団では惣領の地位の安定化が図られたものの、従属した庶子は惣領の被官と変わらない状態に置かれて、惣領制の本来の姿とはかけ離れた状態に置かれた。これによって、惣領制とよばれる体制はその機能を失って解体されることとなった。