クテシフォン
ガレリウスはアルメニアと引き換えにクテシフォンをナルセ1世に返還した。このようにサーサーン朝はローマと対立していたため、ローマで迫害されていたキリスト教には好意的であった。4世紀にはセレウキア・クテシフォンに府主教座が設けられ、初代府主教にバル・アッガイが就任した。しかし、ミラノ勅令によってローマ帝国でキリスト教が公認(312年)されると、今度はサーサーン朝でもキリスト教迫害(339年-379年)が始まり、セレウキア・クテシフォン府主教からも殉教者を出した。しかし、ヤズドギルド1世の代になるとキリスト教徒との融和が図られ、410年にセレウキア・クテシフォンで公会議が開かれた。これによりセレウキア・クテシフォンを中心としたサーサーン朝における六大教会が整備された。しかしヤズドギルド1世は不審死を遂げ、420年頃から再びキリスト教迫害が行われた。クテシフォンの府主教がローマで異端宣告されたネストリウス派に移ると、サーサーン朝の態度は軟化し、484年頃に迫害は停止された。そしてセレウキア・クテシフォンの府主教は東方総主教に昇格、ローマとは異なる独自のキリスト教の中心地となった。
アルケサス朝が直接支配した地域はクテシフォンと故地であるイラン高原東北部を結ぶラインであった。そのため、そのほかの地域にはスーレーン家のようなパルティア貴族やギリシア人都市など様々な独立勢力が跋扈しており、クテシフォンを中心とした中央集権とは程遠いものであった。また、パルティア人はもともと遊牧民であったため、君主がクテシフォンに常駐したわけではないようである。
クテシフォンはローマ帝国が東方を征服するときの軍事的な目標となった。クテシフォンはローマ帝国(または東ローマ帝国)により5回占領されたが、そのうち3回は紀元2世紀のことである。ローマ皇帝トラヤヌスは116年にクテシフォンを占領したが、ユダヤ人の反乱が勃発したこともあり、その後継者ハドリアヌスはパルティアに返還した。この時のパルティア政府機能がどこにあったのかは不明である。ローマの将軍アウィディウス・カシウスは164年、対パルティア戦争の間にクテシフォンを占領したが、和平により放棄した。197年、ローマ皇帝セプティミウス・セウェルスはクテシフォンを略奪し、数千人(おそらく最大で1万人)の住人を連れ去って奴隷とした。