週刊新潮
2003年10月23日号で、八王子スーパー強盗殺人事件について『八王子スーパーで3人射殺と報じられた強盗犯の恐るべき正体』とする記事を掲載。記事で犯人扱いされた男性から名誉毀損で訴えられる。2007年7月28日、大阪地方裁判所は「真実と信じる相当な理由がない」「原告が八王子事件の犯人だと印象を与え、名誉を毀損した。『殺人鬼』という表現は公正な論評の域を逸脱している」として80万円の賠償を命じた。2008年1月31日、大阪高裁は「虚偽の事実を示し、冷酷な殺人者であるとの強烈な印象を与えた」として賠償金額を150万円に増額し、訂正広告の掲載を命じた。
2003年11月27日号で、「パチンコ業者から『平沢勝栄』代議士に渡った『4000万円』」(ジャーナリスト上杉隆)との記事を掲載。自民党の平沢勝栄衆院議員が1億円の損害賠償請求訴訟を起こす。一審では「記事内容が真実と証明されたとはいえないが、新潮社側に故意や過失はない」として平沢の請求を棄却した が、二審では「記事の核心部分が真実であるとの証明ができたとはいえない」として300万円の支払いを命じた。2005年7月10日、最高裁が新潮社の上告を棄却し、新潮側の敗訴が確定した。
2003年2月6日号に「横山ノックよりエゲツない!3選を飾った木村守男青森県知事の『セクハラ不倫』騒動」と題した記事を掲載。記事は、木村守男青森県知事が生活の窮状を訴える女性から手紙を受けたことをきっかけに、2001年3月に女性宅を訪問して交際を始め、セクハラ行為などをしたと報じた。
2010年5月27日号で、『大関「琴光喜」が「口止め料1億円」と脅された!』と題された記事において、日本相撲協会の大関・琴光喜が野球賭博を常習的に行ない、口止め料として1億円を要求されたことを報じた。これを発端として、角界に蔓延する野球賭博と暴力団とのつながりが次々と明るみなり、一般紙や民放局だけでなく大相撲を生放送するNHKも大々的に追跡報道した(大相撲野球賭博問題も参照)。
2010年10月28日号で仙谷由人官房長官は10月25日、週刊新潮の記事で名誉を傷付けられたとして、発行元の新潮社に1千万円の損害賠償と謝罪広告の掲載を求め東京地裁に提訴した。
2011年6月2日号で東日本大震災の義援金が未だ被災者に渡っていないとして日本赤十字社の“怠慢”を非難する記事を載せたが、実際には既に配分が始まっており、この件では赤十字から「検証も為されず、事実誤認、名誉毀損である」と5月27日付で抗議状を送られた。
2011年11月17日号で、当時の外相だった玄葉光一郎が東京都内の飲食店での会合で親しい記者に「尖閣も中国に差し上げればいい」と発言したとの記事を掲載。玄葉は名誉を傷つけられたとして新潮社に3,300万円の損害賠償を求めて提訴。新潮社側は偶然居合わせたジャーナリストが発言を聞いたと主張したが、東京地裁は2014年2月26日、玄葉が話す姿を直接見ていなかったことや取材直後にメモを残していないなどジャーナリストの行動に不自然な点があり、真実と信じる理由もないと判断して名誉毀損を認定し、新潮社に対し385万円の賠償を命じた。2014年6月19日、二審の東京高裁も一審判決を支持し、新潮社側の主張を退けた。