経営安定基金
1997年から2016年にかけて経営安定基金の借り入れによる助成勘定を利用した処置が行われ、累計支払い利子額は、JR北海道に2788億円、JR四国に1146億円に達した。JR北海道、JR四国及びJR貨物に対して政府は、経営自立に向けて2011年度以降、日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律(平成 10 年法律第 136 号)に基づく枠組みを活用した助成金の交付等の支援を行っている。低金利の長期化によって運用収益が落ち込んでいる状況ことを踏まえ、2010年に経営安定基金の事実上の積み増しとして、鉄道建設・運輸施設整備支援機構の利益剰余金を利用したJR北海道への無利子貸し付けが実施された。この「特別債券借入金」2200億円は特別債券の購入に充当され、発行から10年間、年2.5%の金利に相当する55億円の利息収入が約束されている。しかしこの特別債券は、償還期間が20年なため恒久的な措置ではなく、経営が厳しい状況には変わりはない。このため2018年7月28日、2019年度から2020年度の間にJR北海道に400億円の財政支援を行うことが決定された。また、2021年1月29日に閣議決定され、同年3月26日参議院で可決・成立された日本国有鉄道清算事業団の債務等の処理に関する法律の改正法により、JR北海道に3年間で1302億円、JR四国に5年間で1025億円の財政支援と、両社への財政支援を2030年度まで継続できるようになった。