王子検車区
南北線最初の計画では、岩淵町(現在の赤羽岩淵駅)から南西方向に向かい、東京陸軍兵器補給廠専用線跡(現在の赤羽緑道公園など)を引き込み線(延長2.2 km)として経由して、北区西が丘3丁目にある国立西が丘サッカー場横の敷地(旧TOD第一地区)に車両基地を建設する計画であった。引き込み線の途中、桐ケ丘(北区赤羽台・法善寺墓苑付近)には駅を設ける予定であった。
しかし、住民の大きな反対運動が起こり、計画場所は移転して陸上自衛隊武器補給処十条支処赤羽地区跡地(旧TOD第二地区) 約33,000 m に、地下2層構造・230両収容の大規模な車両基地(整備工場を含む)を建設する方針となった(現在は赤羽自然観察公園となっている場所)。
最終的には、現在の神谷堀公園下に建設することになった。この反対運動は、営団地下鉄への路線免許交付を中断させ、南北線の建設に大きな影響を与えた。
また、本車両基地の収容不足を補うため、市ケ谷駅付近の地下に市ケ谷留置線が建設されることになった。同じく計画中止となった工場については大規模検査を千代田線の綾瀬工場で実施することで対処した。
車両基地の上部には南北線の総合事務所として「地下鉄王子ビル」が設けられ、同ビルには王子運輸区(南北線運転士が所属・現在は王子神谷運転事務室に改称)、王子検車区の事務所、南北線工務区(現在は半蔵門線・南北線工務区王子神谷分室に改称)、南北線電気区(現在は南北線電機区・南北線信通区に改称)の設備を収容している。同ビルは地上5階、地下1階構造としている。なお、全線開業時に王子運輸区に加えて、白金高輪駅に白金高輪運輸区(現在は白金高輪運転事務室に改称)が新設されている。
隣接して地上から地下へ車両を搬入するための「車両搬入庫」が設けられている。現在は車両搬入は行われていないが、資機材の搬出入口として使用している。ただし、車両基地のレイアウトに制約があり、地上から車庫線のある地下3階には直接搬入はできず、地上の上部車両搬入口から地下2階へ下ろし、さらに下部車両搬入口を通して地下2階から地下3階に下ろす構造となっている。それぞれの車両搬入口には、15 t 天井走行クレーンを2基備えている。
南北線最初の開業時(駒込駅 - 赤羽岩淵駅)には、営団地下鉄(当時)の他路線との接続がないことから、9000系試作車・1次車は製造メーカーの川崎重工業から甲種車両輸送により綾瀬検車区に搬入し、受取検査・整備等を実施し、千代田線で性能確認試運転を実施した。
そして、綾瀬検車区よりトレーラーで道路輸送し、王子車両区の車両搬入庫でクレーンを使用して地下の南北線へ搬入した。この方法は1992年(平成4年)に搬入された第08編成(4両編成)が最後となっている。
その後、1996年の四ツ谷駅延伸開業後は市ケ谷駅構内に有楽町線との連絡線が設置されたため、道路輸送の車両搬入はされていない。