核酸構造
三次構造は三次元空間における原子の位置であり、幾何学的・立体的制約が考慮に入れられる。直鎖状のポリマーは大規模にフォールディングし、鎖の全長が特定の三次元的形状へと折り畳まれる。DNAが形成する二重らせんの三次構造には4つの点で差異が存在する。
右巻きか左巻きか
ヘリックスのターンの長さ
1ターン当たりの塩基数
主溝と副溝の大きさの差
DNA二重らせんの三次構造としては、B-DNA、A-DNA、Z-DNAの3種類が一般的に存在する。
B-DNAはin vivoで最も一般的なDNAの形状で、A-DNAよりも細く長いらせん構造である。その広い主溝はタンパク質がアクセスしやすくなっている。一方で、副溝は狭い。B-DNAは周囲の水分量が多い条件で好まれる構造であり、副溝の水和によってB-DNAが好まれるようである。B-DNAの塩基対はらせん軸とほぼ直交している。らせんがA型となるかB型となるかを決定する糖部分の立体配座(パッカリング、sugar pucker)はC2'-endo型である。
A-DNAは、脱水条件で観察されるDNA二重らせんの形状で、B-DNAよりも短く幅広い。RNAの二重らせんはこれに類似した形状をとる。RNAとDNAからなる二重らせんは主にA型であるが、B型のRNA-DNA二重らせんも観察される。RNA1本鎖中の2ヌクレオチドは、DNAとの対合がなくても局所的にB型構造をとることがある。