コンセンサス配列
保存された配列モチーフはコンセンサス配列と呼ばれ、どの残基が保存され、どの残基が変化しやすいものであるかを示している。次のようなDNA配列の例について考えてみよう。
A[CT]N{A}YR
この表記では、左端の A は常にこの位置に A が見つかることを意味している。[CT] はこの位置に C または T が見つかること、N はこの位置にすべての塩基が入りうること、{A} は A 以外の塩基、Y はピリミジン塩基 (pYrimidine)、R はプリン塩基 (puRine) をそれぞれ意味している。
この例での [CT] という表記にはその位置における C と T の相対的頻度について何の情報も示されていない。コンセンサス配列を表現する別の方法として、シーケンスロゴ(英語版)が用いられる。シーケンスロゴはコンセンサス配列の画像的な表現であり、特定の位置におけるヌクレオチド(もしくはアミノ酸)の頻度がそのシンボルのサイズによって表現される。より多く保存されている残基は、より大きなシンボルで描かれ、頻度の低いものは小さなシンボルで描かれる。シーケンスロゴは WebLogo や Gestalt Workbench を用いることで生成することができる。