石垣島天文台
連携という新しい形態での運営によって、生涯教育や学校教育、さらにはアマチュア観測家との連携も踏まえた活動を推進することを目的に設置された。昼間の見学は自由であり、夜間には天体観望会が行われる(#公開種別参照)。また、緯度が低く、黄道が高いため、一般観望時間以外は、惑星科学や太陽系天体を中心に観測が行われている。
大型の光学赤外線反射望遠鏡が設置・運用される観測研究施設としては、日本最西端かつ最南端に位置している。望遠鏡の口径は105cmであり、光学望遠鏡としては九州・沖縄地方で最大である。
石垣島には、当天文台の他に、名蔵地区に国立天文台水沢VLBI観測所の観測点の一つであるVERA石垣島局が設置されており、相対超長基線電波干渉法(VLBI)による観測が行われている。銀河系の精密マップを作成するための観測を中心に、地殻変動等を精密に捉え、日本全体におけるプレート移動等の観測も実施している。
むりかぶし (小惑星) - 小惑星番号13989番の小惑星。関勉により発見され、「むりかぶし望遠鏡」にちなみ命名された。
あやぱに (小惑星) - 2008年に石垣島天文台主催の研究体験会に参加した高校生が発見した小惑星。
石垣 (小惑星) - 小林隆男により発見され、国立天文台の提案で、VERA局の所在地であることに因んで名付けられた。