寺社奉行
秋元凉朝(1746年 - 1748年)
小出英持(1746年 - 1748年)
酒井忠用(1747年)
松平忠恒(1747年 - 1748年)
稲葉正益(1747年 - 1750年)
青山忠朝(1748年 - 1758年)
酒井忠休(1748年 - 1749年)
本多忠央(1749年 - 1758年)
松平輝高(1751年 - 1752年)
鳥居忠意(1752年 - 1760年)
井上正経(1753年 - 1756年)
阿部正右(1756年 - 1760年)
朽木玄綱(1758年 - 1759年)
松平康福(1759年 - 1760年)
毛利政苗(1759年 - 1764年)
小堀政方(1760年 - 1761年)
松平乗佑(1760年 - 1764年)
太田資俊(1760年 - 1762年)
森川俊胤(1710年 - 1714年)
松平近禎(1711年 - 1725年)
土井利意(1713年 - 1724年)
建部政宇(1714年 - 1715年)
石川総茂(1714年 - 1717年)
井上正長(1715年 - 1716年)
鎌倉幕府では社寺を担当する奉行人が「寺社奉行」と呼ばれた他、特定の有力社寺との折衝・取次を担当する奉行が別途設置されていた。『吾妻鏡』によれば、建久5年(1194年)5月に中原季時を「寺社の訴えを執り申す」役目としたのが後の寺社奉行にあたると考えられている。また、同年12月には大庭景能らを鶴岡八幡宮・勝長寿院以下鎌倉の幕府御願寺の奉行に任じている。後に太田時連や二階堂貞雄が寺社奉行に任命され、一方諏訪大社や伊豆山神社、三島大社、熱田神宮など鎌倉幕府の庇護下にあった社寺には、当該寺社担当の奉行人を任命している。
この政策は建武政権や室町幕府にも継承された。室町幕府では仏寺を担当する寺奉行と神社を担当する社家奉行が設置され、さらに禅宗と律宗(時に真言律宗)を管轄する禅律方や延暦寺を担当する山門奉行、東大寺・興福寺を担当する南都奉行など特定の宗派や社寺を担当する奉行人が任命された。足利義満以後になると、奉行衆の中から特定寺社を担当する奉行(別奉行)が積極的に配置されるようになった。これらの別奉行は特定有力社寺と幕府の連絡を取り持つ立場にあったために、社寺側から多額の金品を贈られたり、反対に社寺側と奉行の対立が政治問題化する場合もあった(例えば、足利義教の山門奉行飯尾為種と延暦寺の対立)。足利義政の時代にこうした別奉行の全盛期を迎えるが、応仁の乱以後の幕府機構の衰退とともに別奉行は没落していく。
なお、六波羅探題や奥州将軍府、鎌倉府などの地方機関にも、寺社奉行や個別社寺を扱う別奉行が設置されている。