能因本
能因本は三巻本の「この草子、目に見え、心に思ふことを」で始まるそれと多少の差異が見られる「物暗うなりて、文字も書かれずなりにたり」で始まる短跋と「わが心にもめでたくも思ふ事を、人に語り」で始まる長跋が有り、内容が重複していることから短跋に続けて長跋が書かれた訳ではなくそれぞれが別個の跋文として記載されている状態となっているが、このような措置が採られた理由は不明である。
三巻本の本文は奥書に「不散不審」と評されたように鎌倉時代前期には既に難解なものとされたことから、江戸時代には能因本系統の本文解釈が主流とされ加藤磐斎『清少納言枕草紙抄』・北村季吟『枕草子春曙抄』・岡西惟中『枕草紙旁註』などの注釈書が刊行された。但し、これらの注釈書が底本として用いている木活字本も能因本をベースとしながらも三巻本や類纂形態の堺本を参酌して本文を修正した箇所が有り、能因本の直系に立つものではないとする見解も在る。池田亀鑑が1928年(昭和3年)に論文「清少納言枕草子の異本に関する研究」を発表し、三巻本が再評価されて以降は能因本を底本とする注釈書は減っているが、後述のように現在も入手可能なものも存在する。
いずれも江戸時代に刊行された。三条西家旧蔵本を始めとする写本と比較すると、文意が不明瞭な箇所を除去したり三巻本を用いて修正した形跡が見られると共に、時代が下るにつれて本文の脱落が顕著になっている。
慶長年間刊十行本
慶長・元和年間刊十二行本
寛永年間刊十三行本
慶安二年(1649年)刊整版本