ポートシカゴの惨事
船の一等航海士とチーフ・エンジニアはウインチを調べるために電話を受けた。しかしウインチが使用可能かどうかは判然としなかった。7月15日の積載活動の間、船内のNo.2のウインチがハンマーで打つような雑音を発し始めた。その主要なベアリングが翌朝7月16日に取り替えられるまで、グリスを均一に塗布することでその日の夜はそれで急場をしのいだ。7月17日の午後に、ウインチNo.4の吹き出し弁は、至急修理を必要とした。ピッツバーグの公務員配管工であるアルバート・カーはそれを取り替えるために電話を受けた。カーは管の継ぎ手を吹き出し弁から引き抜いて、ポートシカゴの店から持ってきた新しい在庫から、管の継ぎ手と弁を交換した。作業中に彼は、男が木の桟橋の上に砲弾を2フィート(60cm)落とすのを偶然目撃した。しかし、爆発はしなかった。カーはアフリカ系アメリカ人のウインチ・オペレータが新しく修理されたウインチをテストするまで待ち、その結果操作全体が危険だと判断し、そして急いで桟橋を去った。
コラーは危険に直面して弾薬を載せ続けた彼自身のような何百名もの水兵を「事実として認められなければならないもの」であると述べた。1994年に、海軍は軍法会議判決を覆すための4名のカリフォルニア州議員による要請を拒否した。海軍は人種的な不公平が水兵の弾薬積載任務の原因となった。しかし軍法会議では偏見は生じなかったと考えた。
フレディ・ミークス(50名のグループの間で未だ存在する少数派の1名)は、大統領に恩赦を請願するよう求められた。ポートシカゴの50名の他の者は恩赦を求めることを拒否した。彼らは、彼らが反逆で無罪だったという立場を保ち続けた。ミークスは恩赦を得ようと努めた。そして「私はアメリカ全土でそれについて広く知ることを望む...私は長年隠れ続けていた。」と述べた。1999年9月に、ミークスによる嘆願書はジョージ・ミラーを含む議会の37名によって支持された。彼らは被災地を包含している地域の米国下院議員であった。37名の連邦議会議員はビル・クリントン大統領に書簡を送った。そして1999年12月にミークスは特赦された。ミークスは数年後の2003年6月に死去した。死後も50名全ての水兵の身の潔白を証明する努力は続いた。2004年にポートシカゴの惨事についての著書を著したロバート・L・アレンは言った。「今日、これらの有罪判決を常に忘れないでいることは重要なことである。
1944年11月にマーシャルは危機的な兵器庫のために扇動的な記事を書いた。そしてNAACPによって発行された。パンフレットは印刷され、配布された。そして軍法会議を非難している論説が1945年1月にアフリカ系アメリカ人の出版社から出版された。そして嘆願書が行き渡り始めた。反逆評決の逆転を要求する何千もの市民の署名を集めた。抗議集会も開催された。集会には同情を抱く力強い人々が集まった。主張は世論を変えるために圧力をもたらすよう要求された。エレノア・ルーズベルトは1945年4月にフォレスタル海軍長官にNAACPの『反逆』というパンフレットのコピーを送った。そして彼に特別な配慮をするように要求した。
それが海軍の法務科の前にワシントンD.C.に再調査のためにやってきた時、マーシャルは、50名の既決囚の水兵の各々から、書面による上訴の承諾を得た。1945年4月3日に、彼は自身の論拠を提示すると思われた。マーシャルの訴えは、直接の命令が弾薬を載せるために被告の50名全てに示されなかった、そしてたとえ命令が特定の個人に示されたとしても、命令に従わないことをもって反逆を構成することは出来ないという事例を作成した。彼はコークレー少佐が「反逆」の定義の上で故意に法廷を誤解させ、彼が採用した証拠の大半が噂に過ぎないといった。マーシャルは「被告人は、周囲の事情の組み合わせによって作られたスケープゴートであった。
ポートシカゴの爆発は、マンハッタン計画に取り組んでいるロスアラモス国立研究所チームによって調査された。結果として生じる損害は2000トンのTNT火薬の破壊力に匹敵する、比較的小さな核爆発の影響と類似していると見なされた。ロスアラモスの写真技術者ポール・マスターズは、研究文書のいくつかについてコピーを取り、それらを彼の施設に保存した。1980年にジャーナリストであるピーター・ヴォーゲルはフリーマーケットでマスターズの文書の1部を発見して、テキストに関する一つのセクションが「模式的なポートシカゴ様式の18,000フィート外部に立ち上ったキノコ雲と火球」と読めることに気がついた。ヴォーゲルはポートシカゴの爆発が核爆弾に起因したという可能性を研究し始めた。1982年にヴォーゲルは彼の理論を公にした。そしてベイエリアのマスコミで嵐のような論争が高まった。ヴォーゲルは20年の間手がかりを探し続けた。そして最終的に著作を著して、2002年にポートシカゴの爆発が核兵器である可能性をさまざまな理由から詳細に検証しているウェブサイトを立ち上げた。彼の理論を支持する確かな証拠を見つけることが出来なかったために、ヴォーゲルは2005年にその理論を放棄したかのように見えた。ヴォーゲルのウェブサイトは2009年に別のサイトで開設された。