生物多様性の観点から重要度の高い湿地
奥畑川河口および大積干潟
曽根干潟
お糸池
今川河口,長峡川河口
広谷湿原
長井浜から西角田漁港周辺干潟
北九州市若松区周辺の湿地群
遠賀川水系の河川および水路
筑前大島および地島周辺沿岸
津屋崎干潟および周辺農業用水路
古賀市および福津市のため池群
福岡湾
福岡湾の流入河川およびため池群
加布里湾および雷山川河口
一貴山川河口
旧田主丸町の農業水路
有明海および筑後川河口
筑紫平野および佐賀平野の河川,水路
野依新池および靡松池など豊前地域のため池群
樫原湿原
星賀塩生湿地
いろは島周辺沿岸
仮屋湾の汽水域
東松浦半島北部沿岸
伊万里湾
平尾免地先沿岸
志々伎湾
平戸海峡
九十九島周辺沿岸
壱岐島の河川およびため池群
壱岐島石影浦
対馬渓流域
対馬浅茅湾および綱浦
対馬田ノ浜
七ツ釜鍾乳洞の地下水系
久良木湿地
黒崎永田湿地
神代川
島原半島南部沿岸
志津川のオキチモズクの生育地
江津湖・上江津湖水系
菊池川河口,白川河口,緑川河口
不知火干潟周辺
球磨川河口
球磨郡相良村の湿地
人吉市中神町の湿地
球磨川水系のオキチモズクの生育地
天草・大矢野島周辺沿岸
白嶽湿原
天草灘通詞島周辺沿岸
苓北町富岡地先沿岸
羊角湾
天草牛深周辺沿岸
天草山地の源流域
水俣市袋湾および西浦半島周辺の干潟
九州中央山地の源流域
祖母傾山系源流域
姫島周辺沿岸
中津海岸および宇佐海岸
安心院町など宇佐市山間部のため池群