ファイトプラズマ
このように重要な遺伝子の多くを失っているにもかかわらず、植物、および昆虫の細胞内で増殖することが可能である。それぞれの宿主に応じてゲノム全体の約1/3にも相当する遺伝子の発現量を切り替えており、それを巧みに使い分けることで植物および昆虫の双方に適応していると考えられている。一方、これらの遺伝子の発現制御メカニズムに関しては、明らかになっていない点が多い。多くの細菌は、周囲の環境変化に応じてσ(シグマ)因子と呼ばれる転写因子を使い分けることで遺伝子発現を制御する。2種類のσ因子(RpoDとFliA)を持ち、特にRpoDはゲノム解読をされたすべてのファイトプラズマに保存されている。細菌のRpoDは一般に、恒常的に発現してハウスキーピング遺伝子の発現を司ることが知られるが、ファイトプラズマのRpoDは昆虫体内で発現量が上昇すること、ハウスキーピング遺伝子以外にも病原性や宿主との相互作用に関わるさまざまな遺伝子の発現を制御することが、明らかにされている。したがって、ファイトプラズマのRpoDは宿主への適応に寄与すると示唆されている。