ワルシャワ・ゲットー蜂起
しかしユダヤ人たちの勝利は4月19日だけだった。4月20日、ドイツ国防軍ワルシャワ上級野戦司令官フリッツ・ロッスム(Fritz Rossum)少将の派遣した応援部隊がシュトロープの手元に到着した。この国防軍応援部隊は1個軽高射砲中隊と曲射砲小隊を中心としていた。シュトロープはゲットーの建物に火を放って隠れたユダヤ人たちをあぶり出す焦土作戦に切り替えた。シュトロープは「非人間と暴徒を地上にあぶり出すにはそれが唯一の方法であった」と日誌に書き記している。
4月20日、ドイツ軍は火炎放射器をもって再びゲットーへの侵入を開始した。軽高射砲と曲射砲によるゲットーの建物への砲撃も行われた。4月22日までにはゲットーの複数の地域が炎上していた。ドイツ軍はゲットー包囲を強化し、電気や水、ガスを完全に止めた。水がないため火を消すことはできなかった。レジスタンスたちは徐々に持ち場を放棄して地下壕に撤退せざるを得なくなった。蜂起開始から2週目には地下壕が戦闘の中心となっていた。ドイツ軍は一つずつ地下壕を発見していって手りゅう弾や催涙ガスを地下壕に放り投げ、ユダヤ人たちが這い出てきたところを掃討して片づけていった。
大多数のゲットー住民は蜂起に参加しておらず、ただ隠れていただけだったが、多くの者が巻き込まれて建物の下敷きになったり地下壕で窒息死したりして死亡した。下水道からゲットー脱出を図ろうとするユダヤ人が相次いだが、ドイツ軍側はマンホールを爆破することでこれを防いだ。拘束されたゲットー住民は集荷場に停めてある列車に乗せられて続々と移送されていった。