村岡素一郎
ところが、この講演が問題視されて翌明治27年(1894年)に非職(休職)処分となって東京に戻った。
明治29年(1896年)に根室の花咲尋常高等小学校兼弥生尋常小学校の校長として復帰し、その後愛知県の郡視学、岐阜県の県視学を歴任するが、明治33年(1900年)に再び休職になっている。この間にも徳川家康に関する研究を続け、明治35年(1902年)4月に民友社より『史疑 德川家康事蹟』を刊行した。ところが、その著書の内容に憤激した徳川家一族や旧幕臣らが圧力をかけたために絶版になってしまった。
同年6月、村岡は新設の八代郡立高等女学校(現在の熊本県立八代中学校・高等学校)の初代校長に任命されたが、翌明治36年(1903年)12月に辞任して東京に戻り、東京高等師範学校の寄宿舎舎監に任ぜられた。明治40年(1907年)東京高等師範学校関係者による孔子祭典会の再興に参加して『儒教回運録』を執筆しているが、その後退職して引退、明治43年(1910年)には長男と同居するために天津に移住した。その後、長男の仕事の都合で大連に移り、昭和7年(1932年)に大連にて83歳(数え年)で病死した。