考古遺伝学
最後に、考古遺伝学はオーストラリアとニューギニアへの人類集団の移住を研究するのに使われている。オーストラリアとニューギニアの先住民族は表現型が非常に似ているが、mtDNAの解析によると、これは同じような環境で生活していたために収斂したものである。mt-DNAのノンコーディング領域は、オーストラリアとニューギニアの原住民集団の間で「類似性がない」ことを示している。さらに、主要なNRY系統は2つの集団間で共有されていない。オーストラリア固有の単一NRY系統の頻度が高いことと、「系統に関連するY染色体ショートタンデムリピート(Y-STR)ハプロタイプの多様性が低い」ことは、オーストラリアにおける「最近の創始者またはボトルネック」事象の証拠となる。しかし、mtDNAには比較的大きな変異があり、これはボトルネックの影響が主に男性に及んだことを示唆している。NRYとmtDNAの研究を合わせると、2つのグループ間の分裂は5万ya前以上であったことがわかり、2つのグループの共通祖先が最近であることに疑問が投げかけられている。