神社
1868年(明治元年)1月 - 2月 神祇事務科
1868年(明治元年)2月 - 閏4月 神祇事務局
1868年(明治元年)閏4月 - 1869年(明治2年)7月 (太政官内)神祇官
1869年(明治2年)7月 - 1871年(明治4年)8月 (太政官外)神祇官
1871年(明治4年)8月 - 1872年(明治5年)3月 神祇省
1872年(明治5年)3月 - 1877年(明治10年)1月 教部省
1877年(明治10年)1月 - 1900年(明治33年)4月 内務省社寺局
1900年(明治33年)4月 - 1940年(昭和15年)11月 内務省神社局
1940年(昭和15年)11月 - 1946年(昭和21年)2月 (内務省)神祇院
上賀茂神社(祭神 賀茂別雷神)と下鴨神社(祭神 玉依姫命・賀茂建角身命)。下鴨社の起源は上賀茂社からの分祀ともいうが定かではない。
明治維新直後より近代的な中央集権化に適応する新たな体制の整備が始まった。律令神祇官の家柄である白川家・吉田家をはじめとする近世までの制度が廃止され、政府内に神社行政機関が設置された。また、古代以来の神仏習合(神仏混淆)を解消する神仏分離が行われ、明治4年に封建的な土地支配制度を廃止する社寺領の上地が実施されたのち、全国の神社が「国家の宗祀」と定められ、神社に関するあらゆることが、国家の法制度によって規定されてきた。戦前はいわゆる「国家神道」も「神社」と称した。
しかしながら、2015年には初めて、正式な神職が奉祀する宗教施設として、かつての村の神であった高士祠が高士神社として再建された。また、旧南洋群島においては、パラオでは南洋神社、ペリリュー神社が、アメリカ合衆国北マリアナ諸島サイパン島では彩帆香取神社や彩帆八幡神社が近年になって再建された。
日系移民が多く住む土地では、特にアメリカ合衆国ハワイ州には多数の神社が作られ、オアフ島にハワイ出雲大社やハワイ大神宮、ハワイ石鎚神社、ハワイ金刀比羅神社・ハワイ太宰府天満宮、若宮稲荷神社、ハワイ島にはヒロ大神宮、マウイ島にはマウイ神社などが現存する。これらには、戦後復興できなかったり、存続が困難になった神社が多数合祀されている。また、ブラジルでは当初、東京植民地神社やボーグレ神社などが存在したが、基本的には日本人小学校兼集会場の御真影が御神体の機能を果たしたため、神社はあまり作られなかった。これらの神社は植民地の消滅とともになくなってしまったが、その後、神乃家厳戸神社ブラジル大神宮、南米神宮、ブラジル熊野神社、ブラジル石鎚神社(スザノ石鎚神社遙拝所)、太平山三吉神社、パウリスタ神社、パラナ州開拓神社、伯国開拓大神宮(ブラジル大神宮)など、神職が奉祀する神社が創建されている。