門跡
法相宗 興福寺一乗院 興福寺大乗院
天台宗山門派 青蓮院(粟田御所) 魚山三千院(円融房、梶井門跡、梨本門跡) 南叡山妙法院 護法山安國院出雲寺毘沙門堂 曼殊院(竹の内門跡) 東叡山輪王寺(寛永寺) 日光山輪王寺(東叡山と兼ねる) 法住寺 滋賀院 本覚寺 - 廃寺 浄土寺 - 廃寺 妙香院 - 廃寺
天台宗寺門派 聖護院 照高院 岩倉山実相院 三井寺円満院 朝日山平等院(浄土宗と兼ねる) 常住院 如意寺(如意ヶ嶽山上、如意輪寺)- 廃寺 宝厳院
真言宗 大内山仁和寺(御室御所) 嵯峨山大覚寺(嵯峨御所) 蓮華光院 醍醐山醍醐寺三宝院 醍醐山醍醐寺金剛王院 牛皮山隨心院(小野門跡) 亀甲山勧修寺(山階門跡) 吉祥山安祥寺 東南院 - 廃寺 上乗院 - 廃寺 勝宝院 - 廃寺 菩提院 教令院 - 廃寺
浄土宗 華頂山知恩教院大谷寺(知恩院) 聖衆來迎山無量壽院禅林寺(永観堂)
日蓮宗 瑞龍寺(村雲御所)