台湾民族主義
中華民国が実効支配している金門島と媽祖島は地理的に台湾ではなく福建に属する。また歴史も日本に割譲された台湾・澎湖諸島とは異なり行政上も別の地域であった。そうした背景から一部の台湾民族主義者から金馬地区は台湾ではないと意見が度々噴出する。
台湾独立運動家である黄昭堂が中華人民共和国の建国により中華民国は金馬地区のみであると台湾に金馬地区は含まれないと主張した。
民主進歩党第6代党首の施明徳は中国大陸との最前線である金門島と媽祖島から軍を撤退、非武装化し中華人民共和国との平和の架け橋を作ると発言した。この発言は台湾独立運動の見解とされている。