コミックボンボン
1990年代半ば以降、ライバル誌の『コロコロ』は『ポケットモンスター』発売当初からタイアップを打ち出しブームの一因を担い、1996年に発行部数を前年から倍増させている。その他にも『ミニ四駆』『ビーダマン』『ハイパーヨーヨー』『ベイブレード』『デュエル・マスターズ』『昆虫王者ムシキング』など、強力なタイアップを続ける『コロコロ』に発行部数で大きく差をつけられてしまう。加えて、本誌で長年展開していた『ロックマンシリーズ』も、『エグゼシリーズ』以降は『コロコロ』とタイアップするようになった。また任天堂は当初ポケットモンスターのタイアップをコミックボンボンに打診したのだが当時はまだ無名の新規コンテンツであったポケモンのタイアップにコミックボンボン側は消極的で結果としては断りその後任天堂はライバルであるコロコロコミックに話しを持ちかけコロコロコミックでのタイアップを開始したらという経緯がある。
上記にも記述してあるとおりガンダムシリーズと関わりがあり、本誌がガンダムシリーズに影響を与えた要素がいくつかある。たとえばフルアーマーガンダムは元々『プラモ狂四郎』に登場したパーフェクトガンダムをリファインしたものである。「モビルスーツバリエーション」についても参照。SDガンダムについても、SDガンダムを中心としたMSV「SDV」を展開し、SDガンダムを一つの「キャラクター」として認知させ独自の路線を築いた。
また、「MSV90」や「エースパイロット列伝」などの本誌掲載特集は別の書籍でまとめられることが少ないため、それらの情報を閲覧するにはその特集が書かれた月のボンボンを参照するしかない。アニメのコミカライズも『機動戦士Ζガンダム』から『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』まで、『機動戦士ガンダム 第08MS小隊』を除くすべての作品で行われていた。
しかし、『ガンダムエース』(角川書店)の創刊以降は完全なガンダム専門誌である同誌に押され、『機動戦士ガンダムSEED』以降は完全に主導権を奪われている。