伝令RNA
mRNA分子が、単一のタンパク質鎖(ポリペプチド)のみを翻訳するための遺伝情報を含む場合、モノシストロン型(monocistronic mRNA)であるという。ほとんどの真核生物のmRNAはこのようなケースである。一方、ポリシストロン型(polycistronic mRNA)mRNAは、複数のオープン・リーディング・フレーム(ORF)を持ち、それぞれがポリペプチドに翻訳される。これらのポリペプチドは通常、関連する機能を持ち(多くは最終的な複合タンパク質を構成するサブユニット)、それらのコード配列(coding sequence、CDS)はプロモーターとオペレーターを含む制御領域にまとめられて全体として制御される。細菌や古細菌に見られるmRNAのほとんどはポリシストロン型で、ヒトのミトコンドリア・ゲノムも同様である。ジシストロン型(dicistronic)またはバイシストロン型(bicistronic)のmRNAは、2つのタンパク質のみをコードしている。
1のmRNAは、シナプス活動によって誘導され、NMDA受容体が生成するシグナルに基づいて、活動的なシナプス近傍に選択的に局在される。また、βアクチン(英語版)のmRNAのように、外部刺激に応答して樹状突起に移動するmRNAもある。アクチンのmRNAは、細胞核から輸送されるときに、ZBP1(英語版)および40Sサブユニット(英語版)と結合する。この複合体はモータータンパク質によって結合され、細胞骨格に沿って目的位置(神経突起伸長部)に輸送される。最終的に、ZBP1がSrc(英語版)によってリン酸化され、翻訳が開始される。発達中の神経細胞では、mRNAは成長中の軸索、特に成長円錐にも輸送される。多くのmRNAには、特定の場所に輸送するために、いわゆる「ジップコード(郵便番号の意)」が付与されている。mRNAは、細胞膜ナノチューブ(トンネルナノチューブ)と呼ばれる構造体を通じて、哺乳動物細胞間でも移動することができる。
真核生物と原核生物のもう一つの違いは、mRNAの輸送に関するものである。真核生物では転写と翻訳は区画的に分割されているため、真核生物ではmRNAを細胞核から細胞質へ輸送しなくてはならない。この過程は、さまざまなシグナル伝達経路によって制御されている可能性がある。成熟mRNAは修飾の処理によって認識され、キャップ結合タンパク質(CBC)(英語版)であるCBP20およびCBP80、および転写/核外輸送複合体(TREX)に結合することによって、核膜孔から輸送される。真核生物では、複数のmRNA輸送経路が同定されている。
空間的に複雑な細胞では、いくつかのmRNAは特定の細胞内目的地に輸送される。成熟した神経細胞では、ある種のmRNAが神経細胞体から樹状突起に輸送される。mRNA翻訳が行われる部位の一例は、シナプスの下に選択的に局在するポリリボソームである。Arc/Arg3.