エピデクシプテリクス
原鳥類におけるエピデクシプテリクスの系統上の位置づけは確立されていない。記載時に行われた系統解析からはスカンソリオプテリクス科(英語版)に属し、アヴィアラエクレードの基部に位置づけられるという結果が得られているこの結果は後のHu et al. (2009)での解析でも確証されている。後のAgnolín and Novas (2011)での解析ではスカンソリオプテリクス科であることが確証されたもの、この科の系統上の位置づけに関して異なる結果が得られた。スカンソリオプテリクス科はアルヴァレスサウルス科とエウマニラプトラ(アヴィアラエとデイノニコサウルス類からなるクレード)と多分岐(英語版)という結果になった。Turner, Makovicky and Norell (2012)ではエピデクシプテリクスでは成体の標本が見つかっているものの、スカンソリオプテリクス(エピデンドロサウルス)では幼体の標本しか知られていないため系統解析に含まれなかった。正確な系統上の位置決定には完全な成体の形質が必須であるためである(Turner, Makovicky and Norell 2012, p. 89)。この結果得られた系統樹ではエピデクシプテリクスは基部原鳥類に位置づけられ、エウマニラプトラには含まれなかった。Turnerらはこの系統上の位置づけは不安定であると注釈している。Epidexipteryx hui がアヴィラエの基部に位置するには最も節約的な場合と比較して2段階の形質の変化の追加が必要とされ、一方でオヴィラプトロサウルス類の基部メンバーに含まれる場合には1段階の追加で済む。