なぞぷよ
全30問。パスワードコンティニュー形式を採用。後のゲームギア単品版『なぞぷよ』のシステムのベースとなっている。全問クリアすると、「ひとりでぷよぷよ」とは別のエンディングが流れる。
本作を日本国外向けにローカライズした『ドクターエッグマンのミーンビーンマシーン』のゲームギア版とセガ・マスターシステム版にも「PUZZLE MODE」として、全く同じ問題が収録されている。
全50問。GG版とは問題が異なる。途中経過をセーブ保存可能。全問クリアすると、「ひとりでぷよぷよ」とは別のエンディング(スタッフクレジット)が流れる(上記のGG版とは、内容が異なる)。Windows版とMacintosh版はPC-98版の移植であり、問題は同じ。この作品では、宙に浮いた状態で既に4つ以上揃っているぷよは落下する前に空中で繋がって消えるという特徴がある。このシステムは、PC-98版の他の『なぞぷよ』全般にも受け継がれた。
『魔導物語』と同様の、敵を倒すと経験玉を獲得してレベルアップするシステムを採用しており、レベルが上がれば体力が増加し、問題を失敗できる猶予回数が増えるようになる。一度クリアした後は、任意の問題を選んでプレイすることが出来るフリープレイが出来るようになる。「とこぷよ」ではスコア記録はないものの、『ぷよぷよ』シリーズでは初めてこのモードでランダムでおじゃまぷよが降る仕様となっている。隠しモードであるサウンドテストの出現コマンドがコナミコマンドになっている。また、クリアしなくても隠しパスワードを入力する事によって、フリープレイに突入する。
2013年11月20日よりニンテンドー3DSのバーチャルコンソールで配信開始された。
2020年10月6日に発売された復刻系ゲーム機・ゲームギアミクロ(の一つ「イエロー」)には、プリインストールされる4ソフトのひとつとして本作が収録されている。 登場キャラクター(太字はボスキャラクター) 主人公:アルル・ナジャ 1面:ドラコケンタウロス、レイス、パキスタ、スケルトンT、ナスグレイブ 2面:ジャァーン、マンドレイク、ふふふ、ハーピー、すけとうだら 3面:ももも、ぞう大魔王、ウィッチ、さそりまん、うろこさかなびと(メロウ) 4面:シェゾ・ウィグィィ、ミノタウロス、ルルー、サタン 5面:ドッペルゲンガー
2011年11月30日に配信開始されたFlashアプリ。『ぷよぷよフィーバー』から新要素として3個・4個組のネクストぷよを配置可能。投稿型ウェブコンテンツとして、問題を投稿したり、全国のプレイヤーが投稿した問題がプレイ可能である。
2013年1月24日にはAndroid向けに、2013年4月25日にはauスマートパスにてiOS向けにもHTML5アプリとして配信が開始された。
2015年12月28日11時をもってコーナー終了。