ぷよぷよBOX
1人用ごちゃまぜモードのコース別ハイスコアランキングを閲覧できる。
連鎖ボイスは「ぷよぷよ通 復刻盤」のものがそのまま流用されているため、『ぷよぷよ通』と同じく1Pおよび3Pがアルルの魔法ボイス、2Pおよび4Pがアルルのダメージボイスとなっている。ただし、1連鎖目で相手におじゃまぷよを送り込めない状況では1連鎖目のボイス(「えいっ」「いてっ」)が流れなくなっている。これは、元々はアーケード版『ぷよぷよ通』で1連鎖目のボイスが搭載された際に採用を見送られた仕様であり、本作で実現することになった。また、敵キャラクターの登場・敗北時、試合決着時のボイスはない。以下のモードの予告ぷよの種類は『ぷよぷよSUN』のものに準じている。
「ぷよBOX」内の各モードの詳細については以下の節を参照。
ぷよぷよクエスト (クエスト)
ごちゃまぜぷよぷよ (ごちゃまぜ)
ほりあてぷよぷよ (ほりぷよ)
「ひとりであそぶ」内の「ぷよぷよクエスト」では、エンカウントモンスターの他、町の住民や、ボスキャラクターなどが登場する。『ぷよぷよ通』にも登場したキャラクターはそのグラフィックがベースとなっている。ゲーム内では戦闘になると「○○が あらわれた!!」とキャラクター名が表示されるため、以下のキャラクター名表記はそれに準ずる。 エンカウントモンスター フィールド上でランダムエンカウントするザコモンスター。 ミニゾンビ、ウィル・オー・ウィスプ、ナスグレイブ、サムライモール、マミー、バロメッツ、ふたごのケットシー、おおかみおとこ、アーちゃん、スキヤポデス、やきナスグレイブ、ハニービー、コドモドラゴン、むほほ、グレイウルフ、ゾンビ、バーニングソウル、のみ、トリオ・ザ・バンシー、スキュラ、ウッドハンター、つじぎりモール、メロウ、コカトリス、まもの、ドラゴン、サキュバス 町の住民 ぷよ勝負を申し込むことが可能な町の住民として登場するキャラクターは次の通り。 ウィッチ、キキーモラ、ちょっぷん、パノッティ、ラグナス、インキュバス、ミニゾンビ、ぞう大魔王、ももも、のほほ、パキスタ、パララ、ふふふ、さそりまん このうちウィッチとはボスキャラクターのハーピーに勝利した後に対戦可能となり、ウィッチ以外の対戦可能な町の住民と対戦するためには、ウィッチとの対戦で勝利することにより入手できる「たいせんバッジ」が必要となる。
様々なルールのCPUキャラクターと連続で対戦を行う勝ち抜き戦。「甘口コース(全10ステージ)」、「中辛コース(全20ステージ)」、「辛口コース(全30ステージ)」の3種類から選択し、順番に敵を倒していく。各コースに簡素なエンディングがあるのみで、ストーリーや漫才デモは一切ない。出現する敵キャラクターは終盤の固定ボス等の一部キャラクターを除き、毎プレイごとにある程度ランダムとなっている。このモードにしか登場しない敵キャラクターも存在する。それぞれの敵キャラクターが使うスタイルは固定されており、同じキャラクターでも使用スタイルによってグラフィックが異なるキャラクター(『ぷよぷよSUN』版のシェゾと『ぷよぷよ〜ん』版のシェゾなど)もおり、それらは同じコースに2度登場する場合もある。
使用BGMは、「甘口コース」が『ぷよぷよ』使用曲、「中辛コース」が『ぷよぷよ通』使用曲、「辛口コース」がその両方となっている。対戦背景は『ぷよぷよ』『ぷよぷよ通』のステージ背景をベースにしたもの(『ぷよぷよ』の背景は『通』形式にアレンジ)の他、本作独自の背景が2種類登場している。