IND2番街線
第2段階の予算は当初15億ドルで、トンネル建設開始のために用いられる予定であった。MTAは、5年計画の末年の2019年までにトンネル建設を開始できないと予想して、予算で割り当てる金額を削減した。これ以前にMTAは、資本計画への資金調達に問題があると表明していたが、広報によればこの時の予算削減は着工時期が不明確であることによるものであり、資金調達の問題ではないとしている。この遅延は政治家やスパニッシュ・ハーレムの住民を動揺させ、3年から4年にも及ぶ遅延に反対した。2016年4月、MTAとニューヨーク州は第2段階への資金供給を復活させる合意に達し、10億3500万ドルが割り当てられた。この予算は2017年5月までに7億ドルが割り当てられる。2017年8月には、準備工事が進められており、プロジェクトの設計は第2段階の共同企業体であるパーソンズ・ブリンカーホフおよびSTVによって進められていた。環境影響書と設計は2018年に完成した。2018年7月、MTAは2番街線最終環境書に対する補足環境評価を発行した。連邦都市交通局はプロジェクトについて影響微小と2018年11月15日に公表した。
第2段階向けの2番街線コミュニティインフォメーションセンターは125丁目のパーク・アベニューおよびマディソン・アベニューの間に2017年5月に開設する計画であった。しかしセンターの開設は2017年9月18日に遅れた。
人口密度の高いマンハッタンの下で8.5マイル(約13.7キロメートル)に渡って2番街線を建設するためには、各区間に応じたいくつかの工法を用いる必要があった。2番街線のトンネルは、直径23.5フィート(約7.2メートル)のトンネル2本でおおむね構成されている。トンネル掘削の約90パーセントはトンネルボーリングマシンによって実施された。残りの区間は開削工法か掘削発破工法が用いられ、特に駅部など、平均275メートル(約902フィート)の区間に対して適用された。各区間の工法は2003年に確定され、120丁目以北の区間について2016年に変更が発表された。
駅の費用は、駅がとても深く、掘削する必要のある空間が広大であったことから高騰した。2番街線の駅は、INDの駅同様に全長にわたるコンコースを備えているが、他の深部地下鉄駅であるロンドンのクロスレールなどはそうなっていない。各入口ごとに小さな改札コンコースを設けるのではなく、全長に渡るコンコースを設けるのは、全線開業時の見込まれる乗客数に対応するためと、非常時の脱出要件を満たすためであった。
2016年12月に、第2段階の建設費は60億ドルに達する可能性があると発表され、交通機関に関する専門家は、2番街線はあまりに高価であるため、第3段階や第4段階、将来の延長も不可能になるかもしれないと懸念を表明した。ある専門家は、2番街線第1段階は世界中の地下鉄の中で最も高価なプロジェクトであり、世界中のあらゆる地下鉄網に比べてもニューヨークで新しい地下鉄を建設する費用はかなり高いとした。2番街線の1マイルあたりの建設費は、ロンドンのクロスレールやパリのグラン・パリ・エクスプレスに比べて高いが、これら自体も世界の地下鉄プロジェクトの中ではもっとも高いとされる部類である。MTAの当局者は、2番街線がこれほど高いのは、マンハッタンの地下構造物の複雑さと、ニューヨーク市地下鉄が24時間運行をしているという事実が原因であるとした。
125丁目から61丁目のIND6番街線との連絡線までは6線となり、そこからチェンバーズ・ストリートまでは4線(複々線)、そして最終的に2線となってパイン・ストリートへ向かう。しかしこの年世界恐慌が始まり、高騰する建設費用を管理しきれなくなった。インディペンデント・サブウェイ・システムの建設の第1段階は既に予定工期より遅れており、市と州はこれ以上予算を供給できなくなった。1930年にはこの線の計画は縮小され、125丁目からハウストン・ストリートまでは1940年までに完成させ、34丁目に沿った支線は1948年までに完成させることになった。この縮小された計画は1931年に延期された。1932年には、運輸委員会はさらに費用を削減するために計画を変更し、ブロンクスの支線を減らし、南側の終点をBMTブルックリン・ループ(英語版)までに短縮した。
さらに計画が改訂され、検討も続けられた。1939年には、2番街駅の上部の短い区間を完成させただけで、建設は無期限延期された。IND2番街線は、「構想中」段階に格下げされ、運輸委員会の重要運輸プロジェクト一覧の14番に位置付けられた。路線は2本の線路にまで削減され、北側の支線はスロッグス・ネック(英語版)を通る1本のみに、マンハッタンではBMTブロードウェイ線への連絡線、そして南側への線路はブルックリンでコート・ストリート駅からINDフルトン・ストリート線へと通じることになった。