1745年ジャコバイト蜂起
アイルランドのジャコバイト結社は続いたが、ステュアート家への支持というよりは既存の体制への反対によるものであり、やがて共和派のユナイテッド・アイリッシュメン協会(英語版)に吸収された。
1747年6月にデギーユ侯爵が帰国すると、彼は海軍大臣モールパ伯爵に報告を提出したが、そこでオサリヴァンとロキールを除くジャコバイト指導者を批判、特にチャールズへの評価が「フランスにとって、ステュアート家の復位よりスコットランド共和国建国のほうが良い」と極めて厳しいものだった。
両軍の指導者にとって、1745年の蜂起はその生涯の最高峰となった。カンバーランド公爵は1757年に軍務から退き、1765年に卒中により死去した。チャールズはパリに帰還したときは英雄として歓迎されたが、1748年のアーヘンの和約によりステュアート家は再びフランスを追われた。ヘンリー・ステュアートが1747年6月にカトリックの聖職者になったことは暗黙的にはジャコバイト運動の終結の受け入れとして扱われ、チャールズが彼を許すことはなかった。チャールズは以降も再起をかけて1750年に秘密裏にロンドンを訪れたり、1759年にフランス宰相ショワズール公爵に面会してイギリス侵攻を討議したが、ショワズールは彼を無能な酔いどれとして退けた。
1766年にジェームズが死去すると、教皇クレメンス13世はチャールズの求めに応じず彼をチャールズ3世として承認することを拒否した。チャールズは失望して、苦い思いを抱いたまま1788年1月に卒中により死去した。