兵部省
仁和寺宮嘉彰親王 皇族:明治2年7月8日(1869年8月15日) - 12月23日(1870年1月24日)
欠:明治2年12月24日(1870年1月25日) - 明治3年4月2日(1870年5月2日)
有栖川宮熾仁親王 皇族:明治3年4月2日 - 明治4年6月25日(1871年8月11日)
欠:明治4年6月25日 - 明治5年2月27日(1872年4月4日)
陸軍部(明治4年7月設置) 第一局(秘史局) 第二局(軍務局) 第三局(砲兵局) 第四局(築造局) 第五局(会計局)
海軍部(明治4年9月設置) 第一局(秘史局) 第二局(軍務局) 第三局(造舶局) 第四局(水路局) 第五局(会計局)
海陸軍兵学寮
海陸軍軍医寮(明治4年7月5日太政官布告)
海陸軍糺問司
海陸軍造兵司(明治3年2月2日設置)
海軍造船司
海陸軍武庫司
海軍水路司
陸軍参謀局
陸軍三兵本部
海軍水兵部
海軍提督府
会計司(明治4年7月29日廃止) 大阪出張所(明治2年7月設置‐明治4年10月9日廃止) 十津川出張所(明治2年11月15日設置-明治3年2月25日廃止) 高輪海軍用所