国鉄EF65形電気機関車
岡山機関区配置機は広島車両所で施工された。大宮車両所とは異なり、2色更新色だが乗務員扉に加えて貫通扉もからし色という独自のデザインである。広島更新色と称することがある。また、初期に施工された1008・1010・1012・1031 - 1033号機はナンバープレートもからし色になっている。
例外として、新鶴見機関区所属の1089号機は2006年に広島車両所で更新工事が施工された。3色更新色で貫通扉もからし色という異色の塗装であったが、広島車両所に再入場して2色更新色に変更された。しかし、大宮車両所で更新工事を施工された機関車と違って青が明るく、プレートが紅葉色な点が特徴であった。
更新工事の施工車は、2009年4月現在、次のとおりである。
赤色プレートの2065号機(2021年 深谷駅)
クリーム色プレートの2101号機(2019年 城北公園通駅)
JR貨物所属のEF65 2000番台は、2016年までに所属36機が更新工事施工機のみの稼動となったため、2016年4月にかつての塗色であった国鉄特急色に復帰するようにした。これは未更新機と区別する必要がなくなったためと、更新機の塗装が国鉄特急色に比べ配色が多いため作業工程が煩雑となり、日数が増え塗料代もかさむため、これらの問題の解消及び経費削減を目的としていた。
復帰第一号は貨物2色更新色であった2139号機で、同年5月の大宮車両所での一般公開時に「EF65 2139 国鉄色復活 大宮車両所 新鶴見機関区」のヘッドマークを取り付けて展示された。同機は、JRマークが貼り付けられておらず、また、2000番台への改番時は赤プレート・金文字であったナンバープレートが赤プレート・銀文字になるなどより国鉄時代に近づけている。なお、2139号機以降2016年7月から2017年9月までに全般検査を受けた6機は、貨物更新色で出場、本格的に国鉄特急色化が始まったのは、2017年10月出場の2065号機からであった。
昭和44年度第3次債務で1023 - 1031号機が、昭和44年度第4次債務で1032 - 1039号機が製造された。呉線電化・高島線電化・特急客車列車増発・東北本線・高崎線貨物列車増発・身延線機関車形式改善用である。1023 - 1025号機が下関運転所、1026 - 1028号機が新鶴見機関区、1029 - 1031号機が宇都宮運転所に配置された。
貫通扉下側のステップの長さが手すりの内側まで短縮された以外に2次車との大きな違いは見られない。
寝台特急「あけぼの」3往復(上野 - 黒磯間)
PF形の投入によりP形・F形は貨物列車運用に転用され、再び東海道・山陽本線で一般貨物列車に充当された。
1985年(昭和60年)3月14日ダイヤ改正の際、「さくら」「はやぶさ」「みずほ」「富士」「あさかぜ」の東京 - 下関間での牽引がEF66形に置き換えられた。これは、「はやぶさ」の編成中にロビーカーを増結して牽引定数が増加し、従来のEF65形では牽引力が不足するためである。同時に東京機関区・宮原機関区配置がなくなり、それぞれ新鶴見機関区・吹田機関区に転属となった。東京機関区の運用はそのまま新鶴見機関区が担当したが、原則として東京区から転属した車両が同区に常駐の上で使用され、台車検査と交番検査の際に新鶴見区に回送された。宮原機関区の運用は新鶴見機関区と下関運転所に移管された。運用減による余裕から一部が貨物列車牽引機に転用された。東海道・山陽本線での旅客運用は5列車10本(寝台特急6本、急行4本)までに縮小されたが、東北方面での運用は急行2列車4本が追加された。
1986年11月には、国鉄分割民営化を見据え以下のような車両配置換えが行われた。
東京機関区から新鶴見機関区への移籍車のうち、分割後にJR東日本に所属するPF後期形は田端機関区へ、入れ替わる形で田端区に所属していたPF前期形の大半はJR貨物に引き継がれることから新鶴見区に移籍した。
宮原機関区から吹田機関区への移籍車のうち、分割後にJR西日本に所属するPF形は下関運転所に移籍した。
沼津機関区、稲沢第二機関区、高崎第二機関区に分散配置されていたF形が高崎第二機関区に集中配備され、同機関区のEF60形が置き換えられた。
昭和46年度第3次債務で1050 - 1055号機が製造された。山陽本線における波動輸送用を目的とし、全機が下関機関区に配置された。
継電器の変更に伴い、抵抗バーニア制御器がCS29BからCS29Cに変更された。また、スカートの変更によってKE59ジャンパ栓跡の穴がふさがれている。