文治政治
幼弱の家綱に代わり、大政参与として幕政を補佐したのがその叔父に当たる会津藩主保科正之や老中であった厩橋藩主酒井忠清らであった。正之は、浪人発生の原因である大名の改易を減らすために末期養子の禁を緩和した。寛文3年(1663年)に武家諸法度を改正(寛文令)し、殉死を禁止し、大名からの人質を出す大名証人制度を廃止した。これにより、戦国時代からの遺風を消し、将軍と大名、大名と家臣の主従関係は個人同士の関係から、主人の家に従者は仕える関係に転換することとなった。また、寛文4年(1664年)には寛文印知を実施し、将軍の地位を確立した。
農村では農地の分割相続により本百姓の零落が始まった頃であった。幕府や各藩の財源は米に依存するため、本百姓を維持するために延宝元年(1673年)に分地制限令を発布した。また、この時期は江戸が都市として拡大していく中で上水道の整備が課題となったため、玉川上水が整備された。