グラゴル・ミサ
グローリア Slava
クレド Vĕruju
サンクトゥス Svet
アニュス・デイ Agneče Božij
オルガン独奏(後奏曲) Varhany sólo
イントラーダ Intrada
以上が演奏用の「標準版」であると今日では認められているものの、自筆譜研究からは、ヤナーチェクがイントラーダ楽章を冒頭にも置いて演奏し、それによってクレド楽章を軸としてシンメトリーが出来上がるように目論んでいたことが浮かび上がってきた。しかも、その他の部分では、拍や管弦楽法の簡素化が図られたことも明らかにされている。
例えば、原典版のÚvod の記譜上の拍子は以下となっている。
5/8拍子(木管楽器・トロンボーン・チューバ・ハープ)
7/8拍子(弦楽器:記譜は5/8だが書かれている音符は7連符がほとんど)
3/4拍子(ホルン・トランペット・ティンパニ)
上記3群が同時進行する形で終始(70~72小節目のみ5/8、3/4で統一)書かれており、同じ小節にある音符の長さの合計が違うにもかかわらず小節単位では同じ速さなので、1小節=1拍として数えないと合奏をすることができないが、これは標準版では3/4拍子に統一され、四分音符でリズムを取ることが可能になっている。
Gospodi pomiluj は原典版では5/4拍子で書かれている。(標準版はリズムを変えて4/4になっている)
その他、Intrada においてはトランペットに通常見られるより高い音域での音符(E♭6:上三点ホ)が見られる、Vĕrujuでは追加の小節があるなどの違いがある。
自筆から起こされた原典版スコアはUniversal EditionよりUE34298として2012年に出版されている。