サカゲツボカビ綱
20世紀後半には、サカゲツボカビ類は、ツボカビ類や卵菌類とともに菌界の鞭毛菌類(門または亜門)に分類されていた。しかし鞭毛細胞の形態や細胞壁の組成、リジン合成経路の違いから、ツボカビ類との異質性は広く認められていた。一方で、管状小毛が付随した前鞭毛(羽型鞭毛)をもつなど卵菌類とは共通点が多く、両者をまとめて二毛菌(dicontomycetes)とすることもあった。サカゲツボカビ類や卵菌類は不等毛藻(褐藻や珪藻)との共通点が多く、これらをまとめものとして、ストラメノパイルとよばれる生物群が提唱された。やがて20世紀末以降の分子系統学的研究により、サカゲツボカビ類と卵菌類が、ツボカビ類を含む狭義の菌類(真菌類)とは遠縁であり、ストラメノパイルに属することが確かめられた。
分子系統学的研究から、ストラメノパイルの中で、サカゲツボカビ類は卵菌類の姉妹群であることが示されている。独立のサカゲツボカビ門に分類することもあるが、卵菌綱とともに卵菌門または偽菌門に分類されることもある。