整備新幹線
2017年3月現在の未着工区間は以下の通りである。
北陸新幹線:敦賀駅 - 新大阪駅間 約143 km(キロ程は東小浜駅付近・京都駅・松井山手駅付近経由) 敦賀以西はさまざまなルートの案があったが、2016年に敦賀駅 - 小浜市付近 - 京都駅というルート(小浜・京都ルート)が決定をみた。京都駅から新大阪駅へは、東海道新幹線の北側を通る「北回りルート」と、京都駅 - 京都府南部の関西文化学術研究都市付近 - 新大阪駅という「南回りルート」のふたつが提案されていたが、2017年3月15日に南回りルートが経由地を学研都市線松井山手駅付近に変更した上で正式採用された(「北陸新幹線#敦賀 - 新大阪間」および「北陸新幹線敦賀以西のルート選定」参照)。
九州新幹線長崎ルート(西九州ルート):新鳥栖駅 - 武雄温泉駅間 51 km 武雄温泉駅以東は環境アセスメントまで実施。
北陸新幹線については、フリーゲージトレイン (FGT) により、暫定的に湖西線・北陸本線への乗り入れが検討されていたが、2018年8月24日の政府与党とJR西日本の会合で「技術的課題があり、開発が難航している」との理由により、FGT導入を断念した。
また、九州新幹線西九州ルートは武雄温泉駅以西がフル規格(標準軌)による整備に変更され、武雄温泉駅以東は未着工であることから、狭軌の並行在来線が取り残される形となった。当初、FGTで標準軌区間と狭軌区間を疎通する予定であったが、FGTの導入断念と併せ、2022年9月23日にリレー方式で暫定開業することになった。
1996年、3線3区間の新規着工に伴い、国・地方・JRの負担割合の見直しを行った。
JR:受益の範囲を限度とした貸付料など
国:JR負担分を除く2/3 公共事業費 既存新幹線譲渡収入(旧スキームでJRの負担とされていたものも含む)
地方:JR負担分を除く1/3 うち90%は地方債の起債が認められ、償還の際には元利償還金の標準財政規模に占める割合に応じて元利合計の50%から70%に対して地方交付税措置を行う(JR本州3社の固定資産税軽減特例(1/2)終了に伴う地方交付税減額分を配分)。したがって地方の実質負担は約12%から18%となる。
2004年末の政府・与党申し合わせで、既存新幹線の譲渡収入の中から2013年度以降の分を前倒しする形で活用することが決まった。
また、着工予定区間である北陸新幹線(富山 - 金沢)や北海道新幹線(新青森 - 新函館)の収支改善効果試算の過程で、他社区間に乗り入れることになるJR東日本の収益増加額(いわゆる「根元受益」)が巨額(北陸390億円/年、北海道220億円/年)となることが明らかになり、この分についても負担を求める方針も盛り込まれたが、当事者のJR東日本は難色を示している。
1973年(昭和48年)11月13日、運輸大臣によって5路線の整備計画が決定された。