ヨッシー New アイランド
ウッキィやカニスキーが多数現れる洞窟コース。途中、削岩機に変身して岩を掘るエリアがある。
コウノトリによって親元へ運ばれている最中、またもカメックの襲撃にあい、たまごじまへ墜落した。ルイージを探すためヨッシー達に協力を求める。
引き続き地下コース。
ワールド2のボス。パサパサが巨大化。パサパサを取り巻きとして従えている。
未来世界から現れた大人のクッパで、スペシャルを除く全ステージをハネを使わずにクリアした状態でベビィクッパに勝利すると、突如乱入し襲ってくる本作の真のラストボス。
スペシャルを除く全ステージでアイテムのはね、もしくは金のはねを取らずにクリアすると出現する。スコアとの直接の関係はない。