恐怖の均整
その頃、スカリーはラング率いる団体のメンバーを尾行していた。男はトラを檻から出そうとしたが、突然の発光と共にトラは姿を消してしまった。不可解なことに、男は強い力で圧死してしまった。取り調べを受けたラングはまたしても一切の関与を否定した。その後、アンブローズは2人にゴリラ(ソフィー)を紹介してくれた。ソフィーは檻の中で縮こまっており、何故か光を恐れていた。
スカリーがゾウの死体を解剖した結果、事故直前にゾウが出産していたことが判明する。しかし、そのゾウはつがいで飼育されていなかったため、妊娠は不可能であった。その頃、姿を消したトラが工事現場に出現し大混乱になっていた。被害が出る前に、飼育員たちはトラを射殺することに成功したが、動物園は閉鎖されることになった。そのトラも妊娠していたことを知ったモルダーは「宇宙人が絶滅危惧種を妊娠させ、その子供を出産直前に奪い取ることで、ノアの箱舟的なものを作ろうとしているのではないか」という仮説を立て、ソフィーも妊娠しているはずだと主張した。手話でソフィーに確認したところ、モルダーの予感は的中していた。ソフィーは「赤ん坊が光に乗って飛んでいく」と手話で語った。
その後間もなくして、アンブローズにソフィーを輸送する準備を整えるよう命令が下った。アンブローズは仇敵のラングに頭を下げてでもソフィーを助けようとしたが、彼は「ソフィーを野生へ戻すしかない」と言うばかりであった。