日本学術会議
2004年に改正された法律には付帯決議があり、今後10年で日本学術会議の見直しを図るとされていた。第19期副会長であった戒能通厚は、第20期が始まった後の2006年1月の『学術の動向』において「10年後見直しと言ういわば時限的な法という理解がある」と指摘し、「今回の法改正が、日本学術会議自身の意思によって行われたものと言い難いから、日本学術会議は早急に自らの改革に取り組むようにとの激励とみていいのでは」という認識を示した。
また、戒能は今回の会員の選考基準の公表を求めるとともに、新しい組織では個々の領域だけでなく横断型・俯瞰型の課題が重要になることから、会員に対して「その主な役割は、それぞれの専門分野に限定されない領域横断・俯瞰型の知見の発揮と、調整およびマネージメントにあろうから、これらのミッションをこなす能力がないと、なかなかに大変」と指摘した。
2014年7月、「日本学術会議の新たな展望を考える有識者会議」が内閣府の科学技術担当大臣の下に設置され、翌2015年3月に報告書「日本学術会議の今後の展望について」がまとめられた。
文部省で1967年に学術審議会(当時は茅誠司が会長)が新設された頃、1968年度から科研費の審査方法や審査委員の選出方法を変更することになっていた。審査委員の選出方法について学術会議は文部省と対立。文部省は「学術会議が定数よりも多い候補者を推薦し、文部省がその中から選んで任命する」案を提示したが、学術会議側は「(学術会議が推薦した候補者を)文部省は選別しないでそのまま任命する」修正案を要求した。学術審議会の茅会長は仲裁のため学術会議側の案に近い茅提案を出すが、学術会議は応じなかった。
当該年度から科研費が大幅に増額されたため(前年度の約41億円から約50億円へ増額)、文部省側にはその審査を急ぎたい事情があったが、学術会議は「新方式は学術会議のフィロソフィにかかわる重大な変更であり、十分な検討を要する以上、本年度の審査委員推薦には応じられない」と回答した。当初、学術会議の研究費委員会は新方式に好意的であったため、文部省側で科研費特別委員会主査として折衝していた元東京大学物性研究所 所長の武藤俊之助は、「あれは背信行為」と後々まで語っていた。
なお、学術会議側には「学問研究の官僚統制、個々の研究者の政治支配を可能にする、と疑われても仕方のない改訂」という認識があった。
日本学術会議の運営費は、全額国庫負担である。「行政機関が行う政策の評価に関する法律」(政策評価法)に従い、日本学術会議の活動の事後評価は、日本学術会議事務局自らがおこなっている。
近年の国際社会の動きではハイブリッド戦争やサイバー戦争と呼ばれる工作活動も見受けられるため、2015年に防衛省が制定した「安全保障技術研究推進制度」に対し、日本学術会議は防衛省や文部科学省と議論を進め、「安全保障と学術に関する検討委員会」を設置する。検討会では、日本学術会議会長で検討会委員の大西隆と、有識者として検討会に招かれた池内了の意見が対立。大西は攻撃のための研究は駄目だが自衛研究は良い、デュアルユースは区別できるとしたが、池内は攻撃と自衛の研究は区別できず、自衛のための研究も認められないと主張した。学問の自由が保障されるかという観点では、大西は研究成果が公開されるので問題ないとしたが、池内は防衛省職員が研究進捗の管理に関わることから「担保されるはずはない」とした。サイバー犯罪の大規模化がサイバー攻撃として「武力の行使」に近いものになるという懸念も示された。
2017年には「軍事的安全保障研究に関する声明」を発表し、報告『軍事的安全保障研究について』もまとめられた。声明には1950年と1967年の声明を継承するという文言が含まれ、「安全保障技術研究推進制度」で政府の人間である防衛省職員が進捗管理に関わることの懸念も表明した。また、報告では「自衛目的の技術と攻撃目的の技術との区別は困難な場合が多い」と明記された。
1948年(昭和23年)7月 - 日本学術会議法公布
1949年(昭和24年)1月 - 内閣総理大臣の所轄の下、日本学術会議が設立(前身の学術研究会議は廃止され、日本学士院は日本学術会議の中に置かれる。)
1949年(昭和24年)6月 - 総理府の設置に伴い、総理府の機関となる(なお、同年総理府には科学技術行政協議会が設置された。)
1956年(昭和31年)4月 - 日本学士院が日本学術会議から独立(日本学士院のみ文部大臣の所轄に移る)
1970年(昭和45年)7月 - 日本学士院庁舎(上野公園内)から移転
1984年(昭和59年)5月 - 会員選出方法を公選制から学会推薦制へ変更
2001年(平成13年)1月 - 中央省庁再編に伴い、総務大臣の所轄となり、総務省の特別の機関となる
2005年(平成17年)4月 - 再び内閣総理大臣の所轄となり、内閣府の特別の機関となる
2005年(平成17年)10月 - 会員選出方法を日本学術会議が自ら選考する方法へ変更し、7部制から3部制への改組、連携会員の新設などの組織改革を行う
学術研究会議を前身とし、学術体制刷新委員会の議論を経て1949年に発足。研究者による直接選挙を実施し、当時は「学者の国会」と呼ばれた。政府への勧告で多くのセンターや研究所の設立を実現し、原子力研究三原則を提言。南極特別委員会で南極探検にも貢献した。しかし科学技術庁や科学技術会議の設立に伴い政府への影響力は低下していき、「政策提言機関として十分力を発揮したのは、1970年代まで」と言われている。
紛糾の末1983年に法改正がなされ、会員選抜は登録学術協力団体による推薦に基づく内閣総理大臣の任命に変わる。さらに日本学術会議不要論も叫ばれる中、中央省庁等改革基本法に端を発する改革過程の末、2004年の法改正で2005年から組織改編。会員はコ・オプテーション(英語版)方式になり、組織も7部構成から3部構成になって縦割りの打破が図られた。政策への提言なども総合科学技術会議と棲み分けられ、一般向けサイエンスカフェも活動に加わった。
一方で国際学術会議など40を超える国際学術団体に日本を代表して加盟しており、各団体の国際分担金も日本学術会議予算で賄われている。国際科学会議 (ICSU)(現在の国際学術会議)では14万ドルを支出し世界3位の地位を占め、日本から吉川弘之会長、黒田玲子副会長を輩出した。また、日本学術会議はアジア学術会議をリードし、事務局、事務局長を担っている。