日本大文典
しかし、1608年にマカオで騒擾を起こした日本人船員が弾圧され、翌年の殿中の権謀を経て、徳川幕府は1610年初頭にポルトガル商人を朱印船やオランダ・スペインに置き換えることを決議し、ポルトガル船が襲撃された。このノサ・セニョーラ・ダ・グラサ号事件後、ほとんどの宣教師が長崎に残ることを許可されたものの、ロドリゲスはイギリス人ウィリアム・アダムズに交代させられた。
その後ロドリゲスは中国伝道に加わり、1620年に文法書の改訂版『日本語小文典』(ポルトガル語: Arte Breue da Lingoa Iapoa)をマカオで出版した。これにより『日本大文典』での文法の扱いが改められ、日本語の主な特徴に関する明確で簡潔な法則を確立した。
長崎において出版された『日本大文典』は、オックスフォード大学ボドリアン図書館とクロフォード伯爵家にそれぞれ所蔵されている2部のみが現存している。この他に、レオン・パジェスによる写本がある。