九州新幹線
前述のように急勾配区間が多い路線のため、対応可能な車両として800系とN700系7000・8000番台が開発・製造された。
博多駅 - 熊本駅で「つばめ」の普通車指定席に乗車できる2枚つづりの回数券。アミュプラザ博多などで利用できるお買い物利用券がセットになっていた。お買い物利用券は2011年6月の発売開始時は1500円分だったが、2013年4月利用分から1000円分に変更されていた。 2015年3月31日をもって発売を終了した。
2004年(平成16年) 3月13日:九州新幹線(鹿児島ルート)新八代駅 - 鹿児島中央駅間 (126.8 km) が開業。新八代駅 - 鹿児島中央駅間に「つばめ」を運転開始。800系が営業運転開始。鹿児島本線の特急「つばめ」は「リレーつばめ」に改称して運転区間を博多駅 - 新八代駅間に短縮。「つばめ」と「リレーつばめ」は新八代駅の同一ホームで接続。並行在来線である鹿児島本線の八代駅 - 川内駅間が、JR九州から肥薩おれんじ鉄道に移管。 6月24日:博多 - 新八代間の工事実施計画追加認可(博多駅ホームの1面2線増設、船小屋駅(仮称)の設置)。。 12月16日:「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党中間申し合わせにおいて、新たな財源スキーム(既設新幹線譲渡収入の前倒し活用など)および着工区間が決定。九州新幹線(鹿児島ルート)博多 - 新八代間については「2010(平成22)年度末の完成を目指す」とされた。
2005年(平成17年) 3月25日:全国新幹線鉄道整備法施行令の一部を改正する政令案を閣議決定。
「つばめ」は新八代駅 - 鹿児島中央駅間の部分開業と同時に運行を開始した。上下ともに毎時2本が運行され、通過駅のある速達タイプと各駅停車タイプがそれぞれ毎時1本運行されていた(朝夕は各駅停車タイプのみ毎時2本)。東北・上越・長野新幹線同様、速達タイプと各駅停車タイプで同一名称が用いられていた。また、列車番号の後ろに付く英字も「A」ではなく「F」が使用されていた。
博多駅 - 新八代駅間では在来線特急「リレーつばめ」が運転され、新八代駅で「リレーつばめ」と同一ホームでの対面乗り換え方式で接続し(接続時間3分)、「つばめ」と「リレーつばめ」は一体的に運行されていた。
速達タイプ(1号 - 23号)は基本的に川内駅のみ停車。接続する「リレーつばめ」も鹿児島本線区間では停車駅の少ない速達タイプで運行されていた。各駅停車タイプ(31号 - )も「リレーつばめ」と接続が基本であった。
「つばめ」の名称は、一般公募で列車名を募った際の第5位の得票数であった。最多得票を集めたのは「はやと」であったが、スピード感があり、また南から北上して春を告げる鳥というイメージと、戦前から長年使われてきた伝統ある列車名であることから採用された。
福岡県 - 熊本県間の公共交通機関分担率の変化は、全区間がフル規格着工された2000年度には、鉄道(JR定期外)71%、乗合バス28%、航空1%であり部分開業後の2004年度は鉄道63%、バス36%、航空1%、全区間開業後の2011年度でも鉄道65%、バス34%、航空1%とほぼ横ばいである。
運行本数の変化は、2000年10月時点では、鉄道 41本、高速バス 50本であったが、2004年10月時点では鉄道が41本と横ばい、高速バス80本と大幅に増加し、2011年3月時点では鉄道が65本と増加したものの、高速バスも80本と多数運行されている。
鉄道利用実績は、2000年度時点では440万人であったものが全線開業直前の2010年度には402万人と緩やかな減少傾向がみられていたが、全線開業後の2011年度には460万人と増加に転じ、2013年度には503万人に増加している。また、定期利用についても2000年度は102万人で2010年度には113万人であったものが、2011年度には146万人に増加し、2013年度には167万人に増加している。
12月26日:博多 - 新八代間の工事実施計画(その2)を追加認可。工事完了予定時期を2010年(平成22年)度末に変更し、完成に向けて駅形態等を認可。
2006年(平成18年) 2月13日:博多 - 新八代間線路建設工事およびこれに伴うJR九州鹿児島本線仮線工事並びに県道、市道及び農業用用水路付替工事等について、国土交通大臣より土地収用法に基づく事業認定が公示される。
2007年(平成19年) 5月1日:博多 - 新八代間線路建設工事及びこれに伴う附帯工事並びに市道、町道、水路、農業用道路及び農業用水路付替工事について国土交通大臣より土地収用法に基づく事業認定が公示される。
2009年(平成21年) 8月4日:九州新幹線(鹿児島ルート) 博多 - 新八代間の工事実施計画追加認可(工事予算が8,920億円に増額)。
2011年(平成23年) 3月9日:鉄道建設・運輸施設整備支援機構から申請されていた、鹿児島ルートの博多 - 新八代間の貸付料について、国土交通省が同日付で年額81.6億円として認可。