フランツ・フェルディナント・フォン・エスターライヒ＝エステ
1900年7月1日に2人の結婚式は挙行されたが、フランツ・ヨーゼフ1世は出席を拒否し、彼の弟妹や他の皇族が出席することも許可しなかった。結婚後もゾフィーは冷遇され続け、公式行事においては幼児を含む全ての皇族の末席に座ることを余儀なくされていた。また、それ以外の公の場(劇場など)でもフランツ・フェルディナントとの同席は許されなかった。このような複雑な経緯もあって、フランツ・フェルディナントは「皇太子」とはあまり呼ばれず、「皇位継承者」と遠回しな呼ばれ方をされるようになった。
1913年11月22日にゾフィーと共にイギリス・ノッティンガムシャーのウェルベック修道院を訪れ1週間滞在し、その後はウィンザー城を訪問してジョージ5世、メアリー・オブ・テック夫妻と共に1週間過ごした。回顧録によると、フランツ・フェルディナント夫妻はウェルベック修道院の式典に出席した後に同地の射撃大会に参加したが、そこで銃の暴発事故に遭ったという。
フランツ・フェルディナントは当時のヨーロッパ貴族の中でもとりわけトロフィー・ハンティングを愛好し、彼の日記には約30万頭の動物を仕留めたことが記されている(その内5,000頭は鹿だったという)。彼の城には仕留めた10万頭の動物の頭部が展示されており、他にも様々な骨董品をコレクションしていた。
オーストリア皇室では、フランツ・フェルディナントが皇位継承者として認定されるようになると結婚話を進めるが、彼にはボヘミアの伯爵家出身でテシェン公フリードリヒの妃イザベラの女官であったゾフィー・ホテクという恋人がいた。
2人は1894年にプラハで出会い恋に落ち、それ以降フランツ・フェルディナントはプレスブルクのテシェン公家の別荘を頻繁に訪れるようになった。ゾフィーはフランツ・フェルディナントの結核回復を祝う手紙を彼の療養先のロシニ島に送っている。2人は周囲に関係が露見しないように細心の注意を払っていた。
しかし、フランツ・フェルディナントが蓋付き腕時計をテシェン公家に忘れたことがきっかけで2人の恋が露見することになった。当時腕時計の蓋の裏に意中の女性の肖像画を描くのが流行しており、忘れ物を預かったイザベラは、彼が足繁く通うのは長女マリア・クリスティーナに気があるからだと信じて時計の蓋を盗み見たため、ゾフィーとの恋が露呈した。
オーストリア帝室は由緒ある王家の出身者以外との結婚を認めておらず、次期皇帝がチェコ人の女官のような身分の低い女性と貴賤結婚するのに反対したが、フランツ・フェルディナントはゾフィー以外の女性との結婚を拒否した。最終的に、フランツ・ヨーゼフ1世はゾフィーが皇族としての特権を全て放棄し、将来生まれる子供には帝位を継がせないことを条件に結婚を承認した。