ハネモ目
藻体は細胞壁で囲まれる。細胞壁を構成する主要繊維多糖はセルロースではなく、分類群や生活環での時期によって異なる。世代交代を行うもの (ハネモ、ツユノイトなど) では、配偶体がβ-1,4-マンナン、胞子体がβ-1,3-キシランを主とする。一方で世代交代を行わないものではグループによって主な繊維多糖が異なり、ミル属ではマンナン、イワヅタ属などではキシランを主とする。サボテングサ属やハゴロモ属などでは、細胞壁に炭酸カルシウムがアラレ石(アラゴナイト)の形で沈着して石灰化する。
藻体内の大部分は大きな液胞で占められ、葉緑体などの細胞小器官を含む細胞質は表層近くに薄く分布する。活発な原形質流動を示し、これによって昼夜で葉緑体の分布を変化させるものもいる。藻体は細胞質分裂を伴わない核分裂を行い、多数の核を含む体になる。核分裂は閉鎖型、中間紡錘体は残存型。ときに極に中心小体が存在しない。
葉緑体は盤状、多数。