ヨハン・ブリュイネール
しかし、アモリ・スポル・オルガニザシオン(ASO)と国際自転車競技連合(UCI)が、当年のツール・ド・フランスの主導権争いを巡ってシーズン前から対立を極め、2月13日、ASOが主催するレースに、2006年、2007年のツール・ド・フランスでドーピング問題に揺れたアスタナを招待するわけにはいかないとして、ツール・ド・フランスへの招待状を見送った。また、ASOの動きに同調していたジロ・デ・イタリアの主催であるRCSスポルトも、ジロ・デ・イタリアに当初はアスタナに対して招待状を送っていなかったが、コンタドールがバスク一周で総合優勝を果たしたことや、クレーデンもツール・ド・ロマンディを、さらにライプハイマーがツアー・オブ・カリフォルニアを制した実績が買われて急遽招待を受けることになったが、コンタドールが調整不十分な状態で出場しながらも総合優勝を果たした。
2009年のツール・ド・フランスではコンタドールが総合優勝に返り咲き、4年ぶりに現役復帰したアームストロングも3位となった事で、それに伴ってブリュイネールのマネジメント能力を再評価する向きも散見された。
しかし、その直前の7月2日、アスタナチーム創設の主要メンバーだったヴィノクロフが、自身の出場停止期間終了に合わせて現役復帰を発表。自分の復帰を受け入れないならブリュイネールはチームを去るべきとの発言を受け、この年限りで監督を辞任した。
同年、ランス・アームストロングが立ち上げたチーム・レディオシャックのチームマネージャーに就任。
4月22日 長年にわたるアンチドーピング規則違反があったとして、10年間の活動停止処分を下された。