忍者
伊賀衆甲賀衆の一部は本能寺の変の際に、堺(現・大阪府堺市)の見物に訪れていた徳川家康を護衛して伊賀越えを行なったことから、徳川幕府に召抱えられるようになった。この際、200名程の伊賀衆が仕官したが、1582年から1615年の間に75名が死亡しており、記録によれば危険な城攻めの前線などに投入され戦死した者が多かったという。その過酷な任務に対し、知行は10石程度と薄給であった事もわかっている。
伊賀越以前からの家臣であった服部半蔵は重用され、江戸城の城門の一つにその名が付けられ、現在も東京の地名「半蔵門」として残っている。彼らは、徳川幕府のために諸大名の内情を探るだけでなく、江戸城下の世論調査、大奥の警護、空き家となった諸屋敷の管理なども担当し、同心として江戸城下の治安の警護に当たった。
徳川家光(家光体制)時、老中(松平信綱・阿部忠秋・堀田正盛)、御側(中根正盛)は、武断政策を強硬に進めた。その結果、浪人が増え社会問題化し、島原の乱や慶安の変といった大規模な事件(一揆)が発生した。大目付として諸国の様子の監視を任とした中根正盛が配下の国目付 (諜報員) を諸方に派遣して、その動きを詳細に調べさせた。島原の乱に出陣した討伐上使・松平信綱を近江国水口宿で出迎えた甲賀之古士共(甲賀衆百余名)は、かねてより存知の間柄にあった信綱に参陣への懇願をしたが、集団的な参陣は認められず10名のみが随行を許されることとなる。