小御所会議
鳥羽・伏見の戦いに勝利した新政府は、徳川家追討とともに新たな行政制度を整える必要から三職の下に七科を設置、のちに三職八局制となる。
この間、名目的に要職に任じられた公家・諸侯らが実務に疎かったことから、倒幕派各藩などから召集された徴士が実務を握り、維新官僚として成長し、次第に行政の主導権を握るようになる。
1月に由利公正(越前藩士)が起草した新政府の方針案
『議事之体大意』
一 庶民志を遂け、人心をして倦まざらしむるを欲す(四民等しく皆それぞれの志を実現できる社会を目指す)
一 士民心を一にし、盛に經綸を行ふを要す(士民等しく協力して、産業を興し国家を治め整えていく)
一 知識を世界に求め、廣く皇基を振起すべし(欧米の進んだ文明を学んで、国家を発展させる)
一 貢士期限を以て、賢才に讓るべし(高位にある者は期限を限り、知恵才覚のある者に後を譲り、権力を独占してはならない)
この由利の草案を土佐藩の福岡孝弟が改変して『会盟』と題した。「列侯会議を興し」の字句を挿入し、「私に論ずるなかれ」を削除した。「庶民志を遂け」を「官武一途庶民に至る迄各其志を遂げ」に変え、「士民」を「上下」に差し替え、身分制を前提としたものにした。
上記のような閉塞状況を打破するため、大久保利通や岩倉具視は秘かにクーデター計画を練る。12月8日夕方から深更にかけて行われた朝議で、毛利敬親(長州藩主)・広封(同世子)の官位復活と入京許可、三条実美ら八月十八日の政変で追放された5人の公卿の赦免、および岩倉ら謹慎中の公卿の処分解除が決定された。翌9日未明、公卿たちが退廷した後、待機していた薩摩藩・土佐藩・広島藩・尾張藩・福井藩の5藩の軍が御所9門を固め、摂政・二条斉敬をはじめ要人の御所への立ち入りを禁止した後、明治天皇臨御の下、御所内学問所において王政復古の大号令が発せられた。新政権の樹立と天皇親政をうたい、摂政・関白と征夷大将軍職の廃止、新たに総裁、議定、参与の三職を置くなどの方針が発表された。これにより、二条摂政や中川宮朝彦親王ら親幕府的な公卿は発言権を失うことになった。
この大号令を受けて早速、新設の三職を小御所に召集して12月9日18時頃から小御所会議が行なわれた。
薩摩藩の大久保利通、小松清廉、西郷隆盛らは、慶応3年(1867年)5月の四侯会議の失敗から、従来の公議体制路線を改め、武力倒幕路線に転換する。大久保らは謹慎中の公家・岩倉具視と連携し、討幕の密勅を得るべく朝廷工作を始めていた。軍事的緊張が高まるなか、土佐藩では坂本龍馬に助言(船中八策)された後藤象二郎が、武力激突を回避する大政奉還論を前藩主・山内容堂に提案。自らの政治的影響力を保持したいと考えた将軍・徳川慶喜は在京の諸藩士を10月13日に二条城に招集して大政奉還を諮問(14日に明治天皇に奏上して15日に勅許)。同じ13日、薩摩藩へ(翌日には長州藩へ)討幕の密勅が下される寸前に、討幕派の機先を制した恰好となった。
慶喜としては、まだ年若い明治天皇(当時数え16歳)を戴く朝廷に政権担当能力はなく、やがて組織されるであろう諸侯会議で自らが議長もしくは有力議員となるなどの手段で、政治的影響力を行使できるだろうという目論見の上での政権返上であった。果たして倒幕派の勢力はまだ弱く、10月21日に朝廷は討幕中止を指示。翌日には大名会議開催までの庶政を慶喜に委任する決定を下し、さらに23日には外交権がまだ幕府にあることを認める通知を出す。こうした状況下、24日に慶喜は将軍職辞職願を提出するが、これは一時朝廷から却下された後、受理されている。
倒幕派は勅命を出して諸藩に上京を命じるが、政局の激変に様子見している藩が多く、応じる藩は少なかった。11月13日、島津茂久(薩摩藩主)率いる薩摩軍3000人が上京するが、他藩の動きは鈍かった(なお同じく倒幕派の長州藩は禁門の変以来朝敵となっており、入京を許可されていなかった)。