シャドウハーツII
今作からの新要素。コンボが4人(一部のイベント時ではパーティー人数の違いにより3人)まで繋がると、最後の4人目が使用できる強力な魔法。使用できる種類はコンボに参加したキャラクターの属性に左右される。紋章を装備できないウルと蔵人の魔法使用時の掛け声が聞けるのは、連携魔法使用時のみ。未使用の連携魔法は「????」という表記がされているが、一度でも使った連携魔法は名前が表示される。ちなみに、連携魔法の名称は前作のハリーが使用していた超能力(および『クーデルカ』で使用されていた魔法)の名称をいくつか引き継いでいる。
連携の項目にある立ち位置の変化や、ウルが体の大きなフュージョンモンスターにフュージョンすることで人数以上の連携が可能となる。その際に定数以降は続けて連携魔法を使用できる(例:4人の場合は4人目が連携魔法を使った後、5人目以降も連続して連携魔法を使うことが可能)。
声 - 梅津秀行
石村の命を受け、謀略の影で暗躍する陰陽師。公家を思わせる化粧と服装をしており、常に宙に浮く不思議な座布団に座っている。ライブラリによれば、安倍晴明から数えて十八代目の正当な血筋で、現在は白寿を迎えた顔面に深い皺が所狭しと刻まれ、ウルやアナスタシアばかりかライブラリの項目にすら「キモい」と評されているが、若い頃は驚くほどの美男だったという。
「陣」を構成することで亜空間に大規模な結界を作り、そこにウル達を閉じ込めたり、蔵人を洗脳して操ったりと、その言動に恥じぬ強力な陰陽道の力を持つ。ウル達には威厳ある態度を取っているのだが、ウルからは「とっちゃん坊やの陰陽師」と呼ばれ、浮く座布団ばかり注目されてパーティーの誰からも真面目に相手にされず、逆上するなどギャグキャラとしての色合いが強い。
戦闘の際には閻魔大王を自らに憑依させ、「閻魔・雅藍」となって大幅に強化された形態となって登場する。ウル達とは二度戦い、激戦の末に死亡するが、終盤の隠しダンジョンでは霊体の「五道転輪・雅藍」として復活しており、展開によっては三度戦うこととなる(この時点で蔵人からは悪霊扱いされている)。
水の力を持ったフュージョンモンスター。「アムニス」「マーレ」「ペネフィキウム」の三種類。第三形態のペネフィキウムは空中を浮遊する水龍の姿をしている。全体的に回避率が高く、回避率を高める固有技や、単体ながら大量のHP(体力)を回復する固有技を持つ。
主人公であるウルの心の中に存在する世界。ヤドリギの呪いを受けてから、内部は大幅に様変わりした。「ソウルエナジー」を溜めることで、新たなフュージョンモンスターを手に入れる事ができる。ウルと深く関わりのある人物の魂もイベントにおいて登場する。
今作からの新要素。キャラクター同士の相性を表すもので、0〜100までの数値をとる。数値の高低がストーリーに影響を及ぼすことはないが、上昇すると戦闘時にそのキャラクター間でのコンボによるダメージが上昇し、コンボリングの入力受付時間が延びる。同時に戦闘に参加し勝利することや連携魔法を使うことで少し上昇し、連携を行ってさらにコンボ時の行動をショートカットボタンで指定すると大幅に上がる。減少することはない。初期値は0だが、ストーリー上特別な関係である一部のキャラクター間では最初から一定の数値が設定されている。
その際に「愛する者を二度失った」と述べている(そういう意味ではウルもまたアリスを二度失っている)。エミグレの秘術の時空を歪める力を応用し、飛鳥・石舞台に秘された荒神の力をヨリワラにすることで巨大な銅鐸(どうたく)を出現させた。加藤は時間を巻き戻すことで現代を消滅させ、今の世を作った人々がまだ生まれ出ぬ時代から現在を違った未来にしようと目論む。
倭に眠る荒神達の力を借りて、古代史上最強の荒魂(あらみたま)「素戔鳴(すさのお)」に変身し、巨大な武神の姿となり、周囲に死した三猿衆の魂を八坂瓊勾玉・八咫鏡・草薙剣として従えて最後の決戦に臨んだ。敗北の際は心配するウルに対して「これでいい...、これでいいのだ」と言い残し、現代に帰る方法を告げ、光の粒子となって消え去った。 素戔鳴(すさのお) 飛鳥・石舞台に秘された荒神の力を得た加藤の戦闘形態。本作におけるラストボスである。最後の敵に恥じぬ強さを持っており、生半可な実力で挑めば返り討ちにされる。三猿衆の魂が具現化した三種の神器(八咫の鏡、草薙の剣、八尺瓊勾玉)を従える。
声 - 宮澤正
帝国陸軍の兵器開発部門、藤堂技術研究所の責任者。自分の好きな研究に没頭する毎日で、政治や世の中の動向にはまるで興味がない。石村からニコルの精神に宿るアスタロトの抽出を依頼され、また藤堂自身も怪物の魅力に取り付かれ実験を開始。ニコルの自我が崩壊するまでアスタロト分離実験を続けたため、アスタロトは契約者の肉体を乗っ取り現世に降臨。結果、藤堂技研は全焼し、彼自身も責任を負わせられることを恐れ、最終兵器・富岳(ふがく)に搭乗し、ウル達の抹殺を図るが敗北。富嶽の爆発に巻き込まれ爆死した。
声 - 沢口千恵
前作のヒロイン。前作におけるバッドエンドルートでウルに代わって呪いを受け死亡している。ウルの最愛の女性で、ゼペットの義理の姪。死亡した後もウルの心の奥に宿り、その深い愛情でウルを暖かく包み込んでいた。心を殺すヤドリギの呪いでもウルと彼女を繋ぐ愛を消すことはできなかった。なお、物語の終盤でウルとアリスが対話する場面が、ディレクターズカット版ではリアルタイムムービーからプリレンダリングムービーに変更されている。
終盤では生き返りかけるも失敗。一瞬だけ復活しウルに微笑みを見せて消滅した。その後、彼の精神世界にて再び再会。彼女との接触によりウルは迷いを晴らし、ヤドリギの呪いによるパワーダウンを完全に克服した。
グッドエンドではヤドリギの呪いに囚われたウルの前に現れ、彼を救い出し共に天へと旅立っていった。「幸せを見つける」ことこそが呪いを解く唯一の方法であった。そしてウルの魂は「アリスと出会った頃に戻りたい」という無意識の願いにより、「シャドウハーツ」の始まりまで導かれた。
声 - 中村大樹
サピエンテス・グラディオの暗殺部隊「鉄の爪」の隊長。筋肉質なスキンヘッドの大男。年齢は26歳。秘密結社の幹部でありながら、根は正直者のお人好しで、任務中以外は地下鉄で老婆に席を譲ったり、チンピラに絡まれている人を助けたりしている。暗算が得意だったり、若い頃に着ていた服をほつれひとつ無く取っておくなど、几帳面な部分もある。
サントマルグリット島の監獄にて、ロジャー奪還のため現れたウル達と交戦。部下は全員打ち倒され「鉄の爪」の最後の一人となるも、レニは最後までウル達に立ち塞がり、モンスター「ゴッドハンド」に変身して死闘の末敗北した。最後は自らの手で壁に開けた大穴から身を投げる。
しかし終盤の隠しイベントでは生存していることが判明し、決着をつけた場でウルと再会する。組織がなくなった以上戦う理由もなくなったことを明かし、これからどうするかはゆっくり考えてみると告げ、ウルにかつて使っていたジャケットを渡す。また、彼に恩を受けた「鉄の爪」の戦闘員の唯一の生き残りと出会うイベントもあり、その生き残りも組織崩壊後は真っ当な人生を歩んでいた。
続編である『シャドウハーツ・フロム・ザ・ニューワールド』では、主人公であるジョニーの執事として登場している。