メトロイド アザーエム
一定時間同じ方向に走り続けると背中のブースターが発動し全身に青い光を纏って高速ダッシュする。敵や特定の障害物を破壊したり急な斜面を登ったり出来るようになる。
ボトルシップのデータ上は存在していない極秘エリア。最重要事項を扱う区域であり、メトロイド軍事化計画の完成形である遺伝子操作で低温への耐性を得たメトロイドが培養されていた。最終的に、アダムが施設にダメージを与えたことで自爆装置が作動し、彼自身とメトロイドもろともコロニーから切り離されて爆発、宇宙の塵となった。そのためサムスが到達できるのは入口のエントランスまでとなり、セクター切り離し後はエリアその物が消失している為、内部に潜入する事は無い。
メインセクターにて登場する、巨大な紫色のクリーチャー。大きな単眼を持ち、二本の触手を腕として用い、強烈な打撃攻撃を行う。
巨大な一体の生物に見えるが、実際は紫色の小さな甲虫であるバラッグが大量に群がり、一つの生物として振る舞っているに過ぎない。研究員の遺体の下から現れたバラッグに驚いたライアルが衝動的に発砲、攻撃した為に彼らを外敵と認識、第07小隊らに襲いかかった。
単眼の正体は、甲羅に目玉模様のついた親虫エンペラー・バラッグで、他の子虫を制御している。そのため、親虫を倒されると、体を構成していた子虫は退散する。
このボス戦のみ、第7小隊のメンバーとの共闘となる。身体を構成してる子虫を凍結させてミサイル破壊し、剥ぎ取っていくのだが、この時点ではアイスビームを使えないので、第7小隊にアイスビームと同じ効果を持つフリーズガンで凍結させてもらう。
撃破後もバラッグはボトルシップ各所に登場するが単なる背景扱いで襲いかかってくる事はない。
ボトルシップにおける生体兵器研究の中心地。メインとなる研究設備やデータベースがあり、初めてクローン再生されたメトロイドが成長したクイーンメトロイドが飼育されていた。施設内やゲートロックにはデスバルク星人が多数配備されており、終盤になるまで最奥部に到達することはできない。
セクター1内の樹木に擬態している、六本足のキリンのような生物。弱点のコアから、こちらを追尾してくる毒玉をばらまく。体は上下を反転させることもでき、攻撃方法が若干変化する。