戦場のヴァルキュリア4
その後、サブエンジンで起動したセンチュリオンの機関室で、名前以外の記憶を失った12歳の少女アンジェリカが発見され、努力家で健気な彼女は皆のマスコットとして愛されるようになる。
物資補給のために立ち寄った街で、クロード達はかつての幼馴染で、カイの兄の『本物のカイ・シュレン』であるフォルセと再会する。帝国将兵となり、ヴォルツの参謀を務める策略家のフォルセは、妹のリナ(カイ)をスパイとして利用していたが、戦争に対する価値観をめぐって兄妹は決別することになる。
敵によって撃沈されかけた一番艦キャバリエは、最後の選択として「ヴァルキュリアの力」を暴走させて大爆発を起こす。その爆発からセンチュリオンを救うため、ヴァルキュリア人の資質を持っていたアンジェは主機関の動力室に戻り、メインエンジンを復活させる。その後、ヴォルツとヴァルキュリアを打ち破ったセンチュリオンは、帝都へと艦を進める。
戦闘中に負傷したモーガン艦長の代行として全指揮権を移譲されたクロードは、帝都に進撃したセンチュリオンで『A2爆弾』を起爆し、帝都すべてを大爆発で無力化することを決断する......。だが、それは100万人以上の帝国市民を殺戮し、メイン動力にいるヴァルキュリアの少女「アンジェを犠牲にする」ことを前提にした非道な作戦であった。
帝都目前でセンチュリオンは、策略家のフォルセにより包囲されてしまう。その包囲網を突破するために、ラズは随行者1名とで決死隊として突撃し、敵の防衛装置を破壊したのちに名誉の戦死を遂げる。帝都へと進撃したE小隊は、次々と際限なく投入される帝国軍とキアラを退ける。だが、フォルセ率いる帝国兵がセンチュリオンに侵入したことから、艦内での迎撃戦を強いられる。
ヴァルキュリアの少女達を救うことに妄執するフォルセは、自身を止めようとする妹のカイに撃たれ、クロードに「アンジェを救ってほしい」と言い残して息絶える。帝国に勝利するため多くの犠牲を払い、クロードが「A2爆弾」の起爆スイッチに手をかけたその瞬間、連邦と帝国との停戦がなされた放送が鳴り響くのであった。
ゲームは手記を読み進める章立てになっており、主人公クロードが率いるE小隊の活動を中心に進められる。メインシナリオは全18章で、鹵獲武器入手や装備アイテム獲得、前日端やサイドストーリーなど多岐にわたる「断章」がある。
手描きの水彩イラストが動くグラフィック表現「CANVAS」(キャンバス)は、以前より手描き感を追求し、密度も増し緻密な表現へと進化した。輪郭線のズレや、色のはみ出し、斜線で描かれる影、文字で現れる効果音などで、独特なゲーム世界を演出している。
新システムとしては、イージーモードが搭載されたほか、戦闘中のセーブ&ロードが可能となっている。