ミニストップ
四国地方は当初、四国旅客鉄道(JR四国)との合弁会社「ジェイアール四国エムエスネットワーク」(1995年設立。出資比率はJR四国80 %、ミニストップ20 %)による出店だったが、他チェーンとの競争に敗れ、とりわけ2001年のファミリーマート進出で大打撃を受けたことと、JR四国の経営難により2004年3月31日にJR四国保有の全株式を2億3700万円でミニストップ本社に売却し、社長も含めたJR四国からの役職員も引き揚げ、翌4月1日付で社名を「四国エムエスネットワーク」に変更した。さらに同年8月2日付で同社はミニストップ本社に吸収合併された。現在は合弁会社が経営していた香川県内の不採算店舗を閉鎖する一方で、四国他県への出店を進めており、2005年6月25日には徳島県へ出店した。
2010年9月1日には高知県を中心に店舗展開しているスリーエフ中四国と、四国地区において業務提携した。ミニストップは高知県と愛媛県の中予以西に出店しておらず、逆にスリーエフは香川県に出店していない(徳島県もほとんどない)ため、商圏が重複しないことから提携が実現した。なお、スリーエフは2015年1月30日限りで四国から撤退したため、この提携も解消となった。
2009年の改正薬事法施行を受けて、イオンのドラッグストアグループハピコム加盟各社がドラッグストアとコンビニエンスストアの一体型店舗を展開していた(いずれも現存せず)
グリーンシア・ミニストップサテライト - ハピコムの一員であるウエルシア薬局が運営するドラッグストア(薬局)との複合店。関東地区で2店舗展開していた(練馬豊玉店、日野万願寺店)。イオン銀行ATM設置。ファーストフード商品の取り扱いはない。レジはウエルシアのものを採用しているため、開業当時は電子マネーによる決済が不可だった。ミニストップから供給を受けている弁当・雑誌類など一部商品を除き、Tポイントの付与が可能。展開されていた2店舗はいずれも後にドラッグストア(ウエルシア)へ業態転換された。
タキヤ・ミニストップサテライト - ハピコムの一員であるタキヤ(現・ウエルシア薬局)が運営するドラッグストアとの複合店。関西地区で展開しており、営業時間は16時間であった。イオン銀行ATM設置。ファーストフード商品の取り扱いはない。後述する「れこっず」への屋号変更により、現在は展開されていない。
れこっず - ハピコムの一員であるCFSコーポレーション・タキヤ(現在は2社ともにウエルシア薬局へ統合)とミニストップが共同出資した株式会社れこっずにより運営されているドラッグストアとの複合店。イオン銀行ATM設置。2014年9月1日付でれこっずはミニストップへ吸収合併されたが、関東地区の一部店舗はミニストップの運営に移行の上で営業が続けられていたが、2019年に通常のコンビニに転換された。関西地区でも展開されていたが、閉店またはドラッグストアへ業態転換された。
秀和綜合病院店(埼玉県春日部市) - 秀和綜合病院の敷地内。
さいたま新都心合同庁舎店(埼玉県さいたま市) - さいたま新都心合同庁舎1号館内の1階。
イオンタワー店(千葉県千葉市美浜区) - イオングループの本社ビルに実験店も兼ねて店舗がある。イオン銀行ATMを設置。
成田赤十字病院店(千葉県成田市) - 成田赤十字病院内。
高砂3丁目店(東京都葛飾区) - 東京東信用金庫と隣接し、ミニストップの店舗とひがしんのATMコーナーが直接繋がっている。
プラザ24神田錦町1丁目店(東京都千代田区) - 同社の本店所在地に立地。イーネットATMと並行してイオン銀行ATMを併設。
NTT関東病院店(東京都品川区) - NTT東日本関東病院(旧関東逓信病院)内の2階。三井住友銀行管理のイーネットATMを設置。
町田市役所店(東京都町田市) - 町田市役所内の1階。
相模原協同病院店(神奈川県相模原市緑区) - 相模原協同病院内。