東新潟機関区
1965年(昭和40年)3月5日 - 東新潟機関区開設 土地再利用による新潟機関区の閉鎖に伴い同区の業務を移管したもの。 おもに、当時の日本海縦貫線非電化区間の列車牽引用や周辺各駅入換用のディーゼル機関車を配置。
1969年(昭和44年):他区からEF15形電気機関車が転入・配置される。
1979年(昭和54年):EF81形電気機関車16両が新製配置され、EF15形を置き換える。
1985年(昭和60年)3月14日 - 車両基地集約により、電気機関車が全機転出(仕業検査は引き続き実施)。ディーゼル機関車のみの配置となる。坂町機関区を統合し坂町派出所とする。
1987年(昭和62年) 3月1日 - 東新潟貨車区を統合。坂町派出所を新津運転区に移管。 4月1日 - 国鉄分割民営化に伴い、日本貨物鉄道(JR貨物)の所属となる。
2005年(平成17年) 3月 - JR東日本からの日本海縦貫線貨物運用移管により、同社から購入したEF81形電気機関車6両が配置され、再び電気機関車の配置区となる。 4月1日 - 南長岡派出開設。
2007年(平成19年)3月 - EF81形電気機関車全機が富山機関区に転出。
2010年(平成22年)3月 - DD51形ディーゼル機関車の北上線・奥羽本線での運用(秋田貨物駅常駐)廃止により、同形式の運用を終了。
2023年(令和5年)3月 - この月のダイヤ改正までにDE10形ディーゼル機関車の配置を廃止し、動力車の配置がなくなる。