アクバル
さて、先述したようにアクバルはほとんどのラージプートとの間に同盟関係を構築することに成功していたが、一部のラージプートは服属を拒否していた。メーワール王国とブーンディー王国である。ことにメーワール王国はラージプート諸王国の中で最も高い家柄、 ラージプート諸族の宗室を自負していたため、服属させることは容易ではなかったデリー・スルターン朝時代も幾人かの王が攻撃したが、結局のところ服属させることはできなかった。
そのため、1567年10月にアクバルはメーワール王国の首都チットールガルを包囲し、これに猛攻を加えた(チットールガル包囲戦)。なお、この包囲には先に服属したアンベール王国の王子バグワント・ダースも作戦参謀として加わっていた。
数か月にわたる猛攻の末、1568年2月にチットールガルは陥落した。その際、帝国軍による大虐殺が行われ、兵士のみならず近郊の村々から戦を逃れて逃げてきた農民たちもか数多く含まれ、その数は3万人に及んだ。これはアクバルのイメージを大きく損ねる結果となり、その帰途アジメールへの巡礼を徒歩で行ったり、。同年4月、アクバルはアーグラへと帰還した。
アクバルはバイラム・ハーンに彼は帝国を自身で統治するという旨を伝え、メッカ巡礼を命じて引退を勧告し、バイラム・ハーンもこれに従って巡礼に向かった。だが、バイラム・ハーンは自身の宰相位が部下のバハードゥル・ハーンに与えられたことで屈辱を味わい、さらにはグジャラートに着いたとき自分に恩のある部下ピール・ムハンマド・ハーンが追討に向かってきたと知り、パンジャーブに戻ってついに反乱を起こした。
バイラム・ハーンの反乱は半年の間は続いた。アクバルはアトガ・ハーンを追討に向かわせ、バイラム・ハーンはジャランダルの戦いで敗れ、反乱は鎮圧された。その後、バイラム・ハーンはムヌイム・ハーンに自身の摂政の称号が与えられたことを知り、アクバルに反乱を謝罪し、降伏する旨の文書を送った。
バイラム・ハーンはアトガ・ハーンに捕えられ、アクバルの面前に引き出されたが、アクバルは親切に迎え入れ、自身の私的顧問か地方の太守として働くか、あるいはメッカに巡礼するか再び選択肢を与えた。バイラム・ハーンはメッカ巡礼を選び、グジャラートへと赴いた。
1561年1月31日、バイラム・ハーンはアフマダーバード近郊のパータンでアラビア半島へ出発する手はずを整えていたさなか、彼に個人的な恨みのあるアフガン人によって殺害された。アクバルは彼の死を悼み、その妻サリーマ・スルターン・ベーグムと息子アブドゥル・ラヒーム・ハーンはアクバルに引き取られ、前者はアクバルの妃となり、後者はのちにアクバルの大臣となった。
このとき、彼は船をカンベイ湾に浮かべて海を見たが、そのころにポルトガル商人らが皇帝の軍営にあいさつにやって来た>。
翌1573年2月、アクバルは港市スーラトを包囲し、制圧した。この包囲のさなか、ポルトガルのゴア副王から使節が送られ、アクバルに敬礼して贈物を捧げていた。
6月、アクバルは首都ファテープル・シークリーに帰還して凱旋した。だが、間もなく反乱が起きたため、8月に再びアクバル自ら選りすぐりの精鋭を率いて首都を出た。このときの遠征軍はインド屈指の強行軍として知られ、一日平均80キロで進軍し、わずか11日でアフマダーバードを制圧した。
アクバルは首都に帰還し、その際に腹心のトーダル・マルを首都から呼び出して戦後処理にあたらせた。トーダル・マルは半年の間、現地で行政の指導にあたらせたが、このとき得た経験はその後の帝国制度における行政改革に生かされた。
グジャラートの征服は帝国にとって重要なものであった。この征服により、帝国は西方に領土を拡張したのみならず、港市スーラトなどの西方諸港を通して行う海洋諸国との貿易 を行うことが出来るようになり、その関税収入は莫大なものであった。
こうして広大な版図に多くの非ムスリムを抱えるようになった帝国を支えるため、アクバルはムガル帝国の制度の確立に乗り出し、イスラーム法上異教徒に対して課されていたジズヤ(人頭税)を廃止するなど税制を改革した。
また、軍人や官僚に、平時から準備していることを義務付けた兵馬の数に応じた位階(マンサブ)を与えて官僚機構を序列化するとともに安定した軍事力を確保するマンサブダーリー制を導入した。1579年よりこのような一連の改革に反対する動きから大規模な反乱が起こるが、数年でこれが鎮圧されると、ムガル帝国の支配はかえって安定に向かっていった。
税制の面では、スール朝のシェール・シャーが導入した税制を踏襲した上でさらに改良したザブト制を施行した。これは生産能力に応じて土地を4つの等級に分け、その上で、平均生産高を算出してその3分の1から5分の1を税として銭納させるものであった。銭納であったため、生産者は市場に作物を販売せざるを得ず、これにより流通が盛んになり、また生産力の増大を推進することとなった。
アクバル自身は統治に対してとても責任感を抱いており、それをあらわすいくつかの言葉を残している。