港市国家
17世紀後半、ジョホールは東西の中継貿易港として、オランダ領マラッカをしのぐ繁栄をきずいている。
一方、スンダ海峡に臨むジャワ島西部の港市バンテンは16世紀から18世紀にかけて栄えた港市で、イスラーム政権バンテン王国の王都として最盛期には10万人前後の人口を擁していたといわれている。文献資料による従来の研究では、バンテンがオランダに屈服した1683年以降は衰退期とみなされてきたが、遺跡から出土する陶磁器片の量は18世紀代のものが圧倒的に多いことが確認されており、遺物の詳細な検討により、この時期のバンテンが、東の華人によるジャンク船の交易ネットワークと西のインド洋イスラーム交易ネットワークの結節点という役割をにない、中国産ないし日本の肥前産の陶磁器の再輸出センターとして繁栄していたことが判明した。現在、今まで蓄積された詳細かつ精緻な陶磁器研究の成果を活用した考古学的研究法が採用されることによって、港市国家の内実や東西交易ネットワーク全体の構造や動態がいっそう明らかになりつつある。
15世紀末に建てられたスマトラ島北部のアチェ王国は、マラッカ陥落後も胡椒と錫の貿易で繁栄した。全盛期は17世紀の前半で、ポルトガル勢力およびジョホール王国とのあいだに「三角戦争」と呼ばれる三者抗争を戦い、オスマン帝国のスレイマン1世の支援を取り付けたことで、一時、両者に対し優位に立った。
15世紀から17世紀にかけての東南アジアは「交易の時代」(大交易時代)と呼ばれる時代に入る。これは、およそ1450年代から1680年代にかけての時期であり、ヨーロッパ中心史観では「大航海時代」「地理上の発見」などと称されてきた時代とも重なっているが、東南アジアに関していえば、実態としては既にある程度一体化されていたアジアの海にヨーロッパ人がおくれて参入しただけのことであった。「交易の時代」を現出させていった契機としては13世紀以降のマラッカ海峡周辺の住民のイスラームへの改宗と15世紀前半の明の鄭和による7次にわたったインド洋大遠征があげられる。
13世紀以降、スマトラ島北部やマレー半島の住民のムスリム化が進行している。13世紀末にスマトラ島北端のペルラクに5ヶ月間滞留したマルコ・ポーロは、北スマトラの人びとがさかんにイスラームに改宗していることを『東方見聞録』のなかに書き残しており、これが当地の改宗を記録した初出の史料となっている。アラブ人の来航やイスラーム教の伝来から数世紀経過した13世紀という時期にムスリム化が急速に進展した理由として、インドでのめざましいイスラーム化の進展がみられたのがやはり13世紀であり、インドの文化の影響の受けやすい東南アジアへはインド系のムスリム商人がもたらしたと考えられること、また、この時代にさかんだったのはイスラームのなかでも布教に熱心だった神秘主義教団スーフィーだったことなどが掲げられる。
ムラカは、商人や船員、通訳、港湾労働者、人や物流を管理する吏員、船乗りや商人の相手をする遊女などでにぎわったのである。
「交易の時代」に入り、貿易船の航路にあたる沿岸諸地域には港市が発達し、人や物産・情報の交流が活発化して諸地域がたがいに緊密に結ばれ、さらにまた、交易のもたらす富が港市の発展を促した。16世紀初頭、ポルトガル人トメ・ピレス(英語版)の『東方諸国記(ポルトガル語版)』は、ムラカの港市は「商品のために作られた都市で、その点では世界中のどの都市よりもすぐれている」と絶賛しており、そこでは、カイロ・メッカ・アデンのムスリム、アビシニア人(エチオピア人)、キルワやマリンディなどアフリカ大陸東岸の人びと、ペルシャ湾沿岸のホルムズの人、ペルシャ人、ルーム人(ギリシャ人)などが集まったとし、さらに「62の国からの商人が集まり、84もの言葉が話されている」と記している。
しかし、そのような港市国家の繁栄はヨーロッパ諸国の進出を招くこととなった。ポルトガルによってムラカが占領されたのは1511年のことである。マラッカ王国のスルタン、マームド・シャー(英語版)はポルトガル船隊の15倍の兵力を有していたといわれ、攻防戦は熾烈をきわめたが、最終的に華僑がポルトガル側についたことが勝敗を決したといわれている。
オランダとジョホールの連合によりマラッカよりポルトガル勢力を駆逐したのちは、両者と友好的な関係を築いた が、1871年、オランダ東インド政庁が1871年のスマトラ条約 スマトラ条約(英語版)によってイギリスの干渉を排除すると、1873年、マラッカ海峡の安全確保を名目にアチェ王国の保護領化を企図して王国への侵攻を開始した。これがアチェ戦争であるが、アチェの人々の頑強な抵抗により、この戦争は長期化し、オランダ軍がスマトラ全土を制圧してインドネシア全体の植民化(オランダ領東インド)が完成したのは1912年のことであった。
スラウェシ島(セレベス島)の港市マカッサル(ウジュン・バンダン)は、西のジャワ島やマレー半島と東のモルッカ諸島を結ぶ中継貿易港として、また、マカッサル王国(ゴワ=タッロ王国)の王都として繁栄した。香料産地モルッカ諸島を後背地とするマカッサルは、16世紀における東南アジア島嶼部最大の都市であったといわれる。中小の港市を帰属させたマカッサルの王は、すべての来訪者が商売を行う権利を保障して自由貿易政策を維持した。戦略上の要地であったため、近世にはポルトガル、イギリス、オランダの侵入を受けた。しかし、そのなかでオランダが専売会社を設立する試みをいったんは阻止している。王国の最盛期は17世紀前半から中葉にかけてであり、17世紀後半にはオランダ領となった。なお、スラウェシ島全体がオランダ領東インドに帰属したのは1905年のことであった。