オーガノイドシステム
アニメ第37話から登場した青いオーガノイド。対となる古代ゾイド人はリーゼ。背部から光翼状の噴射を行い飛行する能力を持つ。また、人間の精神を操る波長を増幅、リーゼの保有する古代昆虫の力を併用し人間を操ることが可能。第37話でダブルソーダと合体した折には機体を巨大化させる能力、第65話で人間をボディ体内へ収納する機能を見せた。
ガイロス帝国(正確にはガイロス帝国内のネオゼネバス派)は西方大陸撤退直前に発掘されたインターフェイスと呼ばれる小ゾイドからOSの制御に成功。デススティンガーの改良機であるKFD(キラー・フロム・ザ・ダーク)を開発したが、この際は実験機だったこともあり、出力を70%に抑えた状態で出撃していたため、最終的にはライガーゼロを含む共和国ゾイド群を相手に全滅している。
また、OSの持つゾイドコアの分裂促進能力を活用し、ZAC2101年には絶滅危機にあったウオディックを増殖させてふたたび再配備している。また、作中ではその後にOSの応用によってデスザウラーを完全に復活させた。この時のデスザウラーは最大の激戦地セスリムニルの戦場の30機を含め、暗黒大陸本土決戦時には総計50機が完成し投入された。旧ゼネバス帝国時代の機体よりも操縦性が悪くなったものの出力は格段に向上しており、マッドサンダーの反荷電粒子シールドを荷電粒子砲で強引に突破し溶かしてしまうほどの力を発揮した。
その後、ZAC2106年の時点でネオゼネバス帝国はOS解析をほぼ完全に成功しており、デススティンガーをベースにしたステルススティンガー、サックスティンガーといった、OSを標準装備し従来機よりも高い戦闘能力と再生能力を併せ持ったゾイドを多数配備している
西方大陸戦争を扱った第2期のストーリーから初登場。ZAC2099年、ガイロス帝国によってオーガノイドシステムを使用したデスザウラー復活計画が描かれた。作中ではシールドライガー等から成る共和国軍の高速戦闘隊との戦いによってこの際のデスザウラーは相打ちの形で撃破され、復活は一時的に阻まれる。その後、オリンポス山の山頂の遺跡に残されたデータからOSの一部解析に成功したことから、ZAC2100年にガイロス帝国が試作段階のジェノザウラーに搭載。模擬戦闘でセイバータイガーATとレッドホーンGCを瞬時にして葬ってみせた。しかし、ジェノザウラーにはOSの精神的負荷に耐えられる搭乗者がおらず、量産化は遅滞する。
また、共和国でも遺跡から持ち帰られたデータを元に、シールドライガーにOSを搭載することでブレードライガーを完成させるが、こちらも操縦性の悪化により一部のエースパイロットにしか扱えない機体となっている。同様にゴジュラスにOSを搭載したゴジュラス・ジ・オーガも開発されたが、性能こそ通常ゴジュラスの10倍の戦闘力を持つに至ったものの、元々扱いにくかったゴジュラスが誰にも扱えなくなってしまい、無人仕様に改修されている
設定面ではOSを限定的に搭載した機体も登場している。これらは一般レベルのパイロットでも扱えるものの、登場時には俊敏性や生命力等で同クラスの従来機を超える高性能なゾイドとして扱われている。