つくば市
常磐自動車道:(4)谷田部IC - (4-1)つくばJCT - (PA)谷田部東PA - (5)桜土浦IC
首都圏中央連絡自動車道:(76)つくば中央IC - (80)つくばJCT - (81)つくば牛久IC
株式会社つくば研究支援センター - 産・学・官の研究交流と連携の拠点として運営。筑波研究学園都市で生まれる研究シーズの事業化を積極的に支援している。
(公財)つくば文化振興財団
つくば市土地開発公社
(財)つくば都市交通センター
つくば国際貨物ターミナル - 内陸通関拠点。通関などは横浜税関鹿島税関支署つくば出張所が担当。日本にある内陸通関拠点のうち輸入貿易額が最も多い。
植物検疫所横浜植物防疫所 業務部生物検定担当(つくばほ場)
農林水産研修所 つくば館
農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
筑波学院大学
2022年(令和4年)11月現在
関東鉄道 - つくば中央営業所、つくば北営業所、土浦営業所(土浦市)
関鉄パープルバス - 下妻本社営業所(下妻市)
ジェイアールバス関東 - 土浦支店(土浦市)
アーバイン市 - アメリカカリフォルニア州オレンジ郡にある。カリフォルニア大学アーバイン校を抱える学術都市である。1989年(平成元年)8月3日姉妹都市提携。
ケンブリッジ市 - アメリカマサチューセッツ州にある。ハーバード大学やマサチューセッツ工科大学を抱える学術都市である。1984年(昭和59年)5月8日に旧谷田部町と提携したものを継承した。2019年(令和元年)11月18日姉妹都市協定再締結。
ミルピタス市 - アメリカカリフォルニア州サンタクララ郡にある。シリコンバレーの一角を占め、ハイテク産業が集積した都市である。1996年(平成8年)7月2日に旧茎崎町と提携したものを継承した。
グルノーブル市 - フランスイゼール県の県庁所在地。グルノーブル大学を抱える学術都市である。2013年(平成25年)11月12日に開催された筑波研究学園都市50周年記念式典において締結された。