近畿財務局
3月6日の参議院予算委員会では、同じく佐川が「産業廃棄物の場内処分を近畿財務局が業者に促していた」という報道に関して、「財務局が掘り出したごみを埋め戻すというようなことを指示するということはあり得ない」と答弁した。 加えて4月3日、衆議院決算行政監視委員会で佐川は、電子データは「短期間で自動的に消去されて、復元できないようなシステムになっている」と答弁した。 4月28日衆議院財務金融委員会で佐川は、2016年3月15日の財務省における籠池夫妻との面会の際に籠池が録音したとされる音声データについて、「どういう風にでき上がったものなのか承知していない」と答弁している。
その後、籠池理事長夫妻、森友学園側弁護士、近畿財務局職員、工事業者が、業者も国側も確認できないゴミを「混在」として存在するものとし、このゴミの撤去費という名目で約8億円の値引きを行おうと相談しているものと思われる録音音源が発見される。財務省太田充理財局長は2017年11月27日の衆議院予算委員会で宮本岳志議員(日本共産党)の質問に対しこの音声データが真正のものであることを認めたが、「口裏合わせ」については否定した。
2018年3月2日、森友学園への国有地売却に関する決裁文書を、財務省が書き換えた疑いがあると報じられた。麻生太郎財務相は、参院予算委員会で大阪地検の捜査に影響を与える可能性があることを理由に「答えは差し控える」と述べた。その後、佐川国税庁長官が3月9日に辞任を表明した。長官就任後、初めて報道陣の取材に応じるも、決裁文書の書き換え疑惑については「捜査を受けている立場なので差し控えたい」と繰り返した。3月10日、財務省は決裁文書の書き換えを認める方針を固め、3月12日に国会へ報告すると報じられた。