南京事件
被告松井は18日戦没者慰霊祭声明で「戦争に禍せられた幾百万の江浙地方無辜の民衆の損害に対し、一層の同情の念に堪えぬ」と言及しており、また残虐行為を聞いたということを松井も武藤章大佐も認めている。これらの残虐行為に対して、諸外国の政府が抗議を申込んでいたのを聞いたことを松井は認めている。しかし、救済策は取られず、松井らの入城後何週間も状況は変わらなかった。
南京の外交団、新聞記者、日本大使館員は、南京残虐事件を報告した。日本公使伊藤述史は南京の日本大使館や外交団から報告を受け、外務大臣広田に報告した。広田はそれらを陸軍省(梅津次官)に送り、日本首脳部連絡会議で討議された。残虐行為についての新聞報道は拡散し、朝鮮総督南も新聞で読んだ。世界中での報道や世論によって、日本政府は松井らを召還したが、処罰しなかった。松井は、畑と交代したのは、南京での残虐行為のためでなく、軍務終了によって隠退するためだったと述べている。
日本軍の暴行は、苦労して陥落させた後の一時的な行為として免責できない。強姦・放火・殺人は、攻略後6週間、松井と武藤の入城後4週間、大規模に続けられた。
1938年2月5日、守備隊司令官AMAYA少将は、残虐事件を海外で報道することによって、外国人が中国人の反日感情を煽動していると外交団に対して非難した。この声明は日本政府の態度を反映している。
日本軍による南京城市陥落(12月13日)の前後に、日本軍の攻撃や掃討や暴力行為に巻き込まれた市民が少なからず存在したとされる(城外を出て長江を渡って逃げる途中の市民(婦女子も含む)が兵士とともに銃撃を受けて殺されたとの証言、日本兵による攻撃や暴力で殺害されたとの証言(新路口事件)がある)。
ただし、日本軍の南京占領が確定して戦闘が終結するまでに、危険を冒して南京に残った20名あまりの欧米の宣教師らが、南京市陥落前から組織した南京安全区国際委員会が管理する、南京市内の安全区へと多くの被災民が避難したが、その後も、城内の敗残兵狩りに巻き込まれた者や、安全区内外の一般民間人への暴虐行為は継続した。
一方で、安全区の外では、南京占領後も、日本軍による、中国民間人の老若男女の殺害事例が、当時安全区にいた欧米人の記録として報告された。また、日本軍が南京占領直後に中国側の発電所の技術者も虐殺したという主張もある。
なお、南京と通常呼ばれている地域は南京城市にせいぜい周辺を含めた地域であるが、スマイス調査ではその地域に限定せず、南京を中心とした広大な農村部地域においては2万6千人以上の犠牲があったと推計しているが、これも南京事件の被害に含める見解がある(笠原十九司等)。
2015年10月9日、ユネスコは中国の申請によって「Documents of Nanjing Massacre」を記憶遺産に登録した。
判決は1948年(昭和23年)11月4日に「第二章法(C)起訴状」、11月11日に「第八章 通例の戦争犯罪、南京での暴虐(The Rape of Nanking)」、11月12日に「第十章判定」が朗読された。
「起訴状」では、訴因45から訴因50(訴因44は除く)までの訴因は、攻撃の不法性か、それとも戦争法規違反で訴追しているのか、明瞭ではなく曖昧である。戦争法規違反は訴因54・55とも重複している。訴因39から訴因52まで(訴因44は除外)について判定する必要がない、とされた。