男衾駅
島式ホーム1面2線を有する地上駅。改札口と駅事務室はホームの東武竹沢駅寄りにあり、そこから階段とエレベーターで線路を跨ぐ東西自由通路につながっている。自動改札機設置。ホームに男女別トイレと多目的トイレあり。
2014年6月から駅舎の移設と東西自由通路の工事が実施され、2016年7月16日に完成した。それ以前は線路の東側に平屋建ての駅舎があり、ホームとは跨線橋で連絡していた。旧駅舎と跨線橋は、改築工事の完成に伴い、取り壊された。
このほか、構内東側に貨物線と1面1線のホーム跡が、西側に旧陸軍弾薬工場(現:埼玉県環境整備センター)への専用線ホーム跡が残っていた。 西側のホーム跡は、東西自由通路建設に伴い、撤去された。