ミッドウェー海戦
攻略部隊護衛隊(第二水雷戦隊基幹) 司令官:田中頼三少将
第二水雷戦隊 司令官:田中頼三少将
川内型軽巡洋艦:神通(九四式水偵×1機)
第一五駆逐隊 司令:佐藤寅治郎大佐 陽炎型駆逐艦:親潮、黒潮
第一六駆逐隊 司令:渋谷紫郎大佐 陽炎型駆逐艦:雪風、時津風、天津風、初風
第一八駆逐隊 司令:宮坂義登大佐 陽炎型駆逐艦:陽炎、不知火 朝潮型駆逐艦:霞、霰
艦載機合計 九四式水偵×1機
護衛隊直率
第一号型哨戒艇:第1号哨戒艇、第2号哨戒艇
第三十一号型哨戒艇:第34号哨戒艇
油槽艦:あけぼの丸
輸送船:清澄丸、ぶらじる丸、あるぜんちな丸、北陸丸、吾妻丸、霧島丸、第二号東亜丸、鹿野丸、明陽丸、山福丸、南海丸、善洋丸
攻略部隊占領隊 司令官:太田実少将
第二連合特別陸戦隊 司令官:大田実(海軍)大佐
横須賀第五特別陸戦隊(約1,450名)
呉第五特別陸戦隊(約1,100名)
第一一設営隊(約1,750名)
第一二設営隊(約1,300名)
第四測量隊
陸軍一木支隊 支隊長:一木清直(陸軍)大佐(合計約2,000名)
第二十八歩兵連隊(1個大隊)
工兵第七連隊第一中隊
独立速射砲第八中隊
攻略部隊航空隊 指揮官:藤田類太郎少将
第一一航空戦隊 司令官:藤田類太郎少将
千歳型水上機母艦:千歳(零観×12、零偵×12)
神川丸級特設水上機母艦:神川丸(零偵×4、零観×8)
陽炎型駆逐艦:早潮
第17任務部隊(Task Force 17) 司令官 フランク・J・フレッチャー少将
第2群(Task Group 17.2 Cruiser Group) 司令官:ウィリアム・W・スミス少将 重巡 アストリア - ポートランド
第4群(Task Group 17.4 Destroyer Screen) 司令官:ギルバート・C・フーバー大佐 第2駆逐戦隊(COMDESRON 2) 駆逐艦 ハムマン - アンダーソン - グウィン - ヒューズ - モリス - ラッセル
第5群(Task Group 17.5 Carrier Group) 司令官:エリオット・バックマスター大佐(兼ヨークタウン艦長) 空母 ヨークタウン ヨークタウン航空群 第3戦闘機隊(VF-3/F4F-4/27機)、第3爆撃機隊(VB-3/SBD-3/18機)、第5索敵爆撃機隊(VS-5/SBD-3/19機)、第3雷撃機隊(VT-3/TBD-1/15機)
※ヨークタウンの第5航空群は珊瑚海海戦で損失、サラトガの第3航空群と残存した第5航空群を搭載。
第16任務部隊(Task Force 16) 司令官 レイモンド・A・スプルーアンス少将
敵艦隊を発見した報告があった際、攻撃隊は艦船攻撃兵装から陸上攻撃兵装に換装中だったため、南雲は艦船攻撃兵装への再転換を命じた。二航戦司令官山口少将は、準備中の陸用爆弾のままで攻撃させるように意見具申したが、却下された。参謀長草鹿龍之介少将によれば、九七艦攻を雷装に戻すよう命令した南雲長官の判断は命中率の差があったという。九七艦攻の艦船攻撃方法には、爆弾の水平爆撃と魚雷攻撃の2つがあるが、水平爆撃の命中率は10パーセント前後であり魚雷攻撃は60パーセント以上だった。
この判断を下した南雲司令部の回想は以下の通り。草鹿参謀長によれば、敵の来襲状況を見ると敵は戦闘機をつけずに面白いように撃墜され、全く攻撃効果をあげておらず、これを目前に見ていたので、どうしても艦戦隊を付けずに艦爆隊を出す決心がつかなかったという。航空参謀源田実中佐は、当時入手していた敵空母の位置(誤情報)は味方からまだ約210海里離れており、敵の艦戦は航続力不足でついてこられず、敵が艦戦を伴わないとすれば上空の警戒機で十分に防御できる、敵空母の攻撃隊が戦闘機を付けて来るとすれば、もっと距離をつめる必要ができるため、時間的余裕があると判断した。また、図上演習ならば文句なしに第一次攻撃隊を見捨てたが、苦楽を共にしてきた戦友達に「不時着して駆逐艦に助けてもらえ」とは言えず、機動部隊が移動すれば、不時着した搭乗員達は見殺しになるので歴戦の搭乗員達の回収を優先させることを進言し、部下の生命を惜しんだために決定的な敗北に終わったと語っている。
加賀の艦攻隊分隊長の牧大尉は「空母はいるかどうかわからない」と考えておらず、「ミッドウェー攻撃のあいだに敵空母が出現したら味方はお手上げだ」と飛行長に雷装を解かないよう抗議したが、聞き入れてもらえなかったという。
南雲司令部は、第一次攻撃隊発進直後、「敵情に変化なければ第二次攻撃は第四編制をもって本日実施予定」と発信している。この予令は存在しないという証言もある(「#資料の問題」節を参照)。第四編制では上空警戒機は各空母で3機ずつとなる計画だった。この予令にはミッドウェー基地への奇襲が成立するという判断があったという意見もある。この予令が存在したとして、予令で兵装転換の作業を開始することはない。
南雲の敵状判断は、第一次攻撃隊を発進させる直前のものとして、敵機動部隊は付近海面に行動中と推定する資料がないこと、攻略作戦が始まれば、出動してくる算があることが述べられている。南雲の幕僚も敵がこちらの企図を察知していないもの、敵空母はハワイにあるものとして行動していたと証言している。敵機動部隊については、連合艦隊が把握し、動向は機を逸せず南雲に通報し、また重要な作戦転換は連合艦隊司令部から発せられることになっていた。しかし、連合艦隊は付近に敵空母の疑いを感じ、情勢が緊迫してきたと判断しながら甘い状況判断の放送を東京から全部隊に流したまま、自己判断を麾下に知らせなかった。航空参謀の吉岡少佐は、敵機動部隊の出現がないと思い込んだ判断を敗因として、「敗北の責任は連合艦隊司令部も同罪」と語っている。
日本軍輸送船団は、アメリカ軍機動部隊の追撃に備えて陣形を変更した。山本長官は、アメリカ軍の追撃部隊をウェーク島の基地航空隊活動圏内に引き込むよう命じたが、アメリカ軍はそこまで深追いしなかった。
6月7日、ヨークタウンは曳船に引かれつつ真珠湾に向かっていた。このとき駆逐艦ハムマンに移乗していたヨークタウン艦長エリオット・バックマスターと161名が再びヨークタウンに乗艦している。さらに駆逐艦モナガン、グウィン、バルチ、ベンハムが護衛に加わった。その頃、ミッドウェー島を砲撃後に同島海域に留まっていた伊168潜水艦がヨークタウン撃沈の任を受け、同艦に接近。(13:34)、4本の九五式魚雷を発射し、2本をヨークタウンの左舷に命中させ、撃沈した。さらに、同行の駆逐艦ハンマンにも1本が命中しこれも沈没。このときのヨークタウンを日本軍は「甲板の損傷なき模様」として、飛龍が最初に攻撃したのとは別の空母だと考えていた。
6月13日、第16任務部隊のエンタープライズ、ホーネットは艦載機と搭乗員に大きな損失を出しながらも無事に真珠湾に帰港した。アメリカ軍は救助したゲイ少尉の証言から日本軍空母2隻の沈没を確認し、ボートに乗って漂流していた飛龍の機関科員を救助・尋問して飛龍の沈没を知り、計3隻の撃沈を確信した。赤城については暗号解読から沈没推定としていたが、確信するのは日本軍捕虜を尋問して得た情報を分析した結果によるものであった。
萬代久男(飛龍機関長付少尉)「空母『飛龍』の機関室 真珠湾からミッドウェーへ」 別冊歴史読本『日本海軍軍艦総覧 戦記シリーズ37』(新人物往来社、1997年)を再録
井上理二『駆逐艦磯風と三人の特年兵』光人社、1999年。ISBN 4-7698-0935-2。
井上陽介「陸軍による海戦情報入手とその後の意志決定」『東京大学日本史学研究室紀要』第14号、2010年。
岩橋幹弘「ミッドウェー海戦--研究最前線」『歴史読本』第52号、新人物往来社、2007年
上原光晴『艦爆隊長 江草隆繁』潮書房光人社〈光人社NF文庫〉、2015年。ISBN 978-4769828877。
宇垣纏、成瀬恭(発行人)『戦藻録』原書房、1968年。
生出寿『戦艦「大和」最後の艦長 海上修羅の指揮官』光人社〈光人社NF文庫〉、1996年。 有賀幸作(後の大和艦長)は1942年6月時点で第四駆逐隊司令。駆逐艦「嵐」に乗艦し、本海戦に参加した。
生出寿『勝つ戦略 負ける戦略 東郷平八郎と山本五十六』徳間書店〈徳間文庫〉、1997年7月。ISBN 4-19-890714-5。
生出寿『勇断提督・山口多聞』徳間書店、1985年7月。ISBN 4-19-223118-2。
生出寿『凡将山本五十六 烈将山口多聞』徳間文庫 ISBN 4198922829
NHK取材班 編『その時歴史が動いた』 4巻、KTC中央出版、2001年。ISBN 4877581901。
近江兵治郎『連合艦隊司令長官 山本五十六とその参謀たち』テイ・アイ・エス、2000年7月。ISBN 4-88618-240-2。
大塚好古「ミッドウェー海戦 (特集 日米空母 太平洋の戦い)」『世界の艦船』第715号、海人社、2009年