ゲル電気泳動
変性ゲル(denaturing gels)は、分析対象物の天然構造を破壊して、線型鎖に展開する条件下で実行する。したがって、各高分子の移動度は、その鎖長と質量電荷比にのみ依存する。このように、生体分子構造(英語版)の二次、三次、四次構造が破壊され、一次構造のみが分析対象となる。
核酸は尿素を含む緩衝液で変性させることが多く、タンパク質はSDS-PAGEプロセスの一環としてドデシル硫酸ナトリウム(SDS)を使用して変性させることが多い。また、タンパク質を完全に変性させるためには、タンパク質の三次構造や四次構造を安定化させる共有ジスルフィド結合を還元する必要もあり、この方法を還元PAGEという。還元条件は通常、β-メルカプトエタノールやジチオトレイトールの添加によって維持される。タンパク質サンプルでは、還元PAGEが最も一般的なタンパク質電気泳動(英語版)の形式である。
RNAの分子量を適切に推定するためには変性条件が必要である。RNAはDNAよりも多くの分子内相互作用を形成でき、その結果、電気泳動移動度が変化することがある。RNAの構造を破壊する変性剤として、尿素、DMSO、グリオキサールがもっともよく使用される。もともとRNA電気泳動の変性には毒性の強い水酸化メチル水銀がよく使われており、サンプルによってはこの方法が選択されることもある。
変性ゲル電気泳動は、DNAおよびRNAのバンドパターンに基づく方法である温度勾配ゲル電気泳動法(TGGE)や変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法(DGGE)で使用される。
これは現在、免疫学およびタンパク質分析の分野で最もよく用いられており、異なるタンパク質や同じタンパク質のアイソフォームを別々のバンドに分離するためによく使われる。これらをニトロセルロースやPVDF膜に転写し、ウェスタンブロットのように抗体や対応するマーカーでプローブ(探索)することができる。
一般的に分離ゲルは、6%、8%、10%、12%、または15%で作成される。その分離ゲルの上にスタッキングゲル(5%)を流し込み、ゲルコームを挿入するウェルを形成し、タンパク質、サンプルバッファー、およびラダーを配置するレーンを定義する)。選択されるパーセンテージは、サンプル内で識別またはプローブしたいタンパク質の大きさによって異なる。判明している分子量が小さいほど、使用するパーセンテージは高くなる。ゲルの緩衝系を変更すると、非常に小さい大きさのタンパク質をさらに分離することができる。