教如
慶長3年(1598年)1月16日に母が、8月18日に秀吉が没した。退隠に関わった2人の死から翌年の慶長4年(1599年)11月に『正信念仏偈』と『三帖和讃』を開版、表立って教化で積極的な動きを見せた。先立つ同年6月には居所を北ノ御所から門跡町(現・京都府京都市上京区衣棚通下立売下ル)へ移し、これを機に本願寺再興を大坂から京都に変更したとされる。
慶長5年(1600年)になると、2月に上野厩橋(現・群馬県前橋市)妙安寺の住職成空に親鸞絵像(親鸞が正面を向いている画像、通称真向御影)を送ったり、家臣の粟津村昌を通じて御堂衆に『御堂日記』を記録させることを命令、勤行を記録させて日常の仏事勤行体制を整えたりしている。その御堂日記には、4月24日に教如が大坂、6月17日に伏見で会津征伐前の家康の下を訪れていることが記録、親交を深めていることが確認されている。6月28日には大津御坊(大津別院)を完成させて遷仏法要を行うと、突如、下野国小山にいる家康に会いに7月に京都から東国へ向かい、小山で家康と対面して京都へ戻った。この際に三成の手の者の襲撃を受けたとされるが、史料によって経過は諸説あり、『神田徳本寺由緒秘録』という書では、尾張と美濃の国境に関を置いた三成方の監視を抜けるため、親交のあった織田秀信の計らいで逃れたとされる。一方、『教如上人遭難顛末』という書では美濃で三成の兵の襲撃から地元門徒に助けられ、京都帰還まで護衛してもらったと書かれ、後に護衛にあたった土手組と呼ばれた美濃森部村(安八郡)の光顕寺門徒らに対して感謝の礼状を送っている。
教如は秀吉の示した10年後に法主を准如に譲るという案を受け入れる態度を示したが、この事を聞いた下間頼廉が秀吉に異議を申し立て教如の正当性を主張、譲状は門徒の主要な指導者に披露された上で発効するので、譲状の存在は疑わしいと主張して強硬に抵抗した。これにより秀吉の怒りを買ってしまい「今すぐ退隠せよ」との命が下される。17日に教如から退隠を認める文書が、准如から継職を受ける文書がそれぞれ秀吉の家臣施薬院全宗・長束正家らに提出、10月13日に関白豊臣秀次(秀吉の甥)が、16日に秀吉が朱印状を出した。こうして准如が法主を継承する事が決定し、教如は退隠させられた。
なお、上場顕雄は教如は顕如との和解後に千利休を介して豊臣政権に接近していたが、天正19年(1591年)12月に利休が豊臣政権内の権力抗争の中で失脚・自害したことで、反利休派の石田三成らが本願寺内の反教如派幹部に対して法主の交代を求めたとする「石田三成黒幕説」を唱えている(十一か条の11に記された茶ノ湯とは利休関係者との関係を絶つことを求めたとされる)。ただし、この説(三成が利休排斥の一環として、利休派の教如を廃嫡する策動を行った説)が成立するには、利休の切腹の背景に三成らがいたとする説が成立する必要がある。
または中部山岳地帯から五箇山経由で越中の善徳寺へ入り、そこから越後を目指していたとの説もあり、越中一向一揆と結んでいた上杉景勝の要請を受けて越後へ進んだが、途中で本能寺の変を知ると引き返して鷺森へ戻ったとされる。同年6月23日、後陽成天皇は顕如に教如の赦免を提案して勅使を派遣。これを受けて教如は顕如へ起請文を提出して謝罪、6月27日に顕如より義絶を赦免される。赦免に至る流れは前年の天正9年(1581年)に教如が母如春尼を通じて父へ詫びを入れ、母から指示された弟の顕尊が朝廷に働きかけたからとされる。だが頼龍ら支持者たちが赦免されなかったこと、大坂拘様の意見対立とそれぞれの支持基盤は東西分裂の火種を残した。
赦免後は新門の地位を取り戻し、顕如と共に住し寺務を補佐する一方で羽柴秀吉(豊臣秀吉)に接近、天正12年(1584年)に秀吉の家臣中村一氏の訪問とそれに対する返礼、天正13年(1585年)の富山の役で秀吉と会見したこと、同年に父や弟たち家族と共に天満本願寺へ移転、天正15年(1587年)に秀吉の九州平定に同行したこと、同年に三河へ下向したことが確認されている。天正17年(1589年)、秀吉により追放された牢人が本願寺に潜伏、秀吉から追及され父と弟共々誓詞を差し出し釈明したという不慮の出来事はあったが、千利休の茶会に頻繁に出席して豊臣政権と結びついた。