日本の儒教
南村梅軒(室町後期)
谷時中(1599年 - 1650年)
野中兼山(1615年 - 1663年)
谷秦山(1663年 - 1718年)
大高坂芝山(1647年 - 1713年)
明治時代になると、儒教的合理主義の影響を受けて江戸時代から一部行われてきた神仏分離運動が激化し、廃仏毀釈が行われた。
1885年に欧化主義者の当時の文部卿森有礼によって儒教的な道徳教育を規制する命令が出されたが、1889年に暗殺されため、再び教育の儒教性が強まった。元田永孚ら宮中の保守的な漢学者の影響によって、1890年制定の教育勅語などに儒教の忠孝思想が取り入れられ、奨励された。井上哲次郎は江戸時代の儒学を扱った三部作『日本陽明学派[古学派,朱子学派]之哲学』を著して、この分野における研究を拓いた。
『論語』の一節や朱子学の教えが引用されることは多く、道徳や倫理の古典として受け入れられた。特に『論語』は現代に至るまで日本語訳や解説書が多数刊行されている。
渋沢栄一は『論語と算盤』を著し、『論語』を拠り所に倫理と利益の両立を掲げる「道徳経済合一説」という理念を打ち出し、近代経済と儒教思想の融合を図ったが、広く普及することはなかった。また、戦前戦後の日本の政財界に隠然とした影響を与えた安岡正篤は、正統な儒教思想の後継であるとは言い切れないが、公的には陽明学者と称した。
一方で「実学」の重視を主張する福沢諭吉は儒教を妄説とし、厳しく批判した。また、津田左右吉は『支那思想と日本』『文学に現われたるわが国民思想の研究』などで儒教など中国の影響を排除した文化史を描こうとした。