妙覚寺 (京都市)
佛住山蓮昌寺(岡山市北区田町) 蓮昌寺末:仏住山覚善院(岡山市北区田町)塔頭 蓮昌寺末:日栄山蓮現寺(赤磐市周匝) 蓮昌寺末:仁王山慶立寺(赤磐市滝山) 蓮昌寺末:佛住山本成寺(岡山市南区立川町) 蓮昌寺末:華用山妙龍寺(岡山市中区竹田) 蓮昌寺末:福昌山実成寺(岡山県和気郡和気町藤野) 蓮昌寺末:妙見山円立寺(岡山市北区御津芳谷)
佛住山大光院(岡山市中区円山)
明光山妙勝寺(岡山市北区船頭町)
法昌山大林寺(岡山市中区西川原)
平井山妙広寺(岡山市中区平井) 妙広寺末:沖邑山妙楽寺(岡山市中区平井)
常照山法鏡寺(備前市東片上)
福栄山寿林寺(美作市林野)
寿永山本妙寺(美作市海田)
長昌山妙法寺(津山市西寺町) 妙法寺末:福聚山無量寺(岡山県苫田郡鏡野町入) 妙法寺末:妙法山経王寺(津山市下野田)
延寿山本行寺(津山市西寺町) 本行寺末:玄好山万福寺(津山市高野本郷) 本行寺末:秀養山法光寺(津山市西中) 本行寺末:岩谷山妙福寺(津山市中北上)
法光山妙勝寺(津山市西寺町)
明星山蓮光寺(津山市林田)
鷲峯山禅真寺(岡山県勝田郡奈義町関本)
本住山実教寺(岡山市東区瀬戸町鍛冶屋)
瑞輪山香雲寺(岡山市北区御津国ケ原)
臥龍山道林寺(岡山市北区御津中山)
鶴田山定林寺(岡山市北区建部町鶴田)
柏尾山真浄寺(岡山市北区建部町角石畝) 真浄寺末:平尾山東光寺(岡山県久米郡美咲町和田北)
金福山妙福寺(岡山市北区建部町福渡) 妙福寺末:泉福山妙泉寺(岡山市北区建部町川口) 妙福寺末:千間山蓮久寺(岡山県久米郡久米南町下弓削) 妙福寺末:法意山龍泉寺(岡山県久米郡久米南町上神目)
日実は、もとは妙顕寺の僧であったが、教義や後継問題をめぐる寺内の意見対立のため同寺から離脱すると、信徒で豪商の小野妙覚の外護を受け、永和4年(1378年)に四条大宮にあった小野妙覚の邸に妙覚寺が建立された。実質的な創立者は日実であるが、妙覚寺では日像を開山、日実を4世としている。
妙覚寺は寛正7年(1466年)に近隣の本覚寺を合併して寺域を広げ、不受不施義の中心的寺院として発展した。
文明15年(1483年)、室町幕府将軍足利義尚の命により、二条衣棚(現・京都市中京区)に移転した。
天文5年(1536年)の天文法華の乱で伽藍が全焼し、堺に避難した。その後、天文11年(1542年)に後奈良天皇が法華宗帰洛の綸旨を下すと、妙覚寺は天文17年(1548年)に二条衣棚の旧地に戻って再建された。
この当時の妙覚寺は美濃国の戦国大名・斎藤道三との関係が深く、父とされる松波庄五郎は妙覚寺で得度しており(後に還俗)、また道三の四男は当寺十九世となる日饒である。日饒は織田信長にとっては義弟にあたり、信長は二十数回に及ぶ京への滞在において妙覚寺を宿所としたケースは18回に及び、本能寺に滞在したのは3回に過ぎない。
天正10年(1582年)6月2日の本能寺の変の際には、織田信長の嫡男である織田信忠が妙覚寺を宿舎としていた。