プラスミド
一般的な低電圧の電気泳動において、小さな線形のDNA断片の移動速度は、かけられる電圧に正比例する。高い電圧では、大きなDNA断片の泳動速度も連続的に増加するが、その増加割合は小断片の際とは異なってくる。そのため、ゲルの解像度は電圧の増加とともに低下してしまう。
低電圧での泳動では、小さな線状DNA断片の移動速度は、その断片長で関数化することができる。大きな線形断片(20 kb程度以上)では、長さに関係なく特定の固定速度で移動するように見える。これは分子の再吸引(分子の大部分がゲルのマトリックス構造を介して、泳動の先端に位置する断片に引き摺られるように泳動される)ためである。制限酵素による制限消化は、精製されたプラスミドを分析するために頻繁に使用される。これらの酵素は、特定の短い配列でDNAを特異的に切断する。得られた線形フラグメントは、ゲル電気泳動によってバンドに分離することができる。ゲルからバンドを切り取り、ゲルを溶解してDNA断片を抽出することで、任意のDNA断片断片を選択的に取得し精製することができる。
そのタイトなコンフォメーションのために、スーパーコイル状のDNAは、線形またはオープンサーキュラーDNAよりもゲル内をより速く移動する。