マリオ&ルイージRPG3!!!
マリオ&ルイージがクッパの体内にいる場合は、DSの下画面にマリオとルイージ、上画面にクッパが映し出され、操作するキャラクターを切り替えることができる。Aボタンがマリオ、Bボタンがルイージ、XとYボタンがクッパの操作となり、状況に応じてマリオたちとクッパの操作を切り替えながらゲームを進めていく。マリオとルイージの操作方法はこれまでのシリーズとほぼ同様にAボタンとBボタンを使い分け、クッパは強力なパンチと炎で障害物を破壊して道を作りながら進む。
クッパの体内はいくつかのスペースで区画分けされており、体内マップで行きたい場所にマリオ&ルイージのカーソルを合わせて、A(B)ボタンを押すとそのスペースを探索できる。イベントが起こりクッパの体に変化が起こると、クッパの体内マップに反応が表示される。区画には「ガラクタスペース」などのいわゆるダンジョンのほか、「チャレンジホール」や、ショップなどがある「キノピオひろば」がある。クッパの体内は2Dの横移動(往年のマリオシリーズと同じ)である。中盤になるとクッパの体内から出ることができるようになり、クッパの体内と外の世界を行き来しながらゲームが進行していく。
また、マリオとルイージがクッパの体内で行ったことがクッパの行動に影響を与えることがある(例として、腰の神経を叩くことで気絶しているクッパを起こしたり、筋肉を刺激することでクッパの筋力を上げて激しい力仕事を可能にしたり、クッパが食べた食べ物をタッチペンで突いて消化を助けるなど)。反対に、クッパの行動がマリオとルイージがいる体内に影響を与えることもある(クッパが水を飲むとある区画が水没したり、マリオとルイージがクッパが吸い込んだ敵と戦うことになるなど)。
サングラスをかけた不良のパタパタ3人組。マリオたちを脅すも、それに応じたマリオの度胸を恐れて逆に怖気づき、最終的にはマリオたちに協力した。3DS版ではクッパJr.に勝負も挑むも敗戦し、ラリーとレミーの居場所を教えた。エンディング後のクエストではその後、ゲラコビッツに寝返っていた事が判明する。
声 - ケネス W. ジェーム
本作の主人公の一人。あまり深く考えずに自分の欲望の赴くままに動いた結果、色々なものに振り回される。ゲラコビッツに利用された挙げ句城を乗っ取られたことに腹を立てていたところ、変装したゲラコビッツに与えられた「バキュームキノコ」の効果により赴くままマリオ達を吸い込み、気を失った。本人自身はマリオ達を吸い込んだことは全く気付いていない。
その後ブリロックから「バキュームブロック」をもらい、バトル中にバキュームのアクションができるようになる。冒頭では炎が吐けなくなったが、中盤には吐けるようになる。ストーリー上ではボスキャラクターとして、マリオ&ルイージおよびクッパJr.とそれぞれ戦う場面がある。3DS版のクッパJr.RPGでは一部のイベントで登場し、父親らしい一面も見せ、エンディング後の追加クエストでは仲間にできる。
キノコ王国の3賢者の一人。タコのような姿だが種族などは不明。関西弁で喋り、「まあ、シロートやからな」が口癖。1000年以上も同じ体勢を保ったまま宇宙の波動を吸収している。チャクラという宇宙と大地から流れてくる特別な波動を利用しワープさせたり、世界を見渡したりできる。
クッパをワープさせているのが彼で、本人の登場はストーリー後半だが、セリフのみでならゲーム序盤から登場している。なお、クッパに対して初交信時に「いつか会うと思う」と発言しているが、ゲーム中クッパと直接会うシーンは無い。
ある出来事がきっかけでマリオとルイージに体勢を崩されてしまい、やる気を無くすもののたまたま取った別のポーズが「大地の波動をごっつい感じる」ととても気に入り立ち直った。
エンディングの最後にも登場し、ゲームクリア時におけるマリオ・ルイージ・クッパのレベルやランクを評価する。
ピーチ姫の執事。彼もマリオたちと一緒にクッパに吸い込まれる。