京都農業協同組合
2000年(平成12年)8月1日 - 京北町農業協同組合、美山町農業協同組合、園部町農業協同組合、八木町農業協同組合、日吉町農業協同組合、丹波町農業協同組合、瑞穂町農業協同組合、和知町農業協同組合、南丹酪農農業協同組合が合併し、京都南丹農業協同組合(JA京都南丹)となる。当時の本店は船井郡園部町(現在の南丹市)にあった。
2002年(平成14年)4月1日 - 京都南丹農業協同組合(JA京都南丹)、福知山市農業協同組合(JAふくちやま)が合併し、京都農業協同組合(JA京都)となる。当時の本店は園部町にあった。
2003年(平成15年)10月1日 - 亀岡市農業協同組合(JA亀岡市)を合併。同時に本店を亀岡市へ移転。
2004年(平成16年)2月1日 - 岩滝町農業協同組合(JA岩滝町)、篠農業協同組合(JA篠)を合併。
2004年(平成16年)5月1日 - 綾部酪農農業協同組合を合併。
2005年(平成17年)4月1日 - 京都丹後農業協同組合(JA京都丹後)を合併。JA京都丹後は1995年(平成7年)4月1日、丹後半島の10農協(峰山・大宮・久美浜・丹後・弥栄・網野の2農協・伊根・加悦・野田川)の合併により発足した。