桜田門外の変
さらに、翌24日に徳川斉昭をはじめ、斉昭の長男の水戸藩主・徳川慶篤、一橋派であった尾張藩主・徳川慶勝、福井藩主・松平慶永が、規則外の不時登城を行って無勅許の条約締結を違勅と非難した。直弼は慶永一人を身分が違うから、と別室に移して気勢を削ぎ、他の諸侯の詰問へは平身低頭を繰り返した。翌25日、慶福が将軍・家定の養子と発表された。7月5日、家定の命として、登城した一橋派諸侯へ処分が下される。その直後、6日に家定が没し、慶福は第14代将軍となり家茂を名乗った。
ここに一橋派は江戸城内での活動を制限されたが、一橋派の薩摩藩主・島津斉彬は、かねて藩士・西郷隆盛を京都に遣わして内勅降下運動を行い、藩兵5,000人を率いて抗議のため上洛することを計画した。しかし、7月16日、斉彬は死去した。
勅許を得ない条約調印と斉昭・春嶽の排斥は、攘夷論の強かった公家たちに喧伝され、孝明天皇も幕府の行いに対し憤慨した。天皇は、同年8月、幕政の刷新と大名の結束を説く『戊午の密勅』を水戸藩へ下した。また、幕府寄りとされた関白・九条尚忠の内覧を解いて朝政から遠ざけた。水戸藩は密勅の写しを雄藩に廻送する様に添書きで指示を受けていたが、藩内抗争の激化により、廻送することがかなわず、攘夷派公家を通して縁戚の諸大名へは廻されたものの、幕府権威がいまだに強かった当時、各藩は関わりを恐れ相手にしなかった。しかし、朝廷が幕府を介さずに大名へ直接指令するという事態は、江戸幕府開闢以来前代未聞であったため、幕閣は狼狽した。
直弼は、密勅が天皇の意思ではなく水戸藩の陰謀とし、反論者への徹底弾圧を決心した。まず、老中に再任させた間部詮勝を京都に送り、新たに京都所司代に任命した酒井忠義にこれを補佐させた。
井伊掃部頭直弼(大老。彦根藩35万石藩主。享年46)
岩崎徳之進重光(伊賀奉行。負傷、帰邸後死亡)
小河原秀之丞宗親(小姓。負傷、帰邸後死亡。享年30)
加田九郎太包種(騎馬徒士。闘死。享年31)
河西忠左衛門良敬(剣豪。闘死。享年30)
日下部三郎右衛門令立(物頭。負傷、藩邸で死亡。享年39)
越石源次郎満敬(負傷、帰邸後死亡)
沢村軍六之文(闘死)
永田太郎兵衛正備(闘死)
慶応4年(1868年)、慶喜の実兄で水戸藩主・徳川慶篤は、新政府からの勅書により、同藩在京組から成る本圀寺勢を率い、諸生党約500名が退去した水戸城へ入った。この後、天狗党生存者らによる激しい報復が行われる。その最中、4月に慶篤が没し、政情不安定のため、慶篤の異母弟で欧州留学中の清水徳川家第6代当主・徳川昭武が後継になることになった。諸生党は奥羽越列藩同盟側に加勢し、北越戦争・会津戦争等、各地を転戦した後、水戸藩の主導権再奪還を期して水戸へ戻り、弘道館戦争が起きた。敗走した諸生党は続く松山戦争で劣勢へ転じた末、壊滅した。11月に帰国した昭武は慶篤の跡を継ぎ、明治2年(1869年)に最後の藩主となった。
なお、桜田門外の変襲撃者と天狗党らは共に靖国神社へ合祀されている。
帰邸のため入獄、文久2年(1862年)切腹処分
藤田忠蔵
水谷求馬
元持甚之丞
渡辺恭太
吉田太助
老中・阿部正弘や徳川斉昭、島津斉彬らが主導した雄藩協調体制を否定、幕閣絶対主義を反対者の粛清により維持しつつ、朝廷からの政治介入をも阻止するという井伊直弼の専制政策路線は、自身の死によって決定的に破綻した。そればかりか、御三家の一つである水戸徳川家と、譜代大名筆頭の井伊家が反目、長年持続した幕府の権威も大きく失墜し、文久期以降に尊王攘夷運動が激化する端緒となった。ここからわずか7年と7か月後の慶応3年10月14日(1867年11月9日)、第15代将軍・徳川慶喜によって大政奉還が成され、同年の江戸開城により急転直下で成る明治維新への、直接的ではっきりした起点がこの桜田門外の変であった。
一方、この一撃で有村も重傷を負って歩行困難となり、直弼の首を引きずっていった。しばらくの逃走の後、有村は若年寄・遠藤胤統 (近江三上藩)邸の門前で自決した。これにより、直弼の首は遠藤家に収容されることになった。
小河原は救助され、藩邸にて治療を受けるが即日絶命した。小河原は、自分の他に数名でも自分と同じような決死の士がいれば、決して主君の首を奪われることはなかったと無念の言葉を遺している。現場跡には、襲撃者側で唯一その場にて討ち死にした稲田の他、数名の彦根藩供侍と首のない直弼の死体が横たわり、雪は鮮血で赤に染まっていた。襲撃の一報を聞いた彦根藩邸からはただちに人数が出撃したが既に遅く、やむなく人員を割いて死傷者や駕籠を収容し、さらには鮮血にまみれ多くの指や耳たぶ、数本の腕が落ちた雪まで徹底的に回収した。
直弼の首は前述の三上藩邸に置かれていた。所在を突き止めた井伊家の使者が返還を要請したが、遠藤家は「幕府の検視が済まない内は渡せない」と5度までも断り、その使者を追い返した。そこで井伊家、遠藤家、幕閣が協議の上で、表向きは闘死した藩士のうち年齢と体格が直弼に似た加田九郎太の首と偽り、内向きでは「遠藤家は負傷した直弼を井伊家に引き渡す」という体面を取ることで貰い受け、事変同日の夕方ごろ直弼の首は井伊家へ送り届けられた(遠藤胤統は現役の幕閣であり、彦根の近隣の藩主でもあることから有名な直弼の顔を家中もよく知っており、実際には気付いていた可能性が高い)。その後、井伊家では「主君は負傷し自宅療養中」と事実を秘した届を幕閣へ提出、直弼の首は彦根藩邸で藩医・岡島玄建により胴体と縫い合わされた。