ボカ・ジュニアーズ
翌1992-93シーズン、アルベルト・マルシコとセルヒオ・ダニエル・マルティネス、カルロス・ダニエル・タピア、カルロス・マカリステルが入団した。このシーズンは司令塔マルシコとロベルト・カバニャスの攻撃陣が活躍した。一方、守備陣ではゴール・キーパーのモントーヤが824分間無失点というアルゼンチン・リーグの新記録を樹立する大活躍を見せた。彼らの活躍などがあり、ボカは1981年以来の実に11年ぶりとなる久しぶりの国内リーグ優勝を果たした。これで低迷期を脱するかと思われたが、この優勝後、ボカは再び停滞して、もがき苦しむ状態になった。
1995-96シーズン前期、ディエゴ・マラドーナが14年振りに古巣ボカに復帰した。マラドーナは自ら優秀な選手を勧誘してクラウディオ・カニーヒア、キリ・ゴンサレス、ディエゴ・カーニャなど名手を入団させた。そして14年前と同じシルビオ・マルソリーニ監督がチームを指揮した。ボカは残り5試合で2位と勝ち点6差をつけて首位を走っていて、多くの人がボカ優勝で決まりだと予想していた。しかしボカはこの後、失速してしまい優勝を逃した。ボカはリーグ終盤でCAベレス・サルスフィエルドに逆転されて、結局4位でシーズンを終えた。
1995-96シーズン後期、カルロス・ビラルドが監督に就任した。更にフアン・セバスティアン・ベロンが入団した。このシーズンもボカは優勝争いを演じた。第16節終了時点で、1位のベレスと僅か勝ち点1差の4位に付けていた。
注:選手の国籍表記はFIFAの定めた代表資格ルールに基づく。
リーグ : 34回(Mはメトロポリターノ、Nはナシオナル、Aはアペルトゥーラ、Cはクラウスーラの略) 1919, 1920, 1923, 1924, 1926, 1930, 1931, 1934, 1935, 1940, 1943, 1944, 1954, 1962, 1964, 1965, 1969N, 1970N, 1976M, 1976N,1981M, 1992-93A, 1998-99A, 1998-99C, 2000-01A, 2003-04A, 2005-06A, 2005-06C, 2008-09A, 2011-12A, 2015, 2016-17, 2017-18, 2019-20
コパ・アルヘンティーナ : 4回 1969, 2011-12, 2014-15, 2019-20
2009年から2011年まで成績不振が続いた。
2011-12シーズン前期、フリオ・セサル・ファルシオーニが監督に就任した。そしてレアンドロ・ソモサも入団した。ファルシオーニ監督は守備力の高いチームを作る事に成功した。その結果、ボカは無敗優勝(12勝7分0敗)を達成した。このシーズン、ボカは19試合で僅か6失点という好成績を残した。これによりボカはアルゼンチン・リーグが前後期制になって以降の最少失点記録を樹立した。強さを取り戻したボカは2012年にコパ・リベルタドーレスに出場して決勝まで勝ち進んだ。しかし、決勝でコリンチャンスに敗北した。この2011-2012シーズンにかけてのチームには、リケルメ、ソモサ、スキアビ、クレメンテ・ロドリゲスの他にパブロ・モウチェ、サンティアゴ・シルバなどがいた。
その後、2012年8月8日、ボカはコパ・アルヘンティーナ2011-12で、決勝戦でラシン・クラブと対戦して2-1で勝利し、優勝を果たした。