パーフェクトダーク
西暦2023年の近未来、科学技術の進歩により、人類社会は発展を続けていた。ダニエル・キャリントンの開発した「反重力テクノロジー」はその象徴ともいえるものである。彼はこの技術などによって得た収入をもとに、武装工作員を擁し、武器開発と情報収集を行う団体「キャリントン協会」を設立し、世界中の最先端技術の開発状況を調査していた。
そのような背景の中、兵器関連企業である「データダイン社」が、人智を超越した高度な技術を利用した武器の開発を行い、不自然な急成長を遂げていた。
キャリントンがデータダイン社の急速な技術革新に疑念を抱き、その真相を突き止める足掛かりを模索していたそのとき、データダイン本社からキャリントン協会に「ドクター・キャロル」を名乗る人物からの救出要請が送られてきた。データダイン社の不穏な動きに切り込む大義名分を得たキャリントンは、完璧なテスト成績で「パーフェクト・ダーク」のコードネームをほしいままにする新人エージェント、ジョアンナ・ダークに出動命令を下すのであった。
1〜4人でプレイする場合の主なプレイモード。前作における「対戦モード」に相当し、対戦用アリーナの中で、プレイヤー同士、またはプレイヤーとシミュラントの混合で対戦を行う。ルールやオプション、アリーナなど、複数の要素の組み合わせによって幅広い遊び方が可能となっている。
前作との最も大きな違いは「シミュラント」と呼ばれる自律型のNPCをゲームに加えられるようになったことである。シミュラントは最大で8体まで追加することができ、プレイヤーキャラクターと合わせることで最大12体のキャラクターによる対戦を可能としている。この要素の追加により、前作同様の対人対戦のほか、シミュラントを相手にしたプレイヤー1人での対戦や、プレイヤー全員でチームを組んでのシミュラントとの対戦などといった遊び方が可能となった。
シミュラントは「ノーマルタイプ」と「スペシャルタイプ」という2つの設定の組み合わせによってその能力が決定される。「ノーマルタイプ」は能力の低い方から順に「新人」、「弱」、「並」、「強」、「激」、「闇」という6つの段階でおおよその強さを決定し、「スペシャルタイプ」は「ノーマルタイプ」で設定した強さに追加する形で「神風タイプ」や「爆発タイプ」などの傾向、性質を決定する。ただし「スペシャルタイプ」は強いて設定する必要は無い。
チームメイトとなったシミュラントに対しては簡単な命令を出すことができる。
ただし動的エネルギーに弱く、起動中に発砲すると一時的に効果が解除されてしまう。使用中は完全に姿が消えるわけではなく、よく目を凝らすと薄い影のようなものが見えるが、ほとんどのNPCは反応しない。エネルギーに限りがあり、長時間使用することはできない。使用可能時間は1個につき合計20秒で、拾得した数に比例して加算されていくが、その上限は300秒に設定されている。なお、チートを使用しない限り、ミッションモードでは外伝的な特殊ミッションにしか登場せず、その使用可能時間も多くない。「弾無制限」のチートの影響を受け、併用することで無制限に使用することができるようになる。『大乱闘スマッシュブラザーズDX』にも登場する。
データリンカ
ワイヤレスでコンピュータをハッキングするデバイス。ミッションモードでは様々な場面で用いられるが、コンバットシミュレータでは「ハッキング」ルールの対戦でしか登場しない。ハッキングには時間が掛かり、使用中は無防備になってしまう。また、ハッキング中に他の武器やデバイスを装備したり、ハッキング対象から離れすぎると最初からやり直しとなってしまう。
カムスパイ
遠隔操作することができる小型のカメラ。空中を浮遊して移動し、盗撮や人間が立ち入ることのできない区域にある物を撮影するのに用いられる。撮影の代わりに爆弾の機能を備えた使い捨ての「ボムスパイ」、鎮静剤を発射する機能を備えた「Dr.スパイ」というデバイスもあるが、いずれのデバイスもミッションモードにしか登場しない。また、NPCに近付きすぎると気付かれてしまうことがあり、敵の攻撃で破壊されてしまうこともある。
Rトラッカ
片手で取り扱うことのできる小型の銃。「DY357マグナム」、「DY357-LX」を除いてハンドガンの弾を共用し、その最大携行予備弾数は800である。攻撃力よりも扱いやすさを重視したものや、一発の威力を重視したものなど多様性に富む。基本的に中距離以下にある対象に対して使用するものだが、中にはオールレンジでの使用に耐えるものもある。また、すべてのハンドガンは例外なく二挺拳銃が可能。
ファルコン2 (8/800)
1.シングルショット 弾を1発ずつ発射する。Zボタンを、押しっ放しにするのではなく、連打することで、非常に速い連射(クイックショット)を行うことができる。
2.グリップアタック 銃のグリップで殴りつける近距離攻撃を行う。パンチ同様、背後から攻撃することによって一撃で相手を気絶させることができる。殺傷力を持たないため民間人への使用も可能。
キャリントン協会製の標準的なハンドガン。レーザーサイトが標準装備されている。命中精度が高く、狙いさえ合っていれば中距離以下で外れることはまず無い。基本形の他に「消音」と「望遠」のバージョンがあり、それぞれサイレンサーと2倍率のスコープを備える。
MagSec4 (9/800)
1.シングルショット 弾を1発ずつ発射する。
2.
マイアン製のサブマシンガン。サブマシンガンの中では威力が高い方である。
RC-P120 (120/800)
1.連射 Zボタンを押している間、弾を連射し続ける。
2.スパイクローク 周囲から視認されなくなる。性質はスパイクロークと同様で、使用中に発砲すると一時的に効果が解除されてしまう。大変強力な能力ではあるが、透明になっている間は弾倉内の弾を猛烈な勢いで消費するため、長時間の使用には向かない。
キャリントン協会製のサブマシンガンで、サブマシンガンとしては最大の120発もの弾を装填することができる。連射速度が高く、1発の威力も高い。
ラップトップガン (50/800)
1.高速連射 Zボタンを押している間、弾を連射し続ける。
2.自動機銃 Zボタンを押すことで装備しているラップトップガンを放り投げ、壁や天井に貼り付けることができる。設置されたラップトップガンは自動機銃となり、弾倉内の弾を撃ち尽くすまで、通りかかった敵を自動的に攻撃する。設置している間も新たなラップトップガンを拾うことで「高速連射」を使用することができるが、新たに設置を行った場合、古い方のラップトップガンは爆発する。なお、設置したラップトップガンはBボタンで回収することができる。放り投げたラップトップガンは手元を離れてしまう。
キャリントン協会製のサブマシンガン。普段はラップトップパソコンの形をしているため、潜入の際に用いられる。2倍率のスコープを備え、連射速度も高いが、取り出す際に独自のモーションがあるため取り出すのに時間がかかる。
2007年、海外のサイトにおいておこなわれたランキング企画「最も強力なゲームの武器 TOP10」で第10位に選ばれた。なお、同ランキングの第2位にはファーサイトが選ばれている。
前作『ゴールデンアイ 007』に登場した武器。プレイモード「キャリントン協会」に含まれるミニゲーム「射撃訓練」のクリア記録に応じて、使用できる武器が「チート」の項目に追加されていく。なお、すべてのクラシックウェポンは第2武器モードを持たず、ミッションモードでしか使用することができない。また『オール武器』使用時を除き二挺拳銃も不可能であるが、どの武器もリロードモーションが前作と同一であるため非常に早い。
PP9i (7/800) - ハンドガン
前作における「PP7 特別仕様」。モデルとなった銃はWalther PPK。
CC1313 (8/800) - ハンドガン
前作における「DD44 DOSTOVEI」。モデルとなった銃はUSSR Tokarev TT-33。
KLO1313 (20/800) - サブマシンガン
前作における「KLOBB」。モデルとなった銃はCZE Vz.61。
KF7 Special (30/400) - ライフル
前作における「KF7 SOVIET」。モデルとなった銃はUSSR AK47。
ZZT(9mm) (32/800) - サブマシンガン
前作における「ZMG(9mm)」。モデルとなった銃はIMI UZI。
DMC (30/800) - サブマシンガン
前作における「D5K DEUTSCHE」。モデルとなった銃はH&K MP5K。
AR53 (30/400) - ライフル
前作における「US AR33 狙撃ライフル」。モデルとなった銃はUS M16。
RC-P45 (80/800) - サブマシンガン
前作における「RC-P90」。モデルとなった銃はFN P90。