アイザック・シェルビー
この援軍がメグス砦に到着すると、砦はイギリス軍とインディアンの連合軍に包囲されていた。クレイの部隊は包囲を止めさせることができたが、多くの者がインディアンに捕まって虐殺された。初めに入った報告書ではジェイムズ・シェルビーが戦死した者の中に入っていたが、後に捕獲されたことが分かり、捕虜交換で返された。
1813年7月30日、ハリソン将軍が再度シェルビーに手紙を送り志願兵を養成してきたが、このときはシェルビーが自ら部隊を率いてくることを求めていた。シェルビーはハリソンが求めてきた数字の2倍にもなる、3,500名の志願兵隊を起ち上げた。後に知事になったジョン・J・クリッテンデンがシェルビーの副官になった。シェルビーはこのとき少将になって、ハリソンの部隊に合流し、このときの作戦はテムズの戦いにおけるアメリカ軍の勝利で頂点に達した。
ハリソンが陸軍長官ジョン・アームストロング・ジュニアに宛てたこの戦闘の報告書で、シェルビーについて「私はシェルビー知事(の功績)についてどのように表現していいか分からない。私の賛辞では彼の功績に届かないと確信している」と告げた。1817年、シェルビーは連邦議会の感謝状を受け取り、戦争中の功績に対して議会の金メダルを与えられた。シェルビーの友人達はアメリカ合衆国副大統領に立候補するよう勧めたが、シェルビーは即座にかつきっぱりと辞退した。
しかし、間もなくイギリス軍に援軍が着いて植民地軍が後退させられた。一方の部隊が補強されると優勢になり、また片方の部隊が補強されて押し返すというパターンが続いた。ファーガソンの主力1,000名が到着したのは、シェルビー隊が勝っているときだった。シェルビー隊は勢力で負けたために、イギリス軍のマスケット銃が届かない近くの丘に後退した。安全地帯に入ったシェルビー隊がイギリス軍を野次ると、ファーガソン隊はその地域から撤退した。これでシーダースプリングスの戦いが終わった。
マクドウェル将軍は続いてエノリー川沿いのイギリス軍宿営地、マスグラブズミルを占領するようシェルビーとクラークに命令した。植民地軍は敵部隊が拮抗するぐらいの勢力があると思ったが、先行した斥候が宿営地には約500名のイギリス兵が戦闘の準備をしているという情報をもたらした。シェルビーの兵士や馬はあまりに疲れすぎて撤退もできず、急襲の可能性も無くなっていた。シェルビーは兵士達に近くにある木材や枝で胸壁を造るよう命令した。30分で急拵えの砦が完成し、25名の騎手がイギリス軍の攻撃を促すために突撃を掛けた。イギリス軍は彼等を追って来て植民地軍の主力と対することになった。植民地軍は数では負けていたが数人のイギリス軍士官を戦死させ、イギリス部隊を逃亡させた。
シェルビーはその部隊が解体された後で、今日のケンタッキー大半をチェロキー族インディアンから購入していた土地会社、トランシルバニア会社のために土地の測量を行った。ただし、この取引は後にバージニア政府から無効とされた。シェルビーはトランシルバニア会社の仕事を完了した後で、バージニアで家族に合流したが、翌年ケンタッキーに戻り、そこの土地の所有権を主張し独力で改良を加えた。ケンタッキーにいるときに病気になり、1776年7月に療養のために家に戻った。バージニアに戻ると独立戦争の戦闘が行われており、バージニア安全委員会から民兵中隊の大尉に指名された。1777年、バージニア知事パトリック・ヘンリーが辺境の軍隊のために食料を確保する役をシェルビーに指名した。シェルビーは1778年と1779年も同様な役を大陸軍の部隊のために果たした。植民地の拡大に抵抗していたチェロキー族インディアンの一派チカマウガ族に対して1779年にジョン・セビアが遠征したとき、シェルビーは自分の金で食料を購入した。
シェルビーは1779年ワシントン郡からバージニア議会議員に選出された。この年遅く、トーマス・ジェファーソン知事から少佐に任官され、バージニアとノースカロライナの間の辺境境界線を設定する委員集団を護衛する任務を与えられた。
ミシシッピ州キャンプ・シェルビー
ミシガン州シェルビー砦
ウィスコンシン州シェルビー砦
シェルビーはジェファーソンに「私は常にケンタッキー州知事としてアメリカ合衆国大統領が憲法に沿って私に要求するとみなすもの全てを実行するのが任務と考えている」と請け合って、この中途半端な関与を穏やかに収めた。
1794年3月、おそらくはシェルビーの心配に答えるために、連邦議会は侵入や暴動の場合に連邦政府に追加権限を認める手段を成立させた。ジェファーソンの後継者エドムンド・ランドルフは実際にシェルビーの手紙を受け取っており、手紙でシェルビーの意のままにできる新しい権限を伝え、またフランスの新しい政府がジュネを呼び戻したことも伝えた。2ヶ月後にジュネの代理人はケンタッキー州における活動を止め、危機の可能性は去った。1795年、ワシントン大統領はミシシッピ川でアメリカ人が交易を行う権利を確保する合意をスペインとの間に取り付けた。
シェルビーは新しい州政府を形成するときに巻き込まれた大きな課題や問題をうまく処理することで、ケンタッキー州を安全で財政的に健全な状態にした。ケンタッキー州憲法は知事が2期続けてその職に就くことを禁じていたので、シェルビーは1796年に任期が終わったとき、リンカーン郡の所有地であるトラベラーズレストに隠棲した。その後の15年間は農場の運営に専念した。6期連続して大統領選挙人に選ばれたが、これがこの15年間に唯一公衆の前に姿を表す機会だった。