西肥自動車
1997年(平成9年) : 運賃改定。
2001年(平成13年) : 嬉野営業所を廃止し東部営業所に統合。
2002年(平成14年)1月21日 : 日本初の共通ICバスカードである長崎スマートカードを導入。
2005年(平成17年)3月1日 : オール九州高速バス予約システム「楽バス」運用開始。北部九州3日間フリー切符SUNQパスも発売開始。 加入各社が受け持つ路線(はかた号やフェニックス号など)の予約・購入が可能となる。
2007年(平成19年)10月 : 佐世保バスセンター併設の佐世保シティホテルの経営権をリゾートソリューション(現:リソルホールディングス)に譲渡、ホテルトリニティ佐世保として再オープン。
2007年(平成19年)10月1日 : 大野営業所を廃止し北部営業所に移転。同時に、佐々バスセンターを設置。
2008年(平成20年)12月 : 私的整理による経営再建を図ることでメインバンクである親和銀行(ふくおかフィナンシャルグループ傘下、現:十八親和銀行)と合意。 同行から取締役として2名(社長・常務)が派遣。西日本鉄道からも取締役として1名(常務)の派遣と出資を受ける。
2009年(平成21年)7月 : 本社を佐世保市万津町から佐世保駅前バスセンターに隣接するプラザシルバービル(佐世保市白南風町)に移転。
2012年(平成24年)2月までは、日野・三菱ふそう・日産ディーゼル(当時、現「UDトラックス」)の3メーカーを使用していたが、同年3月からいすゞ車の導入が開始された。
中型車のエルガミオ ノンステップが東部営業所へ新車で配置されたのを皮切りに、2014年(平成26年)には大型車のエルガ ワンステップ1台が新上五島営業所に、2015年(平成27年)は大型車のエルガ ノンステップ4台も東部営業所にそれぞれ配置され、同じ年に後方サロンシート対応のガーラを貸切車両として導入。2016年(平成28年)以降は九州本土の営業所でエルガ ノンステップの導入が本格化している。
2015年(平成27年)12月現在で、車両の平均車齢は17.8年となっており、北部九州地区の民営バス事業社と比較しても6年高くなっている。
西肥バスは営業所を管轄する陸運事務所が佐世保・長崎・佐賀の3ヶ所に分かれており、各陸運事務所エリア間での転属とそれに伴うナンバープレートの付け替えがしばしば行われていることもあって、ナンバープレートとは別に車両固有の社番を付して管理している。
社番はメーカーを示すアルファベット1文字と3桁の数字から成っており、それぞれ番号を導入順に付す。させぼバス委託車両のうち、2019年(平成31年)3月の旧交通局及びさせぼバスからの一括移管分に限っては各メーカー毎に年式(古い年式ほど数字が小さい)順に番号が振られる。 H100 - H399:日野製で、アルファベットはHINO(=日野)の頭文字である"H"が入る F400 - F699:三菱ふそう製で、アルファベットはFUSO(=ふそう)の頭文字である"F"が入る 2022年(令和4年)にF699まで社番が再度一巡したため、以降は廃車に伴って空きとなったF400から再び導入順に付している。 N700 - N899:日産ディーゼル製で、アルファベットはNISSAN(=日産)の頭文字である"N"が入る 当初はN999まで社番があり、一巡もしていたが、900番台を後述するいすゞ用に振り替えたため、N899までとなる。
内海 - 大日 - 上野々川 2007年10月1日廃止。波佐見町予約制乗合タクシーが代替。
(佐世保駅前以遠) - 大宮町 - 上東山 - 汐入 - 天神町 - 大宮町 - (佐世保駅前以遠) 教育隊線へ統合のため廃止。
江迎 - 大加勢 - 楠泊 - 見返橋 - 黒石 - 佐々 - 佐々バスセンター 見返橋 - 佐々バスセンター間の途中で黒石に立ち寄る路線。平日・土日祝を問わず、朝に江迎行が1便、以降夕方まで佐々バスセンター行が3便運行されていた。
知見寺線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 四条橋 - 大野公民館前 - 天の久保 - 知見寺耳切 - 上野原 - 槍巻 - 世知原( - 踊瀬 - 吉井) 2022年3月24日のダイヤ改正で槍巻 - 佐々線が廃止(後述)されたことに伴い、知見寺線は全便吉井発着となったが、2023年4月1日のダイヤ改正で世知原発着便が1日2往復設けられた。
妙観寺線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 皆瀬局前 - 下小川内 - 乙石尾 - 桶口 - 吉井
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 西高校前 - 坂の上分道 - 十文野 - 小川内公民館前 - 乙石尾 - 桶口 - 吉井 2022年3月24日のダイヤ改正で旧道の妙観寺峠経由から新道の妙観寺トンネル経由へ変更(妙観寺峠 - 樽川内間のバス停4か所を廃止)されたほか、後述する十文野(小川内)線の廃止に伴う代替路線として、平日のみ、全5往復のうち、佐世保駅前発2本(朝・夕各1本ずつ)、吉井発3本が十文野経由となる。
菰田・世知原・松浦線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 皆瀬局前 - 下小川内 - 牧の地 - 小川内公民館前 - 菰田( - 世知原)
世知原 - 長坂 - 高野 - 松浦駅前 かつて2001年までは佐世保 - 松浦間の直通運転もあったが、現在は世知原で運転系統が分かれている。また、菰田を発着する便は平日に1日1往復の運行となる。 2022年3月24日のダイヤ改正で妙観寺線の牧の地経由便が廃止されたのに伴い、下小川内 - 二反田橋間は、途中で牧の地に立ち寄るルート(複乗)へ変更された。
※高速バスのみ運行している市町村は除く。
1918年(大正7年)8月 : 中村自動車商会が佐世保 - 早岐間で乗合自動車運行開始。
1920年(大正9年)2月10日 : 西肥自動車株式会社が設立。 出資 : 北松浦郡江迎町(現 佐世保市)で炭鉱を経営していた中村京太郎(初代社長)を中心とした北松地域の資本。 資本金 : 12万5千円 本社・車庫所在地 : 佐世保市相生町(現在のNTT西日本佐世保ビル) 保有車両 : 6台 路線 : 中村自動車商会の事業を継承して相浦 - 佐世保 - 早岐間で運行開始。
1921年(大正10年)1月 : 佐世保 - 江迎 - 平戸口(旧北松浦郡田平町)線運行開始。当初は江里峠経由での運行。
1927年(昭和2年)3月 : 佐世保市営バス(佐世保市土木課自動車係、のち佐世保市交通局)、西肥バスより春日町 - 日宇間の営業権と車両譲渡を受け運行開始。 協定により市営バス免許区間と重複する堺木 - 日宇間では区間内のみの西肥バスの乗車は不可とされた(1950年(昭和25年)頃まで)。
1934年(昭和9年)9月10日 : 佐世保市白南風町(現:佐世保バスセンターの場所)に本社と車庫を移転。
1943年(昭和18年)7月1日 : 戦時統合により波佐見自動車を合併。12月1日には大村以南の路線を長崎県営自動車(現:長崎県交通局)へ譲渡。
1944年(昭和19年)3月1日 : 平戸自動車(現在の平戸バスとは別経営)を合併。
1945年(昭和20年)6月29日 : 佐世保大空襲で本社と車庫を焼失。終戦後、同年9月に佐世保市島地町の旧海軍施設に本社を仮移転。
始発は吉井 - 松浦駅前間の区間便が平日・土日祝問わず1往復運行されているほか、土日祝には佐々バスセンター発松浦駅前行も朝に1本運行されている。 2000年までは松浦・御厨からさらに平戸口桟橋(現・田平港)まで運転される便もあり、1995年までは急行の設定もあった。2016年3月までは平日4便のみ御厨駅前発着便が運行されていたが、同年4月の改正で全便が松浦駅前発着に変更された。 2022年3月24日のダイヤ改正により、佐世保駅前発着便は速達性向上を目的に全便皆瀬局前経由からバイパス本山経由(各停)へ変更され、佐々バスセンター発の草の尾入口経由便を廃止し、草の尾入口バス停も廃止された。
(肥首)農高前線
(平戸営業所 - )平戸桟橋 - 平戸新橋 - 猶興館高校入口( - 田平港)- 北小学校入口 - 農業高校前( - 天主堂前 - 肥首 - 万場 - 末橘 - 江迎)
佐々バスセンター - 口石別道 - 見返橋 - 楠泊 - 大加瀬 - 江迎 - 末橘 - 万場 - 肥首 - 天主堂前 - 農業高校前 - 坊田 - 北小学校入口 - 田平港 平戸桟橋 - 農業高校前間のうち、田平港を経由する便は1日1往復のみで、平日のみの運行。