清浄光寺
明治元年10月10日(1868年11月23日)には、東京行幸の際に明治天皇が宿泊した。明治維新後には、それまで幕府より与えられていた回国の御朱印を失い、遊行上人は随時御信教として地方に出向くことになり、これにより遊行上人と藤沢上人は同一人となる。
1880年(明治13年)の藤沢の大川火事で中雀門を残して焼失。1911年(明治44年)7月6日の火災では、書院、居間、番方庫裡および国宝(旧国宝)『一遍上人絵詞伝』(遊行上人縁起絵)を焼失した。
1923年(大正12年)の関東大震災では全壊した本堂を筆頭に多くの被害が発生した。本堂は1937年(昭和12年)再興に至る。
この時代には東海道を通る失業者などが身を寄せる場所になっており、1929年(昭和4年)の恐慌の際には、設けられた無料接待所を訪れた者は1年で11,000人を数えた。
1969年(昭和44年)には真教の650年遠忌が行われ、河野静雲の句碑が建てられる。翌1970年(昭和45年)には一遍像造立、万葉植物園造成。1977年(昭和52年)に遊行寺宝物館を設置、全国に散在していた一遍関係の絵巻物を展示する。