ウイグルスタン・ハン国
この地を足がかりに東トルキスタンに戻ったスルタン・サイードは、ドゥグラト部のミールザー・アバー・バクルを討って1514年にハンを称した。ドゥグラト部内でもアバー・バクルと対立する勢力があり、ミールザー・ムハンマド・ハイダルらがスルタン・サイードを支持した。
当初マンスールとスルタン・サイードの兄弟は対立していたがやがて和解し、東西にモグーリスタンのハンが並立した。スルタン・サイードは西の草原地帯への進出を試みるがウズベクとカザフに阻まれ、カシュガルとヤルカンドを中心とするタリム盆地西部を領有するに至った。このため、スルタン・サイードとその子孫による政権は、ヤルカンド・ハン国(カシュガル・ハン国)と呼ばれることになる。
16世紀以降、従来モグーリスタンで強い影響力を持っていたドゥグラト部に代わり、ナクシュバンディー教団の指導者(ホージャ)が強大な影響力を有するようになった。
ウイグルスタン・ハン国はマンスールの死後急速に衰退し、1570年にヤルカンド・ハン国のホータン総督であったクライシュ(アブドゥル・カリームの弟)率いる軍の侵攻を受け、当時の君主であったマスウードは捕えられて捕虜となり、ウイグルスタン・ハン国は滅亡した。反乱を起こしたクライシュもアブドゥル・カリームが差し向けた軍の討伐を受け、トルファンはヤルカンド・ハン国の支配下に入った。