SSCP
蛍光色素を結合させたPCRプライマーで試料DNAを標識し、キャピラリー電気泳動装置で検出する方法
ビオチンを結合させたPCRプライマーで試料DNAを標識し、ポリアクリルアミドゲル電気泳動法とサザンブロット法を組み合わせて検出する方法
などもある。
変異の検出ということでは、いわゆる次世代シーケンサー(高速シーケンサー)を用いて配列解析することも行なわれる。