ペプチド結合
2つのアミノ酸がペプチド結合を介してジペプチドを形成する場合、これは縮合反応の一種である。この種の縮合では、2つのアミノ酸が互いに接近して、一方の非側鎖(C1)カルボン酸部分が、他方の非側鎖(N2)アミノ部分に接近する。一方はカルボキシル基(COOH)から水素と酸素を失い、もう一方はアミノ基(NH2)から水素を失う。この反応により、1分子の水(H2O)とペプチド結合(-CO-NH-)で結合した2つのアミノ酸が生成する。2つのアミノ酸が結合したものをジペプチドと呼ぶ。
アミド結合のプロセスは脱水合成反応であり、一方のアミノ酸分子のカルボキシル基と他方のアミノ酸分子のアミノ基が反応し、1分子の水(H2O)が放出されて合成が行われる。
ペプチド結合の形成にはエネルギーが必要であるが、生物の場合はATPが使われる。ペプチドやタンパク質は、アミノ酸がペプチド結合(いくつかのイソペプチド結合の場合もある)で結合した鎖である。生物は酵素を使って非リボソームペプチドを作り、リボソームは脱水合成とは細部が異なる反応を使ってタンパク質を作る。
α-アマニチンのように、リボソームで作られるためリボソームペプチドと呼ばれるものもあるが、多くはリボソームではなく特殊な酵素で合成されるため、非リボソームペプチドと呼ばれる。たとえば、トリペプチドのグルタチオンは、遊離のアミノ酸から2つの酵素、グルタミン酸-システインリガーゼ(英語版)(ペプチド結合ではないイソペプチド結合を形成)とグルタチオン合成酵素(ペプチド結合を形成)によって2段階で合成される。