リボスイッチ
グアニンリボスイッチではこの位置は常にシトシン(C74)であり、アデニンリボスイッチでは常にウラシル(U74)である。似たものとしてデオキシグアノシンを結合するタイプのプリンリボスイッチもあるが、上記のような一塩基置換ではなくもっと大きな違いがある。
リジンリボスイッチ(L-ボックスともいう)はリジンを結合してリジンの生合成、分解、輸送を調節する。
glmSリボスイッチ:十分な濃度のグルコサミン-6-リン酸がある場合に自己開裂する。
グリシンリボスイッチ:グリシンリボスイッチはグリシンを結合することで、グリシンのエネルギー源化を含むグリシン代謝遺伝子を調節する。2007年現在、このリボスイッチは協同的結合を示す唯一の天然RNAで、これは同じmRNAに隣り合って存在する2つのアプタマードメインにより行われる。
サイクリックdi-GMPリボスイッチ:シグナル分子である環状GMP二量体を結合することで、このシグナル分子により制御される様々な遺伝子を調節する。予測されているリボスイッチには次のものがある:
Moco RNAモチーフは、モリブデン補助因子を結合し、この補助因子の生合成と輸送に関わる遺伝子、またこの補助因子または誘導体を補酵素とする酵素の遺伝子を調節すると予測されている。