モスラ3 キングギドラ来襲
一方、中生代(白亜紀)の地球では、幼体のキングギドラが恐竜を丸のみにして捕食しようとしていたが、そこへモスラが登場し、戦いを挑んだ。モスラの攻撃が効いているのか、もがき苦しむ現代のキングギドラ。その後、ギドラからの反撃を受けてモスラは倒れるも、現代で正気を取り戻したロラの祈りの歌が届き、復活。ギドラを火山の噴火口の中の溶岩に落とし、自身も力尽き再び動かなくなる。無数の蛍に導かれその場に現れた中生代に生息する三体の原始モスラは自分たちの繭で保護するように現代のモスラを包んだ。
再び現代。中生代でのギドラの死と引き換えにドームが消滅し、子供たちは逃走、翔太は脩平と珠子を助け出すが、歴史が変わったなら自分たちがそもそもここにいないだろうというベルベラの懸念は現実のものとなった。キングギドラは幼体の時の戦闘中にちぎれた尻尾から蘇生し、再び姿を現した。ロラとベルベラは姉妹の絆を取り戻す。アイテムはエリアス三姉妹の知恵と勇気と愛を示す剣であった、2人の姉妹は次女モルの遺志を継いでフェアリーに乗り、キングギドラに立ち向かうが苦戦する。その時、恐竜時代の地層から出現した繭から、1億年3千万年もの眠りを経て最強の鎧モスラに変化したモスラが帰還。キングギドラとモスラの最後の戦いが始まった。
鎧モスラはキングギドラの光線をものともせず、体格では上回るキングギドラを圧倒するパワーで押しかえし、激戦の末に必殺技のエクセル・ダッシュ・バスターを繰り出して倒した。そして子供たちを解放。鎧モスラ・エターナルに変身し、モルを生き返らせた。親や先生と再会する子供たちを見守りながら、モスラはインファント島へと羽ばたき帰っていくのだった。
当初は大阪でもキングギドラにより物体が浮き上がるという描写を撮影する予定であったが、本編版でシルエットによる表現が撮影されるだけとなった。
原始モスラがレインボーモスラに糸を吹きかけるシーンでは、糸のシンナーに引火し、モスラの造形物が全焼する事故があった。
登場時間は長くないが、ティラノサウルスとトリケラトプスがパペットで操演された。他の恐竜はすべてCGによる。鈴木は、恐竜はあくまでおまけであり、すべてをCGで制作する時間もないことからミニチュアを用い、あえてコミカルに表現することで映画『ジュラシック・パーク』と比較されることを回避する意図もあったという。CGによるプテラノドンは、当初は2カット登場する予定であったが、最終的に一瞬しか映らないかたちとなったため、合成を担当した前田哲生はあまり手をかけていないと述べている。
風穴から飛んでいくコウモリは、フルCGで表現された。当初は操演で1体を撮影し、合成でこれを増やす予定であったが、思うように動かせなかったためフルCGに切り替えられた。
当初、インファント島の全景には1/20スケールのミニチュアを制作する予定であったが実現せず、作画で処理された。宝物殿は1/6スケールのミニチュアが制作された。岩肌には、従来の発泡スチロールやモルタル、漆喰などは用いず、ウレタンを用いて本物の岩から型をとり樹脂で制作しており、スクリーンの大きさにも耐えうる質感としている。デザインは、東南アジア方面だけでなく、アフリカやインカなど様々な文明を参考にしている。