モロ紛争
2013年、アブ・サヤフグループの2つの主要なキャンプは、パティクルでの最新の攻勢でモロ民族解放戦線 (MNLF)の勢力によって蹂躙された。MNLFの指導者ヌル・ミスアリによると、アブ・サヤフに対するMNLFの攻撃は、アブサイヤフのイスラム教に反する人権侵害にMLNFが反対したためであった。
ベニグノ・アキノ3世大統領の任期中に両方から賞賛されたMILF議長アル・ハジ・ムラド・イブラヒムの会談を含む敵対行為の停止に関する一連の和平協議が日本の東京で開催された。ノルウェーはまた2011年1月に国際監視チーム (IMT)に参加し、ミンダナオ島での政府とMILF間の停戦協定を監督した。和平交渉にもかかわらず、一連の紛争が勃発した。2011年9月10日にはアブ・サヤフの筋金入りのメンバーのJal Idrisがフィリピン陸軍と反政府グループ間の銃撃戦後、政府軍によって逮捕された。Jal Idris逮捕の翌日、フィリピン軍は膠着状態のアブ・サヤフの過激派三人も殺害した。
テロはアキノ大統領の任期中継続して発生した。有名な事例の一つに2011年1月に4人の商人と1人のガイドがアブ・サヤフの盗賊によって殺害される事件が起きている。後に1人の兵士が反乱軍との衝突で殺害された。2011年8月、反乱勢力はスールー州の村を攻撃し、7人の海兵隊員を殺害し7人の民間人を捕虜にした。
ベイツの主な目的は米比戦争におけるモロの中立性を保証し、フィリピン南部に秩序を確立することであった。いくつかの交渉の後、以前のスペインの条約に基づいたベイツ条約が調印された。ベイツ条約は、南部のイスラム教徒の中立性を保証したが、実際には北部の戦争が終わるまでアメリカが時間を稼ぐために設定された。戦争後の1915年にアメリカ人はスールーにカーペンター条約を課した。
1900年3月20日、ベイツ将軍はウィリアム・オーガスト・コッベ准将と交代し、ミンダナのモロ地区は完全な省へと格上げされた。アメリカ人や他の民間人がモロに攻撃され殺害されたという報告はあるものの、ミンダナオのアメリカ軍は強化され、モロへの敵意は和らいだ。
アメリカの侵攻は1904年に始まり、モロ省の第三代かつ最後の軍総督ジョン・パーシング少将の在任期間中に終了したが、モロのバグサク山やブッダージョで主要な抵抗は継続した。アメリカ軍はモロクレーター虐殺で何百人ものモロを殺害した。
第二次世界大戦中の日本のフィリピン占領に至るまで、モロによるアメリカの支配に対する繰り返しの反乱は、主要なモロの反乱が終わった後も続いていた。日本がフィリピンに侵攻している間、モロは日本が1945年に降伏するまでミンダナオ島とスールーで日本人に対する反乱を起こした。モロ・ジュラメンタドスは、スペイン人、アメリカ人、フィリピン警察と日本人を攻撃した。
アメリカ植民地政府とその後のフィリピン政府は、1920年代からビサヤとルソン島の多数のキリスト教徒のフィリピン人移住者をミンダナオの土地に再定住させる民族内移動の政策を追求した。この政策により、1970年代までにキリスト教徒のフィリピン人はモロとルマドの両方の人口を上回ることができた。これは、土地をめぐる紛争が増大するにつれて、モロとキリスト教徒のフィリピン人移住者間の不満を悪化させる一因となった。モロの人々による別の不満は、多くのモロの生活が貧しい中で中央政府によるミンダナオの天然資源が抽出されていることであった。
モロのイスラム教徒とルマドはスペインとアメリカの植民地化プログラムに取って代わられ、キリスト教徒のフィリピン人入植者は最終的に新しく建設された道路沿いの重要な地域を支配し、伝統的なモロの行政構造と資源管理を崩壊させた。アメリカ人はキリスト教徒がルマドとモロの代わりに新たに規定されたタウンシップの管理者になることを好んだ。環境悪化は持続不可能な(移住者の流入による)人口増加と木材伐採に起因している。
2000年10月5日、609人の反政府勢力が裏切者の町長Mulapandi Cosain Saripとともにカガヤン・デ・オロで降伏した。これに続いて、2000年12月29日に更に855人の反政府勢力が降伏した。エストラーダ大統領はその後、ミンダナオ島に勝利を象徴するフィリピン国旗の掲揚を命じた。国旗は2000年7月9日にマズハブの近くで掲げられ、翌日にもモスクからわずか数メートルの距離にある教室で宴会を開催したエストラーダ大統領のために再び掲げられた。
その結果、一部のイスラム反乱グループが報復し2000年12月30日に首都圏のいくつかの重要な場所を爆破し、22人の死者と数百人の負傷者を出した。2003年5月に犯人の一人Saifullah Yunosがカガヤン・デ・オロでマニラ行きの飛行機に搭乗しようとした際に逮捕された。2004年にはFathur Rahman al-Ghoziによって列車爆破犯であると確認されたジェマ・イスラミアの2人のメンバー、Naga MamasaoとAbdul Pataが逮捕された。Al-Ghoziも逮捕されたが、2003年10月13日に刑務所から逃走を試みた際の銃撃戦で死亡した。