東京大学
以下の附属学校がある。本学への優先的入学制度はない。
東京大学教育学部附属中等教育学校
東京大学医学部附属看護学校(2002年閉校)
東京大学医学部附属助産婦学校(2002年閉校)
学生新聞「東京大学新聞」を発行している公益財団法人。編集部はすべて東京大学の学生で構成されており、新入生募集などが一般のサークルと一緒に掲載されることもあるが、東京大学教授を理事長とした、法人格を有する団体である点が大きく異なる。
1877年(明治10年)4月12日 東京開成学校と東京医学校が合併し「東京大学」が設立された。
1878年(明治11年)12月 文部省、東京大学に学位(学士号)の授与権を与える。
1879年(明治12年) 4月 東京大学の授与する学士号を法学士・理学士・文学士・医学士・製薬士とする。 7月 法理文3学部、第1回学位授与式を挙行。
1880年(明治13年)8月 法理文の3学部に学士研究科を設置(大学院の前身)。
1881年(明治14年) 6月 東京大学職制を制定(東京大学に総理を置き、4学部と予備門を統括)。 8月 本科生を生徒と区別して「学生」と称する(学生呼称の起源)。諮詢会を設置(評議会・学部教授会の前身)。
1883年(明治16年)10月 明治十六年事件が起きた。
1884年(明治17年) 8月 本部事務室と法学部・文学部が神田錦町から本郷本富士町(現:文京区本郷7丁目)の文部省用地に移転。 10月 東京大学副総理を置く。この頃から角帽の着用が始まる。
1885年(明治18年) 8月 予備門が東京大学の管理を解かれる(翌年第一高等中学校に改組)。 9月 東京法学校(司法省法学校)を法学部に統合。理学部が神田錦町から本郷本富士町に移転。工芸学部を設置した(理学部より分割)。 12月 文学部政治学科及理財学科を政治学科と改称し、法学部に移管。法学部を法政学部と改称。
1886年(明治19年) 3月 工部大学校を統合し、帝国大学令により「帝国大学」と改称。総長、分科大学長、評議会を置く。
2020年度に、新型コロナウイルス感染症拡大への対応から、オンライン授業を導入しており、対面授業と併用しながらオンライン授業の活用へ授業様式は変化している。
各学部・学科ごとに同窓会が分立している。これは、東京帝国大学時代に各学部(分科大学)の独立性がとても大きかったことの名残である。近年は、全学的な同窓会連合組織である「東京大学同窓会連合会」や「東京大学校友会(旧称、赤門学友会」が発足している。卒業生個人は各学部ごとの同窓会や赤門学友会に加入できる。
鉄門倶楽部(医学部医学科)
東京大学保健学同窓会(医学部健康科学・看護学科)
東京大学工学部丁友会(工学部、工学系研究科)
木葉会 (工学部建築学科、工学系研究科建築学専攻)
造兵精密同窓会(工学部精密工学科、工学系研究科精密工学専攻)
東京大学電気系同窓会(工学系研究科、情報理工学系研究科、新領域創成科学研究科、情報学環・学際情報学府の電気関連専攻)
航空宇宙会(工学部航空宇宙工学科・工学系研究科航空宇宙工学専攻)

東京大学経友会(経済学部)
東京大学薬友会(薬学部)
東京大学理学部数学教室・大学院数理科学研究科同窓会(東大数学同窓会)(理学部数学科、数理科学研究科)
創域会(新領域創成科学研究科)
東京大学公共政策大学院同窓会(公共政策大学院)
東京大学医師会(医学部医学科)
この他に、サークル・ゼミ・クラス単位の同窓会や地域ごとの同窓会もある。また、女子卒業生のみ(女子在学生も入会可能)の「さつき会」もある。駒場友の会は駒場キャンパスの同窓会としての性格をもっている。
三重県四日市市にサテライトを設け、地域の課題解決を研究する協定を締結。
本郷地区キャンパス 本郷中央食堂(安田講堂前広場地下) 銀杏・メトロ食堂(法文2号館地下1階) 本郷第二食堂(第二食堂建物2階) 農学部食堂(農学部3号館地下1階)
駒場キャンパス 駒場コミュニケーション・プラザ南館 カフェテリア若葉(1階) ダイニング銀杏(2階) カッフェヴィゴーレ(1階) 1号館北西角パンショップ CAFETERIA KOMOREBI(21KOMCEE West地下1階、現在休業中)
駒場IIキャンパス 駒場リサーチキャンパス食堂(現在休業中)
柏キャンパス カフェテリア プラザ憩い お魚倶楽部はま Food shop & Cafe
医科学研究所 医科研食堂
国立天文台 天文台食堂
人文社会系研究科附属 次世代人文学開発センター 北海文化研究常呂実習施設 死生学・応用倫理センター
教育学研究科附属 学校教育高度化・効果検証センター バリアフリー教育開発研究センター
法学政治学研究科附属 ビジネスロー・比較法政研究センター 近代日本法政史料センター
経済学研究科附属 日本経済国際共同研究センター (CIRJE) 金融教育研究センター (CARF) 経営教育研究センター (MERC)
総合文化研究科附属 グローバル地域研究機構 (IAGS) 国際環境学教育機構 国際日本研究教育機構 先進科学研究機構 複雑系生命システム研究センター 進化認知科学研究センター 共生のための国際哲学研究センター (UTCP) 東アジアリベラルアーツイニシアティブ (EALAI) グローバルコミュニケーション研究センター
理学系研究科附属 小石川植物園 日光植物園 臨海実験所 スペクトル化学研究センター 地殻化学実験施設 天文学教育研究センター (IoA) 木曽観測所 原子核科学研究センター (CNS) ビッグバン宇宙国際研究センター (RESCEU) 超高速強光子場科学研究センター (CUILS) 遺伝子実験施設 フォトンサイエンス研究機構
大きく分けて、学生部(もしくは各学部)学生課の管轄下にある学生団体と、教養学部学友会(同窓会の連合体としての東京大学校友会とは別組織)に加盟しているサークルの2つに分けられる。また、このどちらにも属さない非公認サークルも存在する。
学生団体
大学当局の公認サークル。団体設立には必ず顧問教官を置く必要があるほか、本郷キャンパスにサークルの活動拠点になるような場所が事実上存在しないため、サークル活動を維持するには駒場キャンパスでの便宜を受けられる学友会加盟サークルで十分な場合が多いなどの理由から、公認を受けないサークルが多い。
教養学部学友会加盟サークル
教養学部の学生自治団体の一つである学友会に加盟しているサークル。サークル設立に際し顧問教官を置く必要がない上、学友会を通じ大学からのサークル援助金を受け取ることが可能。また援助金以外にも部室の確保など、駒場Iキャンパスにおけるサークル活動を行う際の便宜が十分に得られることから、大半のサークルはこちらを選択している。