長瀞藩
戊辰戦争の中で長瀞は戦場となる。長瀞藩は庄内藩と近く、米津政敏と庄内藩主酒井忠篤はいとこの関係にあたる。当時政敏は江戸にいたが、隠居の政明は長瀞で暮らしていた。
慶応4年/明治元年(1868年)2月、江戸幕府は寒河江・柴橋の幕府領を庄内藩に預かり地として与えていたが、明治新政府は1月に幕府領の接収を宣言しており、寒河江・柴橋で前年収納された年貢米の帰属が問題となった。新政府(奥羽鎮撫総督府)軍は天童に進出した。天童藩中老の吉田守隆(大八)は、長瀞藩の陣屋代官の根本策馬を仲介として庄内藩との和平工作を行っていたが、4月24日に新政府の軍勢が庄内藩の関所を襲撃した(清川口の戦い)。これを撃退した庄内藩軍は反撃に転じ、閏4月4日に新政府側についた天童藩を攻撃して天童城を陥落させた(天童の戦い)。その帰路、酒井兵部率いる庄内藩軍は、長瀞陣屋に宿陣している。閏4月7日、天童藩は報復のため、長瀞陣屋を襲撃した。政明らは庄内領に退避しており、門番がただ一人残るのみであったという。吉田大八らの天童藩軍は長瀞陣屋を焼き払った。この際、住民は米蔵の米は村民の共有物であると吉田に嘆願した結果、陣屋の米蔵は放火を免れたという。
江戸にいた藩主の政敏は、新政府への協力を約束したため、出羽の所領の人々の庄内藩寄りの姿勢は不問とされた。ただし、関東の飛び地領にも旧幕府脱走兵が入り込み金品や食糧を要求するなど、藩政は混乱状態に陥った。