がんばれゴエモン2 奇天烈将軍マッギネス
攻撃すると吠えながら噛み付いてくるが、地形(建物や樽など)にぶつかると元に戻る。えりあ5では攻撃すると役人出現時のBGMが流れ、集団で襲いかかってくる。また、えりあ6では、近付くだけで噛み付いてくる攻撃的な犬もいる。
本作からプレイヤーキャラクターを自由に選択できるようになった。ゲーム開始時にゴエモン・エビス丸・サスケの3人から選ぶことができる。これによって性能差による各キャラの差別化がなされ、それぞれの基本性能や武器、サブウェポンの消費金額などに違いが表れるようになった。
キャラクターの初期パラメータは全員共通で、ゲージ3、残数3。体力は「金の招き猫」の入手か銭湯の利用(ライフゲージMAX時に温泉に入る)で最大5まで、残数は「大入り袋」などの入手で最大99まで増加できる。
体力ゲージが0になる、穴に落ちる、強制スクロールで画面端と壁・天井に挟まれる、制限時間切れのいずれかで残数が1減り、残数が無くなるとゲームオーバー。ゲームオーバー時に「てやんでぃ!」(コンティニュー)を選択すると、所持アイテムはそのままかつ所持金が半減(ただし、所持金が半減未満だった場合は初期状態に戻る)の上でエリアマップから再スタートとなる。
武器のレベルは「銀の招き猫」の入手で1段階ずつ変化し、最大で2段階まで変化する。ダメージを受けるか町ステージで泥棒に接触すると1段階減る。
福引きで当てた琉球リゾートでバカンスを楽しんでいたゴエモンとエビス丸の元に、伊賀の物知りじいさんが作ったからくり忍者サスケが駆け込んでくる。なんでも、謎の異人マッギネス=カス=テイラとその部下のマーブル5人衆の策謀により大江戸城が空中要塞に改造され、どこかへ飛んでいってしまったという。
ゴエモンたちはこの琉球旅行が自分たちを厄介払いするために仕組まれた罠であったことを悟り、マッギネスを追うべくサスケと共に旅立つのであった。
マーブル・イエロー エリア3の基地である「和食城」を任されている。大喰らいで特に和食が大好物。「たそがれ壱号」を操る他、巨大からくりメカである「しゃれこうべ」に搭乗する。 マーブル・グリーン エリア4の基地である「こけし城」を任されている。剣玉や駒といった日本の古い玩具を好み、「しゃれこうべ」のサポートメカの巨大ベーゴマも開発。 『東海道中 大江戸天狗り返しの巻』では「お面忍者」の開発者であることも語られた。 マーブル・ブラック エリア5の基地である「地下工場」を任されている。祭りや正月といった日本の伝統行事を好み、地下工場にて最強の巨大からくりメカである「御輿天狗」を開発し、搭乗する。目の前の相手がゴエモン達だと気付かずに作戦内容をゴエモン達の前で安易に喋ってしまうなど、やや天然で口の軽い一面がある。 『東海道中 大江戸天狗り返しの巻』では、マーブル5人衆のリーダー格であった事実が判明した。
目的地まで走るゴエモンインパクトを操縦し、障害物を破壊しつつ迫り来る敵を撃墜しながら進む高速アクションステージ。「燃費が最悪」という設定に従って時間経過と共にエネルギーが減少していく。障害物の破壊でエネルギー、敵の撃墜で小判が即時補充され、一定の撃破数ごとにキセルボムが1つ補充される。穴に落ちたり地形と画面左端に挟まれると、即ミスにならない代わりにエネルギーが大幅に減ってしまう。エネルギーが0になると通常通りミスとなる。メカ戦闘ステージでの敗北後に再度選択して体勢を立て直すことが可能。