台湾問題
しかし、馬英九政権下の2012年には、大陸委員会が、1946年の中華民国憲法制定の時点でモンゴル国の独立をすでに認めており、憲法第4条で中華民国の領土とされる「固有の領域」にモンゴル国は含まれないとの資料を発表した。
台湾での国政選挙の実施により、中華民国は事実上の台湾国家となり、戒厳令前の国民政府のいう「法理独立」は達成された。残る問題は、中国大陸の中華人民共和国政府との関係や、台湾・中国大陸を包摂する全中国に関する定義づけであった。これに関して、政府、一国二政府また二国論(一中二国、特殊な国と国の関係。両国論)が提起された。
李登輝総統の両国論について、民進党は支持し、また心理的に抵抗を覚えた連戦も余儀なくされ、宋楚瑜もあからさまに反対できなかった。そのため、両国論は一定程度、台湾の各政党に引き継がれた。選挙終了後、しばらくは李登輝が国民党党首として民進党の陳水扁政権に協力し、宋楚瑜が親民党を結成したため彼と国民党の対立が増した。その間は、各党の見解に大きな変化はなかった。
だが、2001年に李登輝が台湾団結連盟を結成し、国民党から除名されると、与野党の対立が顕在化した。民進党と台湾団結連盟からなる泛緑連盟と、国民党と親民党からなる泛藍連盟に色分けされるようになる。泛緑連盟は台湾アイデンティティを強調した選挙戦を行い、一方、泛藍連盟は支持基盤である外省人や本省人保守派を固めるため、中国アイデンティティを誇示し、中国との融和を主張するようになる。
成立当初の陳水扁政権は、李登輝総統よりも保守的な方針を「四不一没有」で示した。そのため李登輝総統からは、自らの進めてきた中華民国の台湾化に逆行すると批判された。陳水扁は、1990年代から旧東西ドイツをモデルとした中間協定の締結を主張し、1999年には当時の林義雄民進党主席と共に中国とのFTA締結を主張していた。2000年大晦日(2001年元旦未明)には統合論を提示し、まずFTAなど経済統合から始め、長期的には政治統合や文化の統合に至ると述べた。これは、「特殊な国と国の関係」論において、李登輝前総統が無視した「特殊な関係」の実現を目指したものであった。背景には、米国が中華人民共和国との交渉を仲介するとの期待や、積極的に中華人民共和国と交渉し、条約を締結することで、中華民国の国家としての地位を確定させるという目論見(「強本西進」論)があった。
しかし、中華人民共和国は「四不一没有」に対して「行動を見守る」と述べるにとどまった。FTA締結に対して一部官僚が反応したものの、「強本西進」の目的に気づき、その後反応を見せなくなった(2003年に香港とCEPAを締結後、台湾にもCEPAを提案した)。その一方で、中華民国を承認する国に、承認切り替えを迫り続けた。