馬英九
2000年から始まった、台湾の元慰安婦による対日訴訟運動や台湾婦女救援基金会にも積極的に関わっており、2008年には元慰安婦8人と会談した。2010年12月26日には台北市文化局と台湾婦女救援基金会が主催した、従軍慰安婦対日訴訟に関する特別展でも「日本政府は歴史の過ちに対して 謝罪する責任を持つ」と発言している。
2011年の東日本大震災の際は、援助隊を送り義援金を募るなど、積極的に日本を支援した。
2012年の日本の尖閣諸島国有化に対しては、中華人民共和国と伴に報復措置をとり、中華民国行政院海岸巡防署の巡視船12隻と宜蘭県蘇澳鎮から出港した漁船約40隻を領海侵犯させて、日本の海上保安庁と放水合戦となり、これを「全力で漁民の安全を守った」「釣魚台が我が領土であることを世界に誇示した」と絶賛した。
2013年には、尖閣諸島周辺の北緯27度以北に暫定措置水域を定めた日中漁業協定に対抗して、日本と日台漁業協定を結び、北緯27度以南の操業を日本に認めさせた。
2015年4月に台湾で発生した「産地偽装ラベル」事件に関して、日本からの全食品を対象に『産地証明添付』を義務付けるなどの規制強化策を5月15日から実施した。真相解明に向けた当局の動きが規制緩和につながる可能性がある。馬英九総統は、真相が解明され再発防止策が整えば、強化策を短期で緩和するとの姿勢を示している。当局によると、5月の強化策実施後、日本からの食品輸入量は、最初の1週間は重量で前週比約4割減少したが、その後徐々に回復し、実施前の水準に戻り始めている。