インデックス・ホールディングス
2012年8月期まで5期連続で最終赤字を計上した。2013年8月期に、貸倒引当金の計上や繰延税金資産の取り崩しもあり、第2四半期末で多額の純損失を計上し連結で14億9000万円の債務超過となったことや、有利子負債は2013年2月末時点で193億円に膨らんでいたことや、循環取引を用いた粉飾決算の疑いで、証券取引等監視委員会から強制調査を受けた事から、2013年6月27日に民事再生手続を申し立て、同年7月4日に民事再生手続開始決定を受けた。尚、タカラトミーは、インデックスが2013年6月12日に「金融商品取引法違反容疑による証券取引等監視委員会の調査について」を公表したことを受けて保有するインデックス全株式を売却した他、フジ・メディア・ホールディングスも、派遣していた社外取締役を民事再生法申請3日前である2013年6月24日に引き上げている。
負債総額246億200万円は、国内ゲームメーカーの大型倒産としては2001年に破産したSNK(民事再生法申請時点で約380億円)に次いで2番目の規模となった。
2006年 6月 - 社名を株式会社インデックス・ホールディングスに変更し、持株会社制に移行。同時に株式会社インデックス(新)を設立し、旧インデックスの全事業を移譲 10月 - 同窓会支援サービスのゆびとまを運営する株式会社ゆびとまの株式について、日本スポーツ出版社(のちに経営幹部が逮捕)からの株式譲渡の基本合意を発表 アトラス(旧社)の株式公開買い付けによる子会社化を発表 11月 - 条件面で折り合いがつかず、日本スポーツ出版社とのゆびとま株式譲渡に関する基本合意を解消。NIKKOからモバイル・メディアレップモビィリードを子会社インデックス・ミーメディアを通じて90%株式を取得
2007年 3月 - ガイアックスからオンラインゲーム事業を分社したUTDエンターテインメントの発行済み全株式を取得 5月 - 子会社ネットインデックス(後のネクス)がジャスダックに上場 6月 - ネオ・インデックスの全株式を株式会社イビサに売却
GEO-BB→エンタウェイブ(ゲオとの合弁) - 2008年解散
UTDエンターテインメント(オンラインゲームの企画・開発・運営。旧ガイアックスオンラインゲーム事業部門) - 2008年解散
インデックスキャスティング(音楽配信事業。TBSラジオ他との合弁) - 2008年解散
インデックス・ミーメディア(インターネット広告代理店) - 2008年吸収合併
インデックスミュージック(音楽・映像ソフト事業) - 2008年、株式譲渡によりグループ離脱(後のティー ワイ エンタテインメント)
タカラトミー - 2008年、株式一部譲渡によりグループ離脱。
インデックス・コミュニケーションズ(出版事業) - 2009年8月期に株式譲渡によりグループ離脱(後のジャック・メディア・キャピタル)。
テック・インデックス(インターネットソリューション事業。インデックス・ソリューションズとスリー・エー・システムズ(旧学研グループ)が合併して発足) - 2009年、株式譲渡によりグループ離脱(後のティックス)
東京テレビランド(旧社、テレビショッピング番組の制作、通信販売事業) - 2009年、株式譲渡によりグループ離脱(2017年4月に同名の新会社に通信販売事業を譲渡し、旧:東京テレビランドはクリエイティブランドへ商号変更)