日出駅
島式ホーム1面2線の設備を有する地上駅で、以前は築堤下に駅本屋が存在したが、現在は地下道から階段をのぼったホームと同じ高さの場所に木造平屋建ての駅舎が存在する。
どちらのホームにも大分方面に折り返し設備がある。
当駅始発(折り返し・大分方面行き)列車は4本設定されている。そのうち、23時台の当駅止の列車は2011年3月のダイヤ改正まで回送列車として大分に戻っていたが、現在は大分行きの最終列車として運行されている。
国鉄時代は貨物の取扱いを行っており、築堤下の地平まで貨物側線が降りてきていた他、日出港への臨港貨物線も設けられていた。貨物取扱いは1984年(昭和59年)までに廃止となり、後にこれらの築堤下の側線も撤去された。
日出町が駅業務を受託する簡易委託駅であり、平日のみ営業のきっぷうりばが設置されている。2016年4月1日より日出町が駅出札・改札の一部業務を行うこと(簡易委託)となり、平日7時~13時のみ駅員が常駐する。
ICカードSUGOCAは出入場とチャージのみ対応。