新清水駅
236 市立病院線 清水駅方面
212 山原梅蔭寺線 清水駅・山原・静鉄車庫方面
高速バスしみずライナー 東京駅方面
3面2線で、1番線の降車ホームとなる対向式ホームと、1・2番線に挟まれた島式ホームからとなる櫛形ホームである。かつてはさらに2番線と3番線(昔は路面電車の清水市内線とつながっていた線路で、現在は取り外されている)との間にも島式ホームがあり、現在は使用されていないがその形はとどめている。また留置線跡の架線が長らく残されていたが、近年になって撤去された。清水市内線の連絡線は駅前の道路で横砂方面と港橋方面に分かれるデルタ線を形成していた。直通運転は行っておらず、車両基地への車両回送や夜間等の留置線として使用されていた。
改札口はかつて清水市内線(市電)が走っていた国道149号線に面する大きな改札口(正面口)と、新静岡側の市道に出る小さな改札口(巴町口)がある。
ホームに入線する手前、踏切の先から速度制限が25 km/hと極端に下げられた急なカーブと勾配が存在する。かつてはこの踏切の位置に両渡り線が存在したが、1000系電車の導入時にこの位置では通り抜ける事ができない為、巴川橋梁を渡った新静岡側に移設されている。この為、新清水駅に入線する電車が鉄橋の手前で信号待ちをして入線する事がある。
250 三保山の手線 清水駅・横砂・興津駅・但沼方面