ジャパンエナジー
1999年 7月1日 - 電子材料製造部門(磯原工場)を株式会社日鉱マテリアルズ(旧・GNF)に譲渡。 12月 - 鹿島石油を子会社化。
2001年6月 - 知多製油所での原油処理を停止。
2002年9月27日 - 日鉱金属と共同持株会社の新日鉱ホールディングス株式会社を設立。同社の上場に伴い上場廃止。
2003年 4月1日 - ジャパンエナジーはジャパンエナジー電子材料株式会社に商号変更。同時に石油部門を分離し、新・株式会社ジャパンエナジーを設立。ジャパレンの株式をオリックスに譲渡。 10月1日 - ジャパンエナジー電子材料が電子材料販売部門を日鉱マテリアルズに譲渡した上で、新日鉱ホールディングスに合流。
2004年8月10日 - エーエム・ピーエムジャパン株式の一部をレインズインターナショナルへ売却し、同社は子会社から関連会社になる。
2006年6月26日 - 株主総会で定款を変更。同年6月28日より、非公開会社化、取締役会・監査役会・執行役員会を廃止。
2010年 4月1日 - 親会社の新日鉱ホールディングスが新日本石油と株式移転を行い、共同持株会社JXホールディングス(現・ENEOSホールディングス)を設立。 7月1日、JXホールディングス傘下の新日本石油ならびに新日本石油精製と合併、JX日鉱日石エネルギー株式会社(現・ENEOS)が発足。それに伴い新日鉱(ジャパンエナジー)側のブランドJOMOは消滅し、新日石側のENEOSに一本化される。
Jリーグオフィシャルスポンサー
JOMOサンフラワーズ(Wリーグ) 2010年度のJXホールディングスの発足に伴い、同チームは「JXサンフラワーズ」へ改称された。
ヨシムラジャパン(全日本ロードレース選手権、鈴鹿8時間耐久ロードレース) 共同石油時代の1988年から、一貫してスポンサードを続けている。2010年のJXホールディングス発足に伴い、スポンサーロゴは「JOMO」から「ENEOS」へと変更された。
かつては男子バスケットボールチーム(愛称・グリフィンズ)も保有していた(男子は旧日本鉱業、女子は旧共同石油)。
かつてはプロ野球・パシフィック・リーグ西武ライオンズのスポンサーをしており、ヘルメットに「JOMO」のロゴが入っていた時期があった(2001〜2003年)。
日本鉱業時代には、1970年代まで、日立市と佐賀関町の事業所にそれぞれ硬式野球部があり、都市対抗野球大会の本戦にしばしば出場した。 日立からは鈴木康二朗らがプロ入りして活躍。また立教大学野球部を率いた砂押邦信が一時期監督を務めた他、プロ入りした高畠導宏は現役引退後に指導者としての名声を博した。『日本鉱業日立硬式野球部』もしくは、日立鉱山と文化、スポーツの項目も参照。 佐賀関からは藤沢公也(中日ドラゴンズ)らがプロ入りして活躍した。『日本鉱業佐賀関硬式野球部』も参照。