昭和三大馬鹿査定
先の部分着工の具体的検討を行った結果として、1988年8月11日運輸省の「整備新幹線各線の暫定整備計画」、いわゆる運輸省試案が説明された。この試算結果では、スーパー特急方式およびミニ新幹線方式を導入することなどを柱に建築費見積りを圧縮した。その額は1兆3800億円であり、当初の2兆9200億円の半分以下になった。
しかしこの運輸省試案は、促進派を失望させた。一部では「ウナギを注文したのにアナゴやドジョウが出てきた」と不満を漏らした。それに対して運輸省関係者は「腹がへっているならとりあえずドジョウを食べてみて、そのうえでウナギも必要かどうか考えてほしい」と反論。また運輸大臣だった石原慎太郎は「将来は立派な新幹線になる出世魚と受け止めて欲しい」と理解を求めた。また大蔵省も「巨額の支出は認められぬ」とし、この運輸省案も反対の姿勢を明確にした。
同年8月31日、整備新幹線の着工順位が決定、北陸新幹線の高崎 - 軽井沢間が筆頭となった。残る課題はJR各社、地方と国の建設費の負担割合であった。