京浜東北線
900・910・920番台は前記E233系1000番台の導入に先駆け、2007年3月までの中央・総武緩行線からの500番台の転入により同年8月までに運用を離脱、大宮総合車両センター車両検査科東大宮センターへ疎開回送されるなどした後、2008年1月までに長野総合車両センターに廃車回送された。 前記E233系1000番台の導入に伴い0番台は廃車や房総地区に転用されたほか、一部が多目的試験車「mue-train」に改造され、また南武線にも転用された。500番台は4編成が京葉車両センターに、1編成が三鷹車両センターに転出した。 2007年11月より0番台に離脱疎開車が発生、同年12月より順次廃車もしくは転属回送されている。 2010年1月24日の1620A(21A運用)についたウラ52編成もって京浜東北・根岸線で運転されていた全ての0番台が運用を離脱し、翌日からE233系1000番台に統一された。
103系による運転最終日のウラ80編成
205系(西日暮里駅)
京浜東北線において最後の209系となったウラ52編成(浦和駅)
209系500番台(2007年5月10日 本郷台駅 - 大船駅間)
デハ6340系
デハ33500系
デハ63100系
30系
31系
40系
50系
63系・72系
101系 京浜東北・根岸線では103系への置き換えが進んだ1970年 から1978年 までの短期間運用されていた。ただし、最大でも5本と少数勢力であった。
103系 京浜東北・根岸線では1965年から1998年まで運用され、ATC対応や冷房付の同系列新造車両に入れ替えながら209系の量産投入まで長く主力として運用された。
205系 京浜東北・根岸線では1989年から1996年まで運用されていた。ただし、209系の量産投入までのつなぎ的な位置付けで、最大でも6本と少数勢力であった。
209系 1992年に試作車901系として運用開始。量産車209系0番台は1993年に運用開始され、103系・205系を置き換えて1998年に本系列への統一が達成された。901系は209系900・910・920番台となった。2001年には幅広車体の500番台が投入された。 0番台は全編成の6号車に6扉車を組み込んでいた。なお、900・910・920・500番台は6扉車を組み込んでいない。