タンパク質ドメイン
構造ドメインからなる大きなタンパク質の組織化の場合、それぞれのドメインが自立的にフォールドされることで組み合わせの可能性が狭まり、全体のフォールディングを促進する。さらにタンパク質の内部に疎水的な残基を持ち込むことで、大きなタンパク質は親水性残基を表面に残しながら疎水性残基を内側に埋め込むことができる。しかし、内部ドメインのタンパク質フォールディングやエネルギーの安定化に対する役割はタンパク質ごとに異なっている。T4リゾチームではあるドメインの他のドメインへの影響が大きく、タンパク質全体がタンパク質分解に対して抵抗性を持つ。この場合には、C末端側のドメインが早い段階でフォールディングされなければならず、他の部分のフォールディングにはフォールディングされたC末端のドメインが必要であるという逐次機構になっている。
独立したドメインは内部のドメインよりも速くフォールディングされるということも言われている。またフォールディングの律速段階はフォールドされたドメイン同士を結合させるところだとも言われている。これはドメインが正確にフォールドされないためか、ドメインの表面から水分子を除くなどの小さな調整がエネルギー的な障害になっているからだと考えられる。
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ドメインの境界でのらせん状態から伸張状態への変換機構はまだ明らかになっていない。カルモジュリンでは、αヘリックスに結合するドメインの中央の5残基のねじれ角が変化する。らせんはほぼ垂直に2つに分かれ、伸張した鎖の4残基によって小さい方のらせんが切り離される。
Haywardらによる研究で、多くの場合αヘリックスとβシートの末端でヒンジを作っていることが分かった。多くのヒンジは2つの二次構造がドアのちょうつがいのように動き、開閉の動きを可能にする。開閉の際にαヘリックスの水素結合は変わらず、強い「弾性力」でドメインを閉じ、基質を素早く捕らえることができる。
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