総合車両製作所新津事業所
JR東日本の車両の場合は、総合車両製作所移管前は最寄りの新津駅から直接、移管後は試運転を終えた後に新潟車両センターへ入区してJR東日本へ引き渡しを行った後、同センターから基本的に同社所有の機関車(専用の装備を施したEF64形1000番台1030 - 1032号機またはEF81形0番台134・140・141・151号機)の牽引によって配給列車扱いで配置区所へ輸送されている。また、2階建てグリーン車を連結する車両(E217系、E231系近郊タイプ、E233系3000番台、E531系、E235系1000番台)は、グリーン車は総合車両製作所横浜事業所(旧・東急車輛製造時代も含む)や川崎重工業兵庫工場(現・川崎車両兵庫工場)で製造され、本事業所に輸送(甲種輸送)の上、本事業所で製造した普通車と組み合わせて編成を完成させ、完成後は前述の同様の経路で引き渡し、同社他の新製車両と同様に輸送される。なお、自力回送を行わないのは長岡駅から先の踏切が軽量化対策がされておらず、軽量車が通過した場合に踏切不動作などのおそれがあるため、重量のある電気機関車を先頭にすることで、軌道短絡を確実に行えるようにしている。例外として、E129系など新潟車両センター配置車両の場合は同センターにて引き渡しを終えた段階で配置完了となる。
JR東日本以外の車両(相鉄10000系や都営10-300形など)はJR貨物により甲種輸送として輸送される。