週刊少年サンデー
カムイ外伝
今日から俺は!!
銀の匙 Silver Spoon
高校さすらい派
銭ゲバ
タッチ
ダメおやじ
どろろ
ラフ
機動警察パトレイバー
その後、高橋留美子『らんま1/2』(1987年)、ゆうきまさみ『機動警察パトレイバー』(1988年)、青山剛昌『まじっく快斗』(1987年~、不定期連載)、青山剛昌『YAIBA』(1988年)などがヒットし、里見桂『スマイル for 美衣』(1987年)、森秀樹『青空しょって』(1987年)、松田隆智/藤原芳秀『拳児』(1988年)、なかいま強『うっちゃれ五所瓦』(1988年)、克・亜樹『星くずパラダイス』(1989年)などが連載するものの、続くヒット作はなかなか出ず、部数が大きく落ち込み、1987年頃にはマガジンに発行部数を抜かれている。
1988年から1991年にかけて連載数を増加させ、他社からのギャグ漫画家などの引き抜きや、石ノ森章太郎、楳図かずおら大御所の再登用、漫画家インタビューコラム「オレのまんが道」の連載、既存の枠にとらわれない増刊『サンデーspecial』の発行、プロ・アマチュアを問わずに連載用の第1話を公募して誌面に掲載、読者の人気が高かったものを連載化する「コミックグランプリ」の実施、たま(1990年14号)やX(1990年35号)など、ロックバンドのカラーグラビア掲載などの実験的な試みを数多く行った。この時期は雑誌および編集部に混乱が続いていて、小山ゆう『少年』(1989年)の不自然な打ち切り、柳沢きみお『ウエルカム』(1990年)の打ち切り、単行本が最終巻刊行直後に絶版になる(石ノ森『仮面ライダーBlack』、楳図『まことちゃん(平成版)』)など、中堅・ベテラン・大御所を問わず悲惨な目に遭うことになった。
この時期、少年ビッグコミックの対象読者層が創刊当初に予測していた層より上になっていた事を受けて、青年誌『ヤングサンデー』(1987年)としてリニューアル創刊された。