ブリンクス・ザ・タイムスイーパー
お宝を探す時間ドロボーのタムタム団は、ある洞窟で謎の巨大なタイムクリスタルを発見する。何かおかしい雰囲気を感じた子分たちの制止も聞かず、ボスのベニートはそのタイムクリスタルに飛びついてしまう。その瞬間クリスタルに亀裂が入り、大爆発を起こしてバラバラのかけらになり、飛び散ってしまった。
一方、タイムファクトリーでは「世界中の時間エネルギーが突然急激に減少している」という異常事態を確認していた。このままでは時間の流れが完全に止まってしまう。しかし、マザーコンピュータのチェックではどの世界にも異常は見当たらない。さらに、タムタム団と思われるものすごい数の軍勢にタイムファクトリーが襲撃される。ブリンクスを始めとするタイムスイーパーたちは立ち向かうが、緑色の謎の光に包まれたタムタム団には攻撃が全く通用せず、彼らの侵攻を阻止できない。ついにマザーコンピュータもライフラインを切断され、停止してしまった。
その時、どこからか謎の通信が送られ、古代文字とともにひとりの少女の姿がスクリーンに現れる。
ブリンクスが向かったB1Q64世界のプリンセス。人間の少女。タムタム団に世界の時間を歪まされ、人質に取られてしまう。人質の身ではあるが、果敢にタムタム団に抵抗する。
タイムボールというボールに乗っている人型のモンスター。ブリンクスが近付くと持っている杖からガラクタを出してぶつけてくる。ボールは高い値で換金される。青→緑→赤の順に体力が多くなる。
本作は、タイムファクトリーの新人タイムスイーパーが率いるチームと、時間ドロボー・タムタム団の新入団員が率いるチームの2つを操作して進めていく。タイムスイーパーはタイムファクトリー、タムタム団はタムタム団本部が本拠地となっており、アイテムの購入やチーム編成などを行える。各チーム毎に5+αのラウンド(任務)が存在するが、特定ラウンドをクリアするごとにタイムスイーパー側とタムタム団側の視点が自動で切り替わり、交互にシナリオを進めていくことになる。なお、前作と同じくクリアしたラウンドは(タイムスイーパー側・タムタム団側に関わらず)何度でも再挑戦することができる。
本作の各ステージは、「ステージ毎に設定されたミッション(任務)をこなす」ことがクリア条件となっている。ミッションの内容は、特定のアイテムを収集したり、特定の敵を一定数倒したりなど様々。このため、本作ではタイムモンスターの殲滅は必ずしも必要ではなく、倒したタイムモンスターや使用したガラクタは一定時間で復活するようになった。また、ステージクリア時にはガラクタだけでなく、余っていた時間操作や空間操作、時の結晶なども自動で換金され、次のステージに持ち越せなくなった。
前作と同じくステージ中のタイムカウントはあるものの、制限時間がないためタイムオーバーになることはなく、1つのステージにずっと居座ることもできる。
シンボルは黄色い右向きの三角形が中央で縦に2つに割れた形。時の結晶では上向き。
発動すると10秒間、使用者以外の時間の流れ(タイムカウント含む)が半分に減速する。
シンボルは青色の長方形2個。
発動すると10秒間、使用者以外の時間の流れ(タイムカウント含む)が停止する。また、バリアをまとったタムタム団員の近くで使用すると、相殺されてバリアを剥がすことができる。この場合は一時停止が発動しない。