蜂群崩壊症候群
CCDのメカニズムは不明であり、因果関係の科学的解明が進んでいない。
原因の仮説には、
疫病・ウイルス説(イスラエル急性麻痺ウイルス(IAPV)など)
栄養失調説
ネオニコチノイド(イミダクロプリド)などの農薬・殺虫剤説
電磁波説
害虫予防のための遺伝子組み換え作物説
ミツバチへの過労働・環境の変化によるストレス説
ダニの寄生説とダニが感染させるウィルス感染説
が唱えられている。
これらのほかに飢餓、病原体や免疫不全、真菌、養蜂上の慣習(例えば抗生物質の使用や、養蜂箱の長距離輸送)なども指摘される。一つの要素が原因であるか、複数の要素の組み合わせが原因であるか、またCCDの影響を受けた異なる地域において独立におきるのか、関連して発生するのかは分かっていない。同様に、CCDが、以前あまり大きな影響を与えなかった現象ではなく、全く新しい現象であるのかどうかについても、分かっていない。
ペンシルベニア大学を主拠点とする蜂群崩壊症候群研究グループ (Colony Collapse Disorder Working Group)の予備レポートはある種のパターンを指摘したが、強固な結論は導き出せていなかった。
2007年に行われた養蜂家対象の調査では、趣味で養蜂をする者のほとんどは、飢餓がCCDの主因であると考え、一方、生業として養蜂をする者は、有害な無脊椎生物(ミツバチヘギイタダニとケシキスイの両方、またはいずれか一方のみ)がCCDの主因に違いないと考えていることが明らかになっている。
2007年6月の論文でも、多くの仮説や要因として考えられそうなものについて列挙しているが、結論は見送っている。