内生菌
内生菌は、病原菌や寄生生物を抑制することで宿主に利益を与えていると考えられている。内生菌は宿主の体内空間の占有を巡って病原菌と競合し、病原菌の繁殖を防ぐ。これを障壁効果(barrier effect)と呼ぶ。加えて、内生菌は、病原菌を含む競合者の生育を阻害する化学物質を産生する。内生菌は、宿主の防御機構に関わる植物遺伝子の発現量を増やし、病原菌に対する抵抗性を高める。
内生真菌および細菌は植物の生長を促進することが証明されている。内生真菌の存在は葉の水分損失率を大きくする。しかし、内生細菌は草食動物による食害といった生物的ストレス、あるいは塩害、旱魃、酷暑といった物理的ストレスに対する耐性を高める。内生菌は、リン酸や窒素といった栄養素の植物への取り込みを助け、植物の生長を促進させる。