徳川光圀
編纂の統一を図るとともに効率よく作業を進める目的から、史館員の長である総裁を選任することとなり、人見懋斎が初代彰考館総裁となった。なお、同年には安積澹泊が彰考館に入る。
元禄3年(1690年)、光圀は藩主を退き、水戸藩領の西山荘に隠居するが、修史事業は続けられた。元禄9年(1696年)、69歳となった光圀は、生存中の本紀・列伝の完成を望み、修史以外の編纂事業を縮小させ、校訂・補正作業を持ち越すように方針を変更させた。史館員も増員され、この年5人が加わり、総勢53人となっている。
同じく元禄9年(1696年)、安積澹泊・佐々十竹・中村篁渓の三者に命じて、本紀・列伝を編纂するための詳細な書法や執筆の基準を記した「重修紀伝義例」(元禄3年に作られた「修史義例」の修正版の意)を作成させる。
翌元禄10年(1697年)、後小松天皇までの本紀、「百王本紀」が完成した。なお、北朝の天皇5人は「後小松天皇紀」の初めに帯書された。光圀は「百王本紀」の完成を大変喜ぶとともに、未完の列伝の編纂に力を注ぐために、史館員の主力を水戸城に移し、編纂を促進させた。この後、江戸・水戸の両彰考館で編纂が進められていった。
元禄12年(1699年)の年末、皇后・皇子・皇女伝の清書が西山荘に届けられたが、この頃から、光圀は体調を崩していた。
翌元禄13年(1701年)12月、光圀の死の前後には、本紀67冊、后妃・皇子・皇女伝40冊、列伝5冊(神武天皇から持統天皇の代まで)、計112冊が出来上がった。本紀は一応完成し、文武天皇以降の列伝の草稿も半分以上出来ており、『大日本史』の根本部分は光圀の生前に出来上がっていた。
寛永5年(1628年)6月10日、水戸徳川家当主・徳川頼房の三男として水戸城下柵町(現在の茨城県水戸市宮町)にある家臣・三木之次の屋敷で生まれる。
母は谷重則の娘・久(久昌院)。『桃源遺事』によれば、頼房は三木夫妻に対して久の堕胎を命じたが、三木夫妻は主命に背いて密かに出産させたという。久が懐妊した際に、父の頼房はまだ御簾中(正室)を迎えていなかった。
後年の光圀自身が回想した『義公遺事』によれば、久は奥付きの老女養心院の娘で、正式な側室ではなかった。母につき従って奥に出入りするうちに頼房の寵を得て、光圀の同母兄である松平頼重を懐妊したが、久の母はこのことに憤慨してなだめられず、正式な側室であったお勝の方(円理院)も機嫌を損ねたため、頼房は堕胎を命じた。頼房乳母で奥付老女の之次の妻・武佐が頼房の准母英勝院と相談し、密かに江戸麹町の別荘で頼重を出産したという。光圀にも同様に堕胎の命令が出され、光圀は水戸の三木邸で生まれた。
墓石には、光圀の筆をもとに「嗚呼忠臣楠氏之墓」と刻まれている。このほか同年、藩医であった穂積甫庵(鈴木宗与)に命じて『救民妙薬』を編集し、薬草から397種の製薬方法を記させた。
元禄6年(1693年)から数年間、水戸藩領内において、「八幡改め」または「八幡潰し」と呼ばれる神社整理を行う。神仏習合神である八幡社を整理し、神仏分離を図ったものである。藩内66社の八幡社の内、15社が破却、43社が祭神を変更された。
元禄7年(1694年)3月、5代将軍・徳川綱吉の命により隠居後初めて江戸にのぼり、小石川藩邸に入った。11月23日、小石川藩邸内で幕府の老中や諸大名、旗本を招いて行われた能舞興行の際、重臣の藤井紋太夫を刺殺した。光圀が自ら能装束で「千手」を舞ったのち、楽屋に紋太夫を呼び、問答の後、突然刺したという。現場近くで目撃した井上玄桐の『玄桐筆記』に事件の様子が書かれている。幕府に出された届出によると、紋太夫が光圀の引退後、高慢な態度を見せるようになり、家臣の間にも不安が拡がるようになっていたためであり、咄嗟の殺害ではなく、以前からの処罰が念頭にあり、当日の問答によっては決行もありうると考えていたようである。理由の詳細は不明だが、紋太夫が柳沢吉保と結んで光圀の失脚を謀ったためとも言われている。翌元禄8年(1695年)1月、光圀は江戸を発ち、西山荘に帰った。
元禄9年(1696年)12月23日、亡妻・泰姫の命日に出家する。寺社改革を断行した光圀であるが、久昌寺に招いた僧・日乗らと交流し、年齢を重ねるごとに仏教には心を寄せていたことがうかがえる。
元禄13年(1701年)12月6日に死去した。享年74(満73歳没)。72歳頃から食欲不振におちいっていたため、死因は胃癌や食道癌が推定されている。