ヤクルト本社
タフマン - 栄養ドリンク(栄養機能食品)
調整豆乳 - 特定保健用食品 - 国産大豆を100%使用。コレステロールが気になる方におすすめの豆乳飲料。
ラックミー - 豆乳飲料。
蕃爽麗茶 - 特定保健用食品 ブレンド茶。グァバ葉ポリフェノール等の成分を配合したためか、独特な香りと風味を醸し出す健康なお茶に仕上がっている。体内の糖の吸収を抑える効果が期待できる。
蕃爽麗茶・香ばし風味 - 特定保健用食品 体内の糖の吸収を抑える効果が期待できる。蕃爽麗茶よりも「飲みやすくした」お茶
グロビンONE - 特定保健用食品
オリゴ糖入り梅ドリンク - 特定保健用食品
きになる野菜 - 野菜ジュース
レモリア
さっぱりりんご
珈琲たいむ - コーヒー、ならびにコーヒー飲料。 近年キリングループと提携したことにより製造量は縮小。自動販売機では缶入りはキリンビバレッジの「FIRE」に置き換えられるところが増えつつあり、現在はヤクルトレディと一部の自動販売機によるブリックパックタイプでの販売が主となっている。
フランスの乳製品メーカーであるダノン社は、欧米の食品メーカーからの敵対的買収を防ぐために、先手を打ってヤクルト本社の買収を計画、企業規模を拡大することで生き残りを模索した経緯がある。独自路線を指向したヤクルト本社側の猛烈な抵抗により破談となったが、結果的に筆頭株主 (20%)となった。
このような背景もあり、2004年(平成16年)より海外の乳酸菌事業でダノン社との提携が行われている。なお、国内でダノンジャパン(ダノン社の日本法人、旧社名: カルピス味の素ダノン)がヨーグルト事業を展開しており、主要販売先として味の素がかかわっているため、インドをはじめとした日本国外に限っている。
戦略提携関係は2013年4月で終わったが、引き続き協業関係を維持するため新たに覚書を交わしている。
ダノンは2018年3月27日、ヤクルト株を一部売却し、持ち株比率は21.3%から6.6%に低下した。その後、2020年にヤクルト本社の株式をすべて売却し資本関係に終止符が打たれた。
ジョア(飲むヨーグルト)特定保健用食品 - 1970年発売。現在はプレーン、ストロベリー、ブルーベリー、マスカット、季節限定品の5種類がある。
ソフール(ハードタイプヨーグルト)特定保健用食品 - 現在はプレーン、ストロベリー、LT、元気ヨーグルトの4種類がある。
ジョア(食べるタイプ)(ソフトタイプヨーグルト) 2012年10月発売。現在はアロエ、ブルーベリーの2種類がある。2019年終売。
ミルミル(新) 2010年3月発売。子供から大人までの幅広い層を対象とする。一般的な飲むヨーグルトにはない独特のミルク風味が特徴。更に強化されたB.ブレーベ・ヤクルト株を100億個以上含有。虫歯の原因とならないパラチノースを使用している。
ミルミルS ガラクトオリゴ糖などの栄養成分が含有。
ビーエフワン (BF-1) - B. bifidumBF-1株とS. thermophilusを使用。
プレティオ 特定保健用食品- 血圧が高めの人を対象とした商品。
ヤクルト薬品工業
ヤクルト食品工業
エーアンドジー
ヤクルトホール(旧ヤクルト本社ビルに併設されている多目的ホール 現在は日本消防協会の「ニッショーホール」)
ヤクルト球団(東京ヤクルトスワローズの運営会社)
ヤクルト商事
ヤクルトマテリアル
ヤクルトヘルスフーズ
ヤクルトロジスティクス
ヤクルトライフサービス
岡山和気ヤクルト工場
はこだてわいん
ヤクルト販売各社(○○ヤクルト販売: ○○は東京、大阪、松山など)
海外法人(海外26カ国・地域でヤクルトを販売) 韓国ヤクルト(2013年から行っている韓国プロ野球の公式スポンサー、ロシアでのラーメン販売も行っている) 台湾ヤクルト 香港ヤクルト タイヤクルト フィリピンヤクルト シンガポールヤクルト インドネシアヤクルト オーストラリアヤクルト マレーシアヤクルト ベトナムヤクルト ミャンマーヤクルト インドヤクルトダノン 中国ヤクルト 広州ヤクルト 上海ヤクルト 北京ヤクルト販売 ブラジルヤクルト商工 メキシコヤクルト アメリカヤクルト ヨーロッパヤクルト オランダヤクルト販売 ベルギーヤクルト販売 イギリスヤクルト販売 ドイツヤクルト販売 オーストリアヤクルト販売 イタリアヤクルト販売
キリンビールグループと2005年(平成17年)6月に包括事業提携の覚書を締結。清涼飲料水や健康・機能性食品事業の共同展開を開始した。
かつてはヤクルトの自社ブランドの製品として、缶コーヒー「珈琲たいむ」や紅茶飲料「Tea le ra」のみを販売していたが、キリンビバレッジと提携し、「FIRE」「午後の紅茶」についても、ヤクルトの自動販売機で販売している。ダノングループのミネラルウォーターでキリンビバレッジが販売している「ボルヴィック」も取り扱うようになった。
2006年(平成18年)10月1日、ヤクルト本社と共同で、キリン ヤクルト ネクストステージ社を設立。両社の健康・機能性食品事業を統合し、両者のチャネルで販売を開始。2007年(平成19年)1月にはキリン ウェルフーズ社を分割し、主な事業を継承。しかし、2009年(平成21年)4月にはヤクルト本社の完全子会社となり、ヤクルトヘルスフーズに社名変更した。