週刊文春
これは番組の書籍化を文藝春秋が行い、『プロジェクトX』本の売り上げが好調だった事情による。また、『プロジェクトX』のプロデューサー・今井彰が、部下の取材内容を全て自身の名前で書籍化したことで、莫大な印税を手にしたことが『週刊新潮』やNHK内部で問題視されたが、これにも一切触れていない。
2004年3月、衆議院議員田中眞紀子が私人である長女のプライベートに関する記事を掲載されたとして発売前の『週刊文春』の発行差し止めの仮処分を東京地裁に申請し、裁判所がこれを認めたことで「報道の自由の侵害」ではないかと各マスコミを巻き込んで大きな話題となる(田中眞紀子長女記事出版差し止め事件)。
2003年4月17日号で『「西田ひかると辛島美登里は社長の愛人」?ポーラ株主総会で爆弾質問』なる記事を掲載。西田とマナセプロダクションから提訴される。東京地裁は2004年10月8日、名誉毀損を認め、文春に110万円の支払いを命じた。
2005年4月7日号(3月31日発売)で、2000年に『週刊朝日』で紀行を内容とするグラビア記事の連載企画の編集協力費として武富士が5000万円を支払ったものの、その連載企画にはスポンサーの表記が一切出ず(→大森千明#武富士「裏金」、週刊朝日#批判を受けた記事・不祥事)、武富士のマスコミ対策の裏金であるとした記事の題名を「人はそれをブラックジャーナリズムと言う 朝日新聞が武富士から受け取った『ウラ広告費』5000万円」とした。これを大見出しとした本誌の新聞広告について、朝日新聞掲載分に限って同社の広告ガイドラインに接触するとして「人はそれをブラックジャーナリズムと言う」の語句のみ担当の広告代理店で黒塗りに編集した上で掲載された。
」と題したアンケートを実施し、これに対して多数の抗議が寄せられ当日中にアンケートは閉鎖され、編集長新谷学名義で「アンケートに関して不快な思いを抱かれた方へ」として謝罪文がアップロードされた。
2013年8月8日号で、「シャブ&ASKAの衝撃」との見出しで、ASKA(CHAGE and ASKA)の覚醒剤使用が実名で報じられる。2ヶ月後にASKAが週刊文春に“独占告白”をし、これを受けて所属事務所「ロックダムアーティスツ」は本人の休業を発表。この記事は『編集者が選ぶ雑誌ジャーナリズム賞』を受賞した。2014年5月17日、ASKAは覚せい剤取締法違反(使用)容疑で知人と伴に、警視庁に逮捕された。
2013年10月17日号で、「胸モミ&ほっぺにチュー... 週刊朝日新編集長が“セクハラ常習”で更迭」を掲載。なお、『週刊朝日』を発行する朝日新聞出版は「重大な就業規則違反があった」として同誌編集長の小境郁也を解任、出向元の朝日新聞社は小境を懲戒解雇処分としたが、就業規則違反の内容については公表していない。また同号の「『中国猛毒米』偽装 イオンの大罪を暴く」に対し、流通大手のイオンが“内容は事実に反する部分も多々あり、お客様から無用の信用疑惑を招くものである”として発売中止・回収を求めるとともに、日本全国のイオンモールで当該号を撤去、また16日には1億6千万余円の賠償と謝罪広告掲載を求めて提訴。2016年12月16日、東京地裁は文春に約2500万円の賠償を命じ、文春は即日控訴した。
2013年11月21日号(同11月14日発売)で、内閣総理大臣・安倍晋三が「中国はとんでもない国だが、まだ理性的に外交ゲームができる。一方、韓国はただの愚かな国だ」と語っていたとの記事を掲載。
2018年1月19日発売号で、音楽プロデューサーの小室哲哉が女性看護師との不倫疑惑記事を掲載され、発売当日午後に小室は記者会見を開き、文春の記事内容を全面的に否定した上で2018年中に芸能界および音楽界からの引退を発表した。
2018年2月1日号で、元NHKアナウンサー登坂淳一がNHK札幌放送局在職時に新人の女性キャスターに対し、トイレまで追いかけ身体を触るなどのセクハラ、後輩アナウンサーに対するパワハラを起こした報じ登坂は同年4月2日から放送されるプライムニュース イブニング(フジテレビ)出演を辞退した。
2018年2月6日、選手の今井達也の不祥事が週刊文春に掲載されるとの情報を得た埼玉西武ライオンズは、今井を厳重注意し、5月まで対外試合出場停止処分をすると発表した。2月8日発売の2月15日号で、今井が1月24日に埼玉県の所沢市のパチンコスロット店で未成年喫煙していた姿が報じられた。
2018年4月19日号で、新潟県知事・米山隆一が複数の女子大生と援助交際をしていたことを報じた。米山は知事を辞任した。
2018年6月14日号で、「NEWS小山・加藤が未成年女性に飲酒強要」という見出しで女性セブンと共にNEWSの小山慶一郎と加藤シゲアキが未成年の女性と飲酒していたと報じ、所属事務所のジャニーズ事務所は小山を活動自粛、加藤を厳重注意とする処分を発表した。
2018年11月15日発売の11月22日号で、尾張旭市長の水野義則が市職員の女性と不適切な交際をしていたことが写真入りで報じられた。水野は報道を全面否定していたが、11月28日、辞意を表明。12月31日付で辞職した。