内閣官房
内閣官房副長官補のもとに30の組織が置かれている。
行政改革推進本部事務局
空港・港湾水際危機管理チーム 2003年(平成15年)12月設置。テロリストの入国対策として、国際空港及び港湾での出入国審査、輸出入物検査等の水際対策の関する情報連絡、機能強化を調整する。これは、国際空港及び港湾に関する業務が、警察庁、法務省(出入国在留管理庁)、財務省(税関)、国土交通省(港湾局、航空局)、海上保安庁にそれぞれ分担されており、横断的な取り組みが必要とされるためである。
アイヌ総合政策室
拉致問題対策本部事務局 2006年(平成18年)9月29日設置。内閣拉致問題対策本部の事務局で、北朝鮮による日本人拉致問題に関する庶務を担当する。
沖縄連絡室
地理空間情報活用推進室
原子力発電所事故による経済被害対応室

国土強靭化推進室 2013年(平成25年)1月25日設置。
まち・ひと・しごと創生本部事務局 2014年(平成26年)9月設置。
孤独・孤立対策担当室 2021年(令和3年)2月設置。
デジタル田園都市国家構想実現会議事務局 2021年(令和3年)11月設置。
新しい資本主義実現本部事務局 2021年(令和3年)10月15日設置。
経済安全保障法制準備室 2021年(令和3年)11月19日設置。