海域公園
西表石垣国立公園 平野 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 平久保 (2007年(平成19年)8月1日) 1箇所 明石 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 玉取崎 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 川平石崎 (2007年(平成19年)8月1日) 1箇所 米原プカピー (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 米原 (2007年(平成19年)8月1日) 1箇所 御神崎 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 白保 (2007年(平成19年)8月1日) 1箇所 鳩間島バラス・宇那利崎 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 竹富島タキドングチ・石西礁湖北礁・ヨナラ水道 (1977年(昭和52年)7月1日) 1箇所 西表島後良川河口 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 竹富島シモビシ (1977年(昭和52年)7月1日) 1箇所 竹富島南沖礁 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 西表島鹿川中瀬 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 西表島仲間崎 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 黒島ウラビシ・キャングチ・仲本海岸 (1977年(昭和52年)7月1日) 1箇所 新城島マイビシ (1977年(昭和52年)7月1日) 1箇所 波照間島ヌービ崎沖 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 波照間島浜崎沖 (2012年(平成24年)3月27日) 1箇所 西表島大見謝 (2016年(平成28年)3月31日) 1箇所 西表島ユツン (2016年(平成28年)3月31日) 1箇所 外離島 (2016年(平成28年)3月31日) 1箇所
大山隠岐国立公園 島根半島 (1971年(昭和47年)10月16日) 1箇所 浄土ヶ浦 (1975年(昭和50年)12月11日) 2箇所 代 (1975年(昭和50年)12月11日) 1箇所 国賀 (1975年(昭和50年)12月11日) 1箇所 海士 (1997年(平成9年)9月19日) 1箇所
足摺宇和海国立公園 宇和海 (1972年(昭和47年)11月10日) 9箇所 沖ノ島 (1972年(昭和47年)11月10日) 5箇所 竜串 (1972年(昭和47年)11月10日) 4箇所 樫西 (1972年(昭和47年)11月10日) 2箇所 勤崎 (1995年(平成7年)8月21日) 1箇所 尻貝 (1995年(平成7年)8月21日) 1箇所
西海国立公園 福江 (1972年(昭和47年)10月16日) 2箇所 若松 (1972年(昭和47年)10月16日) 3箇所
雲仙天草国立公園 富岡 (1970年(昭和45年)7月1日) 2箇所 天草 (1970年(昭和45年)7月1日) 1箇所 牛深 (1970年(昭和45年)7月1日) 9箇所