日本占領時期のインドネシア
アチェ州のウラマーは1942年2月にオランダ側と対立し、1942年11月には日本側と対立して反乱を起こし、蘭印軍と日本軍の両方と戦った。この反乱は全アチェ宗教学者協会(PUSA)により主導されて、日本人は18名が死亡し、日本軍はアチェ人を最大100人または120人超にわたり殺害した。この反乱は宗教学校を中心として発生した。同反乱中の11月10日と13日に、迫撃砲と機関銃で武装した日本軍はトンクゥ・アブドゥル・ジャリルの下で刀を振るうアチェ人に襲撃された。1945年5月、アチェ人は再び反乱を起こした。
カリマンタン島の南部では、インドネシア人民族主義者とオランダ人による日本軍への反乱計画が発覚した。これは1943年9月に南カリマンタンのアムンタイ(インドネシア語版)で起こり、イスラーム国家の創設や日本人の追放が含まれていたが、同計画は日本軍によって潰された。1943年に、日本軍は王族の一員であるスルタンのTengku Rachmadu'llahを処刑した。
インドネシアは群島であり海運をはじめとする交易が重要だったが、日本軍はインドネシアを3つの行政区分に分けて自活を目標とした。そのため交易圏が破壊され、群島間の物流は減少した。日本軍政監部はオランダ船の入港を禁じたため、ヨーロッパの薬品が輸入されなくなり、医薬品不足と薬価の高騰が起きた。日本軍は艦艇を前線に集中させて輸送のための海上護衛を軽視しており、輸送船減少の一因となった。海軍に海上護衛総司令部ができたのは1943年11月だった。1944年以降は連合軍の攻撃で輸送量が低下し、生活必需品が逼迫した。日本からの工業製品の輸入も減少し、住民の需要には足らなかった。
群島内の流通は蘭印時代から華人を中心としており、日本軍も中国国民党を支援する者をのぞけば華人の活動を許可した。
「四葉のクローバー」と呼ばれた対日協力の指導者4名は、スカルノを中心に民族運動の組織を結成した。民衆総力結集運動(マレー語版)が1943年3月9日に発足し、インドネシア語でPusat Tenaga Rakyatと名付けられて略称のPUTERA(プートラ)と呼ばれた。スカルノはPUTERAが対日協力だけではなく民衆の一体化を進める組織としたが、軍政監部や地方行政官によって民族主義的な活動は妨害され、のちにジャワ奉公会に吸収された。