形態形成
更に二つの種類の分節遺伝子がギャップ遺伝子生成物の後に発現する。ペアルール遺伝子(pair-rule genes)は7つの帯が前後軸と垂直の縞状に発現する。(even-skippedの例を見よ)。発現のこれらのパターンがシンシチウム胚盤葉内で確立された後、細胞膜が核の周辺に形成され、シンチウム胚盤葉は細胞性胚盤葉へ変わる。
最後の種類の分節遺伝子、セグメントポラリティー遺伝子(segment polarity genes)の発現パターンは隣接した擬体節の細胞との間の相互作用により緻密に調節されている(右のengrailedの例を見よ)。Engrailedタンパク質はそれぞれの擬体節の端の細胞列に発現する転写因子(右図の黄色)である。この発現パターンはシンシチウム胚盤葉でのengrailed遺伝子の転写を調節する転写因子をコードする(even-skippedの様な)ペアルール遺伝子に惹起される。
Engrailedを作る細胞は細胞から細胞へのシグナルタンパク質Hedgehog(右図の緑色)も作りうる。Hedgehogは遠くまで行くことはなく、Engrailedを発現する細胞に隣接した細胞を薄い縞状に活性化させる。Engrailedを発現する細胞の一方の側だけがHedgehogに反応することができる。