自由アチェ運動
2001年8月にアチェ州特別自治法が制定され、2002年1月1日に施行された。だが、GAMはこの自治法を認めず、その後も散発的に抗争が発生した。1月22日には陸軍戦略予備軍がGAM兵団司令部を急襲し、GAMの軍司令官アブドゥッラー・シャフィイ(インドネシア語版)とその妻が射殺された。だが、2月3日にはアンリ・デュナン・センターの仲介によりGAMはインドネシア政府とジュネーブで会談を行い、和平協議を継続することになった。5月10日、GAMがアチェ州特別自治法を交渉の開始点として受け入れ、両者は停戦に向けた対話を促進する共同声明に調印した。だが、その翌日、GAMの拠点が警察機動隊に襲撃され報道官が射殺された。インドネシア独立記念日を目前に控えた8月にはアチェで爆弾事件が頻発、GAMと国軍の間で小競り合いが繰り返された。8月19日、中央政府は特別自治法を受け入れる期限を同年12月上旬までとし、GAMがこれに応じない場合は軍事力を行使するとしてアチェに1万2000人の警察官を派遣する決定を下した。一方、GAMは特別自治法の受け入れ拒否に転じ、9月5日にアチェ州知事アブドゥラ・プテを襲撃した。だが、9月末にはGAM報道官が停戦に向けた対話に応じると表明した。GAMと中央政府の会談に先駆けて12月3日には米国と日本の呼び掛けにより東京でアチェ和平準備会合が開催されて和平後の復興支援策が協議され、12月9日のジュネーブでの和平会談で9カ条の和平協定「敵対行為の停止に関する枠組み合意 (COHA) が調印された。
当時の『アジア動向年報』ではCOHAをメガワティ政権初の政治的成果と評価されたが、アチェ駐留軍は協定を無視してGAMの掃討作戦を継続、GAMも政府との対話路線を捨てて武力衝突が続いた。2003年3月には和平合意により治安維持を担当していた合同治安委員会 (JSC) の地方事務所が住民により襲撃された。GAMはこれを国軍主導によるものだと主張したが4月1日、ユドヨノ政治治安調整大臣はこれをCOHA違反だとみなし、COHAに基づき1カ月以内の合同協議開催を要求した。GAMは4月25日から2日間ジュネーブで合同協議を行うことに一旦は合意したものの、直前に2日間の延期を求め中央政府は合同協議参加を取りやめた。メガワティ大統領は5月12日までにアチェ特別自治法を受け入れ武装解除をするようGAMに最後通牒をしたが、GAMはCOHAでは対話の出発点として特別自治法を認めただけであり特別自治法そのものを受け入れたわけではないとして要求を拒んだ。5月6日、メガワティ大統領は合同協議開催に応じなければ統合軍事作戦へ移行する意向を固め、警察はJSCに加わっているGAMメンバー4人を州外に出る報告を怠ったとして逮捕した。だが、GAMは5月12日時点で合同協議開催に応じず、JSCはフィリピン軍、タイ軍のメンバーも撤退したことで事実上解体に至った。
ここで国際連合事務総長が先進国に働きかけ、東京で交渉が行われることになった。日本と米国は17日、18日の東京での合同協議開催についてインドネシア政府とGAMの承認を取り付けた。