中央新幹線
JR東海は2017年(平成29年)6月までに、路線の工事の状況や沿線の事後調査・モニタリングを更新しており、その中では2015年(平成27年)・2016年(平成28年)度の環境調査の結果や岐阜県のウラン鉱床の調査についても公表している。大井川水系の問題に関しても、工事の影響による河川における静岡県静岡市葵区の流量調査を年2回から月1回に変更している。
2017年11月1日には山梨県南巨摩郡早川町での第四南巨摩トンネル新設工事における環境保全を一部更新している。
2018年1月18日には、工事業者の私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律(独占禁止法)違反について、工事契約手続きにおいて2017年12月25日分に加えて追加の対応を発表している。
2018年2月1日には「第一中京圏トンネル新設(西尾工区)工事」と「中央アルプストンネル(松川)外工事」における環境保全措置を公表すると発表している。
名古屋以西のルートについては、基本計画(昭和48年11月15日運輸省告示第466号)の主要な経過地で「奈良市附近」とあるのみで、具体的なルートは記されていない。経由地付近の自治体では中間駅の検討、誘致運動が行われている(後述)。
神奈川県相模原市緑区鳥屋付近に関東車両基地(仮称)が設けられる。神奈川県駅(仮称)の名古屋駅側に位置する。
神奈川県においては、相模原市付近を通過することが想定されており、橋本駅付近に新駅の設置が計画されている。橋本駅は県の「北のゲート」としての構想から、相模線の複線化、相模線倉見駅への東海道新幹線の新駅設置とともに検討が行われている。また松沢成文前神奈川県知事はアクセスのよい橋本駅への設置が望ましいとの考えを示した。なお橋本駅以外にも、在日米軍相模総合補給廠の一部返還が予定される相模原駅にも小田急電鉄多摩線の延伸とともにリニア中央新幹線の誘致も求める声があったが、この案の場合米軍補給廠の真下を横断することとなり、安全保障上の観点から米軍の同意を取り付けることは非現実的であり、立ち消えとなった。
一方で2200億円に上る駅建設費の地元負担に対し松沢前神奈川県知事および加山俊夫相模原市長はともに負担できないとし、国などに負担を求めることを明らかにしている。また、橋本地区は東京都に隣接した地域にあり、八王子駅や多摩ニュータウンにも近く、駅の設置は多摩地域を中心とした東京都にも恩恵が大きいと考えられることから、地元負担が発生した場合は東京都にも負担を求める声も挙がっている。その後JR東海が進める案では、相模原市の緑区に地下駅で設置することが発表された。橋本駅(緑区)南口に隣接する神奈川県立相原高等学校を西約3キロの位置にある職業能力開発総合大学校移転後のキャンパス跡地に移転させ、2019年(平成31年)春より開校予定。その後、相原高等学校跡地に駅を建設することが予定されている。相模原市役所でも2016年2月の「広域交流拠点整備計画」で明らかにし、同年3月3日付で具体的に答申している。
基本計画当初より大阪市が終点となることが計画されており、山陽・九州方面への乗り継ぎの利便性などから新大阪駅に乗り入れの意向がJR東海によって示されている。一方、橋下徹大阪市長が代表の地域政党「大阪維新の会」は、マニフェストで「リニアの駅を梅田北ヤードに誘致する」ことを挙げていたが、2012年4月20日の大阪府知事、大阪市長、関西経済3団体トップの意見交換会において、「東京・大阪間の早期着工を求めるには新大阪駅乗り入れの方が説得力がある」という方針で一致した。2013年12月には在阪経済4団体と関西広域連合が大阪までの同時開業を求める決起大会を行った。
長野県ではルート決定まで、諏訪市・茅野市・松本市といった中信地域にメリットの見込める伊那谷ルート(Bルート)で建設されることを軸とし、他の地域にも配慮した県内に複数の駅を設置することなどを強く要求していた。しかし、これがJR東海の推進する南アルプスルート(Cルート)案と1県1駅案に対立する構図を生むことになり、最悪の場合には長野県は迂回されるという代替案が挙がるまでになっていた。さらにCルート上では順当に駅の設置が予想されている飯田市・下伊那地区を中心とした南信地域の要望が、県の総意とするものと異なることに危惧した村井仁長野県知事(当時)は、2010年6月の小委員会で特定ルートの要望をせず事実上の方針転換の姿勢をみせた。また、同じくルート選定に関わる山梨県の横内知事が正式にCルート案を支持する姿勢をみせるなど、Cルート案の現実性がさらに高まった。これには、長野県が従来のような主張を続けた場合、JR東海、並びに沿線となる他県との意見の相違によって、リニア中央新幹線の誘致で孤立化するのは得策ではないと判断したのが背景にあるとされた。
また、Cルート上の飯田市は一時、飯田駅へのリニア駅併設を要望していた。しかし、JR東海側は用地買収の問題などから併設は困難とし、当初北隣の高森町内に駅を設置する案を提示していた。これに加えて、地元の要望を受けて同町と接する飯田市座光寺地区への設置という折衷的な案等、複数の案を長野県側に提示した。
名古屋駅 - 新大阪駅間のルートは未定である。
愛知県 名古屋市(中村区)
三重県 亀山市
滋賀県、京都府又は奈良県
大阪府 大阪市(淀川区)
三重県においては、リニア中央エクスプレス建設促進三重県期成同盟会が県内停車駅の設置を要望しており、中でも亀山市は「リニア中央新幹線・JR複線電化推進亀山市民会議」を中心に駅の誘致運動を行っているほか、リニア中央新幹線亀山駅整備基金の積み立てを行っている。亀山市は関西本線、紀勢本線、新名神高速道路、東名阪自動車道、伊勢自動車道、名阪国道、鈴鹿亀山道路、国道1号など、交通の要となる市である。
三重県では2020年7月より、「リニア三重駅」の設置場所について各自治体の意見を聞いていたが、翌年1月になって鈴木英敬知事より亀山市以外に誘致を希望する自治体がなかったことを理由に同市に誘致する意向が表明された。
2018年3月23日、東京地方検察庁特捜部は公正取引委員会からの告発を受け、談合を行ったとして大林組、清水建設、大成建設、鹿島建設の4社および大成建設・鹿島建設の担当者各1名を起訴した。中央新幹線品川駅・名古屋駅の建設工事に関して、事前に受注予定業者を決めるなどして競争を制限した疑い。起訴内容を認めた大林組と清水建設に対しては、2018年10月22日に罰金刑が下された。無罪を主張する大成建設・鹿島建設とその担当者各1名についても、2021年3月1日にそれぞれ有罪判決が下された。