ルソン島
以後、ルソン島はメキシコ(ヌエバ・エスパーニャ)の支配下となり、メキシコと中国を中継するガレオン貿易の拠点となった。スペインから赴任する白人支配層は中国の陶磁器やメキシコの銀などの貿易に力を注ぐ一方、内政は元来の現地人首長を間接支配することで済ませていた。植民地統治の大きな部分は、多くの土地を所有しつつ現地人たちを教化するスペイン人の修道会が担っていた。
白人支配層は任期が終わればスペインへ帰るだけだったが、スペイン人やメキシコ人の軍人ら下級白人はフィリピンにとどまり、現地人の首長らの娘と結婚することで地位を確立しようとし、その子であるメスティーソらはフィリピンの現地支配層となっていった。一方、スペイン人到来前から住んでいた中国人らも現地人と結婚して中国系メスティーソとなり、商工業を支配した。
18世紀には内政が停滞し、イギリスによるマニラ攻撃やガレオン船攻撃などで植民地支配は破綻し始めた。さらに19世紀になりメキシコの独立でガレオン船貿易は途絶した。スペイン人支配者は中南米の独立の結果ますます保守的になっていったが、スペイン本国へメスティーソのエリート層が留学して高い教育に接したり、スペイン本国や中南米から渡って来た人々がフィリピンに自由主義思想や各地の独立運動の情報を伝えたりしたことで、フィリピン人の意識は変わり始めた。