File Allocation Table
MS-DOS起源のFATファイルシステムの実装でも同様に、記憶ディスク上のセクタはクラスタと呼ばれる単位にまとめられ、1クラスタ内のセクタはディスク上では物理的に連続している。
FATはディスク上では最初の方に配置している(ブートローダ、システムイメージの次あたり)。FATとは別に、ルートディレクトリテーブルが存在する。これもFATの近傍に配置され、ルートディレクトリのディレクトリ・エントリを保持する。ディレクトリ・エントリは、ファイル名とファイルの属性、そのファイルを構成する最初のクラスタ番号を保持する。
なお、サブディレクトリ(サブフォルダ)は、ルートディレクトリ(およびサブディレクトリ)に存在する特殊なファイル・エントリとして実現される。すなわち、例えば\subdir は、ルート (\) ディレクトリーテーブルにsubdirのディレクトリ・エントリが存在し、かつ、そのエントリが表現するファイルそのものをディレクトリテーブルと見なして処理する。