ImageJ
さまざまなプラグインをあらかじめ同梱したパッケージも何種類か配布されている。なかでもメジャーなのはFiji(Fiji Is Just ImageJ)である。ImageJのコマンドは500ほどであるが、Fijiでは900ほどになる。豊富な3次元画像解析機能の他に、プラグインの自動アップデート機能やスクリプティング機能(JavaScript、Jython、JRuby、BeanShell、Clojure、ImageJ Macro)とオリジナルのエディタが特徴的である。2018年からFijiはImageJの後継となる通称ImageJ2の開発チームが融合し、事実上ImageJ2の配布プラットフォームともなった。ImageJ2はFijiのチームが開発してきたImglib2を中核としており、スクリプトやプラグインを書くことでその多様でジェネリックな機能を使用することが可能である。