日本航空の労働組合
日本航空の経営が悪化していたにもかかわらず反会社側組合の経営状況を考慮しない一方的要求や、ストライキ権を盾にした過激な闘争、現場の状況を無視した労務対策を押し付ける経営サイドの対応は、結果として社員に会社・組合不信や士気低下を蔓延させることにつながった。さらに、反会社側組合においては、職務別や会社別の組合の間での水面下での対立が深刻化し、正常な経営活動の障害となった他、ストライキを恐れた会社が反会社側組合による経営状況を無視した待遇改善の要求を受け入れ続けた結果、経営を圧迫し、日本航空の経営破綻の主因の一つとなったとの指摘もある。
一方で会社側は、日米貿易摩擦解消を名目に高価なボーイング747を113機も導入したり(破綻で、多額の維持経費を要することから全て売却され現存しない)、経営不振状態にありながら「JALセールス」が、自民党の政治資金団体「国民政治協会」に上限一杯の750万円を、2007年から09年までの3年間にわたって政治献金していた事が判明している。ちなみに献金がされていた最中の08年2月には4000人の削減を打ち出した「再生中期プラン」が発表されていた。ルポライターの古川琢也、ジャーナリストの山口正紀も「破綻の原因は放漫経営にこそあり、乗員の整理解雇は従業員への責任転嫁だ」と批判している。
乗員組合や客室乗務員組合、機長組合などの職種別に分かれた自主系組合は、労働者の権利を保護するために共同歩調を取り、いわゆる「日航5労組」として活動してきた。これらの組合は「アカ組合」と呼ばれていた。
日本エアシステムの吸収合併にあたり、「日本航空ジャパン労組(旧JAS労組)」などが加わり、旧「5労組」は「8労組」と増加したが、2006年9月に「日本航空客室乗員組合」と「日本航空ジャパンキャビンクルーユニオン」が、また2010年5月に「日本航空労働組合」と「日本航空ジャパン労働組合」が、6月に「日本航空乗員組合」と「日本航空ジャパン乗員組合」が、2017年4月に「日本航空乗員組合」と「日本航空機長組合」がそれぞれ組織統一を行い、現在の3労組となった。なお、これらの自主系組合を纏める組織として「JJ労組連絡会議」がある。また、これら3労組は「航空労組連絡会」に加盟している。
自主系組合は、組合員の賃金、労働条件の向上、労働者の保護と職場の安全向上を目標としており、経営状況への配慮が低かったとの評価があり、また、同じ職種同士ですらその地位により組合が分裂、対立しており、常に同じ方向を向いていないという評価もあった。