船岡山合戦
澄元は之長に擁立され抵抗を続け、永正17年(1520年)に畿内に上陸して一時京都の回復に成功したが、等持院の戦いで之長が高国の前に敗死、結局没落して同年に死去した。義澄の遺児は播磨の赤松義村と阿波の細川之持(澄元の実兄)に託され、後の足利義晴と足利義維(阿波公方)となる。
一方で、勝者である大内義興も長期間在京する間に出雲の尼子氏や安芸武田氏などが不穏な動きを見せはじめ、さらに旗下の国人達の離反が続出したので、永正15年(1518年)に周防に帰国し、以後勢力の回復に忙殺され再び上洛することなく享禄2年(1529年)に病没した。
残された高国は澄元を撃破して当主の座を強固にしたが、やがて義稙と対立し、大永元年(1521年)に義稙を追放し足利義澄の子義晴を次の将軍として擁立するものの、今度は澄元の子晴元と対立し、大永7年(1527年)に桂川原の戦いに敗れて自身が没落することになる。そして享禄4年(1531年)の大物崩れの敗北で再起の可能性も無くなり自害させられることになる。
明応2年(1493年)の明応の政変により将軍足利義材を追放し、自身が擁立した足利義澄(義高)のもとで権力を誇った管領細川政元であるが、実子がいなかったため3人の養子を迎えたものの、後継を巡り養子同士(細川澄之、細川澄元、細川高国)3派での権力争いが発生した。
永正4年(1507年)6月23日に澄之派の重臣香西元長や薬師寺長忠らによって政元が暗殺(永正の錯乱)、澄元と側近の三好之長も屋敷を襲われ、一旦近江甲賀郡に逃走するが国人の力を借りて勢力を盛り返し、8月1日には京都に侵攻して澄之・元長・長忠を討ち取り、翌2日には義澄に対して細川氏の家督継承を承認させたが、これが内乱の幕開けとなった(両細川の乱)。
細川氏の混乱に乗じ、京都への復帰を計画した前将軍足利義尹(義材)が、周防の戦国大名大内義興を伴い上洛を開始すると、これに細川氏家督の奪取を企てた細川高国が呼応し永正5年(1508年)に挙兵、義澄は近江の水茎岡山城に、それを担ぐ澄元・之長は近江から最終的には阿波へそれぞれに逃亡した。戦いに勝利した義尹は義稙と改名して将軍に復職し、高国と大内義興の連合政権が成立した。
再起を図っていた義澄・澄元は永正6年(1509年)に復権を図ったものの敗北(如意ヶ嶽の戦い)した。その後、永正8年(1511年)に畿内の諸勢力を糾合し反撃に転じる。深井の合戦、次いで芦屋河原の合戦に勝利して摂津国中嶋城に入城、そのまま京都に入洛してこれを奪還する。こうして義稙達を一旦は丹波に逃亡させたが、やがて義稙達は次第に勢力を盛り返し、京都に再度迫りつつあった。義稙派と義澄派の大規模な合戦は避けられなくなった1511年8月、戦いが始まる直前に義澄が死去した。