宇和島運輸
八幡浜 - 別府航路
あかつき丸(2代目) 2014年(平成26年)5月竣工、2014年(平成26年)6月4日就航。2,565総トン、全長116.5m、幅16.0m、航海速力20.2ノット。 旅客定員586名。車両積載数:乗用車換算145台。内海造船瀬戸田工場建造。
れいめい丸 2022年(令和4年)6月17日竣工、6月23日就航。2,710総トン、全長121.41m、幅16.0m、航海速力20.2ノット。 旅客定員586名。車両積載数:乗用車換算160台。内海造船瀬戸田工場建造。
八幡浜 - 臼杵航路
おおいた 2003年(平成15年)5月竣工、2004年(平成16年)1月18日就航。2,453総トン、全長115.0m、幅16.0m、出力3,310kW×2、航海速力20.2ノット(最大22.2ノット)。 旅客定員535名。車両積載数: トラック(8t)35台・乗用車25台。内海造船瀬戸田工場建造。鉄道建設・運輸施設整備支援機構と共有。 2007年(平成19年)10月7日、発電機の故障により操船不能となり、別府港東防波堤灯台に接触する事故を起こした。
あけぼの丸 2017年12月18日就航、内海造船瀬戸田工場建造。2,700総トン、全長121.4m、幅16.0m、航海速力19.5ノット、旅客定員546名、乗用車160台
当時の航路は、宇和島 - 八幡浜 - 三崎半島各港 - 佐賀関 - 別府。
宇和島 - 別府 1942年(昭和17年)5月、関西汽船の設立に伴い航路を現物出資。1948年(昭和23年)5月、同社からの出資還元にともない航路復活。 のち、1984年(昭和59年)9月に直航航路を開設したが2000年(平成12年)11月に休止。
三崎 - 別府 1993年(平成5年)7月2日、直航航路を開設。2008年(平成20年)8月20日、三崎発16:30の便をもって廃止。
四国内航路
宇和島 - 吉田 1910年(明治43年)5月開設。初の「宇和島沿岸航路」。
その他
大阪 - 馬関 1895年(明治28年)9月開設。
大分 - 関門 1896年(明治29年)10月開設。
大阪 - 仁川 1919年(大正8年)5月開設。このほか、内地から朝鮮半島各地や北支・中支(現在の中国)を結ぶ不定期航路を、1939年(昭和14年)以降に運航。