カスティーリャ戦争
1485年から1521年にかけて、スルタン・ボルキア率いるブルネイ帝国は、イスラム化が未完全だったトンド王国に対抗するブルネイの傀儡国としてコタ・セルドン(またはマニラ王国)を設立した。イスラム教への改宗は、現在のマレーシアやインドネシアからの商人や東南アジアでの布教活動がフィリピンに到達することによって、さらに強化された。
フィリピンには統一国家が存在しなかったため、ブルネイ帝国の影響にもかかわらず、スペインの植民地化は推進された。1571年、スペインのミゲル・ロペス・デ・レガスピがイスラム教徒の支配するマニラを攻撃、マニラはフィリピン諸島の首都となり、貿易と宣教の拠点となった。ビサヤ人(マジャアスのケダトゥアンやセブのラジャナート)は、スペイン人が来る前はスールー諸島のスルタンやマニラの王国と交戦していたが、ブルネイのスルタンと戦うためにスペインと同盟を締結した。
スペインは、8世紀以降、ウマイヤ朝カリフの下でイスラム教徒に侵略されていたスペインを再征服し、再びキリスト教化するための700年にわたる戦争を終えたばかりだった。