原木栽培
自然の中で育てるため、全ての状態において害虫と害菌は多い。しかし、菌床栽培のような純粋培養的方法ではないので、害菌が発生しても急激に拡大することはない。乾燥すると、害菌が増殖し易くなるので湿度管理は重要。
栽培方法によらず、キノコ栽培に悪影響を与える主な生物。(植物類は除外)
「基材」に影響する。
昆虫類や甲虫類、ハエ、シロアリ、アリ、カミキリムシ、クワガタムシ(これを逆手に取り、クワガタムシの産卵用にシイタケなどのホダ木の古くなったものが使われる。また、昆虫マットなどの昆虫用品は殆どシイタケなどの廃原木が流用されている)など。カミキリムシは直ちに捕殺。
「菌糸体」「子実体」に影響する。
菌類 Verticillium 属、トリコデルマ( Trichoderma 属)、アオカビ( Penicillium 属)、クモノスカビ(Rhizopus 属)、Neurospora 属、ボタンタケ類、コウヤクタケ類、ゴムタケ類、ズキンタケ類。
バクテリア類、バシラス属( Bacillus 属)
虫(動物)類、 ナメクジ、カタツムリ、ハサミムシ、キノコムシ類、ダニ、キノコバエ
根元付近から木を切り倒し、葉がついた状態で放置することで、葉からしだいに水分が抜け、植菌に適した状態となる。十分に乾燥させないと菌糸の生育が抑制される。1 mほどの長さに玉切りし約1月間直射日光を避けて管理する。植菌は日本では一般に2-3月が適期とされ、それぞれの地域でソメイヨシノが咲くころまでに終えるのがよいとされる。
シイタケでは菌株の選別と一定の前処理を施すことで、スギ、カラマツ、アカマツなどの針葉樹も利用されている 。 原木栽培法に於いても菌床栽培のように、ほだ木を高温滅菌(殺菌)し種付けをする方法を採用いることで、雑菌に弱く栽培が難しかったマイタケなど菌種の栽培成功率が上がった。(殺菌原木栽培)
近年は国産椎茸が見直され、国産品の需要は増加傾向にあるが、生産コストや労働力の不足などの問題から衰退しつつある。特に、原木伐採に関わる労働力は高齢化などにより急速に減少し、原木不足が深刻化している。 原木入手難に対し、北海道立林産試験場などで成長期に伐採した原木の利用研究が行われている。