六道辻
そこで銃撃戦となり、砲術に優れた大山弥助の率いる新政府軍は四斤山砲で砲撃を行った。新政府軍の四斤山砲は大山が改良した「弥助砲」で、旧幕府軍の大砲・木戸・土塁を破壊した。
旧幕府軍は六道口の背後にある武家屋敷地の竹林に逃げ込んだため、午前9時頃、新政府軍は四の筋から一の筋の武家屋敷地へ侵攻し、松が峰門へ迫った。防備の厚い西側から攻め入ったため、一進一退の攻防が続き、土方は足首を撃ち抜かれ、新政府軍も野津七次が負傷した。正午頃、六道口に入った大鳥の一隊は新政府軍を背後から攻め、別の一隊は北の材木町から攻撃を仕掛け、東・西・北の三方を包囲された新政府軍は窮地に追い込まれるも、伊地知正治や河田の率いる部隊が加勢した新政府軍の総攻撃により形勢が逆転し、夕刻に旧幕府軍は八幡山から北方へ逃れ、日光へと向かった。この戦闘で多数の死者が発生し、付近を流れる新川の水が真っ赤に染まったと伝えられる。
こうして宇都宮城は新政府軍が取り戻し、翌4月24日(新暦5月16日)に宇都宮藩家老の戸田三左衛門に引き渡された。館林に逃れていた戸田藩主らが宇都宮城に戻ったのは4月27日(新暦5月19日)のことで、宇都宮藩士は自ら奪還戦に臨むことなく城に戻る形となった。
宇都宮城の戦いの後、戦局はより北へと展開し、9月5日(新暦10月20日)には若松城下の飯寺村(にいでらむら、現・福島県会津若松市門田町飯寺)に達した。ここで旧幕府軍方の長岡藩兵を率いた山本帯刀は、戸田三男率いる新政府軍方の宇都宮藩兵を味方と誤認して接近したため、あえなく捕らえられた。その報を受けた中村半次郎の指示で山本らの処刑が決まり、山本とその部下は愛刀と軍用金を戸田三男に託し、相当の費用に充てるよう言い残した。刑は9月9日(新暦10月24日)に執行された。
この頃六道辻では、官修墳墓に手厚く葬られた新政府軍とは異なり、「賊軍」として道端に遺棄されたままだった旧幕府軍の戦死者が地域住民によってひそかに埋葬された。住民が埋葬したのは純粋な慰霊目的だけでなく、非業の死を遂げた旧幕府軍の戦士の祟りを恐れたという解釈もある。
宇都宮に戻った戸田三男は、山本らから預かった200両を元手に、宇都宮藩士6人と町人7人の協力を得て、旧幕府軍の戦死者が仮埋葬されていた六道辻に、1874年(明治7年)6月に墓碑を建立した。「賊軍」を官軍が祀るということが受け入れられるまで6年かかったのである。しかし墓碑には被葬者の名前を刻むことまでは叶わず、建立時期と碑を建立した14人の名が刻まれてたのみであった。山本の愛刀は藩主に献上された後、宇都宮二荒山神社に納められ、さらに1939年(昭和14年)に栃木県護国神社へ移された。