公安調査庁
守備範囲の重なる公安警察との違いは、前述のとおり、公安調査庁の調査活動には逮捕、家宅捜索等の司法警察権が与えられていない点である。ただし、団体規制法第7条に基づく公安調査官による対象団体への立入や検査について拒み、妨げ、又は忌避した者に対して、1年以下の懲役刑又は50万円以下の罰金刑が同法第39条に規定されており、公安調査庁の団体規制権能には一定の強制力も付与されている。
また、公安調査庁では創設時に公職追放権や緊急逮捕権を行使する事が想定されていたほか、1979年頃の政治的暴力行為防止法案に緊急拘束権が盛り込まれたり、2004年頃から警察庁、防衛庁(当時)、法務省などの担当者によるプロジェクトチームで研究が行われているテロ対策基本法案(反テロ法案)では、治安当局がテロ組織やテロリストと認定した場合に一定期間の拘束や、国外への強制退去、家宅捜索・通信傍受などの強制捜査権の付与が検討されている。テロ対策基本法案は日本国憲法第33条に抵触する可能性から未だに研究段階であるが、政府は準備を進めるとしている。
公安警察関係者は「同じ協力者をめぐり、対立する公安調査庁の調査官のことをあえて報道関係者にリークしたことがある」と述べており、公安警察が公安調査庁の活動を妨害することもある。
公安調査庁はインテリジェンス・コミュニティーのコア・メンバーとして位置づけられており、収集した情報は、分析・評価が行われた上で、政府上層部や関係各機関に報告される。
また、Aleph(旧オウム真理教)対策の一環として、同教団の施設が存在する地方自治体に対しても、情報提供が行われている。
さらに、出入国管理及び難民認定法第24条第3号の2は、公衆等脅迫目的の犯罪行為(予備行為、幇助行為含む)を行う恐れがあるものと認めるに足りる相当の理由がある者として法務大臣が認定する者に関し、退去強制をすることができる旨定めているところ、同法第24条の2において、法務大臣が右認定を行う場合には、公安調査庁長官等の意見を聴くものと定めているほか、公安調査庁長官等は、法務大臣の右認定に関し意見を述べることができるとも定めている。これは、法務大臣がテロリストと認定したものを入国規制するための仕組みであり、公安調査庁には、同認定に資する情報収集を行うために必要な機構として国際破壊活動対策室が設置されている
日本を舞台にした映画007シリーズ第5作「007は二度死ぬ」(1967年)にも登場し、ジェームズ・ボンド(ショーン・コネリー)に協力している日本情報機関のタイガー田中(丹波哲郎)は、公安調査庁の最高幹部という設定である(項目参照)。
また日本映画「シン・ウルトラマン」(2022年)にも登場し、巨大不明生物「禍威獣」に対抗するために設立された禍威獣特設対策室専従班の分析官である浅見弘子(長澤まさみ)は、公安調査庁から出向してきたという設定である。公安調査庁自体も、失踪した神永新二の行方を捜査する際に登場している。