マリオvs.ドンキーコング
ステージの区分はGB版より複雑になり、通常ステージ6面+mm(ミニマリオ)ステージ1面+DK(ドンキー)ステージ1面の8面が1ワールド(レベルから改称)とされた。これにより各ワールドのステージ数が統一されている。
動きはバード、ファイヤーバードと同じだがタマゴは落とさない。触れてもミスにはならないが、マリオの首に咬み付いてそのまま落下させようとする。
括弧内は倒した時に得られる点数(倒せないもの・倒せるが無得点のものはハイフンで表記)。ステージに登場する敵キャラクターの種類はワールド毎に異なるが、中には複数のワールドに共通して登場するものもいる。
バケツに擬態した敵キャラ。普段は動かないが、マリオが上に乗ると歩き出す。持ち上げる事はできない。バケツと違って接触するとミスとなる。
今回は悪役。おもちゃの「ミニマリオ」を手に入れるためミニマリオの発売元である「オモチャこうじょう」を襲い強奪する。各ステージの最後に直接バトルとなる。障害物をマリオに向けて投げたり落としたり多彩な方法で攻撃してくる。ドンキーに触れるとマリオが殴り飛ばされてしまう。マリオがダメージを受けた時ややられた時は、雄叫びを上げて喜ぶ。
小型のドッスン。2点間を放物線を描くように跳び続けている。横から触れても踏んでもミスになる。
ブロックに身を包んだ敵キャラ。一定間隔で大量のレンガを落として来る。倒す事はできない。