南光坊
今治藩の祈祷所に定め祭典料を賜わせられ、薬師堂を再建した。また、四国八十八箇所の札所となっていた別宮の別当寺として納経を行い「日本總鎮守 大山積大明神 別當南光坊」と記帳するようになっていた。
江戸時代には今治藩主久松家からも尊信を受け祈祷所として定め別当職を持続し、広大な寺域を誇った。
寛雄(かんゆう)住持の時(1700年代)、讃岐の金毘羅大権現を勧請し金毘羅堂が造られる。
江戸幕府製作の『寺院本末帳』には伊予国の欄に「仁和寺末 南光坊 末寺一宇 安養寺」とあり御室仁和寺を本寺とする中本寺(田舎本寺)として栄え、仁和寺から「院家」の称を賜るなど高い格式を有している。
明治初頭、神仏分離令にしたがう形で、大山積神の本地仏として別宮の本殿に奉安してあった本地大通智勝如来(だいつうちしょうにょらい)および二脇士と十六王子が南光坊の薬師堂に移され、55番札所の本尊は、大山積神(大山積大明神)から大通智勝如来となり、当寺は別宮から札所を受け継ぎ分離独立した。また、本式は遍路なれば大三島へ渡るとされていたが、四国八十八ヶ所の札所は全て寺院のみとなったので四国八十八ヶ所巡拝として大三島に渡る遍路はいなくなった。なお、大三島の本宮の本地大通智勝如来は東円坊に移され現存しているのでそちらへの参拝はできる。