ザ・スーパー忍
本作の音楽は古代祐三が手掛けた。古代はレッドブルとのインタビューの中で、日本ファルコム退社後に、『ザ・スキーム』や『ミスティー・ブルー』の制作を通じて、当時のアーケードゲームと同程度のFM音源を扱う経験を積んだため、制作上の問題はなかったと振り返っている。 また、元々古代はゲームセンターで『忍 -SHINOBI-』に親しんでおり、曲も知っていたため、その延長線で曲を作ろうと思ったと話している。 当初、古代は続編らしさを出そうと考えていたが、当時聞き始めていたクラブミュージックやディスコの要素を『ザ・スーパー忍』の持つ和風の世界観と合わせると面白いと思ったと話している。 当時の古代はプリンスをよく聞いており、本作の楽曲の中には『バットダンス(英語版)』の影響を強く受けた曲も存在する。
前作『忍 -SHINOBI-』において、主人公ジョー・ムサシは犯罪結社ZEEDを倒す。だが、ZEEDの残党が活動を再開し、忍びの里を襲撃して彼の師匠を殺害した挙句、嫁のナオコを誘拐する。
ジョー・ムサシ 本作の主人公。手裏剣、刀、忍術を駆使する。
ナオコ ジョー・ムサシの許嫁。
マスクド忍者 8面のボス。前作と同じ名前だが、デザインが一新され歌舞伎の連獅子のような姿になっている。髪を振り回したり、髪を飛ばして攻撃してくる。