指宿駅
■指宿枕崎線 特急「指宿のたまて箱」発着駅 ■快速「なのはな」・■普通 二月田駅 - 指宿駅 - 山川駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の計2面3線のホームを有する地上駅。二つのホームは跨線橋で結ばれており、駅西側には留置線が数本存在する。ホームは主に1番のりばを使用し、列車交換などで1番のりばが空いていない時に他のホームを使用している。
JR九州サービスサポートが駅業務を行う業務委託駅で、みどりの窓口(営業時間 7:30 - 11:30 12:30 - 15:00)が設置されている。なお当駅は日本最南端のみどりの窓口設置駅であり、宗谷本線稚内駅(日本最北端の駅)とは日本国有鉄道(国鉄)時代の1974年に姉妹駅提携を結んでいる。2016年3月26日から同年10月2日まではJR最南端の有人駅でもあった(この期間は山川駅が無人化されていたため)。当駅は夜間滞泊設定駅である。
2011年3月13日より、観光特急「指宿のたまて箱」の発着駅となり、JRグループの特急列車が発着する日本最南端の駅となった。自動改札機はないが自動券売機(オレンジカード使用可)が設置されている。当駅を含め喜入駅以南の各駅ではSUGOCAなどの交通系ICカードの利用はできないが、飲料自動販売機での電子マネー使用は可能(PiTaPaは不可)である。
駅前広場には足湯が設けられている。 2011年3月12日より乗客へのサービスとしてリクガメ(ケヅメリクガメ)の「小太郎」が名誉職の駅長(指宿駅は有人駅であるため、駅長は存在する)として制帽を付け、「指宿のたまて箱」等の出迎えを行なっている。このサービスは土・日・祝日のみ行なわれている。(但し、小太郎の気が向いた時のみ)。
ホームの駅名標は独自デザインを採用しており、菜の花と駅前広場の足湯があしらわれている。