黒ずくめの組織
声 - 龍田直樹
頬がこけて頭蓋骨にそのまま皮膚を貼り付けたような顔をした、関西出身のやせ男。
組織の仲間と言っても末端の末端で、かつては身軽さを買われ、有能な殺し屋になるための教育を受けていたが、まるで使い物にならなかったことから、シェリーが開発した薬の実験に使われる予定であったが、人体実験の前に逃亡した。研究所に彼の資料が送られていたため、シェリーは顔を知っていたが、彼の逃走中にシェリーも組織から抜けたから会った事はない。
灰原は、組織の影に怯えながら逃げて追手と勘違いして一般人の3人を殺害した彼を「哀れな男」と言いつつも、遊び半分で殺人を犯しているため、「同情の余地はないけど」と語った。人間的には厚い面もあり、自身も深い関わりを持つ群馬県の森林でホタルを捕まえ、迷った光彦を保護同然に案内することもあった。
その後、死刑囚として収監されているが、組織の情報を白状しても誰にも信用されないと組織に判断され、抹殺の対象から外されている。
なお、殺した人物の情報が必要な場合はウォッカからサポートを受けている。 組織の人物との関係 ボスの烏丸に対しては、組織に対してと同様の純粋な忠誠心を抱き、命令を忠実に守ろうと行動する。基本的にウォッカと二人で行動している。自身に忠実なことからも幹部達の中で一番信頼していると思われる。だが、拳銃を突き付けて尋問して次はないと思って気を付けろと警告している事からも、致命的なミスをしたり、裏切った場合は葛藤もせずに抹殺するだろう。ベルモットに対しては、ピスコ殺害後に「お前ほどの女をわざわざ呼んだってのにとんだヘマに付き合わせた」と謝るなど評価しているが、秘密主義にはうんざりしている。ちなみに肉体関係があることが原作で示唆されているがアニメ版ではカットされた。バーボンに対しては、彼が独断専行したと知ると「相変わらず気に食わねぇ野郎」と発言している。ベルモットとバーボンは秘密主義者であるため、どこで何をやっているのか分からない。そのため、鈴木財閥のミステリートレインにシェリーが乗っている可能性をベルモットからリークされた際は、シェリーを爆殺するためにミステリートレインの終点である名古屋の駅に爆弾を仕掛けた事をベルモットとバーボンに知らせず、ミステリートレインの乗客や名古屋駅にいる人々ごと始末しようと企んでいたが、行動を読んでいたベルモットに対策をとられていた。ラムに対しては「ラムからの命令だ。確実に任務を遂行しねぇとな」と従順に従う一方、前記のようにラムが17年前の任務に失敗した事には反感を抱いている。ピスコに対しては、「組織の力を借りてここまでのし上がったんだ。もう十分いい夢を見たただろ?」と笑いながら射殺した。
アメリカ合衆国の資産家。17年前、羽田浩司が死亡していたホテルの別の部屋で死亡していた。死因は不明。アマンダが「浅香」と呼ぶボディーガードをつけていたが、浅香は消息不明となっている。
生前は羽田浩司の大ファンで、アメリカの政府機関や捜査機関のFBI・CIAや日本の政府や警察庁に顔のきく資産家でアメリカ合衆国次期大統領候補であった。死の直前にチェスの駒にダイイングメッセージを残していた。
17年前、チェスの大会に来ていた羽田浩司とホテルで会っていた。ホテルに宿泊している際、アマンダの部屋へラムをはじめとする黒ずくめの男たちがやってきて、ラムが「組織が開発した毒薬」とする薬を取り出すと、アマンダは自ら服用して死亡するが、死の直前にはチェスの駒にダイイングメッセージを残す。
声 - 橋本晃一
コンピュータ会社「TOKIWA」の専務であり、主に最新ゲームのプログラムを担当するプログラマ。32歳。
穏やかな風貌に子供っぽい性格から、少年探偵団にも懐かれていた。好物はチョコレートで、人前でも平然とつまんだり、殺害される直前もチョコレートケーキを食べようとしていた。
黒ずくめの組織に関与していた時期があり、裏切って重要なデータを持ち去ろうとしていたが、同時期に発生した殺人事件のターゲットとなっており、その混乱に乗じて自宅へ踏み込んできたジンによって射殺された。なお、データはそれに際して自宅内のPCから消去されたうえ、その後にツインタワー内のTOKIWAのメインコンピュータもデータの流出を防ぐため、ウォッカによって爆破された。
殺害される寸前には、犯人を指し示すダイイング・メッセージ(銀をローマ字表記にしたGINを英語読みにするとジン)としてそばにあった銀色のナイフを手に握り締めていたが、ジンはこれを「ナイフで銃に抵抗する気」と解釈したため、その真意に気づけなかった。一方、コナンはその真意に気づいたが、組織とは無関係に原を殺害する予定だった如月 峰水(きさらぎ ほうすい、声 - 永井一郎)によって現場を偽装されていたことと、「ジン」というコードネームが本名でもなく酒の名前でしかないことから、警察の捜査にこれ以上の進展は望めないといった理由を挙げ、この件での追跡を断念した。
名前の由来は林原めぐみ、山崎和佳奈、神谷明から。
漆黒の追跡者
声 - カート・コモン
CSISから組織に潜入していた男性捜査官。
NOCリストを盗み見たキュラソーの報告で正体が露見し、トロントのCNタワーで観光ガイドをしていた際にキャンティによって射殺される。
声 - 廣田行生
コンピュータのプログラム関係の取引を行っていた構成員。地位はウォッカと同格。
口ひげをはやした身長2メートルを超す大男で、関西弁で話す。
コナンに発信機を靴底へ取り付けられてもそのことに気づかないまま彼を蹴り飛ばす、後述の爆弾の入ったカバンにすりかわったことに気づかないなど、粗暴な性格で抜けた一面を持つ。その容姿と服装からかなり目立っていたようで、取引現場付近にいた複数の第三者に覚えられていた。
物語開始の2年前には、プログラマの板倉卓にあるプログラムを作れと強要していた。その後、ゲーム制作会社・満天堂で中島秀明と取引しようとしていたが、竹下 裕信(たけした ひろのぶ、声 - 堀川仁)が中島を殺害する目的で用意していた爆弾入りのカバンを間違って受け取ってしまい、トイレでカバンを開けた途端に爆弾が起動したために爆死した。爆撃をまともに受けたことから、遺体は損壊が激しく、身分を証明するものも発見されなかったため、身元の判別が不可能とされた。なお、死後はウォッカが板倉への任務を引き継いでいる。