水上バス
東京都 隅田川:東京都公園協会(東京水辺ライン)、東京都観光汽船 荒川:東京都公園協会(東京水辺ライン)、海洋商船(荒川水上バス、2003年廃止) 東京港:東京都公園協会(東京水辺ライン)、東京都観光汽船、アーバンランチ
横浜市 - 横浜港:ポートサービス、京浜フェリーボート
新潟市 - 信濃川:信濃川ウォーターシャトル、マリン商事
静岡市 - 清水港:富士山清水港クルーズ
名古屋市 - 名古屋港:東山ガーデン(名古屋港トリトンライン)
志摩市 - 英虞湾:志摩マリンレジャー(あご湾定期船)
大阪市 大阪港:大阪水上バス 大川(旧淀川):大阪水上バス
神戸市 - 神戸港
須崎市 - 浦ノ内湾:須崎市営巡航船
福岡市 - 那珂川:「福博みなとであい船」(2011年3月27日〜)(2010年に試験運行)
対馬市 - 浅茅湾:対馬市営渡海船
那覇市(泊ふ頭) - 名護漁港 - 本部渡久地港:第一マリンサービス(高速船・海からぐるっとExpress)