種痘所
安政5年正月、老中堀田正睦から許可が下り、伊東・戸塚・箕作・林洞海・石井宗謙・大槻俊斎・杉田玄端・手塚良仙・三宅艮斎ら蘭方医83名の資金拠出により、同年5月7日、神田松枝町(現・東京都千代田区神田岩本町2丁目)の川路聖謨の屋敷内に「お玉が池種痘所」が設立された。この種痘所は11月に火災で類焼するが、伊東玄朴宅と大槻俊斎宅を仮所として種痘は継続され、翌年9月に別な場所に再建された。この再建の際、三宅艮斎の依頼を受けた濱口梧陵が建築資金として3百両、機材代として四百両という大金を寄贈している。こののち幕府直轄とされ「西洋医学所」(東京大学医学部の前身)と改名し、種痘は同施設の一部門となる。医学所初代頭取は大槻俊斎。大槻の死後、伊東玄朴らが緒方洪庵を推薦し、幕府の強い要請に応えて、緒方が大阪から上京して頭取に就任。文久3年2月に医学所と改称。同年6月の緒方の死後、7月から松本良順が頭取となった。慶応4年、新政府軍の江戸開城および幕府が機能停止する。頭取の松本良順が旧幕府軍と共に奥州に去ったため、林洞海が頭取となって種痘は続けられた。
上野国(群馬県)舘林では長澤理玄が江戸に上り1849年(嘉永2年)に桑田立斎の弟子となり、1851年(嘉永4年)に種痘法を持ち帰ったが、藩主秋元志朝の命を受けてなお、皆は種痘を受けることを恐れた。理玄は普及を急き焦り、親の承諾も得ずに通りすがりの子供に施術するなどして益々反対派を増やしてしまった。