六角川
強制排水された内水はそのまま河川の流量に上乗せされるため水位を上昇させ、場合により破堤の引き金となることが考えられる。更に、特に満潮に近い時間帯は潮により水位が底上げされており余裕度が小さくなる。東海豪雨における反省から国土交通省が設定したルールを基に行政と地元が協議を行い、2006年6月に武雄河川事務所がポンプ運転調整方針を策定した。
ポンプ運転調整方針に基づき、各排水機場そばの水位あるいは基準地点(六角川:新橋、牛津川:砥川大橋)より上流では基準地点の水位が計画高水位(HWL)を超過した場合、また破堤・越水の恐れがある場合にポンプを停止し、再開は河川事務所が雨や潮位の状況を鑑みて増水の恐れがなくなったと判断してから行う。より悪い状態(河川の氾濫)を招かないためとはいえ、ポンプ停止の間は逃げ場を失った内水により浸水が速まり被害に拍車をかける側面がある。なお策定から2021年8月までの時点では、2009年7月、2012年7月、2018年7月、2019年8月、2021年8月の大雨の際運転調整が行われている。
中~下流は浸水の常襲地帯だが、超低勾配であり長い感潮域を持つため、下流域の多くは内水をポンプで強制排水しなければならない。特に、大雨が潮位の高い時間帯(満潮前後や台風等による上昇時)に重なると水位が上昇しやすく、内水停滞による浸水の被害を解消するまでには至っていない。
かつての六角川はしばしば破堤氾濫を起こしてきた。六角川本川の両岸に限って(牛津川を除いて)も、1953年(昭和28年)6月、1967年(昭和42年)7月、1980年(昭和55年)8月、1990年(平成2年)7月などに洪水被害が発生している。1953年の洪水は本川上流部で氾濫の後、現武雄市の潮見、大日付近の数か所で破堤して東に拡大、牛津川の洪水と合流し広い範囲を数日間浸水させた。1980年と1990年にはいずれも、武雄市橘町や北方町で破堤・越水が起こり、武雄市東部から北方町、大町町、江北町、白石町、福富町、芦刈町、牛津町に亘る平野部の広範囲が浸水した。1980年は河川からの洪水、1990年は洪水に内水停滞が加わる形。1990年の被害は、流域合計で死者1名、家屋の床上浸水約3,000戸、床下浸水約5,700戸、浸水面積約1万haに上り、河口の住ノ江橋における推定流量約2,200m/sは戦後最大となっている(2020年時点)。
昭和初期から県の事業として築堤や川底の浚渫が行われた。1966年(昭和41年)に一級河川に指定されるが、その8年前から国庫補助のある直轄事業として堤防改良、川幅拡幅の整備が進められた。その後、1980年(昭和55年)の洪水被害後は国の”河川激甚災害対策特別緊急事業”(激特)指定を受けて計画高水位までの無堤箇所を解消したが、1990年再びの洪水被害を受けて2度目の激特指定、拡幅や排水機場増強、牛津川中流に牟田辺遊水地建設が行われた。
牛津川合流点より下流には河口干潟があり、有明海の干潟と連続している。また海水が遡上する感潮域には、遡上に伴い厚く堆積する浮泥(ガタ土)がみられる。
小城市芦刈町には干潟体験場・生き物観察場があり、この付近を含めた河口堰から河口までの約4kmの区間が、県によりムツゴロウ・シオマネキの採捕を禁じる保護区に指定されている。
潮の満ち引きに伴う水流や水位の変化を利用した水運が近代まで行われていた。国内石炭産業の最盛期(昭和20年代後半)は、大町町の土場口から下流は杵島炭鉱から産出した石炭を河口近くの住ノ江港まで運ぶ運炭船で賑わっていた。現代は河口沖合の有明海で海苔養殖が盛ん。