選択毒性
『沈黙の春』に警告されたように、生態系の一部が破壊され全体に影響を及ぼしたり、あるいは生物ピラミッドの階層一つが消滅して、その上に位置する生物の生存が脅かされたりなどと言った懸念が存在する。
また、直接的な個体生命活動への影響ではなく、特定の種のありようが全く変化してしまうという影響が懸念される物質として、内分泌攪乱化学物質(いわゆる「環境ホルモン」)が存在する。これらは直接生存を脅かすものではないが、生殖など生物の基本的活動に影響するなどして、絶滅を促す可能性が危惧されている。なおこのホルモンに似た働きをすると考えられている物質は、ホルモンが生物種によって様々な化合物が利用されている関係で、特定の種にのみ強く影響が現れることも指摘されており、原因物質の存在が気付かれにくく、事態が深刻になってはじめて影響が認識される可能性も併せて社会問題にもあげられている。