ディプロモナス
ディプロモナス類の細胞は、核とそれに付随する2対4個の基底小体 (basal body) および鞭毛から成る、カリオマスティゴント(karyomastigont、核鞭毛系)という構造を特徴としている。カリオマスティゴントの鞭毛のうち1本は常に後方へ延びていて、たいていは細胞口 (cytostome) と関係している。また基底小体のうち1つは核の窪みに収まっている。このようなカリオマスティゴントが1細胞中に2つ左右対称になったものが典型的なディプロモナス類であるが、普通は1つのカリオマスティゴントが単独で個体となっているエンテロモナス類もここに含める。
細胞の形は様々で、大きさは数μm程度から大きいものでは10μmを超えるものもある。鞭毛は8本のものが多いが、エンテロモナス類では4本かもっと少ない。典型的なミトコンドリアを欠いているが、マイトソームと呼ばれる痕跡的なオルガネラが存在する。ゴルジ体も常にあるわけではなく、生活環の一時期だけで発達する。