修飾塩基
メチル化...1個あるいはそれ以上のメチル基がヌクレオシドや糖の部分に結合する。例として7-メチルグアノシン、リボチミジンなど。
塩基の再構成...プリン、ピリミジン環中の原子交換。例としてシュードウリジンなど。
二重結合の飽和...塩基の二重結合が単結合になる。例としてジヒドロウリジンなど。
脱アミノ化...アミノ基が除去される。例としてイノシンなど。
硫黄やセレンへの置換...ウリジン、シチジンなどの酸素原子が硫黄に置換される。例として4-チオウリジンなど。
更に複雑な基の追加...例としてキューオシンなど。