チャガタイ・ハン国
1361年の遠征の後、トゥグルク・ティムールは有力なチャガタイ・アミールを処刑し、危機感を抱いたティムールはカザガンの孫アミール・フサインと同盟し、モグーリスタンと決別する。1364年にティムールとフサインの連合軍はトゥグルク・ティムールの跡を継いだイリヤス・ホージャの軍隊をシル川以北の地域に追放し、チャガタイ家のカブール・シャーを君主に擁立して実権を握った。
フサインと決別したティムールは彼が立て篭もるバルフを陥落させ、フサインとともに彼が傀儡のハンに擁立したアーディル・スルターンが処刑される。1370年にティムール朝を創始したティムールはダーニシュマンドの子である配下の将軍ソユルガトミシュを傀儡のハンに擁立し、形式上はティムールや王子の命令はハンの名前によって発布されていた。1388年にソユルガトミシュは病没し、ティムールは彼の子であるスルターン・マフムードをハンに擁立するが、1402年にマフムードが没した後にティムールは新たなハンを立てなかった。ティムール死後の内乱で王位を要求したハリール・スルタンはティムールの曾孫でチンギス・カンの血を引くムハンマド・ジャハーンギールを傀儡のハンとして、彼の名前で勅令を発布し、ティムールの後継者としての地位を主張した。シャー・ルフの治世にサマルカンドを統治した王子ウルグ・ベクは再びチンギス家の人間を傀儡のハンに据えた。ウルグ・ベク時代のハンは「ハンの囲い」と呼ばれる一室に軟禁され、モグーリスタン王家のサトク・ハンのほかは名前も知られていない。
モンゴル人の支配下で中央アジアのウラマー(イスラームの知識人)は権威を喪失し、代わってスーフィー(神秘主義者)が定住民と支配者の仲介者の役割を担うようになった。チャガタイ家の王族の改宗にはスーフィズムの思想が関与し、スーフィーが王族の改宗に大きな役割を果たした伝承が残されている。中央アジアで活動するスーフィー教団のナクシュバンディー教団の指導者であるバハーアッディーン・ナクシュバンド(1318年 - 1389年)は、前半生をチャガタイ・ハン国の混乱期で過ごしたと考えられている。
1330年代にタルマシリンに対して反乱を起こしたウルス東部では、タルマシリンのイスラム教信仰への反動のため、ネストリウス派、フランシスコ会などの キリスト教の活動が盛んになった。1338年に教皇ベネディクトゥス12世はリシャール・ド・ブルゴーニュをアルマリク司教に任命するが、1339年/40年にイリ地方のイスラム教徒の暴動によってリシャールらフランシスコ会士は殺害される。やがてアルマリクのキリスト教勢力は衰退し、古くからイリ地方に居住していたネストリウス派の信者はティムールによって弾圧される。
14世紀前半のチャガタイ・ハン国では王族のテュルク化、イスラーム化、定住化が徐々に進行していき、1340年代にチャガタイ・ハン国は東西に分裂する。ハン国西部のマー・ワラー・アンナフル方面のモンゴル人は都市生活・イスラム社会に深く関わるようになっていたが、ハン国東部のセミレチエ地方のモンゴル人は遊牧生活・伝統的な習慣を保持し、双方の社会的・文化的差異は大きくなっていた。正統の後継者を自負する西チャガタイ・ハン国(ブルガリア語版、wikidata)の人間は「チャガタイ」と名乗り、東チャガタイ・ハン国の人間を盗賊を意味する「ジェテ」と呼んで蔑んだ。一方、東チャガタイ・ハン国の人間はペルシア語で「モンゴル」を意味する「モグール」を自称して遊牧民の純粋な伝統を守る者としての誇りを持ち、定住社会に馴染んでいく西チャガタイ・ハン国の人間を「カラウナス(混血児)」と呼んだ。
テュルク・イスラーム化が進んだチャガタイ・ウルス西部のモンゴル族は「チャガタイ族」と呼ばれるようになる。ケベクの治世からウルス西部のマー・ワラー・アンナフルではアミールの土地所有が進展し、中央集権化を図るハンと地方支配を固めようとする封建的アミールの対立が徐々に表れるようになったと考えられている。1340年代にウルスの当主となったカザンは非ドゥア一門出身の王族であり、1346年にカルシ郊外でカラウナス集団を率いる有力者カザガンとの戦闘に敗れて落命する。
チャガタイは領民に伝統的なモンゴルの法律(ヤサ)の遵守を徹底していたため、イスラム法と背反するヤサの適用に領内のイスラム教徒は不満を抱いていたと言われている。オゴデイはイスラム教徒が受ける苦痛を極力和らげるように努め、チャガタイは早期にイスラム教徒のハバシュ・アーミドを宰相として重用していたため、彼がイスラム教徒に強い敵意を抱いていたという観点には疑問が持たれている。ヤサの遵守を迫るモンゴル人支配者に対して、イスラム教徒は支配者の改宗という方法で状況を改善しようと試みた。イェス・モンケの宰相バハーアッディーン・マルギーナーニーはイスラム教徒を保護し、彼の邸宅が文人のサロンになっていたと言われているイェス・モンケの死後にウルスの統治者となったオルガナは熱心な仏教徒であったが、イスラム教を保護したと伝えられている。
チャガタイ王家の改宗には長い時間を要し、1266年にイスラム教徒のムバーラク・シャーが即位するが、同年にバラクによって廃位される。1270年/71年にバラクはイスラム教に改宗したと言われ、1326年に即位したタルマシリンはドゥア一門の中で最初に改宗した君主とされている。