Clustal
クラスタリングが近隣結合法に変更され、多重整列にも配列ごとに重み付けを行うなど様々な改良が施されている。以後継続的にチューニングが施され続けている。
1997年、ThompsonによってGUI版のClustal Xが公表される。GUIツールキットとしてNCBIのvibrant toolboxを使用しており、X Window System・Macintosh・Microsoft Windowsで利用できる。多重整列された配列をウィンドウシステムによってスクロールしながら調べることができ、低クオリティ領域をマークしてそこだけ整列し直すようなことが可能になった。
2007年、LarkinによってClustal WおよびClustal Xのバージョン2.0が公表される。これはC++によって書き直されており、これによりClustal XはツールキットとしてQtを利用するように変更された。機能面での進歩は大きくなく、クラスタリングのアルゴリズムとして非加重結合法を選べるようになったことと、配列を一旦取り除いてから再度整列し直すことで結果を改善する機能が追加されたのみである。