分島問題
2か月余り続いた琉球問題と条約改正に関する日清間の交渉は、厳重に秘密が守られたために交渉経過は日清の当事者以外にはほぼ外部には伝わらなかった。一方、毛精長、蔡大鼎、林世功らの脱清人らは総理衙門の恭親王奕訢らに琉球王国復活、琉球国王の復国を主旨とした琉球救援の嘆願を繰り返していた。
交渉途中の1880年9月初旬の時点で、清側は分割案に対する琉球人の意向を確認する必要に迫られた。そこで総理衙門は何如璋に東京に在住するようになった尚泰とその側近に、旧琉球王族の構成と宮古列島と八重山列島に琉球王国を復活させる案に対する賛否の確認を要請した。確認の結果、尚泰の親族の現状把握と、尚泰としては宮古列島と八重山列島に琉球王国を復活させる案には反対である意向を確認した。何如璋は尚泰の反対意見は、狭くかつ貧しく、琉球王国時代、行政組織も未整備であった宮古列島と八重山列島に琉球王国を復活させたところで、地元民に受け入れられて国が維持できるのかどうか危ぶんだからだと推測している。
何如璋から尚泰とその側近に対して、宮古列島と八重山列島に琉球王国を復活させる案についての打診があった話は、東京在住の琉球人に瞬く間に広まり激しい議論が沸き起こった。9月末には北京の琉球人にも琉球諸島分割案が伝わり、毛精長らは早速、そもそも狭くかつ貧しい琉球諸島を分割したところで国として成立し難く、琉球分島案は琉球王国滅亡と何ら変わりがないとの請願書を総理衙門に提出した。
前述のように日清間の交渉過程の後半で焦点となったのが、清が宮古列島と八重山列島に琉球王国を復活させる際に冊立する国王のことであった。日本側が尚氏の引き渡しを拒み、向徳宏の冊立を示唆したことにより、向徳宏を庇護している李鴻章が調整に当たることとなった。
また李鴻章は総理衙門が諸外国を巻きこんだ形での外交交渉の席での問題解決を唱えたことを受けて、各国とともに問題解決を図ること自体は一つの方法としてありとした上で、仲裁にかこつけて諸外国が清に対して様々な要求を突き付けてくる可能性を指摘した。
総理衙門は1879年5月12日に琉球処分は日清間の信頼関係を損ね、日清修好条規に違反するとの抗議を行った。日本側からは8月2日に反論の回答が送られ、それに対する総理衙門の再反論が8月22日に日本側に送付された。
駐日公使の何如璋も寺島宗則外務卿に5月20日、琉球問題について日清間で協議中であったのにもかかわらず、琉球処分を断行したことは承服しがたいとの抗議を行った。日本側にとってみれば琉球問題はもはや内政問題であり、寺島外務卿は前年1878年10月8日付の何如璋の抗議文を問題とした。何如璋が1878年10月8日付で外務省宛に送付した、日本政府が琉球に対して行った朝貢禁止等の措置を激しく非難した文章に対して、日本側は内容が無礼であり日清両国の友好に反すると判断した。そのため問題の文章について謝罪が無い限り琉球問題に関しての協議には一切応じられないとする対応を取っていたが、何如璋からの琉球処分に対する抗議も引き続きやはり門前払いをしたのである。日清間の交渉が暗礁に乗り上げたかに見えた中、アメリカ前大統領のグラントが世界周遊の過程で日清両国を訪問し、琉球帰属問題の調停に乗り出すことになる。
ただし琉球処分によって、いったん日本領となった地を清に見返り無しで引き渡すのは日本の威信にも関わる事態であるため、日清修好条規の改定をセットとして清に要求する方針となった。1880年3月4日、井上馨外務卿は太政官に、琉球諸島の日清両国での分割と日清修好条規の改定をセットで行う「分島改約」の方針を説明した。井上外務卿は当時、清がその対応に苦慮していた対ロシアとの外交課題であるイリ問題を利用して、日本に有利な情勢を利用して強気で交渉に臨む意向であった。
琉球処分の前後、日清間の交渉が暗礁に乗り上げている期間も、日本側は非公式に竹添進一郎を派遣して李鴻章との交渉に当たらせていた。竹添は李鴻章との秘密交渉の他に、向徳宏ら脱清人の動向を探る任務も担っていた。井上外務卿は清側との正式交渉開始前に改めて竹添を清に派遣し、李鴻章と予備交渉に当たらせることとした。そして北京駐在の宍戸公使に対しては、清側との交渉方針について説明した上で、竹添による予備交渉の後に総理衙門との本交渉へと移るよう指示を出した。
グラントによる調停に沿った形で琉球問題解決のための日清間の交渉が開始されたことで、琉球問題は日清間の二国間の問題という枠組みが確定し、交渉の場から琉球自体は排除された。その結果として琉球と諸外国との間に締結され、琉球が外交権を所持していたことを示し、独立性を証明する一つの根拠となっていた琉米修好条約、琉仏修好条約、琉蘭修好条約の3条約は、事実上価値を失った。