連合艦隊
北東方面艦隊(1943年8月5日新編~1944年12月5日解隊) 第五艦隊(二代)(1943年8月5日~1944年12月5日南西方面艦隊隷下へ) 第十二航空艦隊(1943年8月5日~1944年12月5日連合艦隊直轄へ)
中部太平洋方面艦隊(1944年3月4日新編~1944年7月8日解隊) 第四艦隊(三代)(1944年3月4日~1944年7月8日連合艦隊直轄へ) 第十四航空艦隊(1944年3月4日新編~1944年7月18日解隊)
南東方面艦隊(1942年12月24日新編~1945年5月29日大本営直轄へ) 第八艦隊(1942年12月24日~終戦) 第九艦隊(1943年11月15日~1944年3月25日南西方面艦隊隷下へ) 第十一航空艦隊(1942年12月24日~終戦)
南西方面艦隊(1942年4月10日新編~1945年5月29日大本営直轄へ) 第一南遣艦隊(1942年4月10日~1945年2月5日第十方面艦隊隷下へ) 第二南遣艦隊(1942年4月10日~1945年2月5日第十方面艦隊隷下へ) 第三南遣艦隊(1942年4月10日~終戦) 第四南遣艦隊(1943年11月30日新編~1945年3月10日解隊) 第五艦隊(二代)(1944年12月15日~1945年2月5日解隊) 第九艦隊(1944年3月25日~1944年7月10日解隊) 第一航空艦隊(二代)(1944年8月10日~1945年5月8日連合艦隊直轄へ) 第十三航空艦隊(1943年9月20日新編~1945年2月5日第十方面艦隊隷下へ)
第十方面艦隊(1945年2月5日新編~終戦) 第一南遣艦隊(1945年2月5日~終戦) 第二南遣艦隊(1945年2月5日~終戦) 第十三航空艦隊(1945年2月5日~終戦)
海上自衛隊には連合艦隊に相当する機動運用部隊として自衛艦隊があり、自衛艦隊司令官の指揮下に護衛艦隊(4個護衛隊群基幹)・航空集団・潜水艦隊・掃海隊群・情報業務群・海洋業務群・開発隊群・その他の実動部隊で編成されている。