阿波丸事件
また、スズ・タングステン・アルミニウムなどの地金5,000トン以上、生ゴム2,000トン以上、重油及びガソリン2,500トンという大量の軍需資源が船倉に収められた。アメリカ軍は暗号解読で日本側の工作を知り、航空偵察で阿波丸が物資を大量に積んで喫水が深くなった状態であることも把握していた。アメリカ太平洋潜水艦隊司令官のチャールズ・A・ロックウッド中将は、チェスター・ニミッツ大将に攻撃許可を要請したが、返答は届かなかった。
1945年4月1日午後10時頃、阿波丸は沖縄戦勃発の影響で、予定針路を変更して台湾海峡に進入、平潭県の牛山島(中国語版)付近を航行していたところ、クイーンフィッシュのレーダーに探知された。クイーンフィッシュは潜望鏡による目視確認を行わないまま、レーダー照準で攻撃を開始。およそ50秒後に阿波丸へ魚雷3本(4本との説もあり)が命中し、ほとんど一瞬で沈没した。約10分後に戦果確認のため浮上したクイーンフィッシュは無数の人が漂流物に混じって泳いでいるのを発見し、うち船員1人を収容した。クイーンフィッシュの報告によれば、他の漂流者はいずれも救助されるのを拒んだという。クイーンフィッシュに収容された1人を除く、2,003-2,129人全員が死亡した。
攻撃までの経緯は不明な点が多いが、既述のように阿波丸への軍需物資積載を確認したアメリカ太平洋潜水艦隊司令官のロックウッド少将は、阿波丸を正当な攻撃目標として、ニミッツ大将に攻撃許可を要請している。ロックウッド少将はニミッツ大将の返答が届かなかったことを黙認と受け取った説もある。。
だが、攻撃禁止命令が下されたクイーンフィッシュには根拠地サイパンを出る際に禁止命令書が渡されていたが、一般書類に紛れて艦長の確認が遅れていた。しかも、阿波丸の位置情報を知らせる電報の伝達も遅れて間に合わなかった。通信の遅れは、いくつものセクションをまたがっての連絡であった上に、暗号解析されることを嫌ったアメリカ海軍が阿波丸の情報を得てから相当時間が経った後に平文であやふやな電報を送ったなどの原因が重なったためである。結果的に艦長は阿波丸に対する攻撃を敢行し撃沈してしまい、しかも標的が軍艦だと誤認して攻撃している。クイーンフィッシュのチャールズ・E・ラフリン艦長は「不注意」ということで軍法会議で有罪判決(戒告処分)を受けている。