アイルトン・セナ
初めてとなるカーナンバー1を付けてシーズンに挑み、予選では前年同様13度のPPを獲得。特に第5戦アメリカGPでの通算34度目のPPは、それまでジム・クラークが保持していた当時の最多記録を、21年ぶりに更新するものであった。
決勝では第2戦サンマリノGPでシーズン初勝利となったが、このレースで「先に第1コーナーに進入した者がレースの主導権を得る」というプロストとの間での紳士協定に反し、赤旗中断を経た再スタート直後、2コーナーでプロストを抜いてしまう事件が発生。これ以後、前年に兆候があった2人の溝が深まり、チームは大きな問題を抱えることとなった。
その後セナは第4戦メキシコGPまで3連勝を記録しランキングトップに立つが、第5戦アメリカGPからは逆に4戦連続リタイヤ(終盤にストップした第6戦カナダGPは完走扱い)となり、セナの勝利時にも確実にポイントを積み重ねたプロストに、大きくリードを許すことになった。
それでも争いはシーズン終盤まで縺れたが、第15戦日本GPにおいて、トップ争いの中で両者はカシオシケインで接触。
予選ではプロストがPPを獲得し、セナは2番グリッド。決勝ではスタートで多重事故が発生、赤旗中断を経て再スタートとなった。再スタートでは、プロストがセナをアウト側に牽制、グリーンにはみ出しそうになったセナだが、プロストを抜き1コーナーでトップに立った。2周目のメインストレートで、プロストはセナに仕掛けるが、今度はセナがプロストをイン側の壁に幅寄せし、接触寸前となった。結局、プロストはセナを抜きそのまま優勝、セナはセッティングの失敗もあり、徐々に順位を下げ最終的に6位で終わった。
レース後プロストはセナを批判し、両者に確執が生まれるきっかけとなった。幅寄せは双方が行ったが、プロストはスピードの乗り切らないスタート直後であるのに対し、セナは完全にレーシングスピードで走行する2周目であった為、後年にはセナの行為だけが取り上げられるケースが多い。
2度の選手権王者となった1990年頃には、若手ドライバーへのアドバイスをしたり、レース中に無線で冗談まで言うようになっていた。1993年日本GPではセナが周回遅れにしようとしていたエディ・アーバインがセナに進路を譲らなかった一件で、レース後にアーバインに殴りかかる事件も起こった。アーバインは殴られたと公言しているが、これは1987年第3戦ベルギーGPでマンセルと殴りあったのとは違い、周囲の制止で思いとどまっている(詳細はエディ・アーバインを参照)。この一件では6か月の執行猶予付きで2戦出場停止処分を受けた。
ドライバーではないが、セナの現役時代にFIA会長を務めていたジャン=マリー・バレストルは、同じフランス人のプロストに露骨に肩入れした一方で、89年鈴鹿のシケインでの事件による失格裁定や、1990年のPPの位置を巡る争いなど、セナとは犬猿の仲で知られた。これらの構図は、慢性的にF1界を取り巻いてきた欧州封建の側面と対峙するかのようなセナの姿勢を印象付け、特に欧州圏外での熱狂的なファン獲得に繋がった要因とも言われている。
序盤のセナによる3度の優勝歴とロン・デニスの交渉により第9戦イギリスGPよりベネトンと同じ最新スペックのエンジンを手に入れることに成功したが、ベネトンは序盤戦に未搭載だったアクティブサスペンションやTCSなどハイテクを装備することで戦闘力が向上しており、セナの成績向上には至らなかった。第13戦イタリアGPでのリタイアによりセナはタイトル獲得の可能性が消滅し、続く第14戦ポルトガルGPでプロストのタイトルが決定した。このポルトガルGPでは、予選ではマイケル・アンドレッティに代わり同レースからチームメイトとなったハッキネンに敗れ、決勝ではリタイヤにより、表彰台未登壇の自身ワースト記録を更新(8戦連続)してしまう出来事もあった。
プロストの引退表明により直接対決が残り2戦となった第15戦日本GPおよび最終戦オーストラリアGP(後者はこの年初にしてウィリアムズ以外のチームでは唯一となるPPを獲得)では連勝を果たした。結果的にオーストラリアGPでの通算41勝目が自身最後のF1勝利となった。
同年シーズンオフにはプロスト、翌年からチームメイトとなる事が決まっていたデイモン・ヒル、そのほかアンドレア・デ・チェザリス、フィリップ・アリオー、ジョニー・ハーバートらと共にカート大会に参加、これが最後の「セナプロ対決」となった。
そして再スタートが切られた後の7周目(現地時間午後2時17分)、高速左コーナー「タンブレロ」において時速312kmでイン側を走行中に、3つ目の舗装の継ぎ目で突然不安定となりグリップを失ったままアウト側に向かい、そのまま直進してコースアウト、コース右脇のコンクリートウォールに激突(激突寸前、時速210km-220kmまで急減速していた)、マシンはボディー右側が大破し、セナは頭部に致命傷を負った。
セナは意識不明のままコース上に降りたヘリコプターでボローニャのマジョーレ病院に緊急搬送されたが、現地時間午後6時3分には脳死状態に陥り、事故発生から約4時間後の午後6時40分、34歳で帰らぬ人となった(以後、ジュール・ビアンキが2014年日本グランプリ決勝での事故により翌年死亡するまで20年間F1ドライバーの死亡事故は発生しなかった)。
事故直前の車載映像には、セナがシフトダウンしステアリングを左に切るものの、路面の舗装が変わる部分で突然車両がグリップを失い、そのままコンクリートウォールに激突する様子が記録されている。事故原因として当初疑われたパワーステアリング故障は否定された(コントロール喪失後もテレメトリーによる操舵トルクおよびパワーステアリング圧が持続していることから)。現在ではステアリングコラムが壊れた、またはわずかな路面の不整から車両が不安定となりコントロールを失ったことが原因と考えられているが、事故原因の確定的な結論には至っていない。
検死の結果、セナの死因はクラッシュ時にマシンの「サスペンションの一部が、ヘルメットを貫通した」ことであると結論付けられた。
セナの事故死はNHKをはじめとした各局でもニュースで速報で報じられた。またワイドショーでもセナ追悼の特集が組まれた。
「レインマスター」「雨のセナ」と呼ばれるなど、雨のレースを非常に得意としていた。しかし当初から得意だったわけではなく、「カートを始めたばかりの頃、ウェットレースで他のドライバーたちからあらゆる箇所で簡単に抜かれ、その悔しさからの鍛錬による」と本人が語っている。セナは、上記の出来事の後、サーキットに練習に行ってはコース上に水をまいて水浸しにし、ウェットで速く走れる術を研究したという。
得意とすることとは裏腹に、本人はあまり雨のレースが好きではないと発言している。これは同じくウェットレースが得意なことから「雨のナカジマ」と呼ばれた中嶋悟も同様である。
墓碑銘の「NADA PODE ME SEPARAR DO AMOR DE DEUS(神の愛より我を分かつものなし)」は「高いものも深いものも、その他どんな被造物も、わたしたちの主キリスト・イエスにおける神の愛から、わたしたちを引き離すことはできないのである(ローマ人への手紙8:39)」に因む。
ブラジル政府は、セナの命日に当たる5月1日を交通安全の日と制定。サンパウロ州政府は、サンパウロ市内からグアルーリョス国際空港を経てリオデジャネイロ方面へ伸びる道路のひとつで、かつて「トラバリャドーレス」と呼ばれた州道70号線を、「アイルトン・セナ高速道路」 (Rodovia Ayrton Senna) に名称変更し、故人を祈念した。その他、リオデジャネイロ市がネルソン・ピケ・サーキットにアクセスする道路の一つをセナの名に改称。サンパウロ地下鉄では、彼が生まれ育った地域にある駅名「ジャルジン・サンパウロ駅」に彼の名前を付けて変更を行う(Estação Jardim São Paulo-Ayrton Senna)など、他のブラジル国内の偉人に並んで、セナの名を冠した道路やサーキットなどが各地で生まれ偲ばれている。
また、同年に行われた1994 FIFAワールドカップではサッカーブラジル代表が1994 FIFAワールドカップ・決勝で4度目の優勝を果たし、「SENNA...ACELERAMOS JUNTOS, O TETRA É NOSSO!」(セナ、共に走ろう。4度目の優勝は我々のものだ)という横断幕を掲げた。
「予選」と「雨」に強さを見せた一方で、車体下面・後方から立ち上がる火花などからマシンのレギュレーション違反が疑われて検査がなされたり(違反項目は見つからず)、ダーティーな走りが問題にされる一面もあった。特に第4戦モナコGP予選では、他者のタイムアタックを妨害したとしてアルボレート、ニキ・ラウダらに苦言を呈され、後にセナが謝罪する事態となった。
シーズン終了後にはデ・アンジェリスがブラバムに移籍し、ロータスのチームマネージャーであるピーター・ウォーはその後継ドライバーとしてデレック・ワーウィックを加入させたいと考えていたが、セナはこれに反対し「チームの資金を補うために1カー体制にすべき」と希望していた。イギリスのチームであるロータスに同国籍のワーウィックが加入した場合に、チーム内での自分の立場が危うくなると感じての行動であったという説もあった。結局後継のドライバーはF1ルーキーのジョニー・ダンフリーズとなった。
予選ではタイムが伸びずに4番グリッド、決勝でもスタートに失敗し6位まで転落する。更にはパンクにより想定外のタイヤ交換を余儀なくされ、22周目にピットアウトした際には、11位まで順位を下げていた。ここから追い上げを見せ、最終的には優勝したブーツェンと0.288秒差の2位でフィニッシュした。しかし追い上げの過程の中で、64周目のシケインで2位のナニーニを弾き飛ばし、リタイヤに追い込んでいた。レース後、ナニーニは直接セナを批判するコメントをしなかったが、「今日のことは忘れない」と語った。
このGPでは、チームメイトのベルガーも、同じシケインでマンセルを弾き飛ばす場面があり、マクラーレン勢の行為が揃って物議を醸すこととなった。