上野金太郎 (薬学者)
父・銈三郎(東京府士族)
姉・ぎん(1862年 - ?、愛媛士族、穂積重頴の妻) - 法学者の穂積陳重や穂積八束は穂積重頴の弟である。
妻 せん(1873年 - ?、愛知、外波内蔵吉の妹) フミ(1885年 - ?、大分、阿南惟一の孫)
男・幸男(1896年 - ?)
養子(愛知、井伊吉次郎の孫、1922年 - )
長女・きぬ(1899年 - ?、愛知県人・井伊吉次郎の長男で日本勧業銀行員・鉦太郎の妻)
二女・あや(1902年 - ?、石川県人・井上茂の長男で営繕管財局技師・一之の妻)
三女・紀(1904年 - ?、山形県人・相良守一の長男で第一高等学校教授・守峰の妻)
四女・博(1907年 - ?、海軍軍医総監石黒宇宙治の三男で東京工業試験所技師・宰三の妻、分家し上野を称す)