舞鶴港
しかし一方、航路の安定化は舞鶴港に課題ともなっている。先述のTSCS航路はソ連崩壊やロシア経済の混乱などにより日ロ貿易自体が激減。舞鶴港でも木材製品のコンテナ化など試行されたが抜本的な解決方法とはなれず、1997年(平成9年)に航路休止に追い込まれている。
2007年以降は、ロシア政府が北洋材の輸出関税を段階的に引き上げたため輸入量が激減した。
中国航路と韓国航路は比較的安定して航路を維持しているが、韓国航路が一時週2便(2006年-2007年)に増便されたものの、原油高などにより再び週1便となった。しかし2013年(平成25年)5月には長錦商船による舞鶴寄港が開始され、再び週2便となった。
2015年にはDBSクルーズフェリーが舞鶴寄港を開始し、韓国航路が週3便に増便となり、2019年(令和元年)には高麗海運の定期航路が復活、韓国航路が週4便となった。2020年(令和2年)9月には韓国中堅海運会社のドゥウォン商船により韓国浦項とロシア・ウラジオストクを結ぶ貨客定期フェリー航路(新型コロナウイルスの影響により当面は貨物のみ)が開設されるなど、航路数及び取扱貨物量が増加傾向である。