公訴時効
米国では、連邦法により死刑に当たる罪は公訴時効がない。しかし、それ以外の罪については、テロ犯罪、未成年者への犯罪などの例外を除き、一律 5年で連邦法上の公訴時効を迎える。
連邦法では性犯罪に限り、事件現場に残されている犯人のDNAに人格権を与えて起訴するDNA起訴ジョン・ドウ起訴が導入されており、「人格があるとみなされたDNA」が起訴された場合は時効が停止する。
時の経過とともに証拠物(凶器、写真などの物的証拠)が散逸し、または経年劣化による腐敗で長期間の保存と事実認定が困難になり、適正な審理ができなくなることを防止するため公訴権が消滅する点に本質があるとする説である。
この説に対しては、証拠が十分に存在する場合にも一律に公訴権が消滅することの説明がつかないという批判(i)がある。DNA型鑑定などの科学技術が飛躍的に向上したことにより、証拠の長期保全が可能になったことが批判の背景にある。また、刑事訴訟法250条が法定刑の重さにより時効期間に差を設けていることを説明しきれていないという批判(ii)がある。
しかし、批判(i)に対しては、長期に保存可能な証拠が存在しても、この証拠と犯罪事実との関係性や故意の認定については、結局、他の証拠に頼らざるを得ず、時の経過による事実認定の困難性は解決できるものではなく、また、科学技術が向上したとしても被告人に有利な証拠(アリバイなど)や無罪証拠は散逸を免れず、誤判の恐れに変わりはないという反論がある。
2010年(平成22年)4月27日に公布・施行された新法(刑法及び刑事訴訟法の一部を改正する法律(平成22年法律第26号))には、経過措置が定められている(同法附則3条)。この経過措置によれば、改正後の刑事訴訟法250条の規定は「この法律の施行の際既にその公訴の時効が完成している罪については、適用しない。」とし(附則3条1項)、改正後の刑事訴訟法250条1項の規定は「刑法等の一部を改正する法律(平成16年法律第156号)附則第3条第2項の規定にかかわらず、同法の施行前に犯した人を死亡させた罪であって禁錮以上の刑に当たるもので、この法律の施行の際その公訴の時効が完成していないものについても、適用する。」とされ(附則3条2項)、人を死亡させた罪であって禁錮以上の刑に当たるもので2010年(平成22年)4月27日までに公訴時効が完成していない罪については、すべて新法が適用されることとなる。公訴時効の延長や廃止する規定について、法の不遡及(憲法第39条)に違反するという指摘もあったが、上野市ビジネスホテル従業員強盗殺人事件に関する2015年12月3日の最高裁判決では「時効撤廃は憲法で禁止された違法性の評価や責任の重さをさかのぼって変更するものではなく、被疑者や被告人になる可能性のある人物のすでに生じていた法律上の地位を著しく不安定にする改正ではない」として合法とする判決を出している。
日本では公訴時効は刑事訴訟法250条に定められている。
公訴時効の起算点は、基本的に犯罪行為が終わった時(結果犯についてはその結果が生じた時)である(後述「公訴時効の起算点」参照)。
刑法第31条から第34条の2までに規定する「刑の時効」は、「刑の言渡しを受けた者」が、当該条文にある期間の経過により、その執行が免除される規定であり、公訴時効とは制度的に異なる。また親告罪の告訴期間(告訴権者ごとに犯人を知った日から6ヶ月以内)とも制度的に異なる。
なお、刑事上の公訴時効と民事上の消滅時効は異なるため、公訴時効が完成した犯罪行為(業務上過失致死など)について、民事上の不法行為による賠償責任を追及することが可能な場合もある。
誤起訴により真犯人ではない者が起訴された場合
真犯人ではない者が起訴された場合、真犯人について公訴時効が停止するか否かという問題がある。真犯人について共犯者と扱い刑事訴訟法第254条2項を根拠に公訴時効は犯罪事実の範囲で及ぶとする肯定説がある。これに対して、公訴の効力は人的に可分であるのが原則として(刑事訴訟法第249条参照)、公訴時効の停止も起訴状記載の被告人にのみ及ぶため、真犯人については公訴時効が停止しないとする否定説が有力説として存在する。実際の議論としては受刑者への無罪判決が言い渡された足利事件でジャーナリストが追っている真犯人に関して議論がある。
訴因変更がなされた場合
適法に起訴された後、訴因変更により新訴因の罪名では公訴時効期間を経過している状態となった場合、裁判所は免訴判決をすべきか否かという問題がある。この点につき、公訴事実の同一性の範囲内で一事不再理効が認められるため、その範囲で時効を停止させ訴因変更の可能性を残すべきであるとして、当初の起訴により公訴事実の同一性の範囲内にある事実については時効が停止するという判例が存在する。
殺人罪などに時効が存在した当時、無罪や再審無罪が確定した時には既に公訴時効が成立していることが多く、その後再捜査は行われなかったり、真犯人が判明したとしても、罪に問えない場合もあった。しかし、2010年4月27日に公布・施行された改正刑事訴訟法により、この時点で時効が成立していない1995年4月27日以降に発生した殺人事件の時効が撤廃された。これにより、1997年発生の東電OL殺人事件も時効撤廃の対象となり、殺人罪での時効撤廃を受けて、再審無罪になった事件で再捜査が行われる初めてのケースとなった。