花の御所
また、1382年には花の御所の近くに相国寺(北緯35度1分59秒 東経135度45分43.7秒 / 北緯35.03306度 東経135.762139度 / 35.03306; 135.762139 (相国寺(1382年~)))が創建され、三条坊門第の側にあった等持寺と並んで足利氏の菩提寺としての役割を果たした。
庭内には鴨川から水を引き、各地の守護大名から献上された四季折々の花木を配置したと伝わり、「花の御所」と呼ばれた。義満はここに後円融天皇や関白二条師嗣などを招いて詩歌や蹴鞠の会などを催した。
1394年に将軍職を息子の足利義持に譲ると、義満はここから新築した北山第(現鹿苑寺)へ移る。義満と不和であったとされる義持は義満の死後に元の三条坊門第を再興したが、6代将軍の足利義教が1431年再び花の御所に住んだ。8代将軍足利義政は将軍就任以前からの居所であった烏丸第を利用していたものの、後に長禄・寛正の飢饉の最中に花の御所を大改築して1459年に移り住んだ。応仁の乱が始まると、後花園上皇と後土御門天皇が戦火を避けて花の御所に避難したために、急遽仮の内裏としての設備が整備されて天皇と将軍が同じ邸内で同居する事態となったが、その御所も1476年には戦火で焼失する。その後、室町殿は何度か小規模なものながらも再建が繰り返されたが、13代将軍足利義輝が1559年に三管領家の斯波武衛家邸宅跡に二条御所を造営・移転したために廃止された。