善楽寺
明治初期の神仏分離により共に廃寺となるが、その際、神宮寺を善楽寺に合併させ、続いて善楽寺を廃寺とするという措置がとられ、札所権と神宮寺の本尊であった阿弥陀如来坐像(重要文化財)と善楽寺の弘法大師像は南国市にある29番札所国分寺に移され国分寺で納経を代行するようになった。なお、護摩堂不動明王像の所在はそれ以降不明となっている。1875年(明治8年)当地より南西5.5 kmの所に再興された安楽寺に、その阿弥陀如来像が移され30番札所となった。神宮寺は再興されず、善楽寺は1930年(昭和5年)に埼玉県与野町(現さいたま市中央区)にあった東明院をこの地に移転し、また国分寺に預けられていた弘法大師像を移し、本尊は有縁の江戸期作の阿弥陀如来坐像を迎えて30番札所東明院善楽寺として再興したが、30番札所が再び2箇所並立することになり、30番札所の正統性について善楽寺と安楽寺の間で論争が起こった。1964年(昭和39年)四国開創1150年を機に両寺代表が協議し、善楽寺を「開創霊場」、安楽寺を「本尊奉安霊場」と称することになるも混乱は続いたが、1994年(平成6年)1月1日、札所は善楽寺、安楽寺は奥の院とすることで最終決着した。
2016年(平成28年)7月、父である住職の跡を継いで当寺では初で、当霊場では5人目の女性住職(当時32歳)が誕生した。