非相同末端結合
DNA末端の構造は破損の状況によって異なり、場合によっては対合された二つのDNA末端がLigIVによって直接結合不可能なため、ヌクレアーゼやポリメラーゼなどによって処理される。ArtemisヌクレアーゼはDNA-PKcsと複合体を形成し、C末端のリン酸化を通して活性化され、ヘアピンDNAをオープンする機能を持つ。またエンドヌクレアーゼ活性を持つことも知られている。相補的DNAが欠損している部分は、pol μもしくはpol λによって修復される。これらのポリメラーゼはBRCTドメインを持ち、Kuおよび(または)LigIV/XRCC4と相互作用することによってDNA末端に招集される。またearly lymphoid cellに置いては、同じポリメラーゼXファミリーに属するTdTもBRCTドメインを通してKuとLigIV/XRCC4複合体と相互作用し、V(D)J組換えの末端処理ステップにおいて機能する。他にもKu自身リアーゼとして機能し、PNKP、Aprataxin、APLFもFHAドメインを通してCK2によってリン酸化されたXRCC4と相互作用しDNA末端の処理を行う。