全日本大学野球連盟
各地域から26の連盟(合計374大学)が加盟している(令和5年7月現在)。全日本大学野球連盟が直接管理しているのはそれぞれの大学野球連盟のみで、各個別の大学野球部は全日本大学野球連盟ではなく後述する各大学野球連盟に帰属している。従って、各リーグ戦・連盟の運営諸規定は全日本大学野球連盟が統合的に決定・指示しているのではなく、それぞれの連盟によって独自の裁量により決められて運営されており、細部ではリーグ毎にいろんな点で異なっている。代表的なものとして以下のものがある。 (これらの内容はあくまで各連盟の事情や都合による運営になるので、全日本大学野球連盟が指導・命令などの干渉を行うものにはなっていない。)
加盟チームの数や条件(加盟校数や学部・キャンパスの違いによるその可否、短大チームや女子単独チームの可否)
登録学生の条件(一般的には入学時点で17歳以上の者で登録期間が通年で4年以内という条件。但し高等専門学校4~5年生チームの可否、短期大学部の学生の登録可否、女子部員の登録可否などは個別規定。