梅小路蒸気機関車館
閉館時点で、旧梅小路機関区の扇形庫および転車台を活用した「蒸気機関車展示館」と、旧二条駅舎を移築・復元した「資料展示館」からなっていた。
扇形庫は1914年(大正3年)に建設された鉄筋コンクリート造で、2004年(平成16年)12月10日に5t電動天井クレーン(1915年(大正4年)完成)、引き込み線とともに国の重要文化財指定ならびに土木学会選奨土木遺産に選奨された。
2006年(平成18年)にはJR西日本により、旧二条駅舎(展示館)と扇形車庫・保存されている蒸気機関車一式・点検修理の工具一式などが、準鉄道記念物に指定された。
旧二条駅舎は、1904年(明治37年)に京都鉄道が本社社屋を兼ねて建設した日本現存最古の木造2階建和風駅舎で、景観に配慮しながら平安神宮を模して造られた。
京都鉄道は1907年(明治40年)に国有化され、以後は国鉄 → JR西日本の駅舎として利用されたが、1996年(平成8年)の山陰本線(嵯峨野線)二条 - 花園間高架化に伴って駅舎としての役目を終え、1997年(平成9年)に本館敷地内に移築・復元して玄関口として使用、内部は昔の切符売り場などを残し、資料展示館として活用していた。
1996年4月に京都市の有形文化財に指定された。
扇形庫には、蒸気機関車18形式20両(開館当初は16形式17両)が収容・展示されていた。
開館当初は動態保存が原則であり、梅小路への搬入前から静態保存されていたC53 45・C51 239の2両を除き15両は1979年(昭和54年)まで車籍をもった動態保存(書類上)であった。