真菌学
具体的には、酵母やカビ、キノコなどの基礎的な性質や応用についての学問。これらの生物は、外見上は肉眼的なものであっても、その構造は菌糸など、微細な構造の積み重ねから構成されているので、微生物に扱われる。したがって、微生物学の一部と見る向きもある。歴史的には、これらの生物は細菌類と共に植物界のものであると考えられていたので、植物学から派生したものである。現在では菌界は独立の界と見なされており、これが菌類学の扱う分野である。ちなみに現在では、菌類は植物とは類縁が遠く、むしろ動物界とごく近いものであると考えられている。
なお、粘菌類と卵菌類などは現在では菌類ではないと考えられている。しかしながら、長く菌類として扱われてきたので、その研究は菌類学者の仕事と見なされて来た。そのため、現在でも菌類学の中に含めることが多い。
初期の学者としては、エリーアス・フリース (Elias Magnus Fries)、クリスティアーン・ヘンドリク・ペルズーン(Christian Hendrik Persoon)、アントン・ド・バリー (Anton de Bary)、ルイス・デービッド・ド・シュウェイニツ (Lewis David von Schweinitz)などが挙げられる。
菌類学は、肉眼で観察できるキノコの研究と、顕微鏡で発見された微生物の研究を両輪に進んできた。微生物学は、細菌類を中心に進んできたため、初期の菌類学は、その影響を非常に強く受ける。微生物研究にとって不可欠な培養の技術は、酵母についてパスツールが試みたのが非常に早い例であるが、その後は主として病原性微生物を対象に研究が進んだ。しかし、そのための技術は、菌類の多くにも応用可能であったため、次第に研究が進められるようになる。