日本基督教団
「反万博闘争」を参照。
1941年に合同したプロテスタント33教派は、当初、それぞれの教派の伝統を維持したまま、以下の11部に編成された。
第一部......(旧)日本基督教会
第二部......日本メソヂスト教会、日本美普教会、日本聖園教会
第三部......日本組合基督教会、日本基督同胞教会、日本福音教会、基督友会、基督教会
第四部......日本バプテスト基督教団
第五部......日本福音ルーテル教会
第六部......日本聖教会(ホーリネス系)
第七部......日本伝道基督教団(日本イエス・キリスト教会、日本協同基督教会、基督伝道教会(現シオン・キリスト教団)、基督伝道隊、基督復興教会、日本伝道基督教団、日本ペンテコステ教会、日本聖潔基督教会)
第八部......日本聖化基督教団(日本同盟基督協会、日本自由メソヂスト教会、日本ナザレン教会(東部・西部)、世界宣教団)
第九部......きよめ教会(ホーリネス系)、日本自由基督教会
第十部......日本独立教会同盟(ウェスレアン・メソヂスト教会、普及福音教会、日本一致基督教団、東京基督教会、日本神の教会、日本聖書教会(現日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団)、聖霊教会、活水教会
第十一部......救世団(旧救世軍)
1941年の合同に際して、プロテスタント諸教派には2つの選択肢があった。
最大教派であった(旧)日本基督教会が独立を維持して1教団を形成し、それ以外の諸教会が合同して教団を作り2教団とするという選択肢、もう1つがプロテスタント33教派が合同し、1教団を形成するという選択肢である。この際、後者が選択された理由としては、戦時下における政府の要請(圧力)や、明治以来の伝統的なプロテスタント教派合同運動の影響も指摘されている。
なお、この時点では教団は独自の信仰告白を持たず、より簡易な「教義の大要」という文書をもって設立を認可されている。信仰告白を重視する立場の第一部((旧)日本基督教会)からは早速、「独自の信仰告白を持つべきである」との声明が出されている。一方、信条による拘束性を認めない教派では、合同そのものに「白紙委任の立場で臨む(日本組合基督教会)」など教会形成の立場からの関心は薄く、信仰告白の問題にも関心が向けられることはなかった。
教義の大要
本教団の教義の大要左の如し イエス・キリストに由りて啓示せられ聖書に於て証せらるる父・子・聖霊なる三位一体の神は世の罪と其の救いの為人となり死にて甦り給える御子の贖いに因り信ずる者の罪を赦して之を義とし之を潔め永遠の生命を与え給う、教会はキリストの体にして恩寵に依りて召されたる者礼拝を守り聖礼典を行い福音を宣べ伝え主の来たり給うを待望むものなり。
教団の設立当時は、1937年から始まった日中戦争中で、宗教団体への政府の統制を目的とした宗教団体法に基づく政府の強い要請により、1940年10月17日の皇紀二千六百年奉祝全国基督教信徒大会における「プロテスタント諸教派が合同して宣教・伝道の任にあたる」という決議に基づき成立している。そのために、戦時中はもっぱら戦時体制に貢献した。
戦後に戦時下の合同をよしとしなかった諸教派・諸教会が分離した後に、改めて平和と和解のために仕える合同教会としての再形成を図るべく「日本基督教団信仰告白(1954年)」や日本基督教団総会議長名による「第二次大戦下における日本基督教団の責任についての告白(通称:戦争責任告白)」(1967年)」の制定・発表を通じてその実現を期そうと試みる。
しかし、1945年の敗戦により本土と切り離されている沖縄の教会である沖繩キリスト教団との再合同(1969年2月25日)や、大阪万博(1970年)における万国キリスト教館の出展問題に端を発する「反万博闘争」等を通じてキリスト教会の社会的役割を重視するグループ(社会派)とキリスト教会の形成や伝道を重視するグループ(教会派)との対立が深まりいわゆる「教団紛争」と称する状況が継続している。現在でも、日本基督教団成立の経緯や戦争責任のとらえ方に合同教会に対する考え方にその形成に至る神学、方法論、将来の展望に至る迄派閥的対立が先に立ったが、伝道論の見直しなど新たな執行部による改善が図られつつある。
日本のプロテスタント最大の教派とされ、2020年度時点で、全国に教会1,666、信徒161,103人、現任教師1,931人を擁している。