ダライ・ラマ13世
ダライ・ラマ13世の出発後、英露日への密使が露見したため、清は13世を捕らえるため、チベットが清の領土であることを確認するために趙爾豊に兵2000を率いさせてラサに進軍した。13世は西洋各国に支援を呼びかけたが協力が得られなかったため、2月12日に今度はインドに亡命した。清軍のラサ進駐はその10時間後だった。チベットからイギリス保護国のシッキムに入った時は、政府官舎での宿泊を断り、国境通信所の粗末な部屋に泊まっている。またカリンポンでは金髪の少女を初めて見て驚いている。インドではダージリンに留まり、イギリスに行動を制限されたが、ここで国際政治に関する多くの知見を得た。ただし、イギリス政府は13世に世界情勢を伝えたがらず、伝えたのはチベット留学の機会をうかがってインドに暮らしていた多田等観などだった。一方、清はチベットに残ったラサ政府の清反対派を解任し、清に協力的な内閣を作らせた。清は13世逮捕に懸賞金を掛けたが果たせず、さらに13世の廃位にも失敗したため、代わりにパンチェン・ラマ9世を協力させての支配を模索した。
一方、清は国家としての命運が尽きた。1911年11月には趙爾豊が殺害され、代わりに部下の鍾穎がチベットでの軍権を握った。中国では清が滅びて中華民国が誕生し、その大総統となった袁世凱は鍾穎の立場を追認した。しかしチベット寺院は中国に対して反乱を起こし、中国軍は1912年12月から順次撤退した(撤退後、鍾穎は責任を取らされて処刑された)。13世は1913年1月にラサに帰還した。この少し後、日本の多田等観もラサに入っている。
イギリスに追われたダライ・ラマ13世は1904年末にモンゴルのウルガ(現在のウランバートル)に亡命し、現地のゲルク派の長で王でもあるジェプツンダンバ・ホトクト8世の世話になった。13世滞在時、ロシアはモンゴル領事や赴任途中の駐北京大使などを13世に接触させて関係強化を図っている。しかし質素な生活を好む13世とジェプツンダンバ・ホトクト8世とは考えが合わず、13世は1906年秋にはモンゴルを離れ、クンブム・チャンパーリン寺にしばらく滞在した後、1908年4月に中国山西省の五台山に到着した。五台山ではアメリカ大使ウィリアム・W・ロックヒル、西本願寺の大谷尊由などと面談している。さらに10月14日、北京で西太后、光緒帝と面談している。この際、日本大使館にも1週間滞在している。在北京大使の林権助が厚くもてなしたのと、五台山で大谷尊由が日本が仏教国であることを説いたため、以後、13世はかなりの日本びいきになった。13世の北京滞在中、清はチベット領主としてパンチェン・ラマ9世を擁立しようとした。そのため13世は密かにイギリス、ロシア、日本の駐北京大使に密使を送って助力を求めている。1908年12月に北京を立ち、1909年12月にラサに戻った。
1903年、イギリス軍人フランシス・ヤングハズバンドはインド総督ジョージ・カーゾンの命を受け、ラサ政府に1893年の条約に基づいてヤートンに市場を開くよう要求したが、チベット側は交渉を引き延ばした。そこでチベットを威圧するため、7月にチベットのガムパに数百名の軍を置いた。バルフォア内閣はチベット侵略に消極的であり、10月にギャンツェまでという条件付きで進軍を認めた。12月、マクドナルド准将率いる数千のイギリス軍がチベットに送り込まれ、1904年初めにグルでチベット軍数千を一蹴し、それでもチベット政府が交渉に応じないためさらにギャンツェまで軍を進め、数百人を殺した。イギリス軍は8月3日にチベットの首都ラサを陥落させた。13世は内閣を残してロシア僧ドルジエフと共にラサから逃亡した。ラサには軍と共に西洋からの新聞記者が入り、少なくともラサに関しては従来の神秘性が薄れた。イギリス軍は9月7日、チベットに莫大な賠償金を課し、チベットでのイギリス以外の外国勢力駐留の禁止、鉄道と鉱山の利権を奪う条約(ラサ条約)を結んで事実上併合した。ロシアは日露戦争に手一杯でチベットに軍事援助できなかったが、イギリス軍の侵略行為に抗議を行い、10月に条約の大幅な撤回をさせた。1906年にイギリスは清と北京で新たな条約を結び、チベットの賠償金の支払いを清が行う代わり、チベットの宗主権が再び清のものであると認めた。なお、この時のイギリス軍はこれまでの清軍と異なり、チベット民衆に対する横暴が少なかったので、チベットのイギリスに対する感情は若干改善した。