壊血病
なるべく船内を衛生的にするため冷水浴や手洗いを進め、食事の面でも後述の有効とされるものを食べる以外に、新鮮な食料と水をこまめに補給し、害があるとされたスラッシュを食べることを禁止した。壊血病に効くとされる食品としては、麦芽汁、ザワークラウト、ニンジンのママレード、マスタード、サループ、即席スープ、蒸留水、そしてリンドの柑橘類濃縮ジュース(ロブ)などをそろえた。
こうした準備が功を奏し壊血病の患者は出たが、それで死亡するものは出ずに済んだ。その後もクックは2度長期間の調査航海を続け(3度目の道中でクックは死亡)、どちらも壊血病をさほど出さずに済んだ。しかしいずれも前述の対策がいきなり乗員に受け入れられていたわけではなく、1回目の航海では乗員は最初ザワークラウトを嫌がったので士官たちの食卓に毎日乗せることにしたり、2回目の航海では部下の船では壊血病が発生して死者が出たため食事の管理を指導するなどの苦労があり、クック自身「如何に健康にいいか分からせるには具体例と指揮官の権威の両方が必要だ」と書き記している。
これらの航海で壊血病は「防げて治療できる病気」で、船員の食事に注意すれば予防も可能であることがほぼ判明していたが、クック自身はリンドと違い正式に医学や科学を学んでおらず、対照実験をしなかったので「何が有効なのか」は当人たちにもよく分からなかった。クックと船医の経験的な意見では炭酸水とサループは無効、ニンジンのマーマレードは未使用(つまり無関係)、即席スープはそれ自体の効果より「野菜を入れて食べられるので重宝」として評価した所までははっきりしているが、肝心の麦芽汁と柑橘類のロブの評価が混乱しており、よく効いたとも効かないとも日誌につけている。
もっとも飲まないよりは効果はあったこと、航海技術向上もあって次の寄港までの航海日数が減ったこともあり、この違いによる失敗としては1875年イギリスのジョージ・ネアズ (George Nares) による北極探検隊が壊血病に苦しめられた例など、19世紀では長期航海になりやすい極地探検隊や捕鯨船以外ではあまり問題にならなくなってきていた。
なお、イギリス人のことを「ライム野郎 (limey) 」と呼ぶアメリカのスラングは、イギリス海軍が壊血病予防としてライム果汁を服用していたことに由来する。第二次世界大戦でドイツ兵のことを「キャベツ野郎 (kraut) 」と言ったのも、イギリス海軍がライムジュースに切り替えた後も、ドイツ海軍がキャベツの漬物であるザワークラウトを採用していたことから同様に生じたスラングである。
20世紀になってビタミンが発見され、モルモットによる動物実験が行うようになった結果、柑橘類果汁に含まれる有効成分を単離することを試みられるようになった。1932年にハンガリーのセント=ジェルジ・アルベルトがウシの副腎から取り出した物質(1927年に発見済み)が、推定されるビタミンC(当時は「水溶性因子C」と呼ばれていた)と似ている性質を持つため、モルモットで実験したところ壊血病を防ぐ効果があることを発見した。翌1933年にイギリスのウォルター・ハースがセント=ジェルジから渡された上記の物質の構造を解明しアスコルビン酸と命名、そして同年ポーランドのタデウシュ・ライヒスタインらによりビタミンCを人工的に合成できるようになったことで、人間は壊血病に完全に対抗策を取ることが可能になった。