フィリピンの戦い (1944年-1945年)
大本営海軍部が発表した台湾沖航空戦とレイテ沖海戦の誇大戦果を信じた陸軍部は、「レイテ島決戦」に戦略転換を図り、レイテ島に増援を送った(多号作戦)。この輸送は兵員や物資を航空機により攻撃されやすい海上に長時間曝露することになるが、アメリカ機動部隊は壊滅したと信じた大本営陸軍部は意に介さなかった。しかし、(壊滅したはずの)アメリカ機動部隊などの空襲を受け、第1師団だけは、航空援護もあって11月9日までに無事に上陸することができたものの、そのほかの第26師団や第68旅団などはいずれも物資の過半が海へ沈んだ。そのため、ガダルカナル島の戦いと同じく物資の著しく欠乏した戦闘となった。第1師団と第26師団などが到着後の11月20日頃の日本軍兵力は、人員約43000名、馬約650頭、軍用車両約190台だった。
第1師団は、1944年11月1日にレイテ島西岸のオルモックへ上陸し、3日にカボカン方面で米第24師団と遭遇して戦闘になった。アメリカ軍は、途中11月24日に第32師団へ交替して攻撃を続け、12月5日から総攻撃を行った。第1師団は第102師団の一部とともに悪戦苦闘し、12月21日に西方への撤退を開始した。
日本軍は、第26師団と第16師団残存部隊に加え、薫空挺隊と高千穂空挺隊を連合軍飛行場へ突入させて反撃を試みた。だが、第26師団がブラウエンまであと10 kmまで迫った時点で、西海岸のイピルにアメリカ軍が上陸したため、攻撃を中止した。
執拗な第4航空軍の飛行場攻撃が弱体化したことと、比較的地盤が堅固であったタナウアンで飛行場を整備できたこともあり、順調に戦力が増強されるアメリカ陸軍第5空軍や、アメリカ海軍機動部隊の艦載機によって、制空権はアメリカ軍に奪われることとなった。それでも9回にもわたった海上輸送作戦で、日本軍は45,000名の兵員と物資10,000トンを揚陸することに成功して、レイテ島に上陸したアメリカ軍は想定していた以上の兵力の日本軍と戦うことになり、苦戦を強いられた挙句に、ルソン島への上陸計画を延期して予備兵力をレイテに投入せざるを得なくなっている。アメリカ第6軍は、第4航空軍による飛行場攻撃と、飛行場整備の失敗によって、航空支援が十分受けられなかったために、慎重な作戦をとりざるを得ず、レイテ島の攻略に手間取ることとなった。
制空権を喪失した日本軍であったが、作戦機によりレイテ島オルモック付近に展開する地上部隊に対する補給物資の空輸を行っている。地上軍との連携を重視していた富永は、この任務に歴戦の精鋭であった第2飛行師団飛行第75戦隊をあて、戦隊長の土井勤少佐に対しては、富永は自ら詳細な作戦図を示して物資の投下点などの指示を行い、戦隊の搭乗員への贈り物として清酒1ダースを贈っている。空中から地上部隊に補給した物資は、乾パンや乾燥野菜といった食料、医療品、無線機材などであったが、少数の作戦機による空輸では戦局を好転させることはできなかった。
アメリカ軍はフィリピン進攻に先立ち、フィリピンの近くに航空基地を確保するためパラオ諸島(ペリリュー島とアンガウル島)とモロタイ島を攻略した。 また、アメリカ軍はフィリピン上陸部隊が近隣の日本軍基地の航空機により攻撃されるのを防止するため、10月20日のレイテ島上陸の前に空海軍の総力をあげて周辺の日本軍基地(マーシャル諸島、カロリン諸島の中のまだ日本軍が残っている島々、中国沿岸、台湾、沖縄、蘭印(現インドネシア)、フィリピンの島々)の空爆を行った。この中でもアメリカ海軍空母部隊が10月10日に行った沖縄空襲と10月12日からの台湾空襲は大規模なものであった。
奴らは我々の軍艦を狙っているが、ほとんどの軍艦は一撃をくらっても耐えうるだろう。しかし、もし奴らが我々の軍隊輸送船をこれほど猛烈に攻撃してきたら、我々は引き返すしかないだろう。」と日本軍の攻撃目標選定の誤りを指摘した。アメリカ軍の公式記録でも、「特攻が開始されたレイテ作戦の前半には、レイテ海域に物資を揚陸中の輸送艦などの「おいしい獲物」がたっぷりあったのに対して、アメリカ軍は陸上の飛行場が殆ど確保できていなかったので、非常に危険な状況であったが、日本軍の航空戦力の主力は通常の航空作戦を続行しており、日本軍が特攻により全力攻撃をかけてこなかったので危機は去った。」と評価していた。もっとも、これらは日本機の機体数やパイロット数を把握してない見解で、例えばレイテ沖で米軍の船団を見た零戦パイロットの角田和男は、そもそも米国側の船舶量が異なり、日本軍の戦闘機やパイロットの数では1機1艦が成功してさえとても勝てる状況ではなかったと評している。
フィリピンの防衛には失敗したものの、日本軍はレイテ戦における特攻の成功から、特攻の効果に自信を持った。また、フィリピンを失い、いよいよ日本本土にもアメリカ軍が迫るといった追い詰められた状況では、特攻にしか頼る道はないとの日本軍の窮状もあって、沖縄戦では特攻戦法を軸にして戦うという方向性が示され、日本軍内の特攻に対する反対意見は次第に封殺されていくこととなった。一方で、フィリピンで異常な体当たり戦法に思わぬ損害を被ったアメリカ軍は、数々の特攻対策を講じてそれを迎え撃ち、沖縄戦では第二次世界大戦でも最大級の空海の激戦が繰り広げられることとなった。
ボルネオ地区にはイギリス軍及びオーストラリア軍第2軍(第7・第9師団)が侵攻し、日本側の独立混成第56・第71旅団と交戦した。5月1日のタラカン島上陸を皮切りに、7月1日には第二次世界大戦最後の大規模上陸作戦であるバリクパパン上陸などが行われ、各地で終戦まで激戦が続いた。