対馬府中藩
1587年(天正15年)、豊臣秀吉の九州平定に際して宗氏は事前に豊臣政権への臣従を決め、本領安堵された。1590年(天正18年)には、宗義智が従四位下侍従・対馬守に任ぜられ、以後宗氏の当主に与えられる官位の慣例となった。
秀吉の朝鮮出兵(文禄・慶長の役)では、出兵に先立つ1591年(天正19年)、厳原には古代の金石城の背後に清水山城が、上対馬の大浦には撃方山城が築かれて中継基地となった。対馬からは宗義智が5,000人を動員した。義智率いる対馬勢は一番隊から九番隊に編成された派遣軍のなかでも最先鋒部隊にあたる小西行長の一番隊に配属された。義智は、戦闘だけでなく行長とともに日本側の外交も担っており、常に2人で講和を画策していたという。30万の軍隊がここを中継地として渡海したため、対馬ではたちまち食糧が底をつき、駐留する兵士が鶏・犬・猫などを住民から奪う禁令が出されたという。義智は、1600年(慶長5年)の関ヶ原の戦いでは西軍に加わって、みずからは伏見城攻撃に参加し、大津城攻めや関ヶ原本戦では家臣を派遣して参陣した。