中央大陸戦争
帝国首都陥落から二年後のZAC2041年、ゼネバスは強力な新型ゾイド部隊を引き連れてバレシア湾から中央大陸に上陸し、共和国の防衛線を突破し、帝国領土を奪回する。
共和国はバレシア基地で大量に捕獲したサーベルタイガーを参考に共和国初の大型高速ゾイドであるシールドライガーを完成させる。ところが、ZAC2043年、帝国が恐るべき新型ゾイドを開発中であることが判明。エリクソン大佐率いるシールドライガー、コマンドウルフの部隊が新型ゾイドを開発している研究所を襲撃するが、すでに逃げられたあとであった。そして翌ZAC2044年にそのゾイドであるデスザウラーがロールアウト。十数機のゴジュラスを擁する基地を壊滅させたのを皮切りに、破竹の勢いで共和国領に進撃し、エリクソン大佐のウルトラザウルスをも撃破したデスザウラーの猛威に共和国首都は陥落するが、ヘリック大統領は巨大トンネルにより民衆と共に首都を脱出
ZAC2046年、最後の手段としてヘリック暗殺をねらう帝国軍コマンド、フランツ・ハルトマンが駆る帝国軍改造ゾイド「デスドック」と、共和国改造ゾイド「ケンタウロス」との死闘が展開され、共和国親衛隊長ローザ・ラウリ大尉とフランツ・ハルトマン大尉のヘリック大統領の生死を賭けた対決が展開。
ZAC2029年、太陽系第三惑星(地球)からの銀河開拓船「グローバリーIII世号」が船内に搭乗していた冒険商人たちの反乱によって開拓船が損傷を受け、中央大陸に不時着してしまう。冒険商人の一人であるランドバリーは好戦的なゼネバス皇帝に取り入って帝国側につき、残った乗組員もクローネンブルグ博士のように共和国側についた人々とランドバリーのように帝国側についた人々に分かれた。地球人たちの持っていたテクノロジーが共和国と帝国のそれぞれのゾイドの武装の威力を格段に向上させ、様々な武器開発に繋がっていった。
その最たる例が翌年のZAC2030年にロールアウトしたゾイドゴジュラスである。それまでのろまなメカと揶揄されていたこの機体は、地球人の持つ武器の威力にゴジュラスが持つ強力な戦闘力が発揮され、それまでののどかでさえあった戦いが一気に苛烈な近代戦という形に移行していった。