治承・寿永の乱
畿内においても寺社勢力を中心に反平氏勢力の動きが活発化していた。それに対抗するため清盛は遷都していた福原から平安京に都を戻し、軍事制圧に乗り出す。まずは近江の反平氏勢力を制圧し(近江攻防)、ついで治承4年(1180年)12月、平重衡は畿内最大の反平氏勢力・興福寺を焼き討ちにする(南都焼討)。治承5年(1181年)正月には、紀伊の熊野三山勢力が挙兵して、伊勢や志摩で平氏側勢力と交戦するという動きもあった。 治承5年(1181年)初頭には美濃源氏を撃破し(美濃源氏の挙兵)平氏は畿内制圧に成功する。 一連の軍事行動の中で清盛は平宗盛を惣官に任じてもらうなど反乱勢力に対抗する体制を整えていく。
そうした中で院政をとっていた高倉上皇が崩御したため、平氏は停止していた後白河院政の復活を余儀なくされる。さらに閏2月に、清盛が熱病で没して平氏政権は強力な指導者を失った。直後の3月、平氏は再び東海道へ追討軍を派遣し、尾張墨俣川で源行家と会戦して勝利を収める(墨俣川の戦い)。 この勝利の後平氏は東国への進軍を中止し、奥州藤原氏、越後城氏と提携して東国反乱勢力にあたる方針をとろうとした。
後白河法皇と清盛の政治提携は続いていたが、この二者を橋渡ししていた建春門院(清盛の義妹)が安元2年(1176年)に亡くなると、両者の間に齟齬が生じていくようになる。そして安元3年(1177年)北陸の国衙と比叡山の末社の対立をきっかけに比叡山と院近臣が対立し、院近臣を守る立場にある後白河法皇は清盛に比叡山攻撃を指示したが、清盛はこれを拒否、逆に比叡山側の要求を通し院近臣の身柄を拘束するという手段に出る。これによって後白河法皇は比叡山の言い分を聞かざるを得なくなり、近臣の追放を許す結果となる(鹿ケ谷の陰謀)。
一方、その頃から高倉天皇が政治的発言権を強めるようになっていく。治承2年(1178年)、高倉天皇の元に入内させていた清盛の娘・徳子が皇子を出産。後継者となる皇子の誕生で、高倉天皇が退位して院政を敷く条件が生まれる。
しかし治承3年(1179年)、清盛の息子平重盛と娘の平盛子(近衛基実の妻)が相次いで死去。この二者の遺領や知行国を巡って当時の摂政松殿基房や後白河法皇と清盛の間に対立が起きるようになった。
旧勢力に平氏政権を排除する力(軍事力)はなく、その力を持っていたのは武士層であった。当初、東国や北陸で勃興した反平氏勢力は平氏追討を建前として掲げてはいたが、本音では自らの権利の確保、そして中央政府からの一定範囲での独立を真の目的としていた。旧勢力は平氏打倒という目的のためには実際に追討に携わる関東政権に依存しなければならず、寿永二年十月宣旨の発給といった大幅な権限委譲の道を開いてしまう。
その結果として鎌倉幕府の成立がもたらされる。草創期の鎌倉幕府は東国の支配権を有するのみだったが、それは当時の幕府を構成する武士たちにとって十分満足できる結果だったはずである。
創成期の鎌倉幕府と既存の朝廷は多くの軋轢を抱えながらも荘園公領制の維持という点では利害が一致しており、建久元年(1190年)の頼朝上洛により鎌倉幕府と朝廷の協調体制が確認された。鎌倉幕府と朝廷が全面衝突するのは、それから約30年後の承久の乱である。