武装錬金
ホムンクルスの殲滅、世界中に散った核鉄の管理・回収、賢者の石の精製、その他あらゆる錬金術の管理を主な目的とする秘密結社。錬金戦団の戦士を錬金の戦士と言う(各武装錬金については登場人物および使用者不明の武装錬金を参照)。世界各国に支部があり、各方面に巨大な権限も有しているらしい。しかし、100年以上前のヴィクター殲滅戦の際は、本来ホムンクルスを殲滅するはずの戦団自身がヴィクター抹殺のためにホムンクルスを作り、あまつさえそのヴィクターの娘のヴィクトリアまでをも無理矢理ホムンクルスに変えると言う腐敗振りが見られた。ヴィクターとの最終決戦後、坂口照星の立案によってホムンクルスの再人間化の研究と、核鉄の管理・回収の二つのみを継続する形で段階的に活動を凍結された。
反対に、Sequential Tartに寄稿するPatti Martinsonは、キャラクターが「個性的で面白い」と述べた。Martinsonはまた、プロットを追うのは困難ではないが複雑であると指摘し、話を広げるたくさんのネタが盛り込まれているとも述べた。Holly Ellingwoodは最終巻を褒め称え、前巻までの内容を上手くまとめてあり、結末は驚くべきものだったと述べた。
アニメに関する批評はほとんどが否定的なものだった。ANNの批評家であるZac Bertschyは、武装錬金は何ら特別なものではなく「使い古されたプロットの博覧会」だと批判した。ANNに寄稿するLuke Carrollは、武装錬金は冴えない作品であるが、日常生活を描いた場面はもう少し耐えられると述べた。ANNのCarl Kimlingerは武装錬金のアニメは少年向けバトル作品の公式に従っていると述べた一方、ヒロイン・斗貴子の性格描写によりこの作品が特徴付けられているとした。Kimlingerはまた、プロットのねじれをかなり改善するやり方について賞賛した。UK Anime NetworkのAndy Hanleyも同様に作品の序盤は冴えないと述べたが、二期以降はかなり優れた試みがなされていると評価した。MANIAのChris Beveridgeはユーモアと明るい面のバランス性を褒め、月並みで明らかなアイディアを採用しながらもそれを魅力的で面白い方法で表現していると述べた。
錬金術の人造生命の研究の産物。核鉄と並ぶ錬金術の力。本来は錬金術における人工生命体を指す言葉。
ホムンクルス生成には、なんらかの生物の細胞を専用の装置を用いて培養することで胎児のような寄生体を作り出すことから始まる。これは密閉された空間以外では一日も生きられない脆弱なモノだが、寄生体を人間の脳に寄生させると、寄生体は人間の精神・肉体を乗っ取ると共に人間の身体を変質させ同化、ホムンクルスとして生まれ変わる。
ホムンクルスは本体のベースとなった生物の本能と、本体の犠牲になった人間の知性を備えた存在であり、知能は高い。また、肉体は人間を超えるパワーと再生能力を備え、錬金術の力以外受け付けない不老不死的な存在とされる。ただし本能が自身の肉体を使う動物の物であるため、武装錬金を展開させることは出来ない。寄生した人間の姿から、ベースとなった生物の形状の機械的な身体への変形が可能であり、その際はさらに能力が高まる。身体のどこかにある「章印(しょういん)」と呼ばれるマークが弱点であり、破壊されると死に至る。
ホムンクルスには嗜好以上に本能として人間を喰うという衝動がある。これは本体の犠牲となった「人間」の部分が元に戻ろうとする本能的な未練が原因であろうと劇中では説明されている。