原生粘菌
変形菌 Myxogastria Echinostelium bisporumとEchinosteliopsis oligosporaは系統的には変形菌に含まれる。
Discosea綱 Centramoebida目 この系統は子実体を形成しないものが主である。しかしアカントアメーバ属(Acanthamoeba)のうちA. pyriformisと、Luapeleamoeba属2種が子実体を形成する原生粘菌である。 Pellitida目 この系統には子実体を形成しないPellita、Goceviaの2属に加え、子実体を形成するEndostelium属2種が含まれる。 Vannellida目 Protosteliopsis fimicolaは子実体を形成するが、子実体を形成しないVannella属に含まれることが分かっている。
この他、Microglomus paxillusは分子情報が無く位置不詳である。
2017年の時点で19属37種が知られているが、分類学的整理の中途である。系統的には9群あり、いずれもアメーボゾアに所属している。
Variosea綱 プロトステリウム目 Protosteliida Protostelium、Planoprotosteliumの2属4種。 Fractovitelliida目 Soliformovum属に2種。この系統には子実体を形成しないGrellamoeba属が含まれている。 Schizoplasmodiida目 Schizoplasmodium、Nematostelium、Ceratiomyxellaの3属6種。 Cavosteliida目 Cavostelium、Schizoplasmodiopsis、Tychosporiumの3属7種。
動菌類 Eumycetozoa Protosporangiida目 Protosporangium属4種とClastostelium recurvatumが近縁で、それに加えてツノホコリ(Ceratiomyxa)属に4種がある。