デフラグメンテーション
ソリッドステートドライブ(SSD)の場合と似た理由で、仮想マシンにアタッチされ、または単体でマウントされた仮想ハードディスクに対する、HDD用に設計されたデフラグメンテーションツールの適用も、パフォーマンス上の問題を引き起こす場合がある。
具体的には、容量可変の仮想ハードディスクに対して従来のデフラグツールを適用すると、未使用領域に対する書込が生じ、それによって仮想ハードディスクの実容量が増加するという弊害が生じる。仮想マシンのゲストOS上でのデフラグツールの適用も同様の問題を起こす場合がある。
Windows 8では、OS標準のデフラグツール「ドライブのデフラグと最適化」で、仮想ハードディスク(VHD/VHDX)のマウント先のドライブに対して、従来のHDD向けデフラグではなく、使用中のブロック数が少なくなるようにデータ移動を行う(デフラグ (Windows)を参照)。