六甲学院中学校・高等学校
授業形態の特徴としては、高3の文理共通数学はα、β、γ(上級『最難関大学レベル』・中級『難関大学レベル』・初級『神戸大学レベル』)、英語はA、S、B(advanced『最難関大学レベル』・standard『難関大学レベル』・basic『神戸大学レベル』)と、3クラスが同時に開講されており、異なったテキストで異なった教師が教鞭を執る。それらから自分に合った一つを選択する。
英語の授業で提供されるテキスト(『プログレス・イン・イングリッシュ』、『六甲の英語』)は京都大学を意識して作られている。作成したのは、『プログレス・イン・イングリッシュ』がロバート・M・フリン(イエズス会神父、元教員)、『六甲の英語』が英語科教員。以前は、『プログレス・イン・イングリッシュ』を中学高校全学年で使用していたが、近年では中学のみで使用し、高校では『六甲の英語』を使用している。なお、『プログレス・イン・イングリッシュ』は、女子学院中・高、白百合学園中・高、清泉女学院中・高、小林聖心学院中・高など他校での採用実績もある。82期生(2019年度)から使用されていない。なお、82期生からは「NEW TREASURE」が使用されている。
中学校での留年制度は90年代後半に廃止されている。中学校から高等学校への進学基準は厳しくはないが、六甲学院中学校に入学した定員約184名の生徒のうち、数名は中途退学・他の高校へ転校・進学している。
2021年度より、金曜日において毎週ロングホームルームのために7時間授業の日が設けられている。これは授業の進度との兼ね合いのためである。