井上毅
儒教を始め古典や荻生徂徠・佐藤一斎など日本の他学派を取り入れ読書・註釈など勉強に明け暮れ、儒教でも特に朱子学を学び尽くし、学祖朱熹など中国の学者達の故事を引き合いに出し、朱子学をただ記録するだけでなく、空理空論の部分を批判し実践的な学問(実学)を重視して現実政治に生かすことを目標に勉強に取り組んだ。幕末当時の日本を取り巻く国際情勢に興味を示したが、元治元年の横井小楠との対談では開国で外国との貿易を盛んにして富国強兵と外国の友好を掲げる小楠に対し、言葉も文化も国の制度も違う外国と日本が上手く交流出来るか怪しい、日本は農業重視の自給自足を貫き外国と貿易をする必要はないと反論、秩序維持の観点から鎖国堅持を主張していた。
明治では外国法を新たに学習して鎖国思想から切り替えたが、フランス流の「自然法」の概念を否定し、法を「民族精神」の発露と捉えるドイツの歴史学派法学に触れ、自説である自国の伝統維持を一致させてドイツの法学を日本に浸透させることに尽くした。
小中村義象編纂 『梧陰存稿』 六合館、1895年9月上巻・下巻
「井上毅・牧野伸顕文書抄」(大久保利謙編 『明治文化資料叢書 第8巻 教育編』 風間書房、1961年5月)
井上毅伝記編纂委員会編 『井上毅伝 史料篇』 國學院大學図書館、1966年11月-1977年3月(全6巻)、ISBN 4-13-097981-7 國學院大學日本文化研究所編 『井上毅伝 史料篇外篇 近代日本法制史料集』 國學院大學、1979年3月-1999年3月(全20巻) 國學院大學日本文化研究所編 『井上毅伝 史料篇補遺』 國學院大學、1994年3月-2008年3月(全2巻)、ISBN 4-13-097982-5
また、同年度の予算案に小学校教育費国庫補助法を提出したが却下され、翌年度も成立せず小学の改革は上手くいかず、大学でも教師陣の反対で介入を控えた。
一方、高校と実業教育の再編は進み、小学に手を加えない代わりに、未就学者を対象に基礎学問や実学教育を軸とした、小学を補完する教育機関の設立を図り、11月22日に実業補習学校規程を公布して、明治27年(1894年)6月12日に実業教育費国庫補助法が公布、後に実業補習学校が設立されるきっかけを作った。中学・高校も改編され、尋常中学校は同月15日に実習科目(図画・測量など)を加えた実科中学校として地方に追加出来る許可制を設けた。25日に第一次高等学校令も公布して高等中学校を尋常中学校と高等学校に分離・改編、7月25日に職業専門学校である徒弟学校規程を公布したのを最後に8月29日に辞任した。井上のこれらの改革は事案を先取りし過ぎて直ちに実現されなかったが、教育発展の足掛かりとして後に設立・学生に大学以外に様々な分野へ進める多様性を開いていった。
教育以外に閣僚の一員として他の政治事件関与も試み、千島艦事件裁判におけるイギリス相手の訴訟に関わりたがったり、議会対策で解散論を主張したが、いずれも伊藤に容れられず、思想のずれもあって伊藤から遠ざけられ、教育界の活動の他は消極的になり辞任に至った。
政界から身を引いた後は逗子(現在の神奈川県逗子市)の別荘で療養に努めたが、病気の進行は進み明治28年(1895年)3月17日、51歳で死去。亡くなる前の1月に子爵位を授けられ、2月に漢学者岡松甕谷の子匡四郎を長女富士子の婿養子に迎えた。墓は東京都台東区谷中の瑞輪寺。