河内風穴
内顎綱 粘管目 イボトビムシ科。コウモリのグアノの上や洞床を這っている。洞内の水溜りに数頭が浮いていることがよくある。吉井良三によって質志洞から発見された。
昆虫綱 鞘翅目 オサムシ科。約4 mmの河内風穴特産の真洞穴性甲虫。佐目のコウモリ穴から発見されたサメメクラチビゴミムシ Ishidatrechus (Suzuka) kobayashii S. Uéno, 1956とともにイシダメクラチビゴミムシ属 Ishidatrechusに属している。体は淡く飴色で、眼や後翅は完全に退化しており、洞窟の深部で見つかる真洞穴性動物である。比較的近縁なクラサワメクラチビゴミムシ属 Kurasawatrechusは篠立風穴や鷲嶺水穴など三重県側の洞窟より東側に、ノコメメクラチビゴミムシ属 Stygiotrechusは奈良県、和歌山県、大阪府以西に分布しており、それらの接点である多賀町で両属と区別できる2種が分布しており、生物地理学上特異である。
石切場から、洞床が砂及び粘土でN9°E48°Eの節理に沿ったボアパッセージを約60 m南西に進むと、第一水流分岐に達する。分岐から約20 m程度進むと集水ホール(しゅうすいホール)に出る。集水ホールではボアパッセージの広くなった部分の1段高い西側から水が流れてくる滝があるが、渇水期には水が涸れる。滝の水は粘土の洞床を流れ、北側にあるピットへ流入する。
裏通りは第一水流分岐から河内風穴本洞及び集水ホールと平行し南西に直線的にのびた支洞である。全長約40 mで、非石灰岩の溶け残りがN30°Eの走向で挟まれている。上記の滝の水は裏通りから流れ出たものである。
集水ホールより奥では通路が南東と南西に分かれている。前者は比較的広い本洞で、第二水流の入口を経て鐘の鳴池に至る。後者は表通りに接続する。表通りは本洞に平行し、本洞の東側を通るルートで、SE方向の割目とEW方向の割目の交叉によって形成された立体迷路を形成しており、本洞と随所で接続する。表通りには赤の広場と呼ばれるクラックに沿った空間やリムストーンの美しいところがあり、南端で鐘の鳴池に接続する。
芹川および犬上川の上流部に広がる石灰岩地(霊仙山石灰岩層)表層部は、近畿地方でも有数の陸貝(カタツムリ)の産地であり、多賀町域では47種が確認されているが、なかでも河内風穴の周辺地域には多数の陸貝が棲息している。また、ニホンリスやミソサザイなどの動物も見られる。
河内風穴の位置する多賀町は裏日本植物区系(山陰地区)と表日本植物区系(瀬戸内地区)の境界に位置するため、日本海側の植物と太平洋側の植物の何れもが分布している。また、河内風穴のような石灰洞があるように、石灰岩地域の分布により好石灰岩植物が見られる。
石灰岩地は土壌の発達が悪く乾燥する上に、土壌中のカルシウムやマグネシウムの含有量が多く、塩基性に偏っている。好石灰岩植物はそういった環境に生理的適応性を獲得した植物であり、Shimizu (1962–1963)により3群に分けられている。第I群は石灰岩地に見られるもの、第II群は石灰岩地に特に多いが、その他でも生えているもの、第III群は石灰岩地に限らずそうでないところにも棲息するが、石灰岩地に多いものを指す。
この地域が分布の境界となっている植物もある。芹川の上流域に分布するサツキヒナノウスツボ Scrophularia musashiensis Bonatiは近畿では鈴鹿山地以外に棲息せず、分布の西限である。河内風穴付近に棲息する好石灰岩植物(第III群)のクロタキカズラ Hosiea japonica (Makino) Makinoは分布の東限である。
哺乳綱 翼手目 ヒナコウモリ科。耳は細長く先端は尖っており、前腕長は40 mm前後だが後肢は大きい。多種のコウモリのコロニーに交じって記録されることが少なくない。河内風穴では観光洞大広間の岩陰で1頭のみ観察されている。