神祇官
有栖川宮幟仁親王:2月20日(3月13日) - 2月27日(3月20日)
白川資訓:2月27日(3月20日) - 閏4月21日(6月11日)
(慶応4年(1868年)閏4月 太政官内に再興)
また、当時の政府は東京奠都や大嘗祭の東京執行などの問題を抱え、流動的な状況下で太政官も八神殿の造営に慎重だった。
それでも、「神殿」の意義は大きいとされ、明治2年(1869年)12月に当面の間の祭祀を行う仮神殿が完成。中世の廃絶以来白川・吉田両家で奉斎された八神殿の霊代が奉献された。仮神殿に明治天皇の親祭を仰ぐ計画もあったが、天皇が風邪をひいていたため実現しなかった。翌1870年1月3日には鎮祭が行われ、明治天皇は勅使として三条実美を遣わした。仮神殿には律令制神祇官が祀った八神に併せて歴代の皇霊と天神地祇が祀られた。この際に鎮祭の詔と大教宣布の詔が発せられ、神祇官の八神殿祭祀と宣教師の宣教政策は勅命で行うとされたが、神殿はその後も「仮」のままで、宣教の打開策も出なかった。
なお、一般に明治神祇官は平田派の国学者が主導したとされるが、政府内で要職についていた平田派の矢野玄道・角田忠行・丸山作楽・権田直助は明治4年(1871年)に国事犯の嫌疑により追放されたため、明治神祇官が平田派主導だったとは考えにくい。平田派の活躍は神祇官再興前であり、再興後は大国隆正の教えを受けた福羽美静ら津和野派の国学者が主導したとするのが妥当である。このことは、復古のみを強力に主張した平田派に対し、新時代の開明的なビジョンを持っていた津和野派が受容されたことを示すと思われる。