変形菌
その結果、変形菌はおおよそ胞子の色 (明色か暗色か) で区別できる2つの系統群で構成されているとする仮説が支持されている。これまでの目レベルの分類は大まかには支持されたが、いくつかの目は非単系統群であることが示された。そのため、2019年にはいくつかの目の範囲を変更、いくつかの新たな目 (ドロホコリ目、クビナガホコリ目、クロミルリホコリ目) が提唱されている。ただし2020年現在、いまだ目・科の分類は暫定的であり、また属レベルでも非単系統性が示されているものが多く (アミホコリ属、ケホコリ属、ヌカホコリ属、ルリホコリ属、モジホコリ属など)、さらなる再編成が必要である。
2020年現在、変形菌にはおよそ900種ほどが知られている。変形菌における種は、ほとんど子実体の特徴に基づいて分類されている。子実体は、おもに野外で直接検出されるが (およそ60%の種)、近年では野外サンプルの湿室培養によって子実体を得ることが一般的になり、およそ40%の種は基本的に培養でのみ確認されている。ただし環境DNAの研究からは、実体が不明の (子実体が報告されていない) 変形菌が多く存在することが示唆されている。さらに、これまで同一の種とされていた中には、ときに大きな遺伝的差異が存在し、また生殖的に隔離されている集団や異なる生殖様式 (有性生殖と無配生植など) をとる集団が混在している例があり、変形菌の種分類に関してはさらなる検討が必要と考えられている。
以下に、2020年現在の変形菌の系統仮説および分類体系の一例を示す。