第十一管区海上保安本部
またこの部隊では複数クルー制度を導入、新造されたくにがみ型巡視船のうち平成24年度補正予算分6隻について8クルーを充当することで、帰港から出港までのサイクルを短縮し、実質的には部隊全体で14隻分に相当する稼働時間を確保することとなった。
2016年2月24日、くにがみ型巡視船のPL-89「あぐに」及びPL-90「いぜな」の就役をもって尖閣領海警備専従体制が完成した。
また、2016年10月に宮古島海上保安署を保安部に昇格させており、2018年度末までにしもじ型巡視船を同保安部管轄の伊良部島(長山港)に9隻配備して「尖閣漁船対応体制」を完成させ、2019年度末までに新型ジェット機ファルコン2000LXSを3機配備して「尖閣24時間監視体制」を完成させた 。