武蔵高等学校 (旧制)
その3年余りのちの1940年1月、根津が外遊中に罹患した感冒が悪化して肺炎で急死すると、同月、築地本願寺で学校葬が執り行われた。
教育事業に対する根津の関与は武高に止まらず、1924年設立の山梨高等工業学校(山梨大学工学部の前身校)、同じく(県立)山梨女子師範学校(同・教育人間科学部)および併設の県立山梨高等女学校(山梨県立山梨高等学校)など、山梨県での学校に対しても敷地あるいは校地購入資金を寄付している。
根津を記念する校内の施設としては、1936年、3月の卒業式に際して除幕され、講堂(現:大講堂)玄関に設置された大理石の「創立者根津翁寿像」や、同年、濯川の出橋・入橋付近に設けられた喜寿島、さらに死後、2012年の武蔵学園創立90年記念事業の一環として造営され、大講堂正面玄関左側に設置された「第一回入学式における根津嘉一郎理事長祝辞記念碑」などがある。
そして翌1950年3月、22期生の卒業式をもって、旧制武蔵高校は開校以来28年にわたって2000名余の生徒を送り出した歴史に終止符を打った。
新制移行後、先述のような事情もあって、旧制武蔵高校の教員の多くは、他の旧制高校のように新制大学ではなく、新制の武蔵中学校・高等学校で教鞭を執ることとなった。また同窓会も新制武蔵高校に継承されたため、旧制武蔵高校を継承する機関は、一般には武蔵大学ではなく新制の武蔵高等学校(および中学校)であるとみなされている。旧制武高の理念として掲げられた「三理念」は新制の武蔵大学・高校・中学校に継承され、また、戦時期中断していた山上学校・海浜学校も戦後は武蔵高等学校・中学校において再開され、現在も重要な行事として続けられるなど旧制高校以来の教育が引き継がれている(また旧制武高が開校した日付である4月17日は、新制武蔵高・中の創立記念日とされている)。さらに、頓挫したものの戦後の連合大学構想によって連携関係が生じた成城・成蹊・学習院の3大学との間で、1950年以来、「四大学運動競技大会」が開催されるようになり、現在に至っている。
1936年6月:根津化学研究所が設置。初代所長は玉蟲文一教授。
1937年:蹴球部がインターハイで優勝。
1940年:剣道部・弓道部がインターハイで優勝。
1941年 1月:校友会を報国団と改称。 4月:開校二十周年記念式挙行。『武蔵高等学校二十年史』刊行。 8月:高等科生徒の勤労動員が始まる。
1943年 4月:元校長の山川(健次郎)・山本を記念し山川賞・山本賞を制定。 それぞれ生徒の理科・文科の研究に対する賞であった。
1944年 4月:校旗制定。 5月:生徒勤労動員壮行会。以降学徒農村動員作業、学徒勤労動員が本格化。 8月:校舎3階を防衛司令部に徴発される。
1945年 修業年限が1年短縮。 2月:校舎2階の一部を東京第二兵器廠へ貸与する。 4月:米軍の空襲により校地東側の木造施設等約800坪を焼失する(後掲)。 7月〜8月:尋常科1年は勤労動員を兼ねて栃木県那須に集団疎開する。 9月:授業再開。
1947年2月:学制改革実施に伴い尋常科の存続が不透明となったため、同科の生徒募集を中止。
1948年 9月:新制武蔵高等学校発足。尋常科の3・4年修了者が新制に移行。 宮本和吉校長や安倍能成ら根津育英会顧問により、武高を含む4校で東京連合大学を共立する構想が出されるも、頓挫。
1949年4月:新制武蔵中学校および新制武蔵大学(経済学部経済学科)発足。
1950年3月:22期生卒業式。旧制武蔵高等学校廃止。