夜行列車
能登 [急][臨] - JR東日本の公式見解では運行中止扱いとなっている。運行区間のうち、直江津駅 - 金沢駅間は2015年3月14日にJRから第三セクター鉄道に移管されている。
ムーンライトえちご [快][臨] - 2014年5月23日に発表された夏の増発列車に記載されず、2014年夏の運行はなく、以降の運行の予定もない。
ムーンライト信州 [快][臨] - 2019年5月17日に発表された夏の増発列車の案内で90号のスジが「諏訪湖花火大会号」に名称変更されたため廃止が確認された。
ムーンライト仙台・ムーンライト東京 [快][臨]
ムーンライト松島・横浜 [快][臨]
舞浜ドリーム号 [団][臨] - ツアー形式の臨時列車として年間数回程度運行。但し、2017年7月21日弘前発、折り返し同7月23日着を最後に運転は行われていない。
スターライト舞浜号 [団][臨] - ツアー形式の臨時列車として年間数回程度運行。但し、2019年5月24日新潟発、折り返し同5月26日着を最後に運転は行われていない。
ムーンライト九州 [快][臨]
ムーンライト高知 [快][臨]
ムーンライト松山 [快][臨]
ムーンライト山陽 [快][臨]
ムーンライト八重垣 [快][臨]
2010年代に入ると、JR九州が2013年10月15日から、九州を周遊する豪華寝台列車「ななつ星 in 九州」の運行を開始した。この「ななつ星in九州」は、九州を周遊する観光旅行を豪華寝台列車による移動で楽しむというコンセプトに基づく旅行商品(パッケージツアー)のため時刻表への記載はなく、費用も「運賃 + 料金」ではなく全てがパッケージされた「旅行代金」である。この豪華寝台列車の登場と成功は大きなインパクトを与え、後にJR東日本やJR西日本も同コンセプトの列車・車両(JR東日本は「TRAIN SUITE 四季島」、JR西日本は「TWILIGHT EXPRESS 瑞風」)を開発、製造することになり、それぞれ2017年より運行を開始した。3列車とも費用は高額ながら人気は高く、希望者多数のため抽選となっている。
特に寝台列車は別途で寝台料金が必要なため新幹線より割高な料金設定や、相次ぐ国鉄の運賃値上げ、車両の老朽化・陳腐化もあって次第に敬遠されるようになり、乗車率の伸び悩みで削減や臨時列車化、または廃止が相次いだ。1979年には当時の運輸大臣であった森山欽司が「国鉄の財政改善のため、非効率な夜行列車は廃止すべき」と表明し、議論を呼んだことがあった。
なお、1980年代前半までは主要幹線で夜行普通列車も多く運転されており、寝台車が連結された列車もあり、並行する優等列車を補完する役目を担っていた。
夜行の急行列車・普通列車の重要な使命としては、新聞(特に朝刊)輸送があった。通信手段が未発達だった当時、都心で印刷された新聞は荷物車により輸送され、未明の各駅に降ろされ、直ちに新聞販売店を経て、各家庭に配達された。また郵便物についても郵便車による輸送が行われた。現在この輸送は、トラック・航空貨物に取って代わられた。
このほか、中学校・高校の修学旅行においても夜行列車や寝台列車が利用されるケースが多々あったが、新幹線の延伸・高速化、昼行特急列車の利用に伴う昼間移動への移行、観光バスによるバス移動、1990年代以降に公立学校においても航空機の利用が解禁されたことによる空路利用への転移、海外や沖縄への修学旅行の増加などの理由により、同年代以降は、修学旅行に夜行列車・寝台列車が利用されることはよほどの行程上の事情がない限りなくなっている。同様に、阪神甲子園球場で開催される高校野球全国大会出場校の応援団もかつては「甲子園臨」と呼ばれた専用列車を利用して夜通し駆けつけるケースが多かったが、これらも現状は貸切バスや航空機、新幹線などでの移動に切り替えられている。