那覇バス
2004年7月18日 那覇交通株式会社から営業の全部を譲り受け那覇バス株式会社として営業開始。この際に大部分の路線でダイヤ改正をし、運転本数が大幅に減った。また定期観光バスの運休を決定。糸満市の糸満出張所が糸満営業所へ昇格。
2004年9月1日 33番・糸満西原(末吉)線運行再開。97番・琉大(首里)線経路変更。
2005年4月1日 定期観光バスの運行再開。
2005年4月30日 9番・小禄石嶺線、11番・安岡宇栄原線路線延長。
2005年7月9日 95番・豊見城南高校線廃止。
2005年9月27日 新車観光バス24台購入。
2005年11月1日 コミュニティバス(ECOまーる・いちゃりバス)実証実験運行開始。
2006年2月1日 コミュニティバス(ECOまーる・いちゃりバス)実証実験運行終了。正式に路線バスとして6番・那覇おもろまち線運行開始。
2006年2月10日 定期観光コースがリニューアル。
2006年4月1日 1番・首里識名線経路変更。
2006年6月1日 6番・那覇おもろまち線経路変更。
2006年7月2日 7番・新都心循環線運行開始。
2006年9月25日 那覇市西の三重城営業所を閉鎖し、南風原町新川の新川営業所に移転。1番、3番、5番が路線名と経路を変更、15番、17番が経路変更。 これに伴い路線の再編が行われ、1番の首里識名線が首里牧志線、3番の松川線が松川新都心線、5番の識名線が識名牧志線にそれぞれ変更され、新たに2番の識名開南線が新設された。また15番の寒川線と17番の石嶺(開南)線(石嶺線より変更)がそれぞれ起終点地及び経路を変更された。
運賃箱は、那覇バスへ移行時は那覇交通時代から使用していた小田原機器製を使用していたが、紙幣および500円硬貨の刷新などの事情により、那覇バス移行後の2004年後半にレシップ製の運賃箱へ切り替えられた。市内線は「快適1号」、市外線は「NF-3」と違う機種を導入。以前の機種と同様(おつりが自動で払い出し)と錯覚した乗客が両替部に入れるべき500円硬貨を運賃投入口へ入れてしまうトラブルが度々発生していた。
2015年4月27日のICカードOKICA導入に対応するため、同年2月より運賃箱の更新を開始。琉球バス交通、沖縄バスと同様、小田原機器製のRX-FTS型運賃箱を採用(※この運賃箱はICカード対応のため市内線でも現金支払いで釣銭が必要な場合は、あらかじめ運賃箱の硬貨両替口に投入し、両替金払出口から釣銭を受け取る方法となっている。ICカード導入により、現金支払い件数が今後減少することを考慮している。一方、市外線はこれまで同様両替方式のため、釣銭が必要な場合は運賃支払い前に両替をしてから支払う)。市内線と市外線の運賃箱が同一機種になるのは、那覇交通時代を含めても初のことである。
市内線用車両ではOKICAのリーダーとは別に、2012年に導入したiDのリーダーも設置されている。OKICA導入後も、既に運用しているiDのリーダーは運賃箱側面(乗車口正面)へ移設した上で運用を続けている。ただし、乗客がOKICAをiDリーダーに誤ってタッチしてしまい、iDリーダーが度々エラーを起こすことがあるため、「オキカ→」といった用紙等を運賃箱に貼っている車両もある。
那覇市内線と那覇市外線により乗り方が異なる。さらに市内線においても、10番と12番は他の路線と異なる。
市内線と市外線の区別は、那覇交通時代より、方向幕の系統番号表示の違い(市内線は緑色の丸囲み数字で表示、市外線は橙色の丸囲みなし数字で表示)で見分けられたが(6番及び那覇バスになってから導入されたLED行先表示車両は当初から例外)、経路変更等で方向幕を更新した市内線の番号表記には丸囲みがされていないものもあり、また路線番号の表記字形や色も市外線を含めて全社的に統一されつつあり、見分けのつかないものが見られるようになってきている。
なお、市内線には慣例的に1番から19番までの系統番号が割り当てられている(18番は沖縄バスが運行)。
市内線(系統番号10、12、18を除く) - 前乗り後降り前払い。整理券がなく、乗車時は前方のドアより乗りすぐに均一運賃を支払い、降車時は後方のドアより降りる。
市内線(系統番号10、12) - 後乗り前降り後払い。乗車時は後方のドアより乗って整理券を取り(12番は均一料金のため、取らなくてよい)、降車時は整理券の番号に対応した運賃を支払い前方のドアより降りる。
市外線(上記以外の系統番号) - 前乗り前降り後払い。乗車時は前方のドアより乗って整理券を取り、降車時は整理券の番号に対応した運賃を支払い前方のドアより降りる。後方にドアがある車両でも、後方のドアは使用しない。
県内バス4社の統合問題は、本土復帰後の1974年ごろから行われ続けているが、統合のメリットが無いとして全て白紙となっている。しかし、1990年以後に各社の経営が悪化したことなどにより本格的な統合へ向けての協議が開始された。1997年に一度、4社が統合計画に合意したが、この計画は170億円の公的資金注入が前提だったため、実現性が低かった。これを実現性あるものとするため、新会社が出資金や借入金で128億円を調達し、4社の資産や営業権を購入するとした内容にて始まった統合計画が2002年より行われた。
この計画内容は若干の変更が行われ、最終的には比較的経営状態の良い観光部門は各々の会社によって引き続き営業を続け、乗合部門のみを統合した新会社を設立する計画となった。この計画により、既存の会社へは新会社への資産、営業権売却により配分金を受け取ることになったが、当初の予定金額であった104億円(詳しい検証の結果、128億円から104億円へと変更となっていた)のうち、予定していた86億円の借入金が16億円にとどまり、資本金20億円と合わせ36億円しか用意できないことが判明した。