ライナー列車
WILLER TRAINS(京都丹後鉄道)は、2017年3月4日のダイヤ改正により、宮福線に朝の上り1本のみ「通勤ライナー」を運行している。JR西日本の同名の列車とは異なりライナー券を要する列車となっているが、ライナー券の発売枚数に制限はなく、着席保証はない。特急用車両であるKTR8000形「丹後の海」編成で運行されている。
1996年7月の宮崎空港線開業後は延岡駅発着列車が同線宮崎空港駅まで延長された。車両は485系のほかに783系も使用されたが、2011年3月に特急「ひゅうが」「きりしま」に置き換えられて廃止された。
鹿児島地区
鹿児島地区では西鹿児島駅(後の鹿児島中央駅)を中心として、鹿児島本線と日豊本線で運行された。
鹿児島本線では、1989年3月に川内駅 - 西鹿児島駅間に設定され、後に運行区間が出水駅 - 西鹿児島駅・鹿児島駅間に延長されたが、2004年3月の九州新幹線部分開業とともに川内駅以北が経営分離されたのに伴い、再び川内駅 - 鹿児島中央駅間に短縮。2011年3月に特急「川内エクスプレス」に置き換えられ、廃止された。
日豊本線では、1990年3月より国分駅 - 西鹿児島駅間で運行されていたが、 2004年3月に特急「きりしま」に置き換えられて廃止された。
琵琶湖線・JR京都線では、1987年10月より米原駅 - 大阪駅間で「びわこライナー」1往復が運行され、2003年6月に特急「びわこエクスプレス」に置き換えられる形で廃止された。車両は「雷鳥」用の485系が用いられていた。
関西本線(大和路線)
大和路線では、1988年3月の加茂駅 - 木津駅間電化にあわせ、「やまとじライナー」の運行が開始された。運行区間は朝が木津駅→湊町駅(現在のJR難波駅)間、夜が大阪駅→加茂駅間であった。車両は381系を使用。2011年3月のダイヤ改正をもって区間快速に代替される形で廃止された。
福知山線(JR宝塚線)
JR宝塚線では、1988年3月より篠山口駅 - 大阪駅間で「ほくせつライナー」が運行された。車両は「北近畿」用の485系・183系のほか、「エーデル北近畿」用のキハ65形も用いられた。2002年10月に特急「北近畿」(現在は「こうのとり」に改称)に置き換えられる形で廃止された。
381系「はんわライナー」
381系「やまとじライナー」
キハ65系「ほくせつライナー」