門司港駅
頭端式ホーム2面4線を有する地上駅。南側から1 - 5番線であるが、3番線はホームに面していない留置線(元は機回し線)となっている。2つのホームの間には日本の鉄道開業100周年を記念して建立された九州の鉄道起点を示す0哩(マイル)標がある。また、隣接して留置線(旧門司港運転区→小倉総合車両センター門司港車両派出)や乗務員宿泊所が存在する。
直営駅で、みどりの窓口が設置されている。また、関門海峡花火大会など多客時の際には、自動改札機を除外して空きスペースにSUGOCA簡易リーダーを設置して対応する。かつてはキヨスクが営業していたが、当駅目の前の門司郵船ビル内に出店しているファミリーマートレトロ門司港駅前店(ファミリーマート社の直営店)との兼ね合いにより閉店した。このため一時期、構内売店は1店舗も存在しなかったが、JR九州リテールとの契約によりファミリーマートが開店(時期不明)したため、構内売店が復活している。