水原駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。両ホームは跨線橋で連絡している。跨線橋は2つに仕切られており、新津寄り半分が東西自由通路となっている。列車の行き違いがない場合は両方向の列車とも、駅舎(南側)に面する1番線から発着する。2番線は以前、島式ホーム(2,3番線)であり、さらに3番線の外側には数本の側線が存在したが現在は市道などに転用されている。かつては正面口側新津方に貨物ホーム、西口側に山崎ヒューム管工場専用線が存在した。平日・土曜日のみ新津駅と当駅を結ぶ区間列車も1往復設定されている。
JR東日本新潟シティクリエイト(JENIC)が受託する業務委託駅で、新津駅が当駅を管理している。駅舎内には自動券売機、簡易Suica改札機、待合室、自動販売機、トイレなどがある。かつては売店もあった。
1番線ホーム上には、地元の名物であるハクチョウの剥製が展示されている。