丸善雄松堂
1990年代、丸善の経営が悪化し、東証一部上場の同社株式は仕手株となった。1999年、プリンストン債事件に巻き込まれ、56億円もの多額の特別損失を計上した。
2004年9月、旧・日本橋店に代わる基幹店「丸の内本店」を丸の内オアゾに出店、日本橋店は一旦閉店して建て替えを実施する。2005年8月3日、経済産業省に提出した産業再生法に基づく事業再構築計画が認定され、登録免許税の軽減措置を受けることとなった。翌8月4日に、大和証券SMBCプリンシパル・インベストメンツから1000億円の出資を受け、同社が21.66%の筆頭株主となり、再構築計画を実施することとなる。2007年8月3日、大日本印刷(DNP)と資本・業務提携。同月10日の大和証券SMBCプリンシパル・インベストメンツからの株式譲渡、2008年5月13日と8月20日の第三者割当増資を経て、大日本印刷の子会社となる。
2004年には、IT関係子会社を統合後、京セラコミュニケーションシステムと資本・業務提携し、新会社「京セラ丸善システムインテグレーション(KMSI)」を設立、27.3%を出資した(2016年に京セラコミュニケーションシステムが吸収合併)。
2007年6月26日に、Amazon.co.jpとオンラインストアの共同ブランドでの運営契約を締結し、8月28日からオンライン書店機能をAmazon.co.jpに移管して、「丸善オンラインストア」とした。2010年12月31日にて終了。
2008年1月30日に、コンビニエンスストアチェーンのam/pmを運営する株式会社エーエム・ピーエム・ジャパンと業務提携し、4月に新業態店舗「丸善キャンパスショップ」を山梨学院大学・山梨学院短期大学キャンパス内に出店。以降、他の大学などでも展開。