シグマ ハーモニクス
シグマの特殊能力の一つ。刻印と解き明かすべき謎の連結を繰り返すことによって、求める事象の結論を導く。
時の調律はこの超推理によって導いた結論を元に行われるが、どんな謎でも解き明かして結論を出す為、間違った推理ではとんでもない結論を出したり、適当に片付けて無理矢理調律を行うような事も。
声 - 福山潤
時の狭間に呑まれたシグマの前に姿を現し、謎めいた言葉を残しつつ彼等を導く黒いコートの人物。振る舞いや体格から男性である事はうかがえるが、素顔は見えず声もボイスチェンジャーを使ったかのように変えている。シグマに時の狭間に渦巻く「無限の死」の存在を教え、元の世界に戻すように告げる。その後も逢魔人に襲われて窮地に陥っていたシグマとネオンを救ったりもしている。
その正体は調律者である法水シグマ。黒上や月弓と言った使い人達によって紡がれた平和な歴史を調律し、本来の「逢魔に滅ぼされた歴史」に戻すべく生み出された存在。ベースは法水麟。長い間、使い人達と戦い続けた為、歴史が元に戻ろうとする力の増大に伴って最強の存在となりつつある。しかし、自身のオリジナルとなった法水麟によって引き起こされた歴史改変は自身の力では調律できなかったことから自分が調律できる世界に戻す為に、その役目を与えられた黒上シグマを導いていた。正体を隠していたのは、自身のオリジナルである麟との接触を避ける為と、万が一出会った際にそれによって生じる時の歪みを最小限に抑える為である。
声 - 能登麻美子
逢魔人であり、ディクソンと恋人同士のように振る舞っている女。今回の事件の首謀者の一人。ディクソンが倒された後は激しい復讐心に憑りつかれ、最後の事件を起こす。対決時は逢魔形態へと変異して襲い掛かるも、調律の所為で本来の力を出せずネオンに敗れ、大時計の中でディクソンと再会を果たし、共に再び封印された。彼女が起こした事件が、結果としてネオンの誕生とシグマの起源に繋がっている。二人とも逢魔人の中ではまだ若く、比較的力も弱い部類とされる。 ミス・エルキュル 第V楽章のボス。クリスティの逢魔形態。巨大なアコーディオンを持った異形だが、ベースのイメージが反映され、どことなく女性的な外観となっている。
黒上家の大婆で、静馬の母。戒律に厳しい。姫籠の家の出であり、本来は遣える立場にある黒上家に嫁いだ事は周囲を騒然とさせたと言う。
声 - 平野綾
ねねの孫で、ネオンに瓜二つの少女。しかし性格は引っ込み思案で、ねねやネオンとは似ても似つかない。内に秘めた力はねねをも凌ぐ。
幼少期より自分には重大な使命が与えられている事を察しており、最終決戦時にはゆうと共に最後の時紡ぎを行い、オルトゴールをシグマへと託した。
黒上家の列車の中からユリ子の無残な死体が発見される。しかしずっと居間に居たねね曰く、ユリ子は二階に上がったまま降りてこなかったという。黒上家は居間を通らなければ二階と行き来はできない。では何故、ユリ子は列車の中で死んでいたのか。そして事件を解くべく、二人の親子が黒上家を訪れる。
戦闘コマンドに相当し方向攻撃や全方位攻撃、回復、防御などがある。またマップ中で使用すると様々な効果を得ることができる。
大時計に式札を使用することで、事件が起きた前後の時間帯を移動する。行ける時間帯は捜査の進行に伴って増えていく。