根來泰周
2004年(平成16年)には日本野球機構・日本プロフェッショナル野球組織(プロ野球統括団体)の第11代コミッショナーに就任した。この年にオリックス・ブルーウェーブと大阪近鉄バファローズの合併問題に端を発するプロ野球再編問題が発生したが、最高責任者でありながら野球協約の不備を理由に「私には権限がない」として積極的な問題解決に努めなかった事、一部オーナーに対して「選手会は法的に労働組合ではないから、ストライキを起こしたら、球団は損害賠償を請求できる。交渉は強気にいって問題ない」と発言した事に対しファンが反発。その後の労使交渉では新規参入の条件緩和・有識者会議の新設などを提案、「もしストライキが起こったらコミッショナーを辞任する」と発言した。結果的にストライキが決行され一度は辞任を表明したものの、「次期コミッショナーが決まるまで」の条件で慰留され留任。
2007年1月に任期切れを迎えて退任したが、後任がなおも決まらず「コミッショナー代行」として事実上の続投。2008年4月にようやく後任が決定し、退くこととなった。
在任中にはドーピング検査の実施(2007年2月にNPBドーピング・コントロール規程発効)および暴力団の排除による、野球競技の健全化の推進に尽力した。また日本・韓国・台湾・中国のリーグ優勝チームでアジア王者を争うアジアシリーズの創設や黒い霧事件で永久追放処分を受けた池永正明の復権を認めるなどの功績があった。代行時代の2008年1月に発生したジェルミー・パウエル二重契約問題の対処にあたった。