SF巨大生物の島
南北戦争の最中、南軍に捕らわれていた北軍のハーディング大尉らは気球に乗って脱走し、従軍記者スピリットや気球の操縦士である南軍のペンクロフトと共に空を漂流する。数日後、嵐の中を抜けた気球は太平洋の孤島に漂着する。ハーディングたちはアメリカに戻るための船を作ろうとするが、巨大なカニに襲われる。カニを倒して食料としたハーディングたちは島の探検と船作りを始め、船が難破して漂着したイギリス貴族メアリーと彼女の姪エレナを助け、島での共同生活をおくる。
ハーディングたちは島の洞窟を拠点に順調に船作りを進めていたが、彼らの元には何処からか大工道具や武器などが届けられ、巨鳥を銃撃して命を救われることがあり、自分たちの他にも島に人間がいるのではないかという疑惑が起きた。そんな時、島に海賊が現れハーディングたちと銃撃戦になる。同じ頃、ハーバートとエレナは巨大蜂の巣に迷い込み、島の地底に逃れた。そこには、8年前にメキシコ沖で撃沈されたはずの潜水艦ノーチラス号が停泊していた。地底から泳いで外に脱出したハーバートとエレナは、そこで海賊船を爆沈したネモ船長と遭遇する。