コントラ戦争
10年近く続いた内戦はニカラグアに深い傷跡を残した。それは現在も経済の崩壊、治安の極端な悪化として顕在化している。膨大な犠牲と引き換えにニカラグアが手に入れたのは、民主主義だけだった。
1990年2月、国連の監視下で大統領選挙が行われ、国民野党連合(UNO)ビオレータ・チャモロが当選し、1990年4月に大統領に就任した。チャモロ政権は内戦で疲弊したインフラ・経済の再建、ハイパーインフレの終結に取り組み実現した。チャモロ政権の樹立により米国はようやくニカラグアに対する経済制裁とコントラへの支援を解消した。
1996年11月、大統領選挙で立憲自由党(PLC)のアルノルド・アレマンが当選し、1997年1月に大統領に就任した。アレマン政権は経済の規制緩和と自由競争を推進により経済発展を目ざすとともに、サンディニスタ民族解放戦線との政策協定により憲法と選挙法を改正した。
2001年11月、大統領選挙で立憲自由党(PLC)のエンリケ・ボラーニョスが当選し、2002年1月に大統領に就任した。ボラーニョス政権は汚職の摘発に取り組み、アレマン前大統領を逮捕し、アレマン前大統領は懲役20年の判決を受けた。
1980年、エル・サルバドルではサンディニスタ革命の影響を受けてファラブンド・マルティ民族解放戦線と政府軍の内戦が始まろうとしていたが、レーガンは「エル・サルバドル死守」を掲げてサンディニスタ政権を打倒し、アメリカにとっての都合の良い親米的な政権を再び樹立するために、アメリカ中央情報局(CIA)を使ってソモサ政権の残存勢力、サンディニスタ政権に不満を持つ勢力に対して資金と武器を供給して、反革命傭兵軍コントラを結成した。
エデン・パストラ率いるFSLNの一部は組織内部の対立によりコントラに合流し、コントラはサンディニスタ政権の打倒を目ざして革命政権に対して武力闘争を仕掛けた。コントラは主にニカラグアの隣国のホンジュラスを中心にして組織され、そこにコスタリカからのエデン・パストラの部隊(民主革命軍 ARDE)と、ニカラグアの大西洋側のモスキート海岸の先住民ミスキート族(MISURASATA)が加わって、三派に分かれて出撃した。こうしてアメリカは1989年の内戦終結まで主にホンジュラスのコントラを支援し、操作した。こうした勢力の訓練には国内で汚い戦争の経験を積んでいたアルゼンチン陸軍や、さらにはイスラエル国防軍も携わっていたとされている。
FSLN内での路線対立や、新聞社ラ・プレンサ紙のビオレータ・チャモロが政権から降り、最初に国家指導をした五人の内ブルジョワの三人は消えて、残った二人は本来は軍事部門であったはずのFSLNだけになった。また、内戦が進むにつれて言論弾圧や、祖国防衛のための徴兵制なども敷かれ、次第にニカラグア国民の間にFSLNに裏切られたという思いが蔓延してきた。