松山運転所
アスベスト問題を抱え、なおかつ老朽化が進んでいたことから、2008年(平成20年)10月15日をもって定期運用を終了し、同年度で全車廃車となった。なお、キハ65の国鉄急行色車両については、2008年11月23日から2009年1月3日まで四国鉄道文化館で展示・公開されており、2014年(平成26年)7月20日に開設された南館に保存された。
2016年3月ダイヤ改正で0番台車の4両は徳島運転所へ転属(集約)、1両残っていた1000番台車は廃車。
その後も2022年6月30日まで臨時の観光列車「伊予灘ものがたり」の専用車としてキロ47の2両(1401, 1402)が配置されていた。
全車両が製造当時の原型エンジンのため馬力不足で、かつ急勾配の走行が困難なことから、予讃線・内子線の松山駅 - 八幡浜駅間のみで運用されていた。