禁教令
スペイン国王フェリペ2世は1586年には領土の急激な拡大によっておきた慢性的な兵の不足、莫大な負債等によって新たな領土の拡大に否定的になっており、領土防衛策に早くから舵を切っていた。
スペイン側の視点では新領地獲得には否定的であることが判明しているにも関わらず、日本側は宣教を征服の一部と一方的な主張をしているが、この説を裏付けるものはガレオン船8隻の建造費に相当する巨額の財宝を没収された事に動揺した船員が怒りにまかせて口に出した出任せでしかなく、絶対的な軍事的優位を背景にフィリピン総督に服従せねば征伐すると勧告した豊臣秀吉がフィリピンからの侵略を恐れていたことを裏付ける資料もない。
1596年の禁教令において信徒に対する強制改宗などの政策は取られず、京都のフランシスコ会以外には弾圧は加えられなかった。キリスト教は建前上は禁止だがお目こぼしを受けていたという情勢下で、フランシスコ会を始めとする新参の修道会の活動が目に余ったために秀吉が弾圧に踏み切ったという説もある(古参のイエズス会は活動の自粛を促していたが、新参の修道会はそれを無視していた)。
明治政府は大政奉還(五箇条の御誓文)を出した翌日の明治元年3月15日(慶応4年、1868年4月7日)、5枚の高札により「五榜の掲示」を出した。ここでは、いくつかの江戸幕府の政策を継承することが記されており、その第三項に「切支丹邪宗門厳禁」として江戸幕府からの政策を継承する形で禁教令を出した。これに依拠して前年の「浦上四番崩れ」への対処も信徒の弾圧として続くことになり、信徒を流罪とし、さらに流刑先では拷問や私刑が横行した。
ただ、明治政府のこの対応は公的な布告として使われた高札も幕府から新政府に権勢が移ったことを示したにすぎなかったが、五箇条の御誓文で国際法を守ることを謳いつつ、高札ではそれに反するキリスト教の禁止を謳っていたため、英国公使パークスを始め、列強の反発を招いた(高札制そのものについても反発があったとされる)。
政府の外交顧問を務めていたシャルル・ド・モンブランは、明治2年(1869年)10月に「宗教政策に関する意見書」を提出し、日本が列強諸国からの信教の自由に関する内政干渉を避けるには、少しずつ政教分離政策をとるのが良策であるが、当面の間は黙許するのが良いだろう、と進言した。政府はこの策を採用し、明治6年(1873年)までに制度としての高札の廃止と同時に、これらの各条が事実上廃止され、キリスト教は当面黙認されることとなった。
先述のように元和年間を基点に幕府はキリスト教徒(隠れキリシタン)の発見と棄教(強制改宗)を積極的に推進していくようになった。これは世界に類を見ないほど徹底した禁教政策であった。
幕府はかねてより治安維持のために用いられてきた五人組制度を活用したり、寺請制度を創設するなどして、社会制度からのキリスト教徒の発見及び締め出しを行った。また島原の乱の後には、元和4年(1618年)に長崎で始まった訴人報償制を全国に広げ密告を奨励した。密告の報償金は、人物によって決まり宣教師の場合には銀30枚が与えられた。報奨金は時代によって推移したが、基本的には上昇しており、最後は宣教師1人に付き銀500枚が支払われた。棄教を選択した場合には誓詞(南蛮誓詞)に血判させ、類族改帳によって本人は元より、その親族や子孫まで監視した。また、隠れキリシタンの発見方法としては有名な物に踏み絵がある。そのごく初期には効果があったが、偽装棄教が広まるにつれ発見率は下がっていった。最後は正月の年中行事として形骸化し、本来の意味は失ってしまったが開国まで続けられた。
一方で苛烈な拷問も行われていた。
有名な物には、棄教のために京都所司代の板倉氏が考案したとされる「俵責め」がある。身体を俵に押し込めて首だけ出させ、山積みにして鞭を打つという拷問である。