ヒトマイクロバイオーム
例えば耕作により人類は精製糖を食生活に取り入れたが、Streptococcus mutansは増加した酸化ストレスへの防御機構と自ら産生する酸性の代謝産物への抵抗性を獲得し、他の細菌に優占するようになったとされる。
虫歯や歯周炎に代表される口腔の疾患は特定の細菌が原因となるのではなく、複数の常在細菌の集団が特定の条件で引き起こすと考えられている。また、口腔の疾患に関連した細菌は、数は少ないながらも常在している。そのため、口腔の疾患は病原体が新規に感染するのではなく、口腔微生物叢におけるバランスが破綻することによって引き起こされるという説が現在は受け入れられている。
長きに渡って口腔のマイクロバイオーム研究は他の部位と同様に培養可能な細菌に焦点を置いていた。しかし、現代においてはCPRと呼ばれる、培養されない極小な細菌群が生息していることも知られており、特にTM7門に属する細菌が多数生息する。他にもカンジダ属に代表される真菌やウイルスも生息している。CPR、真菌、ウイルスは口腔の細菌との相互作用を通じてヒトの健康にも影響を与えている可能性があるが、これらの微生物の理解は進んでいない。
ヒトマイクロバイオーム(英:human microbiome)は、ヒトの体内や体表で生息する微生物とその遺伝情報の総称である。腸内細菌叢には、ヒトの細胞数に近い約40兆個の細菌が存在し、皮膚(英語版)、口腔、鼻腔、膣などにも微生物が存在している。
2010年に欧州の研究者によって、ヒトの消化器に1000種以上、330万個の微生物の遺伝子の数があることが判明し、これはヒトゲノムの遺伝子2万5千の約150倍として注目を受けた。人類のDNAは99.9%が同じだが、ヒトマイクロバイオームでは構成が同じ人はいない。
2007年に開始されたアメリカ国立衛生研究所 (NIH) が開始したのは ヒトマイクロバイオーム計画(英語版)である 。翌年には国際コンソーシアム(米国、欧州、日本、中国からなる)が発足し、またMetaHITという、13の欧州の産学機関が参加するプロジェクトが開始された。
腸内をはじめヒトの体には微生物が定着している。