人形草紙あやつり左近
1999年10月8日から2000年3月31日までWOWOWで放送。全26話。DVD全9巻が発売された。キッズステーションでも一時期放送されていた。
原作にはない要素が数多く織り込まれており、第18話からはアニメオリジナルのエピソードが展開する。
この作品はアメリカ同時多発テロ事件の影響で「フルメタル・パニック!」の放送開始が延期になった際に穴埋め番組として再放送された。従ってこの時点で本放送ではスクランブル放送だったが、再放送時ではノンスクランブル放送という異例の放送となった。その後「フルメタル・パニック!」は3か月遅れでのスタートとなっている。
声 - 長嶝高士
傀儡館に勤める、三条静の補佐役。無口であまり話すことがない。
声 - 阪脩
左近の小学校時代の先生で、いじめられていた彼に人形遣いであることの自信を持たせ、その道を進むことを後押しした恩師でもある。
長年の夢を叶えるべく、教師を退職し、現在は蘭王博物館の事務長を務めている。
アニメ放送前に製作されたドラマCD。原案は原作者の写楽麿。前述の通り、主要人物のキャストはアニメ版と異なっている。
声 - 篠原恵美
舞のマネージャー。仕事のできる女性で、舞からは厚い信頼を寄せられている。
実は舞が捜し求めていた母親。16年前に夫から家庭内暴力を受けており、それに耐えてきたが、夫が娘の舞にまで手を上げようとしたことから、舞を守ろうと、衝動的に夫を刺殺してしまう。裁判では執行猶予が認められたが、殺人者の娘となってしまう舞の身を案じ、実家に彼女を預け、赤の他人として生きる道を選んでいた。
アニメでは、傀儡館の元従業員。