九州旅客鉄道
1992年(平成4年) 3月25日:大村線早岐駅 - ハウステンボス駅間電化。特急「ハウステンボス」運転開始。高速船「ビートル」の航路を博多港 - 平戸 - ハウステンボス間に変更。 6月1日:人吉鉄道事業部・霧島高原鉄道事業部開設。 7月15日:鹿児島本線に783・787系電車で特急「つばめ」運転開始。
1994年(平成6年) 3月31日:博多港 - 平戸 - ハウステンボス間の高速船「ビートル」休航。 6月1日:日南鉄道事業部発足。 12月3日:寝台特急「みずほ」が廃止。
1995年(平成7年) 4月20日:883系電車で特急「ソニックにちりん」運転開始。 9月1日:普通・快速列車を全面禁煙化。
1996年(平成8年) 1月10日:JR九州を含む三島会社が運賃を改定。JRグループの日本全国同一運賃体系が崩れ、運賃格差が発生。 2月1日:外食・物販部門をジェイアール九州フードサービス、ジェイアール九州リーテイルに分社。 4月20日:「ナイスゴーイングカード」会員募集開始。 6月1日:大分鉄道事業部(旧)・宮崎総合鉄道事業部・筑豊篠栗鉄道事業部開設。大分支社の管轄区域の一部(日豊本線市棚駅 - 佐土原駅)を鹿児島支社に移管。 7月18日:宮崎空港線が開業。 10月14日:公式サイトを開設。 11月1日:指定席の繁忙期料金を廃止(JRグループでは初めて)。
1997年(平成9年)6月下旬:定時株主総会後の取締役会で社長に田中浩二、会長に石井幸孝が就任。
1999年(平成11年) 10月1日:豊肥本線熊本駅 - 肥後大津駅間が電化。 10月17日:南福岡駅にJR九州で初めての自動改札機設置。 12月1日:長崎・熊本・大分(現)・佐世保・久留米・日田彦山・阿蘇・日南・指宿の各鉄道事業部を開設。
ただし、筑肥線は含まない。 筑肥線姪浜駅、今宿駅、周船寺駅は1983年まで「福岡市内」として扱われていたが、同年3月22日に博多駅 - 姪浜駅間が廃止されたことで「福岡市内」として扱われなくなった。同日に開業した福岡市地下鉄空港線とは通過連絡運輸が設定されており、前後のキロ程を通算して計算する。SUGOCAやはやかけん等の交通系ICカードで乗車した場合も通過連絡運輸の対象となる。
401km以上の運賃は外部リンク参照のこと。
地方交通線のみ利用する場合、擬制キロと営業キロにより特定運賃が適用される。
幹線と地方交通線を連続して利用する場合、運賃計算キロと営業キロにより特定運賃が適用される。
本州3社(JR東日本・JR東海・JR西日本)と通しで乗る際は本州3社の幹線運賃を適用するが、境界駅(在来線は下関駅、新幹線は小倉駅または博多駅)からの営業キロに応じて下表の加算額を加える。
2009年3月1日から、独自のICカード乗車券「SUGOCA」(スゴカ)のサービスを福岡県内の都市圏と佐賀県の一部を中心とした148駅で開始し、2012年12月1日から、既存エリアが熊本、大分の各都市圏まで拡大、長崎、鹿児島の各都市圏を中心に新規エリアが開設された。さらに2015年11月14日に宮崎市に新規エリアが開設されたことで九州全県の主な都市圏での利用が可能となった。2015年11月14日時点では、JR九州全566駅のおよそ半分にあたる284駅で利用が可能である。
発行するのは、プリペイドタイプのIC乗車券(無記名式・記名式)と、それに定期乗車券の機能を一体化させたIC定期券の2種類で、発売の際、デポジット料金として500円を徴収する。積み増せるチャージ上限は20,000円。
開始当初から電子マネー機能を搭載しており、駅売店などで利用できる。
「シングルジャケット」は駅員、運転士、在来線普通・快速列車の車掌、ホーム輸送係等が着用する。シングルジャケットには前述の縁取りやラインは省略している。乗務員を除く駅員、旅行支店勤務の女性職員には「女性接客用制服」が着用できる。これは、シングルジャケットおよび夏服をベースにしているが、冬服・合服ではネクタイの代わりにスカーフを、夏服ではカッターシャツの上からベストを着用することができる。共通して、ズボンの代わりにスカートを着用する。
初代同様に乗務員等では面ファスナー止めのエンブレムを左肩に取り付ける。従来のデザインから大きく変わり、黒地に金文字の英社名・役職名(和英ともに)を並べたシンプルで小さいものになった。在来線乗務員・指令員では金文字単色のものを使用する。
客室乗務員の制服は従来のものをマイナーチェンジし、専用制服を除きデザインが統一された。マイナーチェンジながら、生地の改良、機能性の向上により「これから先も通じる制服」としている。
技術系制服も更新され、青ベースの制服から灰色ベースの制服に変更となった。
九州新幹線は山陽新幹線と直通運転を行い、九州の各都市と山陽地方や関西とを結んでいるが、ここでも高速バスや航空機と競合関係にある。
近距離輸送の面では、管内には福岡市・北九州市(北九州・福岡大都市圏)をはじめ、九州各県の県庁所在地の近郊など比較的輸送量の多い線区も存在するが、首都圏や関西圏などのように莫大な収益をもたらすものではなく、経営の一助になるには至っていない。むしろ、管内には輸送密度が低いローカル線も多く抱え、沿線の過疎化などの社会問題も相まって年々利用が減少しており、経営の負担になっている。
このような経営環境にあり、ネット予約を用いた割引切符の拡充や増発などで主力である中長距離輸送のサービス向上を図る一方、現業部門のコスト縮減・合理化の一環として以下の施策により現業部門の人員削減を進めているほか、2020年代に入るとコロナ禍による鉄道事業の大幅な減収への対策として、不要な設備の撤去や普通・快速列車のロングシート化などによる保有車両数の削減を打ち出している。