制限修飾系
制限修飾システムには4つタイプが知られており、タイプI、II、IIIでは制限酵素活性とメチル基転移(メチラーゼ)活性を備えており、タイプIVは制限酵素活性のみを持っている。番号は発見された順に命名されている。
タイプI
最も複雑で、R(制限)、M(修飾)、S(特異性)の3つのポリペプチドから構成されている。Sサブユニットは、制限とメチル化の両方の特異性を決定している。この複合体はDNAの切断とメチル化修飾の両方を行える。どちらの反応にもATPが必要であり、しばしば切断サイトは認識部位からかなり離れており、さらに厳密には決まっていない。そのため、まちまちな長さでDNAが切断されてしまい、ゲル電気泳動では分離したバンドを明瞭に観察することは容易ではない。
タイプII
最もシンプルな構造であり、遺伝子工学の分野において最も普及している。メチルトランスフェラーゼとエンドヌクレアーゼは、複合体ではなく2つの別個のタンパク質としてコード化され、独立して機能する。両方のタンパク質は同じ認識部位を認識するため、活性をめぐって競合する。