過去に存在した長崎屋の店舗
仙台市中心部の一番町にある「三協商事ビル」地上階に核店舗として「長崎屋仙台店」が開店。当初は仙台市中心部唯一の大型スーパーであったが、1970年代にダイエー仙台店(現:イオン仙台店)、ジャスコ仙台店(現:仙台フォーラス)などが進出し競争が激化したため、1983年10月にファッションビル「長崎屋仙台シャル」に業態転換。2000年2月に長崎屋が会社更生法を適用したことに伴い、2002年9月に撤退。 なお、同ビルの地下1階にはオーケー一番町店が出店していたが、ビルの老朽化により2020年(令和2年)5月28日(当初は5月31日閉店予定)をもって閉店した。
仙台南店 → 仙台バイパス店(仙台市若林区)(1974年(昭和49年)4月26日開店 - 2009年(平成21年)3月8日閉店) 店舗面積約4,925m。 閉店後は空き店舗となり、2010年(平成22年)8月11日(水)にドイト仙台若林店が開店したが、東日本大震災での被災による長期休業の末に閉鎖し建物は解体された。跡地は斎場「若林典礼会館」。
建物名は「青梅共栄ビル」。開業当初の1972年11月からマルフジ青梅店 が長崎屋のテナントとして地下食品売り場を担当していた。長崎屋閉店後も「青梅共栄ショッピングプラザ」として、地下1階にマルフジ、1階・2階部分にはテナントとして衣料品店、飲食店などが入居していた。2015年1月7日をもってマルフジ青梅店は閉店、他のテナントも撤退して空きビルとなり、長年そのまま放置されていたが、2022年よりビル解体が開始された。
調布店(調布市小島町173、1968年(昭和43年)6月27日開店 - 1991年(平成3年)閉店) 店舗面積2,096m→2,042m。 調布駅北口の調布パルコ(1989年に緑屋跡に開店)の西側に隣接していた。閉店後はパチンコ店「ゴードン」が居抜きで入居していたが、2013年(平成25年)1月に閉店。建物は解体され、跡地には相鉄不動産によって分譲される地上15階、地下1階建のマンション「グレーシア調布」が2015年5月に完成した(低層階にはみずほ銀行調布支店が入居)。
府中店(府中市宮西町1-3、1961年(昭和36年)6月27日開店 - ?閉店) 店舗面積1,386m→1,650m。
(初代)八王子店(八王子市八幡町6、1957年(昭和32年)11月開店 - 1969年(昭和44年)閉店)
店舗面積495m
「旧・梅原呉服店」跡地に開店した店舗で、中町の2代目店舗へ移転のため閉店となった。
金沢店(石川県金沢市片町1-4-20、1969年(昭和44年)10月開店 - 1993年(平成5年)閉店) 店舗面積約4,521m。 有隣ビル(売り場面積2,869m)と柴野長崎屋ビル(売り場面積3,289m)に入居する形で出店していた。 金沢市郊外の西泉地区に移転・拡張する形でショッピングセンターのラパーク金沢が1993年(平成5年)10月21日に開業することに伴って閉店となった。 店舗跡はフローリッシュビル(7階建て)となっており、ザイマックス(東京都)が建物を所得していたが、2019年7月16日から翌2020年6月までに同じくザイマックスが所有する「エムビーエスビル」と共に建物を解体する。跡地は地上6階建てのホテルを建物解体後の2020年7月に着工し、2021年7月に完成予定。
レイ・プラザ店(石川県加賀市加賀市山代温泉神明町27-1)
函館店(1980年(昭和55年)8月開店 - 2009年(平成21年)9月6日閉店) →2009年(平成21年)10月にMEGAドン・キホーテ函館店に業態転換 北海道函館市美原1-7-1 北海道函館市郊外の赤川通地区に1980年(昭和55年)8月に開業した店舗で、1992年に直営売場面積約12,014 mでテナントの専門店街が売場面積約7,429 mへ増床した。 既存の専門店などのテナント約75店はほぼ変わらず営業を続け、直営部分を業態転換すると共に地下の直営の食料品売り場のうち約1,300 mに約10組の生鮮販売を手掛ける起業家に格安で売場を提供する「熱血商店街」の全国第1号店を開設した。
ラパーク旭川店→2008年(平成20年)11月7日にMEGAドン・キホーテ旭川店に業態転換 北海道旭川市北部の春光六区一条3丁目の国道40号線沿いにある郊外型ショッピングセンターの店舗。旭川駅前の平和通買物公園の一角にあった旧旭川店を郊外への移転する形で1992年(平成4年)11月1日に開業し、約1,000台収容の駐車場を併設した郊外ロードサイド型店の強みを生かして広域からの集客やかさばる商品の売上を伸ばすことに成功して開業初月に目標の約1.5倍の売上を上げた。
西帯広店(1997年(平成9年)3月14日開店) →2009年(平成21年)4月10日にMEGAドン・キホーテ西帯広店に業態転換 北海道帯広市西21南4に2階建てで約40店の専門店と直営店舗面積約7,400 mで全体の店舗面積約14,470 mに約1,400台収容の駐車場を併設した店舗として1997年(平成9年)3月14日に開店した。