八重山地震
しかし、溯上高の測量は「戸高」で行ったとされており家の戸板をスケールとした精度の低い測量であると考えられることや、85メートルより低い標高に位置する井戸が被害を受けなかったとの記録があることなどから、85.4メートルという遡上高は否定されており、この津波の遡上高を日本史上最高とするのは不適切である。津波が石垣島の宮良湾から名蔵湾へ縦断したという話を挙げて、これが85メートルの遡上高を示唆する言い伝えとされることがあるが、この話は牧野の著書に基づくもので、古文書の記録には存在しない。
GPSによる測量や数値計算の結果などから、遡上高の最大は石垣島南東部で30メートル程度と推定されている。多良間島の津波の遡上高は18メートル程度と推定されている。また、石垣島における津波石の分布と年代調査を行った加藤祐三(1987)は、遡上高を25メートル程度としている。
また、房総半島では、『諸色覚日記』に安房館山(現・館山市)の記録として「三月十日昼四ツ時房州、布良相浜の海辺は、不思議なことに度々汐の差引あり。船を残らず畑の際まで引揚げた。」とあり、土佐では『世用日記一』に同日、室津に浪入りがあったと記されている。
八重山列島の竹富島、波照間島、西表島等では津波の被害は受けなかったが、石垣島に行っていた島民が石垣島で被災した。ただし、黒島等では石垣島に出かけていた島民のほかに、島にいた島民にも死者が出た。
地震発生のメカニズムは、フィリピン海プレートがユーラシアプレートの下に沈み込むために生ずる、歪みがもとで発生した海溝型地震と考えられており、地震によって発生した海底地すべりが大津波を引き起こしたとされる。
東北大学災害科学国際研究所の調査によれば、津波で陸に打ち上がったと伝えられるサンゴ巨礫(津波石)を南西諸島の10の島において調査した結果、高波に由来する巨礫が全域に分布するのに対して、津波に由来するものは宮古列島や八重山列島に限られ、それより北の奄美諸島や沖縄諸島では発見されなかった。これによって地震による津波の範囲が限定的であったことが明確となり、過去2,400年間にわたって約150 - 400年周期で大規模な津波が来襲したという、別の調査の結果が裏付けられた。