ポケットモンスター オメガルビー・アルファサファイア
そのエリアに生息するポケモンを知ることができる要素。エリアを問わず同じポケモンに複数回遭遇すると、「サーチレベル」が上昇する。最初はシルエットでしか表示されなかったポケモンのアイコンは、一度捕獲することで完全に表示されるようになる。このアイコンをタッチするとそのポケモンだけをサーチすることができ、サーチレベルに応じて出現するポケモンの「生まれつきの強さ」が変わったり、野生でありながらもタマゴ技を覚えた状態になることがある。
『ルビー・サファイア』『エメラルド』と同じ人物に加え新規追加の人物も登場するが、アダンやフロンティアブレーンなど『エメラルド』にのみ登場した人物の多くは本作では登場しない。
元の『ルビー・サファイア』のシナリオに、メガシンカにまつわるエピソードが加えられている。 『オメガルビー』でラティオス、『アルファサファイア』でラティアスは殿堂入り後の徘徊からストーリー中盤のイベントで必ずもらえる仕様になった。
『エメラルド』で追加・変更された要素はほとんど存在しない。
伝説のポケモン・レックウザをメインとする新たなストーリー「エピソード・デルタ」が追加された。『ルビー・サファイア』におけるレックウザはストーリー本編に絡むことがなく、『X・Y』におけるジガルデのような扱いであった。