2006年度新人選手選択会議 (日本プロ野球)
高校生のみを指名可能な『高校生選択会議』は9月25日に開催され、大学生・社会人のみを選択可能な『大学生・社会人選択会議』と育成選手を指名する『育成選手選択会議』は11月21日に開催された。
2005年より行われている高校生、社会人の分離ドラフトはこの年で試験期間を終えた。
2005年に四国4球団で始まった独立リーグの四国アイランドリーグの選手が、発足して2年目でドラフトの初指名を受けた。角中勝也、深沢和帆の両選手は入団により支配下登録され、伊藤秀範は育成選手での登録となった。
高校生ドラフトでは平成生まれの選手が初めて指名を受けた。指名された平成生まれの選手は福田秀平、延江大輔、土井健大、山田弘喜の4名で、このうち福岡ソフトバンクホークスから1巡目指名を受けた福田は4名の中で最も早く入団交渉を終え、平成生まれ第1号のプロ野球選手となった。
11球団は高校ドラフト1巡目指名で競合する中、唯一広島はPL学園の前田健太を一本釣りで獲得した。また同球団は大学生・社会人ドラフトで全員社会人を指名。どちらの事例もドラフト史上初めて。
前年のドラフト会議において交渉権が訂正されるトラブルが発生したためにクジが変更された。前年まで当たり・外れ両方に押されていたNPB印がなくなり、当たりクジには「交渉権確定」の印が、外れクジには何も印刷されていないものになった。
入団拒否した選手が複数(長野久義・木村雄太)現れた最後の年である。