紅色細菌
紅色細菌は20世紀初頭に目(Rhodobacteria Molisch 1907)として認識され、硫黄粒を生じるか否かを基準に2科(当初の名前はThiorhodaceaeとAthiorhodaceae)に分類された。硫黄粒の有無は光合成の電子供与体として硫化物イオンを用いるかどうかを反映している。現在でも総称として使われている紅色硫黄細菌と紅色非硫黄細菌という名称はここに由来しており、1970年代まではこの分類体系が使われていた。なおその後、目や科の学名は改名され、硫黄粒が細胞外に生じるものは別の科に区別するようになったので、古典的な分類体系としては次のようになる。
紅色硫黄細菌 クロマチア科: 硫黄粒が細胞内に生じる エクトチオロドスピラ科: 硫黄粒が細胞外に生じる
紅色非硫黄細菌 ロドスピリラ科: 硫黄粒が生じない
しかし16S rRNA系統解析によると狭義の紅色細菌は多系統群であり、大腸菌、根粒菌、粘液細菌、様々な病原体などたくさんの非光合成性の細菌から成る巨大な系統の中に散在することが明らかになった。カール・ウーズは、これらの光合成能が独立に生じたのではなく、これら全ての細菌の祖先が光合成性であったと論じ、この巨大な系統全体を"Purple Bacteria"(紅色細菌)と呼んだ。さらに配列相同性をもとにα群、β群、γ群、δ群のように細分して扱うようになった。1988年になって、この巨大な系統群には新しくプロテオバクテリアという名前が与えられたが、今でも「大腸菌は紅色細菌の一種」のような広義の言い方をすることがある。
現在の分類体系では、紅色非硫黄細菌はプロテオバクテリア門の様々な位置に散在している。それに対し、紅色硫黄細菌はやはりプロテオバクテリア門だが、ほぼ従来のままクロマチウム目にまとめられている。紅色細菌が含まれる分類群と属の例を次に示す。
アルファプロテオバクテリア綱 ロドスピリラ目 Rhodospirillales ロドスピリラ科 Rhodospirillaceae: Rhodospirillum, Rhodocista アセトバクター科 Acetobacteraceae: Rhodopila ロドバクター目 Rhodobacterales ロドバクター科 Rhodobacteraceae: Rhodobacter, Rhodovulum リゾビア目 Rhizobiales Bradyrhizobiaceae: Rhodopseudomonas Hyphomicrobiaceae: Rhodomicrobium, Blastochloris, Rhodoplanes Rhodobiaceae: Rhodobium
ベータプロテオバクテリア綱 バークホルデリア目 Burkholderiales コマモナス科 Comamonadaceae: Rhodoferax 科所属不明: Rubrivivax ロドシクルス目 Rhodocyclares ロドシクルス科 Rhodocyclaceae: Rhodocyclus
ガンマプロテオバクテリア綱 クロマチア目 Chromatiales クロマチア科 Chromatiaceae エクトチオロドスピラ科 Ectothiorhodospiraceae