福岡トンネル
この微細なひび割れは、完成後の長い間に列車通過による振動や空気圧変動の繰り返しにより次第に拡大し、最終的に列車の通過が引き金となって剥落に至った、とされた。
この事故後、JR西日本はコールドジョイントに着目したトンネル点検を実施し、落下予防措置を講じて8月に安全宣言を出した。しかし10月9日になり、北九州トンネル内で始発前に重さ約226キログラムのコンクリートの塊が下り線線路わきに落ちているのが発見され、トンネル点検が終了するまで約10時間にわたって運転を見合わせることになった。剥落したのは打込み口と呼ばれる、側壁コンクリートにコンクリートを打設するときに、コンクリートが回り込みやすくするために設けられた突起部であり、前回の点検対象となっていなかった。これと同時期に、鉄筋コンクリート橋の中性化によるコンクリート片剥落事故や公団住宅の塩害によるコンクリート剥落事故などが相次いだことから、コンクリートの品質に対する社会的な不安をもたらした。
これを受けてJR西日本は、山陽新幹線トンネル安全総点検を実施した。1999年(平成11年)10月25日から52日をかけて、山陽新幹線の全142トンネル総延長280,495メートルの覆工総面積約590万平方メートルに対して、全面の打音検査を実施した。
小倉 - 博多間の経路選定にあたっては、筑豊炭田地帯における鉱区権や鉱害地域などが大きな要因となった。ほぼ鹿児島本線沿いの北案、筑豊本線の中間駅または筑前植木駅付近を通過する中央案、直方駅付近を通過する南案の3案に大別して検討を行い、さらに筑豊炭田地帯の遠賀川流域と犬鳴山付近の通過のルートによって7案を作って比較検討した。これらの案の中には、中央案に近い経路から途中で北案に近い鹿児島本線沿いへつなぐものや、犬鳴山付近で南側に経路をずらすものなどがあった。結果的に、小倉駅から北九州トンネルで皿倉山を貫き、遠賀川流域の炭鉱跡をなるべく回避しながら筑豊本線筑前植木駅付近を通り、ほぼ直線的に南西へ向かって犬鳴山直下を通り抜け、吉塚駅付近に取り付いて鹿児島本線沿いに博多駅へ至る経路が選択された。この案は、比較検討された7案の中では延長距離最短で、試算された工費も最安となるものであった。
しかしこの経路は、洪水調節、工業用水の供給、宮田町および若宮町(いずれも現在の宮若市)での上水道用水供給を目的として、1968年(昭和43年)から福岡県が予備調査を行っていた犬鳴ダムの貯水池直下を福岡トンネルが通るものとなっていた。このため福岡県では、新幹線ルートの変更を建設主体の日本国有鉄道(国鉄)に対して要求した。ところが高速性を優先する新幹線ではルートの変更が難しく、また変更すれば開通時期が遅れること、貯水池直下であってもトンネル建設に技術的障害はないことなどから、国鉄はルート変更を拒否し、貯水池直下のトンネル建設が実施されることになった。結果的にはこの計画により、後述するような問題点に長期間にわたって悩まされることになる。