北バージニア軍
北バージニア軍(当時はポトマック軍)の初代司令官はP・G・T・ボーリガードで、1861年6月20日から7月20日までの1ヶ月間だけその任にあった。彼の軍は6個旅団で構成されており、いくつかの民兵やそれ以前のアレクサンドリア軍管区(Department of Alexandria)からの砲兵部隊も含まれていた。ボーリガードが軍司令官だった間に、ポトマック軍の軍旗が決められ、後には北バージニア軍傘下の軍団や部隊全ての軍旗となった。当初の南軍の「スターズ・アンド・バーズ」は北軍の「スターズ・アンド・ストライプス」と見分けがつきにくく、このため新しい軍旗が決められたものである。7月20日にジョセフ・ジョンストンのシェナンドー軍が加わると、ボーリガードは軍司令官をジョンストンに譲った。従来のポトマック軍は第1軍団となり、ボーリガードはその軍団長となった。翌7月21日、南北戦争最初の大会戦となった第一次ブルランの戦いが発生し、ジョンストンとボーリガードはこれに勝利した。
その後戦争終了まで、北バージニア軍の組織に変更はなかった。軍の下には幾つかの軍団があり、各軍団は複数の師団から構成されていた。軍の兵力は最初の6ヶ月間で、46,380人から62,230人に増加した。7月には、ノースカロライナとリッチモンドの防衛の担当となった。リッチモンド・ピータースバーグ方面作戦では、軍の兵力は一時的に82,633人まで増加したが、軍の一部はシェナンドー渓谷にあったアーリー中将の指揮下にあった。
1864年、北バージニア軍はオーバーランド方面作戦、アーリーのボルティモア・アンド・オハイオ鉄道に対する襲撃、リッチモンド・ピータースバーグ方面作戦、シェナンドー渓谷方面作戦で、2倍以上の兵力を有する北軍のポトマック軍、ジェームズ軍、シェナンドー軍と戦った。1865年1月31日の編成では、69,659人の兵力を有していたものの、少なく見ても4,500人程度には銃が支給されていなかった。
軍司令官:ロバート・E・リー大将
1865年4月2日のA・P・ヒル中将の戦死後、第3軍団は解散し第1軍団に統合された。4月9日、リー大将は降伏した。翌日、北バージニア軍兵士・士官の不屈の勇気に感謝を述べ、一般命令第9号によって北バージニア軍は解散した。4月10日にこの解散の辞を受けた兵士は、28,231名であった。