天智天皇
668年4月10日(天智天皇7年2月23日)には、同母弟の大海人皇子(のちの天武天皇)を皇太弟とした。しかし、671年1月2日(天智天皇9年11月16日)に第一皇子の大友皇子(のちの弘文天皇)を史上初の太政大臣としたのち、671年11月23日(天智天皇10年10月17日)に大海人皇子が皇太弟を辞退したので代わりに大友皇子を皇太子とした。
白村江の戦い以後は、国土防衛の政策の一環として水城や烽火・防人を設置した。また、冠位もそれまでの十九階から二十六階へ拡大するなど、行政機構の整備も行っている。即位後(670年)には、日本最古の全国的な戸籍「庚午年籍」を作成し、公地公民制が導入されるための土台を築いていった。
中大兄皇子時代の660年(斉明天皇6年)に漏刻(ろうこく、水時計のこと)を作り、671年(天智天皇10年)には大津宮の新台に置いて鐘鼓を打って時報を開始したとされる。671年での日付(4月25日)に対応するグレゴリオ暦 (ユリウス暦ではないことに注意)の6月10日は時の記念日として知られている。
夫人:越道君伊羅都売(いらつめ) - 道君氏女 第七皇子:志貴皇子(しきのみこ、施基皇子・春日宮天皇。後に親王) - 光仁天皇父
采女:伊賀宅子娘(やかこのいらつめ) - 伊賀国造某女? 第一皇子:大友皇子(おおとものみこ、弘文天皇) 皇子:(阿閇皇子 - 日本書紀に見えず、疑問) 皇女:(阿雅皇女 - 同上)
宮人:忍海造色夫古娘(しこぶこのいらつめ) - 忍海造小竜女 第三皇子:川島皇子(かわしまのみこ) - 淡海朝臣・春原朝臣祖 皇女:大江皇女(おおえのひめみこ) - 天武天皇妃、長皇子・弓削皇子母 皇女:泉皇女(いずみのひめみこ、後に内親王) - 伊勢斎宮
宮人:栗隈首黒媛娘(くろひめのいらつめ) - 栗隈首徳万女 皇女:水主皇女(みぬしのひめみこ、後に内親王)
他にも藤原不比等は天智天皇の落胤という説が『興福寺縁起』『大鏡』『公卿補任』『尊卑分脈』などに見られる。