波動エンジン
しかしながら上記に挙げた「無限動力機関」としての一面はあっても、一度に発生可能なエネルギー量にも限界はあり、生じるエネルギーを超える速度でエンジン内のエネルギーを消耗した場合、エンジンの機能停止など窮地に陥るという場面も作中では度々発生している(作中ではエネルギーを食料とするガス生命体に取りつかれる、エネルギー吸収性質のある異次元空間に囚われるなどのエピソードで描写されている。一部のエンジン内のエネルギー保護に関する手段は後に工作班長の真田志郎による改良・解決手段によって改善された部分もある)。
松本零士が関わっている漫画版および諸ゲーム作品においては波動エンジンは、イスカンダルと同様の技術体系を持つガミラスの航宙艦艇にも採用されているという設定であるが、旧アニメ版においてはガミラス艦艇の動力機関が波動エンジンと同一のものであるとは明言されていない。
「波動」という用語は、宇宙波動理論ないし次元波動理論という架空の理論に由来し、当作品以外にも『松本零士999』内での「戦士の銃」のエネルギー源を筆頭にした松本零士作品群において超科学的なものを説明する便利なタームとして使われている。