ハプログループD (Y染色体)
4%と、日本全国の平均よりはやや濃い分布を示しているが、その内訳には大差は無い: D-M55(xM116) 10/259 = 3.9%, D-M116(xM125) 43/259 = 16.6%, D-M125(xP42) 31/259 = 12.0%, D-P42 6/259 = 2.3%。
高校生を対象とした2016年に発表された研究結果では、石垣島にある沖縄県立八重山高等学校及び沖縄県立八重山商工高等学校で採取された49人のサンプルのうち、16人(32.7%)がハプログループDEに属している。更に、宮古島にある沖縄県立宮古高等学校で採取された38人のサンプルのうち13人(34.2%)、沖縄本島の島尻郡南風原町にある沖縄県立開邦高等学校で採取された36人のサンプルのうち13人(36.1%)がハプログループDEに属すという結果が得られた。
アイヌにおいては「D1a2a」が16人に14人の割合に当たる87.5%の高頻度で見られた。アイヌに見られるD1a2aの内訳はD1a2a*(81.25%)、D1a2a1a(6.25%)である。
現在このハプログループDは、日本列島・南西諸島やアンダマン諸島、チベット高原で高頻度に観察されるほかはアジア、アフリカの極めて限られた地域で散発的にしか見つかっていない。
チベットではD1a1-Z27276、日本ではD1a2a−M55、アンダマン諸島ではD1a2b-Y34537 が高頻度である。
これらのハプログループは、同じハプログループDに属していてもサブグループが異なるため、分岐してから5万3000年以上の年月を経ている。
ハプログループDは、現在の中国、朝鮮、東南アジアにおいて多数派的なハプログループO系統や、その他E系統以外のユーラシア系統(C,I,J,N,Rなど)とは分岐から7万年以上の隔たりがあり、非常に孤立的な系統となっている。
D系統は東アジアにおける最古層のタイプと想定できるが、一つの説として東アジア及び東南アジアにO系統が広く流入した為、島国日本や山岳チベットにのみD系統が残ったと考えられている。
なお、同じくハプログループDEから分かれたハプログループEは、アフリカ大陸で高頻度、中東や地中海地域で中~低頻度に見られる。
またDEの子型でD系統にもE系統にも属さないDE*がチベット人でごくわずかに発見されている。