サンワーキン川
1830年代前半、太平洋岸北西部からサンホアキン・バレー南部を探検しにやってきた数人の罠漁師は、あわやのところで恐怖に出くわさずにすんだ。ヨーロッパ人から意図せずに持ち込まれた天然痘やマラリアによって、サンワーキン川の回廊地帯では1833年の夏の間だけで、全体の50~75%の先住民が死亡した。 この大流行はすぐには終わらず、数年続いて5万~6万人の先住民が死んだ後に急激に収束した。探検家のキット・カーソンは1839年に次のように記している。「...コレラ、またはその他の災難が彼らの間で大流行した。恐ろしい災難は猛威を振るい、彼らは死者を埋葬または火葬することもできず、空気は腐った身体の悪臭で満たされていた。」
カリフォルニアがメキシコの支配下にあった時代は人もまばらで、もっぱら牛の放牧が行われていた。ところが、1846年にカリフォルニアがメキシコから独立を勝ち取り、さらに数か月後にアメリカ合衆国の一部となってからは、アメリカ人の移住者がバレーに流れ込んできた。そのちょうど数年前では、ベンジャミン・デイビス・ワトソンは「牛の群れを彼のリバーサイド牧場からサンホアキン・バレーを通りストックトンまで運び、そこでは一人も白人を見なかったと報告した」。 しかしその後移民の数は少しずつ増えていき、キングストン、ミラートン、フレズノシティといった町が造られた。
1873年に設立されたカーン郡土地・水会社は1873年に投機家のジェームズ・ベン・アリ・ハギンによって設立された。水路システムによって16万ヘクタール以上の農地を供給した。しかし、ハギンは河川利用権を巡って他の地主とすぐに対立した。地区が広がるにつれて、積立金を増やし、工学的な専門知識を獲得し、ダムやより大規模な水路を建設した。この結果、川は下流に到達する前に干上がってしまい、どの程度水を割り当てるかについて下流の地主との間で意見が対立した。 ハギンのケースでは、ヘンリー・ミラーとチャールズ・ラックスによって経営されていたミラー&ラックス社との間に問題が発生した。同社はサンホアキン・バレー、トゥーレアリ湖など、カリフォルニアで40万ヘクタール以上の土地を所有していた。彼らの法廷闘争は結果としてサンワーキン川の水利権や法律を変え、大規模なアグリビジネスが推進されることは無くなった。
ミラー&ラックス社は20世紀に入ってからもしばらく、バレーでのアグリビジネスに影響を与えた。同社は1858年からバレーの土地を獲得し始め、最終的には南はカーン川から北はチャウチラ川まで至る広大な帯状の土地を支配した。その土地の大半が沼地や湿地で、事実上価値は無いと考えられていた 。しかしながら、会社の巨大な資本は数千エーカーの土地を排水するほどの余裕があり、ついにはサンワーキン川とトゥーレアリ湖に隣接した湿地の95%を消滅させるという、大きな環境の変化をもたらした。