九十九島 (西海国立公園)
1963年から1968年まで「九十九島」を愛称とする準急列車・急行列車が博多駅 - 長崎駅(筑肥線・松浦線・大村線経由)に運転されていた。同列車は1968年10月ダイヤ改正で「平戸」(1988年廃止)に改称されたが、その後2001年になって佐世保市で翌年の市制100周年に合わせて佐世保線の特急列車「みどり」の列車名を「九十九島」に改称しようという市民運動が起こり、市内を中心に署名を収集してJR九州へ提出した。この改称自体は2013年まで実現していないが、同年5月6日に「みどり」の臨時列車が「九十九島みどり」の列車名で下り1本・上り2本運行され、車内で九十九島せんぺいの配布や九十九島のPRなどが行われた。「九十九島みどり」は2013年のお盆のシーズンにも運行される予定である。
1991年から2008年まで高速バス「九十九島号」が西鉄高速バス・西肥バスにより北九州(砂津) - 佐世保(佐世保駅前)間に運行されていた。
2010年に佐世保市に編入合併された北松浦郡鹿町町では町内の北九十九島に属する島をもって「九十九島免」として独立した地名(大字)としていた。合併に伴い旧大字の地域に新しく設置された町の名称は「鹿町町九十九島」となっている。
カブトガニ : 2005年11月、全長約80cm・重さ5kgになる国内最大級のものが捕獲された。
カノコユリ : 佐世保市の市花
トビカズラ : 日本国内では熊本県山鹿市菊鹿町相良と九十九島の時計(トコイ)島だけに自生している。