マニラ大虐殺
そこで自供をすると裁判もなく憲兵に斬首されたが、ポルカピリオは拷問に耐え抜いて釈放された。しかし、地下牢から解放された容疑者は10人のうち1人に過ぎず、また、この地下牢に拘束されていたゲリラ容疑者は、マニラで市街戦が始まると放置されてそのまま餓死することとなってしまい600人が犠牲になった。憲兵隊の暴虐はフィリピン人の心に深く刻まれ、戦後しばらくの間は「KENPEITAI」という言葉が、日本軍に対する恐怖と暴虐の象徴として広く認知されていた程であった。ポルカピリオは当時の多くのフィリピン人の想いとして「アメリカから独立し、東洋の力で東洋の文化を育てたいという強い哲学があった。西洋の力で制圧されたくなかった。そのリーダーシップを日本がとって欲しかった」「もし日本が残虐行為をしなかったら、アメリカはフィリピンに戻ってこれなかった」と語っており、強引なゲリラ捜索は却ってフィリピン人の反日感情を高めてしまった。
レイテ島の戦いなどで日本軍が敗北すると、フィリピンゲリラの活動はさらに活発化し、日本軍部隊への攻撃や破壊工作が激化していた。日本軍はゲリラ討伐に明け暮れることとなったが、マニラ近郊でもサン・パブロでは、アメリカ軍が侵攻してくる前の1月中旬に日本軍が武装ゲリラの攻撃を受けて約20数名の死傷者を出していた。そこで振武集団は命令ではなく戦訓として、「米軍迎撃の際は、軍背後及び周辺を無人地帯化すべし」と通知した。この通知によって、ルソン島南部のバタンガス州に配置されていた歩兵第17連隊においてはより具体的に「対米戦に先立ちゲリラを粛清する」という命令が出されていた。
それでも、ゲリラを処刑するには国際法上は交戦の事実の立証が必要であるが、山下や日本軍はそれを怠ったに過ぎないことと、一見残虐に見える銃剣や軍刀による殺害も、日本軍が弾薬不足に悩まされており、多くの場合やむを得なかったとも指摘した。さらに、女性や子供の犠牲も多かったことについても、現時点でのアメリカ人的な感覚では信じられないが、もしアメリカ軍が当時の日本軍が直面していた焦燥と恐怖に追い込まれた場合に現代のアメリカ人が誇る「フェアプレーの観念」を最後まで持ち続けることができるのか?と疑問を呈した。さらに、「確かに、我が軍(アメリカ軍)の中にも、強姦が全然行われなかったわけではない。しかし、アメリカ兵が女や子供を含めて民間人を平然と銃剣で刺したり、銃で撃ち殺したりすることはとても考えられない。都市に爆弾を落とす航空兵は同じ結果を生み出しているが、彼は自分でしたことを見ることができない。そして西洋人の心には、個人的接触があるかないかということが、非常に重要である」と、アメリカ軍も同じ様に老若男女を問わず大量虐殺を行っているが、アメリカ人は直接手を下す虐殺の方に嫌悪感を覚えているに過ぎないとも指摘している。
そしてアメリカ人も歴史を遡れば、南北戦争では南軍北軍双方が残虐行為を行っているし、規模は違うとは言え、同じフィリピンでアメリカも過去に日本と同じようにフィリピン人の反乱に悩まされたとき(米比戦争)数多くの残虐行為を行ったことも指摘した。
マッカーサーは2月3日中には「我が軍は急速にマニラから敵を掃討しつつある」という勝利宣言をマスコミ相手に公表し、それを真に受けたアメリカ国内の各新聞は「勝った、マブハイ(タガログ語で万歳)」「太平洋戦の賞品たるマニラは熟れたプラムのようにマッカーサーの手に落ちた」などと報道したが、実際はマ海防の激しい抵抗でマニラ攻略の目途は立っておらず、マッカーサーとアメリカ軍の目論見は大きく崩れていた。このマ海防の激しい抵抗もマニラ市民の犠牲を増やす要因ともなった。
日本人住民の一部はアメリカ軍侵攻前にマニラを脱出していたが、他の住民たちの避難は殆ど進んでいなかった。その要因としてマニラを目指しているマッカーサーが「日本軍はマニラは無防備都市として宣言するであろう」とラジオなどを通じて喧伝しており、それを多くの住民が信じて避難が進まなかったという指摘もある。アメリカ軍がマニラに侵攻してきた時点では、マニラ市内には約80万人の市民が残っていたが、市内は平静を保っており、2月4日の時点でも、多くのマニラ市民は日曜日の礼拝のために教会に訪れ、まだ日本軍による食糧買い出しにフィリピン人経営の商店が応じていた。しかし、アメリカ軍がマニラ市のダウンタウンを占領すると、占領地のフィリピン人はどこかに隠し持っていた星条旗をちぎれるほどに振ってアメリカ兵を大歓迎する一方で、日本軍には非協力的となり、マニラ市内では日本軍の軍票がまったく使えなくなってしまった。
また、日本人とフィリピン人の民族性の違いも大きな障壁となった。フィリピン人はアメリカの統治によってアメリカナイズされており、いわば“茶色いアメリカ人”となっていた。日本軍はそのようなフィリピン人を見て、「個人主義にて愛国心なし」「怠惰にて労働を蔑視する」「400年も虐げられて何一つ精神文化を持たない被圧迫民族」などと見下していた。特にフィリピン人を激怒させたのが平手打ちであった。日本軍兵士が満州や中国でもやってきたようにフィリピン人に対しても気に食わないと平手打ちをしたが、アメリカナイズされたフィリピン人の多くは自分たちを紳士と考えており、頬を叩かれることが最大の侮辱であった。フィリピン人を研究した軍政監部の閣僚たちはそのことを理解しており、軍にフィリピン人に平手打ちをしないよう要請したが、それは徹底されず、なかにはある部落で尊敬されていた部落長を日本兵が平手打ちしたため、その部落から復讐されて分遣隊の日本兵が皆殺しにされるという事件も発生した。また、他の東南アジア占領地でも行ってきた、大東亜共栄圏の理想の元の日本語の教育強制など行き過ぎた皇民化教育もフィリピン人の反感を買った。結局、日本人の多くはフィリピン人の特性を理解することはなかった。
日本は、ホセ・ラウレルを大統領とするフィリピン第二共和国を成立させて形ばかりの独立を認めたが、軍政の失敗もあって大半のフィリピン人は日本による支配を受け入れてはいなかった。対日感情は悪化する一方であり、この頃のフィリピン人が異口同音に言っていた皮肉は以下のようなものであったという。
リンガエン湾に上陸したアメリカ軍は第1騎兵師団と第37歩兵師団(英語版)がマニラに向けて急進撃していた。2月1日には、宇野寛大尉率いる陸軍部隊の臨時歩兵大隊がマニラ近郊でゲリラとの戦闘に巻きまれている中、アメリカ軍の急襲を受けて壊滅した。マニラ近郊で戦闘が始まり、マ海防にも緊張が走ったが、たとえアメリカ軍がマニラ市内に侵攻するにしても、まだマニラ周囲には日本軍の部隊は配置されており、そう簡単には市内に達することはできないだろうとたかをくくっていた。しかし、アメリカ軍はゲリラに道案内をさせており、2月3日にはゲリラに先導されたアメリカ軍が4方面からマニラに侵攻してきた。
アメリカ軍はサント・トーマス収容所に大量の捕虜が収容されていることを掴んでおり、マッカーサー直々の「とにかく早く行け。サント・トーマスの捕虜を解放しろ」との命令によって、第1騎兵師団第1旅団のM4中戦車も含む700人の兵士で編成された遊撃隊は遮二無二に進撃して、2月3日の午後8時40分に収容所に到達した。アメリカ軍の急進撃は日本軍の予想を遥かに超えており、収容所に向かうアメリカ軍戦車は突然湧いたかの如く、マニラ都心近くの道路上を進撃してきたため、マ海防の兵士たちは日本軍の戦車と誤認し、直立不動で捧げ銃をしたところをアメリカ軍戦車の機銃掃射で射殺されてしまった。アメリカ軍侵攻の報告を受けたマニラ防衛隊陸軍部隊指揮官野口は「やられた。
結局、このマニラでの虐殺行為の責任は軍司令官の山下が負わされることとなった。マッカーサーはフィリピン人の日本人に対する復讐心を満足させ、アメリカの寛大な占領政策を印象づけさせるためと、アメリカ軍のおこなったマニラ破壊の責任を日本軍に転嫁するために山下を裁く必要があると考えた。山下はマッカーサーの意向もあってぞんざいな扱いを受けており、参謀長の武藤章中将が、独房とは言え犯罪者のように軍司令官の山下を扱うことに激高して「一国の軍司令官を監獄に入れるとは何事だ」と激しく抗議したが受け入れられることはなかった。マッカーサーは山下を裁くため、西太平洋合衆国陸軍司令官ウィリアム・D・ステイヤー中将にマニラ軍事裁判の開廷を命じたが、5人の軍事法廷の裁判官は、マッカーサーやステイヤーの息のかかった法曹経験が全くない職業軍人であり、典型的なカンガルー法廷(似非裁判:法律を無視して行われる私的裁判)であった。
山下はこの法廷で、聖パウロ大学(サン・パブロ大学)での994名殺害、北部墓地での約2,000名の処刑、サンチャゴ要塞での集団殺害などで裁かれることとなったが、裁判の様子は記録映画をつくるため、当時は貴重であったカラーで撮影され、建物の外には多くのフィリピン人が押し寄せ、その見物客を見込んでアイスクリーム売りの出店が出店するなど、見世物のようになっていた。裁判では虐殺を生き延びた多くのフィリピン人が証言台に立ち、ベイビューホテルで性被害を受けた女性たちの「3人の日本海兵が、私を引きずり出しました。