内房線
君津駅で夜間滞泊した車両が上総湊駅まで回送され、折り返して営業列車となる。
京葉線直通の通勤快速・快速は2015年3月14日のダイヤ改正より巌根駅も停車駅となり、内房線内は各駅に停車する。しかし、下り列車に関しては「普通」「各駅停車」とは案内されず、「通勤快速」「快速」のまま案内される。
このほか、前述したように京葉線東京駅行き普通列車が朝に1本、夜に2本運転されており、夜1本目の快速と夜2本目の快速(土休日は3本目の快速)が、君津駅到着後に折り返す運用である。なお、夜3本目の快速(土休日の4本目)は、君津駅到着後、普通列車として千葉駅 - 君津駅間を1往復して君津駅まで運行後、木更津まで回送され夜間滞泊する。平日の通勤快速(土休日は快速)は、以前は君津駅到着後、君津駅 - 千葉駅と千葉駅 - 木更津駅間を1往復して終点で夜間滞泊していたが2021年3月13日のダイヤ改正から千葉駅 - 木更津駅間の上り・下りの最終列車としてもう1往復運転されるようになった。これに伴い木更津始発の京葉線車両の運用が定期で初めて設定された。平日の通勤快速(土休日は快速)は木更津駅、夜3本目の快速(土休日の4本目)は君津駅まで運行後、回送され同じく木更津駅で夜間滞泊する。これは、京葉車両センターに所属する京葉線の車両が千葉駅に乗り入れる唯一の運用である。
2021年3月13日のダイヤ改正で木更津以南の系統がE131系2・4両によるワンマン運転に変更された。館山駅を跨いで木更津駅と安房鴨川駅間を直通する列車が増加し、さらにその列車のほとんどが安房鴨川駅を越えて木更津駅 - 外房線上総一ノ宮駅間において直通運転するようになり、それまで設定されなくなっていた外房線と相互直通する列車も復活した。朝夕に設定されていた千葉乗り入れは大幅に削減され、朝の上り、夜の下りのみに削減された一方で、君津駅 - 上総湊駅間では増発されている。
その後、E131系では慢性的な混雑が発生したため、途中から木更津駅 - 安房鴨川駅間で209系の運用が復活した。2022年3月のダイヤ改正では一部列車が209系による千葉直通に置き換えられた。
前述の通り、編成両数は列車によってまちまちだったが、2021年3月の改正により209系は原則8両編成に統一された。E131系による列車は2・4両編成で運転されている。
2015年3月14日改正までは館山駅→君津駅間を普通列車で運転し、君津駅→東京駅間を特急「さざなみ」として運転する列車が設定されていた。
72系(32系からの改造車を含む) - 1968年運用開始。1976年運用終了。
113系(総武線快速・普通) - 1969年運用開始。2011年に運用終了。
153系(急行) - 1975年運用開始。急行「内房」号などで使用された。1982年に定期運用終了。
165系(急行・普通) - 1969年運用開始。急行「なぎさ」号などで使用された。1982年に定期運用終了。
183系(特急・普通) - 1972年運用開始。特急「さざなみ」号などで使用されたが、2005年に定期運用を終了し、以後は波動用として団体臨時列車等に限定して運用された。
205系(通勤快速・京葉線快速・普通) - 1990年の京葉線東京駅 - 新木場駅間の全線開通時から運用開始。京葉線直通および間合い運用。2011年に定期運用終了。
211系3000番台 - 2006年運用開始。2011年に定期運用終了。
113系
京葉線直通列車に使用されていた205系
211系