綜芸種智院
ただ、実際に空海の構想がどこまで実現されたかは明らかでない部分が多く、綜芸種智院の設立自体を疑問視する見解も一部にはある。綜芸種智院は、空海の死後10年ほど経た承和12年(845年)、所期の成果を挙げることが困難になったとして、弟子たちによる協議の末売却された。その売却益は東寺の真言僧育成財源確保のための寺田(所在地丹波国多紀郡、のちの大山荘)購入に充てられている。売却まで運営されていたのか、それ以前からすでに運営されなくなっていたのか定かでないが、一般的には、天長5年末から承和12年までの20年弱が、綜芸種智院の存続期間と考えられている。廃絶理由として、財源不足、後継者難、真言教団維持優先への路線転換、構想自体の非現実性、実際は朝廷による民衆懐柔のための一時的施設であったとする見方など、様々な理由が挙げられているが、いまだ定説を得るに至っていない。