蓬萊学園
図書委員会
学園内の図書管理や文化的な行政全般を担当する委員会。生活指導委員会と共に整理整頓委員会を前身とする。
一般には地味な内容と考えられがちであるが、蓬萊学園には旧図書館の魔道書を筆頭に危険極まりない蔵書が多く、学園屈指の戦闘能力を誇る委員会とされる。ただし、興味の対象が蔵書以外には向かない為、他の委員会から危険視されることはあまりない。
かつて行われた旧図書館への整頓隊を実質的に担当し、多大な犠牲者を出している。94年に魔導書研究会と合併し、外局として「旧図書館管理局」を設立した。
二級生徒問題対策委員会
92年の朝比奈裁判により暴露された二級生徒問題の解決のため、94年に設立された委員会(平等委員会)。
二級生徒救済を目的に結成された人権擁護団体「水平線の会」が中核となっている。
飛行委員会
学園が保有する飛行船の運営管理を担当する委員会。
本土との物資輸送に使われる大型の物から、連絡用の小型まで多種多様な飛行船を保有している。委員には趣味人が多いが、90年当時は反SSの牙城として孤高を保ち、空を悠然と進む巨大なツェッペリン型飛行船は反SSの象徴として、多くの反SS有志に希望を与えた。
保健委員会
学園の医療関係以外に消防等も担当する委員会。
ラジオ・TV放送委員会
学園内のラジオ・テレビ放送を担当する委員会。報道機関の中立を守る為、委員長会議での票決では常に「棄権」する。
校内巡回班
公安委員会・学園銃士隊とならぶ「学園三大警備団体」の一つ。昭和44年(1969年)に剣道部有志によって設立され、1990年までは風紀委員会に属していたが、90年動乱後の風紀委員会解散により生徒会直轄の外郭団体となった(大正11年に解散した撃剣部の末裔とも)。
班長(通称局長)と副長以下に見廻組各隊が編成され、それぞれに隊長と隊長代理、筆頭などが置かれた。揃いの羽織袴に帯刀した姿は、幕末の新撰組を髣髴とさせる。
学園内での真剣帯刀を許された上に「斬り捨て御免」の特権を有しているが、切られても「みね打ち」であることが多く、実際に死傷者が出ることは少ない。また買収が効かないことでも有名だが、攻撃方法が単純な力押し一辺倒であることから、逃れるのは比較的容易と評されている。
班士になるには採用試験があり、元々は剣道部員が必要条件であったが後に緩和され、剣道部員に匹敵する武道の心得がある者も採用試験を受けられるようになった。ただし「執行部・学園当局の成員を極力排除する」という不文律がある。本来は女人禁制だが、緩和の影響なのか女子生徒も班士となる者はおり、女子とはいえ恐るべき剣の使い手ばかりである。