塩基性ヘリックスループヘリックス
1989年、MurreらはさまざまなbHLHタンパク質の二量体が短いDNAモチーフ(後にE-boxと名付けられた)に結合することを示した。このE-boxのDNA配列は CANNTG である(Nはどのヌクレオチドでもよい)。
1994年、HarrisonのグループとPaboのグループはE-boxに結合したbHLHタンパク質を結晶化し、bHLHの塩基性配列がE-boxの主溝 (major groove) の特定のヌクレオチドと相互作用するような向きで、平行な4本のヘリックスバンドルは結合することを示した。
1994年、WhartonらはSingle-minded (Sim) やAhRを含む、PASドメインを持つbHLHタンパク質が非対称的配列を持つE-box配列に結合することを示した。
1995年、SemenzaのグループはHIFが非対称的配列を持つE-boxに結合するbHLH-PASのヘテロ二量体であると同定した。
2009年、Gorve、De Masiらは"E-box-like sequences"と名付けられた、bHLHタンパク質が結合する新たなDNAモチーフを同定した。その配列は CAYRMK である(YはCまたはT、RはAまたはG、MはAまたはC、KはGまたはT)。