コパ航空
1998年にコンチネンタル航空が49%の株式を取得、総合的な運航面、営業面での提携を開始。1999年にはコンチネンタルが51%に増資し、ロゴもコンチネンタルに合わせたものに変更した。当時は「ワンパス」マイレージ・プログラムに参加した。2005年にはコンチネンタルの出資比率を約27.3%に引き下げ、2006年にはさらに約10%までに引き下げた。
2005年にコパ航空はコロンビアの国内航空会社アエロ・レプブリカ(AeroRepública)の株式9割を取得し、コードシェア便の運航を開始。その後コパ航空コロンビア(英語版)(Copa Airlines Colombia)と改名し路線拡大、機材刷新を実施。同年12月には親会社コパ・ホールディングSAがニューヨーク証券取引所に1400万株で株式上場。
2009年にコンチネンタル航空とともにスカイチーム脱退を発表、その後2010年にユナイテッド航空によるコンチネンタル航空買収により、スターアライアンスへ加盟した。