日本キリスト教協議会
2002年(平成14年)1月7日、日本の皇太子徳仁親王・同妃雅子夫妻に長女の愛子内親王誕生に関連したマスメディアによる報道を『狂騒ともいうべき、異常で過剰な天皇及び天皇家への祝意・賛美の宣伝で埋め尽くされた。』と評し『こうした押しつけがましい態度は許されるのか。天皇・皇太子夫妻・皇族はそれほど特別で偉い存在なのか。』として今後、国会・政府・マスコミが祝意の強制・押しつけを行わないように、と抗議した。
2003年(平成15年)、在日韓国人人権宣教協議会や外キ協(外登法問題と取り組む全国キリスト教連絡協議会)と「日本は朝鮮半島分断の受益国であることを認め、植民支配の歴史責任問題を一日も早く解決し、北朝鮮と日本の交渉再開、在日韓国人と朝鮮人に対する差別政策、人権弾圧を中止すべきだ」と共同宣言を発表した。
2004年(平成16年)6月に、日本の国旗「日の丸」・国歌「君が代」の強制に反対する声明を発表した。
2010年(平成22年)8月に同協議会靖国神社問題委員会が平和遺族会全国連絡会・政教分離の侵害を監視する全国会議と共に石原慎太郎・東京都知事(当時)の靖国神社参拝に対して、政教分離を理由に中止を求める共同声明を発表した。
日本基督教団、日本聖公会、日本バプテスト連盟、日本福音ルーテル教会、日本バプテスト同盟、在日大韓基督教会
2019年に在日大韓基督教会と合同で北朝鮮を訪問し、朝鮮キリスト教連盟のカン・ミョンチョル委員長と協議。平壌の鳳岫教会で礼拝を行い、日本の戦争責任についての謝罪文を朗読し、共に朝鮮半島の統一を祈祷した。NCCの比企敦子・教育部総主事は、平壌産院に設置された乳腺腫瘍研究所や各種教育施設を見て回る中で、北朝鮮の無償医療制度や教育制度などの社会的施策に感動を覚えたと延べ、「朝鮮では、国家によって出産・育児の環境が十分に整えられ、女性たちの社会進出が進んでいることを知った。また、ホームレスも見当たらず、弱者を包み込む優しい社会だと感じた」と語り、「メディアが刷り込んだ『貧しい北朝鮮』という印象はすっかり払拭された。朝鮮の実状をより多くの人々に伝え、日朝市民交流の裾野を広げていきたい」と、賞賛した。しかし北朝鮮の宗教の自由や一党独裁についての批判は一切語られていない。