アンドリュー・タネンバウムとリーナス・トーバルズの議論
もう一つ、議論で繰り返し言及されてきたのは、LinuxやMINIXの代わりとして使うことができるシステムについてであった。例えば、GNUと4.4BSDである。タネンバウムは、議論の発端となった最初の投稿では、GNUを薦めていた。GNUはLinuxと異なり、「現代的な」 (モダンな) システムであると述べたのであった。タネンバウムは、2回目の投稿で次のように述べた。「 [...] 5年後には誰もが自由なGNUを、200MIPSで64MBのSPARCstation-5 [のコンピュータで] 動かしていることでしょう」議論に参加した人々のうち複数の人々が、GNUはLinuxやMINIXの代わりとしてはふさわしくないと考えた。Kevin Brownは、GNUをベーパーウェアと呼び、(GNUではなく) Linuxによりx86アーキテクチャから大きな恩恵を受けることができるであろうと述べた。x86アーキテクチャは、この議論の後も一般的に使われ続けており、一般の人々が手に入れやすいアーキテクチャとなっている。Linuxの初期の開発に貢献したセオドア・ツォーは、マイクロカーネルの方法からは恩恵を受けることができるであろう、しかし「 [...] Linuxは手元にあります。そしてGNUは手元にありません。そして複数の人々が [ GNU ] Hurdを長い期間をかけて開発し続けてきています。それも、リーナスがLinuxを開発してきた期間よりもずっと長い期間をかけて」トーバルズは、GNUの人々の努力に関心を払ってきたが、次のように述べている。
トーバルズはまた、自分が自由になる時間を使ってLinuxを開発し、Linuxを誰もが自由に無償で使えるように公開したことを強調した。なおMINIXは、この時点では誰もが自由に無償で使えるようにはなっていなかった。さらにトーバルズは、特にIntel 80386向けにLinuxを開発したと述べた。それは単に、Intel 80386アーキテクチャについてより深く学ぶことができるようにするための、自分の個人的なプロジェクトを行っていたからであった。こうした事情からトーバルズは、Linuxはカーネル自体は移植性の面でMINIXより劣っていると述べたが、一方で移植性のあるアプリケーションプログラミングインタフェース (API、システムコール) がLinuxの設計原則であるとも述べた。この設計原則に従うことで、Linuxの設計を簡潔にすることができたとしている。このような理由から、トーバルズは「LinuxはMINIXより移植性が高い」と述べた。
トーバルズの返信に対してタネンバウムは、MINIXのいくつかの制限は自分が教授であることに関係していると述べた。MINIXのシステムには、平均的な学生が使うような資源の少ないハードウェア上でも動作することができることという要件がある。タネンバウムは、Intel 8088 を基にしたコンピュータに言及した。Intel 8088を基にしたコンピュータは、ハードディスクを備えていない場合がある。