チャニング・ウィリアムズ
大隈はその後、駆け出しの外交官として浦上四番崩れについてのイギリス公使パークスとの交渉を成功させ、新政府内で頭角を現し、その後政治家として大成していく契機となったが、これはウィリアムズとフルベッキから、一通りキリスト教の教義を学び会得していたことによる成果であった。前島はウィリアムズから郵便制度も学ぶが、これが後に日本の近代的郵便制度の基礎確立に繋がることとなった。漢字廃止論もウィリアムズから示唆を受けたものである。
ウィリアムズとフルベッキは盟友となり、フルベッキの子供たちはウィリアムズより洗礼、堅信を受け聖公会員となった。ウィリアムズはのちに立教大学を創設するが、早稲田大学の建学者たち(建学の祖フルベッキ、早稲田大学創設者の大隈重信、校長となる前島密、致遠館督学の副島種臣)にも大きな影響を与えた。また、ウィリアムズはのちに早稲田大学(当時、東京専門学校)で教鞭をとった儒学者の谷口藍田とも交流し、藍田に英語や海外事情を教え、藍田からは和漢の学について教えを受けた。1863年には、肥後藩士で坂本龍馬と肥後藩を薩長同盟に参加させようと画策した荘村助右衛門(荘村省三)もウィリアムズの下で学んだ。1866年に、荘村はウィリアムズから日本人として最初の洗礼を受けている。この頃の長崎では龍馬や荘村をはじめとする幕末の志士たちが多く活動した。ウィリアムズ、フルベッキが当初暮らした崇福寺と志士たちも利用した料亭花月のある丸山、志士たちのスポンサーであったとされる大浦慶の邸宅、ウィリアムズ、フルベッキがその後暮らした東山手居留地、志士たちに艦艇や銃器を提供販売し、亀山社中とも取引を行ったトーマス・グラバーのグラバー商会やグラバー邸は、程近くにあり、海外の情報を得て学びたい志士たちと、外国人たちのコミュニティが出来上がっていた。
北関東の寄居町へウィリアムズの巡回時、荒川の渡船場で年老いた船頭が「いま、ここを神様のような方が通られました」と後続の日本人信徒にいったという。
非常な倹約家で、当時の米国聖公会主教の月々の俸給は 400 円(現在の価値で約 150 万円)だったが、彼の生活費は 15 円(同約 6 万円)程度だったといわれている。このようにして貯めたお金は、教会の建築に多額を費やすなどして使っている(築地の聖三一大会堂、京都の聖ヨハネ教会は、ほとんどがウィリアムズの私費によって建てられたとされる)。また、路傍の困窮者へお金を与えることもあったが、その際も彼はこれみよがしに金を差し出したりはせずに、「汝の右手のなすことを左手をして知らしむるなかれ」の教え通り、困窮者のもとに近寄り、袖の下から落とすようにしてこっそりと金を差し出すのが常であった。
雇っていたコックが買い出しの際に値の張るものを買ってくると、それを返してより安いものへと交換しに行かせた。耐えかねたコックが「もうあなたのコックは務まりません。」と退職を申し出た際、ウィリアムズは「そうですか。それは残念です。これはあなたが今まで貯めたお金です。」と言って、彼が食べ物を返品した際の差額を貯蓄していたものを差し出した。これに感動したコックは、引き続きウィリアムズのもとで働き続けることとなった。
彼のポケットには金平糖が入っており、それをことあるごとに子供たちに配って喜ばせた。この逸話に由来し、現在立教大学にあるウィリアムズ主教の銅像は、金平糖を取り出す際の仕草として片手をポケットに入れた姿になっている。
大浦慶と手を組み製茶貿易で成功し、土佐藩が頼りにしたウィリアム・オルトが経営するオルト商会やオルトの邸宅も近くにあった。東山手居留地の英国聖公会会堂は、長崎に駐在する欧米の外国人たちが集い礼拝する場所であった。教会管理人の一人をグラバーが務めた。日本のその後の動きを決める、話し合いがこの長崎のコミュニティでなされたと言ってよい。またウィリアムズを訪れる日本人の将校は、公式な訪問を避けるために、夜間に訪れるなど、秘密裏に情報交換をしていた。1864年4月にはウィリアムズとフルベッキの2名による「日本の当局に抑圧された日本の”浪人”や長州藩の下関戦争」の内容を含むレターを米国聖公会海外伝道委員会が機関紙に取り上げている。
ウィリアムズは日本に着任後、同じ聖公会として、英国国教会に伝道協力を求めていた。また長崎在任中の1861年4月には、アメリカ南北戦争が開戦し、アメリカ本国からの援助が途絶える状況もあった。1860年4月7日には、英国国教会(英国聖公会)のジョージ・スミス主教が長崎に来日し、翌年10月26日にジョージ・スミス主教の寄金と居留外国人の献金によって、上述のとおり、英国聖公会会堂が設立され、英国国教会の教会チャプレンを務め、同じ聖公会として日本での連携活動を行った。 ウィリアムズの要請により、1869年1月になって、英国聖公会宣教協会(CMS)の宣教師ジョージ・エンソルがCMS最初の日本宣教師として長崎に来日した。