新潟車両センター
E653系電車(65両)
1000番台:7両編成7本(U101 - U107編成)と1100番台:4両編成4本(H201 - H204編成)が配置されている。いずれも2013年6月以降に勝田車両センターから転入したものである。 U編成は2013年9月のダイヤ改正以降、順次特急「いなほ」運用に投入され、2014年7月12日からは「いなほ」の全定期列車で運用されるようになった。 H編成は2015年3月14日のダイヤ改正により新設された特急「しらゆき」で4本とも運用を開始した。2022年3月のダイヤ改正より「いなほ」1往復で運用されている。 かつてはH編成が快速「信越」で運用されていたが、2022年3月のダイヤ改正により定期運用は特急に限定されている。U編成は臨時列車を除き、特急「いなほ」限定運用となっている。
2018年11月7日まではU108編成も配置されていたが、国鉄特急色に塗装変更のうえで、勝田車両センターに再転属した(K70編成)。
また、U102編成が「フレッシュひたち」時代の塗り分けをモチーフに水色に塗装変更されたのち、2023年8月30日、勝田車両センターに再転属した(K71編成)。
1100番台
1000番台「瑠璃色」編成
1000番台「ハマナス色」編成
E129系電車(176両)
A編成(2両編成)34本とB編成(4両編成)27本が配置されている。
本センターは、信越本線越後石山駅 - 新潟駅間にあり、信越本線と越後石山駅から新潟貨物ターミナル駅への貨物支線、白新線に囲まれたところに位置している。入出区は新潟駅方のみで行い、入区線は白新線新発田駅方面線路(上り線)から上沼垂信号場を経由、出区線は白新線新潟駅方面線路(下り線)の立体交差に繋がっている。2004年(平成16年)3月31日までは上沼垂運転区(かみぬったりうんてんく、略号 - 新カヌ)と称したが、乗務員の配置がない車両基地であったので、同年4月の組織変更に伴い、新潟車両センターに改称した。
センター入口には、かつて特急「とき」で運用されていた181系電車のボンネット型先頭車両が展示されていたが、埼玉県さいたま市に2007年10月14日に開館した鉄道博物館で展示されることが決まり、同年5月6日の「さよなら展示会」の後、陸送された。