皇別
後に河内源氏の有力氏族である足利家は室町幕府を開き、江戸幕府を開いた徳川氏も河内源氏の名門である新田氏の一族を称している。しかし中世以降には、清和源氏をはじめとする由緒ある家系と自らの家系をつなげる仮冒(他人の名を騙ったり偽称する意)が盛んに行われており、徳川氏の前身である松平氏も神別氏族である賀茂氏を称していたが、後に源氏を称するようになっている。また徳川氏改姓にあたって一時的に藤原氏を称したように、何らかの事情によっては皇別姓を神別姓に改めることもあった。
本来は神別に分類される藤原氏の家系でも、皇族から養子を迎えたことで、血統的には天皇家の血を引く家系もある。代表的な家が近衛信尋以降の近衛家、一条昭良以降の一条家、鷹司輔平以降の鷹司家の3家であり、これらは皇別摂家と呼ばれることもある。ただし、これらの分家や養子を迎えた家は男系で存続していても、明治時代の華族宗別制度ではいずれも本来の氏族の分類で扱われている。これは神別氏族から養子をとった皇別家系でも同様であり、華族の宗族制度においては「皇別」として扱われている。
また明治時代以降に臣籍降下した旧皇族も定義に従えば皇別であるが、あまりそのようには呼ばれない。
近衛氏 - 後陽成天皇の第四皇子・近衛信尋を祖とする。詳しくは皇別摂家参照。
一条氏 - 後陽成天皇の第九皇子・一条昭良を祖とする。詳しくは皇別摂家参照。
鷹司氏 - 東山天皇の孫・鷹司輔平を祖とする。現行の皇別で最も男系で天皇家に近い。詳しくは皇別摂家参照。
皇別氏族は天皇が大王であった古代から存在し、息長氏や葛城氏、蘇我氏など、天皇家を先祖とする豪族が勢力を張った。佐伯有清は大化の改新頃には氏族を出身で分類する事が行われていたと見ており、天武天皇が制定した八色の姓の頃には「皇別・神別・諸蕃」の「三体」で分類することが行われていたのではないかと見ている。これらの氏族は「臣」のカバネを称することが多いとされるが、実際には「連」のカバネを称した皇別氏族や「臣」を称したその他の氏族も多い。しかしこれらの豪族は藤原氏の台頭や王権の伸長により徐々に勢力を減退させ、平安時代初頭には阿倍氏や紀氏など一部の氏族が中下級の貴族の地位を保ったものの、多くは下級官人へと没落していった。
弘仁5年(814年)に行われた『新撰姓氏録』の最初の奏進の際には「神別・皇別・諸蕃」の順となっていたが、翌年に再度奏進された際には「皇別・神別・諸蕃」の順となった。関晃は、当時皇孫よりも天神の子孫を尊いとする考えが根付いていたからではないかと見ているが、佐伯有清はあまり大きな意味はないとしている。『新撰姓氏録』では、335の氏族が皇別氏族としてあげられている。皇別の氏族の出であると偽ったものも存在しており、吉田連は渡来人系の家系であったが、孝昭天皇の子孫が朝鮮半島に渡り、その末裔であると主張して皇別氏族となっている。