セルビア共和国 (1992年-2006年)
ジンジッチの政治に対する民族主義者からの怒りは、2003年3月のジンジッチ暗殺(英語版)へとつながった。首相であったジンジッチの暗殺に対して、国家非常事態宣言が発された。2004年からは、欧州連合に親和的な政治勢力が連携して、セルビアのEU入りに反対する勢力と対峙する構図となった。
2006年、セルビアは、モンテネグロにおける国家連合からの独立を問う住民投票の実施という事態に直面した。多くのセルビア人らはモンテネグロに対して国家連合に留まって欲しいと願った。それまでのセルビアとモンテネグロとの良好な関係、そしてモンテネグロ人は民族的・文化的・宗教的にみてセルビア人であるとの思いがセルビア人の間にはあった。連合維持を求める政治家らの強力な政治キャンペーンも展開されたものの、モンテネグロの独立を目指す勢力は、欧州連合によって求められた55%以上の独立賛成票を達成し、独立を宣言することとなった。モンテネグロの独立宣言に伴い、セルビアでも独立が宣言され、1918年以来初めてセルビアは独立国となった。
ユーゴスラビア社会主義連邦共和国が1992年に解消されたのに伴い、ユーゴスラビアに留まっていた2つの共和国、セルビア共和国とモンテネグロ共和国は、共産主義を放棄し、民主主義に基づく、2国から成る新しいユーゴスラビア連邦を結成することを望んだ。この新しいユーゴスラビアはユーゴスラビア連邦共和国と呼ばれるようになった。セルビア社会主義共和国は1990年より「セルビア共和国」へと改称されていたが、旧共産主義者同盟の政治家らはその後10年間に渡って、ユーゴスラビア共産主義者同盟の下部組織であるセルビア共産主義者同盟を改組したセルビア社会党として政権の座に留まった。セルビアは、その人口および面積でモンテネグロを圧倒しており、事実上、新しいユーゴスラビア連邦において支配的な地位を占めていた。しかし、セルビア共和国とモンテネグロ共和国は、外交等を共通化するほかは、内部的にはそれぞれ独自に機能していた。連邦の政府にはセルビア人と共にモンテネグロ人もいた。