豊田車両センター
101系(1985年3月14日国鉄ダイヤ改正で撤退)
103系(1983年3月までに営業運転から撤退)
201系(除くクハ201-1) 10両貫通編成および、6+4両分割編成は、中央線快速(東京 - 大月間)・青梅線・五日市線・八高線(拝島 - 高麗川間)・富士急行線の各駅停車・快速・中央特快・青梅特快・通勤快速・通勤特快で運用されていた。 E233系の導入に伴い、一部のT編成は編成番号が重複することから、編成番号は現番号に100を加算したものに改番されたが、当該編成は2008年1月までに全廃された。また、E233系の導入完了後は五日市線での定期運用はない。 2007年3月18日のダイヤ改正で中央線快速の分割編成の組成を青梅線・五日市線専用運用の10両編成の組成に揃え、東京方を4両編成から6両編成に改めた。その際、分割可能なH編成のうち7編成のみを組み替え、残りのH編成はT編成に改番後、同年末までに全廃した。 なお、豊田電車区時代から配置されていた編成は、1995年から黄緑地白文字の編成札が装着されていた(かつての武蔵小金井電車区配置編成は白地赤文字)。
後述のM51・M52編成と合わせ使用されていたが、このM50編成は2018年1月25日に長野総合車両センターへの廃車回送を兼ねた臨時団体列車が最後の運用となり、翌1月26日に廃車となった。
189系(M51・52編成)
2018年4月1日現在で6両編成(M51・52編成)2本が配置されていた。 前述のM50編成と同様に、団体・臨時列車で使用された。 2013年度に大宮総合車両センターから6両編成2本が転入し、それぞれM51・M52編成となった。塗装はM51編成は旧国鉄特急色、M52編成は2014年12月からグレードアップあずさ塗装となっていた。 M52編成は2018年4月22日の豊田 - 甲府間往復のツアーをもって、M51編成は4月27日の豊田発長野行をもって、それぞれ運用を終了、長野総合車両センターへ回送された。 M52編成は2018年4月27日に、M51編成は翌4月28日に廃車となり、当センターから189系の配置が無くなった。