プネウモキスチス
この名は表現形の特徴によってこの属を分類した研究に基づいて1976年に提示され、その後再記載された。ちなみにこの種小名は、イロベチイが起こすヒトのニューモシスチス肺炎を初めて報告したチェコの寄生虫学者、オットー・イロヴェツ(英語版) (Otto Jírovec) に献名されたものである。
なお、この間にDNAの情報からは種の切り分けが困難で誤りを起こしかねないとの判断から、特に三名式の命名法が提案されたこともある。これは宿主の種ごとに異なるだろうこの生物を、すべてP. carinii 内の型と見なし、たとえば人間に寄生するものは Pneumocystis carinii formae specialis hominis (P. carinii f. sp. hominis)とするものである。この名を使っている文献も散見される。
P. jirovecii と P. cariniiが独立の種であることは間違いないとされる。18s rRNA の塩基配列では両者の違いは5%であるが、この差異は本属とタフリナ属(本属と同じタフリナ菌亜門に所属し、綱のレベルで異なる植物寄生菌)との間の差(約6%)に近い。
ラテン語の文法上は P. jirovecii が正しいが、P. jiroveci もよく誤用される表記である。これは原虫から真菌への再分類に伴い、採用される命名規則が国際動物命名規約から国際藻類・菌類・植物命名規約に切り替わったためである(国際藻類・菌類・植物命名規約では、iを2つ重ねる P. jirovecii が正しい)。