UFO研究
そして以前はUFO論争を無視していた科学者たちも論争に参加し始めた。そうした流れの中、1966年にヒルズデイル大学での目撃例が起き、空軍が「公式見解」を述べると、全米中のマスコミが空軍を批判する事態となった。
コンドン委員会
空軍の研究が疑われ始めたことにより、1966年、議会はこの問題でUFO論争史上初めてになる公聴会を開くことになった。その結果、より詳細なUFO研究を行うため、空軍はUFO研究を大学に委託することが決定された。(この結果は空軍はこれまでの研究が不十分なものであったと暗黙のうちに認めた事によるものだとも言われている。)1966年、空軍はコロラド大学がUFO研究を引き受け、エドワード・U・コンドン(英語版)がその責任者となることを正式に発表し、「コンドン委員会(英語版)」がここに発足することになった。多くの研究者が賛意を示したが、コンドン自身は初めからUFOには懐疑的であり、研究者からは相手にされていないUFO目撃例を茶化して極端に取り上げるなど「公平」ではないと言われる点があった。
コンドン委員会ではあるトラブルが起きた。委員会がUFOを客観的に研究しているフリをするために、UFOを物理的に研究するのではなく「UFO目撃者の心理学的研究」に重点を置く事を提言した「ロウの覚書」の存在が発覚し、委員会の研究の客観性に疑問がもたれることになった。その流れを受けて1968年には議会調査による公聴会が行われた。公聴会へは天文学者のカール・セーガンや宇宙航行学のロバート・ベイカーなど様々な分野の学者が参加した。
(→#アラン・ハイネックによる見解)
空軍の説明と、民間研究者の説明によるイメージの差が大きくなり混乱を呼んだことから、1956年に「アメリカ空中現象調査委員会(英語版)」(→#NICAP)という民間の組織が設立された。1957年にはキーホーが会長に任命された。NICAPの創立に対抗するかのように、空軍はUFOプロジェクトを再編し「識別不能事例を最小限にとどめるよう」に研究の基準を定めた。1964年にNICAPは著書「UFO Evidence」を出版し、700件以上の目撃例の分析を発表した。同時期(1963年)に、民間研究者のドナルド・メンゼルも著作「The World of Flying Saucers」(フライング・ソーサーの世界)を出版し、UFOは気温逆転による自然現象であると説明した。メンゼルは地球外仮説と「フライングソーサー熱狂者」を激しく批判したが、アメリカ空軍はそうしたメンゼルの著作を「今までで最も重要な文献」と評価した。
また、マスコミは1957年以来、UFO現象については空軍の説明をそのまま受け入れてきた。しかし1965年に入り、テキサス州などでUFO目撃例が再び急増すると、元々の空軍の説明に納得のいかなかった人々により批判的な報道がされ始め、UFO問題の公開討論が各地で行われた。特にアリゾナ大学の上級気象物理学者ジェームズ・E・マクドナルド(英語版)はUFOの地球外仮説を強く支持していたが、膨大な調査資料と詳細なデータによる彼の言論は当時の言説に大きな影響力をもった。
なお、下記のレポートには航空軍事用語としてのUFOと超常現象としてのUFOが混在しているので、注意が必要である。
サインプロジェクト、Project Sign, Project Grudge (USA, 1947–1949)
Flying Saucer Working Party (UK, 1950–1951)
Project Magnet, Project Second Story (Canada, 1950–1954)
Project Blue Book (USA, 1951–1969)
Project Blue Book Special Report No. 14 (USA, 1952–1954)
ロバートソン委員会、Robertson Panel (USA, 1953)
コンドン委員会、Condon Committee (USA, 1966–1968)
RAND Corporation paper (USA, 1968)
Project Identification (USA, 1973–1980)
en:Groupe d'études et d'informations sur les phénomènes aérospatiaux non identifiéStudies by GEPAN, SERPA & GEIPAN (France, 1977–present)
United Nations (1977–1979)