3C様プロテアーゼ
3C様プロテアーゼ(3C(L))は、(+)ssRNAウイルスに広く見られる。これらはすべて、キモトリプシン様フォールド(PAクラン(英語版))を持つシステインプロテアーゼで、触媒二残基または触媒三残基を使用する。これらは、基質特異性と阻害剤効果について、いくつかの一般的な類似点がある。これらは配列類似性によってサブファミリーに分けられ、それらが見られるウイルスのファミリーに対応づけられる。
コロナウイルスは、3CLを持っている。
ピコルナウイルス科は、ピコルナウイルス3C(英語版)(EC 3.4.22.28; InterPro: IPR000199; MEROPS C03)を持っている。これは、もっとも早く研究されたファミリーである。ポリオウイルスやライノウイルスに見られるものがその例である(どちらもエンテロウイルス属のメンバー)。
カリシウイルス科は、3CL(InterPro: IPR001665; MEROPS C37)を持っている。例としては、ノーウォークウイルスに見られるものがある。
その他のメンバーは、ポティウイルス科(英語版)および非コロナウイルス科のニドウイルス目から知られている。