JR東日本E127系電車
ワンマン運転対応として運転台は半室構造とされ、ワンマン設定器、運賃箱、整理券発行機、運賃表示器、自動放送装置、ドア締切表示器、ミラーが設置されている。
VVVF:VVVFインバータ制御装置、CP:空気圧縮機、SIV:補助電源装置、<:シングルアームパンタグラフ、◇:下枠交差型パンタグラフ
編成番号は、V3編成の分の欠番がなくなるように前に詰められている。V1・V2編成については従来の表記をそのまま残し、旧V4 - V11編成については新しくV3 - V10の表記がなされている。
JR東日本としての廃車日はV2・V10編成が2015年3月10日付、残りの8編成が14日付。
1998年(平成10年)12月8日に営業運転を開始した。
0番台とは車体デザインが異なり、先頭部の形状・客用扉間の開閉可能な窓の2段化など、701系とほぼ同一の形状となった。また、パンタグラフはシングルアーム式のPS34形に変更され、冬季における架線への着霜対策のため、A5 - A12編成のクハE126形(南小谷・長野方先頭車)の運転台側に霜取り用パンタグラフが搭載された。霜取り用パンタグラフの設置編成の増加に伴い、2018年(平成30年)3月17日のダイヤ改正より冬季に運転される篠ノ井線松本駅 - 篠ノ井駅間の霜取り列車はクモヤ143形が運用から離脱し、本系列に置き換えられた。
行先表示器は前面・側面ともに幕式からLED式に変更、砂撒き装置が装備された(後に撤去)ほか、トイレも車椅子対応仕様に設計変更された。座席配置は同線内基準で東側がロングシート、西側(北アルプスなどの方向)がクロスシートのセミクロスシート構造となっている。また本番台において、鉄道車両用に開発された運賃箱(レシップ製)が初めて設置された
車体帯は長野支社で運用されている115系や169系に準じたアルパインブルー■とリフレッシュグリーン■の「長野色」とされた。
2両編成12本が松本車両センターに在籍し、大糸線・篠ノ井線・信越本線・中央本線で運用されている。ワンマン運転は1999年(平成11年)3月29日より実施している。
2013年2月21日、JR東日本と新潟県がえちごトキめき鉄道に対し、2年後に開業を控える妙高はねうまライン用の車両としてE127系0番台10編成に必要な改修を施した上で低価格で譲渡することで合意した。その後2014年(平成26年)12月6日より、本系列が担当していた新潟地区での運用(前出)は順次E129系が引き継ぐ形となり、新潟近郊での従来の運用は2015年3月7日で終了。そして譲渡された10編成は、3月14日の開業と同時に妙高はねうまラインおよび乗り入れ先の信越本線(直江津駅 - 長岡駅間、早朝・深夜の一部列車)での運転を開始した。