長崎連隊区
日本陸軍の内地19個師団体制に対応するため陸軍管区表が改正(明治40年9月17日軍令陸第3号)となり、1907年10月1日、第18師管第23旅管に属し、佐賀連隊区の再設置、五島警備隊区の廃止により管轄区域が変更された。
1925年(大正14年)4月6日、日本陸軍の第三次軍備整理に伴い陸軍管区表が改正(大正14年軍令陸第2号)され、同年5月1日、旅管は廃され再び第12師管の所属となり、佐賀連隊区の廃止により管轄区域が変更され、長崎県全域の管轄となった。
1940年(昭和15年)8月1日、大村連隊区は西部軍管区久留米師管に属することとなった。1941年(昭和16年)4月1日、大村連隊区が長崎連隊区と改称した。
1945年には作戦と軍政の分離が進められ、軍管区・師管区に司令部が設けられたのに伴い、同年3月24日、連隊区の同域に地区司令部が設けられた。地区司令部の司令官以下要員は連隊区司令部人員の兼任である。同年4月1日、久留米師管は久留米師管区と改称された。