熊本鉄道事業部
熊本工務センター(同一建物内に九州電気システム熊本支店がある。)
八代工務センター
玉名工務センター
2125は観光特急「いさぶろう・しんぺい」仕様車となっていた(同じ観光特急の「かわせみ やませみ」との共通予備車)。 運用区間はキハ140-2125が鹿児島本線・肥薩線(熊本 - 八代 - 人吉 - 吉松間)の限定運用、その他の車両はキハ40形同様鹿児島本線(熊本 - 八代間)・三角線(全線)・肥薩線(八代 - 人吉 - 吉松間)の快速・普通列車となっていた。 2039は、2020年の令和2年7月豪雨の際に水没被害を受け保留車となった後、2021(令和3)年11月1日付で廃車され解体されている。 2125は「ふたつ星4047」へ転用するために改造され、2022年9月16日付けでキシ140 4047に改番。同時に佐世保車両センターへ転属した。2040も同年9月23日のダイヤ改正にあわせて直方車両センターに転属したため、配置がなくなった。