ミクロトーム
包埋した試料の大雑把な整形にはガラスナイフが、観察用の試料の切り出しにはサファイアナイフやダイヤモンドナイフが用いられる。ガラスナイフは既製品も販売されているが、使用直前にガラス板を割って作成したものが切れ味が良い。
ダイヤモンドナイフは、刃渡りにも依るが数十万円~数百万円程度で販売されている。TEM観察用の切片は厚さが20~50nmほどであり、ミクロトームの試料送りにも精度が要求される為、ほとんどが回転式で電動式のものである。試料送り自体の機構としては、機械(歯車)式や熱膨張式がある。