ヴィクトリア湖
もともと浅く、湖底と湖面との対流が活発に行われるうえ、栄養塩類も周辺河川より大量に流れ込むことから富栄養湖であり、透明度も低く、多くの漁獲を湖岸住民にもたらしてきたが、近年ではキスムやムワンザ、カンパラといった沿岸都市からの生活排水、沿岸の農園や牧場からの水の流入、沿岸域の湿地の開発による消失などによって湖水が著しく富栄養化し、それによってホテイアオイやカミガヤツリなどの外来種の水草が大繁殖したことにより、交通や漁業に支障をきたした。さらに1980年代末からは赤潮も発生するなど、水質汚濁も問題となっている。この環境悪化を食い止めるために世界銀行の主導で1994年より、沿岸3カ国によってホテイアオイの制御などを目的としてヴィクトリア湖環境管理プロジェクトが実施された。
シクリッド、ヒレナマズ属(英語版)ハイギョなどの魚類のほか、ウガンダ側の水域および湖岸には森林、そしてヤシ、カミガヤツリやモウセンゴケ科の食虫植物の生える湿地が多く、一帯にはズアオカモメ、クロハリオツバメ(英語版)、ハシビロコウ、ヨーロッパジシギ、ウスハイイロチュウヒ、アカハラセグロヤブモズ(英語版)、ハシボソキイロムシクイ(英語版)、ハジロクロハラアジサシなどの鳥類およびゾウ、コロブス属(英語版)、ブルーモンキー、シタツンガなどが生息している。サンゴ湾(英語版)、ムサンブワ諸島とカゲラ川河口の湿地、マサカ付近のカトンガ川(英語版)河口のナバジュジ湿地、ナイルパーチと住血吸虫が生息していないナブガボ湖(英語版)およびカンパラの郊外にあるマバンバ湾(英語版)とルテンベ湾(英語版)の5ヶ所はラムサール条約登録地である。
ナイルパーチは主に輸出に回される一方、タンザニア国内で好まれ消費されるのはティラピアであり、湖畔だけでなく海に面した首都ダルエスサラームなどでも消費され、重要なタンパク源となっている。湖岸の都市にはナイルパーチの加工場が立ち並ぶようになり、ナイルパーチ漁業の隆盛によって30万人の雇用が生まれたとされる。北岸のウガンダにおいても漁業は重要な産業となっており、2007年の国内総生産の実に12%、総輸出の7.0%を占め、水産物はコーヒーに次ぐ輸出品目となっている。ウガンダにはアルバート湖やナイル川などもあるものの、漁獲の大きな部分はヴィクトリア湖が占める。タンザニア同様にウガンダでもナイルパーチとティラピア漁業は重要な輸出産業となっており、1990年代から韓国系やインド系の漁業会社が進出して基幹産業の一つとなった。しかし乱獲によってナイルパーチの漁獲も激減し、1990年代の輸出が160万トンあったものが2008年には28万トンにまで減少した。南岸のタンザニア側においてもナイルパーチの漁獲高は減少気味で、ムワンザ市の水産研究所の調査漁においては、1998年には91%にものぼったナイルパーチの漁獲比重が2005年には69%にまで低下し、その減少分は一時減少していたシクリッドの回復によって埋められた。
赤道直下にある湖では、水温が高いため、嵐が発生しやすく、突発的な強風による高波で、小型船が破損・転覆する事故が多く、毎年約5000人の漁民が命を落としている。
湖の中にはビルハルツ住血吸虫がいると言われ、泳ぐことはできない。