外来種
外来種が在来種と交雑することによって在来種の遺伝子が変容することがある。この現象を遺伝子浸透(遺伝子汚染)という。外来種の遺伝子が広範囲に拡散すれば、それまでの遺伝子プール(その個体群が共有する一定の変異幅をもつ遺伝子の総体)の状態を回復することは、事実上不可能となる。固有種・固有亜種に外来遺伝子が流入した場合、長い進化の歴史を経て形成されてきたそれらの種や亜種が消滅することになるため、問題は特に深刻である。
農作物や家畜の品種改良の場合、人為的条件での適応、すなわち人間にとって優れた特性の獲得が、交配により達成され、原種と大きく異なった形態の品種が生み出されることが多い。このような例を踏まえて、遺伝子の攪乱(かくらん)は種としては新たな適応の機会であり、悪い事ではないという意見も見受けられる。しかし、自然環境下の動植物で遺伝子の攪乱が広がった場合、攪乱前の状態に戻すことはできず、交雑種が新たな害を及ぼしたり、生態系全体のバランスに大きな影響を与える恐れもある。
伊豆大島・和歌山県・青森県で野生化が確認されているタイワンザルや、房総半島に定着しているアカゲザルは、日本固有のニホンザルと交雑が可能であり、実際に雑種が生まれている。これが全国に広がれば、純粋なニホンザルは消滅してしまうことも考えられる。
一般的に外来種の導入は、人間がなんらかの目的をもって持ち込んだ意図的導入(intentional introduction)と偶発的に侵入してしまった非意図的導入(unintentional introduction)の2つに大きく区分される。
カミツキガメ、 グリーンアノール、タイワンハブ、タイワンスジオ、ミシシッピアカミミガメ(ミドリガメ)
国内外来種:オキナワキノボリトカゲ(九州南部)、サキシマハブ(沖縄本島)、ヒバカリ(伊豆諸島)、ミナミヤモリ(八丈島など)
アオウオ、アメリカナマズ(チャネルキャットフィッシュ)、オオタナゴ、カダヤシ、カラドジョウ、カラドンコ、カワイワシ、カワスズメ、カワマス、キクチムツ、グッピー、コウライオヤニラミ、コウライギギ、コクレン、ソウギョ、タイリクスズキ、タイワンキンギョ、チョウセンブナ、ニジマス、ハクレン、タイリクバラタナゴ、ヒレナマズ、ブラウントラウト、ブラックバス(オオクチバス、コクチバス)、ブルーギル、ペヘレイ、ヨコシマドンコ、雷魚(カムルチー、タイワンドジョウ、コウタイ)、レイクトラウト、ロングイヤーサンフィッシュ
国内外来種:コイ(各地)、ゲンゴロウブナ(ヘラブナ)(各地)、モツゴ(各地)、カネヒラ(各地)、フクドジョウ(福島県等)、ナマズ(各地)、ギギ(各地)、ワカサギ(各地)、ヒメマス(各地)、オヤニラミ(東京都等)など