FRONT MISSION
USN編シナリオの追加 スーパーファミコン版が主人公ロイドを中心としたOCU側からの視点のみであったのに対し、本作では主人公・ケビンを中心としたUSN側からの視点による第2次ハフマン紛争も描かれている。ミッション数は20を超える。
装備品の追加 USN編に限り、バックパックやヴァンツァーのパーツなどが追加された。特にOCU編に登場した補給車の代わりに、補給や修復などの機能を持つバックパック「Riff」が追加されている。
音楽のアレンジ、新曲の追加 スーパーファミコン版で使われていた楽曲は全てアレンジが施された。またUSN編シナリオ追加に伴い新曲が5曲追加されている。なお、これらは『FRONT MISSION 4 plus 1ST ORIGINAL SOUNDTRACK』に全曲収録されている。
その他 戦闘演出をカットできる簡略戦闘モードの追加(PS版のみ)、グラフィックの向上、一部ゲームバランスの修正、ムービーの追加、SFC版にあった武器紹介デモの削除など。