新党日本
2006年8月には、長野県知事選挙で党代表であり現職知事であった田中が3選を目指して立候補。田中は新党日本の公認ではなく、無所属候補として出馬した。しかし、知事選挙では「反田中」票の結集に成功した村井仁に敗れ、落選した。党の存続を危惧する見方もあったが、今後も現体制で党活動を継続する方針を示した。
この行為は、他政党やマスメディアから「選挙互助会」と批判されたが、田中は8月27日付の『毎日新聞』朝刊で「靖国神社参拝や国家観で隔たりのある自民党と公明党」の連立や、「さまざまな考えの方が政権を獲得するという一点だけで集まっている民主党」も「選挙互助会」だと反論した。
この背景には、政党と政治団体では公職選挙法に認められた選挙運動の範囲に選挙ポスター枚数、政見放送や重複立候補の有無など、大きな差がある実情がある。政党にしないと選挙運動の制限が厳しくなり、極めて不利になるという理由が大きな要素を占めていた。ただ、新党日本はほぼ同じ目的で結成された国民新党と異なり、都市型政党を目指していたため、新党日本の候補者は大都市を抱える東京、北関東、南関東、東海、近畿ブロックから出馬した。それは得票を国民新党と分散しないための措置でもあった。
また、急に政党が結成されたため、群馬県選挙管理委員会の2005年衆院選の選挙標語「ニッポン ファイト! 未来を 支えるこの一票」が「新党日本」への応援と誤解されないために、投票啓発用のチラシ12万枚などが配布中止となる事態も発生した。