SHOP99
2008年(平成20年)9月5日にローソンはキョウデン保有の株式などを取得し、九九プラスを子会社化した。これにともない、既存店舗をSHOP99からローソンストア100への屋号変更・改装の本格的実施を発表した。
2009年(平成21年)5月1日付で、ローソンストア100を展開する株式会社バリューローソン、同年12月には九九プラス関西をそれぞれ吸収合併。店舗運営や商品仕入機能の一元化、店舗ブランドの統合加速などにより、さらなる競争力強化を図った。
2009年(平成21年)11月、ローソンが2010年(平成22年)3月1日付で株式交換によって九九プラスを完全子会社化すると発表。しかし、2010年(平成22年)2月9日に、ローソン子会社のローソンエンターメディアで、役員が約150億円もの資金を不正に流用していた問題が発覚。ローソンは交換比率に影響が出ると判断し、株式交換を一時中止した。
その後、業績への影響が確定したことから交換比率を再算定、2010年(平成22年)4月14日に二度目の株式交換契約を締結した。同年6月25日付でジャスダック上場廃止となり、7月1日付でローソンの完全子会社となった。2011年(平成23年)には全店舗がローソンストア100に移行し、統合を完了させた。
2014年(平成26年)2月1日、ローソンに吸収合併。オペレーション機能を株式会社ローソンマート(現株式会社ローソンストア100)へ承継した上で、株式会社九九プラスは解散した。