情報プラットフォーム
『タンパク3000 プロジェクト』は2006 年度をもって終了したが、その後も『タンパク3000成果データベース』によって、対象となったタンパク質について各拠点での進捗結果を閲覧することができる。
これをさらに進めて、研究開始から研究成果公表までの進捗状況をリアルタイムで把握可能とする情報システムが、2006 年度における『タンパク質解析基盤技術開発プロジェクト(基盤プロジェクト)』の1 課題『次世代タンパク質解析に向けた情報プラットフォームの構築と戦略的活用』として、国立遺伝学研究所と日立製作所中央研究所によって試作された。
2007年度からのターゲットタンパク研究プログラムにおいては、これらタンパク3000 プロジェクトならびに基盤プロジェクトで得た知見を活かして、データ・情報・知識のプロジェクト内共有と外部発信のためのプラットフォームが構築され運用されている。