カスパーゼ-3
カスパーゼ-3は、アポトーシスにおける典型的な役割と同様、脳の正常な発生に必須であり、クロマチンの凝縮とDNAの断片化を担う。カスパーゼの断片であるp17の血中濃度の上昇は、直近の心筋梗塞のサインとなる。また、カスパーゼ-3が胚性幹細胞や造血幹細胞の分化に関与している可能性が示されている。
カスパーゼ-3の触媒部位には、Cys163のスルフヒドリル基とHis121のイミダゾール環が存在する。His121は重要なアスパラギン残基のカルボニル基を安定化し、Cys163は最終的なペプチド結合の切断の際に攻撃を行う。Cys163とGly238は、水素結合によって基質-酵素複合体の四面体型遷移状態を安定化する機能も持つ。In vitroでは、カスパーゼ-3は DEVDG(Asp-Glu-Val-Asp-Gly)配列の2つ目のアスパラギン酸残基のC末端側(DとGの間)での切断に対する選択性があることが判明している。カスパーゼ-3は幅広いpHで活性があり、他の実行型カスパーゼの多くよりもわずかに高い(塩基性側の)範囲である。この幅広さは、カスパーゼ-3が正常な条件下でもアポトーシス条件下でも十分に活性があることを示している。