有用微生物群
比嘉の研究室の卒業生が1982年に、世界救世教開祖の岡田茂吉が提唱した「救世自然農法」(化学肥料・農薬を否定する)のイベントに比嘉を招待し、両者の関係が始まったとされる。この自然農法の成果は科学的に達成されるものだと、開祖の岡田が主張していたので、EMで使われる科学的な語彙によってこの自然農法が科学だという主張が強固なものとなり、比嘉は同教団関連の財団法人自然農法国際研究開発センターに積極的に協力するようになり、遂に理事となった。北海道大学の学生の吉野航一は、その一方でEMは世界救世教を後ろ盾に、日本(特に沖縄)だけでなく、タイをはじめとする海外に紹介され、比嘉の説くEMの「科学(的真実)」が維持されることになったと述べている。
世界救世教は一枚岩ではなく、新生派(いづのめ教団)はEMを推進し、再建派(東方之光、MOA)はEMを否定した。
水質汚染が深刻なインドのヤムナー川の水を、EMで処理した実験(2012年報告)では、ナノテクノロジー処理より、EMが化学物質汚染に有効であると発表した。測定尺度にはCOD、BODを用い劇的な減少を確認した。
韓国(2009年)でEM泥団子による海洋堆積物の悪臭に効果がみられ、微生物の構成もいくらか変化させていた。
マレーシア(2010年報告)では河川の水質汚染の改善のためにEMが活用されており有用性が示されている。
韓国の研究者による港底堆積物の浄化(2011年)では、団子を投げ込み悪臭処理がより速かった。エジプトでの研究(2015年)は過剰なリンを減少させた。中国(2010年報告)、CODの高いデンプン性の廃水をEMを使って処理しCODは99%減少し、濁度は2100から0となった。ポーランドの報告(2009年)、EMの技術を応用したSCDプロバイオティクスは、池の窒素、リン、クロロフィルなどを減少させた。カナダの報告(2007年)、酪農での排水処理にて、処理3か月でリン、浮遊固形物、BODの大幅な減少を確認し、非常に効率的とした。
インドネシア(2017年)では、EMを使って高いアンモニアレベルを15日で100%下げた。
韓国(2008年)での石油流出によって油汚染された水で、6日後の石油炭化水素の総量はEM処理で91.3mg/kg、そうでない場合127.7mg/kgとなり、原油流出の処理に有用だと判明した。
EMに藍色細菌(シアノバクテリア)の増殖を抑制する効果はない。
福島県と広島県が県として非推奨と表明している。2008年3月に、福島民報は「県が初の見解」として、EM(有用微生物群)などの微生物資材について「高濃度の有機物が含まれる微生物資材を河川や湖沼に投入すれば汚濁源となる」とした。県の実施した実験に基づいているという記事を掲載した。福島県会議でこの報道について問いただされ、環境保全領域総括参事は「今回は、勉強会の場で県の研究結果を発表したということで、県の見解とまでいくものではない。」と返答している。出口俊一が調査し、県の発表ではないため全国紙には掲載されておらず、元を辿ると、とある講習会で配られた資料にて、一般的な考えとしては高濃度の有機物は汚染物となると書かれた説明であり、そこにはEMの文字はなかったため、作り話だと出口俊一は指摘した。