東京農林学校
東京農林学校卒業生に学士号を与えるなどの件について「分科大学と農林学校の学科程度は同じ」という農商務大臣の主張に対しては、当時の文部大臣榎本武揚は「帝国大学の分科大学と東京農林学校の学生の学力については同等ではない」としていた。このため、後の帝国大学移管に際しては物議を醸したが、農学校を文部省に移管する意味で農林教育をさせるべく、1890年6月9日に文部大臣と農商務省大臣が連名で時の首相山縣有朋に農科大学設置の閣議請議文を提出した。
農科大学の設立について、学務局長であった後の総長濱尾新を中心に実現の布石を立てたものの、設立評議会では最高学府の分科大学としてふさわしくないといった意見や当時の先進国で総合大学に農学がないこと、農林学は専門学校程度とする旨などのという反対論が依然として起こって、評議官が総辞職した。
結局、1890年(明治23年)6月12日に、東京の帝国大学に従来の理学からも分離を行い、農学科を2つに分けて一つを農芸化学を主として学び、その後植物学、物理学、動物学、農芸化学に専攻させる方針をとり、当時第三高等学校から松井直吉を呼び寄せ学長に就任させる。また、文部大臣が説得にあたり、6月17日の評議会設置がで決定され、駒場の地に農科大学を設置した。
この農科大学は帝国大学令第十八条に規定され、農科大学には当時農学科(第一部と第二部)林学科および獣医学科を設置、修業年限を三年と定め、帝国大学を六分科大学制にした。当時単科の農科大学以外で、大学の学科として農科を設置したのは日本が最初であり、旧東京農林学校の制度から農科大学独自の学科課程を編纂し、旧東京農林学校在学生を編入させることになる。
その後、帝国大学農科大学は、農林学校専科と別科を農業実地者養成の乙科に継承し、各学科に設置する。これは後に東京帝国大学農学部実科となり、東京高等農林学校から東京農工大学農学部へと継承される。
また、農科大学は文部省令第35号により附属農業教員養成所を設置し、後に東京帝国大学農学部農業教員養成所から東京農業教育専門学校と東京農業教育専門学校附属農業教員養成所、東京農業教育専門学校附属女子農業教員養成所を設置した。これが東京教育大学農学部を経て、筑波大学農林学系・農林工学系・応用生物化学系となる。大学は1893年に講座制に移行し20講座を開設する。1897年京都帝国大学開設とそれに伴い東京帝国大学発足により東京帝国大学農科大学となり、1906年(明治39年)からは新渡戸稲造が東京帝国大学農科大学教授となる。学科は1910年に、学科を農学科から農芸化学科を分岐し、林学科、獣医学科に水産学科を加え5学科に拡充する。
その後1919年(大正8年)、東京帝国大学は学部生を採用、農学部となり、1935年に本郷にあった旧制第一高等学校と敷地交換し現在の文京区弥生に移転、実科は府中へ移転し高等農林学校へ、駒場は後に東京大学駒場地区キャンパスとなる。