一色義直
しかし、応仁元年(1467年)からの応仁の乱では武田信賢との確執と若狭・三河を復旧する目的から山名宗全が率いる西軍に味方したため、細川勝元側の東軍を支持する義政により丹後・伊勢守護職を解かれる。それまで義政の側近として花の御所の側に邸宅を与えられていた義直は東軍の本拠となった花の御所や勝元ら東軍諸将の邸宅に取り囲まれる形になり、乱が始まると京都の義直邸が真っ先に攻撃対象とされ、同年5月26日に東軍の奇襲に遭い屋敷を奪われ逃亡した(上京の戦い)。10月3日と4日の相国寺の戦いでも占拠していた相国寺を東軍に奪還され、捗々しい戦果を挙げられなかった。
丹後では東軍の下で新守護となった武田信賢と一色家の守護代延永氏の激戦が続き、北伊勢でも新守護土岐政康と一色家の守護代石川道悟との合戦が続いた。逆に細川成之の領する三河には弟・一色義遠(一色義有・土岐成頼の父、尾張知多分郡守護)の率いる軍勢が尾張知多郡から侵攻、ここでも激戦が続いている。
なお、応仁2年(1468年)2月には東軍に掌握された幕府は一色義直が領する尾張知多郡を没収して幕府の御料所に編入することを宣言、乱の終結後も一色氏に返されることはなかった。文明元年(1469年)に武田・細川軍が丹後に侵入したが、延永氏の奮戦で追い出されている。
文明6年(1474年)4月、細川政元と山名政豊の間で和議が成立すると、義直は東軍に帰順・隠退し、5月に嫡男一色義春を幕府に出仕させる。幕府は丹後守護職を義春に返付、武田信賢の弟武田国信は引き渡しを拒んだが、勢いづいた丹後の一色勢は同国に駐屯していた武田勢を破り、旧領回復に成功する。三河では文明8年(1476年)、一色勢が細川成之の守護代東条国氏を自害に追い込み優勢であったが、細川成之はこの事件を契機に幕府出仕を拒否、文明10年(1478年)2月、義直が三河を放棄する旨を文書で表明し三河の一色軍は撤退した(渥美郡は従兄の一色政照が戸田宗光に譲って隠居した)。伊勢では義春に半国守護職が与えられたが(土岐政康は消息不明)、これに反撥する北畠政郷との戦いに敗れている。