藤原良相
当初は自然発火的な災難とされて大般若経転読や諸神への奉幣などが行われるが、まもなく良相は伴善男の謀略に通じて左大臣・源信に対して応天門放火の嫌疑で遣使を行いその邸宅を囲ませる。しかし、これを知った良房が清和天皇に奏聞した結果、勅によって慰諭の遣使が行われて源信の嫌疑は晴れた。その後8月になって、大宅鷹取が応天門放火犯として伴善男を告発したため、伴善男に対する訊問が行われる。訊問の最中に、諸山陵に対して遣使が行われ、御陵の樹木を多く伐採したことが応天門焼失の原因である旨の告文が奉じられているが、これは良相が伴善男の無実を証明するために行ったとする見方がある。しかしここで良房が摂政に就任、伴善男の扱いは良房の裁量に委ねられることとなり、9月末には伴善男は断罪されて流罪に処され、貞観6年(864年)以来の良相-伴善男ラインによる太政官領導体制は完全に崩壊した(応天門の変)。
応天門の変後も良相は失脚はせず、10月から12月にかけて4件の格の上卿を務めている。しかし、貞観元年(859年)に良相が禁止していた鷹の飼育について、12月に一部で勅許が出るなど、かつてのような政治的影響力は既に失われていた。同月には二度に亘って致仕の上表を行うが許されず、三度目の上表でようやく左近衛大将の辞任を許され、代わりに子息の常行が右近衛大将に、直方が次侍従に任ぜられている。なお、同月には基経が末席参議から一挙に中納言に昇進、高子が女御として入内しており、良房の後継が基経であることが明確になった。
翌貞観9年(867年)10月初めに直廬で倒れ、同月10日に薨去。享年55。最終官位は右大臣正二位。即日正一位を贈られた。遺言に従って薄葬とし、一重の衾だけで棺を覆わせたという。