精神科学研究所
1941年1月、社会人向けの民間シンクタンクとして精神科学研究所が設立される。小田村と一高以来の同志であった田所廣泰が中心となって社会人となっていた仲間を呼び戻し、1941年2月、日本橋本石町にて発足する。
設立と同時に小冊子「支那事変解決を阻害するもの」を発行。当時日華事変は勃発から3年半に及んでおり、国内では「事変解決のため」と称して国家社会主義による統制経済への移行を目論む言論が多く、国政を指導していた昭和研究会(新体制運動)には社会主義者が入り込んでいた。また、帝国憲法下で統治権の総攬者であった昭和天皇は一日も早い戦争終結を願う勅諭・勅語を渙発していたにも拘らず、これを無視した戦争遂行方針が掲げられており、新体制運動はこの意味においても帝国憲法の運用に反し、非立憲的な存在であった。東大教授はこれを批判せずに提灯持ちに徹し、これを批判した小田村に対して言論弾圧を行った。小冊子ではこれらの勢力を批判し、立憲的で真っ当な統治体制に復するべきだ、と主張した。
冊子発行後、事実上の私有財産制の否定に憤っていた財界人を中心に精研に対する全面的な応援が為されるようになる。政治家では立憲政友会の小川平吉、三土忠造、内務次官の萱場軍蔵、財界では杉道助、吉野孝一、池田成彬、小林中、中島知久平、出光佐三らがいた。
9月にはゾルゲ事件が発覚、昭和研究会のメンバーであった尾崎秀実らがソ連のスパイ容疑で逮捕される事態になる。小田村は尾崎に対する怒りは無論のこと、彼らにいいように操られていた政権中枢の「思想的無内容」に対する憤りもあらわにする。