FFFTP
98cおよびそれ以前のバージョンから実行ファイル読み込みに関する脆弱性の存在が発表される。
2012年2月23日、バージョン1.98eを公開。速度や不具合の改善の他、ZIP版では標準でレジストリを使用しない設定となった。
2012年7月2日、バージョン1.98fを公開。
2013年2月25日、バージョン1.98gを公開。
2014年4月13日、OpenSSLライブラリのハートブリード脆弱性に対応したバージョン1.98g1、1.98g2を相次ぎ緊急公開。次回更新時に正式リリースされる予定 。
2016年5月14日、バージョン1.99aを公開
2017年10月14日、WinSCPへの設定エクスポート機能を搭載したバージョン2.00を最終版としてリリースし、開発終了することが表明された。
2018年4月15日、OSDN上での最終版となるバージョン2.00を公開
2018年4月2日、開発を引き継ぐ人物が現れ、GitHub上に開発を移行しバージョン3.0を公開。
2018年4月11日、バージョン3.1を公開
2018年4月20日、バージョン2.00の更新内容を取り込んだバージョン3.2を公開
2018年5月5日、バージョン3.3を公開
2019年5月4日、バージョン3.8を公開
2019年8月18日、メジャーバージョンアップ、バージョン4.0を公開
レジストリ上に記録されたIDやパスワード、接続先といった情報を盗まれてウェブサイトが改ざんされる被害も発生した。当初作者はFFFTPのバージョンアップによる機能強化については検討段階としており、「SSLなどへの対応は難しい」「完全に攻撃を逃れる方法は採れないかもしれません」との見解を発表した。マルウェア対策としてレジストリからFFFTPのデータを削除するツールが提供され、有志による対策が施された改造バイナリが提供された。
2010年2月7日に作者からリリースされた1.97にマルウェア対策済みのバイナリが取り込まれた。この変更によって起動時には「マスターパスワード」の入力を要求するようになり、併せて保存されるパスワードの暗号化アルゴリズムがAESへと強化された。
2011年8月31日、作者はFFFTPの開発終了を宣言した。理由について自身のブログで『開発を継続していくモチベーションが保てなくなった』と説明している。