長崎県交通局
ただし同年導入車は旧長崎県章が車体前面及び側面に掲出されていたのに対し、1992年(平成4年)及び1993年(平成5年)前期導入車では掲出されず、同年後期導入車より現在の長崎県章が入った交通局章が掲出されるようになり、他の旧長崎県章掲出車もこれに取り替えられた。また、この時点で残っていた緑・青基調カラーの車両も順次赤基調カラーに変更された。
この赤基調カラーは、導入以来車体全面を赤色としていたが、2010年代以降に導入された車両からは屋根を白色に変更している。
なお青基調の期間が8年と短かったこともあって、緑から青、さらに赤と2度塗り替えられた車両、また少数ながら緑から青を飛び越して赤に塗り替えられた車輌もある。
また市内路線であっても、一部の営業所では長距離路線用カラーが使用されていた。
1956年の導入車から20年以上に渡り使用されたツートンカラー(1959年頃撮影)
1980年代から90年代まで使用された青基調の市内路線用車塗装(5242 1993年8月撮影)
1991年の導入車から採用されている赤基調の市内路線用車塗装(4A11)
長距離路線用
当初は長距離路線用車も市内路線用と同じくカーキ色と緑色のツートンカラーであった。
また、いずれもツーステップ車であり、このタイプの車両は2000年(平成12年)を最後に導入されていない。以後の経年車の代替には、貸切車・高速路線車からの転用車や、他事業者からの中古車両が充てられている。
2007年(平成19年)の島原半島撤退時には、このタイプから10台が島原鉄道に移籍している(前乗り前降りのトップドア7台、後乗り前降り3台。ナンバーはそのまま)。
島原半島方面の路線廃止やバリアフリー法適合車の運用拡大により、このタイプの車両の運用範囲は縮小しているが、スクールバス運用などではこのタイプが運用に就く機会が比較的多い。
なお、このタイプには1992年(平成4年)に日本宝くじ協会から寄贈されたレトロバス(ベースはエアロバスハイデッカー)や、1999年(平成11年)に導入したセレガHIMRも含まれる。
1992年(平成4年)以降は九州急行バスから移籍した車両(西工S型)が何台かあり、トイレを閉鎖した上で使用されていたが、2007年(平成19年)現在全車廃車となった。これらの移籍車は全車再登録車であったため、九州急行時代の長崎所属車でもナンバーは承継していなかった。
長距離路線仕様車の例(5E18)
かつての長崎 - 雲仙間準急便
レトロバス(4R11)
セレガHIMR
諫早市内でも系統番号は使用していない。ただし、大村地区で系統番号が使用されている関係で、大村市方面への直通路線は諫早市内でも系統番号を表示して運行している。
諫早地区の路線は、概ね諫早市中心部から各方面に放射状に広がる形態で、同一行先に経由地パターンが複数あるケースは少ない。中心部での主な発着地は諫早駅前及び東厚生町である。諫早市の中心市街地は諫早駅付近よりも東南寄りの地域にあり、このため諫早駅以西からの路線は、諫早駅前を経由して東厚生町に発着する形態で運行されるものが多い。東厚生町にはかつて諫早営業所が所在した。諫早駅以東、以北からの路線では、諫早駅前発着のほか、諫早駅前から西諫早ニュータウン内を経由して諫早営業所に発着する運行形態も多い。
2015年(平成27年)4月1日から、一部の路線にフリー乗降区間が新設された。
郊外路線は、市北部では大村市方面と、西部では長崎市方面と直通運行するものも多い。