諫早湾干拓事業
日本陸水学会と日本水環境学会が2003年に開催した合同シンポジウムでは、海苔の不漁や色落ちの原因について様々な仮説を唱えて「諫早湾干拓事業の影響」とする一方で、豊漁については養殖管理技術の向上や天候の影響だと説明した。また、有明海の海苔は諫早湾干拓事業後も2016年までに13年連続で販売額日本一を達成しており、1989年から2007年まで、有明海の海苔の生産高は上昇基調である。特に有明海の佐賀県沿岸での海苔の生産は、18年間で倍増している。海苔の色落ちや不作の主な原因となっているのは赤潮による栄養塩濃度の急激な低下や秋の水温上昇であり、それらは諫早湾干拓事業との関連性は指摘できなかった。赤潮被害に関しても、2002年には6件の赤潮被害が発生しているが、2005年から2006年には赤潮の被害は0件となり、その後再び増加して2011年に6件発生した後、またしても減少に転じるなど一貫性のない動きを見せている。2000年度の有明海の海苔は大不作であり、珪藻類のR. imbricataの大発生による赤潮がその原因とされたが、その後2019年までR. imbricataによる赤潮は発生していない。
2015年9月、福岡高裁(二審) - 水門開放請求を棄却。
2015年6月、福岡高裁(二審) - 佐賀地裁の倍額増額判断は妥当。最高裁へ。
2015年12月、最高裁 - 佐賀地裁の倍額増額判断は妥当。判決確定。(1人1日2万円へ)
2016年1月、長崎地裁 - 和解勧告するも2017年3月に決裂。交渉打ち切り。
2017年4月、長崎地裁 - 開門を差し止める判決。
2018年3月、福岡高裁 - 和解勧告するも2018年5月に決裂。
2018年7月、福岡高裁(二審) - 漁業権が消滅しているとして、漁協への制裁金支払い停止を認める。また漁協側に開門を求める権利も消滅している(2014年12月佐賀地裁の上告審)。最高裁へ。
2019年6月、最高裁 - 漁業者による開門を求めた訴訟及び営農者による開門差し止めを求めた訴訟の上告を棄却。判決確定。
2019年9月、最高裁 - 2018年7月福岡高裁の上告審。福岡高裁へ差し戻し。高裁判決を破棄。開門しない方針での解決を示唆。
2020年2月、福岡高裁 - 国が潮受け堤防排水門の開門を強制しないよう求めた訴訟の差し戻し審が始まった。
2021年10月、高裁が提案した和解協議に入るかどうかの話し合いが打ち切られ、次回期日の12月1日に結審、年度内に判決を出すとの見通しが報じられた。
2022年3月、福岡高裁 - 開門を命じた確定判決の効力の無効化を判決。