鞆幕府
義昭は毛利氏にさまざま上意を下したが、その内容は軍事作戦にまで及んでいた。義昭の上意に強制力はなかったが、毛利氏は義昭から便宜を受けている以上、その意向を完全に無視できなかった。そのため、輝元も配下の諸将に義昭の上意による軍事作戦を伝えており、義昭の意向が一定の割合で受容されていた。
さらに、毛利氏が義昭を擁したことによって、毛利家中において、義昭と輝元という「二人の君主」を生み出す危険性もあった。それは、義昭が輝元の頭越しに、毛利氏の諸将と結びつき、毛利家中を二分するということである。だが、義昭は輝元に配慮し、毛利氏の諸将に栄典や褒詞を与える際には、輝元を介して賜与している。とはいえ、毛利氏は義昭を擁立する限り、この危険性から完全に開放されることはなかった。
義昭は最前線で戦う毛利氏の諸将に対して、しばしば侍臣を派遣し、激励させている。たとえば、義昭は上月城の戦いの際、城を包囲する毛利氏の陣に真木島昭光を派遣し、その将兵をねぎらうとともに、小林家孝を駐留・督戦させた。吉川元長はこれに感激し、親しい僧侶に義昭への感謝の言葉を記した手紙を送っている。このように、義昭の激励で毛利氏の諸将は奮起し、戦意を保つことができた。
義昭は信長方の武将・荒木村重の調略にも一役買っている。義昭の配下・小林家孝が毛利氏の武将とともに、村重のもとを訪れ、毛利氏に帰順するように説得した。これにより、村重は毛利氏に寝返った。輝元は村重の帰順を喜び、家孝に褒詞を与え、その功績を称えたという。