めだかボックス
フラスコ計画の立案者である「悪平等」(ノットイコール)・安心院なじみが転校してきて、めだかが凍結したフラスコ計画をめだかの卒業後に再開することを宣言。それに対抗するため、生徒会執行部主催の次世代育成プログラムを立ち上げ、黒神めだかの後継者を育てることを開始する。後継者育成のさなか、あることがきっかけでめだかと善吉が対立、生徒会選挙にて争うことに。
行橋未造がこの階の住人。最新の科学技術の結集である遊戯施設を用いて行橋の受信感度を磨いている。
「天才がなぜ天才なのか」を解明し人為的に天才を創り出すという、安心院曰く、普通の人をめだかのような「主人公」にするための計画。立案者は安心院なじみ。計画に参加できる定員は13名であり、通称「十三組の十三人(サーティン・パーティ)」と呼ばれる。始動したのは数百年前、学園がまだ私塾だった頃でその当時は「試験管計画」と呼ばれていた。歴史は上記のように長く、不知火を代表とする数十の財団から国家軍部に至るまでが出資者となって研究は絶え間なく続けられており、現在では箱庭学園時計塔地下に広がる研究施設で続けられている。
天才を作り出すカリキュラムが完成した暁には箱庭学園に通う全校生徒にそれらを適用すると目論んでおり、王土によると「おそらく被験者(全校生徒)の98%は『壊れる』」とのこと。
生徒会執行部が地下研究施設に視察したことで、王土すらも凌駕するめだかの異常性「完成(ジ エンド)」が浮き彫りになり、十三組の十三人によるプランAは頓挫。
門番は赤青黄。場所は時計塔5階。2組のトランプを使用した神経衰弱だが、数字だけではなくマークもそろえ無ければならない。揃えたカードの数字がプレイヤーの得点となり、「2」の2点から「A」の14点までの合計ポイント416点のうち、多くポイントを取った方の勝利。完全ターン制で、カードを揃えても1ターンに2枚までしかめくれない。ジョーカーはシャッフルカードで、どちらかがジョーカーを引いた時点で場のカードは並べ直し、ジョーカーをペアで揃えたらプレイヤー同士の得点がシャッフルされる。イカサマは明確に禁止されておらず、発覚した時点で使用不能になるのみで反則負けなどのペナルティは無い。敗者は罰として、赤のスキルで病気を発症させられる。
生徒会長の座を退いためだかの前に月氷会の人間が表れ、7つの分家の代表である7人の婚約者からめだかの結婚相手を決める醜悪なる宴「漆黒宴」の開催を告げる。過去の漆黒宴で婚約者候補が全員何者かに殺されていることから、自らが勝利することで漆黒宴を叩き潰そうと、鶴喰家代表の鶴喰鴎と箱庭学園のジョーカーズ、不知火半袖・球磨川禊・安心院なじみ・不知火半纏らを引き連れ、漆黒宴に名乗りを上げる。
『週刊少年ジャンプ』2009年10号に掲載。内容は目安箱への初めての投書による案件解決で、廃部寸前の柔道部の依頼を受け、めだかと善吉が活動する。
善吉がめだかの幼なじみでほぼ相思相愛である、不知火が二人の共通の知り合いであるなどの設定はそのまま引き継がれているが、連載版において重要なキーワードのひとつである異常(アブノーマル)の要素や、「黒神めだかの真骨頂」などの性格の解説には触れられていない。展開としてはコメディとバトルを合わせた学園ものとして一話完結している。また、読み切り版での結末は善吉が副会長の役職を任されるが、連載版では庶務に変更された。
西尾維新脚本・暁月あきらキャラクターデザインによる、テレビアニメオリジナルストーリー。
「グッドルーザー球磨川」の続編。時間軸的には小説版よりも後のストーリーになる。とある事情から休学していた生徒・画図町筆が起こす騒動を、水槽学園生徒会長の球磨川は自らのスキルを駆使して解決していく。
豊崎愛生(黒神めだか 役)
球磨川禊が箱庭学園へ転校してくる前にいた「水槽学園」での物語。球磨川が水槽学園に転入してから、生徒会長に就任するまでの経緯が描かれる。
門番は大刀洗斬子。場所は時計塔4階。チーム内で一番嫌いな人の名前と理由を記名投票し、得票数トップの嫌われ者だけが通過できる。自分自身に投票することは出来ず、誰に投票するかの相談も不可。SはSLEEPの頭文字。性質上、2チームに分かれてきちんと協調できれば、ルールの穴を突いて全員突破可能。
特待生の中でもさらに選ばれた特待生。皆「異常性(アブノーマル)」と呼ばれる異常な才能を有している。基本的にはそれらの才能のみに特化しており、めだかや冥利のような万能タイプは稀である。100人以上在籍しているが、登校義務さえ免除されているため、ほとんど学校に来ておらず、通常登校し授業に参加しているのは黒神めだか・日之影空洞・雲仙冥利の3名のみである。 十三組の十三人(サーティン・パーティ) フラスコ計画に参加している十三組生の総称。異常性を持つ十三組生の中で計画に必要だとみなされた者だけが加入できる。なお、本来のしきたりとして1年生は参加できない。参加の際には8個のサイコロを同時に振り、どういう結果が出るかを試す「サイコロ占い」という実験を行う(めだかは全てのサイコロがタワー状に積み重なり、冥利は全てのサイコロで6の目が出る)。 表の六人(フロントシックス) 「十三組の十三人」の中でもフラスコ計画や理事長に協力的な6人。十三組の十三人編ではめだかたちと対決。不知火知不編では全員そろって救援に現れた。 裏の六人(プラスシックス) 「十三組の十三人」の中でも技能・人格ともに特に異常度の高い6人。異常性というより過負荷に近い超常的な能力を持ち、-十三組にも関わるとされたが結局ほとんど語られなかった。