極東国際軍事裁判
7人の絞首刑(死刑)判決を受けたものへの刑の執行は、12月23日午前0時1分30秒より巣鴨拘置所で行われ、同35分に終了した。この日は当時皇太子だった明仁親王(現在の上皇)の15歳の誕生日であった。これについては、作家の猪瀬直樹が自らの著書で、皇太子に処刑の事実を常に思い起こさせるために選ばれた日付であると主張している。
その後、7人の遺体は横浜市の久保山斎場で米軍によって秘密裏に火葬され、その後、小型の軍用機で「横浜の東およそ30マイル(約48キロメートル)の地点の太平洋の上空」から洋上に散骨されたことが2021年6月、アメリカの国立公文書館に所蔵されていた米軍文書で明らかになっている。また、遺灰の一部は米軍から回収した三文字正平弁護士らにより、静岡県熱海市の興亜観音に持ち込まれ一時安置の後、1960年に愛知県幡豆郡幡豆町(現:西尾市)にある三ヶ根山の殉国七士廟に祀られている。
ニュルンベルク裁判の基本法である国際軍事裁判所憲章で初めて規定された「人道に対する罪」が南京事件について適用されたと誤解されていることもあるが、南京事件について連合国は交戦法違反として問責したのであって、「人道に関する罪」が適用されたわけではなかった。南京事件は訴因のうち第二類「殺人」(訴因45-50)で扱われた。
なお、731部隊等で知られる日本軍の非人道的な人体実験や生物兵器・毒ガス兵器の研究開発については、これらのデータを入手・秘匿したかった米軍が日本側責任者であった石井四郎と免責と引換えにこれを入手することにした為、また、旧日本軍の実際の戦闘での毒ガス使用については、米軍は日本軍の日中戦争での使用の証拠を掴んでいたものの、当時始まり出していた冷戦の中でこの分野では自陣営側が有利と見た米軍が、既に国際条約では使用を禁止されていたとはいえ、東京裁判で取り上げて自ら毒ガス使用を完全に戦争犯罪とし、自軍の手を縛るようなことは避けたかった為、それぞれ東京裁判では扱われなかったとする説がある。
ジョージ山岡(日本語を解した。東郷担当)
ウィリアム・ローガン(木戸担当)
オーウェン・カニンガム(大島浩担当)
陸軍中尉アリスティディス・ラザラス(畑担当)
デイヴィッド・スミス(広田担当)
ローレンス・マクマナス(荒木担当)
予備海軍大佐リチャード・ハリス(日本語が達者であり、弁護部管理主任も務めた。橋本担当)
ジョージ・キャリントン・ウィリアムス(星野担当)
フロイド・マタイス(板垣、松井担当)
マイケル・レヴィン(賀屋興宣、鈴木担当)
ジョゼフ・ハワード(木村担当)
アルフレッド・ブルックス(小磯、南、大川担当)
ロジャー・コール(武藤担当)
ジェイムズ・フリーマン(佐藤担当)
陸軍大尉ジョージ・A・ファーネス(重光担当)
エドワード・マクダーモット(嶋田担当)
チャールズ・コードル(白鳥担当)
ジョージ・ブルウェット(東條担当)
ジョン・G・ブラナン(永野担当)
とくに松井は訴因55(通常の戦争犯罪・BC級)で、また武藤は訴因54と55で有罪を宣告されており、「A級戦犯」としても起訴されたものの「BC級戦犯」としてのみ有罪となったものである。
実際には、有罪無罪と死刑にするかどうかはそれぞれ多数決で決められており、裁判で多数をしめる英米法系の裁判官の法感覚が結果に大きく影響している。英米法では保護責任者の不作為による故意的な致死は、当時の日本における謀殺とともに"murder"の類型に属し、この当時の英及び英領植民地の殆どで死刑判決を免れない罪であった。木村は勿論、東条(死刑反対が4票あり、あと2票で死刑を免れた)も事実上泰緬鉄道での捕虜の多数死の管理責任を問われ、広田は南京事件での虐殺制止に動かなかったことが過半数の死刑支持に繋がったと考えられる。判決前に報道陣の間で捕虜殺害などに関わってなければ死刑にならないらしいという観測が出て、日本の感覚で木村や広田は死刑にならないという噂が広がったことが逆にこの点を裏付けている。
さらに英米法の考えでは、過去の判決の集積などから導き出された法原理による判決であれば、必ずしも具体的な判例がある必要はなく、それは事後法に反しないとする考え方がなされる。その一般的な法原理によるとする認定が正しいかどうかは、英米法では手続きの適正さによって保障されるとする。また、第二次世界大戦の以前にはすでに平和を破壊する行為が違法であることが、主に慣習法として、もしくはヴェルサイユ条約やパリ不戦条約など一部の条約において既に確認されていたという意見もある。第一次大戦後、「前」ドイツ皇帝ヴィルヘルム2世がオランダに亡命したため結局は裁かれなかったものの戦争責任で訴追されており、また、その臣下らには実際に裁かれた者もいたことから、国際法上それをもって前例として慣習法が出来ていたとし、第2次大戦後のこの段階ではもはや事後法に反しないとする主張も見られる。東京裁判では、あくまで補足的根拠としてだが実体的根拠については、パリ不戦条約の存在を事後法ではない根拠としている。日本においても、軍律は死刑などもありながらあくまで行政処分の一種という考えで、遡及適用がありうるとされていたようである 。東京裁判も法廷形式をとってはいるが、議会等の定めた軍法によらず、行政府の定めた軍律による軍律会議であり、行政処分である。また、当時敗戦までの一時期存在したナチス法理論では事後法は必ずしも否定されておらず、東京裁判の参加国の一つであるソ連の社会主義法理論においても同様である。
詳細は「南京事件の証言#東京裁判」を参照 上海派遣軍法務官兼検察官の塚本浩次は担当した案件の大部分は散発的な事件で、殺人は2,3件で、放火犯も集団的虐殺犯も取り扱っていないと証言した。 当時情報収集を主務としていた中支那方面軍参謀の中山寧人は、婦女子への暴行や掠奪は小規模なものがあったが、市民への大規模虐殺は絶対にないと宣誓供述書で証言。 中澤三夫第16師団参謀長は、組織的集団的掠奪や強姦はなかったし、掠奪命令や黙認をしたこともない。散発的な風紀犯はあったが処罰されている。また、南京の市民からは戦場での掠奪や破壊は大部分が退却する支那国民党軍と、それに続いて侵入する窮民の常套手段であると直接聞いた、と証言。