統治二論
ただし政治社会を形成するためには対等な権利を持つ人間による相互の同意が不可欠である。こうして政治的な統一体が成立すると議会という統治機関による多数決ですべての構成員を拘束する立法や行政などの権利を有することができる(議院内閣制)。しかし自然法という前提の帰結として政治社会の立法行為は自然法を逸脱することはできない。
立法権は常設の必要がなく、また立法権と執行権が同一人の手にあると利己的に用いられる恐れがあるため、しばしば分離されることがある(権力分立)。また他国との和戦・締盟・交渉を行う権力を別に連合権(federative)とするが、実際には執行権と統合された組織によって実行される。この三権のうち、立法権が最高権であり、他の権力はこれに従属する。
社会の成員となった個々の人間の権力を社会から取り戻すことはできない。しかしながら、政府が人民の共同の利益から外れ権力を乱用するようになれば、政府はその由来と権限を失い解体されたとみなされ、人民は新しい形態の立法権を定めたり、古い形態のまま新しい人間に立法権を与える権利を持つ。これが人民の抵抗権であり、このことで人間の生命や財産の所有は保障される。
ロックは政治思想家ロバート・フィルマーの著書「パトリアーカ」で語られる王権神授説への反論を行っている。
フィルマーによれば王権は神によってアダムに与えられた支配権に由来する。その根拠としてフィルマーが挙げるのは聖書で神からアダムに語られる「海の魚と、空の鳥と、地に動くすべての生き物とを治めよ」(「創世記」第1章28節)であり、またノアとその子供に語られる「地のすべての獣、空のすべての鳥、地に這うすべてのもの、海のすべての魚は恐れおののいて、あなたがたの支配に服し」(「創世記」第9章2節)である。この権利はエバに語られた「あなたは夫を慕い、彼はあなたを治めるであろう」(「創世記」第3章16節)、また十戒の第5番目「父を敬え」(「出エジプト記」第20章12節)との記述から父権(家父長権)と結び付けられ、その直系子孫へ伝わる。その結果、アダムの血筋の直系にもっとも近い者がこの支配権を相続し、それが王権なのだというのがフィルマーの主張である。