情報保全隊
一方、自民党との連立政権に参加している公明党と、その支持母体である創価学会系の反戦運動は調査対象にされていなかったことから、調査対象とされた団体・個人から「戦前の憲兵政治の再来だ」、「一般市民の活動を監視している」と批判される結果となった。調査の対象には消費税や年金の問題、あるいは春闘関連の集会、団体には地方議会までも含まれている、「自衛隊、防衛問題とは無関係でないか」とその正当性を問う批判も出ている。
日本共産党は「表現の自由、プライバシー侵害行為で、違憲である」と中止を求めている。
日本共産党は自衛隊関係者から内部資料を入手したと発表しており、保守派や自衛隊の中では(殊に、情報保全隊自身は)外部から情報を盗み出されたことが「防諜が甘かった」、との観点から一番の問題とする向きもある。
日本共産党は、情報保全隊の関係者が日本の防衛産業及び警備会社に『天下り』を行っていると主張している。
これらの批判に対し、防衛大臣久間章生は共産党の質問には「自衛隊法に基づく正当な任務である。」と答弁し、問題がないとの見解を示し、民主党からの質問に対しては「国会議員であれ、国民は平等に情報収集対象になりえる」と回答した。守屋武昌防衛事務次官は「防衛省設置法に基づく調査研究である」として違法性はないと反論した。また河野克俊統合幕僚長は、2016年2月の高裁判決において活動が違法であると認定された件について「非常に残念に思う」とした上で「自衛隊の情報保全隊の活動というのは適法な範囲で実施している」とのみ答えた。