QM/MM
QM/MM法は高効率な場合が多いが、扱い方には注意を要する。系の中でQMにより扱う領域を決定する必要があるが、その領域を変更すると、計算結果や計算時間に影響が生じる。系の原子配置やその平衡構造からのずれにより、QM領域とMM領域の相互作用は変わりうる。一般にQM領域とMM領域の境界はC-C結合上に設定され、電荷を帯びた原子団内には境界が無いようにする。このように系の電荷分布が異なると、モデルの質に影響しうる。