京都大学フィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林
こうして誕生した芦生演習林であるが、すでにあった東京帝国大学や北海道帝国大学といった他の帝国大学の国内演習林が国有林設定の形で演習林地を取得し、伐採した材木の販売益を100%自らの収入とできたのとは異なり、地上権を設定した借地契約であり、収益については当初40年間は地上権者が地権者に最初の5年は年5万円ずつ、残り35年間は毎年1万円ずつ支払い、その後は伐採した材木の販売益を地権者と折半する分収方式であった。これは先発の大学に早く追いつきたいが、広大な林地を買収するだけの財政的な裏付けがないことから、やむを得ず選択された手法であった。ところが、契約後間もない1922年3月に当初地権者と契約していた分配金5万円が支払われず、同年8月になって年間の伐採益の全額として村に支払われた金額が1万円だけだったことから、契約の不履行として、告訴も含めた大きな騒ぎとなってしまった。結局、大学、京都府、地元を交えた議論の中で調停が行われ、1923年4月に契約の一部を修正して、地権者側の伐採収益取得の権利を地上権者側に譲渡し、地上権者側は代償として、39年間の借地料金利の積算額である22万円を同年中に地権者側に支払うことで和解した。このような山林地上権での基準対価による契約更改は京都府下においては前例のないものであり、地上権を固定額で契約したことも含めて後々村側に不利になった側面があったことは否めない。
植生同様当研究林内には多くの生物が生息しており、哺乳類ではツキノワグマやニホンカモシカ、ニホンザル、ニホンジカ、イノシシ、タヌキ、アカギツネ、ニホンアナグマ、ニホンノウサギなどといった中大型の哺乳類をはじめ、ヤマネ、ムササビといった小型の哺乳類も生息しており、その中にはクロホオヒゲコウモリやミズラモグラなどの貴重な種も生存している。鳥類ではコノハズクやヤマセミ、オシドリなどをはじめオオタカやハイタカなどの猛禽類も見られ、まれにイヌワシも見られる。爬虫類ではニホンマムシやヤマカガシ、アオダイショウ、シマヘビ、ニホンカナヘビ、ニホンイシガメ、ジムグリ、シロマダラを見ることができる。両生類では特別天然記念物であるオオサンショウウオをはじめ、ハコネサンショウウオやヒダサンショウウオ、モリアオガエルやカジカガエルなどを見ることができる。昆虫もカブトムシやクワガタ、ミヤマカラスアゲハをはじめとした大型の個体から小型の個体まで、多く見られる種から貴重な種まで多種多様な昆虫が生息しており、中には芦生で新たに記録された種もいくつか見られる。
当研究林の所在地は、京都市内中心部から北に約35km離れた福井・滋賀両県と接する京都府北東部の由良川源流域である。南部および南東部は京都市左京区の広河原および久多地区に、北東部は滋賀県高島市の朽木地区に、北部は福井県おおい町の名田庄地区にそれぞれ接している。
地形は、当研究林が丹波高地東端部にあることから標高が高く、三国岳 (959m) を最高地点に、傘峠 (935m) や小野村割岳 (931.7m) など標高900m以上の地点が南部から東部にかけて点在し、標高600-800mの部分が全体の約2/3を占める。標高は西に向かって低くなり、研究林事務所では356m、最低地点では355mである。また、林内を由良川の源流がU字形に流れ、谷筋には大小の河谷が由良川源流に注ぎ込んでおり、全体的には丹波高地の各所で見られる準平原状の地形であるが、斜面部の傾斜は30〜40度と比較的急峻である。地質は丹波帯と呼ばれる中・古生層に属する砂岩や泥岩(頁岩)の基盤岩に東西に延びるチャート層を挟む、堆積岩で形成されたものであるが、チャートが卓越する場所では急崖や滝が形成されている。土質は大部分が褐色森林土であるが、標高800m以上の稜線部には局所的にポドゾル土壌が認められる。