ネブカドネザル4世
古代ギリシアの歴史家ヘロドトスはダーラヤワウ1世による長期化したバビロン包囲が将軍ゾピュロス(英語版)の自傷行為による計略で解決され、市門と城壁が報復として破壊されたと報告している。ヘロドトスの記録おける編年と歴史の説明は、ダーラヤワウ1世に対する2度の反乱の経過いずれとも調和させることが不可能である(特に、バビロンの包囲が短期間であったこと、そして2度目の反乱においてはダーラヤワウ1世が現地にいなかったこと)。ダーラヤワウ1世が3,000人のバビロン市民を串刺しにしたというヘロドトスの記録は、ネブカドネザル4世とその支持者がたどった運命に言及したものかもしれない。
メソポタミアの住民自身による最後のメソポタミアの大帝国であり、そしてバビロニアの歴史における最後の、そして最大の繁栄の時代を築いた新バビロニアは、ハカーマニシュ朝(アケメネス朝、ペルシア帝国とも)の王クル2世(キュロス2世)による前539年のバビロン征服(英語版)によって終焉を迎えた。この征服の後、バビロンは独立した王国として再び勃興することはなく、まして大帝国となることもなかった。バビロンはその名声と古の歴史によって重要な地でありつづけ、さらには巨大な人口と都市壁を持ち、何世紀にもわたり現地の信仰の中心として機能していた。バビロンは(パサルガダエ、エクバタナ、スーサと共に)ハカーマニシュ朝の首都の1つとなり、単なる地方都市に降格されなかったために重要性を維持し続けたが、ハカーマニシュ朝の征服によって現地のバビロニア文化に同化せず、メソポタミアの外側に自身のさらなる政治的中心を維持する支配階級が登場した。この新たな支配者たちは自らの支配を継続する上でバビロンの重要性に依存していなかったため、バビロンの名声は否応なく衰えた。
ハカーマニシュ朝の王たちは「バビロンの王ならびに全土の王(šar mātāti)」という称号の使用によってバビロンの重要性を強調し続けていたが、バビロニア人たちは時と共にハカーマニシュ朝の支配に対する怒りを強めていった。