築地市場移転問題
小池は石原の回答に対して非常に不満を抱き、再度ヒアリングを要請する事を求める見解を示し、翌2017年(平成29年)1月の都議会定例会開会以後、当該事象の石原に対する調査として、2月22日から都議会は豊洲市場移転問題に関する調査特別委員会において審議を行っており、同年2月7日に都議会の全会一致にて石原と元副知事であった濱渦武生を参考人招致する事が決定していた。ただし、石原は長時間の質問に耐えられる状態ではない事が懸念されていた。また、後述の百条委員会の設置について、自民党都議団の中から野党側に同調する造反者が生まれ、後に自民党会派から離脱する事態となった。
しかし、同年2月20日に開かれた議員運営委員会にて、東京改革議員団(民進党)、日本共産党東京都議議団の会派は調査特別委員会(百条委員会)の設置を求め、都議会公明党もそれに乗じ、百条委員会の設置が決定し、同年3月16日に正式設置。
同年3月11日から特別委員会が開かれ、都が事前に提出した資料には石原就任前の知事であった青島幸男からの引継ぎ書類に豊洲へ移転させる方向性が示され、それ以外の候補地は記されていなかった。
18日の委員会審議の中で、元東京都中央卸売市場長であった岡田至が東京ガス側に対して、東京ガスが法令上の対策を能動的に済ませていた経過を鑑みて、自らの判断で土壌汚染対策費の追加負担を求めない事を決定し、「瑕疵担保責任の放棄には当たらない」との証言を行い、岡田の前任者であった比留間英人は、前述の土壌汚染が俎上に上がった際、代替地や築地再整備への議論の有無を問われ「議論を行わず、「再々議論はなし」と言う結論の元で、豊洲移転で進めた。
跡地の用途は2016年時点で環二通り以外特に確定していなかった。2017年東京都議会議員選挙に先立ち、環状2号線エリアを先行整備し、2020年東京オリンピック・パラリンピック期間中は跡地を輸送拠点として暫定整備する方針、および大会終了後に築地の再開発を行う方針を発表した。2018年度中に街づくりの方針を策定し、その後埋蔵物調査、土壌汚染調査、設計などを行うとしていた。
2021年6月の一時期、新型コロナウイルスの影響により、主に公務員(警視庁や東京消防庁職員)向けのワクチン大規模接種会場として、同跡地が使用された。
1986年(昭和61年)、都は東京都首脳部会議で「築地市場は移転せず現在地で再整備を行う」旨を決定し、これと前後して「築地市場再整備協議会(以下、協議会)」が設置された。1988年(昭和63年)に策定された「築地市場再整備基本計画」では、再整備後の築地市場は水産部が1階、青果部が2階、駐車場は屋上という立体的構造になることが発表され、翌々年には工期14年、総工費2380億円との試算が出された。
1991年(平成3年)の第5次計画でも改めて再整備について言及し、同時に仮設駐車場や仮設卸売市場などの建設工事が開始されたが、工事開始後から工期の遅れや整備費の増加(再試算で3400億円とされた)、および機器の移動や貨物の保管場所に関する場内業者との調整が難航するなどといった問題が顕在化し、都は基本計画の見直しを行わざるをえなくなる。
この結果、1996年(平成8年)の第6次計画では各部の施設を階層別配置ではなく平面配置として再計画することが提示されたが、工事が長期化するなどの懸念が上がり、業界6団体連盟は1998年(平成10年)、都に移転の可能性について調査・検討するよう求めた。しかし業界でも移転派と再整備派で分かれており、協議会はひとまず従来通りの再整備案を中心に協議を継続した。
その後、小池百合子は2017年(平成29年)6月20日に「一度豊洲に移転し、5年後再び築地に戻す」としたが、同年12月20日には「2018年(平成30年)11月10日に移転し、築地市場は解体する」と改めた。また、これらと並行して追加対策工事の計画も進行し、空洞内の床設置や地下水管理システムの強化、換気機能の追加などを行う工事が2017年12月18日より開始された。
しかし、延期決定から築地市場解体決定までに1年4ヶ月弱を要し、その間に小池百合子が度々姿勢を転換させたため、市場関係者以外にも混乱を招き、移転が決定してもなお以下のような影響を残すこととなった。
築地市場跡地を利用して建設される予定だった環二通りを五輪開幕までに開通させることが不可能となり、五輪・パラ関連輸送は従来の道路(晴海通り・有明通りなど)を使用することとなった。