SARSコロナウイルス2-アルファ株
アルファ株(系統B.1.1.7)は、ゲノムデータと、国による規制にも関わらずケントにおける感染率が低下していないという知見を組み合わせることにより、2020年12月初旬に最初に検出された。B.1.1.7に属する2つの最も初期のゲノムは、2020年9月20日にケントで収集され、もう1つは同年9月21日にグレーターロンドンで収集された。これらの配列はGISAID配列データベースに登録された(それぞれ配列アクセッションEPI_ISL_601443およびEPI_ISL_581117)。
遺伝的証拠を用いた後方追跡では、B.1.1.7が2020年9月に出現し、11月中旬まで市中で非常に低いレベルで循環したことを示唆している。変異株に関連する症例の増加は、PHEがケントにおける感染率が低下しなかった理由を調査していた11月下旬に最初に明らかになった。その後PHEは、この変異株に関連したクラスターがロンドンとエセックスにおいて急速に広がっていることを発見した。
また、主にイギリスで使用されているRT-PCR検査の一種であるサーモフィッシャーサイエンティフィックの「TaqPathCOVID-19」も重要であった。この検査は3つの場所でRNAと一致し、B.1.1.7のスパイクタンパク質のHV 69–70の欠失(スパイクタンパク質のそれぞれ69位と70位のヒスチジンとバリンの欠失)により、スパイク遺伝子の機能を停止した。これにより、ゲノム配列決定によってどの症例がB.1.1.7であったかをよりよく疑うことができるため、予備的な同定が容易になった。
変異株は慢性的に感染した免疫不全の人に由来している可能性があり、ウイルスの増殖と進化に長い時間がかかることが示唆されている。