函館本線
貨車41両中40両とディーゼル機関車が転覆する国鉄史上最大の脱線事故となった。人海戦術による復旧が行われて同区間は10月3日始発列車から運転開始。
1978年(昭和53年)10月2日:桑園駅 - 札幌市場駅間、近文駅 - 旭川大町駅間の両貨物支線が廃止。札幌市場・旭川大町の各駅を廃止。
1979年(昭和54年)9月27日:森駅 - 桂川駅間が複線化。
1980年(昭和55年)10月1日:エル特急「いしかり」を「ライラック」と改称。
1984年(昭和59年) 2月1日:小樽築港駅 - 浜小樽駅間の貨物支線が廃止。浜小樽駅を廃止。 3月31日:上目名駅を廃止。 6月10日 - 8月24日:'84小樽博覧会の開催に合わせて、小樽築港駅 - 浜小樽駅間の貨物支線に会場前駅(臨時駅)を設置。 9月20日:森林公園駅を新設。 11月19日:八雲駅 - 鷲ノ巣駅間が複線化。
1985年(昭和60年)10月1日:星置駅を新設。
1986年(昭和61年) 3月3日:札幌駅 - 白石駅間の最高速度を従来の100 km/hから120 km/hに引き上げられる。これに合わせて隣接する千歳線の千歳空港駅 - 白石駅間も同様に最高速度が引き上げられる。同時に千歳空港駅 - 札幌駅 - 旭川駅間にエル特急「ホワイトアロー」新設。 11月1日:白石駅 - 東札幌駅間の支線(貨物線)が廃止。東札幌駅を廃止。発寒駅を新設。稲穂・稲積公園・発寒中央・高砂の各臨時乗降場を新設。また、野田生駅 - 長万部駅間の最高速度を従来の100 km/hから110 km/hに、白石駅 - 旭川駅の最高速度を従来の100 km/hから120 km/hにそれぞれ引き上げられる。
2010年(平成22年)3月、JR北海道は函館本線の小樽以南全区間を経営分離する方針を打ち出したため、2030年度に予定される北海道新幹線の札幌延伸時には、本路線の砂原支線・藤城支線を含む函館駅 - 長万部駅間が経営分離される予定である。また、長万部駅 - 余市駅間は2022年2月3日に沿線自治体が鉄道存続を断念し、廃止を受け入れバスに転換することで合意した。新幹線開業に伴う並行在来線の廃止は、第三セクター鉄道への転換を除けば1997年10月1日の長野新幹線(北陸新幹線)高崎駅 - 長野駅間先行開業に伴う信越本線横川駅 - 軽井沢駅間の廃止以来2例目となる。余市駅 - 小樽駅間に関しては、小樽市への通勤・通学が多い余市町が第三セクターでの鉄道存続を要望しているため、バス転換へ前向きな小樽市との意見集約が出来ず、結論が先送りされることとなった。なお、小樽市は、2022年1月31日の迫俊哉市長の定例記者会見の席上で、余市駅 - 小樽駅間の存廃について、「バス転換を視野に入れた動きを進めたい」として、同区間のバス転換の方向性について言及している。同年3月26日に行われた道と沿線自治体(小樽市・余市町)の3者協議において余市駅 - 小樽駅間の鉄道存続を断念し、廃止を受け入れバスに転換することで合意した。同年3月27日に行われた沿線自治体(小樽市・余市町・仁木町・共和町・倶知安町・ニセコ町・蘭越町・黒松内町・長万部町)と道の協議において長万部駅 - 小樽駅間の廃線・バス転換が決定した。
2023年10月、北海道などから代替バスの運行を打診されている北海道中央バスなどのバス事業者3社が2024年問題などに伴うバス運転手の不足により、北海道から示されているダイヤ案での本数運行は困難であると回答し、バス転換協議が難航していることが報じられた。北海道などは他のバス事業者にも協力を求めるほか、利用者が少ない一部区間についてはタクシーなど、バス以外の交通機関への転換も検討するとしている。
また、函館駅 - 新函館北斗駅間については、並行在来線であるかどうかについては異論があり、当該区間は並行在来線ではないとの立場に立つ函館市はJRによる運行継続を求めていた。しかし、2011年(平成23年)4月に初当選した工藤壽樹函館市長は、同年11月24日、バス転換しないことなどを条件に経営分離容認を表明。函館商工会議所を始めとする諸団体が依然として反対していたため正式決定が遅れたものの、12月21日には経営分離に同意した。
函館駅 - 長万部駅間については、沿線自治体の多くが旅客路線としては大部分を廃線並びにバス転換したい意向を示しているが、同区間は北海道と本州間における鉄道物流の大動脈となっている貨物列車も運行されており、仮に同区間を廃線にした場合、物流網が寸断され、道内の地域経済(特に農水産業)に大打撃となる恐れがあることから、日本貨物鉄道(JR貨物)北海道支社長の小暮一寿は2022年5月に同区間の存廃について、「自社のみでの貨物路線の保有は困難」として、「第三セクターなどによる鉄道維持が望ましい」との見解を出している。
全駅北海道内に所在。なお、全区間において駅ナンバリングが設定されているが、駅ナンバリング順ではなく、函館駅から下り方向に記述。駅ナンバリングの詳細については「北海道旅客鉄道の駅ナンバリング・区間カラー」を参照。
かつては普通列車の多くが小樽・手稲・札幌方面と滝川・旭川方面を直通運転していたが、現在では朝夕の一部列車を除いて岩見沢駅で系統分割されており、札幌方面と滝川・旭川方面を普通列車で移動する場合、ほとんどが岩見沢駅で乗り換えとなる。札幌駅 - 旭川駅間では快速運転を行っておらず、すべての普通列車が各駅に停車する。
苗穂・旭川・苫小牧の各運転所の配置気動車の効率的な運用のために、この区間では気動車の乗り入れも設定されており、該当列車ではワンマン運転を実施している。ただしこの区間の所要時間は電車で40分強、気動車で1時間弱程度と大きな差がある。
区間列車は岩見沢駅 - 深川駅間および岩見沢駅 - 滝川駅間と滝川駅 - 旭川駅間に設定されているほか、深川駅 - 旭川駅間に留萌本線直通の普通列車が1往復のみ設定されている。なお、この区間で他に接続する室蘭本線・根室本線への直通列車は存在しない。
岩見沢駅 - 滝川駅間では1時間に1本程度の普通列車が運転されているが、2時間ほど間隔が開く場合もある。滝川駅 - 深川駅間ではさらに本数が少なく、頻繁に往来する特急列車とは対照的に3時間以上普通列車が運転されない時間帯もある。