イサベル・クララ・エウヘニア
スペイン王フェリペ2世と、3度目の王妃エリザベート・ド・ヴァロワの娘として、セゴビアで誕生した。父フェリペは息子の誕生より嬉しいと歓喜したと伝えられている(この時、フェリペには最初の王妃ポルトガル王女マリアの生んだ長男カルロスがいた。しかし、2人は不幸な断絶状態にあった)。イサベルの母エリザベートは、最初はカルロスの婚約者だった。政治的な理由から、フェリペが彼女を後添えに望んだのだった。このような政略結婚でも、フェリペはエリザベートを大事にし、彼女が天然痘を患ったときにもそばにいようとしたという。エリザベートは1564年の最初の妊娠で双子の女児を流産した。次に生んだのがイサベルで、その1年後にはカタリーナ・ミカエラを生んだ。1568年10月にエリザベートは男児を流産し、そのまま帰らぬ人となった。
イサベルは妹カタリーナとともに、父と継母アナに可愛がられて育った。フェリペは冷徹で愛情薄い男性だったと多くの伝記に描かれているが、彼が娘たちにあてた手紙には「お前の善良な父より」と愛情込めて署名されており、エリザベートの生んだ王女たちを愛していたことが窺える。
1568年、2歳のイサベルはルドルフ2世と婚約した。ルドルフの母親マリアは父フェリペの妹であるため、2人は従兄妹同士だった。