共産空白区
しかし共産党候補の小選挙区擁立により、自民批判層の票が民主党など他の野党の候補と分散し、結果として自民党など与党系候補を利しているという意見が主に民主党支持者から出るなど、非自民の立場から共産党候補の撤退を主張する者も増え、共産党候補の全選挙区擁立への風当たりは強くなっていった。
2005年衆院選と2009年衆院選では従来の全選挙区擁立の方針を大きく変え、共産空白区が多数発生したが(後述)、2012年衆院選以降再び従来の全選挙区擁立の方針に回帰した(ただし、前述の通り沖縄2区のみ擁立しなかった)。
2014年衆院選では、基本的に全選挙区に擁立したが、しかしながら沖縄では2区に加え、3区、4区でも県知事選で翁長雄志を支援した枠組み(オール沖縄)を尊重し、他の党の候補を野党統一候補とし、擁立を見送ることになった。結果共産候補の赤嶺政賢が野党統一候補とされた1区で18年ぶりに小選挙区当選者が誕生したほか、他の小選挙区でも全てで野党統一候補が当選した。また他都道府県の選挙区でも民主党の空白区が増えたことで与党批判票を吸収し、供託金が没収となった選挙区は全体の33%に減少した。
2015年に第3次安倍内閣において集団的自衛権行使の限定容認を含めた平和安全法制が制定されたのをきっかけに、民主党(後の民進党)と日本共産党による野党共闘が開始された。