シイノトモシビタケ
原記載では Sect. Calodontesに置かれ、類似種としてMycena purpureofusca (Peck) Sacc. が挙げられているが、後者とは「胞子がより大型であり、さらにシスチジアが指状突起をしばしば有して不規則形をなす」点において異なるとされている。また、M. purpureofuscaは、その原記載によれば「針葉樹(トウヒ属)の枯れ木に発生する」と記述されている。
ロルフ・シンガーにより構築された分類体系においては、Sect. Mycena クヌギタケ節に所属させるのが妥当であると考えられているが、シンガー自身は、シイノトモシビタケそのものについては言及していない。
本種と同様に八丈島に普通に産し、強い発光性を持つきのことしてヤコウタケが挙げられるが、後者はかさが灰白色ないしほぼ白色を呈するとともに著しい粘性を有することや、柄の基部が吸盤状をなすことなどにおいて異なっているまた、ヤコウタケは、カナリーヤシやビロウあるいはタケ類によく発生するほか、父島では、枯死したツルアダンの体上に生じた例もある。
ウスベニフチタケ(Mycena roseomagrianata Hongo)は、ひだの縁が着色する点で多少類似しているが、ひだの縁どりが淡紅色を呈し、子実体は発光性を欠くことや、ヒノキの腐植上に発生することなどにおいて異なっている。また、フチドリクヌギタケ(Mycena neoavenacea Hongo)では、ひだの縁はニッケイ色を呈し、さらに側シスチジアを有すること・スギやヒノキなどの針葉樹の落ち葉あるいは枯れ枝上に生えること・発光性を持たないことなどで区別できる。