東トルキスタン独立運動
1997年2月5日にはイリ・カザフ自治州のグルジャ(イニン、伊寧)市内にて、大規模なデモが発生し、鎮圧に出動した軍隊と衝突して、多くの死傷者を出したグルジャ事件が発生した(イニン事件とも)。
中国側は「共産党政権の転覆を目的として民族分裂主義者の破壊活動」とした。4月24日にはイリ中級法院伊寧市人民法院は公開裁判をひらき、暴動の首謀者ユスプ・トルソンら3名を死刑に処した。
中国当局は、東トルキスタンの民族運動の高揚を分離主義に繋がるものとして警戒し、「厳打」と呼ばれる厳しい取締りを実施している。
アムネスティ・インターナショナルが「非公式の情報源」として伝えるところによれば、グルジャ事件(イニン事件)では事件後1,000名以上が逮捕され、30名が処刑されたとされる。なお香港では600名が負傷、不明者150名、逮捕者1500名と報道され、カザフスタンの東トルキスタン統一革命民族戦線は、漢族住民55名、ウイグル人20名が死亡したと発表している。
1996年8月、中国政府は、新疆ウイグル自治区への大規模な経済投資を発表する。同地区における石油・天然ガス資源開発の促進のみならず、経済発展によって社会不満を解消すること、そして独立運動を含めたウイグル問題への対処も戦略のなかにあるともいわれる。
1995年7月には南疆ホータン市で、イスラーム原理主義(復興主義)の立場にあるワッハーブ派が、イスラーム共和国樹立を訴えた。当局はこのモスク管理者を解任したが、これに際して「中国共産党は宗教に干渉するな」と抗議デモを行い、警察に鎮圧されている。
12月までに人民解放軍が新疆全域に展開し、東トルキスタンは完全に中華人民共和国に統合された(ウイグル侵攻)。
1955年には民族区域自治の適用を受けて新疆ウイグル自治区となった。
また中華民国政府は、現在も新疆省を呼称しており、共産党の統治を認めておらず、中共の政策を批判している。
こうした不満を背景に、中国内外の運動組織が、テュルク系住民の中国からの分離独立を主張しており、中国統治の枠内での民族自治の拡大や、人権状況の改善を目指す活動と合わせて広義の独立運動として言及されることが多い。
これに対して、中国政府は、 西部大開発に象徴される大規模な経済的梃入れを新疆に実施し、住民の生活水準を向上させることで独立機運の沈静化を図る一方、分離主義に結びつくものとして、民族主義を鼓吹する動向に対しては過剰ともとれる厳しい取締りを実施している。