Rosetta@home
タンパク質構造予測の進歩は、年2回、世界中の研究者がタンパク質のアミノ酸配列からタンパク質の構造を導き出そうとする「タンパク質構造予測技術精密評価」(CASP)で評価される。 この実験で高得点を獲得したグループは、競争の激しい実験であり、タンパク質の構造予測の技術的水準を示す事実上の旗手とされている。 Rosetta@homeのベースとなっているRosettaは、2002年のCASP5から使用されている。 2004年のCASP6実験では、CASPターゲットT0281の提出モデルにおいて、原子レベルに近い分解能で第一原理(ab initio)計算によるタンパク質構造予測を初めて実現し、歴史に名を刻んだ。第一原理モデリングは、構造相同性からの情報を利用せず、配列相同性からの情報に依存し、タンパク質内の物理的相互作用をモデル化しなければならないため、タンパク質の構造予測の中でも特に難しいカテゴリーと考えられている。 Rosetta@homeは2006年からCASPで使用されており、CASP7では構造予測のすべてのカテゴリーでトップの予測器の一つとなっている。これらの高品質な予測は、Rosetta@homeのボランティアが提供してくれた計算能力によって可能になった。計算能力の向上により、Rosetta@home はより多くの領域の構造空間 (英語版) (タンパク質が想定しうる形状)をサンプルすることが可能になり、Levinthal のパラドックス (英語版) によれば、タンパク質の長さが長くなると指数関数的に増加すると予測されている。
Rosetta@homeの研究者は、受容体のαサブユニットと相互作用しない、Neoleukin-2/15 (ネオロイキン-2/15) と呼ばれるIL-2受容体(英語版)アゴニストを設計した。このような免疫シグナル分子は、がん治療に有用である。天然のIL-2はαサブユニットとの相互作用による毒性に悩まされるが、少なくとも動物モデルでは、設計されたタンパク質の方がはるかに安全である。Rosetta@homeは、設計の検証に役立った「フォワードフォールディング実験」に貢献した。
2020年9月のNew Yorker紙の特集で、David Baker氏は、Neoleukin-2/15のヒトによる臨床試験を「今年後半」に開始すると述べている。Neoleukin-2/15は、Baker研究室からのスピンオフ企業であるNeoleukinによって開発されている。2020年12月、Neoleukinは、Neoleukin-2/15 (指定: NL-201) の第1相臨床試験の開始に向けて、アメリカ食品医薬品局(FDA)に治験薬申請を行うと発表した。オーストラリアでも同様の申請を行っており、ネオロイキンは第1相臨床試験に120名の参加者を登録したいとしている。
BOINC上の他のタンパク質関連の分散コンピューティングプロジェクトには、QMC@home、Docking@home、POEM@home、SIMAP、TANPAKUなどがある。Rosetta@homeアルファプロジェクトであるRALPH@homeは、Rosetta@homeに移行する前に新しいアプリケーションのバージョン、ワークユニット、アップデートをテストしている。
Predictor@homeは、Rosetta@homeと同様、タンパク質の構造予測に特化したプロジェクトである。 Rosetta@homeが構造予測にRosettaプログラムを使用していたのに対し、Predictor@homeはdTASSERの手法を使用していたが、2009年にPredictor@homeは閉鎖された。