大在駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅。互いのホームは跨線橋で連絡している。駅舎は2005年に改築された鉄骨造平屋建(約70m)で屋根は波を、窓は泡をイメージしたデザインとなっている。従来より北側に設置されている駅舎から駅南側にある日本文理大学へは大きく迂回する必要があり、駅西側の踏切からホームへ直接出入りする学生がいたため短絡通路を設置していた。その後、3代目駅舎建設時に南北自由通路となる陸橋を建設し、利便性の向上が図られた。
無人駅である。2023年6月30日まではJR九州サービスサポートが駅業務を受託する業務委託駅であり、みどりの窓口が設置されていた。2012年12月1日にSUGOCAを導入、発売も行っている。当初は2018年3月17日に牧駅 - 幸崎駅間に駅遠隔案内システム「ANSWER」を導入した上で当駅を無人化する予定であったが、高城駅 - 坂ノ市駅間に関しては「ANSWER」導入は一旦見送られた。その後、2023年7月1日に高城駅・鶴崎駅・坂ノ市駅と共に「ANSWER」が導入された。