チャド・リビア紛争
しかし、ダメージを抑えることはできず、グクーニの愛国主義者・立派な政治家・指導者としての信望はひどく低下することとなった。
国際的な圧力の高まりに対して、グクーニは「チャド政府の要請に基づいて、リビア軍はチャドに駐留している。国際的な仲裁役は、チャドにおける合法政府が為した決定を受け入れるべきだ」と述べた。1981年5月開催の会議においては、グクーニはやや軟化し「リビアの撤退は優先事項ではないが、アフリカ統一機構(OAU)の決定は受け入れる」と表明した。エジプトとスーダンが支援し、アメリカ中央情報局がエジプトを通じて資金提供を行っている、ハブレ率いる北部軍(FAN)に対処する必要から、グクーニはその当時、リビアの軍事支援を放棄することが出来なかった。
グクーニとカダフィの関係は悪化し始めた。リビア軍はチャド北部及び中央部の各地に駐留し、兵士数は1981年の1-2月までに約14000人に達した。駐留リビア軍は、アシル勢力と他勢力との紛争(4月下旬のグクーニ率いる人民軍(FAP)との衝突を含む)においてアシル勢力を支援し、暫定国民連合政府(GUNT)に著しい迷惑を掛けることとなった。チャド住民をリビア化する試みもあり、「リビアにとっての『統合』とは、アラブ化(英語版)と、リビアの政治文化(特に「緑の書」)の押し付けを意味する」と多くの者が結論付けた。
坂井真紀子「政治史から見るチャドの混迷 : 「南」の歴史的形成過程と「国家」の不安定化 (論文)」『Quadrante : クァドランテ : 四分儀 : 地域・文化・位置のための総合雑誌』第16巻、東京外国語大学海外事情研究所、2014年3月31日、77-94頁、hdl:10108/81618、ISSN 1344-5987、CRID 1050564287662926976、2023年3月29日閲覧。
カダフィは「マルーム・ハブレ合意はチャドにおける自身の影響力に対して深刻な脅威である」と認識し、チャドに対するリビアの関与度合いを高めることとなった。リビア地上部隊の積極的な参加を得ると、グクーニ率いる人民軍(FAP)は、1978年1月29日に初めて、政府軍のチャド北部最後の前哨基地ファヤ・ラルジョー、ファダ、ウニアンガ・ケビルに対し「イブラヒム・アバチャ攻撃(the Ibrahim Abatcha offensive)」を仕掛けた。攻撃は成功し、グクーニおよびリビア軍はボルク・エネディ・ティベスティ県(BET県)の支配権を手に入れた。
リビア軍・人民軍(FAP)連合とチャド政府軍との間の決定的な衝突は、BET県の県都ファヤ・ラルジョーで発生した。守備側のチャド政府軍5000人と、人民軍(FAP)軍2500人+リビア軍支援約4000人とで激しい戦闘が行われたのち、1978年2月18日、ファヤ・ラルジョーは陥落した。リビア軍は戦闘に直接携わらず、機甲部隊・砲兵部隊及び航空支援を担当し、この役割分担はこれ以降繰り返されることとなった。また、人民軍(FAP)の武装も、9K32ストレラ-2地対空ミサイルを誇示するなど、以前と比べ格段に強化されていた。
人民軍(FAP)は1977年から1978年にかけて約2500人を捕虜とし、その結果、チャド政府軍は少なくとも20%の兵員を失った。
リビア軍が去ってしまった今、アフリカ統一機構(OAU)は我々を見捨て、イッセン・ハブレとの交渉による解決を強いている。」
1982年5月、北部軍(FAN)は最後となる攻撃を開始、アティとモンゴにいた平和維持軍は北部軍(FAN)の進軍を遮ることはしなかった。グクーニは、インター・アフリカ軍(IAF)がハブレと戦うことを拒否したことに益々怒り、リビアとの関係修復を試みる為、5月23日にトリポリに出向いた。しかしながら、カダフィは、前年の酷い目に遭わされた経験から、この内戦におけるリビアの中立を宣言した。
暫定国民連合政府(GUNT)軍は、首都の北80kmにあるマサゲ(英語版)において最後の抵抗を行い、激しい戦闘を繰り広げるが、6月5日には北部軍(FAN)に敗北するに至った。二日後、ハブレは無抵抗で首都ンジャメナ入りし、チャドの事実上の国家指導者となった。一方、グクーニは国を捨て、カメルーンに保護を求めた。
首都占領ののち、ハブレは残った他の地域も支配下に置き、チャドにおける権力を一本化した。わずか6週間で、ハブレはチャド南部を攻略し、カモゲ率いる民兵組織となっていたFAT軍(元チャド政府軍)を滅ぼした。カモゲはリビアの援助を期待していたが、実現しなかった。ティベスティ地方を除くチャド全土は、ハブレの支配下となった。
東側諸国、とりわけ東ドイツの支援の下、カダフィはチャド民族解放戦線(FROLINAT)に訓練を施し、武器と資金を与え武装させた。1971年8月27日、チャドのフランソワ・トンバルバイ大統領に対するクーデターが発生(失敗に終わる)、チャドは、クーデターを支援したとして、エジプトおよびリビアとの外交関係を断ち切った。加えて、リビアの反体制派勢力に対しチャドに拠点を置くように申し入れ、また「歴史的正当性」を理由にリビア領土となっているフェザーンの領有を主張し始めた。一方、カダフィは、9月17日にチャド民族解放戦線(FROLINAT)をチャドにおける唯一の正当な政府として正式に承認し、これに応酬した。10月には、チャド外相のババ・ハッサンは国連において、リビアの「領土拡張主義的な考え」を激しく非難した。
リビアに対するフランスの圧力とニジェールの大統領アマニ・ディオリの仲介により、1972年4月17日に両国は外交関係を回復した。その直後、トンバルバイはイスラエルと外交関係を断絶。また、11月28日にはアオゾウ地帯のリビアへの割譲について密約を交わしたと言われている。引き換えにカダフィは、チャドに4000万ポンドの提供を約束し、1972年12月に両国は友好条約を締結した。