セミナリヨ
同じ時期、九州地区でも長崎の有馬(現・長崎県南島原市)に同じようにセミナリヨがつくられた。
安土のセミナリヨは純和風建築三階建てで、客をもてなすための茶室が付属していた。信長は屋根の瓦に安土城と同じ青い瓦を使うよう命じ、イエズス会員たちはこれに感謝した。責任者となったニェッキ・ソルディ・オルガンティノ神父は入学者を集めるため、高山右近に依頼。彼はキリシタンである家臣の子弟8人を安土に送った。オルガンティノ神父がセミナリヨの目的について説明し希望者を募ると、彼らはそれに応えて入学を願った。その中には、後に長崎で殉教するパウロ三木や、元和の大殉教で死んだアントニオ三箇がいた。
安土では30人ほどの学生が住み込みで学んでいたが、本能寺の変の後で安土城と市街が焼けると、脱出せざるをえなくなった。その後、高槻に移転したが、1587年の豊臣秀吉の禁教令によって九州移転を余儀なくされた。セミナリヨは長崎、有馬、加津佐、天草などを転々としたが、1614年の徳川家康の禁教令によって閉鎖された。生徒たちのある者は潜伏し、ある者は勉学を続けるためにマカオやマニラへ逃れた。
セミナリヨで学び、後にイエズス会員となった多くの者も、厳しい迫害の中で殉教や国外追放という運命を辿った。