菊池川
流域の地名「菊池」(きくち・くくち、鞠智・久々知とも)に由来すると思われる。「菊池」「くくち」の語源については諸説がある。
延久3年(1070年)に藤原則隆が下向し、生活の拠点とした深川(現菊池市深川)の湧水池「菊之池」を短縮したという説がある。
中原英は「水がピチャピチャした湿地帯」または「茂賀の浦の水が引いた後の湿地帯」の意を語源とする。
『魏志倭人伝』に登場する邪馬台国の卑弥呼と対峙した狗奴国の役人「狗古智卑狗」の名前に由来する。
「く・こ・ち」(「く・く・ち」)の語幹に分けられる。『地名用語語源辞典』は「く・こ・ち」について、以下のように説明した。 「く」は「くゆ」(崩・漬)の語幹で崩壊地を示す。 「こ」は「湖」を示す地理地名用語で、特に「湖」は「水+胡」(巨に通じ、大きなの意)で、「大きな水」を意味する。 「ち」は場所を示す接尾語で、みち(道)・つち(土)・ふち(縁)などの和語の「ち」とされる。
「くこ・ち」(「くく・ち」)の語幹に分けられる。「くこ・ち」の「くこ」は「くご」の変形で、「くぼ」(窪)の意である、呉音では「くく」となる。この「くく」は、「低く窪んだ所・谷間」「山中の小平坦地」「山間の湿地」「何かに包まれたような地形」「山間小盆地・谷奥」などの意味がある。