滝川第二中学校・高等学校
2010年に野球部の1年生の男子部員が、入学直後から寮で同室していた2年生部員からあいさつがないなどと理由を付けられ、暴力行為を多数受けるようになった。1年生部員はその後不登校となった末、別の高校に転校した。さらに2年生部員を相手取り慰謝料などを求める訴訟を神戸地方裁判所に提起した。2013年11月7日に同地裁は訴えを認め、加害者に約110万円の支払いを命じる判決を出した。
2015年4月、野球部員が賭けトランプをしたことが発覚し、春季県大会への出場を辞退した。
2022年4月から5月にかけて、前年3月より野球部監督として赴任した西詰嘉明(同校OB)が新型コロナウイルスに感染した部員に対して「~菌」と揶揄する差別的発言や選手に「殺すぞ」と言った暴言を放ち、複数の顧問教員を生徒の前で叱責するなどのパワーハラスメント行為が行われていたことが校内の調査により判明した。兵庫県高野連も調査のうえ処分が検討されており、西詰監督は一部を否定しつつも部員らに謝罪したが滝川二高は同年9月9日、西詰監督を解任し、出場が決まっている秋季兵庫県大会へは新体制で臨むこととなった。尚、後任には龍谷大学付属平安中学校・高等学校(当時は平安中学校・高等学校)のOBである服部大輔が就任した。