東都大学野球連盟
1994年 秋季開幕戦で駒大の女子マネージャーが連盟初のベンチ入りを果たす。
1994年 秋季からDH制を初導入。
1995年 秋季で連盟のオフィシャルガイドブックの発行を再び廃止。
1996年 11月9日に明治神宮外苑創建70周年記念試合として東京六大学野球連盟との選抜チーム対抗試合実施(1対4で敗れる)。また、11月14日には連盟結成65周年記念として、東都OBプロ選抜対現役選抜交流戦を実施(2対1で現役チーム勝利)。
2001年 連盟創立70周年式典を挙行。同時に連盟としては初になる連盟70年史を発行。また、11月11日に記念試合として東都OBプロ選抜対現役選抜交流戦を実施(6対4で現役チーム勝利)。
2002年 CS・J-SKYスポーツにてリーグ戦数試合の放送が開始(放送2シーズン目には1部2部入れ替え戦まで中継する力の入れようだったが、その後はシーズン毎に中継試合数が縮小し、2004年を最後に終了)。
2005年 第54回全日本大学野球選手権大会において青山学院大学が4度目の出場で4度目の優勝。連盟別での優勝回数が21回となり、初めて東京六大学野球連盟を抜いて全国最多となる。また、秋季の終了をもって1971年から駒澤大学を35年間70シーズン率いた太田誠監督が勇退(監督としての生涯戦績:501勝393敗19分け、リーグ優勝22回、大学選手権優勝5回、神宮大会優勝5回、2部降格は1季のみ。501勝は全国の監督の中でも最多)。
平成以降の成績
☆:全国大会優勝
○:入れ替え戦の勝者
●:入れ替え戦の敗者
(注1):亜細亜大学が出場停止処分を受け2部へ降格。2部優勝の立正大学が1部に自動昇格した。
(注2):新型コロナウイルスの影響を考慮して、入れ替え戦を行わないため単独の最下位を決定せず。
(注3):新型コロナウイルスの影響を考慮して、入れ替え戦は行わず、下部の優勝校はそれぞれ上位リーグへ自動昇格となった。
(注4):新型コロナウイルスの影響を考慮して、入れ替え戦は行わず、リーグの昇降格は行われなかった。