上田バス
菅平高原線(須坂駅延伸区間) 上田駅 - 菅平高原 - 峰の原高原 - 須坂駅 国鉄バス(現在のジェイアールバス関東)と共同運行の路線で、上田丸子電鉄時代に長野電鉄の須坂駅を結んでいたことがある。上田交通時代に短縮されて菅平高原が終点となり一部が峰の原高原まで延伸運行していたが、現行に移行する直前に菅平高原 - 峰の原高原 間が廃止となり菅平高原止まりとなった。上田交通時代には大洞で折り返す便が一時期存在していた。また一時期ではあるが菅平高原より奥にある、群馬県嬬恋村との境にある四阿山(吾妻山)の長野県側の麓に広がる四阿(あずまや)高原へと向かう運行便が存在していた事があった。
草津温泉線 上田駅 - 上渋沢 - 新鹿沢温泉 - 草津温泉 現行の渋沢線にあたり、上渋沢まで1日1往復の運行をしている。真田から草津温泉までは国鉄バスと共同運行であった。上田交通時代は休止されていた。
傍陽線(松井新田延伸区間) 上田駅 - 入軽井沢(※ここまで現存) - 松井新田 現行の入軽井沢線は、かつて一部が地蔵峠の奥地の集落、松井新田を終点としていた。
角間温泉線 上田駅 - 赤坂 - 赤井 - 角間温泉 上田丸子電鉄時代に旧・真田町の角間温泉へ行くバス路線を運行していた。後に赤坂までとなり、現在の豊殿線となる。
豊殿線(十林寺延伸区間) 上田駅 - 赤坂 - 十林寺 現在の豊殿線は上田交通時代に旧・真田町の十林寺集落まで一部が延伸運行していた。上記の角間温泉線の名残りでもある。
市内緑ケ丘線 上田駅 - 緑ケ丘西 長野病院線新設に伴い廃止された。