ピウス6世 (ローマ教皇)
その一方で親イエズス会派も、新教皇がイエズス会の解散処分を緩和するのではないかという期待を持っていた。相反する2つの期待の間でピウス6世が中立的態度を決め込んだことで、結果的に両派からの信頼を失うことになった。イエズス会員たちの一部はロシアに逃れ、そこで密かに会を存続させた。
さらにガリカニスムの一形態であるフェブロニウス主義の興隆がピウス6世を圧迫した。これは神聖ローマ皇帝ヨーゼフ2世が腹心のカウニッツとともに自国の教会統治の原則として取り入れたもので、教皇権は地域司教の権限に及ばないという思想であった。ピウス6世はなすすべもなかったが、皇帝の弟レオポルド大公(後の皇帝レオポルト2世)の治めるトスカーナ大公国にまでフェブロニウス主義が波及するに及んで静観できなくなり、1786年のピストイアでの司教会議で、ピストイアとプラートの司教スキピオ・デル・リッチを事態の元凶として弾劾した。
しかし、ピウス6世の治世で起きた最も大きな事件は、1789年のフランス革命であった。教皇は革命によって伝統あるフランスの教会が虐げられてゆく現実に直面した。人民政府は反教会を旗印にし、教会財産を国庫に没収した上、パレ・ロワイヤルでピウス6世の肖像画を焼いた。