吉野水分神社
境内は、北東向の急斜面を掘削し平らに造成した場所にあり、参道の入口は、西方にある大峰山に続く大峯奥駈道に面している。参道入口から石段が続き、石段上部に楼門が建ち、楼門には南北両回廊が接続する。社殿は「コ」の字型に配置され、境内に入って一番奥側正面に幣殿が建ち、左側に拝殿、そして右側には、祭場である中庭を挟んで向かい合うように本殿が建つ。現在の社殿は、豊臣秀頼が秀吉の遺志を継いで再建したもので、棟札から慶長10年(1605年)に建立されたと推測され、重要文化財に指定されている。また秀頼が奉納した重要文化財の御輿、柴灯(さいとう)、芋の葉灯籠がある。境内には人工的に造成された地形や地割が確認されており、境内の地下の一部には当神社の歴史的、宗教的変遷を示す遺跡(遺構や遺物)が良好に埋蔵されている。また吉野山は国の史跡及び名勝に指定されているが、境内はその指定範囲内にある。
社殿
慶長10年(1605年)に建部光重を奉行として豊臣秀頼が再建。重要文化財に指定されている。 本殿 前面に石垣が積まれた基壇上に建ち、3殿を1棟続きにした特異な形状である。正面の3箇所に千鳥破風があり、中央に春日造、左右に流造の3殿を相の間で横に繋げ1棟としている。桁行9間、梁間2間、檜皮葺。3殿ともに前面に格子戸があり、正面に独立して縁、木階が設けられている。花鳥・禽獣などを入れた蟇股や極彩色飾金具など桃山時代の特色をよく示している。 透塀 基壇上に本殿を囲うようにある。 幣殿 切妻造、こけら葺、桁行六間、梁間四間。背面に板葺の下屋が附属する。二軒疎垂木、素木(しらき)の簡素な造り、西北側(向かって左)で拝殿の屋根と接続している。
木造玉依姫命坐像 - 国宝指定年月日:1956年(昭和31)6年28日
(1901年(明治34)8月2日に旧法により指定され重要文化財であった。)。建長3年(1251年)鎌倉時代の作。像高82.4cm。檜の寄木造、玉眼。女房装束をまとい、頬にはえくぼを表し、口を僅かに開き上歯にはお歯黒を塗る。その高貴な女官姿は、神像というより絵巻物の女性か、実在の人物を彫刻に再現したかと思わせる。日本の神像彫刻には素朴な作風のものが多い中で、本作品は玉眼(眼の部分に水晶を嵌め込む技法)を採用した本格的な彫刻である。像内の銘文(建長三年十月十六日の銘がある。)により、建長3年(1251年)に宣陽門院が大旦那となって造像されたことが分かる。長く秘蔵された為、保存状態は非常に良い。本殿の右殿(向かって左)に安置される。神社の御神体である為、一般には公開されず、展覧会等に出品された記録もない。