ペプチドマスフィンガープリンティング
調製された試料はいくつかのタイプの分析装置、ESI-TOF や MALDI-TOF などで分析される。MALDI-TOF はスループットが高く、よく利用される装置である。MS/MS 分析が可能な装置ならば複数のタンパク質を分析することも可能である。
MALDI-TOF の場合、試料はサンプルプレート(導電性の金属板)の上にスポット(1μl程度)され、ここでマトリックスと呼ばれる物質と混合される。マトリックス分子はペプチド断片の効率的な脱離に必要である。マトリックスとペプチド断片はサンプルプレート上で混晶を形成し、分析可能な状態となる。
サンプルプレートは質量分析装置内の高真空の試料室に挿入され、分析の開始に伴いパルス発振レーザーの照射によりマトリックス分子が励起される。励起されたマトリックスからはペプチド断片へ効率的にエネルギーが渡され、電荷を持ったペプチド断片はマトリックスとともに気化する。これらの分子は装置内の電場によって加速され、質量分離部を飛行して検出器に到達、電気的な信号として検出される。分子の質量は飛行時間に反映されているため、そこから逆算してペプチド断片の質量電荷比が得られる。