和賀山塊
和賀山塊を含む真昼山地は、主に新第三紀中新世ないし鮮新世の火山岩・火砕岩類と白亜紀の花崗岩類からなる山体が、東西両側の活断層の活動により、山側が逆断層となって隆起することで形成された。このような地質活動は百数十万年前の第四紀更新世の初期に始まったとされる。有史時代の記録をもとにした隆起速度の推定値は0.5~1.0m/1000年と考えられているが、これは日本の山地の平均値である0.1~1.0m/1000年と比較すると大きいほうに属する。このほか地震のような急激な地質活動では、近いところで、1896年(明治29年)に起きた陸羽地震(マグニチュード7.2)で、真昼山地が2~3m隆起したことが挙げられる。このとき、出現したのが川舟断層、千屋断層、白岩断層などの地震断層である。真昼岳を含むこの山地一帯は、太平洋プレートが潜り込む境界の大陸側に形成される逆断層型隆起帯の頂部を連ねた脊梁非火山の典型構造を示している。
薬師岳登山口となる甘露水分岐の入り口付近のスギ植林帯を抜けると、直ちにミズナラ巨樹群に出会う。さらに旧マタギ小屋方面からの旧道との合流点周辺には、ブナとミズナラの混生林が見られる。ミズナラやトチノキ、サワグルミは、通常、ブナ林帯よりも低い沢筋に分布する広葉樹であり、これらが混生するのは貴重な植生である。合流点からやや上部には、幹周6.9m、推定樹齢500年といわれるミズナラ古木がある。森はさらにこの先、ブナ林に移行する。
また抱返り渓谷右岸の小影山(後述)には、ブナ・ミズナラ・クリ・クロベ・トチノキなどの巨樹の森が見られる。こうした和賀山塊の森は、日本海のブナ林を代表する白神山地のようなブナ純林であることよりも、様々な樹木が混生する多様性において特徴付けられ、それはまた多様な動植物が生育できる環境であることをも意味している。
和賀山塊の全域はほぼ上述のような多様な森林に被われ、山頂や稜線などにわずかに低木群落や草原が見られる。森林帯はブナ・ミズナラなどの広葉樹、スギ(アシウスギ)などの針葉樹で構成されるが、両樹種の雑多な混生が少なからず見られる。森林帯上部に出ると、ハイマツのほか、ミネカエデ・ミヤマナラ・ミネヤナギなどの潅木や、チシマザザの群生が見られる。おおむね標高600m付近までは、コナラ・ミズナラ等の2次林やスギ植林が見られ、標高の高いところでは針葉樹が優越する。朝日岳や和賀岳などの稜線上の草原や、甲山・中ノ沢岳などの雪崩斜面には数多くの高山植物群が見られる。これらの高山植物群が低地性の植物と共存している例も少なからず見られ、奇観を呈する。沢筋は険しく、オオイタドリやアキタブキなどの大型広葉草原が著しいほか、河岸段丘上にはサワグルミを中心とする渓畔林が見られる。