浄土真宗本願寺派
築地別院 - 東京都中央区築地三丁目15-1 元・江戸日本橋横山町、明暦の大火後に現在地に移転。直轄寺院となり「築地本願寺」と改称(前述)したため、別院ではなくなっている。
三条別院 - 新潟県三条市、現在は与板別院と統合して本願寺新潟別院となる。建物は残っておらず、塀と掘られた看板のみ残る。
与板別院 - 現在、三条別院と統合し新潟別院に改称。
角坊別院 - 京都市右京区山ノ内御堂殿町25、本願寺に吸収合併され、本願寺飛地境内「角坊」となる。
黒野別院 - 岐阜県岐阜市黒野404-1、現在は岐阜別院に吸収合併され廃寺。老人福祉施設「黒野あそか苑」が建てられている。同施設建設にあたっては補助金不正受給で逮捕者も出した。
伊勢教堂 - 三重県伊勢市倭町49-1、2020年、一般寺院化。浄明寺と号する。
金亀教堂 - 滋賀県彦根市中央町3番46号
豊岡教堂 - 兵庫県豊岡市中央町15-22
江並教堂 - 岡山県岡山市中区江並132-3
本願寺の本願寺執行(しゅぎょう)は、寺務職員のうちから執行長が任命する。本願寺執行長が退任し、本願寺執行長が欠けたときは、本願寺執行は退任しなければならない。