上越線
貨物列車については先述のとおり首都圏と新潟・秋田方面とを結ぶ列車が、おおむね毎日9往復(1往復の臨時便を含む)運行され、線内完結の列車は設定されていない。また、上越線内で定期貨物列車が停車する駅も存在しないが、信越本線南長岡駅への停車は設定されている。
近年はほとんどが上越線を夜間帯に走行していたが、2009年3月14日のダイヤ改正より4往復(臨時便1往復を含む)が上越線を日中時間帯に走るダイヤに移行した。また、総合車両製作所新津事業所(旧:JR東日本新津車両製作所)で落成した車両の関東方面への甲種輸送や配給列車の運行は当路線経由で行われる。
線内を通過する貨物列車の2014年時点での運行区間・本数は以下のとおり。
隅田川駅 - 新潟貨物ターミナル駅間:2往復(および臨時便1往復)
東京貨物ターミナル駅 - 秋田貨物駅間:1往復
名古屋貨物ターミナル駅 - 秋田貨物駅間:1往復
熊谷貨物ターミナル駅 - 新潟貨物ターミナル駅間:1往復
隅田川駅 - 焼島駅間:1往復
隅田川駅 - 金沢貨物ターミナル駅間:下り2本・上り1本
宇都宮貨物ターミナル駅 - 金沢貨物ターミナル駅間:上り1本