カトリック神田教会
また1875年(明治8年)10月には長崎に公教神学校の校舎が完成し、多数を占めていた長崎出身の神学生が故郷に帰っていった。さらに1877年(明治10年)7月頃、この学校からペナン大神学校へ10名の神学生が留学したが、まもなく待遇改善を要求する騒動を起こした。この騒動は同年9月頃に収束したが、これを契機にカトリックに反感を抱く神学生も増えていった。1878年(明治11年)10月、閑散とした学校はついに閉鎖され、聖堂は教会として独立し、司祭のアルフレッド・ペティエが主任司祭、ユルバン・フォーリーが助任司祭に就任した。
1880年(明治13年)頃、神田教会には何かの問題が起こったようで、教会活動が一時停止していた時期がある。外国語学校時代の神学生の中には、後に仏僧となり「耶蘇退治」の演説を行った者もいたことから、宣教師と一部信徒の間で何か事件が発生したと考えられている。しかし1882年(明治15年)にはシャルトル聖パウロ修道女会が、神田教会の敷地内に孤児院や小学校(現在の白百合学園中学校・高等学校)を建て活動したり、1883年(明治16年)に伝道士の本宿賢郎が着任すると、教会は再び勢いを取り戻した。