藤原基経
元慶6年(882年)、陽成天皇が元服するが、この頃から関係が険悪になった。基経は辞職を申し出るが、許されなかった。これはこの時代の記録によく見られる儀礼的な辞退ではなく、政治的な意味があったと考えられている。その後、基経は辞職が認められないとみるや、朝廷への出仕を停止し、自邸の堀河院に引き籠もってしまった。ただし、清和天皇の譲位の詔に「少主ノ未親万機之間」摂政に任ずると書かれている以上、元服を機に親政(天皇が万機を親らす)への準備を進めた後に辞表を提出し、その後に自宅に退いて天皇の判断を待つのは当然の行為で、しかも儀礼的な辞退の範囲とされる3度目の辞表提出中に天皇の退位騒動が起きたものであるとして、これをもって基経と天皇との関係の判断は出来ないとする反論もある。
基経は妹である皇太后・藤原高子とは大変仲が悪かった。在原文子(清和の更衣)の重用を含めた高子の基経を軽視する諸行動が、基経が後に外戚関係を放棄をしてまでも高子とその子である陽成天皇を排除させるに至ったとの見方もある。ただし、在原文子を更衣としてその間に皇子女を儲けたのは清和天皇自身である。高子が清和天皇との間に貞明親王(陽成天皇)・貞保親王・敦子内親王を儲けたにもかかわらず、清和は氏姓を問わず、数多の女性を入内させ、多くの皇子を儲けていた。このことから基経も母方の出自が高くない娘・頼子を入内させ、さらに同じく出自の低い・佳珠子を入内させ、外孫の誕生を望んだために、高子の反発を招いたと見ることもできる。また、当時は摂関政治の成立期であり、母后である高子と摂政である基経の力関係は不安定なものであった。
基経を摂政に任じた清和上皇が健在だった時期には基経と高子や天皇の不仲を伝える話はなく、上皇が崩御して母后である高子が天皇を後見して独自の行動を取り始めた頃から急速に関係が悪化しており、高子の権力行使が基経の政治権力を脅かしたとする見方もある。
元慶7年(883年)11月、宮中で天皇の乳母(紀全子)の子・源益が殺される事件が起きた。それが本当に殺人なのか、あるいは過失なのかは不明であり、また犯人も不明とされた。しかし、宮中では陽成天皇が殴り殺されたと噂された。この事件の直後、馬好きの陽成天皇が厩を禁中に作り、卑位の者に世話をさせ、飼っていた事実が明らかになる。基経は宮中に入り、天皇の取り巻きと馬を放逐させた。後の記録には陽成天皇は暴君として描かれており、それによると天皇は蛙、蛇を捕え、または犬と猿を闘わせて喜び、人を木に登らせて墜落死させたという。
元慶8年(884年)、基経は天皇の廃立を考え、仁明天皇の時に廃太子された恒貞親王に打診したが、既に出家していた親王から拒否された。そこで仁明天皇の第三皇子の時康親王が謙虚寛大な性格であったので、これを新帝と決めた。時康親王の母は藤原総継の娘・沢子で、基経の母・乙春とは姉妹であり、基経は時康親王の従兄弟にあたる。公卿を集めて天皇の廃位と時康親王の推戴を議したところ、左大臣源融(嵯峨天皇の第12皇子)は自分もその資格があるはずだと言いだした。基経は姓を賜った者が帝位についた例はないと退け、次いで参議・藤原諸葛が基経に従わぬ者は斬ると恫喝に及び、廷議は決した。公卿会議の決定を持って、陽成天皇に退位を迫った。孤立した年少の天皇に、抗する術はなかった。
宇多天皇は先帝の例に倣い大政を基経に委ねる事とし、左大弁・橘広相に起草させ「万機はすべて太政大臣に関白し、しかるのにち奏下すべし」との詔をする。関白の号がここで初めて登場する。基経は儀礼的にいったん辞意を乞うが、天皇は重ねて広相に起草させ「宜しく阿衡の任を以て、卿の任となすべし」との詔をした。阿衡とは中国の故事によるものだが、これを文章博士・藤原佐世が「阿衡には位貴しも、職掌なし」と基経に告げたため、基経はならばと政務を放棄してしまった。
問題が長期化して半年にも及び政務が渋滞してしまい宇多天皇は困り果て、真意を伝えて慰撫するが、基経は納得しない。阿衡の職掌について学者に検討させ、広相は言いがかりである事を抗弁するが、学者らは基経の意を迎えるばかりだった。結局、広相を罷免し、天皇が自らの誤りを認める詔を発布する事で決着がついた(阿衡事件)。これにより藤原氏の権力が天皇よりも強い事をあらためて世に知らしめる事になった。これを所謂「正式の関白就任」と呼ぶ事もある。基経はなおも広相を流罪とする事を求めるが、菅原道真が書を送って諫言して収めた。この事件は天皇にとって屈辱だったようで、基経の死後に菅原道真を重用するようになる。
宇多天皇と基経との関係は一応修復され、政務を執り始めた。仁和4年(888年)に娘の温子が女御に上がっている。
寛平3年(891年)、病床につき薨去。享年56。正一位が贈られ、昭宣と諡された。また、関白の地位は基経が亡くなった後も置かれた。