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また、商業銀行部門だけでなく証券業務(新みずほ証券+みずほインベスターズ証券)でも融合が進まず効率性の点にも課題があり、2013年初頭に証券部門を統一(みずほ証券+みずほインベスターズ証券の合併)により一層の強化を図っている。
東証1部上場企業の7割と取引を持っており、旧興銀のノウハウを活かしたコーポレートファイナンスに強みを持つ。一方、リテールの収益性が依然として低いのが課題である。また2011年には東日本大震災の募金が原因で再びシステム障害を発生させ、信頼が再度低下。信頼回復も課題となり、2013年7月にみずほコーポレート銀行と合併、中核はみずほ銀行に一本化された。
2019年に新システム「MINORI」への移行が完了したとされるが、みずほ銀行はこれまでに、特に2021年以降、ATMの停止など、立て続けにシステムのトラブルを引き起こしている。これは合併の際に合併前の3行の全く別々のシステムのうち、いずれか1つのシステムのみを採用すべきところを、3つのシステムを無理やり統合するという不適切な方法を取ったことがそもそもの原因との指摘があり、古いコンピュータシステムの開発者の退職や死去、システム構造のブラックボックス化もあって、ITの同業者からも、システムの根本的な修正はもはや不可能との指摘がある。