海上護衛隊
第4号海防艦 (特攻戦隊に転籍後、1945年7月28日戦没)
駒橋、成生、第14号駆潜艇
第112駆潜隊 (特攻戦隊に転籍後、1945年7月15日解隊。所属艇は伊勢防備隊に編入) 特設駆潜艇第8日東丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存) 特設駆潜艇第9日東丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存) 特設駆潜艇高津丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存) 特設駆潜艇第2高津丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存) 特設駆潜艇隼丸 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存)
第26掃海隊、伊勢防備隊
第102戦隊(7月5日解隊、第2海防隊に再編):鹿島、屋代、干珠、第2、29、34、41、81号海防艦
第103戦隊(7月10日、第七艦隊に編入):春月、隠岐、三宅、宇久、羽節、金輪、第59、60、67、192、213号海防艦
附属:第1、11、12、21、22、31海防隊 第17、39、41号掃海艇 第31駆潜隊、第19、20、21、26、60号駆潜艇
7月10日より所属の第105戦隊:駆逐艦響、海防艦6隻
第七艦隊司令長官、幕僚は第一護衛艦隊兼務であったため、岸福治中将(第一護衛艦隊司令長官)の肩書は第七艦隊司令長官兼務第一護衛艦隊司令長官となった。第七艦隊は佐世保方面の陸海軍防備部隊や守備隊を指揮下に置き、7月10日には第103戦隊が第一護衛艦隊から第七艦隊に編入された。
第七艦隊の新編と同日(4月10日)、津軽海峡と宗谷海峡の防備・護衛強化のため第104戦隊(司令官渡辺清七少将、海防艦6隻、宗谷防備隊)が編成され、大湊警備府部隊に編入された。 5月5日、第105戦隊(司令官松山光治少将、駆逐艦響、海防艦6隻)が編成され、舞鶴鎮守府部隊に編入された。7月10日、第105戦隊は第一護衛艦隊に編入された。
4月からはB-29による日本本土港湾への機雷投下(飢餓作戦)が始まり、下関港をはじめ全国の港湾が封鎖された。護衛部隊・船舶とも、多数の損傷艦を出した(飢餓作戦)。4月14日には第一護衛艦隊主力が駐留する済州島泊地への潜水艦攻撃が実施され、潜水艦ティランテにより貨物船寿山丸と海防艦2隻(能美、第31号)を撃沈された。6月末から日号作戦に従事した。 最終的には、舞鶴・新潟・酒田・秋田・函館・小樽を結ぶ日本海沿岸航路と、舞鶴・新潟-元山・羅津・雄基(現先鋒)間を結ぶ日本海横断航路を確保しつつ終戦を迎えた。なお、ソ連対日参戦に際し、隷下海防艦の一部が終戦による停戦命令に反して朝鮮・樺太に入港し、邦人救出を敢行している。
第101戦隊:対馬、大東、鵜来、第23、27、51号海防艦
第102戦隊:鹿島、屋代、御蔵、第2、33、34、35号海防艦
第103戦隊:春月、昭南、久米、第18、25、60、67号海防艦
第8護衛船団司令部
第901海軍航空隊(5月15日、海上護衛総司令部部隊附属となる)
第936海軍航空隊(その後、第十三航空艦隊に編入)
附属:海鷹、春風 第1、11、12海防隊 第31海防隊:沖縄、第63、207号海防艦 粟国、稲木、宇久、羽節、竹生、崎戸 第9、15、20、22、26、29、40、41、53、55、57、69、72、76、81、82、84、112、138、144、150、205号海防艦 第17号掃海艇、第38号哨戒艇 第931海軍航空隊