バハードゥル・シャー2世
バフト・ハーンは降伏に反対したが、20日と彼はその一族と混乱の中で降伏し、21日までにイギリスはデリーを制圧した。
デリーではイギリス軍による報復として、略奪と無差別虐殺、破壊行為が行われ、その最中に皇帝の息子ミールザー・ムガルとミールザー・ヒズル・スルターン、孫のミールザー・アブー・バフトがウィリアム・ホドソンによって殺害されてしまった。そして、ヒンドゥー教徒は1858年1月まで、ムスリムは1859年1月までデリーに戻ることを許されなかった。
反乱は最大の激戦地アワドへと移り、各地の反乱は次第に鎮圧されていき、1858年6月20日にはラクシュミー・バーイーの拠点で反乱軍最後の拠点でもあったグワーリヤル城が陥落し、同年7月8日インド総督カニングは反乱鎮圧の宣言をした。同月にナーナー・サーヒブが消息を絶ち、バフト・ハーンとターンティヤー・トーペーはゲリラ戦を続けたが、1859年までにそれぞれ処刑あるいは戦死し、同年中頃までに大反乱は終結した。
沈滞した社会の中、東インド会社の抱えるインド人傭兵(シパーヒー、セポイ)の間では奇妙な噂が流れていた。イギリス軍では新たにエンフィールド銃が導入され、その銃が彼らにも配給されるというのである。
これだけならばどうということもないが、そうはいかなかった。そのエンフィールド銃の薬莢の紙袋には、インドの気候でも最低3年は乾ききらないといわれていた牛と豚の脂が濃厚に塗ってあったのである。当時の弾薬は薬莢を口で噛み切らなければつかえなかったので、もしこのような銃を用いるとしたら、セポイ達は戦闘時に宗教的禁忌を犯し、ひいては神を失うことに繋がったことになる。
シパーヒー達は牛を神聖な動物とするヒンドゥー教徒と、豚を不浄な動物とするイスラーム教徒が多数を占める集団であり、牛や豚の油に塗れた物を口に含むという行為は、到底容認できるものではなかった。しかし、イギリスの司令官は拒否したシパーヒーを投獄したため、他のシパーヒーを激怒させ、5月10日に彼らはメーラトでイギリス人の指揮官らを殺して、デリーに向けて進軍した。