新神学者シメオン
しかし、この時期にも彼にとって波乱があった。一部の修道者たちの反乱が996年-998年のあいだに起こった。反乱者たちは総主教シシニオスの保護を求めて逃亡したが、総主教は彼らを追放に処した。この件は収まったが、またしても問題が生じる。ニコメディアの総主教であったステファノスとの間で1003年-1009年の7年間にわたって論争が生じたのだった。教会の位階制のもとでの信仰生活を重視するステファノスにとって、三位一体の神との親しい交わりを誰彼と区別なく指導するシメオンは教会の位階制への挑戦と受け取られた。シメオンにとっては、悔い改めによって神性の現存を意識的に感知することが重要であったのである。
だが、ステファノスに動かされた教会当局は、位階制に基づく権威より神との親しい個人的交わりを重視するシメオンに脅威を感じ、1009年にシメオンを追放処分にする。彼はビテュニアのクリュソポリスに上陸し、パルキトンという小さな町に隠遁する。そこで廃墟となっていた礼拝堂を見つけ、その横に聖マリナ修道院という名の小さな修道院を、弟子の寄進により建築する。その後、総主教セルギオス2世(在位1001-1019年)によって追放は解かれたが、彼はその地にとどまり、シメオンに同行してきた弟子たちへの指導と著述のうちに晩年を過ごし、彼の著作の多くはここで書かれた。新神学者シメオンは1022年3月12日その地で没した。
シメオンは、皇帝の保護政策と帝国の繁栄といった外的要因が助長した、当時の形式主義化されたキリスト教に対して、生きた経験に基づく信仰生活の本来の姿を取り戻そうとした。そのために彼が生きた霊性は、新奇な熱狂的なものではなく、東方の教父たちが継承してきた霊性の大きな流れに根ざしたものだった。