モルフォリノ
モルフォリノは、動物の胚を用いる系における標準的なノックダウンのツールとなっている。胚は成体細胞よりも遺伝子発現の幅が広く、オフターゲット相互作用の強い影響を受ける場合がある。カエルまたは魚類の一細胞期もしくは数細胞期の胚への注入後、器官形成と分化のほとんどの過程が経過する、最大5日後までモルフォリノの効果は測定することができる。通常、無関係な配列のオリゴをコントールとして用い、こうしたオリゴは胚の表現型に変化をもたらすことはないが、モルフォリノの効果の配列特異性、そしてアンチセンスオリゴとしての効果以外の影響ではないことの証拠となる。同じmRNAを標的とする何種類かのモルフォリノを同時注入することでノックダウンに必要な用量を減らすことができ、用量依存的なオフターゲットRNA相互作用の低減または除去のための有効な戦略となる。
また、mRNAによるレスキュー実験によって野生型の表現型が回復することがあり、このこともモルフォリノの特異性を示すための証拠となる。mRNAレスキュー実験では、標的となるタンパク質をコードするmRNAの共注入を行う。レスキューのためのmRNAにはモルフォリノの標的となる配列が存在しないよう改変を行っておくことで、レスキューmRNAはモルフォリノ存在下でも目的タンパク質を発現することができるようになる。レスキューmRNAはモルフォリノの影響を受けないため、共注入によって表現型が回復することはモルフォリノの特異性を示すさらなる証拠となる。一部のケースでは、レスキューmRNAの異所性発現のため、野生型表現型のレスキューが不可能となる場合もある。
モルフォリノによる予期していないRNA相互作用の影響を確認するためにヌル変異体の胚で試験を行い、その後に野生型の胚を用いて急激なノックダウンによる表現型を明らかにすることも行われる。