犬田城の戦い
これにより十七箇所は孤立したが、淀川上流で河内北部の犬田城で政長方はなおも抵抗、9月に京都から政長の家臣遊佐長直が椎名氏ら越中勢を率いて義就軍に包囲された犬田城の後詰に向かった。9月9日に両軍は犬田城付近で対峙、17日に戦闘が起こり政長軍は敗北、椎名は討死、遊佐長直は負傷して淀川を渡り正覚寺へ逃亡、敗残兵は犬田城へ収容された。26日に犬田城は落城、義就は河内を実質的に平定した。
河内南部で政長と義就が対陣を続けている最中に南山城と河内北部は義就方に制圧されたが、文明17年(1485年)7月に南山城を守る義就の家臣斎藤彦次郎が寝返ったため山城の戦線は膠着状態となり、10月まで両畠山軍が駐屯を続けた末に12月11日に山城国人が決起して国一揆を結成、交渉の末に17日に両畠山軍を撤退させた(山城国一揆)。国一揆の結成で畠山氏の争いは収まり、義就の河内・大和領有は確定、政長は河内と山城を失う結果に終わった(紀伊・越中は確保)。以後畿内では大規模な戦闘は起こらず、延徳2年12月12日(1491年1月21日)に義就が亡くなり息子義豊が河内・大和を受け継いだが、義就は幕府から赦免されていなかったため政長は明応2年(1493年)に幕府に要請して再度河内遠征を行ったが、政長及び将軍足利義稙と対立していた政元は京都に残りクーデターを起こし(明応の政変)、畿内の混乱は続いた。