キリスト教主義学校
日本では中高一貫教育を行う学校が多く、大規模なキリスト教学校では幼稚園から大学までの教育機関を取り揃え、いわゆる「エスカレーター式教育」を行う学校法人もある。小中高校では1クラスあたりの人数を少なくした少人数教育を行う学校も多い。
小学校、中学校、高等学校、大学・短期大学のほか、サレジオ工業高等専門学校のように高等専門学校を設立する例もある。また専門学校(専修学校・各種学校)も多数存在する。特にキリスト教会が伝統的に力を入れてきた教育・保育、医療・看護、福祉などの分野に多く、看護師や保育士などの育成を行っている。これらの専門学校はキリスト教系の大学や病院の付属学校として設置されることも多い。
また学校以外にも、キリスト教系の私立幼稚園や保育園が多数存在する。キリスト教徒の少ない日本では、教会に併設された幼稚園や保育園の保育料(授業料)が、教会の財政を支えている場合も多い。
昭和初期に軍国主義が台頭し、教育や思想の分野において国家主義が強化されたことでキリスト教主義学校は苦しい立場に置かれることになる。1932年(昭和7年)に上智大学で靖国神社参拝拒否事件、1935年(昭和10年)6月に同志社高等商業学校で神棚事件、同年7月に立教大学でチャペル事件が起こり、奄美大島ではカトリック弾圧により大島高等女学校が廃校へと追いやられた。
第二次世界大戦に突入するとキリスト教主義学校はさらなるな圧力にさらされ、戦時の方針に沿わない教師らが退職を余儀なくされたほか教課の改廃なども行われた。なかには校名変更を余儀なくされた学校もあった(例:フェリス和英女学校→横浜山手女学院、普連土女学校→聖友女学校など)。
1943年(昭和18年)から1944年(昭和19年)にかけてプロテスタント諸教派の神学校の統廃合が進められ、青山学院や関西学院の神学部も廃止された。辛うじて存続を認められた同志社大学の神学科も学徒出陣によって授業継続はほぼ不可能となり、大学にとどまった神学者らの研究活動によって命脈をつなぐのみとなった。
戦後、連合国軍最高司令官総司令部はキリスト教主義学校において行われていた信教自由に反する行為を問題視し、日本政府に大学、専門学校、中等学校など81校において戦時中の解職者やカリキュラムの改廃などの調査を命じた。立教大学では戦時中にキリスト教主義学校としての特色を一掃し、戦後も信教自由の回復を講じなかったとして、当時の総長、中学部校長、学生監ほか8人に即時解職、公職追放処分が命じられ、理事会は新体制となり、再建されていくこととなった。