アルベルトゥス大学ケーニヒスベルク
元ドイツ騎士団総長で、1525年以降、初代プロイセン公のアルブレヒトは、ザームラント司教区参事会よりプレーゲル川のクナイプホーフ島にあるケーニヒスベルク大聖堂の後ろの土地を購入し、そこで1542年にギムナジウムを建設した。1544年7月20日、コレギウム・アルベルティーヌムの設立権利証書を発行し、大学は8月17日に開校式を行った。
新しく建国されたプロテスタントの公国はポーランド王国王冠領の領地であり、大学はカトリック系クラクフアカデミーに対する形でルター派が運営した。最初の学長はフィリップ・メランヒトンの義理息子の詩人ゲオルク・サビヌスである。リトアニアの学者スタニスワフ・ラパリオニスやアブラオマス・クルヴィエティスは初期の大学教授陣の中にいた。すべての教授達はアウクスブルク信仰告白に宣誓をしなければならなかった。プロイセンの領域は神聖ローマ帝国の国境をまたがっていた、皇帝カール5世とパウルス3世の2人は承認を保留したけれども、ケーニヒスベルクアカデミーは1560年3月28日にポーランド国王ジグムント2世から国王特権を受け取った。
1618年からプロイセン公国はブランデンブルク辺境伯による同君連合に統治され、そしてまた1657年に「大選帝侯」フリードリヒ・ヴィルヘルムは、最終的にヴェーラウ条約によってポーランドからプロイセンの主権を完全に獲得した。アルベルトゥスは、ブランデンブルク=プロイセン、プロテスタントの知的中心地であった。当初は神学、医学、哲学、法学の4つのコレージュで構成され、のちに、自然科学系も創設した。