Tower of Fantasy（幻塔）
その後、オムニアムの恩恵を捨てきれない科学者達は、崩壊した旧連邦政府に代わってオムニアムの研究と民衆を管理するために「ハガード」を設立した。以後は、放射線を抑制するサプレッサーを開発・携帯し、また汚染された部位をサイボーグ化するなどで人類は生き残る道を選んだが、アイダで生を受けた「アイダ世代」の一部はオムニアムこそが全ての元凶だと反社会組織「アイダの子」を結成し、各地でオムニアム廃止を求める過激活動を行なっていた。
アイダ惑星の『大厄災』から50年経ったある日、主人公と相棒はアーシャ大陸南西部に位置するアストラ島の隔離区域を訪れていたが、そこで、変異種(クリーチャー)に襲われた。主人公と相棒は必死に逃走したが、途中で主人公と相棒は互いにはぐれて、離れ離れになってしまった。その後、主人公はなんとか生き延びたが、傷ついて意識を失った。その後、主人公はその近くのシェルター(集落)に住むジークに救われた。その時、主人公はジークによりシェルターに辿り着くも自分の記憶を失ってしまい、自分が一体何者で、何の目的で隔離区域を訪れたのか、よく思い出せなかった。ここから、ゲームの物語は始まる。
頭頂部の大気圏にハガードの施設を設けている巨大な塔。地下にはオムニアムの貯蔵庫が在る。元々は旧連邦政府時代の「プリズム計画」で彗星マーラを直接捕獲する目的で建設したが、大厄災後に計画は破棄され、ハガード結成と共に施設として転用された。