発機丸
翌日出港したが、夜には海は大荒れとなり、機関が不調をきたして一時停止と修理が必要になった。機関の不調はその後も続き、12月26日夜には強風でマルセールが再び裂けた。12月27日、「発機丸」は品川に到着した。
「発機丸」到着の翌日に将軍家茂の乗る「翔鶴丸」および随行船は出航したが、「発機丸」はボイラーの蒸気漏れのため随行できなかった。上洛の後御用を任された「発機丸」は、修理を終えると勘定奉行松平康直らを乗せ、家茂が朝廷へ献上する品などを積んで文久4年1月5日に出航。夜になると強い西風となったため、遠州灘の航行は不可能と判断して下田に入港した。下田には他船も退避しており、帆船はいつ出航できるかわからないため「千代田形」の船将から依頼されて同船から「発機丸」へ御膳水23樽が移された。1月7日、下田出港。西へ向かうが遠州横須賀沖で再び強い西風にあい、下田方面へ引き返す。その後風は弱まり、針路を西に戻した。1月8日、志摩国的屋に入港した。航海中乗船していた幕臣たちは船酔いで苦しんでおり、的屋への寄港はそのことも理由となっている。「発機丸」は1月12日に出港し、13日に兵庫に到着した。以後、約4か月間兵庫沖に留まる。
元治元年5月16日、家茂は帰途に就く。家茂の乗る「翔鶴丸」に「発機丸」他6隻が随行した。8隻は2隊に分かれ、「発機丸」は「翔鶴丸」、「長崎丸」、「大鵬丸」と同じ隊となった。翌日、「発機丸」は大島港に入港。