フレックスコミックス
2016年1月4日にアプリックスIPホールディングス(現・株式会社アプリックス)が、出版映像等事業について会社分割を行い、アプリックスIPパブリッシング(現・フレックスコミックス株式会社)を設立。
2016年10月にアプリックスIPパブリッシング、フレックスコミックス、ほるぷ出版の共同株式移転により、中間持株会社アプリックス出版ホールディングス株式会社を設立。
2017年2月23日開催のアプリックスIPホールディングス取締役会において郡山龍のアプリックス出版ホールディングス株式会社、アプリックスIPパブリッシング株式会社、フレックスコミックス株式会社及び株式会社ほるぷ出版の取締役の退任、アプリックスIPパブリッシング及びフレックスコミックスのBookLiveへ株式譲渡とほるぷ出版のフェニックス・ホールディングスへの株式譲渡が決定された。
アプリックスグループ時代に開始された漫画作品の内、「SSB -超青春姉弟s-」「温泉幼精ハコネちゃん」「恋愛暴君」が映像化されている。
2012年9月5日、当時ジー・モードが運営していた『COMIC メテオ』が『FlexComixブラッド』『FlexComixネクスト』の2誌を吸収する事を発表。これにより2012年9月末を以って、この2誌に掲載されていた作品は一部を除いてジー・モードへと移籍した。また移籍しなかった作品も極一部の作品を除いて打ち切りとなり、更に打ち切りにならなかった極一部の作品も10月更新分を以って連載終了となった。また同年9月27日には『FlexComixフレア』についても、10月25日にジー・モードが開設した無料ウェブコミック誌『COMIC ポラリス』へと統合される事が発表された。
2012年10月9日、ガイアホールディングスグループ主要参加企業の事務所集約に伴い、新宿区新宿へと事務所が移転した。
2012年11月12日より発行元フレックスコミックス、発売元をほるぷ出版として『メテオCOMICS』レーベルが創刊。
2013年10月15日より発行元フレックスコミックス・発売元ほるぷ出版として『ポラリスCOMICS』レーベルが創刊。
2012年8月9日に株式会社ジー・モードなどを子会社に持つガイアホールディングス株式会社(現・株式会社アプリックス)が、MCPシナジー1号投資事業有限責任組合、MOVIDA CAPITAL株式会社、ディーシーコミックス・ジャパン株式会社 、ソフトバンク・テクノロジー株式会社が持つフレックスコミックスの自己株式を除く全発行株式を取得し子会社化。 この子会社化に関してガイアホールディングスは「人気作家を複数の企業に跨らせない事で、続編や新作を発表しやすくする」としており、実際に『COMIC メテオ』は配信開始時から既にフレックスコミックス掲載作家を多く擁していた。続いて8月9日にはフレックスコミックスと連携関係にあったほるぷ出版の100%子会社化も発表され、即日ガイアホールディングス(現・株式会社アプリックス)が両社の株式を取得し子会社化。 そのため2012年8月以降は、フレックスコミックスとソフトバンクグループ企業との間に資本関係は存在しない。 またソフトバンクグループ離脱までの間に手掛けた漫画作品の内、「ヒャッコ」「にゃんこい!」「ブレイク ブレイド」「眼鏡なカノジョ」「残念くのいち伝」「武蔵野線の姉妹」「天使のどろっぷ」「プピポー!」が映像化を果たしており、フレックスコミックスは各作品の製作委員会にも参加していた(「武蔵野線の姉妹」「天使のどろっぷ」「プピポー!」はソフトバンクグループ離脱以降に映像化されている)。