パーソルプロセス&テクノロジー
本アプリは、スマートフォンのBluetooth機能を用いて、アプリ利用者同士の接触を記録し、新型コロナの陽性者との一定時間接触が発覚した場合に通知するアプリだが、通知がされないなどさまざま不具合が発覚した。(詳細は新型コロナウイルス接触確認アプリの不具合・トラブルを参照)
この問題では、厚生労働省の業者任せが問題となり、事務次官らが厳重注意処分となった。
また、厚生労働省からの元請であるパーソルプロセス&テクノロジーからの多重下請けも問題になった。COCOAの開発は当初、パーソルプロセス&テクノロジーが元請けとして全体の工程管理を引き受け、同社が日本マイクロソフト(工程管理支援・技術支援)、FIXER(COCOA向けクラウドサービスの監視業務)、エムティーアイ(COCOAのバグ改修や保守開発)に再委託。さらにエムティーアイがディザイアードとイー・ガーディアンに再々委託をしていた。なお、2021年4月からは運用の委託先がパーソルプロセス&テクノロジーからエムティーアイに変更された。
2021年4月に2020年8月以降の運用保守フェーズの業務対価1200万円を自主返納すると発表した。