ゾイドジェネシス
声 - 平田宏美
本作品の主人公。ミロード村出身の13歳。家族はミロード村の長の父親ラージと母親ミン、そして祖母シオと弟ファージ。好奇心旺盛で正義感が強く、理不尽なことも許さず、また聡明で機転が利く。特技は潜水で、視力も非常に良い。将来は教師になろうと志し、ゾイド発掘の助手をしながら勉強していた。村がディガルド武国の攻撃を受けた際、無我夢中で乗り込んだムラサメライガーでこれを迎撃、初陣を飾る。しかし、ザイリンによる再度の襲撃により村のジェネレーターが破壊されてしまい、ジェネレーターを修理できる職人を探すため旅に出ることになる。村に攻めて来たザイリンとはその後も幾度となく刃を交え、一進一退の攻防を繰り広げた。セイジュウロウに弟子入りしてからのゾイド乗りとしての腕前の上達は著しく、討伐軍を立ち上げて以降の数々の激戦を戦い抜く大きな力となり、討伐軍参加者からはセイジュウロウに変わって、ゾイド操縦の教授を求められるほどにまでなった。
職人を探す旅路の中、各地を巡りディガルドに苦しめられている人々の姿を見たことで、やがてディガルド自体を倒さなければいつまで経っても平和にならず、ジェネレーターの修理もできないと考えるようになる。そしてラ・カンを説得し「ディガルド討伐軍」を結成する決意を促し、職人探しを中断することを村に報告。一時は村人の反発を受けるが、最終的には和解し戦いが終わるまで村人たちはハラヤードへと疎開していった。それからも紆余曲折があり、多くの人の協力を得てついに隠された存在であったソラシティにまでたどり着き様々な事実を知る。
そしてディガルドからの離反者も加えて「ジーン討伐軍」と名を変えた討伐軍は、ついに自由の丘でジーンとの決戦に臨む。
外界から隔絶された謎多き集落。その謎を調べようとする者は命を落としてしまうことから「アイアンロックの呪い」と呼ばれて恐れられていた。しかし実際は呪いなど存在せず、マキリと呼ばれる暗殺集団によるものだった。アイアンロックは、カトゥーンと同じく旧文明の人々の末裔が住む地でその遺物が数多く残っており、秘密の流出を防ぐために暗殺が行われていたことが後に判明する。
旧文明の大戦で先陣を切っていた「滅びの龍」ことギルドラゴンもここに眠っている。マキリの一族はこの強大すぎる力が二度と使われることのないように守っていたが、打倒ディガルドのためにギルドラゴンを再び目覚めさせることとなる。マキリの一族は本当の名前を持っており、それがギルドラゴン起動のためのパスコードとなっている。本来は長とその伴侶が内と外から入力しなければならないのだが、長であるリンナとコトナがいたためロック解除が可能となった。ギルドラゴンの周りには動かないレインボージャークが多数埋もれていた。
劇中ではディガルドに占領されており、バイオゾイド製造工場となっていた。ラ・カンとコトナ、リンナらによる工場破壊後、用済みとなった住民はディガルドによって連行されてしまう。
大変動により居住不可能になった大地を脱出した人々の末裔。天空人とも呼称され、旧文明の高度な技術を保有している。彼らが住む空中都市はソラシティと呼ばれ、光学迷彩とバリア、無人操作のザバットなどに守られている。彼らの法では戦闘を行った人物・引き起こした人物は重罪人とされており、戦争の火種は極力排除しようとしている。
ディガルドからレッゲルを徴収し、褒賞として技術を提供する「天空通商条約」を結んでいた。
民衆は地上については無関心であり、ソラシティで暮らし続けることを望む人間が多かった。また、最高評議会議員の中には文明的に劣る地上国家(ディガルドなど)を蔑視するような人物も存在した模様。46話においてソラシティが墜落したため、住民はズーリへと移住しやがて地上の生活に馴染んでいった。
なお、キャラクターの名前はほとんどが元素から取られている(マンガン、フェルミウム、プロメチウム、サマリウム、ユウロピウム、パラジウム、バナジウム)。
声 - 中村秀利
ディガルド軍総司令官(大将)であり、ララダ3世の息子(養子)。ゾイド乗りとしても優れている。ララダ3世の死去後、王位を継ぎ「武帝ジーン1世」と名乗る。元々はディガルドを操るべくソラから派遣された人間であり、古くからその心中には野心があったが、ソラ側は気付かず彼を甘く見ていた。異様なまでに「神として人を支配すること」に執着し、バイオ粒子砲に「神の雷」と名付け、自らを「唯一絶対神ジーン」と名乗る。己以外の全ての存在は自らが神となるための道具と思っており、ザイリンさえも偽りの友誼をもって操っていた。
最後まで自らを神と豪語するも、決戦時にはナンバー以外周りに誰も残っておらず、ほとんど孤軍奮闘状態だった。そして、逆に仲間たちとの連携で限界以上の力を発揮したルージとムゲンライガーによってバイオティラノ諸共討ち取られ、自由の丘にて滅び去った。
愛機のバイオティラノは堅牢な装甲、圧倒的な火力、驚異の反応速度を持ち、討伐軍の主戦力をも寄せ付けない強さを誇っていた。
ハラヤード付近の小さな村で、ゾイド修理の職人のジンゴがここで修理屋を営んでいることで旅人には有名。そのジンゴの腕の良さを買ってゾイドの修理にここを訪れる旅人も多い。