藩校
長島藩 文礼館(1785年)
桑名藩 立教館(1823年、白河藩より移封)→現・桑名市立立教小学校 進脩館(しんしゅうかん)(1813年)
菰野藩 麗沢館(1816年) 修文館(1836年)→顕道館(1869年〜1871年)
神戸藩 成章館(享保頃) 三教堂(享保頃) 学校(寛政頃)→教倫堂(1812年頃) 進徳堂(1816年・江戸)
亀山藩 明倫舎(1790年)→明倫館(1869年)
津藩 有造館(1820年~1871年) 崇広堂(〜1821年、有造館の支校)
久居藩 句読所・練武場(1866年)→久居藩校(1869年)→久居義塾(1871年)
鳥羽藩 尚志館(1824年)→藩学校(1870年)→藩小学校(同年)→三計塾(1871年〜1872年) 日新塾→大里学校→現・鳥羽市立鳥羽小学校(三計塾廃止後、代わりに日新塾を創設、間接的に鳥羽市立鳥羽小学校の源流となった)
彦根藩 稽古館(1799年)→弘道館(1830年〜1868年ころ)→現・滋賀県立彦根東高等学校
山上藩 文武講究所(〜文久頃) 文武館(1869年)
仁正寺藩 日新館(1796年)
水口藩 翼輪堂(1855年〜1868年頃)
膳所藩 遵義堂(1808年) 滋賀県第二尋常中学校(1898年〜、遵義堂跡に開校)→現・滋賀県立膳所高等学校
大溝藩 脩身堂(1785年ころ〜1871年)
淀藩 明親館(1860年〜1871年)→澱新町小学校→現・京都市立明親小学校
柳生藩 修文館(1870年)
立教館(白河藩→桑名藩)などは転封による移設の例である。また、長州藩では倒幕・攘夷戦に備えるため萩から山口へ、小倉藩では長州征討(幕長戦争)による小倉城落城から豊津へ、岡部藩は戊辰戦争後の官軍恭順により三河国半原へ、それぞれ藩庁を移転し、新しい藩庁所在地において藩校も新設された。
幕末には、佐賀藩、金沢藩、山口藩、中津藩、薩摩藩、佐倉藩等の一部の藩校は、国学・漢学に止まらず、医学、化学、物理学、西洋兵学等の学寮を併設する事実上の総合大学にまで発展していた。
明治4年7月(1871年8月)廃藩置県で藩校は廃止されたが、明治5年8月(1872年9月)学制発布後の中等・高等諸学校の直接または間接の母体となった。
1886年(明治19年)中学校令の公布とともに、東京大学予備門が廃止され、全国に文部大臣の管理に属する七校の官立高等中学校(後に(旧制)高等学校と改称)が開設された。各高等中学校のうち、山口、鹿児島、金沢(第四)の本部(本科)、および岡山(第三)、仙台(第二)、金沢(第四)の医学部は、旧藩校 (山口明倫館、鹿児島造士館、金沢明倫堂)や、藩医学校(岡山医学館、仙台養賢堂、金沢医学館)の流れを汲むものであった。これらの旧藩校の後進諸校は、その後(改組・中絶・再興等を経て)大学にまで発展することになる。なお、この中学校令では同時に、尋常中学校は一県一校とされたため、その他の旧藩校は、県庁所在地で旧制(尋常)中学校に改組できたものは、現在でも新制高等学校として存続しているものが大半である。また非県庁所在地では一旦高等小学校に改組されたものが多く、その後の高等小学校の廃置によって消滅したものも少なくない。