バビロン
「神の門」という訳は、意味が判然としない非セム語の地名を説明するための民間語源だという考えも強まっている。言語学者イグナス・ジェイ・ゲルブは、バビルまたはバビラ(Babil / babilla)という名前は都市の名前の根本部分だが、その意味と起源は未知とすべきだと1955年に提案した。理由として、他のよく似た名前の場所がシュメールにあったことと、シュメール語の地名がアッカド語の翻訳に置き換えられた例が他に無いことを挙げている。イグナス・ゲルブの説では、バビル(またはバビラ)は、後にアッカド語のバブ・イリ(ム)(Bāb-ili(m))に変形したのであって、シュメール語のカ・ディグ・イラ(Ka-dig̃irra)はむしろ逆に、バビルまたはバビラからの翻訳であるとの結論に達した。
紀元前331年10月、アケメネス朝ペルシャ帝国の最後の王であるダレイオス3世は、ガウガメラの戦いでマケドニア王アレクサンダーの軍隊に敗北した。
アレクサンダーの下で、バビロンは再び教育と商業の中心地として栄えた。しかし、紀元前323年にネブカドネザルの宮殿でアレクサンダーが死亡した後、彼の帝国はその配下の将軍であるディアドコイに分割され、すぐに数十年にわたる戦いが始まった。絶え間ない混乱は、事実上、バビロンの地位を低下させた。紀元前275年の日付がある粘土板には、バビロンの住民がセレウキアに移住させられ、そこで宮殿と(エサギラ)神殿の建設に従事したと書かれている。この国外追放によりバビロンは重要な都市ではなくなったが、1世紀以上経った後でも、古い聖域で犠牲が捧げられていたという。
バビロンは(アッシリアと同様に)、西暦650年以降まで約9世紀にわたってパルティア帝国とサーサーン朝ペルシアの支配下にあった。西暦116年にローマ帝国のトラヤヌス帝によって一時的に占領され、新たに征服されたメソポタミア州の一部となったが、その後継のハドリアヌス帝は、ユーフラテス川よりも東の地域を放棄して後退した 。バビロンは独自の文化と人々を維持し、各種のアラム語を話し、バビロンを故郷と呼ぶ人々を輩出し続けた。その文化の例としては、バビロニアのタルムード、グノーシス派のマンダ教、東方典礼カトリック教、そして哲学者マニの宗教などが挙げられる。キリスト教は西暦1世紀 - 2世紀にメソポタミアに広がり、イスラムに征服されるまで、バビロンには東方教会の司教の座があった。バビロンで発掘されたパルティア、サーサーン朝、アラビア時代の硬貨は、その期間、人が定住し続けたことを示している。