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2011年3月28日、日本航空は稲盛CEO同席の記者会見で、東京地方裁判所から同日付けで会社更生手続終結の決定を受けたことを発表した。合わせて、遡る3月15日に取引先8社に対して、127億円の第三者割当増資を実施したことを明らかにした。
内訳は、京セラと大和証券グループが50億円、東京海上日動火災保険が15億円、損保ジャパンが5億円、JTBが3億円、阪急交通社が2億円、あいおいニッセイ同和損害保険と三井住友海上火災保険が1億円であった。1株あたりの金額は、企業再生支援機構が出資した金額と同じ2000円だった。
2012年8月3日、東京証券取引所は9月19日を予定日として、日本航空の再上場を承認したと公表した。再上場の売出株式数は国内1億3125万株、海外4375万株の合計1億7500万株で、企業再生支援機構が保有する全株式であり、想定売出価格は1株3790円、売出総額で約6632億円であった。
2012年9月19日、日本航空は再上場を果たした。初値は想定売出価格を20円上回る3810円、時価総額で6900億円だった。