機務六条
だがその直後、天皇が「病気」を理由に伊藤ら政府要人との謁見を拒む出来事が発生する。その背景として、キリスト教の信奉者である森有礼が文部省御用掛に内定したことついて、天皇が「教学聖旨」を無視したものと不快感を示して公務への復帰を拒んでいたと明らかとなる。しかも天皇への内定の報告が政府よりも先に宮中の側近達からされていたことに、伊藤は衝撃を受けた。伊藤はただちに森任命の意図は日本のキリスト教化を意図したものではないと釈明したものの、天皇がこれを受け入れて復帰するまでに二ヶ月もかかり、国務にも支障を来たした。
その後、伊藤は内閣制度を導入して自ら初代内閣総理大臣と宮内大臣を兼務するが、伊藤は天皇に対して立憲君主制など西洋の制度・文物を導入することが天皇の権威を損ねるものではないことを説く一方で、天皇が閣僚の仕事ぶりに疑問や不満を抱いた時にはその意向を閣僚に伝え、時には天皇と閣僚の仲裁にあたった。また、天皇の信頼する宮中側近を宮内大臣の管轄下の宮中顧問官に任じて天皇との直接的な関係を絶ったものの、漢学者として内外の信望の厚い元田を引き続き天皇の私的顧問として遇し、他の側近には爵位を与えて天皇と彼らの天皇への忠誠心を尊重する姿勢も見せた。
こうした中で天皇も次第に伊藤の政策や方針を受け入れるようになり、以前は拒否反応を示していた宮中への欧米様式の儀礼導入にも反対しないようになった。そうした中で1886年(明治19年)、天皇と内閣の関係を位置づけるため、伊藤は「機務六条」を提案し、天皇も多少の条件を付けたのみで内容そのものは受け入れたのである。