十字軍
男爵十字軍が行われた頃と同時期に別の十字軍遠征も並行して行われていた。ラテン帝国の若き皇位継承者ボードゥアン2世によるニケーア帝国に対する遠征である。1239年7月、ボードゥアンは小規模の軍隊と共にコンスタンティノープルへ向けて旅立ち、1239年冬に無事コンスタンティノープルに到着した。そして1240年のイースター祭の前後に彼はラテン皇帝の帝冠を授かった。ラテン皇帝となったボードゥアンは、十字軍遠征を開始し、コンスタンティノープルから西方に75マイルの距離にあるニケーア帝国の要塞チョルル(英語版)を攻め落とした。
男爵十字軍の遠征により、エルサレム王国の版図は1187年以降最大となったものの、王国に対する支援は十字軍遠征後たった数年で急激に減少した。1244年7月15日、エルサレムは再びムスリムにより攻め落とされて廃墟と化した。エルサレムのキリスト教徒たちは、ホラズム朝の軍隊(英語版)によって虐殺された。そして数ヶ月後に発生したアイユーブ朝と十字軍の戦いであるラ・フォルビーの戦いで十字軍は壊滅し、聖地における十字軍の軍事力はほぼ壊滅した。エルサレムの陥落とそれに付随するキリスト教徒虐殺事件の知らせを受けたフランス王ルイ9世は、聖地を奪還せんと試み、新たな十字軍遠征を企図した。これにより更なる十字軍遠征、「第7回十字軍」が幕を開けるのである。
1270年
フランス王ルイ9世が再度出兵。当時ハフス朝の支配下にあった北アフリカのチュニスを目指すが、途上で死去。
1291年に全てのパレスチナがイスラム勢力下に入った後も小規模な遠征の事例があり、十字軍の名が冠されているものの(1308年のロドス十字軍、1343年~1351年のスミルナ十字軍、1344年のキプロス十字軍、1365年のサヴォイ伯十字軍、1440年ヴァルナ十字軍など)、本来の十字軍とは区別されている。その後、1453年にオスマン帝国の台頭によって東ローマ帝国が滅ぼされると、ローマ教皇ピウス2世は熱心に十字軍を提唱し(1459年・1463年)、応じる国は少なかったが、1464年には教皇自ら十字軍の出発地とされたアンコーナに赴いている。この地で教皇が逝去したため、直ちに遠征は中止された。
1683年の第二次ウィーン包囲失敗によるオスマン帝国の敗走によってローマ教皇インノケンティウス11世はオーストリア、ポーランド、ロシア、ヴェネツィアに神聖同盟を持ちかけている(後に大トルコ戦争に発展)。これは十字軍の名で語られていないが、意図するものがあった可能性がある。
1228年 - 1229年
グレゴリウス9世は、十字軍実施を条件に戴冠した神聖ローマ帝国皇帝フリードリヒ2世に対して度々遠征を催促していたが、実施されないためフリードリヒを破門した。1228年になって、破門されたままフリードリヒは遠征を開始。故に「破門十字軍」「フリードリヒ十字軍」とも呼ばれる。当時エジプト・アイユーブ朝のスルタンアル=カーミルは内乱に悩まされており、フリードリヒの巧みな外交術もあって、戦闘を交えることなく1229年2月11日に平和条約(ヤッファ条約)を締結。フリードリヒは、聖墳墓教会はキリスト教徒に返されるがウマルのモスクとアル・アクサ寺院はイスラムが保持するとの条件でエルサレムの統治権を手に入れた。教皇グレゴリウス9世は、カトリック教会を破門されたままであった皇帝フリードリヒ2世がエルサレムの王となったことを口実に、フリードリヒに対する十字軍を実施したが皇帝軍に撃退され、1230年にフリードリヒの破門を解いた。