アイメリア亜目
脊椎動物の消化管上皮の微絨毛に寄生する。クリプトスポリジウム属のみであるが数十種が知られており、特に小形クリプトスポリジウムCryptosporidium parvumは幅広い生物に激しい下痢を起こす病原体として非常に注目されている。分子系統解析から、アイメリア亜目とは異なりグレガリナ類に近い系統に属することがわかっている。
以下の2科については分子情報が存在しない。
基本的に脊椎動物の単一個体の消化管内でスポロゾイトから有性生殖までの生活環の大部分をすごし、オーシストとして排泄されて次の個体に摂食されるのを待つ。アイメリア属、イソスポーラ属、サイクロスポーラ属など数十属1000種以上が知られているが、特に鶏盲腸コクシジウムEimeria tenellaは畜産上きわめて重視されている。