ニホンジカ
馬毛島(まげしま)は、種子島の沖に位置する小島。10世紀の生息(狩猟)記録があり、少なくとも1000年以上にわたり小島で維持されてきたと考えられる。島全体を私企業が所有し、唯一全く保護策が講じられていないニホンジカ亜種であり、現在、島全体の大規模開発が進められている。
ヤクシカ(ヤクジカ)(亜種) C.n.yakushimae 【屋久島/日本固有亜種】
屋久島に12,000 - 16,000頭ほどがいると推定されている。オス成獣の角が4本に枝分かれするキュウシュウジカに対して、ヤクシカは3本が普通である。起源は不明だが、有史以前から自然分布していたと考えられている。近年急激に増加し、世界遺産の島での管理のあり方が問われている。
ケラマジカ(亜種) C.n.keramae 【慶良間諸島/日本固有亜種】
日本哺乳類学会のレッドリスト(1997年(平成9年))では危急亜種だが、環境省のレッドリストには記載されていない。ケラマジカおよびその生息地は天然記念物。江戸時代の移入個体の末裔であることが古文書などから明らかとなり、その保全のあり方が注目される。
これらのほかにタイワンジカ(C.n.taiouanus)が日本でも観光用に移入され、和歌山県の友ヶ島などで野生化。本土に渡って在来亜種と交雑することが危惧されている。
瀬戸内海の 島々にはかつてはその多くにシカが棲んでいたと考えられるが、現在では淡路島、鹿久居島、小豆島、因島、生口島、宮島の6島のみであり、鹿久居島、因島などでは絶滅寸前とも言われる。大三島のシカはミカン栽培のために山が切り開かれた際に絶滅し、1964年(昭和39年)を最後の記録とする。
ニホンジカ (Cervus nippon) は、哺乳綱偶蹄目(鯨偶蹄目とする説もあり)シカ科シカ属に分類される偶蹄類。