ブロッコリー (企業)
特に利益率の高いトレーディングカードは人気が落ちれば単なる紙くずにしかならず、減損会計の導入で逆に大きく足を引っ張ることになった。タカラも合併までに採算が取れないグループ企業の整理・再編を進めていたため、保有株式の全てを、10月にガンホーに、更に11月にはガンホー会長である孫泰蔵が代表を務めるアジアングルーヴなどに売却。事実上タカラ傘下からガンホー及び系列企業の支配下に入り、ガンホー及び関連のあるソフトバンクグループの影響下の元で経営再建を図ることとなった。さらに外資ファンドから資金を得て財務問題は解消された。2007年、創業者の木谷は退社してトレーディングカード事業中心の新会社『ブシロード』を立ち上げた。
2007年2月期連結決算は黒字転換した。さらに新社長体制後、事業部は開発と販売部門にわかれ、コスト意識を持たせている。また、黒字定着を1つの目的に、特別に高い売り上げを誇るフラッグシップ店舗である秋葉原本店は2008年に拡張を行ったが、1年ほどで拡張以前の状態へと再びリニューアルした。
また2008年には競合店運営のアニメイトと資本・業務提携を締結、新店舗の共同出店や既存店運営の相互協力、新商品の共同開発、物流システムの効率化を進めていくと発表した。この業務提携の背景には両社が旗艦店を置く秋葉原や池袋などに店舗を置く大手量販店がアニメ・コミック関連商品を扱うようになり、競争が激化したこと、また男性向け商品に強みを持つブロッコリーと女性向け商品に強みを持つアニメイトの互いの顧客層の相互補完が可能という狙いがある。
2008年4月、一部報道により、再度の赤字転落(7000万円程度)、役員報酬40%カットなどが報じられた。