大阪湾広域臨海環境整備センター
3期計画 : フェニックス25年の活動により近畿の自治体の多くは本来固有の事務であるはずの廃棄物の最終処分に関するノウハウを消失しており、もはやフェニックス無くして、廃棄物対策が行えない状態である。そのため、参加自治体からは2期処分場の受け入れ期間延長や3期計画策定などの要望がでているが、監督官庁である環境省は『3R政策に逆行する』として否定的である。
PCB混入問題 : 大阪湾広域臨海環境整備センターは2006年12月13日、兵庫県尼崎市沖と大阪府泉大津市沖の処分場からダイオキシン類を含む排水を放流したと発表。「放流水」のダイオキシン類濃度は、尼崎市沖で2005年度の記録では、最高0.0018(pg-TEQ/L)だった。今回の放流水は排水基準値10(pg-TEQ/L)は下回ったが8.9(pg-TEQ/L)を記録。同センターによると、処理のための購入している薬剤(塩化第2鉄液)から高濃度のPCB類を検出したとして、放流を中止した。PCBの混入経路はメーカーにより調査中である。