IBM PC DOS
分裂の際の条件に基づき、IBMは自社用のDOSの権利を保持できることになり、DOSの開発を続けた。またOS/2上でWindowsアプリケーションが動作する機能も保持できることになった(WIN-OS/2)。マイクロソフトはDOSの範囲を限定し、OEM版ディスケットには「MS-DOS and Additional Tools」とふたつの製品が含まれていることを明示していた。IBMは、独自のエディタや各種ツールを同梱した自前のPC DOS 6.1をリリースした。PC DOSからQBasicが無くなり、エディタも独自のE エディターに置き換えられた。同年12月にはPC DOS 6.3がリリースされた。このPC DOS 6.3はPowerPC版OS/2にも使われた。
1994年11月、PC DOS 7.0をリリース。プログラミング言語REXXを追加し、フロッピーディスクの新フォーマット XDF(英語版) をサポートし、1.44MBから1.86MBに容量を増やした。またはSAA準拠機能(REXX、IPF方式のヘルプ、unpack2など全てOS/2から導入された機能)を追加し、DOS版の古いツールの大半を削除した。その後もFAT32対応などを行った7.1がIBMのSGSツールキットに組み込まれてリリースされた。
PC DOS 2000はオースティンで開発され、IBMおよびマイクロソフトのDOS製品群の中で最期の製品となった。PC DOS 2000はPC DOS 7をベースとして2000年問題に対処し、マイクロソフトのMS-DOSが販売・サポート終了したため、組み込みシステム市場などでも使われた。
IBM でパーソナルコンピュータ (PC) を開発するために集まったタスクフォースは、オペレーティングシステムを含む重要なコンポーネントを社外から導入することを決めた。全てを社内で開発するというIBMの伝統を打ち破ったこの方針は、IBM PCが業界標準となり、次いでIBM自身の手から主導権が喪失した原因となった重大な決定である。しかし、この決断は時間を節約する必要性から仕方なくなされたものだった。オペレーティングシステムの導入元としてマイクロソフトが選ばれた。IBM はマイクロソフトが開発したソフトウェアについてはマイクロソフトが所有権を保持すべきだと考え、若干の示唆を与える以外にマイクロソフトを助けるつもりもなかった。タスクフォースの一員だったジャック・サムズは「その理由は (IBM) 社内にあった。我々はある人々に彼らの所有物を盗んだとして訴えられるという問題を抱えていた。こちらのプログラマが他者のソースコードを見た場合、そのプログラマが IBM に戻ってきてそのソースコードを利用して儲けたと言われる可能性があり、結局非常に高くつくかもしれないと恐れた。我々はそのような一連の訴訟で負けており、他社が所有する製品の開発にIBMが手を貸すということをしたくなかった。だから我々はマイクロソフトに行き、彼らが自らの製品として開発してほしいという立場を明らかにした」と述べている。IBMは1980年7月に初めてマイクロソフトに接触し、調査した。翌月も交渉が続き、最終的に契約が結ばれたのは11月初めのことである。マイクロソフト社内の文献によれば、DOSの最初のバージョンはIBMに15,000ドルでライセンス供与された。