小幡藩
奥平氏の転出後の慶長7年(1602年)、水野忠清が1万石で小幡領に入った。
なお、甘楽郡東部は慶長15年(1610年)から井伊直孝(白井藩主)の領地となっており、井伊家は福島(現在の甘楽町福島)に陣屋を置いた。
元和元年(1615年)に水野氏は転出した(同年、甘楽郡東部は井伊氏の支配を離れた)。元和2年(1616年)、永井直勝が小幡領で1万石の加増を受けて入っている。『日本史広辞典』は、水野家から永井家に交替した1万石を(第一の)「小幡藩」として扱う。
後述の通り、元和元年(1615年)には織田家が小幡領のうち2万石の領主として入る。書籍によっては2つの「小幡藩」が併存していたと記している。たとえば『日本史広辞典』(山川出版社)は、「小幡藩」の項目で、「近世初頭は奥平信昌の領地で三万石」としたうえで、1万石の領地(水野家→永井家)と2万石の領地(織田家)を有する2つの藩が一時期併置されたという叙述となっている。『日本史広辞典』巻末附録「大名配置」においても2つの「小幡藩」が併置したと記している。
『藩と城下町の事典』は、「水野氏・永井氏が小幡に居所を置いた事実はなく」、織田氏が小幡(村)に入封していたことを考えれば「水野氏と永井氏の在封は疑問である」とする。『角川日本地名大辞典』は「織田氏は永井氏あるいは水野氏とともに小幡領内を領有していたとも考えられ、水野・永井両氏とりわけ永井氏は当藩主でなかった可能性もある」とする。