太政官
これには、大蔵省の管轄が広くなりすぎて、目配りが利かなくなり不効率になったことと、大蔵省の地方官が徴税や徴兵令(予定)に対して農民に十分な説明を怠り、不満の声にも十分な対応をせず、結果、全国各地で農民騒乱が多発していたことが念頭にあった。大蔵省の地方官の中には、旧殿様気分で民情への配慮に欠ける人物もおり、地方行政を管轄する省が必要との意見が大久保を中心に出ていた。明治3年7月10日(1870年8月6日)に大久保が主導して両省の再分離が決定された。
だが、最終的に両派の間で妥協が成立して、明治3年閏10月20日(1870年12月12日)に殖産興業を専門に扱う工部省の分離と引き換えに、明治4年7月27日(1871年9月11日)に民部・大蔵両省の再合併が決定された。これは木戸への妥協という政治的事情だけでなく、新たに地方行政を統括する省のあり方を巡って、太政官内部での意思統一が出来ていなかったことと、大久保が旧来の民部省ではなく、自身が密かに青写真を描いていた内務省を新設して、内政全般を統括させることを考えていたからである。
明治4年に入ると廃藩置県に向けた政府内の動きが密かに動き出し、薩摩・長州・土佐3藩の兵を御親兵として集めるとともに、郷里に帰っていた西郷隆盛と板垣退助を呼び戻した。