特設護衛船団司令部
特設護衛船団司令部は松輸送での大規模船団指揮に一応の成果を上げたと評価され、竹輸送やヒ船団の指揮にも流用された。多号作戦のような前線への強行輸送船団の指揮に活用された例もある。1945年3月にヒ船団の運航が断念されるまで、特設護衛船団司令部は第一海上護衛隊・第一護衛艦隊の隷下に残っていた。
一方で、固有の参謀や戦闘兵力を持たない特設護衛船団司令部では、部隊としての有機的な戦力発揮に万全の体制では無かったと批判される。元海上護衛総司令部参謀の大井篤は、一航海ごとに参謀が交替したことが最大の欠点だと指摘している。一週間程度前に指定された臨時の参謀では、司令官とのチームワークが必ずしも十分に取れなかったという。また、日常的な共同訓練を経験していない寄せ集めの護衛艦艇では、司令部と護衛艦艇・護衛艦艇同士のチームワークも不十分であった。第6護衛船団司令部の指揮する竹一船団では、海上護衛総司令部と連合艦隊の担当地域をまたいだ影響もあって途中で護衛艦に入れ替わりがあり、護衛部隊の連携が取りにくい状況で大損害を出してしまっている。
1944年4月8日編成。東松7号船団の護衛におおむね成功。横須賀鎮守府部隊から除かれて海上護衛総司令部附属を経て1944年6月29日に第一海上護衛隊へ編入され、門司・シンガポール間の船団護衛任務にも従事したが、1945年1月20日に戦時編制から除かれた。最後の司令官である久宗米次郎少将は同日付で新編の第103戦隊司令官に移った。
佐藤波蔵少将(1944年4月8日-同月15日)
吉富説三少将(1944年4月15日-同年12月25日)
久宗米次郎少将(1944年12月25日-1945年1月20日)