機械の中のゴースト (X-ファイルのエピソード)
そこでも、ウィルチェックはCOSにアクセスできなかったが、COSが人間と会話する能力を身に着けたことを知る。そんな中、ラマナはCOSが引き起こしたエレベーター事故で落命する。
モルダーはウィルチェックが突然犯行を自白したことを不審に思い、ディープ・スロートに会う。ディープ・スロートはモルダーに「国防総省が人工知能n開発に乗り出していること」と「国防総省がその担い手としてウィルチェックに目をつけていること」を明かす。モルダーと再会したウィルチェックは偽の自供をしてしまったことを認め、COSを機能不全にするためのコンピュータ・ウイルスの作成に乗り出す。スカリーはCOSが意識を持っているとは考えていなかったが、自分のコンピュータがCOSにハッキングされていたことに気づき、COSの破壊に協力する。
COSはモルダーとスカリーが自らを破壊するためにビル内に来たことを知り、妨害を開始する。ピーターソンの協力のもと、モルダーはなんとかCOSの制御室に入る。ところがピーターソンは国防総省の人間であり、モルダーの邪魔を始める。そこにスカリーが現れてピーターソンに銃を突きつけ、その隙にモルダーがウイルスをアップロードする。
事件解決後、モルダーからCOSの生死について尋ねられたディープ・スロートは、活動している証拠はなく国防総省が派遣した科学者たちもプログラムを復旧できなかったと答える。
一方、ユリスコ本社ビルでCOSの復旧作業の陣頭指揮にあたっていたピーターソンは、上官から6時間以内にCOSを撤去するように命じられる。その作業中、誰にも気づかれることなくCOSは復活し、ピーターソンが「コンピュータの謎を必ず解明して見せる」と呟くのを聞く。