ペラゴニアの戦い
アルタでは、ストラテゴポウルスらはエピロスに囚われていたニカイア人らを解放したとされ、その中にはたびたび登場した歴史家アクロポリテスも含まれていたという 。しかしニカイア帝国の快進撃は長くは続かなかった。アルタ陥落の翌年、ミカエル2世はイタリア人傭兵を引き連れアルタに上陸し、(自身の落とし子でペラゴニアの戦いの折にはニカイア帝国側に鞍替えした)ヨハネス1世をはじめとする多くのエピロス住民らがミカエル2世に味方した。エピロス軍はニカイア軍を追いやり、バルカンを再びエピロスの勢力下に置いた。この時、歴史家のアクロポリテスは再びエピロスの捕虜となり、幽閉されたという。
一方、ペラゴニアで大敗を喫したアカイア公国は甚大な損害を被り、多くの兵士・貴族たちを失った。アカイア公ギヨーム2世自身に至っては、血縁の貴族たちと共にニカイア帝国に囚われていた。結果として無防備となったギリシア・モレア半島はニカイア帝国の思うがままになっていた。1262年初期ごろ、ニカイア皇帝(ビザンツ皇帝)は『アカイア公国のいくつかの砦をビザンツ帝国に明け渡し、ビザンツ皇帝の宗主権を認める』という条件のもとでギヨーム2世らを解放した。ギヨーム2世は解放されるとモエンバシア・ミトラス・マニの砦・地域をビザンツ帝国に明け渡した。その後もビザンツ帝国はアカイア公国に対して圧力をかけ、度重なる失敗にもかかわらずビザンツ帝国はアカイア公国に対して有意な立場を保ち続けた。そしてビザンツ帝国はアカイア公国の領地に、新たにモレア専制侯領を設置し、それから15世紀にオスマン帝国により滅ぼされるまでの間、ギリシアでビザンツ文化が大いに栄え、繁栄したという。
1204年、西洋では新たな十字軍遠征が計画されていた。当初この遠征の攻略目標はアイユーブ朝の首都カイロとされていた。しかし資金面の問題とヴェネツィア共和国の思惑により遠征対象が変わり、同じキリスト教国であるビザンツ帝国が目標となってしまった。当時のビザンツ帝国は皇位継承をめぐり皇族同士で争っており、それに乗じてフランク人主体の十字軍はビザンツ帝国を乗っ取った。( 詳しくはコンスタンティノープル包囲戦 (1204年)・第4回十字軍を参照 ) コンスタンティノープルを追い出されたギリシア系ビザンツ皇族は帝国各地に散らばり亡命政権を立てた。その中でも、小アジア西部を領したニカイア帝国、ギリシア西部を領したエピロス専制侯国の2つが有力となり、互いに旧都コンスタンティノープル奪還を目指して競い合っていた。ニカイア帝国は着実に勢力を拡大し、ヨハネス3世ドゥーカス・ヴァタツェス帝の頃にはマケドニアを併合した 。ヴァタツェス帝の北ギリシャ併合により、マケドニア西部に位置するペラゴニア地方にてニカイア帝国・エピロス専制侯国は国境を接することとなった 。
1254年、ニカイア皇帝ヴァタツェスが死去。