ヴァンフォーレ甲府
設立はトップチームがJリーグ参入してから2年後の2001年。U-12が設立される前の2009年までは「ヴァンフォーレ甲府ユース」の名前であった。
2007年に県リーグを勝ち上がりプリンスリーグ関東2部へ参入したが、1年で県リーグへ降格。2014年に参入決定戦を勝ち上がり、2015,2016年にはプリンスリーグ関東に参入していた。クラブユース選手権は関東予選の壁を破れずにいたが2010年に初めて全国大会に出場。さらに2013年には予選リーグを突破し決勝トーナメントに進出。2015年はプレミアWESTのヴィッセル神戸U-18を破りベスト8まで進出している。
出身者はヴァンフォーレ甲府の選手一覧#アカデミー出身者を参照のこと。
「山梨県Aパート」「山梨県Aリーグ」は山梨県1部相当。
ブルー
U-12については2009年までチームを結成していなかったが、全体の底上げを図る目的のため2010年に結成された。
U-12世代の育成は上述のサッカースクールでも行なっているが、U-12チームはそれとは別に選考会を行ない選抜されている。また、スペインから指導者を招くなど重点的に指導を行なっている。そのため結成から間もない状態でも全国大会に出場し、2016年のダノンネーションズカップ in JAPANでは優勝を飾っている。この年の「U-12 ジュニアサッカーワールドチャレンジ2016」ではマンチェスター・シティFCやFCバルセロナのU-12と対戦している(マンチェスター・シティとは引き分け、バルセロナには負け)。また、世界大会であるダノンネーションズカップでは予選ブロックを1位で通過すると、フランス、アルゼンチン、スペイン(セビージャFCのU-12チーム)といった強豪国相手に勝ち上がり、決勝に進出した。決勝ではドイツ(ボルシア・ドルトムントのU-12チーム)相手にPK戦で敗れたものの、世界レベルの強豪チーム相手に善戦している。
安間体制2年目。主力FW陣を大量放出し、かわりにマラニョンの完全移籍へ移行と金信泳、森田浩史の各FWを獲得。守備陣はGK荻晃太、DFダニエルの2人をレンタル移籍で獲得した。リーグ戦は第1クールを4位で折り返し、6月に岐阜から片桐淳至を、更に広島に在籍し9得点を挙げたガウボンの両FWを完全移籍で獲得した。リーグ戦は最終的に湘南と3位を争ったが、直接対決で敗れ、湘南と勝ち点1差の4位でシーズンを終了した。
この年、伸び悩んでいる若手の人材を育成するため、山梨学院大学と提携を結び、選手間の相互交流を行なうことになった。
その後の41節、最終節は勝利したものの、11勝15分16敗の18位でシーズンを終えた。
天皇杯初優勝
リーグ戦と並行して行われた天皇杯 JFA 第102回全日本サッカー選手権大会では初戦(2回戦)で環太平洋大学に5-1で勝利すると3回戦では札幌に2-1、ベスト16で鳥栖に3-1、準々決勝で福岡に延長戦の末2-1とJ1勢相手に次々と勝利し、クラブ史上初となる天皇杯準決勝に進出。さらに準決勝の鹿島戦も前半37分に宮崎のゴールで先制するとこのリードを守り切り1-0で勝利し、決勝に進出した。
決勝では広島相手に前半26分に三平が先制のゴールを決めるも後半39分に追いつかれ1-1で延長戦に突入。延長後半10分にPKを与えるも河田がこれを阻止して延長でも決着がつかずPK戦となる。それぞれ3人が決めた後、広島の4人目を河田が再度セーブしたのに対し甲府は4人目が決めたことでリードし、最後は山本が決めて5-4で優勝を遂げた。
J2チームとしては2011年のFC東京以来の優勝、かつJ2チームが決勝でJ1チームを倒し優勝するのは史上初(FC東京は決勝の相手が当時J2の京都であった)のことである。また、この優勝によりチーム初のAFCチャンピオンズリーグおよびFUJIFILM SUPER CUPの出場権を獲得した。
天皇杯は優勝したものの、リーグ戦の低迷もあり吉田は1年で契約満了により退任となった。