ザクセン＝アイゼナハ
アイゼナハ=ゴータがザクセン=ヴァイマルに統合されたとき、ヴィルヘルムがザクセン=ヴァイマルを統治していたが、弟であるアルブレヒトおよびエルンスト1世と統治を分かち合わねばならなかった。アイゼナハ=ゴータ領の3分の2を手に入れて公国が拡大したことで、ヴィルヘルムは新たに土地を分割することとなった。1641年、ヴィルヘルムが単独でザクセン=ヴァイマルを統治できるようにするため、他の領地が2人の弟のために分割された。エルンスト1世敬虔公が統治するザクセン=ゴータと、アルブレヒトが領するザクセン=アイゼナハの2つの公国が再び誕生した。
アルブレヒトがザクセン=アイゼナハを統治したのはわずか3年間で、1644年にアルブレヒトは嗣子なく死去した。ザクセン=アイゼナハはザクセン=ゴータとザクセン=ヴァイマルの間で等しく分割され、アイゼナハの町とヴァルトブルク城は再びザクセン=ヴァイマルのものとなった。フォルケンローダ、クライエンベルク、アイスフェルト、ファイルスドルフおよびザルツンゲン・ミット・アレンドルフはザクセン=ゴータ公領に併合された。
すべては1572年のエアフルトの分割から始まった。最後のエルネスティン家のザクセン選帝侯であり、シュマルカルデン戦争の敗者であったヨハン・フリードリヒには、ヨハン・フリードリヒ2世、ヨハン・ヴィルヘルムおよびヨハン・フリードリヒ3世の3子がいた。早くも1565年に年長の2人の息子ヨハン・フリードリヒ2世およびヨハン・ヴィルヘルムは一時的に領地を分割し、ヨハン・フリードリヒ2世はゴータに、ヨハン・ヴィルヘルムはヴァイマルに移った。 アイゼナハは、ヨハン・フリードリヒ2世の領土に属していた。そしてすぐに選帝侯位を取り戻すために、皇帝とアルベルティン家と対立するようになった。そのため、ヨハン・フリードリヒ2世に帝国アハト刑が課せられた。1566年にはついに帝国軍に捕らえられ、 残りの人生をオーストリアの帝国要塞に幽閉されて過ごすこととなった。ヨハン・フリードリヒ2世の領地は没収され、弟のヨハン・ヴィルヘルムに引き渡された。テューリンゲンにあったエルネスティン家の領地はほんの短い間統合されたが、これが最後となった。
ヨハン・ヴィルヘルムもフランス王シャルル9世側についたが、すぐに皇帝の怒りを買い撤退した。ヨハン・ヴィルヘルムはまだ投獄されている兄ヨハン・フリードリヒ2世と、その兄にヨハン・カジミールとヨハン・エルンストという2子がいることを思い出した。皇帝の勧めにより、これら2子は投獄された父親の後継者として、シュパイアー帝国議会(1570年)において復権を果たした。