ザルツブルク選帝侯領
1805年10月、第三次対仏大同盟戦争によりフランス軍が再び侵攻してくると、フェルディナントは前任者のコロレド大司教のようにザルツブルクを離れて、ウィーンにある兄の宮廷へ向かうことを余儀なくされた。
アウステルリッツの戦いでオーストリア軍が大敗すると、1805年12月26日にプレスブルクの和約が締結され、ザルツブルク選帝侯領は解体された。大司教の旧領とベルヒテスガーデンはオーストリア帝国に、アイヒシュテットとパッサウはバイエルン選帝侯領に併合された。フェルディナントは再び補償を受け取り、新しく成立したヴュルツブルク選帝侯領に転じた。
1806年に神聖ローマ帝国が正式に解体すると、選帝侯領はオーストリア領ザルツブルク公国(英語版)として再編され、神聖ローマ皇帝フランツ2世であったオーストリア皇帝フランツ1世は自らの称号に「ザルツブルク公」を加えた。しかし、ザルツブルクはナポレオン戦争の外交交渉において重きを為し続け、第五次対仏大同盟戦争を終結させた1809年のシェーンブルンの和約でバイエルン王国に割譲された。1810年にはチロルのキッツビュール、トラウンシュタイン、リート・イム・インクライス(英語版)とともにザルツァハ区に合併された。
1814年のパリ条約でザルツブルク地方は最終的にオーストリアとバイエルンの間で分割された。1816年以降、ザルツァハ川東岸の主要な領地はオーバーエスターライヒのリンツから管理され、1850年にザルツブルク公国が再設立するまで続いた。