パシッグ川
河川環境の汚染の進行により、1960年代にはパシッグ川で運航される渡し船が減少した。1990年にはある民間企業がマグサイサイ線の運航を開始し、マカティ・シティのグアダルーペ地区とマニラのエスコルタ通りの約15kmを結んた。フェリーは水面に漂う見苦しいゴミの中を走行せねばならず、乗客は悪臭に悩まされた。さらには深刻な財政難に陥り、運航開始からわずか1年後の1991年には運航を終了した。
バエ湖から流れ出るもう一つの河川にタギッグ川があり、パテロス・シティとマカティ・シティの自治体境となっている。マリキナ川(英語版)はパシッグ川に2つある主要な支流のうち規模の大きなほうであり、マニラ首都圏の北東にあるリサール山地から南流し、マリキナ谷を切り開いた。サン・フアン川はケソン・シティが位置する台地の水を集め、ディリマン・クリークとともにパシッグ川に注いでいる。マニラ市街地内では様々な水路(運河)が十字に行きかっており、北側の水はタラハン川に、南側の水はパラニャケ川に集まる。
パシッグ川には全部で19の橋が架けられている。もっともバエ湖に近い橋はナピンダン橋であり、次がアルセニオ・ヒメネス橋である。パシッグ川のナピンダン水道と交差するのがバンバン橋である。2015年2月にはブティン・スミランバシがブティン地区とパシッグ・シティのスミラン地区をつないだ。C-5号線橋はマカティ・シティとパシッグ・シティをつないでいる。マニラ首都圏の主要な高速道路であるエピファニオ・デ・ロス・サントス通りは、グアダルーペ橋でマカティ・シティからマンダルーヨン・シティに至っている。ロックウェル橋とマカティ=マンダルーヨン・バウンダリー橋もグアダルーペ橋同様にこの2都市を結んでいる。
マニラ市内に入って初めての橋はサンタ・アナ地区のランビンガン橋である。次はパンガカン地区とサンタ・メサ地区を結ぶサモラ神父橋であり、この橋の上をフィリピン国鉄(PNR)の南線が走っている。マビニ橋(旧称ナガターン橋)にはC-2号線の一部であるナガターン通りが走っている。フィリピン最古の鋼橋であるアヤラ橋にはアヤラ大通りが走っており、両岸と中州のコンバレセンシア島をつなぐ役割も果たしている。
さらに下流には、キアポ地区とエルミタ地区を結ぶケソン橋、セントラル・ターミナル駅とカリエド駅を結ぶLRT-1号線橋、サンタ・クルス地区とエルミタ地区を結ぶマッカーサー橋、ビノンド地区とエルミタ地区を結ぶジョーンズ橋などがある。もっとも河口のマニラ湾に近い橋は、トンド地区とポート・エリア地区を結ぶロハス橋(旧称デル・パン橋)である。