東山天皇
現任の関白を含む摂家や武家伝奏が天皇と公式に会見するためには事前に議奏を通じて天皇に申し入れる必要があったが、奏上・宣下に関する事務や会見の設定などは実務を理解している中御門資熙が一人で行っている状態であったために、中御門資熙の意向に沿わない案件については天皇に取り次がないもしくは天皇の意向を伝えないなどの振る舞いが可能であった(勿論、他にも天皇と廷臣の連絡経路は存在していたが、法的に有効な決定は行い得なかった)。しかし、幕府側(特に京都所司代)はこの状況を天皇の恣意的行動を宗子や中御門資熙が制していると理解していたようで、正親町公通の日記『公通記』には、小笠原長重(松平信庸の前任)と松平信庸が東山天皇の行状の良さや親政の円滑ぶりは(宗子が後見し、中御門資熙が補佐している)現在の体制によるものと評価を述べていると記している(前者は元禄9年9月17日条、後者は元禄10年7月18日条)。
しかし天皇は諦めず、大奥のルートを使って将軍徳川綱吉に直接働きかけた(近衛基熙と大奥上臈御年寄の右衛門佐局が縁戚になったことで天皇・中御門基熙と綱吉の間に非公式の意思伝達が可能になったことによる)。元禄12年(1699年)5月に中御門資熙に議奏を辞任させ、8月には幕府より逼塞の命を下させた。更に霊元派であった武家伝奏正親町公通の排斥も幕府に働きかけ、元禄13年(1700年)に辞職に追い込んでいる。
なお、中御門資熙の議奏辞任の直前には宗子と中御門資熙が東山天皇に代わって弟の京極宮文仁親王を擁立しようとしているという風説が流され、中御門資熙が処分された元禄12年8月には宗子の実母の東二条局(河鰭秀子)が宮中からの退出を命じられている。このため、翌年の正親町公通の辞職も含めて霊元派の排除と言うよりは幕府の信任を背景に形式的な「親政」を確立しようとする宗子派と実質的な「親政」の確立を目指す天皇派の対立とする見方もある。
元禄14年(1701年)3月、東山天皇が江戸へ派遣した勅使の柳原資廉・高野保春の接待をめぐって接待役の赤穂藩主浅野長矩が指南役の高家・吉良義央に斬りかかり、浅野が即日切腹となるという松之大廊下の刃傷事件が発生する。
近衛基熙の日記によると、近衛基熙が東山天皇にこの凶事について報告をしたときの天皇の反応について「御喜悦の旨、仰せ下し了んぬ」と記している。ただ、のちに近衛や東山天皇が浅野家断絶に同情したり、赤穂義士の快挙に喝采した様子(日記への記載)は一切見られない。そのため、野口武彦は「武家同士の紛争もしくは幕府の不祥事を面白がったのだ」とする仮説を立てている。また、「帰洛した勅使両名及び院使の清閑寺熙定の3人を、参内禁止の処分を行った」と記される。
宝永元年(1704年)6月、痰の持病のため灸治療を行いたいとして、5歳の姫宮(後の秋子内親王)への譲位を行いたい意向を伝えたが、幕府は東山治世の継続を願い許可しなかった。
天皇には8歳になる第三皇子(後の公寛法親王)がいたが、その実父が京極宮であるという噂が流され、疑いを抱いた天皇は元禄13年に第三皇子を寵愛する霊元や宗子の反対を無視して、円満院門跡にすることを決めて、事実上皇位継承から外していた。天皇は同年誕生したばかりの第四皇子の寿宮を次の天皇とする考えであったが、元禄14年(1701年)に寿宮が早世してしまった。しかし、その直後に第五皇子の長宮が生まれたことで、将来の皇位継承者とすべく長宮の成長を待っている状態であった。この段階で唯一成長していた第三皇子に代えて第五皇子を儲君にすることは小倉事件の再燃が危惧されるところであったが、天皇の意を受けた近衛基熙が幕府に対する説得をして同意を得ることに成功する。
宝永4年(1707年)3月、長宮慶仁親王を儲君と定め、翌年立太子させた。立太子直後より天皇から幕府に対して譲位の相談があり、幕府も一旦は同意していたが、宝永6年(1709年)1月に徳川綱吉が亡くなったために、幕府は新将軍である徳川家宣への将軍宣下後の譲位を求めた。武家伝奏や京都所司代による公式の交渉と並行して、近衛基熙と間部詮房の間でも秘密交渉が持たれた結果、綱吉の五十日の御忌が明けた後の5月に将軍宣下を行い、その後で譲位を行うことで合意をみた。宝永6年(1709年)6月、譲位を行い、長宮が即位した(中御門天皇)。自ら院政を開始する意向があったと見られるが、その後まもなく天然痘にかかって崩御。宝算36(満34歳没)。なお、その12日後には新天皇の生母の櫛笥賀子も同じ病で亡くなっている。
中宮:幸子女王(承秋門院)(1680年 - 1720年) 第一皇女:秋子内親王(伏見宮貞建親王妃)(1700年 - 1756年)
典侍:櫛笥賀子(新崇賢門院)(1675年 - 1709年) 第一皇子:一宮(1693年 - 1694年) 第二皇子:二宮(1696年 - 1698年) 第四皇子:寿宮(1700年 - 1701年) 第五皇子:慶仁親王(中御門天皇)(1702年 - 1737年) 第二皇女:福宮(1703年 - 1705年) 第六皇子:直仁親王(1704年 - 1753年) - 初代閑院宮(現在の皇室の祖)
典侍:冷泉経子(1678年 - 1755年) 第三皇子:公寛法親王(1697年 - 1738年) - 天台座主、4代輪王寺宮門跡
掌侍:高辻(菅原)長豊の娘 第三皇女:光明定院宮(1707年、即日没) 第四皇女:聖祝女王(1709年 - 1721年) - 曇華院
直仁親王の子の鷹司輔平は鷹司家の養子となり、その子孫には大正時代の元老の西園寺公望もいる。
『東山天皇宸翰 御懐紙』- 宝永6年(1709年)3月7日御会始の際の宸翰。
『東山天皇徽号勅書(宝永三年八月十二日)』- 国宝・重要文化財(美術品)(妙心寺・所蔵)。