皇居の生物相
石井清「皇居の多足類」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、103-114頁、NAID 110004313500。 萩野康則「皇居のエダヒゲムシ類」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、115-121頁、NAID 110004313501。 坂寄廣「皇居の土壌性カニムシ」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、123-126頁、NAID 110004313502。 小野展嗣「皇居の庭園と濠のクモ」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、127-145頁、NAID 110004313503。 青木淳一「皇居から見出されたカザリヒワダニ属の新種」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、147-149頁、NAID 110004313504。 青木淳一「皇居のササラダニ類」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、151-164頁、NAID 110004313505。 阿部渉、武田正倫「皇居産クマムシ類」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、165-177頁、NAID 110004313506。 石塚小太郎、穴倉文夫、今島実「皇居の貧毛類」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、179-196頁、NAID 110004313507。 上島励、長谷川和範、齋藤寛「皇居の陸産および淡水産貝類」『国立科学博物館専報』第35号、国立科学博物館、2000年12月、197-210頁、NAID 110004313508。
平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての皇居内での調査の結果、48科513種のハチ類が確認された。幼虫が植物の葉を食べるハバチ、キバチ類は7科60種が確認され、うちハバチ科の1種は新種であった。捕食寄生性のヒメバチ上科、ヤセバチ上科、カギハラバチ上科、コンボウヤセバチ上科、タマバチ上科では合計160種が確認され、うち9種が日本では初記録の種であった。小型の捕食寄生性のコバチ上科では日本での初記録種3種を含む103種が記録された。
アリ類に関しては49種が確認された。アリ類に関しては東京都区内で比較的調査が進んでおり、大田区、中野区、板橋区などで確認されたアリ類の種数よりも皇居で確認された種数が多く、また都心部に多く見られる人為的に分布を広げていると考えられる種が皇居内ではほとんど確認されなかったことが皇居のアリ類の特徴として挙げられる。またセイボウ上科に属するハチ類は3科18種確認され、うち3種は未記載種であると考えられる。
一方、落葉広葉樹林は庭園の樹木として植えられた人工的な植生である。常緑広葉樹林も落葉広葉樹林も土壌が良く発達しており、樹木の生育に適した環境を備えていた。このような豊かな森林と果樹園、田畑、桑畑など里山的な要素が広がる吹上御苑では、昆虫類などの生物多様性が高くなることも明らかとなった。
またよく発達した吹上御苑内の森林内は、夏季は皇居に近い気象庁よりも約2度気温が低いが、湿度はほぼ常時90パーセントに達する。皇居の森によって冷やされた大気が皇居東側の日比谷、銀座などに流れていることも確認されており、皇居の森の存在が東京都心部のヒートアイランド現象の軽減化につながっていることが明らかとなった。
皇居内にはかつて江戸時代の名残も残っている。まず吹上御苑内には巨木からなるケヤキ並木が見られる。この並木の起源は明らかになっていないが、1970年代に並木の中で周囲3.3mあったケヤキの風倒木の年輪を確認したところ、元禄時代の植栽と考えられることが明らかとなった。ケヤキの数は大正時代以降、枯死によって減少していることが明らかとなっている上に、並木の中で最も太い樹木は周囲が4.77mに達するため、並木の成立が元禄時代以前に遡る可能性もあり、徳川家康入城以前、吹上御苑が江戸城の寺町であった時代に寺院の境界として植えられたとの説もある。