ワシントン海軍工廠
南北戦争中、工廠は再びワシントン防衛の重要地点となった。工廠長であったフランクリン・ブキャナンは、ジョン・ダールグレン (John A. Dahlgren) 中佐に後を委ねて工廠を去り、南軍に身を投じた。エイブラハム・リンカーン大統領は、ダールグレンに絶大な信頼をおいており、しばしば工廠を訪れていた。有名な装甲艦モニターは、南軍の装甲艦バージニアとのハンプトン・ローズ海戦の後、ワシントン海軍工廠で修理された。リンカーン大統領暗殺事件の共謀者達は逮捕の後、工廠へと連行された。実行犯のジョン・ウィルクス・ブースの遺体は工廠に係留されていたモニター艦モントーク (USS Montauk) 上で検死され、本人確認がなされた。
米英戦争中、ワシントン海軍工廠は支援設備としてだけでなく、首都防衛の戦略拠点としても重要であった。英国軍がワシントンに進撃してきた時、工廠を守り抜くのは不可能であった。ティンジーは首都が燃え上がるのを見ながら、敵の手に落ちるのを防ぐために工廠を燃やすように命令した。ティンジー自身の地域 (Quarters A) およびラトローブ・ゲートは炎から免れた。どちらの建物も現在はアメリカ合衆国国家歴史登録財となっている。
米英戦争終了後、ワシントン海軍工廠は再び造船所としての名声を取り戻した。しかしながらアナコスティア川は水深が浅く、大型艦艇の外洋との交通は難しかった。このため一世紀以上をかけて、工廠の主力は兵器の生産と技術開発に移行していった。工廠には米国の最も初期の蒸気機関が設置され、碇や鎖、さらには船舶用蒸気機関の作製が行われた。