藤三商会
(後に、優良子会社の青森フジサン社名変更。また他3社は森永乳業の完全子会社である販社のデイリーフーズに吸収された)
他の主要関連会社として、外食チェーンの「ハイコック」は、持帰弁当"ほかほか亭"を展開する最大手「株式会社ハークスレイ(大阪市北区)」が、「ハイコック」が展開し好調であった、お好み焼き楓の木を継承。アイスクリーム製造・販売会社「マーブルグ」は冷凍食品メーカー・冷凍倉庫業の「株式会社アイガー」(京都府久世郡久御山町)」が全面支援を行い現在に至っている。さらに、山口県岩国市に昭和48年11月開設し、中国地方特に広島・山口地区では認知度を得ていた、美和ゴルフクラブに付いても、地域資本売却され現在に至っている。他の関連会社は、殆んどが支援が無く清算されている。
2002年夏季に発生した、BSE、食品産地偽造事件多発により、食品・外食産業への販売不振に陥る。同社は、アイスクリームで有名であったが、元来、創業者である藤本三郎よる食品原材料問屋が創業の原点であり、大手製菓・製パン業をはじめ、大手外食チェーンの得意先も多数安定的に取引関係にあり、仕入先及び金融関係にこの部分に於いても信用を得ていた。
2002年4月には岡山・広島・姫路地区でローソンへのチルド商品共同配送(共同配送センター・店舗への物流対応)取引の打切りとなり、さらに大幅な売上と利益の減少となる。三菱商事は資本参入後に、この時期には、同社の過去からの不透明な会計処理(粉飾決算などを)に見切りを付け、合法的債権保全に動き始めた事により、産業再生機構(2007年3月15日解散)に支援要請を行うが、同社と債権者たる金融機関の連名による支援申請(当時のUFJ銀行・農林中金の支援拒否)が得られず不調に終る。
2003年は梅雨が長く冷夏であったため、主力のアイスクリーム関連の売上が極端に落ち込んだ。
2003年8月には、食品全般で比較的信憑を得ている食品業界誌日刊食品速報などに信用不安記事が掲載され、多数仕入先・金融機関の対応に藤本雅也代表取締役(創業者次男)はじめ、営業・財務担当役員がと取引先との対応に追われる事態に陥る。
10月2日民事再生法に基づく再建を申請した。負債総額は、約630億円(帝国データバンク)である。同社はくしくも創業50周年でこの事態を招く事となった。