ゲル電気泳動
タンパク質は核酸とは異なり、電荷が変化したり、形状が複雑のため、サンプルに負から正の起電力を印加しても、ポリアクリルアミドゲルへの移動速度が一様でないか、またはすべて移動しない場合がある。そのため、タンパク質は通常、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)などの界面活性剤の存在下で変性され、タンパク質は負電荷で覆われる。一般的に、結合するSDSの量はタンパク質の大きさに比例するので(通常、タンパク質1 gあたり1.4 gのSDS)、その結果、変性したタンパク質は全体的に負の電荷を持ち、すべてのタンパク質が同様の電荷対質量比を持つようになる。変性したタンパク質は複雑な三次構造を持たず、長い棒のように振るまうので、結果として得られたSDSで覆われたタンパク質がゲル内を移動する速度は、その大きさにのみ相対的であり、電荷や形状には関連しない。
タンパク質の分析には、通常、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)、天然ゲル電気泳動、分取電気泳動(英語版)(QPNC-PAGE)、または二次元電気泳動が用いられる。
リガンド相互作用による特性評価は、エレクトロブロッティング(英語版)、アガロースでのアフィニティー電気泳動(英語版)、またはキャピラリー電気泳動を使用し、結合定数(英語版)の推定やレクチン結合によるグリカン(糖鎖)含有量などの構造的特徴を決定することができる。