長野総合車両センター
12系
波動用の座席車と、簡易お座敷車、そして正規お座敷列車のジョイフルトレイン「白樺」が配置されていた。 「白樺」は当センターの工場部門の前身である長野工場で、1983年に改造されたものである。 「白樺」は1995年に後継車として登場した14系「浪漫」に置き換えられ引退、1996年に廃車された。 14系「浪漫」 14系 波動用の座席車と、お座敷列車のジョイフルトレイン「浪漫」が配置されていた。 「浪漫」は当センターの前身である長野総合車両所で1995年に改造されたもので、両端車にガラス張りの展望室を備えた。 「浪漫」は2007年に485系ジョイフルトレイン「彩(いろどり)」に置き換えられ引退、廃車された。
当センターでは配置車両や検査入場以外での営業運転に使用される車両の留置も行っており、定期運用では篠ノ井線・信越本線等で運用される松本車両センター所属のE353系電車・E127系電車のほか、「特急しなの(名古屋 - 長野間)」で運用される東海旅客鉄道神領車両区所属の383系電車が乗り入れている。
臨時運用では、首都圏方面などからの団体臨時列車や臨時の「特急あずさ(新宿 - 松本間)」で運用されるE257系電車がある。