瑞鶴 (空母)
3月7日、横須賀を出港して伊勢湾で航空隊を収容、セレベス島スターリング湾へ向かうが、アメリカ軍の機動部隊出現(誤報)により反転。横須賀に入港した後、3月17日に再びセレベス島へ向かう。24日、セレベス島にて第一航空戦隊、第二航空戦隊と合流する。駆逐艦谷風で負傷兵1名が発生するが旗艦・赤城は赤痢患者多発のため受け入れを拒否し、結局、瑞鶴で手術を行った。26日に出港、インド洋に進出してイギリス東洋艦隊との戦闘に備えた。
4月上旬、セイロン沖海戦に参加。瑞鶴攻撃隊は英空母「ハーミーズ」、オーストラリア海軍駆逐艦「ヴァンパイア」、コルベット「ホリホック」、タンカー2隻を共同で撃沈した。
第五航空戦隊は4月14日にシンガポール沖で他の空母と別れ、駆逐艦3隻(秋雲、萩風、舞風)とともに台湾の馬公市に向かった。馬公には4月18日に到着、正式に第27駆逐隊(時雨、白露、有明、夕暮)が五航戦の指揮下に入った。同日、アメリカ軍機動部隊(空母エンタープライズ、ホーネット基幹)は日本本土初空襲(ドーリットル空襲)を敢行する。五航戦は補給を実施後の19日に出港、硫黄島方面に出動する。アメリカ軍機動部隊を捜索したが会敵できず、25日になってトラック泊地に入港した。27日、第五戦隊部隊(妙高、羽黒、潮、曙)がトラック泊地に到着、機動部隊の戦力が揃った。機動部隊指揮官は第五戦隊司令官高木武雄少将(先任)で、五航戦司令官原忠一少将は第五戦隊の指揮下という立場である。しかし高木・原少将は協議の結果、航空戦に関しては五航戦が主導する旨を確認している。
小沢機動部隊の航空戦力は29機(零戦19/うち直掩可能14機、戦爆5、天山4、彗星1)に減少した。一方、アメリカ軍第38任務部隊のウィリアム・ハルゼー・ジュニア司令官は軽空母プリンストンの喪失を小沢機動部隊艦載機による攻撃と判断(実際は基地航空隊彗星の戦果)、小沢機動部隊を壊滅させるべく北上を開始した。栗田艦隊は24日の第38任務部隊による空襲で数隻に損害を受けたが(戦艦武蔵が沈没、重巡妙高が被雷で離脱、駆逐艦2隻《浜風、清霜》被弾離脱)、他艦の損害は軽微(大和、長門、利根、矢矧が損傷)であった。だがハルゼー司令官は、栗田艦隊は大打撃を受けて無力化したと誤判断、「本命」である日本空母を決戦の相手に選んだのである。
25日対空戦闘時の小沢機動部隊は第三航空戦隊の空母4隻(瑞鶴、瑞鳳、千歳、千代田)、第四航空戦隊の航空戦艦2隻(伊勢、日向)、軽巡洋艦3隻(多摩、五十鈴、大淀)、駆逐艦6隻(初月、秋月、若月、霜月、槇、桑)で編制され、さらに第一群(瑞鶴、瑞鳳、伊勢、大淀、多摩、初月、秋月、若月、桑)と、第二群(千歳、千代田、日向、五十鈴、霜月、槇)に分離していた。 瑞鶴零戦9機が発進、直掩となる。また午前6時13分、爆装零戦5機、彗星1機、天山4機が発進した。
午前8時20分からアメリカ軍機約130機による第一波攻撃を受けた。8時35分、瑞鶴の甲板中央部に爆弾1発が命中した。さらに2分後に魚雷一本が瑞鶴の左舷に命中し機械室が浸水、艦載機発着艦不能となった。
1941年(昭和16年)9月1日、第五航空戦隊は第一航空艦隊(長官は南雲忠一中将)に編入され、真珠湾攻撃に参加した。 艦上攻撃機隊48機が宇佐基地、艦上爆撃機隊54機が大分基地、艦上戦闘機隊36機は佐世保海軍航空隊の大村飛行場を基地として、離着艦訓練や錦江湾、志布志湾、佐伯湾での訓練を行った。
11月16日、瑞鶴は呉基地で燃料・弾薬・食料などを搭載、艦上機も全機収容した。出港前に副長から凡その目的地と寄港地を説明されるのが通例であったが、今回はそれが無いまま出港し、途中で自艦の搭載機部隊を各陸上基地から離陸させて着艦収容すると佐伯湾に錨泊した。佐伯湾にはハワイ作戦に参加するほとんどの24隻の艦船が集まっており、翌17日午後に山本五十六連合艦隊司令長官の視察を受けた。各艦船は機動部隊としての行動をごまかすため、11月18日に時間をずらしてバラバラに佐伯湾を離れ、第五航空戦隊は豊後水道を他艦とは逆に北上して別府湾で停止した。日付が19日になった午前0時に再び動き出して豊後水道を戻り、本州東方の太平洋を北上していった。