臭化エチジウム
ゲル電気泳動でのDNA検出用途では、高価だがより安全な代替品としてSYBR系の色素を用いることができる。例えばSYBR Green Iは二本鎖DNA特異的に強い緑色蛍光を発する色素であり、臭化エチジウムよりも検出感度が高くなる。青色光で励起するため紫外線を使わなくてよいこと、Ames試験において臭化エチジウムよりもはるかに変異原性が低いとされることから、より安全だと考えられている。ただし通常DMSO溶液となっているため、臭化エチジウム水溶液よりも効率的に皮膚へ浸透する点に注意が必要である。
基本構造はピリジン環に2つのアニリンが縮環した三環系であり、さらにフェニル基と共役π電子系を成している。DNAにインターカレートすることで蛍光が強化されるのは、塩基対の間の疎水的な環境に置かれることが理由だと考えられている。水は効率的な消光剤であるので、水から隔離されることで蛍光が強化されるのである。