真正紅藻綱
マクリ(別名: カイニンソウ、イギス目)は、神経毒であるカイニン酸 (kainic acid) を多く含み、日本では駆虫薬として用いられていた。カイニン酸は、神経科学における重要な試薬として用いられている。ハナヤナギ(イギス目)も同じく神経毒であるドウモイ酸 (domoic acid) をもつことが報告されており、駆虫薬として用いられていた。ドウモイ酸は珪藻 (Pseudo-nitzschia) からも報告されている。
オゴノリ類(オゴノリ目)のいくつかの種は日本を含む世界各地で食用とされているが(上表参照)、食中毒の例がいくつか報告されている。原因物質としてポリカバノシド類、アプリシアトキシン類、プロスタグランシン類が報告されているが、一部は付着藍藻由来である可能性も示唆されている。
サンゴモ球は深い水深にも見られ、バハマ沖の水深 268 m からの報告もある。
真正紅藻は生産者として沿岸生態系において重要な構成要素であり、さまざまな動物の食料となり、また住処を提供している。少なくとも一部の紅藻はテルペノイドやアルカロイド、ハロゲン化合物などの物質を産生し、被食防御や抗微生物物質としていることが知られる。
真正紅藻の一部は淡水生であり(ウミゾウメン亜綱に多い)、特に流水域に生育する(カワモズク、オキチモズク、チスジノリなど)。このような種の中には、絶滅危惧種となっているものも多い。
真正紅藻綱の中には、寄生性の種が100種ほど知られている。寄生性紅藻の多くは、ごく近縁な紅藻を宿主とする(アデルフォパラサイト adelphoparasite)。その寄生様式は極めて特異であり、寄生者の細胞が宿主細胞に融合することによって寄生者の核が宿主細胞内に送り込まれ、この宿主細胞から寄生者の藻体が形成される(つまり寄生者の核が宿主細胞を乗っ取る)。