さらば愛しきルパンよ
クライマックスの展開は、本シリーズ(第2シリーズ)に登場しているルパンは実は偽者だったのではなかろうか、という問いかけになっている。放映直後の『アニメージュ』誌のインタビューにおいても宮崎駿がその意図をこめて演出したことを認めているが、公式媒体等では新ルパンの物語はすべて本物であったという扱いになっている。なお、後に宮崎は「ルパン達だけでやれたと思うんです。ホントに...。ニセルパン出さなくても、できたんです。(一部省略)ああいう馬鹿な事やってしまったんです。よくなかったと思ってる」(LUPIN THE THIRD VOL2より抜粋)と述べている。
ラストシーンでルパンたちの乗る車は、アルファロメオ・グランスポルトやメルセデスベンツSSKではなく、宮崎お気に入りのフィアット・500であった。同車は劇場版第2作『ルパン三世 カリオストロの城』でも活躍している(当時、宮崎が所有していたのはクラリスの乗る2CVで、500は大塚康生が所有していた)。
本編前半にて、偽銭形警部(ルパンの変装)が乗車しているオレンジ色の電車は モハ103-669 とあり、103系をモデルにしている。また、「次は “なかの”。」と車内放送されている。なお、当時103系を使用し、東京の“なかの”と呼ばれる地域を通過する路線は「中央本線」しか無く、該当する駅は「中野駅」しか無い。また、劇中ラムダが地下鉄内を飛んでいる際に後ろを走っているオレンジ色の車輛は行き先が「森林公園」と書かれ、「地下鉄南北線」と呼称されているが、実際の南北線は1991年の開業である。
劇中登場する偽ルパン一味のアジト「葉桜」の看板は、実際に環七通りと中央線が交差する高円寺中学校付近から「黄桜」の看板として確認できたが、2000年代に撤去された。