細胞核ウイルス起源説
細胞核ウイルス起源仮説では、真核生物は次の三つの祖先を持つとされる。一つは細胞核の元となったウイルス、もう一つは現代の細胞質の元となった原核細胞、そしてエンドサイトーシスの結果ミトコンドリアとなったバクテリアである。
2006年、RNAからDNAへのゲノム移行がウイルスにおいて初めて起こったことをパトリックら研究者が示唆した。DNAベースのウイルスは、遺伝情報の保存にかつてRNAを使っていた旧宿主のために、情報保管庫を提供していた可能性がある。ウイルスは当初、宿主細胞内のRNA分解酵素に対する抵抗手段としてDNAを採用したかもしれず、そうした新しい機能の働きには葉緑体やミトコンドリアが重要な貢献を果たしたと思われる。この仮説に基づけば、古細菌、バクテリア、真核生物はそれぞれ別々のウイルスからDNA中心の遺伝システムを獲得したことになる。獲得元では真核生物の原始RNA細胞だったものが、やがてもっと複雑になり、RNAプロセシング(英語版)(具体的には、5'キャップとポリアデニル化とPre-mRNA スプライシングによるmRNA分子構造化)の特徴を有するようになった。これは現時点でより確かなエオサイト説とは対照的であるが、3つの生命領域すべての起源にウイルスが貢献していると思われる。