陸軍飛行戦隊
1941年7月には、上記の独立飛行中隊を2個以上束ね、航空軍や飛行師団(飛行集団)に直属する実戦部隊である独立飛行隊(Fs、独飛隊)が編成されている。長は隊長(飛行隊長)で大佐・中佐が補職し、本部を置いた。
一方で、大戦後期に編成された独立飛行隊は規模が小さく特殊なものになっており、1944年末にサイパン島およびテニアン島のアメリカ陸軍航空軍飛行場を長距離夜間奇襲爆撃するため、浜松教導飛行師団にて編成された第2独立飛行隊は新海希典少佐を飛行隊長とし9機の九七重爆を、義号作戦にて義烈空挺隊を輸送し敵飛行場に強行着陸を敢行した第3独立飛行隊は、諏訪部忠一大尉を飛行隊長とし12機の九七重爆を装備・運用していた。
飛行戦隊を中心に、陸軍航空部隊の各飛行部隊には以下の飛行分科(分科)および相当の装備機種が決まっていた。
「戦闘」 - 戦闘機
「重爆」 - 重爆撃機
「軽爆」 - 軽爆撃機
「襲撃」 - 襲撃機
軽爆撃機より近接航空支援(「地上攻撃機」)に比重を置いている
「司偵」 - 司令部偵察機
主任務は航空作戦や大規模地上作戦に密接した戦略偵察
「偵察」 - 軍偵察機・直協偵察機
主任務は地上軍に密接した戦術偵察。「偵察」戦隊では軍偵・直協を混用することが多い
「輸送」 - 輸送機
輸送任務は陸軍航空輸送部や輸送飛行中隊の担当であり、本来は実戦飛行部隊たる飛行戦隊の任務ではなく、編成された輸送戦隊は大戦後期の2個戦隊ほどに留まる
「対潜」 - 軍偵察機・重爆撃機・指揮連絡機
主任務は対潜哨戒ならびに爆雷攻撃。大戦後期に主に独立飛行中隊に対し設けられた分科で、「偵察(軍偵・直協)」から改編された部隊が多い。
さらに飛行団が2個以上集まり戦略的単位の師団である飛行師団(FD)を編成した。1942年(昭和17年)4月以前は飛行師団は飛行集団(FC)と称しており、飛行師団はこれを改称したものである。中核となる飛行戦隊のほかに支援部隊である航空地区司令部(FTB、飛行場大隊・飛行場中隊を隷属)、航空通信団司令部(FTB、航空通信連隊(FTR)を隷属)などを隷属している。長は師団長(飛行師団長) で中将が補職し、司令部を置き参謀長(大佐級)1名・参謀数名・高級副官・兵器部長・経理部長・軍医部長など部員を擁した。
第1飛行師団(1FD)
第2飛行師団(2FD)
第3飛行師団(3FD)
第4飛行師団(4FD)
第5飛行師団(5FD)
第6飛行師団(6FD)
第7飛行師団(7FD)
第8飛行師団(8FD)
第9飛行師団(9FD)
第10飛行師団(10FD)
第11飛行師団(11FD)
第12飛行師団(12FD)
第13飛行師団(13FD)
具体的な呼称としては、一般的には従来の「中隊」称(第1中隊・第2中隊・第3中隊等)を踏襲したほかは、「飛行隊」称(第1飛行隊・第2飛行隊・第3飛行隊等)、「隊」称(第1隊、第2隊、第3隊等)が使用されており、中には無線電話等において使用されるコールサインを兼ねた愛称に近い名称(飛行第47戦隊の「旭隊(第1中隊相当)・富士隊(第2中隊相当)・桜隊(第3中隊相当)」、飛行第244戦隊の「そよかぜ隊(第1中隊相当)・とっぷう隊(第2中隊相当)・みかづき隊(第3中隊相当)」等)の使用もされている。
(「戦闘」)飛行戦隊本部 飛行隊 (中隊) - 各小隊 - 各分隊 (中隊) - 各小隊 - 各分隊 (中隊) - 各小隊 - 各分隊 整備隊本部 指揮小隊 - 各分隊 整備小隊 整備小隊 整備小隊
飛行場大隊本部 補給中隊 警備中隊
大戦後期になると、外地部隊を中心に重なる損害と滞る補給のため消耗し部隊の維持が困難になる戦隊が多くなり、それら部隊は後方に移り戦隊員(空中勤務者・地上勤務者)と装備の補充を受けたり、他の戦隊・独飛中隊・独飛隊などと統合され戦力回復を果たすのが一般的であったが、ニューギニアの戦い末期やフィリピン防衛戦末期ではその戦力回復も絶望的となり、また大勢からなる戦隊員の後方退却も不可能として貴重な空中勤務者のみが装備機や輸送機で脱出し、整備員ら地上勤務者は現地で歩兵部隊に改編され壊滅・解散した戦隊も存在した(空中勤務者の脱出もままならず地上で戦死した例も多い)。