糺の森
クスノキの他にも多くの樹木が生長を見せ、1,000本以上の大径木が糺の森の樹冠を構成するに至っている。また、水害後に残った97本では、うち25本がなお巨木として森内に残っている。植林用のクスノキは当時の内務省から配布されたものであったが、これは本来京都盆地には分布していない。このクスノキが順調に成育し、ムクノキやエノキを凌いで森の主要な樹種になっている。それは原生林であった糺の森の植物相が人為的な干渉を受けたということでもある。ニレ科の実生も確認されてはいるが、クスノキのような常緑樹が優占する陰樹林の林床では日照が不足し、定着して成木に育つ例は少ない。
逆にクスノキによる陰樹林化に伴って増殖した樹種もある。シュロも元々は糺の森に生育していなかった植物であるが、2003年(平成15年)時点では直径10cm以上のものだけで250本を越える数となっている。これは種子が鳥によって運ばれ発芽、定着したものであると考えられている。シュロが糺の森に侵入して数を増やした背景としては、日照の低下の他に年平均気温の上昇などが挙げられる。