二条師基
そして、12月28日に師基は関白に任じられた。正平7年/観応3年(1352年)閏2月、関東と畿内において北朝軍と交戦を開始、19日に後村上天皇が男山(石清水八幡宮)まで行幸し、そこに留まった。北朝軍の反攻が厳しくなり、5月11日に男山が陥落、後村上は河内へ撤退するが、追撃も激しく撤退戦において南朝軍は多くの犠牲を出し、その中には、師基の次男教忠も含まれていた。
南朝が撤退にあたって光厳院・光明院・崇光院の3人の上皇と、前皇太子の直仁親王を連れ去ったため、京都には、次期天皇となるべき皇族も、次期天皇の指名権を持つ治天も不在となり、北朝は消滅の危機に瀕した。幕府関係者や貴族たちが北朝復活のために奔走し、光厳院の母広義門院を治天に擬し、その意向として二条良基が関白に復任し、さらに治天として皇位継承者を指名する権限を行使して、光厳院の子息後光厳天皇が即位することになった。南朝方はこれを良基の策動と見なして、正平8年/文和2年(1353年)に京都を一時再占領した直後の7月11日、良基が逃亡して不在となっていた二条邸にある二条家歴代の家記文書を没収して師基に与えた。またこの頃、北朝方にいた経家(左大臣近衛経忠の子)が南朝に降り、時期は判然としないものの、間もなく師基は経家に関白職を譲ったとみられる。