中山門流
これらの末寺には法華経寺から「総導師職」が派遣されて指導にあたり、優れた学僧を輩出したため、大いに栄えた。
だが、南北朝の戦乱期に仏教集団が政治的影響を受けることは避けられない情勢となり、日蓮の諸系統でも生き残りを図るために同様の事が行われた。特に中山門流においては、敵対関係にあった貞胤流千葉氏が台頭したため危機を迎え、室町時代に弘法寺は貞胤流の千葉氏宗家と結び門流を離脱した。このため、法華経寺をはじめとして厳格な修行で知られた中山門流が様々な政治勢力や他宗派とも交流し(例えば、建武3年(1336年)に法華経寺の寺宝である立正安国論が律宗寺院であった鎌倉・普恩寺(現在は廃絶)に貸し与えられて書写されたという記録がある)、庶民信仰を積極的に受け入れる選択をしたのも、教団そのものが生き残ることで日蓮の教えを守り、後世に伝える事を最優先した結果であった。だが、これに対する批判も強く、日英門下の日親が「不受不施義」を唱えた背景には、こうした門流のあり方への反発があったと言われている。
戦国時代に入ると、室町幕府の衰退とともに中山門流も衰微し、徳川家康の江戸移封後には法華経寺寺宝の大量流出が明らかとなった。これに激怒した家康は、安土宗論でも知られる日珖を法華経寺貫首として送り込み、以後本法寺・頂妙寺・妙国寺の上方3ヶ寺の持ち回りで法華経寺貫首を選ぶこととして、これまで門流の中枢を占めていた関東系諸寺の影響力を削減した。とはいえ、これによって江戸幕府の保護を得る事に成功した中山門流は寛永年間には132の末寺を擁するに至り、特に法華経寺は祈祷修法の霊地として名声を得るに至った。