第三青函丸
このため、両側のヒーリングタンクにそれぞれ半分量の海水を入れておき、船1番線、船4番線積込み前に予め反対側へ2度船体を傾け、積込み時には両側のタンク間で海水移動を行って横傾斜を2度以内に収める操作が必要になり、後部船橋からのヒーリング操作の重要性は増していた。
なお、第二青函丸同様、ボイラーからの煙路を車両甲板両舷側に振り分けたため、ヒーリングタンクをボイラー室舷側へは設置できず、前隣の第2船艙舷側への設置となったが、煙路を支障しない程度にヒーリングタンク後部をボイラー室舷側へはみ出させ、ヒーリングポンプをボイラー室前部のポンプ室に配置することで、両舷タンク間の移水パイプを前後に引きまわすことなく設置できた。
このヒーリング装置は翔鳳丸型、第一青函丸、第二青函丸と同じシステムを踏襲し、ヒーリングポンプには第一青函丸、第二青函丸と同容量(2,000m/h×7.0m(水頭))で吐出方向一定の汽動式遠心ポンプを用い、ポンプの前後に配置された2個の4方コックの栓を所定位置まで回す電動機は従来の直流電動機から、船内電力交流化に伴い交流電動機に代わり、これを船橋楼甲板船尾端の後部船橋から遠隔操作して、従来通り全てのヒーリング操作が行えた。
運航船舶数が増加し便数も増加すると、第一青函丸、第二青函丸 のような青森 - 函館間を6時間で運航する船と、翔鳳丸型のように4時間30分で運航する船の混在により、航海中の追越しや、岸壁使用上の制約が発生し、ダイヤ作成が煩雑になってきた。このため第三青函丸以降の新造船には、翔鳳丸型並みの4時間30分運航が可能な性能を持たせ、併せて1日2往復による運航回数増加を図った。
このため、大型ボイラーが搭載できるよう、深さ(車両甲板から船底までの距離)を第一青函丸、第二青函丸より約50cm増しの6.6mとしたうえで、舶用スコッチボイラーを各舷前後方向に3缶ずつ計6缶搭載し、各舷とも煙路を前1缶と後ろ2缶に分けたため、煙突は各舷2本ずつの計4本となり、第二青函丸同様、何れの煙突も船橋楼甲板室舷側の遊歩廊屋根(遊歩甲板)から立ちあがった。ちょうどこの頃、浦賀船渠でも自社開発の蒸気タービン製造を開始し、その初号機が第三青函丸に搭載された。定格出力2,000馬力の高低圧タービンの2筒式、2段減速歯車付衝動タービンで、これを2台搭載して、4時間30分運航可能な航海速力15.5ノットを確保した。
垂線間長は110.00mと、第二青函丸の109.73mからほとんど伸びていなかったにもかかわらず、船内の軌道を各線とも約1mずつ伸ばし、車両積載数を1両増加させたため、車両甲板船首部分の幅が広くなり、一方、航海速力を15.5ノットに上げるため、船首部分の喫水線以下を鋭くしたため、船首付近側面の喫水線から車両甲板の高さに至る船体外板の傾斜が大きい、フレアーの大きな船型となってしまい、荒天で縦揺れしたとき船首を波にたたかれる問題が生じた。
その後も、戦線の拡大とともに逼迫する船腹事情から陸運転移はますます顕著となり、1940年(昭和15年)度の貨物輸送量は7隻12往復で対前年度比111%の213万1500トンを記録し、これは4年前の1936年(昭和11年)度の194%に達していた。しかし翌1941年(昭和16年)度には航送能力以上の輸送需要と浮流機雷による欠航もあり、14万トンもの滞貨を積み上げ、輸送実績は213万6106トンと微増に留まった。一方平時は内航船舶で京浜工業地帯へ積み出される北海道産石炭も太平洋戦争開戦前の1941年(昭和16年)夏には、著しい船腹不足で、山元や積出港の貯炭場が満杯となる事態に直面していた。この船腹不足による商船造船需要で繁忙化した民間造船所へは、さらに海軍からの艦艇建造要請も入り、これが優先され、1939年(昭和14年)10月発注の第四青函丸は2年近く経過した1941年(昭和16年)8月ようやく起工に漕ぎ着けた。しかし1942年(昭和17年)2月からは海軍艦政本部の管理監督下におかれ、一時船体工事中断の憂き目に遭いながらも1年半以上を費やし、1943年(昭和18年)2月竣工した。なお、1943年(昭和18年)度の貨物輸送量は364万597トンにも達していた。