アンティオキア公国
1258年にバグダードのアッバース朝を滅ぼしたフレグ率いるモンゴル軍がシリアに進軍すると、キリキアとアンティオキアはこれをムスリムに対する聖戦とみて、モンゴル軍に従ってムスリムと戦いダマスカスとガザを陥落させエジプトに向かったが、1260年のアイン・ジャールートの戦いでモンゴル軍と連合軍はバイバルス率いるエジプトのマムルーク軍に敗れた。
アイユーブ朝を滅ぼしマムルーク朝のスルタンとなったバイバルスは、キリキアとトリポリ=アンティオキアに対する懲罰戦を練った。フレグ没後の混乱に乗じてバイバルスは1265年に北上し、キリキアの諸都市を破壊し再起不能とした。さらに1268年にトリポリ攻撃にかかったが、アンティオキア公とトリポリ伯を兼ねるボエモン6世が篭城の準備をしていると見るやアンティオキアに向かい、たった4日でこれを占領し、全住民を奴隷とするか虐殺して都市を完全に破壊した。
これによってアンティオキア公国は滅亡し、以後、東地中海最大の都市だったこともあったアンティオキアは廃墟の中の一寒村と化し歴史から姿を消した。
アンティオキアを失ったボエモン6世はバイバルスと休戦し、以後休戦は継続されたが、再度モンゴル軍が侵攻した後の1289年にトリポリは陥落しトリポリ伯国も滅亡した。
ボエモン1世は身代金を払い解放されると、同じ十字軍国家のエデッサ伯国と協力しシリア北部のハッラーンを制圧し、セルジューク朝の分裂に乗じモースルやバグダードをうかがう勢いだったが、モースルのムスリム軍に完敗し退却を余儀なくされた(ハッラーンの戦い)。さらにアンティオキアのあり方をめぐってアンティオキアの宗主権を主張する東ローマ帝国の圧迫を受けたため、援軍を求めてイタリアに帰国してしまい、再びタンクレードが摂政となった。
1108年にはボエモン1世がマケドニアで東ローマ皇帝アレクシオス1世とデヴォル条約を結びアンティオキア公国を東ローマ帝国の臣下とすることを約束したが、タンクレードはこれを拒み独立国としてあり続けることを選んだ。1111年にボエモン1世がイタリアで死ぬと、タンクレードは従弟でボエモン1世の遺児(ボエモン2世(英語版))を立てて摂政を続けた。タンクレードはエデッサ伯国と協力して東ローマ帝国からラタキアを奪い、バニヤースの南をトリポリ伯国との境界とした。北シリアの主要都市で内陸に隣接するアレッポにはシリア・セルジューク朝のリドワーン王が陣取っていたが、これと戦って破り、オロンテス川の中流域とアレッポを取り巻く周囲に至るまでの内陸側をすべて征服し、シリアの強国として君臨するアンティオキア公国の事実上の建国者として活躍した。
1194年、ボエモン3世は北部に隣接するキリキア・アルメニア王国と争い、講和条件としてキリキア王の娘を自身の長男レーモン(英語版)と娶わせた。この婚姻から生まれたレーモン・ルーペン(英語版)はアンティオキア公とキリキア王の血を引くことになり、ボエモン3世の次男でトリポリ伯国を継承していたボエモンが、1201年の父の死に伴ってアンティオキア公ボエモン4世(英語版)として即位すると、アンティオキア公国に対するキリキアのアルメニア人の干渉を招くことになった。キリキア王は1216年からレーモン・ルーペンをアンティオキア公位につけることに成功するが、1219年にボエモン4世がアンティオキア公位に復帰し、アンティオキア公国とトリポリ伯国は同君連合となった。ボエモン4世の死後、同名のボエモン5世(英語版)、ボエモン6世(英語版)が続くが、その後の十字軍においてアンティオキア公国が貢献するところはなかった。
1254年にボエモン6世はキリキア王ヘトゥーム1世の娘と結婚し、両国はアンティオキア公位を巡る抗争に終止符を打ったが、これによってアンティオキア公国はほとんどキリキア・アルメニア王国の属国のようになった。
1164年、ヌールッディーンの部下シールクーフがファーティマ朝エジプトへ、内紛とエルサレム王国によるエジプト攻撃から救援すべく向かったが、その間シリアに残ったヌールッディーンを攻めようとした十字軍国家連合軍は大敗し、ボエモン3世もしばらく捕虜となってしまった。
シールクーフの戦いは、ファーティマ朝とエルサレム王国が連合軍を組んでしまうことで長い戦いになった。ようやく戦いを制したシールクーフが急死し、甥のサラディンがファーティマ朝を滅ぼしアイユーブ朝を確立する。これはヌールッディーンの疑念を招いたが、彼は間もなく没し、以後サラディンがエジプト・シリアのムスリムを統合することになる。彼は1187年のハッティンの戦いに勝利し、エルサレムを占領して十字軍国家からほとんどの都市を奪うが、イタリアの都市国家(ジェノヴァ共和国、ピサ共和国、ヴェネツィア共和国)の艦隊と第3回十字軍の援助を受けてアンティオキア公国はアンティオキア市と若干の属領を辛うじて保った。