マルタ包囲戦 (1798年–1800年)
1799年前半に一度は小規模な補給隊が到着したものの、その後1800年前半までは通行が完全に断たれ、飢餓状態の守備隊は健康と士気を損ない、戦える状態ではなくなっていった。
1800年2月、マルタを救出するべくジャン=バティスト・ペレー海軍少将率いる大補給艦隊がトゥーロンを出港した。しかしこの船団は、飢えたマルタ守備隊の見えるところでホレーショ・ネルソン海軍少将率いるイギリス艦隊に捕捉された(マルタ護送船団の海戦)。ペレーは戦死して彼の旗艦も奪われ、輸送艦隊は一隻としてヴァレッタにたどり着けなかった。翌月、フランス戦列艦ギヨーム・テルがヴァレッタからトゥーロンを目指し包囲を突破しようとしたが、これも圧倒的な数のイギリス艦隊に捕捉され、激しい戦闘の末に降伏した(1800年3月31日の海戦)。こうした内外からの救出・脱出の試みが失敗に終わり、もはやフランス守備隊の降伏は避けられなかった。それでもヴァーボワはその後5か月耐えた末に9月1日に降伏し、マルタはイギリスの支配下に入った。
マルタを獲得したイギリスは地中海中央部を支配できるようになり、1801年にエジプトをフランスから奪還する際にもマルタが重要基地とされた。
同年にフランス革命戦争を終結させるため結ばれたアミアンの和約でイギリスはマルタから撤退することが定められたが、イギリスはこの内容に不満であり、間もなくナポレオン戦争が勃発する原因の一つにもなった。名目上の聖ヨハネ騎士団総長を務めていたロシア皇帝アレクサンドル1世は、長きにわたりマルタ島の領有を主張しており、イギリスと同盟する際にはその割譲を前提条件として要求した。しかしイギリス首相小ピットがにべもなく拒否すると、ロシア側は譲歩してこの条件を付けず反フランス同盟を結ぶことに同意した。
マルタはその後イギリスの長い統治期を経て、1964年に独立した。
一方ジャン・ヴィルヴィーヌ艦長率いるジュスティスは追撃を振り切り、トゥーロンにたどり着いた。包囲戦中、マルタから封鎖を突破して帰還できた船は、この一隻のみだった。
9月3日、飢餓と疫病による死者が一日100人を超えるに至り、ヴァーボワは将校を集めて協議し、満場一致で降伏することを決めた。翌日イギリス陣営に使者が派遣され、午後にピゴットとマーティンがヴァーボワとヴィルヌーヴの協定案に署名した。交渉においてはマルタ人は蚊帳の外に置かれていたが、彼らの司令官を務めていたアレクサンダー・ボールが初代Civil Commissioneに任じられた。フランス守備隊の降伏は無条件降伏といえるものだった。マルタ島、その属島、要塞群、軍需物資はすべてイギリスの手に渡った。その中には戦列艦アテニエン、デゴ、フリゲート艦Carthagénaise(以上はフランスが聖ヨハネ騎士団から接収したもの)が含まれていたが、そのうちアテニエンだけがイギリス海軍に編入され、残りは解体された。またイギリスはその他2隻の商船と様々な軍艦を獲得した。