自己免疫
また、慢性肉芽腫症(CGD、 (英語版) )でも、細菌や真菌の反復感染や、腸や肺に慢性的な炎症が見られる。CGDは、好中球によるニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸(NADPH)オキシダーゼの産生低下によって発症する。RAG低型変異は、正中線肉芽腫症(多発血管炎性肉芽腫症およびNK/T細胞リンパ腫の患者によく見られる自己免疫疾患)の患者に見られる。
また、ウィスコット・アルドリッチ症候群(英語版)(WAS)の患者も、湿疹、自己免疫症状、再発性細菌感染症、リンパ腫を示す。
自己免疫性多腺性内分泌不全症・カンジダ症・外胚葉ジストロフィー(英語版)(APECED)では、臓器特異的な自己免疫症状(副甲状腺機能低下症や副腎皮質機能不全など)や慢性皮膚粘膜カンジダ症など、自己免疫と感染症が共存する。
最後に、IgA欠損症(英語版)は、自己免疫やアトピー性現象の発症と関連することもある。