マレーシア航空
エアバスA300B4
エアバスA300C4-600R
エアバスA310-300
エアバスA380-800※2022年、A330-900購入担保としてエアバスへ売却
ボーイング707
ボーイング737-100/200
ボーイング737-300SF/400/500
ボーイング737-700BBJ
ボーイング747-100/200B/200C/200SF
ボーイング747-300M/300SF
ボーイング747-400/400F/400M
ボーイング777-200ER
ブリストル ブリタニア
ブリテン・ノーマン アイランダー
デ・ハビランド DH.106 コメット
デ・ハビランド・カナダ DHC-2
デ・ハビランド・カナダ DHC-6
ダグラス DC-3
ダグラス DC-4
フォッカー F27
フォッカー 50
ロッキード L-1049 スーパーコンステレーション
これらの事故により乗客は急減、2014年8月29日には、再編計画の一環として従業員2万人のうち、6000人を削減すると発表、さらに2014年末までに上場を廃止した。
2002年 政府全額出資のマレーシア航空会社(Penerbangan Malaysia Berhad)が設立され、機材保有および国内線事業は同社に移管。マレーシア航空システムは同社の子会社として国際線事業を所管する体制に移行(但し国内線の運航も受託)。
2006年 原油高により経営悪化。国内線96路線をエアアジアに委譲。
2007年 ペナン島を拠点とする地域航空会社 ファイアフライ とボルネオ島のサバ州、サラワク州内のコミューター路線を運航する MASwings をそれぞれ設立。
2011年6月 ワンワールドから加盟指名を受け、2012年末より加盟航空会社として運航開始を発表。
2012年5月2日 マレーシアに本拠を置く格安航空会社大手エアアジアと、経営再建中の国営マレーシア航空は、昨年8月に実施した資本提携を解消すると正式発表した。競合関係にある「格安」による「国営」支援という異例の連携策だったが、マレーシア航空の労働組合の反発が予想以上に強く、頓挫した。上場企業同士の資本提携を政府が強引に解消するのは極めて異例。エアアジアのトニー・フェルナンデス最高経営責任者もマレーシア航空取締役を辞任した。
2013年2月1日 航空連合「ワンワールド」に正式加盟。この式典には、「member of Oneworld」塗装をまとったA330-300のお披露目(9M-MTE)も行なわれた。
2014年3月8日頃 マレーシア航空370便が海上で墜落。行方不明になる。
2014年7月17日 マレーシア航空17便が紛争中のウクライナ上空で撃墜される。撃墜した正体の場所はロシアのクルスクからであった。
2015年1月2日 マレーシア証券取引所での株式の上場は廃止、実質的に国有化される。