浦上駅
1897年(明治30年)7月22日の開業当時、この駅は長崎駅(ながさきえき)という名であった。今の長崎駅が出来るまでの8年間は終着駅であり、長崎市の表玄関の駅でもあった。現在でも駅前広場の一角に「長崎駅址」の石碑が建てられている。
1945年(昭和20年)8月9日の長崎市への原子爆弾投下では、当駅は爆心地より約1キロの至近距離に位置していたことから、駅舎は全壊し構内には多数の遺体が散乱していたという。国鉄職員の人的被害も甚大で、勤務中の職員ら約70名のうち即死者20名を含む65名が亡くなったが、諫早駅等との間で被災者をピストン輸送する拠点として機能し続けた。被爆後の駅舎は原爆により焼失しバラック建てによる仮復旧の後、1953年(昭和28年)に建てられたものである。
1973年(昭和48年)の8月9日には、当駅を含む国鉄職員の原爆犠牲者を慰霊する目的で「国鉄原爆死没者慰霊之碑」が国鉄労働組合により建立され、同時に慰霊祭が執り行われた。
1982年(昭和57年)7月24日:長崎大水害により駅舎が水没し全線運休。7月27日に復旧。
1986年(昭和61年)12月19日:浦上歩道橋線歩行者専用道路が開通。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化に伴い、九州旅客鉄道(JR九州)の駅となる。
2000年(平成12年)3月10日:浦上駅前停留場を改築。
2004年(平成16年)12月7日:浦上駅前停留場に横断歩道を設置。
2008年(平成20年)3月15日:前日限りで当駅を通過していた寝台特急「あかつき」が廃止されたため、全列車が停車となる。
2012年(平成24年)12月1日:同駅を含む長崎地区19駅にSUGOCAを導入。
2013年(平成25年) 6月:長崎本線連続立体交差化事業により、高架化工事のため、駅舎取り壊し開始。 11月末:浦上駅仮駅舎完成。 12月14日:浦上駅仮駅舎供用開始。
2020年(令和2年)3月28日:長崎 - 浦上間連続立体交差事業により長崎 - 浦上間が高架化される。
2022年(令和4年)9月23日 - 西九州新幹線の開業に伴い、特急の停車がなくなる。
長崎駅址の石碑
国鉄原爆死没者慰霊之碑
長崎本線の新・旧線の分岐駅であり、全定期旅客列車が停車する。2008年3月14日までは寝台特急「あかつき」1往復のみが当駅を通過していたが、廃止されたため、当駅を通過する列車は無くなった。2005年2月28日までは「あかつき」の他に寝台特急「さくら」も当駅を通過していた。特急「ふたつ星4047」などのD&S列車は当駅を通過する。
快速「シーサイドライナー」も当駅に停車するため、諫早・佐世保・鳥栖・佐賀・福岡方面から長崎市北部・時津町・長与町などへ向かう玄関口となっている(バスまたは路面電車に乗り換え)。
また、終点の長崎駅まで行かなくても長与方面と市布方面との乗り換えが出来るため、快速と長与方面の列車の乗り換え利用者も若干いる(運賃は最短距離では計算されないため、喜々津乗り換えの場合とは運賃が異なるが、選択乗車制度があるので最短距離で計算できる。ただし、券面表示区間以外は途中下車できない)。
2022年9月23日の西九州新幹線開業に伴い、当駅を経由し、停車する定期特急列車はなくなった。西九州新幹線は当駅を経由しないため、利用するには一旦長崎駅を経由する必要があるが、分岐駅通過の特例が適用されるため当駅から諫早方面行きの乗車券で長崎駅を経由できる(別途特急券が必要。西九州新幹線は新線ルートの線増扱いであるため当駅から長崎駅までは乗車した列車にかかわらず旧線ルートを利用したと見なされる。また、長崎駅では途中下車できない)。
長崎電気軌道の浦上駅前停留場は名前のとおり浦上駅の前にあり、1号系統・2号系統・3号系統の電車が停車する。