除名
共産党袴田事件
日本新党繰上補充事件
協会に直接通報された事案は、報告遅れとして処分が重くなる傾向がある。
協会は、除名によって学生野球資格を失った者であっても反省の度合いによっては復帰への道を開いており、憲章29条の6に「処分後の被処分者の情状を考慮して、処分の内容を解除変更することができる」と規定、将来的に除名が取り消される可能性もある。また、審査室が行った除名の決定に不服の場合は協会会長、または日本スポーツ仲裁機構に申し立てができるとも定めている。
1946年(昭和21年)の設立以降現在まで、協会が在学中の部員(選手)個人に対して除名処分を行った例はない。監督・責任教師など指導者に対しては複数の実例があり、最近では1997年(平成9年)に東洋大姫路の監督が常習賭博罪で逮捕された例、2002年(平成14年)に愛媛県立吉田高等学校の部長が児童ポルノ禁止法違反罪で逮捕された例 などがある。2011年(平成23年)12月には神奈川県立弥栄高等学校の野球部長を務めていた元教師が覚醒剤取締法違反で逮捕された後に除名処分を受け、また2015年(平成27年)には学校名非公表となりながらも責任教師が青少年保護育成条例違反(淫行)で逮捕され、除名となった例がある。
また野球部全体に対する登録抹消は2007年(平成19年)の専修大学北上高等学校と2011年の出雲北陵高校がそれぞれ日本高野連審議委員会から処分相当の内示を受け協会に上申された例があるが、どちらも審査室会議直前に野球部を解散したり高野連を脱退するなどし、処分は行われなかった。