ムクゲネズミ
1971年に、利尻島産標本をタイプ標本として、リシリムクゲネズミ Clethrionomys rexとして新種記載された。続いてミヤマムクゲネズミ Clethrionomys montanus が1972年に北海道本島の日高山脈の標本で新種記載された。その後の分類検討で両種は区別できず、現在は同一種とされる。
環境省レッドリストでは、リシリムクゲネズミ Myodes rex rexとミヤマムクゲネズミ Myodes rex montanusの2亜種に分けているが、亜種を分けない説もある。
なお、本種を含むヤチネズミ類の所属については混乱がある。初期にヤチネズミ属の学名として使用されてきたClethrionomysは、学名の先取権によりMyodesに変更された。さらに、ヤチネズミ属Myodesからタイリクヤチネズミ属Craseomysが分けられ、本種は後者に属するとされるようになった。2019年にはMyodesをレミング属Lemmusのシノニムとする説が提唱され、ふたたびClethrionomysが有効名とされている。