伊奈駅
単式・島式の複合型2面3線のホームを持つ橋上駅である。2番ホームが単式、3・4番ホームが島式である。自動改札機はトランパス導入時に2機設置された。ICカードmanacaの使用は可能である。利用客は少ないが終日駅員が配置されており運転扱いも行われている。
橋上駅舎化前は1 - 3番線だったのを2 - 4番線に振り替えたため、1番線は欠番となっている。これは従来存在しなかった下り副本線の用地を確保し、1番線として使用できるようにしたためであるが、現時点では線路が敷かれておらず駐車場になっている(豊橋方には、一部未整備の用地を見ることができる)。橋上駅化に伴う配線変更以前は(旧)4・5番ホームも存在したが、有効長が短く未舗装であり、晩年は留置専用で乗降に利用することはほとんどなかった。現在このエリアには留置線が5本あり、その内最も西側の1線は下り方へも発車可能となっている。
改札口
構内留置線
駅名標
この特急は伊奈駅で夜間滞泊をした後、名古屋方面へ向かう。2008年12月の改正で平日のみもう1本増えており、平日の伊奈止まりは2本になっている。事故などで名古屋本線のダイヤが乱れた場合でも、JRへダイヤの乱れを広げないようにするため通常の豊橋行きの特急や急行を一時的に当駅止まりにすることがある(この場合、東海道本線または飯田線で振替となる)。逆にJRのダイヤが乱れた場合も通常の豊橋行きの列車が当駅止まりになることがある(豊橋駅はJRの管轄であり同駅へはJRが優先的に入線することになっているため。この場合の振替輸送はない)。
平日の朝2本のみ、快速特急が特別停車する。
先述の始発列車の特急は豊橋駅の始発時刻より30分ほど早く出る形になっている。
2021年5月の改正で、平日の名古屋方面から当駅への終電が約16分繰り上がっている(2008年に追加された、最終の当駅止まりの特急が国府止まりとなる。土休日も最終の当駅止まりが国府止まりとなるが国府駅で普通列車に接続するため土休日は現在と変わらない)。豊橋駅から当駅への終電(急行鳴海行き)は約7分繰り下がっている。