メラトニン
悪夢
低血圧
睡眠障害(昼間に飲むなど服用時刻を間違えると概日リズムを乱すことになる、といった意味)
生殖機能の退化
腹痛(多量に飲んだ場合は、吐き気などの原因になる、といった意味)
専門家の指導が無い限り、14歳以下の子供、妊娠を希望する女性、妊婦、授乳中の女性は使用しないことが勧奨されている。アメリカやカナダでは処方箋無しで購入でき目立った副作用はないとされてきたが近年、副作用の報告が増えている。
血液脳関門も容易に通り抜けることができて、体全体に行きわたる抗酸化物質であると言われている。メラトニンの抗酸化作用により生殖細胞が保護(活性化)され、またホルモンバランスも改善されるため、不妊症の治療に有効であるとの報告がある。ただし、メラトニンには後述の「性腺抑制作用」もある。