新潟港
万代島埠頭(佐渡汽船フェリーターミナル)
水産物揚場
南埠頭
中央埠頭(貨客兼用。国際航路も含め、定期航路以外の旅客船が発着)
北埠頭
石油埠頭
山ノ下埠頭(新日本海フェリーターミナル)
通船川右岸岸壁
通船川左岸岸壁
信濃川左岸物揚場 下大川前地区 柳島地区 入船地区
その後、東港はソ連(現:ロシア)、東アジア、東南アジアとの外航コンテナ航路が就航し、液化天然ガス (LNG) バース、ガントリークレーンなど港湾施設が整備された。そして交通網も整備され、周辺地域も工業団地として開発が進んでいくにつれ、徐々に工業港・商港としての体裁を整えていった。現在、西港区は旅客と貨物の双方を、東港区は貨物を取り扱っている。
かつて国際旅客ターミナルには、北朝鮮の貨客船「万景峰号」も入港していた。2006年(平成18年)7月5日より対北朝鮮経済制裁措置の一環として、同国籍船舶の日本国内の港湾への寄港が禁止されたため、以降は入港していない。
1995年6月に全国8港のうち日本海側では唯一となる中核国際港湾に指定され、翌1996年3月には新潟県地域輸入促進計画(新潟FAZ計画)が国の承認を受けるなど国際貿易港としての機能整備が進められた。さらに2011年11月11日には、国内の日本海側港湾の機能強化を目指して日本海側拠点港が指定され、新潟港は全国5港の総合的拠点港の一つに、また部門別では国際海上コンテナと液化天然ガスの2部門の拠点港に指定された。
近年の外貿コンテナ貨物取扱量は日本海側港湾では最多の国内10位前後を推移しており、取扱量自体も年々増加している。特に東日本大震災が発生した2011年には太平洋側港湾の被災により輸出入の代替機能を担うなどして、取扱量が過去最多の20万TEUを記録するなど、本州日本海側随一の広域国際物流拠点として機能している。