ばいきんまん
初登場回 - TV第587話B「アンパンマンとマーガレット姫」
マーガレット姫を騙すために変装した姿。マーガレット姫の花畑を荒らしその濡れ衣をアンパンマンに着せた。
老人(ろうじん)
初登場回 - TV第1051話B「たぬきおにとおむすびまん」
おむすびまんに変装し、バタコさんの人形を使ってたぬきおにを森の丸太小屋まで誘き寄せた後に変装した姿。土佐弁や博多弁で話す。
初登場回 - TV第1240話A「ハロウィンマンとプリンちゃん」
ハロウィンの日に子供たちからお菓子を奪うために変装した姿。バイキンUFOの小型版「ミニミニUFO」に乗って(UFOはマントで隠れている)空を飛ぶ。祭りに来ていたプリンちゃんとエクレアさんに邪魔をされてしまい、2人を洋館に監禁する。その後、もう一度カバオくんたちからお菓子を強奪するが、本物のハロウィンマンに2人を救出されたことで結局失敗する。
居候を決め込むドキンちゃんに対して当初は強気に接していた。メロンパンナがレギュラーになった頃には夫婦漫才のようなやりとりが多くなり(初期にもTV第37話A『アンパンマンとくじらのクータン』などではそうしたやりとりが見られる)、ロールパンナが加わった頃からは完全に尻に敷かれている。「○○が欲しいから持って来て」とねだるドキンちゃんに対し、時には「自分で行けば?」と冷たく返すこともあるが、脅されたり大声で怒鳴られたり泣き落としをかけられたりして結局行かされる羽目になる。苦労して手に入れたご馳走もドキンちゃんに全て横取りされて落ち込むことも少なくない。行方不明になると夜を徹して探しに行くなど、何だかんだで仲は良く、彼女が死んだと思ったりした時は号泣している。また、ドキンちゃんには何らかの感情を抱いている様子で、彼女のしょくぱんまんへの好意を見ると嫉妬したり悔しがったりして、彼を困らせようとすることも多い。
恋多き男でもあり、前述のとおり、可愛らしい女の子や容姿端麗な美女にはめっぽう弱く、ドキンちゃん以外にも、りんごちゃんを筆頭に、ポットちゃん、ナプキンさん、おダンゴちゃん、おことちゃんなど、数多くの女性キャラクターに一目惚れをしてきた。しかし、その恋が成就することはなく、現在では好意を抱くことなく他のゲストキャラクターと同様の態度で接していることが多い。OVA『いっしょにおべんきょう』シリーズでは、巻毎に登場する女性ゲストキャラクター全員に恋心を抱いており、最後まで心の内が伝わることは無かったものの、それぞれと友達としての関係を築いていた。
初登場回 - TV第269話B「しょくぱんまんとにせしょくぱんまん」
しょくぱんまんの評判を落とすために変装した姿。しょくぱんまん号の荷台に本物を閉じ込め、悪事を働いた。町の住民からは「少し太った」「背が縮んだ」等と言われている。TV第401話B「カレーパンマンとしょくぱんまん」ではドキンちゃんを騙したこともある。
バイキンしらたき姫(バイキンしらたきひめ)
初登場回 - TV第566話A「どんぶりまんトリオとしらたき姫」
TV第1062話A「バイキンしらたき姫とスキヤキの里」では、本物のしらたき姫と春菊さんをすきやき城の蔵に誘き寄せて監禁した後、焼きどうふくんたちにすき焼きを作らせる際に変装した。しかし、彼らと「しらたき二刀流」の稽古をすることになり、逃げ惑っているうちに池に転落したせいで正体がばれてしまった。
また、自身が作ったもの以外の乗り物はまともに乗りこなすことができない。
一方で、アンパンマンたちより知識に長けている描写もある(ばいきんまんが化けた考古学者に対してアンパンマンは考古学自体を知らなかった、アンパンマンが知らなかったスカシカシパンについて知っている等)。バイキン城のモニターで映し出された場所を即座に当てたり、城の中には相当の蔵書数がある図書館のような部屋がある描写もある。他にもコンピューターのハッキング技術にも優れた面があり、TV第128話B『アンパンマンとくるまの国』ではコントロールセンターのコンピュータをハッキングして信号機を暴走させてアンパンマンを窮地に追いやっている。おくらちゃんの手伝いをしたためか、野菜栽培にも詳しい。
新兵器を作る時や実験を行う時は、白衣、眼鏡、黄色のカツラとつけ髭をつけ「バイキン科学者」に扮することが多い(本人は「バイキン博士」「ドクター・バイキーン」等と名乗る)。
初登場回 - TV第1253話A「しょくぱんまんとぶたまんまん」
ぶたまんまんの豚まんを食べるために変装した姿。見た目はぶたまんまんにそっくり。
弁当博士(べんとうはかせ)
初登場回 - TV第270話A「しょくぱんまんとおべんとうまん」
おべんとうまんと小学校の人たちを騙すために変装した姿。彼の家に訪問して小学校の子供たちに配る予定のアンパンマンのキャラ弁を味見するもまずと酷評して配る予定の弁当をすべて捨ててしまい、弁当の味を伝授して弁当作りロボを出してばいきんまんのキャラ弁を作りおべんとうまんを口をふさいでロープで縛って家に投げ捨ててばいきんまんのキャラ弁を小学校に配達して、子供たちやみみせんせいがふたを開けたら泣いてしまった。
初登場回 - TV第767話B「しょくぱんまんとすすきちゃん」
初登場回 - TV第948話B「ドキンちゃんとドレミ姫」
世界一の魔術師に変装した姿。Mr.マリックのパロディ。ドレミファ島の演奏会の最中に乱入し、ステージを抜け出してしまったドレミ姫(ドキンちゃんの変装)の代わりに魔術を披露すると言って、かびるんるんが種になっている手品を披露し、アンパンマンの顔をカビさせてしまう。
メン大王(メンだいおう)
初登場回 - TV第377話B「てんそばくんとうどんちゃん」
メンデレラ姫に扮したドキンちゃんと共に変装した姿。語尾に「メン」を付けて話す。てんそばくんとうどんちゃんを「めんるい城」へ連れて行き、そばとうどんを作らせる。最後はてんそばくんの頭の中身を食べてしまい自ら正体を明かした。
山男(やまおとこ)
初登場回 - TV第848話A「アンパンマンとすいとうくん」
すいとうくんを騙し、町中に水を撒いて迷惑をかけさせるために変装した。バタコさんやチーズもびしょ濡れにさせてしまうが、服の裾から尻尾が出ていたため、チーズに変装を見破られてしまった。
幼稚園児(ようちえんじ)
初登場回 - OVA「勇気りんりん! みんなの1にち」
しょくぱんまんが幼稚園へパンを届けると聞いて変装した姿。ピンクの坊ちゃん刈りのカツラをかぶっている。昼食に配られた食パンを食べようとするがドキンちゃんに横取りされてしまい、仕方なく余っていた一袋を取ろうとするもネコくんに取られてしまった。
初登場回 - TV第9話A「アンパンマンとそっくりぱん」
アンパンマンの評判を落としたり、食べ物を盗んだりするために変装する。人々に泥をかけたり、食べられないパンを配ったり等の迷惑をかけ通し、本物のアンパンマンを牢に閉じ込めてしまう。しかし、本物が牢に閉じ込められているのを知らずに人々にパンを配ったためアンパンマンへの疑いが解けて、本物と対峙する中で、アンパンマンが顔を取り外したのに対抗してかぶり物をとったことで正体がバレてしまった。
TV第66話B「アンパンマンとトンカチどり」ではトンカチどりを騙して作った偽の遊園地「アンパンマンランド」に子供たちを連れて行くため変装した。
TV第1272話B「しょくぱんまんとソフトクリームマン」では、ドキンちゃんの命令でソフトクリームマンとしょくぱんまんを仲直りさせるために変装する。バタコさんに変装したドキンちゃんと共に言葉巧みに2人を和解させ、ソフトクリームマンのソフトクリームをご馳走になった。悪戯以外の目的で行った変装としては数少ないケースであり、本物のアンパンマンおよびバタコさんと遭遇したり途中で正体がばれたりすることもなかった。
初登場時は外見では本物と全く区別がつかなかったが、2回目の登場であるTV第66話B「アンパンマンとトンカチどり」から目に白目が付き、さらに2000年代以降に登場するニセアンパンマンは、ばいきんまんの顔の下半分が露わになっているため、容易に判別できる。また、TV第136話A「かいじゅうアンコラとカレーナ」ではマスクを着用せず、二本の角を後ろにセロテープで固定して顔をアンパンマンの色でメイクしてアンパンマンの服を着ただけの簡易的な変装をした。
初登場回 - TV第820話B「ウーロンさんとビビンバくん」
「ウーロン姫」に変装したドキンちゃんと共にビビンバくんの前に現れる。ビビンバを作らせるが、おかわりを要求した際に口髭を外してしまったため呆気無くばれてしまった。
初登場回 - TV第1218話A「あかちゃんまんとうめぼしばあや」
うめこちゃんを監禁した後に変装した姿。うめぼしばあやの家の前に停めてあったアンパンマン号を破壊しようと企むが、うめこちゃんと遊んでいたあかちゃんまんにせがまれたせいで失敗に終わる。
ニセオカリナ姫(ニセオカリナひめ)
初登場回 - TV第1276話A「あかちゃんまんとオカリナ姫」
あかちゃんまんからオカリナ姫のオカリナを横取りするために変装した姿。
第一話におけるばいきんまんの悪事はてんどんまんの天丼を食い逃げしたことで、当時まだ自己愛が強くプライドの高かったてんどんまんの怒りを買って追い回されている。
まれに、いたずらをするわけでもなく他のキャラクターと特別に絡んだりもせずに、第三者的な立場で登場するだけで終わる場合もある。また、いたずらをする話の場合でも必ずしも本人の意思でいたずらをしているとは限らず、単にドキンちゃんのわがままに振り回されて使い走りにされ、渋々ゲストキャラを拉致してくることも少なくない。キャラクターの過失に被害を受け、しかえしすることもしばしばある(ホラーマン、にんにく小僧等)。そのしかえしをのぞけば、悪さを全くしていない話も存在する(『ばいきんまんとクレープマン』等)。いたずらをしても、結果的にアンパンマンたちと打ち解けて仲良く踊ったり、食べ物を分けてもらえる、お願いを受け入れてくれるなどの彼にとってプラスな結果になる回もある。
ただの悪党として思われるのは嫌いなようで、町中に指名手配された時は激怒していた。
アンパンマンよりジャムおじさんやパン工場を優先して襲うこと(拉致含む)もある。TV第468話A「ばいきんまんとシーボーズ2号」では、ジャムおじさんやバタコさんたちもろとも、パン工場を海底深く沈めて2度とアンパンマンの新しい顔を焼けないようにしようと企んだり(海底の火山近くまでジャムおじさんたちは引きずりこまれ、水圧でパン工場の外壁は損傷していた)、TV第95話A「アンパンマンとバイキンヘリコプター」ではアンパンマンやジャムおじさんたちもろともパン工場を非常に高度のある場所から地面に叩きつけようとしたり等である。
初登場回 - TV第270話B「ハンバーガーキッドとサボテンマン」
サボテンマンを騙し、アンパンマンとハンバーガーキッドを襲わせた時の変装。最後は騙されたことに激怒したサボテンマンの針攻撃で全身が針だらけのサボテン状態になりアンパンマン達に笑われながら逃げ帰った。
シロザル様(シロザルさま)
初登場回 - TV第84話A「アンパンマンとおむすびじま」
キッキたちが住む島(後の「おむすび島」)の住人を騙すために変装した姿。白い髭を蓄えた大柄なサルの姿をしている。自らを「神様」と名乗り、アンパンマンを「悪魔」と偽って住人たちにアンパンマンを捕えさせた後、島中の食べ物を貢がせる。アンパンマンを海に沈めようとするが、駆け付けたおむすびまんによって正体を暴かれてしまった。
初登場回 - TV第1238話B「ニガウリマンと妖精バック」
町中をニガウリジュースで汚し、本物のニガウリマンに濡れ衣を着せるが、アンパンマンの証言が決定打となり失敗に終わる。これも、身長が本物と明らかに違う。