薬害オンブズパースン会議
明治大学情報コミュニケーション学部助手の山本輝太郎と教授の石川幹人は、同団体の声明をエビデンスレベルの考え方に基づいて評価し、個別の症例報告のような、ランダム化比較試験などよりも客観性に疑問の残るデータを中心として有害説が主張されていると批判した。ただし、システマティック・レビューにおいては症例報告を情報源とすること自体は許容されている。 2019年、名古屋市の要請による大規模アンケート研究(名古屋スタディ)を巡り、聖路加国際大学准教授で当団体所属(当時)の八重ゆかりと統計数理研究所所長の椿広計が、異なる分析手法による異なる結論の論文を発表し、学術誌の内外において名古屋スタディ主著者で名古屋市立大学教授の鈴木貞夫と論争を繰り広げた。鈴木による論文取り下げ要求は掲載誌側に受け入れられなかったが、鈴木は分析手法について「明らかに都合のよい結果を出すために不正な手続きが取られている」と批判し、当団体について「反HPVワクチンを唱える」として利益相反を主張した。 2020年、当時承認待ちの9価HPVワクチン「シルガード9」について、臨床試験において重篤な有害事象が4価ワクチンよりも高率で認められているなどの理由から、承認すべきでないとの意見書を厚生労働省に提出した。
新型コロナウイルスワクチンについて、接種の努力義務を課すには高い安全性が必要であるとして、新ワクチンの導入初期には任意接種を経るべきとの意見書を厚生労働省に提出した。