ペテン盆地
古典期の人口崩壊の後も、特にヨーロッパの探検家とともにやってきた天然痘を原因として、激しい人口減は続いた。 天然痘の到来は1519~1520年頃で、最初のヨーロッパ人がこの地を訪れる数年前にあたる。1524年から1525年にかけてエルナン・コルテスが最初の探検隊を率いてペテンを通った際には、鬱蒼とした森に隔てられた小さな村々がほとんどであったと報告されており、タヤサルだけが唯一彼らの見た人の住む都市のうちで相当な大きさがあったという。
コルテスの探検以降、スペイン人はペテン征服(英語版)に力を入れた。 ユカタン、ベリーズおよびアルタ・ベラパスのコバンから何世代もかけて遠征を繰り返し、 1697年頃にはサクペテン(コウォフ・マヤの都)、タヤサルのイツァ・マヤのセンター、そしてケシル(マヤ語名エキシル)およびヤラインなどのペテン・イツァ湖地域のその他の都市といった最後まで独立していたマヤ人勢力の征服を完了した。(関連:スペイン人のユカタン征服(英語版))
フローレスというスペイン人の町がタヤサルの遺跡の上に建設されたが、それは植民地時代もそれ以降の中央アメリカの独立後も僻地のままで残されていた。グアテマラの大統領ラファエル・カレーラがフローレスに少数の軍勢を送ってこの地域の領有を主張したのは1840年代の事である。これに対しメキシコとユカタン州の政府はこの地域で領土紛争をするに値しないとして引き下がった。