大分トリニータ
2009年9月14日、大分FCは、マルハンが「ユニホームに企業名が入らず広告対価が伴わない」ことを理由にスポンサーを完全撤退したことを発表。加えて、2006年以降スポンサーに名を連ねていたフロンテック(「BOWS」表記)、オメガプロジェクト(現・伊豆シャボテンリゾート)が役員逮捕を起因とする経営難などから2009年までに相次いで撤退、さらに一度はスポンサー継続を決めていたジョイフル も、業績悪化で代表取締役の交代が決まった直後の3月にユニフォームスポンサーから撤退。そのうえ2009年途中からユニフォームの胸スポンサーとなったフォーリーフジャパンはそのビジネス手法などを巡り当初からサポーターの反発を受けていたこともあってに同年限りでスポンサーから降板するなど、大口スポンサーの撤退が相次いだことで再度の経営危機が一気に表面化した。
具体的には、2009年1月期現在で累積赤字が11億円、債務超過額が5億5,800万円 となっており、更には成績不振による入場料減収や監督交代に伴う人件費増加もあって、翌2010年度の運営費を前倒しで使う自転車操業のような経営方針もあいまって、2009年11月からのリーグ戦残り3節(うちホーム2試合)の運営が困難となった。
2009年11月11日、日本プロサッカーリーグが設立した公式試合安定開催基金からの緊急融資を申請した(J1所属クラブが同基金からの融資を申請するのは史上初)。
大分トリニータを運営する株式会社大分フットボールクラブ(以下「大分FC」と記す。)には、1999年の会社設立以来、住宅リフォームメーカーのペイントハウスが筆頭株主として経営に参加していた(日経ビジネスオンラインによると、同社の創業者だった星野初太郎の肝いりだったという)。しかし、ペイントハウスの拡大路線が行き詰まり、同社の経営に投資コンサルタントの阪中彰夫が関与し始めた頃から、ペイントハウス、ひいては大分FCの経営が揺らぎはじめ、これをきっかけとなって様々な問題が生じ、クラブ経営が翻弄され続けることになった。
MC MAX
MVP 2008年 高松大樹
ニューヒーロー賞 2008年 金崎夢生
その後は勝ち星を伸ばすことができなくなり、同節から4試合未勝利(1分3敗、上記の通り第5節は延期)で、第8節終了時には一旦10位まで順位を下げた。第15節では最下位・YS横浜に敗戦を喫し、前半戦を昇格圏外となる3位で折り返した。そして第19節には9連勝中の首位・栃木に敗戦を喫し首位との勝ち点差が9に広がった。しかしその後、シーズン途中に加入した八反田康平らの活躍や、失点リスクを抑えた相手対策重視の戦法に切り替えたこと により、第28節終了時までで7勝1分1敗という追い上げを見せ栃木を追走。ホーム最終戦となった第29節・YS横浜戦にて大分が勝利し、栃木が敗北した為、栃木と勝点で並び得失点差で第3節以来の首位に立った。そして最終節の鳥取戦を4-2で勝利し、最終5節を5連勝で終えJ3リーグ優勝、1年でのJ2リーグ復帰を果たした。
また、このシーズンを以て2000年の入団以降、FC東京へ期限付き移籍した2011年を除いて大分でプレーし、長年に渡り中心選手として活躍した高松大樹が現役を引退した。現役最後の試合となったホーム・大分銀行ドームで開催されたYS横浜戦には、J3記録(当時)となる11,065人の観衆が詰めかけた。また年間の観客数が116,563人とJ3創設3年目にして初めて年間10万人を突破したクラブとなり、1試合平均も7,771人で史上最多記録を大幅に更新した。
2009シーズンのユニフォームより、2008年のJリーグカップ優勝を示す星マークを胸のエンブレムの上につけている。2019年のユニフォームでは星マークの位置がエンブレム下に移った。
2010年 - 2012年まで、ユニフォームの右袖部分のJリーグロゴマークの下に「LOVE 大分」の文字を入れていた。2013年からは同じ箇所に「OITA」の文字が入っている。
2021年5月30日(J1第17節・アビスパ福岡戦)から同年シーズン終了まで、胸上中央部に同年4月9日 - 5月16日にかけて実施したクラウドファンディングの「#大分トリニータ一致団結プロジェクト~みんなの想いをピッチへ~」のロゴ(表記:「一致団結PROJECT」)を掲出した。詳細についてはこちらを参照。
2016年