Folding@home
V7は、4つの統合された要素から構成されている。 ユーザは通常、FAHControlと名付けられたV7のオープンソースGUIを使用して操作する。 これには、初心者向け、上級者向け、およびエキスパート向けのユーザ・インタフェースモードがあり、1台のコンピュータから多数のリモート・フォールディング・クライアントを監視、設定、および制御する機能を備えている。 FAHControlは、各FAHSlot(単にスロットと呼ばれる)を管理するFAHClientというバックエンドアプリケーションに対して指示をする。 各スロットは、単独でワークユニットのダウンロード、シミュレーション処理、その結果のアップロードを行うことができる。 かつては別個であった、Folding@home V6ユニプロセッサ版、SMP版、GPUコンピュータクライアントの代わりとして機能する。 そしてPS3のビューアを模したFAHViewerは、現在処理中のタンパク質のリアルタイム3Dレンダリングを表示する。
マルコフ状態モデルの構築に要する時間は、並列シミュレーションの実行回数、すなわち利用可能なプロセッサの数に反比例する。 言い換えれば、線形並列化を実現し、全体の直列計算時間を約4桁短縮することができる。 完成したMSMには、タンパク質の相空間(タンパク質がとることのできるすべての立体配座)とその間の遷移のサンプル状態が数万個含まれている場合がある。 このモデルはフォールディングイベントとフォールディング順序(すなわち経路)を示しており、研究者は後で動力学的クラスタリングを使用して、そうでなければ非常に詳細なモデルの粗視化された表現を見ることができる。 これらのMSMを用いて、タンパク質がどのようにして誤って折りたたまれるかを明らかにし、シミュレーションと実験を定量的に比較することができる。
2000年から2010年の間に、Folding@homeが研究してきたタンパク質の長さは4倍に増加し、タンパク質フォールディングシミュレーションのタイムスケールは6桁に増加した。 2002年には、Folding@homeはマルコフ状態モデルを使用して数ヶ月間で約100万CPU日分のシミュレーションを行い、2011年にはMSMの並列化を行い、合計1000万CPU時間の計算を必要とした。 2010年1月には、Folding@homeはMSMを使用して、1.