神戸高専剣道実技拒否事件
しかし、大阪高裁及び最高裁は、地裁の判決を破棄し、学校側による一連の措置は裁量権の逸脱であり違憲違法なものであったと認定し原告の主張を認めた。最高裁第2小法廷が1996年3月8日に全員一致で出した判決文の主旨によれば、『他の学校では同様な格闘技の授業を拒否する学生に対し代替措置が行われている』とし、『高等専門学校において剣道実技の履修が必須のものとまではいい難く、他の体育科目による代替的方法によってこれを行うことも性質上可能である』とした。
一連の学校側の措置については、『信仰の自由や宗教的行為に対する制約を特に目的とするものではなかったが、学生の信仰の自由に対して配慮しない結果となり、原級留置処分の決定も退学処分の選択も社会観念上著しく妥当を欠き、裁量権の範囲を超えた違法なものといわざるを得ない』として、学校側の処分取り消しを決定した。
なお学校側が主張した学生の行為を認めたら日本国憲法20条3項の政教分離に反するか否かであるが、『代替措置を講じることは特定の宗教に対する援助をするわけではない』として、特定宗教の援助にはあたらないとした。
エホバの証人は教義の原則にかたくななまでに忠実に従うため、慣習が世俗的な社会とは異なる場合がある。そのため、社会とのかかわりで生じた摩擦をめぐり、教徒が起こした裁判は他にも存在する。著名なものとしては、エホバの証人輸血拒否事件などがある。
学校教育における宗教的中立性は、信教の自由と対立することがある。この事件はそれを過度に強調し、信仰の自由が抑圧された例とされている。