熊本桜町バスターミナル
サンロード新市街(地下通路で連絡)
辛島公園
辛島公園地下駐車場(地下通路で連絡)
(仮称)花畑広場(旧熊本市産業文化会館跡地)
ドーミーイン熊本
花畑屋敷跡
NTT西日本熊本支店
熊本市民会館(愛称:市民会館シアーズホーム夢ホール)
熊本市国際交流会館
朝日新聞熊本総局
熊本城
上通
下通
熊本中央郵便局
熊本県立第一高等学校
熊本市交通局 辛島町停留場
国立病院機構熊本医療センター
またこの時、ホームにカラーペイントが施された(1番乗り場:オレンジ、2番乗り場:ブルー、3番乗り場:ブルー、4番乗り場:イエロー、5番乗り場:グリーン、6番乗り場:グリーン)。かつては、当センター開設当初から各プラットホーム毎には事業者別に分かれており、それぞれの事業者に応じてのりばを設けていたが、1994年に施設大規模改修工事がおこなわれ、これを機に事業者関係なく行き先別にのりばが変更された。これに併せ、過去には事業者毎に独自で設けられていたバスの系統番号も、全社を通して行き先別系統が割り当てられ、全社方向幕が一新された。
2000年(平成12年)3月に九州産交の経営再建のため、熊本交通センター株式のうち熊本市・西日本鉄道(西鉄)などの保有株分を九州産交がすべて買い取り吸収合併した。2006年(平成18年)4月以降は、エイチ・アイ・エス傘下となった九州産業交通ホールディングスの子会社「九州産交ランドマーク」による運営となった。
すべて昼行便。
「あまくさ号」は一般道経由の快速(もしくは超快速)便。
長崎行き「りんどう号」(九州産交バス・長崎県交通局)
佐世保・ハウステンボス行き「さいかい号」(九州産交バス)
宮崎行き「なんぷう号」(九州産交バス・宮崎交通)
鹿児島行き「きりしま号」(九州産交バス・鹿児島交通・南国交通)
本渡行き「あまくさ号」(産交バス)
大江戸温泉物語・天草ホテル亀屋行き (九州産交バス)