村上真輔
可彜らは再度江戸に上り、可則一派の排除を迫った。寅二郎が忠徳の側妾を解任しようと献策していたこともあり、忠徳は改革中止を決断。可則は蟄居し、寅二郎は藩から追放された。
藩政は再び主税一派が掌握したが、改革が止まった赤穂藩の財政はさらに逼迫。藩政から排除された下級藩士らの憤懣は頂点に達し、やがて、尊皇攘夷派として活動していた西川升吉の元に不満分子が集結した。西川は真輔の次男・河原駱之輔(翠城)の門弟を自称する説客であり、真輔に接近して信頼を得た一方、可則と通じて藩の不満分子を組織していた。
文久2年12月9日、野上鹿之助(寅二郎姉婿)宅に集結した西川ら15人は可彜、真輔両名の暗殺を決意。真輔暗殺は西川ら5名が請け負った。かくしてその日の夜半、西川らが、「薩・長・土三藩との会合で上京するゆえ、用件があれば聞きたい」と屋敷を訪問。面会した真輔を襲撃してこれを殺害した。享年65。同時刻、可彜も赤穂城二の丸門前で8人の刺客に討ち取られた(文久事件)。決起に参加しなかった野上らを除いた13人は、両名が藩政を壟断したと断ずる斬奸状を遺して脱藩し、兼ねてから気脈を通じていた平井収二郎の手引で京の土佐藩邸に匿われた。
可彜、真輔暗殺によって復権した可則は、斬奸状を執筆した山下恵助に忠典の名の元に感状を出すなど、事件の正当化を図った。可彜の遺族は閉門となり、村上一族は追放処分となった。一族誅殺の危険を感じた河原駱之輔は藩大目付に訴えるも拒絶され、悲嘆のうちに自害した。これにより、村上一族は復讐のために動き出すこととなった。
この事態に狼狽した赤穂藩は、津山藩に藩儒として召し抱えられ、同藩の周旋役として京都で活動していた鞍懸寅二郎の仲介で西川ら13人を赤穂藩に帰国させ、可彜、真輔、駱之輔一家の版籍を回復することで事件を幕引きしようとした。だが、1863年の八月十八日の政変によって勤王派が一転して逆風に立たされると、西川らは再び脱藩。その後、西川は同士討ちにより殺されるなど、6人にまで数を減らしていた。
村上一族は明治4年(1871年)1月12日、赤穂藩から、すでに死去していた長子・直内に村上家の家督相続を許す裁可が下り、同時に、「全く一時の相違いも無之、以て雪冤の儀に処せられ候」と真輔が無罪であるという声明を獲得した。そして6人を、高野山にある藩祖の廟所警護役に任じた。村上一族は6人を追跡し、同年2月30日、高野街道上にてこれらを殺害した(高野の仇討ち)。
村上真輔は1919年(大正8年)、正五位を追贈された。墓は赤穂市山手町にある村上家墓所にある。