東京地方検察庁
ゼネコン汚職事件の捜査中静岡地検浜松支部から応援で駆けつけた検事が1993年10月に参考人として事情聴取していた元宮城県幹部や贈賄企業幹部に対して暴行を加えてけがを負わせる事件が発生した。検事は特別公務員暴行凌虐致傷罪で立件され1994年6月に懲役2年執行猶予4年の判決を受けた。
陸山会事件の捜査報告書の虚偽記載に関し、2012年6月27日元東京地検特捜部検事田代政弘が減給6か月、100分の20、元東京地検庁検事正岩村修二が厳重注意、元東京地検特捜部長佐久間達哉が戒告の懲戒処分を受け、田代は検察官を辞職した。
2017年9月、東京地検公安部所属の男性検事が、同年4月中旬頃、児童ポルノに該当するデータが記録されたDVD12枚を購入したとして、児童ポルノ禁止法違反により罰金50万円の略式命令及び停職2か月の懲戒処分を受け依願退職した。
2021年7月と8月に、同地検の執務室で小火が相次いで発生した。小火の原因は、放火など人為的なものではなく、電気系統のトラブルであるとしている。