東京駅
JRの駅の北側にあり、丸の内中央ビルの1階部分がゲートになっている。永代通りに面している。正面ロータリーは長距離路線バスの降車場となっており、その先、永代通りの地下は東京メトロ東西線の大手町駅となっている。日本橋口には東京ステーションシティの開発第1弾としてサピアタワー(地上35階・地下4階)が2007年3月8日に竣工した。
日本銀行本店
高島屋日本橋店
三越日本橋本店
三井本館
丸の内トラストタワー
シャングリ・ラ ホテル 東京
TOKIWAブリッジ
岡谷鋼機東京本店
国道1号(永代通り)
TOKYO TORCH 常盤橋タワー
ドイツから招聘されて、日本の鉄道建設を指導していた技術者フランツ・バルツァーにより駅の位置や規模、構内の配置が決められた。駅舎は繁華街のある東側(現在の八重洲側)ではなく、陸軍の練兵場跡地だった西側(現在の丸の内側)と決まった。皇居の正面と対峙することになり、国家の象徴的な位置付けであった。プラットフォームはレンガ積の高架式4面8線で、新橋駅まで複々線の高架橋が計画された。東側には貨物ヤードが置かれることになった(後に車両基地に変更)。バルツァーは日本風の駅舎を提案していたが、日本側に反対意見が多くバルツァーの構想は実現しなかった。
駅舎は辰野金吾と葛西萬司が設計し、そのデザインは「辰野式ルネッサンス」と呼ばれ皇室用玄関である「天皇の駅」としてのシンボリックな意味を持たせる事になった。埼玉県深谷市から鉄道輸送されたレンガと鉄筋造り、3階建て総建坪9,545 m・長さ330 mの豪壮華麗な洋式建築である。
当駅はATS-P(東海道本線・上野東京ライン、中央本線、横須賀線・総武本線、京葉線)、D-ATC(山手線と京浜東北線)、DS-ATC(東北新幹線)、ATC-NS(東海道新幹線)、CS-ATC(東京メトロ丸ノ内線)と5種類のATS/ATC方式が存在する。ワンマン運転は東京メトロ丸ノ内線(ATO)のみ。今後山手線・京浜東北線がATOワンマンが予定されている。
丸の内側に位置する島式ホーム1面2線を有する地下駅である。比較的地下浅い所にある。八重洲側へは、JRの北側自由通路を通るのが既存の最短ルートであるが、八重洲南口方面へは同ルートはやや迂回する形の経路となる。1990年12月半ばに本格的な自動改札機を導入した。1993年11月には、御茶ノ水駅から定期券売り場が移転したが、2021年2月11日をもって閉鎖された。
2008年春に、ホームの側壁に女子美術大学の非常勤講師2名によるデザインのアートウォール「自由に走る丸ノ内線」が設置された。コンセプトは「歴史と自然とトレンドの融合」で、営団500形電車で使われていた銀色のサインウェーブを下部に再現するとともに自由に飛ぶ鳥を随所に設置した。
当駅は「東京地域」として駅を管理しているが、駅務管区所在駅は当駅ではなく後楽園駅である。