天社土御門神道
また松平定信によって行われた寛政の改革で、陰陽師は他の雑多な宗教者らと共に「裏店暮らし」を強要された他、全国で「陰陽師」と名乗って無断で活動をする者や、土御門家配下ではあるものの、既定の職務以上の事を行って対価を得る者等も出てくるようになり、土御門家は江戸時代後期以降、たびたび「触れ流し」を出して配下に活動の再確認と綱紀粛正を求めるとと同時に、全国の触頭や小頭らに無断で陰陽師あるいは「陰陽家」などと名乗って活動をする者の監視および告訴を強化した。重大な問題である場合は京都の土御門家(陰陽道本所)から使いを出して、実検する事もあった。幕末へと向かっていく中で時勢も次第に穏やかではなくなっていくと共に、「ガイドライン」たる法度がなかった陰陽道は統率の乱れを露呈していく事になった。
そのような中、上記の通り土御門家は積極的にその蓄積していた知識や技術を啓蒙していく。幕末期の土御門家当主である土御門晴親は邸宅内に家塾「齊政舘(斉政舘)」を開いた。これによって、土御門家は「陰陽道(天社神道)」宗家(陰陽道本所)としての機能と共に、長年かけて蓄積してきた技術・学術などを学びたいという者に対して積極的にその情報を教授・公開していった。
「齊政舘(斉政舘)」からは、のちの東芝の実質的創設者となる田中久重(通称”からくり儀右衛門”)、東京にある順天学園高校・中学校の基礎「順天求合社」を創立した福田理軒および兄の福田復、岡山県金光町にある「金光教」の開祖である初代金光大神(赤沢文治)に手習いを教授した豪農で算術家の小野光右衛門、京都霊山麓にある霊明舎(現・霊明神社)第二代舎で、主吉田家・白川家より神道裁許状を得て、殊に吉田家から神道葬儀・神道埋葬の許状を得た村上美平(村上美平は神官であると同時に土御門家より許状を得ている陰陽師の触頭でもあった)などが輩出されている。
同日記には「久々に都で陰陽道祭儀が行われるので見物に行ったが、内容が(吉田神道と)同じだった」「陰陽道の霊場と聞いてやって来たが、草が生い茂り荒れ地に祭壇を設けていた」とも記され、「土御門は吉田より出る」とまで書かれてしまった。
この一件については様々な捉え方は出来るが、後に陰陽道が土御門神道へと変化する"最初の転機"は吉田神道と関わったこの時と見る事も出来よう。
それでもなお、陰陽寮(陰陽師)の主要三部門天文道·暦道·陰陽道はあくまで土御門家(安倍氏)および勘解由小路家 (賀茂氏)の専権事項であった為に、あくまでも「陰陽道」は独自の職掌として認識され、祭祀もまた「陰陽道祭祀」として確立させ続けた。
足利義昭が織田信長によって京都から追放されて室町幕府が崩壊すると、貴族(公卿)でもあった陰陽師達は新たに台頭した戦国大名たちの要望に応えていく事に活路を見いだした。殊に土御門家は、当時もっとも大きな影響力を持っていた織田信長に接近し、信長もまた土御門家に目をかけた。その証拠に、前右大臣である信長の推挙によって土御門家は「公家成」を果たしている。これまでは土御門家当主が個人で位階昇進を果たしていたが(蔭位による)、信長による推挙によって、土御門家は明治に至るまでつづく正式な「公家」の一員となった。また信長の弟である織田信包の嫡子である織田信重の娘は久脩の子である土御門泰重の妻になっており、織田家と姻戚関係にもなっている。
一方で賀茂朝臣氏嫡流勘解由小路家は衰退を見せ始めていた。織豊時代(安土桃山時代)初期は土御門家がなかなか疎開先の名田庄より帰京しない事から、代理的に陰陽頭職に就いていたが、嫡流の勘解由小路在昌(賀茂在昌)はキリスト教に感化されて洗礼を受け"マノエル·アキマサ"となるなど、一族の秩序に乱れが生じ始めていた(ただし数年後にキリスト教は棄教しており、陰陽頭にもなっている)。
寺院には「寺院諸法度」、神社には「諸社禰宜神主法度」、修験者(山伏)には「修験法度」がそれぞれ出されて職務のガイドラインが明確に定められていたが、幕府は陰陽道に法度を出さなかった。それ故に配下の職務執行に際して明確な線引きがされず(出来ず)、時に他勢力から職分侵害に対する抗議が頻発し、その度に争論となったり寺社奉行による裁きを必要とした。
殊に土御門家にとって大きな争論となったのは、「大黒党一件」と「南都陰陽師」を巡る争論であった。「大黒党一件」は、関東地方を中心に「大黒」と名乗る唱門師(声聞師)が独自に陰陽師の免状を発行していた事が明らかになり、寺社奉行および京都所司代を通して土御門家へ通報があった事で発覚した。「大黒」側は室町期から「左義長(三毬杖)」や軽微な祓を行ってきていた事を理由として陰陽師の任命権保有を主張。対して土御門家は幕府および朝廷より認可を受けた「陰陽道宗家(全国陰陽師支配の権利)」である事をもって反論した。その後の論争の顛末は記録がなく詳細は明らかではないが、土御門家江戸役所の体制強化および「関東陰陽道総触頭」の強化がなされている事等から、大黒家の陰陽師免許発行権(任命権)は却下されたとみられる。しかし、大黒家自体は本姓として「安倍氏」を名乗って陰陽寮の正員になっている所を見ると、「大黒党一件」は実質的に”引き分け”となったと言える。
南都陰陽師は当時、興福寺の庇護下にあった賀茂朝臣氏庶流幸徳井家との争論である。幸徳井家は陰陽家安倍氏の祖たる安倍晴明の師家である賀茂氏の庶流を標榜している事、そして土御門家が京都不在の時期に陰陽頭を務めていた所から、主に南都(奈良)の唱門師や祈祷者、暦師などに対して「陰陽師」の資格を認可。