腸鰓類
消化系はほとんど直線的で、口から肛門までほぼ分枝無く続いている。ただし口腔の背側前方から細い管状の盲管が吻の中に伸び、その壁は肥厚して、これを口盲管(小盲管)と呼ぶ。これは以前には脊索動物の脊索と相同だと考えられたものである。消化管の襟より後方の部分にはその側面背側に鰓孔が対をなして並んでいる。この部分では消化管は上側の呼吸水道と腹側の食物道に区別出来る。鰓孔は少ないもので12、多いものでは700対に及ぶ。消化管に開く内鰓孔は上に開いたU字形をしており、これは背中側から舌状の突起が出てその口の大半を覆っているからである。その内側には鰓室があり、海水は消化管からここに入り、そこから背面に開く外鰓孔を通して外に出る。それ以降の消化管には肝盲嚢が多数ある種もあるが、それより後は真っ直ぐになっている。
血管系は開放性で、血液は透明。消化管の背面と腹面にははっきりした血管があって、それぞれ背血管、腹血管と呼ぶ。背血管は前方で吻部に入り、そこに膨らんだ部分を持つ。