門司機関区
「門」...門司を意味する「門」から構成される。
機関車に配される区名札は黒地に白文字だが、EF81形300番台のみ白地に黒文字の区名札が用いられている。
北九州貨物ターミナル駅及び門司駅に隣接しており、両駅との間で入出区が行われる。九州島内の貨物列車牽引用機関車及び各ターミナルに配置する入換動車が全て所属しており、それらの機関車および貨車(JR九州所有のチキ5500・チキ6000の委託含む)の検査(交番検査・仕業検査・臨時検査)修繕を行っている。また、JR貨物九州支社管内では最大の組織でもある。
貨車の交番検査は、旧門司客貨車区を承継した検修施設で実施していたが、北九州貨物ターミナル駅の建設に伴い旧門司客貨車区の施設は撤去され、以後は電気機関車の検修庫で貨車の交番検査も実施している。また、この際、機関車についても、施設の縮小により検修体制が再編され、台車やエンジンの脱着・分解整備等を行う電気機関車の台車検査及びディーゼル機関車の第2交番検査Bは、小倉車両所に移管されている。
鹿児島県鹿児島市に門司機関区鹿児島派出がある。