リニア実験線
複線となったことを利用して超高速列車同士のすれ違い実験を実施しており、1998年(平成10年)12月には相対速度966 km/h、1999年(平成11年)11月には1,003 km/h、2004年(平成16年)11月には1,026 km/hを達成している。またトンネル区間を利用して、トンネル内の圧力変動や車両への影響を評価している。宮崎実験線では電力変換所は1箇所のみであったため、変換所間でのわたり試験は模擬的なものしか実施できなかったが、山梨実験線では2つの電力変換施設(所在地は1箇所)を設置しており、この間での列車の受け渡し実験を行っている。また複数列車の同時制御試験や実験センターに設置された待避線を利用した追い越し試験も行っている。
2005年(平成17年)3月には、国土交通省超電導磁気浮上式鉄道実用技術評価委員会により実用化のめどが立ったとの評価を受け、2007年(平成19年)1月には実験線の先行区間以外の区間(一般区間)への延長工事に着手した。
1998年5月より抽選による無料試乗会が不定期に行われていたが、技術開発や工事への専念を理由に2007年(平成19年)4月をもってこれを一旦終了した。9年間実施された試乗会では、関係者と一般あわせて14万人以上が参加していた。その後、2014年11月から体験乗車を再開した。
2006年(平成18年)4月27日、山梨実験線の全線(上野原市 - 笛吹市)を完成させることがJR東海から発表され、2008年5月30日に着工し、2013年8月29日から全線で走行試験が開始された。