拉致問題対策本部
2015年12月17日未明、拉致問題対策本部事務局に出向中の警察庁警備局の男性警部が、立川市の多摩都市モノレール立川北駅のエスカレーターで、20代女性のスカート内にスマートフォンを差し向けた盗撮容疑で、警視庁立川警察署によって東京都迷惑防止条例違反容疑で逮捕された。同署によると容疑を認め、「前の女性がスカートをはいていて、盗撮してみたいと思った」と話している。警部は酒を飲んで帰宅しているところだった。目撃者の男性に取り押さえられ現行犯逮捕された。
2012年には、職員が騙されて支出した200万円を捻出するため不正会計操作が行われていたり、三谷秀史事務局長代理と参事官との間の内扮で機能不全に陥っていたり、民間委託で利権が生まれているといった内容の内部告発が出た。