FC岐阜
チームスローガン:「躍動 -Aggressive-」
FC東京のコーチを務めていた安間貴義が監督に就任。元日本代表の本田拓也(山形)らを獲得し、大分から期限付き加入していた川西翔太が完全移籍加入で残留。また、不祥事で浦和を構想外となった柏木陽介が3月に電撃加入する。フロントの動きでは、3月1日にJトラスト執行役員の小松裕志が社長室GMに就任、9月18日には三浦俊也がチーム統括本部長兼テクニカルダイレクターに就任した。
前半戦を2位で折り返すも、後半戦は勝ち点を伸ばせず失速。第28節、八戸に敗れ、2試合を残して昇格可能性が消滅。2シーズン連続6位でシーズンを終えた。シーズン終了後、安間が監督退任を発表。また12月9日付で社長の宮田が代表権のない会長に退き、後任の社長にはGMの小松が就任した。
チームスローガン:「躍進 -Breakthrough-」
大木体制3年目。田中パウロ淳一が山口に移籍するなど主力選手が退団したものの、FC東京から元日本代表の前田遼一らを獲得し、期限付き加入していた北谷が完全移籍加入で残留。開幕から6戦は2勝2分2敗で、第6節終了時には11位だったが、第7節からの4連敗で一気に21位にまで降下、直後に1勝1分するものの、さらに6連敗し、第13節から最下位に低迷。第18節終了後の6月18日に、大木の退任、ならびに前讃岐監督の北野誠の後任就任が発表された。
夏の移籍期間では風間宏矢や山岸祐也らを放出する一方で、昨季J2で2ケタ得点を記録した馬場賢治(大分)、ジュニオール・バホス(甲府)を始め、當間建文、塚川孝輝(ともに松本)、横山知伸(前熊本)を補強したがチーム状況を上向かせることはできず、第40節で新潟に敗れたことによって、降格圏である21位以下が決定。この時点では、J3・藤枝の成績次第で残留の可能性があった が、11月16日に行われた第41節で甲府に1-3で敗戦し、J2最下位の22位が確定。J3で藤枝以外のJ2ライセンス未所持クラブの3位以下が確定していたため、クラブ史上初のJ3降格が決まった。
シーズン終了後、北野が契約満了により監督を退任した。
しかしこれがシーズン最高順位となり、第13節アウェー岡山戦での勝利の後、第14節から第31節までの18試合で僅か勝点8(1勝5分12敗)しか挙げられず、第20節から5連敗となった第24節の後の7月22日、ラモスが解任され、後任にヘッドコーチの吉田恵が昇格した。
監督交代後も連敗は7、連続試合未勝利は12まで伸び、第27節終了時には20位まで順位を下げた。吉田体制初勝利は第32節の愛媛FC戦で、リーグ戦では3か月ぶり、ホームゲームでは実に半年ぶりの勝利となった。第33節も勝利し、連勝したものの、第34節から5連敗。第38、39節終了後には第2節以来の最下位となる。しかし、第39、40節を連勝し19位に再浮上、第41節で敗れ20位となるが最終節の東京V戦に勝利し、12勝7分23敗の勝点43、2シーズン連続の20位でシーズンを終えた。
失点がJ2リーグワーストの71(次点は群馬の66)、敗戦数も23とワースト(次点は熊本、北九州の20)だったものの、得点がJ2リーグ12位の47で、勝利数も12位タイの12だった。
シーズン終了後、監督の吉田が退任した。
チームスローガン:「MOVing こころ、ひとつに。」
清水やブータン代表元監督の行徳浩二が監督に就任。
秋田英義、嶋田正吾、押谷祐樹(期限付き移籍期間満了で磐田に復帰)、新井涼平(北九州に完全移籍)、菅和範(栃木に完全移籍)らが退団。元日本代表の服部年宏(鳥取から完全移籍)、時久省吾(北九州から完全移籍)、関田寛士、地主園秀美らが加入。
シーズン開幕から7試合連続勝ちなし、第3節からは4連敗、第6節、第7節と最下位に沈む。第8節で北九州からシーズン初勝利を挙げて最下位を脱出。第10節から3連敗、第11節から第17節まで再び最下位。第18節で最下位から脱したが、J2・JFL入れ替え戦出場圏内の21位でシーズンを終えた。なお、2012年度のJFLでJ2入会基準を満たしたクラブが長崎(JFL優勝)のみであったため、J2に残留した。天皇杯は初戦で熊本に敗退。
8月には経営問題が深刻化し、今西和男が運営会社の代表を辞任。元岐阜県助役の薫田大二郎が後任代表に就任。
この年より松本および富山と組んでダービーマッチとして「TOP OF 北アルプス」を開始した。