ジェームズ・ステュアート (初代マリ伯爵)
1567年4月23日にボスウェル伯によるメアリー誘拐事件が起こり、5月15日に2人は結婚した。しかし、6月5日には反ボスウェル派の貴族たちの反乱が起こった。メアリーたちは260人の軍勢を率いて反乱軍と戦闘を開始したが、6月15日にはエディンバラ東部の町カーバリー・ヒルで、ボスウェル伯の自由な行動を約束するという条件で、2人は反乱軍に投降した。しかしこの時の使者、フランス大使デュ・クロはすでに反乱者たちと内通しており、わざと交渉を長引かせたという説がある。
7月26日、ロッホリーヴン城に幽閉されたメアリーの元へ数名の貴族がやってきた。彼らは、息子ジェームズ王子(スコットランドとイングランドの王ジェームズ1世)のために退位すること、ジェームズの教育を数名の貴族に任せること、マリ伯を摂政に任命すること、という3つの条件が記された文書に署名を要求した。彼らの一人、リッチオ殺害の実行犯の一人だったルースベンに、署名しないと命の保証はしないと脅迫されて無理やり署名させられ、メアリーは退位した。
ボスウェル伯は逃走後、ダンバー城に向かい、そこで以前からマリ伯の行動に不審を抱いていた貴族と合流し、小規模な軍隊ができあがった。しかし、枢密院では彼ら全員を反逆者とみなし、これによってボスウェル伯に味方した貴族も姿を消してしまった。
1562年2月8日に第3代マリシャル伯爵(英語版)ウィリアム・ケイスの娘アン・ケイスと結婚。彼女との間に以下の3子を儲けた。
第1子(長女)エリザベス・ステュアート(Elizabeth Stewart, 生年不詳-1591):2代マリ女伯を継承。2代ドゥーン卿ジェイムズ・ステュアートと結婚
第2子(次女)アナベル・ステュアート(Annabel Stewart, 生年不詳-1572年頃)
第3子(三女)マーガレット・ステュアート(Margaret Stewart, 生年不詳-1586年):第9代エロル伯爵フランシス・ヘイ(英語版)と結婚