NINJA GAIDEN
神聖ヴィゴル帝国の軍隊。傘下に特殊部隊MSATがあり侵入者であるリュウや地蜘蛛忍者の前に度々立ちふさがる。
マスクと黒フードとボイスチェンジャーによって正体を隠した、ヴィゴル帝国の謎の権力者。黒龍丸事件における黒幕で、完全に魔刀化された黒龍丸を奪取する機会をうかがっている。神聖皇帝が倒され、黒龍丸がリュウによって奪還されると同時に現れ、正体を明かす。
その正体はムライだが、これが「ムライの別の身分」または「ムライが本物の黒使大兄をなりすました」については語られていない。 魔神ムライ 黒龍丸を手にして、魔神化したムライ。本作のラストボス、片手で黒龍丸を使いこなし、黒龍を召喚する忍法も使用できる。
LB(ΣではL1)ボタンを押し続けることでガード状態に移行し、敵の打撃技を防御する。攻撃モーション中でもガード可能なタイミングであれば攻撃モーションをキャンセルしてガードする。打撃技でも「崩し」の性質を持つものを受けるとガード状態を強制的に崩され、場合によってはダメージを受ける。敵の「ガード不能技」「投げ技」はガードできず、そのままダメージを受けてしまう。戦闘において非常に重要な要素であり、ガードと後述する裏風を駆使して敵の攻撃を交わしながら、攻撃可能な隙を窺うのが戦闘の基本となる。
アシスト機能付きの新しい初心者向け難易度「ヒーローモード」が追加、隠し難易度である「NINJA DOG」への移行も可能。
一部の射撃武器はタッチ操作に対応。
忍法強化の操作は背面操作に変更。
新しい装備品が追加された、各難易度特定のステージをクリアすることで入手する。クリア特典扱いなので、周回プレイでも引き継ぎ可能。
3シリーズの姿「殺戮の凶手」が新規隠しコスチュームとして先行登場。レイチェルにも隠しコスチュームが追加された。
「伝説の忍者」以外の隠しコスチュームに能力補正効果が追加された。