ビッグコア
1面の隕石ステージのボス。隕石を身にまとって登場。最初は隕石が盾となりコアや遮蔽板を守るが、攻撃を続けると隕石が切り離される。主な攻撃は先端部分からの2門のレーザーだが、隕石を画面外から引きつけて攻撃したりしてくる。
最終ステージ「からくり城」内の中ボスのひとつとして登場。「ビッグコアMk-II」をSD化したもの。
2008年3月26日に追加されたバーサスミッションで登場する。基本的な攻撃パターンはオリジナルから大幅に変化していないが、軽やかな動きでプレイヤーを翻弄する。
ゴージャスモードのカナディアンロッキーステージのボスとしても登場し、専用カラーと操縦者が設定されている(詳細は後述)。
同作ではビッグコアとその系列艦は宇宙戦艦ではなく機動兵器と呼称されている。
4面の火山ステージのボス。大小2つの2機で一組となる。どちらも最初はY軸を個別に計算してレーザーで攻撃してくるが、どちらか1機が倒されると攻撃パターンが変化する。
大型機が残った場合は極太レーザー発射ののち前進しながらレーザー連射し再び極太レーザー攻撃で後退、のパターンの繰り返しとなる。小型機の場合はレーザーで数回攻撃→大量の小さい弾をばらまく、のパターンを繰り返す。大型機についている結晶のようなレーザー砲は壊せる。
FC版のステージ5の中ボス。ビッグコアを小型化した機体で、遮蔽板が無くコアは前方に露出している。三機同時に出現して破壊不可能な弾を一定間隔で撃ってくるが、破壊するとカプセルを出す弾も出し、自身も倒されるとカプセルを残す。BGMはビッグコアと同じ"Aircraft Carrier"。コズミックウォーズで、リトルコアとして出演した。
本作ではコアを破壊した後、コアのあった場所に接触すると戦艦の内部での戦闘に切り替わり、そのまま進むと最深部にはメインジェネレータのような物がある。これに自機がリップルレーザーのような物を照射すると新しい装備が追加される。内部の地形や敵の出現パターンはどの戦艦も同じ(『ネメシス'90改』では若干変わる)。
ステージ7の中間要塞。コアを3つ持ちディスラプトと似た外見をしている。コアを護る遮蔽板の上にそれぞれ電磁球を扇状に放つカバーが被さっていて長期戦は必至である。6門の通常弾砲台は破壊可能だが無限に再生する。
前半戦では電磁球の弾幕と通常弾をかいくぐり3つのカバーを破壊しなければならない。難易度NORMAL以上では上下の壁に向って重力が発生し、ビックバイパーが引き寄せられるため、回避行動が取りにくくなる。
後半戦ではキーパーズコアが動き始め、通常弾と自機後方からバウンドしてくる爆雷をよけつつ3つのコアを破壊することになる。爆雷は、キーパーズコアに衝突すると爆発するため、接近して撃ち込むことができない。また、ステージ途中にあった火柱を設置してくる。これは飛んできた爆雷を盾にして回避する必要がある。ある程度火柱を設置すると今度は画面左端へと突進してくるが、このときに最低でも一列分遮蔽板を破壊し、その隙間に逃げ込まないと押しつぶされる。
上下左右からの攻撃は苛烈で、通常弾の飛んでこない場所を見つけないと安定した突破は難しい。
ボスオンパレードの一番手として登場する。攻撃方法のパターンが増え、上下に動き、一定間隔で停止しながらレーザーを1回撃ってきて、ある程度レーザーを撃つと、前進して1回レーザーを撃っては後退する。 遮蔽板を破壊すると1周目から撃ち返し弾が発生する。
FC版では前作よりカセットの容量が増えたためデザインがAC版にかなり近くなったものの、こちらの方がやや大きく、遮蔽板が3枚しかない。
ステージ5のボス。外見は白とピンクの渦巻き模様のキャンディそのもので、周りを緑色のアメ玉が高速回転している。アメ玉の回転が止まると同時にコインを出す(このコインを取ると、ミッションのコイン獲得にカウントされる)。BGMはビッグコアの「Aircraft Carrier」。