新潟車両センター
前身の上沼垂運転区に485系が初めて配置されたのは国鉄時代末期の1986年11月ダイヤ改正時であり、青森運転所、秋田運転区、勝田電車区、向日町運転所から転入した計72両が特急「白鳥」「雷鳥」「北越」の一部を受け持った。その後1996年度から翌年度にかけて南秋田運転所から「いなほ」用6両編成が転入した。その後1997年の北越急行ほくほく線開業時に伴い、3000番台9両編成のR1・R2編成が登場し、「はくたか」の一部を受け持った。
車両は各地から転属してきたため一時期はボンネット型の先頭車を含む0番台から北海道向けの1500番台までさまざまな形態の車両が在籍していた。2013年にE653系の導入が始まる前の時点では300・1000・1500番台6両編成10本(T11-18編成/K1・2編成)、3000番台6両編成7本(R21-23・25-28編成)と増結車が配置されていた。T11 - 15・18編成とR編成は主に「いなほ」「北越」用、T16・17編成は主に「くびき野」用、K1・2編成は主に「ムーンライトえちご」用であった。 R26・27編成は、かつて特急「はくたか」用であったR1・2編成を先頭車1両の半室をグリーン車に改造の上で9両→6両に再組成したものである。両編成とも北越急行ほくほく線入線のために装備したATS-P形を引き続き装備している。また、JR羽越本線脱線事故で大破し廃車となったR24編成補完のため、この編成短縮化により余剰となった電動車ユニットと青森車両センターからの転入車4両でR28編成を組成した。
「新ニイ」...新潟支社を意味する「新」と、新潟を意味する「ニイ」から構成される。