長い末端反復
TAR(トランス活性化応答エレメント(英語版))はウイルスタンパク質との相互作用を通じて、転写活性化における欠かせない役割を演じる。26塩基対からなり、二次構造にバルジを持つ安定性の高いステムループ構造を形成しており、これがウイルス転写活性化タンパク質Tatとの接点となる。
Poly Aは開裂とポリアデニル化に必要で、二量化(英語版)とゲノムパッケージングの両方において働く。開裂プロセスが効率的に進行するには上流領域(U3領域)と下流領域(U5領域)が必要であるという報告もある。
PBS(プライマー結合サイト(英語版))は長さは18ヌクレオチドで、逆転写開始に必要なtRNAプライマーに結合する特定の配列を持っている。
Psi(Ψ、Psiパッケージングエレメント(英語版))はウイルスゲノムのカプシドへのパッケージングに対する調節に関わるユニークなモチーフである。四つのステムループ構造から成り、二つ目のステムループに主要スプライシングドナーサイトが埋め込まれている。
DIS(二量化開始サイト)は多くのレトロウイルスのPsiパッケージングエレメントのSL1ステムループからなる、よく保存されたRNA-RNA相互作用配列である。