南流山駅
島式ホーム1面2線を有する地下駅である。改札は1か所で、出入口はA1、A2およびA3の3か所ある。武蔵野線に乗り換える際は改札正面にあるA1出口が便利である。
当駅にはすべての種別の営業列車が停車する。北千住駅 - 守谷駅間の途中駅では唯一の既存駅併設であり、開業時にJRの駅がすでに存在していた。なお、同区間の乗換駅としては他に流山おおたかの森駅があるが、こちらはつくばエクスプレス開業と同時に東武野田線の駅も併せて新設開業している。
混雑緩和と利便性の向上のため2011年(平成23年)6月からホーム延伸工事が行われ、2012年9月23日始発から供用開始した。具体的には前後約40 m(2両分)ずつホームを延伸し、上下線の列車停止位置をずらすことで混雑緩和を図った。