オオコウモリ
Pteropodinae亜科 クロハラフルーツコウモリ属 Melonycteris Pteropodini族 スンダオオコウモリ属 Acerodon キツネオオコウモリ属 Pteralopex オオコウモリ属 Pteropus – オガサワラオオコウモリ、オキナワオオコウモリ、クビワオオコウモリ など ストライプフルーツコウモリ属 Styloctenium
Rousettinae亜科 Eonycterini族 ヨアケオオコウモリ属 Eonycteris Epomophorini族 ケンショウコウモリ属 Epomophorus オナシケンショウコウモリ属 Epomops ウマヅラコウモリ属 Hypsignathus コケンショウフルーツコウモリ属 Micropteropus フェルトカンプコフルーツコウモリ属 Nanonycteris 族 incertae sedis Pilonycteris属 Myonycterini族 アフリカシタナガフルーツコウモリ属 Megaloglossus クビワフルーツオオコウモリ属 Myonycteris – サントメクビワフルーツオオコウモリなど Plerotini族 アンシエタフルーツコウモリ属 Plerotes Rousettini族 ルーセットオオコウモリ属 Rousettus Scotonycterini族 アルギンフルーツコウモリ属 Casinycteris ポールフルーツコウモリ属 Scotonycteris Stenonycterini族 Stenonycteris属
Incertae sedis オナガフルーツコウモリ属 Notopteris Mirimiri属 コバフルーツコウモリ属 Neopteryx Desmalopex属 †Turkanycteris属 Macroglossini族 シタナガフルーツコウモリ属 Macroglossus ハナフルーツコウモリ属 Syconycteris
6亜科46属に分類される。和名は川田ほか(2018)による。
オオコウモリ科 Pteropodidae
Cynopterinae亜科 ヒメフルーツコウモリ属 Aethalops ケナガフルーツコウモリ属 Alionycteris ホシバネフルーツコウモリ属 Balionycteris ズグロフルーツコウモリ属 Chironax コバナフルーツコウモリ属 Cynopterus ダヤクフルーツコウモリ属 Dyacopterus ローレンスフルーツコウモリ属 Haplonycteris サリマリフルーツコウモリ属 Latidens オナシフルーツコウモリ属 Megaerops ルソンテングフルーツコウモリ属 Otopteropus ルーカスコバナフルーツコウモリ属 Penthetor ビロードフルーツコウモリ属 Ptenochirus ブランフォードフルーツコウモリ属 Sphaerias スウィフトフルーツコウモリ属 Thoopterus
Eidolinae亜科 ストローオオコウモリ属 Eidolon
Harpyionycterinae亜科 ニューギニアフルーツコウモリ属 Aproteles Boneia属 ケナシフルーツコウモリ属 Dobsonia - ネグロスケナシフルーツコウモリなど ハルピュイアフルーツコウモリ属 Harpyionycteris
Nyctimeninae亜科 テングフルーツコウモリ属 Nyctimene ニューギニアヒメテングフルーツコウモリ属 Paranyctimene