比較ゲノミクス
比較ゲノミクスでは、異なる生物の遺伝子や調節領域の相同性から、それらに対して選択がどう働いたかが推定される。それらが保存されるような選択が働いたならば配列類似性が高く、変化するように選択されたならば配列類似性は低くなるはずである。また全く選択が働かなかったならば保存されない(中立)。
相同性のある遺伝子は、共通の祖先遺伝子から分化したと推定される。1つの生物にこのような遺伝子が複数(機能的にはある程度異なる)ある場合、このような遺伝子を互いにパラログという。一方、別の生物にあり相同性があって機能的にも対応する遺伝子、つまり種の分化とともに分かれたと考えられる遺伝子の組み合わせをオーソログという。2つの生物種に共通のパラログの組み合わせがあれば、種の分化以前に遺伝子の分化が起きたことになり、これらの関係から、遺伝子の分化と種の分化の時間的関係を推定することが可能である。ただし進化過程での遺伝子の消滅や機能の変化により、オーソログとパラログの区別を誤るなどの可能性があるので、注意が必要である。この点を確実にするためにも、多数の生物種のゲノムを比較することが役立つ。