六本木駅
直営駅。単式ホーム1面1線が二層構造になった2面2線の地下駅である。改札は地下1階、ホームは地下5階(外回り)と地下7階(内回り)にある。
駅名標下部には「東京ミッドタウン前」のプレートが設置されており、到着時の車内広告放送でも「東京ミッドタウン前です」と案内されるが、副名称の扱いではない。
当駅は「4心円駅シールド工法」(H&Vシールド工法・Horizontal variation & Vertical variation)によって建設された。二層構造になった理由は、(六本木駅を北端とする)麻布方面の線形を考慮した結果である。そのため、下部の内回り(1番線)ホームは、日本の地下鉄の鉄道駅では最深となる地下42.3 mに立地している。上部の外回り(2番線)ホームは地下32.8 mである。東京都交通局の資料において、「駅の深さ」とは駅中心位置の地表からホーム面までの距離を示す。
5・6番出入口は東京都交通局が建設しており、裏側に管楽器の管の形状がデザインされている。
7番出入口も東京都交通局が建設して大江戸線専用となっていたが、2007年3月30日に東京ミッドタウンが開業した際に、日比谷線改札口と大江戸線改札口を連絡する地下自由通路と8番出口の新設により共用され、改築された。なお、東京ミッドタウン建設前は、7番出口の近くに公衆トイレが設置されていた。
1974年(昭和49年)の大江戸線免許申請時点では、西側の東京都道319号環状三号線の地下を通って日比谷線とは離れた六本木トンネル付近に大江戸線当駅を建設する計画であったが、小型地下鉄規格への見直し時に日比谷線と乗り換え駅とすることで乗客増加に繋がることから、外苑東通り地下を通る現在ルートに変更したものである。