みどり (列車)
なお、2001年に佐世保市において、翌年の市制100周年に合わせて列車名を九十九島(くじゅうくしま)に改称しようという市民運動が起こり、市内を中心に収集された署名がJR九州に提出された。この改称自体は実現していないが、2013年5月6日に本来「みどり」として上り2本運行される予定だった臨時列車が、下り1本を追加の上で両方の名前を重ねた「九十九島みどり」の列車名で初めて運行された。これ以降「有田陶器市みどり」以外の臨時列車はすべて「九十九島みどり」として運行されている。ちなみに「九十九島」の名前で運行された列車は、1962年8月から博多駅 - 佐世保駅間を筑肥線・松浦線平戸口駅経由で運行開始した準急列車がある。同列車は、その後1963年6月に大村線経由で長崎駅発着に延長、1966年3月に急行に格上げされ、1968年10月に「平戸」に改称された。
2022年9月23日のダイヤ改正では、西九州新幹線開通により、一部の「みどり」が武雄温泉駅で新幹線「かもめ」と対面接続を行うことになり、該当する列車は「みどり(リレーかもめ)」の列車名で運行している。
なお、九州新幹線西九州ルートの新鳥栖駅 - 武雄温泉駅間については整備手法が定まっていない。長崎県などは全線フル規格整備を要望しているが、佐世保市からは「武雄温泉 - 新鳥栖間が並行在来線として経営分離された場合、(博多駅に直通する)『みどり』の運行が維持されない可能性がある」との懸念の声がある。
1990年(平成2年)3月10日:「オランダ村特急」と「有明」11号との連結運転区間が鳥栖駅まで延長する。
1990年前後に、JR九州保有の485系は自社のコーポレートカラーである赤色に塗装された。そのため、「みどり」という愛称でありながら赤い車体塗装を行った「赤いみどり」が登場することとなった。その後、塗装変更を行うこととなり、緑のラインを入れたりしていた。この車両は「MIDORI EXPRESS」というロゴをあしらった「みどり」専用車両となった。
1992年(平成4年) 3月24日:「オランダ村特急」が廃止される。 3月25日:新たに博多駅 - ハウステンボス駅間を485系電車で運転する特急「ハウステンボス」が運転開始し、博多駅 - 早岐駅間は「みどり」と連結する運用となる。これにより、列車によっては「かもめ」・「ハウステンボス」との3階建て列車を組むことになった。電車特急による3階建て列車は日本初であった。
1996年(平成8年) 3月16日:「みどり」が1往復増発され、15往復になる。また、一部の単独運用列車で「ハウステンボス」編成の併結を開始。 7月 - 10月:有田町・西有田町で行われた世界・焱の博覧会に合わせて、臨時特急「炎博号」を博多駅 - 早岐駅間で運行。