進化心理学への批判
進化心理学の理論的仮定が真実であることが判明したとしても、それでもその実践を危うくする方法論的問題につながるという主張もある。 分離・粒度問題は、進化心理学の適応機能の不確定性についての方法論的な課題を生み出すと主張されている。つまり、「特定のメカニズムのもつ機能は何か?」という質問に対してありうる複数の回答群から正しく選択することが不可能ということである。
分離問題 (disjunction problem) は、ある機構があるもの(F)に応答しているように見えるが、別のもの(G)とも相関している場合に発生する。 Fが存在するときはいつでも、Gも存在し、その機構はFとGの両方に応答するとする。この適応機能をF 、 G 、またはその両方に関連するものとして特徴付けられるかを決定することは困難である。 「たとえば、カエルの事前捕獲メカニズムは、ハエ、ミツバチ、餌のペレットなどに反応する。その適応は、ハエ、ミツバチ、フリービー、ペレット、これらすべて、それとも一部だけに関係しているのだろうか?」
粒度問題 (grain problem) は、適応的な精神メカニズムがどのような環境の「問題」を解決したのかを知る上での課題を指す。
ヘビへの恐怖など特定の恐怖症が先天性だという主張に対し疑問が投げかけられている。しかし最近の証拠は、ニホンザル、そしておそらく他の霊長類は、ヘビに事前にさらされていなくても、ヘビの姿に非常に迅速に反応するヘビ検出(英語版)の脳モジュール(優先的な内側および背外側の視床枕のニューロン)を持っていることを示唆している。
同性愛や自殺などの「非適応的」行動は、生殖の成功率を低下させるため、進化心理学に課題をもたらす。進化心理学者は、同性愛者の男性の女性の親族の出生率が高くなることで潜在的な同性愛者の遺伝子が進行する可能性があるまたは通常は生殖の成功を高める適応行動の副産物である可能性があるという説明を提案している。ただし、Conferらによるレビューでは、それらは「現在の進化心理学的説明では、少なくともいくらかは説明できないままである」と述べている。