岡田以蔵
賀川肇は、公家千種有文の家臣で、安政の大獄の折、島田左近らに協力して志士弾圧に加わったことで狙われた。浪士が自宅に踏み込んできたとき賀川は二階へと逃げ込み隠れていたが、運悪く帰宅した幼い子供が浪士たちに捕われ厳しい詰問を受けるのを見て自ら階下へ降りたところを斬首された。この事件については一般に薩摩の田中新兵衛の犯行であるとされるが、以蔵も田中と共に加わっていたとする説もある。また一方では、姫路藩の萩原虎六らによるとする異説もある。
以上9件について、以蔵が関わったとする説が存在する。しかしながら研究者の間では、「この全てについて必ずしも関与していないのではないか」とする説も存在する。一方で、「暗殺が横行した文久2年-元治元年の間には未だに誰の手によるものか判らない(斬奸状により、尊王攘夷派であることだけ判っているものもある)暗殺事件も多く、そうした中にも以蔵が関わった事件があるのではないか」との見方もある。
文久2年(1862年)10月から、右近衛権少将となった姉小路公知、正使三条実美ら攘夷督促勅使一行の護衛として京都から江戸へ向かった。なお姉小路公知は京都へ帰還後の文久3年5月、朔平門外の変にて暗殺されている。
渡辺金三郎(わたなべ きんざぶろう)、森孫六(もり まごろく)、大河原重蔵(おおがわら じゅうぞう)、上田助之丞(うえだ すけのじょう)の4人はいずれも京都町奉行所与力と同心で、やはり安政の大獄で長野主膳、島田左近らと共に志士摘発を行っており、宇郷や文吉に対する天誅後、標的とされることを避けるために京都から江戸へと転任するところであった。彼らが石部宿まで来た夜、30名を越す浪士の一団が宿場を襲い、人々が騒然とする中、4名は殺害された。捨札には憂国の志士を多数捕らえ、重罪に処したことに対する天誅であると書かれていた。この襲撃には土佐、長州、薩摩、久留米の4藩から複数の志士が参加していたとされる。武市が書き遺した『在京日記』に土佐からの参加者12名が記されているが、以蔵はその中に入っていない。しかし一般には、この襲撃に彼も加わっていたとする見方もある。
本間精一郎は越後国出身の勤皇の志士の1人であったが、特定の藩に属しない論客であったため、その態度を浮薄と見た各藩の志士から疎まれ始めていた。そこへ青蓮院宮と山内容堂との間で、攘夷督促勅使を巡る争いが持ち上がり、前者を推進する本間と後者を推す勤王党の間で対立が起きたとも、本間が幕府と通じているのではないかと疑われたとも言われる。『伊藤家文書』によると当日、本間は料亭から酔って退出したところを数人の男に取り囲まれて両腕を押さえつけられ、刀と脇差を取り上げられながらも激しく抵抗して格闘し数名を怯ませたものの、わずかな隙にわき腹を刺され、瀕死のところに止めをさされて斬首された(但し異説もあり、屋内にいた人物が本間と刺客が刀で打ち合う「炭をぶつけ合うような」音を聞いたという証言もある)。本間も殺害されたあと、高瀬川へと投げ込まれた。このときの実行犯は以蔵をはじめ、平井収二郎・島村衛吉・松山深蔵・小畑孫三郎・弘瀬健太・田辺豪次郎、そして薩摩の人斬りこと田中新兵衛であった。