消光
エネルギーがドナーとアクセプター間で非輻射的に(フォトンの吸収や放出を伴わずに)移動する機構はいくつかある。フェルスター機構(FRETまたはFET)は、ドナーが励起状態である間にエネルギー移動が起こるもので、それゆえ動的な消光機構である。FRETはドナーとアクセプターの遷移双極子間の古典的な双極子-双極子相互作用に基づき、ドナー-アクセプター距離Rに大きく依存しており、1/Rに比例して減衰する。FRETは、ドナーとアクセプターのスペクトルの重なりと、ドナーとアクセプターの遷移双極子モーメントの相対配向にも依存している。FRETは距離が100 Å以下で起こる。
フェルスター機構
ドナー発光と消光剤吸収のスペクトルの重なり
残りのエネルギー移動機構は静的消光である。静的消光はレポーター-消光剤プローブにおいて支配的な機構である。動的な消光とは異なり、静的消光はドナー分子とアクセプター分子が基底状態である場合に起こる。ドナー分子とアクセプター分子は互いに結合し、非蛍光性でユニークな吸収スペクトルを持つような分子内ダイマーである基底状態錯体を形成する。色素の凝集は疎水的な効果による。つまり色素分子が互いに積み重なり、水との接触を最小限にする。高温と界面活性剤の添加は基底状態錯体の形成を阻害する傾向がある。