満洲還付条約
1903年5月14日、清国がロシアの要求を拒否すると、6日後の5月20日(露暦4月13日)、帝政ロシアの大臣たちは満洲北部の占領を継続するという結論に至り、満洲還付条約の破棄を決定した。
日本国内では、満洲撤兵が予定通りなされず、かえってロシアの軍備は増強され、さらに撤兵条約が反故にされるに至って、ロシアに対する不安が憎悪と敵意に変わり、6月には七博士意見書の提出、8月には対露同志会の結成など開戦論の動きがにわかに顕著になった。マスメディアの報道にも楽観論は消え、日英同盟無効果論があらわれたり、ロシアへの不信感を煽るようなユダヤ人虐殺の報道もなされるようになっていた。清国内でも、ロシアに対する非難の声が高まった。日本に留学していた中国人留学生たちのあいだでロシアに対する抵抗組織がつくられ、「拒俄義勇隊」と名づけられた。
6月13日、ベゾブラーゾフは鴨緑江木材会社を設立した。8月12日には、皇帝の専断により、蔵相・陸相および外相のあずかり知らぬところで旅順(ポート・アーサー)に極東総督府が設置され、「ベゾブラーゾフの徒党」に属するエヴゲーニイ・アレクセーエフ関東州駐留軍司令官(兼ロシア太平洋艦隊司令長官)が極東総督(ロシア語版)に任じられた。8月28日にウィッテが失脚すると、ベゾブラーゾフは日本との戦争を防ぐためには、さらなる極東軍備の拡張が必要であると唱えたが、クロパトキン陸軍大臣はこれに反対し、皇帝はここではクロパトキンを支持した。ニコライ2世自身は日本との戦争は望まなかったが、その無定見さによりロシアの極東政策は混乱の度を深めた。1903年10月8日は本来は第3次撤兵の期限であったが、ロシアはそれを無視して奉天城を占領した。日露戦争の危機はすぐ目の前に迫っていたのである。
一方、北清事変の和平交渉は1900年10月に始まって、その年の12月30日に妥結した。その結果、戦争の事後処理は、あくる1901年の9月7日に清国と11か国とのあいだで調印された北京議定書(辛丑条約)によって行われることとなった。議定書の内容は、清国にとって苛酷なものであったが、窮地に陥った清国の内情が知られるにつけ、列強の側も清国に対する圧迫を手控え、清国政府の主権と領土を支持するなかで自国の権益を守るような姿勢へと態度を修正していった。北京議定書の調印によってロシアとしても満洲占領問題について何らかの決着を図らなければならなくなった。清国にあっても議定書調印により従来の清朝支配体制が従来通り維持されることとなったため、外国との関係は徐々に回復しつつあり、清国としてはこの安定状態を維持することが最優先となった。
1901年10月5日、ロシア駐清公使レサールは清国に対し、撤兵に関する新提案を提起した。それは3年間で完全に全満洲から兵を引き揚げるという内容に付帯条件のついたものであったが、以前よりは条件がいくらか緩和されていた。しかし、これらの条件によって満洲が軍事的にロシアの統制を受けることは明白であった。外相となった小村は、駐清代理公使の日置益に電訓を発令し、清国に対して重要な交渉を開始する場合は日本政府に知らせ、相談すべきことを慶親王に伝えた。10月21日には、慶親王に対し、今回の提案は以前のものよりだいぶ改善されているとはいえ、なお清国の主権を損ね、自衛手段を奪う条項を含み、改変を要することを伝えた。
イギリス政府はこれを受けて、ロシアが北京議定書で定めた賠償金以上の額を清国から得ようとするのは、諸国協定の趣旨に背くとしてロシアを批判し、清国に対しては、清が露清銀行に特権を与えるならば、イギリスとしても同等の利権を要求する旨通告した。アメリカ合衆国政府もまた、露清交渉には憂慮の念をいだいているとして両国政府に対し強い抗議の意思を表明し、特に清国が商工業の専占権を許与することは条約上の義務を無視するものであるとして警告を発した。
列国の反響に背中を押された慶親王は内田公使に対し日本の好意に謝意を示し、毅然としてロシアの要求を受け入れないという態度に転じた。レサールもこれにはなすすべがなく、2月8日、あらためて提案しなおした。日英同盟締結後は、慶親王はこれに大きな力を得て、露清銀行契約案には調印しないことを再び明言した。以後、レサールと慶親王は数次にわたって交渉を重ね、ロシア側は徐々に軟化の姿勢をみせた。レサール公使は3月16日にはさらなる修正案を提示し、撤兵期限に関する主張も1年半に改め、他の点についても概ね慶親王の求めるところを受容する態度を示した。慶親王はその都度日本と協議の場を設け、さらに若干の修正をロシアに求めて3月末にはおよその妥協が成立した。他方、日本政府もイギリスなどとの協議をおこなった。