千葉ニュータウン鉄道
その後、特殊法人等改革基本法に基づき2004年に都市基盤整備公団が(法人形態としての)公団から独立行政法人(都市再生機構)に組織移行するにあたり、公団線の輸送人員が当初の予想を下回る状態が続き厳しい経営状況が続いていたことを踏まえ、公団線を他の事業主体に譲渡し鉄道事業から撤退することを決定。北総開発鉄道の親会社でもある京成電鉄が2004年3月に受け皿となる「千葉ニュータウン鉄道株式会社」を設立し、都市基盤整備公団及び千葉ニュータウン鉄道が国土交通大臣に対し鉄道事業法第26条に基づく鉄道事業の譲渡譲受認可を申請。同年6月22日付で認可され、公団の事業終了翌日の2004年7月1日をもって千葉ニュータウン鉄道の保有する路線となった。譲受金額は193億円。
その後、2010年に京成電鉄が成田空港線(成田スカイアクセス線)を開通させるのにあたり、京成電鉄も千葉ニュータウン鉄道区間の第二種鉄道事業の免許を取得。これにより、現在の主な収入源は第二種事業者である北総鉄道・京成電鉄から入る線路使用料となっている。この年間線路使用料が京成の3億7535万円に対して、北総鉄道は25億2714万円になっているために北総線(千葉ニュータウン鉄道区間を含む)の運賃高止まりにつながっているのではないかと問題視する意見もある。