森友学園問題
そして佐川理財局長は、その細かい交渉記録が残っているかを確認することを拒んでいる。また、細かい記録の情報開示にあまり前向きでない姿勢が発言から読み取れる。
2017年4月5日、背任容疑で財務省近畿財務局の職員が刑事告発され、大阪地検特捜部はそれを受理する。
2017年3月に参議院から森友学園への国有地売却に関する会計検査を要請されていた会計検査院は、4月下旬に財務省近畿財務局から提出された「貸付決議書」と国土交通省から提出された「貸付決議書」の内容が違うことに気付いた。会計検査院が財務局に照会したところ、「財務省が提出したものが決議書であり、国土交通省から提出されたものはドラフト(草稿)である」との説明を受ける。そして会計検査院は、財務省近畿財務局から提出された貸付決議書を正本として扱い、また、問題にしなかった。
2017年5月19日、NPO法人「情報公開クリアリングハウス」は、情報公開をめぐる訴訟の証拠として東京地方裁判所に森友学園の国有地取得に関して財務省に残る交渉記録の電子データについて証拠保全の申し立てを行う。
2017年7月5日、太田充が理財局長になる。佐川宣寿は国税庁長官になる。
2018年3月2日、朝日新聞は、財務省が作成した土地取引に関わる決裁文書が契約当時の文書と国会議員らに開示した文書とで内容が異なることを一面トップで伝え、「学園側との交渉についての記載や、「特例」などの文言が複数箇所でなくなったり、変わったりしている」とし、文書が「(森友学園)問題発覚後に書き換えられた疑い」があると報じた。
安倍総理や内閣が財務省に指示をして"書き換え"させたのではないかとマスコミや野党は疑った。
翌2018年3月26日、安倍晋三は、昭恵が過去に森友学園の名誉校長へ就任したことを擁護する趣旨で「妻が名誉校長を務めているところはあまた(数多)ある」と述べた。
しかし、2日後の3月28日、その「名誉校長」を務めた具体例について日本共産党の書記局長であった小池晃が質問すると、晋三は「森友学園のほかには『加計学園』の認可外保育施設の合計2例だけであった」ことを明かした。また晋三は「昭恵が務めていた『名誉職』は合計55例あった」と釈明した。