日本・オーストラリア経済連携協定
一方で、日本の農業・酪農業に重大な影響が懸念されている。特に、北海道の農業・酪農が受ける影響は大きいとの予測もされており、北海道庁の試算によれば、協定が締結されて農産物の関税が撤廃された場合、北海道内の損失が約1兆3700億円に上るとされる。試算として道は主要生産物である牛肉、乳製品、小麦、砂糖の4品目で影響を検討。農家への交付金など新たな財源約4300億円が確保できない。その場合の損失額は、下記のグラフの通りと試算されている。但し、この試算は関税をすべて即時完全撤廃することを前提としたものである。
この結果、約8万8000人が失職すると主張している。
北海道庁や農業・酪農関係者はこのFTAについて、北海道拓殖銀行の破綻をはるかに上回る経済的打撃であり、道酪農・畑作地域のみならず道内全域の経済の失速・社会の崩壊につながるとして批判を強めている。また、道財政の税収が激減することも予想され、道財政の破綻・再建団体転落の可能性も指摘されている。
しかし、牛肉で特恵的な関税の引下げが初めて行われたものの、長期間の関税率削減期間や輸入数量を限定する特別セーフガードが設定されたことから、麦や乳製品等の自由化は国内市場への影響が限定的であるとの見方も存在する。
自民党は、締結に積極的な姿勢を示していたが、自民党内でも北海道選出の国会議員および道議は慎重な姿勢を示しているとされた。2014年3月26日において、自民党政権は、「牛肉関税を20%台まで引き下げる」譲歩案を提示し、早期妥結を目指すことで合意したと報じられていた。