ゾイド
2004年からはテレビ東京によるテレビアニメが再開。『ゾイドフューザーズ』、翌2005年には完全な新作の『ゾイドジェネシス』を軸にした商品展開を開始。
2006年3月1日にトミーはタカラと合併。同年4月からは「ネオブロックス」を展開し、他にも新動力機構を備えたゾイドエヴォドライブをゴジュラスとレッドホーンの2種類をリリース。さらにタカラトミー初のオンラインゲームでもある「ゾイドオンラインウォーズ」の運営を開始。同年11月からはコトブキヤとのコラボレート企画として1/72スケールプラモデルシリーズの「ゾイド ハイエンドマスターモデルシリーズ」(以下HMMシリーズ)の展開が開始された。その後、ゾイドは前年開始したネオブロックス、ゾイドオンラインウォーズが終了した。
タカラトミーはここまで(1999年〜2006年)を「第2期」と呼んでおり、国内・国外を合わせた累計出荷数は2500万個以上である。
2005年に発売された組立てを簡略化されたシリーズ。3種類。
トミーから発売されたゾイドジェネシスの食玩。ゾイドフィギュアとラムネ菓子のセットで、ハヤテライガー、デッドリーコング、バイオメガラプトル、ソウルタイガーの全4種類。
2012年にはタカラトミーの子会社であるトミーテックブランドより1/144スケールのプラモデルシリーズ「モデラーズスピリットシリーズ」を展開するも8製品の製品化をもって2014年にシリーズ終了(一部の製品は開発予告されていたが販売中止)。公式サイトでは、「第一期シリーズ終了」とされているが、現在までにシリーズ関連の動きは無い。
2013年3月からはゾイド30周年を記念して、『ZOIDS concept art』の世界観を基軸にした「ゾイドオリジナル」をキット展開するが、これも4製品が販売されたのみで翌2014年3月で終了。
2015年には旧・タカラ主導であったトランスフォーマー マスターピースとのコラボレーションとして「ZOIDSマスターピース シールドライガー」と「同セイバータイガー」が発表、2016年3月に発売された。また、concept artの世界観をモチーフとしたゲームとして、ZOIDS Material Hunters(2015年5月〜2016年6月)とZOIDS FIELD OF REBELLION(2017年4月〜2018年7月)も配信していたが、どちらも1年程度でサービス終了となった。
シリーズ第3期のゾイドワイルドシリーズで登場した「リアルムービングキット」は1/35スケールで展開されている。
threezeroより2013年から発売されたゾイドの完成品トイ。デザインは『ZOIDS concept art』版を踏襲している。
ゾイドコレクションと連動した移動要塞シリーズ。ホエールキング、ホバーカーゴ、ドラグーンネストの3種類がリリースされた。