応天門の変
善男への取調べがいつ再開されたかは不明であるものの、否定を続ける善男に対し「伴中庸が自白した」と偽りを言って自白を迫ったところ、善男は観念して自白したという。
9月22日に朝廷(太政官)は伴善男らを応天門の放火の犯人であると断罪して死罪、罪一等を許されて流罪と決した。首謀者として、伴善男は伊豆国、伴中庸は隠岐国、紀豊城は安房国、伴秋実は壱岐国、伴清縄は佐渡国への流罪となった。また首謀者の親族8名も連座して流罪となった。また、大宅鷹取父娘の殺傷については引き続き審理が続けられ、生江恒山ら2名が処罰を受けたのは10月に入ってからであった。この処分から程無く源信・藤原良相の左右両大臣が急死したために藤原良房が朝廷の全権を把握する事になった。
この事件の処理に当たった藤原良房は、伴氏・紀氏の有力官人を排斥し、事件後には清和天皇の摂政となり藤原氏の勢力を拡大することに成功した。藤原氏の勢力削減を図った伴善男であったが、結果として伴氏らが一掃され藤原氏の権勢が増す事となった。このため、藤原氏による伴氏追い落としのための陰謀とする見方が強いが、鈴木琢郎のように実際に伴中庸の独断による犯行で父である善男は無関係であったが、清和天皇によって善男も同罪とされたのではないかとみる説もある。