二級水系
二級水系に係わる河川は、都道府県によって指定される際は支流等も含め原則(後述)として二級河川であり、都道府県知事(都道府県)が指定管理する。日本には2014年4月30日現在二級水系の数が2,711あり、その河川数は7,078となる。管都市部や源流部の小河川などでは、河川法での未指定部分を市町村長が準用河川に指定して管理したり、どこも指定管理しない場合は河川法の適用を受けない普通河川として扱われたりすることもある。一方で国や都道府県が指定管理していた河川が、河川法の指定はそのままに管理権限のみ地元自治体へ移譲される事例もある。
尚、二級水系であっても隣接する一級水系と不可分な河川整備が必要と特に認められた場合は、国土交通省による直轄管理も行われる場合もある。一例として島根県の神戸川水系が、1976年(昭和51年)より『斐伊川・神戸川水系河川整備計画』に基づき国土交通省による河川整備が進められていた。但し2006年8月1日付けで神戸川水系は斐伊川水系に編入されて二級水系としては消滅し、現在国土交通省が管理を行う二級水系は無い。
二級水系より重要な水系は一級水系とされ、原則として国の管理下におかれる。全国に109水系存在する(詳細は一級水系の項を参照)。また、一級水系、二級水系以外の水系は単独水系と呼ばれる。