ジョン・ポープ
リーは残りの部隊を連れてポープ軍に向けて前進し、ジャクソンは北に回ってポープ軍の主要物資基地マナサス駅を占領した。ポープは混乱し、南軍主力の位置を掴めないままに第二次ブルランの戦いの罠に踏み込んだ。1862年8月29日の戦闘は、ポープ軍がジャクソンとリーの複合攻撃を耐えたが、翌日、ジェイムズ・ロングストリート少将が北軍の側面を急襲し、北軍は完璧に打ち破られて退却を強いられた。ポープは軍隊において不人気だったが、フィッツ・ジョン・ポーター少将の命令不服従に敗北の責任を取らせたことで、その人気はさらに悪化した。ポーターは軍法会議で有罪とされ、面目を失った。
ポープ自身は1862年9月12日に指揮官職を解かれ、その軍隊はポトマック軍と合流してマクレランの指揮下に置かれた。ポープは南北戦争の残り期間、ミネソタ州の北西方面軍で過ごした。
1862年、条約保障されたはずの年金(食糧)が支給されず、保留地で飢餓状態となったミネソタ州のダコタ・スー族インディアンが、年金支払いを求めて暴動を起こした(ダコタ戦争)。ポープはエイブラハム・リンカーンからダコタ族の暴動弾圧の命を受け、リンカーンに代わって以下のように宣言した。
ポープは白人民兵を率いて、ダコタ族を徹底武力鎮圧した。12月26日、「反逆者」のダコタ族のうち、38人が特別誂えの絞首刑台で一斉に「吊るされ」、絞首刑執行された。ポープのこの西部における歴史に残る虐殺作戦行動は大きな手柄となってリンカーンを喜ばせ、1865年1月30日にミズーリ師団の指揮官に任命され、および3月13日にアイランドNo.10での功績に対して正規軍の少将に名誉昇進したことで報いられた。
ポープはケンタッキー州ルイビルで、初期イリノイ準州では著名な連邦判事であり、弁護士エイブラハム・リンカーンの友人でもあったナサニエル・ポープの息子として生まれた。 軍人のマニング・フォースとは義兄弟でありリンカーンの妻メアリー・トッド・リンカーンとは義理の又従姉妹であった。 1842年に陸軍士官学校を卒業し、地形工兵の名誉少尉に任官された。 初めはフロリダ州で勤務し、続いてアメリカ合衆国とカナダの北東部国境の測量に貢献した。米墨戦争ではザカリー・テイラーの下で、モンテレーの戦いやブエナ・ビスタの戦いに従軍し、それぞれ中尉と大尉に名誉昇進した。 米墨戦争の後はミネソタ州で測量士として働いた。1850年、ミシシッピ川支流のレッド川の航行可能性を実証した。1851年から1853年には、ニューメキシコ方面軍の主任技師を務め、南北戦争前の残りの期間は、大陸横断鉄道のための路線測量を行った。