天正壬午の乱
天正18年、豊臣秀吉が小田原征伐にて後北条氏を滅ぼし、徳川氏を関東に移封させて旧領から切り離し、甲斐・信濃には豊臣系の大名が配置され、太閤検地が実施され兵農分離が進んで、豊臣政権による支配が確立された。慶長3年には上杉景勝が会津に移封された。
関ヶ原の戦いの後、甲斐・信濃は再び徳川家の親藩や直轄領となった。