グループIIイントロン
グループIIイントロンは菌類、植物、原生生物のオルガネラのrRNA、tRNA、mRNAに見つかるほか、細菌のmRNAにも存在する。グループIとは異なるものとして最初に同定されたのはai5γグループIIBイントロンであり、1986年に出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeのoxi3ミトコンドリア遺伝子のpre-mRNA転写産物から単離された。
グループIIイントロンの一部は、イントロンORFにIEP(intron-encoded protein)と呼ばれる、必要不可欠なスプライシングタンパク質をコードしている。その結果、こうしたイントロンの長さは最大で3 kbにもなる。グループIIイントロンのスプライシングは核内でのpre-mRNAのスプライシングとほぼ同じ様式の2段階のエステル交換反応で進行し、また各段階で脱離基の安定化にマグネシウムイオンを用いる点も同じである。