ジョン・C・ペンバートン
メキシコとの戦争が終わると、ペンバートンと第4アメリカ砲兵連隊は1849年にフロリダ州ペンサコーラの守備隊任務に就いた。1849年と1850年にはセミノール族との敵対関係の間、フロリダ州で戦った。1850年にルイジアナ州ニューオーリンズ兵舎の守備隊任務に就き、9月16日に正規軍の大尉に昇進した。1851年と1852年にメリーランド州ワシントン砦に勤務し、1852年から1856年まではニューヨーク州ハミルトン砦に駐屯した。1856年から1857年までは再度フロリダ州でセミノール族と戦った。
1857年から1858年はカンザス州レブンワース砦の辺境任務に就き、1858年のユタ戦争に参加した。 1859年にニューメキシコ準州のカーニー砦に駐屯し、1859年から1861年はミネソタ州のリッジリー砦、1861年にワシントンD.C.のワシントン武器庫守備隊を務めた。
1862年10月10日、ペンバートンは中将に昇進し、要塞都市ビックスバーグとミシシッピ川の防衛のためにミシシッピ方面軍と西ルイジアナ方面軍を任された。デイヴィスは彼の新しい任務に付いて、「貴方の任務の最初で主要な目的としてこれらの州をうまく防衛することを検討する」ように指示を出した。ペンバートンは10月14日にミシシッピ州ジャクソンの新しい作戦本部に到着した。その軍隊はアール・ヴァン・ドーンとスターリング・プライス各少将の指揮する5万名足らずとビックスバーグとポートハドソンにいる守備隊約24,000名だった。対するは北軍の攻撃的な指揮官で、かっては米墨戦争での僚友だったユリシーズ・グラント少将の10万名以上の部隊がビックスバーグ方面作戦にあった。
ペンバートンとそのミシシッピ軍は、はデイヴィスとジョセフ・ジョンストン将軍双方からの命令を実行する試みの中で、ジャクソン周辺に結集するジョンストン軍と合流するために出発し、一方残りの部隊はビックスバーグ周辺で守りに就いた。ジョンストンから提案されていた会合の場所を変更する命令が届き、ペンバートン軍が回れ右をしたところに、偶々グラント軍と来合わせて5月16日のチャンピオンヒルの戦いとなり、大きな敗北を喫した。ペンバートン軍はビッグブラック川まで撤退し、そこで5月17日に戦って同じように大きな損失を受けた。