日本占領時期のフィリピン
新たなフィリピンの新兵の名前は意図的に降伏する人物リストから除外された。他のケースでは、実際にSharpの下にいる人よりも少ない人数を報告するように文書が作成された。逃げたのちに様々な理由で死んだ部隊もあれば、ミンダナオを完全に去ったものもあった。
中央ルソン島地域の1つの抵抗団体はフクバラハップ(Hukbo ng Bayan Laban sa Hapon)として知られ、1939年より共産党員であったルイス・タルクの指導の下1942年初頭に組織された。フクバラハップは約3万人に武器を与え、ルソン島の一部に支配をのばした。しかし、ルソン島では日本軍の配備が厳重で、アメリカ軍に率いられたゲリラ部隊を攻撃するフクバラハップなど様々なグループの内紛が起きていたため、そこでのゲリラ活動は妨害を受けていた。
装備不足、難しい地形、未発達のインフラによりこれらの団体の調整はほぼ不可能であり、1942年の数か月間にフィリピンの抵抗軍は接触を全て失った。1942年11月に、再結成されMacario Peraltaに率いられたパナイ島の第61師団がオーストラリアのUSAFFE司令部と無線連絡を確立することで、通信が復活した。
これによりフィリピンの日本軍に関する情報をSWPA司令部へ送ることや、かつて散在していたゲリラ活動を統合し、ゲリラが戦争を手助けすることを可能にした。
マッカーサーが1944年後半に軍とともにフィリピンに戻ったとき、情報を十分に受け取った。マッカーサーが戻るまでには日本人の副官が朝食で何を食べたかとどこで髪を切ったかを知っていたと言われている。しかし、帰還は簡単ではなかった。大本営はフィリピンを最終防衛線とし、アメリカの日本進出を止めることを決定し、使える兵士、航空機、海軍船舶をすべてフィリピンの防衛に送った。神風特攻隊は特にフィリピンを守るために作られた。レイテ沖海戦は日本軍にとっては惨事に終わり、第二次世界大戦最大の海戦となった。フィリピンを再び奪取する運動は太平洋戦争で最もひどい運動となった。ゲリラが集めた情報により災害を回避し、山下奉文がマッカーサー軍を拘束する計画をしていることを暴露し、解放軍を日本の要塞に導いた。
マッカーサーの連合軍は1944年10月20日にレイテ島に上陸し、同年8月1日に亡くなったケソンの死後に連邦議会の議長に就任したオスメニャも同行した。その後はミンドロ島やルソン島西側のリンガエン湾周辺にも上陸し、マニラへの進出が始まった。フィリピン・コモンウェルスは復興した。戦闘は激しく、特に日本軍が撤退したルソン島の北部の山々や、日本軍が最後の抵抗を行ったマニラは特にひどかった。フィリピン・コモンウェルス軍と公認のゲリラ戦闘部隊は最終攻撃のためにいたるところで立ち上がった。
ゲリラ活動を援助するために、潜水艦による供給と無線機が増加した。レイテ侵攻の時までに、4艘の潜水艦が物資の運搬のみを行っていた。
他のゲリラ部隊はSWPAに派遣され、群島全体で活動した。これらの部隊の一部は、ゲリラ行為を開始するために指示された降伏前の部隊に直接関係するか、編成されていた。この一例としては第26騎兵隊のTroop Cが挙げられる。収容所から日本軍に解放された元フィリピン陸軍、フィリピン偵察部隊で構成されているゲリラもあった。アメリカ人、降伏後に逃げるもしくは降伏しなかった軍人や民間人、初めから自分たちの小さな部隊を結成していたフィリピン人、キリスト教徒、モロを合わせたものもあった。Wendell Fertig大佐はミンダナオ島で、日本に対し抵抗するだけでなく島全体で頻繁に開かれる完全な政府を組成するこのような集団を組織した。いくつかのゲリラ部隊には後に物品を運んだアメリカの潜水艦に援助され、難民と負傷者を避難させ、5217th Reconnaissance Battalion やAlamo Scouts などの人や部隊全体の避難もさせていた。
終戦までにそれぞれ26万715人の個人からなる277のゲリラ部隊が抵抗運動で戦った。抵抗運動の選ばれた部隊は、フィリピン陸軍、警察隊として再編成される予定であった。