杉乃井ホテル
2003年以降、老朽化した施設の更新が行われ、展望露天風呂「棚湯」、高齢者対応客室「Good Time Floor」、スパ施設「Spa the Ceada」などが新設されている。2003年11月にオープンした「棚湯」は、スギノイパレス内の旧「夢の大浴場」・「花の大浴場」を取り壊し、その跡地に新たに建設された日本最大級の露天風呂である。高台にある地形を活かして棚田状に広がる露天風呂からは、別府湾を一望することができる。2004年頃からは韓国や台湾からの団体客を積極的に誘致し、観光事業の国際化のビジネスモデルのひとつとして注目されている。2010年12月、新温泉施設「ザ アクアガーデン」がオープンした。2012年6月にはウエディングホールも完成。
2019年時点で本館、Hana館、中館の3棟の宿泊棟を有するが、2020年から大規模な建て替えに着手し、2025年までに宿泊棟2棟の新築、Hana館の建て替え(2021年12月1日に立て替えのため閉館)、本館の解体を行って、既に耐震工事を終えた中館と合わせて宿泊棟を4棟に拡張する計画を立てている。旧hana館は、建て替え後の名称が「星館」となることが2023年1月に決定し、2025年1月に開業予定であることが発表された。
2021年4月、新築する宿泊棟の一つである虹館が竣工(2021年7月1日開業)。同時にホテルのロゴを「別府温泉 杉乃井ホテル」をデザインしたものから「別府温泉 杉乃井」をデザインしたものに変更した。
2023年1月には、新宿泊棟の一つで杉乃井ホテルの新たなフラッグシップ棟となる宙館が開業した。