ミニ新幹線
改軌後も踏切を残置する場合には、これもまた最高速度を制限する要因となる。
フル規格と比較して全長・全幅とも狭小である在来線規格の車両限界を採用しなければならないため、フル規格新幹線に比べて輸送力は低い。 フル規格区間ではホームと車両の間に隙間が空いてしまうため、停車時に張り出すステップを車両側に設置するなどの対策が必要となる。
ミニ新幹線への工事期間中は、輸送力の減少が発生する。特に単線区間を改軌する場合は、列車の長期運休が避けられず、代替交通の確保が問題となる。
三線軌条化しない場合(狭軌線路を併設せず、新幹線直通列車が走行する標準軌線路のみを敷設する場合)、以下の点も欠点となり得る。
狭軌在来線のネットワークを寸断するため、改軌区間と非改軌区間で直通列車の運行が不可能となる。 当該区間と隣接する在来線においては、逆に乗り換えが必要となる利用者が発生する恐れがあり、サービスダウンとなる。 災害等が発生した際に、貨物列車などの長距離列車の迂回路として利用できない。
新幹線車両に加えて、改軌区間用の在来線車両を用意する必要が生じる。
群馬県では、上越新幹線高崎駅から両毛線前橋駅への乗り入れ構想が浮上した。1990年(平成2年)に県とJR東日本との間で調査検討委員会を設置したが、進展は見られなかった。
E3系:1000番台と2000番台が山形新幹線で東北新幹線と直通する営業運転を行っている。また、L65編成のみ過去の塗装に変更(銀のつばさ)し運用されている。
E6系 : 秋田新幹線で使用されている。
E8系 : 山形新幹線で導入を予定