サムライフラメンコ
声 - 藤原啓治
下半身が鉄釜のサイの怪人。バスジャック事件を起こし、乗客をキング・トーチャーの奴隷にしようと目論むが、サムライフラメンコたちに阻止され、最期は必殺技を受けて敗北する。自称「最高の怪人」。
声 - 伊丸岡篤
ゴリラの腹にギロチンが付いた怪人で、暴力団所属の麻薬中毒者に変装していた。数人の警官を殺害し、後藤たちも殺害しようとしたが、サムライフラメンコと後藤の機転で窓から転落し、敗北する。
声 - 岸尾だいすけ
紳士を自称する、三角木馬型のウマの怪人。「体内に入ると陰口が大好きになるバクテリア」を浄水場に散布しようとした所を阻止される。チュウヅリトンビの遺影を持ってその死を偲ぶなど仲間思いだが、フラメンコサファイアを自身の背に座らせようとするなど、紳士としては疑わしい。
残像が残るほどの高速移動が自慢だが、サムライダブルサイドテープで足を止められ、敗北する。
声 - 石井康嗣
フラメンジャーを支援する、正義感溢れる内閣総理大臣。「総理は国民を守らなくてはならない」という考えを持ち、そのためなら不都合な真実を隠すことも、プライドを捨てての土下座さえも厭わない人物。
フロム・ビヨンドとの戦いの後に本性を明かし、自分の支持率のためにヒーローたちを逮捕させる。そして、国会議事堂で支持率をパワーに還元する強化アーマー・イザナギを装着してサムライフラメンコと戦うが、戦いの中での発言が今野によって広く公開されたことで支持率が低下し、敗北する。
戦いの後、「すべては宇宙からの侵略者・フラメンコ星人の脅威から地球を守るためにやっていた」と告白し、フラメンコ星人との最後の戦いに赴く正義を送り出す。
声 - 杉田智和
本作のもう一人の主人公。24歳。交番勤務の警察官の青年。ひょんなことから正義と知り合って以降、さまざまなトラブルに巻き込まれていく。勤務態度は真面目だが、私生活では酔っ払いや不良行為をする中学生を見て見ぬふりをするなど、事なかれ主義で暮らしており、特別正義感が強い訳ではない。遠距離恋愛中の恋人がおり、普段の姿からは考えられないほど砕けた文体でメールのやり取りをしている。
キング・トーチャーとの戦いで当初の正義感を失った正義を一度は見放すが、まりを救うために正義に加勢し、最終決戦ではミサイルの発射を止める。また、自分の居場所を見失ったまりが立ち直るまで部屋で保護し、奥崎との決戦の際は自ら『サムライポリスマン』を名乗ってサムライフラメンコに加勢する。
前述の通り恋人とは頻繁にメールでのやり取りをしているが、実際には恋人は学生時代に神隠しのような状況で失踪しており、自我の崩壊を防ぐために自分で自分の携帯にメールを送っている。内心では自分の行動が異常という自覚はあるが、未だに恋人のことは忘れられず、彼女の事になると感情的になる。物語終盤に、恋人の件で喧嘩した正義と疎遠になったが、灰司を射殺しようとした際に正義が言い放った「そんなことしたって、彼女さんが悲しむだけじゃないですか!」の一言で灰司殺害を思い止まり、正義と和解する。最終回では所持していた携帯電話が変わっているが、携帯を変えた後も恋人とのメールのやり取りは続いている。