末法思想
また同時期、日蓮も末法思想を真剣に受け止め、末法であるからこそ信じて行うべき法を求め、法華経こそが正しい教えであるとし(法華一乗)、南無妙法蓮華経と唱えることを広めた。一方、栄西や、曹洞宗を開いた道元は、釈迦在世でも愚鈍で悪事を働いた弟子もいたことや、末法を言い訳にして修行が疎かになることを批判した。そして修行に努めることを説いた。
室町時代後期、戦国時代に入ると、寺社勢力は金融の担い手となっており度々土一揆に襲われたり、千年近くかけて有力寺社が自墾・寄進で増やしてきた寺社本所領が地方豪族によって横領されるなど寺社の経営基盤が大きく揺らいだ。また、この時代の寺社の多くは土一揆に備えたことをきっかけとして施設を要塞化、僧侶は武装、僧兵と化し、日々の修行よりも戦いに明け暮れ、人を殺めるようになり、浄土真宗(一向宗)や比叡山のように戦国大名と交戦したものもあった。また東大寺のように施設を拠点に利用され戦乱の舞台となり焼失した事例も少なくない。
一方で鎌倉仏教=民衆仏教史観を批判する研究者の森新之介は、「末法」「末代」「末世」の異同に関して論じた専論は明治から今日に至るまで全く存在しないにもかかわらず、全てが末法(思想)と同義として扱われていると批判し、従来、区別せずに用いられていた「末法」「末代」「末世」に関して、「末代」や「末世」の語源は儒教・道教などの古代中国思想に由来する用語であって末法および末法思想とは直接的な関係は無いとし、日本の平安から鎌倉にかけて人々に強い影響を与えたのは、実際の災害や飢饉などと漢学の知識が結びつけられた「末代(観)」であって、末代との関係が薄い末法思想は当時の社会には限定的な影響しか与えなかった、と主張している。