軍務院
前者は黎元洪が臨時約法と国会の復活を宣言して、同法に基づいて国務総理を任命した以上は設置目的は達成されたとした。一方後者は、段祺瑞が引き続き国務総理を務めており、彼や馮国璋・徐世昌ら北洋軍閥の有力者が政権中枢にいる限り、新しい大総統の地位は不安定であり彼らの排除無くして真の共和制再建が無いとした。また、国務院は国会が承認して正式に発足するのであり、国会が召集されていない現時点では段祺瑞の地位も仮のもので臨時約法が規定した国務院は未だ存在しないとしていた。だが、梁啓超は軍務院が第二の軍閥政権の温床になることを危惧したこと、あくまでも護国戦争と軍務院の目的は袁世凱によって歪められた中華民国を臨時約法体制に戻すことであったから、中華民国にとっては同様の歪みであった南北分断状態を一刻も早く解消すべきであると考えていた。そして、一番重要な事は元はジャーナリスト・歴史学者に過ぎない梁啓超が各軍閥の暴走を抑えるだけの軍事力を持っていない事であり、護国軍に参加している各地の軍閥が政治的野心から共和制の利益に反する行動を起こす前に再統一を行う必要があったのである。
梁啓超は解散を渋る撫軍長の唐継堯を説得した。最終的に唐継堯もこれを受け入れて7月14日に撫軍全員の意思として各省の独立宣言を取り消して軍務院を廃止すること、今後の国家の政務は黎元洪大総統と国務院・国会の管理に従うことを宣言して軍務院は解散を宣言した。7月21日には秘書長であった章士釗は北京に入り、護国戦争と軍務院に関する最終処理を行った。