長岡駅
大手口と東口の間には、駅舎東西を横断する自由通路が2箇所設けられている。通路内には西側と東側に1カ所ずつエレベーターが設置されている。
地下通路
先に竣工したのは駅東西を地下で横断する「長岡駅地下通路」で、延長は114m。歩行者に加え、手押し状態であれば自転車・バイクの通行も可能である。
1955年(昭和30年)8月1日に開通し、かつては大手口側の国鉄駅舎と東口側の越後交通駅舎との間の連絡通路となっており、通路内の東口側には商店街も設けられていたものの、駅舎改築および自由通路の竣工により通行者が減少し、加えて通路自体の老朽化などもあって出店していた店舗も年々撤退し、東口駅前広場の整備の必要もあったことから商店街は1989年(平成元年)10月に閉鎖された。自由通路を通行できるのは歩行者のみに限られていることから、地下通路はその後も主に自転車が駅舎東西間を横断する手段として存続しており、2011年に新設された大手口地下自転車駐車場と、1994年から設置されている東口地下自転車駐車場に接続している。
長岡市では「長岡駅周辺整備事業」の一環として2009年度(平成21年度)から2箇年にわたって大規模改修を実施し、東西双方の地下駐輪場との直結化やコンベア付き階段の新設、バリアフリー化などを行い、利用環境が改善した。
東西自由通路・大手スカイデッキ
大手口側は長岡市の中心市街地であり商業地となっている。宿泊施設や地方銀行の本店、総合スーパー、学習塾などが多く立ち並んでいる。2000年代に入ってからは市街地活性化を目的とした再開発が進められており、長岡市厚生会館の跡地には市役所本庁舎のアオーレ長岡が、ザ・プライス丸大跡地にはながおか市民センター(市役所支所)、ダックシティ(イチムラ)跡地にはフェニックス大手、大和跡地にはNaDeC BASEなどが新たに開設されている。いずれも放課後の学生利用客を見込んで自習スペースを設けている。なお、この再開発の一環で90年代後半には大型アーケードの整備や全長700mに渡る地下駐車場などが新設されている(詳細は新潟県道36号長岡停車場線#アーケード・地下駐車場・シンボルロードの整備を参照)。