スコアリング関数 (分子)
スコアリング関数には4つの一般的なクラスがある。
力場型 - 親和性は力場を使用して、複合体内の2つの分子のすべての原子間の分子間ファンデルワールス力の強さと、静電相互作用の強さを合計することによって推定される。2つの結合パートナーの分子内エネルギー (ひずみエネルギーとも呼ばれる) もしばしば含まれる。最後に、結合は通常水の存在下で行われるため、リガンドとタンパク質の脱溶媒和エネルギーは、GBSA (英語版) やPBSA (英語版) などの陰溶媒和法を使用して考慮される場合がある。
経験型 - 2つの結合パートナー間の様々なタイプの相互作用の数をカウントすることに基づく。カウントは、互いに接触しているリガンドおよび受容体の原子数に基づくか、または複合体の溶媒露出面積(英語版)(ΔSASA) の変化を、非複合化リガンドおよびタンパク質と比較して計算する。スコアリング関数の係数は、通常、多重線形回帰法を用いて適合される。関数のこれらの相互作用項は、例えば以下のものが含まれる。 疎水性 - 疎水性接触 (有利な寄与) 疎水性 - 親水性接触 (不利な寄与) (満たされていない水素結合を説明、これは結合に関するエンタルピーの重要な寄与である。1つの水素結合を失うと、結合親和性内で1~2桁の原因となる可能性がある。) 水素結合の数 (特に溶媒から遮蔽されている場合、親和性への有利な寄与。溶媒が露出している場合は寄与しない)。 複合体形成時に固定化された回転可能な結合の数 (コンホメーション・エントロピーの不利な寄与)。