薬師院 (京都市)
延暦元年(782年)、最澄は16歳の時に自ら一刀三礼で薬師如来像7体を彫り上げると、その内の1体を美濃国横倉に医徳堂を設けてそこに安置したという。この医徳堂の薬師如来像が当院の本尊であるという。後に医徳堂から薬師院に名を改めている。
寛喜2年(1230年)に全国的に疫病が流行した際、薬師院の住職の夢枕に「我が前に来れば一切の病苦を取り除こう。来ぬか、来ぬか」と薬師如来のお告げがあったという。以後人々が当院を訪れて祈願すると病気が平癒したことから、当院は「来ぬか薬師」という名で呼ばれるようになったという。
戦国時代に上洛を果たした織田信長により、当院は美濃国から当地に移転されたという。
その後、衰微していたところ元禄元年(1688年)に黄檗宗の鉄面寂錬禅師により再興される。
元治元年(1864年)7月19日に起きた禁門の変と、それによって発生したどんどん焼けにより全焼するが1889年(明治22年)に再建された。しかし、境内は大幅に縮小してしまった。
薬師院(やくしいん)は、京都市中京区にある黄檗宗の寺院。山号は医徳山。本尊は薬師如来。「こぬか薬師」の通称で知られる。