台湾抗日運動
桂太郎の台湾総督在任期間は非常に短かったが(1896年6月2日から同年10月14日)、抗日運動対策について、示唆的な訓告を出していた。第一に文化の違いを認めた対策をとること、第二に日本語の普及を図ること、第三に官吏も台湾語の習得を目指すことである。このうち台湾人の日本語教育については9月に国語学校規則を発布した。また抗日軍に対し帰順することを認めるようにした。第三代総督の乃木希典(1896年10月14日から1898年2月26日)は役人の綱紀粛正を図ったが、あまりにも汚職が進行していたために十分な抗日運動対策がとれなかった。
桂・乃木時代は特に抗日運動が激しく、欧米への売却論が出るほどであった。前述の無差別殺害に加え、下関条約の第5条によって台湾人は1897年5月8日の去就選択日までのあいだに国籍を選択できる権利が認められていたのに対して、1896年9月の台湾鉱業規則の運用解釈において、その日まで台湾人は無国籍と扱われたために、台湾人鉱山業者は放逐させられそれらが抗日運動に流れ込んだ。軍や憲兵による弾圧もまた、一般人を抗日運動と結びつけた。桂・乃木時代に憲兵は2000人から3400人に増員されたが有効ではなかった。
この時期の最大の武装蜂起は1896年の雲林地方のものである。乙未戦争において義勇軍を率いていた人々総勢千余人が、大平頂の柯鉄という緑林の徒のもとに集まり、抗日軍は6月13日に台湾守備混成第二旅団のいる斗六に攻撃し、支庁前の日本人商店を襲った。16日日本軍は斗六へ一連隊を派遣した。