代官頭
江戸幕府成立後、佐渡国・石見国などの鉱山経営にも関与するようになる。
だが、慶長9年(1604年)に長谷川が病死、慶長11年(1606年)に彦坂が失脚し、慶長12年(1607年)に徳川家康の隠居に伴って、伊奈忠次は江戸城の秀忠、大久保長安は駿府城の家康に近侍するようになると、その性格は大きく変わることになる。慶長15年(1610年)に伊奈忠次が病死し、慶長18年(1613年)、年寄衆(老中)に名前を連ねるに至り、「天下の総代官」と呼ばれた大久保長安が病死した直後に発覚した不正蓄財により長安の子が誅殺されると(大久保長安事件)、代官頭の権力は解体され、老中・勘定奉行に管轄が移る。
伊奈忠次の子孫が関東郡代と称して代官頭の職務を縮小する形で存続したものの、それも寛政4年(1792年)に改易されることで幕を閉じた。