岡田国太郎
」とのエピソードが伝えられている。北里は、国太郎帰国の一年前、1892年(明治25年)に日本に戻った。
北里と後藤は絶えず陸軍医務局と対立する立場にあり、それは帝国大学医学部(当時の呼称)・文部省・陸軍医務局と内務省との対立であった。対立の発端は、北里が留学時代に東大医学部の恩師であると共に北里留学の労を取った、緒方正規の「脚気菌」発見を否定したことに始まる。当時、日本医学会で高い権威を持っていた緒方に対する北里の反論は大問題となり、医学的判断を下せる者がいない日本国内で、北里への攻撃は忘恩・不徳と言う言葉に終始した。
北里への攻撃は、帝大医学部を中心に文部省・帝大医学部と関係が深い陸軍医務局に飛び火した。帰国後どこからも支援を受けられない北里は、ようやく福沢諭吉から支援を得ることができ、伝染病研究所を立ち上げた。その後、伝染病研究所を巡る内務省と文部省の所管争い、およびそもそもの発火点である脚気原因を巡る争いが根深く続いた。
なお福沢諭吉の恩に報いるため北里は慶應大学医学部の初代学部長となり、国太郎の弟岡田満が発足時の初代歯学科教授に招かれた。
以降、清国に派遣の後陸軍予備病院御用掛を命じられ、その後軍医学校教官に復す。
1904年(明治37年)12月、広島予備病院御用掛を命じられ、広島予備病院第四分院伝染病患者病理試験および細菌検査主任に就任。直後より軍医小久保恵作が院長を勤める同第三分院に戦地帰還脚気患者を収容し脚気精密検査を開始した。
1905年7月、広島予備病院内に脚気病調査委員会が設けられ、岡田が委員長に、小久保恵作三等軍医正・片山誠治二等軍医・日本赤十字社下方正信が委員に任命された。10月脚気調査のため奉天に派遣される。
岡田が軍医学校へ異動後軍医小久保恵作との連名で『脚気病調査第一回略報』(東京医事新誌1428)にて脚気の病原菌発見が発表された。同年12月軍医都築甚之助も脚気病原菌発見を発表し、岡田・小久保両軍医が発見した菌と比較したところ、三名が発見したとする菌全てが別物であることが判明。岡田および都築は脚気病原菌発見を自己否定するに至った(国内では、引き続き脚気伝染病説と中毒説の勢いが強く、脚気の原因をめぐる混乱と葛藤は1920年代の「ビタミン欠乏」説の確定まで続いた。日本の脚気史参照)。