南遣艦隊
高橋伊望中将:1942年3月10日(※実質的に第三艦隊司令長官の留任) - 4月10日(南西方面艦隊司令長官兼務) - 9月15日
高須四郎中将:1942年9月15日(南西方面艦隊司令長官兼任) - 1943年4月15日
岩村清一中将:1943年4月15日 - 9月3日
三川軍一中将:1943年9月3日 - 1944年6月18日
河瀬四郎中将:1944年6月18日 - 1945年1月29日
柴田弥一郎中将:1945年1月29日 -(降伏)
最初の南遣艦隊は、1941年(昭和16年)7月10日に昭和天皇の裁可を得て、7月31日に佐世保で編制された。初代の南遣艦隊司令長官は、平田昇海軍中将。 当時の日本海軍は南部仏印進駐にともない、支那方面艦隊隷下の第二遣支艦隊(旗艦:足柄、指揮官:新見政一第二遣支艦隊司令長官)を基幹戦力とする「ふ号作戦部隊」をもって「ふ号作戦」を実施しており、日本軍は8月上旬に南部仏印進駐を完了した。 南遣艦隊新設の準備は既にはじまっていたが、南部仏印進駐成功の見通しがついたため、前述の7月31日をもって発足した。これは、中国大陸沿岸(南支)を主担当海域とする第二遣支艦隊を南部仏印に配置するのは不適当で、警備部隊が必要とされた為の処置である。関係各国との政治的な配慮を行う関係から連合艦隊(作戦担当)から分離され、大本営直属艦隊となった。新編時の南遣艦隊は、連合艦隊・支那方面艦隊とならぶ外戦部隊の一つであった。
8月1日、平田長官は東京駅を出発する。8月2日、平田長官は南遣艦隊旗艦を香取型練習巡洋艦香椎(同艦は前月7月15日に竣工)に指定する。 8月11日午前7時、香椎はサンジャック沖合に到着した。同日12時30分、新見中将(ふ号作戦部隊指揮官)は平田長官に事務の引継を完了する(ふ号作戦部隊は解散)。