アルマズベク・アタンバエフ
ジェーンベコフ新大統領はアタンバエフの寵臣ともいえる存在であり、大統領選においても支持を表明していた。南部のオシ州出身のジェーンベコフの首相登用や次期大統領への推挙することで、キルギスの南北分断の解決の一助となると考えていたと語っている。しかしジェーンベコフの大統領就任後、関係は悪化の一途をたどった。ジェーンベコフはアタンバエフが登用した政府高官を次々と解任し、アタンバエフ政権時の汚職について調査を進め、逮捕に至るケースもあった。
2018年3月31日、アタンバエフの属するキルギス社会民主党の党大会が行われ、アタンバエフが党首に選出された。引き続いてアタンバエフは大統領退任後初となる報道会見を行った。政治活動については、社会民主党の重要性を強調し、政治の場への復帰を示唆した。ジェーンベコフについては縁故主義を問題視し「23年の付き合いで、兄貴分として言うべきことは言わねばならない」と述べた。
2018年5月、前大統領としての不訴追特権をはく奪する請求がなされた。
2019年3月末、キルギス社会民主党は分裂し、アタンバエフらは対抗野党と合流することとなった。
2019年6月27日、大統領在任時の汚職、権力乱用、不当利得を理由に、アタンバエフの前大統領としての地位及び不訴追特権をはく奪する法案が可決された。
2019年8月8日、大統領在任時の汚職関与、書類偽造などの容疑で政府の治安部隊により拘束された。