堆肥化
反応を起こしやすい物質を不安定物質という。有機廃棄物は大量の酸素を消費して分解をおこす不安定物質である。もしも、有機物の分解が不十分なまま土壌中に施肥された場合、土壌中で有機物の分解が起こり土壌酸素が消費される。それによって土壌は酸素欠乏を起こし、作物や土壌生態系に大きな打撃を与える。これを防ぐため、有機廃棄物を安全に土壌還元可能なレベルまで分解をすることが堆肥化の目的の一つである。
有機物を直接分解する一次分解者、これを捕食する二次分解者、さらにその上の三次分解者と複雑な生物相を示している。また、間接的に微少生物の移動を助ける生物や土壌の物理状態を改善する生物もいる。
一次分解者は主にバクテリア、放線菌である。これらが、直接的に有機物を分解している。一次分解者を捕食する二次分解者として原生生物、線虫が発生し、それを捕食するササダニやトビムシが発生する。また、逆に嫌気性になると酵母などの嫌気性微生物が発生し、それを捕食するコナダニが出現する。分解の後期になると、アリ、ムカデなどの昆虫が現れ、二次分解者を捕食し、一次分解者の減少を防ぐ。直接は関係しないが、ハエは有機物を細かく分解するウジを生むと同時に、微生物の運搬にも役に立っており、ミミズは原料中の物理状態を改善する役割を持つ。
堆肥化の初期から中期は温度が30 - 60°Cと高温になることから、高温菌を中心とした特徴的な菌相が出来上がる。また、高温のおかげで病原菌などを不活性化できる。