安芸門徒
要害堅固で士気の高い門徒衆が立て籠もった石山本願寺は織田氏の攻撃を支えきっていた。そのため信長は包囲による兵糧攻めを計画し、実行に移した。物資の補給を断たれた本願寺は毛利輝元に支援を依頼。この支援要請を輝元は承諾し、村上水軍、小早川水軍を主力とする毛利水軍を派遣して、兵糧や物資の搬入を行うことに決定した。
この毛利水軍には安芸国内から集まった門徒衆も加わっており、石山合戦の間に毛利家臣団の門徒化、門徒の組織化と毛利家臣化が進んだ。
天正2年(1575年)の第一次木津川口の戦いで、毛利水軍は織田水軍を撃破し、石山本願寺への物資搬入を成功させた。これに対して織田信長も大砲を装備し、鉄の装甲を施した巨大な鉄甲船6隻を中心とする織田水軍を大阪湾に布陣。第二次木津川口の戦いの火蓋が切られた。
この第二次木津川口の戦いで毛利水軍は敗北を喫し、以後、本願寺への組織立った支援は不可能となった。それから2年、本願寺は戦闘を継続したが、天正7年(1580年)3月、ついに織田信長に降伏。顕如は石山本願寺を子の教如に譲ると、紀伊国の鷺森(鷺森本願寺)に移った。この時、教如は周囲の薦めもあって、しばらくの間、織田信長に石山本願寺を明け渡さず、同年8月になってようやく石山本願寺を織田軍に明け渡した。この直後、石山本願寺は火災に遭って堂宇等を含む全域を焼失するに至った。
この石山合戦の間に、毛利氏と安芸門徒の一体化が進み、戦乱を逃れてきた門徒や本願寺支援のために集った門徒が、そのまま安芸国に留まることになった。