ゴマノハグサ科
次の属はかつてゴマノハグサ科とされていたが、APG植物分類体系で他の科へ移された。
Antirrhinum キンギョソウ属、Bacopa ウキアゼナ属、Cymbalaria ツタバウンラン属、Digitalis ジギタリス属、Dopatrium アブノメ属、Ellisiophyllum キクガラクサ属、Globularia グロブラリア属、Gratiola オオアブノメ属、Lagotis ウルップソウ属、Limnophila シソクサ属、Linaria ウンラン属、Russelia ハナチョウジ属、Penstemon イワブクロ属、Scoparia セイタカカナビキソウ属、Veronica クワガタソウ属、Veronicastrum ガイソウ属 など → オオバコ科へ
Lindernia アゼナ属、Torenia ツルウリクサ属 → アゼナ科として独立
Calceolaria キンチャクソウ属 → カルセオラリア科として独立
Euphrasia コゴメグサ属、Lathraea ヤマウツボ属、Melampyrum ママコナ属、Monochasma クチナシグサ属、Pedicularis シオガマギク属、Phtheirospermum コシオガマ属、Siphonostegia ヒキヨモギ属 など(寄生植物) → ハマウツボ科へ
Mazus サギゴケ属、Mimulus ミゾホオズキ属 など → ハエドクソウ科へ
Paulownia キリ属 → キリ科として独立
次の属は従来別科とされていた。
Buddleja フジウツギ(ブッドレヤ)属 など(旧フジウツギ科)
Myoporum ハマジンチョウ属 など(旧ハマジンチョウ科)