パンドラの塔 君のもとへ帰るまで
ドヴェルグ族に伝わる不思議な鎖。鎖の両端は陽と陰、つまり男女を表し、鎖は人の絆を意味すると言う。グライアイの持つそれはゲーム開始当初は力を殆ど失っており、塔の主を倒すごとに力を取り戻していく。
統合暦511年。エリュシオン王国と『アテナイ』を含む同盟国の戦いが一応の終結をみてから二年後のこと。エリシュオン王国の王都・ラダマンチェスでの『収穫祭』で歌をささげていた巫女・セレスの背中に突然『獣の呪い』の痣が現れ、直後に会場一帯が巨大な何かに襲われる事件が起きた。観客としてその場にいたエンデはセレスを助け、グライアイに導かれて軍の追跡を振り切り、グライアイに誘われるままに軍の隔離施設『十三訃塔』に辿り着いた。
グライアイが言うには塔の主(あるじ)の肉を食べると呪いは解けるという。エンデはセレスを救うべくグライアイから渡された『オレイカルコスの鎖』を手に『十三訃塔』へ赴く。
本作はゲーム中に上げたセレスとの親密度に応じてエンディングがS,A〜Dの5段階に変化する、マルチエンディング方式をとっている。 また、エンディングに応じてラスボスの強さが大きく変化する。上位のエンディングほど手数が多く強い。