エジプト第16王朝
また、最初の王家が断絶したのは、第15王朝を中心とするヒクソスの勢力によってテーベが一時的に征服されたためであるという説も提唱されている。しかし、比較的新しいこの説は裏付けとなる史料が不足しており、受け入れに慎重な姿勢の研究者も多い。Ryholtら提唱者も推測的である事を認めている。
また、Julien Siesseらは第13王朝と第16王朝の王たちがテーベ出身者である事は認めつつも、その本拠地は第13王朝と同じくイチ・タウイにあったと主張している。Siesseはヒクソスとの武力衝突が起こった事を示す文書記録は殆ど確認されておらず、むしろ第二中間期の殆どの期間を通して主要な貿易相手であった可能性がある一方で、ヌビアとの紛争については多くの碑文が残されている事を指摘し、これを踏まえて第16王朝の実態は南方の敵との戦いを主導したテーベ人による政権であったとする仮説を提唱している。この説ではRyholtの提唱した第16王朝を第13王朝から連続した政権と見なしているため、第14王朝と呼ぶ方が適切な名称となる。
Kim Ryholtは近年の研究で、第16王朝がヒクソスによる王朝ではなく、第17王朝以前にテーベを本拠地としたエジプト人による王朝であったという新しい見解を発表している。
従来の研究では第15王朝と同時期にテーベ地域を支配した王たちは全て第17王朝という一つの王朝に分類されていた。しかし90年代に入って出土品や記念碑についての研究が進むと、一部の王たちの出自や血縁関係についてより明瞭に分かるようになり、王位が継承された順番や家系図も大まかにではあるが復元された。
その結果、後の第18王朝に続く家系の出身である事が明らかになった王たちを第二中間期後半の約30年間に配置して第17王朝と呼び、この家系よりも以前、第二中間期の前半から半ばに当たる約70年間にテーベを統治した出自や相互関係の不明瞭な王たちを暫定的に第16王朝とする新しい説が提唱され、支持を集めるようになった。