井伊直政
その後、盛親が家臣の讒言から兄を殺害してしまったことにより所領没収となった際には、家臣の鈴木平兵衛を浦戸城へ派遣したが長宗我部の家臣に抵抗されたため、攻撃して城を接収した。
そのほか、徳川氏と島津氏の和平交渉を仲立ちし、外交手腕を発揮している。
真田昌幸とその次男・信繁(幸村)の助命にも尽力した。これは、東軍に味方した昌幸の長男・真田信之の懇請を受け入れたもので、信之は将来まで徳川家に尽くすだろうと考えての行動だったという。
これらの功により、6万石を加増されて18万石となり、石田三成の旧領である近江国佐和山(滋賀県彦根市)に転封となった。また、同時に従四位下に任官された(『井伊家譜』)。
家康は、西国の抑えと非常時に朝廷を守るため、京都に近い佐和山に井伊家を配したと伝えられる。
慶長7年(1602年)2月1日彦根城築城途中に佐和山城で直政は死去した。享年42。遺体は遺意により、当時芹川の三角州となっていた場所で荼毘に付され、その跡地に長松院が建立された。
家督は長男の直継(後の直勝)が継いだが病弱であったため、大坂冬の陣に出兵するに際し、家康の直命により、次男である井伊直孝が指名された。
その後、彦根城が築城されると同時に佐和山藩(18万石)は廃藩となり、かわってこの地には新たに彦根藩(30万石)が置かれた。それ以来、彦根藩は明治時代になるまで井伊氏の藩として栄えることとなった。
榊原康政は「大御所(家康)の御心中を知るものは、直政と我計りなり」と語り、常々「自分が直政に先立って死ぬようなことがあれば、必ず直政も病になるだろう。また直政が先立てば、自分の死も遠くない」と語り、直政が従軍するとあれば、康政は安心し、康政が従軍するとあれば直政は安堵したという(『武備神木抄』、『名将言行録』)。
他人を評価することが少ない家康が秀忠の夫人であるお江に宛てた戒めの手紙の中で、「井伊直政という男は日頃は冷静沈着で口数が少なく何事も人に言わせて黙って聞いているが、局面では的確に意見を述べる。特に自分が考え違いをしているときは余人がいない所で物柔らかに意見をしてくれる。ゆえに何事もまず彼に相談するようになった」と高く評価している(『庭訓状』)。
正室である唐梅院に対しては恐妻家で、誰よりも負けず嫌いであった直政も彼女だけには頭があがらなかったという。唐梅院は自身の侍女が直政の子(直孝)を孕んだと知ると彼女をその父・印具徳右衛門の元に帰してしまった。印具が松平康重の家臣であったため、関東移封のときにその城地・私市(騎西)へと移る途上の藤枝宿で直孝は生まれた。その後、直孝は母の元で育った。直孝が6歳になると、母は箕輪城の直政の外出のときを待って彼を引き渡したが、直政はすぐに箕輪のとある庄屋に直孝を預けおき養育を託した。12歳でやっと直孝は秘密裏に直政に召し寄せられ、直政所用の采配を授けられたが、翌年に直政は他界した。
生前の直政の働きは、家康が幕府を開くにあたっての一番の功労者であると江戸幕府編修の系譜集(『徳川実紀』『寛政重修諸家譜』)に記録されている。