ライナー列車
京浜急行電鉄(京急電鉄)では、1992年4月から平日の夕方以降に座席定員制の「京急ウィング号」を運行している。列車は全席クロスシート車両である2100形が充当され、下り列車のみの運行で京急川崎駅・横浜駅を通過し、品川の次上大岡駅以遠からの乗車は料金不要といった特徴を持つ。モーニング・ウィング号の運転開始に伴い、「イブニング・ウィング号」に改称された。
2015年12月7日から平日の早朝に「モーニング・ウィング号」が運行開始。上り列車のみの運行で、「京急ウィング号」よりも停車駅が少ない、途中停車駅からの乗車でも別料金が必要等の特徴がある。当初は座席定員制だったが、2017年5月1日から全席指定となった。
車両は185系・189系・485系・489系が用いられた。
横須賀線・総武快速線
総武快速線では、1984年7月13日に国鉄で2例目のホームライナーとして東京駅→津田沼駅間の「ホームライナー津田沼」が運行開始。翌年には新宿駅発列車も設定された。その後運行区間が千葉駅まで延長されて現在の名称「ホームライナー千葉」となった。朝の列車として「おはようライナー津田沼」が設定された時期もあったが、廃止時点では夜間のみ運行されていた。2019年3月16日改正において全列車が廃止された。廃止時点では、房総特急で使用される255系・E257系500番台を使用していた。過去には183系も使用された。
横須賀線では1990年3月10日に東京駅 - 逗子駅間で「おはようライナー逗子」「ホームライナー逗子」の運行が開始された。車両は当初は183系、その後はE257系500番台を使用し、2015年3月14日のダイヤ改正で廃止された。
東海道線
東海道線東京口では1986年11月1日に小田原駅・平塚駅 - 東京駅間で「湘南ライナー」の運行が開始された。1988年からは走行ルートとして東海道貨物線が活用され、新宿駅発着の「湘南新宿ライナー」も新設された。この「湘南新宿ライナー」は後に「おはようライナー新宿」「ホームライナー小田原」と名称が変更されて現在に至っている。運行規模はJR全線区中最大を誇り、最盛期には朝12本・夜間13本、最末期は朝10本・夜間11本が運行されていた。
末期は、特急「踊り子」などで使用される185系のほか、近郊型の215系が使用されていた。かつては「スーパービュー踊り子」で使用されていた251系や中央線用の183系・E351系・E257系0番台も用いられていた。
東武東上線では2008年6月14日のダイヤ改正で、着席乗車目的の座席定員制「TJライナー」を夕方以降の時間帯に運転開始。本列車にはクロスシートとロングシートの両方に切替可能なデュアルシートを採用した50090型を新製充当。TJライナー運行時はクロスシートになる。下り列車にふじみ野以北から乗車する場合、乗車整理券は不要である。2016年3月26日からは平日のみ、2023年3月18日からは土休日においても朝時間帯の上り列車での運行を開始した。2019年3月16日より、着席方式が座席定員制から座席指定制に変更された。
東武伊勢崎線(東武スカイツリーライン)では2020年6月6日のダイヤ改正より、日比谷線との直通列車として70090型を使用した座席指定制列車「THライナー」を運行している。
いずれも乗車整理券料金は330円となっている。
なお、「ホームライナー」の商標権はJR東海が有している。
静岡地区
静岡県内の東海道本線では、1989年(平成元年)7月から、乗車整理券方式の「花の木金号」が週末深夜に165系(運転開始直後はジョイフルトレインの「ゆうゆう東海」を優先的に使用、一時的に311系が使われたこともある)を用いた各駅停車として運行されており、1991年3月16日からはホームライナーとしての運行が開始された。同県3大都市の沼津駅・静岡駅・浜松駅の相互間で運行されており、列車名は終着駅名を採り「ホームライナー沼津」「ホームライナー静岡」「ホームライナー浜松」となっている。かつては三島駅発浜松駅行きの設定もあり、この列車の走行距離は営業キロで136.4キロメートルと、歴代ホームライナーの中では最長である。
車両はすべて373系の3両・6両編成だが、設定当初から2012年までは「あさぎり」用の371系も運用されていた。
なおこの地区では、ホームライナー設定以前のこの列車は後に「ホームライナー」に吸収された。
名古屋地区
名古屋地区では名古屋駅を中心として東西南北4方向に路線が伸び、その全方向に対してホームライナーが設定されたが、現在は中央本線と東海道本線大垣方面の2方向のみの設定となった。列車愛称は朝・夜の列車とも郊外側の発着駅名を採って「ホームライナー○○」としている。
中央本線
中央西線では、国鉄民営化直前の1987年3月23日に名古屋駅→中津川駅間で設定されたのが最初である。