共産主義者同盟赤軍派
上記のように、革命に先行する武装蜂起と一時的な政権掌握という「赤軍版二・二六事件」とも形容出来る「前段階武装蜂起」の理論に基づく大菩薩峠方面での軍事訓練を警察に察知され、予定されていた「第三中隊」「第七中隊」その他の決起部隊が一網打尽となる(大菩薩峠事件)。逮捕劇の舞台となった「福ちゃん荘」はハイカーに人気の大菩薩嶺の登山道の分岐にあり便もよく、後に皇太子(現:今上天皇陛下)が利用するなど比較的知られた山荘であり、基地として不適なため詰めの甘い選定であった。
大菩薩峠事件の後、国内での非合法闘争の後方基地としての海外のベースが必要であるとする海外亡命抗戦論とでも言うべき「国際根拠地論」が登場し、「B作戦」の一環として田宮高麿のグループ(後のよど号グループ)は1970年によど号ハイジャック事件を起こす。北朝鮮へ向かったのは北朝鮮を支持していたわけではなく、単に「敵の敵の味方」であり「最寄の反米国家」、「指導者をオルグすべき労働者国家」だったからにすぎないといわれる。一連の事件により、結成以来の議長の塩見孝也、上野勝輝、花園紀夫(早大)、高原浩之(京大)ら赤軍派幹部は一網打尽となり、組織は壊滅に近い状態になった。この後も、200名を越えるメンバーやシンパが微罪逮捕で検挙され「赤軍罪」という言葉まで生まれた。
1971年1月25日、午後6時過ぎから、東京都千代田区の千代田公会堂で、共産同赤軍派と京浜安保共闘は共催で、「一・二五蜂起戦争・武装闘争勝利政治集会」を開催した。約300人参加。両派は、共同宣言を行った。
一方、国内に残った赤軍派の獄外メンバーは、それまでの指導部がすべて獄中にあるため独自の動きが困難になっていたが、大菩薩峠事件以降の大量逮捕などの事情から塩見の呼びかけで復帰して「M作戦」(活動資金獲得のための金融機関襲撃)の指揮をとっていた中堅の森恒夫が獄外メンバーの指導的地位を掌握する。
1970年末、森を獄外最高指導者とする赤軍派は日本共産党(革命左派)神奈川県委員会との提携を始めた。赤軍派と革命左派は本来、基本的にイデオロギー上にかなり違いがあり、革命左派は「銃のみが政権を生み出す」をスローガンに武装闘争を行っていた毛沢東主義の小党派であった。当初は、革命左派が以前に武器奪取を目的とした上赤塚交番襲撃事件で射殺された柴野春彦の追悼集会を合同で開いたり、革命左派が真岡銃砲店襲撃事件で強奪した武器を赤軍派に「援助」し、赤軍派がM作戦で得た資金を革命左派に「援助」するといった、あくまで別の組織としての提携活動であった。1971年7月、両党派の軍事部門を統合した「連合赤軍」を結成、同年12月、遂に両組織主流派幹部は統合し、連合赤軍中央委員会を名のった。
前身が共に追われる身の武闘派から成る連合赤軍は、活動拠点を山中のキャンプに移していった。しかし、12人の同志を殺害する山岳ベース事件で組織が弱体化し、あさま山荘事件(1972年)で抵抗を試みるも、主力部隊は逮捕され壊滅した。なお、キャンプに参加しなかった者や獄中に在った者の一部は国外に逃れ、日本赤軍に参加する。