賢島宝生苑
この合併で旅館の所有者は近鉄レジャーサービスとなったが、同社が子会社として株式会社賢島宝生苑を再設置し運営を委託することになった。合併問題が一段落した同年2月10日には、志摩郡5町(浜島町・大王町・志摩町・阿児町・磯部町⇒志摩市)の合併協定書の調印式が開かれた。
2005年(平成17年)10月、閉鎖した旧賢島別館を貸与し、同館は代々木高等学校の本校校舎に転用された。同月に近鉄は「伊勢志摩事業計画」の一環として賢島宝生苑の温泉開発を開始し、2006年(平成18年)4月に旧賢島別館の地下1,800mで掘り当てた。同地から約900mのパイプを宝生苑まで引き、同年12月26日に伊勢志摩温泉として営業を開始した。2007年(平成19年)10月21日には真円真珠発明100周年を記念した「伊勢志摩真円真珠誕生100周年記念フォーラム」を、2015年(平成27年)9月6日には第1回賢島映画祭を開催した。 2016年(平成28年)5月に開かれた伊勢志摩サミットでは、各国首脳が志摩観光ホテルに宿泊する中、安倍晋三は賢島宝生苑10階の貴賓室「鳳凰」(ほうおう)に宿泊した。またサミット終了後、中庭で安倍が議長国会見を開いた。2019年(令和元年)6月27日にテレビ東京系列で放送された『太川蛭子の旅バラ』内の企画「ローカル鉄道寄り道旅」では、目標金額10万円を達成した太川陽介、蛭子能収、真野恵里菜の一行がここで豪華ディナーを堪能した。