日本エアコミューター
鹿児島県の離島アクセス改善のため、日本航空(当時の東亜国内航空、後の日本エアシステム)と鹿児島県奄美群島の14市町村(合併により12市町村に減少)が出資して、コミューター航空会社として発足した。当初は旧奄美空港に本社を置き、奄美群島をはじめとした路線が中心であったが、次第に日本エアシステムから西日本のローカル路線の移管を受け、路線を拡充していった。2011年現在も、奄美群島12市町村が資本の4割を出資し役員を派遣している。
現在、同じグループ会社のJ-AIRとは、路線面では重複する区間も存在するものの、運航機種についてはJACはターボプロップ機を保有しているのに対してJ-AIRはジェット機を保有しているといった違いがある。また、JACは長くワンワールドには加盟していなかったが、2020年10月25日よりHACとともにワンワールドにアフィリエイトメンバーとして加盟した。 同社のIATAコードは元々「3X」であるが、JALエクスプレスが使っていた「JC」をJALエクスプレスのJAL統合後使用している。また、2017年11月16日の旅客サービスシステムの刷新までは、JALマイレージバンクの搭乗履歴やJALグループのチェックインカウンターで発行される手荷物タグに表示される2レターコードは「JN」となっていた。
なお、「JN」のIATAコードでは英エクセル航空に割り当てられている。
人口減少社会で利用者の減少が進み、2017年には国土交通省の「持続可能な地域航空のあり方に関する研究会(座長竹内健蔵東京女子大学教授)」で機体の共同保有や、将来の経営統合などを内容とする報告書が出された。2018年3月27日に「持続可能な地域航空のあり方に関する研究会 最終とりまとめ(案) 」として提出され「同年末までに具体的な組織形態について一定の結論を得ること を目指すべき」とされた。同年12月18日には大手航空2社(日本航空、全日本空輸)及び地域航空3社(日本エアコミューター、天草エアライン、オリエンタルエアブリッジ)を構成員とする有限責任事業組合を設立することを目指し、経営改善効果の試算や運営ルールづくりを開始することに合意した。これら議論を経て2019年10月25日にAMX、ORC、JACとANA、JALを組合員とする「地域航空サービスアライアンス 有限責任事業組合」(英語表記:Essential Air Service Alliance LLP、略記:EAS LLP)を設立した。3年を経過した時点で取組状況を検証し、以降の対応を協議することとした。約3年が経過した2022年10月30日より、グループの垣根を越え、JAC運航の離島発着便について、一部便を除きANAとのコードシェアを開始する。
2021年2月19日最後まで残っていたJA8703が登録抹消され、同年3月20日、売却先に向け出発し同機の運用は終了を迎えた。
2015年11月からグループ会社の北海道エアシステム(HAC)の機材と同社運用サーブ機を共通事業機に登録し、定期整備期間中HACへ機材が短期リースされ、HAC運航便を運休せずに運航出来るようになり、一時期、丘珠空港ではバラエティに富んだ塗装を見ることが出来た。基本、HACへのリース機材はHAC運用と同型のB-WT型(機体番号:JA002C)が割り当てられ同様の理由で同機がJACで引退も最後まで残留することが見込まれたが(JACの方がHACより早期更新のため)、2機を残し退役した。因みにこのリース及び定期点検に伴い、両社の基地が所在する丘珠空港と鹿児島空港の間で機材をフェリーすることがある。これは日本の航空会社によるサーブ340Bの運航距離としては最長で、チャーターツアー企画でフェリー運用の座席が販売される事もあった。