敷香郡
大政奉還後の慶応4年(1868年)4月12日、箱館裁判所(閏4月24日に箱館府と改称)の管轄 を経て、明治2年(1869年)開拓使直轄領となり、同年、北蝦夷地を樺太州(国)と改称。明治3年(1870年)樺太開拓使領を経て、明治4年(1871年)開拓使直轄領に復し8月29日、廃藩置県となる。このころ行われた文明開化期の事象としては、神仏分離令、壬申戸籍編製、散髪脱刀令、平民苗字必称義務令公布などが挙げられる。アイヌは百姓身分だったため、平民となった。明治8年(1875年)、樺太千島交換条約によりロシア領とされた。ただし、同条約第六款において日本人の漁業権が認められ、露領時代の敷香郡域沿岸は東海岸漁区(中知床岬から北知床岬まで)の範囲に含まれた。
ロシアの侵出
1867年の樺太雑居条約の締結で樺太全土を日露雑居地とされた後、樺太放棄までにシスカにロシア人砦を築き侵出。
鎌倉時代に蝦夷管領・安東氏が唐子と呼ばれる蝦夷(アイヌ)を統括(『諏訪大明神絵詞』)。中世の安東氏は十三湊を拠点とし、奥州藤原氏を引き継ぐ陸の豪族であるとともに、安藤水軍と呼ばれる武装船団を擁していた。その活動範囲は、日本海北部を中心にかなり広範囲に及んでいたという(『廻船式目』)。蝦夷社会で騒乱が起こるとこれを鎮めるため、しばしば津軽から出兵した。
吉里迷・蒙古と唐子エゾ陣営の戦い
敷香郡域のある樺太中部はアイヌ(唐子エゾ、骨嵬)と吉里迷(ギレミ、吉烈滅)が接する地であり、ワシ羽などの産品を巡り唐子エゾと吉里迷の間で争いが生じ、1264年以降、吉里迷から援軍を求められた蒙古や、唐子エゾの後ろ盾で安藤水軍を擁する安東氏を巻き込んで死闘が繰り広げられたと思われる(モンゴルの樺太侵攻や白主土城および名好郡#中世も参照)。1308年(徳治3年/延慶元年)に唐子側から停戦条件を提示し実質「和睦」して戦闘をやめ、交易するようになっていた。その後、蒙古(元)は、明との争いが続き1368年(南朝:正平23年、北朝:応安元年)中国大陸の支配権を失い北走、大陸の黒龍江下流域もしばらく空白地帯となっていた。