同人ショップ
他にも多くの人気作品の著作権を握るメディアミックス関連企業や玩具メーカーがその企業活動のために二次創作に対する判断をいつどのような形に変更してくるかなどは、企業の経営方針など内部情報に属する要素も絡むことで、同人サイドにとっても極めて予想が難しいことであり、たとえ「今後も同人誌は安泰か?」と聞かれても同人イベントに参加している当事者たちでさえ「判らない」としか返答できない面がある。
実際、過去にガレージキットの分野では、多くの人気作品の版権や著作権を持つある企業が、自社でイベントの主催を始めたのを契機に、競合する他社の主催イベントでは自社や子会社が絡む著作権の版権利用を事実上許諾しなくなった事例がある。
なお、二次創作については、原作の著作権者の黙認の上に同人誌が成り立っていること、黙認が上述したコミケット準備会の過去のアピールを前提として成り立っている性質もあるため、同人ショップを通した「商業流通」を「同人誌=ファン活動の範疇を逸脱している」と著作権者に判断されれば、警告や販売差し止め要求、摘発を受ける可能性がある。実際に、商業流通に載せられたものを「同人誌」と認めない著作権者もいる。
一例として、株式会社アクアプラスでは二次創作を許諾する要件として「個人またはサークルによる私的頒布であること」としている。これは、「同人即売会での頒布」や「Webなどでの私的頒布」に限って許諾しており、「業者などの第三者を介した一般流通は同人活動とはみなさない」と定義している。
このような状況下にあっても、同人作品の販売を主業として生活する者こそ存在したが、作家・クリエイターとしての抜群の知名度と同人誌の製作・販売意欲があれば誰もがそのようなことに挑戦できるという状況ではなかった。
1991年(平成3年)2月22日、東京都内の書店3店の店長ら5人が成年向け同人誌の販売で摘発される事件が発生。この事件以前の同人誌は無修正で、成年向けのコーナーを区切っての販売(ゾーニング)がされていなかったためで、これ以降、書店では男性向けの成年同人誌の取り扱いを自粛、成年向け同人誌は自主規制の中で修正されるようになり再び店頭で成年向け同人誌が売られるようになるまでには、しばらくの時間を要することとなった。
この事件は東京のみに留まらず全国の同人誌を扱っていた書店にも影響を与えた。書店に委託されていた男性向け同人誌の取り扱いを止めて店頭から一斉に消えた。一方女性向けのやおい同人誌は表現描写の関係からあまり問題とされず、この後も引き続き取り扱いが続けられた。そのため、現在でも女性向け同人誌のみ取り扱いがある書店、アニメショップが一部に存在する(アニメイトなど)。一般的な書店にとっては(たとえ成年向けのゾーニングがされていても)摘発の危険性がある成人向け同人誌が取り扱いにくいものになったことが、この後の同人ショップを生み出す余地を与えることとなった。
事件が契機となって生じた同人誌販売の空白を埋めるようにまず登場したのは、男性向けの海賊版同人誌で、全く関係のない複数の同人誌を適当にまとめてコピーし1冊にまとめたものが1500円から2000円前後で販売されていた。これは主に成年向けのアダルトショップ、古本店などで扱われていた。
上記のように、同人誌が特殊な性質であることと、「同人誌=成年向けの(卑猥な)二次創作しかない」といった偏見を受けている影響や、需要の非常に少ないニッチ市場であることから、人口が50万人から100万人以上の都市部(東京23区・政令指定都市)や、ある程度の人口を擁する県庁所在地(宇都宮市・金沢市・松山市など)または近接する市部(八王子市など)といった、都市部にのみ店舗が集中する傾向にある。
ただし、政令指定都市であっても、より大きな都市に近接している大都市などでは出店が少ない。
人口が数万人から50万人程度しかない市に出店しても、同人誌の需要と採算が見込めないため、とらのあなやメロンブックスのような直営店はもとより、代理店・FC店のような形態さえも出店していない。同人誌そのものに無理解な書店が大半なため、成年・一般向け同人誌の委託や販売もほとんど行われない(一部のアダルトビデオ主体のサブカルチャー系書店で成年向け同人誌が扱われることはあるが、扱いが小さい)。
そのため、近隣に店舗が無く、来店が不可能ないしは困難な地域(離島、山村などの過疎地、都市部から離れた地域)の住民は、通信販売やインターネットオークションなどによる購入を余儀なくされている。
あきばお〜
アニメイト - 女性向けの同人誌が中心。 ゲーマーズ 書泉 メロンブックス フロマージュ
グレップ
K-BOOKS
COMIC ZIN
コミックとらのあな
ブックメイト
まんだらけ
らしんばん - 中古品のみを取り扱う。
上記の店舗には、書店(漫画専門店・古書店)・アダルトショップの延長線として(漫画雑誌・単行本・アダルトビデオ・アダルトゲームと並行する形で)「同人誌・同人ソフトも販売」しているところや、通信販売も手がけているところもある。ダウンロード販売(デジ同人)専門での代表的なものは、DLsite.comやFANZA同人がある。