BLAST
NCBI BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ライセンス: パブリックドメイン 動作環境: UNIX/Linux、Windows
WU-BLAST http://blast.wustl.edu/ ライセンス: 学術もしくは非営利の用途の場合は無料、商用利用の場合は有料 動作環境: UNIX/Linux、macOS
FSA-BLAST http://www.fsa-blast.org/ ライセンス: BSDライセンス 動作環境: UNIX/Linux、Power Mac G5
BLASTは NCBI (GenBank) やDDBJのウェブ上でも利用することができる。
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/blast-j.html
BLASTのオリジナルの論文 "Altschul, SF, W Gish, W Miller, EW Myers, and DJ Lipman. Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215(3):403-10, 1990." は、1990年代に非常に多くの論文で引用された。
BLAT (Blast Like Alignment Tool) は、BLASTを上回る速度で処理を行うが、正確さにおいてはBLASTに劣る。ヌクレオチドのシーケンスでゲノムデータベースへの検索を行う。