別所吉治
吉治は特に悪政を行ったという形跡もなく、改易の理由も「病と称して鷹狩りに興じて参勤を怠った」という理由以外に、前出の秀忠の乳母を粗略に扱ったから、など諸説あり、その改易された正確な年月日すらも諸説あってはっきりとしていない。また同じような理由で改易された人物も少ない。
幕府が、こじつけのような理由をつけてまで改易までに至らしめた理由については諸説あるが、弟・正之が福島正則の養子となっている事、関ヶ原の戦いで西軍に属して丹後田辺城を攻めた経緯があることなどから、安定期に入った江戸幕府から旧豊臣系の大名として認識され、外様大名の改易政策の一環として目をつけられていたからではないか、とする考察がある(細見末雄、宿南保など)。また、当時幕府が次々と全国の金山・銀山を直轄領とする政策を打ち出していたが、吉治が但馬国養父郡の中瀬鉱山(中瀬金山)の金山奉行を務めていた関係もあり、これを幕府が取り上げる意図もあったのではないか、などともされている。