リボヌクレアーゼH
RNase Hは生物に幅広く分布しており、生命の全てのドメインに存在する。このファミリーはヌクレアーゼスーパーファミリーに属し、これらが進化的祖先であると考えられている。原核生物のゲノムには複数のRNase H遺伝子が存在することが多いが、HI、HII、HIII遺伝子の存在と全体的な系統学的関係の間にはほとんど相関はみられず、これらの酵素の分布には遺伝子の水平伝播が寄与していることが示唆される。RNase HIとHIIIが同じ原核生物のゲノムに存在することは、ほとんどもしくは全くない。また、ある生物のゲノムに複数のRNase H遺伝子が存在する場合、それらには活性レベルで大きな差異が存在することがある。こうした現象は、RNase H遺伝子間での機能的冗長性を最小化する進化パターンを反映したものであることが示唆されている。RNase HIIIは原核生物固有のものであるが、その分布は系統学的に散在しており、細菌と古細菌の双方に存在する。これらはきわめて初期にHIIから分岐したものであると考えられている。
真核生物におけるRNase H2の進化的軌跡、特に真核生物ホモログが三量体を形成するようになった機構は明らかではない。B、Cサブユニットは原核生物に明確なホモログが存在しない。
RNase Hは、(+)鎖RNAゲノムの非特異的分解、(-)鎖tRNAプライマーの特異的除去、(+)鎖ポリプリントラクト(PPT)プライマーの除去という3種類の作用を行う。RNase Hは(+)鎖のプライミングに関与しているが、新たなプライマー配列の合成といった一般的手法をとるのではなく、RNase Hによる切断に対して抵抗性を持つPPTからプライマーを形成する。PPT以外の全ての塩基が除去されることで、PPTがLTRのU3領域の末端のマーカーとして利用されるようになる。
RNase H活性はウイルスの増殖に必要であるため、このドメインはHIV/AIDSやレトロウイルスによる他の疾患の治療のための抗ウイルス薬開発の標的となると考えられている。レトロウイルスのRNase Hの阻害剤としていくつかの異なる化学種が同定されているが、その多くの作用機序は活性部位のカチオンに対するキレート作用に基づいている。RTのポリメラーゼ機能を特異的に阻害する逆転写酵素阻害薬は臨床で広く用いられているが、RNase H機能の阻害薬は用いられていない。RNase HはHIVにコードされている酵素機能のうち、臨床使用されている薬剤の標的となっていない唯一の機能である。