日本における2019年コロナウイルス感染症の流行のタイムライン
日本における新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の流行は、国内で蔓延しているウイルスのゲノム配列に基づいて、2つの波に分けることができる。国立感染症研究所の遺伝子研究から、第1波の変異株は、中国や東アジアの患者に流行している武漢型に由来すると特定されている。1月に中国からの旅行者や帰国者を介して日本に侵入し、3月には日本全国で多数の感染集団(クラスター)を発生させ、その後は消滅に向かっている。日本の医学的検診では、武漢から帰国した神奈川県在住者が1月16日に国内で初めての感染事例と確認された。2月5日から本格的な検疫が開始されたダイヤモンド・プリンセス号を基点とするウイルス株は、4月16日時点では検出されておらず、日本国内では既に終息したものと思われる。
第1波に続いて、フランス、イタリア、スウェーデン、イギリスの初期患者にさかのぼる欧州型の変異体に由来する第2波が発生した。日本の医学的検診では、3月11日から3月23日までの間に欧米からの旅行者や帰国者によって新たな流行が発生した可能性が高いと政府の専門家会議が結論づけた、3月26日に第2波が検出された。国立感染症研究所は、3月以降日本で流行しているウイルスの大半が欧州型であることを立証するデータを示した上で、積極的疫学調査による感染の発生源と濃厚接触者の特定が功を奏し、武漢型ウイルスの封じ込めには成功したものの、3月の行動制限の不十分さから、3月下旬から4月中旬にかけて欧州型ウイルスの輸入および国内での拡散を許したことが「強く示唆」されると結論づけている。
この週の国立感染症研究所への症例報告数は13例(疑い例を含む)。
2月3日、ダイヤモンド・プリンセス号は神奈川県の横浜港に帰港したが、日本政府から乗員乗客の下船許可が下りず、同日から2日間、船内で検疫官による全員の健康診断と有症状者およびその濃厚接触者のウイルス検査のための検体採取が実施された。
2月5日、ダイヤモンド・プリンセス号における検査の結果、新型コロナウイルス陽性者が複数確認されたため、同日午前7時より14日間の検疫が開始された。 詳細は「クルーズ客船における2019年コロナウイルス感染症の流行状況」を参照
2月7日午前0時より、香港を出発したクルーズ船「ウエステルダム号」の日本への入港拒否が新たに実施されることになった。 同日午前10時10分ごろ、チャーター機の第4便が羽田空港に到着した。