コナミコマンド
一時期、公式サイトでコナミコマンドを入れると、「ZOMBIES ATTACK!」という裏ページに入ることが出来た。ニューズウィーク広報はコナミコマンドを入れたのは本当だと認めている。
隠し曲「ポジティブREMIX」の出現コマンドが4466373721(最後は左黄色→左白)となっている。
セーブデータを選びPRESS STARTのところでコマンドを入力すると雷電が「メタルギア ライジング リベンジェンス...」と呟き、全難易度が解除される。
Makey Makey拡張機能の中に、「上上下下左右左右が順番に押されたとき」というブロックがある。
タイトル画面で入力すると「クラシック ゲーマー アワード」の実績が解除される。
ブラウザ版でキーボードの矢印キーと文字キーを使いコナミコマンドを入力すると画面右下の骨マークがしゃちほこに変わり回転する。
e-AMUSEMENT PASS カードナンバー(ユーザーコード)入力画面にUEUP-4TAD-WLRH-1MG1(上、UP、下、DW、L、R、ひ、右)、パスワードに8484(BABA)と入力すると隠し曲が全解禁される。
ブラウザ版でキーボードの矢印キーと文字キーを使いコナミコマンドを入力すると、画面中央上部の鳥のマークが回転していた。

日本時間2023年4月4日ごろ、ブラウザ版で画面左上の青い鳥が柴犬に変更されると同時に回転ギミックが復活した。
なお、同年4月7日ごろに柴犬から青い鳥に戻ったが回転ギミックは維持されたままである。
2023年7月にロゴが青い鳥から「X」へと変更されたが、回転ギミックは維持されたままである。
1ステージ目か2ステージ目の選曲画面で4466373728もしくはPS2版でアナログコントローラによる別コマンドを入れると効果音(『がんばれゴエモン』の主人公ゴエモンの声「御用だ!」)が鳴り、これが隠し曲「ゴエモン」の出現条件の一部となっていた。
PS2版では隠し曲「パンキッシュガール」、「ハードカントリー」、「スカ」の出現条件としても使用されている。
アーケード版の移植だがコマンドが追加されている。セレクトボタンを押す(コイン投入)前に入力してゲームを始め、ゲーム中にスタートボタンを押すと、ファミコン版と同様の条件でフル装備になる。ただし、ペナルティとしてスコアが記録されなくなる。
また、XXBBAYAY下左(コナミコマンドを左右反転したボタン配置)と入力すると画面が左右反転のミラーモードになる。
タイトル画面で入力すると、『アニマル横町』原作者の前川涼が「とっかえだま」の対戦キャラクターとして選択可能となる。
特定の条件を満たし、2ステージ目の選曲画面の背景が夜になった状態で4466373728と入れると効果音(『悪魔城ドラキュラ』のアイテム取得音)が鳴り、これが隠し曲「悪魔城ドラキュラ」の出現条件となっていた。
対戦モードでスタートを押しながらコナミコマンド(あるいは類似したコマンド)を入れることで隠しキャラが使用可能。