インドネシア共和国革命政府
PKIにより派遣され西スマトラ地域書記となったブル・ユスフは、教育水準が低く公務員としての経験が少ないにもかかわらず、PKI支持者を重要な公職につけていった。
外交的にみると、紛争のもっとも大きな影響は、ソビエト連邦がインドネシア政府への武器支援を確立したことだった。PRRIが成立宣言を行った当初、インドネシア中央政府は自らに忠実なABRI部隊を国内で敵対する複数の武装勢力に対抗するため、アメリカ合衆国へ支援を求めて接近した。しかし米国はジャカルタよりもむしろパダンのPRRIへ肩入れし、中央政府は当時の世界情勢に従って、米国のライバルであるソ連へ武器を求めて接近せざるを得なかった。その結果、ソ連はインドネシアとABRIへの主要な兵器供給を担い、ABRIが東南アジアでも有数の強力な軍隊へと急激へ近代化・成長するのを助けることになった。この武器支援により、インドネシアは軍事的緊張をエスカレートさせられるようになった。そして彼らは対立している相手へ明白な紛争という選択肢を突きつけることによって議論を脅迫的に進めることが可能となり、イリアンジャヤ問題へも影響を及ぼした。
軍事作戦の初期段階では、中央政府側の役人と現地職員が自らの身を守るために避難しており、行政側の活動は麻痺していた。PRRI支配地域での行政を復活させるため、中央軍は中央スマトラ州を三分割した。そのうちの一つが後に主戦場となる西スマトラ州である。5月18日、カハルッディン・ダトゥク・ランカヨ・バサ(インドネシア語版)が西スマトラ州の初代知事に任命された。彼は1965年まで知事を務めるが、中央政府から送られた国の代表として、また地域社会のリーダーとして、PRRIという緊急事態の中で大きな重圧にさらされてゆくことになる。
他方、中央軍の動きも統制を欠いていた。中央軍の兵士は地元住民へ暴行を働き、PRRIに同情的とみなされた数千人の人々が恣意的に拘束され、あちこちで大量殺人が起こった。一例として中央軍がブキティンギ市内の時計塔付近で187人の容疑者を射殺したことが記録されているが、このうち17人だけがPRRI兵士で、その他は一般住民であった。その後、遺体は時計塔前の広場に並べられた。
1958年の4月中ごろから1960年にかけて、地域にあるすべての中学校・高等学校は閉鎖された。この二年間に開講していたほとんど唯一の学校であるアンダラス大学(インドネシア語版)も、所属するほとんどの講師と学生がPRRI運動へ参加したため、閉鎖を余儀なくされた。1960年の終わりには、西スマトラ州の全域が中央軍によって掌握されるに至った。