ロバート・E・リー (原子力潜水艦)
続く2年に渡ってロバート・E・リーは活動を続け、10回の抑止哨戒を行った。1963年9月10日に浮きドックのロスアラモス (USS Los Alamos, AFDB-7) に入渠し、10月4日に哨戒任務を再開した。ホーリー・ロッホを拠点としての活動は1964年まで続き、11月27日に16回めの哨戒に向かう。哨戒は1965年1月28日にメア・アイランド海軍造船所で完了した。
2月22日、ロバート・E・リーは最初のオーバーホールのためサンフランシスコ湾海軍造船所に入渠した。オーバーホールの作業内容には原子炉の燃料補給も含まれ、艦の多くの装備は安全性と信頼性が向上した。ナビゲーションシステムの近代化および兵装の改善は、艦にポラリス A3 ミサイルの発射能力を与えることとなった。
オーバーホール作業は1年半にもおよび、ロバート・E・リーは1966年7月12日に海上公試に入る。音響システム公試および兵装システム公試は7月後半に行われ、8月5日にサンディエゴに入港、5日間停泊した。8月10日に東海岸に向けて出航し、8月20日にパナマ運河を通過、9月4日にサウスカロライナ州チャールストンに到着した。
9月の残りおよび10月の第1週までロバート・E・リーはフロリダ州ケープカナベラル沖で整調作業を続け、10月10日に海軍長官がオブザーバーとして乗艦して、ポラリスミサイルの発射試験を行った。チャールストンに帰還するとクーパー川サイトで配備に向けての準備に入る。12月4日にチャールストンを出航し17回目の哨戒に向かう。哨戒は1967年1月30日にホーリー・ロッホで完了した。
10月4日までにロバート・E・リーはさらに3度の哨戒を完了した。