ジャコウジカ科
21世紀初めまで、ジャコウジカ科はシカ科と姉妹群だと考えられてきた。しかし、2003年にAlexandre Hassanin(国立自然史博物館 (フランス))によるミトコンドリアと核DNAの系統分類学的解析により、ジャコウジカ科はウシ科と単系統群を成し、さらにそのクレードがシカ科と姉妹群であることが判明した。この研究により、シカ科がウシ科-ジャコウジカ科系統と分かれたのは2,700-2,800万年前であることも明らかになった。以下の分岐図はその研究に基づく。
Prothero (2007)による分類。
Family Moschidae ジャコウジカ科
Hydropotopsis† Hydropotopsis lemanensis
Hispanomeryx† Hispanomeryx aragonensis Hispanomeryx daamsi Hispanomeryx duriensis Hispanomeryx andrewsi
Oriomeryx† Oriomeryx major Oriomeryx willii
Friburgomeryx† Friburgomeryx wallenriedensis
Bedenomeryx† Bedenomeryx truyolsi Bedenomeryx milloquensis Bedenomeryx paulhiacensis
Subfamily Dremotheriinae† Pomelomeryx Pomelomeryx boulangeri Pomelomeryx gracilis Dremotherium Dremotherium cetinensis Dremotherium guthi Dremotherium quercyi Dremotherium feignouxi
Subfamily Blastomerycinae† Pseudoblastomeryx Pseudoblastomeryx advena Machaeromeryx Machaeromeryx tragulus Longirostromeryx† Longirostromeryx clarendonensis Longirostromeryx wellsi Problastomeryx Problastomeryx primus Parablastomeryx Parablastomeryx floridanus Parablastomeryx gregorii Blastomeryx† Blastomeryx gemmifer
Subfamily Moschinae Micromeryx† Micromeryx styriacus Micromeryx flourensianus Micromeryx? eiselei - Micromeryx に属すという説もある Moschus ジャコウジカ属 Moschus moschiferus シベリアジャコウジカ Moschus anhuiensis アンフィジャコウジカ Moschus berezovskii コビトジャコウジカ Moschus fuscus カッショクジャコウジカ Moschus chrysogaster ヤマジャコウジカ Moschus cupreus Moschus leucogaster