ムイスカサウルス
ムイスカサウルスは、オフタルモサウルス科に分類された化石に基づいて記載されており、この科にはジュラ紀と白亜紀に生息した大半の魚竜が属している。プラティプテリギウスやカイプリサウルスおよびブラキプテリギウスからなるサブグループに関し、ムイスカサウルスはオフタルモサウルス科の中でも基盤的な位置にいたとされている。ただし、カイプリサウルスとブラキプテリギウスはムイスカサウルスよりも古い属である。
以下のクラドグラムは、マクスウェルの2015年の系統解析に基づく。