宮崎空港線
普通列車も南宮崎駅および宮崎駅、さらに一部の列車は延岡駅まで直通運転するが、前述の通り宮崎駅 - 宮崎空港駅間は乗車券のみで特急列車の普通車自由席に乗車できるために普通列車独自で本数を確保する必要はなく、絶対的に多く設定されていない。このため青島・油津駅方面との接続に関しては、田吉駅でかなりの時間待たされる場合がある。また、かつては快速列車が運行されていたが、2015年6月20日時点では運行されていない。
延岡駅発着:下り9本、上り11本
高鍋駅発着:1往復
日向新富駅着:上り1本
宮崎駅発着:下り8本、上り7本
南宮崎駅発着:1往復
なお、日南線・日豊本線内の運行形態についてはそれぞれの項目を参照のこと。
2016年(平成28年)12月22日:スマートフォンアプリ「JR九州アプリ」内の列車位置情報システム「どれどれ」運用開始により、リアルタイムで列車位置情報が配信開始。
2020年(令和2年)3月20日 - 4月23日:新型コロナウイルス感染症による利用客減少に伴い、減便等を実施。 「にちりん」8・9・13・14・19号を運休。(3月20日 - 4月23日) 「にちりん」3号・「にちりんシーガイア」20・24号の大分 - 宮崎空港間を運休。(3月20日 - 4月23日) 「ひゅうが」7・8号を運休。(4月6日 - 4月23日) 「ひゅうが」5号の宮崎 - 宮崎空港間、8号の宮崎空港 - 南宮崎間を運休。(3月20日 - 4月5日) 「にちりんシーガイア」20号に充当する列車の運用ダイヤにあたる、普通列車1本(宮崎→宮崎空港)を運休。(3月20日 - 4月23日)
2022年(令和4年)4月1日:宮崎支社の発足に伴い、当線の管轄を鹿児島支社から同支社へ移管。