衛生仮説
微生物への曝露の不足とアレルギーをはじめとした疾患を関係付ける説を支持する科学的根拠は数多いが、否定的な見解も根強く存在している。衛生の状態を定義したり、直接測定することは困難であり、社会経済状況、収入、食事などが代替的な指標として用いられる。
様々なアレルギーや自己免疫性疾患などの疾患の発生が、先進国に比べて発展途上国で少なく、発展途上国から先進国への移民が時間と共に免疫の病気を生じやすくなることを、数多くの研究がこれまでに示してきた。この代表例として喘息やその他の慢性炎症性疾患がある。このアレルギーの増加は主に食事や微生物叢の多様性の減少によるが、その理論的な要因については明らかでない。
生後1年以内での抗生物質の使用は喘息などの慢性疾患に関連し、他にも帝王切開による出生も喘息のリスク因子となりうる。一方、少なくとも一つの研究が手洗いのような個人の衛生的行動は喘息の発生とは関係しないと主張している。