筑後川
また、中流部においては1961年(昭和36年)より千年分水路・原鶴分水路・大石分水路の「三大分水路」が建設され1979年(昭和54年)に事業が完成している。
下流域では1966年(昭和41年)より久留米市において東櫛原大規模引堤事業が着手され、住民の移転や西日本鉄道天神大牟田線の筑後川鉄橋など4橋梁の架け替えなどに難航しながらも1993年(平成5年)に完成している。
佐賀市を流れる佐賀江川については1980年(昭和55年)の水害で激甚災害法に指定されたことを契機に佐賀江川激甚災害対策特別緊急事業(激特事業)に指定され、排水機場の整備や蛇行部の直線化が行われた。
この他宝満川・小石原川・花宗川・広川など主な支流には堤防整備や筑後川の洪水逆流防止のための水門改築、橋梁整備や川幅拡張を行った。現在は支流の城原川(じょうばるがわ)に城原川ダムの建設を進めている。
福岡県も管理する筑後川水系の中小河川について河川改修を実施する傍ら国庫補助を受けた補助多目的ダム・補助治水ダム事業を行っており、宝満川支流に山神ダム(山口川)や河内ダム(大木川)、広川には広川ダムを完成させた。
現在はうきは市の巨瀬川に藤波ダムを治水ダムとして建設している。
そこで、筑後川の河川管理者である建設省九州地方建設局は、治水事業の一環として実施している河川整備に、日本住血吸虫症対策としてミヤイリガイ撲滅を併せて目的に組み入れることにした。具体的には河川敷を整地しコンクリート護岸を整備することで、ミヤイリガイの繁殖に適するススキ原や湿地帯を埋め立てることで、生息地を壊滅に追い込むことにあった。
建設省による事業は1965年(昭和40年)より開始され、まず宝満川流域で河川敷整備と水門の改築による護岸工事を実施した。この結果、宝満川下流域において、1970年(昭和45年)までに、新宝満川左岸部の久留米市小森野地区を除き、ミヤイリガイの根絶に成功。上流部の鳥栖市でも、1969年(昭和44年)のミヤイリガイ大発生以降は、ススキの刈り取りを徹底的に実施して根絶に追い込んだ。
しかし、新宝満川左岸の久留米市小森野地区では、その後も感染したミヤイリガイの棲息が継続的に確認されており、対策が求められていた。
建設省は1965年より筑後川治水事業第二次五ヵ年計画を策定、久留米市内の大規模築堤事業として「久留米市東櫛原大規模引堤事業」を計画。また水資源開発公団は、筑後川水系水資源開発基本計画の一環として筑後大堰の建設を計画した。
一方、肥前佐賀藩執政・鍋島直茂の重臣で中世土木史にその名を刻む成富茂安(なりどみ・しげやす)は蛤岳から那珂川の支流である大野川へ流下する水を、水路により山地の周囲を回らせて田手川へ導水する「蛤水道」を1626年(寛永3年)に完成させ、神埼郡の灌漑を図った。
しかしこれにより逆に福岡藩側の水の便が悪くなり大野川が枯れた。これに抗議すべく福岡藩側の「お万」と言う女性が築堤を壊そうとし、母子ともに滝に身を投げたと言う逸話も伝わる。
その後茂安は水路の溢水対策として「野越し」と言うオーバーフローを設け、増水時には大野川にも配水するようにした。また、茂安は三根郡・養父郡(やぶぐん)・基肄郡(きいぐん)を水害から守るため1643年(寛永20年)に筑後川右岸に12キロメートルの二重堤防を築堤した。
これは「千栗(ちりく)堤防」と呼ばれ現在は河川改修により残っていないが、築堤以来300年近くにわたり堤防決壊などが起こらず、地域住民を水害から守った。このため茂安の名は同郡では大変な尊敬をもって迎えられ、かつて同郡内には茂安の名にちなんだ北茂安村・南茂安村が存在したほどであった。
また、水制として水刎(みずはね)・荒籠(あらかご)などが各所に設置されたが、荒籠は水流に対して直角に設置して水流を弱めるため対岸の護岸を削る副作用があり、これが原因で上流部では福岡藩と久留米藩が、下流部では佐賀藩と柳河藩が対立。各藩が勝手に水制を設置したことにより却って洪水被害が増幅する皮肉な結果を導いた。
1605年(慶長10年)からは肥後国菊池氏の末裔である菊池十左衛門が浮島を、1610年からは筑後国三潴郡(みずまぐん)住人三郎左衛門が大野島の開拓を行い新田を開墾した。これらの島は筑後国領域と認定され、現在でも福岡県の一部となっている。1622年(元和8年)には柳河藩貨幣方だった三潴郡の豪商・紅粉屋七郎左衛門が干拓によって80町歩を開拓している。
この頃干拓地は『搦』(からみ)、または『開』(ひらき)と呼ばれていた。『搦』については干拓堤防の中心となる杭に竹などの枝を絡み付ける技法から、『開』は開拓・開墾・開発から語源が来ていると考えられている。
治水事業は江戸時代初期より藩主導で開始されている。1600年(慶長5年)の関ヶ原の戦いにおいて筑後では久留米城主の小早川秀包と柳河城主の立花宗茂が西軍に加担したため改易され、代わりに石田三成を捕縛する大功を立てたことにより田中吉政が筑後一国・柳河32万石の国主として1601年(慶長6年)に入部したが、吉政は早くも筑後川の改修に取り組んだ。1606年(慶長11年)から13年の歳月を掛けて瀬の下地区(久留米市)の蛇行を解消するべく筑後川の流路をショートカットする瀬の下捷水路(しょうすいろ)を開削し、筑後川の流路を変更した。田中忠政が無嗣により改易された後久留米21万石の藩主となった有馬豊氏は引き続き河川整備を行い、寛永年間(1624年~1643年)に安武堤防を築堤した。