近江鉄道本線
当初終点に予定していた深川駅では関西鉄道線と並行する線路を敷設することになることから、貴生川に関西鉄道と共同で新しい駅を設置してそこを終点にする方針となり、1900年(明治33年)9月10日に、終点を深川駅から貴生川駅に変更する認可を得た。10月1日に八日市 - 日野間7マイル60チェーン(約12.5キロメートル)が開通し、続いて12月28日に日野 - 貴生川間6マイル11チェーン(約9.9キロメートル)が開通して当初計画区間が全通した。12月28日と年末に開通したのは、1901年正月の初詣輸送に間に合わせる意図があったとされている。当初は蒸気機関車による運転であった。
1901年(明治34年)1月9日に彦根駅構内で全通式を盛大に挙行したが、経営の内実は非常に苦しく、全通式当日午後に開催された大株主会では財政整理案が討議されるほどで、1904年(明治37年)から1905年(明治38年)にかけては資本金を2回に分けて200万円から110万円にする減資を断行した。1904年からは、関西鉄道大合同と呼ばれる関西地方一円の鉄道会社の合併を進める動きがあったが、近江鉄道の無配当が続く経営状況から合併相手となる関西鉄道から受け入れられず、合併は成立しなかった。1906年(明治39年)からは鉄道国有法に基づく主要私鉄の国有化が進められたが、これにより貴生川で路線を接する関西鉄道も国有化され、国鉄草津線となった。近江鉄道は国鉄に挟まれた区間を営業することになり、営業上の困難を訴えまた鉄道国有法で私鉄の経営が認められた「一地方の交通を目的とする鉄道」には近江鉄道は当たらないとして国有化を請願したものの、これは受け入れられず私鉄として存続した。