FASTA
FASTA ソフトウェアパッケージの現在のバージョンでは、次のようなことができる。なお、シーケンスデータベースに与える検索のシーケンスをクエリーという。
塩基配列クエリーで塩基配列データベースを検索
塩基配列クエリーをアミノ酸配列に翻訳してアミノ酸配列データベースを検索
アミノ酸配列クエリーでアミノ酸配列データベースを検索
アミノ酸配列クエリーで塩基配列データベース(アミノ酸配列に翻訳)を検索
複数のペプチド(短いペプチド鎖)をクエリーとしてアミノ酸配列データベースを検索
フレームシフト突然変異を考慮した検索も可能である。Smith-Watermanアルゴリズムを実装した SSEARCH でのシーケンスデータベースの検索・比較をすることもできる(処理速度は遅くなる)。
FASTA ソフトウェアパッケージの主な用途は、類似性の精密な統計値を計算することである。類似性の統計値を計算することにより、生物学者は、どのアライメントが妥当性が高いかを判断することや、相同性 (homology) を推測することができる。
FASTA ソフトウェアパッケージは、ヴァージニア大学のFTPサーバから提供されている。