スーパーメトロイド
ブリンスタの中ボス。宇宙海賊が遺伝子操作で作り上げた生体兵器で、ツルとそれに吊るされた目玉のような実が動物のように動き回る巨大植物。触れるとダメージを受ける胞子を撒き散らす。甲殻の中にある核の部分にしか攻撃が通らない。
オープニングデモにて「METROID 3」と銘打っている。時系列としては、前作『メトロイドII RETURN OF SAMUS』 及びそのリメイクである『メトロイド サムスリターンズ』と『メトロイド アザーエム』の間の物語である。
前作(『メトロイドII RETURN OF SAMUS』)から追加されたシステムに、マップ機能がある。これにより、シリーズの特徴である迷路ともいえるステージマップを把握できるようになった。マップコンピュータと呼ばれる機械から、マップのダウンロードを行う事でステージマップの大部分が把握できるようになる。マップ内はブロック単位で細かく区分けされており、一度通ったところが塗りつぶされるように記憶されていく。エネルギー及びミサイル全回復ポイントは、本作から一定地点にある機械から補給する形となっている。
また、装備アイテムの切り替えが可能になった。前作までは、違う種類のビームを持ち運べなかったが、本作では装備品として切り替えて使用できる。
超高温の熱で対象を瞬時に融解させる緑色のレーザー状ビーム。敵を貫通し、最強の破壊力を併せ持つ。スペイザーとの同時併用はできないが、ウェイブビームとの併用で同様の効果を得る。
時間制限がかけられているイベントが存在し、時間内(スペースコロニーでは1分以内、ゼーベスでは3分以内)に脱出できないとゲームオーバーになる。
しゃがんでいる最中に更に下キーを押すことで、狭い通路に侵入可能なボール形態に変形可能になる。初代『メトロイド』を意識したアイテム配置がされている。
足をすくわれたり、ジャンプの妨害になる。下のゾーンに落とされることもある。