黄檗駅
1961年(昭和36年)4月21日:日本国有鉄道奈良線の木幡駅 - 宇治駅間に新設開業する。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により西日本旅客鉄道(JR西日本)の駅となる。
1991年(平成3年)3月16日:ダイヤ改正に伴い、交換設備の使用を開始する。
2003年(平成15年)11月1日:IC乗車券「ICOCA」の、当駅における供用を開始する。
2018年(平成30年)3月17日:駅ナンバリングが導入される。
2023年(令和5年)12月19日:みどりの窓口の営業を終了(予定)。
括弧内は駅番号を示す。
駅の東側は山が迫っており、その中腹には中国大陸からこの地に至った隠元隆琦を開祖とする黄檗山萬福寺があるほか、高台を切り拓いた住宅団地「黄檗台」などの住宅地が広く所在している。
一方、駅の所在する五ヶ庄地区(駅周辺および西側一帯)は低地に位置しておりたびたび水害が発生している。第2室戸台風で広範囲が浸水したほか、近年では1986年と2008年に床下浸水、2012年8月の集中豪雨では当駅と三室戸駅間にある「京滋バイパス」との交差部が浸水したことに伴い同バイパス不通および、当駅と木幡駅の間で交差する弥陀次郎川が宇治川寄りの天井川の堤防が決壊し住宅8戸全壊・約500戸浸水、翌2013年にも台風18号による浸水被害が発生している。
黄檗山萬福寺 - 黄檗宗大本山
許波多神社
黄檗台
弥陀次郎川
京都府道7号京都宇治線 - 駅の東側を南北に並行している。