島原藩
そして巧みな農業政策や植民奨励政策などを行なって、島原の復興を成し遂げたのである。ちなみに現在、島原に多くの方言があるのは、忠房が各国の武士の次男・三男や農民などの植民を奨励して、様々な国の人々が島原に土着したためと言われている。しかし忠房の後を継いだ隆長は藩の体制確立に躍起になったためか失政が多く、幕府より咎を受け寛文8年(1668年)に改易となった。
代わって丹波国福知山藩より深溝松平氏の松平忠房が6万5000石で入る。松平氏は5代にわたって島原を支配したが、寛延2年(1747年)に下野国宇都宮藩の戸田忠盈が7万7000石で入り、入れ替わりで松平氏は宇都宮へ移封。戸田氏は2代続いたが、安永3年(1774年)に宇都宮へ移封されていた松平氏が6万5000石で再び戻ってくる。戸田氏も入れ替わりで宇都宮へ戻る。以後、松平氏が8代にわたって支配し、明治4年(1871年)の廃藩置県を迎え島原県となった。その後、長崎県に編入された。
島原の乱の教訓からか、松倉氏の後に入った高力・松平・戸田の3氏はいずれも、徳川氏譜代の家臣である。なお、島原は気候温暖であるが火山地帯で土地がやせており、実際の年貢の収穫高は表高よりも少なかったと言われている。