長崎自動車
特急バス シルクロード - 国道206号・西海橋経由 佐世保線(ドレクメーラー・メテオール(2階建車両)で運行された)
特急バス シルクロードII - 国道206号・西海橋経由 ハウステンボス行き(西肥自動車と共同運行、日野・グランビューの2階建て車両を導入して運行された)
夜行高速「エトランゼ号」 - 長崎~姫路・神戸間を結んでいた路線。利用者減少のため、2011年(平成23年)6月1日より運行休止(神姫バスと共同運行)
夜行高速「グラバー号」 - 長崎~名古屋間を結んでいた路線。利用者減少により2018年(平成30年)11月30日を以って路線廃止(名鉄バスと共同運行)
住吉・道の尾経由長崎空港線 - 2012年(平成24年)11月1日に運行を開始したが、利用者数減少に伴い、2020年3月28日を最後に運行を終了した。
撤退した路線
夜行高速「オランダ号」 - 長崎~大阪・京都間を結ぶ路線。2018年(平成30年)11月30日を以って運行撤退し、共同運行相手だった近鉄バスの単独運行に移行。予約発券等の運行支援は長崎バスも引き続き行う。
長崎市は市内を山に囲まれており、平坦地が少ないため、市内中心部に向かう道路が限られている。このため長崎バスの路線も市中心部に集中しており、北部方面は宝町、南部方面は中央橋から分岐するようになっている。長崎駅から中央橋の間は経路が二分され、中央橋方面へ向かう全ての路線が大波止経由か市役所前経由のどちらかで運行される。大波止経由は船着場や商業施設ゆめタウン夢彩都のある大波止(波止場周辺地域を差す名称であるが、住居表示上の正式な町名ではない)を通り、市役所前経由は長崎市役所を初めとしたオフィスビルの建ち並ぶ地区を通る。
1973年(昭和48年)から、主な経由地別で経由番号を設定しており、行先別に路線をグループ化してまとめている(経由番号の経路に該当しない路線には番号が付与されない)。方向幕による行先表示では、大波止経由を青や黒、市役所前経由を赤の経由番号で示すルールが定められていた。