横浜マリンタワー
しかし、その後集客力が減少していき、2005年には年間27万人にまで減少、そのため、2006年10月13日、運営を引き継いでいた「氷川丸マリンタワー株式会社」は入場者減に伴う経営悪化を理由に、隣接する氷川丸とマリンタワーの営業を12月25日に終了した。マリンタワーは横浜市に、氷川丸は日本郵船に譲渡された。
2006年末にいったん営業を終了したマリンタワーは、「マリンタワー再生事業」に基づき、横浜市が改修し、公募された事業者(リスト、ゼットン、横浜エフエム放送など)が借り上げる形で外観のリニューアルや屋内の改装などが行われ、2009年5月23日にリニューアルオープンした。
2011年1月15日には開業50周年を迎えた。
その後、2019年3月31日をもって全館を一時休館し、翌4月1日より2022年3月31日(3年間)の予定で再度改修工事(塔体の再塗装やライティングデザインの一新、空調・エレベーターの修繕、設備更新など)を行い、同年夏の営業再開を予定していた(事業者は引き続きリストなど)。しかし、内装工事が長引いたため再開時期がずれ込み、同年9月1日にリニューアルオープンとなった。