農林水産省直轄ダム
冒頭に記した通り土地改良法に基づいて施工される国営土地改良事業、または国営かんがい排水事業における水源として建設され、一級河川・二級河川の区別無く建設される。完成後は農林水産省が直轄でそのまま管理することは少なく、土地改良事業が完了した際に大抵は所在地域の土地改良区へ委託管理される。また、河川管理者(国土交通省、都道府県知事)が行う河川総合開発事業と共同で施工する場合、治水目的を持つことから農林水産省が施工・管理を行うことは1989年(平成元年)7月1日通達(後述)で不可能となったため、施工中より共同事業者として事業主体が河川管理者へ移管される。通達発令以前は完成後に移管されていた。ただし治水目的がない多目的ダムについては直轄ダムでも存在し、地域の水がめとして上水道や工業用水道の供給、または水力発電を行うダムもある。
純粋な農林水産省直轄ダムは国土交通省直轄ダムに比べてその数は多くない。直轄でダムを管理する場合の指針や基準は、例えば阿賀野川から阿武隈川へ導水路による流域変更を行う羽鳥ダム(鶴沼川・福島県)のように複数の水系・河川を利用した灌漑事業である場合、あるいは加古川水系・紀の川水系・大淀川水系などでの国営土地改良事業のように受益地域が通常の事業に比べ広範囲に及ぶ場合など、利害調整の上で土地改良区単独では対処できないケースでは農林水産省が水源であるダムを直轄で管理する。