東京農林学校
1886年、農商務省の財政難により、所轄の駒場農学校と東京山林学校が合併して東京農林学校となる。このとき、本科と別科を設置する。合併の際教職員についても、そのほとんどが両校から引き継がれている。農林学校では、両校の設置していた学科を元に農学部、林学部、獣医学部を設置した。その在学年数はまず予科を3年、農学部および林学部が2年、獣医学部3年と定めた。またこのとき2年制の速成科を設置している。
1888年に校則改正を行って、各学部に本科で農科、林科、獣医科が設置されるほか、農科、林科にそれぞれ別科が設置された。また、修学年限の構成を予科3年、本科3年の6年制に移行した。しかし1889年に再改正があり、学部制に戻し、また別科を乙科としている。さらに、時の農商務大臣井上馨の判断で、各学部の卒業生には農学士、林学士、獣医学士の各学士号が授与されることになる。また、同年に東京農林学校の既卒業生と旧駒場農学校の卒業生は「高等試験ヲ要セス其修メタル学科ニ関スル行政官試補ニ採用スルコトヲ得」とされて、実質帝国大学卒業者と同等の処遇を受けることになった。