鎮守の森
これらと逆に、神社のために鎮守の森が作られた例もある。特に有名なのが明治神宮である。台湾などからの献木で持ち込まれた樹種もあるが、基本方針として本来その地にあるべき植生(潜在自然植生)に配慮し、将来的には天然更新によって、自然な鎮守の森らしくなるよう計画されたものである。なお、春日山は、世界遺産に登録される際、この点が考慮されて自然遺産ではなく、文化遺産とされた。
鎮守の森は、古くからそのような姿で保存されてきたと考えられている。したがって、その森林植生は、その地域の本来の植生、いわゆる原植生を残していると考えられる。周辺の自然が破壊されていることが多い現在では、鎮守の森が、かつてのその地域の自然を知るための数少ない手掛かりとなっていることも多い。そのような意味から、日本の森林生態学では鎮守の森は重視され、神社林、あるいは社寺林(しゃじりん)と呼ばれ、よく調査の対象とされる。その過程で貴重さが確かめられ、天然記念物等の形で保護を受ける例も多い。そのような意味では、沖縄に於ける御嶽に付随する森林も同様なものである。
ただし、完全に昔の植生を残しているとは考えない方がよい。周辺が開発され、鎮守の森だけが孤立して残れば、元々は広く連続していた植生が小さく切り取られたことになる。その結果、面積が小さくなるから、それによって個体群を維持できない種も出てくることは大いにあり得る。地形的に渓流沿いなどは含まれないこともあり、古来には存在した群落からは失われる部分も多い。また、それに伴う乾燥化等も生じる。それによって変化する部分もあり、新たに侵入する種もある。たとえば神社によく見られるクスノキは、本来は日本の中南部の森林にあったものではないと考えられている。また、ケヤキやムクノキなどの落葉樹も、本州中部の平地以南では、極相林にはあまり出現しないはずのものである。
南方熊楠は、当時からこの伐採による大規模な自然破壊を危惧し、神社合祀に反対している。
神社合祀は神社を行政村1つにつき1つだけに整理することにより、土着の信仰を国家神道に組み込むために行われたものだが、一説には、その木材資源、あるいはそれに伴う副産物(樟脳など)の利権的獲得が目的であったとも言われる。特に本州中部以南の神社には、クスノキやタブノキなどの大木が多く、これが高額で扱われたのではないかとの説がある。
また、細かい点で言えば、古くは神社の神木にはよく着いていたフウランやセッコクの大株が、山野草ブームのあおりでほとんど見られなくなっている。似た例は昔もあったようで、南方熊楠は和歌山県のある神社で立派な着生ランの大株を見つけ、喜んでこれを神主に説明したところ、神主はこれを大いに宣伝した。これに対して、「せっかくの珍しいものを、そのように宣伝するとは。盗まれてしまう」と腹を立てた文が残っている。