指宿港
鹿児島港 - 指宿港 - 種子島(西之表港) - 屋久島(宮之浦港)
種子島・屋久島方面1便、鹿児島方面1便の1日3便が寄港する。
指宿港 - 根占港
高速船「なんきゅう10号」が就航する(航海時間約20分)。1日4往復が運航されており、指宿枕崎線の指宿駅で鹿児島中央方面の列車との接続を考慮したダイヤとなっている。