メバエ科
現生種の下位分類は4亜科8族とされていたが、2010年に5つ目の亜科として Notoconopinae が記載された。またすでに絶滅した Palaeomyopinae 亜科が化石から発見されている。
一部の研究者は、形態的、生態的に異なる点が多い Stylogastrinae 亜科を独立した科とすべきだと主張している。またかつては、外見が似ているハナアブ科と姉妹群を構成すると考えられていたが、これは共有原始形質(symplesiomorphy)であると考えられている。
上位分類のメバエ上科は単型であり、ミバエ上科と近縁であるとされている。