中央流行疫情指揮中心
2005年1月18日、行政院衛生署(衛生福利部の前身)によりそれまでの「生物病原災害中央災害応変中心(対感染性病原体)」、「反生物恐怖攻撃指揮中心(対バイオテロ)」、「中央流行疫情指揮中心」などを束ねる国家衛生指揮中心が設置され、その中核組織として指揮中心が機能を果たすことになる。
2009年4月28日、H1N1亜型による2009年新型インフルエンザの世界的流行に伴い、行政院は衛生署署長葉金川(中国語版)を総指揮官とする指揮中心を設置した。