ウィリアム・スミス・クラーク
ドイツ留学から帰国して数カ月後の1853年5月25日に、ハリエット・ウィリストン(Harriet Keopuolani Richards Williston)と結婚した。ハリエット・ウィリストンというのは、William RichardsとClarissaの間に生まれた娘で、William Richardsはハワイ王国へミッション(宣教)へ行った人物である。 1838年にハリエットと弟の Lymanはウィリストン神学校で教育を受けるべく、ハワイから送り出されたのであった。(妻の父親(義理の父)のWilliam Richardsは1847年にハワイで亡くなることになる) クラークは妻のハリエットの間に11人の子どもをもうけた。ただし、うち3人は生後1年以内に死亡した。
息子のアサートン・クラークは、後年マサチューセッツ農科大学の理事になった。
息子のヒューバート・クラーク (Hubert Lyman Clark) は、ハーバード大学で動物学を研究した。 ヒューバートの息子のウィリアム・クラークは、シンシナティ大学の英文科科長となった。
札幌農学校におけるクラークの立場は教頭で、名目上は別に校長がいたが、クラークの職名は英語で「President(校長)」と表記することが開拓使によって許可され、ほとんど実質的にはクラークが校内の全てを取り仕切っていた。
クラークは自ら模範となり、学生を鼓舞、激励するだけでなく、マサチューセッツ農科大学の教え子から生え抜きを後継者に据えて規律及び諸活動に厳格かつ高度な標準を作り出し、学生の自律的学習を促した。
9ヶ月の札幌滞在の後、翌年の1877年5月に離日した。帰国後はマサチューセッツ農科大学の学長を辞め、洋上大学の開学を構想するが資金が集まらず頓挫、生活費に困るようになっていたときに出資者を募って知人と共に鉱山会社「クラーク・ボスウェル社」を設立して7つの鉱山を買収、当初は大きな利益を上げたが、その知人が横領を繰り返し、果てに逃亡、設立から1年半で破産、負債は179万ドルだった。叔父から破産をめぐる訴訟を起こされ、裁判で罪に問われることはなかったが、晩年は心臓病にかかって寝たり起きたりの生活となり、1886年3月9日、失意のうちに59歳でこの世を去った。
彼は帰国した後も札幌での生活を忘れることはなく、死の間際には「札幌で過ごした9ヶ月間こそ、私の人生で最も輝かしいときだった」と言い残したと伝えられる。彼の墓はアマースト町ダウンタウン内にあるウエスト・セメタリーにある。