ヨハネス・ツェレペス・コムネノス
続いて親子はキリキア・アルメニアへ身を寄せ、キリキア侯(英語版)の歓待を受けた。ここでヨハネスはレヴォン1世の娘と結婚し、持参金としてモプスエスティア(英語版)とアダナの街まで与えられた。しかし亡命親子はここでも長くはとどまらず、キリキアで与えられたものを放棄してルーム・セルジューク朝のマスウード1世(在位 1116年–1156年)のもとへ走った。
イサキオスは兄ヨハネス2世に対抗するために包囲網を築くという考えに固執していたが、この計画は実を結ばなかった。逆に、帝国におけるヨハネス2世の地位は確固たるものになっていくばかりであった。ヨハネス2世は1137年から1138年のシリア遠征でアンティオキア公国を従属させるなど成功を積み重ね、帝国内の貴族や官僚、民衆の間における地位を固めていった。その結果、帝国内で残っていたイサキオス支持者たちも次々と離れていった。そのため、イサキオス自身も帝位を諦め兄との和解を模索せざるを得なくなった。1138年春、イサキオスは息子ヨハネスを連れて、アンティオキア遠征から帰る途上のヨハネス2世のもとを訪ねた。ヨハネス2世は快く親子を許し、コンスタンティノープルへ連れ帰った。
ヨハネスは1112年ごろ、セバストクラトルのイサキオス・コムネノスとエイレーネーの間の子として生まれた。イサキオスは東ローマ皇帝アレクシオス1世コムネノス(在位: 1081年–1118年)の子である。母エイレーネーについてはほとんどわかっていないが、おそらくロシア人の家系の出である。
父イサキオスとその兄ヨハネス2世コムネノス(在位: 1118年–1143年)の関係は、当初は良好だったが、次第に仲が悪化し、1130年には決裂状態となっていた。史料には仲たがいの理由が詳しく記録されておらず、ニケタス・コニアテスやヨハネス・キンナモス(英語版)も、イサキオスが帝位を狙ったのだと簡潔に記すにとどめている。1130年、ヨハネス2世がルーム・セルジューク朝との戦争のためにコンスタンティノープルを留守にしているのを狙い、イサキオスらは帝位簒奪の陰謀をたくらんだ。しかしこの陰謀は露見し、イサキオスは2人の子を連れてコンスタンティノープルを脱出し、マラティヤにあるダニシュメンド朝のアミールであるギュミュシュテキン・ガーズィー(トルコ語版)の宮廷に身を寄せた。ヨハネス・コムネノスは、ヨハネス2世へ対抗する協力者を求めて放浪する父に付き従い、6年にわたり小アジアやレバントのほぼ全域を巡った。
まず親子はマラティヤからトレビゾンドへ移った。トレビゾンドの総督(ドゥクス)コンスタンティノス・ガブラス(英語版)は、1126年以来コンスタンティノープルの東ローマ中枢から独立してカルディア(英語版)を支配していた。