加波山三枝祇神社
明治元年(1868年)に神仏判然令が出されると、両寺院ともに還俗して神職となり、寺院は廃寺とした。
その後、本宮は旧正幢院の建物をそのまま里宮に転用して安定した歩みを示すのに対し、親宮の歩みは揉めたものとなる。当初は寺院時代の檀家を背景に長岡の氏神とされたが、明治37年(1904年)8月に管理・修復を目的として氏子一同が親宮の権利一切を鈴木宗吉という人物に委ねたところ、その後の大正年間(20世紀前葉)に氏子との間に不和が生じたため、鈴木宗吉を排斥して親宮は本宮の管理するところとなった。この際に親宮の里宮は廃され、現在は本宮の里宮が親宮の里宮を兼ねている。
社伝に、景行天皇41年、日本武尊が東夷を平定するに際して加波山に登拝、神託により社殿を建てたのが創祀とも、茨城国造であった三枝部連がその祖神を祀ったものであるともいわれ、また神護景雲(768年)10月に黄泉国から伊弉冊命以下11柱が顕現し、大同年中(9世紀初)に徳一和尚が登拝して薬師・弥陀・釈迦の3尊を本地仏と定めて崇めたともいう。加波山権現は貞観17年(876年)に従五位下を授けられた国史見在社の常陸国三枝祇神に比定され、社伝によれば天慶2年(939年)の天慶の乱の兵火に罹り、天文15年(1546年)に真壁氏によって再建されたという。