大宝寺氏
義氏の死後は弟の大宝寺義興が継ぎ、本庄繁長より養嗣子の大宝寺義勝を迎えた。しかし、親上杉の姿勢に庄内の国人が反発し、義興は1587年に最上義光によって討たれ、義勝も実父・繁長の元へ逃れた。翌年、義勝は義光が大崎合戦で動けないと見るや、実父・繁長と共に十五里ヶ原の戦いで勝利し庄内を奪還した。その後上杉氏を通じて上洛し豊臣秀吉に臣従して豊臣姓と出羽守を得た。だが、奥州仕置きで藤島一揆が発生し、1591年に一揆扇動の罪科により改易され、ここに戦国大名としての大宝寺氏は断絶した。
その後、義勝は上杉氏の家臣になり罪も赦されたが庄内の支配権までは戻ることがなかった。そのため、実父である繁長の死後にその家督を継いで「本庄充長」と改名したため、大宝寺氏の家系は断絶した。