Tajima's D
D = d V ^ ( d ) = k ^ − S a 1 [ e 1 S + e 2 S ( S − 1 ) ] {\displaystyle D={\frac {d}{\sqrt {{\hat {V}}(d)}}}={\frac {{\hat {k}}-{\frac {S}{a_{1}}}}{\sqrt {[e_{1}S+e_{2}S(S-1)]}}}}
ただし、

ˆk と S/a1 は、 有効集団サイズが N である集団から得た n 個体の標本において、中立進化モデル仮定下での2本のDNA配列間のSNPsの期待値の推定値である。
第一の推定値 ˆk は、標本中の (i, j) 番目の配列をペアワイズで比較した時に見られるSNPsの平均であり、
k ^ = ∑ ∑ i < j k i j ( n 2 ) {\displaystyle {\hat {k}}={\frac {\sum \sum _{i<j}k_{ij}}{\binom {n}{2}}}}
第二の推定値 S/a1 は、S の期待値から導かれ、
E ( S ) = a 1 M {\displaystyle E(S)=a_{1}M\,}
田嶋は M = 4Nμ と定義したが、Hartl & Clarkは同じパラメータを異なる記号 θ = 4Nμ と定義して使っている。