水産庁
国家行政組織法及び農林省設置法により水産庁長官を長とし、内部部局として漁政部、資理部、増殖推進部、漁港漁場整備部の4部、審議会等として水産政策審議会、特別の機関として広域漁業調整委員会、地方支分部局として6つの漁業調整事務所を置いている。
広域漁業調整委員会は漁業法の規定に基づき、管轄海域ごとに太平洋広域漁業調整委員会、日本海・九州西広域漁業調整委員会及び瀬戸内海広域漁業調整委員会の3委員会がある。漁業調整事務所には北海道、仙台、新潟、境港、瀬戸内及び九州の6事務所がある。漁業調整事務所では、漁業取締船とチャーターした民間航空機を駆使して密漁を監視しており、独自に逮捕や捜索などの強制捜査を行なっている。
日本海などで外国漁船による違法漁業、違法操業が増えていることに対応して、上記の地方組織や部署間の連携を強化するため、2018年1月には長官を本部長とする「水産庁漁業取締本部」を設置した。
長官には農林水産省採用のキャリア事務官が就任していたが、2017年7月、長谷成人が生え抜き技官として60年ぶりに長官に就任した。