子嚢菌門
Ascomycota:子嚢菌門 Taphrinomycotina:タフリナ亜門 Taphrinomycetes Neolectomycetes Pneumocystidomycetes Schizosaccharomycetes Saccharomycotina:サッカロミケス亜門 Saccharomycetes Pezizomycotina:ペジザ亜門 Arthonomycetes Dothideomycetes Dothideomycetidae Pleosporomycetidae Eurotiomycetes Chaetothyrionycetidae Eurotiomycetidae Mycocaliciomycetidae Laboulbeniomycetes Lecanoromycetes Acarosporonycetidae Lecanoromycetidae Ostropomycetidae Leotiomycetes Lichinomycetes Orbiliomycetes Pezizomycetes Sordariomycetes Hypocreomycetidae Sordariomycetidae Xylariomycetidae
子嚢菌類の分類は、古くから混乱が多かった。古典的な分類では子実体の形質が重視され、子実体の形態によって、大きく4つに分けた。さらに子実体を形成しない半子嚢菌類と特殊な形態のラブールベニア類を独立させる。しかし、子実体の形態には中間的なもの、特殊なものが多々あり、それらの帰属について諸説があるので、どの菌がどの綱に含まれるか、あるいは綱以下の目の扱いなどが定まらなかった。以下にごく古典的な体系の例を示す。
子嚢菌門 Ascomycota
半子嚢菌綱 Hemiascomycetes:子実体を形成しない。 エンドミケス目:出芽酵母など・タフリナ目:植物寄生菌、サクラの天狗巣病菌など
不整子嚢菌綱 Plectomycetes:閉子嚢殻内に球形の子嚢が散在 ウドンコカビ目:うどん粉病菌など・ユーロチウム目:アオカビ、コウジカビの完全世代
核菌綱 Pyrenomycetes:子嚢果は子嚢殻、細長い子嚢が並ぶ。 タマカビ目:アカパンカビの完全世代・バッカクキン・冬虫夏草など
ラブルベニア菌綱 Laboulbeniomycetes:昆虫等の外骨格に寄生、菌糸体は縮小して個体的 ラブルベニア目