肉鰭類
矢野 (2006)・甲斐 (2018) に基づく。現生のもののみを示す。なお、肺魚亜綱と四肢動物亜綱を肺魚四肢動物亜綱Dipnotetrapodomorphaとしてまとめることもある。
輻鰭下綱 Actinistia(=シーラカンス亜綱 Coelacanthimorpha) シーラカンス目 Coelacanthiformes
ハイギョ下綱 Dipnomorpha(=肺魚亜綱 Dipnoi) オーストラリアハイギョ目 Ceratodontiformes ミナミアメリカハイギョ目 Lepidosireniformes
四肢動物下綱 Tetrapoda(=四肢動物亜綱)
現生の3系統のほかに、オステオレピス目(英語版)などの化石分類群が知られている。シーラカンス目とオステオレピス目などを総鰭類Crossopterygiiとしてまとめる説もあったが、シーラカンス目はほかの現生肉鰭類の姉妹群(輻鰭類Actinistia)であり、オステオレピス目やリゾドゥス形類Rhizodontiformes、エルピストステゲ類Elpistostegalia(=パンデリクチス類Panderichthyida)は四肢動物と単系統群(四肢形類Tetrapodomorpha)を形成すると考えられている。ポロレピス目(英語版)は肺魚類Dipnoiの姉妹群と考えられており、肺魚形類Dipnomorphaを構成する。肺魚形類と四肢形類は扇鰭類Rhipidistiaとしてまとめられ、オニコドゥス類(英語版)は扇鰭類と輻鰭類より初期に分岐した基盤的なグループだと考えられている。