トマス・シデナム
の学位を授与された。さらに同年10月3日にオックスフォード大学オール・ソウルズ・カレッジ}のフェロー(fellow)に選出されたが、このときはM.D.を修得しなかった。フェローには1655年まで留任したが、実際には1651年に軍務に復帰した。それでもオックスフォード大学での4年間はシデナムにとってラテン語の知識を取り戻し、医学を正式に学んだ大事な時期だった。
第三次イングランド内戦中の1651年、チャールズ・ステュアート(後の国王チャールズ2世)がスコットランド王として戴冠した後、シデナムは1651年4月21日に騎兵連隊の大尉としての辞令を受けて再び軍務に復帰、はじめレスターやノッティンガムなどミッドランズ(英語版)地方(イングランド中部)に駐留し、続いてスコットランドとの国境付近に行軍した。チャールズの軍勢が南下すると、騎兵連隊はそれを追うよう命じられ、これによりシデナムは激戦に見舞われ、9月3日のウスターの戦い前後(具体的には8月29日から9月4日までと9月19日から25日まで)におそらくは重傷によりオール・ソールズ・カレッジを訪れて休むことを余儀なくされた。その後、内戦の終結に伴い騎兵連隊は10月20日に解散された。