日本鯨類研究所
2008年5月15日、環境保護団体・グリーンピース・ジャパンが調査捕鯨船乗組員を業務上横領の疑いで東京地検に告発し、農林水産省などに対して日本鯨類研究所や共同船舶による調査捕鯨の停止を求めた。ただし、告発された乗組員は同年6月20日に「嫌疑なし」として全員が不起訴処分とされた。また、グリーンピース・ジャパンが「横領の証拠」として確保した宅配便が、関係者の許可を得ず無断で持ち出されていたものであったため、グリーンピース・ジャパンのメンバー2名が建造物侵入および窃盗罪の容疑で逮捕・起訴され、懲役1年・執行猶予3年の有罪判決を受けた。
尚、グリーンピースは2009年冬以降に南極海での妨害を行っていないが、これは過激なシー・シェパードと混同されるのを避けるためであるとしている。