投入堂
この格天井は格縁によって東西5区画、南北3区画に割り付け、このうち奥中央の東西3区画、南北2区画にあたる部分は床を一段高めて壇を造る。この壇上にかつては7躯の蔵王権現像が安置されていたが、現在は各像とも山下の宝物殿に移されている。柱は身舎周囲に円柱、庇周囲に面取角柱を用いる。角柱の面取が非常に大きく、断面が八角形に近くなるが、これは屋根勾配の緩さとともに平安建築の特色である。身舎柱を太く、庇柱を相対的に細く造るのも、平等院鳳凰堂などと共通する平安建築の特色であり、目立ちやすい外側の柱を細く造ることによって建物全体を軽快に見せている。身舎は円柱を長押で固め、柱上に舟肘木を置いて桁を受ける。庇は角柱の上に舟肘木を置き、軒桁を支える。投入堂の懸造は通常の懸造と異なり、各柱が基礎から肘木まで通った一本の通し柱になっている。各柱は岩盤の上に直接立てられており、柱の立つ位置では岩盤が削平されている。岩盤上には、柱の立っている場所以外にも小穴が見られ、これらは建築時の足場を組むために用いられたと推定されている。清水寺本堂(京都)の舞台などとは異なり、投入堂の床下に伸びる柱と柱の間には水平材の貫を通さず、斜材の筋違(すじかい)で固めている。
岩窟中に建てられた仏堂は他所にもあり、不動院岩屋堂(鳥取県八頭郡若桜町、重要文化財)と龍岩寺奥院礼堂(大分県宇佐市、重要文化財)が三仏寺投入堂とともに「日本三大投入堂」に括られている。
また、高知県高岡郡越知町南ノ川にある聖神社の社殿は断崖の窪みの中に建ち、「土佐の投入堂」と称されている。同社殿は1879年の改築記録が残るものの創建年代は不詳だが、立地状況からして修験道とも関係があったと推測されている。