タンパク質ドメイン
ドメインは配置が変わるだけではなく、ドメインが他の場所に挿入される例も多く見られる。他のドメインとの配列的または構造的な類似性は、挿入されたホモログがその元になったドメインと独立に存在できることを意味している。例えば、Pol Iファミリーのポリメラーゼの「掌」ドメインに挿入された「指」ドメインなどである。
上記のような機構はドメインの拡散を促す。どのようなタンパク質にも受け入れられやすいドメインは広い範囲のタンパク質、生物種の中に見られる。例えば、ABCトランスポータードメインは全ての生物に見られ、最も大きなドメインファミリーを形成している。広い範囲の生物に見られるドメインには他に代謝関連酵素や翻訳に関係するタンパク質がある。
E., Montal, M., and Onuchic, J. N. (1992). "Protein folding funnels: a kinetic approach to the sequence-structure relationship". Proc Natl Acad Sci U S A, 89:8721-8725.
Lesk, A. M., Branden, C. I., and Chothia, C. (1989). "Structural principles of alpha/beta barrel proteins: the packing of the interior of the sheet". Proteins, 5:139-148.
Levinthal, C. (1968). "Are there pathways for protein folding?" J Chim Phys, 65:44-45.
Levitt, M. and Chothia, C. (1976). "Structural patterns in globular proteins". Nature, 261:552-558.
McLachlan, A. D. (1979). "Gene duplications in the structural evolution of chymotrypsin". J Mol Biol, 128:49-79.
Meador, W. E., Means, A. R., and Quiocho, F. A. (1992). "Target enzyme recognition by calmodulin: 2.
4A structure of a calmodulin-peptide complex". Science, 257:1251-1255.
Moore, J. D. and Endow, S. A. (1996). "Kinesin proteins: a phylum of motors for microtubule-based motility". Bioessays, 18:207-219.
Murvai, J., Vlahovicek, K., Barta, E., Cataletto, B., and Pongor, S. (2000). "The SBASE protein domain library, release 7.0: a collection of annotated protein sequence segments". Nucleic Acids Res 28:260-262
Murzin, A. G., Brenner, S. E., Hubbard, T., and Chothia, C. (1995). "SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures". J Mol Biol, 247:536-540.
Nissen, P., Hansen, J., Ban, N., Moore, P. B., and Steitz, T. A. (2000). "The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis". Science, 289:920-930.