HLA-A
HLA-A遺伝子は6番染色体(英語版)の短腕に位置し、HLA-Aの大きなα鎖をコードしている。HLA-Aのα鎖の多型はHLAの機能に重要であり、また集団の遺伝的多様性を促進している。各HLAはそれぞれ異なる構造を持つペプチドに対して異なる親和性を有するため、HLAの多様性が高ければ高いほど細胞表面に提示される抗原の多様性は高くなり、特定の侵入者に対して集団の一部が抵抗性を持つ可能性は高くなる。
各個人は、両親から受け継いだ、最大2種類のHLA-Aを発現している。一部の人物は両親から同じHLA-Aを受け継ぐため、その人のHLAの多様性は低下するが、大部分の人は2つの異なるコピーを受け取る。こうしたパターンは他の全てのHLA群にも共通している。言い換えると、既知の数千種類のHLA-Aアレルのうち、各個人が発現するのは1種類もしくは2種類のみである。
MHCクラスI分子は、一般的に7–10アミノ酸の長さからなる小さなペプチドを免疫系に提示する。CD8と呼ばれる糖タンパク質は、HLA-Aのα3ドメインの223–229番残基に結合し、細胞傷害性(CD8)T細胞の上のT細胞受容体とMHCクラスI分子との相互作用を安定化する。T細胞受容体はMHCによって提示されているペプチドに結合する能力を持つ。正しく機能している免疫系では自己ペプチドに結合しないT細胞のみが胸腺外に出ることができるため、T細胞がペプチドに結合する場合、そのペプチドは外来の因子、もしくは異常なタンパク質に由来するペプチドである。その後、T細胞はアポトーシス(プログラム細胞死)を開始させる。この過程は外来抗原の提示から早くも5分後には生じることがあるが、細胞死が顕著になるまでには数時間程度かかるのが一般的である。この過程は獲得免疫の基礎をなしており、ウイルスやその他の細胞内病原体に対する主要な防御機構となっている。
移植された器官や組織上の因子によって、ホストの免疫系による移植組織の破壊が引き起こされていることが1960年代までに明らかとなり、MHCはこうした観察から発見された。ペプチドを提示する複合体にはクラスIとクラスIIの2種類があり、それぞれ複数のHLA遺伝子にコードされている。HLA-Aはその1つである。ドナーとレシピエントの間で一致すべきHLAには、HLA-A、HLA-B(英語版)(これらはクラスI)、HLA-DR(英語版)(クラスII)の3つの主要なタイプがある。ドナーとレシピエントの組織でこれら3つのHLAをコードする遺伝子が同じである場合、拒絶反応は最も弱くなる。