日本学術会議
日本学術会議は課題別委員会として「学術の大型研究計画検討分科会」を設けており、2010年から「学術の大型研究計画に関するマスタープラン」が始めている。5年から10年、もしくはそれ以上の長期に渡る総額数十億円以上の研究計画を選定するもので、マスタープラン2017では「計画の学術的価値」「科学者コミュニティの合意」「実施主体や計画の妥当性」「社会的価値」「大型研究計画としての適否」などの選定基準があげられている。ただし、マスタープランに選定されたからといって具体的な計画が進んだり予算が付くわけではなく、各省庁や民間団体が支援する際の判断材料となる。マスタープランで認定されるものには「重点大型研究計画」と「大型研究計画」があり、前者「速やかな推進が望ましい」とされ、後者は「学術的な意義を重視する」とされる。
2010年に「学術の大型施設計画・大規模研究計画 ー企画・推進策の在り方とマスタープラン策定についてー」が提言として報告されたが、「学会コミュニティの意見が必ずしも十分反映されていない」と批判を受け、翌2011年にマスタープラン2011が再度まとめられる。その後は3年おきに、2014、2017、2020と続いている。なお、2014と2017における採択件数は以下の通り。
マスタープラン2014 - 重点大型研究計画27件、大型研究計画207件
マスタープラン2017 - 重点大型研究計画28件、大型研究計画179件
学術研究会議は科学研究費の配分を行う権限を有していた。かつては日本学術会議(以下、学術会議)も研究費に関する諮問に対して答申をする役割があり、「科学研究費(科研費)」や「科学試験研究費」の予算配分を決めていた。また、2005年の改革前まで日本学術振興会に対して科研費の審査員も推薦していた。
文部省で1967年に学術審議会が新設され、1968年度からの審査方法や審査委員の選出方法を変更した際、学術会議は文部省と対立。文部省は「学術会議が定数よりも多い候補者を推薦し、文部省がその中から選んで任命する」案で、学術会議側は「(学術会議が推薦した候補者を)文部省は選別しないでそのまま任命する」案を要求したが、学術会議はその年の委員推薦を事実上拒否した(詳細は節「#科研費審査委員の推薦拒否」を参照)。
1969年の科研費配分では試験的な計算式が導入されたといい、第1部と第7部の分科が細分化されていることに伴う審査員のアンバランスを是正するため、研究費委員会はアンケートを取った末に「科学研究費配分にかかる分科・細目・配分委員数に関する試案」を制定した。2000年からは学協会を通じて学術会議は審査員の推薦をするようになり、2005年の改革で学術会議は推薦権を失った。
導入は1985年の7月の第13期から。会員を推薦したい学会はまず「登録学術研究団体」に認められておく必要があった。日本学術会議には学術領域ごとに研究連絡委員会があるため、学会はどの学術領域に会員候補者・推薦人を出すか決めておくことになる。次に学会は「会員候補者」を日本学術会議会員推薦管理会に届け出て、会員資格を有することの「認定」を受ける。さらに各学会が届け出た推薦人が、学術領域ごとに会員資格を有すると認定された候補者の中から「会員候補」を選出する。なお、推薦人は各学会の構成員である必要がある。選出された会員候補は日本学術会議から内閣総理大臣に推薦され、任命を受ける。
第17期では協力学会登録時の虚偽が見過ごされたことがあり、第18期では登録情報を会員に公開するよう改善が図られた。また、学協会はその分野の研究連絡委員会に登録されるが、その学協会がその委員会に適切かどうかという問題も生じていた。なお、3年に一度の会員推薦の際にはその分の予算が増額され、例えば1994年度には約8000万円の経費が上積みされていた。
全米科学アカデミーは1997年の時点で約210億円の運営費に対して8割が連邦政府との行政レビューや答申の契約による公的資金であり、英国王立協会は2013年4月からの1年で約97億円の収入のうち約65億円が公的資金であった。これに関してNPO法人 ファクトチェック・イニシアティブの立岩陽一郎理事は、アメリカの法人寄付における「大幅な」減税措置や、「使途が義務付けられない多額の寄付を受け運営できる仕組みがある」ことを指摘している。
なお、第19期副会長の岸輝雄(東京大学名誉教授、物質・材料研究機構理事長)は2004年の『学術の動向』で、欧米は3割から8割しか公費援助でないことを指摘しながらも、「アカデミーが、独立性・中立性・公正性を保つには、他の機関からの資金供与をなるべく排除しなければならない」という視点を示し、日本が全額国庫負担であることに対して「社会的・文化的背景を鑑みれば仕方のない部分が多い」という見解を示していた。
活動面では「緊急課題や新たな課題への機動的対処等の改革の趣旨・目的は実現されてきており、活動面においては着実に成果が上がっている」と評価され、組織面でも「一部には改革で意図された成果が表れている」とされたものの、「改革の趣旨を尊重しつつ、運用面での工夫を重ねていくこと」が期待された。
この報告書に提示された改善策には、会員について「求める人材像や選考プロセスのオープン化」が求められ、「自らの専門分野の枠にとらわれない俯瞰的な視点をもって向き合うことのできる人材が望ましい」という提言がなされた。また、コミュニケーションについては「若手アカデミー」活動や地域活動の推進などが盛り込まれていた(「#連携・コミュニケーション」節も参照)。
また、慶應義塾大学名誉教授の小沼通二は2017年の『学術の動向』において、研究者の直接選挙から学協会推薦、コ・オプテーション方式と変遷していく中で、一般研究者の関心が薄くなっている問題を指摘。特に企業研究者などは日本学術会議を自分達の代表と考えていないこと、「日本学術会議の「独立した」発言を嫌がる人たちがいるのだから、学術研究者や社会、特にメディアとの交流を強化しないと学術会議の将来は危うい。」などの懸念を持っていた。