理化学研究所
2010年(平成22年)4月 - 事業仕分けにおいて、理研で「アシスタント」として配偶者を雇用してその配偶者に給与を支払っていることは問題だ、と指摘される。
2014年(平成26年)2月 - STAP論文事件発生。刺激惹起性多能性獲得細胞(STAP細胞)、小保方晴子を参照。
2014年(平成26年)5月 - 理化学研究所も対象予定であった「特定国立研究開発法人」法案の国会提出が見送りになる。
2014年(平成26年)6月 - 既に発覚していたマウス取り違え事件が大々的に報道される。
2014年(平成26年)8月 - 理研のCDBグループのディレクターで、STAP論文にかかわった笹井芳樹が自殺。
2014年(平成26年)8月 - 個人口座へ公金の不正送金を行った北京事務所前事務所長を理研が提訴。
2015年(平成27年)1月 - 「匿名Aによる論文大量不正疑義事件」において、センター長が責任著者の論文2本が文科省に告発された。東京大学の予備調査の結果、不正の疑いはないと7月31日に発表された。