佐渡汽船
1996年8月 - ジェットフォイル「ファルコン」(ボーイング社製・元関西汽船「ジェット8」)が就航、ジェットフォイル5隻体制へ(「ファルコン」は予備船扱い)。
1999年11月 - 九州郵船から予備船を保有する佐渡汽船にジェットフォイル売却の要請があり、「ファルコン」が九州郵船へ売却。ジェットフォイル4隻体制へ戻る。
2000年4月 - 赤泊港に旅客ターミナルビルが完成。
2003年 5月11日 - JR東日本との連絡運輸取扱廃止。 10月31日 - 小木航路のジェットフォイルを廃止、余剰となる一隻のジェットフォイル「みかど」をいわさきコーポレーションに売却。新潟 - 両津間のジェット3船体制に(「すいせい」「つばさ」「ぎんが」)。
2005年 航送費が値上げされる。また前年の新潟県中越地震による観光への打撃対策として社会実験を複数に分けて実施。 6月10日 - 赤泊航路に高速船「あいびす」就航。これに伴い、カーフェリーを廃止。余剰となるカーフェリー「えっさ丸」をいわさきコーポレーションに売却。 11月 - カーフェリー内で予約用の用紙を裏紙として、船内のスタンプ用紙などに転用していたことが発覚。
2006年6月 - 「燃料油価格変動調整金」を導入。旅客130円/片道(ジェットフォイル・カーフェリー・高速船とも)、四輪車850円/片道、二輪車200円/片道の運賃アップとなった。
2007年2月 - カサ増しされたカーフェリーのt数が経営不振のため減t(経費面で不利にもかかわらず、わざわざ大きく見せるだけのカサ増しt数から、国内他社と同一の基準に戻った)され、おけさ丸は12,419t(国際トン)→5,862tへとなった。
委員会では直江津航路の2隻体制について、北陸新幹線開通前までの整備を目指し検討を進めた結果、カーフェリーに加えて中古のジェットフォイル1隻を導入し、計2隻とする当初案では損失が増大する懸念がある見地から、2013年1月22日の委員会において「新造の高速カーフェリー1隻を導入し、1日2往復体制として利便性の改善を図る」との方針で一致し、検討の結果インキャット製の双胴型高速カーフェリー1隻の導入が決定、同年11月に発注の手続きが行われた。船名は一般公募により「あかね」に決定し、2015年3月14日の新幹線延伸開業から1か月後の4月21日の定期運航を開始した。佐渡汽船では「あかね」就航後の「こがね丸」の処遇について航路関係者の意見や同航路の特性、利用者のニーズを踏まえて検討した結果、「あかね」1隻のみでも1日2往復での運航が可能で、且つ誘客宣伝効果による収支改善が図れるとして、2015年1月に「こがね丸」の売却を発表した。なお頸城自動車では北陸新幹線開業後、上越妙高駅と直江津港ターミナルを連絡する直通路線バスの運行を開始した。
2020年7月7日、直江津航路の赤字を改善する目的としてジェットフォイルによる代替運航を行う方針について協議が開始されることが発表された。当初は中古ジェットフォイルを新たに導入する予定であったが、その後の協議によって既存の「ぎんが」が転用されることが決定した。
2021年4月29日から2022年10月31日におけるジェットフォイルでの代替運航は終了し、2023年4月からはカーフェリー「こがね丸 (4代)」が就航した。「こがね」は「あかね」のような高速型フェリーではないため、所要時間は2時間40分となっているが、1隻での1日2往復運航は維持されている。
2018年まで、寺泊港(長岡市寺泊地域)と赤泊港(佐渡市赤泊地区)を結ぶ寺泊航路(両泊航路とも呼ばれた)があり、2005年6月までは小型カーフェリー、それ以後は高速船「あいびす」により運航されていた。
自動車を利用する場合は関東地方から最も近く、利便性が高い航路ではあるものの、両港とも港湾施設の規模が小さく、両津航路・小木航路で就航しているものよりも小型のフェリーが就航していた。しかしこのフェリーの車両航送可能台数は39台(乗用車のみ)と少なく、更には島外からの観光利用が本土間の航路・航空路4路線のうち、僅か1割弱と伸び悩んでいたことから、2005年(平成17年)6月から高速船「あいびす」による高速船航路に転換された。
しかし、例年にない寒波が襲った同年12月の運航率は約10%と、1ヶ月の大半で運航できないという最悪の事態に陥った。これは、導入した船が小型で軽量であるにもかかわらず、スタビライザーなど横揺れを防止する装置が設けられていないため、少々の高波でも激しく横揺れを起こして乗り心地が著しく低下するという問題があったことによる。このため佐渡汽船では、2006年1月18日から1ヶ月掛けて実施した「あいびす」の定期検査の際に横揺れ防止システム「ARG」を船内に8台追加設置し、2月15日から運航を再開した。その後ARGの設置効果を反映した上で運航体制を再構築したものの、冬場など悪天候時の欠航率は改善できず、2008年1月期の1便当たりの平均乗客数も1人にとどまるなど収支が悪化し、航路単体で年間約2億円の赤字を計上していた。
新潟市と佐渡市両津地区を結ぶ新潟航路は、県庁所在地の新潟市が発着地になっていることや、新潟港ターミナルが市街地に近く、新幹線や航空機など他の交通機関との接続が比較的容易であることから、長年にわたって佐渡への観光や佐渡市民の生活航路として機能し続けている。航路は佐渡島の南東側を経由しており、高波の影響が少ない。このため運航率は90%以上で他2航路と比較して高く、台風の襲来時や冬場の荒天時にはジェットフォイルこそ欠航となるものの、カーフェリーについては余程の高波でない限り、運航できるケースが多い。
春の大型連休と夏のお盆の時期には増便し、特にお盆には終日運航を行うダイヤも設定されているが、2004年1月1日に通常・閑散期ダイヤの改正が行われた際、18時台と21時台に両港を出港していたカーフェリー2往復が廃止され、19時台出航の1往復に統合された。この影響で本土側・佐渡側で滞在時間が短縮されるなど、不便が生じている。
またジェットフォイルは就航以来、新潟港を出航して両津港で折り返すダイヤを基本線に運航されており、両津港での夜間停泊は行っていなかった。故に両津港からの始発便は遅く、新潟港からの最終便は早く設定されていたため、佐渡島民の利便性低下が指摘されていた。2008年4月1日のダイヤ改正から両津港での夜間停泊が開始され、これにより運航時間が延長されて利便性が改善された。
2010年8月11日、「おおさど丸」が新潟沖を航行中、エンジンの出力を調整する減速機の部品が損傷して航行不能となり、お盆の帰省ラッシュや観光客の足、佐渡島内外の物流に大きな影響を及ぼした。
3,026.31総トン、全長94.00m、型幅17.70m、型深さ5.60m、ディーゼル4基、機関出力10,400ps、航海速力19.6ノット。 旅客定員1,428名(臨時定員1,732名)、大型バス17台または乗用車59台。
おとめ丸(2代) 1973年3月竣工、神田造船所建造。1993年フィリピンに売船。 3,495.51総トン、全長100.00m、型幅17.70m、型深さ5.80m、ディーゼル4基、機関出力10,400ps、航海速力19.6ノット。 旅客定員1,525名(臨時定員1,732名)、大型バス12台または乗用車66台。
えっさ丸(2代) 1972年3月竣工、四国ドック建造。もと関西汽船「しづき丸」を1976年3月買船、改造。1988年フィリピンに売船。 2,072.14総トン、全長85.60m、型幅15.40m、型深さ10.20m、ディーゼル4基、機関出力4,800ps、航海速力16.5ノット。 旅客定員730名(臨時定員973名)、大型バス14台または乗用車75台。
こさど丸 1983年7月竣工、神田造船所建造。船舶整備公団共有。2008年新屋敷商事に売船、「屋久島丸」に改名。 8,754(国際)総トン、全長119.00m、型幅20.40m、型深さ12.40m、ディーゼル2基、機関出力13,500ps、航海速力19.8ノット。
新潟港ターミナル:新潟市中央区万代島9-1
新潟駅万代口バスターミナル3番線から新潟交通バス・佐渡汽船線「朱鷺メッセ・佐渡汽船」行で終点「佐渡汽船」下車
日本海東北自動車道・新潟亀田インターチェンジから車で約15分
両津港ターミナル:佐渡市両津湊353番地
佐渡島内各方面から新潟交通佐渡バスで「両津埠頭」下車
佐和田から車で約30分