大覚寺統
吉野に逃れた大覚寺統の天皇(南朝)と、足利尊氏に擁立された持明院統の天皇(北朝)の対立時代=南北朝時代となる。
観応の擾乱の際、京都を奪回して一時的に元号を統一した(正平一統)が、半年で崩壊する。後に足利義満の斡旋により、正式な譲位の儀式を行うとともに今後の皇位継承については両統迭立とするという条件で、大覚寺統の後亀山天皇が三種の神器を持明院統の後小松天皇に引き渡し、南北朝の分裂は終わった(明徳の和約(1392年)による南北朝合一)。
しかし南朝方の入京にあたって神器帰還の儀式は行われたものの正式な譲位の儀式は行われず、後亀山天皇への処遇は「天皇として即位はしていないが特例として上皇待遇」というものであった。そして以後の皇位が持明院統だけで継承されたため、大覚寺統の子孫は不満を抱き、南朝の遺臣が宮中の神器を奪取して立てこもるなどの抵抗を15世紀半ばまで続けた(後南朝)。