ヨウェリ・ムセベニ
NRM は治安と人権の回復を掲げて権力を得た。10項の目標の内にも挙げられており、ムセベニは就任演説の際にも、
「我々の計画の2点目は人と財産の安全保障である。全てウガンダ人はどこであれ[絶対に]安全に暮らさなくてはならない。我々の安全を脅かす者はいかなる個人及び集団も容赦なく討ち果される。ウガンダの人々は我らの国土の内の仲間の人間からではなく我々を超えた自然に従って死ぬべきである。」
と述べた。しかし NRM がカンパラに新政権を発足させて以降も反乱と戦闘が続きこの目標が全土に及んだことはない。就任当初ムセベニは支持基盤のバントゥー系の多い南部及び南西部から強い支持を得た。ムセベニはこれまで政治的な発言の少なかった北東部の半遊牧民のカラモジョン族とも手を結んだ。しかしスーダンと国境を接する北部地域では混乱が続いている。西ナイル地方ではカクワ族とルグバラ族のかつてのアミン支持者らによるUNRFとFUNAが活動していたが、モーゼス・アリが第二副首相になることで戦闘を停止した。南部出身者による政府が立てられたことで北部出身者は不安を覚えた。ランゴ族、アチョリ族、イテソ族の反乱軍は NRA の強さに驚き、スーダン南部へと逃れた。アチョリのウガンダ人民民主軍 (UPDA) はアチョリランドのNRA による占領を阻止できず、自棄的な千年王国説を唱える聖霊運動 (HSM) を招いた。
政権獲得後もムセベニは NRA の総司令官の地位を維持した。ケニアのモイ政権は当初新政権がケニアの反政府勢力を支援している疑惑を持った。緊張が高まり1987年末には国境のブシアで軍事的な衝突のない睨み合いが起った。内陸国でインド洋へのアクセスをモンバサ港に依存しているウガンダにとってはいかなる国境封鎖も経済に打撃となった。
オボテ政権へのゲリラ闘争の間 NRA は国籍を問わず戦闘に参加する兵士を集めた。オボテ政権による亡命ルワンダ人への迫害は彼らの NRA 加入の弾みになった。ムセベニ政権の始めの数年間には数千人のルワンダ人がその地位を維持していた。1990年9月30日の夜NRAの4千人のルワンダ人兵士が密かに兵舎を離れ、他の部隊と共にルワンダ領へ侵入した。ルワンダ愛国戦線 (RPF) はNRAの内部で細胞を用いて多数の成員を行動させていたことが後に判明している。
RPFはジュベナール・ハビャリマナ政権に反対するルワンダ人亡命者の組織で、ムセベニ及びNRMと結び付いていた。アンコーレ人のヒマであったムセベニは、ハム仮説により「ウガンダのツチ」として自らをツチと結びつけ、同胞が苦難の中で慰めを得られるように中心的な役割を果たした。RPFの指導者の中にはフレッド・ルウィゲマやポール・カガメがいたが、彼らはNRMの創設メンバーでもあった。侵攻当初、ムセベニとハビャリマナは共に米国での国連サミットに参加していた。このRPFの動員タイミングは、RPFを止めるには遅すぎる、となるまでムセベニが現地を離れていられるように図られたものだという説がある。ルワンダ軍はベルギー、フランス、ザイール軍の助力を得てようやく RPF を撃退した。
アミンに反対したランゴ族アチョリ族を主力とする亡命軍は、1972年9月にタンザニアからウガンダに侵入し、大損害を被って退けられた。反乱兵の地位はその年の内のタンザニアとウガンダの和平合意でより苦しくなり、ウガンダ攻撃のためにタンザニアの領土を使うことが否定された。ムセベニは1973年の救国戦線 (Front for National Salvation, FRONASA) 結成までの短期間北タンザニアのモシで大学講師をつとめた。同年8月元秘書でスチュワーデスのジャネット・カタハと結婚し後4人の子を儲けた。
1978年10月イディ・アミンはカゲラ州の領有を主張してタンザニアに侵攻した。1979年3月24日から26日にムセベニら救国戦線は反乱兵及び亡命者のモシへの集結を図り、イデオロギーの違いを超えたウガンダ民族解放戦線 (UNLF) が結成された。ムセベニは11人の執行委員の一人に選ばれ、議長にはユスフ・ルレが就いた。同時に28グループの代表からなる国民諮問会議も置かれた。UNLFは4月にアミン政権を打倒するためにタンザニア軍に加わった。ムセベニはUNLF政権の国防相に選ばれた。またムセベニはユスフ・ルレ政権の最年少大臣であった。ムセベニが救国戦線へと募集した部隊は新国軍に吸収された。彼らはムセベニへの忠誠を維持し後の第二次オボテ政権への反乱時にも主力となった。