在日本朝鮮人総聯合会
2008年(平成20年)8月、韓国で、脱北者に偽装した女性スパイが逮捕される事件が発生した。韓国検察の起訴状によれば、このスパイは韓国軍の将兵に対して性的な関係を結んで機密情報を得る「ハニートラップ」を行っていた。
また、日本でも情報収集活動を行っていた事が判明しており、2007年(平成19年)6月から2008年(平成20年)5月まで3回にわたって来日し、長い時には2か月以上滞在している。起訴状には日本における協力者として、朝鮮総連の傘下団体の幹部と同名の人物と、「社長」という肩書を持つ大阪在住の人物の2人が起訴状に実名で記されている。
起訴状に読み上げられた傘下団体の幹部は、「朝鮮総連の関係団体の幹部で、同じ名前は自分しかいない」とした上で、「元被告と会ったこともないし、聞いたこともない。保衛部にも知り合いはおらず、全く関係がない。勝手に名前を使われたのだろう」と関与を否定している。
2017年8月、北朝鮮による大陸間弾道ミサイル「火星14」の打ち上げ成功を祝福し、「われわれの胸には今、われわれの運命であり未来である金正恩委員長への熱い感謝の情が限りなく込み上げている」「総連と在日同胞はわが国の尊厳と生存権を抹殺しようと襲いかかる米国とその追随勢力が白旗を掲げて降伏書を捧げる時まで息づく間もない強打を加えながら必ず最後の勝利を収めるために疾走する無敵の白頭山強国の海外公民としてのこの上ない光栄を抱いて祖国と息づかいも歩幅も共にする」と主張した。
複数の北朝鮮の国営メディアは2021年5月25日、朝鮮総連結成66周年に際して、「誇らしい海外同胞組織」と称賛する記事を出した。2021年5月までに、北朝鮮から朝鮮総連に対して、「教育援助費および奨学金」が計167回にわたって送られ、総額488億7939万390円になることが明らかになった。
2022年2月6日・7日、最高人民会議第14期第6回会議で「海外同胞権益擁護法」が採択された。朝鮮新報社は、同法について、「海外同胞権益擁護法が採択されたことで、朝鮮の該当機関では海外同胞援護事業をより幅広く、積極的に展開することができる」と指摘している。また、「朝鮮総連には、外国人登録法上の『朝鮮籍』保有者だけでなく、様々な理由から韓国籍や日本国籍に変更した人もいるので、国籍で区別はしないとみられる」という指摘もある。
東亜日報の報道によれば、2020年に発表された、スポーツブランドのナイキの広告の制作に、ナイキ側からの申し出により協力した。
中央本部(東京都千代田区富士見)の土地と建物が、元不動産会社社長の満井忠男の仲介により、2007年(平成19年)5月31日に元公安調査庁長官緒方重威が代表取締役を務めるハーベスト投資顧問株式会社に売却されていたことが判明した。また仲介者とされる満井には朝鮮総連側から、手数料などの名目で4億9千万円が渡っていた。
中央本部の建物(地上10階、地下2階の鉄骨鉄筋コンクリート造り。延べ床面積約1万1700平方メートル)と土地(約2390平方メートル)は40億円を超えるとみられている(売却代金は35億円とされていた)。東京地検特捜部は当初、朝鮮総聯が整理回収機構から提起されていた訴訟に敗訴した場合に予想される差押から逃れるために脱法・違法行為をおこなう意図があったとして電磁的公正証書原本不実記録等の容疑で捜査していた。