W3事件
本事件と同時期に、看板作品である『8マン』の連載中止、ちばてつやの『ハリスの旋風』の長期休載といった事態が重なり、『少年マガジン』は『少年サンデー』の50万部に対し、30万部と大差をつけられた。その責任を取る形で、井岡秀次編集長は辞任している。本事件により手塚と『少年マガジン』の関係は一気に悪化した。『別冊少年マガジン』には1969年(昭和44年)と1970年(昭和45年)に短編を執筆したものの、手塚と『少年マガジン』本誌とは絶縁し、1974年(昭和49年)に講談社手塚治虫全集(後の手塚治虫漫画全集)の発刊計画を機会として両者が関係修復を行い、読切『おけさのひょう六』や『三つ目がとおる』を載せるまでの9年間にわたり、手塚漫画は『週刊少年マガジン』本誌に登場することはなかった。また、当時においても最大手出版社であった講談社との確執は、その後長く手塚および虫プロにとって禍根を残した。
井岡が編集長を退いた後、『少年マガジン』編集長に内田勝が就任した。内田がさいとう・たかを、水木しげるといった貸本劇画で活動していた作家を積極的に起用し、劇画路線を推進した裏には、W3事件における手塚への反発心があったと述べている。1966年(昭和41年)開始の『巨人の星』で梶原一騎を看板作家に掲げて以後の『週刊少年マガジン』は、青年向け路線で劇画ブームを巻き起こし、一方で手塚は低迷期に突入していく。