サン・バルテルミの虐殺
だが、事態は宮廷の統制を超えて暴発し、市内でもプロテスタント市民が襲撃され、虐殺は地方にも広まり、犠牲者の数は約1万~3万人とされる。
ナバラ王アンリは捕らえられ、カトリックへの改宗を強制された。だが、内乱はこれでは終わらず、ユグノーは暴君放伐論を唱えてより強硬に抵抗するようになり、穏健派カトリックも独自勢力であるポリティーク派を形成するようになった。
2年後にシャルル9世が死去し、1576年にはナバラ王アンリが逃走してプロテスタントに再改宗した。その後、内乱は新国王アンリ3世(シャルル9世の弟)、カトリック同盟のギーズ公アンリそしてユグノー陣営のナバラ王アンリの三つ巴のいわゆる「三アンリの戦い」と呼ばれる泥沼状態に陥る。ギーズ公とアンリ3世が相次いで暗殺された後の1589年にナバラ王アンリが王位を継承する(アンリ4世)。この宗教戦争は1598年にアンリ4世がプロテスタントに一定の制限はあるが信仰の自由を容認したナントの勅令を発するまで続いた。
サン・バルテルミの虐殺で大打撃を受けたユグノーはラ・ロシェルに集結して抵抗の意思を示し、第四次戦争に突入する。王弟アンジュー公率いるカトリック軍がこれを攻撃したが、1573年7月にブローニュ王令が出されて和議が成立した。ユグノーは1574年に第1回改革派政治会議を開き、ユグノーの優勢な地域での徴税とそれを財源とした常備軍設立を決定し、ほとんど独立した状態となった。1574年5月にシャルル9世は死去し、弟のアンリ3世が即位した。
その後、数次の開戦と休戦を繰り返したが、第四王子アラソン公フランソワやモンモランシー家が中心となった穏健派カトリックのポリティーク派がユグノーと同盟を結んで優勢になった。ナバラ王アンリは1576年に宮廷から脱出してプロテスタントに再改宗している。1581年にユグノーはナバラ王を「保護者("Protecteur")」として推戴した。1584年6月に王弟アンジュー公フランソワ(元アラソン公)が死去し、サリカ法に則り、ナバラ王が筆頭王位継承権者となる。
危機感を持ったカトリック陣営はスペインの後ろ盾を得てギーズ公アンリを盟主とする「カトリック同盟(ラ・リーグ、"la Ligue")」を結成して対抗した。カトリック同盟はアンリ3世にナバラ王の王位継承権無効を迫り、内乱は宗教問題に王位継承問題が加わって、国王アンリ3世、カトリック同盟のギーズ公アンリそしてユグノー陣営のナバラ王アンリによる「三アンリの戦い」と呼ばれる様相を呈するようになる。
1588年にパリで発生した「バリケードの日」事件でカトリック同盟が国王に対して優勢に立ち、ほとんど全ての要求を受け入れさせたが、アンリ3世は巻き返しを図り、同年に開催されたブロワ三部会の際にギーズ公アンリを暗殺(英語版)した。