チャパラ湖
Menidia contrerasi、Menidia sphyraena、Menidia promelasなどを含む)や、湖固有のアメリカナマズ科(英語版)(Ictaluridae。Ictalurus dugesiiなどを含む)、ハマギギ科のイトヒキハマギギ属(英語版)(Bagre)、コイ科、ヤツメウナギなどの魚が生息している。シャジクモ目(Charales)に属する希少な藻類も確認できる。
またザラアシドロガメの亜種・チャパラドロガメ(Kinosternon hirtipes chapalaense)、メキシコガーターヘビ(英語版)の亜種Thamnophis eques obscurusなど、大部分がチャパラ湖にしか生息しない爬虫類も存在する。
このような生物多様性の重要性が再認識され、2009年にラムサール条約に登録された。
これはレルマ川流域の農地開発が進み、河畔の農地での水使用量増加に伴う流入水量の減少や、同湖を水源とするグアダラハラ都市圏の急激な人口増加が原因と考えられる。実際にチャパラ湖の湖水はグアダラハラへポンプ送水され、産業用水の6割を担っているとされる。気候の変動も加わって年間の蒸発量(1,910 mm)が降水量(893 mm)の2倍を超えている状況にある。レルマ川からは沿岸の工場排水、生活排水、畜産汚水、重金属なども流れ込むため、湖水の減少も相まって水質の悪化、富栄養化が深刻化しており、この影響か藻類の異常繁殖や外来種の増加も見られる。先コロンブス期から白魚が湖の名物として知られていたが、漁獲量は1980年代の600 tから近年では100 t未満に減少した。
こういった状態を改善するため、規制の強化、汚染源の削減、生産システムの改善、ガバナンス強化の促進に向けて取り組んでいる組織や関係諸機関が増えている。2007年にチャパラ湖でメキシコ国内では初めて統合的湖沼流域管理(ILBM)プラットフォームが取り入れられた。