SSCP
SSCP(Single Strand Conformation Polymorphismの略語、一本鎖高次構造多型)とは、 熱変性させたDNAが分子内で水素結合を起こして高次構造を形成する際に、 僅かな塩基配列の違いによりその高次構造に変化が生ずる(多型を示す)ことを指す。 また、その高次構造の変化を指標として遺伝子の変異や多型を検出する手法を指している。
遺伝子の変異や多型を調べるために現在多く用いられる手法として、 特定の遺伝子領域をPCR法により増幅して得られた増幅産物を試料DNAとして 検出操作を実施する場合が多いことから、PCR-SSCP法と呼ばれる場合もある。
ポリアクリルアミドゲル電気泳動法を用いた場合の、 SSCPによる変異(多型性)検出手法の概略は次の通りである。
特定の遺伝子領域の切り出し(またはPCRによる増幅)により試料DNAを得る
ホルムアミドの存在下で試料DNAを熱変性(加熱・急冷)させる これにより二本鎖DNAが乖離して一本鎖となり、それぞれが分子内で水素結合して高次構造を形成する。
熱変性させた試料DNAをポリアクリルアミドゲル で電気泳動
銀染色等により検出する