芝村藩
幕府はこの騒動を鎮圧したが、寛政6年(1794年)に預かり地における芝村藩の役人による不正が発覚し、幕命により藩主・長教をはじめとする要人が処罰され、預かり地も全て召し上げられるに至った。
藩内においても長教の時代から藩財政の窮乏化が深刻化し、明和5年(1768年)末には年貢減免を求める強訴が発生する。これに対して藩では藩札の発行や家臣の知行借り上げ、御用金の調達などによる藩政改革が試みられたが、あまり効果はなく、安政6年(1859年)には藩の借金は銀2693貫という莫大なものになったと言われている。
幕末期、最後の藩主である織田長易は天誅組追捕の功績を挙げている。しかし明治維新頃から幕府より離れて新政府側に与し、維新後は高取藩と共に大和国内における御料の取締りを命じられた。明治2年(1869年)の版籍奉還で長易は藩知事となり、同4年(1871年)の廃藩置県で芝村藩は廃藩となった。藩領のうち、摂津国島下郡における領地は大阪府、大和山辺郡と式上郡は奈良県にそれぞれ編入された。
代々の墓所は桜井市内にある慶田寺であり、有楽の分骨の墓標もある。なお、織田氏の諸藩では他に、織田信雄の系統で天童藩、柏原藩が、有楽の系統では上述の柳本藩が、明治維新まで存続した。有楽の系統は他に野村藩が存在したが、江戸時代初期に除封、無嗣断絶している。