新宿駅
JR東日本の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は山手線と中央本線であり(詳細は路線記事および「鉄道路線の名称」を参照)、山手線を当駅の所属線としている。一方、当駅に乗り入れている運転系統は以下のように多岐にわたっている。また、特定都区市内制度における「東京都区内」および東京山手線内に属する。また、JR東日本の駅には「 SJK 」のスリーレターコードが付与されている。
(線路名称上の)山手線では、電車線を走行する環状線としての山手線電車のほか、山手貨物線を走行する埼京線と湘南新宿ラインが全列車停車する。旅客案内ではそれぞれ別路線として扱われている。また、空港連絡特急「成田エクスプレス」や、東武日光線直通特急なども山手貨物線経由で乗り入れている。
中央本線では、急行線を走行する中央線快速電車と、緩行線を走行する中央・総武線各駅停車の2系統が運行されている。また、甲府駅・松本駅方面へ向かう特急列車も発着する(複々線区間では急行線走行)。
京王線の改札口はすべて地下にある。当駅は大手私鉄のターミナル駅にはよくある頭端式ホームであるが、その多くが頭端部の車止め正面にホーム全幅にわたり改札口が並んでいるのと異なり、正面は壁で塞がれている。頭端部から階段を上ると西口地下広場への出口専用の広場口改札である。また別の階段から朝ラッシュ時専用の出口専用臨時口改札がある(階段の手前のシャッターの開閉により7時10分から9時のみ利用可能で、C&C新宿本店の前に行く出口である)。この頭端部から降車専用を含む1 - 3番線各ホーム相互で段差のない移動が可能である。
中央の階段を上がると南北に分かれ、北が京王西口(桃色)、南が京王百貨店口(紺色)であり、両者を区別するために京王のコーポレートカラーの2色で塗り分けられている。この2色は京王線内の行先イメージカラーとなっており、車止め側に近い西口のイメージカラーの桃色は上り、笹塚駅側の京王百貨店口のイメージカラーである紺色を下りとしている。京王百貨店口はJR中央西口改札口に隣接し、東隣にJR連絡口がある。そこから小田急の地下コンコースを潜るJR連絡通路を通るとJRの中央通路に出る。JRの中央東口からの出入場はJR連絡口の専用改札(黄色の自動改札)を利用する必要があったが、2020年7月19日の東西自由通路の供用開始に伴い取扱いを終了した。
南寄りの階段を上がるとルミネ口改札口で、新宿ルミネ1の地下2階に出る。新宿ルミネ2とは別の建物で、1階以外ではつながっていない。営業時間は6時30分から22時まで。階段を上がると建物から出ずにJRと小田急の南口に行ける。
1番線の荻窪行き到着時、「中野富士見町・方南町方面は、中野坂上でお乗り換えです」という接近放送が流れる(当駅のみ)。西新宿駅開業以前までは「中野富士見町・方南町方面は、次の中野坂上でお乗り換えです」であったが、同駅開業後にいったん省略し、発車標更新時に現在の放送様式となった。
都営地下鉄大江戸線の新宿西口駅が開業したあとは「新宿西口駅接続都営大江戸線はお乗り換えです」という案内放送を行っていたが、2018年度の駅放送更新以降は単に「都営大江戸線」と放送している。
2006年(平成18年)10月に可動式ホーム柵を設置するとともに発車ブザーを線路側に移設した。2008年(平成20年)6月より発車メロディ(発車サイン音)を導入している。混雑時は発車メロディ導入前から使用している発車ブザーを鳴らし、その際に可動式ホーム柵も車両の扉とは別に閉めるようになっていたが、丸ノ内線がワンマン運転を開始したあとは発車ブザーの使用を停止している。平日朝ラッシュ時は特殊取扱を行っており、ブザーが鳴り終わると同時にドアを閉める。その際、車両側のドアと可動式ホーム柵は連動せず、最初に車両のドアが閉まると後から駅係員が可動式ホーム柵を閉める二段階方式を採用している。この方式は、池袋駅でも同様である。
これは、西口地上改札口が2006年(平成18年)に更新したのに伴い、同改札口に隣接する小田急百貨店のエレベーターが1階にも停止するようになり、同時に西口地下改札口のある地下1階からは初電から終電まで利用可能となったものである。また、西口地上改札口付近と西口地下改札口外側のトイレ付近を結ぶ業務用のエレベーターが設置されているが、駅係員の付添がないと利用できない。
エスカレーターは2・3番ホームから南口改札への上りのみで、幅の狭いタイプである。VSE以外の10両編成の3号車付近となる。
4・5番ホームの後(西口地上改札口寄り)から4・5両目の間(10両編成の6・7号車の間)には分割案内板Aがあり、分割駅と分割後の列車の種別・行先を表示できるようになっている。以前は分割案内板Aから2両ほど小田原寄り(6両編成が停車する最も小田原寄りの端)に同様の表示ができる分割案内板Bが存在していた。
地上ホームの現在の乗車位置目標は、先発が赤い丸印、次発が青い三角印で案内されているが、以前は足下に埋め込まれたランプを使って案内していた(先発は点滅、次発は連続点灯)。乗車位置案内がランプのころは、6両編成などの場合は列車が止まる位置しかランプが点滅・連続点灯しなかったが、現在はシールが貼付されているため区別されていない。また、6両編成の場合の小田原寄りの端の案内は存在しない。
都営新宿線 ■急行 (京王新線) - (新線)新宿駅 (S 01) - 市ヶ谷駅 (S 04) ■各駅停車 (京王新線) - (新線)新宿駅 (S 01) - 新宿三丁目駅 (S 02)
都営大江戸線 代々木駅 (E 26) - 新宿駅 (E 27) - 都庁前駅 (E 28)
なお現在では、小田急小田原線や代々木上原駅から直通している東京メトロ千代田線で大幅なダイヤ乱れが生じた際、常磐緩行線所属のE233系2000番台や、千代田線所属の16000系が小田急線のホームに入線する場合がある。
2006年(平成18年)7月31日より当駅限定でSuicaポスター「SuiPo」のサービスが開始された。利用するには事前に広告の横にある登録機で登録を行う必要がある。2007年(平成19年)4月2日からは池袋駅・上野駅・東京駅・新橋駅・渋谷駅を加えた計6駅に設置箇所が拡大された。
当初の計画では上越新幹線の起点は新宿駅で、ここから大宮駅まで建設される計画があった。鉄道総合技術研究所の小野田滋は「このルートは工事費が巨額となることから現実的ではないと判断され打ち切られた」 としている。また、かつてはリニア中央新幹線の起点駅となるなどの構想などが語られたものの、2000年代に入ってからはそのようには考えられていない。
当駅において京王・小田急・東京メトロ・都営地下鉄の相互間で乗継割引が適用される場合があるが、連絡する事業者によって割引の有無が異なる。なお、東京メトロ丸ノ内線と都営地下鉄新宿線・大江戸線は両駅間の距離が遠いため、乗継割引が適用されない。丸ノ内線と新宿線の乗換は新宿三丁目駅、丸ノ内線と大江戸線の乗換は東京メトロ新宿駅・都営地下鉄新宿西口駅間(接続駅扱い)または新宿三丁目駅 - 新宿駅間のみ新宿線経由乗り換え(あるいは中野坂上駅接続)で行えば乗継割引70円が適用される。
乗継割引適用の有無(○:適用、×:不適用)
また、当駅からPASMO・Suica等の各種ICカードで入場する際、残額が都営地下鉄の初乗り運賃の178円未満であっても、京王線・京王新線の初乗り運賃である140円以上であれば入場が可能である(SF乗車の場合)。
東西に伸びる1面2線の島式ホームを持ち、京王線の駅と大江戸線の駅とは改札内でつながっているが、東京メトロの駅とは接続していない(#地下鉄各線との連絡も参照)。当駅の構築幅は約21 m、構築の高さは約26 m(地下5階構造)で、構築の最深部は地下約30 mに達する(東京都交通局による公式な駅深さは26.5 m。東京都交通局の資料において、「深さ」とは駅中心位置の地表からホーム面までの距離を示す)。駅ホーム部分と引き上げ線を合わせた構築延長は556 mで、駅ホーム中心から笹塚寄り半分は京王、本八幡寄り半分(111.6 m)と笹塚駅寄りの引き上げ線は東京都(交通局)の財産区分となる。
当駅の構築が深い理由は、都営新宿線計画当時、新宿貨物駅(1984年2月廃止)直下に地下3層構造の上越新幹線新宿駅を建設する計画があり、これに対応して新宿線のトンネルが深い位置を通ることから、当駅もこれに合わせたためである。
先述の通り、京王の終電2本(桜上水行)と初電からの数本(高尾山口行)はここから発車する。