テキサスのインディアン戦争
ヒューストンは友邦であるチェロキー族が関わっていると考えることを拒否し、チェロキー族の逮捕命令も拒否した。コルドバの反乱はヒューストンが流血沙汰や広範囲の騒擾なしで収めてしまったその能力を際立たせた。ヒューストンが大統領を辞めるとき、共和国は先住民との和平関係を維持していた。
ヒューストンがその1期目にインディアンとの和平を確立することに大いに成功したとしても、テキサス共和国議会はインディアンの土地を白人開拓者に開放する法律を成立させ、ヒューストンの拒否権も無効にした。開拓前線はブラゾ川、コロラド川およびグアダルーペ川に沿って急速に北に移動し、コマンチェ族の猟場やコマンチェリアの中に入っていった。間もなくテキサスとコマンチェ族の関係は暴力沙汰に変わっていった。ヒューストンは和平を取り戻す為の努力をし、テキサス開拓者の活力に警告を受けたコマンチェ族はその伝統的な境界に関する概念に逆らってでも固定した境界を要求することを検討し始めた。しかし、ヒューストンはテキサスの法律によって共和国が権利主張する土地を幾らかでも譲ることを禁じられていた。それでも1838年にはコマンチェ族との和平を達成することができた。
テキサス共和国の残り期間はアンソン・ジョーンズが大統領となり、政府はヒューストンの政策を継承したが、ジョーンズはテキサスの政治家大半と同様にコマンチェリアの境界を設定したいとは望まず、条約の規定を頓挫させた議員たちを支持した。
マッケンジー大佐とその第41騎兵隊は1874年遅くから1875年になるまでクアナ・パーカーとその追随者を追跡した。リャノ・エスタカードの東縁にそったインディアンの隠れ家には5隊に分けて集結させる動きを使った。1874年9月28日、マッケンジーはこの作戦行動の中でも最も大胆で決定的なものになった戦闘で、パロデュロ・キャニオンにあったインディアン集落を5つ破壊した。トゥール・キャニオンでインディアンの馬群3,000頭を破壊したことは、インディアンにとって最後の貴重な所有物を取り上げ、その家屋や食糧源を破壊することと共にインディアンの抵抗そのものを破壊した。11月5日、マッケンジー軍は小さな戦闘に勝利し、彼にとっては最後のコマンチェ族との戦闘になった。1875年3月、マッケンジーはシル砦の指揮官を引き受け、コマンチェ・カイオワとシャイアン・アラパホの居留地を管理した。
1843年3月、ヒューストンはデラウェア族、ウィチタ族など他の部族との合意に達した。この時点でバッファロー・ハンプはヒューストンを信用し対話を始めた。1843年8月、一時的条約合意により、コマンチェ族とその同盟者とテキサス人の間に休戦が実現した。10月、コマンチェ族はヒューストンと面会することに合意し、バード砦で決められたばかりのものに類似する条約を交渉しようとした(協議の家での事件の後で、これにバッファロー・ハンプが加わっていたことは、ヒューストンに対するコマンチェ族の信頼感を現していた)。1844年早く、バッファロー・ハンプとサンタ・アナやオールドオウルなど他のコマンチェ族指導者達がテフアカナ・クリークで条約に署名し、白人捕虜を全て返還すること、テキサス人開拓者の襲撃を止めることに合意した。その見返りとして、テキサス人は部族に対する軍事行動を止め、多くの交易基地を建設し、テキサスとコマンチェリアの間の境界を認めた。コマンチェ族の同盟者、ウェーコ族、タワコニス族、カイオワ族、カイオワ・アパッチ族、およびウィチタ族も条約に入ることに合意した。ヒューストンの2期目が終わるまでに、23万ドル足らずを遣ったが、辺境に平和をもたらし、コマンチェ族やその同盟者との条約を締結し、共和国は議会の批准を待つだけになった。
ミラボー・ボナパルテ・ラマーが共和国2代目の大統領になって、先住民に敵対的になった。ラマー内閣はヒューストンの「ペット」(お気に入り)インディアンを排除すると豪語した。
ラマーは1839年にその施政方針を次のように宣言した。
インディアン問題に関するその答えは「彼らに対して活発に戦争をしかけること、情け容赦なくその隠れ場まで追及し、帰ってくる希望も無く我々の境界から逃亡すると考えさせるまでやることが戦争の結果として望ましいことだ」というものだった。
ラマー大統領は「排除」すなわちインディアン部族を白人開拓者のいない所まで追放することを試みた最初のテキサスの役人だった。この政策は、恒久的なインディアンの前線、すなわち様々に「排除」された部族が白人開拓者あるいは諍い無しに彼らの生活を営むことのできる境界線のようなものがあるはずだと考えるものだった。
ラマーはチェロキー族がコルドバの反乱に加担した以上はテキサスの中に留まることを許されないと確信するようになった。チェロキー族をテキサスから排除することになるチェロキー戦争は、ラマーが政権を取った直後に始まった。
南北戦争は平原に信じがたい流血と混乱をもたらした。騎兵隊が他所での戦闘のために平原を離れ、多くのレンジャーズは南軍に入隊したのでコマンチェ族など平原部族がコマンチェリアから開拓地を押し返し始めた。開拓前線は最終的に100マイル (160 km) 以上も押し戻され、テキサスの平原は放棄され燃やされた農場や開拓地でちりばめられた。しかし、インディアンの人口はコマンチェリア全域支配を取り戻せるほど十分ではなかった。