ユーリヒ＝クレーフェ＝ベルク連合公国
このせいで、ヨハン・ヴィルヘルムの相続人と見なされる長姉マリー・エレオノーレと次姉アンナは異なった宗派を信仰し、互いに対立していた。加えて、連合公国の領土を狙う神聖ローマ皇帝ルドルフ2世とザクセン選帝侯クリスティアン2世の野心が、公国の継承問題をより錯綜させた。特に、フランス王アンリ4世やネーデルラント連邦共和国は、ルドルフ2世が連合公国を獲得してオーストリア領ネーデルラントをさらに強国化することを警戒していた。
ヨハン・ヴィルヘルムの長姉マリー・エレオノーレとプロイセン公アルブレヒト・フリードリヒの娘のプロイセン公女アンナはルター派であり、ブランデンブルク選帝侯ヨハン・ジギスムントと結婚していた。一方、ヨハン・ヴィルヘルムの次姉アンナはカトリック信徒であり、プファルツ=ノイブルク公フィリップ・ルートヴィヒと結婚していた。結果としてブランデンブルク選帝侯領とプファルツ=ノイブルク公領の間でユーリヒ=クレーフェ継承戦争(三十年戦争の前哨戦の一つとされる)が勃発したが、1614年のクサンテン条約 (en) で妥協が成立し、ブランデンブルクが連合公国内のプロテスタント領邦(クレーフェ、マルク、ラーフェンスベルク)を、プファルツ=ノイブルクがカトリック領邦(ユーリヒとベルク)を相続した。不運なことに、ヴィルヘルム5世の異名「富裕公(Wilhelm der Reiche)」が示す連合公国の国土の豊かさは、継承争いに伴う戦乱のために破壊された。