船舶運営会
大谷登:1942年4月1日 - 1943年10月1日
田島正雄:1943年10月1日 - 1944年6月7日
寺井久信:1944年6月7日 - 1944年10月31日
小野猛:1944年11月1日 - 1945年5月10日
内田茂:1945年5月10日 - 1950年3月25日
船員は船員徴用令(1940年制定)にもとづき政府が徴用し、船舶運営会が各船に割り当てる建前とされたが、実際には各船の本来の乗組員及び船主雇用の予備員がそのまま配置された。船員には、逓信大臣の定める服務規程に従い、船舶運営会の指示を受けることが要求された。賃金の支払は船舶運営会から行われたが、従前の船主と船員の契約も存続するものとされた。
1944年7月の閣議決定に基づき、運輸通信省海運総局や船会社と合同で、船員組織実行委員会を設立した。同年秋以降には、決戦輸送体制確立のために徴用船員の待遇官吏化の法制が進められ、1945年1月に船舶運営会による一元的管理体制が完成した。その後に大本営海運総監部が設置されてからも、船員の補充交代は運輸通信省(5月以降は運輸省)と船舶運営会が実施を担当することとされた。
戦後においても船員の一元的管理を継続した。船員の雇用を続けて離散を防止したことで、日本海運の速やかな復興に貢献したとの評価もある。