計算科学センター駅
島式ホーム1面2線を持つ高架駅である。駅東側の神戸空港方に引き上げ線があり、悪天候などのために神戸スカイブリッジを走行できない場合の折り返しに備えている。2016年3月28日のダイヤ改正より、この引き上げ線を使用して、定期の折り返し列車が設定された 。
駅舎は、2階がコンコース、3階がプラットホーム。駅舎の屋根は波打った形となっている。改札内にはエレベーター、エスカレーター、多目的トイレなどがある。道路をはさんだ北側の歩道とは歩道橋によって結ばれており、駅南側はエレベーターとエスカレーターが設置されている。
当駅の駅スタンプは三宮駅のインフォメーション(定期券売り場)に保管されている。