次官連絡会議
第2次吉田内閣では、次官会議の事前審査をそのまま継続したが、衆議院議員総選挙(第24回衆議院議員総選挙)で大勝した後の1949年(昭和24年)2月8日、各省次官など重要人事の任命発令には「予め閣議の了解を得た後之を行う」ことを閣議決定した。さらに吉田は同年3月4日、増田甲子七官房長官を通じ「次官会議の構成員について」を閣議に伝達し、以下の2点を定めた。
次官会議の構成員は今後、内閣官房長官、内閣官房次長、各省次官(外務・大蔵・文部・厚生・農林・商工・運輸・逓信・労働・建設)、法務総裁官房長、経済安定本部副長官及び連絡調整中央事務局長官とすること。
従来次官会議に出席していた右以外の者は、特に会議の審議を要し又は報告すべき案件のある場合に限りその都度出席し得るものとすること。
この結果、物価庁次長・特別調達庁総裁・賠償庁次長・連絡調整事務局次長・人事院事務総長・国家地方警察本部長官・行政管理庁次長・中小企業庁長官・中央経済調査庁次長・海上保安庁長官が、次官会議のメンバーから外され、25名から15名体制に縮小された。
吉田の狙いは、連合国軍最高司令官総司令部(GHQ)の意向により設置された官庁のほとんどを排除し、次官会議がGHQと連動して政治化自律化することを防ぐことにあった。一方で、閣議の「事前審査」機能は温存させ、麻生内閣までの事務次官等会議の体制が確立した。
2009年(平成21年)9月に発足した鳩山由紀夫内閣は、事務次官等会議を官僚支配の象徴としてその廃止を決定し、同月17日(木曜日)には事務次官らが集められて「事務次官等会議は廃止されたことを確認する会議」が開かれた。