メアリー・ローズ
現代の歴史家の間で最も一般的な沈没の原因は、様々な要因から不安定になっていた船に偶然強い突風が吹きつけ、戦闘中で砲門が開いていたことが致命的となり、船は浸水して間もなく沈没してしまった、というものである。さらに、この仮説を基に沈没の原因を「長年の使用と改装で増えた重量に、船体が耐えられなくなったからだ」という説が提唱された。
ピーター・マースデンは、19世紀と20世紀の調査で回収された大砲を調べた結果、砲弾が装填された状態の砲が両舷に残っていたことから、片側の大砲を全て発射した後に船が向きを変えたという記述に疑問を呈した。これは、経験豊富な乗組員が危険な方向転換を行う際に砲門を閉じなかったとは考えられないため、何か別の問題が発生した可能性があることを意味すると解釈されている。
最新の調査により、船が1536年前後に大改造を受けたことが判明しており、その内容は「メアリー・ローズ」が航海に耐えるには変更点が多すぎるという説を裏付けている。マースデンは、追加された大砲の重量によって喫水が大幅に下がり、喫水線が主甲板の砲門から3.3フィート (1.0 m) 未満になったことを示唆している。
ピーター・カリューの伝記にある乗組員不服従説は、元英国海軍軍医総監ジェームズ・ワットの「当時ポーツマスでは赤痢が流行していた記録があり、船を適切に扱える優秀な船員が不足していた可能性がある」という主張によって補強された。歴史家のリチャード・バーカーは、乗組員は船が事故を起こす可能性が高いことを知っており、そのため彼らは躊躇して命令に従うことを拒否したのではないかと推測した。マースデンは、カリューの伝記が、フランスとイギリス双方の目撃者による証言と詳細な点で矛盾があることを指摘した。
その後は、船が移動中に傾き、砲門が開いていたために浸水して沈んだという説明が繰り返されている。ジョン・フッカー(英語版)が1575年以降に書いた、ジョージ・カリュー中将の兄弟であるピーター・カリューの伝記では、同じ理由が示されているが、乗組員の不服従が原因であると付け加えられている。伝記によると、ジョージ・カリューは、出港直後に「メアリー・ローズ」の不穏な兆候に気付いたとしている。ジョージの叔父であるガウェン・カリューは、戦いの最中に乗艦「マシュー・ゴンソン」で通りかかり、甥に船の状況を尋ねた。それに応えて、ジョージは「私の命令を聞かないならず者どもがいる」と答えたとされる。
イングランド側とは対照的に、戦闘に参加していたフランスの騎兵将校マルタン・デュ・ベレー(フランス語版)は、「メアリー・ローズ」はフランス艦の砲撃によって沈められたと述べている。