陳水扁
これに対し司法は数か月にわたる審理を行い、2004年11月4日午後4時2分に連戦の訴えを退け、陳の当選有効が確定した。
銃撃事件に関してはさまざまな調査が行われた。鑑定専門家の李昌鈺による調査では、陳の銃創が拳銃によるものであるとの鑑定結果が提出され、残された弾丸より犯人捜査が行われた。その後被疑者として地元出身の無職の男、陳義雄が特定されたが、約10日後、水死体で発見され、自殺かどうかもわからず、動機などの真相は明らかにされなかった。
尚、事件から数年後、中国の反体制活動家・袁紅氷が「中国人民解放軍の情報機関が台湾の選挙を混乱させようとして実行したテロだ」と証言したが、それを裏付ける資料はでていない。
2006年10月9日、陳水扁は中華民国国慶日式典に出席するため訪台した日華議員懇談会のメンバーと会見し、その席で北朝鮮が同日に地下核実験を実施したことを強く非難するとともに、日本とアメリカとの軍事交流を強化して、両国と準軍事同盟を構築する必要性を強調した。
2004年の総統選挙では、国民党と親民党が選挙協力を行い泛藍連盟を形成したことで当初優勢と考えられていたが、台湾独立意識の高まり(李登輝主催の台湾独立デモに想定を超える100万人超の参加者が集まるなど)により民進党や台湾団結連盟などの泛緑連盟の支持率も少しずつ上がっていき、泛藍と支持率を並べるようになった。
そのような情勢の中で、投票前日の3月19日、陳水扁と副総統候補の呂秀蓮が台南で民衆の応援に応えながらパレードしている最中に銃撃を受けて負傷するという暗殺未遂事件(三一九槍撃事件)が発生した。この事件は選挙結果にも影響を与えたとされ、得票率50.11%対49.89%、わずか2万9518票差(無効票約33万票)で陳水扁が当選した。非常に僅差での勝利であったため泛藍連盟は強い反発を示し、総統候補の連戦が「銃撃事件は自作自演であり、選挙は無効」と訴え、支持者は連日抗議デモを行った。
2011年8月26日、台北高等法院で差戻審判決があり、機密費流用事件について逆転無罪判決を下した。機密費に関する文書偽造罪については控訴審判決よりも10ヶ月少ない懲役1年8ヶ月、マネーロンダリングについては懲役2年となり、総合すると、陳は懲役2年8ヶ月および300万元の罰金となった。他方、呉淑珍夫人は、懲役11年6ヶ月、2200万台湾元の罰金、5年間の公民権剥奪となった。
台湾最高検は差戻審判決を不服として最高法院に上告した。