本渡バスセンター
天草諸島内の一部地域を除くほぼ全エリアにおける各方面行きの普通バスのほか、県都・熊本市間とを結ぶ快速バス「あまくさ号」、本渡市街地循環バス「のってみゅうかー」など多くの路線が発着する。ここから発着する路線は全て天草営業所が担当するが、牛深線においては牛深営業所との共同管轄路線である。2018年11月まで熊本線においては九州産交バス熊本営業部・高速バス営業所(現:高速営業所)との共同運行路線であった。
かつては戦後においてそれまで天草諸島における複数の乗合事業者が運行していた路線のすべてが産交バスに統合された経緯から路線数も多く重複した系統も多くみられるなど複雑な路線網となっており、運行車両の全ては中型車両が用いられていたほか、急行三角線や準急熊本線なども運行されていた関係で三角営業所や中央営業所(当時)所属の一般路線向け大型車両なども乗り入れていた時期もあったが、1981年頃に準急熊本線は廃止となり、同時期に急行三角線は普通便に種別変更され各停化されたのち2005年頃に廃止された。
その後、沿線の過疎化や少子高齢化、マイカーの普及などの影響により、バス乗客の減少に伴う天草諸島内のバス路線網見直しによって2009年10月1日付で重複する路線の統合や廃止、コミュニティバス(本渡市街地循環バス)の運行開始などによって路線数も大幅に整理されており、運行車両も一般路線車はほとんどが小型車両での運行が中心となっている。また、一時期においては、一部の便はバスセンターから中央新町・市役所を循環して一旦バスセンターに戻って来たあと目的地に向かう(その逆もあり)ルートも存在したが、路線再編と本渡市街地循環バスの運行開始などにより、2010年10月1日までに廃止された。