ヘラクレスの栄光
容姿端麗な男性。不死の体。話し方は割合に上品で敬語が多い。クレタ島の平原でクノッソスの兵士に不死である事からモンスターと間違われて追われているところに主人公達とすれ違い、ロコスが兵士に別の方向へ行ったと伝えた恩からクノッソスの巡礼船の許可証や宿屋の宿泊手配をしてもらえる。主人公達と同じく不死の体と記憶喪失という境遇から自分を見つける旅に加わる。
その正体はゼウスより3つに分断されたオケアノスの魂の1つ。物語の終盤でクラシスを使ってテュポーンを倒すべく、もう1つの魂であるデクレオスとオケアノスの体に戻り、その力を使ってテュポーンのコアを破壊するが、テュポーンに魂を吸収されそうになる。それを阻止するためクラシスを逆作動させるが、その無理な影響でデクレオスの魂と融合した体になる。以降は半裸のワイルドな見た目になり、戦闘中のみ口調も変わる。
時を司る神で、ゼウス、ハデス、ポセイドンらの父。前作のラストボスであるタイタン族の王とは別の神(実際の神話ではタイタン族の王の方がゼウス達の父である)。現在はタルタロスに幽閉されている。言葉も話せない怪物となった主人公に「タルタロスよりも似合いの場所」として、永遠に巡る時の中で同じ過ちを繰り返すように人間の姿の主人公たちが「復活の血」を使う直前に時間を巻き戻す。それが結果的に主人公にやり直しのチャンスを与える事となった。
主人公の故郷の女王。打倒クロノスのため、国中の若者たちを招集する。彼女もまた数奇な運命に巻き込まれることになる。
そこで主人公と出会った時の神クロノスはバオールの所業に怒り、永遠の時間の環に閉じ込めるため、一行がアトラス復活を目指している場面へ転送する。 主人公はかつての仲間達に襲われるが、敵意がないことを感じ戦闘を取りやめる。だが、同行していたアルビオンだけはウラノスの言葉を信じ、変貌した主人公、ひいてはそれを庇う仲間達も手にかけようとした。アルビオンを撃退した後、主人公はこの時間軸の自分自身と記憶を共有し、バオールという怪物は消滅。この時間軸の主人公に全て受け継がれた。
アトラスを復活させる以外の方法を考えていた主人公のもとに、ヘラクレスが現れ、一行の記憶を取り戻す。 すべてを思い出した主人公は、贖罪のため、オケアノスの石化を解くべく、彼の体内へ向かう。 一方、ウラノスから力を得たアルビオンはオケアノスの体内で主人公らを待ち受けるが、最終的には醜い怪物に成り果て、一行に討たれた。 復活したオケアノスの計らいにより、主人公はゼウスと和解する。 さらに、主人公は謎の男こと自分の息子と対面した後、ハデスの元へ行く。そして、タルタロスにて罪を償った主人公は、ハデスから赦され、新たな人生へと転生した。
ウラノスは「そいつらは怪物に心を奪われた裏切り者だ」とアルビオンに言う。それを信じた彼は仲間の言葉を聞こうともせず襲い掛かる。
一度は退けられたが、今度はオケアノスの体内にて主人公達を待ち構える。そして倒されるたびにウラノスから力を授かって復活し、最後は自身が醜い怪物になり果て、主人公たちに討たれるという結末を辿った。
アトラス山では禍々しい鎧を纏い、二刀流で襲い掛かってくる。ラストバトルでは、第一形態は通常の姿。第二形態ではアトラス山での時に近い姿になり、最終形態はドラゴンのような怪物の頭部が三つ生えた殆ど原型を留めない巨大な異形と化す。
アプリ版では長髪の美男子の容貌。アトラス山での戦いでは通常の姿であり、第一形態も同様。第二形態は肌が変色した上に腕が奇形化し、二刀流になる。最終形態は元の面影を残しつつも四本の腕と四枚の翼を持つ、宛ら魔王とでも呼ぶべき禍々しい巨体となる。
セレネに住む男。病で余命いくばくも無い息子・イカロスのある望みを叶えるため、現在は旅に出ている。
そして2人の体を、鉱山の奥にあったオリハルコンの箱(これこそがパンドラの箱だった)に入れておく事で永遠に保管する。アールモアは2人に「死者の国の、レーテーの川の水を飲んではいけない。その水は生前の記憶を奪う。水を飲まず転生し、自分達の体が待つこのアトランティスに帰ってきて欲しい」と告げた後、自ら命を絶ち、死者の国へと旅立った。
その後、世界はいつの間にか魔物に満ち溢れており、神々はその原因を彼らに探らせようとすべく、彼らを復活させる。このうち、アールモアの魂は記憶を保持したまま、青年の体に宿されたが、パンドラの箱から飛び出した悪意「復讐」が宿っており、アトランティスを滅ぼす様仕向けたゼウスに復讐すべく動く。これを反省し、次なるプラトンの魂は記憶を保持させず、木こりの男に宿すが、プラトンは本来の持ち主の生を代わりに送るだけだった。そして、運命の女神モイライの1人は、主人公に最後の望みを掛け、記憶を戻したうえで地上に戻すが、彼の魂は犬に宿ってしまう。 モイライは、自分と波長の合う生物になら乗り移れる事と、今や不死身の体となった事を説明する。そして、もし事が上手くいけば、主人公に新たな「運命の糸」を与える事を約束したうえで、主人公を旅立たせる。
前作『タイタンの滅亡』より前の時代の女王。勇者ハンスを厚く信頼している。現在、病床にあり、ホメロスに看護を求める。
記憶と経験はこの時間軸の自分自身に引き継がれた。
そしてヘラクレスにより記憶が取り戻された後、贖罪のためにオケアノスを復活させるべく行動を起こす。それを阻むべく現れたアルビオンを打倒し、エンディングではゼウスとも和解する。
続けて実の息子とも和解を果たし、仲間たちと別れた後は人知れずタルタロスへと幽閉され、奴隷として数百年を過ごすことで償いを果たしたとして転生を果たした。
SFC版では鎧を着こんだ短髪の青年。アプリ版では髪がやや長く、服も軽装となっている。女性化するとロングヘアになる。 バオール トランティア国を発展させた人物で、主人公の本来の姿。ある場所では「偉業によってトランティアに繁栄をもたらした英雄」と、またある場所では「神の怒りに触れるような恐ろしいことを行った暴君」とも語られる。 野心や野望を抱かず自然のままに暮らす集落エーウスの出身。年老いてもその野心は衰えず、妻子を残して集落から追放されてしまう。その後、アトラシア村に渡った彼は怪物テュポーンを倒して開拓し、英雄と崇められる存在となったが、小国の英雄程度では彼の野心は満たされず、トランティア国に自分の才能を売り込んだ。そして、更なる発展のため海峡を陸に変え、他国との交流を図る。
本作の楽曲は、『大怪獣デブラス』を手掛けた桃井聖司を中心に制作され、『II』などに参加した酒井省吾はサポートに回った。
スーパーファミコンというハードや、RPGというジャンルは桃井にとって初めての挑戦であり、最初は本作の世界観をつかめていなかったため、ギリシャの民族音楽のCDを購入して研究した。また、本作ではオーケストラ調のサウンドを実現できたことから、濱田の提案でスイス・ロマンド管弦楽団が演奏する「春の祭典」を聞きに行くこともあった。
ギリシャの街のBGMである「オリーブが薫る街」やフィールド曲である「失われた時は何処に」はギリシャの民族音楽を意識して作られた曲である。制作当時、桃井は酒井から「失われた時は何処に」が演歌みたいだと指摘されたと座談会で明かしており、あのメロディがプレイヤーにとって印象的だったがために、余計演歌みたいに聞こえてしまったのだろうと推測している。
ストーリーはヘラクレスの12の功業をモチーフにして、ハデスに捕えられたビーナスを救い出すというもの。中ボスにはその12の功業にちなんだモンスターが登場する。戦闘中、中ボスと会話できるのも独特だった。2020年10月20日よりプロジェクトEGGにて配信開始。
冒険の途中で登場するキャラクターのアドバイスが元でかえって冒険の進め方が分からなくなるなど、不親切な部分がある。作中のアイテムは、それがないとクリアできないアイテムも含めて全て売ることができ、もう一度取るにはパスワードを取って再開する必要がある。橋を渡っている最中に足元を調べると、1ユニットごとにお金に変わり、橋が消える。パスワードは少々間違っても再開でき、かえって進行上有利となることもある。
理不尽な難易度の謎解き、戦闘バランスの調整の悪さなどから、当時プレイした低年齢層は大いに苦戦したという。
まくろきものに飲みこまれていた幼いケンタウロス。ケンタウロスの肉を食べると不老不死になれると信じるペルシア王に捕われるが主人公に助け出される。