ゾロアスター教
一方、キュロスの息子カンビュセス2世(在位前529年頃 - 前522年)は実姉アトッサや実妹ロクサーナと近親婚しており、マゴス神官団の影響がうかがえる。また「マゴス神官団ガウマータ」が王族スメルディスに成りすましたとされていることから、キュロス王家ではマゴス神官団が重用されていたとみる向きもある。
ただしキュロス王家は臣民たちに改宗を強制せず、キュロスがバビロンを征服した紀元前536年には、バビロン捕囚にあっていたユダヤ人たちを解放している。また、進んだ文明を持つメソポタミアやエジプトの信仰を尊重し、政治的な中央集権と文化的な地方分権を敷いたとされる。このようなことから、キュロス王家がゾロアスター教徒だったとしても「支配者の宗教」という意味に限定される。この結果、シンクレティズムが促されてユダヤ教エッセネ派が隆盛し、キリスト教に継承されたとも言われる。アケメネス朝期のギリシアにおけるピタゴラス教団・オルフェウス教、さらにペルシャ高原東部では大乗仏教伝播にともなう弥勒菩薩信仰と結びつき、マニ教もゾロアスター教の影響を強く受けたとされる。イスラム教もまたマニ教と並んでゾロアスター教の影響も受けており、啓典『クルアーン』(コーラン)にもゾロアスター教徒の名が登場する。
バハラーム2世の造ったリレーフには、叔父のアルメニア国王ナルセ(ナルセ1世)らサーサーン家の面々と並び、神官に過ぎないカルティールが、それもかなり高い席次で描かれていた。このことからシャープールの死後、カルティール率いる神官団が台頭していたことがうかがえる。権勢を増し加えたカルティールは「バハラームの霊魂を救済するオフルマズド・モウベド神官」「エスタフルのアナーヒター拝火神殿の神官」の称号を得た。シャーハンシャーの霊魂を左右し、サーサーン朝の祖先が務めていた神殿の神官職を名乗るようになったのである。また、彼はマニを処刑するなど異教弾圧に熱心で「ユダヤ教徒・仏教徒・ヒンドゥー教徒・シリア系キリスト教・ギリシア系キリスト教徒・洗礼教徒・マニ教徒」を駆逐したとする碑文を帝国各地に建てた。そして帝国各地に聖火と神官たちを派遣したと書き記しているが、具体的にどのような教えを信じていたのかは記録がない。
ナルセがシャーハンシャーになるとカルティールは失脚したとみられる。「エスタフルのアナーヒター拝火神殿の神官」の称号はナルセに引き継がれた。
カルティールの死後もゾロアスター国教化路線は維持された。9代目シャープール2世(在位309年 - 379年)の時代には、大神官アードゥルバードのもと、口伝アヴェスターの結集と教義の確立が行われた。また、シャープールは見る人が限られるレリーフを造るよりも、自身の描かれた銀食器や胸像を帝国各地にばらまくことに積極的だった。これによりサーサーン家とペルシアの関係性は薄れ、シャーハンシャーの神秘性はかえって失われたと考えられている。
原始教団
ザラスシュトラ - 教祖
ジャーマースパ・フォーグワ - ザラスシュトラの娘婿
以後、記録なし
大神官(サーサーン朝時代)
カルティール -
アードゥルバード - シャープール2世時代
ザルドシュルト - アードゥルバードの息子?
アードゥルバード - ザルドシュルトの息子?。5世紀
アードゥル・ファッローバイ - ヤズデギルド2世時代
フダード - ヤズデギルド2世時代
アードゥル・ボーセード
マルドブード -ペーローズ1世時代
アードゥルバード - マルドブードの息子
フーデーン・ペーショーバーイ(イスラム支配時代)
アードゥル・ファッローバイ -アッバース朝マアムーン時代
ザルドシュルト - アードゥル・ファッローバイの息子。イスラム教に改宗
ジュワーンジャム
マヌシュチフル - ジュワーンジャムの息子
エーメード - ジュワーンジャムの孫
アードゥルバード
エスファンディヤール - アードゥルバードの息子。アッバース朝ラーディーにより936年処刑
エーメード - エスファンディヤールの孫
以後、記録なし
他宗教への影響と同様、ゾロアスター教の政治への影響力の大きさも、研究者によって意見が分かれる。一般に古代の政治-宗教関係は密接であったため、他宗教への影響が大きいと考える研究者ほど、その政治的影響も強かったと考える傾向にある。歴代王朝下でゾロアスター教は常に国教的役割を担ったと考える者もいるが、見解は統一されていない。青木健は、古代アーリア人の諸宗教とゾロアスター教の境界は曖昧で、サーサーン朝成立まで、そのどちらとも取れるような諸宗教が人々に幅広く受容されていたとしか言えないと指摘している。
イスラム教徒の支配下でゾロアスター教徒たちは経済的利益や身の安全のため次々と改宗していった。イスラム側は彼らを改宗させるため、ヤズデギルド3世の娘達が正統カリフ、アリー・イブン・アビー・ターリブの一族と結婚したという説話を流布させた。ゴムではアーリア人への虐殺・追放が行われ、代わりにアラブ人の移住が促進された。これによってこの街はシーア派の一大拠点となった。10世紀にはゾロアスター教の牙城だったペルシア州でゾロアスター教徒の血を引くイスラム教徒のガーゼルーニーが布教活動を行った。ゾロアスター教神官団は彼を暗殺・逮捕しようとしたが失敗し、最後の基盤も切り崩されていった。12世紀にはこの地の農村部にもモスクが立つようになり、ペルシアのイスラム化は不可逆的に進んだ。これに伴い、アーリア人の伝統的階級社会は解体され、民族の誇りも失われて自称が「アジャム(非アラブ)」と主体性のないものに置き換えられた。サーサーン朝の豊かな文化はイスラム文化に吸収された(イラン・イスラーム文化)。
近代に至り、イラン社会も世俗化の流れの中でジズヤが廃止され、ようやくムスリムとは法的に対等の権利を得た。