2000年代のJRダイヤ改正
北陸地域の特急の再編を行い、米原駅発着の「加越」が「しらさぎ」に統合された。急行「ちくま」が臨時列車に変更された。山陰本線京都側の特急が一部見直され、綾部駅で編成の連結・切り離しを行う列車が新設された。
岡山地区では岡山駅 - 鳥取駅間を智頭急行線経由で結ぶ特急「いなば」がキハ187系に置き換えられ「スーパーいなば」に改称、スピードアップを図った。瀬戸大橋線の快速「マリンライナー」も新型車両(西日本223系5000番台・四国5000系)に置き換えられ、所要時間を短縮した。
アーバンネットワークの一部路線では、東海道新幹線「のぞみ」の始発・最終列車に接続を受ける列車が増発された。
阪和線は夜0時台に天王寺発日根野行きの区間快速が増発された。また、土曜・休日の朝に大阪環状線直通の区間快速(鳳駅発着で環状線内は各駅停車)が1往復設定された。
学研都市線では、松井山手発の始発電車を1時間繰り上げ(5時台 → 4時台)、京橋発松井山手行き終電を30分繰り下げ(23時台 → 0時台)を行った。
JR京都線・宝塚線では8月14日限りで103系の運用が廃止された。
山陽・山陰地区では芸備線の広島駅 - 三次駅間で列車の増発が行われ、広島シティネットワーク区間では20分間隔になった。この区間に快速列車のみよしライナーが運行を開始し、急行「みよし」も時間帯変更や停車駅の追加が行われた。また山口線では山口駅 - 益田駅間で、夜間の終電が繰上げになった。須佐駅における夜間留置も廃止になった。広島駅 - 岩国駅間の水曜日運休を廃止し、1時間ほど開くダイヤが解消された。
高山本線では高山駅 - 富山駅間直通の普通列車が廃止され、猪谷駅で乗り換えになった。
新幹線の改正に伴い各在来線特急の時刻繰上げ・繰下げを行った。
名古屋地区では、中央本線で昼間の普通を増発したほか、夜時間帯の普通・快速の増発・運行時間帯延長を行い、新幹線からの接続を改善した。東海道本線でも普通・快速を増発または運転区間を延長した。快速の増発に伴って、「ホームライナー」は見直しが行われ運転本数を削減した。
静岡地区では、御殿場線で夕方時間帯の沼津駅発着列車の一部を東海道本線三島駅発着に変更した。
四国で改正を行い、牟岐線の徳島駅 - 阿南駅間で夜に特急「ホームエクスプレス阿南」を増発した。また同年5月より徳島地区に1500形気動車が投入された。
この改正をもって化成品のタンク車輸送がほぼ終了し、石油や石灰石など一部の専用貨物列車を除いた車扱貨物列車が全廃となった。このことは、1両単位で解結を繰り返す明治期から続いた従来型の貨物輸送が完全に終焉したことを意味する。
新型貨物電車M250系が「スーパーレールカーゴ」として東京貨物ターミナル - 安治川口駅間に運転開始した(当初は臨時列車扱い)。
西日本の三江線で落石が相次いだため、速度を落とすダイヤ改正を実施した。
北海道でダイヤ改正を実施。
旭川・稚内方面では、特急「ライラック」に使用していた781系が全車営業運転を離脱し、代わりに789系1000番台7編成35両を新製導入し、旭川駅発着の電車特急は愛称名をこれまでの「ライラック」・「スーパーホワイトアロー」から「スーパーカムイ」に統一した。これにより、札幌駅 - 旭川駅間の所要時間は一部を除き1時間20分に統一された。また、旭川発の「スーパーカムイ2号」が5時台前半、稚内発の特急「スーパー宗谷4号」が16時台にそれぞれ繰り上げ、札幌駅での接続が改善された。
帯広・釧路方面では、帯広駅発着の特急「スーパーとかち」1本と「とかち」1本を釧路駅まで延長し、「スーパーおおぞら」が7往復に増発された。キハ283系で運転する特急列車は7両編成が基本となった。
山陽新幹線において100系P・K編成への置き換えが進んだ「こだま」の充実が図られた。
特急「スーパーあずさ」の立川駅停車を夕方時間帯で2本拡大(下り1本・上り1本)した。
寝台特急「あけぼの」では、従来喫煙車だった「ゴロンとシート」が禁煙車に変更し、上野駅 - 長岡間の牽引機をEF81形からEF64形に変更した。
湘南新宿ラインでは土休日に10両編成で運行されている一部の列車を15両編成に変更したほか、湘南新宿ライン・南武線・横浜線で列車を増発した。また、南武線に西府駅、川越線に西大宮駅が開業した。
京葉線では前年の12月1日に209系500番台が営業運転を開始した。
鶴見線では運行体系の大幅な見直しが行われ、扇町駅・海芝浦駅発着の列車が日中2時間間隔に変更された。
磐越西線の快速「あいづライナー」は、土曜・休日のみ運転の1往復(3・4号)が毎日運転に変更され、毎日3往復体制になった。
米坂線では全列車がキハ110系・キハE120形に統一された。
九州では、鹿児島本線に千早駅が開業した。
西日本では、南海電気鉄道の大規模ダイヤ改正(関空アクセスの拡充)に伴い、りんくうタウン駅 - 関西空港駅間で南海と線路を共用する関西空港線および阪和線でダイヤ修正を実施した。
各路線でダイヤ変更を行った。
赤穂線の西大寺発岡山行きの朝の列車を臨時扱いで倉敷行きに延長した。湖西線・北陸本線方面では683系4000番台の増備に伴い一部の「雷鳥」が「サンダーバード」に置き換えられた。伯備線系統の特急は車内販売を廃止した。
九州新幹線の部分開業により、寝台特急「なは」の運転区間が新大阪駅 - 西鹿児島駅間から新大阪駅 - 熊本駅間に変更された。
東北新幹線・山形新幹線・秋田新幹線の「はやて」(盛岡発着を2往復設定)・「こまち」・「つばさ」の定期列車が増発された。盛岡・八戸・秋田発着の定期列車は時速275キロ運転のE2系とE3系に統一された。仙台駅で日中に「はやて」と「やまびこ」のスムーズな乗り換えができるようになった。東京駅における東日本の新幹線の方面別のホーム使用が廃止され、20 - 23番線のどのホームからも発着するようになった。