アマゾン川
1669年にはマナウスの町が開かれ、さらに南のサンパウロから進出したバンデイランテスたちが1730年代にマット・グロッソにて金鉱を発見し、この金の輸出の河川ルートがアマゾン川へとつながったためにより一層アマゾン流域はポルトガルの勢力が強くなっていった。1750年にはマドリード条約が結ばれ、アマゾン川流域の中央部分はほぼポルトガルの領域となった。
また、この間も広大なアマゾン川流域の各支流については探検が進んでおらず、流域にはヨーロッパ人と全く接触を持たないインディオ達も数多かった。各支流の探検はこの時代にも続けられており、1799年から1800年にはアレクサンダー・フォン・フンボルトが探検を行い、流域北部においてアマゾン川流域とオリノコ川流域とを結ぶカシキアレ水路の存在を明らかにした。
ブラジル帝国独立後もアマゾンの開発は進まなかったが、1852年にマウアー子爵(ポルトガル語版)がアマゾン川汽船会社を設立してアマゾン川に蒸気船を就航させるようになり、さらに1866年にブラジル政府はアマゾン川の外国船の航行を認めた。これにより、アマゾン川上流のペルー領イキトスも貿易港としての機能を持つようになった。19世紀末から20世紀初頭にかけては天然ゴムのブームによってアマゾン川は一躍脚光を浴びるようになり、マナウスやイキトスなどは繁栄期を迎えた。とくにゴムの集散地となったマナウスは熱帯のパリと呼ばれるほどの繁栄期を迎えた。
アマゾン川が流れるアマゾン平野は約4億年前に形成されていた。その頃南アメリカ大陸はゴンドワナ大陸の一部であり、現在のアフリカ大陸と一体となった大陸を東西に貫く地溝帯が走っていた。ここには東西から海が流れ込み、海水起源の堆積物が徐々に積もりつつあった。やがて3億年前頃には大陸東側が干上がり、海の侵入は西側からのみとなった。そして中生代白亜紀には大西洋中央海嶺からのマントル上昇によってゴンドワナ大陸は分裂を始めた。
西へ移動を始めた南アメリカ大陸の中心部では、東から西に流れ太平洋に注ぐ河川が形成された。ところが大陸がマントルの沈み込みが起こる現在のペルー・チリ海溝に到達すると、新生代新第三紀頃に大陸西端には造山活動によって6000m級のアンデス山脈が形成され、行き場を失った水は平野部に停滞して巨大な淡水湖を作り上げた。段々と水位を高めた湖はギアナ高地とブラジル高原の間に流出先をつくり、大西洋に河口を設けた。
その頃、地球は氷期にあり、海面は低かった。流れる水は高低差を勢いをもって流れ、湖底の堆積物を深く削った。この際に残された丘がテラフェルメと呼ばれる増水時にも冠水しない台地となった。やがて氷期が終わって海面が上昇すると、海水が内陸まで入り込んで堆積物がバァルゼアを形成した。このような形成過程から、アマゾン川の水深は深くなった。