金峯山寺
金峯山寺の中興の祖とされるのは、平安時代前期の真言宗の僧で、京都の醍醐寺を開いたことでも知られる聖宝である。『聖宝僧正伝』によれば、聖宝は寛平6年(894年)、荒廃していた金峯山を再興し、参詣路を整備し、堂を建立して如意輪観音、多聞天、金剛蔵王菩薩を安置したという。「金剛蔵王菩薩」は両部曼荼羅のうちの胎蔵界曼荼羅に見える密教尊である。この頃から金峯山は山岳信仰に密教、末法思想、浄土信仰などが融合して信仰を集め、皇族、貴族などの参詣が相次いだ。金峯山に参詣した著名人には、宇多法皇(昌泰3年(900年))、藤原道長(寛弘4年(1007年))、藤原師通(寛治2年(1088年))、白河上皇(寛治6年(1092年))などがいる。
このうち、藤原道長は山上の金峯山寺蔵王堂付近に金峯山経塚を造営しており、日本最古の経塚として知られている。埋納された経筒は江戸時代に発掘され現存している(奈良県吉野町金峯神社蔵、国宝)。金峯山は未来仏である弥勒仏の浄土と見なされ、金峯山(山上ヶ岳)の頂上付近には多くの経塚が造営された。
脇に安置される阿難尊者立像と迦葉尊者立像は廃寺となった世尊寺に安置されていたと伝えられる。
愛染堂 - 明和7年(1770年)に経蔵として建立され、その後護摩堂となっていたが、1983年(昭和58年)に蔵王堂から愛染明王を移して愛染堂とした。愛染明王は廃寺となった安禅寺に安置されていたものである。
四本桜 - 蔵王堂前の広場に石柵で囲まれた一廓があり、4本の桜が植わっている。ここは、元弘3年(1333年)、鎌倉幕府軍に攻められた大塔宮護良親王が陥落前に最後の酒宴を催した故地とされている。石柵内に立つ銅燈籠は文明3年(1471年)の作で重要文化財に指定されている。
威徳天満宮 - 祭神:菅原道真。天徳3年(959年)9月5日鎮座。慶長年間(1596年 - 1615年)に豊臣秀頼によって再建される。
神楽殿
久富大明神
吉冨稲荷大明神
南朝妙法殿 - 八角三重塔。1958年(昭和33年)建立。南朝の後醍醐天皇、後村上天皇、長慶天皇、後亀山天皇と南朝の忠臣達、太平洋戦争での戦死者などの霊を祀っている。ここはかつて後醍醐天皇が行在所とした実城寺の跡地であり、実城寺の本尊と伝えられる奈良県指定有形文化財の木造釈迦如来坐像が安置されている。
仏舎利宝殿 - 1967年(昭和42年)11月24日にインド政府から贈呈された仏舎利を祀る。
役行者像 - 銅像。