スーパーロボット大戦Scramble Commander the 2nd
人類勢力同士の争いには敢えて干渉せず中立の立場をとってきたA3であったが、かつて手痛い敗北を喫したオーパーツ「エイフォス(鳥の人)」を、人類勢力の一つアクシズが隠し持っているとの情報を告げられ、エイフォス討伐のため方針を転換しエゥーゴとの同盟を締結する。
その後、異世界バイストンウェルを追放されたオーラマシンの大群が地上に現れたことにより、世界情勢はさらに混迷を深めていく。
南アタリア島に帰還していた特機チームのもとに、日本の新興開発地区U2エリアに未確認の敵性機動兵器が出現したとの情報が届く。ところが、日本政府(日本中央管理局)はA3に救援要請を出さず、自前の国防軍のみで対処する決定を下してしまう。敵性機動兵器の進行先に父の滞在する別荘があることに気づいた獣戦機隊の式部雅人は、待機命令に背いて出撃しようとする。これを契機に特機チームは無断でU2エリアへ出撃してしまう。 現地に到着した特機チームは思わぬ苦戦を強いられる。結果的に雅人の父は死亡。さらに敵機が中心市街地で自爆。U2エリアは壊滅してしまう。 無断で出撃したうえ、敵の侵攻を阻止できず、被害は甚大。A3特機チームは非難の対象となり、さらに特機法に基づく「メナージュ・ゼロ」(機体の破壊を含む厳罰)指令を下されてしまう。
A3本部は特機チームを守るため、元A3混成部隊がA3から逃亡した、という(事実とは異なる)公式発表を行ない、特機チームをA3から切り離す。 これ以降、特機チームを中心とする元A3混成部隊は「Aフォース」を名乗り、連邦軍やZ.A.F.T.の追撃から逃れつつ、侵略勢力と戦うことになる。
Aフォースは日本でミケーネ帝国の大規模侵攻作戦を阻止すべく戦い、敵の指揮官・暗黒大将軍を倒す。その直後、ミケーネ帝国の本拠地・バードス島の地下で並行世界とつながる回廊が閉じたことを示す反応が観測され、ミケーネ帝国の侵攻は終わりを迎える。
博士たちと共に救出された小百合にはムゲに憑依されていた間の記憶は残っていなかったが、当時の交信記録から連邦軍とつながりのある「ユキムラ」という人物の存在が明らかとなる。
南アタリア島を手中に収めた連邦軍は増長し、敵対する人類勢力の一つプラントに協力的な住民が多いヨーロッパで、非道な無差別攻撃を開始する。阻止のため現地に向かったAフォースは、連邦軍の新型機動兵器デストロイを撃破する。さらにエレ王女のゴラオンの特攻により、ビショット軍の旗艦ゲア・ガリングが撃沈される。
その直後、プラントの最高指導者デュランダル議長は地球圏全域に向けての特別放送で、連邦軍タカ派を裏で操る死の商人「ロゴス」の存在と、ヨーロッパの惨劇がロゴスによって引き起こされたものであることを暴露する。この後、連邦軍は大混乱に陥り、ロゴスメンバーの保護のため一部の連邦軍艦隊が移動したことにより南アタリア島の守備が手薄になる。 Aフォースはこの機に乗じて南アタリア島奪還作戦を開始、A3本部を奪還するとともに、バイストンウェルの戦乱の元凶であったドレイクとショットを倒す。 しかし、マクロスに乗り込んでいたユキムラの企みにより、Aフォースの目の前でマクロスは浮上してしまう。
Aフォースも宇宙に上がり、マクロスの奪還に成功する。この間、マクロスの落下以来人類が恐れ続けていた「巨大異星人軍」(の先遣隊)がついに到来する。
Aフォースは、宇宙で連邦軍タカ派の残存部隊やアクシズ軍と戦い、彼らを退けることに成功する。 その後、地球に降下したAフォースはメナージュ・ゼロ指令も解除され、Aフォースの名は残したまま、A3所属の部隊として復帰を果たす。
菊池晃