九州旅客鉄道宮崎支社
宮崎工務所 南延岡工務室
国鉄民営化・JR発足後、大分鉄道管理局は大分支社、鹿児島鉄道管理局は鹿児島支社に継承された。発足当初、宮崎地区に支社・支店は設置されず、鹿児島支社内に宮崎営業事務所が設置され、南宮崎と南延岡に現業機関のみ設置されていた。宮崎県内の鉄道事業(日豊本線、日南線、当時建設中の宮崎空港線)を一括管理するため、1996年(平成8年)6月1日に大分支社の宮崎県内区間を鹿児島支社に移管、鹿児島支社内に宮崎総合鉄道事業部が発足した。鉄道事業部の中では唯一「総合」を冠しており、宮崎県内における広報や、行政との窓口機能を有していた。なお、日南線の大隅夏井駅、志布志駅は鹿児島県に所在するが、大隅線・志布志線の廃止後は鹿児島県内の路線から孤立した離れ小島となったため、宮崎総合鉄道事業部が管轄していた。一方、宮崎県内の駅のうち肥薩線の真幸駅は熊本支社、都城駅以外の吉都線は鹿児島支社の鹿児島鉄道事業部の管轄であった。
1987年(昭和62年) 3月1日:宮崎機関区が宮崎運転区に改称。宮崎駅高架化に伴い、南宮崎駅に移転する。 4月1日:国鉄民営化により、JR九州発足。鉄道管理局はそのまま支社に改組される。 6月1日:鹿児島支社内に宮崎営業事務所設置。
1996年(平成8年) 6月1日:鹿児島支社宮崎営業事務所・宮崎運転区、大分支社延岡運転区を統合し、鹿児島支社内に宮崎総合鉄道事業部発足。市棚 - 日向新富間を大分支社より移管。 7月18日:宮崎空港線開業。
1999年(平成11年):南延岡運輸センターを廃止。
2004年(平成16年)6月1日:日南鉄道事業部と統合。
2011年(平成23年)3月:宮崎運輸センターと宮崎車掌センターを廃止。宮崎乗務センターと宮崎車両センターが発足。同時に、鹿児島総合車両所(現・鹿児島車両センター)より宮崎車両センターに車両が転属配置された。
2022年(令和4年)4月1日:宮崎総合鉄道事業部を廃止し、本社直属の宮崎支社に改組。