ジェノサイド・スクウェア
背景・キャラクターは全面的に書き直され、デザインが変更されたキャラクターやボス、新規追加されたキャラクターがいる。
ゲームバランスが調整され遊びやすくなっている。
ステージ間のビジュアルシーンがなくなっており、その際触れられていた事象はダイジェストに回るかオミットされている。
ベティの入手法が変わっている。(X68000版ではステージ間のデモシーンで入手。本ゲームではステージ開始直後に飛んでくる味方輸送機が落とすコンテナを壊すと入手できる。
エンディングからそのまま2のオープニングが直接始まる。ゲーム選択メニューへは回帰しない。