連邦捜査局
しかしセオドア・ルーズベルト大統領の政権下で、西部国有地不正売却事件(英語版)のようにシークレットサービスの捜査官を広範に活用したことが議会で問題となり、1908年、シークレットサービス捜査官の活動を財務省の管轄内に制限する決議がなされたことで、司法省もシークレットサービス捜査官の増援を受けられなくなった。
この情勢を受けて、司法省直轄の捜査機関の創設が決定され、まず1908年7月26日、シークレットサービスの現役捜査官9名・元捜査官14名の移籍を受けて、スタンレイ・フィンチの指揮下に捜査局(Bureau of Investigation, BOI)が設置された。その後、第一次世界大戦を経て順次に権限が拡張され、実績が挙がった一方、捜査官の質が不揃いであり、劣悪な捜査官による弊害も顕在化した。このことから、1924年に29歳の若さで捜査局長に就任したジョン・エドガー・フーヴァーにより綱紀粛正が徹底された。そして1935年、現在の連邦捜査局(Federal Bureau of Investigation, FBI)に改称された。
1977年、犯罪捜査を担当する一般捜査部(General Investigative Division)と、公民権関係や身元調査などを担当する特別調査部(Special Investigative Division)、および情報部の一部部門を統合して、刑事部 (Criminal Investigative Division) が発足した。
当初はスパイの取締を除くすべての国内捜査活動を管轄していたが、1993年10月、国内テロリズム対策部は公安警察部門に移管されて、国家保安部の一部となった。その後、2002年にはサイバー戦対策部門や国際協力部門を統合する中間結節として、刑事・サイバー対策部 (Criminal, Cyber, Response, and Services Branch) が設置されている。