イベリア連合
にもかかわらず、フェリペ4世は自分の正当な遺産を手放すわけにはいかないと考えた。フランスとの戦争が終結する1659年までには、ポルトガル軍は十分に力をつけ、疲弊したスペイン政権が支配権を取り戻そうとする最後の大きな試みに立ち向かう準備が整っていた。
イギリス兵はポルトガルに派遣され、1663年6月8日、エストレモスの近くのアメイシャルで、ポルトガル軍がフアン・ホセの軍勢を撃退するのを助けた。スペイン軍は8000人の兵士と全ての大砲を失ったが、ポルトガル軍は2000人の死傷者にとどまった。1664年7月7日、約3000人のポルトガル人がフィゲイラ・デ・カステロ・ロドリゴ付近で7000人のスペイン人と遭遇し、2000人を殺害、500人を捕虜にした。多くのスペイン人コミュニティは人口を失い、その衰退をポルトガルとの戦争のせいにした。ルイ14世はフランス軍をリスボンに派遣した。また、1665年6月17日にドイツ軍のフリードリヒ・ヘルマン・ショーンベルク将軍が約2万人のポルトガル軍を率いて、ヴィラ・ビソサ近くのモンテス・クラロスでわずか700人の死者と2千人の負傷者で勝利を収めた。22,600人のスペイン軍は、4,000人の死者と6,000人の捕虜を出すといった打撃を受けた。また、スペインがポルトガルとの戦争のために2,500万ドゥカートを浪費したため、マドリードで抗議運動が起こった。しかし、スペインはさらに2年間戦争を続けようとした。最終的に、スペインはポルトガルの主権を認め、1668年2月13日に講和を結んだ。
後続のポルトガル王政復古戦争(ポルトガル語: Guerra da Restauração)は、フィリップ3世に対する戦争で、主に国境付近での小さな小競り合いであった。最も重要な戦いは、エルバスのラインの戦い(1659年)、アメイシャルの戦い(1663年)、カステロ・ロドリゴの戦い(1664年)、モンテス・クラロスの戦い(1665年)で、これらの戦いはすべてポルトガルが勝利した。しかし、スペイン軍はヴィラノヴァの戦い(1658年)とベルレンガ島の戦い(1666年)で勝利を収めた。 モンティージョの戦い(1644年)は、スペインの大成功で始まり、ポルトガルの成功で終わるといったもので、死傷者の数はほぼ同じであった。
ジョアン4世が戦力強化のために行ったいくつかの決断により、これらの勝利がもたらされた。1640年12月11日、すべての作戦を組織するために戦争評議会が創設された。次に、国王は国境付近の要塞、リスボンの仮想防衛、守備隊と海港を管理するために、辺境評議会を創設した。1641年12月には、地方税で支払われるすべての要塞の強化を保証するための借款が作成された。また、ジョアン4世は軍隊を組織し、セバスチャン王の軍事法を制定してイングランドとの良好な関係の回復に焦点を置いた熱心な外交活動を展開した。一方スペイン軍は、ピレネー山脈沿いのカタルーニャ地方、イタリア、ネーデルラントにおけるフランスとの戦いで手一杯だった。そのため、ポルトガルのスペイン軍は十分な支援を受けることができなかった。