クワガタムシ科
イッカククワガタ亜科 Sinodendrinae
ツツクワガタ亜科 Syndesinae
マダラクワガタ亜科 Aesalinae (ルリクワガタ類、ツヤハダクワガタ類を含む)
チビクワガタ亜科 Figulinae
ツメカクシクワガタ亜科 Penichrolucaninae
クワガタムシ亜科 Lucaninae (コガシラクワガタ類、ツヤクワガタ類を含む)
Dorcinae亜科 Dorcinae
キンイロクワガタ亜科 Lampriminae
Kim & Farrell 2015 の分子系統解析によりクワガタムシ科の分岐順序が初めて明らかとなって、前述の一部の体系も非単系統であると示唆される。
日本のクワガタムシ科の一部については、ミトコンドリアDNAを解析した結果から、分岐の順序が明らかとなっている。