エドワード・ローゼイ・ミラー
1900年(明治33年)メアリー夫人が乳がんの治療をする。その後、療養のために1902年(明治35年)に東京に戻る。1904年に夫婦で三度目の帰国をする。1906年に日本に戻ると、日本永住のために麹町区(現・千代田区麹町)平河町に洋館建てて住むことになった。
1909年(明治42年)「宣教開始五拾年記念会」が外国宣教団と日本人教会の教会で開かれた。ミラー夫妻は記念会の実行委員長として奉仕した。
1910年(明治43年)6月25日にメアリーは、平河町の自宅で76歳で亡くなる。
メアリーの死後、ミラーは明治学院の理事を続けるが、再び地方伝道に携わる。1912年井深梶之助宅でミラーの来日40周年記念祝賀会が行われる。
1914年春、ミラーは4回目の休暇でアメリカに帰国する。在米中にホープ大学より神学博士が贈呈された。日本に帰る準備をしていたが、1914年8月7日ニューヨーク州ロングアイランドの甥の家で、心臓発作で死去し、ウェスト・フィラデルフィアの墓地に埋葬された。死後、遺言により、東京YMCA、日本YMCA、日本基督教会伝道局、三浦徹の家族へ総額10万ドルが寄付された。