スターフォックス ゼロ
ドーナツ型のコロニーが浮かんでいるエリア。コロニーの内部はコーネリアの景観がモチーフになっているほか、アンドルフ軍から奪った兵器が眠っている。 サテライト1 シーレシアからの分岐ステージ。エリア3のコロニー内部をアーウィンで進むスクロール面で、突如出現したアンドリューを追いかけながらステージを進む。 アステロイドベルト サテライト1から進めるステージ。隕石が飛び交う危険な宙域。隕石や敵からグレートフォックスを護衛しながら進めていく。 グレートフォックス ウルフェンから進める別ステージ。アステロイドベルトよりも航路が長く、ボスも出現する。
セクターγ宙域のボス。惑星フィチナから発射された大型のミサイルで、転送装置の方向へ飛んでいる。3つのパーツで構成されており、側面に出るコアを後ろから順に攻撃していく事で破壊できる。時折、攻撃ロボを積んだミサイルを放ち、グレートフォックスや仲間にダメージを与えていく。『64』ではグレートフォックスに対する攻撃として撃ち込まれていたが、本作では何を狙って撃ったのかは不明。
銀色のリング。取るとシールドが少し回復する。
ステージはこれまでのシリーズ同様、ステージの奥へと進んでいく「スクロールモード」と、一定の範囲内を360度自由に動ける「オールレンジモード」の2種類のモードで進行していく。
ステージはそれぞれ2、3個のフェーズで構成され、クリアの仕方によって後のルートが変化するほか、特定の条件を満たすことで追加ミッションとして同じステージを別の機体で攻略したり、開始直後にボス戦を行ったり、スターウルフと対決したりすることが可能となっている。
ボスによっては戦闘中にその機体の操縦者から無線が入ることもあり、声優はその操縦者のものを指す。
スマートボムのストック数が1つ増える。最大5つまで獲得できる。
ゲーム開始時点で使用できる機体はアーウィンのみであり、特定ステージをクリアする、もしくは特定の行動を行うことでウォーカーへの変形などが解禁される。 レーザーパワーアップやスマートボム残量、仲間の状態は『64』ではステージ間で引き継がれていたが、今作では引き継がれず、どのステージも必ずシングルレーザーおよびボム3個にリセットされた状態で開始する。 ウォーカーへの変形のため、アーウィンの主翼が破損するシステムはオミットされ、それによるシングルレーザーへのパワーダウンは無くなった。かわりにハイパーレーザーの場合、敵機からのレーザー攻撃や敵機、障害物等への激突によるダメージが一定以上溜まると、レーザーがツインレーザーへとパワーダウンする。 宙返り・Uターンによるブーストゲージの消費量が半減し、従来作では一度使うと暫く再使用できなかったものが2回まで連続で使用できるようになり、これまで以上に機動力が高くなっている。 敵機をロックオンした直後にチャージ弾を放つことで、色の異なる通常より強力なチャージ弾が発射される。