アポロ9号
アポロ9号は、司令・機械船およびサターン5型ロケットの他に、月着陸船というアポロ計画の遂行においてきわめて重要となる第三の機器を搭載した、いわば「アポロ宇宙船」を初めてフルセットで装備して打ち上げられた飛行であった。
またこの飛行では、史上初めてランデブーとドッキングのあとに飛行士が船内を移動して宇宙船を乗り移った (ソユーズ4号と5号では、飛行士は宇宙遊泳をして移動した)。飛行士たちは10日間にわたり司令・機械船と着陸船を操縦し、月飛行で予定されているような軌道上での両船のドッキングや切り離しの試験を続けた。9号はアポロ宇宙船がこのような重要な任務を十分にやりこなせ、月面着陸をする飛行士たちの生命を預けるに足りるものであることを証明した。
アポロ計画ではこの9号から最後の17号に至るまで、飛行士たちは自らが乗る宇宙船に名称を与えることが許された (最後に宇宙船に命名されたのはジェミニ3号だった)。ちなみに9号では着陸船はそのひょろ長い形態から「蜘蛛 (Spider)」、司令・機械船は「ガムドロップ (Gumdrop)」と命名された。由来はその円錐形の形態と、ケネディ宇宙センターに運ばれてきたとき青色の保護膜で包装されていたことによる。またこの名称は、それぞれが独立して飛行するときの無線でのコールサイン (呼び名) としても使用された。
シュワイカートとスコットは船外活動を実行した。シュワイカートが実施したのは「Apollo/Skylab A7L」という新型宇宙服の性能試験で、これは従来のように宇宙船からホースで酸素を供給されるのではなく、独自の生命維持装置を持っているものである。
だが相続く着陸船の開発トラブルによりD計画は1969年の春まで実行することが不可能になったため、NASAは8号をサターン5型を使って司令・着陸船のみを月を周回させる飛行に変更し、E計画は不要であるとしてキャンセルされた。一方でマクディヴィットのチームはこの間ずっと着陸船初飛行のための訓練を続けており、彼も着陸船の飛行をしたいという希望を個人的に表明していたため、ボーマンとマクディヴィットのチームが交代し、D計画がアポロ9号となった。
この搭乗員のシフトの交代は、誰が最初に月面に降り立つかということにも影響を与えた。8号と9号の飛行士が交代されたとき、その予備搭乗員もまたシフトチェンジされたのである。搭乗員シフトのルールでは、予備搭乗員に任命された飛行士たちはその三つ後の飛行での本搭乗員となるのが原則だった。そのためボーマンたちの予備だったニール・アームストロング (Neil Armstrong) のグループが史上初の月面着陸をするアポロ11号の本搭乗員となり、また本来は11号に搭乗する予定だったピート・コンラッド (Charles Pete Conrad, Jr) のグループは、史上二度目の着陸となるアポロ12号で飛行することになったのである。