二条御所の戦い
義昭はこの報を受けて、すぐに奉公衆など5,000人(うち鉄砲兵1,000人)、摂津衆、丹波衆、宇津頼重、内藤如安の兵1,700 - 3,000人を二条御所に引き入れた。
3月29日の午前9時から10時ごろ、信長は自ら10騎から12騎ほどの供を連れて先陣を切った上で、5,000 - 6,000騎を率いて京の市外4分の1里ほどの地点に現れた。正午ごろ、信長と明智光秀の調略を受けた荒木村重・細川藤孝が到着し、両名は逢坂で信長を出迎えた。
こうして、信長の軍勢に約10,000人(荒木勢4,000 - 5,000、細川勢、および後続の織田勢)が加わり、織田軍は合計15,000 - 16,000人ほどとなった。信長勢は三条河原で陣列を整え、東山・知恩院に布陣した。配下の諸隊は白川・粟田口・祇園・清水・六波羅・竹田などに布陣した。信長は到着後、内裏に黄金5枚を贈り「安心されたし」と伝言した。
一方、二条御所は旗を掲げており、数千の兵を擁していたが、一兵も出撃しなかった。御所には3つの堀と新しい稜堡が備えられており、堀の橋は全てひかれていたほか、付近の進路もすべて遮断されていた。宣教師ルイス・フロイスは、「そのものものしさは、とても陥落するとは考えられない」と述べている。
3月30日、義昭方は信長方の京都所司代であった村井貞勝の屋敷を包囲し、貞勝はかろうじて逃げた。
信長の二条御所の包囲について、久野雅司は信長が義昭の挙兵を幕府と武田氏との外交を担当していた御供衆の上野秀政が唆したものと考えて、その排除を要求したもので、義昭と共に籠城していた秀政が信長に謝罪をしたことより、これ以上の攻撃を行う理由を失ったとしている。この秀政は義昭の「出頭第一」の「寵臣」と評価されると共に、早くから信長の排除を主張して、比叡山焼き討ちの際には義昭の御前で信長を擁護する細川藤孝と論争におよんだと伝えられている(『細川家記』)。