キノコ栽培
改良を目指す対象のキノコの菌糸を、酵素(トリコデルマなどの菌糸やカタツムリの消化液などから得たものを用いることが多い)で処理して細胞壁を除去する(プロトプラスト化)。異なった細胞由来のプロトプラスト間で細胞質を融合させた後、新たな細胞壁の再生を行わせる。これを増殖させ、適当な環境下で管理して子実体形成に導き、得られた子実体の商品価値の評価を経て選抜する方法である。この方法で、ヤナギマツタケについて、収穫量が飛躍的に大きい菌株が創出された。通常は交配不可能な、生物学的に異なる種同士(たとえばヤナギマツタケとナメコあるいはトキイロヒラタケとヒラタケなど)をこの方法でかけ合わせ、新たなキノコを創出しようとする試みもすでに行われているが、異種間融合の成功率はあまり高くはなく、商品として優秀な性質を持つものは出現しにくい。
菌体にガンマ線や紫外線を照射することで遺伝的変異を起こさせ、変異株の中から優秀な性質を持つ菌株を選抜する方法である。例として、上記の細胞融合法と紫外線照射法とを組み合わせ、得られた菌株の遺伝的解析を行うことで、ヤナギマツタケの胞子形成能力欠損菌株(子実体に胞子が形成されないため、出荷後のひだの変色が起こらず、食材としての外観が保持しやすい)が創出されている。また、エノキタケの菌糸に直接にガンマ線照射(800-1200グレイ)を行うことにより、従来のものよりもさらに色素が少なく、白色度が高くて外観の美しさに優れる一方で、形態や収穫量・栽培所要日数には遜色のない子実体が得られ、臥竜1号の品種名が与えられている。