大本営
大本営は、大日本帝国陸軍および大日本帝国海軍を支配下に置く、戦時中のみの天皇直属の最高統帥機関として、1893年5月22日に公布された戦時大本営条例によって法制化された。戦時大本営条例の第1条では「最高ノ統帥部」とされ、第2条では「大本営ニ在テ帷幄ノ機務ニ参与シ帝国陸海軍ノ大作戦ヲ計画スルハ参謀総長ノ任トス」とされた。この戦時大本営条例第2条の規定により、陸軍の参謀総長のみが幕僚長の任に当たるものとされ、海軍の軍令部長はその指揮下に入る組織になっていた。
日清戦争における大本営は1894年(明治27年)6月5日に設置された。1893年制定の軍令部条例により平時においてのみ陸海軍の軍令が対等となったばかりであったが、戦時となったため戦時大本営条例により陸軍の参謀総長のみが幕僚長となった。同年9月15日、戦争指導の拠点を広島に置くために明治天皇が移り、大本営も広島に移った(広島大本営)。1896年(明治29年)4月1日大本営解散の詔勅によって解散した。
1903年(明治36年)12月、戦時大本営条例は改正された。改正の主眼は第3条で「参謀総長及海軍軍令部長ハ各其ノ幕僚ニ長トシテ帷幄ノ機務ニ奉仕シ作戦ヲ参画シ終局ノ目的ニ稽ヘ陸海両軍ノ策応共同ヲ図ルヲ任トス」となり、陸軍の参謀総長、海軍の海軍軍令部長の両名ともに幕僚長とされた。これにより戦時においても軍令機関は対等となった。
日露戦争における大本営は1904年(明治37年)2月11日に設置された。