南西方面艦隊
また南西方面艦隊司令長官三川軍一中将が、第三南遣艦隊司令長官を兼務することになった。 10月以降のフィリピンの戦い生起時の南西方面艦隊司令部(第三南遣艦隊司令部兼任)はルソン島のマニラに司令部を置いており、レイテ沖海戦・レイテ島の戦い・ミンドロ島の戦い・礼号作戦等に参加・指揮した。またレイテ島増援作戦中多号作戦の11月1日に、司令長官交替(三川中将から大川内傳七中将)という事態になった。11月中旬には第二航空艦隊、12月初旬に第五艦隊を編入した。
1945年(昭和20年)1月初頭以降のルソン島の戦いにより南西方面艦隊は孤立し、第一南遣艦隊・第二南遣艦隊・第13航空艦隊は2月5日に新編された第十方面艦隊に所属した。同年5月8日、第一航空艦隊は連合艦隊に編入される。5月29日以降、南西方面艦隊は連合艦隊からのぞかれ大本営直轄部隊となり(引き続き南西方面艦隊司令長官が第三南遣艦隊司令長官を兼職)、終戦を迎えた。
中村俊久少将:1942年4月10日 - 1942年11月10日
多田武雄少将→中将:1942年11月10日 - 1944年3月1日
西尾秀彦少将:1944年3月1日 - 1944年11月1日
有馬馨少将:1944年11月1日 -(終戦)