病原体
一方、この医学的な流れとはまったく独立に、17世紀にレーウェンフックが顕微鏡を用いてさまざまな微生物を発見し、細菌学(微生物学)という学問分野が開拓された。ただし当時の細菌学は博物学的な研究を中心としたものであり、これらの微生物が、人間の生活と何等かのかかわりを持つとは、全く考えられなかったようである。18世紀の終わり頃には、微生物学の進展に伴って、既に伝染病患者の病理組織や血液、糞便などに特定の微生物が存在するという知見が積み重ねられ、コンタギオン説を支持していた医学研究者にとって重要な論拠になっていた。しかしながら、当時はまだ細菌を分離して純粋培養するための技術が確立していなかったため、ミアズマ説支持者の反論をかわすことができず、決定的な証明には至らなかった。
19世紀になって、ルイ・パスツールは細菌の液体培養法を確立したことで、細菌学の進展に大きな貢献を果たした。当初、彼は医学ではなく醸造学の分野から発酵の研究に携わり、そこから自然発生説の検証へと進んでいったが、微生物の活動が意外に大きな影響力を持つこと、それが空気中などに多数飛散していることを明らかにし、それらが発酵などの役に立つ面と、食品の腐敗などの有害な面の、両方の面からヒトの生活に関わっていることを見いだした。さらに彼は、この考えを医学の方向にも発展させ、微生物が作り出す腐敗物質が一種の毒素としてヒトに作用することで病気が発生するのではないかという説を唱え、空気中の埃には微生物が多数いること、それらの中にはどんな危険なものが含まれているかもしれないとの懸念を発表した。
古い時代には、感染症は他の天災と同様に一種の神罰ではないかと考えられていたが、身分や人種などには無関係に、また一ヶ所に集中して蔓延し、それがときには信仰を異にする複数の国にわたって発生することから、この考えは次第に否定されていった。そしてヒポクラテスが活躍した紀元前4世紀頃には、ミアズマ説(瘴気説)と呼ばれる説が提唱された。ミアズマ説は、何らかの原因によって汚染された空気(瘴気、ミアズマ)に、ヒトが触れることによって病気になるという説である。この説の中核をなす「瘴気」の存在は19世紀以降に否定されていくものの、「外因性の原因物質によって病気が発生する」という病原体の基礎概念を初めて提唱したことは、医学上の重要な転機となった。これらの古くからの考え方は長い間信じられ、現在でもマラリア(イタリア語で「悪い空気」を意味するmal ariaに由来)、インフルエンザ(天体の運行や寒気によって「影響される」という意に由来)などの病名にその名残りが見られる。
14世紀から16世紀にかけて、天然痘やペスト、梅毒などの大流行がヨーロッパで発生すると、これらの感染症にかかった患者の移動に伴って感染が拡大しうることから、瘴気では説明のつかない「病気を媒介する何か」の存在が漠然と認識されるようになった。
病気を発症するかどうかは、病原体と宿主との相関関係、相対関係(微生物種対生物種の関係、微生物種対生物個体の関係)によって結果が異なってくる。このようにして病原性の判定は複雑になっている。
さらに複雑なことに、病原性は多くの場合 種別で見た微生物の一般的な属性や特性として見なされてしまうことが多いが本当は必ずしもそうではなく、同じ種に分類される微生物の細かな違いに着目してひとつひとつ比較しても(たとえば変異種と変異種を比較しても)、それぞれの菌力(ビルレンス virulence)や毒力(病原力)には差がある、という複雑さがある。
病原体には次の特徴がある。
病原体は(肉眼的、および患者の外観からは)目に見えないものである。
健康なヒトに、ある病気の病原体が作用すると、その病気を発症する。病原体が作用していないヒトにその病気は発症しない。(発病の責任因子:必要十分条件である)
病気になった患者から、直接の接触や空気を介するなどのいくつかの経路によって、別のヒトに伝達されて病気を発症しうる(伝染性がある)
伝染によって(病原体を持っているはずの)患者が増加することから、病原体自体にも増える性質がある(増殖性がある)
伝染病にかかった患者が、別の場所に移動すると、その場所で新たに伝染病が発生する(可搬性がある)