第18回日本フットボールリーグ
最終更新: 2016年12月4日出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) 年間通算順位表
ファーストステージの年間順位の推移はファーストステージ順位推移表と同一のため省略。
CSはチャンピオンシップの結果を受けての年間順位の変動を示す。
第96回天皇杯では第64回全日本大学サッカー選手権大会を優勝した関西学院大学がアマチュア枠のシードチームとなったため、JFLチームには天皇杯シード権は与えられない。