関門港
小倉港の離脱後、下関港・門司港の2港は改めて共同での港務局設立を目指し2県2市で協議を継続した。1953年(昭和28年)3月30日に2県2市は関門港務局の設立を前提として、「関門港」の予定港湾区域を運輸省に認可申請、運輸審議会の諮問を経て5月12日に認可適当の答申を受け、6月1日に「関門港」としての港湾区域が認可された。
この認可を受け2県2市にて港務局の設置準備を進めたが、港務局の設置場所をめぐり福岡県と山口県の意見が対立し、準備委員会の会合は1954年(昭和29年)をもって打ち切られた。管理者設置を延期する限り港湾法の適用を受けられず、行政上の支障が出るため1960年(昭和35年)6月、2県2市は下関港と門司港で別々の管理者と港湾区域を設定することを決めた。
門司港は門司市と福岡県で共同管理することになり、同年7月に両者で一部事務組合の「門司港管理組合」を設立することで合意、下関港は下関市港湾局が管理者となることに決定した。同年12月、両港それぞれの港湾区域を改めて運輸省に申請、1961年(昭和36年)2月1日付で認可された。この際、両港の間を通る関門航路部分は港湾区域に編入すると入港料の問題が生じることから除外し、国による直轄管理のもと管理開発することとされた。
港湾法施行当初の港務局による一元管理の試みのうち目論見通りに実現したのは洞海港のみで、下関港・門司港においてはポート・オーソリティとしての「港務局」も導入されなかった。