ツボカビ門
古くは菌糸を発達させるものを含め、遊走細胞を生じる菌的な生物すべてを鞭毛菌と呼び、上記のミズカビなどもこれに含めた。後に卵菌類とサカゲカビ類がこれから外され、残りの菌界に属するものすべてをこの門に含めた。それは以下のようなものである。
Cytridiomycota ツボカビ門 Cytridiomycetes ツボカビ綱 Chytridiales ツボカビ目:球形の細胞体で、内部がすべて胞子になるもの、および、それに仮根状菌糸があるもの、それらが細い菌糸でつながったものなど。フクロカビ(Olpidium)、サビフクロカビ(Synchytrium)、ツボカビ(Chytridium)、クモノスツボカビ(Nowakovskiella)など。サビフクロカビには、ジャガイモに癌腫病を起こすものがある。 Blastocladiales コウマクノウキン目:菌糸体が発達するが、その基部には基底細胞があり、そこから上に菌糸をのばし、下に仮根状菌糸を出す。カワリミズカビ(Allomyces)、ボウフラキン(Coelomomyces)など Monoblepharidales サヤミドロモドキ目:よく発達した菌糸体からなる。