桂・ハリマン協定
サンフランシスコ総領事の上野季三郎は、サイベリア号に乗り込み、覚書中止(suspend)のメッセージをハリマンに手渡した。ハリマンは次いで、桂首相代理として仲介役添田寿一からの覚書取消の婉曲な申し込みを記した長電に接した。
小村はアメリカから帰国してわずか2週間後の11月6日、ポーツマス条約の決定事項を承認させるため清国に向かい、11月17日からは北京会議に臨んだ。日本側全権は小村寿太郎と駐清公使内田康哉、清国側は欽差全権大臣慶親王奕劻を首席全権とし、外務部尚書の瞿鴻禨(中国語版)、直隷総督の袁世凱が全権となって交渉に臨んだ。小村・内田の実質的な交渉相手は袁世凱であった。清国は日露開戦直後、内田駐清公使からの勧告などもあって、1896年の露清密約(李鴻章・ロバノフ協定)によってロシアとの間に攻守同盟が結ばれていたにもかかわらず、中立を声明していたため、元来、ポーツマスでなされた清の頭越しのロシア利権の日本への譲渡を認める気は全然なかった。したがって交渉はポーツマス会議以上に難航し、満洲善後条約(北京条約)が結ばれたのは12月22日のことであった。小村は、この条約において露清条約から引き継いだ鉄道利権の条項の遵守を盛り込むよう図り、その結果、南満洲鉄道には日本人と清国人以外は関与できないこととなった。また、ロシアから譲渡された鉄道沿線に日本が守備隊を置く権利を清国に認めさせた(のちの関東軍)。
1906年1月、日本政府はハリマンに仮協定の破棄を正式に通知した。一方のハリマンは、この協定破棄を不服として、在米特使の高橋是清を通して撤回を要求している。ハリマンは高橋に対し、「いまから十年のうちに日本は、米国との共同経営をしなかったことを悔いる時が来るであろう」と語ったといわれる。
伊藤や井上は、日米合弁の「満韓鉄道株式会社」を設立して韓国における鉄道経営をも事実上アメリカ側に譲渡しようとしており、南満洲鉄道会社の設立にあたっても、満鉄は文字通りの鉄道経営に限定すべきとの見解(小満鉄主義)に立脚していた。井上は満鉄の清国への返還さえ考えており、それに備えて株主に対する損失補填のための積立金の計上を検討していた。一方、児玉源太郎とその台湾での部下である後藤新平は、満鉄はたんなる鉄道会社ではなく、満鉄付属地での徴税権や行政権をも担う一大植民会社たるべきだとの見解(満鉄中心主義)を標榜しており、彼らはイギリス東インド会社を範とした満洲経営を進めるべきだとの論に立っていた。
両者の懸隔は大きいが、出先陸軍権力の統制の必要性は伊藤も熟知するところであり、児玉・後藤のコンビが達成した、下関条約による領有開始後10年にして本国からの補充金なしで運営可能となった台湾財政独立の実績は、政府内外から高く評価されたこともあって、伊藤らの小満鉄主義は力を失った。
また、両当事者の仲介役としては、お雇い外国人で日本外務省の外交顧問であったヘンリー・デニソンが、通信の仲介には日本興業銀行の添田寿一総裁があたることなどが取り決められた。
この提案を、日本政府は好意的に受け止め、元老の伊藤、井上、山縣有朋はこの案を承認、桂太郎首相は南満洲鉄道共同経営案に限って賛成した。ハリマンの提案が好意的に受け止められた理由は、ハリマンの売り込みの手腕もさることながら、「満州鉄道の運営によって得られる収益はそれほど大きくなく、むしろ日本経済に悪影響を与える」という意見が大蔵省官僚・日銀幹部の一部に根強かったためであり、「ロシアが復讐戦を挑んできた場合、日本が単独で応戦するには荷が重すぎる」という井上馨の危惧もその一因であった。なお、陸軍では山縣有朋や田中義一ら満洲経営消極論者が多数を占め、積極論者は児玉源太郎ら少数にすぎなかったのでハリマン提案には反対しなかった。
9月13日、日本政府の手ごたえを感じたハリマン一行は、清国・韓国の観光を兼ねた南満洲鉄道の実情視察のため東京から神戸に移り、そこから朝鮮半島・満洲地方へと赴いて各地で日本官憲の歓迎を受け、10月8日、再び東京に戻った。
一方、逓信大臣の大浦兼武は最初から協定の締結に反対した数少ない閣僚の1人である。大浦は桂、伊藤、井上らにハリマンの提案を受け入れないよう説得して回り、これらはいずれも失敗に終わったが、仮協定締結前日の10月11日、彼の最後の努力が結実した。