カワゴケソウ科
1954年(昭和29年)3月25日に、「カワゴケソウ科」として鹿児島県の天然記念物に指定されている。該当する種はカワゴケソウ、トキワカワゴケソウ、マノセカワゴケソウ、カワゴロモ、ウスカワゴロモ、ヤクシマカワゴロモの6種である。
また環境省のレッドデータブックでは、日本に生育するカワゴケソウ科の2属8種が、すべて絶滅危惧IA類、もしくは絶滅危惧IB類に指定されている。いずれの種も分布域が限られており、絶滅の危険性が高い。
2010年(平成22年)2月22日には、カワゴケソウ、ウスカワゴロモが自生する鹿児島県志布志市の安楽川および前川の延長約9.7kmの生育地が「志布志のカワゴケソウ科植物生育地」として、2010年(平成22年)8月5日には、ヤクシマカワゴロモが自生する鹿児島県熊毛郡屋久島町の一湊川(いっそうがわ)および白川の生育地が「ヤクシマカワゴロモ生育地」として、また、2016年(平成28年)3月1日には、宮崎県小林市の岩瀬川にのみ生育する固有種であるオオヨドカワゴロモの自生地が「オオヨドカワゴロモ自生地」として、国の天然記念物に指定されている。
日本に分布するのはカワゴケソウ属(Cladopus)とカワゴロモ属(Hydrobryum)のみである。
Angolaea
Apinagia
Butumia
Castelnavia
Ceratolacis
カワゴケソウ属 Cladopus - カワゴケソウ、タシロカワゴケソウ、トキワカワゴケソウ、マノセカワゴケソウ
Cipoia
Crenias
Dalzellia
Devillea
Diamantina
Dicraea
Dicraeanthus
Diplobryum
Djinga
Endocaulos
Farmeria
Hydrobryopsis
カワゴロモ属 Hydrobryum - カワゴロモ、ウスカワゴロモ、オオヨドカワゴロモ、ヤクシマカワゴロモ
Hydrostachys
Indotristicha
Jenmaniella
Lawia
Ledermanniella
Leiothylax
Letestuella
Lonchostephus
Lophogyne
Macrarenia
Macropodiella
Malaccotristicha
Marathrum
Monostylis
Mourera
Oserya
Paleodicraeia
Podostemum
Polypleurella
Polypleurum
Rhyncholacis
Saxicolella
Sphaerothylax
Stonesia
Thelethylax
Torrenticola
Tristicha
Tulasneantha
Weddellina
Willisia
Winklerella
Zehnderia
Zeylandium