和歌山駅
2011年3月12日のダイヤ改正で当駅 - 日根野駅間の快速・普通列車の本数が見直され、日中は従来の1時間あたり快速・普通それぞれ3本から「紀州路快速」のみの1時間あたり4本へ変更となった。これに伴い「紀州路快速」は当駅 - 日根野駅間は各駅停車に変更となり、大阪駅 - 和歌山駅間の標準所要時間は82分から90分に増加した。
2018年3月17日のダイヤ改正で新幹線接続の新大阪駅まで直通する列車は特急のみとなり、前述の通り「紀州路快速」の所要時間も長いこともあり大阪方面へは特急「くろしお」の利用客も多い。このため、早朝には当駅始発2本、夜間には当駅終着2本の特急「くろしお」がそれぞれ設定されている。
なお、阪和線ときのくに線の直通運転に最適化された構内配線に改められてはいるものの、駅と路線の成り立ちの関係から、きのくに線の新宮方面から紀勢本線の和歌山市方面へ向かう線路が自然な流れとなる線形になっている。
正式には紀勢本線の中間駅だが、運行系統としては、阪和線と紀勢本線新宮方面(きのくに線)で直通運転しており、当駅 - 和歌山市間は区間運転列車のみである。よって、和歌山市方面と御坊・新宮方面間の利用では当駅での乗り換えが必要である。他の各線についても、阪和線ときのくに線を直通する一部の列車以外は当駅発着となっている。各線とも、特急「くろしお」や快速を含めてすべての列車が停車する。
日中は1番のりばに阪和線方面の特急、2・3番のりばに阪和線の紀州路快速、4番のりばにきのくに線特急と5番のりばにきのくに線の普通が発着する。阪和線の「はんわライナー」はすべて5番のりばから発車していた。
2008年3月15日のダイヤ改正以降、紀州路快速のうち、きのくに線からの普通と接続をとる列車は、乗り換え利便性の観点もあり、4番のりばから発車するケースが多くなった。また、同時期に天王寺寄りで配線変更が行われ、和歌山線と紀勢本線の和歌山市方面は単線に変わっている。
JR西日本の紀勢本線・阪和線・和歌山線と、和歌山電鐵の貴志川線の計4路線が乗り入れている。駅番号は阪和線の駅にJR-R54、和歌山電鐵の駅に01が与えられる。
JR西日本の駅は紀勢本線を所属線としており、阪和線と和歌山線は当駅が終点である。また紀勢本線は、当駅からJR西日本管轄区間の東端である新宮駅までの区間に「きのくに線」の愛称が設定されている。また、大阪近郊区間の南限にあたり、阪和線と和歌山線が該当するが、紀勢本線は新宮方面、和歌山市方面ともに該当しない。
JR和歌山駅の事務管コードは▲622091である。
和歌山電鐵貴志川線の列車は、当駅到着直前・直後に「紀州ぶんだら節」をアレンジした車内チャイムが流れる。
コンコースには、和歌山県内のダイハツディーラー和歌山ダイハツ販売により、ダイハツの車種が常時1台展示されている。