無効化の危機
ジェファーソンはその人生の終わりに、保護関税に対する反対意見を記していた。
1828年関税法は大部分マーティン・ヴァン・ビューレンの作品(ただし、ニューヨーク州のサイラス・ライト・ジュニアが主要な条項を準備した)であり、一部はアンドリュー・ジャクソンを大統領に当選させる策略だった。ヴァン・ビューレンは問題に拘わらず南部がジャクソンに投票するものと考え、法案の起草のときに南部の利益を無視した。ニューイングランドは現職のジョン・クィンシー・アダムズを支持するだろうと考えたので、ニューイングランドで消費される麻、亜麻、糖蜜、鉄およびダック生地のような原材料に重い関税を掛けた。鉄の課税額を増すことはペンシルベニア州の利益を満足させることもあり、ヴァン・ビューレンは、この関税がペンシルベニア州、ニューヨーク州、ミズーリ州、オハイオ州およびケンタッキー州をジャクソンに付かせることになると読んだ。南部やニューイングランドの数人からの反対があったものの、関税法は議会における多くのジャクソン支持者の全的支持で成立し、1828年早くにアダムズ大統領が法案に署名した。
予測されたようにジャクソンとその副大統領候補ジョン・カルフーンはルイジアナ州を除いて全南部州で圧倒的な得票で制し、アダムズは一般選挙で44%の得票率だったが落選した。しかし、多くの南部人は、ジャクソンが初めの2年間の議会に対する年間教書で関税に対する強力な攻撃を始めなかったことで不満になった。歴史家のウィリアム・J・クーパーは次のように記している。
マディソンは、幾つかの州に非難された後の1800年に出版され1巻本の長さもある「1798年決議の報告書」を作成したバージニア州議会委員会の委員長だった。このことで州が法的強制力を主張してはいないことを断言した。「このような場合の宣言は意見の表明であり、熟考を喚起することで意見を生み出すこと以上の効果を伴わない。一方司法の意見は、即座に実効あるものに移される。」諸州が共同でその宣言に同意するならば、違憲立法を撤廃するよう議会を説得することから、3分の2の州がするように憲法制定会議を要求することまで、幾つかの現行手段が可能である。無効化の危機の時に、1799年ケンタッキー州決議を渡されると、マディソンはこの決議自体がジェファーソンの言葉ではないし、ジェファーソンはこれを合憲ではなく革命的権利だと意図したと主張した。
マディソンの伝記作者ラルフ・ケッチャムは次のように書いた。
歴史家のショーン・ウィレンツはこれら決議に対する世の中の反対を次のように説明している。
1800年の選挙は国政の転換点になって、それまでの連邦党支配から、ケンタッキー州およびバージニア州決議を書いたトーマス・ジェファーソンとジェームズ・マディソンの指導する民主共和党が支配するようになった。しかし、1800年から1817年までの大統領4期でも、「州の権限での進展はほとんど無く、むしろ弱まった。」ジェファーソンの反対にも拘わらず、連邦党の合衆国最高裁判所首席判事ジョン・マーシャルの指導する連邦司法府の権力が高まった。ジェファーソンはルイジアナ買収で連邦の力を拡げ、ヨーロッパの戦争に巻き込まれないよう国家的通商禁止施策を採ったことでさらに拡げた。