黒島亀人
1939年(昭和14年)10月20日、連合艦隊兼第一艦隊首席(先任)参謀(1941年(昭和16年)8月11日免兼)。周囲は先任参謀に引っ掛け「変人参謀」、「仙人参謀」と呼んだ。また、容貌から「ガンジー」、あるいは秋山真之(日露戦争で活躍した奇人の参謀)の再来と評する者もいた。GHQ戦史室長ゴードン・ウィリアム・プランゲは、黒島を「精力的な思索家」「山本の牧羊犬」と評した。黒島は禿頭で実際の年齢よりも老けて見えたため、連合艦隊司令長官山本五十六大将と同宿した時、旅館の女中が山本より9歳年下の黒島を長官と思い込み対応したこともあったほどだったという。
実戦経験が少なく、艦長経験もない黒島を首席参謀にしたことには批判もあったが、山本五十六は、黒島の才能を高く買っており、他の参謀とは違う観点から意見をのべる黒島を重用して、戦死するまでの4年間手元に置いていた。山本は「黒島は人の考えが及ばぬところ気づかぬところに着眼して深く研究する。奇想天外なところもある。しかもそれを直言してはばからない美点がある。こういう人がいなければ天下の大事なせぬ。だから手放さない」と語っている。
第一航空艦隊長官・南雲忠一もさらなる攻撃は行わなかった。
1942年(昭和17年)3月、連合艦隊作戦参謀・三和義勇大佐から第四艦隊を航空艦隊にする改組案が提出されたが、それを受けた黒島は却下した。三和は日記に、黒島は天才、自分はその潤滑油のようになろうと残している。
4月1日、連合艦隊司令部では黒島と渡辺安次参謀を中心に山本の望むハワイ攻略をにらんだミッドウェー島攻略作戦が独自に作成され、早く認めさせるため大本営の望むFS作戦を組み入れてまとめられた。連戦連勝の驕りから成功を前提にスケジュールが組まれ、敵勢力を事前に調べることもしなかった。また航空関係者が不在のまま立案が進められた。FS作戦を進めたい軍令部作戦課はこれに反対したが、渡辺が協議しFS作戦に修正を加えて合意した。
5月6日から8日に行われた珊瑚海海戦では、井上成美が指揮する第五航空戦隊(空母翔鶴、瑞鶴)が主力となって戦った。アメリカは損害を受け撤退しはじめるが、日本艦隊も多数の航空機と搭乗員を失い、燃料不足もあって追撃を中止して北上した。戦線後方の黒島ら連合艦隊司令部は「第四艦隊は敗戦思想に陥っている」として参謀長の名で追撃するよう連合艦隊参謀長・宇垣纏に迫った。