なだしお事件
なお、海上自衛隊が、ここまでなだしお艦長をすぐに事情聴取に出頭させず、また、その後も庇い続けたとみられる行動の理由としては、事件当初の頃から、X艦長が地味な潜水艦乗りから海上幕僚長が出るとしたらXしかいないと言われたほどの逸材で海上自衛隊も守りたかったとする説、自衛隊戦闘機と全日空機が衝突し全日空機の乗客・乗員162名全員が亡くなった雫石事故がすでにあり防衛庁は謝罪したものの、結局、自衛隊への非難は和がずに隊員の士気も低下、なによりも自衛隊の予算査定に影響したので、なだしお事件では出来る限り正当化できることは正当化して主張しようとしたという説があった。さらに、後には、混雑した東京湾で実施するには危険な先述のN1行動をとることを計画していたのではないかとの可能性も指摘もされ、潜水指令がなだしお号に”同乗”していたこと、もしN1行動がとられていれば、その裏付け証拠となりうる可能性のあった「速力通信受信簿」をその司令が持ち出し、そのまま”紛失”していることから(ジャーナリストのインタビューによれば、エンジン不調の検査確認のため、当日急に実施しようとしたかのように語られているが)、実際には、海上自衛隊のより上層部が関わる形でN1行動計画が実行されており、それを隠蔽するための口ウラ合わせをしていたのではないかとする説もある。
事故は、「なだしお」自身の遭難者に対する消極的にも見えた救助活動ぶり、とくに遭難者や他の民間船救助者らから「潜水艦乗員は甲板に立ったまま見殺しにした」などの「証言」が相次いだことで、世間の大きな注目を集め、その点に批判が集中した。全く何もしなかったというわけではないが、結果的に「なだしお」自身は3名しか救助できず、この点も「証言」を裏付けるように受け取られた(しかし、これには事故現場の混乱や潜水艦の特性が知られていないことから来る誤解もあったのではないかと言われている。一方で、乗組員が少なく、やはり構造的にも適しているとも思えないタンカーが13名も救助している。)。また、事故後「第一富士丸」の船長が海上保安庁の調査に可能となり次第すぐに応じたのに対し、海上自衛隊側はなだしおに対する調査を長時間拒み続け、その間、証拠関連資料の持出・消失、改竄、さらには口裏合わせが行われたのではないかと疑われる数々の事態を引き起こしている(後述「マスコミ報道をめぐって」参照)。
さらに、「なだしお」は事故直後に本来出すべき遭難信号を出しておらず、潜水艦の特性上もし自艦による救助が困難なのであれば、出すべき遭難信号を出さなかったことによって、多数の他の船が代わりに救助に駆けつけられる可能性を失わせたのではないかという点も問題となった。