ジェイアール高崎商事
高崎支社管内含め他地区では、移管直後の2006年9月下旬から10月初旬まで、駅構内などの「大清水」ブランド専用の自動販売機の一部で商品補充を停止、全商品を一旦売り切れにしてから一時的に販売停止して商品を入れ換えた。
また2007年には、新潟県内をはじめとする三国コカ・コーラボトリング管内の一部の自動販売機や店頭(どちらもJR施設内以外)では、在庫処分に近い形で「大清水」ブランドの緑茶・ティーオレ・ココアが販売された(賞味期限は2008年3月頃のため製造中止直前の商品と思われる)。蒲田製氷冷蔵が製造していた「大清水」ブランドの氷は2009年頃までNEWDAYSなどで販売されていた。
「大清水」ブランド消滅後、旧専用自動販売機の一部には「名水 大清水」のロゴ表記が残っているものがあったが、ロゴは順次消去され緑のラインのみが残された。さらに緑のラインが残された旧自動販売機も順次置き換えが進められた。
2010年時点で、JR東日本ウォータービジネス発売商品として同社ウェブサイトに掲載されていたのは、2007年7月17日より発売を開始した「From AQUA~谷川連峰の天然水~」のみであり、直営販売以外は伊藤園と提携開発した「朝の茶事」など大手メーカーとのタイアップによる谷川岳の湧水が使用された商品となっている(一部使用していない商品もある)。三国コカ・コーラボトリング向けには特にブランド名を冠しないが、引き続き谷川岳の湧水を使用した狭山茶、烏龍茶、ココア、ティーオレが供給されている。