融通念仏宗
慶長18年(1613年)には36代上人の選出を巡って従来からの方法であるくじ引きを主張する十ヶ郷別時と、護摩の奇瑞をもって行うべきとした下別時・八尾別時が対立した。これに天台宗寺院である京都大原来迎院の山内寺院浄蓮華院の一院であり、融通五派の一つであった大原南坊が護摩派として介入した。大原南坊はこの後も融通念仏教団に対する介入を強めていくこととなる。元和元年(1615年)平野庄代官の末吉孫左衛門より寺地を寄進され、大念仏寺は挽寺の形式をやめ、現在地に堂宇を構えることとなった。
慶安2年(1649年)大念仏寺41世清雲の時に、八尾別時、石川別時、高安別時が大原南坊と共謀し、大念仏寺は大原南坊の末寺であると言い出す事件が発生した。清雲はその対応に追われて間もなくして亡くなってしまった。すると、下別時、十箇郷別時、錦部別時は大原南坊派の別時を無視して42世に崇権(崇厳)を選出したところ、大原南坊派によって法宝物を奪われたうえに、崇権は追放されてしまった。
崇権は承応2年(1653年)に幕府の寺社奉行に大原南坊を訴えた。寛文元年(1661年)8月6日、寺社奉行の裁定で、融通念仏宗は天台宗とは別個であり、大念仏寺は大原南房の末寺ではないと決定がくだされた。しかしその後も融通念仏宗の着る僧衣が天台僧の着る天台衣が、浄土宗の廬山衣かという争いがあり、天和2年(1682年)5月26日に天台衣を着ることが定められた。