キモトリプシン
生体内では、キモトリプシンはセリンプロテアーゼとして多くの臓器の消化系で働く。この酵素は、触媒がない場合は熱力学的な安定性のためとてもゆっくりとしか起こらないペプチド結合の加水分解を促進する。この反応の基質(英語版)には、トリプトファン、チロシン、ロイシン、フェニルアラニンなどがあり、これらのアミノ酸のC末端を加水分解する。多くのプロテアーゼ同様、キモトリプシンも試験管内でアミド結合を加水分解するため、N−アセチル-L-フェニルアラニン-p-ニトロフェニルアミドのような反応物の類縁体の酵素分析(英語版)に用いられる。
キモトリプシンは反応性の低いカルボニル基を強力な求核剤である酵素の活性中心にある195番目のセリンの残基で攻撃し、一時的に基質と共有結合を作る。この時酵素基質複合体ができる。57番目のヒスチジン、102番目のアスパラギン酸のとともに195番目のセリンの残基は触媒三残基と呼ばれる。
これらの発見は抑制分析と、前述の基質の加水分解の反応速度の研究によるところが大きい。後者は、酵素基質複合体の4-ニトロフェノールが黄色い色をしており、410nmの吸光度を調べることで濃度が分かることが発見されたため可能になった。
キモトリプシンの基質との反応は2つの段階からなることがわかっている。