船の科学館
二式大艇一二型(製造番号426) - 2004年4月末、海上自衛隊鹿屋航空基地史料館へ移管。
2003年5月から2004年2月まで、東シナ海にて九州南西海域工作船事件で自沈、引き上げられた不審船(北朝鮮の武装工作船)を展示。この工作船は2004年12月10日から横浜海上防災基地内の「海上保安資料館横浜館」にて展示されている。
しんかい2000 - 2006年7月15日から8月31日まで、屋外特設会場で企画展示。
戦艦大和(1/20模型) - 映画『連合艦隊』に使用した大型模型を玄関脇に展示。2007年末の暴風雨によって横転し大破したため解体処分。
ムスタファ・ケマル・アタテュルク騎馬像 - 柏崎トルコ文化村(閉鎖)に、トルコ政府から寄贈されて設置されていた。トルコ文化村が閉鎖した後の粗雑な取り扱いが国際問題化し、本館に一時期展示されていた。2010年6月3日、日本財団の協力により、日土友好の象徴的な地である和歌山県東牟婁郡串本町に「日本・トルコ友好120周年事業」の一環として恒久的に移設された。
戦艦陸奥主砲砲身一門 - 2016年9月12日、横須賀市ヴェルニー公園へ移設された。
二式飛行艇一二型(2000年)
1/20戦艦大和模型(2000年)
戦艦陸奥主砲砲身(2015年)
深海潜水艇「PC-18」
潜水艇「たんかい」
港より望む
財団法人日本船舶振興会(現公益財団法人日本財団)が、モーターボート競走の収益金を世のため人のために生かす事業として海事博物館を構想、1967年に日本海事科学振興財団を設立して開館にいたったものである。船舶や海運、海洋開発、海上保安に関する事柄を中心に、船舶の構造・歴史の解説や、エンジンなど各種機器の展示を行ってきた。1974年(昭和49年)7月20日に三橋設計の設計で開館し、開館当時は現在の東京臨海副都心地区最初の建築物といえる建物だった。1978年(昭和53年)からおよそ1年間にわたり同館周辺で開催された宇宙科学博覧会では、1期・2期の両期で1100万人もの来場者を集めた。開館以来、同館の運営には日本財団が競艇の収益を元に助成を行っており、競艇と関わり合いの深い施設である。