佐世保地方隊
※ 令和4年3月17日時点
平瀬地区
佐世保地方総監部(佐世保基地:長崎県佐世保市)
佐世保警備隊 佐世保陸警隊 佐世保港務隊 佐世保水中処分隊(「水中処分母船5号」) 第3ミサイル艇隊(ミサイル艇「おおたか」・「しらたか」) 多用途支援艦「あまくさ」
佐世保衛生隊診療所
崎辺地区
佐世保教育隊(正式な住所は佐世保市崎辺町無番地)
佐世保弾薬整備補給所
立神地区
佐世保造修補給所(正式な住所は佐世保市立神町無番地)
佐世保磁気測定所
干尽地区
佐世保基地業務隊(正式な住所は佐世保市干尽町9-1)
佐世保衛生隊
佐世保音楽隊
その他
海上自衛隊佐世保史料館(佐世保市上町8-1)
下関基地隊(下関基地:山口県下関市) 第43掃海隊(掃海艇「とよしま」・「うくしま」)
沖縄基地隊(沖縄基地:沖縄県うるま市) 第46掃海隊(掃海艇「ししじま」・「くろしま」) 沖縄水中処分隊(「水中処分母船6号」)
対馬防備隊(長崎県対馬市):陸上自衛隊の第4師団対馬警備隊(隊長は1等陸佐)とともに、対馬の防備に当たっている。 壱岐警備所:(長崎県壱岐市) 上対馬警備所(長崎県対馬市) 下対馬警備所(長崎県対馬市)
(佐世保警備隊) 奄美基地分遣隊(奄美基地:鹿児島県大島郡瀬戸内町)