三輪山
考古学者石野博信の説によると、三輪山麓には聖水思想が古代から存在したことが指摘されている。纏向遺跡尾崎花地区の井泉と家ツラの導水施設は、古典で言う井水を浄化して聖水とするための施設であると推測し、「三輪の磐井」と呼ばれる井泉があり、大泊瀬皇子(後の雄略天皇)と「三輪の磐井」のほとりで戦った御馬皇子が、「この水は、百姓のみ唯飲むこと得む。王者は独り飲むこと能(あた)はじ」(『日本書紀』雄略天皇即位前紀)と呪詛したことを挙げ、5世紀頃の三輪山麓に聖水思想があったこと、それが纏向遺跡の「尾崎花の井泉」によって、3世紀にまで遡ることが分かるとしている(ただし、いくつか疑問点も残している)。
太陽神である天照大神は、三種の神器のひとつ八咫鏡を神体として祀られる。この鏡は『日本書紀』によればもとは宮中に祀られていたが、崇神天皇(第10代天皇)6年に笠縫邑に移し皇女の豊鍬入姫命に祀らせ、垂仁天皇(第11代天皇)の時代に皇女倭姫命が伊勢国へ移しこれが現在の皇大神宮(伊勢神宮の内宮)であるという。この笠縫邑は三輪山の西麓の檜原神社 の地であると伝えられる。檜原神社は大神神社の摂社で、天照大神若御魂神などを祀る。神体は山中の磐座である。
また古代には、延喜式神名帳に式内大社として載せられている神坐日向神社 が三輪山の頂上に祀られていて太陽祭祀に深く関わっていた神社であったと推測されている。現在この日向神社は三輪山の西麓にあり、頂上には高宮社(高宮神社)が祀られており、日向御子神を祭神としている。日向神社も高宮社も大神神社の摂社である。