坊ノ岬沖海戦
鹿屋基地では、第二艦隊の上空援護を巡って宇垣と草鹿の間にやりとりがあった。宇垣は唐突に決まった作戦に反対しつつ「連携ある作戦で友軍の援護をすることは当然」として、配下の戦闘機隊に対し、第二艦隊掩護命令を出した。第二艦隊は5機から10機の零式艦上戦闘機(零戦)が、午前10時まで上空警戒をしていたと報告している。ただし、アメリカ軍の記録によると8時15分から正午すぎの空襲に至るまで、F6Fヘルキャット偵察隊やマーチン・マリナー飛行艇が第二艦隊上空に留まって監視任務を続行している。大和も8時40分にヘルキャット7機を確認したが、日本軍機との間で空戦が起こった記録はない。一方で、矢矧に乗艦した機関将校は第二艦隊上空を通過する特攻機を目撃している。
阿部三郎(海軍中尉、五航艦第二〇三空)は、自らの所属していた戦闘三一一飛行隊を含めて、幾つかの部隊に第二艦隊掩護命令が出たことを記憶している。だが出撃準備中の4月7日午後3時、第五航空艦隊から発進中止命令が下った。阿部の戦後の調査によれば、戦闘三〇三飛行隊から早朝に4機が出撃したが、視界不良のため大和を発見できず帰投した。
戦艦を座礁させて砲台として用いるという発想は、1943年(昭和18年)12月中旬の時点で大本営海軍部(軍令部)と連合艦隊(司令長官古賀峯一海軍大将、参謀長福留繁海軍中将)の間で俎上にのっていた。
1944年(昭和19年)2月頃より、日本海軍では東条英機内閣と嶋田繁太郎海軍大臣の更迭(倒閣運動)および終戦工作への動きが本格的にはじまっていた。海軍側では、岡田啓介海軍大将(二・二六事件当時の内閣総理大臣)が積極的に動いていた。戦局がますます不利になる中、海軍省教育局第一課長である神重徳大佐も高木惣吉少将の依頼を受け、海軍中央の課長級に東條・嶋田体制打倒の流れを拡げることとなった。
同年6月中旬、連合軍はサイパン島に来襲して上陸作戦を開始(サイパン島の戦い)、日本軍はあ号作戦を発動する。6月19日から20日にかけてのマリアナ沖海戦で日本海軍機動部隊(司令長官:小沢治三郎中将)は惨敗。その頃、日本海軍は東条英機内閣の打倒と嶋田繁太郎海軍大臣の更迭を巡って紛糾していた。昭和天皇と高松宮宣仁親王(天皇弟宮、軍令部大佐)の間でも、今後の方針について激論になる。高松宮は密かに鈴木貫太郎海軍大将を首相にする動きを進めていた。
同時期の神は高木とともに東條英機首相の暗殺計画を具体的に計画しており、この動きは岡田や高松宮宣仁親王も知っていた。一方、神は戦艦・巡洋艦による突入作戦を具申したこともあった。
また機関故障により単独行動中の朝霜も撃沈され、駆逐隊司令部を含め全員が戦死した。 涼月は艦首を失ったが後進で佐世保に帰還したものの、ドック内部で擱座した。
被害の少なかった冬月、雪風、初霜の3隻の駆逐艦は大和の生存者280名、矢矧の生存者555名と磯風、浜風、霞の生存者800名以上、1706名(戦闘詳報)を救助したが、第二艦隊司令長官の伊藤(戦死後大将)、大和艦長の有賀(同中将)を始め、推定3,721名がこの戦いで戦死した。1945年(昭和20年)7月に連合艦隊司令長官が布告した戦死者総数は4,044名。
アメリカ軍機の多くは日本側からの対空砲火を受け損傷を負い、5機が撃墜され、52機が被弾損傷で、内5機が経済的修理不能として海上投棄され、2機が不時着水した。1機が往路で原因不明の墜落で、実質的損失は13機であった。乗員のうち何人かは水上機や潜水艦に救助された。アメリカ軍の戦死・行方不明は合計13名であった。また大和沈没後に五航艦の戦闘三〇三飛行隊が坊ノ岬260度100キロ付近の海面でF4Uコルセア戦闘機3機を撃墜したと報告している。
14時43分、最後のアメリカ機の編隊が大和の生存者に機銃掃射を浴びせるために出撃した。大戦を通じてアメリカ軍などの連合軍が行ってきた沈没船生存者への機銃掃射はこのときも現出し、古村司令官・能村副長・吉田満少尉をはじめ多くの第二艦隊生存者が、このときアメリカ軍機の機銃掃射を受けたと証言している。航行不能となった磯風の周囲を漂う日本兵(沈没した矢矧の生存者)に対しても、撃墜された味方の敵討ちとしてアメリカ軍爆撃隊が機銃掃射を浴びせた。星亮一はこれらの機銃掃射は計画的な人間狩りであったと批判している。
日本艦隊には第五航空艦隊所属の予備機の零戦20機が直掩として付随したが、九州近海で陸上基地に帰還した。天候は雨雲が1,000メートル程度、風速10メートル、視界は8キロ以下であった。大和の主砲を除いて光学照準式の高射指揮装置と時限信管式の対空砲しかない日本艦隊の防空砲火側には極めて不利であり、「攻撃隊にはもってこいの天候」とする意見がある。大和の艦橋にいた第二艦隊参謀長の森下も悪天候により対空砲火の効果と威力が低下したと回想している。反面、大和が煙幕を展開すれば簡易型のレーダーを装備(雷撃機と攻撃機の電信席に装備)していても空中衝突の危険が大きく攻撃不能の可能性があったとするアメリカ軍パイロットや、大和主砲方位盤射手村田大尉の意見など評価が分かれる。2時間かけて到着したアメリカ軍の攻撃隊は雲の上で日本艦隊の対空攻撃の射撃を受けずに、攻撃を行うために日本艦隊を取り囲むことができた反面、目標の進路や速度を目視において確認するためには一旦雲の下に下りなければならなかった。
第1波の攻撃隊は12時32分に攻撃を開始した。日本艦隊は速度を24ノット、続いて最大戦速として回避行動を開始し、対空戦闘を始める。この時の駆逐艦配置については、著作によって差異がある。しかし回避行動によって輪形陣はすぐに崩れてしまった。たとえば雷撃機を回避しようと大和が右に転舵したため、輪形陣先頭にいた矢矧は大和の左舷4000 - 5000mに引き離されている。