大圓寺 (恵那市)
明叔慶浚は、天文10年(1541年)まで止住した。ちなみに明叔は飛騨国の南部を治めた戦国大名三木直頼の義兄である。
天文12、13年(1543年-1544年)頃、明叔が可児郡御嵩町の愚渓寺に去った後に希菴玄密禅師が住持となった。希菴は快川紹喜と共に臨済二大徳と言われた高僧で、京都妙心寺で管長職を5度務めた他、恵林寺の住持にもなっている。
天文23年(1554年)、信濃国全域の領国化を進めていた武田信玄が遠山氏の領地と接する信濃の伊那郡を制圧したため、天文24年(1555年)に遠山景前をはじめとする遠山七頭は信玄の軍門に下った。
弘治2年(1557年)正月、大圓寺に武田信玄の制札が掲げられた。
その内容は、「夫人の人たるは未だ知り易からず ━(中略)━ 太守(信玄)すでに師を出さんと欲す。太守は制簡を預け賜う。兵卒の強奪を禁止して、吾が小刹(大圓寺)をして泰山安んぜしむ 。━(中略)━ 弘治ニ季孟陬之月下澣日 大圓野納玄密頓首」(明叔録)
弘治2年(1557年)7月13日、遠山景前が亡くなり、嫡男であった遠山景任が岩村遠山氏を嗣いだが、三回忌法要は景前の未亡人が、大圓寺から希菴の法兄の悦崗宗怡を招いて行った。
永禄7年(1564年)の信玄の母・大井の方の十三回忌法要は信玄の願いにより当時、恵林寺に居た希菴により営まれたが、その後、妙心寺に戻った希菴に、遠山氏より大圓寺住持の依頼が再び来た。希菴はこれを受け入れ再び住持となった。
東光院
通玄院(圓通院)
大圓寺が焼亡した後に、上手向村の西尾氏らの願いによって、上手向村八つ田へ移し、桂堂首座により、圓徳寺が開山した。
綱宗院
「梅花無尽蔵」七 「前住禅興竺華和尚祭文」によれば、明応10年(1501年)元旦に大圓寺で遷化した竺華和尚を弔うために万里集九が2月10日の大圓寺綱宗院での四十九日法要に出席したとある。
大聖院
愚渓寺本「明叔録」に「文叔古公首座禅師予修下火法語」があり、大聖軒宰の文叔古公首座元が病に罹患したので、 享禄5年(1532年)8月に葬儀を予習すると言い、明叔が導師をつとめたとある。文叔の後は桂天が院主をつとめたらしく禅昌寺本「明叔録」に「昌々嫩桂蓋乾坤、識得西來直下孫、八十趙州行脚事、倒騎仏殿出山門、大聖院主宰桂天堅昌蔵主 同」とある。天文7年(1538年)8月17日に紹得外史が、前大聖院の文叔座元の七回忌法要を行い、明叔が導師をつとめた。
栽松庵
愚渓寺本「明叔録」天文3年(1534年)6月の明叔慶浚による「明覚山大圓禅寺入寺法語」の末尾に、明叔慶浚が、峰翁祖一の祖塔の前で諷経し、一偈を述べたとある。その次に「龍門関 十境ノ一也、栽松庵 開山隠者ノ場也」とあり、開山塔院・大聖院とは別に峰翁祖一が隠居していた建物を栽松庵と呼んでいたとみられる。
倚松軒
永禄3年(1560年)と推定される12月13日、尾張犬山の瑞泉寺に当住中の岐秀と推定される人物が大圓寺に宛てた手紙に「倚松主盟にも手紙を出したいが多忙ゆえに、あなたから伝えてほしい」と言い、悦崗宗怡の瑞泉寺宛12月19日付けの返書がある。(「明叔録」)