始祖鳥
アーケオプテリクスの化石の注目すべき点は、よく発達した風切羽の様な羽にある。これは羽軸に対して著しく非対称で、現生鳥類の翼に見られる3部構造 - 羽枝、小羽枝(羽枝に生じる小毛)、小鉤(小羽枝に生じる小突起)- をとっている。尾羽もやや非対称形であり、硬い羽板を持つなどやはり現生のものに類似している。親指部分は羽毛をまとっていなかったとされる。
体毛に関する記述は少なく、保存状態の良いベルリン標本(後述)の研究がなされているのみである。したがって、以下の記述は必ずしもアーケオプテリクス全体にあてはまるものではない。一般化するには複数標本の検討が必要である。
ベルリン標本では、脚部を覆うまるでズボンのような発達した羽毛が残っている。この羽は基本的な大羽の構造をとっているが、部分的に分解が進んでいる(例えば平胸類のように小鉤が失われている)。とは言え、部分的にはしっかりとした羽が残っており、したがってこれらの羽にも飛翔をサポートする効果があったと考えられている。また、アーケオプテリクスの背側に沿っては大羽がパッチ状に分布している。これは左右対称の硬い羽(しかし飛翔に直接関与する羽ほど丈夫ではない)で、現生の鳥類に見られる下羽に類似している。