大洪水時代
共和国はトランシルヴァニア公国とブランデンブルクの軍勢にも勝利したが、ブランデンブルクの所領・プロイセン公国に関しては、ポーランドとの封臣関係を解除して独立国家として認めることを余儀なくされた(1657年のヴェーラウの和約)。共和国の封臣国であるクールラント公国も戦争に巻き込まれ、1655年のスウェーデン軍の侵攻により、1658年から1660年までクールラント公ヤーコプ・ケトラーはスウェーデン軍に囚われの身となった。ヤーコプ公爵の時代、公国は最盛期を迎え、クールラントによるアメリカ大陸の植民地化を行うなど繁栄していたが、戦後、解放されたヤーコプ公爵の努力にも関わらず、クールラント公国は二度と戦争前の豊かさを取り戻すことは出来なかった。また、クールラント公国は後に大北方戦争前後を通じて、ポーランドとロシアによる支配権争いに巻き込まれ、18世紀に強大化したロシア帝国の干渉の下にさらされることとなる。そして、この強大化したロシア帝国とプロイセン王国により、共和国の衰退時代にポーランド分割が現実化されることとなる。
1658年9月16日のハージャチ合同が批准され、これにより共和国の南東部であるルテニアはポーランドとリトアニアの両国と同格の地位に引き上げられ、ポーランド・リトアニア共和国はポーランド・リトアニア・ルテニア共和国(3民族の共和国、ポーランド語:Rzeczpospolita Trojga Narodów)へと変貌させる予定となった。
共和国軍は1657年にはスウェーデン人の軍勢を国外に追い出した。スウェーデンは1658年の再度の侵入にも失敗し、デンマーク(カール・グスタフ戦争)、モスクワ・ロシアとの交戦が始まって、1659年までに共和国領内から最終的に撤退した。
スウェーデンは軍事的には共和国軍に敗北した形となったが、バルト海沿岸、すなわちリガからシュチェチンにいたるまでの海岸沿線の一定の影響力を維持していた(ロシアとスウェーデンは1658年末にロシアが優勢に立っていたものの休戦していた)。後にポーランド領の海港を返還し、バルト海はスウェーデンの内海とすることは出来なかったが、デンマークとの戦争後デンマーク海軍をバルト海から締め出し、貿易圏を確保した事でバルト海南部に対してもスウェーデンの影響力を保持することが出来た。このことはポーランドに対しても外交戦を優位に運べたといっても良かったが、同時にスウェーデンはカール10世の下で断続的に戦争を行ってきており、結果的にスウェーデンの財政的限界も明らかとなった。
1660年4月23日にオリヴァ条約が結ばれ、共和国はリガとリーフランド(リヴォニア)が正式にスウェーデンの主権下に入る事を認め、ヤン2世はスウェーデン王位要求権を放棄した。スウェーデンはこの戦争及びバルト海沿岸に拡大した北方戦争によって疲弊したものの、共和国との和平が成った後、バルト海一帯の一定の覇権を確立する事に成功した。
ウクライナ・ヘトマンのイヴァン・ヴィホーウシクィイとコサックの指導層(スタルシナー)によって支持されたこの合同は、東ヨーロッパの国際関係を大きく変えることになるはずだった。ところがこの合同条約が発効することはなかった。この合同を無視し、モスクワ・ロシアはウクライナ譲渡を要求し続けた。
ウクライナ戦争(1654年 - 1667年)は、1667年1月13日のアンドルソヴォの和約で終結した。この条約により、モスクワ・ロシアは左岸ウクライナ(ドニエプル川東岸地域)を獲得し、右岸ウクライナ(ドニエプル川西岸地域)のみが共和国領に残された。条約は、ロシアが20年後に左岸ウクライナを共和国に返還するとしていたが、1686年に結ばれた恒久平和条約により、ロシアの左岸ウクライナ領有は永久的なものとなった。この結果、モスクワ・ロシアは、ポーランド・リトアニア共和国に代わり、東欧の覇権を獲得する事に成功した。共和国は、この大洪水によって黄金時代に幕を下ろし、衰退の時代に入った。ヨーロッパ全体においても、この覇権委譲ともとれる情勢により、ロシアのヨーロッパにおける国際関係を一変させる契機となった。
大洪水はポーランドにおける宗教的寛容の時代をも終わらせた。その大部分が非カトリック教徒だった侵略者たちは大部分がカトリック教徒のポーランド人たちから敵意を抱かれるようになった。1658年に起きた、フス派の系統であるプロテスタントのポーランド兄弟団(ポーランド語版)の追放は、増加していく宗教的不寛容の一例に過ぎなかった。