多殻目
かつては殻片の数によってTrilosporidae (3), Kudoidae (4), Pentacapsulidae (5), Hexacapsulidae (6), Septemcapsulidae (7)と分類されていたが、分子系統解析で殻片が5つ以上の種は殻片が4つのKudoa属に内包されることが明らかとなり、全てクドア科クドア属へ統合された。
Trilosporidae Shulman, 1959 殻片が3つ。 Trilospora T. californica、T. muscularisほか数種が知られている。 ユニカプスラ Unicapsula 3つの極嚢のうち2つが退縮しており、光学顕微鏡下では1つしか観察できない。クドア同様に食中毒の原因となっている可能性がある。13種。
クドア科 Kudoidae Meglitsch, 1960 殻片が4つ以上。 クドア Kudoa 種によるが、感染によって魚肉の美観が損なわれる、あるいは感染に気付かず生食すると食中毒の原因となるとして注目されている。およそ110種。
これ以外に殻片の数から多殻目に位置づけられているが、分類不詳のOctospina tongrensisとTrilosporoides platessaeが知られている。