新宿三丁目駅
当駅およびメトロプロムナードで連絡している丸ノ内線新宿駅の出入口は非常に多いため、両駅の出入口を一括して、以下の規則に従い「アルファベット(A・B・C・Eのいずれか)+数字」の形式で出口番号を設定している。本項では、両駅間のほぼ中間地点に存在する新宿サブナード地下街(B10出口付近)から新宿三丁目駅側(東側)を中心に記載している。
最寄りのバス停留所は新宿三丁目・新宿伊勢丹前・新宿追分・新宿五丁目の4停留所である。以下の路線が乗り入れ、東京都交通局・京王バス東によって運行されている。
この他、新宿地区の高速バスが発着するバスタ新宿は、丸ノ内線・副都心線では当駅が最寄りとなっている。
都営新宿線 ■急行 通過 ■各駅停車 新宿駅 (S 01) - 新宿三丁目駅 (S 02) - 曙橋駅 (S 03)
直営駅。 丸ノ内線と副都心線は、丸ノ内線ホームの東端と副都心線ホームの北端を結ぶ連絡通路により改札内で乗り換えることが可能である。しかし、ラッシュ時などはこの乗り換え通路が混雑するため、開業後は定期券の乗換客に対してポスターなどで改札外での乗り換えを呼びかけていたが、2012年3月17日から普通乗車券・回数券・PASMO・Suicaでも改札外での乗り換えができるようになった。ただし、他の改札外乗り換えの駅と同様に、定期券や一日乗車券以外で改札外で乗り換える場合は60分の時間制限があるほか、普通乗車券と回数券についてはオレンジ色の乗換専用自動改札機を出る必要がある。
東急東横線との相互直通運転開始により、副都心線のさらなる乗客増が見込まれることから、乗換通路の混雑緩和のため、2012年から2013年2月にかけてエスカレーターの増設と専用改札口の新設、切符売り場の増設、および丸ノ内線新宿御苑前方改札口の移設が行われた。なお、新設された専用改札口の自動改札機は東芝製だが、他の改札口と比べて、正面投入口の下部が斜めになっている。
2013年(平成25年)3月4日より朝ラッシュ時のみ乗り換えが一方通行化され、同時間帯の丸ノ内線から副都心線への乗り換えに連絡通路が使用できなくなった(改札を出て乗り換える必要がある)。
副都心線開業時に設置された出入口。
E1:日清食品・新宿区役所 第二分庁舎・新宿明治通郵便局・よしもと東京本部
E2:新宿区役所・花園神社・新宿マルイメン・伊勢丹メンズ館
E3:コメ兵 新宿店・ユニクロ 新宿三丁目店
E4:レインボービレッジビル
E5:天龍寺・東京都立新宿高等学校・新宿御苑
E6:新四curumuビル
E7:レイフラット・ダヴィンチ新宿
E8:JR東日本新宿駅新南改札・タカシマヤタイムズスクエア
E9:甲州街道(国道20号)・明治通り・WINS新宿(中央競馬場外馬券売場)
E10:JR新宿駅東南口広場・南口・甲州街道改札・JR新宿ミライナタワー・バスタ新宿
丸ノ内線 新宿駅 (M 08) - 新宿三丁目駅 (M 09) - 新宿御苑前駅 (M 10)
副都心線 □S-TRAIN停車駅 ■急行・■通勤急行 池袋駅 (F 09) - 新宿三丁目駅 (F 13) - 明治神宮前〈原宿〉駅 (F 15) ■各駅停車 東新宿駅 (F 12) - 新宿三丁目駅 (F 13) - 北参道駅 (F 14)