原子位置の二乗平均平方根偏差
R M S D ( v , w ) = 1 n ∑ i = 1 n ‖ v i − w i ‖ 2 = 1 n ∑ i = 1 n ( ( v i x − w i x ) 2 + ( v i y − w i y ) 2 + ( v i z − w i z ) 2 ) {\displaystyle {\begin{aligned}\mathrm {RMSD} (\mathbf {v} ,\mathbf {w} )&={\sqrt {{\frac {1}{n}}\sum _{i=1}^{n}\|v_{i}-w_{i}\|^{2}}}\\&={\sqrt {{\frac {1}{n}}\sum _{i=1}^{n}((v_{ix}-w_{ix})^{2}+(v_{iy}-w_{iy})^{2}+(v_{iz}-w_{iz})^{2}}})\end{aligned}}}
RMSDは長さの単位で表され、最も多く用いられている単位はオングストローム (Å) である。