ターザン後藤
この数年間に渡って後藤が自ら座長を務める真FMWもR2W、革真浪士団、ターザン後藤一派と衣替えを繰り返した。たびたび自主興行も行っており、一時期菊澤光信が真FMW軍に加わったり、FMWを退団した新山勝利も参戦するなど出入りも多く、また女子部という形で元GAEA JAPANの市来貴代子と中野知陽呂も行動を共にしている。
この頃、冬木弘道の発案でFMWへの出場が計画されたが所属選手達の猛反対と後藤もこれを拒否し、後藤のFMW再登場は幻となっている。(ただし、雁之助と市原は1997年1月以降FMWに復帰している。)
2001年には、全日本プロレスに約16年ぶりに参戦した。2002年、埼玉県春日部市に道場兼プロレス会場の春日部インディーズアリーナを設立。同年10月の全日本プロレス日本武道館大会では本間朋晃とタッグを結成し、テリー・ファンク、アブドーラ・ザ・ブッチャーと戦った。
2005年には、四冠王者(当時)の小島聡までもがターザン後藤一派の清水大会に参戦し、後藤とタッグマッチで対戦。2006年には春日部からの移転で東京・浅草に浅草インディーズアリーナを再興させる。この会場は「浅草ファイト倶楽部」という店としても営業し、プロレスを見ながら飲んだり食べたりできる店としてインディーファンを楽しませ、特にちゃんこ鍋を注文すると自ら調理をするという念の入れ様であったが、現在は浅草のインディーズアリーナ及びファイト倶楽部は閉鎖されている。
自らの団体での活動と並行して全日本プロレスから分派した新団体キングスロードの旗揚げ戦に参戦するも、後楽園ホールでの旗揚げ戦では後藤も怪我のためか影武者に試合をさせ、自らは場外乱闘に終始した。
当時アングルで敵対はしていたものの元付き人であった雁之助は、食事の席でたまらず後藤に告白した。良くは思わない後藤は後楽園大会の前日、あるホテルに雁之助・新山勝利・市原・事務員を交えて話し合いの場を設けた。まず雁之助が引退(離脱)を表明し、続いて後藤・そして市原が続いた。新山は後楽園ホールへ戻って大仁田と話し合いをする、というものだった。IWAジャパンとは一切前もっての話し合いは無かったと証言している。ハヤブサの著作の中にも後藤より先に雁之助が辞めると言い出しており、後藤は「お前が辞めるなら、俺も辞める!」と言った。その位我慢が出来ないことが俺たちにはあったと述べている。なお大仁田の引退試合の相手は後藤に代わり、一旦は名乗りを上げた東京プロレスの石川敬士に変更されたが、その後、調印式で対戦を直訴したハヤブサへ変更された。
FMW離脱後の後藤らは「真FMW軍」を名乗り、IWA・JAPANの後楽園大会に乱入。FMWで自らデビュー戦の相手を務めた中牧昭二らとの抗争に突入する。同年8月、川崎球場においてダン・スバーンのNWA世界ヘビー級王座に挑戦し、後藤もスバーンと好勝負を展開するも敗れた。また、大日本プロレスでは全日本時代の先輩であった社長のグレート小鹿との抗争を展開し、さらに東京プロレスにも参戦している。