東京六大学野球連盟
平成以降の優勝校のみ
☆:全国大会優勝
秋季大会の後半、概ね10月中‐下旬(年度により11月初旬)に、日本プロ野球の日本シリーズが行われており、神宮球場を専用球場とするプロ野球球団が進出する可能性がある場合には、大会日程を調整する必要がある。
※日本シリーズは、1952年以後、原則として西暦の偶数年は第1・2・6・7戦、奇数年は第3・4・5戦がセ・リーグ側の主管、パ・リーグ側の主管はその逆パターンである。
1962年の日本シリーズ「東映対阪神」は第3・4戦は東映主管で神宮で行われたものの、第5戦は学生野球優先の当時の取り決め上、後楽園スタジアムで行い、神宮球場では東京六大学秋季リーグ(以下当大会)が行われた。
1978年の日本シリーズ「ヤクルト対阪急」は、第1・2・6・7戦がヤクルト主管となっていたが、日本シリーズの会期中、当大会との日程調整の折り合いが合わず、ヤクルト主管の4試合は後楽園スタジアムで開催され、神宮球場で当大会が行われた。
勝ち点が多い方が上位。勝ち点が同じ場合は全体の勝率比較によって順位を決定。
勝ち点も勝率も同じ場合は、優劣の決定が必要な場合=優勝校の決定に限り決定戦(プレイオフ)を行なう。2校で実施の場合は1回戦制で勝者を決める。3校で実施の場合は各校1回戦総当たりで試合を行い、3校とも1勝1敗の場合は優勝は預かりとし全国大会への出場は抽選により決定する。 同点決勝の場合、延長戦は回数無制限(原則引き分けなし)とする。但しやむをえない理由(日没、雨天他)でコールドゲームになった場合の引き分けは後日の再試合とする。 決定戦は2010年秋季の早稲田-慶應まで12回、16試合実施。 決定戦の成績は選手個人の成績を含めリーグ戦の成績累計には含めない。
対戦する5校全てから勝ち点を挙げて優勝することを「完全優勝」、10戦全勝の場合を「全勝優勝」と呼ぶ。10勝無敗でも引き分けを含む場合は全勝優勝とは別扱いとしている。
※ 以上は基本的に東京六大学野球連盟として独自のもの。他のリーグで採用しているものもあるが、大学野球では基本的にはリーグ細則は独自のものとして運用される。
なお、新型コロナウィルス対策による、2020年秋季大会以後の1試合ごとのポイント制が採用されて以後は、原則として同じ勝ち点で1位が2チーム並んだ場合は1ゲームプレーオフで優勝を決める。3チーム以上が並んだ場合は優勝預かり(優勝校なし)とする。2位以下の場合は記録上は同順位となるが、次回シーズンの組み合わせ決定などの都合上、前シーズン(2021年春季大会の場合は2020年秋季大会)の上位チームを上の扱いとする。