法華寺
本堂(重要文化財) - 慶長6年(1601年)豊臣秀頼と淀殿により片桐且元を奉行として再建。寄棟造、本瓦葺き。正面7間、側面4間。堂内厨子に本尊・十一面観音像(国宝)を安置する。高欄の擬宝珠(ぎぼし)に慶長6年の銘があり、当時は「講堂」と呼ばれていたことがわかる。慶長伏見地震の復興事業として建てられたもので、再建にあたっては、地震で倒れた前身建物の2棟の部材が再利用されている。部材に残る痕跡から復元される前身建物は、1棟が鎌倉時代、もう1棟が室町時代の建物で、前者が旧・金堂、後者が旧・講堂にあたると推定されている。本尊の厨子は、特別公開期間以外は閉ざされているが、普段は代わりに松久朋琳作のご分身像が厨子の前に安置されている。
護摩堂 - 2004年(平成16年)再建。
鐘楼(鐘楼堂、重要文化財) - 慶長7年(1602年)豊臣秀頼と淀殿により片桐且元を奉行として再建。鬼瓦に慶長7年の刻銘があり、形式や細部からみてその頃の再興と考えられる。ただし、本堂と同様に、前身建物のものとみられる古い部材も混在している。二層建てとし、上層に鐘を吊る「袴腰付き鐘楼」であるが、上層に縁や高欄を設けない珍しい形式とする。
薬師堂
稲荷神社
横笛堂 - かつて南門を出て左側の飛地境内にあったが、赤門の東側に移築されている。『平家物語』や高山樗牛の小説『滝口入道』で知られる悲恋物語のヒロイン・横笛が尼となった後に住んだとされる建物。
鎌倉時代に入り、東大寺大仏殿の再興を果たした僧・重源は、建仁3年(1203年)、法華寺の堂宇や仏像を再興した。現在も寺に残る鎌倉時代様式の木造仏頭は、この再興時の本尊廬舎那仏(るしゃなぶつ)の頭部であると推定されている。さらに、その半世紀後、鎌倉時代中期の真言律宗の僧・叡尊によって本格的な復興がなされた。
その後、明応8年(1499年)12月、大和国に攻め込んできた細川政元の家臣赤沢朝経によって焼き討ちされると、永正3年(1506年)7月、再び攻め込んできた赤沢朝経によってまたも焼き討ちされた。そのうえ文禄5年(1596年)には慶長伏見地震にもあって、最終的には東塔以外の建物を失った。
現在の本堂、南門は慶長6年(1601年)に豊臣秀頼と母の淀殿が、鐘楼も翌慶長7年(1602年)に豊臣秀頼と淀殿が片桐且元を奉行として復興したものである。
江戸時代になり、後水尾天皇の養女・高慶尼が入寺して以来、当寺は尼門跡寺院となった。
宝永4年(1707年)、これまで兵火や地震の被害をまぬがれていた東塔が地震によって倒壊している。
法華寺は叡尊の時代以来、真言律宗における門跡寺院としての寺格を保っていたが、1999年(平成11年)に創建当時のように独立した寺に戻ることとなり、光明皇后にちなんで「光明宗」と名づけ離脱・独立した。
2010年(平成22年)5月6日 - 8日には光明皇后1250年大遠忌法要が実施された。