革命的共産主義者同盟全国委員会
2006年3月14日、法政大学事務局による立て看板撤去に抗議していた中核派活動家など29人(内、法政大学の学生など大学関係者は5人)が建造物侵入と威力業務妨害の容疑で逮捕された。逮捕時には約200人の捜査員が動員された。中核派はこの事件を「2006・3・14法政大学弾圧事件」として強く反発した。
2006年3月25日には、29人全員が釈放され、そのうち法政大学の学生の5人は法政大学から停学や退学処分が下された。その後、処分を受けた学生5人や法政大学の無関係者も含む逮捕者を中心に「3・14法大弾圧を許さない法大生の会」が結成され、現在でも、学内外で抗議活動が行われている。この中核派の動きに対し、法政大学は警備員を常駐させて対処している。2006年(平成18年)と2007年(平成19年)には、法政大学は停学者に対して無期停学や退学など追加処分を出した。今回の事件では、(大学無関係者含めて)逮捕者は延べ126名。うち、起訴されたのは34名となった。
2007年4月27日、法政大学の退学処分に対して中核派などがデモ活動を行ってる中、中核派全学連活動家の学生ら2名が法政大学職員への暴行容疑で警察に逮捕された。しかし、デモに参加した外山恒一によると、この逮捕は「転び公妨」の変形で、職員が事前の打ち合わせ通り首を絞められたと騒ぎ立て、警察が逮捕の口実にしたという。
2009年4月24日、東京地裁による「情宣活動禁止等仮処分命令」及び、法政大学側よる学生処分などに対して、中核派は抗議集会とデモ活動で対抗した。そして、中核派全学連活動家の学生ら6人が公務執行妨害などの容疑で逮捕(集会中に5人、デモ後に警察署前で行われた抗議行動で1人)された。
秋頃 第25回拡大全国委員会総会(25全総)において、「綱領草案」が採択される。
2010年(平成22年) 3月4日 副議長の中野洋が胆管癌のため病死(享年70)。 11月13日 北小路敏が敗血症のため病死(享年74)。
2011年(平成23年) 3月31日 3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震の津波により発生した福島第一原子力発電所事故の後、日本や世界各国で反原発運動が活発化。中核派は自派の機関紙やビラを配布するなどの宣伝活動に取り組む。東京電力を通るデモを100人規模で行い、3人逮捕。のち、全員不起訴釈放。
2012年(平成24年) 3月13日 平成12年に運輸省(現・国土交通省)幹部宅の車両を爆破させた事件で、爆発物取締罰則違反容疑の関係先として、東京都立川市などにある中核派の非公然アジトなどが家宅捜索される。また、非公然活動家が公務執行妨害の現行犯で逮捕される。 12月16日 東京都知事選挙で中核派の活動家歴を持つ猪瀬直樹が、自民党や公明党、日本維新の会などの支援を受けて大差で初当選。中核派出身の都知事は史上初めて。
2014年(平成26年) 1月14日 東京都知事選挙に立候補表明した鈴木達夫の支持を表明。鈴木は動労千葉の顧問弁護士を務めるなど密接な関係にある。得票数12,684で落選。 11月2日 全国労働者総決起集会で行われたデモ行進の際、デモに参加していた京都大学の男子学生3人が警視庁公安部に公務執行妨害の容疑で逮捕される。11日に前進社が、12日に京都大学熊野寮がそれぞれ家宅捜索される。 11月24日 第47回衆議院議員総選挙に鈴木達夫が東京都第8区から出馬。得票数16,981で落選。
国鉄動力車労働組合総連合(動労総連合)系の労組(詳細は動労千葉の記事参照) 国鉄千葉動力車労働組合(動労千葉) 動労総連合の実質的中心労組。「中核派労働運動の精華」あるいは「世界革命の司令塔」「新自由主義に打ち勝っている世界で唯一の労組」などと称し、「階級的労働運動路線のもとすべての労働者は動労千葉のように闘おう」と呼びかけている。動労千葉の第二代委員長だった中野洋は中核派の副議長であり同派の実質的な最高指導者と目されていた。 国鉄水戸動力車労働組合(動労水戸) 2019年以降は共闘関係は形骸化または解消状態となっている。 国鉄西日本動力車労働組合(動労西日本) 国鉄高崎動力車連帯労働組合(動労連帯高崎)
全国労働組合交流センター(中核派系のナショナルセンター。各地に支部がある)
国労闘争団
佐世保市民の支持を得る。 2月 - 王子闘争。市民が騒乱に加勢する。3月28日のデモで49人が基地内に突入。 10月21日 10・21国際反戦デー。都内各地で諸セクトが決起する中、中核派部隊は米軍タンク車の輸送を阻止するため新宿駅で闘争。新宿は20,000人の群衆が暴動に加わり、騒乱罪が適用された。 11月21日 東大・日大闘争勝利全国学生総決起大会。 日大・東大を先頭に全国で大学闘争が高揚。
1969年(昭和44年) 1月18日 - 19日 東大安田砦攻防戦。中核派は法研棟を死守。 4月27日 本多延嘉が破壊活動防止法違反(予備・陰謀)で逮捕される。 4月28日 4・28沖縄闘争。銀座で市街戦。 6月 都議会選挙。北小路敏が出馬するも落選。 8日 アスパック粉砕闘争。中核派学生の乗っていた電車車両が切り離され全員逮捕。 8月17日 - 18日 広島大学闘争。 9月20日 - 22日 京大時計台闘争。 10月 - 11月 「第1の11月決戦」――「沖縄奪還、安保粉砕・日帝打倒」「日帝のアジア侵略を内乱に転化せよ」のスローガンのもとに学生とともに労働者が武装闘争に決起した。 10月21日 国際反戦デー。新宿で市街戦。1,600人逮捕(半数は労働者)。 11月16日 - 17日 佐藤訪米阻止闘争。蒲田で市街戦。2,500人逮捕(半数は労働者)。 16日 中核派主力は午後3時30分、東京駅に約200名の部隊を結集、途中品川駅で200の部隊と合流して400の部隊で午後4時20分に京浜東北線蒲田駅東口に到着。機動隊との戦闘状態に入り、火炎瓶と催涙弾が応酬するが、20分で壊滅した。
あとは電車が到着するたび200、100の小部隊が投入されるが次々に粉砕されてしまう。
1970年(昭和45年) 4月28日 全国全共闘と全国反戦、6月行動委が共催の4・28闘争。デモ解散地に革マル派1,000人が突入しようとするが入場を阻止。 6月 安保闘争 - 武装をひかえた肉弾デモで闘う。 7月7日 中国人青年からの糾弾を受けて自己批判を行い、「連帯戦略」を形成・深化させる(「7・7自己批判」)。以降、中核派はありとあらゆる反権力的な大衆闘争に積極的に関わるようになる。 8月4日 東京教育大学(現筑波大学)学生で革マル派の海老原俊夫を法政大学構内で殺害(東京教育大学生リンチ殺人事件)。夕刻から革共同大政治集会。
1971年(昭和46年) 1969年(昭和44年)のダメージのため1970年(昭和45年)は武装実力を控えていたが1971年に入り戦闘力が復活。現段階は1969年(昭和44年)11月決戦で質的に一歩高めた階級闘争を、さらにもう一歩すすめるための「死闘的調整期」であるとした。 2月 三里塚第一次土地強制収用阻止闘争。3週間、激しい闘争が繰り広げられた。 3月 破壊活動防止法違反で逮捕され、2年近く拘留されていた本多延嘉が解放。 6月15日 - 17日 沖縄返還協定阻止闘争。 17日 1969年(昭和44年)並の武闘が復活。明治公園に中核派を中心とする20,000人のデモ隊が結集、公園周辺にバリケードを築き1時間にわたって解放区を現出。デモ隊に紛れ込んだ赤軍派により爆弾が投じられ大混乱に。逮捕者732人。 7月 三里塚農民放送塔死守闘争。ダイナマイトが使用される。
中核派の学生政治組織として、「マルクス主義学生同盟・中核派(マル学同中核派)」がある。
これらの中核派による「ゲリラ闘争」に関連して、複数のゲリラ事件で一般人の巻き添えと犠牲者を出している。1975年(昭和50年)9月4日、中核派活動家が横須賀緑荘アジトで爆弾を製造しているところ、誤って爆発させ、同アパート住人2名が死亡(中核派活動家も3名死亡)した(横須賀緑荘誤爆事件)。
1983年(昭和58年)6月7日には、千葉県四街道市の成田空港関連の航空燃料用パイプライン輸送敷設工事現場の飯場に放火して、労働者2名を焼死させている(東鉄工業作業員宿舎放火殺人事件)。1984年(昭和59年)10月1日には、佐原市にある成田用水事業の請負業者社長宅を放火(成田用水工事事業者連続放火事件)。社長宅のほかに成田空港問題とは無関係の近接した住宅2棟も全焼させた。これらの「ゲリラ闘争」における一般人の巻き添えについて、中核派は、未だ一つとして被害者遺族らに謝罪も賠償もしていない。
対立党派で宿敵である革マル派との内ゲバも、1980年代に入ると両派ともに組織が「内ゲバ戦争」によって疲弊化したことで徐々に小康化していったが、国鉄分割民営化を巡る過程で、革マル派同盟員と目されていた国鉄動力車労働組合や真国鉄労働組合(真国労)、JR総連の活動家を襲撃するなどした。また、かつて革マル派が行ってきたような大学構内から他党派やノンセクトの活動家を暴力的に排除する「党派による恐怖支配」を、中核派も法政大学・京都大学を始め、各地の大学で強めることになったと語る当時の活動家も存在する。