碇シンジ
本作品の主人公。父ゲンドウ・母ユイの息子として生まれる。エヴァンゲリオン初号機のパイロット(3人目の適格者=サードチルドレン)。一人称は僕。
ダミーシステムを拒絶する初号機に対し、なおも同システムによる起動を強行し続けるゲンドウの前に現れ、「僕はエヴァンゲリオン初号機パイロット、碇シンジです」と強弁して初号機に搭乗。第10の使徒がネルフ本部への直接攻撃に及び、ミサトをはじめネルフスタッフが死を覚悟する状況に間一髪で登場し、使徒の攻撃から盾となって彼女たちを救う。
第10の使徒により片腕を落とされる激痛を堪えて奮闘するもエネルギー切れに陥り、さらに第10の使徒により初号機ごと地面に強打させられ、シンジ自身も大量の血を口から吐く。だが「綾波を返せ」というシンジの言葉と共に初号機が再起動、擬似シン化第1覚醒形態へ覚醒。第10使徒を圧倒的な力でねじ伏せる。さらに、第10使徒内に取り込まれたレイ自身から助けを拒まれてもなお「綾波は綾波しかいない」として、使徒のコアから強引にレイを引きずり出す。この時のプラグ深度は180を超え、目の色は赤く変色している。初めて自分の意志でエヴァに乗り、自分の意志でレイを助けようというシンジをミサトは「行きなさい」と後押しした。
初号機と第10の使徒の融合により覚醒状態に陥り、神に近い存在となった初号機によるサードインパクトが始まろうとしたとき、突如上方からカシウスの槍が初号機を貫き、サードインパクトの発生は一旦は阻止され、渚カヲルが搭乗するエヴァ6号機 (Mark.06) が飛来する。これは次作の『Q』では「ニアサードインパクト」と呼称される。