日本とマレーシアの関係
1941年12月8日に開始されたマレー作戦で、日本軍は英領マラヤに対して侵攻を開始し、連合軍を圧倒した。日本による占領期には、日本軍の中国系住民に対する差別・弾圧から、中国系共同体では反日感情が高まり、マレー半島におけるマラヤ人民抗日軍の勢力拡大につながった。なお、ヌグリ・スンビラン州では中国系住民の弾圧が最も激しかった地域であり、日本軍によって住民ごと消失した村も存在する。実際に、スレンバン出身で尚美学園大学准教授である荘発盛は、大学留学以降日本に在住しているが、同州で起きた虐殺事件に関しては今でも許す事が出来ず、否定する日本人に対して怒りを顕にしている。
運動は日本人をイギリスの統治からの救世主として描く「アジア人のためのアジア」という日本軍によるプロパガンダによって団結していたマレー系、インド系の人々からは十分な支援を受けることができなかった。現地の人々は東南アジアで日本を相手にヨーロッパの植民地主義者が敗走するのを見て、独立への期待を抱いた。マレー青年団は日本人とともに、イギリスの植民地主義に反対するイデオロギーの拡散に努めた。しかし、日本の当局は現地の人々の独立の要求を受け入れなかった。日本の戦況の悪化により、第二次世界大戦終了時、イギリスは北ボルネオとともにマラヤとシンガポールを取り戻すことができた。
連合国に敗北し、その後占領された日本は、近隣諸国との国交回復を模索していた。1957年8月31日、マレーシアはイギリスから独立し、その後日本と国交を樹立した。 1957年9月9日、日本はクアラルンプールに大使館を設置した。
15世紀、琉球王国とマラッカ王国との間には交易関係があった。海洋交易を行っていた東南アジアの王国は、日本とは銀、刀、扇、漆器、屏風の取引を、中国とは漢方薬、硬貨、釉薬、絹織物、織物の取引を東南アジアのスオウ、サイの象牙、スズ、砂糖、鉄、龍涎香、インドゾウの象牙、アラビアの乳香が取引していた。歴代宝案には東南アジアの王国と琉球王国間の公式な外交の船の行き来は、1424年から1630年の間で、全部で150回にのぼり、そのうち61回はシャム行きのもの、10回はマラッカ行のもの、10回はパタニ行きのもの、8回はジャワ行きのものだったという記録が残っている。