日本航空
通常の有人チェックインカウンターのほか、自動チェックイン・発券機が用意されている。また、多くの空港において搭乗クラスや航空券の運賃カテゴリー、JALカードCLUB-A会員、JALグローバルクラブ、JMB FLY ONサービスステイタス、ワンワールドエリートステイタスによって、使用できる優先チェックインカウンターが用意されている。
航空券の座席予約システム(CRS)はAXESSを利用していたが、2017年11月からアマデウスアルテアを使用している。
8月16日 - カンタス航空グループ、三菱商事との合同出資でジェットスター・ジャパンを設立し、格安航空会社事業に参入することを発表。 9月5日 - ジェットスター・ジャパン株式会社を設立。日本航空の持株比率は33.3%。
2012年(平成24年) 8月10日 - 国土交通省によって「日本航空への企業再生への対応について」が策定され、2016年度まで企業再生が適切かつ確実に行われ、公的支援によって競争環境が歪められていないか、航空局による監視が行われるとした(8.10ペーパー)。羽田空港発着枠において、競合他社に比べて不利な発着枠配分を受ける。 9月19日 - 東京証券取引所に再上場。企業再生支援機構が保有する全株式は約6,500億円で売却された。
2013年(平成25年)10月7日 - 株式再上場後初の大規模な機材更新計画となる A350型機31機の導入を決定。初めて欧州エアバス社の大型機を次期主力国際線機材に選定。
2014年(平成26年) 10月1日 - JALエクスプレスを吸収合併。 10月23日 - 北海道エアシステムを再子会社化。
2015年(平成27年)6月10日 - ボーイング787-9型機の初号機を受領した。国際線新仕様機「スカイスイート787」と同じシートを採用し、無線LANによる機内インターネット接続サービス「JAL Sky Wi-Fi」にも対応する。
2016年(平成28年)4月26日 - 国土交通省は、羽田空港国際線発着枠のうち配分済みの深夜早朝時間帯4便(うち、日本航空は2便)はすべて昼間時間帯への移行を決定した。
これにより、日本航空は羽田からの国際線を昼間時間帯で2便増便できることとなった。
2017年(平成29年) 4月1日 - 39年ぶりに羽田発着のニューヨーク便が復活した。国内線のハブ空港である羽田空港からの昼間時間帯での国際線就航は、出国・帰国時の同日乗り継ぎが可能となり利便性が高まる。 6月20日 - 国内線において機内Wi-Fi接続サービスを恒久的に無料とする旨を発表した。同社によれば、機内Wi-Fi接続サービスの無料サービスを期限限定なしで提供するのは、国内線では同社のみである。 11月16日 - 旅客サービスシステムをアマデウス社の「アマデウスアルテア」に移行する。
2018年(平成30年)7月31日 - 国際線中長距離格安航空会社として、ZIPAIR Tokyoを設立。
2019年(令和元年) 9月1日 - 国内線にてエアバスA350-900型機の運航を開始(初便は羽田発福岡行きJAL317便)。 10月27日 - 国内線仕様ボーイング787-8型機が運航を開始(初便は羽田発伊丹行きJAL117便)。
2020年(令和2年)4月1日 - 新制服の着用開始。
2023年(令和5年)4月3日 - 同日株式取引分から日経平均株価の構成銘柄に採用。当社は会社更生法適用に伴い、2010年1月に日経平均株価の構成銘柄から除外されていたため、13年ぶりの復帰となった。
主要空港では、ファーストクラス専用チェックインカウンターや専用空港ラウンジの提供がされるほか、ヨーロッパ線とアメリカ大陸線(ハワイ線と他社運航のコードシェア便は対象外)の対象料金での利用者は、成田国際空港から東京都区部へのヘリコプター(森ビルシティエアサービスのユーロコプター EC 135)による無料移動サービスも提供されていた。
シート
2008年8月から、東京 - ニューヨーク線に19インチの個人モニターやPC電源などが装備された半個室型シート「JAL SUITE」が導入された。なお、2008年9月から東京 - サンフランシスコ線にも導入されたほか、2009年度以降もロサンゼルス線やシカゴ線、ジャカルタ線にも導入された。同シートには、テンピュールとのコラボレーションによる専用マットレスと枕が提供される。
ヨーロッパ線は、1980年代に導入されていた寝台サービス「スカイスリーパー」のイメージを取り入れた「JAL SKYSLEEPER SOLO」が導入されていた。イギリス人デザイナーのロス・ラブグローブがデザインし、イタリアのポルトローナ・フラウ製の皮革を採用したフルフラットやマッサージ機能、靴入れや小物入れ、オンデマンド対応の個人テレビやPC電源などが利用できる。2013年1月から、東京 - ロンドン線にも23インチの個人モニターなどを備えた「NEW JAL SUITE」が導入された。
JALスイート
スカイスリーパー・ソロ
デジタル証明書アプリを使用することで、COVID-19の流行により、海外渡航におけるウイルス感染症の検査結果やワクチン接種証明書など渡航に必要な書類などの情報を利用者のスマートフォンなどの電子機器上で管理し、検疫などで提示確認可能となる。スイスの非営利組織であるコモンズ・プロジェクトが推進するデジタル証明「コモンパス」とIATA(国際航空運送協会)が推進し世界23社の航空会社が実用化に向けた取り組みに参加している「IATAトラベルパス」、米Daon社が提供し既に米国一部路線で運用されている「VeriFLY」の3種を実証試験を営業便で実施。同年10月から「VeriFLY」を北米本土路線から運用開始し、順次運用可能路線を増やすとしている。
2015年現在はファーストクラスとビジネスクラス、2007年12月にビジネス旅客の多い長距離路線を中心に導入されたプレミアムエコノミー とエコノミークラスの4クラスがある。多くの地方発着路線や短・中距離路線、ハワイやグアム線などのリゾート路線、一部の長距離路線ではビジネスクラスとエコノミークラスの2クラス制になっている。クラスごとにイメージカラーが設定されており、ファーストクラスは赤、ビジネスクラスは紺、エコノミークラスは緑となっている。このイメージカラーは空港カウンターや搭乗券、荷物タグなどにあしらわれている。
現行の運航機材の多くは2008年6月10日に発表された座席 をベースとしている。2012年9月13日には、2013年1月から導入する全クラスの最新の座席と機内食を発表している。
2002年10月の日本航空、日本エアシステムの経営統合から2004年6月の商号変更までは、日本航空システムの経営陣。2010年12月の合併から2011年4月の商号変更までは日本航空インターナショナルの経営陣。
会長職は空白期間がある。
その後、副機長は現地警察に逮捕された。この影響で当該便は1時間9分の遅延ののち、羽田に向けて飛び立った。英アイルワース刑事法院は11月29日、男性副操縦士に対し、禁錮10か月の実刑判決を言い渡した。またこの判決を受けて30日、男性副操縦士は懲戒解雇処分となった。
2018年12月17日 - 成田発ホノルル行き786便で女性客室乗務員が機内食のサービス後に疲れを感じたことから、シャンパンの小ビン(約170ミリリットル)を1本あけ、プラスチック製コップに半分ほどついで飲んだ。同僚の客室乗務員3人がアルコール臭を感じ、別の1人を加えた4人が普段と様子が異なると感じたことから、機内でアルコール検査を実施。客室の責任者である先任客室乗務員が手持ちのアルコール感知機を使って検査したところ、呼気から社内基準の1リットルあたり0.1ミリグラムに対し、0.15ミリグラムのアルコール値が2回検出された。30分ほどあけた3回目の検査でも、基準値を超えた。客室乗務員は最初にアルコールを検出されたあと、すべての業務から外された。女性客室乗務員は当初、帰国後に行われた社内調査で飲酒を否定。マウスウォッシュを使用したなどと説明していた。
2013年5月30日にはボーイング767-300ER型機の全クラスの座席を一新することを発表し、2013年12月から成田 - バンクーバー線に就航した。また、ボーイング787型機(-8型機では改修や発表以降の新規導入分から、-9型機は就航当初から導入)、ボーイング777-200ER型機にも順次スカイスイート仕様機材の導入が進められており、中長距離国際線のビジネスクラス座席のフルフラット化、エコノミークラスのシートピッチ拡大化を進めている。
経営破綻以降機内サービスも強化しており、JAL SKY Wi-Fiと呼ばれる機内インターネットサービス など装備を充実させたボーイング777-300ER、767のスカイスイート機材を導入をしている。
機材更新も進めており、2012年からは燃費効率のいい最新鋭のボーイング787を、ボストン、サンディエゴ、ダラス、バンコク、モスクワ、ヘルシンキなどに就航させている。
これらのサービスが高い評価を受けて、1980年にはエアー・トランスポート・ワールド(ATW)誌上でエアライン・オブザ・イヤーに日本の航空会社として初めて選ばれた。2002年にも日本の航空会社として2度目の選出を受けている。2008年10月に発表された旅行専門誌「コンデナスト・トラベラー(アメリカ版)」によるサービス格付け「Top 25 Airlines」の国際線部門においては、日本を含む北東アジアの航空会社としては最上位の5位にランクされた ほか、2010年3月にオーストラリアで発表された国際線の満足度調査でも2位にランクされた。
1970年代中ごろまでは航空機の航続距離が短かったこともあり、給油のために最終目的地までに数か所経由することが多く、協定により有償乗客の乗降が不可能な空港に純粋な給油目的で寄航(テクニカルランディング)することも多かった。また、特に南回りヨーロッパ線は、シベリア経由北回りヨーロッパ線の就航便数が限られていたことや、中東の産油国に乗り入れることによる関係構築という国策もあり、南アジアや中東の都市に多数寄港していた。ロシアによる軍事侵攻問題によりロシア上空(シベリアルート)を回避することになり、JALはかつての運航経験もあり、日系では早期に極圏航路による欧州直行運航に漕ぎ着き、復路は偏西風の関係でその時の気象などの運航条件により、南回りのトルコ、中央アジア航路を選択することもあり、状況によって往復経路が異なり北極点を回っているので経路上は奇しくも世界一周便を運航する形になった。
2011年から「JALの新しい機内食」と題し、日本の厳選された食材をふんだんに取り入れた機内食メニューを展開するほか、スープストックトーキョー、たいめいけん、モスバーガー、吉野家、日清食品といった日本企業とのコラボレーション企画を行うなど、日本品質のサービスに力を入れている。
一部区間を除く国際線と国内線ファーストクラスで提供されており、メニューは路線や機内クラスによって異なる。国際線では通常の機内食のほかに、糖尿病食や低カロリー食、低たんぱく食などの特別食や、ヒンドゥー教やイスラム教、ユダヤ教徒やベジタリアンなどのための機内食、12歳以下の子供用や幼児用の機内食も用意されている。これらの特別機内食は事前の予約が必要である。
なお、最新の機内食については、ホームページで随時更新されている。