Wake Up, Girls!とRun Girls, Run!のオールナイトニッポンi
1』の購入者特典として複製が購入者にランダムに配布された。
2018年6月15日にWake Up, Girls!の解散が発表され、一旦はWake Up, Girls!メンバー担当回は「一区切り」となることとなったが、7月31日の第45回から復活した。
Wake Up, Girls!担当回は2018年いっぱいをもって終了し、番組の名前は『Run Girls, Run!のオールナイトニッポンi』となったが、チャンネル会員は引き継がれ、番組全体のページのURLとデザインは変わらないままだった。
2019年4月には番組全体のページのURLやデザインも変更された。しかし、チャンネル会員は継続のままであった。
2019年8月6日に配信された森嶋優花担当回において、『Run Girls, Run!のオールナイトニッポンi』が8月いっぱいにて終了すること、アーカイブの公開も9月いっぱいであることが発表され、 2019年8月27日にRun Girls, Run!の3人全員が出演した配信をもって最終回を迎えた。これにより、『Wake Up, Girls!のオールナイトニッポンモバイル』に始まるWake Up, Girls!関連のオールナイトニッポン関連番組は終了した。
本番組のダウンロード・再生はRaditalでのランキングでは上位をキープ、12月14日の幕張のイベントで『Wake Up, Girls!続劇場版』の発表を記念として番組の継続が発表された。2周目の最初の回である12月24日の永野愛理担当回以降は、毎週1本ずつの公開となった。
番組は前半が無料で公開され、後半は有料となっていた。当初は無料版も有料版も同一のページから配信されていたが、2015年12月には無料版と有料版のページは分離された。
2016年1月に収録され、2月17日に配信された第68回の青山吉能担当回において、スタッフの安田隆也が出向によりニッポン放送を離れることが発表され、2月24日に配信の第69回の田中美海担当回で『Wake Up, Girls!のオールナイトニッポンモバイル』は次の第70回(奥野香耶担当回)で休止し、2016年4月からリニューアルの上再開することが告知された。最終的には全員が10回ずつ担当し、番組は終了した。
配信回はすべて音声データとして、パッケージとして販売されている。