経路特定区間
また、そうした条件があっても運賃の差が大きい奥羽本線と東北本線のケースは列車特定区間に変更されている。
過去には山陽新幹線全通前の山陽本線と赤穂線のように、そうした列車が運行されていても設定されなかったケースもある。ただしこの2線の場合、長い方の経路(山陽本線)の乗車券で、短い方(赤穂線)を直通運転する急行列車に乗車できる特例はあった。また、この2線間には後に選択乗車の特例が制定された。
山陽本線と岩徳線に関しては、岩徳線に長らくそうした列車が走っていないにもかかわらず今日に至るまで存置されている。種村直樹によると、1979年の国鉄運賃改定に際してこの区間の経路特定を廃止し、山陽本線側を実キロに戻すことが検討された模様だが、山陽新幹線の距離も延びることになり、折から控訴中だった新幹線運賃差額返還訴訟との関係で時期が悪いと見送られたという。ただし、山陽新幹線のルート自体は岩徳線に近い。
一方、赤羽駅 - 大宮駅、日暮里駅 - 赤羽駅、品川駅 - 鶴見駅、東京駅 - 蘇我駅、大阪駅 - 天王寺駅は2004年に設定(日暮里駅 - 赤羽駅は再設定)されたものである。これは俗に「電車大環状線」と呼ばれていた旅客営業規則第70条(東京近郊の電車区間および大阪環状線を挟む乗車券においては、電車区間および大阪環状線のどのルートを通っても最短距離で運賃計算を行う)の範囲縮小と同時に設定された。