ファラオ
しかしながら、第1王朝5代デン王の時に第三の称号(碑文などにおいては実際は四番目に書かれる)「即位名 (上下エジプト王名)」が王の称号に加えられたことにより王の在り方は一度大きく変わる。ここでは、王はすでに神の化身とはされておらず、上エジプトと下エジプトの「所有主」とされており、王は神の化身としての「宗教的権威」に加え、国土の所有者であるというより現実的な「政治的権威」をも持ち合わせた。さらに、王位更新祭 (セド祭(英語版))を慣例に反して王主導で実行するなど王の現実的権威が確立され、王主体の神王理念が発展した。
この後王朝は第2王朝へと推移するが、ここでセト・ペルイブセン王の登場により王の主神が変更された。
この王は、初期段階はホルス名「セケムイブ」を用いていたが、治世の途中にホルスではなく、戦神セトをセレクの上に置き (いわゆる「セト名」)、「ペルイブセン」と名乗った。この理由については現在も様々な学説があるが、現実的な王権に対する上エジプトの伝統主義者による反動と見なされている。これは、セトはもともと上エジプトのオムボスの神であり、上エジプトの首長たちがペルイブセン王を擁立して前時代的王権への復帰を画策したものと考えられている。しかしながら次王のカセケムウイはホルスとセトを同時にセレクの上におき、セトの優位性が薄れた。
その後古代エジプト文明を通じて、セト名を用いた王は一人もいないことより、王権の変化を目指す試みは失敗したとされる。
ファラオは上エジプトを象徴する白冠と、下エジプトの赤冠を複合させた二重冠をつけることにより上下エジプトの支配権を示していた。しかし、レリーフなどには白冠または赤冠単体で描かれることもあった。この他にも、王はケペレシュ・ネメス・アテフ・シュウティなどの冠を状況に応じて被った。
アラビア語でファラオは、おそらくシリア語かアムハラ語からの借用語と推定される「フィルアウン」(fir‘awn, 複数形は far‘īna)という。この「フィルアウン」には、端的に言って、「無慈悲な暴君」の意味合いがある。イスラーム教の聖典『クルアーン』において「フィルアウン」の語は全部で74回出現するが、特に2章47節から52節あたりには、『出エジプト記』においてモーセやイスラエル人に迫害を加えるファラオと同一視される、男児の殺害を命じるファラオ、海の底に沈むファラオについての描写がある。10章90節から92節あたりには、同じく海の底に沈むファラオが改心の言葉を口にするも神に拒絶される描写がある。前近代のイスラーム教徒が持つ否定的なファラオ観は、クルアーンに依拠するところが大きい。
一方で、クルアーンの注釈書や、タバリー、マスウーディーなどイスラーム教徒の古典的な著作には、ファラオに関して、クルアーンにもヘブライ語聖書にも根拠を見いだせない情報が見出せる。たとえば、タフスィール書(クルアーンの注釈書)では、ファラオはアマレク人であると解説されており、タバリーはモーセを迫害したファラオがイラン系のイスタフル(英語版)出身の王であると記し、マスウーディーはアブラハムやヨセフの物語に登場するファラオの具体的な名前を記す。
一つは後のツタンカーメンが建立した「信仰復興碑」が述べているような国内の行政・経済の完全な無秩序状態であり、もう一つは「アマルナ文書」が伝えるような外交の破綻である。
アメンホテプ3世の治世末期、王は外交的に無関心になっており、加えてその子アクエンアテンもアテン信仰に力を注いだためアジア植民地への軍事的介入がほとんどなかった。アジア植民地はトトメス3世が築き上げたものを歴代王が維持してきたものであるが、これは王の積極的軍事介入によって維持されてきたものであり、より強い権力であるヒッタイト及びその属国ミタンニの存在に植民地は容易に屈してしまった。アメンホテプ3世治世末期以降4代の王の治世、およそ30年間余りでエジプトはシリア・パレスチナを含む広大な植民地を失った。なお、エジプトの政治情勢が非常に混乱していたにも拘わらずエジプト本国に侵入がなかった理由として、将軍ホルエムヘブが強固に防衛していたからであると屋形 (1998)は述べている。
復興
アクエンアテンは即位およそ17~18年で没した。この後にはスメンクカラー、ネフェルネフェルウアテンという正体不明の王が即位しているが、これに関しては謎が多い。両王に引き続いて即位するのが少年王として知られるツタンカーメンであり、この時家臣アイと将軍ホルエムヘブの補佐によりツタンカーメンはアテン神からアメン神への信仰復興を遂行する。しかし王は若年で亡くなり、後継者のアイも治世4年で死去するため、完全な復興に関しては将軍ホルエムヘブに託される。ホルエムヘブはその後のおよそ27年の在位の間に国内秩序の回復に努め、後の第19、20王朝時代にエジプトに最後の繁栄をもたらす、帝国の再建の礎となった。
この時代においては、創造神はすべての人間を平等に作ったという原則が葬祭の場においても適用され、王と臣民の間に存在していた来世の質の違いは解消された。神王のためにのみ作られたピラミッド・テキストに対して、棺に刻まれた葬送文書は財力さえ許さば身分関係なく使用できた。それでも、王はその権力を用い、庶民とは一線を画した葬送習慣を行った。例えば、第11王朝のメンチュホテプ2世はディール・エル・バハリにきわめて独創的で、他に類が見られない葬祭殿複合体を築いたことで有名である。
この建築物は断崖絶壁の岩山の前に築かれた葬祭殿と周囲の空墓からなり、メンチュホテプ2世は葬祭殿最奥の列柱室から岩山の下に向かって115mほど下った隠された玄室に「上エジプト王」として葬られた。逆に、空墓からは「下エジプト王」として赤冠をかぶった王の像が発見されている。なお、これに倣い以降の王もこのタイプの墓の建造を計画したが、どれも完成には至らなかった。
この時代は、ピラミッドがエジプト人により最後に建造された時代にあたるが、規模でも建築技術でも古王国時代に劣っていた。しかし、崩れないよう墓室は非常に硬い建材を用いて、細心の注意を払って建造された。
このような急速な中央集権化は地方の世襲貴族の反発を招いた。メンチュホテプ2世の後を継いだメンチュホテプ3世、メンチュホテプ4世はそれぞれ12年、7年ほどしか統治しておらず、王位の相続において混乱があったことを示している。メンチュホテプ4世の後にはアメンエムハト1世が即位するが、この王より第12王朝に区分される。王朝は単一の家系及び重要な出来事の如何で区分されるが、アメンエムハト1世は、クーデターを起こして王権を奪取した可能性が高いとみられているからである。
第12王朝初代王アメンエムハト1世は、イチ・タアウィに遷都するとともにクーデターの支持者とみられる世襲貴族の特権の多くを復活させた。中エジプトを中心に、「州の大首長」の称号が復活し、地方の有力貴族の多くが州知事に任命され、世襲化の特権も大幅に認められることとなった。なお、州知事相互の軋轢や、州統治領域の拡大を防ぐために、州の境界は明確に決められた模様である。
しかしながら、このような貴族の特権は王権が力を蓄えるにつれ再び王権の障害となり、第12王朝第5代センウセレト3世の治世に、詳細は分からないながらも王は行政改革を断行し、世襲貴族を政治的にほとんど無力化することに成功した。以降は、地方の大型墓は姿を消し、「大首長」の称号も消滅した
改革の成功要因として、「庶民」の登用や、"灌漑水路統制法"の成立のほかに、ファイユームの大規模な組織的開墾と対外貿易の振興が挙げられる。
開墾
ファイユームは最初のエジプト農耕文化発祥の地であったにも拘わらず、大部分が湿地帯であったため麦作には適さず、長らく不毛の土地であった。