伽藍
鎌倉時代になると、禅宗の伝来によって再び整然とした伽藍配置が行われ、総門を入ると三門(山門)・仏殿・法堂が一直線に建つ伽藍配置が現れた。三門からの回廊が仏殿に達し、後ろに法堂・方丈を建て、回廊左右に庫院と僧堂を、三門斜前方に浴室と東司を設けるという中国風の左右対称の伽藍配置をもつ寺院もあるが、回廊まで含めて残っているのは富山・瑞龍寺、京都・萬福寺など近世以降のものに限られている。なお、禅宗寺院でも塔を建てる場合があるが、伽藍中枢部を離れ、伽藍配置として有機的な関連は持たない。
浄土宗・浄土真宗寺院の中世における伽藍配置は固定の様式があるようには見られないが、近世の浄土真宗寺院では、開基を祀る御影堂(ごえいどう、大師堂)が阿弥陀如来を祀る本堂(阿弥陀堂)と並んで重視されるため、両者が左右に並んで東面して建つ形を基本としている。
日蓮宗の伝承では、理想としては四神相応の地に建立するべきとしている。このあたりは日蓮の密教の影響を受けていると考えられる。現実は開基檀那の寄進する土地に建立するため、すくなからず妥協を迫られる。なお、伽藍配置は固定の様式は無いが、禅宗様を参考にして建立する例が多い。日蓮宗の特徴は、最初に小さな法華堂を建立し、次第に結構を整えて、本堂、祖師堂、庫裏、客殿、総門、三門、五重塔、宿坊など建立する。多くの宿坊を抱えた寺院は大坊(たいぼう)と呼ぶことがある。