台湾日本関係協会
日台間の諸問題を協議するため、交流協会との間で「貿易経済会議」を毎年定例的に開催している。会議には、両国の関係官庁の担当者が出席しており、たとえば、2007年の第32回貿易経済会議では、台湾側から経済部国際貿易局局長を筆頭に35名、日本側からは経済産業省の副局長級の交渉官ら55名の役人が出席した。
このほかに重要な両国間折衝としては、「日台漁業交渉」や「日台航空交渉」がある。いずれも民間代表機関の交渉という形をとっているが、実際は関係官庁の担当者が協議している。
日台漁業交渉は1996年に開始し、2005年7月の第15回協議以降は中断していたが、2009年2月に再開し、尖閣諸島周辺での漁業トラブルに対応する緊急連絡窓口を沖縄・那覇に設置することで合意した。
日台航空交渉では、2009年2月の協議で、台北松山空港・東京羽田空港間の航空路線の2010年開設で合意している。
2010年4月、交流協会との間で「日台双方の交流と協力の強化に関する覚書」を締結し、15項目のテーマで協力関係強化に合意した。
2015年11月には、通常の国家間の租税条約にあたる「日台民間租税取決め」を締結している。
台湾日本関係協会(たいわんにほんかんけいきょうかい、Taiwan-Japan Relations Association)は、中華民国(台湾)の対日本窓口機関であり、台北駐日経済文化代表処の台北本部である。日本との間に国交がないため形式的には非政府機関であるが、実質的には中華民国外交部の所管。日本側のカウンターパートは公益財団法人日本台湾交流協会。