内生菌
内生菌の分野で働く科学者は少ない一方で、環境汚染、森林破壊、生物多様性減少が進行している。これらの環境破壊は多数の微生物種の絶滅を招く。このため、有用な内生菌が発見されないまま永久に失われている可能性は少なくない。
内生菌は非常に多様であり、特性が明らかになっているものはわずかである。同じ植物種でも器官(葉や茎、根)によって異なる内生真菌と内生細菌が多く得られる。また、内生真菌の内部に生息する内生細菌も存在する。
内生菌の種は遺伝子工学の手法(DNA抽出、PCR、DNAシークエンシング)によって同定することができる。内生菌の多くは、宿主植物の組織から培地に培養することができる。内生菌の培養では、まず植物組織を表面消毒する。こうすることで着生菌を滅菌し、内生菌のみを培養する。培養できない内生菌も少なく、この方法では全ての内生菌を検出することはできない。非培養性の内生菌は植物組織からのDNA抽出とその分析で検出できる。イネ科植物のエピクロエ属内生菌は、アニリンブルーで葉鞘組織または稈組織を染色した後に顕微鏡で観察すると、細胞間に菌糸の曲線を見ることができる。内生菌の多くは培養中に胞子を産生しない。形態学での外観観察による真菌の種同定は主に胞子保有時の構造に基づくため、培養によって種同定することは難しい。