FRONT MISSION3
シリーズでは唯一となる、マルチエンディング方式(後述)を採用しており、ゲーム序盤に発生する選択肢により「アリサ編」と「エマ編」にストーリーが分岐する。双方のストーリーではシナリオ名に冠せられたメインヒロインのほか、主人公の所属勢力や参入キャラクターも大きく異なるものとなっている。