エドワード・コーク
こうした動きに対しベーコンがその対処に当たり、1608年にコモン・ロー裁判所とウェールズの裁判所が管轄争いを起こすと、自分達の権利を声高に主張するコモン・ロー裁判所を非難、ベーコンの影響を受けたジェームズ1世が1610年に各裁判所へそれぞれの管轄を保持することと自重を呼びかけ、事態の収拾を図った。一方でコークの学識を高く評価していたため引き続き裁判官として重用した。
1613年、王座裁判所首席裁判官(英語版)トマス・フレミング(英語版)の死亡で民事高等裁判所から王座裁判所へ異動となったが、何とかコークを翻意させようと彼とジェームズ1世との接近を計画、加えて実入りの良くない王座裁判所への異動で懲罰を対外的に印象付けることも図ったベーコンがジェームズ1世に進言した結果だった。なお、コークの異動で玉突き人事が行われ、民事高等裁判所首席裁判官にはコークの後任の法務長官ヘンリー・ホバート(英語版)が、法務長官にはベーコンが就任した。
しかし、王座裁判所首席裁判官になってもコークは態度を変えず、ジェームズ1世・ベーコンとの対立を継続していった。サマセット伯ロバート・カーの殺人事件裁判ではコークとベーコンは協力したが、裁判官は国王の擁護者と考えるベーコンと国王と人民の間の調停者と考えるコークの思想は相容れず、ジェームズ1世の裁判官への干渉に対する抗議も重なり、大法官でベーコンと連携したエジャートンとも対立を深めていった。裁判所の管轄争いも国王大権と裁判所の対立と問題が拡大、1616年にジェームズ1世により王座裁判所首席裁判官を罷免された。