フェルディナンド・マゼラン
マゼランの死後、艦隊はマゼランの親族に当たる者を後継の指揮官にしていたが、後継の指揮官を含め艦隊幹部多数がセブ王に殺される。
アントニオ・ピガフェッタの記録やトランシルヴァーノの調書によれば、マゼランの死後、負傷したエンリケは通訳の仕事を放棄して艦内で横になっていた。マゼランの後を継いだ艦隊の指揮官は仕事を放棄しているエンリケを
と脅し、エンリケはセブ王の元に使わされた。
戻ってきたエンリケは艦隊首脳に「セブ王が宴会へ招待」の報をもたらしたが、宴会に出席した艦隊首脳24人のほとんどが殺されることとなってしまった。ピガフェッタや同行の乗組員の推測ではエンリケがセブ王と謀って、マゼランの遺書ではエンリケはマゼランの死後には解放されるはずなのに遺書を無視して自分の解放を認めようとしなかったマゼランの後継者に復讐を遂げたのだとされている。その後のエンリケの消息は分かっていない。
大幅に人員が減り3隻の運行が難しくなった艦隊はコンセプシオン号を破棄、残るトリニダード号とビクトリア号は迷走しながらも1521年11月8日香料諸島にたどり着く。香料諸島では王の厚遇を得て大量の丁子(クローブ)を積むが、丁子を積みすぎてトリニダード号は浸水。
アルボはビクトリア号の航海長:航海日記であるだけに客観的な記録である。航路などのデータに関してはピガフェッタより信頼されている。
マゼランの艦隊は、太平洋の真ん中で食料が尽き、訪れた上陸先で手に入るもので間に合わせるしかなくなった。彼らの寄港地はパタゴニア以外はほとんどは熱帯であり、食料は豊富であったが、保存がきく食べ物は米くらいしかなく、アジアから喜望峰経由で帰国するインド洋と大西洋の航海ではピガフェッタらのビクトリア号の食料は米ばかりであった。その米も途中で尽き香料諸島を出発した時には60人いたビクトリア号の乗組員だが、半数以上は航海途中で壊血病と栄養失調で死んでいる。
船室について、船長や副長など指揮官クラスは船室を与えられていたが、一般の乗組員には特に乗組員用の船室はなく、暖かいときは甲板で、寒いときには荷物を積んだ船倉で荷物の間にスペースを見つけて休んでいたらしい木造の船で各種の荷物を満載した船では油虫やネズミも発生する。体を洗う設備もなく、海水を汲み上げて体や衣服を洗っていたが、着替えが沢山あるわけでもなく、石鹸も無い環境ではシラミに悩まされ、悪臭が常にまとわり付いていたと思われている。
トイレについて、大航海時代の船には特にトイレはなかった。排泄は舷側から海上に張り出した箱のようなものを使用していたが、その箱は真ん中が抜けていて真下は海である。直接、海に落とすわけである。しかし小さな船ではそれさえなく、ロープにつかまり舷側から尻を海側に突き出して排泄したらしい。嵐の中では海上に張り出した底の抜けたような箱を使ったり、ロープにつかまって尻を海上に突き出すような排泄はできず、船倉は悪臭が漂うことになる。
航海中の勤務は3交代、日の出から日没まで、日没から夜半まで、夜半から日の出までの3組に分かれて勤務に就いた。また、長期間の航海で傷んだ船は、陸に引き上げ横倒しにして船底の保守も必要であった。