日本とホンジュラスの関係
1935年2月に両国の間に外交関係が樹立し、樹立後まもなくは在メキシコ日本帝国公使館が在ホンジュラス日本帝国公使館を兼轄していた。しかし、第二次世界大戦により1941年12月に外交関係が絶たれ、公使館も閉鎖。国交が復活したのは両国ともにサンフランシスコ平和条約への批准を終えた1953年10月であった。戦後しばらくは戦前に続いて在メキシコ日本国大使館が在ホンジュラス日本国公使館を兼轄しており、1967年には相互に公使館から在ホンジュラス日本国大使館に格上げと、東京での駐日ホンジュラス大使館の設置が行われた。1971年には兼轄が解消され、テグシガルパに在ホンジュラス日本国大使館の実館が開設された。日本が経済大国として復興して以降はODAを通じて交流が進んでいる。
1998年、カリブ海で発達したハリケーン・ミッチは、レベル5の勢力を保ったままホンジュラスに上陸し、死者6,600人・行方不明者8,052人・負傷者11,762人・被災者140万人・避難民213万人・被害総額40億ドルという甚大な被害をもたらした。この被害は、隣国ニカラグアやグアテマラ、エルサルバドルなどを大きく凌ぐものであった。ホンジュラス政府(スペイン語版)は正式に日本政府に援助を要請し、これを受けて日本は人道援助のため国際緊急援助隊として初となる自衛隊の医療部隊をホンジュラスに派遣している(自衛隊ホンジュラス派遣)。
ホンジュラスの2019年対日貿易は輸出が64.63億円に対し、輸入が93.36億円とホンジュラスの赤字になっている。主要品目は輸出品がコーヒー、衣類、メロン、エビなどであり、特にコーヒーは2017年には4643トンを日本に輸出している。日本にとってホンジュラスは第十位のコーヒー輸入先であり、重要なコーヒー供給国である。ただし、輸入量は2000年の時点で16681トン、2015年の時点で6020トンと年々減少しており、コーヒー輸入におけるホンジュラスの重要度は下がりつつある。一方、ホンジュラスは日本から主に自動車を輸入している。
日本は2018年までに累計1700億円以上の経済支援を行ってきた。日本はカナダ、アメリカ合衆国、スペイン、スイスに次ぐ主要なホンジュラス援助国である。支援内容としては、ホンジュラスは首都テグシガルパ周辺や第二の都市サン・ペドロ・スーラ周辺と、それ以外の地方に大きな教育・経済・インフラ格差が存在するため、地方整備が重点的に行われている。そのほか、ホンジュラスは国土の8割が山岳でありハリケーンなど自然災害に脆弱という特徴がある事から、同じく山地が7割を占める日本が培った防災技術が提供されている。また、ホンジュラス経済はコーヒーやバナナなど一次産品への依存度が高い。これを解消する為の観光業、海外製造業の誘致などにも日本は積極的に協力している。