ぷよぷよ通
1994年12月16日発売。当時の携帯機のハード的制約により、先述のアーケード版やメガドライブ版から一部の内容を変更する形で移植された。ひとりでぷよぷよではキャラクター紹介文やボイス、敵キャラクター固有の思考ルーチンが無く、予告ぷよが前作同様に岩ぷよまで、各階のノルマ設定がアーケード版と異なっている。全機種の中で唯一最終ステージにマスクドサタンが登場せず、サタンさまで固定されている。プレイレコード画面も大幅に短縮されており(キャラクターごとのスコア、タイム表示が省略)、前作にあったネームエントリー(ランキング)も廃止されている。通信ケーブルを使用することによって、人間2人とコンピュータ2体が戦う擬似的なものであるものの「みんなでぷよぷよ」を搭載し、家庭用では初めて4人対戦形式のモードを収録した機種である。タイトル画面BGMの「テーマソングだよぷよぷよ通」に前奏が追加されている(ゲームボーイ版、ネオジオポケットカラー版、ワンダースワン版も同様)。ぷよのドットパターンは隠しコマンドを使うことで、旧ぷよのようにぷよが人型になるなど4種類から変更できる。「ふたりでぷよぷよ」のハンディキャップ設定は本機種独自のもので、激甘では2色になる。
2013年12月25日にはニンテンドー3DS向けのバーチャルコンソールにてゲームギア版が配信開始。ローカルプレイによって2人対戦プレイやコンピュータを加えた擬似4人対戦プレイをする機能が追加された。
2020年10月6日発売の復刻系ゲーム機・ゲームギアミクロ(の一つ「ブラック」)には、プリインストールされる4ソフトのひとつとしてゲームギア版が収録されている。こちらはハードの制約によりマルチ対戦プレイは出来ず、1Pプレイ専用となっている。
なお、海外でも日本版がそのまま配信されている。
さらに、1996年2月以降発売のスーパーファミコン用ソフトの一斉価格引き下げに伴い、発売から3ヶ月後の1996年3月8日には新要素を追加したマイナーチェンジ版である『す〜ぱ〜ぷよぷよ通リミックス』が発売。セガサターン版とは対戦順が異なる「通モード」が追加され、「やさしいぷよぷよ」は3つのコースに分割されたが、どちらも新規の漫才デモは追加されておらず、通モードには漫才デモが全く存在しない。また、敵キャラクターの思考ルーチンが一部変更・調整されている。無印版の『おぷしょん』の隠し要素は最初から解禁され、さらに整理や追加、入れ替えや仕様変更などがされた。「ふたりでぷよぷよ」ではハンディキャップがメガドライブ版と同様のものに変更された上で「大会モード」が追加され、「みんなでぷよぷよ」ではモード専用のオプションが追加されてマルチタップがなくてもコマンド不要で最初からコンピュータと擬似対戦が可能となり、「とことんぷよぷよ」では連鎖のデモンストレーションが追加されている。BGMもほとんどが作り直されており、大幅なアレンジがされていた無印版に対して『リミックス』の方はアーケード版に寄せて作られている。また、無印版では未使用だったアーケード版やメガドライブ版などでノーマル・モードのエンディングで使われていた「エンディングだよぷよぷよ通」を新たに収録し、ノーマル・モードの通常のサタンエンディング及び通モードのエンディングで使われた。ボイスは基本的に無印版と同様だが、アルルの声がやや高く変更されている。 こちらもサテラビューにて体験版が配信され、製品版の「みんなでぷよぷよ」をベースにしたCPUも混ぜての4人対戦をプレイできた。
『セガエイジス2500シリーズ Vol.12 ぷよぷよ通 パーフェクトセット』として、2004年5月24日に発売。スリーディー・エイジスが開発した本作はプレイステーション版『決定盤』のリメイク移植であり、キャラクターの顔グラフィックや対戦中の背景がWindows 95版とほぼ同じものに変更されたほか、漫才デモ用のグラフィックや背景も描き直され高解像度になっている。キャラクターの声優も一新されており、漫才デモの内容やアニメムービーの変更は一部に留められている。また、先述通り新録のなぞぷよモードはゲームギア版『なぞぷよ』および『なぞぷよ2』に収録された問題300問の移植である。BGMはPS版(なぞぷよ関連・勝利時のBGMはWin95版)からの流用だが、エンディング(スタッフロール)と漫才デモのBGMは、本作オリジナルのBGMに差し替えられている。さらに、ルール説明のBGMや通モード後半の曲など、一部のBGMは後半部分がカットされ、短縮されている。また、元々は通モード専用だった延長戦キャラクター用のBGMが、ノーマル・モードの延長戦でも流れるようになった。『おぷしょん』の内容はPS版とほぼ同一であり、PS版と同じくBGMをPSアレンジ版とアーケード版を「おぷしょん」で切り替えることが出来る。購入特典として、当時の設定資料や開発者のコメントが掲載された特製ルーズリーフ型ライナーノートを同梱。ゲームとは直接関係ないおまけ要素として、『セガエイジス2500シリーズ』のVol.1からVol.11までの作品のPVが収録されている。
ゲームボーイ版は『ぽけっとぷよぷよ通』として1996年12月13日発売。基本システムはスーパーファミコン版『リミックス』をベースとしているが、画面デザインやイラストなどは新規のものとなっており、漫才デモや紹介文やボイスなどは無い。ひとりでぷよぷよのふつう(ノーマル・モード)は、他機種ではカーバンクルが塔の階をだるま落とししていく演出なのに対し、ゲームボーイ版では塔をそのまま登っていき、塔の内部で敵と戦うような演出がなされている。それに伴い、ノーマル・モードにおけるエンディングの展開が他機種版とは異なっている。BGMは基本的にゲームギア版に準拠しつつ、若干音数を増やしたアレンジとなっている。 同作はスーパーゲームボーイに対応しており、SGB使用時はぷよに色を付けることもできるが、色を付けた場合はぷよの形状が全て同じ円形になる。通信対戦ではゲームギア版と同様にコンピュータ2体を交えた「みんなでぷよぷよ」も選択できるほか、通信機能をオフにしてコンピュータと擬似対戦したり、コンピュータ同士を戦わせることも可能。また、続編の『ぽけっとぷよぷよSUN』および『ぽけっとぷよぷよ〜ん』との通信対戦も可能となっている。 2000年9月1日にはニンテンドウパワーでも配信されたが、このバージョンではAct Against AIDSのロゴとタイトルの版権表示が『ぽけっとぷよぷよ〜ん』と同じものに変わり(版権表示にはセガの社名と2000の表記が加わっている)、ひとりでぷよぷよの対戦前のアルルの顔アイコンがとことんぷよぷよのグラフィックに似せたものに変更されている。