SRタンパク質
SRタンパク質がRNA転写産物の選択的スプライシングを開始する最初の段階は、RNAポリメラーゼIIの大サブユニットのC末端ドメイン(CTD)への結合である。CTDは、YSPTSPSの7ペプチドからなる保存されたリピート配列で構成される。RNAポリメラーゼIIのCTDのリン酸化状態は転写の状態によって異なる。転写開始前はCTDのリン酸化レベルは低いが、その後の開始と伸長過程の間に高リン酸化状態となる。SRタンパク質のRSドメインは転写伸長中の高リン酸化状態のCTDと相互作用する。
P-TEFbキナーゼがRNAポリメラーゼのリピート配列の5番目と2番目のセリン残基(Ser5とSer2)をリン酸化すると、RNAポリメラーゼIIは開始過程から伸長過程に移行する。P-TEFbのキナーゼ要素で、Ser2のリン酸化を行うCDK9とSRタンパク質が相互作用を行う。SRタンパク質がRNAポリメラーゼIIに配置されることにより、SRタンパク質は新生RNA鎖を「見る」ことができるようになる。その後、SRタンパク質はRNAポリメラーゼIIからpre-mRNA転写産物へ移動する。
新生RNA転写産物に移動すると、SRタンパク質はスプライソソームの形成を促進する。SRタンパク質はU1 snRNPとU2AF(英語版) snRNPの新生RNA転写産物への結合を促進することでスプライソソームの形成を開始する。SRタンパク質は、U2によるイントロンの分枝部位(branch site)の認識と結合も助け、その後のU4/U6、U5 snRNPのリクルートも助ける。
SR1タンパク質は選択的スプライシングにおけるスプライス部位の選択に重要である。