Halo: The Fall of Reach
その後、適正したスパルタンたちはUNSC海兵隊たちとも軍事演習などを行うようになり、そのスパルタングループのリーダーであったジョンは、海兵隊員にも階級名である「マスターチーフ」として広く知られるようになる。
そして2525年。遠方の植民地惑星である「ハーベスト」の連絡が途絶え、UNSCは調査部隊を派遣する。しかし部隊はほぼ壊滅、生き残りによれば「人類以外の知的生命体から攻撃を受けた」とのことだった。やがてこの生命体は神との契約者を自称する「コヴナント」というエイリアン連合軍だということが判明し、これにあわせスパルタンも最新鋭の戦闘服である「ミョルニル・アーマー」を装備。徐々に最前線に借り出されることとなる。
スパルタンは大変優秀だったが、結局UNSCは宇宙での戦闘にことごとく敗北を重ね、人類は植民地を次々と失っていた。そこで、UNSCのプレストン・コールは「地球の位置をコヴナントに絶対に知らせてはならない」という『コール議定書』(Cole Protocol)を発令。議定書の内容は、
「たとえコヴナントから狙われないような船であっても、絶対に地球に向かってはならない」
「万が一敵に拿捕されそうになった場合、情報漏洩防止のため艦長は船を自爆させなければならない」
「AIをはじめ、地球に関する情報につながるものはコヴナントに渡してはならない」
というものであった。