レナード-ジョーンズ・ポテンシャル
レナード-ジョーンズ・ポテンシャルに関して得られている結果を、適切な ε {\displaystyle \varepsilon } および σ {\displaystyle \sigma } (還元単位のセクション参照)を使うことでスケールして利用することができる。一般に、レナード-ジョーンズ・ポテンシャルのパラメータ ε {\displaystyle \varepsilon } および σ {\displaystyle \sigma } を実在の物質の任意の性質についてフィッティングで決定できる。ソフトマター物理では気液相平衡あるいは臨界点の実験データをパラメータ決定に使うことが多い。固体物理学では圧縮率、熱容量または格子定数を使うことが多い。
細長く複雑な分子の構成ブロックとしてレナード-ジョーンズ・ポテンシャルを使う方法(2)はもっとずっと洗練されている。 これにより、分子モデルはこの特定の分子についてだけ適用できるものになる。この分子力場の開発アプローチは今日ではソフトマター物理およびそれに関連する分野である化学工学、化学、および計算生物学で実施されている。たとえば TraPPE力場、OPLS力場、および MolMod力場 などの数多くの分子力場がレナード-ジョーンズ・ポテンシャルに基づいている。固体材料の最先端のモデリングでは、もっと精巧な多体ポテンシャル(たとえばEAMポテンシャル)を使う。
この方法を使って、実質的に全ての分子およびイオン性粒子に対する(「力場」と呼ばれることもある)分子モデルを構成できる。
方法(1)で利用する場合、分子モデルで使えるパラメータはレナード-ジョーンズ・ポテンシャルのパラメータ ε {\displaystyle \varepsilon } および σ {\displaystyle \sigma } だけである。これらの値として例えばアルゴンでは ε / k B = 120 K {\displaystyle \varepsilon /k_{\mathrm {B} }=120\,\mathrm {K} } および σ = 0.34 n m {\displaystyle \sigma =0.34\,\mathrm {nm} } がよく使われる。 この方法が良い近似となるのは明らかに球状または単純な分散力で相互作用する原子または分子だけである。レナード-ジョーンズ・ポテンシャルを直接利用する方法(1)では、このポテンシャルに関する理論やシミュレーションの結果を直接利用できるという利点がある。