新水俣駅
待避列車と折り返し列車は副本線である11番線を使用する。副本線は上り本線側に設置されているが、駅前後に存在する渡り線を介すことで上下線どちらからでも入線することができる。現在は臨時列車の一部が当駅で通過列車の待避を行うが、定期列車では当駅で待避を行う列車は設定されていない。
かつては鹿児島中央方面へ当駅始発・終着の列車が早朝・深夜に1本ずつ運行 されていたが、2011年3月12日の九州新幹線全線開業に伴うダイヤ改正で熊本発着となり現在は当駅発着の列車は設定されていない。
2016年4月14日から16日にかけて発生した熊本地震では新玉名駅 - 新水俣駅間が被災して特に熊本駅 - 新八代駅間で列車脱線や大規模な施設の損傷が発生し、熊本駅 - 新水俣駅間が長期間運転不能になった。このため暫定措置として、4月19日から全線で運転を再開した27日まで当駅 - 鹿児島中央駅間で運転本数を大幅に減らした暫定ダイヤで折り返し運転を行い、約5年ぶりに当駅折り返し列車が運行された。この間の暫定ダイヤでは全列車つばめ号で運行され、当駅は全列車とも11番線を使用しての折り返し運転が行われた。
島式ホーム1面2線を有する地上駅で無人駅となっている。駅番号はOR12。ホームへは構内踏切を介して出入りする。独自の駅舎はない。ホームはかなり狭い上に貨物列車が通過するため転落防止柵が設置されている。またホームの狭さや踏切動作などの関係で、事故防止のため上下線とも通過列車の最高速度が40km/hに制限されている。
当駅のホームは3両編成分の有効長があるが、出水 - 八代間は3両編成の列車が設定されなかったため、3両ゾーンは駅開業以来長らく使用されていなかった。その後2018年3月11日と12日にくまモン3号ラッピング車両の完成と、くまモン生誕祭に合わせた3両編成の特別臨時列車が出水 - 八代間で各1往復ずつ運行され、この時に3両ゾーンが初めて使用された。
■肥薩おれんじ鉄道線 津奈木駅(OR11) - 新水俣駅(OR12) - 水俣駅(OR13)
1968年(昭和43年)9月19日:日本国有鉄道の初野信号場として開設。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化により、九州旅客鉄道(JR九州)の信号場となる。
2004年(平成16年)3月13日:九州新幹線の新八代駅 - 鹿児島中央駅間が開業し、新幹線駅を新水俣駅として新設、JR九州の駅となる。鹿児島本線の八代駅 - 川内駅間がJR九州から肥薩おれんじ鉄道に移管され、駅に昇格。初野信号場から新水俣駅に改称される。
2019年(令和元年)10月1日:肥薩おれんじ鉄道で駅ナンバリング導入に伴い肥薩おれんじ鉄道線ホームの駅名標を更新。英語表記を「Shin Minamata」から新幹線ホームと同じ「Shin-Minamata」に変更。