Java Runtime Environment
Javaアプレットなど、一部のソフトウェアコンポーネントは古いバージョンのJDK/JREにしか含まれておらず、新しいバージョンのJDK/JREでは利用不可能であるものもある。JavaFXのように、かつてJDK/JREに標準で含まれていたものの、のちに分離・独立して個別提供されるようになったコンポーネントもある。
Java 10までのJREにはJava Web Startも同梱されていた。インストール時にMozilla Firefox、Opera、Internet ExplorerなどのウェブブラウザにJava Plug-inをインストールするかどうかを尋ねられる。これはブラウザでJavaアプレットを動かし、Java Web Start対応Javaアプリケーションを起動できるようにするために必要なものであり、単純にFlashをブラウザ上で直接実行したり、ブラウザ外部のメディアプレーヤーを起動したりといったものと同じプラグインの一種である。
JREのアップデートには、旧バージョンを削除しないものがあった。セキュリティホールが発見されている、あるいはサポートが終了している旧バージョンのJava (JDK/JRE) をシステムに残しておくと、重大なセキュリティリスクが生じるため、旧バージョンを手動で削除することが強く推奨されている。