イスラーム教徒による宗教的迫害
他の信仰への共存のために用いられるコーランの節、イスラーム法規定、ハディースなどは様々である。
元来イスラーム政権下に於いてイスラーム以外の信仰を信ずるものは、ユダヤ教徒・キリスト教徒など同系の宗教を信じる『啓典の民』とそれ以外に分けられた。啓典の民にはイスラームへの改宗とジズヤの支払いを条件にズィンミーとして一定の権利を認めるのがごく初期のイスラーム政権のあり方であったが、実際にはすぐにそれ以外の信仰を持つ者に対してもズィンミーとして信仰を許容することになり、生命権・財産権や信教の自由を保障された。このことから古典イスラーム法を直接現代に適用した場合、少なくともイスラーム以外の信仰を持つ者に対し保護を行い共存することは正当化しうるとされる。
また一部の原理主義者は、より厳しい異教徒観を持っており、無神論者や多神教徒はズィンミーとなる権利すらなく排斥するのみとする意見もある。更にユダヤ・十字軍に対する聖戦のための国際イスラム戦線やジハード団のようにキリスト教徒・ユダヤ教徒に対しても排斥を訴えるグループもあり、この場合ジハードの教義を持ち出し、「パレスチナで虐殺を続けるイスラエルとアメリカのイスラム世界への圧迫はキリスト教徒とユダヤ教徒のイスラム世界への侵略に他ならないとして」、その主張を正当化している。
シク教徒やバハイ教徒を弾圧する際には『ムハンマドは最後の預言者である』という教理を教条的に解釈し、両教はムハンマド以降に発生したために偽預言者の教えであるとして正当化を計るとされる。
しかし、6代皇帝のアウラングゼーブは熱烈なスンナ派ムスリムで、イスラームへの信仰と異教徒への敵意からヒンドゥー教やシク教など他宗教に対する迫害を開始した。
ヒンドゥー寺院の破壊、寺院の新築・修繕の禁止、宗教教育の禁圧、ジズヤの復活などを行い、結果として帝国内の多くの非ムスリムがイスラム教へと改宗した。アウラングゼーブの政策は結果として、マラーターの指導者シヴァージーをはじめとする非ムスリムの反乱を呼び起こし、ムガル帝国の衰退の主因となった。
とはいえ、アウラングゼーブは軍事力においては死ぬまでヒンドゥー教徒に頼り続けなければならなかった。なぜなら、帝国軍の大部分の兵士や軍司令官さえもが、帝国の民族構成上ヒンドゥー教徒でだったからである。