遠国奉行
相模側の警備は、浦賀奉行を中心として、川越藩(非常時には小田原藩も)が援護することとなった。
役高は1,000石で、役料500俵を支給された。嘉永6年(1853年)の黒船来航以後は、重要性が増し、2,000石高となる。慶応3年(1867年)には、従来の足高、役知、役料、役扶持を中止して、役金として1,500両が支給された。
幕末期には外国との交渉の窓口となった。天保13年(1842年)-天保15年(1844年)及び嘉永7年(1854年)-万延元年(1860年)にかけては外国船の来航に備えて下田奉行も再置され、この期間には浦賀・下田の両奉行所が並存していた。主として陸奥会津藩士が赴任した。
浦賀奉行定員数
享保5年(1720年) - 文政2年(1819年)、1人
文政2年 - 天保13年(1842年)、2人
天保13年 - 弘化元年(1844年)、1人
弘化元年 - 文久2年(1862年)、2人
文久2年 -、1人
後期幕領期には箱館通宝の発行が行われ、前期同様道路開削も行われた。また蝦夷地で流行する疱瘡対策として土人への種痘なども行った。ちなみに土人とは、「土地の産物」を意味する「土産」と同様、当時「土地の人」や「土地で生まれ育った人」の意味で用いられた言葉で、蝦夷から改称当時の呼称。いまでいう「地元の人」的な意味合いの漢語である。
幕末の箱館開港を機に、乙部村以北と木古内村以東の和人地と全蝦夷地(北州)が再度上知され、安政3年(1856年)再び箱館に箱館奉行が置かれる。開港地箱館における外国人の応対も担当した。定員は2 - 4名で、内1名は江戸詰となる。役高は2,000石で、役料1,500俵、在勤中の手当金700両が支給された。支配組頭に任ぜられた向山源太夫は樺太の調査を行い、その帰途に病死している。このとき配下の松浦武四郎も同行。安政4年(1857年)には、村垣範正が着任、桑田立斎ら種痘の出来る医師が派遣され、アイヌの間で蔓延する天然痘の対策をおこなった。また、村垣は樺太における国境の交渉に備え、日本の行政の北限の確認をおこなっていたが、安政2年(1855年)締結された日露和親条約では、国境は棚上げ先送りとされている。奉行所は、最初は前回同様宇須岸館跡に置かれたが、元治元年(1864年)奉行所を五稜郭へ移転した。このころ、アイヌの呼称が「蝦夷」から「土人」に改称された。