伊賀上野駅
32系統(諏訪・予野線) 上野市駅(※1便のみ「治田西口」まで延長運行) / 諏訪下出
71系統(上野名張線) 名張駅前
V 関西本線 佐那具駅 - 伊賀上野駅 - 島ケ原駅
駅舎は2番ホーム側にあり、島式ホームへは跨線橋で結ばれている。
2・3番のりばの信号機は片方向しか設置されていないため、逆線入線ができない。4番のりばの信号機は両方向に設けられているため、両方向とも入線・発車をすることができる。
4番のりばは当駅始発の加茂方面行きや一部の亀山方面行きが使用する。
伊賀鉄道ホームの駅名標はJR仕様と同じ物(関西本線のラインカラーが入ったもの)が使われており、JRロゴが入っている。