メリーランド方面作戦
9月16日、マクレランは、シャープスバーグ近くのアンティータムクリークの西に防御戦を布いているリー軍と向かい合った。9月17日の夜明け、北軍ジョセフ・フッカー少将の第1軍団がリー軍の左翼に強力な攻撃を仕掛け、流血の多い戦いが始まった。ジョセフ・K・マンスフィールド少将の第7軍団がフッカーの支援に加わり、ミラーのトウモロコシ畑やダンカー教会近くの森を攻撃と反撃が行き来した。北軍エドウィン・V・サムナー少将の第2軍団によるサンケン・ロード(窪んだ道、ブラッディ・レーンともいう)に対する攻撃は、南軍の中央を突き破ったが、この利点もうまく利用されなかった。午後に入って、バーンサイドの第9軍団がアンティータムクリークに架かる石橋を渡り、南軍の右翼に回り込んだ。この絶体絶命の時に、南軍のA・P・ヒルの師団がハーパーズ・フェリーから到着して反撃を掛け、バーンサイド隊を撃退してリー軍を崩壊から救った。リー軍は勢力比で1対2と劣勢だったが、その全軍を駆使したのに対し、マクレランは使える6個軍団のうち4個軍団のみを使っただけだった。このことで、リーは柔軟に旅団単位で戦場を動かし、北軍の個々の攻撃に対応させた。夜の間に両軍ともその戦列を立て直した。この日一日で北軍の損失は12,401名、全軍に対して25%だったのに対し、南軍の損失は10,318名、全軍に対し31%となり、ひどい打撃になっていたが、リーは9月18日もマクレラン軍と小競り合いを続け、その間に負傷兵をポトマック川の南に輸送させた。マクレランは攻撃を再開しなかった。夜に入って、リーはボロボロになった北バージニア軍にポトマック川を越えてシェナンドー渓谷への撤退を命じた。
この時点まで、アメリカ連合国は武力侵略の犠牲者であり「外国の侵略」に対して単に自国を防衛していると主張していた。デイヴィスはこの時も自国防衛のための戦争を遂行していると説明した。「征服の意図は無い」と付け加え、侵攻はリンカーン政府に南部との休戦を強制するための攻勢に過ぎないとしていた。「我々は戦争の局面を、執拗にまた明らかに目的のない敵意をもって我々を脅かす敵の領内に移すことで我が国を守ろうとしている。」
デイヴィスの声明書案は将軍達が独自の声明書を発行した後で届いた。将軍達はそれら境界州に征服者としてではなく、解放者としてやってきたことを強調したが、デイヴィスが望んだような南部戦略の変換という大きな問題は伝えなかった。リーの声明書はメリーランド州の市民に対して、「南部の諸州に対して強い社会的、政治的および経済的結びつきで同盟する州の市民に降りかかってきた悪に対して深い同情の心を持って」やってきた。...「外国のくびきを取り去ることを助け、再び自由人として不可分の権利を享受できるようにするために」と訴えていた。
侵攻の報せは北部に恐慌をもたらし、リンカーンは素早い行動を起こすことを強いられた。ジョージ・マクレラン少将は半島から帰って以来軍事拘置所に入っていたが、リンカーンはワシントン周辺の全軍指揮官としてマクレランを復帰させ、リー軍への対処を命じた。