富知六所浅間神社
しかしその影響勢力は時代により偏移があり、駿河侵攻後に武田氏が同地を支配すると、武田信玄は元亀元年(1570年)に別当職を東泉院に代え久能寺に与えている。これは久能寺による「武運運長久之祈念」に対する恩賞として与えられたものであった。
しかし武田氏滅亡から小田原征伐を経て徳川家康の関東移封を迎えると、駿河国は豊臣秀吉の影響下に入る。その際東泉院は天正18年(1590年)に別当領190石を安堵され、この190石は六所宮を含む下方五社の神領であることから、六所宮は再び東泉院の勢力下に戻っていたとされる。しかし慶長5年(1600年)の朱印状では190石が安堵されているのは東泉院ではなく久能寺の院家の1つである智勝坊であり、再び久能寺の勢力下に収まっている。またこの智勝坊は東泉院より東泉院領および富士下方別当職を譲り受けることになり、それ以後六所宮は久能寺の勢力下であった。
『延喜式』神名帳中の駿河国富士郡の式内社として「富知神社」とあり、当社はその論社とされる。