ゴジラvsデストロイア
人間とデストロイアの戦闘シーンは20日間かけて撮影され、そのうちゆかりのシーンは4日間であった。ロケはテレコムセンターで行われたが、すべての撮影をロケで消化することは時間的に難しいため、埋立地に2階建てのバラックを8棟建てて工事現場に見立て、その一部をセットにも持ち込んでいる。建物内のロケは、東京工科大学やニューステージ横浜など複数の建造物を用いている。
VSシリーズでは初の海外ロケとなる香港でのロケが行われたが、ゴジラの登場シーンや人物は合成によるものである。プロデューサーの富山はゴジラの海外上陸展開に慎重な意見であったが、未制作企画『ミクロスーパーバトル ゴジラvsギガモス』(1991年)のころから海外上陸案を検討していた特技監督の川北はこれを押し切る形で実現させた。
辰巳によれば、船上のシーンでは風が強く、髪や食器を固定して撮影するなど苦労したという。
ヘリコプターのシーンでは、小高は舞台でフライングを経験していたこともあり高所恐怖症を克服しこれまでの撮影で一番快感であったと述懐しているが、大沢は初めてヘリに乗ったためパニック状態になってしまったといい、着地後に予定とは反対方向へ走ってしまいNGを出していた。