秋田内陸縦貫鉄道
また、内陸線の安全対策工事費などの補助金を国から得て、2009年度から事業を始め、内陸線の老朽化した橋やトンネル、線路の改修、車両の修理に充てることとなった。
2009年6月30日に行われた取締役会にて、同日付けで任期満了となり社長を退任する岸部陞(当時、市長は退任していた)の後任として、田沢湖高原リフト社長の若杉清一が選定され、同社としては初の民間からの登用となった。
2011年9月より、一身上の都合で辞意を表明していた若杉の後任となる社長を公募。応募者計63名の中から一時審査(書類選考)を通過した11人(うち1人は辞退)が11月14日の個人面接(10人)に臨み、同日の臨時取締役会で神戸市在住の酒井一郎が新社長に選ばれた。
2012年、阿仁合駅のレストラン「こぐま亭」の直営化、急行の1両普通車両化、各駅停車2往復減便などで赤字額を1億9500万円に抑え、県の存続基準2億円を下回り、存続が延長されたが、2015年度の赤字額が3年ぶりに2億円を超える見通しとなった。
2013年、平成25年度の赤字見込み額が1億9983万円と報道されるが、厳しい経営が続いている。
2014年6月、酒井一郎が社長を退任し、後任としてJTB東北からの出向で佐々木琢郎が社長に就任。2017年6月には同じJTB東北からの出向である吉田裕幸に交代した。沿線住民や国内旅行者に加えて、外国人観光客の利用を増やす戦略をとっている。
沿線の施設割引券がセットになっている乗車券で、沿線の温泉施設で利用証明印をきっぷに押してもらうと、復路の運賃が無料になる。対象施設など詳細は公式サイトを参照。途中下車や指定区間を越えた乗り越しはできないほか、急行「もりよし」に乗車する場合は、急行料金が別途必要。