RNAポリメラーゼI
Pol Iは14種類のタンパク質サブユニット(ポリペプチド)から構成される590 kDaの酵素で、出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeのPol Iの結晶構造が2013年に2.8 Åの分解能で解かれている。サブユニットのうちの12種類は、RNAポリメラーゼII(Pol II)やRNAポリメラーゼIII(Pol III)にも同一または対応するサブユニットが存在する。他の2つのサブユニットは、Pol IIの転写開始因子と関連しており、Pol IIIにも構造的ホモログが存在する。
リボソームDNA(rDNA)の転写は核小体に限定されており、核小体形成域には42.9 kbのrDNA遺伝子の約400コピーが縦列反復(英語版)(タンデムリピート)構造で配置されている。各コピーは、18S、5.8S、28S(英語版) RNA分子をコードする約 13.
Pol Iのプロモーターエスケープとプロモータークリアランスが起こった後もUBFとSL1はプロモーターに結合したままであり、別のPol Iを呼び寄せることができる。実際、活発なrDNA遺伝子では同時に複数回の転写が起こっている。これはPol IIによって転写される遺伝子が1度に1つの複合体とだけ結合するのとは対照的である。In vitroでは伸長過程は妨げられることなく進行するが、細胞内ではヌクレオソームが存在することを考えると、細胞内でも同様に進行するかは明らかではない。Pol Iは、おそらくはクロマチンリモデリング活性の助けを借りながら、ヌクレオソームを迂回または破壊して通過し、転写を行うようである。加えて、UBFは抗リプレッサーとしてPol Iの伸長過程を促進している可能性がある。また、付加的因子であるTIF-ICは転写速度を全体的に促進しPol Iの一時停止を抑える。Pol IがrDNAに沿って進行するにつれて、複合体の前後にはスーパーコイルが形成される。これらは、Pol IIによる転写と同様に、トポイソメラーゼIまたはIIによって定期的にほどかれる。
伸長はDNA損傷を受けた地点で中断しやすい。Pol IIによって転写される遺伝子と同様に、転写と共役した修復が起こり、TFIIH、CSB、XPGなどいくつかのDNA修復タンパク質を必要とする。