アフガニスタン・イスラム国
1994年末、主にパシュトゥーン人で構成されるイスラム原理主義民兵組織であるターリバーンはパキスタンの支援を得て南アフガニスタンで広大な地域を占領した。1995年と1996年にも進撃を続けたターリバーンは1996年9月にカーブルを占領、ラッバーニー政府やほかの反乱勢力を北に追いやり、1996年末にはアフガニスタンの3分の2を占領した。また1996年9月27日に元大統領ナジーブッラーが逮捕、公開処刑された。
ターリバーンは国名をアフガニスタン・イスラム首長国に変え、支配地でシャリーアよりも厳しい法律を敷いた。これは特に女性に悪影響を与えた(英語版)。すなわち、ターリバーンの規定では女性がブルカ着用義務を課され、屋内にとどまるよう強制され、家以外で働くことがまれな例外を除いて禁止され、女子学校が閉鎖されてほとんどの女性が教育を受けられなくなった(女性の識字率は共産党統治時期には上昇していた)。映画館、サッカースタジアム、テレビ局も閉鎖された。
また1998年2月アフガニスタン地震(英語版)が北東部でおき、4,500人が死亡した。
1998年の前半には交渉で平和合意が締結されると思われたが、北部同盟が崩壊してしまった。ターリバーンは機に乗じて攻勢を開始、州都のマイーマナ(英語版)、シェベルガーン、マザーリシャリーフ(1998年8月8日、マザーリシャリーフの戦い (1997年-1998年)(英語版)も参照)を続けざまに占領した。ターリバーンはマザーリシャリーフのシーア派市民を虐殺、さらにイランのジャーナリストや外交官8人を殺害した(アフガニスタン国内のイラン外交官殺害事件(英語版))。この行動は国際の批判を受け、ターリバーン政権とイランが戦争寸前の状態に陥った。
2001年、アメリカ同時多発テロ事件によりアメリカ合衆国と北大西洋条約機構が参戦してターリバーン政府の転覆に成功、アフガニスタン・イスラム共和国が建国された。これによりアフガニスタン暫定行政機構(英語版)が成立した。