バトルネットワーク ロックマンエグゼ3
通称「ナビカス」。今までHPメモリとバスターUPを購入・入手・拾うことからしかロックマンをパワーアップできず、元に戻せなかったが(特にバスター能力)、今作から導入されたナビカスタマイザーシステムではプログラムを収集し、それをパズル感覚で組み込むことにより、自分だけのカスタマイズができる。ナビカスタマイザーで使われるプログラムは「ナビカスプログラム」と呼ばれ、現実世界や電脳世界で拾う・購入する、スタイルのレベルを上げることで入手が可能となっている。「拡張メモリ」でナビカスの組み込む範囲が広くなり、一部のプログラムパーツはセレクトを押したままボタンを入力すればパーツを圧縮できる。
プログラミングの過程は単純である。まず最小4×4〜最大5×5マスのマス目に合わせてパズルのピースのような形をしたナビカスプログラムを組み込んでいく。一通り組み込み終わったら「RUN」を選択してプログラムを読み込ませる。その時点でエラーが出なければ完了である。ただし、下記のルールが設定されており、それを破るとバグ(デメリット)が発生する。
熱斗とロックマンの活躍でゴスペルは壊滅。夏休みも終わって新学期が始まり、熱斗たちは平穏な学校生活を送っていた。放課後、熱斗たちが公園でチャット会の打ち合わせをしていると、テンガロンハットをかぶった男が、最強のネットバトラーを決める「N1グランプリ」を開催すると話しかけてきた。その予選が秋原スクエアで行われているらしく、熱斗たちはすぐ参加を決意して、秋原スクエアへ向かった。
主人公。小学5年生。勉強は苦手だが、ウイルスバスティングの腕前はピカイチ。N(ネットワーク)12年6月10日生まれのB型。 ロックマン 熱斗が父親から貰ったネットナビ。潜在能力は未知数。
移動速度が遅くなる。バトルチップ、トップウかスイコミを使うと風に乗って砂が飛び、敵に当たるとダメージ。砂が飛ぶとノーマルパネルに戻る。この上ではバトルチップ、トルネード系(ウッドスタイルのコガラシもこれに該当)の攻撃回数が2倍になる。また、一部のウイルスの攻撃を封じる。
その他の特殊パネルについては前作の特殊パネルの項目を参照。ただし、前作にあったマグネットパネルは本作にはない。
シャドーシューズ ヒビパネルの上に乗っても穴が開かなくなる。砂パネルの影響を受けない。 フロートシューズ シャドーシューズの効果に加え、マグマ・氷パネルの影響を受けない。 カワリミマジック B+ でカワリミができるようになる。カワリミ中に攻撃を受けると手裏剣を投げて反撃。
熱斗のママ。熱斗たちがいない間も家をしっかり守っている。料理上手。
赤:ガッツスタイル、シャドースタイル
青:シールドスタイル、カスタムスタイル
緑:ブラザースタイル、グランドスタイル
灰:バグスタイル
今作の最終ボス。かつて暴走し封印されていた初期型インターネットの一部。ワイリーたちに科学省から盗まれる。ワイリーに解凍される際、各地に漏れ出した一部(プロトバグ)が世界中のネットワーク国の軍事コンピューターに侵入し軍事兵器を暴走させ混乱を引き起こした。
封印される際、光正によるプロト復活を防ぐための最終プロテクト「ガーディアン」が施されていたが、ワイリーに唆されたフォルテによって破壊され覚醒する。
プロトの内部にはプロトの影響を全く受けないエリアが存在し、過去の科学省の部屋を模した空間に光正の精神データが保存されていた。
再び電脳世界に混乱をもたらすもロックマンによってデリートされた。ナンバリングタイトルの最終ボスの中で唯一アニメ版には登場していない。