触媒三残基
トリプシンとキモトリプシンは、1930年代に初めて精製された酵素である。1950年代には、トリプシンとキモトリプシンのそれぞれのセリンが触媒的求核剤として同定された(ジイソプロピルフルオロリン酸修飾)。キモトリプシンの構造は、1960年代にX線結晶構造解析により解明され、活性部位に触媒三残基が配向していることが明らかになった。他のプロテアーゼの配列が決定され、整理されて、現在はS1ファミリーと呼ばれる関連するプロテアーゼのファミリーが明らかにされた。同時に、進化的に無関係なパパインおよびサブチリシンプロテアーゼの構造は類似の三残基を含んでいることが見いだされた。他の三残基メンバーによる求核剤の活性化のための「電荷リレー」メカニズムは、1960年代後半に提案された。1970年代から80年代にかけて、X線結晶構造解析によってより多くのプロテアーゼの構造が解明され、(TEVプロテアーゼといった)相同な三残基および類似した(パパインといった)三残基が発見された。