シャイローの戦い
ウォーレスの部隊は北軍前線の後方、ストーニー・ロンサムと呼ばれる場所にあるクランプズ・ランディング近くに予備隊として置かれていた。南軍の出現に、グラントはウォーレスに対してシャーマンを支援するよう部隊を動かせと命令を送った。ウォーレスはグラントが意図した行路とは異なる道を選んだ(後にグラントの命令には曖昧さがあったと主張した)。ウォーレスはその行軍の目的地に到着して、シャーマン軍が後退を強いられ、ウォーレスが考えていた場所にはもはやいないという事実を見出した。さらに戦線が遙か向こうに動いて、ウォーレス隊は前進する南軍の後方に出てしまったことが分かった。グラントからウォーレス隊はどこにいて、何故北軍が陣を構えているピッツバーグ・ランディングに来ないのか不思議がっているという伝令が届いた。ウォーレスは混乱した。ウォーレスは彼がその時いた場所から攻撃を掛けることができ、南軍を後から叩けると考えた。戦後、ウォーレスはもしその部隊の前進が妨害されなければ攻撃に移って南軍を破っていたかも知れないと主張した。それでもウォーレスは部隊を迂回させストーニー・ロンサムに戻った。戻るとすれば隊列の後衛が先頭になるはずだったが、ウォーレスは部隊の当初の隊形を維持させるために部隊をぐるっと回らせて行軍させるやり方を選んだ。ウォーレス部隊はストーニー・ロンサムに戻り、続いてピッツバーグ・ランディングに向かい午後6時半から7時の間にグラントがいる場所に到着した。この日の戦闘は事実上終わっていた。グラントは不機嫌であり、ウォーレスの戦闘報告書に対する所見は、ウォーレスの軍歴をひどく傷つけるだけの否定的なものだった。
4月7日、北軍は2軍が合流して総勢45,000名となった。南軍は1日目に大きな損失を受けて、その数は8,500名とされたが、落ちこぼれや脱走のために、その指揮官達の報告では残り実質20,000名に過ぎなかった。ビューエルは戦後その数字に反論し、28,000名はいたと主張した。南軍兵は南のプレンティスとシャーマンが宿営地に使っていた場所に引き返し、ポークの軍団はピッツバーグ・ランディングの南西4マイル (6.5 km)、4月5日に露営した所まで戻った。戦線は築かれておらず、いたとしても弾薬の補給はほとんど無かった。兵士達は食料、水および最も必要とする夜の休息のための待避所を探す必要性で消耗していた。
ボーリガードはこのとき勢力で負けていることに気付いておらず、攻撃を続行してグラント軍を川に追い落とす作戦を立てた。彼が驚かされたことに、北軍は夜明けと共に行動を開始し大挙して反撃を始めた。グラントとビューエルはその攻撃を別々に始めた。協働行動は師団レベルでのみ起こった。ルー・ウォーレス師団が北軍前線の最右翼で午前7時頃にティルマン・ブランチを渉って最初に戦闘に突入し、プレストン・ポンド大佐の旅団を追い返した。ウォーレス師団の左翼はシャーマン師団の生き残りであり、マクラーナンドやW・H・L・ウォレス(この時はジェイムズ・タトル大佐が指揮を引き継いでいた)の残存兵も加わった。ビューエル軍のブル・ネルソン、クリッテンデンおよびマクックの各師団は左翼に就いた。
ジョンストンは自分の足の傷が重傷ではないと考え、その個人的な軍医を他の負傷兵の手当に行かせたが、その軍医のいない間に、ジョンストンは出血多量で死んだ。その長靴は出血で溢れていた。実際に銃弾は膝窩動脈を切断していた。このことは南軍にとって深刻な損失だった。ジェファーソン・デイヴィスは、自分の手の内でアルバート・ジョンストンが最も効果的な将軍だと考えた(この時点はロバート・E・リーが南軍の傑出した将軍として浮上する2ヶ月前だった)。ボーリガードが指揮を引き継いだが、後方にいるその場所からは戦線の配置についてほんのぼんやりとした考えしか持ち得なかったと思われる。ボーリガードは軍隊の士気を失うことを避けるためにジョンストンの死を秘密にしておくことにしてその死骸を包んでおく様に命じ、続いてホーネッツネストに対する攻撃を再開させた。これは戦術的な誤りだったと思われる。北軍の両翼はゆっくりと退いてピッツバーグ・ランディングの周りに半円を描くようになっており、もしボーリガードが部隊を北軍の側面に集中させておれば、北軍を打ち破ることができ、ホーネッツネストの突出部は思いのままだったかもしれない。