ウィリアム・ペンドルトン
1861年に南北戦争が始まると、ペンドルトンは南軍に従う道を選んだ。3月16日に大尉の階級で南軍正規砲兵隊に入隊し、5月1日にはバージニア砲兵隊の大尉に選らばれた。ロックブリッジ砲兵隊と呼ばれる4門の大砲からなる隊を指揮したが、大砲に聖書の福音書に因んでマタイ、マルコ、ルカおよびヨハネと名前を付けた。7月2日、ペンドルトンは小規模なフォーリングウォーターズの戦いに参戦し、そこで「彼と彼の砲兵隊は巧く立ち回った。」7月13日、ペンドルトンは大佐に昇進し、7月21日の第一次ブルランの戦いのときは、ジョセフ・ジョンストン准将部隊の砲兵隊長を務めた。この戦闘で耳と背中を負傷した。
1861年7月から、ペンドルトンは南軍のポトマック軍砲兵を指揮し、1862年3月14日、その軍隊が北バージニア軍と改名した後もその役割を続けた。3月26日、准将に昇進した。7月3日、大砲を弾くロバに脚を蹴られ、おそらくそこの骨を折るという怪我をした。
ペンドルトンが南北戦争で最も注目されたのは1862年のメリーランド方面作戦でのことだった。アンティータムの戦いが終わった後の9月19日夜、リーはペンドルトンに殿軍の歩兵隊を指揮させ、翌朝までポトマック川の渡しを守るよう命令した。