スーパーマリオギャラクシー
青色のコメット。ステージに入ると自分の分身が現れ、自分の分身とレースをすることになる。分身よりも先にパワースターの元にたどり着かなければならない(分身が先に到達するとミスになる)。シナリオ名の頭に「追い越せシャドウ!」がつく。
スタート時に特定の操作をすると急発進でスタートすることができる。分身に触れるとスターピースが出現する(ダメージは受けない)。
また、操作キャラクターがルイージの場合は、分身が別のルートを通ったり、幅跳びなど高度なテクニックを使うようになり、レベルが格段に上がる。
ベーゴマン一族の復讐(レッドコメット) 宇宙船団の パープルコイン(パープルコメット) 宇宙船団の ゴミ捨て場にて(隠しスター) ヘルプロミネンスギャラクシー(スター×52) 溶岩と炎を纏った惑星が連なる灼熱のギャラクシー。隕石が絶えず降りそそぐこともある。ボス「ファイヤーディノパックン」が登場する。2つ目のスターのステージでは最後にタマコロを行う。 地獄の釜を かけぬけて 回避不能! メテオレイン マグマの星の ディノパックン サドンデス! 地獄の釜を かけぬけて(デスコメット) 地獄の釜の パープルコイン(パープルコメット) 満ちる溶岩 引く溶岩(隠しスター) ミステリーサークルギャラクシー(スター×50、トイボックスギャラクシーの「鋼鉄魔王メカクッパ」をクリアしている) ライトのように照らされた部分しか通れない、不思議な足場を頼りに進んでいくギャラクシー。 超空間の 示す道
一部のギャラクシーには、のりものを使ったミニゲームのようなシナリオがある。 エイ乗り エイのマンタロウに乗って水上コースを進む。Wiiリモコンを前方にまっすぐ向けて操作する。Aボタンを押すと加速し、リモコンを左右にひねるとカーブを曲がれる。リモコンを振るとジャンプする。なお、エイ乗り中はポインターは使えない(そのため、スターピースを取るにはアシストプレイを使う必要がある)。 タマコロ 巨大なボールのタマコロに乗って進む。Wiiリモコンを垂直に立てて操作する。リモコンを傾けた方向に進んでいき、傾ける角度によってスピード調整が可能。Aボタンでジャンプできる。また、クリボーなどの敵はぶつかるだけで倒すことが出来るが、少し跳ねてしまう。また、ボム兵の爆発に巻き込まれると、ダメージは受けないが大きく飛ばされる。 タマコロジャンプホール タマコロ専用の黄色い穴。タマコロがこの穴に入ると、大きくジャンプして他のエリアに移動できる。 タマコロゴールカップ タマコロ専用の青い穴。ゴール地点にあり、タマコロがこの穴に入ると、タマコロが割れて中に入っているパワースターが出てくる。 オオアワ オオアワの中に入って進む。アワの外側にポインティングし、Aボタンで空気を吹きかけて移動させる。敵や障害物にぶつかったり、動く壁に挟まれると割れてしまう。
本作のステージでは惑星という重力の働いている球状の地形、または球を元に様々なサイズ・形に加工したものが主となっており、スターリングというマリオの発射台となる星型の輪や、スターキャプチャーというポイントすることで無重力状態に浮かぶようにマリオを持ち上げるギミックなどを使用しながら、数々の惑星からなる銀河を駆け巡ってパワースターを探していく(前作『スーパーマリオサンシャイン』ではゴールアイテムが「シャイン」だったが、今作では再びパワースターに戻された。なお、パワースターを取得すればゴールとなりステージ終了)。
この球状地形は、2000年のゲームキューブの基調講演に使用された『スーパーマリオ128』から宮本茂が長年温めていたアイデアであり、本作で晴れてゲームシステムとして使用するかたちとなった。
最初に行けるドーム。基本的操作を身につけるためのステージとなっている。 エッグプラネットギャラクシー(スター×1) タマゴのような小さい惑星が連なるギャラクシー。ボスとして「ディノパックン」や「オタキング」が登場。 タマゴの星の ディノパックン 食いしんぼうに 願いをこめて UFO艦隊の オタキング タイムアタック!タマゴの星のディノパックン(レッドコメット) タマゴ星団の パープルコイン(パープルコメット) タマゴ星団の ルイージ(隠しスター) ハニービーキングダムギャラクシー(スター×3) ハニービー達が住んでいるギャラクシー。はじめてハチマリオに変身できる。ボス「クワカブトキング」が登場する。 飛べ! ハチマリオ! 物見やぐらの異変 クワカブト一族の逆襲 追い越せ シャドウ! ミツバチ王国編(シャドウコメット) ミツバチ王国の パープルコイン(パープルコメット) ミツバチ王国の ルイージ(隠しスター) トライアルサーフィンギャラクシー(スター×5) エイのマンタロウに乗って、波打つ水のサーキットを走り抜ける。エイ乗りの基本操作を学ぶのに適した作りのステージ。 レッツ サーフィン! フリップパネルギャラクシー(スター×7) 乗る度に色が切り替わる、18枚のフリップパネルで構成されたステージ。全てのパネルを黄色にするとスターが出現する。 黄色く染まれ! フリップパネル クッパJr.ロボプラント(スター×8) はじめてクッパJr.が登場するステージ。最後には巨大ロボ「メガレッグ」が待ち受けている。 三本足のデカいヤツ!
特別なパワースターの1つ。隠しスターとして3つ存在し、全て集めると、「試練の銀河」というギャラクシーが出現する。
パワースターを120個集めてクリアすると、操作キャラクターをマリオからルイージに変更してプレイできるようになる(セーブデータは同一だが、ゲームの進行状況はマリオとは別に記録される)。ルイージはマリオに比べて背が高くダッシュ力とジャンプ力に優れるが、ダッシュからの停止時に滑りやすく水中でスピンするとAIRが減るという一長一短の性能を持ち、同じステージも違った感覚でプレイできる。
なお、ストーリーやメッセージはマリオの登場する場面が全てルイージに置き換わっている以外の変更は無く、マリオ操作時にルイージが登場する場面もそのままなのでルイージが二人になっている。そのような場面では「よく似た人」「もうひとりのルイージ」といった台詞が追加されているのみで、あまり疑問視されずストーリーが進行する。