X-MEN: ダーク・フェニックス・サーガ
シューターはストーリーテリング上の観点から、次いで倫理的な観点からこの展開に反対し、エンディングを「ヒトラーからドイツ軍を没収しただけでドイツの統治を続けさせる」と例えた上で、大量殺人を犯した存在と友好関係を保つのはX-メンのキャラクターに合わないと主張した。作画のジョン・バーンとサリクラップは、ダークフェニックスはジーン・グレイに憑依した別個の存在だという認識でいたため結末に問題はないと反論した。サリクラップは映画『エクソシスト』との類似性を指摘して「あの映画では悪霊に憑りつかれた少女が出てきて人もたくさん死ぬけど、最後に悪霊が祓われたら、誰も「あの殺人鬼の子にも死んでもらわないと」とは思わない」と述べた。しかしバーンとサリクラップはストーリーを通読して、読者にはジーンが憑依されているとは見えないという点でシューターに同意した。原作者クレアモントも、ジーンが憑依されていたのか、あるいは自分の意思でダークフェニックスとして行動していたのか執筆中にはっきり決めていなかったと認めた。
シューターはクレアモントと面談し、妥協案としてジーンが永久に拘禁されるシナリオを提示した。クレアモントはX-メンがジーンの解放をあきらめないだろうからその展開は不可能だと答えた。シューターによると、フラストレーションが溜まったクレアモントはジーンを完全に死なせようと主張し始めた。
サイクロプスの精神イメージが返り討ちにされるのを見たジーンは衝撃によってマスターマインドの精神支配を脱し、自らのパワーを抑えていた最後の障壁をも打ち砕く。全容を現したパワーに飲み込まれたジーンは自己を見失い、「ダークフェニックス」と名乗る。そしてマスターマインドに怒りを向けると、テレパシーによって神の力を体験させて狂気に追いやる。さらに、ジーン・グレイという無力な人格との繋がりを断ち切るためX-メンを打ち倒し、銀河の彼方へと飛び去る。しかし、そのパワーはフェニックス自身が考えていたほど高まっておらず、宇宙飛行によりエネルギーのほとんどを使い切ってしまう。フェニックスは力を取り戻すため手近な恒星ディバリのエネルギーを吸収する。その結果ディバリは超新星爆発を起こし、星系唯一の惑星に住んでいた知的生命体を全滅させた。シーアー帝国の宇宙船が被害拡大を防ごうと攻撃を開始する。フェニックスはたやすく宇宙船を破壊するが、シーアー女帝リランドラへの緊急報告を止めることはできなかった。クリー(英語版)帝国やスクラル(英語版)帝国も含めた星間連盟の評議会が召集され、ダークフェニックスは惑星捕食者ギャラクタスにも勝る重大な脅威であり滅ぼすべきだと決議が下る。
地球では、当時アベンジャーズの一員となっていたビーストが古巣X-メンに手を貸しに来る。一方でダークフェニックスは地球に戻って両親の家を訪れ、家族に対する本来の愛情と、新たな破壊衝動との間で揺れ動く。そこに師であるチャールズ・エグゼビアが現れ、激しいテレパシーの戦いを繰り広げた末に、フェニックスの精神の中に「サーキット・ブレーカー」を作り出すことで、マーベルガールと名乗っていた頃にまで能力を低下させる。
『X-メン』第137号が刊行される直前に、当時大学生で後にフリーの原作者となるカート・ビュシーク(英語版)はファンの口コミによってその号で起きることを知った。同じく後に業界入りするキャロル・カリッシュ(マーベル社のダイレクト・セールス部門を率いた)とリチャード・ハウエル(代表作は Vision and The Scarlet Witch の作画)も同様だった。3人はまた、マーベル編集長ジム・シューターが、ダークフェニックスが犯した殺戮から免罪される形でない限りジーン・グレイを死から蘇らせてはいけないと明言したことを知った。3人は当時ファンに過ぎなかったが、これを取り組みがいのある創作課題と捉え、それぞれジーン・グレイが復活するシナリオを考え出した。ビュシークの案では、ジーン・グレイは最初の宇宙船事故以来ずっと仮死状態のままジャマイカ湾に沈んでいた。その間活動していたのは、超存在フェニックスがジーンの精神と身体を焦点として作り出した、計り知れない力を持つ複製だった。しかし複製は本体から離れるほど邪悪に呑まれていくのだった。
1983年、フリーの原作者として活動を始めたばかりのカート・ビュシークは、ニューヨーク州イサカのコミックコンベンションに赴き、マーベルの原作者ロジャー・スターン宅に滞在した。
『X-Men』が改題された『Uncanny X-Men』誌上で第168号(1983年4月)から展開されたサブプロットは、同174-175号(同年10・11月)のクライマックスにおいてダークフェニックスの転生らしき人物が発覚するという展開を見せた。このストーリーが掲載された号は後に "From the Ashes"(灰の中から)のタイトルで単行本化された。
ストーリーの中心はサイクロプスと新キャラクターのマデリーン・プライアー(英語版)である。マデリーンは民間航空会社のパイロットで、ジーン・グレイと全く同じ外見を持つばかりか、ジーンの死と同じ時刻に墜落事故に遭ったことで精神的に傷を負っていた。マデリーンはダークフェニックスへと変貌を遂げるかに見えたが、それは「ダークフェニックス・サーガ」事件でジーンから受けた仕打ちに復讐しようとするマスターマインドによる幻影だった。第175号において、ダークフェニックスの幻から解放されたマデリーンはサイクロプスとの間で、ジーンがプロフェッサーXにダークフェニックスの力を封じられたときと同じ会話を交わす。