中日本航空
2003年10月29日 - 長崎県北松浦郡の鷹島の北西約2マイルの海上で、巡視飛行中だったガルフストリームコマンダー695(JA8826)が、急患輸送で災害派遣中だった海上自衛隊大村航空基地所属のSH-60J(JN8293)とニアミスした。最接近時の水平距離は約560mで高度はほぼ同じだった。
2004年3月7日 - 長野県木曽郡南木曽町で信越放送の取材飛行を行っていたAS355F1(JA9910)が高圧送電線に接触して墜落、大破炎上した。機長、整備士、記者、カメラマンの搭乗者全員が死亡した。
2010年7月28日 - 北海道松前郡福島町の岩部岳東方でセスナU206G(JA3902)が有視界飛行中の悪天候により墜落、大破した。機長と同乗者が死亡した。
2012年 6月29日 - 静岡県榛原郡川根本町の長島ダムで中部地方整備局から運航を受託している災害対策用ヘリコプターベル412EP(JA6817)が着陸時にボルテックス・リング・ステートによりハードランディングとなった。機長が重傷、同乗者7名のうち1名が軽傷を負った。 11月19日 - 滋賀県大津市の比良山地の釈迦岳でAS332L1(JA9965)が資材輸送を行っていた際、吊り荷と地上作業員が接触して滑落、負傷した。
2017年9月23日 - 高知県北川村小島の山中で飛行中のヘリコプターから直径5 - 25センチの砕石(総重量2.7トン)が落下。運輸安全委員会は重大インシデントにあたるとして、現地に調査官2人を派遣した。