東京ヴェルディ1969
1999年10月、ヴェルディは再度東京への移転構想を発表した。「東京スタジアム」の2001年からの開業が見込まれており(なお、東京都内では東京ガスサッカー部(現在のFC東京)が「東京スタジアム」の将来利用を前提として活動)、移転後も川崎フロンターレの昇格によって等々力でJ1の試合を開催できるという環境が整い、川崎市からの移転容認も得られたが、東京移転後は等々力でのホームゲーム開催を一切認めないなど、両者の関係は冷却したままで終了することになった。ヴェルディは2001年シーズンより川崎市から東京都へホームタウンを移し、東京スタジアムをホームスタジアムとした。
クラブスローガン :「TOKYO GLOCAL STANDARD」
2012年11月25日、OBで前北九州監督の三浦泰年の監督就任が発表される。それに伴い、常盤聡、安田晃大、佐藤優也、金鐘必、関光博ら5選手が北九州からいずれも完全移籍、北九州に在籍した時に三浦監督の元でプレーした柏の福井諒司が完全移籍で復帰、北九州にレンタルしていたキローラン菜入、キローラン木鈴が復帰など北九州に在籍した選手を数多く獲得した。その他福岡から鈴木惇、清水から高原直泰が完全移籍、湘南から石神直哉が期限付きで加入。ユースからは楠美圭史、安在和樹、ポープ・ウィリアム、吉野恭平、前田直輝が昇格し、中島翔哉も正式に登録された。さらに特別指定選手だった関西学院大学の井林章が加入した。
一方、佐伯直哉、中谷勇介、木島良輔、吉弘充志、アレックス、秋葉勇志、新井章太、竹中公基との契約を更新せず、期限付き移籍だったジミー・フランサ、柴崎晃誠も所属元に復帰、磐田にレンタル移籍していた小林祐希がそのまま磐田に移籍、和田拓也が仙台、高橋祥平が大宮、梶川諒太が湘南、土屋征夫が甲府、深津康太、吉弘充志が町田へそれぞれ完全移籍した。
1993年Jリーグ開幕節(5月15日)で横浜Mと対戦、オランダ人FWのヘニー・マイヤーがJリーグの第1号ゴールを決めた(試合は1-2で敗北)。1stステージは優勝した鹿島アントラーズに次ぐ2位であったが、2ndステージは優勝した。Jリーグチャンピオンシップで鹿島を破り、初代Jリーグ年間王者となった。ナビスコ杯も2連覇を果たした。
1994年も2ndステージを制覇。1stステージ制覇のサンフレッチェ広島F.Cをチャンピオンシップで破り、2年連続の年間王者となった。ナビスコ杯3連覇を果たす。天皇杯はジャパンフットボールリーグ(旧JFL)優勝のセレッソ大阪に敗戦。
1993年から1995年のJリーグチャンピオンシップは国立霞ヶ丘競技場陸上競技場で行われた。1994年の2ndレグの試合は等々力で開催されることが一度決まっていたが、等々力は芝生の状態が思わしくなかったことや、改修工事の第2期を行うことが決まっていたこともあり、等々力での開催を返上。国立での開催を決めたが、当初予定の11月30日は翌12月1日に行われるトヨタカップのための練習を行った関係で使えず、12月2日に延期した。
1995年、鹿島からアルシンドが加入。ファーストステージは2位に終わったが、セカンドステージを制覇し、マリノスとのチャンピオンシップへ。しかし2戦とも敗れ、3連覇は達成出来なかった。
1996年、5月にはラモス瑠偉が京都へ移籍。
J1リーグ 最優秀選手(MVP) 1993年 - 三浦知良 1994年 - ペレイラ ベストイレブン 1993年 - 柱谷哲二、ペレイラ、ラモス瑠偉、三浦知良 1994年 - 菊池新吉、ペレイラ、柱谷哲二、北澤豪、ラモス瑠偉、ビスマルク、武田修宏 1995年 - 菊池新吉、柱谷哲二、ビスマルク、三浦知良 1996年 - 三浦知良 1999年 - 中澤佑二 得点王 1996年 - 三浦知良 新人王 1999年 - 中澤佑二 2004年 - 森本貴幸 フェアプレー個人賞 2000年 - 米山篤志 2004年 - 高木義成
Jリーグカップ 最優秀選手(MVP) 1992年 - 三浦知良 1993年 - ビスマルク 1994年 - ビスマルク
J2リーグ 得点王 2007年 - フッキ 月間MVP 2017年10月 - ドウグラス・ヴィエイラ 月間優秀監督賞 2021年6月 - 永井秀樹 2022年10月 - 城福浩
東京移転後は地域活動も活発に行っており、Jクラブの中でも地域活動回数はトップ。東京Vの運営会社の経営理念によると、ホームタウンは運営会社の本社がある稲城市のほか、町田市 を除く南多摩地区の日野市、多摩市、立川市、八王子市と認識しており、稲城、日野、多摩、立川の4都市は出資もしている。その他に、練馬区や、古くから準本拠地と位置付けるスタジアムのある渋谷区・新宿区(国立霞ヶ丘競技場陸上競技場周辺)、北区(味の素フィールド西が丘周辺)などで積極的にイベント・PR活動を盛んに展開している。
2010年10月29日には、羽生英之社長が「練習場の賃料が高すぎる」ことを理由によみうりランドから撤退する考えのあることを明らかにした。よみうりランドの使用料は従来年間で約3億5000万円と非常に高額で、利用料減免を受けた2010年でも約1億5000万円となお経営を圧迫していたことが理由として挙げられた。新練習場の候補としては、大株主のバディの施設がある八王子市 などが挙がっていた。
2010年12月31日、2011年もよみうりランドを練習場として継続使用することが公式発表された。なお、2011年より一部練習において多摩市立陸上競技場を使用する。
クラブスローガン :「UNITE AS 1 -Time to Go-」
城福体制2年目。コーチに和田一郎、GKコーチに白井淳が新たに加わった。
ンドカ・ボニフェイスと新井瑞希が横浜FC、佐藤凌我が福岡、馬場晴也が札幌、井出遥也が神戸、山口竜弥が愛媛、端戸仁が前年期限付き移籍していた鹿児島へ完全移籍。染野唯月が期限付き移籍期間満了により退団。高木和徹がいわき、佐古真礼が長野、石浦大雅が愛媛、持井響太が沼津、松橋優安が山口、宮本優がJFLの高知ユナイテッドSCへ期限付き移籍し、阿野真拓の福井ユナイテッドFCへの期限付き移籍期間が延長された。
新戦力として名古屋から宮原和也、秋田から千田海人、横浜FCから齋藤功佑、オランダ・エールディヴィジのスパルタ・ロッテルダムからマリオ・エンゲルスを完全移籍で、鹿島から林尚輝、福岡から北島祐二を期限付き移籍で獲得。新人選手として国士舘大学から飯田雅浩と綱島悠斗、桐蔭横浜大学から楠大樹、関西学院大学から山田剛綺、東京国際大学から佐川洸介が加入。ユースからの昇格は無かったが、4月23日にユースの大久保祐希、白井亮丞、川口和也を2種登録した。