北檜山駅
廃止時点で、単式ホーム1面1線を有する地上駅であった。ホームは線路の北側(瀬棚方面に向かって右手側)に存在した。旅客列車の発着に使用する駅舎側の本線の南側にホームを有さないかつては副本線であった側線を有し、さらにその側線南側から国縫方に短い側線が1線分岐していた。そのほか国縫方から駅舎側に分岐し駅舎東側の切欠き部分の貨物ホームへの貨物側線を1線有していた。
職員配置駅で、駅舎は構内の北側に位置しホーム中央部分に接していた。開業当初からの駅舎は改築され、赤い屋根の鉄筋コンクリート平屋建てで、玄関が防寒のためにアルミサッシの戸の二重構造を有する建物となっていた。