蝦夷三官寺
19世紀中頃から外国船の来航が続き、蝦夷地での緊張が高まると、安政2年(1855年)に再び蝦夷地は幕領化された。第二次幕領期では、幕府は内国化(蝦夷地への和人の往来を緩和し定住の推進)を行い、これに伴って既存教団の新規寺院の建立や神社の造営が許されるようになった。
このような幕府の方針転換によって三官寺の排他的な特権は失われる事になったが、扶持米の給与は継続され、持場内の新規寺院の建立もついてもある程度は制限されたようである。また上記のように幕府が既存集団の寺院建立を許したため、三官寺の役割から宗教統制が失われ、和人の移住を推進するための宗教的保証へと変わったとされる。有珠善光寺は、新たに西蝦夷地に末寺の建立を願い出て、余市・石狩・宗谷に新三官寺が建立が許され、特に宗谷護国寺は樺太における回向も許されている。
蝦夷地に寺院が増えたことで独占的特権を失った三官寺は、回向・施餓鬼などの祭事を新規寺院と競い確保する必要を迫られた。『日鑑記』によれば、厚岸国泰寺は固定的な檀家を確保するべく人別改帳の作成を願い出たが、幕府は移住した和人の人別改帳を蝦夷地に移す事を許さなかった。そのため三官寺は固定の檀家を得ることはできなかったが、和人の人口増加や従前からの会所などとの繋がりにより、祭事自体は増加したようである。
その後明治維新によって幕府からの扶持は途絶え、三官寺は官寺としての機能を終えた。