棟別銭
やがて、室町幕府の衰退とともに徴税権は守護に移り、更に戦国時代になると戦国大名によって棟別銭の掌握されるようになった。また、この時期には惣村において村役の一環として棟別銭が村の家々から徴収されて村の運営費用に充てられる事例も見られるようになる。戦国大名や惣村の棟別銭は恒常的な租税としての徴収されていた。
戦国大名は棟別銭を段銭と並んで租税制度における中核の地位に据え、その確保のために検注・検地や家数調査を行って基本台帳を作成した。そのため、正確な家数や「本屋・新屋」といった家の規模や造りに関しても把握され、それに基づいた綿密な徴収が行われた。また、棟別銭の地位の上昇は課税額からもうかがえ、棟別銭が成立した鎌倉時代後期には棟あたり10文程度の徴収が一般的であったが、戦国時代には武田氏が200文・後北条氏が50文(後に35文)など、おおよそ100文前後の賦課がされていた(勿論、鎌倉時代と戦国時代では税体系が異なるため、単純な負担の比較は困難である)。棟別銭・段銭の一部は、寺社や家臣にも給付され、大名家の政治的・軍事的基盤の確立・維持の支えとなった。
棟別銭は安土桃山時代から江戸時代にかけての石高制の確立とともに姿を消していくが、一部分は運上など名目を変えて存続された。