シュヴァーベン戦争
しかしながら、スイス連邦の個々の州からのスイス傭兵はさまざまな党派への奉仕という形で16世紀半ばまでイタリア戦争に参加し続けた。特にフランスとの和平条約に従い、フランス王に仕えた者が多かった。
原初同盟は独立した神聖ローマ帝国等族であり続けたが、それは帝国議会への参加を義務付けられたものですらなかったので、この関係は16世紀にはその意義を失い、純粋に形式的なものへと衰退した。しかしながらスイスは依然として自身を帝国直属身分(英語版)を持つ帝国の一員であると考えていた。そして帝国記章を引き続き使っていることからもわかるように、帝国が依然としてすべての特権、権利、または政治的アイデンティティの基盤であると考えていた。ハプスブルク家と同盟の関係は1511年の合意、1474年の初期永久協定(英語版)の更新、1477年の最初の合意を経て完全に正規化された。その条約においてはハプスブルク家は最終的かつ公式的にすべての古い領土を放棄し、その上同盟をブルゴーニュ伯の庇護者に指定までした。さらに1648年のウェストファーレン条約では、同盟のすべての州と準州は帝国から正式かつ完全に独立し、独自の権利を持つ国家的および政治的存在として認められた。こうして帝国はスイスのみならず旧来の多くの地域と諸侯に対してその力を行使することができなくなっていった。