合志市
合生(あいおい)
上庄(かみのしょう)
幾久富(きくどみ)
栄(さかえ)
須屋(すや)
竹迫(たかば)
豊岡(とよおか)
野々島(ののしま)
福原(ふくはら)
御代志(みよし)
上生(わぶ)
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構九州沖縄農業研究センター
国立研究開発法人森林研究・整備機構森林総合研究所林木育種センター九州育種場
高等専門学校
国立 熊本高等専門学校 熊本キャンパス(熊本電波工業高等専門学校のキャンパスを継承して2009年10月に開校)
高等学校
熊本県内の14市のうち、唯一高等学校がない市である。(合志市以外の13市には、1ヵ所以上高等学校がある。)
中学校
市立 合志中学校 西合志中学校 西合志南中学校 合志楓の森中学校
小学校 太字の学校は標準服が存在している。
市立 合志小学校 合志南小学校 南ヶ丘小学校 合志楓の森小学校 西合志第一小学校 西合志南小学校 西合志中央小学校 西合志東小学校
特別支援学校
熊本県立菊池支援学校
熊本県立黒石原支援学校
熊本県立ひのくに高等支援学校
学校教育以外の施設
独立行政法人高齢・障害・求職者雇用支援機構熊本支部熊本職業能力開発促進センター (愛称:ポリテクセンター熊本)