僧兵
諏訪大社 - 武田信玄に制圧され、軍事力を喪失した。大名家としては江戸時代に再興したが、神官家とは分かれることになった。
浅間大社 - 武田信玄による駿河侵攻に巻き込まれる。武田を相手に頑強に抵抗したが、穴山信君を通して降伏し、軍事力を失った。
本證寺 - 一向宗の寺院で、三河一向一揆の際には上宮寺・勝鬢寺などとともに一向宗門徒の拠点の1つとなり徳川家康に対して頑強に抵抗したが、1564年の小川の戦いで敗れ勢力を失った。
照蓮寺 - 一向宗の寺院で、帰雲城・城主内ヶ島氏と手を結んだことにより照蓮寺の勢力は拡大し、全盛期には大名に匹敵するほどの大勢力を築いた。三木氏の後に飛騨国を治めた金森長近はそれを恐れ、1588年(天正16年)、高山城城下に移転させるなどの弾圧政策を取り、勢力を失った。
願証寺 - 一向宗の寺院で、長島一向一揆の拠点として伊勢湾一帯を治める大勢力であった。織田信長に対して3度に渡って激しく抵抗したが、天正2年(1574年)の第三次長島侵攻で激戦の末に壊滅した。