物集高見
明治20年(1887年)1月7日、宮中御講書始めの講師を命じられる。夏、避暑先の神奈川県横浜市金沢区富岡で、宮内大臣土方久元や御歌所長高崎正風、警視総監三島通庸などの高官に会い、ある高官(松方正義ともいわれる)によって外交官に推されそうになったが謝絶した。その代わりに国語辞典「日本大辞林」編纂事業への資金援助を約束される。当時、小学校教師や警察官の月給が6〜7円だった時代において、原稿料1枚10円という超巨額の援助だった。このほか、門人下田歌子に乞われて、華族女学校の副読本を執筆したこともある。明治22年(1889年)妻と娘を病で亡くす。
明治23年(1890年)には学習院大学部(旧制)の教授も兼任する。翌年に再婚。明治28年(1895年)に勲六等瑞宝章を賜る。
明治32年(1899年)3月、日本で初の文学博士となる。同年4月、東京帝国大学文科大学の井上哲次郎の勧告で大学を退官。以後は私財を注ぎ込んで在野の学者として研究に没頭する。貧窮の中で全国を行脚して約5万冊の書物を集め、さらにその総てを読破した。大正4年(1915年)に債権者により不動産が競売にかけられて無一文となり、さらに脳貧血で倒れたが、それを新聞報道で知った軍需成金の中村精七郎が支援を申し出、「広文庫」全20巻の内の第1巻を大正5年(1916年)に広文庫刊行会より刊行、大正7年(1918年)には全巻の刊行し、1916年から1917年に全3巻の「群書索引」を刊行した。
昭和2年(1927年)2月、81歳の折には「皇學叢書」全12巻を刊行した。商業ベースの出版ではなかったが為、膨大な借財を負った。昭和3年(1928年)6月23日、自宅にて死去した。墓所は大分県杵築市の養徳寺にある。