宗教団体法
その後、「宗教法案」の提出は断念されていたようであったが、20世紀に入って社会主義思想に根ざした結社活動や、大衆運動などが活発になり(大正デモクラシー)、米騒動などの反体制運動が展開すると、天皇の至上化を唱導して神政復古(大正維新)を目指す大本教が急速に拡大し、現世批判の視点をもつ大本教が政府にとって厄介な存在となった。大正9年(1920年)の第44回帝国議会においては、普通選挙法の論戦の場において、「大本教問題」が政府攻撃の材料として用いられており、思想取締に積極的であった原内閣のもとで、平沼騏一郎検事総長の検挙命令によって、大本教に対する大規模な弾圧が加えられることとなった(第一次大本教事件)。かくして、その後の宗教法案の制定においては、権力に従順な既成宗教に対して保護を提供するとともに管理統制を行い、「淫祠邪教」とみられる宗教に対しては、宗教法の適用を受けることのない禁圧宗教として取り締まることが企図されていたのではないかと指摘されている。
他方において、仏教、教派神道、キリスト教を統一的な宗教法のもとに服せしめることは、裏から見れば、国家神道を宗教法の適用除外とする建前を確立するねらいが込められていることとなる。この間、神社については、神社祭式行事作法(明治40年内務省告示第76号)、神社財産ニ関スル法律(明治41年法律第23号)、神宮神職服制(大正元年勅令第53号)、官国弊社以下神社神職奉務規則(大正2年内務省訓令第9号)などの個別の補充法によって、「国家の宗祀」としての地位が確立・強化されるとともに、明治33年(1900年)には、内務省に神社局が新設され(明治33年勅令第136号)、その他の宗教については宗教局の所轄とされ、宗教行政上、神社とその他の宗教とは異なる行政対象として明確に区別して取り扱われることとなった。