吹田総合車両所
亀山駅構内の西部にある車両基地で、かつての亀山鉄道部の車両検修部門を継承している。電報略号は近カメ。
C8編成、C10編成、L7編成、C13編成がそれぞれクモヤ145に牽引されて吹田総合車両所本所へ廃車回送され、2023年1月28日から4月1日にかけてC編成4本(C08・C10・C13・C17編成)とL編成1本(L07編成)の計20両が廃車された。
117系電車(31両) 6両編成(S1・S2・S4・S5編成)4本、WEST EXPRESS 銀河(M117編成・6両編成)1本、旧T1編成のクハ117-1の1両が配置されている。 6両編成は琵琶湖線(草津駅 - 京都駅)・草津線・湖西線(山科駅 - 永原駅間)で運用されていたが、2023年4月1日に運用終了。 S編成の車体色は近畿統括本部の統一カラーである深緑色一色。 S1編成は300番台車4両に100番台の電動車ユニットを組み入れた編成。 かつて存在した8両編成(T編成)は団体用を中心に、嵯峨野線・湖西線での運用実績もある。 2005年4月25日に発生したJR福知山線脱線事故の影響により、福知山線(JR宝塚線)で運用されていた宮原総合運転所(現・網干総合車両所宮原支所)の編成がATS-Pの対応改造を受けないまま同年6月18日限りで同線運用から離脱、翌年に当所へ転入してきた。2010年までに全編成へのATS-P取り付けが完了している。 S3編成は300番台車4両に100番台の電動車ユニットを組み入れた編成であった。2022年3月3日付で廃車された。 S6編成は2022年11月8日付で廃車された。 S99編成は日根野支所新在家派出所から2020年3月11日付で転入した0番台車4両に、旧T02編成の100番台電動車ユニットを組み入れた編成であった。転入車4両は和歌山色であった。100番台をS1編成に差替えた上で、2021年9月22日付で廃車された。