メガ・シャークVSジャイアント・オクトパス
氷壁が崩れた時の映像を分析したところ、そこには巨大なサメとタコの姿が写っていた。そこへ米軍が現れ三人を拘束。頻発する海難事故の原因究明を要請する。
三人の話により、海洋に二匹の巨大生物が存在することが明らかとなる。米軍は攻撃を開始するが、メガ・シャークはそれをものともせず、米軍艦を撃沈。二匹を退治するために、フェロモンで攻撃しやすい場所へ誘き寄せる作戦が立案され、エマとサンダース博士はサンフランシスコ湾、シマダは東京湾へ向かう。
サンフランシスコ湾にはメガ・シャーク、東京湾にはジャイアント・オクトパスが向かってくる。湾に入り込んだメガ・シャークに米軍は攻撃を仕掛けるが、何の効果もなく、反撃されあえなく敗退。東京湾でのジャイアント・オクトパスとの戦いも、人類の敗北に終わる。
最後の手段として米軍は核攻撃を提案するが、それはあまりにも代償が大きい。エマは、二匹を戦わせる作戦を思いつく。
アラスカ沖にフェロモンを散布し、二匹をおびき寄せる。そして現れた二匹の巨大生物は、決着をつけるべく戦い始める。壮絶な死闘の末、二匹は力尽き、海底へと沈んでいった。