奈良国立博物館
館長は奈良県知事古沢滋が兼務していたが、1895年10月に山高信離が館長となった(当時開館準備中であった帝国京都博物館長と兼務)。1900年(明治33年)には館名を奈良帝室博物館に改めている。この呼称は1947年(昭和22年)まで使われた。
1895年の開館時の出品目録を見ると、御物(皇室所蔵品)の拝借品、東京の帝国博物館からの出品、および個人所蔵者からの出品に限られており、社寺からの出品はこの時点ではまだ行われていなかった。前述の御物拝借品には、法隆寺献納宝物の聖徳太子像(阿佐太子像)、法華義疏、竜首水瓶、麻耶夫人及び侍者像などが含まれている。また、この時、東京の帝国博物館からの出品された作品の一部は1904年(明治37年)に帝国奈良博物館に寄贈され、現在も奈良国立博物館の所蔵品となっている。社寺からの寄託出品が盛んになったのは、1903年(明治36年)に開催された「奈良県下国宝展」が契機になったとみられる。
1947年、新憲法の公布とともに博物館は文部省に移管され、国立博物館奈良分館となった。奈良国立博物館という名称に変わったのは1952年(昭和27年)からである。所管は1950年(昭和25年)文化財保護委員会、1968年(昭和43年)文化庁に変更し、2001年(平成13年)からは独立行政法人国立博物館、2007年(平成19年)からは独立行政法人国立文化財機構の設置する博物館となっている。
その間、1972年には吉村順三の設計による新館が完成し、正倉院展は新館で開催されるようになる。また、本館と新館は地下道で結ばれるようになる。1997年には、やはり吉村順三の設計による東新館が完成し、従来の新館は西新館と改称する。両新館は統一デザインを採用し景観の調和を図っている。