グアテマラ総督領
教会は、スペイン国王の海外領の行政において重要な役割を果たした。1534年に、最初の司教区がレオン司教区とグアテマラ司教区として設立された。他にも、1539年にはチアパスにサン・クリストバル・デ・ラス・カサス司教区(英語版)が設立された。グアテマラとチアパスの司教区は、メキシコ大司教区(英語版)の下に置かれることになった1546年まで、セビリャ大司教区(英語版)の属司教であった。レオン司教区は、1546年にリマ大司教区(英語版)の属司教となった。その他の短命の教区は、1559年にベラパスに作られた。カリブ海岸に沿ってホンジュラスに司教区を設立するための試みがいくつかあり、それは最終的に1561年にコマヤグア司教区(英語版)の設立で成功し、サントドミンゴ大司教区(英語版)の下に置かれた。
1543年、総督領の領土は、中央アメリカの大部分を管轄するグアテマラのアウディエンシアの設立によって明確になった。このアウディエンシアは、リマのアウディエンシアとともに、パナマの最初のアウディエンシアの領土を引き継ぎいだ。これは、中央アメリカ(パナマを除く)をスペイン帝国内の地域として定義した最初の機関であった。
1609年に、カリブ海からの外国の脅威に対処するため、知事とアウディエンシアの長官にも総督の称号が与えられ、また行政上および軍事上の問題で地域の自治権が与えられたことで、この地域は総督領となった。ほぼ同時期、スペイン・ハプスブルク家はプエルトリコ(1580年)、キューバ(1607年)、ユカタン(1617年)にも別の総督領を設立した。
17世紀、中央アメリカの教会の階層性をまとめる手続きが同様に開始された。コマヤグア司教区とレオン司教区は、それぞれ1620年と1647年にメキシコ大司教区の属司教となった。18世紀になると、ついにグアテマラ司教区が1743年に大司教区に昇格し、レオン、チアパス、コマヤグアの司教区がその属司教となり、この地域に宗教問題の統一と自治をもらたした。
1786年のブルボン改革の一環として、国王は古いコレヒミエントのほとんどを置き換える、一連のインテンダントをこの地域に導入した。インテンダントは幅広い財政力を与えられ、地域経済の促進を担当した。新たなインテンダンシーはSan Salvador(エルサルバドル)、Ciudad Real(チアパス)、Comayagua(ホンジュラス)とLeón(ニカラグア)であった。
グアテマラ総督は領土のsuperintendente 総督となり、グアテマラ本土の事実上のインテンダントとして機能した。コスタリカの南部農業地域は、軍事費のみを財政的に監視する市民および軍人統治者の下にとどまった。市民政府の費用はレオンのインテンダントよって使用された。これらのインテンダンシーは地域の政治的アイデンティティを形成するのに役立ち、未来の中央アメリカの国々の基盤を提供した。