郵政造反組復党問題
落選した造反組に関しては、「所信表明を支持する投票行動をしていない」ことなどを理由に当面見送られることになったが、2007年2月、大分1区の自民党議員だった衛藤晟一が7月の第21回参議院議員通常選挙へ比例区からの立候補を要望し、衛藤の政策距離が近い安倍首相は復党させる意向を示しており、中川秀直幹事長も当初は難色を示したが「安倍首相と同じ考え方や方向性を持つ人、現在どのような立場の方でも結集してもらわなければならない」として最終的に復党を容認した。これにより落選した他の造反組も復党される見込みが報じられている。
3月9日、自民党党紀委員会は衛藤晟一の復党を賛成10票、反対7票という異例の多数決で認めた。党紀委員会では郵政民営化に反対して落選した前衆院議員は他にもおり、衛藤前議員のみに復党を認めるのは一貫性にかけるという意見、前回の復党で内閣支持率が低下したことなどから反対意見が出た。
だが、この復党については、比例区選挙において大分で衛藤を支持していた層を取り込もうと考えている公明党から反発の声があがった。そのため、衛藤は大分の事務所の閉鎖と後援会の活動を停止を要求させられ、事務所を東京に移すことになった。
自民党選挙対策副委員長の菅義偉はコスタリカ方式を廃止を表明し、復党によって発生した6選挙区の立候補重複問題に対して自民党執行部は候補者の大幅な調整を示唆した。
復党をさせた6選挙区の内、山梨3区では保坂武が2008年10月に甲斐市長選挙に立候補をして甲斐市長に転じたため、岐阜1区では佐藤ゆかりが東京5区に転出したため、それぞれの選挙区で自民党候補者が小野次郎と野田聖子に一本化された。
しかし、山梨2区と徳島2区と佐賀3区の3選挙区では2006年に復党させた候補を公認したのに対し、2005年に自民党候補として当選した議員は反発を強めた。その内、徳島2区の七条明が比例下位候補となったため分裂が回避されたが、山梨2区の長崎幸太郎と佐賀3区の広津素子は離党して自民党候補に対立する形で立候補したため、分裂選挙となった。
また、福岡11区では解散総選挙中も自民党の公認候補を武田良太と山本幸三の内1人に絞れていない状況になっていたが、衆院選公示直前で「小選挙区は武田・比例上位は山本」とするコスタリカ方式を採用したため、分裂選挙は回避された。
2009年衆院選では、立候補重複問題の対象となった自民党の候補者の選挙区の勝敗は7人中2人当選・5人落選(内比例復活2人・完全落選3人)となった。なお、自民党の比例単独候補では2人中1人当選・1人落選である。また、自民党と対立した元自民党候補の選挙区の勝敗は3人中1人当選・2人落選となった。