スカイマーク
2005年から2007年にかけ、夏季限定で深夜・早朝便の運航を実施した他、2010年 - 2012年に就航していた羽田 - 北九州線と、2011年に一時期就航していた羽田 - 中部線は深夜帯のみの運航となっている。
日本で他に深夜・早朝時間帯に国内線定期便を運航するのはスターフライヤーの羽田 - 北九州線のみである。
2005年12月1日、スカイマーク306便(ボーイング767-300型機)は鹿児島空港を離陸直後に右エンジンから火災が発生、同機は同空港に引き返して緊急着陸した。乗員及び乗客に死傷者はなかった。滑走路端周辺の草地にエンジンブレードが飛散し、草地の一部に延焼した。タービンブレードが破断し振動が発生、振動により燃料供給管が破損し燃料漏れが起きて火災に至ったとみられる。エンジンケースとコアカウルに焼損が見られた。ブレード破断の根本的原因は不明。
2012年2月から5月にかけて安全上の支障を及ぼす事態が連続して発生したことから、国土交通省は5月14日から16日までスカイマークに対する立入検査を行ない、同年5月22日付けで厳重注意、改善計画の提出を指示した。安全上の支障を及ぼす事態とは、 2月25日に発生した、宮古空港進入時における最低降下高度以下の飛行 2月26日に発生した、成田国際空港出発時における経路からの逸脱 3月27日に発生した、成田国際空港到着時における経路からの逸脱 4月22日に発生した、百里飛行場(茨城空港)における滑走路誤進入 5月9日に発生した、成田空港出発時の主翼防氷装置の誤操作 4月30日から5月1日の間で発生した、運航乗務員の乗務時間及び勤務時間の制限超過
の6件である。
2014年7月29日、A380の納入受取に関する契約変更について協議中であると、日本経済新聞の取材で明らかにされた。協議自体は製造中の機体が初飛行した4月ごろから始まり、スカイマークはエアバスに対してはじめの2機の受取延期と残り4機の無期延期を申し入れていた。これに対してエアバスの提示した契約変更の条件(大手航空会社の傘下入り)や違約金が不適当なものであり、スカイマークは応じられないと交渉が物別れになっていた。29日にエアバス社は期日が来たため購入契約の解除を通告した。エアバスはスカイマークに対して大手の傘下入りを求めていないと強く否定している。エアバスと同社はA380の契約解除についての条件協議を続けるとしている。2014年12月の時点でスカイマークを契約解除された機体がまだ他社に納入されていないことが会員制写真投稿サイトのAirliners.netで確認されており、12月19日になってエアバス側が英国商事裁判所に対し、訴訟の準備を開始した旨、報道され、スカイマーク広報も追認した。
2014年7月31日の2014年第1四半期(4 - 6月期)決算短信によると、A380・A330の機材導入に多額の支出をしており、A380の契約解除による影響は、現時点で合理的な金額を見積もることが困難であり、相当金額の違約金負担が発生する可能性を記載し「継続企業の前提に関する重要事象等(ゴーイング・コンサーン)」を記した。
2012年3月30日、厚生労働省は、繰り返しの指導にかかわらず障害者の雇用状況に改善が見られないとして、平成23年度特別指導対象企業となっていたスカイマーク株式会社の企業名を障害者雇用促進法第47条に基づき公表した。その後の厚生労働省による企業名公表を前提とする指導により、平成24年度からは該当企業となっていない。
2004年(平成16年)にインターネットサービスプロバイダ (ISP) のゼロ株式会社会長、西久保愼一が増資を引き受け、同社がスカイマークと合併、西久保が社長に就任。しかし翌2005年(平成17年)には運航トラブルが続発して経営状態はさらに悪化したが、最新鋭機のボーイング737-800型機への機材更新や整備、運航およびサービス体制の全社的かつ抜本的見直しなどにより業績は回復し、2008年3月期には黒字を確保した。
しかし、2014年(平成26年)7月31日に開示した平成27年3月期第1四半期決算短信では、格安航空会社同士の競争や円安による燃料費負担の増加の結果、4 - 6月期決算で55億円の営業損益ベースでの赤字を計上。エアバスとの機材購入に関するトラブルから多額の違約金を請求されている(後述)という2点を理由に「継続企業の前提」について「重要な疑義が生じている」と表明した。
規制緩和による新規参入航空会社の中では、当時は春秋航空日本と並び、日本航空(JAL)グループおよび全日本空輸(ANA)グループの大手2社の系列に属する高度な業務提携は行わず、独立性を保ちながら航空事業を継続していた。
2006年3月、抜本修理すべき機体を、期限を9か月過ぎるまで放置していた問題が発覚した。また2005年以降、経営陣の方針に批判的なパイロットや確認整備士らが数十人規模で退職し、人手不足が指摘されており、国土交通省が抜き打ち検査を実施するなど、同社の安全管理体制を懸念する声があがっていた。日本経済新聞の2006年3月21日付社説によれば、社長の西久保がITベンチャー企業的な成果主義的人事制度を導入したことが原因といわれ、国土交通省が職員7人による同社専従の特別監査チームを発足させ、場合によっては経営体制の見直しも検討すると報じている。さらに、2007年4月13日には、航空機に整備漏れがあったこと、把握後も運航したこと に対して、安全運航への認識が甘いとして、国交省から厳重注意を受けている。
2008年3月に、スカイマーク機に搭載の気象レーダーが故障していたことを把握していながら、修理しないまま、羽田 - 新千歳間の4便に、そのまま就航させていたことが判明した。羽田空港内に、レーダーの交換部品の在庫がなかったためといい、整備体制の不十分さが指摘されている。
2014年1月16日、運航中だったボーイング737-800型機1機で操縦計器に警告が表示され、機体を確認したところ該当箇所には問題なく、警報装置の故障と判明。部品交換で対応できたが部品の在庫がなくメーカの基準で三日間は一定条件を満たせば運航可能であったため出発前に操縦系統の作動点検を実施した上で運航していた。しかし 1月20日、基準の延長申請のため国土交通省航空局が確認したところ1月19日の記録がないことが判明。
2009年4月1日から、経費削減のため運航乗務員、客室乗務員、地上職員の制服を廃止。ポロシャツやウインドブレーカーの着用に切り替えている。日本の航空会社では制服廃止は過去に例がないが、アメリカやスイスなどの一部の航空会社ではすでに実施されている。
2014年にはエアバスA330型機の就航に合わせ、キャンペーンとしてミニスカート制服を採用した。この制服はA330型機で運航される便の乗務員のみがキャンペーン期間のみ着用するもので、終了後は通常のウインドブレーカー・ポロシャツ着用に復帰した。
2016年11月12日より新制服を制定し、女性スカイアテンダント用はワンピース・シャツ・ベストスタイルにスカートまたはパンツを組み合わたもので、ジャケットと2種類のスカーフを共通アイテムとして着用する。男性スカイアテンダント用はジャケットにシャツと2種類のネクタイとベスト、同色のボトムスの組み合わせとなる。この新制服は社内からデザイン案を募集し、スカイアテンダントを中心としたプロジェクトチームによる絞り込みや各空港でのヒアリングを経て決定したもので、最終的なデザインと機能面はユナイテッドアローズが監修しているが、ベースとなる部分はすべて社員が関わり独自性にこだわって制定された。
2005年3月以降に使用されている新塗装の機体。それまで書かれていた「AIRLINES」の文字は省かれた。星の数は1つになり、それまでよりも大きく描かれている。 4月:東京/羽田 - 大阪/関西線で日本航空(JAL)とコードシェアを開始。 7月1日:東京/羽田 - 沖縄/那覇線を夏期季節運航深夜便で就航(沖縄/那覇初就航)。 8月23日:北九州空港開港日の翌2006年3月16日に東京/羽田 - 北九州線の参入予定を表明。しかし空港ターミナルビル側から駐機スペース不足を理由に乗り入れを拒否される。 9月:第三者割当増資を実施し、資本金36億6313万円となる。 10月12日:羽田 - 札幌/新千歳線に2006年4月に参入すると発表するとともに、羽田 - 大阪/関西、徳島、鹿児島線の3路線の運休を決定。 12月:8号機として新機材ボーイング737-800型機初号機(JA737H)を受領。
2006年(平成18年) 2月16日:神戸空港開港により、大阪/神戸 - 東京/羽田線就航。同路線でJALとのコードシェア開始を発表(2006年4月 - 5月)。 4月28日:東京/羽田 - 札幌/新千歳線就航。国土交通省から業務改善報告書を提出の上で運航を認可されるという異例の「条件付き」での認可となった。 9月:東京/羽田 - 沖縄/那覇線を通年運航化。 10月1日:スカイマークエアラインズ株式会社(英文名 Skymark Airlines Co., Ltd.)からスカイマーク株式会社(英文名 Skymark Airlines Inc.)に商号変更。
2007年(平成19年) 2月:欠航時振替サービス等の実施。
2016年(平成28年) 3月28日付で、東京地方裁判所からの監督命令の取り消し決定と民事再生手続きの終結が発表された。同時に2016~2018年度中期経営計画を策定。 7月14日:ユナイテッドアローズの監修により、客室乗務員及び地上旅客スタッフの制服をリニューアルし発表した。2016年秋から導入。
2017年(平成29年) 7月7日:ボーイング737-800型機を3機追加発注。1機は2018年に、2機は2019年導入する。
2018年(平成30年) 2月:東京/羽田 - ソウル/仁川間でピョンチャンオリンピックにて「下町ボブスレー」関係者輸送のため19日往路、23日復路で6年ぶりに破綻再生後、国際線チャーター便の運航を再開 。 4月:運用中リース機ボーイング737-800型機3機「JA73NC」「JA73ND」「JA73NU」をリース期限前に自社保有へ切換購入。 8月:鹿児島 - 名古屋/中部、奄美(各2往復便)就航、奄美路線は再就航。 民事再生法適用後初となるB737-800「JA73AA」を受領。
2019年(平成31年/令和元年) 3月:3/22〜27に成田 - サイパン間のチャーター便を運航。 5月:GWに成田 - サイパン間のチャーター便を運航。/B737-800「JA73AB」を受領。 7月:B737-800「JA73AC」を受領。この機体がボーイングの製造する旅客型737NGシリーズの最後の機体となった。サイパン直行便の定期便化が遅れていると発表。11月末ごろとなる見通し。 8・9月:成田 - サイパン間のチャーター便を運航。 10月24日:ブランドタグライン「YOUR WING.」を新たに制定。
共同運航によってスカイマークが提供する座席の20%が国内大手2社に提供される見込みである。なお、「共同運航」と称されてはいるが、スカイマークの座席の一部をJAL、ANAが自社便名を付与して販売するのみであり、運航乗務員の融通や整備の共同実施などは実施されない(詳細はコードシェア便を参照)。
なお、2014年のJALへの業務提携についての国土交通省の反対は、スカイマークから国土交通省への事前連絡、いわゆる「仁義を切る」ことを軽んじたからではないかという見方もされている。スカイマークの記者会見は2014年11月21日に行われたが、この日は衆議院解散と第47回衆議院議員総選挙の発表の日でもあった。議員にとっての大イベントと同日開催となることについて、事前連絡が無かったため、国土交通省とその背後に存在する族議員を反感を買い、理由を付けられて反対したのではないかという見方が存在している。