ジェイコブ・ドルソン・コックス
その一方、バーンサイド少将はコックスについて、コックスの軍事経験では軍団の指揮は荷が重過ぎると判断し、師団の指揮に戻るよう要求した。バーンサイド少将は、第9軍団の指揮を一時肩代わりした。コックスはバーンサイド少将の下につき、アンティータムの戦いを戦った。アンティータムでの戦いでは北軍が勝利を収めたが、バーンサイド少将の判断ミスにより「バーンサイドの橋」で大きな損害を残した。
アンティータムの戦い後の1862年10月6日、コックスは少将に昇進した。だが連邦上院は少将の数が多すぎると判断し、1863年3月にコックスの昇進を取り消した。コックスはその後、1864年12月7日に再び少将への昇進し、承認を受けた。コックスは1863年のほとんどをオハイオ方面部で平穏に過ごし、オハイオ軍管区とミシガン軍管区での指揮を担当した。
1864年から1865年にかけてのアトランタ方面作戦、フランクリン・ナッシュビル方面作戦、カロライナ方面作戦では、コックスはオハイオ軍でジョン・マカリスター・スコフィールド少将の下につき、第23軍団の第3師団を指揮した。コックスは1864年11月、第二次フランクリンの戦いで北軍の戦線の中心を守り、広く賞賛を受けた。南北戦争終戦時、コックスはノースカロライナ方面部において第23軍団を指揮していた。