モンゴル中央情報機関
2003年3月、フランスに亡命していたモンゴル人エンクバト・ダミランがル・アーヴルにてGIAの機関員に拘束され、モンゴル国内に強制送還されるまでの間に無断でベルギー・ドイツ国内に入国、また電気ショックや薬物投与などの拷問を加えられるという事件が起こった。 2010年9月、ダミランの拷問に関与したとしてイギリス政府はロンドンに旅行中のGIA幹部バティーン・ホルツ(英語版)を拘束。ドイツ政府へと身柄を渡され、翌2011年10月24日に誘拐罪で告発されることになっていたものの、モンゴル政府がドイツ・フランス・ベルギー各政府に謝罪したこともあり10月4日に不起訴処分で釈放された。
また2003年5月、ツェンディーン・ニャムドルジ(英語版)法務内務大臣が中国のスパイであるとするGIAの機密文書が何者かによって漏えいされ、民主党副党首グンダライ議員の手に渡るという事件が起こった。最終的にニャムドルジは身の潔白が証明された反面、GIAの情報管理体制が非難され、エンフサイハン政権時代の元中央情報機関長官ジャールクーギーン・バータル、中央情報機関付属大学教官ゲレルチョローンが拘束、付属大学教官らのモンゴル国立中央文書館への出入り禁止措置がなされた。