JR九州キハ125形気動車
製造後から現在に至るまでの改造点としては、1次車の運転室後部の仕切窓が開閉式とされたこと(2次車は製造時から開閉式)、運賃箱に付属する両替器が新五百円硬貨対応とされたこと、非常用機関停止装置が装備(後に撤去)されたことなどである。また、運転室後部仕切窓に運転士または車掌の氏名を掲出する粘着式名札入れも取り付けられた。
2009年(平成21年)10月10日より日南線の観光特急「海幸山幸」に使用される特急仕様車である。2008年(平成20年)12月28日に廃止となった第三セクター鉄道高千穂鉄道から購入したトロッコ風気動車TR-400形気動車が改造されたもの。本形式の400番台に区分される。2009年9月30日付で車籍編入された。
民鉄・第三セクター鉄道に在籍していた車両がJR車籍に編入されるのは、2004年に東京臨海高速鉄道から東日本旅客鉄道(JR東日本)に移籍した209系3100番台電車以来2例目となり、気動車では初となる。
新旧の車両番号対照は次のとおり。
TR401、TR402 → キハ125-401、キハ125-402
1993年(平成5年)1月に1次車11両(キハ125-1 - キハ125-11)が製造された。1 - 6が唐津鉄道事業部唐津運輸センター(現・佐賀鉄道事業部唐津車両センター)に、7 - 11が大分運転所(現・大分鉄道事業部大分車両センター)に配置された。続いて同年12月に、2次車14両(キハ125-12 - キハ125-25)が製造され、全車が大分に配置された。その後、双方の配置区相互間での転配が何度か行われており、2006年(平成18年)には7 - 9が大分から唐津に転属、2015年3月には1が唐津から大分に転属、2022年9月には9が再度唐津から大分に転属している。
唐津配置車は唐津線(長崎本線久保田 - 佐賀間を含む全線)および筑肥線(山本 - 伊万里間)で運用されている。また、唐津配置車については2022年に佐賀県が実施する「ロマンシングサガ2022」の一環として、サガシリーズのキャラクターと沿線の観光地をデザインしたラッピングが施されている。
大分配置車は久大本線日田 - 大分および豊肥本線全線である(ただし、肥後大津 - 熊本間は深夜早朝のみ)。過去には大分配置車が合間運用として筑豊本線(飯塚 - 原田間)や日田彦山線(田川後藤寺 - 夜明間)で運用されたこともあった。
2014年現在では本形式のみ1 - 3両による組成以外にも、キハ47系との併結ならびに車両点検時の代走などに充当される。