木ノ本駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の合計2面3線のホームを持つ地上駅で、橋上駅舎を持つ。自動券売機が設置されている直営駅(米原駅の被管理駅)であるが、自動改札機・自動精算機は設置されておらず、ICOCAなどは改札口付近のカードリーダーで処理する。
駅の1階には、駅と商店街を結ぶ交流拠点「ふれあいステーションおかん」が入居している(後述)。なお、橋上駅となる前の旧駅舎は「きのもと まちの駅」となっている。 駅コンコースと駅出入口(地上)や駅ホームを結ぶエレベーターが設置されている。
柳ヶ瀬線 木ノ本駅 - 中ノ郷駅
外側2線(1・3番のりば)が本線、内側1線(2番のりば)が待避線である。
2番のりばは両方向とも入線・発車することができるため、一部の列車(※普通列車を含む)が発着する。
行楽シーズンに運行された臨時列車「SL北びわこ号」はこの駅が終着で、2番のりばに到着していた。