防衛省
防衛省の内部組織(内部部局、地方支分部局、防衛装備庁のほか特別の機関である幕僚監部、情報本部、防衛監察本部等を含む)は法律の防衛省設置法、政令の防衛省組織令が規定している。また特別の機関のうち自衛隊の部隊および機関については自衛隊法、自衛隊法施行令及び自衛隊法施行規則が詳細に規定している。
2008年(平成20年)7月15日に会議は「報告書 - 不祥事の分析と改革の方向性」を福田康夫内閣総理大臣に答申した。報告書の改革案には防衛大臣を中心とする政策決定機構の充実として、防衛参事官制度を廃止し、防衛大臣補佐官(現防衛大臣政策参与)を設置すること、防衛会議を法律で明確に位置づけることが盛り込まれていた。
この報告書を受けて、「防衛省設置法等の一部を改正する法律案」が策定され、2009年(平成21年)2月17日に閣議決定、同日国会に提出された。法案は従来訓令に基づく存在だった「防衛会議」を法律に規定された組織として「特別の機関」に位置づけるとともに、防衛参事官の廃止、防衛大臣補佐官3人以内の新設をするものだった。法案は同年5月27日に可決成立し、6月3日に「防衛省設置法等の一部を改正する法律」(平成21年法律第44号)として公布され、2009年(平成21年)8月1日に施行された。