フキシャンフィア
記載当初(Hou 1987)のフーシェンフイアは、化石標本は頭部と付属肢を欠けた不完全なもので、他のフーシェンフイア類も未発見のため、どのような節足動物だったのかは不明であった。Wills et al. 1996 ではフーシェンフイアがクモガタ類とウミサソリ類の系統に近い鋏角類と推測されたが、後に独特な頭部と付属肢構造が判明し、チェンジャンゴカリスやリャンワンシャニアなどという類似の別属も見つかることにより、フーシェンフイアは鋏角類ではなく、これらの属と共に「フーシェンフイア類」(fuxianhuiid、フーシェンフイア目 Fuxianhuiida)という独特な分類群を構成する一員として知られるようになった。フーシェンフイア類自体の系統位置は議論的で、通常では鋏角類と大顎類より早期に分岐した基盤的な真節足動物とされるが、大顎類に含めるという異説もある(詳細はフーシェンフイア類#系統位置を参照)。
フーシェンフイア類の中で、フーシェンフイアはフーシェンフイア科(Fuxianhuiidae)の模式属である。フーシェンフイアと同じ本科に分類されるフーシェンフイア類は、2020年までではグァンウェイカリスとシャウカリスが知られている。これらの属は横に広い背甲と3節の前胸部が共通しながら、背板の形で明確に区別できる。なお系統解析では、この分類体系を支持と否定する結果が両方出ていて、後者の場合、フーシェンフイアは早期に分岐した基盤的なフーシェンフイア類、もしくはシャンコウイアとリャンワンシャニアに近縁とされる(フーシェンフイア類#下位分類を参照)。