天草諸島
このころまでは天草諸島と肥後国天草郡は一致していた。しかし、長島氏を庇護下においていた薩州家より、島津忠兼が派されて天草の長島氏旧領に侵攻、これにより天正9年(1581年)、長島・獅子島などが薩摩国出水郡に編入された。このときの国境が現在の県境ともなっている。
豊臣秀吉が九州平定を成し遂げると、豊臣政権の下で天草五人衆は佐々成政の与力とされたが、肥後国人一揆により成政が失脚、代わって肥後南半国の領主としてキリシタン大名の小西行長が下向するとその与力とされた。しかし天正17年(1589年)、五人衆は行長の宇土城普請の命に背いて反乱に及んだ末に敗れて降伏、逃走した志岐氏を除く4氏が行長の家臣に組み入れられた。その後、行長は志岐にキリシタンの家臣日比屋了荷(受洗名はヴィセンテ。ヴィンセンゾとも)を置いた。天草のキリシタンは行長の庇護を受けることになったのである。また、乱の翌年には上津浦氏もキリスト教に受洗している。
天正19年(1591年)、宣教師養成のための天草コレジオ(学林)が羊角湾岸の河浦に設置され、全寮制の集団教育がなされた。天正遣欧少年使節の4人もここで学んでいる。少年使節は日本にグーテンベルク式活版印刷機を持ち帰ったが、天草ではこれを用いて『伊曽保物語』『平家物語』『羅葡日対訳辞典』などの「天草本」と呼ばれる印刷物が刊行された。
関ヶ原の戦いの後、敗れた小西行長は斬首され、天草は唐津藩の飛び地となる。領主寺沢広高は現在の苓北町に富岡城を築いて城代を置き、検地を行い天草の石高を4万2千石とした。
新日本風土記「天草」(2020年10月9日、NHK-BS)