イオニアの反乱
反乱の後、アルタプレネスはイオニア諸都市の代表者をサルディスに集め、紛争は司法手段によって解決するという相互協定を強制的に締結させた。徴税の体制も見直されたが、これは以前のものと大差なかったとされる。
その一方、反乱は鎮圧されたとはいえ、ペルシアは僭主を擁立して露骨に内政に干渉するという手段を撤回せざるを得なかった。経済の発展によって台頭した新しい社会階層を、僭主制によって抑圧することの危険性をペルシアが理解したためであると考えられる。反乱の後、イオニアでは、ペルシアの支配下にありながら民主制が敷かれた。
アテナイでは、イオニア反乱軍がエフェソスで大敗を喫した後、一時的にペルシアとの宥和派が発言力を持つようになった。しかし、反乱に加担したエーゲ海島嶼のポリスが苛烈な弾圧を受けたことと、ギリシア本土が直接ペルシアの脅威に曝されるようになったことから、アテナイ民会はペルシアとの宥和政策を放棄した。これにはペルシアの討伐を逃れて来たイオニアの亡命者たちの訴えも影響していると考えられる。彼らは、ギリシア諸国にペルシアへの過剰な恐怖心を植え付けることになった。
ペルシアは、イオニアの抵抗勢力を一掃したことによって、ギリシア本土侵攻の障害が取り除かれた。紀元前492年には、イオニアの反乱に加担したアテナイとエレトリアへの報復を口実にマルドニオスの率いる遠征軍が派遣された。