マリオvs.ドンキーコング
ワールド6まで攻略し、前述の特別ステージをクリアすると、続いて2周目「エキスパート」が始まる。このモードでは各ステージでミニマリオを連れ歩く事になり、ミニマリオが持った鍵でドアを開ける。マリオ及びミニマリオしか通れない道等も存在する。後半面にはmmステージは存在しない。
DKステージはmmステージクリア直後に始まる。GB版の時と違い、爆風に巻き込む、木の実を落とすなどの攻撃方法を使わなければならない事もある。DKステージ単独で遊ぶ事も出来るが、その際は体力が4となり、引継ぎのポイントも無くなる。最後にはドンキーからキノピオを助け出すという特別ステージがある。このステージではポイントは入らない。
一定間隔で砲台から発射される。砲台は一発発射する度に角度を変える。