週刊少年サンデー
2000年に創刊された『サンデーGX』の合同企画コーナーが設置され、一部の作家の入れ替えや引き入れが同じ小学館で刊行されている『少女コミック』・『ちゃお』と同時になされることが多くなった。
2008年3月から2009年3月にかけて『週刊少年マガジン』と「サンデー×マガジン 創刊50周年企画」を行ない、共同雑誌の他、数多くのコラボレーション商品を発売。2009年第14号(3月18日号)では、「創刊表紙トリビュート号」と題して創刊号の表紙デザインを再現(創刊号表紙の長嶋茂雄を松坂大輔に、手塚治虫の『スリル博士』のイラストを橋口たかしの『最上の命医』に置換)した。
50周年イベント終了後の2009年3月末からは、週刊少年誌としては初のウェブコミック配信サイト『クラブサンデー』を開設。さらに、月刊少年サンデーである『ゲッサン』の創刊、『週刊少年サンデー超』(現在は『週刊少年サンデーS』)の月刊化などをし、今まで連載経験のない新人作家を、積極的に連載させるなど、これまで以上に新人育成に力を入れるようになる。
また、それ以降連載作品を『クラブサンデー』や『週刊少年サンデー超』に移動させたり、『週刊少年サンデー超』の連載作品を本誌に移動させたりする事例が増え、連載陣の入れ替えが激しくなった。
豊田亀市(1959年 - 1960年)
木下芳雄(1960年 - 1963年)
堧水尾道雄(1963年 - 1965年)
小西湧之助(1965年 - 1967年)
高柳義也(1967年 - 1969年)
木下賀雄(1969年 - 1970年43号)
渡辺静夫(1970年44号 - 1972年3・4合併号)
井上敬三(1972年5号 - 1977年46号)
田中一喜(1976年47号 - 1984年29号)
猪俣光一郎(1984年30号 - 1987年27号)
熊谷玄典(1987年28号 - 1991年32号)
平山隆(1991年33号 - 1994年33号)
熊谷玄典(1994年34号 - 1996年33号)
奥山豊彦(1996年34号 - 2000年16号)
都築伸一郎(2000年17号 - 2001年34号)
三上信一(2001年35号 - 2004年50・51合併号)
林正人(2004年52号 - 2009年35号)
縄田正樹(2009年36号 - 2012年33号)
鳥光裕(2012年34号 - 2015年34号)
市原武法(2015年35号 - 2021年46号)
大嶋一範(2021年47号 - )
※印が付く作品は2015年10月 - 12月に『アニサン劇場』の枠内でテレビ放送された。
週刊少年サンデー増刊号→週刊少年サンデー超→週刊少年サンデーS(1978年 - )