Gaussian
過去に、Gaussian社は、競合するソフトウェアの開発に携わる研究者らへのソフトウェア使用ライセンスの発行をせず使用を拒否したとして、現在論争の的になった。この様に使用を拒否された人物の中には開発者のジョン・ポープルや、カリフォルニア工科大学、カリフォルニア大学バークレー校などの著名な研究施設も含まれていたとされる。これに関してはNatureやChemical & Engineering Newsなどの科学誌も批判的な記事を掲載し、理論化学者の国際組織World Association of Theoretical and Computational Chemistsによる投票でも23対5で非難の決議が決定された。
Gaussian社はこれに対して、ライセンスは全ての学術機関に対して発行しており、競合ソフトウェアを開発する個人だけが、不当に有益な情報を与えないためにGaussianの使用を禁じられている、と反論した。また、競合相手にライセンスを発行したのはソフトウェア業界における標準的な慣行であり、Gaussianコミュニティのメンバーは競合機関からのライセンス発行を拒否されている、とも主張した。