リンドン・ジョンソン
ジョンソンの元顧問弁護士バー・マクレランは2005年11月に著書『ケネディを殺した副大統領 その血と金と権力』において、ジョンソン真犯人説を発表した。
ジョンソンは粗野で気が荒く、尊大な性格で議員時代から弱い者いじめをすることで知られていた。他人を説き伏せるときは相手の襟を掴んで威圧した。ケネディ大統領の周囲の人々はジャクリーン夫人から側近に至るまでジョンソンを嫌っていた。ホワイトハウスのスタッフにも過大な要求を行い、特に自身が使うシャワーには極端に強力な水圧と大量の熱湯、強い複数の照明、そしてシャワールームを鏡張りにすることを要求した。この理想のシャワールームの実現には、水道ポンプの増設やパイプの変更、強烈な湯気のために火災報知機が反応したため、強力な換気システムの設置などで数万ドルを要し、国家の機密費から賄われた。
政権末期のころ、ジョンソンの娘たちは毎日ホワイトハウスの前にやってくる反戦デモの声に怯え、神経をすり減らすようになっていた。デモ隊だけではなくホワイトハウスの見学者の中にもホワイトハウスの中で過激な反戦アピールを行う者も頻繁に現れた。これらのことは、ベトナムに派遣された海兵隊員と空軍州兵を夫に持つ二人の娘たちには耐えがたいこととなっていった。デモ隊らに心を掻き乱されていたのはジョンソンも同様であった。厳冬のある日、デモ隊を鎮めるためにホワイトハウスの執事たちに「彼らに温かいコーヒーをふるまうように」と指示したこともあった。ジョンソンが1968年の大統領選挙への不出馬を決めたのは「どうして夫はベトナムに行かなければならなかったのか」と涙ながらに長女のリンダに訴えられたすぐ後のことだった。
就任宣誓は前大統領夫人の到着を待ってから行うこととし、大統領専用通話でトルーマン、アイゼンハワー元大統領に連絡して協力を要請する。狙撃から2時間8分後の午後2時38分、駐機中の機内で、一家の友人でもあった連邦判事サラ・ティルマン・ヒューズ(英語版)を前に就任宣誓を行った。女性の先導に従って宣誓した大統領はこのジョンソンが初めて、また聖書ではなくカトリックのミサ典書に手を置いて宣誓したのも初めてだった。
大統領暗殺により副大統領から大統領に昇格したのは1901年にマッキンリー大統領暗殺事件でセオドア・ルーズベルトが昇格して以来で、病死を含めて昇格した大統領としてはトルーマン以来史上7人目であった。宣誓の後、大統領専用機はエアフォースワンのコールサインで首都に向け離陸した。
ジョンソンはワシントンに戻ってすぐに、各閣僚と個別に会議を行い大統領就任直後から精力的に執務を取った。ケネディが任命した閣僚の多くはケネディの友人や個人的な繋がりのある知人だったため、それまでは歴代副大統領の例にもれず蚊帳の外におかれていたジョンソンであったので、大統領暗殺直後で国内も緊迫した事態の中、早急に各閣僚との意思疎通をすぐに円滑にできるようにした。一部にケネディ時代の閣僚からより自身に忠実であることが期待できる者に漸次入れ替えていったという話があるが、政権の閣僚一覧を見れば解るように、ラスク国務長官、ユードル内務長官、フリーマン農務長官は結局ジョンソン大統領の任期期間中も執務を全うしている。ケネディに迎えられたマクナマラ国防長官もジョンソン政権末期まで以後4年間留任しており、政権中枢はケネディ大統領の時のメンバーを変えていない。
1961年1月に大統領就任後のケネディは、人種差別問題に関心の深いジョンソン副大統領を大統領雇用機会均等委員会の委員長に任命した。そのほかにも副大統領としてジョンソンはいくつかの執務を無難にこなした。内政についてはもともとニューディーラーであったジョンソンの見識の深さはやがて大統領になってから発揮されたが、外交について見識を深めることはなかった。
ベトナム情勢の悪化が進む中でケネディ政権は、アメリカ軍の正規軍人から構成された「軍事顧問団」の派遣と軍事物資の支援を増強することを決定、ケネディはジョンソンと国防長官ロバート・マクナマラを1961年にベトナムに派遣し情勢視察に当たらせた。ジョンソンはベトナム視察の報告書の中で「アメリカが迅速に行動すれば、南ベトナムは救われる」として早急な支援を訴え、マクナマラも「我々は戦争に勝ちつつあると、あらゆる数値が示している」と報告し、ケネディの決定を支持した。
1964年11月3日にはアメリカ大統領選挙の一般投票が行われた。与党の民主党はジョンソン大統領と副大統領候補にヒューバート・ハンフリーを指名し、野党の共和党はバリー・ゴールドウォーターとウイリアム・ミラーを正副大統領候補に指名して争い、ケネディ前大統領の暗殺を受けてわずか1年足らず前に大統領職を継いだジョンソンは、同年夏の公民権法制定などの実績をアピールしつつ、対立候補である共和党のゴールドウォーターを、「人種差別主義者」、「この国をソビエト連邦との核戦争に突入させるかもしれない」と極右と印象付ける作戦をおこなった。選挙戦に入る直前に、トンキン湾事件が起こったが問題がまだそれほど大きくなかったこともあり、大きな争点となることはなかった。
そしてジョンソンは50州のうち44州とコロンビア特別区を制し、4,312万7,041票を獲得して一般投票が初めてアメリカ全体に広げられた1824年以降最大の得票率61.1%を獲得し、538人の大統領選挙人の内486人の支持を得て、ゴールドウォーターを破り、改めてアメリカ国民からの信任を得た。この時に同時に行われた上下両院議員選挙で民主党が圧勝して、多くの共和党議員が落選し、議会で民主党は絶対多数派を実現させた。これは少なくともその後2年間にジョンソンの国内政策の実行に有利な環境となった。
こうして選挙で選ばれた大統領として、以後ジョンソンはケネディ政権からの脱却を志向するようになる。すでに1964年半ばに「偉大な社会」の構想を述べて国内政策に邁進する決意であったが、同時にベトナム情勢が悪化する中でケネディとは違う方向へ舵を切っていた。
ジョンソン大統領時代はベトナム戦争に彩られるが、ケネディ大統領時代の米ソ対立が緊張緩和して、1967年6月にアメリカのニュージャージ州グラスボロでソ連のコスイギン首相と米ソ首脳会談を行い米ソ協調の時代に入っている。ジョンソンの時代にアメリカとソ連とで結んだ協定の数は、国交を結んだ1933年からの30年間よりも、ジョンソンが大統領に在任した5年余りの期間の方が多く、米ソ関係が進展したことを証明している。この間に締結した協定には、宇宙空間平和利用条約、核不拡散条約、領事条約、核兵器製造のための濃縮ウラン生産の相互削減、両国を結ぶ初の定期航空路の開設、文化交流協定の更新などがある。
そして戦略兵器削減(SALT)と弾道弾迎撃ミサイル(ABM)の問題について1967年6月のグラスボロ会談で協議し、翌年夏までにはABMを含む攻撃的・防御的な核兵器の制限について話し合うことに同意したが、この時1968年8月にチェコスロヴェキアにソ連が軍事介入したため、米ソ間の協議は頓挫した。この問題は次のニクソン政権に引き継がれた。そして米ソ関係は対話が進んだがベトナム戦争ではソ連と対立して、打開の糸口は掴めなかった。
この時期はフランスのド・ゴール大統領の独自外交にも悩まされたが、ベトナム政策を強く支持した日本の佐藤首相には1967年10月の日米首脳会談で日本側の沖縄返還要求に対して「両三年内に結論を出す」として返還の道筋をつけている。