奉行衆
義教以後も幕府内部における奉行衆の発言力は増大して、8代将軍足利義政の頃には評定衆などの既存の幕府制度上の役職に代わって、事実上の幕府最高諮問機関を構成することになる。こうした中で、文明17年(1485年)には奉行衆と奉公衆の間で衝突を起こすまでに至っている。義政は奉行衆を基盤に置いていたが、息子の9代将軍足利義尚は奉公衆を近臣に取り立てていたため、衝突は権力を巡って発生した事件であった。
武官である奉公衆は管領による幕府権力の掌握を目指した明応の政変を機に解体に向かうものの、文書作成・裁判行政を担当する奉行衆の価値は幕府機構が存在する限りは引き続いて存在し、戦国時代に入って10代将軍足利義稙・11代将軍足利義澄の2人の将軍が並立した時期には奉行衆も分裂して双方に幕府機構が存在した。また、この時期になると御前沙汰に将軍が出席するのも稀となり、将軍の側近集団によって新たに再編された内談衆(殿中申次・内談方)が奉行衆による沙汰の結論を将軍に伝えて裁可を仰ぐようになった。このように奉行衆は室町幕府の行政機構を支える存在として幕府滅亡まで存続したと考えられている。