近親交配
近親交配を繰り返した場合、劣性遺伝のため発現していない、生存に不利な遺伝子が顕在化しやすく、遺伝性疾患が発生しやすくなる(近交退化、または雑種強勢の対語的に近親弱勢)。また、遺伝的多様性の低下原因となり、伝染性の病気などへの耐性が低くなる。
生物種の個体群がある程度以上小さくなると近親交配が起こりやすくなる。それぞれの種には絶滅を回避して種を存続できる最低限の規模があり、生存個体数がその規模を下回っているかどうかも保護の判断基準の一つである。
個体数が充分な状態では、一般に近親交配は起きにくい。それは多くの生物が近親交配を避けるメカニズムを持っているからである。 実際に、生物それぞれに、様々な形で近親交配を避けるようなしくみが知られている。被子植物では、多くの花に雄蘂と雌蘂が共存するが、どちらかが先に成熟するなど、自家受粉を妨げるようになっているものも多い(自家不和合性)。一方で、一部のダニなど特殊な環境で生きる昆虫では、ほとんど近親交配のみで繁殖していることが知られている。この場合、突然変異を考えなければ全ての遺伝子のホモ化が行われ、生存に不利な形質を持つ遺伝子は淘汰されていると考えられる。