JR神戸線
当時この小運転線は非電化であったため、急遽電化して対応した。なお、新長田駅は駅舎が全壊したため、1月30日に神戸駅 - 須磨駅間の運転を再開しても停車せず、3月10日に仮駅舎ができるまで通過していた。
ダイヤ面においては大阪方面から甲子園口駅までの復旧時は新快速(ただし大阪駅以西は各駅停車)と普通のみ運転され、京都方面からの快速は大阪駅で折り返し運転を行っていた。新快速は大阪方面からは芦屋駅開通時に運転を開始したが、姫路方面からは3月12日まで運転されることはなかった(ただし加古川駅 - 姫路駅間では新快速運転を行う列車は存在していた)。
震災の復旧作業の進捗によって、不通区間が徐々に短縮されていったが、不通区間の東西それぞれで封じ込められた車両で運用を行わなければならず、特に不通区間の東側では車両が不足していた。そのため、播但線を迂回ルートとして車両が回送されたが、播但線は非電化のため、パンタグラフなどの付属機器を網干電車区(現在の網干総合車両所)で一旦撤去し、ディーゼル機関車の牽引により福知山運転所(現在の福知山電車区)まで回送され、同所で取り外した機器類を取り付けて自力で宮原電車区(現在の宮原総合運転所)などに回送された。
JR神戸線(ジェイアールこうべせん)は、西日本旅客鉄道(JR西日本)が管轄する東海道本線のうち、大阪府大阪市北区の大阪駅から兵庫県神戸市中央区の神戸駅までの区間、および山陽本線のうち、神戸駅から兵庫県姫路市の姫路駅までの区間に付けられた愛称である。
この愛称は1988年3月13日から使用されている。大阪市 - 神戸市間には阪急電鉄の神戸線や阪神高速道路神戸線もあり、愛称に「JR」と付けてこれらと区別している。この区間は、正式名称を用いて単純に「東海道・山陽(本)線」とも呼ばれている。