WOWOWアニメ
その後、地上波深夜アニメが飽和状態に陥った影響(特にフジテレビ『ノイタミナ』発足以前に起こった深夜アニメ枠の崩壊)をうけて、最盛期程ではないものの深夜枠に一定数のアニメ枠が確保されるようになった。2005年(平成17年)頃には「制作協力」という形で関与する作品も出てきた。
2007年(平成19年)頃から、WOWOW深夜ノンスクランブル枠は急速に数を減らしていき、同年夏に放送された『BACCANO! -バッカーノ-』を最後に、約12年間全話をノンスクランブル放送する新作テレビアニメは無くなった。
スクランブルアニメについては一時期(2007年 - 2008年頃)はノンスクランブル放送枠よりも数が多くなっていたものの2008年に放送された『カイバ』以降しばらく放送が途絶え、2012年(平成24年)3月 - 4月にかけて約4年ぶりに完全新作WOWOW独占放送アニメ『オズマ』が放送されたものの、再び無放送の時期が続いた。
※ 以降は下記「アニメプレミア」・「アニメプライム」を参照。
基本的に全てスクランブル放送。
一時期、"I Love Disney"というキャッチフレーズを掲げ、ディズニー制作のアニメ作品を注力放送していたが、現在はアニメ映画を時折り少数放送する事が大半となっている。
WOWOWでは映倫規定に基づいて、番組に独自のレイティングがなされている。アニメ番組においてもそれは例外ではなく、性的描写や暴力的描写などが目立つ作品については「R-15指定相当」として放送されている。このような作品は深夜帯に放送されたり、番組冒頭に警告文が表示されるなどの措置がとられる。ただしペアレンタルロックなどの処置はされず、あくまで告知に留まる。
ダックテイル
テイルスピン
チップとデールの大作戦
ミッキーとドナルド
ダックにおまかせ ダークウィング・ダック
パパはグーフィー
リトル・マーメイド
アラジン※再放送時は『アラジンの大冒険』に改題
101匹わんちゃん
ミッキーマウス・ワークス
リロ・アンド・スティッチ ザ・シリーズ