ニホンザル
本種は元々ニホンザルとして記載されていた。後に M. speciosus が誤ってベニガオザルを指す学名とされ、本種に対応する学名として後に記載された Macaca fuscata が主に用いられるようになった。先取権は M. speciosus にあるものの、混乱を防ぐために M. speciosus を無効とする提案が1967年になされ、1970年に動物命名法国際審議会の強権により M. fuscata が本種の学名として用いられている。
本種の化石は中期更新世以降の地層から発見されている。最古の化石として、山口県美祢市から本種のものと思われる歯の化石が発見されている。この化石はトウヨウゾウやナウマンゾウと伴出しておりトウヨウゾウと同時期の化石であれば最古のものとなるが、一方でこれらは石灰岩の割れ目に堆積したもの(トウヨウゾウとナウマンゾウでは年代が異なるとされるため)でより新しい時代の化石である可能性もある。千葉県袖ケ浦市から本種の上腕骨を思われる化石が、ナウマンゾウと伴出した例がある。
属内では陰茎の亀頭の形態などからアカゲザル、カニクイザル、タイワンザルに近縁と推定され fascicularis グループを形成する。最も近縁なのはアカゲザルで500,000年前に分岐したと推定されている。
基亜種と亜種ヤクシマザルは170,000 - 180,000年前に分岐したと推定されている。ミトコンドリアDNAの分子系統解析では、主に近畿地方と中国地方を境界として2系統に分かれる。
LEAST CONCERN (IUCN Red List Ver. 3.1 (2001))
日本ではマカカ属(マカク属)単位で、特定動物に指定されている(特定外来生物に指定されているアカゲザル・カニクイザル・タイワンザルを除く)。
日本のサル学の発祥の地は「高崎山自然動物園」のある高崎山(大分県大分市)ともいわれる。