禁裏御所御定目
この中で注目されるのは『葉室頼業記』の記事では第一条の全文が書かれた後に大きく☓印で消されていることである。これについて、橋本政宣は(天皇の)「御行跡」「御心持」に関する事項を文章化することに憚りを感じたとする見方と採っている。また、林鵞峰の『玉露叢』『玉滴隠見』『淡海』などの文献が条文を全9条と記しながら、実際には「御行跡」云々と「御心持」云々が別箇の条文として記され、反対に第七条に相当する文章が欠落して全9条の体裁になっていることである。これは結果的には『教令類纂』や『徳川禁令考』全8条と対応することになっており、文章の内容が正確には伝来されず、いつしか仙洞御所から出された事実すら欠落してしまったと考えられる。
だが、現実には成長した霊元天皇は奔放な行動を取ることが多く、後水尾法皇や公家たちを悩ますことになる。すなわち、寛文9年(1669年)には、「禁裏御所御定目」に従って天皇の養育にあたる立場にいた三条西実教と武家伝奏正親町実豊が天皇とその側近の若手公家からの攻撃を受けて蟄居に追い込まれ、寛文11年(1671年)には武家伝奏の江戸下向中に天皇が花見の酒宴を開いて泥酔する事件を起こしている。また、他にも若手の公家の間では酒や男女間の問題を起こす者が相次ぎ、更に天皇の気分を害したとして勅勘処分を受ける公家も少なからずおり、綱紀粛正を求める江戸幕府とも確執を深めるなど、後水尾法皇崩御の朝幕関係は徐々に緊迫を増すことになった。