日米貿易摩擦
だが、その一方で1990年代に入ると軍事的・政治的にも台頭する中華人民共和国の急激な経済成長に伴う米中貿易摩擦がアメリカ側の注目の対象となり、ジャパンパッシングと呼ばれる現象も発生するようになった。日本のバブル崩壊に伴い、1996年以降のアメリカにおける日本への好感度も、中立から1991年までの圧倒的な好感度に戻った。
2018年3月、対中対日貿易赤字を出馬・就任当初から問題視してきたドナルド・トランプ大統領は「日本の安倍晋三首相や他の偉大な友人たちは『アメリカをうまく出し抜いてきた』とほくそ笑んでいる。そういった時代は終わりだ」と述べ、通商拡大法231条の国防条項を日本や中国など各国に適用して安全保障を理由とした輸入制限は36年ぶりである鉄鋼とアルミニウムの輸入制限を発動し、翌4月に8年ぶりの日中経済ハイレベル対話と閣僚会合が行われた際に日中両国は米国の輸入制限と保護主義への懸念を共有し、同年10月には日本の首相では7年ぶりの単独訪中を行った安倍首相は「競争から協調へ」「お互いパートナーとして脅威にならない」「自由で公正な貿易体制の発展」の日中新時代3原則を打ち出して中国と様々な日中の経済協力で合意し、アメリカとの貿易摩擦が日中を接近させたとBBCなどから評された。しかし、翌2019年には中国はアメリカと米中貿易戦争と呼ばれる関税の応酬で対立を強めたのに対して日本は日米貿易交渉で米農産物に関して市場開放を受け入れる日米貿易協定を同年9月25に両国首脳が合意して、アメリカは対日追加関税を見送ることとなった。日米貿易協定は、同年10月7日に正式に署名され、両国の国内手続きを経て、2020年1月に発効した。
通産省 天谷直弘(2度目の通産審議官時代に自動車の輸出自主規制枠にあたった) - 黒田眞(通産省通商政策局長、通産審議官当時に関わった) - 児玉幸治(通産省機械情報産業局次長時代に米国製半導体輸入シェア20%確保にあたった) - 黒田直樹(通産省機械情報産業局自動車課長当時自動車の輸出自主規制枠にあたった)
外務省 手島冷志(MOSS協議等に関わった時代の外務審議官) - 田中均・藪中三十二(共に外務省北米第二課長時代に関わった)
大蔵省 寺村信行(日米金融協議以降の1992年大蔵省銀行局長当時護送船団方式の再編にあたった)
コンピュータ分野では日米スパコン貿易摩擦で日本電気や富士通などのスーパーコンピュータを締め出し、IBM産業スパイ事件で日立製作所・三菱電機の社員を逮捕するなど、両者の感情を逆撫でする事件が起きた。富士通がフェアチャイルドセミコンダクターの買収を試みた際は対米外国投資委員会(CFIUS)に阻止された。航空宇宙分野では、日米衛星調達合意による日本独自の人工衛星開発の抑制、F-2支援戦闘機の「共同開発」の押し付け(F-2 (航空機)#米議会による外圧を参照)などがあり、他にもミノルタ・ハネウェル特許訴訟などの知的財産権をめぐる紛争、などがあった。
1985年、日本の通貨安を問題視して円高を強いたプラザ合意後も日本の貿易黒字・経常黒字は減るどころか1986年 - 1988年にかけて1985年に比べ増えていった。
1986年4月の「前川レポート」ではアメリカの要求にこたえて10年で430兆円の公共投資・インフラストラクチャー投資を中心とした財政支出(財政赤字)の拡大、民間投資を拡大させるための規制緩和の推進などを約束・実施した。そして、同年7月には「日米半導体協定」(第一次協定)が結ばされ、「日本政府は日本製半導体の輸出を自ら規制しながら、日本国内のユーザーに対しては外国製(実際上は米国製)半導体の活用を奨励すること」という、アメリカが有利になる内容が盛り込まれ、当時世界シェアNo.1だった日本の半導体産業はアメリカから徹底的に監視され、潰されることになった。
1987年4月には、時のロナルド・レーガン大統領が日本のダンピングを理由に日本製のパーソナルコンピュータとカラーテレビなどに異例の100%の制裁関税を賦課した。
1989年以後日米構造協議が実施され、続いて1994年以後年次改革要望書が出されるようになった。