スーパーマリオ 3Dコレクション
オリジナルの日本語版の後に修正等が加えられ発売された北米版・欧州版と日本の後期版に取り入れている。
タイトル画面で一定時間放置すると流れるオープニングデモが無くなった。
セーブデータ選択画面のオプションで、オリジナルの北米版と同じようにムービー中の字幕の有無を切り替えられるようになり、ステレオ/サラウンド/モノラルの選択肢が無くなった。
セーブ時のメッセージボックスの文字に漢字が使用されるようになった。
マンマビーチSTORY2でチュウハナの撃破時及び初回攻撃時にポンプのアドバイスメッセージが出るようになった。
ポンプ放水において、Switch本体のRトリガーの仕様がゲームキューブコントローラと異なるため、ZRボタンで歩きながらの放水、Rボタンで固定放水となり、2つのボタンで放水方法を使い分けるようになった。
マリオ視点への切り替えはRスティックを押すこと(従来のYボタンの役割)で、ズームなどの視点変更(従来のCスティックの役割)はRスティックを傾けることで、それぞれ可能となった。
グラフィック及びアスペクト比が変更された。サンシャインとギャラクシーはどちらもTVモードでは1080p、携帯モードでは720pで表示され、『スーパーマリオ64』は両方のモードで720pで4:3のアスペクト比で表示されている。『スーパーマリオサンシャイン』はアスペクト比がオリジナルの4:3比率から16:9となった。
サンシャインとギャラクシーのロード時間はディスクメディアの当時は2~3秒くらいの長さであったが本作は1秒に短縮された。
ゲーム中にある操作方式に関する台詞が、Switch版のボタンを示す内容に変更されている(例:+ボタンやZLボタンなど。なお、『スーパーマリオ64』や『スーパーマリオサンシャイン』で、Nintendo Switch Online加入者限定商品の「NINTENDO 64 コントローラー」または「ゲームキューブコントローラ」を使用した際も表記はSwitch版のもののまま)。また、カメラの移動方向が変更できる更新データが2020年11月17日に配信された。