菅浦の湖岸集落
菅浦は、中世の惣村と称される自立的・自治的村落共同体として知られる。菅浦で初めて「そう(惣)」という語が認められるのは、貞和2年(1346年)の「菅浦庄惣村置文」(菅浦文書180号)においてであり、この「ところ(所)おきふミ(置文)の事」と記された惣掟には、田畑の個人売買の制限について定められている。中世以来、菅浦の惣村は西と東の村より構成され、その居住地を総じて「所」と称した。また、15-16世紀には「乙名」(おとな)20人(東・西、各10人)、「中老」(中乙名)東・西、各2人、それに「若衆」からなる自治組織を整えていた。その惣村の自検断の規範を示す例として、寛正2年(1461年)7月13日の「菅浦惣庄置文」(菅浦文書227号)には、人を罰するには私的な関係で判断せず、証拠を重視し、乙名の合議により裁判を行なうことなどが定められている。
中世の菅浦においては、集落の北西に位置する日指(ひさし〈ヒサシデ〉)・諸河(もろかわ〈モロコ〉)の約16ヘクタール(16町7反)の田地を巡る大浦との200年におよぶ争いがよく知られる。
758年(天平宝字2年)に即位した淳仁天皇は、764年(天平宝字8年)の藤原仲麻呂(恵美押勝)の乱により廃位され、大炊親王(おおいのみこ)として淡路国に流されたが、淳仁天皇の隠棲した地は菅浦であると伝えられ、淡路は「淡海」(近江国)であるとされる。天皇が菅浦に造営した保良宮の跡といわれる須賀神社(旧・保良神社〈菅浦大明神〉)には淳仁天皇が祭神として祀られ、神体は天皇がカヤの木を採り彫刻した神像といわれる。背後には淳仁天皇の舟形御陵と称される石積がある。天皇の没後50年ごとに法要が営まれており、2013年(平成25年)10月には1250式年祭が行われた。また、南東の葛籠尾崎の山上には「鉄穴遺跡」(てつあないせき)があり、この周囲約60メートルの神様山とも呼ばれる墳丘上部に認められる2基は、淳仁天皇の生母の当麻山背ならびに后妃(従者とも)の陵墓であると伝えられる。
戦国時代、浅井長政の居城であった小谷城の落城の際、万菊丸(万寿丸〈萬壽丸 長秀〉)と呼ばれた長政の幼子が、家臣と乳母に伴われて菅浦に逃れたという伝承もある。万菊丸は家臣ら3人に守られて小谷城を脱出すると、礼信寺(現・長浜市小谷上山田町)で一夜を明かした後、菅浦の安相寺に移り、夜、船で下坂浜(現・長浜市平方町)の葦原に潜んだが、再び菅浦に戻り安相寺に隠れたといわれる。その後、万菊丸は福田寺(ふくでんじ)の養子に入り、第12世正芸(伝法院)として法灯を継いだと伝わり、菅浦にも同様の伝承が残されている。