横浜高速鉄道みなとみらい線
開業初日の2004年2月1日は日曜日だったこともあり、日本各地から多くの観光客や鉄道ファンが殺到し、乗客数が駅の処理能力を超え、ダイヤが乱れた。そのため、昼過ぎより急遽、本来は通過する馬車道駅と日本大通り駅に特急が臨時停車し、開業2度目の週末に当たる2月7日・2月8日にも同じ措置が採られた。これは、横浜中華街において春節を記念するイベントが行われる時期でもあったため、みなとみらい線の開業および中華街への観光客が集中したことも影響していた。
駅ごとの利用状況としては、横浜駅を利用(乗降・通過)する乗客が96%を占めており、次いで元町・中華街駅、みなとみらい駅の利用客が多くなっている。
2006年度には、当初の1日平均利用客計画数である13万7000人を初めて上回り、定期客の利用も増え、こどもの国線と合わせた会社全体の営業利益も2007年度で16億9000万円となっている。2013年度は東急東横線の東京メトロ副都心線相互直通開始による効果で、利用者数・営業収益とも大幅に増加し、2016年度には1日平均利用者数が初めて20万人を突破した。
営業利益は開業初年度より黒字だが、22億円弱という巨額の支払利息があるため、経常損益では開業以来の赤字経営が続き(2007年度は3億6,900万円の赤字)、2008年度は開通以降の残工事分費用と利子の支払いを減価償却費に当てたことから、赤字額が大幅に増加した。2013年度は特別利益の計上で当期の純利益が黒字となり、さらに2016年度は経常損益で初の黒字となった。
Y500系(8両編成)
Y500系
その後、横浜市は東京急行電鉄(現在の東急電鉄)・京浜急行電鉄・相模鉄道・横浜市交通局などと交渉を重ねつづけ、横浜駅ホームの拡幅が困難であったり、横浜駅以南の輸送効率の改善などの課題を抱えていた東京急行電鉄が1987年(昭和62年)に申し入れを受け入れ、東急東横線との直通へと計画が変更された。これが同年6月11日に神奈川新聞の一面でスクープとして報道され、地域住民に広く知られることとなった。
計画変更により、終着駅として栄えてきた東急東横線桜木町駅は廃止となる可能性があるため、桜木町・野毛町地区住民からの猛反発を招き、最初の地元説明会は横浜市当局への「糾弾の場」と化した。東急東横線桜木町駅廃止に加え、JR桜木町駅駅舎の改修に伴う移設・道路整備によるものも含め、野毛町地区への補償として、桜木町駅と野毛地区を結ぶ地下道「野毛ちかみち」・桜木町駅前歩道橋が整備された。また野毛町地区の地域振興策として、野毛大道芸の実施、野毛本通りのモール化、横浜にぎわい座の開設が行われた。