公安調査庁
2006年版までの『内外情勢の回顧と展望』では、「社会通念からかけ離れた特異な活動をしている団体」を「特異集団」と位置づけ、情報収集を行ない発表していた。なお、特異集団とは新宗教(新興宗教)やカルトなどとは異なる概念であり同義ではないが、「不安感をあおって執拗な勧誘を行った集団」をも含めた概念である。
2005 - 2006年版には、日蓮正宗系新興教団の冨士大石寺顕正会が名指しではないものの取り上げられたことがあった。また「在日関係者を取り込むことで勢力拡大を図る動きをみせた集団もあった」、「こうした『特異集団』は、危機感や不安感をあおった上で勢力拡大を図っており...」、「不法事案を引き起こすことも懸念される」などと指摘するくだりがあり、これら記述は2022年(令和4年)の安倍晋三暗殺事件後に立憲民主党の辻元清美が提出した質問主意書に対する答弁書で、「世界平和統一家庭連合(旧・世界基督教統一神霊協会)のことを指す」と内閣も認めた。
しかし第1次安倍政権下の2007年版以降は、特異集団の項目は無くなり旧オウム真理教系の宗教団体以外は取り上げていない。
一方、ひかりの輪は、立入検査情報の漏洩があった等の理由により、国家公務員法違反罪(守秘義務の違反)にて公安調査庁の職員を東京地検に告発している。また、観察処分更新は「証拠曲げた」結果であるとし、金が目的でないとしてわずか損害賠償請求額3円の訴訟を提起している。観察処分の5回目の延長決定に対しても「誤った事実認定に基づく決定で、訴訟で取り消しを求める」と主張している。
また、日本共産党の支持勢力を中心に一部の労働組合や労働争議支援団体、反戦運動・反基地運動、原子力撤廃・反核運動、市民オンブズマンなど行政監視グループ、部落解放・女性解放など人権擁護運動(アムネスティ・インターナショナル、自由法曹団、日本国民救援会、青年法律家協会等)、消費者団体(生活協同組合や産地直送運動・環境保護団体)、言論団体(日本ペンクラブ、日本ジャーナリスト会議等)などについても情報収集を行っているとされ、これらの団体から「調査・監視対象化は不当」と非難されている。
情報収集の手法として、監視・尾行のほか、対象団体の関係者を協力者(エージェント)として勧誘し、内部の情報を探るという手法(ヒューミント)をとり、シギント(コミント(通信傍受・暗号解読)、エリント)などの技術的手段は情報収集の直接の手法とはしていないとされる。
職員は、その特殊性から、所属・職名(場合によっては氏名)を偽って活動することが多い。
1999年(平成11年)12月、元日本経済新聞記者杉嶋岑が北朝鮮当局に2年2か月間にわたり拘束される事件が発生。杉嶋は帰国後、以前から公安調査庁に依頼されて北朝鮮の情報を提供していたこと、その件が北朝鮮側に漏洩していたためにスパイ容疑で取り調べを受けたことなどを明らかにしている。