陸軍省
軍医(人事など)・衛生に関する事項を所管する。明治4年7月5日に創設された兵部省軍医寮を前身とする。その創立と統括の任(軍医頭)に松本良順を招くため、西郷隆盛と山縣有朋がわざわざ松本の私邸に出向いて懇請したとされる。その経緯から、軍医頭は兵部卿に隷属するものの、軍医に関する一切の権限を委譲され、部外の干渉から隔離された。明治5年、陸軍省が設置されると、軍医寮は陸軍省の所管となった。明治6年5月24日、軍医寮は軍医部に改組され、軍医頭は軍医総監に改められた。明治12年10月15日、陸軍軍医本部が置かれ、明治19年2月26日、それが医務局に改組された(局長は、軍医の実質的なトップであり、戦時に大本営陸軍部の野戦衛生長官をつとめる)。なお明治43年、陸軍省人事局に軍医の人事権を吸収する動きがあり、その動きをめぐって石本新六陸軍次官と森林太郎医務局長が激しく対立した。その人事権をめぐる綱引きは、大正2年まで続いたものの、従来どおり医学優先の原則がつらぬかれた。
軍馬局は1874年(明治7年)3月31日に「軍馬局条例」に基づき設置され、軍馬の調教等の馬政業務を掌った。支部として東京に第一厩、仙台に第二厩を設けた。1886年(明治19年)3月1日を以って廃止され、所掌事務は騎兵局第三課が引き継いだ。
歴代軍馬局長
白戸隆盛:明治7年3月31日 - 明治8年11月14日
(兼)黒川通軌:明治8年11月14日 - 明治13年4月29日
佐野延勝:明治13年4月29日 - 明治19年3月1日
(兼)児玉源太郎:明治25年8月23日(陸軍次官)
(兼)中村雄次郎:明治31年1月14日(陸軍次官)
木越安綱:明治33年4月25日
(兼)中村雄次郎:明治34年2月18日(陸軍総務長官)
宇佐川一正:明治35年4月17日
長岡外史:明治41年12月28日
岡市之助:明治43年6月1日
田中義一:明治44年9月1日
柴勝三郎:大正元年12月26日
山田隆一:大正4年6月4日
奈良武次:大正5年3月31日
菅野尚一:大正7年12月17日
畑英太郎:大正11年2月8日
阿部信行:大正15年7月28日
杉山元:昭和3年8月10日
小磯國昭:昭和5年8月1日
山岡重厚:昭和7年2月29日
永田鉄山:昭和9年3月5日 - 昭和10年8月12日(在職中に死去。相沢事件参照)
今井清:昭和10年8月13日 - 1936年3月23日
磯谷廉介:昭和11年3月23日
後宮淳:昭和12年3月1日
町尻量基:昭和12年10月5日
中村明人:昭和13年4月14日
町尻量基:昭和13年11月21日
(扱)山脇正隆:昭和13年12月29日(陸軍次官)
町尻量基:昭和14年1月31日
武藤章:昭和14年9月30日
佐藤賢了:昭和17年4月20日
真田穣一郎:昭和19年12月14日
吉積正雄:昭和20年3月27日