留守官
また1869年(明治2年)12月、保守派の公家や平田派国学者たちが東京の大学校設置に対抗して「仮大学校」(大学校代)を開校した背景には、京都が東京と対等な地位にあることをアピールしたい中御門ら留守官の暗黙の支持があったものの、この動きは新政府の承認を得られないまま進められたものであった。そして翌1870年(明治3年)7月、生徒を集められず不振となった仮大学校は廃止を余儀なくされ、12月、留守官が京都の宮内省と統合された時点で中御門は罷免された。その後、尊攘派公家の外山光輔・愛宕通旭が謀叛の罪で逮捕される二卿事件(1871年(明治4年)3月)を機に、公家社会による東京奠都反対の動きが沈静化に向かったこともあって、留守官は1871年(明治4年)8月23日に廃止となった。明治新政府は東京に「遷都」する旨の公式声明を行うことはなかったが、京都の留守官が廃止されたことで、京都から東京への「首都機能の移転」は完了したといえる。
なお1883年(明治16年)1月、最晩年の岩倉具視は「京都皇宮保存の意見書」の中で京都における「留守司ノ設置」を提言し、留守官復活と複都制に対するこだわりを見せた。この提言は岩倉没後の同年10月、宮内省「京都支庁」の設置という形で具体化され、ここには旧公家が多数任用されたが、早くも3年後の1886年(明治19年)2月には宮内省の機構改革により廃止、同省「主殿寮京都出張所」へと縮小・格下げされた。支庁設置の太政官達は1908年(明治40年)まで廃止されなかった。