隠岐国分寺
明治に入ると廃仏毀釈の展開により、国分寺は明治2年(1869年)に本堂・三重塔の焼失ののち明治3年(1870年)に廃寺となったほか、南東にあった真言宗の尼寺(中世の経緯は不明)も明治5年(1872年)に廃寺となり、「国分寺村」・「尼寺村」と称された村名もそれぞれ「池田村」・「小原村(のち有木村に併合)」と改称された。その後の経緯は次の通り。
僧寺 1879年(明治12年)、寺の再興。 1934年(昭和9年)3月13日、境内が国の史跡に指定。 1950年(昭和25年)、本堂再建。 2007年(平成19年)2月25日、本堂焼失。 2009年度(平成21年度)、発掘調査開始。 2014年(平成26年)9月、本堂再建。 2018年(平成30年)10月15日、史跡範囲の追加指定。
尼寺 1969-1970年度(昭和44-45年度)、発掘調査。 1972年(昭和47年)3月31日、寺跡域が島根県指定史跡に指定。
創建は不詳。天平13年(741年)の国分寺建立の詔の頃に創建されたと見られる。
『日本三代実録』貞観9年(867年)5月26日条によれば、新羅に近い伯耆国・出雲国・石見国・隠岐国・長門国の5ヶ国に四天王像が送られ、新羅の調伏のために道場を構える旨と国分寺の僧4人が修法を行う旨が命じられている。隠岐国の場合には、その四天王像を安置する「四王寺」は隠岐国分寺境内に置かれたとされる。
延長5年(927年)成立の『延喜式』主税上の規定では、隠岐国の国分寺料として稲5千束があてられている。
全国のほとんどの国分寺は平安時代以降に衰退するが、隠岐国分寺の場合には以後も存続が認められている。