京王新線
初台駅と幡ヶ谷駅はいずれも線増に際し京王線側から線増部となる新線側にホームを移設したため、京王線側は各駅停車も含め全ての電車が通過する(トンネルが異なり経由しない)。京王線新宿駅では初台駅・幡ヶ谷駅へは「新線新宿駅」から乗るようにとの案内を行っている。京王線新宿駅と新線新宿駅は改札内で接続している同一駅であるが、旅客案内上呼称は使い分けられ、別々のホームで距離も離れている。 また、2022年3月12日のダイヤ改正までは調布以西から特急を利用して初台駅や幡ヶ谷駅に行く場合は、接続列車が都営地下鉄新宿線直通でない限り明大前駅・笹塚駅で2回乗り継ぐ必要があった。
定期券の経路に新宿駅 - 笹塚駅間が含まれている場合は京王線・新線のどちらにも乗車でき、初台駅・幡ヶ谷駅・京王線新宿駅・新線新宿駅のいずれの駅での乗降も可能である(ただし新宿駅までの定期券で渋谷駅、渋谷駅までの定期券で新宿駅でも乗降できる通勤定期券「どっちーも」の後者の2区間目の場合は京王線新宿駅・新線新宿駅に限る)。