スレッディング (タンパク質)
HHpred(英語版)は、隠れマルコフモデルのペアワイズ比較に基づき、遠隔の相同性を検出するために広く使用されているソフトウェアHHsearch(英語版)を実行する人気のあるスレッディング・サーバーである。
RAPTOR (ソフトウェア)(英語版)は、整数計画に基づくタンパク質のスレッディングソフトウェアである。このプログラムは、確率的グラフィカルモデルと統計的推論を用いて、シングルテンプレートおよびマルチテンプレートベースのタンパク質スレッディングを行う。これは、新規のタンパク質スレッディングプログラムRaptorX(英語版)で置き換えられた。RaptorXはRAPTORを大幅に凌駕し、特に配列プロファイルが疎なタンパク質のアライメントに優れている。RaptorXサーバは無料で公開されている。
Phyre(英語版)は、HHsearch(英語版)をab initioおよびmultiple-template modellingを組み合わせた人気のあるスレッディングサービスである。
MUSTERは、動的計画法と配列プロファイル-プロファイルアライメントに基づいた標準的なスレッディング・アルゴリズムである。これはまた、複数の構造リソースを組み合わせて、配列プロファイルアライメントを支援する。
SPARKS Xは、クエリで予測された1次元構造特性と、それに対応するテンプレートの本来特性との間で、配列と構造の確率ベースによるマッチングを行う。
BioShellは、最適化されたプロファイル間動的計画法アルゴリズムと、予測された二次構造を組み合わせたスレッディングアルゴリズムである。