パワプロクンポケット5
プレイヤーは妖怪を除く3つの里から所属を決める。各村などをうろついて仲間を見つけ(モブキャラに当たる下忍はコマンドで雇用する)、各領地に攻め込み勝利することで陣地を広げる。戦闘はパワポケ4と同様のコマンド式。1日が終わると自軍の勢力から領地収入が入り、賃金を払う。賃金が払えない場合を除き仲間キャラのHP・MPが回復する。と同時に敵も回復する(ただし、味方よりも回復量は少ない)。 戦闘では敵が全員逃げるか倒されると勝利となり、攻めている場合は領地を獲得する。全員が逃げるか死亡する(HPが0になる)、もしくは主人公のHPが0になると敗北。攻められている場合は領地を失う。城を攻め落とすとその勢力の領地をすべて入手する。野球人形献上直前の最終決戦に敗北してもペナルティはなく、勝てば能力パーツが手に入る。 経験値は攻め込んだ者のうち、逃亡者を含めた生存者で分配される。主人公のHPが0になるとペナルティとして「主人公のレベル×100両」の所持金が失われるが、本拠地で倒された場合を除きゲームオーバーにはならない。主人公以外のキャラは死亡しても復活はできないが、同種の下忍は再雇用できる。 妖怪(中立)以外の勢力の領地が本拠地の城と連結されずに分断された場合、分断された領地は妖怪が支配する中立地になる。 主人公含め各キャラの最高レベルは30。
大神モグラーズ/ドリルモグラーズ
主要人物
主人公とも仲の良いマニア。2以来、再び相棒キャラとして登場した。マニアショップや通信販売もよく利用する。自分のおもちゃのコレクションを集めた博物館を作ろうと考えている。2の時は一軍だったが、主人公が一軍に昇格するまでは二軍にいる。「2」の頃と比べると変化球やコントロールが強化された一方スタミナがだいぶ低下しており、野手能力も大幅に下がっている。後のシリーズにもプロのOB選手として登場している。
チームメイト
ランダムイベントで城へ売り込みに来る軍師。これまでに四つの国に仕え、軍隊を委任されるなど重用されていたが、思ったことを正直に言う性格であるために煙たがられていた。給料が高く、仲間にしても三鷹がいる場合は「名将二人は凡将に及ばず」と言って身を引いてしまう(後で三鷹を仲間に加えた場合も同様)。「火遁の術」「パ~の術」「回復の術」を使うが、軍師のため能力は低い。
軍師ではあるが、三鷹よりもイベントで役に立つ機会が少ない。
上から降ってくるブロックを押したり破壊したり(ゲーム開始時には破壊不可ブロックが2段敷き詰められている)して3つ並べるとブロックが消える。連鎖で消すと高得点だが、ブロックが消えてからもしばらく連鎖判定が残る。落下したブロックに潰されるか、画面上部まで積みあがると失敗。サクセス中ではレベル1で50秒、レベル2以上で1分間ゲームを続ければクリア。レベルが上がると落下するブロックの量が増える。ミニゲームとして遊ぶ場合は失敗するまでプレイするノーマルモードとサクセスと同じルールでプレイするサクセスモードがプレイできる。
見切ってシュシュしゅー
迅雷コーチが横切るタイミングを見計らって手裏剣を投げるゲーム。フェイントもある。迅雷コーチが飛び出す前に手裏剣を投げる・飛び出しても手裏剣を投げなかった、もしくは投げるのが遅かった場合はミス(見逃した場合にミスカウントが増えるのは前の回から1回も手裏剣を投げていない場合のみ)。3回ミスで縛られている凡田に手裏剣が当たり終了。サクセス中では30点でクリア。
本作の主人公。前作では表サクセスの使い回しだったが、本作以降は裏サクセス用の立ち絵が用意されるようになった。里の頭領から野球人形の作成を命じられる。全権を委ねられており、忍者の雇用や解任も行える。最初に選んだ勢力に所属する忍者で、里ごとに服の色が各勢力のメインカラーに変わる(公式イラストは水虎)。
各ステータスはトップクラスに高いが、その分レベルアップも遅い。得意地形は全勢力共通でついていないが、使える術は里によって変化する(水虎だと「水遁の術」、火竜だと「火遁の術」、月光だと「かまいたちの術」になる)。
外れ彼女候補。「三つのNO」を信条とする大学生。1や2に登場した荒井紀香と同じようなタイプのキャラで、話しかけるといきなり彼女になる(強制的に彼女になる場合もある)。そのため、他の彼女の攻略中に現れてしまうとそちらの彼女が攻略不可能になってしまう。