信濃国
平安時代
藤原忠房(887年)
美努秀則 (982年頃?)
菅野貞頼 (995年)
秦員友(権少掾) (995年)
大宅清則(権少掾) (998年)
久米滋延 (1000年)
藤井国兼(大掾) (1179年)
藤原康義 (1179年)
藤原俊康(少掾) (1180年)
南北朝・ 室町時代
中原重直(大掾) (1344年)
藤井有右(大掾) (1350年)
十市定之(大掾) (1401年)
高橋富里 (1402年)
元治元年(1864年)には天狗党の乱が関東から京へ向けて信濃国内を通行したが、実際に交戦したのは高島藩、松本藩のみで、それ以外の藩は天狗党に畏怖し通行を黙認した。同年、開国派の松代藩士佐久間象山は京都で尊王攘夷派に暗殺された。慶応3年(1867年)には東海地方から「ええじゃないか」と御札降りの騒動が信濃国全体に波及し、庶民の間に世直しの機運が醸成された。
戊辰戦争では外様の松代藩・須坂藩はいち早く倒幕を表明、その他の譜代諸藩は、当初日和見の態度をとる藩が多く、積極的な佐幕論は見えない中、次第に官軍に恭順していった。慶応4年(1868年)官軍より信濃諸藩に赤報隊の捕縛命令が下り、下諏訪宿で相楽総三らが処刑された。4月下旬、越後から進出した衝鋒隊が飯山城下を占領すると、信濃諸藩は東山道先鋒総督府の岩村精一郎の軍監に入り、連合してこれを撃退し、そのまま北越戦争、会津戦争に転戦した。賞典禄は松代藩3万石、須坂藩5000石、松本藩3000石、上田藩3000石、金禄は奥殿藩5000両、高遠藩2000両等であった。明治維新に前後して、折柄の贋金の流通による経済の混乱も相まって信濃各地で木曽騒動、上田騒動、会田・麻績騒動、松代騒動などの世直し一揆が多発し、中でも最大規模の中野騒動では県庁舎が焼失し、県庁の長野移転の契機となった。
また幕府が朝廷に対して優位に立ち、信濃国内における北条氏の所領も関東御領の春近領を中核として拡大すると、宝治元年(1247年)の宝治合戦で武功を挙げた諏訪盛重や内管領を務めた諏訪盛経に代表されるように、北条氏の得宗被官(御内人)として活躍する者も現れた。得宗専制が強化されてゆく中、弘安8年(1285年)の霜月騒動では幕府の有力御家人安達泰盛の姻戚であった伴野氏や、小笠原氏が巻き込まれ、逼塞を余儀なくされた。
この時代の仏教の信者で多いのが臨済宗、曹洞宗などの禅宗と一向宗、浄土宗(禅林寺派)などである。特に塩田流北条氏の塩田荘は「信州の学海」(『仏心禅師大明国師無関大和尚塔銘』)と称されるほど、禅宗文化の中心地となった。弘安年間、興福寺が知行国主であった時、目代に補任された願舜坊定尭なる僧は信濃からの検注物や年貢を横領し、弘安7年(1284年)、本所法である「満寺評定」によって、国外追放刑となった。延慶2年(1309年)の国衙領の検注の調進は国司目代が行っているが、応安6年(1373年)には守護使に代わっている。このように信濃においても国衙は次第に形骸化され、国司の権能は守護に遷移していったことがうかがえる。
鎌倉時代末期、元弘元年(1331年)からの元弘の乱では、信濃の御家人は、信濃守護を兼帯する探題北方北条仲時に従い、後醍醐天皇の拠る笠置山や赤坂城を攻めた(『光明寺残篇』)。しかし元弘3年/正慶2年(1333年)に後醍醐天皇が鎌倉幕府追討の宣旨を下し、足利尊氏、新田義貞ら幕府の有力御家人が幕府から離反すると、小笠原貞宗もこれに従って鎌倉攻めに加わり、後に新たな信濃守護に補任された。一方、北条仲時は京都から逃る途中で自害に追い込まれた。
現在の伊那市手良には「大百済毛・小百済毛」という地域があるが、この地名は百済からの渡来人によって開発されたという伝承がある。また、手良という地名も、『新撰姓氏録』に見える「弖良公」に由来するという。
現在の長野市篠ノ井にある長谷寺やその境内にある長谷神社は、小長谷部が創建したと考えられている。小長谷部は、5世紀末期から6世紀初期に存在した可能性がある武烈天皇の部民とされる。『日本書紀』によれは、武烈天皇3年には、大伴室屋が信濃国の男丁(よぼろ)を集めて城を作るように武烈天皇から詔を受けているが、この「信濃国の男丁」は小長谷部のことであると考えられている。また、小長谷部の人物として名前が残っているのは、天平勝宝4年(752年)に正倉院に奉納された白布に記された「小長谷部尼麻呂」がいる。さらに、姨捨山(おばすて)も小長谷部(おはつせべ)に由来するとされる。6世紀後半には欽明天皇の時代に科野国造後裔の金刺舎人直、敏達天皇の時代に同じく科野国造後裔の他田舎人直が成立し、後世に諏訪大社下社・上社の大祝家や信濃国内の複数の郡司を務めた。その一方で、安曇郡司は安曇部氏が務めた。
信濃国に存在した名代・部曲は、史料に見えるものは刑部、小長谷部、金刺舎人、他田舎人、生王部、物部、尾張部、神人部である。
神代の国譲りにおいて、出雲の地で建御雷神に敗れた建御名方神が、科野国の洲羽の海(諏訪湖)まで逃れ、「この地から出ないし、父の大国主神や兄の事代主神に従う。葦原の国は天の神に奉るから殺さないでくれ」と言って同地に鎮まったことが『古事記』に見える。
一方『諏訪大明神絵詞』など諏訪に伝わる伝承では、建御名方神が洲羽に侵入し、土着の洩矢神とそれぞれ藤蔓と鉄鑰を持って争い、建御名方神が勝利したと伝わる。この後、建御名方神の後裔は大祝の諏訪氏に、洩矢神の後裔が神長官の守矢氏になったとされる。
また建御名方神が八坂刀売神を娶って生まれた御子神達が、科野国の発展に大きく貢献したとされる。