チャガタイ家
だがアルグは旗色が悪くなったアリクブケを見捨ててクビライを支持、これが要因になってアリクブケは敗れた。クビライ支持者だったアルグが1266年に死去すると、養子のムバーラク・シャーが継いだ。しかしクビライもチャガタイ家に干渉し、当時自らの近臣だった、チャガタイの孫に当たるバラクを新たな君主に立てる。だがバラクはクビライの宗主権を完全に無視して、反クビライ派の巨頭だったカイドゥと同盟を結んで対抗した。1270年には親クビライ派のイルハン朝を攻めるが、アバカに大敗して一気に勢力を失い、最後はカイドゥによって殺害された。以後、チャガタイ・ハン国はカイドゥの実質的支配下で傀儡の君主が立てられる。
1301年にカイドゥが死去すると、バラクの子であるドゥアは、逆に後継者争いで混乱するオゴデイ・ハン国に介入、一方で長年敵対していたクビライ家とも和睦した。ドゥアは中央アジアからインド北部にかけて一大勢力を築き上げ、国家体制を固めた事実上の建国者・英主であったが、カイドゥの死からわずか6年で死去した。