国鉄コキ5500形貨車
本形式の使用開始後、運用体系の変更や新技術の採用に伴う仕様変更で実施された改造のうち、大規模なものは以下のとおりである。
コキ5000→コキ5500編入車(コキ6714 - コキ6770)
1966年(昭和41年)にコキ10000系が投入され、専用編成の用途がなくなったコキ5000形を汎用的な運用に充当するため、1967年(昭和42年)にデッキを設置する改造を実施した。車端部の台枠を切り継いで 350 mm 延長し、手すりと手ブレーキを設置した。
これにより、コキ5000形は57両全車がコキ5500形に編入された。車輛番号はコキ5500形前期型の続番である。
2 種 5 t (12 ft) コンテナ積載改造(25500番台)
本形式は 1種 5 t (10.8 ft) コンテナ5個積として製作されたが、コキ50000系と共に開発された 2種 5 t (12 ft) コンテナの普及に伴い、これを効率的に積載可能とする改造が1972年(昭和47年)- 1976年(昭和51年)に実施された。
1966年(昭和41年)に汽車製造、日本車輌製造(輸送機工業とのグループ製作)にて製造された。手ブレーキ操作を容易にするため、台枠が 150 mm 延長され 17,500 mm となった。台枠の製造方法も一部変更されている。台車は TR63A 形、ブレーキ装置は ASD 方式である。
中期型 (コキ7000 - コキ8554)
1967年(昭和42年) - 1970年(昭和45年)に汽車製造、日本車輌製造(輸送機工業とのグループ製作)にて製造された、本形式で最大両数の区分である。製造工程の簡略化と軽量化のため、コキ10000系の台枠構造を採用した。このため自重は約 2 t 軽くなっている。
本グループの最終15両はブレーキ装置に ARSD 方式(中継弁付積空切替式自動空気ブレーキ)を採用し、比較試験に供するため TR211A 形台車付(コキ8540 - コキ8544)TR63B 形台車付(コキ8545 - コキ8554)の2種が製作された。これは TR63 形台車が装備する鋳鉄制輪子付両抱き式ブレーキの欠点(リンクの摩擦が大きく応答性に難あり、振動による疲労破壊の発生、など)を改善するため、複数の仕様を比較検討することが目的であった。
※後に本グループの一部は台枠を約 2 m 切り継いで延長し、コキ60000形に改造された。