全国瞬時警報システム
2008年3月に岐阜県大野町で、また6月30日には福井県美浜町でそれぞれJ-ALERTが誤作動を起こすというトラブルが発生した。美浜町における誤作動では防災行政無線を介して「ミサイルが着弾するおそれあり」という放送が町中に流れた。誤報に気付いた町の職員が放送を停止し、防災無線で誤報である事を知らせたが、町民からは問い合わせが殺到したという。美浜町は原子力発電所(美浜原発)を抱えており、町は「あってはならないミスだ」として原因を調査した。その結果、受信装置を修理した際の作業ミスと警報データの選択ミスが重なった事が原因と判明した。さらに8月13日には愛知県庁とその出先機関20施設でもミサイル攻撃対象との警報が放送される誤作動があり、名古屋市役所での受信訓練中のミスとされた。
2010年2月28日のチリ地震による津波の際に、津波警報や津波注意報が71市町村で誤放送されるトラブルが発生した。2009年3月に注意報の一斉解除時に誤って注意報が発表される問題が発覚してシステムの改修を行っていたが、今回新たに段階的解除時も誤報が発表される事が判明したため、2010年3月中にシステムを改修する予定である。
2022年10月4日の北朝鮮による弾道ミサイル発射当初、本来は対象でない地域へ発射情報が出されたことについて、過去の訓練データを消去していなかったことが原因だと明らかにした。
J-ALERTは同報系防災行政無線を活用する構成となっているため、その効果を最大限発揮するには当該無線の整備が必要不可欠となる。2009年3月31日現在、全国の同報系市町村防災行政無線の整備率は75.9%であり、未整備地域の解消が今後の課題とされている。
また防災行政無線の特性上、聞き手が屋内にいる場合や豪雨時、強風時などには情報が的確に伝達されないおそれがあることから戸別受信機の配備、携帯電話等へのメール配信やCATV網を使用した伝達、ワンセグ放送を通じた伝達など他の伝達経路の併用による情報伝達体制の強化も課題とされている。
今後の全国的な運用に向けては、次のような課題がある。