化学ライブラリー
時には、化学物質を外部ベンダーから購入し、内部の化学ライブラリーに組み込むこともある。それらの範囲や設計に応じて、化学ライブラリーは、多様な指向性、薬物らしさ、リードらしさ、ペプチド模倣性、天然物らしさ、キナーゼ、GPCR、プロテアーゼ、PPIなどの生物学的標的の特定のファミリーに対する標的などに分類することができる。化合物ライブラリーの中でも、フラグメントベース創薬(英語版) (FBDD) に主に使用されるフラグメント化合物ライブラリーに注釈を付ける必要がある。 化合物ライブラリーは標的に活性を示す化合物が含まれていることが重要であり、化合物空間が広ければよいということでも、ドラッグライクライブラリーやフォーカスドラブラリーのように標的に合わせて絞り込んでおけばよいということでもない。スクリーニングの結果、シードすらヒットしないことも多く、医薬品開発費の増大を招いた要因の一つである。
考えられるすべての有機化学物質の「化学空間」は大きく、分子の大きさとともに指数関数的に増加する。ほとんどの化学ライブラリーは、主に保管とコストの懸念から、通常、完全に表現された化学空間を持っていない。
化学合成には多大な費用と労力がかかるため、化学物質を正しく保存し、後の使用のために保管して、早期劣化を防ぐ必要がある。各化学物質には、特定の保存期間と保存要件があり、適切なサイズの化学ライブラリーでは、ライブラリー化学物質を定期的に廃棄および交換するためのスケジュールがある。化学物質の中には、かなり不安定なもの、放射性のもの、揮発性のもの、可燃性のものがあり、米国労働安全衛生庁(英語版)(OSHA) などの安全基準に従って慎重な条件下で保管しなければならないものもある。
ほとんどの化学ライブラリーは、バーコードやリレーショナルデータベースなどの情報技術で管理されている。さらに、大規模な化学ライブラリーでは、化合物を取り出すためにロボットが必要とされている。
化学ライブラリーの個々のエントリは数百万の化合物にも及ぶため、中程度の規模の化学ライブラリーでさえ、その管理にはフルタイムの努力が必要である。化合物管理(英語版)は、このような化学ライブラリーを管理および維持し、その管理における安全性と有効性を最大化することを目的とした分野の一つである。