清野謙次
清野は、幼少の頃から考古学を趣味にしており、仕事の傍ら古人骨・古文書・民俗学資料などの収集に情熱を傾けていた。収集するだけでなく古典の筆写も趣味とし、万葉、風土記など日本のものから、孝経、孟子、敦煌写本など中国の古典に至るまで相当数を書写し、それらをみな裝本し、交遊のあった名家に揮毫を求めて鑑賞を楽しんでいた。
清野は「誠に奇妙なる精神状態」のもと収集癖が高じ、京都の古寺から教典や古文書を盗んだ事件が発覚する。清野はその地位もあって京都の寺院に自由に出入りして経典を閲覧していたが、1938年(昭和13年)6月30日、疑いを持った神護寺側の通報から、帰宅途上刑事に尋問され、カバンの中から経典数十点が見つかり窃盗が発覚。教室と自宅からも京都市内の22寺社の経典630巻、さらに教授室から1360点の無断帯出が発見された。なかにはすでに表具され、所蔵寺不明となったものもあった。
清野は逮捕され、控訴審で懲役2年執行猶予5年の有罪判決を受ける。このため清野は京大を免職になったばかりか、濱田耕作京大総長も辞意を表明した。大学は逮捕後直ちに清野を休職処分とし、7月10日から半年間京都刑務所に収監されている間に、人類学での友人でもあった総長濱田の辞職表明、総長選挙途中での文部省の選挙の中止命令、総長選挙取りやめ、その1週間後の7月25日の心労による濱田の急死に至り、京大開学以来のスキャンダル事件に発展、清野は翌1939年(昭和14年)8月1日付をもって辞職となった。また、正四位返上を命じられた。
清野は次のように表現している。「この意味において日本島は人類生息以来日本人の故郷である...断じてアイヌの母地を占領して居住したものではない」「我らの先祖は気宇広大でよく他人種をいれて自己の種族に同化したのであった」。
しかし、清野はこの直後から論調を転換。人種的混合を完全否定し、人類が発祥してすぐに「日本人」は「日本」の地を占拠し以後連綿と現在まで続いていると主張するようになる。清野は『日本民族生成論』において「皇国のありがたさ」「日本民族の独自性ある生い立ち」を「数理」から立証した自説を読んで「日本国民としての自覚を増していただきたいため」にこの本を書いたとのべている。
当時日本旧石器時代人の論争で有力だった小金井のアイヌ説を真っ向から否定した清野説は多くの学者に歓迎された。これは時局的に微妙な原日本人論争を避けることができるためとも言われる。実際、清野の論文の後は、学者らは原日本人のことを論文に「書かなくなった」。以降清野説はDNA分析が主流になるまで原日本人論争の主流となった。
アイヌ説の小金井良精は「北方において、いかなる種族と混血して、現今のごときアイヌができたのか、全く不明」であるとの批判をもっていたが、それを公にすることもなく、自説を守り通した。東京大学人類学教室の大島(須田)昭義は清野の研究は「文化をもって石器時代人種を論じ来た者への頂門の一針」であると受け取った。東大人類学教室の中谷治宇二郎は「自分は先史考古学の研究を企てている者の一人であるから、人種論は分からない。また、急いで分かる必要もないと思っている」という。これまでの先住民論争は「常に考古学的、歴史的、民族的な立場」に基づいて行われていた。旧来の方法を捨てて「説は一々の科学的考察の元に到達されたもので、少しの予断も許さない以上、当然の帰結である。清野博士の獲得されたものは学説ではなく事実である」とまで極言した。
明治・大正期に人種論にとりくんでいた形質人類学者は小金井一人であるといっても過言ではなかったし、既に70歳に近い高齢の小金井から次の世代への交代時期が来ていた。したがって、ほぼ同時期に活動を始めた清野謙次と長谷部言人がともにアイヌ説を継承しなかったことは、決定的な意味を持っていた。
1926年当時、日本旧石器時代人の論争は小金井良精のアイヌ説にまとまりつつあった。彼は1919年から翌年にかけて、岡山県津雲遺跡で縄文人骨46体を発掘したのを皮切りに、きわめて精密な計画のもとに異常な速さで日本各地の古人骨を入手していく。そして、1926年「津雲石器時代人はアイヌ人なりや」という論説を発表する。その論説は、彼が収集した日本各地の古人骨を使って人骨の各部位の長さの比率などを測定したもので、「現在の日本人とアイヌ人は、津雲人と比較するとずっと似ている」と主張した。
彼は「感情を入れる余地をなくする為には研究の結果を正確科学の趣旨に基づいて数学的に取り扱うのが宜しい」といい、津雲人、アイヌ人および現代日本人相互の三角関係を求める。すなわち、三者の人骨を計測しモリソン・マルチン氏変差図を作成すると「津雲人は幾分アイヌ人に類似している。そしてアイヌ・畿内人間の距離は殆どアイヌ人・津雲人間の距離と等しい」「元来アイヌ人といい、日本人というのは、今日の体質の人民に対する名称である。日本石器時代人民がこの両者に血を分けたけれども、日本石器時代人民と同体質のものは既に地上に存在せぬ」と主張した。つづいて翌月発表の論文ではハインリッヒ=ミュンターの論文を読み、ポニアトウスキー氏型差公式によるのがもっとも正確であると判断して、三角関係図を作成し、やはり「日本人とアイヌ人は、アイヌ人と津雲人よりもずっと似ている。津雲人は現代の両人種よりもずっと異なっている」ことを確認する。その理由として「現代アイヌ人も現代日本人も元々日本原人なるものがあり、それが進化して、南北における隣接人種との混血によって成ったものだ」としている。