落合直亮
12月29日、難航の末、一行は紀州九鬼に到着する。協議の結果、落合は坂田三四郎、伊牟田尚平とともに陸路をとって京を目指すことになり、翌朝出発した。3人は苦心の後、慶応4年1月4日に京に入り、鳥羽・伏見の戦いの直後に西郷隆盛と面会。西郷は、「君等が江戸で尽力してくれたので、旧臘二十五日の焼討が起り、それがため、今日の戦争となり、愉快な時がいよいよ来た」と述べて、功をねぎらった。
落合は、同志の権田直助とともに、征討大将軍仁和寺宮嘉彰親王の錦旗奉行・五条為栄に従って、新政府軍に属することになった。これより、落合は「水原二郎」の名を捨て、本名に復した。落合は関東に討ち入ることを望んでいたが、五条が四国・中国の鎮撫使となり、姫路に行き、次いで再び京都に引き上げてしまったので、失望して五条家を去った。なお関東に向かおうと奔走するうち、岩倉具視から関東探索の密命を受ける。
落合は権田とともに関東を目指し、2月10日に京都を出発、2月15日に信州下諏訪に到着した。下諏訪には相楽総三率いる赤報隊の本部があり、そこへ岩倉からの伝言をもたらす任務を遂行した。到着時に相楽は出張していて不在で、3日経っても帰らなかったので、その部下たちに「京都での赤報隊の評判が悪いので、官軍の本隊が来るまで隊員をまとめ、恭順の意を示すように」との助言を与えた。
3月3日に行われた赤報隊幹部8人の処刑に際し、京都に戻っていた落合は悲憤し、権田や斎藤謙助などとともに、岩倉具視の暗殺を画した。しかし、それを聞いた岩倉は自ら落合と斎藤を呼び出し、人払いをした上で丸腰で説得したので、暗殺を断念したという。