新宝島
手塚本人は、酒井が鬼籍に入った後に発売された手塚治虫漫画全集のリメイク版のあとがきで「酒井さんが、原案と構成をしたことになっているが、原案はともかく、構成の草案は自分がした」と記している。
同時に当時の日記も載せている。しかし宝島制作時の日記は数か月分は載せていない。
中野晴行は共作者の酒井が元アニメーターであったことから、映画的表現はむしろ酒井の功績であるとの考えを示した。他にも日記が抜けている事、手塚の母親の手紙に酒井の指導があったと記述された件や酒井や手塚の周囲の人達からの証言、絵の構成の違い、楳図かずおやさいとう・たかをの発言を挙げている。
一方、野口文雄は中野の説に反論し、日記について森晴路に問い合わせた所、現物を見ればわかるが初めから書いてなかったと発言している。(似た発言を手塚治虫文庫全集のあとがきにて森は語っている)
手塚の母からの手紙は『マイナーなまま、これといった作品も残せずに忘れ去られて迎えた死の報を聞いて、功成り名遂げた我が子を遜って、「指導を仰いだ」というような書き方をするのはごく普通のことであって、それを鵜呑みにするのは正当な解釈とも思えない。』(原文ママ)と述べており、原稿を何度かやりとりしたのは、指導ではなく手塚の才能を引き出す為はげましていただけに違いないと述べている。
手塚が虫プロダクション社長時代にスペシャルアニメとして制作・放映した『新宝島』は本作とはまったく関係がなく、スティーブンソンの『宝島』を翻案したものである。詳細は「新宝島 (テレビアニメ)」を参照。
ロックバンド・サカナクションが2015年に発表した同名楽曲は、本作の題を借用したものである。同曲は、漫画家を目指す2人を描いた漫画を原作とした実写映画『バクマン。』の主題歌に書き下ろされた楽曲である。詳細は「新宝島 (曲)#発表と制作背景」を参照。