第百一航空戦隊
輸送機に直接積み込む方法。零式輸送機・九六式陸上攻撃機・一式陸上攻撃機・深山・九七式飛行艇・二式飛行艇などの大型輸送機では、需品や解体した航空部品を輸送室に積み込んだ。深山は特に航空魚雷を解体せずに搬入できた。主に航空廠を擁する拠点基地向けの便に充当された。
滑空機を牽引する方法。ク8型などの輸送スペースがある滑空機を輸送機で牽引飛行する。昭和19年12月30日に鈴鹿飛行場を離陸した一〇〇一空の牽引実験機が伊勢湾で墜落し、不採用となった。
輸送対象機を直接運行する方法。零式艦上戦闘機・雷電などの戦闘機、彗星・天山など、現地要員が本土に戻って受領できない場合に用いる方法で、輸送機航空隊要員が現地基地まで実機を運転し、随伴する大型機に便乗して帰還する。外地向け便には上記の大型輸送機が随伴したが、本土内輸送では白菊などの練習機も用いられた。
輸送対象機を護衛する方法。輸送対象の航空機は現地要員が操縦し、輸送航空隊は護衛戦闘機のみを同伴して防空に専念する方式で、硫黄島や本土内輸送路で頻繁に採られた方式である。
佐土原親光(昭和19年7月10日-)
宇都米二(昭和19年8月21日-)
那須和(昭和20年7月頃-戦後解隊)
部隊番号では末尾だが、輸送機航空隊としては三番目の昭和19年4月1日編制。輸送機はなく、陸攻を主体に護衛戦闘機24機・随伴艦爆24機で編制された。美保飛行場を原隊とするが、厚木飛行場や横須賀飛行場に常駐し、本土内や硫黄島向けの輸送に従事した。当初より護衛戦闘機隊を持ち、短距離輸送に特化している。一〇〇一空とともに百一航戦編制当初からその一員であった。一〇二一空を編入したものの、フィリピン戦線で機体を失った旧一〇二一空要員に回す機体はなく、実際に活動していたのは厚木常駐の部隊である。