北山形駅
特例として、左沢線(東金井駅以遠)の普通列車(当駅停車の「さくらんぼ風っこ号」、SL列車などの臨時快速列車を含む)等と当駅を通過する列車(現在、定期列車では山形新幹線の列車のみ)相互間を山形駅で改札口を出ずに乗り継ぐ場合に限り、当駅 - 山形駅間は区間外乗車が認められていて運賃計算には含まれないことになっている。なお、当駅に停車する列車同士の乗り継ぎの場合と、営業キロ101 km以上の長距離乗車券であっても山形駅で途中下車する場合はこの特例の対象外となり、当駅 - 山形駅間の往復運賃(300円)が必要となる。
1 - 4番線・6番線は6両編成に、5番線は4両編成にそれぞれ対応している。山形新幹線開通前までは、1番線は12両編成に対応するなど、各ホームは現在より長かった。1番線の新庄側にその名残が見える。
東口のほうが利用客が多いため、東口駅舎にのみ駅員が配置されており、駅事務室や有人の窓口などがある。JR東日本東北総合サービスによる業務委託駅で、山形駅が管理する。みどりの窓口設置駅である。東口と西口の両方に自動券売機がそれぞれ1台ずつ設置されている。
また、国の法律に基づき、1日の平均乗車数が約3000人いる鉄道駅について 「段差の解消」などのバリアフリー化を促していて、当駅もこの対象となっていた。その為JRは駅の連絡通路と駅ホームを繋ぐエレベーターを設ける整備を進め、2023年3月16日の午後から使用開始されている。なお、エレベーターは計4基設置され、そのうち4・5番線については平面で連絡できる通路が増設され、その中間にエレベーターが設置された。