ホタルイ
ホタルイに似た植物で、最もよく見かけるのがイヌホタルイ (S. juncoides Roxb.) である。ホタルイと同様に、さまざまな湿地にも見られるが、イヌホタルイは特に水田によく出現する。形態はよく似ていて、イヌホタルイの方がやや小型、小穂はより細長い傾向がある。一番の区別点はホタルイの柱頭が三つに分かれるのに対して、イヌホタルイのそれは二裂であることである。ただし、イヌホタルイの小穂を解体すると、柱頭が二のものと三のものが交じっている。この両者を同種内の変種と見て、イヌホタルイはホタルイが水田雑草として適応した型ではないかとも言う説もある。
ヒメホタルイ (S. lineolatus Franch. et Sav.) は池の周辺などに生育する小型種で、地下茎が横に這う点が大きく異なる。タイワンヤマイ (S. wallichii Nees in Wight) は小穂がやや細く尖ること、針状付属物が果実の二倍くらいと長いことが特徴であるが、ホタルイなどと混同されることが多い。他にもいくつか類似の種がある。