ミクロイドS
第9話に登場。ギドロンから派遣された刺客であり、セミのサイボーグ(ヤンマ・談)。催眠音波でアゲハやマメゾウを操ってヤンマを襲わせた。元が昆虫であるにもかかわらず知能が高いようで、催眠状態のアゲハやマメゾウを通して、ヤンマと会話もしている。学の乗る遠足バスをアゲハに襲撃させる一方で、潜んでいた洞窟でマメゾウと戦いになり、ミクロイドショックをくらって爆死した。
声 - 肝付兼太、野村道子(第18話)ほか
第18話から登場。3羽のカラスと喧嘩していたところマメゾウに加勢され、学からは傷の手当てを受けたことがキッカケにペットとなる。
高度に知能の進化した蟻“ギドロン”は、砂漠の地下に造り上げた巨大な要塞を棲み処とし、さらった人間を自らに適したサイズに縮小化した“ミクロイド”を奴隷にしていた。ミクロイドであるヤンマ・アゲハ・マメゾウは、人間社会を征服しようというギドロンの計画を人類に伝えるために、ギドロンの世界から脱走した。しかし行く先々で出会う人間たちは、ある者はミクロイドをその目で見ても信じず、ある者は軍事に利用しようと企むなど、ヤンマたちの警告をまともに受け止めようともしない。絶え間ないギドロンの追っ手との戦いが続くなか、その道程で科学者・美土路(みどろ)博士と息子・学(まなぶ)と知り合ったヤンマたちは、ようやく良き理解者を得るのだった。(以上、第1話より)
その後もギドロンは3人を抹殺するために、次々と昆虫ロボットやミクロイドの刺客を送り込むと同時に、破壊工作を行って人間社会を混乱に陥れる。ヤンマたちは美土路博士や学とその友人たちの協力を得て、ギドロンに立ち向かう。
頭部こそ大きいものの人間に近い姿をした(四肢を持ち二足歩行をする)ゼルギというギドロンの主(最高指導者)の下、百万の親衛隊のギドロンがおり、その下に10億ぐらいの労働者とギドロン兵とその子供、そのほかに“人虫(ひとむし)”や“虫を改造したサイボーグ”らを従えた科学者グループとで構成され、わずか5千人のミクロイドたちは、それらの奴隷としてこき使われている。世界中の昆虫を操ったり、サイボーグにしたりすることが可能であり、いつでも人間や哺乳類を駆逐して地上を支配できると考えている。TVアニメ版のような昆虫型ロボットは所有も使用もしておらず、人間への攻撃はもっぱら人虫や虫たちの大群を操って行われた。
なお、ヤンマたちはアリゾナの砂漠からやってきたらしく、美土路博士はこのことから、ギドロンの本拠地はゼルギの居るアリゾナ砂漠であろうと推測していた。
ギドロンがどのように誕生したかについては、漫画・アニメとも詳しくは語られておらず、ネットや各所で「人間の歪んだ科学が生んだ」「突然変異によって高度な知能を持った」などとするものも散見されるが、特にそのような因果関係の説明はない。
声 - 井上真樹夫
トンボをモチーフとしたミクロイド。
ギドロンの脅威を人間に警告し、共に立ち上がってもらうために、アゲハとマメゾウを連れてギドロンの世界から脱走してきた青年。常に慎重で沈着冷静、人当たりが強くかつクールでドライな言動から冷徹・非情と誤解されることもあるが、実際には情に厚く(第3話など)、ミクロイドの友人たちの悲劇的な最期に際しては激しい怒りと悲しみを見せるなど(第4、8、13、20、24話ほか)、感情を露にすることも多い。
ギドロンの世界ではコンピューター技師であり(第1話)、かつS-1(エスワン)と呼ばれるS班の班長として、アゲハやマメゾウを管理・監督する立場にあった(第3話)。
家族は志賀高原の地獄谷に健在で、母親と“たー坊”と呼ばれる乳飲み子の弟が、友人と砂漠に出かけて消息不明となった息子(ヤンマ)の生存を信じつつ暮らしていた(第15話)。父親は登場しておらず、特に触れられてもいないため詳細不明。
ヘルメット正面の2つの球体から破壊光線ミクロイドビームを発射することができる。また、その羽はとりわけ鋭く、「ミクロイドカッター」として敵を切断する武器としても使用される(劇中では「ミクロイドカット!」の掛け声で使われている)。
漫画版では父・クロロクから、人類にギドロンの陰謀を警告する使命を託されて人間界に脱走して来るのであるが、そもそもギドロンによる支配をどう思っていたのか、なぜ人間のためにそこまで尽くすのか、その強い信念がどこからくるのかといった、ヤンマ自身の心境やバックボーンはほとんど描かれていない。図らずも追っ手に任命された兄・ジガーと、生死を賭けた対決をすることになる。
第2話に登場。ロボットでありながら幼虫(アリジゴク型)から蛹を経て成虫(ウスバカゲロウ型)に変身する機能を持つ。幼虫時は地中を自在に動き回り、街のいたるところの地面に穴をあけて破壊工作を働いたが、成虫になると生えた羽で空を飛び回り、ミクロイドナイフやミクロイドビームも通じない強固な硬さの体となって、退治にやって来たヤンマを苦戦させる。しかし関節部を狙ったヤンマの攻撃で尻尾を斬り落とされ、アゲハの鱗粉でダメージを受けたところを、マメゾウのミクロイドショックを受けて機能停止した。ヤンマたちはギドロンの物的証拠としてその残骸を確保しようとするが、証拠隠滅のために自爆されてしまう。
声 - 神山卓三
第16話に登場する。その名前と容姿からブヨをモチーフとしていると思われる。陰湿で残酷な吸血ミクロイドで、血を吸われた生物は人間と言わず動物と言わず、痩せ細ったうえで凶暴化してしまう(劇中では狂ったようにモノに噛みつくようになる、と語られている)。かつてギドロンの世界でも弱い者いじめをしては、ヤンマと衝突していた。皺だらけの醜い顔をしており、ヤンマを若造呼ばわりしていたことから年配者らしい。人々を凶暴化させて世間を騒がせるが、それに気づいたヤンマと対決の末、背後から襲いかかった際にミクロイドナイフのカウンターを受けて串刺しとなる。なお吸血は口からではなく、頭部の針を刺すことで行われる。
第14話に登場する。廃坑が決まっていた炭鉱を利用して、基地を建設しようとしていたミミズ型ロボット。ミクロイドビームが通じないうえに、体を切り刻まれても再結合や再生をしてしまう強敵。また、分裂して複数になることもできる。炭鉱夫である源爺さん(源次)のダイナマイトによる自爆でようやく倒された。
声 - 鈴木泰明
第7話に登場する。体を透明にする能力を持ち、密かに人間界で破壊工作を行っていたミクロイド。さらに美土路邸にも襲来し、熱線眼鏡によって姿が発覚するもヤンマに深手を負わせて去る。しかし再度の襲撃の際に、ラッカーを浴びせられて姿を隠せなくなり、実は傷が癒えていたヤンマの逆襲に遭って敗れた。ミクロイドビームを浴びて爆死しているが、機械的に身体を改造されていたのか、あるいは自爆用の装備でもあったのか、詳細は不明。