ニシキハコガメ
最大甲長14センチメートルとアメリカハコガメ属最小種。オスよりもメスの方が大型になる。背甲はドーム状に盛り上がり、上から見るとやや細長い円形や円形に近い卵形。腹甲が地面と平行に接する状態で、第1椎甲板の傾斜の角度は地面に対して45°以下。椎甲板には筋状の盛り上がり(キール)がないか、あっても極めて不明瞭。第1縁甲板は楕円形や三角形。背甲の色彩は黒や暗褐色で、放射状に黄色や黄褐色の斑紋が入る。種小名ornataは「飾り立てた」の意。腹甲の蝶番は第5縁甲板と第6縁甲板の継ぎ目(シーム)の周辺か、より後方にある。蝶番より後方の腹甲(後葉)の正中線上の長さ(後葉長)に対し、左右の腹甲板の継ぎ目の長さ(間腹甲板長)が32%以下、左右の股甲板の継ぎ目の長さ(間股甲板長)が18%以上、左右の肛甲板の継ぎ目の長さ(間肛甲板長)が47%以上(後葉長=間腹甲板長+間股甲板長+間肛甲板長)。
孵化直後の幼体は甲長3センチメートル。幼体は背甲の色彩が黒や暗褐色で、明色斑が入る。
オスは後肢の爪が幅広く湾曲し、特に第1趾で顕著。オスの成体は虹彩が赤い個体が多く、メスや幼体は虹彩が黄褐色。
T. o. ornata キタニシキハコガメ
放射状の明色斑が少なく(第2肋甲板で約5-8)、暗色部よりも割合が小さい。老齢個体でも斑紋が消失したり、不鮮明になることはない。腹甲の色彩は黒や暗褐色で、放射状に黄褐色や淡黄色の斑紋が入る。
T. o. luteola ミナミニシキハコガメ
放射状の明色斑が多く(第2肋甲板で約11-14)、暗色部よりも割合が大きい。老成個体では斑紋が消失したり不明瞭になり、背甲が淡緑色や黄褐色一色になる。腹甲の色彩は淡黄色で、放射状に暗褐色の斑紋が入る。