クエルナバカ大聖堂
この時期における他の修道院と同様、まだ敵対的な先住民から新規の修道者を守る要請から、高く大きく厚い壁とマーロンが共に建てられた。元来の修道院の土地は現在の建築群を越えて広がっており、大きな庭園や修道士たちへの食料やその他の必要なものを供給するために使われた土地が含まれていた。
教会を含む建築群は段階的に建築され、それらの改築は16世紀から始まった。1532年には北側の出入口におとめマリアのモノグラムが彫られたが、この北側のファサードの竣工を示したものではなく、最もそれらしい説では1574年に完成している。この年に死亡した修道士が食料の貯蔵具合をみるために教会の屋根に登ることに慣れたという話が記録されており、これは先住民の家屋の屋根で行われている作物の乾燥を確認するためであった。この地を訪れた修道士のアロンソは1585年に、建築群は完成し、良い構成で、教会、寮、庭園が含まれていると書き記している。この地での何人かの以前からいた修道士たちの死と退任について同じ修道士が記している。ほとんどの主な教会は、17世紀後半に完成された。
しかし、初期の建築から修道院の地上階のアーチに沿って残されている教会の外郭だけは、その後の改築計画の原因となった。歴史を通してこれらの教会建築物群、特に主となる教会は、何度か改装された。これは宣教運動の重要な拠点というだけではなく、のちには大聖堂になった教区教会としての重要性によるものでもあった。この大聖堂を含む14の初期修道院建築群は世界遺産に登録されたが、この大聖堂はその中でも建築されてから大規模な改修を経験した唯一のものである。
17世紀にも教会への改修が施された。始まりは、2つのチャペルの建設で、これにはラテン十字を配置するための設計がなされた。