大岡寺
しかし、江戸時代に入ると水口岡山城は廃城され、寛永11年(1634年)に新たに水口城が築城される。そして大岡山は古城山(しろやま)と呼ばれるようになった。
天和2年(1682年)に加藤明友が2万石で入城して水口藩が成立すると、東之坊はその祈願所とされ、寺領、大般若経六百巻、梵鐘等の寄進を受けた。そして正徳5年(1715年)、住持の寂堂は藩の許可を得て東之坊を水口藩の御林山となっていた古城山の麓である現在地に移転させ、名称を龍王山大岡寺と改めて元あった地に再興した。さらに古城山の山頂、水口岡山城の跡地に奥の院として阿迦之宮を翌享保元年(1716年)に建立している。
寛政7年(1795年)には松尾芭蕉の「命二つ中に活きたる桜かな」の句碑が建てられたが、ここにある桜は、現在水口八景の一つに数えられている。
1919年(大正8年)には恵良によって裏山に四国三十三観音霊場の石仏群が作られた。
1966年(昭和41年)には荒廃していた阿迦之宮を再建し、その後に水口岡山城の城主であり関ヶ原の戦い後に自害させられた長束正家も合わせて祀っている。