任官辞退
創設以来、防衛医科大学校にあるような卒業後一定の年限を経ずに退官した者に対する学費返還制度を設けていなかったが、2011年(平成23年)9月、防衛大臣の指示に基づき「防衛大学校改革に関する検討委員会」が設置され、計8回の審議の後、2011年6月、償還金制度導入を含む報告書がまとめられた。その後の2012年(平成24年)1月、防衛省は同制度を盛り込んだ自衛隊法の改正法案を第180回国会に提出したが、衆議院で審議未了、廃案となった。同法案では、学費返還の対象は平成26年度(2014年4月)の入校生からとしており、最大の徴収額は卒業時の任官辞退者で国公立大学4年在学間の授業料と入学金に相当する約250万円を、卒業後6年以内に退官する場合も在職月数に応じて減じた額を徴収するとしていた。
この制度は、平成28年度(2016年4月)以降の入学者が任官辞退または卒業後6年以内に退官した場合に適用される予定であった。2012年11月以降、本科学生を対象とした償還金制度導入を含む自衛隊法の改正法案は提出されていない。