タンパク質タグ
最も多く用いられているのは、他の分子との特異的親和性(結合性、アフィニティ)を利用したアフィニティタグである。これらはタグをつけたタンパク質自体の単離や、それと相互作用する別のタンパク質を回収する方法(プルダウン法:共免疫沈降法と同じ原理)に、またはタンパク質を固定化する手段として用いられている。
一般のタンパク質の単離・精製には個々のタンパク質に応じた方法を実験的に比較検討し試行錯誤を要するが、遺伝子工学的に発現させる場合は初めにアフィニティタグを付けておけばその手間が省け、容易に高純度にできる。
さらにタグと目的タンパク質との間が特定のプロテアーゼで切り離せるようにしたタグもよく使われる。タグを介して吸着したタンパク質をプロテアーゼ処理すれば、目的タンパク質部分だけが外れて回収できる。
代表的なものとしてはHisタグ(ヒスチジンタグ)がある。これはヒスチジン残基を6個ほどつないだ短いペプチドで、ニッケルなどの金属イオンと特異的に結合する性質がある。ニッケルイオンをキレート樹脂に固定化しておき、Hisタグのついたタンパク質の溶液を流しこむと、タンパク質は樹脂に吸着する。ここへニッケルイオンあるいはイミダゾールなどニッケルイオンと結合する低分子化合物を流しこめば、タンパク質は樹脂から外れて回収できる。