アッチソン・トピカ・アンド・サンタフェ鉄道
ガルフ・コロラド・アンド・サンタフェ鉄道(英語版)(1887年 - 1965年) - 列車運行を行っていた子会社
カリフォルニア・アリゾナ・アンド・サンタフェ鉄道(英語版)(1911年 - 1963年) — 列車運行を行わない子会社 サンタフェ・プレスコット・アンド・フェニックス鉄道(英語版)(1892年 - 1911年) アリゾナ・アンド・カリフォルニア鉄道(英語版)(1903年 - 1905年) ブラッドショー・マウンテン鉄道(英語版)(1902年 - 1912年) - 列車運行を行わない子会社 プレスコット・アンド・イースタン鉄道(英語版)(1897年 - 1911年) フェニックス・アンド・イースタン鉄道(Phoenix and Eastern Railroad、1895年 - 1908年)
カリフォルニア・サザン鉄道(英語版)(1880年 - 1906年) - バーストウ(英語版)とサンディエゴの間の連絡路線を建設するために路線特許を得た子会社
グランド・キャニオン鉄道(英語版)(1901年 - 1942年) - 1902年に列車運行を行う子会社となり、1924年に運行を行わない子会社となった サンタフェ・アンド・グランド・キャニオン鉄道(英語版)(1897年 - 1901年)
ミンクラー・サザン鉄道(Minkler Southern Railway Company、1913年 – 1992年?) - ポータービル-オロシ地区を建設するために設立された子会社
レッドビル(英語版)は、コロラド州の鉱山地帯の中でももっとも生産性の高い場所であった。この地域での鉱業は1859年に始まり、最初は金を目的とし、20年ほど経ってからは銀を目的としたものになった。社長のウィリアム・ストロング(英語版)と共に数名の取締役は、コロラド州およびニューメキシコ州北部の鉱山の町に食料・装備・その他の補給物資を輸送する需要に対して投資しようとした。これを受けて、サンタフェ鉄道は1877年から、プエブロからアーカンザス川に沿って、そしてロイヤルゴージに沿って西へと延長しようとした。ロイヤルゴージはサンタフェ鉄道とデンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道の双方が通過するにはあまりに狭く、アーカンザス川に沿うボトルネックとなっており、そしてこれ以外にはサウス・パーク地区にたどり着ける合理的な方法がなかった。このため、この峡谷を抜ける線路を建設する競争が始まった。物理的な対決は2社の間で2年に及ぶ低レベルゲリラ闘争となり、後にロイヤルゴージ鉄道戦争として知られることになった。連邦政府がこれに介入して1880年2月2日に示談となり、通称「ボストン条約」と呼ばれる協定を結んだ。この協定では、デンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道が路線を開通させることが認められ、その路線をサンタフェ鉄道が使用できるように貸し出すことになった。