マニラ大虐殺
エルミタ地区では、フィリピン人に加えて、居住していたヨーロッパ系の住民なども避難を開始していた。そのような状況であった2月9日に、日本軍によって住民がファーガソン広場に集められた。集められたのはフィリピン人の他にも、同盟国のドイツ人やイタリア人、中立国のスペイン人、ロシア人などのヨーロッパ系白人も含まれていた。日本兵は集めた住民に「アメリカ軍はどこにいる」、「ゲリラのメンバーか」など尋問したのち、午後7時か8時ごろ、男たちだけのグループと女性・子どもたちのグループに分けられ、女性と子供たちのグループは広場の近くにあるベイビューホテルに収容されたが、そのなかから、イギリス人、トルコ人、スペイン人、イタリア人の若いヨーロッパ系白人女性を中心に20数人の女性が選抜されてホテルの近隣にあったレストラン「コーヒーポッド」に連れていかれると、数日間に渡って繰り返し多数の日本兵から性的暴行を受けることとなった。暴行を受けた女性のなかには少女も多数含まれていたが、その最低年齢は11歳から14歳まで証言によって食い違っている。14歳のイギリス人少女はコーヒーポッドの状況を、「日本兵たちは少女の腕をつかまえ部屋から引きずり出していきました。少女たちは抵抗し床に転がりましたが、同じようにして、銃剣をつきつけて、連れ出されました。少女たちは泣き叫びながら、連れて行かないように嘆願しましたが、無視されました。」「私たちはとても怯え、できるだけ目を付けられないように努力しました。髪の毛を顔にたらして隠し、できるだけ部屋の隅にうずくまっていました」と述べている。
また、日本軍に友好的と思われていた部落が日本軍の部隊を宴会に招き、饗宴の途中で突然ゲリラが襲撃してきて、油断していた日本軍がだまし討ちされたという事例も発生しており、多くの戦友や一般の邦人をゲリラに殺害されて、その報復として日本軍のゲリラ討伐が激しくなっていったという指摘もある。ゲリラ活動が激しかったバタンガス州でゲリラ討伐を行った兵士によれば、多くの戦友がゲリラに殺害されており、自らもフィリピン人に殺される夢を見るほどに追い詰められていたという。そのため、連日ゲリラ討伐としてフィリピン人を殺害しており、その兵士にとって戦争はアメリカ軍との戦闘ではなく「ゲリラ討伐」というフィリピン人殺害であった。
ゲリラとの戦闘が激化するにつれて、ゲリラ捜索が強化され、マニラ市内でも憲兵がゲリラの疑いがあるといって多くのフィリピン人を逮捕拘束した。ゲリラの容疑者とされたフィリピン人の多くは身に覚えがなかったが、憲兵隊の捜査は強引で杜撰なものであった。1944年9月にマニラでゲリラ容疑者として逮捕されたフィリピン人ホセ・ポルカピリオは、他に逮捕された多くのフィリピン人と一緒に、目のところに2つの穴が開いている黒い袋を頭から被っているフィリピン人協力者の前に立たされたが、その協力者が1人1人首実検し、ゲリラであると指さされると問答無用にゲリラとみなされて、ポルカピリオもゲリラと指さされてそのまま拘束されたという。ポルカピリオはマニラの都心イントラムロスのサンチャゴ要塞(英語版)にあった地下牢に連れていかれ、連日水責め、棍棒での殴打、柔道技での暴行、生爪をはがして120ボルトの電流を流すなどの激しい拷問を受けてゲリラであるとの自供を強要された。
マニラを占領後にアメリカ軍歩兵第37師団医務班のディヴィット・V・ビンクレー少佐が報告した日本軍の虐殺は以下の通り。
2月7日、男女およぶ幼児の屍体24個を停車場付近にて発見。これら犠牲者は日本軍によりゲリラ活動嫌疑の下に射殺されたものである。
2月15日、男女および幼児の屍体19個をタバカレーラ付近において発見。婦人は全て銃剣によって刺殺されたものである。
2月13日、ド・ラ・サール学校において、男女および幼児の屍体76個を発見。これらは焼かれ、射殺され、あるいは銃剣にて刺されたものである。
コンコルディア学校において、100名の男女および幼児が焼き殺されていたのを発見。
サンチャゴ堡塁において、3つの地下牢内にフィリピン人の屍体約600を発見。屍体の状況は飢餓と窒息とを暗示している。
マッキンレー広場において、僧籍関係者40名の屍体を発見。彼等は両手を背中に縛られ、銃剣で刺殺されていた。
タフト街カンボス住宅において、婦人45幼児若干の屍体を発見。婦人の多くは殴打傷を受けていた。死因は銃剣による刺傷なりと認められる。
また、戦後に開廷されたマニラを含むルソン南部防衛の責任者第41軍司令官横山静雄中将のBC級軍事裁判においては、マニラ市内における大量虐殺事件として下記が訴状に挙げられている。
マニラ市イントラムロスのサン・オーガスチン教会での約 6,000人の虐殺(1945年2月6日~ 22日、起訴項目 47)
マニラ市イントラムロスにあった憲兵隊司令部、サンチャゴ要塞(英語版)とその周辺での約 4,000人の虐殺(同年2月6日~23日、起訴項目 49)
日本政府の責任については1960年代までの戦犯裁判、サンフランシスコ平和条約、戦後賠償交渉を通じてフィリピン政府ならびにフィリピン国民は日本の国際復帰に関して厳しい態度を取り続けていたものの、日本側がODA供与等の経済関係の構築、遺族の慰霊巡崇や遺骨収集等の民間交流、様々な場においてフィリピン側に対して非公式な謝罪を行い、フィリピン側がこれを受容する姿勢を取ってきたこともあって和解が進んできた。その一方、こうした和解によりかえって記憶の風化が進み、少なくとも日本側ではフィリピン戦およびマニラ戦に関する記憶が下の世代に全く継承されず、完全な「国民的記憶喪失」の状態となっている。第二次世界大戦終結60周年である2005年に日中および日韓の歴史認識をめぐる問題への関心が高まる中、フィリピン政府は靖国参拝や「歴史問題」に関与しない姿勢を貫いた一方、メディアや世論ではマニラ戦追悼式典にフィリピン政府が重きを置かないことに対する批判、フィリピンにおける日本軍の残虐行為が国際的に認知されていないことに対する不満、さらには日本側が「記憶喪失」に陥っていることに対する反発の動きが強まったが、在フィリピン日本国大使館特命全権大使の山崎隆一郎があちこちの式典に出向いて、心からお詫びをしたことで大きな問題に発展しなかったが、これについても日本では報道されていない。
マニラで死んで、特攻隊にお詫びするんだ」という富永自身の強い拘りもあって、山下の方針に反してマニラからの撤退を拒否していた。第4航空軍の参謀ら司令部要員も軍属に至るまで、富永の「マニラ軍司令部を最後まで死守する」という覚悟を礼賛し、富永と運命を共にする覚悟で司令部外郭の防備強化に奔走していた。
山下は、富永と陸軍幼年学校からの同期で個人的にも親しかった第14方面軍参謀長武藤を説得に差し向けた。撤退を促す武藤に対して富永が「航空隊が山に入ってなにをするのだ? 」と不満を明かしたところ、武藤も理解を示して「燃料も航空機もない山中に航空司令部が固着しても意味はない。司令部に来て山下閣下と相談し、台湾に下がって作戦の自由を得た方がよい」と第4航空軍を台湾に移動させて戦力の再編成を勧めるような提案をした。さらに、南方軍司令官の寺内寿一元帥も「老元帥は貴官を信頼しあり」という富永にマニラ撤退を頼み込むような電報を何度も送り付けている。それでも富永は頑なに撤退を拒否していたが、多くの特攻隊を送り出してきた富永の心身的疲労は極限状態に達していたうえ、デング熱による高熱で病気で床に伏せるようになり、精神的にも肉体的にも疲労困憊して限界に達していると考えた武藤が、1945年1月4日に再度富永と面談し、第14方面軍の司令部はバギオに転移するので、富永も体調が許す限り速やかに北方に移動するように勧めると、今回は素直にエチアゲへの撤退を承諾した。
第4航空軍をマニラから撤退させた武藤は、軍需物資を運びだすまでの間に最低限の戦力をマニラに置いてアメリカ軍の足止めをし、軍需物資の搬出が完了次第にマニラを撤退するという作戦方針とした。そこでマニラ防衛隊司令官の小林に最低限の兵力を残してマニラを撤退するように命じ、小林はマニラ防衛隊から野口勝三大佐が指揮する3個大隊を残すとマニラを撤退した。