シグマ ハーモニクス
「魂の影」が生じた場所で、その時間帯に起きた出来事を映像として再現する。フィールド上に存在する「魂の影」に調音査を使用すると始まる。再度「魂の影」を調べれば何度でも再演可能。刻音として記録された情報のみならず、時の再演で描かれたやり取りや関係者の台詞一つにも重要な手掛かりが隠されており、これらも注意深く観察しなければ謎は解けない。また、中には画面に表示されず、重要な場所に隠された魂の影も存在する。
しかしオリジナルであるゆうが未来への時渡りを行った不安定な存在であった事と、そのゆうの覚醒によって起きた時の爆発によって調律者としての記憶を破壊される。その後、自身の存在を保つ為にゆうの記憶を元に世界を再構築し、その中で黒上家次期頭首の学生「黒上シグマ」となった。
全ての事件を解決して逢魔人を倒したもののネオンを失い、現れた法水麟によって真実を突きつけられる。しかしネオンのいない世界を認めず、無意識のうちに世界の再構成を行う。その結果、本来の歴史に戻りつつある世界に辿り着き、自分の正体を知るも、シグマ自身の望む平和な世界を取り戻す為に同じ調律者である法水シグマを倒す事を決意する。一度はその圧倒的な力の差に全く太刀打ち出来ず敗北を喫するも、ゆうと美巫女によって召喚された対逢魔決戦兵器オルトゴールに搭乗し、激闘の末に勝利。平和な世界への調律を果たして消滅するが、その意識は記憶の一部と言う形で新たな世界のシグマへと受け継がれた。
ある日の夕食の最中、第一の事件同様に大婆が苦しみ出して倒れる。しかしその大婆はいつの間にか食堂から消えていた。それに呼応するように起こる連続殺人。次々と犠牲者は増え、遂には黒上館の人間は全滅する。では一体誰が犯人なのか。
十二支+αを象った式札を使用し、特殊な効果を起こす。敵とのエンカウントを避ける、魂の影を発見する、業逢魔の動きを止める、大時計の間に移動する、など効果は様々。刻の移動にも時間帯に応じた式札を消費する。減った式札はシナリオをクリアする以外にも、特定の行動で回復可能。
声 - 平野綾
本作のヒロイン。シグマの幼なじみで同級生。「札使い」の力を持つ月弓家の人間。神霊を憑依させる「神降ろし」の術と、神霊の力を封じた式札をシグマが制御する事により、逢魔を滅する事すら可能な戦闘能力を誇る。但し、憑依させた神霊は自身では制御が出来ない為、音使いであるシグマの奏でる曲と式札の力があって初めてその力を活かせる。シグマとネオン、どちらも一人では逢魔と戦う事が出来ず、パートナーの存在が不可欠となる。彼女自身は明るく素直な性格だが、神降ろしによっては人格が大きく変化する事もある。また、神降ろしの影響で体の燃費は非常に悪く、異常とも思える程に食欲が旺盛である。ドーナツが好きで、コーラで流し込むという不摂生な食べ方を好む。
彼女もまた調律者であり、ねね(月弓音音)をベースとして生まれたシグマ(月弓シグマ)である。ねねがゆうを守る為に行った未来への時紡ぎに対して生み出された調律者だが、本来は未来への時紡ぎは調律者にすら不可能であり、その調律の為に生まれた月弓シグマもまたイレギュラーな「シグマ」であった。調律すべき時はゆうが飛ばされた50年後であった為、それまで世界に留まる事になった月弓シグマはいつしか人間界へと溶け込んで行き、やがてゆうがベースとなった「シグマ」(黒上シグマ)が生まれる事を知った後は、彼に会う事だけを心待ちにするようになった。
戦闘中に流れる楽曲を変更することができる。楽曲は3つのイコライザー(式力ゲージ)の上昇速度に影響しており、その速度によって技が出せる(コマンド選択)までの時間が変わってくる。
逢魔人ディクソンが自ら出向き、歴史を改変して事件を起こす。黒上家に滞在していた母を迎えに麟が館を訪ねると、玄関前でねねが呆然と立っていた。麟に気付いたねねは「みんな...死んでる...」と呟く。その言葉通り、館ではねねを除く全員が死体と化していた。しかしねねの証言と照らし合わせると、これだけの手の込んだ大量殺人がたったの1時間足らずで行われた事になってしまう。果たして犯人はどんな手を使ったのか。