イスマーイール・ハーン
知事としての在任中、彼は半ば自立し、ヘラートをまるで個人的なレーエンのように統治した。その結果、中央政府との間に軋轢が高まることになった。とりわけ、イランとトルクメニスタンからの貿易品に課した関税から得られる莫大な歳入を政府に移譲することを、彼は頑に拒んだ。この資金はヘラートの戦後復興に充てられただけでなく、彼の私兵の整備にも回されていた。アメリカは、カルザイを支援しており、イスマーイール・ハーンのイランとの結びつきを懸念して、ハーンの追い落としを提案したと言われる。また、2003年3月には中央政府に伝えずにイランを訪問、ハータミー大統領と会談して復興支援要請を行うなど、独自の外交も展開した。
2004年3月21日、イスマーイール・ハーンの息子ミールワイス・サーディク航空・観光大臣がヘラートで国軍司令官の攻撃によって殺害されたことに端を発し、イスマーイール派私兵と国軍の衝突が勃発、100人以上が死亡する事態に発展した。翌日中央政府は国軍兵600人と内務大臣及び国防大臣を派遣して沈静化につとめたが事態はおさまらず、さらに8月にはイスマーイール派とアマーヌッラー将軍派の衝突で約50人が死亡する事件も発生した。中央政府は遂に2004年9月11日、イスマーイールをヘラート州知事から解任した。解任に抗議する支持者約800名が国連関係事務所に対し投石、放火等を行い暴徒化し、支持者の中で数名の死傷者が発生した。同年12月、懐柔策によって、彼はカルザイ政権に水資源・エネルギー相として入閣した。
1995年、イスマーイール・ハーンはマスードと協力してヘラートをターリバーンから防衛することに成功し、ターリバーンの本拠地カンダハールに攻撃を仕掛けすらした。その後、イスラム協会の友軍だったウズベク人のドスタム将軍がターリバーンに寝返り、ヘラートを攻撃した。イスマーイール・ハーンは8,000人の配下とともにイランに逃れざるを得ず、ヘラートは陥落した。その2年後、ファーリヤーブ州でターリバーンに対する抵抗運動を組織中、イスマーイール・ハーンはかつてのドスタム将軍の属将で、当時タリバンに身を投じていたアブドゥル・マリク将軍に謀られ捕われてしまう。その後、1999年3月に脱獄を果たすまで、彼はカンダハールの監獄に繋がれた。アメリカによるアフガニスタン侵攻の間、北部同盟の一員として、イスマーイール・ハーンはターリバーンと戦闘を繰り広げた。2001年11月、部隊はヘラートを奪還し、ハーンはヘラートの知事の座に返り咲いた。