第一次チャールストン港の戦い
最初に設置されたのはジョンソン砦からミドルグラウンドのリプリー砦近くまで並んだ柱の列だった。これは嵐や強い潮の働きで主要部が洗い流されたために、あまり効果が無いことが分かった。後にサムター砦とムールトリー砦の間に「ブーム」が置かれた。これは長さ20フィート (6.1 m) の鉄の線路であり、大きな木材を使って浮かせ、鎖で繋ぎ、間隔を置いて海底に錨止めしていた。これも潮の干満による歪で壊れた。さらに敵艦のプロペラに絡むようにしくまれたロープの障害で補った。これら障壁を作り上げたものの、守備隊は侵入してくる艦隊に対して本当に効果があるとは思っていなかった。ばら撒かれた機雷についてもあまり信頼が置かれていなかった。デュポンはそれらの欠点について知らなかったので、戦闘準備の段階でそれら障害や機雷のことが心配だった。
南軍には海軍部隊もあった。装甲砲艦のCSSチコーラとCSSパルメットステイトの2艦であり、侵入軍が市に近づけば戦う用意があった。これらは速度が鈍く、北軍のモニターに対して大きな脅威になれないことが分かっていたので、使用するとしても最後の手段に過ぎなかった。
チャールストンの防御力は強力だったが、ボーリガードは最悪の場合に備えなければならないことを知っていた。この地区軍の指揮官に戻ってから直ぐに、必要ならば市内の通りごとに防衛するという可能性としては運命的な決断もした。州知事のフランシス・W・ピケンズにその位置づけを説明して「これが人民と政府全ての意思だと理解しているので、最後の際まで市を守ることになる」と書き送っていた。
南軍はP・G・T・ボーリガード将軍がサウスカロライナ、ジョージア、フロリダの方面軍を指揮していた。南北戦争開戦のきっかけになったサムター砦砲撃の時にはチャールストンの軍を指揮していたので、市を取り巻く防衛施設については詳しかった。他所での指揮に呼ばれていたが、1862年9月に戻って来ていた。その監督下にサムター砦攻撃に使われた砲台が港の防衛に組み込まれていた。その後継者であるジョン・C・ペンバートン少将とロスウェル・S・リプリー准将が、ボーリガードのいなかった1年半の間に幾らか追加したが、基本的な様相はボーリガードの整えたものだった。
港の周りに設置された砦は外洋からの攻撃を撃退するために適していた。最も海に近い大砲はワグナー砲台(北軍はワグナー砦と呼ぶことが多かった)とグレッグ砲台であり、どちらもモリス島にあった。それらに近く、港の同じ側にある人工島にサムター砦があった。ムールトリー砦とその外郭砲台が港の反対側にあるサリバン島にあった。これらで防衛の第一の環を作っていた。第2の環はジェイムズ島のジョンソン砦とグロバー砲台、港にあるリプリー砦とピンクニー城であり、最後に市自体の南端にホワイトポイント砲台(ラムゼー砲台)があった。3番目の環はクーパー川とアシュリー川沿いと市内にある幾つかの砲台であり、市への陸からの攻撃に耐えるよう意図されていた。全体で陸に据えられた大砲の数は385門に上った。
防衛施設には港に加えられた艦艇用の障害があった。