国家神道
神社崇敬義務の範囲が議論の対象となった。
明治23年 (1890年)、橿原神宮創設。教育勅語を発布。内村鑑三による教育勅語拝礼拒否(不敬事件)により、教育勅語重視の訓令を追加した。昭和期には児童・生徒に暗唱を義務付けた。
明治25年 (1892年)、久米邦武の学術論文「神道は祭天の古俗」を巡って激しい論争(久米邦武筆禍事件)。久米邦武は帝国大学教授職非職となり、『史学雑誌』『史海』の論文が掲載された該当号は内務大臣品川弥二郎により発禁処分。
明治26年 (1893年)、太平記の南朝の忠臣などの諸事跡や実在を疑問視した重野安繹が帝国大学史誌編纂掛委員を罷免。
明治26年 (1893年)、学校行事の「陛下の御真影への最敬礼」、「両陛下の万歳奉祝」、「教育勅語の奉読」、「校長の訓話」などの基本形式を整える。
明治27年 (1894年)-明治28年 (1895年)、日清戦争。戦後、忠魂碑の建造が盛んになるなど、国家と神道との結びつきが強まる。
明治28年 (1895年)、平安遷都1100年記念に平安神宮創建。祭神は桓武天皇。
明治29年 (1896年)、「神祇官興復決議」が衆貴両院をはじめて通過したが、不平等条約の条約改正を前にして実現しなかった。
明治32年 (1899年)、不平等条約の条約改正が実現し、欧米列強の意向を顧慮する必要が薄れた。
明治32年 (1899年)、歴史教科書に天照大神、三種の神器、天孫降臨を加える。
明治33年 (1900年)、内務省社寺局を神社局と宗教局に分離された。