源在子
この頃、通親の養女の在子は後鳥羽天皇の後宮に入った。建久6年(1195年)8月に兼実の女で中宮の任子が昇子内親王を出産した。一方、同年12月には在子が為仁親王(後の土御門天皇)を出産した。将来、天皇の外祖父として実権を握る足掛かりを得た通親はこれを機に丹後局ら反兼実派の旧後白河側近と連携し兼実の失脚を謀った。兼実は関白の地位を追われ中宮任子は内裏から退出させられた(建久七年の政変)。
建久9年(1198年)、後鳥羽天皇は為仁親王に譲位し院政を敷く。新帝土御門天皇の外祖父である通親は3年前に権大納言に昇任していたが、これを機に院庁別当を兼任することになった。在子は正治元年(1199年)に従三位准三后に列せられ建仁2年(1202年)には院号宣下を受け承明門院となる。
建久七年の政変で兼実を失脚させ、新帝の外祖父となった通親の権勢は揺るぎないものと思われたが、正治元年(1199年)には兼実の子九条良経が左大臣に昇進し、正治2年(1200年)には土御門天皇の弟の守成親王(後の順徳天皇、母は在子の母範子の父方の叔父藤原範季の女藤原重子(修明門院))が皇太弟とされた。『愚管抄』によると、在子は母範子が死去した後、養父である通親と密通したため、後鳥羽上皇は修明門院重子を寵愛するようになったとし、美福門院の例に似ており、上皇と重子の間には皇子も多く誕生したという。
なお、「美福門院の例」とは『古事談』で述べられている崇徳天皇が鳥羽天皇の実子ではなく崇徳の母待賢門院が鳥羽の祖父白河法皇と密通してできた子であり、それを知った鳥羽が美福門院を寵愛するようになった話である。