ナチス・ドイツによるフランス占領
しかし1943年から組織はゲシュタポの手に落ち、UGIFは完全にゲシュタポの道具と化した。
1942年になるとパリではたびたび外国系ユダヤ人が検挙され、強制収容所に送られた。6月にはドイツがヴィシー政府にユダヤ人10万人の移送を要求し、ヴィシー政府側はフランス国籍ユダヤ人を逮捕しないが、外国籍のユダヤ人は子供もろとも逮捕する方針を固めた。7月16日には「春の風」作戦が実行され、1万2千884人のユダヤ人が逮捕され、ヴェロドローム・ディヴェール競技場に集められた(ヴェロドローム・ディヴェール大量検挙事件)。これはパリ在住のユダヤ人の半数に及ぶが、フランス警察の中にはユダヤ人に情報を流して避難させるものもいた。
このユダヤ人迫害にはヴィシー政府に協力的であったカトリック教会の反発を招き、枢機卿会議はペタンや首相ピエール・ラヴァルに大量検挙を批判する書簡を送った。ラヴァルはフランス国籍ユダヤ人の擁護に動き、一部ユダヤ人の出国に協力した。
イタリア占領地域ではユダヤ人取り締まりはほとんど行われず、フランス各地からユダヤ人が逃げ込んだ。しかし1943年9月のイタリア休戦以降、ユダヤ人が逃げ込める場所はフランスになくなった。