北陸新幹線敦賀以西のルート選定
2016年1月26日、JR西日本社長である真鍋は、与党検討委員会の意見聴取の場で、「米原ルート」は乗り入れ先である東海道新幹線の運行ダイヤが過密になっていることや技術的課題があるとして、否定的な見解を示した上で、小浜・京都を経由し新大阪に結ぶルート(「小浜・京都ルート」)が望ましいとの見解を示した。
JR西日本の意見表明に対し、与党PT座長の稲田朋美自民党政調会長は「京都駅を通ることは、北陸の希望に沿う」と評価、石川県知事の谷本正憲と富山県知事の石井隆一も早期の一本化に向けて意見集約の方向性が見えてきたことに対して一定の評価を示し、大阪府知事の松井一郎は「(国が同案で)決まるなら歓迎する」とルートにこだわらず早期着工を求める考えを引き続き示した。また、関西広域連合も2016年1月28日の首長会合で、これまで「米原ルート」を支持する方針を事実上撤回し、以後は要望するルートを絞り込まないこととした。
2016年3月15日、福井県知事の西川一誠は「時間的にもコスト的にも様々なことを考えてみると、最も妥当なルートである」として「小浜・京都ルート」を求める立場を表明し、県議会においても「小浜・京都ルート」で早期整備を求める決議を賛成多数で可決。
小浜ルートでは経由しない京都駅を通るため、北陸線特急と同じく京都市周辺を訪れる観光客の需要を取り込むことができる。また、費用対効果や開業による波及効果も大きく期待できる。 敦賀 - 小浜間における日本海国土軸の構築に寄与するのは勿論、繋がりが深い京都と北陸地方を直通で結べる。 京都 - 新大阪間は別線の形で東海道新幹線のバイパスが十分に果たされ、山陽新幹線や大阪駅へ向かう在来線との乗り換えの利便性に優れており、新幹線ネットワークの一体化につながる。 東海道新幹線に乗り入れることがないため、東京 - 大阪間での代替経路が確保されている。 運賃(特急料金込み)が現行ルートより割高が少ない程度で抑えられる。 舞鶴ルートよりは遠回りになるが、山陰新幹線と日本海国土軸を形成し一部を共用できる。
東海道新幹線に乗り入れないため相互調整が不要。 東京 - 大阪間で二重系統を完全に構築できる。さらに中央新幹線の名古屋駅 - 新大阪駅間が開業すると三重系統になる。 日本海国土軸の構築に寄与する(敦賀 - 小浜間)。 運賃(特急料金込み)が現行ルートよりやや割高程度に抑えられる。
2005年には、元内閣総理大臣の森喜朗が「福井県には小浜回りはあきらめてもらう。あうんの呼吸で『米原まで』がみんなの気持ち」と発言。以来、森は米原ルートが望ましい旨の発言を行っている。 北國新聞が2008年(平成20年)に行ったインタビューの中で、森は、北陸新幹線を米原で東海道新幹線に接続させ、場合によっては東海道新幹線とは別の線路を敷いたうえで大阪駅もしくは新大阪駅を経由し、関西国際空港へ直結させるという考えを語った。米原ルートによる建設費の圧縮に加え、京都や滋賀からの関西国際空港へのアクセスが飛躍的に向上することが期待できるとしている。
石川県では、2015年7月に県選出の参議院議員である岡田直樹が「現実的には米原につなぐのが有力な選択肢」と表明。同年10月に県議会で米原ルートに決定するよう国に求める決議を採択した。また、2015年6月には富山県知事の石井隆一が「富山や石川の人は京都に入って大阪に行きたい、大阪に先に入って京都に戻るという訳にはいかないという要望もある」として、京都を経由するルートでの整備を求めた。
滋賀県では、2006年(平成18年)には長浜市長選挙で米原ルート推進を公約に掲げた川島信也が当選(2010年(平成22年)の選挙で落選)、2008年には、福滋県境交流促進協議会に属する9つの滋賀県の自治体が同総会の席上米原ルート支持を鮮明にし、若狭ルート沿線の小浜市長もこれに同調したと報道されている。