上御殿遺跡
物資集積場や祭祀場は6世紀中頃から7世紀初頭に渡り、この古墳に葬られた被葬者に続く首長によって営まれたとみられる。
奈良時代から平安時代初頭は倉庫群を確認し、河道からは祭祀に関わる遺物が出てきた。倉庫群は水陸交通に適した古墳時代後期の環境を引き継いで設けられたとみられる。2009年(平成21年)の調査では南端の5区から鉄鉱石集積遺構が確認されている。『続日本紀』の天平宝字6年(762年)2月甲戌条に「賜大師藤原恵美朝臣押勝近江国浅井高嶋二郡鉄穴各一処」とあり、藤原仲麻呂の高島郡の「鉄穴」と上御殿遺跡との関連性が指摘される。同年の記録には高島山から伐出した用材の漕運に使用された港として「小川津」という港が記される。「高島山作所」と「小川津」の候補地には上御殿遺跡の南側を流れる鴨川流域が挙げられている。
平安時代中葉から室町時代にかけては掘立柱建物や河道を確認した。2009年(平成21年)2011年(平成23年)の調査で確認した11世紀末から12世紀初頭の大型掘立柱建物により、有力者の存在が明らかになった。河道の状況から12世紀になると開発が大きく進む状況がわかった。12世紀までは人形代を使った祓の祭祀も行っていたとみられる。
14世紀から15世紀なると条里地割にそって河道や溝などの灌漑施設が造られるようになり、さらに開発が進む状況がわかった。