ヤマトよ永遠に
ヤマト2代目艦長。沖田十三や土方竜の後輩であり、宇宙戦士訓練学校の校長でもある。
敵母星中心部での戦闘中に、被弾により落下した天井がぶつかり致命傷を負い、古代に指揮を任せ息を引き取った。
本作の物語の中核を担う特殊爆弾。地球上の中間子質量を破壊し、地球環境には何一つ影響を与えることなく、地球人類の脳細胞を破壊して絶滅させることができる兵器で、真田からは「ハイペロン爆弾」と識別されている。起爆を阻止するためには、本体の起爆装置を解体した後、母星のコントロール装置を破壊するという特殊な方法をとる必要がある。
物語序盤で太陽系の各基地を一瞬で殲滅し、地球へ降下する。その後は都市近郊に設置されていたが、パルチザンとヤマトの活躍により無力化される。
地球側のヒロイン。元ヤマト生活班長。地球において古代進と再会するも、地球脱出時に負傷して地球に残留。敵将校であるアルフォンに介抱される。アルフォンから進たちの死を伝えられても、生きていることを信じ希望を抱き続ける。アルフォンから自身の愛を受け入れることを条件に重核子爆弾の情報を渡すことを提示され、表向き彼の愛を受け入れ、聞き出した情報をパルチザンに伝えた後自殺するつもりでいたが、そのことを察した彼に解放される。
その後、パルチザンと合流し、重核子爆弾へ進撃。爆弾内部でアルフォンと一騎討ちとなり、結果として勝利。アルフォンの頭を膝の上に抱き、その最期を看取った。重核子爆弾の起爆装置解体後は、ヤマトへそのことを通信で伝え、その際に進と再び会うことを約束した。
ヤマト側のヒロイン。登場した時はアナライザーから雪と間違えられた。真田の姪と紹介されたが、正体は古代守とスターシャの娘で、古代進の姪に当たる。地球人とイスカンダル人のハーフのため、地球人にはない力を使うこともできる。
古代進に対し叔父として関係を超えた愛情を抱いているが、互いの血縁関係や進と雪の相思相愛も理解しており、思い悩む。敵母星である偽地球に降りた際にはいち早くその正体に感づいており、ヤマトをサポートするためそのまま残留。その際、進への心情を吐露した。偽地球の正体が発覚した後はヤマトが敵母星内部へ侵入する手引きをするが、スカルダートによって射殺される。
感性の問題は私の一連の他の作品と同じで、人がすぐ死ぬというのは、私は嫌いです。いずれは人も死にますが、それまで精一杯に生きるということを信条としてまして、それは『銀河鉄道999』でも同じでした。又、マニアックな設定を出すため、現場にいつも迷惑をかけて申し分けなく思っています。今回の設定は、いかに問いつめられても逃げられるようにしてありますので...今回は、執念と怨念の魂となってやりますので、ご期待下さい」
宮川「テレフィーチャーも含めると、ヤマトも4作目でメロディも出しつくしました。西崎さんはディーン・マーティンが好きで、今回も曲を作ってもダメが出て、大変です。特に大変なのは敵側の曲で、想像を絶する敵という感じといわれても...想像を絶してしまって...(笑)」
勝間田「2作目よりの西崎さんとのつきあいで、今回は緻密な絵作りをしていきます。ドラマがあって絵が後というのが前2作でしたが、今回はその逆。現場一同頑張ってます」
以上に加え、ワープ・ディメンション方式採用の経緯(後述)や、製作スケジュール等の説明もあり、作画は3月10日にインしており、7月10日に絵が上がり、最終的に7月25日に完成、8月2日公開と発表。
前作の最後の敵だった機動要塞の準同型要塞。暗黒星雲内で計7隻がヤマトを包囲し攻撃を仕掛けるが、撃ち込まれた波動カートリッジ弾の波動エネルギーが誘爆して全滅してしまう。このことが暗黒星団帝国兵器が波動エネルギーに弱いことをヤマト側が知るきっかけとなる。