日本基督教神学専門学校
1940年10月17日に青山学院校庭で開催された皇紀二千六百年奉祝全国基督教信徒大会で日本における全プロテスタント教会の合同が宣言され、翌年6月24日に富士見町教会で日本基督教団が設立された。これを受けて日本各地のプロテスタント系神学校は以下の3校に統合された。
日本東部神学校(日本基督教団神学校財団により1943年3月設立) 青山学院神学部・日本バプテスト神学校・日本ルーテル神学専門学校・日本神学校・聖公会神学院・東亜神学校・日本一致神学校・東光学院の統合により設立。 本科は旧日本神学校(麹町区富士見町)、予科は旧日本ルーテル神学専門学校(中野区鷺宮)の校舎を使用した。 旧日本神学校校長の村田四郎が初代校長に就任し、翌年桑田秀延が第2代校長となった。 編入生132名のうち半数近くの64名は旧日本神学校出身者であった。
日本西部神学校(日本基督教団神学校財団により1943年3月設立) 関西学院神学部・聖書学舎・日本聖化神学校の統合により設立。 旧関西学院神学部の校舎を使用した。 旧関西学院神学部長の松下績雄が校長となった。
日本女子神学校(日本基督教団神学校財団により1943年3月設立) 青山学院神学部女子部・共立女子神学校・東京聖経女学院・聖和女子学院の統合により設立。