五稜郭駅
函館駅から数分と近い距離にあるため、函館駅始発で当駅停車の列車は、自動放送の場合、函館駅発車直後は当駅停車の案内だけを行い、車内案内などの長い時間を必要とする放送は、当駅を発車後に行う。
他路線へ乗り入れる際、基本的に旅客列車は函館駅で、貨物列車は当駅でスイッチバックを行う。
北海道新幹線開業前の海峡線定期旅客列車の最終運行日である2016年3月21日まで、特急「北斗」・「スーパー北斗」と特急「白鳥」・「スーパー白鳥」の乗り継ぎは函館駅で行うことを前提としてダイヤが編成されていたが、先発列車側のダイヤが乱れた場合、函館駅発の後続列車を当駅で待機させ、当駅のみでの連絡とすることがあった。この場合、車内放送で函館駅では連絡しない旨が案内されていた。
北海道新幹線開業後の北海道 - 本州間の移動について、「青春18きっぷ」は、北海道新幹線オプション券を購入の上で、当駅で道南いさりび鉄道線との乗り換えが指定されている。なお、「北海道&東日本パス」や「フルムーンパス」など他のJR企画乗車券では転換後の道南いさりび鉄道線は利用できなくなったため、北海道新幹線の特急券を購入または指定席券の交付を受けて、新函館北斗駅で北海道新幹線に乗り換える必要がある。
日本貨物鉄道(JR貨物)の函館貨物駅は、旅客駅から2.1kmの非電化路線を経由した函館市港町1丁目35番地(函館港有川埠頭)に位置する。2011年(平成23年)3月12日に「五稜郭駅」から改称された。別名は有川操車場、五稜郭貨物駅など。
かつては、貨物駅から旅客駅へ至る現在の線路の他、北側に曲がり五稜郭操車場へ至る路線もあった。その廃線跡の一部は道路となっている。また、1980年代まで、駅南側にかつて存在した日本石油函館油槽所へ続く専用線が存在し、当駅から石油の発送が行われていた。
2014年3月15日現在、下り列車(長万部駅方面行き)は1日8本、上り列車(木古内駅方面行き)は1日12本の高速貨物列車が当駅に停車し、コンテナ車の連結・解放を行う。また、上りの臨時列車も設定されている。列車の行き先は、下り列車は札幌貨物ターミナル駅のみだが、上り列車は隅田川駅、名古屋貨物ターミナル駅、大阪貨物ターミナル駅、百済貨物ターミナル駅、福岡貨物ターミナル駅などがある。なお、専用貨物列車の発着はない。
道南いさりび鉄道線は北西側から函館方面へ南下して当駅へ進入する構造となっているため、全ての貨物列車は当駅にて進行方向が変わる。さらに当駅から東室蘭駅までの区間は非電化となっている事から、全ての貨物列車は当駅にて機関車交換を行う。当駅以北は営業運転の電気機関車が乗り入れない事から、東室蘭以北の電化区間上にある貨物駅は着発線部を含め全て非電化である。
JR・道南いさりび鉄道の駅としては特別史跡の五稜郭に最も近いが、五稜郭駅は五稜郭から北西に2kmほど離れた位置にある。五稜郭公園や五稜郭タワーなどの観光スポットへは、函館駅前から発着する函館市電の五稜郭公園前停留場からが至近となっている。当駅からも五稜郭へは路線バスでアクセスできるが、函館駅からのアクセスと比較すると路線・本数ともに限られる。
これらの理由から、当駅に停車するはこだてライナーでは車内自動放送において「五稜郭公園へおいでのお客様は終着の函館駅までご乗車になり、函館駅前から市電や路線バスをご利用いただくのが便利です。」と案内される。