司馬元顕
元顕には独力で鎮圧はできず、北府軍の劉牢之に命じて鎮圧させている。この反乱で朝廷の軍事力が無力化している事を見た西府軍の桓玄は、孫恩の反乱の際に東上しようとして元顕に拒まれていた事を恨みに思っていた事もあり、挙兵して東上した。
元顕は武昌郡太守から桓玄は人心を失っているから兵を出して討つのがよいと勧められていたため、北府軍の劉牢之に出兵を命じたが応じなかったため、自ら水軍を編成して桓玄の罪状を挙げて討とうとした。しかし元顕の軍は桓玄による輸送封鎖の兵糧攻めで財政が枯渇し、用意できた軍船すら出陣できない状態だった。その上、劉牢之が桓玄について寝返ったため、万策尽きた元顕は桓玄の西府軍が建康に入城すると捕縛され、詔により斬殺された。
父の司馬道子もすぐに毒殺され、以後東晋の皇族は権力を失った。なお、元顕は孫恩の信者だったともいわれる。