芝中学校・高等学校
毎年4月に全校で増上寺へ御忌参拝(ぎょきさんぱい)を行う。また、法然上人の命日である毎年1月25日には「大宗祖日」を執り行い、それまでの1年間に亡くなった芝学園関係者の法要と宗教行事を行う。芝学園の生徒手帳にも、法然上人が詠んだ宗歌「月影」が掲載されている。
月影のいたらぬ里はなけれども
ながむる人の心にぞすむ
また、増上寺とのかかわりは校歌でも「三縁山(増上寺の山号)内伽藍の後......芝学園の甍(いらか)は高し」と歌われている。
落語研究部 - 写真家、篠山紀信が部の基礎を形作ったとの伝説があり、学園祭では毎年好評を博している。毎年3月、港区立図書館にて海城中学・高等学校、学習院高等学校などとコラボし、さらに落語家の柳家風柳をお呼びしてティーンズ寄席というものを開催している
写真部 - 毎年、部員たちが撮った写真で春日利比古杯を校内で開催している
考古学部
歴史部
美術部 - かつての絵画部
釣り研究部
アカペラ部
料理部
弁論部 - 2008年に復活した。こども国会や仏教主義学校連盟主催の弁論大会等に参加している。
漫画研究部 - 2008年に同好会として復活。2013年、まんが甲子園決勝出場などの活躍を見せ、部に昇格した。
交通研究部 - 2014年新設。2018年に全国高校生地方鉄道交流会の企画部門で優勝した。
技術工作部 - 自動車班、鉄道班、船舶・飛行機班に分かれている。5インチゲージのきかんしゃトーマスやエコランカーで有名。テレ東のアド街を含め、様々なメディアから取材を受けたことがある。鉄道班Nゲージは近年では鉄道模型コンテストに出場していた。金属加工ではフライス盤や旋盤、ボール盤、溶接機、木工ではパネルソー、コンプレッサ、その他にフォークリフト、3Dプリンター、CNC(コンピュータ数値制御)など様々な機械、設備が揃っている。現在活動休止中。
神谷町駅(東京メトロ日比谷線)徒歩5分
御成門駅(都営地下鉄三田線)徒歩7分
赤羽橋駅(都営地下鉄大江戸線)徒歩10分
大門駅(都営地下鉄浅草線)徒歩15分
浜松町駅(JR山手線)徒歩18分