商船三井フェリー
株式会社ブルーシーネットワーク
株式会社ブルーハイウェイサービス
株式会社さんふらわあエクスプレス
株式会社さんふらわあマリンサービス
さんふらわあトラベル株式会社
株式会社さんふらわあエージェンシー
別府ポートサービス株式会社
有限会社ホワイトフェニックス
【F】フェリー部門 【C】貨物航路部門
2001年(平成13年) 3月12日 - 商船三井フェリー株式会社を設立。 7月1日 -【F】ブルーハイウェイラインの大洗〜苫小牧航路を継承し営業開始。
2002年(平成14年) 2月18日 - 日本のフェリー事業者で初めてISMコード認定を取得。 6月2日 -【F】朝便の「さんふらわあ おおあらい」「さんふらわあ えりも」引退。 6月3日 -【F】大洗〜苫小牧航路、東日本フェリーとの共同運航開始。 朝・深夜の2便体制を夕方・深夜発に変更。 東日本フェリー「ばるな」(3代目)を裸傭船、商船三井フェリー75%・東日本フェリー25%の運航分担とする。
2003年(平成15年) 10月 -【C】東京〜博多航路にて日本海運(現・NX海運)とのRO-RO船共同運航を開始。 11月 -【C】RO-RO船「さんふらわあ はかた」就航。 12月 -【C】RO-RO船「さんふらわあ とうきょう」就航。
2004年(平成16年) 1月 -【C】東京〜博多航路のデイリーサービスを開始。 2月3日 - ISO 14001を取得。
2005年(平成17年) 1月26日 -【F】東日本フェリーから傭船の「ばるな」を「さんふらわあ さっぽろ」(2代目)に改名。 4月1日 -【F】「さんふらわあ さっぽろ」(2代目)のオーナーズルームを「スイートルーム」として一般提供開始。 4月11日 -【F】深夜発便の供食を「イートインフロアサービス」として自販機中心のサービスとし、レストランを朝・昼・夜のセット販売提供のみに縮小する。
さんふらわあ だいせつ 2001年6月竣工、2007年3月就航。11,401総トン、全長190m、幅26.4m、出力39,600馬力、航海速力24.9ノット。 旅客定員154名。車両積載数:トラック160台・乗用車62台。三菱重工業下関造船所建造。 元・東日本フェリー「ニューれいんぼうらぶ」。室蘭-直江津-博多航路に就航していたが、2006年12月に同航路の運休に伴い転配し、2007年1月就航、同年3月船名変更。 2015年7月31日、大洗から苫小牧へ運航中に苫小牧港の沖合約50kmの海上で車両甲板から火災が発生し運航を休止。2016年2月に復帰。
さんふらわあ しれとこ 2001年9月竣工、2007年3月就航。11,410総トン、全長190m、幅26.4m、出力39,600馬力、航海速力24.9ノット。 旅客定員154名。車両積載数:トラック160台・乗用車62台。三菱重工業下関造船所建造。 元・東日本フェリー「ニューれいんぼうべる」。室蘭-直江津-博多航路に就航していたが、2006年12月に同航路の運休に伴い転配し、2007年1月就航、同年3月船名変更。
商船三井のカーフェリー航路事業を担っていた「ブルーハイウェイライン」が景気低迷や競合航路との競争による運賃低下や燃料費高騰で経営悪化に陥り、大洗-苫小牧フェリー航路と苫小牧-東京貨物航路の継承を目的として「商船三井フェリー株式会社」(英:MOL Ferry Co., Ltd.)として設立。
2023年10月より商船三井グループのフェリー事業のサービス向上などを目的として関西 - 九州航路を展開するフェリーさんふらわあを吸収合併し現社名に変更。長距離フェリー事業と合わせて、首都圏-九州方面のRO-RO船貨物航路も運航している。