神社非宗教論
一方、神道の側でも、内部分裂と真宗の攻撃による神道の地位低下に危機感を抱く動きが出てきた。明治14年(1881年)、神道大合同の会議が開かれ、丸山作来らが主導して、「宗教的神学論争」による分裂を自制し、他の宗教とは異なる、「祭政一致」の国是を守る立場を堅持するよう抑制的にふるまうことが合意が得られた。
ここに、神仏両派の間で、神道の「治教」としての特別な地位は認めつつ、宗教とは別のものと定義し、その宗教的活動には制約を付ける、という暗黙的な妥協が成立することとなった。明治15年(1882年)、山田顕義内務卿の主導の元、内務省達により、神官の宗教活動の禁令が出された。また、次いで明治17年(1884年)、教導職そのものが廃止され、神主が公の立場で宗教活動を行う余地は失われた。
ただし、神道葬については、これが国元で定着していた薩摩藩閥からの反対を受けて、府県社以下の神職による執行は"当面の間"(結果的には、戦後に法令自体が撤廃されるまでの間)、認められることとなった。また、山田内務卿は、治教としての皇室神道の重要性は認めており、神道人の希望を容れて、皇典講究所を創設させた。
この一連の処置によって、近代日本の政教分離の骨格は固まった。また、神道は、一部は皇室及び官国幣社の祭祀として"治教"、府県社以下の神社及び教派神道は"宗教"として分離し、前者を特に国家神道と呼ぶようになった。