入植 Part.1
スカリーがワイスの死体を解剖したところ、彼の血液は凝固しており、赤血球数も異常なほど増加していることが判明する。また、スカリーはディケンズ医師の家で見つけたメモ書きに記されていた住所へ向かった。そこは研究所であった。チャペルはその研究所の存在を隠滅しようとしていたのである。その頃、モルダーは父親のウィリアムから妹のサマンサが帰って来たと聞き、実家を訪れる。サマンサは9歳ころの記憶がないままに今まで生きていたが、最近受けた催眠治療で自らがサマンサ・モルダーであることを思い出したのだという。
サマンサは「バウンティハンターとクローン人間は異星人なの。クローンを殺し次第、ハンターは私を捕まえにやってくるわ。」とモルダーに言う。その頃、スカリーはバウンティハンターから身を隠すためにホテルに向かった。しばらくしてからスカリーが研究所に戻ると、4体のクローン人間がそこにいた。彼らは「自分たちが最後の生き残りだ。」と言う。スカリーは4人の身柄を保護しようとしたが、バウンティハンターはそれに勘付いていた。ハンターはモルダーに変身してスカリーの部屋を訪れた。まもなく、スカリーの携帯電話に本物のモルダーから電話がかかって来た。