外群
最適な外群は以下の2つの条件を満足しなければならない。
内群に含まれてはならない
内群と意味のある比較ができるほど内群に近縁でなければならない
ゆえに、適切な外群は系統関係を知りたいクレードの明確に外にあるものでなければならない。実際には内群に含まれる外群を選択してしまっては、有根系統樹を作成したときに、系統および形質状態の進化において誤った結論を出してしまうことになる。分子系統学では、2番目の条件を満足することは、典型的には、外群から得られたDNAまたはタンパク質の配列が、内群から得られた配列とのアライメントに成功するために、必要なことである。