医官
防衛医科大学校卒業生は、全員が医官として自衛隊で勤務することになるが、卒業後9年以内に退官する場合は、教育に要した経費(卒業後の勤務年数によって異なるが、最高で約5000万円程度)を国庫に償還することになっている。しかし医官の補職では、たとえ病院(自衛隊病院)であっても臨床経験を十分に積むことが困難であり、医師としてのスキルアップに不安がある等の理由から、3分の1の者が9年の年限を待たずに退官している。
自衛隊の高級幹部ポスト(将補以上)に占める医官の割合はわずか6.7%である。換言すれば、医官として任官しても将補以上に昇任できるのはごく一部であり、このことが後述する医官の早期退職の一因になっていると指摘する声もある。
自衛官が出世をねらえば、幹部学校指揮幕僚課程(CGS、海空ではCS)に入校したいが、医官で入校した者は過去に数名しかいない。CGS卒業者の3割は将官への栄達が約束される。陸上自衛隊の場合、衛生学校の幹部特修課程 (FOC) も出世コースだが、2011年現在の時点で入校した医官はいない。事実上、防衛医大研究科が出世コースになっているようである。以前は、防衛医大卒業生が増えたために、研究科を卒業して博士(医学)の学位を持たない者は、方面総監部、師団司令部、旅団司令部の医務官(旧陸軍の軍医部長に相当する)には補職されない時期もあったが、現在は研究科卒業生以外の医官が補職されるケースも増えてきた。