支那方面艦隊
また海南島の重要性を考慮して、同年4月10日に海南島根拠地隊を海南警備府(司令長官谷本馬太郎中将。3コ特別陸戦隊、水雷隊1、防備隊2)に改編して支那方面艦隊に編入した。同時に、支那方面艦隊に属する軍艦および有力な特設艦船を連合艦隊に振り向け、同年4月10日附で第三艦隊(司令長官高橋伊望中将)が新編された。南部仏印進駐作戦の間、6月上旬から9月上旬まで「海峡部隊」の名称で支那方面艦隊の指揮下にはいった。
同年7月下旬の南部仏印進駐では、支那方面艦隊隷下の第二遣支艦隊(司令長官新見政一中将)が「ふ」号作戦部隊を指揮して、進駐作戦を実施した。なお南部仏印進駐後に第二遣支艦隊が同方面を担当するのは不適当とされ、同年7月31日に新編された南遣艦隊が南部仏印方面の警備を担当した。以後、支那方面艦隊が南方作戦について直接関与することは無かった。
9月1日、日本海軍は全面的に戦時編制へ移行し、第十一航空艦隊などは原隊に復帰した。9月15日には第12航空隊と第14航空隊も解隊され、支那方面艦隊附属航空隊(艦戦3、艦攻6)だけが支那方面艦隊の航空兵力となった。太平洋戦争開戦時の支那方面艦隊は引き続き三個遣支艦隊を擁していたが、新編時に保有していた重巡洋艦や軽巡洋艦や基地航空部隊などの戦力は連合艦隊に供出し終えており、守備隊的性格を強めていた。