劇場版ポケットモンスター ベストウイッシュ 神速のゲノセクト ミュウツー覚醒
イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。
その頃、サトシ、アイリス、デントの3人は大都会「ニュートークシティ」に来ていた。そこで一同は一般公開前のポケモン居住施設「ポケモンヒルズ」をスタッフであるエリックの計らいで特別に見学していた。見学後、花壇の庭でサトシはアクアカセットのゲノセクト(以下より水ゲノセクト)と偶然出会い、心を通わせる。
ニュートークシティ
今回の舞台となる都市。
ポケモンヒルズ
ニュートークにある人工自然公園。
オルタス
古代蓮の一種。ポケモンヒルズにも移植されている。水のゲノセクトはこの花を気に入っており、川岸にいたところをサトシたちと出会うことになる。
アルサス自然公園
オルタスが自生する自然公園。物語の鍵でもある。