チャールズ・ストーン
このことでストーンは委員会にその行動を説明できなくなったが、マクレランを捜査の対象から外してもいた。
ストーンは不忠誠と反逆の嫌疑で1862年2月8日夜半直前に逮捕された。これは1月28日付け陸軍長官エドウィン・スタントンからの命令で行動したマクレラン少将の命令に基づくものだった。ワシントンの自宅近くでストーンを待ち構えていたのはジョージ・サイクス准将の指揮する18名の兵士だった。ストーンが近付いていくと、サイクスは「私はかって経験したことのない最も不名誉な任務に就いている。貴方を逮捕することだ」と言った。ストーンが怒って理由を尋ねると、サイクスは「分からない。軍隊総司令官ジョージ・マクレラン少将の命令だ。...貴方はラファイエット砦に送られることは言ってもいいだろう」と言った。ストーンはショックを受けて、「そこは脱退主義者を送るところだ。私は如何なる任務においても政府に忠実な軍人だ」と言った。
ストーンは護衛を付けられて列車でラファイエット砦の軍事刑務所に送られるよう命令された。フィラデルフィアの操車場に到着すると、切符を買う時の混乱から自分で購入することになった。刑務所に着くと、直ぐに独房に収容されたが、なんとか弁護士を雇って公式の告発が行われるのを待つことにした。軍法に拠れば告発は逮捕から8日以内に行われる必要があったが、ストーンの事件では告発が実行されることは無かった。
ストーンは釈放後ワシントンの自宅に戻って命令を待ちながら、その汚名をすすごうと試み続けた。逮捕や収監という事実にも拘わらず、ストーンの任務はまだ続いていた。1862年9月、メリーランド方面作戦が行われていた頃、マクレランが陸軍省にストーンを復任させるよう求めたがスタントンが断った。1863年早々にジョセフ・フッカー少将がポトマック軍指揮官に就任すると、フッカーはストーンに参謀長就任を求めたが、スタントンはこの要請も拒否した。2月27日(ストーンの妻マリア・クラリーが死んだ数日後)、ストーンはやっと逮捕された証言について聴聞されることを許され、マクレランがもはや上官ではなかったので、自由に告発に答えることができた。ストーンはこのことで委員会も満足させ、委員会はその後間もなくストーンの容疑を晴らす改定された調査結果を発行した。この事実が知られると、「ニューヨーク・タイムズ」紙は次のような論説を載せた。
ストーンは5月まで任務が無かった後に、メキシコ湾方面軍任務を命じられ、ポートハドソンの包囲戦では降伏勧告員となり、レッド川方面作戦ではナサニエル・バンクス少将の参謀長を務めた。しかし、1864年4月4日、スタントンがストーンに准将としての志願兵任務の解除を命じ、正規軍の中の大佐の位に戻した。ピーターズバーグ包囲戦では短期間ポトマック軍の旅団長を務めたが、最後は戦争が終わる前の1864年9月13日に陸軍から除隊した。