享禄・天文の乱
そのため実如は、全ての既存勢力が本願寺を警戒する中において唯一本願寺擁護の立場を取っていた政元との協調路線を模索するようになった。『本願寺作法之次第』という本願寺に伝わる書籍には政元の山科本願寺参詣のためだけに蓮如の指示で精進料理ではなく戒律的に問題のある魚料理に献立を変更したいきさつが載せられている程である。
一方、政元も明応の政変によって第10代将軍足利義材(義稙)を京都から追放して第11代将軍に義材の従兄の足利義澄を擁立、管領主導の政権を樹立したために諸国の守護大名達の反感を買っていた。政元にとってはこうした守旧派の守護達よりも新しく台頭した一揆勢力の方が信頼が置ける存在と考えていた。既存勢力から睨まれた両者が歩み寄るのは当然の成り行きであった。
明応8年(1499年)、蓮如が危篤に陥ると遺言が彼の子供達に示された。蓮如は親鸞直系の末裔である一族の団結を求め、法主を継承した実如を中心に各地の住持となった子供達がその藩屏として教団を守ってゆくことを求めた。特に加賀においては3男蓮綱の松岡寺・4男蓮誓の光教寺・7男蓮悟の本泉寺(初代住持は次男蓮乗)の「賀州三ヶ寺(加賀三山)」を法主の現地における代行として頂点に置き国内の寺院・門徒を統率することが求められていた(この体制を特に事実上の最高執行機関となった松岡寺と本泉寺の両寺院より「両御山」体制も呼ぶ)。その支配体制は富樫氏滅亡以前である文明年間末期の段階において室町幕府が守護に対して下す奉行人奉書などの命令書が富樫政親ではなく直接蓮綱・蓮悟あてに送付されていることからでも分かる。
これを「大坂一乱」または「河内国錯乱」と呼ぶ(石山御坊(大坂)は摂津だが、実賢支持者に河内出身者が多くいたためである)。
だが、越前においては九頭竜川の戦いで敗れて朝倉氏に吉崎御坊を破壊された上に本願寺門徒への禁宗令を発布された為、蓮如以前からある数少ない末寺である超勝寺・本覚寺などは越前から追われた信者を連れて加賀へ逃れた。一方畠山氏との戦いでも般若野の戦いで援軍に来た越後の長尾能景(上杉氏守護代。景虎の祖父)を討ち取っただけに留まり成果を挙げられなかった。
そして、永正4年6月23日(1507年8月1日)、細川政元は養子・澄之の支持者によって暗殺され(永正の錯乱)、更にもう1人の養子である澄元との戦いが開始された。これを知った実如は後難を恐れて翌日には近江堅田本福寺の明顕・明宗親子を頼って逃走した。その後混乱は続き、まずは澄之が、続いて澄元が敗れて、最終的に政権を奪ったのは本願寺に対して一番の強硬派であった細川高国であった。
かくして実如は、永正6年3月22日(1509年4月21日)に山科本願寺に復帰するまでの2年間を近江堅田で生活することになった。