偽菌類
鞭毛菌類では、これらの疑問は研究の進歩によってさらに明らかにされる。光学顕微鏡で行われていた細胞の構造の研究は電子顕微鏡の発達によりより細部にまで解明が進み、鞭毛は外見だけでなくその内部構造やそれを支える構造までが明らかにされ、鞭毛装置の違いはより重視されるようにになった。卵菌類やサカゲカビ類のそれはツボカビのそれとはかけ離れ、むしろ褐藻類や黄緑藻類といった不等毛類のものと比較すべきであることが明らかとなった。生理面でもアミノ酸の合成経路などがこの類ではやはり他の菌類とは異なることが明らかにされた。1986年にキャバリエ=スミスは不等毛類を藻類の1門と位置づけ、ここにサカゲカビ類と卵菌類を含めた。彼はその2群をまとめて偽菌類と名付け、これを亜門とした。そして分子系統の発展は系統関係を直接に示すことが出来るようになった。その結果はやはりキャバリエ=スミスの説を支持するもので、この類が真菌類と別の系統に属することが明確にされた。
ミズカビ類のコロニー
卵菌類(ワタカビの一種)
エキビョウキンの1つ(Phytophthora infestans)