3C様プロテアーゼ
長期分子動力学シミュレーション(1.50 μs)の研究では、ウーロンホモビスフラバンA(茶の生理活性物質)が、これまでに提案されていた再開発の抗HIV薬よりも強力なSARS-CoV-2のM阻害剤として報告された。報告では、堅牢な計算戦略によって、研究室内で合成されたアクリジンジオンアナログDSPD-2およびDSPD-6は、抗ウイルス剤(サキナビル、saquinavir)よりも有利なMM-PBSA相互作用エネルギーを示し、Mの結合ポケット内の奥深くに収まったと述べている。これらのアクリジンジオンアナログは、許容できるADMET値と低毒性プロファイルを持っている。SARS-CoV-2 Mの結合部位への分子の結合能は、結合ポケットのS1サブサイトの残基とより効率的に相互作用するように分子を標的化することで高めることができる。
SARS-CoV-2の3CL阻害剤の設計戦略と、化学構造11aおよび11b。
3CL阻害剤と化学物質11a
3CL阻害剤と化学物質11b