琉球民族
以下は遺伝子の研究による、九州以北の日本本土の住民と南西諸島(奄美群島以南)の住民との比較である。ただし、遺伝的な近さと遠さは民族概念と必ずしも一致するものではない(日本人、ユダヤ人も参考のこと)。
最近の遺伝子の研究で沖縄県民と九州以北の本土住民は、縄文人を基礎として成立し、現在の東アジア大陸部の主要な集団とは異なる遺伝的構成であり、同じ祖先を持つことが明らかになっている。また、中国南部及び東南アジアの集団とは地理的には近く昔から活発な交易がおこなわれており、九州以北の日本本土住民と違いその影響があったと考えられていたが、遺伝子の研究から中国や台湾の集団とはかなり離れていることが判明している。九州以北の日本本土住民との近縁性と共にそれを介して北海道のアイヌ民族との近縁性も指摘されている。父系遺伝子Y染色体ハプログループD1a2aを持つのは世界で本土日本、アイヌ民族及び沖縄のみであり、近隣の台湾や中国、韓国には全く見られず、中国や台湾の住民のものとは大きく異なっている。世界的にも珍しいY染色体ハプログループD1a2a系統を日本人では30%~40%、アイヌでは90%、沖縄本島では50%の人が有しており、この点で日本本土との関係が深い。
高宮広士(鹿児島大学)は、沖縄の島々に人間が適応できたのは縄文中期後半から後期以降であり、農耕をする集団が移住したのは古代から中世にかけての10世紀から12世紀頃で、九州から沖縄に移住したと指摘している。