源田実
また源田は、連合艦隊司令部があと1ヶ月作戦を遅らせれば空母「翔鶴」「瑞鶴」「飛鷹」が戦列に加わり有利に戦えたこと、日本軍の第一目標がミッドウェー島攻略であったことを指摘し、敵の機動部隊の事を想像すると不安でたまらなく、戦略戦術から言ってどうも納得できない部分があり、戦艦主兵か航空主兵かも曖昧で「大和」と戦艦群が機動部隊の後ろからついてくることも疑問だったことを語っている。
ミッドウェー海戦後、源田は連合艦隊、第一航空艦隊の司令部で打ち合わせた後、ミッドウェー海戦の戦訓も取り入れ航空主兵に切り替えた空母部隊再建案を6月12日に軍令部へ提出する。源田案は建制化、警戒兵力増加、航空戦隊再編の3項目を挙げた。警戒兵力は駆逐艦、巡洋艦の増加によって弾幕強化を図る。航空戦隊再編は航空主兵に切り替えることに焦点を置いた。大型空母2隻に攻撃隊を搭載し、小型空母1隻に自衛戦力を搭載する3隻編成として、戦闘機、爆撃機を増やして攻撃機を減らし、目標を空母においた制空権獲得の航空決戦の方針とした。これをもとにさらに検討が加えられ、7月14日の戦時編成改訂で第三艦隊として新編された。南雲忠一中将と草鹿龍之介参謀長は第三艦隊の指揮官としてそのまま機動部隊の指揮を執ったが、その他の幕僚は全て降ろされ源田も7月14日「瑞鶴」の飛行長に移動した。8月、第二次ソロモン海戦に参加。
10月8日、源田は山本五十六の意向で臨時十一航空艦隊参謀としてラバウルに赴任。ガダルカナル島を巡る戦いでは陸海軍戦闘機を集中して制空権を掌握する計画を提案し、軍令部も同意したが、陸軍との交渉で断念した。源田によればマラリアに感染して入院し、ほとんど戦局に寄与しなかったという。