三十三間堂
上皇が岩田川(現在の富田川)を調べさせるとお告げの通りであったので、三十三間堂の千手観音の中に髑髏を納め、柳の木を梁に使ったところ、上皇の頭痛は治ったという。「蓮華王院」という名前は前世の蓮華坊の名から取ったものであるという。この伝承により「頭痛封じの寺」として崇敬を受けるようになり、「頭痛山平癒寺」と俗称された。
なお、これより前、後白河上皇の父・鳥羽上皇は平清盛の父の平忠盛の寄進により、鴨東白河に聖観音を祀る得長寿院千体堂(三十三間堂、文治地震で倒壊したとされる)を営んでいる。2人の上皇がいずれも平氏の棟梁の寄進により寺院を造営していることは、平氏隆盛の一因として留意する必要がある。
室町時代、室町幕府の将軍足利義教の命により、永享5年(1433年)から5年をかけて、本堂や仏像の本格的な修復が行われている。
桃山時代には、豊臣秀吉による方広寺(京の大仏)造営により、三十三間堂や後白河天皇法住寺陵もその境内に含まれ、周囲の築地塀(現・太閤塀)などが整備された。慶長5年(1600年)には豊臣秀頼によって南大門が、翌慶長6年(1601年)には西大門(現・東寺南大門)が建立されている。また、その間に本堂や仏像の修復が行われている。
豊臣家の滅亡後、江戸時代の初期には方広寺ともども三十三間堂は妙法院の管理下に置かれるようになった。
蓮華王院五重塔 - 治承2年(1178年)に後白河上皇の発願で建立。建長元年(1249年)焼失した。