日本政治思想史研究
1937年、東京帝国大学法学部を卒業した丸山は、南原繁の学士助手となる。当時の丸山は左翼学生であり、日本の伝統思想に興味がなく、西洋政治思想史を志していた。しかし、新設予定の「東洋政治思想史」講座(1939年文部省が国体学のため新設するが、南原によって客観的研究のため運営される)に所属させることを南原が企図したため、丸山は不服ながら日本政治思想史を研究することになる。
1940年、助教授になるための「助手論文」として「近世儒教の発展に於ける徂徠学の特質並にその国学との関連」を発表。同論文は『国家学会雑誌』に掲載された。助教授になると、同講座で講義しつつ「近世日本政治思想における「自然」と「作為」」、「国民主義理論の形成」(書籍では「国民主義の「前期的」形成」に改題)などの論文を同誌に発表する。「国民主義理論の形成」は、召集令状により出征する日の朝に、新宿駅で同僚の辻清明に原稿を手渡したとされる。その後、過酷な従軍生活、広島での被爆、終戦、復員、教授就任を経て、1952年にこれら3篇を書籍にまとめ、東京大学出版会から刊行した。
本書の内容は、戦中の時局を暗に反映している。例えば、本居宣長は戦中体制側に礼賛されていたが、丸山はその中であえて宣長の反体制(反幕府)的側面を強調した。
1974年には英訳が刊行された。1983年の新装版には、英訳への序文の日本語版が収録されている。
晩年の丸山は、自身の業績のうち『現代政治の思想と行動』などの現代政治学を「夜店」と称し、本書などの思想史学を「本店」と称していた。
『日本政治思想史研究』 初版: 『日本政治思想史研究』東京大学出版会、1952年。NDLJP:2981116 新装版:『日本政治思想史研究』東京大学出版会、1983年。NDLJP:11925054、ISBN 9784130300056 翻訳 英訳: Studies in the Intellectual History of Tokugawa Japan, trans. by Mikiso Hane(英語版), University of Tokyo Press, 1974. ISBN 9784130270083 繁体中国語訳: 《日本政治思想史研究》徐白; 包滄瀾訳, 台湾商務印書館、1980年 簡体中国語訳: 《日本政治思想史研究》王中江(中国語版)訳, 三聯書店(中国語版), 2000年. ISBN 9787108013286 その他、フランス語訳、韓国語訳がある。
『丸山眞男集』第1-2巻、岩波書店、初版1996年、度々復刊。