文化財研究所
所長の下に管理部、企画情報部、美術部、芸能部、保存科学部、修復技術部が設置され、別に国際文化財保存修復センターを置く。 館内2階に画家黒田清輝(1866年~1924年)を記念する黒田記念館を一般公開している。 これは東京文化財研究所の前身である帝国美術院属美術研究所が黒田清輝の遺産によって設立された黒田記念館内に設置されたことに由来する。これ以外に一般公開施設はない。