内閣官房
内閣審議室 のち「内閣内政審議室」、「内閣外政審議室」に分離 → 内閣官房副長官補に統合
内閣参事官室 廃止
内閣安全保障室 のち「内閣安全保障・危機管理室」に改称 → 内閣官房副長官補(事態対処・危機管理担当)に統合
情報セキュリティ対策推進室 2000年(平成12年)2月29日~2005年(平成17年)4月25日。のち機能を強化し、情報セキュリティセンターに改組 → 内閣サイバーセキュリティセンターに格上げ
行政改革推進事務局 2000年(平成12年)~2006年(平成18年)6月22日。内閣行政改革推進本部が設置されるとともに内閣官房行政改革推進本部事務局に移行した。
内閣官房郵政民営化準備室 2004年(平成16年)5月1日~2005年(平成17年)11月9日。郵政民営化推進室に移行した。
司法制度改革推進準備室 2001年(平成13年)7月1日~2004年(平成16年)11月30日。司法制度改革推進室に移行した。
大陸棚調査対策室 2003年(平成15年)12月8日~2007年(平成19年)7月19日。大陸棚調査に関する総合的政策の実施。海洋基本法の施行に伴い、総合海洋政策本部事務局に改組された。
総合海洋政策本部事務局設立準備室 2007年(平成19年)7月3日~7月19日。総合海洋政策本部事務局の設立準備を目的に設置され、大陸棚調査対策室と統合した。
都市再生本部事務局 2001年(平成13年)5月8日~2007年(平成19年)10月8日。内閣都市再生本部の庶務を担当。関連する組織と統合し、地域活性化統合事務局に移行した。
構造改革特区推進室 2002年(平成14年)12月18日~2007年(平成19年)10月8日。内閣構造改革特別区域推進本部の庶務を担当。
内閣総理大臣(1人)
内閣官房長官(1人) 内閣官房副長官(3人 政務担当2、事務担当1)- 内閣人事局 国家安全保障局長(1人)- 国家安全保障局 内閣危機管理監(1人) 内閣官房副長官補(3人) 危機管理審議官(1人) 内閣広報官(1人) - 内閣広報室 内閣広報室内閣副広報官(1人) 内閣広報室企画官(1人) 内閣広報室調査官(1人) 内閣情報官(1人) - 内閣情報調査室 内閣情報調査室次長(1人) 内閣情報調査室調査官(8人) 内閣情報調査室内閣衛星情報センター所長 内閣総務官室 内閣総務官(1人) 内閣総務官室総理大臣官邸事務所長 - 総理大臣官邸事務所 内閣総務官室企画官(1人) 内閣総務官室内閣副参事官(1人以上3人以内) 内閣サイバーセキュリティセンター 内閣サイバーセキュリティセンター長(安全保障担当内閣官房副長官補が併任) 副内閣サイバーセキュリティセンター長(2人) 内閣サイバーセキュリティセンター企画官(併任) 内閣サイバーセキュリティセンター上席サイバーセキュリティ分析官(1人) 内閣サイバーセキュリティセンターサイバーセキュリティ補佐官(1人) 内閣人事局 内閣人事局長(内閣総理大臣が内閣官房副長官の中から指名する者をもつて充てる) 人事政策統括官(2人) 内閣感染症危機管理統括庁 内閣感染症危機管理監(内閣総理大臣が内閣官房副長官の中から指名する者をもつて充てる) 内閣感染症危機管理監補(内閣総理大臣が内閣官房副長官補の中から指名する者をもつて充てる) 内閣感染症危機管理対策官(厚生労働省の医務技監をもつて充てる) 内閣官房副長官補室 内閣審議官 内閣参事官 内閣事務官 内閣技官 内閣官房参与 各省大臣以外の国務大臣秘書官(各1人)
内閣総理大臣補佐官 石原宏高(いしはら ひろたか) 小里泰弘(おざと やすひろ) 上野通子(うえの みちこ) 森昌文(もり まさふみ) 矢田稚子(やた わかこ)