糸魚川駅
糸魚川市ではこうした動きを受けてレンガ車庫の移築について検討を進めたが、曳家による移築には3億円以上の費用が必要なことから、糸魚川市長(当時)の米田徹は2009年(平成21年)11月10日「曳家移築は不可能」との最終的な判断を下し計画の正式断念を発表した上で、部材の切り取り保存について引き続きJR西日本側と協議する意向を示した。
そして協議の結果「事業主体を市とすること」「切り取り保存の費用は市が負担すること」「切り取り保存工事が新幹線建設に支障を及ぼさないこと」の3点を条件に、JR西日本が市から工事を受託して計116 m分の壁面を切り取り、市に無償譲渡することで合意に至り、米田は2010年(平成22年)2月25日の定例記者会見で、車庫西側の列車出入口全面と南側の壁面の一部を切り取り保存する方針を正式に表明し、新年度予算案に解体工事費1億円を盛り込んだ。こうしてレンガ車庫は同年3月のダイヤ改正をもって用途廃止となり、3月21日にJR西日本金沢支社主催の記念イベント「さよならコンサート」が開催された後に閉鎖され、4月中旬に切り取り保存の工程を実施した後、残存部は解体撤去された。なお撤去費用そのものは鉄道・運輸機構が全額を負担し、解体された煉瓦やレールなどの構造物はJR西日本から市に譲渡され、市ではこれらを後述の糸魚川市立糸魚川小学校敷地内のポケットパークの整備に際し再利用したほか、一部は記念品として加工のうえ、鉄道ファンや市民に向けて販売した。
かつては在来線のうち、日本海ひすいラインの一部列車では発車メロディを使用していた。
それまでの電子ベルに代わって2000年(平成12年)1月20日から運用が開始された楽曲には、同年が糸魚川市出身の相馬御風の没後50周年にあたることから、当時のJR西日本金沢支社糸魚川地域鉄道部が、地域密着策の一環として御風作詞の曲を採用したもので、メロディは季節ごとに下記の4種類を使用していた。
『春よ来い』(1月下旬 - 4月上旬)
『ふるさと』(4月上旬 - 7月下旬)
『夏の雲』(7月下旬 - 9月上旬)
『カチューシャの唄』(9月上旬 - 1月下旬)
07 早川線 焼山温泉入口・笹倉温泉
08 中央大通り線 ショッピングセンター入口 糸魚川総合病院
09 市街地巡回線 西廻り(駅アルプス口先回り)3本を運行
10 美山公園・博物館線 土曜・休日運行、循環は一方向のみ
18 白馬岳登山バス(蓮華線) 蓮華温泉 7月中旬から8月中旬の間の毎日、早朝1本を運行
2019年(令和元年)度の糸魚川駅全体の1日平均乗車人員は1,172人である。
各年度の1日の平均乗車人員は以下の通りである。
アルプス口駅舎2階、新幹線コンコースの自由通路沿いには「セブン-イレブン キヨスク」が出店している。同店はジェイアール西日本デイリーサービスネットグループのうち、JR西日本金沢支社管内の駅店舗の運営管理を手掛けるジェイアールサービスネット金沢が運営を行っており、JR西日本DSNグループが運営する駅店舗としては新潟県内唯一である。
かつては駅弁も販売されていたが、北陸新幹線開業前に業者が撤退したため販売は終了している。また、日本海口駅前「ヒスイ王国館」1階の「糸魚川観光物産センター」で販売されていた、糸魚川市蒲池(根知地区)に所在する「九郎右ェ門」が調製した「笹すし」も廃業により販売は終了した。