ミッション系大学
多くは欧米諸教会の伝道局(ミッション)によって設立され、 明治初期に来日した宣教師達が伝道と教育を同一視し、当時の日本人に対して、教会の仕事である宣教活動を、学校の教育を通して間接的に行なっていた。当初は女学校で、その後、大学として設置許可を受けたものも多い。
明治期にはミッションスクールと呼ばれていたことから、キリスト教系学校の代名詞として現在でも使われている。近年では、ミッションからの独立が進みキリスト教主義学校となっている。
日本におけるキリスト教信者は人口の1%未満だが、日本にある大学の約10%がミッションスクールである。 プロテスタント系大学(キリスト教学校教育同盟)が56大学、カトリック系大学(日本カトリック学校連合会)が20大学を数える。
全て西方教会系のものであり、東方教会(正教会・東方諸教会)系のものは日本には存在しない。
梅花女子大学 - 梅本町公会、浪花公会により日本人による自給のキリスト教主義学校として設立された。従って本来の意味のミッション系ではない。
同志社大学 - 設立当初はアメリカン・ボードの影響下にあり、のちに自立したキリスト教主義学校である。
同志社女子大学 - 同上。
敬和学園大学
神戸女学院大学
共愛学園前橋国際大学
松山東雲女子大学
頌栄短期大学
新島学園短期大学 - 同志社創立者新島襄の教育方針に共鳴した新島の出身地に地元有志により設立されたキリスト教主義の学校であり、本来の意味のミッション系ではない。