南長老ミッション
明治学院の教授の植村正久がクラーク著の『キリスト教神学概論』を教科書として使用していることについて、フルトンが自由主義神学と進化論を教えていると非難した。宣教師との対立が原因で植村は1903年(明治36年)12月明治学院を辞任し、1904年に東京神学社を設立した。
一方フルトンは、明治学院神学部と袂を分かち、1907年(明治40年)に福音主義の信仰の立場に立った神戸神学校を設立した。校長はサムエル・フルトンである。教授陣は主に南長老ミッションの宣教師とプリンストン神学校の出身者であった。第1期生の富田満と第3期生の賀川豊彦は宣教師とのかかわりのゆえに神戸神学校に転向した。しかし、両者とも南長老ミッションの福音主義的信仰は保たなかった。
1927年(昭和2年)、神戸神学校と大阪神学院が合併して中央神学校となった。サムエル・フルトンの指導により、中央神学校は聖書の十全霊感を明確に主張した。また中央神学校は宮城遥拝と神社参拝など偶像崇拝に抵抗した。そのため1942年(昭和17年)3月に閉鎖された。
中央神学校の卒業生の岡田稔らが、戦後の日本キリスト改革派教会と神戸改革派神学校の設立に関わった。