小山田氏
小山田氏は郡内領主を称しているが、支配領域である谷村領は郡内全域ではなく、小菅氏の治める小菅(小菅村)や西原武田氏の治める西原(以下上野原市)や加藤氏の治める上野原と分立していた。谷村領は桂川流域で、岩殿山(以下大月市)から初狩、大原荘(南都留郡富士河口湖町、富士吉田市)から山中(山中湖村)にかけての領域であった。
谷村領は東西の交通の要衝であり、江戸時代には甲州街道として整備されている。笹子峠越えで甲府盆地へ抜け武田氏の治める国中と通じ、上野原を経て相模国へも通じる。また御坂峠・籠坂峠越えで駿河国とも通じる鎌倉街道にも通じ、谷村から桂川沿いに吉田へ通じる谷村路も整備された。小山田氏は輸送に関する諸役を免除する発給文書を数多く残しており、多国間の流通を支配した。領域の大半が山林であり耕地に乏しいため生業は山稼ぎが主で、穀物は他国からの輸入にたよっていた。
武田氏の御親族衆で領内に独自支配を及ぼしていた穴山氏に対し、譜代家老衆の小山田氏の治める谷村領内では武田氏の支配も及んでおり、富士参詣者の集まる御師町であった吉田や河口などでは、入山料の徴収や棟別銭の賦課や検地が行われており、訴訟の裁定を武田氏に委ねることもあった。
1975年(昭和50年)には柴辻俊六が武田氏・小山田氏の発給文書の分析を通じて郡内領においては武田氏からのみ文書の発給を受けている武士や寺社が多い点に着目し、郡内領において武田氏は主要交通路を掌握し、有力給人の一部を被官化するなど直接的な支配を展開していることを指摘し、小山田氏は武田氏のもとで支城主化した評価した。
小山田氏研究の画期となったのは矢田俊文の論説で、矢田は1979年(昭和54年)には小山田氏・穴山氏の独自支配を高く評価し、武田氏が国中支配において保持していた権限と同質のものとした。すなわち小山田・穴山氏は第一次裁判権・第一次立法権・夫役収取権・検注権を保持し領域支配を行い、武田・小山田・穴山の三者は対等な連合権力を形成していた「戦国領主」であると評した。また、矢田は武田氏についても郡内・河内領を含む武田領国において、守護権に基づく第二次裁判権・第二次立法権・軍事指揮権・寺社興行権を保持する「戦国期守護」であると評し、これは従来の戦国大名の概念を否定するものであった。以来、矢田の主張に対し多くの反論が発表され、議論が展開されている。
一方、黒田基樹らは東国における外様国衆に関する研究を展開し、武田氏を戦国期守護と評価する点については否定的見解を示している。
また、2000年代には戦国期小山田氏当主の人物比定に関する再検討や、秋山敬による交通史の観点からの郡内・谷村の位置づけについても検討が加えられている。
信濃国松代藩主・真田氏家臣には小山田遺臣とみられる氏族が存在し、小山田一門の小山田弾正家の小山田有誠の子孫が真田家に仕えている。有誠の子・茂誠は武田氏滅亡後、相模国の後北条氏を経て小田原合戦後に真田氏に仕え、真田昌幸の長女村松殿の女婿となった。真田氏家老・小山田氏に伝わる「松代小山田家文書」には、天正3年12月付で「小山田平三」が「茂」字の偏諱を受けた際の一字書出が残されており、これは茂誠を指すと考えられている。なお、茂誠自身は小山田昌成(備中守)の子孫を自称しており、後述する石田小山田氏の出自と考えられていたが、2003年には黒田基樹の研究により、小山田弾正家の出自であることが明らかになった。茂誠の子孫は松代藩の次席家老として存続している。
また、真田家臣には系譜は不明であるが、郡内小山田氏の関係者と見られる氏族に小山田十郎兵衛がいる。