札幌貨物ターミナル駅
南北の両端のみ単式ホームで、残る4面は島式ホームである。最も南側のホームのみ上屋付きの混載貨物ホームとなっているが、倉庫に用いられておりコンテナから直接の荷役は行われていない。コンテナ荷役線は10本あり、すべて前述の南側の着発線群(操1番線~操4番線)に接続している。また北側から数えて2番目と3番目のホームの間の線路(OT通路線)は、ホームの終端からさらに東側へ日本オイルターミナル札幌営業所の2本の石油積卸線に接続されていたが、2014年5月30日に本輪西駅からの石油車扱列車の廃止により同敷地内線路の使用が停止され、DPL札幌レールゲート建設に伴い撤去された。現在のOT通路線は、ホーム終端まで残存しており貨車留置用に使用されている。
最も北側のホームの北を通り抜けた、日本オイルターミナル線の北側には、札幌機関区の貨車検修庫・検修線がある。検修線は南北両方の着発線群から進入可能。
混載貨物ホームに接して、2階建ての駅舎がある。また物流施設の「エフ・プラザ札幌」が駅構内にあり、ほくやくと北海安田倉庫が利用している。
入換作業用に、HD300形ハイブリッド機関車が常駐している。また、かつて電気機関車を使用していたため、白石駅側の架線・架線柱が撤去されずに存在している(実際、当駅と旭川駅間などで電気機関車牽引による貨物列車が運行されていたため。なお、厚別駅方面側にもかつて架線が張られていたが、現在は架線柱のみが残っている)。
函館本線 白石駅 - 札幌貨物ターミナル駅 - 厚別駅
千歳線 新札幌駅 - 札幌貨物ターミナル駅 - (平和駅) - 白石駅 ※平和駅には線路は繋がっていない。