冠輪動物
広義の冠輪動物は脱皮動物と姉妹群を成し、この2群は前口動物としてまとめられる。この類縁関係は数多くの分子系統解析および形態解析によって支持されている。広義の冠輪動物は担顎動物とPlatytrochozoaの2群から構成される。毛顎動物は過去には所属不明の前口動物とされてきたが、2019年以降の分子系統解析および形態解析の多くでは、担顎動物の一員、もしくはその姉妹群とされている。Platytrochozoa内部では、腹毛動物と扁形動物が姉妹群を成し(=吸啜動物)、最も初期に分岐したという結果が得られることが多いが、これは多系統であるという結果が得られることもある。過去には担顎動物と吸啜動物をまとめた扁平動物という分類群の単系統性が支持されることも多かったが、2014年以降支持されることは少ない。構造が単純なことから、過去には中生動物として分類された二胚動物と直泳動物はどちらもPlatytrochozoaに属すことが示されている。二胚動物は吸啜動物や内肛動物と有輪動物を含むクレードに近縁とされ、直泳動物は環形動物の一部であるとされる。直泳動物が環形動物の一部であることは形態学的特徴によっても支持されている。二胚動物と直泳動物の2門が中生動物と呼ばれるクレードを構成し、吸啜動物に近縁という結果もあるが、長枝誘引の可能性が指摘されている。腕足動物、外肛動物、箒虫動物の3門は近縁とされ、触手冠動物としてまとめられるが、外肛動物が内肛動物や有輪動物に近縁である(=Polyzoa)という結果が得られることもある。しかし、この推定は組成の不均一性によって引き起こされた人工的な物であり、誤りだという指摘もある。