太平寺の戦い
警護すべく将軍がいなくなったために長政は河内に引き上げていった。
北岩倉に退いた晴元は11月18日に義晴に請い伊賀守護仁木氏に御内書を送付し、笠置城を攻城するように命じた。命をうけた仁木某は11月下旬、伊賀、甲賀の忍者部隊70~80人で笠置城に忍び込み、城郭の一部を焼討ちしたが、その2日後逆に撃退されてしまった。「この時の戦闘は、記録上に忍者部隊の活動が認められる最古のもの」とされている。
その後南河内守護代遊佐長教と晴元は、義晴に再び請うて畠山稙長に畠山政国(または畠山弥九郎)討伐の御内書を送るよう請願し、石山本願寺の証如宛てに木沢長政に味方しないよう要請する書簡をそれぞれ送った。
準備が整った晴元は、長政を討伐するべく自身が兵を挙げ、同年12月8日北岩倉を出軍し芥川山城に入城し、三好衆を集結させた。これに木沢軍も即応し、笠置城を出立し木津川を下り山城井出あたりに布陣した。両軍は木津川、淀川を挟み対峙したまま越年した。もう一方の同盟者である遊佐長教は紀伊の国人衆の懐柔が進みつつあり、根来寺、高野寺、粉河寺の僧兵まで動員させ、晴元勢であった和泉上半国守護細川元常は、翌天文11年(1542年)2月に帰国し兵を集め変事に備え始めた。
戦後半国守護は取り止めになり、畠山稙長が河内国守護を任官され、三好長慶方であった芥川孫十郎に芥川山城が与えられた。この戦いによりこの10年間畿内で権勢をふるっていた木沢勢は没落し、若い長慶の力が一段と強まった。その後、舎利寺の戦いへと続いていく。