惑星連邦
『スタートレック:ディープスペースナイン』で初登場。惑星連邦設立当時からあるとされている、異質な秘密スパイ組織(実際には連邦設立前の、ENTの時代から存在する)。その存在も宇宙艦隊の提督クラスのさらに一部しか知らない。宇宙艦隊情報部の下部組織だとも言われているが、組織図に載っているわけでもなく、惑星連邦と直接的な繋がりがあるわけではない。同様の組織にロミュラン帝国にはタル・シアー、カーデシア連合にはオブシディアン・オーダーがあるが、これらの2組織が諜報機関として公式に設置されその存在が一般に知られている。しかしセクション31の名称はもちろん、この惑星連邦の諜報機関の存在はほぼ知られていない。宇宙艦隊が運用している全連邦市民を監視するネットワークプログラム「ウラエイ」から発生した人工知能生命体「コントロール」によって創設・統制され、その未来予測に従って活動しているという。
組織の呼称とその行動原理は地球連合宇宙艦隊憲章第14条31項 (英: Article 14, Section 31) の、「非常事態においてはいかなる規則を曲げることも許される」という条項を都合良く解釈し、常設組織としたものである。組織の名称は31項 (Section 31) にもとづいているが、もちろん非公式な呼び名である。
『スタートレック:エンタープライズ』や『スタートレック:ディスカバリー』にも登場している。放送順では『ディープ・スペース・ナイン』よりもあとだが、シリーズ内の歴史としてはこれらの方が早い。また、従来とは異なる時間軸の『スター・トレック イントゥ・ダークネス』(設定は2259年)にも登場し、ここでは通常の部隊を装ってセクション31の名称が使用されているが、施設は秘匿され、建物に入るには厳重なセキュリティチェックを受ける必要があり、活動内容は極秘任務である。映像作品以外では、オンラインゲーム版『Star Trek Online』(設定は25世紀)や小説版『Star Trek: Section 31』シリーズなどにも登場する。
初登場以来、セクション31は「主人公たちがやりたくとも倫理的にできないことを平然とするスパイ組織」「敵なのか味方なのかよく分からない」「突然登場して消える」という、『スパイ大作戦』や『メン・イン・ブラック』に通ずる新しい刺激をスタートレックに与えた。
フィリッパ・ジョージャウを主人公とした、セクション31関連の映画の製作が発表されている。
22世紀
ハリス(『スタートレック:エンタープライズ』)
マルコム・リード(『スタートレック:エンタープライズ』) - 脱退
ワープドライブ(超光速推進)技術が未発明の文明に対しては、正常な文明の発展を妨げるいかなる干渉をもしてはならない。 自衛目的以外で武力行使をしてはならない。 他文明への内政干渉・入植をしてはならない。