大淀川
境川 妙寺ヶ谷川 飛松川 中平谷
仁田尾川
浦之名川
瓜田川
江川
内の丸川
本庄川(ほんじょうがわ、綾町からの上流部では綾南川と称する) - 小林市、東諸県郡綾町、国富町、宮崎市。延長53kmの一次支流で、国富町に入り綾北川と合流して本庄川となる。主要地方道(宮崎県道26号宮崎須木線)が並走し、綾の照葉樹林には照葉大吊橋が架かる。 綾北川(あやきたがわ)- 熊本県多良木町、小林市、綾町、国富町。延長45.3kmの二次支流であり国富町で本庄川に合流する。流域には田代八重ダム・綾北ダムなどがあり県道(熊本県道・宮崎県道144号槻木田代八重線・宮崎県道360号田代八重綾線)が並走するが整備状況は劣悪。 曽見川 綾南川(綾北川と合流し本庄川になる(綾南川は本庄川とも呼ばれる) 多古羅谷 深年川 後川 三名川
五十鈴川
大谷川 宮ノ下川 生目川 金竹川
水流川 青柳川
八重川 大坪前川
安楽川にある「高岡頭首工」では、取水した水を大淀川水系の中岳ダムに送水している。
日本海軍連合艦隊最後の旗艦である軽巡洋艦大淀、それを引き継いだ海上自衛隊の護衛艦おおよどの名はこの川に因む。
旧国鉄の博多駅~宮崎駅間を肥薩線・吉都線経由で結んでいたディーゼル特急として「おおよど」が、1974年より1980年まで運行されていた。詳細は、かわせみ やませみ (列車)を参照されたい。