マツモトキヨシ
2006年 1月 - 沖縄県の大手スーパーサンエーとのフランチャイズ契約締結。サンエー店舗内への出店計画を発表。 3月13日 - 新業態「COS-MEDI Station」1号店(西新宿メトロピア店)を開店。 8月 - スーパーマーケット事業から撤退。 10月4日 - 子会社として、エムケイ東日本販売(現:マツモトキヨシ東日本販売)を設立。 10月24日 - 沖縄県糸満市のサンエーしおざきシティに沖縄県1号店を開店。 10月25日 - 熊本県荒尾市のロックタウン荒尾(現:イオンタウン荒尾)に熊本県1号店を開店。 12月20日 - 株式会社マックス(現:株式会社マツモトキヨシ甲信越販売)と資本提携。完全子会社化。
2007年 1月19日 - 香川県高松市のフレスポ高松に四国1号店を開店。 3月30日 - 愛媛県松山市の松山銀天街に愛媛県1号店を開店。 5月26日 - 石川県金沢市の金沢百番街に石川県1号店を開店。 9月20日 - 株式会社ミドリ薬品(現:株式会社マツモトキヨシ九州販売)との間でフランチャイズ契約を締結。九州地区でのマツモトキヨシの展開を本格化する。 10月1日 - 株式移転により持株会社株式会社マツモトキヨシホールディングスを設立し、同社の完全子会社となる。 10月9日 - 株式会社キョーエイとの間でフランチャイズ契約を締結。
2010年 4月1日 - エムケイ東日本販売(現・マツモトキヨシ東日本販売)が運営する千葉県の店舗を同社が吸収分割にて譲受。 6月11日 - 徳島県徳島市の徳島クレメントプラザ内に徳島県1号店(徳島駅クレメントプラザ店)を開店。 7月17日 - 千葉県浦安市の浦安東野店を改装し、ローソンが展開する「ローソンストア100」を組み込んだ共同店舗をオープン。 10月30日 - 宮崎県宮崎市の宮交シティ内に宮崎県1号店(宮交シティ店)を開店。 12月7日 - 山口県下関市のシーモールest内に山口県1号店(シーモールエスト店)を開店。
2011年2月16日 - 株式会社ヤスイ(千葉県)とのフランチャイズ契約を締結。
2012年 4月1日 - 沖縄県を除く九州地区および山口県の同社店舗の運営を吸収分割によりマツモトキヨシ九州販売(ミドリ薬品が同日付で商号変更)へ譲渡。 5月1日 - ポイント制を一部改訂し、月間または年間(年度単位、2012年度は開始前の4月より累計加算対象)の購入金額に応じて一定期間(翌月または翌年度)ポイントがいつでも2〜3倍加算される「プレミアムポイント」を導入。 7月3日 - スマートフォン向け無料通話・メールアプリ「LINE」に公式アカウントとして参加し、同ユーザー向けに割引クーポンなどの情報発信サービスを開始。 9月6日 - 既に業務提携を締結しているオークワとフランチャイズ契約を締結。 10月1日 - 山口県・島根県を除く中国地区、四国地区、兵庫県姫路市の同社店舗の運営を新設分割によりマツモトキヨシ中四国販売へ譲渡。
2013年7月30日 - 株式会社遠鉄ストア(静岡県)とのフランチャイズ契約を締結。
コンビニエンスストア事業は1996年にドラッグストア事業に統合された。ディスカウントストア事業・ホームセンター事業もすでに撤退しており、「スーパーマツモトキヨシ」「ディスカウントBOX」「ホームセンターマツモトキヨシ」を名乗る店舗はいずれも現存していない。
2006年3月13日、新業態の「COS-MEDI Station」を開店。また2009年7月13日には医薬品に特化した新業態のコンビニ型ファーマシー「Medi+マツキヨ」の展開を開始した。
大半の店舗は同社が運営しているが、北海道・東北・北関東の店舗は2008年7月1日付でマツモトキヨシ東日本販売へ、沖縄県を除く九州地区および山口県の店舗は2012年4月1日付でマツモトキヨシ九州販売へ、山口県・島根県を除く中国・四国地区および兵庫県姫路市の店舗は同年10月1日付でマツモトキヨシ中四国販売へそれぞれ運営を移管した。
2022年6月にはすでに一部の店舗で導入されている新店舗フォーマットに順次移行することが発表された。
薬粧事業(ドラッグストア事業) - 760店舗(うち18店舗がフランチャイズ) スタンダード/都市型店舗 - 1987年から展開。新店舗フォーマットでは美と健康のスマートショップ「スタンダード」となり、東京都の中野坂上駅前店などで先行導入。マツモトキヨシ直営店のほかに、グループ会社のマツモトキヨシ九州販売が運営するえきマチ1丁目佐世保駅店も該当。 郊外型デイリー/郊外型店舗 - 新店舗フォーマットでは地域の寛ぎコミュニティ「郊外型デイリー」となり、千葉県の松戸小金店などで先行導入。