Alu要素
Alu要素には、2つの主要プロモーター「ボックス」、すなわち共通配列TGGCTCACGCCを持つ5′Aボックス、および共通配列GWTCGAGAC(IUPAC核酸表記法(英語版))を持つ3′Bボックスがある。RNAポリメラーゼIIIにより転写されるtRNAには、類似するもののより強力なプロモーター構造がある。これらの両方がleft armに存在する。
Alu要素の内部プロモーター領域には、4か所もしくはそれ以下のレチノイン酸応答要素六量体部位があり、最後の1つは「Bボックス」と重なる。以下に例示する7SL (SRP) RNAでは、機能する六量体に実線で下線が、機能しない3番目の六量体に点線で下線を引いてある。
GCCGGGCGCGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCCagctACTCGGGAGGCTGAGGCTGGAGGATCGCTTGAGTCCAGGAGTTCTGGGCTGTAGTGCGCTATGCCGATCGGAATAGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACATAGCGAGACCCCGTCTC
Alu Iエンドヌクレアーゼの認識配列は5 ′ ag/ct 3′、すなわち上例中の小文字で示された配列のグアニン残基とシトシン残基の間でDNAを切断する。