IRT9番街線
1930年代から1940年代にかけてIRT・IND・BMTの3社が市営合併されると、高架線は後継地下鉄路線の建設に伴い次々に廃止されていった。9番街線も1940年6月11日、IND8番街線に置き換えられる形で155丁目駅以南が廃止された。155丁目駅より北側は同駅 - バーンサイド・アベニュー駅間を結ぶポロ・グラウンズ・シャトルあるいは155丁目シャトルと呼ばれた列車が運行しており、155丁目駅ではINDコンコース線155丁目駅との間で紙を用いた無料乗換が行われていた。この時木造であった高架鉄道車両はIRTの地下鉄車両に置き換えられているが、高架線内と地下鉄線内でサードレールの高さが違っていたため、集電靴は高架鉄道用の物が使用されていた。また、このため1958年8月31日にシャトル列車の運行が終了し1962年に高架橋が撤去されるまでの間、167丁目駅 - ジェローム車両基地間では地下鉄用と高架鉄道用の2種類のサードレールが設置されていた。1941年6月1日、シャトルの北側終点駅が167丁目駅に短縮された。その後ポロ・グラウンズからのニューヨーク・ジャイアンツの撤退とニューヨーク・セントラル鉄道のパトナム地区での運行が廃止されたため1958年8月31日にシャトル列車は廃止され、これをもって9番街線の全線が廃止された。
また、車両基地が145丁目駅北、8番街東側に建設された。1880年5月2日、橋脚の補強工事が終了した。また、グリニッジ・ストリート上の東側線路と9番街上の西側線路は高架橋ごと取り壊され、一から再建された。この間、列車の運行は中央の急行線を使用して続けられていた。また、工事の終了と同時にバッテリー・プレイス駅への9番街列車の停車が開始され6番街線との乗換駅となった。1880年代から1890年代初頭にかけて路線は20時 - 5時30分までと日曜終日の列車の運行を取り止めた。1880年に運賃は10セントに引き上げられたが、朝・夕ラッシュ時の運賃は5セントであった。1885年、ニューヨークで最初の電気機関車による列車の牽引試験が9番街線で行われた。1886年、運賃は終日5セントに変更された。初期の頃はきっぷは駅で販売され列車内で車掌によって回収されていた。1886年以降は車掌による回収ではなく回収箱に入れる方式となった。
1892年、59丁目駅 - 116丁目駅間に急行線が敷設された。
1897年4月11日、自転車を積み込むことのできる列車の運行が開始され、レクター・ストリート駅 - 155丁目駅間を毎週日曜に運行されていた。南側始発駅がサウス・フェリー駅で無かったのは、サウス・フェリー駅のホームが非常に混雑しており自転車列車を発着させる余裕が無かったためであった。自転車列車には片側の座席を全て取り外し、24インチ自転車用のラックを設置した特別車両が充当された。料金は乗客1名と自転車1台で15セント、乗客2名とタンデム自転車1台では25セントとなっていた。自転車列車には正面に識別用の看板が出されており秋まで運行されていたが廃止された。