熊本県の歴史
一方、阿蘇氏は一族分断の危機に晒されていた。阿蘇惟澄は一時北朝にも付いた嫡男・惟村に大宮司を継がせたが、弟の惟武はこれを不服として征西府に訴え出て認められ、貞治6年/正平22年(1367年)大宮司の補任を受けた。この時から阿蘇一族はふたつの系列に分かれて対立を始めた。
阿蘇惟村 – 惟郷 – 惟忠は矢部に本拠を置き九州探題や大友氏の支持を得ていたが、阿蘇神社領を配下に置き菊池氏に支援された惟武 – 惟政 – 惟兼を抑えられなかった。応永11年(1404年)には惟郷が攻め入り、同族での合戦となった。この時には幕府が仲裁に入った。その後も争いは続いたが、宝徳3年(1451年)一族長老らの決議により惟兼の子・惟歳を惟忠の養子として両統の一本化を図った。しかし、惟忠は実権を手放さなかったため、文明17年(1485年)惟歳とその子・大宮司惟家は相良氏の助力を受け、一方の惟忠と子・惟憲は守護菊池重朝の支援を取り付けて幕の平(現:上益城郡山都町杉木・山田)で激突した。戦いは惟忠と惟憲側の勝利(幕の平合戦)に終わった。
明治政府は当初、キリスト教信仰を解禁しなかった。だが1868年(慶応元年) - 1873年(明治6年)の弾圧をアメリカやイギリスから激しく非難されると、政府はキリスト教布教を認めた。しかしこの認可は地方まで速やかに知らしめられた訳ではなく、天草の人々は長崎「神の島」の漁民からこれを聞いた。1876年(明治9年)大江(天草町)住民15人、翌々年には大江や崎津(河浦町)住民14人が熊本県令にキリスト教帰依を届け出たが、県はこれを受理しなかった。それどころか、葬儀をキリスト教式で行ったとして崎津の住民が処罰されるなど、地方政府ゆえの無理解もあった。
しかしやがて天草に宣教師が向かうようになり、キリスト教への理解も進んだ。1892年(明治25年)天草に赴いたフランス人神父ルドヴィコ・ガルニエは、50年に亘り天草での布教活動を続け、大江天主堂建設や孤児院の建設などに尽力した。彼はフランス語調で「パーテルさん」(紀行文『五足の靴』では「バアテルさん」)と呼ばれて親しまれつつ、1941年(昭和16年)その生涯を天草で閉じた。
小説家の徳冨蘆花は、作品『竹崎順子』の中で登場人物に「肥後の維新は明治3年に来ました」と語らせている。幕末の動乱や凶作に曝される熊本の民衆にとって、「御一新」と呼ぶに相応しい変革は明治3年を待たなければならなかった。
明治2年(1869年)の版籍奉還後、熊本藩も藩政と家政の区別や家臣団の改組などを行ったが、人事的には旧態を引き継ぎ、あまり積極的な改革を施さなかった。この攘夷派を抱え込んだままの熊本藩に新政府は不信感を募り、政府に属する細川護久らは対応を迫られ、知藩事を勤める兄・韶邦へ改革の必要性を説いた。また同時期、実学党も行動を起こし、大久保利通や岩倉具視らとの接触を持って改革の必要性を実感していた。このふたつの動きは示し合わせたものではなかったが、目的が一致した両者は共同歩調を取る。
明治3年3月26日、細川韶邦は病気を理由に隠居を決め、5月8日に護久が藩主の座に就いた。護久は実学党とともに、竹崎律次郎や徳冨一敬が起草した改革に着手した。7月17日、改革綱領に則り上米など雑税を廃止する知事布告が出され、同時に民衆に対して過去の治世を遺憾とする声明を発表した。この、為政者として極めて珍しい反省の弁とともに実行された減税は、当時の農民に課せられる負役の三分の一に匹敵した。
後醍醐天皇の討幕運動に呼応し 護良親王が発した北条高時討伐の令旨は、九州の各武士団にも届いた。元弘3/正慶2年(1333年)初頭、当時の菊池氏棟梁・武時は、筑後の少弐貞経・豊後の大友貞宗 とともに鎮西探題を攻撃する密約を交わし、その準備にかかった。しかし、この計画は探題の北条英時に漏れ、英時は彼らに博多への出頭を命じた。同年3月12日菊池武時は阿蘇惟直らを従い向かったが、探題から遅参を責められた。計画漏洩を察した武時は決起を働きかけたが少弐・大友両氏はこれを拒絶した。
3月13日早朝、菊池武時・阿蘇惟直らは決意を固め手勢150騎で探題の館に攻め込んだ。しかし少弐・大友両氏は裏切って探題側に付き、激戦となる。菊池勢は武時以下ことごとく討ち死にする中、嫡男・菊池武重はかろうじて肥後へ逃れることができた。1978年、福岡市地下鉄工事の際、博多区祇園町東長寺前からおよそ110の頭蓋骨が発見された。分析の結果14世紀のものとみられ、博多合戦で敗れさらし首にされた菊池一党の武士のものと見なされている。
北条英時は肥後国守護の北条高政に菊池・阿蘇氏の討伐を命じた。規矩高政らが率いる討伐軍に本拠地を攻め込まれた両氏は現在の五ヶ瀬町にあったと推測される日向国鞍岡城に逃げ込むも攻め入られ、鞍岡山に逃れた一部を除き多くが討死した。この一連の事件によって、菊池氏は少弐・大友両氏に対し、拭い難い程深い恨みを持つこととなった。
キリシタンの指導者たちは転宗するまで拷問を受け、一般の信者たちも代官から改宗を迫られた。その一方で寺沢氏は天草に対し強圧的な支配を下していた。肥前唐津藩による検地の結果、天草の石高は米の取れ高で3万7千石(この他、商品作物や漁業・塩業など5千石があり、天草総石高は4万2千石)とされたが、これは実力が伴わない過大なものであり、背景には寺沢氏が自藩を大きく見せかけたい見栄によるものと考えられる。しかし領民にはあくまで石高相当の租税が課され、ほぼ同じ状況下にあった島原領民ともども搾取に苦しめられた。
島原の乱は寛永14年(1637年)10月、島原の代官家襲撃に始まるが、ほぼ同じ時期に大矢野でも農民が立ち上がった。彼らは、小西行長の旧臣・益田好次の子天草四郎を「ママコス上人(マルコス・フェレイラ神父)が預言した天童」と奉じて蜂起した。連絡を受けた唐津藩は1500の軍を送ったが一揆方はこれを破り、本渡に進んだ。さらに天草支配の本拠・富岡城を取り囲んだ。しかしなかなか落とせず、やがて熊本藩からの討伐軍が来るという噂が流れたため、一行は島原に渡った。その後、篭った原城址で九州諸藩軍の総攻撃に曝され、ただ一人の内通者を除きすべて討死した。四郎時貞を討ち取ったのは熊本藩の陳佐左衛門だった。
乱の後、島原の松倉氏は改易、天草は寺沢氏から備中国成羽藩の山崎家治領地に鞍替えされた。この際、成和藩による調査では米の石高38,732石のうち6,732石が失われ3,302石が荒らされたとある。家治は富岡城修築などに乗り出したが、寛永18年(1641年)讃岐国丸亀藩に転封となった。以後天草は天領となり、代官鈴木重成が着任した。
このように戦時体制を支え、自らも成長する熊本市だったが、この二つの兼ね合いに問題が生じた。西南戦争で焼け野原となった市の中心部に置かれた山崎練兵場が交通を分断し、発展を阻害する要因となってしまっていたことが1881年(明治14年)頃からクローズアップされ始めた。世論を考慮した陸軍省は工兵隊や藤崎台兵舎などを渡鹿や大江村へ移転したが、肝心の練兵場は手付かずのままにされたため、移転要求は燻り続けた。1891年(明治24年)2月22日付『熊本新聞』は、この練兵場移設問題が放置されている様を「熊本市内三馬鹿の第一」と痛烈に批判した。1897年(明治30年)に熊本市会は陸軍大臣に移転の要望を提出し、陸軍側も施設拡張が限界に達していた事情もあって、幾度もの交渉の末これを受けた。翌年から練兵場が大江村に移転される諸工事が始まったが、これは熊本市の負担とされてしまった。
市街地に広大な用地を得た熊本市は、発展に向けた都市計画を実行に移した。練兵場跡地は縦横の道路が整備され、「練兵町」や当時の市長・辛島格の姓から取られた「辛嶋町」などが置かれた。ここ一帯は「新市街」と呼ばれ、一大繁華街へと発展してゆく。市内の公共交通機関として、1907年(明治40年)には熊本軽便鉄道が開業した。これは大正時代に熊本電気鉄道を経て熊本市電へと変わっていった。また、用地には中央官庁の出先機関設置を誘致し、その先駆けとして1911年(明治44年)には現在の桜町バスターミナルがある立地に煙草専売局が建設された。膨張する都市を賄う上水道の整備も行われ、1924年(大正13年)には八景水谷や立田山を水源とする上水道網が完成した。この土地整備・市電敷設・上水道整備は近代熊本市の三大事業とされ、都市発展の基盤づくりが完成した。