ベースボール・チャレンジ・リーグ
小林大誠(武蔵) - 読売ジャイアンツ育成2位
三ツ間卓也(武蔵) - 中日ドラゴンズ育成3位
2016年シーズン終了後に支配下登録。
田島洸成(武蔵) - 読売ジャイアンツ育成4位
大竹秀義(武蔵) - 読売ジャイアンツ育成5位
矢島陽平(武蔵) - 読売ジャイアンツ育成7位
長谷川潤(石川) - 読売ジャイアンツ育成8位
2016年3月28日に支配下登録。
読売ジャイアンツが武蔵を中心に5人を指名し、過去最多の指名者となった。
3月23日 - 2017年度からのリーグ戦参加を前提とした「栃木県民球団」「滋賀県民球団」の準加盟を承認。
6月18日 - 群馬が東地区で2年(4期)ぶりとなる前期優勝。
6月19日 - 石川が西地区で2年(3期)ぶりとなる前期優勝。
6月28日 - 3月に準加盟していた栃木県と滋賀県の球団につき、2017年シーズンからの加盟を正式に決定。滋賀県の球団については、球団名が「滋賀ユナイテッドベースボールクラブ」となることも合わせて発表された。
8月1日 - 2017年度よりリーグ戦に参加する栃木球団の名称が「栃木ゴールデンブレーブス」に決まったことが発表される。
9月4日 - 石川が西地区で後期優勝し、2009年以来の前後期制覇を達成(後期優勝は2年ぶり)。
9月9日 - 群馬が東地区で後期優勝し、2010年以来の前後期制覇を達成(後期優勝は6年ぶり)。地区制導入後、両地区がともに前後期同一チームの優勝となるのは2009年以来(前回も群馬と石川)。
9月18日 - 群馬が地区チャンピオンシップで福島を1勝0敗で下し、東地区年間優勝。
9月20日 - 石川が地区チャンピオンシップに勝利し、西地区年間優勝。
リーグ2年目となった2008年の観客動員実績が10月31日に公表された。それによると1試合の平均観客動員数は1,318人で、前年比で25%減少した。リーグの村山代表は、目新しさで初年度に集まった観客を十分リピーターにできなかったことや、無料券の配布を減らしたことなどを原因に挙げる一方「有償率は上昇しており、地域に根付いている手応えを感じた」としている。チーム別の動員数は新加入の群馬が6球団中トップ。最少は前年に続いて石川で、1試合平均では1000人を割り込んだ。
また2009年7月1日にはリーグ・各球団の収支報告が発表された。リーグ7法人の総経常損失額は約1億3700万円と、前年よりも若干圧縮された。既存4球団はコストの圧縮に努めるなどした結果、収支の改善に成功。新規加入2球団のうち群馬は大口スポンサーを確保するなどし、経常損失額は設立初年度ながら既存球団並みであった。しかし、一方の福井は運営環境を充足できるだけのスポンサーを確保できず、前期・後期とも最下位に終わるなどチーム成績も低迷して観客動員数も伸び悩み、2009年5月末時点で約5300万円の累積赤字を計上した。このため、福井の運営会社「スポーツコミュニティ福井」は7月2日の臨時株主総会で旧経営陣を刷新。取締役6名のうち5名が福井新聞社の関係者となり(もう1名はBCリーグ代表の村山哲二)、同社から全面支援を受けることになった(詳細は福井ミラクルエレファンツ#経営問題を参照)。
野原祐也(富山) - 阪神タイガース育成1位
2009年7月26日に支配下登録。
鈴江彬(信濃) - 千葉ロッテマリーンズ育成2位
柳川洋平(福井) - 福岡ソフトバンクホークス育成3位
2011年5月13日に支配下登録。2019年より滋賀のコーチ、2021年より監督。
グループE:富山・石川
グループF:福井・滋賀
5月16日 群馬 2-1 読売ジャイアンツ(富岡)
5月20日 信濃 3-1 日本ハム(松本)
7月19日 信濃 0-6 東京ヤクルトスワローズ(県営上田)
7月20日 BCリーグ上信越選抜 2-5 ヤクルト(オリスタ)
7月21日 石川 4-5 フューチャーズ(弁慶スタ)
8月4日 群馬 4-8 ロッテ(高崎城南)
8月6日 信濃 1-11 埼玉西武ライオンズ(中野)
8月27日 信濃 0-2 湘南シーレックス(諏訪湖)
9月2日 富山 4-15 福岡ソフトバンクホークス(アルペン)
9月3日 群馬 2-7 ソフトバンク(伊勢崎)
2月16日 - 前年富山に在籍したフランシスコ・ペゲロが千葉ロッテマリーンズに入団(ロッテでの名称表記は「フランシスコ・ペゲーロ」)。
4月7日 - 2018年シーズンが開幕。
4月24日 - 静岡県浜松市に事務所を置く「静岡県民球団」の準加盟承認を発表。
5月10日 - 富山のデュアンテ・ヒース(元広島東洋カープ)が埼玉西武ライオンズに入団。
6月21日 - 西地区で福井が3年ぶりとなる前期優勝。
6月22日 - 東地区で群馬が5期連続となる前期優勝。
7月24日 - 茨城アストロプラネッツの本加盟を承認したと発表。
7月31日 - シンガーソングライターの大原ゆい子が公式アンバサダーとして就任したと発表。
8月28日 - 本加盟審査をおこなった静岡県民球団につき、設立・運営体制が不十分という理由で加盟は見送り、2019年シーズンは茨城を加えた11球団でリーグ戦を開催すると発表。
9月2日 - 富山が3期ぶりとなる西地区後期優勝。
9月6日 - 群馬が6期連続となる東地区後期優勝。
4月9日 - 2022年シーズンが開幕。
8月29日 九州アジアリーグ・北海道フロンティアリーグとの合同チーム(日本独立リーグ野球機構選抜)により、今年のみやざきフェニックス・リーグに参加することが発表される。 北地区で信濃、南地区で茨城の地区優勝がそれぞれ決定
9月4日 - 日程確保が困難なため、振替を実施しない中止カード(全7試合)を発表。
9月23日 - リーグチャンピオンシップで信濃が対戦成績を3勝0敗として、5年ぶりのリーグ年間優勝を達成。
9月30日 - この日から信濃がグランドチャンピオンシップ(本年よりトーナメント制で、藤崎台県営野球場で開催)に参加し、準決勝には勝利したが、決勝に敗退して準優勝となる(10月1日まで)。
10月20日 - NPBドラフト会議で、西濱勇星、樋口正修、渡辺明貴、山本晃大がそれぞれ育成選手枠で指名される。