DGGE
DGGEとは(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis 変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法)のこと。
この方法では、変性剤の濃度勾配があるゲルを用いて二本鎖DNAを電気泳動する。通常はポリアクリルアミドゲルを用い、尿素とホルムアミドを変性剤として用いる。ゲル中に変性剤の濃度勾配があると、二本鎖DNAは分子量の違いだけではなく、変性しやすさの違いによってもバンドがあらわれる位置が異なるため、高い分離能が得られる。
変性したDNAはリン酸基の負荷電がバッファによって中和されて移動しにくくなるため、二本鎖DNAが変性する位置の近傍にバンドが現れる。しかし、この方法(原法)ではG-Cが豊富な二本鎖DNAのミスマッチを十分に検出できなかったため、 GC clamp(Sheffield et al., 1989)と呼ばれる40塩基程度のG-Cが豊富な(安定な)配列がPCRの際に一方のプライマーの5'側に付加される。この方法では、負荷電がclamp部分で維持されるため、分離能が向上し、よりG-Cが豊富で長いDNAを試料とすることができる。