百草園駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅で、橋上駅舎をもつ。橋上化以前は地下道内に駅事務室と改札口が設置されていたが、バリアフリー化が困難という理由で橋上化されている。トイレは2階(橋上駅舎)改札口内にある。ユニバーサルデザインの一環として「だれでもトイレ」が併設されている。
曲線区間中にある駅のため、各駅停車の10輌編成化に合わせて新宿寄りの一部については、線路を付け替えることによって曲線を緩和している。上りプラットホームの北側に設置された駐輪場が、かつての路盤跡である。曲線が緩和されたとはいえホームはカーブしているため、乗降の際は足元に注意が必要である。なお、下りのプラットホームは、玉南電気鉄道開業時のホームが後に嵩上げされたものが現在でも使用されている。