征夷大将軍
源頼朝以前については、蝦夷征討使の長官にして、征夷大将軍に準じる性質のものを全て採録した。古例の場合、「大使」は「大将軍」と同義であるとされる。
応永15年(1408年)5月、義満の急死後に将軍の権限が急速に回復し、細川管領と斯波義将ら宿老との連携の中、将軍権力と幕府機能が復活し、義満の政庁北山第も現・金閣を残し取り壊した。以降に天皇と朝廷は揺り戻しや戦国大名の貴族化と猟官への接近による権威再建はあったが、統治権のない権威としての政府となり、幕府こそが日本全土を実質統治する政府となった。
足利義教の代には頻繁に守護大名家の相続に介入して独裁的な権力を行使したが、その殺害と守護大名主導の叛乱鎮圧により再び将軍権力は低下した。義政の代には、守護大名間の武力抗争に対し、朝廷のように半ば超然と振舞う存在となった。その子の足利義尚は実権回復を図り六角氏討伐軍を自ら率いたが、中途で病死し果たせなかった。
南北朝時代には、南朝の北畠顕家が鎮守府将軍を鎮守府大将軍として名乗ることを認められているが、これは清華家の家格を有する北畠家にとっては、鎮守府将軍は明らかに卑職であることを顕家が嫌ったためである。
鎌倉時代以降、幕府の政治力は徐々に高まっていった。しかし頼朝の実子として鎌倉殿・将軍に就いた源頼家は権臣の北条氏に比企能員の変で幽閉・暗殺され、その北条氏によって擁立され鎌倉殿・将軍に就いた頼家の弟の源実朝は頼家の子の公暁に暗殺された。
頼朝の直系血統が絶えると、公卿の条件に適う将軍を関東内で戴くことができなくなったため、当初北条氏は皇族の将軍就位を求めたが、後鳥羽上皇に拒絶された。このため頼朝妹の血統をもつ摂関家から2歳の三寅を鎌倉殿に迎え、北条政子(従二位)が後見した。
正室となったのは頼家の娘であり、実朝正室西八条禅尼の猶子であった竹御所であった。三寅は6年後に元服した後に藤原頼経を名乗り征夷大将軍に就くが、実権は乏しく、傀儡であったと見られている。しかし北条泰時死後の混乱につけこみ、反得宗家の御家人を糾合して長子北条経時の執権就任に反対するなどの動きを見せた。
将軍足利義材は義尚の果たせなかった六角親征に成功したが、これで自信を高めたことで細川政元と対立し、畠山征伐として河内に出兵した留守にクーデターを起こされ将軍職を失った(明応の政変)。幕政は細川氏支配が確立し、また幕府と将軍の全国統治の権力は消滅して室町幕府は畿内を支配する地方政権となる。
武家に対する将軍の権威はある程度は残ったが、戦国大名が成立して、将軍は有力大名の意向には逆らいにくく、敵対すると大永元年(1521年)頃から出奔逃亡し京都に常にとどまれず「流れ公方」と嘲笑された。将軍の守護補任権が断続的になり天皇の国司任命が復活し、官位の朝廷取次権限が行使できず直奏となり、将軍権力が縮小した。
天文22年(1553年)、13代将軍の義輝は三好政権を成立させた三好長慶に反撃を試み、洛外の近江国朽木に追放され、5年後和睦し戻ったが、永禄8年5月(1565年6月)永禄の変で二条御所を軍勢で襲われ殺害され、将軍といえども不犯の存在ではなくなった。そのため、弟の足利義昭は織田信長の協力を得て、三好政権が擁立した14代将軍足利義栄が急死する中、奉じられ上洛し15代将軍となり、室町幕府を再建し畿内支配を復活させた。
だが、義昭は室町幕府創設時からの伝統の、武田信玄など他の有力大名との複数提携を目指したためやがて信長と対立、義昭は信長へ兵を挙げたが捕らえられ京都から追放された。室町幕府は官僚の奉公衆の伊勢氏など多くは明智光秀に引き継がれ実質消滅した。だが足利家の家職化した将軍を朝廷は積極的に解官せず、その後の織豊政権は、征夷大将軍・幕府体制とは違う政権樹立をしたので、義昭は豊臣政権の初めに辞官するまで将軍職だった。