持明院統
後嵯峨天皇は、息子の後深草天皇に譲位し、後深草天皇が病にかかると、その弟の亀山天皇が即位した。その後、亀山天皇の皇子世仁親王が皇太子となった。しかし、皇位継承者を指名するべき治天の君である後嵯峨上皇は、鎌倉幕府に託す形ではっきりとした意思を伝えないまま、崩御した。困惑した幕府は、後嵯峨院の中宮で、後深草上皇と亀山天皇の母である大宮院に後嵯峨院の胸中を尋ね、それが亀山天皇にあったと知らされると、亀山天皇が治天の君となり、程なくして世仁に譲位し(後宇多天皇)、亀山は院政を開始する。 しかし、事実上の長男にあたるのに自身の子孫に皇位を継承できなくなって、不満を持った後深草上皇は、太上天皇号を返上し出家する意思を表明した。これに同情した幕府は、亀山に対し後深草に配慮するように求め、後深草の皇子熙仁親王を皇太子にすることになり、皇太子となった熙仁は、霜月騒動の余波を受けて即位した(伏見天皇)。その後、伏見の皇子胤仁親王までもが立太子すると(後伏見天皇)、状況は一変し、後深草の系統が有利となった。この後深草の系統を、持明院統という。 しかし、これに不満を持った亀山上皇は出家し、その不満を幕府に訴えかけた。そして、伏見の側近である京極為兼が流罪になり伏見が胤仁に譲位すると、今度は後宇多の皇子である邦治親王が皇太子となり、やがて即位した(後二条天皇)。亀山の系統を大覚寺統という。この際、持明院統側は、後伏見天皇にまだ皇子が誕生していないため、伏見上皇の皇子である富仁親王を皇太子とすることに成功した。これによって、持明院統と大覚寺統がおおよそ交互に即位する、両統迭立がはじまった。(もっとも、状況によっては両統迭立とは言い難いところもあり、あくまで結果論的な呼称である)