短鎖散在反復配列
SINEによりコードされるRNAはタンパク質を一切コードしないが、逆転写によりゲノム上の別の領域に挿入される。長鎖散在反復配列 (LINE) は自身を逆転写およびゲノムへ再導入するタンパク質をコードするため、SINEはLINEと共進化したと考えられている。SINEは、LINEの2つのリーディングフレームにコードされているタンパク質と共選択されてきたと考えられている。Open reading frame 1 (ORF 1) は RNA に結合し、LINEタンパク質-RNA複合体構造を形成させ維持するシャペロンとして働くタンパク質をコードする。Open reading frame 2 (ORF 2) はエンドヌクレアーゼ活性と逆転写酵素活性をあわせもつタンパク質をコードする。このタンパク質により、LINE mRNAはDNAに逆転写され、このタンパク質のエンドヌクレアーゼ領域が認識する配列モチーフに基づいてゲノムに組み込まれることができる。
LINE-1 (L1) の転写およびレトロトランスポーズが最も頻繁に起こるのは、生殖系列(英語版)および発生初期である。したがってSINEがゲノム上で最も移動しやすいのもこれらの期間である。発生初期を過ぎた体細胞では、転写因子によってSINEの転写はダウンレギュレートされる。
SINEの活動の中には偽遺伝子であることが明らかなもの、すなわち正負にかかわらず重要な役割を果たすとは考えられない遺伝的痕跡もある。ただし、SINEとRNA偽遺伝子を同一視してはならない。一般的に、偽遺伝子の生成はタンパク質をコードする遺伝子のプロセシングされたmRNAが逆転写され、ゲノムに組み込まれた際に起こる(RNA偽遺伝子は逆転写されたRNA遺伝子である)。プロセシングされたRNAに由来する偽遺伝子は、イントロンや、転写やプロセシングを可能にするさまざまな調節要素などの進化的文脈とは切り離されて生成されるため一般的には機能しない。しかし機能しない偽遺伝子であっても、プロモーターやCpGアイランドをはじめ転写を可能にする機能を保持している場合があり、それらは依然として転写され、SINEその他のノンコーディング要素と同様に遺伝子発現の調節における役割を果たしている可能性がある。したがって、偽遺伝子は転写された機能的RNAから由来するという点で、RNA遺伝子の転写機構と共選択されてきたレトロトランスポゾンDNA要素であるSINEとは異なる。ただし、SINEなどレトロトランスポーズ可能な要素は、ゲノムの別の領域に自分自身だけでなく、ランダムな遺伝子をもコピーできることを示唆する研究が複数ある。したがって、SINEが遺伝子調節に影響を与え、貢献している可能性のあるもう1つの経路として、調節ネットワークに関与していることが知られている偽遺伝子の生成にSINEが重要な役割を果たしている可能性がある。