出島
マクシミリアン・ル・メールの1641年6月10日の『平戸オランダ商館日記』によると、出島を初めて見た印象について、一般に倉庫が小さいとしつつ、住居7棟、倉庫8棟を商館として取り仕切ることができると記述している。
平戸商館は石造の建物だったが、出島の建物はすべて木造建築だった。幕府は石造の平戸商館の要塞化をおそれてオランダ商館の長崎移転の前後に破却している。なお、幕末期には出島にも石造の洋風建築がみられるようになった。
出島のある長崎港は、明治以降埋め立て等の改修・改良工事が度々実施されており、その中でも明治時代の二度の大規模な港湾改修事業は、出島の姿を大きく変えることになった。1882年(明治15年)から始まった最初の港湾改修(第一次長崎港港湾改修事業)では、1886年(明治19年)から実施された中島川の変流工事に伴う川幅拡張により北側の敷地(出島全体の4分の1に相当)が削り取られ、1888年(明治21年)には東側の護岸部分から築町との間が埋め立てられ、陸続きとなった。次いで、1897年(明治30年)に始まった港湾改修(第二次長崎港港湾改修事業)では南側の埋め立てが進められ、1904年(明治37年)の竣工時には完全な陸続きとなり、往時の扇型の姿は完全に失われた。 1922年(大正11年)に高島秋帆旧宅、シーボルト宅跡、平戸和蘭商館跡とともに長崎県で初めて国の史跡に登録された。ただし、当初、出島は史跡登録の候補には含まれていなかった。また、敷地内も時が経つにつれて住宅や医院、商店が建ち並ぶようになっており、出島が国の史跡として登録された1922年(大正11年)時点では、道路を除くすべての土地が民有地となっていた。
なお、1937年に出島があった範囲を示すための鋲が道路に打ち込まれた。
第二次世界大戦終結後、オランダは駐日大使を通じて首相の吉田茂に出島の復元を強く要求したとされている。出島を抱える長崎市は、オランダ側の働きかけもあり1951年(昭和26年)ごろより出島の整備計画に着手。翌1952年(昭和27年)からは出島史跡内の民有地を用地買収する公有化事業に着手し、事業開始から半世紀が経過した2001年(平成13年)に完了した。1969年(昭和44年)から1978年(昭和53年)には出島史跡の整備方針を検討する「長崎市出島史跡整備審議委員会」を設置しているが、この時点で後の復元事業に繋がる19世紀初頭の出島を復元するという指針が示された。
1984年(昭和59年)から2年にわたって、かつての出島の範囲を確認する調査を行った。その調査によって東側・南側の石垣が発見されている。また、当時の出島との境界がわかるように道路上に鋲を打った。