がんばれゴエモン〜でろでろ道中 オバケてんこ盛り〜
基本システムはSFC版『2』と同じエリアマップ形式の横スクロールアクションとなっている。各エリア内で装備を買い整えるための町ステージを経由しつつ道中ステージをクリアしていくことで進行し、城ステージおよびインパクトステージのボスを倒すとエリアクリアとなる。
アクションステージは横スクロールだが、ステージの全部がポリゴンで描画されており、ステージ分岐で画面の奥側や横河に回り込んだり、画面奥から敵が攻撃を仕掛けてきたりと、3D空間を活かしたギミックや演出が施されている。
本作では特定地点通過条件の「手形」の比重が増加しており、城ステージ間を塞ぐ関所を通過するために、エリア毎に手形を規定枚数集める必要がある。手形は道中ステージをクリアしたり、町ステージなどでのミッション(依頼)をクリアすることによって報酬として受け取ることができ、これらの繰り返しで先へ進んでいく。
インパクトを洗脳して操っていたボスを倒し、江戸の殿様とゆき姫を救ったゴエモンたちは、ビスマルが南海に浮かぶ龍宮島へ逃げ去ったと聞き、さっそく現地へ向う。異変を察知して単身調査にやってきていたヤエと再会し、彼女からビスマルが龍宮城へ逃げ込んだとの情報を得た一行は、ビスマルを追い詰めるべく城へ向かう。
アクションステージでの操作形態は基本的にスーパーファミコンの作品と同じ操作になるが、今作では少々の仕様変更がなされている。
Aボタンでジャンプ、Bボタンで攻撃、3Dスティックで移動するのは通常通りだが、Cユニットボタンはインパクト戦以外では使用せず、サブウェポンおよび特殊アクションの操作がA・Bボタン以外の個別のボタンに割り当てられるようになった(Zトリガーボタン・Lボタン=サブウエポン、キャラクター個別の特殊アクション=Rボタン)。
また、ライトポジション・ファミコンポジションに対応しており、3Dスティックの他、十字キーでも移動が可能になっている。3Dスティックでは前作同様に倒し方による移動速度調整ができ、十字キーでは常時、レバーを倒しきった時同様の最速状態での移動となる。また、町ステージでのみ、Bボタンダッシュが可能となり、各キャラクターの最速ダッシュ中にさらに加速させた状態で移動することが出来るようになる。
町ステージも横スクロールだが、奥行きの概念があり画面奥や手前に移動できる。町ステージではサブウェポン、特殊アクションは使えなくなり、Zトリガーボタンはしゃがみになる。
2人同時プレイが可能。1人でプレイ中に2プレイヤーのスタートボタンを押すことで、途中参加も可能。ただし2人プレイ時に同一キャラクターを使用することはできない。
SFC版『1』『2』で登場した「おんぶシステム」が復活。移動と攻撃を分担し、協力して進めることができる。またおんぶ時にはサブウェポンがパワーアップする。プレイ中片方の残機がすべてなくなっても、もう片方の残機が2以上残っていれば、それをもらって復活できる。
インパクト戦では2体を分担して操作する(1Pはゴエモンインパクト、2Pはミスインパクトを操作)。フィールド側の操作は、Aボタンでジャンプ、Bボタンでキセル(おぼん)で殴る、Zボタンで小判攻撃となる。キセル(おぼん)が敵に命中すると、コックピット側のインパクトに飛んでいき、さらなる連携が可能になる。特殊アクションのバトンパスを使うとコックピット側とフィールド側の操作を交代できる。