後花園天皇
なお、神璽の不在は15年近くに及んだものの、二条良基の「三種の神器は天下のどこかにあれば問題ない」という言説や、一条兼良の「神鏡には宝剣と神璽が包摂される」という言説、さらに後光厳天皇以降三種の神器の不在が続いたという事実もあって、神器の不在での支障はほとんどなかったという。
寛正2年(1461年)4月、亀山天皇の五世の孫にあたる常盤井宮全明王に親王宣下を行った。寛正3年(1462年)10月皇子の成仁親王に天皇としての心得を説いた『後花園院御消息』を与えている。
寛正5年(1464年)7月19日、成仁親王(後土御門天皇)へ譲位して上皇となり、左大臣足利義政を院執事として院政を敷いた。
応仁元年(1467年)、京都で応仁の乱が勃発した際、東軍細川勝元から西軍治罰の綸旨の発給を要請されたが、上記とは異なり上皇はこれを拒否した。兵火を避けて天皇とともに室町第へ移るも、同年9月20日に出家、法名を円満智と号した。上皇の出家は、かつて自ら発給した畠山政長に対する治罰綸旨が乱の発端になったことから自責の念に駆られ、不徳を悟ったからだとされている。この出家は義政の無責任さに対して帝王不徳の責を引いた挙として、世間から称賛を浴びた。
文明2年(1470年)12月27日、中風のため室町第で崩御した。宝算53。実の弟である伏見宮貞常親王は、『山賤記』に後花園の崩御について次のように記している。
文明3年(1471年)1月2日に高辻継長の勘申によって後文徳院と後花園院の案が提出され、諸卿の意見により後文徳院と追号されたが、漢風諡号(文徳天皇)に「後」字を加えた追号(加後号)は先例がないとする太閤・一条兼良の意見があり、諸卿からの意見を再勘案した上で、2月19日に後花園院と改められた。