AUTOEXEC.BAT
AUTOEXEC.BAT が使われるのは、MS-DOSとそれをベースとしたWindows(Windows 3.xまでとWindows 9x系)である。このファイルはオペレーティングシステムの立ち上げ時、CONFIG.SYSが処理された後で実行される。Windowsでは、これはグラフィカル環境が開始する前になされる。CONFIG.SYSとは異なり、AUTOEXEC.BAT内のコマンドはDOSプロンプトから入力可能である。このファイルは単にユーザーがコンピュータを起動したとき自動的に実行したいコマンドを入れているだけである。
よく見られる AUTOEXEC.BAT の使い方としては、環境変数を設定し、ウイルススキャナーや何らかのシステム拡張やユーティリティを動作させ、低レベルで動作するドライバハンドラ(例えばリアルモードのマウスやCD-ROMドライバなど)を起動させたりする。
Windows Me では環境変数の設定のみを行うが、これを変更することも可能である。
Windows NT とその系統の Windows XP や Windows Vista は、ユーザーがログオンした際に AUTOEXEC.BAT を調べる。Windows Me と同様、環境変数の設定以外は無視される。
Windows上で起動時に実行したいアプリケーションはレジストリに記述する。
Windows NT系では、同様の機能を持つファイルとしてAUTOEXEC.NTがあり、%SystemRoot%\system32ディレクトリに置かれている。このファイルはオペレーティングシステムの起動処理では使われず、MS-DOSアプリケーションをロードしたときなど MS-DOS環境が起動したときに実行される。
Windows NT 系システムでもルートディレクトリにAUTOEXEC.BATが置かれている場合がある。Windowsはその中の"SET"文と"PATH"文だけを認識し、全ユーザー向けの環境変数設定に使用する。このファイルシステムがFATであれば、同じところにMS-DOSもインストールすると、2つのOSの間で AUTOEXEC.BAT が共有されることになる。ただし、そのような使い方をする人は滅多にいないので、このファイルはたいていの場合空である。
OS/2 はAUTOEXEC.BATの代わりに startup.cmd を使用する。