マペットの宝島
ジム・ホーキンズは、親友のゴンゾとリゾと一緒に英国の「ベンボウ提督亭」に住んでいる若い孤児である。ジムがビリー・ボーンズから海賊フリント船長に関する話を聞くと、彼は宝の山を人里離れた島に埋めてから乗組員達を処刑したので、島の地図を自分だけが所有しているという。ある晩、ボーンズの乗組員仲間である盲目のピューが到着して、黒の処刑宣告書をボーンズに渡した。死ぬ直前にボーンズは宝の地図をジムに与え、財宝を追い求めて海賊の手から財宝と地図の両方を守って欲しいとジムに依頼した。海賊の軍隊が宿屋を攻撃して破壊したが、ジムとゴンゾとリゾは地図を持って逃げ出した。
3人組がお間抜けなトレローニー(フォジー)に地図を渡すと、彼は宝探しの航海を手配してくれた。少年たちは船上の給仕係 としてヒスパニオラ号に乗船、そこにはトレローニー、医師リヴジー(ブンゼン)、とビーカーも同伴した。その船はスモレット船長(カーミット)と厳格すぎる航海士長のアロー副船長(サム)によって統率されていた。少年たちは、ボーンズが警告していた一本足の男ジョン・シルバーに出会うが、ジムとシルバーは気の合う友達になる。船は出航したが、スモレットは乗組員達を疑っており、彼らがいかがわしい人物だと確信していた。海賊だと判明した乗組員3人にゴンゾとリゾが誘拐されて拷問を受けた後、彼は安全確保のため宝の地図を施錠保管した。
ゴンゾ:デーヴ・ゲルツ(梅津秀行)
スモレット船長(カーミット):スティーヴ・ホイットマイア(山寺宏一)
リゾ:スティーヴ・ホイットマイア(園岡新太郎)
ベンジャミーナ・ガン(ミス・ピギー):フランク・オズ(梅津秀行)
トレローニー(フォジー):フランク・オズ(永井一郎)
アロー副船長(サム):フランク・オズ(山寺宏一)
リヴジー(ブンゼン):デーヴ・ゲルツ(梅津秀行)
ビーカー:スティーヴ・ホイットマイア(高木渉)
ポリー:ケビン・クラッシュ(宝亀克寿)
クルーレス:ビル・バレッタ(堀内賢雄)
マッド・モンティ:ジェリー・ネルソン(大友龍三郎)
スウィータム:ジョン・ヘンソン(大友龍三郎)
スタトラー:ジェリー・ネルソン(永江智明)
ウォルドーフ:デーヴ・ゲルツ(槐柳二)
ナマハム:ケビン・クラッシュ(高木渉)
ブラインド・ピュー:ジェリー・ネルソン(増岡弘)
ブラック・ドッグ:ケビン・クラッシュ(高木渉)
パイク:スティーヴ・ホイットマイア(立木文彦)
マッド・ウェル:デーヴ・ゲルツ(歌:ビル・バレッタ)(岡野浩介)
ズート:デーヴ・ゲルツ(石井康嗣)
フロイド・ペッパー:ジェリー・ネルソン(立木文彦)
アニマル:フランク・オズ(増岡弘)
シェフ:ビル・バレッタ(増岡弘) その他日本語版声優:西村ちなみ / 久川綾
シルバーは海賊ではあったが、ジムのことを気にかけていてお前を逃がしてやると耳打ちした。スモレットとベンジャミーナ・ガンはシルバーによって捕らえられ、スモレットは処刑のため崖から吊るされてしまう。スモレットを救おうとして、ベンジャミーナ・ガンは自分の家に財宝を隠したことを明かした。しかし彼女がシルバーからのキスを吐き出したことで、シルバーは彼女を同様に崖から吊るしてしまう。 ジムは友人達を救助し、アロー副船長(ここで生存が明らかにされる)と共に一団はヒスパニオラ号の支配を取り戻して、スモレットとベンジャミーナ・ガンを救助した。ジムの一団はシルバーだけが立ち残ってしまうまで海賊と剣で戦い、自分が劣勢だと気付いたシルバーはここで降伏する。海賊たちが投獄されていく際に、シルバーはまだ自分がアローの鍵を持っていることに気づき、財宝を持って逃げようとする。ジムは彼に立ち塞がるが、通路を再び渡ってこない限りシルバーが立ち去ることはできるようにしていた。かくしてシルバーは、羅針盤をジムに返すこともせず漕ぎ去った。ただし、アローはシルバーが使ったボートが航海に適さないことをジムとスモレットに伝えており、そしてシルバーは島に座礁して財宝も失ってしまう。
海から財宝を取り戻すためにスキューバダイビングするネズミ達がいる中、乗組員を乗せたヒスパニオラ号が夕焼けに向けて出航するところで、映画は終幕する。