皇学所・漢学所
だが、この決定に皇学所・漢学所ともに強く反発した。これに押された留守官は、東京に置かれた大学校を補完するとして12月10日(1870年1月11日)に独断で旧皇学所と旧漢学所を統合した大学校代を設置した。しかし大学校代は、東京奠都で多くの公家が京都を去ったことも影響して生徒を十分に集めることができず、また皇漢両派の対立がやまなかったため、翌明治3年7月25日(1870年8月21日)、不振を理由にこれを廃止し京都府に移管する政府の命令が下った。そして同年12月7日(1871年1月16日)、「府学」(京都府中学校)として開校した。一方、東京の大学(大学校を改称)本校でも「学神祭」などをめぐって旧昌平黌系と旧皇学所系の対立が激化し、同時期の明治3年7月に内紛を理由に大学本校が閉鎖されていた。
京都における「大学校代」挫折の結果、新政府の大学設置構想は東京を中心に進展し、またそのなかで国学系・漢学系の影響力は著しく低下した。彼らの復権は1877年(明治10年)4月に発足した東京大学文学部に「和漢文学科」が設置されるまで待たなければならず、また京都に初めての大学(京都帝国大学)が設置されるのは、さらにそれから20年経過した1897年のことであった。