東京物理学校
1906年7月、物理学校は神楽坂二丁目24番地に木造新校舎を竣工し移転した(現在の東京理科大学近代科学資料館(後出)はこの時の校舎を復元し1991年に建立されたものである / 画像参照)。この校舎はその後の関東大震災に際して大きな被害はなく、1937年10月、鉄筋校舎(現在の東京理大旧1号館校舎)を新築した。8年後(1945年5月)の山の手を中心とした東京大空襲でも、周囲の家屋が多く被災したにもかかわらずこの鉄筋校舎はほとんど無傷で、1,970名もの罹災者の収容先になった。
本部校舎以外には、1942年に大学設置を目指した学園が、大学予科校地として府下北多摩郡府中町字国分寺前(現在の国分寺市)の約6万mの敷地を購入、さらに翌1943年には八王子西中野町の織物工場と土地(約700坪)を購入した。しかし、これらの土地は後に農業理科学科の校舎及び学生寮などの用地として使用されることになった。戦後の1946年になって八王子郊外に農業理科学科の校地として土地(約80,900坪)を取得したが、この校地は1948年、自作農創設特別措置法に基づき強制買収された。
東京物理学校は、1949年に東京理科大学が新設されるに際し、神楽坂校舎でしばらく共存する。その後、1951年に東京物理学校は最後の卒業生を送り出し廃止され、神楽坂校舎は東京理科大学の神楽坂(本部)キャンパスとして継承された。また国分寺校地は1950年農業理科学科が廃止されたのちグラウンドとして使用されたが、1958年工場用地として東芝に売却された(この売却益が現在の東京理大・野田キャンパスの購入にあてられた)。