太政官
三職のうち総裁が廃止されて(当時熾仁親王は江戸に滞在中)、副総裁2人が輔相(ほしょう)と称して事実上の政府首班に就いた。立法権を司る議政官は、議定・参与からなる上局と諸藩の代表(貢士)からなる下局から構成された。行政権を司るのは、行政・神祇・会計・軍務・外国の各官(官庁)からなる五官であり、特に行政官は輔相を長として他の4官を監督する役割も担った。三権を担う官の内司法権を扱う刑法官は、実際には4官同様、行政官の監督を受けていたため、司法権の独立は形骸化した。さらに、輔相は議定の資格で議政官(上局)の構成メンバーでもあったため、権力分立は形ばかりとなっていた。
戊辰戦争終了後の明治2年(1869年)に入ると、版籍奉還が実施されて、諸藩は政府の地方機関として位置付けられた。そこで、会計官から地方行政を扱う民部官が独立した。続いて政体書に基づく「官吏公選」が行われて守旧派の公家や諸侯は事実上排除される形となった。また、監察機関として弾正台が設置された。
慶応3年旧12月9日(1868年1月3日)に王政復古の大号令が出されると同時に戊辰戦争(鳥羽・伏見の戦い)が始まり、依然として強力な政治体制を維持していた江戸幕府に代わる政治体制の確立が急務となった。そこで、幕府・征夷大将軍・摂政・関白に代わるものとして、総裁(有栖川宮熾仁親王)、議定(皇族2名・公卿3名・薩摩・尾張・越前・安芸・土佐の各藩主の計10名)、参与(公卿5名、議定5藩より各3名の計20名)の三職が任命された。
慶応4年(明治元年)1月には、この下に神祇・内国・外国・海陸軍・会計・刑法・制度の七科を置いて三職七科とし、当面の政務に当たることになった。翌2月には、科を局として総裁局を設置し、三職八局とした(なお、海陸軍科は軍防事務局と改称された)。総裁局には副総裁を置き、議定の岩倉具視と三条実美をこれに任命して、熾仁親王を補佐することとなった。
『太政官日誌』は慶応4年2月14日(1868年3月7日)から始まっている。
醍醐大納󠄁言殿 東久世前少將殿 宇和嶋少將殿 各國公󠄁使󠄁と應接の始末 左の如し
但 外國事務係 及󠄁び 諸󠄀藩家老列座
東久世殿發話 我日本 政體復古
また当時の法規は『太政類典』に見ることができる。
古代中国では、八省の上にあってこれを統括し、また皇帝を補佐して政策を審議する機関のことを「台閣」と呼んだ。日本でも律令制が導入されて太政官が八省の上に置かれると、政策決定機関である議政官のことを特に唐名で「台閣」(たいかく)と呼ぶようになった。この呼称は明治の太政官制にも引き継がれ、やがてこれを言い替えた「内閣」を中心とする内閣制度が、1885年に太政官制に取って代わった。
唐の律令制では、中書・門下・尚書の三つをひっくるめて、太政官と呼称したが、この尚書の中の一つの部に神祇祭祀を司る「祠部」があるものの、日本のように神祇官と太政官の二つを置いて、並列した官として扱っているわけではなく、この点が異なることからも、日本の太政官(および神祇官)はオリジナルの律令である。このことは、日本が中国律令制をそのまま導入したのではなく、国風実情に合わせて日本律令を形成していったことを示している。
明治6年9月21日(1873年11月10日)、大久保により「国内安寧・人民保護」をスローガンに、巨大官僚組織である内務省が設立される。大久保自らが初代内務卿となった内務省は、絶大な権力で内政を専管するだけでなく殖産興業政策を推進し、日本近代化のための司令塔として君臨した。西郷と木戸は政治活動における組織的基盤を持たなかったが、大久保は内務省と内務官僚という、自らが作り上げた官僚機構を基盤として、「維新のリーダー」のような強烈な個性で国を牽引するのではなく、組織や集団が着実に国の近代化を推し進める新しい政治スタイルへと転換させていった。
明治8年(1875年)1月、参議の大久保と伊藤博文は、征韓論などを巡って辞職した木戸と板垣に対し、参議に復職することを求めた(大阪会議)。同年2月に至り、立憲体制へ漸次的に移行することで一致し、2人の復帰が決まった。4月14日には立憲政体の詔書(太政官布告第58号)を発して、行政を担当する太政官・正院、立法を担当する元老院・地方官会議、司法を担当する大審院を置く三権分立制の基礎を形作ると同時に、神祇省は宮内省の所管となった。