禁教令
ヨーロッパは日本の植民地化をもくろんでいて、キリスト教はその尖兵の役を果たし、その意図に気づいたため、秀吉はキリシタンの禁圧に乗り出した、との説明があるが、この説には無理があり、この時期に日本に盛んに来航していたポルトガル、スペインは実は国力が乏しく、日本のように抵抗力のある国を植民地化するなど、とても不可能であるという指摘がある。
これらの発令の原因とされる諸説は日本で提案されているもので、ポルトガルやイエズス会は現存しているにも関わらず、日本人による一方的な批判によって構成されている。「神社仏閣への迫害」説については、仏教徒の領主が十字架を倒す等の宗教施設の破壊行為を行いキリスト教徒に対して仏教に強制改宗するように命じたり、1563年十一月七日頃、修道院やキリシタンの農民たちの家を燃やす事件を起こす等、双方の信者間での対立関係が激化していた。神社仏閣の破壊についてはイエズス会の責任者は寺社の破壊を禁じていた。
奴隷や人身売買を原因とする説については、1537年に発令された教皇勅書スブリミス・デウスは異教徒を奴隷とする事を禁じ、イエズス会は日本人を奴隷として売買することを禁止するようにポルトガルに呼びかけていたこと、ポルトガル国王セバスティアン1世は大規模になった奴隷交易がカトリック教会への改宗に悪影響を及ぼすことを懸念して1571年に日本人の奴隷交易の中止を命令したことについて秀吉が知っていたかどうかについては不明である点には留意が必要である。
江戸幕府は当初はキリスト教に対してはこれまでと同様の政策を取り、弾圧と呼べるような政策はとっていなかった。1602年にはドミニコ会、アウグスティノ会の宣教師達が来日して日本に本格的な布教をし始めており、1596年に秀吉の弾圧を受けたフランシスコ会も、1603年に代表ルイス・ソテロが徳川家康や秀忠と面会し、東北地方への布教を行っている。
しかし、幕府の支配体制に組み込まれることを拒否し、かつ活動は活発化していったキリスト教に対して幕府は次第に態度を硬化させていった(日本の情勢に詳しかった古参のイエズス会は秀吉の時代の時と同様に慎重な対応を求めたが、新参の修道会には受け入れられなかった)。日本との貿易権を狙うイギリスやオランダの忠告や、神仏勢力の抵抗活動もあった。
そんな中で1609年にマードレ・デ・デウス号の事件が発生する。それ自体はキリスト教と何の関係もなかったが、その事件処理を巡って当事者でありキリシタン大名として有名でもあった有馬晴信と目付役で同じくキリシタンであった岡本大八の収賄事件が発覚する(岡本大八事件)。
この事件をきっかけとして幕府はキリスト教の禁止を行い始める。