原城
この際に原城も廃城となり、石垣や構築物も転用されたとされるが実際には石垣や多くの建築物が残されたと推測される。
寛永14年(1637年)から寛永15年(1638年)にかけての島原の乱では一揆勢が廃城になっていた原城に立てこもり決戦の地になった。島原の乱の後、幕府は原城跡に残存する石塁などの破却を行っている。原城の有明海側には抜け穴跡があり、1963年(昭和38年)の豪雨で陥没した後に郷土史家らによって調査されたが、この抜け穴は原城築城の際に造られたものか島原の乱の際に掘られたものかは分かっていない。
1938年(昭和13年)、原城跡は国の史跡に指定された。発掘調査の際には、惨殺された一揆軍の遺骨や鉛の弾丸、クルスの他、万人坑が出土している。本丸には天草四郎の居館とされる遺構も見つかっている。
2017年(平成29年)4月6日、続日本100名城(188番)に選定された。