日本国有鉄道清算事業団
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清算事業団としての安定収入源がないままに国鉄債務の一部を継承したほか、日本国有鉄道改革法(国鉄改革法)によって以下のような債務も負うこととなった。
日本鉄道建設公団(鉄道公団)の債務(国鉄への無償貸付線、北海道、四国、九州の有償貸付線のほか、新幹線、青函トンネル、JR各社が経営を行なわないとされた新線の建設費に関するもの) (※鉄道公団の資産のうち、廃止路線や開業のめどが立たない新線などに関する部分も同時に継承)
本州四国連絡橋公団(本四公団)の債務の一部(大鳴門橋およびいわゆる「瀬戸大橋」の鉄道関連部分のための借入金。※当該施設は本四公団が資産として保有)
JR各社に引き継がれない鉄道車両の処分。そのほとんどは、動力集中方式の機関車(主に操車場廃止によって不要となった入換機関車)や客車(主に用途廃止になった荷物車)、貨車(主にコンテナ化で用途廃止になった有蓋車)であった。このうちのごく一部は、後にJRや地方私鉄に売却されている。
当初より赤字経営が見込まれた北海道・四国・九州の各旅客鉄道会社に対する経営安定基金(毎年の経営損失を預かり資産の預金利息や債券運用益によって補填する基金。本州三社以外のこれら三島会社に対するものであったこと(九州は株式上場により2016年に離脱)から、俗に「三島基金」とも呼ばれる)
これらを合わせた債務の総額は37兆1100億円であり、このうち約6割にあたる25兆5200億円を国鉄清算事業団が引き継ぐことになった。