ネギま!?
上記のOVAとほぼ同一のスタッフで、2006年10月4日から2007年3月28日まで、テレビアニメ『ネギま!?』が、テレビ東京系列で毎週水曜日17時30分(アニメ530枠前半)から放送された。BSジャパンでは2日遅れの金曜日18時00分からの放送。AT-Xでも放送されている。さらに、2011年4月3日からTOKYO MXで放送を開始した。また、2011年8月15日からニコニコ生放送にて放送されている。全26話。第1期同様、OP・ED主題歌の歌詞字幕は表示されていない。
第1作では最終話近くになって初めて台詞があったクラスメイトもいるが、今回は「できるだけ一言でも、キャラクターがセリフを言えるようにしたい」という監督の意向で、第1話では紹介を兼ねて全生徒の台詞があり、さらに13話以降ほぼ毎回全員に台詞が用意されている。
本作オリジナルキャラクターについては魔法先生ネギま!の登場人物を、コミカライズ作品である『ネギま!?neo』についてはネギま!?neoを参照。
予告後のCパートでは『まほら戦隊バカレンジャー』というショートコントが何度か放送された。原作の「バカレンジャー」を大きく発展させたもので、スーパー戦隊シリーズのような衣装が用意されており、デザイン、それぞれの名乗りのポーズ、ロゴなどに様々な特撮作品のパロディが散見される。
1 - 3巻は講談社コミックスボンボン。4巻以降は少年マガジンKC
通常版と限定版では表紙のキャラクターの服装が異なる。通常版では制服などを着ているのに対し、限定版ではカッコ内の服装になっている。
2007年2月16日 ISBN 978-4-06-332069-5
2007年7月17日 ISBN 978-4-06-332087-9 限定版 ISBN 978-4-06-362084-9(水着)
2007年11月16日 ISBN 978-4-06-375106-2 限定版 ISBN 978-4-06-362095-5(体操服)
2008年7月17日 ISBN 978-4-06-384017-9 限定版 ISBN 978-4-06-362120-4(浴衣)
2008年12月17日 ISBN 978-4-06-384080-3 限定版 ISBN 978-4-06-362126-6(シンデレラの衣装)
2009年4月17日 ISBN 978-4-06-384125-1
2009年10月16日 ISBN 978-4-06-384195-4 限定版 ISBN 978-4-06-362151-8(ウェディング衣装)
第1話では未使用。本編内でスタッフを表示した。