エストニアの独立回復
その一方で、エストニア人による民族運動を警戒したロシア人の側も、族際運動(英語版)などの守旧派団体を組織して対抗した。
やがて1988年11月16日、エストニア最高会議はソ連構成共和国のなかで最初に国家主権宣言(ロシア語版)を採択した。モスクワはこれを無効としたが、さらにエストニアはバルト三国で協同し、1989年夏には連邦人民代議員大会に独ソ不可侵条約の正当性見直しを迫った。バルトの道による平和的抗議もあって、モスクワは条約秘密議定書の無効性を認めたが、三国のソ連加盟については正当性を主張し続けた。
三国での不満が高まるなか、エストニアでは民族独立党などが提唱する、ロシア人を排除した新たな議会「エストニア会議(エストニア語版)」が招集された。互いに正当性を主張する議会の並立や、人民戦線とエストニア会議の対立、族際運動の過激化、共産党の独立派と反独立派(英語版)への分裂などで国内が揺れるなか、3月30日には最高会議がエストニア独立へ向けた移行期間を宣明した。追い詰められたゴルバチョフは急激に保守強硬化し、1991年1月にはラトビアとリトアニアにソ連軍が投入される流血の事態に至った。
ロシア最高会議(ロシア語版)議長ボリス・エリツィンの尽力によってエストニアでの流血は防がれたが、8月19日にはさらにモスクワで保守派クーデターが発生し、エストニアにもソ連軍が侵入する非常事態に至った。緊迫のなかで8月21日、エストニア最高会議はエストニアの独立回復を決議し、やがてクーデター勢力の瓦解によって無血による独立回復は成し遂げられた。しかし、尾を引く歴史認識問題の対立により、ソ連崩壊後のエストニア=ロシア関係(英語版)は再び急速に冷却することになる。
諸外国のなかで、8月22日にいち早くエストニアの独立回復を承認したのはアイスランドであった。エストニアは、未だソ連の行く末が不明な段階で国家承認に踏み切ったアイスランドの勇断を讃え、タリンの外務省 (et) 前広場を「アイスランド広場」(et) と改称した。その後、8月24日にはロシアが、9月6日にはソ連がバルト三国の国家承認を行い、三国は名実ともに独立回復を成し遂げた。9月17日、三国は揃って国際連合へ加盟を果たした。
自国の独立回復を、エストニア側は国際法的に、第一共和国と1991年以降の共和国の「継続(英語版)」と見做している。対するロシア連邦側は、ソビエト共和国と1991年以降の共和国の「継承」と見做し、両者の認識は対立している。他方、第三国による認識を見れば、スウェーデンのようにソ連のバルト諸国併合を法的に承認しながら、独立回復後には第一共和国がスウェーデン銀行に貯蓄していた金額に相当する経済援助をすることで、第一共和国との「継続」を認める例もある。対照的に日本のように、ソ連による併合を承認しなかったにもかかわらず、国交回復の際には1991年以降に締結した条約のみを法的基盤であると確認して「継続」を否定した例もあるように、国際社会の対応は様々である。
1869年からの伝統を誇るエストニア全国歌謡祭が開催されてきた同グラウンドは、これ以降、組織されたものや自然発生的なものを含め、多数の民族歌謡祭の舞台となった。エストニア人の民族意識を鼓舞し、彼らを独立へと突き動かしたこの歌謡祭は、ヴァルクによって「歌う革命」と名付けられ、エストニア独立回復の象徴となっていった。
8月26日から28日にかけては、人民戦線と一体化したロック・フェスティバル「ロック・サマー '88」(et) が開催され、悪天候のなか22万人を動員した。9月11日に開催されたコンサート「エストニアの歌」(et) にはエストニアの全人口の3分の1に当たる30万人が参加し、そこではヴァリャス夫妻やコイクも民衆とともに歌声を上げた。その日、ヴァリャスは人民戦線の要求の大部分を容れ、モスクワに対しエストニア人が自身の国籍・経済・文化・政治を自主管理できるような「自由な諸民族の真の連邦」となるよう求めた。
01月10日:エストニア最高会議、共和国内での歳入をすべて共和国歳入とすることを決議
01月14日:エストニアオリンピック委員会(英語版)が再建
02月上旬:欧州議会代表団がバルト三国に入り、三国の人民戦線に対する援助声明を発表
02月17日:エストニア最高会議幹部会、2月24日をエストニア独立記念日(エストニア語版)と制定
02月24日:トーンペア城のピック・ヘルマン塔(エストニア語版)に、第一共和国の国旗が掲揚される
04月01日:エストニアが独自に国際トライアスロン連合へ加盟
05月18日:エストニア最高会議、独ソ不可侵条約の無効ならびに自国経済の管理権・土地私有制導入を決議
07月24日:サヴィサール、エストニア閣僚会議議長代行へ選出
07月27日:ソビエト連邦最高会議、バルト三国の独立採算制への移行などを承認
08月08日:エストニア最高会議、立候補者に数年間の居住要件を課す選挙法を採択
他方、6月のロシア最高会議(ロシア語版)議長選挙で勝利した急進改革派のボリス・エリツィンは、ゴルバチョフによるリトアニアの経済封鎖を批判し、バルト三国の独立宣言を支持するなど、ゴルバチョフとの対決姿勢を鮮明にしていた。同月にはエストニア=ロシア両共和国間の経済協議がレニングラード市代表を含めて開始され、7月27日にはエストニアとレニングラードとの貿易協定が締結されるなど、エリツィンはゴルバチョフやソ連を飛び越えた指導性を発揮し始めた。
エストニアで9月末に開催された各共和国首脳会議においても、バルト三国は各共和国を統一する連邦評議会に関する協議への参加を拒絶した。同月にはエストニアとモスクワとの間で交渉が開始されるも、わずか3回目にして交渉は暗礁に乗り上げ、追い詰められたゴルバチョフは急速に保守強硬化してゆく。ゴルバチョフは11月17日の連邦最高会議において、分離主義的運動を鎮圧するためには思い切った手段の行使もあり得る、と述べ、同月パリで開催されたCSCEへのバルト三国のオブザーバー参加も、その圧力によって妨害した。
秘密議定書に関する調査と並行して、エストニア最高会議は8月8日、ロシア人議員の反対を押し切って、有権者に数年の国内居住要件を求める選挙法を可決した。しかしこれに対し、7月末から8月上旬にかけて族際運動は労働集団合同会議・スト委員会共和国会議・ソ連軍退役兵士連合などのロシア人組織を糾合し、51企業から数千人のロシア人が参加する抗議ストを打った。8月16日には連邦最高会議幹部会が、このエストニアの新選挙法を連邦憲法違反と布告し、『プラウダ』は三国の人民戦線が「民族主義的ヒステリー」を助長していると非難した。
この圧力に屈したエストニア最高会議は、10月5日に次期地方選挙への新選挙法の適応を取りやめると決議し、族際運動への譲歩を続けるエストニア共産党の支持率は、秋頃から急落し始めた。同時期の調査では、人民戦線が全人口の35.2パーセント、エストニア人の50.3パーセントから支持を受けていたところ、共産党は全人口でも16.2パーセント、エストニア人の間では7.2パーセントの支持しか得られなかった。
01月中旬:エストニア共産党中央委員会(エストニア語版)イデオロギー担当書記レイン・リストラーンがインドレク・トーメ(英語版)およびミック・ティトマへ交代
02月19日:著名人40人による、エストニアの自主管理を求める声明が紙上掲載される
04月02日:創作家諸同盟合同総会、民族語・民族文化の保護および諸共和国の主権・平等を求めてエストニア指導部を非難
04月13日:エトカル・サヴィサール(エストニア語版)により、エストニア人民戦線(ロシア語版)の発足が提起される
06月16日:エストニア共産党中央委員会第一書記がカルル・ヴァイノ(ロシア語版)からヴァイノ・ヴァリャス(エストニア語版)へ交代
06月23日:エストニア最高会議、第一共和国時代の国旗・国鳥・国花を合法化
07月19日:エストニア・ソビエト社会主義共和国勤労者族際主義運動(族際運動(英語版))が発足
民族派は同24日、戦前からの国家の連続性と、当時の国民を基盤とした独立回復を宣明した。そして、ソ連編入以前からの国民とその直系子孫、およびその理念に共感する者を対象とした独自の「国民」登録を開始した。3月10日には民族独立党・民族遺産保存協会・キリスト教連合 (et) の民族派3団体が、エストニア人のみによる新たな議会「エストニア会議(エストニア語版)」招集のために、全国の地方自治体に「国民委員会」(et) を設置するよう呼びかけた。
これに応えて全国には多数の国民委員会が設置されたが、共産党や人民戦線はこれに対し、非現実的で実効性に乏しく、エストニア人民を分裂させる行為である、と非難した。その一方で、ロシア人を排除した新たな議会の創設というこのアイデアはラトビアにも波及し、ラトビア共和国国民会議(ラトビア語版)が創設される契機となっている。
1990年2月2日のタルトゥ条約締結記念日には、最高会議の賛同のもとにエストニア全人民代議員総会が開かれ、地方議会から最高会議までの議員や、連邦人民代議員大会へのエストニア代表など4000人がタリン市ホールに集結した。彼らは国際連合や全欧安全保障協力会議 (CSCE)、各国政府に宛てて独立宣言を発し、「我々から暴力によって奪われた独立国としての地位と権利を、法律に則った形で平和裏に回復する」「タルトゥ条約が現在も有効であるとの立場から、エストニアの事実上の回復に向けての交渉を、すべての関係者との間で始める」と述べた。
前年11月の主権回復宣言から大きく前進したこの宣言は、民族派が呼びかけていた同月24日からのエストニア会議選挙に対抗するためのポーズとも取れる。しかし実際にこの宣言は、エストニア側から正式な連邦離脱交渉を開始する転換点となった。2月19日、最高会議は連邦内務省エストニア支部を廃止し、新たなエストニア内務省(エストニア語版)を創設すると決定した。