在日米軍再編
報告書は、自衛隊と在日米軍の連携強化と、基地負担の軽減策を盛り込むと謳っている。
なお、「中間報告」という表現をめぐり、再編協議の米側交渉実務の責任者、国防副次官(アジア・太平洋担当)リチャード・ローレス (Richard Lawless ) は、日本政府の「中間報告」とする翻訳を否定。日米間の基本的な原則の合意であって、変更する計画はない(ありえない)としている。
不可欠な措置として合意された基地機能の移転について、移転先の各地住民は反対の声をあげ、中間報告の白紙撤回を求める動きが顕在化。自治体や住民に相談もなく頭越しの合意であったことや、日米の司令部の併存、基地の共同使用、相互運用などの軍事一体化により米軍の世界戦略に日本が組み込まれる懸念も高まり、移転先となった県では知事が反対を表明したり、嘉手納町議会、相模原市議会など、反対や白紙撤回を決議した地元議会もある。防衛庁長官・額賀福志郎は各自治体を相次いで訪問し、自治体首長に理解と協力を要請して説得に努めている。
厚木基地周辺では従前より空母艦載機の夜間離着陸訓練 (NLP) に伴う騒音が問題視されており、政府としては沖合展開される岩国基地に移駐させることにより騒音問題の解決を狙った計画であった。この提案は日本側から行われたとし、事実米側は横須賀より離れた岩国への移転は不便をともなうものとし、「この計画を米側は「イワクニは日本側からの提案」との認識を示している。
岩国市にとっては空母艦載機の移転はそのままNLPが岩国で行われることになり、厚木基地周辺の騒音問題がそのまま岩国に持ち込まれるのではないかと危惧されることになった。事実、元防衛官僚の太田述正は仙台防衛支局長時代の2000年11月に米国総領事に岩国の沖合移設が終われば最もNLPに適した場所になるとするメモを提出したと証言し、そのメモを自身のブログに公開した。実際に沖合移設について1992年6月18日付きの防衛施設庁、広島防衛施設局、山口県、岩国市(署名者は岩国市基地対策担当部長)の合意議事録で山口県、岩国市は「将来とも受け入れざるを得ない」と回答している。この議事録の存在は2001年に明らかになったが、あくまで予算をつける為の方便であったとして国と県、市は協議し議事録に効力は無いことを確認した。2003年の日米審議官級協議では米側が岩国へのNLP実施を求めたが、結局2006年5月の最終協議では2009年7月までに実施場所を決定するということとなった。