佐世保市交通局
松浦町以遠 - 日野峠 - 鹿子前入口 - パールシーリゾート九十九島水族館
佐世保駅前以遠 - SSK中央口 - SSK西門口 - パールシーリゾート九十九島水族館
木場入口/沖新町 - 松浦町 - おしの浦分道 - 動植物園前 - パールシーリゾート九十九島水族館
九十九島遊覧船が発着する九十九島パールシーリゾートへの連絡バスで、平日50便・土日祝日40便を超える。市バス唯一の「快速」がバイパス経由で毎日6往復設定され、京町・島瀬町・松浦町国際通・総合医療センター入口のみ停車する。各停便は近道のバイパス経由が多いが、朝の水族館発と夕方の水族館着は沿線人口が多い日野峠経由が多くなる。駅前発着と以遠発着は半々ぐらいで、黒髪地区をメインとしながらも、沖新町や東浜町に直通する便もある。平日の水族館始発は松浦町から北上して大野車庫へ向かい、相浦地区を通過して商業高校に向かう通学便もある。変わった区間として、平日朝の水族館発沖新町行きと夕方の木場入口発水族館行きがあり、俵ヶ浦半島を南下して動物園前・おし分を経由して西小島町から日野峠経由の路線に合流する。水族館-動物園間を運転するのはこの2本のみで、土日祝日は運休となるため、双方の観光輸送にも、途中通過する船越展望台からの夕景観光にも寄与しない。
新みなとターミナル前からは、市街地循環以外にも平日・土曜の朝に佐世保商業高校行が1便発車する。佐世保駅みなと口は、矢峰に向かう教育隊前発と前畑循環抜けが平日朝1便ずつ通過する。佐世保駅裏のバスは軒並み休日運休となるので、新みなとターミナル前発佐世保商業高校行は全日運転される唯一のバスとなる。
佐世保駅前以遠 - 大宮町 - 大和町西龍橋 - 桜馬場 - 黒髪 - 椿ヶ丘 - もみじが丘 - 食品団地入口 - 食品団地会館前
もみじが丘団地の造成に伴い、かつて椿ヶ丘止まりだった路線を延長し、もみじが丘を経て旧国道に出て食品団地会館前に至る。矢峰発下の原橋行始発便が猫山入口経由で食品団地会館前に立ち寄る便が始発となり、それ以外の食品団地会館前発着便はもみじが丘経由となる。平日21本発・14本着、土曜16・13、日祝13・10と上下に大きな偏りがあるが、少ない着便は大塔小学校前を終点とするもみじが丘線が補完している。食品団地の操業時間を過ぎる20時台で発着とも運行を終える。木場入口線と同様に矢峰発着が極端に少なく、船越・相浦地区との連絡や清水・山手循環を経て黒髪地区に戻る便が多い。また、木場入口線にはない桜木岩下発着が平日に1.5往復設定されている。食品団地会館前 - 俵ヶ浦間の便が交通局の片道最長運用となっている。
松浦町以遠 - 戸尾中央通 - 山祗町 - 小佐世保町 - 勝富町 - 島瀬町 - 大野車庫前・矢峰
松浦町以遠 - 戸尾中央通 - 山祗町 - 小佐世保町 - 勝富町 - 京町 - 佐世保駅前( - 黒髪)
戸尾町から山祗町へ登る途中に信号による片側交互通行規制がかかる狭小区間があるため、反時計回りの一方通行循環運転をする。平日27便・土曜25便・日祝24便が設定され、本数の変動は少ない。平日は朝の桜木岩下発1本、休日は夕方の日野峠発2本を例外として大野車庫・矢峰発で、島瀬町で周回が完結し、大野車庫・矢峰に戻る運用が大半である。平日は昼に黒髪着1便、夕方に佐世保駅前着2便が運転され、京町で周回が完結する。休日は黒髪着1本に佐世保駅前着6便へと大幅に変わり、佐世保駅前便は朝に1便、午後から夕方に掛けて3便連続で運転される。
佐世保駅前以遠 - 藤原橋 - 大和町西龍橋 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔町 - 大塔新田 - 早岐駅前 - 下の原橋
佐世保駅前以遠 - 藤原橋 - 大和町西龍橋 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 卸本町 - 大塔新田 - 早岐駅前 - 下の原橋
佐世保駅前以遠 - 大宮町 - 大和町中央病院前(現・中央病院入口) - 尼潟 - 卸団地会館前 - 卸本町 - 大塔新田 - 早岐駅前 - 下の原橋
西肥の路線網が細かく張り巡らされた早岐地区に乗り入れ、早岐駅前より西肥空白地帯の権常寺町内を進み、三川内地区目前の下の原橋に至る。平日下の原橋行10便・下の原橋発12便、休日9/10便運行され、日祝の間引き運転はない。平日2往復・休日片道1本が大岳台・卸団地系統で運転されるが、基本的に藤原橋を経由し、もみじが丘を経由しない短絡経路で運転される。
1988年4月に導入された佐世保市営バス、西肥バス、長崎県営バス、長崎バス、島鉄バスで使える共通の紙式回数券に代わり、2002年1月21日に上記の5社で使える全国初の共通ICバスカード「長崎スマートカード」が導入された。これにはソニーのFeliCa(フェリカ)という技術が使われている。
2004年に長崎スマートカードへの切り替えが完了したため、佐世保市営バスを含めた上記5社の各回数券の販売が同年9月30日をもって中止され、2005年4月1日から回数券は使用できなくなった。2005年12月12日にはドコモのみであるが、おサイフケータイに対応した。
なお、佐世保市営バス限定で利用可能な紙式回数券は2013年9月をもって発売を終了した。
市営バス単独で使える一日乗車券も発売されていた(1枚500円、当日限り有効)が、翌春の交通局廃止に向けて2018年12月31日で販売と使用を終了した。平日は大宮町・堺木・烏帽子岳・九十九島動植物園・鹿子前桟橋(西海パールシーセンター)・弓張岳以内の区間利用(交通局HPでの説明)に限られるが、2009年10月1日以降、土・日曜、祝日は全線で使用可能になっていた。