ニホンアシカ
毛皮・剥製目的の乱獲、人間の繁殖地侵入による攪乱、エルニーニョ現象による食物の分布や生息数変動による可能も考えられている。衰退・絶滅の主な原因は、皮と脂を取るために乱獲されたことである。特に竹島においては大規模なアシカ漁による乱獲で個体数が減少したことが主要因とされ、研究者の一人である島根大学医学部(当時)の井上貴央も同様の見解を示している。1950年代には日本からの大量のビニール製品やソビエト連邦の原潜や核廃棄物の投棄など、著しく日本海が汚染された時期であり、生息環境が悪化していた点も指摘されている。残った数少ない個体も保護政策は実施されず、日本の鳥獣保護法では長期間保護対象外だったことや、竹島を不法占拠してきた大韓民国でも行われなかった(後に保護対象動物には指定されている)。韓国による竹島の軍事要塞化や在日米軍の軍事演習実施などの軍事関係も要因として指摘されている。
新聞による文献調査から京都市動物園・熊本動物園(現: 熊本市動植物園)・神戸市諏訪山動物園(現: 神戸市立王子動物園)・堺水族館・天王寺動物園・東山動物園(現: 東山動植物園)・箱崎水族館・阪神パーク阪神水族館に収容されていた可能性がある。最も古い記録は京都市紀念動物園(現: 京都市動物園)で1903年(明治36年)の開園時に隠岐産の2頭が収容された記録がある。天王寺動物園の6体のアシカの剥製も竹島で捕獲され、戦前に同園で飼われていたニホンアシカのものであることが判明した。その中には竹島で恐れられたリャンコ大王と呼ばれる巨大な雄の個体の剥製も含まれていた。
別名としてアジカ・アシカイオ・ウミオソ・ウミヨウジ・ウミカブロ・クロアシカ・トド・トトノミチ・ミチなどがある。小野蘭山の「本草綱目啓蒙」などから日本海側では本種がトドと呼称されていた可能性もある。日本近海では106か所のアシカ(35か所)・トド(71か所)の名のつく地点が存在する、あるいは過去に存在していた。これらはアシカとつく地点は千葉県銚子市以南宮崎県日南市以北の太平洋岸および瀬戸内海、トドとつく地点は北海道岸・岩手県大船渡市以北の太平洋岸・島根県までの日本海岸に分かれる。トドとつく地点に関しては種トドの繁殖地と異なる地域(トドの繁殖地は北海道以北)が含まれること、日本海側で本種がトドと呼称されることもあったことから、本種が由来となっている可能性もある。
1991年の環境庁レッドデータブックでは、絶滅と判定された。これに対し2008年の時点では1974年の捕獲例など50年以内の生存報告例(環境庁レッドデータブックでは過去50年以上信頼できる生息情報がないものを絶滅と評価する)があることから、絶滅種には該当しないとする反論もある。2014年現在、上記の理由や調査が進んでいないカムチャツカ半島には、ごく僅かながら生存している可能性があることを踏まえ、分類は絶滅危惧IA類とされているが、個体数は10頭以下と推定されている。
絶滅危惧IA類 (CR)(環境省レッドリスト)
最後の生体発見例(後述)がある礼文島においても狩猟が盛んであった。江戸時代に執筆された和漢三才図会には、肉は食用には適さず、油を煎り取っていただけであると記されている。油脂は身を煮沸して抽出し、そのまま使用する以外にも石鹸や膠などの原料にも用いられた。
カリフォルニアアシカの亜種とされることもあった。1950年に奥尻島で発掘された頭骨を用いた比較から、大型であることや歯列から1985年に独立種とする説が提唱されている。遺跡から発掘された四肢の骨のDNAの分子系統解析から、カリフォルニアアシカとは2,200,000年前に分岐したと推定されている。
20世紀に入ってからは、必要部位を取り除いた後に残った肉と骨は肥料として販売され、昭和初期にはサーカス用途にも捕獲されていた。
江戸時代に書かれた複数の文献においてニホンアシカに関する内容が記述されている。シーボルト『日本動物誌』には、ニホンアシカのメスの亜成獣が描かれている。「相模灘海魚部」(彦根城博物館所蔵)にも、不正確ではあるがニホンアシカが描かれている。20世紀初頭における生息数は、30,000 - 50,000頭と推定されている。
江戸時代までは禁猟であった。例として紀伊藩では初代藩主徳川頼宣により禁令が出され、回遊期の狩猟およびアシカ島への上陸・衣奈八幡宮司である上山家を監視役に命じ報告書の提出を義務付けるなどの対策を行っていた。高崎藩では藩主により銚子での捕獲が禁止され、仮に捕獲する場合は年に1回冥加金を取った漁師1人のみを許可していた。明治時代の政治的な混乱により、捕獲や駆除が野放しとなった。明治新政府により捕獲が禁止されたり保護策が江戸時代から受け継がれたところもあるものの、徹底はされなかった。
1879年(明治12年)に神奈川県三浦市南下浦町松輪の海岸で捕獲されたメスのニホンアシカを描いた正確な絵図が、『博物館写生』(東京国立博物館蔵)に残されている。少なくとも1900年代までは日本各地に生息していた。しかし、19世紀末から20世紀初頭にかけて、多くの生息地で漁獲や駆除が行われ、明治40年代には銚子以南から伊豆半島の地域でみられなくなり、同時期の1909年(明治42年)の記録では東京湾沿岸からも姿を消し、記録がある相模湾、三河湾周辺の篠島・伊良湖岬、瀬戸内海の鳴門海峡などの日本各地に生息していた個体群も20世紀初頭には次々と絶滅に追いやられ、その棲息域は竹島などの一部地域に狭められていった。
2013年2月、隠岐の島町在住の元小学校教員がかつて竹島で漁業をなりわいとしていた町内の人びとから聞き書きした絵本が自費出版された。竹島が豊かな漁場であったことや連れ帰ったアシカ(メチ)と島の子どもたちとのふれあいが描かれている。その後この絵本は、2017年に山陰中央新報社から出版された。
北はカムチャツカ半島南部から、南は宮崎県大淀川河口にかけて。北海道・本州・四国・九州の沿岸域、伊豆諸島、久六島・西ノ島・竹島などの日本海の島嶼、千島列島、南樺太、大韓民国(鬱陵島)などに分布していた。さらに、古い朝鮮半島上の記録によると、渤海と黄海から東岸を含む広範囲に見られたとされる。
繁殖地は恩馳島・久六島・式根島・竹島で確認例があり、犬吠埼・藺灘波島・大野原島・七ツ島でも繁殖していたと推定されている。
太平洋側では九州沿岸から北海道、千島、カムチャツカ半島まで、日本海側では朝鮮半島沿岸から南樺太が生息域。日本沿岸や周辺の島々で繁殖、特に青森県久六島、伊豆諸島各地(新島、鵜渡根島周辺、恩馳島、神津島)、庄内平野沿岸、アシカ島(東京湾)、伊良湖岬、大淀川河口(日向灘)なども生息地であった。三浦半島、伊豆半島(伊東、戸田・井田)、御前崎等にも、かつての棲息を思わせるような地名が残っている。
縄文時代以降の北海道・本州・四国の遺跡で骨が発見されていることから、近年までは日本全国の沿岸部に分布していたと考えられている。