丹生ダム
長年の懸案である高時川の治水対策が根本から覆される事に対する反発と、ダムによる固定資産税の還元という歳入、及びダムにより出現する人造湖を活かした観光開発などによって財政再建を目指していたことから余呉町は知事に対し激しく反発し対決姿勢を鮮明にした。町側は仮にダム中止により財政再建が望めない場合、電源三法に基づく電源立地交付金の取得を目的に原子力発電環境整備機構による高レベル放射性廃棄物処分場の誘致に立候補すると表明したが、放射性廃棄物の問題により当時の町長は再選出馬せず、結果的には嘉田知事派の町長が就任することとなった。また、その影響か、余呉出身で五期目であった県議が2007年の統一地方選挙における滋賀県議会議員選挙の出馬を見送る事態となった。
2007年4月13日に行われた嘉田知事と地元・余呉町及び丹生ダム対策委員会との間における協議で、丹生ダムは建設するとしても国土交通省が淀川水系流域委員会の答申以後に示した治水限定ダムへの縮小案(穴あきダム案)までであろうと示唆した嘉田知事に対して、当初の計画どおり1億5000万トンの貯水量を保持するダム案以外を受け入れる気がない丹生ダム対策委員会の委員たちが猛反発。委員会自体が解散する方向となった。今後は余呉町が窓口となって協議していく方針となったが、県側と町側の溝は埋まらない状態が続いている。
一方事業主体である水資源機構はこの状況を静観、国土交通省は規模縮小の方針であったが、計画の推進も見直しも行われず宙に浮くこととなった。