自公連立政権
1999年(平成11年)3月には問題発言などで公明党が辞任を求めていた法相の中村正三郎を事実上更迭した。他方、公明党は11月15日投開票の沖縄県知事選挙で従来行っていた革新候補(大田昌秀)の支持を取りやめ、表向き「大田昌秀氏支持を基軸に自主投票」としつつ、実質的に保守(自民)候補の稲嶺惠一を支援し、稲嶺が当選した。
1999年(平成11年)1月14日、自民党と自由党の連立政権が発足。公明党もいまだ名目上は野党ながら、周辺事態法、国旗・国歌法、通信傍受法、住民基本台帳法改正など、政府・与党の重要法案に次々と協力し、与党入りの足場固めをした。同年10月5日、自民党の小渕内閣との自自連立に正式参加。自自公連立政権が誕生した。これ以降第1次森内閣・第2次森内閣(→改造 中央省庁再編前→改造 中央省庁再編後)(森喜朗首相)・第1次小泉内閣 (→1次改造→2次改造)・第2次小泉内閣(→改造)・第3次小泉内閣(→改造)(小泉純一郎首相)・第1次安倍内閣(→改造)(安倍晋三首相)・福田康夫内閣(→改造)(福田康夫首相)・麻生内閣(麻生太郎首相)、そして、自民党が政権を奪還した第2次安倍内閣(→改造)・第3次安倍内閣(→1次改造→2次改造→3次改造)・第4次安倍内閣(→1次改造→2次改造)(安倍晋三首相)・菅義偉内閣(菅義偉首相)・第1次岸田内閣・第2次岸田内閣 (→改造)(岸田文雄首相)においても公明党は自民党との連立政権を維持した。
自由民主党(自民党)は政権与党になった際はいずれの場合も最大多数派政党であり、自公連立政権においても主導的立場にある。
自公連立政権ではいずれの内閣においても、内閣総理大臣には自由民主党総裁が就任し、国務大臣、副大臣、大臣政務官の大半が自民党所属の議員である。
「選挙協力の名目で自民党の候補者の後援会名簿が創価学会側に渡ったことがあり、自民党選挙対策関係者や支持者がショックを受け、嘆いた」という報道もあった。
連立政権樹立後最初の総選挙となった2000年の第42回衆議院議員総選挙では、東京17区で自民党公認の平沢勝栄が公明党公認の山口那津男を、高知1区で自民党公認の福井照が公明党公認の石田祝稔をそれぞれ下した。同衆院選ではその他にも、千葉2区で自民党公認の江口一雄と公明党公認の富田茂之が、静岡1区で自民党公認の戸塚進也と公明党公認の大口善徳がそれぞれ直接対決したが、これらの選挙区については与党候補が共倒れする形になっている。なお、東京4区、東京20区、静岡1区、愛知1区では公明党候補擁立に伴う候補者調整で自民党公認を得られなかった人物が無所属で出馬し、このうち東京4区の森田健作と静岡1区の上川陽子が当選を果たしている。
2003年の総選挙以降は、衆議院小選挙区における自公の直接対決はないが、2005年に郵政民営化に反対し自民党を離党した八代英太と公明党太田昭宏が東京12区で対決した例や、2017年に大阪3区で公明党佐藤茂樹に対して自民党員の中条栄太郎が党公認を受けず無所属で挑んだ例はある。