指揮権 (法務大臣)
個別事件における検察官の強制捜査を中止させること。
実際に検察の意思に反する形で法務大臣の指揮権が発動されたのは1954年の造船疑獄において、与党幹事長(自由党の佐藤栄作)への逮捕を含めた強制捜査を任意捜査へ切り替えさせたのが唯一の例である(後述)。唯一の指揮権発動が政権幹部に対する強制捜査の中止という運用だったこともあり、一般的に「指揮権」「指揮権発動」という言葉は検察に対して強制捜査を中止させる意味で使われている。
しかし、法務大臣としての指揮権では強制捜査を中止できるのはあくまで検察官に対してに留まり、警察官や麻薬取締官に対して強制捜査を中止したり、公正取引委員会や証券取引等監視委員会や国税査察官の犯則調査を中止することはできない。刑事訴訟法における検事総長、検事長または検事正の司法警察職員への懲戒は検察官が自身が独自に捜査を行う場合に司法警察職員が補助捜査に従わない場合に限り、また懲戒の最終決定権は法務大臣以外が持っているため、法務大臣の一存で司法警察職員を動かす万能の権力はない。法務大臣以外の別の管轄の担当大臣が強制捜査や犯則調査を中止することは可能であり、警察法第71条の緊急事態に関する規定により国家公安委員会の勧告に基づき、内閣総理大臣が警察庁長官を通じて都道府県警察に対して指揮したり警察官を派遣する規定によって、内閣総理大臣が警察の強制捜査を中止することは可能である。
2007年、長勢甚遠法務大臣は在任中に緑資源機構談合事件で注目されながら自殺した松岡利勝について、東京地検が「松岡農相御本人や関係者取り調べた事実はないし、予定もなかった」というコメントが行われ、後に法務省から前述の報告を聞いたと答えた。しかし、松岡の疑惑に目を向ける者の中には、長勢が指揮権を発動して検察にそのようなコメントをさせたと疑う者もいた(当時の検事総長は但木敬一)。
2009年、森英介法務大臣の在任中に西松建設事件で民主党幹事長だった小沢一郎の秘書の大久保隆規が政治資金規正法違反で逮捕と起訴された(当時の検事総長は樋渡利秋)。衆院選間近であることなどから与党自民党に有利にするために野党民主党幹部への強制捜査を促す逆指揮権を発動したとする主張が主に民主党支持者から出たが、森は指揮権発動を否定した。民主党の第三者委員会は「強制捜査を中止する指揮権発動もありえた」とする最終報告書をまとめた。
2010年、千葉景子法務大臣は就任当初から従来の大臣とは異なり「法務大臣が一般的に指揮権を持っているということは認識をしています」と指揮権発動もありうることを示唆していた。2009年に小沢一郎秘書が起訴された際には民主党の第三者委員会が「指揮権発動による捜査中止もありえた」と指揮権発動に肯定的な報告書をまとめたことも指揮権発動の容易さに拍車をかけていた。2010年に小沢一郎の資金管理団体の土地購入に関する陸山会事件で与党民主党幹事長の小沢一郎に対して強制捜査が行われ、石川知裕衆議院議員を含む元秘書3人が捜査対象にはなった時は指揮権発動の可能性が指摘されたが、最終的に元秘書3人は逮捕、起訴され、指揮権発動は行われなかった(当時の検事総長は樋渡利秋)。