諫早湾干拓事業
タイラギについては工事開始時期に諫早湾周辺で漁獲高が激減した。ただし諫早湾周辺で減少が始まったのは、工事に着手する以前の1970年代後半からであった。1979年から1980年には9000トン前後の水揚げあったが、その後は著しい不漁となり、以降もその状態が続いている。また近隣海域である八代海区でもかつて2000トン以上が水揚げされていたものが、干拓工事の開始以前よりほとんど収穫できない状態が続いていることが報告され、不漁が今に始まったことではなく、また他地区でも同じことが以前より観察され、その原因も不明であることが指摘された。ナルトビエイによる食害も影響も示唆されているが、農林水産省九州農政局が学識経験者を招聘し諫早湾漁場調査委員会を結成して行った調査・検討でも原因は特定されていない。
環境省での調査や、NPO法人有明海再生機構、西海区水産研究所、農水省統計などによる有明海の環境調査では、「有明海のうち、諫早湾及びその近傍部を除く海域については、本事業と環境変化の関係を認めることができない」という調査結果が出された。また、農水省も「諫早湾干拓事業による水質変化は、諫早湾に限られていた」と発表した。一方で、干拓事業の以前の筑後大堰工事などの公共事業の開始が有明海の漁獲量の減少に影響し、諫早湾干拓事業がその減少に拍車をかけていることとしてみることができるという指摘も多く存在する。