-U- underwater unit
紀元前に建造された遺産は、分布地域が異なるにもかかわらず、共通する部分が多かった。それらはオーパーツと呼ばれ、考古学者の中にはこれらの遺産の主に対して高度な文明体が存在しているのではないかという説を唱えるも少なくない。
西暦2139年10月、突如として発生した地球の地殻変動により急激なマントルの異常、マグニチュード10前後の地震などで地球の大部分の陸地は水没し、文明圏のほとんどは海の藻屑と消え去った。多くの人々は死に絶え、生き残った者は弱肉強食の世界を生き抜こうとしていた。
西暦2185年8月、水没後の世界では水中三次元航行の可能な潜水艦が主な移動手段となった。その性能はめざましく進歩した。しかし、無法な世界でのテクノロジーは新たな野望に満ちた徒を生み出すこととなる。造船に特化した兵器企業体TWAはメルギス帝国を建国し、多数の潜水艦艦隊を組織して、残された領土から資源や食料の略奪を開始し、搾取に辟易した民衆は、同盟軍を組織し、帝国に立ち向かった。双方の戦力は拮抗していたものの、残された大陸を多く占有する帝国の鉱物資源は同盟の比とはならず、数の理論では同盟は押される形となった。同盟軍は孤高の科学者であるラムファード=デブンの提唱する新しい戦闘理論に基づいて、索敵、回避性能の高い戦闘潜水艦クロノスの開発に成功。帝国に対し、最後の戦いを挑む。