京都町奉行
前述のように京都の行政・裁判の他、周辺4か国の裁判・幕府領の行政および寺社領の支配(ただし、門跡寺院は除く)を行った。また、享保7年(1722年)には大津奉行の職務を統合して大津の支配も行った。役高は1500石・現米600石が支給された。また、就任にあたり従五位下に叙任されることになっていた。東西それぞれに与力20騎と同心50人が付いていたが、享保年間から元文年間にかけて、
訴訟の受付と市中警備を担当する番方
闕所された財物の処分を入札監督などを担当する闕所方
制札や各種証明書の発給や宗門改・鉄砲改・浪人改を行う証文方
建築の届出・確認や道路管理などの都市計画を行う新家方
奉行所内外の監察業務を行う目付(後に新家方を統合して目付方とも)
奉行所内の会計・公的な入札業務および幕府領の年貢収納を行う勘定方
一般の刑事・行政を扱う公事方
賀茂川の管理を行う川方
といった担当部門に分離されてそこに与力・同心が配置されるようになる。さらに時代が下ると、腐敗した朝廷の口向(経理)を監督するための「御所向御取扱掛」(安永3年(1774年)設置、奉行が兼務)や京都市街の無秩序な拡大を防止して適正な町割をするための「新地掛」(文化10年(1813年)設置、与力が兼務)などの新たな職掌が生まれ、これに対応するために与力の嫡子を見習名目で職務に当たらせて給銀だけを与えることで与力の数を事実上増員したり、本来は町役人の元締であった町代に事務業務を委任したりするようになった。
慶応3年12月13日(1868年1月7日)に、新政府の命令によって京都所司代とともに廃止された。その後、東町奉行所は京都市中取締所、西町奉行所は内国事務局の民政役所として利用された。