アフターバーナー クライマックス
武装(ガンとミサイルの2つ)およびスピード調整を駆使し、ステージ内の敵を倒しつつステージエンドまで到達すればステージクリア。敵の攻撃を受けたり地形に接触すると自機の耐久力ゲージが減少し、耐久力ゲージの残量が0になると残機が1つ減る。残機を全て失うとゲームオーバーとなる。ゲームオーバー時にはコンティニュー可能である。
全て実在の軍用機が採用されている。
F-4E
F-5E
F-14D ※必殺最強ミサイルを撃つ機体は、特にキリモミと通称される。
F-15E ※耐久力が若干高い。
F/A-18E
A-10A ※耐久力が若干高い。
AV-8B
B-2A ※ステージ6~7での攻撃目標。耐久力がかなり高い。
B-52G ※耐久力が高い。
XB-70 ※ステージ3・13での攻撃目標。耐久力がかなり高い。
AH-64D
CH-47D
対艦巡航ミサイル ※ステージ14~15での攻撃目標。
Aと同様に、必殺最強ミサイルが初登場。
地形あり。緊急指令あり。指令内容は、敵試作型爆撃機(XB-70)の撃墜。
近距離用の武装であるガンは、操縦桿のガントリガーを引くことで発射でき、引き続けることで自動連射できる。前作同様に残弾制限は無い。ガンで地上物を破壊することはできないようになっている。
遠距離向けの武装であるミサイルの使い方も前作同様で、自機前方に表示されているロックオンカーソルを敵に合わせるとロックオンし、その状態でミサイルトリガーを押すとミサイルが発射され、敵に誘導されて着弾する。
前作と同様にミサイルは残弾制で、今作では最大50発までストックできる。今作ではミサイルは自動で補充されるが、補充速度はあまり速くない(1秒間に2発程度)ので、乱発は控えたほうが良い。なお、クライマックスモードを併用することで、消費量を抑えることができる。
今作では敵に耐久力の概念があり、通常の敵へはそれぞれミサイル1~3発分の耐久力が設定されている。2以上の耐久力がある敵でも、一旦ロックオンすれば再度ロックオンする必要はなく、ロックオン状態で連続してミサイルトリガーを押すことで、連続してダメージを与えられる。
また、一定の時間間隔内で連続して敵に攻撃を当てるとコンボとなる。コンボ数は画面左上に表示され、その数字が消える前に敵へ攻撃を当てればコンボを継続できる。高いコンボ数を得るためには、ステージ全体での敵配置の完全な把握と攻撃のパターン化、クライマックスモードによるコンボ数上乗せが必要となる。
追跡あり(F-15E)。緊急指令あり。指令内容は、11機出現する友軍機(F-4E)のうち任意の8機(一人プレイ時)の生存。友軍機を狙っている敵機は赤い印で示され、これが消える(友軍機が撃墜される)前に敵機を撃墜しなければならない。