和名
生物分野での学術論文における記述は学名であるため混乱はないが、生物図鑑等の一般向け書籍では和名が使われるため、ときどき混乱が起こる。学名の場合、先に発表された名に対する優先権や同じ生物に独立に2つの名が与えられた場合の処理等について、厳格なルールがある。和名では明確なルールは設定されていないので、たとえば図鑑の著者が新たな和名を使った場合に、混乱が生じる場合がある。
1988年に文部省(当時)の方針で、目以上の分類群の和名になされてきた表記を代表的な生物名に置き換えられる試みが行われた(例:食肉目→ネコ目)。しかし、伝統的な名称になじみがあること、名前に意味を持たせていたものが失われること(鱗翅目→チョウ目)、あまりになじみのある名前の場合、所属する種との間に違和感が生じること(ネコ目にイヌが含まれる)など、批判するものも多い。
また、有力な研究者や学会などの総意などによって、科や目など上位分類群すべてまとめて和名を変更する場合がある。その場合、その分類群に所属する種ほとんど全部の名前が変わることもある(例:少脚綱・ヤスデモドキ綱→エダヒゲムシ綱、ドクグモ科→コモリグモ科)。最近は差別的表現とみなされる言葉の含まれる名前などがその対象となる例もある(イザリウオ→カエルアンコウ)。ただし、言葉狩り的運動を嫌い、旧来の名を使う人もいて、複数の和名が併用されている例もある(例:メクラヘビ→ミミズヘビ)。
分類群の統合や分割による分類の変更により、学名に対応する和名が変更される例も多々ある(例:トカゲ属は属の細分化に伴いEumecesからPlestiodonへ変更)。和名の変更は混乱を産むことから、できるだけ変更を伴わないよう考慮すべきという指摘もある。