ウグイ属
旧Tribolodon属に最も近縁な種は、シベリアから中国の淡水域に分布するPseudaspius属のマンシュウウオ Pseudaspius leptocephalus とされていた。この種と旧Tribolodon属の間には、咽頭歯などの形態的共通点が多く、2020年に同属とする説が提唱された。旧Tribolodon属内ではウグイの分岐が最も早く、他の3種は相互に近縁であるとする結果もあるが、その他の解析では異なる結果も得られている。
分子時計によると、本属が他のコイ科魚類から分岐したのは鮮新世前期であると考えられる。これは日本海が形成された時期に当たり、日本海の海水化に伴って、海水への耐性が獲得されていったと推測される。
ウグイ科Leuciscidae(=コイ科ウグイ亜科Leuciscinae)のうちOreoleuciscus属やアブラハヤ属Rhynchocyprisと単系統群を形成するとされ、これらの属とともにPseudaspininae亜科を構成する説もある。