鋏角類
20世紀以前では、節足動物の中で「鋏角類」という分類群はなく、クモガタ類は昆虫と何らかの繋がりをもつとされ、節口類は甲殻類に分類されていた。しかし20世紀初期の再検討をはじめとして、クモガタ類と節口類の体制は昆虫や甲殻類に似ておらず、むしろお互いに独自の体制を共有することが徐々に明らかになった。こうして1901年、ウミグモ類・節口類・クモガタ類をまとめた節足動物の分類群「鋏角類」(Chelicerata)が創設された。
現生節足動物の4つの亜門の中で、鋏角類は最初に分岐した単系統群で、残り全ての現生節足動物(大顎類 Mandibulata)の姉妹群になるという系統位置は、ホメオティック遺伝子発現、および多くの形態学と分子系統学的見解に強く支持される。他にも甲殻類などと姉妹群になる(Schizoramia をなす)、多足類と単系統群になる(多足鋏角類 Myriochelata /矛盾脚類 Paradoxopoda をなす)、もしくは鋏角類は多系統群(幹性類 (Cormogonida) 説、後述参照)などの異説はかつてあったが、いずれも後に否定的とされる。
上述の現生群以外にも、鋏角類と化石節足動物の分類群の類縁関係は多くの議論が繰り広げられ、次の通りに挙げられる。
このため、その歴史の早期には強力な肉食者として存在したが、それ以降に食性についての幅広い適応を行うことができなかった。また、陸上種に関しては呼吸器としての書肺をもっていたが、そのために気管の発達が遅れ、そのために運動能力において後れを取ったとの説もある。
しかしクモ類とダニ類は例外的で、多様化して大きな発展を遂げた。前者は糸と、それによる網の活用で広範囲な昆虫を捕食する能力を発達させたこと、後者では小さな体を利してニッチを拡大し、食性の幅を広げたことによると思われる。
大顎類である昆虫の口器。鋏角類とは異なり、複数対の顎(b:大顎、g:小顎、f:下唇)によって構成される。
カブトガニ類の腹側。全ての脚の基節に咀嚼用の顎基をもち、これは真鋏角類の共通祖先から受け継いだ祖先形質と考えられる。
クモの前体の腹側。6対の附属肢の中で口器として機能するのは鋏角と触肢の基節のみで、歩脚に顎基らしき突起物はない。
なお、鋏角類の口器は上述のように言われるほど単純で非効率的でなく、特に基盤的な真鋏角類である節口類(カブトガニ類とウミサソリ類)においては7対(鋏角+5対の脚の顎基+唇様肢/下層板)ほど多くの付属肢構造が口器に参加し、大顎類に劣らないほど複雑な咀嚼機構をなしていた。クモガタ類に見られる単調な口器は祖先的でなく、むしろ陸上生活に向かって節口類の複雑な口器から高度に特化した結果と言うべきことも指摘される。クモガタ類における顎基と複眼の退化は、それぞれ陸上環境への適応(顎基は水棲性の節足動物のみに見られる)と各系統群における視力以外の感覚器(例えばクモの聴毛・サソリの櫛状器・ヒヨケムシのラケット器官など)への依存に大きく関与していると考えられる。
ウミグモ類
広義のカブトガニ類(1-4:狭義のカブトガニ類、5-6:ハラフシカブトガニ類)
カスマタスピス類
ウミサソリ類
クモガタ類
基盤的な鋏角類とされる前述の古生物を除き、通常、鋏角類は大きくウミグモ類(Pycnogonida、ウミグモ綱、皆脚綱)と真鋏角類(Euchelicerata)の2群に分かれ、後者は更にカブトガニ類・ウミサソリ類などを含んだ節口類(Merostomata、節口綱、腿口綱)、およびクモ・サソリ・ダニなどの陸生群を含んだクモガタ類(Arachnida、クモガタ綱、蛛形綱、クモ綱)として細分される。
しかしこのような分類体系の一部は単系統性を反映していないと疑問視され、以下の議論が繰り広げられる。