二条御所
永禄7年(1564年)12月以降、足利義輝は戦国乱世のただなかにあって、室町幕府の重鎮であった三管領の斯波氏の屋敷・武衛陣の跡地に新たな屋敷の建築を開始した。
この御所は当時、「二条武衛陣の御構」と呼ばれていた。武衛とは斯波氏の職名を由来とし、その屋敷は洛中洛外図にも「ぶえい」として登場する。現在の旧二条城跡地の地名が「武衛陣町」であるのはこれを由来としている。また、御所は勘解由小路烏丸室町間に作られ、二条通との接点を持たないにもかかわらず、二条の名を冠している。
永禄8年(1565年)5月19日、三好義継や三好三人衆、松永久通とともに一万の軍勢で二条御所に押し寄せ、義輝に訴訟(要求)ありと訴え、取次ぎを求めて侵入した(永禄の変)。御所には堀もあったが、門は完成寸前の状態であった(「京公方様御館の四方に深堀高塁長関、堅固の御造作有り。未だ御門の扉以下は出来(しゅったい)せず」『足利季世記』)。
義輝は奮戦するも、多勢に無勢であり、遂に討ち取られた。殺戮が終わると、三好軍は二条御所に火をかけ、多くの殿舎が炎に包まれたという。
変後、跡地には真如堂が移された。
御殿などの建築を統括する大工奉行には村井貞勝と島田秀満が任じられた。
建物の多くは本圀寺から移築され、さらには屏風や絵画などの什器までも本圀寺から運び込まれた。宣教師ルイス・フロイスの『日本史』では、信長が木造建築の宮殿の造営を決心したものの、新たに山や森を伐採せねばならず、工事が遅延することを恐れ、本圀寺から「きわめて巧妙に造られた塗金の屏風とともに」「すべての豪華な部屋を取り壊し、城の中で再建すること命じた」と記されている。『当代記』や『老人雑話』にも、同様のことが記されている。
3月3日、細川氏一族で分家・細川典厩家の細川藤賢邸から、文字通り「鳴り物入り」で名石「藤戸石」が御所の庭園に置くために搬入された。『言継卿記』3月3日条には、「細川右馬頭庭の藤戸石、織田弾正三四千人でこれを引く、笛鼓似てこれを囃す」と記されている。このことから、信長が率先して御所の普請にあたっていたことがわかる。
築城は約70日という短期間で終え、4月14日に義昭は完成した二条御所に移動し、ここに本拠とした。周辺からは金箔瓦も発掘されており、急ごしらえにしては豪壮な殿舎であったと考えられている。また、『言継卿記』では、室町通り沿いの「西方石蔵」は高さ「四間一尺」(約8m余)と記されており、壮観な光景であったと考えられている。