不足賃
主に都市圏の駅において、残額が不足賃以上ある磁気式のプリペイドカード(乗車カード)・回数乗車券で精算する場合、一部の自動改札機で精算できることがある。この場合2枚投入が可能になっている必要がある。乗車駅から使用した乗車券類や古いプリペイドカード等と精算に使用するプリペイドカード・回数券類を投入すれば、精算に使用するプリペイドカードは不足する運賃のみ差し引かれる。また、2枚投入可能な自動改札機については、1枚投入しかできない改札機が混在する場合は識別が可能になっていることが多い。
ただし、近年普及しているICカードでは対応していないため、ICカードと磁気券などの組み合わせの場合は、IC対応精算機か窓口で処理を受ける必要がある。
運賃表を見てそのつど乗車券を購入する必要がないストアードフェアカードを発売する事業者も多い。神戸・大阪・京都を中心とした関西圏内の多数の事業者間を融通する先駆けとなったスルッとKANSAIを始め、JR・私鉄・公営各社局のカード、首都圏の鉄道事業者によるパスネットなどがある。近年は、これらの磁気式乗車カードに替わって、Suica、ICOCA、PASMOなどの非接触式ICカードを用いた乗車カードが急速に普及してきている。