ハドロサウルス形類
プロバクトサウルスは、Norman(2014)が重要であると考えた多数の相違により、ハドロサウルス形類のアウトグループとして選択された。歯骨の歯冠は非対称で、複数の垂直な隆起がある。三角孔には孔があり、方形骨には、頬骨の関節を形成するためのより顕著な窪みがあった。これらの特徴はいずれも、より派生したハドロサウルス形類の頭蓋骨には見られない。前上顎骨は前頭前骨と接触し、頬骨と口蓋の外翼骨との接触は減少した。
ハドロサウルス形類の肩甲骨はJ字型ではなく、張り出した突起を持っていた。ハドロサウルス形類とプロバクトサウルスの両方では、より頑丈な祖先とは異なり、前肢の下部の骨がより細くなっている。しかし、プロバクトサウルスは、イグアノドンやヒプセロスピナスなどの初期の鳥脚類と同様に、小さな円錐形の母斑を持つという基本的な条件を備えていた。この母斑の欠如は、手根骨の減少、および手根の可動性の低下にも関連している。プロバクトロサウルスの腸骨は、短棚を持たないハドロサウルス形類よりも角張っていた。また、ハドロサウルス形類の大腿骨は真っ直ぐで、足の骨は切り取られていることが確認された。