ハエ
また、こうした深刻な健康被害をもたらさなくとも、ヒト親和性の高いハエは人体や食物に大きな羽音で付きまとい、不快害虫としても大きな地位を占める。日本でもごみ処理場で大発生するイエバエや、鶏舎に群れを成すヒメイエバエは社会問題になることもあり、熱帯や亜熱帯地域では、ヒトの糞便を主な発生源とし、性成熟に必要な蛋白質を主としてヒトの涙や唾液から摂取するフタスジイエバエが、人体の目や口に大挙して群がり、慣れない者には非常な不快感を催させる。
日本全国、世界各国のどこにいても極めて一般的に見られる昆虫ではあるが、衛生害虫、農業害虫の双方の側面で害虫とみなされることが多い。
イエバエ科、クロバエ科、ニクバエ科などの一部の種は人の居住環境に棲むことで、衛生害虫化している。衛生害虫としてのハエの害は、大きく3つに大別される。
ハエの成虫の多くはエネルギー源として花の蜜や果物、アブラムシの排泄物(甘露)などから糖分を摂取するが、卵巣や精巣の成熟のための蛋白源として種によって様々な食物を摂取する。蛋白源となる食物はヒトや家畜の体液(涙、唾液、傷口からの浸出液など)、死肉や動物の糞、腐敗植物質といった動植物の死骸、花粉などである。
衛生害虫としてのハエの害の1つ目と2つ目はこのハエの摂食習性に起因する。まず、動植物の死骸から好んで蛋白質を摂取するハエの場合、人間の糞便などの汚物または死骸と、肉や魚など食物の双方で摂食を行う場合があり、このときに病原性のある細菌、ウイルス、寄生虫卵などを体の表面を通じて、または食品上で消化管内容物を吐出したり糞便を排泄したりすることによって媒介することとなる。ヒトの居住空間に進出しているハエの一部には、イエバエのように積極的に人家に侵入する性質を持ったものがあり、こうしたハエは特に食物の病原体による汚染を引き起こす可能性が高い。
古くから、ポリオウイルス、赤痢菌、サルモネラ、赤痢アメーバ、回虫卵、鞭虫卵などがハエによって媒介されることが知られ、警戒されていたが、公衆衛生の向上によってこれらの病原体が少なくなった日本ではあまり危険視されなくなっていた。しかし、1990年代後半以降、病原性大腸菌(O157など)やトリインフルエンザウイルスといった感染症病原体がハエによって媒介されていることを強く示唆する研究結果が公表され、再びハエによる病原体媒介が着目されつつある。
ヤチバエ科 Sciomyzidae は幼虫が淡水産及び陸産軟体動物の捕食者として多様化した科である。
こうした2通りの病原体の媒介以外に衛生学上、医学上重要なハエによる害として、蠅蛆症(ようそしょう)あるいはハエ症と呼ぶものがある。これはクロバエ科やニクバエ科といった肉食性のハエの幼虫が人体寄生を引き起こす疾患である。これは、死肉や糞便でも発生する種類のハエによる偶発性蠅蛆症と、脊椎動物専門寄生性のハエによる真性蠅蛆症の二つに分けられる。
偶発性蠅蛆症には、幼虫が傷口や皮膚潰瘍部に寄生する皮膚ハエ症、耳道に寄生する耳ハエ症、幼虫を食物とともに誤飲、あるいは肛門から幼虫が入り込むことによって消化管粘膜が刺激されて腹痛を起こす消化器ハエ症に分けられる。
ヒトに真性蠅蛆症を起こすハエは、どれも皮膚に寄生する種である。アフリカのヒトクイバエやローダインコブバエ、中南米のヒトヒフバエ、ラセンウジバエといった熱帯性のものが知名度が高いが、寒冷な温帯にもユーラシア大陸内陸部に広く分布するヒフヤドリニクバエ類の Wohlfahrtia magnifica、東アジアや南アジアの亜熱帯、熱帯域にはトウヨウラセンウジバエなどがおり、注意を要する。ただし、ヒツジの鼻腔に寄生し、吸血して育つ真性寄生種のヒツジバエが、偶発的にヒトに産卵して一時寄生することが知られている。