暗黒時代 (横浜ベイスターズ)
2002年のドラフトで、東海大学の久保裕也の獲得に動いていた。久保もベイスターズ入りを希望しており、ベイスターズはドラフトの自由枠で獲得を約束していた。しかし球団首脳陣はドラフト直前に一方的に約束を破棄して、ドラフトでは多田野数人を指名しようとする(多田野のアダルトビデオ出演疑惑で入団ならず)。結局久保は巨人に入団し、担当スカウトで東海大学とつながりが深かった長谷川国利も退団した。当時東海大学の総監督で、長谷川スカウトの師匠的立場だった原貢はこの行為に激怒し、ベイスターズに対して今後はドラフト対象選手を新卒入団させないことを決めたが(当初ドラフト対象外だった選手が入団テストを個人で受けることの可否は不明)、社会人野球を経た選手では、荒波翔がトヨタ自動車硬式野球部を経て2011年に入団している。
DeNAの経営となって以降は、2012年にオープン戦を開催するなど東海大学との関係を修復した。原の没後の2016年には巨人を戦力外となった前述の久保を獲得し、2017年には北海道キャンパスの水野滉也を獲得している。
2003年、2004年はチーム生え抜きである山下大輔がチームを率いていた。しかし2年連続で最下位となり、続投するのか辞任するのか話し合いが持たれるはずだった。ところが山下は新聞に「ベイスターズ来季監督は牛島和彦」という記事を見て、初めて自分が退任となる事実を知る。会見に同席したのは一軍マネージャーだけで、球団からの説明は全くなかった。このようにフロントにも原因があったともいえる。
その一方では、村上忠則や山中正竹などアマチュア野球の有力者をフロントやスカウトに招き、補強では成果を残せなかった一方、プロアマの関係改善には貢献した。
6年前の日本一の立役者だった大魔神・佐々木主浩をシアトル・マリナーズから獲得、石井琢朗、鈴木尚典ら1998年のメンバーが多く残っていたことから6年ぶりの優勝が期待された。しかし、4月は首位で終えるものの、5月に入ってからは大きく負け越し、広島との最下位争いに敗れ、3年連続最下位フィニッシュ。前年から借金を49から17へと大幅に減らしたものの、優勝した中日に20ゲーム、3位の巨人に12ゲーム差をつけられた。チーム状況は、内川聖一が前年から出場試合数を増やして17本塁打を放つなど最後まで打線が好調、チーム打率は.279でリーグトップと前年から大幅に上がった。なお、契約満了に伴い山下はこの年限りで辞任、代わって牛島和彦が監督に就任した。オフにこの年本塁打王のウッズが中日に移籍。余談だが、この年は一場事件で砂原オーナーが辞任に追い込まれることや、球界再編問題で大阪近鉄バファローズがオリックス・ブルーウェーブとの合併で消滅し、オリックス・バファローズになるほか、新規参入として東北楽天ゴールデンイーグルスが誕生するなど激動の時代でもあった。
プロ野球再編問題を巡るストライキにより、本来より2試合少ない138試合。