内閣情報調査室
2006年(平成18年)12月25日に、各政府機関の相互の連携を図るため「カウンターインテリジェンス推進会議」の設置が決定され、翌2007年に「カウンターインテリジェンス機能の強化に関する基本方針」が定められた。
2008年(平成20年)4月1日には規則の一部改正により、内閣情報分析官が新設され、内閣衛星情報センターの「管制部」が「技術部」に改編された。政府内の防諜を取り扱う「カウンターインテリジェンス・センター」も設置された。
2013年11月13日には同月にフィリピンを襲った台風30号の被害状況を情報収集衛星の画像情報、公開情報等を集約した情報を基に作成したレイテ島の中心都市タクロバンから南約20キロ、東西約15キロの台風被害の被災状況推定地図をNGOなどの活動支援のため一般提供を開始した。
2013年(平成25年)12月、第2次安倍内閣で「国家安全保障会議」(日本版NSC)が設立され、2014年(平成26年)1月、国家安全保障会議の事務局「国家安全保障局」が設立された。国家安全保障局は国家安全保障に関する政策提言・立案を行うため、これに資する情報を得る必要があり、内調とのインテリジェンス面での連携強化が必要であり、国家安全保障局情報班長(内閣参事官)には内調出向の警察官僚が就任している。
内閣情報官を長として、管理職の内閣審議官1人、次長1人、内閣参事官、内閣情報調査室調査官9人、内閣情報分析官6人、ほかに事務を整理する内閣事務官らが業務に従事している。内調では情報を迅速に伝達するために課係制を採用せず、フラットな組織としている。
辞令上「専任者」と「他省庁との官職併任者」がおり、時局に応じて専門的知識を持つ出向者などを柔軟に受け入れるために職員数は法令で規定しない。業務の内容から警察官僚の出向者も多い。
2005年(平成17年)4月1日時点の所属職員数は併任者を含み、内調職員として採用された者が約70人、警察庁からの出向派遣者が約40人、公安調査庁から出向派遣者が約20人、防衛庁から出向派遣者が約10人、外務省、総務省、消防庁、海上保安庁、財務省、経済産業省などから若干名の計約170人、と第162回国会の衆議院安全保障委員会で政府参考人が答弁している。