時空の覇者 Sa・Ga3
聖剣エクスカリバーが埋まっており、これを手にいれようとする者や、彼ら相手に商売をする者が作りあげた町。
一度に多くのアイテムを所持できる(今作では最大32種類)。同じ種類は99個まで持てるが、武器や防具は9個まで。装備品を外した際に、その装備品がアイテム欄側に10個以上貯まる場合は、9個を超える分は捨てられることになる(警告文が出る)。 その代わり、本作ではアイテムを直接装備することはできない。また、戦闘中にストックしてあるアイテムを自由に使用できる作品は、原則的に本作(およびリメイク版)のみ。
石化以外のステータス異常は全て戦闘終了後に自動的に治療される。
デフォルトで防御コマンドが用意されている。本作では「かわす」表記。
主人公を含むメインメンバー4人に初めて名前が用意され、自分が一から名前を決めることはなくなった。名前の変更は可能で、文字数は6文字に増やされた(次作以降は8文字まで)。
戦闘がFFシリーズのようにパーティグラフィックも表示されるようになった。そのため、ステータス異常も視覚化されている。また、ダメージ数値も戦闘アニメーションで表示される仕様になっている。ただし、ダメージと回復を視覚的に見分けることはできない。
戦闘中、狙いを定めていた敵や味方が事前に倒された場合、行動の対象が残りの敵または味方に自動的に割り振られる(オートターゲット)。
クリスタルソフトから移籍した元ノヴェラのベーシストで作曲家の笹井隆司が本作の楽曲の多くを制作したほか、開発する中で新たに曲が必要になった際は、プロデューサーの藤岡が作曲した。
藤岡は、元々笹井の楽曲を気に入っており、本作の開発にあたって笹井を推薦したのも藤岡である。 また、笹井とは『夢幻の心臓III』などで一緒に仕事をしてきたことから、藤岡は笹井の作風を理解していたほか、大まかな意識合わせもできていた。このため、藤岡は笹井に楽曲を発注する際、「『Sa・Ga』の押さえるべきところは押さえつつも、音楽も笹井の作風を出してよい」という指示を出し、大雑把なリストと『Sa・Ga2 秘宝伝説』のソフトを送りつけた。
ゲームボーイではProgrammable Sound Generatorが使われていたため、従来の作曲方法が通用しなかったものの、藤岡は「3音という制約の中で笹井の雰囲気を出すための工夫が楽しくもあった」と、2018年のファミ通とのインタビューの中で振り返っている。
魔法を使うと減り、アイテムなどで回復可能。
武器・盾・能力(=特殊能力、後述)の使用回数制を廃止した(爆弾系・重火器系の武器を除く)。
装備を換装して最大HPが変動する場合の現在HPは、前作では最大値が増加した場合は現在値も同じ分だけ増加し、最大値が低下しても現在値は最大値を割りこまなければそのままだったが、今作では「現在HP/最大HP」の割合がそのまま保たれる形で、現在HPも増減する。
魔法は、使用回数制を廃して数量制(MP)を導入した。
AI 型戦闘システムの「おまかせ」を導入した。
先制攻撃判定は、敵味方のレベルによって行われる。
前作までは、弱点を突く「特効」によって通常以上のダメージを与える「クリティカルヒット」が発生していたが、本作では特効とクリティカルが別箇の扱いとなった。特効・クリティカルのどちらも本作では「攻撃力を倍換算して大ダメージを与える」効果になっている。敵の防御力を加味する前に威力を倍増させるため、実際は倍以上の破壊力が出る。なお、クリティカルの発生条件はランダムに発生するようになっており、したがって特効とクリティカルが同時に発生する可能性がある。そのため、うまく重なれば通常の4倍以上のダメージを与えることが可能。ただし魔法攻撃では発生しない。
属性の概念が変更されている。ダメージに関わる属性は、炎・冷気・稲妻・地震・竜巻・ダメージの6種。 稲妻属性は、単独で存在しているのではなく、冷気+竜巻の2属性が重複した状態。したがって、稲妻が弱点ならば冷気と竜巻も弱点であり、稲妻に耐性があれば冷気と竜巻にも耐性がある。 ダメージ属性は、前作・前々作でいう「武器属性」にあたり、多くの直接攻撃に付加されている。
ダメージを受けると減り、アイテムや魔法などで回復可能。0になると戦闘不能になり、戦闘終了後1に回復する。
レベルアップして肉を食べることで強いモンスターに変化する。能力や耐性は変身した個体のステータスとなり、装備品の効果が発揮されなくなる(装備自体は可能)。魔法・特殊能力は使えるが、武器は使えない(アイテムとして魔法を発動させることは可能)。