坪井九馬三
1859年、摂津国西成郡九条村(現大阪府大阪市西区)に生まれる。
幼少時は僧侶の叔父に教育を受けた。14歳の時に父を失い、以後は親戚に引き取られた。翌年から大阪開成所で学んだ。17歳の時、東京外国語学校に入学し、翌年卒業。東京開成学校を受験し入学する。
1881年、東京大学文学部政治理財学科を卒業。1885年、同理学部応用化学科を卒業し、文学士と理学士という2つのの学位を取得した。1886年に東京大学講師となる。その後、文学部と理学部の教員を兼務した後、史学に専念することとなる。その準備としてヨーロッパ留学を命じられ、西洋史学や史学理論を学んだ。留学は4年間に及んだ。滞在先は、ベルリン大学(1887年10月-1889年8月)、プラハ大学(1889年10月-1890年3月)、ウィーン大学(1890年4月-7月)、チューリッヒ大学(1890年10月-1891年7月)であった。
1891年10月、帰国。翌月に帝国大学文科大学教授に昇進。1900年、東京学士会院会員(後に帝国学士院会員)に選出された。この年、大学では「歴史地理」の講義を開始した。また、1899年創立の日本歴史地理研究会(後の日本歴史地理学会)の会員でもあり、その機関誌『歴史地理』に論文「歴史地理とは何ぞや」を発表した。
1904年に文科大学長、1923年に定年退官。1924年より國學院大學講師を委嘱される。1936年、老衰のため死去。