ソリッド・スネーク
しばらくしてアーセナルギアの存在を知ると共に、人質救出のためのヘリとしてKa-60を確保。離陸時に敵の襲撃を受けるが、無事にシェル1シェル2の連絡橋にいる雷電と合流。しかし降下する前にソリダスとヴァンプが機乗するハリアーの襲撃を受ける。なんとか撃墜に成功するも、ヘリが故障したためシェル1に着陸、しばらく修理に追われることとなる。しかしアーセナルが動き出すことを知り、雷電が保護したエマの手を借りるため、急いでシェル1中央棟B2にある電算室の確保に移る。その矢先にオルガと接敵し、一時交戦状態になったが事情と真実を話し、なんとか協力関係を結ぶことに成功。その後、シェル2のL脚下部からシェル1のE脚へと続くオイルフェンスを渡るエマを援護、保護するためE脚から狙撃を行う。道中でヴァンプの奇襲による致命傷を受けたエマを保護し、ウイルスの入ったディスクを持った雷電と電算室で合流。エマの死と引き換えにアーセナルのAIへウイルスを侵入させることに成功する。その後、オタコンに人質救出を任せると、オルガの協力を得て、雷電を囮にアーセナルギアに潜入する。アーセナル内で雷電と合流すると、共に天狗部隊を蹴散らしながらアーセナル深部へと突入する。オセロットの意思を乗っ取ったリキッド・スネークがメタルギアRAYで逃走した際には発信機を取り付けた。ソリダスとの戦いに勝利した雷電に、「愛国者達」に攫われたというオルガの子供を救出するとメッセージを残して姿を消した。
その後再び雷電と合流し、オルガの子供であるサニーを救出しようと計画するが老化現象の進行により救出を断念。雷電にサニー救出を任せ、オセロットの行方を探る。
日本語ローカライズ版の単語にはコナミのゲームキャラクター名の一部が追加登録されており、「ソリッドスネーク」「オールドスネーク」「ビッグボス」とノートに書くと、それぞれのキャラが出現する。スネークとビッグ・ボスが対面すると戦闘状態となる。なお、続編『スーパースクリブルノーツ』では削除され、彼らとエビス丸のみ登場しなくなっている。