神泉苑
また、神泉苑の水源である「神泉」も城の外堀の水源の一つとして奪われた。
しかし、筑紫の僧快我(快雅、覚雅とも表記されることがある)が朝廷の許しを得て慶長12年(1607年)より元和年間(1615年 - 1624年)に掛けて復興を図った。こうして神泉苑は東寺が管掌する寺院として再建され、寺領40石が認められた。都名所図会で紹介される神泉苑は復興後の姿である。神泉苑の境内には弁財天も祀られているが貞享2年(1685年)の京都案内誌「京羽二重」(水雲堂狐松子著)の中では弁財天廿九ヶ所の霊場のひとつとなっている。
天明8年(1788年)の天明の大火で、多宝塔や社殿が焼失した。
1935年(昭和10年)、「神泉苑」として国の史跡に指定された。
2014年(平成26年)には善女竜王勧請1,200年記念事業として法成就池の水を55年振りに抜いて善女竜王社本殿等の解体・修復を行っている。
伝承では源義経と静御前が出会った場といわれる。また一説に法成就池が京都市の東西に伸びる通りの一つ「御池通」の名前の由来であるとするが、この池を「御池」と呼んだ事実は確認できないことから疑問視する意見もある。二条城の南(押小路堀川東入ル)には昔の神泉苑の東端を示す石碑がある。これは京都市営地下鉄東西線に関わる工事の際に判明したものである。
京都新聞は太平洋戦争中、1面コラムの名前を「神泉」としていた。おそらく神泉苑に由来すると思われる。