フロイス日本史
1587年、秀吉がバテレン追放令を発布したが、フロイスら宣教師は日本を出てはいない。
その後フロイスは1592年まで日本で執筆を続け、同年10月9日にヴァリニャーノとともに日本を発ち、マカオに到着。この後1594年に第三部が完成した。ところが、この時に原稿を検閲したヴァリニャーノは、自身が多忙なことや、あまりにも記事が膨大で本来の執筆趣旨に反する事を理由に、編集を加えて短縮することを命じた。だがフロイスはこれに応じず、「原型のままローマに送付させてほしい」と時の総長クラウディオ・アクアヴィーヴァ(英語版、イタリア語版、スペイン語版)あてに書簡を出している。
1595年、フロイスは日本に戻っていくつかの年報や報告書を作成した後、1597年に没した。彼の原稿はマカオのマカオ司教座聖堂に留め置かれ、そのまま忘れ去られた。
1742年、ようやくポルトガルの学士院が同書の写本を作成して本国に送付した。
1835年に司教座聖堂が焼失した際に原本は失われたと思われる。写本も各地に散逸した。
後年に再度蒐集され、行方不明となった第1巻以外は20世紀以後に徐々に刊行されるようになった(詳細は下記参照)。