織田信雄
同年7月13日、小田原の役の論功行賞の場で、秀吉は後北条氏の領国だった関八州を家康に与え、家康の旧領(駿遠三甲信5ヵ国)の119万石(※これは控えめな数字であり、元禄郷帳で換算すれば155万7千石)を、信雄に給付すると決めた。ところが、信雄はこれを固辞して先祖相伝の地である伊勢・尾張をこのまま領していたいと願い出た。すると秀吉は激怒して、いきなり信雄を追放に処して、下野国那須烏山に放つとした。捨扶持が2万石であったという。なお、改易されたのは通説では前述の7月13日とされるが、7月14日から8月4日の間が正しいのではないかとの異説もある。
『常山紀談』には、戦後の石垣山の本陣の酒宴の席で、信雄は舞上手であると聞いた秀吉が一曲舞を所望したところ、信雄は自分を侮った行為だと思い歪めて、不吉な詞の替え歌で舞ったので、これが秀吉の怒りを買って、烏山に追放になったのだという話を載せている。しかし、敢えて信雄が不満に感じる土地に知行を宛てがって、拒否するのに乗じて処分を決行したというのが通説である。谷口克広は、天下人としての権威を見せるために秀吉は口実を待っていたとし、天下が9割方平定されたこの時期には信長の息男の利用価値はなくなり、邪魔になったのであろうと考える。他方で、小和田哲男は、天皇行幸啓のための京都の館として信雄が「内府屋形」を新築中だったことを秀吉が危険視したという理由の異なる説を述べている。
信雄は佐竹義宣の預となるが、『秋田佐竹譜』には、常陸国太田城に留め置かれ、次いで出羽国秋田へ遷したとある。7月15日、信雄は安東実季(秋田実季)の預とされて出羽山本郡琴丘町(現三種町)天瀬川に配流になり、従者浜田与左衛門をつれて、小玉徳右衛門方に閑居することになった。
木造城を捨てて戸木城を中心にして各地で戦い、信雄と秀吉の和睦成立後の10月に明け渡すまで城を守り切って、長期にわたる激しい抵抗を見せた。
一方、滝川一益は旧領の北伊勢・尾張長島方面に派遣されていたが、蟹江城の城主は前述のように家老の佐久間信栄(正勝)であったが、信雄が廃城になっていた萱生城を修復して要害とするように命じたので出張中で、前田与十郎(前田種利または長定)が留守居を守っていた。一益は、この種利が従兄にあたることから羽柴方の味方になるように調略して説得に成功。支城の前田城を守る前田長種と下市場城を守る前田与平次(前田定利)がこれに呼応することになったが、大野城を守る山口重政だけが応じなかったので、6月15日夜、一益は九鬼嘉隆と謀って海路から大野城を攻撃した。ところが重政は川岸で要撃して激しく抵抗し、急を聞きつけた井伊直政が援軍に軍船を出して川を封鎖したので、九鬼勢は上陸もできずに引き下がった。信雄は報せを聞いて梶川秀盛・小坂雄吉を大野城の援軍に送った。16日、一益は軍船で近くに上陸して蟹江城に入城しようとしたが、直政・水野勝成らに阻まれ、かろうじて滝川一忠らの部隊が入城できただけで、本隊は蟹江沖で待機せざるえなかった。家康と信雄は協議して、榊原康政・織田長益をそれぞれ派遣して下市場城を攻撃させることになった。
天正5年2月、信意は雑賀攻めに従軍した。一旦、西近江で信長を待った後、同陣して南下し、信忠ら織田家の連枝衆と行動をともにした。兄である信忠は天正3年に織田家督を相続しており、この年の雑賀攻めを最後に信長は戦場に出陣しなくなるが、伊勢の信意、信孝、信包(叔父)、近江の織田信澄(従弟)ら連枝衆のなかで、信意の軍団が最大のものであった。
天正6年(1578年)4月4日、大坂表への出陣の命令があった。信忠を総大将にして、尾張・伊勢・美濃・伊勢(信意、信孝、信包、滝川一益)の軍勢と近江・若狭(信澄、明智光秀、丹羽長秀、蜂屋頼隆)の軍勢が出陣し、大坂(石山本願寺)に攻め寄せて、5、6日の両日に田畑を尽く薙ぎ払って帰陣した。
同年4月中旬、毛利輝元・吉川元春・小早川隆景・宇喜多直家らの中国勢が、織田方の山中幸盛が籠もる上月城を包囲して大亀山に陣取ったので、羽柴秀吉と荒木村重は高倉山に陣取って対峙したが、地形に阻まれて上月城を救援できなかった。信長は4月27日に上洛し、5月1日に播磨に自ら出陣して毛利との決着をつけると言ったが、佐久間信盛・滝川一益・蜂屋頼隆・明智光秀の4名の重臣が揃いも揃って危険であると止めたので、まず重臣らが先に播磨に出陣することになった。4月29日、一益、光秀、丹羽長秀が出陣し、5月1日、次いで信忠・信意・信包・信孝、細川藤孝、信盛が尾張・美濃・伊勢の軍勢を率いて出陣した。信長も同月13日に出陣したが、豪雨の洪水被害のために途中で帰還した。その後も織田勢は攻撃を継続し、6月27日、神吉城を信忠・信孝・林秀貞・藤孝・信盛が包囲し、志方城は信意が包囲した。