Encephalitozoon cuniculi
E. cuniculiは、胞子を形成する細胞内寄生性の単細胞生物で、微胞子虫門に属する。微胞子虫は偏性細胞内寄生真菌であり、多くの動物種に感染する。これらの単細胞真核生物はミトコンドリアとペルオキシソームを欠くため、当初、ミトコンドリアの起源と考えられている細胞内共生が起こるより前に分化した原生生物の系統と考えられていた。後にミトコンドリア型シャペロン遺伝子が発見され、分子系統学的手法と組み合わせることで、微胞子虫が進化の過程でミトコンドリアを失った非定型真菌であることが示唆された。そのゲノムサイズは約2.9メガベース(Mbp)で11本の染色体に含まれており、タンパク質をコードしている可能性がある遺伝子が合計1,997個含まれる。遺伝子間スペーサーが少なく、真核生物の相同遺伝子と比較して多くのタンパク質をコードする領域が短いことにより、ゲノムは高度に圧縮されている。ある種の生合成経路およびクエン酸回路の遺伝子が欠如していることにより、強い宿主特異性を示す。系統解析により、微胞子虫が真菌に属する可能性が高まった。E. cuniculiのゲノムにはいくつかのミトコンドリア機能(鉄硫黄クラスターの合成など)に関連する遺伝子が含まれているため、微胞子虫がミトコンドリア由来の細胞内小器官を保持している可能性があると考えられた。