アンフィンセンのドグマ
牛海綿状脳症では、天然タンパク質が、異なる安定したコンフォメーションに再折りたたみし、致命的なアミロイドの蓄積を引き起こす。アルツハイマー病やパーキンソン病などの他のアミロイド疾患も、アンフィンセンのドグマの例外である。
タンパク質の中には、複数の固有の構造(英語版)を持っていて、何らかの外部要因によってその折りたたみを変化させるものがある。たとえば、KaiB(英語版)タンパク質複合体は、1日の中で折りたたみを切り替え(英語版)、シアノバクテリアの時計として機能する。PDBタンパク質の約0.5 - 4 %がフォールドを切り替えると推定されている。代替構造の切り替えは、タンパク質と低分子リガンドまたは他のタンパク質との相互作用、化学修飾(リン酸化など)、あるいは温度、pH、膜電位などの環境条件の変化によって促進される。それぞれの代替構造は、与えられた条件下でのタンパク質の自由エネルギーの大域的最小値に対応するか、より高い自由エネルギーの局所的最小値に動力学的に閉じ込められているかのいずれかである。