内房線
館山駅より先は進路を東に変えて、外房線と連絡する安房鴨川駅を目指す。この区間は基本的に普通列車のみが運行され、ほとんどの列車は安房鴨川駅を跨いで木更津駅と外房線上総一ノ宮駅間でワンマン運転される。 千倉駅 - 安房鴨川駅間は外房の海である太平洋の沿岸に寄り添って進み、海水浴場やマリンスポット・マリンリゾートの海洋レジャー施設が多くなる。
この区間における利用者は少なく、館山駅 - 安房鴨川駅間の両都市間の相互移動と、南房総の観光の入り口の一つである千倉駅への観光利用のほか、地元住民の利用では安房拓心高等学校の最寄である南三原駅への通学利用や、鴨川市にある亀田総合病院への通院利用が中心である。
千葉駅 - 君津駅間
この区間の普通列車は、日中は主に千葉駅 - 木更津駅・君津駅間で運転されている。横須賀・総武線快速直通列車も合わせると1時間に3本程度(巌根駅を除く)運行されている。朝夕は、上総湊駅・館山駅発着と千倉駅発の列車も運転されている。2021年3月までは、安房鴨川までの内房線全線を走破する普通列車が存在したが、系統分離により廃止された。さらに、2023年3月の改正で千倉行きも廃止された。
かつては4・6・8・10両と列車によって編成両数はまちまちだった。しかし、2021年3月のダイヤ改正で、209系2000・2100番台で運転される列車は原則8両編成となり、夜間に設定されている京葉線車両で運転される列車が10両編成となることを除けば両数がほぼ統一された。
京葉線直通列車は君津発東京行きの普通列車(京葉線内も各駅停車)が夜に2本設定されている。2022年3月改正からは朝に1本が追加された。
木更津駅 - 館山駅 - 安房鴨川駅間
日中は、木更津駅 - 外房線上総一ノ宮駅間の列車が運転され、横須賀・総武線快速と君津駅で連絡している。
普通列車の系統は千葉駅 - 館山駅間と館山駅 - 安房鴨川駅間に分かれていたが、2017年3月4日のダイヤ改正で日中時間帯の千葉駅 - 館山駅間の系統は木更津駅 - 館山駅間の運転に変更され、横須賀・総武線快速と君津駅で連絡する形になった。