PC-9800シリーズ
55ボードはSCSI規格のMode SenseコマンドでHDDからパラメータを取得しているが、NEC純正オプションの増設用HDDに使われた当時のNEC製HDDは、代替セクタを含まないセクタ数(有効セクタ数)を返すようになっているのに対し、CCSでは代替セクタを含む値を返すよう具体的な仕様が策定され、他社製HDDはこれに追従している。この違いから、SCSIボードやHDDの組み合わせによっては容量を誤認することがある。後にサードパーティーから発売されたSCSIボードでは、Read CapacityコマンドとMode Senseコマンドで得られた値から有効セクタ数を算出することで、どちらのHDDでも55ボードと同じパラメータになるよう互換性を保っている。
55ボードは接続されているHDDが自社製のものであるか否かを判定するため、SCSIベンダIDの先頭3文字の「NEC」という文字列を参照するチェックを行い、該当しないHDDが接続されていた場合は別の処理を行う、特に、ハングアップして起動しないという動作を主に指す。後者の対策のため、NECはサードパーティーがNECのベンダ名を返してもよいことを公式に認めていた。サードパーティーメーカー各社はこのチェックを回避するため、自社製のより高性能、高機能なSCSIボードとHDDをセットで販売するか、あるいはSCSIベンダIDを「NECITSU」などに変更して販売していた。NECチェックの存在は先述の非互換性による不具合を防止するためと考えられているが、一部からはNEC製品を独占的に販売するためではないかという厳しい声も聞かれた。
パーティション管理の方法が互換性問題をさらに複雑にした。
初期のPC-9801は音程固定のブザーのみを内蔵していた。PC-9801U2以降はIBM PCのように8253 プログラマブルインターバルタイマ(英語版)を制御することでビープ音の音程を変えられるようになった。また、オプションでPC-8801mkIISR相当のサウンド機能(ヤマハ製FM音源チップのOPN、2個のアタリ仕様ジョイスティックポート、N88-BASIC(86)にサウンド命令を追加するBIOS ROM)を搭載した拡張ボードPC-9801-26 サウンドボードなどが発売された。PC-9801型番の3.5インチFDD搭載モデルは、多くのモデルでは家庭用を意識して、5インチモデルよりも小型の筐体で、標準でPC-9801-26K相当のモノラルFM音源を搭載した。このサウンド機能はPC-98対応ゲームソフトをプレイする上で、BGMや効果音を鳴らすために必須であった。
1987年(昭和62年)9月、セイコーエプソンはPC-286VとPC-286U、および、BASICインタープリタを追加するための『BASICサポートROM』をリリースした。また、EPSONチェックを解除するためのパッチプログラム『ソフトウェア・インストレーション・プログラム (SIP)』をバンドルした。新機種はリーズナブルな価格と互換性の良さが評価され、好評を博した。セイコーエプソンの98互換機は1988年(昭和63年)に20万台の売上を記録し、日本のパソコン市場に新たな勢力が誕生することになった。
1987年(昭和62年)11月、セイコーエプソンはNECに先行してPC-98と完全な互換性を持つラップトップパソコンPC-286Lを発表した。ラップトップ型の需要はもはや無視できる規模ではなく、PC-98最大手のディーラーである大塚商会もPC-286Lで初めて98互換機を販売リストに加えた。1988年(昭和63年)3月、NECはデスクトップ型PC-9801との完全互換を実現したラップトップ型パソコンPC-9801LV21を発売した。完全互換性と小型化の両立には新規に開発された3種類のチップセットが重要な役割を果たし、これらはPC-9801RAなどの主力デスクトップ機にも使用された。しかし、青液晶を採用したPC-9801LV21は視認性が悪く、バックライト付き白黒液晶を採用したPC-286Lに技術面でも後塵を拝することになった。
NECが1982年(昭和57年)10月に発売した16ビットパソコン「PC-9801」を初代機とするパソコン製品群である。従来NECが発売した8ビットパソコンのPC-8000シリーズとPC-8800シリーズの資産を継承し、高速化のために16ビットマイクロプロセッサを採用した。初代「PC-9801」は、社団法人情報処理学会2008年度(第1回)「情報処理技術遺産」に認定され、2016年(平成28年)9月6日に国立科学博物館の重要科学技術史資料第00221号として、日本で最も普及した16ビットパソコンであることを評価され、登録された。
各社専用にカスタマイズされたマイクロソフトのMicrosoft BASICをベースにした時代の終盤から、MS-DOS時代を経てMicrosoft Windowsの普及期まで約15年間、NECのパソコンの主力商品として製造販売が続けられた。全盛期の1987年(昭和62年)に、日本国内の16ビットパソコン小売店頭販売数で市場の90%を占有する。
PC-9800シリーズは多種多様な機種が展開された。1985年(昭和60年)からワープロやCAD用途を意識して性能を高めたPC-98XAなどの高級機種を発売し、1990年(平成2年)に32ビット外部バス(NESAバス)を搭載するHyper98(PC-H98シリーズ)へ派生した。
対して、PC-9801は当初から8088の上位機種である8086をCPUとして採用、外部バス幅は16ビットとなっており、バスクロックは10MHz、最大転送速度は毎秒1MBでIBM PC(モデル5150)よりも大幅に高速な転送能力を備えている点が優れていた。これはグラフィックの性能を左右すると考えられ、IBMマルチステーション5550ではCPUに8088ではなく8086が採用された。
なお、PC-98では、その後の機能拡張でも互換性維持を大前提としてメモリやI/Oへアドレスを割り付けていった。その結果、VRAMのように割り当てられたアドレスが不連続になるものがあったほか、初代機からの部品数削減の名残で一部のI/Oアドレスが一見無意味にデコードされていない、またユーザー用に予約されている箇所が極端に少ない、という状態になってしまった。
ノーマルモードではPC/AT互換機同様、CPUの持つメモリ空間1Mバイトのうち、VRAMやBIOS ROM等の予約領域を除くと、ユーザーが利用可能なメイン・メモリ空間は最大でも640Kバイトで区切られてしまうメモリマップとなっている。この時代にはそれが問題となることはなかったが、ソフトウェアが肥大化したMS-DOSの全盛期には、日本語入力システムなどのデバイスドライバを常駐させた後の少ないフリーエリアのやりくり、特に起動時に500Kバイトから600Kバイト程度のフリーエリアを必要とするアプリケーションのための領域確保にEMSやXMSといった知識が必要になり、ユーザーは苦労することになった。
その後もPC/AT互換機を用いてPCIカードを実装、Cバス拡張BOXを接続してエミュレートする「iNHERITOR II」、PC一体型の互換システム「iNHERITOR II-A」が販売されていたが、2016年(平成28年)7月に生産を終了している。
また、Cバスインタフェースのボードを利用できるコントローラ付きバックプレーンや、同コントローラやPC/FC-9801シリーズで稼動するボードコンピュータも販売されていた。
FreeBSDでは、2011年(平成23年)2月にリリースされた8.2-RELEASEまでPC-98に対応していたが、9.0-RELEASE以降、PC-98用のFreeBSDはリリースされていない。
工場の生産ラインや鉄道などのインフラ管理の分野では、様々な制御対象機器との互換性や枯れた技術の安定性を考えると容易に最新式のコンピューターに入れ替える事は出来ず、前述の事情もあって2020年(令和2年)現在でも現場でPC-98が使用されているケースは多く、オークションサイトには数千件の出品があったり、専門の修理業者が存在するほどである。
PC-98は対応する日本語アプリケーションが多く、依然日本のユーザーには人気があった。
1993年(平成3年)から1995年(平成5年)にかけて、NECは業界標準規格を採用しつつ製造コストの削減を図った。PC-98は72ピンSIMM、3.5インチ1.44MBフロッピーディスク、IDEドライブ、640×480ピクセルのDOS画面モード、2D GUIアクセラレーションGPU、Windows Sound System(英語版)、PCI、PCMCIAに対応していった。また、一部のマザーボードの製造をECSやGVCなどの台湾系企業に委託した。
PC-98の販売数そのものは順調に増大していたが、PC/AT互換機の販売はこれを上回る勢いで拡大し、PC-98は次第にシェアを落としていった。これは、パーソナルコンピュータとWindowsの爆発的な普及により、従来とのハードウェア・ソフトウェア互換性を必要とするユーザーが相対的に少数派となったためである。この時点ではPC-98もWindows機であることには変わりなく、実績のあるブランドだったことからそれなりの知名度もあり、トップシェアを争うだけの勢力は維持していた。1997年(平成9年)時点での日本国内シェアは3割とも5割弱とも言われる。しかし、CPU・チップセット・ビデオチップ・拡張バスなど、PCを構成する各種の要素技術が急激に高度化し、それらのほとんどがPC/AT互換アーキテクチャを前提としていたことから、PC-98に採用する上でさまざまな困難に直面することとなった。
ソフト単体で9,800円、エミュレートの際に画像処理を高速に行うための「98/Vアクセラレータ」を29,800円で発売していた。
Virtual98 - Windows(x86)- 開発停止 PC/AT、PC-9801デュアル互換機・TOMCAT PC-3/Xを発売していたトムキャットコンピュータも1991年(平成3年)に仮想98システム「Virtual-98」というエミュレータを開発・販売した。
NECのPC-98でなく、互換機であるEPSON PCシリーズを再現するエミュレータもあり、事実上、PC-98のエミュレータとして使用されている。
ANEX86 -Windows(x86)- 開発停止 シェアウェアのANEX86は、EPSONのPC-286のエミュレータである。
本流のPC-98とは異なるアーキテクチャを持つPC-98DO/XA/XL/RL/LT/HAを再現するエミュレータもある。
ePC-98DO, ePC-98XA/XL/RL, ePC-98LT, eHANDY98 - Windows(x86)
1988年(昭和63年)にNECが発売したPC-9801-55(無印)/L/U SCSIインタフェースボード(その相当品を内蔵する機種を含む、以下55ボード)は、最大40MBのHDDを2台までしかサポートしなかったPC-9801-27 SASIインタフェースボードに代わる、大容量HDDへの対応を視野に入れたものであった。しかし、米国国家規格協会 (ANSIS:American National Standards Institute) が策定した初期のSCSI規格には曖昧な点が多く、メーカーで自由に使えるコマンドやパラメータが存在したため、同じSCSI準拠の機器でもメーカーが異なると互換性を保証できない状況にあった。ANSIはコマンド仕様の共通化を図って共通コマンドセット (CCS) を提唱していたが、55ボード登場時点ではSCSIとCCSを統合したSCSI-2の策定を進めている最中にあった。また、55ボードやPC-98のパーティション管理が特殊な仕様を抱えており、サードパーティーメーカー各社の対応が分かれたため、SCSIボードと異なるメーカーのHDDを接続した場合に容量を誤認したり、容量が正しくてもフォーマットに互換性が無くデータを読めない・起動できないなどの不具合が生じた。このため、当時のPC-98においてSCSI HDDはSCSIボードと同じメーカーから購入することが通例となっていた。
PC-98はC(シリンダ数)/ H(ヘッド数)/ S(トラックあたりのセクタ数)といったパラメータでHDDを管理している。