明応の政変
また近年では、同年に発生した伊勢宗瑞(北条早雲)の伊豆侵攻が、義澄の実母と実弟を殺害した異母兄である堀越公方の足利茶々丸を倒すために義澄の命を受け政元や上杉定正と連携して行われたとする見方が有力になっている。早雲は伊勢貞宗とは従兄弟に当たる幕臣(奉公衆)であり、伊豆の隣国である駿河国守護の今川氏親の叔父で駿河国内に居城と領地を持っていたからである。
さらに明応の政変と今川氏親・伊勢宗瑞の動きはもう一つの三管領である斯波氏にも影響を与えたとする指摘もある。当時の宗家(武衛家)では隠居の斯波義敏が京都で義材に与して政元を牽制し、当主の斯波義寛が領国の尾張国および遠江国で領国経営の立て直しを行うことで幕府への影響力回復と守護代織田氏らの抑制を図ることに成功していたが、政変によって義材派であった義敏父子の幕府への影響力が低下した一方で、応仁の乱以来断続的に続いてきた今川氏の遠江侵攻が活発化したことで義寛が尾張から遠江に兵を進めざるを得なくなり、斯波氏は中央政治から姿を消すことになったとみられている。
同年6月29日夜、京の上原元秀の屋敷に幽閉されていた義材は、側近らの手引きで越中射水郡放生津へ下向し、政長の重臣であった越中守護代・神保長誠に迎え入れられた。さらに、義材派の幕臣・昵近公家衆・禅僧ら70人余りが越中下向につき従い、正光寺を御所とした(越中公方)。これにより、幕府公権は二分化され、二つに分かれた将軍家を擁した抗争が各地で続くこととなった。