ノックアウトマウス
↑ naturenews, 19 May 2003
↑ Y Zan et al., Production of knockout rats using ENU mutagenesis and a yeast-based screening assay, Nat. Biotechnol. (2003). Archived 2010年6月11日, at the Wayback Machine.
1 2 genome.gov | Background on Mouse as a Model Organism
↑ The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2007 Archived 2010年10月16日, at the Wayback Machine.
↑ http://www.genome.gov/12514551
↑ Gerlai R (1996). “Gene-targeting studies of mammalian behavior: is it the mutation or the background genotype?”. Trends in Neurosciences 19 (5): 177–81. doi:10.1016/S0166-2236(96)20020-7. PMID 8723200. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0166223696200207.
アメリカ国立衛生研究所は、この技法の重要な制約について指摘している。
手法の全体において、胚性幹細胞がどの(マウスの)系統に由来するかによるばらつきがある。一般的に胚性幹細胞は、129系統という系統のマウスから造られる。この系統は多くの実験(たとえば行動実験など)に使うのに不適当であるため、その子孫を他の系統に戻し交配 (backcross) させるということが広く行われている。いくつかの遺伝子座は、ノックアウトするのが非常に難しいことが確認されている。その理由としては、遺伝子の反復、大量のDNAメチル化、ヘテロクロマチンの存在などが考えられる。129系統の遺伝子の中で、ノックアウトした部分に物理的に隣接する部分の遺伝子は取り除くのが難しく、この影響は隣接遺伝子効果(英: flanking-gene effect)と言われている。
他の制約として以下のようなものがある。通常タイプのノックアウト(つまり、条件付きではないノックアウト)マウスは、調査したい遺伝子が存在しない状態で成長するわけである。成長段階でその遺伝子が不活化されることが、成体段階での遺伝子の働きを覆い隠してしまう場合が時々ある。特に、その遺伝子が成長過程で何回も使用される場合問題になる。このような場合、条件付き変異/誘導可能変異の手法が必要になる。まず最初にマウスを正常に発生・成熟させて、その後対象となる遺伝子を機能的に除去するのである。