北海道警察函館方面本部
警務課
会計課 監査室
生活安全課 少年サポートセンター
地域課 通信指令室 鉄道警察隊 自動車警ら隊の役割を担う自動車警ら係が配置されている。
捜査課 検視官 機動捜査隊の役割を担う機動捜査係が配置されている。
鑑識課 科学捜査研究室
交通課 交通反則通告センター 交通管制センター 運転免許試験場 交通機動隊 高速道路交通警察隊(本隊、八雲分駐所)
警備課
函館機動警察隊は各係の機能強化のため令和2年4月の組織改編に伴い廃止された。