脱ユビキチン化酵素
OTUスーパーファミリー (OTUB1(英語版), OTUB2(英語版))
MJDスーパーファミリー (ATXN3(英語版), ATXN3L)
UCHスーパーファミリー (BAP1(英語版), UCHL1(英語版), UCHL3(英語版), UCHL5(英語版))
また、近年新たなファミリーが発見されている。
MINDYファミリー (MINDY1(英語版), MINDY2(英語版), MINDY3(英語版), MINDY4(英語版))
ZUFSPファミリー (ZUP1(英語版))
さらに、PPPDE(permuted papain fold peptidases of dsDNA viruses and eukaryotes)スーパーファミリーと呼ばれる、理解は進んでいないもののDUBと推定されるグループも存在し、実際にDUBであることが示されれば7番目のクラスとなる。