清音駅
現在はバスの乗り入れはないが、かつてはバスのりばが駅前にあり、以下の路線が乗り入れていた。
中国ジェイアールバス - 大阪駅・USJ行き(吉備エクスプレス大阪号) 中国ジェイアールバス運行便のみ乗り入れていたが、運行区間短縮により2009年9月30日をもって乗り入れ終了。
井笠鉄道 - 倉敷駅北口行き、備中箭田・矢掛行き 井笠鉄道のバス事業廃業により、2012年10月31日をもって運行終了。井笠鉄道に移管前は中国ジェイアールバス矢掛線だった。
JR・井原鉄道の1・2番線は、それぞれ同一線路であるが、前述した通り、井原鉄道駅舎およびJR中間改札で区切られている。元々は駅舎側の下りホームを1番のりば(現在の3番のりば)として順に付番していたが、2019年3月16日のダイヤ改正に合わせて駅舎反対側から順に付番する形に変更された。
原則として、3番線をJR伯備線下り列車、2番線を井原鉄道井原線上下線列車、1番線をJR伯備線上り列車が通る。以前は、当駅で特急の通過待ちを行うJR線列車が2番線に入っていたが、2009年(平成21年)10月のダイヤ修正では設定が無く、2番線は井原鉄道井原線の列車が通行するのみである。また、井原線の列車同士の行き違いがある場合は、下り列車が1番線、上り列車が2番線を使用する。
入線メロディは、JRが全ホームとも「汽車」のアレンジ、井原鉄道線ホームは同社オリジナルメロディ(井原鉄道全駅共通)である。
ホーム(備中高梁・総社方面)(2006年7月)
ホーム(倉敷・神辺方面)(2006年7月)