吉野川
吉野川連絡船
一方、住民の水防対策としては「石囲い」や石垣による住居嵩上げで防衛策を取った。これは木曽川の水屋に似たものであるが、その石垣は均整の取れた見事なものである。徳島県名西郡石井町に現存する「田中家住宅」は石垣で囲まれた江戸時代の屋敷構えを残し、国の重要文化財に指定されている。
下る19世紀中期には貞光代官・原喜右衛門により「藤森堤」が完成している。この築堤は難工事となり工費が増大し、喜右衛門の私財も投じられたが金策に尽き、近隣8ヵ村の住民らは無償での苦役を強いられた。農民らの窮状を見かねた武田助左衛門が藩主蜂須賀光隆にご法度を破って直訴を敢行し獄死するが、喜右衛門も職を免じられ、見積もり違いと不調法のかどで切腹している。家来2人も追腹を切り、治水に殉じた3人は1893年に創設されたつるぎ町の三王神社に祀られている。このことから、藤森堤は三王堤とも呼ばれている。
こうして複数の事業者が吉野川水系の開発に乗り出したことから調整の必要性が生まれた。折から1954年(昭和29年)の台風12号で吉野川は過去最高の出水を記録したことから河川整備の再検討にも迫られた。1958年(昭和33年)には建設省四国地方建設局(現・国土交通省四国地方整備局)が中国地方建設局から分離する形で設置され、安本案や各電気事業者の開発案を総合的に調整し作成された「吉野川総合開発事業」が本格的に推進された。
この時までに経済安定本部より三案、電源開発より二案が提出されてダム地点や規模、目的について議論がなされた。この間、柳瀬ダムが完成し銅山川分水が仮通水したものの、開発審議会において徳島県が必要以上の分水に反対し事業の推進が滞り、しびれを切らした四国電力は単独で電源開発を進め大森川ダム・穴内川ダムを相次いで完成させた。建設省と電源開発は四国電力の離脱後、早明浦・小歩危・池田の三ダムを建設して洪水調節のほか早明浦と小歩危ダム間で揚水発電を行い、加えて讃岐平野への導水を視野に入れた開発計画をまとめた。だが小歩危ダムについては当初の計画案で建設すると水没面積が高知県長岡郡本山町中心部付近まで達することになり、規模を高さ38.0メートル・1千万トンにまで縮小したとしても名勝の大歩危・小歩危の水没が免れないことから地元の反発が大きく、1971年(昭和46年)には小歩危ダム計画の断念を余儀無くされ、最終的に早明浦ダムと池田ダムによる総合開発計画に縮小された。