大谷家
15世紀後半に入ると、第8世蓮如の活動によって本願寺教団は日本全国へと広がるが、比叡山の弾圧などで寛正6年(1465年)に大谷本願寺は破却される。蓮如は越前の吉崎(吉崎御坊)、ついで京都郊外の山科に移った(山科本願寺)。加賀では蓮如の代の教勢拡大を背景に、長享2年(1488年)に加賀一向一揆が起こり、加賀の本願寺教団は守護の富樫氏を追放し、「百姓の治める国」といわれる状況が生まれることになる。この領主不在の状況は天正8年(1580年)までのおよそ百年間続いた(実際には真宗門徒の有力者が自治を行っていた)。
16世紀に入ると、戦国の動乱の中で、本願寺教団は零細な農民から地侍、土豪などの武士階層に至るその組織力を武器に日本各地で活動を活発化させるが、山科本願寺は天文法華の乱により天文元年(1532年)に戦災にあい(山科本願寺の戦い)、第10世証如は摂津西成郡(現在の大阪府大阪市)に蓮如が開いた石山御坊へと移り、石山本願寺とする。
淀川河口の河川交通の要衝大坂をおさえる上町台地北端の丘の頂上に位置する石山本願寺を本拠地として、証如は諸大名や室町幕府、朝廷との緊密化を図り、本願寺の勢力基盤を安定させた。