外務省
これに伴って東京に五官出張所が設けられることとなり、各国公使が横浜に駐在しているという理由で外国事務は東京で取り扱うこととなった。これにより、外国官は知官事を含めた全官員が東京に移ることとなった。
明治2年4月17日、外国官知事・伊達宗城は持病再発を理由に三条輔相に辞表を提出する。この当時、英国公使パークスは英国副領事代理ロバートソン一行や英国軍艦オーシャン号艦長スタノップ一向に対する下車要求事件などを理由に日本政府に不信を表明し、警護のための軍隊の配置などを求めていた。この時のパークスの強硬な態度に耐えかねたことが、伊達が辞表を提出した理由であった。辞表は保留されたが、5月13日に行われた外国官知事の選挙で公選されたされた際にも伊達が奉職の意思を示さなかったため、京都留守官勤務の参与・沢宣嘉が召喚され外国官知事任命の内意を示し、6月25日に伊達の辞表は受理された。その後、6月26日に沢が正式に外国官知事に任じられた。
1869(明治2)年に設置され、改称せずに現存する日本最古の行政機関である。なお大蔵省は名称自体(大宝律令の大蔵省は明治維新まで存続し維新の時に一度廃止されている)は701年(大宝元年)の大宝律令から明治維新を経て2001年(平成13年)の中央省庁再編まで約1300年続いた。
最初に「外務省」の名称が用いられたのは、1869年(明治2年)8月15日から始まった太政官制(二官六省制)からである。名称が公議所で議論された際、原案は「外国省」となっていたが、公議員であった依田学海が「雅ならず」として「太宰府」「外務省」「治部省」のいずれかにすべきと提案したという経緯がある。
1885年(明治18年)の内閣制度創設以後、一度も名称を変更していない唯一の省である。太政官達(内閣職権)、外務省官制、旧外務省設置法など、設置根拠法に変遷はあるが、省の名称は継続して用いられている。
外務人事審議会(政令第90条)
海外交流審議会(政令第90条)
さらに、事件はソ連崩壊後に公開されたミトロヒン文書でも裏付けられている。
1993年(平成5年)に、総合外交政策局と国際情報局が新設された。
2001年(平成13年)4月に小泉純一郎が内閣総理大臣に就任し第1次小泉内閣が発足したとき、田中眞紀子議員(田中角栄元総理の長女)が外相に就任した。女性初の外相。田中外相は人事凍結方針を打ち出し、外務官僚がそれに反発、外務省は機密費流用問題、公金流用疑惑、裏金などの不祥事が続出し、田中外相は外務省を『伏魔殿』と呼び、外務省改革を唱えた。
以降、ことあるごとに田中外相と外務官僚の対立が続くようになった。田中外相は事務次官の任免を繰り返し、外務省改革を断行しようとするが、2001年(平成13年)9月11日発生のアメリカ同時多発テロ事件以降、外交政策は官邸主導になり、肝心の外相は1人取り残されるようになった。
その後、アフガニスタン紛争の復興支援に関して、NGOを復興会議から排除した問題が浮上。NGO排除に鈴木宗男議員の大きな影響があったと大西健丞NGO「ピースウィンズ・ジャパン」代表が発言、小泉首相も鈴木議員の圧力を認めたが、野上義二外務事務次官はそれを否定。田中外相、鈴木議員、外務省の3者をめぐって全面的な争いが起こった。2002年(平成14年)1月、小泉純一郎は田中外相と野上事務次官を更迭した。
その後、外務省への過度な圧力などを指摘され、2002年(平成14年)3月11日に、鈴木宗男議員が証人喚問を受けることになった。