日本脳炎
積極的勧奨の差し控えの勧告後、Vero細胞を用いて培養したウイルスを用いた新型ワクチンの開発が進められ、当初は2006年(平成18年)夏の接種再開を目指し承認申請されていた。しかし接種部位の腫れによる副反応が、治験において認められた為に治験が追加され、承認が遅れたが、大阪大学微生物病研究所製の「ジェービックV」は、2009年(平成21年)2月に承認され、6月より接種が開始され、さらに化学及血清療法研究所製の「エンセバック皮下注用」も2011年(平成23年)1月に承認、4月より接種が開始され、供給体制が整った。
マウス脳由来ワクチンの在庫は限られ、予防接種の実施も日本脳炎流行地域渡航者の接種を希望する者に留まったため、日本脳炎ウイルスの免疫抗体を持たない児童の増加による流行が懸念された(実際、積極的勧奨の差し控え期間中に、それまで見られなかった乳幼児の日本脳炎発症者が、千葉県で報告された)。
マウス脳由来ワクチンは、在庫及び使用期限切れにより、2010年(平成22年)3月に払底したが、新型ワクチンが承認され、2010年(平成22年)4月からは、第1期定期接種対象者に対するワクチン接種の積極的勧奨が再開された。さらに、2010年8月からは第2期以降の対象者や、接種機会を逃した児童への接種の積極的勧奨も再開された。