1745年ジャコバイト蜂起
15から20人の指導者で構成するプリンス・カウンシル(Prince's Council、「王子の諮問会」) が設立されたが、チャールズはそれをスコットランド人が神によって選ばれた国王に強いたものであるとして嫌い、諮問会の会議では諸派の分裂が目立った結果に終わった。
諸派の分裂は特に10月30日と31日にイングランド侵攻を討議した会議で明らかだった。スコットランド人は足場を固めようとし、イングランド人の蜂起やフランスからの侵攻への支援には前向きだったが自分でイングランド侵攻を行うことは避けたかった。一方の亡命アイルランド人にとって、ステュアート家をイギリス王位に就かせることがジェームズ2世の保証したカトリック主導のアイルランド自治を確保する唯一の方法だった。チャールズはハノーヴァー家を追い出すことがスコットランドの独立を保証する最良の手であり、イングランドに進軍すれば数千人の支持者が合流すると訴えた。デギーユ侯爵もフランス軍がもうすぐイングランドに上陸すると諮問会に保証した。
結局、諮問会は疑惑を抱いたまま、イングランドとフランスの支援を条件にイングランド侵攻に同意した。以前にスコットランドからイングランドに侵攻したときはベリック=アポン=ツイードで国境を越えたが、マレーはカーライルなど、1715年の蜂起のときにジャコバイトを強く支持したイングランド北西部を通る経路にした。ジャコバイト軍は11月4日を最後にエディンバラを離れ、ロジャー・ハンダシド(英語版)率いる政府軍は14日にエディンバラ市を奪回した。
1719年の蜂起が失敗した後、スコットランドとイングランドで新しい法律が議決され、臣従宣誓を拒否する聖職者(英語版)への懲罰が定められたが、この臣従宣誓とはハノーヴァー家への宣誓であり、ステュアート家への宣誓ではなかった。臣従宣誓を拒否したイングランド人聖職者は主に寝返りが許されるかを争点としたため、時間が過ぎるとともにそれが問題となる聖職者が死去していき、問題は薄れていった。一方でスコットランドではスコットランド国教会(現スコットランド聖公会)がイングランド国教会との教義上の差により独立性を維持したため、ジャコバイト反乱軍の指導者と参加者は多くが臣従宣誓を拒否するスコットランド国教会の聖職者を牧師とする教会に所属した。しかし、全員がそうだったわけではなく、1745年の蜂起を支持したスコットランド人ジャコバイトの間で最も一貫していたのは1707年合同法への反対であり、政治上の自主を失う対価としての経済上の利益が得られていないとみられたのであった。このことは特にスコットランド議会のあったエディンバラ、そしてハイランド地方で顕著だった。
要約すると、チャールズは統一グレートブリテン王国の王位を取り戻そうとし、王権神授説と絶対主義に基づいて統治しようとした。これらの思想は1688年の名誉革命で拒否されたが、イングランドとアイルランドのカトリック亡命者が大半を構成するチャールズの顧問によって支持された。そのため、チャールズの顧問の考えは1745年の蜂起を支持したジャコバイトの大半を構成するスコットランド人プロテスタントの考え、すなわち合同法、カトリック、そして「恣意的な」統治の3点に反対するという考えと大きく異なった。