八重山教科書問題
2011年5月頃、八重山地区採択地区協議会(以下:協議会)の会長でもあった玉津石垣市教育長は2010年の小学校教科書採択資料を調べた。規則では教員である調査員が教科書の中身に協議会に報告した上で、協議会が教科書を審議して選定・採択することになっているが、実際には「協議会の会議録が存在しない」「採択調査委員という肩書きや調査員が答申すると読める文言など規約に逸脱する文言があり、教員に事実上教科書選定の決定権者のような文言がある」等と、調査員が事実上教科書を決定する一方で協議会の審議が形骸化していることが明らかになった。
玉津は協議会で「協議会の委員の入れ替え」「教科書の順位付けと1種絞り込みの廃止」という2つの改革を行った。
前川喜平(文部科学省元事務次官)は、2018年1月5日に沖縄タイムスの取材に対し、八重山教科書問題について「竹富町に対する是正要求は理不尽。正当な根拠はないと思っていた」「無償措置法が改正された現在と違い、八重山地区協議会の結論はあくまでも答申に過ぎず、最終的に決める権限は各市町村教育委員会にあった」「さまざまな協議を経ても教科書が一本化できなかったため、竹富町は仕方なく独自に東京書籍を選んだのであり、石垣市・与那国町が育鵬社を選んだのも同様に独自の判断だ。3市町村ともに一本化できなかった責任があるはずで、竹富町だけが無償給与の対象外になったのは理不尽。本来なら3市町とも無償給与の対象から外す、あるいは例外的に3市町ともに無償給与すべきだった」「そもそも協議会は多数決で教科書を選ぶように規約を変えているが、そもそも協議会に規約を変更する権限はなく、各教委の合意を得る必要がある。それを欠いたままの規約変更は無効のはずだ」「また協議会は竹富町が納得しなかったため役員会で再協議し、さらに3市町の全教育委員でも協議している。再協議に応じた段階で答申を棚上げしてもう一度話し合おうということであり、答申は効力を失っている。文科省が育鵬社を『協議の結果』とみなすのは間違いだ」「当時の制度では協議会の結論はあくまでも答申であり、最終的な決定権は各教委にあった。地区内で意見がまとまらない事態を法律が想定しておらず、文科省も当初は竹富町が自前で別の教科書を購入して無償給与することまでは違法としなかった。それが2012年に民主政権から安倍政権に移行し、下村博文が文科大臣、義家弘介が政務官になると、育鵬社の教科書を事実上強いる姿勢に変わった。
育鵬社版の公民教科書は「尖閣諸島について、日本の領土であることを明確に規定」「自衛隊について防衛に不可欠な存在」「北朝鮮問題についてミサイル発射実験や核実験強行」などとあり、保守系からは国境に接する地域の中学校にふさわしいという意見があった。一方で「沖縄の米軍基地に関する記述が殆どない」「自衛隊による軍事抑止力を強調し、憲法9条が果たしてきた役割に殆ど触れられていない」として、リベラル派からは沖縄の中学校にふさわしくないという意見もあった。
保守系サイドは8月23日の教科書選定の拘束力を持って教科書無償措置法に則って石垣市・与那国町だけでなく竹富町にも育鵬社版を採択すべきだと主張した。一方でリベラル派サイドは9月8日の八重山教育委員協会での決議に拘束力があると主張して、竹富町だけでなく石垣市・与那国町にも育鵬社版ではなく東京書籍版を採択すべきとし、文部科学省に教科書無償措置法に違反したと判断された竹富町にも東京書籍の採択に関しても教科書の国庫支出すべきだと主張していた。
県教育委員会は育鵬社版及び東京書籍版の内容に言及しなかった。県教育委員会は「3市町は協議して同一の教科書を採択しなければならないが、同一の教科書が採択されておらず3市町の各々が教科書無償措置法に違反しており、3市町は同一の教科書を採択するために協議しなければならない」「協議会答申は3市町教委の採択を拘束しない」「答申と異なる教科書であっても一本化すればいい」と考えていた。また、八重山地区の混乱は「(玉津会長の)拙速過ぎる規約の改正と協議会の運営のあり方等が要因」と考えていた。さらに「3市町教委(当事者)は9月8日協議の有効性も含めて協議して一本化すべき」と考えていた。
文科省は9月8日の3市町全教育委員による協議を無効とし、2011年9月15日に県教委に対し、8月23日の協議の結果に基づき、事実上、竹富町教委に育鵬社を採択させるよう指導したが、県教委が示した結論は、「教科書無償措置法は、3市町教委の各々に対して協議して同一の教科書を採択する義務を課している。3市町教委による協議で一本化していく必要がある」として、文科省の指導には従えないと表明した。16日に県庁で開かれた県教委の会見で、狩俣智(義務教育課長)は、9月8日の協議の有効性について、「有効か有効でないかの判断は、まず当事者がすべきで、第三者が一つの団体が為した協議について、有効とか無効とかいうべきでない。県教委が答える立場にない」とした上で、「県教委が市町村教委を指導するためには明確な法的根拠が必要。地方自治法で法律または政令に拠らなければ指導できないこととされている」と、文科省の指導に従えない理由を述べた。さらに同義務教育課長は、「石垣、与那国、竹富の3市町の採択はいずれも地教行法に違反していない。
2013年10月18日、文部科学省は竹富町の教科書採択が教科書無償措置法に反していることについて沖縄県教委に是正要求を指示したが、県教委は竹富町に要求しなかった。2014年3月14日、文部科学省は竹富町の教科書採択が教科書無償措置法に反していることについて竹富町教委に是正要求をしたが、竹富町教委は拒否した。
一方で、石垣市と与那国町の一部の児童生徒らが両市町を相手に「2011年9月8日に3市町の教育委員による全員協議で多数決で東京書籍版を採択したことは教科書無償措置法に定める協議に当たる」と主張して育鵬社版を受けない地位を求める請求を求める訴訟や東京書籍版の無償給付を求める訴訟を起こしたが、2012年12月27日に那覇地裁は「石垣市、与那国町の両教育委が全員協議の採択に同意したとは認められず、教科書無償措置法に定める協議に当たらない」として原告の訴えを退け、福岡高裁那覇支部も同様の判断をして控訴棄却した。