熊本駅
同案によると熊本市電田崎線の熊本駅前停留場から直接二本木口停留場方面に向かっている現在のルートから、双方に分岐点を設けて市電が東口駅前広場内を横切り、JR熊本駅新駅舎1階部分に進入、スイッチバック方式で再び東口駅前広場内を横切り本線上に戻るという計画であった。市電の軌道敷は歩行者が自由に往来できるトランジットモール形式を想定していた。ただ歩行者や自転車の往来について安全面の課題があるため、その可否に向けて検討を行い、2014年度中に結論を出すことになった。2015年2月、大西一史熊本市長は熊本市議会本会議において「歩行者・自転車の安全確保や駅前広場の自由な往来が制限されるという課題に解決策が見い出せていない」「(事業計画・日程や今後検討を進める市電そのものの延伸への影響も踏まえ)駅舎乗り入れを諦め、駅前広場計画を見直す」と述べ、計画断念を表明した。今後は市電とバス・タクシーとの乗り換え利便性の向上について検討するという。
在来線は島式ホームにそれぞれ切欠きホームが設けられた2面6線、新幹線は島式ホーム2面4線を有する高架駅である。新幹線ホームは8両編成にまで対応し、可動式安全柵(ホームドア)が設置されている。なお、当駅は16両編成分までのホームの延伸が可能な構造で、当駅以北までは12両編成対応の路盤が準備されている(一部、工事準備)。
2018年(平成30年)に高架化が完了したことで白川口と新幹線口とを結ぶ地下通路(改札内・自由通路)は閉鎖され、旧駅舎の解体とともに埋め戻された。旧駅舎の3階以上はJR九州熊本支社をはじめとするJR九州関連企業の業務スペースであったが、解体に伴い付近の高架下へ移転した。また、新幹線改札内にファミリーマートもある。
出札及び改札業務は直営駅で、みどりの窓口がある。駅自動放送が導入されている。SUGOCAは2012年12月1日に導入された。在来線のみ利用可能で、新幹線(当駅⇔小倉駅・博多駅・新鳥栖駅・久留米駅・新八代駅間を含む)では利用できない。新幹線は2022年6月よりエクスプレス予約(EX-IC/スマートEX)が導入され専用カード(EX-IC)又はSUGOCA等の交通系ICを登録して、1回の利用(1エリア・1改札・1予約・1決済)で東京駅〜鹿児島中央駅までの全ての新幹線駅に行くことができる。
2019年3月16日に、安藤忠雄の手によるデザインの新駅舎が完成した。