シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
宇宙に浮かぶ「スペースコロニー・アーク」と呼ばれる施設。星を穿つ威力のあるエクリプスキャノンがある。このステージのほとんどはブラックボルトという乗り物に乗ることになる(途中で足場に降りることもできる)。 ノーマル・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・アークの防御装置を4つ破壊する。
連邦政府の大統領。謎のテロリスト集団である「黒の軍団=(ブラックアームズ)」の侵攻に屈せず、人類の手で地球を守ろうとする決意を固める。ソニックとシャドウの活躍を知っている人物である。
ブラックオークを改良した大型兵士。ブラック彗星の最終防衛ラインを守っている。銃撃を無効化するほどの強靱な肉体を持ち、巨大なハンマーで強力な攻撃をしてくる。
宝石専門のトレジャーハンター。本作では再び、連邦政府専属エージェントとして、ブラックアームズの魔の手からカオスエメラルドを護衛する役目を担う。ステージ上では、ヒーローサイドのミッションキャラクターとして登場。
武器だけでなく、シャドウは乗り物も扱うことが出来る。耐久力が無くなると爆発する(爆発によるシャドウへのダメージは無い)。
自動車
乗用車や軍用車、バイクなど。オブジェクトをふっ飛ばしながら進むことが可能。
エアソーサー
宙に浮かぶ円盤。有害物質の池の上などを移動できるが癖がある。勢いよく壁にぶつけると耐久力が少し下がってしまう。
ビークル
GUNの二足歩行兵器で、ジャンプ力の高いものと、前者よりジャンプが低いがガトリング砲の付いたものがある。
ブラックホーク
ブラックアームズの飛竜型生物で、弱らせると背中に乗れる。ワーム型生物を発射するタイプもある。
GUNの空中艦隊といえるステージ。ブラックアームズがGUN要塞へと避難する大統領を狙っている。 ヒーロー(テイルス)・・・ステージ内にいるブラックアームズ35体倒す。 ノーマル・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・大統領の乗っている脱出艇を破壊する。ステージの最後まで行き着いてしまうと、ミッション失敗となる(ただし1ミスにはならず、他のミッションを続行する)。
『ソニックアドベンチャー2』でも戦いの舞台となった政府の刑務所。シャドウはかつてこの島に封印されていた。
ステージ中を流れる緑色の川は触れるとダメージを受ける。 ヒーロー(チャーミー)・・・政府の極秘ディスクを5つ探す。 ノーマル・・・ゴールリングを目指す。 ダーク(ドゥームズアイ)・・・ステージ内にいるGUNのメカ40体倒す。
エッグマンのテーマパーク守護警備のピエロ型ロボ。玉乗りしながら、爆弾を投げてくる。