札沼線
北海道医療大学駅発着列車を廃止覚書調印時点の55本(うち40本が札幌直通)から増便 先行して2019年(平成31年)3月16日ダイヤ改正で、あいの里公園駅・石狩当別駅 - 北海道医療大学駅で上下計12本の列車延長が行われた。 最終的な廃止後の便数は2019年(平成31年)4月9日に発表された「中期経営計画2023」中で、66本に増便とされている、2021年(令和3年)3月13日ダイヤ改正では、あいの里公園駅・石狩当別駅 - 北海道医療大学駅で上下計10本の列車延長が行われ、北海道医療大学駅発着列車は66本に増便された。
浦臼町内から札幌方面への移動手段は既存の浦臼町営バス新うらうす線(浦臼駅 - 鶴沼市街 - 奈井江駅間、土休日運休)のほか、新規に美唄駅(毎日)、奈井江駅(土休日のみ)への乗合タクシーの運行が開始された。 当初は浦臼町営バス新うらうす線を土休日運休から毎日運行へ変更することも検討されていた。これについては後に、2022年10月1日のダイヤ改正で実現された(これに際し、運転区間を砂川市立病院・砂川駅へ延長するとともに、運行主体を美唄自動車学校に変更)。
月形町以北の沿線(樺戸郡)は、石狩川対岸の各市町(岩見沢市、美唄市、奈井江町、砂川市、滝川市など)との結びつきが強く、札沼線は前述のように月形高校への通学(2016年度:37人)を除けば日常的に利用されず、札幌方面との流動も、所要時間や列車本数などの利便性ではるかに上回る函館本線の列車を利用して向かう住民が多い、とされていた。
また、維持困難線区発表時点で、月形町 - 岩見沢市、浦臼町 - 奈井江町、浦臼町 - 新十津川町 - 滝川市間はバス路線が設定(5.5 - 19.5往復、一部ルートは土休日運休)され、2018年(平成30年)夏ダイヤの時点で、新十津川役場 - 滝川駅前間を約10 - 15分(北海道中央バス滝川浦臼線・滝新線・ふるさと公園線、経路により異なる)、浦臼駅から奈井江駅まで約25分(浦臼町営バス、土休日運休)で連絡していた。
このためこの区間は廃止直前には「輸送に直接必要な費用」(燃料費、乗務員の人件費等)すら賄えていない状況にあった。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化に伴い、全線を北海道旅客鉄道(JR北海道)が承継。併せて以下のように変更。 新川・太平・百合が原の各臨時乗降場を旅客駅に昇格。 於札内仮乗降場を旅客駅に昇格(営業キロ設定なし)。
1988年(昭和63年)11月3日: 桑園駅 - 新川駅間に八軒駅を新設。 函館本線琴似駅 - 札幌駅間高架化と併せ桑園駅周辺が高架化。
1990年(平成2年) 3月10日:於札内駅に営業キロを設定。 4月5日:同日よりキハ141系(キハ141・キハ142)を営業投入。
1991年(平成3年) 3月16日:「学園都市線」の愛称を設定。 12月:効率化・経費節減の一環として、大学前駅 - 新十津川駅間の現業機関(営業・運輸・工務)を全て石狩当別駅の傘下に置く「業務機関統合方式」を開始。
1992年(平成4年)9月:桑園駅 - 石狩当別駅間でATS-SN使用開始。
1993年(平成5年)10月29日:八軒駅 - あいの里教育大駅間の複線化事業の起工式挙行。
1994年(平成6年)11月1日:函館本線札幌駅 - 桑園駅間を三線化。旧函館本線下り線を札沼線列車専用の「北線」として札沼線列車と函館本線列車を分離。 函館本線は、上り線と旧下り線の間に2本あった札幌駅引き上げ線のうち1本を桑園駅まで延長し、新下り線とした。ただし、桑園駅2番線(函館本線下り)から北線への片渡り線が設置されているため、設備上は引き続き「北線」を函館本線下り列車が走行することも可能である(逆は不可)。
改正鉄道敷設法別表第136号に規定する「石狩国札幌ヨリ当別ヲ経テ沼田ニ至ル鉄道」であり、全通時点では桑園駅から留萌本線と接する雨竜郡沼田町の石狩沼田駅までの路線であった。
石狩川左岸は早期に現在の函館本線が開通した一方、右岸は昭和期まで左岸とを結ぶ橋が無く渡船のみで、冬季や増水時に陸の孤島となることがあったことから激しい政治運動が行われ、1931年(昭和6年)10月10日に北側の石狩沼田駅 - 中徳富駅(初代。のちの新十津川駅)間が開業したのを皮切りに、南北双方から建設が進められ、1935年(昭和10年)10月3日に全通した。敷設に当たっては立憲政友会代議士の東武(あずまたけし)が尽力した。
しかし太平洋戦争が激化すると「近接して並行路線(函館本線)があり代替輸送が可能」という理由で1943年(昭和18年)10月1日から1944年(昭和19年)7月21日にかけて石狩当別駅 - 石狩沼田駅間が順次不要不急線として休止され、撤去された。
戦後は1946年(昭和21年)12月10日の石狩当別駅 - 浦臼駅間を皮切りに、1956年(昭和31年)11月16日までに全線で運行を再開した。
5月16日:月形町とJR北海道の個別協議にて、JR北海道から「鉄道として残すことはできない」と月形町へ最終回答。 6月17日:JR北海道が「JR北海道の事業範囲見直しに係る関係者会議」にて示した「経営再生の見通し(案)」中で、北海道医療大学駅 - 新十津川駅間ほか「輸送密度200人未満の線区」にあたる4線区について「地域の皆様とともに、鉄道よりも便利で効率的な交通手段へ転換」と記す。 6月18日:月形町が北海道医療大学駅 - 新十津川駅間廃止受け入れを表明。 6月25日:新十津川町が北海道医療大学駅 - 新十津川駅間廃止受け入れを表明。 7月11日:浦臼町が北海道医療大学駅 - 新十津川駅間廃止受け入れを表明。 8月2日:「第3回札沼線沿線まちづくり検討会議」開催。廃止合意には至らず。 10月12日:「第4回札沼線沿線まちづくり検討会議」開催。当別町も含めた北海道医療大学駅 - 新十津川駅間沿線4町が同区間の廃止を受け入れ。 12月20日:「第5回札沼線沿線まちづくり検討会議」開催。JR北海道と北海道医療大学駅 - 新十津川駅間沿線4町が同区間の廃止について合意。 12月21日:JR北海道が国土交通大臣宛てに北海道医療大学駅 - 新十津川駅間の鉄道事業廃止届を提出。
2020年(令和2年) 3月14日:同日のダイヤ改正で夜間の千歳線新千歳空港駅からの直通列車(下り1本)を廃止、早朝の上り1本のみとなる。 3月20日:同日よりあいの里教育大駅 - 北海道医療大学駅間でATS-DNを使用開始。