学校法人沖縄科学技術大学院大学学園
沖縄科学技術大学院大学の設立準備は、内閣府が所管する独立行政法人である沖縄科学技術研究基盤整備機構があたってきた。2011年(平成23年)に文部科学大臣より大学設置の認可を得た。これを受け、大学の設置者として同年11月1日に「学校法人沖縄科学技術大学院大学学園」が設置された。
なお、大学と学園が発足したことから、独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構法や沖縄科学技術大学院大学学園法の規定により、沖縄科学技術研究基盤整備機構は全ての業務を学園に引き継いだうえで、同年11月1日に解散した。
前身である沖縄科学技術研究基盤整備機構の理事長はシドニー・ブレナーが務めていたが、沖縄科学技術大学院大学学園の理事長にはジョナサン・ドーファンが就任し、2011年(平成23年)から2016年(平成28年)12月まで務めた。第2代理事長にはピーター・グルースが就任し、2017年(平成29年)から2022年(令和4年)まで務めた。第3代理事長にはカリン・マルキデスが選任され、2023年(令和5年)6月1日に正式就任した。