ベーメン・メーレン保護領
しかし、フォン・ノイラート総督の穏健的な統治は、ヒトラーの目にはあまりにも弱体にすぎると感じられた。1941年の秋、ヒトラーは保護領の政策を強権的なものに作り替えることを決定し、SSの最高幹部で国家保安本部長官・ラインハルト・ハイドリヒを保護領副総督に任命した。ハイドリヒはすぐさま保護領に赴任し、総督フォン・ノイラートを祭り上げて実権を掌握した。彼の権力の下で、チェコの政府は再編成され、首相アロイス・エリアーシさえも逮捕された(エリアーシはハイドリヒ暗殺後にヒトラーの命令によって処刑された)。また、チェコの文化施設は閉鎖された。さらにゲシュタポは恣意的な逮捕と処刑を行った。ユダヤ人の強制収容所への追放は組織化され、テレジーンの森に囲まれたテレージエンシュタットは、ユダヤ人の家族にとって絶滅収容所への中間駅となった。その一方で労働者階級の懐柔策をとり、食糧配給と年金支給額を増加させ、チェコで初めての雇用保険を創出させた。こうした中で1942年6月4日にハイドリヒ暗殺計画エンスラポイド作戦が実行され、ハイドリヒは負傷によって死亡した。ハイドリヒの後継者、クルト・ダリューゲ親衛隊上級大将は抗独レジスタンスの大量逮捕と処刑と、暗殺者をかくまったリディツェとレジャーキの村民虐殺を命じ、地図上から抹消した。