アパロイド
前述の2種類に比べ比較的大型なアパロイドで、爆発するエネルギー弾を飛ばす。シールドを装備しているため通常のブラスターでは歯が立たないが、チャージショットなど貫徹力の大きな攻撃で倒せる。
こちらもアパロイド本星都市には強化型の「ドゴッヅ」が出現し、強化型には珍しく攻撃手段に変化が見られ追尾弾を複数飛ばす。
ミサイルの形をした大型アパロイド。アパロイド本星へ向かうための『ゲート』破壊のために多数投入された。推進器官で航行しながら対象に突撃し自爆を仕掛ける。アーウィンを上回るサイズ。
大乱闘スマッシュブラザーズシリーズでは原作と同じくステージ「オービタルゲート宙域」に登場、アーウィンやグレートフォックスとともに足場の役割を果たす。飛来してしばらくするとゲートに突っ込むがゲートのバリアに防がれ、止まっている間にアーウィンの攻撃を受けて撃墜される。後部のエンジンから噴き出る炎に触れるとダメージを受けるほか、ゲート接触時に前方に発生するゲートのフォースシールド、及び撃破時の爆発に巻き込まれると吹っ飛ばされる。
口から第一形態時にも出現した卵を吐き出す(生まれてくるのは黄、青のみだが孵化までのスピードが早い)他、雷撃で攻撃してくる。首の付け根にある四つのピンクのコアが弱点で、すべて攻撃すると第三形態に移行する。 マザー第三形態 本体が花弁状に開き、中央から単眼をもつ巨大な龍の首が生えたような形態。頭部の意匠は幼虫アパロイドに似ている。口から強力な火炎を画面いっぱいに吐き散らし首を振り回して攻撃する他、味方機の援護に対しては大量の機雷をばら撒いて迎撃してくる。当初は弱点の単眼を仮面のような装甲で覆っている。ある程度のダメージを与えるか一定時間が経過すると、首を収納し再び第二形態に戻る。 マザー最終形態 体が完全に破壊され、第三形態の頭部のみが離脱したマザーの本体。これまでの形態と比べて非常に小さく、中央に巨大な目玉がある単細胞生物のような姿をしている。攻撃方法も目玉からリングレーザー、あるいは強力な炎を放つというシンプルな物のみとなるが、一発あたりの威力は高い。 フォックス達に完全にとどめを刺され、自滅プログラムが完全に起動、他のアパロイドも本星もろとも連鎖的に死亡し、アパロイドは全滅した。
天井付近に浮遊し、ルート上を往復しながら爆発する弾を落とす移動式砲台。
アパロイドの母体ともいえる存在で、アパロイド本星を拠点にアパロイドを無限に産み出す。これまで侵食した人物の記憶を基に、ピグマ、ペパー将軍、ペッピー、ジェームズ、ナウスに擬態して降伏を呼び掛けたが人格までは模倣できておらずフォックス達には通用しなかった。自滅プログラムを打ち込まれてなお抑え込もうとし、おぞましい姿に変貌して襲いかかる。 マザー第一形態 アパロイド本星中枢最深部の液体に満たされた空間内で、水面からそびえる白い彫像のような姿で登場。両腕を広げた後、こちらを追尾する大量の細いビームを放つ。また、水中から幼虫アパロイド(大きい順に赤、黄、青の三種。卵の損傷状態から生まれる種類、数が変わる)の卵を生み出す。腹部にあるコアが弱点で、うろこ状の装甲で覆われているために剥がす必要があるが、装甲は一定時間で再生されてしまう。 マザー第二形態 プログラムを撃ち込まれてもなお、抗体を生み出すために逃亡する。第二形態以降の戦闘はシューティングステージの形式となる。 第一形態は、あくまで本体の末端部分を水面上に露出させていたに過ぎず、実際は数倍以上に巨大な体に四本の龍の首が生えたような形状をしている。
フィチナのコントロールセンターの警備ロボだがアパロイドに侵食されている。頑丈な装甲であらゆる攻撃を無効化するが攻撃時には装甲を展開して殴りつけるため無防備になるという欠陥がある。なお、ムービーではレーザーを一発発射して攻撃しているが、ルインにレーザーを撃つ機能は無く、どこからの攻撃なのかは不明。