S-39 (潜水艦)
12月8日の後、S-39はサンベルナルジノ海峡に移動し、日本軍の機雷敷設を妨害しようとした。機雷敷設艦は護衛艦によって守られ、S-39は爆雷攻撃により湾に留まらざるを得なかった。12月11日、S-39は一日中攻撃を耐えることとなる。その後、より有望な任務である日本軍の補給線の切断に従事することとなる。12月13日、S-39は日本の貨物船を攻撃したが、再び護衛艦による反撃を受け、戦果を確認することはできなかった。S-39は哨戒を続け、他の目標を追跡したものの戦果はなく、12月21日にマニラに帰還した。
敵機の活動が活発になり、同地域の海軍施設を守ることができなくなると、1942年1月中旬に S-39はABDACOMに合流した。途中第2の哨戒を行い、1月24日にスラバヤに到着する。簡略化した信頼性検査の後、第3の哨戒に出撃する。
軍司令部は日本軍のティモール上陸を予想し、S-39はカリマタ海峡に配備された。日本軍の本隊は海峡を通過しジャワに上陸したが、S-39はそれを発見することはなかった。S-39は南シナ海、ジャワ海で活動し、チェビア島を踏査、シンガポールを脱出したイギリス軍高官を捜索した。S-39は捜索隊を上陸させたものの、発見することはできなかった。S-39はスンダ海峡を経由してオーストラリアに向かい、3月4日に南緯04度22分 東経108度23分 / 南緯4.