日本達磨宗
能忍の没後は弟子の東山覚晏が教団を継承し、門下の懐奘(1198年 - 1280年)らと共に大和国(奈良県)の多武峰を中心として活動を続けた。ところが、今度は南都興福寺の門徒らの焼き討ちに遇い、越前国(福井県)に逃れた(1227年)。
越前では、白山系天台宗の拠点の一つである波著寺を本拠とした。覚晏の没後、1234年に懐奘が、1241年には、門弟中の懐鑑、義介(1219年 - 1309年)らが、深草(京都府)の興聖寺を本拠としていた道元の下に参じた。
以前は、これで達磨宗の活動は曹洞宗に吸収されて終焉を迎えたとされていたが、近年では、中世末まで三宝寺にはその門流が伝承されていたことが知られるようになった。さらに、覚晏系統が傍流で、三宝寺の一派が本流であったとさえ考えられている。