名護市女子中学生拉致殺害事件
通常、捜査本部の継続期間は15 - 20日とされるが、県警は捜査が長期化する中、事件に対する県民の強い関心を受け、650人の捜査体制を維持し続けた。しかし、事件から半年が経過した12月時点でも、有力な手掛かりは得られておらず、犯行車両と同型の県内の登録車両の捜査がほぼ完了したこともあって、専従態勢は650人から200人に縮小されていた。
一方、Yは同年12月28日、種子島に帰郷したところ、実家で家族から「刑事が調べに来ている」と言われた。「逃げられない」と思ったYは、逃走に疲れたこともあって、同日11時32分、種子島警察署(鹿児島県警)の中種子交番に出頭。同日13時26分に逮捕され、同日中に鹿児島中央警察署へ身柄を移されると、翌29日には那覇署に移送された。Yは同署で、本事件の特捜本部の捜査員から窃盗容疑で取り調べを受けたが、その取り調べが一段落した同月31日19時過ぎ、捜査員が「窃盗以外に悪いことをしたんじゃないか」と尋ねると、Yは「Uと共謀し、Aを殺害して国頭村の山中に遺棄した」と自供した。このため、特捜本部が1997年(平成9年)1月1日早朝から、Yを立ち会わせ、国頭村の山中を捜索したところ、同日15時23分、国頭村の林道脇の崖下で、Aの制服や教科書などが入ったリュックサックが発見された。
同年7月12日には、県内25の市町村(離島を含む県全域)で、住民や教職員による県内一斉捜索が行われ、住民や教職員、自治体職員らが参加した。これは、県や県教育委員会などの主催で、同日に22市町村で開催された「青少年の深夜徘徊防止県民一斉行動」の住民大会に合わせて実施されたもので、住民大会が開催された22市町村以外でも、3町村で捜索活動が展開された。その前日(同月11日)には県知事の大田昌秀が記者会見で県民に対し、捜索への協力を呼び掛けたが、事件に関連して全県一斉の捜索が行われることや、知事が事件の捜索への協力を呼び掛けたことは、いずれも異例のことだった。
同日の捜索活動の参加人数は、公式発表では「25市町村で約25,000人」とされているが、対策本部長を務めた男性は「実際は、その数倍の人たちが協力してくれたはず」と述べている。この大規模な捜索活動を受け、Aの両親は県民へのお礼や、犯人に対し「一刻も早く娘を返してほしい」と訴える内容の文書を書き、同月14日の「沖縄2紙」(『沖縄タイムス』および『琉球新報』)の朝刊にその文書が掲載された。
事件発生から1か月目となる7月21日には、2度目の県内一斉捜索が行われた。これは、捜索に当たっていた市民の焦りや疲れが頂点に達していたことから、市民対策本部が「1つの節目」として、本島北部(12市町村)で改めて一斉捜索を行うことを検討したものだが、同月17日に緊急で開かれた北部市町村総務課長会議の結果、中南部にも協力を求め、それぞれの地域で一斉捜索を行うことが決まった。
犯行後、2人はAの名前入りの制服や、教科書などが入ったリュックサックを、遺体遺棄現場から西方約800 m地点に遺棄した。さらに、車からナンバープレートを取り外し、同日夜は国頭村宇佐浜の砂浜で車中泊した。
2人は翌22日朝、辺戸岬付近の農道で車を放棄した。その後、歩きながらヒッチハイクし、名護市内在住の女性の車に乗せてもらって名護市まで行くと、同夜は公園で一泊した。さらに、6月23日からは歩いて南下し、沖縄市内の公園で2泊したが、市民の捜索が大掛かりに行われていることを知り、さらに歩いて南下し、26日に浦添市勢理客の公園(後にUが逮捕された場所)で野宿した。2人が別行動を取るようになった時期については、「6月26日以降」「7月上旬」「7月12日以降」などの報道があるが、検察官の冒頭陳述によれば、2人は(7月5日に)犯行車両が発見されたことを知ったことなどから、別行動を取るようになったとされている。
それ以来、Yは沖縄県内(宜野湾市・北谷町の公園など)を転々とした。この間、パチンコで逃走資金を稼ぎ、8月下旬にフェリーで鹿児島に渡ると、広島・岡山・香川県と移動した。Yは香川でしばらく働いた後、同年12月上旬に鹿児島へ戻り、同月下旬に出身地の種子島へ渡った。