国鉄労働組合
1986年(昭和61年)7月18日、鉄労・動労・全施労に加え、国労の親動労系が脱退して結成した真国労を加えた4労組は合同で国鉄改革労働組合協議会(改革労協)を組織した。1987年2月2日には、これらは正式に合流して全日本鉄道労働組合総連合会(鉄道労連。会長は鉄労出身の志摩好達)を結成した。鉄道労連は雇用維持と余剰人員対応のため一時帰休、期間限定の派遣や出向、広域異動に協力したことから、JR全社で99%以上が採用された(不採用者は29名。残る1%の動労幹部組合員は、名目は不採用だったがJR子会社取締役になっているケースが多かった)。また、鉄産総連所属のJR採用率は低い会社でも80%前後であったとされる。民営化直前の2月2日、鉄道労連は結成大会で次のような「新会社の採用・配属に関する特別決議」を採択した。
本州の三旅客会社では、定員割れといわれている。このことが事実であるとすれば、国鉄改革に反対する不良職員が採用されかねない。しかし、このようなことは許されるものではないし、われわれは断じて許さない。(中略)新会社は第二次労使共同宣言の趣旨に沿って、まじめに努力した者によって担われるべきである。
1987年の分割・民営化によるJR移行においても、なお多くの国労組合員が残っていた。国労組合員の採用率は、本州・四国99%と高く、北海道・九州で43.1 - 48%で低い(不採用者5009名のうち、4950名までが北海道・九州)。これは、JRに見切りをつけ国鉄を去った職員が予想以上で、本州・四国では国労組合員で穴埋めされたためや、国鉄当時に当局の勤務地希望調査において、過員である北海道や九州から本州への採用の打診について、国労方針の「希望調査用紙は白紙で提出」に従い、組合員が提出せず期限が失効したためである。組織は大幅に縮小したが、現在でも全国に組合員が存在する。組合員の雇用不安を無視した国労から脱退し、鉄道労連に加入した組合員はほとんどが採用された。
スト権ストに対する損害賠償訴訟は、村山内閣の亀井静香運輸大臣らの斡旋で1994年12月27日、国労会館を清算事業団に明け渡すことを条件に和解した。その後、分割・民営化容認を発表したため、これも条件だったのではないかとする説もある。「明け渡し」と言っても借地権や長年の便宜供与が存在しており、移転地を斡旋されていた。清算事業団・国労双方の顔を立てたというのが実情である。ただし、この際に国労執行部に対し国労会館の明け渡し金の名目で補償金が支払われたが、その金額や使途は明らかにされていない。
また、ストライキ基金(ストライキの際にカットされる賃金補償のため組合員が積み立てた資金で他用途に流用できない規定)8億円を役職員の退職金に流用する、さらに関連会社に組合費を3億円以上流用し、回収不能になるなど、国労執行部による資金の不透明な流れも問題になっている。
新会社に引き継がれず、また本州新会社への3度に及ぶ採用募集にも応じず、他の会社にも再就職しなかった国労組合員は、国鉄清算事業団に移された。1990年の清算事業団解雇時に、1047名(国労組合員以外を含む)が残っていた。国労組合員は相次いで全国で36の国労闘争団を結成した。彼らと動労千葉、全動労の不採用組合員は民営化に伴う措置を、不当労働行為であるとし、地元の地方労働委員会に救済を申立てた。
国労闘争団員たちは、当座の生活費・活動費を得るためにパート・アルバイトや出稼ぎ、商品の物販を行った。物販は既製品の他、独自製品として「こくろうラーメン」「こくろうビーフカレー」「こくろうキャラメル」「音威子府みそ」「音威子府羊羹」などが知られる。これらは主に支援者に売られたが、一部は闘争団解散後も継続して生産・販売されており、製品自体が評価を受けた物もある。
地方労働委員会は組合員側の主張を認め、JR採用を認める救済命令が出された。しかしJR側は受け入れを拒否し、中央労働委員会に再審査を申立てた。ここでも大部分は組合員側の主張が認められたが、JR側(救済命令を出されたJR北海道、JR東日本、JR東海、JR貨物)はあくまで命令取消を求め、中労委を東京地裁に訴えた。また、JR総連(鉄道労連のことだが、民営化後は略称をJR総連とした)などの他労組は、従来の対立関係に加え、分割・民営化を支持した経緯から、JR側を引き続き強く支持した。JR総連はJR側が救済命令に従うなら、抗議のストライキをするとJR側に言った。