ニザール・ブン・アル＝ムスタンスィル
後継者をめぐる問題は以前にも存在したが、ファーティマ朝内部で対立した王族が継承権をめぐって実際に争ったのはムスタアリーとニザールのケースが初めてであった。また、イスマーイール派の信仰におけるイマームの極めて重要な役割を考慮すると、後継者問題は非常に重大な問題であり、単なる政治的な陰謀に止まらず極めて宗教的な意味合いも伴うものであった。現代のイスマーイール派研究の先駆者であるサミュエル・ミクロス・スターン(英語版)の言葉を借りるならば、後継者問題は「信徒の個人的な救済だけでなく、組織化された宗教の存続をも左右するもの」であった。また、スターンは、イスマーイール派の信徒にとって「権利主張者の人間性は然したる問題ではなかった。ニザールの支持者たちは統治者としてのニザールの優れた功績によって動かされたのではなく... 重要だったのは正当な後継者の中に擬人化された神の権利であった」と述べている。
結果として1094年から1095年にかけて起こった出来事は、イスマーイール派の運動において今日に至るまで続く恒久的な分裂を引き起こした。
これらの事態はファーティマ朝政権の衰退の先触れとなるカリフとイマームの地位の継承における危機へと発展し、政権の最終的な崩壊へつながっていった。1130年から1131年にかけてアル=アフダルの息子のクタイファート(英語版)によってファーティマ朝は一時的に廃絶されたが、1132年1月にニザールの甥にあたるアブドゥルマジードがアーミルの直系の後継者が不在の中でハーフィズ(在位:1132年 - 1149年)の即位名を名乗り、カリフとイマームの地位を継承した。そしてハーフィズの継承によって(ムスタアリー派に属する)イスマーイール派はハーフィズの継承を受け入れたハーフィズ派(英語版)とハーフィズの継承を受け入れずアーミルの幼い息子で誕生後まもなく姿を消したタイイブ(英語版)の継承を支持したタイイブ派(英語版)へ再び分裂することになった。ニザール派がペルシアとシリア、タイイブ派がイエメンとインドで生き残ったのに対し、ファーティマ朝政権と密接に結びついていたハーフィズ派は、1171年にサラーフッディーンがファーティマ朝を最終的に廃絶して以降は長く生き残ることができなかった。
ニザールはヒジュラ暦437年ラビー・アル=アウワル月5日(西暦1045年9月26日)に第8代のファーティマ朝のカリフでありイマームでもあるムスタンスィル(英語版)(在位:1036年 - 1094年)の息子として生まれた。当時のムスタンスィルは15歳前後であり、すでに10年にわたりカリフの地位にあった。ニザールはカリフの長男であった可能性が高いが、史料によってはアブー・アブドゥッラーという名の別の息子がムスタンスィルの息子の中で最年長とされている場合もある。
ファーティマ朝は1060年代後半に深刻な危機に陥った。東方のセルジューク朝の侵攻によってシリア一帯の支配が脅かされ、本拠地のエジプトではファーティマ朝のトルコ人軍団とアフリカ系黒人軍団の衝突が長期にわたって続いたことで中央政府の機能麻痺と政治混乱、さらには大規模な飢饉を招いた。王朝の崩壊が危ぶまれる国内の混乱の中、ムスタンスィルは1068年頃に息子たちを保護対策として領内の各地に分散させ、名前の不明な未成年の息子だけを自分のそばに残した。