西上田駅
現在、JR貨物の駅は臨時の車扱貨物の取扱駅(通年休止駅)であり、定期貨物列車の発着はない。
かつては駅の東に隣接して、日本オイルターミナル (OT) の油槽所(石油の物流基地、事業所名は上田営業所)があり、油槽所の荷役線が旅客ホーム南側の側線から分岐していた。油槽所への石油は浮島町駅(神奈川県)に隣接する東燃ゼネラル石油(現・ENEOS)川崎製油所から輸送されており、川崎貨物駅(神奈川県)と当駅の間で1日1往復の専用貨物列車が設定されていたほか、季節運行の臨時列車の設定もあった。これらの輸送は上田営業所の営業終了により、2011年3月をもって終了した。
駅西側には住友大阪セメント(旧・住友セメント)のセメント包装所(セメントの物流基地、事業所名は西上田サービスステーション)があるが、かつてはこの包装所へのセメント輸送も行われていた。青海駅(新潟県)からのセメント輸送が2001年3月に終了した後も荷役設備の建物が残っており、構内入換用の機関車の車庫として用いられている。
1970年および1983年の専用線一覧表では住友セメントの他にも、三井物産石油(現・JXTGエネルギー)の専用線(モービル石油が第三者利用者となっている)が記載されている。
構内の入換作業はJR貨物グループのジェイアール貨物・信州ロジスティクスが受託していた。