宮津城
代わりに京極高知が関ヶ原戦いの戦功の恩賞として丹後国一国12万3千石を拝領し入封した。
高知は晩年、丹後の中心地をふたたび舞鶴から宮津城に移し、城もこの時に丹後一国を支配した国持大名丹後藩京極家の本拠地として大規模に改修された。
また、港湾も整備され北前船の寄港地として政治経済の中心として栄える。
晩年、高知は丹後藩を3分割し、本藩の宮津藩・支藩の田辺藩・支藩の峰山藩を創設した。宮津藩主になった京極高広は、さらに宮津城を大規模に改修し、本丸に七基の二重櫓をあげるなど、近世の城として宮津城を作り直した。なお、当初の田辺藩や峰山藩は丹後藩(宮津藩)の藩内の分家であり、独立した藩ではないという見方もある。
しかし京極家は3代当主・京極高国の時代に改易された。京極家は名家でもあったので、子孫は高家に取り立てられた。その後の宮津城は、徳川幕府の譜代大名によって永井家・阿部家・奥平家・青山家と目まぐるしく城主が替わったが、1758年(宝暦8年)に松平資昌が7万7千石で入封し、以後7代続いて明治維新を迎えた。