キャンプ・シュワブ
現在キャンプ・シュワブの沖合で、基地建設が始まっているが、この海域は絶滅危惧種のジュゴンの生息北限であることなどから、住民をはじめ自然保護団体や反戦運動団体から反対の声が挙がっている。
2006年(平成18年)9月には、移設に先立つ文化財調査を巡って公務執行妨害容疑で平和市民連絡会の共同代表である牧師が逮捕された(その後釈放されている)。団体側は不当逮捕と訴えている。
この反対派の「妨害」行為に対応するためとして、海上自衛隊の掃海母艦「ぶんご」が派遣された。久間章生防衛相は、短時間に器具の設置を行うために防衛施設庁から依頼があったため、国家行政組織法に基づいて派遣を決定したとしている。ただし、警備などの行動は行わないとしている。
普天間基地「移設」に関する事業で、自衛隊の艦艇が派遣されるのは異例であり、ぶんごは12.7mm重機関銃や76mm砲などの武装を備えているため、反対派は「活動そのものを威圧するもの」、「旧日本軍を思い出させる。」として批判している。仲井真弘多沖縄県知事も『(掃海母艦を出すのは)銃剣を突きつけているような連想をさせ、強烈な誤解を生む。防衛省のやり方はデリカシーに欠ける』と抗議を行った。掃海母艦の派遣決定以降、インターネット上でも反対派の活動がより活発になった。