SARSコロナウイルス2の変異株
同年4月29日には、PHEはさらに2つの変異株である「VUI-21APR-02」と「VUI-21APR-03」(事実上のB.1.617.2およびB.1.617.3)を追加指定した。
2021年5月6日、PHEは、少なくともB.1.1.7と同程度の感染・伝播性があると評価し、B.1.617.2系統を調査中の変異株 (VUI) から懸念される変異株 (VOC) に引き上げ、「VOC-21APR-02」と位置付けた。同年5月11日にはWHOが、B.1.617系統全体を注目すべき変異株 (VOI) から引き上げて、懸念される変異株 (VOC) に分類したが、6月に入ると公衆衛生上のリスクがより大きなB.1.617.2系統のみをVOCに分類(他の2亜系統は格下げ)するように改めている。この変異株は、2021年2月に始まったインドにおける第2波の感染拡大の要因の一つであると考えられている。
系統 B.1.617.2(デルタ株)
WHOは「懸念される変異株」(VOC) として格付けし、ラベルではデルタ株(Delta variant)に分類していたが、2022年7月時点でVOCから除外されている。
イギリスの科学者は、2021年5月初旬に元のバージョンのウイルスよりも急速に広がるという証拠にフラグを立てた後、B.1.617.2(特にスパイクE484Q変異がないもの)を「懸念される変異株」(VOC) として宣言した。WHOも前述のとおり系統 B.1.617の中で唯一、「懸念される変異株」(VOC) に分類していた。2021年9月時点では、ヨーロッパやアメリカ、オーストラリア、日本を含めたアジアなど世界の広い地域で主流の株となっていた。
ミスセンス変異名は、次の命名規則に従う。
左右のアルファベットは、アミノ酸の略号である(略号の詳細は、「タンパク質を構成するアミノ酸#遺伝子発現と生化学」を参照)。左のアルファベットは変異前の、右は変異後のアミノ酸を表す。
真ん中の数字は、アミノ酸配列の何番目かを表す。
例えば「D614G」は、「アミノ酸配列の614番目の残基が、D(アスパラギン酸)からG(グリシン)に変異した」を意味する。
遺伝子文字列の変異の分析において、注意すべき点としては、例えば、「N501Y」といえば、イギリスで検出された系統 B.1.1.7(アルファ株)の系統のように感じてしまうが、遺伝子文字列の変異は、系統樹とは無関係に、偶然別の地域で同じ変異が起きる可能性があるので、「N501Y」が入っていても、必ずしも、アルファ株から変異したとは言い切れないことである。系統の関連分析では、新しい変異株の発見の時期と陽性者の渡航歴などから可能性の高い類推は可能であり、「N501Y」をキーワードにして、アルファ株から南アフリカ共和国で検出された系統 B.1.351(ベータ株)へと変異が広がったような類推の仕方は可能である。