文禄・慶長の役
さらに、日本の陸軍により全羅道西岸が制圧されると朝鮮水軍は拠点を失い、李舜臣も全羅道北端まで後退し、日本水軍は全羅道西岸まで進出し、陸軍に呼応するかたちで制圧していった。このとき日本水軍は姜沆や鄭希得などの多くの捕虜を得た。後に『看羊録』を残した姜沆が9月23日に藤堂水軍の捕虜となった地点は全羅道霊光の西岸である。
稷山に日本軍が進出すると、明・朝鮮軍は漢江を主防衛線に設定し、ここをなんとか死守しようとしていたが、 漢城では日本軍の接近でパニックに陥っており、人々は逃走をはかりほとんど無人となるほどであった。このときの明軍は兵力が少数にすぎず弱体であり、朝鮮軍は既に潰散していた。このとき、朝鮮では漢城を維持できる状態になく、朝臣たちはわれ先に都を出て避難することを献策した。
一方、日本の右軍は稷山での戦闘の後、9月10日には京畿道の安城・竹山まで前進した。
こうして日本軍は秀吉の作戦目標通り全羅道・忠清道を成敗し、さらに京畿道まで進出すると、計画通り沿岸部へ撤収し、文禄の役の際に築かれた城郭群域の外縁部(東は蔚山から西は順天に至る範囲)に、計画通り新たな城郭群を築いて恒久領土化を目指した。城郭群の完成後は各城の在番軍以外の軍勢は帰国する予定で、翌慶長3年(1598年)中は攻勢を行わない方針を立てていた。 朝鮮の朝廷では日本軍の反転理由が分からず日本軍の罠ではないかと疑った。
豊臣政権を倒した徳川氏の江戸幕府治下における朝鮮出兵に対する見方は林羅山の『豊臣秀吉譜』が鶴松の死による狂気にみたように否定的な見方が強かったが、一方で朝鮮通信使を江戸幕府への「朝貢使」と位置付けて、朝鮮出兵をその前提として解釈する流れも存在した。堀正意の『朝鮮征伐記』や山鹿素行の『武家事紀』はこの流れを汲んでいる。また、国学における本居宣長の『馭戒慨言』も同じ路線に立つが、こうした主張は「日本の武威」を強調するとともに、江戸幕府による朝鮮出兵の後処理を単なる平和回復ではなく、幕府によって朝鮮の再服属化と三韓征伐の約束である朝貢が回復されたとする認識によるものである。なお、本居は出兵の失敗の原因として秀吉の敬神の欠如と朝鮮での無益な民衆殺害が原因であったとしている。
18世紀末期から19世紀初頭にかけてロシアの南下が警戒され始めると、朝鮮が朝鮮出兵の報復のためにロシアと組んで日本を攻撃するのではという噂が流れ、文化露寇を扱った南豊亭永助の『北海異談』には朝鮮出兵を対ロシア戦の参考にすべき先例として取り上げるだけではなくロシアと朝鮮による挟撃を警戒する記述が記されたり、『絵本太閤記』・『絵本朝鮮軍記』など朝鮮出兵に関する本が出されたりした。
ところが明では、すでに4月に琉球を訪れた商人陳申が通報し、それが福建と浙江の巡撫という地方官僚を介して正式な報告として上げられていた。しかも内容は日本が明侵攻を計画し朝鮮がその先導役となるというものであって、明は朝鮮が日本と共謀しているのではないかとの疑念を抱いていた。遼東巡撫に兵を派して国境の警備を固めさせるとともに、朝鮮の情勢を内偵させた。
明は8月に来訪した金応南の説明に満足し、朝鮮節使を慰労して銀2万両を送った。ところが、入れ替わり遼東都司から征明嚮導の真偽を詰問する文書が、同じ頃に朝鮮朝廷に届いて彼らは驚愕した。慌てた朝鮮朝廷では、柳成龍と崔岦が作成した朝鮮国王名義の陳倭情報奏文 を韓応寅に持たせて急派した。その間も9月には薩摩の在日明国人の医師許儀俊の「すでに朝鮮は日本に服属して征明嚮導に協力しようとしている」 という追いうちとなる報告が明にあり、また琉球王国からも使者が来て奏聞された。鄭迥や蘇八といった帰化中国人の複数の情報筋からも、朝鮮が日本に服属したという内容が明には届けられていた。
1592年正月頃に明の朝廷に陳奏文が提出され、改めて日朝交渉の経緯を詳しく説明したが、朝鮮通信使を日本に送った事実はひた隠しにされ、中国人による通報などは朝鮮に対する誣告であると非難するばかりで、日本の出兵計画を大それたことで虚偽だと片づけていた。このため結果的に明が「征明嚮導」の疑念を払拭するには至らず、戦役が起こった後も、明の猜疑心は消えなかった。むしろ(朝鮮がないと言っていた)朝鮮出兵が現実のものとなったことで明側の疑念は深まったのであった。遼東の明将らは朝鮮朝廷を難詰し、指揮権の統一にも反対して、朝鮮民衆の日本軍協力を疑い、朝鮮に対しては一定の距離を置いた。
このほか、フロイス日本史には「火薬鍋(パネーラ・デ・ポールヴォラ、手榴弾のような兵器)」「鉄製の兜」「丈夫な皮製の防具」「銅製の小型砲」「矢をつめて発射する射石砲(ボンバルダ)」などの記述が見える。朝鮮の騎兵は、対女真用に北方配備されており、乱戦用に殻竿と槍を装備して、遠距離戦用に弓矢を装備していた。朝鮮騎兵の戦闘としては、忠州の戦い・海汀倉の戦いがあるが、いずれも日本軍が勝利している。
朝鮮軍の防具に関して柳成龍が著述した懲毖録に記録が残っている。それによれば、防衛に関する諸臣の一人が「賊(日本軍)は槍や刀を巧みに用いるが、我々朝鮮軍にはこれを防御することの出来る堅甲が無いために対抗できないでいるのです」と発言したという。さらに、「全身を分厚い鉄で見えなくする鎧を作り、それをまとって敵と戦えば、敵は隙が無く刺すことができず、我々が勝てるでしょう」と言ったという。これに多くの人々が賛同し、大勢の工匠を集め、昼夜をかけ鍛造したという。
しかし、数日して、重さに耐えきれず身動きも取りにくく使用が難しいことが分かり、計画は中止となったという。朝鮮軍は日本兵の日本刀・剣術に苦しんだ。懲毖録には、臨津江における朝鮮軍の敗北に関して「(朝鮮の)軍士たちは敗走して川岸に来たものの渡ることができず、岩の上から川に身を投じたが、それはさながら風に乱れ散る木の葉のようであった。まだ川に身を投じていなかった者には、賊(日本軍)が後ろから長刀を奮って切りかかったが、みな這いつくばって刃を受け、敢えて抵抗する者もなかった。金命元と韓応寅は、川の北から遥かにこれを眺め、気力を喪失してしまった」とある。
1月、竹山の戦い。辺以中率いる朝鮮軍が福島勢の守る竹山城を攻めるが、福島勢が逆襲し朝鮮軍は大敗した。
7月下旬から8月中旬までの期間、加藤清正は、「オランカイ(女真族)」 の戦力を試すために、豆満江を渡って満州に入り、近在の女真族の城を攻撃した。現在の局子街付近であるという。それまで女真は度々国境を越えて朝鮮を襲撃していたため、咸鏡道の朝鮮人3,000人もこれに(加藤清正の軍勢8,000人に)加わった。まもなく連合軍は城を陥落させ、国境付近に宿営したが、日本軍は女真からの報復攻撃に悩まされた。依然優位には立っていたものの、撤退した。二番隊は東へ向かい、鍾城、穏城、慶源、慶興を占領し、最後に豆満江の河口のソスポに達した。この後、清正は秀吉に「オランカイから明に入るのは無理である」と秀吉に報告しており、ただ戦っただけではなく、明への進攻ルートを探す目的があったと思われる。
この女真侵攻を受けて、女真族の長ヌルハチは明と朝鮮に支援を申し出た。しかしながら、両国ともこの申し出を断った。特に朝鮮は北方の「野蛮人」の助けを借りるのは不名誉なことだと考えたといわれている。
咸興・永興・徳原には鍋島直茂の兵12,000を置いた。
転戦の後、日本軍は内政に努めた。清正は、撤退後の土地を寝返ってきた朝鮮人に管理させるなど、一部地域に朝鮮人の自治を認めた。
11月、日本軍の吉州守備隊の一部が、租米を徴収するために城外に出ていた。これを知った朝鮮義兵鄭文孚率いる3000の兵が日本軍を攻撃、吉州守備隊は吉州城に撤退、朝鮮軍は吉州城を包囲した。
11月10日、咸興の戦い。咸鏡道巡察使尹卓然は咸鏡南道で兵を募り、鍋島直茂本陣を攻撃しようと企て、独山のふもとに集結し陣を構えたが、鍋島勢が先手を打ってこれを襲撃し1千人を討ち取った。朝鮮軍の敗残兵は元平の山地に逃れ、再び兵を募り、1万5000人に膨れ上がったと豪語した。鍋島勢は出撃し再び朝鮮軍を破り営舎を焼き払った。その後、咸興付近では住民の蜂起は起こらなかった。
12月、海汀倉(現在の金策)の日本軍守備隊400が臨溟駅に向かったが、双浦で鄭文孚らの義兵が迎え討ち、吉州守備隊は海汀倉へ退いた。
文禄2年(1593年)1月23日、端川の戦い。鄭文孚らが率いる朝鮮義兵が端川の日本軍守備隊を襲うが、援軍が到着した日本軍が鄭文孚ら朝鮮軍を撃破した。
文禄2年(1593年)1月28日、白塔郊の戦い。文禄2年正月、吉州城の日本軍が南へ撤退を始めた。これを知った鄭文孚率いる朝鮮軍3千人余りが日本軍を攻撃したが、吉州の南方約8kmの白塔において日本軍が迎え討ち、朝鮮軍を撃退した。
ここで、残っていた朝鮮軍部隊は平壌へ退却したが、日本軍は朝鮮軍の追撃を停止して、朝鮮軍がどのように川を渡って帰るかを観察した。翌日、昨晩に朝鮮軍が退却する様子を観察した結果に基づいて、日本軍は川の浅瀬を使って整然と部隊を対岸へ進め始めた。この状況を受けて、その夜に朝鮮軍は平壌を放棄した。朝鮮軍指揮官の尹斗寿・金命元らも順安へ逃走した。 6月15日、一番隊・小西行長らが平壌を制圧する。立札を立て民を安心させ、その一方で城内の兵糧数十余万石を押収した。
7月24日(西暦)、一番隊と三番隊はすでに放棄されていた平壌へ入った。
朝鮮へ派遣された諸将は八道国割を目標に要衝を制圧していったが、小西行長は当初は朝鮮、後には明との和平交渉を模索して平壌で北進を停止した。
12月1日、中和の戦い。平壌の小西勢が、平壌近郊の中和の砦に立て篭もった林仲樑らの朝鮮軍を殲滅する。
その後、モンゴル軍の侵攻を受けた高麗は元に降伏。珍島や済州島に逃げた三別抄が1271年に日本に救援を求めるが、無視された。
1274年と1281年に元の軍勢(モンゴル人、南宋人、高麗人)が日本の九州北部を侵攻する、いわゆる、元寇があった。北条時宗の鎌倉幕府が二度に渡って撃退するわけであるが、対馬・壱岐では虐殺や童女・童子をさらって奴婢とするなどの蛮行があった。その後、日本は動乱期を迎えて南北朝時代の1350年頃から倭寇(庚寅倭寇)が活発化したという前後関係から、倭寇は元寇への報復であったという主張が安土桃山や江戸時代に語られていたようだが、倭寇と海賊衆の実態から考えればその指摘は正しくないというのが定説である。むしろ承久の乱で敗者を支持して厳しい立場となった西国武士団が海に活路を求めたのを始まりとし、室町幕府の内紛(観応の擾乱)によっても同様のことが起きて、九州探題今川了俊が南朝勢力を降したときにも、さらに船団で海外に脱出する者が増えたと考えられていて、江戸末期の『日本防考略』でも倭寇をして「日本あふれ」と定義していた。