膜内プロテアーゼ
膜内プロテアーゼは、複数の膜貫通ヘリックスを持つ膜貫通タンパク質である。活性部位は膜貫通ヘリックス内に位置し、疎水的な脂質二重層内で水性環境を形成している。大部分の膜内プロテアーゼは単量体で機能すると考えられているが、有名な例外としてプレセニリンがあり、γ-セクレターゼ複合体内でのみ活性を有する。
4つのグループすべての膜内プロテアーゼで、X線結晶構造解析またはクライオ電子顕微鏡解析による構造特性解析の例がある。
膜内プロテアーゼには4つのグループがあり、触媒機構によって分類されている。
メタロプロテアーゼ: サイト2プロテアーゼ(英語版)(S2P)とS2P様プロテアーゼ
アスパラギン酸プロテアーゼ: プレセニリン(γ-セクレターゼの触媒サブユニット)、シグナルペプチドペプチダーゼ(英語版)(SPP)とSPP様プロテアーゼ(プレセニリンと遠い関係にあるが、膜の反対方向で切断を行う)
セリンプロテアーゼ: ロンボイドプロテアーゼ(英語版)
グルタミン酸プロテアーゼ(英語版): Rce1(既知の唯一の例)