巻駅
相対式ホーム2面2線を有する地上駅。互いのホームは跨線橋で連絡している。
2013年9月30日までは直営駅であったが、翌10月1日からは燕三条駅が管理し、駅業務をJR東日本新潟シティクリエイト(JENIC)が受託する業務委託駅となった。駅舎内の改札口には自動改札機が3通路設置され、全通路でSuicaが利用できる。駅舎内には有人改札を兼ねるみどりの窓口、自動券売機(2台)のほか、待合室、自動販売機などがある。トイレは改札内外に1か所ずつ設置されている。以前、待合室内には売店(キヨスク)があったがすでに閉店した。
越後線は、1980年代より新潟駅 - 内野駅間がほぼ終日約20分間隔で運転されている。一方、当駅を含む内野駅 - 吉田駅間は朝・夕が20 - 40分間隔、その他の時間は1時間間隔での運転となっている。同区間は沿線自治体(新潟市、燕市など)の要望により、越後線の利用推進社会実験として2012年3月から3年間、昼間の内野駅折り返し列車のうち3往復を吉田行きに延長する形で40分間隔に増発された。しかし、利用客の増加が見られなかったことから、2015年3月のダイヤ改正より、1時間間隔の運転となっている(詳細は越後線#現状と今後を参照)。
駅舎の老朽化が進んでいるが、新潟市では旧巻町との合併建設計画の一環として、駅東西を連絡する地下通路(全長68m、幅3.5m)の建設を計画している。また新潟市とJR東日本新潟支社は、当駅の交通結節機能強化などを念頭に、橋上駅舎への改築についても併せて検討している。 2019年現在巻駅橋上化に向けてJR東日本と協議していたか、2023年5月「巻駅周辺整備事業」の一環として東西自由通路等の基本設計に係る協定を締結した。
1番線を主本線とした一線スルーとなっており、対向列車がない場合は上下の列車とも、駅舎に面する1番線から発着する。
朝7時台に当駅始発・新潟行きの列車が1本設定されている。
改札口(2021年9月)
待合室(2021年9月)
ホーム(2021年9月)