聖衆来迎寺
比叡山の僧兵らが信長の敵である浅井・朝倉側についたことが、翌年の比叡山焼き討ちの原因をつくったとされている。聖衆来迎寺は、比叡山との関係から言って、浅井・朝倉側に味方すべき立場にあったが、当時の住職・真雄は、敵方の大将である森可成の遺骸を夜間密かに運び込み葬ったという。その行為に信長は感じ入っていたということであろう。
天正元年(1573年)、京都にあった天台宗寺院・元応寺(元応国清寺とも)の本尊が聖衆来迎寺に移され、天正17年(1589年)には元応寺が正式に聖衆来迎寺に合併された。元応寺は後醍醐天皇の勅願寺で、現在の京都市左京区岡崎にあり、中世には法勝寺と並ぶ円戒(天台宗の戒律)の道場であったが、応仁の乱によって焼失し廃寺になっていた。現在、聖衆来迎寺客殿の仏間に安置される薬師如来像(秘仏、開帳記録なし)が元応寺の旧本尊とされる。
本堂(重要文化財) - 寛文5年(1665年)再建。寄棟造屋根の正面と背面は瓦葺き、側面は瓦形銅板葺きと、屋根葺き材を違えている点が珍しい。建物周囲にめぐらした縁を木造でなく石造とするのも日本の仏堂建築では類例の少ないものである。本尊として中央に阿弥陀如来、向かって左に釈迦如来、右に薬師如来像を安置する。これら三仏は制作年代が異なり、鎌倉時代作の釈迦如来像のみが重要文化財に指定されている(阿弥陀如来像は室町時代、薬師如来像は江戸時代の制作とみられる)。
庫裏
客殿(重要文化財) - 寛永16年(1639年)建立。仏間を中心に左右4室、前後2列の計8室を設ける。仏間に安置される薬師如来像は応仁の乱で焼失した天台宗の名刹・元応寺の旧本尊とされるが、秘仏で公開されていない。
書院
庭園(滋賀県指定名勝)
開山堂(重要文化財) - 江戸時代前期の再建。
鎮守社
森可成の墓
織田秀信の母・寿々(鈴姫)の墓
鐘楼
理境坊 - 塔頭。
表門(重要文化財) - 明智光秀の坂本城の門を移築したものと伝える。