サザン・パシフィック鉄道
リーランド・スタンフォード (1890年 - 1893年)
空席 (1893年 - 1909年)
ロバート・ラベット (Robert S. Lovett、1909年 - 1913年)
ジュリウス・クルトシュニット (Julius Krutschnitt、1913年 - 1925年)
ヘンリー・デフォレスト (Henry deForest、1925年 - 1928年)
ヘイル・ホールデン (Hale Holden、1928年 - 1932年)
カリフォルニア・パシフィック鉄道 (California Pacific Railroad、ヴァレーホ - サクラメント間)
セントラル・パシフィック鉄道 (Central Pacific Railroad)
ノーザン鉄道 (Northern Railway)
ノースウェスタン・パシフィック鉄道 (Northwestern Pacific Railroad)
サクラメント・サザン鉄道 (Sacramento Southern Railroad)
サンディエゴ・アンド・アリゾナ鉄道 (San Diego and Arizona Railway)
サンディエゴ・アンド・アリゾナ・イースタン鉄道 (San Diego and Arizona Eastern Railway)
ウェスト・サイド・アンド・メンドシノ鉄道 (West Side and Mendocino Railroad、ウィローズ - フルート (Fruto) 間)
サンフランシスコ・アンド・サンノゼ鉄道 (San Francisco and San Jose Rail Road)
サウス・パシフィック・コースト鉄道 (South Pacific Coast Railroad)
オレゴン・アンド・カリフォルニア鉄道 (Oregon and California Railroad)
バイセイリア電気鉄道 (Visalia Electric Railroad)
ウェスタン・パシフィック鉄道(初代)(Western Pacific Railroad、サンノゼ - サクラメント間)
セントルイス・サウスウェスタン鉄道がサザン・パシフィック鉄道のもっともよく知られた子会社であるが、サザン・パシフィック鉄道は他にも328 マイル(528 km)のノースウェスタン・パシフィック鉄道 (Northwestern Pacific Railroad)や1,331 マイル(2,142 km)のサザン・パシフィック・レールロード・カンパニー・オブ・メキシコ (Southern Pacific Railroad Company of Mexico)、多くの狭軌の鉄道を所有していた。
1988年8月9日、州際通商委員会は、デンバー・アンド・リオグランデ・ウェスタン鉄道を所有していた会社であるリオグランデ・インダストリーズによるサザン・パシフィック鉄道の買収を承認した。リオグランデ・インダストリーズは、1988年10月13日に公式にサザン・パシフィック鉄道を取得した。購入後も、傘下の鉄道網は鉄道産業内部や顧客からのブランド認知度のためにサザン・パシフィック鉄道の名前を維持した。その後、数年にわたる経営問題の後にユニオン・パシフィック鉄道に1996年に買収された。またサザン・パシフィック鉄道は、しばしばアメリカ合衆国憲法下での企業の権利を確立したと解釈される、1886年の合衆国最高裁判所での有名な訴訟、サンタクララ郡対サザン・パシフィック鉄道事件 (Santa Clara County v. Southern Pacific Railroad) の被告となったことでも知られる。