自由民主党幹事長
小泉は総裁に就任すると、幹事長に山崎派の領袖山崎拓を起用した。これは、形式的には総幹分離に則っているが、山崎は小泉の盟友であり、最大派閥の橋本派(旧田中派)を排除して、主流派が総裁・幹事長を独占する形になった。小泉はさらに総裁再選に伴い、総裁派閥の安倍晋三を幹事長に起用し、24年間続いた総幹分離が形式の上からも途切れた。安倍の後任には再び山崎派の武部勤を起用した。もっとも、武部が自らを「偉大なるイエスマン」と称したことからも分かる通り、この人事は総幹分離によって党内融和を図ったというよりも、むしろ総裁の意向の通りやすい人物を選んだものであって、小泉はここでも派閥にとらわれない人物本位の人事を貫いた。続く第一次安倍晋三政権においても、総裁派閥の有力者であった中川秀直が起用された。こうして、従来のような熾烈な派閥抗争を抑制するという意味での総幹分離の原則は必ずしも絶対的なものではなくなっていった。もっとも、以後は現在に至るまで基本的に総幹分離を踏襲した人事が行われている。
総幹分離の原則については、総裁が身近な人物を幹事長に起用することが出来ないため、総裁として自民党をコントロールする手段を失わせている、総裁のリーダーシップを弱体化させている、といった指摘がなされている。