日本自治体労働組合総連合
自治労本部は、連絡協への対抗措置として、脱退を機関決定し自治労執行部に通告してきた単組の脱退を承認し、自治労の指導に従わず連絡協に参加した単組を「脱退と判断する単組」として自治労から除外する一方、自治労派と勢力が拮抗して産別帰属が明確でない加盟単組を「特別組織対策単組」に指定し、権利・義務関係を凍結、期限までに明確な態度を示さない単組は自治労から脱退したと見なす(事実上の除名処分)と通告して自治労結集を迫るなど正面からの対決を選んだ。そのため、自治労支持派と自治労連支持派が拮抗している単組では、産別帰属をめぐって、両派の攻防が繰り広げられた。また、大都市部を中心に、単組が、自治労派と自治労連派に分裂した。
1990年8月25日、自治体全国連絡協は日本自治体労働組合連合と名称変更をし、単産体制となった。さらに、共産党系が主導権を握っていた横浜市従、東京都職労の一部組織の加盟申請を享け、1991年2月28日の第4回臨時大会で、日本自治体労働組合総連合と改称した。このときも、組織人員を30万人と主張していた。
一方で、公務系の合同労組である公務公共一般労組を各県に設置、非正規労働者や自治体の委託先企業の職場の組織化にも積極的に乗り出している。さらには東京公務公共一般労組の一分会である首都圏青年ユニオンのように、共産党系の枠を超え、業種、雇われ方を問わない運動も支援している。