国宝
したがって正倉院宝物、桂離宮、修学院離宮などは国宝に指定されていない。
文化財保護法の対象外であった宮内庁が管理する皇室関係文化財における最初の例外は正倉院の建物で、「古都奈良の文化財」の世界遺産登録を期に1997年(平成9年)に「正倉院正倉 1棟」として国宝に指定された。これは世界遺産登録の前提条件として登録物件が所在国の法律により文化財として保護を受けていることが求められるため、例外的措置として指定されたものであった(詳しくは正倉院#国宝指定の経緯の項を参照)。2018年6月に宮内庁の有識者会議が「(国民に三の丸尚蔵館収蔵品の)価値を分かりやすく示すべきだ」と提言し、宮内庁が管理する三の丸尚蔵館収蔵品も国宝や重要文化財に指定されるように運用が改められることになった。その国宝指定第1弾として、2021年7月に、同館が収蔵する絵巻物の『蒙古襲来絵詞』と『春日権現験記絵巻』、狩野永徳の代表作『唐獅子図屏風』、明治時代に京都・相国寺から宮内省が買い上げた伊藤若冲『動植綵絵』30幅、平安中期の書家小野道風の『屏風土代』の計5件が国宝に指定されるように文化審議会から文部科学大臣に答申され、同年9月30日に指定された。さらに2022年(令和4年)8月23日に宮内庁と文化庁は、三の丸尚蔵館を2023年10月に宮内庁から国立文化財機構に移管し、同機構を所管する文化庁が収蔵品の管理を行う体制に改めることを発表した。2022年11月には三の丸尚蔵館が収蔵する3件の文化財が新たに国宝として指定されるように答申されており、三の丸尚蔵館収蔵品の国宝への指定が続く予定である。