五島産業汽船
上述のように2018年10月2日より「会社都合」を理由として運休していた。五島産業汽船が長崎県に運休を伝えたのが前日の10月1日であり、突然の事態となった。なお、長崎新聞や日本経済新聞が報じるところによれば、運休となった10月2日以降、五島産業汽船とは連絡が付かない状態になったほか、従業員は一部を除き同日までに全員解雇されており、また8月中旬に1回目の不渡りを出し、その後も福岡銀行の支援の下運航を継続してきたが、2回目の不渡りを出した10月1日に銀行取引停止処分となっている模様だという。その後10月4日になって社長が記者会見を行い、五島産業汽船は10月中にも破産を申請する予定であることを明かし、11月13日に関連会社の有限会社ジィ・エス・ケイとともに長崎地方裁判所から破産手続開始決定を受けた。
なお、10月1日までに長崎 - 﨑津間と佐世保 - 有川間の各航路の廃止届、長崎 - 鯛ノ浦間と佐世保 - 福江間の各航路の休止届(2018年10月31日より2019年10月末まで)が九州運輸局に提出されている。佐世保 - 有川間で競合していた九州商船は、10月18日に上五島航路のダイヤ改正を九州運輸局に申請したことを明らかにし、2018年11月は暫定ダイヤで運航される。