RCDマジョルカ
しかし、この1998-99シーズンはクーペルがラヌースから連れてきたカルロス・ロアがサモラ賞を受賞したことや、クーペルが手がけた堅守がベースのチーム作りが功を奏し、史上最高成績となるリーグ戦3位という成績を収めた。1999-00シーズンはフェルナンド・バスケス新体制でスタートしたものの、リーグ戦10位でシーズンを終えるなどクーペル期ほどの成功は見られなかった。2000年5月27日、すでにラ・リーガでの実績があったルイス・アラゴネスを新監督に据えたマジョルカは、サミュエル・エトオなどの活躍もあってリーグ戦で史上最高となる勝ち点73を稼いで一昨シーズンと同じくリーグ戦3位に輝いた。しかし、シーズン終了後にアラゴネスは、セグンダに降格し低迷していた選手時代の古巣アトレティコ・マドリードに監督として復帰したため、マジョルカは13シーズンぶりに外国籍監督であるドイツ人のベルント・クラウスを招聘した。クラウスを迎えてのマジョルカだったが、リーグ序盤から勝ちきれない試合が多く、4月にトメウ・ジョンパール、シーズン終了後にグレゴリオ・マンサーノと監督交代が続く不安定な期間を送った。しかし、マンサーノはリーグ戦こそ不出来だったが、コパ・デル・レイでは優勝を飾った。2000年代後半はリーグ中位以下を彷徨うシーズンが10シーズン近く続き、2010年代を迎えた。また、この2000年代はクラブ初となる日本人プレーヤーが誕生した。2005年1月にセレッソ大阪からマジョルカにやって来た大久保嘉人である。デビュー戦は、当時ラ・リーガで上位争いをしていたデポルティーボ・ラ・コルーニャ相手だったが、デビュー戦にして1ゴール1アシストという強烈なインパクトを残した。しかし、デポルティーボ戦以降は、その試合で膝に負った怪我の影響もあり、満足いく結果を残せず、2005-06シーズン終了後に日本へ帰国した。