ヨーロッパ諸国によるアメリカ大陸の植民地化
16世紀のヨーロッパ人やアジア人は既に、牛、豚、羊、山羊、馬および様々な家禽といった家畜を飼い、住まいもそれらと近接しているという状態が長く続いていたが、アメリカ大陸ではそうではなかった。1492年以降ヨーロッパ人が大挙してアメリカ大陸に押し寄せ、先住民族と接触するにつれて、先住民が経験したことのない、従って免疫性のない病原菌を持ち込むことになった。天然痘(1518年、1521年、1525年、1558年、1589年)、チフス(1546年)、インフルエンザ(1558年)、ジフテリア(1614年)、およびはしか(1618年)といった疫病の大流行があり、先住民族人口のうち、1千万人ないし1億1200万人、95%ないし98%は減少したと考えられている。この人口の減少に続いて文化的な混乱と政治的な崩壊が起こり、ヨーロッパ人による既存文明の征服と土地の植民地化が容易になったとされている。
コロンブスが到着した当時のアメリカ大陸推計人口についてはばらつきが大きく定説がない。この人口に関する議論はしばしば思想的基盤があった。コロンブス以前の先住民族人口が多かったとする当時の推計は、西洋文明とキリスト教の見方に対する偏見で決められたと論ずる者がいる。
キリスト教化の過程は初め暴力的なものであった。1524年に最初のフランシスコ会修道士がメキシコに着いたとき、異教の神に捧げられている場所を焼き払い、現地の民の多くから疎んじられた。1530年代、先住民もキリスト教の教えを現地の慣習に融け込ませ始め、古い礼拝場所に新しい教会を建て、旧世界のキリスト教と土着の信仰とを融合していった。スペインのローマ・カトリック教会は先住民の労働と協力を必要としていたので、ケチュア語、ナワトル語、グアラニー語など先住民の言葉で福音を説き、場合によって文字を教えた。先住民族のための最初の学校は1523年に修道士のペドロ・デ・ガンテによって創設された。
コンキスタドールはその軍隊に報いるためにしばしば兵士や士官にインディアンの町を割り当てた。ある場所では黒人奴隷が先住民族の労働の肩代わりをするために導入された。顕著な例は西インド諸島であり、多くの島で先住民が消滅状態に近くなった。
この頃、ポルトガルは当初の計画であった交易拠点を設けるという案からブラジルの広範な植民地化に切り替えつつあった。そのプランテーションを動かすために数百万人の奴隷を輸入した。
ポルトガルとスペインの政府は、これら植民地を支配してそこから税金を集めることに加え、少なくとも発見した財宝の20%(カーサ・デ・コントラタション(植民地政府)によって集められる「クイント・レアル」(税法))は回収しようと期待していた。