西武百貨店
再建は2200億円の債権放棄を軸とする「私的整理」という形で進められた。このとき、西武百貨店を救済したのが、西武百貨店の経営手法を取り入れて経営再建したばかりのそごうを傘下に収めていた「株式会社十合」であった。2003年から2004年にかけ後藤高志(第一勧業銀行→みずほ銀行)らの支援で十合が西武百貨店の第三者割当増資を段階的に引き受け、さらに株式交換を行う形で西武百貨店を完全子会社化し、株式会社十合がミレニアムリテイリングに商号変更したことで、そごうと西武百貨店の経営統合が実現。高島屋に次ぐ国内2位の巨大百貨店グループが誕生することになった。この事業持株会社方式の経営統合が、双方ののれん(屋号)を維持しながら経営の合理化を実現した点で、のちに行われた大手百貨店どうしの経営統合に少なからず影響を与えている。
その後、再建を確かなものとするためにミレニアムリテイリングは野村プリンシパル・ファイナンスなどを引受先とする増資を行い、事業持株会社として株式上場を目指していたが、野村プリンシパル・ファイナンスと西武百貨店の間で上場時期を巡る意見の対立が顕在化したことに加え、敵対的買収防衛策の観点から、2005年12月にミレニアムリテイリングの代表であった和田がセブン&アイ・ホールディングスの傘下入りを決めた(自らは2007年健康上の問題が理由として引退)。この結果、かつてのセゾングループに匹敵する、国内最大級の流通グループが誕生した。
2006年6月にセブン&アイ・ホールディングスがミレニアムリテイリングを買収、完全子会社(百貨店事業の中間持株会社化)となり、西武百貨店とそごうはセブン&アイグループの一員となった。
セブン&アイグループ入り後しばらくは、そごうとともに独立色が保たれていたが、2009年2月には、百貨店では極めて珍しいイトーヨーカドー・セブンイレブンで扱われているプライベートブランド(PB商品)「セブンプレミアム」が池袋本店の食品売り場(デパ地下)に導入された。最終的に両社の全店舗に導入された。日経によると、百貨店の売上不振の原因が高額商品に偏りすぎているため、日常的なアイテムであるPB商品を導入して品揃えを増やして、売り上げを高めるためと報じている。
2009年8月1日、そごうを存続会社として、西武百貨店とミレニアムリテイリングを吸収合併し、そごう・西武が誕生した。そごうとの提携開始から9年目で一社化となった。
2006年2月期の西武百貨店全店における、国内百貨店事業単体の営業利益率は、4.18%で百貨店業界2位であった。ちなみに1位が大丸の4.4%、3位が阪急百貨店の4.06%である。西武池袋本店の年間来店客数は東京ディズニーリゾート(約2600万人)を上回る7000万人だった で日本第1位。
9月:そごう心斎橋本店(2009年閉店)の開店に合わせて池袋店を「西武池袋本店」に名称変更。
2006年:有楽町西武の構造改善として、「ビューティー館」と「ファッション館」をオープン。 2月:「だるまや西武」を「福井店」に改称。 3月:「本金西武」を「秋田店」に改称。 6月:ミレニアムリテイリングがセブン&アイ・ホールディングスの子会社となったため、セブン&アイ・グループの1社となる。
2007年 シブヤ西武を約80億をかけて改装。日本最大のブランド数のラグジュアリーゾーンやビューティーゾーンを設け、食料品を扱うデパ地下を再開 9月14日:所沢西武リニューアルオープン。自主編集売場やビューティーゾーン、食のゾーンを展開。
2008年:「ファッションの西武」の復権を賭け、2010年までに総額400億を掛けて池袋西武構造改善。東京メトロ副都心線開業に伴い、池袋本店と渋谷店を連動させてブランドイメージの復権を狙う。
2009年8月1日:そごう、およびミレニアムリテイリングと合併し、株式会社そごう・西武が誕生。 存続会社はそごうで、西武百貨店とミレニアムリテイリングは、法人としては解散。店名は、「そごう」「西武」を維持。ただし、店舗表記はこれまでの「○○西武」から「西武○○店」に全店舗統一された。以後、「西武百貨店」という表記はほとんど使用していない(ただし、商品券だけは2021年現在でも券面に「西武百貨店」と表記されている)。