一本列島
また以前から宇高連絡船と宇野線を乗り継いで通学するものはいたものの、橋の開通によって近くなったことで、通勤・通学客が増加しており、岡山県から四国への通勤・通学客は1985年の687人から2005年に2,447人に、四国から岡山県への通勤・通学客は1985年の1,037人から2005年に2,287人といずれも大幅に増加している 。瀬戸大橋線には前述のように特急列車以外にも多数の快速列車や普通列車が設定された結果、地域の足として定着することになった。
一方、1998年(平成10年)に明石海峡大橋が開通し、四国から京阪神地区への所要時間は神戸淡路鳴門自動車道を経由する高速バスや乗用車を利用した方が大幅に短縮される例が生まれたために、中長距離客の一部は瀬戸大橋利用からのシフトが起こった。その結果、瀬戸大橋線の利用旅客数は減少傾向にある。その状況に対応するため、JR四国・JR西日本の両社はそれぞれ2003年「マリンライナー」に新型車両5000系、223系5000番台を導入している。一方で瀬戸大橋の鉄道部の中央部分に設備が用意されている四国横断新幹線については、実現の目処がまだ立っていない。
名古屋駅 - 長野駅間の特急「しなの」にパノラマグリーン車が連結開始した。
東海道本線では、三河安城駅が前述の東海道新幹線とともに開業した。
中央本線では、211系5000番台が投入された。
東海道新幹線に新富士駅・掛川駅・三河安城駅、山陽新幹線に新尾道駅・東広島駅が開業した。JR東海では100系G編成という食堂車に代わってカフェテリアを設けた車両が東京駅 - 新大阪駅間の『ひかり』を中心に運用されるようになった。東海道区間の「こだま」では指定席の一部をアコモ改造した「2&2シート」を導入した。山陽新幹線では0系を4列シートにアコモ改造した6両編成(のちに大半が12両編成化)の「ウエストひかり」を新大阪駅 - 博多駅間で運転開始した。
上越新幹線では、「あさひ」が時速240km運転を開始した。