本四備讃線
本四連絡列車として以下の列車が運行されている(定期列車のみ掲げる)。
特急「しおかぜ」:岡山駅 - 伊予西条駅・松山駅間
特急「南風」:岡山駅 - 高知駅・中村駅間
特急「うずしお」:岡山駅 - 徳島駅間
寝台特急「サンライズ瀬戸」:東京駅 - 高松駅間
快速「マリンライナー」:岡山駅 - 高松駅間
本四備讃線の終点は宇多津駅だが、高松方面と直通する快速「マリンライナー」や寝台特急「サンライズ瀬戸」は、宇多津駅構内にある短絡線(通過線)を通って坂出駅方面と行き来するため宇多津駅のホームは経由しない。ただし、特急「うずしお」は岡山駅 - 宇多津駅間で特急「南風」と併結運転するため、宇多津駅に停車する。運賃はいずれの場合も宇多津経由で計算される。
このほか、岡山駅 - 児島駅間の普通も運転されている。岡山駅から予讃線観音寺駅、土讃線琴平駅に直通する普通列車も運転されていたが、2019年3月16日のダイヤ改正で消滅した。
快速「マリンライナー」
本四備讃線を走行する「サンライズ瀬戸」(2009年5月3日 茶屋町駅)
JR四国が保有する区間はラインカラーを設定しておらず、路線図などでは当該区間も含めた本四備讃線全線をJR西日本のコーポレートカラーで表現しているものや、予讃線と同一の表現も存在する。
全線がIC乗車カード「ICOCA」および「SHIKOKU ICOCA」のエリアに含まれている。また児島駅 - 宇多津駅間には、1996年1月10日から加算運賃(2019年10月1日時点で110円)が設定され、道路との共用部の維持費として支払われる「本四利用料」や、軌道の維持費などの一部に充当されている。また同区間を含む一部区間乗車券も通常の運賃計算とは別に設けられた特定運賃が存在する。
本四備讃線建設に係る鉄道債務の額は、長期借入金に係るものとしての債務総額約1886億7200万円、本州四国連絡橋債券に係るものとして債券総額約4250億3200万円の合計、約6117億400万円と定められている。これらは本来は国鉄が負担すべきものであったが、国鉄分割民営化に伴い日本国有鉄道清算事業団(日本鉄道建設公団)が負担した。