ハエ下目
Eremoneura オドリバエ上科 Empidoidea Atelestidae セダカバエ科 Hybotidae オドリバエ科 Empididae アシナガバエ科 Dolichopodidae 環縫群 Cyclorrhapha 無額嚢節 Aschiza ヒラタアシバエ上科 Platypezoidea ハナアブ上科 Syrphoidea 額嚢節 Schizophora 無弁翅亜節 Acalyptratae アシナガヤセバエ上科 Nerioidea シュモクバエ上科 Diopsoidea メバエ上科 Conopoidea ミバエ上科 Tephritoidea シマバエ上科 Lauxanioidea ヤチバエ上科 Sciomyzoidea ヒメコバエ上科 Opomyzoidea キモグリバエ上科 Carnoidea ハヤトビバエ上科 Sphaeroceroidea ミギワバエ上科 Ephydroidea 弁翅亜節 Calyptratae イエバエ上科 Muscoidea ヒツジバエ上科 Oestroidea シラミバエ上科 Hippoboscoidea
ハエ下目とその近縁群の系統を次に示す 。
ハエ下目からは、3つの上科が順に分岐し、その後に環縫群が放散した(環縫群は非常に多くの上科を含むためそれらの上科は図から省略)。
かつては、この基部的な3上科がムシヒキアブ下目 Asilomorpha、それ以外すなわち環縫群がハエ下目に分けられていた。しかし、ムシヒキアブ下目はここで図示したように側系統だと判明したため、ハエ下目に統合された。これにともない、環縫群はハエ下目内のいち内部系統となった。
また、現在の (環縫群 + オドリバエ上科) を Muscomorpha(ただし「蠅群」と訳す)とする説もあった。このグループは現在では Eremoneura と呼ばれる。
ハエ下目の科・種の大半は環縫群のものである。3つの基部的な上科がそれぞれ順に2科700種、6科1万2000種、2科1万種からなるのに対し、環縫群は少なくとも83科5万4000属からなる。