エクアドルの歴史
その後政治的な混乱が続いた後、1940年に不正選挙でベラスコ・イバラを破り、グアヤキルの寡頭支配層を代表したカルロス・アロヨ・デル・リオが大統領に就任するが、アロヨ政権は第二次世界大戦においてドイツ資本の追放など、親米政策を採ったことと、任期中のインフレの進行などが、エクアドル人の民族主義を逆撫でした。さらにアロヨ政権は間もなく大きな国難にぶつかることになる。
1941年に隣国のペルーと国境を接するアマゾン地域の領土問題が紛糾し、同年、両国の緊張は遂にエクアドル・ペルー戦争へと発展した。ペルーは領内におけるエクアドル軍の存在を侵略であると主張し、一方エクアドルはペルーこそが侵略者だと主張した。最終的に、1941年7月23日にペルーはエクアドルへの侵攻を開始した。ペルー軍は大挙してサルミーヤ川を渡河し、エクアドルのオロ県に進むと、係争地域の全てにおいてエクアドル軍を破り、エクアドルのオロ県とロハ県の一部分(国土全体のおよそ6%)を占領した。ペルーはエクアドルに係争地域の領有権の主張を撤回することを要求し、ペルー海軍はグアヤキル港を封鎖し、エクアドル軍の補給を絶った。こうして数週間の戦闘の後、アメリカ合衆国とラテンアメリカ諸国による圧力により戦争は終わった。エクアドルとペルーは1942年1月29日に第二次世界大戦における、枢軸国との戦いを約束するリオデジャネイロ議定書で一致した。エクアドルはこの議定書でアマゾン地域の領有権を放棄し、ペルーはこの議定書により係争地域の25万kmを獲得した。この敗北により、アロヨ政権は孤立し、また後のエクアドル・ペルー間の関係も大きく悪化した。その後二度の戦争があり、両国間の緊張は続いたが、最終的に1998年にエクアドルは遂にこのアマゾンの失陥を正式に認めることになった。
アルト・ペルーの解放を終え、ボリビアが独立し、南アメリカからスペインの植民地が全て消え去ると1827年にボリーバルはボゴタに帰還し、諸共和国を一つにまとめることを試みたが、まもなく1828年に副大統領フランシスコ・デ・パウラ・サンタンデルがボリーバルの暗殺を試み、また ボゴタの中央集権を嫌う諸地方の対立、有力カウディージョ間の対立、解放戦争による経済の衰退、教権と自由主義との対立など様々な要因がグラン・コロンビアを支配した。1830年1月13日にベネスエラの支配者ホセ・アントニオ・パエスが完全独立を宣言すると、4月7日、ボリーバルはコロンビア終身大統領を辞任し、ヨーロッパに最後の旅に出ることになった。ボリーバル派が多数を占めていた南部地区は1830年5月13日に完全独立を宣言し、初代大統領にスクレ陸軍総監が指名されたが、6月4日にスクレはキトに赴く途中に何者かにより暗殺され、8月10日に南部地区は国名を巡る諸地域の妥協の結果、フアン・ホセ・フローレス大統領の下でエクアドル共和国として独立を宣言した。
1830年12月17日、マグダレーナ川を下る中、ヨーロッパ行きをとりやめた解放者シモン・ボリーバルはサンタ・マルタ付近で失意の内に病死した。1831年にラファエル・ウルダネータ政権が崩壊すると、最後に残っていたヌエバ・グラナダ共和国がコロンビアから独立し、コロンビア共和国は消滅した。