松本藩
戦国時代、松本は信濃守護小笠原氏の支配下に置かれていた。しかし小笠原長時が武田晴信に敗れたため、以後は武田家の支配下に置かれた。元亀4年(1573年)4月に信玄が亡くなると後継者の武田勝頼は天正3年(1575年)5月の長篠の戦いで大敗し、次第に織田信長・徳川家康の攻勢の前に追い詰められた(甲州征伐)。天正10年(1582年)2月には勝頼の妹婿である木曾義昌が離反したことなどにより武田家は瓦解し、3月に勝頼は自害して武田家は滅亡した。信長は義昌の功績を認めて松本領を与えた。
しかし3ヵ月後の6月に本能寺の変が起こって信長が横死する。旧武田領では武田旧臣による反乱が勃発し、義昌は松本を放棄して木曽に籠もった。このため松本は軍事的・政治的空白地帯になり、地侍が自立に向けて動き出した。信長没後の信濃は家康・上杉景勝・北条氏直ら周辺列強国の草刈場と化し(天正壬午の乱)、松本の地侍は旧主長時の実弟小笠原洞雪斎を景勝の支援を得て府中に迎え、7月2日には深志城に入った。しかし洞雪は主体性がなく、景勝が派遣した上杉重臣の傀儡であったため、地侍は洞雪を見限った。
地侍は家康の支援を得て長時の息子貞慶を迎えた。貞慶には多くの地侍が味方し、7月17日に洞雪は抗戦をあきらめて開城した。この時、深志城を松本城と改めた。
だが数正没後、跡を継いだ康長はその築城のために過酷な賦役を民衆に課したと伝わっている。
康長兄弟は慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは東軍に与したため、戦後に家康から所領を安堵された。慶長15年(1610年)には、筆頭家老の渡辺金内と若手実力者の伴三左衛門との間での藩政の主導権をめぐる対立に起因する家中の騒動が発生する。この裏にはかつて数正に煮え湯を飲まされた家康がいたらしい。家康は、あわよくば家中騒動を理由に松本藩を取り潰す気だったのであろう。しかし、康長の縁戚であった大久保長安(長安の長男の妻が康長の娘)の計らいにより、かつて康長の後見人でもあった宿老・秋山治助をこの内紛に介入させて、三左衛門を石川氏の中枢から駆逐することで、騒動は終結に導かれた。慶長18年(1613年)4月、大久保長安が亡くなり、長安の死後に起こった大久保長安事件において、康長兄弟は長安と縁戚であるという理由(取り潰しの表向きの理由は領地隠匿罪)から改易されてしまった。他に改易の理由として分限をわきまえずに城普請を行ったことが付け加えられている(『信府統記』)。他にも家康の意趣返し、福島正則と同じ外様大名外しともされる。
譜代、10万石
正盛
水野家時代
戸田家時代