クッパJr.
再びクッパ7人衆と共演。ワールド5・7に登場する飛行船(クッパクラウン)のボスとして、クッパJr.クラウンに乗って登場。今作では水中にて潜水艇仕様のものも登場する。また、最後の戦いでは巨大化したクッパを援護する。マリオはクッパJr.を攻撃することでJr.のクラウンを奪い取り、上空からクラウンを落としてクッパを攻撃することができる。
前作に引き続いて登場する。今作ではパーツの枠がクッパから独立したが、設置数はクッパと合わせて1エリアにつき合計3体までという制限は同じ。
プレイヤーキャラクターとして登場。トリッキータイプ。
なお、本作は2009年に『Wiiであそぶセレクション』で移植されている。
3DS版では隠しキャラクター、Wii U版では最初から選べる基本キャラクターとして参戦。他のキャラクターでいうカラーリング変更を行うと、グラフィックや音声などがそれぞれクッパ7人衆のラリー・ロイ・ウェンディ・イギー・モートン・レミー・ルドウィッグに変化するという非常に特殊な仕様となっており、「一つの動作モーションを、クッパJr.と7人衆の計8名で共有する」というコンパチキャラクターになっている(このため性能は8名全員で共通)。常時小型のクッパJr.クラウン(飛行メカ)に乗っており、クラウンに内蔵された大砲やメカクッパ爆弾、パンチンググローブ付アームや鉄球、回転ノコギリやドリル付アームなどの武器・兵器を駆使して戦う。「最後の切りふだ」は、『サンシャイン』でのニセマリオ姿に変身し、マジックブラシでダメージ判定のある塗料のフィールドを空間に描く「ニセマリオペイント」。
2015年7月30日には、本作に対応したamiibo「クッパJr.」も発売された。
今作ではNPCで、ミニゲームマウンテンの「サバイバル」の案内役を務める。また、再録ミニゲームでかつてミニクッパが登場していた箇所を代わりに担当している。
Wii U版と同様に登場するが、本作では最初から配置することはできず、パーツとして解禁するには「スーパーマリオチャレンジ」の最終面であるワールド19をクリアする必要がある。