水郡線
1987年(昭和62年)4月1日:水戸駅 - 安積永盛駅間の貨物営業を廃止、国鉄分割民営化に伴い東日本旅客鉄道(JR東日本)が承継。
1992年(平成4年) 3月1日:水郡線営業所が発足。 3月14日:キハ110系の運行を開始し、キハ40系など在来型気動車の水戸駅 ‐ 常陸大子駅間における運行が終了する。ワンマン運転開始。
2007年(平成19年) 1月19日:キハE130系運行開始。 9月12日:キハ110系運用終了。翌9月13日より全列車がキハE130系での運用になる。
2011年(平成23年) 3月11日:東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)の影響で線路などの施設が被害を受け、全線不通となる。 4月11日:常陸青柳駅 - 安積永盛駅間、上菅谷駅 - 常陸太田駅間で運行再開。 4月15日:水戸駅 - 常陸青柳駅間で運行再開。那珂川新橋梁供用開始。 7月16日:水郡線利用促進会議などにより愛称が「奥久慈清流ライン」に決まる。
2014年(平成26年) 4月1日:水戸駅 - 常陸大子駅・常陸太田駅間が東京近郊区間に編入される。同時に、同区間内の有人駅(上菅谷、常陸太田、常陸大宮、常陸大子の各駅)相互間においてSuicaが利用可能となる。 10月26日:川東駅の2番線が使用中止となり同駅での列車交換が不可になる。 12月21日:磐城浅川駅の2番線が使用中止となり同駅での列車交換が不可になる。
2015年(平成27年)12月:CTC装置がPRC(自動進路制御装置)化される。
便宜上、安積永盛側の全列車が直通する東北本線郡山駅までの区間を記載。なお、東北本線内の貨物駅は省略。
*:西金駅は、1面1線の旅客ホームのほかに側線(おもに砂利(砕石)輸送の工事用列車用)があり閉塞境界になっている。
2022年度の時点で、JR東日本自社による乗車人員集計の対象駅は、水戸駅・上菅谷駅・瓜連駅・常陸大宮駅・玉川村駅・山方宿駅・上小川駅・袋田駅・常陸大子駅・東館駅・磐城塙駅・磐城浅川駅・磐城石川駅・安積永盛駅・郡山駅である。それ以外の駅は完全な無人駅(年度途中で無人となった駅を含む)のため集計対象から外されている。