ベンジャミン・ストッダート
しかしながら当時の合衆国海軍は軍艦をほとんど所有しておらず、その時点における最善の選択は、フランスの船舶基地である西インド諸島に対して積極的な攻撃を仕掛けることであった。連邦政府は海軍長官の権限を拡大してストッダートの熟練した管理能力を発揮させることを決定し、ストッダートは合衆国海軍の主導権を完全に掌握した。そしてストッダートの下で再編された合衆国海軍は大きな戦果を挙げ、合衆国の商業船舶に対するフランスの略奪行為を抑止することに成功した。
ストッダートは、合衆国海軍の日次管理や作戦指揮だけでなく、将来的な軍拡戦略も視野に入れていた。ストッダートはまず6箇所の海軍造船所を設立し、12隻の戦列艦を建造することを主張した。だがフランスとの和平合意が成立したために戦列艦は撤廃され、また将校の数も削減された。
ストッダートは1800年3月31日付けで受け取ったアダムズ大統領からの書簡をもとに、海軍省図書館を設立した。その後1801年3月、ストッダートは海軍長官を辞任し、商業生活へ復帰した。