フィリップ・フランツ・フォン・シーボルト
生物標本、またはそれに付随した絵図は、当時ほとんど知られていなかった日本の生物について重要な研究資料となり、模式標本となったものも多い。これらの多くはライデン王立自然史博物館に保管された。近年、同国のGLAM統合によりナチュラリス生物多様性センターに移管され、電子化事業が進んでいる。また、2度目の訪日で集めた蒐集品や植物の種苗はミュンヘンで保管され、一部は長男アレキサンダーがイギリスに寄贈している。
植物の押し葉標本は1万2,000点、それを基にヨーゼフ・ゲアハルト・ツッカリーニと共著で『日本植物誌』を刊行した。その中で記載した種は2300種になる。
動物の標本は、当時のライデン王立自然史博物館の動物学者だったテミンク(初代館長)、シュレーゲル、デ・ハーンらによって研究され、『日本動物誌』として刊行された。日本では馴染み深いスズキ、マダイ、イセエビなども、日本動物誌で初めて学名が確定している。
県立長崎シーボルト大学および長崎県立大学シーボルト校
「シーボルト」 JR九州が佐世保駅~長崎駅間を運行した特急
シーボルト通り - 長崎市のシーボルト宅跡から新大工町商店街を結ぶ通りの名称
シーボルトの湯 - 佐賀県嬉野市にある公衆浴場
シーボルトハウス
シーボルト記念館
シーボルト台風
十八銀行シーボルト支店 - 入金照合サービスで使用する仮想口座の支店で、実店舗としては存在しない。
フィリップ・フランツ・フォン・ジーボルト賞