コナン・オブライエン
『トゥナイト・ショー』第2回目で放送された、『Twitter Tracker 』のコーナー初回でオブライアンは「ココ」というニックネームが付けられた。これに続いたインタビューのコーナーでは、ゲストのトム・ハンクスはこのニックネームでオブライアンを呼び、観客にも繰り返させた。このニックネームについてオブライアンはハンクスにふざけて「もしこれが流行ったら、君を訴える」と語った。
2011年3月23日、『Conan 』でのWWEチャンピオンのザ・ミズのインタビューで、ザ・ミズはオブライアンに赤い髪および深夜番組に再度果敢に挑戦したことから「ザ・ギンジャ・ニンジャ」と名付けた。1週間後、TeamCoco.comで「ザ・ギンジャ・ニンジャ」のTシャツが発売開始された。
2010年1月7日木曜日、NBCの重役ジェフ・ザッカーはレノおよびオブライアンと会い、『ザ・ジェイ・レノ・ショー』の視聴率低迷による降板、および『ザ・ジェイ・レノ・ショー』開始以前からの『ザ・トゥナイト・ショー・ウィズ・コナン・オブライアン』の視聴率低迷による『ザ・トゥナイト・ショー』へのレノの復帰について会談した。この会談で、『ザ・ジェイ・レノ・ショー』が30分番組になり23:35からに移動、オブライアンは『ザ・トゥナイト・ショー』へ残り24:05からに移動することになった。1月10日、NBCユニバーサルの会長ジェフ・ガスピンは2010年2月10日、バンクーバーオリンピックの開幕に合わせ『ザ・ジェイ・レノ・ショー』を一旦終了し、オリンピック放送後23:05からの放送に変更することを決定した。『ニューヨーク・ポスト』紙によるとオブライアンはこのNBCの決定を快く思っていなかった。
2010年1月12日、オブライアンは声明を発表した。「私は『ザ・トゥナイト・ショー』が日付が変わってから放送されることはテレビ史上大きな出来事の1つであり、他のコメディ番組に大きな影響があると本当に思う。24:05の『ザ・トゥナイト・ショー』はまさに『ザ・トゥナイト・ショー(今夜の番組)』ではなくなってしまう」。
インターネット創成期、ファン達が各エピソードの詳細なデータを蓄積した非公式サイトを開設した。テレビ評論家のトム・シェイルズでさえも「テレビ史上最も目覚しい変化を遂げた番組の1つ」と語った。1996年よりオブライアンと『レイト・ナイト』の脚本家チームはプライムタイム・エミー賞脚本家賞コメディまたはバラエティ部門にノミネートされるようになり、唯一2007年のみ受賞した。1997年、2000年、2002年、2003年、2004年、全米脚本家組合賞脚本家賞コメディまたはバラエティ部門を受賞した。2001年、オブライアンは自身のテレビ・プロダクション会社Conaco を組織し、『レイト・ナイト』のプロダクション・クレジットをシェアするようになった。
2005年10月、11年間常に平均視聴者数が250万人となった。2006年、フィンランドの女性大統領タルヤ・ハロネンに似ていることをネタにしたところ、番組の人気は頂点に達した。オブライアンは「ヘルシンキで5日間撮影し、2人が面会した時、国宝級の大事なもののようにお互い抱擁しあった」と語った。
2009年2月20日、最終回を迎えた。過去の放送を振り返り、元共演者のアンディ・リクターがサプライズで登場した他、ウィル・フェレル、ジョン・メイヤー、ザ・ホワイト・ストライプスも出演した。最後にオブライアンは斧でセットを壊し、破片を観客に持ち帰らせ、ローン・マイケルズ、デイヴィッド・レターマン、ジェイ・レノ、妻と子など関係者へのお礼を語った。