人の移動の歴史
インド・ヨーロッパ語族に属する諸言語の起源は印欧祖語であると考えられている。印欧祖語の分化と使用地域の拡散が始まったのは6,000年前とも8,000年前とも言われている。その祖地は5,000–6,000年前の黒海・カスピ海北方(現在のウクライナ)とするクルガン仮説と、8000–9500年前のアナトリア(現在のトルコ)とするアナトリア仮説があるが、言語的資料が増えた紀元前後の時代には、既にヨーロッパからアジアまで広く分布していた。
現在最も広範に支持されている「クルガン仮説」によれば、インド・ヨーロッパ祖族の原郷は黒海北岸、ロシア南部の草原地帯と考えられる。およそ6500年ほど前に、彼らは拡散を開始した。家畜化された馬を伴い、圧倒的な文化的優越性をもって、中央アジア、ヨーロッパ、南アジアを席巻することとなる。
ニュージーランド・オークランド大学のラッセル・グレーとクェンティン・アトキンスン (Russell D. Gray, Quentin D. Atkinson)の言語年代学的研究によれば、インド・ヨーロッパ祖語は約8700 (7800–9800) 年前にヒッタイト語につながる言語と、その他の諸語派につながる言語に分かれたという結果が出た。グレーとアトキンスンは、この語族の87言語の基本単語2,449語について、相互間に共通語源を持つものがどれほどあるかを調べ、言語間の近縁関係を数値化し系統樹を作成した。
長らく縄文人の人骨よりY染色体ハプログループは分析されてこなかったが、北海道礼文島の船泊遺跡(縄文時代後期前葉から中葉(約3,800~3,500 年前))から出土した人骨・船泊5号のY染色体ハプログループがD1a2a2a(D-CTS220)であることが判明した。これにより「ハプログループD1a2aは縄文系である」という従来よりの仮説が完全に実証されたことになる。
一方母系を辿ることができるミトコンドリアDNAハプログループの分析によっても縄文人のルーツの一角が解明され、日本固有のハプログループM7aや南方系と共通の遺伝子を持つハプログループBやFを持つことが知られている。また北海道の縄文人はハプログループN9bが最多でM7aは少なく、東北地方の縄文人も似た傾向を示している。このことから縄文人のルーツは一つではなく複数あったと考えられる。
また、縄文人に関連する遺伝子として、ATLのレトロウイルス (HTVL-I) がある。日本人にはこのウイルスキャリアが多数存在することは知られていたが、東アジアの周辺諸国ではまったく見出されていない。いっぽうアメリカ先住民やアフリカ、ニューギニア先住民などでキャリアが多いという特徴をもつ。日本国内では、九州南部、長崎県、沖縄やアイヌに特に高頻度で見られ、四国南部、紀伊半島の南部、東北地方の太平洋側、隠岐、五島列島などの僻地や離島に多い。九州、四国、東北の各地方におけるATLの好発地域を詳細に検討すると、周囲から隔絶され交通の不便だった小集落でキャリアは高率に温存されていることから、このウイルスのキャリア好発地域は、縄文系の人々が高密度で残存していることを示していると考えられる。
現生人類の最も古い化石は、エチオピアのオモ遺跡(英語版)から発見されたおよそ19万5,000年前のものとされてきたが、2004年にモロッコのen:Jebel Irhoudの地層で発見された、頭蓋骨及びその同年代のもの思われる複数の石器がおよそ30万年前のものであると結論づけられた。アフリカ人の遺伝的多様性に関する広範な研究から、南西アフリカのナミビアとアンゴラの沿岸境界近くが現生人類の移動の起点(出発点)だとされている。父系最古の遺伝子であるハプログループA (Y染色体)の分布もそれを示唆している。