暗黒星団帝国
西暦2202年、地球へ発射した重核子爆弾の着弾と並行し、カザン率いる地球攻略軍が奇襲をかけ、前作とは打って変わった無差別攻撃の果てに地球全土を占領する。侵略の目的は、蔓延する生命活力の減退を打破すべく、重核子爆弾によって地球人類を脳死させ、健全な生身の肉体を手に入れるためだった。
しかし、暗黒星団に配備していた前線補給中間基地は、太陽系を脱出したヤマトの攻撃で消滅する。地球攻略艦隊はヤマトを追撃して暗黒銀河(ブラックギャラクシー)で会戦し、グロータス率いるゴルバ型浮遊要塞群へ追い込む猛攻をかけるが、波動カートリッジ弾を撃ち込まれたゴルバ1隻の爆発が他のゴルバを誘爆させ、全滅する。波動カートリッジ弾の威力に見合わないこの大戦果が、真田志郎に疑問を与えることになる。なお、地球攻略艦隊はゴルバ戦以降の描写がなかったため、消息は不明。
白色銀河に出たヤマトは、そこで200年後の地球に偽装していたデザリアム星へ接近する。聖総統スカルダートはデザリアム星に上陸してきたヤマト乗組員へ、ヤマトが地球に帰還しなかったという模造した歴史を見せ、降伏を促す。