アーケゾア
最初に取り除かれたのはパラバサリア門で、これは超鞭毛虫類とトリコモナス類からなっていた。そもそもアーケゾア仮説の提唱より以前に、トリコモナスにヒドロゲノソームが発見されており、それがミトコンドリアに由来している可能性は議論されていた。これに加えて、パラバサリア類には明瞭なゴルジ体や核外紡錘糸が存在していることも「原始的真核生物」としては似つかわしくないとされた。そこで1987年にアーケゾアを界に昇格させた際にパラバサリアは取り除かれた。なおトリコモナスのヒドロゲノソームがミトコンドリア由来であることが確実となったのは1996年である。