六角高頼
この頃行高は2度目の追討を受け、守護になった山内就綱と戦っていたが、斎藤妙純らの支援を受けてこれを退ける。
明応4年(1495年)、将軍・義高によって近江守護に復帰、同時に義高の偏諱を受け高頼と改名した。直後に起こった船田合戦では石丸利光に与した為、勝者の斎藤妙純による近江遠征を招くが、延暦寺や北畠政郷らの支援を受けて結果的に危機を回避できた。
永正4年(1507年)6月に管領・細川政元が暗殺される(永正の錯乱)が、その直後に義高(義澄)は近江国内における六角氏による所領押領を理由に上洛中の高頼と対立する。これに憤慨した高頼は伊勢貞宗の取りなしにもかかわらず、同年7月には近江に帰国してしまった。
翌永正5年(1508年)4月、前将軍・義材(義尹)が大内義興・細川高国らの支援で義高(義澄)を追放して将軍に復帰すると、京都から逃れた義高(義澄)を保護したが、永正8年(1511年)に義高(義澄)が病死すると、匿っていた水茎岡山城主・九里信隆を討ち取って義材(義尹)支持を表明した。