中国東方航空
日本航空(JAL)とは、地上業務の受委託や総代理店契約等の営業面での協力が以前よりあったが、2002年9月1日よりそれぞれの日中路線の一部においてコードシェアを開始した。その後順次コードシェアを行う路線を拡大していき、2011年11月8日には対象路線が両会社の日中間の全路線と両社の一部国内線にまで拡大した。
2008年2月1日からマイレージプログラムで提携を開始しており、中国東方航空に搭乗したマイルのJALマイレージバンクへの加算、JMBマイルによるMU便の特典航空券の発行ができるようになった。ただし、日本 - 中国間の便についてはマイル積算の対象外であったが、2011年6月1日搭乗分からはマイル積算対象となる。
2018年8月2日に、JALと共同事業(JV)実施に向けた覚書を締結したと発表した。JVの対象路線は日中路線とJALの日本国内線、中国東方の中国国内線の一部で、JV開始後の両社のネットワークは、日本国内50都市以上、中国国内80都市以上になる。JALはワンワールド、中国東方航空はスカイチームと異なるアライアンスに加盟していながらJVを行うのは特徴的である。同年10月5日に2019年度中のJV開始を目指し国土交通省に独占禁止法の適用除外(ATI)の申請を行った。適用除外後JVが開始されれば運航路線の新設や整理、ダイヤの調整、マイレージプログラムのサービス拡大などが可能になる。