千日戦争
1900年5月25日、パロネグロの戦いで自由党軍は国民党軍に大敗。自由党軍は正規戦を断念しゲリラ戦に転換、さらに2年にわたり抵抗を続けた。保守党による自由党員弾圧が強化され、自由党ゲリラの反撃で多くの人命が失われた。
7月31日、内戦の政治的解決を図る保守党伝統派(historicos)のホルヘ・モヤ・バスケス将軍がクーデターでサンクレメンテ大統領を追放し、後任に副大統領のマロキンを据える。マロキンはいっさいの交渉を拒否、その後徹底弾圧に方針転換。
1901年11月20日、アメリカ政府は国益保護のためコロンビアに軍事干渉。
1902年6月12日、内戦の軍事解決を断念した保守党政権は自由党との和解に乗り出す。自由党員への恩赦、自由選挙、政治・財政改革を約束。
11月21日、コロンビア政府と自由党が米艦ウィスコンシンで和平協定に署名。協定に基づき、自由党指導者は投降。内戦による死者は75,000人とも150,000人とも言われる。