出雲全日本大学選抜駅伝競走
斐川直江・ゆめタウン斐川前(第2中継所、13.8km)→直江交差点(15.1km)→中部小学校前(15.8km)→西代橋南詰交差点(17.8km)→西代交差点(19.0km)→本田橋交差点(19.5km)→平田本田(国交省出張所前、20.0km)→京町交差点(20.4km)→雲州平田駅前(20.9km)→平田中ノ島・JAラピタひらた店前(第3中継所、22.3km)
2番目に長い区間であり、この3区と最終6区とでどちらにエースを投入するかも戦略の一つになるといわれている。
第25回大会(2013年)までは古土手県道踏切において一畑電車北松江線を横切るルートだったため大会開催時には踏切に一畑電車の職員が派遣されていた。しかし、第27回大会(2015年)からは西代交差点をそのまま直進し、その先の本田橋交差点を右折して国道431号に入り、平田本田交差点をさらに右折し、京町交差点で従来のコースに再び合流し、古土手県道踏切を通らないルートとなっているため、本田橋交差点から平田本田までのコースは4区と重複することとなった。そのため、従来より迂回するコースとなり、距離は8.5kmに延長された。
大会全体を通して田園地帯を走るために風をもろに受けやすい。風が強い年は横風、向かい風に注意。
1区では出雲大社正面鳥居前を出発し神門通りから南下、国道9号に入って2区へとつなぐ。2区は国道9号を東に進み斐伊川(神立橋)を横断する。斐川直江交差点の中継所で3区に入り北上、西代橋で再び斐伊川を渡り北東方向へ進み、平田の町の中心部の東側を反時計回りに周回する形で4区へとつなぐ。その後、コースは平田の町の中心部の西側を進み、4区・5区と国道431号を西に進む。島根ワイナリー前で6区へとつなぎ、再びスタート地点となった出雲大社正面鳥居前を通過して神門通りを南下し(途中までは1区と同じコース)、小山町(出雲市)を通過してゴールの出雲ドームを目指す。当初は島根県立浜山公園陸上競技場をスタート・ゴール地点としていたが、1998年の第10回大会からスタート地点を出雲大社正面鳥居前に、2001年の第13回大会からゴール地点を出雲ドームに変更している。先頭通過から極端に遅れたり、途中棄権となったチームは繰り上げスタートを行う場合もある。
1区間が最大10.2kmと三大大学駅伝の中で一番距離が短く、コース全体も大きなアップダウンがあまりないため、接戦もしくはスピードのあるレース展開が期待できるコースとなっている。
総距離は当初42.6kmで行われたがその後43.1km→44.0km→44.5km→45.1kmと4度の延長を行っている。