プラハ・カレル大学
エデュアルト・チェック(英語版) - 数学者、チェック理論(英語版)やストーン・チェックのコンパクト化で知られる
カール・フェルディナンド・コリ - 生化学者、ノーベル生理学・医学賞受賞者
ゲルティ・コリ - 生化学者、ノーベル生理学・医学賞受賞者
ヤロスラフ・ヘイロフスキー - 化学者、ノーベル化学賞受賞者
ヤン・エヴァンゲリスタ・プルキニェ- 医学者 プルキンエ細胞、プルキンエ繊維の発見者
ニコラ・テスラ - 発明家、物理学者、電気技術者
ベルナルト・ボルツァーノ - 数学者、哲学者
ルボシュ・コホーテク - 天文学者
呉建 - 日本の内科学者、戦前のノーベル生理学・医学賞候補者
ミロスラフ・ホルブ - 免疫学者、詩人
大学特権を失ったプラハ大学は人文系の小大学として細々と存続していたが、1622年にイエズス会が大学の運営に参画し1638年に至って皇帝フェルディナント3世の勅許により哲学部・文学部に加え法学部・医学部が復活し再興を見た。三十年戦争を何とか凌ぎながら1654年に大学名をシャルル・フェルディナンド大学と改称し、1740年にマリア・テレジアによって大学運営からイエズス会が排除され帝国直属の大学となる。