マンハッタンカフェ
1月29日、東京競馬場の新馬戦(芝2000メートル)、2.0番の2番人気に推されたが、スタートで出遅れた。さらにはハミを取れず、正しく走れなかった。トレジャーに後れを取る3着だった。そして2月11日、2戦目の新馬戦(芝1800メートル)に1番人気で出走。好位から抜け出して先頭で決勝線を通過。初勝利を挙げた。
続いて3月4日、クラシック初戦・皐月賞のトライアル競走である弥生賞(GII)に参戦する。相手には、アグネスタキオンがいた。アグネスタキオンは、12月上旬の新馬戦を3馬身半差で優勝した後、暮れのラジオたんぱ杯3歳ステークスにて、ジャングルポケット、クロフネらを下して優勝し有力馬となった。クラシックに向けた初戦が、この弥生賞だった。8頭立て、1倍台のアグネスタキオンに対して、マンハッタンカフェは、21倍の5番人気、前走よりもマイナス20キログラムで出走していた。4番手を追走し、直線で抜け出しを図ったが、アグネスタキオンに千切られた。ボーンキング、ミスキャストにも及ばず4着、皐月賞の優先出走権が得られる3着とは、クビ差の4着だった。
この敗戦で皐月賞参戦はなくなり4月7日、阪神競馬場のアザレア賞(500万円以下)に参戦したが、弥生賞からマイナス16、デビュー戦から42キログラムまで減らしていた。
優先出走権は得られなかったが、頭数は15頭に留まり、10月21日に京都競馬場で行われる菊花賞出走を叶えた。京都、関西で行われるため、輸送をする必要があった。マンハッタンカフェは、4月のアザレア賞、阪神競馬場にレース直前で輸送した結果、馬体重を大きく減らして敗れていた。この反省を生かして陣営は、関西馬の拠点である栗東トレーニングセンターの滞在を敢行する。余裕を持って早めに東西輸送を済ましていた。9月30日に栗東に入厩。当日を微増のプラス4キログラムで迎えている。
10月21日、菊花賞(GI)に臨む。15頭立てとなる中、単勝17.1倍の6番人気に推される。ここまでのクラシックは、皐月賞はアグネスタキオンが、東京優駿はジャングルポケットが優勝しており、どちらも2着はダンツフレームだった。アグネスタキオンは、東京優駿を前に引退。1番人気はジャングルポケット、2番人気はダンツフレーム、3番人気は駒草賞、巴賞、札幌記念、神戸新聞杯というオープン、重賞競走4連勝中のエアエミネムであり、この3頭が抜けた人気だった。
2枠2番からスタート、馬群の内側を確保。11番人気マイネルデスポットが単独で逃げ、スローペースを演出していた。
2018年産 リプレーザ(牡、父:リオンディーズ(2021年兵庫チャンピオンシップ) レイハリア(牝、父:ロードカナロア(2021年葵ステークス、キーンランドカップ) テーオーロイヤル(牡、父:リオンディーズ(2018年ダイヤモンドステークス) ソウルラッシュ(牡、父:ルーラーシップ(2022年マイラーズカップ、2023年京成杯オータムハンデキャップ)
2019年産 セイウンハーデス(牡、父シルバーステート、2023年七夕賞)
2020年産 タスティエーラ(牡、父:サトノクラウン、2023年弥生賞ディープインパクト記念、東京優駿) セラフィックコール(牡、父:ヘニーヒューズ、2023年みやこステークス)
2021年産 モズミギカタアガリ(牝、父:グランプリボス、2023年エーデルワイス賞)
テーオーケインズ
メイショウハリオ
タスティエーラ
菊花賞優勝後は、宮城県山元町の山元トレーニングセンターの短期放牧を挟んだ。ジャパンカップは、小島によれば「菊花賞の頃から、馬が本当にグングンよくなってきているんだ。伸び盛りの成長の芽を摘みたくなかった。それが唯一最大の理由」として見送り、暮れの有馬記念(GI)に参戦する。菊花賞が超スローペース決着だったことから、フロックと認識される向きがあった。なお回避したジャパンカップでは、菊花賞で下したジャングルポケットが、古馬のテイエムオペラオー、ナリタトップロード、ステイゴールド、メイショウドトウなどを下して優勝していた。
12月23日の有馬記念(GI)は、13頭立てだった。人気を集めたのは、このレースでもって引退するライバルの6歳2頭、テイエムオペラオーとメイショウドトウだった。テイエムオペラオーはこの年の天皇賞(春)優勝馬、メイショウドトウは、同宝塚記念優勝馬であり、前年夏から秋にかけてのGI戦線では、ワンツーを4戦連続張った2頭だった。テイエムオペラオー1.8倍、メイショウドトウ5.5倍、対してマンハッタンカフェは7.1倍の3番人気だった。以下7.5倍でナリタトップロード、15倍でトウカイオーザ、17倍でトゥザヴィクトリーなどと続いていた。