IRいしかわ鉄道線
2016年3月26日のダイヤ時点では、金沢駅 - 倶利伽羅駅( - 富山駅)間でおおむね1時間に1 - 2本程度が運行されており、金沢駅 - 津幡駅間ではこれに七尾線直通列車が加わり、同2 - 3本程度となる。
JR北陸本線の末期(2014年10月18日)に金沢駅 - 富山駅間で日中時間帯の一部列車で行っていたワンマン運転については、七尾線直通を除く津幡駅 - 石動駅間では実施せず、すべての列車に車掌が乗務している。
自社線内のみを運行する列車としては、平日の夜の金沢発津幡行き1本があるほか、金沢百万石まつりや花火大会などの大きなイベント時(「IRおでかけ号」や「百万石まつり号」など)、台風や大雪などの輸送障害時で他線との直通運転を中止する場合に金沢駅 - 津幡駅間のみを運行する臨時列車が設定される。
金沢駅 - 津幡駅間に直通するJR西日本の七尾線の普通列車については、2020年秋から2021年春にかけて後述の新型車両をJR西日本とIRいしかわ鉄道の両社が導入して旧車両を置き換え、この区間の運行業務をJR西日本が受託する方式で運行している。
また、同線の特急列車として、大阪駅 - 和倉温泉駅間の特急「サンダーバード」1往復、金沢駅 - 和倉温泉駅間の特急「能登かがり火」4往復の、1日計5往復が乗り入れている。また、2015年10月 - 12月の「北陸デスティネーションキャンペーン」開催に合わせ、観光列車としてキハ48形気動車による金沢駅 - 和倉温泉駅間の特急「花嫁のれん」が運行を開始。土曜・休日など多客期を中心に1日2往復運行している。