外毒素
外毒素遺伝子の多くは染色体上にコードされているがファージやプラスミドにコードされているものもある。ファージやプラスミドにコードされている外毒素遺伝子は、毒素非産生株に、ときには種を超えて移動できることが特徴である。またファージやプラスミドを失った細菌は毒素を産出できなくなり病原性を失う。
細胞膜を貫く孔を形成する毒素とリパーゼ活性をもつ毒素が知られている。
エフェクター分子は細胞膜と外膜を貫通し菌体外までのびる針状の構造の蛋白質複合体を介して宿主細胞質内に注入される毒素である。そのためエフェクター分子は免疫系の認識を受けない。