比企能員の変
祖師堂、鎌倉妙本寺
比企一族の墓、祖師堂向かって右側
一幡之君袖塚、比企一族の墓手前
事件当時に記録された京都貴族の日記、その他の文献史料によれば、事件の経過は『吾妻鏡』の記述と異なっている。
藤原定家の日記『明月記』によると、建仁3年(1203年)9月7日に鎌倉からの使者が到着して、頼家が1日に死去したと報じ、その後継をめぐって家臣の間に権力をめぐる争いが起こり、頼家の子が頼家の祖父時政に殺されて、頼家に心を寄せた在京御家人も討たれ、また朝廷に実朝の将軍就任要請がされたことが記されており、同様の記録が近衛家実の『猪隈関白記』、白川伯王家業資王の『業資王記』などにも見られる。頼家が死んだものとして実朝の将軍就任を要請する使者が京都に到着した9月7日は、頼家が出家させられた当日である。
鎌倉から京までの使者の進行速度からすれば、使者は9月1日か2日に鎌倉を出発しており、まさに比企一族が滅ぼされた前後である。使者が送られた時点では頼家はすでに危篤であり、一幡・比企能員の殺害が予定されていたものと考えられる。
また、事件当日に時政邸を警護した小代行平の子孫が記した置文の『小代文書』には、比企能員が単身、平服で時政邸を訪れたことが記されている。『吾妻鏡』で頼家与党として処罰されたとされている中野能成は、比企氏が滅ぼされた2日後の9月4日の日付で「比企能員の非法のため、所領を濫妨されたそうだが、特別処遇を与える」という時政による所領安堵の書状が『市河文書』に残されている。