近鉄16000系電車
近鉄では、22000系の車体更新を皮切りに、2016年(平成28年)以降に保有する汎用特急車両の塗装変更を発表しているため、本形式でも計画が発表された2015年(平成27年)11月時点で在籍する8両が塗装変更の対象とされているが、2016年(平成28年)10月に検査出場した16009Fから順次塗装変更が行われた。
12400系に準じて車内改装大井川鉄道16000系
第7編成以降の車体更新後の車内
2015年(平成27年)12月から2016年(平成28年)8月にかけて16007F - 16009Fにク16100形とサ16150形の喫煙室設置が行われた。喫煙室設置により、当該部分反対側の窓が封鎖されたが、車体前面および側面の方向幕設置は省略されている。