メタダイナミクス法
可用性と並列化効率を向上させるため、独立なメタダイナミクスシミュレーション(レプリカ)を複数組合せて行うことがある。この実行のために、マルチウォーカーMTD法パラレルテンパリングMTD法、バイアス交換MTD法、反応座標テンパリングMTD法など、様々な手法が提案されている。これらのうち後者3つは、パラレルテンパリング法に似て、サンプリングの改良のためにレプリカ交換を行なう。レプリカ交換にはメトロポリス・ヘイスティングス法を用いることが多いが、無限交換法や諏訪・藤堂法によりレプリカ交換速度を向上させることができる。
PLUMED は多数のMTD法と反応座標を実装するオープンソースライブラリである。オブジェクト指向で柔軟な設計がなされており、いくつかの MD プログラム(AMBER、GROMACS、LAMMPS、NAMD、Quantum_ESPRESSO、CP2K)とのインターフェースが可能である。