アンチセンスRNA
ヒストンの修飾はDNAとの相互作用を変化させ、遺伝子発現にさらなる変化を誘導する。ヒストンのメチル化(英語版)の生物学的影響は、その状況に依存している。ヒストンのメチル化は一般的には遺伝子の抑制を引き起こすが、活性化が行われる場合もある。ヒストンのメチル化がasRNAによって誘導されることが示されている。例えば、ANRILはDNAのメチル化に加えて、PRC2をリクルートすることでヒストンのメチル化(H3K27me)を引き起こし、CDKN2AやCDKN2Bの近隣遺伝子を抑制する。他の古典的な例としては、XISTによるX染色体の不活性化が挙げられる。
ANRILによるエピジェネティックな修飾はシスに作用するエピジェネティックな調節の一例であるが、asRNAによるクロマチン修飾はトランスに作用する場合もある。例えば哺乳類では、HOXC遺伝子座から転写されるasRNAであるHOTAIR(英語版)は、HOXD遺伝子座にPRC2をリクルートしてH3K27をメチル化し、サイレンシングを行う。HOTAIRは原発性乳がんで高度に発現している。