茗荷谷駅
計画時の仮称は隣の清水谷町にちなみ「清水谷駅」であったが、当地の最寄りには都電の教育大学前停留所(1910年 - 1971年)があり、その隣に清水谷町停留所があるという状態であった。地域住民や拓殖大学は所在地の茗荷谷町にちなみ「茗荷谷駅」とすべく陳情を行い、小石川車両基地建設のため埋め立てた茗荷谷を記念する意味もあり「茗荷谷駅」に決定した。なお、いずれの町名も住居表示実施後は「小日向」となっている。
相対式ホーム2面2線を有する地下駅に見えるが、池袋側のホーム上部に建造物(茗荷谷駅MFビル)が構築され、地下鉄の駅では珍しい半地下半地上となっている。当駅 - 後楽園駅間が地上線であり、ホームは地下鉄のトンネル出口に隣接し地上部となっている。地下部にあたる部分は駅舎地下である。改札口も地上部に立地する。駅舎は全体がオフィスビル「茗荷谷駅MFビル」となっており、地下1階地上8階構造で、駅施設としては地下1階から地上2階、7階と8階を使用している。駅南方の地上には小石川車両基地が併設されていて、入出庫のための渡り線がある。これを利用して当駅発着の列車が設定されている。
開業当初のホーム長は池袋方面ホームが4両編成対応の80 m、荻窪方面ホームが97 m(信号所を含む)であった。将来の6両編成化を想定して池袋方面は40 m、荻窪方面は13 mの延伸スペース(荻窪駅寄りに拡張スペース)が確保されていた。1960年(昭和35年)に池袋方面ホームを30 m、荻窪方面ホームを10.1 m延伸し、6両編成に対応した。
開業当初の駅舎は鉄筋コンクリート造の地上2階建てであったが、駅施設および同居する乗務員施設の狭隘化が目立ってきたため、1993年3月から1998年5月にかけて駅改良工事が行われ、駅ビルの新設やホームの拡幅(荻窪方面:6.0 m→6.99 m・池袋方面:6.0 m→6.39 m)が行われた。なお、開業時から1998年の駅改良工事までの間は池袋までのトンネルの出口にホームが接続され、地上階からの階段がホームの池袋側終端へ接続する地上駅であった。