JR東日本本社ビル
その後、第二次世界大戦中の空襲で庁舎焼失した後は木造2階建てのバラックを庁舎としていて、しかもその地は東海道新幹線の建設工事関係で移転が望まれていた東京鉄道局を収容するものとして、先述の第2期として増築される予定であった敷地に庁舎を建設する検討がされ、旧館を増築し一体の建物とする案ならびに独立した建物を建てる案が考えられたが、日本国有鉄道では1960年(昭和35年)7月の常務会で独立の建物として新館を建てることが決定され、工事費約24億3,000万円を費やして1962年(昭和37年)12月に竣工した。
新館竣工後、新館には旧館から国鉄本社及び運輸省が移転し、旧館には冷房設備が設けられた上、東京鉄道管理局などが入居した。尚運輸省はその後1966年(昭和41年)9月に霞ヶ関合同庁舎へ移転した。
国鉄分割民営化となった1987年(昭和62年)4月1日からは東日本旅客鉄道株式会社の本社屋として使用された。その後敷地売却のため取り壊されることになり、入居者が退去した後見学会が開催されるなどした。2011年(平成23年)5月29日現在この地には丸の内オアゾが建っている。
地上28階、地下4階建て、敷地面積24,234平方メートル、建築面積3,225平方メートル、延床面積79,070平方メートルで、高さはそれぞれ、最高部150.15メートル、軒高149.15メートルの超高層。建築主は東日本旅客鉄道。設計は新本社ビル設計共同企業体(日建設計、ジェイアール東日本建築設計事務所)。
新本社ビルは、将来の変化に対応可能な可変的な空間づくりをコンセプトとし、柱の少ない自由度の高い空間づくりを実現するため、スーパーフレームという大架溝を採用したほか、電波の反射障害の緩和とビルの正面性獲得を狙った大小2つの曲面ファサードも採用した。
東日本旅客鉄道は小田急電鉄と共同で一帯の開発に着手し、同社はJR東日本本社ビルと対になる小田急サザンタワーを建設した。また小田急の線路を跨ぐ高さ10mの人工地盤を造り 、その上に公開空地である新宿サザンテラスを整備した。このJR東日本本社ビル・小田急サザンタワー・新宿サザンテラスを合わせた新宿駅南口再開発事業は新宿サザンプロジェクトと俗称されていた。