細川国慶
この騒ぎ自体は鹿王院の潤仲周瓏の説得に応じて解散したものの、幕府も国慶を討伐する動きを見せ始めた。そのため、国慶は年明け1月14日に高雄に退去することになり、京都の町々も自発的に地子銭を国慶に納める形で事態が収拾した。この状況を見た細川晴元は四国からの援軍を得て京都奪還に動きだし、5月から6月にかけて行われた芥川山城の攻防では国慶の援軍にもかかわらず敗れ、7月12日には京都は再び晴元の支配下に置かれた。今度は国慶が晴元の追撃を受けて高雄から内藤国貞のいる丹波へと落ち延びることになった。その後も丹波から京都を目指して進軍し、10月5日は桂川沿いの河島城を攻略しているが、その翌6日大将軍にて戦死した。この時に彼の弟である左馬助某も戦死しており、玄蕃頭家は国慶の死によって断絶したとされているが、後年織田信長が足利義昭を奉じて上洛した際に岩成友通と共に「細川玄蕃頭」が勝竜寺城にて抵抗したと記されているため、同家の名跡を継いだ人物がいた可能性はある。また、今村慶満ら残された国慶の内衆は細川氏綱の内衆となり、氏綱陣営に転じた三好長慶の与力として付けられる事になる。
2018年、大阪大谷大学准教授である馬部隆弘がネットオークションで購入した軸装された古文書が、天文16年(1547年)9月に細川国慶によって京都の三条御蔵町宛に出された禁制であることが判明し、武家から都市共同体に直接充てられた最古の文書であると共に三好政権の京都支配の原型が細川国慶にあった可能性を示唆するものとして注目されている。