直仁親王
ところが、観応の擾乱の最中の正平6年(1351年)、室町幕府の征夷大将軍である足利尊氏が南朝の後村上天皇に降伏、これを受けて南朝軍が京都を制圧して北朝方の皇族を拘禁した。11月7日(11月26日)、南朝によって崇光天皇の廃位が宣言された(正平一統)。ただし、南朝側との交渉にあたっていた洞院公賢は南朝の後村上天皇の皇太子として直仁を認めるように求めていたらしく、公賢の日記『園太暦』の同年12月15日(1352年1月2日)条には息子の洞院実夏を光厳上皇の許に派遣して将来の直仁親王への継承実現の願書作成の相談を行い、2日後に執筆している。
だが、正平7年(1352年)閏2月20日(4月5日)の南朝軍の京都占領と同時に北朝の東宮職が停止されており(『公卿補任』)、この時点で廃太子が行われたと考えられている。その翌21日、南朝軍は光厳・光明・崇光の3上皇と廃太子直仁親王を後村上天皇の行宮があった男山八幡宮に幽閉して、やがて尊氏と南朝が再度対立して南朝軍が京都からの撤退を余儀なくされると、彼らは南朝の本拠である大和国吉野に連行され、続いて賀名生(現在の奈良県五條市)の賀名生行宮に幽閉された。
三上皇と直仁は文和3年(1354年)3月に河内金剛寺に移され、塔頭観蔵院を行宮とされた。10月になると後村上天皇も金剛寺塔頭摩尼院を行宮とした。だが、文和4年(1355年)には光明上皇のみ京都に返された。
本来、父の花園天皇は持明院統においては傍流であり、その皇位は嫡流である後伏見天皇-光厳天皇-崇光天皇の系統に引き継がれるものとされていたため、本来親王は皇位継承できる立場にはなかった。
ところが、貞和4年(1348年)に元服すると光厳天皇の猶子として皇位継承権が与えられ、その年の10月27日に義兄にあたる崇光天皇の皇太子に立てられた。康永2年4月13日(1343年5月7日)付で崇光天皇に向けて書かれた「光厳院宸翰御置文」(鳩居堂蔵)には、次のように記されている。
光厳上皇は、直仁親王の実の父親であると告白し、崇光天皇の即位は一代限りで、以後は直仁親王の系列に皇位を譲るようにとしたのであった。この置文は長らくその存在が秘され、研究者の間でもそのまま事実として受け入れられていなかった。しかし、多くの神仏の名にかけて誓約する真剣さや、信頼性の高い系図である「田中本帝系図」に直仁親王が光厳院第二皇子とされていることから、この内容は真実だと考えられる。岩佐美代子・深津睦夫・赤松俊秀らは、光厳が大恩ある花園に報いようとしてこうした行動に出たと推測しているが、家永遵嗣は、宣光門院の兄である正親町公蔭の正室と足利尊氏の正室が姉妹である事実を指摘し、光厳院は直仁の義理の伯父である尊氏に直仁を後見させて北朝(持明院統)を維持しようとしたと主張している。