Marathon
Marathonがプフォールの襲撃を受けた後、主人公はエイリアン船の中枢に侵入して敵を混乱に陥れ、プフォールに隷従させられていたスフト (S'pht) の一斉蜂起を促して、侵略者をMarathonから排除することに成功した。惑星タウ・セティIVのコロニーでは、何者かによってMarathonに乗せられて密かに送り込まれ、市民の中に潜んでいたサイボーグミョルニル4型 (Mjolnir Mark IV) 9体が立ち上がってコロニーを守った。
デュランダルは、乗っ取ったプフォールの宇宙船スフィエラ(Sfiera:デュランダルはブーマー (Boomer) と改称)に自らを転送して17年間銀河系を彷徨い、ついにスフトの故郷である惑星ロウォン (Lh'owon) を発見した。その間、デュランダルに拉致された主人公や、プフォールの捕虜(生体実験の材料あるいは奴隷)としてスフィエラに捕らえられていたボブ(BOB:Born on Board:船上生まれ)達は、ずっと冬眠状態にあった。主人公は冬眠状態から目覚めさせられるや否や、突然ロウォンの地上にテレポートされる。そこには、すでにプフォール達が到着していた。
そして、デュランダルの指示の下、1000年前にプフォールに拉致された種族であるスフトの謎を探し求めてロウォンの探索を始めることになる...