メガCDのゲームタイトル一覧
その一方で、発売されたゲームタイトルの大半は、ムービーを重視するあまりインタラクティブ性をおろそかにした作品や、既存のメガドライブ用ソフトに追加要素を付与した程度のソフトが占めており、肝心のムービーも、未熟な動画圧縮技術や、メガドライブ本体のカラーパレットの限界によって十分に魅力を引き出せなかったと指摘する者もいる。
また、前述の『ナイトトラップ』は暴力的な内容からマスコミを中心に論争を呼び、セガの北米法人が自主レーティングであるビデオゲーム・レイティング協議会(英語版)の導入を表明したが、論争はさらに広がり、ビデオゲームに関する1993年のアメリカ合衆国上院公聴会(英語版)が開かれ、最終的にはエンターテインメントソフトウェアレイティング委員会の設立へとつながった。
日本におけるメガCDの新規タイトルは1996年2月23日発売の『シャドウラン』が最後となった。また、北米においては1995年11月発売の『デモリションマン(英語版)』が最後となった。いずれもカートリッジよりも早い終焉を迎えた。
プラットフォームとしての展開終了後は、前述のCPUをはじめとする独自の方法で機能を強化したことがソフトを他機種に移植する際の障壁となり、2022年にプラグ&プレイ型ゲーム機のメガドライブ ミニ2でメガCD用ソフトの収録が発表されるまで、移植事例は少なかった。