仁科氏
建武の新政下では、仁科盛宗(左近大夫将監)が武者所結番第2番の寄人を務めた記録があり(『建武年間記』延元元年四月条)、後醍醐天皇や新田義貞に従い、東海・東山両道から足利尊氏追討軍に参加し、建武2年(1336年)の矢作川の戦いなどに参戦したが(建武の乱)、結果として敗北した。南北朝の争いには南朝に属し、国司堀河光継に従い、近江国坂本に参陣した。
仁科氏重(重貞)は、湊川の戦い後に比叡山に逃れる後醍醐天皇に随身した。貞和4年(1345年)には越後国沼川において新田氏の挙兵に参加したが、同国守護代の長尾氏に鎮圧された。また信濃では宗良親王を奉じ、文和元年(1352年)の武蔵野合戦に出陣したが敗北した。その翌年には、北朝側の守護小笠原長基と争ったが、南朝衰亡によって北朝に帰属した。その後の大塔合戦では仁科盛房が大文字一揆衆を率いて守護軍を圧倒し、小笠原長秀を信濃から追い払う活躍を見せる。寛正6年(1465年)には室町幕府が仁科持盛に安曇郡における国人の知行地押領をやめさせるよう奉書を下している。
応仁元年(1467年)からの応仁の乱では東軍(細川勝元)につく。文明12年(1480年)には仁科盛直が小笠原長朝と穂高川で戦って敗れたが(穂高合戦)、翌文明13年(1481年)諏訪氏に従って長朝の軍を破った。また、長享元年(1487年)からの長享・延徳の乱では、将軍足利義尚の近江守護六角高頼征討に出陣して戦功を挙げた。仁科明盛も永正10年(1513年)に将軍足利義稙が六角征討を再開すると近江に出陣した。