鞆幕府
輝元は副将軍として義昭を庇護することにより、毛利軍を公儀の軍隊の中核として位置づけ、西国の諸大名の上位に君臨する正統性を確保した。 これにより、毛利氏の支配領域である中国地方、北四国、北九州、さらには丹波、摂津の一部に及ぶ広大な領域に影響力を行使した。
とはいえ、輝元が自身を副将軍と認識していたことに関しては、あくまで毛利側の自己認識に基づくものであったとする見方もある。毛利氏は上杉氏や武田氏、石山本願寺ら同盟していた勢力よりも上位にあったわけではなく、各地の大名らに上位の存在と認識されていたわけでもない。また、主君に準ずる立場にあったわけでもない。それゆえ、毛利氏は同盟する大名に直接命令を下せたわけでもない。
一方、輝元が自らを副将軍として位置づけたことを、輝元自身や当時の人々は時代遅れの行動をしているという意識は全くなかったとする見方もある。かつて、毛利氏の主家であった大内氏が足利義稙を擁して上洛し、復位させたことにより、海外貿易の利権を握ることに成功していたこともあって、その先例に倣おうとしたとされる。
毛利氏は義昭を奉じたことにより、一定のデメリットを享受しなければならなくなった。毛利氏は義昭や侍臣らを養わなければならず、鞆にいる義昭の侍臣は主なものだけでも50人以上に及んだ。毛利氏は義昭の要望に従い、毛利氏の諸将が分担して彼らを養っている。
また、毛利氏は義昭の上意をそれなりに尊重しなければならなくなった。