エオコクシジウム
アピコンプレックス門のうちコクシジウム類の基部から分岐する系統である。いずれもコクシジウム類ではあるが、生活環や形態的特徴に基づく従来の分類体系では別々に位置づけられていた生物群であり、分子系統解析によってはじめて近縁性が認識された。
リチドシスチス科 Rhytidocystidae Levine, 1979 多毛類(特にオフェリアゴカイ科)の寄生虫で、従来はアガモコクシジウム目に位置づけられていた。Rhytidocystis属に数種が知られている。
シュードクロッシア科 Pseudoklossiidae Grassé, 1954 二枚貝の寄生虫で、従来は真コクシジウム目アイメリア亜目アイメリア科に位置づけられていた。一宿主性のMargolisiellaと二宿主性のPseudoklossiaが知られている。
アグレガータ科 Aggregatidae Labbé, 1899 軟体動物の寄生虫で、従来は真コクシジウム目アイメリア亜目に位置づけられていた。頭足類を宿主とするアグレガータ(Aggregata)と巻貝を宿主とするMerocystisがある。なおこの科には他にホヤを宿主とするSelysinaが知られているが、系統的位置付けは不詳である。