本圀寺の変
義昭は芥川に滞在する間、降伏した池田勝正・伊丹親興らに摂津の、三好義継・畠山高政に河内の支配を認め、義昭を支持して三人衆に抗戦し続けた松永久秀には大和一国を「切り取り次第」とした。
摂津の陣を払った義昭軍は10月14日に六条本国寺に、信長軍は洛東の清水寺に入った。当時の本国寺は下京惣構西南隅の外側に位置し、東西2町南北6町の広大な寺域を有しており、天文法華の乱を経験して復興され、堀や土手を巡らせた要害と化していた。さらに信長も、義昭が着陣する前に土手の築造を家臣に指示している。本国寺は京の町衆の信仰を集める日蓮宗六条門流本山であり、最盛期には百以上の塔頭が建ち並び、数千の信者が住む寺内町が形成されていたという。また同寺は三好氏の保護を受けてきたが、檀那である松永久秀は義昭を奉じており、その点でも義昭の兵が駐屯するには格好の場所であった。
10月16日、義昭は将軍宣下を受けるためにわずかな供を連れて上京の細川京兆邸に移り、信長も細川被官宅に入った。三人衆が推戴した14代将軍義栄(義昭の従弟)はすでに9月30日に廃されており、さらに日時は諸説あるが9月から10月の間に義栄は死去していた。
こうして就任の障壁が無くなった義昭が、18日に新たな征夷大将軍に任じられ、22日に参内を果たした。そして畿内の一応の静謐と義昭の将軍就任を見届けた信長は26日に岐阜への帰国の途につき、義昭は29日に御座所を下京の本能寺に移した。