亀山天皇
正嘉2年(1258年)8月、惨烈を極めた正嘉の飢饉の最中、10歳で立太子、翌正元元年(1259年)兄の後深草天皇の譲りを受けて践祚。即位には父の後嵯峨上皇や、母后の大宮院の意向があったとされる。
文永2年(1265年)には、元のクビライからの国書が高麗を介して伝えられ、鎌倉から送達される。幕府は元に備えると共に、朝廷は神社に異国降伏の祈願を行う。院政中には2回の元の対日侵攻(元寇)が起こり、自ら伊勢神宮と熊野三山で祈願するなど積極的な活動を行った(当時の治天であった亀山上皇か、天皇位にあった後宇多天皇の父子いずれかが「身を以って国難に代える祈願」を伊勢神宮に奉った。父子のどちらにその祈願を帰すべきかは、大正年間に学者の間で大論争を呼んでいまだ決着のつかない問題である)。文永11年(1274年)、蒙古襲来により炎上した筥崎宮社殿の再興にあたり亀山上皇は敵国降伏の宸筆を納めた。現在、筥崎宮の楼門高く掲げられている額「敵国降伏」の文字は、文禄年間、筑前国領主小早川隆景が楼門を造営した時、臨写拡大したものという。
文永3年(1266年)、第6代鎌倉幕府将軍となっていた異母兄の宗尊親王が鎌倉から送り返され、代わって惟康王が将軍に就任した。
文永4年(1267年)には皇后洞院佶子が皇子・世仁(後宇多天皇)を生み、翌文永5年(1268年)後嵯峨上皇の意向をもとに世仁親王を皇太子に立てた。文永9年(1272年)2月に後嵯峨法皇が崩御し、治天の君の継承と、皇室領荘園の問題が起こる。
後嵯峨法皇は治天の君の指名を幕府に求める遺勅を残していたとされたため幕府に問い合わせたところ、幕府は後嵯峨法皇の内意を問い返し、大宮院による内意は後深草上皇ではなく亀山天皇であったとする証言から亀山天皇親政と定まる。文永11年(1274年)1月、亀山天皇は皇太子世仁親王に譲位して院政を開始。亀山上皇は院評定制の改革に取り組み、一定の成果を上げて「厳密之沙汰」、「徳政興行」と評された。
また、後深草上皇の血統(持明院統)とは別に、自らの血統(大覚寺統)の繁栄に力を注ぎ、皇統が分裂して交互に皇位継承を行う両統迭立の端緒となる。後深草上皇が出家の意向を示すと、幕府は持明院統の冷遇を危惧し、妥協案として後深草上皇の皇子熙仁(伏見天皇)の立太子を推進。建治元年(1275年)に熙仁は亀山上皇の猶子となり親王宣下、ついで皇太子となる。続いて弘安9年(1286年)には亀山上皇の嫡孫にあたる後宇多皇子の邦治(後二条天皇)が親王宣下された。
だが、亀山上皇は関東申次の西園寺実兼との不和に加えて、霜月騒動で失脚した安達泰盛と親しかった事が幕府を刺激する。このため弘安10年(1287年)10月には後宇多天皇に代わって伏見天皇が即位し、その父である後深草上皇院政が開始されて総領権を奪われる。さらに、鎌倉では鎌倉将軍の惟康親王が廃されて後深草上皇皇子の久明親王が将軍になり、持明院統に有利な情勢が続いた。
正応2年(1289年)9月、亀山上皇は南禅寺で出家して、法皇となる。法名は金剛源。禅宗に帰依し、亀山法皇の出家で公家の間にも禅宗が徐々に浸透していく。