つくば号
平日・土曜・休日ともに上り28便・下り30便。
このほか、「ミッドナイトつくば号」が平日下り3便・土休日下り2便運行されていたが、現在は新型コロナウイルス感染拡大に伴い当面の間運休となっている。
年末・年始はつくばセンター〜筑波大学間が運休となり、東京駅〜つくばセンター間で減便ダイヤとなる。
2005年(平成17年)8月24日の首都圏新都市鉄道つくばエクスプレス(以下「TX」と表記)開業以降は、多くの乗客が同線に移り、結果乗客数が従来の約30%にまで減少した。特に、従来から首都高速道路の渋滞の影響で定時性に難があった東京行上り便の落ち込みが激しい。
それでも、TXの開業日から停留所を3か所増設して利便性の向上を図る一方、運賃を100円値下げしてTX秋葉原 - つくば間の運賃と同額とし、割安感を出すなどの営業施策を講じたものの、より速くて正確なTXに流れた乗客は戻ることはなく、同年11月1日のダイヤ改正で運転間隔を20分間隔とする減便改正が行われたほか、初発をつくば5時・東京6時30分に繰り下げた。また、併せて関東鉄道が運行担当するメガライナー便は全便廃止された。その後も利用客の減少に歯止めが掛からないことから、JRバス関東が担当するメガライナー便についても2006年(平成18年)5月28日をもって「つくば号」としての運用を終了し、同年6月以降メガライナーは「青春メガドリーム号」(東京 - 大阪)に転用された。
同年10月には一部の便が筑波大学まで延長され、2008年1月からほとんどの便が筑波大学まで運行されるようになった。一方で全体的な本数は減少している。
トイレ付きのハイデッカー車(正座席40〜44席+補助席0~10席)。
運行開始当初は、両社ともトイレなしのハイデッカー車(JR東日本バス→JRバス関東は東京湾岸線と共通仕様、関東鉄道は貸切車の改造)を充当していたが、現在は原則としてトイレ付きのハイデッカー車で運行される。
一時期導入されていた長大バスメガライナーは2006年5月までにすべて当路線での運行を終了している。
なお、ドリーム大阪号のつくばセンター発着便の出入庫の関係で、一部便に夜行高速バス仕様(独立3列シート)の2階建バスが使用される日があったが、2010年10月よりドリーム大阪号のつくばセンター乗り入れが廃止されたため、この運用も廃止された。