打吹城
南条元続は一族の南条備前守(南条信正のことか)、小鴨元清、重臣の山田越中守を置いて、打吹城の守備にあたらせた。また打吹城の近世城郭化が図られ、本格的な城下町が形成され始め、町の名が倉吉と呼ばれるようになったのも、この頃と考えられる。
慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いでは南条元忠は西軍に属して敗北。戦後改易され、伯耆国は中村一忠が支配するところとなった。中村一忠は米子城を居城とし、打吹城には城番として中村伊豆守を置いた。
慶長14年(1609年)、中村一忠は無嗣除封となり、打吹城は江戸幕府の直轄支配地となった。
慶長19年(1614年)には安房国の里見忠義が倉吉3万石を与えられるが、実質的には4千石しか与えられず、里見忠義が打吹城に入ることはなかった。
元和元年(1615年)の元和一国一城令で打吹城は廃城となり、破却を受ける。
元和3年(1617年)に池田光政が因伯32万5千石の領主として鳥取城に入った。その際、鳥取城とその城下町があまりにも手狭であるとして、新城の建設が検討された。打吹城も新城候補地に挙がったが『領国の中央なれど、山奥にて国主鎮座の地にあらず』として取り上げられなかった。池田光政は重臣・伊木忠貞を倉吉に置いて支配させた。
寛永9年(1632年)に池田光仲が池田光政と替わって鳥取城に入った。倉吉は荒尾氏(次席家老で、池田輝政の母方に当たる。)による自分手政治の地となり、打吹山麓に陣屋(倉吉陣屋)が置かれて明治維新まで続いた。