ぷよぷよ〜ん
声 - 緒方賢一 特技:スーパーダイナミックお茶ボンバー 回転しないで積むたびに、自分の攻撃力が1割ずつ上がっていく(最大4倍まで)。一度でも回転すると効果が切れ、元に戻る。
声 - 三浦智子
GBC版のみ搭載。2人対戦モード。『ぷよぷよ通』の中辛ルール準拠で対戦を行う(ハンデや特技は選択不可)。GBC版では初回起動時にそれぞれ自分の看板を作成し、対戦で勝てば相手の看板を奪って自分の級数を上げることができる。負ければ自分の看板が奪われるか、奪った看板を取り返される。
後に『ぷよぷよBOX』にも、同様のモードが収録された。
声 - 星野千寿子 特技:真・女王乱舞 フィールドを上下反転させて、おじゃまぷよを全て消去する。
コンピュータが操る相手キャラクターと戦うモード。 れんしゅう アルルを使用して、下記『すと〜り〜』の序盤のキャラクター3体(キキーモラまで)と順番に戦う。DC版他でのルール設定はサーカスステージと同じ。特技も使用可能で、DC版他はアルルの自身の特技・るいぱんこを使用可能、GBC版はその時点で解禁済みの特技(デフォルトではおじゃまバリア)に加えて、解禁状況に関わらずネオスラッシュ、アイアンボム、ストレート、フリーズを使用可能。漫才デモは無い(GBC版では対戦相手の名前が表示されるのみ)。 すと〜り〜(GBC版ではストーリー) アルルを使用し、ストーリーに沿って順番に敵キャラクターを倒していく。機種により仕様が異なる。 DC版・N64版・PS版 通常と異なりアルルは自身の特技・るいぱんこを使えないが、敵キャラクターとの対決後に特定のキャラクターが仲間に加わることがあり(下記の表で太字で表記、DC版のトレーラーでは「援助キャラ」システムと呼称)、次のステージ以降は仲間になったキャラクターの特技を使えるようになる。仲間が2名以上に増えた場合、試合前にその中から1名の特技を選択出来る。但し、サタン戦以降は援助キャラの使用が不可能となり、再び特技が使用出来なくなる。戦う敵キャラクターによってステージが変化していく。
GBC版 仲間が加わらない代わりに、敵キャラクターを倒すとその敵が使っていた特技を入手することができ、奪った特技は次の対戦から使用できるようになる(その周回のプレイのみ)。対戦形式も他機種とは異なり、最初と終盤のステージを除いて、3名の敵キャラクターの中から任意の相手を自由選択する形式となっている。
DC版、N64版、PS版に搭載。前作から引き続き収録された、次々と出題される課題を順番に解いてゆく1人用モード。システム上は前作の「じっせん」に相当するが、本作ではタイムアタック形式で難易度別に5段階のコースが存在し、コースごとに決められた問題数をこなした時点でクリアとなる。このモードでは、収録されている3機種において対戦では使用出来ない出題のみのキャラクターとして、ももも、ラグナス・ビシャシ、ミノタウロス、インキュバス、ハニービーの5名も登場する。
従来の固ぷよは一度ダメージを受ける(隣でぷよを消す)と普通のおじゃまぷよに変わっていたが、本作では数字付きの固ぷよも登場し、これを普通のおじゃまぷよにして消すためには設定された数字分だけダメージを与えなければならない。多数の方向から消すと、その分のダメージが与えられる。すなわち、固ぷよの数字+1ダメージで消えることになる。
また、得点ぷよにも数値が併記されるようになり、この場合は得点ぷよを消したときにその数値分の得点が加算されることを表している。1000点単位は「K」と表示される。
『ひとりでぷよぷよ』の『すと〜り〜』及び『フリー対戦』での各ステージ・キャラのルールや『ふたりでぷよぷよ』のルール設定、『遺跡ステージ』の初期配置により様々な種類が登場し、固ぷよは最大で数値9まで、得点ぷよは最大で500Kまで登場する。
ゲーム誌『ファミ通』の「クロスレビュー」において、ドリームキャスト版は合計29点(満40点)、NINTENDO64版は合計25点(満40点)、PlayStation版は合計27点(満40点)、ゲームボーイカラー版は合計25点(満40点)となっている。
相手のフィールドの下から3段分をすべて壁(18個)に変える。壁は時間が経つと一番下の段から時間差で消えていく。
声 - 松本保典
前作『ぷよぷよSUN』同様、予告ぷよの種類が増加している。隕石ぷよ(岩ぷよ)より上位の予告ぷよは、GBC版以外では、星ぷよ:90個、月ぷよ:180個、彗星ぷよ:360個、土星ぷよ:720個と、前作『ぷよぷよSUN』より表す数が半減した体系を基本とし、それ以上は機種やモードによって種類や示す個数が異なっている(例えばDC版の場合は、対戦では赤渦巻きぷよが1440個分として登場するのに対し、とことんぷよぷよの「す〜ぱ〜ちびぷよ」では赤渦巻きぷよは1兆個分を示す最大の予告ぷよとして登場するなど、多数の種類の予告ぷよが登場する)。後述のGBC版は、前作と全く同じとなっている。
設置された場所で落下せずに固定され、上に乗ったぷよが落ちなくなる。一定時間が経過すると自動消滅するほか、フィールド内で6個以上の色ぷよを同時消しすると、そのフィールド内の壁(画面外を除く)はすべて消える(自分の特技で設置した壁も同様)。
全ての特技に番号が割り振られているため、使用する敵キャラクターと共に併記する。