メタルギア ゴーストバベル
ステージ毎に与えられた課題をクリアしていくモード。全180種類でバラエティーに富んでいる。潜入時のメロディーは『メタルギア』『メタルギア2』のメロディーになっている(これは『メタルギアソリッド インテグラル』も同じである)。ステージクリアの度にストーリーモードにおける裏事情が明かされる。
オランダ人。世界でも一流の傭兵。30代。傭兵の事情や武器などに詳しい。直接作戦に参加せず無線でスネークをサポートする。狡猾さと獰猛さを併せ持ち、それを象徴する「ウィーゼル」(イタチ)の呼び名を自身も好んでいる。
スネークがヴァイパーと戦っている間、正体を現したマクブライドを射殺する。実は最初から黒幕であるガードナーに雇われており、本作戦に関わった全ての人間を抹殺するよう命令を受けていた。彼ほどの凄腕が現場に出向かず後方支援に回ったのも、伝説の傭兵たるスネークと渡り合える人間は他にいないからである。しかしスネークやキャンベルを気に入ったことから心変わりし、任務を遂行することなくスネーク達を見逃した。過去に弟を戦場で死なせており(その際に母は自殺し父には殺されかけて決別した)、その事に関してスネークと交わした会話も心変わりの理由の一つらしい。
10代にして新型メタルギアの開発チーフを務める天才。愛称は「ジミー・ウイザード」。兵器開発をオモチャ作りのように楽しんでおり、メタルギアによって多くの人間が殺されるであろう事にも罪悪感すら抱いていなかった。しかし、スネークやクリスとの出会いにより心情に変化が現れる。救出後はクリスに託されるも銃声と共に安否が不明になり、スネークとの再会時には、デルタフォースの本当の生き残りであるスミス少尉が自身を庇って死んだ事、信じていたクリスが敵のスパイかもしれないという疑惑、そして開発チームの仲間が全員殺された事実から自身の過ちを顧み、「国に帰りたい」「今度は人の為に働きたい」という本音をスネークに本音を漏らす。しかし直後、ヴァイパーの罠が起動し、スネークに看取られながら息を引き取る。
ちなみに、彼と接触せずにいきなり監禁部屋の壁を破壊して彼を救出すると、会話の流れが少し変わる。
ジンドラ解放戦線、通称ジレフのリーダーで、「民族独立」「先進国からの解放」というスローガンの下に、ジンドラ内の少数民族を率いて武装蜂起したカリスマ的指導者。40代。ジレフが明らかな戦力差で政府軍に追い詰められていた所に現れ、豊富な資金と最新鋭の武器、そしてカリスマ的な指導力で瞬く間にジレフを巨大化させた。贅肉の無いすらりとした優美な体に知性と凶暴性が同居する野生的なハンサム。ブラック・チェンバーに強奪させたメタルギアによってアメリカを脅迫し、独立国家建国の為にジンドラからのPKFの撤退を要求した。
その正体は、米国政府がアフリカにおいて進めていた機密プロジェクト「プロジェクト・バベル」の現地責任者であり、その鍵を握る人物である。莫大な報酬と身の安全を引き換えに裏でアメリカが世界的な覇権を打ち立てる手助けをしていた。しかしその本心は援助だけを利用して米国政府を出し抜き、いずれは本当に自身の国を作るというものであり、彼の語る「理想」も全くの嘘という訳ではなかった(スネークには「そんなもので作った国に何の意味がある」と指摘されるが、「世界は全てお前の言う『そんなもの』で出来ているんじゃないか?」と返した)。また、元アウターヘブン所属の傭兵であり、かつてはビッグ・ボスに心酔していた。アウターヘブン陥落後は世界を彷徨い、今度は自ら新たな「ビッグ・ボス」となって戻ってきた。
メタルギア・ガンダーに乗り込むがスネークに敗れ、「プロジェクト・バベル」に関する全てのデータが入ったディスクをスネークに託して息絶えた。実は彼はジンドラ人ではなかったが、「プロジェクト・バベル」にとっても「最高の仕事」をこなしており、裏切りを予感していたパーカーも敢えて利用し続けていた。
メインのストーリーモードに加え、STAGE SELECT、VR TRAINING、VS BATTLEが用意されている。
21世紀の初頭、伝説の英雄・ソリッド・スネークは3年前にFOXHOUNDを退役して、アラスカでの隠遁生活を送っていた。そこにかつての上官・ロイ・キャンベルが現れ、中央アフリカに存在する小国・ジンドラの内戦が世界を再び核攻撃の恐怖に陥れようとしていることを語り、スネークへの協力を要請する。ジンドラでは政府軍と分離独立を求める少数民族側の武装組織「ジンドラ解放戦線(通称『ジレフ』)」の間で内戦が続いていたのだが、そのジレフによって輸送中だったアメリカ軍の新兵器が強奪され、アメリカ政府はジレフからジンドラからのPKF撤退を内容とする脅迫を受けていた。
一旦は頑なに断るスネークだったが、ジレフの拠点である武装要塞「ガルエード」が7年前にスネーク自身がたった一人で陥落させた武装要塞国家・OUTER HEAVEN(アウターヘブン)と同じ場所であること、そしてジレフが強奪してここに運び込んだ件の新兵器が新型の「メタルギア」であることを聞くに及んで、再び潜入任務に就くことを了承する。
過去に自らが破壊したメタルギアが眠る場所に強奪された新型メタルギア。同じ「毒蛇(ヴァイパー)」のコードネームを持つ男が率いる、ジレフが雇った謎の傭兵集団「ブラック・チェンバー」とロイ・キャンベルの因縁。ジレフとアメリカの政府と陸軍、それぞれの思惑と陰謀。それらが複雑に絡み合う戦場で、スネークは一体何を見出すのか...?
20代、国籍不明。身長175センチ。夜目が利くことを活かして、暗闇の中を無音で移動しながらの戦闘を得意とする。異常体質で暗闇で目が光るため、戦闘時にはゴーグルをつけている。いつも二体の文楽人形(オサンとコハル)をつれている。
正体は米国の女性連続殺人鬼「スペクター」であり、女性をバラバラにして殺すことに至上の快楽性を見出す人格破綻者。指名手配犯としてFBIに追われていた所をヴァイパーに引き入れられた。スネークに敗れると、幼い頃にローラという女性をバラバラに殺されトラウマとなったことを明かした。死ぬ直前、ローラの幻を見るが、その後絶望の表情を浮かべて息絶えたことから、スネークに「天国には行けなかったようだな」と皮肉られた。
なお、ゲームボーイの年齢層を意識して「メタルギアシリーズ」では珍しい美青年タイプの敵キャラクターにした、と攻略本の巻末インタビューで中村如哉が語っている。
ちなみに、サーマルゴーグルのみを入手した状態で遭遇すると、イベントシーンを含めシルエットしか見えない。彼の姿を見るには暗視ゴーグルを入手する必要がある。
対決時は、文楽人形を遠隔操作し、スネークが人形に間違って攻撃すると人形からのカウンター射撃を行う。また、スネークが暗視ゴーグルを着用していると、スタングレネードを使用して視界を奪おうとする(爆発時に暗視ゴーグルを装備したままだと、画面が一定時間ホワイトアウトする)。難易度がハード以上になると、文楽人形を攻撃するとアウルの体力が回復してしまうため、サーマルゴーグルと暗視ゴーグルを切り替えながらの戦闘が求められる。
主人公。かつてFOXHOUNDに所属し、たった一人でアウターヘブンを陥落させた「伝説の英雄」。30代。しかしアウターヘブンで父親であるビッグ・ボスを殺害したことに強い自責の念と強迫観念を抱いており、自殺願望を持っている。「伝説の英雄」も当人にとっては人殺しの別名でしかなく、そう呼ばれる事を酷く嫌っている。この世界では「恐るべき子供達計画」は存在せず、スネークはビッグ・ボスのクローンではなく実子ということになっている。
3年前にFOXHOUNDを除隊し、本編シリーズ同様にアラスカで隠遁生活を送っていた。キャンベルの要請も一時は頑なに拒んだものの、アウターヘブンと同じ場所に存在する武装国家、そしてメタルギアという符合から再び戦場に舞い戻る。しかし最終的に、「過去に決着を付ける」という意志で今回のミッションに臨んだのは、本心では死に場所を求めてのことだったと悟る。
ヴァイパーを倒して核攻撃を阻止した後はクリスと共に脱出。FOXHOUNDが待ち受けていると覚悟の上でアメリカに戻り、陰謀を張り巡らせた黒幕達に償わせることと、全ての真実を明らかにするべく戦うことを決意し、全部片付いたらクリスの元に戻ってくると約束した。