999号
牽引する機関車はC62形である。同形式は実際に特急に用いられた日本国有鉄道最大の蒸気機関車であり、49両がD52形のボイラーを流用して製造された。また、作者が晩年の山陽本線、常磐線でのシーンが情緒的という思い出も深くあることから、このC62が選ばれた。車号に関しては、漫画原作では実在した48号機とされた。そのプレートを原作者松本零士がコレクションとして所有していたためである。汽笛の音も、日本の蒸気機関車らしい音色で設定されている。なお、この48号機は現役当時は常磐線にて平機関区に配置され、日本における蒸気機関車最後の定期特急仕業となるブルートレイン「ゆうづる」牽引の栄誉を授かった1機だった。
テレビシリーズでは実車の最終番号(49号機)に続く架空の50号機とされており、OPでは毎回汽笛と共にヘッドライトを灯す際に「C62 50」というナンバーが堂々と映るシーンから始まる。
劇場版製作では国鉄(当時)とのタイアップも成立し、上野駅 - 烏山駅間に臨時列車として999号(EF65形1000番台牽引による12系客車(どちらも車体裾に「999」のロゴ入り))が走ったこともあって、ミステリー列車的な999号にふさわしい番号を、ということで4に関連する組み合わせの48号機に戻された。またTVスペシャル3作品のOPの前半にはSLやまぐち号を牽引する蒸気機関車C57 1の映像にアニメ版の999号のマークを合成したものが使用されている。
原作版、アニメ版、劇場版それぞれのC62形は全て微妙に異なっている。