カール14世ヨハン (スウェーデン王)
同年11月、パリに召喚されイタリア方面軍総司令官の地位を提案されるが、1年前と違い、現状でその任務を遂行するには追加の兵力が不可欠と見て取ったベルナドットはこれを断っている。結果として陸軍大臣であったシュレール(フランス語版)が総司令官となり、ベルナドットは再び上ライン方面に戻った。翌年2月5日、監視軍総司令官に任命され、ジュールダン指揮下のマインツ軍とマッセナ指揮下のヘルヴェティア軍の支援を行うことになる。
1799年3月、再びフランスと対仏大同盟諸国との戦争が勃発した。兵力の不足によりベルナドットは満足にジュールダンを支援することができず、ストレスから吐血するようになる。ジンメンで数週間休養を取った後、6月に政治的陰謀渦巻くパリに帰還した。総裁バラスはもう一人の総裁エマニュエル・シェイエスと共謀して残る3人の総裁を辞職させようとしており、リュクサンブール宮殿に集う議員たちを武力で一掃するため、ベルナドットをパリの司令官に任じようとした。しかしベルナドットは彼の幕僚やジョゼフ・ボナパルトの勧めにもかかわらずこの話を断った。よって前回のフレクチュドール18日のクーデター同様、彼はプレリアール30日のクーデター(フランス語版)では傍観者の立場にいた。
イタリアにてシュレール指揮下のフランス軍が無残な状況であることを見たジョゼフとリュシアンは、シェイエスに掛け合いベルナドットを陸軍大臣に任命させる。ベルナドットはしばらく躊躇したのち、7月2日から任務についた。実質的にフランス軍のトップとなったベルナドットは、連敗している軍の立て直しに精力的に取り組んだ。
1792年、全ての王国軍が国民軍へと編成されると共に、ベルナドットも王国海軍の連隊での12年間の軍務を終え、新たに中尉に任命され、ブルターニュに配備された第36連隊に配属された。すぐさま彼の連隊はライン方面軍(英語版)に組み込まれ、外国との戦いに赴く事になる。ライン方面軍はダントンの提唱する自然国境論に基づいてライン川を制圧目標とした。この自然国境論はベルナドットの領土認識に深い印象を与え、後年彼の政策上の指標となったと指摘される。連隊が東方に向かって行軍しているその時、革命は新たな段階に移行して、国民公会からの派遣議員が軍隊を監督するようになった。ヴァルミーの戦いでフランス軍が勝利を収めた後、ベルナドットの連隊はビンゲン・アム・ラインに配備され冬を越した。
1793年の春、プロイセン軍がライン川を渡河して進軍して来たことでフランス軍は押されて後退した。この頃スペインが参戦して来たため、ベルナドットはピレネー方面軍に配属されるよう、故郷ポーの兄に口利きを頼んでいる。兄への手紙の中で、ベルナドットは1793年5月にリュルツハイムにてオーストリア軍の反撃を受けた際に、いかに彼がパニックを起こした志願兵たちを防ぎ止めたか描写している。これは、ベルナドットがその後幾度も混乱した兵士たちを押しとどめ、鼓舞して軍隊を立て直した最初の事例のとなった。この後、急速に昇進を重ねていく。シュパイアーとマインツの戦いの後、兵士の選挙によって1793年7月に大尉に昇進し、わずか3週間後には中佐に任命された。
しかし、新王太子はフィンランドの奪還も、その後の維持も不可能であると考え、政策の転換を計った。そして1812年1月にフランス軍によってスウェーデン領ポメラニアとリューゲン島が侵略・占領された事を契機として、ロシア、イギリスと同盟を結んでナポレオンに対抗する外交方針を採用した。そこでは、ナポレオンに戦いを挑む報酬としてノルウェー(当時はフランスの同盟国デンマーク領)を獲得する事で、フィンランドに代わる失地回復を実現する取り決めが成立した。1813年、スウェーデンは第6次対仏大同盟に参加し、カール・ヨハンは連合国軍北方軍総司令官として解放戦争に参戦した。ライプツィヒの戦いでナポレオンに対し決定的な勝利を収めた後にデンマークを制圧し、1814年1月14日にキール条約の締結によってノルウェーがスウェーデン国王に割譲された。その後、5月17日にノルウェーは独立を宣言し、デンマーク王フレゼリク6世の従弟クリスチャン・フレゼリク(のちのデンマーク王クリスチャン8世)が国王に選出されるものの、カール・ヨハンはこれを認めず、軍を率いて屈服させた。
カール13世の死去を受けて、1818年5月11日、カール・ヨハンはストックホルムにて戴冠式を行いカール14世ヨハンとしてスウェーデン国王に即位する。これが現在まで続くベルナドッテ朝の創立になる。次いで9月7日にノルウェーのトロンハイムにてノルウェー国王カール3世ヨハンとして戴冠式を行った。新国王の即位は両国で熱狂を興すとともに、ヨーロッパの列強国の君主からも祝賀の意が寄せられたことから、彼の王位継承者としての正統性への不安は幾分和らいだかと思えた。だがオーストリア使節が式典の最中に「全欧州がこの王朝の消滅を惜しまないだろう」と口にしたことは、ウィーン体制下にてカール・ヨハンが置かれた逆境を表現していると言えた。
その時代の他のヨーロッパの君主国からみて、カール・ヨハンの統治下のスウェーデンとノルウェーはその君主の王権が憲法によって制限されているという点で例外的であった。成立した当時欧州で最もリベラルであった1809年制定のスウェーデン憲法は王権を制限しており、国王と議会の権限はほぼ同等と定めていた。カール・ヨハンはフランス時代にナポレオンが行っていた政策を部分的に模倣したと指摘されているが、両者が決定的に違うのは、独裁的に必要と判断した政策を即座に実行できたナポレオンに対し、カール・ヨハンは上述の通り憲法の枠内で行動した点である。よって国王として統治するにあたり、政治的バランス感覚は重要なものになった。カール・ヨハンは自分が議会によって選任された統治者であることに極めて気を配っており、自身の地位はあくまで人々の自由意志によるものと見なしていた。彼はモンテスキューの権力分立制の支持者であり、自らの役割を「君主であるよりも調停者、王族であるよりも法の守護者」と称した。
ライプツィヒの戦いで連合国軍が勝利を収めた後、今後の方針についてカール・ヨハンは他国の首脳陣と協議を行った。王太子はフランスの領土を自然国境に基づいて維持するよう連合国に主張したが、列強の君主たちはナポレオンとの交渉から彼を排除しようとした。その後王太子はイギリスのジョージ王太子を手助けしてハノーファーの領地回復とハンブルクのダヴーの脅威を取り除くため軍を北に向けたが、本当の目的はホルシュタインを攻撃してデンマーク国王フレゼリク6世を降伏させることにあった。他方、メッテルニヒ主導でナポレオンと交渉をしていた和平案(フランクフルト和平案(英語版))が締結される見込みが無くなったため、連合国軍はフランスに侵攻する。
小規模な戦闘を経て、1814年1月6日、スウェーデン軍に対抗するための軍資もナポレオンの援助も無いと判断したフレゼリク6世は降伏を決定する。1月14日にキール条約が締結され、代償としてスウェーデンはポメラニアとリューゲン島を手放すことになったうえで、ノルウェーはスウェーデン国王に割譲されることとなった。
キール条例の締結後、スウェーデン国民は目的が果たされたのだから王太子が帰国することを望んだ。しかしながら、カスルリーがナポレオンを決定的に排除する前にスウェーデン軍を連合から引き上げることに対し警告を持って反対したため、再度軍を南に向けた。2月末、王太子はベルギーのリエージュに司令部を置く。依然としてナポレオンと連合国は交戦中だったが、王太子はそこから先に進もうとはしなかった。その理由の一つは戦役の動向と戦後処理に関しての連合国との意見の不一致であり、また王太子自身が軍を率いて母国フランスに踏み込むことをためらったからでもある。