コソボ解放軍
最初の期間では、335人が市民であり、230人が警察官、72人は不明である。民族別では、殺害された者のうち87人はセルビア人、230人はアルバニア人、18人はその他である。セルビアおよびユーゴスラビア軍が撤退した1999年6月より後で、全ての被害者は市民であり、その大多数はセルビア人であった。ヒューマン・ライツ・ウォッチによれば、1999年6月12日以降、セルビア人とロマあわせて1000人が殺害されるか行方不明である
旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷の主任検事カルラ・デル・ポンテは、自身の著書のなかで、コソボ紛争が終結した1999年以降に臓器取引がなされた複数の例があるとしている。それらの主張はいずれも、コソボやアルバニアの当局からは否定されている。コソボの当局はこれらの主張をでっちあげであるとして否定しており、旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷はこれらの主張を裏付ける信頼できる証拠は見つかっていないとしている。しかし、2014年にその後の調査で臓器売買などの疑惑が裏付けられたとEUが発表し、2015年にはコソボ側と協議した上で法廷を設置した。2019年に首相のラムシュ・ハラディナイが捕虜の臓器密売に関してハーグの特別法廷に聴取を要請されたとして首相を辞任。2020年に特別法廷は現大統領のハシム・サチやコソボ民主党の党首で紛争時の情報機関トップであるカドリ・ベセリ元国会議長らを紛争時におけるセルビア人やアルバニア人に対する迫害や拉致、拷問、虐殺行為、臓器売買疑惑などで起訴し、それにあたってサチとベセリが特別法廷に対して何度も妨害行為を行っていたことが発表された。同年11月5日にハシム・サチが自身の訴追が確定したことを受け辞任を表明し、当日に逮捕され特別法廷へと移送された。