バーコードワールド
BBIIのフリー対戦モードをそのままゲーム化したもので、ルールなども同じ。BBIIでは画面に数値でしか表示されなかったキャラクター達が、グラフィック付きで対戦を行うというのが売り文句であった。
魔法を使用した時は、火の玉や光線が発射されるというアニメーションがあるが、キャラクターのグラフィック自体は一切アニメーションしない。
1P側が入力したキャラクターは、シナリオモードに登場する味方側キャラクター8体のいずれかのグラフィックになる。2P側が入力したキャラクターは、敵キャラクターのグラフィックになる。
「合体」を行った場合、前者側のキャラは必ず「本作オリジナルのキャラクター(名前不明)」に、後者側のキャラは必ず敵キャラの「ムーニー・リー」の姿に変化する。
セーブデータを新規作成する際、まず「チーム名」を入力する(平仮名・片仮名から、4文字まで)。次に主人公となるキャラクターを2人分、BBIIを用いて入力する。次にそのキャラの名前を入力(8文字まで)し、グラフィックを4種類の中から選び、色を各8種類のカラーパターンから決める。
このモードは20のワールド(面)からなっている。敵キャラが守る「恒星系」で戦闘を行い、勝利すると次の恒星系へと進める。出現する敵の種類と編成は、恒星系ごとに決まっている。こうしてそのステージの最後にある「ボス恒星系」まで進み、ボス敵を倒せばそのステージはクリアとなる。どのステージも(宇宙ステーション以外は)一本道であり、クリアする為には全ての恒星系の敵を倒さなくてはならない。ボスまでの道中のイベントはほとんどない。特定の面のボスを倒すと、デモが流れる。
戦闘は基本的に対戦モードと同じだが、アイテムはあらかじめキャラに所持・装備させておく必要がある。また戦闘中のアイテムの使用、及び退却は可能である。
宇宙ステーションでは、BBIIを用いての新たな仲間の登録、及びアイテムの生成が行える。仲間は最高で8人まで登録できるが、パーティには一度に3人までしか加えられない。アイテムは最終的には32種類まで登録できる。
ワールド20のボス・帝王ゴッドを倒すとイベントが発生し、黒幕の存在が明らかになる。その後全てのステージのボスを倒せば(既に倒しているならその場で)黒幕の待つ隠しステージへ行く事ができる。
「Silent Empire -沈黙の帝国-」というタイトルが付いている。
物語の舞台の名称は「バーコード星雲」。これはBBII本体のシナリオモード「コンビニウォーズ」の舞台と同じ名称で、本ソフトのオープニングデモには「コンビニウォーズ エピソード IN FC」とクレジットされている。ただし設定やストーリー展開などはオリジナルのものとなっている。
本モードの敵キャラは、BBII本体のシナリオモードの敵キャラの流用だが、一部名前が変更されているキャラが存在する。理由としては文字数の都合(ラーメン堕悪大帝→ラーメンダークキングなど)や商標権上の都合(ティモテ姫→テモテひめなど)がある。