サン＝フェリペ号事件
これにより、イエズス会の宣教師とスペイン人との関係はぎくしゃくしたものになった。それというのも、周辺のスペイン人入植地では、人々は食料、避難所、衣類を保証されていなかったからだ。1767年にイエズス会はアメリカでのスペイン領から追放措置を受け活動を停止した。
ドミニコ会についてはミゲル・デ・ベナビデス・イ・アニョーザ等の修道士が1587年に初めてフィリピンに上陸している。ベナビデスはマニラで中国人のための病院を作り、スペイン人の圧政からフィリピン先住民を保護するために、マニラ司教ドミンゴ・デ・サラザールに同行してスペインに赴いた。1602年にマニラ大司教となり、1603年にはフランシスコ会にフィリピンに居住していた日本人の面倒を任せている。ベナビデスはアジア最古の大学である聖トマス大学の創設者として知られ、死後の1611年に開校した。
フランシスコ会はスペイン政府との一定の距離感が保たれており、ときには互いに非難の応酬をすることもあった。イエズス会も国家から独立した組織として布教する現地住民の意向を優先しており、ポルトガルとスペインの両国とも緊張関係にあった。宗教を絡めないイギリス、オランダ等によるアジアの植民地化の成功、コルテスによるアメリカ征服が宗教の介入なく軍事的になされたことからも、キリスト教の布教から文明の発達した国家の征服に乗り出すという想像上の政策の実現性は低く、またはそのような政策が実際に存在したかについても諸説ある。
1593年には原田喜右衛門がフィリピンの征服を秀吉に要請、同4月22日にはフィリピン総督が服従せねば征伐するとの国書を渡したが、スペイン側は事前に船に同乗していた明人を詰問して、日本国王が九鬼嘉隆にフィリピン諸島の占領を任せたが、台湾の占領も別の人物に任せたから、当地の遠征はその次である等の情報を得ていた。宣戦布告にも近い軍事的脅迫を含む敵対的な最後通牒によって、スペインと日本の外交関係は緊迫し、スペイン人の対日感情も悪化の一途を辿った。
1592年に豊臣秀吉はフィリピンに対して降伏と朝貢を要求してきたが、フィリピン総督ゴメス・ペレス・ダスマリニャスは1592年5月1日付で返事を出し、ドミニコ会の修道士フアン・コボが秀吉に届けた。コボはアントニオ・ロペスという中国人キリスト教徒とともに日本に来たが、コボとロペスは、朝鮮侵略のために九州に建てられた名護屋城で秀吉に面会した。原田喜右衛門はその後、マニラへの第二次日本使節団を個人的に担当することになり、アントニオ・ロペスは原田の船で無事にマニラに到着した。
1593年6月1日、ロペスは日本で見たこと行ったことについて宣誓の上で綿密な質問を受けたが、そのほとんどは日本がフィリピンを攻撃する計画について知っているかということに関するものであった。ロペスはまず秀吉が原田喜右衛門に征服を任せたと聞いたと述べた。ロペスは日本側の侵略の動機についても答えた。
ロペスはまた日本人にフィリピンの軍事力について尋問されたとも述べている。アントニオ・ロペスはフィリピンには4、5千人のスペイン人がいると答えたのを聞いて、日本人は嘲笑った。彼らはこれらの島々の防衛は冗談であり、100人の日本人は2、300人のスペイン人と同じ価値があると言ったという。