熊野別当
この後も、高知県長徳寺旧蔵の文書2通(13世紀末期)に記載された熊野別当、兵庫県英賀神社所蔵梵鐘名(14世紀前期)に明記された熊野別当定有、さらには『太平記』や『園太暦』などにも正湛以後の熊野別当やその名前が散見されることから、熊野別当による統括体制はこの時点でただちに解体せず、南北朝時代中頃(14世紀中頃)に「熊野別当」の呼称が消えるまでは形式上は存続したものと推定される。『園太暦』の観応元年(1350年)10月15日条に熊野別当として熊野新宮山西御前の託宣を京の熊野三山奉行所に注進した快宣が、確実な史料で確認される最後の熊野別当である。
熊野衆徒中の第一人者であった熊野別当は、白河院による補任や所領の寄進を通じて、権力基盤を確立し、院や藤原貴族、後には平氏や源氏の権力を背に、職を世襲しつつ熊野三山の統治にあたってきた。しかしながら、新宮・田辺の両別当家の間での内紛や、承久の乱において上皇側に与したことに対する鎌倉幕府の報復により、熊野別当勢力は徐々に衰退していった。14世紀以降には衆徒のみならず熊野水軍に対する統制力も失い、特に、熊野水軍を構成する熊野在地の地方武士勢力が、個別もしくは互いに連帯して自律的に自らの権益を脅かす鎌倉幕府と争うようになるにおよんで、すでに形骸化していた熊野別当家は完全に熊野の在地支配者としての地位を失い、田辺を含めて熊野三山はそれぞれに独自の道を歩み始めたのである。
加えて、戦いは幕府の一方的な勝利に終り、多くの荘園・所領・所職が失われた。特に田辺家は快実をはじめ次代を担う人材を数多く失ったばかりか、近接する南部庄や芳養上庄に幕府が地頭を送り込んできたことで、財政基盤が損なわれるにとどまらず、幕府の監視下におかれるようになった。新宮家の損害はそれに比べれば小さく、佐野庄地頭職などの一定の既得権益を確保することに成功したばかりか、幕府の御家人によって間近で監視されることも回避することができた。この他にも、宇治川での敗北後に捕縛・刑死・配流に処せられた者、逃亡を余儀なくされた者もおり、新宮・田辺を問わず別当家の勢力は弱まった。
さらに、鎌倉幕府は、和泉国・紀伊国の両国で停止していた守護職を再設置し、逃亡者の探索に当たらせた。また、鶴岡八幡宮の別当であった定豪を新熊野検校に任じ、三山の直接掌握を図った。こうした中、承久の乱のあいだ静観につとめた湛政が安貞3年(1222年)に死去すると、承久の乱に関わらなかった琳快(りんかい)が25代の別当に就任し、湛顕の弟湛真が権別当に就任した。