特殊作戦執行部
SOEの組織構造は、戦争を通じて変化し続けた。当初はプロパガンダ担当のSO1、作戦執行担当のSO2、調査研究担当のSO3の3部局から構成されていた。しかしまもなくSO3は膨大な量の事務作業を処理しきれなくなり、SO2と統合された。1941年8月、戦時経済省と情報省(英語版)との縄張り争いの末、SO1は政治戦執行部(英語版)(Political Warfare Executive, PWE)としてSOEから分割された。
最後に残った作戦執行担当部局の下位にはセクション(Section)が設置され、それぞれのセクションは敵国・中立国での活動、エージェントの選抜・訓練など、様々な任務を総合して担当する。通常、1国あたり1つのセクションが割り当てられていたが、政治的立場の異なる複数のレジスタンス組織が展開する占領国などには2つ以上のセクションが割り当てられる事もあった。例えばフランスには常に最低でも6つのセクションが割り当てられていた。
特殊作戦用装備の開発および調達を担当する4つの部局とその他複数の小規模集団も設置されており、これらは科学技術部長(Director of Scientific Research)のダドレー・モーリス・ニューイット(英語版)教授によって指揮されていた。
ポーランドではSOEが関与せずとも対独抵抗運動が盛んで、占領当初からポーランド地下国(英語版)に指導される国内軍なる組織がその主力を担っていた。それにもかかわらず、多くのポーランド人がSOEに参加し、またSOEもポーランドの抵抗運動に対する大規模な支援を行った。SOEではポーランド亡命政府による特殊部隊チホチェムニ(英語版)(Cichociemni、ポーランド語で「闇と沈黙」の意)の訓練指導を支援した。同部隊はエセックスのオードリー・エンド・ハウス(英語版)を拠点として、ポーランドへの落下傘降下に備えた訓練を積んだ。モストIII作戦(英語版)と呼ばれる特殊作戦では、長距離飛行用に改造された航空機が使用された。この作戦に参加したSOE職員の1人、スー・ライダー(英語版)は後にワルシャワ・ライダー女男爵(Baroness Ryder of Warsaw)なる称号を送られている。
SOE創設メンバーの1人でもあったSIS職員クリスティーネ・グラヴィル(Christine Granville)こと本名クリスチナ・スカーベック(英語版)は、中央ヨーロッパにおけるポーランド人スパイ網の確立に尽力した。彼女はポーランド、エジプト、ハンガリー、フランスなどで作戦を展開する折、しばしば安全な国際連絡手段として現地の反独ポーランド人コミュニティを利用した。
ギリシャ王国は数ヶ月の抵抗を経て枢軸国軍に占領された。SISなど他の諜報機関やトルコ政府からの反発があったものの、SOEはクレタ島などで抵抗運動組織との接触を維持し続けた。ギリシャ国内に潜入した元タバコ密売業者のエージェント、コードネーム・オデッセウス(Odysseus)は抵抗運動との接触を試みたが、抵抗運動の多くはカイロ亡命政権に協力する意志を見せなかったという。
1942年末、陸軍の要求を受けて、SOEはハーリング作戦(英語版)を実行した。この作戦はアフリカ装甲軍(ドイツ語版)への資源輸送に利用されていたギリシャ国内の鉄道を爆破することを主目的としており、ギリシャ国内におけるSOEによる最初の作戦であった。作戦の指揮官エディ・マイヤーズ(英語版)大佐はクリストファー・ウッドハウス(英語版)と共にギリシャへ落下傘で降下し、山岳地にて2つの主要な抵抗運動、すなわち共産派のギリシャ人民解放軍(英語版)(ELAS)と共和派の国民共和ギリシャ連盟(英語版)(EDES)との接触を確保した。1942年11月25日、マイヤーズの部隊はゴロゴポタモス(英語版)にて鉄道高架橋の一部を攻撃、イタリア軍守備隊を駆逐してこれを破壊した。
イタリアは敵国であると共に十分に統率されたファシスト国家であった為、SOEはイタリア国内に有力な抵抗運動をほとんど構築することができなかった。1943年半ば、連合軍がシシリーを占領してベニート・ムッソリーニが失脚した後になってから、SOEはイタリアに対するいくらかの活動を行った。1941年4月、コードネームヤック(Yak)ことピーター・フレミング(英語版)は、西部砂漠戦線(英語版)にて捕らえられた何千人ものイタリア人捕虜からエージェント候補を募集したが、成果は上がらなかった。アメリカ、イギリス、カナダなどのイタリア系移民からの募集も試みられたが、これも失敗に終わっている。
大戦初期のサルデーニャ島蜂起におけるSOEの関与はSOEとイタリア反ファシズム勢力の間に起こった重要なエピソードの1つだが、この活動は外務省の承認を受けぬまま実行された作戦の1つだった。
ムッソリーニ政権の崩壊後、SOEは北イタリアおよびアルプス方面の各都市にて大規模な抵抗運動の組織を行った。
それにもかかわらず、SOEでは「外務省の許可なく行動は起こさない」という原則を遵守していると主張していた。外務省配下の諜報機関であるSISとの衝突も多かった。SISは情報収集や影響力のある人物との接触など比較的「穏やか」な諜報活動を主としていたが、SOEは共産主義者など現地の反政府運動を支援して不安定を作り出す事を目的とした活動を主としていた。その為、SISが占領下フランスに対するSOEエージェントの潜入を積極的に阻止していた時期すらあった。
大戦末期、連合軍による枢軸軍占領地解放が進むと、SOEとSOEに率いられた現地抵抗運動は連合軍の戦線司令部と協働し始めた。北西ヨーロッパに設置されていた連合国遠征軍最高司令部(Supreme Headquarters Allied Expeditionary Force, SHAEF)や東南アジア司令部(英語版)(South East Asia Command)との協働が特に知られている。