5SリボソームRNA
免疫電顕法、化学的分子間架橋、X線結晶構造解析などさまざまな分子的技術を用いて、リボソーム大サブユニット(LSU)内の5S rRNAの位置はきわめて正確に決定されている。細菌と古細菌では、LSUは2つのRNA要素(5S rRNAと23S rRNA)と多数の結合タンパク質によって構成されている。真核生物のLSUは5S、5.8S、28S(英語版) rRNAと、さらに多くのタンパク質が含まれる。LSUの立体構造には、 L1 protuberance、central protuberance(CP)、L7/L12 stalkと呼ばれる3つの突出部が存在している。5S rRNAはCPに位置し、この突出部の形成と構造に加わっている。CPの他の主要な構成要素には、23S rRNA(真核生物では28S)とL5、L18、L25、L27などのいくつかのタンパク質がある。
5S rRNAの二次構造は5つのヘリックス(I–V)、4つのループ(B–E)、1つのヒンジ(A)からなり、これらがY字状の構造を形成する。ループCとDはヘアピンループ、BとEはインターナルループ(英語版)である。系統学的な研究によると、ヘリックスIとIIIが歴史が古い可能性が高い。ヘリックスIIIには高度に保存された2つのアデノシンが存在する。ヘリックスVはヘアピン構造であり、TFIIIAと相互作用すると考えられている。