GPUを用いた分子モデリング
GROMACS - GPUバージョン
HALMD - 高度に高速化された大規模MDパッケージ
HOOMD-blue - 高度に最適化されたオブジェクト指向の多粒子動力学 - ブルー・エディション
LAMMPS - GPUバージョン - lammps for accelerators
LIO - 密度汎関数理論(DFT)に基づくGPU最適化コード
Octopus - OpenCLをサポート
oxDNA - GPUによるDNAおよびRNAの粗視化シミュレーション
PWmat - 平面波密度汎関数法によるシミュレーション
TeraChem - 量子化学と ab initio 分子動力学
TINKER - GPU上
VMD & NAMD - GPU上 versions
YASARA - OpenCLを使ってすべてのGPUでMDシミュレーションを実行