長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産
外海の出津集落(小田平)
出津教会堂
旧出津救助院
外海の出津集落(浜口)
大野集落
大野教会堂
原城跡
黒島の集落(古里地区)
黒島天主堂
春日集落の棚田
安満岳
潜伏キリシタンが祀った安満岳山頂の「奥の院様」
中江ノ島
野首集落跡と旧野首教会堂
舟森集落跡
頭ヶ島集落(田尻地区)
頭ヶ島集落のキリシタン墓地
頭ヶ島天主堂
久賀島集落(細石流地区)
旧五輪教会堂
江上集落
江上天主堂
﨑津集落
第42回世界遺産委員会において、地球温暖化などに伴う異常気象が世界遺産に及ぼす影響の協議が行われたが、世界遺産登録から三日後に台風7号と続く平成30年7月豪雨により、旧五輪教会堂と黒島天主堂のステンドグラスなどが割れたほか、原城跡で土砂崩落などの被害が確認された。
久賀島の旧五輪教会に隣接する通常非公開の 五輪教会(1985年築)の祭壇に祭られたキリスト像の茨の冠が壊された。
上記追加調査要請の項にあるように、廃絶した潜伏キリシタン集落の調査要請を請け、航空レーザー測量に着手する。
江上集落がある奈留島への公共交通である船便(福江島~奈留島~中通島)を運航する五島産業汽船が2018年10月2日に突如として全便運休となり、4日に破産手続きが始められたことで、世界遺産観光への影響が生じ、行政の支援をうけ元従業員らにより同月20日に新会社が設立されたが一路線のみの再開であり引き続き世界遺産訪問の選択肢が狭い状態にある。
原城跡において文化庁に無届けで砂利を敷設した現状変更があり無許可の駐車場と化していたことが明らかになり、その後砂利の撤去作業が行われた。
黒島天主堂で計画されている耐震工事に応札がなく保全状況の悪化が懸念されたが、その後施行業者が決まり2019年(平成31年)3月14日より2020年度の完了まで見学が制限されることとなった。
潜伏キリシタン関連遺産は4つの時代に区分けされており、1始まり=「宣教師不在とキリシタン潜伏のきっかけ」として原城跡、2形成=「潜伏キリシタンが信仰を実践するための試み」として春日集落と安満岳・中江ノ島・﨑津集落・出津集落・大野集落、3維持・拡大=「潜伏キリシタンが共同体を維持するための試み」として黒島の集落・野崎島の集落跡(野首と舟森)・頭ヶ島の集落・久賀島の集落、4変容・承継=「宣教師との接触による転機と潜伏の終わり」として江上集落と大浦天主堂を割り当てている。特に集落群は、出津・大野・春日・﨑津が17世紀の禁教初期に形成されたのに対し、黒島・野崎島・頭ヶ島・久賀島・奈留島の離島集落が18世紀以降に潜伏キリシタンが移住して構築された時間差があることに留意が必要となる。出津・大野で育まれた石積みの技術が野崎島・頭ヶ島・久賀島に伝わり、より精緻なものへと発展し、石造りの頭ヶ島天主堂や久賀島の漁港整備にまで応用された変遷を集落景観の差異として捉えなければならない(春日の棚田における石積みは平戸にあった土着の技術とされる)。
なお、黒島・野崎島・久賀島は島全体が世界遺産に登録されているが、頭ヶ島は上五島空港がある島東部が除外され、奈留島は江上天主堂がある江上集落地区のみの登録となっている。