古田敦也
2005年限りで若松が監督を退任、後任として古田に白羽の矢が立つ。10月18日、かつての恩師である野村克也以来29年ぶりとなる選手兼任監督として、翌2006年シーズンからヤクルトの指揮を執ることで球団と合意した(選手として1年契約、監督としては2年契約)。
ファンサービスの改善策について球団と交渉を続け、球団外部からカカクコム社長(当時)の穐田誉輝らを招聘。「F-Project」を11月1日に発足させ、様々なファンサービス策と地域密着策を次々と展開。古田はこのF-Projectの一環として球団に対し、球団名に都市名を冠することを提案。12月19日のプロ野球実行委員会で新球団名「東京ヤクルトスワローズ」への改称が承認された(プロジェクトの主な概略については東京ヤクルトスワローズ#F-Projectとヤクルトタウンも併せて参照)。
監督としての最初の仕事は、翌2006年シーズンに契約を結ばない選手を決めることであった。
本人は自分のキャッチング技術が培われた要因として「人の言うことをあまり聞かなかったこと」を挙げている。本人は捕手というポジションについて「教えようがないわりに技術が必要」と表現している。
野球選手には読書が必要であると主張しており、アマチュア時代から野球漬けであった選手の中には文字自体を拒絶する者もいる、そのような選手がプロ入りしてミーティングをきちんと聞かなかったりすると嘆いている。特に野村は「馬鹿っぽい奴が嫌い」であったため、野村の顔を潰さないように古田は読書で教養を身に着けたという。 古田はトヨタ自動車時代に先輩達から「お前らもう大学を卒業したんだから、漫画とか週刊誌とか卒業しろ」と教育されたといい、これを本人は「その頃の社会の流れ」と後年に分析していた。一方、五十嵐亮太は古田から『20世紀少年』を勧められたと語っており、漫画を完全に否定しているわけではない模様。
プロ野球選手はロマンを与えることが仕事と考えており、先発投手を早期交代させるために初回からカットする打撃を行う打者を「それをやったらプロ野球じゃない」と快く思っていない。また、日本球界時代のある時期に明治神宮野球場での試合で左翼ポール際を狙うことが多かった松井秀喜はオールスターの際にベンチで会った古田に「松井...志が低いよ」と苦言を呈されたことがある。
昔の投手はロマンを求めてストレートにこだわっていたが、2022年シーズン時点ではカットボールなどを投げるツーシーム系の投手が増えたと証言している。
2002年4年ぶりに10本塁打に届かなかったが打率3割を記録した。また満塁では11打数8安打(打率.727)を記録するなど満塁での勝負強さが光った。
2003年開幕直前に右手薬指を骨折したが完治しないまま開幕戦を強行出場する。6月28日、対広島戦で日本タイ記録となる1試合4本塁打・4打数連続本塁打を記録。シーズンでも先発マスクは一試合だけ欠場しただけで打率こそ2年ぶりに3割を割ったが1995年以来の20本塁打以上を記録した。
2004年開幕から打撃好調でタイトル争いにも加わっていたが、上記にあった通り球界再編による選手会の活動が激務で日に日に成績は下降。なんとか通算8回目となるシーズン打率3割を残した(これが現役最後の規定打席到達だった)。39歳になるシーズンでの打率3割達成は史上3人目、捕手としては史上初であり、打率.306は岩本義行と門田博光に次いで年齢別歴代3位、148安打は岩本と並んで年齢別歴代1位だった。一方で盗塁阻止率はリーグ最下位の.259を記録するなど、肩の衰えが顕著となった。
2005年4月24日(対広島戦、坊ちゃんスタジアム)、捕手としては野村克也以来史上2人目、大卒・社会人を経てプロ入りした捕手としては史上初の通算2000安打を達成。しかし、4月27日の対読売ジャイアンツ戦にて、左睾丸部打撲で全治1週間の怪我を負う。これをきっかけに体調を崩し、扁桃腺炎を発症して出場選手登録を抹消された。さらに8月19日にも左大腿部裏を肉離れするなど、このシーズンは2度にわたって戦線を離脱し11年ぶりに規定打席未到達となり、小野公誠や米野智人ら後輩捕手に出場機会を譲った。10月5日には通算1000打点を達成した。