寺院法
又、特殊な形態としては菩提寺・氏寺として創建した創建者あるいはその一族によって定められた規則も統教権の変形であると言える。
治教権に基づく本格的な寺院法は従来からの僧伽内の規制、僧尼令をはじめとする統制や鑑真によって本格的に伝えられた戒律の影響を受けて形成されたと考えられている。最古のものとされるのは、最澄が弘仁9年(819年)に記した『山家学生式』である。これは延暦寺に戒壇を設置できるように朝廷に申請するために作成されたものであったが、同時に延暦寺の僧侶にも僧侶として相応しい姿を示すように求める性格も有していた。その後、延暦寺では良源によって天禄元年(970年)に起請26箇条が定められ、内部規範の確立が進められた。また、真言宗においては空海が死去の際に遺した『御遺告』が同宗の僧侶・信徒の守るべき規範として重要視された。その他個別の寺院の規則としては貞観10年(868年)に真紹が禅林寺に導入した禅林寺式15箇条や元暦2年(1185年)に文覚が神護寺に導入した神護寺45箇条起請などが知られている。また、伊勢神宮にて延暦23年(804年)に作成とされている『皇太神宮儀式帳』(『延暦儀式帳』)も神社における治教権の反映であると考えられている。
織田政権による統一戦争から江戸幕府成立の過程で、一向宗をはじめとする寺社勢力は統一権力の前に自律性を失っていく。 徳川家康は豊臣政権時代から自領である関東地方を中心に統教権に基づき個別寺院あるいは宗派ごとに対する法規を定めた規制を行ってきたが、これは分国法の延長から幕藩体制の法制への過渡的なものであった。政権確立後は各種寺院法度の発布や本末制度・檀家制度の確立を通じて日本全国を対象とした宗教統制策を遂行した。また、18世紀には寺社方御仕置例書が作成されて僧侶に対する刑罰規定などがまとめられた。また、幕府法に反しない限りにおいて藩独自の統教権が認められ、更にそれらに反しない限りにおいては引き続き宗派による宗法制定や個別寺院の治教権も認められていた(真言宗金剛寺定・天台宗園城寺定)。また、神道に対しては寛文5年(1665年)に『諸社禰宜神主法度』が定められている。なお、日蓮宗不受不施派のように幕府から邪宗門として迫害された宗派や特定の藩において浄土真宗が禁じられた例(隠れ念仏を参照のこと)もある。
日本における最古の寺院法制は、推古天皇12年(604年)に聖徳太子が定めたとされる十七条憲法とされている。仏教尊重を国家の方針として打ち出し、仏教信仰と国家形成が密接に結び付けられたこの法については『日本書紀』作者の創作説もある。ただし、創作説を採るとしても『日本書紀』成立は聖徳太子の時代から100しか経ておらず、初期国家の仏教観を知る上では貴重な史料である。
太子没後の推古天皇32年(624年)には、中国南朝の制度を元にしたとされる僧正の制度が定められ、百済から来日した僧侶観勒が任じられた(僧官制度のはじめ)。続いて、大化の改新後に十師・法頭の制度が設けられ、その後一部制度の改革を経て大宝律令において僧尼令(神社に対しては神祇令)が出され、国家による僧侶・寺院に対する統制が行われた(律令法は形式上においては仏教や神道そのもの統制ではなく、それに従事している人や組織に対してのみ統制を行った)。僧尼令は厳格な規定の一方で、僧綱側の要求で施行が一時停止されるなど、その位置づけは不安定なものであった。その後編纂された延喜式の玄蕃寮式も後世の統教権に基づく規制の典拠とされた。