足利義栄
義栄の主力は長房の軍勢であったが、義栄がこうした状況では軍勢も士気が上がらず、長房は信長とは戦わずに兵力を温存する形で、阿波へと撤兵することにした。
10月1日、義栄は篠原長房や三好長治らとともに、阿波へと退いた。義栄は長治らに付き添われ、阿波の撫養に下向したが力尽き、同月にその地で死去した。また、9月の段階で、富田の普門寺において死去していたともいう。享年31。
いずれにせよ、没した月日に関しては諸説あり、9月13日・9月30日・10月1日・10月8日 ・10月20日、10月22日、と史料によって様々である。また、死去した場所も阿波の撫養、摂津富田の普門寺、淡路など諸説ある。
10月18日、義昭が朝廷から将軍宣下を受け、15代将軍に就任した。義栄の死去日については諸説あるため、義栄の将軍職は朝廷に解任されたのか、あるいは死去によって空席になっていたのかは不明である。
義栄の幕府の崩壊により、義栄の父・義維と弟・義助は阿波の平島に帰還した。また、義昭の幕府が成立したことにより、義栄派の公家は朝廷を追われた。武家伝奏の勧修寺晴右は蟄居を命じられ、高倉永相・永孝父子は大坂寺内町へ、水無瀬親氏は阿波へ下向を余儀なくされた。