本薬師寺
東塔の基壇は、一辺14.2メートル、高さ1.45メートルで、西ノ京の薬師寺とほぼ同じ規模であったことがわかっている。基壇は4面の中央に階段を備え、凝灰岩により化粧されていた。裳階の礎石は残らないが、中心の心礎および四天柱(してんばしら)4個と側柱(かわばしら)12個のうち11個の礎石、計16個が残存し、東西2.1メートル、南北1.7メートルの花崗岩の心礎に舎利孔がある(西ノ京の薬師寺は逆に西塔の心礎に舎利孔がある)。東塔の規模は、方23尺(約7.15メートル)であったとされ、薬師寺の東塔の規模(主屋7.09メートル四方)とほぼ一致する。現在の土壇は東西16メートル、南北13メートル、高さ1メートルであり、東端には祠が祀られている。
寺域は、藤原京右京八条三坊の全域を占める。伽藍は、薬師寺式伽藍配置であり、中央に金堂があって、その手前に左右対称の東塔と西塔を配置しており、その前面(南)にある中門の両側から、回廊が金堂の背面(北)にある講堂の両側まで取り囲んでいた。金堂・東塔・西塔の基壇や礎石は西ノ京の薬師寺と同じぐらいの規模であるが、発掘調査により中門や回廊の規模および構造が異なることがわかっている。なお、講堂などがあった北側の地域は、今日、集落があるため発掘調査は困難な状態にある。
本薬師寺(もとやくしじ)は、奈良県橿原市の東南に位置する藤原京の薬師寺と呼ばれた寺院。後に持統天皇となる皇后の病気平癒を祈って天武天皇が建立を誓願した官寺である。平城京遷都で薬師寺が西ノ京に移ると、西ノ京の「薬師寺」と区別するために「本薬師寺」と称されるようになった。本薬師寺は元薬師寺とも記されるほか、平城京に造営された薬師寺(平城京薬師寺)に対して、「藤原京薬師寺」などとも呼ばれる。これまでの発掘調査により、およそ11世紀初頭まで存続していたことが認められている。
現在は、橿原市城殿町(きどのちょう)の医王院(白鳳山醫王院)の境内に、伽藍の遺構のうち金堂の礎石の一部が残る。また、東塔や西塔の土壇および心礎などの礎石が周囲の水田に残存しており、本薬師寺跡として特別史跡に指定されている。