紀伝道
しかし、前述の菅原氏や大江氏など優秀な学者を代々輩出した一族や給料学生以外の学生でも勧学院より同じような学問料が支給された藤原氏(主として北家日野流・南家・式家)などによる文章博士や文章生の世襲や文章博士による門人の推挙による一種の学閥化の風潮が次第に見られるようになった。また、文章生や文章得業生も難関である秀才試を受験するよりも、前述のように教官の推挙を受けて官職を得る選択をするようになった。そのために試験も次第に形式的なものとなり、天元2年(979年)に方略試を受けた大江匡衡は、事前に出題博士であった菅原文時から問題の出題箇所の通告を受けた(『江談抄』)とされ、更には11世紀に入ると十上制(一定回数試験を受けても合格できなかった者に対して特別に合格を認める制度)さえ導入されるようになっていった。加えて試験を受ける学生と特定の有力貴族が通じて、学生側から有力者への利益供与などと引換にその権力を背景に省試や秀才試合格を得ようとする例も見られるようになった。『小右記』永延2年12月4日(989年1月14日)及び翌日条によれば、権中納言藤原道長が自らが推挙した甘南備永資が省試に落ちた腹いせに式部少輔橘淑信を強引に捕えて自邸まで引き回したために父親の摂政兼家より一時勘当された事件が記されている。
このため、弘仁12年(821年)には文章博士は相当官位を従五位下に引き上げられた。これは博士の中で筆頭とされた明経博士よりも上位であり、かつ博士中唯一の貴族相当の位階であった。このような情勢の中で、弘仁11年11月15日(820年12月23日)の太政官符では、従来の方針を一転して「良家(公卿)子弟」のみに限定する規定が定められた。これは両科統合後の天長4年(827年)文章博士都腹赤の上奏(『本朝文粋』、ただし腹赤は2年前に没しており、生前に行われたものか)によって撤廃されたものの、貴族子弟の文章生採用が事実上認められたために白丁文章生は貴族文章生によって圧迫を受けるようになり、本来は正規外に中下級身分からの人材登用の役目を担っていた紀伝・文章生が貴族子弟によって独占されて、文章博士以下の世襲が進行するきっかけとなった。また、紀伝道に求められるものも、天皇や公卿からも強い関心を抱かれていた漢詩などの文学の材料としての歴史的知識に移るようになっていった。このため、紀伝道と文章道の違いが次第に曖昧になっていった。承和元年3月8日(834年4月20日)に紀伝道と文章道(「道」の呼称が未だ成立していなかったとする見解を採るならば、紀伝科と文章科)は統合されることとされた。
紀伝道の統合期に活躍した文章博士である菅原清公は大学頭を兼務してその発展に貢献し、大学寮の北側に文章院という学舎を設置した。後に菅原氏は清公・是善・道真・淳茂の4代の文章博士を輩出し、文章院は大学直曹(公認寄宿舎)としての地位を得るに至った(これに対抗するために設置されたのが大学別曹と言われている)。教科書としては歴史からは「三史」と呼ばれた『史記』・『漢書』・『後漢書』と文学からは『文選』を中心として、『三国志』・『晋書』・『爾雅』などが用いられていた。また、後に講日本紀(『日本書紀』の講義)に文章博士や紀伝学生(文章生)も関わっている(特に元慶講日本紀を受講して後に「日本書紀私記」をまとめたとされる矢田部名実(擬文章生、後に大内記)などは良く知られている)ことや国史編纂に関与した撰国史所の職員に紀伝学生が加わっていることから、『日本書紀』以下の「六国史」に関する講義も行われていたと考えられている。
貞観年間までに文章博士2名、文章生20名(うち文章得業生2名)、擬文章生20名(文章生の予備生)という構成となり、それでも学問が成就して文章博士になれば貴族に達するために志願者数が絶えず、そのために試験制度が導入され、まず大学寮の寮試にて中国正史より問題を出題して擬文章生を選抜した。