ドクターマリオ
ビンの中にいる光るウイルスを先に全滅させた方が勝ちになる対戦ゲーム。その他のルール、設定はVS.COMと同じ。
3分間の間にどれだけウイルスを消すことが出来るか競うモード。制限時間内にすべて消せばボーナスが出る。
2015年5月31日に配信。従来のカプセルを使う「Dr.MARIO」、L字型カプセルを使う「Dr.LUIGI」、3DS本体を縦に持ってタッチペンでカプセルを動かす「細菌撲滅」の3つのゲームモードを収録している。一度に多くのウイルスやカプセルを消せる新アイテム「特効薬」が登場する。
ファミコンミニシリーズとして2004年5月21日に発売。『NINTENDOパズルコレクション』のダウンロード版とは異なり、通信ケーブルやワイヤレスアダプタを使用することで対戦プレイが可能。
4人で対戦モードをプレイするモード。人数が足りない場合はコンピュータが操作を担当する。連鎖の最初に消したウイルスの色で攻撃対象が決まる。