法華神道
蓮門講社は東京、中国地方、九州地方北部で教勢を拡大。一時は天理教や金光教に肩を並べるほどの勢いとなり、信者は数十万余、教会も全国に100近くに及んだ。1889年(明治22年)には東京の「蓮門教総本院」に「蓮門講社本祠」を遷して「蓮門教総祠宇」と改称、「蓮門教総本院」を「大成教蓮門第一教院」とした。
とはいえ引き続き医学的根拠のない催眠療法のような治療活動により布教し、催眠術のような手段によって「御神水」を売って財を成している(当時の金額で20~30万円という)として、1894年(明治27年)、再び内務省の取り締まりを受けた。『萬朝報』をはじめとする新聞や他の教派・宗派、文化人など多方面からも「淫祠邪教」として厳しい批判にさらされ、上部団体の神道大成教はみつの神道教師の資格を剥奪した(蓮門教事件)。この事件を受け、1901年(明治34年)には内務省宗教局が「淫祠邪教の取り締まりを強化する」と発表した。以後教勢は急速に衰退し、1904年(明治37年)2月13日、みつは74歳で死去。国家神道の確立によって神仏混淆の法華神道は存在する余地が狭められたこともあり、その後も蓮門教は勢いを取り戻すことはなく、1916年(大正5年)、蓮門教は分裂。1940年(昭和15年)4月の宗教団体法施行時には既にほとんどの教会が廃絶していた。最後まで残っていた神奈川県横浜市の「宗教法人神道大成教蓮門和田講社」も1964年(昭和39年)に解散し、これをもって蓮門教は消滅。以後、法華神道系の宗教法人はなくなっている。