アクアポニックス
外部から病気や害虫が侵入することを防止する方法や害虫等を捕捉する方法に関しては、施設園芸と有機栽培において多くの技術が実際の営農分野で蓄積されている。(養殖に関しては筆者は知見がない為不明。)例えば、黄色や黄緑色の粘着シートなどは、葉茎にとりつく様々な害虫を捕捉する。ビニールハウスに設置される赤色防虫ネットはアザミウマなどの害虫がビニールハウスに侵入防止に効果がある。黄色や黄緑色は、アブラムシなど茎葉に取りつき汁を吸う害虫が好んで集まる色であり、飛んできた飛翔昆虫などが粘着シートに捕虫される仕組みである。また、赤色防虫ネットは、赤色により光の波長がある程度制限され、アザミウマ類などには黒っぽい膜を張っているように見えて内部が確認できず侵入しづらいのではと考えられているようである。他の方法としては、ナミテントウを使ってアブラムシを捕食させる方法なども効果が高い。ナミテントウは、一匹で1日あたり100頭ほどのアブラムシを捕食するため、アブラムシが既に発生してしまった場合などにも有効である。また、コンパニオンプランツの活用も有効である。
アクアポニックスでは、窒素肥料成分の入った養魚水での植物栽培が行われる。日照が十分に確保されている場合には、溶液栽培として液肥が十分に供給されるため他の肥料成分等が十分にあるなど栽培条件が整えば効果的な成長が期待できる。しかし、悪天候が続くなど日照不足に陥ると露地同様に植物が徒長し茎葉も軟弱になってしまう。そこで、病虫害が発生しやすくなってしまうのは、通常の露地栽培と同様である。根域制限メディアベッドのように培土を用いることができる場合は、もみ殻堆肥などのような有機質を用いることで照度不足の影響を緩和することができる。