がんこ
同社岸和田五風荘店(大阪府岸和田市)で、従業員約100人に対し、残業手当や深夜労働の割増賃金が支払われていなかった疑いが浮上し、大阪労働局は2011年12月2日に、同店を労働基準法違反の容疑で捜索した。
2020年8月1日、韓国語メニューの誤表記により水が有料であると在日韓国人の客に誤解させてしまい、「韓国人差別」と非難が上がった。これを受け、がんこフードサービスは8月4日、ホームページに謝罪文を掲載。
2021年、通販等で販売されていた冷凍笹蒸し寿司の賞味期限を改竄し234セット販売した。販売された234セットすべてが2020年11月で賞味期限を迎えた物であり、最長で9ヶ月も改竄された物もあった。がんこフードサービスは5月11日、ホームページに謝罪文を掲載、大阪市保健所から原因究明と再発防止を指示された。
2021年7月1日、とうふショコラについても67箱で数か月程度の改ざんがあったことが後に発覚した。それにより創業者の小嶋淳司が代表取締役会長を引責辞任した。
2022年3月、元経理部長が会社経費を8千万円以上着服していたと公表。
他にも2012年以前から主に京都駅ビル店などのアルバイト従業員に対して上司などの正社員による暴力や暴言などといったパワーハラスメントやブラックバイトが多く、その原因によってやめた人に対しての保証や謝罪がない問題を現在も隠し続けている。