六角義秀
義秀は義昭上洛を支持することを表明し、8月4日に承禎父子を討つことを命じた。承禎父子は北畠氏からの援軍を含めた兵力で抵抗するが、9月20日の合戦後に降伏、義秀は両者を討ち取るよう命じたが、京極高吉の諫言で二人は助命された。義昭上洛の際には義秀も同行し、10月11日に義昭が参内した際には義昭の次、信長の前の席に座していたとされる。またこの日、信長とともに参議に任じられたとしている。12月21日には義昭より北陸道管領に任ぜられた。永禄12年(1569年)の大河内城の戦いでは信長とともに出陣している。『江源武鑑』ではこの時期しばしば「尾陽両将」「義秀信長両将」という表現で、義秀と信長がともに行動している表現が見られる。
元亀元年(1570年)4月の信長による朝倉氏攻撃にも義秀は同行している。しかし突然軍勢を率いて帰国した。その後、小谷城で家臣の浅井備前守長政が、朝倉氏・若狭武田氏・越後上杉氏・甲斐武田氏が連携して信長を討とうとしている起請文を見せ、近江の旗頭らもこれに与するよう求めた。また義秀も信長の行動について諫言していたため両者は不和になっていた。6月1日には根来寺に亡命していた承禎父子と和解した。しかし6月4日に承禎父子が信長の軍を攻撃し、義秀の軍勢もこれに加わった。信長は浅井父子のこもる小谷城を攻めたが失敗し、義秀は「当家武士の棟梁」と称賛している。6月28日の姉川の戦いでは、朝倉の援軍を得た近江軍が織田軍に打撃を加え、信長は美濃に退却した。その後も小競り合いが続いていたが、12月8日には将軍義昭と朝廷からの使いが義秀と信長の和睦を要請し、義秀は勅旨であるなら異議がないと回答した。