常磐緩行線
これはJR車は小田急のATS (D-ATS-P) と列車無線を搭載していなかったためである。小田急保有車両も同様に綾瀬以遠JR線と直通運転ができないため、3線にまたがっての直通運転ができるのは東京地下鉄保有車両のみであった。2013年4月からJR・小田急とも車両工事を実施し、2016年3月26日のダイヤ改正から相互に3社直通を開始した。
小田急線直通電車は小田急線内では各駅停車、準急、通勤準急(平日朝の小田急線発のみ)、急行の4種類があり、常磐線上り→千代田線A線は綾瀬から小田急線内での種別を表示するが、常磐線内では「各駅停車」(E233系2000番台、小田急4000形はエメラルドグリーン、東京メトロ16000系は白)表示となる。また、A線の千代田線内終着の電車及びB線の電車は千代田線内ではフルカラーLEDの方向幕を備えた車両では青地の「各駅停車」の種別表示を行う。小田急線から千代田線・常磐緩行線へ直通する電車は、千代田線・常磐線内は各駅停車のため、東北沢駅を発車または通過後に種別を青地の「各駅停車」に変えて(各駅停車からの直通の場合は変更せず)運転する。常磐線下り電車は綾瀬駅から線内用の「各駅停車」の表示に変更し終点まで運転する。
小田急線との直通電車は、2002年3月23日のダイヤ改正以前は小田原線内発着の準急のみ、同改正以降は2016年3月26日のダイヤ改正まで多摩線発着の多摩急行が主体であった。2016年3月26日のダイヤ改正では日中の多摩急行が急行に置き換わったほか、朝夕に準急が再設定されていた。