小笠原道大
提示された契約年数(日本ハムは3年に対し、巨人は4年)ならびに家族との同居が可能であること(日本ハムの札幌移転後は家族を市川市の自宅に残し、単身赴任していた)が決め手となり、2006年11月5日、巨人への移籍を正式に発表。背番号は日本ハム在籍時と同じ2。日本ハム時代のトレードマークだった髭を「新しいことの始まり」「男のけじめ」として自ら剃り落として入団会見に臨んだ。
2007年、開幕戦に「三番・三塁」としてスタメン出場。4月3日の中日戦(東京ドーム)にて、山本昌から巨人移籍後初本塁打を打った。5月28日のオリックス・バファローズ戦(東京ドーム)では自身初の1試合3本塁打を記録。7月24日には移籍後初めて四番を任され、9月15日には史上4番目の速さで通算1500安打を達成。最終的には二年連続の3割30本を達成。前年に続いての2年連続MVPを獲得した。なおセ・パ両リーグでのMVP受賞は江夏豊以来2人目であり、野手としては史上初の受賞となった。加えて、リーグを跨いでの2年連続MVP獲得も史上初である。
2008年、前半戦は左膝の手術の影響もあり、打率は.250前後に低迷。これが原因で、1999年から9年連続で出場していたオールスターゲームへの出場を逃すとともに、2008年北京オリンピックの野球競技・日本代表メンバーにも選出されなかった。しかし、試合に出場し続けることで7月頃になると「(本人曰く)スイッチが入った」ように復活。
東京都小笠原村の観光親善大使であることから、日本ハム時代には小笠原の本塁打時に小笠原村のザトウクジラの映像がバックスクリーンに表示されていた。このことから、一部のファイターズファンは小笠原が打席に入ると小笠原村のシンボルであるイルカの風船(または、浮き具)を持って応援していた。応援歌のイントロ部分に入るコールも小笠原村に因んだものであり、チームの札幌移転時に削除・変更が検討されたが、小笠原が観光親善大使であることから引き続き使用されていた。巨人・中日移籍後も、一部のファンが同様の応援をしている。
2016年からは中日の二軍監督を務めた。同年ウエスタン・リーグ2位、翌2017年も2位だったが、2018年には最下位となり、2019年は4位で全日程を終え、9月28日に同シーズンを以て中日の二軍監督を退任することが発表された。
2019年10月9日、一軍ヘッド兼打撃コーチとして14年ぶりに古巣の日本ハムへ復帰することが発表され、翌10日に会見が行われた。2021年10月28日、契約満了に伴い、レギュラーシーズン終了をもって退団することが発表された。
2021年11月13日、読売ジャイアンツの二軍打撃コーチに就任することが発表された。
2022年10月13日、2023年シーズンから三軍打撃コーチに配置転換されることが発表された。12月14日、来季からの背番号が100になると発表された。2023年10月10日、退任したことが発表された。
2013年11月26日に中日への入団が発表され、同日入団会見が行われた。背番号は落合博満GM(当時)の現役時代の背番号である「3」と「6」を合わせた「36」となった。
2014年は、代打の切り札として起用される場面が多かったが、開幕直後は森野将彦が休養日の際のスタメン、交流戦は指名打者での出場もあった。4月9日の対ヤクルト戦で押本健彦から移籍後初の2点本塁打を打ち、また代打6打数連続安打(歴代3位)・代打9打席連続出塁(歴代2位)を記録するなど、打席数は100打席に満たなかったものの打率.301を記録する活躍を見せた。また、巨人時代に剃っていた髭もトレードマークとして再び生やしている。
2015年7月に入って出場選手登録を抹消され同28日に再び一軍に昇格したが、わずか2試合で再び二軍へ降格した。一部スポーツ紙から翌年以降の去就が注目される報道がなされる中9月12日に一軍に復帰し、その日の対ヤクルト戦で小川泰弘より適時打を打った。
2015年9月15日、中日新聞の紙上において谷繁元信監督兼選手とともに同年限りで現役を引退することが報じられ、同17日に名古屋市内で記者会見を行い、正式に引退を表明。
太字年はゴールデングラブ賞受賞