ダリエン地峡
引き合いに出された理由の1つとして、ダリエン地峡が中北米への畜牛の感染症拡大を防いできたことが挙げられている。中北米には1954年以来口蹄疫が確認されておらず、少なくとも1970年代まではこのことがダリエン地峡への道路接続を防ぐ重大な要因であった。エンベラ・ウォウナーン族とクナ族も、道路建設によって自分たちの文化が侵食されることへの懸念を示していた。
多くの人々、団体、先住民および政府が、ダリエン地峡部のハイウェイ接続に反対している。 反対の理由には、熱帯雨林の保護・熱帯病の蔓延の封じ込め・域内先住民の生活の保護・麻薬密売とそれに伴う紛争の防止、口蹄疫の北米への侵入防止などが挙げられる。 ヤビサまでのハイウェイの延長は、過去10年にハイウェイ沿線部の深刻な森林破壊を招いた。
バイオ・パシフィコの調査で提案された選択肢の1つは、既存のパナマ側の道路を延長し、コロンビアからパナマの新たなフェリーターミナルへ短いフェリー航路を接続することである。この方法では、こうした環境上の問題をほとんど悪化させることなくハイウェイを完成させることができる。もう1つの案は、橋とトンネルを組み合わせて環境への負荷が大きい地域を避けるというものである。