海峡線
1998年から、藤子・F・不二雄の漫画・アニメ『ドラえもん』とのタイアップが開始された。この当時運行されていた快速「海峡」の客車や機関車に同作品のキャラクターをペイントした「ドラえもん海底列車」の運転が行われ、吉岡海底駅では「ドラえもん海底ワールド」と銘打つ同作品の展示スペースが設けられるなどした。「海峡」廃止後の2003年夏からは、吉岡海底駅見学専用の全車座席指定列車として函館駅 - 吉岡海底駅間で特急「ドラえもん海底列車」が運転された。
吉岡海底駅の見学コース中止に伴い、2006年(平成18年)8月27日の「ドラえもん海底列車」の運転を最後に、このタイアップ企画は終了した。
木古内駅:江差線(江差方面) - 2014年(平成26年)5月12日廃止。