馬インフルエンザ
馬インフルエンザはたちどころに猛威を奮い、日常的に人馬の交流がある他の南関3場にも年末までに大井、浦和、船橋の順で次々と伝播し、これにより南関4場はいずれも1971年の年末開催から開催の休止や開催日程の大幅な変更を強いられ、本来ならば年末の大一番であるアラブ大賞典・東京大賞典(大井)はいずれも競馬再開後の翌1972年3月まで順延を余儀なくされた他、ニューイヤーカップ(浦和)などの重賞競走が中止されるなどの影響が出た。また、当時継続中であった佐々木竹見の連続年間300勝超の大記録も競馬開催中止が原因となり7年でストップすることになった。
そして、これが中央競馬にも波及してゆく。最初に東京競馬場の厩舍群で感冒の症状を見せる馬が大量に発生、中止前最後の開催となった1971年12月第3週(18、19日)、有馬記念の開催週の中山競馬であったが、感冒により出走を取りやめる馬が続出する異常事態が起き、これにより中央競馬でも『馬流行性感冒』が発生している事が明らかとなる。
第16回有馬記念競走も出走表の段階では9頭立てであったが、出走すれば1番人気が確実だったメジロアサマの他、アカネテンリュウ、カミタカの計3頭が出走を取り消し、実際に出走出来た6頭によるレースとなった。なお、有馬記念優勝馬は清水英次騎乗のトウメイであり、当日の1番人気だった横山富雄騎乗のメジロムサシは5着と敗れた。そして、週明けの21日には中山競馬場の厩舍群でも感染馬が確認され、22日からは馬の運動が全面的に中止された。
10月には馬インフルエンザの流行も収束する方向に向かっていることから、東京盃より地方競馬側の中央と地方の交流が再開され、中央競馬側でも10月27日より指定競走で、11月3日から特別指定競走でも交流が再開されることとなった。
また8月18日、19日の中央競馬の中止した計6日分の開催は事業計画を変更した上で、福島と中京でそれぞれ2日分と東京と京都で11月23日の開催を追加することとなった。中央競馬が23日に開催することとなり、園田競馬が当初開催予定であった23日の開催を13日に変更。23日に開催予定であった兵庫ジュニアグランプリは20日に開催を変更とし、代替開催を行うことによる影響が早くから現れている。
2007年11月12日、日本中央競馬会は「福島競馬場の乗用馬から馬インフルエンザウイルスを検出した」と発表した。この為、11月10日〜11日の福島競馬場に於けるレースに出走した全ての馬に対して急遽ウイルス検査を実施することになった。翌週17日には「栗東所属馬2頭から馬インフルエンザウイルスを検出した」と発表した。この為、18日の出走予定の栗東所属馬および京都競馬場滞在馬に対して急遽ウイルス検査を実施することになり、京都競馬の出走予定馬で2頭、東京競馬の出走予定馬で1頭が確認され、18日時点では7頭が感染していることが判明した。
12月23日にはオランダより緊急輸入された2000頭分の不活化ワクチンが到着、当面の対策としてまずは栗東トレーニングセンターと船橋競馬場に配布され、接種が行われた。しかし関東地方での感染拡大は続き、1971年中央競馬の最終を飾るはずだった26日の中山大障害も中止に追い込まれ、中央競馬の東京・中山の厩舍群でもその後も感染の拡大は続いた。
また、年末には新潟県営競馬の他、西日本では初となる福山競馬場、ついで園田競馬場でも集団感染が確認され、新潟県営競馬は冬季休催期間であったが、福山競馬は新春開催から全面的に中止となった。園田も開催中止を余儀なくされている。
年が明けた1972年、中央競馬における馬インフルエンザ流行のピークは感染騒動が始まって3週間目の1月8日で、この時点で1,986頭の患畜が発生していた。それから2ヶ月間、中央競馬の関東地区では1971年6回中山競馬7、8日目、1972年1・2回東京競馬の述べ9週にわたり全日程が開催中止のやむなきに至った(関西地区は平常日程通りの開催だった)。最終的には南関東公営競馬4場と中央競馬の関東地区の在厩馬は、ほとんど全てが感染したとも言われる。
中央競馬を例に挙げると、当時の関東地区は現在のように美浦トレーニングセンターがまだない頃で、東京競馬場と中山競馬場、中山競馬場白井分場(現・競馬学校)の3箇所に分散して競走馬の厩舎があり、その3箇所で関東所属の競走馬の調教が行われていたが、1972年の馬インフルエンザ問題当時、関東地区3箇所の在厩馬が合計1,893頭だったのに対し、発症馬は1,766頭にも上った。