君臣共治
これは最初の関白であった藤原基経が陽成天皇を退位させた故事を念頭において、公家社会の反対を押し切って挙兵を行おうとする後鳥羽上皇を牽制しようと考えたもので、実際に後鳥羽上皇が承久の乱を起こして鎌倉幕府に敗れて配流されると、慈円の甥である藤原隆忠の著とされる『六代勝事記』によって後鳥羽上皇は「悪王」として規定されることとなった。もっとも慈円は「悪王」である天皇を退位できるのは摂関であると考えており、平氏政権による治承の政変や今回の承久の乱に伴う上皇配流及び仲恭天皇廃位を「謀叛」として捉えて強く反発している。続いて『神皇正統記』は、それに「正統(しょうとう)」概念を盛り込んだ。これは皇位継承もまた神意に基づいて定められるもので、神意に反した天皇は「正統」の資格を失って皇統の断絶もしくは子孫が皇位を継承できない事態に陥ることとなり、結果的に「正統」に相応しい天皇の系統が代々天皇家の嫡流になるという考えである。従って、天皇の嫡男であっても神意にそぐわなければ「正統」として皇位を子孫に伝えることは出来ないとした。これは、著者の北畠親房が大覚寺統本来の嫡流とされた後二条天皇系と対立する後醍醐天皇に仕えていたことと関係しており、天皇家の嫡流決定は血縁上の嫡庶を重視しつつも、神意に適わなければ地位に変動が起きる(亀山天皇は後嵯峨天皇の嫡男ではなく、後醍醐天皇は後宇多天皇の嫡男ではないが、神意に適う行動に務めていれば後醍醐天皇の子孫が「正統」の地位を得ることが可能になる)というものであった。