長崎奉行
手続きの煩雑さや、上申しても願いが通る可能性が低いことから、町役人も手続きをしようとしない場合が多かった。これに対して市民は、願いを文書にして奉行所に投げ込む「投げ文」「捨て訴え」、直接役人や役所へ陳情する「駕籠訴え」「駈けこみ訴え」等を行なった。これらの非正規の手順は、「差越願(さしこしねがい)」として却下され、投げ文をした者の身元が分かれば、本人を町役人付き添いで呼び出し、目の前で書状は焼き捨てられた。しかし、表面上はそれを却下しながら、奉行所でそれを元に再吟味をし、市民の要求が通る場合もあった。
唐人やオランダ人に対する処罰は日本人と同じにする訳にはいかず、手鎖をかけて中国船主やカピタンに身柄を渡し、貴国の法で裁いて欲しいと要求する程度だった。罰銅処分(過料)か国禁処分になる場合が多く、国禁処分になった唐人は唐人屋敷に閉じこめられ、次に出港する船で帰国させられ、日本への再渡航を禁じられた。しかし開港後は、多くの外国人によるトラブルが発生し、従来のように唐船主や出島のカピタン相手に通達するだけでは済まず、各国の領事に連絡し、しかもその多くは江戸表へ伺いをたてねばならなくなった。
江戸やその他の場所では、非人に対する刑罰はその頭の手に委ねられていたが、長崎の場合は直接奉行によって執行された。
戦国時代大村氏の所領であった長崎は、天正8年(1580年)以来イエズス会に寄進されていたが、九州を平定した豊臣秀吉は天正16年(1588年)4月2日に長崎を直轄地とし、ついで鍋島直茂(肥前佐賀城主)を代官とした。文禄元年(1592年)には奉行として寺沢広高(肥前唐津城主)が任命された。これが長崎奉行の前身である。
秀吉死後、関ヶ原の戦いで勝利した徳川家康は豊臣氏の蔵入地を収公し、長崎行政は江戸幕府に移管された。初期は竹中重義など徳川秀忠側近の大名が任ぜられたが、やがて小禄の旗本が、後年は1000 - 2000石程度の上級旗本が任ぜられるようになった。長崎奉行職は幕末まで常置された。幕府直轄地であり、幕命により、警護を福岡藩と佐賀藩が交互に務めさせられた。
戸川安清(1835年 - 1842年)
田口喜行(1839年 - 1841年)
柳生久包(1841年 - 1843年)
伊沢政義(1842年 - 1845年)
井戸覚弘(1845年 - 1849年)
平賀勝定(1846年 - 1848年)
稲葉正申(1848年)
大屋明啓(1848年 - 1850年)
内藤忠明(1849年 - 1852年)
一色直休(1850年)
牧義制(1850年 - 1853年)
大沢安宅(1852年 - 1854年)
水野忠篤(1853年 - 1854年、1857年)
荒尾成允(1854年 - 1859年)
川村修就(1855年 - 1857年)
大久保忠寛(1857年)
岡部長常(1857年 - 1861年)
朝比奈昌寿(1861年)
高橋和貫(1861年 - 1862年)
妻木頼功(1862年) - 長崎奉行代
大久保忠恕(1862年 - 1863年)
杉浦勝静(1863年)
京極高朗(1863年)
大村純熈(1863年 - 1864年) - 長崎総奉行。肥前大村藩主。
服部常純(1863年 - 1866年)
朝比奈昌広(1864年 - 1866年)
合原義直(1865年) - 長崎奉行並
川勝広運(1865年) - 長崎奉行並
能勢頼文(1865年 - 1866年)
徳永昌新(1866年 - 1867年)
河津祐邦(1867年 - 1868年) - 最後の長崎奉行。幕府軍敗北の報の後、長崎を脱出
中台信太郎(1868年) - 長崎奉行並。河津の脱出後に残務整理を実施