デジタル・デビル物語 女神転生
基本的にオリジナル版そのままだが、『ナムコットコレクション』自体の機能として、ゲーム中いつでも「セーブ」(ステートセーブ)が可能(最大で4ヶ所)。
念動力で敵を攻撃する魔法系統。 サイ、サイコ、サイキック、サイクロン
「こうげき(ATTACK)」、「まほう(MAGIC)」、「まもる(DEFEND)」といったコマンドを選択する非リアルタイム型。このとき「AUTO」コマンドを入力すると、敵か味方かのどちらかが全滅するまで「こうげき」を繰り返す高速戦闘になる(Bボタンでキャンセルできる。また、敵方のみ魔法や特殊攻撃も使ってくる)。また、中島がCOMPで「はなす(TALK)」ことで、前述の悪魔との交渉に入ることもできる。交渉に失敗して攻撃を受けると強制的に戦闘に突入する。コマンド入力の後、一通り行動が終わると1ターン終了し、双方が残っていれば再び「たたかう」「にげる」のコマンド選択に戻る。
エナジードレイン(「ニヤリ」と笑ってこちらのレベルを下げる)を防ぐ。
1980年代後半。天才的なプログラミング技術を持つ高校生・中島朱実は、ひそかに「悪魔召喚プログラム」制作に没頭していた。自らプログラムを組みながらも、悪魔を召喚する目的が見つからない中島は稼動実験を躊躇していたのだが、いわれのない逆恨みで自分に危害を加えた生徒達に復讐するためプログラムを稼動、人間界に悪魔(デジタル・デビル)を召喚してしまう。しかし、それによって実体化した魔王ロキやセトは、中島の命令を無視して周囲の人間達を襲うようになってしまった。召喚者である中島自身にも危機が迫った時、彼を救ったのが転校生の白鷺弓子だった。彼女は日本創造の女神・イザナミ神の転生した姿だった。そして中島はその夫、イザナギ神の転生した姿であるという。前世からの深い因縁と絆によって結ばれていた二人は、熾烈な闘いの末に悪魔たちを撃退した。
一方、ロキやセトが倒されたことにより力の均衡が崩れた魔界では、大魔王ルシファーが人間界征服を目論み、その足掛かりとして飛鳥にあるイザナミ神の墳墓・白鷺塚の真上に大魔宮を建造し始めた。そして、一度は中島たちによって撃退されたロキとセトを復活させた上、イザナミ神をその玄室ごと魔宮に幽閉してしまった。
事態を知った中島と弓子は、囚われてしまったイザナミ神を救うため、そして復活してしまったロキとセト、大魔王ルシファー自身を倒すため、飛鳥の大魔宮に足を踏み入れる。