吹田総合車両所
基本編成が検査等で運用を離脱すると付属編成を連結した6両で運転することがあるが、この時はパノラマ型グリーン車が京都寄りに連結される。
287系電車(51両) 基本6両編成(HC601 - HC606編成)6本(36両)、付属3両編成(HC631 - HC635編成)5本(15両)が配置されている。 2012年3月17日のダイヤ改正より特急「くろしお」で運用されている。 HC601、HC604、HC605編成は、パンダくろしお「Smileアドベンチャートレイン」として車体にラッピングを施し運用されている。
223系電車(108両) 0番台と2500番台の4両編成(HE401 - HE418・HE422・HE423・HE426 - HE432編成)27本が配置されている。 後述の225系5000番台・5100番台と同様に阪和線快速系統の主力車両となっている。 関空快速・紀州路快速などの快速列車を中心に、阪和線・紀勢本線(きのくに線)・大阪環状線の普通運用にも就いている。紀勢本線(きのくに線)での定期運用は和歌山駅 - 周参見駅間のみ。なお臨時列車(ウエスト関空号)としてJR神戸線姫路駅までの入線実績もある。紀勢本線での定期運用開始前にも臨時列車として白浜駅に乗り入れた実績がある。 1994年4月から1999年5月までは基本6両編成と付属2両編成を構成し、基本編成は1995年4月に運転を開始した関空特快「ウイング」の指定席に対応するため、車内に指定席/自由席の表示切替板を設置。
443系電車 2両編成(クモヤ443-2+クモヤ442-2)1本が配置されていたが、老朽化などに伴い2021年7月に最終検測を終え、同月15日付で廃車された。DEC741形が後継車となっている。 電気検測車でJR西日本管内の電化区間を中心に使用された。 電気検測車を所有していないJR四国とJR九州の電化区間の検測にも使用された。
クモル145系電車 2両編成(クモル145-1015+クル144-15)1本が配置されていたが、京都鉄道博物館での展示を最後に、2021年11月19日付で廃車された。 工場間の物資を輸送する配給車である。 クモル145形のみ、クモヤ145形と同じく主電動機をMT46からMT54へと交換したため、1000番台(原番号+1000)となっている。
ホキ800形貨車 バラスト輸送用ホッパ車で、常備駅は尼崎駅と近江今津駅であった。京都支所には2両が配置されていたが、2022年度に金沢総合車両所敦賀支所へ転出した。
583系
443系
クモル145系
福知山電車区#歴史の記事も参照