水道橋駅
駅長配置の直営駅で、当駅の他に飯田橋駅を管理している。相対式ホーム2面2線を有する高架駅。改札口は東口と西口の2か所ある。快速線はホームの南側を通るが、壁で仕切られている。JR東日本の複々線区間で相対式ホームを採用しているのは当駅のみである。
また、東口改札内、西口券売機前、改札内、2番線ホーム上の御茶ノ水寄りにはコインロッカーも設置されている。なお、コインロッカーを使う際に改札を通るための入場料はかからない。窓口にて申告すれば利用が可能。
東口には1・2番線ともにエレベーターがある。西口には構造上、エレベーターやエスカレーターがない。
指定席券売機は東口・西口両方に設置。