新世紀エヴァンゲリオン (NINTENDO64)
原作第拾八話を元にしたミッション。ダミープラグの制御下にあるエヴァ初号機を操り、第13使徒バルディエルに乗っ取られたエヴァ参号機を殲滅することが目的。原作のように初号機による残虐な破壊行為はゲーム上再現されていないが、その後のデモで破壊されたことを示している。
ゲームスタイルはミッション1、2と同じ2D風アクションである。バルディエルはサキエルとシャムシエルより攻撃的になっているので、若干難易度が高くなっている。
劇場版を元にしたミッション。エヴァ弐号機を操り、戦略自衛隊を殲滅することが目的。
操作法はミッション1などと同じであるが、弐号機は無敵になっている。1分30秒ほどで強制終了する。
コマンド入力によって戦車を踏み潰したり、かかと落しで戦闘機を落としたり、A.T.フィールドを投げたりできる。
なお、イージーモードの場合、ここでスタッフロール(BGMは映画『シト新生』のラストで流れる主題歌「魂のルフラン」)が流れ、上空でエヴァ量産機9機が旋回しているシーンでゲーム終了となる。