下館藩
わずか1か月にも満たない藩治であった。その後、しばらくは再び幕府領となる。翌年1月9日、大名に列した中山氏一族の黒田直邦が1万5,000石で入る。宝永4年(1707年)に5,000石を加増された。享保17年(1732年)3月に上野沼田藩へ移封された。
代わって伊勢神戸藩より石川総茂が2万石で入り、以後、石川家の支配で明治時代を迎えた。
石川家の治世は9代130年の長期にわたって安定したため、下館は綿花・木綿の特産地として栄え、城下町も大いに繁栄した。しかし第4代藩主石川総弾の頃から大洪水・大火・大飢饉などの天災が相次いで藩財政は破綻寸前となり、農村も荒廃した。このため第8代藩主石川総貨は二宮尊徳を招聘し、報徳仕法による藩政改革に着手している。
最後の藩主石川総管は幕末期の幕府の中で若年寄・陸軍奉行を務め、天誅組の反乱鎮圧にも貢献した。しかし総管は新政府寄りの態度を示したため、慶応4年(1868年)4月の戊辰戦争で旧幕府軍に攻撃されて下館の地を追われた。翌年、版籍奉還により知藩事となり、明治4年(1871年)の廃藩置県により下館藩は廃藩となり、下館県となった。