細川澄之
政元は、九条政基と武者小路隆光の娘の子である澄之を養子(将来の管領)とすることで、同じく隆光の娘(円満院)を母とする足利潤童子・足利義澄との結びつきを利用して権力の強化に努めようとしたとする説がある。
ただし、足利茶々丸による潤童子殺害によってこの計画が頓挫している上に、次の話から、この構想自体も否定されている。それは、政元が東国(越後国)への下向を望んでいたものの、宿老たちから「子供がいないのに東国へ行って、政元が死んでしまったら大変だ」と反対されたため、澄之が養子になったというものである。実際に、澄之が養子になることを記した文書が発見されており、そこには上原元秀、秋庭元重、薬師寺元長、安富元家、香川元景の署名がなされている。
事件は、澄之を新たな京兆家当主として擁立することで三好之長ら阿波国の勢力を排除したい香西元長・薬師寺長忠ら京兆家被官が中心的な役割を果たしていたとされる。『両将記』によると、政元の寵臣・薬師寺長忠と澄元の被官・三好之長が不和であり、長忠は香西元長と相談し、澄元・之長を除こうとしたために永正の錯乱が起こったといい、澄之自身は政元の死と関係なく、単なる澄元の対抗馬にすぎなかったとされる。7月25日には、在京していた六角氏綱が近江国へ帰国し、京都の人々は恐怖したという(『多門院日記』)。『不問物語』によれば、六角氏は澄之と共に澄元や之長を討伐する手筈であったが、澄之を裏切ったとされる。
澄之と澄元の一連の戦いは、当初、細川京兆家の家督争いであると考えられていた。しかし、澄之の烏帽子親を務めた細川政賢や、細川尚春など、細川氏の人間はみな澄元方として参戦していることから、家督争いではなく、「細川氏とその家臣の対立」であったと考えられる。
『不問物語』によれば、澄之の切腹の介錯を務めた波々伯部盛郷は、高雄の尾崎坊にいた自身の孫・波々伯部正盛に、澄之の辞世の句や、澄之は政元暗殺に加担した不義の人であること、澄之には京兆家当主としての器がないこと、そのため、あえて澄之の「香西元長の嵐山城に移動しよう」という提案を断り、京で間接的に(澄元や之長の反転攻勢を利用して)命を絶たせようと考えたことなどを伝えたという。