スコアリング関数 (分子)
スコアリング関数は通常、予測したい種に類似した分子種間での (実験的に決定された) 結合親和性データセットを用いて、パラメータ化 (またはチューニング) される。
現在使用されている手法では、タンパク質に対するリガンドの親和性を予測するために、はじめに以下を知っているか予測する必要がある。
タンパク質の三次構造 - 三次元空間におけるタンパク質原子の配置。タンパク質の構造は、X線結晶構造解析や液相NMR法などの実験的手法によって決定したり、ホモロジーモデリング (英語版) によって予測されることもある。
リガンド活性コンホメーション- タンパク質に結合したときのリガンドの三次元形状。
結合モード - 複合体内での2つの結合パートナーの相対的な配向。
上記の情報から、複合体の三次元構造が得られる。この構造に基づいて、スコアリング関数は、次に概説する方法の1つを使用して、複合体中の2つの分子間の結合の強さを推定できる。最後に、スコアリング関数自体を使用して、複合体中の低分子の結合モードと活性コンホメーションの両方を予測することもできるし、あるいは、ドッキング実行(docking run)内でより単純で計算速度の速い関数を利用することもできる。