コミックハウス
もっとも、1990年代以降は、後にコアマガジンで『コミックメガストア』を編集した島田崇や明治拓生など、有力な編集者が次々と移籍流出したこともあり、他社も同様のノウハウを獲得。次第にコミックハウスの優位は失われていく。たとえば、1994年に創刊された2誌、『カラフルBee』(ビブロス)、『COMIC快楽天』(ワニマガジン社)は、誌面の洗練度でコミックハウスの水準に追いつき、凌駕するセンスを持っていた。また、『COMICペンギンクラブ』の形式が美少女漫画誌の定型フォーマットとなったことで、逆に一般向けのヤング誌もそのフォーマットを援用するようになった。そのため、2000年代に入ると子会社化した茜新社での出版活動が中心となっていく。
2008年4月25日には、同社初の少年雑誌であるウェブコミック『少年ソリッド』のプレ創刊号を配信した。創刊号の配信は同年6月27日で、以後、偶数月の最終金曜日に配信し、2009年7月号から毎月配信していたが、2013年1月号で新規配信を終了、休刊している。
2023年現在は、DMM.com、講談社、秋田書店などの外注請負の他、茜新社から刊行している『COMIC LO』など、いわゆるマニア向けのロリコン成年漫画誌の刊行が中心となり、成人向け漫画雑誌の編集業務はかなり縮小されている。ただし、架空のキャラクターによる表現も児童ポルノとして法規制の対象に含めようとする動きが一部団体、議員に見られ、風当たりの強い状況である。