菊池氏
懐良親王は阿蘇惟澄の本拠地御船を経由して隈府城に入城した。
このころ中央では尊氏と弟足利直義の間に対立が深まり、1349年(南朝:正平4年、北朝:貞和5年)直義の養子足利直冬が九州に下向してきたため、九州は三勢力に分断された。しばらく三すくみの状態が続いたが、1351年(南朝:正平6年、北朝:観応2年)直義の失脚により直冬が九州を去ると、勢力を伸ばした懐良親王は1358年(南朝:正平13年、北朝:延文3年)武光やその兄弟武義・武澄らの働きによって大宰府を攻略した。以後、大宰府に征西府が置かれ九州における公的機関の様を呈していた。
一方、業を煮やした幕府は1371年(南朝:建徳2年、北朝:応安4年)に新たに今川貞世を九州探題に任じた。武光は貞世と戦ったが敵わず、翌年には大宰府を失った。このような中で武光と16代菊池武政が相次いで没し、17代菊池武朝が後を継いだが、1377年(南朝:天授3年、北朝:永和3年)の蜷打の戦いで北朝方に大敗するなどさらなる敗戦を重ね、1381年(南朝:弘和元年、北朝:永徳元年)には本拠地をも追われてしまった。
そして、1392年(明徳3年)の南北朝合一を機に武朝は阿蘇惟政とともに了俊と和睦することになった。
中国の歴史書『三国志』中の「魏志」第30巻烏丸鮮卑東夷伝倭人条(魏志倭人伝)に登場する狗奴国の官・狗古智卑狗(くこちひく)を、その名前より「菊池彦」に通じるとし、熊本県菊池郡や菊池氏との関連を指摘する説がある。平安時代初期に編纂された勅撰史書『続日本紀』には、文武天皇二年五月甲申(698年7月8日)の條に「令大宰府繕治大野基肄鞠智三城」(太宰府をして大野・基肄・鞠智の三城を繕い治めせしむ)の記述がある。また奈良時代の天平勝宝元年十一月三日(749年12月16日)に奈良東大寺が大宅可是麻呂から進上された61名の奴婢を記録した『奴婢帖』の中には「右京四條四坊戸主鞠智足人」の名が見える。平安時代中期の承平年間(931年 – 938年)に編纂された辞書『和名類聚抄』ではこの地名を「久々知」と註していることから、上代から古代にかけてはこの地域は「くくち」と呼ばれ「鞠智」と表記していたことがわかる。康保4年(967年)に施行された『延喜式』によるとすでに「菊池」の記載があることから、この頃までには「鞠智」に「菊池」の佳字を当てていたものと考えられる。