厚別駅
単式ホーム1面1線(ホーム長:210m)と島式ホーム1面2線(ホーム長:183m)の計2面3線のホームを有する地上駅である。構内南側の単式ホームが1番線(上り主本線)、北側の島式ホームの内側が3番線(下り主本線)、外側が4番線(下り副本線)となっている。1番線と3番線の間にもホームのない線路(2番線・上下副本線)があり、上りの特急列車(当駅で上り普通列車を追い抜く列車のみ。)や下りの貨物列車の運転などに用いられる。駅構内の札幌寄りで、札幌貨物ターミナル駅に繋がる単線の貨物線(厚別連絡線)が分岐している。
2か所の改札口(南口・西口)がある。南口がある駅本屋は単式ホームに隣接する。JR北海道の社員配置駅で、みどりの窓口、自動券売機、話せる券売機、自動改札機2台が設置されている。
西口は2つのホームを繋ぐ跨線橋上にあり(橋上駅)、北海道ジェイ・アール・サービスネットに業務委託されている。出札窓口、自動券売機1台、自動改札機2台が設置されている。しかし、2023年3月18日ダイヤ改正により、西口駅員業務は廃止された。