ゲノムライブラリー
ファージλ(英語版)は、大腸菌に感染する二本鎖DNAウイルスである。λ染色体の長さは48.5 kbで、最大25 kbのインサートを運ぶことができる。これらのインサートは、λ染色体の必須ではないウイルス配列を置き換えるが、ウイルス粒子の形成や感染に必要な遺伝子がそのまま残る。インサートDNAは、ウイルスDNAとともに複製される。このようにして、それらは一緒にウイルス粒子にパッケージングされる。これらの粒子は、感染と増殖において非常に効率的であり、組換えλ染色体の産生量の増加をもたらす。ただし、インサートサイズが小さいため、λファージで作成されたライブラリーでは、完全なゲノムカバレッジのために多くのクローンが必要となる場合がある。
上記の式を用いて、2万塩基対のインサートサイズを有するベクター(例:ファージラムダベクター)を用いて、ゲノム中の全ての配列が表現される99%信頼水準を決定することができる。この例では、生物のゲノムサイズは30億塩基対である。
N = l n ( 1 − 0.99 ) l n [ 1 − 2.0 × 10 4 b a s e p a i r s 3.0 × 10 9 b a s e p a i r s ] {\displaystyle N={\frac {ln(1-0.99)}{ln[1-{\frac {2.0\times 10^{4}basepairs}{3.0\times 10^{9}basepairs}}]}}}
N = − 4.61 − 6.7 × 10 − 6 {\displaystyle N={\frac {-4.61}{-6.7\times 10^{-6}}}}
N = 688 , 060 {\displaystyle N=688,060} clones
したがって、この30億塩基対のゲノムからの所定のDNA配列が、2万塩基対のインサートサイズのベクターを用いて、99%の確率でライブラリーに存在することを保証するためには、約688,060個のクローンが必要である。
ゲノムサイズは生物によって異なり、それに応じてクローニングベクターを選択する必要がある。大きなゲノムの場合は、比較的少数のクローンでゲノム全体をカバーできるように、高容量のベクターを選択する必要がある。しかし、より高容量のベクターに含まれるインサートの特徴付けは、しばしばより困難になる。
次の表は、ゲノムライブラリーに一般的に使用される数種類のベクターと、各ベクターが一般的に保持するインサートサイズを示す。