トヨタ・MR2
NAエンジン搭載のG系は、3S-GEの最終進化型である「BEAMS」仕様の3S-GE(通称赤ヘッド)へと進化。新たに吸気側にVVT-iを採用、吸気側はDジェトロ方式からLジェトロ方式へ変更、サージタンクの形状見直し、排気側はエキゾーストマニホールドの形状最適化、ダイレクトイグニッションの採用により最高出力200PSを発生する。新たに、タイヤハウスの下部前面にエアスパッツを追加。リアスポイラーを大型の可変型タイプに変更し、空力面での改良も実施。また、新ダイアグノーシスの採用(国際規格化)している。内装がシート、エアバッグの小型化、ステアリングやシフトノブの変更、メーターの目盛りも赤色化。ボディカラーは「ダークパープルマイカ」と「オレンジマイカメタリック」と「ベージュマイカメタリック」が新設定され、「ダークグリーンマイカ」と「パープリッシュブルーマイカメタリック」が廃止。さらにI型から続いた「スーパーブライトイエロー」も廃止された。
1999年8月、オーダーストップに伴い生産終了。在庫対応分のみの販売となる。
1999年10月、後継モデルとなるMR-Sの登場に伴い販売終了。なお、欧州をはじめとした日本国外市場においては、MR-Sが引き続き「MR2」の名称を冠して販売された。
バリエーションとして、トヨタテクノクラフトが企画・制作したオープンモデルMRスパイダーが受注販売され、92台が生産された。自然吸気エンジンのみで、ターボエンジンの設定はなかった。
GT
GT-S(II型から)
G-Limited
G
GT、GT-Sは3S-GTE型エンジン、G-Limited、Gは3S-GE型エンジンをそれぞれ搭載。
ATはG-LimitedとGにのみ設定
前期型初期仕様のバンパーとスポイラーは黒の無塗装ウレタン素材である(1985年の一部改良でボディ同色となる)。
前期型の中でも初期に生産された車両のリアスポイラーはFRP製の物ではなく木製の物が装着されていた(当時の技術では成型が困難だったことが理由)
前期型は全車とも車両重量が1,000 kg以下であり自動車重量税が安い(後期型の重量増は主に側面衝突対応のため)。
前期型のカーオーディオの取付スペースは1DINのみで、空調のコントロールパネルが後期型と異なる。
最終型では一部の仕様に電動格納ドアミラー、ぼかし入りブロンズガラス、トランクスポイラー内蔵LEDストップランプの設定が行われ、内装生地の変更が行われた。
限定車(特別仕様車)として、1985年(昭和60年)にG-Limitedをベースに「ホワイトランナー(WHITE LANNER)」、「1600Gスポーツパッケージ(前期のみ)」、1986年(昭和61年)にGスポーツパッケージをベースに「ブラックリミテッド」(前期ベース)が設定された。