化学及血清療法研究所
この不正に関連して、2015年(平成27年)9月に厚生労働省から、ワクチンなどについて出荷しないよう求められ出荷を自粛したが、A型肝炎ワクチンが100%、B型肝炎ワクチンが80%、日本脳炎ワクチンが40%、インフルエンザワクチンが約30%などという国内シェア率の高さから、同年末には一部医療機関でワクチン不足により、予防接種が停止する混乱が生じた。翌年2016年(平成28年)1月29日に安全性が確認されたとして、厚生労働省から出荷自粛の要請を解除され、混乱は解消した。
2015年(平成27年)12月14日に厚生労働省から製品の質や安全性の確保について行政指導を、2016年(平成28年)1月8日には、厚生労働省から医薬品医療機器法に基づき全35製品のうち8製品を対象とする110日間の業務停止命令を受け、同年1月18日から5月6日まで製造・販売を停止した。
さらに、2016年(平成28年)1月21日には、日本製薬工業協会から除名処分も受けた。
また、この不正を受けて2016年(平成28年)1月19日付で、厚生労働省が全国の医薬品メーカー約1200社に対して、国に承認された方法通りの製造方法が守られているかどうか、製造部門以外の担当者による自主点検を求める通知も出されることになった。
この処分の際に、厚生労働大臣塩崎恭久は「本来は医薬品製造販売業の許可の取り消し処分とすべき事案。化血研という組織のままで製造販売を再開することはない」として、事業譲渡も含めた組織の見直しを求めたことから、2016年(平成28年)4月7日にアステラス製薬へワクチンや血液製剤の製造事業を譲渡する交渉に入った。