古生子嚢菌
子嚢菌類の分類体系全体が大きく揺れているため、この類についても諸説ある。分子系統的な証拠はあるものの、形態的、あるいは生化学的特徴においては多様であり、このまとまりを疑問視する向きもある。しかし、おおよそ以下の群がここに含まれると見られる。
これらの内でブンレツコウボはモデル生物としてもよく知られる。タフリナは植物寄生菌である。プロトミケス類も植物寄生菌であるが、タフリナほどは多くは知られていない。サイトエラ属は担子菌酵母に似た酵母、カリニ肺炎菌 Pneumocyctisは哺乳類の寄生者であるが、この類との関係があるとの説がある。
古生子嚢菌綱 Archiascomycetes
タフリナ目 Taphrinales タフリナ科 Taphrinaceae タフリナ属 Taphrina プロトミケス科 Protomyces,Burenia,Protomycopsis,Taphridium,Volkartia
ブンレツコウボ目 Schizosaccharomycetales ブンレツコウボ科 Schizosaccharomycetaceae ブンレツコウボ Schizosaccharomyces
ヒメカンムリタケ目 Neolectales ヒメカンムリタケ科 Neolectaceae
プネウモキスチス目 Pneumocystisidales プネウモキスチス科 Pneumocystidaceae プネウモキスチス Pneumocyctis
所属不明:サイトエラ属 Saitoella
ただし、子嚢菌類の分類体系は分子系統の発展によって大きく見直されることになった。2010年代では、これらの多くはタフリナ菌亜門に含められて、複数の綱に分けられている。