淀川
「瀬田川」は瀬田、「宇治川」は宇治、「淀川」は巨椋池の出口にある淀(川が緩んでできた淀みを意味)など、沿岸の地名に由来する。
大群が夕刻河川や湖沼の魚類を捕獲することから漁業収穫高が減少したり、フンによる森林や建築物への被害が竹生島を中心に琵琶湖北部地域で深刻化。具体的な対策が取れていない状態である。
淀川下流域ではアシなどが繁茂していることから、絶滅危惧種であるイタセンパラやアユモドキなどが生息する重要な地域となっていた。だが生活排水による淀川の水質汚濁によって個体数は激減。これに加え1984年に淀川大堰が完成し、湛水によるアシ群生地の水没などによりイタセンパラの個体数は絶滅が危惧されるほど激減した。自然保護団体の指摘を受けた国土交通省近畿地方建設局は、淀川大堰上流部に人工のワンドを設けてイタセンパラの生息域を確保し、個体数の回復を図る対策を施した。一時期は効果があったものの、現状としては個体数の回復は絶望的との見方もある。アユモドキも鴨川・桂川の南丹市八木町付近では絶滅、亀岡市付近の生息域には京都府が京都スタジアムの建設を計画する、など危機的状況である。
ただ近年・淀川の水質改善により新淀川で天然ウナギが採れブランド化が図られたり、天然アユが淀川から桂川・鴨川へと遡上するのが確認される、など水質改善の効果の出ている部分もある。
淀川流域は古来、日本の政治・文化・経済の中心地として極めて重要な位置を占めていた。それ故、仁徳天皇時代茨田堤の建設に始まり河川整備が繰り返されたが、洪水も度々起きた。
終戦後各地で台風や集中豪雨による記録的災害が起こったが、淀川水系でも例外ではなかった。特に1953年(昭和28年)の台風13号による水害は淀川に過去最大の洪水を惹き起こし、琵琶湖沿岸や宇治川流域を中心に甚大な被害を生じた。敗戦後の経済状況をさらに悪化させるこれら水害の根本的な対策が不可欠と見た経済安定本部は、諮問機関である河川審議会の議を経て1949年(昭和24年)、利根川・北上川・筑後川など全国主要10水系を対象に『河川改訂改修計画』を策定した。この10水系の中に淀川水系は当然入っており、1954年(昭和29年)に『淀川第一期河水統制事業』を大幅に改定した『淀川水系改修基本計画』がまとめられた。
建設省近畿地方建設局(現:国土交通省近畿地方整備局)は琵琶湖を含めた淀川流域の河川総合開発事業を、台風13号水害を基準にした洪水調節計画とした。この中で淀川水系においても初めて多目的ダムによる洪水調節が計画された。淀川本川(宇治川)では瀬田川洗堰の改修に加え志津川ダム下流に天ヶ瀬ダムの建設を計画。木津川流域では支流の名張川に月ヶ瀬ダム(後の高山ダム)を建設し淀川・木津川の洪水調節を目論んだ。天ヶ瀬ダムは上流の滋賀県が琵琶湖開発との絡みで県議会の建設反対決議採択などを行い反対し、下流の京都府などとの事業調整が難航したが1964年(昭和39年)に完成した。
湖沼法指定や琵琶湖条例などの施策で琵琶湖は次第に水質が改善された。漁業資源の豊富な琵琶湖は古くから「鮒寿司」をはじめ魚介類にまつわる特産品も多く、漁業も重要な産業の一つであった。ところが近年のバスフィッシングの広がりで、琵琶湖においても外来魚による漁業被害が深刻になっていった。特にブラックバスやブルーギルといった獰猛な魚類は、在来生物への影響が大きく、琵琶湖在来の魚介類への生態系が破壊されるという漁業関係者の指摘が次第に大きくなった。「キャッチアンドリリース」という釣りのルールが、ブラックバスでは逆に問題を拡大するという指摘もあって、漁業協同組合による駆除が行われていたがいたちごっこであった。
こうした漁業資源の影響を危惧した滋賀県は、ブラックバスの放流禁止と罰則を明記した「琵琶湖のレジャー利用適正化条例」を2003年(平成15年)に制定。ブラックバス釣りに対して厳しい規制を掛けた。漁業関係者は大歓迎したがバスフィッシング愛好家は猛反発、清水国明等の愛好家タレントもマスコミなどを通じて条例反対を訴えた。現在琵琶湖においてブラックバスの放流は禁止され、持ち帰ることが義務化されている。一方1993年(平成5年)にラムサール条約の登録湿地に指定された琵琶湖は鳥類も多く生息するが、近年カワウの異常繁殖が新たな問題となっている。
奈良時代の僧侶行基は、琵琶湖周辺の浸水被害を防ぐためにはより多くの湖水を唯一の流出河川である瀬田川に流す必要があると考え、瀬田川沿いにある小さな山を掘削することを試みた。この山が川に大きく張り出しているために瀬田川の川幅が急に狭くなる箇所があり、上流が豪雨に見舞われると水を堰き止めて上流に洪水をもたらすことが頻繁に起こっていたためである。結局、行基は山を掘削することで下流が氾濫することを恐れて計画を断念。さらに山を削ることを諫めるために大日如来を祀り、「山に手をつけると祟りが起こる」との言い伝えを残した。2017年現在「大日山」と呼ばれているこの山は、1901年に「明治29年琵琶湖洪水水害」を契機とする淀川水系治水工事で切り取られ、瀬田川の流れは増大した。
平安時代末期の白河法皇は、意のままにならぬ「天下三不如意」として比叡山延暦寺の僧兵、双六博打の賽の目と並んで、淀川上流である鴨川の治水を挙げた。
戦国時代に全国を統一した豊臣秀吉が晩年、伏見に居を移すに当たり、宇治川(巨椋池)の改修を行った。その主なものは、槇島堤を築くことで京都盆地南部に流れ込む宇治川の流れを巨椋池に直接流れ込む形から、現在のような伏見への流れに変えたことである。このことにより宇治川は桃山丘陵に築かれた伏見城の外濠の役目を担うことになるとともに、水位が上がったことにより伏見城下に港を開くことを可能にした。また淀堤を伏見・淀間の宇治川右岸に築き、伏見と淀を繋ぐ街道とするとともに流れを安定させた(太閤堤)。下流部左岸にはやはり文禄堤が築かれ、淀堤と結ぶことにより京都と大坂を結ぶ街道となった。これにより、伏見は交通の要衝として栄えることになった。