NINJA GAIDEN 3
声:佐藤正治
アメリカ軍の将校。DAY4で事件を介入し、研究所から脱出したリュウたちを拘束する。
声:堀内賢雄
リュウの行く先に姿を現す謎の導師。リュウに匹敵する体術と、錬金術と呪いを使ってリュウを苦しめる。
その正体とはミヅキの姉の夫(つまりもう一人の義兄)で、カンナの実父であるセオドア。祖父や弟たちの計画に反対したため、彼らに事故に見せかけられて妻と一緒に殺される。黒幕に蘇生され、しかもクリフの歪んだ本性を継承したAIの付いた仮面に操られ、リュウとカンナに精神攻撃を仕掛けるための捨て駒として利用される。
クリフの思惑通りブラック・ノーウェルでリュウに殺されたと思われたが、実はまた生きており、リュウに前述の仮面を斬られた後に自我を取り戻す。沈んたブラック・ノーウェルでリュウを救出した後、カンナを助けようとするリュウのサポートをする。
最終局面ではケジメをつけるため、自分の意志でリュウに挑み、自身の敗死と引き換えに殺戮の凶手を解除した。
『RE』では彼と同じ剣法を使う新種の錬金術兵が追加された。
声:甲斐田裕子
リュウ編のナビゲーターの一人。イシガミの部下であり、航空自衛隊特殊防衛隊に所属する一等空士。DAY 7でもジェット機を操り空中でリュウと合流する。
フルネームは「ミヅキ・マクロウド」。
『RE』復活武器。リーチが長く、四肢欠損した敵に対し、鎖で敵を引き付けから滅却(または連鎖断骨)できる。
声:鈴木麻里子
『忍者龍剣伝』シリーズのキャラクターであり、CIAの女性エージェント。DAY7ではCIAのシースワローとしてブラック・ノーウェル艦隊の情報をリュウたちに送った。『RE』ではあやね編のナビゲーターとしても登場。
容姿と担当声優は『デッド オア アライブ ディメンションズ』同様、『2』のソニアと同じになっている。
今作ではシングルプレイヤーモードのほかにもマルチプレイヤーモードがある。
声:堀秀行
本作の主人公。隼一族の忍者であり、「龍の一族」の末裔。
ロンドン武装蜂起事件で仮面の導師に呪いをかけられ、彼と世界と新しい友人たちの運命をかけた一週間が始まる。
寡黙だった前二作に比べると口数や感情表現が多く、忍者龍剣伝シリーズやデッド オア アライブ シリーズ寄りの性格になっている。また、NINJA GAIDENシリーズのナンバリング作品としては初めて素顔を晒すシーンがある。 名も無き忍 Ninja Trialsのプレイヤーキャラクター。技はリュウと同じだが、『3』と『RE』どちらも育成する必要がある。 『RE』では敵キャラクターと同じく瀕死になると四肢欠損となり、自爆攻撃(道連れ攻撃)を使用できる。 エピゴノス DAY6のボス。いわゆる今作のリュウの偽物。技と外見は本物と同じだが、ボイスが加工されている。 ストーリーモードでは2回倒す必要がある。一度倒された後では禍々しい姿となり、鉤爪または大鎌に変更して襲ってくる。この姿は「リュウが殺戮の凶手に侵食され続けた姿」らしく、リュウの悪夢でも登場する他、PS3とXbox 360版『RE』ではコスチューム「リアライズドナイトメア」として使用できる。 名前はギリシア語で「後に生まれた者」。
『3』ストーリーモードではDAY4の仮想空間とDAY5のみ登場。隼一族を敵視する忍者集団だが、幻心の死後は勢力が衰えつつある。『RE』では出番が増えた。機甲忍者(銃火器を使う地蜘蛛忍者)はリュウ編でも登場。