列車番号の付番方法
4桁の数字の末尾に H をつけて表す。高蔵寺方面を奇数、岡崎方面を偶数として付番する。
2004年10月15日までは大阪駅発着が900番台、京都方面行きが1700番台であった。 京阪神地区の東海道本線(京阪神緩行線)と福知山線(JR宝塚線)の直通列車は1100・1200、東西線直通は4400 - 4600番台が割り当てられている。 米子エリアでは、運休日のある列車には5000番台を使っている(保守工事による運休や山陰本線(浜坂駅 - 出雲市駅・西出雲駅間)・境線の快速(「とっとりライナー」)・普通電車・気動車列車は除く)。現在使っているのは伯備線の夜の米子発根雨行き、若桜鉄道の午前中の1往復のみである。 広島エリアでは、平日と土曜日・休日で運用が異なる列車において、それぞれ2000・6000番台を振っている。 四国旅客鉄道(JR四国)では、ワンマン運転列車に4000番台を割り当てている。 九州旅客鉄道(JR九州)では、千の位で特急列車がおおよそ特定できる。また、6000番台から9000番台も一部が定期特急列車に充当している。
貨物列車についても、運転速度などの違いによって「高速貨A」・「高速貨B」・「専貨A」などの種別があり、各々を十・百・千位によって表している。#JR貨物参照。
種別 1 - :SL大樹、普通 30 - :急行(南栗橋始発の20400系充当列車。鬼怒川線内は100を足す) 50 - :区間急行(南栗橋始発の20400系充当列車。鬼怒川線内は100を足す) 70 - :SL大樹ふたら 1000 - :特急(JR東日本直通列車は末尾にMがつく) 2000 - :区間急行 3000 - :区間準急 3100 - :AIZUマウントエクスプレス 4000 - :準急・THライナー 5000 - :臨時(JR東日本直通列車は末尾にMがつく) 6000 - :回送(複々線区間では急行線を走行) 7000 - :不定期・試運転 8000 - :社用品・入出場・排雪・救援(特殊列車) 9000 - :回送(複々線区間では緩行線を走行、浅草 - とうきょうスカイツリー間走行で業平橋電車留置線に入出庫する列車にも使用)
半蔵門線直通列車と日比谷線直通列車は始発駅の発車時間を使用する。準急とTHライナーには併せて4000番台を使用する。
(例:長津田13:09発の52T運用の急行列車→1352T、南栗橋22:06発の19K運用の準急列車→4219K)
半蔵門線直通と日比谷線直通の各回送には、6000番台(緩行線走行の場合は9000番台)を、始発駅の発車時間と運用番号を併せて使用する。
行先 000 - :浅草 - 春日部・東武日光間特急列車(けごん・リバティけごん・スカイツリーライナーおよびアーバンパークライナーのうち浅草発の東武スカイツリーライン直通系統で基本編成)、SL大樹、浅草3・4・5番線発着で業平橋電車留置線出入庫の回送列車 050 - :新宿 - 東武日光間特急列車(日光・スペーシア日光。
車両には表示されていないが、それぞれの系統で運用番号が設定されている。運用番号の数字によって、使用する車両が決められているが、例外もある。基本的に「○xx」と表記され(例:111、A11、B11、C11、E11、 N21など)、○は車種を表す符号(1かアルファベット)、xxは運用番号(数字)を意味する。車種の符号は、1は4両編成、Aは6両編成、Bは8両編成、Cは千代田線直通用、Eは千代田線に直通しない10両編成、Nは特急ロマンスカーである。原則として、xxの数字が最大値になるまで翌日の運用番号の数字は、当日の数字に1を加算し(例:112の翌日は113、A26の翌日はA27、B23の翌日はB24、E31の翌日はE32、N71の翌日はN72など)、最大値の翌日は最小値(11が多い)になるが、予備運用は飛ばしたり、ダイヤ乱れなどで番号が大幅に変更されたり、前日と同じ番号になるなどの例外もある。また、C運用には千代田線の運用番号が振られており、2018年3月16日までは番号がバラバラになっていたが、翌3月17日のダイヤ改正以降は番号が順番通りになっており、C11は41E、C12は43E、C13は45E...となっている。
2022年3月12日改正ダイヤの運用一覧