琵琶湖線
京都発平日8時台の普通電車草津行きは、JR宝塚線新三田始発で運行されており、運行区間内の全駅に停車する。2004年10月11日までは土曜・休日ダイヤでも設定があり、2004年10月18日から2013年3月15日までは野洲駅発着の設定もあったが、翌16日のダイヤ改正以降は西明石駅から直通する草津行きの1本のみとなった。2022年3月12日のダイヤ改正で新三田発草津行きに変更された。207系または321系が使用されており、乗り入れ先線区の関係で女性専用車の設定がある(2002年12月7日からは、始発から9時00分と17時00分から21時00分まで。2011年4月18日からは、平日・休日にかかわらず終日)。
草津線に直通する列車も朝夕に設定されており、吹田総合車両所京都支所所属の221系電車も使われている。草津線直通の列車は新快速との接続および草津駅の線路配線の関係で草津駅 - 京都駅間を原則外側線で運転する。また山科駅 - 京都駅間は湖西線の新快速・普通も運転されており、この区間の日中は1時間に11本の運転になる。
1989年3月10日までは草津線直通の客車列車や彦根駅から北陸本線に直通する気動車列車も設定されていた。