子実体
普通、胞子形成菌糸が寄り集まっただけのものは子実体とは呼ばない。
子実体は、小さいものは肉眼で見ることのできるぎりぎりの大きさから、場合によってはひとかかえもあるキノコのように、巨大なものもある。大きなものであっても、これらはすべて、菌糸から作られている。時には、菌糸を構成する細胞がふくらんで、互いに接触し、一見では菌糸からなるとは思えない、偽柔組織を構成するものもある。
子実体は、胞子を形成するための構造であって、生活をする体ではないので、その存在は一時的なものである。まれに長期に渡って維持されるものもあるが、いずれにせよその生活体は子実体の外にある菌糸体である。時折、キノコとその下につづく菌糸を高等植物の本体と、その根のように見る向きがあるが、これは誤りである。子実体は高等植物に当てはめれば、花か果実に当たるにすぎず、本体はその下の地中や朽ち木などに埋まって存在している。
大型のキノコの背景にはそれだけのバイオマスを形成するのに足りる巨大な広がりを持つ菌糸体が控えており、また菌類の菌糸体はそれだけの量の物質を一ヶ所の子実体に集中することができる高い物質移送能力を持っているのである。
多くの子のう菌は無性生殖による胞子、つまり分生子が通常の生活を営んでいる菌糸体の表面に形成される。いわゆるカビに胞子ができた状態である。しかし、中には表面に分生子を形成する複雑な子実体を作るものもある。この分生子を生ずる子実体を分生子果と呼ぶ。
担子菌門 子のう菌と同様、幾つかの型に分かれる。多くのものは傘をもつ、いわゆる一般的な印象としてのキノコを形成する。キノコの傘の裏面には、ひだや管が並び、その側面から有性生殖による担子胞子を放出する。この形からの変形としては、柄がなくて、直接に傘が枯れ木から出るもの、傘の裏面だけが枯れ木の表面に並ぶものなどがある。また、担子胞子と同時に子実体の他の部分に無性生殖による分生子を形成するものもある。イグチ類に寄生するヤグラタケでは、襞に担子胞子を作ると同時に傘の組織が表面から次々と分生子に変化して粉状に分解していく。 傘を作らず、袋状の構造の内部に胞子を作るものもあり、それらをまとめて腹菌類という。胞子は成熟すると袋が破れてできた口から噴出する(ホコリタケ・ツチグリなど)、袋の表面が砕けて出る(ノウタケなど)、胞子を着けた柄が袋から伸び出す(スッポンタケなど)と、様々な方法で放出される。現在では、この群は自然分類群ではなく、襞や管の表面に担子胞子を形成していた通常のキノコの様々なグループから、多元的に出現した多系統と見なされている。 このほかに、キクラゲのように吸水性に富んだ軟骨質やゼリー状の柔らかな子実体をもつものがあり、膠質菌と呼ばれる。子実体の形は貝殻状、花びら状など様々。