2006年モンテネグロ独立住民投票
この頃セルビアではコソボ問題をめぐって民族主義運動が起こり、続く反官僚主義革命の波及を受けたモンテネグロでは指導部が交代し、親セルビア的な性格を帯びていた。ユーゴスラビア解体の中でモンテネグロはセルビアと同様に連邦を維持する立場をとり、1992年にユーゴスラビア連邦共和国が建国されると、セルビアとともにその構成国となった。同年3月の国民投票ではアルバニア人やボシュニャク人のボイコットもありつつ、95%以上が連邦維持に賛成票を投じていた。折のボスニア紛争による国際社会の経済制裁や難民問題の影響で二国間関係は拗れていたが、セルビアの路線変更やボスニア紛争の終結により改善を見た。ただし、セルビアから距離をとる政策を模索し始めたのもこの時期である。
ユーゴスラビア連邦共和国ではセルビア民族主義の高まりを背景に台頭したスロボダン・ミロシェヴィッチが実権を握ったが、国際復帰できずに経済不振が続くとモンテネグロでは自立傾向が強まり、この傾向はコソボ紛争中の国際社会との対立や続くコソボ空爆でさらに加速した。結果、紛争後行われた世論調査では、初めて独立賛成派が反対派を上回る結果が出ていた。