マゾーン
ユリシーズ星雲の人間の星に潜伏していたマゾーンの工作員・ミユはハーロック達を抹殺すべく人間の星の住民の命を奪っていった。それゆえ、終盤となる40話でマゾーンの支配下にあったトカーガ族の市民船をアルカディア号が誤爆した際、状況確認のためにやって来たハーロック達が船内にいた女性のお産を手伝っていることに対し、ラフレシアやクレオは敵を助けようとするハーロックに驚く様子を見せていた。
また、アニメでは潜伏先の惑星などで美しい女性として生活をしているうちに、人間の女性同様に恋愛感情を持つ個体も確認されている。その結果、マゾーンの脅威を世界に伝えようとした台羽博士の息子・正に好意を抱いたり、マゾーンにとって最大の敵であるハーロックを愛する者も登場し、アニメ版のゾルの息子・ゾルバとマゾーンの看護婦・ルシアに至っては小型艇で駆け落ちまでしている。
ほぼ人間と同様の精神構造と高い知能を持っているとみられるが、その独特の社会構造や母星が消滅して新しい移住先を探す必要に迫られていることから「個人」より「種」としての集団を重要視する傾向がみられる。原作では目的達成のためには同じマゾーンをも巻き添えにし、アニメでも後述する戦いの障害となる市民を盾にする軍人達が描かれた。
高度な文明を持っていることに誇りを持ち、地球人を含めマゾーンから見て「異星人」である彼らを家畜程度にしか捉えていない者も多く、幻覚などを見せてその心を弄ぶことを平気で行う者も少なくない。アニメではマゾーン以外の生命体は全て敵という考えが強いことが描写され、戦力増強のためにトカーガ星を征服したり(原作でもトカーガ星はマゾーンの支配下に置かれている)、アニメに登場したマゾーンの戦士ジョジベルは、ミーメの故郷ジュラ星をラフレシアに捧げる花園にすると称して滅ぼしている。
また、ペナントは遠い宇宙からのマゾーンを呼び寄せる次元波を誘導波に変えて発し続けるだけでなく、アニメでは地球潜入部隊のエネルギー活性源の役割も兼ねていた。このペナントの力だけでもマゾーンは脅威となることをクスコ教授は告げたが、地球人達はそれを真に受けなかった。
バミューダトライアングル海底のピラミッドのマゾーンも、ペナントのように遙か宇宙の仲間に信号を発し続けた。その科学力は軍事力にも使用されており、アニメで登場したサルガッソ海の魔女アマンは、高水圧の中でも薄いビニール状ドーム内に生存し、第二次世界大戦で使用された戦艦武蔵や潜水艦を幽霊船として使用している。他にも幻影戦士(シャドーソルジャー)と呼ばれる実体と虚像の両方を用いてアルカディア号への潜入作戦を実行したり、惑星を動かしてアルカディア号に激突させようするなど、優れた科学力を用いた大小様々な方法でハーロックと40人の乗組員達を苦しめた。また、アニメで静香がスパイとしてアルカディア号に潜入する際には、マゾーン探知機を無効化する特殊光線も開発された。
高い科学力による軍事力を持っているが、戦術に関しては初歩的であり原作においてハーロックは「広大な宇宙を無人の野を切り開くように来たので、戦い方を心得ていない」と評している。
アニメでは地球上や惑星の至るところに兵器や戦艦を隠し持ち、終盤にそれらを用いて決起した際にはアルカディア号以外に対抗手段を持てなかった地球は簡単に蹂躙され、無気力な地球人達は右往左往して逃げまどうだけだった。