ネオダーウィニズム
総合説、新ダーウィン主義は、現在にいたるまでたびたび疑問を呈されている。
著名な新ダーウィン主義の批判者のひとりは、細胞生物学者のリン・マーギュリスである。マーギュリスは進化の主要な原動力は共生であると述べており、競争を強調する新ダーウィン主義は誤りである、と述べている。
また、日本人の今西錦司も、共生の視点から新ダーウィン主義を批判した。
四方哲也は世代の交代の活発な大腸菌をもちいた進化の実証実験において、遺伝子的に改良し生存に優れている大腸菌が、通常の大腸菌を完全に淘汰せず、一定の共生関係にある事を実証した。
木村資生が提唱した中立説は、1960年代から1970年代にかけて自然選択説と対立する理論としてセンセーションを巻き起こした。斎藤成也は1970年代に総合説は中立説に敗れたと述べた。しかし、提唱者の木村は中立説は自然選択と対立するものではないとし、中立説は総合説の一部として多くの研究者に受け入れられるに至った。ただし、現在でも中立説が総合説と対立すると考えている研究者もいる。
免疫学者テッド・スティールは1980年代にネオ・ラマルキズムを提唱した。
スティーヴン・ジェイ・グールドは、適応主義を批判し、適応以外の要因や個体発生を重視するべきだと述べた。
発生生物学者ブライアン・グッドウィンは発生的制約が強力であるために自然選択が働く余地は無いと述べた。
構造主義生物学の立場からは、「突然変異の偶然性や自然選択の原理ばかりが進化の本質ではない」、「DNA=生物ではない」と、批判されている。
総合説は実験的な遺伝学者とフィールドワーカーの間のギャップを埋め、その両者と古生物学者の間を結び付けた。
全ての進化的現象は、既知の遺伝的メカニズムと、観察される自然中の証拠の一致によって説明することができる。
進化は段階的である:小さな遺伝的変化は自然選択によって整然とした方向を与えられる。種間、系統間の不連続性は生殖隔離による種分化と絶滅による(跳躍ではなく)漸進的な進化の結果である。
選択は圧倒的なメカニズムとして変化を説明する:わずかな有利さでさえ、長期間継続し、累積されるとき重要な意味を持つ。遺伝的浮動の役割は明確ではない。当初はドブジャンスキーによって強力に支持されたが、のちに生態遺伝学によって格下げされた。
個体群の研究の重要性:自然の個体群が有する遺伝的多様性は進化の鍵となる要因である。自然における自然選択の強さは予想されたよりも大きかった。ニッチ競争のような生態学的要因の影響、遺伝子拡散の障害となる要因はどれも非常に重要である。
小進化から大進化まで、歴史の観察から推論を引き出すアプローチは古生物学から提案される。進化の歴史の偶発性は異なるレベルの選択が存在するかも知れないことを意味する。漸進主義は、進化が一定速度で進む事を意味しない。
個体群が生殖隔離されることで種形成(種分化)が起きるという考えは激しく議論された。植物ではいかなる種形成の視点であっても倍数性が考慮されなければいけない。「世代を経ることで集団中の対立遺伝子の頻度が変化する」と言う進化の定式はしばらく後に定義された。伝統的な見方では、発生学は総合説にほとんど役割を果たさなかった。しかしグールドによるギャビン・ド・ビーアの研究の報告は、彼が例外かも知れないことを示唆する。