大聖寺城
勝家は翌天正5年(1577年)にかけて大聖寺城の修復とともに兵力を増強し、上杉氏の南下に備えた。同年11月3日、能登・七尾城攻略から南下した上杉謙信との手取川の戦いにて織田勢は大敗し、このとき、大聖寺城も上杉氏が奪い、謙信は加賀衆の藤丸勝俊を城将に置く。謙信が死去すると、天正8年に勝家は本願寺勢力の金沢御堂を攻略し、拝郷家嘉を大聖寺城主にしている。
天正11年(1583年)の賤ヶ岳の戦いで勝家が敗れた後は、北ノ庄(現・福井市)の丹羽長秀の与力として溝口秀勝が大聖寺城に4万4千石で置かれた。天正13年(1585年)に長秀が没した後も秀勝は大聖寺城にとどめられ、江沼郡と能美郡の新領主・堀秀政の与力となっている。その後、慶長3年(1598年)に堀秀政の子・堀秀治が加増移封され春日山城に移ると、あわせて秀勝も新発田藩に転封された。これを受けて同年に小早川秀秋が江沼郡の領主となり、家臣の山口宗永を大聖寺城に6万3千石で置いた。翌年に秀秋は再び転封されたが、宗永は当地に残って秀吉の直臣となった。
慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いで宗永は西軍についたため、東軍の前田利長に攻められて8月3日(9月10日)に大聖寺城は落城し、宗永は自刃した。その後は前田家家臣の津田重久が城代を務めたが、元和元年(1615年)の一国一城令のため廃城となった。寛永16年(1639年)には前田利治が7万石を分けられて大聖寺藩を立て、跡地に藩庁として大聖寺陣屋を設けた。