ボスニア教会
中世ボスニアのキリスト教は長きにわたり歴史家の興味を引き付ける問題であったが、専門的な論文が出始めたのは19世紀後半である。1870年、クロアチアの歴史家フラニョ・ラツキが『ボゴミル派とパタリーニ派』を出版し、ボスニア教会が本質的にグノーシス主義やマニ教的な傾向を有していたと主張した。後の歴史家の多く(ドミニク・マンディチ、スィマ・チルコヴィッチ、ヴラディミル・チョロヴィッチ、ミロスラフ・ブラント、フラニョ・シャニェクら)もラツキの説を支持し、これを拡張する方向で研究が進んだ。しかし一方で、ボスニア教会の文書がまったく正統教義にかなっていることを強調し、同時にボスニア教会が1054年の東西教会分裂以前のキリスト教の特徴を多く残した孤立的な教会であったと主張する学者もいた(レオン・ペトロヴィッチ、ヤロスラヴ・シダク、ドラゴリュブ・ドラゴイロヴィッチ、ドゥブラヴコ・ロヴレノヴィッチ、ノエル・マルコムら)。
アメリカのバルカン史学者ジョン・ファインは、ボスニア教会と二元論の関係を完全に否定した。彼は自説を「ボスニア教会の新解釈」としているが、その内容はヤロスラヴ・シダクらの説に近いものであった。彼はボスニア教会の近くに別の異端が存在し、ボスニア教会自体はローマ教皇の影響を受けていたと主張した。
1252年、教皇インノケンティウス4世は、ボスニアの聖職者をハンガリーのカロチャ大司教の管轄下に置くことを決めた。これによりボスニア人は、決定を受け入れハンガリーに服属する者と、ローマとの関係を完全に断った者に分裂した。ここに、完全に独立自治を行うボスニア教会が成立した。後の多くの学者が、ボゴミル派やカタリ派の影響を論じてきたが、近年ではノエル・マルコムやジョン・ファインらが、ボスニア教会にはそれら異端教会との関係の痕跡が一切見られないと主張している。
1291年、教皇ニコラウス4世が教皇勅書「プラエ・クンクティス」を発し、ボスニアでフランシスコ会による異端審問が展開されることになった。
13世紀には、異端のボゴミル派がブルガリアやビザンツ帝国で根絶された。しかしボスニア・ヘルツェゴヴィナでは、1463年にオスマン帝国に征服されるまでボゴミル派が生き残っていた。
中世後期、ボスニア教会はカトリック教会(および少数のボゴミル派集団)と共存していた。ただ、両者の信者もしくは支持者の人数や勢力規模を正確に記録した文献は無い。ボスニアの支配者たちはクリステャニすなわちボゴミル教会に明確に属した者もいれば、政治的理由でカトリック教会に属した者もいた。例えばスチェパン・コトロマニッチは、ボスニアをローマ教会と和解させると言いながら、国内ではボスニア教会を保証していた。フランシスコ会が活動を始めた後も、ボスニア教会は生き残ったが、次第に弱体化していき、オスマン帝国のボスニア征服によって消滅した。
外部の人々は、マニ教やパウロ派の影響を受けた二元論グノーシス主義のボゴミル派がボスニア教会と関係していると言って糾弾した。