遣支艦隊
1938年(昭和13年)2月1日に新編された第五艦隊は、同日附で支那方面艦隊に編入された。1939年(昭和14年)11月15日の改編で、従来の第五艦隊は第二遣支艦隊に改称した。 引き続き広州を拠点に華南方面で行動した。南シナ海に面する海域を担当するため第十五戦隊(鳥海、第5駆逐隊、第21駆逐隊)が配備されており、1個水雷戦隊に匹敵する水上兵力を擁する。ただし、太平洋戦争に備えて、重巡洋艦は軽巡五十鈴へ、駆逐隊は砲艦や水雷艇や掃海艇に差し替えられている。一方の陸上戦力は3個特別根拠地隊(海南島根拠地隊、広東方面特別根拠地隊、厦門方面特別根拠地隊)を備えている。このうち海南島特別根拠地隊は1941年(昭和16年)4月10日に海南島警備府へ昇格し、支那方面艦隊に編入された。
対米英露支四国作戦の場合、第二遣支艦隊を基幹とする部隊は「同方面の敵国艦船を撃滅」ならびに「陸軍と協同で香港を攻略」と定められた。 1940年(昭和15年)9月5日、大本営海軍部は嶋田繁太郎支那方面艦隊司令長官に仏印進駐の実施を命じ、第二遣支艦隊(旗艦鳥海)が作戦部隊として日本陸軍輸送船団を護衛することになった。連合艦隊からの増援部隊(第八戦隊〈利根、筑摩〉、第一水雷戦隊、第二航空戦隊)を含めて第二遣支艦隊が作戦を実施することになり、作戦名を「IC作戦」、部隊を「IC作戦部隊」と呼称した。
1932年(昭和7年)2月2日に編制された第三艦隊は、1937年(昭和12年)7月の支那事変勃発をもって増強された。 同年10月20日に支那方面艦隊と第四艦隊が新編されると、第三艦隊司令長官が支那方面艦隊司令長官を兼務した。翌年2月1日に第五艦隊が新編されて支那方面艦隊に編入され、この時点での日本海軍は、連合艦隊(第一艦隊、第二艦隊)、支那方面艦隊(第三艦隊、第四艦隊、第五艦隊)、練習艦隊となった。
支那事変(日中戦争)以外の状況に対処するため、三コ艦隊を擁していた支那方面艦隊は縮小されることになった。支那方面艦隊は中国方面作戦に専念し、独立艦隊となった第四艦隊は内南洋諸島から蘭印方面を担当、有事においては第三艦隊(フィリピン方面担当、1941年4月10日新編)、第五艦隊(日本列島東方海域、1941年7月25日新編)、第六艦隊(潜水艦部隊、1940年11月15日新編)を編制する。