靖国丸
1940年10月29日に「靖国丸」は海軍期間傭船として再び徴用され、翌30日に呉海軍工廠に入渠して艤装工事が行われた。続いて12月16日からは海軍裸傭船となり、同日呉鎮守府所管の特設潜水母艦となって、呉鎮守府部隊に配属された。
1941年(昭和16年)1月11日、艤装工事を完了した靖国丸は2月26日に中城湾を出港し、中国南部沿岸に進出。3月3日、高雄に到着。
12月7日に横須賀を出港してクェゼリンへ向かい、12月15日に到着。靖国丸はこの航海中に太平洋戦争開戦を迎え、開戦直後の12月10日に第六艦隊第一潜水戦隊に編入された。12月20日、第一潜水戦隊に「平安丸」(11,614トン)が編入されたため、「靖国丸」は第三潜水戦隊に編入。
1942年(昭和17年)2月1日、クェゼリンはマーシャル・ギルバート諸島機動空襲を受ける。「靖国丸」は対空戦闘を行って15cm砲弾12発を発射するも、船尾に爆弾3発を受け小破。2月20日に「靖国丸」はクェゼリンを出港し、3月1日に呉に到着。修理を受ける。4月23日、修理を終えて呉を出港し、30日にトラック島に到着。5月2日、トラックを出港。3日0240北緯07度40分 東経153度45分 / 北緯7.667度 東経153.750度 / 7.667; 153.750の地点で浮上した敵潜水艦を視認。5日、クェゼリンに到着。
8月6日に「靖国丸」はクェゼリンを出港し、9日にトラックに到着。11月16日に「靖国丸」はトラックを出港し、23日に呉に到着。
1943年1月から2月、「靖国丸」は陸軍部隊の輸送(丙一号輸送と丙三号輸送)に参加した。