伊勢湾
天然、養殖に問わず海産物は豊富である。愛知県、三重県共通してエビ、タコ、イワシなどが獲られ、愛知県の知多半島周辺ではえびせんべいが名産品として売り出されている。愛知県田原市伊良湖周辺ではアサリ類が、三重県桑名市ではハマグリが、三重県鳥羽市、志摩市周辺ではイセエビ、カキ、タイなどが獲られ、各地域の代表的な名物となっている。
赤潮や貧酸素水塊に多大な影響を受けているとは言え、現在も湾内で漁業が営める程度には魚類や貝類の棲息が見られる。例えば、刺し網を用いた漁が行われており、また、フグの水揚げ量が比較的多い海域として知られる。また沿岸では、アサリやバカガイなどが漁獲されている。
なお、波切(大王崎)は国内でも有数のウバザメの生息地だったが、絶滅危惧種であり、近年はほぼ記録がない。
伊良湖岬や篠島などにはかつてニホンアシカ(絶滅種)の生息地が存在し、ニホンカワウソ(絶滅種)の分布もあった。
伊勢湾および三河湾はスナメリの生息地であり、時には藤前干潟周辺にも居つく事例が見られた。その他、2006年からハセイルカの群れが定着し始め、世界でも最も高緯度に居つく個体群の一つとして知られている。伊勢湾フェリーでも目撃情報を収集している。
伊勢・尾張の両国は日本列島において商業捕鯨が発祥した地であり、知多半島の師崎や篠島などが捕鯨基地として知られた。このため、かつての伊勢・三河湾には大型鯨類が周期的に回遊していたと思われ、現在でもまれにだがザトウクジラとミンククジラなどが姿を現す場合がある。また、絶滅危惧種のコククジラが滞在した記録も複数ある。
そのほか、一時的な湾内への出現や迷入などもふくめれば、マッコウクジラ、シャチ、オキゴンドウ、ハナゴンドウ、ハンドウイルカなどのハクジラ類も近年における湾内での記録がある。また、 南知多町で発掘された「知多クジラ」はミオフィセター属の新種に認定されており、学名の「Miophyseter chitaensis」も知多郡に因んでいる。
なお、海獣(海棲哺乳類)は肺呼吸を行っているため、単なる貧酸素水塊であれば、直接の窒息死の原因にはならない。
伊勢湾に流れ込む河川の流域住民や行政の協力によって下水処理場や工場での排水規制や農業での肥料使用量の削減、畜産業での家畜排泄物の適切な管理等の富栄養化対策が進められてきた。しかし、今なお夏季の貧酸素水塊の解消には至っていない。
一方で、富栄養化対策が一定の効果を見せ、伊勢湾の栄養塩の濃度が、夏季以外にも周年を通して全体的に低下してきた事に伴い、植物プランクトンの量の低下を招いたとも言われる。近年では伊勢湾中南部の沿岸を中心に、アサリやシジミ等の二枚貝は餌不足等によって漁獲量が減少し、また、コウナゴ等の小型魚類の漁獲量も低迷しているなど、漁業への悪影響も懸念されている。
そこで、貧酸素水塊を解消する対策として、夏季に海水の流動性を向上させる事が必要と考えられている。1つ目は、港湾や防波堤内などの人工構造物によって発生した停滞水を、何らかの方法で流す、言わば、水平方向の海水の流動性の確保である。もう1つは、鉛直方向の海水の流動性の確保である。一般に垂直な護岸は、吹送流などによって発生する、湧昇流のような鉛直方向の海水の流れを阻害する。何らかの方法で、底層水と表層水の混合を常に行うなどして、底層に貧酸素水塊が滞留しないように、表層の溶存酸素が底層へと供給されるようにするわけである。