チャニング・ウィリアムズ
呼び寄せた宣教師を迎えるため東京に伝道の拠点を移したウィリアムズは、1874年、築地居留地に私塾「立教学校」(のちの立教大学)を開く。同年、ウィリアムズは深川西元町に教会堂を建て、翌1875年に献堂式を行う(東京における米国聖公会の最初の会堂、聖三一教会)。また、婦人教育を行うことも必要だと考えたウィリアムズは、1872年に女学校を設立する構想を提示し、1877年にはブランシェにより湯島に立教女学校(のちの立教女学院)が設立される。同年、米国聖公会から派遣されたフローレンス・ピットマンが来日し、立教女学校の校長となりブランシェ夫人を支えた。1877年10月に、ウィリアムズは東京・入船町の邸内に「東京三一神学校」(のちの聖公会神学院)を開設。1880年には、立教学校はジェームズ・ガーディナーを校長に迎え、新校舎の建造を進め、1883年に米国式カレッジである立教大学校を開設する。
1872年9月20日から25日にかけて、第一回プロテスタント宣教師会議が横浜にて開催される。日本では当時米国聖公会の宣教師のほかにもイングランド国教会の宣教師がそれぞれの教会の監督の下活動しており、両者が連携して活動すべきであると考えられたからである。この会議により、同一の日本語祈祷書を用いることや神学校を設立することが決定していたことから、ウィリアムズが家塾のかたちで始めた東京三一神学校を母体として、1878年10月に、ウィリアムズを校長に新たな「東京三一神学校」が設立された。同年、ビクトリア主教(日本でイングランド国教会の宣教を担当する主教)が不在の間、ウィリアムズ主教は彼の代わりに行動するように要請され、パームサンデーに東京のアレクサンダー・ショー牧師の礼拝堂で32人に堅信を授けた。
第一回プロテスタント宣教師会議以来協力関係にあった英国聖公会と米国聖公会が合同で日本聖公会を設立する。組織設立には米国聖公会のウィリアムズと英国聖公会のエドワード・ビカステスが主導的な役割を果たし、1887年2月11日に最初の総会を開催した。ウィリアムズは旧約聖書の日本語翻訳にも取り組み、1888年2月3日にプロテスタント各派の宣教師たちにより開催された明治元訳聖書の旧約聖書翻訳完成祝賀会では、米国長老派教会のジェームズ・ヘボンが司会を務める中、会の冒頭でウィリアムズは詩篇19篇の朗読を行った。会ではヘボンとフルベッキにより翻訳の沿革が語られた。1889年にはウィリアムズが日本伝道主教を辞任し、ジョン・マキムが主教を後任した。1890年11月1日には、ウィリアムズの要請により医師で聖公会信徒の長田重雄が京橋区船松町13番地に「愛恵病院」(英語名:Tokyo Dispensary)を設立する。この病院は「築地病院」(英語名:St. Luke's Hospital)と改称されたのち、ルドルフ・トイスラーが1901年2月21日に設立する「聖路加病院」となった。ウィリアムズは1893年12月にアメリカへ帰国した。
日米修好通商条約が調印され、日本が開国する状況下、米国聖公会の遣清宣教師であるエドワード・サイルと米国総領事タウンゼント・ハリス(米国聖公会信徒)から日本への宣教勧告と情報を得た米国聖公会が、日本での伝道、学校開設、医療活動を目的とする日本ミッションの開設を決定する。この決定を受けて、中国で活動するウィリアムズとリギンズが日本に派遣されることとなった。リギンズがマラリアの療養を兼ねて、ウィリアムズより早く1859年5月2日に長崎に来日し、翌月25日(1859年6月25日)、ウィリアムズも米国軍艦ジャーマンタウン号で長崎に来日した。ウィリアムズは、同じく遣清宣教師エドワード・サイルの家族の病気のため、サイルは短い旅行を楽しむ必要があり、彼が不在のため出発できず、日本行きが遅れたのであった。
リギンズが来日する数日前の1859年4月下旬には、初代米国総領事タウンゼント・ハリスが長崎を訪問し、5月初めにハリスは、アメリカ人商人の一人でニューヨーク出身の実業家ジョン・G・ウォルシュ(ウォルシュ兄弟の2番目の弟)を長崎の米国領事に選任。ウォルシュは最初の長崎米国領事館を広馬場の日本人居住区に設立した。こうして、リギンズとウィリアムズの来日に際して、聖公会の信徒で日本への米国聖公会の学校設立の勧告とサポートを行ってきたハリスも同時に長崎を訪れ、長崎でもアメリカの活動拠点の構築と整備を進め、日本とアメリカとの外交基盤を整えていた。
来日したリギンズは、江戸幕府の長崎奉行からは3部屋ある家が提供され、ハリスの支援のもと奉行の要請から私塾を開設し、早速8人の長崎通詞たちに教師として英学を教えた。