土岐氏
文明12年(1480年)に妙椿が死去すると、2人の甥・斎藤妙純と斎藤利藤兄弟が争い(文明美濃の乱)、明応4年(1495年)、成頼は嫡子の政房を廃嫡して末子の元頼を跡継ぎにしようとし、利藤と守護代の家宰石丸利光、近江の六角氏が同調したため戦が起こり、政房と妙純が近江の京極氏、尾張の織田氏、越前の朝倉氏の支援を得て勝利し成頼は隠居、元頼は自刃した(船田合戦)。
明応5年12月(1497年1月)に妙純が六角氏討伐のための近江出兵中に戦死すると、政房は革手城から福光御構に守護所を移し政房は嫡男頼武を差し置いて次男頼芸を跡継ぎに推し、再び跡目争いが起きた。この争いは朝倉氏の加勢を得た頼武が永正16年(1519年)に勝利し守護に就任した。
しかし斎藤氏庶流の長井長弘とその家臣の松波庄五郎が頭角を現すと、享禄3年(1530年)には頼武を越前に追放して頼芸を守護として仰いだ。その後、松波庄五郎の子の長井規秀が斎藤家の名跡を継ぎ、斎藤利政はその後出家して「道三」を名乗った(斎藤道三)。操り人形に過ぎなくなった頼芸は天文21年(1552年)頃に追放され、美濃土岐氏は没落した。その後、道三の息子である義龍は「頼芸の落胤」と称して父・道三を討って斎藤家の家督を奪うが、間もなくその主張を撤回して「一色氏」を称した。
なお、頼芸の弟の治頼は分流の常陸江戸崎土岐氏を継いでおり、美濃を追われた頼芸は一時江戸崎(現在の茨城県稲敷市)に身を寄せている(このとき土岐氏の嫡流を譲ったとされるが、江戸崎土岐氏もまた豊臣秀吉の小田原征伐に際し領地を失い滅亡した)。更に頼芸は上総万喜城(現在の千葉県いすみ市)のこちらも分流である土岐為頼を頼った(上総の土岐氏も小田原征伐に際し領地を失い滅亡した)。
永保寺 (多治見市)
長福寺 (多治見市)
永松寺(土岐市)
定林寺 (土岐市)
開元院(瑞浪市)
長保寺 (可児市)
大仙寺(岐阜県八百津町)
龍安寺 (美濃加茂市)
瑞林寺 (美濃加茂市)
龍門寺 (岐阜県七宗町)
東香寺 (岐阜県富加町)
大安寺 (各務原市)
承国寺(各務原市)
南泉寺 (山県市)
弘誓寺 (山県市)
瑞應寺 (岐阜県笠松町)
法雲寺 (岐阜県揖斐川町)
大興寺 (岐阜県揖斐川町)
瑞巌寺 (岐阜県揖斐川町)
嘉慶元年(1387年)頼康が死去すると、養嗣子に迎えた甥の康行が惣領を継ぐ。ところが、3代将軍義満の治世では将軍の権力強化の煽りを受けて、勢力削減の対象となった守護大名家が出てきた。足利氏の一門である今川氏でさえ、これまで大功のあった今川了俊が処罰され、勢力を弱められている。
だが、土岐氏への処断は今川氏よりも早かった。康行は総領でありながら美濃と伊勢の2か国のみの領有しか許されず、残る尾張は満貞(康行の実弟)に分与されてしまう。この処置に不満な康行は挙兵に追い込まれて、幕府軍の討伐を受けて没落した(土岐康行の乱)。美濃守護職は頼忠(頼康の弟。康行の叔父)に与えられたが、土岐氏の伊勢守護職は認められずに仁木氏へ移った。以後、土岐氏の惣領は、頼忠の系統(土岐西池田氏:神野氏)が継ぐことになる。
伊勢を召し上げられた康行は、明徳2年(1391年)の明徳の乱で幕府方として参戦。奮戦が功として認められたため、後に伊勢守護に復帰した。この康行の系統は土岐世保家と呼ばれる。一方、明徳の乱に幕府方として参戦した満貞は、卑怯な振る舞いがあったとして尾張守護を解任され没落。尾張守護は斯波氏に継承された。土岐氏の勢力は義満の目論見によって、尾張守護職を失った上に2家に分けられて大きく削がれることとなった。