裏金
外務省の外交機密費(報償費)による裏金作りも有名である(外務省機密費流用事件)。官邸への上納金が主であるといわれており、官邸改革・外務省改革の必要性が問題になっている。
その他、広島労働局不正支出金(1億3000万円)が表面化している。
社会保険庁の職員による国民年金保険料の着服が明らかになった。また、90市区町村で101件の着服事案が判明した。総務省は刑事告発を含む対応を取るように要望する文書を出した。
元検察官の三井環により、検察庁の調査活動費の裏金使用が内部告発され、2001年1月に『噂の真相』に西岡研介記者による記事が掲載された。その後、三井はTV番組で検察組織の裏金問題について語ろうとしたが、出演当日に逮捕され、マスメディアは「検察による内部告発つぶし」と批判した。
元大阪高等裁判所裁判官の生田暉雄により、最高裁判所にも裏金が存在することが指摘されている。生田の試算では、金額は警察の裏金よりも多いという。
2009年末には退陣直前の麻生内閣による官房機密費(やはり報償費である)流用疑惑が発覚。市民団体が2010年1月、支出理由開示を求めて訴訟を提起する騒動になっている。