森祇晶
92から3.75まで向上しチームは5年連続Aクラス入りを果たすが、10月6日の試合にて対戦相手のヤクルトが4年ぶり優勝となり、西武の監督時代に経験がない相手チームの胴上げを目の前で見届けることとなる。8月16日のヤクルト戦では審判の判定に抗議し、現役時代も通じて初の退場処分を受け、一時ベンチから選手を引き上げさせた。
2002年は共に西武時代の教え子の森繁和を投手コーチ、辻発彦を内野守備走塁コーチに招聘。しかし森との確執で正捕手の谷繁 や前年のチーム最多勝投手の小宮山悟がFA移籍をするなど戦力が低下。開幕から記録的な低迷を続け16年ぶりの13連敗を喫するなど最下位を独走し全日程で最下位となり、シーズン途中の2002年9月25日に契約を一年残して解任が通告された。森は解任翌日の9月26日に記者会見したが「今日限りでユニフォームを脱ぐことになりました。ファンに対して申し訳ない成績で一番それに心痛めています。本当にわずかな期間でしたがお世話になり、ありがとうございました。」と述べるだけで質疑応答を一切せず、一分ほどで終わった。観客動員も日本一となった1998年から約32万、前年から15万減の大幅減となった。監督代行は森が横浜の監督になる際に横浜のコーチに就任したヘッド兼打撃コーチの黒江がシーズン最終戦まで務めた。チーム防御率は3.75から4.09、チーム失策も68から81に悪化した。投手陣は唯一11勝で新人王を争った2年目の吉見祐治が唯一の明るい材料で、チーム防御率・失点リーグ5位、打率・得点・安打・本塁打はリーグ最下位に終わった。サヨナラ勝ちも12球団で唯一なかった。
1960年は三原脩監督率いる大洋との優勝争いに敗れ2位となり、この年はチーム防御率はリーグ5位、森自身の打率も僅か.197に終わるなど攻守双方に精彩を欠く1年となる。水原はこの年で退任となったが、後を継いだ川上哲治監督も捕手としての頭脳とインサイドワークを高く評価し、守りの要として信頼していた。1961年はエースの藤田や堀本律雄が怪我で精彩を欠く中、森は中村稔や伊藤芳明、9月に急遽入団した村瀬広基といった若手の投手を引っ張り、過去4年間で3勝しか挙げられなかった中村は17勝を、伊藤も13勝を挙げる活躍で2年振りの優勝を決め、日本シリーズでも中村らの活躍で南海を下し6年振りの日本一を達成した。
川上は森を安住させないために野口元三、佐々木勲、大橋勲、宮寺勝利、吉田孝司、槌田誠などのアマチュア球界の有力捕手を獲得し、森にぶつけ続けた。森は「キャッチャーは俺がいるのに、球団はどうして次から次にいい捕手を入れるのか」と球団の補強策を批判していたが、ついに現役引退までレギュラーの座を死守し続け、8年連続ベストナインに輝くなどV9時代を支えた。
1965年には中村、城之内邦雄、宮田征典の3人が揃って20勝を挙げ、国鉄から移籍してきた金田正一が最優秀防御率を獲得するなど投手陣の目覚ましい活躍により優勝。
さらに清原によれば、森は清原に対してはサインらしいサインは出さず基本ノーサインだった。
2016年に清原が覚醒剤取締法違反の容疑で逮捕されたのを受けて、広岡と野村克也は、森が清原を現役時代に放任扱いして教育をしっかり行わなかったことが、引退後に道を踏み外す遠因になったと指摘した。広岡は「コーチを責めるよりも、やっぱり監督だね。清原は高校を卒業してドラフト1位で西武に入った。当時の森監督は野球は教えたけど、社会人としての常識を教えなかった。親ができなかったことを球団が教えないといけなかった。森監督がしっかりしていれば、清原はタイトルを取ってますよ。清原は「無冠の帝王」だもん。清原はまれにみる才能を持った男だったんですよ。僕が西武の監督だったころに入団していたらよかったが」、「その中でも特に当時の指揮官だった森祇晶監督の責任は大きかったのだろう。清原は森監督の悪口は絶対に言わない。それは清原にとって耳障りなことを口にしなかったからだろう。森監督が野球だけではなく、立派な人間になるために必要なことをたたき込むべきだった。そのようなことを教育しておけば、清原も引退までに打撃3冠のタイトルを何か取っていただろう。あれだけの能力を持ちながら「無冠の帝王」のままで終わってしまったということは、そういった点にも理由があったはずだ。」、野村は「清原が西武1年目か2年目のときに、俺は森に言ったんだよ。清原は野球に対する思想、哲学が何もない奴だ、天性だけでやっている。お前が悪い。ちゃんと教育しろって。野球の指導はコーチがやる。監督の仕事で大事なのは人間教育、社会教育ですよ。」、とそれぞれ森による放任が逮捕の遠因になったのではないかと述べている。
退任後はNHK野球解説者・日刊スポーツ野球評論家(1995年 - 2000年)を務めた。1995年にはグリコ協同乳業「Bigヨーグルト健康」のCMに父親役として出演。庭で素振りをしたり、バッティングセンターでピッチングマシンから放たれるボールを捕球したりと、現役時代を髣髴とさせるシーンがあった。息子役は岡田義徳(森と同じく岐阜県出身)、娘役はデビュー直後の広末涼子であった。
1998年9月、当時巨人の監督だった長嶋茂雄がこの年限りで辞任し後任として森が就任すると報道されたものの、9月11日にNHKが午後11時の「ニュースイレブン」にて「こんな大騒動になって迷惑している。たとえ巨人から監督就任の要請があったとしても受け付けません」と表明したと報道。長嶋の留任も決定し、森の巨人監督就任が実現することはなかった。