ヘンリー・モーガン
パナマ遠征のためモーガンがジャマイカから離れている間に、イングランドとスペインは講和条約(マドリード条約)を調印し、そのニュースがジャマイカに届いていた。この条約はカリブ海における両国の平和を確立することを目的としており、したがって私掠船の許可を取り消すという合意も含まれていた。歴史家のヴァイオレット・バーバー(英語版)によれば、スペインが出した条件の1つにはモディフォードの総督解任も含まれていたと言い、実際にモディフォードは逮捕され、後任の総督であるサー・トマス・リンチ(英語版)によって本国に送還された。
結果として条約調印直後にパナマ・シティが破壊された事実は、アレンが「国家情勢危機」と表現したように、イングランドとスペインの和平関係を破綻させるものであった。 イングランド政府の元には、ヨーロッパ駐在の大使らからスペインが戦争を考えているという噂が届けられた。これを宥めるため、チャールズ2世と南部担当国務大臣アーリントン伯は、モーガンの逮捕を命じた。1672年4月、モーガンはロンドンに召喚されたが、バーバーは「彼は手厚く持て囃された・・・ ドレイクのマントが降りた英雄として」と書いている。 この時、モーガンがロンドン塔に収監されたとする資料もあるが、ポープによれば塔の記録にその事実を示すものはない。
その3日後に川の流れが悪くなり、ジャングルも開けてきたために、モーガンは部下たちを再び上陸させ、残りの部分を陸路で移動した。
ロバート・サール(英語版)船長を含む、モーガンの部隊は1671年1月27日に、パナマ・シティ(現在のパナマ・ビエホ)に到着した。そして翌日の攻撃に備え、一晩野営した。 翌日、攻撃を開始すると、スペイン側は約1200人の歩兵と400人の騎兵隊で迎え撃とうとしたが、彼らのほとんどは実戦不足の未熟な兵であった。 モーガンは、300人の兵士を、スペイン軍の右翼に位置する小高い丘のふもとに通じる峡谷に送り込んだ。この動きにより敵兵の数が減ったことを確認したスペイン軍は、彼らが退却を始めたと誤認し、左翼部隊を崩して追撃を命じ、これに残りの守備兵も続いた。この動きに対してモーガンの主力部隊は整然と射撃で迎え撃った。やがて、峡谷に送った別働隊が姿を現したことで、スペイン側はこれを騎兵隊で迎え撃とうとしたが、別働隊の組織的な射撃で撃破された。そのまま別働隊はスペイン軍の側面攻撃を開始した。 パナマ総督は、敵勢を混乱せしめるため、2つの雄牛の群れを戦場に投入した。ところが、銃声に怯えた牛たちは反転し、スペイン軍の残党や飼い主らが踏み潰されてしまった。 この戦いでスペイン軍は敗走して400から500名の兵士を失い、一方でモーガン側の戦死者は15名であった。