スーパードンキーコング
木々の間を渡るために今回は動く足場を活用する。特に、動く足場とタイヤの組み合わせが多数登場する。
ステージ全体にジンガーがいるため、序盤で仲間にできるウインキーを終盤まで持ち越せると非常に有利に攻略できる。
クリッターがたむろする広大な遺跡。
タル大砲が登場。ステージ開始付近でこそただタル大砲に入るだけの初歩的な仕掛けだが、進んでいくと動くタル大砲をタイミングよく発射する等、実践的になっていく。
ジャングルといえど足場が非常に少なく、タル大砲を次々に使って大きな谷を越えていく。特定のタルに入ると大幅なショートカットができる。
レベル3に登場。ロープや木の上をつたって移動する所が多い森林地帯。ジャングルと同様、辺り一面に植物が生息している為、やや薄暗い。ジンガーやネッキーが多い。
タコ。SFC版の取扱説明書曰く「殺人(?)タコ」。足を刃物のように回転させながら移動する。エンガードの攻撃でも倒すことは不可能。
色によって挙動が異なり、紫は一定軌道の周回を続ける。青は普段は待機しており、こちらが通り過ぎるか近づくと一定ルートを一方通行で移動し、移動が終わると停止する。
GBC版『ドンキーコング2001』では青が登場せず、紫色が場所によって前述のどちらかの挙動を行う。
GBA版の「ファンキーフィッシング」では紫色が登場。GBC版『ドンキーコング2001』の同ゲームでは、アドベンチャー(本編)では登場しない青緑色が登場。
GBC版『ドンキーコング2001』ではコンボを狙わずに1匹で釣り上げてもタイムが増加するため、倒せなくて厄介だったアドベンチャーに対してかなり有難い敵となっている。
GBC版「ドンキーコング2001」にのみ存在するミニゲーム。6種類存在するが、細かい違いを除けば実質することは全てモグラたたきと同じ要領である。
ステージ上にはカーソルが合わせられる場所が複数存在し、指示に従ってAボタンでココナッツを撃って正しいアクションをする。ココナッツは連続で最大4発しか撃てず、弾切れになったときにはBボタンで補給(リロード)する。
コングとクレムリン 円形に8ヶ所置かれているバナナにクレムリンがやってきたら撃退させる。左キーでカーソルが反時計回りに、右キーで時計回りに移動。ドンキーやディディーが来た際に間違えて撃つと残り弾数がさらに減るペナルティがある。弾数は全部で50。一定数のクレムリンを取り逃がすと強制的にゲームオーバー。
クレムリンたたき 円形に8ヶ所置かれているタルからクレムリンが顔を出したときに撃つ。左右キーの操作は「コングとクレムリン」と同じ。このゲームは得点制で、撃退したクレムリンの総得点が100点を超えればクリア。クレムリンの色によって得点が異なり、緑は1点、青は2点、赤は4点。クレムリンを一定数見逃すと強制的にゲームオーバーになる。
クレムリンをつまみだせ! ルールは「コングとクレムリン」と全く同じで、違いはドンキーたちがやってこないこと。弾数は全部で70。
GBC版『ドンキーコング2001』ではオートセーブのため、セーブできない区間に注意する必要が無くなった。ゲームオーバーになってもコンティニューバレルの破壊にかかわらず同ステージの最初からになるだけである。GBA版では、マップ画面で任意にセーブができるようになる。ライフはセーブにかかわらず電源を付けた地点で5からスタートだが、GBA版ではセーブでライフの数も引き継げるようになった。
ステージによっては味方キャラ(アニマルフレンド/後述)がいる場合があり、コンテナを壊して跳び乗るとアニマルフレンドを操作できる(一部操作できない者もいる)。アニマルフレンドに乗っている間は、操作方法もアニマルフレンドのものに変更され、それぞれ独自の能力を活用して攻略することが可能だが、他のステージには持ち越せない。SFC版とGBA版では、アニマルフレンドはダメージを受けると高速で逃げ出すが、谷底に落ちるなどして見失わない限りは乗り直せば再び利用できる。GBC版『ドンキーコング2001』ではコングがアニマルフレンドに変身を行う。そのためダメージを受けるとそこでアニマルフレンドの操作は終了になり、一度コングに交代するとアニマルフレンドに戻すことはできない。
雲の上やリフトを渡っていく。非常に足場が狭く、一度踏むと消える足場があったり、移動リフトが極端に狭いなどの理由で、総じて難しい。
レベル1・2・4・5・6に登場。岩で出来た天然の洞窟。クレムリンが住み着いている。切り立った壁や階段状の地形が多い。
スピナーが多く配置されている洞窟。
多数のロッククロックが住み着いており、「ストップ・ゴーバレル」で制御しながら進む。
ワープできる場所があり、GBC版『ドンキーコング2001』の数少ないワープできるステージ。更に珍しくSFC版・GBC版『ドンキーコング2001』・GBA版全てで場所が共通する。
レベル2「巨大遺跡」
英語版は【Kremlantis】。水中コースが集中している、水中コースにはボーナスステージは存在しない。
GBC版『ドンキーコング2001』のみに登場。灰色のクラッシャが多数登場。アーミーが無限に出現するドクロ缶もある。
ネッキーとミニネッキーが画面端もしくは画面外からココナッツを吐いてくる他、狭い通路を移動している所をめがけてミニネッキーがココナッツを吐いてくる。敵が非常に厄介になるステージ。
地面に埋まっているタイヤが非常に多い。
基本は横スクロールのアクションゲームで、待ち受ける敵を倒したり避けたりしながら、ステージの最後にあるゴール(「EXIT」と書かれた看板のある出口)にたどり着けばステージクリアになる(ボスステージではボスとの対決のみが行なわれ、倒すとクリアになる)。コースは6つの「レベル」に分かれ、1レベルあたりそれぞれ5-6のステージとボスステージで構成されている。ステージの分岐という概念はなく、順番にこなしていく必要がある。ただし、一度クリアしたステージは何度でもプレイすることができる。
操作できるキャラクターはドンキーコング及びディディーコングの2種類であるが、一度に同時操作はできず、常に一方のキャラクターを操作することになる。両者には性能差があり、ドンキーはより頑丈な敵を倒すことが可能で、ディディーは素早さとジャンプ力に優れている。状況に応じて操作キャラクターの交代が可能で、活用することで有利に進めることができる。
敵やトラップからダメージを受けた場合、コングが2人いる場合は操作中のキャラが逃げ出してもう片方のコングに自動的に交代する(GBA版では逃げ出すのでなく画面外に落ちてもう1人のコングと交代する。GBC版『ドンキーコング2001』ではコングが2人いても2人で進行せず、パートナーは左下のアイコンで控える。
険しい岩山を登っていく。上から岩が落ちてくることも。足場も悪く、ランビに乗るとジャンプ力の無さが原因でかえって仇になることもある。
雪山だけあって地面が滑るが、地形は平坦なので地面に足をとられなければ難しくは無い。
背中に羽の生えた豚で、空中を飛び回る。
英語版は【Gang-Plank Galleon】。ガレオン船上でキングクルールと戦うステージのみ。全体マップから直接入り、クリアする毎に自動的にセーブされる。