出島
一方、オランダ東インド会社は、ポルトガル船舶載品目録や、五箇所商人の長崎奉行宛ての大割符施行願や、シャム王室宛てに唐通事が起草した書翰の写を長崎代官を通じて提供されるなどの便宜を与えられた。
乱の終結後の寛永16年(1639年)、元平戸藩士の浮橋主水が、平戸藩にキリシタンの嫌疑があると江戸幕府評定所に訴え出た浮橋主水事件が起こり、平戸藩は幕府の按検を受けた。訴えは誣告であるとされたが、平戸に立ち寄った幕府の松平信綱は、平戸藩がオランダとの独占的な交易により強力な兵備を持っていることに気づいた。そのこともあり、後述のとおり幕府は寛永18年(1641年)、平戸藩領にあった平戸オランダ商館を、ポルトガル人を排除したのちの出島に移転させ、以後は開港地を出島に限定した。
ポルトガル人らは出島の借地料を毎年銀80貫支払う形式となっていたが、居住者がオランダ人になってからは銀55貫となった(初代の出島オランダ商館長(カピタン)となったマクシミリアン・ル・メールが交渉し、現在の日本円で約1億円に引き下げられた)。