国鉄ワキ5000形貨車
JR貨物では混載貨物や紙輸送を主とする専用貨物列車に引き続き本形式を使用し、1988年(昭和63年)3月の青函トンネル開通以後は津軽海峡線を経由して本州 - 北海道を直通する運用が設定された。苫小牧から首都圏(小名木川駅)関西圏(梅田駅)まで運用され、復路は雑貨類を積載し札幌貨物ターミナル駅まで運用された。
本形式やワム80000形を用いた車扱専用列車は、復路はごく少量の雑貨類を積載するのみで大半を空車で返送する運用実態が常態化しており、輸送効率や車両経年の見地から早期の解消が企図された。本州 - 北海道系統の紙輸送列車についてはコンテナ化の方針が決定され、多様な荷姿の雑貨類積載を考慮して側面を「総開き構造」とした 30A 形コンテナ (20 ft) が1990年に開発された。1991年(平成3年)3月には首都圏方面の列車がコンテナ化され、関西圏方面の列車も1993年(平成5年)にコンテナ化され、本形式による北海道方面の車扱輸送が終了している。