武家政権
織豊政権は戦国大名の統治機構を母体とする強力な中央集権体制であり、その裏づけに天皇・朝廷の権威を利用するという形式を執った。
また、「幕府」が政権を指す名称として使われたのは江戸時代後期以降である。「鎌倉」「室町」政権を含め、成立時点において「幕府」を自称することは無かった。鎌倉、室町武家政権は明治時代半ばまでに「政府」と呼び、征夷大将軍による政権の三幕府に限定したのはその主張が記載された明治23年官撰日本通史が発刊され東京帝国大学の教科書とされた以降である。
源氏による政権は、源頼朝による武力行使により樹立された。足利、徳川の各武家による政権も同様の方法をとった。いずれも形式上朝廷から任ぜられる征夷大将軍職に就いて幕府を開き、封建制とも呼ばれる分権的な統治を行い、地方領主として地域の実効支配権を持つ武士の連合政権の形をとった。武家政権の長は自己の軍事力行使により政権を獲得し、封建制度的な土地所有と法律による支配を実施した。だが、その政権及びその長としての公認はいまだ中央権力としての地位を保っていた天皇からの将軍宣下による、現実的な権力と貴種性の承認によって初めて確立しえた。室町幕府、江戸幕府は、征夷大将軍職を将軍家の男子が代々世襲する一種の王朝だった。
室町時代、三代将軍である足利義満は、朝廷からの権力簒奪による治天の君を目指し策謀を図り、中国の明から「日本国王」に冊封される。さらに義満は叙任権、祭祀権や元号の改元、治罰の綸旨の封印など権限を奪っていき治天の権限を代行して天皇・朝廷の権威は史上最も低下した。その体制化として三男・義嗣の天皇即位を目指したがその前に義満の死亡で挫折する(ただし、義満が治天の権限を握ったのは朝廷再建・改革が目的であったとする反論もある)。
また守護は、当初は国司の業務や地頭の権限への介入を禁じられていたが、応仁の乱以後の地方定住と権力の拡張の結果次第に領主化して室町後期には地方支配も進み、この頃の守護は守護大名と呼ばれる。並行して室町幕府はわずかに近畿地方を本拠とした地方政権と化し、細川氏や三好氏といった幕臣たちが力を増していった。それにより15世紀中期からの国内統治は幕府・守護体制とよばれる。
その後60年にわたり封印されていた治罰の綸旨は永享の乱で復活し乱用されることになり天皇の権威復活の端緒となった。
明応の政変までに天皇は武家権力の言いなりとなるがその代わり武家執奏されて行ったことに対して後に政治的責任を問われない免責原則を得る。