モンゴルの樺太侵攻
アムール川下流域から樺太にかけての地域に居住していた「吉里迷」(ギレミ、吉烈滅)は、モンゴル建国の功臣ムカリ(木華黎)の子孫であるシディ(碩徳)の遠征により1263年(中統4年)にモンゴルに服従した。翌1264年(至元元年)に吉里迷の民は、「骨嵬」(クイ)や「亦里于」(イリウ)が毎年のように侵入してくるとの訴えをクビライに対して報告した。
ここで言う吉里迷はギリヤーク(ニヴフ)族、骨嵬(苦夷とも)はアイヌ族を指しているとされる。亦里于に関してはかつてツングース系民族(ウィルタ)と見る説が有力であったが、近年では骨嵬とは別のアイヌ系集団であったとする説が唱えられている。この訴えを受け、元朝は骨嵬を攻撃した。これがいわゆる「北からの蒙古襲来」の初めであり、北九州への侵攻(文永の役、1274年(至元11年))より10年早かった。
明の永楽帝は、1411年(永楽9年)に元の東征元帥府が置かれていたトィルに女真人の宦官亦失哈(イシハ)を派遣し、「奴児干都司」を設置させたが、この亦失哈が建てた仏教寺院の永寧寺(えいねいじ)に1413年に建てられた石碑『奴児干永寧寺碑記』によれば、当時の樺太にはアイヌが住んでいたという。ただし、奴児干都司は元の東征元帥府に較べて影響力が弱く、1433年建立の「重建永寧寺碑記」には寺が焼かれたことが示されており、仏教を利用した明の統治は先住民の人たちからは受け入れられず、奴児干都司も程なく機能を停止した。なお、1806年に樺太から間宮海峡を渡ってアムール川下流域まで進んだ日本の間宮林蔵や、同地が清領からロシア帝国領に編入される時期の1854年から1860年にかけてアムール川下流域を探索したロシア人探検家は明代にトィルの丘に築かれたモニュメントを目撃し、後者はスケッチで残している。
また1449年の土木の変以後、明の北方民族に対する影響力が低下すると、アイヌと明との交易も急激に衰え、生活必需品である鉄器などの供給が枯渇し、アイヌにとって日本本土との交易への依存度が高くなる。和人との間で鉄刀(マキリ)の値段交渉決裂をきっかけとして起きたコシャマインの戦いも、これらの状況が背景にあった可能性がある。