一本鎖プラス鎖RNAウイルス
少なくとも2つのウイルスゲノムが同一の宿主細胞に存在するとき、多くの(+)ssRNAウイルスで遺伝的組換えが起こる。ヒトの病原体の(+)ssRNAウイルスでも組換え能力は一般的である。RNAの組換えは、ピコルナウイルス科(ポリオウイルスなど)におけるゲノム構造の決定とウイルスの進化過程の主要な駆動力となっているようである。組換えはコロナウイルス科(SARSなど)でも生じる。RNAウイルスの組換えはゲノムの損傷に対処するための適応であるようである。組換えは同一種の異なる系統の(+)ssRNAウイルス間でも稀に起こる。その結果生じた組換えウイルスは、SARSやMERSのように、時としてヒトでの感染のアウトブレイクを引き起こす可能性がある。
植物のウイルスであるTombusvirusやCarmovirusでは、RNA組換えは複製の際に頻繁に起こる。これらのウイルスのRNA依存性RNAポリメラーゼが持つRNA鋳型を切り替える能力からは、RNA組換えのcopy choice modelはウイルスゲノムの損傷に対処するための適応機構である可能性が示唆される。ブロムモザイクウイルスやシンドビスウイルスも組換え能力があることが報告されている。