元紋別駅
廃止時点で、単式ホーム1面1線を有する地上駅であった。ホームは、線路の北東側(遠軽方面に向かって左手側)に存在した。
国鉄時代末期に無人化されるまでは、単式ホーム・島式ホーム複合型2面3線を有する列車交換可能な交換駅であった。互いのホームは、駅舎側ホーム中央部分と島式ホーム中央部分を結んだ構内踏切で連絡した。1983年(昭和58年)時点では、駅舎側単式ホーム(北東側)が下りの1番線、島式ホーム駅舎側が上りの2番線、外側が1983年(昭和58年)時点では側線扱いの3番線となっていた。3番線の外側(山側)に旧貨物側線を3線有し、そこから分岐した行き止まりの側線も1線有した。そのほか1番線の遠軽方から分岐し、駅舎東側のホーム切欠き部分の貨物ホームへの貨物側線を1線有していた。当時は附近にパルプ工場があり、貨物廃止までは専用線を有し貨物扱い量も多かった。
無人駅となっていたが、有人駅時代の駅舎が残っていた。駅舎は構内の北東側に位置し、ホーム中央部分に接していた。古い木造駅舎は改築され、白く塗られた駅舎に変わっていた。駅舎はホーム側に大きな庇が張り出した構造だった。