北海道学生野球連盟
1955年 全日本大学野球選手権大会の出場枠拡大に伴い、北部地区大学野球連盟から北海道地区大学野球連盟を分離。独立した出場枠を獲得。
1990年 当時4部制にまで拡大していた北海道地区大学野球連盟を将来的な出場枠拡大を睨み、札幌地区とそれ以外の地区で分割。北海道学生野球連盟が発足。両連盟間での代表決定戦が開始。
1995年 全日本大学野球選手権大会の単独出場権を獲得(秋季は北海道地区代表決定戦が存続)。
1996年 明治神宮野球大会の北海道東北地区代表決定戦の方式が変更。北海道地区代表決定戦を廃止し、連盟代表校が直接出場。
2003年 春の全日本大学野球選手権大会の50回記念の特別枠として、この年に限り北海道の2連盟代表の他に北海道から更に1校が出場。出場校は北海道地区2連盟のそれぞれの2位校同士による代表決定戦の勝者。また秋の明治神宮野球大会の北海道東北地区代表決定戦には同年から北海道地区としての第3代表が出場。なお決定方法は先の場合と同じく両連盟の2位校同士による決定戦の勝者。
2009年 明治神宮野球大会の地区代表枠が同大会の40周年を機に東北地区と分離され北海道勢のみによる代表決定戦になる。
道都大学紋別校(大学の札幌キャンパス集約に伴い2004年秋季をもって脱退。チームは道都大学札幌校と統合され札幌学生野球連盟に所属。現..星槎道都大学)
北海学園北見大学(現:北海商科大学、2004年秋季をもって脱退)
東海大学旭川校舎(旧:北海道東海大学、大学のキャンパス移転に伴い2011年春季をもって脱退。なお2011年春季より東海大学札幌校が札幌学生野球連盟のリーグ戦に加盟しており2011年秋季より統合。現..東海大学札幌キャンパス)
北海道大学水産学部(2012年秋季をもって脱退、現在は札幌学生野球連盟の北海道大学に一本化)
拓殖大学北海道短期大学(2011年・2014年・2016年秋季は不参加。2017年秋季を不参加後そのまま脱退)
北海道教育大学函館校(旧:北海道教育大学函館分校、2023年春季・秋季は不参加。2023年秋季リーグ戦終了後退会届を提出し脱退)