庄内の乱
慶長4年(1599年)3月9日、伏見島津邸において島津忠恒が伊集院忠棟を斬殺した。伊集院忠棟は、島津義久の筆頭家老であり、島津氏の九州制覇のため活躍した功臣である。豊臣秀吉の九州征伐の際は、豊臣氏と島津氏の兵力の違いを認識し早期降伏を主張した。降伏後は自ら人質となり上洛し戦後処理にあたり、島津氏の存続に貢献した。そのため、島津家の代表的家臣と認められ、戦後処分でも秀吉から直接肝付一郡を拝領した。
文禄3年(1594年)、島津家領内で検地が行われると、伊集院氏は豊臣秀吉から朱印をもって都城8万石を給された。それまで都城を領していた北郷氏は北郷忠能が幼少であったことと、朝鮮出兵で軍役の不足があったこともあり、祁答院へ移され石高も6万9千石から3万7千石へ減らされた。また、忠棟は秀吉から直接命令を受け、検地後の知行配分の責任者となった。このため家中の不満は忠棟に集中し、家中を乱す「佞人」であるとも呼ばれた。また伊集院氏の伏見の邸は島津氏宗家のそれよりも大きく、国元では島津氏宗家を乗っ取ろうとしているという風評もたった。
島津忠恒は、島津氏宗家当主・義久の弟である島津義弘の三男であったが、義久に男子無く、また、忠恒の兄(鶴寿丸・久保)が若くして死去したため、義久の三女である亀寿と結婚し、島津氏宗家の後継者となった。
乱終結後も、忠恒は忠真を警戒し続けた。事実、忠真は肥後国の加藤清正に対し仇を討つための助力を願う密使を送っている。しかしその密書を託された伊集院甚吉は忠恒に密書を渡した。忠恒のみならず家康も忠真に立腹したが、もはや島津の敵ではあるまいとこの場は許すに至っている。また、清正の方も忠真と連絡を取っていたことが発覚し、家康は清正にも立腹して上洛を禁じて領国での謹慎を命じ、会津征伐への参加を認めなかった。その結果、清正は関ヶ原の戦いとその前後の時期を主戦場から遠く離れた九州で戦うことになった。
しかし、関ヶ原の戦い後の慶長7年8月17日(1602年10月2日)、忠恒は上洛に際し忠真に同行を命じ、日向国野尻で狩りを催した際、これを射殺した。忠真は島津家臣の平田平馬(平田新次郎宗次)と馬を交換していたため、誤って平馬も殺された。対外的には忠真殺害も誤射として片付けられ、実行犯の押川治右衛門(押川則義)と淵脇平馬は切腹を命じられたが、計画的な暗殺だった。同日に忠真の母と弟三人も殺された。なお、平田平馬の死亡も、平田平馬の父・平田増宗がかつて島津家の家督に島津信久(久信)を推したことから、やはり忠恒による計画的暗殺の一環であったという説もある。信久擁立は、忠真が主導していたという。