SMAD4
SMAD4は552アミノ酸、60,439 Daからなるポリペプチドである。SMAD4はMH1、MH2と呼ばれる2つの機能ドメインから構成される。
2分子のSMAD3(もしくは2分子のSMAD2)と1分子のSMAD4からなる複合体は、MH1ドメインの相互作用を介してDNAに直接結合する。これらの複合体は、状況依存的なTGF-βの作用の決定を担う系統決定的転写因子(lineage-defining transcription factors、LDTF)によって、ゲノム中の結合部位へリクルートされる。SMADタンパク質のDNA結合特異性に関する初期の知見はオリゴヌクレオチド結合スクリーニングから得られたもので、SMAD3とSMAD4のMH1ドメインの高親和性結合配列として、5'–GTCTAGAC–3'回文配列が同定されている。プロモーターやエンハンサー領域には他のモチーフも同定されている。そうした部位としてはCAGCCモチーフやGGC(GC)|(CG)コンセンサス配列があり、後者は5GC部位とも呼ばれている。5GCモチーフはゲノム中のSMAD結合領域にクラスターとして高度に密集して存在している。SMAD3/SMAD4複合体はTPA応答エレメント(TPA-responsive element)にも結合し、このエレメントにはTGAGTCAGモチーフが含まれる。