バイオハザード: ザ・ファイナル
しかし、地上がアンデッドや生物兵器で溢れてもなお、生き残っている生存者グループが世界各地に存在し、予定よりも作戦が長引いてしまった為、アイザックス博士の腹心であり、計画の実働を担っていたウェスカーと、自身こそがオリジナルであると信じているクローンのアイザックス博士が陣頭指揮を執り、作戦の最終フェーズとして装甲車を用いた生存者の掃討を決行する。
掃討を円滑に進めるべく、ドクを始めとしたアンブレラ側の人間を諜報員(スパイ)として、生き残っている生存者のグループに送り込み、掃討開始時に内部混乱を起こす計画も立てたが、アリスの活躍によって、計画は頓挫し、アイザックス博士と上級幹部は地上が浄化される前に、箱舟である「ハイブ」中で全員死亡した。
本作はこの掃討作戦が行われる「48時間前」から物語が開始し、作戦が完遂して人類が完全に滅亡するまでのタイムリミットとして、何度も残り時間が描写される。
原作におけるアンブレラ社、及びその創始者であるオズウェル・E・スペンサー卿の最終的な目的も、「世界規模のバイオハザードを引き起こして、選ばれた人類のみが暮らすことができる世界を創造する」ことが目的であり、映画版の浄化作戦と似ているが、原作では散布するウイルス自体が生き残るべき人間を選別し、優れたDNAを持つ人間はウイルスによって更なる進化を遂げ、ウイルスに選ばれなかった人間はクリーチャー化して自然淘汰されるという計画だった。また、原作ではアンブレラの最後の残党であるアルバート・ウェスカーがスペンサーの計画を引き継いで、世界中にウイルスを散布する寸前まで計画が進んでいたが、主人公たちの活躍により計画は実行直前で食い止められたため、映画とは異なり世界規模のバイオハザード自体は発生していない。
あなたに人類を救ってほしい。」と伝える。
アリスは以前にハイブやアンブレラ・プライムでレッドクイーンが自分や仲間たちを殺そうとしたため、レッドクイーンに対して半信半疑であったが、最後の望みをかけてラクーンシティへ向かう。その道中で襲ってきたアンブレラ社の隊員たちによる危機を脱した直後、アンブレラ社専用のバイクを使用しようとしたために電気ショックが発生し、アリスは失神してしまう。
意識が戻ったのは、アンブレラ社の装甲車内だった。そこには、アリスが以前に倒したはずのアイザックス博士がいた。アリスは移動中の装甲車上でアイザックスと死闘を繰り広げた果てに脱出し、かつての戦友クレア・レッドフィールドや新たな仲間と合流し、アルバート・ウェスカーのいるハイブへ向かう。その道中にはさまざまな罠が仕掛けられており、それらを切り抜けて最終決戦に挑むアリスは、自らの出生の真実を知ることとなる。
本作では、アンブレラの「浄化作戦」の陣頭指揮を取っており、数少ない人類が居留する地域であるラクーンシティを襲撃しようとしている。道中でアリスと遭遇し、アリスに引けを取らない戦闘能力で彼女を追い詰めるが、一歩及ばず、左手を切り落とされる等の重傷を負う。
左手を切り落とされ、激昂したアイザックスは、万全の装備を整えてアリスと生存者達が隠れるラクーンシティの廃ビルに向かう。最初は大した装備を持っていないと侮っていたが、アビゲイルが作り上げた投石器による攻撃で味方の装甲車が破壊された後は、考えを改めて、投石器の攻撃範囲外ギリギリの位置から装甲車に吊るしていた捕虜の女性を解放して、彼女とアンデッド軍団を廃ビルの入り口ゲートに誘導した。アリス達が女性を救出しようとした瞬間を狙って、女性を部下であるチュウ司令官に命じて射殺させ、廃ビル内にアンデッド軍団を侵攻させることに成功した。
生存者の命を軽視するアイザックスに怒りの感情を向けるアリスを見て、アイザックスは笑みを浮かべたが、アリスもビルの屋上から火の付いたガソリンを大量にばら撒いて応戦し、炎の滝を作り出してアンデッド軍団の大半を始末する。炎の滝に巻き込まれまいと後退する装甲車の隙に乗じて、ジップラインを使って急接近してきたアリスに対処できずに装甲車を破壊されて、またしても敗北してしまう。
一度ならず二度までも失敗したアイザックスは憎しみに感情が支配されて完全に狂人と化す。
始めはレッドクイーンによる勝利宣言かと思って話を聞いていたが、レッドクイーンからアンブレラの最重要機密であるT-ウイルスに感染した地球上の生物すべてを殺すことが出来る「風媒の抗ウイルスワクチン」がラクーンシティのハイブに存在することを聞かされ、これを使ってアンブレラが引き起こした惨劇に終止符を打ってほしいと矢継ぎ早に依頼される。
レッドクイーンとは、今回のワシントンD.C.での戦いだけでなく、ハイブや生物兵器のシミュレーション施設アンブレラ・プライムの中で敵対し、多くの仲間を殺された経験があるため「信用できない」と一蹴するが、レッドクイーンは、アリスが今、最も望んでいる情報である「ウェスカーの所在」を明かし、彼もまたラクーンシティのハイブの中にいることを伝える。
半信半疑ではあるものの、レッドクイーンの情報が嘘だったところで、もはや失うものは何もなく、裏切って多くの仲間を殺したウェスカーへの復讐を果たすため、そして十年前のハイブでのウイルス漏洩を止められなかった責任から、アリスは世界規模のバイオハザードの始まりの地であるラクーンシティのハイブへ向かう。
紆余曲折の末ハイブに到着後は、因縁の相手であるアルバート・ウェスカー、アンブレラ社の創始者であるアレクサンダー・ローランド・アイザックス、T-ウイルス開発者の娘で、アイザックスと共にアンブレラ社の共同所有者であるアリシア・マーカスの三人と邂逅し、そこで自身の出生に関する真実をアイザックス博士により告げられる。
アリスの正体は、T-ウイルスを開発したジェームズ・マーカス教授の一人娘であるアリシア・マーカスが、早老症の「プロジェリア」を発症せず、健康体のまま成人女性に成長した姿を想定して作られたクローン人間であり、アンブレラの最高経営責任者であるアイザックス博士のクローン体が、様々な役職を与えられてアンブレラの仕事に従事しているのと同様に、同じくアンブレラの最高経営責任者であるアリシアのクローン体として、『I』でアリスが目覚めたハイブの入り口である洋館(鏡の館)を警備させる目的で製作された。