プロモーター
コアプロモーターエレメントという、-10ボックスも-35ボックスも含む極めて強いプロモーターには、さらに上流にUPエレメントまたは上流要素と呼ばれる特殊な塩基配列を含むものがある。これはαサブユニットに特異的に結合することで、転写開始段階において外れやすいRNAポリメラーゼのDNAとの結合を強化する。たとえば、大腸菌にはrRNAをコードする7個の遺伝子 (rrn gene) があるが、これらにはUPエレメントが存在する。結果、増殖など大量のrRNAが必要なときには7個のrrn遺伝子だけで細胞中の転写の大部分を占める。そのうちの一つrrnB P1遺伝子はUPエレメントにより転写頻度が40倍増強されるという。
II型クラスIIIプロモーターは tRNAやVA RNAなどの遺伝子といった、ほとんどのクラスIIIプロモーターに該当する。I型同様遺伝子の内部に存在する。I型の同名領域と酷似するボックスAとボックスBを持つ。2つの距離はまちまちだが、普通あまり短すぎると機能を失う。
AボックスにTF IIICが結合することでTF IIIBが転写開始点に結合する。
真核生物の場合、真正細菌プロモーターの-10領域に相当する、5'-TATAAA-3' の共通配列を持つ領域(TATAボックスあるいはゴールドバーグ・ホグネス・ボックスと呼ばれる)が-25あるいはさらに上流に存在する。転写開始位置はこのTATA ボックスが決定している場合が多い。
この他、-100~-60の範囲に存在する5'-CCAAT-3' の共通配列を持つ領域(CAAT ボックスと呼ばれる)や、-60~-40の範囲に存在する5'-GGCGGG-3' の共通配列を持つ領域(GC ボックスと呼ばれる)がよく知られているが、これらは転写の促進に働いていると考えられている。
真核生物の場合、RNAポリメラーゼには3つの種類があり、Pol I、Pol II、Pol IIIと呼び分けられる。転写開始に必要となる因子、プロモーター領域の配列、転写の様式はそれぞれ異なる。それぞれが担当する遺伝子のプロモーターについて次の各項にて紹介する。
また、同じく転写開始を制御しながら転写開始点からとても離れたエンハンサーもある。プロモーターと同様に機能する配列を持ち、またプロモーターに結合するタンパク質と相互作用する。プロモーターとエンハンサーの違いはむしろ便宜的で、どちらに分類しても差し支えのない配列もある。