三宝院
本堂(弥勒堂、重要文化財) - 護摩堂とも呼ばれる。快慶作の本尊・弥勒菩薩像を安置する。
庭園「酒づくしの庭」 - 苔庭。
純浄観(重要文化財) - 豊臣秀吉が醍醐の花見の際に、槍山で花見をした時の建物を移築したもの。襖絵は浜田泰介画伯によるもの。
奥宸殿(重要文化財) - 江戸時代初期の建立。上座の間にある棚は「醍醐棚」と呼ばれる違い棚である。修学院離宮の「霞棚」、桂離宮の「桂棚」とともに「天下の三大名棚」と称されている。
茶室「松月亭」 - 江戸時代末期の建立。
庫裏(重要文化財)
醍醐寺寺務所
表書院(国宝) - 醍醐の花見の際に奈良から移されてきた能の楽屋を現在地に移転し、中門を付加するなどして整えたもの。寝殿造の様式を伝える。上段の間・中段の間は、長谷川等伯一派の作で、下段の間は別名「揚舞台の間」とも呼ばれ、畳をあげると能舞台になる。襖絵は石田幽汀の作。
勅使の間(重要文化財) - 襖絵は長谷川等伯一派によるもの。
秋草の間(重要文化財)
葵の間(重要文化財)
大玄関(重要文化財)
三宝院庭園(国指定特別名勝・特別史跡) - 池泉回遊式庭園。慶長3年(1598年)に豊臣秀吉が醍醐の花見に際して自ら基本設計をして作庭したものと伝え、築造には賢庭の名も伝えられている。
三段の滝
満済以降はより武家との関係が深くなり、三宝院門跡は将軍御所に近い法身院を居院として継承するようになった。しかし、応仁の乱で三宝院は焼失し廃寺同然となった。応仁の乱当時の院主義賢(26世)は足利満詮の実子であった。また、足利義稙の将軍復帰時には足利義澄に近い門跡持厳は京都を脱出し、代わりに義稙の猶子であった義堯(九条政基の子)が門跡になっている。安土桃山時代に醍醐寺金剛輪院の院主であった義演は豊臣秀吉の信頼が厚かったため、同院を中心に有名な「醍醐の花見」が開かれた。義演は准三后となり、秀吉の許可を得て三宝院32世を名乗り、金剛輪院を三宝院と改称して三宝院を再興した。桜で有名な醍醐寺三宝院庭園はその時期に秀吉によって整備されたものである。義演は徳川家康からも信任を受け、江戸時代初期の天台宗系修験道である本山派本山の聖護院との相論では江戸幕府の支援を受けて、慶長18年(1613年)に修験道法度が制定された。
1871年(明治4年)、廃仏毀釈の影響で門跡号を差し止められるが、14年後に復称する。2023年(令和5年)現在では、真言宗醍醐派総本山として宗務庁、醍醐寺の寺務所が三宝院内に設置され、醍醐派管長・醍醐寺座主・三宝院門跡の三職兼務が定められており、現在は仲田順和が在任している。