健康局
総務課 指導調査室
健康課 保健指導官 地域保健企画官
がん・疾病対策課 肝炎対策推進室
難病対策課 移植医療対策推進室
生活衛生課 生活衛生対策企画官
水道課 水道計画指導室 水道水質管理官
食品基準審査課
食品監視安全課
食品監視分析官 輸入食品安全対策室
2015年10月1日から「生活衛生課」「水道課」を新設する部局医薬・生活衛生局の生活衛生・食品安全部に移管。「疾病対策課」「結核感染症課」「がん対策・健康増進課」の3課を、「健康課」「がん・疾病対策課」「難病対策課」「結核感染症課」の4課に再編。
2023年9月1日から「健康・生活衛生局」に改組し、感染症対策部を新設。