兵農分離
戦国時代後期に、その武装しているあらゆる階層の中から、惣村から大名や領主、国人に戦力や戦場用務を提供する武家奉公人が現れる。奉公人は、その給与のほか略奪、人取りによる人身売買、苅田などが許されていた。彼らは軍の構成の58%を占めていた。大坂冬の陣、加賀藩400石取りの武士を例にとると侍衆の若党1 - 2人、馬引きや槍持ちの下人3 - 6人、他に労役農民の人夫1 - 2人を連れるよう規定されていた。戦闘する侍衆の多くは惣村経営の主導者層である。軍役は侍のつとめであって百姓のつとめではない、という考えを中世的兵農分離という。戦国時代後期には、武家からの兵力動員の求めを忌避し、一定の兵の専業化と身分の区別が進んでいた。非戦闘員の兵糧運搬などの人夫の課役はあったが、戦闘員ではなかった。戦国大名により、それ以外の農民の武器も自弁の戦時動員も画策されたが、村奉公衆と区別され、北条氏は豊臣氏との戦争で緊急の村人を戦闘員として戦時動員したが、反発を恐れていた。武田戦も含め非常時として3回民衆動員令が村請に依存して徴兵がなされたが、不正申告・動員忌避の抵抗が多く、「人夫なら出すが兵は出せぬ」と抵抗理由に、中世的兵農分離を盾にして徴兵忌避をした。 武家奉公人には、戦闘ではなく労働力の提供層とされた中間や小物なども存在していた。
織田政権により、柴田勝家が越前国で検地を開始し細川藤孝の丹後国でも続けられた。また、馬廻衆や弓衆の武士と家族たちの城下町への集住が強制されるがそれ以外の、重臣を含めた武士層の妻子たちは領地で暮らしていた。また、身分法令や政策は出さなかった。
豊臣秀吉が天下を統一し、豊臣政権で天正19年8月令や天正20年正月令で人掃令で身分法令とされるものが発布された。村落自身が武力によって相論を解決することを禁じる喧嘩停止令を発布した。刀狩で、百姓から大刀・脇差の二刀帯刀権を剥奪し、武士身分の標識とした。さらに検地で土地権利者と年貢納入者の名請人(なうけにん)に農民を当て身分を固定したと言われた。これらは身分制度を固定する政策だとされてきた。
また兵農分離による家臣の城下への強制集住は、京都・伏見に大名の妻子の居住が強制され、大名らも京都・伏見在住が長くなったが、国元へ帰国が許されていた。また武士層全体への都市居住政策は無かった。
大名の妻子らの城下への強制集住は、楽市楽座とともに、城下町発展の大きな要因となる。具体的な政策として惣無事令や、身分にかかわる政策として刀狩、海賊停止令が施行された。これらは、土地の支配関係を明らかにし、武士以外の帯刀権を剥奪した。海上においては海賊勢力を解体して、警護料などの金銭徴収を禁止し、大名の水軍武士と漁民に分離するものであった。
日本の中世期においては、幕府の地頭、御家人、その郎党といった正規の武士以外に地侍(土豪)、野伏、農民等も武装していた。武士は律令時代の武装開拓農場主を出自とし、農場主が小作人の子弟を郎党として戦時の体制を構成していたため、兵と農は不離あるいは同義語に近い。また政府の治安維持を担う機能がほぼ都市部に限られ、流通業者も武装しなければならず、農業系武士の代表が鎌倉幕府の御家人たちであるならば、商業系武士の代表としては鉱山経営者であり運輸業者であったといわれる楠木正成等が挙げられる。
つまり武装を必要としない江戸時代の安定を見るまでは、経済的に許される範囲において、あらゆる階層が武装していた。