佐々駅
単式1面1線(佐世保方面折り返し用)と島式1面2線ホーム(合計で2面3線)を有する地上駅である。島式ホームが1・2番のりば、単式ホームが3番のりばとなっており、各ホームは構内踏切で結ばれている。3番のりばのレールは行き止まりとなっており、たびら平戸口方面へ行くことができない。
駅舎は木造ログハウス風で内部は2階建てであり、1991年(平成3年)に竣工した(前述)。ちなみに、国鉄時代の駅舎は単式ホーム側に建っており、のりば番号も現在と逆の振り方(単式ホーム(臼ノ浦線発着用のりば)が1番、島式ホームが2・3番)となっていた。なお、臼ノ浦線の廃止後は1番のりば(現・3番のりば)のレールが撤去されたことがあった。