大垣輪中
明治時代に入ると、1881年(明治14年)3月に大垣輪中揖斐川牧田川杭瀬川堤防組合水利土功会が成立。その後改組して大垣輪中水害予防組合が1898年(明治31年)8月24日に成立した。
西濃地方は1882年(明治15年)から7年間で44回の大洪水に見舞われ、特に1888年(明治21年)の暴風雨では大垣輪中は泥海化していた。木曽三川分流工事は1887年(明治20年)から工事が始まっていたものの、工事は木曽川河口から始められ、大垣輪中の地域は未定であった。当時県議会議員であった金森吉次郎は大垣輪中を代表し、山田省三郎ともに上流改修の必要性を主張した。この陳情もあり、1990年(明治33年)からの第3期工事以降で大垣輪中の地域の工事も実施される。
大垣輪中の周辺では、蛇行していた揖斐川の線形を改善するように改修が行われた。大垣輪中と隣接する牧輪中を縦断するように新揖斐川河道が通され、それに伴って古宮輪中の一部も開削された。東西に分断された牧輪中の西側地域(馬瀬村)とは、古宮輪中との間の旧揖斐川派川の河道が締め切られて陸続きとなった。また、水門川は浅草輪中の南東部で直接揖斐川へと合流していたが、より下流側で牧田川と合流した後に揖斐川に合流するように変更された。