正中の変
しかし、日本史研究者の河内祥輔によれば、仮に頼員の討幕説が正しかったとしても、討幕軍は土岐氏庶流のみであり、六波羅を滅ぼすに足る兵力とは到底言えない。また、国長が実際に延暦寺・興福寺や他の武士を誘っていた実証的証拠もないという。
このように、頼員の主張は鵜呑みにするには疑惑が多く、幕府・六波羅探題は検証のため、後醍醐側である日野資朝・日野俊基の弁明も聞こうとし、また土岐氏嫡流側にも調査の手を進めた。
9月19日午後、六波羅探題は関東申次西園寺実衡を通じて、日野資朝・日野俊基の勾留を朝廷に要請し、同日夜に両人は六波羅に出頭した(『花園天皇日記』同日条)。
「九月二十六日結城宗広書状」(『鎌倉遺文』28835号)によれば、9月23日に初めて鎌倉の幕府中枢部は事件の発覚を知った。同書状によれば、まず嫌疑がかかったのは元伯耆守の土岐頼貞で、幕府は鎌倉にある頼貞の宿所を捜索したが、不在だった。この後、頼貞が処罰された形跡は見当たらないため、河内によれば、頼貞は冤罪であるとすぐに判明したのではないかという。この書状によれば、幕府に頼貞のことを讒言したのは六波羅探題ではなく、斎藤俊幸(『太平記』の斎藤利行)なる人物であった。河内は、花園上皇が聞いた頼貞謀反人説も、俊幸が広めた情報に由来するではないかと推測している。