皇位継承
奈良時代に入った後、文武天皇も皇位継承者である首皇子(後の聖武天皇)が成人する前に没したため、元明天皇と元正天皇の2人の女帝が皇位を継承した。聖武天皇は、皇位継承すべき男子を残せず、女性の孝謙天皇が後を継いだ。その後、藤原仲麻呂の強い推挙により、天武天皇の孫の淳仁天皇が立ったが、自らを「聖武天皇の後継者」とみなした淳仁天皇(『続日本紀』天平宝字3年6月庚戌条)と天皇を自己の「臣」とみなす孝謙上皇(『続日本紀』天平宝字8年10月壬申条)の対立は、上皇が僧の道鏡を信任した問題を巡って一気に悪化する。やがて、藤原仲麻呂の乱に連座して淳仁天皇は廃帝となり、孝謙天皇が再度即位(重祚)して、称徳天皇となった。この間、他の皇族が皇位を狙ったが、その都度謀叛と見なされ、結果、適当な皇位継承者が不在となってしまった。そのため、仏教に深く帰依していた称徳天皇は、道鏡を皇位に就けることを企図した(宇佐八幡宮神託事件)が失敗し、後継者を決めないまま称徳天皇は崩御し、天武系皇統は断絶することとなった。天武天皇から称徳天皇に至るまでの皇位継承のルールは(継承すべき者が未成人などの場合には中継ぎとして女帝が即位することもあったが)、原則として直系継承であった(ただし、持統天皇を天智天皇の直系とみなした場合、草壁皇子とその子孫は天智天皇の直系子孫とも解せる)。このルールは、激しい皇位継承紛争を未然に防止して天智系皇統の復活を阻止しようとした代わりに、皇位継承候補者を限定してしまったため、却って皇統の断絶(結果的には天智系皇統の復活)という結果を招くこととなった。
後醍醐天皇は両統迭立状態を解消し、自身の系統に皇統を再度統一したと考えていたが、その後、後醍醐天皇による新政に対して多くの離反が相次ぎ、離反勢力からなる室町幕府は、持明院統から光明天皇を擁立した。これにより、北朝(持明院統)と南朝(大覚寺統)の2つの王朝が同時に存在する日本史上未曾有の事態(南北朝時代)となった。北朝は、幕府の擁護を受けて、従来通りの院政を継続したが、南朝では後村上天皇以降、関白こそは復活させたものの、天皇親政を貫いた。1352年(南朝:正平7年、北朝:文和元年)、室町幕府内部の内紛に乗じて南朝軍が京都を占領して、北朝の崇光天皇ら主だった皇族を拉致してしまう(正平一統)。室町幕府は天皇の弟の一人が寺院に預けられている事を知って、急遽後光厳天皇として即位させた。後に南朝方は崇光天皇らを返還したものの、室町幕府は崇光天皇の復位を認めず、子孫には伏見宮の称号を贈って宥めようとした。だが、皇位継承が後光厳天皇の直系子孫による方針が決められたために、崇光天皇と伏見宮家による後光厳天皇と室町幕府に対する反感が高まって、北朝は事実上の分裂状態に陥ったのである。
時代が進み、北朝・室町幕府側の優位が明確になってくると、南朝側も妥結点を模索してきた。そこで仲介に当たったのが足利義満である。1392年(明徳3年)、持明院統(北朝)と大覚寺統(南朝)の迭立再開が提案され、南朝の後亀山天皇が条件受諾したことにより、北朝の後小松天皇とともに南北朝合一が実現した。しかし、1412年(応永19年)に称光天皇が即位するに際して、迭立再開の条件は撤回されることとなり、後小松天皇の直系子孫による皇位継承が宣言された。
室町時代中期に入ると、皇室の権威は次第に低下していったが、それに伴い皇位継承紛争は見られなくなり、直系男子がすんなりと皇位継承するようになった。誰が皇位に就いても構わないという状況が出現したことになる。それでも伏見宮家から入った後花園天皇から17世紀前期(江戸時代初期)の後陽成天皇まで、直系男子が継承紛争もなく、迭立もないまま順調に皇位を継承していき、日本史上もっとも皇位継承が長期間にわたり穏やかに行われた時代でもある。
安土桃山時代後期・江戸時代初期の後陽成天皇は、自分の後継者が豊臣秀吉・徳川家康の2大権力者の思惑により擁立された事に不満を抱き、実子ながら、これらを廃して実弟の八条宮智仁親王に譲位しようとして、豊臣政権や江戸幕府と衝突したが、最終的に家康の推す嫡男子の後水尾天皇に譲る事になったが、長く親子間の不和が続いた。続く後水尾天皇もたびたび幕府から高圧的に扱われたため、それに耐えかねて1629年(寛永6年)、自らの女子に譲位した。このとき皇位継承した明正天皇は、称徳天皇以来859年ぶりの女帝である。明正天皇はその後、異母弟の後光明天皇へ譲位した。後光明天皇以降は、直系男子への継承を基本としていたが、継承者が未成人などの場合に中継ぎとしての女帝として後桜町天皇が擁立されていた。1779年(安永8年)に後桃園天皇が子を残さないまま若くして崩御したため、日本史上、数回目となる皇統断絶の危機が発生した。