足利藤氏
また、この際、公方府は葛西城に移されたが、藤氏は古河に留まっていたとされる。藤氏の存在は北条氏側からすれば潜在的な脅威であり、義氏の元服時に足利義輝から「輝」ではなくそれより格上とされる「義」の偏諱を得たのも、藤氏の正統性の否定の意図があったとも言われている。
古河公方への道を絶たれた藤氏はこれに反発し、弘治3年(1557年)に挙兵して古河御所奪還を試みるが失敗。晴氏は栗橋城に幽閉され、藤氏も追放された。それでも安房の里見義堯を頼って再起の機会を窺い、これに従う簗田晴助らが越後に滞在中の上杉憲政と憲政を庇護していた長尾景虎(後の上杉謙信)に救援を依頼した。永禄4年(1561年)、景虎はついに関東へ出兵。藤氏救援という名目だけでなく関東管領の上杉憲政、関白の近衛前久を擁し、大義名分を十分に得た軍勢は関東の諸豪族の応援で10万余にまで膨れ上がった。小田原城ら諸城に籠城する北条方を攻め切れなかったものの、藤氏は義氏を放逐して古河御所の奪還に成功した(小田原城の戦い)。
上杉憲政に代わって関東管領の本来の職務である古河公方擁立に成功した長尾景虎は、上杉憲政から上杉の家督と関東管領の地位を譲られた。上杉謙信(便宜上、以後は謙信とする)は、上杉憲政、近衛前久らと諮り、義氏の古河公方就任を完全に否定し、関白、関東管領の名において藤氏を足利晴氏(前年死去)の後継として正式に古河公方として任命することを決定した。