東京大学宇宙線研究所
東京大学宇宙線観測所が1976年、1956年から同じような研究をしていた東京大学原子核研究所宇宙線部の3部門を吸収し、東京大学宇宙線研究所となる(6部門1施設)。
国内に4か所の観測施設を保有している。
乗鞍観測所(岐阜県高山市、1950年)
明野観測所(山梨県北杜市、1976年)
神岡宇宙素粒子研究施設(スーパーカミオカンデ、岐阜県飛騨市、1996年)
宇宙ニュートリノ観測情報センター(RCCN、柏キャンパス、2000年)
また、海外に4か所の観測拠点を有している。チベットのヤンパーチンの高原(4,300メートル)、アメリカ合衆国ユタ州の砂漠、大西洋上のスペイン領カナリア諸島ラ・パルマ(カナリア高エネルギー宇宙物理観測研究施設)、南米大陸にあるボリビアのチャカルタヤ山である。