天社土御門神道
ともあれ、こうした混乱の結果、賀茂氏嫡流である勘解由小路家は無嗣となって没落。ここに賀茂氏本流は途絶える事になった(後に賀茂氏の血統は庶流である幸徳井家が継承する)。陰陽頭の地位は勘解由小路家が無嗣になると、再び土御門家の元に戻った。
信長は甲州征伐(武田攻め)後頃から、東海信越および他地方において、陰陽寮が作成する暦と異なる節気基準や閏法を用いている事に注目し、土御門久脩にその理由と改暦について問い合わせている。この時に久脩がどう回答したかは明らかではないが、その場にいた公家の勧修寺晴豊の日記によると、久脩は勘解由小路在昌らとも相談して、地方暦の事情や改暦の必要性は見いだせない事などを答申し、信長は一旦納得したという。
しかし天正10年(1582年)6月1日、上洛した信長は参集した公家衆に再び暦法の事について話しており、勧修寺晴豊は「(信長は)改暦の事を再び考えているのかもしれないが、難しいだろう」と所感を日記に記している。土御門久脩も再度暦の話が出た事に当惑したようだが、翌日の6月2日に「本能寺の変」が発生して織田信長は死去していまい、暦法の話は結局そのまま忘れられていく事になった(「貞享の改暦」の時まで話題にならなかった)。
本能寺の変で死去した織田信長の後継者として台頭した羽柴秀吉(豊臣秀吉)は、天下統一を果たして関白に就任した。ただ、秀吉は後継者がなく、甥である羽柴秀次(豊臣秀次)に関白職を譲り、自らは「太閤」として君臨した。ところが側室·淀殿が拾(のちの豊臣秀頼)を産むと、秀吉は秀次の存在が次第に疎ましくなっていった。
また、土御門家家臣として中世以来、土御門家領の名田庄地域全体を守ってきた谷川家は同集落の加茂神社(包括法人神社本庁)の宮司であり、年に二度ある土御門神道の大祭では副斎主として庁長を補佐している。
なお、一時期は後継者の問題が新聞に取り上げられたが、近年は「官」として福井県嶺南振興局、「産」として小浜酒造をはじめ名田庄地区および小浜市にある各商業施設・会社、「学」として陰陽道研究者が設立した研究会「陰陽道史研究の会」および、関連する研究に従事する学者・研究者(在野やアマチュアも含む)の個人的支援および学術的協力、いわゆる「産学官」での支援によって、土御門神道を「地域の伝統文化」として支えていく事となった。その手始めとして、2021年より公式ホームページおよびインスタグラム公式ページを開設し、祈祷や御守りなどの申し込みをはじめ、祭事案内や境内清掃会などのお知らせを発信するようになった。
また、未だに誤情報や無関係の人物や団体によるミスリードは少なからずあるものの、以前に比べて陰陽道および土御門神道に関する正確な情報が手に入りやすくなった事から、運営の収入源となっている暦の購入者、さらには年2回ある大祭や、境内清掃などに積極的に参列·参加する「崇敬者」(土御門神道は性質上"氏子"はいない)も徐々に増えてきている。
また関心事である土御門神道の”今後の運営”についても、以前のような絶望的状況は脱しつつあり、上記の支援・協力を受けて新しい展開を迎えている。