ジョゼフ・ボナンノ
1962年3月にプロファチが病死して副ボスのジョゼフ・マリオッコがプロファチ一家のボスの座に就いたが、コミッションはジョーイ・ギャロの反乱問題を解決していないとしてマリオッコのボス就任に難色を示した。ギャロの反乱行動の背後にカルロ・ガンビーノがいると見たボナンノはマリオッコと共謀して、マリオッコのボス就任に反対するガンビーノ、トーマス・ルッケーゼ、マガディーノらニューヨークファミリーボスと、ボナンノが乗っ取りを仕掛けていたロスのフランク・デシモネらを一気に暗殺することを企てた。しかしマリオッコから暗殺を請け負った配下の幹部ジョゼフ・コロンボが両陣営を天秤にかけてガンビーノ側に寝返り、暗殺計画を密告した。
1963年8月、コミッションでマリオッコのボス就任が正式に却下され、またロスのデシモネ一家を狙うボナンノの縄張り拡大計画もマガディーノらの強い反対で却下された。さらに暗殺計画の背後にボナンノがいると見たガンビーノ主導のコミッションは、ボナンノにコミッション席上で釈明するよう要求し、ボナンノがこれを拒否すると、今度は引退を要求したが、ボナンノは再び拒否した。後年ボナンノは、暗殺計画自体がガンビーノの陰謀だったとしている。
1964年2月、ボナンノは息子のビルを相談役に据えたが、一家の古参幹部ガスパール・ディグレゴリオはこの昇進人事に反発して、ガンビーノ陣営の従兄弟のマガディーノに苦情を言いに行ったとされる。
1964年10月21日にボナンノは裁判所の審理に召喚される直前にマガディーノ一味に誘拐された。マガディーノと局面収拾の話し合いをしていたとされる。
アルバート・アナスタシアが暗殺された後、ボスにカルロ・ガンビーノを推した。その理由は、ガンビーノが弱くて、誰の脅威にもならないと見ていたからだった。その当時ヴィト・ジェノヴェーゼとトーマス・ルッケーゼに目をかけられていたにもかかわらずリーダーとしての資質がまったくなかった。自分より力のある人間にひたすらまとわりついて媚っていたから、ボナンノは彼のことを女々しいやつと呼んでいた。しかし、実際にはガンビーノ一家はニューヨ-ク最大最強の一家に成長し、ボナンノは対照的にボスの座を追われることになる。最後に頂点に立ったのはガンビーノだった。