SRタンパク質
SRタンパク質は、転写が活発に行われているDNA鎖がRループを形成するのを防ぐことでゲノムの安定性を増大させる。SRタンパク質SC35は、RNAポリメラーゼIIの最大サブユニットのリン酸化されたCTDに結合する。RNAポリメラーゼIIが新生RNA鎖の合成を開始すると、SRタンパク質はRNAポリメラーゼIIのCTDから新生RNA鎖へ移動する。このSRタンパク質の移動は、鋳型DNA鎖に対して相補的な新生RNA鎖が結合しRループが形成されるのを防ぐ役割がある。
SRタンパク質は、転写の際にトポイソメラーゼI(Topo I)とも相互作用する。Topo IのDNAへの結合は、転写によって形成される超らせん構造を緩和する。Topo IがDNAに結合していないときには、SRタンパク質SF2/ASFをリン酸化することができる。Topo IとSF2/ASFは、転写伸長中にSF2/ASFが低リン酸化状態となったときに結合する。転写伸長中に低リン酸化状態となったSRタンパク質はRNAポリメラーゼIIに対する親和性が低下し、SF2/ASFのTopo Iへの移動が引き起こされる。Topo IがSF2/ASFと複合体を形成した際にはDNA超らせんの解消が起こらなくなり、転写伸長が停止する。Topo IがSF2/ASFをリン酸化することでSRタンパク質のRNAポリメラーゼIIに対する親和性が増大し、SF2/ASFがTopo IからRNAポリメラーゼIIへ戻ることで伸長が継続される。
SRタンパク質は、pre-mRNA転写産物のエクソン中の特定のESEのピリミジン配列へU2AF35(英語版)とU2AF65(英語版)をリクルートし、上流に存在する選択的3'スプライス部位の選択が行われる。
SRタンパク質はスプライス部位の上流のESEに結合し、下流の5'スプライス部位を選択することもある。想定されている機構は、SRタンパク質が上流のESEに結合し、U1-70K(英語版)との相互作用によってU1を5'スプライス部位へリクルートし、選択的5'スプライス部位の選択が行われるというものである。
構成的スプライシングでは、SRタンパク質はU2AFとU1-70Kに結合し、スプライソソームの2つの構成要素の間を橋渡しすることで3'、5'スプライス部位の目印をつける。構成的スプライシングが起こるエクソンには多くの異なるSRタンパク質の結合配列が存在し、それらが構成的スプライシングのエンハンサーとして機能する。選択的スプライシングと構成的スプライシングの差異は、選択的スプライシングの際にはスプライス部位の選択が何らかの調節を受けるという点である。
SRタンパク質は、2つの異なるモノクローナル抗体を用いて独立に発見された。1つ目の抗体mAb104によって、両生類の核内に存在するSRタンパク質が発見された。mAb104はSRタンパク質のC末端ドメインのリン酸化エピトープに結合する。また、mAb104はRNAポリメラーゼIIによる転写が活発に行われている部位にも結合する。この抗体によって、4つのSRタンパク質(SRp20(英語版)、SRp40(英語版)、SRp55(英語版)、SRp75(英語版))が同定され、これらが脊椎動物と無脊椎動物の間で保存されていることが示された。2つ目の抗体B52はショウジョウバエで用いられた。この抗体で検出されたタンパク質はスプライシング因子SF2/ASFと極めて近縁であり、RNAとDNAの双方に結合した。ショウジョウバエでのSRタンパク質の発見によって、3つのSRタンパク質SWAP(英語版)(suppressor of white apricot)、Tra(英語版)(transformer)、Tra2(英語版)(transformer 2)の存在が明らかになった。