原生粘菌
ツノホコリは例外的に肉眼的大きさの子実体を作るため、他の原生粘菌が知られるようになる前は変形菌のうち特殊な群とされてきた。つまり通常は内生胞子を形成する変形菌に対して、子実体の表面に多数の柄を出してその先端に外生胞子をつけるという点で区別されていた。他にも、ツノホコリの変形体は脈動をしないこと、子実体の構造が全く異なることなどが挙げられる。実際にはツノホコリの個々の外生胞子は原生粘菌の子実体と同様の構造上に形成されている。
系統としてはツノホコリを含むProtosporangiida目は変形菌と姉妹関係にあることが示されている。