登別駅
駅正面の登別温泉通(北海道道286号登別停車場線)は、国道36号を越えると北海道道2号洞爺湖登別線として道央自動車道登別東IC、登別伊達時代村、登別温泉(地獄谷)、倶多楽湖、カルルス温泉、オロフレ峠などに接続している。また、虎杖浜温泉(白老町)方面へアクセスする際にも利用される。駅から500 mほどの距離に登別マリンパークニクスがあり、地域医療機能推進機構登別病院は駅から徒歩約9分、知里幸恵 銀のしずく記念館は駅から徒歩約15分に位置している。駅東側には登別漁港がある。
バス停留所は道南バスによる「登別駅前」停留所があるほか、国道36号沿いに道南バス・北海道中央バスによる「登別」停留所がある。
登別駅前郵便局
室蘭警察署登別東交番
コープさっぽろのぼりべつ東店
室蘭信用金庫登別支店
登別市交流センター「ヌプル」
登別市役所登別支所(登別市交流センター「ヌプル」1階)
2面3線のホームを持つ地上駅。1番線と2番線の間には、貨物列車用の待避線が存在する。配線上、旅客列車の待避は上り列車のみ可能。出口は登別温泉側に1箇所設置している。
社員配置駅。みどりの窓口及び話せる券売機が設置されている。改札口及びホームにLCD発車標を設置しているほか、駅自動放送を備えている。みどりの窓口では登別温泉までの路線バス往復割引乗車券を販売している。また、ジェイアール北海道レンタリース登別営業所(駅レンタカー)がある。
2020年2月14日、登別市が当駅のエレベーター設置に関連して、跨線橋の撤去にかかる費用1億5千万円をJR北海道が、残る跨線橋撤去費用を除いた概算事業費7億円を登別市が5 - 6億円負担し、残る1 - 2億円を国の補助金を充てることを発表した。また、2020年度よりエレベーター設置に向けた設計を行い、2024年の供用開始を目指すとした。
2023年6月14日、JR北海道が登別駅のバリアフリー化および駅舎整備の着手について、乗り換え跨線橋とエレベーターを新設しバリアフリー化を図り、待合室の混雑緩和を目的として、駅舎の新造と既存駅舎のリフレッシュ工事を行うことが発表された。また、現在の跨線橋は撤去される。国と登別市が、バリアフリー化にかかる約10億円を全額負担し、駅舎整備にかかる約9億円はJR北海道が負担することも発表されている。
駅のバリアフリー化と新駅舎の整備は2025年度、現駅舎のリフレッシュと現乗り換え跨線橋の撤去は2026年度の使用開始を目指すとした。