碇シンジ
主人公。父は碇ゲンドウ、母は碇ユイ。同居人は家主であり上司兼保護者のNERV戦術作戦部作戦局第一課 課長の葛城ミサト、EVA弐号機パイロットの惣流・アスカ・ラングレー、ミサトのペットでペンギンのペンペン。
エヴァンゲリオン(EVA)とのシンクロには天才的な才能を見せる。
容姿は顔立ちに関してはミサトから「可愛らしい」と言われている。キャラクターデザインを担当した貞本義行によると、シンジは従来のヒーローらしい熱血漢ではなく、女性的な繊細さや清潔感とともに、冷めたやる気のなさを持ち自分の殻を作る「現代っ子」のキャラクターとして作られた。デザイン的には、牛若丸や日本武尊などの、日本古来のヒーロー像にある中性的な美少年がイメージされ、その女性的要素は『ふしぎの海のナディア』の少女キャラクター・ナディアの顔をおだやかに描いて、まつげを取り髪型を変えたかたちになっている。
生年月日:2001年6月6日
血液型:A型
年齢:14歳
身長:157cm
所属:NERV/EVA初号機専属操縦者、第3新東京市立第壱中学校2年A組
特技:チェロ演奏、料理
『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』(漫画:林ふみの)では、鈍感であるものの、心優しい健全な少年として描かれている。
『新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画』(漫画:高橋脩)では、両親共に健在であり、戦いの無い世界でごく普通の中学生として描かれている。作風から、女性陣の胸を揉んでしまったりスカートの中に顔を突っ込むといったラッキースケベキャラとしての描写が多い。
『新世紀エヴァンゲリオン 学園堕天録』(漫画:眠民)では漫画版に近い性格である他、「加持とは親交がある」などの設定が追加されている。
All About NEWSの石川カズキによれば、青年の姿に成長したラストシーンのみ声優が代わり、神木隆之介が演じている。