ほぼ日刊イトイ新聞
糸井重里が制作したゲーム作品「MOTHERシリーズ」との繋がりから任天堂との関係が深く、開設以来「樹の上の秘密基地」という任天堂周辺の連載が続けられている。2006年には任天堂が『MOTHER3』の情報をほぼ日に優先的に提供したり、ほぼ日スタッフが任天堂ホームページのページを担当することや、共同で企画で行うなど緊密な連携が見られた。
なお、任天堂の元社長である岩田聡は糸井との個人的親交のもと、ほぼ日の「電脳部長」の肩書きを持っている。これは岩田が本サイトの立ち上げと、糸井重里事務所内のオンライン化に友人として個人的に大きく尽力していたため(サイト立ち上げ時、岩田はハル研究所に在籍)。岩田や宮本茂を招いての対談も定期的に行われている。