X-49 ナイトレーベン
当機のプロジェクトに関係していたゼネラルリソース所属、後にウロボロス首謀者となるアビサル・ディジョンが、隠匿されたナイトレーベンの情報を得ようと独断で偵察飛行を行い、UPEO所属のギルバート・パークと接触。権威欲を交渉材料にナイトレーベン接収とクーデターを画策していった。 クーデター勃発後、前述の偵察飛行の際、偶然鉢合わせる形で再会した紘瀬玲名をウロボロスに引き込み、ナイトレーベンに搭乗させた。その後の戦闘で、一部のシナリオを除きニューコム所有のメガフロートをレーザーキャノンの一閃で壊滅に追い込んだ。
ジオペリアについては1シナリオ中1ミッションのみで登場。ウロボロスをほぼ壊滅させた後、海の藻屑と化したメガフロートを取材ヘリが撮影中に、偶然8機のジオペリアが編隊飛行をしているところを目撃される。そのまま都市部に進行していることを察知し、主人公が迎撃に向かう。物量的にも性能的にも敵側が優勢であるのは明らかだったが、AIである主人公が戦闘中、主人公の攻撃によって損傷を受けたジオペリアの一機にハッキングを仕掛け、無人操作されていたジオペリアの操作を乗っ取ることに成功(前述の通り、元々AIでの飛行を前提としている)。そのまま残りのジオペリアを全機撃墜する。その際、元々主人公が乗っていた機体であるXFA-36Aは、主人公の操るジオペリアに追従してくる。任務終了後はそのままジオペリアとともに基地に帰還するのだが、AIによる完全自動操縦であるためパイロットが搭乗しておらず、マスメディアでは搭乗していたパイロットを捜索中と報じられた。その後の顛末は作中では一切語られていない。
ナイトレーベンがキースのミサイルを回避した際に、偶然にも回避軌道に重なっていたキースの機体がナイトレーベンの翼の間に挟まってしまう。キースの機体分の重量によって機動力が低下したナイトレーベンを、キースごと撃墜する。
ニューコム→ウロボロスルート
ウロボロスからの逃避行と反抗をしかける元ニューコム所属のシンシア・ブリジット・フィッツジェラルドとともに、最後の目標であるナイトレーベンに攻撃を仕掛ける。ナイトレーベンの出力の元であるイーオン・ジェネレーターが数基設置されていた都市で戦闘していたため苦戦を強いられるところに、ニューコムの科学者であるサイモン・オレステス・コーエンが、主人公およびシンシアのニューコムへの帰還を条件にイーオン・ジェネレーターの破壊を提案。その結果、イーオン粒子を得られなくなったナイトレーベンは一気に鈍足になり、容易に撃墜される。
ニューコムルート
ニューコム所属のフィオナ・クリス・フィッツジェラルドとともに、ジオフロントでディジョンとナイトレーベンへの最後の攻撃を仕掛ける。イーオン粒子が充満する空間で圧倒的な機動力を見せるナイトレーベンに対し、サイモンが先に提案したジオフロント内のイーオン・ジェネレーターへのハッキングを仕掛けることで粒子を抑え、一定時間機動力を鈍化させる作戦で攻めることになり、最終的に撃墜され不時着する。