村上ファンド
ダイドーリミテッド(2006年) - その後、保有株式を肩代わりしたアパレル大手・オンワード樫山が筆頭株主となり、同社の傘下に入る。
東京ソワール(2006年)
新日本無線(2005年11月にTOB) - 主要株主の日清紡とTOB合戦、結果的に日清紡側に軍配。なお、村上ファンド解体後は日立メディコが第二位株主についた。
阪神電気鉄道(2005年 - 2006年) - この買収を契機に阪神は阪急ホールディングスと統合し、現在の阪急阪神ホールディングスとなった。
JST(旧日本鉄塔工業。2005年取得、2006年売却)
特種製紙 - 同業中堅の東海パルプと統合、共同持株会社・特種東海HDが設立される。
瑞光
東京美装興業 - アパマンショップネットワークと包括提携、同グループの傘下に入る。
日本医療事務センター
ハイレックスコーポレーション(旧日本ケーブル・システム)
中村屋
エフ・ディ・シィ・プロダクツ
TRNコーポレーション
セブンシーズホールディングス(旧イシイコーポレーション→旧ゼィープラス→旧ゼィープラスホールディングス)
GMOインターネット
ドリームテクノロジーズ
ホシデン
日商エレクトロニクス
ダイワボウ情報システム - その後、同社の筆頭株主で経営権を持つダイワボウは保有株式の半数近くを豊田通商に売却した。
村上ファンドは、下記の企業および投資ファンドなどから構成されていた。