納豆菌
もっとも近年では、酒蔵は納豆菌をはじめとする「よけいな微生物」が繁殖しにくい環境にはなっているとされる。酒蔵の側の要因としては、製造技術の変化(たとえば現代ではより小さく精米するため、雑菌にとっては栄養分が乏しく繁殖しにくなっている)、衛生に関する知識・技術・施設の向上などが挙げられる。また納豆菌の側の要因として、管理された製造工程を持つ現代的な納豆生産に用いられる納豆菌は過去に比べて繁殖力が弱くなっているという。「現代では酒造り中に納豆を食べたとしても、十分に意を払えばまず問題は起こらない」とされているが、禁忌を守ることによって伝統に敬意を払う、願掛け、リスクはゼロではないなどの観点から、複数の酒蔵で「酒造りの期間中には納豆を絶つ」ことを記しており(酒造りの終わった後も、瓶詰め作業のある際には納豆を避ける)、酒蔵見学者に対しても、見学に際して納豆を避けることが要請されている。
なお、納豆菌の研究を初めて行った矢部規矩治は、納豆に次いで日本酒醸造の研究を行い、清酒酵母を発見するなど、日本の酒造業に大きな影響を残した人物である。