南都焼討
その他の被害としては、東大寺・興福寺の西に位置する佐保辺りにあり、摂関家を初めとする藤原氏一門の宿泊施設であり、大和国における藤原氏関連の事務を行う出先機関でもあった佐保殿や率川社などが焼失した。また東大寺・興福寺の西郊にあった西里と呼ばれる集落も被害は免れなかったと思われるが、その被害状況については不明である。 この兵火の犠牲者について『平家物語』では大仏殿を始めとする東大寺・興福寺の建物に避難した多数の僧侶や地元住民などが火炎に巻き込まれ、合計3千5百余人が焼死したとしているが、修学のため南都に滞在中にこの焼き討ちに遭遇して関東に帰還した印景という僧侶の報告を記録した『吾妻鏡』によれば大仏殿に火が及んだ時、動揺のあまり炎の中に飛び込み焼死した者3人、心ならずも焼死した者は東大寺・興福寺両寺の間で百余人であったという。
この兵火による惨状を『平家物語』では「天竺・震旦にもこれほどの法滅あるべしとも覚えず」と語り、この知らせを受けた右大臣九条兼実は日記『玉葉』に「凡そ言語の及ぶ所にあらず。筆端の記すべきにあらず。余是の事を聞き、心身屠るがごとし。(略)当時(現在)の悲哀、父母を喪うより甚し」と悲嘆の言葉を綴っている。生き残った大衆は春日山に逃げ込み、平重衡は討ち取った30余りの首級を現地で梟首して29日に帰京したが、この時持ち帰られた南都大衆の首級49余りは南都の焼亡を知った朝廷の動揺により、謀叛人として獄門にかけられる事なくことごとく溝や堀にうち捨てられたという。
この火災によって罹災した範囲は北は般若寺から南は新薬師寺付近、東は東大寺・興福寺の東端から西は佐保辺りに及び、現在の奈良市主要部の大半にあたる地域を巻き込んだ広範囲なものであった。その中で特に被害の大きかった興福寺・東大寺のうち、東大寺では金堂(大仏殿)・中門・回廊・講堂・東塔・東南院・尊勝院・戒壇院・八幡宮など寺の中枢となる主要建築物の殆どを失い、焼け残ったのは中心からやや離れた高台にある鐘楼・法華堂・二月堂や寺域西端の西大門・転害門および正倉院などごく一部であった。また建物だけでなく、多くの仏像・仏具・経典などがこの兵火によって灰燼に帰した。東大寺の本尊であり、国家鎮護の要であった大仏も甚だしく焼損し、頭部と手は焼け落ちてそれぞれ仏身の前後に転がっていたという。東大寺は奈良時代の創建以来、延喜17年(917年)の講堂および僧坊の焼失、承平4年(934年)の落雷による西塔の焼失などの災害に見舞われたことはあったものの、大仏殿をはじめ寺の中枢部を一挙に失うほどの火災は初めてのことであった。
また興福寺でも五重塔と二基の三重塔の他、中金堂・東金堂・西金堂・講堂・北円堂・南円堂・食堂・僧坊や大乗院・一乗院を始めとする子院など、寺の主要建築物のほとんどにあたる38の施設を焼いたと言われている。興福寺においても多くの仏像が焼失した。
中でも南円堂の本尊不空羂索観音像は、この当時藤原氏の主流であり、摂関家も属していた藤原北家の祖である藤原房前の室牟漏女王の追善のため、夫妻の子真楯が天平18年(746年)に講堂の本尊として造立した像であるとも、またはその子内麻呂が造立した像であるとも伝えられ、その後、北家興隆の礎を築いた藤原冬嗣が弘仁4年(813年)に南円堂を創建した時にその本尊とされるなど北家に縁の深い像であり、また不空羂索観音が藤原氏の氏神である春日明神の本地仏とされていたことから、北家の繁栄を守護する像として、主に北家に属する藤原氏一門の信仰を集め、過去の火災にも救出されてきた像であったが、この像も今回の兵火によって焼失した。この火災で被害を免れたのはわずかに禅定院のみであり、焼け残った仏像が後にここに仮安置された。興福寺は平安時代に入ってから何度か大きな火災に見舞われたが、寺域のほとんどが一挙に焼失するほどの火災は、永承元年(1046年)12月24日、寺の西郊から出火した火が、同じく師走風に煽られて北円堂・正倉以外の建物が全焼して以来であった。
東大寺・興福寺を焼いた火は猿沢池を越えて興福寺の南に隣接していた元興寺との境界付近にまで達し、元興寺の子院である玉華院を焼いたが、その南にある極楽房や金堂などの主要部分にまで被害が及ぶことはなく、興福寺の東に隣接する春日社は春日西塔と東塔は焼失したものの主要部は火災から免れ、その南の新薬師寺とその周辺の民家も無事であった。