1801年のガントームの遠征
ナポレオンが中東やフランスの内政に汲々とする一方で、イギリス海軍は大挙して地中海に戻って行った。1796年、スペインとフランスが第二次サン・イルデフォンソ条約を結んでからは、イギリス艦隊は地中海から撤退していた。しかしネルソンのナイルの海戦での勝利により、フランスの脅威は取り除かれ、その年の後半には大規模な艦隊を展開できるようになった。マルタは包囲され、イオニア諸島はトルコとロシアの連合軍に攻略された。その後この連合軍はエジプトの駐屯兵とも戦ったが、海戦で敗北した、フランス部隊をヨーロッパへ戻そうとする交渉は決裂し、1800年3月、クレベールはヘリオポリスの戦い(英語版)でオスマン帝国を破るも、その年の6月に暗殺された。フランス軍のモラルが落ちるにつれ、エジプトにおける駐屯隊の状況もかなり荒んだものとなっていた。イギリスは1801年にエジプト侵攻を企てたが、この企みがナポレオンのいるフランスに伝わった。ナポレオンはフランス陸軍の再編成をうまく成し遂げ、イタリアにおける敵の進軍を後退させて、これにより大陸での戦争を終わらせていたため、ブレストにいるフランス大西洋艦隊に、エジプトの駐屯兵を増員することを命じた。