箕作秋坪
文政8年(1826年)、備中国(現・岡山県)の儒者・菊池陶愛(菊池應輔亮和の婿養子である医者菊池好直正因の養子である菊池慎の子。名は文理。通称は士郎)の次男として生まれた。
はじめは美作国津山藩士の箕作阮甫、次いで緒方洪庵の適塾にて蘭学を学び、それぞれの弟子となった。嘉永3年(1850年)、阮甫の二女・つねと結婚して婿養子となり、つねとの間に、長男・奎吾(夭折)、次男・数学者の大麓(秋坪の実家・菊池家の養嗣子)、三男・動物学者の箕作佳吉、四男・歴史学者の箕作元八の4男をもうけた。
幕末の外交多事のなか、幕府天文方で翻訳に従事する。安政6年(1859年)、幕府蕃書調所(東京大学の前身)の教授手伝となる。文久元年(1861年)の幕府による文久遣欧使節に福澤諭吉、寺島宗則、福地源一郎らと随行しヨーロッパを視察する。慶応2年(1866年)、樺太国境交渉の使節としてロシアへ派遣される。
明治維新後は、かつての攘夷論者が率いる明治新政府に仕えるのを好まず、三叉学舎を開設。三叉学舎は当時、福沢諭吉の慶應義塾と並び称される洋学塾の双璧であり、東郷平八郎、原敬、平沼騏一郎、大槻文彦などもここで学んだ。