大覚寺
延元元年(1336年)に大火によってほとんどの堂舎が焼失した。元中9年(1392年)、南北朝の和解が成立し、南朝最後の天皇である後亀山天皇から北朝の後小松天皇に「三種の神器」が引き継がれたのも、ここ大覚寺においてであった。ただし、南北朝時代を通じて南朝方寺院であったというのは事実ではなく、南北朝分裂後に南朝方の性円法親王(後宇多法皇の皇子)と北朝方の寛尊法親王(亀山法皇の皇子)が相並ぶ分裂状態が続いたものの、南北朝が和解した時期には北朝・室町幕府方の有力寺院となり、後に室町幕府3代将軍であった足利義満の子・義昭を門跡に迎える素地となった。
応仁2年(1468年)、応仁の乱によりほとんどの堂宇が焼失する。天文3年(1534年)からは東山にある安井門跡蓮華光院の門跡を兼帯するようになった。天文5年(1536年)、木沢長政により放火されて堂舎が炎上している。天正17年(1589年)に空性が門跡になってから復興にとりかかり、寛永年間(1624年 - 1644年)にはほぼ寺観が整えられた。
このように、皇室ゆかりの寺院であり、代々法親王が住職となった門跡寺院であるため、現在でも御所風の雰囲気がただよっている。御所跡地が国の史跡に指定されている。