岡本大八事件
大八を処した同日の慶長17年3月21日、幕府は公的に幕府直轄地に対してキリスト教の禁教令を発布して大名に棄教を迫った。キリシタン大名は改易など厳しい処分を受けたが、原胤信など旗本の一部はこれに応じず潜伏を図った。家康の側室抜擢に難色を示したジュリアおたあもこのとき伊豆大島へ流されている。慶長18年(1613年)2月19日、幕府は禁教令を全国に拡大し、家康はさらに「伴天連追放之文」を起草させ徳川秀忠の名で発布させた。
藤広は直純の後見人となったが、かねてから領内のキリスト宗派が異教に対して狂気的な活動を行っていることを目にしており、領内のキリスト教弾圧を積極的に推進しはじめる。またこれを効率的に進めるべく有馬の所領を長崎へ併合させることを家康に進言した。直純は家督を相続してのちに禁教令に従って棄教し、領内のキリスト教の排除もすすめるなど幕府の政策に従順であったが、藤広の言を受け入れて慶長19年(1614年)7月、直純は日向国延岡藩に転封、有馬の地は天領とされた。9月には高山右近をはじめ、修道会士や宣教師など主たるキリスト教徒をマカオやマニラに国外追放に処した。
大八は獄中で厳しい拷問に耐えかね、家康の身辺にも多数のキリシタンが潜伏していることを自白していた。このころのキリシタン大名には、宣教師と結んで領地内の寺社の破壊や僧への冒涜行為に及ぶ者がおり、家康が亡くなると、幕府は貿易の実利よりも弊害を問題視した。また、大八事件が起きたそもそもの要因はキリスト教への寛容さに問題があったためと考え、さらに平山常陳事件により幕府の不信感は増大し、公然とキリスト教の弾圧に乗り出すようになる(元和8年-1622年「元和の大殉教」など)。江戸市中に潜伏し活動していた原胤信も元和9年(1623年)には捕縛されて火刑に処された。
なお、有馬はしばらく天領となった後に入った松倉重政の暗愚な失政が島原の乱(1637年)を決起させ、幕府のキリスト禁教を決定的にさせている。乱後の1640年に通商再開を願って来日したポルトガル人は全員死罪となっている。