三好氏
天文19年(1550年)5月、足利義晴が死去。その子足利義輝は、六角定頼を烏帽子親として元服していたが、長慶と敵対していた。長慶は足利義輝と戦って近江に追い、畿内(摂津、河内、大和、丹波、山城、和泉)や四国(阿波、讃岐、淡路)と合わせて9ヶ国と播磨、伊予、土佐の一部を支配する大大名にまで成長した。
有馬重則 (播磨淡河城主)
長慶の死後、三好氏の家督は長慶の甥で養子の三好義継(十河一存の子)が継いだ。しかし義継は若年のため、三好政権は義継の後見人である三好長逸・三好政康(宗渭)・岩成友通ら三好三人衆と松永久秀による連立政権が樹立されたのである。
一方、長慶の傀儡として君臨していた将軍足利義輝は長慶の死を好機と見て、かねてから親密な関係にあった上杉謙信・武田信玄・朝倉義景など諸大名に上洛を呼びかけ、幕府再建を目指して積極的な活動を行なうようになった。このような義輝の行動に危機感を持った三好三人衆らは、永禄8年(1565年)5月19日にクーデターを起こして、義輝を二条御所で殺害した(永禄の変)。
しかし同年11月、周防に流れていた前将軍足利義尹が大内義興に擁立されて上洛戦を開始する。細川澄元は大内義興との和睦を画策したが、細川高国が大内方に寝返ったため決裂し、足利義澄、細川澄元、三好之長は近江に逃れ、大内義興は上洛を果たし、足利義尹は将軍職に復帰した。
永正6年(1509年)、細川澄元、三好之長は、京都に侵攻したが、逆に高国と義興の反撃を受けて敗北し阿波に逃走する(如意ヶ嶽の戦い)。
永正8年(1511年)7月、細川澄元は第11代将軍・足利義澄、赤松義村(播磨)、細川尚春(淡路)らと連携しと共に堺に上陸し、深井城の合戦に勝利し京都を奪還する。しかし同年8月、足利義澄が死去し、三好之長らは再起した細川高国と大内義興との船岡山合戦に敗れ、阿波に落ち延びた。大内義興は、上洛を果たし、管領代に任命された。
他にも旗本として存続した家系もあり、幕末期の三好長済は駿府町奉行となり、その子は旗本永井尚志の養子に入り、永井尚忠と名乗った。岩之丞の子孫に作家の三島由紀夫が出る。
広島藩士 生勝流三好家
三好為三の兄であり三好三人衆の一人・三好政康(宗渭)は信長に畿内を追われた後の動向は定かではないが、三好義継の妹の子(実父は多羅尾綱知)にあたる三好生勝を養育したと伝えられている。生勝は織田信長に仕えて河内国に5490石を与えられ、本能寺の変の際には豊臣秀吉に人質を差し出して所領を安堵された。生勝は風流に優れ信長とは香木について手紙をやり取りしたり、茶器を秀吉に見せ銘を名づけてもらうなどの交流があった。後に黒田長政の家臣となり、その子孫は浅野家に仕えて広島藩士として幕末まで存続した。途中から養子が家督を継承し、房高は藩主浅野家からの養子(実父:浅野長賢)である。
これら以外にも大名家に仕え存続した庶流が存在する。
その他
これら他に、結城秀康の五男・松平直基の母親・品量院は「三好越後守長虎」の娘であるとされている。越後守長虎が長逸の子長虎と同一人物であるかは不明。
三好長延の子で一向宗の門徒として長島一向一揆に与した大島親崇は、豊臣秀次の家臣となり三好吉房の妹を妻とし娘を秀次の側室としたが、秀次が失脚し娘も処刑されると隠居・出家した。
三好氏ではないが、その姓を借りた者としては真田信繁の三男・三好幸信がいる。幸信の母隆清院は、三好康長の養子となったこともある豊臣秀次の娘である。真田姓を名乗ることを憚って、外祖父である秀次の旧姓の三好姓を称し、三好左次郎と名乗った。 その後、岩城宣隆に仕え三好左馬之介幸信と称している。
康長流三好家
三好氏の生き残りである三好康長は信長の家臣となり、河内の一部に所領を与えられた。康長は当時信長家臣であった羽柴秀吉の甥(豊臣秀次)を養子に迎えたが、のち縁組は解消され、以降消息不明となった。高野越中、安井喜内といった康長の家臣たちは若江八人衆として秀次に仕えた。康長の嫡男・三好康俊は、父が畿内に移った後も阿波に残ったが長宗我部元親の侵攻を受け、長宗我部方と織田方の陣営を行き来して最後は長宗我部氏の攻撃を受けその消息は不明である。その子・俊長は長宗我部氏の家臣となり、長宗我部氏改易後は山内一豊に仕えた。山内家の藩士名簿の中に三好姓の藩士を見ることが出来る。
義資流三好家
三好義興の嫡男で本来ならば三好氏嫡流となるべき三好義資は、三好康長の甥である横田村詮を頼って米子へ移ったとも言われている。しかし、米子騒動によって横田一族は滅び、義資の息子・義紹もその戦いの中で討ち取られた。生き残った義紹の長男・義信は姓を稲田に変え帰農し、次男の長政は姓を変えず町人となった。
存保流十河三好家
十河存保は本能寺の変後に「三好義堅」と復姓改名して三好氏継承の意思を表明するが、四国全土を支配しつつあった長宗我部氏の攻勢に耐えかね、天正12年(1584年)6月十河城と虎丸城は長宗我部元親により落城、存保は大坂の羽柴秀吉(豊臣秀吉)を頼って落ち延びた(第二次十河城の戦い)。のち、豊臣氏による四国攻め後の国分によって讃岐国内に所領を与えられ、「十河氏」の家名の存続を図られたものの、これは同時に秀吉の方針によって「三好氏」の継承権は否定されたことになる。