DNA結合ドメイン
もともと真正細菌で発見されたヘリックス・ターン・ヘリックスモチーフはリプレッサータンパク質によく見られ、約20アミノ酸である。真核生物では、ホメオドメインは2つのヘリックスを含み、そのうちの1つはDNAを認識する認識ヘリックスである。これは、発達過程を調節するタンパク質によく見られる。
ジンクフィンガードメインは主に真核生物で見られ、一部は細菌でも発見されている。ジンクフィンガードメインは一般的に23〜28アミノ酸長であり、規則的な間隔で配置された残基(ヒスチジンまたはシステイン)で亜鉛イオンに配位結合することにより安定化し保持する。最も一般的なジンクフィンガー(Cys2His2)は、単一の亜鉛イオンを安定化し、1個の認識ヘリックスと1個のβシートで構成されており、1個の亜鉛イオンを安定化させる。
塩基性ヘリックスループヘリックス (basic helix-loop-helix:bHLH)ドメインは、いくつかの転写因子において見られる、2個のαヘリックスが1個のループで繋がっている構造をしている。通常、一方のヘリックスは他方よりも小さく、ループの柔軟性により他方のヘリックスに対して折り畳まれて包み込まれることにより、二量体化がなされている。通常、DNA結合領域は大きなヘリックスにある。