ポケットモンスター XY
エンディング後のおまけコーナーは「オーキド博士のポケモンホロキャスター」に替わり、施設やポケモン等にスポットを当てた様々なテーマを混ぜ込んだコーナーが始まり、幾つかに分けられている。その回の後日談を放送する場合もあり、「オーキド博士のポケモンホロキャスター」では使われなかった劇場版を含む過去の映像が使われている。テレビ東京系列で2016年1月28日に放送された第12話(通算第105話)内のミニコーナー「パフォーマー通信」では、OLM内に新設されたデジタル作画チームにより、シリーズにおいては初となるデジタル作画が行われている。
2016年4月7日より、放送時間を5分繰り上げ、18:55 - 19:25の放送となる。本アニメシリーズの放送時間帯変更はPMが木曜19時枠にて放送再開した1998年4月以来18年振りとなる。これにより、テレビ東京の19時の番組が月曜から木曜は18:55開始に統一、金曜のみ18:53開始(2016年7月1日まで)→18:55開始(2016年7月8日から)、土日は18:30開始のため、全ての番組が19時またぎ(フライングスタート)になる。なおテレビ東京木曜19時台番組が19:00またぎになるのは、1980年5月 - 9月間の『伝説巨神イデオン』(18:45 - 19:15。この後金曜19:30に移動)以来、実に35年半振りである(「テレビ東京」に社名変更後では初)。18:55開始になると同時に、番組構成が65話以前のものに戻された。
オー・エル・エムは、2016年4月4日付けでイマジカ・ロボット ホールディングス(現・IMAGICA GROUP)の子会社になったことに伴い、本作はオー・エル・エムとIMAGICA(現・IMAGICA Lab.
また、『妖怪ウォッチ』が金曜日18:30へ移動したことで2001年10月から12年半続いた水曜19時台のアニメ枠が廃止になったため、テレビ東京のゴールデンタイムのアニメ枠は当番組と直後の『NARUTO -ナルト- 疾風伝』が放送されている木曜19時台のみとなった。テレビ東京のゴールデンタイムのアニメ枠が木曜のみになるのは1997年4月から1998年9月以来15年半ぶりで、木曜19時台のみになるのは1993年4月から同年9月以来20年半ぶりとなる。
今作から、前作まであった作画枚数の制限が撤廃されている。そのためトレーナーがモンスターボールを投げる、技の指示を出す及びポケモンが技を出すといったシーンでは、通常背景の代わりとなっていた流PANBG(流背)による流PAN表現や、イメージBGのFollow撮影が廃止され、劇場版のようにその場所に合わせた背景が使われるようになった。また、ポケモンバトルシーンにおいて迫力・臨場感のあるバトルが見られるようになっており、特に2015年4月9日放送の「ミアレジム戦!サトシVSシトロン!!」では作画枚数が1話分としては異例の1万枚を使用している。
なお、バトル前には「○○VS○○」とゲームで出るようなカットインが入る演出がされている(状況によってはカットされることもある)。