クロムウェルのアイルランド侵略
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ゲリラ戦が長く続いたため、議会派は1651年4月付でウィックロー県や多くの南部県を今の言葉でいう無差別砲撃地帯(英語版)とし、見つけたら誰でも「敵として殺害、滅ぼし、さらに彼らの家畜や資産は敵の持ち物として取るか奪うかすべし(taken slain and destroyed as enemies and their cattle and good shall be taken or spoiled as the goods of enemies)」とした。この戦術は1603年に終結した9年戦争(英語版)でも効果的であった。加えて捕虜を年季奉公人として西インド諸島 (特にバルバドスなど。バルバドスではその子孫はレッドレッグ(英語版)と呼ばれた) に売り払うことも始まり、イングランド共和体制のもと合計12,000人が奴隷として売り払われた。
戦争のこの時期は一般市民の犠牲が大きく、戦争、飢饉、そして疫病の組み合わせはアイルランドの住民に莫大な死者を出した。ウィリアム・ペティは1641年以来のアイルランドにおける犠牲者数を618,000人以上、もしくは戦前の人口の40%と見積もった(ダウン・サーヴェイ(英語版)より)。
また、将来的な抵抗を阻むという点ではある程度効果的であったかもしれない。国王派の指揮官であるオーモンド侯は、クロムウェル軍の恐ろしさによって自軍が麻痺していると考えていた。その後、ニュー・ロス(英語版)、カーロー(英語版)やキルケニーといった町や都市はクロムウェル軍によって包囲されると、協議に従って降伏している。
一方で、ドロヘダやウェックスフォードの守備隊に対する大虐殺は、たとえ降伏しても殺されるとアイルランド人カトリック教徒に信じ込ませてしまったため、他の場所での抵抗を長引かせることになった。ウォーターフォード、ダンカノン、クロンメル(英語版)、リムリックそしてゴールウェイといった都市は断固とした抵抗の後降伏した。クロムウェルはウォーターフォードもダンカノンも抜くことができなかったため、ニューモデル軍は冬期用の営舎へ退かねばならず、そこで兵士に多数の病死者 (主に腸チフスと赤痢) が出た。結局、ウォーターフォードとダンカノンは長い包囲戦(ウォーターフォード包囲戦(英語版))の末翌1650年に降伏した。
クロムウェルのアイルランド侵略は、アイルランドの英国植民地化を完了させた。アイルランド人カトリック教徒の地主層を崩壊させ、英国のアイデンティティを持つ入植者が彼らにとって代わることになった。クロムウェルの土地処分によって起きた苦しみは、17世紀以降のアイルランドのナショナリズムの強烈な源であった。
1660年の王政復古の後、チャールズ2世はイングランドの前議員たちからの政治的支持を必要としていたため、3分の1ほどの土地(すべてではない)を元の地主に返還した。1世代ほど後の名誉革命において、アイルランド人カトリック教徒地主層は、残るクロムウェル植民地を取り戻すため、ウィリアマイト戦争(1689年 - 1691年)において大挙してジャコバイトの為に戦ったが彼らは再び敗れ、1660年以降返還された土地の多くを喪失した。
結果として、アイルランドとイングランドのカトリック教徒は1829年のカトリック救済法(英語版)が出されるまで英国の正式な政治市民となることができず、1778年から1793年の間までは価値のある権利として土地を所有することも法的に認められていなかった。
カトリックの儀式は禁止され、聖職者の捕縛に対しては懸賞金が支給された。聖職者たちは見つかった場合処刑された。
長期議会は探検家法に署名したが、これは議会派の債権者は債務の返還を、アイルランドで没収された土地をその補償として請求できることが記されていた。さらに、アイルランドに従軍した議会派の兵士は賃金の代わりに、アイルランドで没収された土地を割り当てられる権利があったが、議会は賃金を完全に支払うことができなかった。その結果、ニューモデル軍の何千もの古参兵士がアイルランドに移住した。加えて、戦前からのプロテスタント移民は所有している土地を大きく増やした(クロムウェル派の植民地域(英語版)を参照)。戦前にアイルランド人カトリック教徒はアイルランド島全土の60%を所持していたが、イングランド王政復古の際カトリック国王派に補償がなされたときには、20%にまで低下していた。共和制時代の期間中にカトリック地主は8%にまで減っていた。さらに1660年の王政復古後でさえ、カトリック教徒はアイルランド議会はともかくとしてすべての官公庁から締め出されていた。