バローゾ委員会
バローゾはドイツの連邦首相ゲアハルト・シュレーダーの "super commissioner" 構想を拒否したうえで、委員の3分の1を女性とし、また強力な権限を持つ担当の委員を大国出身ではなく能力面でもっともふさわしい人物に割り当てようと考えた。バローゾによる担当職域の割当は国の大小で平等に行なわれ、このことによりバローゾは一定の評価を得ることができた。各加盟国政府から委員候補が提示され、2004年9月27日から10月11日までのあいだ、欧州議会は各候補の適性を判断するために聴聞会を開いた。
聴聞会において複数の委員候補に問題が浮上した。聴聞会に出席した議員が税制・関税同盟担当候補のイングリーダ・ウードレ、エネルギー担当候補のラースロー・コヴァーチ、競争担当候補のネリー・クルース、農業担当候補のマリアン・フィッシャー=ボエルの適性に疑問を持ったのである。なかでもとくに問題となったのが司法・自由・安全担当のロッコ・ブッティグリオーネで、既婚女性の地位にかんするものや同性愛を罪とする保守的な発言に対して、一部の議員から欧州連合における市民の権利を保護する職に就く人物として不適切であるとされ、欧州議会の市民権委員会において次期委員とすることが反対された。
また農業担当のフランツ・フィッシャー(オーストリア出身、欧州人民党所属)、司法・内務協力担当のアントーニオ・ヴィトリーノ(ポルトガル出身、欧州社会党所属)、対外関係担当のクリストファー・パッテン(イギリス出身、欧州民主主義グループ所属)、地域政策担当のミシェル・バルニエ(フランス出身、欧州人民党所属)ら現職の欧州委員会の委員らの名前も挙げられた。
このほかにも共通外交・安全保障政策上級代表のハビエル・ソラナ(スペイン出身、欧州社会党所属)、欧州議会議長パット・コックス(アイルランド出身、欧州自由民主改革党所属)も候補に挙がったが、あまり本命とみなされなかった。このような状況で、イラク戦争に賛成していたにもかかわらずバローゾが最有力候補として挙がり、ほかの候補が反対されるのに対して最小公分母としてみなされるようになった。バローゾは欧州人民党・欧州民主主義グループの支持を受け、欧州議会において2004年7月22日に賛成413、反対215(棄権44)でバローゾの新委員長任命が承認された。