南光坊
明治27年(1894年)頃山号を「大積山」から「別宮山」と改称している。
大正5年(1916年)には時の住職・天野快道和尚により現存の大師堂が建造される。長州大工の建築技術が結集した建造物で、その文化的評価は高い。
第二次世界大戦では激しい空襲(今治空襲)に晒され、昭和20年(1945年)8月、金毘羅堂と大師堂以外の本堂・本尊・庫裡什物等伽藍の多くを焼失した。
昭和53年(1978年)、かつて当寺住職だった天野快道大僧正が京都醍醐寺の座主に就いていた縁もあり、真言宗御室派から真言宗醍醐派に転派し、総本山醍醐寺の末寺となった。
戦後の復興は難渋したが昭和56年(1981年)11月本堂再建。平成3年(1991年)薬師堂再建、平成10年(1998年)山門鐘楼堂完成、平成14年(2002年)四天王像を安置した。平成22年(2010年)大師堂を改修。
平成25年(2013年)真言宗醍醐派から離脱。同年11月25日、歴史上長く密接な本末関係を有していた仁和寺を総本山とする真言宗御室派に再び加入し、その末寺に復した。
空襲により本堂と共に焼失した後、本堂再建時に以前の約2倍の大きさで造られた本尊大通智勝如来坐像は両脇仏とともに秘仏であったが、平成26年(2014年)11月9日から16日まで開帳された。また、南光坊の本来の本尊不動明王立像も同時に焼失していたが、持仏堂の再建時に元の姿に近い形で造られている。