レトロトランスポゾン
レトロトランスポゾンは、クラスIの可動因子である。そして、末端に長い反復配列を有する「LTR (long terminal repeat) 型レトロトランスポゾン」と、それ以外の「非LTR型レトロトランスポゾン」との2つに類別される。LTR 型レトロトランスポゾンの両端には、100 bp程度から5 kb超の長く続く反復配列がある。LTR型レトロトランスポゾンは、更に、配列の類似性の程度と、遺伝子産物コードの順番との両方に基づいて、Ty1-copia群とTy3-gypsy群との2つに分けられる。大規模ゲノムを有する植物の場合は、Ty1-copia群及びTy3-gypsy群のレトロトランスポゾンのコピーが多数(一倍体 — haploid.「単相体」、「半数体」ともいう — 細胞核当たり数百万コピーまで)発見されるのが普通である。Ty1-copia群レトロトランスポゾンは、単細胞藻類からコケ植物、裸子植物、被子植物に至る範囲の植物種で、ごく普通に見られる。Ty3-gypsy群レトロトランスポゾンも、裸子植物、被子植物双方を含め、同様に広範に分布している。LTR型レトロトランスポゾンは、ヒトゲノムの約8%を構成する。
非LTR型レトロトランスポゾンは、「長鎖散在反復配列」("Long Interspersed Nuclear Element" LINE) を有するものと「短鎖散在反復配列」("Short Interspersed Nuclear Element" SINE) を有するものとの2種類に分けられる。植物では、これらも、多くのコピー数(250,000まで)が見いだされる。
LINE(Long Interspersed Nuclear Element)は、逆転写されたRNA分子を発現する長いDNA配列であり、本来ならRNAポリメラーゼIIによりmRNA(リボソーム上でタンパク質に翻訳されるRNA)に転写されるべきものである。LINEは、偽遺伝子と呼ばれることもあり、イントロンやプロモーターを含まないが、内部に逆転写酵素やインテグラーゼ(integrase. レトロトランスポゾンにおける、トランスポザーゼ — Transposase.「トランスポゼース」ともいう — の等価物)のコードを有し、これにより、そうしたコード部分自身と、その他の非タンパク質コード部分とを併せて、複写できる。LINEは、(狭義のトランスボゾンがするような移動ではなくて)自分自身の複写により移動するので、ゲノムを増大させる。例えば、ヒトゲノムは、約500,000のLINEを含むが、これは、ゲノム全体の21%にあたる。
LINEは、DNA鑑定 (genetic fingerprint) で利用されている。
SINE (Short Interspersed Nuclear Element) は、逆転写されたRNA分子を表現する短いDNA配列であり、本来ならRNAポリメラーゼIIIによりtRNA、rRNA、その他の核内低分子RNAに転写されるべきものである。SINEは、有効な逆転写酵素タンパク質のコードを持たず、転移は他の可動因子に頼っている。最もよく見られるSINEは、Alu配列 (Alu sequence) と呼ばれるものである。Alu配列は、約300塩基対の長さがあり、タンパク質コード配列を全く含まず、制限酵素AluIで認識される("Alu" という命名は、これによる)。ヒトゲノム中には約100万コピー存在し、その約11%を占める。LINE及びSINE は、双方とも、その目的が判明しておらず、「利己的なDNA」とかジャンクDNAとも呼ばれている。SINEは、ヒトゲノムの13.5%を占める。
ヒト免疫不全ウイルス (HIV)-1またはヒトTリンパ好性ウイルス (HTLV)-1などのような、ある種のウイルスは、レトロトランスポゾンのように振る舞い、逆転写酵素及びインテグラーゼの双方を含む。