陣屋
京都代官所(京都府京都市上京区) - 寛永11年(1635年)、五味豊直が京都の代官奉行に任じられ、二条城の西側に陣屋を設置したために「京都郡代」と呼称されたのが最初と言われる。郡代の職務を、京都町奉行・京都代官・伏見奉行に分割していた。京都所司代の支配下に置かれて京都周辺の天領・皇室領・公家領の支配を行うなど畿内における江戸幕府・朝廷の財政を主として管轄した。
京都町奉行所 - 寛文8年12月8日(1669年1月10日)に京都代官から分離する形で設置された。老中支配であるが、任地の関係で実際には京都所司代の指揮下で職務を行った。東西の奉行所が設置され、東御役所・西御役所と呼ばれていた。
伏見奉行所(京都府京都市伏見区) - 伏見城廃城に伴い、元和9年12月(1624年1月)伏見奉行が置かれ、江戸幕府成立期には、畿内近国八か国を総監する上方郡代を兼ねた。最初の奉行小堀政一(遠州)は、寛永9年(1632年)、伏見城南方清水谷の山口駿河守屋敷にあった奉行所と六地蔵西町の小堀遠江守屋敷の居宅を、伏見城西方常磐町の富田信濃守屋敷跡に移転新築。
堺奉行所(大阪府堺市堺区) - 江戸幕府が幕府直轄領(天領)内の重要な場所に置いた遠国奉行の一つで、堺及び和泉・河内両国の天領を統治した。
伯太陣屋(大阪府和泉市) - 元禄11年^1698年)に渡辺基綱は和泉国大鳥郡大庭寺村(現在の大阪府堺市南区大庭寺)に陣屋を移し、大庭寺藩が立藩された。しかし享保12年(1727年)、基綱は陣屋を和泉国和泉郡伯太村に移し、伯太藩が成立した。
丹南陣屋(大阪府松原市丹南3丁目) - 河内国丹南郡丹南村にあった丹南藩の藩庁。
幕府の陣屋は、支配機構の観点から上位に位置する「元陣屋」と下位にある「出張陣屋」に分けられる。
また、大名(諸藩)の陣屋の場合、小藩で幕府から城持ちの許可が得られずにその代用とした施設のほか、より大きい藩でも一円的な所領形態や分散的な所領形態のために陣屋が設けられた。
外様大名の場合は一円的な所領形態をとる傾向があり、一国一城令のために従来の支城に代えて設置された。しかし、藩によって名称は異なり、仙台藩では「要害」や「所」、岡山藩では「御茶屋」、鹿児島藩では「麓」と呼ばれる構造物が設置されたが、これらは機能的に陣屋とみなすことができる。陣屋にあたる構築物の名称や形態上の違いは、政治経済、軍事、治安維持などの違いから生じるとされるが、形態的にみると周辺に侍屋敷や町屋敷が配置される「小城下町」が形成された。
一方、譜代大名の場合は分散的な所領形態をとる傾向があり、要職に就く大名家では本来の所領とは別にまとまった土地を与えられることも多く、城地から離れた飛地に「陣屋」(「役所」や「代官所」と称される場合もあった)が置かれた。
なお、城持ちでない大名は本拠に陣屋を構えたが、それとは別に飛地を領有する場合には飛地にも陣屋を置くことがあった。
黒石陣屋(青森県黒石市内町) - 陸奥国津軽郡にあった弘前藩から分知した交代寄合旗本黒石津軽家(5千石)の陣屋である。
岩崎藩陣屋(秋田県湯沢市) - 岩崎藩の陣屋。
一関陣屋(岩手県一関市) - 延宝9年(1681年)3月に陸奥岩沼より田村建顕(宗永)が一関藩に移封され、その後西端の磐井川と東端の吸川との間につくられ、中心は釣山の北麓に藩主居館(現町名・城内)があった。
浅川陣屋(福島県石川郡浅川町) - 陸奥国石川郡浅川村に置かれた越後高田藩浅川領の奉行所・幕府領の代官所である。
梁川陣屋(福島県伊達市梁川町) - 陸奥国伊達郡にあった梁川城跡を利用して築かれた陣屋。梁川藩松平氏、松前氏などが入ったほか、幕府が代官所として利用した。
田島陣屋(福島県南会津郡南会津町)- 寛永20年(1643年)江戸幕府が直轄領の南山御蔵入5万5千石の管理のため築いた代官陣屋。寛政2年(1790年)から会津藩が預かり支配を行った。
伯太陣屋(大阪府和泉市伯太町) - 和泉国和泉郡伯太村にあった。伯太藩の藩庁。
狭山陣屋(大阪府大阪狭山市狭山) - 河内国丹南郡池尻村および半田村にあった。狭山藩の藩庁。
地黄城(大阪府豊能郡能勢町地黄) - 別名、地黄陣屋とも呼ばれている。
三田陣屋(兵庫県三田市屋敷町・天神の周辺) - 水堀が一部現存する。現在は県立有馬高校の敷地となっている。
兵庫陣屋(兵庫県神戸市兵庫区)摂津国兵庫津周辺。尼崎藩の兵庫津奉行所が後に幕府直轄となり勤番所が置かれた。
柏原陣屋(兵庫県丹波市柏原町) - 丹波国氷上郡にあった。柏原藩の藩庁。御殿の玄関と長屋門が現存する。
小野陣屋(兵庫県小野市西本町) - 播磨国加東郡にあった。小野藩の藩庁。
三草陣屋(兵庫県加東市東山国) - 播磨国加東郡にあった。三草藩の藩庁。
安志陣屋(兵庫県姫路市) - 播磨国宍粟郡にあった。安志藩の陣屋。表門が残っている。
豊岡陣屋(兵庫県豊岡市京町) - 但馬国城崎郡にあった。豊岡藩の藩庁。