万福寺 (曖昧さ回避)
万福寺 (京丹後市) - 京都府京丹後市にある曹洞宗の寺院
萬福寺 (南丹市) – 京都府南丹市にある真言宗泉涌寺派の寺院
萬福寺 (神戸市北区) - 兵庫県神戸市北区にある高野山真言宗の寺院
万福寺 (南あわじ市)
中国・四国
萬福寺 (津山市) – 岡山県津山市にある真言宗の寺院
萬福寺 (益田市) – 島根県益田市にある時宗の寺院
萬福寺 (周南市) – 山口県周南市にある曹洞宗の寺院
万福寺 (山口市嘉川) – 山口県山口市嘉川にある浄土宗西山禅林寺派の寺院
万福寺 (山口市堂の前町) – 山口県山口市堂の前町にある曹洞宗の寺院
万福寺 (美祢市伊佐町) – 山口県美祢市伊佐町にある浄土真宗本願寺派の寺院
万福寺 (美祢市美東町) – 山口県美祢市美東町にある浄土真宗本願寺派の寺院。木造の仏像3体が市指定文化財
万福寺 (山陽小野田市) – 山口県山陽小野田市にある曹洞宗の寺院
萬福寺 (徳島市) – 徳島県徳島市にある真言宗大覚寺派の寺院。新四国曼荼羅霊場77番札所
萬福寺 (徳島県上板町) – 徳島県板野郡上板町にある高野山真言宗の寺院。
萬福寺 (徳島県つるぎ町) – 徳島県美馬郡つるぎ町にある真言宗御室派の寺院
萬福寺 (徳島県那賀町) – 徳島県那賀郡那賀町にある高野山真言宗の寺院
萬福寺 (阿南市) – 徳島県阿南市桑野町にある寺院
万福寺 (今治市) – 愛媛県今治市にある浄土真宗本願寺派の寺院
万福寺 (高知県東洋町) – 高知県安芸郡東洋町にある日蓮宗の寺院
九州
萬福寺 (宮崎県国富町) – 宮崎県東諸県郡国富町にある天台宗の寺院
万福寺 (那覇市) – 沖縄県那覇市にある臨済宗妙心寺派の寺院