ジェリコ・ラジュナトヴィッチ
コソヴォ紛争が勃発した1998年、コソヴォ解放軍 (UÇK) と戦うために、アルカンは再び民兵組織を集めた。アルカン本人はコソヴォへは向かわなかった。北大西洋条約機構 (NATO) によるコソヴォ紛争介入が行われるなか、アルカンの組織はコソヴォで軍事活動に従事した。
旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷の判事リチャード・メイ (Richard May) によると、同国際法廷は、アルカンを虐殺、民族浄化、人道に対する罪などの罪で起訴した。起訴内容は1999年に国際法廷の検察官ルイーズ・アルブールによって公表された。コソヴォ紛争当時、アルカンはCNNやBBCなどのインタビューに答え、起訴事実の全てを否定した。1999年5月にベオグラードの中国大使館がNATOによって爆撃された際は、公式には誤爆であるとしてNATOは中国に謝罪したものの、中国大使館の駐在武官がアルカンと「虎」との連絡に関わっていたことに対する故意での攻撃であったとの見方もある。