ネオ・ボンバーマン
エリア3 工場
工場のステージ。このステージから全部で8ステージとなる。
ボス ポゴガイ HP8
ポゴガイはボンバーマンの穴をジャンプし移動をする。ポゴガイがジャンプをしてる時には攻撃を与えられない。 攻撃手段は音符をばら撒く。音符はソフトブロックと同じで爆風でしか壊せない。 (ちなみにバグラー以外のボスではポゴガイのみボスbgmが違う。)
エリア4 基地
基地のステージ。4-7は特殊で、大量のメカボンバー達との戦いになる。
ボス アトミックボンバー HP3
下のキャラクターでの文章同様、無敵を使ってくる。自らの体を爆発させ、攻撃をしてくる。
エリア5 バグラーの本拠地
ボス バグラー HP15
本作の最終ボス。本作はメカに乗り攻撃を行う。 攻撃手段は、直線する骨を置いたり、8way弾を発射する。 hpが1になるとメカが暴走し岩を落としてくる。
ノーマルでは決められたステージに檻が配置されており、檻を爆風で破壊すると捕まっていたボンバーマンが登場する。外見は異なるが、能力や動き方は完全に同一である。
CPU操作で全員リモコン爆弾を所持しており、敵やソフトブロックを攻撃してくれるが、彼らが倒したモンスターは得点に入らない。また、完全に無敵で敵に接触したり爆風を浴びても倒れない。その性質上、敵やソフトブロックが残っている間に助けると逆に攻撃される危険性がある。
ステージクリアした時点で救出していると5000点のボーナスが入り、演出が変化する。
必殺技、乗物効果。
システムの一部は『スーパーボンバーマン4』とほぼ同じ。