アンキャニィX-MEN
ロブデルは第350号(1997年12月)を以て降板し、スティーヴン・T・シーグル(英語版)がライターに就任した。第366号(1999年3月)から380号まではシーグルはプロッターとなり、アラン・デイヴィス(英語版)が就任した。デイヴィスは第370-375号でのアポカリプスが12人のミュータントを拉致するクロスオーバー「ザ・トゥエルヴ(英語版)」も担当し、同時に『X-メン』誌も執筆し、また隔週発行となった。レボリューション(英語版)・リランチの一環で、第381号(2000年6月)から第389号までクリス・クレアモントが一時復帰し、そこで彼は新しい『X-Treme X-Men』に移り、またグラント・モリソン(英語版)は『X-メン』を引き継ぎ、それはX-メンのフラグシップタイトルとなった。2001年からロブデルが短期間復帰した後、2004年まではジョー・ケーシー(英語版)、チャック・オースティン(英語版)がライターを担当した。2003年から2004年までは隔月刊であった。
2004年に『X-Men: Reload』でX-メン系タイトルは再編され、クレアモントは『アンキャニィ』第444号より復帰した。ストーリーはジーン・グレイが再び死亡し、サイクロプスがエマ・フロスト(英語版)と交際しているモリソンが確立した新体制を踏まえている。クレアモントは第473号まで残留した。
1980年代には他に「フォール・オブ・ザ・ミュータンツ(英語版)」(1988年)、マデリーン・プライアーがシニスターによって創られたジーン・グレイのクローンであることが明らかになる「インフェルノ(英語版)」が発表された。キャストも変動し、1987年初頭にはサイロック(英語版)、ダズラー、ロングショット(英語版)、ハヴォック、1080年には新しいティーンエイジミュータントのジュビリー、第255号(1989年)でフォージ、『Uncanny Annual X-Men』第14号(1990年)でガンビットが追加された。X-メンはウィンチェスターを離れ、アルカトラズ島、ミューア島(英語版)、アウトバックなどを転々とした。 『X-ファクター』、『ニューミュータンツ』とクロスオーバーし、ミュータントの権利のためにX-メンがジェノーシャ(英語版)政府と対決する「エクスティンクション・アジェンダ(英語版)」は1990年の秋に出版された。
1988年から1990年のあいだは月に2回の刊行となり、その間にアーティストのマーク・シルヴェストリ(英語版)とジム・リーが参加した。1991年には別の『X-メン』誌が創刊され、単に『X-メン』と題されたと本誌は月間で続いた。クレアモントはX-ファクターとX-メンがエグゼビア教授と学校で再開する同誌の最初の3号までを執筆した。クレアモントはボブ・ハラス(英語版)とジム・リーと争った後にマーベルを去った。クレアモントが最後に執筆した『アンキャニィ』第279号は「ミューアアイランド・サーガ(英語版)」の途中であった。