ファーミキューテス門
ファーミキューテス門の下位分類としては5綱が知られている。歴史的にはモネラ界を大別する4門の1つであり、グラム陽性菌全てを含む門としてファーミキューテス綱(バシラス、クロストリジウム類)、放線菌綱、デイノコッカス-サーマス綱が分類されていた時期もある。その後性質の違いによりバシラス(Bacillus)とクロストリジウム(Clostridium)以外が分離され、さらに16S rRNAで系統が整理された結果、新たにウェイロネラ科 (Veillonellaceae)(擬似的にグラム陰性に染まる)などもファーミキューテス門に分類される結果となった。クロストリジウム綱やバシラス綱は生化学的性質に基づいて分類されており、今後分類が再編される可能性がある。
なお、系統的に近いモリクテス綱(Mollicutes、細胞壁を欠損しているという特徴がある)に関しては、ファーミキューテス門に含まれる場合と、テネリクテス門(Tenericutes)として独立させる場合で、意見が分かれている。Bergey's Manual 2ndでは現在テネリクテス門を分けているが、近年の系統解析ではファーミキューテス門に含まれる見解が支配的である。