赤い薬と青い薬
この映画のファンの中には、赤い薬を飲むことを、トランスジェンダーの人々やウォシャウスキー姉妹がカミングアウトをした過去のアレゴリーとしてみる人間もいる。1990年代には、紅色をした錠剤プレマリンなどを服用することが、男性から女性へトランスしたい人間にとってのホルモン療法として一般的だったからである。実際にリリー・ウォシャウスキーは、2000年8月にこの説が正しいことを認めている。
逆に言えば、ブラックフォードやSF作家のジェイムズ・パトリック・ケリーは、映画『マトリックス』が、機械や機械によってシミュレーションされた世界の側をむしろ不利な状況においていると考えている。
『Matrix Warrior: Being the One 』の著者であるジェイク・ホースレイは、ネオがマトリックスの外に自分の世界を見出す場面を引用しながら、赤い薬とLSDを比較している。自分は戻ってこれるのかと聞いたネオに対して、モーフィアスが戻りたいのかと逆にたずねる。さらにホースレイは、青い薬の中毒性に注目している。マトリックス・シリーズは、青い薬を飲むか飲まないかの選択の連続だからである。ホースレイによれば「マトリックス」の世界の人間たちの生活習慣やルーティンは、ただ青い薬を服用している人間のそれである。また青い薬はありふれたものである一方で、赤い薬はそもそも非日常的な存在であり、人によってはみつけることさえできない、とホースレイは説明している。