水陸機動団
水陸機動団本部
第1水陸機動連隊
第2水陸機動連隊
水陸機動団戦闘上陸大隊
特科大隊
後方支援大隊
施設中隊
偵察中隊
通信中隊
陸上自衛隊水陸機動教育隊
水陸機動団本部付隊
第3水陸機動連隊準備室
新たに編成される水陸機動団は西部方面隊直轄部隊である西部方面普通科連隊を基幹に、3個連隊を基幹に編成され、約3,000人規模の部隊となる予定である。この3個連隊の内、主戦力となる第1連隊は西部方面普通科連隊を発展的に改組し団本部と共に佐世保市(相浦駐屯地及び海上自衛隊佐世保地方隊崎辺地区)に拠点を置くとされ、第2および第3連隊はそれぞれ700人から900人規模の部隊の予定とされた。各連隊の編成は本部中隊、AAV中隊、ヘリボーン中隊およびボート中隊(強襲戦闘偵察用ボートを装備)からなるとされる。
水陸機動団の活動用地確保のため、相浦駐屯地に所在する西部方面混成団は平成29年度末(2017年度末)をもって団本部と第5陸曹教育隊を久留米駐屯地へ移駐する計画であることが発表され(先行処置として第118教育大隊を2017年(平成29年)3月26日付で久留米駐屯地に移駐)、2018年(平成30年)3月26日をもって混成団本部と第5陸曹教育隊は移駐完了した。