ボヘミア王国
1414年、フスはコンスタンツ公会議に召還され、到着後すぐに投獄された。彼は自説を曲げないまま異端宣告を受け、生命を保証されていたにもかかわらず1415年7月6日に火刑に処された。現在、この日はチェコ共和国の祝日となっている。
フスの処刑により、数十年に及ぶフス戦争が勃発した。1419年に説教師ヤン・ジェリフスキー率いるフス派市民が第一次プラハ窓外投擲事件を起こし、ドイツ人市長と評議員を殺害した。その報を受けたヴァーツラフ4世は卒倒、半月後に死んでしまった。その後を継いでボヘミア王に即位した弟のジクムント(ハンガリー王ジグモンド、後に神聖ローマ皇帝ジギスムント)は、コンスタンツ公会議の際にハンガリー王としてフスの処刑を主導した人物だった。しかしジクムントはハンガリー人とドイツ人の軍を率いていながら、ボヘミア王国での支配確立に失敗した。プラハでは暴動が起き、南部では傭兵隊長ヤン・ジシュカが蜂起した。宗教闘争は瞬く間にボヘミア全土に広まり、特にドイツ人が支配していた諸都市では激しい抗争が起きた。フス派のチェコ人とカトリックのドイツ人は互いに虐殺しあい、敗れたドイツ人たちはボヘミア以外の神聖ローマ帝国領に逃れた。ジクムントはボヘミアやドイツ、ハンガリーのカトリック教徒を率いて何度もフス派十字軍を組織したが、ヤン・ジシュカは農民や傭兵を主体とする少数の軍勢にウォーワゴンで騎士の突撃を止め、火器で殺害する戦術を導入し、何度も皇帝や有力諸侯の軍を撃破した。
この頃既に、フス派内では次々と分派が誕生していた。ウトラキスト(両形式主義者)を名乗り、カトリック教会との妥協も視野に入れるボヘミア貴族ら穏健派がある一方で、南ボヘミアの要害にターボル市を建設してターボル派と名乗った過激派は、教会を完全に否定し、聖書を唯一の宗教権威とした。
彼の後継者の1人であるペトル・ヘルチツキーはより急進的な論文を書いて同胞団の発端となり、この後2世紀にわたり重要なチェコ語文学を輩出していくモラヴィア兄弟団の原型を作った。
16世紀のボヘミア文学は、ルネサンス期のヒューマニズムに影響を受けた教訓書や学術論文が中心となった。1579年から1593年の間には、同胞団の学者たちがチェコ語の翻訳聖書(クラリッス聖書)を制作し、これが古典的チェコ語の原型となった。
1620年にハプスブルク家がボヘミアのプロテスタントを打倒し、ボヘミア貴族が駆逐されたのち、ボヘミアにはチェコ語の知識が乏しいドイツ人貴族が入ってきた。これまでの2世紀の間に培われたチェコ語の伝統はハプスブルク家の支配下で否定され、国外に亡命したチェコ人のみがボヘミア文学を存続させていた。こうした亡命チェコ人で特に重要なのが、教育学者として知られるヤン・アーモス・コメンスキー(ヨハネス・アモス・コメニウス)である。彼が1631年に著した『地上の迷宮と心の楽園』(チェコ語: Labyrint světa a ráj srdce)は、チェコ語による散文としては偉大な作品の1つに数えられている。しかし18世紀までに、チェコ語は文学においても使われなくなっていった。
18世紀後半に歴史主義や懐古主義の風潮が生まれ、多くのチェコ人学者たちがボヘミアの古文学や歴史を研究するようになった。さらに、マリア・テレジアによるハプスブルク帝国の中央集権政策に反対してボヘミアに愛国主義が勃興した。この2つのロマン主義的な現象の結果として、19世紀前半、チェコ民族復興(再生)運動が生まれた。