アシルCoA
β酸化では脂肪酸はアシルCoAシンテターゼ(EC 6.2.1.3)による酵素反応で2段階で活性化される。まず、脂肪酸のカルボン酸イオンがATPと置換することによりアシルアデニラートが形成され、次いで脂肪酸のカルボニル炭素にCoAが求核攻撃することによりAMPと置換しアシルCoAが生成される。中間体のアシルアデニラートは加水分解の大きな自由エネルギーを持ち、開裂したATPのリン酸無水結合の自由エネルギーを保存している。アシル基がCoAに置換する二段階目ではチオエステル結合の形成に自由エネルギーが保存される。このため、エネルギーの変動はほぼゼロとなる。
続いて起こるピロリン酸の加水分解(無機ピロホスファターゼ)は発エルゴン的であり、アシルCoAの形成を自発的・不可逆的なものとしている。