ポケモンセンター
ピカチュウ・メガリザードンY(2014年12月12日 - 2020年2月14日)
ピカチュウ・ザシアン(2020年2月15日 - 2022年11月17日)
ピカチュウ・ミライドン(2022年11月18日 - )
札幌全日空ホテルで季節営業されていた。
ピカチュウ・ハリマロン・マーイーカ(2013年11月22日 - 2016年11月17日)
ピカチュウ・ハリマロン・ニャビー(2016年11月18日 - 2019年11月14日)
ピカチュウ・ハリマロン・ヒバニー(2019年11月15日 - )
2002年10月11日開店。2008年7月19日に同じオアシス21内で移転。2013年3月20日には現在の場所に再移転。2018年11月16日に「ポケモンカードステーション ナゴヤ」を併設。 〒460-8430 愛知県名古屋市中区栄3丁目16番1号 松坂屋名古屋店本館5F
第4号店。2011年3月3日にJR博多シティに移転。 2003年11月1日 - 2011年2月25日 〒812-0018 福岡県福岡市博多区住吉1丁目2番22号 キャナルシティオーパB1Fラブーン
当初は2021年8月31日に閉店する予定だったが、新型コロナウィルス感染症の拡大を受け8月28日より臨時休業したため事実上閉店を繰り上げた。 2014年6月26日 - 2021年8月27日 〒549-0011 大阪府泉南郡田尻町泉州空港中1番 関西国際空港 第一ターミナルビル2F
ピカチュウ・ニョロゾ・ヒトカゲ(1998年4月25日 - 2007年7月16日)
ピカチュウ・ポッチャマ・ヒトカゲ(2007年7月20日 - 2013年10月11日)
ピカチュウ・ケロマツ・ヒトカゲ(2013年10月12日 - 2014年12月7日)
2015年8月29日開店
〒412-0023 静岡県御殿場市深沢1312番 御殿場プレミアム・アウトレット内
アウトレットモールに出店しているが、アウトレット店舗ではない。
第11号店。2017年1月1日に同じ東京ソラマチの4Fへ移転。 2016年7月6日 - 12月25日 〒131-0045 東京都墨田区押上1丁目1番2号 東京スカイツリータウン内 東京ソラマチイーストヤード5F
休日以外にも、不定期的に行われているデータ配布イベントの開催期間や新年の初売り、限定版ゲーム機の発売日などの際には混雑のため入場規制がなされることも珍しくなく、ポケモンセンタートウホク(初代)の開店日には1000人以上もの大行列となり、10時30分時点で5時間待ちとなった例もある。その一方で平日は比較的閑散としており、学校帰りの小中学生や仕事帰りのサラリーマンが主な客層となる。
店舗によっては、友達や居合わせた人との対戦・ポケモン交換、イベント開催等の場として「ユニオンルーム」が設置されている。
このほか、大手百貨店やイベント会場に期間限定で店舗が出張する事もある。また、一部の総合スーパーには、「ポケモンセンターサテライト」と銘打たれたコーナーが設けられ、ポケモンセンターオリジナル商品が販売されている。
なお、ゲーム中の「ポケモンセンター」は治療施設であり、アイテムを売っているのは「フレンドリィショップ」である。
ミュウ・ミュウツー(2019年11月22日 - )
ピカチュウ・ウインディ(2022年8月11日 - )
東京都 : 木場店(イトーヨーカドー)・八王子店(イトーヨーカドー)・武蔵境店(イトーヨーカドー)・日の出店(サティ→イオン)
埼玉県 : 大宮宮原店(イトーヨーカドー)
神奈川県 : ららぽーと横浜店(イトーヨーカドー)・古淵店(イトーヨーカドー)
千葉県 : 八千代店(イトーヨーカドー)
大阪府 : アリオ八尾店(イトーヨーカドー)・岸和田店(ジョーシン)
愛知県 : 長久手店・阿久比店・江南西店・岡崎北店・豊橋南店(ジャスコ)
福岡県 : THE MALL春日店
宮城県 : THE MALL仙台長町店
北海道 : 函館店・札幌平岡店(ジャスコ)
静岡県 : 静岡店・浜北店
香川県 : 高松サティ店
岡山県 : 岡山店(イトーヨーカドー)・津山店(ジャスコ)
青森県 : 青森店(イトーヨーカドー)
鳥取県 : 鳥取北店(ジャスコ)
新潟県 : 新潟南店(ジャスコ)
当初は2016年8月31日までの期間限定営業店舗として開店。その後、2017年8月31日まで期間を延長した後に常設店舗へ移行していた。 2015年7月17日 - 2020年3月1日 〒932-8538 富山県小矢部市西中野972番1号 三井アウトレットパーク北陸小矢部2F