東京大学総合研究博物館
なかでも魚類標本が大きな比重を占め、約30万点に及ぶ。
水産動物部門 - 農学部水産学科(現農学生命科学研究科水圏生物科学専攻)により収集されてきた魚類、頭足類などの水産生物の標本を収蔵する。特にサメ類の標本が充実している。
人類先史部門 - 収蔵資料には理学部人類学教室において収集されてきた人骨、石器・土器・土偶などの先史時代遺物、土俗資料等を含む。エドワード・S・モースが発掘した大森貝塚出土品、弥生土器の命名の由来となった本郷弥生町出土の壺形土器、「明石原人」の寛骨の模型標本(原品は紛失)などがある。
医学部門 - 医学部において、解剖学、病理学、法医学、皮膚科学、外科学、医学史などの研究・教育用に蓄積されてきた標本類を収蔵する。古いものでは、1888年に当時のフランス領事から購入した、エジプト末期王朝のミイラがある。そのほか、1863年フランス製の眼球模型、皮膚科疾患の記録に用いられたムラージュ(皮膚疾患の蝋製の立体模型)などがある。