四つの口
両国との関係は外交を伴わない民間貿易(通商)に位置づけられ、長崎奉行はそれらを管轄する役割を担った。そして長崎市中の経済は、貿易の役に従事することで得られる分担金に依存する構造になった。長崎口における唐船との交易は輸出品が銀や銅で、輸入品は直接あるいは東南アジアを経由して中国産の生糸や絹製品であった。またオランダ船との交易も輸出品が銀で、輸入品はバタヴィア経由の中国産の生糸や絹製品であった。また長崎奉行の対外業務は長崎口だけに留まらず、三藩が行えない対外関係全般も統括した。たとえば漂流民の送還は長崎奉行の確認のもとで行われたほか、多数の藩領民が関わった朝鮮との密貿易(寛文抜船一件)でも長崎奉行が国内犯の処罰を決定している。
アイヌとの貿易独占を許された松前藩は渡島半島に和人地を設定して交易を行った。ただし和人地といえども知行地とは認識されておらず、松前藩の立場は異域に住むアイヌを服属させる存在であった。また当初のアイヌ交易は松前城下で行われる城下交易体制であったが、1630年代ごろから蝦夷地に設けられた交易拠点(商場)で行う商場知行制へ移行した。これは知行地をもたない家臣に対し、これに代わるものとして金山・鷹場所・商場が与えられたためである。松前口での主な輸出品は米のほか木綿・鉄製品などの日用品で、輸入品はアイヌから海産物・ラッコの毛皮・鷹の羽・金で、そして山丹交易を経由して蝦夷錦や青玉などの中国産品が輸入された。
これは松前氏が大名格になるために、領地に変わるものとしてその範囲を設定する必要があったためだと考えられている。
また対馬藩・薩摩藩・松前藩は、他藩と同様に幕府から軍役を課せられたが、担当はそれぞれ朝鮮・琉球・アイヌに対する押さえであった。しかし対馬藩・薩摩藩はいずれも農業生産力が乏しく、松前藩に至っては知行地を持たず、それぞれ経済的に厳しい地域であった。三藩は軍役を始めとする近世的封建制を維持するための経済基盤として貿易を行い、これを幕府に「知行同然」と認められるようになった。
このように将軍の権威を示し維持するという方針のもとで実施された様々な対外政策、なかでも1630年代の海禁政策を契機として、交易・外交・軍役を家業とする三藩それぞれの思惑を内包しつつ直轄地長崎を中心とした対外関係、すなわち四つの口の体制が1650年代までに実態として形成された。これらは主に中国大陸に対する交易窓口として機能していった。