足利義政
文正元年12月に畠山義就が宗全の呼び出しで上洛した。文正2年(1467年)正月、義政は義就支持に転じ、家督と認めた。これに反発した政長は義就と合戦に及び、敗走した(御霊合戦)。義政は各大名に介入を禁じたが、細川勝元は従ったものの山名宗全は公然と義就を支援し、勝元の面目は丸つぶれとなった。勝元は捲土重来を期して味方を集め、5月からついに山名方との戦闘が始まった(上京の戦い)。義政は当初は停戦命令を出したが、6月に東軍の勝元に将軍旗を与え、西軍の宗全追討を命令した。戦乱は後南朝の皇子まで参加するなど、収拾がつかない全国規模なものへ発展した。
8月になって後花園上皇と後土御門天皇が戦火を避けて花の御所(室町殿)に避難すると、義政は急遽御所を改装して仮の内裏とした(上皇は直後に出家して法皇になる)。以後、文明8年(1476年)に花の御所が焼失して天皇が北小路殿(富子所有の邸宅)に御所を移すまで、天皇と将軍の同居という事態が続くことになる。天皇家と足利将軍家の同居という事態は様々な波紋を生み出した。後花園法皇は天皇在位中より義政と蹴鞠の趣味を通じて親交が厚かったが、同居によって公武関係に引かれていた一線が崩れ去り、義政と富子は度々内裏に充てられていた部屋において法皇や天皇とともに宴会を開いた。