加計学園問題
これらの文言に対し、「誰だって気にする。圧力を感じなかったといえば、うそになる」と述べ、最高レベルとは「トップは総理、次なら官房長官、2人のことかなと思った」と語った。「内閣府の言い分は『トップダウンで決めるから文科省は心配するな』ということだと受け止めた」「踏むべきステップを踏めず、筋を通せなかった。『こんなことは認められない』と私が内閣府に対して強く主張して筋を通すべきだった。反省している」と述べ、証人喚問があれば応じる意向を示した。
5月31日、前川は和泉洋人首相補佐官から獣医学部新設を急ぐよう直接要請されていたことを明かし、「総理は自分の口からは言えないから、私が代わりに言う」との発言もあったとしたが、和泉側は内容を否定し、前川との面識はあるものの、面会時期については記録がなく確認できない、とした。
6月2日、民進党の加計学園疑惑調査チームは内閣府が文科省に対して「官邸の最高レベルが言っていること」と圧力を仄めかしたメール文書と添付ファイルの写しを公開した。メールをやり取りしたのは文科省専門教育課の職員と、内閣府の行政改革推進室の管理係長とされており、「280926藤原内閣府審議官との打合」との名前で添付されたファイルの文面に官邸の圧力が掛けたと示唆される、一文が発見された。
6月6日、文部科学省現役職員から文書の共有があったとする証言が得られたと朝日新聞が報道した。
6月13日、参議院農林水産委員会において、文科副大臣の義家弘介は内部告発者について国家公務員法(守秘義務)違反になる可能性があると述べた。
2016年1月に今治市が国家戦略特別区域の指定を受けた。10月7日、政府ヒアリングに対し、京都府と京都産業大学も獣医学部設置構想を提示したが、11月9日、国家戦略特区諮問会議が「広域的に獣医師系学部が存在しない地域に限り」獣医学部の新設を可能とする法改正の実施を決定した。
2017年1月4日、内閣府が今治市で2018年4月に獣医学部を開設可能な1校を募集し、1月20日、事業者として加計学園を選定した。加計学園(岡山理科大学)は3月31日に文部科学省に設置認可を申請した。文部科学省の大学設置審議会の審査においては、過大な定員数や閣議決定時の認可条件(上述)との齟齬部分、実習計画の不透明さ並びに教員配置等、計7件の是正意見が付き、学園側の改善を経た答申の段階においても8件の留意事項が付されたが、11月10日、学部新設を認可され、翌年4月に開学した(日本国内では52年ぶりの獣医学部新設大学)。なお、加計学園は獣医学部新設の申請前から土地を取得してボーリング調査を行ったほか、教員の手配も行っていた。
獣医師養成課程をもつ大学で組織する全国大学獣医学関係代表者協議会も獣医師会と同様否定的な立場で、獣医師会との共同声明では規制改革は妥当性があって効果を発揮するとした上で「取り組むべき課題の検証とその解決に向けた方策の妥当性の検討が明らかに不充分」と指摘した。その後岡山理大に獣医学部設置が決定した後の声明では「私たちが不可欠とした事項の検討が全く行われぬままに新設認可に至ったことは極めて遺憾と言わざるを得ない。」とする一方、学生の獣医学教育については「その教育の質の向上に一体となって取り組む」とした。2018年4月以降も公式サイト上で「全国16の獣医系国公私立大学の協議会」としていたが、2022年には「全国17の獣医系国公私立大学の協議会」と表記が変更された。また、2022年現在において、獣医学教育改善検討委員会・獣医学教育における動物福祉を検討する委員会 に岡山理科大学所属の者も参加している。
文部科学省の調査では、2015年4月2日に内閣府からの発送メールで愛媛県職員・今治市職員が藤原豊地方創生推進室次長(現・経済産業省貿易経済協力局審議官)と面会した内容が書かれている件を2018年4月19日に報道された。翌4月20日には文部科学省記者会見がなされた際は、オリジナルメールは削除されていたが紙媒体の文章として2018年4月17日に確認したと述べており、必要に応じた政府関係者の調査・対応を続けるとのことである。