外肛動物
構造と生活様式の類似性から、外肛動物は、かつては外肛動物と内肛動物の2つの亜門に分かれると考えられていた。また有輪動物をこの仲間に入れる研究者もいた。しかし内肛動物は体腔を持たずらせん卵割が行われるのに対して、外肛動物は体腔を持ち、放射卵割が行われる。また分子生物学的な研究によっても外肛動物と内肛動物の系統的な位置は離れていることが示された。これらのことから、現在では内肛動物は150種ほどが含まれる独立の門と見なされている。
外肛動物は、裸喉綱と狭喉綱、掩喉綱の3綱に分類される。このうち掩喉綱は他の二綱と似た点も多いが、相違点も多いため、異なる系統に属する可能性も示唆されている。
裸喉綱 Gymnolaemata 櫛口目 Ctenostomata - ツツコケムシ、センナリコケムシ、ホンダワラコケムシ、チャミドロコケムシ 唇口目 Cheilostomata - ヒメコケムシ、アミメコケムシ、イタコケムシ、フサコケムシ、チゴケムシ、スナツブコケムシ、アミコケムシ
狭喉綱 Stenolaemata †隠口目 Cryptostomida - 中生代末に絶滅 †変口目 Trepostomatida - 中生代末に絶滅 †胞孔目 Cystoporida - 中生代末に絶滅 †窓格目 Fenestrida - 中生代末に絶滅 円口目 Cyclostomata - キクザラコケムシ、クダコケムシ、サラコケムシ
掩喉綱 Phylactolaemata ハネコケムシ目 Plumatellida - ハネコケムシ、ヒナコケムシ、ヒメテンコケムシ、カンテンコケムシ、オオマリコケムシ、アユミコケムシ
裸喉綱では、群体を構成する個虫に多形がみられる例が多い。触手を持ち、えさをとる普通の個虫を常個虫という。これに対して、特殊な形になったものを異形個虫と呼んでいる。以下のようなものが知られる。
空個虫:個虫本体は退化し、個虫の部屋のみが残ったもの。群体の支持を担う。
鳥頭体:個室の入り口がくちばし状になって突出したもの。外敵の防衛や群体の清掃。
振鞭体:長い鞭状の突起が生じたもの。同じく外敵の防衛や群体の清掃。
卵室:卵を保持。
群体内の個虫はすべて無性生殖によって増えたもののため、遺伝的に同一である。そのため、自ら繁殖しない個虫も、他の個虫の繁殖を助けることによって、次世代に遺伝子を残すことができると考えられる。すなわち、個虫の機能分化は、社会性昆虫のカースト分化などと同様に、血縁淘汰によって説明することができる。