早稲田大学博士論文不正問題
2014年3月11日には大学院で調査を始めているとの報道がなされ、同年3月14日にSTAP論文の不正調査について理化学研究所が中間報告を行ったことと合わせ、小保方の去就が注目を集めることになった。小保方はウォール・ストリート・ジャーナルに対し、「下書き段階の物が製本され残ってしまった」「大学に撤回を要請した」と回答したこと、小保方が早稲田大学の関係者に対し論文取り下げを申し出たといった報道がなされたりもした。
同年3月26日には早稲田大学が正式に調査を行うことを公表。さらに、小保方の論文のみならず、先進理工学研究科における280本全ての博士論文についても調査がなされることになった。