熊本藩
外様 54万石 (1632年 - 1871年)
元禄16年(1703年)、広瀬古閑一揆 - 庄屋排斥と分村により細川治世の廃止と天領編入を要求。28人捕縛(うち1人牢死)
宝永2年(1707年)、阿蘇一揆 - 年貢納入後の百姓分からも追加取り上げに抗議。30人が他領(日向国高千穂)に走り百姓。
ほか多数
また、光尚・綱利・宣紀・宗孝・治年の代には阿部一族の反乱・暴動・直訴(イナゴ飢饉)・打ちこわし(米価高騰による)・騒動(銀札の失敗による御銀所騒動)が起きている。
熊本藩には上卿三家といわれる世襲家老がおかれた。松井氏(歴代八代城代であり、実質上の八代支藩主であった)・米田(こめだ)氏(細川別姓である長岡姓も許されていた)・有吉氏の三家で、いずれも藤孝時代からの重臣である。そのほか一門家臣として細川忠隆の内膳家と、細川興孝の刑部家があった。支藩としては、のちに宇土藩と肥後新田藩(のち高瀬藩)ができた。八代城は一国一城令の対象外とされた。
忠利は晩年の宮本武蔵を迎え入れ、島原の乱で活躍した。忠利死去の2年後の寛永20年(1643年)、忠利への殉死をめぐり反乱が起きた(森鷗外の「阿部一族」のモデルとなる)。2代光尚は7歳の綱利を残して早死したので御家断絶の危機があったが、無事に綱利が家督を継いだ。
3代綱利の時に、大石良雄ら赤穂義士17人を白金の屋敷に預かり、切腹を任された。綱利は「赤穂義士は細川家の守り神である」とし、遺髪を分けて頂き切腹場所に墓や供養塔を建てた。