突撃隊
しかしヒンデンブルク大統領とブロンベルク国防相は、6月21日にノイデックの大統領私邸においてヒトラーに対し、もし事態の鎮静化ができないなら、権限を陸軍に移して代わりに処置させると通告した。最後通牒を突きつけられた形のヒトラーは、この日に突撃隊の粛清を決意したという。6月25日までにヒトラーはブロンベルクにレーム以下突撃隊幹部を粛清する旨を伝え、国軍もその準備に入った。
6月30日に突撃隊員が起こした暴力事件についての会議を行うとして、突撃隊幹部をバイエルン州バート・ヴィースゼー(ドイツ語版)に召集、同日にヒトラーはバート・ヴィースゼーに赴いて粛清の陣頭指揮を執った。ベルリンでもゲーリング、ヒムラー、ハイドリヒらの指揮によって粛清が執行された。レーム、ハイネス、シュナイトフーバー、エルンスト、フォン・デッテンなどの突撃隊幹部が粛清された。これは長いナイフの夜と呼ばれる。
戦後のニュルンベルク裁判において突撃隊は起訴された6組織の一つとなった(他にヒトラー内閣、ナチ党指導部、参謀本部、親衛隊、ゲシュタポ)。この裁判で親衛隊とゲシュタポとナチ党指導部は「犯罪組織」と判決されたが、一方突撃隊は「特殊な場合に置いて突撃隊の若干部隊は戦争犯罪や人道に対する罪の遂行に使用されたが、その成員が一般に犯罪行為に参加していたとかまたは知っていたということはできない」とされて有罪判決を受けなかった。
クリンチュと、後に突撃隊最高指導者となるフランツ・プフェファー・フォン・ザロモンはその代表である。クリンチュらの俸給はエアハルト海兵旅団から支払われており、派遣された団員達は引き続き同団の指揮下にあり、半独立的な義勇軍組織としての一面を持っていた。エアハルト海兵旅団はカップ一揆に参加して非合法化されたため、突撃隊への参加は組織を温存するためにも有効であった。またこの時点のナチスにもエアハルト海兵旅団の高い声望を利用し、オーバーバイエルン全体に勢力を広げることができるというメリットがあった。そして軍の立場からナチスに関与していたレームにも、連合国によって解散命令の出たドイツ義勇軍隊員の受け皿として、突撃隊拡充は歓迎すべきことであった。やがてエアハルト海兵旅団のみならずベルリンのロスバッハ突撃隊(ドイツ語版)のミュンヘン支部のエドムント・ハイネスらも突撃隊に参加するようになった。
ヒトラーは再三にわたって「突撃隊は党の組織であって、党中央の決定に従わねばならない」ことを強調したが、こうした他の組織から来ている隊員らは、あまりナチスの規律を気に留めなかったという。1923年3月まで突撃隊への実質的な指示は、ミュンヘンの義勇軍の統括者たるレームが行っており、そのためヒトラーもしばしば彼の元を訪れなければならなかった。とはいえ突撃隊に流れてくる義勇軍兵士は義勇軍の中でも「政治化」した部類の者たちが多かった。ヒトラーと義勇軍の間に政治的意見の相違はほとんどなかったから、ほとんどの場合彼は突撃隊を自由に政治運動へ参加させることができた。
1931年の「SA下級集団『ミュンヘン=オーバーバイエルン』( SA-Untergruppe München-Oberbayern)」設立時、ミュンヘンをはじめとするオーバーバイエルン地域の古参SA部隊(ドイツ語版)から編成された。
第1SA連隊(ミュンヘン市)(SA-Standarte 1 (München/Stadt))
第2SA連隊(ミュンヘン方面)(SA-Standarte 2 (München/Land))
第3SA連隊(オーバーバイエルン)(SA-Standarte 3 (Oberbayern))