デカン戦争
ビジャープル王国とゴールコンダ王国の征服後、アウラングゼーブは再びマラーターとの戦いに戻った。
一方、マラーター王サンバージーも、1686年に 南インドのマイソール王国がムガル帝国の結ぼうとしたため、これと戦っていたが、戦闘を切りやめてデカンとの戦いに戻った(しかし、マイソール王国とムガル帝国との間で、マイソールが帝国に臣従するかわり、その領土にマラーターが侵入した場合、帝国がこれを撃退するという条約が結ばれた)。 。
1687年以降、アウラングゼーブとサンバージーは、2年近くにわたり戦ったが、戦線は依然として膠着状態だった。
だが、2月1日、アウラングゼーブはサンガメーシュワルのサンバージーの陣に奇襲をかけ、彼と宰相をはじめとする25人のマラーター側の指揮官をとらえた。サンバージーは捕えられたのち、拷問にかけられ、3月5日にアウラングゼーブは彼と宰相などの家臣をビーマ川の河畔で殺害した。
サンバージーの死をうけて、その弟ラージャーラームがマラーター王となったが、同月25日にアウラングゼーブは部下アサド・ハーンとその息子イティハード・ハーンに王国の拠点ラーイガド城を包囲させ、11月3日に城を落とし、サンバージーの息子シャーフーを捕虜とした。
ラージャーラームは陥落に城を離れており、11月1日にプラタープガド城に逃げていたが、そこも危なくなったため、1690年4月にこの地も捨て、南インドのシェンジ(ジンジー)を拠点とした。こうして、1690年までにアウラングゼーブはデカンを制圧し、帝国の4分の1に当たる領土を版図に加え、ムガル帝国の勢力は南インドにまで及んだ。
アウラングゼーブは南インドに逃げたマラーターを軍に追撃させ、同年9月にラージャーラームの籠城するシェンジ城を包囲させた。
アウラングゼーブが遠征を行っている間、北インドや東インド各地では、戦争による莫大な戦費が重税となり、その生活が困窮したため、農民やザミーンダールなど人々の反乱が相次いだ。だが、アウラングゼーブはそんなことも気に掛けず、特に反乱の激しかったベンガルの鎮圧は部下ムルシド・クリー・ハーンに任せ、自身はシェンジをひたすら包囲し続けた。
また、アウラングゼーブは南インドに拡大した領土を統治するため、1692年4月にカルナータカ太守の役職を設け、部下のズルフィカール・ハーンを任命し、アルコットを首府に統治させた。
ムガル帝国が南インドに侵入したことで、シェンジ包囲中にもかかわらず、帝国軍は南インドの諸王朝とも交戦状態に入った。そのなかでも、タンジャーヴール・マラーター王国(シヴァージーの弟ヴィヤンコージーが建てた王朝)は特に激しく抵抗し、シェンジの包囲を解きマラーター王国を助けるために、シェンジ包囲の帝国軍に攻撃することもあった。