同定
生物の図や写真とともに解説を掲載した図鑑は、生物の同定に広く用いられている。図鑑は生物の外見を絵や写真と見比べることで、容易かつ迅速に、ある程度の正確さをもって同定できるという長所を持つ。多くの図鑑が出版され、野外で生物と見比べることのできるフィールドガイドなどもある。
しかし図鑑では、色や形の似た種を識別するのは難しい。個々の種の解説があっても種間の違いが明文化されていないことも多く、違いを知るにはそれぞれの種の記述を読んで比較しなければならない。また図鑑には必ずしもすべての種が網羅的に掲載されているわけではなく、とくに『日本動物図鑑』のような幅広い分類群を扱う一般的な図鑑では、網羅性はかなり低くなり、種の同定には向かないこともある。同定したい生物が掲載されていない種だった場合、「該当種なし」と判断するべきところを、図鑑では掲載されている種のうちでもっとも似ている種に誤って同定してしまう危険性がある。『日本産セミ科図鑑』のように対称分類群を限定して作られた専門的図鑑ならば網羅性はかなり高くなり有用だが、専門知識がなければ活用は難しい。
図鑑に限らず紙媒体の出版物では、研究の進展による分類体系の更新を反映できないという欠点を持つが、この点を補う電子図鑑も製作されている。
検索表は、生物の形質を1つ1つ調べることで同定を行うための仕組みである。生物群をある形質の違いによって2つのグループに分け、さらにそれぞれのグループをまた別の違いによって2つのグループに分けるという作業の繰り返しでできたもので、形質を1つ1つ調べて進んでいくことで同定することができる。しかし、専門家以外が検索表を用いるのは、現実には難しいことが多い。たとえば、ある部位が「大きい」か「小さい」かが判定基準になっているような場合、その分類群のことをよく知っていなければ、目の前にある標本が「大きい」のかどうか判断できない。この問題は識別点の図を付すことで緩和できる。
また検索表は通常、特定の上位分類群(たとえば科)の中の種を同定するように作られているため、上位分類群の所属が不明な(何の科かわからない)場合には使えない。さらに、出発点が一か所で、ある種にたどり着く経路が1つしかないという検索表の構造的な問題もある。始めのうちに識別の難しい形質が出てきた場合、初心者はそれ以上に進むことができなくなってしまうのである。進んでいったとしても、1度でも間違えると決して正しい答えを出せないため、独力で使いこなすのは困難である。
図鑑に検索表を併せて掲載した検索図鑑と呼ばれるものも出版されている。