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審査前から有力議員がSNSなどで強力に後押しし、緊急承認が見送りになった際は日本感染症学会と日本化学療法学会が利益相反(COI)があることを明らかにせず、承認するよう提言を出すなど、承認プロセスの妥当性に関して批判の声が上がった。
2022年2月4日、自民党の甘利明前幹事長が、自身のツイッターに、シオノギが開発中のワクチンと治療薬(ゾコーバ)の治験報告に来たことを明かし、「日本人対象の治験で副作用は既存薬より極めて少なく効能は他を圧している。外国承認をアリバイに石橋を叩いても渡らない厚労省を督促中だ」とツイートし、承認前の医薬品の広告禁止を定めた医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律(薬機法)に違反するという声や、薬事承認を巡り厚労省が不当な政治圧力を受けかねないとして炎上した。
2022年9月2日、7月20日の審議において主要評価項目を達成していないことを受け緊急承認が見送られたことに関して、日本感染症学会と日本化学療法学会の両学会理事長名で、厚生労働大臣に対してゾコーバの緊急承認を求める「提言」を行い、批判の声が上がった。提言では当初、利益相反(COI)を隠していたことも問題にされた。
薬害オンブズパースン会議は緊急承認制度の妥当性や、試験結果の統計的有意差に疑問を呈する形でゾコーバの緊急承認を批判する声明文を発表した。 医薬品業界の業界紙である日刊薬業では、ゾコーバの事例を挙げ、緊急承認制度に改善の余地があることを指摘している。 承認プロセスのうち最終段階に当たる合同会議(審査)は一般公開されており、それを視聴した東京大学の小野俊介准教授(薬学)は「議論が尽くされておらず機能していない」と指摘し、運用見直しを提言している。
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