日本航空 (持株会社)
日本航空の取締役会は2006年6月30日に、大規模な公募増資を行うことを発表した。この公募増資は発行済み株数の約37%にあたる7億株を新規発行しておよそ2000億円を調達するというものであり、調達された資金は機材購入や転換社債の償還に用いられると思われる。だが、2日前(6月28日)に行われた同社の株主総会ではこの公募増資に関して株主に対する明確な説明は為されておらず、総会のわずか2日後という時期での増資発表には株主軽視との批判がされた。その後、増資は実施されたが、1400億円程しか資金が集まらず目標を下回った上に、株価も一時的に大きく値を下げた。ただし、この増資に関しては、香港のファンドが空売りを仕掛けて価格を下げるよう誘導したとして、証券取引等監視委員会が香港の証券規制当局に関係者を処分するよう働き掛けている。
2009年9月末の時点で、東京海上日動火災などの金融機関や東京急行電鉄が主要株主となっていた。東京急行電鉄が株式を保有しているのは、旧JASの親会社であったことに由来する。なお、東急は2010年1月14日までに全株式を売却した。個人筆頭株主は元衆議院議員(1983 - 1996 参議院から鞍替え)糸山英太郎で、一時期“エグゼクティブ・アドバイザー”を務めていた。
また、2009年9月11日には、世界最大の航空会社であるデルタ航空と業務提携を交渉していることが報道された。交渉が成立した場合、デルタ航空は日本航空の主要株主となる予定であった。
これを阻止する為に異を唱える形で、2009年9月18日には、日本航空と同じくワンワールド連合に加盟するアメリカン航空が、同じワンワールドに加盟するブリティッシュ・エアウェイズ及びカンタス航空と連合で出資を検討していることが発表され、加えてデルタ航空側も、所属するスカイチーム連合のエールフランス‐KLMの出資を検討している事が発表された。
仮にスカイチーム陣営のデルタ航空と交渉が成立した場合、スカイチームへの移籍が濃厚となり、これが実現してしまえば、ワンワールド陣営にとっては、現状アジア最大の航空会社、かつ北東アジアの主要ネットワークを担う日本航空が抜ける事で、大打撃に成りかねない事もあってか、両航空連合ともに熾烈な交渉合戦が繰り広げられた。
その後、企業再生支援機構は日本航空の再建に会社更生法を適用し、外国航空会社の出資は受けない方針としたが、両陣営にとって依然日本航空との提携の獲得、あるいは維持は重要な問題であり、引続き業務提携をめぐっての交渉合戦を繰り広げていた。
2010年2月9日、日本航空がアメリカン航空と業務提携強化を決定した。
JALグループは、グループ全体で売上高が航空業界世界第3位の、巨大航空グループ(メガキャリア)であった。
なお、構成企業は、株式会社日本航空(持株会社)直接の連結子会社(JALを含む)、日本航空インターナショナルの連結子会社、旧日本航空ジャパンの連結子会社と大きく3グループに分かれ、実質旧会社(この「旧」は日本航空ジャパンが東亜国内航空であった時点まで遡る)の体制を引きずりながら「JALグループ」として事業を行っていたが、それが一連の安全に関わる事故の原因のひとつとされ、グループの組織改革により、主要企業は全て日本航空直接の連結子会社とする事でグループとして経営支配関係を明確化する作業を行っていた。
◎JALグループは国際航空連合(アライアンス)「ワンワールド」に加盟しているが、※のある航空会社は経営施策上ワンワールドには加盟していない。
日本航空インターナショナル(JAL)
ジェイエア(J-AIR)
日本エアコミューター(JAC)
北海道エアシステム(HAC)
日本トランスオーシャン航空(JTA)
琉球エアーコミューター(RAC)※
日本航空システム発足当初は、貨物事業(国内・国際とも)を「日本航空カーゴ」として分社する計画だったが、航空協定上の問題があったため、日本航空インターナショナルの事業とした。