ジョホール王国
ブギス勢は、ムラカを先制攻撃して多大な損害をあたえたが、翌年に体制を立て直したオランダ軍との戦いに破れ、講和に応じざるをえなくなった。その結果、マレー半島のリンギ、クラン(セランゴール州)、ルンバウ(ヌグリ・スンビラン州)のブギス人はオランダを宗主として認め、ジョホール国王を君主としてあおぐことに同意した。スルタン・マンスールはオランダに対し、ブギス人のさらなる追放を重ねて求めたが、当時のオランダにはそのような力はなく、この要請は却下された。
オランダからの助力を得られなくなったマンスールがトルンガヌに戻ると、マレー人高官たちはダエン・カンボジャにブギス人のリアウへの復帰を求めた。ブギス人なくしては、リアウの交易は成り立たない状態となっていたからである。スルタン・スライマンの死後、アブドゥル・ジャリル・ムアッツァム・シャー(マレー語版)(1760年-1761年)とアフマド・リアヤット・シャー(マレー語版)(1761年-1762年)のスルタン2人が相次いで死去したあと、ダエン・カンボジャはスルタン・スライマンの孫で、自身の孫でもある幼少のマフムードをマフムード3世(マレー語版)として王位に就け、王国の実権を確実なものとした。
パタニの王女ラジャ・クニンとトルンガヌ王ヤン・ディ・ペルタン・ムーダ・ジョホールとの婚礼が執り行われたのは1632年のことである。
イスカンダル・ムダが活躍していた時期のジョホール王国はアチェに対し守勢にまわらざるをえなかったが、1636年、イスカンダル・ムダが死去すると、ジョホールはオランダ東インド会社と協力して勢力の回復をはかった。1641年、オランダ勢力がポルトガル支配のムラカを包囲すると、ブンダハラ・スクダイ擁するジョホールはそれを援助し、ムラカのポルトガル要塞を陥落させてポルトガル勢力をムラカより駆逐した。オランダ軍は海と陸から、ブンダハラ・スクダイは陸上からムラカを攻撃したが、その時点で、町の人口はすでに飢饉と感染症(ペスト)のために激減していたといわれる。
この年、ジョホールはオランダの仲介によりアチェ王国とたがいを認め合う協定を結び、和解している。アチェ王国はパハンより撤退し、たびたびアチェとのあいだで覇権を競ったデリ王国(現インドネシア・北スマトラ州)とペラク王国へのジョホール王国の宗主権も復活させた。1642年、ジョホール王アブドゥル・ジャリル・シャー3世(マレー語版)はバトゥ・サワールに新都を建設した。
17世紀中ごろ、こうしてジョホール王国はオランダ勢力やアチェ王国とも良好な関係を形成しつつ、マラッカ海峡の海上民の支援のもとに全盛期をむかえた。
王国は、バトゥ・サワールを中心としてマラッカ王国の版図をほぼ回復してマレー半島南部からスマトラ島中部にまたがる海洋帝国をきずき、国際貿易の中心地となった。この時期のジョホールはとくにスマトラ東岸の諸港市とのむすびつきを強め、カンパル(現インドネシア・リアウ州)、インドラギリ(同リアウ州)、ジャンビ(同ジャンビ州)などの港市は中部スマトラの産品の搬出に利用された。スマトラの動向を重視するジョホール王国にとって、スマトラ島の山間盆地(現インドネシア・西スマトラ州)に本拠を置くミナンカバウ人王朝の権威中枢はとりわけ重要な意味をもっていた。そのことは、ミナンカバウのパガルユン王国(英語版)の王とジョホール王とのむすびつきを示す口承が後世に伝わっていることからもうかがわれる。
オランダもまた、マラッカ海峡の秩序維持のため、ジョホールとの友好関係を重んじた。ムラカはすでに重要な港市ではなくなっており、そのこと自体はオランダ東インド会社にとっては不幸なできごとに相違なかったが、域内貿易全体からみればジョホールの安定こそが重要であると判断されたのである。オランダは、ポルトガル人追放の協力への代償としてジョホールの王族・貴族にムラカでの航行許可証を不要とし、貿易関税を無税とした。ジョホールの王侯貴族たちは交易特権を活かして外国商人たちと結び、かれらのパトロンとして交易に参加した。