北元
一方、清の支配下には入っていないハルハ諸部とオイラトは、この清の脅威を受けて積年の対立に終止符を打って同盟を締結し、1640年には部族間関係の取り決めをまとめたハルハ・オイラト法典を制定した。ハルハ諸部は清朝に対しては朝貢を行い、1655年には有力者8人がその冊封を受けて名目的に臣従することで清朝との間に安定した関係を築き、朝貢国としての内政自治を保持した。
しかし17世紀後半に至って、オイラトの覇権を握ったジュンガル帝国のガルダン・ハーンがハルハに侵攻すると、ハルハは1688年に数十万の属民がゴビ砂漠の南(内蒙古)に逃げ清に服属した。 1697年、清がジュンガルに勝利しガルダンの敗走により、かつての大元ウルス(北元)の故地であるカラコルムを含むモンゴル草原(外蒙古)は全て清の支配下に入った。
1542年には、バルス・ボラトの長男でオルドス部を継承していたグンビリクが死去すると、グンビリクの弟でトメト部を継承していたアルタンが代わって有力となった。チャハルのボディ・アラク・ハーンは、アルタンを西部(右翼)のモンゴル諸部族の指導者と認めてトシェート・ハーン(トシェートは「補佐」の意)の称号を与え、モンゴルには複数のハーンが立つようになった。
1547年、チャハル部のボディ・アラク・ハーンが死去すると、その子ダライスン・ハーンは、トメト部のアルタンの圧迫を避けて東方に移住し、アルタン・ハーンがハーンに代わってモンゴル高原全体の事実上の支配権を握った。
アルタンは北ではオイラトと戦ってモンゴル高原西部からジュンガリアに追いやり、南では明に連年遠征して略奪を繰り返した。また、ダライ・ラマ3世に帰依してチベット仏教のゲルク派に入信し、内モンゴルに支配下に入った漢民族の定住農民を集めて開いた都市フフホトに寺院を建立、モンゴルが仏教化するきっかけをつくった。
アルタンの死後、アルタンが一代で築き上げた勢力と財産を巡ってトメト部では内紛が起こり、ダヤン・ハーンによるモンゴルの一体化は無実化していった。漠北(外モンゴル)ではハルハ部がオイラトと戦って服属させ、現在のモンゴル国の領土のほとんどを支配下に収めるまでに成長していた。