与那国空港
那覇空港(那覇行:1本/日、那覇発2本/日)
新石垣空港(石垣行:4本/日、石垣発3本/日)
いずれもDHC-8-400型機で運航される。 かつては日本トランスオーシャン航空 (JTA) も運航していた。
最西端観光が町の委託を受けて島内各地を結ぶ路線バス(運賃無料)を運行しており、そのうち6便が当空港を経由する(2018年12月1日時点)。