共同実施
ただし、発電量が少ない再生可能エネルギー事業など、規定されている小規模JI事業については、手続きが簡略化される。
この後、事業主体は実際に事業を進める。事業主体はPDDに規定された方法で温室効果ガスの排出量をモニタリングする。AIEは定期的にこのモニタリング結果を審査し、削減量を決定する。この削減量に応じて事業受け入れ国の政府は認証排出削減量(CER)を発行し、事業主体と協議の上でこれを配分する。投資国の事業主体に配分されたERUが、投資国の排出枠に加えられることになる。
また、共同実施については、共同実施監督委員会(JISC)という組織が存在する。JISCは、AIEの認定や、CDM理事会などでの動向を注視しながらCDMの例を参考にJIの制度や認定方法などを修正していき、COP会合でJIの動向について報告をする責任を持っている。これは、JI事業における排出削減や吸収増加の科学的根拠や算出方法が、CDMを参考にしているためである。またAIEの認定に関しては、15の専門領域の中からいくつかを選んでJISCが認定し、そのAIEは認定された分野のJI事業しか扱うことができないようになっている。そのため、JI事業の事業主体はAIEを選ぶことができる。