国際チェス連盟
これに対してFIDEは別の2人による選手権マッチを行なって「世界チャンピオン」を決定した。
その時から14年間にわたり、二人の世界チャンピオンが並立することになった。一人は「FIDEの庇護下にある者」、もう一人は伝統的な「前チャンピオンをマッチで破った者」である。この間FIDEは1998年から2004年まで、短い持時間のノックアウト方式の大会でチャンピオンを決定したが、この制度変更も大きな議論を呼んだ。また2004年の大会がリビアで行なわれたことも議論を呼んだ。2002年のいわゆるプラハ合意(ヤッサー・セイラワンの主導による2つの世界チャンピオンの地位を統一する計画)から2005年まで、FIDEは合意の内容を実現できなかった。2007年現在、世界選手権の制度はまだ不安定な状態にあり、この点でFIDEはプロチェス協会や各選手から批判されている。
1999年、FIDEは国際オリンピック委員会(IOC)に国際競技連盟として承認された。その2年後、チェスにIOCの反薬物規則を導入した。FIDEはチェスをオリンピックの開催競技にしたいと表明している。2013年現在これは実現していない。