南千歳駅
島式ホーム2面4線を有する橋上駅。ホームには乗換客向けの待合室を設置している。
2020年3月13日までは、快速「エアポート」は朝晩の列車を除いて基本的に2・3番線へ右側通行で進入していた。このことにより、新千歳空港と苫小牧・東室蘭・函館方面、および石勝線トマム・帯広・釧路方面の利用客が同一ホーム上で対面乗り換えをすることが可能だった。同年3月14日より、一部列車を除いて2・3番線へ左側通行で進入する形式がとられており、新千歳空港方面から特急への乗り換えには、跨線橋やエレベーターを利用する必要がある。
終日社員配置駅。みどりの窓口・自動券売機・話せる券売機・自動改札機設置。1・2番ホームには駅弁売場がある。2021年1月21日より、トマム駅からの列車利用時に限り、「QRコード乗車駅証明書」による精算機の自動精算を行うサービスが利用可能となる。
当駅を発車した新千歳空港行きの列車は、駅南方にある坑口から単線のトンネルに入って新千歳空港駅へ向かう。通常地下へ向かうトンネルは勾配を下り、地表下の坑口からトンネル本体に入る構造であるが、積雪寒冷地の北海道では冬季間に雪でトンネル坑口が埋まってしまう恐れがあるため、下り勾配が始まる地点に坑口を設けてスノーシェルター機能を兼ね備えている。
千歳空港駅の時には、札幌方面からの列車には特急・快速・普通で当駅止まりが多数設定されていた他、一部列車は4番線(現1番線)到着後に次の美々駅(現在の美々信号場)まで回送してから1番線(現4番線)に着発する扱いが行われていた。
特急「おおぞら」(札幌駅 - 釧路駅)
特急「とかち」(札幌駅 - 帯広駅)
特急「北斗」(札幌駅 - 函館駅)
特急「すずらん」(札幌駅 - 東室蘭駅・室蘭駅)
特別快速「エアポート」(札幌駅 - 新千歳空港駅)
快速「エアポート」(小樽駅 - 新千歳空港駅)