高島線
旧・入江駅 (0.0km) - 新興駅 (2.7km) 後述の鶴見駅 - 新興駅 - 東高島駅間について、国鉄分割民営化の際に営業キロを再編したもの。実態としては鶴見 - 桜木町の本線8.5 kmの途中、旧入江駅の地点から新興まで2.7 kmの支線が分岐している形になっているが、JR貨物の営業キロ設定上は両者を合計して鶴見 - 桜木町間11.2 kmのように表示されていた。2010年に新興駅が廃止されて以降も、引き続き2.7km分を加算した営業キロのままとなっていたが、この状況は2019年に高島線の区間表示が変更されたことで解消された。
みなとみらい21計画のさらなる進展により、1995年(平成7年)2月27日に高島駅は廃止され、東高島 - 高島間が単線化された。これにより複線区間は鶴見 - 東高島間のみとなった。そして高島駅の跡地の整理とともにこの区間は西側へ線路を付け替えられて地下化され、1997年(平成9年)11月24日に高島トンネルに移行された。
1996年(平成8年)7月20日に旧横浜港駅プラットホームの復元工事が完了し、赤レンガパーク内で一般公開された。新港埠頭へ渡る橋梁は再整備がなされ、1997年(平成9年)7月19日に汽車道として公開し、遊歩道化された。2000年(平成12年)に山下公園内の高架貨物線の撤去工事が完了し、新港埠頭から山下公園までの区間は2002年(平成14年)3月2日に山下臨港線プロムナードという遊歩道として公開された。