イナズマイレブン3 世界への挑戦!!
エンディング後、一定の条件を満たすことで未来世界へ行くことができる。 北東京に新マップ「裏山」が追加。 虎の屋が虎ノ屋周辺に変化し、虎ノ屋の下側に新エリアが出現。 前作で最終決戦の舞台となった「樹海」と「星の使徒研究所」が復活。樹海の最深部にてプロミネンス・ダイヤモンドダスト、星の使徒研究所の最深部でカオスと試合ができる。 マグニード山がダンジョンに変化しており、新たに「伝説の地」が追加。ヘブンズガーデンにて天空の使徒、デモンズゲートにて魔界軍団Z、伝説の地にてダークエンジェルと試合ができる。
前作でもおなじみの対戦ルートで、本作では火来校長、エキシビション、ナゾの3つをプレイできる。このうち、エキシビションとナゾはバージョンによって配置場所や登場する敵チームが違う。