内藤湖南
1921年(大正10年)の講演「応仁の乱に就て」では「一体他流試合と申すもので、一寸も私の専門に関係のないことであります」といういささか挑発的な前置きをしつつも、「大体今日の日本を知る為に日本の歴史を研究するには、古代の歴史を研究する必要は殆どありませぬ、応仁の乱以後の歴史を知って居ったらそれで沢山です。それ以前の事は外国の歴史と同じ位にしか感ぜられませぬが、応仁の乱以後は我々の真の身体骨肉に直接触れた歴史であつて、これを本当に知って居れば、それで日本歴史は十分だと言つていいのであります」と発言している。この発言は多く日本中世史を論じるときに引用されている。
10年間ジャーナリストを務めた後、1907年(明治40年)に京都帝国大学文科大学史学科(同年、学生募集開始)東洋史学講座講師に就任、1909年(明治42年) には京都帝大教授になった。講師となって以後、東洋史担当講座に足掛け20年務め、同僚の狩野直喜・桑原隲蔵とともに「京都支那学」を形成、京大の学宝とまで呼ばれた。
1910年(明治43年)、教授在任期間が1年となったため、狩野亨吉総長の推薦により文学博士(京都帝国大学)。主著の一つである『清朝史通論』は、この博士号が慣習によるものであったため、自身が博士論文に相当する論考を書かねばならないと決意し執筆したもの。同論文自体は博士学位論文ではない。
東京帝国大学(東京学派)の白鳥庫吉とは「東の白鳥庫吉、西の内藤湖南」「実証学派の内藤湖南、文献学派の白鳥庫吉」と並び称された。特に邪馬台国の所在地をめぐる論争では畿内説を主張し、九州説を唱えた白鳥と激しい論争が展開された。
しかし、湖南は課外に英語を教え、教科書にもない理科の実験などを行うなど新教育を施して村民の信頼を受けたと言われている。湖南を抜擢した狩野は、この秋田戦争で父が勤めていた落城寸前の大館城から離れ、姉に背負われ命からがら弘前藩に逃げ落ちている。
綴子小学校は、秋田で最も古い塾である内館塾の後継の小学校である。内館塾には般若院英泉や宮野尹賢らの残した古文書が多数残されていた。内藤湖南はこれらの古文書を研究したと言われている。また、食費以外は俸給の全部を新刊の図書や雑誌の購入にあて新知識を吸収した。
記憶力がよく、友人知人の蔵書にも精通しており、必要があると電話をその友人にかけて「あなたのどの本棚の何段目のこれこれという本の何ページあたりに、こういうことが書かれていたかと思うが少し調べておいてほしい」という具合に頼むことがしばしばあったという。