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検索データという観点からは、こうしたタグによるシステムには次のような欠点もある。
標準化されたキーワードのセットがない(つまり統制語彙の代わりにフォークソノミーということ)
タグの構造に基準がない(単数形/複数形、大文字/小文字など)
綴り間違いによるタグ付けの失敗(例:「球体関節」を「球体間接」と書いてしまう)
複数の意味を持つタグの存在(「風車」は「ふうしゃ」と「かざぐるま」の両方に使われる)
類義語・対義語の混乱による不明瞭なタグ(「台所」と「キッチン」など)
一部の利用者による一般的でない、個人的なタグ付け(猫のことを「毛糸玉」とタグ付けする人がいるかもしれない)
利用者がタグの階層関係を示す方法の欠如(あるサイトが「チーズ」と「チェダー」の両方でタグ付けされ、「チェダー」が「チーズ」の一種であることを示す方法がないなど)