フグ目
ウチワフグ科 Triodontidae は1属1種で、ウチワフグ Triodon macropterus のみが所属する。インド洋から西部太平洋(アフリカ東岸から、オーストラリア・フィリピン・日本近海まで)の水深100m以深に分布する。
腹鰭をもたず、支持骨格である腰骨のみが存在する。腰骨は左右の対構造をもち、完全に単一構造のモンガラカワハギ上科よりも原始的な特徴を有するなど、目内での位置付けに問題を残したグループとなっている。上顎に2枚、下顎に1枚、計3枚の歯板をもつ。腹部が大きく垂れ下がり、尾鰭は二又に分かれる。
ウチワフグ属 Triodontidae
ハコフグ上科 Ostracioidea はハコフグ科のみ、1科14属33種で構成される。
ハコフグ科
ハコフグ科 Ostraciidae は2亜科14属からなり、ハコフグ・ウミスズメ・イトマキフグ・コンゴウフグなど33種が所属する。太平洋・インド洋・大西洋の熱帯域に分布する。
角張った箱状の体型が特徴で、英語では Boxfish・Trunkfish・Cowfishなどと呼ばれる。体は硬い甲羅状になった骨格に囲まれ、体高が高く、横幅のある形をしている。腹鰭の骨格をもたず、背鰭の棘条もない。体表から粘液毒を分泌する種が多いが、いわゆるフグ毒(テトロドトキシン)とは別の成分である。
イトマキフグ亜科 Aracaninae 7属13種。インド洋から西部太平洋(特にオーストラリア近海)にかけての比較的深い海に分布する。独立のイトマキフグ科として分類されることもある。体を覆う骨板は、背鰭・臀鰭以降は開放されている。 イトマキフグ属 Kentrocapros 他6属
ハコフグ亜科 Ostraciinae 7属20種。骨板は背鰭・臀鰭の後ろまで閉じている。浅い海の海底付近で生活する。 コンゴウフグ属 Lactoria ハコフグ属 Ostracion ラクダハコフグ属 Tetrosomus 他4属
フグ目は複数の際立った形態学的特徴を併せもつことによって、一つのまとまったグループとして規定される。近縁のスズキ目・カレイ目と比較して、鰭や骨格の癒合・退縮や、単純化が進んでいる傾向が強い。フグ目内部の群同士で比べた場合でも、原始的な仲間から派生的なグループへと進化するにつれ、顎や腹鰭の構造の段階的な簡略化が認められる。
フグ目魚類は腹鰭とその支持骨格(腰骨)の形態に特徴があり、重要な分類形質として利用されている。現生のフグ目としては最も原始的なグループと考えられているベニカワムキ科・ギマ科では、他の魚類と同様に対になった腹鰭をもつのに対し、モンガラカワハギ科・カワハギ科などより派生的な群では左右の腰骨が癒合し、単一の鰭となっている。系統が進むにつれ腹鰭の構造は次第に単純化し、フグ科以降のグループでは完全に消失する。
顎と歯の形態もまた、フグ類の系統関係を強く反映する重要な形質である。
フグ目は現生のベニカワムキ亜目・モンガラカワハギ亜目・フグ亜目の3亜目の下に、9科101属357種が所属する。他に絶滅したグループとして、Plectocretacicoidei 亜目(3科を含む)が設置される。この仲間は白亜紀の地層から報告があり、現在知られているフグ目としては最も原始的な一群とみなされている。
フグ目はフランスの博物学者であるジョルジュ・キュヴィエによって、19世紀前半にまとめられた分類群である。以来、本目そのものの単系統性は確かなものと考えられているが、フグ目が他のどのグループから派生したのかという問題は未解決である。候補としてはマトウダイ目や、スズキ目のニザダイ科あるいはヒシダイ科が挙げられているが、結論は未だ出ていない。