明応地震
津波は紀伊から房総にかけての沿岸に襲来し、波高は駿河湾沿岸の江梨や小川で8m、伊勢、志摩で6 - 10mであった。津波規模は安政東海地震を上回り、伊豆半島西岸や志摩半島では局所的に大規模な津波が襲来していた。
南海トラフから東よりに津波の波源域が拡大している可能性があり、震源域を銭洲断層に仮定すると、志摩半島から御前崎、伊豆半島、房総半島に至る波高が説明できるとする説もある。
古文書の記録や伝承によると、静岡県沼津市においては、津波が斜面を駆け上り、海抜36メートルを超える地点まで達していた可能性があることがわかった。明応東海地震の津波の高さは、1854年に発生した安政東海地震の約3~4倍もあったと考えられている。静岡県は東海地震の津波被害の想定として、安政東海地震を目安としていることから、地震学者の都司嘉宣は、明応地震の津波などを踏まえて、防災指針を見直すべきだとしている。ちなみに、2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震 (M9.0) による大津波では、津波が岩手県宮古市の斜面を39.7メートルまでさかのぼったとも報告されている。
津波は鎌倉の鶴岡八幡宮参道にも襲来し、また高徳院の大仏殿はこの地震による津波で倒壊して、鎌倉の大仏が室町時代末に露坐となったとする説がある(後述、異説有)。
また、『重編応仁記』には、永正7年8月27日(1510年9月30日)から翌日に掛けての津波によって浜名湖が海に通じて今切を生じたと記録されている。
湊町として栄えていた安濃津(現・津市)は遺跡の発掘から16世紀初頭から18世紀初頭頃まで空白期が見られ、明応地震津浪で壊滅的な打撃を受けて荒廃し、宝永地震以降に復興が始まったと推定されている。また大永2年(1522年)に安濃津を訪れた宗長は『宗長日記』で「この津、十余年以来荒野となりて四五千軒の家、塔あとのみ」と記している。
『内宮子良館記』には「今度大地震ノ高塩ニ、大湊ニハ家千間余人五千人許流死ト云々、其外伊勢島間ニ彼是一萬人許モ流死也」とあり、伊勢大湊で家屋流失1千、溺死5千、伊勢、志摩で溺死1万とされ、宮川河口付近にあったと推定される塩屋村では塩浜が被害を受け塩業が成立しなくなったとされる。
紀伊では紀ノ川は、かつて河口付近で南流し現在の和歌川が本流で和歌浦に注いでいたが、『紀伊続風土記』の記述から現在の河口位置に変化したのは明応から寛永年間の間と考えられ、明応年間に住民や寺社が和田浦(現・和歌山市)から湊村に移転したとする伝承があり、明応津波で被害を受け、紀ノ川が現在の河口位置に移ったとされる。ただし『紀伊続風土記』の記事は「明応ノ比津浪」、また『和歌山県神社寺院明細帳』では「明応ノ海嘯」とあるのみで具体的な年月日の記述はない。熊野本宮の社殿が倒れた。