西日暮里駅
地下2階に代々木上原方面、地下3階に綾瀬方面の線路・単式ホーム各1面1線を有する上下2層構造。これは、北千住駅 - 湯島駅間の一部地上に幅員が狭い道路があるため、上下に単線の線路を設ける構造としたためである。この区間の中間駅はA線(代々木上原方面)の線路・ホームが上層に、B線(綾瀬方面)の線路・ホームが下層にある。駅中心部における地表からレール面までの深さは、1番線が9.4 m、2番線が15.3 mある。
前述したとおり、開業時点では半分ほどの施設で営業していた。
当駅でJR線に乗り換える利用客は乗り継ぎ専用改札を通る必要があり、交通系ICカード乗車券や当駅接続の連絡乗車券を所持していない利用客は改札通過前に精算(区間変更)することになる。乗り継ぎ精算機は設置されておらず、精算はすべて有人窓口での対応となる。当駅は通過連絡運輸の適用を入場後にも受けられる稀な例でもある。
精算窓口の上部には、運賃計算の基準や発売範囲の掲示とともに「今度からは連絡きっぷをお求め下さい」との注意書きがある。