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1970年代から親会社の北炭の経営悪化に伴い、三井観光開発は同社へ資金支援を行っていたが、1995年(平成7年)の経営破綻で貸付金等が取立不能となった事で有利子負債が増加した。また巷言される失われた10年の影響でゴルフ場事業を中心に累積赤字も増加し、01年には政商と呼ばれた創業者の吉太郎が98歳で死去したことで、経営の建て直しが大きく浮上した。
三井観光開発はメインバンクである三井住友銀行に金融支援を要請し、2005年(平成17年)に200億円の債権放棄で合意。8月に既存株式99%の無償減資と100対1の株式併合を行った上で、大和証券SMBCプリンシパル・インベストメンツが組成・出資した実質的には投資ファンドとなる「株式会社ディー・エス・エムインベストメンツガンマ」に吸収合併される。合併後、同社は即ちに(2代目)三井観光開発株式会社へ社名変更した。06年には日本政策投資銀行(政投銀)と三井住友銀により組成されたシンジケートローン369億円と、政投銀による優先株式10億円の資金調達を受けた。
この再建に際して、吉太郎の次男・次郎は長年務めた会長職を辞任。出資会社である三井物産と三井住友銀などの意向により、新社長は物産出身の吉村仁が49歳で就任した。
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