ヴィリニュス大学
ドイツ軍によるポーランド侵攻(1939年)により、大学での教育は中止に追い込まれた。その後すぐにヴィリニュスはソヴィエト連邦に占領された。交戦状態が収束すると、教員の多くが大学に戻り、1939年10月1日、大学が再開校された。10月28日、ヴィリニュス地域はリトアニア共和国に編入された。1939年12月15日、リトアニア当局は大学を閉鎖、教員と学生約3,000名は解散を命じられ、リトアニア化政策の一環で、それまでの大学と同じ場所に新しくヴィリニュス大学(リトアニア語: Vilniaus Universitetas)が設置された。新たな大学憲章には、ヴィリニュス大学はヴィータウタス・マグヌス大学制定法にもとづいて運営されることが明記され、またリトアニア語によるプログラム、学科が設置されることとなり、リトアニア語が大学の公用語とされた。それまでの法学社会科学部、人文科学部、医学部、神学部、数理生命科学部は地下活動を続けた。
その後すぐリトアニアはソヴィエト連邦に編入され、ポーランド人教員は再度教壇に立つことが認められた一方で、リトアニア人を含む他の教員の多くが「反動主義者」であることを理由に逮捕され、刑務所に入れられたりロシアやカザフスタンの強制労働収容所(グラグ)へと送られるなどした。
1939年9月から1941年7月にかけて、ソヴィエト当局は19名のポーランド人教員および元教員を逮捕、追放し、そのうち9名を殺害した。