室町幕府
滅亡は、元亀4年(1573年)7月に15代将軍・義昭が織田信長によって京都から追放された時点とするのが一般的である。また、信長以前には、天文22年(1553年)8月に13代将軍義輝が三好長慶に敗れ近江国朽木谷に逃れてから永禄元年(1558年)11月に和議を結び入京するまで、長慶が将軍を擁立しない独自の政権を京畿に打ち立てていた例もある。
もっとも、義昭はその後も将軍を解官されてはおらず、信長の勢力圏外においては依然将軍としての権威を保持していた。義昭追放後も彼を支援する毛利輝元ら毛利氏との交渉で、信長もその復帰を了承しており、幕府が存続(復活)する可能性もあったが、義昭の信長に対する人質要求により実現せず、結局義昭が政権に返り咲くことはなく、結果的に元亀4年の追放時点に遡及して(中央政権としての)幕府の滅亡が確定したともいえる。
藤田達生は、京都追放後の義昭による政権を「鞆幕府」として規定することを提唱した。これによれば、幕府の滅亡は1573年ではなく、より遅い時期となることとなるが、既に幕臣の多くが義昭の元を去っており、幕府の体をなしているとは言いがたく、「鞆幕府」説が研究者の支持を得ているものではないことに留意する必要がある。
天正16年(1588年)1月13日、義昭は関白・豊臣秀吉とともに参内して、その地位を朝廷に返上するまで征夷大将軍であったと『公卿補任』は記録する。義昭は将軍職辞任後、朝廷から准三宮の待遇を得、秀吉からも貴人として最後まで遇された。現任将軍の存在という面を重視すれば、この天正16年1月を幕府終期と見ることもできる。