独立リーグ
現状、独立リーグの選手はプロ野球ドラフト会議の指名を受けなくてはNPBと契約できないが、元NPB選手と外国人選手はドラフト会議を経ない「移籍」として扱われる。四国アイランドリーグ創設者の石毛宏典は「四国アイランドリーグを作る時、NPBへはドラフトではなく移籍で選手が行けるように提案していた。しかしNPBがドラフトでの指名にこだわった」と述べており、独立リーグ(四国アイランドリーグplusとBCリーグ)側は2014年現在も選手の経歴によらず移籍可能にしたいという意向を持っていると報じられている。
独立リーグからNPBに指名される確率は非常に低いと報じるメディアもある。しかし、NPB入りを目指している選手も多く、BCリーグからドラフト指名されてNPB入りした湯浅京己は、独立リーグは本気でNPBを目指している方がほとんどだと思うと発言している。また、徳島インディゴソックスのように、在籍選手に対する育成選手まで含めたNPBドラフト指名率では有力な大学や社会人のチームとも遜色がないとされる球団もある。
2016年までに独立リーグからNPBドラフト指名された82人のうち一軍支配下となったのは38人と半数弱で、NPB二軍での各種指標を独立リーグ時代と比較した場合悪化する傾向にあると、2017年の時点では指摘されている 。