熊本鎮台
曾我祐準 少将:明治12年9月25日 - 明治13年4月29日
高島鞆之助 少将:明治13年4月29日 - 明治14年2月7日
山地元治 少将:明治14年2月7日 - 明治15年2月6日
国司順正 少将:明治15年2月6日 - 明治18年5月21日
三好重臣 中将:明治18年5月21日 - 明治19年7月26日
三浦梧楼 中将:明治19年7月26日 - 明治19年8月16日
山地元治 中将:明治19年8月18日 - 明治21年5月12日(明治21年5月14日第6師団長)
桐野利秋 少将:明治5年4月14日 - 明治6年4月5日(明治6年1月9日に鎮西鎮台から熊本鎮台と改称)
谷干城 少将:明治6年4月5日 - 明治7年4月5日
(代理・兼務)野津鎮雄 少将:明治7年4月12日 - 明治7年11月27日(陸軍省第4局長の兼任)
(代理)野津鎮雄 少将:明治7年11月27日 - 明治8年6月23日
野津鎮雄 少将:明治8年6月23日 - 明治9年6月13日
種田政明 少将:明治9年6月13日 - 明治9年10月24日(神風連の乱で死)
(兼務)大山巌 少将:明治9年10月29日 - 明治9年11月9日(陸軍少輔兼第1局長の兼任)
谷干城 少将:明治9年11月9日 - 明治11年12月14日
曾我祐準 少将:明治11年12月14日 - 明治12年9月25日