富士門流
関東系が日隆門流の教学(八品教学)に影響されたのに対し、関西系はそれを排斥した。富士大石寺第9世日有は、堂宇の再建・創建や学僧の養成、佐渡を始めとする越後・京都への布教や幕府への諫暁・天奏を行うなど弘教に努めたとして、中興の祖と仰がれるに至っている。また、日有が日蓮本仏論も「明〔らか〕に立てられて」教義を導きだした、と堀慈琳はその著書『日蓮正宗綱要』で主張している。その一方、現代の日蓮正宗では、日蓮本仏論は(この時期の成立ではなく)宗祖が明かした、としている。これに関して執行海秀は、『五人所破抄見聞』に日蓮本仏論が見られることから、その著者を日蓮本仏論初唱者と位置付けつつ、「日有の教学は石山の伝統教学とは、趣きを異にしているのであって、隆門教学の影響が見られる」と述べている。具体的には、「富士系中に台頭しつつあった宗祖本仏論思想を、隆門の種脱論に依って基礎付けんとした」としている。また、保田妙本寺第11世三河日要も日蓮本仏論を説いた。
一方、日要が当時風靡していた日隆門流の教学に影響を受けたのとは対照的に、同寺第14世日我は、同教学を批判したが、日蓮本仏論を強調した点は軌を一にするとしている。
関東では、富士大石寺が、北山本門寺と「伝統の正潤」を、保田妙本寺と「戒壇の坊地問題」を、それぞれ争う。また、北山本門寺は、西山本門寺と「本門寺伝統論」を争ったが、西山本門寺は富士大石寺と組んで、これに対抗した。一方、関西では上行寺・住本寺も対峙していた。そこで、日辰は上行寺・住本寺を合併。さらには関東寺院の調停を行い一定の成果を上げるも、日辰の主張する「釈迦像造立・法華経一部読誦論」を日蓮の正意ではないとして、富士大石寺第13世日院が拒否。富士大石寺に関わる調停は失敗に終わる。実際、現代の日蓮正宗では、仏像造立は『富士一跡門徒存知事』によって、法華経一部読誦は『富士一跡門徒存知事』及び『五人所破抄』によって、いずれも日蓮の正意でない、としている。この日辰と前述の日我は、富士門流の教学を確立せんとしたため、後世、「東我西辰」と称されるに至っている。
富士門流(ふじもんりゅう)は、宗祖日蓮の高弟六老僧の一人、日興の法脈を継承する門流のこと。日興門流とも呼ばれる。