系統DNA検査
検査結果がそれぞれの塩基の結果一覧として与えられることは少ない。かわりに、Cambridge Reference Sequence(CRS)との比較した結果を受け取るのが一般的だ。これは1981年に初めてmtDNAを公開した(そして1999年に改訂された)あるヨーロッパ人のミトコンドリアである。 CRSと被験者の間の差異は非常に小さいのが普通なので、塩基対それぞれを検査した生の結果一覧よりは扱いやすい。
X染色体SNPの結果が常染色体DNA検査に含まれることもある。男性も女性も母からX染色体を受け継ぐが、女性のみ2つ目のX染色体を父から受け継ぐ。 X染色体は特別な継承パターンを持ち、atDNAよりも祖先候補を大きく絞り込むのに有用である。例えばある男性とX染色体の一致が見られた場合、それは母系の側から来たことがわかる。 常染色体DNAのように、X染色体DNAも各世代でランダムな組み換えが起こる(ただし父から娘へのX染色体は変化せずに引き継がれる)。男性と女性とで可能なX染色体DNAの継承パターンを表した専用のチャートがある。
Nevertheless, the original studies tested only six Y-STR markers, which is considered a low-resolution test. In response to the low resolution of the original 6-marker CMH, the testing company FTDNA released a 12-marker CMH signature that was more specific to the large closely related group of Cohens in Haplogroup J1.
A further academic study published in 2009 examined more STR markers and identified a more sharply defined SNP haplogroup, J1e* (now J1c3, also called J-P58*) for the J1 lineage. The research found "that 46.1% of Kohanim carry Y chromosomes belonging to a single paternal lineage (J-P58*) that likely originated in the Near East well before the dispersal of Jewish groups in the Diaspora.
In cultures lacking matrilineal surnames to pass down, neither relative above is likely to have as many generations of ancestors in their matrilineal information table as in the above patrilineal or Y-DNA case: for further information on this difficulty in traditional genealogy, due to lack of matrilineal surnames (or matrinames), see Matriname. However, the foundation of testing is still two suspected descendants of one person. This hypothesize and test DNA pattern is the same one used for autosomal DNA and Y-DNA.