日本高等学校野球連盟
2005年(平成17年)の選手権大会において広島県代表校・高陽東高校の主将が広島市への原子爆弾投下の8月6日午前8時15分に開会式に備えて室内練習場に集合した全チームと共に黙祷をささげようと計画。8月4日に同行していた朝日新聞記者に対して他校に呼びかけて黙祷を行う意向を伝え、同社の担当部署は高野連との相談の結果「自校で黙祷することはかまわない」と学校側に返答した。記者がこれを「他校に呼び掛けることも可能」と判断し主将に伝えたが、記者の判断は高野連側には伝わっていなかった。「大会本部の了承を得た」と理解した主将が開会式当日、ほかの代表校に呼びかけようとしたところ「全代表校に呼びかけるとの話は聞いていない」として田名部和裕参事が黙とうを制止、同校の選手は待機中の列を外され、広島の方角に向かって自分たちだけで黙祷を行った(この際田名部が「原爆は広島だけのこと。この場でみんなを巻き込むのは良くない」と発言したとされたが、後にこの発言は誤報と判明)。選手を他校から離したことについて田名部は「落ち着かないだろうと考え、練習場の隅に案内した」と説明、朝日新聞社は社内の連絡ミスで黙祷の実現ができなかったことを謝罪した。田名部は「広島のことも長崎のことも含めて、大会行事として(終戦記念日の)8月15日正午に黙祷しており、原爆の日の黙祷を全体の行事とするわけにはいかない。
1994年(平成6年)の選手権大会では、エイサーの衣装で県代表校の応援に駆け付けた者達が、「奇異」や「華美」だとして連盟から自粛を求められた。沖縄にとっての民族衣装であろうと大会にそぐわなければ警告対象になるという事であり、沖縄県民の反発の声が上がった。
2001年(平成13年)の選手権大会には田中康夫長野県知事が地元の塚原青雲高校の応援に県のマスコットの着ぐるみを連れてきたが、それを中止させた。ただし、これはすでに全出場チームに禁止の通達が出されていたものであり、その通達を破った知事側に問題があるとの指摘もある。
2011年(平成23年)の選手権大会では次のような出来事があった。大会直前に習志野高校(千葉)の吹奏楽部顧問教師・石津谷治法は次のように発言した。「相手校の応援団やベンチからもしょっちゅう『うるさい』と言われるが、最高の褒め言葉と思っている。