徳島インディゴソックス
チーム4人目のリーグ優勝監督となった牧野は、過去3人と同様、NPBの指導歴を持たない。
栃木ゴールデンブレーブスとの対戦となったグランドチャンピオンシップは、第5戦まで決着が持ち越される展開となり、3勝2敗で2年ぶり3度目の「独立リーグ日本一」となった。
10月17日のNPBドラフト会議で、上間永遠が埼玉西武ライオンズから7巡目で、岸潤一郎が8巡目で、平間隼人が読売ジャイアンツから育成ドラフト1巡目で指名を受ける。支配下登録枠で複数の指名者を出すのは5年ぶり、また上間は「高卒1年目での支配下枠指名」で、2017年の伊藤翔以来となる。この指名報道を受けて徳島球団のウェブサイトにアクセスが殺到し、サーバーが一時ダウンする事態となった。
シーズン終了後の11月9日、監督の牧野が「任期満了」と「一身上の都合」を理由に退任することが発表された(後日、群馬監督に就任)。徳島新聞の報道では、留任を望んだ球団側と牧野の提示した金銭面等の条件で決裂した結果とされている。12月19日には元選手の谷田成吾が、取締役兼球団代表に就任することが発表された。コーチ2名については12月27日に留任が発表された。
リーグ拡張に合わせて他の四国3チームとともにユニホームのデザインを変更した。
梅原伸亮や伊奈龍哉といった元NPB選手や、脚力のある金丸勝太郎や金城直仁らの新戦力に期待が寄せられた。金丸と金城が盗塁を増やしたことで、チームの盗塁数は3年ぶりに100個台(128個、リーグ4位)を記録した。しかし、伊奈はケガが回復せずに練習生に降格後に退団した。前年に続いて故障者が出たこともあり、チーム打率・本塁打数はリーグワースト、防御率は5位、失策は2番目に多い成績であった。前期は6月には7連敗を喫し、最後の長崎セインツとの4連戦の結果によっては最下位転落もあり得る状況となったが、2勝2分けで5位を確保した。後期は序盤より出遅れ、2008年7月30日に白石静生監督が成績不振の責任を取り7月31日付で辞任すると発表。後任はコーチの森山一人が8月1日より監督代行を務めることになった(白石は引き続き球団代表として球団にとどまる。また、選手の梅原伸亮が兼任コーチに就任した)。しかし、その後もチームは一度も勝率5割以上に浮上することなく、後期は前年と同じく勝利数が10勝に届かずにシーズンを終えることになった。前年に続いて個人タイトルの獲得者はなかった。外野手の小松崎大地が退団し、競輪選手へ転向。
2008年11月、2009年のシーズンより堀江賢治が監督に就任することが発表された。森山監督代行は専任コーチに復帰。梅原兼任コーチは選手専任に復帰予定であったが、ケガのため練習生への降格後に退団した。衣川幸夫コーチは退任し、香川オリーブガイナーズコーチの加藤博人がコーチに就任した。
1月20日、監督に球団戦略アドバイザー兼コーチの岡本哲司が就任することを発表。またコーチの橋本球史が留任することも同日発表された。2月15日、元読売ジャイアンツ選手(それ以前に香川に在籍歴あり)の松澤裕介が打撃コーチに就任すると発表。
前期は3連勝でスタートしたが、4月後半に5連敗(1分挟む)を喫した。5月上旬には首位高知と0.5ゲーム差まで戻したものの、4連敗で首位から離された。6月1日の時点では1.0ゲーム差まで詰めたが、残り5試合に勝つことができず、3位に終わった。
後期は7月終了時点で9勝4敗の首位と快調にスタートする。8月下旬から9月上旬にかけて5連敗(1分を含む)を喫し、5連敗目を喫した9月3日時点では2位愛媛とゲーム差なし、3位香川と0.5ゲーム差という状況だった。この直後の9月7日、選手1名が酒気帯び運転などの現行犯容疑で逮捕され、球団側は同日時点で「事実が確認出来次第、適切に対処して参ります」としていた。9月8日、球団は該当選手および自動車に同乗していた選手2名との契約を解除(除名)したと発表した。球団では再発防止に向け、警察による「交通安全講習会」などの対策を実施するとした。
2006年以来経営・運営に当たってきたユーセイホールディングスが撤退し、リーグの直営となった(詳細は後述)。
日曜日限定として白を主体としたデザインのユニホームを新たに使用するようになった。リーグで2種類のユニホームを併用するのは初めて。
前期は福岡から復帰した角野や2年目の大川学史らを中心とした投手力で守り勝つ試合が増えた。序盤に3連敗を1度記録した以外は大きな連敗がなく、初年度以来となる勝率5割以上で3位となった。後期は香川・愛媛に大きく負け越して首位争いからは遠ざかったが、5割以上をキープ。香川の連覇が濃厚となったため、後期の成績次第では年間勝率2位でリーグチャンピオンシップ出場もうかがえたが、最後に高知に競り負け、初の出場はならなかった。しかし、後期も5割ちょうどでシーズンを終えたため、初年度以来5年ぶりに年間の勝率が5割を上回った。個人タイトルの獲得者はなかった。
10月28日のドラフト会議で弦本悠希が広島東洋カープから7位で指名され、2年連続で支配下枠の指名者を輩出した。
シーズン終了後、10月31日の契約期間満了に伴い堀江監督が退任することが決まり、加藤博人コーチも東京ヤクルトスワローズの二軍コーチ就任のため退任となった。また、白石静生ゼネラルマネージャー(リーグ直営への変更に伴い、2010年4月より球団代表から異動)も11月限りで退任した。
12月10日、2011年のシーズンより斉藤浩行が監督、島田直也がコーチに就任することが発表された。
チーム名は徳島県の伝統的な染物である「藍染」(阿波藍)や観光名所として知られる鳴門海峡をイメージした藍色(インディゴ)と、メジャーリーグの伝統あるチームに命名される「ソックス」を組み合わせたもの。チームカラーも藍色(青)である。2011年に坂口裕昭が球団代表に就任(2015年で退任)して以降は、地域への浸透を目指して、「つながる」をスローガンとしている。
球団事務所は発足当時の徳島市を皮切りに、板野郡藍住町(本社)・名西郡石井町(本社)と移り、2011年6月より徳島市に戻った。また、以前は阿南市にも事務所を設けたことがある(2017年現在の球団ウェブサイトには記載なし)。この阿南市の事務所は2007年12月10日に設置されたものであった。
NPBドラフト会議での通算指名者数(育成選手を含む)は2023年現在で30人で、リーグではトップ。2021年時点で9年連続で指名者を出し、2010年代後半以降指名者数は独立リーグの中で突出しており、所属選手数に対する指名者比率では有力社会人や大学にも劣らないと指摘された。2023年時点で指名は11年連続に伸びている。