びわこエクスプレス
1号と4号には特急「サンダーバード」の間合い運用として、683系4000番台(金沢総合車両所所属)が使用されている。
2015年3月ダイヤ改正までは吹田総合車両所京都支所所属の681・683系が使用されていたが、2015年3月ダイヤ改正より上述の683系4000番台に運用移管された。
「びわこライナー」の時代は特急「雷鳥」用の485系が用いられていたが、1995年から1997年までの間は運用上の関係で東日本旅客鉄道(JR東日本)の車両も使用されていた。
2号には特急「はまかぜ」の間合い運用として、キハ189系が使用されている。そのためグリーン車の連結がなく、また日によっては6両編成で運転する場合がある。
683系電車
キハ189系気動車