リボヌクレアーゼH
ヒトゲノムには、RNase Hをコードする4つの遺伝子が存在する。
RNASEH1(英語版) - H1(単量体型)サブタイプ
RNASEH2A(英語版) - 三量体型H2複合体触媒サブユニット
RNASEH2B(英語版) - 三量体型H2複合体構造サブユニット
RNASEH2C(英語版) - 三量体型H2複合体構造サブユニット
ゲノム中にはレトロウイルス起源の遺伝物質が高頻度でみられる。これらはヒト内在性レトロウイルスのゲノムへの組み込みを反映したものである。こうした組み込みはレトロウイルス型逆転写酵素をコードする遺伝子の存在によるものであり、こうした酵素にはRNase Hドメインが含まれている。その一例はERVK6(英語版)である。LTR型・非LTR型レトロトランスポゾンもゲノム中に広くみられ、これにもRNase Hドメインが含まれることが多く、複雑な進化的歴史が見て取れる。
一方、真核生物の酵素はプロセシビティが高く、どちらのタイプの基質も同等の効率で加水分解する。RNase H2はその基質特異性のため、Rループのプロセシングに加えて、誤ってDNAに取り込まれたリボヌクレオチドを除去するリボヌクレオチド除去修復機構に関与している。哺乳類の細胞核にはH1とH2の双方が存在するが、RNase H活性としてはH2が優勢であり、ゲノム安定性の維持に重要である。
一部の原核生物には、その他にRNase HIIIと呼ばれるH2型遺伝子が存在する。HIIIタンパク質は配列同一性や構造類似性の観点からはH2グループとより密接に関連しているが、基質選択性の観点からはH1とより密接に関連している。HIとHIIはどちらも原核生物の間で広く分布しているのに対し、HIIIは分類学上散在して分布するわずかな種でのみ見つかっている。どちらかといえば古細菌でより多く見られ、またHIを持つ原核生物にHIIIが存在することはほとんど、または決してない。