ゴジラアイランド
怪獣を治療する施設。ジュニアが育てられていた養護施設などもある。メディカルジェットジャガーはここに配備されており、マタンゴ島で発見されたモスラの幼虫が一時搬送されたこともある。
ミサトは事態を打開すべく、象形文字の解読に取りかかった。その結果、「ゴジラアイランドの秘密」の正体は、古代ムウ文明が残した禁断の超兵器であることが判明する。ランデスも秘密を解明したものの、その在処がわからないため、ゴジラアイランドを酸欠状態にして、Gガードが動き出すのを虎視眈々と待っていた。
そんなランデスの策略にも気がつかないミサトは、怪獣たちを救うべく必死になっていた。そして、ついに古代ムウ文明の超兵器の在処を突き止める。そこへ向かうミサトの動きを知ったランデスは、死んだふりをしていたデストロイアとメガロに出撃命令を下した。
やがて、ミサトは遂に古代ムウ文明の超兵器を発見。それを横取りせんと襲い掛かるデストロイアとメガロの前に、ゴジラが立ちはだかるが、酸欠状態のゴジラは思うように力が出せず、苦戦を強いられる。無敵のゴジラも遂に敗れ去るのかと思われたその時、ミサトが操る古代ムウ文明の超兵器仰天号が現れ、その危機を救った。
仰天号はそのままバリヤーを突き破り、バリヤー発生装置を粉砕。分が悪くなったデストロイアとメガロは、這う這うの体で逃げ出した。
ミサトを脅し、それを動かそうとするランデス。だが、そこへトレマがミサトを救出に現れる。そしてランデスは、突如現れた遺跡の中へ消え去った。崩れ落ちる洞窟から脱出するトレマとミサト。
パンナトルテは故障し、白日の下にさらされたワープゲートは、ザグレスと暗黒大皇帝に奪われてしまった。ワープゲートは渡すものかとミサトをはねつける暗黒大皇帝。と、そこにランデスの操縦する仰天号が出現。その正体を暴かんと、ランデスは暗黒大皇帝を撃った。
暗黒大皇帝の正体は、2万年の懲役刑を負ってX星の牢獄へ流された、古代ムウ帝国の独裁者だった。それを知って驚くザグレスの前にランデスがワープ。ヴァバルーダの席を巡って掴み合ううちに、誤って自爆装置のボタンを押してしまう。自爆装置のプログラムを解除しようと焦るザグレスとランデス。その結果、カウントダウンはさらに早まり、ヴァバルーダは大爆発を起こした。
司令官は、遂に全てを語った。地球政府はワープゲートの存在を隠すために、この島をゴジラアイランドにしたのだった。ゴジラアイランドの存続を巡り、トレマとミサトは対立する。
トレマは、ゴジラアイランドを戦場にさせないために、こちらから打って出たいと進言。ミサトは、トレマの強さと優しさを悟り、自分もそうなりたいと思った。
と、その時、遺跡上空にハイパーメカギドラが現れた。操るのは、生きていたザグレス。ザグレスは再びワープゲートを奪わんとするが、怪獣たちに阻まれてしまう。
対空レーザー砲の欠点はエネルギーの充填に時間がかかることであり、焦った司令官は基地の電力を予備電源に切り替える。充填が完了した対空レーザー砲を発射するトレマ。しかし、あと少しのところでデストロイアに邪魔をされてしまう。再びエネルギー充填がゼロになってしまった対空レーザー砲を踏み潰さんと迫るデストロイア。ゴジラもすかさず反撃に転じるが、エネルギー抑制剤の解毒剤を注射されたデストロイアは、ゴジラが苦手とするオキシジェン・デストロイヤー光線を浴びせて苦しめる。
だがその時、ラドンが高空からメガロをデストロイアの頭上に落下させ、気絶させる。その隙を突いて、司令官は予備電源をもカットし、基地の全ての電力を対空レーザー砲に集中させた。エアコンや通信システムさえもストップさせる諸刃の剣のこの作戦は、再びエネルギーを増加させる。だがまたすぐ、エネルギーの充填が止まってしまった。さらに、復活したデストロイアがレーザー砲を狙う。
ゴジラは熱線でデストロイアを攻撃するが、デストロイアが避けた熱線は対空レーザー砲のソーラーパネルに命中。すると、エネルギーの充填が始まった。これに気付いたトレマがゴジラに熱線を放射するように促し、ゴジラも応えて熱線を照射する。エネルギー満タンになったレーザー砲が火を噴き、人工太陽は粉砕された。
1995年の『ゴジラvsデストロイア』で平成ゴジラシリーズが終了した後も、児童層でゴジラの人気が根強かったことから制作された。明快なストーリーながら、子供のみならずマニア層にも人気を博した。
当初は過去のゴジラ映画から映像を流用しての製作が予定されていたが、朝の番組の割には視聴率が好調だったため、東宝のフィルムを使わない玩具中心のシナリオへと変更された。そのため、第1シーズン中盤以降、映画からの流用映像は一切使用されていない。
怪獣たちは着ぐるみではなく市販の玩具などを改造したものを使用して撮影された。
2007年1月にDVD-BOXが発売された。これが初の映像ソフト化となる。
ドゴラはそれを阻止しようとトレマに接触するが、結局何も出来ずに逃走する。
キングシーサーはトレマから事情を聞くと、お札を取りに「怪獣神社」へ向かう。だが逃げたかに見えたドゴラが時限爆弾を仕掛け、キングシーサーを生き埋めにしてしまった。
一方のゴジラはモスラを襲おうとしていた。司令官はモゲラとメカゴジラを出撃させ、ゴジラの足止めを狙うが、パワーアップし赤い熱線を吐くゴジラに歯が立たない。
モスラを襲ったゴジラは、次いでバラゴンを襲い、遂にGガード基地に迫る。強力な赤い熱線に破壊される基地。と、その前にお札を持ったキングシーサーとジュニアが現われた。ジュニアがキングシーサーを救出したのだ。
お札はゴジラからスペースゴジラの悪霊を解き放ったが、今度は実体化したスペースゴジラがゴジラを襲う。怪獣たちのオーラを吸い取ったスペースゴジラは強力だったが、ゴジラとジュニアの共闘で撃退に成功。怪獣たちも元気になった。 このエピソードで、初めてゴジラシリーズ以外の東宝怪獣映画から怪獣が登場した。また、ジュニアが初めて熱線を吐けるようになった。
ゴジラアイランドにはしばしの平和が続いていた。しかし突然、怪獣たちが突然大喧嘩を始めてしまう。モスラだけは喧嘩に参加せず、怪獣たちを説得するが、聞く耳を持たない。そんな中、キングギドラが飛来し、Gガード基地を攻撃してきた。
怪獣たちが暴れだした件についてルーカスに疑われたトレマは基地を飛び出し、ゴジラアイランドに潜入していたザグレスと剣を交える。激戦の末、トレマはザグレスの毒を浴びせられたが、ザグレスの仕掛けた凶暴電波発生装置を時限爆弾で破壊することに成功。怪獣を狂わせていたのは、この装置から発せられる凶暴電波だった。
怪獣たちが元に戻ったのも束の間、再びキングギドラが襲撃してくる。ゴジラはラドン、モスラと協力してキングギドラを海に沈める。一方、ザグレスの毒で重傷を負ったトレマは、Gガード基地に瀕死の状態で現れる。
至急、医療班へ運ばれるトレマ。そしてザグレスは「滋養強壮・赤マンダドリンク光線」をキングギドラに浴びせ、以前の3倍にパワーアップさせて三度ゴジラと激突させる。パワーアップしたキングギドラはゴジラを苦しめるが、瀕死のトレマが放った「ミラクル念力(怪獣の中枢神経を狂わせる特殊念力)」に苦しみ、激闘の末、逃亡する。
トレマは司令官に自らの「遺言ビデオ」を手渡し、自分が地球に来たのはザグレスに故郷の星を滅ぼされたのと、自分と仲良しだった古代生物とゴジラが似ていたから、と告げて息絶えるが、司令官が今月トレマに払うはずだったギャラを怪獣救済基金「モスラの羽」に寄付しようとしていたのを聞きつけ、息を吹き返した。 『三大怪獣 地球最大の決戦』『怪獣大戦争』『ゴジラvsスペースゴジラ』のライブフィルムが使用された。
ゴジラアイランドの隣島。怪獣たちが泳いで渡れる距離にある。ジュニアがメガロによって幽閉されたり、ゴジラとトレマが洞窟に閉じ込められたり、ガイガンが修行していたりと作中には頻繁に登場する。岩が切り立っており、険しい岩山なども確認できる。島には食べると怪獣でも泥酔する「ほろ酔いキノコ」が生えており、ゴジラがこれを食べたことによる東京上陸を一時疑われたこともある。 名前の由来は映画『マタンゴ』に登場する同名のモンスターから。
バラゴンの住処。ゴジラがスペースゴジラの悪霊に憑かれた際には、ここでバラゴンを襲った。