富士山マラソン
フルマラソン: 船津浜駐車場(スタート) → 東恋路交差点(折り返し) → 河口湖大橋 → 河口湖北岸を反時計回りで半周 → 文化洞トンネル → 西湖を反時計回りで一周 → 文化洞トンネル → 河口湖南岸半周 → 船津浜駐車場(ゴール)
10km(チャリティファンラン・ファンタジーラン): 船津浜駐車場(スタート) → 東恋路交差点(折り返し) → 河口湖南岸 → 船津浜駐車場(ゴール)
2012年の第1回大会は、定員がフルマラソン16,000人、河口湖一周コース7,000人であり、最終登録者数は23,320人となっていた。フルマラソンのスタート時刻が8:15となっており、高尾駅以東では当日鉄道での到達が困難な状況であった。自家用車で向かう出場者が多くなったが、駐車場が充分でなく渋滞が発生。自家用車組だけでなく新宿よりのオフィシャルツアーバスもスタート地点に到達できず、5,000人以上が不出走となってしまった。
2013年の第2回大会より、開催種目の変更、出場定員の削減、スタート時刻を9:00に変更、JR新宿駅よりの直通特急富士山マラソン号の運転の改善を行い、スムーズな運営が行われている。