TOMOYO Linux
プロジェクト側の考えとしてメインラインカーネルツリーの外で「野良」メンテナンスし続けることは、一部の技術力の高いユーザは何もせずとも利用するかもしれないが、ビジネスユーザにとってはメインラインではないカーネルを使用することなど論外であり、ユーザの裾野を広げる点で障害になっていた点
Linuxカーネル開発者の多くは「リーナス・トーバルズのソースツリーに含まれていないものは見ない」傾向がある、すなわちメインライン化を図っていないコードはLinuxカーネル開発者の目に届きにくく、メインラインのAPIに追随し野良メンテナンスを行いつづけたとしても、ある日メインラインのカーネルツリーに追随不可能なコードの変更が加えられるかもしれない危険性があったという点
などである。これらに対応するため、プロジェクトは現行のTOMOYO Linuxバージョン1とは別にLinux Security Modules(LSM)に対応したTOMOYO Linuxバージョン2の作成に着手、2007年よりLinux Kernel Mailing ListにてTOMOYO Linuxバージョン2のメインライン化に向けて提案を開始した。マージへ向けての道のりは険しく、TOMOYO Linuxと同じくパス名ベースの強制アクセス制御モジュールAppArmorと共に一部のSELinux開発者からその実装を非難され、同時にLSMの削除とSELinuxへの一本化を提案される状態だった。