ファーティマ朝のエジプト征服
軍隊の抵抗はジャウハルのアマーンの破棄につながり、慣例に従って都市の略奪が認められた。その上でジャウハルはアマーンの再開に同意し、アブー・ジャアファル・ムスリムにアマーンの維持を委ねた。その一方でジャアファル・ブン・アル=フラートは逃亡した軍の指揮官の家を没収する任務を課された。
7月6日にジャアファル・ブン・アル=フラートとアブー・ジャアファル・ムスリムは有力な商人を引き連れて舟橋を渡り、ギーザにいるジャウハルを表敬した。同じ日の夜にファーティマ朝の軍隊が橋を渡り始め、フスタートから北へおよそ5キロメートルの地点に野営地を築いた。次の日に施しが行われることが告知され、財源はジャウハルがともに運んできた財貨から賄われた。軍隊のカーディーであるアリー・ブン・アル=ワリード・アル=イシュビーリーによって金銭が貧しい人々に施された。7月9日、ジャウハルはフスタートのアムル・ブン・アル=アース・モスクで行われた金曜礼拝を主導した。そこでスンニ派の説教師はアリー家の白の衣装に身を包んでメモにある馴染みのない文言を読み、フトバ(英語版)(説教)をムイッズの名において朗誦した。
最も重要な居住地であり権力の中心地であるフスタートの占領は極めて重要な意味を持っていたものの、エジプトはまだ完全にはファーティマ朝の支配下に入っていなかった。ジャアファル・ブン・ファッラーフがシリアに進出していた間、ジャウハルはカリフの代理または総督としてファーティマ朝の支配力を強化するためにエジプトに留まった。ジャウハルの任務は秩序ある統治を回復し、新しい政権を安定させ、敗北したイフシード朝軍の残存勢力を掃討し、ファーティマ朝の支配を北方(ナイルデルタ地帯)と南方(上エジプト)へ拡大することにあった。
フランスの東洋学者のティエリ・ビアンキによれば、アスワン一帯を略奪した956年のマクリア王国の襲撃は「おそらくファーティマ朝によって密かに支援されていた」。そして歴史家のマイケル・ブレットは、シリアにおけるベドウィンとカルマト派の攻撃へのファーティマ朝の関与は「多くの場合存在したと考えられる」が、関与についての「明確な証拠はない」として注意を促している。
エジプト国内の情勢は962年に始まったナイル川の水位の低下を契機として悪化していった。967年の氾濫は初期のイスラーム時代に記録された中では最低の水位を記録し、その後の3年間の川の水位は通常を大きく下回ったままであった。熱風とワタリバッタの大群が多くの農作物を破壊し、当時知られていた限りでは最悪の飢饉を招き、さらにネズミが媒介する疫病の大流行が事態を一層悪化させた。その結果、食料品の価格が急激に上昇し、968年までに鶏肉の価格は飢饉前の25倍、卵は50倍となった。首都のフスタートは最も大きな打撃を受けた。バグダードに次いでイスラーム世界で最も人口の多い都市であったフスタートは、飢饉と疫病の流行(ファーティマ朝統治時代の初期まで続いた)によって荒廃した。収穫量の減少によって国庫への収入が減少し、支出も削減された。これは影響力のある宗教界にも直接影響を与えた。俸給の未払いが続いただけでなく、モスクの維持のための資金が消え、安全を保証するために必要な人員と資金を提供できなくなったことで、965年以降メッカへの巡礼団は完全に姿を消した。