サムライガン
彼はかつて十一号丸・楓に性的暴行を行っていた候補生を殺害したため、弟である四号丸・牧佐吉を人質に取られる形でサムライガンとなっていた。二人に負い目のある牧は、相棒であり親友でもある花田正蔵、茜と共に任務を真面目にこなしていく。
しかし評議会は初期型サムライガンへの警戒を強め、牧を対サムライガン用サムライガンとして抜擢する一方、正蔵に牧の様子を監視・密告するよう命じる。出世欲から一時はそれを引き受けた正蔵だが、良心の呵責に耐えきれず牧に脱走を促し、それを理由に粛清されてしまう。事実を知った牧は楓を巻き込む形で評議会を離反し、同じく離反していた市松ら他の初期型サムライガンたちと合流する。
その頃、代門は新たなる対サムライガン用サムライガン、五号丸・露台の調整を行っていた。洗脳装置「イントナルモーリ」によって制御される露台は恐るべき戦闘力を発揮していたが、代門は市松の一件と露台への非人道的な扱いから、評議会への疑念を深めていく。しかし代門を引き入れようと現れた市松に対しては、部下を犠牲にはできないと離反を拒絶する。そして対サムライガン用サムライガンと戦闘に突入した牧は、彼が養成所時代の親友であった露台だと気づいてしまい、その一瞬の隙に射殺される。露台もまた自分が誰を殺害したか理解して正気に戻り、自害して果てた。牧の死をきっかけに初期型サムライガンたちは散り散りになり、市松は松崎と共に江戸城への潜入を目指す。
評議会の任務に従事し続け、その中で難からず思っていた女性まで失って無気力になっていた六号丸・捨吉は、それでもと請われたことで西郷隆盛に接触。
巽と行動を共にする女性メンバー。元はイントナルモーリの研究に関わる技術者の助手で、彼と被験者である巽と共に脱走した。
当初は自己中心的な巽に対して反感を抱いていたが、共に江戸城地下へ潜入する過程を経て一定の理解を示す。
牧の回想に登場。市松に惚れていた女性型サムライガン。隻眼など、初期養成法を受けていたような印象あり。現在は不明。
声 - 清水香里
牧の相棒を務める女性メンバー。牧にほのかな想いを寄せている。生田の鳥に何回も遭遇する。滅多に戦わないが、銃を持って実戦に出ることも。
牧に頼まれて正蔵の消息を探り、その死を突き止めたことで牧と共に評議会を抜ける。その後は後方支援を担当していたが、またしても生田の鳥が現れた事で牧の死を悟る。