中院流
古来は結縁灌頂にて得仏の本尊を十八道加行の本尊としていた。中院流と西院流では十八道次第に伝大師御作次第を用いるため本尊は大日如来である。三宝院流や安祥寺流では如意輪観世音菩薩、伝法院流では、両部不二の大日如来を本尊とする。
現在の院家相承の中院流の四度加行の本尊は、十八道加行・正行・金剛界加行までは絵像で単独で描かれた金剛界大日如来を安置することになっている。単独の絵像がない場合は、金剛界曼荼羅を本尊とする。また、絵像の金剛界大日如来と弘法大師像・高野四社明神(絵像)を併せて安置することになっている。
金剛界正行・胎蔵界加行の間は金剛界曼荼羅を、胎蔵界正行には胎蔵曼荼羅を本尊とするが、ともに両界を掛ける。護摩加行の間は金剛界大日如来と両界を掛ける。当初より三幅(もしくは両界)を正面に安置し護摩正行まで掛け替えない場合も多い。護摩正行は不動明王を本尊とする。いずれも大師、明神を併せて掛けるのは先に同じである。