四国旅客鉄道
全般的に速達列車優先のダイヤ構成をとっている。特急列車は、日中は速達性重視として停車駅を絞り込んでいるものの、通勤通学時間帯は通勤特急としての役割を果たすために、停車駅を増やしている。また、通勤・通学定期券と別途自由席特急券を買えば、特急列車の自由席を利用できる。最初から特急料金を組み込んだ特急定期券「快てーき」も設定されている。
1994年6月1日からは、それまでの50kmまでの特定特急券に加えて、新たに25kmまでの特定の特急料金を設定した。2019年10月1日から消費税増税に合わせ、25kmまで330円、50kmまで530円に改訂された。2023年5月20日から運賃改定に伴って50kmまでの特定特急券が廃止され、25kmまでの特定特急券(450円)のみの設定となった。
特急の全面禁煙化には従来否定的であった。全面禁煙化を行っていないJR西日本直通列車が多いのに加え、高速バスとの競争上残さざるを得ないためであった。
高松運転所「四カマ」「高」
松山運転所「四マツ」「松」
徳島運転所「四トク」「徳」
高知運転所「四コチ」「知」
※「 」内は車両基地の略号。「四」はJR四国本社直轄という意味。
発足当初の時点では、黒字路線は鉄道路線と自動車路線を全て含めても自動車路線の松山高知急行線だけという状況であった。その後、1988年の瀬戸大橋の開通効果などで売上げを伸ばし、四国内の高速道路の急速な整備に対抗して世界初の振子式気動車を投入するなど積極的なスピードアップ策を打ち出したが、利用客は減少傾向が続いている。特に、明石海峡大橋開通後、そのメリットが最大限となる徳島県内からだけでなく、四国各地と京阪神方面を結ぶ高速バス路線が数多く開設され、順調に利用客を伸ばす中、瀬戸大橋線利用客の減少傾向が見られるようになる。そのため、新型車両の導入・既存車両のリニューアルや企画乗車券の発売などのてこ入れをしており、一定の効果が見られる。四国島内輸送についても、高速バス網の充実や少子高齢化の影響で減少傾向にある。また2009年3月から始まった高速道路料金のETC割引制度である休日特別割引の上限1,000円(千円高速)による打撃を受けている。
これに対応するため、様々な経費節減策を実施している。2009年10月以降、普通列車のワンマン運転が段階的に増やされており、2010年3月のダイヤ改正では快速マリンライナーを除く普通列車の半分以上がワンマン運転となった。さらに、2009年9月には民主党政権がマニフェストに掲げている高速道路無料化が実現した場合、年間での減収額が44億円になるという試算を発表した。公的補助などがなされなければ、運行の縮減や路線の見直しなども検討せざるを得ないとしている。2010年1月には、JRグループで初めて車掌業務を客室乗務員(アテンダント)として契約社員を当てることを発表した。2010年4月26日に発表した2009年度の鉄道営業概況によると、鉄道収入は前年比10.
ジェイアール四国エムエスネットワーク コンビニエンスストア「ミニストップ」を展開していたが、2004年3月にグループ離脱、四国エムエスネットワークに社名変更、同年8月にミニストップ本社に合併。
四鉄商事 前身は国鉄購買部。特急列車の車内販売の営業および四国内で「Rストア」という名の小さな店舗を展開していたが、2000年に清算される。その後はステーションクリエイト4会社がその業務内容の一部を引き継いでいる。
ステーションクリエイト徳島 2009年12月31日をもって解散。業務は徳島ターミナルビル(後述)とステーションクリエイト東四国が引き継ぐ。それに伴い、ステーションクリエイト香川はステーションクリエイト東四国へ社名変更。
高松駅弁 2014年9月に解散。高松駅の駅弁販売はステーションクリエイト東四国が引き継いだ(岡山の三好野本店に製造委託)。
宇和島ステーション開発・徳島ターミナルビル 2015年4月1日に両社ともジェイアール四国ホテル開発へ吸収合併。
ジェイアール四国アーキテクツ
ウィリーウィンキー 2020年10月1日にステーションクリエイト東四国へ吸収合併。
ステーションクリエイト東四国・ステーションクリエイト愛媛・ステーションクリエイト高知 2022年10月1日にステーションクリエイト東四国がステーションクリエイト愛媛・ステーションクリエイト高知を吸収合併し、JR四国ステーション開発へ社名変更
JR徳島駅ビル開発 JR四国ステーション開発へ吸収合併
四鉄サービス ジェイアール四国メンテナンスへ吸収合併
11月21日:四国全線の自動信号化・CTC化完成。
1992年(平成4年) 3月26日:阿佐海岸鉄道阿佐東線が開業し、同線との相互直通運転を開始。 4月1日:前日の50系客車(高徳線に1往復残っていたJR四国最後の定期客車列車321・322レ)の営業運転終了により、全列車冷房化達成。 7月23日:予讃線の観音寺駅 - 新居浜駅間、今治駅 - 伊予北条駅間が電化。 8月15日:特急「いしづち」「しおかぜ」で8000系電車運転開始(当時の運転区間は高松駅・岡山駅 - 新居浜駅間)。
1993年(平成5年) 3月18日:予讃線今治駅 - 新居浜駅間が電化され、高松駅 - 伊予市駅間の電化完成。松山駅折り返しの特急「いしづち」「しおかぜ」の大半が電車化され、最高速度130km/hに。車内改札の改札鋏がスタンプ式となる。
1994年(平成6年) 12月1日:管内快速・普通列車を全面禁煙化(電車は当初から全面禁煙、喫煙車は国鉄型気動車に残っていた)。
1995年(平成7年) 7月31日:香川県交通株式会社(高松市のタクシー会社)から貸切バス事業を譲り受ける。
1996年(平成8年) 1月10日:JR四国を含む三島会社が運賃を改定。JRグループの日本全国同一運賃体系が崩れ、運賃格差が発生。 3月16日:徳島線高速化(最高運転速度110km/h)、特急「剣山」運転開始。
1997年(平成9年) 5月1日:公式ウェブサイトを開設。 6月16日:本社移転。
1998年(平成10年) 3月14日:高徳線高速化(最高速度130 km/h)完成。
2023年4月時点で機関車1両、電車160両、気動車248両、貨車5両を保有する。
JR四国に特有のものとしては、JR化以降に新造導入された車両(電車・気動車)の車両形式や車両番号が挙げられる。JR他社が基本的には国鉄時代の付番方式を継承しているのに対し、JR四国では主要大手私鉄と同様に車種ごとに全て4桁の数字のみで付されており、さらに「キハ」「モハ」「クロハ」といった車種を示す記号も使っていない。
また、2600系・5000系・7200系・8600系を除いて、「四カマ」などの国鉄式の略号の所属車両基地表記がない。気動車には代わりに区名票が付くが、電車にはない。当初はさらに保安装置の種別表記まで排除されたが、現在はATS-SS搭載を示す「SS」(5100形はJR東日本様式でSs、5000形は国鉄様式でS)の表記がある。これはATS-SS未搭載車と区別する意味合いがあった。
一方、国鉄から承継した車両には「日本国有鉄道」の車籍銘板が未だに残る。
会社発足直後から世界初の制御振り子式気動車2000系や制御振り子式特急電車8000系、軽快気動車ながら独特の座席配置で電気指令式ブレーキ(排気ブレーキ併用)を導入した1000形、制御電動車のみの単行 (1M) から付随車 (T) を2両連結した1M2Tまで編成の自由度を持ち、小型断面を採用した7000系など意欲的な車両を多数導入した。