ゲルハルト・フォン・シャルンホルスト
軍事総務局は、国王の相談役である第一師団、軍の統括を行う第二師団、兵器監査を担当する第三師団の三つの部局から成り立っており、シャルンホルストは第二師団監督(局長)を兼務した。この第二師団が後年の参謀本部の原型となった。また、第二師団は旧兵站総監部と同じ役割のため、第二師団監督は兵站総監と呼ばれた。
1809年、プロイセン軍の編成は諸兵科連合の師団(旅団)を中心としたものに変更された。シャルンホルストは各師団に参謀将校を配属し、中央からの指令の徹底と、作戦行動時の独自性の向上につとめた。また、シャルンホルストは平民(主にブルジョワジー)から積極的に将校を採用した。これは参謀将校の配属で増加した将校の数を補うためであったが、結果的に平民の軍隊への参加を促すこととなった。平民が政治参加を許されないプロイセンにあっては、国政に影響力を及ぼすことのできる軍隊は、平民にとって魅力的な就職先となった。1810年、シャルンホルストは陸軍士官用学校を陸軍大学とし、さらに入学希望者の枠を広げた。
しかし、こうした積極的な改革はナポレオンの警戒を招いた。彼の不興を買うことを恐れたフリードリヒ・ヴィルヘルム3世は、シャルンホルストに改革の一時中止を命じた。1811年、フランスがロシア戦役の準備を進める中、シャルンホルストはロシア帝国とプロイセンの同盟を結ぶためにサンクトペテルブルクに向かった。しかし、フリードリヒ・ヴィルヘルム3世は彼が帰国する前にナポレオンの恫喝に屈し、フランスとの同盟を決定した。これに失望したシャルンホルストやグナイゼナウら改革派将校は、プロイセン軍を辞めてシュレージェンに亡命、一部の将校はロシア軍に身を投じた。