ヤクブ・ベクの乱
初秋には天山北路のイリ盆地でもマナスとウスの陥落の報を受けて、弾圧を受けることを恐れた回民たちが蜂起した。イリ将軍の常清は地元の住民から腐敗した圧政者として憎まれていたが、ウスの陥落後に解任されて明緒に代わった。明緒は回民と交渉しようとしたが徒労に終わった。11月10日に商業の中心地であるグルジャと軍事・政治の中心地の恵遠城の両方で蜂起があり、ウイグル人も加わった。やがてムスリムのカザフ人とキルギス人も加わる一方で、仏教徒のカルムイク人とシベ族は清朝の側についた。グルジャは回民とウイグル人の手に落ちたが、恵遠城の清軍は12日に渡る市街戦の末に蜂起軍を撃退した。漢人たちは清軍の勝利を見て、清軍に協力するようになった。しかし清軍の反撃は失敗し、大砲を奪われ、明緒はかろうじて捕縛を免れた。アクスとウスの陥落で恵遠城の清軍は孤立し、明緒が北京と連絡を取るにはロシアを経由せざるを得なかった。恵遠城の清軍は12月12日の攻撃を撃退することに成功したが、反乱はジュンガリアの北部に広がった。カザフ人たちはかつてこの地を支配していたカルムイク人に復讐を遂げた。
クチャの蜂起の3週間後に東路でも蜂起が発生した。1864年(同治3年)6月26日にウルムチの回族の兵士が反乱を起こした。指導者は、甘粛省出身でスーフィズムの一派であるジャフリーヤの指導者(アホン)の妥明と、回民に好意的であった参将の索煥章であった。都市の大部分は破壊され、清の要塞は包囲された。蜂起軍は西へ向かい、サンジに入り、9月16日にマナスを陥落させ、29日にウスを陥落させた。続いて10月3日にウルムチの要塞が落ちた。清の守将は火薬庫を爆発させて自殺した。妥明は清真王と称した。
ここでの蜂起の主力はウイグル族のタランチであった。タランチは元々、ジュンガルがタリム盆地周辺のオアシス住民をイリに移住させ、農耕に従事させた入植民である。タランチ集団はのちにロシアがイリを占領後、1881年に清朝へ同地域が返還される際、報復をおそれロシア領へ移住している。