コミックマーケット
また、作業期間の関係で夏コミに比べ冬コミの方が書類不備の基準は厳格になる。例えばジャンルを間違えて申し込んだ場合、夏ならば正しいジャンルに配置してくれることもあるが冬は落選となる可能性が高い。特に開催日の違うジャンルと間違えた場合、配置作業は開催日ごとに並行して進めるためフォローが困難という理由で基本的に落選となる。
過去に不正な行為を行ったり、サークルスペースを確保したにもかかわらず参加しなかったり、参加したにもかかわらず頒布物がなかったようなサークルは以後の開催で落選させられることがあるといわれている。過去にはコミックマーケットスペシャル開催妨害や、サークル専用通行証のインターネットオークションでの転売を理由として永久追放になったサークルも存在する。ただ異論を排斥しない理念を掲げている(「コミックマーケット開催まで」参照)以上、永久追放は最後の手段と位置付けられており懲罰的に落選させられたサークルでもほとんどの場合は前述の救済措置の適用は受けるといわれており、最低でも4回に1回は参加できることになる。
なお、ジャンルが二次創作の場合、申込が原作の発表(発売・放映・公開など)以前だと基本的に落選になる。これは、たとえ事前情報が出回っていたとしても「作品を鑑賞してからこそのパロディでありファン活動ではないのか?」という方針があるからである。ただしケースバイケースであり、また例外的に原著作者本人によるものは当選する可能性がある。
一方でSFジャンルの存在感はさらに薄れ、所謂「萌え」を打ち出した同人誌が急激に増加した。また、Windows 95などのパソコンの普及に伴い、CD-ROM系のPCゲームが登場し、いわゆるエロゲーやギャルゲーなどの同人誌が増加した。この流行は2005年頃まで続いた。
2000年代前半に入ると、同人ソフト『月姫』や『ひぐらしのなく頃に』、『東方Project』などの登場により、これらの同人ソフトを基にした同人誌という「同人の同人」とも呼ばれる現象(ただし前述の作品は同人といってもオリジナル創作であり、そのパロディなどが出ることは矛盾も重複もしていない)が生じた。これもコミックマーケットの巨大化の一つの現れであった。また、『月姫』については、製作サークルTYPE-MOONがのちに商業メーカーへの転換している。さらに、同作品を題材とした渡辺製作所(フランスパン)製作の対戦格闘ゲーム『MELTY BLOOD』のアーケードゲーム進出、音系の同人に関しても片霧烈火らがメジャーへの道を辿るなど、漫画以外の表現方法についても同人活動をプロへの登竜門とする流れが生まれつつある。
2000年12月のC59よりブロックノート(サークル参加者がイベントの感想や絵を描くノート。幾つかの参加スペースを一つのブロックとしてその中のサークル間で回された)が廃止される。
2006年9月30日、代表の米澤が急病に倒れ、C71より後任の代表は安田かほる・筆谷芳行・市川孝一の共同代表制に移行した(米澤は翌10月1日死去)。
2000年代後半になると、『涼宮ハルヒの憂鬱』、『灼眼のシャナ』、『とある魔術の禁書目録』をはじめとするライトノベルを元にした同人誌が増加、『らき☆すた』や『けいおん!
同人サークルとして参加し、コミックマーケットより与えられた個々のスペース(ブース)で自作の同人誌やグッズなどの頒布を行う参加者。参加するためには事前にサークル参加の申込を行い、当選しないと参加することができない。参加するためには参加費が必要である。通常は机半分、椅子2脚が1スペースである。コミケでは通称として「サークル」と呼ばれる。
原田央男 - 1975年〜1979年(C1〜C12)
米澤嘉博 - 1980年?〜2006年夏(C14?〜C70)
安田かほる、筆谷芳行、市川孝一 - 2006年冬〜(C71〜)
初期は「迷宮」による運営で実質的には原田央男、亜庭じゅん、米澤嘉博、高宮成河の4人が中心となっていた。名称も「準備委員会」だったり「準備会」だったりと、一定しなかった(C1では「準備委員会」)。「準備委員会」の名称は、「『準備する会』ならともかく『準備会』では、言葉の使い方がおかしい」と思った原田の提案だったが、「委員など決める必要はない」「“委員”という言葉は権威主義的」と批判を受け、定着しなかった。また、佐川俊彦によれば、草案に「準備委員会」となっていたのを、佐川は自分の苦手な、左翼運動的な名称と感じた。そこで「準備会」の名称を提案し、認められたという。
1978年5月6日に行われた、定期開催以外では初のコミケット。場所は新宿・四谷公会堂。運営費の赤字を救済するために行われたが、結果として赤字をさらに増大させてしまった。周年記念行事としてコミケットSP3以降は5年毎に開催されている。