自然環境保全基礎調査
昭和63年(1988年)度 - 平成4年(1992年)度に実施された第4回基礎調査では、基本的には第3回基礎調査を踏襲し、前回調査からの変化の把握を目的とした。また巨樹・巨木林の分布等の調査を実施(巨樹・巨木林調査)、従来は一級河川の幹川などを対象に実施していた調査を、今回は主要な二級河川の 幹川及び一級河川の支川等を対象に実施したこと(河川調査)、生態系全体の動態を観測し自然現象あるいは人為的影響を捉えるための調査(生態系総合モニタリング調査)を実施した。この調査は平成5年(1993年)度 - 平成6年(1994年)度にとりまとめを行った。
第5回基礎調査ではこれまでと同様の調査の他に湿地調査を行っていること、環境指標種調査では特定の種に絞って調査を実施していること、河川調査では第3回基礎調査と対象を同じ河川に戻している。また平成6年(1994年)度より、新たに動植物分布調査を生態系多様性地域調査とともに「生物多様性調査」として開始し、さらに平成8年(1996年)度より遺伝的多様性調査を追加、平成9年(1997年)度より、海辺調査、重要沿岸生物調査、海棲動物調査の3つを「海域自然環境保全基礎調査」として新たに開始している。
第6回基礎調査および第7回基礎調査の概要は以下の通りである。