領海侵犯
日本の領海においては、例えば、外国漁船などが違法操業を行った場合は「外国人漁業の規制に関する法律」違反、外国の民間船舶が日本の当局の指示に従わず正当な理由なく領海内を徘徊し続けた場合は「領海等における外国船舶の航行に関する法律」違反となり、無害通行が成立せず領海侵犯と解釈される。また領有権を主張したり情報収集活動をするために外国の公船が領海内を徘徊することも、国連海洋法条約第19条の「沿岸国の防衛又は安全に影響を与えることを目的とする宣伝行為」「沿岸国の防衛又は安全を害することとなるような情報の収集を目的とする行為」「調査活動又は測量活動の実施」にあたり、無害でない通行にあたり主権侵害となる。
これらの領海侵犯に際して、外国の公船や民間船舶の場合は海上保安庁や水産庁が対処しており、外国の軍艦に対しては海上自衛隊が対応することになっている。領海警備は主に海上保安庁が行っているが、広大な周辺海域の哨戒(パトロール)に関してはP-3C哨戒機などで海上自衛隊が24時間態勢で行っており、不審船等の情報を海上保安庁に通報する体制も整えられている。