黄金色藻
他の不等毛藻と同様、前鞭毛は管状小毛を持つ。後鞭毛は短鞭毛とも呼ばれ、一般に前鞭毛よりも短い。細胞内には鞭毛装置から伸びる R(ルート)1 から R4 と呼ばれる4系統の鞭毛根が走り、鞭毛根の配向やこれを形成する微小管の本数は黄金色藻内での分類を決定する形態形質である。黄金色藻は従属栄養のものを中心に食作用を行う生物があり、そのような種では細胞口(捕食カップ)の開閉に R3 が関与する。
黄金色藻が産業的に利用される局面はあまりない。ウログレナやサヤツナギ、シヌラ藻の仲間はこれが水源で発生すると、水道水に特有のキュウリ臭を与えると言われている。これはある種のアルデヒドやケトンの生成による。ウログレナの一種 Uroglena volvox は大発生してブルームを形成すると、有毒な脂肪酸を産生して魚に害を与える。
意識的に人の目に付くこと自体が少ない藻類であるが、千葉県富津市竹岡のヒカリモは黄金色藻が国の天然記念物に指定されている稀有な例である(右写真)。これは半日陰の祠にある池の水面に細胞が並び、名前どおり黄金色に輝いて見える景観が特徴的なものである。
多くの黄金色藻は特別な細胞外被構造を持たない。不動で球形の種は細胞壁を持つ場合もあるが、多くの鞭毛虫態やアメーバ態の細胞ではこれを欠く。分枝状の群体を作るサヤツナギ(Dinobryon)や近縁属のエピピクシス(Epipyxis)などは、ロリカと呼ばれる筒状・円錐状の殻を作る。珪酸質の鱗片を作るシヌラ藻の仲間(シヌラ(モトヨセヒゲムシ) Synura、マロモナス(ミノヒゲムシ) Mallomonas など)は近年別のグループとして分離する意見もある(後述)が、それ以外の黄金色藻でもパラフィソモナス(Paraphysomonas)やクリソスファエレラ(Chrysosphaerella) が発達した珪酸鱗片を持つ。不動の群体を形成する種では、細胞外マトリックスとして寒天質を分泌するものもある。