三瀬諸淵
しかし、後世書かれた妻・高子の手記によると、通訳の件に関して公の役人を差しおいたことが一因であるという。石川島寄場に投獄中に横浜にてライフルを購入取引した西村勝三、金貨密輸出をした高島嘉右衛門を知り、三人で病舎改善、薬餌の設備をし、また病囚回徴後の手工業として雷管製造を許可された。2年後の1864年に出獄している。
釈放後、大洲に帰国するが、そのまま大洲藩に召される事になる。後に江戸幕府によって大坂に召されるが、明治維新を迎えると、そのまま新政府に仕えて医学校の創設にあたる。
この間の慶応2年(1866年)にシーボルトの孫娘にあたる楠本高子(母は楠本イネ)と結婚している。明治元年(1868年)、明治新政府の命により、大阪で大阪大学医学部の前身にあたる大阪医学校兼病院設立に携わり、教官(大学小助教)を務めた。明治3年(1870年)頃に諸淵と名乗り始める。
明治4年1871年に文部省が設置され、東京医学校の創設時に、招かれ文部中助教となり、翌年には文部大助教を務めた。明治6年(1873年)に官を退いて大阪で病院を開くが、明治10年(1877年)胃腸カタルにより39歳で死去した。
大正15年(1926年)に医学教育における功労によって正五位が贈られた。