東急バス東山田営業所
その後菊名駅以遠は、菊名駅 → 法隆寺前 → 港北小学校前 → 菊名橋 → 六角橋北町 → 六角橋 - 横浜駅西口と横浜駅西口 → 六角橋 → 白楽駅 → 菊名橋 → 富士塚 → 菊名駅に分かれ、1970年以降は新横浜駅経由に切り替えられた。
1970年代後半に、六角橋 - 横浜駅の経路が、東横反町駅 - 泉町経由から、東神奈川駅西口 - 青木橋経由に変更されている。
1985年(昭和60年)10月31日限りで新横浜駅 - 横浜駅西口が廃止され、翌1986年(昭和61年)10月31日をもって綱島駅 - 新横浜駅間も廃止された。日吉駅 - 北綱島 - 綱島駅は駒岡線の出入庫系統に組み込まれ、東山田への移転と同時に新羽営業所へ移管。現在は日81系統として運行されている。
浦島線
系統番号無し:綱島駅 - 港北区総合庁舎 - 菊名駅 - 浦島丘 - 東神奈川駅西口 - 横浜駅西口(横浜市営バス保土ヶ谷営業所→港北営業所と共同運行)
系統番号無し:日吉駅 - 綱島駅 - 港北区総合庁舎 - 菊名駅 - 浦島丘 - 東神奈川駅西口 - 横浜駅西口(出入庫、東急のみ)
横浜市営バス59系統(綱島駅 - 横浜駅西口)との共同運行路線で、神奈川線とは大豆戸交差点 - 東神奈川駅間のルートが異なる。日吉営業所への出入庫系統として、東急に限り日吉駅まで運行する便も存在した。
1991年(平成3年)1月20日限りで東急が撤退。横浜市営バスも80系統(初代。新横浜駅 - 菊名駅 - 横浜駅西口、現在廃止)とともに港北営業所から浅間町営業所に担当が変更された。2021年現在、59系統は横浜市営単独で運行が継続されている。
神奈川線
系統番号無し:日吉駅 - 北綱島 - 綱島駅入口 - 港北区総合庁舎 - 新横浜駅 - 六角橋 - 神奈川公会堂入口 - 東神奈川駅西口 - 横浜駅西口
系統番号無し:日吉駅 - 北綱島 - 綱島駅入口 - 港北区総合庁舎 - 新横浜駅(区間便)
系統番号無し:新横浜駅 - 六角橋 - 神奈川公会堂入口 - 東神奈川駅西口 - 横浜駅西口(区間便)
綱島街道を大豆戸交差点まで南下し、その後環状二号を走り、岸根から横浜上麻生道路を南下する。以前は神奈川公会堂入口から横浜新道に入り、東横反町駅前を経て松本から泉町経由で横浜駅西口に向かっていた。日吉駅 - 新横浜駅、新横浜駅 - 横浜駅西口の区間便も存在した。
終戦直後に東京の五反田駅と横浜駅西口を中原街道・綱島街道経由で結ぶ長距離路線として立ち上げられた。この時は、都内の中延営業所が担当した。当時は都内部分の五反田駅 - 丸子橋間は、東京駅まで直通していた同じ中延営業所の雪が谷線と同一経路で、丸子橋からは多摩川を渡り、丸子橋 -(綱島街道)- 菊名駅 -(旧綱島街道)- 六角橋 -(横浜上麻生道路)- 横浜駅西口の経路で運行されていた。
その後に川崎営業所へ移管され、日吉営業所設立後に再移管された。1964年(昭和39年)までに系統分割が行われ、五反田駅 - 綱島駅と日吉駅 - 横浜駅西口になった。
かつては他の路線とは異なりバックアイ・マーカーランプ付きの車両が充当されており、ノンステップ車やワンロマ車が走ることはなかったが、近年ではノンステップバスの運用も増えてきている。
大型車で運行されているにも関らず、ラッシュ時には度々積み残しが発生し、朝ラッシュ時における日吉駅近くの停留所では満員通過が当たり前となっている。このため、乗降客の多いバス停には臨時の係員も動員され、狭い道での乗降時間短縮を図っている。この為、一部には中ドア付近の座席を撤去したバスや中ドア付近の座席を最初から設けず、立ち席や車椅子のスペースとしたバスが存在した。これらの理由により、日吉線は、東山田営業所でも需要の高い路線の一つである。
かつては今より道幅の狭い箇所がいくつもあり、道路の拡幅に手間取ったため、ワンマン運転の開始は1973年と非常に遅い時期のことである。最終的には、運転手を動員して道路の拡幅工事が行われたとのエピソードも残されている。
両系統は日吉駅 - 新田坂下間で同一経路をとり、ダイヤも共通に組まれている。日中時間帯の運行本数は日22系統は毎時8本程度、日21系統は毎時2本程度となっている。出入庫は日40系統、高田町と営業所間の回送出入庫、深夜バスの一部で日40系統のいずれかで行う。なお一時期、日吉駅 - 高田町 - (下根住宅前) - (百石橋) - 東山田営業所という入出庫系統が存在したが現存しない。
なお、世田谷キャンパス - 等々力キャンパス間のシャトルバスは、2022年に等々力キャンパスの機能が世田谷キャンパスへ移転・統合することに伴い廃止されている。王禅寺キャンパス - 世田谷キャンパスの便は毎年4月から7月頃までの期間限定で運行する(火曜日1便のみ運行)。また、2015年度までは横浜キャンパスを経由していた。
市が尾駅 - 伊藤忠テクノソリューションズ(平日のみ運行)
伊藤忠テクノソリューションズ(CTC)の関係者のみ利用できる。横浜市営バス308系統の二の丸停留所付近にあるCTC横浜コンピュータセンターへの通勤輸送を担う。通常は専用車(H1362号車)で運行し、検査等で使用できない車両がある場合は一般車(バックカメラ付き短尺車)で運行される。
2023年2月より新羽営業所と共管で運行されている。