経営安定基金
JR北海道とJR四国は、現在でも独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が、株式を100%を所有している特殊会社である。少子高齢化や地方の過疎化、高速道路の延伸によって利用者の減少が続いている。2002年以降業務の効率化等に取り組んできているものの、輸送密度の低迷している線区の状況は改善しておらず、鉄道事業で大幅な赤字となっており、鉄道事業単体の営業赤字を経営安定基金の運用利益で相殺しているのが実情で、経営安定基金に頼っている状態である。また、JR四国では、2011年度まではJR北海道と同様の状況であるが、2012年度以降は、機構特別債券受取利息や経営安定基金運用収益の増加により、鉄道営業費と比べて経常収入が上回っている。子会社を通じた関連事業の収益もあまりよくなく、完全民営化や経営安定基金への依存からの脱却は難しいのが現状である。子会社等の状況についてみると、JR北海道では関連事業の増収等により2014年度末の子会社等の剰余金は282億円となっており、JR四国では2014年度末の子会社等の剰余金は35億円となっているものの、2014年度の子会社等の営業収益は2002年度よりも減少している。
近年、経営安定基金の運用利益が低下しており、国鉄分割民営化直後の1987年度は498億円だったものが、1997年度には324億円、2007年度は273億円、2016年度は236億円である。経営安定基金の運用に当たり、リスク管理のポートフォリオ等を定めているが、2007年度から2010年度各社とも経営安定基金の運用収益が減少したり減損処理による特別損失が発生したりする状況が見受けられた。