排日移民法
また、現実にアメリカ市民権の取得には熱心ではない人が多く、合衆国への忠誠を誓わないなど、排斥される理由はあった。
それでも、日本人はアジア諸民族の中で唯一、連邦移民・帰化法による移民全面停止を蒙らなかった民族であった。これは日本がアジアで唯一、欧米諸国と対等の外交関係を構築した独立国で「文明化が進んだ」国であり、アメリカ連邦政府も日本の体面維持に協力的であったことによる。しかし連邦政府はその管掌である移民・帰化の制馭は可能でも、州以下で行われる諸規制に対しては限定的な影響力しか行使できなかった。
こうした連邦以下での排斥行動が典型的に現れたのが1906年、サンフランシスコ市の日本人学童隔離問題であった。同年の大地震で多くの校舎が損傷を受け、学校が過密化していることを口実に、市当局は公立学校に通学する日本人の学童(総数わずか100人程度)に、東洋人学校への転校を命じたのである。この隔離命令はセオドア・ルーズベルト大統領の異例とも言える干渉により翌1907年撤回されたが、その交換条件としてハワイ経由での米本土移民は禁止されるに至った。
この背景としては、日露戦争に伴ってアメリカが外債の消化や平和交渉など日本を影から支援したにもかかわらず、日本が門戸開放政策などの見返りを行わなかったことへの不満も挙げられる。
日本人の場合、ハワイへの移民は明治時代初頭のハワイ王国時代から見られ、やがてアメリカ大陸本土への移民も盛んとなる。日本から直接渡航する場合もあったが、多くの者は入国しやすくまた日系人共同体がすでに存在していたハワイ(あるいはカナダやメキシコ)を土台として、ハワイのアメリカへの吸収合併などにより機を見ては西海岸各都市に渡航していたようである。この頃に移民した日系人たちは、押しなべて低学歴で英語などの欧米系言語の理解力は劣っていたものの、識字率そのものは高く勤勉で粘り強く仕事をこなし、ある程度の成功を掴む者も現れた。
大部分は白人の下働きなど、低廉な賃金の労働に従事していたが、従順に働くことから周囲からの反感を買い、日本人漁業禁止令や児童の修学拒否など、西海岸諸州では数々の排日運動が起こった。しかし彼らは一般的に「日系人だけで閉鎖的共同体を形成し地域に溶け込まない」、「稼いだ金は日本の家族に送金してしまう」などとアメリカ人からは見られていた。実際、当時の日系人は日用品ですら日本から取り寄せていたため、現地の商品を買ってくれず現地に金を落としてくれないというアメリカ人からの批判も多かった。しかし、移民たちがまとまって暮らすことには、言葉の問題や習慣の違いによる現実的理由のほか、迫りくる反日感情からわが身を守るための手段でもあった。
下院で同法案は可決され審議は上院に移った。この時点では、より地域利害に影響されにくい上院では同法案は否決、あるいは大幅に修正されるであろう、その結果日本は理想的には現在の紳士協定方式の維持、悪くとも割当移民方式の対象国となるのではないか、との観測を米連邦政府国務省、在ワシントン日本大使館ともに抱いていた。しかし上院では、日本からの移民流入が米連邦政府のコントロール下になく、内容の曖昧な紳士協定に基づいて日本政府が行う自主規制に依拠している点が外交主権との観点で問題とされた。