ぷよぷよ!!クエスト
赤・青・緑・黄・紫の5種類があり、色によって「赤ぷよ」などと呼ばれる。同色が4個つながって消えることで、味方カードが攻撃力を発揮する。ぷよの色はカードの色属性に対応しており、例えば赤ぷよを消すと味方にいる赤属性のカードが攻撃を行う。
クエストによってはステージ効果により、特定の色が1色出現しないケースがある。
クエストは1つ以上の、「ステージ」と呼ばれるターン制のバトルで構成される。ターンの基本的な流れは同ジャンルのゲームである『パズル&ドラゴンズ』(以下パズドラ)のバトルと同様。 戦闘では、敵側のカードのHPを全て0にするとステージクリアとなり、次のステージへ進む。クエスト内のステージをすべてクリアすることでクエストクリアとなり、プレイヤーは報酬を得ることが出来る。逆に味方側のカードが全滅した場合はゲームオーバーとなるが、魔導石を使用してコンティニューする事も可能。
イベントによってはステージ制ではなく、特定のボスキャラクターとのみ対決する一発勝負で行われるケースもある。
また、細山田は同様の理由から、『ぷよクエ』キャラクターのソニック衣装バージョンのデザインもうまくいったと説明している。 2021年5月下旬に行われた『Yes!プリキュア5GoGo!』とのコラボ企画も、ユーザーアンケートの結果を踏まえたものであり、本作の開発チーム内にはそのような番組に詳しい者が多かったため、コラボ決定後のアイデア出しがうまくいったと、細山田は同コラボ実装前後に行われた4Gamer.netとのメールインタビューの中で振り返っている。
また、コラボ先には実在の飲食店が選ばれることもあり、たとえば2016年秋に行われた中華料理店チェーン・バーミヤンとのコラボレーションでは、コラボ仕様のキャラクターやクーポンがゲーム内で手に入るだけでなく、バーミヤンの店舗にて期間限定のメニューが用意された。
2021年のまんたんウェブの記事によると、『ぷよクエ』側のキャラクターの作りこみによって、他作品とのコラボレーションがしやすくなったとされている。 また、細山田は、コラボ相手となる作品の原作者が『ぷよぷよ』の大ファンでコラボを承諾するケースも多いと、まんたんウェブの取材に対して答えており、本作における暴力表現の少なさも評価されているとも話している。