伊庭氏の乱
従来、伊庭氏の乱は伊庭氏が守護代の地位を背景に権力を強めて六角氏の守護としての権力を脅かした結果として排除されたと解されてきた。
しかし、六角氏内部の研究が進むにつれて、六角氏と伊庭氏の権限の衝突を示すような文書等は確認できず、他の要素に原因を求めるようになった。1つは『文亀年中記写』という記録に登場する伊庭氏と馬淵氏という同じ六角氏の重臣同士の対立である。これは伊庭氏とその被官であった永原氏の居城である馬淵城と永原城が第一次の乱の際の攻撃目標になっていることからも裏付けられる。なお、乱の過程で馬淵氏も没落したらしく、被官であった永原氏は馬淵氏から自立して六角氏の傘下でありながら室町幕府とも直接関係を持って野洲郡に台頭していくことになる。
もう1つは明応の政変以降の外交関係に原因を求める考えである。前述のように、明応8年(1499年)に前将軍・足利義材(後の義稙)が将軍職に復帰するために六角氏に協力を仰いだ際に六角高頼と伊庭貞隆はこれを拒んだものの、前述の馬淵氏や蒲生氏のようにこれに応じる動きを見せる動きもあった。六角高頼はかつて義材による討伐を受けた(六角征伐)ことから現将軍である現将軍である足利義澄やその後見人である細川政元との関係を維持していたものの、義澄も将軍就任直後には高頼に代えて前述の山内就綱を守護に立てようとするなど必ずしも円満ではなく、後に高頼は義澄と距離を置くようになる。