第二次シュレースヴィヒ＝ホルシュタイン戦争
シュレースヴィヒとホルシュタインは、デンマーク王国ではないが、デンマーク王を公としていただく同君連合の形でデンマークに支配されていた。両地方の多数派はドイツ人であり、19世紀にドイツに民族主義が高まると、両地方でもデンマークから分かれてドイツに帰属しようとする運動が盛んになった。1848年から1852年には、プロイセンなどドイツ諸邦が第一次シュレースヴィヒ=ホルシュタイン戦争をしかけたが、諸外国の仲介があり、ロンドン議定書により領土の変更なくデンマークの支配が継続した。
1863年3月にデンマークは憲法を改正し9月に施行したが、これにはシュレースヴィヒのデンマークによる併合が含まれており、10月には反発したザクセン軍とハノーファー軍の12,000の兵がホルシュタインに進駐してデンマークを威嚇した。
同年にフレデリク7世が死去すると、オレンボー家は断絶し、その後継者として同家の支流グリュックスブルク家からクリスチャン9世が登極した。しかしシュレースヴィヒ=ホルシュタインを巡る争いは決着しておらず、ロンドン議定書で結ばれた内容は現状維持であった。
戦況はモルトケの危惧通り、侵攻には成功したがデンマーク軍は要塞に撤退して長期戦の様相を呈した。プロイセン王国の軍事大臣アルブレヒト・フォン・ローンはモルトケの正しさを認め、長期戦によるイギリスの干渉を防ぐための戦争指導を仰ぐように国王ヴィルヘルム1世にモルトケを推薦した。
プロイセンの派遣軍にモルトケが加わり、指導力を発揮して戦闘が再開されると、プロイセン軍はアルス島に上陸してユトランド半島全体の制圧に成功し(アルス島の戦い)、デンマーク軍を粉砕した。孤軍奮闘のデンマーク軍は士気が高く善戦したが、連合軍との圧倒的な軍事力の差は埋まらず、後退を繰り返しつつ一方的な守勢に立たされた。結局、戦闘再開によりデンマークは瞬く間に完敗し、屈服を余儀なくされた。モルトケの戦争指導により参謀本部の効能が認められ、老齢のために退役を願ったモルトケだったがその願いは退けられ、参謀本部に留任された。