モグーリスタン・ハン国
13世紀に成立したモンゴル帝国は、モンゴル高原と漢地を支配する元(大元ウルス)、中央アジアを支配するチャガタイ・ハン国(チャガタイ・ウルス)、西アジアを支配するイルハン朝(フレグ・ウルス)、南ロシアのキプチャク草原を支配するジョチ・ウルスに分裂した。その中の一つチャガタイ・ハン国は14世紀に東西に分裂したが、分裂の正確な時期は定かではない。マー・ワラー・アンナフルを支配する西チャガタイ・ハン国(ブルガリア語版、wikidata)は定住生活とイスラーム文化が浸透しており、一方で東トルキスタン(ウイグルスタン)を支配する東チャガタイ・ハン国では伝統的な遊牧文化が固持されていた。モンゴル人の伝統的な遊牧文化の後継者を自負する東チャガタイ・ハン国の君主は「モグール・ウルス」の国名を使用し、定住文化に染まった西チャガタイ・ハン国をカラウナス(Qaraunas、混血)と呼んで軽蔑した。一方、西チャガタイ・ハン国はチャガタイ・ウルスの正統な後継者として「チャガタイ」を称し、定住民を略奪の対象としか見なさない東チャガタイ・ハン国をジェテ(盗賊)、あるいはジャタ(Jatah、辺境)と呼んで忌み嫌った。
元から漢地を奪取した明はモグーリスタン・ハン国を指して「別失八里」(ビシュバリク、現在の昌吉回族自治州ジムサル県)や「亦力把力」(イリバリク、現在のイリ・カザフ自治州グルジャ市)という語を用いた。近現代の研究においては「モグーリスタン・ハン国」はもっぱらソビエト連邦の歴史学者によって使用され、中華人民共和国の歴史学者は「東チャガタイ・ハン国」の国名を使用することが多かった。
1371年から1390年にかけてモグーリスタンは、カマルッディーンの討伐を名目にティムールから7回以上の侵攻を受け、アルマリクは荒廃した。
イリヤース・ホージャの弟であったヒズル・ホージャはカマルッディーンに追放されてウイグルスタン方面に逃れ、当地で再起を図っていた。1388年頃、カマルッディーンは甥のホダーイダードによってモグーリスタンを追放され、ホダーイダードはヒズル・ホージャを支持した。1390年にカマルッディーンは消息を絶ち、ヒズル・ホージャはティムールと講和した。1397年頃にモグーリスタン・ハン国とティムール朝の間に婚姻関係が成立、1400年頃にティムールの孫ミールザー・ウマルがウイグルスタンに侵入した。
1391年にヒズル・ホージャは明の洪武帝に使節を送り、ティムールが明への遠征を計画していることを訴え、援助を求めた。モグーリスタン・ハン国と明の間に軍事同盟は締結されなかったものの、両国の間で隊商が往来するようになり、モグーリスタン・ハン国はシルクロード交易によって莫大な利益を得た。朝貢関係が成立したことで明はモグーリスタン・ハン国が冊封体制に組み込まれたと見なし、交易によって漢地と西域の経済・文化交流が促進された。
新たなドゥグラト部の当主となったホダーイダードはヒズル・ホージャからワイスに至るまでの6人のハンを擁立し、ドゥグラト部の当主は1533年まで強力な権限を世襲した。