トイレ遺構
トイレ遺構は、北側にある門を入って屋敷の正面奥に位置し、径3×1.2m、深さ0.7mの長楕円形の土坑に木製桶が2基南北に並べて埋設され、この桶を便槽としている(桶形汲取式(おけがたくみとりしき)トイレ)。南側埋桶からは籌木、折敷、筒状竹製品、猿形、人形形代、聞香札、楔、土師質土器、北側埋桶からは部材片、楔、土師質土器が出土している。なお、籌木には竹製のものが2点混じり、また短いもの、折れたものが出土していることから、使用し汚れた先端を折り、再び使用した例ではないかとも考えられている。南側埋桶からは1cmあたり6000個の寄生虫卵が検出され、イネ科の花粉、ヒエ穎・イネ穎・ナス・ウリ類・ウメ・キイチゴ属の種実、北側埋桶では寄生虫卵は痛み分解していたため検出密度は低かったが、イネ科・ソバ属の花粉、イネ穎・ヒエ穎・ナス・ウリ類・キイチゴ属の種実が検出された。なお、遺跡を区画する大溝からは金隠しと「蝿打たんが為これを造る者也」と墨書された木の札が出土している。
滋賀県大津市の粟津湖底遺跡・第3貝塚(縄文時代中期、約5000年前)では糞石が出土している。貝層の堆積のスピードが急であることを考慮すると、トイレ空間として認識されていなかった可能性も高い。