三千院
これにより、本坊は大原から移転した。このため、以後近世を通じて梶井門跡は公家町の一角であるこの地にあった。寺地は現在の京都市上京区梶井町で、跡地には京都府立医科大学とその附属病院が建っている。
明治維新の際、当時の門跡であった昌仁法親王は還俗(仏門を離れる)して新たに梨本宮家を起こし、公家町(京都御所周辺の寺町広小路)の寺院内にあった仏像、仏具類は大原の政所に送られた。1871年(明治4年)、大原の政所は新たな本坊となり「三千院」と改称した。「三千院」は梶井門跡の持仏堂の名称「一念三千院」から取ったものである(「一念三千」については当該項目を参照)。その際、隣接して建てられていた極楽院を吸収合併して境内に取り込んでいる。
宮中御懺法講(きゅうちゅうおせんぼうこう)は、保元2年(1157年)に後白河天皇が宮中の仁寿殿にて初めて行った仏事で、法華経を読誦し、悪行を懺悔し、罪障消滅を祈る法要である。代々、梶井門跡の門主がこの法要の導師を務めることが慣例になっていた。明治新政府が宮中での仏事を禁じたため、この行事は一旦絶えたが、その後1898年(明治31年)に大原の地で復活した。宸殿が1926年(大正15年)に建立されてからは宸殿で行われるようになった。1979年(昭和54年)に明治天皇70回忌法要を三千院で行ってからは毎年5月30日、三千院宸殿で御懺法講が行われている。
往生極楽院阿弥陀堂
木造救世観音半跏像(附:紙本墨書寛元四年中原行範造像願文)
木造不動明王立像 - 伝・円仁作。鎌倉時代(1903年指定)
木造不動明王立像 - 平安時代(2008年指定)
慈覚大師伝 紙背長承二年(1133年)具中暦
性空上人伝記遺続集 - 鎌倉時代。
四天王寺縁起残巻 承安三年(1173年)惟宗季重書写奥書
古文孝経 建治三年(1277年)書写奥書
帝王系図 - 室町時代
三千院円融蔵典籍文書類 - 平安時代から江戸時代、8,371点
典拠:2000年(平成12年)までの指定物件については、『国宝・重要文化財大全 別巻』による。