スーパー中枢港湾
京浜港(東京港・横浜港) - 東京都・横浜市
伊勢湾(名古屋港・四日市港)- 名古屋港管理組合・四日市港管理組合
阪神港(大阪港・神戸港)- 大阪市・神戸市
指定に当たっては、各港からの要望合戦が熾烈化したため、国土交通省側が「港湾間の連携を重視する」という名目で、3大湾ごとに域内の別個の港を便宜上同一港とみなし、結果として五大港すべてをピックアップした。
スーパー中枢港湾を指す際の「京浜港」「阪神港」は一般的に使用されている通称であり、法令上の港名とは別である。スーパー中枢港の上位概念であるハイパー中枢港湾としての「京浜港」には川崎港が含まれるが、単なるスーパー中枢港湾としての「京浜港」には川崎港は含まれない。また、港則法・関税法上の「阪神港」には堺泉北港と尼崎西宮芦屋港が含まれるが、スーパー中枢港湾としての「阪神港」には堺泉北港と尼崎西宮芦屋港は含まれない。さらには、ひと続きの地域でなくとも同一の湾内などといった近傍の港湾間連携であれば指定要件として容認されたことから、博多港、北九州港、清水港、苫小牧港、広島港の各港よりも外貿コンテナ取扱個数が少ない四日市港が名古屋港とパートナーとなった。