サウス・ブルックリン鉄道
1899年12月、サウス・ブルックリン鉄道&ターミナル会社は倒産し、1900年1月13日にサウス・ブルックリン鉄道として再編成された。
1902年8月31日にブルックリン・ラピッド・トランジット (BRT) がサウス・ブルックリン鉄道を買収したが、LIRRの列車の乗り入れは1903年または1905年まで続けられていた。LIRRの乗り入れ終了後、BRTは旅客列車の運行を開始し貨物輸送は子会社のブルックリン・ハイツ鉄道に移管した。ブルックリン・ハイツ鉄道は3両の機関車で貨物列車の運行を行い、1907年には4両目の機関車が納入された。貨物列車はアメリカ合衆国郵政省の郵便物、材木、セメント、石、砂、灰、パイプ、大理石、花崗岩などを輸送していた。
最大の運行範囲の時には、LIRR線から分岐し2番街と平行に走り39丁目を越えると右に進路を変え、4番街を越えるとBMTウェスト・エンド線と合流し9番街駅まで共に走った後、9番街駅よりBMTカルバー線へ乗り入れマクドナルド・アベニューを下ってアベニューXまで運行されていた。
1907年2月28日、サウス・ブルックリン鉄道とブルックリン・ハイツ鉄道は互いに分割されたがBRTの保有のままであった。サウス・ブルックリン鉄道は州際通商委員会による規制をクリアするために旅客・貨物輸送の両方を担うBRTの子会社とされた。ブルックリン・ハイツ鉄道はプロスペクト・パーク・アンド・サウス・ブルックリン鉄道およびプロスペクト・パーク・アンド・コニー・アイランド鉄道のリースを受けコニー・アイランドへの貨物列車の運行を行った。