マニラ大虐殺
また、ゲリラを匿っているとして、第三国の施設に対する討伐も行われるようになっていき、のちの国際的に問題となった多くのフィリピン人以外の外国人、とくにヨーロッパ系の白人に対する虐殺事件の原因ともなっていく。マ海防司令部付であった西岡半一によれば、イントラムロスにあったスペイン人クラブには多くのスペイン人やトルコ人といったヨーロッパ系の住民が避難していたが、ゲリラ多数もクラブ建物内に入り込んで活動しているという情報があり、日本軍はスペイン人クラブに対してフィリピン人を外に出すように再三勧告したが黙殺された。そこで部隊指揮官は「正午を期してゲリラを一兵残らず全滅せよ」と西岡らの分隊に命令、命令を受けた西岡らはクラブ建物の四方の入り口に爆薬を設置し、正午ちょうどに点火、驚いて飛び出してきた、多くの婦女子を含む避難民に向けて機銃掃射し、スペイン人ら172人が殺害された。
アメリカ軍の作戦も虐殺に大きく影響している。アメリカ軍は多くの住民が残ったままマニラ市街地で日本軍を完全に包囲して閉じ込めてしまったために、日本兵の死に物狂いの抵抗をさせることなり、ひいては絶望的になった日本兵による残虐行為の原因になったという批判もある。また、多くのマニラ市民が両軍の戦闘、主にアメリカ軍の砲撃によって犠牲になってしまった。フィリピンの国家公式ポータルサイトにおけるマニラの戦いのページでは、中国古代・春秋時代の武将・兵法家孫武の言葉を引用して以下の様にアメリカ軍の作戦を批判している。
以下は、マニラにおいて日本軍によって行われたとされる虐殺事件を列挙していく。
ドイツ人クラブに避難していたスペイン人ホセ・フランシスコ・レイナスによれば、クラブには1,500人もの住民が避難していたが、ドイツ人住民の多くはマラカニアン宮殿近くの女子大やマニラ南部の修道院に避難しており、クラブに避難していたドイツ人は6人であり、殆どはフィリピン人であったという。クラブの建物自体はそれほど大きくないため、多くのフィリピン人が建物の床下や庭の防空壕に隠れていた。2月10日午後2時30分頃に30人ぐらいの海軍陸戦隊の兵士が現れ、そのうちのひとりが英語で「アメリカがやってきた。お前たちはアメリカ人の顔を見ることはないだろう」と叫ぶとクラブの建物を取り囲んだ。やがて日本兵は防空壕に手榴弾を投げ込み、建物に火をつけて炎と煙にたまらず外に飛び出した避難民に銃撃を浴びせた。レイナスの父親も日本軍に射殺された。レイナスも腹部に銃撃を受けたが、死んだ真似をして日本兵をやり過ごして、陽が落ちた頃に防空壕に逃げ込んで難を逃れた。虐殺は翌朝まで続いたが、日本兵が女性に性的暴行を加えてるような、女性の泣き叫ぶ声や日本語の卑猥な言葉が聞こえてきたという。クラブは完全に焼け落ち、レイナスは1週間防空壕で地下水だけで生き延びたのちにアメリカ軍に保護された。ドイツ人クラブで生存することができたのはレイナスを含めてわずか5人だけであった。
治安上、民生の安定をはかる。
フィリピンは典型的な植民地経済であって、アメリカはフィリピンの産業を農業を中心とし、主に砂糖やタバコを生産させていた。それらをすべて買い上げる代わりにマッチやロウソクといった消耗品から、熱帯生活に不可欠な冷蔵庫といった電気製品までアメリカが売りつけていた。フィリピンの農民はアメリカが指示する作物を生産すれば確実に儲かるため、主食の米よりはサトウキビなどの生産を優先させていたので、フィリピンは米を自給することができず、仏印から米を輸入してまかなっていた。
軍政監部の閣僚たちは、このようなフィリピンの状況を認識したが、このままでは軍の現地自活どころかフィリピン人を食べさせるだけの米の確保も困難なのは明らかで、米の増産が緊急課題となった。しかし、サトウキビ中心の農業体系のためフィリピンには灌漑施設が少なく、さらに米作技術は遅れており、日本の様な苗代方式ではなく、依然として直巻き方式であったうえに田に生えた雑草取りすらしない有様で、軍政監部の農業指導にもかかわらず1反あたりの収穫量は日本の半分にも達していなかった。様々な問題もあって米の収穫量はあがらなかったため、米の流通機構を抑えて配給制とし、不足分はサイゴンからの輸入でどうにか賄おうとしたが、捷号作戦による決戦方針で南方総軍の司令部がマニラに移り、フィリピンに日本軍部隊が続々と増強されると、現地自活方針により軍による米の買い占めや徴発が行われた。この頃には、アメリカ軍による海路遮断作戦で多くの輸送船が沈められて、海上交通が麻痺し海外からの米の輸入は困難となっており、フィリピン人に十分な量の主食を配給することができずに飢餓に陥ることとなった。
マニラでの戦争犯罪は、戦後のGHQによる日本統治に最大限利用された。GHQは一般命令第4号で「日本人の各層に、敗北と戦争を起こした罪、現在と将来の日本の苦難と窮乏に対する軍国主義者の責任、連合国による軍事占領の理由と目的を周知徹底する」と通達したが、その手段として最も重視したのがマスコミで、1945年(昭和20年)12月9日より10回にわたり、プロパガンダ番組である「眞相はかうだ」を社団法人日本放送協会のラジオ第1放送・第2放送で同時放送させた。
マニラ大虐殺は、「眞相はかうだ」の「どうか、戦争中のマニラの真相についてお話ください」という回で取り上げられたが、そこでは「マニラは今や灰塵に帰している。かつて東洋の豪華都市を誇ったマニラも今や死の街となっている。大部分の教会、修道院、大学は瓦礫の山と化し、爆撃と火炎の犠牲となり、餓死者や惨死者の死体や手足を切断された女、銃剣で刺し殺された赤子の死体がうずたかく積み上げられている。 かかる惨禍をもたらした命令は、直接東京から指示されたものである。日本人俘慮、軍担当者、比島人官吏並びに市民、日本側公文書より得た信ずべき報告により、次のごとき驚くべき事実が判明した。即ちマニラの破壊は最後の土壇場に追い込まれた守備隊による逆上した行動に基づくものではなく、日本軍最高司令部の周到なる計画により行われたものであるということである。
野口の部隊の任務は、当面の間、最低限の重要な建物と橋を確保することであって戦力も僅かであり、3個大隊と言っても実際の兵力は2個大隊にも満たない2,000人弱の兵力と山砲2門のみで、兵員も将校に至るまで殆どがフィリピンで急遽召集された兵士であった。
また、マニラ在住の日本人住民にも、現地召集される成年男子以外の強制疎開が命じられた。まずは老人と婦女子約8,000人がヌエヴァ・ヴィスカヤ州に退去することとなったが、既にマニラでも「3人に一人はスパイ」と言われていた程、ゲリラのスパイが暗躍しており、日本人が列をなしてマニラを後にしているという情報がアメリカ側に知られないよう、夜間に疎開用トラックの車両番号を外して、会社や営業所ごとに分散してマニラを離れるなどの対策を取らざるを得ず、疎開は捗らなかった。また日本人のなかには、危機的状況にある戦局をあまり理解できずに、マニラでの文化的生活を棄てて山中に籠もる必要性を理解していなかった者もいた。そのため、正確な人数は不明であるが、数千人の日本人がアメリカ軍侵攻の際にまだマニラにとどまっていたという。
一方で海軍は、レイテ沖海戦などで沈没した艦艇の生存者約3,000人が居場所もなく、マニラ・スタジアムなどにたむろしていたので岩淵の指揮下に編入し、さらにマニラ市内にいた海軍の軍需部や経理部といった後方部隊要員も岩淵の指揮下に入れてマニラ海軍防衛隊(マ海防)を編成していた。この再編成によって岩淵は6,794人の根拠地隊指揮官から、一気に師団規模の軍人軍属23,664人を指揮することとなった。