VF-0 フェニックス
指揮官仕様機。A型と頭部の形状が異なり、レーザー機銃が2門に増設されている。限りなくハンドメイドに近いVF-0は、生産された機体ごとの最大推力・スロットル反応速度・機体安定性等の性能に差異が生じていた。S型は基本的にA型と機体構造は共通だが、生産段階で総合的に優れた個体を選抜、編隊指揮システムを増設して専用頭部に換装し、飛行技能に優れたパイロット用に操縦システムのリミッターをデフォルトで解除した機体である。推定生産機数4機。うち1機がプロトカルチャー遺跡争奪戦にて失われる。 VF-0S フォッカー機 スカル小隊長のロイ・フォッカー機はグレー地に黒と黄色のラインマーキングが、キャノピーカバーと尾翼には骸骨のマーキングが入っている。わざと目立つカラーリングになっているのは統合戦争で熟練パイロットが死に、練度の低い若いパイロットが多かったため、自分が目立つことで敵の目を引き付けようとしたからだとされている。
マヤン島での戦いで損耗し使用不能になった後、統合軍によってエドワーズ空軍基地に保管されていたVF-0Aの13号機と7号機の残骸を元にして、新星インダストリーの有志達がプライベートで可能な限り制作当時の仕様通りの再現を追求して復元/レストアした機体。2025年3月29日に修復が開始され、2033年10月22日に修復が完了し初飛行。発見された機体は2機ともA型であり、当然レストアされた機体もA型だが、戦勝25周年を記念して2035年3月にマクロスシティ上空を飛行した際は、S型頭部のレプリカと黒・黄色のカラーリングによってロイ・フォッカー機を再現している。