中国国分
天正12年12月末、秀吉は、輝元の娘を養子の羽柴秀勝に娶せ、毛利氏とのあいだに縁戚関係を結んだ。天正13年(1585年)正月、秀吉は毛利氏との境界画定交渉で大幅に譲歩し、南海道方面の攻略戦での協力を要請した。同2月には、小早川隆景にみずからの3月の紀州攻めの意向を報じ、分国中のすべての警固船を和泉岸和田に集結している。こののち、毛利氏は、羽柴秀長を総大将とする紀州攻め、四国攻めに協力した。同時に、秀吉政権に深く組み込まれることとなり、天正14年(1586年)、毛利領内の城割(城の破却)が命じられた。天正14年から15年にかけての九州の役でも豊臣秀長にしたがい、五番隊まである秀長軍のうち小早川隆景と吉川元長は二番隊、毛利輝元は三番隊の軍役が課された。なお、吉川元春嫡男の元長は、九州の陣中で死去し、家督は弟広家が継いだ。
宇喜多八郎(秀家)は、備中高松城攻め以後、賤ヶ岳の戦い、小牧・長久手の戦い、四国攻めに加勢し、天正13年(1585年)には元服して秀吉の一字を賜り「秀家」と名乗って九州征伐にも参加した。天正17年(1589年)には、秀吉の養女であった前田利家息女豪姫を娶り、豊臣・前田両氏と縁戚関係を結んだ。養女とはいえ、豪姫は、戦国時代にありがちな政略によって即席に縁組した養女ではなく、秀吉夫妻にとっては、幼いころより本当の娘同然に育ててきた愛娘であった。なお、秀家重用のかげには、人質として差し出された秀家の母(ふく)が絶世の美女であったため秀吉は彼女を寵愛し、それゆえ秀家も秀吉の養子となって出世したといわれることも多いが、少なくとも一次史料からはその事実は確認できない。
いずれにせよ、このように、毛利・宇喜多の両氏は、豊臣政権下屈指の大名として、特に秀吉との縁戚関係も結んだ西国一、二の大大名として豊臣政権をささえた。
丹後国は細川藤孝・忠興父子の安堵がみとめられた。日本史学者藤田達生によれば、本能寺の変後、遅くとも天正10年6月8日までに秀吉の使者と藤孝とが接触していたとしている。藤孝はまた、同時に明智光秀からも与力するようさかんに求められたが、結局は、光秀の要請には応じずに中立を守った。そして、山崎の戦いでは秀吉軍に加勢しなかったにもかかわらず、戦後の秀吉は同年7月11日付の書状において、藤孝に対し、その全面的な協力に謝意を表し、今後の細川家の処遇について請け合うことを神に誓う起請文を発した。
山陰道に属する丹波国・但馬国・因幡国、山陽道の播磨国および南海道の淡路国の諸国には織豊系とくに秀吉配下の大名・小名に領土が配分された。これら諸国は、秀吉自身が中国攻めや山崎の戦いなどによって獲得し、その勢力を扶植していった地であった。それゆえ、譜代の家臣のいない秀吉にとっては一門や子飼いの家臣に知行配分する地域として重視された。このため、領土としては細分されることが多く、また、並行して天下統一事業の一環としての四国・九州・東国等の戦役が進められたことから、その論功行賞の影響を強く受けて、この地の領主は目まぐるしく交替した。
輝元はただちに家康の留守居役を放逐して大坂城西の丸に入り、そこに集まった西軍諸将は、7月17日付で「内府ちかひの条々」と題する対家康弾劾文を諸国の大名に書き送った。西軍はまた、会津に向かった諸将の妻子をただちに人質として大坂城に引き入れる作戦をとったが、丹後宮津城主細川忠興夫人のガラシャがこれを拒否して死を選ぶなどして、この作戦は失敗した。19日、小早川秀秋・島津義弘・宇喜多秀家らが鳥居元忠のまもる伏見城(京都市伏見区)を攻めたが、元忠のはげしい抵抗により、陥落したのはようやく8月1日になってからのことであった。いっぽう伏見城から元忠が発した西軍挙兵の報は、7月24日、下野国小山(栃木県小山市)に着陣していた家康のもとに達し、これに対し、福島正則・黒田長政・山内一豊ら豊臣恩顧の大名は、家康を大将とする会津征討軍の反転西上をむしろ主唱した。その後、最終的には決戦の舞台が美濃国関ヶ原(岐阜県関ケ原町)にうつされた。
慶長5年9月15日(グレゴリウス暦1600年10月21日)の関ヶ原合戦は、東軍の井伊直政・松平忠吉隊が西軍の宇喜多秀家隊に攻めかかったことで戦端が開かれ、また、宇喜多隊と福島隊との間の激しい攻防は、関ヶ原本戦における激闘のなかでもその最たるものとして、つとに知られる。しかし、輝元の派遣した毛利秀元隊および吉川広家隊は動かず、最後には、小早川秀秋の裏切りが決め手となって西軍は敗退、東軍に大勝利をもたらした。
なお、西軍決起の真相については、決起の主導者が石田三成ではなく、実は宇喜多秀家であるという見方がある。
天正13年(1585年)、但馬出石城(兵庫県豊岡市)にあった豊臣秀長が紀州攻めの功で紀伊国・和泉国の2か国をあたえられ、紀伊和歌山城(和歌山県和歌山市)に移ったのにともない、但馬国は4分されて、前野長康が出石城7万5,000石、別所重宗・別所吉治父子が但馬八木城(兵庫県養父市)1万2,000石、赤松広秀が竹田城(兵庫県朝来市)2万2,000石、明石則実が城崎城(豊岡城、豊岡市)2万2,000石をそれぞれあたえられた。なお、別所重宗の養子吉治は、当初信長に従いながらのちに離反した播磨三木城(兵庫県三木市)の城主別所長治の実子だという説がある。
文禄4年(1595年)、秀次事件に連坐して秀次の家老であった出石の前野長康、家臣として仕えた豊岡の明石則実がともに切腹した。そのため、同年、小出吉政が播磨龍野より但馬出石城5万3,200石に入り、慶長2年(1597年)には北政所の従弟にあたる杉原長房が豊岡2万石の城主として但馬に入部した。