廃藩置県
すべて明治9年(1876年)。この統合で発足した県の中には、後に分立した例も多いほか(次節参照)、現在でも地域間対立や地理的要件の不一致などの問題を孕む地域も少なくない。
都市名で命名されていた旧藩名から郡名等への改称。第1次府県統合当初から統合前の県名(旧藩名)を継承しなかった例と併せて、賞罰的県名説の論拠となっている。改称の経緯が明らかになっているいくつかの事例では、「人心一新」などを求める県側から太政官への上申に基づく処置である。
明治4年(1871年) 11月9日(12月20日) - 姫路県(飾磨県) 11月29日(1872年1月9日) - 平県(磐前県) 12月20日(1872年2月8日) - 福井県(足羽県)
明治5年(1872年) 1月8日(2月16日) - 仙台県(宮城県)、盛岡県(岩手県) 1月19日(2月27日) - 大津県(滋賀県) 2月9日(3月17日) - 松山県(石鉄県) 4月2日(5月8日) - 名古屋県(愛知県) 6月14日(7月19日) - 熊本県(白川県)※明治8年再改称 6月23日(7月28日) - 宇和島県(神山県)
明治8年(1875年) 12月10日 - 白川県(熊本県)
明治5年9月27日(1872年10月29日) - 七尾県のうち能登国(石川県)、越中国(新川県)
明治8年(1875年)5月7日 - 新治県のうち下総国(千葉県)、常陸国(茨城県)
明治4年12月27日(1872年2月14日)付の太政官布告による府県の配列は、以下の通りである。
1 - 7(三大都市、開港地):東京府、京都府、大阪府、神奈川県、兵庫県、長崎県、新潟県
8 - 17(関東地方):埼玉県、入間県、足柄県、木更津県、印旛県、新治県、茨城県、群馬県、橡木(栃木)県、宇都宮県
18 - 21(近畿地方):奈良県、堺県、安濃津県、度会県
22 - 31(東海・甲信地方):名古屋県、額田県、浜松県、静岡県、山梨県、大津県、長浜県、岐阜県、筑摩県、長野県
32 - 42(東北地方):仙台県、福島県、磐前県、若松県、一関県、盛岡県、青森県、山形県、置賜県、酒田県、秋田県
43 - 49(北陸地方):敦賀県、福井県、金沢県、七尾県、新川県、柏崎県、相川県
50 - 53 (山陰地方):豊岡県、鳥取県、島根県、浜田県
54 - 59 (山陽地方):飾磨県、北条県、岡山県、深津県、広島県、山口県
60 - 65 (和歌山・四国地方):和歌山県、名東県、香川県、松山県、宇和島県、高知県
66 - 75 (九州地方):福岡県、三潴県、小倉県、大分県、伊万里県、熊本県、八代県、都城県、美々津県、鹿児島県