小分子
バクテリア、菌類、植物などさまざまな生物が、細胞シグナル伝達、色素形成、および捕食に対する防御などの役割を果たす二次代謝産物(天然物とも呼ばれる)を生成する。二次代謝産物は生物学的に活性な化合物の豊富な供給源であるため、研究ツールや創薬のリードとしてよく利用されている。二次代謝産物の例は次のとおりである。
アルカロイド
配糖体
脂質
非リボソームペプチド(例 アクチノマイシンD)
フェナジン類
天然フェノール(英語版)類(フラボノイドを含む)
ポリケチド
テルペン類(ステロイドを含む)
テトラピロール類