S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky
派閥戦争 本作には、拡張されたA-Lifeによる派閥間の勢力争いが実装されている。プレイヤーは一部を除く各派閥に所属し、勢力拡大に協力する事が可能である。勢力の拡大と共に、派閥に所属するキャラクタの装備が向上したり、トレーダーの販売アイテムにより高性能なものが追加される。なお、所属員が全滅しても、一定時間で本拠地から新たな人員がリスポンする為、派閥戦争に終わりが訪れることはない。
重量制限 基本的には前作と同様だが、アーティファクトやスーツ改造により上限を引き上げることが可能となっている。また、重量限界と同時に持久力消費量が増加する閾値(通常50kg)も同時に引き上げられる為、多くのアイテムを持ち歩く際のペナルティを減少する効果もある。
装備品の改造 各派閥の本拠地や、ある程度の集落に居るメカニックの手で装備品を改造する事が出来る。装備によっては特定のメカニック以外は改造できず、また改造前にアップグレードデータ入りフラッシュドライブを発見し、手渡さなければならないものもある。改造は銃器の精度や連射速度、スーツの防弾性能や特定の属性に対する抗力を向上させるものから暗視装置まで様々であるが、より上位の改造を行う為には特定の下位改造が必要となる。なお、一度改造した項目を取り消す事は不可の為、一部の改造(ショットガンの精度改良:散弾が使用不可となる)には注意が必要である。
アーティファクト 前作とは違い、アノーマリーの密集地帯を不可視状態で不規則に移動しており、発見/入手する為には検知器を手に持ち、至近距離まで接近する必要がある。
前作『S.T.A.L.K.E.R. SHADOW OF CHERNOBYL』から新たな地域が追加され、前作までの地域にも変化が加えられている。 グラフィックエンジンのX-Rayエンジンが1.5にバージョンアップしたことによりDirectX 10に対応(パッチ1.5.06以降はDirectX 10.1にも対応)、また、DirectX 9でのレンダリングも改良されている。 派閥間闘争の要素追加のため、AIも改良されている。