ゲル電気泳動
もっとも一般的に使用されるゲルの種類は、アガロースゲルとポリアクリルアミドゲルである。それぞれのゲル種は、分析対象物の種類や大きさに適している。ポリアクリルアミドゲルは、通常、タンパク質に使用され、DNAの小さなフラグメント(5~500 bp(塩基対))に対して非常に高い分解力を持っている。一方、アガロースゲルは、DNAに対する分解力は低くなるが、分離範囲が広いため通常は50~20,000 bp程度のDNAフラグメントに使用され、パルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)では6 Mb以上の分解能が得られる。ポリアクリルアミドゲルでは垂直方向に走行し、アガロースゲルでは水平方向にサブマリンモード(ゲルを緩衝溶液に沈めて電気泳動する)で走行するのが一般的である。また、アガロースは熱的に硬化するのに対し、ポリアクリルアミドは化学的な重合反応で形成されるなど、キャスティング(流し込み)方法にも違いがある。
制限酵素消化後のDNA分子の大きさの推定(例 クローンDNAの制限マッピング)。
PCR産物の分析(たとえば、分子遺伝子診断や遺伝子指紋法)
サザン法前に制限処理されたゲノムDNAの分離、またはノーザン法前のRNAの分離。
ゲル電気泳動は、法化学、分子生物学、遺伝学、微生物学、生化学の分野で使用されている。その結果は、紫外線とゲルイメージング装置でゲルを可視化することで、定量的に分析できる。この画像をコンピュータ制御のカメラで記録し、関心のあるバンドまたはスポットの強度を測定し、同じゲルにロードされた標準物質やマーカーと比較する。測定と分析は、主に専用のソフトウェアで行われる。
実行する分析の種類に応じて、ゲル電気泳動の結果と合わせて他の手法を導入することが多く、分野に応じた幅広い用途を提供する。