村山等安の台湾出兵
約半年間の準備期間を経て、1616年(元和2年)3月末、推定約2000〜3000人の兵員を乗せた13隻の艦隊が、長崎から台湾へ向かった。司令官は村山等安の次男の村山秋安が務めた。しかし、長崎出港の翌日に艦隊は五島列島に寄港したが、その後行方が分からなくなった。琉球沖で暴風雨に遭い、各船がバラバラになってしまったのである。
目的地である台湾にたどり着いたのはわずかに1隻であった。到着直後、船は即座に現地人に取り囲まれて逃げることもかなわず、乗員たちは切腹して全滅した。なお後述する翌1617年(元和3年)、村山等安が明との交易復活をもくろみ福建に部下の明石道友を派遣した際、福建側交渉担当者からなぜ台湾の淡水を侵擾したのかと詰問されている。
他に3隻の船は中国浙江省沿岸を荒らしまくり、1200名あまりの住民を殺害した。この浙江での事態の影響を受け、1616年中は長崎に中国船の来航が困難となってしまい、長崎在住の中国人たちは将軍に訴えることを決心したと伝えられている。
遠征隊のうち明石道友が率いた2隻の船は、5月に福建省沿岸に姿を見せた。日本船が来航した福建はパニック状態に陥り、沿岸住民が避難する騒ぎとなった。その中で董伯起という人物が明石道友との交渉に当たり、その結果、道友は董を人質として連行することを条件に福建から退去することにした。
そしてこの間、平蔵は幕閣に対して台湾は自らが支配すべき土地であるとの主張を繰り返していた。
1629年(寛永6年)、末次平蔵はオランダ東インド総督に、将軍からの手紙であると称した偽の書状を送った。この書状では1628年(寛永5年)に台湾へ派遣された船で送還された台湾住民を逮捕して将軍の下賜品を没収し、積荷の武器を没収したのは不届き千万である。その償いとしてゼーランディア城を破却してその地を将軍に割譲するよう要求していた。オランダ側はその書状が偽物であることを見抜き、要求を拒否した。
幕府としては対外的なトラブルを引き起こし、台湾領有という統治に関わる分野まで口を出す形となった末次平蔵のことを忌避するようになった。1630年(寛永7年)6月、平蔵は江戸で不審死し、後継者となった平蔵の子、末次茂貞は幕府の政策に従順であった。茂貞はオランダ側との紛争は父の問題であり自分は特に事を構えるつもりは無いとのスタンスを取り、タイオワン事件は解決に向かうことになる。いずれにしても台湾領有計画は末次平蔵の独断によるもので、幕府側にはその意図は無かった。1630年代、幕府は相次いで日本人の対外渡航禁止に関する法令を出し、台湾への渡航も不可能になっていく。このような中で江戸時代の日本による台湾領有計画は立ち消えとなっていく。