山科駅
太秦天神川方面ホーム(2005年4月)
コトチカ山科(2020年12月)
ホームは築堤上にあり、地平の改札からは築堤下通路から階段を上がる構造である。12両編成対応の島式ホーム2面4線のホームで、旅客案内上は1番のりばから4番のりばまでの番号が振られている。さらに外側にはホームのない通過線があり、運転取扱上は、1番のりばが2番線、4番のりばが5番線、さらに外側に6番線がある。各ホームには自動販売機と待合室がある。2018年には、山科駅に隣接する「JR山科駅NKビル」(JR西日本不動産開発が所有)を改装し、商業施設「ビエラ山科」として開業している。
バリアフリー化工事によりエスカレーターは階段横に設置されたが、エレベーターは改札横から一旦ホームをまたぐ跨線橋(バリアフリー工事で新設されたもの)まで上がりさらに各ホームに降りる構造となり、大きな移動を必要とする。この跨線橋新設のため、下り向きには中継信号機が新たに設置された。この他にもバリアフリーに対応した多目的トイレが設置されている。
改札は南側に1か所設置されている。そのすぐ前に、地下鉄山科駅につながる階段の入り口と、京阪京津線の京阪山科駅がある。