箱根登山鉄道鉄道線
鉄道線の開業当初より、線内の乗車券は片道でも2日間有効で途中下車可能であったが、2002年4月1日よりこの取り扱いは廃止され、片道乗車券は他の多くの路線同様通用発売当日限り・下車前途無効に変更された。
2007年3月18日からは、鉄道線全線でICカード「PASMO」を導入し、2013年3月23日からは交通系ICカード全国相互利用サービスも開始した。小田原駅・箱根湯本駅では自動改札機、それ以外の駅では簡易改札機により対応している。なお、2003年3月19日から2008年3月13日までは小田原 - 箱根湯本間でパスネットが利用可能だった。
特急ロマンスカーについては、小田急との通し利用のほか、当日座席に余裕のある場合に限り小田原駅・箱根湯本駅のホームにおいて発売する特急券(大人200円・小人100円)を購入することで、小田原 - 箱根湯本間のみの利用も可能である(座席は指定されない)。2005年9月30日までは箱根登山鉄道の料金が設定されていなかったため、小田原 - 箱根湯本間のみの利用はできなかった。小田急との通し利用については両社の料金を合算する(2018年3月16日までは小田急が箱根登山鉄道の座席料金に相当する額を割り引いていた)。
1994年から運行する「夜のあじさい号」は全車指定席であり、専用の座席券が必要となる。
これより少し遡る1946年に東京急行電鉄(大東急)が策定した『鉄軌道復興3カ年計画』の中には、東急小田原線(当時)の箱根湯本駅への乗り入れ計画が含まれていた。1948年6月1日に大東急から分離独立した小田急電鉄(小田急)では、同年10月よりノンストップ特急の運行を開始していたが、競合路線である東海道本線に対抗するには箱根湯本駅まで直通すべきと考え、この乗り入れ計画を推進することになった。
しかし、この乗り入れには解決すべき問題点がいくつもあった。
鉄道線の軌間は国際的な標準である1,435 mmであったが、乗り入れてくる小田急の軌間はそれより狭い1,067 mmであった。どちらかに統一しようにも、80 ‰の急勾配を上る能力のある電動機は当時の技術では1,067 mmの規格では収まらなかったため、鉄道線の軌間を1,067 mmに改軌することは不可能であった。また、小田急を1,435 mmに改軌するのは、車両数が多いうえ距離も相当なものとなってしまうため、膨大な費用が必要で、まだ戦後の復興途上においてはそのような負担は無理であった上、国鉄との貨物輸送において貨車の直通が不可能となり、貨物収入が激減してしまうことになる。そこで、鉄道線のレールの内側に小田急の車両のためにもう1本レールを敷設する三線軌条を採用することとなった。