攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX
原作漫画『攻殻機動隊』や押井守による映画『GHOST IN THE SHELL / 攻殻機動隊』とは、時代設定や主人公草薙素子を含む登場キャラクターの設定、ストーリーを始め多くの相違点があり、本作は第三の「攻殻機動隊」とも言われる。
原作や映画版では「人形遣い」を中心に話が進行するが、本作品では「もし草薙素子が人形遣いと出会わず、公安9課に残っていたら」という前提に立ったパラレルワールドとして物語が展開される。一連のS.A.C.シリーズにおけるストーリーは完全オリジナルだが、原作や映画版に対するオマージュが随所に見られる。また「電脳化・義体化社会における人間の定義」という原作のテーマよりも、近未来を舞台に現代社会にも通じる社会問題を主題としている。
本作品では公安9課自体が主人公といえる観点でストーリーが進んでいく。そのため、劇場版では顔さえ見られなかった課員の活躍も見ることができる。
監督には押井塾出身の神山健治。アニメーション制作は映画版同様、Production I.G。音楽には菅野よう子。そして原作者である士郎正宗もプロットを書き起こし、タチコマのデザインを行っている。
実は今来栖は笑い男の脅迫を受けており、彼の目的は、かつての瀬良野氏誘拐も含め村井ワクチンが不当に不認可にされた真相を世間に暴露させることであった。今来栖の居場所を知った9課とマトリ双方の激しい身柄争奪戦が始まり、草薙とバトーはマトリの課員達を排除していく。任務を達成したかと思いきや、今来栖は別の暗殺者によって狙撃され殺されてしまう。しかし、その場には笑い男も来ており、接種者リストの原本をバトーに託して姿を消す(「置き去りの軌跡」)。
新見は配下の実働部隊に公安9課の排除を命じ抵抗を試みるが、今来栖殺害の一件などで荒巻は速やかに新見の逮捕権を取り、身柄を拘束する(ただし、その後、新見は電脳自殺を図り証人資格を喪失する)。その帰路、元首相の神崎が偶然を装って現れ、借りを返す(第19話「偽装網に抱かれて」にて荒巻の進言によって娘を助けられる)として新見の背後には連合与党幹事長の薬島がいること、彼は海上自衛軍に人脈を持ち、危険であることを密かに伝える。本部に帰ってきた荒巻であったが、そこで雑誌記者の取材より、行方不明となっていた実の兄がスラム街にて麻薬密売の容疑で逮捕されたことを知る。