エオサイト説
2010年には新報告のアイグ古細菌(タウム古細菌に含む場合もある)から、これまでのプロテアソームに加えて、ユビキチン (Ub)、ユビキチン活性化酵素 (E1)、ユビキチン結合酵素 (E2)及びユビキチンリガーゼ (E3)のオペロンが報告された。ユビキチン-プロテアソームシステムの古細菌での報告は初である。タウム古細菌、アイグ古細菌はクレン古細菌に近縁とされている。
これ以降もクレン古細菌型アクチン(テルモプロテウス目、コル古細菌、アイグ古細菌)、チューブリン(タウム古細菌)、などの報告があり、以前から知られていた転写関連遺伝子(RpoG、Rpc34、Elf1)やリボソームタンパク質(S25e、S30e、L13e、L38e)などユーリ古細菌が持たない真核型の遺伝子がいくつか発見されている。また、クレン古細菌が持たないとされていた、ヒストンもテルモプロテウス目やタウム古細菌などは持つことが分かっている。
この中でエオサイト説の拡大版であるTACK説が発表されている(後述)。
一方で、エオサイト説の提唱者であるレイクとリベラはキメラ説とエオサイト説の折衷である「生命の輪 (Ring of life)」という説を示している。これは、エオサイトとプロテオバクテリアが融合したものが真核生物であり、生命の系統樹は根元付近で輪になるというものである。
近年ではクレン古細菌のみが真核生物に特に近いと主張されることは稀である。むしろクレン古細菌に近いグループの中でもタウム古細菌やアイグ古細菌のほうがより真核生物に近いとされることも多い。また、古細菌の上位クレードの系統構造も徐々に明らかになってきており、タウム古細菌、アイグ古細菌、クレン古細菌、コル古細菌(通称TACK)が単系統になるとする説がある。TACKは細胞骨格や細胞分裂に関連する遺伝子が真核生物に比較的近く、真核生物はTACK系統に近縁、あるいはTACKの内部系統であるとするTACK説が提唱されている。
エオサイト説の提唱者であるレイクは、エオサイトをクレン古細菌ではなく真核生物の姉妹群と定義しており、2015年の論文では「エオサイト内に4つの門が発見されている。すなわちアイグ古細菌、クレン古細菌、コル古細菌、タウム古細菌」と表現している。