南長岡駅
地上駅である。線路は南北方向に通り、貨物設備は上下本線の西側にある。
着発線は5本あり、下り本線の西側に着発1・2・3・4・5番線の順に並ぶ。着発4番線と着発5番線は、E&S方式に対応した荷役線で、2線に挟まれる形でコンテナホームが1面設置されている。ホームは400メートルほどの長さである。また、ホームの北側で着発5番線の西側にあたる場所には留置線(仕分線)がある。 駅北部に解結線があり、ディーゼルカーによる入換を行っていたが、電化工事が行われ電気機関車で入換を行うようになった。
駅本屋は、コンテナホームの中程から着発5番線を渡った先にある。駅構内の脇にあり、住宅地が近接している。この中には、営業窓口のJR貨物長岡営業所も入っている。
本線の東側には、東日本旅客鉄道(JR東日本)の車両基地である長岡車両センターがある。そのさらに東側を上越新幹線が通過している。