アンナ・ディ・サヴォイア (東ローマ皇后)
これにより内乱が勃発し、1347年まで続いた。ブルガリア皇帝イヴァン・アレクサンダルがヨハネス5世およびアンナの一派と同盟を結んだのに対し、セルビア皇帝ステファン・ウロシュ4世はヨハネス6世側を支援した。両者とも、実際には内戦を自分たちの政治的および領土的利益のために利用していた。やがてヨハネス6世は新生オスマン帝国の皇帝オルハンと同盟を結ぶこととなる。
同じころ、アンナは西ヨーロッパからの支援を得ようとしていた。1343年夏、アンナの使者はアヴィニョンローマ教皇クレメンス6世に対し忠誠を誓った。1343年8月、アンナは戦争資金を得るため、東ローマ帝国帝冠の宝石を30,000ドゥカートでヴェネツィア共和国に質入れした。しかし最終的にアンナらは敗北を喫した。
1347年2月3日、両陣営は合意に達した。ヨハネス6世が正帝として認められ、ヨハネス5世はその共同統治者となった。また、この合意にはヨハネス5世と、ヨハネス6世の娘ヘレネー・カンタクゼネとの結婚も含まれていた。ヨハネス6世はコンスタンティノープルに入り、都市を実効支配した。