佐伯駅
鉄筋コンクリート造りの駅舎に接した単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の合計2面3線とホームの無い4番線から7番線までの留置線4本(7番線は廃枕木により進入防止措置がされており、使用停止中。)を有する地上駅で、ホーム間の連絡には跨線橋を使う。ホームには廃止された「彗星」・「富士」・「日南」の号車案内が残っている。1番ホームについてはバリアフリー化工事の際に、上記号車案内は消滅してしまったが、2番・3番ホームには残されている。また、上記バリアフリー化工事にあわせて、ホームの大分方面にフェンスが設置され、ホーム端に行くことができなくなってしまっている。
留置線では早朝に複数の列車が入換作業をする。2022年5月現在、夜間滞泊を行う車両は出発順に415系(大分行)・787系(延岡行)・415系(中山香行)・885系(ソニック12号博多行)・815系(亀川行)である。(415系は運用により番台区分は一定していない。)3番ホームからそのまま発車する815系以外は、すべて上岡駅方へ引きあげた後に1番ホームへ転線し出発する。