九戸政実
天正14年(1586年)には信直に対して自身が南部家の当主であると公然と自称するようになる。このような政実の姿勢は天正18年(1590年)の豊臣秀吉の「奥州仕置」後も変化はなく、ついには天正19年(1591年)1月、南部氏の正月参賀を拒絶し、同年3月に5,000人の兵力をもって挙兵した。
もともと南部一族の精鋭であった九戸勢は強く、更に家中の争いでは勝利しても恩賞はないと考える家臣の日和見もあり、信直は苦戦した。そしてとうとう自力での九戸討伐を諦めて秀吉に使者を送り、九戸討伐を要請するに至る。秀吉の命令に従い豊臣秀次を総大将とし蒲生氏郷や浅野長政、石田三成を主力とする九戸討伐軍が奥州への進軍を開始しさらに小野寺義道・戸沢政盛・秋田実季・大浦為信が参陣し、九戸討伐軍の兵力は6万人を上回った。
同年9月1日、討伐軍は九戸氏所領への攻撃を開始する。怒涛の勢いで迫る討伐軍は翌9月2日に政実・実親の籠る九戸城も包囲攻撃を開始。善戦した政実であったが、勝てないと悟り抗戦を諦めると、4日に出家姿で討伐軍に降伏した。
秀次の陣へと引き出された政実・実親兄弟らは死を覚悟しており従容として斬首された。そして女子供を含む九戸一族も斬殺され九戸氏は滅亡したが、政実の実弟・中野直康の子孫が、八戸氏、北氏と共に南部家中で代々家老を務める「御三家」の一つとして続いた。