堅田藩
琵琶湖の狭隘部を扼する堅田は、古くから水運の拠点として繁栄し、中世には琵琶湖の湖上支配権を掌握して「自治都市」と表現される実力を有した町である。天正11年(1583年)に堅田は、坂本城主浅野長吉(のちの浅野長政)から特権的地位を認められた。水上交通については大津などの伸長を受けるが、漁業については依然として大きな特権を認められていた(このため江戸時代には各種の紛争を引き起こすことになる)。江戸時代に入ると、堅田は江戸幕府の直轄領(天領)となり、大津代官所の支配下に置かれた。
堅田藩初代藩主となる堀田正高は、大老堀田正俊(古河藩13万石)の三男である。貞享元年(1684年)に父の正俊が江戸城中で稲葉正休に刺殺されたのち、家督を継いだ兄の堀田正仲から下野国安蘇郡・都賀郡の1万石を分知されて大名となった。正高は安蘇郡植野村(現在の栃木県佐野市植下町)に陣屋(佐野陣屋。植野陣屋とも)を置いたが、居所は「佐野」と公称され、その藩は佐野藩と呼称される。
元禄11年3月7日(1698年4月17日)、下野国佐野藩主であった堀田正高が1万石で堅田に移封されたことにより、堅田藩が立藩した。比良山麓の村々は、堅田藩のほかに三上藩(野洲郡三上に藩庁を置く1万石の藩)や幕府直轄領・旗本領が入り組んでおり、たとえば同じ堅田(中世の「堅田四方」)のうちでも、本堅田村と衣川村は堅田藩領であったが、今堅田村は三上藩領であった。
藩政の基礎は初代藩主・正高から第3代藩主・堀田正永の頃にかけて固められた。
第5代藩主・堀田正富の時代、安永8年(1779年)には、御用金賦課に反対した百姓たちが大規模な代表越訴型一揆をおこした。領内29か村中、17か村の代表者29名が江戸に赴き、堀田家の本家(佐倉藩)に要求を掲げて駆け込み訴えをするという激しいものであった。多額の御用金賦課は、藩主が抱えた多額の借用銀の返済が直接の理由であったが、地元商人によって藩経済が掌握された構造や、安永7年(1778年)の水害被害も背景として存在する。この一揆は、代表者から1人の処分者もなく(在方役人側に処分者を出した)、一揆側が要求を貫徹しているという点でも珍しい事件である。