運河駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の計2面3線を有する地上駅。
橋上駅舎は2013年7月13日から段階的に供用が開始された。橋上駅舎には改札階と東西の出口・ホーム間をそれぞれ連絡するエレベーターとエスカレーターが設置されている。
橋上駅舎は当初西口のみの暫定供用、2013年12月27日より東口及び東西自由通路の供用も開始された。駅舎の橋上化に伴い東口駅前広場が整備され、東口とふれあい橋を結ぶ歩行者専用道路が新設された。
トイレは改札内コンコースにあり、多機能トイレを併設する。
柏・船橋方面は複線で当駅が単複境界となり春日部駅までは単線である。
橋上化以前の駅舎は大宮方面の単式ホーム側にあり、柏方面及び中線の島式ホームとは地下道により連絡していた。
東武アーバンパークライン ■特急「アーバンパークライナー」停車駅 ■急行 梅郷駅 (TD 18) - 運河駅 (TD 19) - 流山おおたかの森駅 (TD 22) ■区間急行・■普通 梅郷駅 (TD 18) - 運河駅 (TD 19) - 江戸川台駅 (TD 20)