リヴォニア戦争
これはヴァーサ家の出身地のスウェーデンに直接影響を及ぼし、反対者による分離運動に発展して行くこととなった。さらにリューリク朝断絶によって動乱時代を迎えていたロシアへの介入も問題の拡大に拍車をかけることとなった。共和国内においても、ポーランド・ヴァーサ家の専制政治への試みは、セイムとの対立を引き起こす結果となり、君主と議会の確執は、健全な議会制民主主義の発展を阻害して行くこととなった。
ポーランド・リトアニア・スウェーデン共和国はごく短期間のみ機能した。しかしカトリックのジグムント3世は、幼いころからポーランドに住み、生涯ポーランドをその治世の中心地としていたため、叔父で摂政のカールと配下のプロテスタント諸侯が1598年にスウェーデンをプロテスタント国家へと戻すべくスウェーデン国内で反乱を起こすと、ポーランドからの遠征による鎮圧を試み、失敗に終わった。以後ポーランド・リトアニア・スウェーデン共和国は名目上は存続したものの事実上は機能不全となり、ヴァーサ家もジグムント3世の系統の「ポーランド・ヴァーサ家」と反乱者である叔父のカール9世の系統の「スウェーデン・ヴァーサ家」に完全に分裂していった。17世紀のスウェーデンは、グスタフ・アドルフの元で絶対王政とバルト海の支配権を固めつつあり、事実上の再合同は不可能となって行った。ポーランド・リトアニア・スウェーデン共和国はポーランド=リトアニアとスウェーデンとの間の幾度かの激しい戦いを経て、のちの三十年戦争の終結により名目上においてもポーランド・リトアニア共和国と大国の座を勝ち取ったスウェーデン・バルト帝国に完全に分離することとなり、最終的にスウェーデン王位への請求権は、1660年に放棄することとなった。