高美湿地
《臺灣重要野鳥棲地手冊》によると、高美湿地にはカラシラサギ、ヨーロッパチュウヒ、ミサゴ、タマシギ、ツバメチドリ、コアジサシ、エリグロアジサシなどの7種の希少鳥類が生息し、絶滅危惧種のクロツラヘラサギ、ツバメチドリ、アカモズ、カササギなどは保護対象となっている。その他、シロチドリ、ヒドリガモ、キアシシギ、オグロシギ、キョウジョシギ、キガシラカナリア(英語版)なども確認されている。
河口で繁殖する雲林莞草は生活排水などを吸収し、水質を浄化するだけでなく、底生生物の生息に必要な有機物質を供給していることで、干潟のトビハゼや高濃度の塩分の水域で生息するミナミコメツキガニに淡水を供給したり、魚群を引き寄せることで渡り鳥の生息環境を整えたり、保護区内で唯一開放されている漁民の活動が当地の漁業収入をもたらすなどの恩恵がある。
毎年100-200羽のズグロカモメが越冬し雲林県の北港渓河口とともに台湾では最多生息地となっている。高美海堤から北方へ行くにしたがい、雲林莞草を主体とする干潟から、チガヤやヨシが分布する礫石で覆われた盛り土部や廃土へと風景が変化する。その礫石部は干潮時にフジツボが好む生息地となる。
シオマネキ
ミナミコメツキガニ
コサギ