イワナ
イワナ系、オショロコマ系以外にも、日本に人為的にカワマス、レイクトラウトなどが移入され、一部地域で外来種として定着している。また、イワナ類の種間、あるいはヤマメなどとは、自然状態で交雑が行われており、雑種が生息している地域もある。特に外来種のカワマスとは容易に交雑し、雑種一代目は成長はよいが繁殖力が落ちるため、純粋なイワナが滅びる可能性が懸念される。ヤマメと同様一般に各地で見られるイワナは、その多くが遊漁(釣り)目的に養魚繁殖魚を放流したものであり、これがその地域に本来生息していた個体と混血し、純粋な地域型個体が残っている河川はかなり少ないと考えられている。
学名 Salvelinus leucomaenis imbrius
ゴギ
絶滅危惧II類 (VU)(環境省レッドリスト)
イワナの個体群で、中国地方の島根県、岡山県、広島県、山口県などの山岳地帯の源流域に生息。背部から体側の白斑が、頭部にも続いているのが目立つ。体長は 20 cm 程度。ゴギの分布の西南限は、日本海側では島根県の横田川(現:高津川)、瀬戸内海側では山口県の岩国川(現:錦川)であるとされる。環境省の汽水・淡水魚類レッドリストにおいては絶滅危惧II類に分類される。捕獲に関しては禁漁区が設定されたもとで保護されているが、禁漁区以外では他のイワナやヤマメに対して自治体と漁協が設けている漁期、体長制限などが適用される。
広島県など中国地方では、ゴキとも呼称される。
キリクチと呼称されている個体群が、紀伊半島の十津川水系(奈良県)にのみ分布しているが、イワナの地域変異型として考える場合が一般的になっている。この個体群が、イワナ類の南限とされている。現在は2水系に2つの遺伝的に異なる集団が残るが、かつては十津川水系の上流部や日高川水系にも生息していた。
ニッコウイワナ
学名 Salvelinus leucomaenis pluvius
イワナの地域個体群で、東北地方、関東地方の山岳部から、滋賀県、鳥取県にかけて分布。全長 30-80 cm 程度まで。体側の白斑ははっきりしているが、側面から腹部にかけて、より大きな橙色-薄桃色の斑紋が散在する。
情報不足(DD)(環境省レッドリスト)