東寺文書
西院御影堂経蔵には「三聖人」と呼ばれる、御影堂の管理を司る寺僧のみが出入りを許された。寛文8年から12年(1686年 - 1690年)に御影堂の改修が行われた際、これらの文書は西院の西北隅に建てられた霊宝蔵に移され、近代に至った。
狭義の東寺文書は、上記のうち西院御影堂経蔵(のち西院霊宝蔵)に伝来した文書を指す。一方、「東寺百合文書」(京都府立京都学・歴彩館蔵、国宝)は、宝蔵伝来文書である。寺家文書としては、このほかに、昭和12年(1937年)に宝蔵内で確認され、現在は京都大学総合博物館が所蔵する「教王護国寺文書」、宝蔵から西院霊宝蔵に移された「霊宝蔵中世文書」、同じく西院霊宝蔵に保管されていた「霊宝蔵近世文書」などのグループがあり、これら以外にも寺外に流出した文書がある。
子院文書は、観智院金剛蔵、観智院宝蔵、宝菩提院三密蔵の3か所に保管されてきたものである。金剛蔵伝来文書は観智院一世の学僧杲宝、その弟子賢宝らにより書写あるいは収集された仏教典籍類を主とし、「東寺観智院聖教類(しょうぎょうるい)」として一括して重要文化財に指定されている。観智院宝蔵には主として近世文書を収蔵、宝菩提院三密蔵は仏教典籍類が主であるが、その全容は未詳である。
昭和41年(1966年)に一部文書が外部に流出する事件が発覚。これをきっかけに、昭和42年(1967年)「東寺百合文書」が京都府に売却・譲渡された(京都府立京都学・歴彩館所蔵)。また、「教王護国寺文書」は昭和43年(1968年)に京都大学に譲渡されている。