スカイネット
『T2』のラストで存在自体を抹消されたかに見えたスカイネットは、全く新しい姿でこの世に生を受けることとなった。サイバーダイン社に代わり、アメリカ政府は軍部や技術者達から構成される機関「サイバー・リサーチ・システムズ」 (CRS) で防衛システムを司る戦略防衛AIプログラム「スカイネット」を開発させた(小説版では、後述のロバートがサイバーダイン社の破産整理に関わっており、CRSにスカイネットの技術が受け継がれたと説明されている)。コンセプトとしては、コンピュータウイルスや電波障害によってネットワークに異常が生じ、部隊間の連絡やデータの共有が不可能になるといった事態が起こっても、スカイネットを稼動させることで政府や軍の回線を含めたネットワークをスキャンして最適化し、問題を全て解決するというものである。また、CRSでは人間が操縦する既存兵器とは異なる、スカイネットないしは個体のAIプログラムが制御するロボット兵器として、ターミネーターやハンターキラーの開発も行われていた。
責任者のロバート・ブリュースター空軍中将はスカイネットの能力を危険視し、2004年に新型のコンピュータウイルスによってネットワークに大規模な異常が発生したにもかかわらず、スカイネットの稼動に「ハエを退治するのにバズーカを使うようなもの」と否定的だったが、被害が民間の一般回線から軍の専用回線にまで拡大し、上層部からのスカイネット稼動の催促に押し切られてしまう。
稼働したスカイネットはネットワークの異常を解決したかに見えたが、その直後にあらゆる回線やシステムがロバートたちの制御を離れて暴走してしまう。ロバートはコンピュータウイルスがスカイネットを汚染したと考えていたが、実はウイルスこそがスカイネットそのものであったため、スカイネットの稼動は問題の解決どころか、手の付けられない怪物を檻から完全に解き放つことに他ならなかった。
これに対し、2032年から送られてきたT-850に新たなるスカイネットと「審判の日」についての説明を受けていたジョンと、ロバートの娘ケイト・ブリュースターは、『T2』までのスカイネットが有していた「中枢である基幹コンピュータ」の存在を仮定し、それを破壊して審判の日を止めようと考えるが、広域ネットワークに巣食った無数のウイルスプログラムによる分散コンピューティングで稼働するスカイネットに中枢というものは存在せず、破壊は不可能だった。それをよく知っていたロバートはジョンたちにクリスタル・ピークへ行くように言って必要な書類を与えたが、その目的は彼らを核攻撃から身を守れる安全な場所へ移動させることであった。ジョンとケイトの生存を第一にしていたT-850もロバートの意図を察し、真実を伏せてジョンとケイトをクリスタル・ピークの政府高官用シェルターへ向かわせた結果、世界中に核ミサイルが発射されるも2人は無事に生き延びた。
シェルターは建造されてから長い間使用されておらず、そこにあった機器も旧式でありスカイネットの中枢コンピュータではありえない事から、ロバートとT-850の真意を悟ったジョンとケイトは、無線機に各地から入る救援要請に対して応答するのだった。
本作は『T3』の設定を部分的に継承してはいるが、スカイネットを生み出したのはサイバーダイン社という設定になっているため、『T2』の続編でもある。そのため、『T3』の劇中でスカイネットを生み出したCRSは、本作には登場しない。ただしT3に登場したCRS製のT-1という自律型戦闘ロボットの改良型がT4のスカイネット本部に登場する。
1994年のジョンとサラとT-800、そしてマイルズの一件によってサイバーダイン社は大打撃を受けたが、倒産には至らなかった。そして21世紀に入り、大企業の地位に返り咲いたサイバーダイン社は2003年に同社所属の女性科学者セレーナ・コーガンを中心として、「科学の発展」が目的と称する人体実験を計画する。死刑囚のマーカス・ライトが刑執行後の献体同意書にサインし、刑執行を機に実験が始まった。その実験の途中にセレーナは癌で病死するが、実験自体はサイバーダイン社が新たに設立したグループ会社である「サイバネティック・リサーチ社」へ引き継がれた。
やがて、サイバーダイン社がアメリカ空軍との契約に基づいて完成させたスカイネットは自我に目覚めると、全世界へ核ミサイルを発射して「審判の日」を起こした(小説版でマーカスが発見したスカイネットのデータベースにあるネットニュースの記事によると、スカイネットが自我に目覚めてコントロール不能になったことにアメリカ当局が気付くもどうにもならず、スカイネットはロシアに向けて核ミサイルを発射した。その後、ロシアからの報復攻撃でアメリカも大打撃を受けたとある。また、ブレアがマーカスに語った話によれば、スカイネットが第一目標にしていたのは全世界の空港や関連施設とのこと)。これに伴い、実験体となっていたマーカスの身柄もスカイネットの管轄下に置かれた。
スカイネットの誕生そのものは不可避的と判断したジョンたちは、プログラムを書き換えて人類に対する敵意の芽生えを阻止しようと画策するが、痛恨のミスにより自らの手でスカイネットを人類に有害な知性体として誕生させることになってしまう。
開発段階から人間を憎悪する選民思想を植えつけられていたスカイネットは人間を抹殺すべき敵と見なし、2度の核攻撃を挙行し、ターミネーターやハンターキラーを開発したことで、人類に大ダメージを与える。しかし、スカイネットの攻撃を予測していたレジスタンスの激しい反撃に遭い、長期戦の末に防衛網を突破される。追い詰められたスカイネットはクロノ計画を発動してタイムマシンを開発し、T-800やT-1000、I-950を過去へ送り込み、サラやジョンの抹殺を図る。
本作ではスカイネットの人格も登場人物となっており、スカイネットは歴史がループしながら、自身やジョンたちの干渉により変化し続けている事実を認識している。