シーケンスアラインメント
動的計画法(英語: dynamic programming)の代表的な手法として、グローバルアラインメントについては Needleman-Wunsch法(ニードルマン=ウンシュ法)、ローカルアライメントについてはSmith-Waterman法(スミス=ウォーターマン法)がある。例えばタンパク質のアライメントでは、アミノ酸の一致・不一致に対しして置換マトリックスを参照してスコアを付与し、ギャップにはペナルティを付与するような計算である。