子ども食堂
食事を提供する場である以上、食中毒などの衛生問題も懸念されている。どこか一つの食堂で食中毒が起きれば、子ども食堂全体の広がりに影響が及ぶ可能性も示唆されている。
通常の食堂では洗浄設備や計器類を整え、確認検査を受けての営業許可が必要だが、子ども食堂のような福祉目的の場合、許可は必要ないと判断されることが多いことも問題視されている。
教育学博士でもあるアグネス・チャンは、子ども食堂の存在を知り、自分も何かできないかと友だちに相談したところ「食中毒でも起こしたら大変だから」と止められたという。社会活動家の湯浅誠も、「広がれ、こども食堂の輪! 全国ツアー」で20か所以上の地域を訪れた際に、どこでも参加者から、衛生面の配慮や保険についての質問が出ていたという。多くのこども食堂は何らかの保険に加入しているが、湯浅は保険にまで手が回っていない食堂も存在していることを指摘している。
この課題の解決に向け、商品安全確保について研修会を実施し、衛生マニュアルを作成・配布することで、食材の扱いと調理の上で細心の注意を払っている食堂もある。調理担当者に検便を義務付け、生ものは一切提供せずに必ず加熱調理するなどを徹底している食堂もある。また2018年4月には、前述の「こども食堂安心・安全向上委員会」により、食堂を保険面でサポートするためのクラウドファンディングが開始された。
2022年8月、鹿児島市においては、子ども食堂内において飲酒をしながらの調理、マスク、三角巾、手袋、エプロン等を着用せず、食品衛生法に準拠しない水回り掃除用手袋での調理や素手で調理を行う等の行為が保健所へ報告されているが特段の処分等はなく、不問となっている。
子ども食堂が必要となる背景には、親の貧困の深度が深まり、介護問題や労働問題などが重なった末、育児放棄などで満足に食事のできない子供ができたという事情があることから、そうした社会の問題を変えてゆかないと根本的な解決にはならないとする意見もある。これに対しては、確かに子ども食堂で貧困問題が解決するわけではないが、貧困問題を多くの人々の気づいてもらうきっかけになり、人々が問題を知ることが、いずれ社会を変えてゆく動きへとつながって行くとする意見もある。
行政が子ども食堂登録制度等を設け、補助金の給付を行うことが多いが、子ども食堂内で食中毒や事故等のトラブルがあった場合、行政は指導、監督する立場にはなく無関係であるとしている。そのため、トラブルが生じた場合に相談できる監督官庁が無く、被害者が個別に民事訴訟を行うなどするしかないのが現状ある。実例として2022年8月、鹿児島市における子ども食堂内で複数の学生が救急搬送される事故が生じたケースでは民事訴訟に発展している。
フードバンクや企業から提供された食材や物資が、運営者に中抜きされる、転売される等の行為が確認されている。「子どもたちのために」と寄付された寄付金も運営団体の運営費として消費されるなど、『中抜き構造』の問題も指摘される。