佐渡汽船
原油価格高に伴う燃料費の高騰で、2006年から繁忙期以外はカーフェリーの運航所要時間が通常時より10分程度長くなっている。
さらに、2006年6月からは、「燃料油価格変動調整金(燃油サーチャージ)」を導入し、旅客は一律大人130円・子供70円、自動車850円・二輪車200円の加算となっている。2007年1月からは旅客は一律大人260円・子供130円、自動車1690円・二輪車400円の加算と値上げした。
またカーフェリーでは「島発往復きっぷ」として佐渡側(両津港・小木港など)からの往復運賃を本土発の運賃から約1000円ほど割り引いている。
直江津港 - 小木港(78km、国道350号海上区間)。1日2往復。11月中旬から2月は「こがね」の入渠などで運休する。
佐渡汽船は新型コロナウイルスにより利用客が減少したと同時に経営が悪化。2022年2月7日にみちのりホールディングスと第四北越銀行に対して第三者割当増資を行う事を発表。同年3月31日に第三者割当増資によりみちのりホールディングスの子会社となった。同日に就任した松本順会長は会見で「佐渡汽船の経営を支援し、佐渡と本土間の人流・物流の発展を通じて地域社会の活性化に貢献する」「小木―直江津航路は、出来る限り維持したい。自治体・国からも、適切なご支援をいただきたい」とコメントした他、「新潟交通の路線バスと提携する必要がある」と指摘した上で「協議をぜひ前向きに進めていきたい」とコメントした。同日に就任した尾渡英生社長も「みちのりグループ各社で取り組んだいろいろな経営改善も参考にする。グループ各社との協業も検討課題だ」とコメントした。
2022年5月6日に東京証券取引所スタンダード市場上場廃止となり、同年5月10日に実施される株式併合により、株主がみちのりホールディングス、新潟県、佐渡市、佐渡農業協同組合、第四北越銀行のみとなる予定である。
運航ダイヤ、航路、運賃はこれまで通り維持されるが、割引運賃や運航ダイヤに関しては見直しを実施する可能性があるという。