ブラックマトリクス
主人公を操作して町などを探索する状態。住民と会話したりショップで買い物を行なったりすることが出来る。マップ上に出口はないので、ストーリーを進めるにはメニューから「出る」を選択する必要がある。また、町中にはフードを被った人物や悪魔の鎧装備者などの怪しい人物が存在し、話し掛けると自由戦闘(フリーバトル)に突入する。自由戦闘はリーダーを倒せば勝利となるが、敵総数の4分の1を倒せば戦利品を獲得したまま撤退することが出来る。なお、リーダー以外は経験値を持たない上に獲得BPも僅かである。
今作では前作のようにキャラ毎に装備出来る武器が決まっているのではなく、例えば主人公のレイジなら初期状態でスキル「護剣術」を取得しているのでショートソード系の武器が装備可能、と言った具合に、習得しているスキルに応じて装備可能な武器が決まる。また、武器毎に必要STRが設定されており、装備者のSTRがそれ以上でなければ装備は出来ない。初期装備のスキル以外はそのキャラが最初に参加した戦闘の終了時に、リスト内で習得済みのスキルに隣接しているスキルを一つ習得する仕組みになっている。従って、スキルを多く習得するには周回プレイを重ねる必要がある。
武器を使い込むとその武器のスキルのレベルが上昇していく。最初は「スタンダード武器」しか装備出来ないが、スキルレベルが一定以上になると「アドヴァンスト武器」と言う、強力な武器が装備可能になる。スキルレベルを最大まで上げると、そのスキルの武器の装備制限が解除され、STRが規定値に達していない武器も装備可能になり、更に消費BPも半減する。ただし、スキルレベルは敵も同様に上昇していく。
BLACK/MATRIX ZERO(ブラックマトリクス ゼロ)は2002年8月30日にゲームボーイアドバンス用ソフトとして発売された。
キャラクターイラストの担当は高野裕紀に変更された。