南遣艦隊
1943年(昭和18年)1月中旬にはアンボン島港外で軽巡名取が潜水艦の雷撃と空襲で大破、第二南遣艦隊の大型艦船は足柄と軽巡2隻のみとなる。 4月15日、第二南遣艦隊司令長官に岩村清一中将が任命され、南西方面艦隊司令部と分離した(高須中将は南西方面艦隊長官専任)。足柄と第十六戦隊も南西方面艦隊直率部隊となり、第二南遣艦隊は軍政関係を主に担任することになった。第二南遣艦隊は軍隊区分において東印部隊となった。この頃から連合軍の空襲が激しくなった。
第二南遣艦隊はボルネオ島・セレベス島・スンダ列島・西ニューギニアを管轄したが、広大すぎることから11月30日に第四南遣艦隊を新編し(南西方面艦隊麾下)、東部の管轄区域を移譲した。大規模な戦闘は経験せず、潜水艦攻撃と機動部隊の空襲によって消耗した。
1945年(昭和20年)2月5日の第十方面艦隊新編にともない(上述)、第一南遣艦隊と第二南遣艦隊は南西方面艦隊からのぞかれて第十方面艦隊へ編入された。 また第四南遣艦隊は同年3月10日に解散したが、麾下部隊は第二南遣艦隊に復帰することなく、第十方面艦隊直卒となった。
福留は、第一南遣艦隊司令長官達が平時の服装であることに「日本の戦争地域にまだこんな平和な地が残っているのか」と感嘆したという。 1月13日、福留中将は第一南遣艦隊司令長官兼第十三航空艦隊司令長官に任命された。
同時期、ルソン島マニラに司令部を置いていた南西方面艦隊/第三南遣艦隊(司令長官大川内伝七中将、参謀長有馬馨少将)は、フィリピン地上戦に巻き込まれて機能を失った。 2月5日、日本海軍は第五艦隊(司令長官志摩清英中将)を解隊し、第十方面艦隊(司令長官福留繁中将、参謀長朝倉豊次少将)を新編する。 第一南遣艦隊と第二南遣艦隊は南西方面艦隊からのぞかれて他部隊(第十三航空艦隊・第五戦隊など)と共に第十方面艦隊に編入されて「西部方面部隊」となり、終戦まで駐留を継続した。戦艦と水雷戦隊は、2月中旬に実施された北号作戦により内地に撤収したため、第十方面艦隊は重巡4隻(羽黒、足柄、妙高、高雄)と少数の駆逐艦、基地航空隊で連合国軍の反攻に備えた。制海権も失われており、5月中旬にはニコバル諸島方面輸送作戦に従事していた重巡羽黒が撃沈され、駆逐艦神風も小破した(ペナン沖海戦)。重巡足柄も潜水艦の雷撃で失われた。ビルマ方面(第13根拠地隊、司令官田中頼三少将)の戦局も悪化する一方であった。
なお、第十方面艦隊司令部(司令長官・参謀長)はひきつづき第一南遣艦隊司令部および第十三航空艦隊司令部を兼任した。9月2日、シンガポールにて南方陸海軍の降伏式が行われた。
南西方面艦隊:1942年4月10日 -(降伏)