メジュ
主として、表面付近ではニホンコウジカビなどのカビ、中心部では枯草菌などの細菌が自然に繁殖する。日本の豆味噌の中間原料となる味噌玉にも似ているが、枯草菌の増殖を抑えて作る味噌玉や麹と異なり、メジュは藁内の枯草菌を積極的に利用する。また、麹が40~70時間で完成するのに対してメジュは短くても2週間はかかる。メジュには下記の微生物が繁殖する。
カビ類:コウジカビ、クモノスカビ、ケカビ、アオカビ
真菌類:サッカロミセス属(英語版)、トルロプシス属
細菌:バシラス属、ブドウ球菌属
枯草菌は大豆のpHを高めてアルカリ加水分解(英語版)を促進するため、アンモニア臭がする場合もある。アンモニアは熟成中に揮発するほか、テンジャンなどを作る際に木炭を入れて吸着させるため、最終製品にはアンモニア臭は残らない。一方、枯草菌は納豆菌の近縁のため、最終製品に納豆のような匂いがする場合もある。