対馬空港
同年9月16日には、同仁化学研究所所属のプロペラ機ソカタTB21(JA74KU)が滑走路32手前の斜面に墜落し、乗員3名が死亡した。この機体は、崇城大学が研究所から借り受けていたもので、大学航空工学実験研究所の航空操縦士、整備士と研究所社長が同乗していた。なお、事故調査委員会は急降下の原因については特定出来ないとした。
2005年10月、福岡便の昼間一部便がDHC8-Q400による運航となり増便された。これは、2007年11月まで実施され、その後はボーイング737-500による4往復に減便された。
2008年、愛称を「対馬やまねこ空港」に決定した。対馬市内の小・中学生、高校生3,195人による投票で決定した。愛称の選定にあたっては、島内外から計1,606点の応募があり、決定した愛称には、107人の応募があった。6月には、オリエンタルエアブリッジが福岡便へ参入を目指し、全日本空輸に対して減便を求めていくことを発表した。
2009年7月、韓国のコリアエクスプレスエアにより大邱国際空港を結ぶ国際チャーター便が運航開始。20人乗りのプロペラ機で、月・水・金曜に各1便の運航で、韓国発のツアー商品として発売された。その後、2012年には対馬発のツアー商品も販売された。
2013年4月1日、気象庁福岡航空測候所対馬空港出張所が閉所。気象観測・通報業務は航空機安全運航支援センターへの委託となる。
2018年4月1日には、福岡FSCのリモート空港となり、国土交通省大阪航空局対馬空港出張所は閉所した。また、10月を以て、全日本空輸が福岡便で運用していたジェット機が老朽化を迎えていたこともあり、運用を終了した。