アリヤ・イゼトベゴヴィッチ
クロアチア人は首相の座を獲得し、セルビア人は議会議長の座を獲得した。アブディッチはボシュニャク人の大統領評議会から身を引くことに合意し、イゼトベゴヴィッチが大統領に選ばれた。
ボスニアの、民族による権力分担合意は、クロアチアにおいてクロアチア人とセルビア人の間で戦闘が始まり、民族間の緊張が高まったことによって、急速に崩壊を迎えた。イゼトベゴヴィッチは、憲法上は1年間のみ大統領の地位にあるものとされていたが、この合意は「非常事態のために」破棄され、セルビア人とクロアチア人の民族主義政党セルビア民主党(SDS)とクロアチア民主同盟(HDZ)はボスニア・ヘルツェゴビナ政府を否定し、合意は完全に崩壊した。
スロベニアとクロアチアで1991年の夏に戦闘が始まると、ボシュニャク人も戦闘へと参加していった。イゼトベゴヴィッチははじめ、ボスニア・ヘルツェゴビナを緩やかな連邦国家として国家の統一を維持することを提唱し、平和的解決を強く求めた。イゼトベゴヴィッチは「何にもまして平和を」という立場はとらず、1991年2月には、「私はボスニア・ヘルツェゴビナの独立のために、平和を犠牲にすることもいとわない。しかし、ボスニア・ヘルツェゴビナの平和のために、その独立を犠牲にすることはない」と発言した。
旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷によるイゼトベゴヴィッチに対する調査は一度は始められたものの、彼の死によって中止された。 自伝『逃れられない疑問』(Inescapable Questions)の中で、イゼトベゴヴィッチは、ある場面で少数のボシュニャク人兵士が故意に市民を殺害したことを認め、これに関して、彼の政府による急ごしらえの軍の統率を保つことの困難さについて詳述した。
イゼトベゴヴィッチは2003年10月、自宅で転倒しケガを負ったことで心臓病が悪化したため、サラエヴォにて死去した。死後、サラエヴォの大通り「Ulica Maršala Tita」(チトー元帥通り)および「サラエヴォ国際空港」に彼の栄誉を称えての改称が提案されたが、これはスルプスカ共和国の政治家からの反対を招き、ボスニア・ヘルツェゴビナ上級代表のパディ・アッシュダウン(Paddy Ashdown)によって改称は阻止された。
イゼトベゴヴィッチの墓はサラエヴォのコヴァチ(Kovači)墓地にあり、2006年8月11日に何者かによって爆破された。