乙未戦争
残留清兵との戦闘が終了して台湾平定を宣言した後も、各地で一部抵抗は続いた。しかし、その中心は日本からの独立というものではなく、日本の一部としての自治権や生活に関わる運動などが主流であった。
台湾平定宣言以降の戦闘は、日本の台湾開発とそれによって起こる生活環境の変化、武装解除に反対する現地住民との軋轢など、多様な事情が原因となった。また、樟脳の生産拡大を求めた台湾総督府は、平定宣言を出す直前の1895年10月に日令26号「官有林野及樟脳製造取締規則」を発令し無主地を官有地と定めたが、高山地帯において狩猟などを前提とした高山族や平野に住む平埔族諸族にとって生存圏を脅かされる死活問題であったために、これも抵抗激化の一因となった。この台湾原住民との戦いは「生蕃討伐」と呼ばれ、12月には台湾北部の宜蘭が包囲され、翌年元旦には台北城が襲われるなど激しい抵抗が続いた。翌年3月31日、台湾総督府条例(勅令第八八号)、台湾総督府評議会章程(同第八九号)などが制定・公布され、台湾は軍政から民政に移行すこととなり、大本営は解散した。漢人のテロ行為を含む抵抗は1902年まで続き、高山族の抵抗が終了したのは、「理蕃史上最後の未帰順蕃」として有名であった高雄州旗山郡のブヌン旗タマホ社の200名余りが、頭目ラホアレを先頭に下山し、州庁玄関で帰順式を挙げた1933年4月22日のことだった(後藤乾一「下級兵士がみた植民地戦争 ―台湾における「生蕃討伐」と加藤洞源―」)。