日本在来馬
江戸時代になると、和種馬に関連した妖怪文化も盛んとなる。馬憑き、馬の足、首切れ馬などは、和種馬の妖怪である(鞍野郎のような馬具の妖怪もいる)。逆にいえば、近世と違って、和種馬が身近ではなくなった現代において、こうした和種馬関連の怪談や妖怪話は皆無に等しい。例えば、馬憑きの話は現在ではほとんど症例がないが、これも日本在来馬の文化といえる。
明恵上人が宇治茶の栽培の指導にあたって、乗馬して畑を歩かせ、その足跡に茶の種をまくようにと教えたとされる。これは馬の歩幅が株間に適当であったためであり、現在も黄檗(おうばく)山門前には「駒の足影」の碑が建てられている。中世の茶作りに在来馬の歩幅が重要な役割を果たしていた。
『徒然草』(14世紀成立)の第183段には、「角で人を突く牛なら角を切り~(中略)、人に噛みつく馬ならその耳を切ってその印とする」とあり、犬にしても馬にしても、人に噛みつく動物を飼う事は律(刑法)で禁じられており、印をつけないのは飼い主の責任であると記している。中世においても馬に関して社会的なルールが決められていた事が分かる記述である。
まず明治34年(1901年)の「馬匹去勢法」によって、種牡馬及び将来の種牡馬候補以外の牡馬は全て去勢することが定められ、ついで日露戦争後の内閣馬政局の設置(明治39年(1906年))、さらには昭和14年(1939年)の「種馬統制法」によって、これがさらに強化徹底された。この大規模な「改良」の結果、多くの地方では短期間の内に純粋な在来馬が消滅するに至った。
しかしそのかたわら、離島や岬の先端など、主として交通が不便な一部地域には、外国産馬(洋種馬)の血がほとんど入らず、かつての姿をよくとどめる馬群が、細々とではあるが残された。そのような馬群8種を、日本馬事協会が「日本在来馬」として認定し、現在まで保護にあたっている。これらのほかにも農耕馬が使われている地域は存在するが、いずれもある程度洋種馬と混雑しており、純血種に近いものはこの8種のみであると考えられる。
8つの馬種は品種であり、遺伝子的には地域個体群程度の差しかないが、それぞれに特徴があり、体形が異なる。