新日吉神宮
永暦元年(1160年)、後白河上皇によって院の御所・法住寺殿の鎮守社として、日吉大社より山王七社(上七社)を勧請し、現在より南の地に新日吉社として創建される。同時に、新日吉社の別当寺とするために妙法院を比叡山延暦寺の山内から祇園社(八坂神社)の西側に移設している。また、同じく鎮守社として新熊野神社、鎮守寺として蓮華王院(三十三間堂)が建立されている。
室町時代以降は応仁の乱などの戦乱によりほとんど廃絶という状態であったが、寛永17年(1640年)現在地のやや北東側、廃絶された豊国社と豊国廟の参道上に再建された。あたかもそれらの参道を塞ぐように再建されたため、「江戸幕府が旧豊国社や豊国廟への参拝を妨げるために再建した」との説が明治以降流布したが、この再建に幕府が積極的に関わった形跡はなく、伝承では再建したのは後水尾上皇、直接に関与したのは妙法院の堯然法親王(後水尾上皇実弟)である。