Project64
プラグイン方式を採用している。これにより、ゲームソフトによって相性が出る場合でもプラグインを切り替えることで互換性を保つことが可能である。
開発者の1人であるjabo氏が開発したビデオ・オーディオ・入力プラグインが長らくデフォルトで同梱されてきた。その後はアップデートを重ね、新しいプラグインに置き換えられているほか、GLideN64とN-Rageの入力プラグインが付属しており、これらも推奨されている。ユーザーが自分で追加のプラグインをインストールすることもできる。
また、KailleraやAQZといったプラグインを用いた、オンラインプレイに対応している。