明応の政変
義材がこのまま将軍であり続けたら、越前征伐をはじめ連続して外征が行われる可能性があり、大名がさらなる不満を抱くのは必至で、長年将軍家を担ってきた富子は幕府の存立に重大な危機が迫っていることを感じたと推測される。最終的に義材の廃立を決断したのは政元ではなく、富子であったとする説もある。
将軍の直臣すらも義材を見捨てたのは、日野富子や政所の伊勢貞宗の影響があったからだという。富子は先述したように、将軍家を代表する人物でもあり、義材の将軍決定もまた彼女の支持によるものであった。そのため、富子が義材の廃立を決めたことは、直臣らの意思決定に大きな影響を与えたことであろうと考えられる。貞宗は政元と同様に基家の家臣と接触していたし、また河内遠征に従軍していた大名や将軍直臣が内容不明の謀書によって義材を見捨てたことは先にも取り上げた。また、政変の1か月前に基家に将軍擁廃立の陰謀が伝えられていたという記録があることから、貞宗は明らかに義澄擁立の事前工作を進めていた。貞宗の行動も義澄の擁立に大きく貢献したと推測でき、実際に義澄は貞宗に「政務を全て委ねる」と言ったほどであった。
日野富子が将軍家という「家」に関するこの行為を認めたことは大きく、政変に正当性を与え、結果的に大名や将軍直臣らが義材を見捨て、義遐に付く流れを形成した。この政変は政元一人で成し得たものではなく、日野富子や伊勢貞宗の協力があってこそ成し得ることができたものであった。
そのため、応仁の乱で政元の父・細川勝元はこの家督争いに介入、尾州家の政長を支持して総州家の義就と争わせることで畠山氏の力を削ごうとした。だが、義材の河内征伐により、政長のもとで畠山氏が再統一されると、再び強大化した畠山氏が細川氏を脅かす可能性があった。再統一された畠山氏は同じく畿内に勢力を持つ政元にとって、「新たなる強敵」の出現に他ならなかった。
結局、義材は政元の反対を振り切り、2月15日に討伐軍を京から河内に進発させた。そして、2月24日に義材は河内の正覚寺に入り、ここを本陣とした。大名らもまた、畠山基家が籠城している高屋城(誉田城)周辺に陣を敷き、城を包囲した。そのため、基家方の小城は次々に陥落し、3月の段階で基家は孤立を余儀なくされ、義材や政長の勝利は目前となった。
だが、政元は畠山氏の再統一を避けるため、政長の宿敵たる基家と結託した。すでに政元は河内征伐の開始直前までに基家の家臣と接触しており、興福寺の尋尊の記録では基家の重臣が河内征伐の直前、「将軍が攻めてきてもこちらは何ら問題はない。なぜならば、伊勢貞宗以下、大名らとはすでに話がついているからだ」と豪語していたと記している(『大乗院寺社雑事記』明応2年2月23日条)。政元は義材に不満を抱き始めた伊勢貞宗をはじめ、赤松政則といった大名、そして日野富子までを味方に引き入れ、叛乱計画を着々と練っていた。