分類学
生物の世界で分類学が成立することは生物の重要な特徴の一つである。分類学が成立するためには以下のようなことが必要であろう。
まず、生物は種に分かれている。つまり、まず、生物には、細部にわたって同じ構造、機能をもつ個体が複数存在し、それらが生殖によって同じ構造・機能を持つ個体を再生産している。しかも、それらとは違った構造・機能を持ち、同様の個体を再生産する群も存在し、それらの間にはっきりと見分けがつく。このような群を種と呼ぶわけである。
次に、種はそれぞれに固有の特徴を持つが、種を互いに比べたとき、基本的な部分は似ているが、細部で異なった種がみつけられる。それらをまとめることで、ある程度、基本的には似ている種をまとめられる。それを属と呼んだり、科と呼んだり、とにかくそうしてつくったグループを見比べると、それをさらにまとめることができ、このようにして、次第に大きな群をつくることができる。それらの群を分類群という。
実際にはすべての場合にこのようなことがみられるとは言い難いが、大部分の場合にはそうである。このような事柄は生物以外のものではなかなか成立するものではない(再生産されることをのぞいてもである)。分類学者はそこに何らかの意味が存在することを認め、正しい分類をすれば、生物の分類群間の正しい関係をみつけることができることを確信する。その関係のことを類縁関係、それによって組み立てられた分類体系を自然分類と呼ぶ。類縁関係を進化という現象によって理解し、分類体系を再構成しようという考え方が進化分類学である(現在の世界にも進化論を受け入れない人々がおり、彼らはまた異なる考え方をする。創造科学を参照)。
一方、伝統的な方法論を無視するわけではないが進化的系統を重視する立場が進化分類学と呼ばれる。これは日本語では系統分類学と呼ばれることも多い。
さらに徹底して、正確に進化的系統のみに基づいた分類を目指す立場を分岐分類学(あるいは分岐論、分岐学)と呼び、ヴィリー・ヘニッヒ(Willi Hennig)によって 1950 年代から主張された。これは英語ではPhylogenetic systematics(「系統分類学」あるいは「系統体系学」)とも呼ばれるが、上記の日本語でいう系統分類学とは異なる立場である。
なお、分岐論的な系統のみを重視する生物命名法としてPhyloCode(ファイロコード)が提案されている。これは従来の命名法のような属・科・目といった階層を使わず、系統のみで生物種を特定する方法である。
現在では形質発現の大元となると考えられる遺伝子のDNA配列を調べることが容易になり、これを比較して系統を推定する方法である分子系統学が急激に発展している。