Microsoft Flight Simulator
1999年に発売されたバージョンで、Standard EditionとProfessional Editionがある。Professional版にはStandard版にはない機能(新たな機体、IFR訓練パネルなど)が標準装備となっている。
このバージョンでは空港の数が大幅に増え、前作の約3,000件から約20,000件へとなり、ほぼ全世界の空港を収録するようになった。また新たな機体としてパッケージ表紙にも大きく描かれているコンコルドと、当時運用開始したばかりのボーイング777が含まれている。
ただし当時の最高性能のパソコンでも、FS2000を快適に動かせるものはないといわれるほど動作が重かった。