吉良氏
宣経は天文年間に周防から宋学の第一人者・南村梅軒を招きいれ、土佐南学の基礎を築いた。しかし、梅軒の講説を理解しえたのは、宣経と従弟の宣義の二人だけで、宣経の嫡男・宣直は居眠りしていたという。
宣経が亡くなると、宣直が家督を継承するが、前述の通り梅軒の講説に居眠りするような人物で、当主となった後も治政を怠っていた。その翌年には梅軒も吉良氏の元を去っていき、宣義はこれを諌めたが禁固刑に処され、永禄初期に断食自殺してしまった。この頃は、上記土佐七雄の群雄割拠が激しくなり、永正14年(1517年)の恵良沼の戦いで高岡郡の有力者津野元実を討ち破って土佐西部に進出してきた一条氏と、土佐中央部に進出し朝倉城を築いた本山氏の両氏にいつ挟撃されてもおかしくない状況であった。この状況を打開するため駿河守宣直は一条氏と結ぶことを決意するが、これによって本山氏は吉良氏攻撃を決行した。本山氏側は軍を二手に分け、天文9年(1540年)、宣直が仁淀川に狩猟に出かけた隙を狙って攻撃、本山茂辰により城主が不在であった吉良峰城が落城。宣直も仁淀川に来た軍勢と応戦するも討ち取られてしまい、ここに源希義流の土佐吉良氏は滅亡する。
このほか、吉良氏滅亡には諸説がある。『吉良物語』においては永禄6年(1563年)に長宗我部氏に攻められ滅亡したとされ、他に永禄5年(1562年)に本山氏に攻められ滅亡したとする説もあるが、資料や本山茂辰の吉良姓僭称から信憑性は薄い。
ただ東西両家が長らく対立し続けたというのは、天文22年(1553年)に成立した『今川記』に基づく話に過ぎず、裏付けとなる資料は存在しないと指摘されている。吉良氏は遠江国にも浜松荘を領し、また酒匂荘・懸川荘を請所としていたため、同国守護の斯波氏と協調関係を保つことで所職を維持してきたが、応仁の乱が拡大・長期化する中で東軍の駿河守護今川義忠が西軍の斯波義廉の征討を幕府に命じられ、酒匂・懸川荘を与えられたことを機に遠江への侵攻を開始する。酒匂・懸川荘代官である巨海氏は斯波氏家臣の狩野氏に味方して今川氏と戦ったが、浜松荘代官の飯尾長連は今川氏に通じて今川義忠が討ち死にした時には運命を共にしており、遠江の吉良氏家臣は親斯波と親今川に分裂した。今川氏の遠江侵攻は義忠の戦死によって中断し、同じ東軍の斯波義寛が守護に任命されたが、ともかく斯波氏の支配が回復したことで、吉良氏も浜松荘代官を親今川の飯尾氏から親斯波の大河内氏に交替させた。