ぷよぷよBOX
ドラコが使用。 スライス 自分のフィールド内の奇数段のぷよを1段おきに横7段分すべて消す。ラグナス・ビシャシが使用。 ヒーリング 自分のフィールド内の各列上から5個ずつまでのおじゃまぷよを消す。 スイープ 自分のフィールド内にあるおじゃまぷよをすべて消す。キキーモラが使用。DC版における「お掃除大作戦」とほぼ同様の特技内容。 カット 自分のフィールド内の5段目以上にあるぷよをすべて消す。ミノタウロスが使用。 ワイルドカード 自分のフィールド内にあるおじゃまぷよをすべてランダムな色ぷよに変える。ハーピーが使用。DC版における「変わるわよ〜」に類似した特技内容。 シンパシー 自分のフィールド内で孤立している色ぷよをすべて同じ色ぷよに変える(どの色に変わるかはランダム)。セリリが使用。DC版における「みんな仲良くしてね」及びGBC版における「シンパシー」とほぼ同様の特技内容。 サンダー 自分のフィールド内で、特技使用時に組ぷよ(軸ぷよ)があった列のぷよを縦1列分すべて同じ色ぷよに変える。ウィッチが使用。 パラレルウェーブ 自分のフィールド内のどこか横2段にあるぷよを各1段ずつすべて同じ色ぷよに変える(各段ごとに色はランダム)。のほほが使用。 トリプルウェーブ 自分のフィールド内のどこか横3段にあるぷよを各1段ずつすべて同じ色ぷよに変える(各段ごとに色はランダム)。チコが使用。
詳細は「ぷよぷよ通」を参照
メインメニューでは「ぷよ通」表記。選べるモードは「ひとりでぷよぷよ」「ふたりでぷよぷよ」「おぷしょん」。
PlayStationでは既に『ぷよぷよ通 決定盤』が発売されていたが、アレンジ移植だった同作とは異なりこちらはメガドライブ版準拠のため、ひとりでぷよぷよは『ノーマル・モード』のみで、敵キャラクターのメッセージは漫才デモではなく紹介文となっており、塔の経験値設定やエンディングデモなどもメガドライブ版に準じている。ただし、「八部衆(1階層)」の延長戦および最上階の隠しボスのマスクドサタン戦は背景が共通で本作オリジナルのものに変更され、1階層延長戦クリア後に経験値不足の場合は『決定盤』と同じくバッドエンドに変更されている他、『おぷしょん』ルール変化をONにした場合の「例の三人(6階層)」戦が「かたぷよ1」ルール固定ではなくなっている。
また、アルルの自宅では共に行動するカーバンクルと対戦したり(この場合も「たいせんバッジ」が必要)、各町のどこかにある鏡を使って主人公であるアルル自身と対戦する「シャドウぷよ」を行うこともできる(鏡のアルルのステータスはその時点でのアルル自身のステータスに準ずる)。 上記以外にも、会話は行えるが対戦はできない町の住民として登場するキャラクターもおり、次の通りとなっている。 ナスグレイブ、マミー、ゾンビ、おおかみおとこ、サムライモール、ハニービー、アーちゃん、マンドレイク このうち『なぞぷよ』シリーズに登場したマンドレイクは本作では唯一の非戦闘キャラクターとしてのみの登場である。マンドレイク以外のキャラクターについては、エンカウントモンスターとして登場する同種のキャラと対戦することはできる。 ボスキャラクター イベントで登場する固定ボスキャラクター。 ドラコ、スケルトンT、アウルベア、ハーピー、セリリ、すけとうだら、ぞう大魔王、ミノタウロス、シェゾ、ルルー、サタン(最終ボス)
本作の組ぷよは一部のモードで色の偏りが見られる現象が確認されている。例として、「公式戦」および各「復刻盤」内のふたりでぷよぷよ・とことんぷよぷよで1手目と3手目、2手目と4手目の組ぷよの色が必ず同じになってしまうというものや、対戦時に特定条件下で1P側と2P側の組ぷよが一致しなくなるなどがある。
また、「ごちゃまぜぷよぷよ」の「ひとり」において、一部敵キャラクターのアルファベット表記に誤字や過去作との食い違いがあり、以下のような例が見られる。 対戦前に表示されるキャラクター名の綴りが一部各「復刻盤」や他の作品と異なる。例として、スキヤポデスの表記が「SUKIYAPODESU」、ドラコケンタウロス及びビーストドラコの表記が「DORACO CENTAUR」「BEAST DORACO」(本来の表記はそれぞれ太字の部分はつかない)になっているなど。 NEXTぷよの付近に表示されるアルファベット4字が一部各「復刻盤」のものと異なる。例として、うろこさかなびとの場合「通 復刻盤」では「MERM」だが「ごちゃまぜぷよぷよ」では「MARM」、シェゾ・ウィグィィの場合は各「復刻盤」や「SUNスタイル」では「SHEZ」だが「よ〜んスタイル」では「SCEZ」、など。
『ぷよぷよBOX』(ぷよぷよボックス、PUYO PUYO BOX)は、2000年12月21日に株式会社コンパイルから発売されたPlayStation用ゲームソフト。同社の落ち物パズル『ぷよぷよ』シリーズの20世紀における総集編的なタイトルで、コンパイル開発の『ぷよぷよ』としては最後の作品。なお、コピーライトには同シリーズの版権を持つセガの社名も併記されている。
ストライク 他のプレイヤーのフィールドに相殺不可のおじゃまぷよを6個降らせる。 ダブルストライク 他のプレイヤーのフィールドに相殺不可のおじゃまぷよを12個降らせる。 ハードストライク 他のプレイヤーのフィールドに相殺不可の固ぷよを6個降らせる。インキュバスが使用。 テレポート 自分のフィールド内のぷよを各列上から3個ずつ、他のプレイヤーのフィールドにそのまま転送する。パノッティが使用。 トランスファー 自分のフィールド内の色ぷよを各列上から2個ずつ、他のプレイヤーのフィールドにそのまま転送し、その色ぷよの上に乗っていたおじゃまぷよをすべて消す。サタンが使用。 ネオトランスファー 自分のフィールド内の色ぷよを各列上から4個ずつ、他のプレイヤーのフィールドにそのまま転送し、その色ぷよの上に乗っていたおじゃまぷよをすべて消す。 バリア 自分のフィールドに予告されたおじゃまぷよの落下を5秒間防ぐ。アルル・ナジャが使用。DC版における「るいぱんこ」に類似(おじゃま落下防止時間は異なる)。 ハイパーバリア 自分のフィールドに予告されたおじゃまぷよの落下を20秒間防ぐ。ドッペルゲンガーアルルが使用。DC版における「ヴォイドホール」に類似(おじゃま落下防止時間は異なる)。 レジスト 10ターン(組ぷよを10組落とすまで)の間、自分のフィールドに予告されたおじゃまぷよが1個ずつしか降らなくなる。 スプリット 自分のフィールド内の中央縦2列のぷよをすべて消す。