神戸阪急
2016年のセブン&アイ・ホールディングス(そごう・西武の親会社)とエイチ・ツー・オー リテイリング(H2O、阪急阪神東宝グループ)の業務資本提携に合わせ、西武高槻店(→高槻阪急)とともにH2O傘下のエイチ・ツー・オーアセットマネジメントへ運営が移管された。そごう神戸店の社員約530人はそごう・西武に残留するか、譲渡先のエイチ・ツー・オーリテイリングへ移籍するか、いずれかの判断を求められ、民事再生前の株式会社そごう出身で店長の松下秀司など、9割の社員がH2Oリテイリングへ移籍した。うち半数以上の社員はそごう神戸店での勤務一筋だったという。
その後は地下食品売り場などの改装を進めつつ、当面はそごうの店舗として運営するとされていたものの、当時からすでに阪急百貨店へ転換の可能性が報じられていた。ついに阪急百貨店への移管が決まり、そごう神戸店としては2019年(令和元年)9月30日に閉店。これで旧そごう本体が直営していた店舗は全て消滅した。
2002年(平成14年)3月14日 - そごう民事再生法適用申請を機に売場改良として大改装する。 本館に4列設置していたエスカレータの2列を撤去して売場面積を拡大した。 西武百貨店と提携を象徴する神戸ロフトが新館に開業した。
2008年(平成20年)4月15日 - 東京ディズニーリゾートのスポンサーが終了し世界の人形時計の運営が終了する。
2009年(平成21年) 8月1日 - そごう、西武百貨店、ミレニアムリテイリングが、そごうを存続会社にして合併し、そごう・西武となる。 8月31日 - そごう心斎橋本店が閉店し、これによりそごう創業者・十合伊兵衛の像が移設される。
2016年(平成28年) 10月6日 - セブン&アイ・ホールディングスとエイチ・ツー・オー リテイリングは業務資本提携することで合意し、神戸店をエイチ・ツー・オーに譲渡すると公表した。 10月15日 - 新館の外壁工事始まる。
2017年(平成29年) 5月11日 - セブン&アイ・ホールディングスは、エイチ・ツー・オー リテイリングにそごう神戸店と西武高槻店の2店を譲渡すると正式発表した。 5月14日 - 新館の外壁工事終了。 10月1日 - エイチ・ツー・オー リテイリングの完全子会社であるエイチ・ツー・オー アセットマネジメントが、会社分割により事業承継。 11月 - そごう創業者、十合伊兵衛の像がそごう横浜店に移設される。
2019年(令和元年)9月30日 - 閉店。