マススペクトル
試料分子をイオン化する過程は要するに分子からの電子移動であるため、後続反応によって試料が分解することがある。この過程をフラグメンテーションといい、分解したイオンをフラグメントイオンあるいは娘イオンという。フラグメントイオンの生成パターンは分子の構造によって(おおまかにではあるが)決まっており、分類・理論化が行われている。
例えば、分子量102のアルコールをイオン化すると、OH 基(質量17)などは容易に離脱するために、マススペクトル上では分子量85のピークも観測される。
フラグメンテーションは分子構造について有用な情報を与えてくれるが、一般にフラグメントイオンを帰属するのは難しく、特に未知試料の場合はマススペクトルを読む際の障害となる場合が多い。
EI法などのイオン化法はフラグメントが起こりやすく、分子イオンが観測されないことも多いが、MALDI法やESI法では比較的起こりにくい。このため後者をソフトなイオン化法と呼ぶ。