TWAフライトセンター
トランス・ワールド航空は1990年代より財政が継続的に悪化し、2001年にアメリカン航空へ吸収合併された。これと同時にターミナルは2001年10月に営業を終了した。ジョン・F・ケネディ国際空港の運営者であるニューヨーク・ニュージャージー港湾公社はヘッドハウスをレストランまたは会議センターへ改装し、既存のターミナルを1つまたは2つの新しいターミナルで取り囲む計画を提案した。この計画はニューヨーク市立芸術協会(英語版)と建築家フィリップ・ジョンソンとロバート・A・M・スターンから反対を受けた。反対派は、乗客が空や飛行機をすぐに見ることができるターミナルを別のターミナルで包むと「絞め殺される」ことを示唆し、サーリネンの作品を別の建物で囲むと作品の精神は保たれず「琥珀色の蠅」のようにミイラ化してしまうと言及した。2001年のプレゼンテーションで講演したフィリップ・ジョンソンは、この提案について次のように述べた。
2004年、営業休止中のターミナルで10ヶ国の19人の芸術家のアート作品を紹介する美術展「Terminal 5」が開催された。美術展のテーマはターミナルのアーキテクチャからインスピレーションを得た作品、レクチャー、一時的なインスタレーションで、2004年10月1日から2005年1月31日まで開催される予定であったが、10月5日の正午12時の開館直後にドアの破損などが発生しセキュリティ上の問題から1分後の12時1分に美術展は中止された。2004年、ニューヨーク市立芸術協会はアメリカ合衆国で最も危険にさらされている11の歴史的物件のリストにターミナルを追加した。
2005年9月7日、アメリカ合衆国国立公園局はターミナルをアメリカ合衆国国家歴史登録財に登録した。