奈良連隊区
三好平二郎 歩兵少佐:1907年10月3日 - 1908年6月6日
寺田隆 歩兵少佐:1908年6月6日 - 1912年3月8日
早川新太郎 歩兵中佐:1912年3月8日 - 1913年1月15日
津野田是重 歩兵中佐:1913年1月15日 - 1915年8月10日
田原小三郎 歩兵大佐:1915年8月10日 - 1916年1月21日
吉原岩吉 歩兵中佐:1916年1月21日 -
高園竹一 歩兵大佐:不詳 - 1923年8月6日
渋谷寿一 歩兵大佐:1923年8月6日 -
石黒岩太 大佐:1943年1月18日 - 1945年2月12日
森田春次 大佐:1945年2月12日 - 1945年3月31日
日本陸軍の内地19個師団体制に対応するため陸軍管区表が改正(明治40年9月17日軍令陸第3号)となり、1907年(明治40年)10月1日、奈良連隊区が創設され、第16師管第19旅管に属した。管轄区域は京都連隊区から奈良市・添上郡・生駒郡・磯城郡・宇陀郡・山辺郡・北葛城郡・高市郡・南葛城郡を、和歌山連隊区から吉野郡・宇智郡を編入して奈良県全域となり、その廃止まで変更がなかった。
1925年(大正14年)4月6日、日本陸軍の第三次軍備整理に伴い陸軍管区表が改正(大正14年軍令陸第2号)され、同年5月1日、旅管は廃され引き続き第16師管の所属となった。
1940年(昭和15年)8月1日、奈良連隊区は中部軍管区京都師管に属することとなった。1941年(昭和16年)4月1日、奈良連隊区は、中部軍管区大阪師管に移管された。
1945年には作戦と軍政の分離が進められ、軍管区・師管区に司令部が設けられたのに伴い、同年3月24日、連隊区の同域に地区司令部が設けられた。地区司令部の司令官以下要員は連隊区司令部人員の兼任である。同年4月1日、大阪師管は大阪師管区と改称された。