アンティオキア攻囲戦
11月半ばには、ボエモンの甥のタンクレードが増援に現われた。またジェノヴァ共和国の船団がアンティオキア付近の聖シモン港に入港して多数の食糧や補充品を運び込んだ。攻囲戦は思いのほか長引き、12月にはゴドフロワが病に倒れ、充分だったはずの食糧も近づく冬を前に底をつき始めた。12月末、ボエモンとフランドル伯ロベールは2万人ほどの兵を引き抜き糧食徴発のために南に向かった。包囲する兵力が少なくなったことを見抜いたヤギ=シヤーンは、12月29日に聖ゲオルギオス門から出撃し、川向こうのタレンキ村にあったレーモンの宿営に突撃を仕掛けた。レーモンはこれを撃退することはできたものの城内に突入することはできなかった。その間、ボエモンとロベールの軍は、アンティオキア救援にやってきたダマスカスのシリア・セルジューク朝の王ドゥカークの軍と衝突していた。十字軍側はこの戦いには勝ったが、食糧を充分略奪・徴発できないままアンティオキアに引き返さざるを得なかった。
12月は双方にとって不吉な出来事が起こったまま過ぎていった。12月30日には地震があり、それから数週間は寒冷な気候と季節はずれの豪雨に襲われた。十字軍は地震におののき、ドゥカークも地震や悪天候のため十字軍とはそれ以上戦わずしてダマスカスへ帰っていった。
ボエモンは他の十字軍指導者らに対し、もし戦後アンティオキアを領有することを認めてくれるなら、他の者もフィルーズが開けた門を通ってアンティオキア市内に入ってよいと申し出た。レーモンは怒り、1097年にコンスタンティノープルを発つときに約束したとおり、陥落させた町は全て皇帝アレクシオスに引き渡すべきではないのかと主張した。しかし、ゴドフロワ、タンクレード、ロベールら他の諸侯は、ケルボガ軍接近という不利な状況にあることからボエモンの要求を呑んだ。
6月2日、長引く包囲戦に耐えかねたブロワ伯エティエンヌらが、ついに陣営を出て十字軍を離脱し、タルスス方面に戻ってしまった。しかしこの同じ日、ボエモンらによる市内潜入が始まろうとしていた。フィルーズはボエモンに、近くまで迫っているケルボガに面会するふりをして行軍に出てアンティオキア城内の守備隊を油断させ、そのまま夜にアンティオキアに戻ってきて城壁にはしごをかけて登るよう指示した。同日夜、潜入は成功した。フィルーズは城門を開け放ち、たちまち十字軍が市内になだれ込み虐殺が始まった。市内にいたキリスト教徒も呼応して他の城門を開け放ち、そのままテュルク人守備隊に対する虐殺に加わった。しかし十字軍はムスリムの市民だけでなくキリスト教徒の市民に対しても虐殺を行った。犠牲者の中にはフィルーズの兄弟も含まれていた。ヤギ=シヤーンは混乱に陥ったアンティオキアを脱出したが、市外でシリア人キリスト教徒に捕まり、断首され、その首はボエモンの元に届けられた。
4月、エジプトのファーティマ朝からの使者が十字軍の陣営に到着した。彼らは、十字軍との和平を締結し、共通の敵であるセルジューク朝に対する挟撃を行うことを求めていた。アラビア語に堪能な隠者ピエールが交渉に当たった。
しかしながら、交渉は成り立たなかった。ファーティマ朝は、十字軍は東ローマ帝国の傭兵のようなものと考えており、もしファーティマ朝の領土であるパレスチナに攻め込まないと合意すれば、十字軍がシリアを領有することを認める準備があった。しかし十字軍はエルサレム領有につながらないどのような案も受け容れようとはしなかった。決定的な合意には達しなかったものの、ファーティマ朝の使者は良い待遇を受け、3月に十字軍がヤギ=シヤーンの軍から奪った品物などを土産として持たせた。