組閣
閣僚は過半数を国会議員から選出することが規定されている(日本国憲法第68条但書)。閣僚を適材適所に配置させたり、後継者を重要ポストで処遇し、さらには与党内のライバルを閣内に取り込んで反対行動を封じるなど、内閣の行政遂行能力を向上させることが肝要となる。
自由民主党政権が長期化するにつれ、与党内の派閥や連立与党や参議院とのバランスを重視し、派閥の推薦枠や参議院枠、また大臣病の政治家のために当選回数などが閣僚登用の基準として用いられた。小渕内閣の組閣の際には内閣総理大臣枠として堺屋太一を起用するなど、一部で独自性を見せたが、大半は旧来のままであった。しかし、2001年から2006年まで内閣総理大臣に在任した小泉純一郎は派閥のバランスを考慮せずに組閣を行い、政界に驚きを与えた。
前内閣の内閣総辞職から内閣総理大臣指名選挙を経て新内閣の組閣に至るまでの手続としては一般的に以下の手順が踏まれる。
前内閣の内閣総辞職 内閣は、衆議院で不信任決議案が可決又は信任決議案が否決され、10日以内に衆議院の解散を選択しない限り総辞職しなければならない(日本国憲法第69条)。また、内閣総理大臣が欠けたときや衆議院議員総選挙の後に初めて国会の召集があったときにも内閣は総辞職をしなければならない(日本国憲法第70条)。内閣は総辞職したときには国会法に基づいて直ちに両議院に対して通知を行う。総辞職した内閣は新たに内閣総理大臣が任命されるまで引き続き職務を行う(日本国憲法第71条)職務執行内閣も参照
内閣総理大臣指名選挙 内閣総理大臣は国会議員の中から国会の議決で指名する(日本国憲法第67条前段)。この指名は他のすべての案件に先立って行うこととされているが(日本国憲法第67条後段)、その趣旨は内閣総理大臣が指名されないままの状態にあることは国政上において重大な支障をきたすためである。ただし、条理上、院の構成など正常に議事運営を行い議院が有効に活動するための前提となる手続(議長選挙や議席の指定等)については先決問題とされ内閣総理大臣指名選挙よりも前に行われるが(昭和53年衆議院先例集69、昭和53年参議院先例録77)、これは憲法が予定するところあるいは憲法の許容するところと解されている。国会で内閣総理大臣指名選挙が行われ新しく内閣総理大臣となるべき人物(国会議員)についての議決が確定すると、衆議院議長が天皇にその旨を奏上する(国会法第65条)。