飯山駅
駅舎移転時より運用中の在来線ホームは、地平部に島式ホーム1面2線を有する地上駅で、駅舎2階と接続する橋上構造となっている。ホームは有効長87 mを有し、20 m級在来線車両4両編成までに対応している。ホームの北側には保線基地があり、除雪車用の車庫や留置線を備えている。
改札口は有人改札で、Suica等の交通系ICカードはサービスエリア外につき利用できない。在来線コンコースと新幹線コンコースを直接つなぐ新幹線連絡改札口は設置されておらず、飯山線と新幹線の乗換は改札外乗換となる。改札内コンコースにはバリアフリー対策としてエレベーター1基が設置されているほか、トイレにはオストメイト対応の多機能トイレが併設されている。
直営駅(駅長配置)で、管理駅として飯山線の信濃浅野駅 - 森宮野原駅間の各駅を管理している。
なお、飯山線の途中駅では唯一発車ベルの設備がある。