菅浦の湖岸集落
特に文安の争いが、文安6年(1449年)菅浦惣荘置書とも称される合戦記「菅浦惣庄合戦注記」(菅浦文書628号)に記されるが、この文安2年(1445年)の合戦の150年前である永仁3年(1295年)にはすでに争いが生じていた。また、文安の合戦後も大浦との争いは続き、寛正2年(1461年)、大浦荘で菅浦の者が殺されるという盗賊事件が発生すると、15世紀中頃には日野裏松家領であったことから、日野家のもとで審理され湯起請(ゆぎしょう)が行なわれた。そこで菅浦方が敗訴したことにより、菅浦征伐に向けられた大軍に菅浦は包囲され、菅浦は合戦を覚悟したが、仲介を通じて菅浦の2人が下手人となり降参したことで滅亡を免れた。
近江国を領有した京極氏の勢力は菅浦にもおよんでいたが、戦国時代となる京極高清の時代、北近江の浅井亮政の反乱により勢力を拡大した浅井氏に菅浦は支配されていった。天文10年(1541年)の舟の動員のほか、直接年貢や物資を取り立て、菅浦の自治においても干渉し支配を強めた浅井氏により、菅浦の自治の根幹であった自検断は奪われ、以後、復活することはなかった。
時宗遊行派(伝・もと天台宗)。創建は文和2年(1353年)と伝えられる。阿弥陀寺は東村の中心的寺院であり、西村には淳仁天皇の菩提寺とされる長福寺(二尊堂)があったが、中世末にかけて惣寺の地位を確立した阿弥陀寺が、近世においても「菅浦中之惣寺」として行事の中心的役割を果たした。享和3年(1803年)に大火があったが、弘化年間(1844-1847年)に再建され、明治8年(1875年)に長福寺と善徳寺を併合した。かつての長福寺跡は、1967年(昭和42年)まで菅浦分校が置かれた菅浦公民館(1977年〈昭和52年〉建設)の敷地となる。また、「阿弥陀寺古文書」として菅浦文書の58冊と絵図1幅が保管されていたが、明治時代に合祀された須賀神社に関わる淳仁天皇関係文書として持ち出されたとされる。 木造阿弥陀如来立像(重要文化財)- 本尊(秘仏)。行快作 附 像内納入品(17点)。鎌倉時代前期。像内納入品(文暦2年〈1235年〉の願文・結縁交名など)。1987年(昭和62年)6月6日指定。 阿弥陀如来坐像(市指定文化財) - 長福寺より伝来。平安時代後期(12世紀)。2004年(平成16年)4月30日指定。 聖観音坐像(市指定文化財) - 長福寺より伝来。平安時代後期(12世紀)。2004年(平成16年)4月30日指定。 六字名号曼茶羅(市指定文化財) - 鎌倉時代後期-南北朝時代。2004年(平成16年)4月30日指定。
菅浦地域には縄文時代よりヒトの生活が認められ、葛籠尾崎の先端東側の湖底に位置する「葛籠尾崎湖底遺跡」のほか、奥出湾に位置する「諸川湖底 A 遺跡」が知られる。また、菅浦地区の山腹には弥生時代の集落跡の「菅浦遺跡」がある。奥出湾に面した北斜面には、飛鳥時代の7世紀後半とされる「諸川瓦窯跡」(もろかわがようあと)があり、1986年〈昭和61年〉3月28日、滋賀県指定史跡に指定されている。このほか近郊の山麓に飛鳥(白鳳)時代の寺院跡の「白山遺跡」(はくさんいせき)も知られる。奈良時代には万葉集にも詠まれたように、菅浦は水運における主要な湊(停泊地)の1つであった。
菅浦に贄人が定住した時代は不明であるが、およそ8世紀末-11世紀中頃であったと考えられる。菅浦は、長久2年(1041年)に立券された園城寺円満院領の大浦荘の一部とされたが、菅浦はこれを否定し、平安時代末期頃までに、竹生島弁才天の本寺、山門(比叡山)檀那院領として独立した。比叡山との関係により住人の一部は日吉大社の神人(じにん)となった。また、12世紀中頃の平安時代末期以降には、一部が御厨子所(みずしどころ)の供御人となり、蔵人所の所管となる内蔵寮(くらりょう)の支配のもとについた。供御人となった目的は、鴨社御厨の堅田供祭人の漁労による妨害を排除することにあったともいわれ、後の建武2年(1335年)や応永4年(1397年)にも堅田との漁場紛争が見られる。
また、天正元年(1573年)、小谷城落城の際に浅井長政の子(次男)万菊丸(万寿丸)が菅浦の安相寺に逃れたという伝承もある。
集落では、漁労・稲作・畑作・林業が長らく続けられ、明治時代以降はタバコ栽培や養蚕も行われるようになった。また、1960年(昭和35年)頃からのヤンマー家庭工場の作業場も一部現存する。1966年(昭和41年)、菅浦と大浦を結ぶ道路(県道513号葛籠尾崎大浦線)が開通し、1971年(昭和46年)には菅浦の山間部に奥琵琶湖パークウェイ(県道512号葛籠尾崎塩津線)が開通した。奥琵琶湖パークウェイの開通に伴う自動車でのアクセスが可能となると、中世の伝統をとどめる地域として脚光を浴びるようになる。その後、1979年(昭和54年)には菅浦漁港(菅浦舟だまり)が整備され、それまで舟溜まりがあった西の舟入(西の川)と東の舟入(東の川)は埋め立てられた。湖岸堤もこの頃に整備された。2015年(平成27年)現在、菅浦地域には、72世帯、177人が暮らしている。