川尻駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線だったが、2019年(平成31年)3月に島式ホームの旧・2番のりば廃止し線路を撤去、現在は単式ホーム2面2線のホームを有する地上駅で、入口は東口のみで駅前広場も東口前にある。互いのホームは跨線橋で連絡している。かつては側線も多数存在し、当駅始発終着の営業列車や回送列車も設定されていたが、九州新幹線の建設に伴い整理され、留置線は北側の電留線と統合された。駅舎は1917年(大正6年)12月に改築された2代目のものである。
JR九州サービスサポートが駅業務を受託する業務委託駅であり、きっぷうりばが設置されている。
2015年度までは「熊本市統計書」による、2016年度分からはJR九州のサイトで公表されている乗車人員数データに基づく。 2022年度の1日平均乗車人員は871人である。2016年には駅の北側に西熊本駅が新しく開業した為に利用者が減少した。
K1-5・R2-1・R2-2:桜町BT
K6-0:県庁(県会議事堂)
R1-1・R1-2・R1-5:桜町BT・水道町