日本の重要湿地500
ジョガマル池
吉野川河口、勝浦川河口
大津田川流域の用水路網
蒲生田海岸
伊島および周辺沿岸
橘湾
日和佐大浜海岸
牟岐大島周辺沿岸
出羽島の大池
宍喰地先沿岸
黒沢湿原
鳴門海峡
家田・川坂湿原
門川湾・御鉾ヶ浦(細島港)
島浦島周辺沿岸
宮崎市周辺の砂浜海岸
五ヶ瀬川、祝子川、北川の感潮域
日南市のため池群
大淀川水系岩瀬川オオヨドカワゴロモ自生地
宮崎市湧水地帯のオオイタサンショウウオ生息地
青島周辺沿岸
本城川河口~千野川河口
都井岬周辺沿岸
栄松地先沿岸
樫原湿原
星賀塩生湿地
イロハ島一帯
伊万里湾
東松浦半島北部(小川島、神集島を含む)沿岸
姫島周辺沿岸
野依新池
中津海岸・宇佐海岸
安心院町のため池群
守江湾(八坂川河口)
小深江漁港周辺干潟
小田の池
金鱗湖周辺の温泉水路
九重火山群湿原(西千里浜、坊ガツル、タデ原)※(くじゅう坊ガツル・タデ原湿原)
松岡・敷戸のため池群
お糸池
曽根干潟
筑前大島・地ノ島周辺沿岸
長井浜~西角田漁港周辺干潟
千鳥が池
福岡湾(和白干潟・今津干潟)
田主丸町の農業用水系
筑紫平野の河川・水路など(福岡県、佐賀県)
有明海(筑後川河口~矢部川河口、東与賀海岸、六角川河口~塩田川河口、鹿島海岸、田古里川河口、諫早湾、荒尾海岸)および筑後川(感潮域)(福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県)
木崎湖周辺湖沼・湿地群(落倉湿原、居谷里湿原、唐花見湿原、姫川源流(親海湿原)、木崎湖、中綱湖、青木湖、農具川など)
霧ヶ峰湿原群(八島ヶ原湿原、踊場湿原、車山湿原など)
志賀高原周辺湿原群(四十八池湿原、田ノ原湿原、高天ヶ原・一ノ瀬湿原、焼額山湿原、北ドブ湿原、一沼など)
乗鞍岳湿原
安曇野蓼川周辺湧水河川
黒姫山湖沼・湿原群(黒姫山大池、種池、古池、御鹿池、古池湿原、大だるみ湿原、御鹿池湿原、赤谷地湿原など)
逆サ川
茶臼山周辺ため池群