コイヘルペスウイルス
霞ヶ浦での大量死以後、日本全国の河川や湖沼で感染が確認され、被害が拡大していることが判明した。なお、持続的養殖生産確保法の目的は伝染性疾病の蔓延の防止であるが、現実的には既に全国に蔓延していると考えられており法的効力が疑問視されている。これに対する農林水産省の見解は、感染が確認できたのは全国鯉養殖経営体の約7%、1級及び2級河川水域系の約3%であるから全水域に常在化したといえる状況にはない。というものである。 上記の感染の拡大を防ぐべく三重大学では鯉ヘルペス経口ワクチンの開発に成功し実用化へ進みだしている。