御土居
秀吉が没して間もなく、政権が徳川に移ると、道路を分断していた部分の御土居が取り壊され、多くの出入口が設けられた。例えば現在の四条河原町付近で四条通を塞いでいた部分は、1601年(慶長6年)に撤去されている。
また市街地東部では、御土居の外の鴨川河川敷に高瀬川が開削され、その畔に商家が立ち並び。 など御土居の東側の鴨川河原まで町が広がり、1670年(寛文10年)に寛文新堤が完成して堤防としての必要もなくなったため、御土居は寺社や公家に払い下げられ、取り壊されて住宅地などになった。
ただし、これらを除く部分の御土居は多くが残り、幕府によって竹林として管理されていた。江戸時代中期(寛文9年(1669年)から寛政3年(1791年)の間)には角倉家(すみのくらけ)が管理を担当し、以降は町奉行による直接管理となった。
御土居は取り壊されるだけとは限らず、移築されることもあった。1641年(寛永18年)に始まる東本願寺の新たな寺内町の開発に伴い、御土居は高瀬川とともに東側に移された。枳殻邸(渉成園)の築山の位置は移築前の御土居に重なるため、土塁を再利用したと考えられている。
また、洛中西部では洛外に通ずる出入り口が新たに20か所以上設けられた。