GNU/Linux名称論争
後にGNU開発者がLinuxを知ると、彼らはGNUの他の部分をLinuxカーネルに対応させた。この作業は完全にフリーなオペレーティングシステムを動作させるための最後のギャップを埋めることになった。
その後数年に渡り、LinuxカーネルとGNUコンポーネントを使用したオペレーティングシステムの名称に関する多くの意見があった。1992年、Yggdrasil Linuxディストリビューションは「Linux/GNU/X」という名称を採用した。早くも1992年には、Usenetおよびメーリングリストでの議論の中で「GNU/Linux」という名称案が、1993年には「GNU+Linux」という案が出された。1994年初頭にはDebian Projectが呼称を「GNU/Linux」へ変更した。Debian創設者のイアン・マードックは後に、この変更はストールマンの要請によるものだったと語っている(ストールマンは当初「Lignux」という名称を提案したが、その言葉のぎこちなさが不評であったため、後に「GNU/Linux」を提案した)。
この混乱のため、SCOグループやAlexis de Tocqueville Institution(AdTI)が始めたような、明らかにカーネルに対して向けられている法的脅迫や広報キャンペーンが、オペレーティングシステム全体が標的とされていると思い込んだ多くの解説者によって誤解された。これらの組織も故意にこの混乱を利用したとして糾弾された。
ストールマンの名称変更運動が自己中心主義または個人な感情から生じているという指摘に対し、ストールマン本人は自分の関心は自分が称賛されることではなく、GNUプロジェクトにあると返答した。「一部の人々はそれが私のエゴを満足させるためにやっていると思っている。言うまでもなく、私はあなた方に『Stallmanix』と呼ぶようにお願いしてはいない。」
もう一つのよくある議論(以下参照)に対し、FSFは多くの人々がそのシステムに貢献したことに感謝の意を示し、(Linuxという)短い名前では彼ら全員の功績を讃えることができないとして、そのシステムを「Linux」と呼ぶことは正当化できないと主張する: