日米核持ち込み問題
そして2010年3月9日、外務省と有識者委員会は「いわゆる「密約」問題に関する調査結果」として、まとめられた調査の内容を公表した。
2010年(平成22年)3月に発表された日本の外務省調査委員会は明文化された日米密約文書はないとしながらも、日本の政府高官が核の持ち込みの定義が日米間で不一致であることを知りながらも米国に核の持ち込みの定義の変更を主張していないことなどを理由に、核の持ち込みについて広義の密約があったと結論付けた。
日米政府の公文書公開により、寄港などの形で核持ち込みを知っていた政府高官は以下の通り。内閣総理大臣経験者として岸信介、池田勇人、佐藤栄作、田中角栄、三木武夫、福田赳夫、大平正芳、鈴木善幸、中曽根康弘、竹下登、宇野宗佑、海部俊樹、宮澤喜一、橋本龍太郎、小渕恵三。外務大臣経験者として愛知揆一、木村俊夫、鳩山威一郎、園田直、大来佐武郎、伊東正義、桜内義雄、安倍晋太郎、倉成正、三塚博、中山太郎。内閣官房長官経験者として二階堂進。
外交官の東郷文彦が「核密約」を構想したといわれる。
第2次安倍内閣発足後の2014年(平成26年)1月31日、首相安倍晋三は衆議院予算委員会で密約について岡田の指摘を受け「政府が否定し続けて来たのは誤りだった」と、密約の存在を正式に認め、国民が「理解し得るかどうか、という中での判断だったのだろう」と答弁した。
さらにライシャワー元駐日大使の特別補佐官を務めたジョージ・パッカード米日財団理事長は、アメリカ軍がベトナム戦争中の1966年(昭和41年)に、日米安全保障条約に違反して、返還前の沖縄にあった核兵器を日本政府に無断で本州に移したことがあったといい、1972年(昭和47年)の沖縄返還までアメリカ軍がたびたび日本政府とアメリカ国務省の要請をはねつけ、同様の核持ち込みを行っていたことを2010年に発表している。パッカードはまた毎日新聞の取材に、米軍が1966年の少なくとも3カ月間、岩国基地沿岸で核兵器を保管していたと証言した。
佐藤の密使を務めたとされる若泉敬が「1969年(昭和44年)11月に佐藤・ニクソン会談後の共同声明の背後に、有事の場合は沖縄への核持ち込みを日本が事実上認めるという秘密協定に署名した」と1994年に発表した著書『他策ナカリシヲ信ゼムト欲ス』で証言した。
2007年には、信夫隆司・日本大学教授によるアメリカ国立公文書記録管理局での機密解除公文書調査で、交渉当事者であった大統領補佐官ヘンリー・キッシンジャーが1969年11月19日から21日にかけての日米首脳会談のためにニクソンに宛て作成した、核密約締結手順を記載したメモが発見された。メモの日付は1969年11月12日付と同13日付で、11月12日付メモは「沖縄返還後の米国の核持ち込みと繊維問題に関する日本政府との秘密交渉」と題されており、核持ち込みについての秘密合意に沿って両首脳の会談交渉の進め方について明記され、11月13日付メモでは「昨日午後、私とヨシダ氏が最終的な協議で行動計画は合意に至った」と記されていた。若泉敬も『他策ナカリシヲ―』中で「ヨシダ」という偽名でキッシンジャーと接触していたことを記しており、若泉証言を裏付けるものとなった。
日米首脳会談はニクソンと佐藤がウエストウイング・オーバルルーム隣の、「書斎」とみられる小部屋で2人きりで署名するとされ、公開された米公文書には2人が小部屋に入る記述があるが、議事録は公開されていなかった。2009年12月22日、合意議事録の現物が佐藤邸で発見された。