配列アセンブリング
ESTアセンブラはいくつかの点でゲノムアセンブラとは異なる。まず採用されているアルゴリズムがゲノム用とEST用では異なり、例えばゲノム用では大量の反復配列に対応している必要があるのに対し、EST用では対象が転写されたmRNAであることからその必要がない。一方でESTの場合には、細胞内ではいくつかの遺伝子は常に大量に発現していることが知られており(ハウスキーピング遺伝子)、そういったものがアセンブル対象の中に大量に重複して含まれる。
さらに、ゲノム中では遺伝子はオーバーラップを起こしていることがある(センス鎖方向とアンチセンス鎖方向など)。このような遺伝子は理想的には別々にアセンブルされなければならない。ESTのアセンブルではこの他にも、選択的スプライシングやトランススプライシング、SNPs(一塩基多型)、転写後修飾などを考慮しなければならないため、複雑な計算となっている。