肥後大津駅
山鹿バスセンター行き
大津高校前行き
菊池産交行き
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅で、2本の列車が夜間滞泊する。互いのホームは構内踏切で連絡している。木造駅舎を有する。
北口と南口があり、北口はJR九州サービスサポート、南口は大津町シルバー人材センターが駅業務を受託する業務委託駅である。
2012年(平成24年)12月1日よりSUGOCAが利用可能となったが、当駅に自動改札機の設置は行われず、ICの読み取り機のみ設置している。大分方面へは中判田駅まで通常利用(途中駅の入出場)ができないが、運賃は最短経路で計算されるため、途中下車せず通過することは可能。みどりの窓口は北口に設置されている。北口・南口相互間は南側のビジターセンターの開館時間内(6:00 - 22:00)に駅係員へ申告し、通行券を授受することで通行可能となっている。
1日平均乗車人員および乗降人員の推移は下記の通り。
2016年からの1日平均乗車人員の推移は下記の通り。
最寄りのバス停留所は北口に近接する肥後大津駅バス停、および南口ロータリーに位置する大津駅南口バス停である。下記の路線バスが運行されている(以下、特記なき限り産交バスの運行)。