佐藤賢了
その備えを固めるためにはあの総動員法が必要であったのだ」と語ったという。
1940年(昭和15年)2月10日、南支那方面軍参謀副長に就任。松岡・アンリ協定に基づく北部仏印進駐を進めるが、現地における細目協定の成立にもかかわらず、9月23日に日本軍が越境し、仏印軍との衝突に至る。これは富永恭次参謀本部第1部長(25期)との謀議によるものであり、国際的な非難を浴び、富永少将は東部軍司令部附に左遷される。この時、仏印国境監視団長として仏印側と折衝を担当した西原一策少将(25期)が、陸軍次官、参謀次長、海軍次官、軍令部次長あてに発した「統帥乱レテ信ヲ中外ニ失フ」という電文は有名。西原機関にいた小池龍二大佐(31期)は「彼(佐藤)とは二日二晩徹夜で談判したことがありますが、こちらの言い分にも耳を傾けるし、論敵ながら男らしい、さっぱりとした人でしたよ。その辺は、職権をかさに着た陰険な富永少将とは両人ともやる事は強引ですが、ずいぶん感じが違いました」と述べている。佐藤の上司で謀議に関与しなかった安藤利吉南支那方面軍司令官(16期)も責めを負って予備役に編入された。
この方面での作戦に消極的な東條首相兼陸相の意を受け、民間船舶増徴を迫る参謀本部との折衝を繰り返すが、12月5日、田中との乱闘事件を引き起こし、翌日には首相官邸において田中が東條を面罵、罷免される事態となる。
1943年(昭和18年)、山本五十六が戦死した際にはミッドウェー海戦の失敗を引き合いに出して「国葬にするのは適当ではない」と東條に進言したが、東條は陸海軍の協調を優先して進言を退けた。
1944年(昭和19年)7月、サイパン失陥によって東條内閣が窮地に立たされると、東條は内閣改造による頽勢の挽回を図り、佐藤もその指示により奔走するが、重臣の抵抗により挫折し東條は退陣を余儀なくされる。東條の失脚後は中央から追われ、支那派遣軍総参謀副長となる。教育総監から陸相に回った杉山元に、蔣介石との和平の途を模索するよう言い含められていたが、現地はそのような状況にはなく成果は挙げられなかった。
1944年9月5日、陸海技術運用委員会が設置され、佐藤は海軍の軍務局長とともに副委員長を務めた。特殊奇襲兵器開発のために陸海民の科学技術の一体化が図られた。
1944年(昭和19年)12月14日支那派遣軍総参謀副長。1945年(昭和20年)4月に親補職である第37師団長に就任。