黒井駅 (新潟県)
上越市が地域公共交通の活性化を目的に事業を実施している「頸城区地域巡回バス」の「黒井駅線」が、南口から発着している。頸城自動車グループの頸北観光バスが運行業務を受託しており、区総合事務所などの公共施設が所在する百間町を起点に巡回する路線で、平日7本が運行されている。
また、このほか直江津と頸城区を結ぶ「南川線」が近くを通る。
ほくほく線は1997年(平成9年)3月22日に全線が開業し、同時に犀潟駅 - 直江津駅間で直通運転が開始されたが、両駅中間の黒井駅は普通列車・快速列車とも開業以来、全て通過していた。上越市では企業立地が多い黒井駅周辺への通勤利便性確保などを目的に、北越急行とJR東日本新潟支社に対し、ほくほく線列車の停車を要望してきた。
その後北越急行がJR新潟支社と協議した結果、2015年(平成27年)3月14日のダイヤ改正から、ほくほく線の一部列車を黒井駅に停車させる方針が決定し、2014年(平成26年)12月19日付のほくほく線ダイヤ改正概要の中で発表した。停車するのは下り(越後湯沢発)が昼の1本、上り(直江津発)が朝の2本(うち1本は快速列車)で、停車初日となった同日の下り普通列車発着時には歓迎セレモニーが行われた。