エピトープ
MHCクラスIおよびIIのエピトープは、計算手段だけで確実に予測することができるが、すべてのin-silico T細胞エピトープ予測アルゴリズムの精度が同等であるとは限らない。ペプチド-MHC結合を予測する方法には、大きく分けてデータ駆動型と構造ベースの2種類がある。構造ベースの手法は、ペプチド-MHC構造をモデル化するもので、膨大な計算能力を必要とする。データ駆動型の手法は、構造ベースの手法よりも高い予測性能を持っている。データ駆動型の手法は、MHC分子に結合するペプチド配列に基づいて、ペプチド-MHC結合を予測する。科学者は、T細胞エピトープを特定することで、T細胞を追跡し、表現型を捉え、刺激することができる。