慈照寺 (甲斐市)
天正10年(1582年)3月、織田信長・徳川家康連合軍による武田領侵攻で、武田氏は滅亡する。同年4月の信長禁制(慈照寺文書)では、織田氏によって特権を保障されている。同年6月2日には本能寺の変により信長が横死し、甲斐国は「天正壬午の乱」を経て徳川家康が領する。慈照寺文書には天正11年(1583年)4月の徳川家康寺領安堵状写が伝存しており、寺領は縮小したものの徳川氏による庇護を得ている。また、天正13年(1585年)・天正16年(1588年)の徳川家奉行人棟役免許手形も残されており、この段階では徳川氏が武田氏の施政方針を継承し、門前百姓の棟別役免除が行われていたことが確認される。
その後、天正17年(1589年)に徳川氏は奉行・伊奈忠次(熊蔵)に命じて甲斐国内の寺社領縮小を断行し、伊奈忠次判物(慈照寺文書)では嶋下方・志田(甲斐市志田)などの寺領が除かれ堀之内分のみが寺領として安堵され、以来これが固定された。天正18年(1590年)には徳川家康が関東へ移封され、甲斐は羽柴秀勝、加藤光泰、浅野長政・幸長の豊臣系大名が配置される。豊臣系大名時代には甲斐国内の検地が行われ、慈照寺文書では文禄3年の浅野忠吉(「忠吉」は長政の初名、右近大輔)寺領安堵状が残されており、寺領が若干増加している。
慶応4年(1868年)3月、明治新政府は神仏分離令を発し、廃仏毀釈運動が起こる。慈照寺境内にも鎮守である富士浅間神社・稲荷社・諏訪社などが合祀されていたが、特に大きな影響は見られない。幕末期の住職は二十八世・大翁遊仙で、慶応4年7月には新政府に由緒書を提出している。明治初期には山梨県内の曹洞宗寺院においても末寺の統合・檀家の吸収が行われ、寺院数は減少する。明治28年の由緒書に拠れば、明治10年に慈照寺は内務省に対して規模縮小願を地出し、一部の堂宇・回廊を破却する。
1903年(明治36年)には中央線が開通し、同年12月15日には竜王村においても竜王駅(甲斐市竜王新町)が開業する。中央線は慈照寺南方を通過し、線路敷設に際して参道が分断されている。