VS魂
ところが、レギュラー初回の1月14日放送分と1月21日放送分(初回生放送翌日の1月4日に収録)は相葉が体調不良で番組収録を欠席したことに伴い、急遽1月14日放送分は二宮和也、1月21日放送分は村上信五(関ジャニ∞)がキャプテンの代理を務めた。さらに風間俊介も2020年末に新型コロナウイルスへと感染していたことにより、大事を取って初回生放送と相葉が欠席した2回分の収録を欠席した。このことから、レギュラーメンバー6人が番組で初めて揃ったのは1月28日放送分となった。
1月27日発売の『週刊TVガイド 2021年2/5号』より、番組とのコラボ企画「週刊VS魂ガイド」が連載開始。
2021年4月1日よりフライングスタートが廃止され、20:00終了となった。
番組開始から半年が経った2021年7月15日放送分からはリニューアルが行われ、番組のロゴとスタジオセットが一新されたほか内容も大幅に変更された。同日より山崎弘也がスタジオパートのMCとしてレギュラーに加わった。
2022年4月28日放送分から番組名を『VS魂グラデーション』に改題の上、再び大幅なリニューアルを実施。同日より飯尾和樹が『Mr.グラデーション(総支配人)』の肩書きでレギュラーに加わり、山崎はスタジオ進行からが対戦ゲストチームの助っ人にポジションを移動し、引き続きレギュラー出演している。この日の放送分から第1期(2021年1月3日 - 7月8日)での対戦成績が2022年4月28日放送分から開始された第3期の対戦成績に含まれない事になった。
2022年7月7日放送分からはデータ放送が開始された。
※は通常放送回。 (魂メンバー及び嵐メンバーは太字で姓名もしくは下の名前のみ表記する)
『VS嵐』にて行われた『BABA嵐』の復刻企画で、魂メンバーとゲストがババ抜きで対決を行う。ルールは『BABA嵐』の末期と同様。jokerが自分の手元にある時に足元のボタンを押すと「シャッフルタイム」が発動し、サイコロの出目により持ち札を交換する(ドクロの目が出ればシャッフル失敗で手札の交換はできない。)。使用権利は1人につき1回のみで、残り2人以降は発動禁止。
予選を5戦を行い、各ブロックの敗者による決勝戦で最弱王を決する。最弱王は『BABA嵐』時代の白いジャケットが与えられる代わりに、その年の干支に扮した特製年賀状か放送時の季節に合うイラストのパネルの顔写真が撮影され、放送日の翌日からフジテレビ正面玄関前や、フジテレビのイベント会場内に掲示される罰を受ける。
予選4試合目・5試合目では新庄剛志、小池百合子東京都知事、上沼恵美子、黒柳徹子などの大御所ゲストが毎回登場している。
『VS嵐』にて行われた『BABA嵐』同様に山崎弘也(アンタッチャブル)が観戦ゲストとして出演。第2回からはMr.グラデーションの飯尾和樹(ずん)も観戦ゲストとして参加。
なお、『BABA嵐』時代の最弱王獲得回数の記録はリセットされている。これに伴い、『BABA嵐』での最弱王の常連だった相葉の獲得回数や最後の大会で最弱女王となった波瑠の『永久最弱女王』という不名誉も撤回された。
2023年2月2日放送分より実施。3つの事柄でグラデーションを行う。両チームが同じ問題に挑戦するが、グラデーションボックスではなく3枚のカードを使って予想する。1つ正解につき、10点加算される。
スペシャル放送の場合、番組末尾の6分間はローカルセールス枠のため、フジテレビ以外の通常時フルネット局では放送終了6分前に飛び降りとなる一方、通常時末尾6分除く同時ネット局でも臨時フルネットで放送される場合がある(1月3日放送の新春スペシャルは除く)。
2023年8月17日放送分まではVTR内で出題される事柄を並び替える「並び替えゲーム」を各チーム2問ずつ出題して勝敗を決めた。 「タイマングラデーション」、「キッキンググラデーション」、「ピッチンググラデーション」実施時は各チーム1問ずつの出題とそのゲームの点数の合算で勝敗を決めた。
2022年11月17日以前は、問題に登場した商業施設の商品券などが勝利チームへの賞品・視聴者プレゼントとされた。引き分けの場合は賞品を魂チームとゲストチームで山分けした。 2022年5月12日放送分のみ引き分けの場合はゲストチームに賞品が贈られた。 2022年8月18日のみ延長戦「スピードグラデーション」実施し、明確に勝利チームを決めた。「スピードグラデーション」は両チームの代表者による1vs1の対決。スタートと同時にカードを裏返し、5枚のカードをより早く正しい順番に並べ替える。但し、スタート前はテーブルにある手形に両手を置かなければならない。先に並べ替えを成立させた者のチームが勝利となる。
2022年11月17日放送分 - 2023年2月23日放送分では、魂チームが負けた場合に罰ゲームを導入。飯尾の合図のもと魂メンバー全員分のグラデーションボックスの底が抜け、ウレタンが敷き詰められた空洞へと落とされた。その後AIカメラにより最も酷かったプレーをしたメンバーを決められ、該当者は接近してきたカメラに向かい一言コメントする。なお、魂メンバーの代理として出演した人物も魂チームが負けた場合は罰ゲームを受けた。
2023年8月3日のスペシャル回では「ディズニークイズ対決」の1ゲームとして実施。風間が進行役にまわり5対5で対決した。それに伴いグラデーションボックスは使用せず、5人がけの回答席でフリップを提示してグラデーションを行う。