日本国政府専用機
2機のボーイング747-400は総理府の予算で購入して運用は航空自衛隊(防衛省)に委託し、のちに航空自衛隊機として防衛庁へ転籍した。
乗組員は、操縦士と航空士である航空整備員、航法士、機上無線員、特別空中輸送員(客室乗務員) 、運航をバックアップする運行管理者ら全員が、特輸隊と通称される「航空自衛隊特別航空輸送隊第701飛行隊」の航空自衛官である。かつては特別空中輸送員(客室乗務員)は日本航空(JAL)で訓練を受けていた。現在では、ボーイング747-400からボーイング777-300ERに機種が変わったため、ボーイング777の所有数が多い全日本空輸(ANA)で特別空中輸送員の訓練は行われている。
1機に7人の整備員要員が同乗し、あらゆる状況を想定し、寄港地でも機体整備を可能とするために予備部品や消耗備品などを搭載し、基本的に随伴機を必要としない。
2機体制であるが、本来、要人輸送機は最低でも「正(要人搭乗・主務機)」、「副(随行・副務機)」、「予備(正・副が出発したあと基地で待機・非常時の代替機)」の、3機以上の体制で運用されるのが望ましいといわれている。もし1機が故障していると使用できるのが1機のみになり予備機がなくなってしまうほか、国外寄港地で正・副の2機とも故障した場合は代替機がなくなり、危機管理上の問題を呈すとみなされているからである。
政府専用機は航空自衛隊千歳基地に所属する自衛隊機であるが、通常は千歳基地と誘導路で繋がる新千歳空港の専用ハンガーに格納されている。
日本航空(JAL)とグループ企業が国際線運航とサービス経験の豊富さから、政府専用機の国内外における運航ハンドリングおよび機体整備を一括して受託し、2017年(平成29年)現在で機内サービスを行う特別空中輸送員の訓練も受託していた。しかしJALは、会社更生法適用による機材の効率化、老朽化および燃費効率の悪さから2011年(平成23年)3月1日にボーイング747機を全機退役させ、同型向けの資材や人員を保持する見込みがなくなり専用機も数年後に整備を受けられなくなる見通しとなった。このため2010年(平成22年)12月から、ボーイング747-400F(貨物)型機を運航して同型機最終受領が遅く当面の運用が見込まれる日本貨物航空に、本機に携わる航空自衛官の民間免許取得支援業務を委託した。
後継機となるボーイング777-300ERの機体整備はANAに委託されている。