西舞鶴駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを有する直営駅である。橋上駅舎を持ち東西両側から駅舎に入ることができる。改札口は2階中央部に設けられている。
単式ホーム側が4番のりば、島式ホームが2・3番のりばである。欠番の1番線は、2番線の横にホームの無い留置線として存在し、東舞鶴駅から回送されてきた特急「まいづる」の待機などの際に使われている。下り本線は4番のりば、上り本線は3番のりばだが、いずれのホームも宮津線を含めた3方向からの出入りが可能である。ただし、1番線(留置線)の宮津方面への出発信号機は使用を停止しており、宮津方面から1番線への出入りは不可能な状態にある。
JR4番のりばと丹鉄線のりばの間には柵が設けられているものの、丹鉄線改札口を経由した連絡通路を介して、相互の平面乗り換えが可能である。丹鉄駅舎が無人化される時間帯は連絡通路が閉鎖されるため、一旦、JRの改札口を出て丹鉄の改札口へ回らなければならない。2011年3月11日までは連絡通路横の夜間専用乗り換え口での乗り換えが可能だったものの、閉鎖された。
西舞鶴駅の西口は、旧西舞鶴駅の改札口であった。1999年に橋上駅舎化された事に伴い、西口と東口が新設された。市街地が形成されているのは西口側であり、駅前に舞鶴城(田辺城)の物見櫓が移設され、近隣にはビジネスホテルや飲食店がある。
冬季は、ポリテクカレッジ京都(京都職業能力開発短期大学校)の学生によるイルミネーションの展示が行われる。