桜を見る会問題
政権の屋台骨で鉄の壁ともいわれる菅であるが、安倍首相サイドの招待への関与を否定する長官の答弁を、大西内閣審議官が 「安倍事務所におきまして幅広く参加者を募るプロセスの中で夫人からの推薦もあったとのことでございます。」と否定するといったちぐはぐさも目立つようになった。シュレッダー処理で破棄されたとされる招待者名簿が、電子データとして残っているのではないかという指摘に「削除したデータについては復元をすることはできないと聞いています」と答弁したが、現在の技術からいって疑問だとの声も現役官僚からあがった。さらに、データ廃棄のログを開示できない理由についても、「同じシステムを国家安全保障局も利用しており国家機密漏えいの危険が増す」と国会で答弁した。
2021年7月15日、安倍晋三後援会が「桜を見る会」の前日に開いた夕食会の費用を補填していた問題で、東京第一検察審査会は安倍を不起訴とした東京地検特捜部の処分のうち公職選挙法違反(選挙区内での寄付)容疑などについて「不起訴不当」と議決した。議決を受けて地検は再捜査を行ったが、同年12月28日、再び不起訴とし、安倍についての捜査は終結した。