尾道糸崎港
古くから海上交通の要衝として発展し、1864年には松浜に船だまりが築造された。1900年(明治33年)に特別貿易港としての糸崎港が開港。1936年(昭和11年)には糸崎町・三原町他が合併して三原市発足、糸崎港と三原港が一体となった。1953年に尾道港と合併。1975年以降、三原内港地区は旅客専用港として整備された。
三原港
北側の三原駅とは、徒歩約10分の場所にある。尾道港同様、架橋の影響で縮小・廃止された航路もあるが、近隣の島々とのカーフェリー・旅客船が運航されている。
2015年(平成27年)11月13日にビジター桟橋と三原港湾ビルが、「みはら海の駅」として広島県内16か所目となる海の駅に認定された。
三原港一帯は、2012年7月28日にみなとオアシスの登録をしていて、三原港湾ビルを代表施設とするみなとオアシス三原として地域活性化拠点ともなっている(同一港湾内での複数登録は全国初)。
フェリー 三原 - 佐木島(鷺) - 因島(重井)
2021年(令和3年)5月1日に廃止。