納本制度
例として、2015年秋、りすの書房(既に解散)がギリシャ文字などを無作為に打ち込んだだけの書籍「亞書」78冊を納本し、代償金136万円を授受していた一件が挙げられる。この一件では最終的に2016年2月に国会図書館側が「国立国会図書館法に挙げられた「出版物」に該当しない」などの理由から当該図書を返本し、支払い済みの代償金の返還を求めることとなったが、図書の内容によって「出版物」かどうかを判断することは、前述のとおり方法によっては一種の検閲にもつながりかねず、表現の自由の侵害となる可能性も指摘されており、慎重な運用を求める声もある。
収蔵する際にはカバーやオビを廃棄することを批判する意見もある。
内容や物理的形態によっては納本を拒否された事例もあり、文章から約物(句読点、括弧など)以外の文字を全て「空白」にした小説(「、。」)や収蔵時にカバーを破棄することへの抗議として書籍カバーを本と称したもの(カバーしかない本II)は収蔵を拒否された。
2000年からはCDなど紙以外の媒体に保存された電子出版物も納本の対象となったが保存作業は進んおらず、媒体の劣化によりデータをデジタル化が間に合わなかった例もある。特にゲームソフトは保存技術が確立されていないことや、ゲーム機本体は制度の対象外なため備品扱いで例外的に確保している状態である。ゲームソフトは日本では国会図書館が3996本を収蔵するのみだが、ライプツィヒ大学(4392本)やストロング遊戯博物館(6374本)など海外に劣っていることが指摘されている。