メガケイラ類
メガケイラ類の単系統性は不確実であり、2010年代以降の系統解析だけでも、文献によっては単系統群、側系統群、更に多系統群とされる場合もある。これは系統解析がなされる頃において、一部の種類、特に本群の中で比較的に特異な形態を有するフォルティフォルケプスとジェンフェンギアの多くの形質が不明確であったことが大きな理由とされる。少なくともレアンコイリア科(レアンコイリア、アラルコメネウス、ヤウニクを含んだ分類群)の単系統性は広く認められ、ヨホイア、ハイコウカリスと単系統群(Cheiromorpha)になる説も比較的に多くの支持を得られている。
Enalikter aphson
Bundenbachiellus giganteus
Kootenichela deppi
Oelandocaris oelandica
蠕虫様の細長い胴部をもつ Enalikter aphson に関しては、メガケイラ類どころか、節足動物ですらなく、むしろ多毛類(ゴカイ類)の環形動物ではないかという異説があった。しかしこの知見は、後に本種の節足動物的性質(関節肢や曲がり返した消化管など)を補足した反発文献によって否定された。しかし本種はよく似た Bundenbachiellus giganteus と並んで、メガケイラ類的性質は依然として一部の文献に疑問視されている。Kootenichela deppi として記載された化石標本は、複数種の節足動物に由来で、特にその模式標本はメガケイラ類ですらない別系統のものと疑わしく見受けられる。甲殻類として記載され、更にいくつかの文献に基盤的な甲殻類と考えられた Oelandocaris oelandica は、実はレアンコイリア科のメガケイラ類ではないかという説もある。
これらの説を統合し、節足動物の中でラディオドンタ類とメガケイラ類は順番ずつ鋏角類の初期系統のみから分岐するとされ、肢節数と内突起/爪の数を減らしながら、前部付属肢(十数節以下、内突起5本以上)は大付属肢(6節以下、爪4-3本)に、大付属肢は鋏角(3節以下、爪2本)に進化すると解釈された。更に Haug et al. 2012 では、フルディア科(フルディア、ペイトイアなど)のラディオドンタ類は前部付属肢が比較的少数(10節以下)の肢節と数本の爪らしき内突起をもつことにより、他のラディオドンタ類よりメガケイラ類/鋏角類の系統に近く、ラディオドンタ類全体はメガケイラ類+鋏角類の分岐に至る側系統群という説も提唱された。
また、メガケイラ類のパラペイトイアは Budd 2002 と Chen et al. 2004 の両方においても「メガケイラ類の大付属肢をもつラディオドンタ類」と解釈され、ラディオドンタ類とメガケイラ類の中間型生物とされた。
メガケイラ類(アラルコメネウスとレアンコイリア)で見つかった脳神経節の構造から直接に証明される、最も有力で広く認められる対応関係。
上述の神経解剖学的証拠以外にも、中大脳性付属肢のように眼と上唇/ハイポストーマの間にあること、および鋏角との類似性(同じく捕獲用の前端の付属肢で、柄部と鋏に分化した前後の肢節をもつなど)が根拠として挙げられる。