偶蹄目
これは、最近しばしば見られる、化石研究者と分子生物学者の意見が対立するケースの、典型的な例であった。しかし、パキケトゥス・アトッキの化石骨格の研究により、化石研究者側からもクジラが偶蹄目起源であるとする仮説を補強する、強力な根拠が提出された。鯨偶蹄目も参照。
分子系統解析に基づく系統分類は以下のとおり。科は順不同。ここではBurgin et al. (2020) による現生科の分類に従い、Whippomorpha亜目の下位グループとしてAncodonta(カバ類)とCetacea(鯨類)をまとめた。
核脚亜目 Tylopoda ラクダ科 Camelidae - ラクダ、リャマ
Artiofabula 猪豚亜目 Suina イノシシ科 Suidae - ブタ、イノシシ ペッカリー科 Tayassuidae Cetruminantia 反芻亜目 Ruminantia マメジカ下目 Tragulina マメジカ科 Tragulidae 真反芻下目 Pecora ジャコウジカ科 Moschidae シカ科 Cervidae - シカ、 トナカイ、シフゾウ キリン科 Giraffidae - キリン、オカピ プロングホーン科 Antilocapridae ウシ科 Bovidae - アンテロープ、ウシ族(ウシなど)、ヤギ亜科(ヤギ、ヒツジ) 鯨河馬形類 (亜目) Whippomorpha カバ下目 Ancodonta カバ科 Hippopotamidae - カバ、コビトカバ 鯨類 (下目) Cetacea ヒゲクジラ類 (小目) Mysticeti - シロナガスクジラ、ザトウクジラ ハクジラ類 (小目) Odontoceti - マッコウクジラ、イルカ
初期の原始的な科や猪豚亜目では、真獣類の基本形(歯列:3・1・4・3=44)がほぼ保たれているが、進化段階が高いグループでは上顎切歯が縮退・喪失し、硬い角質パットを発達させ、下顎切歯と上顎の角質パットにより草を噛みちぎる。
犬歯はイノシシ類で発達する他は、多くの種で縮退または消失しているが、反芻類でもジャコウジカやキバノロのようにオスが発達した犬歯を持つものがある。
頬骨については、前臼歯が臼歯化しないという特徴がある。原始的なグループでは頬歯が歯冠の低いブノドント(丘状歯、例えばイノシシ類)であるが、進化段階が上がるにつれて、歯冠が低いブノセレノドント(bunoselenodonta、例えばアントラコテリウム類)、歯冠の低いセレノドント(月状歯・単歯型、例えばシカ科)、歯冠の高いセレノドント(月状歯・長歯型、例えばウシ科)と多様化している。