医薬品設計
低分子に加えて、ペプチド、特に治療用抗体を含むバイオ医薬品はますます重要で、これらのタンパク質ベースの治療薬の親和性、選択性、および安定性を向上させるための計算的手法も開発されている。
「医薬品設計」という言葉は実際には誤称(英語版)であり、より正確な用語は、リガンド設計 (すなわち、標的に強固に結合する分子の設計) である。結合親和性を予測するための設計技術はかなり成功しているが、バイオアベイラビリティ、代謝半減期、副作用など、リガンドが安全で有効な薬物になる前に、まず最適化しなければならない他の多くの特性がある。これらの他の特性は、合理的設計技術では予測が難しいことが多い。それにもかかわらず、特に医薬品開発の臨床段階では離脱率が高いため、医薬品設計の初期段階では、開発中の合併症が少なく、したがって承認され、上市される可能性が高いと予測される物理化学的特性を有する候補薬を選択することに多くの関心が払われている。さらに、より良好なADME (吸収、分布、代謝、排泄) および毒性プロファイルを有する化合物を選択するために、計算法を補完するin vitro実験が創薬の初期段階で使用されるようになってきている。