ハネモ目
多核嚢状性という特異な特徴をもつことから、古くから緑藻綱の中の独立の分類群、クダモ目 (管状藻目、学名:Siphonales) として扱われていた。ただしクダモ目には、シオグサ目やカサノリ目を含むこともあった。またこの広義の意味でのクダモ目の範囲をハネモ綱 (Bryopsidophyceae) として扱うこともあった (この場合現在ハネモ目とされる藻類を複数の目に分けていた)。
1960年代以降の微細構造学的特徴 (鞭毛装置、細胞分裂様式) の研究から、アオサ目、シオグサ目、カサノリ目などとともにアオサ藻綱に分類されるようになった。
その後も独立の綱 (ハネモ綱 Bryopsidophyceae) として扱われたことがあるが、2020年現在ではふつうアオサ藻綱の1目とされる。2020年現在、目の名としてはハネモ目 (学名:Bryopsidales) が用いられることが多いが、2000年代まではイワヅタ目 (学名:Caulerpales) を充てることが一般的であった。分子系統学的解析からは、同様に多核嚢状性であるカサノリ目の姉妹群であることが示唆されている。ただしより大量の分子データに基づいた解析からは、ハネモ目が緑藻綱の姉妹群である可能性も示唆されている (つまりアオサ藻綱は非単系統群)。
ハネモ目の中では、カイミドリイト亜目 (カイガラミドリイト属のみ) が最初に分岐し、残りの種はハネモ亜目 (ハネモ、ツユノイト、ミルなど) とサボテングサ亜目 (イワヅタ、チョウチンミドロ、サボテングサ、ハゴロモなど) に分かれることが示されている (下図7、下表)。