PRIMAL×HEARTS
前作『星ノ音サンクチュアリ』が近未来を舞台としていたため、本作は企画の段階から現代ものにすると決まっており、魔法などの特殊な要素がない分、凝った舞台設定にするという方針が立てられた。 一時はお嬢様学園を舞台にするという案もあったが、紆余曲折の末二つの生徒会を持つ学園を舞台とすることに決定した。 ディレクター・武内よしみはこの設定について、「学園ものでは『生徒会が絶対的な権力を持つ』というお約束があるが、現実の生徒会はそこまで権限は強くないので、フィクションとしてはそのお約束次第で面白くなると思った」とテックジャイアンとのインタビューの中で述べ、「二つの生徒会が存在する」という点は現実世界の二大政党制から着想を得たと述べている。その一方で竹内は、政治色を強くすると話が重くなるので、キャラクターや物語に差しさわりがない程度に落とし込むことに苦労したとも振り返っている。
聖良たちの所属する月華会は伝統を重んじるというコンセプトから、落ち着いた雰囲気を出すために緑色のロングスカートが取り入れられた。一方、陽姫の所属する天道会は月華会と対照的な存在であることを表現するため、赤を基調とした現代風のボレロとミニスカートが制服として起用された。水着や体操服のデザインも同様に生徒会によって異なる。
SDパートの原画は『恋色マリアージュ』のSD原画を担当したここのかが起用され、過去にここのかが手掛けたゲームよりもさらに頭身が下げられた。ここのかはこの試みについて、「実際のキャラクターの時との差が大きくなるほどデフォルメの役割が大きくなるので、頭身を変更してよかった」とテックジャイアンとのインタビューの中で述べている。