雲仙岳
火砕流によって破壊された地区のうち、平成新山周辺、水無川上流部は山体崩壊のおそれがあるため、未だ警戒区域に指定されたままである。土砂によって完全に埋まった水無川は浚渫され、堤防や橋梁が強化された。なお、国道57号の水無川橋は度重なる火砕流・土砂により崩壊し、新しく水無大橋が建設された。下流域においては土砂が膨大のため除去作業は不可と判断され、土砂の上に新しく住宅街が建設された。また、国道251号には道の駅みずなし本陣ふかえ(現・道の駅ひまわり)が設置された。
有明海沿岸においては運び出された土砂によって埋立地(平成町)が造られ、そこに雲仙岳災害記念館と島原復興アリーナ・島原勤労者総合福祉センターが建設された。島原市水無川沖の有明海海底には、火山灰などが20 - 80センチメートル泥状化して堆積し、自然回復が困難となっていたので、底質地盤改善工事が進んでいる。
被災区間を通っていた島原鉄道線は一部高架化の上で復旧したが、利用者減少により、2008年に被災区間を含む島原外港駅(現:島原港駅) - 加津佐駅間が廃止された。
火砕流で焼け野原になった島原市千本木地区の約4ヘクタールでは、災害後に設立された市民団体「雲仙百年の森づくり会」がクヌギ、ツバキ、サクラなど3万3000本を植樹した。
雲仙岳は九州中央部を東西に横断する別府 - 島原地溝帯の西部にあり、島原半島中北部の4分の3を占める複数の山体からなる火山群である。具体的には普賢岳()を主峰とする、猿葉山(364m)、野岳(1,142m)、九千部岳(1,062m)、絹笠山(879m)、眉山などの総称である。
雲仙普賢岳は1990年(平成2年)11月17日に198年ぶりに噴火活動を開始し、その後、普賢岳山頂部に溶岩ドームが成長し始めて主峰を超える高さとなり、1996年(平成8年)に平成新山と名付けられた(当時の標高は1,486m)。平成新山はその後の崩落等により標高が1,483mになっている(長崎県の最高峰)。なお、平成新山は2004年(平成16年)4月5日に国指定の天然記念物に指定された。雲仙火山の中央部には雲仙地溝が横断しており、その地溝の一部である橘湾はほぼ円形のカルデラの千々石カルデラでその地下数十キロメートルにはマグマだまりが存在する。
火山噴火予知連絡会によって火山防災のために監視・観測体制の充実等の必要がある火山に選定されている。
2002年から2004年にかけて、雲仙火山火道掘削プロジェクトチーム により、火道(マグマが地下から上昇した経路)を探しだし掘削する調査が行われた。その結果、普賢岳山頂の北約1km、標高840mの箇所から山頂直下に向かって斜めに掘り進んだ掘削において、掘削深度1,977m(標高約-150m)の位置で平成噴火の火道溶岩を掘り当てサンプルを採集した。このサンプル採集により火道のでき方や噴火機構の解明がされることが期待されている。
特に大規模な人的被害をもたらしたのは1991年(平成3年)6月3日16時8分に発生した火砕流である。
このように火砕流による多数の犠牲者が発生したのは、その危険性について当時、充分な認識が広まっていなかったことが背景にある。詳細は以下の通り。
報道関係者
5月24日に発生した最初の火砕流は衝撃的だったものの、当時の報道関係者の認識は「かなりの高温ではあるが、熱風(火砕サージ)を伴うものとは知らず、車で逃げ切れるだろうと思っていた」「熱いと知っていたが焼け焦げるまでとは知らなかった」という程度であった。
これは翌25日の気象庁臨時火山情報にて火山学者や専門家が議論の末、「24日の崩落は小規模な火砕流」と発表したものの、住民の混乱を恐れたため火砕流の危険性について具体的な言及が一切なく、報道関係者には本来の「地質学的に小規模」の意味が「人的被害を出さない程度の規模」と受け取られたことによる。5月26日には水無川上流の砂防ダム工事関係者が火砕流により腕に火傷を負ったが、「火傷程度で済むならば長袖のシャツを着ておれば大丈夫」という噂が流れるなど、危険性について情報が広まらなかった。さらに5月25日から6月2日までの火砕流の発生回数は小規模なものを含めて165回に達したが、その中で比較的規模の大きな火砕流であっても全て水無川上流の砂防ダム付近でせき止められていた。こうしたことから報道関係者に火砕流への馴れが生じた。
さらに梅雨入りしたことで報道関係者の関心は火砕流から土石流に向けられ始めていた。報道関係者の中には火砕流と土石流を混同している者も多く、さらに彼らの大半が「火砕流は土石流同様に水無川に沿って来るため、避難勧告地域内ではあるが水無川から200m離れた上、40mの標高差がある定点が襲われることはない」と認識していた。