三十年戦争
プロテスタント同盟に対抗してカトリック側は1609年7月10日にバイエルン選帝侯マクシミリアン1世を盟主とするカトリック連盟(リーガ)を結成し、スペインの支持をあてにしていた。フランス、オランダ、イギリスはこれに反対した。ブランデンブルク選帝侯ヨーハン・ジギスムントは新教に改宗し、プロテスタント同盟に加盟、プファルツ=ノイブルク公ヴォルフガング・ヴィルヘルムはローマ教会に入ってカトリック連盟に加盟した。さらにフランスがプロテスタント同盟に、皇帝がカトリック連盟の陣営についた。
スペイン、オーストリア、オランダは繰り返しユーリヒ=クレーフェ=ベルク連合公国に侵入したが、フランスのアンリ4世が暗殺され、大きな戦争とはならなかった。1610年10月24日にプロテスタント同盟とカトリック連盟は講和し、他の要求者を排除して1614年のクサンテン条約でブランデンブルクがクレーフェ=ベルクを、プファルツ=ノイブルク公がユーリヒ=ベルクを分割相続した。
宗教改革が始まってからはプロテスタントとカトリックの対立が続き、教皇は改革に対抗して、イエズス会を設置し、16世紀末までにはバイエルン、オーストリア、フランス、ポーランド、チェコがカトリックの勢力圏に入った。
1546年には神聖ローマ皇帝カール5世とルター派諸侯のシュマルカルデン同盟との間でシュマルカルデン戦争が勃発した。皇帝側が新教諸侯に勝利しカトリックに有利なアウクスブルク仮信条協定が定められたが、寝返ったザクセン選帝侯モーリッツとのパッサウ条約を経て、1555年のアウクスブルク宗教平和令が公布された。この令では、カトリックとルター派は信仰を理由とした暴力の禁止(カルヴァン派やツヴィングリ派は異端とされ除外)、諸侯の信仰は自由であり、自領の信仰(ルター派かカトリック教会)を選ぶことができ、そして領民にはその信仰に従わせるとされた (領邦教会)。アウクスブルクの和議は教皇はあまり関わらず皇帝と諸侯の間で交わされたもので、その後も新旧両派は自らの勢力拡大に努めた。
条約ではメッツ、トゥール、ヴェルダンの司教領、エルザス(アルザス)のズントガウなどがフランスに割譲され、スウェーデンは西ポンメルン(前ポンメルン)、リューゲン島、ヴィスマル市、ブレーメン大司教領を得て、さらに帝国議会の議席も得た。この意味でフランスとスウェーデンは三十年戦争の勝利者ともいわれる。さらにスイスとネーデルラント共和国の独立が正式に承認された。他方、スペインは和平対象から外された。このためスペインとフランスの対立は1659年のピレネー条約まで持ち越された。
帝国内ではアウクスブルクの宗教平和令の有効性が確認され、対立の原因でもあった「聖職者に対する留保」条項は破棄され、1624年における宗派分布が基準とされ、これにもとづき諸領域はどの宗派に属するかが決定された。さらにカルヴァン派も公認され、帝国議会では新旧両派の合意によって決定されることとなり、これによって宗教問題が帝国内の紛争の原因となることは基本的にはなくなった。ただし、信仰の自由は領邦君主に許されるままで、個人の自由は認められなかった。皇帝の権限は後退し、帝国等族の権利が強まり、外国との戦争、法の発布には帝国等族の同意が必要とされるようになった。こうして「ドイツの自由」は「帝国等族の自由」となった。