塩基性ヘリックスループヘリックス
bHLHモチーフはループでつながれた2本のα-ヘリックスによって特徴づけられる。このモチーフを持つ転写因子は二量体を形成し、塩基性アミノ酸残基を含むヘリックスがDNAに結合する 。一般的に、短い方のヘリックスは、ループ領域の柔軟性によって相手方のヘリックスの上に折り畳まれて二量体化する。長い方のヘリックスはDNA結合領域を含んでいる。典型的なbHLHはE-boxと呼ばれるコンセンサス配列 (CANNTG) に結合する。標準的なE-boxはパリンドロミックな CACGTG という配列であるが、いくつかのbHLH型転写因子、特にbHLH-PASファミリーに属するものの中には、E-boxに似た非パリンドロミックな配列に結合するものも存在する。bHLH型転写因子はホモ二量体化、または他のbHLH型転写因子とのヘテロ二量体化によって、多くの種類の二量体を形成する。そして、そのそれぞれが特定の機能を持っている。