連邦捜査局
「長官」 (Director) 及び「副長官」 (Deputy Director) のもとに、下記の6つの部(branch)が設置されている。このうち、情報部、国家保安部、刑事・サイバー対策部、科学技術部は長官・副長官の直率下にあるが、情報技術部と人事部は「副長官補」(Associate Deputy Director)を介して指揮されている。 情報部 (Intelligence Branch) 国家保安部 (National Security Branch) 刑事・サイバー対策部 (Criminal, Cyber, Response, and Services Branch) 科学技術部 (Science and Technology Branch) 情報技術部 (Information and Technology Branch) 人事部 (Human Resources Branch)
それぞれの部は次官補(Executive Assistant Director)によって指揮されている。
フーヴァー時代のFBIは、アメリカ市民に対する監視をおこなっていた。特に1960年代から1970年代の反戦運動、公民権運動、フラワー・ムーブメントの時代には、厳しい監視と激しい弾圧を実施した。
監視対象となった市民としては、ジョン・レノン、ベトナム反戦運動グループ、マーティン・ルーサー・キング・ジュニアを含む公民権運動団体、南部キリスト教指導者会議(英語版)、全米黒人地位向上協会、人種平等会議(英語版)およびその他の市民権団体に関連する人々がいる。さらに黒人民族主義グループ(例えば、ネイション・オブ・イスラムとブラックパンサー党)、アメリカ・インディアン・ムーブメント、民主化社会のための学生を含む「新左翼」、イッピーやヒッピーなども監視、弾圧の対象となった。
ジョン・レノンが執拗な監視をされた件、ブラック・パンサー党の党員が激しく弾圧された件(17歳のボビー・ハットンは警察に射殺された)などは、特に有名である。ジョン・レノンに対する執拗な監視は、後年、ドキュメンタリー映画『PEACE BED アメリカVSジョン・レノン』になった。
これらの弾圧で、FBIは厳しい批判を受けた。またエドガー・フーヴァーが極めて長期間、長官の地位に居座ったこと、大統領や政治家の秘密を多く把握し、大統領も手を出せない超権力者になっていたことも、フーヴァー死後、批判の対象となった。