マイトファジー
オルガネラや細胞質の一部は隔離されてリソソームによる分解の標的となることがあり、オートファジーと呼ばれる過程で加水分解される。ミトコンドリアによる代謝からはDNA損傷や変異をもたらす副産物が生じるため、細胞を良好な状態に維持するためには健康なミトコンドリア集団が存在することが重要である。以前はミトコンドリアの標的分解は確率論的なイベントであると考えられていたが、マイトファジーが選択的な過程であることを示唆する証拠が蓄積している。
酸化的リン酸化によるATPの産生は、ミトコンドリアや亜ミトコンドリア粒子(英語版)内でさまざまな活性酸素種(ROS)の発生をもたらす。ミトコンドリアにおける代謝の廃棄物としてのROSの形成は、最終的には細胞毒性や細胞死をもたらすこととなる。ミトコンドリアはROSによる損傷に対して非常に感受性が高く、ミトコンドリアの損傷によってATPの枯渇やシトクロムcの放出が引き起こされる。