日本ウイグル連盟
トゥール・ムハメットによると日本ウイグル連盟もこの東トルキスタン国民会議に属しているとのことだが、組織実態があるのかわからず詳細は不明。2017年の世界ウイグル会議新執行部発足以来トゥール・ムハメットは世界ウイグル会議とは距離を取っていたが、これによってトゥール・ムハメットの世界ウイグル会議からの分裂が明確となった。
2018年10月、トゥール・ムハメットがラビア・カーディルの日本代表を解任される。前月に世界ウイグル会議から分裂し、さらにラビア・カーディルからも切られたことにより孤立が鮮明化した。
2018年12月、事務所を現在地に移転するとトゥール・ムハメットがSNS上において発表。連盟の設立以来事務所を提供してきていた小島孝之(アジア民主化運動)は事前に全く聞いていなかったと激怒し対立することとなる。
2019年2月、在日ウイグル人約50人が都内に集まり、今後の運動を日本ウイグル協会または日本ウイグル連盟または新しい団体を作って行なうかについて、話し合いと投票を行なう会議を開催したが、当初参加する予定だったトゥール・ムハメットは当日会場に姿を現さず、連絡にも出なかった。