新問郡
江戸時代になると、新問郡域は西蝦夷地に属し慶長8年(1603年)宗谷に置かれた役宅が管轄、貞享2年(1685年)宗谷場所に含まれた。新問郡域周辺では、コタンケシ(敷香郡内路村古丹岸)の乙名はしばしば宗谷までオムシャ(撫育政策)に出向き、鉄器や木綿などの生活必需品を入手していた。元禄13年(1700年)、松前藩から幕府に提出された松前島郷帳に「うへこたん」の記載が見える。 宝暦2年(1752年)ころシラヌシ(本斗郡好仁村白主)にて交易が始まり、寛政2年(1790年)松前藩が樺太商場(場所)を開設、幕府は勤番所を置く。このときクシュンコタン(大泊郡大泊町楠渓)でも、藩の出先機関の機能も兼ねた運上屋(会所)を置き交易を開始。以後、ここでオムシャし交易することが可能となった。当時の場所請負人は阿部屋村山家。寛政12年(1800年)松前藩は、南部のカラフト場所を直営するようになった。
アイヌ乙名の山丹渡航
18世紀後半、新問郡域周辺のコタンケシ(敷香郡内路村古丹岸)アイヌの乙名が満州人に朝貢を求められ、姓長(バラ・イ・ダ)の称号を与えられた(冊封)。ことの発端は、ナヨロ(泊居郡名寄村)の惣乙名が、交易相手のスメレンクル夷や山丹人を殺害したことである(『北夷分界余話』)。
アイヌ乙名たちは幕藩体制下の郷村制の役職も持ちながら山丹渡航し、薩摩藩の附庸国であった琉球王国と同様な外交・交易形態であった。しかし、山丹への渡航はアイヌの負担が大きく、コタンケシ乙名の姓長(バラ・イ・ダ)の家系は19世紀に入る頃には困窮し、大陸渡航は不可となった。
安政3年(1856年)鳥井権之助、箱館奉行から北蝦夷地差配人を拝命。安政5年(1858年)、新問郡域などの開発および住民に対する撫育や介抱が急務とされ、米屋喜代作も出願しマクンコタン(元泊郡帆寄村馬群潭)に漁場を開設した。当時の地方行政については、場所請負制成立後の行政および江戸時代の日本の人口統計を、漁場の状況については北海道におけるニシン漁史も参照されたい。
○東浦漁場(南方より順次記載)安政5年(1858年)当時の割当
米屋喜代作(慶応二年以降の佐野孫右衛門) 拠点・・・マクンコタン(元泊郡帆寄村馬群潭) 受持ち場所・・・南のノボリホ(元泊郡帆寄村登帆)より北のウエンコタン(新問郡東知取村北遠古丹)まで 元泊郡の帆寄村と元泊村、東知取村を割当てられ、漁場を開いたが経営は困難を極めた。文久3年に漁場返納を却下され、さらに3年間経営を継続。
※いずれも、後に栖原家に取捌を引継がれた。
幕末の樺太警固(第二次幕領期)
安政2年(1855年)日露和親条約で樺太における国境が未確定のまま棚上げ先送りとされた。この年以降、樺太を含む蝦夷地が再び公議御料となり、秋田藩が新問郡域の警固も行った。冬季は漁場の番屋に詰める番人を武装化して足軽とし警固した。万延元年(1860年)樺太警固は仙台・会津・秋田・庄内の4藩となるが、安政年間からこの年までの間、安房勝山藩をはじめ数藩がタライカ湾の静香川近辺(敷香郡敷香町)に警固の拠点を構えた 。新問郡域の警固は、おそらく秋田藩から引き継いだと思われる。慶応3年(1867年)樺太雑居条約で樺太全島が日露雑居地とされた。