FCバイエルン・ミュンヘン
チャンピオンズリーグでは、このシーズンのラ・リーガを制することになるアトレティコ・マドリードを4-0で破るなどして3シーズン連続でグループステージを無敗で突破し、決勝トーナメントのラウンド16でもSSラツィオを2戦合計6-2で破った。しかし、スポーツダイレクターであるハサン・サリハミジッチと監督であるハンジ・フリックの対立や、長年の功労者であるボアテング、アラバなどとの契約交渉が思うように行かなかったこと、そしてエースであるレヴァンドフスキが負傷離脱したことなどが重なる中迎えた準々決勝で、前年のチャンピオンズリーグ決勝戦で破ったパリ・サンジェルマンと再び対戦。2戦合計3-3としたものの、ホームでの1stレグを2-3で落としたことが響き、ポゼッション率、シュート数などで上回りながらもアウェーゴール差で敗退した。シーズン終了後、ハンジ・フリックは監督を退任、ドイツ代表の指揮を取ることが決まった。
2021-22シーズン、夏の移籍市場ではダビド・アラバをレアル・マドリードに、ジェローム・ボアテングをオリンピック・リヨンに、ハビ・マルティネスをカタールSCにそれぞれ放出し、レンタルで獲得していたドウグラス・コスタはユヴェントスにレンタルバックした。補強面ではRBライプツィヒからマルセル・ザビッツァーとダヨ・ウパメカノを、イングランド2部レディングFCからオマー・リチャーズを獲得した。また、スヴェン・ウルライヒをハンブルガーSVから呼び戻し、ヨシプ・スタニシッチをユースチームから昇格させた。
2015-16シーズン、2015年夏の移籍市場ではロッベンとリベリの穴を埋めるキングスレイ・コマン、ドグラス・コスタらウインガーを獲得。また、シュバインシュタイガーがマンチェスター・ユナイテッドに移籍した中盤にはアルトゥーロ・ビダルを獲得した。第9節のヴェルダー・ブレーメン戦に1-0で勝利して、ブンデスリーガ新記録となる開幕9連勝を飾った。リーグ戦では10月4日のドルトムントとの直接対決で5-1と圧勝したのを皮切りに首位を独走した。一時はドルトムントに勝ち点5差まで接近されたが、第33節のFCインゴルシュタット04戦でリーグ史上初の4連覇を2012-13シーズン、2014-15シーズンに打ち立てた18を上回るブンデスリーガ史上最少の17失点で達成した。このシーズン、レヴァンドフスキは史上6人目の30ゴールを成し遂げ、ミュラーも自己最多の20ゴール、故障がちのロッベンとリベリーに代わってコスタとコマンが、ボアテングに代わってヨシュア・キミッヒがそれぞれの穴を埋める活躍を披露した。またDFBポカールでも、決勝に進出しドルトムントをPK戦で下して、2年ぶりに優勝を果たして国内2冠を達成した。しかしチャンピオンズリーグでは準決勝でアトレティコ・マドリードに2試合合計2-2のアウェーゴール差で敗れ、ベスト4となった。特にイタリア・セリエAの王者であるユベントスとの準々決勝の時点で、効果的なハイプレスでビルドアップを分断される、或いはボールロスト後のゲーゲンプレッシングが外されてカウンターを受けるなど弱点が徐々に露呈しており、最終的にそのアトレティコとの準決勝でグアルディオラの戦術特有の欠陥が完全に明るみに出た結果となった。
ラウがチームにフィットしなかったことから、冬の移籍市場では夏の移籍市場で放出したにも関わらず、当時オリンピック・マルセイユの監督に途中就任したフィリップ・トルシエと対立していたリザラズを僅か半年で連れ戻した。リザラズがすぐにチームにフィットしたことで左サイドバックの問題は解消し、ブンデスリーガとDFBポカールを制して2冠達成。
2005-06シーズンもブンデスリーガとDFBポカールを制し、2冠を連覇で達成。シーズン限りでリザラズ、イェレミースが現役引退。
2006-07シーズン、マルク・ファン・ボメル、ダニエル・ファン・ブイテンらを補強。引退したリザラズ、チェルシーに移籍したバラックの穴を埋められず、11シーズンぶりにシーズン途中で監督を交代してヒッツフェルトが監督に就任したものの3季ぶりの無冠に終わっただけでなく、UEFAチャンピオンズリーグの出場権を12シーズンぶりに逃してしまった。
2007-08シーズン、夏の移籍市場ではルカ・トーニ、ミロスラフ・クローゼらと共にフランク・リベリーをブンデスリーガ史上最高額の2500万ユーロで獲得するなど大型補強を敢行。ヒッツフェルトが留任し、2列目から3列目の選手が次々と前線に飛び出す超攻撃的サッカーで開幕から8勝2分けとロケットスタートを切った事で勢いを増し尚且つリーグ史上最少の22失点と鉄壁の守備を武器にブンデスリーガは2位のブレーメンに勝ち点10の差をつけて3節残して2年ぶり21回目の優勝。