モスクワとコンスタンティノープルの断交
1996年には、同じくソ連から独立したエストニアにおいて、モスクワ総主教庁系の自主管理教会であるエストニア正教会(英語版)と重なる形で、コンスタンティノープル総主教庁に連なる自治正教会(自主管理教会よりも権限は大きい)として結成されたエストニア使徒正教会(英語版)をコンスタンティノープル総主教庁が2月20日に正式承認したことから、これに反発したロシア正教会は同年2月23日から5月16日まで、短期間ながらコンスタンティノープル総主教庁と断交するという事件もあった。
東ローマ帝国(ビザンティン帝国)の国教として発展してきた歴史を持つ正教会(ギリシャ正教)において、その首都であったコンスタンティノープル(ラテン語: コンスタンティノポリス、現代ギリシア語: コンスタンディヌーポリ、現在のトルコ共和国イスタンブール)に座するコンスタンティノープル総主教は「全地総主教(ギリシア語: Οἰκουμενικὸς Πατριάρχης)」という特別な称号を有し、正教会全ての名誉的筆頭者として表敬されている。ただし、カトリック教会がローマ教皇の絶対的首位権の下にピラミッド型の全世界的統一組織を持つのと違い、正教会は一カ国に一つの教会組織を具えることが原則である。各国・各地域を管轄する首座主教は、総主教・府主教・大主教といった名誉上の地位の高低はあっても基本的には教権上対等であり、コンスタンティノープル全地総主教といえども教権上は数多の首座主教のうちの一人に過ぎない。ただ、カルケドン公会議(東方正教においては第四全地公会と称す)で定められた5つの古代主教座のうち、東方正教世界に属しないローマを除く4主教座(コンスタンティノープル・アレクサンドリア・アンティオキア・エルサレム)の権威序列は認められており、これらの次に高い権威序列を有するのがモスクワ総主教座である。
1453年のオスマン帝国によるコンスタンティノープルの陥落以降、コンスタンティノープル総主教庁はイスラム教国であるオスマン帝国の直接支配下に置かれ、教権は著しく低下した。