リボソーム
また、リボソームがtRNAやmRNAと形成する複合体の原子構造が、独立した2つのX線結晶構造解析のグループによって、2.8 Åおよび3.7 Åの分解能で初めて明らかにされた。これらの構造から、サーマス・サーモフィルスのリボソームとmRNA、および古典的なリボソーム部位に結合したtRNAとの相互作用の詳細が確認された。その後まもなく、シャイン・ダルガノ配列を含む長いmRNAとリボソームとが相互作用が、4.5-5.5 Åの分解能で可視化された。
2011年、出芽酵母(Saccharomyces cerevisiae)の真核生物80Sリボソームの完全な原子構造が、結晶構造解析によって初めて明らかにされた。このモデルにより、真核生物に特有な要素の構造と、普遍的に保存されたコアとの相互作用が明らかになった。同時に、テトラヒメナ・サーモフィラ(英語版)(Tetrahymena thermophila)の真核生物40Sリボソームの完全な構造モデルが示され、40Sサブユニット(英語版)の構造と、翻訳開始時におけるeIF1(英語版)と40Sサブユニットの相互作用の多くが説明された。同様に、真核生物の60Sサブユニットについても、テトラヒメナ・サーモフィラからeIF6(英語版)との複合体としてその構造が決定された。
リボソームタンパク質には、細胞の生存に限りなく重要なものもあれば、そうでないものもある。出芽酵母では、14/78のリボソームタンパク質が成長に必須ではないが、ヒトでは、これらは研究対象の細胞によって異なる。その他の不均一性には、アセチル化、メチル化、およびリン酸化などのリボソームタンパク質の翻訳後修飾が含まれる。シロイヌナズナ(Arabidopsis)やウイルスの配列内リボソーム進入部位(IRES)は、組成的に異なるリボソームによって翻訳を媒介する可能性がある。たとえば、酵母や哺乳動物細胞のリボソームタンパク質eS25(英語版)を持たない40Sリボソームサブユニットは、CrPV IGR IRES(英語版)を動員することができない。
リボソームRNAの修飾の不均一性は、構造維持や機能において重要な役割を果たしており、ほとんどのmRNA修飾は高度に保存された領域に見られる。最も一般的なrRNA修飾はリボースのシュードウリジル化と2'-O-メチル化(英語版)である。