現生人類の拡散
アジア南沿岸経由で拡散した現生人類はさらに東南アジアや近オセアニアを経由して6万5千年から5万年前にオーストラリア大陸へと到達した。ホモ・エレクトスのデニソワ人はロンボク海峡を渡ってフローレス島より西側には到達していたが、オーストラリア大陸には到達していなかった。そのため、ホモ・サピエンスは人類として初めてオーストラリアの地を踏んだこととなる。デニソワ人の遺伝子の痕跡はメラネシア人やアボリジニ、ママンワ族(英語版)等のネグリトの遺伝子で見られ、東南アジアに居たデニソワ人と混血していたことが示唆されている。
この頃の海水面は現在よりはるかに低く、海域東南アジアのうち西方の領域はスンダランドという1つの陸地をなしていた。さらに、サフル大陸とスンダランド(現在のオーストラリア大陸、ニューギニア島、タスマニア島などがなしていた大陸)との間にはワラセアという陸地があり、近オセアニアの先住民らはこの群島伝いにサフルランドへと渡っていった。
ミトコンドリアDNAを解析によって、現生人類は少なくとも一回のボトルネック効果を経験しており、遺伝子多様性が急激に失われたことが分かっている。アメリカ人人類学者のヘンリー・ハーペンディング(英語版)はおおよそ10万年前に地理的に限られた地域から人類は拡散していったが、地理的ボトルネック効果を経験して約5万年前にアフリカから劇的に人口が増加しはじめ、ほかの地域でも人口の急増が起こったと考えている。気候学および地質学的な痕跡からはボトルネック効果の形跡が見られる。およそ7万4千年前にインドネシアのスマトラ島にあるトバ火山が第四紀最大級の大噴火を起こしており、寒冷期がその後1千年間続いて地球の人口を減少させた可能性がある。これを生き残ったのはわずか15,000人であったと推定されており、遺伝的浮動や創始者効果が大きくなった可能性がある。 アフリカ人のゲノムの大きな多様性はトバ事変の際にアフリカが人類の避難所となっていたことを示唆するとみられている。しかし、近年の報告では古代のDNA分析においてはアフリカ単一起源説を前提としたときよりも多地域で進化が起こりユーラシア大陸で混血が起こったことを前提としたときの方が古代DNA分析の整合性が高くなることを主張したものもある。また、そもそもトバ事変が当時の地球の人口にはほとんど影響を及ぼさなかったと主張する研究者もいる。