キョウチクトウ科
5亜科に分類される。
インドジャボク亜科 Rauvolfioideae *
キョウチクトウ亜科 Apocynoideae *
Secamonoideae
ガガイモ亜科 Asclepiadoideae
Periplocoideae
ただし * を付記した2亜科はそれぞれ側系統である。あとの3亜科はそれぞれ単系統である。
これらの系統関係を大まかに表すと、次のようになる。ただし、インドジャボク亜科とキョウチクトウ亜科はいくつかの枝を省略している。
古典的(Brown 1810 など)には、図のAS+Pの3亜科をガガイモ科(広義)とする説が主流で、のち(Bullock 1956 など)には、ASの2亜科をガガイモ科(狭義)、Pの1亜科を Periplocaceae(科)とすることも多くなった。しかし、いずれにせよ狭義の(残りの)キョウチクトウ科は側系統となり、しかも広義のガガイモ科 (AS+P) はそれ自体が多系統である。
インドジャボク亜科・キョウチクトウ亜科・ガガイモ亜科の3亜科は連に分かれ、いくつかの大きな連は亜連に分かれる。以下のリストの連・亜連は、Rapini (2012)による。連・亜連は全て記されているが、キョウチクトウ科には400属以上があり、ここに記された属はごく一部である。属の並びは任意(アルファベット順)である。