大学共同利用機関法人
大学共同利用機関法人人間文化研究機構(東京都港区虎ノ門) 国立歴史民俗博物館(千葉県佐倉市) 国文学研究資料館(東京都立川市) 国立国語研究所(東京都立川市)※平成21年に文化庁所管独立行政法人から大学共同利用機関法人人間文化研究機構へ移管編入 国際日本文化研究センター(京都府京都市西京区) 総合地球環境学研究所(京都府京都市北区) 国立民族学博物館(大阪府吹田市千里万博公園)
大学共同利用機関法人自然科学研究機構(東京都港区虎ノ門) 国立天文台(東京都三鷹市) 核融合科学研究所(岐阜県土岐市) 基礎生物学研究所(愛知県岡崎市) 生理学研究所(愛知県岡崎市) 分子科学研究所(愛知県岡崎市)
大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構(茨城県つくば市) 素粒子原子核研究所(茨城県つくば市) 物質構造科学研究所(茨城県つくば市) 加速器研究施設(茨城県つくば市) 共通基盤研究施設(茨城県つくば市)
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(東京都港区虎ノ門) 国立極地研究所(東京都立川市) 国立情報学研究所(東京都千代田区一ツ橋) 統計数理研究所(東京都立川市) 国立遺伝学研究所(静岡県三島市)