北千住駅
1階(1 - 4番線)は東武スカイツリーライン専用で、島式2面4線の地上ホーム。上下線とも当駅止まりの列車が設定されているため、20 m車の10両編成が対応できる留置線が牛田方に3本、小菅方に1本設けられている。上り列車は当駅での乗り換え利用客が多いので車内が空き、逆に下り列車は当駅から混雑する。 本線および急行線は下りが1番線、上りが4番線である。待避線および緩行線は下りが2番線、上りが3番線であり、当駅始発・当駅止まりの列車も原則として2・3番線を使用する。3番線は浅草寄りの待避線が長めに取られているため、当駅で特急列車などの速達列車の待ち合わせを行う普通列車は4番線の列車が発車直後に発車し、当駅 - 牛田駅間を徐行しながら先行列車との間隔を空けることが可能である。上りの当駅始発列車は、南栗橋車両管区春日部支所などから送り込まれた回送列車が急行線を走行して4番線に到着し、発車する列車もある。駅名標は全ホーム普通列車が発着できる構造なので隣の駅(小菅駅および牛田駅)の表記となっている。
2013年3月15日まで、平日朝に10両編成の区間急行浅草行きが設定されていたが、浅草駅に10両編成が入線できないため、当駅で後ろ4両を切り離していた。