ゼルダの伝説 時のオカリナ
ハイリア湖畔にみずうみ研究所を構える博士。湖に流れ着く変なものと水を混ぜ合わせる研究をしている。また、視野が非常に広く、見てないようでも後ろの状況も見通すことができる。
声 - 長嶝高士
ダイゴロンの弟。兄ほどではないが、巨大な身体をしている。ゴロンシティにいて、兄と同じく鍛冶の仕事をしているが、彼自身の作った刀はしばらく使用すると刃こぼれしてしまう。
声 - 瀧本富士子(少年期) / 檜山修之(青年期)
本作の主人公。コキリの森に住む少年。名前はゲーム開始時に変更可能だが、デフォルトの名前に従って本稿では「リンク」とする。
周りのコキリ族とは違い自分の妖精を連れていなかったが、森の守り神であるデクの樹サマから妖精が遣わされる。後に自身がコキリ族ではなくハイリア人であると知らされ、ハイラルの運命を背負うために森を後にする。冒険の中で辿り着いた時の神殿でマスターソードを抜いて七年間の眠りについたことで「時の勇者」として覚醒し同時に「勇気のトライフォース」を継承、以降はマスターソードを抜き差しすることで大人時代と子供時代を行き来しながら冒険を繰り広げる。
髪の毛を二つに結んだ「フフフ」という笑い方が特徴的であるコキリ族の少女。コキリの森に入った親方の息子の末路を見届けて大人リンクに「密猟者のノコギリ」を渡す。
砂漠の砂の中から出現し攻撃してくる。倒し続けると紫色の大型種が登場する。
銀のウロコは水深6まで、金のウロコは水深8まで潜水可能になる。
ドドンゴの幼体。足が無く、ツチノコのような外見をしている。成体と違って動きが素早く、地面から集団で襲い掛かる。ドドンゴと同じく倒されると爆発する。
本作の最終ボス。戦いに敗れたガノンドロフが、最後の力を振り絞り魔獣へ変貌したもの。
両手に持った2本の剣を振り強力な攻撃を行う。戦闘開始直後にマスターソードをはじかれてしまうため、他の武器で対応することになる。
『大乱闘スマッシュブラザーズ SPECIAL』では、「灯火の星」「勝ちあがり乱闘」の両モード内において本作のガノンがボスキャラクターとして登場する。
声 - 神宮司弥生
ゲルド族の双子の魔女で、ガノンドロフの育ての親。コウメは炎の魔法、コタケは氷の魔法を使い、合体すると双方の魔法を操る巨大な若い女性の姿「ツインローバ」となる(詳細はボスの項を参照)。
『大乱闘スマッシュブラザーズ for Nintendo 3DS』以降のシリーズ作品では、対戦ステージ「ゲルドの谷」に登場し、本作同様に、炎の魔法、氷の魔法を使う。
デスマウンテンの地下で生活を営む岩のような体躯とつぶらな瞳が特徴である山の一族。性格は非常に温厚で、語尾は「ゴロ」(子供の時は「コロ」)である。ドドンゴの洞窟で取れる岩を主食とし、特上ロース岩が大好物。
遙か昔に時の神殿を造った賢者。時の神殿内部の異空間「賢者の間」にその魂が生き続けており、マスターソードにより7年間封印されていたリンクに時の勇者としての使命を告げて自身も光の賢者として力を貸す。
謎解きとアクションというゲームシステムの根幹はそのままにインターフェースを完全に3Dに置き換え、「草や岩を持ち上げて投げる」「ヒビの入った壁を爆弾で壊して進む」など従来作品同様のアクションを3Dでも実現した。ライフの数は最初は3つで最大20。本作ではハート(体力)が0になるとゲームオーバーとなり、タイトル画面に戻るか、セーブした状態からやり直すことができる。また、デスマウンテン火口の灼熱地帯や水中ではリンクの残りハートの数によって制限時間が決まり、時間が切れるとゲームオーバーになる。魔力ゲージはデスマウンテン登山道の大妖精の泉から使用できるようになる。なお、セーブファイルをロードする際に出る数字は、ゲームオーバーの回数を示している。通貨単位は「ルピー」。
森の神殿に登場。次女、三女、末妹を倒すと出現する。
分身を3体出現させ、本体を含めた4体で襲いかかってくる。
ドドンゴの洞窟の主である巨大なドドンゴ。四肢が発達しており、炎を吐いたり転がったりして攻撃する。口に入ったものは何でも食べる習性をもつ。
『ゼルダの伝説 風のタクト』(2002年12月13日発売)の予約特典。ニンテンドーゲームキューブ用。『裏ゼルダ』バージョンも収録。