山門寺門の争い
『文保三年記』によれば、文保3年(1319年)に再び戒壇問題から争いが起きた。同年4月に入ると寺門派が戒壇設立の動きを見せるが、これは園城寺長吏顕弁が、異母弟金沢貞顕の協力のもと幕府の後押しを得たからだと考えられる。『元徳二年日吉社幷叡山行幸記』によると、追及を受けた顕弁は戒壇設立を否定し誓詞を出していったん納めるが、これに従わなかった寺門派衆徒が戒壇を仮設し長乗を戒師和上として受戒を行った。首謀者の長乗は還俗させられ配流に処されるが山門派の怒りは解けず、4月25日には山門派衆徒が園城寺に焼討を行い金堂以下が焼失する。花園院は「これは法滅の期であろうか。歎息すべし」と日記『花園天皇宸記』に記している。
その後も散発的に争いが起こる。『山塊記』によれば、永暦2年(1161年)4月に後白河法皇は園城寺別院であった平等院へ行幸を行ったが、山門派はこれを戒壇設立の動きと疑って坂本に陣を構えて不穏な状況となる。後白河法皇は「王家を恐れざること」と憂いたと伝える。
応保2年(1162年)閏2月には、園城寺長吏の覚忠が第50世天台座主に補任されると、山門派はこれを拒絶して蜂起。覚忠は直ちに辞任するが、山門派は覚忠が南都で小乗戒で受戒していることを問題視して座主籍に載せることも拒絶した。この南都受戒問題が再び武力抗争へと繋がる。長寛元年(1163年)に山門派は、寺門派が南都で受戒することと武器の携帯を禁止することを奏上し、朝廷はこれを受け入れて寺門派に宣旨した。しかし、寺門派はこれに納得せず延暦寺での受戒を拒否した。さらに最澄や義真が南都で受戒していることを示して山門派を非難し、逆に延暦寺が興福寺の末寺になることを奏上した。『天台座主記』によると、長寛元年6月に園城寺の法師が延暦寺領大津東浦の鳥居を切り払うという事件を起こした。この報復として山門派僧兵が園城寺を襲撃し金堂以下堂塔を焼き払い、さらに西坂本(京都市修学院付近)の観音院・解脱院・修学院・一乗寺、志賀の崇福寺・梵釈寺なども焼いた。『百錬抄』によると、朝廷は園城寺焼失の事後処理を議したが、ここでも山門派は、寺門派が大乗戒を受けないことを非難し訴えた。
治承4年(1180年)5月15日、以仁王は三条高倉の自邸に兵を差し向けられたため異母弟円恵法親王が長吏を務める園城寺に逃れ、源頼政も合流して立て籠もった。平氏との争いを避けたい園城寺の僧綱は以仁王を匿う僧兵に引き渡しを命じるが、僧徒は従わなかった。以仁王は延暦寺と興福寺にも援助を求めるが、平氏との関係性が強い延暦寺はこの要請を拒否する。この判断には両派の対立も影響したと考えられ、一説には天台座主明雲は、逆にこれを機に園城寺攻めを企てていたとされる。延暦寺の援助を受けられなかった以仁王らは、興福寺を頼って奈良に逃れるが、その途中で討取られた。同年6月に朝廷は園城寺に対する処分を議する。これにより園城寺は僧綱らの罷免、荘園や私領を没収されたうえで、円恵法親王は四天王寺別当職の任を解かれ、同職は天台座主明雲に与えられた。なお『平家物語』は、この騒動の間に平氏は園城寺を焼討したと伝えるがこれは史実ではなく、平氏による園城寺焼討は同年12月の事である。
またこの頃を背景とした弁慶の伝説と共に、園城寺には弁慶鐘と呼ばれる梵鐘が伝わっている。損傷や亀裂が激しいが、平安時代のもので重要文化財に指定されている。
一方の円珍派は藤原摂関家と緊密になっていき、翌天元4年(981年)11月には法性寺座主に余慶が補任された。同寺は藤原摂関家が営む寺で、その座主には初世から9世にわたって円仁派が就いていたが、これが円珍派の余慶に奪われる形となったため円仁派の僧綱や阿闍梨が反発し、衆徒を率いて関白藤原頼忠邸に押しかけた。朝廷は「法性寺座主は円仁派に与えられたものではなく、優れた僧が任じられる」と説明するが円仁派は納得せず、頼忠邸に乱入する騒ぎを起こす。この行動に対し朝廷は、円仁派の法会参加の停止や首謀者の職を解く処分を行ったが、一方の余慶も法性寺座主を辞することを余儀なくされた。また、これをきっかけに余慶とその門徒は比叡山から観音院など洛北の諸寺に降りてしまう。一方で円仁派が経蔵や観音院などを焼討して円珍派の僧を殺害するとの噂が立った。そのため、朝廷は良源を叱責するとともに蔵人を派遣し、経蔵とそこに保管される円珍が将来した経典を警護するに至った。
『座主宣命』によれば、永祚元年(989年)9月に第19世天台座主尋禅が退任し、同月に朝廷は余慶を次期天台座主に補任する。これに円仁派が抵抗して、9月29日に比叡山に登ろうとする宣命使を追い返してしまう。10月4日に宣命使は検非違使を率いて延暦寺への登山を強行し宣命を読み上げるが、宣命は円仁派に奪われる有様であった。これに対し、10月29日に藤原在国を勅使として登山して、再度宣命を読み上げた。その宣命では円仁派を「延暦寺を内部から喰いつぶす獅子身中の虫」と厳しく断じている。『天台座主記』によると、余慶は天台座主に就いたものの円仁派の抵抗により職務の遂行ができず、わずか3か月で辞任することとなった。