ミンガン
オゴデイ・カアンの死後、モンゴル帝国では帝位争いはより激化してゆき、千人隊長間の対立が目立つようになった。1251年に即位したモンケ・カアンは自らに敵対してオゴデイ家を支持した勢力を弾圧し、多くの建国以来の有力者が没落した。イルゲイやジェルメといった千人隊長がチンギス・カンの功臣として著名でありながら子孫についての記述が少ないのは、それぞれの後継者がオゴデイ家を支持してモンケの弾圧を受け、没落してしまったためと考えられている。
モンケ・カアンの死後、クビライとアリク・ブケとの間で帝位継承戦争が生じた際にも同様の現象が生じた。トゥルイ・ウルスの本領を継承したアリク・ブケが右翼の千人隊を主力としたのに対し、クビライは南宋遠征以来の関係である左翼の千人隊を頼りとし、最終的にクビライが勝利すると左翼の千人隊長(特に五投下)はクビライ即位の功労者として大元ウルスにおいて優遇されるようになった。一方、オイラト部のクトカ・ベキ家を初めとする右翼の千人隊長は帝位継承戦争に敗れたモンケ家、アリク・ブケ家に同情的で、シリギの乱などではクビライに叛乱を起こす諸王を助けるなど、右翼と左翼の千人隊の境遇は大きな違いを見せるようになっていった。
クビライ・カアンの下、大元ウルスが成立すると政治の中心は大都・上都を中心とする首都圏に移り、モンゴル高原の千人隊の動向については記録が少なくなってゆく。そのため、元代の千人隊については不明な点も多い。