スイレン科
スイレン科の中では、コウホネ属が最初に分岐したと考えられており (下図9)、子房上位などの特徴 (他の属は全て子房中位から下位) もこれを支持している。この系統関係に基づき、コウホネ属をコウホネ亜科、残りの属 (バルクラヤ属、スイレン属、オニバス属、オオオニバス属) をスイレン亜科に分類することがある。スイレン亜科の中ではバルクラヤ属が最初に分岐したと考えられている (下図9)。残りの3属の関係は不明瞭な部分もあるが、スイレン属が側系統群であり、オニバス属+オオオニバス属がその中に含まれることが示唆されている (下図9)。
2020年現在、スイレン科には5属60種ほどが知られている(下表2)。ただし上記のようにオニバス属 (1種) とオオオニバス属 (3種) は系統的にスイレン属に含まれる可能性があることが示されており、これらをスイレン属に移すことが提唱されている。またほかにスイレン科に分類されていた属としてオンディネア属があるが、本属は明らかにスイレン属 (Anecphya 亜属) に含まれことが示されている。