コウモリ
伝統的に、翼手目は大翼手亜目(オオコウモリ亜目 Megachiroptera、オオコウモリ類)と小翼手亜目(コウモリ亜目 Microchiroptera、ココウモリ類)に分けられてきた。
オオコウモリはその名のとおり大型のコウモリの仲間で、オオコウモリ科の1科のみが属する。中には翼を広げた幅が2mに達する種もある。よく発達した視覚によって、植物性の食物を探す。果実を好み、農業従事者からは害獣として扱われる場合もある。オオコウモリのほとんどの種は反響定位を行わない。
ココウモリは小型のコウモリの仲間で、17科が属し、多くの種に分かれている。多くが食虫性であるが、植物食、肉食、血液食など様々な食性の種がいる。コウモリ亜目の特徴は、反響定位をすることである。超音波を発し、その反響を検知することで、飛行中に障害物を避けたり、獲物である昆虫等を見つけたりすることができる。
オオコウモリとココウモリには翼を持つという共通点があるが、それを除けばあまりにも多くの違いがあるため、上記の通り「別々の祖先から進化し、独立に飛行能力を獲得したのではないか」という説もあった。
miyakonis 【固有種】 ヤエヤマコキクガシラコウモリ R. perditus 【固有種】 石垣島・西表島。 ヤエヤマコキクガシラコウモリ(イシガキコキクガシラコウモリ) R. p. perditus 【固有種】 イリオモテコキクガシラコウモリ R. p. imaizumii
ヒナコウモリ科 Vespertilionidae ホオヒゲコウモリ属 Myotis クロアカコウモリ M. formosus ツシマクロアカコウモリ M. f. tsuensis 【固有種】 モモジロコウモリ M. macrodactylus ドーベントンコウモリ M. daubentonii (日本個体群を含む東アジア産をM. petaxとする説もあり) ウスリドーベントンコウモリ(ウスリードーベントンホオヒゲコウモリ) M. d. ussuriensis ホオヒゲコウモリ M.mystacinus or M. gracilis ウスリホオヒゲコウモリ(ウスリーホオヒゲコウモリ) M. m. gracilis or M. gracilis クロホオヒゲコウモリ M. pruinosus 【固有種】 ヒメホオヒゲコウモリ M. ikonnikovi シナノホオヒゲコウモリ M. i. hosonoi ヒメホオヒゲコウモリ M. i. ikonnikovi エゾホオヒゲコウモリ M. i. yesoensis フジホオヒゲコウモリ M. i. fujiiensis オゼホオヒゲコウモリ M. i. ozensis カグヤコウモリ M. frater カグヤコウモリ M. f. kaguyae 【固有種】 ノレンコウモリ M.
日本では、移入種を除く約100種の哺乳類のうち、約3分の1に当たる35種(種数は分類説により若干変動する)をコウモリ類が占めており、約4分の1に当たる齧歯目24種を抑えて、最多の種数を擁している。また、近年は琉球列島の島々に固有種が発見されている。
このうち、オオコウモリ類は熱帯性で、日本では小笠原諸島と南西諸島にのみ分布する。
ただし、個々の種についてみれば、個体数が少ないと判定されているものもあり、多くの種がレッドデータブック(環境省版)入りとなっている。これには、日本ではコウモリの研究者が少なく、生息調査も散発的であるという事情もあるが、実際に絶滅の危険がある状態にあると考えられているものも多い。特に、森林性のコウモリについては、その生活の場である自然の広葉樹林と、それ以上に、住みかとなる樹洞ができるような巨木が極めて減少しており、棲息環境そのものが破壊されていることが、大きな問題となっている。コウモリ用の巣箱などが工夫されているが、普及していない。
洞窟に生活するもの(洞穴生物)は、集団越冬の場所などが天然記念物となっている場所もある。いずれにせよ、彼らの生活そのものも、未だに謎が多い。ユビナガコウモリなど、集団繁殖する種もある。これらのものでは、季節的に大きな移動を行っている可能性が高いが、具体的な習性については、現在研究が進められつつある段階である。