週刊文春
2005年9月21日から24日まで、4回シリーズの批判キャンペーン「週刊誌はどこへ」を展開。週刊文春はこれに対し、10月6日号で「読売新聞『週刊誌批判キャンペーン』を嗤う ナベツネ会長は小誌がお嫌い?」を掲載し、読売の記事に対して反論した。
2012年6月28日号で、「巨人原監督が元暴力団員に1億円払っていた!」を掲載。読売巨人軍は、当該号の発売前日である6月20日に記者会見を開き、事実と異なる部分があるとして、名誉棄損で損害賠償請求訴訟を起こす考えを示したが、原は「私の不徳の致すところ」と謝罪した。12月、読売巨人軍球団本部が、3000万円の損害賠償と謝罪広告掲載を請求する訴訟を提起したが、棄却された。 2015年7月15日、東京地裁(倉地真寿美裁判長)は、読売巨人軍の請求を却下。巨人側の主張である“反社会的勢力とは警察が認定したという意味で当方の認識は違う”に対し「恐喝をした者を、一般的な意味で反社会的勢力と考えるのは妥当だ」「文春が取材を通じて、巨人軍も同じ認識だと信じたのは相当の理由がある」。読売巨人軍は判決を不服として控訴。 2015年12月16日、東京高裁も地裁判決を支持し、読売巨人軍の控訴を棄却。読売巨人軍の広報は「事実誤認の甚だしい不当判決だ」と述べた。 2016年6月29日、最高裁は巨人の上告を棄却。巨人広報は「事実誤認の甚だしい不当な判決が確定したのは極めて遺憾」、文藝春秋は「記事の正当性を認めた当然の決定」。
2023年2月8日、週刊文春電子版で、「〈ポルシェ・マカンでデート〉TBS宇内梨沙アナとエリート外資系銀行マンの“半同棲”」と題する記事が配信された。この報道について宇内本人は翌日(同月9日)の『アフター6ジャンクション』(TBSラジオ)の生放送に出演した際、オープニングトークの中で「正直怖い思いもしましたし、事実じゃないこともある。ただ、幸せなのは事実です」と交際については事実であることを認めたが、週刊文春の取材手法や報道内容について苦言を呈した。また、同番組のパーソナリティ・宇多丸も「一般論として、犯罪性も公共性もないような件を勝手に望まぬ形で盗み撮りして記事にしているのがどういう理屈なのか、端的に言って暴力だと思う。感傷として残っているだけで、普通に許されない」という旨の発言で、宇内を擁護する形で今回の報道を批判した。そして同月12日に宇内が進行を担当する『アッコにおまかせ!』(TBSテレビ)の生放送では、その日の出演者だった屋敷裕政(ニューヨーク)から振られる形で自身の報道について出演者から質問を受ける形で釈明。今回の報道で熱愛写真が出た際、交際相手は「とても怖がっていた」と語っている。また、掲載された写真については、「撮られた日(記事によれば、1月29日の同番組生放送終了後)の帰りに気づいた」と語り、「そこからしばらく付けられたりとかもあって、怖い思いもしたので、すごく気をつけていた」と、尾行があったことも明かした。
東国原は名誉を傷つけられたとして、発行元の文藝春秋に2200万円の損害賠償と謝罪広告の掲載を求めて提訴。2014年6月30日、東京地裁は「内容が真実だと信じる証拠はない」として名誉毀損を認定し、220万円の支払いを命じた。謝罪広告については「東国原氏は知名度が高く、自ら記事に反論することである程度名誉を回復できる」として退けた。
2013年5月16日号ワイド特集「表の顔と裏の顔」の『この記事で参院選公認取り消し 自民党美人候補は元暴力団組長の愛人だった!』の記事で麻生真宮子(本名:田島美和)から、政治活動に支障が出たとして名誉毀損で提訴されるが、2016年4月、東京高等裁判所にて文春が勝訴した。経緯は、2013年、田島みわ(田島美和)が自民党により第23回参議院議員通常選挙の比例代表候補に公認された。しかしながら『週刊文春』によって暴力団関係者との交際が報道されたため、自民党が公認を取り消した。この問題で文春を名誉毀損の廉で提訴し、2015年5月、謝罪広告掲載、損害賠償の請求が認容されるも、2016年4月、取材への虚偽回答が一部あったとして田島は控訴審で1審判決を取り消され敗訴。2013年8月、田島は自民党東京都みらい創生支部の支部長に就任。2019年の第19回統一地方選挙の一環として行われた大阪府議会議員選挙に、大阪市西区から自民党公認で立候補したが落選。
2013年7月5日、公式ウェブサイト上で「緊急アンケート! 安藤美姫選手の出産を支持しますか?