鳥羽・伏見の戦い
薩摩軍の射撃によって突撃は撃退されたが、この間に旧幕府軍は体勢を立て直し、部隊を戦闘隊形に展開し始めた。踏みとどまった一部の兵と前進してきた後方の兵が展開して射撃を行ない、突撃を断念した京都見廻組も敗走した歩兵が捨てていった銃を拾い集めて火戦に参加した。さらに、幕府陸軍歩兵第一連隊、続いて桑名兵など旧幕府軍部隊が続々と攻撃前進し、桑名藩の砲兵も到着し、砲撃を始めた。しかし、薩摩軍は凹型に展開しており、旧幕府軍は前進すると包囲の中に飛び込む形となり、前方および左右から射撃を浴びることとなった。そのため旧幕府軍の一部は薩摩軍最左翼の外城一番隊を攻撃し始めたが、そこへ長州軍の田村甚之丞率いる一個小隊が増援として到着し、薩摩軍左翼のさらに左に展開して、攻撃中の旧幕府軍の右側面を射撃したため、攻撃は撃退された。旧幕府軍主力の薩摩軍中央への攻撃も大損害を受けて頓挫し、旧幕府軍は下鳥羽方面へ後退した。下鳥羽には公卿の菊亭家の米蔵があり、そこにあった米俵を使って幕府陸軍の築造兵(工兵)が陣地を構築し、旧幕府軍はその陣地に入って宿営した。この日の旧幕府軍の損害は大きく、そのうち歩兵第一連隊(1,000名)は過半数が戦死したと伝えられている。薩長軍は下鳥羽に旧幕府軍陣地があることを発見すると夜戦を避けてこれを深追いせず、元の位置を陣地としてそこにとどまった。その夜は双方が斥候を送り出し、小規模な戦闘が発生したが戦線に大きな動きはなかった。
4日午前5時頃、旧幕府軍は下鳥羽の陣地を出て薩摩軍陣地を攻撃した。旧幕府軍は前日に大損害を受けた第一連隊に代わって第十一連隊と砲4門を第一線として攻撃前進した。
慶喜が薩摩藩への義憤に逸る大阪城配下の兵隊の大勢を抑え続けられなくなり、「なんじらのなさんと欲するところをなせ」「いかようとも勝手にせよ」と放任すると、将校・兵士らは『討薩表』を慶喜の名で書くと旗本・竹中重固が薩摩藩側へ持って行った。
こうして朝廷から御所への参内を命じられた慶喜は、慶応4年(1868年)元日『討薩表』と共に2日から3日にかけて京都へ向け近代装備を擁する約1万5千の軍勢を進軍させた。さきども進軍の間、朝命のとおり軽装で上京するつもりで出兵が本意ではなかった慶喜はこのとき風邪をひいてずっと寝巻で布団の中にいて、はじめからおわりまで大阪城の中から出ず、甲冑・軍装などの軍服も着ずに、ただ嘆息していた。後年、慶喜は回想談中で、自身はもとから朝命どおり軽装(連れても少数のお供だけ)で御所へ参内するつもりだったことともあわせ、当時の大阪城の配下がことごとく「なにがなんでも討薩の命令を」と大憤激し、全軍の総指揮官としての自分には彼らの進軍を抑えきれなくなってしまったありさまは、自身の為に御所までの道を開ける先供の制止にあらゆる手を尽くしたが最早どんななすすべもなく、形の上でそういう結果に立ち至ってしまったもの、と語っている。
アメリカ合衆国(米国)弁理公使(駐日アメリカ合衆国大使)・ロバート・ヴァン・ヴォールクンバーグはの老中・板倉勝静、酒井忠惇、松平信義 (丹波亀山藩主)らへ正式な外交文書を送り、そのなかで旧幕府側は条約に基づく米国人保護を依頼されると共に、旧幕府は現在誰と戦争をしているのか」「旧幕府側に反抗しているのは島津忠義だけか、それとも味方や協力者がいるのか」と米国政府側から問われると、これへ返信した老中・板倉勝静と酒井忠惇は連署による公文書で「当今わが国(日本国)に政変があり、やむを得ず兵力を用いるときは賊徒・不臣である島津忠義の一藩(薩摩藩)を除くためで、同藩がどこへ潜伏しどんなはかりごとを企んでいるかも測り難い。
午後5時頃、鳥羽方面での銃声が聞こえると伏見でも戦端が開かれた。ただちに薩摩軍の砲9門が奉行所に十字砲火を浴びせた。薩摩軍砲兵の砲撃とほぼ同時に旧幕府軍は奉行所北側の門を開き、会津藩の砲兵が御香宮の薩摩軍砲兵に応射を行なった。続いて会津兵と新選組を先頭に旧幕府軍数百名が突撃したが、薩摩軍はこれを砲兵が榴弾と霰弾で砲撃し、また小銃隊が道路の幅いっぱいに密集して前2列が膝射、後ろ2列が立射の4列横隊で猛射したため、突撃は頓挫した。そのため旧幕府軍は畳を集めて柵に立てかけ、仮の胸壁として身を隠して射撃を行ない、両軍の間で大砲、小銃による激しい火戦が行なわれた。薩摩軍の射撃がゆるむ度に旧幕府軍は白兵突撃を試みたがいずれも正面及び右側面からの薩摩軍の射撃により死傷者が続出して失敗した。旧幕府軍は奉行所南東にも砲兵を進出させ薩摩軍砲兵に反撃したが薩摩軍砲兵によってほどなく制圧された。続いて旧幕府軍は奉行所の南東の砲兵陣地から東の薩摩軍陣地に向けて白兵突撃を繰り返したが、小銃と砲、臼砲の集中砲火を浴びていずれも失敗に終わった。奉行所内に釘付けとなっていた新選組は土方歳三の命により二番隊組長の永倉新八が隊を率いて奉行所の土塀を越え、薩摩軍が手薄と思われる方向に進出したが、正面の家屋内に突如現れた薩摩兵より銃撃を受け死傷者が発生した。そのため斬り込み攻撃を試みるも薩摩軍部隊は家屋に火を放って撤退したため、攻撃を断念して奉行所に戻った。薩摩軍は旧幕府軍の攻撃をことごとく退けたが、薩摩軍が攻勢に出ると奉行所を守備する旧幕府軍の歩兵隊や伝習隊が小銃で激しい射撃を加えたため薩摩軍は多くの死傷者を出し、苦戦した。
翌1865(慶応1)年、討幕派の長州藩士・高杉晋作が自らの創設した奇兵隊と功山寺挙兵を起こし、山口藩庁を武力クーデターでのっとると幕府軍に反抗、続く1866年(慶応2年)6月7日から始まった第二次長州征討の最中、同20日、薩摩藩主・島津久光・島津忠義父子は連名で内覧で左大臣兼関白・二条斉敬へ第二次長州征伐の継続に反対する建白書を提出した。朝議が紛糾するなか、三回目(8月4日)の朝議に召し出された禁裏御守衛総督兼将軍後見職・徳川慶喜は、予てから腹案として温めてきた王政復古のもとでの議会主義(大政奉還後の諸侯会議の政体論、朝廷での諸大名合議制)に則り、長州藩への朝廷からの寛大な処置と、諸侯会議による国事の議決を願ったが、孝明天皇は幕府(徳川家の政体)へ長州征伐の継続を求め続けた。同月、幕府は長州征伐継続の費用を確保するためイギリスのオリエンタル・バンクと600万ドルの借款契約を締結していた。8日、前将軍・家茂の名代として出陣すべき慶喜は朝廷へ参内し孝明天皇から天盃と節刀を賜ったが、いよいよ進発になろうという時、肥後藩主・細川韶邦らはじめ、討伐する側がみなおびえてしまった報せが届いた。慶喜はみな兵隊を解散してしまってはいくら節刀を賜っても征伐の功を為すわけにはいかないと熟慮し、王政復古の議会主義に則り、薩摩藩主の父・島津久光、前越前藩主・松平春嶽、前宇和島藩主・伊達宗城、前土佐藩主・山内容堂などを残らず呼び寄せ、私を棄ててひとつ国家の為公明正大にに評議を尽してみたい、とのちの四侯会議を考え、水戸藩士で一橋徳川家臣の側近梅沢孫太郎を使者に、国家の大本について相談したいことがあるから至急、京都へ来てもらいたいと伝えさせた。
京都市伏見区。淀の戦いの中、新選組をはじめとする幕府軍の野戦病院になる。
正門前に榎本武揚書の「戊辰役東軍戦死者之碑」、境内に「新撰組ゆかりの閻魔王」「戊辰役東軍戦死者埋骨地」を残す。京阪本線淀駅より徒歩十分。見学可能。
このため慶喜はまだ大政奉還をこのとき決行することはできなかったが、板倉と永井をよぶとついに「徳川宗家(徳川氏の本家)を継ぐだけで、将軍職は受けずに済むなら、足下らの願いに従ってもよい」といった。板倉と永井らはそれでもよいでしょうと、慶喜は宗家を相続した。このとき一橋徳川家の家臣で慶喜に仕えていた元農民(名主)の志士・渋沢栄一は、慶喜の為にはわが主君が国事の難局に当たって宗家を継ぐべきではないと考え、原へなにゆえ宗家相続へ反対しないのかと進言したが、採用されなかったので、たとえようもないほど落胆した。慶喜がいざ宗家を相続してみると、老中らはまた「将軍職も受けてくださいますよう」と強請してくるだけでなく、対外的な統一政権としての外国との関係――外交上の代表権の問題。大政奉還以前、天皇ではなく征夷大将軍(大君)が事実上の日本の主権を持つ、唯一の公的政権の代表者だった――なども重なって、結局は将軍職も許諾せざるをえなくなった。この頃、慶喜は大政奉還の志をもちはじめ、「東照公(徳川家康公)は日本国のために幕府を開き将軍職に就かれたが、予は日本国のために幕府を葬る任にあたるべき」との覚悟を定めた。
12月5日、慶喜は二条城で明治天皇から江戸幕府第15代征夷大将軍の宣下を受けた。
1868(明治元)年1月6日夜、こうして慶喜らは大坂湾天保山でただちにのりこむつもりで船をさがしたが、以前は泊まっていたはず徳川宗家の軍艦・開陽丸がなく、今は薩摩藩の軍艦を追跡している為だった。。そこでアメリカ合衆国の艦艇に東帰を依頼しようとしたが、あまりに突然なので、まずフランス公使に紹介してもらうのがよいだろうと旗本・山口直毅をお使いにレオン・ロッシュのもとへ遣わすと、ロッシュは快く承諾して紹介状をくれた。慶喜一行がロッシュの紹介状を携えアメリカ合衆国の艦艇に赴くと、フランス公使の紹介があったためか極めて優遇してくれ、酒・肴を出しもてなしてくれた。このときイギリス軍艦がきて、しきりに開陽丸の周囲を乗り回し、艦内を偵察するかのごとくだったため軍艦頭並(副艦長)・澤太郎左衛門が「イギリス艦艇は、高貴な人がこちらにおわすらしいのを疑って、探りを入れているのに違いありません。しばらく隠れておられ給わりますよう」というので、慶喜らはしばらく船室に閉じこもっていた。
1853年(嘉永6年)黒船来航以来、時の第121代孝明天皇は「攘夷戦争」の決行を征夷大将軍を任ずる江戸幕府へ求めつづけていた。
1853(嘉永6)年、時の第12代将軍・徳川家慶はペリー初来航時に薨去し、次代の第13代将軍・徳川家定(当時29歳)は病弱で非常時の将軍にふさわしくない上に、子がいないので将軍継嗣問題が生じていた。翌1854年3月31日(嘉永7年3月3日)幕府大老で彦根藩主・井伊直弼らは、砲艦外交の下で浦賀に迫ったアメリカ合衆国(米国)軍艦との不平等条約である日米和親条約を、孝明天皇による勅許のないまま結んだ。一方朝廷の孝明天皇は、1858年9月14日(安政5年8月8日)攘夷戦争決行の為の幕政改革を依願する『戊午の密勅』(密勅:天皇からの秘密文書)を中納言で同幕府の称副将軍・御三家の水戸藩主へ送った。
薩土討幕の密約締結の時点で、勤王派浪士を薩摩藩邸へ移管する事が決議されていたが、幕府の目を伺いその機を得ぬまま10月となっていた。討幕派の乾らの穏便に薩摩藩へ移管したいと言う思惑と、大政奉還派の寺村、後藤象二郎らは武力討幕路線の浪士を藩邸内から一掃したいという思惑が一致し、10月初旬、大政奉還を目前に中村勇吉、相楽総三、里見某ら浪士の身柄を薩摩藩へ移管する事となった。(この浪士たちが、のちに庄内藩などを挑発し戊辰戦争の前哨戦・江戸薩摩藩邸の焼討事件へ発展する)
9月24日(太陽暦10月21日)、在京の土佐藩(佐幕派)上士らが、幕吏の嫌疑を恐れて白川藩邸から陸援隊の追放を計画。同日、坂本龍馬が、安芸藩・震天丸に乗り、ライフル銃1000挺を持って5年ぶりに長崎より土佐に帰国。浦戸入港の時、土佐藩参政・渡辺弥久馬(斎藤利行)に宛てた龍馬の書簡の中に、
(慶應三年)九月廿四日 坂本龍馬
と書き、乾退助へ会って直接「大政奉還」の策略の真意について説明をしたいと送っている。
9月25日(太陽暦10月22日)、坂本龍馬が、土佐勤王党の同志らと再会し、討幕挙兵の方策と時期を議す。
9月29日(太陽暦10月26日)、乾退助が、土佐藩仕置役(参政)兼歩兵大隊司令に任ぜられる。
5日夜、勅使四条隆平は西国街道上の山崎関門(梶原台場)へ赴き、山崎一帯の津藩兵を指揮する藤堂采女を説得して寝返らせ、これらの津藩兵を官軍とした。
6日、旧幕府軍は石清水八幡宮の鎮座する男山の東西に分かれて布陣した。西側の橋本は遊郭のある宿場で、そこには土方率いる新選組の主力などを擁する旧幕府軍の本隊が陣を張った。東に男山、西に淀川、南に小浜藩が守備する楠葉台場を控えた橋本では、地の利は迎え撃つ旧幕府軍にあった。
しかし、山崎の一帯を守備していた津藩兵が薩摩藩兵から新政府軍側に味方するように説得され官軍側に転じていたため、淀川対岸の高浜砲台(高浜船番所)から旧幕府軍へ砲撃を加えた。思いもかけない西側からの砲撃を受けた旧幕府軍は戦意を失って総崩れとなった。楠葉台場からは西岸へ向けて反撃の砲撃が行われたが、東岸にも新政府軍が現れた。陸路からの攻めに弱かった楠葉台場も放棄され、旧幕府軍は淀川を下って大坂へと逃れた。また、この戦いで、京都見廻組の長であった佐々木只三郎が重傷(後に死亡)を負ったとされる。