祝渓聖寿
明応2年 (1493年) 4月に明応の政変が起こると、祝渓聖寿と通玄寺も巻き込まれた。曇華院は義稙弟義覚が門主であった三宝院とともに破却され、祝渓聖寿自身も衣装をはぎ取られるなどの被害にあった。さらに上原元秀邸に幽閉された義稙が逃亡した際には、その逃亡に関与したのではないかと疑われたため、日野富子を頼り保護を受けた。聖寿はその後、越中国へ逃亡した義稙を訪ね、さらに義稙が周防国へと滞在先を変えた際には、義稙を追い明応9年に周防国へ移った。
永正5年(1508年)、義稙が京に帰還し復権することで、祝渓聖寿も上洛した。聖寿は帰洛後も幕府内外に発言力を持ち続けた。
永正15年 (1518年) 、京の政治抗争に伴い上洛した細川澄元重臣の三好之長が、細川高国に攻められた際には、祝渓聖寿は曇華院に逃げ込んだ之長を匿い、高国方による引き渡しの要求を拒んだ。この時、祝渓聖寿は自身が自害してでも之長の引き渡しには応じないとの態度をとったとされる。最終的に之長は投降し殺害されたが、この之長の処遇をめぐり、義稙と祝渓聖寿との関係は悪化した。
天文14年 (1545年) 10月28日に死去したと考えられており、晩年は足利将軍一族のなかで長老格として敬われていた。