バイ陰謀事件
8月に入って計画の中心であった2人の神父は逮捕された。ワトソンは8月5日頃にイングランドとウェールズの国境に位置するヘイ・オン・ワイ近くのワイ川沿いの畑で逮捕された。その後、8月10日付で計画に関して自白を行った。積極的な共謀者であったウィリアム・クラークは8月13日にウスターで逮捕された。
バイ陰謀事件の詳細は、11月に入って獄中のカトリック司祭フランシス・バーナビー(英語版)の供述で明らかとなった。 彼はバンクロフトの代理人としてクリストファー・バグショー(英語版)と連絡を取り合っていた人物で、イングランドのイエズス会に対抗するためにウィリアム・クラークと協力関係にあった。
本事件の裁判は11月15日から18日にかけてウィンチェスターの司教館で行われた。この理由として、11月にウィルトシャーのソールズベリー近郊にあるウィルトン・ハウス(英語版)が仮宮殿になったために、そこからほど近いウィンチェスターが便利だと判断されたこと、また、日程が大幅に遅れたことについてはジョン・リンガード(英語版)は『イングランド史』の中で、スペイン領ネーデルラントの代表として戴冠式に出席したアレンバーグの第2王子シャルル・ド・リーニュが引き続き国内に滞在していたことにあるとしている。