戦時猛獣処分
1か月以内に猛獣全頭を薬殺せよとの大達の命令は、同年8月16日に園長代理の福田三郎に下達された。対象となったのは「第一種」の危険動物とされた中でも半数強にあたる27頭で、うちヒョウ幼体(生後約半年)・アメリカバイソン2頭・ニシキヘビ・ガラガラヘビは8月20日以降に追加された。銃声による市民の不安を避けるために、銃殺ではなく硝酸ストリキニーネを用いての薬殺を主な手段とすることにした。秘密を厳守する為に飼育員の家族にも処分実施は口外禁止とされた。なお、特に気性が荒く危険と見られたゾウの「ジョン」に関しては、この処分命令よりも前の8月11日に、都の公園課長や福田園長代理らによって殺処分することが決められ、すでに13日から絶食状態とされていた。
殺処分の作業は、命令当日の閉園後から着手された。8月17日のホクマンヒグマとツキノワグマ各1頭の薬殺を初めに、9月1日までの間にゾウ1頭を含む24頭の殺処分が済んだ。ヒョウのハチも、この時に殺処分されたうちの1頭である。作業はほぼ連日であったが、解剖作業や後述の疎開検討の関係で休んだ日もある。多くは計画通りの薬殺であったが、毒餌を食べようとしなかったクロヒョウなどはワイヤーで絞殺、チョウセンクロクマは投薬のうえ槍で刺殺、生餌しか食べないために薬殺不能だったニシキヘビは刃物で頭部切断といった例外もある。その後、9月11日にゾウ1頭とヒョウ幼体1頭、9月23日にゾウ1頭が死亡して計14種・27頭の殺処分は終わった。