サン・バルテルミの虐殺
サン=ジェルマンの和議が成立すると母后カトリーヌは両宗派間の和平を固めるために、王女マルグリット・ド・ヴァロワとユグノー陣営の盟主アンリ・ド・ブルボンとの結婚を提案した。アンリ・ド・ブルボンの母ジャンヌ・ダルブレは二人の信仰の違いを理由に反対しており、カトリックの側でもこの結婚には反対意見が強く、教皇ピウス5世は結婚の承認を頑強に拒み、教皇特使はマルグリットは妾となり、生まれた子は私生児になるとカトリーヌを脅した。マルグリット自身にも問題があり、彼女はギーズ公アンリ(先に暗殺されたギーズ公フランソワの息子)とひそかに恋仲になっており、このことを知ったカトリーヌは激怒し、娘を寝室から連れて来させると、王とともに彼女を引っ叩き、寝間着を引き裂き、そして彼女の毛髪をひとつかみ引き抜いた。この件の為にギーズ家一門は、一時的に宮廷から退かされている。
カトリーヌはジャンヌ・ダルブレに宮廷に出仕するよう圧力をかけた。彼女はジャンヌの息子との面会を求め、決して危害を加えないと約束すると書き送った。これに対してジャンヌは「申し訳ありません。私はお手紙を読んで笑ってしまいました。なぜなら、貴女様は私がかつて感じたこともない恐怖を取り除いてくださると申されますので。
コリニー提督暗殺の企ては大量虐殺へと至る危機の引き金となった。コリニー提督は最も尊敬を集めていたユグノーの指導者であり、加えて国王とも緊密な関係を持っていたものの、母后からは信用されていなかった。ユグノー貴族たちは国王に真相究明を強硬に求めた。母后カトリーヌの昼食中にプロテスタントたちが部屋に押し入って法の裁きを要求し、何人かは脅迫的な言辞を弄している。ユグノーによる報復の懸念が増大した。兵4000を率いたコリニー提督の義弟がパリ郊外に駐屯しており、彼らが攻撃を計画していたという証拠はないが、市内のカトリックたちはこの軍隊がギーズ家もしくはパリ市民に対して報復を行うのではないかと恐怖した。
カトリーヌはテュイルリー宮でアルベルト・デ・ゴルディ(英語版)、コンテ・デ・リッツらイタリア人顧問官と会合を持った。8月23日夕刻、カトリーヌはシャルル9世を訪れ危機について協議し、それまでコリニー提督に好意的だった国王は説得に屈して「そうだ皆殺しだ!皆殺しにしろ!」と命じた。タバンヌ元帥(英語版)はカトリーヌがテュイルリー宮殿に軍事会議を召集し、次の行動を計画して「提督に対する企ては戦争を引き起こすので、彼女と我々はパリを戦おうとの提案に同意した」と回想している。しかしながら、シャルル9世が「皆殺しにしろ」との命令を下したとき、彼が意図していたのはカトリーヌが提出した名簿の人々であり、しばしば言われるようなユグノー全体ではなかった。
民衆が市内のプロテスタントを狩り立て始めた。プロテスタントが家から逃げられないように道路に鎖が張られ、民兵や群衆がユグノー商家を略奪し、女子供そして赤子まで見境なく虐殺した。死体は荷馬車に積まれ、セーヌ川に投げ捨てられた。国王の制止にも拘らず、パリ市内での虐殺は3日間続いた。犠牲者には哲学者ピエール・ラムス(英語版)が含まれる。また、この虐殺の混乱に巻き込まれて多数のカトリック市民も殺害されている。
ユグノーの首領であったナバラ王とその従弟のコンデ公アンリ1世はカトリックに改宗することで助命された。
8月26日、国王と宮廷は事件に関する公式見解をパリ高等法院で発した。親裁座(英語版)を開いたシャルル9世は「王室に対するユグノーの陰謀を阻止すべく虐殺を命じた」と宣言した。市内の一部で虐殺が続いている最中に祝祭と行列が催された。
虐殺の経過
1.コリニー提督の死。ヨーゼフ・マルティン・クロンハイム(英語版)画。1887年。
2.ルーヴル宮での虐殺。王妹マルグリットの寝室に逃げ込むユグノー貴族。アレクサンドル=エヴァリスト・フラゴナール(英語版)画。1836年。
3.パリ市内での大量虐殺。同時代の版画
4.虐殺跡を視察する母后カトリーヌ・ド・メディシス『ある朝のルーヴル宮城門』エドワール・ドゥバ・ポンサン画。1880年。
5.パリ高等法院でユグノー虐殺の正当性を訴えるシャルル9世。グレゴリウス13世がジョルジョ・ヴァザーリに描かせたフレスコ画。1572-73年。