アクレ紛争
ペトロポリス条約によってブラジルとボリビアの間で和解をみた。しかし内政面では、ブラジル国内でのアクレ地方の扱いに関してパラー州とアマゾナス州の対立は残ったままだった。アマゾナス州の有力者たちはアクレ地方をアマゾナス州に併合することを求めた。対するパラー州は、アクレ地方を独立した州として連邦政府下に置くことを求めた。このため、アクレ地方からゴムを搬出する際、パラー州のゴム商人は、アマゾナス州の管理するマナウスの港湾当局から嫌がらせを受けた。
アクレ地方の入植者たちも、連邦下での自治を望んだ。またブラジル連邦政府は、ボリビアに支払う賠償金と鉄道建設費用の負担が問題であった。この財源としてアクレ地方のゴム輸出からの税収を目当てにしており、ブラジル連邦政府はパラー州の主張に最終的に同意した。結局、アクレ地方は、連邦下に置かれ、1904年2月25日、アクレ準州となった。
アクレ地方がブラジルに併合されたことは、地理的に離れたベレンに大きな恩恵を与えた。ベレンからブラジル国外に輸出された天然ゴムは、1902年に約10,000トンであったが、1905年には約15,000トンと大幅に増加した。この増加分は、アクレから搬出される天然ゴムがベレンを経由したものであった。アクレ併合後、マナウスも発展を遂げたが、ベレンはアマゾン流域での商業の優位性を譲ることはなかった。
外交面では、ブラジル外務大臣のリオ・ブランコ男爵は、エクアドル、ペルーとの国境線についても軍事力を背景にブラジルの主張する国境線で確定させていった。1909年、ペルーとの間に条約を結び、ジャバリ川の源流からアマゾン川の合流点までを国境線として確定した。
10月24日、イスマエル・モンテスとペレス・ベラスコは、プエルト・アロンソに入ったが、駐屯していたボリビア兵は疲弊しており、脚気で死亡したものも多かった。またイスマエル・モンテスらは、現地の不穏な情勢を感じた。
ボリビアが輸出税を課したことに反発していたブラジル人の商人たちは、アクレ地方に入植していたゴム樹液採取者たちを扇動していた。「ボリビア人はゴム林のある土地を没収するためにやって来た」という噂を広めた。またアマゾナス州の州知事もアクレ地方の反乱を積極的に支持した。アマゾナス州は、プエルト・アロンソに物資を運ぶ船舶を足止めにした。少なくとも1,500人の入植者を国境に集め、プエルト・アロンソを襲撃する機会をうかがっていた。
イスマエル・モンテスは、三番隊をメルセデスからアクレ川まで進出させることを決め、メルセデスまで一度引き返した。一方で、二番隊は、11月18日、プエルト・アロンソに入った。しかし、反乱軍がアクレ川の国境付近を封鎖したため、プエルト・アロンソは食料不足に見舞われた。プエルト・アロンソのボリビア兵は食料配給は半減され、また病気の蔓延で兵の病死者が増えていた。
プエルト・アロンソのボリビア兵が弱体化していたのは明らかであったが、リオシノでの敗北に反乱軍の指導者たちはプエルト・アロンソへの攻撃に対して消極的であった。しかし、国境で足止めしていた船舶の船長たちが、反乱軍に対してアクレ川上流への航行再開を強く求めたため、反乱軍はプエルト・アロンソのボリビア軍を1900年12月24日に攻撃することを決定した。
1900年12月24日、反乱軍は夜明けと共に攻撃開始する予定であったが、濃霧のために遅れた。濃霧は、反乱軍がアクレ川を渡りプエルト・アロンソに接近することを隠した。午後、反乱軍は攻撃を開始した。プエルト・アロンソのボリビア兵で戦える者は100人程度で圧倒的に少数であったが、ここでもモーゼルライフルが威力を発揮し、奮戦した。14時になり、反乱軍はボリビア陣地を突破する寸前まで押し込んでいた。しかし、蒸気船の汽笛をボリビア軍の援軍と勘違いした反乱軍はパニックに陥ち入り、ブラジル領内へ後退してしまった。
プエルト・バイーア(西: Puerto Bahía、現在のコビハ)でも、プラシド・デ・カストロのに呼応してアクレ独立を求めた反乱が起きた。プエルト・バイーア周辺は、ゴムで財を成したボリビア人の豪商であったニコラス・スアレス・カリャウ(英語版、スペイン語版)が、事実上支配していた。ニコラス・スアレスは独自にゴム液採取労働者たちを集めて私設部隊を組織し、10月11日、プエルト・バイーアでの反乱を鎮圧した。
プラシド・デ・カストロは、ニコラス・スアレスの私設部隊がボリビア軍に合流することを恐れた。プラシド・デ・カストロ率いる反乱軍は、11月、南へ進みアブナ川でボリビア軍の部隊と遭遇した。ボリビア軍の部隊は50名程度で、ロセンド・ロハスの部隊に弾薬を補給することが目的であった。このボリビア軍の部隊は、反乱軍を見ると退却した。プラシド・デ・カストロは、追撃を実施しようとするが、反乱軍の兵士たちはこれ以上の遠征に強く反対した。
一方で、ニコラス・スアレスはシャプリの反乱軍を攻撃しようと考えていたが、スアレスの私設兵も遠征してまで戦うことには消極的であった。