民国連立政権
官房長官に小沢一郎と遠い人物を置くことで、小沢の影響力を低下させる狙いがあった。
2011年3月11日には東北地方太平洋沖地震による東日本大震災・福島第一原子力発電所事故が発災。政権は震災復興と原発事故の対策に追われることとなった。6月2日には、菅の災害対応が不十分であるとして野党の自民・公明両党により内閣不信任決議案が衆議院本会議に提出されるが可決されず、菅は退陣を匂わすも続投。この頃より民主党内では、自民党と公明党との「挙国一致」大連立構想が浮上するも自民党からは事実上断られる格好となった。その後、菅は再生可能エネルギー法案の成立に意欲を見せ、この法案と関連法案の成立こそが「震災復興の一定のめど」とした。
8月26日、菅が「震災復興への一定のめど」としていた再生可能エネルギー法案とその関連法案が成立し、菅は正式に辞任を発表した。菅の退陣表明により、2011年民主党代表選挙が公示され、野田佳彦財務大臣、海江田万里経済産業大臣、前原前外相、鹿野道彦農林水産大臣、馬淵前国交相の5人が立候補。8月29日に投開票され、野田と海江田の決選投票の結果、野田が民主党代表に決定した。8月30日の閣議で菅内閣は総辞職した。