子嚢菌門
盤菌綱 Discomycetes:子嚢盤を形成 ビョウタケ目・ファキジウム目・チャシブゴケ目:地衣類・チャワンタケ目:チャワンタケ、アミガサタケなど・セイヨウショウロ目:セイヨウショウロなど
小房子嚢菌綱 Loculoascomycetes:2重膜の子嚢を子嚢子座などに形成
しかし分子系統によって類縁関係を判定するようになり、このような体系は大きな改変を迫られた。以下に示すのは、Hibbert et al.(2007)によるものである。細谷はこの体系について以下のような点を挙げている。
この体系では子嚢殻と閉子嚢殻を形成する群が単系統をなすことがわかり、これらの形質が派生的であるとわかった。他方で盤菌類と小房子嚢菌類は多系統と判断された。子嚢菌類の子実体の進化過程について、まず子嚢盤が発達し、後に乾燥への対応としてそれを覆う殻が発達し、子嚢殻となり、また地中への進出から胞子を放出する必要がなくなって閉子嚢殻が発達したとの説があり、今回の体系はそれに符合している。
他方でペジザ亜門がきわめて大きく取られており、これは全体をしっかり分けたというよりは明確に区別できる群だけをとりあえずまとめて出したとの感がある。