近江屋事件
藤吉が倒れ、大きな物音がすると、龍馬は「ほたえな!」と叫んだ。このあと二人の刺客が奥の八畳間に乱入、そのうちの一人の今井信郎は龍馬の前頭部を横に払い、一人は中岡の後頭部を斬った。龍馬は奥の床の間にあった刀を取ろうと振り返ったところを右の肩先から左の背中にかけて斬られた。龍馬は刀をとって立ち上がったが、抜くには至らず、鞘のままで刀を受け止めた。しかし刺客の刀は鞘ごと刀を削り、龍馬の前頭部に大きな傷を与えた。龍馬は「石川、刀はないか、石川、刀はないか」と叫びつつ倒れた。
凶行時、近江屋主人の井口新助は、妻子とともに一階の奥の間にいた。河原町通りを隔てた真向かいにあった土佐藩邸に知らせようとしたが、見張りがいたため引き返した。新助は妻子に落ち着いて声を立てないよう言い、裏口から土佐藩邸に向かった。
新助の連絡を受け、下横目の嶋田庄作が駆けつけた。同じころ、龍馬の使いで軍鶏を買いに出ていた峰吉が戻った。嶋田は周囲を警戒し、峰吉が室内を確認したところ、階下で倒れていた藤吉と、部屋で倒れている龍馬を発見した。また井筒屋の屋根の上にいた中岡も発見された。現場には犯人のものと思われる刀の鞘が残されていた。続いて嶋田、新助、新助の弟新三郎、新助の妻と子が上がり、力を合わせて中岡を室内に戻した。
その後土佐藩邸から曽和慎八郎が到着し、続いて陸援隊の谷干城、毛利恭助(吉盛)が駆けつけた。龍馬はこのころすでに事切れていたという。さらに土佐藩医師の河村盈進が到着し、中岡と藤吉に手当を行った。中岡は峰吉に、陸援隊に伝えるよう言い、峰吉は白川の土佐藩邸に向かった。報を聞いて陸援隊士の田中光顕が薩摩藩の吉井幸輔をともなって駆けつけた。陸援隊士本川安太郎も駆けつけている。中岡はこの際、土佐藩らに襲撃された際の状況を伝えている。また隊士たちに後事を託し、鯉沼伊織(香川敬三)には岩倉具視への連絡を頼んだ。また海援隊隊士の白峰駿馬らも現場に駆けつけたという。
藤吉は11月16日の夕刻に死亡。中岡は17日の夕刻に死亡。中岡は最後まで速やかな倒幕を訴えていたという。
18日、海援隊と陸援隊によって三人の葬儀が行われた。龍馬と中岡の墓碑銘は木戸準一郎(木戸孝允)が筆を執った。