暫定委員会
産業界の代表を招いた6月1日の暫定委員会では、午後になってスティムソンが席をはずしたが、前日の合意は踏襲され、バーンズの提言によりこの問題に関する委員会の最終決定ともいえる結論が出された。
バーンズは会議が終了するとその足でトルーマン大統領に委員会の結論を伝えた。 バーンズが記すところによれば、大統領は「委員会調査や代替案の検討について知らされ、何日もの間、この問題を真剣に検討し続けてきた」とし「代替案が考えられず、委員会が勧告してきた(...)ことと自分が同じ考えであると分かったことに不本意ながらも同意せねばならない」と応じたという。 一方で、5日後に正式に報告に赴いたスティムソンは、大統領が「バーンズは成し遂げられたことに大いに満足しているように見えた」と述べたことを記録している。
問われたロバート・R・ウィルソンは、原爆を使用するべきではなく、日本は何らかの方法で警告を受けるべきだと答え、数週後に予定されていた初の核実験(トリニティ実験)に日本人を呼んではどうかと提案した。 オッペンハイマーはその答えに「もし、爆発しなかったときは〔どうするのか〕?」と返している。 歴史学者シャーウィンらは、オッペンハイマーが同僚の多くがデモンストレーションに賛成していたことを知っていたはずだとし、原爆を直接使用するという結論に彼が導かれた理由を、この戦争で原爆を使用することがすべての戦争を廃絶させるとオッペンハイマーが確信するようになっていたからだと説明する。 一方、後にオッペンハイマーは、自分達が当時の基本的な軍事状況も、日本が他の方法で降伏しうるかも、日本本土侵攻が本当に避けられないものだったかについても無知だったとし「我々の心の奥に侵攻が避けられないという考えがあったのは、そう聞かされていたからだ」と述懐している。
この科学顧問団の報告は6月21日の暫定委員会の会議で検討され、結果5月31日と6月1日の会議での結論を再確認している。