三田城
その後、同年九鬼水軍で名が通っている九鬼久隆が志摩国の鳥羽城から三田城に3万6千石で替わってきた。明治維新まで約260年続いた九鬼時代の始まりである。
九鬼氏は紀伊国九鬼浦(現三重県尾鷲市九鬼町)から出た豪族で、九鬼嘉隆は織田信長に仕え毛利水軍を破り、名を挙げていた。関ヶ原の戦いでは嘉隆は西軍に、子の九鬼守隆は東軍に属して親子の争いになり、東軍の勝利後には父の助命を願い許されたが、父は自刃した後だった。戦功により守隆は鳥羽城で5万5千石の大名となった。守隆はその後も、大坂冬の陣では水軍を率いて海上封鎖し、また陸戦においても野田・福島の戦いで武功を挙げた。守隆が1632年(寛永9年)に亡くなると家督争いが起き、四男の九鬼久隆が継ぐことになったが、禄高を減らされ三田藩に移された。また三男の九鬼隆季には新規に2万石を与えられ、丹波国綾部藩の城主となった。
御館は、「三田御館指図」(「三田屋敷図」油谷氏旧蔵・三田市蔵)によると、御式台・御玄関・内玄関・御広間(上間・下間・次間の3間)・御小書院(上間・下間・溜之間の3間)・御大書院(上間・下間の2間)・御居間(上間・次間の2間)・御納戸・御兵法場・御風呂場・御時計間・御焚火間・広間・右筆部屋・御茶所部屋・御料理所・台所・御椀部屋・御勘定所・御茶所・御上台所(庭あり)・御下台所(庭あり)・御肴部屋・御茶間・御三ノ間・物置・御局・御守殿(上間・次間の2間)などの諸部屋が設けられている。しかし、御館には藩政にかかる実務を執り行う御用部屋・家老詰所などが見当たらない。これらの評定機関は内堀を挟んだ陣屋北側の二ノ丸に存在し、二ノ丸は長屋で囲まれた中に3棟の建物で構成されていた。2階建てであったとも伝えられている。さらに、元文4年(1739年)10月には二ノ丸内にあった藩士の越賀弥六郎の屋敷を召し上げて郷会所を設けている。史料には「代屋敷大名町明屋敷下され、......是迄居屋敷建具下置かれる、長屋は其侭差置く様仰付かる」とあるので、郷会所の設置に際して長屋の他は新築されたようである。その他の施設として、二ノ丸には竹小屋があった。二ノ丸の東には空堀を挟んで御茶屋が設けられている。御茶屋の東西南は堀に囲まれ、北は断崖状となっており、その崖上端に茶屋の建物がある。さらに御茶屋内には、門や矢来・内堀があり、非常に堅固な様相を見せ、単なる御茶屋としての性格には止まらず、一朝事あった際には本丸の役割を果たすようになっていたのではないかと考えられる。大分県玖珠郡玖珠町の森陣屋の「紅葉の御茶屋」や天守に見立てたとされる「栖鳳楼」と性格を一にするものかもしれない。御茶屋の東には、空堀を隔てた郭内に武器庫と土蔵があり、郭内北西角には「天守跡」(『摂州三田図絵』)・「古城」(『三田町図』)と、九鬼氏以前には天守が存在したことを示唆している。
『日本城郭大系』によると、禄高こそ宗家側が多かったが「幕府が守隆系を優遇し、嘉隆系を冷遇したことが理解できる」としている(系譜上は久隆も隆季も守隆の子で、いずれも嘉隆の孫であるので、守隆・嘉隆の2流に系統分けするのは正確ではない)。この時代、すでに水軍は必要とされなかった上に、新規築城は武家諸法度など幕法により認められなかったため、前領主の松平氏の居館を引き継ぐ形で、藩庁である「御館」を中心とした三田陣屋を本拠とした。三田陣屋には「大池」と呼ばれる池があり、水軍としての技術を忘れないため舟を浮かべて訓練したと伝えられている。また、10代藩主九鬼隆国は三田藩中興の祖ともうたわれ、蘭学への関心・理解が深く、のちに「日本の化学の祖」ともうたわれる川本幸民を抜擢・育成した。隆国は城主格に昇格したが、江戸幕府は引き続き居所を陣屋として扱った。最後の藩主九鬼隆義も洋学を進め、男子の服装を洋服に改めたりした。椅子、テーブルを使い、パン作りなど、藩を挙げて近代化に取り組んだ。