スターフォックス64
声:郷里大輔(N64版)、最上嗣生(3DS版)
コーネリアのボス。プラズマ砲搭載戦艦にミサイルランチャー2基(艦体右側)と発進口を兼ねた艦載機格納庫(艦体左側)を増設した宇宙空母で、SFC版に登場した同名のボスを再現している。
グランガをコーネリアへ運搬してきた艦で、グランガとの戦闘直前にその姿を確認できるが、ある条件を満たしていると追跡、戦闘となる。SFC版同様ミサイルランチャーと艦載機格納庫を備えており、これらを全て破壊すると本体への攻撃が可能となる。
鮮やかな星雲が浮かぶ幻想的な宙域だが謎の多い不可解な宙域でもあり、磁場の異常から予想もつかない諸現象が起こる危険地帯になっている。
声:里内信夫(N64版)、大原崇(3DS版)
アンドルフ軍の上級兵の一人で、唯一名前が公表されている。アンドルフ軍基地の最終防衛前線、エリア6に配属。実力等は定かではないが、重要エリアを担当している割にスターフォックスが防衛ラインに接近しているのにも気付かず、「こちらカイマン。異常ないっスよ!」と呑気な態度を取っている。
緑のYの文字が浮かび上がる宙域。惑星コーネリアにもっとも近いこの宙域は磁場の異常が比較的安定しており、ほかのセクターと比較すると事件や事故は少ない。コーネリアへの進軍を図るアンドルフ軍によって緑色の人型パワードスーツロボットの対艦兵器「サルジャー」が投入され、コーネリア防衛軍の艦隊は苦戦を強いられており、フォックス達はコーネリア防衛軍を援護する事になる。道中には青色や赤色の、他よりも耐久力の高いサルジャーも出現する。
ボスはサルジャーの強化型戦闘ロボット「サルデス」2体と新型の「サルデスII」。
冒頭でファルコが「この仕事は高くつくぜ」と言っているが、これはルート分岐のヒントで、100HIT以上でアクアスまたはカタリナに行く。反対に100HIT未満は強制的にカタリナ行きとなる。
フィチナのボス。アンドルフとピグマがカスタムメイドしたスターウルフの主力戦闘機で、アーウィンと同じくG-ディフューザーシステムを搭載するなど互角の性能を有する。
全4機でウルフ、レオン、ピグマ、アンドリューが各機に搭乗し、それぞれがフォックス、ファルコ、ペッピー、スリッピーに執拗な攻撃を仕掛けてくる。ある程度ダメージを与えると仲間が反撃に出る。基地の時限爆弾作動までの時間稼ぎが目的であり、戦闘中、時限爆弾のカウントダウンが始まり、時間内に全滅させないとウルフチームは離脱、基地は爆破され作戦失敗となる。
ボルスにも登場。フィチナ経由の場合はフィチナで撃墜しそこなった機が、経由していない場合は全機が増援として現れ、フォックス達を邪魔してくる。行動パターンは同じだが、こちらはフィチナとは異なり攻略には関係しない。
いずれの場合も倒さなくてもクリア自体は可能である。
青いXの文字が浮かび上がる謎の宙域。アンドルフは秘密兵器を開発するため、あえてこの危険な宙域に基地を建設していたが、その秘密兵器が開発途中で暴走を起こしたために基地設備のほとんどが壊滅、基地ごと放逐されており自動兵器が残るのみとなっている。
ボスは製造途中で暴走した秘密兵器「HVC-09」。開発途中であるため上半身しか存在していない人型ロボット。
また、かねてから存在の可能性が示唆されていたワープホールを兵器輸送に利用しているという噂があり、実際にセクターZへのワープゾーンが内部に存在している。唯一、「作戦完了」の条件が2つ存在するステージ。どちらの条件でクリアしても、もう一方の作戦完了ルートを選択することは不可能。もう片方のルート分岐は、スリッピーがボスに吹っ飛ばされるイベントが発生する前に倒すこと。
カタリナを経由し、なおかつステージ内分岐でワープゲートがある左ルートを選んだ場合のみ、ビルが登場し、ワープゲートの開錠の手助けをしてくれる。また、ボス戦とそれによるルート分岐の都合で前ステージでスリッピーがやられてもボス戦前で強制復活する。
ワープゲートはレーザーを撃ち込み続けることで蓋が開き、開いた枠の中を通ることで通過となり、これを3回繰り返すとワープ成功となり青い色の空間に入る。空間内では柱状の障害物が回転しており、ぶつからないように避ける必要がある。