豊肥本線
9月16日:三重町駅 - 豊後清川駅間が復旧。 12月1日:日本貨物鉄道が竜田口駅 - 熊本駅間の第二種鉄道事業を廃止 (-8.9 km)。
1994年(平成6年)5月1日:豊後清川駅 - 緒方駅間が復旧し、全線で運転再開。
1997年(平成9年) 3月22日:豊後竹田駅 - 熊本駅間の一部列車でワンマン運転を開始。 12月1日:肥後大津駅 - 熊本駅間の電化工事に着手。
1999年(平成11年)10月1日:肥後大津駅 - 熊本駅間を電化。
2002年(平成14年)3月23日:大分大学前駅を新設。
2004年(平成16年) 9月14日:三重町駅 - 豊後清川駅間が土砂崩れのため不通。 12月10日:全線で運転再開。
2006年(平成18年)3月18日:光の森駅を新設。
2012年(平成24年) 7月12日:緒方駅 - 肥後大津駅間が九州北部豪雨により橋梁の一部と路盤が流失するなどの被害を受け不通。 7月24日:立野駅 - 肥後大津駅間が復旧。 8月20日:緒方駅 - 豊後竹田駅間が復旧。同日13時から豊後荻駅 - 宮地駅間でジャンボタクシーによる代行輸送を開始。 9月3日:宮地駅 - 立野駅間が復旧。豊後竹田駅 - 宮地駅間でバス代行輸送。 12月1日:大分駅 - 中判田駅間および肥後大津駅 - 熊本駅間にSUGOCAを導入。
世界有数の規模を持つ阿蘇カルデラの中を横切って九州中部を横断し、大分市と熊本市を結ぶ路線である。特急列車も多く運行され、阿蘇山や城下町である大分県竹田市を通る観光路線であるとともに、大分都市圏や熊本都市圏の通勤・通学路線でもある。 JR化後は、大分・熊本都市圏近郊において増発・新駅設置など、輸送力は大きく改善された。国鉄時代は1時間に1本程度であったが、現在では20-30分間隔で運行されており、また観光路線ということもあり、幾分か黒字に近づいた。ただし、大分県内を走るJRの路線(当路線、日豊本線及び久大本線)の中では営業係数が最も高い(2016年度時点)。
2012年12月1日より、大分駅 - 中判田駅間および、肥後大津駅 - 熊本駅間で、IC乗車カード「SUGOCA」が利用可能である。なお、中判田駅 - 肥後大津駅間では、SUGOCAで途中駅の入出場はできないが、特例としてSUGOCAでの乗車で通過することはできる。
2016年12月22日より、一般向けリアルタイム列車位置情報システム「どれどれ」が運用開始された。スマートフォンアプリ「JR九州アプリ」を利用することで、リアルタイムの列車位置情報が全線で利用できる。
2016年4月の熊本地震で甚大な損害を受け、肥後大津駅 - 阿蘇駅間で不通となっていたが、2020年8月8日に全線で運転を再開した。
1987年(昭和62年)4月1日:大分駅 - 竜田口駅間の貨物営業を廃止 (-139.1 km)。国鉄分割民営化に伴い、九州旅客鉄道(JR九州)が第一種鉄道事業者として、日本貨物鉄道(JR貨物)が第二種鉄道事業者(竜田口駅 - 熊本駅間)として承継。
1988年(昭和63年)3月13日:新水前寺駅を新設。
1989年(平成元年) 3月11日:いこいの村駅を新設。 3月15日:路線愛称を「阿蘇高原線」とすることが発表される。
1990年(平成2年) 1月1日:日本貨物鉄道が竜田口駅 - 熊本駅間の第二種鉄道事業を休止 (-8.9 km)。 7月2日:緒方駅 - 阿蘇駅間が集中豪雨のため不通。 7月7日:宮地駅 - 阿蘇駅間が復旧。「SLあそBOY」と、急行「火の山」の宮地駅 - 熊本駅間が運転再開。 7月16日:並行する国道57号が片側交互通行で復旧したため、不通区間でバス代行輸送を開始。 8月1日:急行「火の山」の大分駅 - 緒方駅間が運転再開。 11月1日:牧口駅を豊後清川駅に改称。
1991年(平成3年) 8月10日:緒方駅 - 豊後竹田駅間が復旧。 10月19日:豊後竹田駅 - 宮地駅間が復旧し、全線で運転再開。
1992年(平成4年)7月15日:平成駅を新設。最高速度を95km/hに引き上げ。
1993年(平成5年) 9月2日:三重町駅 - 緒方駅間が台風13号による土砂災害で不通。