日本学術会議
会長1名に対し、副会長は人文社会系と自然科学系の2名を設けていた。第一部から第七部までの7つの部会があり、会員210名はいずれかに所属した。各部に部長、副部長、幹事2名の役員が置かれており、各部の専門分野は以下の通り。
人文・社会科学部門 - 第一部(文学、哲学、教育学・心理学・社会学、史学)、第二部(法律学、政治学)、第三部(経済学、商学・経営学)
自然科学部門 - 第四部(理学)、第五部(工学)、第六部(農学)、第七部(医学、歯学、薬学)
第一部から第七部を、単に「文、法、経、理、工、農、医」と記載することもある。なお、第七部では第18期で看護学研究連絡委員会を設けたものの、看護学の研究者は会員になれなかった(組織改革による第20期以降はなれるようになった)。
また、運営審議会、常置委員会、特別委員会、研究連絡委員会が設けられ、運営審議会には附置委員会として「広報」「財務」「勧告等」「国際会議」「二国間交流」などの委員会が置かれていた。第18期以降は「アジア学術会議」の委員会が設置されていた。単期の委員会として第17期では「50年史編集準備委員会」が、第18期では「ノーベル賞100周年委員会」などが、第19期では「持続可能な社会に向けた新しい科学や技術国際実行委員会」や「日本学術会議改革推進委員会」が置かれていた。なお、会員以外に「委員」が設けられていた。
国内で開催される各分野の学術に関する国際会議のうち、国際学術機関の総会など、特に重要と認められる国際会議について、学術研究団体と共同で開催することで、支援・協力を行っている。これらの共同主催国際会議は閣議口頭了解に基づき開催されており、皇室の構成員の臨席もある。日本学術会議としての初めての主催は、国際純粋・応用物理学連合(IUPAP)に関連して1953年9月に京都大学で開催された「国際理論物理学会議」であった。
国際理論物理学会議の開催に際しユネスコやフォード財団からも援助を受け、ロックフェラー財団からの支援にあたってはアメリカ国立科学財団(NSF)のH・C・ケリー(英語版)次長の尽力があった。開催は招待制ながら会場外で非公式の会が多く開催され、海外からの参加者にはリチャード・P・ファインマンもいた。一般からの寄付金には小学生からのものもあり、当時のマスコミも大きな関心を寄せた。開催後しばらくは、国外でも「Kyoto Conference」として知られたという。
また、日本植物学会とはカール・ツンベルクに関する『ツュンベリー研究資料』(1953年3月、NCID BN02655695)を共同編纂していた。
なお、日本学術会議からは、
日本学術会議福井地震調査研究特別委員会編『昭和23年福井地震調査研究速報』日本学術会議福井地震調査研究特別委員会、1949年、NCID BN0211919X。
日本学術会議編『ソ連・中国学術視察報告』日本学術振興会、1956年、NCID BN09673265。
日本学術会議原子爆彈災害調査報告書刊行委員会編『原子爆彈災害調査報告集(第1分冊、第2分冊)』日本学術振興会、1953年、NCID BN06150464。
日本学術会議編『原子力シンポジウム報文集』原子力シンポジウム報文集刊行委員会、1957年、NCID BN07492598。
という調査報告が発行された。また、日本学術会議の編集で、大蔵省印刷局により
『基礎科学白書』1959-1962年、NCID AN10122216。
『科学者生活白書』1959年10月、NCID BN06798402。
『全国研究機関総覧』1964-1974年、NCID BN04119055、NCID AN10251412(当初は日本学術振興会発行)。
『全国学協会総覧』1966-1981年、NCID AN10153129。
『国際学術団体要覧』1965年版、1971年版、NCID BN02962945。
『1970年代以降の科学・技術について』1972年、NCID BN04923263。
も発行されている。
研究者による直接選挙だった時代には地方区の枠があり、そのため選挙制度が改訂される第12期までは「地方区会議」が設置されていた。その後「地区会議」に衣替えし、地域と日本学術会議を結ぶ窓口として機能する。特に近畿地区は第15期に「学術文化懇談会」を設け、近畿地区会議と近畿の府県をつなぐ役割を果たした。また、2018年から「地方学術会議」が開催されるようになり、その第1回目は京都で「日本学術会議in京都」として開催されている。
2020年(令和2年)10月1日、日本学術会議が推薦した新会員候補105人の内、6人が任命権者である菅義偉首相によって理由が明かされないまま任命を拒否され、日本学術会議の独立性や学問の自由が損なわれるとの批判が巻き起こる。その後、2016年の補充人事で官邸が難色を示して補充を断念したこと、2017年の会員推薦時には事前説明を実施していたこと、6名に難色を示したのは杉田和博官房副長官であったことも明らかになる。
自由民主党は塩谷立を座長とする「学術会議の在り方を検討するプロジェクトチーム」を組織し、同年10月14日に初会合を開催。同年11月中に秋の行政刷新レビューで予算(国費負担)や組織形態(民営化やNGOも一案)を検証し、12月上旬に自民党が日本学術会議の在り方について提言をまとめ、同月下旬の次年度予算編成に行政刷新レビューの結果を反映される方針を示した。10月16日に梶田会長は菅義偉首相を訪問し、任命拒否の理由説明と6名の任命を求める要望書を直接提出。