善光寺
善光寺に関する史料や宝物が三千点以上あり、季節により展示替えをして、常時150点程度を展示している。
展示室は1号館と2号館に別けられ、天台宗開創の地である天台山を描いた「天台山図」や「南無阿弥陀仏」と書かれた歴代住職の書、文殊菩薩や観音菩薩の像、奈良時代の善光寺の古瓦、土佐派や狩野派などの仏画、江戸時代の善光寺縁起絵などを展示している。特に「五鈷杵」や「源氏物語事書」は国の重要文化財となっている。また聖武天皇をはじめ各時代の天皇や、高僧、公卿、善光寺を信仰した武将など120人余りの筆跡を張り込んだ屏風「古筆大手鑑」や、武田信玄、上杉謙信の位牌などもある。
ただし『家忠日記』には美濃から甲斐へ直接移すとする記述があり、家康が遠江鴨江寺に遷座させたとする通説に、疑問が呈されている。『甲斐善光寺建立記』にも古縁起にある上記の経緯を紹介しつつも、他の記録や言い伝えの裏付けが取れないとして、採用は難しいとある。
1597年(慶長2年)には、豊臣秀吉の命令により、甲斐から京都の方広寺大仏殿へと移された。これは文禄5年閏7月13日(1596年9月5日)に起きた慶長伏見地震により損壊した方広寺大仏(京の大仏)に代わる、新たな本尊を方広寺に迎えたいとの秀吉の意向によるものである(地震で大仏は損壊したが、大仏殿は損壊を免れた)。秀吉はまず損壊した大仏の解体を命じた。『義演准后日記』慶長2年(1597年)5月23日条には「今日大仏へ太閤御所御成、本尊御覧、早々くすしかへの由仰云々 (秀吉公が大仏を御覧になり、早く取り壊せなどと命じた)」とする記述があるほか、宣教師ぺドウロ・ゴーメスの書簡には「自身の身すら守れぬ大仏が人びとを救えるはずもないとして、大仏を粉々になるまで砕いてしまえと命じた」と記録される。大仏を取り壊したのち、平内吉政に命じてその台座上に宝塔(厨子のようなものか?)を造らせ、そこに善光寺如来が安置された。また無傷であった大仏の光背はそのまま残されていた。これ以後方広寺大仏殿は「善光寺如来堂」と呼ばれることになり(『鹿苑日録』『義演准后日記』)、如来を一目拝もうとする人々が押し寄せるようになった。ただ巨大な大仏殿に小ぶりな善光寺如来は不釣り合いであり、その異様さを嘲笑する声もあったという。相国寺の僧西笑承兌は自身の日記の中で、方広寺の本尊が巨大な大仏から小振りな善光寺如来に替わったことは、天下人が織田信長から豊臣秀吉に替わったことの如くだと評した(秀吉は小人物に過ぎないとする皮肉とも言われる)。
建物南正面の奥行1間分は壁や扉を設けない「吹き抜けの間」とし、その先の奥行4間分が外陣、その次の奥行5間分が内陣、外陣と内陣の間が中陣、建物のもっとも奥が内々陣となる。内々陣は西(向かって左)に秘仏本尊の阿弥陀三尊像を安置する瑠璃壇があり、その前に常燈明(不滅の法燈)がある。
本尊は高さ160センチ、方91センチの瑠璃壇の中にあり、これは諏訪の初代立川和四郎が1789年に造ったもので、四方に扉がついており、孔雀や竜などの透かし彫りがある。この瑠璃壇の中にさらに高さ93センチ、正面84センチ、厚さ67センチの厨子があり、本尊はその中に赤地の金襴に包まれて安置されている。さらに厨子の前には二重の戸張がかけられている。
中陣と内陣の間の欄間には来迎の二十五菩薩の像があり(後述#残された台座の謎も参照)、中陣の右には地蔵菩薩が、左には弥勒菩薩が中陣を見下ろすように座っている。東(向かって右)は開山像を安置する「御三卿の間」である。「御三卿の間」には開山の本田善光と妻の弥生御前、子の善佐の像を厨子に安置する。この厨子は国宝の附(つけたり)指定となっており、寄棟造、本瓦形板葺きとする
戦国時代の、善光寺平は信濃侵攻を行う甲斐国の武田晴信(信玄)と北信国衆を庇護する越後国の上杉謙信の争いの舞台となり(川中島の戦い)、寺は兵火を被り荒廃した。この後、善光寺如来は寺地を地方に流転することになるが、行く先については諸説ある。通説では、上杉氏による戦災からの保護を口実として、武田信玄により善光寺は善光寺別当の栗田氏と共に、寺ごと武田氏居館のある甲斐国甲府へ移され、この時に建てられたのが今日の山梨県甲府市にある甲斐善光寺であるとする。別の説では、善光寺を保護したのは上杉謙信であり、本尊や仏具は高梨氏によって越後国の十念寺(浜善光寺)に移された後、上杉景勝の米沢藩への国替えによって現在は法音寺 (米沢市)と熊野神社 (南陽市)にあるとされる。
善光寺如来は由緒ある像として権威の象徴とも見なされ、上記を契機として、甲斐国・信濃国を占領下(影響下)に置いた戦国大名はこぞって自領(本拠地)に善光寺如来を遷座させるようになった。善光寺如来は武田氏が織田信長に滅ぼされると(甲州征伐)、その嫡男・織田信忠によって岐阜(善光寺 (岐阜市))へ、本能寺の変の後には織田信雄により尾張国甚目寺へ、譲り受けた徳川家康の手で遠江国鴨江寺、後に甲斐善光寺へと転々とした。自領内の寺院に善光寺如来を遷座させた武田氏や織田氏は没落したこと、とりわけ織田氏が善光寺如来を岐阜へ遷座させた直後に本能寺の変が発生し、信長・信忠父子が自刃に追い込まれたことから、善光寺如来を私利で外部へ持ち出すと祟られるとする噂がまことしやかに囁かれるようになり、徳川家康が甲斐善光寺に善光寺如来を返還したのは、祟りを恐れたためとも言われる(この頃家康は背中の腫れ物で苦しみ、一時重篤になったという)。
九州の長崎にいた中村吉蔵という男が、妻と新しく生まれた赤子と共に善光寺参りに向かうが、途中で妻は息を引き取ってしまった。悲しんだ吉蔵だったが、仮の弔いを済ますと、自ら赤ん坊を抱いて旅を続け、善光寺の一里手前の丹波島の渡しまでやって来た。渡し舟に乗ろうとすると、なんと亡くなったはずの妻がそこに立っている。妻は赤ん坊を受け取るとお乳を与えた。そして一緒に舟に乗って川を渡ると、善光寺までやって来た。共にお参りをすると、妻の姿はすうっと消えたという。
吉蔵はその後、幽霊の妻と善光寺参りをする姿を描いた絵馬を奉納した。この絵馬は今でも忠霊殿にある善光寺史料館に陳列されている。
長野市は、鎌倉時代以降に形成された善光寺の門前町を起源として発展した都市で、古くから長野盆地を「善光寺平」とも称していた。
元来、善光寺参道付近から現在の信州大学教育学部付近にかけての緩傾斜地が長野と呼ばれていたらしい。中世末には水内郡長野村という村名が現れ、善光寺境内から門前町も含め、おおよそ現在の長野市大字長野に相当する区域を領域としていた。長野村は1601年(慶長6年)に周辺の箱清水村、平柴村、七瀬村とともに、徳川家康の寺領寄進による善光寺領(1000石)とされ、戦国時代の荒廃から復興した。
善光寺門前の参道は1611年(慶長16年)に、北国街道の経路に定められ、伝馬役を担う宿場町としての役割も兼ねた都市として発展し、善光寺町(または善光寺宿)と呼ばれるようになった。しかし、検地帳上の公的な村名は長野村であり、「善光寺町」とは同村内の町場を総称する地名であった。その一方で長野村内だけでなく、同村に隣接する松代藩領または幕府領である妻科村(現・長野市大字南長野)、権堂村(現・長野市大字鶴賀の一部)のうちで町場化した区域も含めて「善光寺町」と呼ぶこともあった。