フウチョウボク科
フウチョウボク科はアブラナ科と同様にカラシ油配糖体(マスタードオイル)の化合物を生産する。こうしたことから両者は非常に近縁であると長らく考えられていて、時にはフウチョウボク科をアブラナ科に含めることもあった。その後の分子学的研究では、狭義のフウチョウボク科はアブラナ科に対して側系統であることが支持され、当時フウチョウボク科に含められていたフウチョウソウ属 (Cleome) など数属はむしろアブラナ科と近縁であることが分かった。それら数属は、アブラナ科のフウチョウソウ亜科に置かれるか(APG I、APG II)、フウチョウソウ科として別の科として扱われているか(APG III、APG IV)のどちらかである。旧フウチョウボク科には、アブラナ目の他の仲間により近縁なものも数属あり、系統関係が未解決なものもある。また、旧フウチョウボク属のうちアメリカの植物については、分子系統と形態の両面を元に別属として分離・再分離された。
近年のDNA解析により、フウチョウボク科はアブラナ目のコアの一部であることが分かっている。2012年時点における研究成果によれば、フウチョウボク科の系統関係は以下のようであると考えられている。