武田耕雲斎等墓
永覚寺に仮の白州が設けられ、同年2月1日から幕府役人の田沼玄蕃守意尊が、天狗党の取り調べを開始したが、数日間程度の形式的な取り調べを行ったのみで、斬首353名、追放188名、流罪137名、水戸へ送致125名、少年11名は永厳寺預かりの処分が下された。なお、首切りの役目には福井藩・彦根藩・小浜藩が命じられたが、彦根藩は桜田門外の変にて水戸浪士に井伊直弼を暗殺されていたことから役目を進んで申し出、福井藩は松平春嶽が天狗党への一方的な罪人扱いを好まずと言って断ったという。同年2月4日の武田耕雲斎以下25名の斬首を皮切りに、来迎寺の刑場で5回に分け、353名の大量処刑が実施された。
薩摩藩は流罪のための船を用立てるよう幕府から命じられたが、西郷隆盛は「降伏したものを罪人扱いして誅殺するとは尋常の振る舞いでなく、道理に合わない」と言って断ったという。また、大久保利通は「是をもって幕府滅亡のしるし」と日記に記して憤慨し、勝海舟も「多数有為の士をして惨禍に陥らしめ、降伏の後も酷刑に失し、これがため志士一層憤慨の心を激動し・・・」と幕府の対応を批判した。