在来種
人間の移動能力が進歩して地域間の交流が激しくなることで外来種は多く生まれるようになった。したがって、それ以前(線引きは難しいが)にはその地域は在来種が占めていたことになる。当然それ以前にも様々な生物の出入りはあったと思われるが、その移動は遙かに緩やかであったと思われ、それらはその地域の地史の中で、互いに影響し合いながら、次第に安定な生物群集を構成したと考えられる。
外来種がそこに侵入した場合、ある程度しっかりした群集が成立していればそこに侵入するのはそれなりの困難があるようで、帰化植物の多くは人里などにとどまって、森林などより自然度の高い環境には侵入することが少ない。そのため、自然へのヒトの攪乱が激しくなった近代以降は、交通手段の高度化と相まって外来種のより激しい侵入をもたらした。例えば日本では都市部では帰化植物の率は非常に高くなっており、むしろ在来種を見るには郊外に出なければならない、という状況がある。
在来の群集が脆弱な場合には帰化種がそれらを圧倒してしまう例も見られ、孤島の在来生物群集が外来種によってほぼ壊滅した例は数多い。日本でも湿地や池沼など止水域の生物群集では在来種が大規模に消滅している例があちこちで見られる。
一般的に、自然の回復には気候風土に合っているこれらの種類を用いるのがよいとされている」とある。農林水産省は、特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律に関連して、「元々その地域に自然分布していた生物」や、「もともと日本列島に生息していた生物たち。それぞれの地域生態系の一員である」と説明している。
このほか、広義には、ある地域で人間の影響を受ける以前から繁殖し続けている生物を、狭義には、ある地域のフロラを古来構成していた種を指すともされている。
一方、農業分野では、ある地域で伝統的に栽培され、遺伝子操作などの現代的な品種改良を行っていない作物を指すことがある。F1品種や栽培品種(園芸品種)の対義語として用いられる。 たとえば西川芳昭は、「ある地方で古くから栽培され、風土に適応してきた系統、品種。その地域ではよくても他の地方では育ちにくい品種もある。すべて固定種と考えてよい。品種特有の個性的な風味を持つ」と説明している。固定種とは、「何世代もかけて選抜、淘汰されてきた遺伝的に安定した品種」を指す。