黒田荘
だが、鎌倉時代に入ると、黒田荘にも武家の勢力が浸透し、更に職の分化による在地構造の変化によって東大寺による支配体制が弱体化して、有力な名主などが領主化の傾向を見せ始めた。特に、下司・公文など主要な荘官の職を独占した大江氏は、御家人と結んで公然と年貢の抑留を図るなど自立の姿勢を見せた。
このため、東大寺側は鎌倉幕府などの支援を受けてこれを鎮圧しよう図り、大江氏らは東大寺の支配に不満を持つ一部荘民の支援を受けながら抵抗を続けた。こうした荘官・名主・荘民たちは、本所である東大寺及び領家である同寺院家に逆らう者として「悪党」と呼ばれ、黒田悪党(くろだのあくとう)として後世にまでその名を知られた。
東大寺と黒田悪党の争いは、弘安元年(1278年)から90年近くにわたって断続的に続いた。室町幕府成立後は東大寺は伊賀守護職仁木義長を頼り、黒田悪党は南朝と結んだが、貞和2年(1346年)に義長によって黒田悪党は制圧され、その後応安2年(1369年)に至って再起した悪党側を完全に屈服させた。
その後、杣工の食糧確保を名目に四至(しいし)を名張川から笠間川にかけての一帯に範囲を拡張し、長元7年(1034年)には四至が国司によって確認され、4年後の長暦2年(1038年)に杣内の見作田6町180歩の領有が公認された。また、住人と杣工に対する臨時雑役免除が認められ、これによって荘園への転換が図られた。その後、長久4年(1043年)頃に「黒田荘」と称するようになった。
だが、荘民は荘園拡大を図る東大寺の支援を受けて、周辺の公田を耕作して出作地を拡げることで、官物納入を拒んだ。更に、藤原実遠という人物が伊賀国にもっていた土地の一部が東大寺に渡ったことで、危機感を抱いた国司の藤原棟方及び小野守経は、黒田荘を攻撃して公領奪還を図った。
天喜元年(1053年)から3年間続いた戦いの結果、天喜4年(1056年)の官宣旨によって宇陀川・名張川よりの西側の地域に限定された(天喜事件)。