マーヴル・スーパーヒーローズ
マーヴル・コミックのスーパーヒーローとヴィラン(悪役)たちが、それを持つものに無限の力を与えるという「インフィニティ・ジェム」を求めて闘いを繰り広げる。マーヴルのクロスオーバー(作品間をまたがって展開する作品)シリーズの『インフィニティ・ガントレット』を原作とし、ゲームとしては『エックス・メン チルドレン オブ ジ アトム』の続編に当たる。
アメリカではX-MENがメジャーだが日本ではそれほどでもないということと、スパイダーマンやハルクなど日本でも人気のある独立タイトルを持つ人気ヒーローたちが競演するとあって、『インフィニティ・ガントレット』がベースストーリーに選ばれた。なお、キャラクター選択は前作と同じくキャラクターの知名度よりも見た目の分かり易さが重視され、その結果原作には登場しないサイロックやシュマゴラスなどが選ばれている。またヴェノムやガンビットは候補に上がりながらも没になっている。
前作『X-MEN』の派手さはそのままに、よりシステムを洗練させている。特徴的なのは、相手を上空にはじき飛ばしさらに追撃する「エリアルレイヴ」で、これは後の『MARVEL VS. CAPCOM』シリーズに引き継がれることになった。
本作の中ボス。東欧のラトベリア王国の、鎧とマントと鉄仮面を身に付けた科学者にして、独裁政治で国を統治する専制君主。アイアンマン同様、特殊な力でなく科学技術を用いた戦いを行う。人一倍の権力欲と独占欲の持ち主であり、全世界を支配する野望を抱く。ファンタスティック・フォーの宿敵であり、大学ではリード・リチャーズの同級生だったが実験の失敗で退学になったことでリードを逆恨みしている。『インフィニティ・ガントレット』原作ではヒーローたちの味方として登場するが、隙あらばジェムを我が物にしようと企んでいる。なお、本作中ではドクター・ドゥームではなく「ドーム」と表記されている。
声 - アンドリュー・ジャクソン
科学者ブルース・バナー博士が実験の失敗でガンマ線に曝されて突然変異した、怪力を持つ緑の肌の大男。マーヴル・ユニバース最強のパワーを持つ。
異次元の神。ゲームでは本体である1つ目のタコのような姿で登場する。本作の登場以前は、カメオ登場を除くと『ドクター・ストレンジ』原作でストレンジと2回しか対決していない(対峙も含めれば3回)という非常にマイナーなキャラクターであり、カプコンが使用許可を求めた際にマーヴル側の担当者もその存在を知らなかった、またその上でマーヴル側の制約もほとんどなく比較的自由にキャラ付けが行えた、という逸話がある。その過程で原作で描かれていた硬質的な皮膚ではなく軟体生物的な皮膚になっている。『インフィニティ・ガントレット』原作にも登場していない。
本作の日本語版においてはスタッフの口癖からでしゅましゅ調になり、語尾に「シュ」が付くようになっている。