鯨偶蹄目
従来より偶蹄目と鯨目は、左右1対の気管支とは別に、右側のみ気管から分岐し右肺へと達する管が存在するという共通した特徴をもっていることが知られていた。そのためこの両者は近縁と考えられていて、この2目を姉妹群とする説はあった(ただし、必ずしも広く認められていたわけではない)。これら2目からなる系統の名として Cetartiodactyla が使われ、分類階級は上目、または、下綱と目の間の名前のない階級とされた。
1994年以降、ミトコンドリアDNA法などにより、鯨目の姉妹群はカバである可能性が示唆されていた。のちに鯨類とカバからなる系統は Whippomorpha または Cetancodonta と名づけられた。
1997年、島村満らは、偶蹄目と鯨目が姉妹群なのではなく、鯨目が偶蹄目の内系統であり、偶蹄目は側系統であることを明らかにした。同年にC. Montgelardらは、このクレードに対して“Cetartiodactyla”という名称を使用した。
1999年、二階堂雅人らは、SINE法(反復配列の違いを比較する方法の一種)により、偶蹄目と鯨目の詳細な系統を明らかにした。従来から示唆されていた通り、鯨目の姉妹群はカバだった。
SINE法による結果は、その後の研究でも支持された。これらに従い、側系統となった偶蹄目は廃し、Cetartiodactyla を目とみなすことが多くなった。なおこのような場合、鯨目を偶蹄目に含めて偶蹄目を単系統にして存続させることも考えられる。