船上山の戦い
この幕府方の敗北を受け、後詰で出雲国内にいた佐々木氏の一族の富士名義綱、塩冶高貞らが天皇方へ寝返るなど幕府軍は混乱を極めた。一方の後醍醐天皇は戦いの後に船上山に行宮を設置し、ここから討幕の綸旨を発した。太平記によれば同年3月3日の午後より近隣の諸将が徐々に天皇方に馳せ参じたとある。
この頃より天皇方は攻勢へ転じ、同日に佐々木清高の拠点である小波城を長年の弟の名和行氏らが攻略。続いて、伯耆守護代である糟屋重行の居城である中山城を攻略し、佐々木清高と糟屋重行は京都へと撤退した。その後に小鴨氏の居城である小鴨城を攻撃し小鴨元之らを降伏させるなど、一帯の幕府勢力を駆逐した。
後醍醐天皇の復帰と挙兵を知った鎌倉幕府は船上山の討伐部隊の援軍にと山陽道からは名越高家、山陰道からは足利高氏を送った。しかし、名越高家は赤松則村に討ち取られ、足利高氏は反旗を翻し六波羅を攻め滅ぼした。京都へと逃れた佐々木清高と糟屋重行は同年5月9日に近江番場の蓮華寺にて六波羅探題北条仲時らと共に自害した。これにより船上山討伐の幕府軍は完全に崩壊し、同年5月23日後醍醐天皇は帰洛することとなった。
元弘の乱により流罪とされていた後醍醐天皇は幽閉先の隠岐を脱出し、伯耆国名和(鳥取県西伯郡大山町名和)にて海運業を営んでいたとされる名和氏を頼り名和の湊にたどり着いた。これに応じた当主の名和長年は船上山にて挙兵、隠岐守護の佐々木清高らの軍勢を撃退した。その結果、後醍醐天皇の復権が達成され、鎌倉幕府滅亡の大きな転換点となった。