白鳳丸 (2代)
2004年にJAMSTECに移管された後も、同機構の他の研究船とは異なる運航体系をとっている。白鳳丸は「共同利用研究船」として位置づけられ、その航海計画は全国の研究者を対象にした公募を元に決定される。また、海洋研究所の観測研究企画室が研究者と海洋研究開発機構の仲立ちとなって航海を具体的に運営していくという体制をとっている。観測研究企画室の職員は大型機器の操作や保全、ルーチンデータの取得の補佐のために2、3名が乗船する(2004年以降はマリン・ワーク・ジャパンの職員も乗船している)。航海の際にしばしば必要になる汎用機器(採水器、CTDなど)は海洋研究所から借り出して積み込むという形態がしばしばとられる。
航海の寄港地-寄港地間の期間は4、5週間程度であり、みらいなどと比較すると比較的短い。また、寄港も4、5日取られることが多い。航海名はKH-YY-Xの形で、2桁の年度と1桁の航海次数により表記される。KH-93-1とあれば1993年の1次航海を意味する。しばしばHK-YY-Xと誤記されるが、HKは北海道区水産研究所の北光丸の略号である。