宗教系旧制専門学校
1899年の私立学校令公布に付随して出された文部省訓令第12号は、国家が私立学校の存在を公認するとともに、公認された学校では(官公私立を問わず)宗教教育を禁止することを明記しており、キリスト教系学校には大きな打撃となった。これらの学校では文部省の公認を得るため宗教教育を廃止するとミッションからの財政的援助を失うこととなり、反面、宗教教育維持のため文部省の公認を失うなら(他の学校では保障されている)兵役停止と上級学校進学の特権を失い、入学者が激減しかねない危機に陥ることが予想されていたからである。この状況にさいし例えば同志社および立教学院は建学の精神にこだわらず文部省の公認を受けることを選び、 青山学院・明治学院・東北学院などは文部省の公認にこだわらず宗教教育を維持することを選んだ (この結果、おおむね前者はのちに旧制大学に昇格し、後者は旧制専門学校に止まることになった)。これらの学校が「学院」と称するのは文部省公認の「学校」ではないということにその端を発している。しかし現実には、文部省は公認を受けなかった学校から上述の特権を剥奪しなかった。
一方、僧侶養成に主眼を置き一般子弟への教育という志向をもたなかった仏教系学校は、もともと私立学校令の適用対象外(多くは宗教団体を統括する内務省管轄であった)であって文部省による公認を必要とせず、したがって宗教教育禁止条項の影響をほとんど受けることはなかった。1903年3月の専門学校令施行に際し文部省は宗教教育の自粛を特に求めず、このためキリスト教系・仏教系を問わず多くの宗教系学校が専門学校令に依拠する旧制専門学校に昇格した。
聖公会神学院(日本聖公会・1911年6月・聖公会神学院(各種学校)) 1877年:チャニング・ウィリアムズ邸内に三一神学校を開設。 1903年6月:聖教社神学校設立(麻布仲之町)。 1904年6月:東京三一神学校、専門学校令により認可される。 1905年6月:聖教社神学校、専門学校令により認可される。 1911年6月:東京三一神学校と聖教社神学校が合併し、聖公会神学院を設立。 1943年:日本東部神学校に合流して廃止。 1946年4月:学校再建。
聖路加女子専門学校(日本聖公会・1927年11月・聖路加国際大学) 1920年9月:聖路加高等看護学校として設立。 詳細は旧制女子専門学校参照。