本草綱目
全52巻、収録薬種は1892種(374種は新収)、図版1109枚、処方11096種(うち8000余は李時珍自身が収集、確定したもの)にのぼる。ただし、収録薬種について時珍は1892種としているが、荏や七仙草など4条は目録があるのに本文がなく、砭石や百両金など4条は本文があるのに目録が欠けているため正確には1898種である。
従来の本草書の上中下の三分類を廃止し、自然物(薬用動植物や鉱物など)を16部60類に分けて配列している。薬の正式名称を「綱」とし、各綱に釈名(正名と別名、名称の由来)・集解(産地や採取時期、形状等)・正誤(それまでの文献における疑いを分けて間違いを正す)・修冶(製造方法)・気味(寒温の別などの特性)・主治(効用)・発明(不明な点に対する解釈)・附方(処方)の8項目を「目」として解説している。なお、第52巻には人体の薬物利用について、35の部位が収載されている。詳しくはヒトに由来する生薬を参照のこと。
崇禎13年(1640年)に銭蔚起によって校刻されたもので武林銭衛本と呼ばれている。
日本へは刊行から数年のうちに伝来し、慶長9年 (1604年) 以前には渡来していた。和刻本も長期にわたって数多く出版され、それら和刻本は3系統14種類に及ぶ。
慶長12年(1607年)、林羅山が長崎で本草綱目を入手し、駿府に滞在していた徳川家康に献上している。これを基に家康が本格的に本草研究を進める契機となった。
『本草綱目』の分類法は他の博物学者にも影響を与え、平賀源内『物類品隲』(宝暦13年、1763年)、小野蘭山『本草綱目啓蒙』(享和3年、1803年)、岩崎常正『本草図譜』などが本書の分類法に従っている。一方で貝原益軒は『大和本草』の冒頭で「本草綱目ニ品類ヲ分ツニ疑フ可キ事多シ」として、『本草綱目』の体系を改変した独自の分類法を用いている。
19世紀、ヨーロッパの博物学は急速に近代化したのに対し、日本では近代科学の方法論を理解する機会に乏しかったこともあり『本草綱目』の周辺を低回する状況が続いた。このような『本草綱目』の羈絆から離脱したのが飯沼慾斎で『草木図説』(安政3年、1856年)でリンネの分類法を導入し、牧野富太郎によって増訂され20世紀になるまで影響を与えた。