京大天皇事件
何ら暴力的な事件が起こっていなかったにもかかわらず、翌11月13日、衆議院文部委員会では、大学管理法案審議の過程で天野貞祐文相(元京大教授・元京大学生課長、戦前は瀧川事件に呼応した京大の学生運動に一定の理解を示していた)がこの「事件」に言及した。大学当局は15日に同学会の解散命令を下し、17日には同学会幹部8名の無期限停学処分を発表した。来学当日、群集整理に協力しむしろ混乱を鎮める側に回っていた同学会に厳しい処分が下されたのは、先述した公開質問状の内容と、それに対する世論の反発(後述)を考慮したことによるものと考えられている(解散された同学会は1953年に再建された)。
11月26日には衆議院法務委員会に服部総長と同学会委員長が喚問される事態となり、政府(第3次吉田内閣)および与党自由党はこの事件をきっかけに大学への警官の自由な立ち入りを認めさせようと画策した。また京都地検は公安条例違反による関係者の起訴を考えていたが、関係者を取り調べた結果、条例に違反するような事件は発生していないとみなし立件を断念した。
この事件と同じ1951年、同学会を中心に京大生が企画・開催した「綜合原爆展」は盛況を呼び、京都市民から好意的に迎えられていた(「質問状」でも天皇の原爆展参観を要望している)。しかしこの事件に関して京大生や同学会に対する好意的反応は少数派であり、「京大を廃校にせよ」「貴方たちは狂人ですか」といった非難が集中した。例えば京都新聞は11月13日付で「天皇への無礼と京大の責任」との論説で学生側を強く非難し、常軌を逸した「不敬事件」のごとく記した。