一〇〇式司令部偵察機
装備も無線機は長距離用の九九式飛一号無線機に、写真装置も一〇〇式小航空写真機1台・一号自動航空写真機1台となり、偵察機としても更なる性能向上がなされている。また、武装として従来一/二型(キ46-I/II)が装備していたテ4 試製単銃身旋回機関銃二型(7.7mm旋回機関銃)1挺は自衛用として効果が薄いため廃止され、名実共に一〇〇式司偵は「速度だけが唯一の武器」となった。
キ46-III試作第1号機は1943年(昭和18年)3月に完成、翌1944年(昭和19年)3月に基本審査を終え実用審査を経た同年8月に一〇〇式司令部偵察機三型として制式採用された。最大速度は630km/h/6,000mを記録、これは四式戦闘機「疾風」(キ84)の624km/hを押さえ、「戦時中に実用化された日本陸海軍機中最速機」である。同時に高高度である8,000m - 10,000mにおける高空性能は大幅に向上し、上昇力も優秀であった。欠点は風防伸長・曲面ガラスのため視界の歪みや夜間飛行時の内面乱反射の発生、自動操縦装置と酸素装置の不良程度であった。ほか、一〇〇式司偵唯一の欠点としては二型(キ46-II)から続く主脚の強度不足が挙げられる。
審査中の1944年3月には、エンジンの集合式排気管を推力式単排気管に改めることによってさらに12km/h程度の速度向上が確認された(約642km/h)。またこの単排気管は夜間飛行時の消炎(消焔)効果にも役立った。
海軍に供与された機体が登場。三座に改造されている。