壱岐丸
座礁後船尾シャフトトンネルより浸水あり、20時50分にはボイラー室浸水で焚火困難となり、発電機停止、船内電灯は消えてしまった。21時55分には旅客188名全員上陸できたが、浸水は船尾覆甲板に達し、22時10分、船員67名も全員退船した。
対馬丸の引き揚げ作業は事故翌日の12月18日に開始されたが、天候不良と悪潮流のため現状調査のみで中止され、その後も引き続く悪天候のため作業に着手できず、やがて船体中央部で前後に両断大破しほとんど水面下に没してしまった。
このため青函航路を前年の1924年(大正13年)12月で引退し、函館港で1年以上係船されていた田村丸を入渠整備のうえ、1926年(大正15年)4月16日から11月8日まで稚泊連絡船として運航し、翌1927年(昭和2年)も4月7日から10月21日まで運航し、2シーズンにわたる“夏期運航”1日1往復運航を維持した。田村丸はその後再び函館で係船された。
樺太丸はこのような壊滅状態の青函航路へ1945年(昭和20年)7月25日、21年ぶりに戻った。同じ7月25日に先の空襲で損傷し、函館船渠で修復していた車両渡船第七青函丸も復帰し、7月29日には、同じく第八青函丸も復帰し、貨車航送の再開が図られたが、これら2隻には旅客設備はなく、亜庭丸が沈没した8月10日以降は、樺太丸が青函航路唯一の客船となり、終戦を迎えた。
終戦直後、青函航路には、多くの引揚げ者や復員者、徴用解除の帰郷者、朝鮮半島や中国大陸への帰還者、さらに食糧買い出しの人々が殺到し、貨物は減少したものの、当時、本州と北海道とを結ぶ代替ルートのない唯一の航路で、農産物や石炭輸送の継続を迫られていた。
しかし、樺太丸と2隻の車両渡船だけでは、輸送力不足は明白で、当時は樺太丸にも定員超過の900名、旅客設備未設置の第八青函丸にまで1,100名もの旅客を乗せることが常態となっていた。このような中、8月20日から関釜連絡船 景福丸(3,620.60総トン)を、8月21日からはフィリピンからの拿捕船で船舶運営会の暁南丸(1,243総トン)を、8月24日からは関釜航路の貨物船2代目壱岐丸(3,519.48総トン)を就航させたが、この2代目壱岐丸は一般型貨物船のため、船艙を二段に仕切って客室とし、ここに2,100名もの旅客を収容した。11月29日からは稚泊連絡船宗谷丸を就航させたほか、多数の商船、機帆船、旧陸軍上陸用舟艇などを傭船して、この混乱期に対応した。
このため、1943年(昭和18年)3月から1945年(昭和20年)6月までの2年間に車両渡船6隻を就航させたが、1945年(昭和20年)3月6日には事故で1隻を失い、終戦1ヵ月前の1945年(昭和20年)7月には車載客船4隻、車両渡船8隻の計12隻の連絡船が運航されていた。
この7月14・15両日、アメリカ軍による青函連絡船を標的とした空襲があり、これら12隻全船が稼働不能となった。このため、急遽7月17日から7月30日まで海軍特務艦で元日本郵船樺太航路の砕氷貨客船千歳丸(2,668総トン)を、7月20日から7月23日まで海軍特務艦で元大阪商船琉球航路貨客船浮島丸(4,731総トン)を就航させ、7月23日からは、たまたま函館船渠で定期検査修繕中の稚泊連絡船 亜庭丸を繰り上げ出場させ就航させたが、亜庭丸は8月10日夏泊半島西岸の茂浦沖でアメリカ軍機攻撃を受け沈没してしまった。