主要組織適合遺伝子複合体
1930年代にPeter Alfred Gorerが、移植片拒絶の研究を本格的に開始した。
そして1940年代にアメリカのジョージ・スネルにより、同系を20代以上かけあわせたマウスをつかった移植の研究によって、1940年代には原因物質としてマウスのH-2抗原が発見された。
1950年代には、フランスのジャン・ドーセにより、頻繁に輸血を受けた人の血液をもとに得られた血清に、他人の白血球を凝集させる抗原があることが発見され、HLAの発見となった。
MHCの研究は当初、ジョージ・スネル、バルフ・ベナセラフ、ジャン・ドーセ、ヒュー・マグデビットなどによって、遺伝子が発見された。ジョージとバルフとジャンの3人は1980年にMHCの研究業績によりノーベル生理学・医学賞を受賞した。
その後、1987年にはハーバード大学で当時は研究員だったPamela J. BjorkmanによってMHCクラスI抗原タンパク質の結晶化に成功し、X線で結晶構造が解析された。
1993年には、ジャック・ストロミンジャーがMHC-ペプチド複合体の溝の仕組みを解明したことなどの業績で、アメリカの医学賞であるラスカー賞をDon Wiley、Emil R. Unanueとともに受賞し、1999年にはストロミンジャーとWileyが日本国際賞を受賞した。また、1978年にスイスのロルフ・ツィンカーナーゲルが、T細胞がウイルスを殺害する際に抗原だけでなくMHCも認識する必要があることを発見し、これらの業績により1996年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。
T細胞には、主にキラーT細胞やヘルパーT細胞という2種類があるが、MHCクラスII分子の抗原と反応するのはヘルパーT細胞のほうである。
MHCクラスII分子は、マクロファージや樹状細胞、活性化T細胞、B細胞などの抗原提示細胞を含め、限られた細胞にのみ発現している。クラスII分子はα鎖とβ鎖の2つの重合体であり、それぞれ2つの細胞外領域および膜貫通領域、細胞内領域からなる。MHCクラスII分子はヒトではHLA-DR、HLA-DQ、HLA-DPの3種類があるが、DRのβ鎖は2種類あることが多く、これがDRα鎖と結合するためDR分子は2種類あることになる。つまり、ヒトでは4種類のMHCクラスII分子をもつことが多い。マウスMHCクラスII分子にはH-2A、H-2Eの2種類がある。
エンドサイトーシスにより抗原提示細胞に取り込まれた外来抗原は、抗原提示細胞内のエンドソームでタンパク分解酵素により消化され、ペプチド断片に分解される。MHCクラスII分子に結合するペプチドはクラスI分子に結合するペプチドよりも長く、15〜24アミノ酸程度である。ペプチド断片はその後CPL (compartment for peptide loading) と呼ばれる小胞に移動する。小胞体 (ER) で合成されたMHCクラスIIα鎖とβ鎖はゴルジ体を通ってCPL内に移動し、このCPL内でペプチドとMHCクラスII複合体が生成される。そして細胞表面に発現し、CD4陽性T細胞(ヘルパーT細胞)に抗原を提示して活性化させる。活性化したCD4陽性細胞は細胞傷害性T細胞やB細胞、その他の免疫細胞を活性化して異物を攻撃する。