アマミトゲネズミ
以前はトゲネズミ属はトゲネズミTokudaia osimensisのみで構成されていた。1943年に沖縄島にも分布するとされ、1946年には沖縄島の個体群が亜種として記載された。1977年に徳之島にも分布するとされた。1989年に奄美大島、沖縄島、徳之島の各個体群では染色体数、沖縄島では性染色体の型も異なることから、それぞれ別種であることが示唆された。1993年には沖縄島の亜種とされていた個体群に対し、独立種オキナワトゲネズミとして分割する説が提唱された。2006年に徳之島の個体群を頭蓋骨や毛皮の標本の比較から、各計測値がより大型であるとして独立種トクノシマトゲネズミとして分割する説が提唱された。ミトコンドリアDNAの制限酵素切断型、リボソームDNAの分子系統学的解析からトクノシマトゲネズミとは6,000,000 - 2,000,000年前に分化したと推定されている。
種内ではミトコンドリアDNA制御領域の全長を用いた解析では、ハプロタイプ多様度はやや高いものの塩基多様度は低いと推定されている。12のハプロタイプに分かれると推定され、中間のハプロタイプが消失していることから、過去に何らかの原因でボトルネックが生じ現在までに回復したと推定されている。