機動戦士ガンダムSEED DESTINY
機動戦士ガンダムSEED DESTINY(対戦格闘ゲーム)
機動戦士ガンダムSEED 連合vs.Z.A.F.T.
機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II
機動戦士ガンダムSEED DESTINY GENERATION of C.E.
機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II PLUS
機動戦士ガンダムSEED BATTLE DESTINY
機動戦士ガンダム オンライン
ジブリールは脱出し、オーブへと向かう。また、宇宙にてデュランダルの素性を調査していたラクスたちは彼の考案するデスティニープランの存在を知るが、ザフト軍に見つかり追撃を受ける。この時、ほとんど戦力を持っていなかったラクスたちは窮地に陥るが、ストライクルージュで駆け付けたキラに、密かに製造していたストライクフリーダムガンダム(ストライクフリーダム)を渡すことでザフト軍を退ける。
同時期、ザフト軍はジブリール隠匿を口実にオーブへと攻め入る。セイラン家の失策によってオーブ国防軍は総崩れ寸前となるが、この混乱の最中にカガリは父ウズミが遺したモビルスーツ「アカツキ」を受け取り、オーブの代表へと復帰するとともにザフトを迎撃する。カガリの部下レニドル・キサカによって救出されていたアスランもまた、駆け付けたラクスからインフィニットジャスティスガンダム(インフィニットジャスティス)を受け取り、攻め入るシンたちザフトに応戦した。この戦いの中、またしてもジブリールは脱出に成功し、本物のラクスが世界放送を行ったことでザフト内部でも動揺が広がる。
月面基地ダイダロスへと落ち延びたジブリールは再び連合軍を動かし、軌道間全方位戦略砲「レクイエム」によってプラント本国を攻撃。一気に6つのコロニーが破壊され、夥しい数の死者が発生する。これに対しザフトはダイダロスへの報復を行い、ジブリールは打倒された。また、月面のコペルニクスではミーアとラクスが接触するも、ミーア監視者であるサラの凶弾によってミーアが死亡した。
ダイダロスを攻略したザフトのデュランダルは世界放送を行い、人々の人生全てを遺伝子によって決定する世界的な管理社会制度「デスティニープラン」の施行を宣言。