日本ハリストス正教会
1937年と1938年には52人の主教のうち40人が銃殺された。
これほどの弾圧がロシア正教会に加えられつつも日本における「ロシア=ソ連」という通俗的観念はぬぐいがたいものがあり、共産主義政権による被害者である正教会が通俗的には共産主義者の仲間と見なされてしまうという、極めて理不尽な情況が生まれた。
またロシア革命以降、ロシア正教会は共産主義政権との対峙・交渉、及び自教会の維持のみで精一杯となり、他国の正教会を支援する余裕を失い、欧米をはじめとした各地の教会組織に混乱が起こった。他国に起こったこうした事情は日本とても例外ではなく、母教会であるロシア正教会からの日本正教会への財政的支援も消滅した。この時点での日本正教会はいまだ財政的にすぐに自立出来る状態にはなく、給与を支払うことができなくなった多くの伝教者を解雇せざるを得なくなり、教勢は衰えた。一例として、アレクセイ河野次郎が熱心に支援し、その息子ペトル河野通勢が長野在住時代に通っていた長野ハリストス正教会復活会堂が1921年に閉鎖された事が挙げられる。
なお、ロシア革命から日本に逃れてきた多くの白系ロシア人が日本正教会での信仰生活に加わり、教会によっては2009年現在に至るまで、一定の在日ロシア人系コミュニティを教会内に形成している。特に東京のニコライ堂と、神戸ハリストス正教会にその傾向が顕著である。
戦後すぐ、日本正教会は当局の圧力によって歪められた教会秩序を正常化しようとしたが、容易ではなかった。GHQから、日本正教会はソ連の影響下にあるモスクワ総主教庁ではなく、のちにアメリカ正教会に発展することになる「北米メトロポリア」と関係を持つよう指令されたからである。
在外ロシア正教会と北米メトロポリアの間の関係も第二次世界大戦前後の時期にこじれており、在外ロシア正教会の下にあった主教に叙聖され主教に着任したニコライ小野主教の立場が微妙なものとなった。また、それまであまり関係を持ってこなかった北米メトロポリアの指導下に入ることについても日本正教会に動揺が起こり、この経緯において、ごく少数ではあったが、北米メトロポリアの指導下に入らず、モスクワ総主教庁の直接の管轄を受けるグループが形成された。
1931年、大主教セルギイは府主教に昇叙された。だがこのころから、日本正教会にはある動揺が広がりつつあった。共産主義政権の下で弾圧されその影響下にあるロシア正教会の意思・決定の正当性およびその真贋に疑義を持つ人々は少なくない中、モスクワ総主教庁との連絡を断たない府主教セルギイに対する疑問の声が上がりつつあった。
ソ連当局の監視下にあるモスクワ総主教庁との関係を巡り、見解の差異が教会内に生じて動揺が起こるといった現象は、西欧・米国をはじめとして全世界的に各地正教会にほぼ例外なくみられたが、日本正教会もその例外ではなく教会に亀裂が生じた。
問題が複雑になったのには国内の事情だけではなく、在外ロシア正教会というソ連からの亡命ロシア人が中心になって結成した小さくない教会組織が1922年9月13日にセルビアのスレムスキ・カルロヴツィ(Sremski Karlovci: Сремски Карловци) を中心に設立され、モスクワとの対決姿勢を鮮明にしていたことにも起因していた。
セルギイ・チホミーロフ府主教は1929年の時点では母国ロシアでの共産主義革命に深い嫌悪感を隠さず、各種著述でも痛烈な言辞で全否定しているが、同時に在外ロシア正教会の動向に対しても分派的であるとして否定的であった。
また年を経るに従って、府主教セルギイはソ連の下で弾圧されるロシア正教会の状況認識に甘さを見せるようになった。
その後移転を繰り返し、現在の聖堂(昭和区山脇町)は2010年完成。
半田ハリストス正教会(聖イオアン・ダマスキン聖堂) - 明治18年(1885年)開教。聖堂は大正2年(1913年)竣工。和式の平屋建てである。
京都ハリストス正教会(生神女福音聖堂) - 西日本主教座聖堂。明治22年(1889年)開教。生神女福音聖堂は明治34年(1901年)竣工。1891年竣工のニコライ堂と並んで最古級(ニコライ堂は1929年に再建されている)。
大阪ハリストス正教会(生神女庇護聖堂) - 明治11年(1878年)開教。昭和37年(1962年)再建。鐘楼の鐘の一つは明治43年(1910年)竣工の前代聖堂のもの。聖堂内は絨毯張りなので、土足及び裸足での入堂は厳禁となっている。
神戸ハリストス正教会(生神女就寝聖堂) - 大正2年(1913年)開教。聖堂は昭和27年(1957年)建立。白系ロシア人信徒が多い。
徳島ハリストス正教会(聖神降臨聖堂) - 聖堂は昭和55年(1980年)建立。
鹿児島ハリストス正教会(聖使徒イアコフ聖堂) - 明治11年(1878年)開教。聖堂は昭和32年(1957年)再建。
石巻ハリストス正教会聖使徒イオアン会堂(旧会堂)
白河ハリストス正教会生神女進堂聖堂
足利ハリストス正教会主の昇天聖堂
高崎ハリストス正教会主の降誕聖堂
名古屋ハリストス正教会神現聖堂
釧路ハリストス正教会聖神降臨聖堂