フェルディナンド・マゼラン
艦隊は修理に取り掛かったトリニダード号を香料諸島に残し(4ヶ月後に修理がかなったトリニダード号だが結局はポルトガルに拘束され、3年後に乗組員のうち4人が帰国するのみである)、フアン・セバスティアン・エルカーノを船長としてビクトリア号1隻60人の人数で香料諸島を出発する。ポルトガルの勢力圏内で途中の港に立ち寄れないスペイン船ビクトリア号は壊血病と栄養失調で多くの死者を出しながらも1522年9月6日スペインに帰国する。スペイン帰国時の乗組員は21名、内3人は途中で乗せたマレー人なので、出発時約270人の乗組員のうち世界周航を達成できたのはエルカーノや艦隊の記録を書いたピガフェッタら18人だけであった。ほぼ3年にわたる航海であった。
なお、ピガフェッタは出航以来毎日欠かさず日記を付けているが、ビクトリア号が世界一周達成を目前にアフリカの西にあるヴェルデ岬諸島に立ち寄ったとき、ピガフェッタの日記では水曜日であるはずがヴェルデ岬諸島では木曜日であることを知り大変驚いている。21世紀の現代人にとっては地球を西回りに1周すれば日付が1日遅れるのは当たり前であるが、人類初の世界一周の記録者ピガフェッタは地球一周による日付のずれを実感した最初の人間になったのである。
その後、スペインは上流貴族ガルシア・ホフレ・デ・ロアイサを名目上の指揮官、マゼラン艦隊での最終的な指揮官エルカーノを実質上の指揮官にした西回りでの第二の艦隊を送り出すがロアイサの艦隊はマゼラン艦隊以上の損失を出し失敗。
ゴメスで失敗したフォンセカとアロはデュアルテ・バルボーザの推薦するマゼランの存在を知り、ただちにマゼランを新たな探検隊の指揮官に推すことに決め、マゼランはスペイン王・カルロス1世の謁見を得て、その航海の計画を説明することになる。
スペイン王に謁見したマゼランは、自分の西回りでの香料諸島への渡航計画について、大アジア半島の南に香料諸島・インドへ通じる海峡があること、東回りよりもはるかに航路の短い西回りルートはポルトガル人よりはるかに安いコストで香料を手に入れることができることを自信をもって説明する(実はマゼランの自信の根拠となるマルティン・ベハイムの世界観はまったくの誤りであった)。また従兄弟のセラーンの知らせでは香料諸島はマラッカのはるか東方であることを知らされていた(これも実際の距離よりも誇張されていたのだが)。その情報によって香料諸島がトルデシリャス条約で定められたスペインの領域内にあることも保障し、マゼランの自信を持った説明にスペイン王は納得し、マゼランに艦隊を預ける決断をするのであった。
スペインからみればライバル国のポルトガル人であるマゼランにスペイン王が艦隊を任せる決断をした背景にはフォンセカとアロという有力者の推薦があったことはたしかであろう。
コロンブスの発見でスペインはアメリカとアフリカのほぼ中間の子午線より西の新しく発見した土地をスペイン領とするローマ教皇の勅旨を得た。南北アメリカ大陸をすべてスペイン領とするものである(ただし、当時はアジア大陸東端の大半島と思われていた)これにポルトガルはただちに反発。交渉の結果、ヴェルデ岬諸島の西370レグアを通る西経46度37分にあたる子午線をスペイン・ポルトガル領の境とするトルデシリャス条約が1494年に結ばれた。この結果、ブラジルはポルトガル領、ブラジル以外の南北アメリカはスペイン領となったのだが、トルデシリャス条約によるスペイン・ポルトガルを分ける子午線が地球の裏、アジア側ではどこを通っているかは定かにはなっていなかった。当時スペインとポルトガルはライバルとして激しく競っていたが、同時に両国は隣国でもあり、両国の国王は親戚関係でもあり、トルデシリャス条約による領土の取り決めには敏感であった。
1515年、北アフリカ遠征から帰ったマゼランはポルトガル王マヌエルに謁見し、その後ポルトガル宮廷を去っている。マゼランがポルトガル宮廷を去った詳細や理由についての確実な資料はないが、通説では、マゼランはポルトガル王に2つの依頼をし、拒絶されたからだと推測している。1つ目の依頼は2度も大怪我をした勤務の功績に対しての月俸の増額である。しかしマゼランが求めた増額の幅はわずかなものであり銀貨1枚分に過ぎず、これは金銭欲からの要求というよりも月俸に宮廷での地位と名誉が象徴される現状で自分の功績を認めて欲しかったからだとされている。ポルトガル王はこれを拒否する。続いて2つ目の依頼としてマゼランは東洋へ派遣される船の指揮を任せてくれることを求める。しかし、これもポルトガル王に拒絶される。通説では、ポルトガル王マヌエルとマゼランはマゼランの小姓時代から馬が合わなかったとも、謁見の際のマゼランの態度が当時の宮廷世界での慣わしに沿っていなかったからだとも言われる。あるいはマゼランがセラーンから得た情報で香料諸島はトルデシリャス条約(後記のトルデシリャス条約を参照)によってポルトガルではなくスペインの領域にあるとの認識を持っていたからだとも言われる。