デストロン (トランスフォーマー)
マスターメガトロン(後のマスターガルバトロン)の下、プラネットフォースの力で新たな宇宙の支配者となろうとしてサイバトロンとプラネットフォースの争奪戦を繰り広げる。当初はわずか数名の少数勢力だったが、数々の星でデストロン派のトランスフォーマーを引き込んで仲間を獲得していった。しかし、従来のデストロン組織と比べると、軍隊と言うよりもならず者の集まりといった側面が強く、一方でスタースクリームを始めとした脱退者も多く出しており、最終的にはマスターガルバトロンの死を待たずして組織は崩壊した。
旧シリーズ同様にメガトロンがリーダーとなって宇宙の覇権を狙い、サイバトロンとの争いを繰り広げていたが、地球にやって来た後は戦力としてマイクロンを巡っての戦いへと発展する。最終的には共通の敵ユニクロンに対してスタースクリームの犠牲により全面的な共闘姿勢を示す。対ユニクロン戦終結後メガトロンが行方不明になった後はデストロン残党が一時サイバトロンに組み入れられるも、ユニクロンの首を伴って復活したガルバトロンにより再編成されて戦争が再燃し、今度は新エネルギーである“エネルゴン”の争奪戦となった。
(ビースト)メガトロンはエイリアンの影にいち早く気付き、エイリアンの施設を利用するキー、エイリアンディスクを手中に収め、彼らの用意した幾つもの施設を利用。一度は(ビースト)コンボイの謀殺に成功している。高度なエイリアン技術を解析し、トランスメタルドライバ/TransmetalDriverを開発、再生能力を持つメタルス戦士(メタルス2)を製作したりもしている。