宗谷本線
その後、2020年(令和2年)3月27日に宗谷本線活性化推進協議会は、2021年春に13駅(南比布駅、北比布駅、東六線駅、北剣淵駅、下士別駅、北星駅、南美深駅、紋穂内駅、恩根内駅、豊清水駅、安牛駅、上幌延駅、抜海駅)の廃止を容認した。なお、剣淵町に所在する東六線駅と北剣淵駅の2駅は、「廃止の方向で検討しており、町民説明会で決定する」としている。
2020年(令和2年)7月22日、廃止の方向で検討していた恩根内駅は、同年6月の恩根内自治会による存続要望を受けて、美深町議会全員協議会が駅存続を了承し、美深町として存続の方針を決めた。
2020年(令和2年)12月9日、JR北海道が翌2021年(令和3年)春のダイヤ改正に合わせて、利用客が少ない36駅に対し、廃止や地元自治体による維持管理に移行する駅を発表。このうち宗谷本線では、12駅(南比布駅・北比布駅・東六線駅・北剣淵駅・下士別駅・北星駅・南美深駅・紋穂内駅・豊清水駅・安牛駅・上幌延駅・徳満駅)が廃止、17駅(蘭留駅・塩狩駅・日進駅・智北駅・恩根内駅・天塩川温泉駅・咲来駅・筬島駅・佐久駅・歌内駅・問寒別駅・糠南駅・雄信内駅・南幌延駅・下沼駅・兜沼駅・抜海駅)が地元自治体による維持管理に移行となった。同月18日には、前述の12駅を2021年3月13日に廃止する予定であることを発表した。
2016年(平成28年)11月18日、JR北海道は厳しい経営状況を理由に「自社単独で維持することが困難な路線」として、10路線13区間を発表し、宗谷本線は以下のように分類された。なお、この発表の直前から「JR北海道が単独では維持困難な線区」に挙げられる可能性が高いとされ、沿線自治体による陳情などが行われている。
2018年(平成30年)4月、JR北海道は一定の利用以下の駅・踏切の存廃について、廃止提案の前に地元自治体と協議する方針を示した。同月27日、宗谷本線の沿線と周辺26市町村などでつくる「宗谷本線活性化推進協議会」の事務担当者らによる幹事会において、廃止する場合もしくは維持する場合の管理のあり方について、JR北海道と協議することで合意した。
宗谷本線活性化推進協議会は名寄市が事務局で、駅カードの配布など利用促進にも取り組んでいる。
9月13日:全区間復旧し、午後から運転再開。14日から所定ダイヤでの運転。 11月18日:JR北海道から『当社単独では維持することが困難な線区について』発表。名寄駅 - 稚内駅間が「輸送密度200人以上2000人未満の線区」、旭川駅 - 名寄駅間が「北海道高速鉄道開発株式会社関連線区」とされる。
2017年(平成29年) 3月4日:同日のダイヤ改正で特急列車の運転系統を「宗谷」(札幌駅 - 稚内駅間)1往復、「サロベツ」(旭川駅 - 稚内駅間)2往復(1 - 4号)に再編。いずれもキハ261系を充当。 3月30日:宗谷本線活性化推進協議会が名寄市内で道との意見交換会を開催。JR北海道との協議開始を決定。 4月1日:同日付で宗谷北線運輸営業所を廃止。 4月14日:宗谷本線活性化推進協議会がJRを交えた実務者協議を開始。JRの『当社単独では維持することが困難な線区について』発表以来初の協議開始。
2018年(平成30年) 2月10日:北海道総合交通政策検討会議による『北海道の将来を見据えた鉄道網(維持困難線区)のあり方について』公表。名寄駅 - 稚内駅間について「...維持に向けてさらに検討を進めるべきである」とする。 10月29日:JR北海道と佐川急便が、稚内駅 - 幌延駅間で幌延町向け荷物の輸送を行う貨客混載事業の実施を発表。
2019年(平成31年・令和元年) 4月18日:JR北海道と佐川急便による稚内駅 - 幌延駅間の貨客混載事業が開始。 7月28日:観光列車「風っこ そうや号」を運転。