新幹線総合システム
2008年12月29日、システムが使用不能となり、午前6時の始発から約3時間に亘り全線で運転を見合わせる事態となった。原因は、前日の12月28日の列車ダイヤが車両故障や強風等で大幅に乱れたため、翌日使用する車両や乗務員等の運用計画を大幅に修正したものの、システムへの入力がシステム上の日付切替時刻(午前5時)に間に合わなかったため。
2011年1月17日午前8時23分ごろ、当日早朝に発生した線路設備不具合に係る対応のため、指令員がダイヤを臨時に変更するデータを入力したところ、予想ダイヤ表示画面が消えてしまったため、データ整合確認のため全線で一時運転見合わせ。その後、午前8時52分に自然復旧し、午前9時38分に全線で運転再開した。原因は、大量の変更データ入力を短時間に行ったため、一時的にシステムの許容負荷を超過したため(概要で述べたように2008年5月に予想ダイヤ表示機能がリニューアルされた一方、システムの最大処理能力は増強されていなかったため、ダイヤ要修正箇所数の検出・表示許容限度数である600件を超過してしまった)。JR東日本では再発防止策として、プログラムの改修を検討するとしている。
2016年5月4日、始発から終電まで電光掲示板が表示されないトラブルが発生した。原因は、臨時列車が多数設定され掲示板システムの列車情報処理容量である1600件を超過する1606件の列車が登録されていたためだった。JR東日本は対策のため電光掲示板システムのプログラムを改修して翌5日から平常通り電光掲示板を稼働させた。
ダイヤ改正または季節・曜日に合わせたきめ細やかなダイヤを作成するためのシステムであり、端末のモニター画面上において筋ダイヤ形式による直接作成が可能であり、列車の運行計画にあわせた車両と乗務員の運用計画においてもシステムとの対話形式で行われることで、迅速な計画作業が可能となった。また、作成した輸送計画は運行管理システムに送られるとともに、駅・乗務員区所・車両基地などの現場端末には、必要な情報のみが自動的に選択されて送られるため、従来で行われていた示達抜粋作業が不要となっている。