サンフランシスコにおける人民寺院
1976年3月、サンフランシスコ市長・モスコーニはジョーンズを人権委員会の委員に指名した。ジョーンズは、1960年代にインディアナ州で同様の委員会に所属していたことがあり、モスコーニの側近に任命されたと感じたため、補佐官に告げることなく、宣誓の数分前にこの指名を辞退した。その後、モスコーニとジョーンズの補佐官は、ジョーンズともスコーンが別の職務に任命する準備をしていると、メディアに伝えるために緊急対応を行った。
この後、モスコーニは、ジョーンズをサンフランシスコ住宅局委員会の委員に指名した。ジョーンズの名前が指名者リストに追加された後、サンフランシスコ監督委員会は、指名者全員は身辺調査を受けるべきだと答申した。モスコーニは、この後、プロークスとグッドレットが委員として在籍している指名委員会にこの問題を引き渡した。結局、委員会はジョーンズの任命を承認している。ジョーンズの任命に対しての潜在的な抵抗が生じたとき、ウィリー・ブラウンは、監督委員会が保持する任命に対する権限を剥奪する可能性のある法律を導入した。現状を維持したいという思惑から、監督委員会はジョーンズの任命を満場一致で承認した。
モスコーニの事務所によるロビー活動により、ジョーンズはすぐに住宅局委員会の委員長に指名された。この時、モスコーニは、ジョーンズは「調停者...
ジョーンズは、ネーション・オブ・イスラム(英語: Nation of Islam (NOI))を人種差別主義、かつ性差別主義であると見做しており、サンフランシスコのウエスタン・アディション(英語版)で近接している位置に所在していることもあって、ネーション・オブ・イスラムと人民寺院の間で暴力を伴う抗争が発生することを危惧していた。彼は、教団のサンフランシスコ本部での火災について、ネーション・オブ・イスラムが原因であると主張し緊張を煽った。人民寺院信者のアル・ミルズが、ネーション・オブ・イスラムの構成員の写真を撮影したことで口論となった後、ジョーンズは警告を発するために、屈強なアフリカ系アメリカ人の人民寺院警備員をネーション・オブ・イスラムのモスクに送り込んだ。
しかしながら、ネーション・オブ・イスラムとの関係は後に改善された。亀裂を修復するために、2つの組織は1976年にロサンゼルス・コンベンション・センターで歴史的な「スピリチュアル・ジュビリー」(英語: Spiritual Jubilee)を開催した。
1972年、ティモシー・ストーンの妻、グレースは生まれた息子にジョンと名前を付けた。2週間後、ジョーンズはティムに対して、ジョーンズにグレースと性的関係を結ぶように促し、その結果、ジョンが誕生したと主張する文書に秘かに署名させた。
グレースは、とりわけ、ジョンを「共同で」育てることや、教団信者達が襲撃を行う様を目撃してから、教団を嫌うようになった。1976年7月、彼女は教団の捜索隊から逃れるために、別の教団信者と共にタホ湖へと逃亡した。彼女が不在の間に、教団はジョンをジョーンズタウンへと連れて行ってしまった。数か月後、監護権関連の調査の可能性を回避する様にジョーンズから促され、ティムは地方検事補としての仕事を辞任し、ジョーンズタウンへと引っ越した。
1977年6月の時点でティムの教団への不満は増大し、最終的に彼はガイアナの首都・ジョージタウンにある教団本部を離れ、妻と再会するためにアメリカ合衆国本土に帰国した。「憂慮親族」(英語: Concerned Relatives)と呼ばれるグループの指導者を含む、ストーン達の後の教団との対立は、レオ・ライアンのジョーンズタウンへの訪問調査の重要な原因となった。
教団は、しばしば政府機関や他の人々による陰謀の標的であると見做されており、これらの陰謀を教団の文献の中に含めることもあった。
1976年11月、ミシシッピ州メイヤーズヴィル(英語版)町長であり公民権活動家であるユニタ・ブラックウェル(英語版)は、ギアリー大通りの教団本部で、女優のシャーリー・マクレーンと共に行った中華人民共和国への旅行に関して話をした。この内容は、2人の人物が玄関で盗聴しており、すぐにレンタカーで逃走した。教団は車のナンバープレートの情報を政府の電子機器専門家に問い合わせた。連邦議会議員・フィリップ・バートン(英語版)との一連の手紙のやり取りの後、アメリカ空軍はこの市民は彼らと雇用関係にあったが、彼はブラックウェルの演説の日に休暇を取っていたと述べた。この出来事は、教団に対する陰謀のリストに追加されることになった。
教団はまた、脱走した元信者のアル・ミルズ(旧名:エルマー・マートル)とジェニー・ミルズ(旧名:ディアナ・マートル)を取り巻く陰謀を見た。ミルズ夫妻が脱会する前から、ジョーンズは自身をウラジーミル・レーニンの生まれ変わりであると主張していており、かつてジェニーに対して「レーニンは弾丸を体に持ったまま死んだ。私もそうするだろう」と話していた。
この悲劇の直後に、教団の「暗殺部隊」の報道が表面化したため、不随となる恐怖が教団の敵を支配した。公務員、記者、元信者達は全て、そのような部隊の標的にされたと伝えられたグループに所属していた。サンフランシスコの当局者、法執行機関、メンタルヘルスの専門家は、暴力の蔓延を防ぐために措置を講じた。
元信者達は、すぐにバークレーの人権センターに赴き、警察の保護下に入り、生存者リストの知らされるのを待った。ポート・カイトゥマの滑走路で襲撃が行われた日の午後、ニュースが公表される前に、ライアンの補佐官であるウィリアム・ホルシンガーの妻は、夫婦のサンフランシスコの家で3回脅迫的な電話を受けた。この時の発信者は、「貴方の夫の収入源が彼の頭を吹き飛ばした。もっと気を付けるべきだったと彼に伝えなさい」と述べたと言われている。ホルシンガーの家族は、当初、警察の保護の下、パロアルトに避難した。ホルシンガーは、タホ湖に逃げた後、テキサス州ヒューストンの牧場に避難した。そして、彼らはサンフランシスコの自宅に戻ることは無かった。しかし、報道された「暗殺部隊」が実際に活動することは無かった。
険悪な勢力が教団と対立することについて、ジョーンズは何年にもわたって声明を出しており、ギアリー大通りの教団施設の信者達は政府軍によってこれらの勢力へ即刻の攻撃が行われることを期待していた。