自動船舶識別装置
海上自衛隊の護衛艦を始めとする各種艦艇・漁船にはAISの搭載義務は無く、海上保安庁の巡視船、水産庁の漁業取締船船艇は、安全保障上、位置を特定されないよう職務遂行時には停波していることが多い。民間の船舶も、海賊にAISを悪用されるという懸念から、危険海域では停波する臨時的措置が認められている。
日本においてはこのほかにも、操業中の大型漁船が漁場の秘密を保持する為に停波出来る。船員が故意に停波させることも容易であり、AIS情報によって全搭載船舶の動静を把握することは出来ない。
発している情報が、信頼性のある物かどうか判別することも難しく、実際と異なる位置で航行しているという情報を容易に発しうるため、実際に測地系設定が誤っている船舶が位置を誤認させた事による事故が起こっている。また、電子航海計器を過信した事故も多いため、見張りによる適切な監視が未だ重要となる。
日本国内での20トン未満の船舶は小型船舶に該当するためAISの搭載義務は無いが、船舶事故の7割は小型船舶によるものであることから、海上保安庁ではGNSS機器同様、簡易型AISの搭載を推奨しており、漁船保険料の助成金や低金利融資制度の発表を行っている。