大量絶滅
このことも大量絶滅の重要な要因となった。
また、間接的な原因として、当時の陸上生態系が現在よりも不安定だった(肉食動物と植物食動物の比率が危うい)ことも指摘されている。
約3億年前、石炭紀の後期に二酸化炭素濃度は現代の程度まで低下する。この前後、寒冷化が起きた。一方で酸素濃度は地球史上最高の35%となっていた。これは植物の活動(光合成)が大きい。当時、リグニンを含む樹木は腐敗分解されず、石炭化していくのみであった。しかし、これ以降、樹木を分解できる菌類(白色腐朽菌)が登場して酸素濃度は徐々に減少に向い、逆に二酸化炭素濃度は増加に向かう。白色腐朽菌は倒木を分解でき、これにより石炭紀が終焉し、さらに大量の倒木の分解により酸素を大量に消費して二酸化炭素を増大させていった。ペルム紀を通じてこの傾向は続き、P-T境界で以降の地球の低酸素環境は決定的となった。高酸素濃度下の古生代(石炭紀後期からペルム紀)に繁栄した単弓類(哺乳類型爬虫類)はP-T境界に多くが死に絶え、この時代を生き延びて三畳紀に繁栄した主竜類の中で、気嚢により低酸素環境への適応度を先に身につけていた恐竜が後の時代に繁栄していく基礎となったとされる。なお、単弓類の中で横隔膜を生じて腹式呼吸を身につけたグループは、気嚢のグループには及ばないものの低酸素時代の危機を細々と乗り越え、哺乳類の先祖となった。
地球における生命の誕生が後期重爆撃期に先んじるとする説が正しいなら、後期重爆撃期が初期生物に大量絶滅を起こしたことは確実と見込まれる。