西肥自動車
大半の便はエコスパ佐世保を経由する。
佐世保-花高団地線
(佐世保駅前以遠) - 藤原橋 - 大和町 - 日宇駅前 - 桜馬場 - 卸本町入口 - 大塔新田 ( - 若竹台県営アパート) - 花高一丁目 - 花高四丁目 - 早岐駅東口前 - イオンタウン早岐 - 広田三丁目 - 重尾( - 佐世保東翔高校) 大塔新田から花高団地内を周る路線。早岐警察署前と陣の内の間に若竹台団地内を周る若竹台経由便があるほか、広田工業団地線同様、朝には佐世保東翔高校までの通学便もある。 以前は早岐支所シルバーボウル前を発着地とする便が存在したが、2022年3月24日のダイヤ改正により、発着地が重尾に一本化され、全便広田三丁目を経由するようになった。
花高-大塔循環線
重尾 - 広田三丁目 - イオンタウン早岐 - 早岐駅東口前 - 花高四丁目 - 花高一丁目 - 大塔新田 - 大塔インター口 - 大塔新田 - 早岐田子の浦 - 早岐支所シルバーボウル前 - 早岐駅前 - 宮崎橋 - 広田三丁目 - 重尾 2022年3月24日のダイヤ改正により新設された路線で、重尾を出発して大塔インター口で折り返して重尾に戻る路線。花高団地から回るルートと早岐支所シルバーボウル前から回るルートがある。
自社発注の車両に加え、他社からの移籍車も数多く使用されている。 川崎市交通局・神奈川中央交通・大阪市営バス(現大阪シティバス)・名古屋市営バス・横浜市営バス・西武バス・大阪コムアート交通・高槻市交通部・知多バス・阪急バス等。 1997年(平成9年)頃には阪急バスからの移籍により前扉が2枚折戸・後扉が引戸の後乗り式車両(西工架装仕様の三菱ふそう・MP及びエアロスター)が導入されたが、扉位置が合わないなどの関係で早い段階で予備車となった。晩年は平戸島内で平日のみ活躍し、2011年(平成23年)に全廃している。 上五島地区では九州本土とは異なる独自の仕様の車両や、他営業所で既に廃車・改造されて見られない仕様の車両も在籍している。近年は本土の営業所からの転属に加えて移籍車両の直接導入による世代交代も進んでいる。 古い車両が数多く存在しファンから注目されていたが、2014年(平成28年)の行先番号導入に伴い、方向幕である旧型車は対応できないため順次廃車された。
(江迎)平戸口・平戸線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 吉岡団地 - バイパス本山 - 芳の浦 - 佐々バスセンター - 小春 - 吉井 - 潜滝 - 江迎 - 萩田 - 田平港 - 平戸新町 - 平戸桟橋 (※半急行) 佐世保市と平戸市を結び、日中ほぼ60分間隔で運転される幹線。佐世保駅前 - 吉井間を急行、吉井 - 平戸桟橋間を普通で運行する半急行のみ。半急行は、佐世保市内では国道204号のバイパスを通るため普通便や下記の北松線などとは一部経路が異なる。 ほぼ国道35号・国道204号に沿う。 2019年3月のダイヤ改正までは日中ほぼ30分間隔で運転されていて、かつては特急バスや普通便、長崎(長崎駅前)からの直通便もあったが、普通便に関しては佐々バスセンター発平戸桟橋行の始発のみとなっている。 貸切から路線改造されたトップドア車両も数多く存在していたが、混雑時には不向きであり2016年11月限りで全廃され、全て路線車に統一された。 2023年4月1日のダイヤ改正に合わせて、「平戸口桟橋」は「田平港」へ停留所名が変更となった。
福井・松浦線
佐世保駅前 - 松浦町中央公園口 - 俵町 - 大野 - 吉岡団地 - バイパス本山 - 芳の浦 - 佐々バスセンター - 吉井 - 下直谷 - 福井 - 栢の木 - 庄屋 - 松浦駅前 佐世保市と松浦市を結ぶ路線で日中ほぼ60分間隔で運転される。
佐世保駅前を中心となるターミナルについて記述する。ただし、普通バス停「佐世保駅前」として表記され、ターミナルとして扱われることがほとんどないため、ここでは形式的に乗り場の一覧を示す。
1番のりば:【高速】長崎駅前、【高速】福岡、【特急】長崎空港、川棚バスセンター、伊万里駅前、嬉野・波佐見高校、【半急行】平戸桟橋、松浦駅前
詳細は、佐世保バスセンターを参照。
2番のりば:柚木(池野・矢峰)、矢峰、佐世保商業高校、佐世保市総合医療センター入口、西高校入口、佐々バスセンター(芳の浦)、北部営業所、【半急行】平戸桟橋、松浦駅前、世知原(知見寺・菰田)・菰田(牧の地)、吉井(知見寺・十文野・妙観寺)、桜木
国道35号北行きに沿う。
3番のりば:重尾・佐世保東翔高校、下原橋、花高団地、若竹台団地、エコスパ、クレールの丘、ハウステンボス西門・長崎国際大学、西海橋西口、黒髪・木場入口、もみじが丘・大塔小学校前、食品団地会館前、大岳台循環、若葉循環
国道35号南行きに沿う。
自社発注の貸切車または路線車を改造したうえで、スクールバスとして使用している。また、知多バス・西鉄観光バスからの移籍車両もスクールバスとして使用されている。
新上五島町スクールバス(町が所有する自家用車)の整備と運行を受託している。
長崎県の東彼杵郡川棚町以北一帯、および佐賀県伊万里市、西松浦郡有田町などを複数の路線で運行し、市中心部と郊外および周辺市町村を結ぶ路線が中心である。
また五島列島のうち上五島と呼ばれるエリア(東側の中通島・若松島)にも路線網を有しており、これらの路線でもnagasaki nimoca、およびSUNQパスが使用できる。