江差線
1968年(昭和43年)に選定された「赤字83線」にも挙げられている同線が当時全線で存続したのは、輸送量の多い五稜郭駅 - 木古内駅間が含まれていたからともいわれる。
木古内駅 - 江差駅間の輸送密度(1km当たりの1日平均利用客数)はJR発足当初の1987年(昭和62年)度の253人が2011年(平成23年)度は6分の1以下の41人に減少し、JR北海道管内で乗降客が最も少ない区間であったため、北海道新幹線の開業に先立ち、2014年(平成26年)5月12日に廃止された(経緯は後述)。これにより、檜山管内から鉄道が消滅した。なお、JR北海道の廃線は、1995年(平成7年)9月4日に廃止された深名線(全線)以来19年ぶり、北海道内の廃線としては2006年(平成18年)4月21日に廃止された旧池北線の北海道ちほく高原鉄道ふるさと銀河線(全線)以来8年ぶりである。木古内駅 - 江差駅間の廃止から北海道新幹線の開業までの間、JR北海道のウェブサイトの「鉄道に関する情報」の路線図では「江差線」の名前を使用せず、「津軽海峡線」の一部として案内されていた。
五稜郭駅 - 木古内駅間は2016年(平成28年)3月26日の北海道新幹線新青森駅 - 新函館北斗駅間の開業に伴い第三セクター鉄道の道南いさりび鉄道へ経営が移管された。地方交通線としては初めて新幹線の並行在来線として第三セクター化された。当該区間の2016年(平成28年)3月26日以降については「道南いさりび鉄道線」を参照。
五稜郭発着の列車はなく、すべての列車が函館本線の函館駅まで乗り入れていた。普通列車はすべてワンマン運転を実施していた。函館駅 - 上磯駅間は1時間あたり1本程度、上磯駅 - 木古内駅間は3時間ほど運行のない時間帯があった。函館運輸所に普通列車用の電車が配置されていなかったため、すべてキハ40形気動車で運行されていた。特急形電車である485系・785系・789系の間合い運用はなかった。
2014年(平成26年)5月12日に廃止された木古内駅 - 江差駅間は、廃止時点で1日6往復の列車が運行されており、その多くは函館駅から直通していた。また渡島鶴岡駅・吉堀駅・神明駅は一部の列車が通過していた。
上磯駅構内の様子。右側が函館方面への折り返し列車とホーム。(2013年10月)
廃止決定後に運行された臨時列車「えさし号」とモニュメント「天ノ川駅」(2013年8月)