堺市学童集団下痢症
消毒保管庫導入後、1998年(平成10年)1月12日になって米飯給食が再開された。この日には市内90校のうちの9校の約5,000人に、チキンカレーが提供されている。また同年11月、市は学識経験者から受けた提言により、外部のチェック機関の導入などを盛り込んだ基本方針を制定。食中毒防止のため、床を濡らさないドライフロア方式を調理室に導入するなどして、調理施設の衛生面の改善を図るとした。
一方、2004年(平成16年)12月14日になって、給食再開後の1996年(平成8年)12月、調理中の牛肉からO157特有のベロ毒素を検出しながら、市がこれを公表せずに給食を継続していたことが判明。当時の市衛生研究所長が「前日の給食に出された肉じゃがで、調理中の牛肉からベロ毒素が検出された」と報告していたが、教育長は「75度で一分間、加熱すればO157は死滅するので問題ない」と判断したほか、「不安をあおりたくなかった」として公表もせず、自身の一存で給食を継続していた。
この件について、堺市は2005年(平成17年)3月31日に最終報告書を発表。冷凍保存などの検査記録は全検体が陰性であったほか、肉じゃがを調理場から持ち出した記録はなく、「持ち帰り検査で加熱中の肉じゃがを採取し検出された疑いは残るが、その後加熱され菌は死滅した」として、「安全性に問題はなかった」と結論付けている。
検出されたO157のDNAパターンは、学童集団食中毒の有症者のものと一致した。
京都市内の事業所 - 7月18日に食中毒らしき症状を持つ者の発生の通報があった。75名の検便の結果、5名からO157が検出された。調理の過程やその後の取り扱いに問題点は確認されず、京都市による調査の結果、喫食割合の高い11日・12日の昼の定食が最も疑わしいことがわかった。11日の昼の定食ではカイワレダイコン、マヨネーズ、12日の昼の定食では線キャベツ、カットにんじん、トマト、パセリ、かまぼこが非加熱食材として提供されており、このうち11日のカイワレダイコンが、堺市の「中・南地区」の小学校へ提供したのと同じ施設から、7月9日に出荷されたものだった。検出されたO157のDNAパターンは、学童集団食中毒の有症者のものと一致した。
そのほかにも、大阪府下では7月10日から20日までに、157名のO157の有症者が発生している。このうち、大阪市内の病院と保育所では、堺市の小学校と同じ施設から、7月8日に出荷されたカイワレダイコンが喫食されていたが、発生が散発的で発症率も低いため、「原因が給食であるとは断定し難い」とされている。
厚生省では当該カイワレダイコン生産施設への立入検査を行い、カイワレダイコン、井戸水、排水などの14検体を検査した。しかし、O157は検出されなかった。中間報告書で「病原性大腸菌O-157 対策本部」は、「以上のことから, 貝割れ大根については, 原因食材とは断定できないが, その可能性も否定できないと思料される。」と記している。
1997年(平成9年)1月16日、死亡した三原台小学校6年女子児童の両親は、「安全対策を怠り、汚染した学校給食を提供したため死亡した」として、製造物責任法(PL法)などに基づき、総額7,770万円の損害賠償を求める訴えを大阪地方裁判所堺支部に起こした。
1999年(平成11年)9月10日午前に大阪地裁堺支部で判決があり、渡邊雅文裁判長は「学校給食には極めて高度な安全性が求められており、加熱調理に切り替えていればO157を防げた可能性が高い」として、国家賠償法に基づき、市の過失を認め、約4,530万円の支払いを命じた。
判決理由では、原告が強く主張していた市の製造物責任には言及しなかったが、学校給食において、児童に食べない自由は事実上なく、献立を選択する余地はないこと、何らかの瑕疵があれば直ちに生命や身体に影響を与えることから、「安全性の瑕疵によって、食中毒などが起これば、給食提供者の過失が強く推定される」とした。