三大始祖
三大始祖以外の馬が現在も種牡馬として活動しているとする見解も一部にはある。日本の血統研究家の中島国治は、かつてのアメリカにおいてはクォーターホースをはじめとするサラブレッド以外の品種の馬の仔が、血統を偽ってサラブレッドとして登録されていたと主張し、三大始祖以外、それもサラブレッド以外の品種の父系子孫が現在も種牡馬として活動しているという説を唱えている。そのような馬のことを中島はアメリカンダミーと呼び、近親交配を解消するための有効な手段だと主張した。
なお、競走用クォーターホースはハーミットとヒムヤーの子孫が大半であり、残りも新興のファラリス系がほとんどである。基本的にエクリプス系に属していると考えてよい。
父系に付随して遺伝するY染色体の調査も行われている。これによると三大始祖は何れもHT2と呼ばれるハプロタイプを持っていたと考えられ、Y染色体で父系を区別することはできない。しかし、幸運なことにダーレーアラビアンから8代目のWhalebone以降はY染色体のYE3領域に突然変異(1塩基の欠失)が発生しておりHT3に分類され追跡が可能である。なお、牝系では系図の誤りが見つかっている一方、父系では非サラブレッドまで広げてDefence(1824)、Goldschaum(1891)の子孫などかなりマイナーな父系を含む116頭について調べられたが、HT2とHT3の出現は血統書に忠実で矛盾は見つからなかった。家畜馬全体で支配的なHT1と呼ばれるハプロタイプの混入もなかった。
HT2はサラブレッドの3.5%を占める。馬が家畜化されてからかなり経過してHT1から派生したタイプで、西アジアに多くアラブ種の50%がこれである。
父Waikiki Beach→Speedy Somolli→Speedy Crown→Speedy Scot→Speedster→Rodney→Spencer Scott→Scotland→Peter Scott→Peter the Great→Pilot Medium→Happy Medium→ハンブルトニアン 10→Abdallah→Mambrino II(これ以前はサラブレッド)→メッセンジャー→マンブリノ→エンジニア→サンプソン→ブレイズ→フライングチルダーズ→ダーレーアラビアン(22代前がダーレーアラビアン)
となっている。ただし、スタンダードブレッド以外のトロッターにまで広げると、マッチェム系も若干の勢力を持っている。
父ダイオライト → Diophon → Grand Parade → Orby → Orme → Ormonde → Bend Or → Doncaster → Stocckwell → The Baron → Birdcatcher → Sir Hercules → Whalebone → Waxy → Potoooooooo → Eclipse → Marske → Squirt → Bartlet's Childers → ダーレーアラビアン(ダーレーアラビアンの20代子孫)