月刊少年ガンガン
EVIL CRUSHER 魔矢 (車田正美)
わくわくマンガ家への道(魔神ぐり子) 1998年4月号 - 1999年4月号
私の神様(夢野つくし) 2018年4月号読切、2019年1月号 - 2020年5月号、『ガンガンONLINE』に再掲載
私の救世主さま(水無月すう) 2002年2月号 - 2004年4月号→『月刊Gファンタジー』に移籍
ワルサースルー(たかなし霧香) 1998年4月号 - 2000年10月号
はるまげドン(広内秀昭) 1994年4月号 - 1995年2月号
ハルマゲどん〜メギドの調査ファイル〜(渡辺志保梨) 2002年1月号 - 2002年3月号
はんだくん(ヨシノサツキ) 本編:2013年11月号 - 2016年7月号、番外編:2016年8月号 - 2006年10月号
ハレグゥ(金田一蓮十郎) 2003年02月号 - 2009年10月号
パンツァークライン(神田晶) 2001年3月号 - 2002年11月号
BAMBOO BLADE B(土塚理弘 & スタジオねこ) 2009年2月号 - 2013年12月号
B壱(大久保篤) 2001年12月号 - 2003年6月号
ピース*2(鳴海けい) 2011年9月号 - 2014年7月号
HEROMAN(原作:スタン・リー、作画:太田多門、アニメーション製作:BONES) 2009年9月号 - 2011年11月号
ひぐらしのなく頃に 暇潰し編(原作・監修:竜騎士07、作画:外海良基) 2006年2月号 - 2006年11月号
ヒーリング・プラネット(桜野みねね) 2000年8月号 - 2001年3月号
ひょっとこスクール(武凪知) 2008年2月号 - 2010年8月号
ファイナルファンタジー・クリスタルクロニクル 〜はてなき空の向こうに〜(壱河柳乃助) 2004年2月号 - 2005年6月号
ナイトクライシス 闇狩人麗牙(山内繁利) 1992年11月号 - 1993年2月号
南国少年パプワくん(柴田亜美) 1991年4月号 - 1995年6月号
日常戦線(加藤拓弐) 2009年1月号 - 2009年3月号、短期集中連載
忍ペンまん丸(いがらしみきお) 1995年4月号 - 1999年4月号
ネオ・ジャパネスクGENPEI(近藤竹史) 1998年No.5/6 - 1998年8月号
ねねね(原作:徒々野雫、作画:萩原ダイスケ) 2016年8月号 - 2016年10月号、2017年3月号 - 2017年9月号、短期集中連載を経て連載化、隔月連載、『ガンガンONLINE』に再掲載
Noesis〜ノエシス〜(喜名朝飛) 1998年9月号 - 1999年1月号
創刊当初は一般には『ドラゴンクエストシリーズ』を中心とし、ゲームとファンタジー要素の強い漫画雑誌と見られていた。しかし実際には、『4コママンガ劇場』と『ロトの紋章』を除けば『ドラクエ』とは関係ない漫画の方が多く、創刊当初の編集長保坂嘉弘は「ゲームに偏るクラス・マガジンが目標ではなく、めざすは『ジャンプ』『マガジン』のような一般少年コミック誌」という考えを打ち明けていた。
だが月2回刊化を前後して『少年ガンガン』に変化が現れる。漫画評論家・伊藤剛は、1990年代中頃からそれまでの漫画とは異質な作品が『少年ガンガン』及び兄弟誌で現れ出したことを実感し、後に編集長を務める松崎武吏は、1995年頃から読者の年齢層が上がって「特定層の好みに傾いてしまった」と語っている。次第に誌面は、少年漫画・少女漫画との枠が無くなり、それぞれの色が混在する独特の雰囲気となっていき、いつしか連載作品は「ガンガン系」「エニックス系(スクウェア・エニックス系)」と呼ばれるようになり、周辺雑誌を含めて連載される作品がそう呼ばれるようになった。