短鎖散在反復配列
Scarpato et al.は、SINEを有することが配列分析により予測された遺伝子が、他の遺伝子よりも大幅に大きいmiRNAによってターゲットされ、ハイブリダイゼーションを受けたことを明らかにした。これは、寄生的なSINEが共選択され、複雑な遺伝子調節ネットワークで役割を果たすよう進化したRNA遺伝子を形成するまでにどのような進化的経路をたどったかを明らかにする。
miRNAは、相補的な塩基対形成によりヘアピンループ構造を形成できる、一般におよそ80ヌクレオチドのより長いRNA鎖の一部として転写される。これらの構造は、核内においてDroshaタンパク質に結合したDiGeorge Syndrome Critical Region 8 (DGCR8) 核タンパク質により認識され、プロセシングされる。この複合体は、細胞質に輸送されるpre-miRNAからヘアピン構造の一部を切断する役割を果たす。このpre-miRNAは、DICERタンパク質によってプロセシングされ、2本鎖22ヌクレオチドの形になる。その後、2本鎖のうち片方がRNA誘導サイレンシング複合体 (RISC) と呼ばれる多タンパク質複合体に組み込まれる。この複合体はターゲットmRNAと相互作用し、翻訳を抑制する能力を持つが、その能力に不可欠なアルゴノートファミリーのタンパク質も複合体にの構成タンパク質に含まれる。