フーズ・フォーラス
被害者の96%がユッケを食べていた。食中毒の発生地域が広範囲にわたることから、原因菌はえびすで発生したものではないとされ、配送前の時点で肉に付着していた腸管出血性大腸菌O-111と判断された。また、店舗で保管されていた未開封の肉からO-111が検出されており、このことからも汚染された肉が店外から持ち込まれたと判断された。被害者の半数から腸管出血性大腸菌O-111が検出され、未開封の肉のO-111と遺伝子パターンが一致した。O-157も検出されたが一部の被害者からだけに留まり、保管されていた肉からも検出されなかったため、O-157は原因菌ではないとされた。フーズ・フォーラスは肉の輸送には関与していなかった。
えびすは大和屋商店から生食用として牛肉を仕入れており、卸元の大和屋商店は埼玉県内の食肉市場から牛肉を仕入れていた。そのため警察は大和屋商店とこの市場に対して家宅捜索を行ったが、菌は検出されなかった。
この事件では、ユッケを調理したえびす、肉を卸した大和屋商店ともに問題が指摘されている。
えびす 客に肉を提供する前にトリミングをしておらず、肉の衛生検査もしていなかった。 各店舗では売れ残ったユッケを翌日も客に提供していた。
大和屋商店 冷蔵庫が小さく、肉が触れ合った状態で保存されていた。 レバー用と、その他の肉用とで包丁及びまな板を使い分けしていなかった。 トリミング処理をしてない肉を、えびすに対して「歩留まり100%で無駄がありません」と言い、生食用として出荷していた。 本来は生食用ではない牛肉を、生食用として卸していた。