リヨン駅
1988年6月27日、近郊列車ホーム(現・RER D線ホーム)で列車衝突事故が発生した。リヨン駅行きの近郊列車で、降車駅を間違えた乗客の一人が非常ブレーキを作動させ、その復旧の際に列車の運転士(ダニエル・ソラン、当時42歳)と車掌(ジョン・ボベ)がブレーキ管のバルブを不正に操作したため、全車両のうち3分の1程度しかブレーキが作動しない状態になっていた。運転士はリヨン駅に近づいたところで異常に気づき無線で列車指令に報告したが、このとき列車番号を正確に伝えるのを忘れたため、指令は異常を起こしたのがどの列車か把握できていなかった。このためポイントを操作して無人の側線に入れるなどの対応もできないまま、列車は地下ホームに進入し、ホームで発車を待っていた別の列車と正面衝突した。この結果、乗員乗客計56名が死亡し、57名が重軽傷を負った。
同年、世界最長距離を運行した列車「オリエント・エクスプレス '88」が当駅より発車した。海上航送を除いて実際に同一軌道上を運行されたのは香港までであったが、リヨン駅の行先標には「TOKIO」すなわち東京と表示された。
1995年にRER D線のリヨン駅 - シャトレ・レ・アル駅間が開業し、地下の近郊列車ホームはD線ホームとなった。1998年にはメトロ14号線が開業した。
2018年11月、日本文化を紹介するイベント「ジャポニスム2018」の一環として、駅構内に期間限定ショップが設営され、駅弁などの販売が行われた。