南禅寺
金地院 - 南禅寺の塔頭のひとつで、勅使門の手前右側に位置する。応永年間(1394年 - 1428年)、洛北鷹峯(現・京都市北区)に大業和尚が創建し、慶長10年(1605年)頃に一色氏出身の以心崇伝によって現在地に再興された。方丈は伏見城の遺構を慶長16年(1611年)に移築したものという。特別名勝に指定されている庭園は「鶴亀の庭」といわれ、小堀遠州の作である。塀重門として建つ明智門は明智光秀にちなむ門で、大徳寺方丈から明治時代に移築したもの。それまでここに建っていた唐門はもと二条城の唐門で(その前は伏見城にあったという)、崇伝が幕府から賜ったものだが、豊国神社再建にあたり神社に譲られて移築された。国宝の『渓陰小築図』『秋景冬景山水図』を所蔵する。
南禅院 - 亀山上皇の離宮時代の「上の御所」に造られた南禅寺の塔頭で、南禅寺発祥の地といわれる。方丈の庭園は池泉廻遊式庭園で鎌倉時代に作られた庭園であり、京都で一番古いものである。京都三名勝史跡庭園(他には天龍寺庭園、西芳寺庭園)の一つ。一山一寧の墓がある。なお、現在は南禅寺の直轄寺院となっている。
最勝院(高徳庵)
正因庵
天授庵 - 延元4年(1339年)に南禅寺15世、虎関師錬が開山の無関普門の塔所として開いた塔頭。慶長7年(1602年)に細川幽斎によって再興された。
真乗院 - 永享8年(1436年)に山名宗全が香林宗簡の塔所として開いた塔頭である。山名宗全の墓がある。
南陽院 - 豊田毒湛が住した塔頭。