インドネシア共産党
この事件によって、PKI党組織は物理的に解体され、殺害を免れた党関係者も長期にわたって流刑に処せられるなど(インドネシアの国民的作家プラムディヤ・アナンタ・トゥールもその1人である)、当時東南アジア地域で最大の規模を誇ったPKIは壊滅した。また、凄惨な大量殺戮をともなったこの事件についての記憶は、その後もながく民衆の恐怖心とも結びつき、共産党をタブー視する雰囲気をこの国に作り上げた。スハルト政権崩壊後の今日にいたるまで、PKIは再建されていない。一方で同じ共産主義政党でも、闘争同盟を率いたタン・マラカの流れを汲むムルバ党は共産党と激しく敵対し、ムルバ党所属のアダム・マリクは外務大臣や副大統領を務めてASEANの結成に携わるなどスハルト政権を支えた。
9月30日事件後は、事件発生時に北京にいたアジトロープ党中央委員が残党を率いて活動したが、影響力は大幅に低下した。ソビエト連邦で1976年に開催されたソ連共産党第25回党大会には、インドネシア共産党の匿名の代表者が出席。「9月30日事件の大災禍を招いたのは毛沢東主義による党指導の過ち」とする発言を行い、親中路線から親ソ路線への転換を示唆したが、既にインドネシア国内では共産主義がタブー視されるほど敬遠されており大きな意味を持たなかった。