双殻目 (刺胞動物)
粘液胞子の形態に基づく分類体系が用いられているが、これは系統を反映しないことが分かっている。
Suborder Variisporina 腔内寄生性のものが多く、海産魚類に見出されるものが多い。
扁胞子虫亜目 Suborder Platysporina Kudo, 1919 淡水産魚類の組織寄生性のものが多い。
Suborder Sphaeromyxina Lom & Noble, 1984 極糸が短く扁平で先細りになっており、極嚢の中では折りたたまれている。海産魚類の胆嚢に腔内寄生している。
日本産養殖魚の寄生虫として重要視されている属を以下に挙げる。