日本列島
南西諸島の生物相が固有種が多く、種の数が少ないなどの離島の特徴を示すことは、大陸から離れた時代がきわめて古いためと考えられている。陸橋問題では、津軽海峡は鮮新世末まで開いており、対馬海峡は日本海塊開裂時代には開いていたが、その後の中新世末から鮮新世には閉じたと考えられている。
最後の氷期が終わり、マイナス約60mの宗谷海峡が海水面下に没したのは、更新世の終末から完新世の初頭、すなわち約1万3,000年から1万2,000年前である。
現在の日本列島は、地形的には、
樺太、北海道、本州、四国とその周辺島からなる日本列島主弧
九州、南西諸島などからなる九州・琉球弧
北海道東部(千島弧の一部)
伊豆半島(伊豆・小笠原・マリアナ弧の一部)
などからなる。
いずれも、島孤の東側あるいは南側は狭い大陸棚があってその沖は沈み込み帯(海溝・トラフ)であり、海溝型地震が頻繁に発生する。この沈み込み帯に対して全体的には平行に山脈や火山帯が連なっている。その山脈の間や海沿いに細長く盆地や平野が点在している。日本最大の平野である関東平野は例外的に広く、その形成理由は詳しくは解明されていないが、基盤岩の深度が深いフォッサマグナに位置する事や、3枚のプレートが重なっている事などが挙げられる。全般的に地震の発生が多く、起伏の激しい地形が多い。