連合艦隊司令長官
最終的に組織改編を経て海上総隊司令官豊田副武長官時代にはかつて司令部が置かれていた戦艦大和沈没により、陸上に司令部を移動する事となり、終戦時には慶應義塾大学日吉キャンパス地下壕に司令部機能が移動していたが、この時点で駆逐艦雪風や艤装中の航空母艦伊吹・葛城といった数少ない残存水上戦力と掃海部隊を担当し、日本列島内で試験が続けられていた試作戦闘機秋水や紫電改などの新兵器と共に、既に南西諸島を軍事占領し四国沖など日本近海に現れるようになっていたアメリカ海軍空母機動部隊への防空任務を日常任務とし、さらに陸海空の全戦力の投入が予定されていた本土決戦に備える防備体制を整えていた。
島国の海防を担う為にシーレーン維持の重要性が意識され、上層部は海上総隊創設時からははっきりと対潜哨戒活動の重大性を認識し、新開発の夜間戦闘機銀河や東海といった対潜哨戒機を整備したが、その時点で航空燃料が不足するようになっていた為、世界でも先見性の高かったとされる対潜哨戒機の性能を存分に発揮する事ができなかった。前線と本土が分断された太平洋戦争末期に至り、通商破壊への対策と平時における対潜警戒の重要性を認識した高級将校達は、戦後の再軍備後にその戦訓を余すところなく提供し、護衛艦隊を整備した海上自衛隊の体制構築に戦略ドクトリンとして活かされている。
1945年5月には海軍総隊司令部が設置されて連合艦隊司令長官は海軍総司令長官を兼任するように(すぐに逆、つまり海軍総司令長官が連合艦隊司令長官を兼任する、と改訂された)なったため、事実上海軍全部隊を指揮する権限を持つようになった。