メディチ家礼拝堂
壁面を大量の彩色大理石と半貴石で飾り立てるために、トスカーナ大公家は専門の加工工房を設立している(現在のピエトレ・ドゥーレ博物館(英語版)。完成した君主の礼拝堂はフィレンツェでは「商売人(commessi)」の芸術品と呼ばれ、全ての壁面が大理石や半貴石が織りなす複雑な文様で埋め尽くされていた。18世紀、19世紀の訪問者たちからの評判は悪かったが、現在では当時好まれた様式の一例として再評価されている。礼拝堂内部には6個の石棺が安置されているが中は空である。これは、礼拝殿完成後もメディチ一族が地下聖堂に埋葬され続けたためだった。16枚に区分けされた装飾羽目板 (en:Dado (architecture)) には、メディチ家支配下時のトスカーナの紋章が表現されている。壁龕にはメディチ一族の有力者たちを記念する肖像彫刻があり、そのうちフェルディナンド1世の彫刻とコジモ2世の彫刻はピエトロ・タッカ(英語版)の作品である。
ミケランジェロは新聖具室の設計と同時に、新聖具室に葬られるメディチ家の主要な一族の霊廟のために『夜』と『昼(英語版)』、『夕暮(英語版)』と『曙』の装飾彫刻も手がけていた。この4体の彫刻は、後世の彫刻家たちの同デザインの彫刻作品に多大な影響を与えることになった。聖堂右翼廊の新聖具室の隅には聖堂内部に通じる目立たない入り口があるが、現在この入り口は閉鎖されている。
新聖具室には当初メディチ家4名の霊廟が設置されることになっていた。しかしながら計画通りに制作されたのはヌムール公とウルビーノ公の霊廟だけで、残るフィレンツェ君主のマニフィコとジュリアーノの霊廟の制作は着手されることはなかった。制作されたヌムール公とウルビーノ公の霊廟の構成はよく似ており、装飾彫刻はそれぞれ対をなした主題となっている。壁面にある聖母子像もミケランジェロの作品である。聖母子の両横に配されたメディチ家の守護聖人である聖コスマスと聖ダミアンは、モントルソリとモンテルーポの作品である。また、1976年には聖具室の下に、壁にミケランジェロのドローイングがある隠し廊下が発見された。