三根山藩
なお当藩は、諸侯となってからは、参勤交代を行わない定府大名となった。藩庁は三根山陣屋に置かれた。また、藩校入徳館を開校した。
戊辰戦争では宗家に近い立場をとるが、新潟・長岡が相次いで陥落すると慶応4年8月には新政府側に恭順し、続く新政府軍の庄内藩征伐に出兵した。明治元年12月に転封命令が出て、明治2年転封先が信濃国伊那と決定するが、嘆願により差し止めとなった。1870年(明治3年)、藩名が丹後の峰山藩と紛らわしいため嶺岡藩(みねおかはん)と改めさせられる。翌1871年に廃藩置県されて嶺岡県となり、同年中に新潟県に併合された。旧藩主家は華族に列し、子爵となる。
なお、宗家の長岡藩は北越戊辰戦争敗戦後に極度の食糧不足に陥ったため、急遽三根山藩が100俵ほどの義援米を送り届けたが、その義援米の扱いをめぐって長岡藩が人材育成を優先したことが、後に戯曲化されて「米百俵」の美談として世に知られるようになった。