ロタウイルス
2005年にはニカラグアで記録に残る上では最大級の流行が発生した。この前例のない大規模な流行はA群ロタウイルスのゲノムに生じた変異と関連しており、ウイルスは変異を起こす事で住民の間で共有されていた免疫を回避する事ができた可能性がある。同等の大流行は1977年にブラジルでも発生している。
成人下痢症ウイルス(ADRV株)とも呼ばれるB群ロタウイルスは中国で感染者が全世代に渡る、数千人規模の大流行を起こしてきた。この一連の流行は飲料用の水が下水によって汚染されたために発生している。1998年にはインドでもB群ロタウイルス感染症が発生しており、病原ウイルスの株名がCAL株と命名された。流行を起こしてきたADRV株と異なり、CAL株は常在性であるようである。これまでのB群ロタウイルスの流行は特定の地域に限局にしており、例えばアメリカ人はB群ロタウイルスに対して免疫を持たないことが血清調査から示されている。
C群ロタウイルスは散発的に小児の下痢を引き起こしており、小規模の流行が家庭内で生じた事もある。
ロタウイルス性腸炎は軽度から重度の至る疾患で、吐き気、嘔吐、水様性の下痢、軽い発熱を特徴とする。幼児がロタウイルスに感染した場合、症状が現れるまでの潜伏期 (incubation period) は約2日程度である。腸炎は急性経過をとり、発症後しばしば最初に嘔吐が認められ、その後4日から8日程度の重篤な下痢が続く。脱水症状が他の細菌性下痢症に比べ発生しやすく、これはロタウイルス感染症の主要な死因でもある。ロタウイルスによる胃腸炎は、ノロウイルスやアデノウイルスなどによる胃腸炎より重症化しやすい傾向がみられる。
A群ロタウイルスの感染は生涯を通じて起こりうるが、初感染時に通常認められる症状は、2回目以降では軽微、あるいは不顕性である。2回目以降の感染時の症状の減弱は免疫系による防御に由来する。そのため顕性感染は2歳以下の乳幼児で多く、45歳まで年齢を重ねるにつれて減少する。新生児の感染はよくみられるが、軽微か不顕性である事が比較的多く、最も重症化しやすいのは6ヶ月から10歳の乳幼児・小児や高齢者、あるいは免疫不全症患者である。幼少期に獲得する免疫により、ほとんどの成人はロタウイルスに抵抗性である。成人の胃腸炎は通常他の病原体によるが、一方で成人の不顕性感染が集団における感染経路の維持に寄与している可能性がある。また、血液型抗原の分泌状態と腸内細菌叢の構成はロタウイルス感染の感受性に影響を及ぼすかもしれないと指摘されている。
ロタウイルスはAからH群までの8つの種に分かれる。ヒトは主にA群、B群、C群に感染し、特にA群への感染が多い。E群やH群はブタに、D群、E群、F群は鳥類に感染する。A群ロタウイルスはさらに複数の株に分かれ、これを血清型と呼ぶ。血清型はインフルエンザウイルスと同様に2つの表面タンパク質の組み合わせによって命名される。糖タンパク質VP7がG血清型を、プロテアーゼ感受性タンパク質VP4がP血清型を決定する。G型を定義する遺伝子とP型を定義する遺伝子は別々に子孫ウイルスへ継がれるため、様々な組み合わせが生じる。A群ロタウイルスの型の決定には、非定型的なロタウイルスの遺伝子型を決定するために、全ゲノム遺伝子型別 (whole genome genotyping) が用いられることもある。また、ロタウイルスの型の分布は年と地域によって変動する。 ウイルスのタイピングができるようになって、C群ロタウイルスの流行はA群ロタウイルスに比べると遅いことがわかってきており、C群発症例115例の解析では、5~9歳が57%、10~14歳が20%を占めていた。