大村線
キハ40形・47形 - 国鉄時代より普通列車で使用されていたが、2002年に全車他地区へ転出し大村線からは撤退した(上記の「或る列車」「ふたつ星4047」を除く)。
キハ200系・キハ220形 - 1994年に快速「シーサイドライナー」用としてキハ200形5編成10両を新製投入。塗装は他地域のキハ200形と異なり、青色地にドアが赤色であった。その後、他地区への転出や他地区からの転入があり、両運転台形のキハ220形は長崎地区への新製投入はなかったものの2009年から2015年にかけて計4両が長崎地区に転属し、朝と夕のラッシュ時はキハ200形の2両に増結されたり、それ以外の時間帯ではキハ220形同士の2両で運行されていた。2021年3月11日をもって運用終了し転出した。
キハ66・67形 - 2001年10月に筑豊本線・篠栗線の電化に伴い全車が筑豊地区から長崎地区に転入。リバイバル国鉄色車を除きキハ200形に準じた塗装に変更され、快速「シーサイドライナー」や普通列車に使用された。2021年6月30日をもって運転を終了した。