九段下駅
東西線は相対式ホーム2面2線を有し、半蔵門線・新宿線は2面2線の相対式ホームが1面2線の島式ホームを挟む形の合計3面4線を有する地下駅である。東京メトロと都営地下鉄ののりば表示は連番になっている。
現在、2つの社局にまたがる3つの路線はすべて改札内区域を共用しており、中間改札なしで乗り換えが可能となっている。白金高輪駅 - 目黒駅間の東京メトロ南北線・都営地下鉄三田線共用区間を除けば、2014年現在、この両社局の接続駅で改札内乗り換えが可能な唯一の例である。
半蔵門線で相対式ホームの構造の駅は当駅のみである。ただし後述する改札の統合後、押上方面は新宿線の新宿方面と対面の島式ホームになり、厳密には相対式ホームと言えなくなった。東西線のホームは中柱がある。半蔵門線ホームは半蔵門側のみ中柱がなく、それ以外の部分には中柱がある。
2013年から2020年にかけて行われた、3路線の改札の統合については、次節「#改札の統合」を参照。
半蔵門線ホームの駅名標の周りには、皇居のお堀の水面をイメージした「波紋」のデザインパネルが配置されていたが、2015年に千鳥ヶ淵の四季をイメージしたデザインパネルに取り替えられた。各デザインパネルには九段下という地名から、9つの花冠、葉、波紋、雪の結晶が配置されており、表面は釉薬の手法が採用されている。また、1・2番出入口階段付近の壁面には、半蔵門線開業時に「九段下周辺の風景」の鏡面レリーフが設置されている。