父系言語仮説
先史時代の語族の拡散がY染色体ハプログループの拡散と強く相関する顕著な例はいくつかある。
クルガン仮説によって提案されたポントス・カスピ海草原の原郷からのインド・ヨーロッパ人の拡散は、Y染色体ハプログループR1a1のヨーロッパへの拡散に関連していることが示唆される。 R1a1は、インド・アーリア人がインド北部に到着したことも反映している可能性がある。
Y染色体ハプログループLは、現代のイランのある地域に起源を発するエラム・ドラヴィダ語族の初期の父系の拡散を反映している可能性がある。(ただし、エラム・ドラヴィダ語族仮説は、主流の言語学者には受け入れられていない。)
オーストロアジア語族の話者は、ハプログループO1b1 (Y染色体)の頻度が高いことが示されている。例えば、インド東部及び中部のムンダ諸語話者は、隣接するオーストロアジア語族以外の母語話者には見られないほどの高い頻度でハプログループO1b1を有するが、mtDNAハプログループの頻度は言語系統とは無関係のようである。