紀伊神谷駅
1928年(昭和3年)6月18日:高野山電気鉄道の山側の終着駅である神谷駅として開業。
1929年(昭和4年)2月21日:当駅 - 極楽橋間の開業に伴い、終点駅から中間駅となる。
1930年(昭和5年)3月1日:紀伊神谷駅に改称。
1937年(昭和12年3月17日:駅員が極楽橋駅から暴走してきた電車を転轍機の操作により脱線、転覆させる。乗客2人が死亡、12人が重軽傷を負う被害。故意に脱線させなかった場合、電車が谷へ落下して被害が拡大していたと推測されている。
1947年(昭和22年)3月15日:社名変更により、南海電気鉄道の駅となる。
2000年(平成12年)10月:駅業務を子会社の南海ビルサービスに委託。
2009年(平成21年)2月6日:紀伊清水駅、学文路駅、九度山駅、高野下駅、下古沢駅、上古沢駅、紀伊細川駅、極楽橋駅、高野山駅、紀ノ川橋梁、丹生川橋梁、鋼索線とともに近代化産業遺産(高野山参詣関連遺産)に指定される。
2012年(平成24年)4月1日:駅ナンバリングが導入され、使用を開始。
2017年(平成29年)10月22日 - 2018年(平成30年)3月30日:台風21号の影響により上古沢駅構内で道床流出が発生し、高野下駅 - 極楽橋駅間が運転見合わせとなる。橋本駅 - 高野山駅間でバス代行輸送を実施。
2018年(平成30年)3月31日:上古沢駅構内の線路故障の復旧工事が完了し、始発から高野下駅 - 極楽橋駅間の運転を再開。
東の丘を越えた先に古来宿場町だった集落(2020年時点で16世帯24人が在住)があるが、当駅から離れており、駅周辺にはほぼ何も無く自動販売機も設置されていない。このため秘境駅とも言われている。土日祝には、近くにある旧白藤小学校で、カフェの営業がある。なお、当駅は1871年に起こった日本最後の仇討ちともいわれる高野の仇討ちの現場の最寄り駅でもある。
京大坂道
槇尾道(新高野街道)