原核緑藻
原核緑藻の3属は、生態的にそれぞれ異なる特徴を示す。
プロクロロン属は熱帯から亜熱帯域の群体性ホヤ(ウスボヤ科)の体内に細胞外共生(まれに細胞内共生)している(図4)。2019年現在培養は不可能であり、また自由生活性のプロクロロン属は見つかっていない。特異なクロロフィルをもつ別の藍藻(クロロフィル d をもつ)であるアカリオクロリス属 (Acaryochloris) も、最初は群体ホヤから見つかったが、培養可能であり、自由生活性のものものも見つかっている。
プロクロロトリックス属はプランクトン性であり、ヨーロッパ北部の富栄養淡水または汽水域から見つかっている。
プロクロロコッカス属は、近縁な藍藻であるシネココックス属 (Synechococcus)とともに貧栄養域の海洋(低緯度の外洋)に大量に生育しているピコプランクトンであり、このような環境における最も重要な生産者となっている(図5)。細胞密度はときに 1,000,000細胞/mL 以上に達することがあり、地球上で最も個体数が多い生物であるともいわれる。このような環境では、光が強い水面付近から、照度が水面の0.1%程しかない水深 (150–200 m) までプロクロロコッカス属が生育しており、この中で遺伝的に異なる系統のものが住み分けていることが知られている。表層に生育する強光型は DV-Chl a/b比が高く、深層に生育する弱光型では DV-Chl a/b比が低い。このように大量に生育するプロクロロコッカス属は、シネココックス属とともに、海洋の一次生産の約25%を担っていると考えられている。