林野庁
1999年、小渕恵三内閣のもとで、中央省庁等改革基本法による行政改革の一環として府省の一部事務と組織を独立行政法人に移管する政策が進められた(独立行政法人化)。林野庁については1999年中に施設等機関の森林総合研究所と林木育種センターを独立行政法人(非公務員型)に移行させる個別法が成立。2001年4月1日、独立行政法人森林総合研究所と林木育種センターが設立された。
国が所有する森林原野は国有林野または単に国有林とよばれ、林野庁はその管理経営を掌る。国有林野の経営管理は国有林野事業と呼ばれ、伐採、造林、林道建設、治山事業、森林維持管理および林産物の生産・販売などから成る。国有林野の管理経営に関する法律が、事業の基本計画や国有林野の貸付け、売払い等に関する事項を定め、また同法第4条第1項に基づいて「国有林の管理経営に関する基本計画」を農林水産大臣が定める。計画は10年を一計画期間とし、5年ごとに改定される。「国有林野事業を国有林野の有する公益的機能の維持増進を基本としつつ企業的に運営し、その健全な発達に資するため」、国有林野事業特別会計により一般会計から区分して経理されていた(改正前の特別会計に関する法律第158条)。同特別会計は、2012年6月に成立した「国有林野の有する公益的機能の維持増進を図るための国有林野の管理経営に関する法律等の一部を改正する等の法律」により、2016年度限りで廃止され、事業の経理方式は一般会計へ移行した。
林野庁長官(根拠法: 法律第29条)
林野庁次長(政令第94条)
森林保険は火災、気象災害及び噴火災害によって森林に生じる損害を、国が保険者となり填補することを目的とした保険である。森林保険法(昭和12年3月31日法律第25号)が規定する。被保険者は民有人工林の所有者に限られる。国営の、森林国営保険のときは、経理を明確にするため、森林保険特別会計により一般会計から区分して経理いたが、国営廃止により特別会計は廃止された。加入率(加入者の所有人工林の面積を民有人工林の面積で除した数値)は2009年度は13.3%(1,058千ha)となっている。林業の縮小に伴い、1984年(昭和54年)の32.2%(2,411千ha)をピークに以後一貫して減少を続け、現在も漸減傾向にある。 最新の統計では2020年における加入している森林の面積は614,560haとピーク時の4分の1となっている。加入率は、保険加入面積の時点での民有人工林の面積のデータがまだ公表されていないため算出不能であるが、2017年3月31日現在の6,569千haで計算すると9.3%になる。
2006年の行政改革推進法成立以降、林野庁は国営を廃止し独立行政法人又は民間保険会社に移管することの検討を行い、森林国営保険法等の一部を改正する法律(平成26年4月16日法律第21号)により、2015年4月1日から国営から国立研究開発法人森林総合研究所による運営に移行した。なお国立研究開発法人森林総合研究所は、2017年4月1日に国立研究開発法人森林研究・整備機構となった。改正により根拠法も森林国営保険法から森林保険法に題名が改正された。