ホージャ
カシュガル・ホージャの中にはハーン(ハン)に即位し、「ハーン・ホージャ」と呼ばれる者も現れた。教団はカシュガルのアーファーキーヤ(白山党)とヤルカンドのイスハーキーヤ(黒山党)に分かれて正統性を争い、ハン国の王位継承問題に介入した。両都市のホージャは17世紀にジュンガル、18世紀に清の攻撃を受け、1760年にカシュガル・ホージャ家は清によって打倒された。
カシュガル・ホージャ家の生き残りはコーカンド・ハン国に逃れ、この地で保護を受けた。コーカンド・ハン国は交易の拠点であるカシュガルを統制下に置くため、カシュガル・ホージャを保護し、ホージャたちの軍事作戦を支援した。ホージャ家の人間はしばしば清の支配下に置かれていたカシュガルに侵入するが、いずれの軍事作戦は失敗に終わる。1864年にコーカンド・ハン国のヤクブ・ベクはホージャ家のブズルグを擁立してカシュガルを攻撃し、翌1865年にブズルグを殺害して独立した政権を築いた(ヤクブ・ベクの乱)。