第三セクター鉄道
特に国鉄・JRの特定地方交通線転換の第三セクター鉄道は、路線の距離に応じた転換交付金を受給しており、これを基金として運用し、赤字を埋め合わせることを想定していた。しかし、バブル景気崩壊後のゼロ金利政策によって、基金の運用益が減少したことが打撃となっている。転換交付金による基金が枯渇する事業者も現れ、赤字を負担するか路線廃止を迫られている。
大都市の新規通勤路線の場合は比較的大きな需要を見込んでいるが、高架線・地下線・トンネルなど建設費が膨大となり、開業時に巨額の債務を背負うこととなる。そのため、沿線の都市化が予測通りに進まない、割高な運賃が敬遠されるといった理由から、利用が低迷するとたとえ大都市路線であっても債務の償還が困難となる。なおこのような路線の多くでは利用客に恵まれていて営業損益としては黒字であったとしても開業時に発生した巨額の有利子債務の返済に追われるために経常損益としては赤字となることが少なくなく、また変動金利を採用している場合では時の景気状況や金融政策によって支払利息が数億~数十億円単位で変動しうるため、それまでが黒字状態であってもごくわずかな金利の変動で赤字に転落する可能性がある。
こういった理由から、経営の改善が見込めないとして鉄道経営から撤退する事業者も出ている。特に2000年以降、鉄道事業の廃止が認可制から届出制になり、廃止手続きが容易になったことも大きい。
釧路開発埠頭(1997年廃止、2000年解散)
八戸臨海鉄道
仙台臨海鉄道
福島臨海鉄道
秋田臨海鉄道(2021年廃止)
新潟臨海鉄道(2002年廃止)
鹿島臨海鉄道(大洗鹿島線は日本鉄道建設公団建設線<鹿島線>。鹿島臨海鉄道および鹿島臨港線は大洗鹿島線引き受け以前より存在)
京葉臨海鉄道
神奈川臨海鉄道
名古屋臨海鉄道
衣浦臨海鉄道
水島臨海鉄道★(旅客輸送あり)
道南いさりび鉄道 ※(北海道新幹線に並行する江差線の木古内 - 五稜郭 37.8kmを転換)
青い森鉄道★(第2種鉄道事業者、東北新幹線に並行する東北本線のうち青森県内の目時 - 青森 121.9 km を転換)
IGRいわて銀河鉄道 ※(東北新幹線に並行する東北本線のうち岩手県内の盛岡 - 目時 82.0 km を転換)
しなの鉄道 ※(北陸新幹線に並行する信越本線のうち長野県内の軽井沢 - 篠ノ井 65.1 km 、および長野 - 妙高高原37.3kmを転換)
えちごトキめき鉄道 ※(北陸新幹線に並行する信越本線のうち新潟県内の妙高高原 - 直江津 37.7 km、および北陸本線のうち新潟県内の直江津 - 市振 59.3kmを転換)
あいの風とやま鉄道 ※(北陸新幹線に並行する北陸本線のうち富山県内の市振 - 倶利伽羅 100.1kmを転換)
IRいしかわ鉄道 ※(北陸新幹線に並行する北陸本線のうち石川県内の倶利伽羅 - 金沢 17.8kmを転換)
肥薩おれんじ鉄道 ※(九州新幹線に並行する鹿児島本線の八代 - 川内 116.9 km を転換)