序章 (X-ファイルのエピソード)
アメリカ合衆国オレゴン州ベルフルールに住む、高校生のカレン・スウェンソンが森の中に入っていく様子が目撃された。カレンが穴に落ちたとき、何者かが彼女に近づいた。その瞬間、2人は謎の光に包まれた。後日、警察によってカレンの死体が発見された。奇妙なことに、彼女の背中には小さな2つの痣がついていた。
FBIのダナ・スカリー特別捜査官はスコット・ブレヴィンス課長に呼び出された。その場には、政府の重鎮と思われる男性(シガレット・スモーキング・マン)が同席していた。ブレヴィンス課長はスカリーにX-ファイル課への移動を命じた。X-ファイル課はFBI内部でも存在が知られていない部署で、超常現象とされる事件の捜査に当たる部署であった。そこには、FBIで変人と噂されるフォックス・モルダー特別捜査官がいた。ブレヴィンス課長は科学の知識を豊富に持っているスカリーがX-ファイルを否定することを望んでいるようだったが、はっきりとその目的を口にすることはなかった。
スカリーはモルダーに自己紹介した後、モルダーからスウェンソンの事件に関する見解を聞くことになった。モルダーが言うのは、カレンの高校では奇怪な状況下で3人の死者が出ており、カレンは4人目の犠牲者だという。また、スウェンソンの死体からは未知の化合物が検出されたという。これらを受けて、モルダーはスウェンソンの死が地球外生命体の活動によるものだと結論付けた。しかし、懐疑主義者であるスカリーはモルダーの主張に納得することができなかった。
モルダーとスカリーはスウェンソンの事件を捜査するために、ベルフルールへと向かった。2人が乗った自動車が、町の近くの森の中を走っていると、カーラジオが原因不明の機能不全を起こした。