村上源氏
源顕房長男・源雅実は源氏として初めて太政大臣となる。その後、天皇の外戚の地位は藤原氏閑院流に奪われて源氏の勢力は後退する。
鎌倉時代になり、中院流嫡流の源通親は九条家に対抗し後白河法皇・後鳥羽上皇の院政下で活躍し、土御門天皇の外祖父として権勢を振るった。
通親の子・源通光以降は久我を家名とした。足利義満が太政大臣となるまでは清華家である久我家・堀川・土御門・中院の4家が交互に源氏長者を世襲したが、室町時代に堀川・土御門両家が断絶し、久我・中院両家の世襲となる。
久我家からは大臣家となる中院家やその分家筋である北畠家、岩倉家、六条家の分家である千種家のほか、合計10家の堂上家を輩出した。南北朝期の北畠親房と顕家父子と千種忠顕、幕末の岩倉具視も村上源氏の支流にあたる。
その一方、村上源氏雅兼流と自称した名和氏や、同じく村上源氏季房流と自称した室町時代の守護大名赤松氏(および奥平氏)など、村上源氏の後裔と称する武家も数多く存在する。