野田郡
大政奉還後の慶応4年(1868年)4月12日、箱館裁判所(閏4月24日に箱館府と改称)の管轄となり、明治2年(1869年)北蝦夷地を樺太州(国)と改称、同年開拓使直轄領となった。翌、明治3年(1870年)樺太開拓使領となったが、明治4年(1871年)北海道開拓史と再統合し開拓使直轄領に復した。同年8月29日、廃藩置県を迎える。このころ行われた文明開化期の事象としては、神仏分離令、壬申戸籍編製、散髪脱刀令、平民苗字必称義務令公布などが挙げられる。アイヌは百姓身分だったため、平民となった。明治8年(1875年)、樺太千島交換条約によりロシア領とされた。同条約第六款において、オホーツク海及びカムチャツカ半島周辺で日本人の漁業権が認められており、露領時代は西能登呂岬より久春内まで、西海岸漁区の範囲に含まれた。
江戸時代になると、西蝦夷地に属し慶長8年(1603年)宗谷に置かれた役宅が樺太を管轄、貞享2年(1685年)宗谷場所に含まれた。宗谷で生活必需品の入手が可能となり、アイヌは和人地に赴かずに済むようになった。元禄13年(1700年)、松前藩から幕府に提出された松前島郷帳に「のたしやむ」の記載が見える。宝暦2年(1752年)ころからシラヌシ(本斗郡好仁村白主)にて交易が始まり、寛政2年(1790年)松前藩が樺太商場(場所)を開設。場所請負人は阿部屋村山家。トンナイ(ホントケシ、本斗郡本斗町)に藩の出先機関の機能を兼ねた運上屋があり、住民に対する撫育政策としてオムシャなども行われた。幕末ころになると、拠点はエンルモコマフ(真岡)に移ったようである。当時の地方行政の詳細については、場所請負制成立後の行政および江戸時代の日本の人口統計も参照。 場所請負人は、寛政8年から大阪商人・小山屋権兵衛と藩士・板垣豊四郎、翌9年からは板垣豊四郎が単独となる。 寛政12年(1800年)松前藩、カラフト場所直営。直営時代は藩士・高橋荘四郎と目谷安二郎が管理し、兵庫商人・柴屋長太夫が仕入れを請負った。
第一次幕領期
文化4年(1807年)発生した文化露寇を受け、樺太を含む西蝦夷地が公議御料(幕府直轄領)となった(〜1821年、第一次幕領期)。
鎌倉時代、蝦夷管領・安東氏が唐子と呼ばれる蝦夷(アイヌ・唐子)を統括(『諏訪大明神絵詞』)。中世の安東氏は、奥州藤原氏を引き継ぐ陸の豪族であるとともに安藤水軍を擁しており、十三湊を拠点とし日本海北部を中心にかなり広範囲にわたって活動していたという(『廻船式目』)。また、蝦夷社会で騒乱がおこると、しばしば津軽海峡以北に出兵ていたという。
室町時代になり、安東水軍は関東御免船として活動、和産物を蝦夷社会へ供給し、北方産品を大量に仕入れ全国に出荷していた(『十三往来』)。応永年間になると、「北海の夷狄動乱」を平定した安東氏は日之本将軍と称した。
15世紀末になると、唐子は安東氏の代官武田信広の配下となる(『福山秘府』)。唐子は北海道日本海側や北海岸および樺太南部に居住し、十三湊や渡党の領域まで赴いて生活必需品などを入手(城下交易も参照)していたという。