札幌農学校
1910年(明治43年)、小樽高等商業学校が設置され、北海道で農学と商学という複数の高等教育が受けられるようになった。しかし高等商業学校は大学予科と同レベル(大学予科と小樽高商で定期戦開催)であり、帝国大学とは格差があった。
東北帝国大学では1911年(明治44年)1月に理科大学が設置され、翌1912年(明治45年)4月1日に仙台医学専門学校が医学専門部(後に医科大学)として仙台高等工業学校(1906年(明治39年)設立)が工学専門部として包摂されるなど仙台での東北帝大拡充が続いた。
東北帝国大学理科大学新設と同じ1911年(明治44年)1月に、九州帝国大学が設置された。また同年4月には京都帝国大学の福岡医科大学が九州帝国大学に移管され、工科大学も新設された。
九州では京都帝国大学から独立して分科大学も複数設置されたのに対し、北海道での高等教育は従来の農学以外には広がらず、この時点で東北帝国大学からの独立も実現しなかった。このため北海道帝国大学設立の運動が再燃し、1911年(明治44年)に3度目となる「北海道帝国大学設立建議」が帝国議会にあげられた。採択はされたものの、この期にも北海道帝国大学設立には至らなかった。
その後、第一次世界大戦が始まって日本が好況に入ると風向きが変わり、大学令公布(1918年(大正7年)12月6日)に伴う各帝国大学の分科大学制から学部制への改組に先立って、仙台と札幌に分かれている東北帝国大学は各都市毎に分かれることになった。
1903年(明治36年)、札幌農学校は現在の札幌市北区北11条西6丁目(現在の北海道大学教育学部付近)に移転した。この年の年末の札幌区の人口は55,304人、北海道の人口は99万4300人。
日露戦争が終結した1906年(明治39年)6月には、札幌農学校を農科大学に昇格、新設予定の理工科大学と大学予科と合わせて「北海道帝国大学」とする案が文部省に陳情されたが、これは同時期に帝国大学設置を要望していた東北選出の代議士に反発された。この結果、札幌に新設予定だった理科大学を宮城県仙台市に設置することに変更し(仙台理科大学)、札幌と仙台の分科大学を併せて帝国大学とする折衷案を政府に要求することになった。
1907年(明治40年)9月1日、札幌農学校は東北帝国大学農科大学に改称した(勅令236号)。
東北帝国大学は札幌と仙台の分科大学をもって運営される予定であったが、1907年当時の仙台では本部を含めた建物すら建造されていない状態であった。このため、仙台の大学本部並びに理科大学が開設されるまでの間、札幌の農科大学のみで運営することを前提とした「東北帝国大学農科大学官制」を施行することとし、農科大学長の佐藤昌介が東北帝国大学の総長としての職務も代行することとなった。