特殊作戦執行部
当初のSOEには中央管理機関が存在せず、財政、保安、経済、研究などの業務はそれぞれのセクションが各自実施した。ガビンズが部長に就任すると、こうした管理が分散した構造の改善が図られ、各業務のうち一部が統合されたほか、各セクションごとの資源や人員、要望などを監督する責任担当官を任命している。
SOE部長の元には次長(Deputy)と参謀長(Chief of Staff)の職が配置され、いずれも陸軍将校から選出された。SOEの管理・制御を担当する組織としては評議会(Council)が設置されており、各部局の長など幹部15名が委員を務めた。委員の半数は軍人で、残りは文官や法律家、実業家、学者などであった。
またロンドンより遠く離れた場所での任務を指揮するため、いくつかの現地司令部も設置された。中東やバルカン半島における作戦はカイロ本部から指揮されたが、内部抗争や他機関との縄張り争いの影響を強く受けていたカイロ本部は保安体制の劣悪さで知られていた。カイロ司令部は1944年4月に特殊作戦部隊(地中海)(Special Operations (Mediterranean), SO(M))と改称された。その後、南イタリアのバリにてフォース133(Force 133)として知られるカイロ本部の支部が設置された。フォース133ではバルカン半島および北イタリアでの作戦を指導した。
非公式要員(Non-official cover)のエルジュビェタ・ザヴァツカ(英語版)やヤン・ノヴァク=イェジォランスキ(英語版)はジブラルタルから占領下ヨーロッパへの連絡経路を確保した。マチェイ・カレンキェヴィチャ(英語版)はポーランドに降下したものの、ソ連邦によって殺害されている。またフォックスレイ作戦にもポーランド人エージェントが参加する予定だった。
SOEとポーランド国内軍の協力の結果、1942年6月にはホロコーストに関する最初の情報がロンドンへともたらされている。国内軍幹部ヴィトルト・ピレツキはSOEとの共同によるアウシュヴィッツ収容所解放作戦を立案したが、イギリス側はこの作戦を達成不可能なものとして却下している。実際に行われた共同活動ではV2ロケット、東部戦線の独軍戦力配置、ソ連邦によるポーランド市民の弾圧(英語版)などに関する情報が入手されている。
ワルシャワ蜂起の折にはイギリス空軍所属の特殊任務戦闘隊(Special Duties Flights)が支援の為に派遣された。しかし付近に展開していた赤軍は協力を拒み、ワルシャワ近郊に位置する赤軍の飛行場は特殊任務戦闘隊が修理の為に着陸許可を求めてもこれを認めなかった。さらに赤軍側の航空機に攻撃を受けることもあったという。最終的に、反乱軍は200,000人以上の戦死者を出して敗北した。
SOEではサボタージュ工作に投入するべく、リムペットマインや成型炸薬、時限爆弾など、多種多様な爆発物を開発した。これらはコマンドスでも利用された。プラスチック爆弾の研究も盛んに行われた。アメリカではかつてプラスチック爆弾の呼称としてフランス語のPlastiqueを用いていたが、これはSOEがフランスへの投下を前提として製造したパッケージをそのままアメリカにも提供していたことに由来する。プラスチック爆弾は作戦用途に応じた成形が非常に簡単で、また爆破には強力な起爆装置が必須であった為に保管・運搬時の安全性も高かった。車爆弾から鼠爆弾まで、SOEが投入したほとんどの特殊工作用爆弾には成形されたプラスチック爆弾が用いられていた。
その他のサボタージュ用機材として、研磨剤を混入した潤滑剤や偽装焼夷弾、牛や象の糞に偽装した地雷なども用いられたほか、機関車を破壊する為に石炭堆積場に爆発物を混入するなどの活動も行われた。あるいは大型ハンマーを用いて工業機械用の鋳型を破壊するなど、より単純な機材によるサボタージュもあった。
SOEは訓練、研究、指揮などの用途のために多数の施設を保有していた。多くは接収されたカントリー・ハウスなどの不動産を転用していた為、「SOEとは『英国のステイトリー・ホーム』(Stately 'omes of England)の略称だ」という冗談も生まれた。
ロンドン中央部(英語版)に設置された仮本部を経て、1940年10月31日よりベイカー街64番地にSOE本部が設置されている。SOEが存在した期間、ベイカー街西側の建物の大多数はSOEによって何らかの施設として使用されていた。
武器装備および特殊機材の研究開発はザ・ファース(The Firs)の通称で知られるMD1本部(バッキンガムシャー・アリスバーリー近く)やステーションIX(英語版)(ウェリン・ガーデン・シティ郊外)で行われた。ステーションIXは接収されたホテル内に設置されており、相互勤務調査局(Inter-Service Research Bureau, ISRB)の秘匿名称で呼ばれていた。ステーションXII(ハートフォードシャー・スティーブニッジ近く)も元々は研究開発を担当する部局だったが、後に製造および保管を主な役割とするようになった。
ステーションXV(ボアハムウッド(英語版)近く)はザッチド・バーン(英語版)というホテル内に設置されていた。ステーションXVでは偽装に関する装備の研究および開発が行われており、エージェントを潜入地の住民に紛れ込ませる為の衣類の調達なども担当していた。
上記のような最新鋭の特殊機材のほか、SOEではいくらか前時代的な装備も使用されていた。例えばカルトロップ(西洋式の撒菱)は自動車のタイヤを破壊したり、あるいは人間を足止めする為に使用され、焼夷弾頭付の矢を発射する為にクロスボウが用いられることもあった。
その他、ペン型爆弾やパイプたばこ型拳銃などの特殊機材も開発されたが、これらが作戦に投入されたという記録は残っていない。
戦時中にSOEが開発した戦術および技術を現在のテロ組織が参考にしていると多くの解説者が指摘しており、今日のテロリストが使用する主な戦術や技術はSOEによって開発されたものだと考えられている。
アルバニアは1923年以降イタリアの強い影響下にあり、1939年にはイタリア陸軍が進駐し全土を占領した。1943年、ギリシャ北東部より小規模な連絡部隊がアルバニアに潜入した。アルバニアで活動したSOEエージェントとしてはジュリアン・アメリー(英語版)、アンソニー・クエイル、デイヴィッド・スマイリー(英語版)、ニール・マクレーン(英語版)などが知られる。当時のアルバニアではエンヴェル・ホッジャ率いる共産派パルチザンと共和派の国民戦線(英語版)(Balli Kombëtar)が内戦状態にあったが、国民戦線はかつてイタリア占領軍に協力していたため、連合国ではホッジャへの支援を決定している。
アルバニアにSOEが使者として派遣したエドムント・"トロツキー"・デイヴィス(フランス語版)准将は、1944年初頭ドイツ軍に逮捕された。SOE職員の一部は、ホッジャの目的がドイツとの闘争ではなく戦後の権力確保にしかないと報告した。これは無視されたが、結局アルバニア側が何らか大規模な対独抵抗を展開することはなかった。