プロディプロキノドン
Mookはプロディプロキノドンがアリゲーター科とクロコダイル科の両方の特徴を兼ね備えていることから、2科の祖先である可能性を提唱した。しかし、Mookは現生のクロコダイル類に認められるプロディプロキノドンに見られる特徴のうちいくつかが収斂進化に起因する可能性も指摘していた。このため、プロディプロキノドンはアリゲーター亜科の属として提唱された。
プロディプロキノドンが系統解析の内群として扱われたのは1996年が初めてのことであった。当該の研究では、プロディプロキノドンはアリゲーター亜科(英語版)が持つ7個の明確な共有派生形質を全て欠いていたためアリゲーター亜科から除外されることとなった。1996年の研究によれば、プロディプロキノドンをアリゲーター亜科から除外した形質の例としては、前上顎骨と上顎骨の間に明瞭な外側の狭窄が存在すること、鼻骨と涙骨が接すること、物体を破砕する強靭な歯を口器の後側に持たないことが挙げられる。