畿内・近国の戦国時代
10月5日 松永久秀、義昭と信長に出仕。
10月10日 幕府と織田軍、大和国に侵攻。
10月14日 義昭、芥川山城から上洛。
10月18日 義昭将軍宣下。義昭、畿内の守護を再編。
10月24日 義昭将軍宣下の祝賀能が開かれる。信長、義昭より桐紋・引両を拝領する。
12月28日 三好三人衆、松永久秀方の和泉国・家原城を攻落する。
永禄12年(1569年)
1月5日 三好三人衆、本圀寺の足利義昭を攻撃(本圀寺の変)。
1月6日 三人衆と義昭方の後詰勢が桂川で合戦。三人衆、京都より撤退する。
1月14日 織田信長、「殿中御掟」を定める。
2月27日 信長、義昭の御所修築を始める。
2月28日 信長、京都に撰銭令を発する。
3月1日 信長、摂津・天王寺に撰銭令を発する。
3月16日 信長、京都及びその近郊に撰銭令を発布する。
4月8日 信長、キリシタンに洛中居住を許可する。
4月15日 義昭、キリシタンに洛中居住を許可する。
4月20日 京都で朝山日乗とルイス・フロイスが宗論を行う。
4月25日 正親町天皇、宣教師追放の綸旨を発布。
4月 顕如と朝倉義景が和睦。
5月 信長、禁裏の修造を始める。
8月28日 信長、北畠氏の伊勢・大河内城を包囲(大河内城の戦い)。
8月 毛利元就、義昭に出兵を要請。信長、播磨・但馬両国に木下秀吉・坂井政尚を派遣し但馬守護・山名氏を攻撃させる。
10月4日 信長と北畠氏、和睦し北畠具教が伊勢大河内城から退城する。織田信雄、北畠家の家督を相続する。
10月6日 信長、伊勢神宮に参詣。
10月17日 信長、岐阜より上洛も早々に帰国。
11月 伊賀で惣国一揆が成立。
12月28日 信長、京都に撰銭令を発布。
享禄5年/天文元年(1532年)
1月22日 三好元長、京都・下京で柳本甚次郎を攻撃し討ち取る。
3月3日 細川晴元、元長と義絶。
6月18日 畠山義尭、一向一揆に攻められ誉田城で自刃。
6月20日 証如、細川晴元の求めに応じて堺に出兵。元長、堺・顕本寺で自害。
6月 足利義維、晴元に拘束される。「堺幕府」崩壊。
7月16・17日 一向一揆、大和に乱入し南都七郷を焼き討ちにする。
7月29日 天文改元。
8月4日 晴元方の木沢長政、一向宗の摂津・浅香道場を放火。
8月17日 足利義晴、桑実寺に「桑実寺縁起絵巻」を奉納。
8月23日 晴元方の六角氏・法華宗徒、山科本願寺を攻撃。山科本願寺焼亡。証如、大坂に逃れる(山科本願寺の戦い)。
9月7日 山崎口で法華宗徒・丹波勢が一向宗徒・摂津勢と交戦。一向宗徒・摂津勢勝利。
9月12日 細川晴国、丹波・鞍馬口に着陣。
10月 京都近郊で半済実施運動が起こる。
12月7・14日 祇園祭、降雪の中執行される。
12月14・15日 堺で大火。4千軒焼失。
12月22‐24日 摂津国衆、本願寺から離反。富田を始め摂津国内の一向宗諸道場を放火する。
12月 京都で徳政一揆起こる。
天文2年(1533年)
2月10日 細川晴元、一向宗徒に敗れ淡路に逃亡。
3月20日 大和国の塗師・松屋久政、最古の茶会記『松屋会記』の執筆を始める。
3月29日 木沢長政と法華宗徒、摂津・伊丹城で一向宗徒を破る。
4月21日 足利義晴、六角定頼・義賢の観音寺城に御成。
4月24日 宗碩、長門国で客死する。
4月 法華宗徒、大坂本願寺を攻撃。
4月 足利義晴、阿波守護・細川持隆に出兵を要請。阿波勢渡海。
永正18年/大永元年(1521年)
1月28日 赤松義村、浦上村宗方の御着城を攻撃。
2月12日 高野山・金剛峯寺で大火。
3月7日 義稙、淡路に出奔。
3月22日 後柏原天皇、践祚後21年目にして即位式を行う。
4月 赤松義村と浦上村宗が和睦。
5月 畠山尚順、紀伊への再入国を企図。
7月6日 足利義澄の遺子足利義晴、細川高国に擁立され上洛。
8月23日 大永改元。
9月17日 村宗、義村を自害させる。
10月 山城で大地震。
11月1日‐4日 住吉法楽千句開催。三条西実隆、宗碩、宗牧ら出席。
11月4日 高国、丹波・柳本賢治の討伐を企図。
11月30日 高国方、丹波で敗れる。
12月1日 幕府、京都に徳政令を発布。
12月25日 足利義晴、将軍宣下。
大永2年(1522年)
2月16日 播磨国鵤荘荘民ら、浦上村宗の播磨・備前・美作3ヶ国静謐に関する礼銭要求を拒否する。
3月26-29日 細川高国、「県召除目」を25年ぶりに復活させる。
4月3日 足利義晴、六角定頼宿所に御成。
7月17日 畠山尚順、淡路国で死去。
10月 但馬の山名誠豊、播磨に侵攻。
大永3年(1523年)
3月9日 梅本坊の公事。京極高延、浅見氏らの支援により家督を相続。京極高清・高吉父子没落。
4月9日 足利義稙、阿波で死去。
4月 細川高国と大内義興の遣明使、寧波で争う(寧波の乱)。
10月 山名誠豊、但馬から撤退。
12月16日 足利義晴、播磨守護代・浦上村宗の宿所に御成。
大永4年(1524年)
4月19日‐5月3日 三条西実隆、住吉大社・四天王寺・高野山へ参詣の旅に出る。
三好長慶・木沢長政・波多野秀忠を供として義晴に出仕。
閏10月 晴元、法華宗徒の洛中徘徊と寺院再興を禁止。
11月19日 晴元、長慶邸に御成。
11月 義晴と六角定頼が和睦。
天文6年(1537年)
1月3日 京都五町組、足利義晴に初の年頭拝礼。
12月 足利義晴、大内義隆に上洛を要請する。
天文7年(1538年)
3月 京極高慶・六角定頼と京極高広・浅井亮政が近江・佐和山で合戦。
4月4日 丹後海賊衆、越前・敦賀郡を攻撃。
5月 六角定頼、近江北郡に出兵。
6月 尼子氏、播磨に侵攻。
7月9日 大坂寺内町、細川晴元から諸公事免許・守護不入権を獲得する。
7月29日 足利義晴、細川晴元亭に御成。
7月 播磨守護・赤松晴政、淡路に出奔。
7月 遊佐長教、畠山政国を南河内守護に迎える。
8月 畠山稙長と尼子晴久が共闘し上洛作戦を計画。
9月21日 近江北郡の浅井亮政、徳政令を発布。
9月 肥前国の大村純前、飛鳥井雅綱邸で蹴鞠を興行。
11月 尼子晴久、播磨国三木城を攻撃。
天文8年(1539年)
4月8日 赤松晴政、阿波細川氏・三好氏と共に明石に上陸。
6月 三好長慶、細川晴元に河内十七箇所の代官職を望むも拒否され関係が悪化。
閏6月-7月 奥州探題・大崎義直派遣の使節団が上洛。南部氏、葛西氏が参加。
7月28日 晴元と長慶、足利義晴と六角定頼の仲介により和睦。
7月 幕府、土倉の要求を受け入れ徳政を停止。
8月 近畿で大洪水。
10月18日 足利義晴、定頼邸御成。
12月 尼子晴久、再度播磨国に侵攻。
天文9年(1540年)
2月 堺に出奔中の赤松政村、足利義晴に尼子氏との和睦の仲介を求める。
3月 六角義賢、北伊勢に出兵。
畠山氏・根来寺とともに反三人衆方として活動を始める。
4月12日 義継と松永久秀、多聞山城に入城。
4月18日 六角氏式目制定。
8月27日 紹巴、帰洛。
8月 織田信長、伊勢北部に出兵。
10月7日 永禄の政変の犠牲者を悼むため安芸より人形武者600人が上洛し、真如堂で風流を行う。
10月10日 東大寺大仏殿の戦い。義継・久秀と三好三人衆が奈良で市街戦。東大寺大仏殿全焼。
11月16日 朝廷、義栄の将軍宣下を拒否。
11月22日 義昭、一乗谷に移動。
12月 足利義昭、朝倉義景と加賀一向一揆の和睦仲介を行う。
永禄11年(1568年)
2月8日 足利義栄、将軍宣下。
2月 織田信長、伊勢に再出兵し伊勢北部を平定。
5月17日 義昭、朝倉義景亭に御成。
2月26日 津田宗及、堺の自邸にて三好長逸、三好宗渭、三好康長、篠原長房ほか三好氏重臣ら約150人を饗応する。
6月24日 義昭、越前を離れる。
7月24日 義昭、美濃に立政寺に移動。
8月7日 義昭を供奉する信長、義景に近江・佐和山まで出兵を求めるが拒否される。
8月14日 信長、六角氏に義昭上洛の供奉を求める書簡を送る。
8月17日 三好三人衆、近江に赴き六角義賢・義治父子と会談。「天下之儀」について話し合う。
9月7日 信長、美濃から近江に出陣。
9月10日 義栄死去。
9月12日 観音寺城の戦い。六角氏、信長に敗れ甲賀に逃亡する。
9月13日 信長、観音寺城に入城。江南の諸氏、信長に恭順を示す。
9月26日 義昭は清水寺に、信長は東寺へ近江から着陣する。
9月30日 義昭、摂津芥川山城に入城。信長、畿内平定戦を開始。
9月 近衛前久、再び出奔。
10月4日 畠山高政・秋高父子、幕府に出仕する。
明応4年(1495年)11月、畠山義豊(基家改め)の重臣である遊佐弥六が南山城に進出すると、これを敵視した政元は翌明応5年(1496年)8月、配下の赤沢朝経を山城に侵攻させ弥六を撤兵させた。翌明応6年(1496年)、政長の息子である畠山尚順が挙兵すると、これに危機感を抱いた政元と貞陸が歩み寄り、南山城三郡の守護代を朝経が、北山城五郡の守護代を政元の重臣である香西元長が務め、守護伊勢氏を細川氏の軍事力が支えるという体制が確立された。
北陸に逃れた義材は再上洛を目指したが、内衆の中では和睦上洛派と武力上洛派とで路線対立が存在していた。明応7年(1498年)春、義材は畿内に使者を派遣し帰洛交渉を行ったが不調に終わり、武力により上洛を目指すことで意見が一致した。明応8年(1499年)、義尹(義材改め)は朝倉貞景らの助力を得て上洛作戦を実行に移した。南方では尚順が紀伊から河内に進出。義尹も貞景とともに近江まで南下し京都に迫ったが11月、六角高頼が義尹軍に勝利し敗れた義尹は周防に逃亡した。12月には尚順も政元勢に敗れ紀伊に逃れた。
同性愛者で子供のいない政元には後継者がいなかった。そこで文亀2年(1502年)、九条政基の子を養子とした(細川澄之)。しかし阿波の内衆から異論が出されたため、阿波守護・細川義春の子、細川澄元も養子に迎えた。こうして政元は二人の後継者を抱えることになった。
文亀元年(1501年)3月、政基は九条家の荘園の一つ、和泉・日根荘に下向した。戦国期、公家の荘園が在地領主に横領されるなか「家門御下向」として荘園領主自らが荘園支配に乗り出すことがあり、政基も日根荘で直務にあたることになった。公家である政基は自前の軍事力を保持していなかったが、そんな中でも4年弱に亘って荘園経営を行い、永正元年(1504年)12月帰洛した。