秋田戦争
糠塚山を守備していた佐土原兵・久保田兵・本荘兵・福岡兵と交戦し、糠塚山を占領して、安養寺から椿台・椿川方面に攻め込んだ。佐賀藩兵による援軍と新式銃の支給を受けていた鎮撫軍の守備はこれまでになく堅く、9月11日に鎮撫軍が反撃を開始した。激戦の後も決着がつかず、9月12日に庄内三番大隊が長浜に来襲して激戦が繰り広げられた。新政府軍の善戦により、庄内軍が雄物川を渡り敗走する。
この頃の南方情勢として、8月28日に米沢藩が新政府軍に降伏。9月12日に米沢藩の指示により上山藩も降伏し、9月13日に仙北の兵も上山に帰還。9月9日ごろから同盟軍の諸隊が仙台に集結して、城内では連日激論が交わされていた。9月12日、米沢藩から仙台に到着した降伏勧告の使者に説得されて、9月13日には仙台藩も新政府へ恭順することになった。
このため奥羽越列藩同盟軍は総崩れになった。旧幕府艦隊を率いた榎本武揚と新撰組副長の土方歳三は、仙台藩に見切りを付けて函館に渡った。この状況下にあって、9月14日に庄内軍は軍議を開き、庄内に撤退して自領防衛に徹することを決めた。
9月15日、刈和野を攻撃して奪回戦を行った。一番隊の背後からの奇襲により、16日午後2時ころ新政府軍は潰走を始めた。一番隊は引き上げを助けるために、撤退戦を行った。盛り返した新政府軍の攻勢をかわしながら引き返した。9月17日、鶴岡城で降伏の藩議が決定された。23日に庄内軍の全軍の帰還完了を確認した。
庄内藩主・酒井忠篤は強制隠居の上で謹慎、所領16万7,000石を12万石へ減封。忠篤の弟の忠宝が後継を許された。会津藩や磐城平藩への転封命令も出たが、本間家を中心とする御用商人や上級武士、地主などが30万両を献金することにより、転封命令は撤回された。なお、支藩の松山藩も、藩主・酒井忠良は強制隠居の上で謹慎、所領2万5,000石のうち2,500石を没収され、忠良の三男・忠匡が後を継いだ。
新政府軍と対立した中心的な藩のひとつであるにも関わらず、会津藩や仙台藩と比べて庄内藩への処分は寛大なものとなった。これには西郷隆盛の意向があったと言われており、以後の庄内藩士の間では西郷が敬愛されるようになった。忠篤と藩士78名が明治3年(1870年)に鹿児島へ4ヶ月滞在し、西郷の下で軍事教練を受けた他、複数の藩士が西郷と継続的に交流した。西南戦争で朝敵として没した西郷の名誉が1889年(明治22年)に回復された際、忠篤が発起人のひとりとなって上野公園に西郷の銅像を設立した。また、旧家老の菅実秀らが西郷の遺訓をまとめ、南洲翁遺訓と題して出版している。