享禄・天文の乱
だが、生涯に4人の妻と死別して5人の妻を娶り、13男14女を儲けた蓮如の死後、一族間に不協和音が見られるようになる。
永正2年(1505年)、細川政元に対抗するため畠山氏をはじめ朝倉氏などの有力守護大名が一斉に軍事作戦を開始した。本願寺にとって加賀の南隣であり朝倉氏の領国でもある越前には、蓮如のかつての拠点吉崎御坊をはじめとして多くの寺院・門徒を有し、また加賀の北隣で畠山氏の領国である能登・越中においても、特に越中の砺波郡を賀州三ヶ寺の事実上支配下に治めていた為、畠山氏からはその奪還を狙われていたのである。そこで政元直々の訪問による協力依頼を受けた実如は北陸・畿内の信徒を総動員して北陸門徒には周辺3国へ、畿内門徒には畠山氏の根拠地である河内への侵攻を命令した。
ところが蓮如の最後の妻でその死後も石山御坊に在住していた蓮能は畠山氏出身で、摂津・河内の門徒達と畠山氏の長年維持してきた友好的な関係を台無しにするという決定に不満を抱き、蓮能の長子(蓮如9男)で石山御坊の住持であった17歳の実賢を擁立して法主交替を求めた。実如はこれに対して永正3年(1506年)1月、下間頼慶を派遣して蓮能・実賢・実順(11男)・実従(13男)を逮捕・追放して、加賀でも本泉寺蓮悟の養子となっていた実悟(10男)が事実上廃嫡された。