日本キリスト教会
その時の参加教会は、北海道中会16教会、東京中会8教会、近畿中会15教会の合計39教会(教会と伝道教会を合わせて)だった。その時の指導者は、佐波亘、堀内友四郎、植村環、藤田治芽、小野村林蔵などであった。
1953年10月、植村環が牧師を務める柏木教会で開催された第三回大会で、信仰告白と憲法・規則を制定した。また、大小二つの教理問答を作成した。1954年の西宮中央教会で開催された第四回大会で、1955年4月から日本基督教会の神学校を設立する旨を決議し、大森教会を仮校舎にすることとした。
日本基督教会立の神学校設立の準備に、また設立後は理事長として、鶴見教会牧師である堀内友四郎が尽力した。
日本基督教団の都田恒太郎牧師は、ジャパンタイムズ1957年1月14日号で、日本キリスト教会の離脱は、アメリカから資金を受けるための行為だと批判したが、ジョン・ML・ヤング宣教師はその事実はないと指摘している。
1956年10月に柏木教会で開催された第六回大会で、世界改革教会連盟(英語版)(WARC)に加入する決議をし、1957年に加入が承認された。
1958年、東京都世田谷区弦巻の建物に神学校の校舎及び大会事務所を移した。
1990年、第40回大会で「韓国、朝鮮の教会に対して行った神社参拝強要についての告白と謝罪」を決議した。
1995年、日本キリスト教会に改称。信仰告白および憲法規則の全面的な改訂を行った。同年4月、大会事務所及び神学校を埼玉県川越市に移転した。