原子論
さらに「原子核の内部構造として「陽子」と「中性子」が存在する」と考えられるようになり、自然科学の「atom(原子)」は原子概念の原義からふたたび遠のいた。さらにその陽子や中性子も「内部構造(下部構造)を持つ」とされるようになった(後に、「クォーク」と呼ばれる)。
現代の自然科学においては、原子という概念は、自然を構成する分割不可能な最小単位を指すのではなく、元素(化学元素)の最小単位を指すのに用いられている。そして、このような原子の内部構造は「subatomic particles」などと呼ばれる。自然科学における「原子」という概念が、(古代原子論以来の)原子概念の原義と矛盾する、内部構造を持つ中間単位に割り当てられたので、その後、分割不可能な最小単位を指すために「素粒子」という概念が新たに造られ用いられている。
このように、かつて自然科学において「原子論」と呼ばれる分野で行われていた研究は、現在では「素粒子論」と呼ばれる分野において行われている。