甲賀流
現在の滋賀県甲賀市(こうかし)、湖南市にあった。普段は農業をしたり、行商をしたりして各地の情報を探る一方、指令が下ると戦場やその後方へ出向き、工作活動に励んだ。手妻に優れると評され、忍術の流派の中でも薬の扱いに長けており、その名残として甲賀には今も製薬会社が多い。また、女性の忍者が存在しなかったことでも有名である。
室町時代から戦国時代中期にかけて、甲賀は六角氏の傘下に属しながらも「惣」(そう)を形成し、郡に関わる全ての案件を多数決によって決定(合議制)・運営するなどしていた。これはこの時期では全国的に見ても極めて珍しいことであった。甲賀の地侍は自治を認められる代わりに、戦時は六角氏に協力しており、後述する「鈎の陣」での夜襲などでの活躍から、甲賀衆が後世で言う「忍者」として認識あるいは起用されるようになった。