考古遺伝学
BLASTNなどのソフトウェアを使って既知の種のDNA配列と比較することで、化石残留物の身元を明らかにすることができる。この考古学的アプローチは、化石の形態学があいまいな場合に特に役立つ。それとは別に、種の同定は核DNA配列に特定の遺伝マーカーを見つけることによっても行うことができる。例えば、アメリカ先住民は、Wallaceらによって定義された特定のミトコンドリアRFLPと欠失によって特徴づけられる。
aDNA比較研究は、2つの種の進化的関係を明らかにすることもできる。古代の種のDNAと近縁の現存する種のDNAの塩基の違いの数から、その2つの種の最後の共通祖先からの遺伝的分岐(英語: Genetic divergence)年代を推定することができる。オーストラリアの有袋類オオカミやアメリカの地上ナマケモノなど、いくつかの絶滅種の系統樹はこの方法で構築された。動物のミトコンドリアDNAや植物の葉緑体DNA(英語: Chloroplast DNA)は、細胞あたり数百のコピーを持つため、古代の化石から容易に入手できるため、通常この目的に使われる。
2つの種の関係を調べるもう1つの方法は、ハイブリダイゼーションである。両種の一本鎖DNAセグメントが互いに相補的なペア結合を形成するようにする。
考古遺伝学は動物の家畜化の研究に使われてきた。家畜化された動物集団の遺伝的多様性を分析することで、研究者はDNA中の遺伝的マーカーを探し出し、子孫種の可能性のある形質について貴重な洞察を得ることができる。これらの形質は、考古学的遺跡を野生と家畜化された標本とで区別するのに使われる。遺伝子研究は、家畜化された動物の祖先を特定することにもつながる。現在の集団に関する遺伝学的研究から得られた情報は、これらの祖先を記録するための考古学者の探索の指針となる。
考古遺伝学は、旧世界における豚の家畜化を追跡するために用いられてきた。これらの研究は、初期の農民の詳細に関する証拠も明らかにしている。考古遺伝学の手法はまた、犬の家畜化の発展をさらに理解するために用いられている。遺伝学的研究により、すべての犬はハイイロオオカミの子孫であることがわかっているが、犬がいつ、どこで、何回家畜化されたかは現在のところ不明である。遺伝学的研究の中には、複数の家畜化を示すものもあれば、そうでないものもある。考古学的発見は、犬の家畜化の進行に関する確かな証拠を提供することで、この複雑な過去をよりよく理解するのに役立つ。初期の人類が犬を家畜化するにつれて、埋葬された犬の考古学的遺跡はますます豊富になった。これは、考古学者にとって遺跡を調査する機会を増やすだけでなく、初期の人類文化についての手がかりにもなる。