アメリカ連合国海軍
ゴスポート造船所は破壊されたが、汽走フリゲート「メリマック(英語版)」など、一部の艦船は軽度の被害で済んでいた。連合国がゴスポート造船所を占領した後、連合国大佐ジョン・マーサー・ブルックは火災で沈没した「メリマック」を引き揚げ、再利用することを提案した。それに対して連合国海軍長官スティーヴン・マロリーは同艦の上部船体に鉄板を装着して強化し、再び実戦投入することを企図した。
その結果、「メリマック」は装甲艦「ヴァージニア」として改修され、1862年2月中旬にバージニア州モンロー砦に向けて出港した。1862年3月、「ヴァージニア」はハンプトンローズ海戦を戦った。この海戦は装甲艦同士の歴史上最初の戦いとして有名であり、「ヴァージニア」は合衆国海軍の装甲艦「モニター」と戦った。この海戦は決着が付かずに終わったが、海戦後は軍艦の設計や海戦は劇的に変化した。装甲艦は木製の船に対し圧倒的に優勢であり、列強諸国は装甲艦の整備を進めた。
連合国海軍は合衆国海軍と同数の軍艦保有を望んだが、それは叶わなかった。そのため連合国海軍は艦船の数的不利を技術革新により補おうとし、装甲艦、潜水艇、水雷艇、機雷などを積極的に導入した。1861年2月の時点において連合国海軍はわずか10隻の艦船しか保有しておらず、大砲も合計で15門だけであった。一方、合衆国海軍は90隻もの艦船を保有していたが、実戦に使用できる艦船は14隻だけであった。戦争が進むにつれて海戦の数も増加し、連合国海軍は経験を積んでいった。そしてその成長は合衆国海軍にとって次第に大きな脅威となっていった。
1861年4月20日、バージニア州ポーツマスにあるゴスポート造船所の支配権を連合国側に握られることを危惧した合衆国は、ゴスポート造船所に残存する艦船を爆破、焼却した。その当時、連合国側にはゴスポート造船所の他にもう1箇所、フロリダ州ペンサコーラにも海軍工廠が存在していたが、そこは造船ではなく補修を主要業務としていた。
連合国の歴史において最も有名な軍艦は、装甲艦「ヴァージニア」である。本艦はもともと、合衆国海軍の汽走フリゲート「メリマック(英語版)」であったが、合衆国軍がヴァージニア州から退却する際に爆破され、沈没した。その後、連合国軍によって引き揚げられ、装甲艦「ヴァージニア」として改修された。その後本艦は1862年3月にハンプトンローズ海戦で合衆国海軍の装甲艦「モニター」と戦った。この海戦は装甲艦同士の歴史上最初の戦いとして有名であり、最終的には決着が付かずに終わったが、海戦後は軍艦の設計や海戦は劇的に変化した。装甲艦は木製の船に対し圧倒的に優勢であり、この戦いの後、列強諸国では装甲艦の整備が急速に進められた。
その他、連合国の艦船として有名なものは、潜水艇「H・L・ハンリー」である。本艇は8人乗りの人力推進潜水艇で、1864年にサウスカロライナ州チャールストン港外で同港を封鎖中の合衆国軍蒸気帆船「フーサトニック」を外装水雷によって攻撃、撃沈した。これは戦争中に潜水艦が敵船を沈めた、歴史上最初の出来事であった。
連合国では、通商破壊を目的とした、合衆国の商船に対する奇襲も多数行われた。最も有名なものはイギリスで建造されたスループ「アラバマ」によるもので、大西洋やメキシコ湾において通商破壊活動を行った。「アラバマ」は1864年6月に撃沈されるまで、およそ22ヶ月間にわたって合衆国の艦船を悩ませ続けた。