子安宣邦
その後も『江戸思想史講義』(1998)や『ブックガイド基本の30冊 日本思想史』など一連の著作で「日本思想史の問い直し」を続けており、編者を務めた学術雑誌『江戸の思想』(1999-99)では中国文学者竹内好や東洋思想史家溝口雄三の影響を受け、近代からのまなざしで理解されがちな江戸時代の思想を、当時のままの読み方で読解し、江戸時代から日本近代を分析するという「方法としての江戸」概念を提示している。
『日本近代思想批判』(旧題『近代知のアルケオロジー』、1996)で柳田民俗学における「一国史観」批判、和辻哲郎や太川周明による「日本思想史」の形成過程の検討、丸山眞男ら進歩的知識人の近代主義への批判、戦没者慰霊や戦争記憶の問題などを論じ、近代批判を創始した。それ以降近世の思想家だけでなく、福沢諭吉などの日本近代の思想家について論じている。徂徠学や宣長のナショナリズムなどといった近世思想史上の言説が近代でどのような反響をもたらしてきたのかという観点から近代を論じるという手法は、近世思想史家独自のものであると述べている。
この方面の著作として、明治維新による国家神道形成からアジア・太平洋戦争までの過程を俎上に上げた『国家と祭祀』(2004)、『近代の超克』(2008)、『和辻倫理学を読む』(2010)では、それぞれ水戸学派による国家神道の形成、京都学派とその周辺の展開した「近代の超克」論、和辻哲郎の『倫理学』執筆の過程や動機について論じている。