V・ファーレン長崎
リーグ戦は前半戦を首位で折り返して、天皇杯でのJFLシードを獲得。なお、天皇杯は2回戦で千葉に敗退した。また、U-18チームを設立し、U-18監督にOBの原田武男、コーチに竹村栄哉と加藤寿一がそれぞれ就任。
9月、2013年のJリーグクラブライセンスについて、条件付きながらJ2ライセンスが交付された(2013年シーズン開幕までにスタジアムが供用開始できること及びJ2入会審査に合格すること)。
11月11日、JFL初優勝が決定。11月12日のJリーグ臨時理事会で正式にJリーグへの入会が承認され、2013年シーズンからのJ2参加が決定した。20勝7分け5敗(勝ち点67)でシーズンを終えた。シーズン終了後、クラブ側の「監督も含め、もっと県民に親しまれ、愛されるチームをつくるための一つの方策」との方針を理由として佐野が監督を退任した。