モロ紛争
コラソン・アキノ大統領は、任期の早い時期にMNLF議長のヌル・ミスアリとスールーのいくつかのMNLF反政府グループとの会合を準備し一連の交渉の道を開いた。1989年にはイスラム教徒ミンダナオ自治区 (ARMM)が、1987年の憲法による共和国法第6734号(ARMM基本法)に基づき設立された。
中東でイスラムを学んだ元教師のアブドラガク・ジャンジャラーニは、伝えられるところによれば、1980年代にウサーマ・ビン・ラーディンと会っており、その後の1991年にアブ・サヤフグループを結成した。ジャンジャラーニはより急進的かつ神権的なアブ・サヤフのためにMNLFの元メンバーを勧誘した。
フィデル・ラモス大統領のもとで、いくつかの交渉と和平交渉が行われ、ARMMは盤石となり独自の地政学的システムを持つことになった。