インドネシア連邦共和国
インドネシア連邦は、ジャワ、スマトラ、オランダ領ボルネオ、大東部の4つの構成国からなった。同年11月15日に結ばれたリンガジャティ協定で、オランダはインドネシア共和国がジャワ島・マドゥラ島・スマトラ島で実効支配を行っていることを承認し、オランダ領東インドの全版図からなるインドネシア連邦共和国を設立することで合意した。オランダは1946年12月にデンパサール会議(英語版)を開催して東インドネシア国を設立し、1947年には西ボルネオにも国家を設立した。
1947年7月20日にインドネシア共和国の支配地域に対して開始したオランダの軍事行動「プロダクト作戦(英語版)」により、オランダは西ジャワと東ジャワ、スマトラ島のメダン、パレンバン、パダン周辺の支配権を奪還した。国連は停戦を求め、両者の交渉によって合意された1948年1月のレンヴィル協定により、オランダの最前線の陣地を結んだ「ファン・モーク線」を停戦ラインとして停戦することとなった。その後、オランダは再占領した東スマトラ(1947年12月)、マドゥラと西ジャワ(1948年2月)、南スマトラ(1948年9月)、東ジャワ(1948年11月)などに傀儡国家を設立した。
これらの国家の指導者により、連邦協議会が設立された。
1948年12月18日、インドネシア共和国の壊滅を目的するオランダの第二次軍事作戦「カラス作戦(英語版)」が開始された。インドネシア共和国の首都ジョグジャカルタなどジャワ島の主要都市と、最北部のアチェを除くスマトラ島のほぼ全土がオランダに陥落したが、東インドネシア国とパスンダン国の内閣とジョグジャカルタのスルタン・ハメンクブウォノ9世が、これに抗議して辞任した。また、国連安保理も安保理決議でオランダを非難した。オランダは、主権移譲のための交渉のテーブルに就くことに合意した。1949年8月から11月にかけてハーグで開催されたオランダ・インドネシア円卓会議において、オランダは、西ニューギニアを除くオランダ領東インドの主権をインドネシア連邦共和国に譲渡することで合意した。これに対してインドネシアの民族主義者の多くは、オランダが連邦制にこだわっているのは、新国家を弱体化、もしくは解体するための「分割統治」戦略であると考えていた。1949年12月17日、主権はオランダからインドネシア連邦共和国に移された。