日本メソヂスト教会
そこで、南メソジスト監督教会がこの合同に参加を表明したので、三派合同への動きが始まった。
三派の合同の協力関係を推進するために、明治24年(1891年)に三派合同の機関紙『護教』が創刊された。さらに、日露戦争で合同の機運は盛り上がり、明治39年(1906年)に三派独立と独立教会の具体的なプログラムが作成された。アメリカの母団体側でも検討が進められた。日本側の合同推進は本多庸一を中心に進められた。
明治40年(1907年)5月22日から6月7日にかけて青山学院講堂で合同総会が開催された。新教会の初代監督に本多庸一が選出された。総会は代議員を決定し、常置委員を選出し、年会組織を決定し、総会は終了した。
新教会の成立後も宣教師たちは、総会や年会や部会の職についたり、以前と同じように日本人牧師と同じ活動をしていた。しかし、日本メソジスト教会の枠外で働いて別の教会を勝手に作ることは禁じられた。
明治44年(1911年)第二回総会で、伝道区が創設された。これは、伝道困難な地域を宣教師が引き受けて、ミッションの資金により開拓伝道を行う、特別区である。
日本メソヂスト教会(にほんメソヂストきょうかい)は、日本のプロテスタントの教派の一つで、1907年に設立されて、1941年に日本基督教団の成立時に、教団に吸収されるまで存在した。この派は第二次世界大戦後もほとんどが日本基督教団に残留した。