AutoDock
AutoDockは研究分野において最も多く引用されたドッキングソフトの一つである。AutoDockはWorld Community Gridによって運営されているFightAIDS@HomeとOpenPandemics - COVID-19プロジェクトの基礎となっており、HIV/AIDSとCOVID-19に対する抗ウイルス剤を検索するためのものである。2007年2月のISI Citation Indexでは、1100以上の論文がAutoDockの主要な論文を引用している。2009年では、1200を上回っている。
AutoDock VinaはAutoDockの後継であり、精度と性能が大幅に改善されている。また、2021年にリリースされたバージョン1.2系では、OS XおよびLinux系ディストリビューションにおいてPython環境での使用が可能になった(後述の#改良版も参照)。
AutoDockとVinaは、現在スクリプス研究所、特にオルソン博士が率いる計算構造生物学センター (Center for Computational Structural Biology (CCSB)) によってメンテナンスされている。
AutoDockは広く使用されており、メルク・アンド・カンパニー社が初めて臨床承認を取得したHIV-1インテグラーゼ阻害剤の開発においてその役割を果たした。
AutoDockには改良バージョンであるAutoDock Vinaがあり、ローカル検索ルーティンが改善され、マルチコア/マルチCPUコンピュータを使用することができる。
AutoDockと異なり、Vinaではリガンド分子の結合範囲をGrid Boxと呼ばれる箱として設定する(Box中心座標および3辺の長さをパラメーターとして指定する)。AutoGridを用いたグリッドマップ計算はソフトウェアが自動で行う。これにより、操作の簡便化がなされた。
AutoDock Vinaは、64ビットLinuxオペレーティングシステムの下で、このソフトウェアを使用したいくつかのWorld Community Gridプロジェクトにおいて、かなり高速に動作することが知られている。
2021年7月には、バージョン1.2.0がリリースされた。それまでの最新バージョンであった1.1.2との主な違いとして以下のようなものがある。
陽溶媒としての水分子を考慮したドッキングの実装
バッチモードがデフォルトで実装され、バーチャルスクリーニングのように多数のリガンドを用いたドッキングシミュレーションが容易になった
AutoDock4.2のスコアリング関数を選択できる(AutoGridで生成したグリッドマップのファイルを指定する必要があるため、Grid Boxを用いたVinaのドッキングシミュレーションにおいてこのスコアリング関数は使えない。AutoDock4のドッキングシミュレーションを、Vinaのインターフェースで実行可能という事である。)
(LinuxおよびOS Xのみ)Python上での実行が可能になった。