東日本旅客鉄道新潟支社
前身は1994年(平成6年)10月、JR東日本新潟支社が当時の新津市に所在した新津車両所を改組して発足させた新津車両製作所で、JR東日本は新津車両製作所の事業・資産等を2014年(平成26年)4月1日付でJR東日本傘下の総合車両製作所へ会社分割により譲渡し、現在の体制となった。
上越新幹線:(越後湯沢駅 - 新潟駅)
上越線:(越後湯沢駅 - ガーラ湯沢駅)
いずれも2019年4月1日の組織改正で、駅施設を除いて新幹線統括本部へ移管された。
上越線:(水上駅 - 土樽駅)
国鉄新潟鉄道管理局が管理を行っていた区間。民営化後に高崎支社へ移管された。
信越本線:(妙高高原駅 - 直江津駅)
北陸新幹線の金沢駅までの延伸までの管轄区間。現在はえちごトキめき鉄道が管理。
なお、飯山線については、2010年3月まで越後川口駅付近を除いて全区間長野支社管轄であった。
国鉄時代に鉄道荷物会社として設立。民営化後にジェイアール東日本物流の子会社となり、現在はトラック輸送を主体に行っている。
2004年秋より、新潟駅を中心とする30 km圏内(新潟都市圏)に自動改札機が設置された。続いて2005年10月以降、委託駅・無人駅など13駅に簡易Suica改札機を導入する作業が進められ、2006年1月21日からSuicaのサービスを開始した。JR東日本管内の在来線で自動改札およびSuicaが導入されたのは首都圏、仙台都市圏に次いで3エリア目である。
また2008年にサービスエリアが拡大され、3月15日から羽越本線・新津 - 新発田間、磐越西線・五泉 - 新津間、信越本線・長岡 - 東三条間、弥彦線全線の区間各駅で新たにSuicaのサービスが開始され、同時に磐越西線・五泉 - 新津間、信越本線・長岡 - 東三条間が新潟近郊区間に指定された。これにより、新潟近郊区間及び新潟市域のJR線内は全区間でSuicaが利用できるようになった。