名探偵コナン
その後、コナンが駆けつけると、明美は10億円の隠し場所と自らの正体を明かして死亡した。
コナンは新幹線の中で、黒ずくめの男達と遭遇し、盗聴によって黒ずくめの男達のコードネームがジンとウォッカであることを掴む。
新一を尋ねるため、大阪から西の高校生探偵・服部平次が毛利小五郎の事務所を訪れる。平次は風邪を引いていたコナンに中国の酒「白乾児」を飲ませる。その後、小五郎が調査依頼を受けたことにより、依頼人の自宅へ向かうが、そこで殺人事件に遭遇する。コナンと平次が事件の捜査を進める中、コナンの体に異変が起き元の新一の体へ戻る。新一の姿で事件を解決するが、コナンの姿へと戻ってしまう。
コナンは、白乾児の作用によって元の体へ戻ったと推測し、元の体に戻るためもう一度白乾児を飲むものの元には戻れず、阿笠博士は白乾児に対する抗体ができたため、元に戻れなくなったと予測した。
コナンは平次と再会し、そこで遭遇した殺人事件を解決する過程で平次に正体を見破られてしまったため、真相を話し、以後コナンの協力者となる。
コナンや少年探偵団のクラスに転校生の灰原哀がやってくる。少年探偵団は、彼女を仲間に加え、ある少年の行方不明の兄を探して欲しいという依頼を受ける。少年からの話によって、コナンはこの事件に黒ずくめの組織の関与を疑い、この機会に組織を追い詰めることを決意する。
また、サンデー×マガジン創刊50周年企画の一環で『金田一少年の事件簿』との共同漫画誌とゲーム『名探偵コナン&金田一少年の事件簿 めぐりあう2人の名探偵』でのコラボレーション企画や、東川篤哉の『謎解きはディナーのあとで』とのコラボレーション短編小説『探偵たちの饗宴』でコナンと毒舌執事の影山が共演したりするなど、他作者の作品との共演も積極的になってきている。
上記はゲーム作品や他作品間で顔見せ程度等の共演であったが、テレビアニメの特番『ルパン三世VS名探偵コナン』、同じく『名探偵コナン 江戸川コナン失踪事件 〜史上最悪の2日間〜』、劇場版『ルパン三世VS名探偵コナン THE MOVIE』の3作品では、お遊びやパロディではなく本編・映像作品として、『ルパン三世』・『鍵泥棒のメソッド』の世界観とストーリー上の設定も共有した公式の共演・展開がなされた。
その他にも、大沢在昌の小説『新宿鮫シリーズ』の鮫島警部やテレビ朝日のテレビドラマ『相棒』の杉下右京との共演もさせてみたいと青山は考えており、大沢からは人伝()に「鮫島を出してもいい」と言われているという。
なお、コラボレーションではないが、「仲の悪いガールズバンド」事件 にはかきふらいの漫画『けいおん!』を意識した要素が盛り込まれたため、アニメ化された際にはファンの間で「まさかのコラボ!?」と話題になった。また、このエピソードは毛利蘭・鈴木園子・世良真純の3人が女子高生バンド結成の相談をするストーリーだが、これと同時期に蘭役の山崎和佳奈・園子役の松井菜桜子・真純役の日髙のり子が実際にアイドルユニット・「backdrops(バックドロップス)」を結成している(原作者の青山と山崎・松井・日髙との間で連絡したわけではなく、「まったくの偶然」とのことである)。
名探偵コナン PlayStation the Best for Family - ウェイバックマシン(2015年11月16日アーカイブ分)(バンダイ、1998年11月18日発売)
名探偵コナン 3人の名推理 - ウェイバックマシン(2015年11月16日アーカイブ分)(バンダイ、2000年8月10日発売)
名探偵コナン 最高の相棒(パートナー) - ウェイバックマシン(2004年11月30日アーカイブ分)(バンダイ、2002年4月25日発売)
SIMPLEキャラクター2000シリーズ Vol.11 名探偵コナン THE ボードゲーム - ウェイバックマシン(2020年8月13日アーカイブ分)(ディースリー・パブリッシャー企画開発・バンダイ発売、2002年8月29日発売)
名探偵コナン トリックトリック vol.0 迷宮の十字路スペシャルディスク(バンダイ、非売品・体験版)
名探偵コナン トリックトリック vol.1 - ウェイバックマシン(2006年11月6日アーカイブ分)(バンダイ、2003年4月17日発売)
『日本史探偵コナン』(にほんしたんていコナン)はオールカラーの歴史漫画(学習漫画)シリーズ。
小説:酒井匙、原作・イラスト:青山剛昌、小学館 名探偵コナン 安室透セレクション ゼロの推理劇(2018年4月11日、ISBN 978-4-09-231230-2) 名探偵コナン 怪盗キッドセレクション 月下の予告状(2019年4月12日、ISBN 978-4-09-231286-9) 名探偵コナン 京極真セレクション 蹴撃の事件録(2019年6月28日、ISBN 978-4-09-231294-4) 名探偵コナン 赤井秀一セレクション 赤と黒の攻防(2020年3月27日、ISBN 978-4-09-231326-2) 名探偵コナン 赤井一家セレクション 緋色の推理記録(2020年3月27日、ISBN 978-4-09-231327-9) 名探偵コナン 世良真純セレクション 異国帰りの転校生(2020年10月30日、ISBN 978-4-09-231348-4) 名探偵コナン 赤井秀一緋色の回顧録セレクション 狙撃手の極秘任務(2021年4月9日、ISBN 978-4-09-231366-8) 名探偵コナン 黒ずくめの組織セレクション 黒の策略(2021年10月29日、ISBN 978-4-09-231390-3) 名探偵コナン 警察セレクション 命がけの刑事たち(2022年4月15日、ISBN 978-4-09-231414-6) 名探偵コナン 安室透セレクション ゼロの裏事情(2022年7月15日、ISBN 978-4-09-231427-6) 名探偵コナン 灰原哀セレクション 裏切りの代償(2023年4月14日、ISBN 978-4-09-231447-4)
小説:水稀しま、原作・イラスト:青山剛昌、小学館 名探偵コナン 紅の修学旅行(2019年1月11日、ISBN 978-4-092-31273-9) 名探偵コナン ブラックインパクト! 組織の手が届く瞬間(2020年12月18日、ISBN 978-4-092-31355-2)
コナンを少年探偵団に誘った張本人であり、灰原が入団するまでは探偵団の紅一点であった。