南京事件の被害者数
ただし、これに関する北村の実際の著述内容は、中国側の国際宣伝処にいた曾虚白の主張に基づいて早い時期から国民党の宣伝員であったと、北村が考えるティンパーリの行動を取り上げ、その宣伝員説の根拠付けを図る内容、南京陥落後しばらく南京に潜伏し其の体験や見聞を著わした郭岐の著作の記述内容に対する批判、大小の虐殺事件に対する日本側への擁護論がその殆どとなっている。ティンパーリ・郭岐いずれの本も殺害数は彼らの見聞が及んだ限りのもので、もともと積み上げても死者数が数十万になるようなものではないが、最終的に北村は、南京事件の前になる上海から南京に至る戦火で死者が30万人とする当時の報道や本来はそちらについてのティンパーリの言説があり、それらが南京事件の死者数にすりかえられた、南京裁判ではそれに合わせて30万人という数字が採られた、その為にそれに合わせた史料が作られたと推理している。しかし、南京裁判の前に合わせる必要があるほど死者数30万人という数字が流布していたのか、また、実際に上海-南京間の死者数が南京事件そのものの死者数と世間的に混同乃至入れ替っていった形跡があるのか、調査や検証は行われていない。
情報統制により全貌が伝わらないまま過ごしてきた日本人側にとっては信じがたいほど数が多いこと、中国の国民政府軍の兵士の動員数や当時の南京の人口などが不明確であることなどが理由として挙げられる。
日本の代表的研究家(洞富雄、笠原十九司、秦郁彦、板倉由明など)は、まず、中国軍人の兵員数の推測値を基に、普通の戦死者や逃げた人数を除いた、日本軍に捕まって殺害された中国兵の中で戦時国際法に照らして違法で殺された人数を日本側の公式・非公式記録も参考にして算定し、そして民間人の死者の中で日本軍に不法に殺された数をスマイス調査等を参考にしつつ算定している。しかしながら、この場合も、一般人の殺害をどの地域までとするかによって算定される値が異なる。特にスマイス調査は近隣の農村部を含むが、より広い農村部の被害者の可能性は日本側の記録にも残るが数値は明確でなく、また、被害者のうち遺体を長江に流された者も非常に多いとみられるが、もし含めるなら推測しかないと笠原は主張している。
なお、南京安全区国際委員会など南京安全区在住の外国人の記録・報告書は比較的中立的であるという意味ではある程度信頼性があるが、不完全であり検証に耐えうるものではない。スマイス報告を除けば外国人の報告はほとんど南京城外の状況については把握しておらず、いずれも記録として不十分である。
虐殺否定派は、日本軍は戦時国際法に違反した殺害をしておらず、安全区の外国人の記録も公正さに疑問あり、などとして、30万人の市民の虐殺はなかったと主張している。主な主張者は、新しい歴史教科書をつくる会・日本「南京」学会・南京事件の真実を検証する会のほか、田中正明 (元拓殖大学講師)、東中野修道(亜細亜大学教授)、冨澤繁信(日本「南京」学会理事)、阿羅健一(近現代史研究家)、勝岡寛次(明星大学戦後教育史研究センター)、渡部昇一(上智大学名誉教授)、杉山徹宗(明海大学名誉教授)、早坂隆(ノンフィクション作家)など。
主張の内容
中国兵殺害は、戦時国際法上、殺しても合法な便衣兵(ゲリラ兵)であり、投降兵等の殺害も戦闘行為の延長であった。
(ただし、この主張には南京事件論争#便衣兵と戦時国際法、南京事件論争#投降兵・捕虜の扱いと戦時国際法などに反論も存在する。)
戦闘終了前後に、多くの難民の避難した南京安全区に対しては日本軍は残虐行為をほとんど行っていないし、残虐行為の多くの記録の出所である安全区在住の欧米人やその話をもとにしたジャーナリストの記録の信頼性には疑問がある。例えば、安全区の欧米人のマイナー・シール・ベイツは中華民国政府の顧問であるという資料が存在する。