日本への原子爆弾投下
反天皇制論者である栗原貞子は「終戦の詔書に見られる原子爆弾の残虐性への非難は消え失せ、原爆投下の容認となっているのは、単に三十年による風化を意味するもの」「天皇が原爆投下を肯定している」と述べたが、「日本会議広島」公式サイトでは天皇と広島との関係を扱っており(日本会議広島:天皇陛下と広島)、1975年の失言を取り上げているが、終戦の詔書の「新ニ残虐ナル爆弾ヲ使用シテ頻ニ無辜ヲ殺傷シ惨害ノ及フ所」と言った発言から決して原爆を容認していたわけでないと述べている。原爆投下後に早速日本政府はスイス政府を通じて原爆投下に対する抗議文を送り、『ヒロシマ平和メディア』の「過去の広島新聞から」には、実際1945年に昭和天皇が広島、長崎市に侍従を真っ先に派遣して惨状を視察し救護関係者を激励するよう指示しており、1971年に「原爆にあった被爆患者には、今後も援助、援護の手をさしのべるよう一層の努力をするように」と述べ、さらに原爆慰霊碑や原爆病院に訪問、1974年には昭和天皇が秋の園遊会で重藤文夫広島原爆病院長に伝言し「患者の方々によろしく伝えて下さい」と激励したことが掲載されている。天皇制廃止論者であり、昭和天皇を激しく批判している漫画家の中沢啓治は『「はだしのゲン」への手紙』でこの発言に対して激しく批判しておらず、「被爆者に土下座して謝罪してほしかった」と述べている。
1945年7月20日以降、第509混成部隊は長崎に投下する原子爆弾(ファットマン)と同形状の爆弾に通常爆薬を詰めたパンプキン爆弾(総重量4,774キログラム、爆薬重量2,858キログラム)の投下訓練を繰り返した。すなわち、原子爆弾の投下予行演習である。テニアン島から日本列島の原子爆弾投下目標都市まで飛行して都市を目視観察した後に、その周辺の別な都市に設定した訓練用の目標地点に正確にパンプキンを投下する練習が延べ49回、30都市で行われた。
パンプキン練習作戦は、1945年7月24日、7月26日、7月29日、8月8日及び8月14日と終戦直前まで行われた。
デンマークの理論物理学者ニールス・ボーアは、1939年2月7日、ウラン同位体の中でウラン235が低速中性子によって核分裂すると予言し、同年4月25日に核分裂の理論を米物理学会で発表した。この時点ではボーアは自分の発見が世界にもたらす影響の大きさに気づいていなかった。
1939年9月1日、第二次世界大戦が勃発し、ドイツによるヨーロッパ支配拡大とユダヤ人迫害を見て、ボーアは1943年12月にイギリスへ逃れた。そこで彼は米英による原子力研究が平和利用ではなく、原子爆弾として開発が進められていることを知る。原子爆弾による世界の不安定化を怖れたボーアは、これ以後ソ連も含めた原子力国際管理協定の必要性を米英の指導者に訴えることに尽力することになる。
1944年5月16日に、ボーアはチャーチルと会談したが説得に失敗、同年8月26日にはルーズベルトとも会談したが同様に失敗した。逆に同年9月18日の米英のハイドパーク協定(既述)では、ボーアの活動監視と、当時英米との対立姿勢が目立ってきたソ連との接触阻止が盛り込まれてしまう。
ホーリングスは「冗談」として発言したが、これは当時日本のマスコミでかなり非難され、のち謝罪した。
1994年9月、スミソニアン国立航空宇宙博物館の原爆投下50周年特別展の展示内容を修正するように求める決議が、上院で全会一致で可決された。展示内容は大幅に修正された。
1994年11月、アメリカ合衆国郵便公社が1995年9月に第二次世界大戦50周年切手として、キノコ雲に「Atomic bombs hasten the end of war, August 1945」(原爆投下が戦争終結を早めた)と説明が入った図案を公表した。この切手に対して、日本政府などから強い反発を受け、別の図案に変更されたが、アメリカではそれに対する反発もあり、アメリカにおける原爆投下は妥当であったとする歴史認識を垣間見せるものであった(詳細は原爆切手発行問題を参考のこと)。
1994年12月にCNNの討論番組・クロスファイアに古森義久が出演し、司会のジョン・スヌヌ元大統領首席補佐官や政治評論家のマイク・キンズレー(英語版)、チャールズ・スウィーニー退役少将、歴史学者のガー・アルペロビッツと論争を繰り広げた。古森が「原爆投下の時点では米側はもう日本の降伏を確実視していた。ソ連の参戦もあり、とくに2発目の長崎への投下は戦争の早期終結が目的ならば不必要だった。もし日本側に原爆の威力を示すことが目的ならば、無人島にでも過疎地にでも投下すれば、十分だっただろう。
しかし、フィリピン総督時代に京都を訪れたことのあるスティムソン陸軍長官の強い反対にあったことや、戦後、「アメリカと親しい日本」を創る上で、京都には千数百年の長い歴史があり、数多くの価値ある日本の文化財が点在、これらを破壊する可能性のある原子爆弾を京都に投下したならば、戦後、日本国民より大きな反感を買う懸念があるとの観点から、京都への原子爆弾投下は問題であるとされた。
1945年6月14日、京都市が除外され、目標が小倉市、広島市、新潟市となる。しかし京都への爆撃禁止命令は継続された。
1945年6月16日から終戦まで、通常兵器による空爆第三期となり、中小都市への焼夷弾爆撃が行われた。
1945年6月30日、アメリカ軍統合参謀本部がダグラス・マッカーサー陸軍大将、チェスター・ニミッツ海軍大将、ヘンリー・アーノルド陸軍大将宛に、原子爆弾投下目標に選ばれた都市に対する爆撃の禁止を指令。同様の指令はこれ以前から発せられており、ほぼ完全に守られていた。
新しい指令が統合参謀本部によって発せられない限り、貴官指揮下のいかなる部隊も、京都・広島・小倉・新潟を攻撃してはならない。
右の指令の件は、この指令を実行するのに必要な最小限の者たちだけの知識にとどめておくこと。
1945年7月3日、それでもなお、京都市が京都盆地に位置しているので原子爆弾の効果を確認するには最適として投下を強く求める将校、科学者も多く存在し、その巻き返し意見によって再び京都市が候補地となった。
1945年7月16日、トリニティ実験。日の出前の早朝5時30分(現地時間、グリニッジ時間:11:29:21 GMT)、アメリカ ニューメキシコ州 アラモゴードから約80Km離れた半砂漠地帯で、グローブス少将など軍関係者やオッペンハイマーを代表とする科学者たちが見守るなか、 プルトニウムを使った原子爆弾の爆発実験が極秘裏に行われ、人類史上初めて成功した。