ぷよぷよクロニクル
本作のメインモード。謎の絵本の中に吸い込まれ異世界にやってきたアルルを操作して、世界各地にある村やフィールドを冒険しストーリーを進めていく。詳細は後述。
フィールドではモンスターに触れると「スキルバトル」が開始する。「スキルバトル」では、ぷよを消すと相手ににおじゃまぷよを落として攻撃することができ、すべてのモンスターのHPをゼロにすると勝利となり、逆に自分側のHPが尽きた場合は敗北となる。バトル中にモンスターがおじゃまぷよを送ってくることがあり、おじゃまぷよがフィールドに落下するとダメージを受け、自分の残りHPが減る。なお、相殺をすることによってダメージを抑えることが可能で、相殺したターンはおじゃまぷよは降らない。
フィールド上部の✕印にぷよやおじゃまぷよが積み上がると、自分の残りHPが大きく減少する。この時点でHPが残っている場合には即座に敗北にはならず、フィールドがリセットされた上で続行となり、フィールドに連鎖のタネが補佐される。
バトルで勝利するとけいけんちやコインなどを獲得でき、キャラクターを成長させることができる。なお、バトル開始時には自分のフィールドに連鎖のタネが出現し、バトル終了後はHP・MPが必ず全回復する。
フィールド上でモンスターに後ろから触れると「バックアタック」となり、ボーナスとしてバトル開始時に出現する「連鎖のタネ」が通常より1連鎖分大きくなる。逆にモンスターに後ろから触れられると「不意打ち」となり、ペナルティとして試合開始時におじゃまぷよが降り、即座にダメージを受ける。
フィールドの最下段で固ぷよに囲まれて埋まっている星の隣でぷよを消すと、無数のおじゃまぷよを相手に送れるルール。左から3列目が最上段まで積み上がると敗北となり、出現する組ぷよは2個組のみ。相殺したターンはおじゃまぷよは降らないが、誰かが星を消去すると、以降はその試合では相殺が無効となる。