シス–トランス異性体
まず炭素の二重結合に2つずつの異なった基が結合する場合を例に取ると、主鎖(炭素数最多の鎖)となる炭素骨格が同じ側(同じ炭素ではない)につくとシス (cis) 型、反対側につくとトランス (trans) 型の幾何異性体となる。IUPACでは基の優先度(置換基の順位規則。カーン・インゴルド・プレローグ順位則)が定められており、その基準で置換基の配置がシス型のときZ、トランス型のときEとして表す。Zはドイツ語のzusammen(いっしょに)、Eはentgegen(逆に)(いずれも副詞)に由来する。

ただし、炭素‐窒素間あるいは窒素‐窒素間の2重結合による幾何異性の場合(オキシムなど)は、代わりにsyn, antiを使用する。