ニンジャスレイヤー
オムラ・インダストリ専属のニンジャ。体の9割以上を改造しており自身を「所有物」と呼んでいる。名鑑では「決戦ニンジャ」と称された。
外付けの巨大な武装ユニットである「モーターツヨシ」による圧倒的火力と重装甲、秀でた戦術眼で複数のニンジャを同時に制圧する。
我々の世界以上に日本文化の影響が広まっており、各地で日本語のショドーやネオン看板が見受けられる。
メキシコはニンジャが泳いで渡れる距離にある。薬物の取引の際にロシアとの為替が言及されている。またロシア出身のニンジャが登場するエピソードもある。イギリスでは古式ボックス・カラテが流行したという。また大英博物館にはニンジャのミイラが展示されているらしい。
第4部からは日本の鎖国体制が解かれたため、アメリカ、中国、インド、ブラジルなど世界中が舞台となる。
劇中ではネットワーク系のハードウェア全般や、BMI技術を指す言葉として使われる。
LAN端子や無線LAN機器を体内にインプラントし、ネットに接続したり機器制御が行える「LAN直結者」も多く登場するが、多くは違法な手術であるという。
声 - 能登麻美子
ネオサイタマやキョートなどで広く使われている電子音声。マグロツェッペリンからの放送においても、電子マイコの音声が使用される。京都弁。
声 - 伊丸岡篤
キルエレファント・ヤクザクランを経営するグレーターヤクザ。クローンヤクザの導入を拒否し任侠を重んじた経営方針を続けたため、レッサーからはソンケイを集めるも業界的にはマケグミになってしまった。
クローンヤクザの押し売りと一方的なみかじめ料増額に端を発する騒動でソウカイニンジャから制裁を受けるが、そこに強制介入したヤクザ天狗と遭遇する。ニンジャの殺害と儀式の目撃、金を強制的に徴収されるなどのショックを受けフリーランスとして再出発するも、再度のピンチにやむをえずヤクザ天狗を呼ぶ。人間観察力に優れており、ヤクザ天狗との会話の中から彼の孤独を見抜いた。
その後はスガモ重犯罪刑務所に収監されたが、囚人達に共通する秘密に感づいて所内に仲間を作るなどその人間観察力や洞察力は健在。第3部でヤクザ天狗とともに天狗の国へ向かった。
ザイバツに所属するアデプト・ニンジャ。本名は「ナブナガ・レイジ」。
「Shadow Weave(影を編む)」の名の通り、影を自在に操る強力なジツを使えるが、未熟なため力は制限されておりクナイ・ダートの生成も出来ない。またカラテの力量も低く、モータルであるガンドーにさえ苦戦した。
自身に道を示してくれたブラックドラゴンに心酔する一方で、ザイバツの理想であるニンジャ階級社会には疑問を抱いている。
中国地方でゲンドーソーが開いていた道場。侵入者対策として多数のトラップが仕掛けられている。
襲撃で十人の弟子全員が死亡したが、それ以前にサラマンダーやアンサラーなど複数の出身者が存在する。
これとは別に岡山県の山奥には、ドラゴン・ニンジャクラン発祥の地であるエンシェント・ドラゴン・ドージョーがあり、後にユカノにより再建された。
声 - 田中秀幸
オムラ・インダストリ製の戦闘用のロボット・ニンジャ。ニンジャと称しているがニンジャソウルは憑依していない。
マッポの人員削減や軍事需要を見込んだラオモトの命令によって開発されたが、AIが弱く、敵味方の識別が不正確、投降してきた相手に発砲する、指定した場所に着地しないなど多数の問題を抱えている。
モーターヤブ、モーターヤブ改善、モーターヤブ再び改善、モータードクロ、モーターカニ、モーターナガサマ、など、多数のバリエーションが登場する。
声 - 緑川光
遠方に居ながらにして他人の精神を乗っ取り、肉体を遠隔操作できるフドウノリウツリ・ジツの使い手。
新参者ながらその特異な能力を活かして組織の重鎮にのし上がったが、胸の内にはさらなる野心をひた隠しにしている。
第1部から第3部までは、連載順と時系列が一致しない時系列シャッフル方式を採用していた。
これは、アメリカ人コンビにより原語版(英語)が複数の雑誌で不定期に掲載されていたため、と公式側は主張している。その影響を受けて、第2部の連載中に第3部のエピソードが始まるなど、時系列がバラバラになっている。書籍版でも各エピソードが時系列に沿っておらず、本文1ページめが「これまでのあらすじ」で始まっている。この点に関して原作者は、「シリーズではあるが読み切り形式の『コナン・サーガ』へのオマージュである」と述べ、翻訳チームは「『水戸黄門』や『キャプテン・アメリカ』を第一話から読んでるファンは少ない(ので読み進めるのにさほど予備知識は必要としていない)」と述べている。
第4部以降は時系列シャッフルは廃止し、時系列順に連載進行している(外伝的サブストーリーはその限りではない)。
リー・アラキの助手。気弱な性格。日本有数の頭脳を持っている。
ジェノサイドの脱走事件に巻き込まれ死亡するが、保管されていた遺体にアーチニンジャの「フジミ・ニンジャ」を憑依させられヴァンパイアニンジャ「ブルーブラッド」となり復活。アンデッドでありながら生前の記憶を有する稀有なニンジャとなり、以降は芝居がかったナルシストな性格になっているが、リー先生への忠誠は全く変わらない。
リー・アラキに心酔する一方、フブキを一番に嫌い、次いでニンジャスレイヤーを憎んでおり、またソウルがシ・ニンジャの眷属であったため、第4部の段階では本人の意思とは別にヤモト・コキに対しても忠節を尽くしがちである。
温暖なリゾート地とされる。 交通手段はキョートからの空路。
ニンジャとは、様々なカラテとジツを操り、人智を超えた驚異的な戦闘能力を得た半神的存在を指す。
栄えている文明に忍び込み、カラテやジツによって社会を乗っ取り支配する存在で、平安時代の日本を暴力と恐怖によって支配し一般人を平然と虐げた半神のごとき存在である。日本に限らず、いわば世界史を裏側から動かしてきた力であり、作中では古代エジプトなど世界各地にもニンジャがいたことが示唆されている。織田信長やヴラド・ツェペシュなどもニンジャである。
キンカク・テンプルでの「ハラキリ・リチュアル」によって歴史から姿を消して以降、こうしたニンジャ真実は徹底した隠蔽と改竄により、物語開始時点では伝説にしか出てこない架空の存在とみなされている。ニンジャはフィクション上の存在としては人気のあるモチーフであり、子供向けの玩具などに用いられることもある。だが、かつてのニンジャクランの抗争の歴史を暗喩的に表現した民話や神話は世界中に存在し、ニンジャの恐ろしさは今もなお日本人の心の奥底に残っている。桃太郎や浦島太郎などの昔話、吸血鬼やゾンビといった怪物もニンジャの伝承を一般向けに改変されたもの。