京都先端科学大学
大学院人間文化研究科人間文化専攻修士課程を開設
2003年(平成15年)3月 - 第11代理事長に辻本一彦就任
2004年(平成16年)4月 - 京都学園大学人間文化学部の文化コミュニケーション学科をメディア文化学科に名称変更
2005年(平成17年)11月 - 学園創立80周年記念式典を挙行
2006年(平成18年)4月 - 京都学園大学バイオ環境学部(バイオサイエンス学科・バイオ環境デザイン学科)を開設。京都学園大学人間文化学部の人間関係学科、メディア文化学科を改組し、心理学科、メディア社会学科、歴史民俗・日本語日本文化学科を設置。京都学園大学京町家キャンパスを開設。リエゾンセンターを開設。京都学園高等学校のICTコースを国際ICTコースに改称
2009年(平成21年) 3月 - 第12代理事長に西井泰彦就任 4月 - 京都学園大学人間文化学部に国際ヒューマン・コミュニケーション学科を開設
2010年(平成22年)4月 - 大学院バイオ環境研究科バイオ環境専攻博士前期課程・博士後期課程を開設。経済学研究科の地域政策専攻を経済学専攻に名称変更
2012年(平成24年) 3月 - 学校法人京都学園が京都市山ノ内浄水場跡地活用について南側用地の優先交渉事業者として選定される 8月 - 学校法人京都学園が京都市山ノ内浄水場跡地南側用地の跡地活用事業者として決定。京都太秦キャンパス開設の基本協定を締結。既存のキャンパスは京都亀岡キャンパスと称する。 11月 ‐ 第13代理事長に田辺親男就任
2014年(平成26年)4月 - 京都学園高等学校および京都学園中学校が学校法人京都光楠学園として学校法人京都学園から分離