ポケットモンスター ハートゴールド・ソウルシルバー
『ダイヤモンド・パール・プラチナ』にあったポケモンコンテストと化石掘りの要素は本作には入っていない。ポフィン作りの要素もないが、コガネシティの美容室での散髪とマサラタウンでの毛づくろいに「うつくしさのコンディション」を高める効果が追加されたので、ヒンバスをミロカロスに進化させることは可能。
『ダイヤモンド・パール・プラチナ』にあった「特定の場所にいる状態でレベルアップすると進化する」ポケモンは、それらの場所が存在しないため、進化させられない。
『プラチナ』から追加されたギラティナ専用アイテムの「はっきんだま」はギラティナに持たせていても通信交換の際に強制的にバッグにしまわれるため、『ハートゴールド・ソウルシルバー』に持ちこめない。
『ファイアレッド・リーフグリーン』『ダイヤモンド・パール・プラチナ』にあった何度でもトレーナーと対戦できる「バトルサーチャー」は本作には登場しない。代わりにポケギアの電話機能が存在するが、曜日と時間帯ごとに再戦できるトレーナーが限られており、トレーナーのほぼ全員は1回戦うたびにレベルアップしていき、3回目以降からは最高レベルになる。
仕様変更のため、GBシリーズ(『赤・緑・青・ピカチュウ』、『金・銀・クリスタル』)やNINTENDO64(ポケモンスタジアムシリーズ)との通信はできない。ゲームキューブソフト『ポケモンボックス』・『ポケモンコロシアム』・『ポケモンXD 闇の旋風ダーク・ルギア』で入手できるポケモンには対応しているが、通信にはGBAシリーズを経由しなければならない。 『金・銀・クリスタル』に存在していた「タイムカプセル」に相当する『赤・緑・青・ピカチュウ』との相互通信の機能は存在せず、パルパークのみとなっている。
今までイベントなどでしか入手できなかったため「ぜんこくずかん」完成には必要なかったホウオウとルギアは、本作では通常プレイで入手できるようになったので、必須で登録しなければならない。
『ポケモンバトルレボリューション』でミステリオの手持ちは『ダイヤモンド』をストレージした場合の手持ちになる。
「スピード」「スタミナ」部門で登場。
タッチスクリーンを何度もはじくようにこすってダッシュしながら、障害物をよけつつ、ポケモンを交代させながらトラックを走る競技。疲れている状態で相手にぶつかると交代できず身動きが取れない。障害物は2種類あり、ゴツゴツした石の上に入ると走ることができず、メタグロスの形をした大きな岩に当たると跳ね返される。またメタングの形をした岩もある。「スピード」が高いほど速く走りやすく、「スタミナ」が高いほど長く走りやすい。