東京湾
多摩川、鶴見川、荒川、隅田川、江戸川、小櫃川などが注いでいるが、湾口が狭く外海との海水の交換は行われにくい。そのためプランクトンの異常発生である赤潮が度々発生してきた。
1960年代から1970年代の東京湾沿岸部の埋め立ての際、埋め立て土砂を海底から採取したために、流れの悪い浚渫窪地ができた。ここに貧酸素水塊と栄養塩が溜まり、嫌気性細菌により大量の硫化水素が発生する。このことが青潮の発生源の一つとなっている。現在の東京湾では約1億立方メートルの浚渫窪地が存在する。
東京湾内の浮遊ゴミおよび浮遊油を回収する目的で、清掃兼油回収船「べいくりん」が国土交通省関東地方整備局・千葉港湾事務所により運用されている。