整備新幹線
これに対し、JR北海道は、小樽駅 - 札幌駅間に関しては継続運行を表明したものの、新函館北斗駅 - 函館駅間の継続運行の方針は示さず、北海道新幹線の延伸区間の認可・着工には函館駅 - 小樽駅間の経営分離の同意が必要不可欠である旨の方針を示したため、最終的に函館市を含む沿線自治体が同区間の経営分離に合意することとなった。
2022年2月3日、並行在来線となる函館駅 - 小樽駅間のうち、長万部駅 - 余市駅間については、鉄道を維持した場合に多額の維持費用により赤字が生じることから、沿線自治体の協議において鉄道存続を断念、バスに転換することで合意した。新幹線開業に伴う並行在来線の廃線は、1997年10月1日の北陸新幹線高崎駅 - 長野駅間開業に伴い廃止された信越本線の横川駅 - 軽井沢駅間以来、2例目となる。
一方、余市駅 - 小樽駅間については、小樽市への通勤、通学が多い余市町が第三セクター鉄道での存続を主張していたことから、バス転換も視野に入れる小樽市との協議がまとまらず、結論が先送りされていたが、2022年3月26日に北海道と小樽市、余市町がバス転換で合意し、翌27日の沿線9自治体と北海道との協議で長万部駅 - 小樽駅間の廃止・バス転換が合意された。
1996年、新規着工の財源にJR本州3社(JR東日本・JR東海・JR西日本)の固定資産税軽減特例(1/2)(新スキームの項参照)を活用する方針が示され、新規着工区間の選定が活発化する。
同年12月25日、政府与党合意により、候補となる3線3区間を選定。政府・与党整備新幹線検討委員会による採算性の検討などを行い、1998年1月21日、着工および着工区間の優先順位が決定した。これらの区間は同年3月に着工している。
1.東北新幹線:八戸駅 - 新青森駅間(フル規格)→2010年開業。
1.九州新幹線(鹿児島ルート):船小屋駅(九州新幹線全通に合わせて筑後船小屋駅に改称) - 新八代駅間(スーパー特急方式。同時に着工済みの八代駅 - 西鹿児島駅間の起点を新八代駅に変更)→2011年フル規格で開業。
2.北陸新幹線:長野駅 - 上越駅(仮称。現・上越妙高駅)間(フル規格)→2015年開業。