桔梗駅
相対式ホーム2面2線を有する複線区間の地上駅。互いのホームは両ホーム北側を結んだ跨線橋で連絡している。また雪かき車などの特殊な車両を待機させるための側線を1線有する。
五稜郭駅管理の業務委託駅(北海道ジェイ・アール・サービスネット委託)。早朝夜間・日祝は駅員不在。
みどりの窓口設置。
かつては単式ホーム・島式ホーム(片側乗降不可)複合型の2面2線に中線を有する配線であった。この中線は上り貨物専用の、乗降不可となっている島式ホームの外側の線は下り貨物専用の待避線となっていた。そのほかに上り本線の函館方から駅舎側に分岐する側線、上り副本線と下り本線の間の旭川方、上り本線と下り本線の間の函館方に渡り線を有していた。