バーチャルコンソール
使用するコントローラは、各プラットホーム毎に対応・非対応が異なるが、
Wii U GamePad
Wii U PROコントローラー
Wiiリモコン (横持ち・縦持ち)
クラシックコントローラ(PRO含む)
USBキーボード
が使用可能である。
ファミコンのマイク機能が別のボタンを押下する形で機能を代替したり、ディスク入れ替えの省略や読み込み速度の高速化により快適にプレイできるよう調節されている。逆に代替機能を搭載していないため、実機では可能だったがバーチャルコンソール版では使えなくなった機能もある。 ファミコンディスクシステムのゲームはディスクの読み込み時間が軽減され、A面とB面の入れ替えや前後編2枚組のタイトルが一作に統合されている。 ファミコンのマイク機能を使用する『たけしの挑戦状』では、マイクで歌う部分がWiiリモコンのBボタンで操作する仕様に変更されている。 PCエンジンのCD-ROM2タイトルのCD-DA部分はそのままでは容量が大きすぎるため、配信向けに音声圧縮によってソフト容量を圧縮する形で収録され、読み込み時間も軽減されている。また、初代のCD-ROM2タイトルであってもSUPER CD-ROM2タイトルに対応したシステムカードのスーパーシステムカード Ver3.0が使われている。 『アトラス』はアーケードカード対応モードとなり、バーチャルコンソール版はマウス非対応のため、マウス切り替えボタンが操作に割り振られていない。 メガドライブの『ソニック&ナックルズ』ではロックオンシステムを再現するため、すでにソニック1、2、3のどれかをダウンロードしている場合、メニュー画面でロックオンシステムを使用することができる。
プレイ中にWiiリモコンのHOMEボタンを押し、メニューから「説明書」を選択することで、画面上でそのソフトの取扱説明書を確認できる。
なお、ファミコン・スーパーファミコン・NINTENDO64の配信済みおよび配信開始間近のタイトル(自社タイトル・サードパーティタイトル問わず)については、任天堂Wii紹介サイトの「バーチャルコンソール タイトルラインナップ」から行ける紹介ページでゲーム説明や操作方法を見ることができる。同様にPCエンジンのタイトルはハドソンの特設サイト、マスターシステムとメガドライブのタイトルはセガの特設サイト、NEOGEOのタイトルはSNKプレイモアの特設サイトでゲーム紹介・説明を見ることができる(リンク先は外部リンクに記載)。
一方、バーチャルコンソールアーケードについては各自のメーカーの特設サイトを設けているが、(現在配信中のタイトルでは)テクモは紹介ページを設けており、セガはマスターシステムとメガドライブ配信タイトルの特設サイトで一括して紹介している。バンダイナムコゲームスはスクリーンショットと(配信中タイトルについては)YouTubeのバンダイナムコゲームスチャンネルの該当タイトルの動画(およそ20〜40秒程度)へのリンクに留められていたが、2009年11月以降配信開始のゲームについては個別の紹介ページが設置されるようになり、2020年現在全配信タイトルに設置されている。