第5特科隊
第5特科隊本部
本部管理中隊「5特-本」
第1射撃中隊「5特-1」
第2射撃中隊「5特-2」
第3射撃中隊「5特-3」
第5特科連隊 廃止時の編成
※2004年(平成16年)3月28日
第5特科連隊本部
本部中隊「5特-本」
情報中隊「5特-情」
第1特科大隊 第1特科大隊本部 本部管理中隊「5特-1-本」 第1射撃中隊「5特-1-1」 第2射撃中隊「5特-1-2」
第2特科大隊 第2特科大隊本部 本部管理中隊「5特-2-本」 第3射撃中隊「5特-2-3」 第4射撃中隊「5特-2-4」
第3特科大隊(美幌駐屯地) 第3特科大隊本部 本部管理中隊「5特-3-本」 第5射撃中隊「5特-3-5」 第6射撃中隊「5特-3-6」
第5特科大隊 第5特科大隊本部 本部管理中隊「5特-5-本」 第9射撃中隊「5特-5-9」 第10射撃中隊「5特-5-10」 第11射撃中隊「5特-5-11」
多連装ロケット中隊「5特-多」