コロニア・ディグニダ
更に外ではコロニアに協力する住民と軍、警察、ドイツ大使館によって守られていた。
たとえ親子であっても共にいることは徹底して禁じられた。このため同じ入植地で過ごしながら、親子で撮った写真すらほとんどないのである。彼らは双方とも薬を打たれ、電気ショックなどの拷問を受け続けた。こうした中シェーファーは好き勝手に暴力を振るい、日々子供たちを性的に虐待し続けた。また労働は7歳から始まり、1週間7日、1日16時間、365日続いた。反抗的な者に対してはほぼ日常的に暴力が振るわれた。
外部からの情報を遮断する意味から、テレビや電話、カレンダーは禁じられ、住民はバイエルンの農民の服を身に纏い、ドイツの民謡を歌いながら働いていた。セックスも禁じられ、性欲を抑える薬の服用を強要された住民もいた。専ら女児(時には男性にも)に対し鎮静作用のある薬が投与された。殴打や拷問といった形での躾は日常的に行われた。
だが一方で、シェーファーは子供に対する性的なもて遊びをルーティーンとしていた。またシェーファーが望むことを喜んでやらない場合は、別の建物に連れて行かれ、電気ショックを含む拷問を受けた。
1973年9月11日、チリはクーデターに見舞われた。アウグスト・ピノチェトの軍事政権(英語版)下、秘密警察である国家情報局(スペイン語版)(DINA)に捕まった者およそ300人がコロニア・ディグニダへ連行された。軍事政権にとってコロニアは好都合であった。なぜならコロニアは広大な閉鎖された土地を持ち、チリ国軍との関係も強固であったからである。またコロニア住人への拷問は設立当初からであり、その他暴力にも強い親和性があった。
チリの政治犯たちはパラル市内の警察署や刑務所、さらに首都サンティアゴからコロニアに連行され、そこで更に重いドイツ式の取り調べや拷問を受け、場合によっては行方不明にされた。パラル市内の刑務所や警察署などと比べ、コロニア・ディグニダの方が、より洗練された「ドイツ(ナチ)式拷問法」、つまり重い拷問法を持っていた。
またコロニア・ディグニダ自身は秘密主義だが、関係する者たち全ての情報を集めた。たとえば住民、敵、タクシー運転手、ジャーナリスト、弁護士、友人である軍事政権側の関係者や彼らの敵、味方など、一人一人についても諜報活動を行い、ファイル化していた。
免責によって守られた秘密警察及びコロニア側の協力者双方によって取り調べ及び拷問を受け、少なくとも100人が殺されたと考えられている。その中にはアメリカのペンシルバニア州立大学の、ドイツ人ユダヤ系数学者ボリス・ウェイスフェイラー(英語版)も含まれる。