動物
伝統的に諸民族で、生物は植物と動物に大別されてきた。古代ギリシアのアリストテレスは『動物誌 Περὶ Τὰ Ζῷα Ἱστορίαι』などの著作において動物と植物の中間的存在を認めつつこの区分を採用し、感覚と運動の能力は動物にだけ見られるとし、霊魂の質的差異によって理論的に説明しようとした。さらに動物を赤い血を持つ有血動物(ἐναίμος、現代の「脊椎動物」に相当)とそうでない無血動物(ἀναίμος、現代の「無脊椎動物」に相当)に二分し、発生様式と足の数を主要な基準として体系的に細分した。アリストテレスはリンネ式階層分類とは異なり、全ての上位分類に「類 γένος」を用い、有血動物を人類・胎生四足類・卵生四足類・鳥類・魚類に、無血動物を軟体類(μαλάκια、現在の頭足類)・軟殻類(軟甲類、μαλακόστρακα、現在の軟甲類 Malacostracaに相当)・有節類(ἔντομα、現在の節足動物から甲殻類を除いた概念)・殻皮類(ὀστρακόδερμα、現代の貝類に加え、ウニ類、ホヤ類を含む)に分けた。
胞胚は内胚葉が外胚葉から分画される嚢胚形成(原腸胚形成、gastrulation)を経て嚢胚(原腸胚、gastrula)期に至る。嚢胚は内外二重の細胞層からなり、胚葉の区別が現れる。嚢胚を形成する方法は分類群により異なり、最も一般的なものは陥入(invagination、まくれこみ emboly)である。陥入では植物極側の細胞層が胞胚腔に向かって折れ曲がり、内胚葉となる。内胚葉のつくられた盲管状の部分を原腸 (archenteron)、その入口を原口 (blastopore)と呼ぶ。この嚢胚形成の方法は棘皮動物などに典型的で、棘皮動物では原腸の両壁には広い胞胚腔が残されているが、箒虫動物では原腸の壁に外肺葉が密着し、胞胚腔を残さない。以降に示す被いかぶせや内展も陥入の変形とみられている。環形動物や軟体動物では被いかぶせ (epiboly)という方法で嚢胚形成が行われる。胞胚における動物極側の小割球の分裂が先に進行して、卵黄に富んだ植物極側の大割球を包囲することによって嚢胚ができる。小割球由来の外側の細胞が外胚葉層となり、内側の大割球群が内胚葉となる。被いかぶせでは、胞胚腔はかなり縮小している。
20世紀末の分子遺伝学の知見を踏まえると、生物は真正細菌、古細菌、真核生物の3つに分かれるが(3ドメイン説)、そのうち動物は植物、菌類(キノコやカビ)、原生生物とともに真核生物に属する。なお、原生生物の一部である原生動物(ゾウリムシ、ミドリムシ、アメーバなど)は本項で言う動物(後生動物)とは系統上の位置が異なり、それ自身も多系統である事が判明している。
なお、日本の初等教育では3ドメイン説以前の二界説(2011年まで)ないし五界説(2012年以降)に基づいて生物の分類を説明している。二界説での「動物」は原生動物を含み、3ドメイン説での知見を反映しない。一方、五界説での動物は3ドメイン説のものと基本的に同じであり、原生動物は原生生物として動物とは区別されている。
動物は、真核生物の中でもオピストコンタ(後方鞭毛生物、Opisthokonta)という単系統性が強く支持される系統群に属し、ここには動物以外に菌類や一部の真核生物が属する。オピストコンタに属する生物は、後ろ側にある1本の鞭毛で進むという共有形質を持ち、動物の精子やツボカビの胞子が持つ鞭毛がこれにあたる。
顎口動物門 Gnathostomulida Ax, 1956
微顎動物門 Micrognathozoa Kristensen & Funch, 2000
輪形動物門 Rotifera Cuvier, 1798
腹毛動物門 Gastrotricha Metschnikoff, 1864
扁形動物門 Platyhelminthes Hyman, 1951(Plathelminthes Schneider, 1873)
苔虫動物門 Bryozoa (外肛動物 Ectoprocta Nitche, 1870)
内肛動物門 Entoprocta Nitche, 1869(曲形動物 Kamptozoa Cori, 1921)
箒虫動物門 Phoronida Hatschek, 1888
腕足動物門 Brachiopoda A.M.C. Duméril, 1806
紐形動物門 Nemertea Quatrefages, 1846(Rhynchocoela Schultze, 1851)
軟体動物門 Mollusca Cuvier, 1797
環形動物門 Annelida J-B. Lamarck, 1809
環形動物は環帯類(貧毛綱(=ミミズ)とヒル綱)、多毛類(=ゴカイ)、スイクチムシ類を含む門である。かつては独立した門だと思われていた有鬚動物(ゆうしゅどうぶつ、現シボグリヌム科)、ユムシ動物、星口動物を含むことが分子系統解析から分かり、多毛類がそれらの分類群をすべて内包し、多系統である事もわかった。
Rouse and Fauchald (1997)による形態に基づく従来の系統関係は次の通りである:
分子系統解析に基づく系統樹は次の通りである: