奥羽越列藩同盟
磐城平藩 当初、6万7千石から3万4千石へ減封のうえ、陸中国磐井郡の転封の措置が下されたが、新政府に7万両を献納し、所領安堵。 藩主・安藤信勇は、一時謹慎(戊辰戦争の間、京都にいて恭順の意を示していた)。国元で指揮を取った前々藩主安藤信正には永蟄居の処分が下った(明治2年(1869年)に解除)。
相馬中村藩 新政府に1万両を献納し、所領安堵。 藩主・相馬誠胤は、一時謹慎。
久保田藩: 賞典禄2万石授禄。
松前藩: 賞典禄2万石授禄。
新庄藩: 賞典禄1万5000石授禄。
弘前藩: 賞典禄1万石授禄。
本荘藩: 賞典禄1万石授禄。
守山藩: 賞典禄9300石授禄。
矢島藩: 賞典禄1000石授禄。
三春藩
新発田藩
下手渡藩: 下手渡を分領として残したまま、筑後三池を回復。三池藩を再立藩。
上野戦争から逃れ、6月6日に会津に入っていた寛永寺の門跡、輪王寺宮公現入道親王を同盟の盟主に戴こうとする構想が浮上した。輪王寺宮は「会稽の恥辱を雪ぎ、速に仏敵朝敵退治せんと欲す」と述べるなど、新政府軍に対して強い反感を持っていた。同盟側は輪王寺宮に対し、軍事的要素も含む同盟の総裁への就任を要請した。しかし輪王寺宮は「君側の奸」を除くことには同意し、政治面での盟主にはなるが、出家の身であるために軍事面では指導できないとした。結局、6月16日に盟主のみの就任に決着、7月12日には白石城に入り列藩会議に出席した。
この際輪王寺宮が同盟の「天皇」として推戴されたという説が存在する。瀧川政次郎がその可能性があると指摘し、遠藤進之助、亀掛川博正らも追随している。藤井徳行はこの説をさらにすすめ、当時の日本をアメリカ公使は本国に対して、「今、日本には二人の帝(ミカド)がいる。現在、北方政権のほうが優勢である。」と伝えており、新聞にも同様の記事が掲載されている ことや、この「朝廷」が「東武皇帝」を擁立し、元号を「大政」と改め、政府の布陣を定めた名簿が史料として残っている ことなどから、「東北朝廷」の存在はほぼ確定的になったと主張した。星亮一、小田部雄次などがこの説を支持している。一方で石井孝、工藤威は現実性をもたない、構想のみのものであったと批判している。