九州旅客鉄道鉄道事業本部
門司保線区(担当区間:鹿児島本線門司港 - 海老津間、山陽本線管内全区間、日豊本線管内全区間)
博多保線区(担当区間:鹿児島本線教育大前 - 大牟田間、香椎線全線、久留米鉄道事業部管内全区間)
筑豊篠栗鉄道事業部直方工務所
佐賀鉄道事業部佐賀工務所
2003年(平成15年)12月1日 - 九州新幹線の部分開業に備え、鹿児島県川内市(現在は薩摩川内市)に新幹線鉄道事業部を設置。
2004年(平成16年) 3月13日 - 九州新幹線 新八代 - 鹿児島中央間開業。 6月1日 - 鹿児島総合車両所が鹿児島支社から本社直轄となり、略号も「鹿カコ」から「本カコ」に変更される
2009年(平成21年)4月1日 - 日田彦山鉄道事業部を筑豊篠栗鉄道事業部に統合。
2010年(平成22年) 4月1日 - 北部九州地域本社が管轄していた各在来線の管理が再度本社直轄に戻る。これにより、北部九州地域本社は企画部のみ残される形となる。九州新幹線の鹿児島ルート全線開業に備え、鉄道事業本部内に新幹線部を発足。その後、全線開業までの間に新幹線鉄道事業部の機能を順次移行。 11月22日 - 九州新幹線に熊本総合車両所を設置。川内新幹線車両センターの機能を全面移行。
2011年(平成23年) 3月12日 - 九州新幹線 博多 - 新八代間開業。川内新幹線車両センターを川内駅構内に統合する形で廃止。 4月1日 - 鹿児島総合車両所を廃止。車両基地機能を鹿児島車両センターとして鹿児島支社に移管するとともに宮崎車両センター新編。
2021年(令和3年)4月1日 - 佐賀鉄道部と唐津鉄道事業部と統合し、佐賀鉄道事業部発足。
2022年(令和4年) 6月20日 - 西九州新幹線に熊本総合車両所大村車両管理室を設置。 9月23日 - 西九州新幹線 武雄温泉 - 長崎間開業。