キノコ
ベニテングタケ
テングタケ
イボテングタケ
ワライタケ
オオワライタケ
ヒカゲタケ
ヒカゲシビレタケ
ミナミシビレタケ
オオシビレタケ
センボンサイギョウガサ
ジンガサタケ
アイゾメシバフタケ
ハエトリシメジ
ウスキテングタケ
アイセンボンタケ
ツキヨタケ(毒)
オオシロカラカサタケ(猛毒)
カキシメジ
ニガクリタケ(猛毒)
オオワライタケ
クサウラベニタケ
ドクヤマドリ
ヒダハタケ(猛毒)
ドクベニタケ
ハナホウキタケ
キホウキタケ
コガネホウキタケ
ニセショウロ類
シロハツモドキ
ネズミシメジ
アシベニイグチ
ドクカラカサタケ
ヒロヒダタケ
ヒメアジロガサ
菌類に寄生する菌類を菌寄生菌と言うが、その中には特にキノコを攻撃する例もある。特に有名なのはヤグラタケで、ベニタケ類のキノコに生じる。ヤグラタケ自身も標準的なキノコの形なので、大きなかさの上に小さなかさが並ぶという、特徴的な外見を呈する。また、タケリタケは未成熟のキノコについて、太い茎と展開しないかさとを持つ特異な形態に変形させる。
タンポタケやタマノリイグチなどは、地中性の子実体に寄生するので、発生状況を一見しただけでは菌寄生菌であると判断しにくく、宿主を切り離さないように掘り起こす必要がある。
カビの類でもキノコを攻撃するものがいくつかある。接合菌類に属するタケハリカビやフタマタケカビが有名で、前者ではキノコの上にまち針が並んだような、後者ではきのこ全体が綿をかぶったような姿になる。また、アワタケヤドリはタケリタケの一種の無性世代であるが、特にイグチ科の大型きのこの上に発生し、多量の無性胞子を形成して宿主を黄色い粉塊状におおう状態が野外でしばしば観察される。
以上はキノコの子実体そのものに寄生するものであるが、ボタンタケ(Hypocrea spp.)およびその無性型であるトリコデルマ(Trichoderma spp.)は、主として木材上に見出され、材の内部に生息する他のきのこの菌糸の内容物を吸収している。ときに、シイタケ栽培上で大きな害を生じることがある。また、真の菌類の一員ではないが、また、変形菌にもキノコを餌とする例がある。特に、ブドウフウセンホコリは有名で、別名をキノコナカセホコリという。
なんでもかんでも引っこ抜くというのは慎むべきである。逆に胞子をまいて食用キノコを増やそうとする行為も見受けられる。これは明確に有害とは言えないが、効果が疑問であり、自然のバランスを崩す行為である。また、人間にとって危険な毒キノコを除去するような行為は有益なようで実際は単なる自然破壊に過ぎない。
キノコによる中毒が疑われる状態になった場合には、食べたものを吐かせ、ただちに医師の診察を受けなければならない。その際には、食べたキノコの残りがあれば持っていったほうがよい。どのようなキノコによる中毒かがわかったほうが適切な治療がしやすいからである。調理したものの残りや吐いたものの中にも手がかりがある場合がある。キノコの種類によっては、摂取から発症までに数日を要するものもある。医師の診察を受ける際には「4日前に山で採集したキノコを食べた」と、より詳細を伝えることで救命率が改善される場合がある。
ベニテングタケの毒性はさほど強くない(近縁種には猛毒キノコがある)。昭和中期の資料では、日本国内でも採れる毒キノコであるベニテングタケを、猛毒あるいは致死性の高い毒キノコと表記しているものがあった。ベニテングタケは他の食用、毒キノコに比べて圧倒的に目立ちやすく、誤食した場合の症状が幻覚性であること、長野県のごく一部にて塩漬けにして食用とされる事例が存在する(詳細はベニテングタケを参照)ことを考慮し、あえて毒性を強調して書くことにより事故を予防したものと見られる。
ニセショウロ目 ツチグリ科 - ツチグリ ニセショウロ科 コツブタケ科
ケシボウズタケ目 ケシボウズタケ科 クチベニタケ科
メラノガステル目 メラノガステル科
チャダイゴケ目 タマハジキタケ科 チャダイゴケ科
ホコリタケ目 ヒメツチグリ科 - エリマキツチグリ ホコリタケ科 - ホコリタケ(別名キツネノチャブクロ)、オニフスベ、ノウタケ
スッポンタケ目 アカカゴタケ科 - イカタケ、アカイカタケ スッポンタケ科 - キツネノエフデ、キツネノロウソク、キヌガサタケ(食用)、スッポンタケ プロトファルス科
ヒメノガステル目 ジャガイモタケ科 ショウロ科 - ショウロ(食用)
有用なキノコでは、栽培されてきたものもある。シイタケなどを枯れ木に接種して育てる原木栽培、マッシュルームなどを堆肥を敷いて育てる堆肥栽培などが古くから行われ、現在ではおがくずなどの基質を滅菌して菌を育てる菌床栽培も行われている。また、マツタケなど人工培養が出来ないものでも、その生育地の環境を整えて増殖をはかる林地栽培が行われている例もある。現在も新しい菌種の栽培が試みられている。 野外にかぎらず屋内で栽培される場合も多い。採石場の跡地などを利用して大規模に生産される施設もある。アメリカでは自宅の地下室でキノコを堆肥栽培することが流行した。
その菌種の栽培法に適した栽培法を採用し、菌糸体の成長のための温度を保ち、エノキタケやヒラタケのように培地への菌糸体のまん延と同時に子実体を形成する菌種以外では、熟成期間を要する。日本で食用にされる一般的な食用菌種では25から30度ほどの温度が菌糸体の成長に適しており、子実体の形成には10度前後が適する菌種であったり、15度前後であったりと幅がある。また多くは真っ暗では子実体を形成しないため、最高で500ルクスほどの紫外線を照射し、またこの光という条件は奇形化を防ぎ子実体をよく成長させるために必要である。