ハコネサンショウウオ属
サンショウウオ科内では初期に分岐した系統だと考えられている。2012年に本属のみでOnychodactylinae亜科を構成する説が提唱されている。
以前は日本産のハコネサンショウウオと大陸産のハコネサンショウウオモドキの2種のみが知られていたが、分子系統学的解析から複数の隠蔽種が含まれることが確認されており、将来的にはより複数の種に分かれる(ハコネサンショウウオ: 近畿個体群、中国地方個体群、ハコネサンショウウオモドキ: 大韓民国個体群、中華人民共和国個体群、ロシア個体群)可能性が示唆されている。近年の例として2012年にハコネサンショウウオ東北地方北部個体群がキタオウシュウハコネサンショウウオ、ハコネサンショウウオモドキ大韓民国個体群がO. koreanus、吉林省個体群がO. zhangyapingi、遼寧省個体群がO. zhaoermiiとしてそれぞれ新種記載された。2013年にハコネサンショウウオ筑波山系個体群がツクバハコネサンショウウオとして新種記載された。
日本(秋田県・青森県・岩手県・宮城県・山形県)とされるが、分布の南限は不明。タイプ産地は矢捨山(平川市)。種小名nipponborealisは「日本(nippon)」と、ラテン語で「北」の意があるborealisの組み合わせで「北日本」の意。
日本(筑波山地の足尾山・加波山・きのこ山・筑波山・燕山<石岡市・桜川市・つくば市>)。タイプ産地は筑波山(桜川市旧真壁町)。種小名tsukubaensisは筑波山に由来する。