どうぶつ奇想天外!
」とタイトルコールをする映像を入れるなど、場合によってはエンディングの提供読みとその後のCMを前倒しし、特集や最後の問題で番組を終了するという構成に再び変更した。さらに4月13日以降の放送では、提供スポンサーの一部入れ替えや、クイズの出題数の低減、そしてそれまでは番組スペシャル回を中心に行っていたゲスト解答者を迎えての放送をレギュラー化し、優勝者が複数出た場合の対応や、海外旅行プレゼントの応募方法も変更した(詳細はルールを参照)。放送16年目に突入した10月12日放送分からは、それまでのメインであったクイズに代え、全面VTRを見ながら出演者陣がトークを繰り広げる形式が中心となるなど、わずか1年の間に度重なるテコ入れが行われた。
2008年12月、本番組が2009年3月をもってレギュラー放送を終了することがサンケイスポーツなどによって報じられた。そして番組内でも2009年3月1日放送分のエンディングにおいて、3月29日放送分をもって終了することが正式に発表された。これにより、1983年からの『わくわく動物ランド』時代を含めて25年以上続いたTBSの動物バラエティ番組の歴史にピリオドが打たれた。本番組の打ち切りに、みのは激怒し「何故、歴史ある動物番組を潰すんだ!」「潰すなら他の番組があるだろ」としてTBS上層部にクレームを付けたと、2009年3月発売の『週刊朝日』が報じている。「他の番組」とは、同年6月に終了することになった『水曜ノンフィクション』を指しているとのことである。
最終回は、2009年3月22日・3月29日の2週にわたって19:00 - 20:54の拡大版で放送された。