本斗郡
江戸時代になると、西蝦夷地に属した。慶長8年(1603年)宗谷に置かれた役宅が樺太を管轄するようになり、貞享2年(1685年)宗谷場所に含まれた。宗谷では樺太アイヌに対しても撫育政策としてオムシャなどが行われた。宝暦2年(1752年)ころシラヌシにて交易が行われ、数箇所の漁場が開設された。寛政2年(1790年)樺太南端の好仁村白主に松前藩が樺太商場(場所)を設置、場所請負人は阿部屋村山家。幕府は勤番所を置く。このときトンナイ(ホントケシ、本斗町)にも拠点が置かれ、後に藩の出先機関の機能も兼ねた運上屋となり、撫育政策オムシャが行われ、白主の有力者が乙名(役蝦夷)に任命されるようになった。当時の地方行政の詳細については、場所請負制成立後の行政および江戸時代の日本の人口統計も参照。その後、場所請負人は、寛政8年から大阪商人・小山屋権兵衛と藩士・板垣豊四郎、翌9年からは板垣豊四郎が単独となる。寛政12年(1800年)松前藩、カラフト場所直営。直営時代は藩士・高橋荘四郎と目谷安二郎が管理し、兵庫商人・柴屋長太夫が仕入れを請負った。
第一次幕領期
文化4年(1807年)の文化露寇 を受け、樺太を含む西蝦夷地が松前奉行の管轄する公議御料(幕府直轄領)となった(〜1821年、第一次幕領期)。