御璽
当初は宮内省が、後に宮内省外局の内大臣府が国璽と共に保管し、内大臣が押印した。第二次世界大戦前は、天皇の1泊以上の旅行に際して、内大臣秘書官が持参して歩いた。第二次世界大戦後に内大臣府が廃止されると宮内省侍従職へ移され、宮内庁設置に伴い宮内庁侍従職が保管し(宮内庁法第2条第5項、同第4条第1項)、現在は事務主管の侍従職補佐が押印する。紫と白の袱紗に包み、専用の革製ケースに入れて保管されている。国璽と同様、国立印刷局特製の朱肉を用いた上で、位置ずれや傾きが無いよう専用の定規(印矩)を当てて、御名(署名)に少し掛かるように押すのが習わしとされる。
日本国憲法下の皇位継承儀式では、「剣璽等承継の儀」として皇位の証である剣璽(天叢雲剣・八尺瓊勾玉)と共に国璽と御璽の承継が行われる。