連作
焼土機や蒸気消毒器などを用いて土壌を加熱し、病原菌の感染源密度を低下させる方法である。機械や設備が高価で、大面積の処理には不向きである。近年、燻蒸剤処理の代替方法として、プラスチックフィルムを土壌表面に張り、太陽熱により土壌温度を上昇させ、物理的に病原体や害虫を駆除する太陽熱消毒法の普及が進んでいる。
病害虫の繁殖を防ぐために特定の作物を対象作物の傍らで育てて連作障害を回避する方法もあり、この場合に傍らに植える植物をコンパニオンプランツという。例えば、春ダイコンの場合にはネグサレセンチュウによる被害を防ぐためにアフリカマリーゴールドを植えたり、キュウリの場合には蔓割病を防ぐために葉ネギをコンパニオンプランツとして植えたり、また線虫類による連作障害が甚だしい作物(ダイコン、カブ、チンゲンサイなど)の場合ネグサレ線虫の防除が高いとされるエビスグサなどを近くに植えて効果を期待したりする。