モササウルス
モササウルス科は複数の亜科に分かれており、モササウルスはモササウルス亜科に属する。モササウルス亜科はさらに族に細分でき、モササウルスはクリダステス、リオドン、モアナサウルスとともにモササウルス族に分類される。
本属が命名されたのが19世紀前半であるため、北アメリカとヨーロッパから産出した数多くの種がモササウルス族に割り当てられている。不完全な標本が多く含まれているものの、ヨーロッパの種は実際にはアメリカの種のシノニムであると多くの研究者は提唱しており、どの種をシノニムとしてどの種を独立種とするかについては見解が割れている。例を挙げると、アメリカから産出した巨大な種モササウルス・マキシマスは大半の研究者がモササウルス・ホフマニのジュニアシノニムとみなしているが、頭骨の特徴により両者を区別できると主張する研究者もいる。
一般的には5種が有効であるとされており、その5種とはモササウルス・ホフマニ(タイプ種)、モササウルス・コノドン、モササウルス・レモニエリ、モササウルス・ベアウゲイ、モササウルス・ミズーリエンシスである。さらに日本から産出したモササウルス・ホベツエンシス とモササウルス・プリスマティクスの2種、ニュージーランドから産出したモササウルス・モコロアの1種も、2016年に Street と Caldwell が発表した太平洋におけるモササウルス亜科の分類学的再検討において有効と認められている。
以下のモササウルス類と近縁な分類群のクラドグラムは、D.V. Grigoriev(2013) に基づく。