スペースパイレーツ
パワートゥルーパー パイレーツの胎児にフェイゾンを注入することで誕生した強化兵士である、トゥルーパー系統の中で、パワービームの逆行解析で生み出された。これにより、一般ビーム兵器への耐性を得た反面、パワービームを弱点としてしまった。黄色の体色をしている。 ウェイブトゥルーパー 紫の体色のトゥルーパー。温度変化への耐性を得た反面、電気に対する耐性を失っている。 アイストゥルーパー 白い体色のトゥルーパー。高温への耐性を得た反面、低温に対する耐性を失っている。なお、GC版ではチャージしたアイスビームで凍結、ミサイルで粉砕させることが可能であったが、Wii版では凍結せずにダメージのみが通るよう修正された。 プラズマトゥルーパー 赤い体色のトゥルーパー。低温への耐性を得た反面、高温に対する耐性を失っている。 エリートパイレーツ フェイゾンによるDNA実験『プロジェクトヘリックス』による研究成果で、一般兵よりも強化された大型パイレーツ。ビーム兵器を吸収し、衝撃波として放つことができるほか、大型の火器を装備している。 フェイゾンエリート エリートパイレーツの実験体で、寿命は極端に短いという。全身がフェイゾンの肉腫に覆われている。エリートパイレーツとは違い銃火器は装備していないが、動作は若干素早い。 オメガパイレーツ エリートパイレーツプログラムの最終形態とされ、非常に強力な戦闘力を持つ巨大パイレーツ。周囲のフェイゾンを吸収することで、損傷した装甲を自己再生する能力を持つ。
スペースパイレーツ製の自律行動型飛行メカノイド。常に妨害電波を発しており、接近するとバイザーの視界が歪む。敵と遭遇すると警報を発し、ゲートロックを作動させ逃走経路を封鎖する。目からのレーザーと、両腕の機銃で武装しているが、両腕は平時には体にコンパクトに折りたたんでいる。 ドローンDv-1 水中用に改造されたドローン。墜落したオルフェオンに一度だけ登場。通常のタイプとは違い、戦闘時でも両腕を展開せず、目からのレーザーのみで攻撃する。それ以外の性能については、通常のタイプと大差ない。 ドローンmk-II フェイゾンマインズの中央発電所を警備している、ステルス装置を装備したドローン。レーザーの本数が二本に増加しているほか、攻撃時以外はシールドを展開しており、こちらの攻撃を防御する。機械であるため体温もなく、スキャンバイザーでも捕捉できないため、この敵のみログブックに記録されない。
スペースパイレーツ軍の特殊部隊員。『プライム2』から武装が更に更新され、長距離ワープデバイスやステルスユニットを駆使して戦う。惑星ウルトラガス各所の警備装置を作動させると一定時間経過後にエリア内にテレポートで現れ襲い掛かる。頭部が弱点となっており、ノバビームとXレイバイザーを用いて攻撃すれば一撃で倒すことができるが、エリア内の敵にハイパーモードを発動されると、Xレイバイザーの機能が阻害されてしまう(ただし、その場合でも弱点に命中さえすれば倒すこと自体は可能)。
一般兵よりも大型のビームガンとブレードを持つが、アーマーの下に一般兵と同じ装備も持っており、アーマーが破壊されていても戦闘を続行できる。 パイレーツコマンダー(赤色フェイザイトアーマー) スペースパイレーツ軍コマンド部隊の指揮官。コマンドパイレーツと同じ武装だが、通常よりも希少価値が高く、なおかつ高性能な赤色フェイザイトアーマーを装備している。惑星ウルトラガス各施設に神出鬼没に現れ、指揮や援護を行う。惑星ウルトラガスのフェイゾンシード防衛戦の最終局面にて少数の部下を率いての直接対決となる。こちらはXレイバイザーを使用しても弱点が表示されなくなっている。
アルマジロ型のエイリアン。強固な甲羅に身を包み、体を丸めてボール状態で突進したり、地中に潜って奇襲を仕掛ける事もある。『アザーエム』で初登場。 グリプト星人・ストロンガー 新たに強化を施されたグリプト星人。外見も全体的に刺々しくなっている。背面から鋭利な刃が背鰭のように生えており、体を丸めると丸鋸状になる。オーバーブラストは振りほどかれてしまうため通用せず、スクリューアタックにも耐える程の耐久力を持つ。
フェイゾン生命体。惑星ウルトラガス部隊の最高司令官となる。詳細はリンク先を参照。
『プライム2』で初登場、『プライム3』にも登場する。
ゼーベス星人とは違い、爬虫類らしさが強調されているデザイン。右腕の直流電流加速式キャノンと左腕の前腕固定式の鎌で武装しており、遠近双方に対応できる。集団で襲ってくる場合もあれば、壁や天井に張り付き、待ち伏せている場合もある。 シャドウパイレーツ スペースパイレーツ軍の特務工作兵。物質透過スクリーンで自身の姿を隠す事ができるが、ビームガンは装備できないため、左腕の鎌で接近戦を行う。外見は一般兵に酷似しているが、一般兵とは違い単眼である。 フライングパイレーツ ジェットパックを装備し、空中から攻撃を行う。こちらは鳥類を彷彿とさせる細身のエイリアンである。ビームやミサイルで武装しているが、普通に撃墜すると、ジェットパックの熱暴走を利用してこちらに特攻を仕掛けてくることがある。 アクアパイレーツ スペースパイレーツ軍の水中戦闘兵員。フライングパイレーツと同じ外見。グラビティスーツ技術の応用により、水中を自由に移動することができる。武装はミサイルのみだが、水中ゆえか飛来速度は遅い。
高度な知能と技術力で、全銀河系の支配を企む宇宙規模の海賊。元は名に違わぬ少数のならず者の集まりだったが、鳥人族が開発した生体コンピューターであるマザーブレインが鳥人族に反旗を翻し、スペースパイレーツの中核として組織を拡大、ひとつに纏め上げていった結果、銀河連邦と同等かそれ以上の規模を持つに至った。そのため、宇宙海賊とは呼ばれているが、武力行使による略奪・窃盗行為以外にも、他文明への侵略・殺戮等のテロ行為を頻繁に繰り返し、銀河系社会を脅かす勢力として銀河連邦と長きに渡って対立している(最終的には銀河連邦とサムスさえ倒せば、銀河征服は達成できると考えている)。
特定の種族を指している訳ではなく、銀河連邦政府と反抗・対立している多種多様なエイリアンたち(ほとんどが犯罪者や無法者)が種族の隔たりを超えて結成された組織であるため、構成員の身体的特徴の差異こそ認められるものの、残虐かつ冷酷無比な性質は共通しており、目的のためなら手段を選ばない。
『プライムシリーズ』1作目を基礎としている。ミニゲーム『スペースパイレーツ パニック』と『フェイゾンマインズ』に登場する。
ダークパイレーツ 別次元に存在する惑星ダークエーテルの生物『イング』にスナッチ(憑依)され、精神が完全に支配されたスペースパイレーツの一般兵。体色が黒くなり、背中に棘が生えている。イングから見たパイレーツは、戦力として最高級の獲物であり、多数の一般兵がイングによりスナッチ、ダークエーテルに拉致されていったことが作中のログにより語られている。 ダークコマンド イングにスナッチされたコマンドパイレーツ。位相変位能力を持つイングの特殊上位種『ハンターイング』のみがスナッチを許されており、位相変位能力による完全な透明化能力を持つ。またパルスキャノンがダークビームと同質の武器に変質している。
パイレーツが根城にしているタルバニアの工業都市に現れる二足歩行型ドローン。グレネードを装備している。 アーマーボット 強化されたセキュリティボット。機体側面の球体以外の箇所には装甲が配されており、あらゆる攻撃を防御する。 ホバーボット セキュリティボットの両足が廃された空中戦仕様のドローン。航空支援に使用される。