ダウノルビシン
ドキソルビシン同様、ダウノルビシンはDNAにインターカレーションし、高分子の生合成を阻害する。これは、転写のためにDNA超らせん構造を弛緩させる酵素トポイソメラーゼIIの進行を阻害するものである。ダウノルビシンは、複製のためにDNA鎖を切断した後のトポイソメラーゼII複合体を安定化させ、DNAの二重らせんの再封鎖を防ぎ、複製のプロセスを停止させる。DNAに結合すると、ダウノマイシンはそのダウノサミン残基をDNAの副溝に向けてインターカレートする。また、5'側でA/T塩基対に挟まれた2つの隣接するG/C塩基対を最も好む。結晶構造解析の結果、ダウノマイシンは、8°の巻き戻し角度と、隣接する塩基対や2番目に隣接する塩基対などのコンフォメーションの乱れを引き起こすことが判明した。また、インターカレーションにより、ヒストンのクロマチンからの脱離を誘発することも明らかとなった。