決号作戦
第3航空艦隊(鈴鹿山以東の本州)
第5航空艦隊(鈴鹿山以西の本州)
第10航空艦隊(本州各地域)
そのほかにも非決戦正面の航空艦隊(第12航空艦隊など)が配置されていた。
航空総軍(河辺正三大将) 第1航空軍(東日本) 第6航空軍(西日本) 第51航空師団 第52航空師団 第53航空師団
満州国飛行隊 (田中収中将)
戦艦1隻(長門)
空母4隻(隼鷹・葛城など)
重巡洋艦2隻(利根など)
軽巡洋艦3隻(鹿島など)
駆逐艦40隻(雪風・初霜など)
潜水艦41隻(伊400・伊401など)
特攻舟艇3800隻(震洋など)
各種の特殊潜航艇800隻
※ただし、重巡洋艦以上の大型艦艇は燃料不足や大破着底により、作戦行動不能
大本営は検討の結果、連合軍の本土侵攻を遅延させ、その間本土の作戦準備態勢を確立するために『帝國陸海軍作戦計画大網』を1945年1月20日に定め、本土決戦への準備が進められていくことになる。この作戦計画は、「前縁地帯」つまり千島列島、小笠原諸島、南西諸島の沖縄本島以南、台湾などの地域に連合国軍が侵攻してきた場合、出来る限り抗戦して敵の出血をはかりつつ、軍備を整え、日本本土で大決戦を行うという日本海軍の漸減迎撃戦略が採用された。ちなみに、この計画大網で同時に立案された海軍案も裁可され、これは天号作戦(千島・小笠原・沖縄以南の南西諸島・台湾が対象地域の作戦)と呼称されている。
日本軍は、連合国軍が本土に侵攻してくる時期を1945年秋と予測していた。当時の敵情分析をした書類には、
わが本土攻略開始時期、方面及び規模などはなお予断を許さないが、わが、空海武力の打倒、空海基地の推進、日満支の生産及び交通の徹底的に破壊などにより戦争遂行能力の打倒し、大陸と本土との兵力機動を遮断し、そのうえ、十分な陸兵を集中指向を整えたのち、決行するのが至当な順序であろう。その時期は今後の情況により変化するが、本年秋以降は特に警戒を要するものと思考する
とされており、連合国軍の日本本土侵攻(ダウンフォール作戦)のスケジュールとほぼ一致していた。
本土決戦は本土での陸上戦が主体になると考えられていたため、海軍の作戦は敵上陸船団を攻撃目標として本土に襲来する連合国上陸部隊の戦力の低下および減滅を狙ったものとされた。
敵上陸部隊の橋頭堡および陣地線に対しては、砲撃と同時に攻撃前進、浸透戦術を行う。日本軍の野戦砲は撃てば位置が暴露し、早期に無力化される公算が高いことから、ひとたび射撃を決心したならば、敵と味方が混戦状態になってもお構いなしに、同士討ちを承知で最大発射速度での射撃を続け、敵のカウンターバッテリーを受けて無力化させられる前に一発でも多くの砲弾を発射しなければならない。
真っ先に突撃し、味方からも砲弾を撃ち込まれながら敵軍を拘束する任務を負った沿岸配備師団は生還を期待されておらず、装備も人員も極めて貧弱で、「はりつけ師団」「かかし兵団」と揶揄された。一方、決戦の主力部隊となる機動打撃師団は(あくまでも、他の日本軍部隊と比較して)充実した装備と人員が与えられていた。野戦砲を多く配備して火力重視の編成としていたほか、敵が制空権を握る中で機動力を確保するために20mm高射機関砲(四式基筒双連二十粍高射機関砲)が配備されていることも特徴である。
これに加え、各種の「斬り込み隊」による浸透戦術を昼夜の別なく繰り出し敵部隊に損害を強要する。当時の敵が最も重視していたのは人的資源であることから、大本営では、できるだけ多くの兵を殺傷して敵の厭戦気分が高めれば無条件降伏を回避することができ、いわゆる「国体」が護持されるものと期待していたのである。
1944年にマリアナ諸島を喪失した頃の陸軍の総兵力はおよそ400万人ではあったが、マレー半島やビルマから、朝鮮半島や満州国までという、日本軍の影響域に広く散らばって配備されていたことから、そのうち日本本土にあったのは、東部、中部、西部の各軍を合わせても約45万6千人で、総兵力のわずか11%に過ぎず、本土決戦を行うには兵力が不足していた。北海道、千島、樺太、小笠原諸島、南西諸島の本土周辺部、軍学校などのおよそ41万2千人、航空部隊、船舶部隊などの人員約45万3千人を合わせても132万1千人であり、総兵力の3分の一程度に過ぎなかった。
兵力の欠乏を補うため、満州国や北方からの部隊転用に加え、根こそぎ動員と呼ばれる大規模な部隊新設と召集を実施した。根こそぎ動員は、以下の大きく3回に分けて実施された。
1945年2月28日に臨時動員が下令された第一次兵備
4月2日と6日にかけて臨時動員が下令された第二次兵備
5月23日に動員下令された第三次兵備
これらの動員によって、一般師団40個、独立混成旅団22個など約150万人近くが動員された。日本軍は、前述の侵攻予想時期を念頭に部隊の編成を実施した。しかし、期間や物資の制限から最終的には、兵力や装備が不足していても、編成が完結したと見なす方針が取られた。そのため、これらの師団は結局中途半端な人員・装備のままで配備されていった。
また、補助的な戦力として、防衛召集により緊急時に動員する特設警備隊や地区特設警備隊も準備された。これらの部隊の装備状況は根こそぎ動員部隊に比べてもさらに悪かった。