ムスリム同胞団
独立以来シリアを率いていたスンニ派名望家たちは権力闘争に明け暮れ、軍部では宗教的マイノリティのアラウィー派やバアス党の影響力が増大していった。1963年、バアス党がクーデター(3月8日革命)によって政権を獲得した。バアス党はワクフ財産を禁止したり、公立校でのイスラム教育を廃止するなど、世俗化を推進した。これに反発した同胞団は1964年のハマー蜂起によって、バアス党政権に方針を転換させ、以前よりイスラム教を尊重する政策を採らせた。しかし、同胞団内部では1963年以降国外から指揮を執っていたアッタールに対する反発が大きくなる。アッタールを支持するダマスカス支部はバアス党との全面衝突に消極的だったが、北部の諸支部(ホムス・アレッポ・ラタキア・ハマーなど)はバアス党との闘争も辞さない構えだった。1969年に対立を解消するために総会が開かれるが、和解に失敗して同胞団は分裂した。1971年に国際同胞団の介入によってアッタールは失脚するが、ダマスカス支部を中心とするアッタール派はこれに従わなかった。
同胞団と敵対するエジプト・シリア(アサド政権)・サウジアラビア・アラブ首長国連邦・バーレーンは同胞団をテロ組織に指定し、組織の活動を禁止している。また、イスラエルでも同胞団をハマースとの関係からテロ組織に指定するよう求める意見もある。
2011年2月、ホスニー・ムバーラク政権崩壊後の幹部発言で、イスラエルとの平和条約について、「エジプト国民全体が決めること」や「国際条約は尊重する」とする一方で、「妥当性について国会などに諮るべき」と改定の必要性も主張している。2012年エジプト大統領選挙で当選した同胞団員で自由と公正党党首だったムハンマド・ムルシーは当選確定直後の演説で「全ての国際条約を維持する」と発言しており、これはイスラエルとの関係を維持するものと理解されている。
エジプト革命以降、アラブ諸国の多くが革命の拡大をおそれムスリム同胞団に対して敵対。
欧米諸国が仲介を行ったが決裂し、各地で暫定政権とデモ隊との衝突が相次いだ。暫定政権は同胞団の最高指導者ムハンマド・バディーウ、副団長シャーテルを始め1000人以上を逮捕した。そのため同胞団は2013年8月20日に、副団長シャーテルに近いマフムード・エッザトを暫定的な指導者に選んだ。国営メディアを通じて「同胞団=テロ組織」とのイメージを定着させようとした。その結果、8月末には同胞団の求心力は失われ、大規模デモを呼びかけるも参加者は数千人にとどまった(革命の頃は数十万人を動員していた)。内部でも暫定政権と対決するのか、それとも妥協を模索するのかを巡り路線対立も生じた。
2013年10月、同胞団はNGO資格を剥奪された。12月25日、前日のマンスーラ警察本部における自動車爆弾を使ったテロの発生を受け、エジプト暫定政権から「テロ組織」に指定された。ただし、これはアンサール・バイト・アル=マクディス(英語版)が犯行声明を出しており、同胞団との関連は不明である。2014年4月、エジプトの裁判所は最高指導者バディーウに死刑判決を行った。他にも大勢の同胞団員に死刑・終身刑の判決が下されている。シーシーは「イスラム過激派によるテロと同胞団はつながっている」と発言し、同胞団が国内に存在することは許されないとの姿勢を表明している。