プテロダクティルス
プテロダクティルスに対する最初の分類は古生物学者ヘルマン・フォン・マイヤーがプテロダクティルス属と当時知られていた他の翼竜を含むグループに "Pterodactyli" という名を与えたことに始まる。これは1838年にシャルル・リュシアン・ボナパルトによって科階級分類群として "Pterodactylidae" と校正された。しかし.このグループには最近になっていくつかの競合する定義が与えられている。
2014年の初め、Steven Vidovic と David Martill は伝統的に Ctenochasmatoidea に近縁な Archaeopterodactyloidea だと見なされていたいくつかの翼竜が、より進化した Dsungaripteroidea の方に近縁であるかもしれず、場合によってはその両方の外側に位置しているかもしれないという分析結果を出した。これは2017年に発表され、その中で彼らはプテロダクティルス属を翼指竜亜目の基底的な位置に置いた。
以下の図は2018年の Longrich、Martill、Andres による分岐分析を基にした別の系統樹である。上記の系統樹とは異なり、彼らはプテロダクティルス属を Euctenochasmatia の中に分類してより派生的な位置に置いた。