四国攻め
同年春、元親は再度讃岐に出陣して十河城・虎丸城を包囲したため、秀久を援軍に送ったが敗退して小豆島を維持するにとどまった(引田の戦い)。4月には長宗我部氏に服さず自立の姿勢を見せていた木津城の篠原自遁が、香宗我部親泰に追われて淡路に敗走した。同年冬から翌年にかけては、毛利氏が秀吉と和睦したことにより毛利・長宗我部の関係が冷却化し、毛利氏と友好関係にある伊予の河野通直・西園寺公広への長宗我部方の攻勢が再開された。
一方、天正11年(1583年)の末に長宗我部氏と秀吉の間で和睦が協議されたとする説がある。天正11年12月に毛利氏の重臣である安国寺恵瓊と林就長が連名で同じく重臣である佐世元嘉に充てた書状(『大日本古文書 毛利家文書』861号)の中に長宗我部元親が秀吉に対して讃岐と阿波を放棄して伊予を渡して欲しいと申し入れているという文言がある。この文言について、藤木久志も後の四国攻め直前にも同様の国分案が出ていることから、この時期に国分協定が済んでいたが毛利氏の要求で伊予国の扱いが白紙になったために和平が成立しなかったと説いた。これに対して藤田もこれは毛利氏と秀吉の和平を推進させたい安国寺恵瓊らの捏造した情報であり、一貫した反秀吉派であった長宗我部元親がほぼ手中に収めた讃岐・阿波を放棄することは考え難いとして藤木説を否認した。
両氏に関係が生じたのは、阿波の親長宗我部勢力であった大西覚養が遅くても天正5年(1577年)2月までに毛利方に通じたために4月に長宗我部氏が大西氏を攻めたものの、同年7月までに毛利氏が現状(大西氏の長宗我部氏への服属)を認めて以降のことであり、大西氏や讃岐の親毛利勢力で天正7年(1579年)以降長宗我部氏の傘下に入った香川信景を通じて協調関係にあったと考えられるが、長宗我部・織田の決裂に伴い、天正9年(1581年)8月までには讃岐天霧城にて対織田同盟を結んだ。また東伊予の金子元宅とも天正9年(1581年)中には同盟を結んだ。
北海道大学助教で長宗我部氏関係の論文を多く発表している平井上総によると、長宗我部氏から見れば瀬戸内海に影響力を持つ毛利氏との連携は元来は三好氏との交戦中に毛利氏が三好氏と結びついて軍事衝突に至る事態を回避する目的を主としており、三好氏と対立関係にあった織田氏との関係を損なうものではないと判断していたのに対し、信長から見れば毛利氏討伐を本格化させる中で織田氏・毛利氏双方と関係を保とうとする長宗我部氏の外交姿勢に対して次第に不信感を抱き始めた側面があったと指摘している。
同年9月までに篠原自遁や東讃岐の安富氏も小寺(黒田)孝高を介し、当時中国攻めの任にあった秀吉に人質を差し出して従属した。これに伴い、秀吉は孝高に淡路攻撃を指示した。10月、秀吉は当時、淡路志知城に進出していた孝高に、長宗我部氏に抵抗する篠原の木津城及び森村春の土佐泊城への兵糧・弾薬の補給を命じた。11月中旬、秀吉は自ら池田元助と共に淡路に渡り、まず由良城の安宅貴康を降した。次いで岩屋城を攻略して生駒親正に守備させ、三好氏に追われて秀吉を頼って来ていた志知城の野口長宗を復帰させ、仙石秀久に淡路の支配を命じた。
豊臣秀吉の四国攻めにより四国は豊臣体制に繰り込まれ、太閤検地と軍役動員によって四国の諸勢力は近世大名へと変貌を遂げていった。また、秀吉の関白任官以降の基調となった惣無事の論理により、諸大名は私戦や自力救済による領土拡張を禁じられ、これを破るものは豊臣政権による制裁を受けた。しかし、秀吉の死に伴い次第に影響力を強めていった家康に反発して関ヶ原の戦いが勃発し、一方の盟主であった輝元の手により四国諸国にも戦乱が起こることとなった。
輝元は、豊臣政権を運営する大老という名目の下に惣無事の論理を以って西軍諸将を統制・動員しつつ、さらに徳川方の伊予国を制圧すべく、豊臣政権によって廃絶された旧領主や土着勢力を動員して伊予へ出兵するなど(三津刈屋口の戦い)、まるで惣無事以前の戦国時代的な毛利氏の領土拡張の行動を取った。
大坂に上り大坂城を占拠した輝元により、手勢と共に大坂城にいた阿波国の蜂須賀家政は逼塞させられた。
また安富氏の秀吉への従属により、安富氏の勢力圏であった小豆島も同年中には秀吉の支配下に入った。天正10年4月には塩飽諸島も能島村上氏から離反して秀吉に属した。
松山西中等教育学校教諭で三好氏・長宗我部氏に関する論文を発表している中平景介は、天正8年頃より羽柴秀吉が中国平定への支援を期待して瀬戸内海沿岸や四国の反三好・反毛利勢力と接触していたのは事実であるが織田政権の四国政策に関係したものではなく、しかも天正8年11月に本願寺を追われた大坂牢人衆や雑賀衆、淡路衆が阿波雑賀衆が勝瑞城を占拠して、十河存保(三好義堅)も彼らに応じる形で反織田陣営に復帰して勝瑞城に入城した時点で不完全に終わっている。三好康長が息子の康俊を長宗我部氏から離反させたとする話の出典である『南海通記』の記述には矛盾が多く、渡海自体を裏付ける史料は存在しない。そして、三好康長の勢力基盤は河内国高屋城周辺であり、四国方面は十河存保に抑えられて直接影響力を与えられる範囲は限定的である。として、従来の説が三好康長の四国への影響力を過大評価しており、天正8年段階では信長の四国政策は従前通り(元親による四国平定を認める)であり、信長と元親の対立は従来の説よりも遅い天正9年11月の羽柴秀吉による淡路平定を発端であったとする説を唱えている。中平によれば、淡路が織田氏の勢力圏に入ったことで、織田氏と長宗我部氏の間の国分や細川氏讃州家(旧阿波守護家)や安富氏、離反した三好一族など、織田・長宗我部両氏へ両属してきた領主たちの取扱に関する問題が浮上し、「国郡境目相論」が発生して両氏の関係が一気に悪化したとしている。