薬師寺
この伽藍配置は平城薬師寺においても踏襲されている。本薬師寺、平城薬師寺双方の発掘調査により、両伽藍の建物の規模、位置関係などはほぼ等しく、本薬師寺の伽藍を平城薬師寺に再現しようとしたものであることがわかる。ただし、平城薬師寺では中門の規模が拡大され、回廊も幅が広げられている。
平城京の薬師寺は天禄4年(973年)の火災によって金堂、東塔、西塔を残し、講堂、僧坊、南大門など多くの建物が焼失した。発掘調査によって、西僧坊の跡地からは僧たちが使用していたとみられる奈良時代や、中国の唐時代の陶磁器が多数出土しており、天禄4年の火災の際に棚から落ちて土中に埋もれたものとみられる。
戦国時代の享禄元年(1528年)9月7日には、興福寺の衆徒・筒井順興による兵火で東塔や東院堂を残し全山焼失した。現在、奈良時代の建物は東塔を残すのみである。
金堂は、慶長5年(1600年)に郡山城主の増田長盛によって再建され、大講堂は嘉永5年(1852年)に再建される(以前は慶長5年(1600年)再建説や延宝4年(1676年)再建説などもあった)が、往時の大伽藍とは比ぶべくもなかった。
休ヶ岡八幡宮 - 正式には薬師寺休ヶ岡八幡宮。南門を出て、公道を横切った向かい側の敷地にある。明治時代の神仏分離後も独立せず、現在も薬師寺の鎮守社であり続けている。創建は寛平8年(896年)。別当栄紹により豊前国宇佐八幡宮から八幡神を勧請したのに始まる。なお、休ヶ岡の名の由来は、斉衡2年(855年)に大安寺の行教が八幡神を宇佐八幡宮から大安寺八幡宮(現・元石清水八幡宮)に勧請する際、この地で八幡神が休息されたことによる。なお、別の寺伝によると、それ以前の天平勝宝元年(749年)、東大寺大仏殿建立にあたって八幡神を勧請して手向山八幡宮を作ろうとした際に、当地で八幡神が休息されたことを契機としてここに八幡宮が建立され、地名も休ヶ岡になったという話もある。 本殿(重要文化財) - 祭神:僧形八幡神、神功皇后、仲津姫命。慶長8年(1603年)に豊臣秀頼が片桐且元を奉行として再建。 北脇殿(重要文化財) - 慶長8年(1603年)に豊臣秀頼が片桐且元を奉行として再建。 南脇殿(重要文化財) - 慶長8年(1603年)に豊臣秀頼が片桐且元を奉行として再建。 北座小屋 - 慶長年間(1596年 - 1615年)豊臣秀頼による再建。現在は社務所となっている。座小屋が現存しているのは珍しく、貴重である。 南座小屋 - 慶長年間(1596年 - 1615年)に豊臣秀頼により再建。
東院堂本尊。国宝指定名称は「銅造観音菩薩立像」。像高188.9センチメートル。飛鳥時代後期(白鳳期)または奈良時代(7 - 8世紀)。蓮華座上に直立する菩薩像で、右腕は体側に垂下し、左腕は曲げ、手は肩の辺まで上げて掌を正面に向ける。蝋型鋳造による銅像で、右手先や天衣遊離部などを別鋳とする。像表面の鍍金はほとんど剥落する。光背は木造の後補で近世の作。『薬師寺縁起』(護国寺本『諸寺縁起集』)によれば、東院堂は養老年間(721年頃)、元明太上天皇の病気平癒のために建立されたとされるが、本像の中世以前の所在は明らかでなく、当初から東院堂の本尊であったとする確証はない(現存する東院堂の建物は鎌倉時代のもの)。
本像には自然な人体把握が見られ、中国の初唐末期から盛唐初期(7世紀末)の様式の影響がみられる。その一方で時代の遡る様式も見られ、製作年代については飛鳥時代後期(白鳳期)から奈良時代(7 - 8世紀)まで諸説ある。