プロテオバクテリア
ベータプロテオバクテリアは好気性や通性の細菌からなり、それらはたいてい非常に多様な化合物を分解できるが、さらに化学合成無機栄養性(アンモニア酸化をするニトロソモナスなど)や、光合成性(RhodocyclusやRubrivivax属)のものも含まれている。ベータプロテオバクテリアはアンモニアを酸化して植物にとって重要な亜硝酸を生じ、様々な植物の窒素固定に重要な役割を演じている。その多くは下水や土壌といった環境試料に見付かる。この綱の病原体としては淋病や髄膜脳炎を起こすナイセリア科のものや、バークホルデリア目の百日咳菌などがある。
ガンマプロテオバクテリアは、腸内細菌科、ビブリオ科、シュードモナス科といった、医学的、科学的に重要な細菌群を含んでいる。非常に多くの重要な病原体がこの綱に所属しており、例えばサルモネラ(腸炎・腸チフス)、赤痢菌、エルシニア(ペスト)、ビブリオ(コレラ、腸炎ビブリオ)、緑膿菌(院内感染や嚢胞性線維症患者における肺感染症)、肺炎を発症させるレジオネラ、肺炎桿菌などがある。大腸菌は腸内細菌科に含まれる。一部の光合成細菌(紅色硫黄細菌)も含まれている。また、リンの代わりにヒ素をゲノムに取り込むことができるとされたGFAJ-1株もこの綱のハロモナス類に属する。