ウォーレン委員会
また上下両院が個々に事件の調査委員会を設置する動きをみせ、もはやFBIからの最終報告だけで調査が終了することは困難で、また単なる暗殺事件で処理できる問題ではないと判断して、大統領直属の特別調査委員会を設置して、当面は特別調査委員会で全ての調査を行うことで、テキサス州や上下両院議会の動きを牽制する狙いもあった。
しかし一番大きな目的は、当時の東西冷戦下で、前年のキューバ危機でソ連との緊張関係が続いていた時代の中で、ソ連へ亡命してまた米国に戻り、親カストロ派の活動を行うオズワルドが犯人と目されるがため、米ソ関係にも波及して外交問題にもなりかねない懸念が生じ、また陰謀説も囁かれるなかで国内の政治状況にも影響が心配されることで、国民の不安や疑惑を払拭することに重きを置き、次の年の大統領選挙の前にも暗殺事件の調査を終えて国内の安定を図ることが緊急の課題となっていた。
そこで、上下両院の与野党議員と前CIA長官、そして民間から1人を入れて、最終的に委員長には最高裁長官のアール・ウォーレンを指名し、彼は当初司法は行政に介入したくないという理由で固辞したが、ソ連の核攻撃の危険性を訴えるジョンソンに説得され委員長就任を受諾した。
最初に大統領直属で党派を超えた委員会を設けて調査すべきと提言したのは、イエール大学ロースクールの学部長であったユージン・ロストウで、ジョンソンの側近ビル・モイヤーズに電話をかけて進言した。最初ジョンソンは乗り気ではなかったが、やがて国内で陰謀説が「手に負えない」ほど広まると予想して考えを変えた。但し委員長に最高裁長官を充てる考え方はロストウには無かった。
ジョンソンは渋るウォーレンを委員長にするために説得する時に「暗殺事件の調査が処置を誤って外国政府が間違って非難されたら、その結果が核戦争ということもあり得る」「もしフルシチョフが最初に核攻撃したら1時間で3900万人の米国民が死ぬ。これはあなたが第1次大戦で兵士として戦った以上に重要なことです」と泣き落としに近い言葉で迫っている。東西冷戦のさなか米ソ対立の厳しい時代で、しかも犯人がソ連帰りの人間で、すでにこの時にソ連やキューバの陰謀が囁かれるなかで(ジョンソンも陰謀の黒幕とする説も出ていた)、国内を安定させるためにどうしても三権の長を委員長に起用する決意であった。しかし別の見方をすれば、すでにこの時に陰謀はなくオズワルドの単独犯行であることで報告書を作る方向が出ていたと考えられる。
FBIのフーバー長官は、この委員会設置に反対していた。FBIからのオズワルドの単独の犯行である旨の報告書は12月9日に提出され、しかもその1週間前には記者にリークされて、これが委員会のメンバーの怒りをかった。しかも内容が不十分なもので結果的に委員会の調査スタッフで独自に調査を行うこととなった。
ジョンソン大統領に提出する6日前の9月18日にウォーレン委員会の最後の幹部会が開かれた。ここで委員が大統領に提出する報告書の承認をする最後の手続きであったが、ラッセル上院議員の異論で時間がかかった。実際の報告の内容はスタッフが作成したもので、委員長はスタッフと連携して内容の方向性はウォーレンの考え方に沿ったものと言えるが、委員からすれば単独犯行説とオズワルドただ一人が撃ったとする「一発の銃弾説」に対して、陰謀説と複数狙撃犯説への言質がないままについての不満は他の委員にもあった。結局委員側から最後に巻き返しがあって、報告に曖昧さが残ったことをスタッフの面々は苦々しく思っていた。ウォーレンは最後に「全員一致の報告書」にこだわったとも言えるし、また最高裁判事ではあるが彼もまた政治家である一面を見せていた。それは彼が陰謀説には全く関心を寄せていないことにも表れている。
ディーリープラザ テキサス教科書倉庫付近 ハワード・L・ブレナン(エルムとヒューストンの南西角のコンクリート製の擁壁) エイモス・リー・ユインズ(噴水のベンチ付近) ロバート・H・ジャクソン(ヒューストン通りのオープンカー上メインとエルムの中間あたり) マルコム・O・コーチ(ヒューストン通りのオープンカー上メインとエルムの中間あたり) トーマス・ディラード(ヒューストン通りのオープンカー上メインとエルムの中間あたり) アール・キャベル市長夫妻(エルムとヒューストンの交差点で曲がる車上) ジェームス・N・クロフォード(エルムとヒューストンの南東の角) メアリー・アン・ミッチェル(エルムとヒューストンの南東の角) テキサス教科書倉庫5階 ジェームズ・ジャーマン・ジュニア(テキサス教科書倉庫5階、窓際) ボニー・レイ・ウィリアムズ(テキサス教科書倉庫5階、窓際) ハロルド・ノーマン(テキサス教科書倉庫5階窓、南東窓、狙撃手の巣直下) トリプル地下道の上の鉄道橋 J・W・フォスター巡査(鉄道橋東側) ジョー・E・マーフィー巡査(鉄道橋西側) オースティン・L・ミラー(テキサス・ルイジアナ貨物局の職員) ロイス・G・スケルトン(テキサス・ルイジアナ貨物局の職員) フランク・E・ライリー(ユニオン・ターミナル社の職員) スターリング・M・ホランド(ユニオン・ターミナル社の職員) トーマス・J・マーフィー(ユニオン・ターミナル社の職員) 他ユニオン・ターミナル社の職員8名 鉄道タワー(鉄道橋の北、教科書倉庫の後ろから約50ヤード離れた線路から約14フィート上) リー・E・バワーズ・ジュニア(ユニオン・ターミナル社の職員)