瑞穂 (水上機母艦)
懸案であった機関不調は1942年(昭和17年)4月に横須賀海軍工廠で実施された改造により、ようやく全力発揮が可能となった。 4月18日のドーリットル空襲では、横須賀で入渠中(建造中)の本艦および大和型戦艦3番艦110号艦(信濃)は被害を受けず、空母改造作業中の潜水母艦大鯨《龍鳳》にB-25が投下した爆弾1発が命中した。 4月30日、軍艦3隻(瑞穂、高雄、摩耶)の行動予定が決定。 同日、第10駆逐隊(巻雲、風雲)が横須賀を出港し、水上機母艦(飛行艇母艦)秋津洲が横須賀に到着する。
5月1日正午過ぎ、「瑞穂」は横須賀を出発して柱島泊地(瀬戸内海)へ向かう。午後4時、第四戦隊(高雄、摩耶)も横須賀を出港して柱島泊地へ向かう。 柱島へ単独回航途中の同日午後11時頃、本艦は米潜水艦ドラム(USS Drum, SS-228)から雷撃された。被雷地点は御前崎の220度40浬。 魚雷は瑞穂左舷機械室と発電機室の中間に1本命中し、大火災が発生、被雷数分後には左傾斜20度以上となった。
瑞穂被雷の報を受け、本艦より約4時間遅れで横須賀から瀬戸内海へ回航中だった高雄型重巡洋艦2隻(高雄、摩耶)が瑞穂遭難現場に急行、5月2日午前0時30分に到着した。2隻搭載の零式水上偵察機が遭難現場に派遣され、対潜警戒に従事した。 「瑞穂」では注水作業で艦の傾斜復元に努めて、火災も鎮火見込みのため曳航も検討されたが、浸水は止まらず、浮力をうしなって艦は危機に瀕した。
特殊水上機母艦「瑞穂」は、千歳型と同じ2計画に属し、計画要領は同じで、船体主要寸法も同一である。ただ後述するように主機をディーゼルのみとし、速力は22ノットを計画した。これは主機の出力を制限して軍縮条約での制限20ノットとする考えだったと思われる。
航空兵装と甲標的搭載の艤装は千歳型とほとんど同様であるが、主缶(メイン・ボイラー)の煙突が必要無いので格納庫や士官居住区などが改良されて補用機が4機増し、常用24機、補用8機となった。水上機はカタパルトで発進する。 また千歳型が発着甲板の試験のために設置した天蓋を廃止、支柱の左右に渡したフラットのみを設置した。その他甲標的搭載に備えたクレーンは、千歳型の場合片舷2基で共吊りしたが、本艦の場合は甲標的用クレーンは片舷1基のみとなっている。
1940年(昭和15年)、艦尾にハイン式マットを装備した。これはドイツで考案実用化され、水上機母艦神威で実験が行われたもので、航行のまま水上機を揚収できるものだった。