佐川急便東京SC
しかし、この年Jリーグ加盟を目指していたザスパ草津、愛媛FCに対しては1勝1分けと相性が良かった。この年のJFL最終戦では対戦相手の試合出場辞退により不戦勝を経験している。東京都代表として出場した天皇杯では4回戦で前年に続きジュビロ磐田と対戦、先制を許したのち竹谷英之の2ゴールで一時逆転したものの、最終的には再逆転を許して敗退した。
2005年は前半戦に1点差での敗戦が続いて低迷、しかし天皇杯予選を迎える夏場から調子を上げ、Honda FCにアウェイで勝利するなど上位陣を連破、最終的には6位でシーズンを終えた。この年優勝・Jリーグ加盟を果たす愛媛FCに対しては2勝と強さをみせた。三たび東京都代表として出場した天皇杯では3回戦でJ2のコンサドーレ札幌と対戦、2-0と勝利した。続く4回戦ではJ1の川崎フロンターレと対戦、堀健人の先制ゴールで1-0とリードするも前半のうちに追いつかれ、終盤に大量失点を許して1-5と敗れた。
2006年は開幕から連勝するものの、4月後半から5月にかけて調子を落とし連敗。しかし、Honda FCやYKK APなど上位陣との対戦を迎えた5月下旬以降は調子を取り戻した。この年、26得点でJFL得点王となる大久保哲哉を軸に、山本、堀、竹谷がそれぞれシーズン10得点以上を記録する攻撃力をみせ、リーグ最多得点・最少失点という強さで6月以降22戦無敗として優勝争いに加わるが、序盤の連敗が響いて優勝には届かず、再び2位でシーズンを終えた。天皇杯は、東京都予選となる東京都サッカートーナメント準決勝で駒澤大学サッカー部に敗れ、本戦出場は叶わなかった。
2006年9月14日、佐川急便大阪SCとの合併、及び本拠地の滋賀県移転が発表された。2007年度からは佐川急便SCとして再出発をすることとなった。
フェアプレー賞 (2002年、2003年、2005年)