金属プロテアーゼ
金属イオンは、通常は3つのアミノ酸リガンドによって保持される。既知の金属リガンドは、His, Glu, AspまたはLysで、触媒には、少なくとも他に1つの求電子の役割を果たす残基が必要となる。既知の金属プロテアーゼでは約半数が、金属結合部位の一部を形成するHEXXHモチーフを含んでいる。HEXXHモチーフは比較的一般的であるが、より厳密に金属プロテアーゼを定義するのは、'abXHEbbHbc'である。ここで、'a'はバリンかトレオニンであることが多く、テルモリシンやネプリリシンのS1'サブサイトの一部を形成する。'b'は変化しない残基、'c'は疎水性残基である。恐らくこの部位が形成する螺旋構造を破壊するため、プロリンはこの部位には存在しない。
ファミリーM81の金属プロテアーゼは、サブユニット当たり1つの亜鉛イオンと結合して、小胞体やゴルジ体と繋がる内在性膜タンパク質である。これらのエンドペプチダーゼには、ファルネシル化タンパク質のC末端側の3残基を切断するCAAXプレニルプロテアーゼ1が含まれる。
魚類、頭足類、軟体動物、藻類、細菌等、多くの海棲生物が金属プロテアーゼ阻害剤を持っていることが知られている。