胆汁酸
胆汁酸は界面活性剤として作用するため、細菌の細胞膜を溶解する作用も有する。これによって、小腸内や胆管での細菌の繁殖を、胆汁酸が妨げている。
ただし、胆汁酸の乳化作用により細菌の細胞膜は打撃を受けるものの、胆汁酸は小腸下部の回腸でほとんどが能動輸送によって体内へと吸収されるため、大腸では胆汁酸の濃度は低下する。このため、腸内細菌の多くは、大腸を主な活動場所としている。