檜山丸 (初代)
W型車両渡船では、車両甲板車両格納所天井を「船橋楼甲板」と称したが、本船からは「船楼甲板」の呼称となり、その船楼甲板上にW型船同様、3層の甲板室が設けられた。旅客設備を有しないため、船体中央部の煙突基部から38m程度前方に延びる小規模なものであった。最上層の航海船橋前端には、両翼を約1m舷外へ張り出し、前面中央部を頂点とする二等辺三角形の頂点を丸めた平面形状の操舵室が設置され、操舵室内には、船体中心線上に舵を取る水圧式テレモーター、その左舷側には主機室へ指令を出す電気式と鎖式のエンジンテレグラフ、船尾係船作業場へ指令を出すドッキングテレグラフとテレモーター故障時に操舵機室へ指令を出すステアリングテレグラフを一体化したスタンドが、右舷側にレーダー指示器、海図台が配置されていた。その屋上の羅針儀甲板にはレーダーポスト兼用の前部マストが立ち、頂部にはレーダースキャナーが設置された。W型船では遊歩甲板にあった無線通信室を1層上げて航海船橋に配置し、操舵室の右舷側後方に隣接させ、その左舷側には、無線機器室、電池室を配置した。これにより、操舵室と無線通信室との連携が強化され、以後建造の青函連絡船にも継承された。
W型船では遊歩甲板と称した甲板室2階相当の甲板を、檜山丸型では上部船楼甲板と称し、高級船員室とその食堂を、甲板室1階相当の船楼甲板には普通船員室とその甲板部員食堂、機関部員食堂、厨房を設けたが、高級船員室は原則個室、普通船員室も一部屋4名以下とし、居住性向上が図られた。ディーゼル化により1本になった太短い煙突がこの甲板室後部の、厨房や部員食堂が集中する1階建部分の屋上に設置された。
従来のW型船では、車両甲板下船体は8枚の水密隔壁で9区画の水密区画に区切られていたが、檜山丸型ではこれを10枚、11区画に増やし、日本の商船としては初めて隣接する2区画が浸水しても沈まない2区画可浸構造とした。さらに船体中央部のポンプ室+ボイラー室、発電機室、主機室、車軸室、第3船艙の5区画では、船底だけでなく側面にもヒーリングタンクその他の舷側タンクを設け、二重とした。
洞爺丸台風による青函連絡船の沈没に至った機序の第1段階が車両甲板船尾開口部からの海水浸入であったことから、両船とも風雨密船尾扉装備予定で起工された。檜山丸(初代)では当初、新三菱重工考案の、船尾開口部上縁にヒンジで取り付けた船尾全幅3線分をカバーする鋼製上下2枚折戸式風雨密の船尾扉を装備する予定であったが、その後の模型実験で、車両甲板面の水密性が確保されている限り、車両甲板船尾側面への排水口設置で、波周期9秒でも波高7.75mまでは転覆しないことが判明した。このため、1955年(昭和30年)5月中旬、船尾扉は装備せず、代わりに車両甲板船尾両舷17mにわたり、排水口(縦80cm横55cm)を片舷あたり20個所ずつ設けることに設計変更されて建造された。しかし船尾開口部の各線間には、船尾扉を内側から支えるはずであった後面がやや前傾した2本のしっかりした梁柱がそのまま設置された。
一方、空知丸(初代)では、浦賀船渠考案の、船尾の3線を1線ずつカバーする、3組の鋼製風雨密の上下スライド式船尾扉が当初計画通り装備された。