モーニングショー
スクランブルと同様に、テレビ朝日が用意した別室か、自宅や事務所等出演者本人が用意した部屋から出演する形式)での出演に移行したが、4月13日から6月26日まで、MCの羽鳥と斎藤、白鷗大学教授の岡田晴恵の3人を除くすべてのコメンテーターはモニター越しでの出演となったが、6月29日から、ほぼ通常の体制に戻った(6月26日にコメンテーターがスタジオ出演に戻ることが羽鳥から発表された)。
その後、2020年6月20日に宣言が解除されたことを受け、翌21日より通常の体制に戻った。また、同日よりソーシャルディスタンスの一環で机が拡張され、これにより、出演者の間隔もより拡げられることとなった。
2021年1月7日に首都圏1都3県に新型コロナウイルスに関する緊急事態宣言が再発出された事を受け、8日からはコメンテーターがモニター越しでの出演に変更された。その後、同年3月21日に宣言が解除され、翌日の22日からは通常の体制に戻った。その際、アクリルボードの強化、高性能空気清浄機の設置を伝え、より一層新型コロナウイルス予防に取り組んでいると伝えた。しかし、4月25日に再度緊急事態宣言が発令されたことを受け、翌26日からは再びコメンテーターはモニター越しでの出演に変更されたが、このスタイルはその後も繰り返し、2022年3月21日の新型コロナウイルスに関する蔓延防止等重点処置解除まで続いた。
「5人のディレクターが曜日ごとに責任を持って一般番組と同じように制作する」という縦割り体制の導入によって、ディレクターと内容の分離が維持されなくなったことから、長期にわたる視聴率の低迷を招いた。さらに、企画や娯楽以上にニュースを求める声が視聴者から年々強まったことから、木島は疲労を理由に1968年3月限りで降板した。翌4月から長谷川肇(高橋・木島と同じくNHK出身のアナウンサー)を第2代総合司会に起用したが、1年でNETアナウンサーの奈良和に交代した。奈良は7年半にわたって総合司会を務めた。1976年10月からは「あなたもテレビのキャスターになれる」という一般公募のコンテストで採用された竹中陽一が第4代の司会者に就任した。報道カメラマンやタクシー運転手という経歴を持つ竹中の人生経験が番組に生かされることが期待されたが、「喋らない司会者」と評判になったことでNET側は1977年3月末までの6ヶ月契約を更新しないと1月に通告した。これに対して竹中の妻が番組の内情を明かす手紙を新聞社に送ったために、NET側は契約満了となる3月末を待たずに3月11日で竹中を降板させ、当分はアシスタントの溝口泰男と植木まり子が司会を務めることになった。竹中は1977年3月18日に裏番組であるフジテレビの『小川宏ショー』にゲスト出演(初代司会の木島と共演した)。
石山アンジュ(シェアリングエコノミー活動家)
結城東輝(弁護士)
2018年6月25日:ANN系列フルネット24局において8:00 - 10:25に『サッカー・2018 FIFAワールドカップ予選リーグ 「日本×セネガル」』録画中継を放送のため、放送休止。なお、系列外ネット局では各局別の自主編成番組で穴埋めした。
2018年12月31日、2019年1月2日・3日:年末年始特別編成のため、放送休止。
2019年4月30日:「平成最後の朝拡大SP」として、30分拡大(8:00 - 10:25)。なお、この日は前述の通り夜にANN系列フルネット24局でのみ特番も別途放送された。
2019年12月30日・31日、2020年1月2日・3日:年末年始特別編成のため、放送休止。
2020年12月30日・31日:年末特別編成のため、放送休止。
2021年8月6日:ANN系列フルネット24局において4:55 - 23:00に『東京オリンピック2020』中継を放送のため、放送休止。なお、系列外ネット局では各局別の自主編成番組で穴埋めした。
2021年12月30日・31日、2022年1月3日・12月30日、2023年1月2日・3日:年末年始特別編成のため、放送休止。
2023年3月22日:7:00から『2023 ワールド・ベースボール・クラシック 決勝戦』中継を放送のため、放送休止。なお、系列外ネット局では共通の別番組で穴埋めした。
2023年7月12日:ANN系列フルネット24局において9:00 - 12:45に『MLBオールスターゲーム2023』中継を放送のため、55分短縮(8:00 - 9:00)。なお、同日の番組内容のほとんどが、同試合中継に特別解説として出演の栗山英樹(野球日本代表前監督)とのトークや、同試合出場予定の大谷翔平・千賀滉大関連の話題だった。
島根県では山陰放送(TBS系列)が島根県域局時代から本番組をネットしており、電波相互乗り入れ後も日本海テレビと山陰放送の2局で本番組を放送してきた。しかし、1989年4月に鳥取県の地元紙が本番組並びに月-金曜正午枠の2局同時放送を問題として取り上げたことから、これを受けて日本海テレビは1989年9月をもってテレビ朝日系スポンサードネット番組の打ち切りや山陰放送と山陰中央テレビ(フジテレビ系列)へのテレビ朝日系列番組の放映権移行を行うことになり、その一環として同年9月29日を以って本番組を月-金曜正午枠の時差ネット共々打ち切った。
山梨放送のネット打ち切り
『モーニングショー』(第1期)からテレビ朝日系平日朝のワイドショーをネットしてきた山梨放送は2023年1月に日本テレビが同年春の平日朝帯の大改編を発表した際に、山梨放送でも前番組である『ZIP!』の放送時間を9時までに拡大すると同時に、新番組である『DayDay.』をネットすることが発表され、2023年3月31日をもって『モーニングショー』(第1期)から続けてきた本枠のネットを打ち切った。ちなみに山梨放送でのネット最終日となった同年3月31日の番組内では同局のネット打ち切りのお知らせ(告知)は行われなかったが、山梨放送ではこの日の番組終了時に自社送出で「YBSテレビでの『羽鳥慎一モーニングショー』は今日で終了します。長い間ご視聴ありがとうございました」というネット打ち切りを告知するテロップが表示された。なお、山梨放送のネット打ち切りにより、テレビ朝日系列非加盟局でのネットは全廃され、2023年4月からはテレビ朝日系列24局+クロスネット局の福井放送を含めた計25局ネットとなった。