交通文化振興財団
日本鉄道保存協会の運営
その一方で運営する4館のうち一番古くかつもっとも大きい存在だった交通博物館を失った財団は、交通科学博物館と梅小路蒸気機関車館を引き続き運営することになり、両館を所有するJR西日本の外郭団体としての色合いが強くなりだした。2009年(平成21年)、JR東日本と結んでいた青梅鉄道公園の運営委託契約を解消。関東地区の拠点がなくなったのに加え、JR東日本が予定していた交通博物館跡地の再開発で支障となったため、8月1日付で主たる事務所を交通科学博物館内に移し、JR西日本単独の関連組織として再スタートした。
2011年(平成23年)4月1日、JR福知山線脱線事故を受けてJR西日本が設立したもう1つの外郭団体『JR西日本あんしん社会財団』とともに公益財団法人に移行した。
その後、交通科学博物館と梅小路蒸気機関車館を統合、リニューアルした『京都鉄道博物館』の運営を行うこととなり、現在に至る。なお、JR西日本には同種の展示館として津山まなびの鉄道館もあるが、こちらは当財団ではなく、地元の津山市観光協会が運営に当たる。また、JR東海は分割民営化当初から財団の運営に参加しておらず、名古屋市のリニア・鉄道館はJR東海が直接管理運営している。