山田寺
発掘調査の結果、山田寺の金堂は特異な平面形式をもっていたことがわかった。古代の仏堂建築は、構造上、中央の身舎(もや、しんしゃ)と呼ばれる部分と、その周囲の庇と呼ばれる部分に分かれている。山田寺金堂は、身舎の柱間が正面3間(柱4本)、側面2間(柱3本)である。この場合、庇は柱が2本ずつ増えて正面5間(柱6本)、側面4間(柱5本)となるのが普通であるが、山田寺金堂の場合は、庇の柱間も身舎と同じ正面3間、側面2間で、身舎と庇の柱筋が合っていない。この様式は山田寺で初めて発見されたが、のちに夏見廃寺や穴太廃寺の金堂も同様であること分かった。
『護国寺本諸寺縁起集』によれば、安置される仏像は丈六中尊と3尺の金銅仏、それに7尺の立像に加えて石川麻呂の肖像画があったとされる。金堂周辺から壁画の破片と思われる小片が発見され、また基壇の羽目石にはレリーフが刻されていたと思われる。特に階段の羽目石片と思われる三角形の石材には獅子の前足と思われる彫刻が見つかっており、国内では例を見ない事例となった。なお、この獅子については有翼の獅子であるという説もある。堂正面の階段下には礼拝石がある。礎石には柱の台座に当たる部分に単弁12弁の蓮華文が刻まれている。ただし、金堂の礎石は明治時代に高橋健自が調査した時には12個残っていたというが、その後抜き取られて古美術商などの手に渡り、現在は2個が残る。
出土する瓦は単弁八葉蓮華文の軒丸瓦と重弧文の軒平瓦の組み合わせからなる「山田寺式」と呼ばれるもので、各地の古代寺院から同種の瓦が出土し、建築年代を推定する指標となっている。また、丸い垂木先瓦も多数出土しており、瓦に弁柄や白土による彩色が認められる。