ヌル・ミスアリ
モロ・イスラム解放戦線の活動は残るものの、モロ民族解放戦線が事実上与党化したことから、治安が急速に回復し、経済活動も活発となった。こうした急速な発展はミスアリに権限が過度に集中することに繋がり、政治腐敗や汚職の噂も絶えない状況となったことから、政府与党内ばかりか、モロ民族解放戦線内部でも懸念材料となった。
民族解放戦線では、ミスアリを名誉議長職に追いやるとともに、与党側も2001年の知事選に民族解放戦線の副議長を擁立するなど露骨なミスアリ外しに掛かる。同年、ミスアリは事態を打開するために武装蜂起に打って出るものの、民族解放戦線内での支持は得られず、マレーシア(サバ州)で逮捕され反乱罪で起訴されている。
2007年、獄中からスールー州知事選に立候補し敗退。当選者に4倍近い大差をつけられるなど、かつての面影は失われている。
2013年9月9日、モロ民族解放戦線のミスアリ派部隊がミンダナオ島南部の商業都市サンボアンガ市内の海岸部から侵入。沿岸部の集落を占拠し、住民を楯にしてフィリピン軍と対峙した。一連の戦闘は同年9月中にほぼ終了し、政府軍の発表によると、サンボアンガ住民の1割、約10万人が避難する中で行われ、同年9月末までの死者数は解放戦線側183人以上、政府側(国軍、警察官)34人以上、このほか解放戦線側は300人前後の拘束者を出し大打撃を受けた。ミスアリは、停戦交渉の仲介をするとしてサンボアンガに赴いたまま行方不明となっており、組織幹部のハビエル・マリクと共に国内南部の別の地域に潜伏中と見られている。