苗木遠山氏
天正3年(1575年)、織田信忠が岩村城を落とし、東濃諸城を奪還する。
天正10年(1582年)6月21日本能寺の変で森蘭丸が討死したため、羽柴秀吉についた森長可は、岩村城に各務兵庫を城代としてまた信濃に居た森長可が撤退する時に。遠山友忠が千旦林で暗殺を企てていたが、息子の木曾義利を人質を取られていた木曾義昌から手を出さぬようにと懇願された事で結局は手出しはせず、森軍は無事に可児郡の兼山城へ辿りつき、その後加茂郡と郡上郡を制圧した。
天正11年(1583年)兼山城主の森長可再び苗木地方を攻め苗木城が落城。城に残った遠山兵は城を枕に悉く討死した。遠山友忠・遠山友政父子は、浜松へ移り徳川家康の麾下に入った。
天正13年(1585年)徳川家康が下条康長(牛千代)に対し、天文年間から下条氏が占領していた落合村を遠山久兵衛(友政)に引き渡すように書状を送り命じた。
慶長4年(1599年)森氏は信濃川中島に移封される。川尻直次が苗木城主となり、城代の関治兵衛が城を守る。
慶長5年(1600年)遠山友政は徳川家康の命を受け苗木城を攻略奪回し、徳川家康から苗木領を安堵され、後に苗木藩が成立する。
元和元年(1615年)裏木曽と呼ばれる付知・川上・加子母の三か村は良材を産するので、幕府が直轄地にして苗木遠山氏に預けていたが、尾張藩領に移管した。尾張藩は三か村に代官を置いて管理した。
寛文4年(1664年)10月6日、家老の遠山太左衛門は、やはり家老で従弟の遠山勘兵衛(初代勘兵衛の孫、300石)宅を訪れ、斬合いとなり、太左衛門は勘兵衛を斬殺したが、自分もその場で勘兵衛の家士の者に討たれた。 このため、重臣遠山両家共が断絶となり、苗木藩で遠山を名乗るのは藩主のみとなった。