大内義興
一方、筑前国の奪回を狙っていた少弐政資・高経父子も大友政親・親治兄弟と結んで肥前国から筑前国に兵を進めて大内軍と戦っていたが、義興も明応5年(1496年)暮れには赤間関に兵を結集させ、12月13日に筑前に向けて出陣した。明応6年(1497年)3月13日に博多の聖福寺門前で、15日には筑紫村と高鳥居城で戦い、筑前に攻め込んだ少弐父子を破って肥前へと侵攻。3月23日、肥前朝日城を攻略。4月14日、少弐政資を小城城に包囲した。いったん山口に帰国した義興は16日、周防国一宮の玉祖神社、二宮の出雲神社、三宮の仁壁神社、四宮の赤田神社、五宮の浅田神社に参詣した。18日、小城城は落城し少弐政資は逃亡したがのちに自害した。
その後も少弐氏に攻められていた九州探題の渋川尹繁を支援する。明応7年(1498年)8月27日、肥前国綾部城に攻められていた尹繁のもとに援軍として派遣した仁保護郷が、肥前基肄郡養父郡で戦い勝利している。また9月17日にも護郷は肥前三根郡で戦いここでも勝利した。このように義興の軍勢は勝利を重ね肥前国における自らの勢力も広げた。 一方で大友氏との戦いでは防戦を強いられる。明応7年(1498年)11月、豊後国に右田弘量と末武長安を派兵するが、11月7日豊後玖珠郡青内山での戦いで大内軍は敗れ弘量は戦死、長安は負傷する。宇佐郡の郡代であった佐田泰景が一時大友軍の捕虜にされるなど苦戦している。
ところが、義興への家督継承の前後から大内家中で不穏な事件が相次いで発生する。まず、先の畿内出兵中に義興に従って出陣しながら、突如出奔して出家してしまった陶武護が帰国して、代わりに家督を継いだ弟の陶興明を明応4年(1495年)2月に殺害した。そして武護は「長門守護代の内藤弘矩が弟の尊光を擁立しようとした」と義興に讒言した。それを信じた義興は明応4年(1495年)2月28日に兵を防府にさしむけて、弘矩と子の弘和を誅殺してしまった。ただし、後に内藤父子の冤罪を知り、讒言した武護を誅殺し、弘矩の娘を正室に迎えて弘矩の弟である内藤弘春に内藤氏を再興させ、同じく陶氏も末弟の陶興房に継がせて再興させた。弟・大護院尊光の擁立に関しては明応8年(1499年)に現実のものとなり、重臣の杉武明が反乱を起こしたが、義興はこれを鎮圧して武明を自殺させ、尊光は大友氏を頼って豊後に亡命した。ところが、内藤弘矩・陶武護・杉武明の誅殺については通説と異なる話(例えば、内藤弘矩は陶武護とともに謀反を起こそうとして先代当主である政弘に殺された説(『晴興宿禰記』明応4年3月21日条)の存在や、杉武明が直前まで義興の信任を受けていたこと)が伝えられ、大内氏内部により複雑な政治的対立があったとも考えられている。そして、父・大内政弘の存命中に陶弘護(武護・興明・興房兄弟の父)・内藤弘矩が亡くなり、有力重臣である陶氏・内藤氏を一時没落させたことが、後を受けた義興の地位を安定させることにもつながった。