有用微生物群
山形大学理学部物質生命化学科准教授の天羽優子は、「環境教育の教材としてのEMはニセ科学であり、教育で使うには不適切であることは明らかである」「大人がEMを使うことを自らの判断で行うのであればそれは自由だが、教材を自分で選ぶことができない児童や生徒に使用させるのは大変良くないこと」と主張しており、2015年の夏頃から、Change.orgで「小中学校におけるEMの利用を止めてほしい」という署名活動を行った。天羽は、この署名活動によって、「EMによる環境浄化は、面倒な文献調査をしなくても、文部科学省の通知で注意喚起されている教材にあてはまるという判断がしやすくなったと考える」と述べている。
2012年の朝日新聞による報道はEMに否定的であった。青森県では、2011年に7つの小中学校が環境教育の一環としてEMを使用した。ほかの複数の学校でも使用例がある。その多くでは、EMを川にまくことで川が「きれいになる」と教えている。青森県東青地域県民局は2004年から、2012年時点で管内の希望校にEMを無償で提供している。県は提供開始にあたり、EMによる浄化活動が行われている川で1年間水質を調査したが、目立った改善は確認できなかった。また担当部署はEMの効果を科学的に検証した文献の調査など行っていない。水質改善は確認できず、科学的な根拠もないが、県は「学校が水質浄化に関心を持ち、活動してくれること自体が有り難いことだから」として、EMの提供を続けている。10年以上活動している青森の中学の教師は、朝日新聞の取材に「県の支給なので、まさか効果に疑問があるものとは思わなかった」「生徒にはきちんと説明したい」と語った。授業では、効果を否定する情報を見付けた生徒もいたが、「様々な意見はあるけど信じよう」と指導していたという。県側は、配るのは学校の要請として県の責任を否定した。長島雅裕・長崎大学教育学部准教授は「疑わしい事柄を真実と教えれば将来、生徒が疑うべきものを疑えなくなる恐れがある。本来は多様な対策が必要な環境問題を、EMだけで対処可能と思わせることも、思考停止につながりかねない」と述べている。 #水質も参照。
この朝日新聞の報道は、出口俊一のメールマガジンでは、取材なしの記事であるとの指摘を受けている。
EMの水質改善効果を信じる人々が、毎年「海の日」に全国でEM団子を海に投入するイベントを開催している。イーエムジャパンによると、2014年には47都道府県で484団体がEM団子を海や河川に投入した。
神奈川県逗子市は10年以上にわたって海水浴場などにEMを投入する事業を行い、最大で年間200万円の予算費やしたが、「顕著な差が見られず、EM菌の効果が不明だった」として、2015年に同事業を全面廃止した。その後、地元のNPO法人「海岸クラブ」が逗子海岸で独自にEM団子投入イベントを開催している。
やや日刊カルト新聞の藤倉善郎は、EMをめぐる各方面の逆風を受け、2015年の海の日に「砂浜から海に投げ込まれるEM団子を海の中で待ち構え、誰が一番多くキャッチするかを競うマリンスポーツ」の大会「全国EMキャッチャー選手権2015(仮)」の開催を発表した。
EMの抽出物のEMXを使った「EMX医学研究会」や「EMX予防医学研究所」が発足し、全国で飲用したり注射している。研究会は和光市市長で医師の田中茂が主導しており、いくつかの著書を出版してきた。 様々な医学研究が医学雑誌に掲載され、EM医学国際会議が定期的に開催されてきた。日本ではEM自体を小学校で子供たちに飲ませた例があり、これは議論になった。
EMクリーニング研究会は「大手企業も参加し、洗剤にもEMが配合されたものが市販されるようになった」と主張している。比嘉教授の指導をうけてEMの製造を行っているのは、株式会社EM研究機構と株式会社EM研究所である。 日本国内でも一部の政治家が加担することが問題となっている。
2015年には、白鳥哲監督による映画『蘇生』のテーマのひとつとなり、比嘉も出演している。