査読
最もしばしば指摘されている査読制度の問題点は、「査読は遅い」というものである。分野によっては、論文を投稿してから印刷されて日の目を見るまで、数か月から数年もかかることがある。査読者の中には、査読に回されてきた論文のアイディアを盗用し、査読を意図的に放置・遅延して公表が滞るようにしておいて、自分の同僚や自分が親しくしている研究者にすばやく連絡をとり教えてしまう者や、(なかには)査読者として読んだアイディアで自分自身の論文をすぐに書いて自分の手柄として先に発表しようとする者すらもいる。
実際にそういった弊害が広く知られているから、例えば天文学などの分野では、新しい結果についての速報は査読誌に発表されず、arXivのような、プレプリントサーバと呼ばれる電子サーバに論文が登録されるようになっている。
査読の過程を経て雑誌への掲載が決まることを受理またはアクセプト (accept) といい、却下され掲載が拒否されることを掲載不可またはリジェクト (reject) という。また、単純な採否だけでなく、間違い等の修正等を経た上での条件付きの採用となる場合もある(解説例: )。このように専門家が審査することで、スペリングなどの単純なミスの発見(校正)だけでなく、専門的知識を要する既存の知見との整合性等もある程度まで調べることができる。
査読で全てのミスや不正行為を見抜けるわけではなく、論文の発表後に他グループによる追試等で誤りが見つかる場合もあるが(「#科学における不正行為と査読の限界」参照)、掲載される論文全体の質を高めることはできるとされる。
査読の厳しさは個々の論文誌等によって異なる。また、同じ学会が発行する雑誌であっても、雑誌によって異なる場合がある(「#審査の厳しさ」参照)。査読対象となる分野の広さも、個々の論文誌等で異なる。特定分野に特化した論文誌が数多く存在するが、ネイチャーやサイエンス誌のように様々な分野を広く扱うものもある。
(研究助成金の選考など)分野によっては、申請書が同様の過程で吟味され、申請に対して研究費が配分されるかどうかが決定されることがある。