本家
時代が下ると荘官の武士化が始まり、鎌倉時代以降は、荘官が幕府から地頭に任じられる例も見られた。地頭は、これまでの重層的な土地支配関係を解消し、一元的な土地支配を指向するようになっていった。このような一元的支配を一円知行といい、東国を中心に地頭請が行われ始めた。一方で西国では百姓が地縁的な結合を強め、村落を形成し、地頭とは別個に荘園経営を請け負う百姓請が見られるようになった。また、地頭と荘園領主との間で作合を巡る争いの解決方策として下地中分が行われ始めた。
室町時代になると、守護の権力が強大化し、守護領国制の成立を目指して、在庁官人を含む鎌倉期の地頭、国人を被官化し、国衙や彼らの所持していた領地を掌握し始めた。この時期には守護が自国の領内における荘園の年貢(地子と公事の一本化したもの)を本家、領家に対して請け負う守護請が広まった。
この頃になると、職そのものが、本来の身分的な性格から単なる得分権となり、在地領主的な職を本家や領家が直接保持する場合や、その逆の場合が見られてきた。更に公武の利害関係を包括的に調整できる室町幕府の体制により、下地中分などによる荘園の再編成が進み、寺社本所による一円領や武家一円領が定着した。
戦国時代になると、守護大名に代わった戦国大名は、土地の一円知行をより進めていき、荘園制は崩壊した。最終的には太閤検地により、土地には直接の耕作者の権利しか認められなくなり、本家、領家という地位も消滅したことになる。