バンによるボスニア統治時代
10世紀から12世紀にかけてボスニアは外国の支配下に置かれ、1180年にハンガリー王国はビザンツ帝国(東ローマ帝国)からボスニアに対する宗主権を獲得する。1180年にボスニアのバンとなったクリンはボスニア民族の偉人の一人に挙げられ、彼の治世はボスニアの黄金期として記憶される。クリンの統治時代にボスニアの人間はセルビア人、クロアチア人と異なるアイデンティティーと習俗を身につけ、「ボスニア民族」の自我が芽生え始める。ラグーザ(ドゥブロブニク)の商人によってボスニアの商業活動が振興され、イタリアの職人もボスニアで活躍していた。
11世紀のボスニアのカトリック教徒はドゥブロブニク大司教の管轄下に置かれていたが、信仰は篤実なものとは言えず、ラテン語などの言語の読み書きができる人間はごくわずかな範囲に限られていた。クリンの時代のボスニアには、ボスニア独自のボスニア教会が創設される。しかし、ボスニア教会は周辺諸国から追放されたボゴミル派の疑いをかけられ、1203年に教皇庁から派遣された使節によって調査が行われた。クリンは異端ではないことを主張し、教皇の権利への服従を認めるが、その後もボスニアはたびたび異端の疑いをかけられる。
クリンの死後、ハンガリー王国はボスニアの支配を試みて数度の介入を行った。ハンガリーはボスニアのキリスト教信仰が異端という名目を掲げて介入し、当初は聖職者を介した工作活動が行われたが失敗したため、ハンガリーは教皇庁に働きかけてボスニアへの十字軍の派兵の承認を受ける。
1235年から1241年にかけてボスニアはハンガリー軍の攻撃に晒され、ハンガリー軍はヴルフ=ボスナ(現在のサラエヴォ)に達するが、モンゴル帝国がハンガリーに侵入したため、ハンガリー軍は退却する。軍事行動に失敗したハンガリーは教皇庁に働きかけて支配の強化を試み、ボスニア内のカトリック教会はドゥブロブニク大司教からハンガリーの大司教の管轄下に移される。だが、ハンガリーから派遣された聖職者はボスニアから追放されてスラヴォニアに移り、ボスニアは国外のカトリック世界との関係を遮断する。
1252年にボスニア北部(下ボスニア)はハンガリーの支配下に置かれ、バンの元にはボスニア南部の丘陵地(上ボスニア)だけが残される。ボスニアには「異端」と見なされた信者の正統な信仰への復帰のためにドミニコ会の修道士が派遣されていたが、ハンガリーが統治する下ボスニアにフランシスコ会の修道士が移住する。1299年にクロアチアのシュビッチ家が下ボスニアの支配権を掌握し、シュビッチ家はハンガリー王国の封臣として一時的に南北ボスニアの統合に成功するが、1322年に民衆反乱によってシュビッチ家の支配は終わりを迎える。
1318年にバンに選出されたスチェパン・コトロマニッチはハンガリーとの外交関係の回復に努め、コトロマニッチ統治下のボスニアは基本的にハンガリーの同盟国の立場を保っていた。1321年にセルビア王ステファン・ウロシュ2世ミルティンが没した後のセルビアの混乱を利用し、1325年/26年にボスニアはハンガリーとセルビアの係争の地となっていたフム地方(英語版)(ヘルツェゴヴィナ)の獲得に成功する。ボスニアはスプリトからネレトヴァ河口に至る海岸線を支配下に置き、歴史上初めて海への出口を確保することができた。