電車でGO! プロフェッショナル仕様
亀岡→京都 キハ40系、キハ58系急行「丹後」、キハ40系+キハ58系、キハ181系特急「あさしお」、DD51臨時快速「丹後」 PS版の初代と同じ区間であるが、省略されていた嵯峨※→丹波口間の運転が可能になった(アーケード版とSS版と同様の仕様)。 ※初代では「嵯峨嵐山」となっていたが、電化前の駅名「嵯峨」に修正されている。 この路線の信号は3つのランプになっていることで、信号現示の減速と警戒は出ないようになっている。 路線名は「JR嵯峨野線」になっているが、車内アナウンスでは「山陰本線」と案内される。
秋田新幹線(奥羽本線・田沢湖線)
秋田→大曲→盛岡 E3系「こまち」、485系特急「こまくさ」、701系普通・快速「かまくら」、701系5000番台、キハ110系300番台臨時特急「秋田リレー」 PS版の『2』の秋田→大曲間に加えて、3000番台にあった大曲→盛岡間が延長され、PS版で秋田新幹線(奥羽本線秋田→大曲間と田沢湖線全区間)の全区間並びに、奥羽本線秋田→大曲間(狭軌区間)の運行ができるようになった。 秋田駅南側にある車両基地は南秋田運転所(→秋田車両センター→現:秋田総合車両センター南秋田センター)ではなく「秋田車両基地」と紹介しているほか、大釜駅の東側にある立体交差は「東北自動車道」と紹介しているが、実際には谷地跨線橋であり、実際の東北自動車道は谷地跨線橋からひとつ先の立体交差である。 「こまち」は3本収録されており、4号(レベル1)が雫石駅停車、12号(レベル2)が雫石駅通過、22号(レベル5)が速達タイプ(角館駅・田沢湖駅・雫石駅通過)である。また車内アナウンスに英語放送が流れるようになった。 「こまち」は盛岡駅の停止位置0mで「Good」か「Great!」になっていると連結ゲームをプレイすることができる。ボーナスの増え方は『2高速編 3000番台』と同じ。 「こまち」の場合、当時の実際のダイヤとゲーム内における時間の誤差を修正するため、大曲駅・盛岡駅の停車時間が長く、前者には約25分、後者には約45 - 49分も停車している。 秋田新幹線以外の奥羽本線横手・山形方面の電車は狭軌の線路で運転することになる。 普通盛岡行きは大地沢信号場で列車交換を行う。「こまち」は志度内・大地沢の2つの信号場では列車交換は行われない。