事務局
内閣に対する内閣官房(長は内閣官房長官)
総合特別区域推進本部・宇宙開発戦略本部・総合海洋政策本部・道州制特別区域推進本部・地域再生本部・郵政民営化推進本部・都市再生本部・知的財産戦略本部・構造改革特別区域推進本部・IT総合戦略本部・中心市街地活性化本部・地球温暖化対策推進本部に対する内閣官房(掌理するのは内閣官房副長官補)
国家公安委員会に対する警察庁(長は警察庁長官)
原子力規制委員会に対する原子力規制庁(長は原子力規制庁長官)
国家安全保障会議に対する国家安全保障局(長は国家安全保障局長)
衆議院に対する事務局(長は事務総長)
参議院に対する事務局(長は事務総長)