全日本学生自治会総連合の歴史
このような戦後学生運動の最初の昂揚の中心は当初は学園に戻った学生の純粋な反発・批判が中心であったが、その後復活した日本共産党にいち早く参加した学生党員やシンパ層が運動に拍車をかけ、彼らは組織者として生活と知の困窮に悩む学生を精力的に組織することで運動を拡大していった。しかしながら、共産党中央と学生党員との間にはこの時点で溝が生まれつつあった。党中央は学生の大衆運動に対する理論的な評価・位置づけを付することができておらず、また学生を指導できる人材も存在しなかった。当時の党の公式見解としては、学生は「階級的浮動分子」であり、プロレタリアートに指導されてはじめて階級闘争に寄与する「いかがわしい」存在であった。そのため、党中央は学生運動の爆発を快くは思っておらず、これが後に学生党員との軋轢につながっていった。党は学生組織として1946年2月に日本青年共産同盟を結成し、青共東大班を皮切りに全国大学に大学班・社研を結成していった。1946年までにブロック組織としての「学生連絡協議会」が生まれ、これが「学生政治協議会」のような全国的組織へと発展していった。同月には学生生活協議会も結成を見ている。5月26日には戦後はじめての滝川事件記念祭として、京橋公会堂で学生社会科学研究会連合会の主催で全国的な大会が催され、学生自治組織の確立、学生民主化戦線の即時結成などが決議された。これを受けて、6月に学生自治会連絡会が組織された。
反戦学同派は軍事路線に断固として反対しており、中国革命方式の「猿真似」は決定的誤りであるとしていた。自己批判して党に戻った活動家たちは、火炎瓶闘争の前線につけられた。軍事路線は大衆運動への犠牲と弾圧を招き、路線に反対する学生たちの離反もあったことから1952年6月26日に二年ぶりに開かれた第5回大会には54大学のみの参加となった(96校代議員197名評議員52名オブザーバ27校新加盟27校とも)。この大会は玉井仁を委員長に選出、武井、安東、吉田嘉清、津島薫、山中明らは正式に除名処分を受け、反戦学同は解散を決議された。機関紙(誌)である『日本学生新聞』『学生評論』は廃刊され、新たに『祖国と学問のために』『学園評論』が発行された。1953年3月の第4回拡大中央執行委員会では極左路線への自己批判要請が提起され、6月の下谷公会堂での第6回大会では選挙権に関する自治庁通達反対闘争、浅間・妙義・内灘基地反対闘争と帰郷運動を採択し、極左的傾向は弱まったが依然質的転換には至らなかった。この大会では一時主流派(所感派)学生による反主流派リンチ事件も発生している。このころ全学連内では武装闘争への厭戦ムードが漂い始めていたという。アジア太平洋地域平和会議(北京)を受けて、諸国民平和会議(ウィーン)に向けて全学連とわだつみ会の共催で日本学生平和会議が催され、吉田内閣への抗議決議などが採択された。
1990年代に入る頃には、全日本学生自治会総連合を名乗る団体は4団体存在していた。
1950年に入ると朝鮮戦争勃発に伴いデモ禁止やレッドパージが行われる中で、全学連は非常事態宣言を発し、平壌放送を通じて朝鮮の学生にメッセージを送るなどした。また、9月から10月にかけてはレッドパージ反対のために「9・30駒場」をはじめとする試験のボイコットやゼネストを実施した。各大学当局はロックアウトによって警官隊との衝突を回避しようと試みたが反対運動は鎮まらず、天野文相はついに大学内のレッドパージを撤回することとなった。ただし、この闘争の中で早稲田大学事件での処分や中央大学などの脱退などがあり、全学連の闘争は表面的な華やかさを失いつつあった。全国で2万人以上とも言われるレッドパージが吹き荒れる中で、学生運動のみが勝利を勝ち取ったとされる。これは、大学の治外法権的地位と、運動の爆発的高揚に起因するものであった。
1949年11月2日から3日、大隈講堂で開かれた第3回大会ではすでに日共中央と全学連とのかい離が見え始め、関東代議員の70パーセント(全代議員の40パーセント)が日共の大会中止指示を受けて大会を欠席している。
初期の全日本学生自治会総連合は、日本共産党の強い影響の下で、反レッドパージ闘争、朝鮮戦争反対闘争、全面講和運動などを行った。この時期に全学連で活動した者には、後の日本共産党議長不破哲三と副委員長上田耕一郎兄弟、後の日本社会党副委員長の高沢寅男、第3回全学連中央委員会で委員長に選出され、京大天皇事件を引き起こした米田豊昭や映画監督の大島渚、田中角栄秘書となる早坂茂三などがいた。
しかしながら、この闘争の中から反動教育政策打破という学生運動の質的転換が発生し、学生たちは全国的な連帯が勝利をもたらし得るという教訓を得ることとなった。
7月3日、58校が参加する学生運動の全国的統一組織結成の準備会が開かれ、さらに7月6日には138の大学・高専の代表者400人による会議が東京大学で開かれ、「全日本学生自治会総連合」の結成を決定した。9月18日からの三日間、東京第二師範(予定していた東大38番教室使用が拒否されたため第二師範女子部講堂に変更)・早大・東京商大と場所を移しながら全学連結成大会が開かれ、145校の代議員250人が参加した。この大会はスローガンとして
教育のファッショ的植民地再編反対
学問の自由と学生生活の擁護
学生アルバイトの低賃金とスキャップ反対
ファシズム反対、民主主義を守れ
青年戦線の即時統一
エログロ文化排撃、民族・文化を守れ
学生の政治活動の完全な自由
を採択した。この結成大会で選出された役員は中央執行委員長武井昭夫(東京大学)、副委員長は早稲田大学の学生、書記長は東京大学の学生であり、事務局は東大に置いた。東大と早大から執行部が選出された背景には、共産党細胞が強固であり党の理論と現状分析が徹底していたことがあり、後にも歴代の全学連指導部にも両校の出身者が多数を占めることとなった。1948年末時点で加盟校266、構成員222581人であった。