フィリピン航空
この移管に伴いPAL エクスプレスがマニラ発着で運航している路線は、エアフィリピンがターミナル開業から使用していた第3ターミナルビル発着へ変更された。2010年3月にPAL エクスプレスとAirPhil Expressを統合、エアフィル・エクスプレス (Airphil Express) の名称で運航していたが、2012年3月、ブランド名をPAL エクスプレスに変更した。
欧州連合(EU)が、フィリピン共和国航空当局の「安全確認の体制に問題がある」として、他の全てのフィリピンの航空会社とともに2010年3月30日からのEU域内への乗り入れ禁止が決定。ただし、フィリピン航空は、1998年の会社更生法適用時にヨーロッパ方面への運航を打ち切っており、運航上の支障は生じなかった。2013年7月10日にフィリピン航空のEU域内への乗り入れ禁止が解除されたと、フィリピン大統領報道官室が確認し発表した。 EU乗り入れ禁止の解除を受け、ロンドン/ヒースロー線が2013年11月4日から15年ぶりに再就航した。
2012年 3月 - マニラとインドネシアの人気観光地との間の直行便を再確立し、バリに就航。 4月 - サンミゲル社(SMC)が5億USドルでPALホールディングスの49%を取得し、PALおよびPAL Expressの経営管理を行う。SMC社長ラモン・S・アンがPALの社長兼最高執行責任者(COO)に就任。ルシオ・タンは会長に留任。 6月 - 3機目のボーイング777納入が完了 8月 - エアバスのジェット機54機、総額70億USドル以上の確定注文に署名。フィリピンの航空業界史上最大規模の契約となる。1か月後にはエアバス10機を追加発注。 9月 - サービスの革新を発表。新機材の導入に加えて、新規就航都市、刷新された機内食メニュー、ガソリンスタンド内に設置する航空券の予約と購入が可能なセルフサービス機およびPAL発券オフィス、機内エンターテインメントへのApple iPadの導入を公表。 10月 - 業務の最前線で使用するコンピューターシステムの統合とアップデートを行う。ワンストップの新しい購入方法を提供。ウェブサイト、コールセンター、発券オフィス、旅行会社などさまざまな場面で予約・購入が可能になり利便性が向上。 10月 - フィリピン国内線で全面的にPALとPAL Expressのコードシェア開始。PAL Expressの国内線ネットワーク拡大に伴い、PALも国内線9か所に乗り入れ。現在、双方の航空会社が互いの航空券を販売可能。
中長距離国際線ではビジネス、プレミアムエコノミーおよびエコノミーによる実質3クラス構成をとる。 現在、最新鋭機材を中心に最新のシートを展開している。従来設置されていなかったテレビモニターが全席に設置されたり、USB端子が設置された。なお、A320、A321ceo、一部のA330ではいまだにLCC並みのシートにて運用されている。(全席テレビモニター無し)
ビジネスクラス
「マブハイクラス」。最新鋭機材には最大約198センチのフルフラットシート、空気圧で座席の硬さを調節できるPCS(Pneumatic Comfort System)、マッサージ機能が新たに採用された。座席幅は約60センチ、18.5インチの大型テレビモニター「myPAL eSuite Parsonal TV」を備えている。300時間以上の映画・ビデオ・音楽を楽しむことができる。「1-2-1」の配列で18席のシートが装着されている。スタッガードタイプの配置がなされており、全ての座席が通路に面している。A320やA321ceo、一部のA330は未改修のままである。未改修のA330のシートにはフランスSogerma 社製のEquinox 3Dが採用されている。 特典として、ビジネスクラス専用カウンターを利用することができる。
2013年より、マニラ−バンクーバー間のボーイング777-300ERを対象に、新サービス「PAL iN AiR」の提供を開始。以降、国際線用機材を中心に、順次提供を開始。地上と遜色のない接続環境で通話、SMS、ツイート、Eメール、ネットサーフィンが可能。なお、Wi-Fiサービスを利用するには、搭乗前にスマートフォンアプリ「myPAL Player」をダウンロードする必要がある。飛行中にダウンロードできないので注意。なお、通常の機内エンターテインメントシステムと同じように、飛行機が離陸して、キャビンクルーがエンターテインメントシステムを使用許可に設定しなければ利用できない。現在、無料でインターネットが利用可能。