ウィリアム・フィップス
フィップスは憲兵隊長の職には向かなかった。彼は行政や法曹職の経験がなく、アンドロスの行政府とも他のボストンの政治家とも大したつながりはなかった 。アンドロスの評議会は、フィップスが到着して、執行官が宣誓を受けた時には、既に憲兵隊長の役をも請け負っていた 。アンドロスは辺境のインディアンの問題と、ドミニオンにニューヨークとジャージーを併合する問題とが差し迫っていたのとで忙しく、6月の始めにフィップスが到着しても、最初のうちは会おうとしなかった。6月はじめに、アンドロスがフィップスを実質憲兵隊長であると宣誓してからも、評議会はフィップスの要求をはねつけ、前もって指名されていた執行官たちの罷免を求めた。自分への扱いと立場のあやふやさに腹を立てたフィップスは、7月の半ばにロンドンへ旅立った。ボストンでの比較的短い滞在の間に、フィップスはノースチャーチでのコトン・マザーの礼拝に出席し、大きな影響力を持つ聖職者のマザーと、親しい関係を築いた。
ロンドンに着いたフィップスは、彼の大事な支援者であるナルバラが死去したことと、アルベマールが死の床にあることを知った。
フィップスは10月にボストンに着いて、そこでさらに機材と物資、そして経験を積んだ潜水夫を探そうとした。偶然にも時を同じくして、2隻目の、ウィリアム・ウォーレンの「グッド・インテント」が、フィップスが目指しているカリブ海のとある地域に出かける準備をしていた。ウォーレンの航海を阻止するべく、マサチューセッツ当局を説得するも失敗に終わり、フィップスはウォーレンの誘いに乗った。潜水夫と物資の見返りとして、ウォーレンと仲間たちは、フィップスの収益の分け前をもらったと思われる。
フィップスは1683年ボストンを出航した。最初にあまり財宝発見の確率が高くないジャマイカ沖を捜し、引き上げられた難破船から200ポンド相当の財宝を見つけた。これに乗組員の何人かが反抗したため、フィップスは彼らをジャマイカに待たせ、新たに先導役を集めて、より可能性のある場所へと向かった。先導役について、フィップスはヒスパニオラ沖を捜したが、あまり大したことはなかった。結局1685年にロンドンに戻ったが、会計の上ではこの航海は損失だった。それぞれの分け前は小さく、王室は船の調達に700ポンドを使い、受け取ったのは471ポンドだった。帰りの航海はバミューダで足止めを食らって混乱したものの、フィップスは、ヘンリー・ビッシュをここからイングランドまで護送するのに同意した。ビッシュはバミューダ総督リチャード・コーニーの政敵で、コーニーに逮捕された人物だった。イングランドに着いた時、ビッシュはフィップスを逮捕させた(意に反してイングランドまで護送したということだった)が、チャールズ2世のとりなしで釈放に至った。
フィップスは次の航海は海軍本部が資金を提供してくれるものと期待していたが、チャールズ2世の崩御により即位した弟のジェームズ2世はそれを拒否した。ナルバラはフィップスとアルベマール公クリストファー・マンクを引き合わせた。アルベマールはジェームズ2世から特許状を得ており、フィップスに難破船捜索の権限を与えた。アルベマールはまた、フィップスの3度目の航海への資金提供者を募り、2隻の船を用意した。22門の200トンフリゲート艦「ジェームズアンドメアリー」と45トンのスループ船「ヘンリー・オブ・ロンドン」で、指揮官はフランシス・ロジャースだった。このロジャースは、前回の航海では二等航海士を務めていた。
1686年9月、フィップスはロンドンを発って、11月にヒスパニオラ沖に到着した。天候が悪く、その結果、翌1687年の1月まで財宝探しには取りかかれなかった。フィップスは小さい方の「ヘンリー・オブ・ロンドン」をヒスパニオラの北東の岸と岩礁の偵察にやり、2月の始め、この船は大きな掘り出し物の証拠を持って戻って来た。発見したのは「ヌエストラ・セニョーラ・デ・ラ・コンセプション」で、スペイン人にはアンブロシアバンクスとして知られるこの地域(現在のシルバーバンク)で、1641年に難破していた。その時から4月まで潜水夫と乗組員が財宝のすべてを引き上げる仕事をした。財宝は金と銀の延べ棒に金貨と銀貨、宝石、そして工芸品だった。この財宝をめぐって暴動が起きることを考えたフィップスは、船乗りのと同じ給料で雇われている乗組員に、自分の利益から給料を払う場合は、配当も与えると請け合った。
フィップスは、ヌーベルフランスへの次の遠征の支援は受けられなかったが、その代わりに、インクリース・マザーや植民地代表部と行動をともにし、マサチューセッツへの新しい勅許を入手するための努力をした。マザーの数多い勅許の要請は拒否されたが、ウィリアム3世・メアリー2世は、マザーに次のマサチューセッツ総督の候補を選ばせることでマザーを懐柔した。マザーの提言により、両君主は新たに発せられた勅許状の下での新生マサチューセッツ湾直轄植民地の総督にフィップスを任命した。この勅許によれば、マサチューセッツ湾植民地はかなり広くなっており、かつてのマサチューセッツ湾植民地のみならず、プリマス植民地やケープコッドの南の島々、マーサズ・ヴィニヤードやナンタケット、現在のメイン州にカナダのニューブランズウィック州、ノバスコシア州までもが組み込まれていた。