フレグの西征
翌日フレグは事後処理を幕下の将軍たちなどに命じ、自身は死臭を避けてバグダード郊外南西のワクフ村というところに陣を張った。そこでフレグは拘留していたカリフに処刑を通知し、サファル月15日(1258年2月28日)にカリフ・ムスタアスィムは自らの子息二人と側近たちとともにその地で処刑された。カリフはモンゴルが貴人の命を奪う際の方法として敷物でまかれ軍馬に踏まれ殺されたとも伝えられる。バグダード市内は略奪され、「知恵の館」なども失われてこの後バグダードがかつての栄光を取り戻すことはなかった。以後、バグダードはイラーク・アラビー州の州都としてイルハン朝の財政を支える重要な拠点となり、さらにはイルハン朝君主の冬営地としてたびたび君主のオルドがバグダード郊外に営まれた。陥落当初アッバース朝から寝返ったカリフの宰相イブン・アル=アルカミーがバグダードの行政を担当したが、程なく暗殺され、1260年代以降は『世界征服者史』の著者でもあるアラーウッディーン・アターマリク・ジュヴァイニーがバグダードの知事として、亡くなるまで20年近く同地の行政を担いバグダードの復興に尽力する。
前述の通り、アルグン・アカを首班とするイラン総督府と、バイジュ・ノヤン率いるイラン以西におけるモンゴル帝国の鎮戍軍である「タマ軍( لشكر تَما lashkar-i Tamā)」の活動によってモンゴル帝国はイランの地の主要な拠点は押さえていたものの、シーア派の一派、イスマーイール派(正確にはニザール派)の勢力が未だモンゴル軍に反抗を続けていた。「暗殺教団」とも呼ばれるニザール派はアラムートの城塞を中心とする難攻不落の山城群をアルボルズ山脈やイラン南東部のクヒスターンなどの山岳地域に築きそれらを根拠地としてセルジューク朝時代から活動を続けていた。一部はシリア地方にも展開しており十字軍にも恐れられたその暗殺技術によって周辺地域に絶大な影響力を誇っていた。チンギス・カンの時代にはニザール派第25代教主ジャラールッディーン・ハサン(英語版)(ハサン3世)がイラン高原にやって来たチンギス・カンに臣従を誓っていたものの、イラン支配の意図を明かにし始めたモンゴルとは次第に対立し始め、モンゴル軍の部将が暗殺される事件などにより両者の関係はさらに悪化。すでにグユクの時代からモンゴル軍によるニザール派の攻撃は計画されつつあった。