長岡駅
これらを受けてJR新潟支社と長岡市は共同で「長岡駅ステーションルネッサンス計画」を策定し、2006年(平成18年)秋から2007年(平成19年)春にかけ、駅施設・駅ビル施設の再配置とバリアフリー化による駅舎内の移動円滑化を目的とした改装工事を実施し 、窓口や改札口などの駅施設を駅舎北側に、店舗などの駅ビル施設を南側にそれぞれ集約させたほか、各種バリアフリー設備の新設を行った。
この間、2007年3月28日から新幹線・在来線の改札口を分離して「のりかえ口」を新設し、在来線改札口で自動改札機の供用を開始。改装前は改札南側に設けられていた券売機・みどりの窓口・旅行センター(びゅうプラザ)を北側に移設し、在来線改札内コンコースに待合室を新設した。この待合室は、椅子や壁面などの内装材に新潟県産のスギ材(越後杉)を使用している。これはJR新潟支社が「越後のふるさと木づかい事業」(新潟県産木材の利用拡大を図って公共施設の木質化を推進する新潟県の事業)による補助金の給付を受けて設置したものである。また各ホームのエレベーターや多機能トイレなどバリアフリー設備の整備費用の一部には、長岡市の補助金が用いられている。
この一連のステーションルネッサンス計画により、改札口周辺の歩行者動線の整理が図られた。
その後長岡市では「長岡駅周辺整備事業」の一環として2009年度(平成21年度)から自由通路の改修と、それに直結する「長岡駅大手口ペデストリアンデッキ」の新規整備に着工した。
大手通り、大手大橋通り、大手大橋(新潟県道36号長岡停車場線・国道351号)
城内通り
すずらん通り
セントラル通り
国道352号
直営駅としてJR東日本 新潟支社が運営しており、駅長・副長が配置されている。
新潟駅同様、遺失物案内所はJR東日本新潟シティクリエイト(JENIC)に業務委託している。
駅機能を置く2階には店舗型のみどりの窓口・タッチパネル式自動券売機、多機能券売機、指定席券売機ほか、売店NewDays、西側通路沿いにATMとVIEW ALTTEのATM・化粧室などがある。
自動改札機は在来線と新幹線(新幹線のりかえ改札口併設)双方の改札口に設置されている。
在来線はSuicaの新潟エリアに含まれており、在来線改札口の全通路でSuicaおよび相互利用を実施している交通系ICカードが利用でき、新幹線改札においても全通路で新幹線eチケットサービスと長岡 - 新潟間が含まれるSuica定期券が利用可能となっている。
長岡営業統括センター所在駅で、地区管理駅の機能があり、管内の無人駅や業務委託駅を管理している。当センターのセンター長は当駅の駅長が兼務し、副センター長は越後湯沢駅、上越妙高駅、柏崎駅、十日町駅、燕三条駅の各駅長が兼務している。
ATMコーナー
VIEW ALTTE
大光銀行・長岡信用金庫共同機
第四北越銀行
JAバンク
また、駅ビルCoCoLo長岡の食品館、レストラン街にセブン銀行のATMがある。
きっぷうりば(2022年7月)
在来線改札口(2022年7月)
新幹線改札口(2021年9月)
在来線-新幹線乗換改札口(2022年7月)
在来線2・3番線ホーム(2022年7月)
在来線4・5番線ホーム(2022年7月)
新幹線11番線ホーム(2022年7月)
新幹線12番線ホーム(2022年7月)
臨時改札(2017年8月)
在来線地下通路(2018年8月)