さよなら運転
東京メトロではホーム上にロープを張って乗客の通路を確保し、駅員が集まった鉄道ファンらに分散乗車を促すなど対策を取ったものの、多くのファンが運転台のある先頭車両に詰めかけたことから混乱した。鉄道ファンの一部が一般乗客に対し、罵声を浴びせたり先頭車両への乗車を妨害するなどの行為があった。怪我人こそなかったものの、乗車していた子供が泣き出したり、身の危険を感じた一般乗客が北千住駅付近で車内非常通報装置(非常停止ボタン)を押すという事態にまで至った。東京メトロの担当者は「別れを惜しんでいただくのはありがたいが、安全とマナーを守ってほしい」と語った。
なお、交友社の鉄道雑誌『鉄道ファン』の元編集者で鉄道ジャーナリストの梅原淳は、6000系ラストラン騒動を取り上げたコラムで「混乱はだれが悪いのか。東京地下鉄に改善の余地はあったのか」と書き、「最終的には指示に従わなかった鉄道ファンの責任だ」としながらも、「東京地下鉄が言うほど混雑していない」「線路に落ちて怪我人が出なかっただけでもよしとする」などと述べ、「(終点の)綾瀬駅で混乱を起こさなかった鉄道ファンの態度も褒めたい。車内での怒号については次回の検討課題にするとしよう」とコラムを締めくくっている。
このような事態を受け、東京メトロは2020年の03系(日比谷線)引退時には、イベントやさよなら運転を行わなかった。