ルソン島
しかし英語による教育の普及や経済の発達でフィリピン人の国民意識は高まり独立の声はやまず、1935年にはアメリカ政府も10年後の独立を約束し、フィリピン・コモンウェルス(独立準備政府)が発足した。
1941年末から1945年までの太平洋戦争でルソン島は日本軍の侵略と占領を受けたが(フィリピンの戦い (1941-1942年)およびフィリピン第二共和国)、一方でこの時期にマニラ周辺のタガログ語が支配に使用されフィリピンに広がった。イルストラドのうち第二共和国に参加するなど日本軍に協力する者も多かったが、アメリカで亡命政権に参加する者もおり、アメリカ極東陸軍(ユサッフェ)の残党将兵は引き続き「ユサッフェ」を名乗ってゲリラ組織を作り、ゲリラ戦を展開した。また農民・労働者層はフィリピン共産党の指導下でフクバラハップ(抗日人民軍)を結成し日本軍を苦しめた。
ルソン島はフィリピンの戦いのさなかの1945年、アメリカ軍により奪回されたが(ルソン島の戦い)、戦争で都市などのインフラは徹底的に破壊された。またフクバラハップが戦後も勢力を持ちフィリピン政府やアメリカ軍と戦い続けた。
1946年、フィリピンは独立した。しかしクラーク空軍基地やスービック海軍基地などアメリカの軍事基地は残り、フィリピン政府に対し以後もアメリカ政府が影響を持ち続けた。フィリピンは1960年代まではアジアにおいて日本に次ぐ第2位の経済規模を誇ったが、やがてフェルディナンド・マルコス政権後期に縁故主義がはびこると経済が停滞し、韓国や台湾などに大きく水を開けられるようになった。