埼京線
旅客営業規則第67条の規定では、「旅客運賃・料金は、旅客の実際乗車する経路及び発着の順序によつて計算する。」となっているが、埼京線のうち大崎駅 - 赤羽駅間で乗車する場合、同規則第70条から、また、赤羽駅 - 大宮駅間では同規則第69条の経路特定区間の設定が同区間に適用されており、普通旅客運賃・料金は最も短い営業キロによって計算され、経路の指定は行われない。よって、同区間は宇都宮線・京浜東北線と異なる経路を通っているが、実際には埼京線を通る場合でも、0.9km短い宇都宮線経由で運賃・料金で計算される。さらに、定期券にもこの特例が適用され、赤羽駅 - 大宮駅間では埼京線・京浜東北線どちらの途中駅でも乗降可能となる。
なお、『JTB時刻表』の「東京近郊区間(埼京線・川越線)」のページにおいては、新木場駅 - 大崎駅間は新木場駅と天王洲アイル駅のみが記載され、大崎駅 - 大宮駅間は埼京線、大宮駅 - 川越駅間は川越線として案内されている。
大崎駅 - 新宿駅間において本路線と線路を共用して運行される相鉄線直通列車は、当該区間では埼京線の各駅停車、快速、通勤快速と同様の案内がされる。『JR時刻表』の埼京線の項目においては、海老名駅 - 羽沢横浜国大駅間は相模鉄道、羽沢横浜国大駅 - 大崎駅間は東海道本線、新木場駅 - 大崎駅間は東京臨海高速鉄道りんかい線、大崎駅 - 池袋駅間は山手線、池袋駅 - 赤羽駅間は赤羽線、赤羽駅 - 大宮駅間は東北本線、大宮駅 - 川越駅間は川越線と正式路線名に従って案内されている。
東北・上越新幹線の高架化により、騒音や振動の問題が起きることを懸念した建設反対運動の「見返り」として建設された埼京線だが、新幹線と同様に騒音・振動の問題が懸念されていた。
開業前後の時期、より低騒音な車両として205系が開発されており、それを埼京線に投入する案もあったが、当時投入された山手線の205系が好評だったこと、当時の国鉄財政状況は最悪の状態であったため、国鉄は予算査定にシビアな姿勢で臨んでいた。
1984年12月、埼京線開業の目処が立ち、車両増強が必要となったため、1985年度発注分として205系を100両を発注した。これであれば、車両制作期間として6か月から8か月程度を見込んだ措置で、前年度の40両に比較して倍以上の数であっても、山手線および埼京線とも当時は10両編成であったので、編成組み換えなどの煩雑な作業による経費増加を抑えて転用することができると国鉄は計算していた。しかし、山手線の在籍車両は当時でも550両程あるため、1985年度の100両を投入しても山手線の置き換えは、到底完了できるものではなかった。