ポケットモンスター ベストウイッシュ
また、映画『神速のゲノセクト ミュウツー覚醒』の公開に先駆け、ゲノセクト軍団が1カットのみで登場した。
同年4月25日放送分からはシーズン2内での新シリーズとして『ポケットモンスター ベストウイッシュ シーズン2 デコロラアドベンチャー』(ポケットモンスター ベストウィッシュ シーズンツー デコロラアドベンチャー)が放送された。プラズマ団との戦いが終わりNと別れた後イッシュ地方を離れ、カントー地方を目指す道中にあるデコロラ諸島を巡るアニメオリジナルのストーリーで、ゲームには登場しないアニメオリジナルエピソードは『オレンジ諸島編』以来である。後半のストーリーではゲーム『ポケットモンスター X・Y』からパンジーと第6世代初出の新ポケモンが出演した。
同年9月26日の最終話にてサトシ・ピカチュウ・パンジーが次作の舞台であるカロス地方行きの飛行機に乗り、『ポケットモンスター XY』に繋がる形で幕を閉じる。次週の10月3日には番外編が放送された。番外編ではサトシと別れた後のデントとタケシのジョウト地方での物語となっており、DP以前のジョーイ・ジュンサーも登場した。また、BWの最終回間近にはデントだけでなく、アイリスが主役の特別編も放送されることが告知されており、2014年3月27日にXY第21話と1時間のスペシャル番組内で放送された。テレビ東京系列ではXYを連続して放送する都合上、OP、EDはXYのものが使用された。
シーズン2での最高視聴率は7%(関東地区における2012年7月19日放送の第4話)を記録した。