マーレーコッド
本来、マーレー川と南の支流は、冬に流量が増え、春に洪水を起こし、夏から秋にかけて流量が減るというパターンを示していた。マーレー・ダーリング固有の魚類の繁殖行動は、この自然のパターンに沿ったものである。灌漑のための河川管理はこの自然のパターンを逆転させ、繁殖成功率と個体数の回復に悪い影響を与えた。現在、マーレー川と南の支流の大部分は灌漑需要に応じるために、夏と秋に流量が増やされ、冬と春には流量が抑えられている。年1回の周期的な春の洪水を含む中小規模の洪水は、完全に押さえ込まれている。
河口での流量は、1995年までに本来の流量のわずか27%にまで落ち込んだと見積もられている。マーレー川河口が干上がる確率は、本来の5%から1995年には60%に増大した。
水温の人為的な低下によって引き起こされる熱公害も重要である。これは、特に夏と秋において、灌漑需要に応じるために貯水池の下部に貯まっていた冷たい水が放流されることによって引き起こされる。熱公害は繁殖行動と稚魚の生存を妨げ、極端な場合では成魚の生存をも脅かす。
マーレー・ダーリング川水系のダムや堰からまれに放流される洪水は、河川管理システムによって流量を調節され、本来の時期から遅らせられている。このような河川管理方式が非常に有害で、生態系全般の利益を大幅に損ねていることを示す研究が増えている。マーレー・ダーリング固有種に繁殖機会を与えることができるのは、現在では滅多になくなった洪水である。。
ダムや堰などの川の流れをせき止める構築物は成魚、稚魚を問わず移動を阻み、生息域の再拡大や孤立した個体群の維持を妨げる。
付け加えると、最近の研究では、稚魚が引上堰を通り抜ける時、そのおよそ50%が死亡することが明らかにされている。
この150年ほどの間に、主にリバーレッドガムツリーからなる数十〜百万本以上の沈木がマーレー・ダーリング川流域の下流域から取り除かれてきた。このような大規模な沈木の除去によって、生態系は破壊的な影響を受けた。沈木は産卵場所ともなり、下流域の生態系において非常に重要な機能を果たしている。主に砂泥から構成される下流域の水路底にあって数少ない堅い底質の一つとして、沈木はバイオフィルムの形成や小型の無脊椎動物の生息、水流中における全般的な生産性に関わる重要な場所である。
植生の変化と牛の放牧によって荒れた河岸から流入する泥は淀みを埋め、川の生態系を悪化させてマーレーコッドの生息に適さないものに変えてしまう。川辺の植生が失われることによって、泥の堆積と生態系の様々な悪化はよりいっそう酷くなる。
不十分な遊漁規則と釣客による持続的な乱獲は、非常に深刻な脅威となっている。科学的調査によって性成熟個体の平均的なサイズが明らかにされた現在では、大部分の州で採用されている50cmという規制サイズ(クイーンズランド州は60cm(2ft))は全く不十分である。この研究と実際に採取された標本データ、そしてコンピュータによるシミュレーションは、マーレーコッドの野生個体群を長期的に維持するために、さしあたって規制サイズを70cmに上げ、今までは2-4匹の漁獲だったものを1匹にまで減らすといった対策が必要であることを示している。