時計仕掛けの破壊神
人造救世主計画の候補者たちに用意される巨大な登場型メカ。候補者の資質にあわせて異なる性能を持ち、候補者の「二つ名」に近い機体名を持つ。救世主に与えられる機械の肉体であり、真帝国が崇める機械神デウス・エクス・マキナを模しているととることもできる。本作のタイトル「時計仕掛けの破壊神」もこのマシーネン・メシアースを意味していると思われる。
マシーネン・メシアースは過剰なまでのマナが内蔵された機体であり、それぞれの機体ごとに固有の特殊能力を持つ。本作では各話のクライマックス戦闘はかならずこのマシーネン・メシアースとの戦闘が行われている。なお、設定上ではPCたちが実際に戦った4体以外にもいくつも存在していることになっている。 裁きの巨人 ランベルツのマシーネン・メシアースで第1部のボス。人型の巨大ロボット。機体そのものに神性がこめられており、攻撃を受けるとそれに等しい呪いを相手に与える「神罰ドライブ」を搭載している。これはルール上では無限に《タケミカヅチ》を放つ能力として表現されている。 第1部の時点ではドライブを完全に動かすだけの効率のよいリアクターが機体に搭載できておらず、要塞内にしかけられた巨大なリアクターからエネルギーを供給していた(つまり、行動範囲が限られていた)。その弱点を知ったPCたちは先に要塞を襲いリアクターを破壊することで、神罰ドライブの起動を不完全なもの(加護の使用回数が有限)にし、この難敵を攻略した。 予言の聖女 ゲルダのマシーネン・メシアースで第2部のボス。翼ある蛇身の姿をした天使像。数瞬後の未来を予知し、最も適した行動をよることができるシステム「神曲」を搭載している。