道南十二館
1496年(明応5年)には、粗暴等行状の悪さを理由に松前守護職であった一族の下国恒季が、武田信広の嫡男である蠣崎光広ら配下の蝦夷島館主らにより安東氏に訴えられ、恒季は同年11月、安東氏の手勢により攻められ自害した。これにより松前守護職は安東恒季を補佐した相原季胤が継いだ。
1512年(永正9年)蝦夷地東部の村長であったショヤ(庶野)、コウジ(訇時)兄弟率いるアイヌが蜂起し、数カ所の館を襲撃するという事件が起きる。上国守護職であった蠣崎光広、義広親子が撃退し、一時小康状態となるものの、翌1513年(永正10年)には再度攻撃を始め、松前大館が陥落し、松前守護職の相原季胤らが討ち取られた。空き城となった大館には、翌1514年(永正11年)光広が入城した。安東氏は当初これを認めなかったが、再三に及ぶ要請を受け、上国に加え松前守護職への就任を追認、蠣崎氏に蝦夷地を訪れる和人の商船から運上を徴収することを認め、その過半は檜山に送られることとした。なお、安東恒季の誅殺やこのアイヌ蜂起を光広による松前守護職簒奪の謀略とする説がある。こうして松前大館に拠る蠣崎氏の勢力が他の館主に優越する体制が固まり、蠣崎氏による他の館主の被官化が進んだ。
その一方で志苔館と同じく十二館に含まれる松前町の原口館は1990年と1992年にその比定地が松前町教育委員会によって発掘調査され幅約3m、深さ約2.5m、延長約120mの空壕が発見された。空堀の内部からは竪穴建物跡と多量の青苗文化に属する土器などが発見され、原口館比定地は15世紀頃ではなく10~11世紀頃の東北地方北部から渡島半島南部に分布する古代の防御性集落であることが確認された。このように道南十二館の比定地には不確定な点があることなどを含め、文献史料である新羅之記録と考古学的調査との整合性が新たな課題となっている。