水戸線
1965年まで小山駅から岩瀬駅を経由し土浦駅まで直通列車が運行されていた。当列車は途中下館駅で真岡線への列車を分割し、岩瀬駅で水戸線水戸方面の列車を分割する多層建て列車であった。1965年まで土浦駅から栃木県小山市の小山駅まで直通列車が運行されていた。当列車は岩瀬駅で水戸線普通列車と併結し、下館駅では真岡線と併結する多層建て列車であった。
気動車不足で岩瀬駅 - 下館駅間の増発を出来ずにいた水戸鉄道管理局の思惑と合致し利用は好調であったが、豪華仕様であったキハ500/キハ800を混雑輸送に使うことや車両使用料から常総筑波鉄道側が不満を持ち、同社から直通廃止の申し入れがなされた。
定期貨物列車は設定されていない。SLもおか用の蒸気機関車の検査時や関東鉄道の新車導入時にのみ、下館駅発着の甲種輸送列車が運行される。
JR東日本:各駅の乗車人員より
小田林駅・東結城駅・新治駅・大和駅・羽黒駅は無人駅であるため集計されていない。