ジョン・エンデコット
王党派の船長が動かした船と、議会派の船長が動かした船の2隻がボストンに到着し、議会派は王党派の船を捕獲しようとした。多くの審議が行われた後で、エンデコットの評議会は基本的に議会派の立場を支持することになった。もしイギリスの議会が「今後悪質な精神であるならば」独立を宣言できる権利を残した。議会派は王党派の船を捕獲することを認められ、植民地は港に入ってくる王党派の船の捕獲を始めた。
1645年、トマス・ダドリーが総督に選ばれ、ウィンスロップがその副総督となった。エンデコットはその慰安として植民地民兵隊の指揮を任され、総督に報告することとなった。また再度総督の補佐となり、1646年位はイングランド連合に対する植民地の代表に選ばれた。隣接する植民地でのインディアンとの紛争の恐れによって、マサチューセッツは防衛的側面を高めることとなり、エンデコットがその指導的役割を果たした。1646年、ウィンスロップが総督に再選されたが、1649年に死去し、その後はエンデコットが総督を引き継いだ。その後毎年再選され、死去する1665年までほぼ連続して総督を務めることになった。1650年から1651年と1654年から1655年の2つの期間のみ副総督だった。
1639年、エンデコットはセイラムの北にある数百エーカーの土地を払い下げられ、そこが現在のボックスフォードとトップスフィールドになっている。この土地が正式に区画割りされたのは1659年になってからだったが、1651年には既にその土地に隣接する「銅の採掘が見込まれそうな土地300エーカー」を払下げられていた。