陸山会事件
同年5月、議員連盟事務局長と民主党副幹事長を務める辻衆議院議員が小沢幹事長を不起訴とした東京地検の判断の是非を審査している検察審査会事務局に対し、「審査補助員の選任方法や標準的な審査期間について聞きたい」という名目で、辻本人と秘書が電話を入れ、衆院議員会館の事務所に来るよう呼びつけたことが発覚。審査会側は要請に応じなかったが、政権与党の幹部が、政治的な中立が要求される検察審査会側に接触を図るのは極めて異例である。辻は「たまたま議決のタイミングと重なっただけで審査会への圧力ではないし、議論を深めることが悪いとは思わない」と事実を認め、さらに「事務局に電話することで、審理に影響があるはずがない。(電話を入れたことが)漏れることが問題だ」と述べた。
読売新聞は6月1日の社説で辻議員の問い合わせ問題を取り上げ、民主党の問題として批判した。産経新聞も6月1日の社説「主張」で、「『圧力とは違う』という言い訳は通らない。審査会の独立性、中立性を侵害する行為であり、断じて認められない」と非難した。
小沢に近い与党国会議員らが検察批判をしたが、一部議員の行動について議論が起こった。
田代は「健全な法治国家のために声をあげる市民の会」から虚偽有印公文書作成・行使と偽証の容疑で2012年1月12日に告発された。さらに同会は、2012年6月27日に陸山会事件の捜査に関わった佐久間、木村匡良、大鶴基成、齋藤隆博、吉田正喜、堺徹の各検事を検察審査会に対する偽計業務妨害や虚偽有印公文書作成・行使、犯人隠避などで告発した。
最高検察庁は2012年5月までに「記憶が混同した」と繰り返す田代の証言を全面採用、また当時の上司らも「虚偽とは知らなかった」と説明したことを理由に、不起訴とする方針を採用したが、4月26日の判決での裁判所からの厳しい検察批判や、市民団体による連続した告発、さらに後述する報告書のネット流出問題などで処分はずれ込んだ。この再聴取に関しては、田代検事が「石川議員の捜査段階の供述を維持させるよう一部幹部から指示された」と述べていたことが報道されている。
2012年5月2日夜よりネット上に供述録とされるもの、及び調書とされるものの2文書が投稿され、告発団体代表のもとにメールで通知が送られたことで発覚した。
この虚偽捜査報告書について、流出で事実を知った当時の法務大臣・小川敏夫が、検察が田代個人の記憶違いとして幕引きを図っているのはおかしいとして、再調査指示の指揮権発動を当時の内閣総理大臣・野田佳彦に相談したが認められなかった。
秘書3人の控訴審においては、水谷側から得られたものとして、15日には水谷側の人間が現場に行っていないこと、「授受は15日にしろ」と検事側から指示されたことなど、15日の授受の存在を否定する種々の証拠や陳述書が提出されたが、東京高裁の飯田喜信裁判長により却下された。
ちなみに、判決要旨内の「小沢事務所は談合を前提とする公共工事の本命業者の選定に強い影響力があり、影響力を背景に公共工事の受注を希望する企業に多額の献金を行わせていた」についても、水谷建設が幹事会社になれなかったことと矛盾しているという指摘もある。
なお、小沢一郎の裁判では「検察審査会の議決書には裏金に関する言及がない」ことを理由に裏金を立証しない方針をとったため争点となっていない。