本土
生物学関連では、ホンドギツネ(本州、九州、四国に分布)、ホンドタヌキやホンドオコジョ(本州に分布)のように、生物の和名に「ホンド」が付けられている場合がある。これは、日本列島の島嶼が分布境界線によって区切られる等して、中心部と周辺部とで生物相に顕著に相違するためである。これに対して、ブラキストン線(津軽海峡を横切る)以北の北海道に分布する別亜種には、「エゾ」など分布域の名称を冠してキタキツネ、エゾタヌキ、エゾオコジョの和名が付けられている。また、本州、四国、九州に分布するニホンザルがホンドザル、ホンドニホンザルとも呼ばれるのに対して、屋久島に分布する亜種はヤクシマザル等と呼ばれる。