褐藻
褐藻は、遊走子や配偶子などの形で鞭毛をもつ細胞を形成する。他の不等毛藻と同様、鞭毛細胞はふつう管状小毛が付随する前鞭毛とこれを欠く後鞭毛をもち、細胞腹面(側面)から生じている。鞭毛の先端は、軸糸の中心微小管対のみが伸長している部分であるアクロネマとなっている。アクロネマは、有性生殖における雌細胞の認識や、基質への接着に関与していると考えられている。コンブ目やヒバマタ目の精子では後鞭毛が非常に長く、一方でアミジグサ目の精子では後鞭毛がほとんど退化している。鞭毛細胞の葉緑体にはしばしば眼点が存在し、後鞭毛基部の鞭毛膨潤部と相対している。また後鞭毛には緑色の自家蛍光物質が存在し、おそらく走光性に関与している。
鞭毛移行部に、多くの不等毛藻に見られるらせん構造は存在しない。2個の基底小体はほぼ反対方向に向いており、繊維性構造で連結している。基底小体付近からは4本の微小管性鞭毛根 (R1–R4) が伸びており、またバイパッシングルート(bypassing root)とよばれる微小管がR3から基底小体付近を通って後方へ伸びている。また眼点をもたないものでは、R2を欠く。