マーキュリー・レッドストーン3号
MR-3の飛行士はこの数ヶ月前の一月上旬、マーキュリー計画の責任者ロバート・ギルルース (Robert R. Gilruth) によって選ばれていた。ギルルースはアラン・シェパードを第一候補とし、ジョン・グレンとガス・グリソムをバックアップ要員にあたらせた。また他のマーキュリー・セブンの飛行士らには、後の飛行に備え引き続き訓練を継続させた。3人の名前が公表されたのは2月22日のことで、この時点では誰が飛行するのかについては何も言及されなかった。当初の予定がキャンセルされた際、ギルルースは最後の瞬間に飛行士の交代が要求されるような事態が発生した場合に備え、シェパードの名前だけを公表していた。発射当日にはグレンがバックアップ要員として待機し、グレンは次の弾道飛行であるマーキュリー・レッドストーン4号 (MR-4) に備えて訓練していた。
最初の発射予定日は5月2日だった。シェパードは宇宙服に身を包み待機室で準備していたが、発射の2時間20分前に悪天候で中止となった。日程は二日後に組み直されたが、さらなる天候悪化のため5月5日の午前7時20分まで順延された。