早稲田奉仕園
日本キリスト教会館には、上記の団体のほかに下記のキリスト教関係の組織とNGOがある。
日本キリスト者医科連盟(JCMA)
社団法人 日本キリスト教海外医療協力会(JOCS東京事務局)
日本盲人キリスト教伝道協議会(盲伝)
キリスト教学校教育同盟
社団法人 キリスト教保育連盟、キリスト教保育連盟関東部会
特定非営利活動法人 アジアキリスト教教育基金(ACEF)
公益財団法人日本クリスチャン・アカデミー
在日本インターボード宣教師社団
基督教新生社団
公益財団法人東京YMCA本部事務局
以下の講座を開催している。
英語講座
アジア語学講座
中国語、朝鮮語(韓国語)、タイ語、ラオス語、ベトナム語、クメール語(カンボジア語)、ヒンディー語、ベンガル語、モンゴル語
日本語教授講座
早稲田奉仕園信交協会(後の早稲田教会)は、前述のようにベニンホフの指導によるバプテスト教会であったが、1941年のプロテスタント諸教派の日本基督教団への教会合同により、現在は日本基督教団早稲田教会として、スコットホールでの礼拝や教会学校、聖書教室などの活動している。