アクア・トトぎふ
カメ目 曲頸亜目 - マタマタ 潜頸亜目 - クサガメ、アルダブラゾウガメ
有鱗目 トカゲ亜目 - ニホントカゲ、ニホンカナヘビ ヘビ亜目 - アオダイショウ、エメラルドツリーボア
ワニ目 - ニシアフリカコガタワニ
淡水魚専門の水族館としては世界最大級であり、前述の河川環境楽園や周辺の研究施設等を加えると「世界唯一、最大級の河川環境学習ゾーン」を形成する。設置主体は岐阜県であるが、水族館の運営は2003年(平成15年)に閉館した旧江の島水族館の経営会社・江ノ島マリンコーポレーションに委託しており、岐阜県と一定の縁がある同社代表取締役会長の堀由紀子(藤井丙午の実娘・藤井孝男の姉。日本動物園水族館協会理事、新江ノ島水族館館長)が、名誉館長を務めている。
コンセプトは、「環境教育の実践の場として、また地域交流拠点として子供から大人まで岐阜県の自然環境・河川環境を楽しく学び、考える場とするとともに、癒しの効果を持つ施設」。 当館の愛称は開業に先立って全国公募され、5,000点近くの応募の中から選考の結果、大垣市の小学四年生の案を最優秀賞とし、「アクア・トト ぎふ」に決定した。「アクア」は「水」、「トト」は「魚」を意味する幼児語であるが、憶えやすく親しみがあるという理由による選定であった。