洞爺丸
敗戦後、総トン数100トン以上の日本の全ての商船の配船、運航、造修等一切がGHQ管理下に置かれることになり、その実施機関である日本商船管理局SCAJAP(U.S. Naval Shipping Control Authority for Japanese Merchant Marine)の指令により、1945年(昭和20年)12月15日 からSCAJAPナンバーという管理識別番号が付与され、船体側面にこれを標示することが義務付けられた。
青函連絡船においても、SCAJAPナンバーが標示され、洞爺丸型では洞爺丸、羊蹄丸、大雪丸では側面中央部下部遊歩甲板角窓上の白地に黒で、摩周丸は塗り分け線直下の黒地に白で標示されていたが、全期間にわたり、上記位置に標示されていたかどうかは不明である。なお、この標示は1952年(昭和27年)4月28日のサンフランシスコ講和条約発効まで続けられた。
各船のSCAJAPナンバーは下記の通り(4桁の1文字目は船名のイニシャル、後ろ3桁は同一イニシャル内での通算番号)
洞爺丸:T239
羊蹄丸:Y062
摩周丸:M112
大雪丸:T277
なお、貨車航送を行ったアメリカ軍貸与のLST Q021、Q022もSCAJAPナンバーであった。
また既述の通り国鉄連絡船としては初めて電動式ヒーリングポンプが採用されたほか、各種ポンプ類にも交流電動機が用いられた。
その特性上、交流電動機には不向きとされ、金剛丸では電動発電機を介して直流電動機を回すワードレオナード方式を採用していた係船機械にも、羽根車室内の作動油量を調節してスリップ量をコントロールできるシンクレア流体継手を交流電動機出力軸に介することで、揚錨機やキャプスタンの交流電化を実現した。この方式は従来の汽動式に比べ操作は容易ではあったが、低速回転に限度があり、またそのとき十分なトルクが得られないなどの問題点も指摘された。
このほか、厨房、配膳室には交流電源の電気冷蔵庫、電気レンジや皿洗機も導入された。これらの電源確保のため、機械室には蒸気タービン駆動の出力500kVAという大型発電機が2台装備され、さらに端艇甲板には圧縮空気起動65馬力ディーゼルエンジン駆動50kVA非常用発電機も設置されたが、自動起動ではなかった。
1954年(昭和29年)夏、戦後の全国巡幸の仕上げとして北海道を訪れた昭和天皇のお召し船となってからわずか1ヵ月余り後の9月26日、洞爺丸は朝の6時30分、3便として青森第1岸壁を出航し、11時05分、函館第1岸壁に5分遅れで到着した。そのまま停泊し、折り返し4便として14時40分出航予定であった。この停泊中の11時30分、函館海洋気象台から台風接近による暴風警報が発令された。洞爺丸入港と入れ替わるように函館有川第3岸壁を10時55分、62便(貨物便)として出航した車両渡船渡島丸(初代)は、函館山を交わし、海峡に出たとたん強い東風を受け、激しい横揺れに見舞われ、12時40分頃には船長自ら、僚船に向け「難航中」の無線電話をするほどであった。函館有川第4岸壁を7分早発の12時38分出航した54便(貨物便)デッキハウス船 第六青函丸は、この無線電話を聞き欠航を決断、港口を出たところで引き返し、防波堤内に錨泊した。洞爺丸の先便となる函館第2岸壁13時20分発、1202便(客貨便)デッキハウス船第十一青函丸も出航後、渡島丸から打電された気象情報を受け、13時53分、前途航行困難と判断し、穴澗岬沖から引き返し、14時48分函館第2岸壁へ着岸した。
この1202便では、占領時代から、札幌発東京行の進駐軍専用列車1202列車の1等寝台車と荷物車の航送を行っていたが、1951年(昭和26年)5月9日の津軽海峡への浮流機雷流入以来、寝台車航送は中止されていた。