第五青函丸
1944年(昭和19年)1月3日からは函館港有川埠頭の函館第3岸壁の使用が始まり、同年1月14日にはW1(第五青函丸)が、3月19日にはW2(第六青函丸)が就航し、これらを受け、4月1日から18往復に増便された。同年5月1日には、青森第3岸壁が昼間限定ながら使用開始、両港とも3岸壁使用となって、1往復増の19往復となった。当時1日2往復運航できる船は翔鳳丸型4隻と第三青函丸から第六青函丸までの4隻の計8隻で、これらフル稼働で16往復、第一青函丸と第二青函丸は低速のため2隻で1日3往復運航のため、全10隻フル稼働してようやく19往復であった。さらにW3(第七青函丸)が就航した1944年(昭和19年)7月20日には青森第3岸壁の夜間使用も始まり、21往復運航に増便された。これにより、同年1月の北海道炭航送の月間実績は7万5939トン、3月は8万7180トン、さらに8月は15万6368トンと最大量を記録したものの、4月12日には就航間のないW2(第六青函丸)が機関故障し1.5往復運航した後、4月24日から5月7日まで休航、さらに6月30日にも機関故障し2往復運航不能となり、W3(第七青函丸)も8月30日青森着岸時船首を衝突させ休航後、9月3日から機関不調1.
1937年(昭和12年)7月の日中戦争勃発以降は、内航船の対中国大陸航路への転用等による国内沿岸航路の船腹不足が進み、沿岸航路で輸送していた貨物は並行する陸運へ転移した。これを「海運貨物の陸運転移」というが、当時この分野の陸運はほとんど鉄道であった。鉄道連絡船航路として鉄道網の一部を構成する青函航路にもこの時期陸運転移は波及し、同航路の貨物輸送量は1936年 (昭和11年)度の109万7134トンから1940年(昭和15年)度の213万1500トンへと倍増していた。しかし、この間の車両渡船の増強は、1939年(昭和14年)11月就航の第三青函丸1隻にすぎなかった。1941年(昭和16年)夏には国内炭運搬船不足から、北海道や九州からの石炭積出しが滞り、港頭や山元に大量の石炭が山積みされる事態となり、鉄道省は関釜連絡船の貨物船新羅丸を7月10日から9月30日まで本輪西 - 塩釜間に運航した。1941年(昭和16年)12月8日の太平洋戦争開戦後は、さらに多くの船が南方占領地から内地への資源輸送に振り向けられ、沿岸航路の船腹不足は一層深刻さを増した。そのうえ1941年(昭和16年)11月20日には、浮流機雷の津軽海峡への流入もあり、以後半年間は12往復中、夜間便5往復の休航を余儀なくされ、翌1942年(昭和17年)2月には14万トンもの滞貨が積み上がってしまった。このため、1941年(昭和16年)12月8日から1942年(昭和17年)2月28日まで新羅丸の助勤を受け、1942年(昭和17年)2月15日からは、青函間での機帆船を用いた鉄道貨物一貫輸送を開始し、滞貨解消に努めた。
1944年(昭和19年)4月 - 「改8線表」で建造承認 W7
1945年(昭和20年) 2月3日 - 起工 8月16日 - 試運転に出たがボイラー蒸気圧が十分上がらず半日で帰港。以後GHQより航海禁止。 9月10日 - 工事および航海再開許可を受けた 9月28日 - 竣工 10月9日 - 就航。直後に進駐軍専用船指定を受けた。
1946年(昭和21年) 2月3日 - 降雪中船位を誤り、葛登支岬付近に座礁、4日離礁。 3月22日 - 復帰。 7月30日 - 機関故障(クローカップリング破損)にて休航 9月 - 船橋楼甲板に旅客用甲板室(333名)を造設し、3,142.96総トン(函館船渠) 10月1日 – 修理完了 10月10日 – 第1減速歯車ピニオンの歯の折損で休航 12月3日 – 修理完了
1947年(昭和22年)4月 – 前部デッキハウスに進駐軍用供食設備と将官室設置
1949年(昭和24年)7月 - 主機換装(浦賀2段減速歯車付衝動タービン2,250軸馬力2台)(浦賀船渠)
第8船。建造中に終戦を迎え、竣工は戦後であった。第十一青函丸同様、ボイラーは5缶で煙突は右舷2本左舷1本の計3本であった。船員居室の部屋割は高級船員室の一部に相部屋は残ったが、概ね第四青函丸の水準に戻り、さらに第四青函丸ではあった車両甲板下への船員居室設置もなくなった。終戦直後の青函航路の旅客輸送能力不足を補うため、建造中にデッキハウスが造設されたが、就航時から占領終了直前まで進駐軍専用船であった。1957年 (昭和32年)6月には、二重底新設、デッキハウス撤去、車両甲板船尾舷側外板下部への放水口設置工事を行い、車両渡船となった。
このため第二青函丸以来、甲板室と屋根続きで煙突基部に設置されていた甲板1層分の高さの四角い囲壁が甲板室から分離し、煙突はこの囲壁頂部から立ち上がる格好となった。
船橋楼甲板船首部には第四青函丸同様、両舷の錨を巻き上げる強力な揚錨機が装備された。揚錨機の両側面には水平軸で回転する糸巻き形のワーピングドラムが装備され、さらに揚錨機船首側船体中心線上には揚錨機からのシャフトを介して駆動されるワーピングドラムの回転軸を垂直にしたキャプスタンが1台装備され、着岸時には、岸壁のビットにつないだ係船索をこれらに巻き付け、スリップさせながら巻き込んで、船首を岸壁へ引き寄せた。しかし船橋楼甲板船尾部には第四青函丸までは左右2台装備されていたキャプスタンが第八、第九、第十青函丸以外の5隻では船体中心線上の1台だけとなった。
第四青函丸 では、操舵室直前の船橋楼甲板に1本柱の前部マストが立っていたが、W1(第五青函丸)では操舵室直後の航海船橋に移り、3本足の三角トラス構造となった。後部マストは船尾近くの船橋楼甲板のままであったが、こちらも3本足の三角トラス構造となった。船橋楼船尾端中央部には第四青函丸同様、車両積卸し作業を目視しながらヒーリング操作を行う後部操縦室が設置されていた。
車両甲板外舷外板上部には、甲板室にかからない前後に第四青函丸と同様の通風採光用の開口が設けられるなど、ボイラー減による煙突数の4本から2本への減少と、船橋楼甲板後部舷側懸架の救命艇が各舷2隻から1隻に減った以外は、船体シルエットは第四青函丸に似ていた。
ここで迅速に行える旅客輸送力増強策として、上記沈座事故から修復工事中の第八青函丸に、1946年(昭和21年)4月、船橋楼甲板の本来の甲板室の前後に定員535名の木造板張り平屋の旅客用甲板室(デッキハウス)を造設して客載車両渡船とし、同時期「続行船」として建造中の第十二青函丸では、船橋楼甲板の前後に鋼製平屋の旅客用甲板室(デッキハウス)を造設し、同じく「続行船」で建造中の石狩丸にも同様の鋼製デッキハウスが造設された。また、この時期就航中であった第十一青函丸では、1946年(昭和21年)7月の機関故障の工事中の同年9月に同様の鋼製デッキハウス造設工事が行われ、戦災修復工事中の第六青函丸でも、1947年(昭和22年)1月、ボイラー増設工事と同時に同様の鋼製デッキハウスが造設され、就航中の第七青函丸でも、1947年(昭和22年)9月のボイラー増設工事と同時に同様の鋼製デッキハウスも造設され、これら6隻の客載車両渡船は「デッキハウス船」と呼ばれた。しかし1946年(昭和21年)6月17日には、就航中および以後竣工予定の全デッキハウス船が進駐軍専用船に指定され、一般旅客の輸送力増強の目論見は頓挫した。
翌1947年(昭和22年)7月21日、第十一青函丸、第十二青函丸と石狩丸の3隻以外は指定解除されたが、これより前の同年4月、進駐軍の命令で、これら3隻の前部デッキハウス客室内前側の右舷側半分を木製壁で区切り将官用の特別室とした。