天才!志村どうぶつ園
2020年3月29日、志村が新型コロナウイルス肺炎により死去(70歳没)。翌30日に志村の訃報を受け、スタッフ一同によるお悔やみのコメントが出されたほか、レギュラー出演者の一人である近藤春菜(ハリセンボン)は、当時自身がレギュラー出演していた日本テレビの情報番組『スッキリ』の生放送中に志村の訃報を知り「戻ってきていただけると思っていたのに。お礼も何も出来ていないのに受け止められない」などと涙ながらに語った。また、4月4日放送の2時間スペシャル(19:00 - 20:54)は番組内容を変更し、志村の在りし日の本番組での姿を振り返る追悼特別番組として放送、番組最高視聴率となる世帯平均視聴率27.3%、個人平均視聴率18.2%(ビデオリサーチ調べ)を記録した。
志村の急逝に際し、相葉は4月4日放送の番組冒頭で
と涙ながらに述べ、別れを惜しんだ。
この時点では、志村の遺志を受け継ぎ、志村の没後も番組名を変更せずに、相葉を総合司会として、彼を中心に当時のメンバーで放送を続ける予定とし、相葉の「飼育係」、山瀬の「秘書」の肩書も継続するとしていた。しかし、「志村のアドバイスで設計し、志村との思い出が詰まったスタジオで、志村無しに今後も番組を作り続けるのは辛く困難」として議論を重ねた結果、最終的に制作陣は同年9月末をもって「『天才!志村どうぶつ園』を閉園する」という名目で本番組としてはパイロット版時代から続いていた、17年間・全577回の歴史にひとまず終止符を打つ決断を下し、志村の急逝から3ヶ月程経過した7月4日に日本テレビがこのことを公式発表した。