殺人
日本でもイエズス会による異教徒弾圧の動きがあった。イエズス会日本支部の準管区長ガスパール・コエリョは日本全土をキリスト教に改宗させたあとには日本人を尖兵として、中国に攻め入る計画を持っており、実際に宣教を優位に進めるため、またキリシタン大名を支援するために、フィリピン艦隊の派遣を求めたり、大砲を搭載した船を建造させた。
コエリョはキリシタン大名の大村純忠に領内の異教徒の根絶を進言した。さらにコエリョがキリシタン住民にデウスと偶像崇拝の違いについて説教すると、住民たちは仏教寺院を何一つ残らないほどに破壊した。コエリョは他にも信徒に仏教寺院への放火を進め、領内の神社仏閣は破壊され、その後、87の教会が建設され、大村純忠の6万人の家臣は全員キリスト教に改宗した。このことを報告したルイス・フロイスも「善はデウスの御慈悲に出ずるが、デウスの無限の恩恵によって、かくてこのようなことが生じた」と称賛している。コエリョは豊臣秀吉に対して、寺社破壊は信者の自発的行動であると回答したが、しかしこれはキリスト教に基づくイエズス会の意図でもあった。
こうした状況は他のキリシタン大名大友義鎮の領内でも同様であり、高山右近の領内の神社仏閣は破壊され、高槻城を中心とした領内(現在の高槻市)には当時の神社仏閣はほとんど残っておらず、有馬晴信の領内でも仏教寺院が焼かれた。キリシタン大名の小西行長は、領内の住民にキリスト教への信仰を強制しただけでなく、一度キリシタンになったものの浄土真宗を説いていた仏教僧侶を殺害した。
日本贔屓といわれたオルガンティーノも寺社破壊を「善き事業」として賞賛し、「寺院の最後の藁に至るまで焼却することを切に望む」と書簡で報告した。