有明海
有明海では赤潮が度々発生している。河川から流れてくるリンや窒素によって栄養過剰になりやすい環境にあり、赤潮が発生しやすい。
諫早市小長井町ではカキの養殖が行われているが、フジツボなどの付着生物による被害、不作が続いている。
特に夏の湾奥部では海域の表層部に淡水域が形成されることがある。干満が大きいので一日のうちでも塩分濃度が大きく変化する。
川から運ばれた土砂は海の干満によって激しくかき混ぜられ、干潮時に堆積、満潮時に侵食されることを繰り返しながら沿岸各地で広大な干潟が成長する。湾奥部では海水に泥が多く混じり濁る。また、干潟の泥には水に含まれるリンや窒素などを吸着・沈殿させる浄化作用があるほか、栄養分が多いことから田畑の肥料としても用いられた。
干潟は大潮の干潮時で約188kmに達し、日本全体の干潟の約4割に相当する。南部の熊本県や長崎県島原半島沿岸は砂質干潟だが、奥に行くほど泥の割合が多くなり、諫早湾や佐賀県・福岡県沿岸は多くが泥質干潟となる。筑後川や緑川の河口においては、干潮時には海岸から約6km沖まで干潟が出現する。土砂の供給源である大規模河川は湾の北側・東側に多いので、干潟もこの地域で広い。佐賀県の鹿島市や小城市には干潟を利用した公園があり、春から秋にかけて泥遊びを楽しむこともできる。鹿島ガタリンピックという、泥んこ運動会も開催されている。
沿岸部の気候は太平洋岸気候に属するものの、四方を山に囲まれた盆地状の地形も影響し、1日の気温差が大きく晴れの日が多い瀬戸内式気候に近い。また湾内の水温も日ごと・季節ごとの変動が大きく、湾奥部の水温は2月で8-9°C、8月で30°Cになる。