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公的個人認証サービスに有効期間がある(住民基本台帳カードの公的個人認証サービスの場合3年、マイナンバーカードの場合は5年)ため、ランニングコスト(3年間で500円+自治体窓口に出向く交通費等、個人番号カードの場合は無料だが、窓口に向かう手間は残された)がかかる。また住民基本台帳カードの有効期限も10年(個人番号カードの場合は10回目の誕生日)である。
地方公共団体(個別の関係条例)や個々人の事情(証明性の高い身分証明書類を保有していない者など。高齢者に多い)によっては、個人確認の手続き上、住民基本台帳カードと電子証明書を即日発行できない場合もあった。更に、住民基本台帳カードのなりすましによる不正取得多発が原因で、総務省は平成22年 (2010年) 11月に住民基本台帳カード発行時の「本人確認手続きを厳格化する様」全国の地方公共団体に通知したため、カード取得に要する手数が、以前よりも増大したケースも生じていた。 個人認証や住民基本台帳カードに求められる証明機能の厳格性と、利用者が求める手続きの簡易・迅速さは両立困難で、確定申告シーズンに住民基本台帳カード交付申請が集中して、役所窓口での滞留も起き、利用者の不満を招いた。