余市川
一次支流のみ、下流より掲載
旧登川 準用河川
黒川 準用河川
余市中の川 二級河川
後志種川 二級河川
砥ノ川
大黒川
然別川
宮の川
ドロ川
古別川
ピッパ川
稲穂川
馬群別川
漁別川
銀山種川
マカナイ川
銀山墓地川
鳥居川
下尾根内川
中尾根内川
上尾根内川
土木川
曲川
赤井川 二級河川
白井川 二級河川
ポン賀老の沢川
賀老の沢川
湯の沢川
小樽川 二級河川
落合滝の沢川
アメマス沢川
朝里沢川
右股の沢川
余市川は、札幌市南区・小樽市・赤井川村の3自治体の境界に位置する、朝里岳(標高約1280m)の西側斜面の標高約770m付近に源を発して西流する。この源流部には、盤ノ沢滝などの名所もある。なお、付近にはキロロリゾートも建設されており、その先はこの川の流路に沿うように国道393号(赤井川国道)が建設されている。そして、落合付近で小樽川、明治付近で白井川といった支流が合流してくる。
中流域に入ると田畑や果樹園が広がるようになる。都付近で赤井川村中心部から流れてきた赤井川を合わせ、流量が増加した余市川は仁木町へ入る。この中流域には、この川に沿うように北海道道1022号仁木赤井川線が建設されている。この中流域では、余市川はゆるやかに蛇行しており、多くの砂州が形成されていることから様々な魚の棲息地や産卵場になっており、釣り人で賑わうポイントである。なお、大江橋付近より先には国道5号(羊蹄国道)が、やはり川に沿うように建設されている。そして、余市平野に出ると仁木・余市市街地の西側を流れる。
下流域は勾配が緩やかになり、砂州も見られなくなる。後志種川を合わせると余市町に入り、大川橋を越えると間もなく余市湾(日本海)へと流入する。幹川流路延長50.2kmのうち、河口から常盤橋までの42.0kmが二級河川に指定されている。
余市川中上流域は二重のカルデラ構造の中に位置する。赤井川村の中心部にあたる赤井川カルデラを囲うように流れ、またその外側の余市川カルデラに囲われるように流れている。形成時期は余市川カルデラの方が古い。そして赤井川カルデラ形成後羊蹄山噴火の際の地震によって山が崩れ、カルデラ湖から流出した水が周囲を浸食し、出来上がった流路が赤井川ないし余市川である。下流域では多くの支流が余市平野を巡らせ、扇状地を形成している。