最後の晩餐 (レオナルド)
この時代までの最後の晩餐の絵画は、聖人には光背が描かれていた。また、12人の弟子(十二使徒)の中で裏切り者とされたユダは光背がなく、あるいは横長のテーブルに一人だけ手前側に座るなどの構図で明らかに区別されて描かれていたが、レオナルドは12人の弟子を等しくテーブルの奥側に配置し、光背も描かなかった。代わりに、キリストの背後に明るい外部の景色と(建築上は不要な)リュネットを描き、ユダの手には銀貨を入れた袋を持たせ、顔に陰をいれることで区別が図られている。なお、ユダの背後にはナイフを握った手が描かれている。この手はペトロの右手であるとするのが一般的であるが、オリジナル画面の剥落が激しいため、判然としない。そのため、「この手をこの向きにできる者はおらず、この手の持ち主は謎である」とする説もある。
上記のとおり、保存上の悪条件に加え、過去の修復が逆に剥離を進ませてしまったり、元々無かったものが書き足されるなどしたため、レオナルド自身が描いた絵がどの程度残っているのか20世紀後半まで不明であった。
1977年から1999年5月28日にかけて大規模な修復作業が行われた。これはミラノ芸術財、歴史財保存監督局によるもので、修復作業は修復家のピニン・ブランビッラ (Pinin Brambilla Barcilon) が一人で20年以上の歳月をかけて行なった。この修復は洗浄作業のみで、表面に付着した汚れなどの除去と、レオナルドの時代以降に行なわれた修復による顔料の除去が行なわれた。その結果、後世の修復家の加筆は取り除かれ、レオナルドのオリジナルの線と色彩がよみがえったが、オリジナルが全く残っていない箇所もかなりある。たとえば、イエスの向かって右に位置する大ヤコブの体部などは、オリジナルの絵具がほとんど失われ、壁の下地が露出している。
大塚国際美術館では修復前/後両方の陶版複製画を見る事が出来る。
なお、この修復で新たに分かったことが何点かある。
一点透視図法の消失点の釘跡 (前述)
テーブルには魚料理が並んでいた。
キリストの口が開いていた。
背景の左右の壁にある黒い部分には花模様のタペストリがかけられていた。
この事実と洗浄作業を元にNHKがCGでの絵画復元を試み、それに関する番組を1999年の修復完了直後に放送。番組の監修も務めたイタリア美術史家の片桐頼継によって書籍化もされた。
1980年には、これを所蔵する教会とともにユネスコの世界遺産 (文化遺産) 登録された。その後は複数の扉によって外気との接触を減らし、観光も人数制限などして保存活動がされている。