モスラ
本多はラストシーンの変更の連絡は宿に電話で来たと述べているが、針生によれば、東宝プロデューサーの田中友幸がロケ先の旅館を訪れ、直接変更を伝えたという。
九州の撮影には中條信二役の田山も参加していたが、撮り直しには参加していなかったため、完成作品では信二の出番が中盤で途切れている。
公開時のポスターでは、出演部分がカットされた堤康久が「樵」役としてクレジットされたままになっている。巡視船はやかぜの登場シーンもカットになった。
調査隊の出港・帰港シーンは鹿児島港で撮影され、300から400人規模のエキストラが参加した。
九州での撮影の際に高千穂峰の火口に悪人が落ちるシーンでの撮影に使用した等身大の人形をスタッフがそのまま置いていってしまい、後日発見した登山者が自殺者と勘違いし警察に通報し救助隊が駆り出される騒動が起きている。
主演のフランキー堺が鹿児島出身であったことから現地に顔が利き、観光バスを用意して鹿児島案内を行ったという。
本多は九州での撮影フィルムは現像されていないと証言しているが、前半の日ロ合同調査隊の出港シーンでは桜島が映っている。同場面のスチールは現存している。また、後年には田中友幸がプライベートで撮影風景を映した8ミリフィルムの存在が明らかになった。
『ゴジラ』(1954年)のヒット以後、東宝では『ゴジラの逆襲』(1955年)、『空の大怪獣 ラドン』(1956年)、『地球防衛軍』(1957年)と年1作ペースで怪獣映画を制作していたが、『大怪獣バラン』(1958年)を最後に本格的な怪獣映画は一旦途絶え、東宝特撮は『日本誕生』(1959年)、『宇宙大戦争』(1959年)、『ハワイ・ミッドウェイ大海空戦 太平洋の嵐』(1960年)などのスペクタクル大作へと移行していた。しかし、その間も怪獣映画の海外セールスは好調であったため、世界配給による新作怪獣映画として本作品が制作されることとなった。
プロデューサーの田中友幸によると、本作品の企画原案は、制作の半年ほど前に森岩雄から「怪獣が暴れまわる映画も結構だけど、女性も観られる怪獣映画というのはどうだろう。すごく可愛らしい美人を出すんだよ」と持ちかけられたのがきっかけという。ここから「小美人」の設定が生まれ、田中は文芸員だった椎野英之のつてで中村真一郎を紹介され、中村と福永武彦、堀田善衛の三者に原作を依頼。こうして公開に先駆けて『週刊朝日』で「発光妖精とモスラ」が掲載された。田中は本作品を『ゴジラ』、『空の大怪獣 ラドン』と並んで「出来のいい怪獣映画」と自負している。
当初、モスラが国会議事堂に繭を作り、その周りをデモ隊(安保闘争のニュース映像を利用)が囲むという展開が考えられたが、田中友幸の「独立プロみたいだ」の一言で不採用になったという。国会議事堂に繭を作るという構想は、1992年に公開された『ゴジラvsモスラ』で映像化されている。
関係者全員に配られたサングラスなしには眼を痛めるほどの巨大な炎が上がり、瞬時にモスラの繭は灰となったかのように焼き尽くされる。同時刻、モスラの繭に対する原子熱線砲攻撃の模様は、ロリシカ本国にも中継放送されていた。自身の所有する農場のラジオでニュースを耳にしたネルソンたちは、狂喜のあまり小美人たちの脳波遮断ケースを開けてしまう。その時、黒焦げになった繭を突き破り、羽化した成体モスラが姿を現した。遠く離れた小美人たちの所在を感知し、活動を再開したのである。原子熱線砲の攻撃は繭の表面を焼きこそしたものの、内部のモスラのダメージとならず、むしろ羽化を促進してしまった。モスラは巨大な羽で台風以上の突風を巻き起こすと、ロリシカ国の方角へ飛び去っていく。それを見た福田や中條は、ネルソンがロリシカに逃亡したと確信を得る。
数時間後、福田・中條・ミチはロリシカ国に向かう航空機の機上にあった。中條が「小美人と話ができる友人」としての招聘だと説明する。モスラは小美人たちを捜し求めているだけで、ネルソンから小美人を救出してモスラに返さない限り、大国ロリシカといえども大被害に見舞われることは確実であった。モスラの接近にロリシカ国内の世論はネルソンへの非難が強まっていく。それでもなお逃走を図っていたネルソンだが、「小美人を返せ」と罵声を浴びせかけるニューカーク・シティの群衆たちに銃を向け、警官隊との銃撃戦の末に最期を迎える。治安当局の手によって小美人たちは保護されたが、モスラはなおもニューカーク・シティに大きな被害を与え続ける。一方、福田たちは、ロリシカの教会の鐘の音に聞き覚えのあるメロディが含まれていることに気付く。