第4航空軍 (日本軍)
一方で、第14方面軍参謀長の武藤は事前に自ら富永へ台湾への撤退を提案していたこともあって「彼等の悪口に一つに、第四航空軍司令部が台湾に移った事が含まれているのは失当である。当時の戦況でことに燃料、弾薬の乏しかったカガヤン河谷に、航空軍司令部が固着しているのは意味をなさぬ。速やかに台湾に移って作戦の自由を得る方が適当であった。私は冨永中将にこれを勧めた」と巣鴨プリズンの獄中で記述した手記で擁護している。 陸軍航空士官学校55期生で、太平洋戦争では司令部偵察機搭乗員として実戦も経験し、終戦時には大尉で航空士官学校区隊長を務め、戦後には防衛庁戦史室で戦史を研究し戦史叢書の編集にも携わった生田惇は、命が惜しくて逃げ帰ったとする富永への非難は、自らも叩きこまれてきた日本陸軍の高級士官の心構えから見ても見当違いであり、上級の士官になればなるほど、状況不利でも挽回の努力をすることが必要であり、富永が台湾に退却しないと満足な航空作戦ができないと判断したのは、戦略的な判断としては正しかったと擁護している。一方で、戦い敗れて挽回できなかったときは、命を惜しんだと誤解され、卑怯と冷笑されるのは高級軍人の宿命である。とも指摘している。
第4航空軍独自の動きとしても、高級参謀の松前や参謀の渋谷などによって1月25日に「第4航空軍作戦指導方針」を策定したが、第10方面軍からは十分な支援を得られないため、それを進める手立てはなかった。参謀らはできうる限りで戦力回復や戦訓研究などを行っていたが、富永は体調は回復しつつあったものの、もはや作戦に対する熱意を失っており、第4航空軍司令官として何らかの動きをすることもなく、ただ処分を待っているという状況であった。富永は、神の厚意で温泉地で療養を行っており、神は第4航空軍参謀との打ち合わせがてら、連日の様に富永のお見舞いに行っていたが、そのことを知った参謀長岸本から不興をかって、1945年3月には沖縄の第32軍の航空参謀に異動になった。やがて、富永の体調も回復し、昼間から将官旗を掲げた軍用車の後部座席に芸者と一緒に乗っている姿が目撃されている。富永ら第4航空軍司令部は屏東にあったが、同じ屏東飛行場に配置されていた陸軍第8戦隊の将兵は富永らにあきれ果てており一兵卒でさえ敬礼しなかったという。
1月末から2月初めには陸軍中央部から航空作戦主任者が、第4航空軍の戦力状況に視察にきたが、これは第4航空軍の解隊を前提とした視察であった。このときの第4航空軍の戦力は、台湾に88機(稼働機27機)、フィリピンに56機(稼働機17機)の稼働機合計45機と、司令部要員56名、空中勤務者223名、航空技術部員61名であった。
しかし、この富永の動きは全て裏目に出て、南方軍総司令官寺内寿一大将は、富永の無断撤退に唖然とするとともに、自分らを飛び越して直接、第14方面軍を誹謗するような意見具申をしたことに激怒して、21日に「統帥の神聖を保持する所以に非ずと考え本官の甚だ遺憾とする所なり」とする、第4航空軍司令官を名指しで極めて強い口調で叱責する異例な電文を第10方面軍宛に発信している。そして、報告にきた隈部を寺内は自ら直接激しく叱責している。しかし、寺内は、今更第4航空軍司令部を比島に戻しても意義が少ないため、これを追認し、正式に軍の後退を許可した。1月25日には、以前に第4航空軍の台湾後退を山下に打診した佐藤参謀が事後承諾を求めに行ったが、佐藤に対し山下は語気鋭く「部下を置き去りにして逃げるような奴に何ができるか!」と面罵しながらも、「すんでしまったものは仕方が無い」と事後承諾した。
残された幕僚たちも順次台湾に撤退し、1月18日には隈部が「各部隊は現地において自戦自活すべし」との命令を出し、夕方になってからエチアゲ南飛行場を出発し、台湾の屏東飛行場に脱出する。19日からは第4航空軍の幹部も脱出を開始したが、21日には司令部の各部部長が搭乗した機が撃墜され、また、他の1機は、連絡無く台湾澎湖諸島の海軍基地上空を飛行したため、海軍の高角砲で同士討ちされて、兵器部長小沢直治大佐、経理部長西田兵衛大佐、軍医部長中留金蔵大佐や溝口高級副官などの多くの第4空軍幕僚が戦死するといった混乱もあった。富永ら司令部の幕僚を見送った第4航空軍の将兵は、富永らの台湾への撤退が、敵前逃亡に等しい無断撤退とは知らず、作戦上の移動と誤認しており、いずれは自分らも全員が台湾に撤退できるとの希望を抱いていた。
海軍は潜水艦を出すこととし、8隻の呂号潜水艦を準備したが、作戦を察知したアメリカ軍の潜水艦バットフィッシュに待ち伏せされ、呂112と呂113が撃沈されて、ルソン島に到着し航空要員の救出に成功したのは呂46のみであった。それでも、航空機のピストン輸送と呂46に救出された航空要員は相当数に上り、日本軍航空史上では未曾有の大救出作戦となった。しかし、万朶隊の生き残りの佐々木友次伍長や、靖国隊として出撃しながら不時着して生還していた出丸一男中尉と木下顕吾軍曹ら、特攻で戦死したとして2階級特進となっていた一部の特攻隊員たちは台湾への撤退が許可されなかった。
ルソン島に置き去りとなった技術者以外の地上要員や佐々木ら搭乗員の一部のなかで、将校たちは口々に「敵前逃亡以外の何ものでもない。兵隊なら銃殺、将校なら自決。刑はそれ以外にあり得ない」「しかし、この臆病で卑怯な将軍には、もっともらしい理由が捏造されて、決して処刑されないだろう。何しろ、東條英機と親分子分だからな」などと陰口を言い合い、下士官や兵は「命惜しまぬ 予科練の...」という歌詞で知られる軍国歌謡「若鷲の歌」をもじり「命惜しさに富永が、台湾に逃げたその後にゃ」などという替え歌を歌って富永ら第4航空軍司令部を揶揄した。批判は富永個人ではなく、第4航空軍司令部全体に向けられており、脱出できなかった第2航空通信団司令部の参謀たちは、第4航空軍幕僚らを乗せた輸送機が撃墜されたという情報を聞くと「ざまぁ見ろ」とつぶやいていたという。
第4航空軍司令部の台湾への敵前逃亡に等しい無断撤退は、世上一般には命が惜しくて台湾に逃げ帰ったと非難されることが多く、特に司令官であった富永にその非難が集中しており、なかには「日本陸軍史上最低最悪の将官」にすら満たない人物であるとか、真の戦争犯罪人であるなどと酷評されることもある。富永ら特攻指揮官に批判的であった作家の高木俊朗は「富永軍司令官は詭計をもって逃げ去った」「はじめに美名あり、終りは無恥と無責任であった。これが富永軍司令官の正体であった。しかしこれは富永軍司令官ひとりのことでなく、軍部に多くに共通する性格であった」と極めて厳しい言葉で富永を非難し、さらにその非難は日本軍の体質にまで及んでいる。同じ作家で従軍経験もある伊藤桂一も著書で第4航空軍司令部の無断撤退を批判し「今度の戦争ほど、上級軍人が汚名をさらしたこともめずらしく、敢闘した下級将兵と比較して今日なお考えさせられる多くの問題を含む」と第4航空軍司令部を通じて日本軍上級軍人を批判している。戦前から海軍首脳部と親しく、戦後も軍事評論家の第一人者として「大海軍記者」などとも呼ばれた伊藤正徳も「無断脱出して後から諒解を求めるという卑俗の常法を執ったものであろう。それがいかに幕僚達の入知恵であったとしても、主将富永はその全責任を負わねばならぬ」と富永個人の責任を指摘している。