御代志駅
頭端式ホーム1面1線の地上駅であるが、設備は1面2線化ができるよう準備工事がなされている。駅員が配置されているが、定期券等の発売窓口であり、集改札は電車内で行う。駅前はロータリーとなっており、バス停留所がある。なお、移設前の旧駅は向かい側のバス停留所と一体化した単式ホームで、菊池方面からのバスはホームでの対面乗換が可能であった。また、菊池方面へ向かう路線バスも国道から外れて駅前広場へ乗り入れ、ホームの向かい側の乗り場で乗降扱いを行っていた。
かつては木造駅舎を持つ有人駅で、島式ホーム1面2線、貨物側線と貨物用ホームを持つ列車交換駅であったが、経営合理化のため1963年に交換設備(日田街道側の線路)を撤去の上、無人駅となった。木造駅舎は無人化後に解体撤去されている。その後しばらくは単式1面1線ホームと貨物側線を持つ無人駅であったが、1986年に当駅 - 菊池間が廃止されバス転換された際に菊池温泉への利便性向上のために大工事が実施され、貨物側線と貨物用ホームを撤去し、交換設備跡と撤去した部分をかさ上げしてバスロータリーを設け、バス停留所を設置してホームとバス停留所を一体化させた構内が完成した。2022年10月9日まで使用されていた旧線は、駅構内に入る手前で線路が右側に彎曲しており、構内の線形やホームに列車交換駅だった頃の名残があった。
ICカード読み取り機(入場機のみ)は旧駅時代はホームに設置されていたが、新駅移設の際は駅舎(駅入口)に設置されている。