メトロイドフュージョン
惑星SR388に元来生息していたとされるゲル状の寄生生命体。黄・緑・青(『フュージョン』のみ登場)・オレンジ(『ドレッド』のみ登場)・赤の5色と、刺々しい外殻を持つ大型のコアXが存在している。見た目からは想像出来ないほど知能がある(B.S.L.の施設や機器の用途を理解して、自身に有益かつサムスに対する妨害行為を行うなど)。空中を浮遊しながら他の生物の体内に浸透・寄生して分裂・増殖すると共に、最終的に寄生した生物を殺害。その際に得たDNA(遺伝子)情報などを基にその生物そっくりに擬態する能力を持つ。
この擬態能力は生物の形質・容姿を真似るだけでなく、寄生元の生物が所持していた能力・技術、知識や記憶など後天的な学習要素も正確に模写可能であり、さらにX同士が所持している情報を合成したり、遺伝子情報を自ら組み換えて自己強化(進化)することも出来る。それにより、天敵であるメトロイドの性質を持つサムスを惑星SR388に寄らせずB.S.L.内部で排除するため、得た情報をもとに冷気を弱点とするサムスの現在の状態から自ら周囲環境の冷気を吸収内包するように体質を変化させ、自ら吸収されることでダメージを与えられるようにしたり(逆に耐性を得たことを知ると、他のXに情報を伝達させ退避する)、B.S.L.の自爆システムを利用して自分達が自ら犠牲となってでも確実にサムスを仕留めようとする。
ただし、擬態自体は完璧ともいえるものだが、複数の遺伝子を取り入れた結果、オリジナルの生物には通用しなかった攻撃が通用するようになってしまう、窮地に陥るなどして擬態が不安定になってしまう、といった弱点もある。
B.S.L.の最深部に存在する研究施設。セクター1・6と接続しており、銀河連邦政府指導のもと極秘裏にメトロイドの研究が進行していた。サムスのセキュリティ解除により侵入が可能となり、後から侵入したSA-Xがメトロイド排除のため施設を攻撃し、自身とメトロイド諸共シークレットラボを自爆させた。
付近には、惑星ゼーベスの要塞中枢(ツーリアン)に近い外見の区間も存在する。
冷凍保管庫に安置されていたリドリーに擬態したX。生体情報を吸収した際Xが遺伝子組み換えを行い自己強化した影響で、従来のリドリーに比べかなり大柄となっている。
従来のリドリーと同様に口から火炎弾を放出したり、前脚で掴みかかり締め上げたり、先端が槍のように鋭い尾で攻撃を行う。弱点は尾以外の全身だが、耐久力は全ボス中で最も高い。
実は『アザーエム』のスペースコロニー・ボトルシップで偶然復元された個体であり、当時のサムスに撃破された後、クイーンメトロイドに全生命エネルギーを吸収された死骸(ミイラ)が秘密裏にB.S.Lに回収・保管されていたことが後付されている。
撃破後、スクリューアタック能力が覚醒するが、この能力は擬態時の攻撃には活かされない。
今回の任務でサムスに指令を行うスターシップの知能(AI)コンピューター。平坦な口調だが分析・判断能力に優れる。銀河連邦本部からの指令を伝達する他、B.S.L.の施設を一部操作する事もできる。ただし自分を搭載しているスターシップの操作はできず、マニュアル操作が必要となる。
元々はこのコンピューターに名前は無かったのだが、後述のアダム・マルコビッチに思考や雰囲気が似ていたことから、サムスがモノローグで彼を「アダム」と呼び始めた。
思考や雰囲気が似ている原因は、このコンピューターの思考回路のモデルが当のアダム・マルコビッチであるため。彼の優れた分析・判断能力に着目した銀河連邦が、彼の思考をモデルにこのコンピューターを制作した。
物語が進行するにつれ、銀河連邦政府との関係も含めて様々な確執が生まれ、サムスの方も「アダムはただ任務を遂行するだけの機械のような人ではない」と感じ始めていたが、ある時点から流れは一変しサムスに「自身も生き残ることも可能な最良の方法」を提示して事態の解決を導くこととなった(この時一度だけアダム本人が言っていた「異論は無いな?
クリア後「ギャラリー」が追加される(全部で13種類あり、全て手に入れるとギャラリーの両端に★が付く)、ノーマルクリア後に「ハード」が追加される。難易度、タンク回収率、クリアタイムによってパターンが異なる。