南雲忠一
本計画における一航艦司令部の心配は、攻撃開始日が決まっているので奇襲のための機動の余地がないことと、空母はアンテナの関係から受信能力が十分でなく、敵信傍受が不十分となり、敵情がわかりにくいことであった。そのため、一航艦参謀長の草鹿少将は、連合艦隊が敵情を把握して作戦転換を指示することを連合艦隊参謀長の宇垣参謀長に取りつけた。連合艦隊は付近に敵空母の疑いを感じ、情勢が緊迫してきたと判断しながら、甘い状況判断の放送を東京から全部隊に流したまま、自己判断を麾下に知らせなかった。南雲司令部は、敵の緊急信の増大や敵の動きが活発になったとの情報を伝えられたが、船団部隊が出撃直後に敵潜水艦に発見されたという報告は受けていなかったため、何を意味するものか判断できず、日本の企図は察知されていないものとして、敵空母についても所在ではなく、攻略後に反撃に出てくるかを考えており、中央から放送される状況判断も南雲らの判断を裏付けるものだった。4日に日本の別部隊によるダッチハーバー空襲が実施され、また、船団部隊が発見されたことが南雲司令部に伝えられ、日本側の作戦企図が暴露した事を知ったが、南雲司令部は、同日夜半まで敵に発見されなかったので翌朝のミッドウェー島攻撃は奇襲になると判断した。
1942年(昭和17年)6月5日午前1時30分、第一航空艦隊はミッドウェー島基地への空襲を開始した。
南雲は鈍重な旗艦「赤城」の操艦を艦長・青木泰二郎に代わって自ら行い、魚雷6本を回避している。ただし、海戦後に作成された戦闘詳報によると、ミッドウェーで赤城が受けた魚雷は、TBFアベンジャー雷撃機からの2本(4本投下され内1本は自爆、1本は遠くを通過)と、B-26マローダー双発爆撃機からの1本のみである。航空参謀の源田中佐によれば、赤城への雷撃を回避する操艦を自ら指揮する南雲長官を見て、見事な指揮ぶりに感心させられたと述べている。
しかし、攻撃隊の兵装転換が終わる前に、米軍機動部隊の艦載機による急降下爆撃を受け、主力空母3隻(赤城、加賀、蒼龍)が炎上した。南雲は炎上する「赤城」に残ろうとしたが、草鹿らの説得で艦橋前面の窓から脱出、軽巡洋艦「長良」(第十戦隊旗艦、木村進少将)に移動した。残った「飛龍」も撃破されて自沈(第二航空戦隊司令官山口多聞少将戦死)、空母4隻を失い敗北した。その後も南雲は夜戦を実施する気勢であったが、敵空母3、4隻の報告を受けあきらめて退避した。
一航艦司令部の幕僚は、南雲以下全員で自決すべきと先任参謀・大石保が代表して上申したが、草鹿参謀長はそれを却下し、南雲に対しても説得してなだめた。南雲は、ミッドウェー海戦の報告書に、未熟なパイロットは昼間の着艦も危なっかしく、経験者の一部も技量が低下していたこと、事前に合同訓練が実施できなかったこと、編隊爆撃訓練も実施できなかったことなどを問題点として挙げている。