国吉城
近年、発掘調査や整備が進み、曲輪、石垣、土塁、堀切といった山城の構造物を見ることができる。また麓には、居館とみられる石垣も認められており、平時は居館で生活し、戦争時には山城に籠もるという、戦国時代の典型的な形態となっている。居館と山城の両方の遺構が現在でも残っている点は、全国的に見ても珍しい。
居館部 城山の南西麓付近の谷筋に開削された段状の平地があり、古くから城主と家臣の屋敷跡ではないかと言われていた。2001年と2002年の発掘調査により、土塁や石垣、石組みの溝、建物の礎石が検出されている。2004年には、居館跡の正面に大規模な石垣が発見された、これは16世紀末から17世紀初めに築かれたとみられており、江戸時代に入ってからも、しばらくは城としての機能をもっていたと考えられている。
山城部 居館跡から九十九折りの山道が付けられており、中腹に二の丸跡と伝えられる出丸がある。この出丸は食い違いの虎口を持ち、周囲を高さ2メートル以上の高土塁で囲った堅固な構造となっている。なお、現状の山道は出丸を通らないルートとなっているが、もとの登城道は出丸のある尾根筋に付けられていたと考えられている。 城山の山頂部は平たく開削された本丸跡である。