KSD事件
フォーラム神保町シンポジウム「青年将校化する東京地検特捜部〜小沢第一秘書逮捕にみる検察の暴走〜」で、『月刊日本』主幹の南丘喜八郎は、村上の代表質問の原稿は自分が書いたとした上で、村上から「古関が村上に依頼したとされる内容」を代表質問に入れろとの指示は受けていないとして、金銭授受と代表質問の関係を否定している。
村上の立件については、利益供与とされる総額5,000万円の供与が代表質問の半年以上後であることもあって、一部には国策捜査との批判もある。
村上は、『世界』誌上で魚住昭のインタビューを複数回受け、連載。この連載は2007年10月、村上正邦/述・魚住昭/著『我、国に裏切られようとも 証言村上正邦』(講談社、ISBN 978-4-06-214333-2)として書籍化され、刊行されている。