マツモトキヨシグループ
パワーズドラッグ (北海道) - 2003年8月業務提携、2004年6月解消。(富士薬品グループ入りの後、モリキに吸収合併されて消滅)
藤越 (福島県) - 2004年8月6日業務提携、2008年2月20日解消(2007年11月ヨークベニマルと業務・資本提携の後、スーパー事業に集中する為)。
ナチュラル (福岡県) - 2001年10月業務提携、2005年7月解消。2013年8月に店舗名と同じドラッグストアモリに商号変更されている。
ドラッグイレブン (福岡県) - 2004年2月10日業務提携、2008年3月14日解消。同年10月にセガミメディクス(現・ココカラファインヘルスケア)と業務提携し、WINグループに加盟。2007年5月にJR九州の傘下となり、2012年7月にJR九州ドラッグイレブンに商号変更。2020年5月にハピコム系列のツルハホールディングスがJR九州から株式の一部を取得して子会社化したことでツルハグループの一員となり、2021年5月16日付で店舗名と同じドラッグイレブンへ回帰された。
従来からマツモトキヨシが展開しているポイントカードをグループ企業でも利用できるように、各社独自のポイントシステムからマツモトキヨシのポイントシステムへの統合が進められており、「マツモトキヨシ(グループ会社が運営する店舗及びフランチャイズ店舗を含む)」に加え、マツモトキヨシ九州販売が運営する「ミドリ薬品」、マツモトキヨシ甲信越販売が運営する「ファミリードラッグ」・「ドラッグナカジマ/中島ファミリー薬局」・「シメノドラッグ」、マツモトキヨシ東日本販売が運営する「ダルマ」、ぱぱすが運営する「どらっぐぱぱす」、マツモトキヨシ中四国販売が運営する「くすりのラブ」でも利用可能である(ダルマは2013年4月より、シメノドラッグは2014年10月より、どらっぐぱぱすは同年11月より、くすりのラブは2015年2月より順次利用開始)。
「現金ポイントカード」のカードデザインは基本的に同一だが、グループ企業が発行する分についてはカード表面の「Point Card(マツモトキヨシ九州販売(旧ミドリ薬品)発行分は"ポイントカード"とカタカナ表記になる)」と「マツモトキヨシ」ロゴの間にグループ企業が展開する店舗名(マツモトキヨシ甲信越販売発行分は「ファミリードラッグ」、旧杉浦薬品発行分は「ヘルスバンク」)が記され、表面右上の「Matsumoto KiYoshi」の部分は「マツモトキヨシチェーン(旧杉浦薬品発行分は「マツモトキヨシホールディングスグループ」)」に変更されている。また、旧ダルマ薬局(現在のマツモトキヨシ東日本販売)発行分は「Point Card」の上にマツモトキヨシホールディングスのコーポレートシンボルと「マツモトキヨシホールディングスグループ」が明記される。
高田薬局 (静岡県) - 2001年5月業務提携(初めてマツモトキヨシグループとなった企業)、2008年4月11日解消(ハピコム系列のウエルシア関東との経営統合を発表した際、マツモトキヨシへの事前説明なしの発表だった為)。同社は予定通り同年9月にウエルシア関東と経営統合し、ハピコムへ加入。2014年9月にグループ内の再編によりウエルシア関東へ吸収合併され、ウエルシア薬局となった。
シミズ薬品 (京都府) - 2002年2月業務提携、2008年9月30日解消。同年8月に加盟したハピコムへ完全移行。2015年3月にウエルシアホールディングスの完全子会社となった。
オージョイフル (大阪府) - 2005年9月業務提携、2009年2月28日解消(3月1日付でダイキと合併し、解散することになった為)。
ドラッグフジイ (富山県)- 2001年6月業務提携、2009年7月31日解消。2010年12月21日にウエルシア関東(現・ウエルシア薬局)と資本・業務提携を締結したのち、2012年9月1日にウエルシアホールディングスの完全子会社化と同時にウエルシア関東(現・ウエルシア薬局)に吸収合併されて消滅。
横浜ファーマシー (青森県)- 2014年1月にカワチ薬品に完全子会社化される。