黒川金山
17世紀初頭には黒川金山は再び人口が増加する。慶長・元和年間には黒川金山を含め甲斐内で幕府が直営する鉱山の金産出量は100貫前後に上り、佐渡金山の金産出量と匹敵する。寛文頃にかけて、金山衆は信濃国川上村の梓山・川端下金山、武蔵国秩父の股野沢金山、出羽国延沢銀山など他国鉱山の採掘許可を願い出て鉱業を続けていくものもり、甲斐国内において村落に屋敷地を確保して土着し、土豪として生業や士分を得るものもいた。
中でも田辺佐左衛門は天正17年(1589年)に行われた甲州の検地役人を務め、子孫は田辺庄右衛門が大久保長安の用人を務め、田辺市郎左衛門は佐渡金山奉行の伊丹康勝の知行地代官を務めた。元禄年間には黒川金山は閉山したと推測されている。
黒川金山の金山衆の出自と伝わる永田茂衛門は寛永17年(1640年)に子の勘衛門とともに常陸国の水戸藩に仕えた。正保4年(1647年)から明暦2年(1656年)まで常陸の久慈川・那珂川から取水した辰ノ口堰・岩崎堰・小場堰の開削に携わった。永田家の子孫は富岡(茨城県常陸大宮市)と薬谷(同市)において水積役を務めている。
黒川金山衆に関わる最古の文書として、永禄3年(1560年)卯月18日の「武田家朱印状」(「田辺家資料」)がある。同文書によれば、同年に黒川金山衆の田辺家当主である田辺清衛門尉が青梅街道沿いの小田原(甲州市塩山下小田原・塩山上小田原)において問屋業を営むことを安堵されており、田辺氏が流通にも携わっていたことが確認される。
武田氏は永禄11年(1568年)末に今川領国への侵攻を行い(駿河侵攻)、これにより相模国後北条氏との甲相同盟が瓦解し、北条との抗争も発生していた。武田氏は元亀2年1571年)正月16日に北条方の北条綱成の守る駿河国深沢城(静岡県御殿場市)攻めを行っていたが、同年2月13日付武田家印判状(「田辺家資料」)によれば、この時に田辺四郎左衛門尉ら黒川金山衆が深沢城攻めに動員されている。黒川金山衆はこの時の功績により人足普請や棟別役など諸役免除の特権を得ているなお、元亀2年の深沢城攻めでは湯之奥金山のひとつ・中山金山の金山衆も動員されている。
黒川金山のある鶏冠山山頂に奥宮が存在する鶏冠神社には随身半跏像(阿行・吽形)が伝来している。阿行像の背面に銘があり、永禄2年(1559年)9月に薩摩国の僧・林賀が造営したと記されており、これは黒川金山の最盛期と重なることが指摘されている。
確実な文献史料では山梨県山梨市の窪八幡神社別当寺である普賢寺住職の記した『王代記』の明応7年(1498年)条が初出とされている。『王代記』明応7年条では同年8月23日に発生した明応の大地震による甲斐国内の被害が記されており、「天地振動シテ国所損、金山クツレ」と記されている。『王代記』の記す「金山」は不詳であるが、地理的関係から黒川金山を指していると考えられている。15世紀までは、黒川は霊場として山伏や修験者などが滞在し、小規模な砂金採掘が行なわれていた。
1959年(昭和34年)には奥野高廣『武田信玄』において、甲斐金山は武田信玄(1521年 - 1573年)の時代に最盛期を迎え、武田勝頼(1546年 - 1582年)の時代には衰退したとされ、これが定説となっていた。遅くとも16世紀前半には本格的な金の採掘が始まっており、専門の職人集団としての金山衆を記した文書も多く存在する。1987年には黒川金山の、1992年には湯之奥金山の発掘調査が実施され、また両金山から出土した中世陶磁の年代観からこれを遡る武田信昌・信縄期にあたる1500年前後の戦国時代初期の開始が指摘される。