JR東日本E129系電車
2016年3月26日のダイヤ改正時からは、上越線の越後中里・越後湯沢・石打・六日町・浦佐の各駅で拠点Pの運用を開始することとなり、これに合わせて従来115系が使用されていた全ての定期普通列車(越後川口駅から乗り入れる飯山線直通列車と六日町駅から乗り入れるほくほく線直通列車を除く)を本形式に置き換えた。
2017年3月4日のダイヤ改正では当初製造予定だった160両が出揃ったため、新潟支社管内の普通電車の約8割が本系列で運行されることになった。
2018年4月15日に新潟駅高架ホーム開業とそれに伴う新潟駅構内の拠点P運用が開始されるため、それに先立って115系のうちATS-Pを搭載していない新潟車両センターの生え抜き車5編成を淘汰する必要があった。このため、2017年12月にA編成2本と2018年2月にB編成1本の計8両が追加で製造された。これにより、2018年3月17日のダイヤ改正からは信越本線・白新線・羽越本線で運行される普通電車のすべてが本系列で運用されることとなり、さらに115系の置き換えが進行した。以後、115系は長野総合車両センターからの転属車7編成のみが運用されることとなり、信越本線の直江津駅 - 新潟駅間(快速1往復のみ)、妙高はねうまラインの新井駅 - 直江津駅間(1往復のみ)、越後線の全線、弥彦線の吉田駅 - 東三条駅間で運用されていたが、2022年3月11日限りで定期運用を終了した。
このほか、試運転では上越線・渋川駅まで、臨時運用では北越急行ほくほく線・十日町駅までの乗り入れ実績がある。