門跡
宇多天皇が出家して仁和寺に入室し御室御所と称し、御室門跡となったのが始まりである。仁和寺は当初は宇多天皇の子孫(宇多源氏)が住職である別当を務めていたが、三条天皇の皇子である性信入道親王が住職に就いた際に別当よりも上位である検校を称し、その後を白河天皇の皇子である覚行法親王が継いだことから皇族が住職を務める真言宗の寺院と認識され、後の門跡寺院のはしりとなった。
一方、天台宗の総本山である延暦寺では、12世紀の初めに天台座主の仁豪(明快の弟子)と無動寺の寛慶(後に天台座主、行玄の師)が寺を2つに分ける内紛を起こし、その影響は後々にも及んだ(源平合戦の際にも仁豪の法流は平家支持を、寛慶の法流は中立の立場に立った)。前者は三千院(梨本・梶井)、後者は青蓮院を拠点とし、前者には堀河天皇の皇子である最雲法親王、後者には鳥羽天皇の皇子である覚快法親王、次いで摂関家出身の慈円が入ったことで格式を高めて門跡寺院となった。なお、一般には明快を梨本門跡の祖、行玄を青蓮院門跡の祖とみなされているが、梨本・青蓮院が「両門跡」と称されるようになったのは鎌倉時代に入った1220年代と推定されている。その後、後白河天皇ゆかりの妙法院が後高倉院皇子である尊性法親王を迎えたことで格式を高め、1260年代には両門跡と肩を並べるようになり、1280年代には「三門跡」と呼ばれるようになった。