スター・ウォーズにおける戦いの一覧
アナキンは作戦を立てると、<レゾリュート>のハンガーにクローン・パイロットを集めて、<マレヴォランス>破壊作戦を説明した。彼は爆撃機の編隊を組んで敵のイオン砲をかいくぐり、グリーヴァス将軍のいるブリッジに直接攻撃を仕掛けるつもりでいた。プロ・クーンはこのリスクが高い作戦に難色を示したが、最終的に自身も護衛機として爆撃隊に同行することにした。
カリーダ星雲通過
アナキンが作戦を説明した直後、ユラーレン提督からアナキンはリンデリアで共和国医療船団が待ち伏せされた事を伝えられた。 アナキンはユラーレン提督の情報からグリーヴァス将軍は次にカリーダ・ショールズ医療センターを狙うと予測した。 ユラーレンは即時にカリーダ・ショールズ医療センターに襲撃の警告を伝えた。 オビ=ワンも<ネゴシエーター>でカリーダ・ショールズ医療センターに向かうつもりだったが、カリーダ星雲が邪魔をするため、星雲を迂回してセンターに向かわなければならなかった。 しかし、星雲が邪魔なのは<マレヴォランス>も同様で星雲を迂回しながらセンターに行かなければなかった。 アナキンは<マレヴォランス>より早く医療センターにつかなくてはならなかったので、自身がBTL-B Y-ウィングからなるシャドウ中隊を率いて、カリーダ星雲を通過することにした。 道中、アナキン率いるシャドウ中隊がカリーダ星雲の「バルモーラ・ラン」を通った時、カリーダ星雲に生息するネブレイ・マンタに出会った。
クローン大戦も事実上終結した。
実は、これらは全てパルパティーン議長の陰謀であった。パルパティーンこそがシスの暗黒卿ダース・シディアスであり、クローン大戦そのものが彼の手によって仕組まれた壮大な狂言だったのである。
唯一銀河規模の司法集団であったジェダイ騎士団が崩壊したことにより、共和国大クローン軍の指揮は直接パルパティーン議長が統べることが承認された。パルパティーンは全ての反乱の芽を絶ち、新たな秩序と平和を構築し、また腐敗した官僚政治を大改革するために、自分に課せられていた非常時大権を常時大権として銀河全域を直接統治する方針を唱え、元老院による共和制を超越した帝国制をもってこの広大な銀河を統括する政治体制に移行すると宣言した。そしてこの宣言は支持者達の万雷の拍手によって承認され、パルパティーンは皇帝となり、銀河共和国は銀河帝国へと再編された。
レジスタンスは多くの犠牲を出しながらもディカーからの撤退に成功する。しかし、ファースト・オーダーの艦隊は新技術「ハイパースペース・トラッキング」でレジスタンスの艦隊を追跡していた。逃げ果せたかに見えたレジスタンスの前に、程なくしてファースト・オーダー宇宙軍の総旗艦「スプレマシー」率いる艦隊が姿を現す。レジスタンス艦隊は速度を生かしてスプレマシーのレーザー砲の有効射程圏外に留まっていたが、そこから出撃したカイロ・レン率いる戦闘機部隊が艦隊に襲いかかった。レンはラダスの格納庫を破壊し、続いて艦橋を破壊しようとするが、実の母であるレイアを手にかける行為に迷いを感じ攻撃できずにいた。その時、レンの僚機が艦橋にミサイルを撃ち込んだことでアクバー提督ら首脳陣が軒並み死亡。唯一生還したレイアも意識不明の重体に陥ってしまう。指導者を失ったレジスタンスは代理の指揮官となったアミリン・ホルド将軍の指示でなおも逃走を続けるが、ラダスの僚艦は燃料切れにより推力を失って次々と落伍し、砲撃の餌食となっていった。
ファースト・オーダーから逃げ切ることは不可能という事実、そして彼我の圧倒的な戦力差を目にしたフィンはレイをこの惨状に巻き込ませまいと決意し、彼女を呼び寄せるビーコンを手に独断で逃走を図るが、整備士のローズに見つかり力ずくで止められる。フィンはトラッキング装置がある限り追われ続けるという事実をローズに伝えるが、それならば装置を一時的にでも切ればいいという結論に至り着き、ダメロンの承諾とマズの助言を得て、作戦の鍵となる「マスター・コードブレイカー」を探すべくBB-8を連れて惑星カントニカへと向かった。
ルークはパルパティーンから、自分たちが罠にかかったことを聞かされる。パルパティーンは自身を憎ませることで、ルークをダークサイドに引き入れようとした。また第2デス・スターの惑星破壊力を持つスーパーレーザーはすでに完成しており、戦艦を一撃で蒸発させる圧倒的な火力の前に反乱軍艦隊は窮地に陥る。ルークは自分の仲間である反乱同盟軍の宇宙艦隊が帝国軍宇宙艦隊に撃沈されていくのを目の当たりにし、パルパティーンに襲いかかるが、ベイダーに阻まれる。
父との戦いに迷い戸惑っていたルークだったが、戦いの最中にベイダーがフォースにより自身の娘の存在を知る。ベイダーから「お前がダークサイドに染まらぬのであれば、彼女をダークサイドに引き込もう」と挑発されたルークは、怒りを露にしてベイダーに襲いかかる。パルパティーンは、かつて父アナキンをダークサイドに転向させたのと同じように、ベイダーをルークに討たせることでダークサイドへ導き、従順ではないベイダーに代わる弟子にしようとしていた。
エンドアの地表では、反乱同盟軍と友好関係を結んだ原住民イウォークが、帝国軍への反撃を開始した。帝国軍シールド発生基地の守備部隊は、少数の反乱同盟軍部隊が使用するレーザーやブラスター兵器に対しては十分な防御力・攻撃力と兵力を有しており、石斧や弓矢、投石機程度の武器しか有さないイウォークに対しても個別の戦力では比較にならない優位を築いていたが、イウォークの圧倒的な数、落とし穴・丸太を使用した大質量打撃トラップなど地の利を利用した戦術に対応できず、逆に鹵獲された自らの兵器を使用されるなどして壊滅した。
彼らはスカイウォーカーとケノービも海賊に捕まっていることを知らないまま、スパイスを載せたニュー級シャトルでフローラムへ向かった。
フローラムでの戦闘
フローラムの大気圏に入った直後、シャトルは海賊のバーブ・メンティアによって撃墜された。ターク・ファルソを筆頭とする海賊の裏切り者一派が、オナカーには秘密でスパイスを横取りしようと考えたのである。カーラスがシャトルの墜落で命を落としたため、ビンクスが代理で外交チームを率いることになった。彼らは一度ファルソの一味にスパイスを奪われたが、ビンクスの活躍によってスパイスが海賊に渡る事は阻止され、海賊基地の動力供給装置を破壊することにも成功する。ジェダイは拘束具を逃れてビンクスと合流したが、そのころドゥークーは既に基地から逃げ出していた。伯爵がいなくなった今、これ以上海賊と関わる理由もないと判断したジェダイは、復讐されないことに驚くオナカーを尻目にフローラムを去っていった。
ローディアで捕縛されたガンレイがジェダイクルーザー・トランクィリティでルミナーラ・アンドゥリィとアソーカ・タノにより連行されると、ドゥークーは、アサージ・ヴェントレスにガンレイの救出を命じた。クルーザーが攻撃を受け、ルミナーラとコマンダーグリーが通路に向かい、アソーカは、ガンレイ救出にやってきたヴェントレスと戦うことになる。アソーカは閉じ込められ、ガンレイが救出されかけるが、寸前でルミナーラが現れ、形勢が逆転する。アソーカは、ヴェントレスを相手にジェダイ・マスター一人では勝てないことを知っていたが、ルミナーラは、一人で暗殺者を追ってしまう。そんなアソーカにセネイト・コマンドー・キャプテン・アーガイアスが「よき兵士は正しいと思ったら行動をためらわない。」と助言する。それを聞いたアソーカは、ルミナーラの応援に駆けつけた。しかし、これは分離主義勢力と内通していたアーガイアスの仕掛けた罠であった。ヴェントレスが脱出すると、アーガイアスが内通者としての本性を現し、ヴェントレスとガンレイを連れて逃走してしまったのだ。
そして国民が次々に虐殺されている現状を憂慮して新議長選出を待つことなくナブーへ帰郷してしまう。
アミダラは、同じく惑星に居住して通商連合の侵攻を受けたグンガン族の協力を得て敵の主力軍をおびき出し、手薄になったシードの王宮にいるガンレイを拘束することで事態を打開しようとする。また通商連合のドロイド軍隊を無力化するため、ドロイドの集中制御を行っている軌道上の指令艦「ヴータン・バラー」を宇宙戦闘機で破壊する作戦を立案する。義勇軍の基地を奪取したパナカ隊長率いるナブー部隊は攻撃隊を編成し、通商連合の指令艦を攻め落とすためスクランブル発進する。この混乱の中でジェダイと行動を共にしていたアナキン・スカイウォーカーは、飛び交うブラスターから逃れるため戦闘機のコックピットに入り込み、ドロイディカを相手に苦戦している女王一行を助けようと計器を操作するうちに発進させる。アナキンは他のナブー義勇軍パイロットが次々に飛び出してくるドロイド・スターファイターに苦戦する中、偶発的に指令艦内に突入して内部から攻撃するという戦法で指令艦を破壊する。
地上では、陽動作戦を担っていたグンガンの「聖なる軍隊」が圧倒的な数のドロイド軍と対峙して苦境に陥っていたが、指令艦が破壊されたことでドロイドのコントロールが失われて勝利した。同じ頃、シード宮殿の玉座の間に侵入したアミダラたちによってガンレイと総督補佐官ルーン・ハーコは拘束され、作戦は成功する。2人のニモーディアンは共和国首都へ送還され、通商連合によるナブー統治は終了する。