遊覧船
大洗港(茨城県大洗町) - パイレーツ
鹿島港(茨城県神栖市) - ユーリカ (16t)
霞ヶ浦(茨城県土浦市) - ホワイトアイリス (19t)
十二橋めぐり(前川十二橋めぐり:茨城県潮来市、加藤洲十二橋めぐり:千葉県香取市)
川治ダム(栃木県日光市)- 道の駅湯西川を拠点に水陸両用バスによるツアーが行われている。
鬼怒川ライン下り(栃木県日光市)
中禅寺湖(栃木県日光市) - けごん (118t)、アストリア (19t)
榛名湖
長瀞ライン下り(埼玉県長瀞町)
千葉港・幕張メッセ沖合遊覧(千葉県千葉市) - あすなろ (88t)、マリンプラネット (19t)
小野川舟めぐり(千葉県香取市佐原)
鯛の浦(千葉県鴨川市)
隅田川水上バス(東京都、浅草〜日の出桟橋ほか)
東京港周遊クルーズ(東京都) - アーバンランチ (19t)
東京港遊覧クルーズ(東京都品川区) -かのん、ルーク、ゼンフリート、チップ、Nifty52、ジーフリート
東京湾クルーズ(東京都)
横浜港港周遊「シーバス」(神奈川県横浜市) - リザーブ1 (49t)、シーバス (43t)、ゆめはま (19t)、エムワイキャビン (14t)他
横須賀港周遊「YOKOSUKA 軍港めぐり」(神奈川県横須賀市)
三崎港周遊「にじいろさかな号」(神奈川県三浦市)
芦ノ湖(神奈川県箱根町) - 十国丸 (337t)、はこね丸 (265t)、あしのこ丸 (218t)、第1こま (156t)、第2こま (135t)、神山 (48t)(以上は芦ノ湖遊覧船)、ロワイヤル号、バーサ号、ビクトリー号(以上は箱根観光船)
相模湖
津久井湖
宮ヶ瀬湖
浦富海岸(鳥取県岩美町)
湖山池
国賀海岸(島根県隠岐郡西ノ島町)
明屋海岸(島根県隠岐郡海士町) - 海中展望「あまんぼう」 (18t)
日御碕海岸(島根県出雲市) - 海中展望「第1うみねこ」(グラスボート)
松江城内堀外堀(島根県松江市) - 市内周遊
白島・浄土ヶ浦 - 中村〜白島〜よろい岩〜中村他、第8しらしま (17t)、ニューしらしま (19t)
倉敷川畔(岡山県倉敷市)
鞆の浦(広島県福山市)
帝釈峡・神竜湖
瀬戸大橋
太田川・厳島(宮島)・広島湾
宍道湖
青海島(山口県長門市)
琵琶湖(滋賀県) - 竹生島経由湖内各港、大津港付近など。
八幡堀と西の湖(滋賀県近江八幡市) - 水郷めぐり
保津川(京都府) - 保津川下り、亀岡市〜嵐山
天橋立・丹後半島(京都府) - 宮津〜天橋立〜一の宮、かもめ1号、かもめ1号、かもめ11号、かもめ12号
舞鶴港(京都府舞鶴市)
伊根湾(伊根町) - 湾内周遊 - 伊根湾めぐり遊覧船
濠川(京都市伏見区) - 十石舟、三十石舟
宇治川(宇治市)
淀川(大阪市) - 水上バス「アクアライナー」
大阪港 - 港周遊「サンタマリア」 (566t)
神戸港 - 港周遊・明石海峡大橋周遊・水上バス、ロイヤルプリンセス (414t)、シーグレース (190t)、ロイヤルプリンス (170t)、ファンタジー他
但馬御火浦(兵庫県新温泉町・香美町) - 浜坂港と香住港からそれぞれ運航
香住海岸(兵庫県香美町) - 香住東港からかすみ丸が運航、2016年廃止
円山川 - 城崎温泉〜日本海、屋形船
白良浜沿岸(和歌山県白浜町) - 沿岸周遊 - りんかい、せと、サンタリタ
串本海中公園(和歌山県串本町) - 海中観光「ステラマリス」
紀の松島(和歌山県那智勝浦町、太地町経由) - イルカ号1世 (87t)、くじら号 (19t)、オルカ号 (51t)
瀞峡(北山村、十津川村、新宮市)
大鳴門橋・鳴門の渦潮(淡路島の福良港) - 咸臨丸(384t)、日本丸(383t)