トイレット博士
集英社「ジャンプ・コミックス」全30巻
最も普及した単行本。レイアウトはオリジナルと同じだが、「扉」はオリジナルが1頁丸々使ったのに対し、単行本は3/4頁分を使用し、ケツホースやマタンキ鳥によるサブタイトル読み上げとなったため、下1/4はとりいによる新規描きおろしプロローグを記載し、話に入っていく構成となっている。 一部未収録の話も存在、特にクロスオーバー作品は19巻収録の「トイレット博士+女だらけの巻」だけ収録されている。
集英社 電子書籍 全30巻
先述のジャンプ・コミックスをそのままに有料電子書籍化。なおクロスオーバー作品の内「トイレット博士+ど根性ガエル」は、「ど根性ガエル 単行本未収録作品 2巻」に収録されている。