1998年のMLBシーズン最多本塁打記録対決
1998年夏にマグワイアは筋肉増強効果のある薬物、アンドロステンジオンの使用を認めているが、当時のMLBでは禁止されていなかった。チームメートだったホセ・カンセコは2005年2月に出版されたその著書『禁断の肉体改造』の中で、マグワイアは新人王を獲得した翌年の1988年には道義的に使用を問題視されていたアナボリックステロイドを確実に常用していたと指摘している。2005年3月に開かれたステロイド使用疑惑に関する合衆国下院公聴会に繰り返し証人喚問された際、マグワイアは薬物使用を問われて「過去の自分の行為は現在のスキャンダルとは無関係なのでお答え出来ません」と涙まじりに証言を拒否した。その後は実質的に黙秘権を行使して使用の有無の明言は避けた。しかし古巣カージナルスの打撃コーチに就任するにあたり、2010年1月11日に放送された特別番組では「愚かな過ちだった。