科学忍者隊ガッチャマンII
声 - 田中信夫
前作の最終回で地球を去るも、再び来襲しギャラクターを再編して科学忍者隊に挑戦する。前作とは姿が変わっており、その姿はスキャニメイトを利用して描かれていた。第40話では前作の最終回で地球を離れるときに使った光り輝く鉛筆型宇宙船で、アグリカのサバリー自然動物園にあるゲルサドラが作った基地に移動もしたり、第49話ではXが初めて地球へ来訪する回想シーンが流れた。
最終回にて明らかになるその正体はスペースブレイン(自我を持つ電子頭脳)であり、ソーラーシフト計画とは太陽を移動させ、故郷であるセレクトロ星を滅ぼした敵対星系へ恒星爆弾としてぶつける作戦だった(当然、その過程で太陽系は破滅する)。
隕石山にギャラクター本部基地を建設し、その中にある一室が総裁Xの部屋となっている。ボタンを押してその部屋の床下を開くとXの中枢装置があり、それを守るためにレーザー砲がいくつも装備されている。反旗を翻したゲルサドラをレーザー砲で粛清するが中枢装置を露呈されそこを健の放ったバードソーサーによって破壊され爆発が起こり、ギャラクター本部基地と共に滅亡した(ただし、本編の映像ではジョーが止めをさしたような印象を与えるものとなっている)。しかし、物語のラストは破壊されたXの亡骸の一つが生き残り点滅するところで終わっており、次作『F』での総裁Zの誕生の伏線となっている。
作詞 - 保富康午 / 作曲・編曲 - すぎやまこういち / 歌 - ささきいさお、コロムビアゆりかご会
ゴッドフェニックスの後継機。旧ゴッドフェニックスはG-5号を中心として合体(と言うより収納)するシステムだった上、分離した状態だとG-5号が戦闘に不向きなメカになってしまい、後方で待機させざるを得ない状況になることが多かったため、総合的な戦闘能力に問題があった。そのためニューゴッドフェニックスでは最初から本体は忍者隊メカの基地として考え、本体に5機の忍者隊メカを収納するシステムに改めた。本体には操縦サポートロボット・パイマーが搭載され、戦闘時に忍者隊全員が出動可能になり、竜が留守番をする必要はなくなっている。収容されているG1号機のサイズから推定すると、全長が旧ゴッドフェニックスの倍以上はある大型な機体である。ちなみに第8話で宇宙用大型ブースターを装着した状態では、全長は320m。重量11400tと設定されている。
初代以上にモチーフの「不死鳥」を強調したデザインとなっており、機首にはズバリ鳥の顔が意匠として施されているが、これは番組スポンサーであったポピーの村上克司のアイデアである。しかし、このデザインは下手をするとタイムボカンシリーズ辺りに出て来そうな玩具的な造形であり、前作のファンは紅白の機体色から「空飛ぶニワトリ」と酷評するなど、評判はあまり良くない(一方では同時期に放映されていた『ヤッターマン』のヤッターワンやヤッターキングを意識しているとの見方もある)。
第44話、45話に登場。マーストラの火星基地を破壊するために用意された単座小型宇宙艇。発進時にはニューゴッドフェニックスをブースターにして空中発射された。『F』のG-1号機的な三角形の胴体に主翼とブースターを取り付けたような形状で、ペイロードの関係で搭載武器はレーザーガンとミサイル1発のみである。健がパイロットとなってマーストラ円盤の迎撃をかいくぐり、火星基地のソーラーシフター破壊に成功するが、機体制御回路を破壊され、帰還分の酸素も尽きて絶体絶命のピンチに陥る。
総裁Xが宇宙に去ってから約3年の年月が流れ、マントル計画も順調に進み、地球は平和を取り戻した。
国際科学技術庁(ISO)が科学忍者隊の解散を決定した矢先、総裁Xが火の玉となって南太平洋ギルバード諸島後方100キロの海上に襲来する。そこを航行中だった豪華客船クイーンマーガレット号は沈没してしまう。総裁Xはそこに乗り合わせていた子供を特殊な装置にかけ、3ヶ月程度で大人に成長させる。そしてその子供をギャラクター司令官・ゲルサドラとして仕立て上げ、ギャラクターを復活させたのだった。
科学忍者隊の解散は撤回され、前作で命尽きたジョーの代わりに地球防衛軍からホーク・ゲッツが新G-2号として参加し、復活したギャラクターへの偵察を開始する。だがゲッツは敵のスパイにすり替えられていた。偽ゲッツの手引きで敵のど真ん中に誘い込まれ、窮地に陥る忍者隊だが、偽ゲッツは奇跡的に復活を遂げたジョーによって倒され、ジョーは忍者隊に復帰する。
こうして科学忍者隊とギャラクターの戦いが再び始まるのだった。
声 - 稲葉実、千葉繁、笹岡繁蔵、黒部鉄、長堀芳夫、宮下勝、広瀬正志、小幡研二、他
ギャラクターの一般隊員。マスクや隊員服は旧ギャラクターを引き継いでいるが、携帯火器が実体弾銃からレーザーガンになるなどの進歩も見られる。しかし、相変わらず士気や忠誠度は低く、やはり多くは忍者隊のやられ役であった。前作と違い、あまりコミカルな面は見られず、カイザーことA7号を筆頭にシリアスな描写が多かった。
マスクやスーツのデザインが異なったギャラクター隊長は前作よりも登場する回数が少ない。また、第30話を見る限り、色違いの隊員服を着たチーフも存在している模様である。
なお、今作には全身灰色のボディスーツ姿をしたマーストラ配下の「火星ギャラクター隊員」や特殊部隊「ギャラコン」なる精鋭が存在する。