JA全農 COUNTDOWN JAPAN
なお、同日をもって落合と遠藤が番組を卒業し、ボーダフォンもスポンサーから降板した。
2006年(平成18年)4月1日 - 冠が外れ、『カウントダウン・ジャパン』を統一タイトルとする。5代目パーソナリティとして荘口彰久(元ニッポン放送アナウンサー)が登場、パートナーに河辺千恵子を据え、さらに「カウントダウンサポーター」として、結成して間もないAKB48の当時のメンバーが週替りで3人出演(その後は1 - 2人の週もあった)。4月1日から9月30日までの半年間はノンスポンサーとなり、番組直前及び番組内でAKB48のCMを放送していた。
2006年(平成18年)10月7日 - ランキング集計がこれまでのリクエストに加え、JFN各局のオンエア回数、携帯電話による着メロのダウンロード回数、さらにCDの売り上げポイント、といった4要素からなる集計方式となった。また、AKB48のサポーター出演もそのまま継続しており、新コーナーとしてAKB48のメンバーが今後ランクインが予想される楽曲を紹介する「COUNT DOWN JAPAN NEXT」が新設された。この日から2007年春改編まで、提供スポンサーは1か月単位で変わり、複数社になったこともあった。
2007年(平成19年)3月31日 - AKB48が番組レギュラーを卒業。「COUNT DOWN JAPAN NEXT」は河辺が紹介することになる。
2007年(平成19年)4月7日 - スキンケア事業のDHCが冠スポンサーにつき、1年ぶりに冠スポンサー番組となり、タイトルも『DHC カウントダウン・ジャパン』(ディーエイチシー カウントダウン・ジャパン)となった。