大井川鐵道大井川本線
かつては東海道本線と線路がつながっており、実際に日本国有鉄道(国鉄:現在のJR)の列車の乗り入れに使用されていたほか、貨物営業を行っていた頃には、貨車の収受も行っていた(金谷駅の入れ換え作業も大井川鐵道の電気機関車が行っていた)。ここから東海道本線直通列車として静岡発着の「奥大井」、浜松発着の「すまた」といった快速列車が乗り入れていたほか、大井川鐵道への譲渡車両を国鉄路線経由で搬入する際の入り口にもなっていた。1983年(昭和58年)にはミステリー列車の乗り入れで、サロンエクスプレス東京が大井川本線を走った。現在ではこの線路は撤去されており、譲渡車両の搬入やSLの貸し出しには道路を使用している。
また、1983年には小田急の3000形SE車の譲渡を受け、「ロマンス急行」と銘打ち運行していたことがあった(「小田急3000形電車 (初代)#大井川鉄道への譲渡」参照)。しかし、5両編成と乗客の収容数が同線にしては多く、SL急行ほどの人気が得られず、ワンマン運転仕様に改造することも不可能であることから次第に持て余すようになり、結局1987年(昭和62年)に運用を離脱し、1992年(平成4年)に廃車となった。
電気機関車が牽引するEL急行と電車による急行(電車急行)がある。EL急行の停車駅はSL急行と同じだが、電車急行は2020年11月12日の門出駅開業以降、金谷・新金谷・門出・家山・川根温泉笹間渡(・千頭)に停車する。
電車急行は、2003年(平成15年)8月17日に神尾駅で土砂崩れが発生する前までは定期列車として運行されていたが、その後は臨時列車として多客時やイベント開催時に運行されている。イベントによってや電車不足の際は、電気機関車牽引の客車列車が充当されることがある。乗車には急行券150円が必要であったが、2016年(平成28年)6月11日から10月10日に運行された臨時電車急行から不要になった。ただし電車急行料金の設定は残っており、2019年(令和元年)10月1日に160円に改定された。また同日から電気機関車牽引の急行にはEL急行料金(大人500円・小児250円)が新設されたが、定期券で乗車する場合は急行券不要で乗車できる。
2023年(令和5年)10月1日より、EL急行「南アルプス2号」「かわね路2号」が定期的に運行されるようになった。