ダライ・ラマ5世
ツァン王が保護していたカルマ派の教主カルマパ6世は東部に逃亡した。
1642年(ダライ・ラマ5世が25歳の頃)、トゥルバイフはツァン王国の旧首都シガツェにダライ・ラマ5世を呼び、そこにチベット中の僧侶を集めて、ダライ・ラマ5世にチベットでの権威を与えた。一方、トゥルバイフはダライ・ラマによりハーンの位を授かり、以後グーシ・ハーンと称した。それまでモンゴル高原でハーンを名乗れるのはほぼチンギス・ハーンの末裔だけであったが(チンギス統原理)、モンゴルの信奉が厚いダライ・ラマの権威により、モンゴル民族以外に対するこの例外的なハーンの称号がモンゴル高原諸勢力の間で認められた。ダライ・ラマ5世はこの授位を利用してオイラトを自分の勢力に引き入れることに成功した。これにより、チベットの政権はツァン派政権からダライ・ラマ5世とオイラトへと移った。
なお、モンゴル高原の勢力すべてが必ずしもダライ・ラマ5世を支援したわけではない。特にチンギス・ハーンの直系を自称する七旗ハルハのトシェート・ハーン・ゴンボドルジや、ウバシ・ホンタイジ(ホンタイジは皇太子の音訳、この時代にはホンタイジという名の人が多いので注意)の子パドマ・エルデニ・ホンタイジらは、ゲルク派と直接対立したわけではないが、ゴンボドルジの息子がチョナン派の活仏と認定されたり、パドマがカルマ派の反乱に際してカルマ派と手紙を交換していたりと、必ずしもゲルク派やグーシ・ハーンに協力的とは言えなかった。
清は自らをモンゴル高原諸勢力の宗主国と考えていたので、清とダライ・ラマ5世が直接の外交を持ったことは、モンゴル高原のチベットに対する立場を有名無実なものにした。しかもダライ・ラマ5世がチベットに帰国した後、ダライ・ラマ5世に影響力を持った人物が次々と他界した。1655年にオイラトの長グーシ・ハーンが、1656年にグーシ・ハーンが選んだチベットの摂政ソナム・ラプテンが、1656年にゲルク派の高僧タクパ・ギェンツェン(英語版)が、1657年に師のパンチェン・ラマ4世が次々と死に、ダライ・ラマ5世は権力を振るいやすくなった。なお、タクパ・ギェンツェンは殺害されており、これをダライ・ラマ5世派の陰謀と考える人もいる。タクパ・ギェンツェンは死後にゲルク派全体でドルジェ・シュクデンとして広く信仰を集め保守強硬派の暗殺部隊の旗印となっていたが、1970年代にダライ・ラマ14世が禁止して以降、大きな内紛を呼んでいる。
死亡時のダライ・ラマ5世の影響力が非常に高かったため、ダライ・ラマ5世は執政のサンギェ・ギャツォに対し、しばらくは自分の死を隠匿し、決めかねることは5世の守護尊マクソルマ神の前でタクディル占いで決めるように遺言した。戦争相手のラダックはこれに気付かず、1684年にチベットに降伏して属国になっている。それまで替え玉を用たり、禅定中を理由に面会を断るなど清・モンゴル諸勢力の目をごまかしてきたサンギェ・ギャツォは1696年になってようやくその死を発表し、翌1697年に自分が探してきた少年をダライ・ラマ6世として即位させたが、沙弥戒をパンチェン・ラマに返上してしまう事態が起こるなど、6世自身のやる気のなさもありモンゴル高原諸勢力や清の同意を得られず、サンギェ・ギャツォは1705年にオイラトホショートの軍に殺され、ダライ・ラマ6世は1706年に廃位された。