地方交通線
幹線用の運賃表と別に地方交通線用の運賃表(概ね幹線の約1割増の額)が用意されている。
地方交通線のみを乗車する場合は地方交通線用の運賃表が適用される。通過連絡運輸により他社線を跨いだ場合でも、乗車するJR線区間が全線地方交通線であれば地方交通線用の運賃表が適用される。
幹線と地方交通線とを乗り継ぐ場合は、地方交通線については営業キロを約1割増した換算キロを用い、これと幹線の営業キロとを合算した運賃計算キロを元に、幹線の運賃表で運賃を求める。ただし、全乗車区間の営業キロが10km以下の場合は営業キロで地方交通線の運賃表を適用する。
例:水郡線(JR東日本・地方交通線)常陸津田駅と常磐線(同・幹線)勝田駅の相互発着の場合(水戸駅経由)、常陸津田駅 - 水戸駅間の営業キロは4.1km、と水戸駅 - 勝田駅間の営業キロは5.8kmで合計9.9kmとなるため、地方交通線10km以下の210円となる。水郡線の換算キロ(この場合4.5km)と常磐線の営業キロを足した運賃計算キロ(10.3km、240円)とはならない。
JR東日本・JR東海・JR西日本の本州三社の地方交通線の運賃は同額だが、JR北海道は本州三社よりやや割高な運賃となる。JR東日本ではICカードを利用して乗車した際は別の運賃が適用される。
なおJR東日本が運営する気仙沼線・大船渡線BRTにおいては、BRT転換前の鉄道線に合わせ、地方交通線と同様の運賃体系を採用している。ただし、普通運賃については鉄道線と乗り継いだ場合の通算はできず(鉄道線との並行区間である前谷地駅 - 柳津駅間を除く)、それぞれ別建ての運賃となる。
※特定地方交通線は除外(該当項目を参照)。また、存続路線の部分廃止区間は一覧の備考欄を参照。