ロックマンX5
日本国外版での英名は「ダフ・マクウォーレン (Duff McWhalen)」と表記され、2つ目の英名は「タイダル・ホエール(Tidal Whale)」と表記される。
マッコウクジラ型レプリロイド。海中ステージ「海を取り戻し戦艦を撃て!」に登場する。海洋博物館館長、海上警備部隊の隊長。水素の確保に必要なイレギュラーハンターベース近海が活動拠点。エックスやゼロとは面識があったようである。レプリシーフォースとは仲が悪い。
主力武器は口からはブロック状、頭部からは高水圧で液状に発射される特殊ジェルで、他にミサイルも装備している。過ちだと理解しつつ海を守ろうとしており、戦闘になってしまう。
なお、このボスのいるステージは『ロックマンX2』に登場するボス、バブリー・クラブロスのステージ曲が使用されており、サウンドトラックにはこのステージに使う予定だった未使用曲が収録されている。
スタッフによれば元々はX4に登場する予定であったが、クジラは擬人化しにくいという理由により没となり、今作で再採用されたという経緯がある。
日本国外の英名では「スパイクボール(Spike Ball)」と表記される。
通常・チャージ共に敵や地形を貫通する。 通常 - 前方に緑色の茨の塊を発射する。茨は発射後一定距離で留まり、その後しばらくすると手元に戻ってくる。敵に3回ダメージを与えるまで消滅しないため、重なった場合は連続してダメージを与える。 チャージ - 斜め上方向に紫色の茨の塊を発射する。茨は画面の枠内を数回跳ね回り、その後画面外へ飛び去っていく。1度目の反射は斜め上に、それ以降は着弾角度と直角に曲がる。
日本国外版での英名は「ダーク・ディジー(Dark Dizzy)」と表記される。2つ目の英名は日本版と同様の名称。
コウモリ型レプリロイド。プラネタリウムステージ「パニック!スペーストラップ」に登場。燃料タンクを所有する。
過去にシグマの手によって生み出されたレプリロイドだったがシグマの元から逃亡、シグマ自身も大した戦力にならないとそのまま放置し、行方不明となっていた。
外観のデザインはドラキュラ伯爵(吸血鬼)をモチーフとしており、右目にモノクル状のパーツが装備されているなどの特徴がある。
噛み付きによるライフエネルギー吸収攻撃や、大量の小型メカニロイド(バットンボーン)の召喚、時間を止める能力を持つ。また回避困難なほどの巨大な超音波攻撃も持つ。
噛みつきや超音波などといった攻撃方法は、見た目こそ異なるが『ロックマン7』に登場したシェードマンに類似する。
飛行性能を付加したアーマー。攻撃力よりも機動力を重視した設計で、鷹の意匠が各所に存在するデザインとなる。
開発当初は「ウィングアーマー」という名称だったが、デザイナー(日暮竜二)が鷹をモチーフにデザインを起こしたため、現在の名称に変更された。
斜体は異名。2つ目の英名は「Mega Man X Official Complete Works」および「MM25 Mega Man & Mega Man X Official Complete Works」(海外版「ロックマン&ロックマンX オフィシャルコンプリートワークス」)や、『Mega Man X Legacy Collection 2』(海外版『ロックマンX アニバーサリー コレクション 2』)における表記。なお、2つ目の英名の表記がないボスに関しては日本版の名称が使用されている。
マッコイーンステージの中ボス。ジンベエザメ型潜水艦巨大メカニロイド。顔面・尾鰭・背面と、計3回戦うことになる。
海洋博物館の展示品だったが、シグマウイルスによって暴走し、破壊されてもまた何度も動き出す。
口からは小型メカニロイドや救助レプリロイド、ビームを吐き、尾鰭からはミサイル、顔面及び背面の突起からは光弾を発射する。
通常 - 電撃を正面と真上下の3方向同時に発射する。地形に接触すると球状に変化し、その正面や上・面に沿って進む(地形そのものに沿って進むわけではない)。 チャージ - 画面内に一定間隔で落雷を計6回発生させる。落雷は敵や地形を貫通する。1発目はエックスの位置に落ち、それ以降発生する位置はランダム。他の特殊武器のチャージ版に比べて少ないエネルギーで発動可能。
詳細はアーマーを参照。
零空間1「起源」のボス。ロックマンシリーズのボス、イエローデビルをモチーフにしており、「シャドー」の名前通り、影のごとく黒いボディが特徴。16個のパーツに分裂・合体して攻撃する。合体が完了するまでは元いた場所に形成エネルギーが残っており、それにもダメージ判定がある。ライフエネルギーが減少すると、ワイリーマシン6号のような姿に変形し、攻撃方法が変化する。時折出現する目が弱点で、被ダメージ時などには目の周囲に電子回路のような模様が露出する。
このボスとの戦闘場所の背景には半ば砂嵐状態になっているが、「"W"」の文字がちらつき、BGMはシリーズ第1作目『ロックマン1』のワイリーステージのボス戦のアレンジ版となっている。
またステージの序盤は『ロックマン2』のクイックマンステージの序盤のレーザー地帯がモチーフになっている。
本作の当面の目的は、「被害を抑えるため、(時間内に)地球へと落下するスペースコロニーを破壊する」となる。選択ステージのクリア(ボスキャラクターの撃破)する事で作戦に必要なパーツを入手できる。
作戦の成功率を上げるためにステージを攻略する事になるが、それらのパーツはあくまでもその作戦の成功率を上昇させるためのものであり、ゲームクリアのための必須条件ではない。そのため選択ステージを1つもクリアせずにその先へ進むことも可能である。
コロニー破壊のための作戦は、
巨大ギガ粒子砲「エニグマ」を発射する
スペースシャトルを衝突させる
の2つがある(後者は前者が失敗した時のみ実行可能)。作戦は任意のタイミングで実行可能で、実行時までに集めた作戦に必要なパーツ数とダイナモに何回負けたかに応じて作戦の成功率が決まる(ダイナモに負けると作戦成功率が下がってしまう)。
選択ステージのボスを倒してステージクリアした時にのみ表示される。ボスから手に入れた「DNAプログラム」を解析し、エックスの特殊武器やゼロのラーニング技、各種パーツを作り出す。DNAプログラムには3段階のレベルがあり、そのレベルに応じて入手できるアイテムも変化する。
零空間3「覚醒」にて、エックスをプレイヤーキャラクターに選んだ際に対峙するゼロが使用してくる技である。また、『ロックマンX7』では一部の技に酷似したが習得可能だが、特に関連性はない。