徳川四奉行
その後、家康は豊臣政権に臣従し、天正18年(1590年)に家康は関東へ移封され、武田遺臣も家康に随行する。甲斐国は羽柴秀勝・加藤光泰・浅野長政・幸長親子の豊臣系大名が支配し、この間に甲府城が築城されている。慶長5年(1600年)の関ヶ原の戦いを経て、甲斐国は再び徳川氏が領する。この間、徳川四奉行は文禄2年(1593年)には市川元松が死去し、工藤喜盛は没年不詳であるが慶長年間に死去したと考えられている。そのため、四奉行の後任には慶長6年から小田切茂富(大隅守)、跡部昌忠(九郎右衛門尉)が任じられている。
慶長12年(1607年)8月には小田切茂富・桜井信忠が平岩親吉より甲府城を受け取りを命じられている。『寛永諸家系図伝』によれば、同年には石原昌明が死去している。慶長16年(1611年)には桜井信忠・小田切茂富が死去している。
「四奉行」の呼称は高野山成慶院『甲斐国供養帳』において、慶長12年11月12日に死去した跡部昌忠の追善供養の記載に使われており、慶長期には「四奉行」の呼称が定着していたことが確認される。