在来線
既開業区間のうち、奥羽本線の新青森 - 青森と函館本線の新函館北斗 - 函館はJRが運営しているが、前者についてはJR東日本が並行在来線とみなしていないため経営分離の予定はない。一方、後者についてはJR北海道が「北海道新幹線の新函館北斗 - 札幌開業時に経営分離される並行在来線」の一部と解釈しているため、新幹線札幌延伸時に経営分離される予定である。このうち、長万部 - 余市間に関しては沿線自治体の合意によりバス転換が容認され、北海道新幹線の札幌開業とともに廃止される予定となっている。一方で新函館北斗駅 - 函館駅間が並行在来線であるかどうかについては異論があり、当該区間は並行在来線ではないとの立場に立つ函館市はJRによる運行継続を求めていた。このように並行在来線の選定並びに経営分離の決定権は事実上JR各社が有しているため、沿線自治体とトラブルが生じる例が全国的に見受けられる。西九州新幹線(武雄温泉 - 長崎)では、経営分離に難色を示す沿線自治体との協議の結果、並行在来線の上下分離方式の取扱(別記事内「西九州新幹線#並行在来線の扱い」を参照)が検討されることとなり、最終的に江北駅(旧・肥前山口) - 諫早間に関しては上下分離方式により、新幹線先行開業後23年間はJR九州による運行が継続されることとなり、また、一部区間(肥前浜 - 長崎間)は電化設備の撤去による非電化路線へ運行形態が変更されることとなった。