妙心寺
その後、自坊「亀仙庵」を祥雲寺の名を逆さにした「雲祥院」と改名した。1878年(明治11年)に熊谷半次創建の瓊林院と合併している。東海派に属する。
光国院 - 開基松平忠隆、開山梁南禅棟。元和6年(1620年)創建。松平忠明創建の実相院を1878年(明治11年)に合併している。龍泉派に属する。
隣華院 - 開基は脇坂安治。長谷川等伯筆方丈襖絵「水墨山水図」(重要文化財)、狩野永岳筆襖絵を所有。東海派に属する。
智勝院 - 開基は稲葉貞通。開祖は単伝士印。慶長2年(1597年)創建。絹本著色稲葉一鉄像を所蔵する。東海派に属する。
麟祥院 - 開基春日局の菩提寺。開山は碧翁愚完(鍋島勝茂の子)で、寛永10年(1633年)ないし同11年(1634年)に建立された。創建当初は現在の花園高校の位置に敷地があったが、1897年(明治30年)に現在地へと移っている。春日局の父斎藤利三と親交が深かった海北友雪筆による方丈襖絵(西湖図、雲龍図、瀟湘八景図)を所有。元和年間(1615年 - 1624年)に後水尾天皇より拝領した釣殿が春日局の霊屋として境内にあり、小堀遠州によるものと伝わる同木像がある。東海派に属する。
大通院 - 開基は一柳直末。開山は妙心寺58世南化玄興で、天正14年(1586年)に建立されている。山内一豊夫妻霊屋がある。東海派に属する。
天球院 - 寛永8年(1631年)池田輝政の妹天久院が創建。狩野山楽・山雪らが描いた方丈障壁画152面あまりが重要文化財。東海派に属する。
相国寺慈雲庵の子建和尚による作庭と伝えられる枯山水庭園は「霊雲院庭園」として史跡・名勝に指定されている。
聖沢院 - 妙心寺四派のうち聖澤派の本庵。妙心寺18世天蔭徳樹が師の東陽英朝を勧請開山として、帰依していた土岐政房や細川氏の援助により大永3年(1523年)に創建した。一旦寺勢は衰えるものの、早川長政の援助を得て庸山景庸が文禄3年(1594年)に再興した。本堂、書院、庫裏および表門が1999年(平成11年)に京都府指定有形文化財となった。重要文化財・摩利支天画像のほか、片山尚影の十牛図や獅子図、狩野典信の麒麟図や竹林七賢図を所蔵する。
天授院 - 妙心寺二祖、授翁宗弼により康暦2年(1340年)に創建される。重要文化財・法華経譬喩品を所蔵する。東海派に属する。退蔵院
退蔵院 - 妙心寺三祖、無因宗因が波多野重通の援助により応永11年(1404年)に創建。日本の初期水墨画の代表作である如拙筆の国宝「瓢鮎図」を所有する(京都国立博物館に寄託)。霊雲派に属する。
慈雲院 - 開基は大阪の商人橘屋新兵衛、開祖は妙心寺194世湛月紹円。承応2年(1653年)に創建。1878年(明治11年)松濤庵及び寿仏寺と合併している。東海派に属する。 以上のうち常時一般公開しているのは退蔵院、桂春院、大心院のみ。 大心院と東林院は宿坊を併設しており、比較的安い料金で宿泊できる。宿泊には電話で空室があることを確認したあと、往復はがきでの正式な申し込みが必要である。