ペプチドマスフィンガープリンティング
上記のような質量分析によって直接得られる情報は、ピークリストと呼ばれる分子の質量電荷比の一覧である。この数値と Swiss-Prot や GenBank などの巨大データベース内の配列情報との比較検索が行われる。検索のためのソフトウェアは、データベース内のタンパク質配列を(未知のタンパク質を断片化した時と同じ方法、例えばトリプシンの切断規則をまねて)論理的に切断して断片を作る。この論理断片の質量が計算され、質量分析装置で実測されたピークリストの値との比較が行われる。比較の結果は統計的に処理され、一致する可能性のあるタンパク質が表として表示される。