上菅谷駅
駅舎側より、島式ホーム1面2線(1・2番線)と単式ホーム1面1線(3番線)、計2面3線のホームを持つ地上駅。ホームと駅舎間は中菅谷側にある構内踏切で結ばれている。構内には側線が並ぶ。駅出入口は東側(駅舎)1ヶ所のみで、市役所のある西側へは直接出入りできない。
直営駅であり、かつては管理駅として、本線の常陸青柳駅 - 常陸鴻巣駅間の各駅及び常陸太田支線の各駅を管理していた。2022年10月1日より、水戸営業統括センターに統合され、現在はかつて管理していた駅共々水戸営業統括センターの被管理駅となっている。みどりの窓口と簡易Suica改札機が設置されている。