南極地域観測統合推進本部
しかし、各省庁間の相互調整が必要になる事態が多々生じたため、南極本部事務局は、事実上の実施本部として機能することとなり、観測事業実施上のすべてのことに関与することになった。
1956年(昭和31年)4月1日、事務機構として大学学術局に南極本部事務室が開設された。
1970年(昭和45年)に国立科学博物館極地研究センターが設置されたことにともない、物資調達事務のほとんどが文部省から同センターに移管された。さらに、1973年(昭和48年)に同センターが改組されて国立極地研究所が新設されたことにともない、観測隊員の諸訓練に関する事務、観測隊との業務連絡事務等が同研究所に移管された。以後、文部省では関係諸機関との連絡調整、南極本部諸会議の運営、予算のとりまとめおよび移し替え事務、報道関係との対応などの事務を行うことになった。
なお、1974年に大学学術局が大学局と学術国際局に分割されたため、担当部局は学術国際局ユネスコ国際部国際学術課に変更された。中央省庁再編で文部省と科学技術庁が統合されて文部科学省となったのちは、文部科学省研究開発局が事務を所掌している(文部科学省組織令第9条)。
1976年(昭和51年)3月22日、「南極地域観測事業の将来計画基本方針」を策定した。以下の3点を基本とする。
学術的意義の高い科学調査研究を重点的に推進すること
南極資源及びその開発に関連する基礎的な調査研究を推進すること
科学調査研究の国際協力の強化及び調査研究地域の拡大を図ること
以後、南極本部では原則として5か年を1単位とする計画を策定している。
2000年(平成12年)6月14日には南極本部南極地域観測将来問題検討部会が「21世紀に向けた活動指針」をとりまとめている。