デストロイ オール ヒューマンズ!
夜な夜なロックウェルに緑色に光る牛が出没する。この牛はニンゲンの科学者がDNAを改造してうみだしたものであり、DNA改造するとエンドルフィンの質が落ちるというデメリットがあった。科学者を倒したクリプト137は博士の指示で、騒動が大きくなったロックウェルから隣のサンタモデスタ市へと移動する。
シナリオの改変について小堤は、前述の『ビーストウォーズ』や『幽霊城のドボチョン一家』などを例に出し、昔のアニメやドラマではごく普通に行われていたため、あまり大変ではなかったと話している。
キャストは演技力とキャラクターのイメージに合わせて割り振られたものの、最終的には人気声優やベテランを中心とした豪華な人選となった。 また、本作には『超生命体トランスフォーマー ビーストウォーズリターンズ』にて恋仲になるラットルとボタニカの日本語版吹替えを担当した山口勝平と田中敦子が参加しており、本作でも声優楽屋オチネタが入っている。
なお、2020年にWindows PC、PS4、Xbox One、2021年にニンテンドーSwitchで発売されたリメイク版は18才以上のみ対象となり、日本でもアレンジされることなく原語版に忠実な字幕入りで発売された。日本限定のプロモーション映像では、PS2版でクリプトを演じた山口勝平がアメリカ版に忠実な「パチモンじゃねえ正真正銘のクリプト様」としてナレーションを入れている。
ザッパー 前方に攻撃できる初期装備。当たったニンゲンは感電して悶える。 分解レーザー 前方に高威力のエネルギー弾を撃ち出す。当たったニンゲンは骨になる。 イチジクビーム チャージ式のビーム。当たったニンゲンは尻からエンドルフィンを放出して死亡する。 イオンランチャー R1ボタンを長押しして射程を調整し、射出後に任意のタイミングでR1ボタンを押すと爆発して周囲を吹き飛ばす。車両や建造物の爆破にも使用できる。
マジェスティックという秘密組織のエージェントたちの会話を盗み聞きしたクリプトは、組織がテレビ番組にサブリミナル映像を混ぜて洗脳しようとしていることを知る。洗脳によって、共産主義との戦争が起きるとニンゲンが減ってしまう。博士の指示で、クリプトはエージェントらの車を破壊して資料を焼くと共に、逆に母船から電波を流してニンゲンを洗脳しようとする。しかし、母船からの電波が強すぎて、ニンゲンたちは血を吹きだして弾けてしまう。
日本版ではその残虐性により、欧米版の内容でのソニー・コンピュータエンタテインメントによる発売承諾が不可能であったため、PS2版はシナリオを大幅に改変して15歳以上対象のバカゲーとして販売された。その際各種ムービーの映像を変更せずにセリフを欧米版とまったく無関係のものに変更するという、「声優無法地帯」と呼ばれたアニメ『ビーストウォーズ 超生命体トランスフォーマー』を彷彿とさせる手段がとられた。日本版のプロデューサーを務めた小堤正人はSEGA VOICEのインタビューの中で、山本を呼んだ理由について「自分の知り合いで専門分野に詳しい人を引き入れたら結果的にこのようなメンバーになってしまいました。」と話している。 また、普通のゲームと一味違うという雰囲気を出すため、主役のクリプト137の話し言葉は関西弁に設定された。小堤は本格的な関西弁ではなく、あくまでもそれに近い話し言葉だとしている。 また、クリプトが人間を襲う理由も大幅に変えられており、オリジナル版では自分のクローンを作るために人間のDNAを採取するという設定が用意されている一方、日本版では「天然もののエンドルフィンを採取する」という内容になっている。
クリプト137がゲーム中で使用する武装。死亡した人間から抽出したエンドルフィン(ゲーム内では通貨替わりになっている)を集めてアップグレードすることも可能。 ただし、クリプト137が姿を見せたり、一般市民への攻撃(エンドルフィン採取)を行うと警戒レベルが上昇し、クリプト137を攻撃する警官や秘密組織マジェスティックのエージェントが増える。