Microsoft Windows Embedded CE
CPUのネイティブコードでプログラムの実行ファイル(DLLまたはEXE)を作成する方法がネイティブコード開発である。ネイティブコード開発ではデスクトップPC用のWin32 APIのサブセットが利用可能である。またデータベースやリモートツール関連でCE独自のAPIも用意されている。文字列を使用するAPIはほとんどの場合UNICODEバージョンのみが用意され、ANSIバージョンも用意されているAPIはCランタイム系やWinsock関連など一部にとどまる。
Windows CEではこれまでに以下のCPUアーキテクチャがサポートされていたことがある。
MIPS系CPU - MIPS32、MIPSII、MIPSIIFPなど
ARM系CPU - ARMv4、ARMv4I、ARMv5、ARMv6、ARMv7
SuperHシリーズCPU - SH3、SH3DSP、SH4
PowerPC
x86 - x86、x86EM
これ以外に、CEFと呼ばれる仮想マシンコードを利用した開発が一時サポートされていたが、このコンセプトはCE 4.