木嶋坐天照御魂神社
境内は御室川右岸の低位段丘面上の東端にあり、双ヶ丘(双ヶ岡)の真南、広隆寺の真東に位置する。鳥居は、広隆寺の南門のほぼ真東にある。木嶋社は、その存在が文献上では古く大宝元年(701年)に見え、京都市内でも最古の神社の1つに位置づけられる。元糺の池の存在から文献上での祈雨記事との関連性がうかがえるほか、蚕養神社の存在から秦氏との関連性が見られ、また巨樹の社叢から古来の姿がうかがえることから、境内は京都の歴史上重要な遺跡であるとして京都市指定史跡に指定されている。
社殿はいずれも明治以降の再興。本殿は境内の中央北寄りの、やや高所に建てられている。本殿の東側には蚕養神社(こかいじんじゃ、東本殿)が鎮座し、「蚕の社」の通称は同社に由来する。これらの前に拝所・拝殿がある。
境内の北西隅には「元糺の池(もとただすのいけ)」と称する神泉があり、現在は涸れているがかつては湧水が豊富であったといい、現在も夏の土用の丑の日にこの泉に手足を浸すと諸病に良いとして信仰されている。伝承では木嶋社の社叢を「元糺の森」、神泉を「元糺の池」と称し、下鴨神社の森が「糺の森」と呼ばれるようになる以前、元々は木嶋社の社叢が「糺の森」と呼ばれていたとする。
また、『延喜式』神名帳に確認できる天照神のうち、尾張氏やその同族が祭祀に関与していたと考えられるのは、水主坐天照御魂神社・鏡作坐天照御魂神社・新屋坐天照御魂神社・天照玉命神社・粒坐天照神社の5社、対馬氏らによって奉祀されていたと考えられるのが阿麻氐留神社1社で、残りの木嶋坐天照御魂神社・他田坐天照御魂神社・天照大神高座神社・伊勢天照御祖神社の4社については史料も乏しく確認ができないものの、木嶋社は阿麻氐留神社の祭神・天日神命のように、対馬氏の祭祀した日神であったとする説もある。一方、木嶋社境内の三柱鳥居の方位が稲荷山・松尾山の冬至線、比叡山四明岳・愛宕山の夏至線に関係すると見て、境内の元糺の池に日が差すという構造から、朝鮮半島の日光感精型の信仰に基づく半島系の太陽神(日の御子)とする説もある。そのほか「ミムスビ」という神名から、境内の湧水によって穀物を生成するムスヒの神とする説もある。
このように古代の祭神の神格は不詳ながら、1883年(明治16年)の『葛野郡神社明細帳』では上記5柱の神名が記載されており、これらが現在まで継承されている。