営団5000系電車
その後、千代田線北綾瀬支線ワンマン運転化を控えた時期に、ワンマン対応改造が実施された。
保安装置には自動運転機能を持つATO装置を搭載し、運転台では防護無線機能付誘導無線装置の搭載や出発監視装置(車上モニタ装置)・ドア開閉スイッチや前灯点滅制御器などが新設された。
このほか、乗務員室と客室の仕切扉に電磁鎖錠機能を追加、客室の非常通報装置は乗務員と相互通話が可能な対話式へと変更した。さらに車体側面にホーム監視カメラを搭載し、誤動作を防ぐためにホーム側の側窓を固定式に改造した。その後、北綾瀬支線は2002年(平成14年)3月23日からワンマン運転を開始した。
このワンマン運転に対応させたアルミ車2編成(5951編成・5952編成)は、6000系1次試作車(6000-(ハイフン)車)とともに2014年(平成26年)に至るまで北綾瀬支線において運用されていたが、製造から47年経過していることから、2014年4月28日から運用を開始した北綾瀬支線用に改造された05系に置き換えられ、同年5月30日を以って引退した。営業運転終了後に『タモリ倶楽部』の収録で5951Fが2往復運転された。
1991年(平成3年) - 1994年(平成6年)度 - 非冷房車(189両)の本格廃車・残存車の冷房改造・一部廃車編成の東葉高速鉄道への譲渡を実施。
1999年(平成11年)11月 - 北綾瀬支線車両が東西線から転属のアルミ車に置き換え。編成中間に組み込まれる先頭車が消滅。
2000年(平成12年) - 冷房車の廃車開始。2004年度までに160両を廃車。
2002年(平成14年)3月23日 - 北綾瀬支線用車両のワンマン運転開始
2005年(平成17年)1月22日 - 東西線開通40周年および妙典駅開業5周年を記念して、ステンレス車でメモリアルトレインが運転されるとともに深川検車区で開業当時の装飾の再現を含む撮影会(詳細は別項)が開催された。
2006年(平成18年)- 廃車車両をインドネシアの鉄道公社 (PT Kereta Api) への売却開始。
2007年(平成19年)1月27日 - 東西線からの撤退が近づいたことに伴うイベントが開催される。
2007年(平成19年)1月29日 - 東西線最後のステンレス車(第59編成)が前面に「さようなら東西線5000系」ヘッドマークを装着して営業運転を開始。
2007年(平成19年)2月 - 東西線のアルミ車が廃車により消滅。
2007年(平成19年)3月17日 - 東西線での営業運転終了。
2007年(平成19年)4月22日 - 第59編成の売却でPT Kereta Apiへの売却終了。
2007年(平成19年)5月9日 - PT Kereta Apiでの営業運転開始。ジャカルタ首都圏の通勤電車で使用される。
2014年(平成26年)5月30日 - 北綾瀬支線での営業運転終了。
スキンステンレス車両は車体の老朽化等もあることから、6000系以降の車両に施工した大掛かりな更新工事は施工せず、置き換え時期を迎えた車両から順次廃車を実施した。
2次車の車両搬入は国鉄三鷹電車区(現・JR東日本三鷹車両センター)に搬入し、三鷹電車区の敷地を借用した飯田橋検車区三鷹出張所で受取検査・整備等を実施した。その後は中央線三鷹 - 日野間で試運転を行ったほか、一部車両は武蔵小金井電車区豊田派出(現・JR東日本豊田車両センター)に留置した。
この時期には1次車が法定検査周期を迎えており、重要部検査を日比谷線千住工場で施工するため、同工場まで国鉄線経由で自力回送された。この検査に合わせて1次車6編成のうち、4編成は同車庫で7両編成化された。出場試運転・新車の性能確認試運転は日比谷線終電後に南千住 - 上野間で実施した。
注 : 当時の法定検査周期は重要部検査は1年6か月または走行距離25万 km以内、全般検査は3年以内である。なお、国鉄線経由の回送ルートは三鷹電車区から中央線経由で新宿へ、そこから山手線(内回り)を経由して上野へ行き、さらに常磐線に入って北千住からは東武伊勢崎線に入り、日比谷線南千住駅へ回送するという複雑なルートとなった。
なお、東西線深川工場の発足は1968年(昭和43年)4月であり、それまでの東西線車両の定期検査については1967年(昭和42年)4月から1968年(昭和43年)3月まで同様の回送ルートで、竹ノ塚検車区(当時)で定期検査業務を実施した。
開業当時の5000系の編成を示している。
2007年現在運行中の編成を示している。