幸徳井家
以後、友種・友傳と幸徳井家出身の陰陽頭が続くが、後に泰重がこれを後悔して幸徳井家より陰陽頭の地位を取り戻そうとした。だが、泰重が失った信頼が回復できずに土御門家は不遇の時代を迎える。
だが、寛文10年(1670年)に土御門泰福が陰陽頭の地位のみならず、全国の陰陽師・声聞師の支配権を主張して陰陽頭だった友傳に相論を仕掛けた。友傳は興福寺の支援を受けてこれに抵抗するが、天和2年(1682年)に友傳が35歳で急死してしまう。後継者の友信は幼少であるために、土御門泰福が後任の陰陽頭に任じられ、翌年には諸国の陰陽師を支配・免許の権限が与えられて、幸徳井家が持っていた南都陰陽師の支配権も没収した。更に元禄2年(1699年)には友信に圧力をかけて、土御門家のみを陰陽道宗家として幸徳井家はその配下となることを誓約させられた。以後、幸徳井家は代々陰陽助として土御門家の指示のもとに暦注のみを管轄した(ただし、宝暦4年(1754年)に土御門家内部の混乱から幸徳井保暠が陰陽頭に任命された例外がある)。ただし、土御門家といえども幸徳井家と興福寺などの南都社寺との関係に直接干渉することは出来ず、南都社寺への日時勘申などは引き続き幸徳井家が担当している。
明治維新後、歴代中公卿を6名輩出した実績を根拠に華族への取立てを請願するも、明治政府より却下されている。その後、現代に至るまで消息は不明。なお、明治の社会主義者・幸徳秋水は幸徳井家の傍流の子孫とする説がある。