小松姫
天正17年(1589年)より、豊臣政権では諸大名の妻子を聚楽第、伏見城、大坂城の城下に建設された武家屋敷に居住させたが、小松姫もそれに従い信之の屋敷に居住したものと考えられる。小松姫が嫁いだ当時、信之はすでに真田信綱の娘(清音院殿)を正室に迎えていたが、その後の記録において清音院殿は「家女」と記され、側室待遇となっている。このことから信之と小松姫の婚姻以降に、城主とその家族の生活の場である「奥」を取り仕切る権利全般が小松姫に移されたと見られている。一方、歴史学者の黒田基樹は、そうした序列で表現するのは妥当か否かは再考の余地があるとした上で、政権本拠地に居住する小松姫が対外的な妻、信之の領国である上野国沼田城に居住する清音院殿が領国における妻としての役割を担ったのではないかと推測している。
信之には二女三男の子供がいたが、長男・信吉以外、長女・まん、次女・まさ、次男・信政・三男信重は、小松姫の所生とされている。なお、長男・信吉については清音院殿の実子とする説と、小松姫の実子とする説がある。
慶長5年(1600年)9月の関ヶ原の戦いの戦後処理の際、信之は家康の率いる東軍に属して戦功を挙げたことから従来の上野国沼田領(岩櫃領を含む)を安堵されたのに加えて、父・昌幸が治めていた信濃国上田領、弟・信繁の知行を加増された。これにより信之は8万4,000石または上田領(約6万5,000石)と沼田領(約3万石)を合わせ9万5,000石の大名として存続することになった。
西軍に属した昌幸と信繁は、信之と小松姫の父・本多忠勝や本多正信らの嘆願もあり紀伊国の高野山への流罪となったが、その後も信之は昌幸・信繁一行の援助、病気を患った昌幸の助命嘆願を繰り返した。また、昌幸から信之の家臣に宛てた書状の中で御料人(小松姫)からの音信に礼を述べる内容が記されていることから、夫と同様に小松姫も昌幸を気遣っていたことが推測される。
この後、家康は慶長8年(1603年)に征夷大将軍に就任して政務を執り行い、豊臣政権と同様に諸大名の妻子を政権本拠地に集住させたが、小松姫も江戸の大名屋敷に居住したものと考えられる。ただし、当初は信之の母・山手殿が江戸屋敷に、沼田城には小松姫が居住し、慶長18年(1613年)6月に山手殿が亡くなったことを受けて、小松姫が江戸の屋敷に移り住んだとも推測される。