海上護衛隊
駒橋、第4号海防艦、第14号駆潜艇
第50号海防艦 (特攻戦隊に転籍後、終戦時残存)
第26掃海隊、第112駆潜隊、伊勢防備隊
沖縄海軍航空隊 (1944年12月15日、第九五一海軍航空隊に編入)
水雷艇真鶴 (1945年3月1日戦没)
水雷艇友鶴 (1945年3月24日戦没)
第15号掃海艇 (1945年3月5日戦没)
特設砲艦富津丸 (1944年10月22日戦没)
沖縄方面根拠地隊 (1945年3月5日、佐世保鎮守府部隊に編入) 敷設艇燕 (1945年3月1日戦没) 敷設艇鴎 (1944年4月27日戦没) 大島防備隊 第43掃海隊 (1945年3月5日解隊、残存艇は大島防備隊に編入) 特設掃海艇第7博多丸 (1944年10月10日戦没) 特設掃海艇姫島丸 (大島防備隊に転籍後、終戦時まで残存) 特設掃海艇宝永丸 (1944年9月29日戦没) 特設掃海艇第8長運丸 (大島防備隊に転籍後、終戦時まで残存)
第49号駆潜艇 (特攻戦隊に転籍後、終戦時まで残存)
第58号駆潜艇 (特攻戦隊に転籍後、1945年5月22日戦没)
新葉亭造 少将:1944年4月10日- ※本職は沖縄方面根拠地隊司令官
大田実 少将:1944年9月30日- 1945年2月25日※本職は沖縄方面根拠地隊司令官
駒沢克己 少将:1945年2月25日- 1945年5月10日(第五特攻戦隊に改編後も留任)
第二海上護衛隊の担当航路は、トラック航路・トラック泊地~パラオ間と定められた。
1944年(昭和19年)2月17日にトラック環礁は大空襲を受けて基地機能が失われたため、航路の終点はサイパン島まで後退した(3月1日の大海指第340号により、トラック~パラオ航路を、サイパン~パラオ航路に改定)。また従来の第二海上護衛隊司令官はトラック泊地を拠点とする第四根拠地隊司令官との兼任だったが、この改定により在サイパンの第五根拠地隊司令官が二海護司令官を兼任することになった。
3月4日、日本軍は第四艦隊と第14航空艦隊をもって中部太平洋方面艦隊(司令長官南雲忠一中将)を新編(艦隊区分においては中部太平洋方面部隊)、マリアナ諸島の強化を企図した。 サイパン島航路は絶対国防圏強化のための重要航路とされ、第二海上護衛隊にくわえて連合艦隊の増援を得て松輸送の名の下で護衛および輸送作戦が行われた。輸送作戦はおおむね成功したが(護衛艦のべ64隻、加入船舶のべ100隻、損害3隻)、松輸送後におこなわれた第3530船団が大損害を受けるなど、被害を完全に食い止めることはできなかった。 6月にはサイパン島上陸に向けたアメリカ機動部隊による航空攻撃も加わり、担当航路は途絶した。第二海上護衛隊司令官の辻村武久少将はサイパン島の地上戦で戦死し、同島は7月6日に陥落した。7月18日付でサイパン島守備隊玉砕が公表され、中部太平洋方面艦隊と共に第二海上護衛隊も解隊された。