別府港 (島根県)
隠岐汽船と隠岐観光の2社が、それぞれフェリー及び高速船を就航させている。
かつては西ノ島南部・美田地区の波止港と西部・浦郷地区の浦郷港にも就航していた。現在は国道485号を通じて2005年に完成した西ノ島大橋が美田地区と浦郷地区への経路となっている。
中ノ島・菱浦港(海士町)
知夫里島・来居港(知夫村)