今井館
生前の内村が今井館を譲るつもりであった塚本虎二は、彼と断交を宣告していた。文書伝道の後継者と目されていた畔上賢造もまた、塚本と同時期に内村から離れていた。今井館で聖書集会を開催しようとした石原兵永に対しては、畔上をはじめとする全国の無教会関係者から中止を求める声が相次ぎ、短期間で集会を取りやめる事態となった。この間の議論の背景には、教会堂を持たないはずの無教会がどうして聖書講堂を持つのか、という根本的な問いかけが伏在している、とも言える。
自由が丘の地に遺された今井館の聖書集会の拠点としての機能は、その後、矢内原忠雄の聖書講義が行われたことによる。その矢内原もまた、「この会堂が今井館の名を継いだが今井館そのものでないと同じように、私も今井館の相続人でもなし、番人でもなし、貸していただいているだけの関係である」と強調している。現在、今井館教友会という名称の組織が聖書講堂と資料館の維持・管理にあたっているが、これは内村鑑三が生前に創始した教友会(1917年頃まで存続、内村が再臨運動に関わった時期に柏木兄弟団へ発展解消)と直接つながるものではなく、上述の経緯により、第二世代の時期に断絶が生じている。
2001年には、NPO法人として今井館教友会が登記された。
2020年末、自由が丘の地に遺されていた今井館聖書講堂・資料館は、新築移転のために解体された。