ペストの歴史
中央アジアでの流行は、現地に残された記録が乏しいため外部の観察者による記録に頼るところが大きい。一例を挙げれば、あるアラブ人が書いた報告書によると、1347年にペストがクリミア半島に上陸する前にユーラシア草原西部に位置するウズベクのある村々は流行によって完全に無人化したという。
近年、中央アジアの黒海周辺において、黒海の北に位置するロシアのライシェボで14世紀にパンデミックを引き起こしたペスト菌の祖先が発見され、黒海の東方に位置するキルギスのイシク・クル湖でもこの時期の痕跡が確認されており、中央アジアを発生源として世界に拡散したとする説が唱えられている。イシク・クル湖一帯には当時ネストリウス派キリスト教の信者が多く住んでおり、彼らの墓碑の解明によってペストの断続的な蔓延が立証されている。この地での自然宿主は齧歯類のマーモットと考えられている。
中国から中東、東欧にまで版図を拡大したモンゴル帝国によって、シルクロードの大部分がモンゴルの支配下に入った。そして、ジェノヴァ共和国の植民地だった黒海周辺国とイタリア商人との交易や、ジェノヴァの艦隊、モンゴル帝国による西域侵攻などが欧州への拡散を助長したと考えられる。中央アジアの風土病としてそれほど強い毒性ではなかったペストが、ユーラシアを横断して感染を拡大させていく過程で毒性の強いものに変異したことは充分に考えられる。
ペストは、交易を通じてユーラシア大陸に拡大し、1095年以降、7回におよんだ十字軍遠征もいっそう交易を活発化させて、ヨーロッパでは都市が発達するようになった。その際、戦利品や交易品にネズミがまぎれこんだため、都市部にペスト菌が大量に流れ込んだとみられている。このネズミは近代以降に大量発生したドブネズミではなく、体色の黒いクマネズミである。
感染すると、2日ないし7日で発熱し、皮膚に黒紫色の斑点や腫瘍ができるところから「黒死病」(Black Death)と呼ばれ、恐れられたペストの大流行がヨーロッパで猛威をふるったのは1347年から1349年にかけてのことであった。しかし、ペスト以外にも、幾種類もの感染症が存在したともいわれている。
カナダ出身の歴史家のウィリアム・ハーディー・マクニールは、「黒死病」と呼ばれるペストは、中国の雲南省地方に侵攻した元軍により、中国の雲南省〜ビルマから拡がったか、あるいは満州~モンゴル高原の草原に生息する穴居性齧歯類が感染源であろうと推測している。しかし、歴史家ウィンストン・ブラックによれば、2000年代から始まった当時のペスト犠牲者の人骨のDNA研究やペスト菌の遺伝子分析の結果から考えると中国起源説の可能性は低く、おそらく中央アジアが起源であろうという。現在のところ、中央アジア起源説と中国起源説(雲南〜ビルマあるいは満州〜モンゴル高原)が有力である。ただし、科学史家の村上陽一郎によって中東起源説も提起されている。
その後も、ペストは何度か流行しているが、17世紀は、14世紀とともに小氷期によりヨーロッパの気候が寒冷化し、ペストが大流行して飢饉が起こり、英蘭戦争や三十年戦争をはじめとする戦乱の多発によって人口が激減したため、人によっては「危機の時代」あるいは「17世紀の危機」と呼ぶことがある。イマニュエル・ウォーラーステインによれば、「17世紀の危機」は1620年代に始まって約1世紀つづく「近代世界システム」の収縮局面で、ヨーロッパを中核とする世界システムはこの間地理的にも交易量としてもほとんど拡大せず、重商主義政策と戦争によって世界の余剰を中核諸国が奪い合った時代である。また、アメリカ大陸からの膨大な銀の流入によって、「価格革命」と称される急速なインフレーションが生じ、生活費が2倍ないし3倍にも高騰したため、困窮する人びとが増え、彼らによってヨーロッパじゅうで暴動が発生した時代でもあった。
いっぽう、中国の歴史地理学者曹樹基によれば、16世紀から17世紀にかけての明末清初期の華北では、合計1,000万人がペストで死亡し、人口動態の面でも大変化があったとしている。
この時期、1663年にオランダでペストの流行があった。また、清教徒革命を経て王政復古後のイングランドでは1664年から翌1665年に流行した「ロンドンの大疫病」が有名で、46万と推定されるロンドン市民のうちおよそ7万人が亡くなっている。のちに『ロビンソン・クルーソー』を刊行して有名になったダニエル・デフォーは、『ペスト(疫病の年)』("A Journal of the Plague Year", 1722年)を著して当時の状況を克明に描写している。