日本丸 (安宅船)
このため、残りの2艘が大龍丸・小龍丸に比定され、大坂の陣に参加し、終結後に幕府が召し上げた。
なお阿波丸・豊後丸は慶長14年(1609年)9月の西国大名に対する大船没収で没収した大船の内、翌年閏2月に幕府より守隆へ阿波国の蜂須賀至鎮、豊後国の稲葉典通の大船2艘を与えられており、船名からもこの2艘に比定される。三国丸は鳥羽の船大工の記録『志州鳥羽船寸法』から、阿波丸は没収時に蜂須賀家が作成した目録から日本丸よりも大型か同等で、より新しいことが分かり、幕府は九鬼水軍の安宅船から比較的古く小型の2艘を召し上げた。
続いて寛永年間の江戸を描いた『江戸図屏風』内の船手頭向井忠勝が挙行した船行列には最大の船として、江戸幕府の船印と向井家の「む」の旗印を付けた大龍丸の姿がある(右画像3段目、図屏風の評価については後述を参照)。図屏風には関船天地丸(500石積み76丁立)も描かれているが、小龍丸・大龍丸はそれよりも大型で、安宅船時代の姿を描いている。寛永期に行われた船行列の内、寛永7年(1630年)6月25日と同12年(1635年)6月2日の船行列に大龍丸の名が確認できる。
その後、『寛文年録』記載の寛文2年(1662年)6月10日の船行列では大龍丸の櫓数が60丁立になっている。延宝8年(1680年)の鳥羽城関係の史料に公儀の船として「大竜丸五拾挺立陣船」とあり、以上に従えば大坂夏の陣までは九鬼家の持ち船だった日本丸は、豊臣家滅亡後に幕府の持ち船となるまでに大龍丸へ改名され、幕府の手で縮小改造された後に内藤家へ預けられたことになる。
これに対して鈴木かほるは安宅丸の建造記録に釣鐘の船印があることから、安宅丸用に新調されたものとして石井の説を支持しているが、これは以前からあった船印を安宅丸建造に合わせて新たに作り直したと見るべきである。
なお、『寛政重修諸家譜』には天正10年(1582年)6月の神君伊賀越えの際に、家康を出迎えた酒井重忠が船上に金の釣鐘を家康の船印として掲げたとあり、この頃から徳川家の船印だった。重忠はこの時に船印を与えられ馬印にしたとあるが、寛永頃に作成された『御馬印』内の重忠の子酒井忠世の項には釣鐘の馬印は描かれておらず、これ以前には徳川家の船印へ復帰していた。また、100艘程で行われたこの船行列について、『視聴日録』には天地丸前方に徳川御三家の徳川頼房や老中土井利勝(西丸付)・酒井忠勝(本丸付)、徳川四天王の孫で当時の藩主の子本多政朝・井伊直寛といった徳川家・幕府の重要人物が座乗した大龍丸がいたとあり、『江戸図屏風』の構図と一致する。