アルファ・コンデ
6%の得票で敗れた。次いで1998年の選挙にも出馬したが、コンテの56.1%、ママドゥ・ボイェ・バの24.6%に次ぐ3位に終わった。
同年12月16日、コンデは政府によって反政府暴動の計画および不法出国の準備をしたとの理由で逮捕された。コンデの裁判は1999年9月に開始される予定であったが、2000年の4月にまでずれこんだ。この裁判は9月中旬に結審し、コンデは懲役5年の判決を受けた。しかし、2001年5月にはコンテ大統領によって恩赦を受け、政治活動の停止を条件に釈放された。釈放後コンデはフランスへと出国したが、2005年4月には再びギニアへと戻った。
2008年12月23日にコンテ大統領が死去すると同時にムサ・ダディス・カマラ大尉によるクーデターが発生し、ギニアは民主主義と発展のための国民評議会(英語版)(Conseil National de la Démocratie et du Développement、CNDD)による軍事政権となった。コンデは軍事政権のメンバーと面会し、クーデターは愛国者によるものであるとして一定の評価を与えたが、その後カマラ政権はコンデを批判し、コンデも独裁化するカマラ政権に批判を強めていった。