マツモトキヨシ
ドラッグストア事業が中心であり、売上高の9割以上を占める。2005年8月からはドラッグストアのフランチャイズ展開を始めたほか、2006年3月にはエキナカ向けの新型店舗、2010年7月には、株式会社ローソンとの共同開発店舗を出店している。
1990年代まで、創業地の千葉県松戸市小金地区(旧東葛飾郡小金町)やその周辺(流山市、柏市)では、ドラッグストア事業だけではなく、スーパーマーケット、ホームセンター事業や現在でいうコンビニエンスストア事業(ベンリー)を展開する多角経営かつドミナント戦略により、小金・柏界隈で高密度出店を行っていた。1990年代後半にドラッグストアに一本化してからはやや弱まったものの、同地域では依然多数の出店が見られる。
スーパーマーケット事業(屋号は「スーパーマツモトキヨシ」、または「マックス」)
ホームセンター事業(屋号は「ホームセンターマツモトキヨシ」)
コンビニエンスストア事業(屋号は「ベンリー」。1996年4月にコンビニエンス部門を廃止し、コンビニエンスストア12店舗を薬粧部門に吸収している)
ディスカウントストア事業(屋号は「ディスカウントBOX」)
スーパーマーケット事業は、競争激化に伴い2006年8月20日をもって完全撤退した。スーパーマーケットの店舗は、その多くがドラッグストアに転換しているが、「おっ母さん食品館」(ドラッグストアと共存している店舗あり)、ちばコープ(現:コープみらい)、コモディイイダ、つるかめランド(現・マックスバリュエクスプレス)に転換した例もある。
2022年2月1日からはマツキヨココカラ&カンパニーグループ内におけるポイントカードの相互使用開始に伴い、ココカラファインヘルスケア(ココカラファインなど)の店舗でもポイント付与が可能となり、前述したポイントサービスの統合に伴い、2023年6月1日からはココカラファインヘルスケア(ココカラファインなど)の店頭でもポイント利用が可能となった。
「メンバーズクレジットカード」については、カード保有者が3年以上クレジットでの利用が無い場合はカード有効期限更新後の新カードの発送が不可となる為、特に現金ポイントカードとして使用している場合は注意が必要である。この場合、カード有効期限月の3ヶ月前に案内ハガキが送付され、希望により、店頭で「マツモトキヨシメンバーズクレジットカード」から「マツキヨココカラポイントカード」へのポイント移行が可能となっている。