パラグアイ戦争
しかしポルトガルとスペインはその結果に満足せず、その後数十年間、境界線を新たに画定したり廃止する条約が相次いで締結された。両国間で締結された最終協定である1801年のバダホス条約は、マドリード条約から派生した1777年のサン・イルデフォンソ条約の適用範囲を再び調整した。
領土紛争は1810年代にラテンアメリカの独立に伴いリオ・デ・ラ・プラタ副王領が崩壊し、アルゼンチン、パラグアイ、ウルグアイ、ボリビアなどの新生国が独立してさらにひどくなった。これら新生国は、ほとんど外部に知られていない奥地の領土をめぐって争っており、紛争の対象となった地域は大体人口が少なかったり、特定の国家に服属されないまま白人の定着地をたびたび襲う反抗的な土着部族が居住していた。パラグアイの立場では、植民時代の末期にスペインとポルトガルを悩ませ、混乱させた争点、つまりアパ川(英語版)とブランコ川(英語版)を隣接する大国ブラジルとの境界線にするかどうかが問題だった。
政治的にはブラジルに従属することになり、以後この二国の強い影響を受けることになる。
ブラジルはこの戦争で5万人近い死傷者を出した。前線で戦った兵士は黒人兵が主であり、アルゼンチン人の共和思想との接触などの影響もあった。そして戦争で活躍したカシアス公が軍の主導者となって、今日まで続く政治における軍部の影響力の強化が始まる。こうした要素が合わさってブラジルの政治は戦時中から戦争終結後に奴隷制を廃止する方向に動き、1888年の黒人奴隷制度の廃止と、それに伴う1889年帝政そのものの終焉につながることになる。この戦争での時価で30万ドルにも達する莫大な戦費をイギリスから借りたため通貨不安が発生し、より一層イギリスに対する従属的な姿勢をとることになった。
1975年12月、ブラジルのエルネスト・ガイゼル大統領とパラグアイのアルフレド・ストロエスネル大統領はアスンシオンで両国間の友好協力条約を締結した。これによりブラジル政府はパラグアイ戦争当時に略奪した戦利品の一部をパラグアイに返還したが、公文書や大砲などは依然として返さなかった。
ウルグアイでは戦後、ブラジル・アルゼンチンによる内政介入が和らぐことになるが、ウルグアイ軍はパラグアイ軍との戦いで大きな損害を受け、パラグアイから得たものは何もなかった。