トラック島空襲
海軍側は「マリアナ、カロリンの線さえ確保していれば、それ以西に敵機動部隊の行動は許さぬつもりだ。海軍としてはマリアナ~トラックでやれば勝ち目があるが、後に下がれば勝ち目はない。もしトラックを失えば、戦局はフィリピンに移る。トラックが敵機動部隊と潜水艦の基地になれば、日本側の損害は三倍になる。またトラックを日本側が保持していれば、メジュロやクェゼリンに対する奇襲も可能である」として、ひきつづきトラック泊地の確保を強調した。 結局、トラック地区もマリアナ地区も「是非とも確保する必要がある」との結論に至った。陸軍省側では、トラックどころかマリアナの強化も怪しいと判断し、陸軍だけでも本土防衛の強化をはじめようという機運も生まれた(マリアナ放棄論)。さらに陸軍軍務局長佐藤賢了少将のように、マリアナ・カロリンを放棄してフィリピンで最終決戦を行おうという意見も出た。
また、海軍丁事件は軍と政治中枢にまで大きな影響を与えた。2月19日、内閣改造の一部として運輸通信大臣(船舶担当)は八田嘉明から五島慶太に交代した。2月21日、参謀総長杉山元と軍令部総長永野修身が共に更迭される。陸軍大臣を兼務していた内閣総理大臣東条英機、海軍大臣嶋田繁太郎がそれぞれ兼務するものとされた。これにより、統帥権独立の観点から分離されていた軍令系統(参謀総長・軍令部長)と軍政系統(陸軍大臣・海軍大臣)が、慣例を破って兼務される異例の状態が生じた。首相も兼ねていた東條英機に権力がさらに集中したため、「東條幕府」と揶揄された。
2月12日、駆逐艦浜波(第32駆逐隊)は特務艦3隻(佐多、日朗丸、神風丸)を護衛してトラック泊地を出発、パラオへ向かった。
2月13日(一部資料では15日)、五五一空の天山と物件揚陸を終えた空母海鷹と護衛の第6駆逐隊(響、電)はトラック泊地を出発した。
2月15日、駆逐艦山雲(第4駆逐隊)は輸送船「浅香丸」を護衛してトラック泊地を出発した。
2月16日、応急修理を終えた軽巡洋艦阿賀野(第十戦隊)は駆逐艦追風と第28号駆潜艇の護衛でトラックから日本本土へ出航した。 阿賀野隊は、空襲の支援のためトラック近海を行動していたアメリカ潜水艦スケートに発見された。夕刻、スケートは雷撃を行い、阿賀野に魚雷2本が命中した。翌17日未明、阿賀野は沈没した。護衛艦2隻は阿賀野の生存者の救助をおこなった。16日夕刻、阿賀野救難のため軽巡洋艦那珂(第十四戦隊)がトラックから出航したが、阿賀野沈没の連絡を受けてトラックに引き返した。
連合艦隊司令長官の撤退により、トラック地区の最高責任者は第四艦隊司令長官小林仁海軍中将(内南洋方面部隊指揮官)となった。
しかし、トラック環礁在泊の各種補助艦船(駆逐艦、特務艦、輸送船)には、米軍攻勢の予兆は知らされていなかった。1944年2月の時点で、日本軍のシーレーン防備を担当していたのは海上護衛総司令部(1943年11月15日新編)であった。海上護衛総司令部の初代司令長官及川古志郎海軍大将(海兵31期)は海軍大臣や軍事参議官を歴任しており、連合艦隊司令長官古賀峯一海軍大将(海兵34期)よりも先輩格である。さらに海上護衛総司令部は天皇の直属部隊であり、連合艦隊と同列・同格・同等の立場であった。 船団護衛作戦に関し、海上護衛総司令部は連合艦隊所属の軽空母や駆逐艦を臨時に指揮した。一例として、前年12月3日には空母千歳と第16駆逐隊(天津風、雪風)が海上護衛総司令部の指揮下に入った(1944年2月7日まで)。1944年2月4日、第二艦隊・第二水雷戦隊の駆逐艦藤波(第32駆逐隊)は、海上護衛総司令部麾下の第二海上護衛隊の指揮下に入った。
2月11日、第十三航空艦隊隷下第五五一海軍航空隊の天山26機が空母海鷹によりトラックに到着した。天山は楓島に配備された。零戦は竹島に配備されていた。 陸軍第52師団の第二次輸送部隊(歩兵第69連隊第二大隊、歩兵第150連隊、戦車・砲兵など重機材、兵員など9000名余)をトラック泊地へ輸送中の第3206船団部隊(駆逐艦藤波、輸送船5隻)は、14日にグアム島東方で連合艦隊主力部隊とすれ違ったが、情報を与えられなかった。
アメリカ軍の艦船には、空母1隻が損傷したほか、大きな損害は無かった。日本側は空戦で撃墜36(不確実5)、地上砲火撃墜17(不確実4)を記録した。実際の米軍損失航空機は戦闘機12機、急降下爆撃機6機、雷撃機7機であった。機動部隊艦載機は、500キロ爆弾369発、250キロ爆弾498発、航空魚雷約70本を投下したという。一方的な結果に、アメリカでは真珠湾攻撃の復讐を果たしたと言われた。日本軍は現地航空部隊の報告からブーゲンビル島沖航空戦やマーシャル諸島沖航空戦で相当数の米空母を撃沈したと期待していたが、一連の米機動部隊作戦行動をみて「正規空母沈没ノ算ナシ、「インディペンデンス」一~二廃艦又ハ沈没(3月10日、軍令部)」と判定せざるを得なくなった。日本側は撃墜された米軍機の捕虜から、作戦参加艦船の情報を入手した。
トラック島空襲の直前、海軍作戦本部長アーネスト・キングは、マリアナ諸島とペリリューに加えて、トラックを含むカロリン諸島の占領を提言していた。キングは島伝いに制海権を確立していく飛び石戦略の支持者であった。これに対して、第5艦隊参謀長ムーア大佐はトラック島空襲が完了して艦隊がクェゼリン環礁へ帰還した後、自分の考えを覚書にしてスプルーアンスに提出している。それによれば、日本は今後トラックを中枢の海軍基地として使用する意図は無く、アメリカにとっても脅威ではなくなっており、両国とも戦略的価値を見出していない、という内容であった。また、同島は多数の守備隊により厳重に防備されており、上陸作戦には非常な損害が予想されると見積もっている。