金子氏
しかしそれも束の間、羽柴秀吉による全国統一へ向けた四国攻めが始まった。天正13年(1585年)秀吉配下の小早川隆景率いる毛利軍は瀬戸内海を渡り新居に上陸し、これを金子元宅は配下の武将を従えて迎え撃つ(天正の陣)が、圧倒的な兵力の差の前に野々市ヶ原の戦いで討ち死にした。弟の対馬守元春に託された金子城も落とされ、約330年にわたる伊予金子氏の新居郡における歴史は幕を閉じた。
金子氏居館跡には1618年(元和4年)に、天正の陣を生き延び出家した金子元春により歴代城主や武将を弔う菩提寺として慈眼寺が建立され、今に至るまで守られ続けている。また僅かに残った一族は長宗我部元親に保護され、徳川幕府による大坂夏の陣において豊臣方につくが敗れ、その後は九州天草の地に根付いたとも云われている。また、土佐山内氏に仕え、後に商人となった一族の末裔に鈴木商店の番頭として辣腕を振るった金子直吉が出ている。