アチェ独立運動
この決定に不満を持ったアチェ人勢力は武力闘争を開始し、ウラマーのリーダーであり軍政長官だったダウド・ブルエを首班として1953年にインドネシア共和国から離脱し、ジャワ島西部を中心にイスラム国家の成立を目指すダルル・イスラム運動が1949年に興したインドネシア・イスラム国に加わると宣言した。
ダルル・イスラム運動が劣勢になった1955年には「インドネシア・イスラム国アチェ構成国」として独立を宣言したが、1960年にスマトラ島で起きた反スカルノ勢力による反乱によって作られたインドネシア統一共和国への参加を宣言した。しかし、翌1961年にはインドネシア統一共和国は鎮圧され、ブルエは「アチェ・イスラム国」として再び独立宣言をすることになる。
中央政府はアチェ人の抵抗運動を鎮圧する一方で妥協案を出し、1959年にアチェを大幅な自治権をもつ特別州として復活させた。ブルエはアチェ特別州へのイスラム法の適用などを条件として和平を受け入れ、1963年に投降した。