北条義時
大内裏焼失をうけて後鳥羽上皇は幕府を含む各方面に再建のための賦課を求めた。しかし公家・寺社・武士のいずれも非協力的であり、上皇は幕府に対する不満をつのらせた。承久3年(1221年)5月14日、城南寺の仏事守護と称して諸国の兵を招集すると、院政内の親鎌倉派を粛清して義時の京都代官伊賀光季を殺害し、挙兵した。15日、義時追討の官宣旨が全国に発布され、諸国の守護人・地頭たちに、上皇の元に馳せ参じるよう命が出された。義時は生涯最大の難局に直面することになる。
宣旨には義時の名のみしかなく、幕府そのものを倒すとは明言されていなかったが、政子は幕府全体への攻撃であるとして頼朝以来の恩顧を訴え、御家人達を団結させた。また、北条氏に次ぐ有力御家人である三浦義村が早くから義時支持の姿勢を明確にした。幕府首脳による軍議では慎重論も出る中、大江広元の「防御では東国御家人の動揺を招く」という意見と政子の「上洛しなければ勝ち目はない」という言葉により、京への出撃方針が一旦決定した。伊賀光季戦死の報告を受けた幕府は再び動揺したが、広元と三善康信が再び進撃を強く主張したことで再度京攻撃の方針が決まった。義時は嫡男・泰時を総大将として東海道から京都へ向けて軍勢を送り、次男・朝時、弟・時房を大将軍として北陸・東山の三道から京へ上らせた。幕府首脳部の積極作戦が功を奏し、東国武士たちが続々と動員令に応じて、総勢19万の大軍となって都へ攻め上った。道中、信濃国の武士市河氏が北陸道の大将軍朝時の到着を待たず積極的に進軍し、越後・越中の境、親不知付近を突破して前進すると、義時はただちにその功を賞して「一人も残らず殲滅せよ。
この義時の前世からの果報は王の果報に勝っていたのだ。この世に報われる善行が一つ足りなかったために、卑しい身分に生まれたに違いない)」と述べたとされている。
敗北した後鳥羽上皇は宣旨を撤回した上で、倒幕計画は自分の考えではなく近臣が勝手に起こしたものであると弁明したが、幕府は乱の首謀者たる後鳥羽上皇以下に対して極めて厳しい態度を取り、後鳥羽上皇は隠岐島、順徳上皇は佐渡島に配流された。倒幕計画に反対していた土御門上皇は自ら望んで土佐国へ配流された(後に阿波国へ移される)。後鳥羽上皇の皇子の雅成親王、頼仁親王もそれぞれ但馬国、備前国へ配流となった。在位70日余りの懐成親王(九条廃帝。明治時代に仲恭天皇と諡)は廃されて新たに後堀河天皇が立てられ、親幕府派の公家・西園寺公経らを中心として朝廷の再編成が行われた。上皇側に与した武士の処分は最も厳しく大半が斬罪され、貴族も処刑・流罪・解官となった。後鳥羽上皇の莫大な荘園は没収され、後高倉院に寄進されたが最終的支配権は幕府が握っていた。公家政権の監視にあたる出先機関として京都守護にかえて六波羅探題が新たに京都に設置された。京方の貴族・武士たちの所領3,000か所はすべて幕府に没収され、新たに東国武士たちが恩賞として地頭に任命された。
この勝利により、朝廷と幕府の力関係は逆転し、幕府の影響力は日本全体に及ぶこととなった。一方で幕府には公家や寺社、非御家人、そして朝廷からの利害調整の要望に対応する必要が生まれ、御家人の保護組織に過ぎなかった幕府が武家政権として成熟していくこととなる。