モバイルSuica
クレジットカードでのネットショッピングなどでは通常、名義人・カード番号・有効期限・セキュリティコードなどを照会する。モバイルSuicaシステムではカード番号と有効期限の2つしか照会しておらず、モバイルSuica会員とクレジットカード会員の名義の確認も行っていなかった。このためカード番号と有効期限を何らかの方法で視認すれば、他人のカードで会員登録が可能であり、実際にこの不備を悪用して会員登録した第三者がクレジットでチャージを繰り返した。
被害はカード65枚分でおよそ1000万円としており、最も多い額では1日で30万円を使ったケースもあった。2007年(平成19年)11月にこの事件が報道され、JR東日本は警察に被害届を提出するとともに、セキュリティ体制の確保、1日あたりのチャージ上限を4万円とするなどの対策を取った。またクレジットカードは複数のモバイルSuica会員の決済に使用できない措置をとったため、すでにモバイルSuica会員であれば同様の被害は起きないという。
また、モバイルSuica特急券を取扱う新幹線各駅で在来線改札を通過する場合、自動改札機設置箇所ではそのままタッチして通過できるが、Suicaエリア外の新幹線駅で自動化されていない改札口では駅係員に申し出て通過する。
モバイルSuica特急券で予約した列車の変更は、その列車の出発前であれば手数料なしで何度でもできる。カード決済処理は、「新規購入決済→無手数料による全額払戻」という手順で行われる。また、決済にデビットカードを使用している場合、同カードの「後日のバッチ処理でない限りは即時決済」という特性から、変更のつど払い戻しおよび新規購入の決済が行われるため、一時的に口座残高が目減りする。予約の取り消し(払い戻し)はその列車の出発前であれば320円の手数料で可能である。なお2015年(平成27年)3月14日に開業した北陸新幹線長野-金沢間は、JR西日本管轄となる上越妙高以西についてもモバイルSuica特急券が導入された。JR西日本管轄区間のみのモバイルSuica特急券も発売する。JR東日本以外でモバイルSuica特急券が利用できる初のケースとなった 。また、2016年(平成28年)3月26日に開業した北海道新幹線新青森-新函館北斗間でもモバイルSuica特急券の利用が可能となった。JR北海道管轄区間のみのモバイルSuica特急券も発売されている。
2020年3月14日開始の「新幹線eチケットサービス」(モバイルSuicaだけではなく、交通系ICカード全般にサービスを拡充)にサービスが移行され、「モバイルSuica特急券」としてのサービスは2020年3月13日をもってサービスを終了した。
通信機能を使って、モバイルSuicaに搭載可能な定期乗車券・普通列車グリーン券・新幹線特急券を購入することができる。決済は会員登録時のクレジットカードで行い、ストアードフェアによる決済はできない。
Suica電子マネーの利用などで貯まったJRE POINTをモバイルSuicaにチャージできるサービスである。JRE POINTの会員サイトにあらかじめモバイルSuicaの情報を登録した上で、交換申し込みを行う。JRE POINT1ポイント=1円としてチャージできる。なお、Suicaポイントは100ポイント以上10ポイント単位でチャージ可能であった。
モバイルSuicaアプリをインストールする時に、FeliCa領域が分割されて約82パケット通信する。この時の通信料は定額サービスの上限の対象にならない。
インストール時にSuica専用領域(エリア1、137ブロック)が作成される。モバイルSuicaを退会してアプリを消去してもFelicaチップ上に専用領域が残るため、auショップなどでFelicaチップのメモリをクリアする必要がある。この際に他のアプリ(エリア0)のアプリ、登録情報も消去される。
機種変更時には、モバイルSuicaアプリ上で機種変更手続を行なったうえでモバイルSuicaアプリを消去しておかないと、auショップでのEZ FeliCaデータ一括移行サービスを受けられない。