NX海運
定期航路は、日本通運の内航海上輸送部門を担うものとして運航されている。なお、いずれの航路もコンテナ積載や他の航路への中継輸送が可能となっている。
あかしあライン(北海道 - 東京 - 大阪 航路) 航路 : 東京港 - 大阪港(一部便) - 苫小牧港・釧路港 使用船舶 : 「ひまわり7」・「ひまわり8」・「ひまわり9」
東京から苫小牧へは週5便、釧路へは週1~2便(うち大阪経由苫小牧・釧路へ1~2便)運航している。 2001・2002年頃、「あかしあ・えりもライン」として十勝港を経由していたが、現在は経由していない。 かつておやしおラインと称する大阪港・玉野港・高松港 - 石巻港 - 苫小牧港・釧路港を結ぶコンテナ船航路を就航させていた。 2012年4月よりあかしあラインの「ひまわり3」を関西延航(東京~苫小牧~釧路~東京~大阪~高松~東京)させ、あかしあライン航路に統合している。なお、2015年4月より高松寄港を中止している。 2012年7月より、あかしあラインの運航について栗林商船と提携輸送(スペースチャーター)している。
くろしおライン(東京 - 九州・瀬戸内航路) 航路 : 東京港 - 宇野港・岩国港・徳山港・博多港 使用船舶 : 「ひまわり5」「ひまわり6」・「さんふらわあ とうきょう」「さんふらわあ はかた」 ※斜字は商船三井フェリーが運航。
2003年より商船三井フェリーと共同運航を開始、翌年から週6便のデイリー運航。 かつて2003年頃まで、「瀬戸内ライン」の愛称を持つコンテナ専用船による東京港 - 瀬戸内航路を運航していた。就航船 : 興徳丸。実質、くろしおライン航路に取り込まれる形にて、2003年半ばには休航となっている。