飛騨萩原駅
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面1線、計2面2線のホームを持つ地上駅。1番線が下り本線(単式ホーム)、2番線が上り本線。2023年9月まで2面3線で3番線まであったが、3番線の信号機は撤去されている。その代わり高山方面から下り本線への進入、進出ができるようになった。1番線から上り方面へ本線と平行して保線車両用の引込線あり。その他、屋根付きの跨線橋や島式ホームの待合室、駅舎から跨線橋までの屋根がある。木造駅舎を有する。
萩原町観光協会の職員が業務を担当する簡易委託駅で、下呂駅が当駅を管理している。2012年3月31日までは東海交通事業の職員が業務を担当する業務委託駅で、みどりの窓口が設置されていた。駅舎設備は木造で、待合所、自動販売機が設置されている。自動券売機や自動改札機はない。
2006年(平成18年)5月21日に平成時代の皇室来賓行事の第57回全国植樹祭記念式典が下呂市萩原町で開催された。式典終了後、明仁天皇・美智子皇后が当駅から乗車するため、これに合わせて駅舎等の色直しがされた。