野辺地戦争
弘前藩は7月13日の段階で奥羽越列藩同盟脱退を藩内に通知し、15日に久保田藩に続き同盟を脱退していた。その際、仙台藩からの使者を殺害したために領内が戦場となった久保田藩の失敗は踏襲しなかった。その上、脱退以降も列藩同盟とは公然と敵対しないよう弁解を用意し、中立の立場に自らを置いた。
実際には新政府側への支援として久保田藩に出兵(補給、医療部隊)していたが、そのことを8月14日に盛岡藩新渡戸伝蔵に詰問されるも「事実無根」と否定した。一方で列藩同盟側の庄内藩へも援兵し、弘前藩へは攻め込まないよう盛岡藩に対して依頼をさせることに成功した。
7月16日には深浦港に停泊していた庄内藩の船を金輪五郎ら奥羽鎮撫隊の直属兵士と久保田藩士が接収する事件が起きた。これは弘前藩からの援軍要請を受けて庄内藩が派遣した船で、200挺の新式銃を積んでいたが、弘前藩は受け取りを拒んで通報したものであった。「東征日記」によると接収された200挺の新式銃のうち100挺は久保田藩に、残りは本荘藩や新庄藩、亀田藩に分配したとある。
ここで、盛岡藩としては自らの掴んでいる久保田藩への援助疑惑と、列藩同盟側に味方していること、一方では約束を違えて久保田藩に出兵していることといった矛盾と直面することになって困惑する。
一年後の明治2年(1869年)の11月6日、戦闘による放火を受けた馬門村に弘前藩から二名の使者が来訪した。弘前藩士らは対応した馬門村庄屋に「戦闘は本意ではなく、佐賀藩からの圧迫を受けてやむなく侵攻したが、それだけに馬門村の村民が気の毒でならない。弘前藩は償いとして米30俵、材木200石、すだれ1戸あたり10枚を支給したい」と被害にあった64戸、寺院1件への賠償を提案した。だが、庄屋の川村六次郎は丁重に断り、「この手厚い賠償が我が藩と他藩との前例となると、久保田藩との戦闘で同様に放火を行った盛岡藩にとって後難となる恐れがある」との理由を述べた。この対応は評判となり、争いがあった藩境の村ゆえに藩から隠密が派遣されていたのだという噂がたったほどであった。