デストロイア
元々は25億年前、地球上に酸素がほとんど存在しなかった先カンブリア時代に生息していたとされる微小生命体の一種。東京湾海底の原始地層中で眠っていたが、1954年に芹沢大助博士がゴジラを抹殺する際に使用したオキシジェン・デストロイヤーで周囲の環境が無酸素状態となったために復活したうえ、その約40年後の1996年に東京湾横断海底トンネル建設工事で地層が掘り起こされたことにより、急速に酸素の存在する外気に触れる環境下に置かれたことから、酸素を含む現代の大気に適応するために異常進化を遂げ、怪獣化した。
劇中での命名者は物理化学者の伊集院研作。