弥生時代
狩猟・漁労生活から農耕生活へと生活環境を一変させた変革こそ形質を変えることになったと理解した。
一方、1960年代になると金関丈夫が、山口県土井ヶ浜遺跡や佐賀県の三津永田遺跡などの福岡平野の前・中期の弥生人骨の研究から、弥生時代の人の身長は高く、さらに頭の長さや顔の広さなどが大陸の人骨に近く、縄文時代人とは大きな差があると指摘し、縄文人とは違った人間が朝鮮半島からやってきて、縄文人と混血して弥生人になったと考えた。また、埴原和郎は、アジア南部に由来する縄文人の住む日本列島へ中国東北部にいたツングース系の人々が流入したことにより弥生文化が形成されたとの「二重構造モデル」を1991年に提唱した。埴原は、人口学の推計によれば弥生時代から古墳時代にかけて一般の農耕社会の人口増加率では説明できない急激な人口増加が起きていることから、この間、100万人規模の渡来人の流入があったはずだとする大量渡来説も提唱していた。しかし、1996年頃より、炭素年代法と、年輪年代法により、弥生時代の開始時期が大幅に、早くなった。古い弥生時代の開始時期よりも数百年弥生時代の開始時期が早くなっているため、埴原の仮説、計算は根拠を失っている。
佐原真は福岡平野・佐賀平野などの北九州の一部で、縄文人が渡来人と混血した結果弥生文化を形成して東に進み、混血して名古屋と丹後半島とを結ぶ線まで進み、水稲耕作が定着したとしている。
また丸橋賢は、弥生人の形質は生来的に退化し易い形質で、「食生活の向上」による咀嚼の減少が咀嚼力の退化に繋がり、それが結果的に日本人の生命力自体の退化に繋がったとしている。
そもそも弥生人は単一民族ではなく複数の系統が存在するという見方もある。
また、福岡県筑紫野市の永岡遺跡では、右腕外側の骨を骨折し、さらに額から右眼にかけて致命的な傷がある男性人骨が検出されているが、右腕の骨折は武器による攻撃から身を守る際につけられた「防御創」と考えられ、それでも防ぎきれず顔面に致命傷を受けたと考えられている。
山口県下関市豊北町(旧豊浦郡豊北町)土井ヶ浜の土井ヶ浜遺跡における弥生時代前期の墓からは、埋葬人骨の胸部から腰部にかけて、15本の石鏃が検出された例があり「英雄の墓」などと呼称されている。多くの石鏃が胸部付近に集中して見つかる墓の事例は、瀬戸内海を中心とする西日本一帯に比較的多く見られる。
これまでに確認されている殺傷人骨事例は成人男性のものが圧倒的に多く、戦闘に参加するのは主に男性であったと見られているが、長崎県平戸市根獅子遺跡(ねじこいせき)や上述の福岡県筑紫野市永岡遺跡では、武器で受傷した女性人骨も見つかっており、女性も戦闘に参加する機会があったと考えられている。また筑紫野市の隈・西小田遺跡では、甕棺内に頭部を切断され胴体だけが埋葬されていたと考えられる事例が見つかっており、戦闘の際に敵に首を切られた死体を持ち帰り、埋葬したものと理解されている。
弥生時代の始まりをいつの時点とすべきかは、諸説ある。
そもそも弥生時代とは、「弥生式土器が使われている時代」という意味であった。ところが、弥生土器には米、あるいは水稲農耕技術体系が伴うことが徐々に明らかになってくると、弥生時代とは、水稲農耕による食料生産に基礎を置く農耕社会であって、前段階である狩猟・採集の混合経済であった縄文時代とはこの点で区別されるべきだとする考え方が主流になっていった。
一方、古くから防衛集落と目されてきた集落の類型として、高地性集落が挙げられる。高地性集落は、弥生時代中期後半 - 末(IV期後半 - 末)、そして後期中葉 - 末(V期中葉 - 末)に瀬戸内沿岸から大阪湾にかけて頻繁に見られるもので、弥生時代の一般的な集落からみて遙かに高い場所(平地からの比高差が50〜300メートル以上)に営まれている集落のことである。北部九州から北陸・中部・東海地域などといった広い範囲に分布する。1970年代までは、畿内IV期がおおよそ北部九州の後期前半、畿内V期が後期後半に併行するとされ、実年代では紀元50年 - 250年ごろに比定されていた。
このような受傷人骨の例は、前代の縄文時代にも無いわけではなく、岩手県陸前高田市の中沢浜貝塚や福島県相馬郡新地町の三貫地貝塚、愛知県田原市の伊川津貝塚および保美貝塚、岡山県倉敷市の船元貝塚、愛媛県上浮穴郡久万高原町の上黒岩岩陰遺跡などで石鏃や石斧・骨角器による受傷人骨が知られるほか、高知県土佐市の居徳遺跡群からは、刃物で殺害された形跡がある縄文晩期の受傷人骨10体分がまとまって出土した事例が知られる。これらのことから縄文時代にも殺人があったことが解っているが、事例が極めて少ないため集団間武力衝突=戦争の証明であるかは断定できておらず、あったとしても、多くは個人間の決闘のようなものではないかと推定されている。
なお、弥生時代の受傷人骨事例も、全てが戦闘犠牲者だけであるかについては議論があり、処刑や何らかの儀礼的行為による殺害の可能性も考慮すべきとの意見がある。土井ヶ浜遺跡出土の、矢を16本も射込まれたうえで顔面を破壊された男性人骨例や、大阪府四条畷市雁屋遺跡(かりやいせき)・兵庫県神戸市新方遺跡(しんぽういせき)などの、矢を特定の部位に何本も射込まれた人骨事例は、戦闘犠牲者説のほか、処刑(制裁)である可能性が指摘されている。また、佐賀県神埼市高志神社遺跡や吉野ヶ里遺跡における複数種類の武器での攻撃を受けた人骨、前述の隈・西小田遺跡などにおける首を切断された人骨は、呪術的行為や戦闘後の見せしめ処刑の可能性を考慮すべきとされている。
弥生時代は、縄文時代とは打って変わり、集落・地域間の戦争が存在した時代であった。日本列島での本格的な戦争開始時期における武器は、磨製石剣と柳葉形(やないばがた)磨製石鏃で、これらは大陸系磨製石器の一つとして稲作とともに大陸から流入したと見られている。武器の傷をうけた痕跡のある人骨(受傷人骨)の存在などは、戦争の裏付けである。また、集落の周りに濠をめぐらせた環濠集落や、低地から100メートル以上の比高差を持つような山頂部に集落を構える高地性集落なども、集落や集団間の争いがあったことの証拠であると考えられている。
そのような中、福岡市板付遺跡において、夜臼式土器段階の水田遺構が発見され、従来縄文時代晩期後半と考えられていた夜臼式土器期において、すでに水稲農耕技術が採用されており、この段階を農耕社会としてよいという考えが提出された。その後、縄文時代と弥生時代の差を何に求めるべきかという本質的な論争が研究者の間で展開され、集落の形態や墓の形態、水田の有無、土器・石器など物質文化の変化など様々な指標が提案された。
現在ではおおよそ、水稲農耕技術を安定的に受容した段階以降を弥生時代とするという考えが定着している。したがって、弥生時代前期前半より以前に少なくとも北部九州地域には水稲農耕技術を伴う社会が成立していたとされ、従来縄文時代晩期後半とされてきたこの段階について、近年ではこれを弥生時代早期と呼ぶようになりつつある。なお土器についた穀物圧痕の研究が進み、稲作技術は、遅くとも縄文時代後期までには列島にもたらされていたことが分かっている。また、水稲農耕の導入についても北部九州の一部地域では縄文晩期前半にまでさかのぼる可能性が指摘されているが、明確な遺構が発見されておらず、推測の域を出ない。
中期前半から中葉にかけて、掘立柱建物の倉庫(高床倉庫)が西日本一帯に展開する。主な形態のものは柱間が1間×2間の規模のもので、これに1間×1間、1間×3間などのバリエーションが加わる。この倉庫の様相は弥生時代を通じておおよそ変化はなく継続する。弥生時代末から古墳時代初頭になると、2間×2間の総柱式の建物が現れ、これが主要な倉庫の形態となる。
邪馬台国畿内説では、北部九州勢力が大和へと移動したことを示す物的証拠は考古学的にはほとんど認められないとしており、近年ではむしろ北部九州勢力が中心となって、鉄などの資源の入手や大陸からの舶載品などを全国に流通させていた物流システムを畿内勢力が再編成し直そうとして起こった戦いであったという。一方、邪馬台国九州説では、弥生時代後期中葉以降に至っても瀬戸内地域では鉄器の出土量は北部九州と比べて明らかに少なく、また、鉄器製作技術は北部九州と比べて格段に低かった。倭国大乱の原因については、記紀神話の神武東征と結びつけ北部九州勢力が大和へと移動してヤマト朝廷を建てたとする。