YS-11
民間航空会社に最初に納入されたのは1965年(昭和40年)4月10日に東亜航空に引き渡された量産型2号機JA8639(S/N2004)であったが、納入した国内の航空会社で最初に定期路線で就航させたのは日本国内航空である。運輸省の量産一号機の翌々日の4月1日に、東京(羽田) - 徳島 - 高知線で定期航空路線の運用を開始した。
日本国内航空は量産機の発注を行っていたものの、納入が路線開設に間に合わず、試作2号機を1965年(昭和40年)3月11日に日航製からリースして間に合わせたものである。この試作2号機は全日空が聖火の輸送で使用したものであり、日本国内航空では自社塗装に塗り直し、「聖火号」(初代)と命名して就航させた。因みに日本国内航空が最初に受領したのは量産型4号機(S/N2006)JA8640で、1965年(昭和40年)5月15日に納入され、「真珠号」と命名されている。同年12月8日に量産型14号機(S/N2006)JA8651を受領し、「聖火号」(二代目)と命名し、初代「聖火号」を日航製に返却した。
その後、YS-11の定期運航は日本国内航空に続き、1965年(昭和40年)5月10日に東亜航空が広島 - 大阪(伊丹)線、大阪 - 米子線に就航、同年5月31日に南西航空がリース契約で受領し、同年6月8日に那覇 - 宮古線に就航した。同年7月29日には全日空が受領し、同年9月20日に大阪 - 高知線で就航した。
YS-11Cを改造した航空自衛隊の電子情報収集(ELINT)任務に使用される機体。ELはELINTの略。中高度で長時間飛行を行い、周辺国から発せられる電波や信号などの電子情報を収集、分析する機体。2機改造されたが、後にYS-11EBに改造された。
日本国内航空・東亜航空→東亜国内航空→日本エアシステム(現日本航空):後に日本エアコミューターへ転籍した機体がある。
日本航空(ウェットリース)
全日本空輸(ローンチカスタマー):後にエアーニッポンへ転籍した機体がある。
南西航空(現日本トランスオーシャン航空)
中日本航空(試作2号機を運用:旅客定期便ではなく資源調査のための空中磁気探査に使用された)
第397話『黄昏のカシミール』(SPコミックス138巻)に登場。フィリピンからカシミールへのフライトで、ゲリラの対空砲火をかわしながら超低空飛行で奥地の山村へ向かう。
主脚を3軸に増強、コックピットにブローニングM2重機関銃(12.7ミリ機関銃)を装備、着陸用のパラシュートを装備するなど大幅な改造が加えられている。
他に、国内航空機メーカー各社が航空機設計の基礎技術を確立し、蓄積したことで、日本航空機製造の設立当初の目的を達したとの判断もあった。安全性、快適性、経済性を求める民間旅客機と、経済性や快適性を無視して限界性能や耐久性を重視する軍用機では素性が相反するもの、設計・生産方式も全く異なるものであり、航空機であっても、旅客機と軍用機は似て非なるものであった。軍用機を基に設計されたYS-11の素性では、旅客機としての機能が時代の進展と共に乖離し、期待した市場では受け容れ難く、現状のままでは今後の販売増加は見込まれないこともあった。日本航空機製造の解散を提言したのは当時の通産省重工業局長であった赤澤璋一である。赤澤は輸送機設計研究協会設立に奔走した当時の通産省重工業局航空機武器課課長でもあり、自らYS-11の立ち上げと、その幕引きを行うことになった。
戦後、日本の民間航空機工業の振興は通産省の主導だけで行われ、競合国と比較して航空機産業に対する国家の助成や制度が不備であり、旅客機の企画・設計・生産・販売・金融・プロダクトサポートに長期的な戦略を立てられなかったため生産中止に追い込まれた結果となった。旅客機の企画・設計・生産・販売・金融・プロダクトサポートには長期的な粘り強い戦略が必要なのは今日では明白である。旅客機は軍用機と違い、企画・設計・生産以上に販売とサービス体制の構築に時間と費用が嵩むものであった。
実質的にYS-11プロジェクトの後継となる国産旅客機としては、三菱航空機の「Mitsubishi SpaceJet」(MSJ、三菱スペースジェット、旧称:MRJ)が挙げられる。
三菱重工業は、2006年(平成18年)5月31日に開催された経済産業省主催の民間機開発推進関係省庁協議会において、YS-11を業務運用している防衛庁・国土交通省・海上保安庁に対して、開発段階であったMJ(後のMRJ→Mitsubishi SpaceJet)の採用を要望した。これに対して各省庁は「ニーズが合えば購入する」との認識を示した。
その後MRJとして2014年(平成26年)にロールアウトされ、2015年(平成27年)11月11日には、かつて53年前にYSが初飛行を行ったのと同じ名古屋飛行場において初飛行に成功し、9年ぶりに国産旅客機が日本の空を舞った。
YS-11に対しては正式に発注せずに終わった日本航空(JAL)も32機の確定発注をしていた。国内外から発注を受けるなど期待を寄せられていた。
だが計6回に渡る納期延期と「Mitsubishi SpaceJet」への名称変更の末、2020年(令和2年)には事業は事実上の凍結状態に、2023年2月7日には今後の採算が見込めないことを主な理由として開発中止となった。