後陽成天皇
8月14日には参内した家康と対面したが、これは秀吉やそれ以前の室町将軍の参内とほぼ同じ形式だった。12月には諱を「周仁」と改めている。
慶長5年(1600年)、会津征伐に向かう家康に対して勅使を送り、さらし100反を贈った。関ヶ原の戦いの際には、丹後田辺城に拠って西軍と交戦中の細川幽斎を惜しみ、両軍に勅命を発して開城させて、八条宮に古今伝授を受けさせた。これにより歌道尊重の帝王として名を残している。12月には関白・左大臣に九条兼孝が還任され、秀吉以来の朝廷人事は大きく変更された。慶長6年(1601年)には禁裏御料の増額と山城国内への移転が行われ、禁裏御料は1万石となった。またこの年には天正6年以来中絶していた年中行事としての叙位が後陽成天皇の意思によって再開されている。また家康は天皇と豊臣家の接近を防ぐため、奥平信昌を京都所司代に任じて天皇の動きを監視した。慶長6年3月5日(1601年4月7日)、良仁親王を強引に仁和寺で出家させて第三皇子政仁親王を儲君として立てた。