AMBER (分子動力学)
Bob Dukeによるsanderのより機能を限定した再実装である。並列処理を念頭に置いて設計されており、8から16個よりも多いプロセッサで動作させた時は、sanderよりも優れたパフォーマンスを示す。 pmemd.cuda GPUを使うことができる計算機上でシミュレーションを走らせるために作られている。 pmemd.amoeba 分極可能なAMOEBA力場における追加パラメータを取り扱うために開発された。
AMBER力場の関数形式は以下の通りである。
V ( r N ) = ∑ bonds k b ( l − l 0 ) 2 + ∑ angles k a ( θ − θ 0 ) 2 + ∑ torsions ∑ n 1 2 V n [ 1 + cos  ( n ω − γ ) ] + ∑ j = 1 N − 1 ∑ i = j + 1 N f i j { ε i j [ ( r 0 i j r i j ) 12 − 2 ( r 0 i j r i j ) 6 ] + q i q j 4 π ε 0 r i j } {\displaystyle {\begin{aligned}V(r^{N})&=\sum _{\text{bonds}}k_{b}(l-l_{0})^{2}+\sum _{\text{angles}}k_{a}(\theta -\theta _{0})^{2}\\&\quad +\sum _{\text{torsions}}\sum _{n}{\frac {1}{2}}V_{n}[1+\cos(n\omega -\gamma )]\\&\quad +\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}f_{ij}{\biggl \{}\epsilon _{ij}{\biggl [}\left({\frac {r_{0ij}}{r_{ij}}}\right)^{12}-2\left({\frac {r_{0ij}}{r_{ij}}}\right)^{6}{\biggr ]}+{\frac {q_{i}q_{j}}{4\pi \epsilon _{0}r_{ij}}}{\biggr \}}\end{aligned}}}
分子動力学シミュレーションからのスナップショットに対して近似的な溶媒計算をできる。
GAFFを使って小有機分子をパラメータ化するプロセスを自動化する。