ヴェネツィア領クレタ
24年間にも及ぶ長期の包囲戦が戦われ、その間に降伏を拒否してサン・テオドーロ城の瓦礫に埋もれて戦死したビアージョ・ジュリアーニや、ダーダネルス海峡封鎖を試みて失敗し最後には敵艦隊の只中に旗艦で切り込んで死亡したトンマーゾ・モロジーニなど、数多の英雄的物語が生み出された。これらはキリスト教諸国に幾ばくかの感動を呼び起こし、ヴェネツィアへの支援が行われたが、その支援は一貫性を欠いており状況を覆すことはなかった。1667年、オスマン帝国軍はカンディアへの総攻撃を開始し、5ヶ月の間に32回の攻撃と618回の坑道爆破が試みられ、ヴェネツィア側に3,000人、オスマン帝国側に20.000人もの戦死者を出した。しかしそれでもカンディアは持ちこたえ、この奮戦を見たフランスがクレタ島へ援軍を送り込んだ。表向き、フランスはオスマン帝国との間に同盟関係があったため、フランス軍は教皇旗を掲げ、激しく戦ったが大きな損失を出し、最後には撤退に追い込まれた。1669年、フランス軍の撤退の後、ヴェネツィアの司令官フランチェスコ・モロジーニは遂に継戦を断念し、9月6日にオスマン帝国に降った。こうしてクレタ島はオスマン帝国の手に落ち、ヴェネツィアによるクレタ支配は終焉を迎えた。クレタ島の失陥は政治的・軍事的に大きな意味を持ち、東地中海におけるヴェネツィア体制の完全な終了を象徴するものであった。
アレクシオス・カレルギスによって確立された平和は、クレタ公ヴィアゴ・ゼノ(Viago Zeno)がクレタ島の海岸沿いで拡大する海賊と略奪の脅威を撃退するためにガレー船の増産資金として新たな税金を課した時に破られた。1333年に発生したこの反乱はミュロポタモスでの抵抗運動として始まり、ヴァルダス・カレルギス(Vardas Kallergis、アレクシオス・カレルギスの息子)とキサモス(英語版)から来たニコラオス・プリコシリデス(Nikolaos Prikosirides)、そしてシュロポウロス家(Syropoulos)の3人の兄弟のリーダーシップの下、1333年の9月にはクレタ島西部へと急速に拡大した。ヴァルダス・カレルギスの参加にもかかわらず、アレクシオス・カレルギスの他の息子たちはその他のクレタ人たちのように公然とヴェネツィア人の側に立った。この反乱は1334年に鎮圧され、指導者たちはクレタ島の民衆の中の重大な協力者と共に、逮捕され処刑された。反乱に参加した貴族家系は追放されたが、ヴァルダス・カレルギスの兄弟と子供たちは見せしめとして終身刑が宣告された。また、クレタ島への非クレタ人正教会聖職者の入島は禁止された。
1341年、なおもカレルギス家の別のメンバー、レオン・カレルギス(英語版)による新たな反乱が発生した。レオンはアレクシオス・カレルギスの孫、または甥である。