日本鯨類研究所
調査捕鯨によるミンククジラ肉の流通により、肉質で劣る沿岸捕鯨のハクジラ類の肉の流通の販路が狭められる事で、沿岸小型捕鯨の存続が危ぶまれる事態が起きているとされる。外房捕鯨においては、調査捕鯨に参画することで、傭船料こそ得られるが調査捕鯨の副産物であるミンククジラ肉が自分たちがメインで捕っているツチクジラ肉の価格を圧迫するという状況も生じている。
日本国内の鯨肉市場の維持・拡大のため、日本鯨類研究所は広報活動にも力を入れている。これに対し「実際は捕鯨推進の広報団体でもある。一般事業費約7億3千万円のうちの約73%の5億3千万円を広報費に、そしてそれ以外のお金で調査研究を行なっている。」などの批判もある。
その他、広報活動の内容を疑問視する意見もある。
南極のオキアミの資源が減少し、それを捕食する鯨の資源減少を懸念する『ネイチャー』の論文に対して、南極海のオキアミ資源状況は高水準にあると反論しているが、これに対して、反捕鯨の論拠にされるのを恐れてそう反論しているだけなのではないかと指摘する意見がある。
日本鯨類研究所・調査部の石川創は反捕鯨団体の行動原理を感情論であると指摘し、その背後に人種差別がある可能性も指摘している。日本捕鯨協会アドバイザーの三崎滋子は、1993年に京都でIWC総会が開かれた際に、英国代表団のひとりがNHKテレビの放送において英語で「IWCが黒人やその他の有色人種(Black and other non-white people)に乗っ取られることが心配される」と発言したと証言している。
一方、これに対しては、反捕鯨団体が感情論を公の場で捕鯨の反対の理由にしたことはないとの反論がある。またC・W・ニコルは人種差別的な個人は存在するが、反捕鯨団体の行動原理が人種差別であるという点は否定している。日本の調査捕鯨の急先鋒のシーシェパードのリーダーであるポール・ワトソンはむしろ日本の文明に敬意を評しており、その行動原理が人種差別ではないと分析されている。