2018年に発覚した医学部不正入試問題
2018年11月6日、会見を開き「不正は一切ない」と明言した。その上で2019年度入学試験から、受験番号や点数、性別が書かれた合否判定資料から性別の欄を削除する方針を示した。
東京医科大学が44人、順天堂大学が48人、日本大学が10人を追加合格とし、2019年春の入学を認めると発表したが、追加合格を出す代わりに募集人員を削るとしたため、2019年度の受験生に影響が及ぶことが懸念されていた。
2018年12月15日、柴山昌彦文部科学大臣は閣議後記者会見で、2019年度の医学部の入学定員を臨時で超過することを特例的に認める方針を明らかにした。柴山文科相は「教育環境が確保されることを条件に、不適切事案を認めた各大学の判断に基づき、募集人員の緩和を臨時的に認める」と述べ、2019年度入試で定員を超過した人数分は、2020年~2024年度の最長5年かけて募集人数を削減し、募集減を分散させることで2019年度の受験生だけが不利益を被ることを避け、また、マクロでの医師数には影響を与えないようにも配慮されている。
2019年1月8日、医学部の不正入試問題を巡り、特定の受験生の優遇と大学への寄付に関連があった可能性や、国会議員の口利き疑惑が指摘されたことを受け、第三者委員会に依頼して追加調査を実施すると明らかにした。過去の入試での問題漏えい疑惑についても事実関係を確認するとしている。同大学の調査は上述の通り、弁護士をメンバーとして2018年8月に設置された第三者委が実施。2018年12月29日に「最終報告書」をまとめ、国会議員や同窓会関係者らの依頼で、特定の受験生を優遇するなど数々の不正が長年続いた疑いを指摘した。ただ議員らへのヒアリングなどが不十分で詳細は確認できなかったとも記していた。
2019年1月22日、私学助成の交付業務を担う日本私立学校振興・共済事業団が、東京医科大に対し、平成30年度の私学助成金を全額交付しない方針を決めたことを柴山昌彦文部科学大臣(当時)が閣議後会見で明らかにした。東京医科大学には前年度の平成29年度は23億円交付されていた。
2019年1月22日、大学の公式サイト上で2013年~2016年の入学試験で得点操作などにより不合格となった可能性のある女子や浪人生計109人対しては合否判定の基礎となる資料が欠如していること、入学試験実施当時から3年以上前の成績が現在の学力を示しているとみなせない等から、追加合格を行わないことを決定したと発表した。
2019年2月22日、NPO法人「消費者機構日本」が大学側に受験生が支払った受験料や宿泊費の返還を求めた訴訟の第1回口頭弁論において、「得点調整を知っていても受験した可能性はある」として争う姿勢を示した。