下妻城
領主のいなくなった下妻は一時天領となり、徳川家康の11男・鶴千代(後の徳川頼房)が慶長11年9月23日(グレゴリオ暦:1606年10月24日)に5万石で入封する。このとき鶴千代はまだ3歳で、実際には家臣の朝比奈泰雄が城代として城に詰めた。鶴千代は慶長14年12月22日(グレゴリオ暦:1610年1月16日)に水戸25万石で移封、水戸藩初代藩主となったため、下妻は再び天領となった。この間、鶴千代は一度も下妻へ入ることはなかった。
慶長16年正月20日(グレゴリオ暦:1611年3月4日)、多賀谷氏の旧臣と見られる者を含む下妻の農民9人は奉行に吉衛門という人物の非法を訴え出た。訴えによると、吉衛門は城に残されていた武器(弓・槍・鉄砲など)や船板、材木、畳などを自らの在所に運び入れ、隠居(多賀谷重経)の家から城廻りの武士の家、昨年まで居住していた代官衆の家に至るまで破却したという。この時点で下妻城は面影をとどめないほど荒廃し、栄華を極めた多賀谷氏の時代はすでに過去のものとなっていた。
元和元年(1615年)、松平忠昌が下妻に入り、続いて松平定綱が下妻藩主となるが元和5年(1619年)に転封となり天領に戻るが、正徳2年(1712年)に井上正長が1万石で藩主に就いて以降、下妻には幕末まで井上氏14代の陣屋が置かれた。井上氏の下妻陣屋は館沼の西側に置かれ、下妻城とは異なる場所である。