宮崎神宮
江戸時代には、延岡藩が当地を所領し、寛永21年(1644年)藩主有馬康純が社殿を造営、天保10年(1839年)にも藩主内藤政義による修造が行われている。もっとも、神武天皇を祀る古社とはいえ、江戸時代までは地方の1古社に過ぎず、当宮が広く全国的に知られるようになったのは、明治維新の王政復古の大号令で「神武創業の始め」に復することが唱導され、当宮が脚光を浴びるようになってからである。
明治6年(1873年)に 県社と定められた(この時宮崎神社と改称。「社名」節参照)が、神武天皇の最初の宮地であるとの伝承から特別の待遇を受けるようになり、明治8年(1875年)に国幣中社、明治18年(1885年)には官幣大社へと累進した。明治32年(1899年)には総裁を二条基弘、会長を島津忠亮とする「神武天皇御降誕大祭会」が組織され、高木兼寛が幹事長となって全国から寄付金を集めて境内整備を行い、明治40年にほぼ現在の姿となったが、更に昭和15年(1940年)、紀元2600年を記念した拡大整備事業(その規模は橿原神宮に次いで全国2位であったという)で、現在の境内が完成した。戦後は神社本庁の別表神社となり、現在に至っている。
摂社皇宮神社 - 東宮から北西1km弱離れた市内下北町の飛び地境内に鎮座。神武天皇を主祭神として吾平津媛命・手研耳命を相殿に祀る。神武天皇の宮跡と伝えられるため、一に皇宮屋とも呼ばれる、鎌倉時代までの旧社地である。1月14日に皇宮屋破魔矢祭(こぐやはまやまつり)という五穀豊穣を予祝する特殊神事を行う。なお、社殿は1976年に伊勢の神宮の第60回式年遷宮の折に、外宮外幣殿の古材を使って改築した
末社五所稲荷神社 - 宇迦魂神を祀る。市内下北方町、花ヶ島町などの5神社を合祀して創建した
なお、戦前は宮崎県西諸県郡高原町蒲牟田鎮座の旧県社狭野神社を別宮として所管していた。また、宮崎市のアミュプラザみやざき屋上の「交通神社」は、宮崎神宮から祭神を分霊したものである。
五所稲荷神社 鳥居
五所稲荷神社 社殿