組換えホットスポット
DNAには、組換えが起こりやすい「脆弱部位」が存在する。脆弱部位は、CGG-CCG、CAG-CTG、GAA-TTC、GCN-NGCといったトリヌクレオチドリピートと関係している。こうした配列は哺乳類と酵母の間で保存されており、不安定性はDNAの分子構造に固有の何らかの性質によって引き起こされており、またDNA反復配列の不安定性と関係していることが示唆される。こうした部位では複製時のラギング鎖において、一本鎖DNAがトリヌクレオチドリピート内で自己対合してヘアピン構造を形成すると考えられている。ヘアピン構造はDNAの切断を引き起こし、高頻度での組換えをもたらす。
組換えホットスポットは、染色体の一部の領域を組換えのためにアクセスしやすい状態にする、染色体の高次構造によるものであるとも考えられている。マウスと酵母で二本鎖切断の開始部位が同定されており、こうした部位はヒストンH3のリジン4番のトリメチル化(H3K4me3)という共通したクロマチンの特徴を持つ。