皇居の生物相
皇居内に生息するクモ類や皇居よりも多くのクモ類が確認されている自然教育園のクモ類は、伊豆諸島に生息するクモ類と多くの種が共通している。火山活動により誕生した伊豆諸島は島としての歴史が比較的浅く、クモ類は海を渡って分布を広げた種が中心となっている。皇居をはじめとする東京都区内の緑地のクモ類が伊豆諸島のクモ類との共通点が多い事実は、皇居などに分布するクモ類の多くが伊豆諸島に分布するクモ類と同じく、風によって運ばれて分布を広げていった種であることを示している。これは生育環境の悪化によっていったん大きな打撃を蒙った皇居のクモ類であるが、自然環境の回復に伴い移動能力の高い種を中心に再び皇居に戻りつつあることを表している。
そのため、現在皇居では移動能力が低いと考えられている地表性のクモ類などが少ない。大都市東京の中心部にある上に周囲を濠で囲まれている皇居内に、再び移動能力が低いクモ類が移住することは非常に難しいと考えられている。しかし種の数としては多くはないが、移動性が低く東京や横浜などではほとんど見ることが難しくなったクモ類や、全国的にみても希少な種なども皇居内に生息していることが確認されている。
皇居内の濠や水流などで行われた藻類の調査では、日本で初めて見つかった11種の藍藻類をはじめ、156種(変種・品種を含む)の珪藻類、58種の緑藻類(クロロコックム目およびツヅミモ科)、その他6植物門11綱におよぶ多くの藻類が確認された。吹上御苑内の流水域からは山間部の渓流に産するとされる紅藻のベニマダラの生育が確認されるなど、興味深い種も確認された。珪藻類の出現状況からは、吹上御苑内の水質汚濁度が低いことが示唆された。しかし藻類全体では関東近郊の湖沼に分布する一般的なもの、あるいは世界的に分布する普遍種の出現が多く、希少種や特筆すべき分布を示す種は見られなかった。
稲葉重樹、徳増征二「皇居の水生菌類(卵菌類)」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、197-204頁、NAID 110004313469。 栗原祐子、徳増征二「吹上御苑の土壌から分離されたブラシカビ属菌2種(接合菌門、キクセラ目)」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、205-209頁、NAID 110004313470。 佐藤大樹「吹上御苑産虫生菌類」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、211-216頁、NAID 110004313471。 堀江義一「皇居吹上御苑の土壌から分離された子嚢菌門及び不完全菌類」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、217-219頁、NAID 110004313472。 野村幸彦「皇居吹上御苑産ウドンコカビ目(子嚢菌門)」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、221-225頁、NAID 110004313473。 金子繁「皇居吹上御苑で採集された6種の樹木寄生菌類」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、227-234頁、NAID 110004313474。 阿部恭久、土居祥兌「吹上御苑で採集された木材腐朽性子嚢菌類(子嚢菌門、クロサイワイタケ目)」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、235-239頁、NAID 110004313475。 細矢剛「皇居で採集されたStrossmayeria bakeriana(子嚢菌門、ズキンタケ目)」『国立科学博物館専報』第34号、国立科学博物館、2000年12月、241-245頁、NAID 110004313476。
皇居周辺は天正18年(1590年)の徳川家康入城前は海が迫り、クロマツ林が広がっていたとされる。その後、江戸時代初期には親藩、譜代大名などの屋敷となり、17世紀後半からは庭園化された。昭和初期にはゴルフ場の造成が行われ、昭和12年(1937年)以降、庭園的な管理が中断されるという経緯を辿っている。また武蔵野の自然の復活を求めた昭和天皇の希望によって、昭和23年(1948年)以降、自然状態の武蔵野に生育する植物の移植が実施された。現在の吹上御苑を中心とする皇居の植物相は、このような皇居の歴史を反映したものとなっている。
現在の吹上御苑内の植生は、一部に建物、果樹園や田畑、バラ園、桑畑などが存在するが、大部分は深い森となっている。平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけての調査によれば、道灌濠の斜面など主に吹上御苑の周辺部に広がるモチノキ、スダジイ、タブノキなどから構成される常緑広葉樹の森、またかつて広場があった御苑の中央部などに広がるクヌギを中心とした落葉広葉樹の森が見られることが明らかとなった。宮内庁庭園課が枯れた木々や不要な樹木の最小限の伐採を常に行っており、原生林的な森林であるとは言えないが、常緑広葉樹林は自然林に近い種構成と構造をしている。
そしてキリガ類とフユシャク類は多食性の食性を持つ種が多いこともわかった。皇居内のキリガ類とフユシャク類が多食性である事実は、食草が限定されるシャチホコガ科が皇居ではほとんど見られない点とともに注目される。
皇居内のガの分布で、地衣類を主に食べるヒトリガ科のコケガが発見されなかったことも注目された。コケガは平地から高山帯までどこでも見かける普通種であるが、1970年代の光化学スモッグの影響で東京都区内の地衣類は壊滅的な打撃を蒙ったと考えられ、その結果、地衣類を食べるコケガも大打撃を受けたとみられる。1980年代以降は東京都区内の大気汚染は改善傾向を見せ、地衣類も回復してきた。その結果、自然教育園などではコケガが確認されるようになり、東京都区内にコケガが戻り始めてきたことがわかったが、周囲を濠に囲まれた皇居では濠が障害となってコケガの回復が遅れているものと考えられた。そして平成13年度(2001年)から平成17年度(2005年)まで続けられたモニタリング調査の中で皇居内でコケガが確認され、ようやく皇居にもコケガが戻り始めたことが明らかとなった。