インターモーダル輸送
コンテナを運搬する貨物船をコンテナ船といい、規格化されたコンテナだけを運搬する船はフルコンテナ船またはフルコン船と呼ばれる。
専用コンテナ船の船艙には、コンテナが左右にずれない様にするための「セルガイド」という鋼鉄製の強靭な垂直レールが備わっており、規格化された大きさのコンテナは、セルガイド最上部のエントリー・ガイドと呼ばれる斜体に沿って上甲板の開口部から、効率的に積み込まれる。上甲板の上まで積まれたコンテナは、3段目や5段目などの要所を、1本 20 kg以上もある鋼鉄製の「ラッシング・バー」で固定する必要がある。
コンテナを専門に運ぶためにセルガイドを備えたコンテナ船では、20フィート・コンテナを縦に2個並べた真上に40フィート・コンテナを重ねることは普通に行なうが、上下が逆で、40フィート・コンテナの上に20フィート・コンテナを乗せて運搬することは行なっていない。これは、船艙の底の金具で20フィート・コンテナの横ずれを防止できるが、40フィート・コンテナの上面には四隅にのみ金具が備わっているだけであるため、20フィート・コンテナは充分に固定できないためである。また、コンテナは四隅の金具で上に乗るコンテナの全重量を支えており、40フィート・コンテナの中央部分には20フィートの隅金具を支える隅金具がなく、上に乗る20フィート・コンテナの重量を支えることができないためである。
コンテナ船の荷役をする港湾施設はコンテナターミナルと呼ばれる。コンテナを積卸専用の岸壁クレーンをガントリークレーンといい、揚貨能力はおよそ35トン以上、作業のスピードは熟練作業員の場合、1時間に40本以上である。
1930年代半ばにはシカゴ・グレートウェスタン鉄道が長物車に貨物自動車を載せるピギーバック輸送を開始し、各鉄道会社が1950年代までにこのサービスに加わった。
戦争とそれにともなう兵站輸送の増大もコンテナの登場を後押しした。第二次世界大戦の後期にアメリカ陸軍は輸送船への積み下ろし時間を可能な限り短縮するためコンテナの使用を開始した。このコンテナは「トランスポーター」と呼称された。「トランスポーター」は再使用可能な鉄の箱で、寸法は長さ8.5フィート (2.6 m)、幅6.25フィート (1.91 m)、高さ6.83フィート (2.08 m)、9,000ポンドの貨物が詰められた。当初は士官用の日用品輸送が中心だったが、朝鮮戦争で機密物資の荷役能力や効率性が評価され用途が広がった。釜山港での沖仲仕による作業時間の長さ、木箱に入れた貨物が窃盗されたり荷役時にダメージを受けたりしやすいことも、軍に鉄製コンテナの必要性を痛感させた。1952年には、修理用器具や部品などコンテナで急送する貨物を意味する「CONEX」(Container Express の略)と呼ばれる便が登場した。最初のCONEX貨物の輸送は、ジョージア州コロンバスのデポでコンテナに詰められサンフランシスコへ鉄道輸送され、横浜経由で韓国に上陸するという経路をとった。