サガ2秘宝伝説 GODDESS OF DESTINY
武器の形状ごとにカテゴリが細分化され、主に人間の熟練度と関係がある。どのカテゴリにも入っていない武器もある。 力依存 - 長剣、大剣、刀、斧、槍、打撃 素早さ依存 - 特殊剣、打撃、体術 威力固定 - 弓、銃
全てのアイテムや特殊能力を使い切っていなくても、自発的に1ターン行動を放棄することができる「なにもしない」というコマンドが追加された。
一部の攻撃に新たな性能が加わり、追加効果を持つ攻撃が多数登場している。
同種の敵が別々のグループを組んで出現することがある。そのため、1グループを対象にした攻撃を仕掛けても、同種の敵すべてをターゲットに出来るとは限らない。
1グループ内の敵が個別表示されるようになった。ただし単体攻撃でどの個体を攻撃するかの選択が不可能なのはGB版と同じ。『ファイナルファンタジーIII』同様にハードの性能上画面に表示できるキャラクタ数に限度があることから、3D画面では1グループに4体以上いる場合は3体を超過する分が省略され、別々の敵グループは視点切り替え方式で個別に表示する。一方で、2D画面には全ての敵グループと敵キャラクターをまとめて表示することで、大量の敵を表示できるようにしている。
歴代シリーズに合わせて、冒されているステータス異常の表示が敵味方共通となった(本作では下側画面のキャラクターの輪郭の色で判別できる)ことで、敵グループ内のどの個体がステータス異常にかかっているかを判別できる。
オートターゲット機能が備わり、攻撃対象だった敵グループが全滅していた場合は自動的に他のグループを攻撃するようになった。なお『魔界塔士Sa・Ga』(ワンダースワンカラー版)とは異なり、このオートターゲットをOFFにすることはできない。
新キャラクター「スライム・ファット」が管理する倉庫にアイテムを預けられるようになり、より多くのアイテムを所持できるようになった。また「密売人」を利用することで次周のプレイにアイテムを引き継げるようになった。詳細は「登場キャラクター」を参照。
新たにメインストーリーに関係しないサブイベントが追加された。それらの多くが「連携」を使用する事によって変化するパーティの関係に関わっており、関係次第で発生の有無、イベント時のセリフ、入手できるアイテム等が変わる。