第一機動艦隊
1942年(昭和17年)7月、空母部隊の第三艦隊が編制され、1944年(昭和19年)3月1日には第二艦隊(戦艦を中心とした部隊)と編合して第一機動艦隊が編制された。航空主兵思想に切り替わったという見方もあるが、実体は2つの艦隊を編合したに過ぎないという見方もある。ただ、前衛部隊を軍隊区分によらずに指揮下の部隊から充当できた。機動部隊である第三艦隊が統一指揮を行ったのは、南太平洋海戦(1942年〈昭和17年〉10月)後の研究会で草鹿龍之介少将が「機動部隊指揮官が所在部隊を統一指揮する必要がある。第二艦隊司令長官が指揮するのは作戦上具合が悪い」と具申したことで、1943年(昭和18年)8月に解決し、建制上は1944年(昭和19年)3月になった。
第一機動艦隊としての初陣は同年6月19日から20日のマリアナ沖海戦であるが、この戦いで300機以上の航空機を失ってしまい、機動部隊としての体をなさなくなってしまう。また、第三艦隊から発進した攻撃隊が第二艦隊の上空を通過して敵艦隊に向かう際、第二艦隊から誤射を受け被害を出すなど、用兵が裏目に出てしまう。
マリアナ沖での敗北後艦隊は本土に戻るが、捷号作戦準備のため第二艦隊は南方に移動、第三艦隊は本土待機となる。同年10月23日から25日のレイテ沖海戦に両艦隊が参加するも、第三艦隊はエンガノ岬沖海戦で出撃した空母4隻全てが撃沈され、第二艦隊も艦艇の多くを失ってしまう。
1944年(昭和19年)11月15日、第一機動艦隊及び第三艦隊は解体された。残された第二艦隊は連合艦隊の隷下に移動した。