ヴェルスパ大分
同シーズンよりJリーグ百年構想クラブに認定された。また、ホームタウンが変更となり、大分市と入れ替わりになる形で別府市が新たに加わった。Jリーグ加盟を念頭にクラブ名称を現在のものに変更してから7年が経ち、漸くJリーグ参入について本格的に動き出すこととなった。
新監督として年代別日本代表のアシスタントコーチなどを務めた山橋貴史が就任。2012年から9年に亘って所属した福島や塚田、坂本が現役を引退した他、瓜生や金子雄祐、宮内寛斗ら計10人が退団した。補強面では秋田から渡辺泰広、岩手より吉田直矢ら4人が完全移籍加入した他、大分Tより高橋祐翔、徳島より久米航太郎が期限付き移籍で加入するなど計11人が加入。昨季期限付き移籍で在籍した西埜植颯斗はV大分に完全移籍となった。
リーグでは第5節FCティアモ枚方戦までの開幕4試合で1勝1分2敗と出遅れるも、第6節ヴィアティン三重戦から4連勝を含む7戦負けなしを記録、3位に順位を上げるが、その後2分3敗と調子を落とし6位で前半戦を終える。後半戦は2連勝でスタート、第27節FCマルヤス岡崎戦の勝利で昇格圏の3位に浮上すると、第28節FCティアモ枚方に敗れシーズンダブルを達成されるも、その後6連勝し後半戦1位の成績でシーズンエンド、総合で19勝5分8敗の3位でシーズンを終えた。
2021年7月1日に、2020年から検討をしていたJ3クラブライセンスの申請を「「施設基準」が現時点では満たすことが困難」を理由に見送ることを明らかにした。
Jリーグ登記上のホームタウンは2021年から別府市、由布市となったが、現状は両自治体ともJリーグ・JFL開催基準を満たした競技場がないため、ホームゲームの開催会場は従来と同じ大分市が中心となっている。なお大分市は2022年にホームタウン登記に追加(実質復帰)している。
レゾナックサッカー・ラグビー場Aコート(次表:レゾサA、2018年までは「だいぎんサッカー・ラグビー場Aコート」、2019年 - 2022年までは「昭和電工サッカー・ラグビー場Aコート」)
ジェイリーススタジアム(次表:大分市陸/JLスタ、2012年 - 2018年・2021年 - )
レゾナックドーム大分(次表:昭和電ド/レゾド、2021年 - 。2022年までは「昭和電工ドーム」)
佐伯中央病院陸上競技場
日田市陸上競技場