新三郷駅
相対式ホーム2面2線を持つ地上駅で、橋上駅舎を有している。前記のように、上下線の位置が違う不便さを解消するため、どちらにホームを寄せるかで、みさと団地・さつき団地の住民(団地に近い上り線に統合を主張)と、操車場跡地の開発をしたい三郷市(有効活用する下り線に統合を主張)とで論争となっていたが、1999年(平成11年)3月20日に上り線(府中本町方面)が下り線側(西船橋方面)に移設され、現在の形態となった。
駅業務はJR東日本ステーションサービスに委託し、吉川美南駅が管理している。早朝・深夜の一部時間帯は無人となる(その場合はインターホンで対応する)。
ららぽーと新三郷の開業による利用者増を見込んで、精算窓口のブース化並びに自動改札機・自動精算機の増設を行い改札口を改良、さらに府中本町方面ホーム側エレベーター横にららぽーと混雑時の臨時出口を設置すると共に、簡易Suica改札機が2台新設された。
トイレは改札内に男女とも1箇所、多機能トイレ併設。自動改札機・指定席券売機、エスカレーター(両番線とも上りのみ)、エレベーターが設置されている。
駅構内には、コインロッカー、自動販売機(Suica対応)、「NEW DAYS」、「STATION BOOTH」が設置されている。駅カラーはエメラルド。
MEGAドン・キホーテ 三郷店(専門店:ココペッツタウン、キャン・ドゥ、アミューズぷれいらんど373他)
天然温泉めぐみの湯
イトーヨーカドー
東武バスセントラル三郷営業所
三愛会総合病院
UR三郷団地
さつき平団地