陣屋町駅
末期まで設定されていた貨物列車は専用貨物列車で、萩野駅との間に1日1往復運行されていた。かつては国鉄トラ90000形貨車が使用されていたが、後に専用に改造されたワム480000形有蓋貨車に置き換えられた。
海手線には、中国や韓国との外国貿易コンテナ定期航路用岸壁のコンテナヤードに隣接するコンテナホームがあるが、試験的に設置されたもので使用されていない。その先には臨港道路と交差する踏切があり、埠頭の先まで線路が伸びるが使用されていない。
かつては現・JX埠頭埋立地の西側(陣屋町臨港駅の東側)に市営の陣屋町工業団地があり、鉱物ばら貨物用岸壁のヤードや水面貯木場が設けられていて陣屋町臨港駅から公共臨港線が伸びていたが、日本石油精製室蘭製油所(現・ENEOS室蘭事業所)の生産拡大計画を受けた室蘭市がこの敷地を日本石油精製へ売却し、これらの施設や軌道は撤去された。
前述の通り、2008年3月12日に日本製紙向けの木材チップ輸送がトラック輸送に転換されて以降、貨物輸送には使用されていない状態が続いているが、近年、JR北海道で廃車となった車両の海外への譲渡や解体に使用されている。
2007年:北海道ちほく高原鉄道CR70形気動車のうち3両が専用線に運び込まれ、ミャンマーへ向けて譲渡されている。
2012年(平成24年) 2月3日:廃用となったタンク車14両とレール輸送車(チ50000・チラ50000)12両を室蘭港からミャンマーへ譲渡するために上記の専用線が4年ぶりに用いられることになり、室蘭開発がその荷役作業に当たった。その後、タンク車とレール輸送車は崎守埠頭に留置されていた。 5月21日:2月から留置されていた貨車などが同日から船積み作業が行われ、翌22日夕方、ミャンマーへ向けて出港した
2015年(平成27年) 5月:「寝台特急・北斗星」の運行縮小により過剰となった24系客車と、札幌圏で置き換えが進められ引退した711系電車がJR貨物DF200形機関車により構内に引き入れられ、室蘭開発のスイッチャーが現地で入れ替えに当たったが、どちらも他社への譲渡の予定はなく解体前提での留置となった。