コスギラン属
ヒカゲノカズラ科は大きく2つのクレード、urostachyan clade (huperzioids) と rhopalostachyan clade (strobilate taxa) に大別される。前者はコスギラン亜科 Huperzioideae からなり、後者にはヒカゲノカズラ亜科 Lycopodioideae とヤチスギラン亜科 Lycopodielloideae が含まれる。本属はヨウラクヒバ属 Phlegmariurus、フィログロッスム属 Phylloglossum とともにコスギラン亜科に含まれる。なお、コスギラン亜科をコスギラン科 Huperziaceae Rothmaler (1962)として独立させる説もある。
ヨウラクヒバ属は茎に無性芽を付けないことが多く、着生して垂れ下がるのに対し、本属は無性芽を付けることが多く、地上生で直立することで区別される。またヨウラクヒバ属では茎の基部から不定シュートを出すことができるが、コスギラン属は不定シュートを持たない。
Field et al. (2016) による分子系統解析に基づくヒカゲノカズラ科現生種の内部系統関係を示す。単系統性が支持されている。
海老原 (2016)に基づく。田川 (1959)では、コスギトウゲシバ、コスギラン、ヒメスギランの3種は形態的に類似しているため、1種にまとめて変種の関係に置くこともできるとしているが、自身もその後の文献(岩槻 1992、海老原 2016など)でも、学名をどう扱うかは異なるものの3種は独立種として扱っている。
コスギトウゲシバ Huperzia somae (Hayata) Ching
トウゲシバ Huperzia serrata (Thumb.) Trevis.
コスギラン Huperzia selago (L.) Bernh. ex Schrank & C.F.P.Mart
ヒメスギラン Huperzia miyoshiana (Makino) Ching
サカバスギラン Lycopodium ×muramastsui K.Otsuka, nom. nud.:コスギランとヒメスギランの雑種と考えられるもの。