指揮権 (法務大臣)
指揮権が発動したと公に認識されているのは上記の1例のみであるが、指揮権発動が疑われたり、可能性が考慮された例はいくつか存在した。
1965年、高橋等法務大臣は池田の側近である黒金泰美の実印が詐欺で使用された吹原産業事件で森脇将光が逮捕された際に記者会見で「政界とは関係がない」とコメントした(当時の検事総長は馬場義続)。東京地検は森脇起訴後と捜査終結時に自民党総裁選との関係を否定するコメントをした。
1976年、稲葉修法務大臣はロッキード事件について新聞のインタビューで積極捜査を後押しするコメントをした(当時の検事総長は布施健)。ロッキード事件は、検察自身が法務大臣の発言の前から事件解明に積極的だったため検察の意思と対立するものではないものの、強制捜査を積極的に促して「逆指揮権」を発動したと呼ばれた。
1983年、秦野章法務大臣は田中角栄元首相がロッキード事件で一審で無罪判決となった場合は検察に控訴をさせないために指揮権を発動させて無罪確定にする意思を持っていた(当時の検事総長は安原美穗)。実際には田中は一審有罪だったため、指揮権発動はされなかった。
1999年、中村正三郎法務大臣は自身がオーナーを務める企業と民事訴訟で争っている企業への刑事捜査を法務当局に促した(当時の検事総長は北島敬介)。法務省幹部から「指揮権発動に該当する恐れがある」と諌められたために撤回したが、後にこのことが露見したため、私的な理由で指揮権を発動しようとしたとして批判が集まった。
指揮権が発動したと公に認識されているのは上記の1例のみであるが、指揮権発動に準ずる例としては日本赤軍事件における獄中同士奪還要求に対する超法規的措置による釈放がある。
1975年のクアラルンプール事件では検察庁法第14条但し書きに準ずる形で、超法規的措置による釈放が行われた(当時の検事総長は布施健)。
1977年のダッカ日航機ハイジャック事件では法務大臣が刑務所・拘置所を所管する法務省矯正局長を直接指揮する形で超法規的措置による釈放が行われ、検察庁法第14条の規定は直接適用又は準用されなかった(当時の法務省矯正局長は石原一彦)。
検察庁は行政機関であり、国家公務員法の規定に基づき、その最高の長である法務大臣は、当然に各検察官に対して指揮命令ができるのであるが、この指揮権については検察庁法により「検察官の事務に関し、検察官を一般に指揮監督することができる。但し、個々の事件の取調又は処分については、検事総長のみを指揮することができる。」として、具体的事案については検事総長を通じてのみ指揮ができるとした。一般的に法務大臣の指揮権とは、個々の事件について検事総長を指揮することを指す。
検察官は、例外を除き起訴権限を独占する(国家訴追主義)という極めて強大な権限を有し、刑事司法に大きな影響を及ぼしているため、政治的な圧力を不当に受けないように、ある程度の独立性が認められている。検察官はそれぞれが検察権を行使する独任官庁であるが、検察官は刑事裁判における訴追官として審級を通じた意思統一が必要であることから、検察官は検事総長を頂点とした指揮命令系統に服する(検察官同一体の原則)。そのため、法務大臣から個別事件について指揮を受けた検事総長は検察官同一体の原則によって、下位の検察官に対して影響を及ぼすものとされる。
法務省の訓令である処分請訓規程(昭和23年法務庁検務局秘第36号訓令、平成17年8月15日法務省刑事局総務課訓令第1045号、平成26年12月9日法務省刑事局総務課訓令第8号)と破壊活動防止法違反事件請訓規程(昭和27年7月19日法務府検務局秘第1570号訓令)では検事総長が法務大臣の指揮を受けるべき事件として「内乱罪、外患罪、国交に関する罪等」・「破壊活動防止法違反」など国家のアイデンティティに深く関わる犯罪があげられている。
個別事件において強制捜査を督励すること。
強制捜査中止とは逆に法務大臣が特定人物の逮捕や事件捜査を督励することを俗に「逆指揮権」「逆指揮権発動」と呼ばれる。