民族解放軍 (マケドニア共和国)
NATOが作戦を始めた1時間後、民族解放軍のアリ・アフメティは、シプコヴィツァ(Шипковица / Šipkovica / Shipkovica)にある解放軍の本拠地にて、報道関係者が集まる中で記者会見を行い、民族解放軍を解体を発表し、今は民族間の調和の時であると述べた。2001年、アメリカ合衆国はコソボ解放軍と民族解放軍をテロリストと認定していた。
アリ・アフメティに率いられたアルバニア人の民族解放軍の成員らによって、後に政治政党の民主統合連合が結成された。党は2002年の議会選挙では多くのアルバニア人からの支持を集め、マケドニア社会民主同盟(SDSM)と連立を組み、2006年7月まで与党の一翼を担った(この後にVMRO-DPMNEとアルバニア人民主党の連立にとって代わられた)。政府側、解放軍側の双方の死傷者数は正確には知られていないが、それぞれ60人前後としている。
マケドニアでの衝突は小規模なものであったが、戦争犯罪がなかったわけではない。加えて、テトヴォやスコピエ、クマノヴォ周辺の村々では民族的にマケドニア人である多数の市民が拉致され、虐待を受けている。民族解放軍に殺害された中には、ブレズノ(Brezno)から逃れてきたマケドニア人の老人もいた。ヒューマン・ライツ・ウォッチによると、「マケドニアの民族的にアルバニア人のテロリストは、スコピエ-テトヴォ高速道路から道路作業員を拉致した後、残忍に虐待し性的暴行を加えた」としている。民族解放軍はまた、レショク(Lešok)にある正教会の聖アタナシウス修道院(Sveti Atanasij、1924年建造)を破壊した。他方、マケドニア政府側はネプロシュテノ(Neprošteno)でモスクを破壊した。両建造物は2003年に欧州連合の資金によって復興された。多数のマケドニア人市民が拉致されており、その多くは短期間の後に解放されているが、14人が9月に解放された後も12人の行方が分からないままとなった。
10月には、この12人が殺害されネプロシュテノ近くの集団墓地に遺棄された疑いが報告された。この事件はマケドニア共和国政府によって旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷(ICTY)に照会された。
このほかの特筆すべき事件として、リュボテン(Ljuboten)の村の件がある。アルバニア人が多数派を占めるリュボテンの村に対するマケドニア警察による3日間の攻撃が2001年8月10日から12日にかけて行われた。攻撃で10人の市民が死亡し、その後100人以上が逮捕された。その多くは警察に拘留されている間に激しく殴打された。マケドニア政府の主張に反し、リュボテンで行われたヒューマン・ライツ・ウォッチの実地調査によると、そこに民族解放軍が居た証拠は何ら見つからなかった。スコピエ近郊のアルバニア人の村リュボテンで起こったこの出来事は、当時のマケドニア共和国内務大臣リュベ・ボシュコスキ(Ljube Boškoski)の旧ユーゴスラビア国際戦犯法廷(ICTY)による訴追に発展した。2008年、デン・ハーグの国際戦犯法廷は、ボシュコスキを無罪とした。