幕府海軍
軍艦 観光丸 - オランダより寄贈。明治政府へ移管。 咸臨丸 - オランダで建造。1866年に機関を撤去し輸送船に。明治政府が復旧。 蟠竜丸 - イギリスより寄贈。1869年5月箱館港で自焼。明治政府が復旧し、開拓使から日本海軍へ移管。 朝陽丸 - オランダで建造。明治政府へ移管後、箱館湾海戦で沈没。 韮山形 - 国産。同型船6隻建造。 富士山丸 - アメリカで建造。明治政府へ移管。 回天丸 - 元プロイセン軍艦を購入。1869年5月箱館港で自焼。 開陽丸 - オランダで建造。1868年11月江差沖で沈没。 第二回天丸 - 秋田藩所属の「高雄丸」を1868年10月27日箱館で捕獲し改名。1869年3月九戸港で自焼。 千代田形 - 国産。量産予定も1隻のみ完成。1869年4月箱館港で座礁。明治政府が復旧。 (東艦 - 甲鉄艦。アメリカから購入も、明治政府が受領。)
輸送船(運送船) 外国製 鵬翔丸 千秋丸 健順丸 千歳丸(初代) - 上海に貿易船として航海。後に売却。 千歳丸(2代) - 明治政府へ移管。 順動丸 - 寺泊沖海戦で座礁・自爆。
慶応3年(1867年)の大政奉還、王政復古の大号令を経て翌明治元年(1868年)に鳥羽・伏見の戦いが発生した。旧幕府海軍は、江戸から現地への部隊輸送や大阪湾の海上封鎖に活躍した。阿波沖海戦では兵庫港の脱出を図った薩摩船団を幕府海軍が追撃し、開陽丸と交戦した翔凰丸が座礁・自焼した。
陸上での開戦時、主力は大坂の天保山沖に停泊していたが、鳥羽・伏見の戦いで旧幕府軍が敗北すると、大坂城にいた慶喜らは、主戦派の幕臣に無断で旗艦「開陽丸」に乗って江戸へ引き揚げた。このとき、軍艦奉行並の矢田堀、船将の榎本がともに上陸中であったため、先任士官の軍艦頭並、沢太郎左衛門が指揮を執った。
新政府軍が江戸を占領すると、「富士山丸」、「朝陽丸」、「翔鶴丸」、「観光丸」の4隻は新政府側に引き渡された。しかし、徳川家に対する政府の処置を不満とする榎本武揚ら抗戦派の旧幕臣は、残りの軍艦「開陽丸」「回天丸」「蟠竜丸」「千代田形」に、遊撃隊など陸軍兵を乗せた運送船4隻(「咸臨丸」「長鯨丸」「神速丸」「美賀保丸」)を加えて品川沖を脱走。新選組や奥羽列藩同盟軍、松平定敬らを収容し蝦夷地(北海道)に逃走した。榎本らは箱館の五稜郭に拠り、蝦夷島政府を設立した。翌明治2年(1869年)、箱館戦争に敗北し、残された所属艦船は新政府に引き渡された。また幕府海軍で経験を積んだ人員や、建設された造修施設は、後の大日本帝国海軍の土台となった。