ミクソサウルス
ミクソサウルス科の魚竜の分類学・系統学については活発な議論が繰り広げられており、ミクソサウルス亜科およびその姉妹群であるファラロドン亜科に分けられるとする説も登場している。ミクソサウルスには M. cornalianus と M. kuhnschnyderi および M. panxianensis が含まれる一方、ファラロドンには P. fraasi と P. callawayi および P. atavus が含まれる。短く幅広な上腕骨がミクソサウルス科の特徴であり、ファラロドンの特徴は上顎に歯溝が存在しないことである。ファラロドンの化石はミクソサウルスの分布した主要な地域で発見されている。
M. maotaiensis、M. helveticus、M. timorensis、M. major、M. timorensis、M. nordenskioeldiiは完全に種に分類するには記載が不十分であるとして疑問名とされた。Tholodus schmidi をミクソサウルス科に含めるべきであるとする意見もあるが、歯の部分しか発見されておらず、属レベルで分類するのは容易ではない。
クラドグラムは Motani (1999)、Maisch and Matzke (2000)、Jiang, Schmitz, Hao & Sun (2006) に基づく。分類群名と属名は Maisch (2010) に従う。