X Window System コアプロトコル
アトムは識別子であるから、一意である。しかし、アトムとリソースの識別子は同じになることがある。アトムに対応した文字列は「アトム名; atom name」と呼ばれる。アトム名は生成後に変更することはできないし、二つのアトムが同じアトム名となることもない。従って、アトム名はアトムを指すのにも使える。「アトム ABCD」と言った場合、正確には「文字列 ABCD に対応するアトム」あるいは「名前が ABCD のアトム」を意味する。クライアントは、新たなアトム生成を要求することもできるし、ある文字列のアトム(識別子)を要求することもできる(これらは同じ意味である)。事前定義されたアトムもある(特定の識別子と文字列でサーバが生成する)。
アトムは様々な用途で使われ、主に同じサーバに接続した複数のクライアント間の通信でよく使われる。特に、後述するウィンドウのプロパティに関連して使われる。
サーバ内に保持されている全アトムの一覧は xlsatoms プログラムを使って表示できる。特に、このプログラムはそれぞれのアトム(識別番号)とその名前(対応する文字列)を表示できる。