足利義稙
その後、義尹と義澄派は将軍職をめぐって抗争する。永正6年(1509年)10月には義澄に刺客を送られたが、義尹は自らこれを撃退した。永正8年(1511年)8月の船岡山合戦直前に義澄が病死し、さらにこの戦いにも義尹派が勝利したため、義尹の将軍職復帰が確定した。
だが、義尹の政権は管領となった細川高国や管領代と称された大内義興らの軍事力によって支えられていたため、親裁志向の強い義尹としては、意のままにならないことも多く、永正5年(1508年)8月に行われた将軍復帰直後最初の御成先に畠山尚順の宿舎を選んだ(尚順を将軍復帰の最大の功労者と認定したことになる)ことで大内義興がこれに抗議するために宴会を途中で退席して高国もこれに同調し、永正9年(1512年)3月に後柏原天皇が義尹の意向に反して大内義興を従三位に叙し、永正10年(1513年)3月には細川・大内・畠山の諸氏と対立した義尹が一時京都を出奔して近江国甲賀郡に逃れた上、当地で病を発した。