ケロロ軍曹 (アニメ)
1stシーズンの人気を受け、新たなファンを開拓し認知度が広まったと評されることが多い。『ポケットモンスター』と並びテレビ東京を代表するアニメと紹介されるようになったのも、この頃からである。
また、同時期にテレビドラマ『電車男』で本作のグッズが使用されたことによってアニメファン以外にも知名度をかなり高めた。
このシーズン以降のストーリーは原作をほぼ消化しきっていたためアニメオリジナルのものがメインとなり、それらは低年齢の視聴層へ配慮した比較的単純な話が多くなっている。
放送時間の移動やいくつかの系列外局で2ndシーズンより新規ネット開始したことに伴い、最初の1か月間は左記の理由により新たに見始める視聴者へのキャラクター紹介を目的として、「1stシーズンラストで別れていた小隊の面々が、再び1人ずつ日向家に集まってくる」というストーリーが展開された。これは、1stシーズンの初期展開をなぞる形になっている。
大部分の主要キャラクターの春服が変更された。
カララなど原作と大きく異なった性質になったキャラクターが多くなった。
一部のエピソードでは作画上の矛盾が見られたが、DVD化の際に修正された。
2006年3月11日には初の劇場版アニメが全国ロードショーされた。
このシーズンから、字幕放送付加番組となった。