ベルリナーFCディナモ
1990年のドイツ再統一後、クラブはシュタージとの繋がりや過去の記憶と決別する為「FCベルリン」と改称した。しかし東西ドイツの再統一は選手の自由な移籍が可能となり有力選手は引き抜かれ戦力の低下が始まった。またかつての様にシュタージの圧力による試合の操作も行使する事が適わなくなり瞬く間に下位リーグを低迷する様になった。 1999年には再び以前の「BFCディナモ」へ戻したが、2000-01シーズン中に経営状態の悪化からクラブは破産した。
その後、ベルリナーFCディナモとして生まれ変わったクラブは2004年のVerbandsliga(5部リーグに相当)で優勝し、オーバーリーガ(当時4部リーグに相当)に所属。以後、2007-08シーズンまでの4シーズン所属した。
2008-09シーズンからは、ブンデスリーガ3部の3. リーガが新設された関係で、オーバーリーガが5部リーグ相当となり、同リーグに所属。
2013-14シーズンにオーバーリーガ優勝を果たし、4部相当のレギオナルリーガ・ノルトスト(北東部)に昇格。