新宿駅
1986年(昭和61年)3月3日:国鉄埼京線運行区間が延伸。第1ホーム(現1・2番線)を使用開始し既存ホームの番線がずれる。
1987年(昭和62年)4月1日:国鉄分割民営化に伴い、国鉄の駅は東日本旅客鉄道(JR東日本)の駅(山手線所属)となる。
1988年(昭和63年)10月20日:ルミネ2口(のちの東南改札)がオープン。
1990年(平成2年) 6月5日:丸ノ内線ホームの西新宿方にある引上線にて、回送列車が車止めに衝突する事故が発生する。詳細は営団地下鉄丸ノ内線新宿駅引上線衝突事故を参照。 6月30日:南口に自動改札機を設置し、供用開始。
1991年(平成3年) 3月9日:JRの東口、中央口に自動改札機を設置し、供用開始。 3月16日:JRの新南口がオープン。同時に自動改札機の供用開始。 3月19日:「成田エクスプレス」運転開始により第2ホーム(現3・4番線)を使用開始し、既存ホームの番線がずれる。西口、小田急口に自動改札機を設置し、供用開始。
1993年(平成5年)12月1日:ダイヤ改正で、中央本線の中距離列車の当駅乗り入れを廃止。
1995年(平成7年) 4月1日:JRの東南口に自動改札機を設置し、供用開始。 5月5日:当駅で青酸ガス事件が発生(新宿駅青酸ガス事件、オウム真理教(→アーレフ)の元信者の犯行)。
1996年(平成8年)3月9日:JRと小田急の連絡改札口に自動改札機を設置し、供用開始。
1997年(平成9年)12月19日:都営地下鉄大江戸線の駅が開業。