京都新城
秀吉は完成した屋敷を数度訪れたが、いずれも滞在は短期であった。幼少の秀頼(5歳)が住んだとの説もあるが、これも「移徙」とあるだけで、実際に住んだことは確認できない。翌年8月18日に秀吉が伏見城で亡くなると、家督を継いだ秀頼は新城には住まず、秀吉の遺命により大坂城に移った。
慶長4年(1599年)9月、大坂城西の丸を徳川家康に渡す準備として、高台院が大坂から新城に移居したので、以後、高台院屋敷と呼ばれた。
慶長5年(1600年)8月29日、関ヶ原の戦いを前に、「禁裏近所の故」つまり戦闘に新城が利用されるのを避ける目的で、屋敷の防御施設が町人足役を動員して撤去された。この時、南面御門、内堀、南城ノ堀・石垣などが取り除かれたが、当時の縄張り図はもちろん、発掘によっても関連遺構が2020年までは一切発見されていなかったから、全体の構造の推測は困難であるものの公家の邸宅としては防御機能が充実していたが城郭としては未完成だったと思われる。