文保の和談
しかし後嵯峨はその意向を明確にしないまま死去した。親権者の指名がなければ治天の君の継承問題は解決できない。後嵯峨が解決を鎌倉幕府に一任していたという節もあり、幕府は、後嵯峨の真意を後深草と亀山の母である大宮院に確認し、大宮院の指名により亀山の親政が決まった。文永11年(1274年)亀山は皇太子世仁(後宇多天皇)に譲位し院政を開始した。
しかし、これに不満を抱いた後深草が翌建治元年(1275年)、太上天皇の尊号辞退と出家の意思を表明したことから、関東申次西園寺実兼と執権北条時宗との折衝により、後深草の皇子熈仁親王(伏見天皇)が同年中に亀山の猶子となり親王宣下、立太子し、続く弘安9年(1286年)には後宇多皇子邦治王(後二条天皇)が親王宣下された。これは伏見が亀山の院政下に即位し、その後を後二条が継ぐことを念頭に置いた措置であったと推定されているが、同10年(1287年)伏見の即位に伴い、治天の地位が後深草に移動、後深草院政が開始された。この理由については、従来幕府による朝廷権力の掣肘であるとする見解が主流であったが、近年では亀山が西園寺実兼との不和に加え、霜月騒動で失脚した安達泰盛と親しかったことや、「新制」に対し熱心であった態度が東国のみならず全国へ実効支配を広げようとする得宗勢力の不審を呼んだのではないかとする説が有力となっている。