本諫早駅
相対式ホーム2面2線に加えて諫早方に側線2本を有する地上駅。互いのホームは構内踏切でつながっている(遮断機、警報機ともなし)。列車交換を行わない場合は上下とも駅舎側のホームに停車する。諫早駅が1面1線のみを有する構造であるため、側線は車両の留置に使われる。ホームの北側、幸方に二階建ての駅舎が置かれている。社員配置駅。駅舎内の待合所に自動券売機が一台設置されている。
当駅は終日有人駅であるため諫早駅、島原駅と同様に2両編成ではホーム側の全てのドアが開く。