醤油
「脱脂加工大豆」が多く用いられる。これは、醸造用加工大豆と呼ばれることもあるが、一般的には大豆を原料にヘキサンを溶剤として大豆油を抽出した際の副生産物(大豆粕)である。残留ヘキサンの毒性は神経毒であるが、ヘキサンは減圧・加熱により容易に揮発し、脱脂加工大豆には残留しないので醤油醸造には全く影響がないばかりか、大豆の油脂成分は本質的に醤油の醸造に必要ないため、かえって好都合である。もちろん大豆油メーカーも大豆油・大豆粕からヘキサンを回収し再利用しているため、脱脂加工大豆の安全性に問題はないとしている。製品の一括表示内に原材料「大豆」と表示されているものは、無加工の大豆である丸大豆を使用していることを表し、脱脂加工大豆が使用されている場合は「脱脂加工大豆」と表示される。原料に丸大豆を使用する場合、仕込工程の説明のように、丸大豆には未処理の油が大量に含まれているため、これらの油分は仕込工程中に分離して、もろみの上に浮かんで油の層を作る。
丸大豆醤油を支持する製造者は、 「油脂の層によりもろみの酸化が防げる」 「油脂から分解されたグリセリンが風合いを変える」
等の主張がある。一方、分析および官能試験では有意な差がないという意見もあり「丸大豆だから美味しい」とは一概に言えず、議論が発生する。
ヒゲタ醤油の元技術者によれば、脱脂加工大豆で仕込んだ場合は、丸大豆で仕込んだ場合より、うま味を呈するグルタミン酸の産生が多い。また、脱脂加工大豆で仕込んだ醤油の方が、丸大豆醤油と比べ、香りが豊かである。一方、丸大豆醤油は、油の分解により生じたグリセリンを多く含み、その甘みが味をまろやかにし、グルタミン酸が少ないという欠点をカバーする。