登録記念物
再度公園及び再度山永久植生保存地(兵庫県神戸市中央区)2006年7月28日登録 - 2007年2月6日、名勝指定のため登録抹消
末浄水場の園地(石川県金沢市)2008年7月28日登録 - 2010年2月22日、名勝指定のため登録抹消
喜屋武海岸及び荒崎海岸(沖縄県糸満市)2006年7月28日登録 - 2012年9月19日、名勝及び天然記念物指定のため登録抹消
棲霞園(長崎県平戸市)2011年9月21日登録 - 2013年10月17日、名勝指定のため登録抹消
旧齋藤氏別邸庭園(新潟県新潟市中央区)- 2013年3月27日登録 - 2015年3月10日、名勝指定のため登録抹消
長崎原爆遺跡(旧城山国民学校校舎)(長崎県長崎市)- 2013年8月1日登録 - 2016年10月3日、史跡指定のため登録抹消
長崎原爆遺跡(浦上天主堂旧鐘楼)(長崎県長崎市)- 2013年8月1日登録 - 2016年10月3日、史跡指定のため登録抹消
長崎原爆遺跡(旧長崎医科大学門柱)(長崎県長崎市)- 2013年8月1日登録 - 2016年10月3日、史跡指定のため登録抹消
長崎原爆遺跡(山王神社二の鳥居)(長崎県長崎市)- 2013年8月1日登録 - 2016年10月3日、史跡指定のため登録抹消
西山氏庭園(大阪府豊中市)- 2008年7月28日登録 - 2019年10月16日、名勝指定のため登録抹消
神仙郷(神奈川県足柄下郡箱根町)- 2013年8月1日登録 - 2021年3月26日、名勝指定のため登録抹消
牧野記念庭園(牧野富太郎宅跡)(東京都練馬区)- 2009年2月12日登録 - 2023年2月9日、東京都の名勝及び史跡に指定の後、登録抹消