日本約有近 600 種的淡水、汽水 (半海水) 魚類；其中外來種約有 50 種，原生種則有約 550 種。分布於河口的魚類仍需要更詳盡的調查，估計可能將現有的種類倍增，即 1000 種以上的種類存在。



七鰓鰻目 Petromyzontiformes


* 七鰓鰻科 Petromyzontidae
1. 日本叉牙七鰓鰻 - _Lethenteron japonicum_ (カワヤツメ，川八目)
2. 黑尾叉牙七鰓鰻 - _Lethenteron kessleri_ (シベリアヤツメ)
3. 雷氏叉牙七鰓鰻 - _Lethenteron reissneri_ (スナヤツメ，砂八目)
4. 叉牙楔齒七鰓鰻 - _Entosphenus tridentatus_ (ミツバヤツメ)



半椎魚目 Semionotiformes


* 鱗骨魚科 Lepisosteidae
1. 眼斑雀鱔 - _Lepisosteus oculatus_ (スポッテッドガー)　※移入種
2. 紡錘骨雀鱔 - _Atractosteus spatula_ (アリゲーターガー)　※移入種



白眼鮫目 Carcharhiniformes


* 平滑鮫科 Triakididae
1. 皺唇鯊 - _Triakis scyllium_ (ドチザメ，奴智鮫)

* 白眼鮫目 Carcharhinidae
1. 鼬鯊 - _Galeocerdo cuvier_ (イタチザメ)
2. 尖吻斜鋸牙鯊 - _Rhizoprionodon acutus_ (ヒラガシラ)
3. 低鰭真鯊 - _Carcharhinus leucas_ (オオメジロザメ，大目白鮫)
4. 鉛灰真鯊 - _Carcharhinus plumbeus_ (メジロザメ)

* 丫髻鮫科 Sphyrnidae
1. 路氏雙髻鯊 - _Sphyrna lewini_ (アカシュモクザメ)



鰩目 Rajiformes


* Pristidae
1. 小齒鋸鰩 - _Pristis microdon_ (ノコギリエイ)

* 土魟科 Dasyatidae
1. 赤魟 - _Dasyatis akajei_ (アカエイ)
2. 費氏窄尾魟 - _Himantura fai_ (オグロオトメエイ)



鱘形目 Acipenseriformes


* 鱘科 Acipenseridae
1. 中吻鱘 - _Acipenser medirostris_ (チョウザメ，蝶鮫) ※國內絶滅



海鰱目 Elopiformes


* 海鰱科 Elopidae
1. 夏威夷海鰱 - _Elops hawaiensis_ (カライワシ)

* 大眼海鰱科 Megalopidae
1. 大海鰱 - _Megalops cyprinoides_ (イセゴイ，伊勢鯉)



鯡形目 Clupeiformes


* 鯡科 Clupeidae
1. 鰳 - _Ilisha elongata_ (ヒラ，曹白魚)
2. 壽南小沙丁魚 - _Sardinella zunasi_ (サッパ)
3. 太平洋鯡 - _Clupea pallasii_ (ニシン，鯡、鰊)
4. 斑鰶 - _Konosirus punctatus_ (コノシロ)
5. 日本海鰶 - _Nematalosa japonica_ (ドロクイ)

* 鯷科 Engraulidae
1. 刀鱭 - _Coilia nasus_ (エツ，斉魚、鱭) ※固有種
2. 黃鯽 - _Setipinna tenuifilis_ (ツマリエツ)
3. 印度側帶小公魚 - _Stolephorus indicus_ (インドアイノコイワシ)
4. 康氏側帶小公魚 - _Stolephorus commersonnii_ (ヤエヤマアイノコイワシ)
5. 貝拉棱鯷 - _Thryssa baelama_ (オオイワシ)
6. 漢氏棱鯷 - _Thryssa hamiltoni_ (チョウセンタレクチ)



鰻形目 Anguilliformes


* 鰻鱺科 Anguillidae
1. 日本鰻鱺 - _Anguilla japonica_ (ウナギ，鰻)
2. 太平洋雙色鰻鱺 - _Anguilla bicolor pacifica_ (ニューギニアウナギ)
3. 歐洲鰻鱺 - _Anguilla anguilla_ (ヨーロッパウナギ)　※移入種
4. 花鰻鱺 - _Anguilla marmorata_ (オオウナギ，大鰻)

* 鯙科 Muraenidae
1. 玫唇蛇鱔 - _Echidna rhodochilus_ (ナミダカワウツボ)
2. 淡網紋裸胸鱔 - _Gymnothorax pseudothyrsoideus_ (アミメウツボ，網目鱓)
3. 豹紋海鱔 - _Muraena pardalis_ (トラウツボ，虎鱓)
4. 尾鱔 - _Uropterygius concolor_ (コゲウツボ)

* 蛇鰻科 Ophichthidae
1. _Lamnostoma polyophthalmum_ (ハクテンウミヘビ)
2. 雜食豆齒鰻 - _Pisodonophis boro_ (ゴマホタテウミヘビ)



胡瓜魚目 Osmeriformes


* 胡瓜魚科 Osmeridae
1. 胡瓜魚 - _Osmerus eperlanus mordax_ (キュウリウオ，胡瓜魚)
2. 長體油胡瓜魚 - _Spirinchus lanceolatus_ (シシャモ，柳葉魚) ※固有種
3. 西太公魚 - _Hypomesus nipponensis_ (ワカサギ，若鷺、公魚、鰙) ※固有種
4. 池沼公魚 - _Hypomesus olidus_ (イシカリワカサギ)
5. 日本公魚 - _Hypomesus japonicus_ (チカ)
6. _Hypomesus chishimaensis_ (チシマワカサギ)


* 香魚科 Plecoglossidae
1. 香魚 - _Plecoglossus altivelis_
  1. 香魚 - _P. a. altivelis_ (アユ，鮎)
  2. 琉球香魚 - _P. a. ryukyuensis_ (リュウキュウアユ，琉球鮎) ※固有亜種

* 銀魚科 Salangidae
1. 小齒日本銀魚 - _Salangichthys microdon_ (シラウオ，白魚)
2. 石川日本銀魚 - _Salangichthys ishikawae_ (イシカワシラウオ，石川白魚)
3. 雷氏新銀魚 - _Neosalanx reganius_ (アリアケヒメシラウオ，有明姫白魚) ※固有種
4. 有明銀魚 - _Salanx ariakensis_ (アリアケシラウオ，有明白魚)



鮭形目 Salmoniformes


* 鮭科 Salmonidae

1. 遠東哲羅魚 - _Hucho perryi_ (イトウ，伊當、伊富)
2. 瑪紅點鮭 - _Salvelinus malma_
  1. 克氏紅點鮭 - _S. m. krascheninnikovi_ (オショロコマ)
  2. 宮部紅點鮭 - _S. m. miyabei_ (ミヤベイワナ，宮部岩魚) ※固有亜種
3. 遠東紅點鮭 - _Salvelinus leucomaenis_
  1. 遠東紅點鮭 - _S. l. leucomaenis_
    1. _S. l. leucomaenis_ 降海型 (アメマス，雨鱒、鯇鱒)
    2. _S. l. leucomaenis_ 陸封型 (エゾイワナ，蝦夷岩魚)
  2. 雨紅點鮭 - _S. l. pluvius_ (ニッコウイワナ，日光岩魚) ※固有亜種
  3. 日本紅點鮭 - _S. l. japonicus_ (ヤマトイワナ，大和岩魚) ※固有亜種
  4. 斑頭紅點鮭 - _S. l. imbrius_ (ゴギ) ※固有亜種
4. 美洲紅點鮭 - _Salvelinus fontinalis_ (カワマス) ※移入種
5. 湖紅點鮭 - _Salvelinus namaycush_ (レイクトラウト) ※移入種
6. 鱒 - _Salmo trutta_ (ブラウントラウト) ※移入種
7. 虹鱒 - _Oncorhynchus mykiss_ (ニジマス) ※移入種
8. 馬蘇大麻哈魚 - _Oncorhynchus masou_
  1. 馬蘇大麻哈魚 - _O. m. masou_
    1. _O. m. masou_ 降海型 (サクラマス，桜鱒)
    2. _O. m. masou_ 陸封型 (ヤマメ，山女)
  2. 石川馬蘇大麻哈魚 - _O. m. ishikawae_ ※固有種
    1. _O. m. ishikawae_ 降海型 (サツキマス，皐月鱒、五月鱒)
    2. _O. m. ishikawae_ 陸封型 (アマゴ，天魚、雨魚、甘子)
  3. 玫瑰馬蘇大麻哈魚 - _O. m. rhodurus_ (ビワマス，琵琶鱒) ※固有亜種
9. 紅大麻哈魚 - _Oncorhynchus nerka_
  1. 紅大麻哈魚 - _O. n. nerka_
    1. _O. n. nerka_ 降海型 (ベニザケ，紅鮭)
    2. _O. n. nerka_ 陸封型 (ヒメマス，姫鱒)
  2. 田沢湖亜種 (斑點大麻哈魚) - _O. n. kawamurae_ (クニマス，國鱒) ※固有亜種 / 絶滅
10. 銀大麻哈魚 - _Oncorhynchus kisutch_ (ギンザケ，銀鮭)
11. 大鱗大麻哈魚 - _Oncorhynchus tschawytscha_ (マスノスケ，鱒の介)
12. 大麻哈魚 - _Oncorhynchus keta_ (サケ，鮭)
13. 細鱗大麻哈魚 - _Oncorhynchus gorbuscha_ (カラフトマス，樺太鱒)
14. 楚德白鮭 - _Coregonus lavaretus maraena_ (シナノユキマス) ※移入種



仙女魚目 Aulopiformes


* 合齒魚科 Synodontidae
1. 雲紋蛇鯔 - _Saurida nebulosa_ (ウチウミマダラエソ)



鼠鱚目 Gonorynchiformes


* 虱目魚科 Chanidae
1. 虱目魚 - _Chanos chanos_ (サバヒー)



鯉形目 Cypriniformes


* 鯉科 Cyprinidae
1. _Nipponocypris sieboldii_ (ヌマムツ，沼鯥) ※固有種
2. 縱紋鱲 - _Nipponocypris temminckii_ (カワムツ，川鯥)
3. 寬鰭鱲 - _Zacco platypus_ (オイカワ，追河)
4. 真馬口魚 - _Opsariichthys uncirostris uncirostris_ (ハス，鰣) ※固有種
5. 錦波魚 - _Hemigrammocypris rasborella_ (カワバタモロコ，川端諸子) ※固有種
6. 中華細鯽 - _Aphyocypris chinensis_ (ヒナモロコ)
7. 閃電斑馬魚 - _Danio albolineatus_ (パールダニオ)　※移入種
8. 印度斑馬魚 - _Danio rerio_ (ゼブラダニオ)　※移入種
9. 箱根三齒雅羅魚 - _Tribolodon hakonensis_ (ウグイ，石斑魚、鯎)
10. 雜食三齒雅羅魚 - _Tribolodon brandti_ (マルタ，丸太)
11. _Tribolodon nakamurai_ (ウケクチウグイ) ※固有種
12. 玫瑰三齒雅羅魚 - _Tribolodon ezoe_ (エゾウグイ，蝦夷石斑魚)
13. 長尾鱥 - _Phoxinus lagowskii_
  1. _P. l. steindachneri_ (アブラハヤ，油鮠)
  2. _P. l. yamamotis_ (ヤマナカハヤ) ※固有亜種
14. 焦氏尖頭鱥 - _Phoxinus oxycephalus jouyi_ (タカハヤ，高鮠) ※固有亜種
15. 薩哈林湖鱥 - _Phoxinus percnurus sachalinensis_ (ヤチウグイ)
16. 丁鱥 - _Tinca tinca_ (テンチ) ※移入種
17. _Ctenopharhyngodon idellus_ (ソウギョ) ※移入種
18. 青魚 - _Ctenopharhynodon piceus_ (アオウオ) ※移入種
19. 石川魚 - _Ischikauia steenackeri_ (ワタカ，腸香、黃魚) ※固有種
20. 鱅 (花鰱) - _Aristichtys nobilis_ (コクレン) ※移入種
21. 鰱 (白鰱) - _Hypophthalmichthys molitrix_ (ハクレン) ※移入種
22. 暗色頜鬚鮈 - _Gnathopogon caerulescens_ (ホンモロコ，本諸子) ※固有種
23. 長頜鬚鮈 - _Gnathopogon elongatus_ ※固有種
  1. 長頜鬚鮈 - _G. e. elongatus_ (タモロコ，田諸子)
  2. 諏訪湖亜種 (短尾長頜鬚鮈) - _G. e. suwae_ (スワモロコ) ※固有亜種 / 絶滅
24. 扁吻鮈 - _Pungtungia herzi_ (ムギツク，麥突)
25. 麥穗魚 - _Pseudorasbora parva_ (モツゴ，持子)
26. 北方麥穗魚 - _Pseudorasbora pumila_ ※固有種
  1. 北方麥穗魚 - _P. p. pumila_ (シナイモツゴ)
  2. _P. p. subsp._ (ウシモツゴ)
27. 琵琶湖鰁 - _Sarcocheilichthys biwaensis_ (アブラヒガイ，油鰉) ※固有種
28. 雜色鰁 - _Sarcocheilichthys variegatus_ ※固有種
  1. 雜色鰁 - _S. v. variegatus_ (カワヒガイ，河鰉)
  2. 小眼鰁 - _S. v. microoculus_ (ビワヒガイ，琵琶鰉)
29. 長吻似鮈 - _Pseudogobio esocinus esocinus_ (カマツカ，鎌柄)
30. 棒花魚 - _Abbottina rivularis_ (ツチフキ，土吹)
31. 琵琶湖鮈 - _Biwia zezera_ (ゼゼラ) ※固有種
32. 興凱銀鮈 - _Squalidus chankaensis_
  1. 琵琶湖銀鮈 - _S. c. biwae_ (スゴモロコ) ※固有種
  2. 朝鮮興凱銀鮈 - _S. c. tsuchigae_ (コウライモロコ，高麗諸子)
33. 日本銀鮈 - _Squalidus japonicus japonicus_ (デメモロコ，出目諸子) ※固有亜種
34. 細銀鮈 - _Squalidus gracilis gracilis_ (イトモロコ，糸諸子) ※固有亜種
35. 長吻䱻 - _Hemibarbus longirostris_ (ズナガニゴイ，頭長似鯉)
36. 日本䱻 - _Hemibarbus barbus_ (ニゴイ，似鯉) ※固有種
37. 唇䱻 - _Hemibarbus labeo_ (コウライニゴイ，高麗似鯉)
38. 鯉 - _Cyprinus carpio_ (コイ，鯉)
39. 日本白鯽 - _Carassius cuvieri_ (ゲンゴロウブナ，源五郎鮒) ※固有種
40. 鯽 - _Carassius auratus_
  1. _C. a. subsp._ (キンブナ，金鮒) ※固有亜種
  2. 布氏鯽 - _C. a. buergeri_ (オオキンブナ，大金鮒)
  3. 大眼鯽 - _C. a. grandoculis_ (ニゴロブナ，似五郎鮒) ※固有亜種
  4. _C. a. subsp._ (ナガブナ，長鮒) ※固有亜種
  5. 蘭氏鯽 - _C. a. langsdorfii_ (ギンブナ，銀鮒)
  6. 鯽 (金魚) - _C. a. auratus_ (キンギョ，金魚)　※移入種
  7. 銀鯽 - _C. a. gibelio_ (ギベリオブナ)　※移入種
41. 矛形田中鰟鮍 - _Tanakia lanceolata_ (ヤリタナゴ，槍鱮)
42. 黃褐田中鰟鮍 - _Tanakia limbata_ (アブラボテ)
43. 關東田中鰟鮍 - _Tanakia tanago_ (ミヤコタナゴ，都鱮) ※固有種 / 國指定の天然記念物
44. 高體鰟鮍 - _Rhodeus ocellatus_
  1. 高體鰟鮍 - _R. o. ocellatus_ (タイリクバラタナゴ)　※移入種
  2. 日本鰟鮍 - _R. o. kurumeus_ (ニッポンバラタナゴ) ※固有亜種
45. 暗色鰟鮍 - _Rhodeus atremius_
  1. 九州亜種 (暗色鰟鮍) - _R. a. atremius_ (カゼトゲタナゴ) ※固有亜種
  2. 山陽亜種 (粗紋暗色鰟鮍) - _R. a. suigensis_ (スイゲンゼニタナゴ)
46. 細鱗鱊 - _Acheilognathus typus_ (ゼニタナゴ，銭鱮) ※固有種
47. 斜方鱊 - _Acheilognathus rhombeus_ (カネヒラ，金平)
48. 長鰭鱊 - _Acheilognathus longipinnis_ (イタセンパラ) ※固有種 / 國指定の天然記念物
49. 黑腹鱊 - _Acheilognathus melanogaster_ (タナゴ，鱮) ※固有種
50. 縱帶鱊 - _Acheilognathus cyanostigma_ (イチモンジタナゴ) ※固有種
51. 巨口鱊 - _Acheilognathus tabira_ ※固有種
  1. 琵琶湖亜種 - _A. t. tabira_ (シロヒレタビラ，白鰭田平)
  2. 山陰亜種 - _A. t. subsp._ (アカヒレタビラ，赤鰭田平)
  3. 九州亜種 - _A. t. nakamurae_ (セボシタビラ)
52. 大鰭鱊 - _Acheilognathus macropterus_ (オオタナゴ)　※移入種

* 鰍科 Cobitidae
1. 短薄鰍 - _Leptobotia curta_ (アユモドキ，鮎擬) ※固有種 / 國指定の天然記念物
2. 泥鰍 - _Misgurnus anguillicaudatus_ (ドジョウ，泥鰌)
3. 大鱗泥鰍 - _Misgurnus mizolepis_ (カラドジョウ)　※移入種
4. 松原鰍 - _Cobitis matsubarae_ (ヤマトシマドジョウ，大和縞泥鰌) ※固有種
5. 條紋鰍 - _Cobitis taenia striata_ (スジシマドジョウ，筋縞泥鰌) ※固有種
6. 琵琶湖鰍 - _Cobitis biwae_ (シマドジョウ，縞泥鰌) ※固有種
7. 高鰍 - _Cobitis takatsuensis_ (イシドジョウ，石泥鰌) ※固有種
8. _Cobitis shikokuensis_ (ヒナイシドジョウ)
9. 後鰭花鰍 - _Niwaella delicata_ (アジメドジョウ，味女泥鰌) ※固有種
10. 斑北鰍 - _Lefua echigonia_ (ホトケドジョウ，仏泥鰌) ※固有種
11. _Lefua sp._ (ナガレホトケドジョウ) ※固有種
12. 短體北鰍 - _Lefua nikkonis_ (エゾホトケドジョウ，蝦夷仏泥鰌) ※固有種
13. 北鰍 - _Lefua costata_ (ヒメドジョウ)　※移入種
14. _Noemacheilus barbatulus toni_ (フクドジョウ)



鯰形目 Siluriformes


* 北美鯰科 Ictaluridae
1. 斑真鮰 - _Ictalurus punctatus_ (チャネルキャットフィッシュ) ※移入種

* 鮠科 Bagridae
1. _Pseudobagrus nudiceps_ (ギギ，義義) ※固有種 (Pelteobagrus nudiceps)
2. 越南擬鱨 - _Pseudobagrus tokiensis_ (ギバチ，義蜂) ※固有種
3. 桔色擬鱨 - _Pseudobagrus aurantiacus_ (アリアケギバチ，有明義蜂) ※固有種
4. 石川氏擬鱨 - _Pseudobagrus ichikawai_ (ネコギギ，貓義義) ※固有種 / 國指定の天然記念物

* 鯰科 Siluridae
1. 花鯰 - _Silurus asotus_ (ナマズ，鯰)
2. 琵琶湖鯰 - _Silurus biwaensis_ (ビワコオオナマズ，琵琶湖大鯰) ※固有種
3. 石鯰 - _Silurus lithophilus_ (イワトコナマズ，岩床鯰) ※固有種

* 鮰科 Amblycipitidae
1. 紅䱀 - _Liobagrus reinii_ (アカザ，赤佐) ※固有種

* 塘蝨魚科 Clariidae
1. 鬍鯰 - _Clarias fuscus_ (ヒレナマズ)　※移入種

* 海鯰科 Ariidae
1. 斑海鯰 - _Arius maculatus_ (ハマギギ)
2. 硬頭海鯰 - _Arius leiotetocephalus_ (トウカイハマギギ)

* 鰻鯰科 Plotosidae
1. 線紋鰻鯰 - _Plotosus lineatus_ (ゴンズイ)

* 骨甲鯰科 Loricariidae
1. 野脂身鯰 - _Liposarcus disjunctivus_ (マダラロリカリア) ※移入種



鶴鱵目 Beloniformes


* 鱵科 Hemiramphidae
1. 間下鱵魚 - _Hyporhamphus intermedius_ (クルメサヨリ)
2. 日本下鱵魚 - _Hyporhamphus sajori_ (サヨリ，細魚、鱵)
3. 瓜氏下鱵魚 - _Hyporhamphus quoyi_ (センニンサヨリ)
4. 縱帶異鱗鱵 - _Zenarchopterus dunckeri_ (コモチサヨリ)

* 鶴鱵科 Belonidae
1. 尖嘴柱頜針魚 - _Strongylura anastomella_ (ダツ)

* 異鱂科 Adrianichthyidae

1. 青鱂 - _Oryzias latipes_ (メダカ，目高)



鯉齒目 Cyprinodontiformes


* 花鱂科 Poeciliidae
1. 食蚊魚 - _Gambusia affinis_ (カダヤシ) ※移入種
2. 孔雀花鱂 - _Poecilia reticulata_ (グッピー) ※移入種
3. 黑花鱂 (摩麗魚)- _Poecilia sphenops_ (コクチモーリー) ※移入種
4. 劍尾魚 - _Xiphophorus helleri_ (ソードテール) ※移入種
5. 花斑劍尾魚 - _Xiphophorus maculatus_ (ムーンフィッシュ) ※移入種



海龍魚目 Syngnathiformes


* 鼠䲗科 Callionymidae
1. 彎棘斜棘䲗 - _Repomucenus curvicornis_ (ネズミゴチ，鼠鯒)
2. 池田擬美尾䲗 - _Pseudocalliurichthys ikedai_ (ナリタイトヒキヌメリ)

* 海龍科 Syngnathidae
1. 毛鬚海龍 - _Urocampus carinirostris_ (ミナミオクヨウジ)
2. 舒氏海龍 - _Syngnathus schlegeli_ (ヨウジウオ)
3. 短尾腹囊海龍 - _Microphis brachyurus brachyurus_ (テングヨウジ，天狗楊子)
4. 菲律賓腹囊海龍 - _Microphis jagorii_ (ヒメテングヨウジ)
5. 無棘腹囊海龍 - _Microphis leiaspis_ (イッセンヨウジ)
6. 扁吻腹囊海龍 - _Microphis argulus_ (ホシイッセンヨウジ)
7. 雷氏腹囊海龍 - _Microphis retzii_ (タニヨウジ)
8. 筆狀多環海龍 - _Hippichthys penicillus_ (ガンテンイシヨウジ)
9. 藍點多環海龍 - _Hippichthys cyanospilus_ (ハクテンヨウジ)
10. 帶紋多環海龍 - _Hippichthys spicifer_ (カワヨウジ，川楊子)
11. 前鰭多環海龍 - _Hippichthys heptagonus_ (アミメカワヨウジ)
12. 大海馬 - _Hippocampus kelloggi_ (オオウミウマ)
13. 管海馬 - _Hippocampus kuda_ (クロウミウマ)
14. 莫氏海馬 - _Hippocampus mohnikei_ (サンゴタツ)



銀漢魚目 Atheriniformes


* 銀漢魚科 Atherinidae
1. 牙漢魚 - _Odonthestes bonariensis_ (ペヘレイ) ※移入種
2. 藍美銀漢魚 - _Atherinomorus lacunosus_ (ヤクシマイワシ)
3. 後肛下銀漢魚 - _Hypoatherina tsurugae_ (ギンイソイワシ)
4. 凡氏下銀漢魚 - _Hypoatherina valenciennei_ (トウゴロウイワシ，三重志摩)
5. 吳氏下銀漢魚 - _Hypoatherina woodwardi_ (オキナワトウゴロウ)



鯔形目 Mugiliformes


* 鯔科 Mugilidae
1. 鯔 - _Mugil cephalus cephalus_ (ボラ，鯔)
2. 鮻 - _Chelon haematocheilus_ (メナダ，赤目魚、眼奈太)
3. _Chelon affinis_ (セスジボラ)
4. 澎湖鮻 - _Chelon macrolepis_ (コボラ)
5. 綠背鮻 - _Chelon subviridis_ (アンピンボラ)
6. - _Chelon melinopterus_ (ヒルギメナダ)
7. 多鱗莫鯔 - _Moolgarda seheli_ (タイワンメナダ)
8. 少鱗莫鯔 - _Moolgarda perusii_ (ナンヨウボラ)
9. - _Moolgarda pedaraki_ (カマヒレボラ)
10. 英氏莫鯔 - _Moolgarda engeli_ (モンナシボラ)
11. 粒唇鯔 - _Crenimugil crenilabis_ (フウライボラ)
12. 異唇粒唇鯔 - _Crenimugil heterocheilos_ (ナガレフウライボラ)
13. 黃鯔 - _Ellochelon vaigiensis_ (オニボラ)
14. _Cestraeus sp._ (カワボラ)



鱸形目 Perciformes


* 棘背魚科 Gasterosteidae
1. 三刺魚 - _Gasterosteus aculeateus complex_ 太平洋型 (イトヨ，糸魚)
2. _Gasterosteus sp._ 日本海型 (イトヨ，糸魚)
3. 小頭刺魚 - _Gasterosteus microcephalus_ (ハリヨ)
4. 八棘多刺魚 - _Pungitius pungitius_ (イバラトミヨ淡水型)
5. _Pungitius sp._ omono type (イバラトミヨ雄物型) ※固有種
6. _Pungitius sp._ (イバラトミヨ汽水型)
7. 圖們江多刺魚 - _Pungitius tymensis_ (エゾトミヨ，蝦夷富魚)
8. _Pungitius sp. 1_ (ムサシトミヨ，武蔵富魚) ※固有種
9. 南方多刺魚 - _Pungitius kaibarae_ (ミナミトミヨ，南富魚) ※固有種 / 絶滅

* 鮨科 Serranidae
1. 瑩點石斑魚 - _Epinephelus caeruleopunctatus_ (ハクテンハタ)
2. 紋波石斑魚 - _Epinephelus ongus_ (ナミハタ)
3. 點帶石斑魚 - _Epinephelus coioides_ (チャイロマルハタ)

* 綿䲁科 Zoarcidae
1. 長綿䲁 - _Zoarces elongatus_ (ナガガジ)

* 鮋科 Scorpaenidae
1. 無備平鮋 - _Sebastes inermis_ (メバル，眼張)
2. 許氏平鮋 - _Sebastes schlegelii_ (クロソイ，黒曹以)
3. 橢圓平鮋 - _Sebastes oblongus_ (タケノコメバル，筍眼張)
4. 厚頭平鮋 - _Sebastes pachycephalus pachycephalus_ (ムラソイ，斑曹以)

* 真裸皮鮋科 Tetrarogidae
1. 無鬚真裸皮鮋 - _Tetraroge niger_ (ヒゲソリオコゼ)
2. 髭真裸皮鮋 - _Tetraroge barbata_ (アゴヒゲオコゼ)

* 牛尾魚科 Platycephalidae
1. _Platycephalus sp._ (マゴチ，真鯒)
2. 鰐鯒 - _Cociella crocodila_ (イネゴチ)
3. 日本瞳鯒 - _Inegocia japonica_ (トカゲゴチ)

* 六線魚科 Hexagrammidae
1. 大瀧六線魚 - _Hexagrammos otakii_ (アイナメ，相嘗・鮎並)

* 杜父魚科 Cottidae
1. 松江鱸 - _Trachidermus fasciatus_ (ヤマノカミ，山の神)
2. 西刺杜父魚 - _Cottus kazika_ (カマキリ，鎌切、杜夫魚) ※固有種
3. 圖們江杜父魚 - _Cottus hangiongensis_ (カンキョウカジカ)
4. 薩哈林杜父魚 - _Cottus amblystomopsis_ (エゾハナカジカ，蝦夷花鰍)
5. 大棘杜父魚 - _Cottus nozawae_ (ハナカジカ，花鰍) ※固有種
6. 鈍頭杜父魚 - _Cottus pollux_ (カジカ，鰍) ※固有種
7. 賴氏杜父魚 - _Cottus reinii_ (ウツセミカジカ) ※固有種

* 線䲁科 Stichaeidae
1. 黑體網䲁 - _Dictyosoma burgeri_ (ダイナンギンポ，大灘銀寶)
2. 紅斑網䲁 - _Dictyosoma rubrimaculatum_ (ベニツケギンポ)
3. 六線䲁 - _Ernogrammus hexagrammus_ (ムスジガジ)

* 錦䲁科 Pholidae
1. 雲斑錦䲁 - _Pholis nebulosa_ (ギンポ，銀寶)



攀鱸目 Anabantiformes


* 鬥魚科 Belontiidae
1. 圓尾鬥魚 - _Macropodus chinensis_ (チョウセンブナ) ※移入種
2. 叉尾鬥魚 - _Macropodus opercularis_ (タイワンキンギョ，台灣金魚) ※移入種

* 鱧科 Channidae
1. 烏鱧 - _Channa argus_ (カムルチー) ※移入種
2. 斑鱧 - _Channa maculata_ (タイワンドジョウ) ※移入種
3. 月鱧 (七星鱧) - _Channa asiatica_ (コウタイ) ※移入種



日鱸目 Centrarchiformes


* 太陽魚科 Centrarchidae
1. 大口黑鱸 - _Micropterus salmoides_ (オオクチバス) ※移入種
2. _Micropterus floridanus_ (フロリダバス) ※移入種
3. 小口黑鱸 - _Micropterus dolomieu_ (コクチバス) ※移入種
4. 斑點黑鱸 - _Micropterus punctulatus_ (スポッテッドバス) ※移入種
5. 藍鰓太陽魚 - _Lepomis macrochirus_ (ブルーギル) ※移入種

* 魢科 Girellidae
1. 斑魢 - _Girella punctata_ (メジナ，眼仁奈)
2. 小鱗黑魢 - _Girella leonina_ (クロメジナ，沖眼仁奈)

* 湯鯉科 Kuhliidae
1. 黑邊湯鯉 - _Kuhlia marginata_ (ユゴイ，湯鯉)
2. 大口湯鯉 - _Kuhlia rupestris_ (オオクチユゴイ，大口湯鯉)
3. 長棘湯鯉 - _Kuhlia boninensis_ (トゲナガユゴイ)

* 細刺魚科 Microcanthidae
1. 細刺魚 - _Microcanthus strigatus_ (カゴカキダイ)

* 鱖科 Sinipercidae
1. 川目少鱗鱖 - _Coreoperca kawamebari_ (オヤニラミ，親睨)

* 鯻科 Terapontidae
1. 突吻鯻 - _Rhynchopelates oxyrhynchus_ (シマイサキ，縞伊佐木)
2. 細鱗鯻 - _Terapon jarbua_ (コトヒキ，琴引)
3. _Mesopristes iravi_ (シミズシマイサキ)
4. 銀身中鋸鯻 - _Mesopristes argenteus_ (ニセシマイサキ)
5. 格紋中鋸鯻 - _Mesopristes cancellatus_ (ヨコシマイサキ)



鉤頭魚目 Kurtiformes


* 天竺鯛科 Apogonidae
1. 弓線天竺鯛 - _Apogon amboinensis_ (アマミイシモチ)
2. 扁頭天竺鯛 - _Apogon hyalosoma_ (カガミテンジクダイ)
3. 半線天竺鯛 - _Apogon semilineatus_ (ネンブツダイ)
4. 側條天竺鯛 - _Apogon lateralis_ (ワキイシモチ)
5. 紅尾圓竺鯛 - _Sphaeramia orbicularis_ (ホソスジマンジュウイシモチ)
6. 鈍尾擬天竺鯛 - _Pseudamia amblyuroptera_ (ヒルギヌメリテンジクダイ)



鰺形目 Carangiformes


* 鰺科 Carangidae
1. 六帶鰺 - _Caranx sexfasciatus_ (ギンガメアジ，銀河目鯵)
2. 珍鰺 - _Caranx ignobilis_ (ロウニンアジ，浪人鯵)



蝴蝶魚目 Chaetodontiformes


* 鰏科 Leiognathidae
1. 小牙鰏 - _Gazza minuta_ (コバンヒイラギ)
2. _Gazza rhombea_ (ヒシコバンヒイラギ)
3. 頸斑鰏 - _Leiognathus nuchalis_ (ヒイラギ，柊魚)
4. 長棘鰏 - _Leiognathus fasciatus_ (シマヒイラギ)
5. 短棘鰏 - _Leiognathus equulus_ (セイタカヒイラギ)
6. 黑邊鰏 - _Leiognathus splendens_ (タイワンヒイラギ)



松鯛目 Lobotiformes


* 松鯛科 Lobotidae
1. 松鯛 - _Lobotes surinamensis_ (マツダイ)



銀鱸目 Gerreiformes


* 鑽嘴魚科 Gerreidae
1. 紅尾銀鱸 - _Gerres erythrourus_ (セダカクロサギ)
2. _Gerres equulus_ (クロサギ，黒鷺)
3. 日本銀鑪 - _Gerres japonicus_ (ダイミョウサギ，大名鷺)
4. _Gerres shima_ (シマクロサギ)
5. 大棘銀鱸 - _Gerres macracanthus_ (ホソイトヒキサギ)
6. 長棘銀鱸 - _Gerres filamentosus_ (イトヒキサギ)



笛鯛目 Lutjaniformes


* 石鱸科 Haemulidae
1. 花尾胡椒鯛 - _Plectorhinchus cinctus_ (コショウダイ)
2. 駝背胡椒鯛 - _Plectorhinchus gibbosus_ (クロコショウダイ)
3. 白帶胡椒鯛 - _Plectorhinchus albovittatus_ (ダイダイコショウダイ)
4. _Hapalogenys sennin_ (ヒゲダイ)

* 笛鯛科 Lutjanidae
1. 藍點笛鯛 - _Lutjanus rivulatus_ (ナミフエダイ)
2. 黃足笛鯛 - _Lutjanus fulvus_ (オキフエダイ)
3. 紫紅笛鯛 - _Lutjanus argentimaculatus_ (ゴマフエダイ)
4. 金焰笛鯛 - _Lutjanus fulviflamma_ (ニセクロホシフエダイ)
5. 勒氏笛鯛 - _Lutjanus russellii_ (クロホシフエダイ)
6. 巴布亞笛䲁 - _Lutjanus goldiei_ (ウラウチフエダイ)



鯛形目 Spariformes


* 鯛科 Sparidae

1. 黑鯛 - _Acanthopagrus schlegeli_ (クロダイ，黒鯛)
2. 黃鰭棘鯛 - _Acanthopagrus latus_ (キチヌ，黃茅渟)
3. 桔鰭棘鯛 - _Acanthopagrus sivicolus_ (ミナミクロダイ，南黒鯛)
4. 灰鰭棘鯛 - _Acanthopagrus berda_ (ナンヨウチヌ，南洋茅渟)
5. 平鯛 - _Sparus sarba_ (ヘダイ，平鯛)



慈鯛目 Cichliformes


* 慈鯛科 Cichlidae
1. 莫三比克口孵非鯽 - _Oreochromis mossambicus_ (カワスズメ) ※移入種
2. 尼羅口孵非鯽 - _Oreochromis niloticus_ (ナイルティラピア) ※移入種
3. 石爬大咽非鯽 - _Otopharynx lithobates_ (オトファリンクス・リトバテス) ※移入種
4. 齊氏非鯽 - _Tilapia zillii_ (ジルティラピア) ※移入種
5. 布氏非鯽 - _Tilapia buttikoferi_ (ティラピア・ブッティコフェリ) ※移入種
6. 九間麗體魚 - _Cichlasoma nigrofasciatum_ (コンヴィクトシクリッド) ※移入種
7. 匠麗體魚 - _Herichthys carpinte_ (テキサスシクリッド) ※移入種



䲁形目 Blenniiformes


* 三鰭䲁科 Tripterygiidae
1. 陳氏雙線䲁 - _Enneapterygius cheni_ (ウラウチヘビギンポ)

* 䲁科 Blenniidae
1. 似肩鰓䲁 - _Omox biporos_ (ヒルギギンポ)
2. 斑頭肩鰓䲁 - _Omobranchus fasciolatoceps_ (トサカギンポ)
3. 斑點肩鰓䲁 - _Omobranchus punctatus_ (イダテンギンポ)
4. 美肩鰓䲁 - _Omobranchus elegans_ (ナベカ)
5. 長肩鰓䲁 - _Omobranchus elongatus_ (ゴマクモギンポ)
6. 猛肩鰓䲁 - _Omobranchus ferox_ (カワギンポ，川銀寶)



蝦虎魚目 Gobiiformes


* 溪鱧科 Rhyacichthyidae
1. 溪鱧 - _Rhyacichthys aspro_ (ツバサハゼ，翼鯊)

* 塘鱧科 Eleotridae
1. 安汶嵴塘鱧 - _Butis amboinensis_ (ヤエヤマノコギリハゼ)
2. 中華烏塘鱧 - _Bostrychus sinensis_ (ジャノメハゼ)
3. 頭孔塘鱧 - _Ophiocara porocephala_ (ホシマダラハゼ)
4. 尖頭塘鱧 - _Eleotris oxycephala_ (カワアナゴ，川穴子)
5. 刺蓋塘鱧 - _Eleotris acanthopoma_ (チチブモドキ)
6. 黑塘鱧 - _Eleotris melanosoma_ (オカメハゼ)
7. 褐塘鱧 - _Eleotris fusca_ (テンジクカワアナゴ)
8. 似鯉黃黝魚 - _Hypseleotris cyprinoides_ (タナゴモドキ)
9. _Ophieleotris sp._ (タメトモハゼ)
10. _Ophieleotris sp._ (ゴシキタメトモハゼ)
11. 棘鰓塘鱧 - _Belobranchus belobranchus_ (エリトゲハゼ)

* 沙塘鱧科 Odontobutidae
1. 小黃黝魚 - _Micropercops swinhonis_ (ヨコシマドンコ) ※移入種
2. 暗色沙塘鱧 - _Odontobutis obscura_ (ドンコ，鈍甲) ※固有種
3. _Odontobutis hikimius_ (イシドンコ)

* 鰕虎科 Gobiidae

1. 種子島美鰕虎魚 - _Callogobius tanegasimae_ (タネハゼ)
2. _Callogobius sp._ (ミスジハゼ) ※固有種
3. 長鰭凡塘鱧 - _Valenciennea longipinnis_ (サザナミハゼ)
4. 六斑凡塘鱧 - _Valenciennea sexguttata_ (ミズタマハゼ)
5. 大鱗凡塘鱧 - _Valenciennea puellaris_ (オトメハゼ)
6. 多紋鋸鱗鰕虎魚 - _Priolepis semidoliata_ (イレズミハゼ)
7. 日本磯塘鱧 - _Eviota japonica_ (ミナミイソハゼ)
8. _Eviota ocellifer_ (ウラウチイソハゼ)
9. 擬絲鰕虎魚 - _Cryptocentroides insignis_ (ハスジマハゼ)
10. 項冠鰕虎魚 - _Cristatogobius lophius_ (トサカハゼ)
11. _Cristatogobius aurimaculatus_ (ヒメトサカハゼ)
12. 淺色項冠鰕虎魚 - _Cristatogobius nonatoae_ (クロトサカハゼ)
13. 斑紋舌鰕虎魚 - _Glossogobius olivaceus_ (ウロハゼ)
14. 鈍吻舌鰕虎魚 - _Glossogobius circumspectus_ (スダレウロハゼ)
15. 盤鰭舌鰕虎魚 - _Glossogobius celebius_ (イワハゼ，岩鯊)
16. 金黃舌鰕虎魚 - _Glossogobius aureus_ (コンジキハゼ)
17. 雙鬚舌鰕虎 - _Glossogobius bicirrhosus_ (アゴヒゲハゼ)
18. - _Glossogobius sp._ (フタゴハゼ)
19. 雙斑舌鰕虎魚 - _Glossogobius biocellatus_ (ヒトミハゼ)
20. 雲斑裸頰鰕虎魚 - _Yongeichthys criniger_ (ツムギハゼ)
21. 縱帶鸚鰕虎魚 - _Exyrias puntang_ (インコハゼ)
22. 飾銜鰕虎魚 - _Istigobius ornatus_ (カザリハゼ)
23. 戈氏銜鰕虎魚 - _Istigobius goldmanni_ (ヒメカザリハゼ)
24. 凱氏銜鰕虎魚 - _Istigobius campbelli_ (クツワハゼ)
25. 大眼鰕虎魚 - _Cabillus tongarevae_ (ヨリメハゼ)
26. 深鰕虎魚 - _Bathygobius fuscus_ (クモハゼ)
27. - _Bathygobius sp._ (カワクモハゼ)
28. 椰子深鰕虎魚 - _Bathygobius cocosensis_ (スジクモハゼ)
29. 巴東深鰕虎魚 - _Bathygobius padangensis_ (クロヤハズハゼ)
30. 紅絲鰕虎魚 - _Flabelligobius russus_ (ウシオニハゼ)
31. 藍點絲鰕虎魚 - _Cryptocentrus caeruleomaculatus_ (タカノハハゼ)
32. 新加坡絲鰕虎魚 - _Cryptocentrus singapurensis_ (オイランハゼ)
33. 條紋絲鰕虎魚 - _Cryptocentrus fasciatus_ (ムラサメハゼ)
34. 大口犁突鰕虎魚 - _Myersina macrostoma_ (ハゴロモハゼ)
35. 黃點梵鰕虎魚 - _Vanderhorstia ornatissima_ (ヤツシハゼ)
36. 條腹裸滑鰕虎魚 - _Psilogobius prolatus_ (ハラマキハゼ)
37. 短唇鈍鰕虎魚 - _Amblygobius nocturnus_ (ホホベニサラサハゼ)
38. 尾斑鈍鰕虎魚 - _Amblygobius phalaena_ (サラサハゼ)
39. 林克鈍鰕虎魚 - _Amblygobius linki_ (ワカケサラサハゼ)
40. 星塘鱧 - _Asterropteryx semipunctata_ (ホシハゼ)
41. _Silhouettea sp._ (ニセシラヌイハゼ)
42. 道津扁頭鰕虎魚 - _Silhouettea dotui_ (シラヌイハゼ)
43. 裸項蜂巢鰕虎魚 - _Favonigobius gymnauchen_ (ヒメハゼ，姫鯊)
44. 賴氏蜂巢鰕虎魚 - _Favonigobius reichei_ (ミナミヒメハゼ)
45. 黑帶細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius moloanus_ (フタスジノボリハゼ)
46. 紫鰭細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius janthinopterus_ (カスミハゼ)
47. 彎紋細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius audax_ (ニセツムギハゼ)
48. 裸項細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius suluensis_ (ホホグロスジハゼ)
49. 多帶細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius multifasciatus_ (セイタカスジハゼ)
50. 頭紋細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius viganensis_ (スズメハゼ)
51. 青斑細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius viridipunctatus_ (キララハゼ)
52. 犬牙細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius caninus_ (ホクロハゼ)
53. 普氏細棘鰕虎魚 - _Acentrogobius pflaumii_ (スジハゼ)
54. _Drombus sp._ (クロコハゼ)
55. 芒鰕虎魚 - _Mangarinus waterousi_ (ウチワハゼ)
56. 擬沙鰕虎魚 - _Parkraemeria ornata_ (ギンポハゼ)
57. 彼氏冰鰕虎魚 - _Leucopsarion petersii_ (シロウオ，素魚)
58. 竿鰕虎魚 - _Luciogobius guttatus_ (ミミズハゼ，蚯蚓鯊) ※複數種存在
59. _Luciogobius sp._ (ミナミヒメミミズハゼ)
60. 淺色竿鰕虎魚 - _Luciogobius pallidus_ (イドミミズハゼ) ※固有種 ※複數種存在
61. 白竿鰕虎魚 - _Luciogobius albus_ (ドウクツミミズハゼ) ※固有種
62. 長頭竿鰕虎魚 - _Luciogobius dormitoris_ (ネムリミミズハゼ) ※固有種
63. 帶鰕虎魚 - _Eutaeniichthys gilli_ (ヒモハゼ)
64. 眼瓣溝鰕虎魚 - _Oxyurichthys ophthalmonema_ (マツゲハゼ)
65. _Oxyurichthys sp._ (カマヒレマツゲハゼ)
66. 南方溝鰕虎魚 - _Oxyurichthys visayanus_ (ミナミサルハゼ)
67. _Oxyurichthys sp._ (シマサルハゼ)
68. 小鱗溝鰕虎魚 - _Oxyurichthys microlepis_ (タテガミハゼ)
69. _Stenogobius sp._ (タネカワハゼ)
70. 眼帶狹鰕虎魚 - _Stenogobius ophthalmoporus_ (ドウケハゼ)
71. 黑首阿胡鰕虎魚 - _Awaous melanocephalus_ (クロミナミハゼ，黒南鯊)
72. 睛斑阿胡鰕虎魚 - _Awaous ocellaris_ (ミナミハゼ，南鯊)
73. 栗色裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius castaneus_ (ジュズカケハゼ)
74. 塔氏裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius taranetzi_ (シンジコハゼ)
75. _Gymnogobius breunigii_ (ビリンゴ，微倫吾)
76. 疣舌裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius isaza_ (イサザ，魦) ※固有種
77. 條尾裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius urotaenia_ (ウキゴリ)
78. _Gymnogobius opperiens_ (シマウキゴリ)
79. _Gymnogobius petschiliensis_ (スミウキゴリ)
80. _Gymnogobius macrognathos_ (エドハゼ，江戸鯊)
81. 網紋裸身鰕虎魚 - _Gymnogobius mororanus_ (ヘビハゼ)
82. 頤突裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius uchidai_ (チクゼンハゼ) ※固有種
83. 圓裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius cylindricus_ (キセルハゼ) ※固有種
84. 溝裸頭鰕虎魚 - _Gymnogobius scrobiculatus_ (クボハゼ) ※固有種
85. _Gymnogobius heptacanthus_ (ニクハゼ)
86. 尾紋裸頭鰕虎魚 - _Chaenogobius annularis_ (アゴハゼ)
87. _Chaenogobius gulosus_ (ドロメ)
88. 黃鰭刺鰕虎魚 - _Acanthogobius flavimanus_ (マハゼ，真鯊)
89. 矛尾刺鰕虎魚 - _Acanthogobius hasta_ (ハゼクチ)
90. 乳色刺鰕虎魚 - _Acanthogobius lactipes_ (アシシロハゼ，足白鯊)
91. 島棲刺鰕虎魚 - _Acanthogobius insularis_ (ミナミアシシロハゼ，南足白鯊) ※固有種
92. 爪哇擬鰕虎魚 - _Pseudogobius javanicus_ (スナゴハゼ)
93. 小口擬鰕虎魚 - _Pseudogobius masago_ (マサゴハゼ，真砂鯊)
94. _Pseudogobius sp._ (コクチスナゴハゼ)
95. 羅氏裂身鰕虎魚 - _Schismatogobius roxasi_ (エソハゼ)
96. 寬帶裂身鰕虎魚 - _Schismatogobius ampluvinculus_ (シマエソハゼ)
97. 頜鱗鰕虎魚 - _Gnatholepis anjerensis_ (オオモンハゼ)
98. 尖鰭寡鱗鰕虎魚 - _Oligolepis acutipennis_ (ノボリハゼ)
99. 大口寡鱗鰕虎魚 - _Oligolepis stomias_ (クチサケハゼ)
100. 斑紋雷鰕虎魚 - _Redigobius bikolanus_ (ヒナハゼ，雛鯊)
101. 環帶雷鰕虎魚 - _Redigobius balteatus_ (タスキヒナハゼ)
102. 阿部鯔鰕虎魚 - _Mugilogobius abei_ (アベハゼ，安倍鯊)
103. _Mugilogobius sp._ (イズミハゼ)
104. 諸氏鯔鰕虎魚 - _Mugilogobius chulae_ (ナミハゼ)
105. 灰鯔鰕虎魚 - _Mugilogobius fusca_ (フタホシハゼ)
106. 小鯔鰕虎魚 - _Mugilogobius parvus_ (ホホグロハゼ)
107. _Mugilogobius sp._ (タヌキハゼ)
108. _Mugilogobius sp._ (ムジナハゼ)
109. 萊氏矮鰕虎魚 - _Pandaka lidwilli_ (ゴマハゼ)
110. 三斑矮鰕虎魚 - _Pandaka trimaculata_ (ミツボシゴマハゼ)
111. _Pandaka sp._ (マングローブゴマハゼ)
112. 子陵吻鰕虎魚 - _Rhinogobius giurinus_ (ゴクラクハゼ)
113. _Rhinogobius sp._ cross-band type (シマヨシノボリ，縞葦登)
114. _Rhinogobius sp._ depressed large-dark type (ヒラヨシノボリ)
115. _Rhinogobius sp._ large dark type (オオヨシノボリ，大葦登)
116. _Rhinogobius sp._ cobalt type (ルリヨシノボリ，瑠璃葦登)
117. _Rhinogobius sp._ Bonin Island type (オガサワラヨシノボリ，小笠原葦登) ※固有種
118. _Rhinogobius sp._ dark type (クロヨシノボリ，黒葦登)
119. _Rhinogobius sp._ yellow-belly type (キバラヨシノボリ，黃腹葦登) ※固有種
120. _Rhinogobius sp._ mozaic type (アヤヨシノボリ)
121. _Rhinogobius sp._ blue-belly type (アオバラヨシノボリ，青腹葦登) ※固有種
122. _Rhinogobius sp._ orange type (トウヨシノボリ，橙葦登)
123. 河川吻鰕虎魚 - _Rhinogobius flumineus_ (カワヨシノボリ，川葦登) ※固有種
124. _Rhinogobius sp._ Tokai type (ウシヨシノボリ，東海葦登)
125. _Rhinogobius sp._ Biwa lake type (ビワヨシノボリ，琵琶葦登) ※固有種
126. 暗縞鰕虎魚 - _Tridentiger obscurus_ (チチブ，知知武)
127. 短棘縞鰕虎魚 - _Tridentiger brevispinis_ (ヌマチチブ)
128. 黃斑縞鰕虎魚 - _Tridentiger kuroiwae_ (ナガノゴリ)
129. 雙帶縞鰕虎魚 - _Tridentiger bifasciatus_ (シモフリシマハゼ)
130. 紋縞鰕虎魚 - _Tridentiger trigonocephalus_ (アカオビシマハゼ)
131. 裸項縞鰕虎魚 - _Tridentiger nudicervicus_ (シロチチブ)
132. 髭縞鰕虎魚 - _Tridentiger barbatus_ (ショウキハゼ)
133. 韌鰕虎魚 - _Lentipes armatus_ (ヨロイボウズハゼ) ※固有種
134. 環帶瓢眼鰕虎魚 - _Sicyopus zosterophorum_ (アカボウズハゼ)
135. 糙體瓢眼鰕虎魚 - _Sicyopus leprurus_ (カエルハゼ，蛙鯊)
136. 日本瓢鰭鰕虎魚 - _Sicyopterus japonicus_ (ボウズハゼ，坊主鯊)
137. 兔頭瓢鰭鰕虎魚 - _Sicyopterus lagocephalus_ (ルリボウズハゼ)
138. 明仁枝牙鰕虎魚 - _Stiphodon imperiorientis_ (ハヤセボウズハゼ) ※固有種
139. 黑鰭枝牙鰕虎魚 - _Stiphodon percnopterygionus_ (ナンヨウボウズハゼ，南洋坊主鯊)
140. 菲律賓枝牙鰕虎魚 - _Stiphodon atropurpureus_ (コンテリボウズハゼ)
141. 桔紅枝牙鰕虎魚 - _Stiphodon surrufus_ (カキイロヒメボウズハゼ)
142. 大彈塗魚 - _Boleophthalmus pectinirostris_ (ムツゴロウ，鯥五郎)
143. 青彈塗魚 - _Scartelaos histophorus_ (トカゲハゼ)
144. 斑叉牙鰕虎魚 - _Apocryptodon punctatus_ (タビラクチ) ※固有種
145. 彈塗魚 - _Periophthalmus modestus_ (トビハゼ，跳鯊)
146. 銀線彈塗魚 - _Periophthalmus argentilineatus_ (ミナミトビハゼ，南跳鯊)
147. 高體盲鰕虎魚 - _Brachyamblyopus anotus_ (アサガラハゼ)
148. 等頜鰻鰕虎魚 - _Taenioides limicola_ (ヒゲワラスボ)
149. 鬚鰻鰕虎魚 - _Taenioides cirratus_ (チワラスボ)
150. _Odontamblyopus lacepedii_ (ワラスボ，藁素坊)

* 凹尾塘鱧科 Ptereleotridae
1. 縱帶舌塘鱧 - _Parioglossus lineatus_ (マイコハゼ)
2. 帶狀舌塘鱧 - _Parioglossus taeniatus_ (コマチハゼ)
3. 背斑舌塘鱧 - _Parioglossus raoi_ (ミヤラビハゼ)
4. 台灣舌塘鱧 - _Parioglossus formosus_ (ヨスジハゼ)
5. 尾斑舌塘鱧 - _Parioglossus dotui_ (サツキハゼ)
6. 菲律賓舌塘鱧 - _Parioglossus philippinus_ (ベニツケサツキハゼ)
7. 橫斑舌塘鱧 - _Parioglossus rainfordi_ (コビトハゼ)
8. 沼澤舌塘鱧 - _Parioglossus palustris_ (ボルネオハゼ)
9. 斷帶舌塘鱧 - _Parioglossus interruptus_ (ヒメサツキハゼ)
10. _Parioglossus sp._ (ムスメハゼ)

* 沙鰕虎科 Kraemeriidae
1. 盤鰭塘鱧 - _Gobitrichinotus radiocularis_ (ナミノコハゼ)
2. 穴沙鱧 - _Kraemeria cunicularia_ (スナハゼ)
3. 湯加沙鱧 - _Kraemeria tongaensis_ (トンガスナハゼ)

* 蚓鰕虎科 Microdesmidae
1. 縱帶䲁鰕虎魚 - _Gunnellichthys pleurotaenia_ (オオメワラスボ)



鰈形目 Pleuronectiformes


* 牙鮃科 Paralichthyidae
1. 大牙斑鮃 - _Pseudorhombus arsius_ (テンジクガレイ，天竺鰈)
2. 牙鮃 - _Paralichthys olivaceus_ (ヒラメ，鮃)

* 鰈科 Pleuronectidae
1. 石鰈 - _Kareius bicoloratus_ (イシガレイ，石鰈)
2. 星斑川鰈 - _Platichthys stellatus_ (ヌマガレイ，沼鰈)
3. _Pleuronectes pinnifasciatus_ (トウガレイ)
4. 暗鰈 - _Pleuronectes obscurus_ (クロガレイ)
5. 橫濱鰈 - _Pleuronectes yokohamae_ (マコガレイ，真子鰈)



魨形目 Tetraodontiformes


* 三棘魨科 Triacanthidae
1. 雙棘三刺魨 - _Triacanthus biaculeatus_ (ギマ)

* 四齒魨科 Tetraodontidae
1. 星點多紀魨 - _Takifugu niphobles_ (クサフグ，草河豚)
2. _Takifugu snyderi_ (ショウサイフグ，潮際河豚)
3. 豹紋多紀魨 - _Takifugu pardalis_ (ヒガンフグ，彼岸河豚)
4. 凹鼻魨 - _Chelonodon patoca_ (オキナワフグ，沖縄河豚)
5. 網紋叉鼻魨 - _Arothron reticularis_ (ワモンフグ)
6. 線紋叉鼻魨 - _Arothron manilensis_ (スジモヨウフグ)
7. 紋腹叉鼻魨 - _Arothron hispidus_ (サザナミフグ)
8. 無斑叉鼻魨 - _Arothron immaculatus_ (カスミフグ)

* 二齒魨科 Diodontidae
1. 六斑刺魨 - _Diodon holocanthus_ (ハリセンボン)



合鰓魚目 Synbranchiformes


* 合鰓魚科 Synbranchidae
1. 黃鱔 - _Monopterus albus_ (タウナギ，田鰻)



地位未定 Incertae sedis


* 藍子魚科 Siganidae
1. 褐藍子魚 - _Siganus fuscescens_ (アイゴ)
2. 蠕紋藍子魚 - _Siganus vermiculatus_ (ムシクイアイゴ)
3. 星藍子魚 - _Siganus guttatus_ (ゴマアイゴ)

* 金錢魚科 Scatophagidae
1. 金錢魚 - _Scatophagus argus_ (クロホシマンジュウダイ)

* 海鯽科 Embiotocidae
1. 海鮒 - _Ditrema temmincki_ (ウミタナゴ)

* 雀鯛科 Pomacentridae
1. 五帶豆娘魚 - _Abudefduf vaigiensis_ (オヤビッチャ)
2. 條尾新雀鯛 - _Neopomacentrus taeniurus_ (リボンスズメダイ)
3. 紫色新雀鯛 - _Neopomacentrus violascens_ (スミゾメスズメダイ)

* 石首魚科 Sciaenidae
1. 箕作黃姑魚 - _Nibea mitsukurii_ (ニベ，石持)
2. 棘頭梅童魚 - _Collichthys lucidus_ (カンダリ)

* 沙鮻科 Sillaginidae
1. 細鱗鱚 - _Sillago parvisquamis_ (アオギス，青鱚)
2. 多鱗鱚 - _Sillago sihama_ (モトギス，元鱚)
3. 大鱗鱚 - _Sillago macrolepis_ (アトクギス，海鵜鱚)

* 銀鱗鯧科 Monodactylidae
1. 銀大眼鯧 - _Monodachtylus argenteus_ (ヒメツバメウオ，姫燕魚)

* 射水魚科 Toxotidae
1. 射水魚 - _Toxotes jaculatorix_ (テッポウウオ，鉄砲魚)

* 金梭魚科 Sphyraenidae
1. 大鱗魣 - _Sphyraena barracuda_ (オニカマス)

* 雙邊魚科 Ambassidae
1. 少棘雙邊魚 - _Ambassis miops_ (セスジタカサゴイシモチ)
2. 斷線雙邊魚 - _Ambassis interrupta_ (ナンヨウタカサゴイシモチ)
3. 尾紋雙邊魚 - _Ambassis urotaenia_ (タカサゴイシモチ，高砂石持)
4. 彎線雙邊魚 - _Ambassis buruensis_ (トゲナガタカサゴイシモチ)
5. _Ambassis commersoni_ (ハナダカタカサゴイシモチ)
6. 蘭副雙邊魚 - _Pseudambassis ranga_ (インディアングラスフィッシュ) ※移入種

* 夢鱸科 Moronidae

1. 寬花鱸 - _Lateolabrax latus_ (ヒラスズキ，平鱸)
2. 花鱸 - _Lateolabrax japonicus_ (スズキ，鱸)
3. _Lateolabrax sp._ (タイリクスズキ，大陸鱸) ※移入種

* 尖嘴鱸科 Latidae

1. 日本尖吻鱸 - _Lates japonicus_ (アカメ，赤目) ※固有種



參考


* 宮地伝三郎・川那部浩哉・水野信彥 (1976) 原色日本淡水魚図鑑，再版. 462pp. 保育社，大阪.

* 川那部浩哉・水野信彥 (1989) 日本の淡水魚. 719pp. 山と渓谷社，東京.

* 中坊徹次 (2000) 日本産魚類検索，全種の同定。第二版.1748pp. 東海大學出版會，東京.

* FishBase: List of Freshwater Fishes reported from Japan （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）