藍菌目（學名：Cyanobacteriales）為藍菌綱的一個目。



下級分類

本目包括以下科：


* Ammatoideaceae

* Aphanizomenonaceae

* Aphanothecaceae

* Borziaceae

* Borzinemataceae

* Capsosiraceae

* 管孢藻科 Chamaesiphonaceae

* Chlorogloeopsidaceae

* 色球藻科 Chroococcaceae

* Chroococcidiaceae

* Chroococcidiopsidaceae

* Clastidiaceae

* Coleofasciculaceae

* Cyanobacteriaceae

* Cyanothecaceae

* Cyanothrichaceae

* Dapisostemonaceae

* Dermocarpellaceae

* Desertifilaceae

* Entophysalidaceae

* Fortiaceae

* Fortieaceae

* Geitlerinemaceae

* Gloeocapsaceae

* 團毛黏菌科 Gloeotrichiaceae

* Godleyaceae

* Gomontiellaceae

* Gomphosphaeriaceae

* Hapalosiphonaceae

* Homoeotrichaceae

* Hydrococcaceae

* Hyellaceae

* Microchaetaceae

* 微鞘藻科 Microcoleaceae

* Microcystaceae

* Microcystidaceae

* Nostocaceae

* Nostochopsidaceae

* 顫藻科 Oscillatoriaceae

* Phormidiaceae

* Pleurocapsaceae

* Prochloraceae

* Rhizonemataceae

* 膠鬚藻科 Rivulariaceae

* Rubidibacteraceae

* 裂鬚藻科 Schizotrichaceae

* Scytonemaceae

* Scytonemataceae

* Spirulinaceae

* Stichosiphonaceae

* 真枝藻科 Stigonemataceae

* Symphyonemataceae

* Tolypothrichaceae

* Xenococcaceae

* Zheleznayaceae

科地位未定的屬：


* _Allachjunica_ P.N.Kolosov, 1982

* _Asperatofilum_ T.N.Hermann, 1989

* _Balbariniella_ Oehler, 1978

* _Bisphaera_ M.S.Yakschin, 1991

* _Boruokia_ P.N.Kolosov, 1984

* _Botuobia_ V.G.Pjatiletov, 1979

* _Catenuata_ M.S.Yakschin, 1981

* _Cephalonyx_ A.F.Weiss, 1984

* _Cephalophytarian_ Schopf, 1968

* _Cholorogloeaopsis_ P.K.Maithy, 1975

* _Circumvaginalis_ V.N.Sergeev, 1993

* _Clavatrichoides_ N.S.Mikhailova, 1989

* _Contextuopsis_ T.N.Hermann, 1985

* _Croftalania_ M.Krings, H.Kerp, H.Hass, T.N.Taylor & N.Dotzler, 2007

* _Curviphycus_ M.S.Yakschin, 1991

* _Cyanocyta_ Hall & Claus

* _Cyanomargarita_ Shalygin, Shalygina & J.R.Johansen, 2017

* _Dactylococcopsis_

* _Digitus_ V.V.Khomentovsky, 1980

* _Dzhandophyton_ P.N.Kolosov, 1975

* _Echaninia_ A.G.Vologdin & N.A.Drozdova, 1969

* _Eoentophysalis_ Hofmann, 1976

* _Eomerismopedia_ C.B.Foster, R.Wicander & G.Playford, 2002

* _Eosynechococcus_ Hofmann, 1976

* _Filiconstrictus_ Schopf & Blacic, 1971

* _Fusilabellum_ Awramik, 1989

* _Gleocapsomorpha_ M.D.Zalessky, 1920

* _Gurleyi_

* _Huroniospora_ E.S.Barghoorn, 1965

* _Hyalocyrillium_ C.W.Allison, 1989

* _Hydrocorynites_ V.P.Maslov, 1960

* _Karamia_ P.N.Kolosov, 1984

* _Kirchneriellopsis_ H.Kufferath, 1954

* _Ljadovia_ O.S.Vjalov, 1983

* _Marpolia_ C.D.Walcott, 1919

* _Marssoniella_

* _Myriasporella_ D.Z.Oehler, 1978

* _Odorella_ Shalygin, Zimba & Huang, 2019

* _Patomophyton_ P.N.Kolosov, 1975

* _Phacelogeminus_ Awramik, 1989

* _Pleurocapsites_ V.P.Maslov, 1960

* _Pomoria_ I.A.Siverzeva & T.V.Jankauskas, 1989

* _Portacus_ Rafinesque, 1819

* _Rectia_ T.V.Jankauskas, 1989

* _Rhyniococcus_ D.S.Edwards & A.G.Lyon, 1983

* _Shuntaria_ V.K.Golovenoc & M.J.Belova, 1985

* _Sigirjania_ P.N.Kolosov, 1984

* _Skujapelta_ W.T.Hall & G.Claus, 1967

* _Sphaeranasillos_ C.W.Allison, 1989

* _Sphaerophyus_ Schopf, 1968

* _Taenitrichoides_ O.S.Vjalov, 1983

* _Tindiromacula_ C.W.Allison, 1989

* _Tortiliphycus_ M.S.Yakschin, 1991

* _Tuberiphycus_ M.S.Yakschin, 1991

* _Udereica_ V.V.Khomentovsky, 1980

* _Zinkovioides_ T.N.Hermann, 1985



參考文獻