本表以 LPSN 網站的分類爲基礎（當前版本 2007 年 3 月 29 日），本分類代表原核生物分類的權威雜誌 IJSEM（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）的分類系統，同時參考 NCBI Taxonomy（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館），但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考原核生物名稱 (英文) 網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。

本表列到屬級。
後面帶 \
* 者爲尚未被 IJSEM 雜誌確認的分類。

參見古細菌。



初古菌門 (Korarchaeota)\*

1. 初古菌屬 (_Korarchaeum_)\*



納古菌門 (Nanoarchaeota)\*

1. 納古菌屬 (_Nanoarchaeum_)\*



Thaumarchaeota

1. 餐古菌目 (Cenarchaeales)
  1. 餐古菌科 (Cenarchaeaceae)\*
    1. 餐古菌屬 (_Cenarchaeum_)\*
2. 亞硝化暖菌目 (Nitrosocaldales)\*
  1. 亞硝化暖菌科 (Nitrosocaldaceae)\*
    1. 亞硝化暖菌屬 (_Nitrosocaldus_)\*
3. 亞硝化侏儒菌目 (Nitrosopumilales)\*
  1. 亞硝化侏儒菌科 (Nitrosopumilaceae)\*
    1. 亞硝化侏儒菌屬 (_Nitrosopumilus_)\*



泉古菌門 (Crenarchaeota)

熱變形菌綱 (Thermoprotei)

1. 暖球形菌目 (Caldisphaerales)
  1. 暖球形菌科 (Caldisphaeraceae)
    1. 暖球形菌屬 (_Caldisphaera_)
2. 除硫球菌目 (Desulfurococcales)
  1. 除硫球菌科 (Desulfurococcaceae)
    1. 酸葉菌屬 (_Acidilobus_)
    2. 氣火菌屬 (_Aeropyrum_)
    3. 除硫球菌屬 (_Desulfurococcus_)
    4. 燃球菌屬 (_Ignicoccus_)
    5. 燃球形菌屬 (_Ignisphaera_)
    6. 葡萄熱菌屬 (_Staphylothermus_)
    7. 施鐵特菌屬 (_Stetteria_)
    8. 厭硫球菌屬 (_Sulfophobococcus_)
    9. 熱盤菌屬 (_Thermodiscus_)
    10. 熱球形菌屬 (_Thermosphaera_)
  2. 熱網菌科 (Pyrodictiaceae)
    1. 超熱菌屬 (_Hyperthermus_)
    2. 熱網菌屬 (_Pyrodictium_)
    3. 火葉菌屬 (_Pyrolobus_)
3. 硫化葉菌目 (Sulfolobales)
  1. 硫化葉菌科 (Sulfolobaceae)
    1. 喜酸菌屬 (_Acidianus_)
    2. 除硫葉菌屬 (_Desulfurolobus_)
    3. 生金球形菌屬 (_Metallosphaera_)
    4. 憎葉菌屬 (_Stygiolobus_)
    5. 硫化葉菌屬 (_Sulfolobus_)
    6. 硫磺球形菌屬 (_Sulfurisphaera_)
    7. 硫磺球菌屬 (_Sulfurococcus_)
4. 熱變形菌目 (Thermoproteales)
  1. 熱絲菌科 (Thermofilaceae)
    1. 熱絲菌屬 (_Thermofilum_)
  2. 熱變形菌科 (Thermoproteaceae)
    1. 暖枝菌屬 (_Caldivirga_)
    2. 火棒菌屬 (_Pyrobaculum_)
    3. 熱分支菌屬 (_Thermocladium_)
    4. 熱變形菌屬 (_Thermoproteus_)
    5. 火山鬃菌屬 (_Vulcanisaeta_)



廣古菌門 (Euryarchaeota)

古丸菌綱 (Archaeoglobi)

1. 古丸菌目 (Archaeoglobales)
  1. 古丸菌科 (Archaeoglobaceae)
    1. 古丸菌屬 (_Archaeoglobus_)
    2. 鐵丸菌屬 (_Ferroglobus_)
    3. 地丸菌屬 (_Geoglobus_)

鹽桿菌綱 (Halobacteria)

1. 鹽桿菌目 (Halobacteriales)
  1. 鹽桿菌科 (Halobacteriaceae)
    1. 適鹽菌屬 (_Haladaptatus_)
    2. 鹽鹼球菌屬 (_Halalkalicoccus_)
    3. 鹽盒菌屬 (_Haloarcula_)
    4. 鹽桿菌屬 (_Halobacterium_)
    5. 鹽棒菌屬 (_Halobaculum_)
    6. 鹽二型菌屬 (_Halobiforma_)
    7. 鹽球菌屬 (_Halococcus_)
    8. 富鹽菌屬 (_Haloferax_)
    9. 鹽幾何菌屬 (_Halogeometricum_)
    10. 鹽微菌屬 (_Halomicrobium_)
    11. 鹽惰菌屬 (_Halopiger_)
    12. 鹽盤菌屬 (_Haloplanus_)
    13. 鹽方菌屬 (_Haloquadratum_)
    14. 鹽棍菌屬 (_Halorhabdus_)
    15. 鹽紅菌屬 (_Halorubrum_)
    16. 鹽簡菌屬 (_Halosimplex_)
    17. 鹽池棲菌屬 (_Halostagnicola_)
    18. 鹽陸生菌屬 (_Haloterrigena_)
    19. 鹽長命菌屬 (_Halovivax_)
    20. 鈉白菌屬 (_Natrialba_)
    21. 鈉線菌屬 (_Natrinema_)
    22. 鹽鹼桿菌屬 (_Natronobacterium_)
    23. 鹽鹼球菌屬 (_Natronococcus_)
    24. 鹽鹼湖菌屬 (_Natronolimnobius_)
    25. 鹽鹼單胞菌屬 (_Natronomonas_)
    26. 鹽鹼紅菌屬 (_Natronorubrum_)

甲烷桿菌綱 (Methanobacteria)

1. 甲烷桿菌目 (Methanobacteriales)
  1. 甲烷桿菌科 (Methanobacteriaceae)
    1. 甲烷桿菌屬 (_Methanobacterium_)
    2. 甲烷短桿菌屬 (_Methanobrevibacter_)
    3. 甲烷球形菌屬 (_Methanosphaera_)
    4. 甲烷熱桿菌屬 (_Methanothermobacter_)
  2. 甲烷熱菌科 (Methanothermaceae)
    1. 甲烷熱菌屬 (_Methanothermus_)

甲烷球菌綱 (Methanococci)

1. 甲烷球菌目 (Methanococcales)
  1. 甲烷暖球菌科 (Methanocaldococcaceae)
    1. 甲烷暖球菌屬 (_Methanocaldococcus_)
    2. 甲烷炎菌屬 (_Methanotorris_)
  2. 甲烷球菌科 (Methanococcaceae)
    1. 甲烷球菌屬 (_Methanococcus_)
    2. 甲烷熱球菌屬 (_Methanothermococcus_)

甲烷微菌綱 (Methanomicrobia)

1. 甲烷微菌目 (Methanomicrobiales)
  1. 甲烷粒菌科 (Methanocorpusculaceae)
    1. 甲烷粒菌屬 (_Methanocorpusculum_)
  2. 甲烷微菌科 (Methanomicrobiaceae)
    1. 甲烷囊菌屬 (_Methanoculleus_)
    2. 甲烷泡菌屬 (_Methanofollis_)
    3. 產甲烷菌屬 (_Methanogenium_)
    4. 甲烷裂葉菌屬 (_Methanolacinia_)
    5. 甲烷微菌屬 (_Methanomicrobium_)
    6. 甲烷盤菌屬 (_Methanoplanus_)
  3. 甲烷螺菌科 (Methanospirillaceae)
    1. 甲烷螺菌屬 (_Methanospirillum_)
  4. 科未定
    1. 甲烷礫菌屬 (_Methanocalculus_)
    2. 甲烷繩菌屬 (_Methanolinea_)
2. 甲烷八疊球菌目 (Methanosarcinales)
  1. 甲烷鬃菌科 (Methanosaetaceae)
    1. 甲烷鬃菌屬 (_Methanosaeta_)
    2. 甲烷髮菌屬 (_Methanothrix_)
  2. 甲烷八疊球菌科 (Methanosarcinaceae)
    1. 鹽甲烷球菌 (_Halomethanococcus_)
    2. 甲烷微球菌屬 (_Methanimicrococcus_)
    3. 甲烷類球菌屬 (_Methanococcoides_)
    4. 甲烷鹽菌屬 (_Methanohalobium_)
    5. 甲烷嗜鹽菌屬 (_Methanohalophilus_)
    6. 甲烷葉菌屬 (_Methanolobus_)
    7. 甲烷食甲基菌屬 (_Methanomethylovorans_)
    8. 甲烷鹹菌屬 (_Methanosalsum_)
    9. 甲烷八疊球菌屬 (_Methanosarcina_)
  3. 甲熱球菌科 (Methermicoccaceae)
    1. 甲熱球菌屬 (_Methermicoccus_)

甲烷火菌綱 (Methanopyri)

1. 甲烷火菌目 (Methanopyrales)
  1. 甲烷火菌科 (Methanopyraceae)
    1. 甲烷火菌屬 (_Methanopyrus_)

熱球菌綱 (Thermococci)

1. 熱球菌目 (Thermococcales)
  1. 熱球菌科 (Thermococcaceae)
    1. 古老球菌屬 (_Palaeococcus_)
    2. 火球菌屬 (_Pyrococcus_)
    3. 熱球菌屬 (_Thermococcus_)

熱原體綱 (Thermoplasmata)

1. 熱原體目 (Thermoplasmatales)
  1. 鐵原體科 (Ferroplasmaceae)（註：正確形式應爲 Ferroplasmataceae）
    1. 鐵原體屬 (_Ferroplasma_)
  2. 嗜苦菌科 (Picrophilaceae)
    1. 嗜苦菌屬 (_Picrophilus_)
  3. 熱原體科 (Thermoplasmataceae)
    1. 熱原體屬 (_Thermoplasma_)
  4. 科未定
    1. 熱裸單胞菌屬 (_Thermogymnomonas_)