本列表中包括臺灣特有種及臺灣特有變種，地域上的分布包括臺灣本島，以及澎湖群島、綠島、蘭嶼等離島。



蕨類植物

石松科

Lycopodiaceae


* 石杉屬 Huperzia
  
* 反捲葉石杉 _Huperzia quasipolytrichoides_ (Hayata) Ching

* 石松屬 Lycopodium
  
* 寬葉石松 _Lycopodium cunninghamioides_ Hayata
  
* 臺灣石松 _Lycopodium taiwanense_ Kuo
  
* 玉山地刷 _Lycopodium yueshanense_ Kuo

觀音座蓮科

Marattiaceae


* 觀音座蓮屬 Angiopteris
  
* 伊藤氏原始觀音座蓮 _Angiopteris itoi_ (Shieh) Kuo
  
* 臺灣原始觀音座蓮 _Angiopteris somai_ (Hayata) Kuo

膜蕨科

Hymenophyllaceae


* 厚葉蕨屬 Cephalomanes
  
* 厚葉蕨 _Cephalomanes clathratum_ (Tagawa.)K. Iwats.

* 膜蕨屬 Hymenophyllum
  
* 棣氏膜蕨 _Hymenophyllum devolii_ Lai

蚌殼蕨科

Dicksoniaceae


* 金狗毛蕨屬 Cibotium
  
* 臺灣金狗毛蕨 _Cibotium taiwanense_ Kuo

瘤足蕨科

Plagiogyriaeae


* 瘤足蕨屬 Plagiogyri
  
* 臺灣瘤足蕨 _Plagiogyria formosana_ Na

水龍骨科

Polypodiaceae


* 瓦葦屬 Lepisorus
  
* 擬笈瓦葦 _Lepisorus monilisorus_ (Hayata) Tagawa

鱗毛蕨科

Dryopteridaceae


* 擬鱗毛蕨屬 Dryopsis
  
* 傅氏擬鱗毛蕨 _Dryopsis fauriei_ Holttum & Edwards
  
* 川上氏擬鱗毛蕨 _Dryopsis kawakamii_
  
* 玉山擬鱗毛蕨 _Dryopsis transmorrisonensis_

烏毛蕨科

Blechnaceae


* 烏毛蕨屬 Blechnum
  
* 韓氏烏毛蕨 _Blechnum hancockii_ Hance

水韭科


* 水韭屬 Isoetes
  
* 台灣水韭 _Isoetes taiwanensis_ DeVol



裸子植物

蘇鐵科


* 台東蘇鐵 _Cycas taitungensis_

紅豆杉科


* 台灣穗花杉 _Amentotaxus formosana_

粗榧科


* 台灣粗榧 _Cephalotaxus wilsoniana_

羅漢松科


* 蘭嶼羅漢松 _Podocarpus costalis_

* 叢花百日青 _Podocarpus fasciculus_

* 桃實百日青 _Podocarpus nakaii_

松科


* 台灣冷杉 _Abies kawakamii_

* 台灣油杉 _Keteleeria davidiana_ var. _formosana_

* 台灣雲杉 _Picea morrisonicola_

* 台灣華山松 _Pinus armandii_ var. _masteriana_

* 天龍二葉松 _Pinus fragilissima_

* 台灣五葉松 _Pinus morrisonicola_

* 台灣二葉松 _Pinus taiwanensis_

* 台灣黃杉 _Pseudotsuga wilsoniana_

* 台灣鐵杉 _Tsuga chinensis_ var. _formosana_

杉科


* 巒大杉 _Cunninghamia konishii_

* 台灣杉 _Taiwania cryptomerioides_

柏科


* 紅檜 _Chamaecyparis formosensis_

* 台灣扁柏 _Chamaecyparis obtusa_ var. _formosana_

* 台灣肖楠 _Calocedrus formosana_



被子植物

雙子葉植物綱 單子葉植物綱

雙子葉植物綱

楊柳科 殼斗科 榆科 桑科 桑寄生科 石竹科 藜科 莧科 木蘭科 五味子科 八角科 樟科 毛茛科 小蘗科 防已科 胡椒科 馬兜鈴科 大花草科 獼猴桃科 茶科 金絲桃科 山柑科 十字花科 金鏤梅科 景天科 薔薇科 豆科 牻牛兒苗科 大戟科 芸香科 槭樹科 冬青科 衛矛科 鼠李科 葡萄科 杜英科 瑞香科 胡頹子科 堇菜科 秋海棠科 桃金孃科 野牡丹科 五加科 繖形科 杜鵑花科 紫金牛科 灰木科 木犀科 夾桃科 茜草科 紫草科 馬鞭草科 唇形科 玄參科 爵床科 忍冬科 敗醬科 菊科

楊柳科


* 柳屬 Salix 台灣有 5 種和 4 變種，全為特有種
  
* 薄葉柳 _Salix fulvopubescens_ var._doii_ (Hayata) Yang & Huang 特有變種
  
* 褐毛柳 _Salix fulvopubescens_ var. fulvopubescens
  
* 白毛柳 _Salix fulvopubescens_ Hayata var. tagawana Koidz. 特有變種
  
* 水社柳 _Salix kusanoi_ (Hayata) Schneider
  
* 關山嶺柳 _Salix okamotoana_ Koidz.
  
* 玉山柳 _Salix taiwanalpina_ var. _morrisonicola_ (Kimura) Yang & Huang 特有變種
  
* 臺灣山柳 _Salix taiwanalpina_ var. _taiwanalpina_
  
* 高山柳 _Salix taiwanalpina_ var. _takasagoalpina_ (Koidz.) Ying 特有變種
  
* 水柳 _Salix warburgii_ O. Seemen

殼斗科

FAGACEAE 


* 栲屬 _Castanopsis_ (苦櫧)
  
* 細刺苦櫧 _Castanopsis kusanoi_ Hayata

* 杏葉石櫟屬 _Lithocarpus_
  
* 鬼石櫟 _Lithocarpus castanopsisifolius_ (Hayata) Hayata

* 石櫟屬 _Pasania_
  
* 柳葉石櫟 _Pasania dodoniifolius_ Hayata
  
* 台灣石櫟 _Pasania formosana_ (Skan ex Forbes et. Hemsl.) Schottky
  
* 三斗石櫟 _Pasania hancei_ (Benth.) var. _ternaticupula_ (Hayata) J.C. Liao
  
* 細葉三斗石櫟 _Pasania hancei_ (Benth.) var. _ternaticupula_ (Hayata) Liao f. _subreticulata_ (Hayata) Liao
  
* 大葉石櫟 _Pasania kawakamii_ (Hayata) Schottky
  
* 油葉石櫟 _Pasania konishii_ (Hayata) Schottky
  
* 南投石櫟 _Pasania nantoensis_ (Hayata) Schottky
  
* 浸水營石櫟 _Pasania shinsuiensis_ (Hayata & Kanehira) Nakai

* 青剛櫟屬 _Cyclobalanopsis_
  
* 谷園青剛櫟 _Cyclobalanopsis glauca_ (Thunb. ex Murray) Oerst. var. _kuyuensis_ (Liao) Liao
  
* 圓果青剛櫟 _Cyclobalanopsis globosa_ (Lin & Liu) Liao
  
* 佳保台圓果青剛櫟 _Cyclobalanopsis globosa_ Lin & Liu f. _chiapautaiensis_ (Liao) Liao
  
* 灰背櫟 _Cyclobalanopsis hypophaea_ (Hayata) Kudo
  
* 錐果櫟 _Cyclobalanopsis longinux_ (Hayata) Schottky
  
* 郭氏錐果櫟 _Cyclobalanopsis longinux_ (Hayata) Schottky var. _kuoi_ Liao
  
* 紫背錐果櫟 _Cyclobalanopsis longinux_ (Hayata) Schottky var. _lativiolaciifolia_ Liao
  
* 森氏櫟 _Cyclobalanopsis morii_ (Hayata) Schottky
  
* 波葉櫟 _Cyclobalanopsis rapandifolia_ Liao
  
* 狹葉櫟 _Cyclobalanopsis stenophylloides_ Hayata

* 山毛櫸屬 _Fagus_
  
* 台灣山毛櫸 _Fagus hayatae_ Hayata

榆科

ULMACEAE 


* 朴屬 CELTIS
  
* 小葉朴 _Celtis nervosa_ Hemsl.

桑科

MORACEAE 


* 榕樹屬 FICUS
  
* 越橘葉蔓榕 _Ficus vaccinioides_ Hemsl.

桑寄生科

LORANTHACEAE 


* 桑寄生屬 LORANTHUS
  
* 高氏桑寄生 _Loranthus kaoi_ (Chao) Kiu

* 大葉楓寄生屬 SCURRULA
  
* 忍冬桑寄生 _Scurrula lonicerifolia_ (Hayata) Danser
  
* 恆春桑寄生 _Scurrula pseudochinensis_ (Yamamoto) Y. C. Liu & K. L. Chen
  
* 杜鵑桑寄生 _Scurrula rhododendricola_ (Hayata) Danser
  
* 埔姜桑寄生 _Scurrula ritozanensis_ (Hayata) Danser

* 松寄生屬 TAXILLUS
  
* 松寄生 _Taxillus matsudae_ (Hayata) Danser

* 槲寄生屬 VISCUM
  
* 台灣槲寄生 _Viscum alniformosanae_ Hayata
  
* 柿寄生 _Viscum diospyrosicolum_ Hayata
  
* 刀葉桑寄生 _Viscum multinerve_ (Hayata) Hayata

石竹科

CARYOPHYLLACEAE


* 無心菜屬 ARENARIA
  
* 亞毛無心菜 _Arenaria subpilosa_ (Hayata) Ohwi
  
* 高山無心菜 _Arenaria takasagomontana_ (Masamune) S. S. Ying

* 卷耳屬 CERASTIUM

* 
* 阿里山卷耳 _Cerastium arisanensis_ Hayata
  
* 小瓣卷耳 _Cerastium parvipetalum_ Hosokawa
  
* 玉山卷耳 _Cerastium trigynum_ Vill. var. _morrisonense_ (Hayata) Hayata

* 蠅子草屬 SILENE
  
* 南湖大山蠅子草 _Silene glabella_ (Ohwi) S. S. Ying
  
* 台灣蠅子草 _Silene morii_ Hayata
  
* 玉山蠅子草 _Silene morrison-montana_ (Hayata) Ohwi & Ohashi
  
* 高山蠅子草 _Silene transalpina_ (Hayata) S. S. Ying

* 繁縷屬 STELLARIA
  
* 小花繁縷 _Stellaria micrantha_ Hayata
  
* 網脈繁縷 _Stellaria reticulivena_ Hayata

藜科

CHENOPODIACEAE 


* 藜屬 CHENOPODIUM
  
* 台灣藜 _Chenopodium formosanum_ Koidz

莧科

AMARANTHACEAE 


* 青箱屬 CELOSIA
  
* 台東青箱 _Celosia taitoensis_ Hayata

木蘭科

MAGNOLIACEAE 


* 木蘭屬 MAGNOLIA
  
* 烏心石舅 _Magnolia kachirachirai_ (Kanehira &　Yamamoto) Dandy

* 烏心石屬 MICHELIA
  
* 烏心石 _Michelia formosana_ (Kanehira) Masamune &Suzuki

五味子科

SCHISANDRACEAE 


* 五味子屬 SCHISANDRA
  
* 阿里山五味子 _Schisandra arisanensis_ Hayata

八角科

ILLICIACEAE 


* 八角屬 ILLICIUM
  
* 台灣八角 _Illicium arborescens_ Hayata

樟科

LAURACEAE


* 樟屬 CINNAMOMUM
  
* 台灣肉桂 _Cinnamomum insularimontanum_ Hayata
  
* 牛樟 _Cinnamomum kanehirae_ Hayata
  
* 蘭嶼肉桂 _Cinnamomum kotoense_ Kanehira & Sasaki
  
* 胡氏肉桂 _Cinnamomum macrostemon_ Hayata
  
* 土肉桂 _Cinnamomum osmophloeum_ Kanehira
  
* 土樟 _Cinnamomum reticulatum_ Hayata

* 釣樟屬 LINDERA
  
* 內苳子 _Lindera akoensis_ Hayata

* 楨楠屬 MACHILUS
  
* 大葉楠 _Machilus kusanoi_ Hayata
  
* 恆春楨楠 _Machilus obovatifolia_ (Hayata) Kanehira & Sasaki
  
* 菲律賓楠 _Machilus philippinensis_ Merr.
  
* 假長葉楠 _Machilus pseudolongifolia_ Hayata
  
* 香楠 _Machilus zuihoensis_ var. _zuihoensis_ Hayata

* 新木薑子屬 NEOLITSEA
  
* 高山新木薑子 _Neolitsea acuminatissima_ (Hayata) Kanehira &Sasaki
  
* 武威新木薑子 _Neolitsea buisanensis_ Yamamoto & Kamikoti
  
* 大武新木薑子 _Neolitsea daibuensis_ Kamikoti
  
* 小芽新木薑子 _Neolitsea parvigemma_ (Hayata)Kanehira & Sasaki
  
* 蘭嶼新木薑子 _Neolitsea villosa_ (Bl.) Merr.

* 檫樹屬
  
* 台灣檫樹 _Sassafras randaiense_ (Hayata) Rehder

毛茛科

RANUNCULACEAE


* 烏頭屬 ACONITUM
  
* 台灣烏頭 _Aconitum fukutomei_ Hayata var. _fukutomei_

* 鐵線蓮屬 CLEMATIS
  
* 屏東鐵線蓮 _Clematis akoensis_ Hayata
  
* 台灣鐵線蓮 _Clematis formosana_ Kuntz.
  
* 台灣草牡丹 _Clematis psilandra_ Kitagawa
  
* 田村氏鐵線蓮 _Clematis tamurae_ Yang & Huang
  
* 高山鐵線蓮 _Clematis tsugetorum_ Ohwi

* 毛茛屬 RANUNCULUS
  
* 掌葉毛茛 _Ranunculus cheirophyllus_ Hayata
  
* 蓬萊毛茛 _Ranunculus formosa-montanus_ Ohwi
  
* 高山毛茛 _Ranunculus junipericolus_ Ohwi
  
* 森氏毛茛 _Ranunculus morii_ (Yamamoto) Ohwi
  
* 南湖毛茛 _Ranunculus nankotaizanus_ Ohwi

* 唐松草屬 THALICTRUM
  
* 密葉唐松草 _Thalictrum myriophyllum_ Ohwi
  
* 南湖唐松草 _Thalictrum rubescens_ Ohwi
  
* 玉山唐松草 _Thalictrum sessile_ Hayata
  
* 大花傅氏唐松草 _Thalictrum urbaini_ Hayata var. _majus_ T. Shimizu
  
* 傅氏唐松草 _Thalictrum urbaini_ Hayata var. _urbaini_

* 金蓮花屬 Trollius
  
* 台灣金蓮花 _Trollius taihasenzanensis_ Masamune

小檗科

BERBERIDACEAE


* 小檗屬 BERBERIS
  
* 長葉小檗 _Berberis aristatoserrulata_ Hayata
  
* 高山小檗 _Berberis brevisepala_ Hayata
  
* 清水山小檗 _Berberis chingshuiensis_ Shimizu
  
* 台灣小檗 _Berberis kawakamii_ Hayata
  
* 眠月小檗 _Berberis mingetsuensis_ Hayata
  
* 玉山小檗 _Berberis morrisonensis_ Hayata
  
* 太魯閣小檗 _Berberis tarokoensis_ Lu & Yang

* 十大功勞屬 MAHONIA
  
* 阿里山十大功勞 _Mahonia oiwakensis_ Hayata

防己科

MENISPERMACEAE 


* 土防己屬 CYCLEA
  
* 土防己 _Cyclea gracillima_ Diels
  
* 台灣土防己 _Cyclea ochiaiana_ (Yamamoto) H. S. Lo

* 青牛膽屬 TINOSPORA
  
* 恆春青牛膽 _Tinospora dentata_ Diels

胡椒科

PIPERACEAE 


* 椒草屬 PEPEROMIA
  
* 山椒草 _Peperomia nakaharai_ Hayata

* 胡椒屬 PIPER
  
* 恆春風藤 _Piper kawakamii_ Hayata
  
* 薄葉風藤 _Piper sintenense_ Hatusima
  
* 台灣荖藤 _Piper taiwanense_ Lin & Lu

馬兜鈴科


* 馬兜鈴屬 ARISTOLOCHIA
  
* 瓜葉馬兜鈴 _Aristolochia cucurbitifolia_ Hayata

* 細辛屬 ASARUM
  
* 鴛鴦湖細辛 _Asarum crassusepalum_ S. F. Huang, T. H. Hsieh & T. C. Huang
  
* 下花細辛 _Asarum hypogynum_ Hayata
  
* 大花細辛 _Asarum macranthum_ Hook. f.
  
* 太平山細辛 _Asarum taipingshanianum_ S. F. Huang, T. H. Hsieh & T. C. Huang

大花草科

RAFFLESIACEAE 


* 奴草屬 MITRASTEMON
  
* 菱形奴草 _Mitrastemon kanehirai_ Yamamoto
  
* 台灣奴草 _Mitrastemon kawasasakii_ Hayata

獼猴桃科

ACTINIDIACEAE 


* 獼猴桃屬 ACTINIDIA
  
* 台灣羊桃 _Actinidia chinensis_ Planch. var. _setosa_ Li

山茶科

THEACEAE 


* 楊桐屬 ADINANDRA
  
* 台灣楊桐 _Adinandra formosana_ Hayata
  
* 鈍葉楊桐 _Adinandra formosana_ Hayata var. _obtusissima_ (Hayata) H. Keng
  
* 毛柱楊桐 _Adinandra lasiostyla_ Hayata

* 茶梨屬 ANNESLEA
  
* 細葉茶梨 _Anneslea lanceolata_ (Hayata) Kanehira

* 山茶屬 CAMELLIA
  
* 恆春山茶 _Camellia hengchunensis_ Chang
  
* 能高山茶 _Camellia nokoensis_ Hayata
  
* 台灣山茶 _Camellia sinensis_ (L.) Kuntze f. _formosensis_ Kitam.
  
* 細葉山茶 _Camellia tenuifolia_ (Hayata) Coh.-Stuart
  
* 阿里山茶 _Camellia transarisanensis_ (Hayata) Coh.-Stuart
  
* 泛能高山茶 _Camellia transnokoensis_ Hayata

* 紅淡比屬 CLEYERA
  
* 長果紅淡比 _Cleyera japonica_ Thunb. var. _longicarpa_ (Yamamoto) Ling & Hsieh
  
* 森氏紅淡比 _Cleyera japonica_ Thunb. var. _morii_ (Yamamoto) Masam.
  
* 太平紅淡比 _Cleyera japonica_ Thunb. var. _taipinensis_ H. Keng

* 柃木屬 EURYA
  
* 假柃木 _Eurya crenatifolia_ (Yamamoto) Kobuski
  
* 厚葉柃木 _Eurya glaberrima_ Hayata var. _glaberrima_
  
* 薄葉柃木 _Eurya leptophylla_ Hayata
  
* 南仁山柃木 _Eurya nanjenshanensis_ C. F. Fsieh, L. K. Ling and Sheng Z. Yang
  
* 蓮華池柃木 _Eurya rengechiensis_ Yamamoto
  
* 粗毛柃木 _Eurya strigillosa_ Hayata
  
* 清水山柃木 _Eurya taitungensis_ C. E> Chang

* 烏皮茶屬 Pyrenaria
  
* 烏皮茶 _Pyrenaria shinkoensis_ (Hayata) H. Keng
  
* 武威山烏皮茶 _Pyrenaria buisanensis_ (Sasaki) C.F.Hsieh, S.Z.Yang and M.H.Su

金絲桃科

GUTTIFERAE 


* 福木屬 GARCINIA
  
* 蘭嶼福木 _Garcinia linii_ C. E. Chang

* 金絲桃屬 HYPERICUM
  
* 台灣金絲桃 _Hypericum formosanum_ Maxim.
  
* 玉山金絲桃 _Hypericum nagasawa_e Hayata
  
* 能高金絲桃 _Hypericum nokoense_ Ohwi
  
* 方莖金絲桃 _Hypericum subalatum_ Hayata

* 藤黃屬 Garcinia
  
* 福木 _Common garcinia_

山柑科

CAPPARACEAE 


* 魚木屬 CRATEVA
  
* 魚木 _Crateva adansonii_ DC. subsp. _formosensis_ Jacobs

十字花科

CRUCIFERAE (BRASSICACEAE)


* 筷子芥屬 ARABIS
  
* 台灣筷子芥 _Arabis formosana_ (Masamune ex S. F. Huang) S. S. Ying

* 山芥屬 BARBAREA
  
* 山芥菜 _Barbarea orthocera_ Ledeb. var. _formosana_ Kitamura
  
* 台灣山芥菜 _Barbarea taiwaniana_ Ohwi

* 碎米薺屬 CARDAMINE
  
* 阿玉碎米薺 _Cardamine agyokumontana_ Hayata
  
* 腎葉碎米薺 _Cardamine reniformis_ Hayata

* 假山葵屬 COCHLEARIA
  
* 台灣假山葵 _Cochlearia formosana_ Hayata

* 山薺屬 DRABA
  
* 台灣山薺 _Draba sekiyana_ Ohwi

金縷梅科

HAMAMELIDACEAE 


* 蠟瓣花屬 CORYLOPSIS
  
* 台灣瑞木 _Corylopsis stenopetala_ Hayata
  
* 楓香 _Liquidambar formosana_ Hance

景天科

CRASSULACEAE 


* 燈籠草屬 KALANCHOE
  
* 鵝鑾鼻燈籠草 _Kalanchoe garambiensis_ Kudo
  
* 小燈籠草 _Kalanchoe gracile_ Hance

* 佛甲草屬 SEDUM
  
* 星果佛甲草 _Sedum actinocarpum_ Yamamoto
  
* 珠芽佛甲草 _Sedum buliferum_ Makino
  
* 紅子佛甲草 _Sedum erythrospermum_ Hayata
  
* 小萼佛甲草 _Sedum microsepalum_ Hayata
  
* 玉山佛甲草 _Sedum morrisonense_ Hayata
  
* 能高佛甲草 _Sedum nokoense_ Yamaoto
  
* 石碇佛甲草 _Sedum sekiteinse_ Yamamoto
  
* 穗花八寶 _Sedum subcapitatum_ Hayata

薔薇科

ROSACEAE 

・薔薇屬 ROSA

・玉山薔薇 _Morrisonensis_


* 舖地蜈蚣屬 COTONEASTER
  
* 台灣舖地蜈蚣 _Cotoneaster konishii_ Hayata
  
* 玉山舖地蜈蚣 _Cotoneaster morrisonensis_ Hayata
  
* 樂山舖地蜈蚣 _Cotoneaster rokujodaisanensis_ Hayata

* 枇杷屬 ERIOBOTRYA
  
* 武威山枇杷 _Eriobotrya deflexa_ forma _buisanensis_ (Hayata) Nakai
  
* 台灣枇杷 _Eriobotrya deflexa_ forma _deflexa_

* 蚊子草屬 FILIPENDULA
  
* 台灣蚊子草 _Filipendula kiraishiensis_ Hayata

* 草莓屬 FRAGARIA
  
* 台灣草莓 _Fragaria hayatai_ Makino

* 石楠屬 PHOTINIA
  
* 台東石楠 _Photinia ardisiifolia_ Hayata
  
* 毛瓣石楠 _Photinia lasiopetala_ Hayata
  
* 玉山假沙梨 _Photinia niitakayamensis_ Hayata

* 翻白草屬 POTENTILLA
  
* 雪山翻白草 _Potentilla tugitakensis_ Masamune

* 老葉兒樹屬 POURTHIAEA
  
* 清水石楠 _Pourthiaea chingshuiensis_ T. Shimizu
  
* 台灣石楠 _Pourthiaea lucida_ Decaisne

* 假皂莢屬 PRINSEPIA
  
* 假皂莢 _Prinsepia scandens_ Hayata

* 梅屬 PRUNUS
  
* 霧社山櫻花 _Prunus taiwaniana_ Hayata
  
* 阿里山櫻花 _Prunus transarisanensis_ Hayata

* 火刺木屬 PYRACANTHA
  
* 台灣火刺木 _Pyracantha koidzumii_ (Hayata) Rehd.

* 梨屬 PYRUS
  
* 台灣野梨 _Pyrus taiwanensis_ Iketani & Ohashi

* 懸鉤子屬 RUBUS
  
* 梣葉懸鉤子 _Rubus fraxinifoliolus_ Hayata
  
* 桑葉懸鉤子 _Rubus kawakamii_ Hayata
  
* 蘭嶼懸鉤子 _Rubus lanyuensis_ Chang
  
* 霧社懸鉤子 _Rubus linearifoliolus_ Hayata
  
* 尾葉懸鉤子 _Rubus morii_ Hayata
  
* 粗毛懸鉤子 _Rubus nagasawanus_ Koidz.
  
* 小梣葉懸鉤子 _Rubus parviaraliifolius_ Hayata
  
* 李棟山懸鉤子 _Rubus ritozanensis_ Sasaki
  
* 刺花懸鉤子 _Rubus taitoensis_ var. _aculeatiflorus_ (Hayata) Ohashi & Hsieh
  
* 台東刺花懸鉤子 _Rubus taitoensis_ var. _taitoensis_ 特有變種
  
* 台灣莓 _Rubus taiwanicolus_ Koidz. & Ohwi
  
* 長尾葉懸鉤子 _Rubus urophyllus_ Y. C. Liu & F. Y. Lu ex F. Y. Lu
  
* 玉里懸鉤子 _Rubus yuliensis_ Liu & Lu

* 花楸屬 SORBUS
  
* 巒大花楸 _Sorbus randaiensis_ (Hayata) Koidz.

* 繡線菊屬 SPIRAEA
  
* 台灣繡線菊 _Spiraea formosana_ Hayata
  
* 假繡線菊 _Spiraea hayatana_ Li
  
* 玉山繡線菊 _Spiraea morrisonicola_ Hayata
  
* 太魯閣繡線菊 _Spiraea tarokoensis_ Hayata

豆科

LEGUMINOSAE ( FABACEAE)


* 土圞兒屬 APIOS
  
* 台灣土圞兒 _Apios taiwanianus_ Hosokawa

* 紫雲英屬 ASTRAGALUS
  
* 南湖大山紫雲英 _Astragalus nankotaizanensis_ Sasaki
  
* 能高大山紫雲英 _Astragalus nokoensis_ Sasaki

* 假含羞草屬 CHAMAECRISTA
  
* 鵝鑾鼻決明 _Chamaecrista garambiensis_ (Hosokawa) Ohashi

* 野百合屬 CROTALARIA
  
* 紅花假地藍 _Crotalaria chiayiana_ Liu & Lu
  
* 鵝鑾鼻野百合 _Crotalaria similis_ Hemsl.

* 木山螞蝗屬 DENDROLOBIUM
  
* 變節山螞蝗 _Dendrolobium dispermum_ (Hayata) Schindl.

* 魚藤屬 DERRIS
  
* 疏花魚藤 _Derris laxiflora_ Benth.

* 山螞蝗屬 DESMODIUM
  
* 細葉山螞蝗 _Desmodium gracilium_ Hemsl.

* 扁豆屬 DOLICHOS
  
* 二裂葉扁豆 _Dolichos trilobus_ L. var. _kosyuensis_ (Hosokawa) Ohashi

* 山黑扁豆屬 DUMASIA
  
* 苗栗野豇豆 _Dumasia miaoliensis_ Liu & Lu

* 大豆屬 GLYCINE
  
* 扁豆莢大豆 _Glycine dolichocarpa_ Tateishi & Ohashi

* 木藍屬 INDIGOFERA
  
* 貓鼻頭木藍 _Indigofera byobiensis_ Hosokawa
  
* 腺葉木藍 _Indigofera glandulifera_ Hayata
  
* 太魯閣木藍 _Indigofera ramulosissima_ Hosokawa
  
* 台灣木藍 _Indigofera taiwaniana_ Huang & Wu

* 馬鞍樹屬 MAACKIA
  
* 台灣馬鞍樹 _Maackia taiwanensis_ Hoshi & Ohashi

牻牛兒苗科

GERANIACEAE 


* 牻牛兒苗屬 GERANIUM
  
* 單花牻牛兒苗 _Geranium hayatanum_ Ohwi
  
* 山牻牛兒苗 _Geranium suzukii_ Masamune

大戟科

EUPHORBIACEAE 


* 五月茶屬 ANTIDESMA
  
* 南仁五月茶 _Antidesma hiiranense_ Hayata

* 地錦草屬 CHAMAESYCE
  
* 新竹地錦 _Chamaesyce hsinchuensis_ Lin & Chaw
  
* 田代氏大戟 _Chamaesyce tashiroi_ (Hayata) Hara

* 鐵色屬 DRYPETES
  
* 交力坪鐵色 _Drypetes karapinensis_ (Hayata) Pax

* 大戟屬 EUPHORBIA
  
* 台灣大戟 _Euphorbia formosana_ Hayata
  
* 霞山大戟 _Euphorbia shouanensis_ Keng
  
* 太魯閣大戟 _Euphorbia tarokoensis_ Hayata

* 土沉香屬 EXCOECARIA
  
* 蘭嶼土沉香 _Excoecaria kawakamii_ Hayata

* 白樹屬 GELONIUM
  
* 白樹仔 _Gelonium aequoreum_ Hance

* 假黃楊屬 LIODENDRON
  
* 台灣假黃楊 _Liodendron formosanum_ (Kanehira & Sasaki) Keng

* 油柑屬 PHYLLANTHUS
  
* 新竹油柑 _Phyllanthus oligospermus_ Hayata

芸香科

RUTACEAE 


* 月橘屬 MURRAYA
  
* 山黃皮 _Murraya euchrestifolia_ Hayata

* 花椒屬 ZANTHOXYLUM
  
* 屏東花椒 _Zanthoxylum wutaiense_ Chen

槭樹科

ACERACEAE


* 槭屬 ACER
  
* 樟葉槭 _Acer albopurpurascens_ Hayata
  
* 台灣三角楓 _Acer buergerianum_ Miq. var. _formosanum_ (Hayata) Sasaki
  
* 尖葉槭 _Acer kawakamii_ Koidz.
  
* 台灣紅榨槭 _Acer rubescens_ Hayata
  
* 台灣掌葉槭 _Acer palmatum_ Thunb. var. _pubescens_ H.L. Li
  
* 青楓 _Acer serrulatum_ Hayata

冬青科

AQUIFOLIACEAE


* 冬青屬 Ilex
  
* 鈴木氏冬青 _Ilex suzukii_ S. Y. Hu
  
* 雪山冬青 _Ilex tugitakayamensis_ Sasaki
  
* 烏來冬青 _I. uraiensis_j

衛矛科

CELASTRACEAE


* 衛矛屬 EUONYMUS
  
* 厚葉衛矛 _Euonymus carnosus_ Hemsl.
  
* 淡綠葉衛矛 _Euonymus pallidifolius_ Hayata
  
* 卵葉刺果衛矛 _Euonymus trichocarpus_ Hayata

* 假衛矛屬 MICROTROPIS
  
* 恆春假衛矛 _Microtropis matsudai_ (Hayata) Koidz.

* 核子木屬 PERROTTETIA
  
* 佩羅特木 _Perrottetia arisanensis_ Hayata

鼠李科

RHAMNACEAE 


* 鼠李屬 RHAMNUS
  
* 清水鼠李 _Rhamnus chingshuiensis_ var. _chingshuiensis_
  
* 中原氏鼠李 _Rhamnus nakaharai_ (Hayata) Hayata
  
* 畢祿山鼠李 _Rhamnus pilushanensis_ Liu & Wang

* 雀梅藤屬 SAGERETIA
  
* 巒大雀梅藤 _Sageretia randaiensis_ Hayata

* 翼核木屬 VENTILAGO
  
* 翼核木 _Ventilago elegans_ Hemsl.

葡萄科

VITACEAE 


* CISSUS 粉藤屬
  
* 蘭嶼粉藤 _Cissus lanyuensis_ (Chang) Lu
  
* 翼莖粉藤 _Cissus pteroclada_ Hayata

* 崖爬藤屬 TETRASTIGMA
  
* 翼柄崖爬藤 _Tetrastigma alatum_ Li
  
* 三葉崖爬藤 _Tetrastigma formosanum_ (Hemsl.) Gagnep.
  
* 台灣崖爬藤 _Tetrastigma umbellatum_ (Hemsl.) Nakai

杜英科

ELAEOCARPACEAE 


* 猴歡喜屬 SLOANEA
  
* 猴歡喜 _Sloanea formosana_ Li

瑞香科

THYMELAEACEAE 


* 瑞香屬 DAPHNE
  
* 阿里山瑞香 _Daphne arisanensis_ Hayata
  
* 白花瑞香 _Daphne kiusiana_ Miq. var. _atrocaulis_ (Rehder) Maekawa
  
* 玉山瑞香 _Daphne nana_ Tagawa

* 蕘花屬 WIKSTROEMIA
  
* 紅蕘花 _Wikstroemia mononectaria_ Hayata

胡頹子科

ELAEAGNACEAE


* 胡頹子屬 ELAEAGNUS
  
* 台灣胡頹子 _Elaeagnus formosana_ Nakai
  
* 蓬萊胡頹子 _Elaeagnus formosensis_ Hatusima
  
* 慈恩胡頹子 _Elaeagnus grandifolia_ Hayata
  
* 太魯閣胡頹子 _Elaeagnus tarokoensis_ S. Y. Lu & Y. P. Yang
  
* 鄧氏胡頹子 _Elaeagnus thunbergii_ Serv.

菫菜科

VIOLACEAE


* 喜岩菫菜 _Viola adenothrix_ Hayata

* 台灣菫菜 _Viola formosana_ var. _formosana_

* 尖山菫菜 _Viola senzanensis_ Hayata

秋海棠科

BEGONIACEAE


* 秋海棠屬 BEGONIA
  
* 南台灣秋海棠 _Begonia austrotaiwanensis_ Chen & Peng
  
* 九九峰秋海棠 _Begonia boufordii_
  
* 武威山秋海棠 _Begonia buimontana_ Yamamoto
  
* 溪頭秋海棠 _Begonia chitoensis_ Liu & Lai
  
* 出雲山秋海棠 _Begonia chuyunshanensis_
  
* 鹿谷秋海棠 _Begonia lukuana_ Liu & Ou
  
* 南投秋海棠 _Begonia nantoensis_ Lai & Chung
  
* 坪林秋海棠 _Begonia pinlingensis_
  
* 岩生秋海棠 _Begonia ravenii_ Peng & Chen
  
* 台灣秋海棠 _Begonia taiwaniana_ Hayata
  
* 太魯閣秋海棠 _Begonia tarokoensis_ Lai 已被合併至水鴨腳 _B. formosana_
  
* 藤枝秋海棠 _Begonia tenchiana_
  
* 霧台秋海棠 _Begonia wutaiana_

桃金孃科

MYRTACEAE


* 赤楠屬 SYZYGIUM
  
* 細脈赤楠 _Syzygium euphlebium_ (Hayata) Mori
  
* 台灣赤楠 _Syzygium formosanum_ (Hayata) Mori
  
* 高士佛赤楠 _Syzygium kusukusense_ (Hayata) Mori

野牡丹科

MELASTOMATACEAE 


* 金石榴屬 BREDIA
  
* 小金石榴 _Bredia gibba_ Ohwi
  
* 金石榴 _Bredia oldhamii_ Hooker f.
  
* 圓葉布勒德藤 _Bredia rotundifolia_ Y. C. Liu & C. H.Ou

* 野牡丹藤屬 MEDINILLA
  
* 蘭嶼野牡丹藤 _Medinilla hayataina_ Keng

* 耳藥花屬 OTANTHERA
  
* 糙葉耳藥花 _Otanthera scaberrima_ (Hayata) Ohwi

* 厚距花屬 PACHYCENTRIA
  
* 台灣厚距花 _Pachycentria formosana_ Hayata

五加科

ARALIACEAE


* 八角金盤屬 FATSIA
  
* 台灣八角金盤 _Fatsia polycarpa_ Hayata

* 五葉參屬 PENTAPANAX
  
* 台灣五葉參 _Pentapanax castanopsisicola_ Hayata

* 鵝掌柴屬 SCHEFFLERA
  
* 台灣鵝掌柴 _Schefflera taiwaniana_ (Nakai) Kanehira

* 華參屬 SINOPANAX
  
* 華參 _Sinopanax formosana_ (Hayata) Li

* 蓪草屬 Tetrapanax
  
* 蓪草 _Tetrapanax papyrifer_ (Hook.) K.Koch

繖形科

UMBELLIFERAE (APIACEAE)


* 當歸屬 ANGELICA
  
* 野當歸 _Angelica dahurica_ (Fisch.) Benth. & Hook. var. _formosana_ (Boiss.) Yen
  
* 森氏當歸 _Angelica morii_ Hayata
  
* 玉山當歸 _Angelica morrisonicola_ Hayata var. _morrisonicola_
  
* 太魯閣當歸 _Angelica tarokoensis_ Hayata

* 柴胡屬 BUPLEURUM
  
* 高氏柴胡 _Bupleurum kaoi_ Liu, Chao & Chuang

* 彎柱芎屬 Conioselinum
  
* 玉山彎柱芎 _Conioselinum morrisonense_ Hayata

* 天胡荽屬 HYDROCOTYLE
  
* 基隆天胡荽 _Hydrocotyle keelungensis_ Liu, Chao & Chuang

* 水芹菜屬 OENANTHE
  
* 翼莖水芹菜 _Oenanthe pterocaulon_ Liu, Chao & Chuang

* 山薰香屬 OREOMYRRHIS
  
* 山薰香 _Oreomyrrhis involucrata_ Hayata
  
* 台灣山薰香 _Oreomyrrhis taiwaniana_ Masam.
  
* 南湖山薰香 _Oreomyrrhis nanhuensis_ C. H. Chen & J. C. Wang

* 前胡屬 PEUCEDANUM
  
* 台灣前胡 _Peucedanum formosanum_ Hayata

* 茴香屬 PIMPINELLA
  
* 玉山茴香 _Pimpinella niitakayamensis_ Hayata

* 山芹菜屬 SANICULA
  
* 五葉山芹菜 _Sanicula petagioides_ Hayata

杜鵑花科

ERICACEAE


* 杜鵑花屬 RHODODENDRON
  
* 南奧社鵑 _Rhododendron breviperulatum_ Hayata
  
* 臺灣杜鵑 _Rhododendron formosanum_ Hemsl.
  
* 南湖杜鵑 _Rhododendron hyperythrum_ Hayata
  
* 烏來杜鵑 _Rhododendron kanehirai_ Wilson
  
* 著生杜鵑 _Rhododendron kawakamii_ Hayata
  
* 細葉杜鵑 _Rhododendron noriakianum_ T. Suzuki
  
* 金毛杜鵑 _Rhododendron oldhamii_ Maxim.
  
* 玉山杜鵑 _Rhododendron pseudochrysanthum_ Hayata
  
* 紅毛杜鵑 _Rhododendron rubropilosum_ Hayata var. _rubropilosum_
  
* 臺灣高山杜鵑 _Rhododendron rubropilosum_var. _taiwanalpinum_ (Ohwi) S. Y. Lu, Y. P. Yang & Y. H. Tseng (特有變種)

* 越橘屬 VACCINIUM
  
* 凹葉越橘 _Vaccinium emarginatum_ Hayata
  
* 鞍馬山越橘 _Vaccinium kengii_ C. E. Chang
  
* 高山越橘 _Vaccinium merrillianum_ Hayata

紫金牛科

MYRSINACEAE 


* 紫金牛屬 ARDISIA
  
* 高士佛紫金牛 _Ardisia kusukuensis_ Hayata

灰木科

SYMPLOCACEAE 


* 灰木屬 SYMPLOCOS
  
* 薄葉灰木 _Symplocos eriostroma_ Hayata
  
* 恆春灰木 _Symplocos koshunensis_ Kanehira
  
* 擬日本灰木 _Symplocos migoi_ Nagamasu
  
* 玉山灰木 _Symplocos morrisonicola_ Hayata
  
* 小泉氏灰木 _Symplocos koitzumiana_
  
* 能高山灰木 _Symplocos nokoensis_ (Hayata) Kanehira
  
* 佐佐木氏灰木 _Symplocos sasakii_ Hayata
  
* 希蘭灰木 _Symplocos shilanensis_ Y. C. Liu & F. Y. Lu

木犀科

OLEACEAE 


* 女貞屬 LIGUSTRUM
  
* 玉山女貞 _Ligustrum morrisonense_ Kanehira & Sasaki

* 木犀屬 OSMANTHUS
  
* 無脈木犀 _Osmanthus enervis_ Masamune & Mori
  
* 高氏木犀 _Osmanthus kaoi_ (Liu & Liao) S. Y. Lu
  
* 銳葉木犀 _Osmanthus lanceolatus_ Hayata

夾竹桃科

APOCYNACEAE


* 念珠藤屬 ALYXIA
  
* 蘭嶼念珠藤 _Alyxia insularis_ Kanehira & Sasaki

* 錦蘭屬 ANODENDRON
  
* 大錦蘭 _Anodendron benthamiana_ Hemsl.

* 牛皮消屬 CYNANCHUM
  
* 蘭嶼牛皮消 _Cynanchum lanhsuense_ Yamazaki

* 布朗藤屬 HETEROSTEMMA
  
* 布朗藤 _Heterostemma brownii_ Hayata

* 山橙屬 MELODINUS
  
* 山橙 _Melodinus angustifolius_ Hayata

* 絡石屬 TRACHELOSPERMUM
  
* 臺灣絡石 _Trachelospermum formosanum_ Y. C. Liu & C. H. Ou

茜草科

RUBIACEAE 


* 伏牛花屬 DAMNACANTHUS
  
* 無刺伏牛花 _Damnacanthus angustifolius_ Hayata

* 豬殃殃屬 GALIUM
  
* 刺果豬殃殃 _Galium echinocarpum_ Hayata
  
* 圓葉豬殃殃 _Galium formosense_ Ohwi
  
* 福山氏豬殃殃 _Galium fukuyamai_ Masam.
  
* 森氏豬殃殃 _Galium morii_ Hayata
  
* 南湖大山豬殃殃 _Galium nankotaizanum_ Ohwi
  
* 太魯閣豬殃殃 _Galium tarokoense_ Hayata

* 耳草屬 HEDYOTIS
  
* 臭涼喉茶 _Hedyotis butensis_ Masam.

* 雞屎樹屬 LASIANTHUS
  
* 密毛雞屎樹 _Lasianthus appressihirtus_ Simizu var. _appressihirtus_
  
* 薄葉雞屎樹 _Lasianthus microstachys_ Hayata

* 蛇根草屬 OPHIORRHIZA
  
* 早田氏蛇根草 _Ophiorrhiza hayatana_ Ohwi.

* 茜草屬 RUBIA
  
* 林氏茜草 _Rubia linii_ Chao

* 玉心花屬 TARENNA
  
* 薄葉玉心花 _Tarenna gracilipes_ （Hayata）Ohwi

紫草科

BORAGINACEAE 


* 琉璃草屬 CYNOGLOSSUM
  
* 高山倒提壺 _Cynoglossum alpestre_ Ohwi

* 天芹菜屬 HELIOTROPIUM
  
* 山豆根 _Heliotropium formosanum_ I. M. Johnst.

* 附地草屬 TRIGONOTIS
  
* 台北附地草 _Trigonotis elevatovenosa_ Hayata
  
* 臺灣附地草 _Trigonotis formosana_ Hayata
  
* 南湖附地草 _Trigonotis nankotaizanensis_ (Sasaki) Masam. & Ohwi ex Masam.

馬鞭草科

VERBENACEAE 


* 紫珠屬 CALLICARPA
  
* 灰背葉紫珠 (裡白杜虹花) _Callicarpa hypoleucophylla_ Lin & Wang
  
* 細葉紫珠 _Callicarpa pilosissima_ Maxim.
  
* 巒大紫珠 _Callicarpa randaiensis_ Hayata
  
* 疏花紫珠 _Callicarpa remotiflora_ Lin &Wang
  
* 疏齒紫珠 _Callicarpa remotiserrulata_ Hayata
  
* 銳葉紫珠 _Callicarpa tikusikensis_ Masam.

* 海州常山屬 CLERODENDRUM
  
* 花蓮海州常山 _Clerodendrum ohwi_ Kanehira. & Hatusima

* 魚臭木屬 Premna
  
* 恆春臭黃荊 _Premna hengchunensis_ S. Y. Lu & Yuen P. Yang

唇形科

LABIATAE 


* 綿穗蘇屬 COMANTHOSPHACE
  
* 臺灣白木草 _Comanthosphace formosana_ Ohwi

* 錐花屬 GOMPHOSTEMMA
  
* 臺灣錐花 _Gomphostemma calliucarpoides_ （Yamamoto）Masamune

* 偏穗花屬 KEISKEA
  
* 大苞偏穗花 _Keiskea macrobracteata_ Masam.

* 假糙蘇屬 PARAPHLOMIS
  
* 絨萼舞子草 _Paraphlomis tomentoso-capitata_ Yamamoto

* 刺蕊草屬 POGOSTEMON
  
* 臺灣刺蕊草 _Pogostemon formosanus_ Oliv.

* 鼠尾草屬 SALVIA
  
* 阿里山紫花鼠尾草 _Salvia arisanensis_ Hayata
  
* 紅花鼠尾草 _Salvia coccinea_ Juss. ex Murr.
  
* 臺灣紫花鼠尾草 _Salvia formosana_ （Murata）Tamazaki var. _formosana_
  
* 蕨葉紫花鼠尾草 _Salvia formosana_ （Murata）Tamazaki var. _matsudae_ （Kudo）Huang & Wu
  
* 早田氏鼠尾草 _Salvia hayatana_ Makino ex Hayata
  
* 隱藥鼠尾草 _Salvia keitaoensis_ Hayata
  
* 黃花鼠尾草 _Salvia nipponica_ Miq. var. _formosana_（Hayata）Kudo

* 黃芩屬 SCUTELLARIA
  
* 南臺灣黃芩 _Scutellaria austrotaiwanensis_ Hsieh & Huang
  
* 布烈氏黃芩 _Scutellaria playfairi_ Kudo
  
* 臺灣黃芩 _Scutellaria taiwanensis_ Wu
  
* 田代氏黃芩 _Scutellaria tashiroi_ Hayata

* 鈴木草屬 SUZUKIA
  
* 鈴木草 _Suzukia shikikunensis_ Kudo

* 香科科屬 TEUCRIUM
  
* 臺灣香科科 _Teucrium taiwanianum_ Hsieh & Huang

玄參科

SCROPHULARIACEAE 


* 碎雪草屬 EUPHRASIA
  
* 南湖碎雪草 _Euphrasia nankotaizanensis_ Yamamoto
  
* 太魯閣小米草 _Euphrasia tarokoana_ Ohwi
  
* 玉山小米草 _Euphrasia transmorrisonensis_ Hayata

* 石龍尾屬 LIMNOPHILA
  
* 桃園石龍尾 _Limnophila taoyuanensis_ Yang & Yen

* 母草屬 LINDERNIA
  
* 臺南見風紅 _Lindernia scutellariiformis_ Yamazaki

* 通泉草屬 MAZUS
  
* 高山通泉草 _Mazus alpinus_ Masam.

* 馬先蒿屬 PEDICULARIS
  
* 高山馬先蒿 _Pedicularis ikomai_ Sasaki

* 玄參屬 SCROPHULARIA
  
* 雙鋸齒玄參 _Scrophularia yoshimurae_ Yamazaki

* 婆婆納屬 VERONICA
  
* 玉山水苦蕒 _Veronica morrisonicola_ Hayata
  
* 貧子水苦蕒 _Veronica oligosperma_ Hayata
  
* 臺灣水苦蕒 _Veronica taiwanica_ Yamazaki

* 腹水草屬 VERONICASTRUM
  
* 臺灣腹水草 _Veronicastrum formosanum_ (Masam.) Yamazaki
  
* 高山腹水草 _Veronicastrum kitamurae_ (Ohwi) Yamazaki

爵床科

ACANTHACEAE 


* 針刺草屬 CODONACANTHUS
  
* 銀脈爵床 _Codonacanthus albo-nervosa_ (Hosok.) Yang, comb. nov.

* 鱗球花屬 LEPIDAGATHIS
  
* 柳葉鱗球花 _Lepidagathis stenophylla_ Clarke ex Hayata

* 馬藍屬 STROBILANTHES
  
* 曲莖馬藍 _Strobilanthes flexicaulis_ Hayata
  
* 臺灣馬藍 _Strobilanthes formosanus_ Moore
  
* 長穗馬藍 _Strobilanthes longespicatus_ Hayata
  
* 蘭嵌馬藍 _Strobilanthes rankanensis_ Hayata

忍冬科

CAPRIFOLIACEAE 


* 忍冬屬 LONICERA
  
* 無梗忍冬 _Lonicera apodantha_ Ohwi
  
* 川上氏忍冬 _Lonicera kawakamii_ (Hayata) Masamune
  
* 追分忍冬 _Lonicera oiwakensis_ Hayata

* 莢屬 VIBURNUM
  
* 著生珊瑚樹 _Viburnum arboricolum_ Hayata
  
* 玉山糯米樹 _Viburnum integrifolium_ Hayata
  
* 小葉莢迷 _Viburnum parvifolium_ Hayata
  
* 臺東莢迷 _Viburnum taitoense_ Hayata

敗醬科

VALERIANACEAE 


* 敗醬屬 PATRINIA
  
* 禿敗醬 _Patrinia glabrifolia_ Yamamoto & Sasaki

菊科

COMPOSITAE (ASTERACEAE ) 


* 鬼督郵屬 AINSLIAEA
  
* 中原氏鬼督郵 _Ainsliaea secundiflora_ Hayata

* 籟簫屬 ANAPHALIS
  
* 蓬萊籟簫 _Anaphalis horaimontana_ Masam.

* 蒿屬 ARTEMISIA
  
* 山艾 _Artemisia kawakamii_ Hayata
  
* 細葉山艾 _Artemisia morrisonensis_ Hayata
  
* 玉山艾 _Artemisia niitakayamensis_ Hayata
  
* 高山艾 _Artemisia oligocarpa_ Hayata
  
* 相馬氏艾（臺灣狹葉艾） _Artemisia somai_ Hayata var. _somai_
  
* 太魯閣艾 _Artemisia somai_ Hayata var. _batakensis_ (Hayata) Kitam. 特有變種
  
* 雪山艾 _Artemisia tsugitakaensis_ (Kitam.) Ling & Y. R. Ling

* 紫菀屬 ASTER
  
* 清水馬蘭 _Aster chingshuiensis_ Y. C. Liu & C. H. Ou
  
* 臺灣山白蘭 _Aster formosanus_ Hayata
  
* 大武山紫菀 _Aster itsunboshi_ Kitam.
  
* 玉山鐵桿蒿 _Aster morrisonensis_ Hayata
  
* 臺灣狗娃花 _Aster oldhamii_ Hemsl.
  
* 臺灣紺菊 _Aster ovalifolius_ Kitam.
  
* 臺灣馬蘭 _Aster taiwanensis_ Kitam.
  
* 雪山馬蘭 _Aster takasagomontanus_ Sasaki
  
* 桃園馬蘭 _Aster taoyuenensis_ S. S. Ying

* 艾納香屬 BLUMEA
  
* 狹葉艾納香 _Blumea linearis_ C.-I Peng & W. P. Leu

* 薊屬 CIRSIUM
  
* 阿里山薊 _Cirsium arisanense_ Kitam.
  
* 鱗毛薊 _Cirsium ferum_ Kitam.
  
* 細川氏薊 _Cirsium hosokawae_ Kitam.
  
* 玉山薊（川上氏薊）_Cirsium kawakamii_ Hayata
  
* 森氏薊 _Cirsium morii_ Hayata
  
* 鈴木氏薊 _Cirsium suzukii_ Kitam.

* 假黃鵪菜屬 Crepidiastrum
  
* 臺灣假黃鵪菜 _Crepidiastrum taiwanianum_ Nakai

* 菊屬 DENDRANTHEMA
  
* 阿里山油菊 _Dendranthema arisanense_ (Hayata) Y. Ling & C. Shih
  
* 蓬萊油菊 _Dendranthema horaimontana_ (Masam.) S. S. Ying
  
* 森氏菊 _Dendranthema morii_ (Hayata) Kitam.

* 飛蓬屬 Erigeron
  
* 玉山飛蓬 _Erigeron morrisonensis_ Hayata var. _morrisonensis_
  
* 福山氏飛蓬 _Erigeron morrisonensis_ Hayata var. _fukuyamae_ (Kitam.) Kitam. 特有變種

* 澤蘭屬 Eupatorium
  
* 腺葉澤蘭 _Eupatorium amabile_ Kitm.
  
* 花蓮澤蘭 _Eupatorium hualienense_ C. H. Ou, S. W. Chung & C.-I Peng
  
* 島田氏澤蘭 _Eupatorium shimadai_ Kitam.

* 三七草屬 Gynura
  
* 蘭嶼木耳菜 _Gynura elliptica_ Yabe & Hayata
  
* 白鳳菜 _Gynura formosana_

* 山柳菊屬 Hieracium
  
* 森氏山柳菊 _Hieracium morii_ Hayata

* 小苦賈屬 IXERIDIUM
  
* 能高刀傷草 _Ixeridium transnokoense_ (Sasaki) J. H. Pak &Kawano

* 稻槎菜屬 LAPSANASTRUM
  
* 臺灣稻槎菜 _Lapsanastrum takasei_ (Sasaki) J. H. Pak & K. Bremer

* 薄雪草屬 LEONTOPODIUM
  
* 玉山薄雪草 _Leontopodium microphyllum_ Hayata

* 橐吾屬 LIGULARIA
  
* 高山橐吾 _Ligularia kojimae_ Kitam.

* 羽葉千里光屬 Nemosenecio
  
* 臺灣劉寄奴 _Nemosenecio formosanus_ (Kitam.) B. Nord.

* 紫菊屬 NOTOSERIS
  
* 臺灣福王草（臺灣紫菊）_Notoseris formosana_ (Kitam.) C. Shih

* 蟹甲草屬 Parasenecio
  
* 玉山蟹甲草 _Parasenecio monantha_ (Diels) C.-I Peng & S. W. Chung
  
* 能高蟹甲草 _Parasenecio nokoensis_ (Masam. & Suzuki) C.-I Peng & S. W. Chung

* 高野帚屬 Pertya
  
* 半高野帚 _Pertya simozawai_ Masam.

* 款冬屬 PETASITES
  
* 臺灣款冬 _Petasites formosanus_ Kitam.

* 青木香屬 Saussurea
  
* 高山青木香 _Saussurea glandulosa_ Kitam.
  
* 關山青木香 _Saussurea kanzanensis_ Kitam.
  
* 奇萊青木香 _Saussurea kiraisanensis_ Masam.

* 黃菀屬（千里光屬）Senecio
  
* 小蔓黃菀 _Senecio crataegifolius_ Hayata
  
* 玉山黃菀 _Senecio morrisonensis_ Hayata
  
* 臺東黃菀 _Senecio taitungensis_ S. S. Ying
  
* 太魯閣千里光 _Senecio tarokoensis_ C.-I Peng

* 破傘菊屬 SYNEILESIS
  
* 臺灣破傘菊 _Syneilesis intermedia_ (Hayata) Kitam.
  
* 高山破傘菊 _Syneilesis subglabrata_ (Yamam. & Sasaki) Kitam.

* 狗舌草屬 TEPHROSERIS
  
* 臺灣狗舌草 (台東黃菀) _Tephroseris taitoensis_ (Hayata) Holub

單子葉植物綱

百合科 菝楔科 鳶尾科 燈心草科 鴨跖草科 茺草科 穀精草科 莎草科 禾本科 竹 天南星科 薑科 蘭科

百合科

LILIACEAE 


* 粉條兒屬 ALETRIS
  
* 台灣粉條兒 _Aletris formosana_ (Hayata) H.-Y. Liu comb. nov.

* 蔥屬 ALLIUM
  
* 玉山蒜 _Allium morrisonense_ Hayata

* 蜘蛛抱蛋屬 ASPIDISTRA
  
* 薄葉蜘蛛抱蛋 _Aspidistra attenuata_ Hayata
  
* 大武蜘蛛抱蛋 _Aspidistra daibuensis_ Hayata

* 假寶鐸花屬 DISPOROPSIS
  
* 阿里山假寶鐸花 _Disporopsis arisanensis_ Hayata

* 寶鐸花屬（萬壽竹屬） DISPORUM
  
* 台灣寶鐸花 _Disporum cantoniense_ (Lour.) Merr. var. _kawakamii_ (Hayata) Hara
  
* 山寶鐸花 _Disporum sessile_ D. Don ex Schultes var. _shimadai_ (Hayata) Hara

* 胡麻花屬 HELONIOPSIS
  
* 台灣胡麻花 _Heloniopsis umbellata_ Baker

* 百合屬 LILIUM
  
* 台灣百合 _Lilium formosanum_ Wallace
    
* 小葉台灣百合 _Lilium formosanum var. microphyllum_ Wallace

* 鹿藥屬 MAIANTHEMUM
  
* 鹿藥 _Maianthemum formosanum_ (Hayata) LaFrankie

* 球子草屬 PELIOSANTHES
  
* 高氏球子草 _Peliosanthes kaoi_ Ohwi

* 油點草屬 TRICYRTIS
  
* 台灣油點草 _Tricyrtis formosana_ Baker
  
* 毛果油點草 _Tricyrtis lasiocarpa_ Matsumura
  
* 卵葉油點草 _Tricyrtis ovatifolia_ S. S. Ying
  
* 鈴木油點草 _Tricytis suzukii_ Masamune

菝葜科

SMILACACEAE 


* 土茯苓屬 HETEROSMILAX
  
* 台中假土茯苓 _Heterosmilax seisuiensis_ (Hayata) Wang＆Tang

* 菝葜屬 SMILAX
  
* 細葉菝葜 _Smilax elongato-umbellata_ Hayata
  
* 早田氏菝葜 _Smilax hayatae_ T. Koyama
  
* 南投菝葜 _Smilax nantoensis_ T. Koyama

鳶尾科

IRIDACEAE 


* 鳶尾屬 IRIS
  
* 台灣鳶尾 _Iris formosana_ Ohwi

燈心草科

JUNCACEAE 


* 燈心草屬 JUNCUS
  
* 玉山燈心草 _Juncus triflorus_ Ohwi

* 地楊梅屬 LUZULA
  
* 台灣地楊梅 _Luzula taiwaniana_ Satake

鴨跖草科

COMMELINACEAE 


* 假紫萬年青屬 BELOSYNAPSIS
  
* 川上氏鴨舌疝 _Belosynapsis kawakamii_（Hayata）C. I.Peng＆Y.J.Chen

茺草科

XYRIDACEAE 


* 茐草屬 XYRIS
  
* 桃園草 _Xyris formosana_ Hayata

穀精草科

ERIOCAULACEAE


* 穀精草屬 Eriocaulon
  
* 連萼穀精草 _Eriocaulon buergerianum_ Koern.

莎草科

CYPERACEAE


* 薹屬 _CAREX_ 
  
* 長梗扁果薹 _Carex longistipes_ Hayata
  
* 森氏薹 _Carex morii_ Hayata
  
* 直蕊宿柱薹 _Carex orthostemon_ Hayata
  
* 太魯閣薹 _Carex purpureotincta_ Ohwi
  
* 台北薹（銳果薹）_Carex taihokuensis_ Hayata
  
* 台灣疏花薹 _Carex taiwanensis_ (Ohwi) Akiyama
  
* 大武宿柱薹 _Carex transalpine_ Hayata
  
* 扁果薹 _Carex urelytra_ Ohwi

* 飄拂草屬 FIMBRISTYLIS
  
* 白穗飄拂草 _Fimbristylis shimadana_ Ohwi
  
* 知本飄拂草 _Fimbristylis subinclinata_ T. Koyama

禾本科

GRAMINEAE（POACEAE）


* 鵝觀草屬 AGROPYRON
  
* 台灣鵝觀草 _Agropyron formosanum_ Honda

* 剪股穎屬 AGROSTIS
  
* 阿里山剪股穎 _Agrostis clavata_ Trin var. _arisan-montana_ Miq.
  
* 伯明剪股穎 _Agrostis clavata_ Trin var. _fukuyamae_ (Ohwi) Veldkemp

* 蘆竹屬 ARUNDO
  
* 台灣蘆竹 _Arundo formosana_ Hack.

* 馬唐屬 DIGITARIA
  
* 佛歐里馬唐 _Digitaria fauriei_ Ohwi
  
* 大絨馬唐 _Digitaria magna_ (Honda) Tsuyama
  
* 絨馬唐 _Digitaria mollicoma_ (Kunth) Henrard
  
* 絹毛馬唐 _Digitaria sericea_ (Honda) Honda

* 油芒屬 ECCOILOPUS
  
* 台灣油芒 _Eccoilopus formosanus_ (Rendle) A. Camus

* 畫眉草屬 ERAGROSTIS
  
* 毛葉知風草 _Eragrostis pilosiuscula_ Ohwi

* 蔗茅屬 ERIANTHUS
  
* 紫台蔗茅 _Erianthus formosanus_ Stapf

* 羊茅屬 FESTUCA
  
* 台灣羊茅 _Festuca formosana_ Honda

* 莠竹屬 MICROSTEGIUM
  
* 法利莠竹 _Microstegium fauriei_ (Hayata) Honda
  
* 短軸莠竹 _Microstegium glaberrimum_ (Honda) Koidz.
  
* 相馬莠竹 _Microstegium somai_ (Hayata) Ohwi

* 茅根草屬 PEROTIS
  
* 大穗茅根 _Perotis macrantha_ Honda

* 裂稃草屬 SCHIZACHYRIUM
  
* 尖葉裂稃草 _Schizachyrium fragile_ (R.Br.) A. Camus var. _shimadae_ (Ohwi) C. Hsu

* 大油芒屬 SPODIOPOGON
  
* 台南大油芒 _Spodiopogon tainanensis_ Hayata

* 假蛇尾草屬 THAUMASTOCHLOA
  
* 其昌假蛇尾草 _Thaumastochloa chenii_ C. Hsu

竹

BAMBOOS 


* 青籬竹屬 ARUNDINARIA
  
* 台灣矢竹 _Arundinaria kunishii_ Hayata
  
* 包籜矢竹 _Arundinaria usawai_ Hayata

* 蓬萊竹屬 BAMBUSA
  
* 長枝竹 _Bambusa dolichoclada_ Hayata
  
* 火廣竹 _Bambusa dolichomerithalla_ Hayata
  
* 八芝蘭竹 _Bambusa pachinensis_ Hayata var. _pachinensis_
  
* 長毛八芝蘭竹 _Bambusa pachinensis_ Hayata var. _hirsutissima_（Odashima）Lin
  
* 烏葉竹 _Bambusa utilis_ Lin

* 孟宗竹屬 PHYLLOSTACHYS
  
* 轎槓竹 _Phyllostachys lithophila_ Hayata
  
* 台灣桂竹 _Phyllostachys makinoi_ Hayata

天南星科

ARACEAE 


* 蒟蒻屬 AMORPHOPHALLUS
  
* 台灣魔芋 _Amorphophallus henryi_ N. E. Br.
  
* 密毛魔芋 _Amorphophallus hirtus_ N. E. Br.

* 天南星屬 Arisaema
  
* 台灣天南星 _Arisaema formosanum_（Hayata）Hayata
  
* 毛筆天南星 _Arisaema grapsospadix_ Hayata
  
* 宜蘭天南星 _Arisaema ilanense_ J. C. Wang
  
* 線花天南星 _Arisaema matsudae_ Hayata
  
* 南仁山天南星 _Arisaema nanjenense_ T. C. Huang ＆M. J. Wu
  
* 蓬萊天南星 _Arisaema taiwanense_ J. Murata
  
* 東台天南星 _Arisaema thunbergii_ Bl. subsp. _autumnale_ J. C. Wang, J. Murata ＆ H. Ohashi 特有變種

* 芋屬 COLOCASIA
  
* 山芋 _Colocasia konishii_ Hayata

* 扁葉芋屬 HOMALOMENA
  
* 基隆扁葉芋 _Homalomena kelungensis_ Hayata

* 柚葉藤屬 POTHOS
  
* 台灣柚葉藤 疑問種 _Pothos warburgii_ Eng

* 落檐屬 SCHISMATOGLOTTIS
  
* 蘭嶼芋 _Schismatoglottis kotoensis_（Hayata）T. C. Huang, A. Hsiao ＆ H. Y. Yeh

薑科

ZINGIBERACEAE 


* 法氏薑屬 VANOVERBERGHIA
  
* 蘭嶼法氏薑 _Vanoverberghia sasakiana_ H. Funak. ＆ H. Ohashi

* 薑屬 ZINGIBER
  
* 少葉薑 _Zingiber oligophyllum_ K. Schumann

蘭科

ORCHIDACEAE 


* 鹿角蘭屬 ASCOCENTRUM
  
* 小鹿角蘭 _Ascocentrum pumilum_（Hayata）Schltr.

* 豆蘭（石豆蘭、株柄蘭）屬 BULBOPHYLLUM
  
* 溪頭豆蘭 _Bulbophyllum chitouense_ Ying
  
* 紫紋捲瓣蘭 _Bulbophyllum melanoglossum_ Hayata
  
* 百合豆蘭 _Bulbophyllum pectinatum_ Finet
  
* 鸛冠蘭 _Bulbophyllum setaceum_ T. P. Lin

* 根節蘭屬 CALANTHE (大陸稱為『蝦脊蘭』)
  
* 輻射根節蘭 _Calanthe actinomorpha_ Fukuyama
  
* 阿里山根節蘭 _Calanthe arisanensis_ Hayata
  
* 尾唇根節蘭 _Calanthe caudatilabella_ Hayata
  
* 闊葉根節蘭 _Calanthe elliptica_ Hayata

* 指柱蘭屬 CHEIROSTYLIS
  
* 斑葉指柱蘭 _Cheirostylis hungyehensis_ T. P. Lin

* 大蜘蛛蘭屬 CHILOSCHISTA
  
* 大蜘蛛蘭 _Chiloschista segawai_（Masamune）Masamune＆Fukuyama

* 喜普鞋蘭屬 Cypripedium
  
* 台灣喜普鞋蘭 _Cypripedium formosanum_ Hayata
  
* 寶島喜普鞋蘭 _Cypripedium segawae_ Masam

* 石斛屬 DENDROBIUM
  
* 紅鸝石斛 _Dendrobium falconeri_ Hayata
  
* 細莖石斛 _Dendrobium leptocladum_ Hayata
  
* 小雙花石斛 _Dendrobium somai_ Hayata

* 著頦蘭屬 EPIGENEIUM
  
* 臘石斛 _Epigeneium nakaharai_（Schltr.）Surnmerh.

* 鈴蘭屬 EPIPACTIS
  
* 台灣鈴蘭 _Epipactis ohwii_ Fukuyama

* 斑葉蘭屬 GOODYERA
  
* 長葉斑葉蘭 _Goodyera bilamellata_ Hayata
  
* 南湖斑葉蘭 _Goodyera nankoensis_ Fukuyama
  
* 歌綠懷蘭 _Goodyera seikomontana_ Yamamoto

* 香蘭屬 HARAELLA
  
* 香蘭 _Haraella retrocalla_（Hayata）Kudo

* 玉山一葉蘭屬 HEMIPILIA
  
* 玉山一葉蘭 _Hemipilia cordifolia_ Lindl.

* 撬唇蘭屬 HOLCOGLOSSUM
  
* 撬唇蘭 _Holcoglossum quasipinifolium_（Hayata）Schltr.

* 雙葉蘭（對葉蘭）屬 LISTERA
  
* 梅峰雙葉蘭 _Listera meifongensis_ Su H. J. ＆ C. Y. Hu

* 釵子股屬 LUISIA
  
* 安朔金釵蘭 _Luisia cordata_ Fukuyama

* 齒唇蘭（假金線蓮）屬 ODONTOCHILUS
  
* 二囊齒唇蘭 _Odontochilus bisaccatus_（Hayata）Hayata ex T. P. Lin

* 石山桃屬 PHOLIDOTA
  
* 烏來石山桃 _Pholidota uraiensis_ Hayata

* 繡球蘭屬 POMATOCALPA
  
* 黃繡球蘭 _Pomatocalpa acuminata_（Rolfe.）Schltr.



參見


* 臺灣保育物種列表

* 臺灣特有動物列表

* 台灣已滅絕生物列表



外部連結


* 中華民國行政院農委會特有生物研究保育中心（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）（中文）（英文）

* 臺灣生物多樣性資訊入口網 （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）（中文）（英文）

* 台灣特有植物 （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） 數位典藏相關

* 台灣原生的坪林秋海棠 （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）