真菌界（學名：Fungi，單數為 Fungus，複數可為 Fungi 或 Funguses [3]）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。



子囊菌門 （Ascomycota）


* Neolectomycetes
  
* Neolectales

* Pneumocystidomycetes
  
* Pneumocystidales

* Schizosaccharomycetes
  
* Schizosaccharomycetales
  
* 環境樣本

* Taphrinomycetes
  
* Taphrinales

* Archaeorhizomycetes
  
* Archaeorhizomycetales
  
* 環境樣本

* Arthoniomycetes
  
* Arthoniales
  
* Lichenostigmatales
  
* 目未定

* Dothideomycetes
  
* Capnodiales
  
* Dothideales
  
* Myriangiales
  
* Jahnulales
  
* Mytilinidiales
  
* Pleosporales
  
* Botryosphaeriales
  
* Microthyriales
  
* Patellariales
  
* Trypetheliales
  
* 目未定及環境、菌根樣本

* Eurotiomycetes
  
* Chaetothyriales
  
* Pyrenulales
  
* Verrucariales
  
* Coryneliales
  
* Arachnomycetales
  
* Ascosphaerales
  
* Eurotiales
  
* Onygenales
  
* Mycocaliciales
  
* 目未定及環境樣本

* Geoglossomycetes
  
* Geoglossales
  
* 目未定

* Laboulbeniomycetes
  
* Laboulbeniales
  
* Pyxidiophorales
  
* 目未定及環境樣本

* Lecanoromycetes
  
* Acarosporales
  
* Lecanorales
  
* Lecideales
  
* Peltigerales
  
* Teloschistales
  
* Agyriales
  
* Baeomycetales
  
* Ostropales
  
* Rhizocarpales
  
* Pertusariales
  
* Candelariales
  
* Umbilicariales
  
* 目未定及環境樣本

* Leotiomycetes
  
* Cyttariales
  
* Erysiphales
  
* Helotiales
  
* Leotiales
  
* Rhytismatales
  
* Thelebolales
  
* Medeolariales
  
* 目未定及環境、菌根樣本

* Lichinomycetes
  
* Eremothallales
  
* Lichinales

* Orbiliomycetes
  
* Orbiliales

* Pezizomycetes
  
* Pezizales
  
* 目未定

* Pneumocystidomycetes
  
* Pneumocystidales

* Sordariomycetes
  
* Coronophorales
  
* Hypocreales
  
* Melanosporales
  
* Microascales
  
* Boliniales
  
* Calosphaeriales
  
* Chaetosphaeriales
  
* Coniochaetales
  
* Diaporthales
  
* Ophiostomatales
  
* Sordariales
  
* Lulworthiales
  
* Xylariales
  
* Phyllachorales
  
* Trichosphaeriales
  
* 目未定及環境、菌根樣本

* Saccharomycetes
  
* Saccharomycetales

* 綱未定及環境、菌根樣本



擔子菌門 (Basidiomycota)


* Tremellomycetes
  
* Cystofilobasidiales
  
* Filobasidiales
  
* Tremellales
  
* Holtermanniales
  
* 目未定

* Dacrymycetes
  
* Dacrymycetales

* Agaricomycetes
  
* Agaricales
  
* Atheliales
  
* Boletales
  
* †Prototaxales
  
* Amylocorticiales
  
* Jaapiales
  
* Lepidostromatales
  
* Geastrales
  
* Gomphales
  
* Hysterangiales
  
* Phallales
  
* Auriculariales
  
* Cantharellales
  
* Corticiales
  
* Gloeophyllales
  
* Hymenochaetales
  
* Polyporales
  
* Russulales
  
* Sebacinales
  
* Thelephorales
  
* Trechisporales
  
* 目未定及環境樣本

* Agaricostilbomycetes
  
* Agaricostilbales
  
* Spiculostilbales
  
* 目未定及環境樣本

* Atractiellomycetes
  
* Atractiellales

* Classiculomycetes
  
* Classiculales

* Cryptomycocolacomycetes
  
* Cryptomycocolacales

* Cystobasidiomycetes
  
* Cystobasidiales
  
* Erythrobasidiales
  
* Naohideales
  
* 目未定

* Microbotryomycetes
  
* Heterogastridiales
  
* Kriegeriales
  
* Leucosporidiales
  
* Microbotryales
  
* Sporidiobolales
  
* 目未定及環境樣本

* Mixiomycetes
  
* Mixiales

* Pucciniomycetes
  
* Helicobasidiales
  
* Pachnocybales
  
* Platygloeales
  
* Pucciniales
  
* Septobasidiales
  
* 目未定及環境樣本

* Entorrhizomycetes
  
* Entorrhizales

* Ustilaginomycetes
  
* Urocystales
  
* Ustilaginales
  
* 目未定及環境樣本

* Exobasidiomycetes
  
* Ceraceosorales
  
* Doassansiales
  
* Entylomatales
  
* Exobasidiales
  
* Georgefischeriales
  
* Microstromatales
  
* Tilletiales
  
* Malasseziales
  
* 目未定及環境樣本

* Wallemiomycetes
  
* Wallemiales
  
* Geminibasidiales
  
* 目未定

* 綱未定及環境、菌根樣本



芽枝霉門 (Blastocladiomycota)


* Blastocladiomycetes
  
* Blastocladiales
  
* 目未定

* 環境樣本



壺菌門 (Chytridiomycota)


* Chytridiomycetes
  
* Chytridiales
  
* Cladochytriales
  
* Lobulomycetales
  
* Polychytriales
  
* Rhizophlyctidales
  
* Rhizophydiales
  
* Spizellomycetales
  
* 目未定

* Monoblepharidomycetes
  
* Monoblepharidales

* 綱未定及環境樣本



球囊菌門 (Glomeromycota)


* Glomeromycetes
  
* Archaeosporales
  
* Diversisporales
  
* Glomerales
  
* Paraglomerales
  
* 目未定及環境樣本

* 綱未定及環境樣本



微孢子蟲門（Microsporidia）


* Minisporea
  
* Minisporida

* Microsporea
  
* Microsporida

* Metchnikovellea
  
* Metchnikovellida

* 綱未定及環境樣本



新美鞭菌門（Neocallimastigomycota）


* Neocallimastigomycetes
  
* Neocallimastigales

* 綱未定及環境樣本



接合菌門 (Zygomycota)


* Zygomycetes
  
* Endogonales
  
* Mucorales
  
* Mortierellales
  
* Asellariales
  
* Kickxellales
  
* Dimargaritales
  
* Harpellales
  
* Entomophthorales
  
* Zoopagales
  
* 目未定



門未定及環境、菌根樣本


* 其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合 DNA 片段）