真菌分類系統是關於真菌的科學分類法。19 世紀至今，各學者對真菌的分類不盡相同，其中最常用的是安斯沃斯在 1971 年作出的分類系統。



貝西分類系統

1935 年，恩斯特・貝西（Ernst Bessey）出版了美國第一本真菌學教科書。1950 年，又出版了《真菌的形態和分類》一書，其中包含了他所創的「三綱一類」分類系統。


* 菌蟲 Mycetozoa

* 藻狀菌綱 Phycomyceteae

* 產子實體真菌類 Capormyceteae

* 子囊菌綱 Ascomyceteae
  
* 核菌 Pyrenomycetes

* 擔子菌綱 Basidomyceteae
  
* 冬孢亞綱 Teliosporae
  
* 異擔子亞綱 Heterobasidiae
  
* 層菌亞綱 Hymenomyceteae
  
* 腹菌亞綱 Gasteromyceteae

* 半知菌類 Imperfect Fungi
  
* 叢梗孢目 Moniliales
  
* 球殼孢目 Sphaeropsidales
  
* 黑盤孢目 Melanconiales



馬丁分類系統

喬治・威拉德・馬丁（George Willard Martin）繼承了「三綱一類」的分類系統，並作了細化。


* 藻類 Algal group

* 菌類 Fungal group
  
* 集胞黏菌目 Acrasiales
  
* 網黏菌目 Labyrinthulales
  
* 根腫菌目 Plasmodiophorales

* 黏菌門 Myxomycetes

* 真菌門 Eumycetes
  
* 藻狀菌綱 Phycomycetes
    
* 毛菌亞綱 Trichomycetes
    
* 卵菌亞綱 Oomycetes
    
* 接合菌亞綱 Zygomycetes

* 子囊菌綱 Ascomycetes
  
* 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
  
* 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
  
* 擔子菌綱 Basidiomycetes
    
* 異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetes
    
* 同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetes
  
* 半知菌類 Fungi Imperfecti



亞歷克索普洛斯分類系統

亞歷克索普洛斯（Alexopoulos）對之前混亂的分類單元名稱進行了規範。其 1952 年的分類系統沿襲了「三綱一類」的分類系統。而 1962 年的分類系統開始放棄「三剛一類」的分類系統，將藻狀菌綱分為 6 綱。

亞歷克索普洛斯 1952 年分類系統


* 黏菌門 Myxomycophyta
  
* 黏菌綱 Myxomyceteae

* 根腫菌綱 Plasmodiophoreae

* 集胞黏菌綱 Acrasieae

* 真菌門 Eumycophyta

* 藻狀菌綱 Phycomycetes
  
* 單鞭毛菌組 Uniflagellatae
  
* 雙鞭毛菌組 Biflagellatae
  
* 無鞭毛菌組 Aplanatae

* 子囊菌綱 Ascomycetes
  
* 原子囊菌亞綱 Protoascomycetes
  
* 真子囊菌亞綱 Euascomycetes
    
* 不整子囊菌組 Plectoascomycetes
    
* 果子囊菌組 Pyenomycetes
    
* 盤子囊菌組 Disomycetes

* 擔子菌綱 Basidiomycetes
  
* 
* 半擔子菌亞綱 Hemibasidiomycetes
    
* 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetes

* 半知菌類 Deuteromycetes

亞歷克索普洛斯 1962 年分類系統


* 真菌門 Mycota
  
* 黏菌亞門 Myxomycotina
    
* 黏菌綱 Myxomycetes
  
* 真菌亞門 Eumycotina
    
* 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
    
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
    
* 絲壺菌綱 Hyphochytriomycetes
    
* 卵菌綱 Oomycetes
    
* 接合菌綱 Zygomycetes
    
* 毛菌綱 Trichomycetes
    
* 子囊菌綱 Ascomycetes
      
* 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
      
* 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
        
* 不整子囊菌 Plectomycetes
        
* 核菌 Pyrenomycetes
        
* 盤菌 Discomycetes
        
* 蟲囊菌 Laboulbeniomycetes
      
* 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
  
* 擔子菌綱 Basidiomycetes
    
* 異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetidae
    
* 同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetidae
      
* 
* 層菌 Hymenomycetes
        
* 腹菌 Gasteromycetes
      
* 半知菌綱 Deuteromycetes

亞歷克索普洛斯 1979 年分類系統


* 真菌界 Myceteae
  
* 裸菌門 Gymnomycota
    
* 集胞裸菌亞門 Acrasiogymnomycotina
      
* 集胞菌綱 Acrasiomycets
    
* 原質體裸菌亞門 Plasmodiogymnomycotina
      
* 原柄菌綱 Protosteliomycetes
      
* 黏菌綱 Myxomycetes
  
* 鞭毛菌門 Mastigomycota
    
* 單鞭毛菌亞門 Haplomastigomycotina
      
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
      
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
      
* 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
    
* 雙鞭毛菌亞門 Diplomastigomycotina
      
* 卵菌綱 Oomycetes
  
* 無鞭毛菌門 Amastigomycota
    
* 接合菌亞門 Zygomycotina
      
* 接合菌綱 Zygomycetes
      
* 毛菌綱 Trichomycetes
    
* 子囊菌亞門 Ascomycotina
      
* 子囊菌綱 Ascomycetes
        
* 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
        
* 不整子囊菌亞綱 Plectomycetidae
        
* 層囊菌亞綱 Hemenoascomycetidae
          
* 核菌 Pyrenomycetes
          
* 盤菌 Discomycetes
        
* 蟲囊菌亞綱 Laboulbeniomycetidae
        
* 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
    
* 擔子菌亞門 Basidiomycotina
      
* 擔子菌綱 Basidiomycetes
        
* 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
          
* 層擔子菌 Hemenomycetes
          
* 腹菌 Gasteromycetes
        
* 有隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
        
* 冬孢菌亞綱 Teliomycetidae
    
* 半知菌亞門 Deuteromycotina
      
* 半知菌形式綱 Deuteromycetes
        
* 芽孢亞綱 Blastomycetidae
        
* 絲孢亞綱 Hyphomycetidae
        
* 腔孢亞綱 Coelomycetidae



安斯沃斯分類系統

安斯沃斯分類系統採用了五界系統學說，在 20 世紀七八十年代廣泛使用。安斯沃斯分類系統與亞歷克索普洛斯分類系統較相似，其區別在於建立了 3 個新亞門，鞭毛菌亞門、接合菌亞門和半知菌亞門，並將子囊菌分為 6 個綱，半知菌亞門設 3 個綱。


* 真菌界 Fungi
  
* 黏菌門 Myxomycota
    
* 集胞黏菌綱 Acrasiomycetes
    
* 黏菌綱 Myxomycetes
    
* 水生黏菌綱 Hydromyxomycetes
    
* 根腫菌綱 Plasmodiophoromyecetes
  
* 真菌門 Eumycota
    
* 鞭毛菌亞門 Mastigomycotina
      
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
      
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
      
* 卵菌綱 Oomycetes
    
* 接合菌亞門 Zygomycotina
      
* 接合菌綱 Zygomycetes
      
* 毛菌綱 Trichomycetes
    
* 子囊菌亞門 Ascomycotina
      
* 半子囊菌綱 Hemiascomycetes
      
* 不整子囊菌綱 Plectomycetes
      
* 核菌綱 Pyrenomycetes
      
* 盤菌綱 Discomycetes
      
* 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes
      
* 腔囊菌綱 Loculoascomycetes
    
* 擔子菌亞門 Basidiomycotina
      
* 冬孢菌綱 Teliomycetes
      
* 層菌綱 Hymenomycetes
        
* 隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
        
* 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
      
* 腹菌綱 Gasteromycetes
    
* 半知菌亞門 Deuteromycotina
      
* 芽孢綱 Blastomycetes
      
* 絲孢綱 Hyphomycetes
      
* 腔孢綱 Coelomycetes



卡弗利爾 - 史密斯分類系統

卡弗利爾 - 史密斯分類系統是最早體現出真菌是多界演化的分類系統之一。其將半知菌歸入到其有性階段的分類單元中。


* 原生動物界 Protozoa
  
* 菌蟲 Mycetozoa

* 藻界 Chromista
  
* 具長短鞭毛門 Heterokonta

* 真菌界 Fungi
  
* 古真菌門 Archemycota
    
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
    
* 毛菌綱 Trichomycetes
    
* 接合菌綱 Zygomycetes
  
* 子囊菌門 Ascomycota
  
* 擔子菌門 Basidiomycota



巴爾分類系統

唐納德・J・S・巴爾（Donald J. S. Barr）1992 年提出了巴爾分類系統。


* 原生動物界 Protozoa
  
* 黏菌門 Myxomycota
  
* 根腫菌門 Plasmodiophoromycota

* 藻界 Chromista
  
* 具長短鞭毛門 Heterokonta
    
* 假菌亞門 Pseudomycotina
      
* 卵菌綱 Oomycetes
      
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
    
* 網黏菌亞門 Labyrinthitina
      
* 網黏菌綱 Labyrinthiomycetes

* 真菌界 Fungi
  
* 壺菌門 Chytridiomycota
  
* 接合菌門 Zygomycota
  
* 子囊菌門 Ascomycota
  
* 擔子菌門 Basidiomycota



《真菌詞典》第 9 版分類系統

2001 年出版的《真菌詞典》第 9 版分類系統，根據 rDNA 測序等技術對第 8 版分類系統進行了修訂。將子囊菌門分成 6 個綱，55 個目，291 個科；擔子菌門原有的 32 個目合併為 16 個目；擔子菌類酵母菌劃分到 3 個不同類群中。


* 原生動物界 Protozoa
  
* 黏菌門 Myxomycota
    
* 網柱黏菌綱 Dictyosteliomycetes
    
* 黏菌綱 Myxomycetes
    
* 原柱黏菌綱 Protosteliomycetes
  
* 根腫菌門 Plasmodiophoromycota
    
* 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes

* 藻界 Chromista
  
* 絲壺菌門 Hyphochytriomycota
    
* 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
  
* 網黏菌門 Labyrinthumycota
    
* 網黏菌綱 Labyrinthumycetes
  
* 卵菌門 Oomycota
    
* 卵菌綱 Oomycetes

* 真菌界 Fungi
  
* 壺菌門 Chytridiomycota
    
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
    
* 尾體菌綱 Rumpomycetes
  
* 接合菌門 Zygomycota
    
* 接合菌綱 Zygomycetes
    
* 毛菌綱 Trichomycetes
  
* 子囊菌門 Ascomycota
    
* 子囊菌綱 Ascomycetes
    
* 新床菌綱 Neolectomycetes
    
* 肺炎菌綱 Pneumocyctidomycetes
    
* 酵母菌綱 Saccharomycetes
    
* 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
    
* 外囊菌綱 Taphrinomycetes
  
* 擔子菌門 Basidiomycota
    
* 擔子菌綱 Basidiomycetes
    
* 鏽菌綱 Urediniomycetes
    
* 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes



《真菌詞典》第 10 版分類系統

2008 年出版的《真菌詞典》第 10 版分類系統，對第 9 版的分類系統做了很大的調整，收錄了 2001 年～2008 年之間的研究成果。該版將真菌界劃分 7 個門，底下分 36 綱、140 目、560 科、8283 屬、97861 種：


* 真菌界 Fungi
  
* 壺菌門 Chytridiomycota
    
* ~~尾體菌綱 Rumpomycetes~~
    
* 壺菌綱 Chytridiomycetes
    
* 單毛壺菌綱 Monoblepharidomycetes（新）
  
* 芽枝霉門 Blastocladiomycota（新）
    
* 芽枝霉綱 Blastocladiomycetes（新）
  
* 新美鞭菌門 Neocallimastigomycota（新）
    
* 新美鞭菌綱 Neocallimastigomycetes（新）
  
* 球囊菌門 Glomeromycota（新）
    
* 球囊菌綱 Glomeromycetes（新）
  
* 接合菌門 Zygomycota
    
* ~~毛菌綱 Trichomycetes~~
    
* 接合菌綱 Zygomycetes
    
* 地位未定 Incertae sedis（亞界）
      
* 蟲黴菌亞門 Entomophthoromycotina
      
* 梳霉亞門 Kickxellomycotina
      
* 毛黴菌亞門 Mucoromycotina
      
* 捕蟲黴菌亞門 Zoopagomycotina
  
* 子囊菌門 Ascomycota
    
* ~~子囊菌綱 Ascomycetes~~
    
* 盤菌亞門 Pezizomycotina（= 子囊菌亞門 Ascomycotina）
      
* 星裂菌綱 Arthoniomycetes（新）
      
* 座囊菌綱 Dothideomycetes（新）
      
* 散囊菌綱 Eurotiomycetes（新）
      
* 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes（新）
      
* 茶漬菌綱 Lecanoromycetes（新）
      
* 錘舌菌綱 Leotiomycetes（新）
      
* 異極菌綱 Lichinomycetes（新）
      
* 圓盤菌綱 Orbiliomycetes（新）
      
* 盤菌綱 Pezizomycetes（新）
      
* 糞殼菌綱 Sordariomycetes（新）
    
* 酵母菌亞門 Saccharomycotina
      
* 酵母菌綱 Saccharomycetes
    
* 外囊菌亞門 Taphrinomycotina
      
* 新床菌綱 Neolectomycetes（又譯無絲盤菌綱）
      
* 肺炎菌綱 Pneumocystidomycetes
      
* 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
      
* 外囊菌綱 Taphrinomycetes
  
* 擔子菌門 Basidiomycota
    
* ~~擔子菌綱 Basidiomycetes~~
    
* ~~鏽菌綱 Urediniomycetes~~
    
* 傘菌亞門 Agaricomycotina
      
* 傘菌綱 Agaricomycetes（新）
      
* 花耳綱 Dacrymycetes（新）
      
* 銀耳綱 Tremellomycetes（新）
    
* 柄鏽菌亞門 Pucciniomycotina
      
* 傘型束梗孢菌綱 Agaricostilbomycetes（新）
      
* 小紡錘菌綱 Atractiellomycetes（新）
      
* Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
      
* 隱菌寄生菌綱 Cryptomycocolacomyctes（新）
      
* 囊擔子菌綱 Cystobasidiomycetes（新）
      
* 小葡萄菌綱 Microbotryomycetes（新）
      
* 混合菌綱 Mixiomycetes（新）
      
* 柄鏽菌綱 Pucciniomycetes（新）
    
* 黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina（新）
      
* 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes
    
* 地位未定 Incertae sedis（亞門）
      
* 節擔菌綱 Wallemiomycetes（新）



後來加入的新分類


* 真菌界 Fungi
  
* 子囊菌門 Ascomycota
    
* 盤菌亞門 Pezizomycotina（= 子囊菌亞門 Ascomycotina）
      
* 地舌菌綱 Geoglossomycetes（參自地舌菌科 Geoglossaceae，譯名待查）
    
* 黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina
      
* 根腫黑粉菌綱 Entorrhizomycetes
      
* 外擔子菌綱 Exobasidiomycetes



參見


* 真菌分類表（待更新）



參考文獻