變形蟲門（Amoebozoa）


* Tubulinea
  
* Arcellinida
  
* Leptomyxida
  
* Tubulinida
  
* 目未定及環境樣本

* Pelobiontea
  
* Pelobiontida

* Entamoebea
  
* Entamoebida

* Flabellinea
  
* Dactylopodida
  
* Dermamoebida
  
* Himatismenida
  
* Vannellida

* Myxomycetes
  
* Echinosteliales
  
* Liceales
  
* Physarales
  
* Trichiales
  
* Stemonitales
  
* 目未定

* Dictyosteliomycetes
  
* Dictyosteliales

* Protosteliomycetes
  
* Protosteliales

* 綱未定及環境樣本



頂復門（Apicomplexa）


* Aconoidasida
  
* Haemosporida
  
* Piroplasmorida

* Conoidasida
  
* Archigregarinorida
  
* Eugregarinorida
  
* Neogregarinorida
  
* 目未定及環境樣本

* Coccidiasina
  
* Agamococcidiorida
  
* Eucoccidiorida
  
* Ixorheorida
  
* Protococcidiorida
  
* 目未定及環境樣本

* 綱未定及環境樣本



無根蟲門（Apusozoa）


* Diphyllatea
  
* Diphylleida

* Thecomonadea
  
* Ancyromonadida
  
* Apusomonadida
  
* Hemimastigida

* 綱未定及環境樣本



絲足蟲門（Cercozoa）


* Ascetosporea
  
* Claustrosporida
  
* Haplosporida
  
* Paramyxida

* Gromiidea
  
* Gromiida

* Phytomyxea
  
* Phagomyxida
  
* Plasmodiophorida
  
* 目未定

* Imbricatea
  
* Euglyphida
  
* Thaumatomonadida

* Sarcomonadea
  
* Cercomonadida
  
* Metopiida
  
* 目未定

* Thecofilosea
  
* Cryomonadida
  
* Tectofilosida

* Chlorarachnea
  
* Chlorarachniida

* Proteomyxidea
  
* Heliomonadida
  
* Leucodictyida
  
* Pseudosporida
  
* Reticulosida

* Spongomonadea
  
* Spongomonadida

* 綱未定及環境樣本



輪藻門（Charophyta）


* Mesostigmatophyceae
  
* Mesostigmales
  
* 環境樣本

* Klebsormidiophyceae
  
* Klebsormidiales

* Zygnematophyceae
  
* Zygnematales
  
* Desmidiales

* Charophyceae
  
* Charales

* Coleochaetophyceae
  
* Coleochaetales

* 綱未定及環境樣本



綠藻門（Chlorophyta）


* Chlorophyceae
  
* Chaetopeltidales
  
* Chaetophorales
  
* Chlorococcales
  
* Chlorocystidales
  
* Microsporales
  
* Oedogoniales
  
* Sphaeropleales
  
* Tetrasporales
  
* Volvocales
  
* 目未定及環境樣本

* Mamiellophyceae
  
* Mamiellales
  
* 目未定

* Nephroselmidophyceae
  
* Nephroselmiales

* Pedinophyceae
  
* Pedinomonadales
  
* Scourfieldiales
  
* 目未定

* Pleurastrophyceae
  
* Chlorodendrales
  
* Prasinococcales
  
* Pseudoscourfieldiales
  
* Pyramimonadales
  
* 目未定及環境樣本

* Trebouxiophyceae
  
* Chlorellales
  
* Oocystales
  
* Prasiolales
  
* Trebouxiales
  
* 目未定及環境樣本

* Ulvophyceae
  
* Acrosiphoniales
  
* Bryopsidales
  
* Chlorocystidales
  
* Cladophorales
  
* Dasycladales
  
* Ignatiales
  
* Oltmansiellopsidales
  
* Scotinosphaerales
  
* Trentepohliales
  
* Ulotrichales
  
* Ulvales
  
* 目未定及環境樣本

* 綱未定及環境樣本



領鞭毛蟲門（Choanozoa）


* Aphelidea

* Choanoflagellata
  
* Choanoflagellida

* Corallochytrea
  
* Corallochytrida

* Cristidiscoidea
  
* Ministeriida
  
* Nucleariida

* Mesomycetozoea
  
* Amoebidiales
  
* Dermocystida
  
* Eccrinales
  
* Ichthyophonida
  
* 目未定

* 綱未定



Chromerida


* Chromeraceae
  
* Chromera

* Vitrellaceae
  
* Vitrella

* 綱未定



纖毛蟲門（Ciliophora）


* Colpodea
  
* Bryometopida
  
* Bryophryida
  
* Bursariomorphida
  
* Colpodida
  
* Cyrtolophosidida
  
* Sorogenida
  
* 目未定及環境樣本

* Litostomatea
  
* Cyclotrichida
  
* Haptorida
  
* Pleurostomatida
  
* Entodiniomorphida
  
* Trichostomatida
  
* Vestibuliferida
  
* 目未定及環境樣本

* Nassophorea
  
* Microthoracida
  
* Nassulida
  
* Synhymeniida
  
* 目未定

* Oligohymenophorea
  
* Apostomatida
  
* Astomatophorida
  
* Pilisuctorida
  
* Astomatida
  
* Hymenostomatida
  
* Peniculida
  
* Mobilida
  
* Sessilida
  
* Philasterida
  
* Pleuronematida
  
* Thigmotrichida
  
* 目未定及環境樣本

* Phyllopharyngea
  
* Cryptogemmida
  
* Exogemmida
  
* Chlamydodontida
  
* Dysteriida
  
* Hypocomatida
  
* Rhynchodida
  
* Endogenida
  
* Evaginogenida
  
* Exogenida
  
* 目未定及環境樣本

* Plagiopylea
  
* Odontostomatida
  
* Plagyopylida
  
* 環境樣本

* Prostomatea
  
* Prorodontida
  
* Prostomatida
  
* 環境樣本

* Spirotrichea
  
* Choreotrichida
  
* Tintinnida
  
* Euplotida
  
* Kiitrichida
  
* Halteriida
  
* Oligotrichida
  
* Strombidiida
  
* Protocruziida
  
* Plagiotomida
  
* Sporadotrichida
  
* Stichotrichida
  
* Urostylida
  
* Armophorida
  
* Clevelandellida
  
* Odontostomatida
  
* Phacodiniida
  
* 目未定及環境樣本

* Heterotrichea
  
* Heterotrichida
  
* Licnophorida
  
* 環境樣本

* Karyorelictea
  
* Loxodida
  
* Protoheterotrichida
  
* Protostomatida
  
* 目未定及環境樣本

* 綱未定及環境樣本



隱藻門 (Cryptophyta)


* Cryptomonadea
  
* Cryptomonadales
  
* Pyrenomonadales
  
* Tetragonidiales

* Goniomonadea
  
* Goniomonadales

* Katablepharidophyceae
  
* Katablepharidales

* 綱未定及環境樣本



雙鞭毛蟲門（Dinoflagellata）


* Blastodiniophyceae
  
* Blastodiniales

* Dinophyceae
  
* Dinophysiales
  
* Gymnodiniales
  
* Ptychodiscales
  
* Gonyaulacales
  
* Peridiniales
  
* Prorocentrales
  
* Chytriodiniales
  
* Desmocapsales
  
* Dinamoebales
  
* Dinocloniales
  
* †Hystrichosphaerida
  
* Phytodiniales
  
* Suessiales
  
* Thoracosphaerales
  
* Zooxanthellales
  
* 目未定

* Noctiluciphyceae
  
* Noctilucales

* Syndiniophyceae
  
* Syndiniales

* Apicomonadea
  
* Colpodellida
  
* 目未定及環境樣本

* Colponemea
  
* Colponemida

* Ellobiopsea
  
* Ellobiopsida

* Perkinsea
  
* Perkinsorida
  
* 目未定

* †Acritarcha
  
* †Acanthomorphitae
  
* †Diacromorphitae
  
* †Dinetromorphitae
  
* †Disphaeromorphitae
  
* †Herkomorphitae
  
* †Netromorphitae
  
* †Oomorphitae
  
* †Platymorphitae
  
* †Polygonomorphitae
  
* †Prismatomorphitae
  
* †Pteromorphitae
  
* †Sphaeromorphitae
  
* †Stephanomorphitae
  
* †Versimorphitae
  
* 目未定

* 綱未定及環境樣本



眼蟲門（Euglenozoa）


* Diplonemea
  
* Diplonemida

* Euglenoidea
  
* Euglenida
  
* Peranemida
  
* Petalomonadida
  
* Rhabdomonadida
  
* 目未定

* Kinetoplastea
  
* Bodonida
  
* Trypanosomatida

* Postgaardea
  
* Postgaardida

* 綱未定及環境樣本



有孔蟲門（Foraminifera）


* Allogromioidia
  
* Allogromiida

* Athalamea
  
* Biomyxida

* †Fusulinidia
  
* †Fusulinida

* Miliolidia
  
* Miliolida

* Rotalidia
  
* Carterinida
  
* Globigerinida
  
* †Involutinida
  
* Lagenida
  
* Robertinida
  
* Rotaliida
  
* Silicoloculinida
  
* Spirillinida

* Textularidia
  
* Astrorhizida
  
* Textulariida

* Xenophyophorea
  
* †Paleodictyida
  
* Psamminida
  
* Stannomida

* 綱未定及環境樣本



灰胞藻門（Glaucophyta）


* Glaucophyceae
  
* Cyanophorales
  
* Glaucocystales
  
* Gloeochaetales
  
* 目未定及環境樣本



槽蟲門（Loukozoa）


* Jakobea
  
* Jakobida

* Malawimonadea
  
* Malawimonadida



後滴門（Metamonada）


* Carpediemonadea
  
* Carpediemonadida

* Anaeromonadida
  
* Trimastigida
  
* Oxymonadida

* Retortamonadea
  
* Retortamonadida

* Trepomonadea
  
* Enteromonadida
  
* Distomatida
  
* Giardiida

* Trichomonadea
  
* Lophomonadida
  
* Spirotrichonymphida
  
* Trichomonadida

* Trichonymphea
  
* Trichonymphida

* 綱未定及環境樣本



定鞭藻門 (Haptophyta)


* Prymnesiophyceae
  
* Coccolithales
  
* Coccosphaerales
  
* Isochrysidales
  
* Phaeocystales
  
* Prymnesiales
  
* Syracosphaerales
  
* Zygodiscales
  
* †Arkhangelskiales
  
* †Discoasterales
  
* †Eiffelithales
  
* †Podorhabdales
  
* †Stephanolithiales
  
* †Watznaueriales

* Pavlovophyceae
  
* Pavlovales

* 綱未定及環境樣本



不等鞭毛門 (Heterokontophyta)


* Hyphochytriomycetes
  
* Hyphochytriales

* Labyrinthulomycetes
  
* Labyrinthulales
  
* Thraustochytriales
  
* 目未定及環境樣本

* Opalinea
  
* Slopalinida

* Bicosecophyceae
  
* Bicosoecales
  
* Pirsoniales

* Peronosporomycetes
  
* Albuginales
  
* Olpidiopsidales
  
* Peronosporales
  
* Pythiales
  
* Rhipidiales
  
* Leptomitales
  
* Salilagenidiales
  
* Saprolegniales
  
* Sclerosporales
  
* Anisolpidiales
  
* †Galtierella
  
* Lagenidiales
  
* Lagenismatales
  
* Myzocytiopsidales
  
* Rozellopsidales
  
* 目未定及環境樣本

* Chrysophyceae
  
* Chromulinales
  
* Chrysamoebidales
  
* Chrysapiales
  
* Chrysocapsales
  
* Chrysosphaerales
  
* Hibberdiales
  
* Hydrurales
  
* Ochromonadales
  
* Phaeothamniales
  
* Rhizochrysidales
  
* Thallochrysidales
  
* 目未定及環境樣本

* Eustigmatophyceae
  
* Eustigmatales
  
* 目未定及環境樣本

* Phaeothamniophyceae
  
* Phaeothamniales
  
* Pleurochloridellales
  
* 目未定及環境樣本

* Raphidophyceae
  
* Raphidomonadales
  
* 目未定及環境樣本

* Synurophyceae
  
* Synurales
  
* 目未定及環境樣本

* Phaeophyceae
  
* Ascoseirales
  
* Chordariales
  
* Cutleriales
  
* Desmarestiales
  
* Dictyosiphonales
  
* Dictyotales
  
* Durvillaeales
  
* Ectocarpales
  
* Fucales
  
* Laminariales
  
* Scytosiphonales
  
* Scytothamnales
  
* Sphacelariales
  
* Sporochnales
  
* Tilopteridales
  
* 目未定

* Xanthophyceae
  
* Chloramoebales
  
* Heterogloeales
  
* Mischococcales
  
* Rhizochloridales
  
* Tribonematales
  
* Vaucheriales
  
* 目未定及環境樣本

* Chrysomerophyceae
  
* Chrysomeridales

* Actinochrysophyceae
  
* Actinophryida
  
* Ciliophryida
  
* Pedinellales
  
* Rhizochromulinales
  
* Dictyochales
  
* 目未定及環境樣本

* Pelagophyceae
  
* Pelagomonadales
  
* Sarcinochrysidales
  
* 目未定及環境樣本

* Bolidophyceae
  
* Bolidomonadales

* Coscinodiscophyceae
  
* Thalassiosirales
  
* Chrysanthemodiscales
  
* Melosirales
  
* Paraliales
  
* Aulacoseirales
  
* Orthoseirales
  
* Coscinodiscales
  
* Ethmodiscales
  
* Asterolamprales
  
* Arachnoidiscales
  
* Stictodiscales
  
* Stictocyclales
  
* Triceratiales
  
* Biddulphiales
  
* Hemiaulales
  
* Anaulales
  
* Lithodesmiales
  
* Corethrales
  
* Cymatosirales
  
* Rhizosoleniales
  
* Leptocylindrales
  
* Chaetocerotales
  
* 目未定及環境樣本

* Fragilariophyceae
  
* Fragilariales
  
* Tabellariales
  
* Licmophorales
  
* Rhaphoneidales
  
* Ardissoneales
  
* Toxariales
  
* Thalassionematales
  
* Rhabdonematales
  
* Striatellales
  
* Cyclophorales
  
* Climacospheniales
  
* Protoraphidales
  
* 目未定及環境樣本

* Bacillariophyceae
  
* Eunotiales
  
* Lyrellales
  
* Mastogloiales
  
* Dictyoneidales
  
* Cymbellales
  
* Achnanthales
  
* Naviculales
  
* Thalassiophysales
  
* Bacillariales
  
* Rhopalodiales
  
* Surirellales
  
* 目未定及環境樣本

* Xanthomonadophyceae

* Blastocystae
  
* Blastocystida

* 綱未定及環境樣本



透色門（Percolozoa）


* Heterolobosea
  
* Acrasida
  
* Lyromonadida
  
* Schizopyrenida
  
* 目未定及環境樣本

* Percolatea
  
* Percolomonadida
  
* Pseudociliatida



放射蟲門（Radiolaria）


* Acantharea
  
* Arthracanthida
  
* Chaunacanthida
  
* Holacanthida
  
* Symphyacanthida
  
* 目未定及環境樣本

* Phaeodarea
  
* Phaeocalpida
  
* Phaeoconchida
  
* Phaeocystida
  
* Phaeodendrida
  
* Phaeogromida
  
* Phaeogymnocellida
  
* Phaeosphaerida

* Polycystina
  
* †Albaillellaria
  
* Archaeospicularia
  
* Collodaria
  
* Entactinaria
  
* †Latentifistularia
  
* Nassellaria
  
* Spumellaria
  
* 目未定及環境樣本

* Sticholonchea
  
* Taxopodida
  
* 環境樣本

* 綱未定及環境樣本



紅藻門（Rhodophyta）


* Rhodophyceae
  
* Bangiales
  
* Goniotrichales
  
* Porphyridiales
  
* Ahnfeltiales
  
* Pihiellales
  
* Corallinales
  
* Rhodogorgonales
  
* Hildenbrandiales
  
* Acrochaetiales
  
* Balbianiales
  
* Balliales
  
* Batrachospermales
  
* Colaconematales
  
* Nemaliales
  
* Palmariales
  
* Bonnemaisoniales
  
* Ceramiales
  
* Gelidiales
  
* Gigartinales
  
* Gracilariales
  
* Halymeniales
  
* Nemastomatales
  
* Plocamiales
  
* Rhodymeniales
  
* 目未定及環境樣本

* Cyanidiophyceae

* 綱未定及環境樣本



門未定


* 其餘的原生生物種類（包括早期原生生物種類及混合生物片段、X 細胞寄生物）