馬祖島嶼因地處中國大陸邊緣，鳥類分佈接近中國大陸華南地區，有別於臺灣。且因列島位居中國大陸弧形沿岸中段，是遷移性候鳥南來北返的中繼站，其中鷗科夏候鳥類為數眾多，在 2000 年時更發現了「神話之鳥」黑嘴端鳳頭燕鷗，引起國際關注。

根據近年來累計調查結果顯示，馬祖地區的鳥類計有 20 目 56 科 286 種，其中留鳥 16 種佔百分之 6，冬候鳥 31 種佔百分之 11，夏候鳥 14 種佔百分之 5，過境鳥 222 種佔百分之 78，迷鳥 1 種，外來種 2 種。顯示馬祖地區鳥類的組成，遷移性的候鳥是其主要的族群。



鴴形目 Charadriiformes


* 燕鷗科 Sternidae
1. 黑嘴端鳳頭燕鷗 - _T. bernsteini_
2. 大鳳頭燕鷗 - _Thalasseus bergii_
3. 紅燕鷗 - _Sterna dougallii_



鷗形目 Lariformes


* 鷗科 Laridae
1. 蒼燕鷗 - _Sterna sumatrana_
2. 銀鷗 - _Larus argentatus_
3. 黑尾鷗 - _Larus crassirostris_
4. 玄燕鷗 - _Anous stolidus_
5. 小燕鷗 - _Sterna albifrons_
6. 白眉燕鷗 - _Sterna anaethetus_



隼形目 Falconiformes


* 鷹科 Accipitridae
1. 鵟 - _Buteo buteo_ ( Eurasian Buzzard)
2. 赤腹鷹 - _Accipiter soloensis_ ( Chinese Goshawk)
3. 灰面鵟鷹 (灰面鷲) - _Butastur indicus_ ( Gray-faced Buzzard)
4. 日本松雀鷹 - _Accipiter gularis_ ( Japanese Sparrow Hawk)

* 隼科 Falconidae
1. 燕隼 - _Falco subbuteo_ ( Eurasian Hobby)
2. 紅隼 - _Falco tinnunculus_ ( Eurasian Kestrel)



潛鳥目 Gaviiformes


* 潛鳥科 Gaviidae
1. 紅喉潛鳥 - _Gavia stellata_ ( Red-throated Diver)



鷿鷈目 Podicipediformes


* 鷿鷈科 Podicipedidae
1. 小鷿鷈 - _Tachybaptus ruficollis_ ( Little Grebe)
2. 黑頸鷿鷈 - _Podiceps nigricollis_ ( Eared Grebe)



鸌形目 Procellariiformes


* 鸌科 Diomedeidae
1. 白額鸌 - _Puffinus leucomelas_
2. 短尾鸌 - _Puffinus tenuirostris_



鵜形目 Pelecaniformes


* 軍艦鳥科 Fregatidae
1. 白斑軍艦鳥 - _Fregata ariel_ ( Lesser Frigate Bird)

* 鸕鶿科 Phalacrocoracidae
1. 青背鸕鶿 (丹氏鸕鶿) - _Phalacrocorax capillatus_ ( Japanese Cormorant)
2. 大鸕鶿



鸛形目 Ciconiiformes


* 鷺科 Ardeidae
1. 牛背鷺 - _Bubulcus ibis_
2. 中白鷺 - _Egretta intermedia_ ( Intermediate Egret)
3. 黃小鷺 - _Ixobrychus sinensis_ ( Yellow Bittern)
4. 蒼鷺 - _Ardea cinerea_ ( Grey Heron)
5. 綠鷺 - _Butorides striatus_
6. 池鷺 - _Ardeola bacchus_ ( Chinese Pond Heron)
7. 岩鷺 - _Egretta sacra_ ( Pacific Reef Egret)
8. 夜鷺 Nycticorax nycticorax _( Black-crowned Night Heron)_
9. 麻鷺 - _Gorsachius goisagi_



雁形目 Anseriformes


* 雁鴨科 Anatidae
1. 小水鴨 - _Anas crecca_ ( Green-winged Teal)
2. 赤頸鴨 - _Anas penelope_ ( Eurasian Wigeon)
3. 花嘴鴨 - _Anas poecilorhyncha_ ( Spot-billed Duck)
4. 白眉鴨 - _Anas querquedula_ (Garganey)
5. 鴛鴦 - _Aix galericulata_ ( Mandarin Duck)



鶴形目 Gruiformes


* 秧雞科 Rallidae
1. 董雞 - _Gallicrex cinerea_ ( Watercock)
2. 白腹秧雞 - _Amaurornis phoenicurus_ ( White-breasted Waterhen)
3. 紅腳秧雞 - _Rallina fasciata_ ( Red-legged Crake)



雞形目 Galliformes


* 雉科 Phasianidae
1. 鵪鶉 - _Coturnix japonica_ ( Japanese Quail)



鴴形目 Charadriiformes


* 水雉科 Jacanidae
1. 水雉 - _Hydrophasianus chirurgus_ ( Pheasant-tailed Jacana)

* 蠣鴴科 Haematopodidae
1. 蠣鴴 - _Haematopus ostralegus_ ( Eurasian Oystercatcher)

* 鴴科 Charadriidae
1. 灰斑鴴 - _Pluvialis squatarola_ ( Grey Plover)
2. 鐵嘴沙鴴 - _Charadrius leschenaultii_ ( Great Sand Plover)
3. 太平洋金斑鴴 - _Pluvialis fulva_ ( Pacific Golden Plover)
4. 小環頸鴴 - _Charadrius dubius_ ( Little Ringed Plover)
5. 東方環頸鴴 - _Charadrius alexandrinus_ ( Kentish Plover)
6. 東方紅胸鴴 - _Charadrius veredus_
7. 灰頭麥雞 (跳鴴) - _Vanellus cinereus_ ( Grey-headed Lapwing)
8. 鳳頭麥雞 (小辮鴴) - _Vanellus vanellus_ ( Northern Lapwing)
9. 東方燕鴴

* 鷸科 Scolopacidae
1. 山鷸 - _Scolopax rusticola_ ( Eurasian Woodcock)
2. 磯鷸 - _Actitis hypoleucos_ ( Common Sandpiper)
3. 田鷸 (扇尾沙錐) - _Gallinago gallinago_ ( Common Snipe)
4. 小杓鷸 - _Numenius minutus_ ( Little Curlew)
5. 大濱鷸 (姥鷸) - _Calidris tenuirostris_ ( Great Knot)
6. 黑腹濱鷸 (濱鷸) - _Calidris alpina_ ( Dunlin)
7. 紅胸濱鷸 (穉鷸) - _Calidris ruficollis_ ( Rufous-necked Sandpiper)
8. 白腰草鷸 - _Tringa ochropus_ ( Green Sandpiper)
9. 黃足鷸 (灰尾鷸) - _Heteroscelus brevipes_ ( Gray-tailed Tattler)
10. 三趾濱鷸 (三趾鷸) - _Calidris alba_ ( Sanderling)

* 瓣足鷸科 Phalaropodidae
1. 紅領瓣足鷸 - _Phalaropus lobatus_ ( Red-necked Phalarope)



佛法僧目 Coraciiformes


* 翠鳥科 Alcedinidae
1. 普通翠鳥 - _Alcedo atthis_ ( Common Kingfisher)
2. 白喉翡翠 - _Halcyon smyrnensis_ ( White-throated Kingfisher)

* 佛法僧科 Coraciidae
1. 佛法僧 (三寶鳥) - _Eurystomus orientalis_ ( Dollarbird)



鴿形目 Columbiformes


* 鳩鴿科 Columbidae
1. 紅斑鳩 - _Streptopelia tranquebarica_ ( Red Turtle Dove)
2. 珠頸斑鳩 - _Streptopelia chinensis formosa_ (Kuroda, 1927) ( Spotted Dove)
3. 金背斑鳩 - _Streptopelia orientalis orii_ Yamashina, 1932 ( Oriental Turtle Dove)



戴勝目 Upupiformes


* 戴勝科 Upupidae
1. 戴勝 - _Upupa epops_ ( Eurasian Hoopoe)



雨燕目 Apodiformes


* 雨燕科 Apodidae
1. 叉尾雨燕 - _Apus pacificus_ ( Fork-tailed swift)



雀形目 Passeriformes


* 燕科 Hirundinidae
1. 家燕 - _Hirundo rustica_ ( Barn Swallow)
2. 金腰燕 - _Hirundo daurica_ ( Red-rumped Swallow)

* 黃鸝科 Oriolidae
1. 黑枕黃鸝 - _Oriolus chinensis_ ( Black-naped Oriole)

* 鴉科 Corvidae
1. 小嘴烏鴉 - _Corvus corone_ ( Carrion Crow)

* 百靈科 Alaudidae
1. 雲雀 - _Alauda arvensis_

* 鶺鴒科 Motacillidae
1. 樹鷚 - _Anthus hodgsoni_ ( Olive-backed Tree Pipit)
2. 田鷚 - _Anthus novaeseelandiae_
3. 水鷚 - _Anthus spinoletta_ ( American Pipit)
4. 赤喉鷚 - _Anthus cervinus_ ( Red-throated Pipit)
5. 白背鷚 - _Anthus gustavi_ ( Petchora Pipit)
6. 白鶺鴒 - _Motacilla alba_ ( White Wagtail)
7. 灰鶺鴒 - _Motacilla cinerea_ ( Grey Wagtail)
8. 黃鶺鴒 - _Motacilla flava_ ( Yellow Wagtail)
9. 山鶺鴒 - _Dendronanthus indicus_ ( Forest Wagtail)

* 山椒鳥科 Campephagidae
1. 暗灰鵑鵙 (黑翅山椒鳥) - _Coracina melaschistos_ ( Dark-grey Cuckoo Shrike)

* 鵯科 Pycnonotidae
1. 白頭鵯 (白頭翁) - _Pycnonotus sinensis formosae_ Hartert, 1910 ( Light-vented Bulbul)

* 繡眼科 Zosteropidae
1. 綠繡眼 - _Zosterops japonicus_ ( Japanese White-eye)

* 伯勞科 Laniidae
1. 紅頭伯勞 - _Lanius bucephalus_ ( Bull-headed Shrike)
2. 紅尾伯勞 - _Lanius cristatus_ ( Brown Shrike)
3. 棕背伯勞 - _Lanius schach formosae_ Swinhoe, 1863 ( Long-tailed Shrike)

* 鶲科 Muscicapidae
1. 寬嘴鶲 - _Muscicapa dauurica_ ( Asian Brown Flycatcher)
2. 灰斑鶲 - _Muscicapa griseisticta_ ( Gray-spotted Flycatcher)
3. 赤頸鶇 - _Turdus ruficollis_
4. 白斑紫嘯鶇 - _Myophonus caeruleus_
5. 漠䳭 - _Oenanthe deserti_ ( Desert Wheatear)
6. 紅尾水鴝 - _Phoenicurus fuliginosus affinis_ Ogilvie-Grant
7. 白頂溪鴝 - _Chaimarrornis leucocephalus_
8. 灰林鴝 - _Saxicola ferrea_
9. 黑喉鴝 - _Saxicola torquatus_
10. 北紅尾鴝 - _Muscicapa ferruginea_

* 雀科 Fringillidae
1. 花雀 - _Fringilla montifringilla_ ( Brambling)
2. 金翅雀 - _Carduelis sinica_ ( Oriental Greenfinch)
3. 紅脇藍尾鴝 - _Tarsiger cyanurus_
4. 小桑鳲 - _Eophona migratoria_ ( Yellow-billed Grosbeak)

* 梅花雀科 Estrildidae
1. 斑文鳥 - _Lonchura punctulata_ ( Nutmeg Mannikin Munia)
2. 麻雀 - _Passer montanus_ ( Eurasian Tree Sparrow)

* 鶇科 Turdidae
1. 烏鶇 - _Turdus merula_ ( Eurasian Blackbird)
2. 藍磯鶇 - _Monticola solitarius_ ( Blue Rock Thrush)
3. 斑點鶇 - _Turdus naumanni_ ( Dusky Thrush)
4. 白眉鶇 - _Turdus obscurus_ ( Eyebrowed Thrush)
5. 白腹鶇 - _Turdus pallidus_ ( Pale Thrush)
6. 虎斑地鶇 - _Zoothera dauma_ ( Scaly Thrush)
7. 鵲鴝 - _Copsyshus saularis_ ( Oriental Magpie-robin)

* 鶯科 Sylviidae
1. 極北柳鶯 - _Phylloscopus borealis_ ( Arctic Warbler)
2. 短翅樹鶯 - _Cettia diphone_ ( Japanese Bush Warbler)
3. 棕扇尾鶯 - _Cisticola juncidis_ ( Zitting Cisticola)
4. 黃眉柳鶯 - _Phylloscopus inornatus_ ( Yellow-browed Warbler)
5. 東方大葦鶯 - _Acrocephalus orientalis_( Oriental Reed Warbler)

* 鵐科 Emberizidae
1. 小鵐 - _Emberiza pusilla_ ( Little Bunting)
2. 冠鵐 - _Melophus lathami_ ( Crested Bunting)
3. 田鵐 - _Emberiza rustica_ ( Rustic Bunting)
4. 野鵐 - _Emberiza sulphurata_ ( Yellow Bunting)
5. 金鵐 - _Emberiza aureola_ ( Yellow-breasted Bunting)
6. 鏽鵐 - _Emberiza rutila_ ( Chestnut Bunting)
7. 白眉鵐 - _Emberiza tristrami_ ( Tristram's Bunting)
8. 黃眉鵐 - _Emberiza chrysophrys_ ( Yellow-browed Bunting)
9. 黑臉鵐 - _Emberiza spodocephala_ ( Black-faced Bunting)
10. 黃喉鵐 - _Emberiza elegans_ ( Yellow-throated Bunting)
11. 赤胸鵐 - _Emberiza fucata_ ( Chestnut-eared Bunting)

* 卷尾科 Dicruridae
1. 灰卷尾 - _Dicrurus leucophaeus_ ( Ashy Drongo)
2. 大卷尾 - _Dicrurus macrocercus harterti_ Baker ( Black Drongo)
3. 髮冠卷尾 - _Dicrurus hottentottus_ ( Hair-Crested Drongo)

* 椋鳥科 Sturnidae
1. 灰椋鳥 - _Sturnus cineraceus_ ( White-cheeked Starling)
2. 絲光椋鳥 - _Sturnus sericeus_ ( Red-billed Starling)
3. 灰背椋鳥 (噪林鳥) - _Sturnus sinensis_ ( White-shouldered Starling)
4. 紫翅椋鳥 (歐洲八哥) - _Sturnus vulgaris_ ( European Starling)