本表以 LPSN 網站的分類爲基礎（當前版本 2008 年 1 月 7 日），本分類代表原核生物分類的權威雜誌 IJSEM （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）的分類系統，同時參考 NCBI Taxonomy （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館），但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考原核生物名稱 (英文) 網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。

本表列到屬級。
後面帶 \
* 者爲尚未被 IJSEM 雜誌確認的分類。

參見：細菌。



酸桿菌門 (Acidobacteria)

酸桿菌綱 (Acidobacteria)

1. 酸桿菌目 (Acidobacteriales)
  1. 酸桿菌科 (Acidobacteriaceae)
    1. 酸桿菌屬 (_Acidobacterium_)
    2. 土壤桿菌屬 (_Edaphobacter_)
    3. (_Terriglobus_)

全噬菌綱 (Holophagae)

1. 石鱉桿菌目 (Acanthopleuribacterales)
  1. 石鱉桿菌科 (Acanthopleuribacteraceae)
    1. 石鱉桿菌屬 (_Acanthopleuribacter_)
2. 全噬菌目 (Holophagales)
  1. 全噬菌科 (Holophagaceae)
    1. 地髮菌屬 (_Geothrix_)
    2. 全噬菌屬 (_Holophaga_)



放線菌門 (Actinobacteria)（高 G+C 革蘭氏陽性菌）

放線菌綱 (Actinobacteria)

1. 酸微菌亞綱 (Acidimicrobidae)
  1. 酸微菌目 (Acidimicrobiales)
    1. 酸微菌亞目 (Acidimicrobineae)
      1. 酸微菌科 (Acidimicrobiaceae)
        1. 酸微菌屬 (_Acidimicrobium_)
      2. (Iamiaceae)
        1. (_Iamia_)
2. 放線菌亞綱 (Actinobacteridae)
  1. 放線菌目 (Actinomycetales)
    1. 放線菌亞目 (Actinomycineae)
      1. 放線菌科 (Actinomycetaceae)
        1. 放線棒菌屬 (_Actinobaculum_)
        2. 放線菌屬 (_Actinomyces_)
        3. 隱秘桿菌屬 (_Arcanobacterium_)
        4. 鐮弧菌屬 (_Falcivibrio_)
        5. 動彎桿菌屬 (_Mobiluncus_)
        6. (_Varibaculum_)
    2. (_Actinopolysporineae_)
      1. (_Actinopolysporaceae_)
        1. (_Actinopolyspora_)
    3. (_Catenulisporineae_)
      1. (Actinospicaceae)
        1. (_Actinospica_)
      2. (Catenulisporaceae)
        1. (_Catenulispora_)
    4. 棒桿菌亞目 (Corynebacterineae)
      1. 棒桿菌科 (Corynebacteriaceae)
        1. (_Bacterionema_)
        2. (_Caseobacter_)
        3. 棒桿菌屬 (_Corynebacterium_)
        4. (_Turicella_)
      2. 迪茨氏菌科 (Dietziaceae)
        1. 迪茨氏菌屬 (_Dietzia_)
      3. 分枝桿菌科 (Mycobacteriaceae)
        1. 分枝桿菌屬 (_Mycobacterium_) （含結核桿菌）
      4. 諾卡氏菌科 (Nocardiaceae)
        1. 戈登氏菌屬 (_Gordonia_)
        2. (_Micropolyspora_)
        3. (_Millisia_)
        4. 諾卡氏菌屬 (_Nocardia_)
        5. 紅球菌屬 (_Rhodococcus_)
        6. 斯科曼氏菌屬 (_Skermania_)
        7. (_Williamsia_)
        8. (_Smaragdicoccus_)
      5. (Segniliparaceae)
        1. (_Segniliparus_)
      6. 束村氏菌科 (Tsukamurellaceae)
        1. 束村氏菌屬 (_Tsukamurella_)
    5. 弗蘭克氏菌亞目 (Frankineae)
      1. 酸熱菌科 (Acidothermaceae)
        1. 酸熱菌屬 (_Acidothermus_)
      2. 弗蘭克氏菌科 (Frankiaceae)
        1. 弗蘭克氏菌屬 (_Frankia_)
      3. 地嗜皮菌科 (Geodermatophilaceae)
        1. 芽球菌屬 (_Blastococcus_)
        2. 地嗜皮菌屬 (_Geodermatophilus_)
        3. (_Modestobacter_)
      4. (_Kineosporiaceae_)
        1. (_Cryptosporangium_)
        2. (_Kineococcus_)
        3. (_Kineosporia_)
      5. (_Nakamurellaceae_)
        1. (_Humicoccus_)
        2. (_Nakamurella_)
        3. (_Quadrisphaera_)
      6. 孢魚菌科 (Sporichthyaceae)
        1. 孢魚菌屬 (_Sporichthya_)
    6. 糖黴菌亞目 (Glycomycineae)
      1. 糖黴菌科 (Glycomycetaceae)
        1. 糖黴菌屬 (_Glycomyces_)
        2. (_Stackerbrandtia_)
    7. 微球菌亞目 (Micrococcineae)
      1. 獲山氏菌科 (Beutenbergiaceae)
        1. 獲山氏菌屬 (_Beutenbergia_)
        2. 喬治菌屬 (_Georgenia_)
        3. 薩勒河菌屬 (_Salana_)
      2. 博戈里亞湖菌科 (Bogoriellaceae)
        1. 博戈里亞湖菌屬 (_Bogoriella_)
      3. 短桿菌科 (Brevibacteriaceae)
        1. 短桿菌屬 (_Brevibacterium_)
      4. 纖維素單胞菌科 (Cellulomonadaceae)
        1. 纖維素單胞菌屬 (_Cellulomonas_)
        2. 厄氏菌屬 (_Oerskovia_)
        3. (_Tropheryma_)
      5. (_Dermabacteraceae_)
        1. (_Brachybacterium_)
        2. (_Dermabacter_)
      6. (Dermacoccaceae)
        1. (_Demetria_)
        2. (_Dermacoccus_)
        3. (_Kytococcus_)
      7. (Dermatophilaceae)
        1. (_Dermatophilus_)
        2. (_Kineosphaera_)
      8. (Intrasporangiaceae)
        1. (_Arsenicicoccus_)
        2. (_Humihabitans_)
        3. (_Intrasporangium_)
        4. (_Janibacter_)
        5. (_Knoellia_)
        6. (_Kribbia_)
        7. (_Lapillicoccus_)
        8. (_Ornithinicoccus_)
        9. (_Ornithinimicrobium_)
        10. (_Oryzihumus_)
        11. (_Serinicoccus_)
        12. (_Terrabacter_)
        13. (_Terracoccus_)
        14. (_Tetrasphaera_)
      9. (_Jonesiaceae_)
        1. (_Jonesia_)
      10. (_Microbacteriaceae_)
        1. (_Agreia_)
        2. (_Agrococcus_)
        3. (_Agromyces_)
        4. (_Aureobacterium_)
        5. (_Clavibacter_)
        6. (_Cryobacterium_)
        7. (_Curtobacterium_)
        8. (_Frigoribacterium_)
        9. (_Frondicola_)
        10. (_Gulosibacter_)
        11. (_Labedella_)
        12. (_Leifsonia_)
        13. (_Leucobacter_)
        14. (_Microbacterium_)
        15. (_Microcella_)
        16. (_Mycetocola_)
        17. (_Okibacterium_)
        18. (_Plantibacter_)
        19. (_Pseudoclavibacter_)
        20. (_Rathayibacter_)
        21. (_Rhodoglobus_)
        22. (_Salinibacterium_)
        23. (_Subtercola_)
        24. (_Yonghaparkia_)
        25. (_Zimmermannella_)
      11. 微球菌科 (Micrococcaceae)
        1. (_Acaricomes_)
        2. 節桿菌屬 (_Arthrobacter_)
        3. (_Citricoccus_)
        4. (_Kocuria_)
        5. 微球菌屬 (_Micrococcus_)
        6. (_Nesterenkonia_)
        7. (_Renibacterium_)
        8. 羅氏菌屬 (_Rothia_)
        9. 口腔球菌屬 (_Stomatococcus_)
        10. 劉志恆菌屬 (_Zhihengliuella_)
      12. (_Promicromonosporaceae_)
        1. (_Cellulosimicrobium_)
        2. (_Isoptericola_)
        3. (_Myceligenerans_)
        4. (_Promicromonospora_)
        5. (_Xylanibacterium_)
        6. (_Xylanimonas_)
      13. (_Rarobacteraceae_)
        1. (_Rarobacter_)
      14. (_Sanguibacteraceae_)
        1. 血桿菌屬 (_Sanguibacter_)
      15. (_Yaniaceae_)
        1. (_Yania_)
      16. 科未定
        1. (_Actinotalea_)
        2. (_Demequina_)
        3. (_Phycicoccus_)
        4. (_Ruania_)
    8. 微單孢菌亞目 (Micromonosporineae)
      1. 微單孢菌科 (Micromonosporaceae)
        1. (_Actinocatenispora_)
        2. (_Actinoplanes_)
        3. (_Amorphosporangium_)
        4. (_Ampullariella_)
        5. (_Asanoa_)
        6. (_Catellatospora_)
        7. (_Catenuloplanes_)
        8. (_Couchiolanes_)
        9. (_Dactylosporangium_)
        10. (_Krasilnikovia_)
        11. (_Longispora_)
        12. (_Luedemannella_)
        13. 微單孢菌屬 (_Micromonospora_)
        14. (_Pilimelia_)
        15. (_Planopolyspora_)
        16. (_Polymorphospora_)
        17. (_Salinispora_)
        18. (_Spirilliplanes_)
        19. (_Verrucosispora_)
        20. (_Virgisporangium_)
    9. 丙酸桿菌亞目 (Propionibacterineae)
      1. (_Nocardioidaceae_)
        1. (_Actinopolymorpha_)
        2. (_Aeromicrobium_)
        3. (_Friedmanniella_)
        4. (_Hongia_)
        5. (_Kribbella_)
        6. (_Marmoricola_)
        7. (_Micropruina_)
        8. (_Nocardioides_)
        9. (_Pimelobacter_)
        10. (_Propionicicella_)
        11. (_Propionicimonas_)
      2. 丙酸桿菌科 (_Propionibacteriaceae_)
        1. 河口微菌屬 (_Aestuariimicrobium_)
        2. (_Arachnia_)
        3. (_Brooklawnia_)
        4. (_Granulicoccus_)
        5. 江氏菌屬 (_Jiangella_)
        6. (_Luteococcus_)
        7. (_Microlunatus_)
        8. 丙酸桿菌屬 (_Propionibacterium_)
        9. (_Propioniferax_)
        10. (_Propionimicrobium_)
        11. (_Tessaracocccus_)
    10. (_Pseudonocardineae_)
      1. (_Actinosynnemataceae_)
        1. (_Actinokineospora_)
        2. (_Actinosynnema_)
        3. (_Lechevalieria_)
        4. (_Lentzea_)
        5. (_Saccharothrix_)
        6. (_Umezawaea_)
      2. (_Pseudonocardiaceae_)
        1. (_Actinoalloteichus_)
        2. (_Actinobispora_)
        3. (_Amycolata_)
        4. (_Amycolatopsis_)
        5. (_Crossiella_)
        6. (_Faenia_)
        7. (_Goodfellowia_)
        8. (_Kibdelosporangium_)
        9. (_Kutzneria_)
        10. (_Prauserella_)
        11. (_Pseudoamycolata_)
        12. (_Pseudonocardia_)
        13. (_Saccharomonospora_)
        14. (_Saccharopolyspora_)
        15. (_Streptoalloteichus_)
        16. (_Thermobispora_)
        17. (_Thermocrispum_)
    11. 鏈黴菌亞目 (_Streptomycineae_)
      1. 鏈黴菌科 (_Sterptomycetaceae_)
        1. (_Actinopycnidium_)
        2. (_Actinosporangium_)
        3. (_Chainia_)
        4. (_Elytrosporangium_)
        5. 北里菌屬 (_Kitasatoa_)
        6. 北里孢菌屬 (_Kitasatospora_)
        7. (_Microellobosporia_)
        8. (_Streptacidiphilus_)
        9. 鏈黴菌屬 (_Streptomyces_)
        10. (_Streptoverticillium_)
    12. (_Streptosporangineae_)
      1. (_Nocardiopsaceae_)
        1. (_Nocardiopsis_)
        2. (_Streptomonospora_)
        3. (_Thermobifida_)
      2. (_Streptosporangiaceae_)
        1. (_Acrocarpospora_)
        2. (_Herbidospora_)
        3. (_Microbispora_)
        4. (_Microtetraspora_)
        5. (_Nonomuraea_)
        6. (_Planobispora_)
        7. (_Planomonospora_)
        8. (_Planotetraspora_)
        9. (_Sphaerisporangium_)
        10. (_Streptosporangium_)
        11. (_Thermopolyspora_)
      3. (_Thermomonosporaceae_)
        1. 珊瑚狀放線菌屬 (_Actinocorallia_)
        2. (_Actinomadura_)
        3. (_Excellospora_)
        4. (_Spirillospora_)
        5. (_Thermomonospora_)
  2. 雙歧桿菌目 (_Bifidobacteriales_)
    1. 雙歧桿菌科 (_Bifidobacteriaceae_)
      1. (_Aeriscardovia_)
      2. (_Alloscardovia_)
      3. 雙歧桿菌屬 (_Bifidobacterium_)
      4. (_Gardnerella_)
      5. (_Metascardovia_)
      6. (_Parascardovia_)
      7. (_Scardovia_)
    2. 科未定
3. (Coriobacteridae)
  1. (Coriobacteriales)
    1. (Coriobacterineae)
      1. (Coriobacteriaceae)
        1. 奇異菌屬 (_Atopobium_)
        2. (_Collinsella_)
        3. (_Coriobacterium_)
        4. (_Cryptobacterium_)
        5. (_Denitrobacterium_)
        6. (_Eggerthella_)
        7. (_Olsenella_)
        8. (_Slackia_)
4. 紅色桿菌亞綱 (Rubrobacteridae)
  1. 紅色桿菌目 (Rubrobacterales)
    1. 紅色桿菌亞目 (Rubrobacterineae)
      1. (Conexibacteraceae)
        1. (_Conexibacter_)
      2. (Patulibacteraceae)
        1. (_Patulibacter_)
      3. 紅色桿菌科 (Rubrobacteraceae)
        1. 紅色桿菌屬 (_Rubrobacter_)
      4. (Solirubrobacteraceae)
        1. (_Solirubrobacter_)
      5. (Thermoleophilaceae)
        1. (_Thermoleophilum_)
5. 球形桿菌亞綱 (Sphaerobacteridae)
  1. 球形桿菌目 (Sphaerobacterales)
    1. 球形桿菌亞目 (Sphaerobacterineae)
      1. 球形桿菌科 (Sphaerobacteraceae)
        1. 球形桿菌屬 (_Sphaerobacter_)



產水菌門 (Aquificae)

產水菌綱 (Aquificae)

1. 產水菌目 (Aquificales)
  1. 產水菌科 (Aquificaceae)
    1. 產水菌屬 (_Aquifex_)
    2. (_Calderobacterium_)
    3. (_Hydrogenivirga_)
    4. (_Hydrogenobacter_)
    5. (_Hydrogenobaculum_)
    6. (_Thermocrinis_)
  2. 除硫桿菌科 (Desulfurobacteriaceae)
    1. (_Balnearium_)
    2. 除硫桿菌屬 (_Desulfurobacterium_)
    3. 熱弧菌屬 (_Thermovibrio_)
  3. (Hydrogenothermaceae)
    1. (_Hydrogenothermus_)
    2. (_Persephonella_)
    3. (_Sulfurihydrogenibium_)



擬桿菌門 (Bacteroidetes)

擬桿菌綱 (Bacteroidetes)

1. 擬桿菌目 (Bacteroidales)
  1. 擬桿菌科 (Bacteroidaceae)
    1. (_Acetomicrobium_)
    2. (_Anaerophaga_)
    3. (_Anaerorhabdus_)
    4. 擬桿菌屬 (_Bacteroides_)
    5. (_Pontibacter_)
  2. 紫單胞菌科 (Porphyromonadaceae)
    1. (_Barnesiella_)
    2. (_Capsularis_)
    3. (_Dysgonomonas_)
    4. (_Hallella_)
    5. (_Odoribacter_)
    6. (_Oribaculum_)
    7. (_Paludibacter_)
    8. (_Parabacteroides_)
    9. 紫單胞菌屬 (_Porphyromonas_) （多譯作「卟啉單胞菌」，但 porphyro - 應來源於希臘語「紫色」）
    10. (_Proteiniphilum_)
    11. (_Tannerella_)
    12. (_Xylanibacter_)
  3. 普雷沃氏菌科 (Prevotellaceae)
    1. 普雷沃氏菌屬 (_Prevotella_) （或譯作「普氏菌」）
  4. 理研菌科 (Rikenellaceae)
    1. (_Alistipes_)
    2. (_Alkaliflexus_)
    3. (_Marinilabilia_)
    4. (_Petrimonas_)
    5. 理研菌屬 (_Rikenella_) （註：Riken 是日語「理化學研究所」簡稱）
  5. 科未定
    1. (_Acetofilamentum_)
    2. (_Acetothermus_)

黃桿菌綱 (Flavobacteria)

1. 黃桿菌目 (Flavobacteriales)
  1. 蟑螂桿狀體科 (Blattabacteriaceae)
    1. 蟑螂桿狀體屬 (_Blattabacterium_)
  2. (Cryomorphaceae)
    1. (_Algoriphagus_)
    2. (_Brumimicrobium_)
    3. (_Crocinitomix_)
    4. (_Cryomorpha_)
    5. (_Fluviicola_)
    6. 李時珍菌屬 (_Lishizhenia_)
    7. (_Owenweeksia_)
  3. 黃桿菌科 (Flavobacteriaceae)
    1. (_Actibacter_)
    2. (_Aequorivita_)
    3. (_Algibacter_)
    4. (_Aquimarina_)
    5. (_Arenibacter_)
    6. 伯傑菌屬 (_Bergeyella_)
    7. (_Bizionia_)
    8. 碳酸噬胞菌屬 (_Capnocytophaga_) （註：多譯作「二氧化碳噬纖維菌屬」）
    9. 噬纖維素菌屬 (_Cellulophaga_)
    10. 金黃桿菌屬 (_Chryseobacterium_)
    11. (_Cloacibacterium_)
    12. (_Coenonia_)
    13. (_Costertonia_)
    14. (_Croceibacter_)
    15. 獨島菌屬 (_Dokdonia_)
    16. 東海菌屬 (_Donghaeana_)
    17. (_Elizabethkingia_)
    18. (_Empedobacter_)
    19. (_Epilithonimonas_)
    20. (_Flaviramulus_)
    21. 黃桿菌屬 (_Flavobacterium_)
    22. (_Formosa_)
    23. 泥灘桿菌屬 (_Gaetbulibacter_)
    24. 泥灘微菌屬 (_Gaetbulimicrobium_)
    25. (_Galbibacter_)
    26. (_Gelidibacter_)
    27. (_Gillisia_)
    28. (_Gilvibacter_)
    29. 革蘭菌屬 (_Gramella_)
    30. (_Kaistella_)
    31. (_Kordia_)
    32. (_Krokinobacter_)
    33. (_Lacinutrix_)
    34. 列文虎克菌屬 (_Leeuwenhoekiella_)
    35. (_Lutibacter_)
    36. (_Maribacter_)
    37. (_Mariniflexile_)
    38. (_Marixanthomonas_)
    39. (_Mesonia_)
    40. (_Muricauda_)
    41. (_Myroides_)
    42. (_Nonlabens_)
    43. (_Olleya_)
    44. (_Ornithobacterium_)
    45. (_Persicivirga_)
    46. (_Pibocella_)
    47. 極地桿菌屬 (_Polaribacter_)
    48. 冷彎菌屬 (_Psychroflexus_)
    49. (_Psychroserpens_)
    50. (_Riemerella_)
    51. (_Robiginitalea_)
    52. (_Salegentibacter_)
    53. (_Sandarakinotalea_)
    54. (_Sediminibacter_)
    55. (_Sediminicola_)
    56. 世宗菌屬 (_Sejongia_)
    57. (_Stanierella_)
    58. (_Stenothermobacter_)
    59. (_Subsaxibacter_)
    60. (_Subsaximicrobium_)
    61. (_Tamlana_)
    62. (_Tenacibaculum_)
    63. (_Ulvibacter_)
    64. (_Vitellibacter_)
    65. (_Wautersiella_)
    66. (_Weeksella_)
    67. (_Winogradskyella_)
    68. 麗水菌屬 (_Yeosuana_)
    69. (_Zeaxanthinibacter_)
    70. 周氏菌屬 (_Zhouia_)
    71. (_Zobellia_)
    72. 王祖農菌屬 (_Zunongwangia_)

鞘脂桿菌綱 (Sphingobacteria)

1. 鞘脂桿菌目 (Sphingobacteriales)
  1. 泉髮菌科 (Crenotrichaceae)
    1. (_Balneola_)
    2. (_Chitinophaga_)
    3. 泉髮菌屬 (_Crenothrix_)
    4. (_Rhodothermus_)
    5. (_Salinibacter_)
    6. (_Terrimonas_)
    7. (_Toxothrix_)
  2. (_Flammeovirgaceae_)
    1. (_Flammeovirga_)
    2. (_Flexithrix_)
    3. (_Perexilibacter_)
    4. (_Persicobacter_)
    5. (_Rapidithrix_)
    6. (_Sediminitomix_)
    7. (_Thermonema_)
  3. 屈撓桿菌科 (_Flexibacteraceae_)
    1. (_Adhaeribacter_)
    2. (_Aquiflexum_)
    3. (_Arcicella_)
    4. (_Belliella_)
    5. (_Chimaereicella_)
    6. (_Cyclobacterium_)
    7. 噬胞菌屬 (_Cytophaga_) （註：目前多稱此屬爲「噬纖維菌屬」，此處依拉丁文）
    8. (_Dyadobacter_)
    9. (_Echinicola_)
    10. (_Effluviibacter_)
    11. (_Emticicia_)
    12. (_Fabibacter_)
    13. (_Flectobacillus_)
    14. 屈撓桿菌屬 (_Flexibacter_)
    15. (_Hongiella_)
    16. (_Hymenobacter_)
    17. (_Larkinella_)
    18. (_Leadbetterella_)
    19. (_Marinicola_)
    20. (_Meniscus_)
    21. (_Microscilla_)
    22. (_Niastella_)
    23. (_Persicitalea_)
    24. (_Reichenbachiella_)
    25. (_Rhodonellum_)
    26. (_Roseivirga_)
    27. (_Runella_)
    28. (_Spirosoma_)
    29. 生孢噬胞菌屬 (_Sporocytophaga_)
  4. 腐螺旋菌科 (Saprospiraceae)
    1. (_Aureispira_)
    2. (_Haliscomenobacter_)
    3. (_Lewinella_)
    4. 腐螺旋菌屬 (_Saprospira_)
  5. 鞘脂桿菌科 (Sphingobacteriaceae)
    1. (_Mucilaginibacter_)
    2. (_Olivibacter_)
    3. (_Parapedobacter_)
    4. (_Pedobacter_)
    5. (_Pseudosphingobacterium_)
    6. 鞘脂桿菌屬 (_Sphingobacterium_)
  6. 科未定
    1. (_Niabella_)

綱未定

1. (_Flavisolibacter_)
2. (_Fulvivirga_)
3. (_Prolixibacter_)
4. (_Segetibacter_)



衣原體門 (Chlamydiae)

衣原體綱 (Chlamydiae)

1. 衣原體目 (Chlamydiales)
  1. 衣原體科 (Chlamydiaceae)
    1. 衣原體屬 (_Chlamydia_)
    2. 嗜衣體屬 (_Chlamydophila_)
  2. 副衣原體科 (Parachlamydiaceae)
    1. 新衣原體屬 (_Neochlamydia_)
    2. 副衣原體屬 (_Parachlamydia_)
  3. 芯卡體科 (Simkaniaceae)
    1. 芯卡體屬 (_Simkania_) （註：人名縮寫簡稱，此處用音譯）
    2. 棍衣原體屬 (_Rhabdochlamydia_)\*
  4. 華診體科 (Waddliaceae)
    1. 華診體屬 (_Waddlia_) （註：WADDL 爲「華盛頓動物病診斷實驗室」縮寫）



綠菌門 (Chlorobi)

綠菌綱 (Chlorobia)

1. 綠菌目 (Chlorobiales)
  1. 綠菌科 (Chlorobiaceae)
    1. 臂綠菌屬 (_Ancalochloris_)
    2. 綠棒菌屬 (_Chlorobaculum_)
    3. 綠菌屬 (_Chlorobium_)
    4. 綠爬菌屬 (_Chloroherpeton_)
    5. 暗網菌屬 (_Pelodictyon_)
    6. 突柄綠菌屬 (_Prosthecochloris_)



綠彎菌門 (Chloroflexi)

厭氧繩菌綱 (Anaerolineae)

1. 厭氧繩菌目 (Anaerolineales)
  1. 厭氧繩菌科 (Anaerolineaceae)
    1. 厭氧繩菌屬 (_Anaerolinea_)
    2. (_Bellilinea_)
    3. 纖繩菌屬 (_Leptolinea_)
    4. (_Levilinea_)
    5. 長繩菌屬 (_Longilinea_)

暖繩菌綱 (Caldilineae)

1. 暖繩菌目 (Caldilineales)
  1. 暖繩菌科 (Caldilineaceae)
    1. 暖繩菌屬 (_Caldilinea_)

綠彎菌綱 (Chloroflexi)

1. 綠彎菌目 (Chloroflexales)
  1. 綠彎菌科 (Chloroflexaceae)
    1. 綠彎菌屬 (_Chloroflexus_)
    2. 綠線菌屬 (_Chloronema_)
    3. 太陽髮菌屬 (_Heliothrix_)
    4. 玫瑰彎菌屬 (_Roseiflexus_)
  2. 顫綠菌科 (Oscillochloridaceae)
    1. 顫綠菌屬 (_Oscillochloris_)
2. 爬管菌目 (Herpetosiphonales)
  1. 爬管菌科 (Herpetosiphonaceae)
    1. 爬管菌屬 (_Herpetosiphon_)



產金菌門 (Chrysiogenetes)

產金菌綱 (Chrysiogenetes)

1. 產金菌目 (Chrysiogenales)
  1. 產金菌科 (Chrysiogenaceae)
    1. 產金菌屬 (_Chrysiogenes)_



藍藻門 (Cyanobacteria)

藍藻綱 (Cyanobacteria)

註：目前有三套藍藻分類系統，分別爲 NCBI、Bergey's 手冊及 Cavalier-Smith（2002 年，僅分至目)。

本文採用的 Bergey's 手冊中藍藻內的分類，不論目科屬，均爲形態分類，其中目在手冊中爲「Subsection」而非「Order」，目、科均未列名稱，此處目名稱爲習慣用法，科不列名稱；屬除 _Halospirulina_ 和 _Trichodesmium_ 之外均標爲「形態屬」(Form Genus) 而非「屬」(Genus)。表中在形態分類後面加註 "@"。預料不久的將來整個藍藻分類系統將會大調，與其它細菌統一爲系統發育分類系統。

此外，因漢語「藻」字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物，此處仍用按照「藻」翻譯藍藻門 (Cyanobacteria) 細菌。但也可依據個人理念將名稱定爲「某菌」或「某藍菌」，但應注意避免與其餘細菌重名。

1. 第一目（色球藻目 (Chroococcales)）@
  1. 第一科 @
    1. 管孢藻屬 (_Chamaesiphon_)@
    2. 色球藻屬 (_Chroococcus_)@
    3. (_Cyanobacterium_)@
    4. (_Cyanobium_)@
    5. (_Cyanothece_)@
    6. 藍纖維藻屬 (_Dactylococcopsis_)@
    7. (_Gloeobacter_)@
    8. 黏球藻屬 (_Gloeocapsa_)@
    9. 黏桿藻屬 (_Gloeothece_)@
    10. 微囊藻屬 (_Microcystis_)@
    11. 原綠球藻屬 (_Prochlorococcus_)@
    12. 原綠藻屬 (_Prochloron_)@
    13. 聚球藻屬 (_Synechococcus_)@
    14. 集胞藻屬 (_Synechocystis_)@
2. 第二目（寬球藻目 (Pleurocapsales)）@
  1. 第一科 @
    1. (_Cyanocystis_)@
    2. (_Dermocarpella_)@
    3. (_Stanieria_)@
    4. 異球藻屬 (_Xenococcus_)@
  2. 第二科 @
    1. 擬色球藻屬 (_Chroococcidiopsis_)@
    2. 黏囊藻屬 (_Myxosarcina_)@
    3. 寬球藻屬 (_Pleurocapsa_)@
3. 第三目（顫藻目 (Oscillatoriales)）@
  1. 第一科 @
    1. 節螺藻屬 (_Arthrospira_)@ （包含商業化螺旋藻）
    2. (_Borzia_)@
    3. (_Crinalium_)@
    4. (_Geitlerinema_)@
    5. 鹽螺旋藻屬 (_Halospirulina_)
    6. (_Leptolyngbya_)@
    7. (_Limnothrix_)@
    8. 鞘絲藻屬 (_Lyngbya_)@
    9. 微鞘藻屬 (_Microcoleus_)@
    10. 顫藻屬 (_Oscillatoria_)@
    11. (_Planktothrix_)@
    12. 原綠髮藻屬 (_Prochlorothrix_)@
    13. (_Pseudanabaena_)@
    14. 螺旋藻屬 (_Spirulina_)@
    15. (_Starria_)@
    16. 束藻屬 (_Symploca_)@
    17. 束毛藻屬 (_Trichodesmium_)
    18. (_Tychonema_)@
4. 第四目（唸珠藻目 (Nostocales)）@：亦作念珠藻目
  1. 第一科 @
    1. 魚腥藻屬 (_Anabaena_)@
    2. 項圈藻屬 (_Anabaenopsis_)@
    3. 束絲藻屬 (_Aphanizomenon_)@
    4. (_Cyanospira_)@
    5. (_Cylindrospermopsis_)@
    6. 筒孢藻屬 (_Cylindrospermum_)@
    7. 節球藻屬 (_Nodularia_)@
    8. 唸珠藻屬 (_Nostoc_)@：亦作念珠藻屬
    9. 僞枝藻屬 (_Scytonema_)@
  2. 第二科 @
    1. 眉藻屬 (_Calothrix_)@
    2. 膠鬚藻屬 (_Rivularia_)@
    3. 單歧藻屬 (_Tolypothrix_)@
5. 第五目（真枝藻目 (Stigonematales)）@
  1. 第一科 @
    1. (_Chlorogloeopsis_)@
    2. 費氏藻屬 (_Fischerella_)@
    3. (_Geitleria_)@
    4. (_Iyengariella_)@
    5. 擬唸珠藻屬 (_Nostochopsis_)@：亦作擬念珠藻屬
    6. 真枝藻屬 (_Stigonema_)@



脫鐵桿菌門 (Deferribacteres)

脫鐵桿菌綱 (Deferribacteres)

1. 脫鐵桿菌目 (Deferribacterales)
  1. [[脫鐵桿菌科 (Deferribacteraceae)
    1. 脫鐵桿菌屬 (_Deferribacter_)
    2. (_Denitrovibrio_)
    3. (_Flexistipes_)
    4. 地弧菌屬 (_Geovibrio_)
    5. (_Mucispirillum_)
  2. 科未定
    1. 暖髮菌屬 (_Caldithrix_)
    2. (_Synergistes_)



異常球菌 - 棲熱菌門 (Deinococcus-Thermus)

異常球菌綱 (Deinococci)

1. 異常球菌目 (Deinococcales)
  1. 異常球菌科 (Deinococcaceae)
    1. 異常桿菌屬 (_Deinobacter_)
    2. 異常球菌屬 (_Deinococcus_)
  2. 特呂珀菌科 (Trueperaceae)
    1. 特呂珀菌屬 (_Truepera_)
2. 棲熱菌目 (Thermales)
  1. 棲熱菌科 (Thermaceae)
    1. 海棲熱菌屬 (_Marinithermus_)
    2. 亞棲熱菌屬 (_Meiothermus_)
    3. 海洋棲熱菌屬 (_Oceanithermus_)
    4. 棲熱菌屬 (_Thermus_)
    5. 火山棲熱菌屬 (_Vulcanithermus_)



網團菌門 (Dictyoglomi)

網團菌綱 (Dictyoglomi)

1. 網團菌目 (Dictyoglomales)
  1. 網團菌科 (Dictyoglomaceae)
    1. 網團菌屬 (_Dictyoglomus_)



纖維桿菌門 (Fibrobacteres)

纖維桿菌綱 (Fibrobacteres)

1. 纖維桿菌目 (Fibrobacterales)
  1. 纖維桿菌科 (Fibrobacteraceae)
    1. 纖維桿菌屬 (_Fibrobacter_)



厚壁菌門 (Firmicutes)（低 G+C 革蘭氏陽性菌）

芽孢桿菌綱 (Bacilli)

1. 芽孢桿菌目 (Bacillales)
  1. (Alicyclobacillaceae)
    1. (_Alicyclobacillus_)
    2. (_Pasteuria_)
    3. (_Sulfobacillus_)
  2. 芽孢桿菌科 (Bacillaceae)
    1. (_Alkalibacillus_)
    2. (_Amphibacillus_)
    3. (_Anoxybacillus_)
    4. 芽孢桿菌屬 (_Bacillus_)
    5. (_Caldalkalibacillus_)
    6. (_Cerasibacillus_)
    7. (_Exiguobacterium_)
    8. (_Filobacillus_)
    9. (_Geobacillus_)
    10. (_Gracilibacillus_)
    11. (_Halalkalibacillus_)
    12. (_Halobacillus_)
    13. (_Haloactibacillus_)
    14. (_Jeotgalibacillus_)
    15. (_Lentibacillus_)
    16. (_Lysinibacillus_)
    17. (_Marinibacillus_)
    18. (_Oceanobacillus_)
    19. (_Ornithinibacillus_)
    20. (_Paraliobacillus_)
    21. (_Paucisalibacillus_)
    22. (_Pelagibacillus_)
    23. (_Piscibacillus_)
    24. (_Pontibacillus_)
    25. 糖球菌屬 (_Saccharococcus_)
    26. (_Salibacillus_)
    27. (_Salimicrobium_)
    28. (_Salinibacillus_)
    29. (_Salirhabdus_)
    30. (_Sasuginibacillus_)
    31. (_Tenuibacillus_)
    32. (_Terribacillus_)
    33. (_Thalassobacillus_)
    34. (_Ureibacillus_)
    35. (_Virgibacillus_)
    36. (_Vulcanibacillus_)
  3. (Caryophanaceae)
    1. (_Caryophanon_)
  4. 李斯特氏菌科 (Listeriaceae)
    1. 環絲菌屬 (_Brochothrix_)
    2. 李斯特氏菌屬 (_Listeria_)
  5. (Paenibacillaceae)
    1. (_Ammoniphilus_)
    2. (_Aneurinibacillus_)
    3. (_Brevibacillus_)
    4. (_Cohnella_)
    5. (_Oxalophagus_)
    6. (_Paenibacillus_)
    7. (_Thermicanus_)
    8. (_Thermobacillus_)
  6. (Planococcaceae)
    1. (_Filibacter_)
    2. (_Kurthia_)
    3. (_Planococcus_)
    4. (_Planomicrobium_)
    5. (_Sporosarcina_)
  7. 芽孢乳桿菌科 (Sporolactobacillaceae)
    1. (_Marinococcus_)
    2. (_Sinococcus_)
    3. 芽孢乳桿菌屬 (_Sporolactobacillus_)
    4. (_Tuberibacillus_)
  8. 葡萄球菌科 (Staphylococcaceae)
    1. 孿生菌屬 (_Gemella_)
    2. (_Joetgalicoccus_)
    3. (_Macrococcus_)
    4. (_Salinicoccus_)
    5. 葡萄球菌屬 (_Staphylococcus_)
  9. (Thermoactinomycetaceae)
    1. (_Laceyella_)
    2. (_Mechercharimyces_)
    3. (_Planifilum_)
    4. (_Seinonella_)
    5. (_Shimazuella_)
    6. (_Thermoactinomyces_)
    7. (_Thermoflavimicrobium_)
  10. (Turicibacteraceae)
    1. (_Turicibacter_)
  11. 科未定
    1. (_Pullulanibacillus_)
2. 乳桿菌目 (Lactobacillales)
  1. 氣球菌科 (Aerococcaceae)
    1. (_Abiotrophia_)
    2. 氣球菌屬 (_Aerococcus_)
    3. (_Dolosicoccus_)
    4. (_Eremococcus_)
    5. (_Facklamia_)
    6. (_Globicatella_)
    7. (_Ignavigranum_)
  2. 肉桿菌科 (Carnobacteriaceae)
    1. (_Agitococcus_)
    2. (_Alkalibacterium_)
    3. (_Allofustis_)
    4. (_Alloiococcus_)
    5. (_Atopococcus_)
    6. (_Atopostipes_)
    7. 肉桿菌屬 (_Carnobacterium_)
    8. 德庫菌屬 (_Desemzia_) （DSMZ，德國微生物與細胞保藏中心）
    9. (_Dolosigranulum_)
    10. (_Granulicatella_)
    11. (_Isobaculum_)
    12. (_Lactosphaera_)
    13. (_Marinilactibacillus_)
    14. (_Trichococcus_)
  3. 腸球菌科 (Enterococcaceae)
    1. (_Atopobacter_)
    2. (_Catellicoccus_)
    3. 腸球菌屬 (_Enterococcus_)
    4. (_Melissococcus_)
    5. (_Pilibacter_)
    6. (_Tetragenococcus_)
    7. 漫遊球菌屬 (_Vagococcus_)
  4. 乳桿菌科 (Lactobacillaceae)
    1. 乳桿菌屬 (_Lactobacillus_)
    2. (_Paralactobacillus_)
    3. 片球菌屬 (_Pediococcus_)
  5. 明串珠菌科 (Leuconostocaceae)
    1. 明串珠菌屬 (_Leuconostoc_)
    2. (_Oenococcus_)
    3. (_Weissella_)
  6. 顫螺旋菌科 (Oscillospiraceae)
    1. 顫桿菌屬 (_Oscillibacter_)
    2. 顫螺旋菌屬 (_Oscillospira_)
  7. 鏈球菌科 (Streptococcaceae)
    1. 乳球菌屬 (_Lactococcus_)
    2. (_Lactovum_)
    3. 鏈球菌屬 (_Streptococcus_)
  8. 科未定
    1. (_Acetoanaerobium_)
    2. 互營球菌屬 (_Syntrophococcus_)

梭菌綱 (Clostridia)

1. 梭菌目 (Clostridiales)
  1. 梭菌科 (Clostridiaceae)
    1. (_Acetanaerobacterium_)
    2. (_Acetivibrio_)
    3. (_Acidaminobacter_)
    4. (_Alkaliphilus_)
    5. (_Anaerobacter_)
    6. (_Anaerotruncus_)
    7. (_Anoxynatronum_)
    8. (_Bryantella_)
    9. (_Caloramator_)
    10. (_Caloranaerobacter_)
    11. (_Caminicella_)
    12. (_Clostridiisalibacter_)
    13. 梭菌屬 (_Clostridium_)
    14. (_Coprobacillus_)
    15. (_Dorea_)
    16. (_Ethanoligenens_)
    17. (_Faecalibacterium_)
    18. (_Fastidiosipila_)
    19. (_Garciella_)
    20. (_Gracilibacter_)
    21. (_Guggenheimella_)
    22. (_Hespellia_)
    23. (_Natronincola_)
    24. (_Oxobacter_)
    25. (_Parasporobacterium_)
    26. 八疊球菌屬 (_Sarcina_)
    27. (_Soehngenia_)
    28. (_Sporacetigenium_)
    29. (_Sporobacter_)
    30. (_Subdoligranulum_)
    31. (_Tepidibacter_)
    32. (_Tepidimicrobium_)
    33. (_Thermobrachium_)
    34. (_Thermohalobacter_)
    35. (_Tindallia_)
  2. 優桿菌科 (Eubacteriaceae)
    1. 醋桿菌屬 (_Acetobacterium_)
    2. (_Alkalibacter_)
    3. (_Anaerofustis_)
    4. (_Anaerovorax_)
    5. 優桿菌屬 (_Eubacterium_)
    6. (_Mogibacterium_)
    7. (_Pseudoramibacter_)
  3. 太陽桿菌科 (Heliobacteriaceae)
    1. 太陽桿狀菌屬 (_Heliobacillus_)
    2. [[太陽桿菌屬 (_Heliobacterium_)
    3. 嗜日菌屬 (_Heliophilum_)
    4. (_Heliorestis_)
  4. 毛螺旋菌科 (Lachnospiraceae)
    1. (_Acetitomaculum_)
    2. (_Anaerofilum_)
    3. (_Anaerostipes_)
    4. 丁酸弧菌屬 (_Butyrivibrio_)
    5. (_Catenibacterium_)
    6. (_Catonella_)
    7. 糞球菌屬 (_Coprococcus_)
    8. (_Johnsonella_)
    9. (_Lachnobacterium_)
    10. 毛螺旋菌屬 (_Lachnospira_)
    11. (_Moryella_)
    12. (_Oribacterium_)
    13. 假丁酸弧菌屬 (_Pseudobutyrivibrio_)
    14. (_Roseburia_)
    15. 瘤胃球菌屬 (_Ruminococcus_)
    16. (_Shuttleworthia_)
    17. (_Sporobacterium_)
  5. 消化球菌科 (Peptococcaceae)
    1. (_Carboxydothermus_)
    2. (_Cryptanaerobacter_)
    3. (_Dehalobacter_)
    4. (_Desulfitobacterium_)
    5. (_Desulfonispora_)
    6. (_Desulfosporosinus_)
    7. (_Desulfotomaculum_)
    8. (_Pelotomaculum_)
    9. 消化球菌屬 (_Peptococcus_)
    10. (_Syntrophobotulus_)
    11. (_Thermincola_)
    12. (_Thermoterrabacterium_)
  6. 消化鏈球菌科 (Peptostreptococcaceae)
    1. (_Anaerococcus_)
    2. (_Filifactor_)
    3. (_Finegoldia_)
    4. (_Fusibacter_)
    5. (_Gallicola_)
    6. (_Helcococcus_)
    7. 微單胞菌屬 (_Parvimonas_) （原名 _Micromonas_）
    8. (_Peptoniphilus_)
    9. 消化鏈球菌屬 (_Peptostreptococcus_)
    10. (_Sedimentibacter_)
    11. (_Sporanaerobacter_)
    12. (_Tissierella_)
  7. 互營單胞菌科 (Syntrophomonadaceae)
    1. (_Aminiphilus_)
    2. (_Aminobacterium_)
    3. (_Aminomonas_)
    4. (_Anaerobaculum_)
    5. (_Anaerobranca_)
    6. (_Caldicellulosiruptor_)
    7. (_Carboxydocella_)
    8. (_Dethiosulfovibrio_)
    9. (_Pelospora_)
    10. 互營單胞菌屬 (_Syntrophomonas_)
    11. (_Syntrophospora_)
    12. 互營熱菌屬 (_Syntrophothermus_)
    13. (_Thermaerobacter_)
    14. (_Thermanaerovibrio_)
    15. (_Thermohydrogenium_)
    16. (_Thermosyntropha_)
    17. (_Thermovirga_)
  8. 韋榮氏菌科 (Veillonellaceae)
    1. (_Acetonema_)
    2. 胺基酸球菌屬 (_Acidaminococcus_)
    3. (_Allisonella_)
    4. (_Anaeroarcus_)
    5. (_Anaeroglobus_)
    6. (_Anaeromusa_)
    7. (_Anaerosinus_)
    8. (_Anaerovibrio_)
    9. (_Centipeda_)
    10. (_Dendrosporobacter_)
    11. (_Dialister_)
    12. (_Megamonas_)
    13. (_Megasphaera_)
    14. 光岡菌屬 (_Mitsuokella_)
    15. (_Papillibacter_)
    16. (_Pectinatus_)
    17. (_Pelosinus_)
    18. (_Phascolarctobacterium_)
    19. (_Propionispira_)
    20. (_Propionispora_)
    21. (_Quinella_)
    22. (_Schwartzia_)
    23. 新月形單胞菌屬 (_Selenomonas_)
    24. 鼠孢菌屬 (_Sporomusa_)
    25. (_Sporotalea_)
    26. (_Succiniclasticum_)
    27. (_Succinispira_)
    28. (_Thermosinus_)
    29. 韋榮氏菌屬 (_Veillonella_)
    30. (_Zymophilus_)
  9. 科未定
    1. (_Anaerovirgula_)
    2. (_Dethiosulfatibacter_)
    3. (_Geosporobacter_)
    4. (_Howardella_)
    5. (_Proteiniborus_)
2. 鹽厭氧菌目 (Halanaerobiales)
  1. 鹽厭氧菌科 (Halanaerobiaceae)
    1. 鹽厭氧菌屬 (_Halanaerobium_)
    2. (_Halocella_)
    3. (_Haloincola_)
    4. (_Halothermothrix_)
  2. 鹽擬桿菌科 (Halobacteroidaceae)
    1. (_Acetohalobium_)
    2. (_Halanaerobacter_)
    3. 鹽擬桿菌屬 (_Halobacteroides_)
    4. (_Halonatronum_)
    5. (_Natroniella_)
    6. (_Orenia_)
    7. (_Selenihalanaerobacter_)
    8. (_Sporohalobacter_)
3. 鹽鹼厭氧菌目 (Natranaerobiales)
  1. 鹽鹼厭氧菌科 (Natranaerobiaceae)
    1. 鹽鹼厭氧菌屬 (_Natranaerobius_)
4. 熱厭氧桿菌目 (Thermoanaerobacteriales)
  1. 熱厭氧桿菌科 (Thermoanaerobacteriaceae)
    1. (_Acetogenium_)
    2. (_Ammonifex_)
    3. (_Caldanaerobacter_)
    4. (_Carboxydibrachium_)
    5. (_Coprothermobacter_)
    6. (_Desulfovirgula_)
    7. (_Gelria_)
    8. (_Mahella_)
    9. (_Moorella_)
    10. (_Sporotomaculum_)
    11. (_Tepidanaerobacter_)
    12. (_Thermacetogenium_)
    13. 熱厭氧單胞菌屬 (_Thermanaeromonas_)
    14. (_Thermoanaerobacter_)
    15. (_Thermoanaerobium_)
    16. (_Thermoanaerobacterium_)
    17. 熱厭氧菌屬 (_Thermoanaerobium_)
    18. (_Thermobacteroides_)
    19. (_Thermosediminibacter_)
    20. (_Thermovenabulum_)
  2. 熱脫硫菌科 (Thermodesulfobiaceae)
    1. 熱脫硫菌屬 (_Thermodesulfobium_)
5. 目未定
  1. (_Desulfitibacter_)
  2. (_Symbiobacterium_)

熱石桿菌綱 (Thermolithobacteria)

1. 熱石桿菌目 (Thermolithobacterales)
  1. 熱石桿菌科 (Thermolithobacteraceae)
    1. 熱石桿菌屬 (_Thermolithobacter_)



梭桿菌門 (Fusobacteria)

梭桿菌綱 (Fusobacteria)

1. 梭桿菌目 (Fusobacteriales)
  1. 梭桿菌科 (Fusobacteriaceae)
    1. 梭桿菌屬 (_Fusobacterium_)
    2. (_Ilyobacter_)
    3. 纖毛菌屬 (_Leptotrichia_)
    4. (_Propionigenium_)
    5. (_Sebaldella_)
    6. (_Sneathia_)
    7. (_Streptobacillus_)
  2. 科未定
    1. (_Cetobacterium_)



芽單胞菌門 (Gemmatimonadetes)

芽單胞菌綱 (Gemmatimonadetes)

1. 芽單胞菌目 (Gemmatimonadales)
  1. 芽單胞菌科 (Gemmatimonadaceae)
    1. 芽單胞菌屬 (_Gemmatimonas_)



黏膠球形菌門 (Lentisphaerae)

黏膠球形菌綱 (Lentisphaerae)

1. 黏膠球形菌目 (Lentisphaerales)
  1. 黏膠球形菌科 (Lentisphaeraceae)
    1. 黏膠球形菌屬 (_Lentisphaera_)
2. 食物谷菌目 (Victivallales)
  1. 食物谷菌科 (Victivallaceae)
    1. 食物谷菌屬 (_Victivallis_)



硝化螺旋菌門 (Nitrospirae)

硝化螺旋菌綱 (Nitrospira)

1. 硝化螺旋菌目 (Nitrospirales)
  1. 硝化螺旋菌科 (Nitrospiraceae)
    1. 鉤端螺菌屬 (_Leptospirillum_)
    2. 硝化螺旋菌屬 (_Nitrospira_)
    3. 磁桿菌屬 (_Magnetobacterium_)\*
    4. 熱脫硫弧菌屬 (_Thermodesulfovibrio_)



浮黴菌門 (Planctomycetes)

浮黴菌綱 (Planctomycetacia)

1. 浮黴菌目 (Planctomycetales)
  1. 浮黴菌科 (Planctomycetaceae)
    1. (_Blastopirellula_)
    2. (_Gemmata_)
    3. (_Isosphaera_)
    4. 小梨形菌屬 (_Pirellula_)
    5. 浮黴菌屬 (_Planctomycetes_)
    6. 紅小梨形菌屬 (_Rhodopirellula_)
    7. (_Schlesneria_)
  2. 科未定 （均未能分離培養，見厭氧氨氧化菌）
    1. (_Brocadia_)\*
    2. (_Kuenenia_)\*
    3. (_Scalindua_)\*



海綿桿菌門 (Poribacteria)\*



變形菌門 (Proteobacteria)

α- 變形菌綱 (Alphaproteobacteria)

1. 柄桿菌目 (Caulobacterales)
  1. 柄桿菌科 (Caulobacteraceae)
    1. (_Asticcacaulis_)
    2. 短波單胞菌屬 (_Brevundimonas_)
    3. 柄桿菌屬 (_Caulobacter_)
    4. 苯基桿菌屬 (_Phenylobacterium_)
2. (Kordiimonadales)
  1. (Kordiimonadaceae)
    1. (_Kordiimonas_)
3. 短小盒菌目 (Parvularculales)
  1. 短小盒菌科 (Parvularculaceae)
    1. 短小盒菌屬 (_Parvularcula_)
4. 根瘤菌目 (Rhizobiales)
  1. 橙單胞菌科 (Aurantimonadaceae)
    1. 橙單胞菌屬 (_Aurantimonas_)
    2. (_Fulvimarina_)
    3. (_Martelella_)
  2. 巴通體科 (Bartonellaceae)
    1. 巴通體屬 (_Bartonella_)
    2. (_Grahamella_)
    3. (_Rochalimaea_)
  3. 拜葉林克氏菌科 (Beijerinckiaceae)
    1. 拜葉林克氏菌屬 (_Beijerinckia_)
    2. (_Chelatococcus_)
    3. (_Methylocapsa_)
    4. (_Methylocella_)
  4. 慢生根瘤菌科 (Bradyrhizobiaceae)
    1. 阿菲波菌屬 (_Afipia_)
    2. 農單胞菌屬 (_Agromonas_)
    3. (_Balneimonas_)
    4. 芽生桿菌屬 (_Blastobacter_)
    5. (_Bosea_)
    6. 慢生根瘤菌屬 (_Bradyrhizobium_)
    7. 硝化桿菌屬 (_Nitrobacter_)
    8. (_Oligotropha_)
    9. (_Rhodoblastus_)
    10. 紅假單胞菌屬 (_Rhodopseudomonas_)
  5. 布魯氏菌科 (Brucellaceae)
    1. 布魯氏菌屬 (_Brucella_)
    2. (_Crabtreella_)
    3. (_Daeguia_)
    4. 枝動菌屬 (_Mycoplana_)
    5. 蒼白桿菌屬 (_Ochrobactrum_)
    6. (_Pseudochrobactrum_)
  6. 黏著桿菌科 (Cohaesibacteraceae)
    1. 黏著桿菌屬 (_Cohaesibacter_)
  7. 生絲微菌科 (Hyphomicrobiaceae)
    1. (_Ancalomicrobium_)
    2. (_Angulomicrobium_)
    3. 水桿菌屬 (_Aquabacter_)
    4. 芽綠菌屬 (_Blastochloris_)
    5. (_Devosia_)
    6. (_Dichotomicrobium_)
    7. (_Filomicrobium_)
    8. (_Gemmiger_)
    9. 生絲微菌屬 (_Hyphomicrobium_)
    10. (_Methylorhabdus_)
    11. 土微菌屬 (_Pedomicrobium_)
    12. 突柄微菌屬 (_Prosthecomicrobium_)
    13. 紅微菌屬 (_Rhodomicrobium_)
    14. (_Rhodoplanes_)
    15. (_Seliberia_)
  8. 甲基桿菌科 (Methylobacteriaceae)
    1. (_Meganema_)
    2. 甲基桿菌屬 (_Methylobacterium_)
    3. (_Microvirga_)
    4. (_Protomonas_)
  9. 甲基孢囊菌科 (Methylocystaceae)
    1. (_Albibacter_)
    2. 甲基孢囊菌屬 (_Methylocystis_)
    3. (_Methylopila_)
    4. (_Methylosinus_)
    5. (_Pleomorphomonas_)
    6. (_Terasakiella_)
  10. 葉桿菌科 (Phyllobacteriaceae)
    1. (_Aminobacter_)
    2. (_Aquamicrobium_)
    3. (_Defluvibacter_)
    4. (_Hoeflea_)
    5. 中慢生根瘤菌屬 (_Mesorhizobium_)
    6. (_Nitratireductor_)
    7. 葉桿菌屬 (_Phyllobacterium_)
    8. (_Pseudaminobacter_)
  11. 根瘤菌科 (Rhizobiaceae)
    1. 土壤桿菌屬 (_Agrobacterium_)
    2. 異根瘤菌屬 (_Allorhizobium_)
    3. 嗜碳菌屬 (_Carbophilus_)
    4. 螯合桿菌屬 (_Chelatobacter_)
    5. 劍菌屬 (_Ensifer_)
    6. (_Kaistia_)
    7. 韌皮桿菌屬 (_Liberibacter_)\*
    8. 根瘤菌屬 (_Rhizobium_)
    9. 中華根瘤菌屬 (_Sinorhizobium_)
  12. 紅菌科 (Rhodobiaceae)
    1. (_Anderseniella_)
    2. (_Parvibaculum_)
    3. 紅菌屬 (_Rhodobium_)
    4. 玫瑰螺菌屬 (_Roseospirillum_)
  13. 黃色桿菌科 (Xanthobacteraceae)
    1. (_Ancylobacter_)
    2. (_Azorhizobium_)
    3. (_Labrys_)
    4. (_Pseudolabrys_)
    5. (_Starkeya_)
    6. 黃色桿菌屬 (_Xanthobacter_)
  14. 科未定
    1. (_Sneathiella_)
5. 紅桿菌目 (Rhodobacterales)
  1. 生絲單胞菌科 (Hyphomonadaceae)
    1. (_Hirschia_)
    2. 生絲單胞菌屬 (_Hyphomonas_)
    3. (_Maricaulis_)
    4. (_Oceanicaulis_)
    5. (_Robiginitomaculum_)
  2. 紅桿菌科 (Rhodobacteraceae)
    1. (_Ahrensia_)
    2. (_Albidovulum_)
    3. (_Amaricoccus_)
    4. (_Antarctobacter_)
    5. (_Catellibacterium_)
    6. (_Citreicella_)
    7. (_Citreimonas_)
    8. (_Dinoroseobacter_)
    9. (_Donghicola_)
    10. (_Gemmobacter_)
    11. (_Haematobacter_)
    12. (_Jannaschia_)
    13. (_Ketogulonicigenium_)
    14. (_Labrenzia_)
    15. (_Leisingera_)
    16. (_Loktanella_)
    17. (_Maribius_)
    18. (_Marinovum_)
    19. (_Maritimibacter_)
    20. (_Methylarcula_)
    21. (_Nereida_)
    22. (_Nesiotobacter_)
    23. (_Oceanibulbus_)
    24. 海洋生菌屬 (_Oceanicola_)
    25. (_Octadecabacter_)
    26. (_Palleronia_)
    27. (_Pannonibacter_)
    28. 副球菌屬 (_Paracoccus_)
    29. (_Pelagibaca_)
    30. (_Phaeobacter_)
    31. 假紅桿菌屬 (_Pseudorhodobacter_)
    32. (_Pseudovibrio_)
    33. (_Rhodobaca_)
    34. 紅桿菌屬 (_Rhodobacter_)
    35. (_Rhodothalassium_)
    36. 小紅卵菌屬 (_Rhodovulum_)
    37. (_Roseibacterium_)
    38. (_Roseibium_)
    39. (_Roseicyclus_)
    40. (_Roseinatronobacter_)
    41. (_Roseisalinus_)
    42. (_Roseivivax_)
    43. 玫瑰桿菌屬 (_Roseobacter_)
    44. (_Roseovarius_)
    45. (_Rubellimicrobium_)
    46. (_Rubrimonas_)
    47. (_Ruegeria_)
    48. (_Sagittula_)
    49. (_Salipiger_)
    50. (_Shimia_)
    51. (_Silicibacter_)
    52. (_Staleya_)
    53. (_Stappia_)
    54. (_Sulfitobacter_)
    55. (_Tateyamaria_)
    56. (_Thalassobacter_)
    57. (_Thalassobius_)
    58. (_Thalassococcus_)
    59. (_Thioclava_)
    60. 硫球形菌屬 (_Thiosphaera_)
    61. (_Wenxinia_)
    62. 木洞菌屬 (_Woodsholea_)
    63. 楊氏菌屬 (_Yangia_)
6. 紅螺菌目 (Rhodospirillales)
  1. 醋桿菌科 (Acetobacteraceae)
    1. 醋桿菌屬 (_Acetobacter_)
    2. (_Acidicaldus_)
    3. 嗜酸菌屬 (_Acidiphilium_)
    4. 酸球形菌屬 (_Acidisphaera_)
    5. 酸胞菌屬 (_Acidocella_)
    6. 酸單胞菌屬 (_Acidomonas_)
    7. (_Asaia_)
    8. (_Belnapia_)
    9. 脆弱球菌屬 (_Craurococcus_)
    10. 葡糖醋桿菌屬 (_Gluconacetobacter_)
    11. 葡糖桿菌屬 (_Gluconobacter_)
    12. (_Granulibacter_)
    13. 駒形桿菌屬 (_Komagataeibacter_)
    14. (_Kozakia_)
    15. 鼠球菌屬 (_Muricoccus_)
    16. (_Neoasaia_)
    17. (_Paracraurococcus_)
    18. 紅球狀菌屬 (_Rhodopila_)
    19. (_Rhodovarius_)
    20. 玫瑰球菌屬 (_Roseococcus_)
    21. 玫瑰單胞菌屬 (_Roseomonas_)
    22. (_Rubritepida_)
    23. (_Saccharibacter_)
    24. (_Stella_)
    25. (_Swaminathania_)
    26. (_Teichococcus_)
    27. (_Zavarzinia_)
  2. 紅螺菌科 (Rhodospirillaceae)
    1. 固氮螺菌屬 (_Azospirillum_)
    2. (_Conglomeromonas_)
    3. (_Defluviicoccus_)
    4. (_Inquilinus_)
    5. 磁螺菌屬 (_Magnetospirillum_)
    6. (_Phaeospirillum_)
    7. (_Rhodocista_)
    8. 紅螺旋菌屬 (_Rhodospira_)
    9. 紅螺菌屬 (_Rhodospirillum_)
    10. 紅弧菌屬 (_Rhodovibrio_)
    11. 玫瑰螺旋菌屬 (_Roseospira_)
    12. (_Skermanella_)
    13. (_Telmatospirillum_)
    14. (_Thalassospira_)
    15. (_Tistrella_)
7. 立克次體目 (Rickettsiales)
  1. 無形體科 (Anaplasmataceae)
    1. (_Aegyptianella_)
    2. 無形體屬 (_Anaplasma_)
    3. (_Cowdria_)
    4. 埃里希體屬 (_Ehrlichia_)
    5. 新立克次體屬 (_Neorickettsia_)
    6. 沃巴赫體屬 (_Wolbachia_)
    7. (_Xenohaliotis_)\*
  2. 全孢菌科 (Holosporaceae)
    1. 全孢菌屬 (_Holospora_)
  3. 立克次體科 (Rickettsiaceae)
    1. (_Orientia_)
    2. 立克次體屬 (_Rickettsia_)
  4. SAR 11 群 \*
    1. 遠洋桿菌屬 (_Pelagibacter_)\*
  5. 科未定
    1. (_Lyticum_)
    2. (_Odyssella_)\*
    3. (_Pseudocaedibacter_)
    4. (_Symbiotes_)
    5. (_Tectibacter_)
8. 鞘脂單胞菌目 (Sphingomonadales)
  1. 赤桿菌科 (Erythrobacteraceae)
    1. (_Altererythrobacter_)
    2. 赤桿菌屬 (_Erythrobacter_)
    3. 赤微菌屬 (_Erythromicrobium_)
    4. 紫桿菌屬 (_Porphyrobacter_)
  2. 鞘脂單胞菌科 (Sphingomonadaceae)
    1. 芽單胞菌屬 (_Blastomonas_)
    2. 檸檬酸微菌屬 (_Citromicrobium_)\*
    3. 赤單胞菌屬 (_Erythromonas_)
    4. 新鞘脂菌屬 (_Novosphingobium_)
    5. (_Sandaracinobacter_)
    6. (_Sandaracinorhabdus_）
    7. 鞘脂菌屬 (_Sphingobium_)
    8. 鞘脂單胞菌屬 (_Sphingomonas_)
    9. (_Sphingopyxis_)
    10. (_Sphingosinicella_)
    11. 發酵單胞菌屬 (_Zymomonas_)
9. 目未定
  1. (_Albimonas_)
  2. (_Caenispirillum_)
  3. (_Insolitispirillum_)
  4. (_Novispirillum_)

β- 變形菌綱 (Betaproteobacteria)

1. 伯克氏菌目 (Burkholderiales)
  1. 產鹼菌科 (Alcaligenaceae)
    1. 無色桿菌屬 (_Achromobacter_)
    2. (_Advenella_)
    3. 產鹼菌屬 (_Alcaligenes_)
    4. (_Azohydromonas_)
    5. 博德氏菌屬 (_Bordetella_)
    6. (_Brackiella_)
    7. (_Castellaniela_)
    8. 德克斯氏菌屬 (_Derxia_)
    9. (_Kerstersia_)
    10. (_Oligella_)
    11. (_Pelistega_)
    12. (_Pigmentiphaga_)
    13. (_Pusillimonas_)
    14. (_Sutterella_)
    15. (_Taylorella_)
    16. (_Tetrathiobacter_)
  2. 伯克氏菌科 (Burkholderiaceae)
    1. 伯克氏菌屬 (_Burkholderia_)
    2. (_Chitinimonas_)
    3. (_Cupriavidus_)
    4. (_Lautropia_)
    5. (_Limnobacter_)
    6. (_Pandoraea_)
    7. (_Paucimonas_)
    8. (_Polynucleobacter_)
    9. 青枯菌屬 (_Ralstonia_)
    10. (_Thermothrix_)
    11. 沃特氏菌屬 (_Wautersia_)
  3. 叢毛單胞菌科 (Comamonadaceae)
    1. 食酸菌屬 (_Acidovorax_)
    2. (_Alcycliphilus_)
    3. (_Brachymonas_)
    4. (_Caenibacterium_)
    5. (_Caldimonas_)
    6. 叢毛單胞菌屬 (_Comamonas_)
    7. (_Curvibacter_)
    8. 代爾夫特菌屬 (_Delftia_)
    9. (_Diaphorobacter_)
    10. (_Giesbergeria_)
    11. 噬氫菌屬 (_Hydrogenophaga_)
    12. (_Hylemonella_)
    13. (_Lampropedia_)
    14. (_Macromonas_)
    15. (_Malikia_)
    16. (_Ottowia_)
    17. (_Pelomonas_)
    18. (_Polaromonas_)
    19. (_Ramlibacter_)
    20. 紅育菌屬 (_Rhodoferax_)
    21. (_Schlegelella_)
    22. (_Simplicispira_)
    23. 貪食菌屬 (_Variovorax_)
    24. (_Xenophilus_)
  4. 草酸桿菌科 (Oxalobacteraceae)
    1. (_Collimonas_)
    2. (_Duganella_)
    3. (_Herbaspirillum_)
    4. (_Herminiimonas_)
    5. (_Janthinobacterium_)
    6. (_Massilia_)
    7. (_Naxibacter_)
    8. (_Oxalicibacterium_)
    9. 草酸桿菌屬 (_Oxalobacter_)
    10. (_Telluria_)
    11. (_Undibacterium_)
  5. 科未定
    1. (_Aquabacterium_)
    2. (_Aquincola_)
    3. (_Ideonella_)
    4. 纖髮菌屬 (_Leptothrix_)
    5. (_Methylibium_)
    6. (_Mitsuaria_)
    7. (_Paucibacter_)
    8. (_Roseateles_)
    9. 紅長命菌屬 (_Rubrivivax_)
    10. (_Sphaerotilus_)
    11. (_Tepidicella_)
    12. (_Tepidimonas_)
    13. (_Thiobacter_)
    14. 硫單胞菌屬 (_Thiomonas_)
    15. (_Xylophilus_)
2. 嗜氫菌目 (Hydrogenophilales)
  1. 嗜氫菌科 (Hydrogenophilaceae)
    1. 嗜氫菌屬 (_Hydrogenophilus_)
    2. (_Petrobacter_)
    3. (_Tepidiphilus_)
    4. 硫桿狀菌屬 (_Thiobacillus_)
3. 嗜甲基菌目 (Methylophilales)
  1. 嗜甲基菌科 (Methylophilaceae)
    1. (_Methylobacillus_)
    2. 嗜甲基菌屬 (_Methylophilus_)
    3. (_Methylotenera_)
    4. (_Methylovorus_)
4. 奈瑟菌目 (Neisseriales)
  1. 奈瑟菌科 (Neisseriaceae)
    1. (_Alysiella_)
    2. (_Andreprevotia_)
    3. 水螺菌屬 (_Aquaspirillum_)
    4. (_Aquitalea_)
    5. (_Bergeriella_)
    6. (_Chitinibacter_)
    7. (_Chitinilyticum_)
    8. 色桿菌屬 (_Chromobacterium_)
    9. (_Conchiformibius_)
    10. (_Deefgea_)
    11. 艾肯氏菌屬 (_Eikenella_)
    12. (_Formivibrio_)
    13. (_Gulbenkiania_)
    14. (_Iodobacter_)
    15. 金氏菌屬 (_Kingella_)
    16. 鷗桿菌屬 (_Laribacter_)
    17. (_Leeia_)
    18. (_Microvirgula_)
    19. (_Morococcus_)
    20. 奈瑟菌屬 (_Neisseria_)
    21. (_Paludibacterium_)
    22. (_Prolinoborus_)
    23. (_Silvimonas_)
    24. (_Simonsiella_)
    25. (_Uruburuella_)
    26. (_Vitreoscilla_)
    27. (_Vogesella_)
5. 亞硝化單胞菌目 (Nitrosomonadales)
  1. 嘉利翁氏菌科 (Gallionellaceae)
    1. 嘉利翁氏菌屬 (_Gallionella_)
  2. 亞硝化單胞菌科 (Nitrosomonadaceae)
    1. 亞硝化葉菌屬 (_Nitrosolobus_)
    2. 亞硝化單胞菌屬 (_Nitrosomonas_)
    3. 亞硝化螺旋菌屬 (_Nitrosospira_)
  3. 螺菌科 (Spirillaceae)
    1. 螺菌屬 (_Spirillum_)
6. 普羅卡桿菌目 (Procabacteriales)\*
  1. 普羅卡桿菌科 (Procabacteriaceae)\*
    1. 普羅卡桿菌屬 (_Procabacter_)\*
7. 紅環菌目 (Rhodocyclales)
  1. 紅環菌科 (Rhodocyclaceae)
    1. 固氮弓菌屬 (_Azoarcus_)
    2. (_Azonexus_)
    3. (_Azospira_)
    4. (_Azovibrio_)
    5. (_Dechloromonas_)
    6. (_Dechlorosoma_)
    7. (_Denitratisoma_)
    8. (_Ferribacterium_)
    9. (_Methyloversatilis_)
    10. 丙酸桿菌屬 (_Propionibacter_)
    11. (_Propionivibrio_)
    12. (_Quatrionicoccus_)
    13. 紅環菌屬 (_Rhodocyclus_)
    14. (_Shinella_)
    15. (_Sterolibacterium_)
    16. 陶厄氏菌屬 (_Thauera_)
    17. (_Uliginosibacterium_)
    18. 動膠菌屬 (_Zoogloea_)

δ- 變形菌綱 (Deltaproteobacteria)

1. 蛭弧菌目 (Bdellovibrionales)
  1. (Bacteriovoracaceae)
    1. (_Bacteriovorax_)
    2. (_Peredibacter_)
  2. 蛭弧菌科 (Bdellovibrionaceae)
    1. 蛭弧菌屬 (_Bdellovibrio_)
    2. (_Micavibrio_)
    3. (_Vampirovibrio_)
2. 脫硫盒菌目 (Desulfarculales)
  1. 脫硫盒菌科 (Desulfarculaceae)
    1. 脫硫盒菌屬 (_Desulfarculus_)
3. 脫硫桿菌目 (Desulfobacterales)
  1. 脫硫桿菌科 (Desulfobacteraceae)
    1. (_Desulfatibacillum_)
    2. (_Desulfatiferula_)
    3. (_Desulfatirhabdium_)
    4. 脫硫桿菌屬 (_Desulfobacter_)
    5. (_Desulfobacterium_)
    6. (_Desulfobacula_)
    7. (_Desulfobotulus_)\*
    8. (_Desulfocella_)
    9. (_Desulfococcus_)
    10. (_Desulfofaba_)
    11. (_Desulfofrigus_)
    12. (_Desulfomusa_)
    13. (_Desulfonema_)
    14. (_Desulforegula_)
    15. (_Desulfosarcina_)
    16. (_Desulfospira_)
    17. (_Desulfotignum_)
  2. (Desulfobulbaceae)
    1. (_Desulfobulbus_)
    2. (_Desulfocapsa_)
    3. (_Desulfofustis_)
    4. (_Desulfopila_)
    5. (_Desulforhopalus_)
    6. (_Desulfotalea_)
  3. (Nitrospinaceae)
    1. (_Nitrospina_)
4. 脫硫弧菌目 (Desulfovibrionales)
  1. (Desulfohalobiaceae)
    1. (_Desulfohalobium_)
    2. (_Desulfonatronovibrio_)
    3. (_Desulfonauticus_)
    4. (_Desulfothermus_)
    5. (_Desulfovermiculus_)
  2. (Desulfomicrobiaceae)
    1. (_Desulfomicrobium_)
  3. (Desulfonatronaceae)
    1. (_Desulfonatronum_)
  4. 脫硫弧菌科 (Desulfovibrionaceae)
    1. (_Bilophila_)
    2. (_Desulfomonas_)
    3. 脫硫弧菌屬 (_Desulfovibrio_)
    4. (_Lawsonia_)
5. 硫還原菌目 (Desulfurellales)
  1. 硫還原菌科 (Desulfurellaceae)
    1. 硫還原菌屬 (_Desulfurella_)
    2. (_Hippea_)
6. 除硫單胞菌目 (Desulfuromonadales)
  1. 除硫單胞菌科 (Desulfuromonadaceae)
    1. 除硫單胞菌屬 (_Desulfuromonas_)
    2. (_Desulfuromusa_)
    3. (_Malonomonas_)
    4. (_Pelobacter_)
  2. 地桿菌科 (Geobacteraceae)
    1. (_Geoalkalibacter_)
    2. 地桿菌屬 (_Geobacter_)
    3. (_Geopsychrobacter_)
    4. (_Geothermobacter_)
    5. (_Trichlorobacter_)
7. 黏球菌目 (Myxococcales)
  1. 孢囊桿菌亞目 (Cystobacterineae)
    1. 孢囊桿菌科 (Cystobacteraceae)
      1. (_Anaeromyxobacter_)
      2. (_Archangium_)
      3. 孢囊桿菌屬 (_Cystobacter_)
      4. (_Hyalangium_)
      5. (_Melittangium_)
      6. (_Stigmatella_)
    2. 黏球菌科 (Myxococcaceae)
      1. (_Angiococcus_)
      2. (_Corallococcus_)
      3. 黏球菌屬 (_Myxococcus_)
      4. (_Pyxidicoccus_)
  2. 侏囊菌亞目 (Nannocystineae)
    1. (Haliangiaceae)
      1. (_Haliangium_)
    2. (Kofleriaceae)
      1. (_Kofleria_)
    3. 侏囊菌科 (Nannocystaceae)
      1. (_Enhygromyxa_)
      2. 侏囊菌屬 (_Nannocystis_)
      3. (_Plesiocystis_)
  3. 堆囊菌亞目 (Sorangineae)
    1. 多囊菌科 (Polyangiaceae)
      1. (_Byssovorax_)
      2. (_Chondromyces_)
      3. (_Haploangium_)\*
      4. (_Jahnella_)
      5. 多囊菌屬 (_Polyangium_)
      6. 堆囊菌屬 (_Sorangium_)
8. 互營桿菌目 (Syntrophobacterales)
  1. 互營菌科 (Syntrophaceae)
    1. (_Desulfobacca_)
    2. (_Desulfomonile_)
    3. (_Smithella_)
    4. 互營菌屬 (_Syntrophus_)
  2. 互營桿菌科 (Syntrophobacteraceae)
    1. (_Desulfacinum_)
    2. (_Desulfoglaeba_)
    3. (_Desulforhabdus_)
    4. (_Desulfovirga_)
    5. 互營桿菌屬 (_Syntrophobacter_)
    6. (_Thermodesulforhabdus_)

ε- 變形菌綱 (Epsilonproteobacteria)

1. 彎曲菌目 (Campylobacterales)
  1. 彎曲菌科 (Campylobacteraceae)
    1. 弓形桿菌屬 (_Arcobacter_)
    2. 彎曲菌屬 (_Campylobacter_)
    3. (_Dehalospirillum_)
    4. 硫螺旋菌屬 (_Sulfurospirillum_)
  2. 螺桿菌科 (Helicobacteraceae)
    1. 螺桿菌屬 (_Helicobacter_)
    2. (_Sulfuricurvum_)
    3. (_Sulfurimonas_)
    4. (_Sulfurovum_)
    5. (_Thiovulum_)
    6. 沃林氏菌屬 (_Wolinella_)
  3. 氫單胞菌科 (Hydrogenimonadaceae)
    1. 氫單胞菌屬 (_Hydrogenimonas_)
2. (Nautiliales_)_
  1. (Nautiliaceae)
    1. (_Caminibacter_)
    2. (_Lebetimonas_)
    3. (_Nautilia_)
    4. (_Nitratifractor_)
    5. (_Nitratiruptor_)
    6. (_Thioreductor_)

γ- 變形菌綱 (Gammaproteobacteria)

1. 酸硫桿狀菌目 (Acidithiobacillales)
  1. 酸硫桿狀菌科 (Acidithiobacillaceae)
    1. 酸硫桿狀菌屬 (_Acidithiobacillus_)
  2. 熱硫桿狀菌科 (Thermithiobacillaceae)
    1. 熱硫桿狀菌屬 (_Thermithiobacillus_)
2. 氣單胞菌目 (Aeromonadales)
  1. 氣單胞菌科 (Aeromonadaceae)
    1. 氣單胞菌屬 (_Aeromonas_)
    2. (_Oceanimonas_)
    3. (_Oceanisphaera_)
    4. (_Tolumonas_)
    5. (_Zobellella_)
  2. 琥珀酸弧菌科 (Succinivibrionaceae)
    1. 厭氧螺菌屬 (_Anaerobiospirillum_)
    2. 反芻桿菌屬 (_Ruminobacter_)
    3. 琥珀酸單胞菌屬 (_Succinimonas_)
    4. 琥珀酸弧菌屬 (_Succinivibrio_)
3. 交替單胞菌目 (Alteromonadales)
  1. 交替單胞菌科 (Alteromonadaceae)
    1. (_Aestuariibacter_)
    2. (_Agarivorans_)
    3. (_Alishewanella_)
    4. 交替單胞菌屬 (_Alteromonas_)
    5. (_Glaciecola_)
    6. (_Marinimicrobium_)
    7. 海桿菌屬 (_Marinobacter_)
    8. 海細菌屬 (_Marinobacterium_)
    9. 產微球莖菌屬 (_Microbulbifer_)
    10. (_Saccharophagus_)
    11. (_Salinimonas_)
  2. (Colwelliaceae)
    1. (_Colwellia_)
    2. (_Thalassomonas_)
  3. (Ferrimonadaceae)
    1. (_Ferrimonas_)
    2. (_Paraferrimonas_)
  4. (Idiomarinaceae)
    1. (_Idiomarina_)
    2. (_Pseudidiomarina_)
  5. (Moritellaceae)
    1. (_Moritella_)
  6. 假交替單胞菌科 (Pseudoalteromonadaceae)
    1. (_Algicola_)
    2. 假交替單胞菌屬 (_Pseudoalteromonas_)
  7. 冷單胞菌科 (Psychromonadaceae)
    1. 冷單胞菌屬 (_Psychromonas_)
  8. 希萬氏菌科 (Shewanellaceae)
    1. 希萬氏菌屬 (_Shewanella_)
  9. 科未定
    1. (_Teredinibacter_)
    2. (_Endobugula_)\*
4. 心桿菌目 (Cardiobacteriales)
  1. 心桿菌科 (Cardiobacteriaceae)
    1. 心桿菌屬 (_Cardiobacterium_)
    2. (_Dichelobacter_)
    3. (_Suttonella_)
5. 著色菌目 (Chromatiales)
  1. 著色菌科 (Chromatiaceae)
    1. (_Allochromatium_)
    2. (_Amoebobacter_)
    3. 著色菌屬 (_Chromatium_)
    4. 鹽著色菌屬 (_Halochromatium_)
    5. (_Isochromatium_)
    6. (_Lamprobacter_)
    7. (_Lamprocystis_)
    8. (_Marichromatium_)
    9. 亞硝化球菌屬 (_Nitrosococcus_)
    10. 芬尼氏菌屬 (_Pfennigia_)
    11. 棍著色菌屬 (_Rhabdochromatium_)
    12. (_Rheinheimera_)
    13. 熱著色菌屬 (_Thermochromatium_)
    14. 硫鹼球菌屬 (_Thioalkalicoccus_)
    15. 硫橄欖菌屬 (_Thiobaca_)
    16. 硫匣菌屬 (_Thiocapsa_)
    17. 硫球菌屬 (_Thiococcus_)
    18. 硫囊菌屬 (_Thiocystis_)
    19. 硫網菌屬 (_Thiodictyon_)
    20. 硫黃球菌屬 (_Thioflavicoccus_)
    21. 硫鹽匣菌屬 (_Thiohalocapsa_)
    22. (_Thiolamprovum_)
    23. (_Thiopedia_)
    24. 硫紅球菌屬 (_Thiorhodococcus_)
    25. 硫紅弧菌屬 (_Thiorhodovibrio_)
    26. 硫螺菌屬 (_Thiospirillum_)
  2. 外硫紅螺旋菌科 (Ectothiorhodospiraceae)
    1. 鹼湖生菌屬 (_Alkalilimnicola_)
    2. 鹼螺菌屬 (_Alkalispirillum_)
    3. (_Aquisalimonas_)
    4. (_Arhodomonas_)
    5. (_Ectothiorhodosinus_)
    6. 外硫紅螺旋菌屬 (_Ectothiorhodospira_)
    7. 鹽紅螺旋菌屬 (_Halorhodospira_)
    8. (_Natronocella_)
    9. 硝化球菌屬 (_Nitrococcus_)
    10. 硫鹼螺旋菌屬 (_Thioalkalispira_)
    11. 硫鹼弧菌屬 (_Thialkalivibrio_)
    12. 硫紅螺旋菌屬 (_Thiorhodospira_)
  3. 顆粒狀球菌科 (Granulosicoccaceae)
    1. 顆粒狀球菌屬 (_Granulosicoccus_)
  4. 鹽硫桿狀菌科 (Halothiobacillaceae)
    1. 鹽硫桿狀菌屬 (_Halothiobacillus_)
    2. (_Thiovirga_)
6. 腸桿菌目 (Enterobacteriales)
  1. 腸桿菌科 (Enterobacteriaceae)
    1. (_Arsenophonus_)
    2. (_Brenneria_)
    3. 布赫納氏菌屬 (_Buchnera_)
    4. (_Budvicia_)
    5. 布丘氏菌屬 (_Buttiauxella_)
    6. (_Calymmatobacterium_)
    7. 西地西菌屬 (_Cedecea_)
    8. 檸檬酸桿菌屬 (_Citrobacter_)
    9. (_Dickeya_)
    10. 愛德華氏菌屬 (_Edwardsiella_)
    11. 腸桿菌屬 (_Enterobacter_)
    12. 歐文氏菌屬 (_Erwinia_)
    13. 埃希氏菌屬 (_Escherichia_) （包含大腸桿菌）
    14. (_Ewingella_)
    15. 哈夫尼菌屬 (_Hafnia_)
    16. 克雷伯氏菌屬 (_Klebsiella_)
    17. 克呂沃氏菌屬 (_Kluyvera_)
    18. (_Leclercia_)
    19. (_Leminorella_)
    20. (_Levinea_)
    21. (_Moellerella_)
    22. (_Morganella_)
    23. (_Obesumbacterium_)
    24. 泛菌屬 (_Pantoea_)
    25. (_Pectobacterium_)
    26. (_Phlomobacter_)\*
    27. (_Photorhabdus_)
    28. 鄰單胞菌屬 (_Plesiomonas_)
    29. (_Pragia_)
    30. 變形桿菌屬 (_Proteus_) （註：或譯作「變形菌屬」，此處把「變形菌」一詞留給 Proteobacteria）
    31. 普羅維登斯菌屬 (_Providencia_)
    32. (_Rahnella_)
    33. (_Raoultella_)
    34. 糖桿菌屬 (_Saccharobacter_)
    35. 沙門氏菌屬 (_Salmonella_)
    36. (_Samsonia_)
    37. 沙雷氏菌屬 (_Serratia_)
    38. 志賀氏菌屬 (_Shigella_)
    39. (_Sodalis_)
    40. (_Tatumella_)
    41. (_Thorsellia_)
    42. (_Trabulsiella_)
    43. (_Wigglesworthia_)
    44. 致病桿菌屬 (_Xenorhabdus_)
    45. 耶爾辛氏菌屬 (_Yersinia_) （包含鼠疫桿菌）
    46. (_Yokenella_)
7. 軍團菌目 (Legionellales)
  1. 柯克斯體科 (Coxiellaceae)
    1. (_Aquicella_)
    2. 柯克斯體屬 (_Coxiella_)
    3. 立克次小體屬 (_Rickettsiella_)
  2. 軍團菌科 (Legionellaceae)
    1. (_Fluoribacter_)
    2. 軍團菌屬 (_Legionella_)
    3. (_Sarcobium_)
    4. (_Tatlockia_)
8. 甲基球菌目 (Methylococcales)
  1. 甲基球菌科 (Methylococcaceae)
    1. 甲基桿菌屬 (_Methylobacter_)
    2. 甲基暖菌屬 (_Methylocaldum_)
    3. 甲基球菌屬 (_Methylococcus_)
    4. 甲基鹽菌屬 (_Methylohalobius_)
    5. 甲基微菌屬 (_Methylomicrobium_)
    6. 甲基單胞菌屬 (_Methylomonas_)
    7. 甲基八疊球菌屬 (_Methylosarcina_)
    8. (_Methylosoma_)
    9. 甲基球形菌屬 (_Methylosphaera_)
    10. 甲基熱菌屬 (_Methylothermus_)
9. 海洋螺菌目 (Oceanospirillales)
  1. 食鹼菌科 (Alcanivoraceae)
    1. 食鹼菌屬 (_Alcanivorax_)
    2. (_Fundibacter_)
    3. (_Kangiella_)
  2. 河氏菌科 (Hahellaceae)
    1. (_Endozoicomonas_)
    2. 河氏菌屬 (_Hahella_)
    3. (_Halospina_)
    4. (_Zooshikella_)
  3. 鹽單胞菌科 (Halomonadaceae)
    1. (_Carnimonas_)
    2. 色鹽桿菌屬 (_Chromohalobacter_)
    3. (_Cobetia_)
    4. (_Deleya_)
    5. 鹽單胞菌屬 (_Halomonas_)
    6. (_Halotalea_)
    7. (_Halovibrio_)
    8. (_Modicisalibacter_)
    9. (_Salicola_)
    10. (_Volcaniella_)
    11. 發酵桿菌屬 (_Zymobacter_)
  4. 岸生菌科 (Litoricolaceae)
    1. 岸生菌屬 (_Litoricola_)
  5. 海洋螺菌科 (Oceanospirillaceae)
    1. (_Amphritea_)
    2. 巴氏髮菌屬 (_Balneatrix_)
    3. 海單胞菌屬 (_Marinomonas_)
    4. 海螺菌屬 (_Marinospirillum_)
    5. (_Neptuniibacter_)
    6. (_Neptunomonas_)
    7. (_Nitrincola_)
    8. 海洋桿菌屬 (_Oceanobacter_)
    9. 海洋螺菌屬 (_Oceanospirillum_)
    10. 油螺旋菌屬 (_Oleispira_)
    11. 假螺菌屬 (_Pseudospirillum_)
    12. (_Reinekea_)
    13. (_Thalassolituus_)
  6. 嗜油菌科 (Oleiphilaceae)
    1. 嗜油菌屬 (_Oleiphilus_)
  7. 糖螺菌科 (Saccharospirillaceae)
    1. 糖螺菌屬 (_Saccharospirillum_)
10. 巴斯德氏菌目 (Pasteurellales)
  1. 巴斯德氏菌科 (Pasteurellaceae)
    1. 放線桿菌屬 (_Actinobacillus_)
    2. (_Aggregatibacter_)
    3. (_Avibacterium_)
    4. (_Bibersteinia_)
    5. (_Gallibacterium_)
    6. 嗜血菌屬 (_Haemophilus_)
    7. (_Histophilus_)
    8. (_Lonepinella_)
    9. (_Mannheimia_)
    10. (_Nicoletella_)
    11. 巴斯德氏菌屬 (_Pasteurella_)
    12. (_Phocoenobacter_)
    13. (_Volucribacter_)
11. 假單胞菌目 (Pseudomonadales)
  1. 莫拉菌科 (Moraxellaceae)
    1. 不動桿菌屬 (_Acinetobacter_)
    2. (_Alkanindiges_)
    3. 布蘭漢氏菌 (_Branhamella_)
    4. (_Enhydrobacter_)
    5. 莫拉菌屬 (_Moraxella_)
    6. (_Perlucidibaca_)
    7. 冷桿菌屬 (_Psychrobacter_)
  2. 假單胞菌科 (Pseudomonadaceae)
    1. (_Azomonas_)
    2. (_Azomonotrichon_)
    3. (_Azorhizophilus_)
    4. (_Azotobacter_)
    5. 纖維弧菌屬 (_Cellvibrio_)
    6. (_Chryseomonas_)
    7. (_Flavimonas_)
    8. (_Mesophilobacter_)
    9. 假單胞菌屬 (_Pseudomonas_)
    10. 根瘤桿菌屬 (_Rhizobacter_)
    11. 皺紋單胞菌屬 (_Rugamonas_)
    12. 蛇形菌屬 (_Serpens_)
12. 鹹水球形菌目 (Salinisphaerales)
  1. 鹹水球形菌科 (Salinisphaeraceae)
    1. 鹹水球形菌屬 (_Salinisphaera_)
13. 硫髮菌目 (Thiotrichales)
  1. (Francisellaceae)
    1. (_Francisella_)
  2. 魚立克次體科 (Piscirickettsiaceae)
    1. (_Cycloclasticus_)
    2. (_Hydrogenovibrio_)
    3. (_Methylophaga_)
    4. 魚立克次體屬 (_Piscirickettsia_)
    5. (_Sulfurivirga_)
    6. (_Thioalkalimicrobium_)
    7. (_Thiomicrospira_)
  3. 硫髮菌科 (Thiotrichaceae)
    1. 無色菌屬 (_Achromatium_)
    2. 貝扎托菌屬 (_Beggiatoa_)
    3. 亮髮菌屬 (_Leucothrix_)
    4. 硫桿菌屬 (_Thiobacterium_)
    5. 硫珠菌屬 (_Thiomargarita_)
    6. 硫辮菌屬 (_Thioploca_)
    7. 硫螺旋菌屬 (_Thiospira_)
    8. 硫髮菌屬 (_Thiothrix_)
  4. 科未定
    1. (_Caedibacter_)
    2. (_Fangia_)
14. 弧菌目 (Vibrionales)
  1. 弧菌科 (Vibrionaceae)
    1. (_Aliivibrio_)
    2. 異單胞菌屬 (_Allomonas_)
    3. (_Beneckea_)
    4. 鏈狀球菌屬 (_Catenococcus_)
    5. 腸弧菌屬 (_Enterovibrio_)
    6. (_Grimontia_)
    7. (_Listonella_)
    8. (_Lucibacterium_)
    9. 發光桿菌屬 (_Photobacterium_)
    10. (_Salinivibrio_)
    11. 弧菌屬 (_Vibrio_)
15. 黃色單胞菌目 (Xanthomonadales)
  1. 華桿菌科 (Sinobacteraceae)
    1. (_Hydrocarboniphaga_)
    2. (_Nevskia_)
    3. 華桿菌屬 (_Sinobacter_)
  2. 黃色單胞菌科 (Xanthomonadaceae)
    1. 水單胞菌屬 (_Aquimonas_)
    2. (_Arenimonas_)
    3. (_Aspromonas_)
    4. (_Dokdonella_)
    5. (_Dyella_)
    6. (_Frateuria_)
    7. (_Fulvimonas_)
    8. (_Ignatzschineria_)
    9. (_Luteibacter_)
    10. (_Luteimonas_)
    11. (_Lysobacter_)
    12. 假黃色單胞菌屬 (_Pseudoxanthomonas_)
    13. (_Rhodanobacter_)
    14. (_Silanimonas_)
    15. (_Stenotrophomonas_)
    16. 熱單胞菌屬 (_Thermomonas_)
    17. 黃色單胞菌屬 (_Xanthomonas_)
    18. (_Xylella_)
16. 目未定
  1. 鹼單胞菌屬 (_Alkalimonas_)
  2. (_Bowmanella_)
  3. 聚集桿菌屬 (_Congregibacter_)\*
  4. (_Methylohalomonas_)
  5. (_Methylonatrum_)
  6. (_Sedimenticola_)
  7. (_Solimonas_)
  8. (_Thiohalomonas_)
  9. (_Thiohalophilus_)



螺旋體門 (Spirochaetes)

螺旋體綱 (Spirochaetes)

1. 螺旋體目 (Spirochaetales)
  1. 短螺旋體科 (Brachyspiraceae)
    1. 短螺旋體屬 (_Brachyspira_)
    2. 小蛇菌屬 (_Serpulina_)
  2. 鉤端螺旋體科 (Leptospiraceae)
    1. 纖線菌屬 (_Leptonema_)
    2. 鉤端螺旋體屬 (_Leptospira_)
    3. (_Turneriella_)
  3. 螺旋體科 (Spirochaetaceae)
    1. 疏螺旋體屬 (_Borrelia_)
    2. (_Brevinema_)
    3. (_Clevelandina_)
    4. (_Cristispira_)
    5. (_Diplocalyx_)
    6. (_Hollandina_)
    7. (_Pillotina_)
    8. 螺旋體屬 (_Spirochaeta_)
    9. 密螺旋體屬 (_Treponema_)



柔膜菌門 (Tenericutes)

註：此處 Tenericutes 不同於原先基於形態分類的「軟壁菌門」，而僅包括枝原體及其基於分子演化分類的親屬

柔膜菌綱 (Mollicutes)

1. 無膽甾原體目 (Acholeplasmatales)
  1. 無膽甾原體科 (Acholeplasmataceae)
    1. 無膽甾原體屬 (_Acholeplasma_)
    2. 植原體屬 (_Phytoplasma_)\*
2. 厭氧原體目 (Anaeroplasmatales)
  1. 厭氧原體科 (Anaeroplasmataceae)
    1. 厭氧原體屬 (_Anaeroplasma_)
    2. 無甾醇原體屬 (_Asteroleplasma_)
3. 蟲原體目 (Entomoplasmatales)
  1. 蟲原體科 (Entomoplasmataceae)
    1. 蟲原體屬 (_Entomoplasma_)
    2. 中間原體屬 (_Mesoplasma_)
  2. 螺原體科 (Spiroplasmataceae)
    1. 螺原體屬 (_Spiroplasma_)
4. 枝原體目 (Mycoplasmatales)
  1. 枝原體科 (Mycoplasmataceae)
    1. (_Allobaculum_)
    2. (_Eperythrozoon_)
    3. (_Haemobartonella_)
    4. 枝原體屬 (_Mycoplasma_)
    5. 脲原體屬 (_Ureaplasma_)
5. 目未定
  1. 丹毒絲菌科 (Erysipelothrichaceae)
    1. (_Bulleidia_)
    2. 丹毒絲菌屬 (_Erysipelothrix_)
    3. (_Holdemania_)
    4. (_Solobacterium_)



熱脫硫桿菌門 (Thermodesulfobacteria)

熱脫硫桿菌綱 (Thermodesulfobacteria)

1. 熱脫硫桿菌目 (Thermodesulfobacteriales)
  1. 熱脫硫桿菌科 (Thermodesulfobacteriaceae)
    1. (_Thermodesulfatator_)
    2. 熱脫硫桿菌屬 (_Thermodesulfobacterium_)



熱微菌門 (Thermomicrobia)

熱微菌綱 (Thermomicrobia)

1. 熱微菌目 (Thermomicrobiales)
  1. 熱微菌科 (Thermomicrobiaceae)
    1. 熱微菌屬 (_Thermomicrobium_)



熱袍菌門 (Thermotogae)

熱袍菌綱 (Thermotogae)

1. 熱袍菌目 (Thermotogales)
  1. 熱袍菌科 (Thermotogaceae)
    1. (_Fervidobacterium_)
    2. (_Geotoga_)
    3. (_Marinitoga_)
    4. (_Petrotoga_)
    5. (_Thermosipho_)
    6. 熱袍菌屬 (_Thermotoga_)



疣微菌門 (Verrucomicrobia)

豐祐菌綱 (Opitutae)

（註：正確形式似應爲 Opituti）

1. 豐祐菌目 (Opitutales)
  1. 豐祐菌科 (Opitutaceae)
    1. 交替球菌屬 (_Alterococcus_)
    2. 豐祐菌屬 (_Opitutus_)
2. 紫紅球菌目 (Puniceicoccales)
  1. 紫紅球菌科 (Puniceicoccaceae)
    1. (_Cerasicoccus_)
    2. (_Coraliomargarita_)
    3. (_Pelagicoccus_)
    4. 紫紅球菌屬 (_Puniceicoccus_)

疣微菌綱 (Verrucomicrobiae)

1. 疣微菌目 (Verrucomicrobiales)
  1. 疣微菌科 (Verrucomicrobiaceae)
    1. (_Akkermansia_)
    2. 突柄桿菌屬 (_Prosthecobacter_)
    3. (_Rubritalea_)
    4. 疣微菌屬 (_Verrucomicrobium_)
  2. (Xiphinematobacteraceae)\*
    1. (_Xiphinematobacter_)\*



門未定

1. (_Jonquetella_)

纖線桿菌綱 (Ktedonobacteria)

1. 纖線桿菌目 (Ktedonobacterales)
  1. 纖線桿菌科 (Ktedonobacteraceae)
    1. 纖線桿菌屬 (_Ktedonobacter_)



註釋