線蟲的分類系統由於線蟲動物門的種類繁多，下領約 2.5 萬個有紀錄的物種（估計總共有差不多 100 萬個物種），其分類至今尚有不同意見。以下列舉數位學者的分類表：

本分類最初由 Karl Rudolphi 於 1808 年定義為「Nematoidea」，取名於古希臘文的 νῆμα（_nêma, nêmatos_，線的意思）及後綴-eiδἠς（_-eidēs_，物種）。本分類後來被 Burmeister 於 1837 年被重新分類，取名為「Nematodes 科」；到 1861 年再由 K. M. Diesing 升格成為「Nematoda 目」。

線蟲的物種很不容易區分，有相關描述的已超過二萬五千種，其中超過一半是寄生性的（包括許多植物及人類在內動物的病原體）。線蟲的物種數估計超過一百萬種，只有節肢動物比線蟲更多樣化。線蟲的消化系統是有二個開口的管狀消化系統，和刺胞動物門及扁形動物門不同。

線蟲幾乎已經適應了地球所有的生態系，從海洋（海水）到淡水、土壤、極地到赤道、也包括不同海拔高度的地區。牠們在淡水、海水、陸地上隨處可見，並在極端的環境如南極和海溝都可發現，其個體數量及物種個數會常常超過其他的動物，甚至在高山、沙漠、南極和海溝中都可以生存。在岩石圈每個部份都有線蟲的存在，甚至是在南非地下 900 公尺到 3600 公尺深的金礦坑表面也不例外。海床上有 90% 的動物是線蟲。線蟲的數量眾多，常常每立方公尺就有上百萬個線蟲，佔地球所有動物的 80%，線蟲生命週期的多様性，在各種營養條件下都有存在，也使得他們在許多生態系統中有重要的影響。有些線蟲會有隱生的特性。

線蟲原先在 1919 年被 Nathan Cobb 命名為 Nemata。後來，牠們被降級為囊蠕蟲中的一綱，最後才被重新分類至線蟲動物門。

根據 WoRMS，截至 2018 年 1 月 14 日 (2018-01-14)，線蟲動物主要分為色矛綱與刺嘴綱兩大分類，還有少量未能歸屬的分類單元。這兩大分類的組成部分詳列如下。



色矛綱

色矛綱（Chromadorea）之下只有色矛亞綱（Chromadoria）一個分類單元，包括下列各目}：


* 薄咽目 Araeolaimida
  
* 微斑線蟲總科 Axonolaimoidea Filipjev, 1918
    
* 微斑線蟲科 Axonolaimidae Filipjev, 1918
    
* Bodonematidae Jensen, 1991
    
* Comesomatidae Filipjev, 1918
    
* Coninckiidae Lorenzen, 1981
    
* Diplopeltidae Filipjev, 1918

* 色矛目 Chromadorida
  
* 色矛亞目 Chromadorina
    
* 色矛總科 Chromadoroidea Filipjev, 1917
      
* Achromadoridae Gerlach & Riemann, 1973
      
* 色矛科 Chromadoridae Filipjev, 1917
      
* Cyatholaimidae Filipjev, 1918
      
* Ethmolaimidae Filipjev & Schuurmans Stekhoven, 1941
      
* Neotonchidae Wieser & Hopper, 1966
      
* Selachinematidae Cobb, 1915

* 鏈環線蟲目 Desmodorida
  
* 鏈環線蟲亞目 Desmodorina
    
* 連環線蟲總科 Desmodoroidea Filipjev, 1922
      
* 鏈環線蟲科 Desmodoridae Filipjev, 1922
      
* Draconematidae Filipjev, 1918
      
* Epsilonematidae Steiner, 1927
    
* 微咽線蟲總科 Microlaimoidea Micoletzky, 1922
      
* Aponchiidae Gerlach, 1963
      
* 微咽線蟲科 Microlaimidae Micoletzky, 1922
      
* 單莖線蟲科 Monoposthiidae Filipjev, 1934

* 帶線蟲目 Desmocolecida
  
* 帶線蟲亞目 Desmocolecina
    
* 帶線蟲總科 Desmoscolecoidea Shipley, 1896
      
* Cyartonematidae Tchesunov, 1990
      
* 帶線蟲科 Desmoscolecidae Shipley, 1896
      
* †Eophasmidae Poinar, 2011
      
* Meyliidae de Coninck, 1965

* 單宮目 Monhysterida
  
* 條線蟲亞目 Linhomoeina
    
* Superfamily Siphonolaimoidea Filipjev, 1918
      
* Fusivermidae Tchesunov, 1996
      
* 條線蟲科 Linhomoeidae Filipjev, 1922
      
* Siphonolaimidae Filipjev, 1918
  
* 單宮線蟲亞目 Monhysterina
    
* 單宮線蟲總科 Monhysteroidea Filipjev, 1929
      
* 單宮線蟲科 Monhysteridae de Man, 1876
    
* Superfamily Sphaerolaimoidea Filipjev, 1918
      
* Sphaerolaimidae Filipjev, 1918
      
* 希阿利線蟲科 Xyalidae Chitwood, 1951

* Order Plectida
  
* Suborder Ceramonematina
    
* Superfamily Ceramonematoidea Cobb, 1933
      
* Ceramonematidae Cobb, 1933
      
* Diplopeltoididae Tchesunov, 1990
      
* Paramicrolaimidae Lorenzen, 1981
      
* Tarvaiidae Lorenzen, 1981
      
* Tubolaimoididae Lorenzen, 1981
  
* _Incertae sedis_
    
* Superfamily Haliplectoidea Chitwood, 1951
      
* Haliplectidae Chitwood, 1951
    
* Aegialoalaimidae Lorenzen, 1981
    
* Aulolaimidae Jairajpuri & Hopper, 1968
  
* Suborder Plectina
    
* Superfamily Camacolaimoidea Micoletzky, 1924
      
* Camacolaimidae Micoletzky, 1924
      
* Rhadinematidae Lorenzen, 1981
    
* Superfamily Leptolaimoidea Örley, 1880
      
* Aphanolaimidae Chitwood, 1936
      
* Leptolaimidae Örley, 1880
    
* Superfamily Ohridioidea (Andrassy, 1976)
      
* Creagrocercidae Baylis, 1943
      
* Ohridiidae Andrássy, 1976
    
* Superfamily Plectoidea Örley, 1880
      
* Chronogastridae Gagarin, 1975
      
* Metateratocephalidae Eroshenko, 1973
      
* Plectidae Örley, 1880

* 小杆目 Rhabditida
  
* _Incertae sedis_
    
* Brevibuccidae Paramonov, 1956
    
* Chambersiellidae Thorne, 1937
    
* Teratocephalidae Andrassy, 1958
  
* Suborder Myolaimina
    
* Superfamily Myolaimoidea Andrassy, 1958
      
* Myolaimidae Andrassy, 1958
  
* 小杆線蟲亞目 Rhabditina
    
* Infraorder Bunonematomorpha
      
* Superfamily Bunonematoidea Micoletzky, 1922
        
* Bunonematidae Micoletzky, 1922
        
* Pterygorhabditidae Goodey, 1963
    
* Infraorder Diplogasteromorpha
      
* Superfamily Cylindrocorporoidea Goodey, 1939
        
* Cylindrocorporidae Goodey, 1939
      
* Superfamily Diplogasteroidea Micoletzky, 1922
        
* Cephalobiidae Filipjev, 1934
        
* Diplogasteridae Micoletzky, 1922
        
* Diplogasteroididae Filipjev & Schuurmans Stekhoven, 1941
        
* Mehdinematidae Farooqui, 1967
        
* Neodiplogasteridae Paramonov, 1952
        
* Pseudodiplogasteroididae Körner, 1954
      
* Superfamily Odontopharyngoidea Micoletzky, 1922
        
* Odontopharyngidae Micoletzky, 1922
    
* Infraorder Rhabditomorpha
      
* _Incertae sedis_
        
* Agfidae Dougherty, 1955
        
* Carabonematidae Stammer & Wachek, 1952
      
* Superfamily Mesorhabditoidea Andrassy, 1976
        
* Mesorhabditidae Andrassy, 1976
        
* Peloderidae Andrassy, 1976
      
* Superfamily Rhabditoidea Örley, 1880
        
* Diploscapteridae Micoletzky, 1922
        
* 小杆線蟲科 Rhabditidae Örley, 1880
      
* Superfamily Strongyloidea Baird, 1853
        
* 鉤口線蟲科 Ancylostomatidae Looss, 1905
        
* Diaphanocephalidae Travassos, 1920
        
* Heligmosomidae Cram, 1927
        
* Heterorhabditidae Poinar, 1976
        
* Metastrongylidae Diesing, 1851
        
* Moleinidae Durette-Desset & Chabaud, 1977
        
* Strongylidae Baird, 1853
        
* Trichostrongylidae Leiper, 1912
  
* 旋尾亞目 Spirurina
    
* 蛔形下目 Ascaridomorpha
      
* 蛔蟲總科 Ascaridoidea Baird, 1853
        
* Acanthocheilidae Wülker, 1929
        
* 海獸胃線蟲科 Anisakidae Railliet & Henry, 1912
        
* 蛔蟲科 Ascarididae Baird, 1853
        
* Heterocheilidae Railliet & Henry, 1915
        
* Raphidascarididae Hartwich, 1954
      
* Superfamily Cosmocercoidea Travassos, 1925
        
* Atractidae Travassos, 1919
        
* Cosmocercidae Travassos, 1925
        
* Kathlaniidae Travassos, 1918
      
* Superfamily Heterakoidea Railliet & Henry, 1912
        
* Ascaridiidae Travassos, 1919
        
* Aspidoderidae Skrjabin & Shikhobalova, 1947
        
* Heterakidae Railliet & Henry, 1912
      
* Superfamily Seuratoidea Railliet, 1906
        
* Chitwoodchabaudiidae Puylaert, 1970
        
* Cucullanidae Cobbold, 1864
        
* Quimperiidae Gendre, 1928
        
* Schneidernematidae Freitas, 1956
        
* Seuratidae Railliet, 1906
      
* Superfamily Subuluroidea Yorke & Maplestone, 1926
        
* Maupasinidae Inglis, 1959
        
* Subuluridae Yorke & Maplestone, 1926
    
* 顎口線蟲下目 Gnathostomatomorpha
      
* 顎口線蟲總科 Gnathostomatoidea Railliet, 1895
        
* 顎口線蟲科 Gnathostomatidae Railliet, 1895
    
* _Incertae sedis_
      
* 龍線蟲總科 Dracunculoidea Stiles, 1907
        
* Anguillicolidae Yamaguti, 1935
        
* Daniconematidae Moravec & Køie, 1987
        
* 龍線蟲科 Dracunculidae Stiles, 1907
        
* Guyanemidae Petter, 1975
        
* Micropleuridae Baylis & Daubney, 1926
        
* 嗜子宮線蟲科 Philometridae Baylis & Daubney, 1926
        
* Skrjabillanidae Shigin & Shigina, 1958
    
* 尖尾線蟲下目 Oxyuridomorpha
      
* 尖尾線蟲總科 Oxyuroidea Cobbold, 1864
        
* Heteroxynematidae Skrjabin & Shikhobalova, 1948
        
* 尖尾線蟲科 Oxyuridae Cobbold, 1864
        
* Pharyngodonidae Travassos, 1919
      
* Superfamily Thelastomatoidea Travassos, 1929
        
* Hystrignathidae Travassos, 1929
        
* Protrelloididae Chitwood, 1932
        
* Thelastomatidae Travassos, 1929
        
* Travassosinematidae Rao, 1958
    
* Infraorder Rhigonematomorpha
      
* Superfamily Ransomnematoidea Travassos, 1930
        
* Camoyidae Travassos & Kloss, 1960
        
* Hethidae Travassos & Kloss, 1960
        
* Ransomnematidae Travassos, 1930
      
* Superfamily Rhigonematoidea Artigas, 1930
        
* Ichthyocephalidae Travassos & Kloss, 1958
        
* Rhigonematidae Artigas, 1930
    
* 旋尾下目 Spiruromorpha
      
* 華首總科 Acuarioidea Railliet, Henry & Sisoff, 1912
        
* 華首科 Acuariidae Railliet, Henry & Sisoff, 1912
      
* Aproctoidea Skrjabin & Shikhobalova, 1945
        
* Aproctidae Skrjabin & Shikhobalova, 1945
        
* Desmidocercidae Cram, 1927
      
* Camallanoidea Travassos, 1920
        
* Camallanidae Railliet & Henry, 1915
      
* 雙三齒線蟲總科 Diplotriaenoidea Anderson, 1958
        
* 雙三齒線蟲科 Diplotriaenidae Anderson, 1958：在 Levin (1968) 屬絲蟲總科
        
* Oswaldofilariidae Chabaud & Choquet, 1953
      
* 絲蟲總科 Filarioidea Chabaud & Anderson, 1959
        
* 絲蟲科 Filariidae Chabaud & Anderson, 1959
        
* 蟠尾絲蟲科 Onchocercidae Leiper, 1911
      
* 柔線蟲總科 Habronematoidea Ivaschkin, 1961
        
* Cystidicolidae Skrjabin, 1946
        
* 柔線蟲科 Habronematidae Ivaschkin, 1961
        
* Hedruridae Railliet, 1916
        
* Tetrameridae Travassos, 1914
      
* 泡翼總科 Physalopteroidea Railliet, 1893
        
* 泡翼科 Physalopteridae
      
* Rictularoidea Railliet, 1916
        
* Rictulariidae Railliet, 1916
      
* 旋尾總科 Spiruroidea Oerley, 1885
        
* Gongylonematidae Sobolev, 1949
        
* Hartertiidae Quentin, 1970
        
* Spirocercidae Chitwood & Wehr, 1932
        
* 旋尾科 Spiruridae Oerley, 1885
      
* 吸吮總科 Thelazioidea Skrjabin, 1915
        
* Pneumospiruridae Wu & Hu, 1938
        
* Rhabdochonidae Skrjabin, 1946
        
* 吸吮科 Thelaziidae Skrjabin, 1915
  
* Suborder Tylenchina
    
* Infraorder Cephalobomorpha
      
* Superfamily Cephaloboidea Filipjev, 1934
        
* Alirhabditidae Suryawanshi, 1971
        
* Bicirronematidae Andrassy, 1978
        
* Cephalobidae Filipjev, 1934
        
* Elaphonematidae Heyns, 1962
        
* Osstellidae Heyns, 1962
    
* Infraorder Drilonematomorpha
      
* Superfamily Drilonematoidea Pierantoni, 1916
        
* Drilonematidae Pierantoni, 1916
        
* Homungellidae Timm, 1966
        
* Pharyngonematidae Chitwood, 1950
        
* Ungellidae Chitwood, 1950
    
* _Incertae sedis_
      
* Superfamily Anguinoidea Nicoll, 1935
    
* Infraorder Panagrolaimomorpha
      
* Superfamily Panagrolaimoidea Thorne, 1937
        
* Panagrolaimidae Thorne, 1937
      
* Superfamily Strongyloidoidea Chitwood & McIntosh, 1934
        
* Alloionematidae Chitwood & McIntosh, 1934
        
* Rhabdiasidae Railliet, 1916
        
* 斯氏線蟲科 Steinernematidae Filipjev, 1934
        
* Strongyloididae Chitwood & McIntosh, 1934
    
* 墊刃線蟲下目 Tylenchomorpha
      
* 滑刃線蟲總科 Aphelenchoidea
        
* 滑刃線蟲科 Aphelenchoididae Fuchs, 1937
        
* 有尾片芽葉線蟲科 Aphelenchidae Fuchs, 1937
        
* 少尾片芽葉線蟲科 Aphelenchoididae Skarbilovich, 1947
      
* Superfamily Criconematoidea Taylor, 1936
        
* Criconematidae Taylor, 1936
        
* Hemicycliophoridae Skarbilovich, 1959
        
* 半穿刺線蟲科 Tylenchulidae Skarbilovich, 1947
      
* Superfamily Myenchoidea Pereira, 1931
        
* Myenchidae Pereira, 1931
      
* Superfamily Sphaerularioidea Lubbock, 1861
        
* Anguinidae Nicoll, 1935
        
* Iotonchidae Goodey, 1935
        
* Neotylenchidae Thorne, 1941
        
* Sphaerulariidae Lubbock, 1861
      
* 墊刃線蟲總科 Tylenchoidea Örley, 1880
        
* 刺線蟲科 Belonolaimidae Whitehead, 1959
        
* Dolichodoridae Chitwood, 1950
        
* Hoplolaimidae Filipjev, 1934
        
* 根結線蟲科 Meloidogynidae Skarbilovich, 1959
        
* 短體線蟲科 Pratylenchidae Thorne, 1949
        
* 墊刃線蟲科 Tylenchidae Örley, 1880

* Order Spirurida
  
* Suborder Camallanina

* Order Strongylida
  
* Superfamily Metastrongyloidea Lane, 1917
    
* Pseudaliidae Railliet & Henry, 1909
  
* Superfamily Trichostrongyloidea (Durette-Desset, 1985)
    
* Amidostomatidae Baylis & Daubney, 1926



刺嘴綱 Enoplea

矛線亞綱 Dorylaimia


* Order Dioctophymatida
  
* Suborder Dioctophymatina
    
* Dioctophymatidae Railliet, 1915
    
* Soboliphymatidae Petrov, 1930

* 矛線目 Dorylaimida
  
* 矛線亞目 Dorylaimina
    
* Superfamily Belondiroidea Thorne, 1964
      
* Belondiridae Thorne, 1939
    
* Superfamily Dorylaimoidea de Man, 1876
      
* Actinolaimidae Thorne, 1939
      
* Aporcelaimidae Heyns, 1965
      
* Dorylaimidae de Man, 1876
      
* Longidoridae Thorne, 1935
      
* Nordiidae Jairajpuri & Siddiqi, 1964
      
* Qudsianematidae Jairajpuri, 1965
    
* _Incertae sedis_
      
* Thornenematidae Siddiqi, 1969
      
* Thorniidae de Coninck, 1965
    
* Superfamily Tylencholaimoidea Filipjev, 1934
      
* Aulolaimoididae Jairajpuri, 1964
      
* Leptonchidae Thorne, 1935
      
* Mydonomidae Thorne, 1964
      
* Tylencholaimellidae Jairajpuri, 1964
      
* Tylencholaimidae Filipjev, 1934
  
* Suborder Nygolaimina
    
* Superfamily Nygolaimoidea Thorne, 1935
      
* Aetholaimidae Jairajpuri, 1965
      
* Nygellidae Andrassy, 1958
      
* Nygolaimellidae Clark, 1961
      
* Nygolaimidae Thorne, 1935

* Order Isolaimida
  
* Superfamily Isolaimoidea Timm, 1969
    
* Isolaimiidae Cobb, 1920

* Order Marimermithida
  
* Marimermithidae Rubtzov & Platonova, 1974

* 索線蟲目 Mermithida
  
* Suborder Mermithina
    
* Superfamily Mermithoidea Braun, 1883
      
* 索線蟲科 Mermithidae Braun, 1883
      
* Tetradonematidae Cobb, 1919

* 單齒目 Monochida
  
* Suborder Bathyodontina
    
* Superfamily Cryptonchoidea Chitwood, 1937
      
* Bathyodontidae Clark, 1961
      
* Cryptonchidae Chitwood, 1937
    
* Superfamily Mononchuloidea de Coninck, 1965
      
* Mononchulidae de Coninck, 1965
  
* Suborder Mononchina
    
* Superfamily Anatonchoidea Jairajpuri, 1969
      
* Anatonchidae Jairajpuri, 1969
    
* _Incertae sedis_
      
* Cobbonchidae Jairajpuri, 1969
      
* Iotonchidae Jairajpuri, 1969
    
* Superfamily Mononchoidea Filipjev, 1934
      
* Mononchidae Filipjev, 1934
      
* Mylonchulidae Jairajpuri, 1969

* Order Muspiceida
  
* Suborder Muspiceina
    
* Muspiceidae Bain & Chabaud, 1959
    
* Robertdollfusiidae Chabaud & Campana, 1950

* Order Trichinellida
  
* Superfamily Trichinelloidea Ward, 1907
    
* Anatrichosomatidae Yamaguti, 1961
    
* Capillariidae Railliet, 1915
    
* Cystoopsidae Skrjabin, 1923
    
* Trichinellidae Ward, 1907
    
* Trichosomoididae Yorke & Maplestone, 1926
    
* Trichuridae Railliet, 1915

刺嘴亞綱 Enoplia


* 刺嘴目 Enoplida
  
* Suborder Alaimina
    
* Superfamily Alaimoidea Micoletzky, 1922
      
* Alaimidae Micoletzky, 1922
  
* Suborder Campydorina
    
* Superfamily Campydoroidea Jairajpuri, 1976
      
* Campydoridae (Thorne, 1935)
  
* Suborder Dioctophymina
  
* 刺嘴亞目 Enoplina
    
* Superfamily Enoploidea Dujardin, 1845
      
* Anoplostomatidae Gerlach & Riemann, 1974
      
* Anticomidae Filipjev, 1918
      
* Enoplidae Dujardin, 1845
      
* Phanodermatidae Filipjev, 1927
      
* Thoracostomopsidae Filipjev, 1927
  
* _Incertae sedis_
    
* Andrassyidae Tchesunov & Gagarin, 1999
  
* Suborder Ironina
    
* Superfamily Ironoidea de Man, 1876
      
* Ironidae de Man, 1876
      
* Leptosomatidae Filipjev, 1916
      
* Oxystominidae Chitwood, 1935
  
* Suborder Oncholaimina
    
* Superfamily Oncholaimoidea Filipjev, 1916
      
* Enchelidiidae Filipjev, 1918
      
* Oncholaimidae Filipjev, 1916
      
* Thalassogeneridae Orton Williams & Jairajpuri, 1984
  
* Suborder Trefusiina
    
* Superfamily Trefusioidea Gerlach, 1966
      
* Lauratonematidae Gerlach, 1953
      
* Simpliconematidae Blome & Schrage, 1985
      
* Trefusiidae Gerlach, 1966
      
* Trischistomatidae Andrassy, 2007
      
* Xenellidae de Coninck, 1965
  
* Suborder Trichinellina
  
* Suborder Tripyloidina
    
* Superfamily Tripyloidoidea Filipjev, 1928
      
* Tripyloididae Filipjev, 1918

* Order Triplonchida
  
* Suborder Diphtherophorina
    
* Superfamily Diphtherophoroidea Micoletzkyi, 1922
      
* Diphtherophoridae Micoletzky, 1922
      
* Trichodoridae Thorne, 1935
  
* _Incertae sedis_
    
* Bastianiidae de Coninck, 1965
    
* Odontolaimidae Gerlach & Riemann, 1974
  
* Suborder Tobrilina
    
* Superfamily Prismatolaimoidea Micoletzky, 1922
      
* Prismatolaimidae Micoletzky, 1922
    
* Superfamily Tobriloidea Filipjev, 1918
      
* Pandolaimidae Belogurov, 1980
      
* Rhabdodemaniidae Filipjev, 1934
      
* Tobrilidae de Coninck, 1965
      
* Triodontolaimidae de Coninck, 1965
  
* Suborder Tripylina
    
* Superfamily Tripyloidea de Man, 1876
      
* Tripyloidea de Man, 1876
      
* Tripylidae de Man, 1876



_Incertae sedis_


* Order Benthimermithida
  
* Benthimermithidae Petter, 1980

* Order Rhaptothyreida
  
* Rhaptothyreidae Hope & Murphy, 1969



胞管腎綱 Secernentea

胞管腎綱之下的綱目計有：


* 雙胃亞綱 Diplogasteria：亦作雙胃線蟲亞綱，可能與 Rhabditia 為並系群
  
* 雙胃目 Diplogasterida

* 小杆亞綱 Rhabditida：可能為並系群
  
* 小桿目 Rhadditda：秀麗隱桿線蟲
  
* 圓線蟲目 Strongylida：亦作園線目，例如：廣東住血線蟲

* 旋尾亞綱 Spiruria
  
* 蛔目 Ascaridida：海獸胃線蟲
  
* 駝形線蟲目 Camallanida：有其他文獻歸入旋尾目
  
* 蚓線目 Drilonematida：有其他文獻歸入旋尾目
  
* 尖尾目 Oxyurida (= Rhabdiasida)：亦作尖尾線蟲目，例如：蟯蟲
  
* 里崗目 Rhigonematida：舊屬墊刃亞綱
  
* 旋尾目 Spirurida：麥地那龍線蟲

* 墊刃亞綱 Tylenchia：可能與 Rhabditia 為並系群
  
* 滑刃目 Aphelenchida
  
* 墊刃目 Tylenchida

雙胃線蟲亞綱

雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）可能與 Rhabditia 為並系群


* 雙胃線蟲目 Diplogasterida

* Suborder Chambersiellina Hodda 2007
  
* Superfamily Chambersielloidea Thorne 1937
    
* Family Chambersiellidae Thorne 1937 (Sanwal 1957)

* Suborder Diplogasterina Paramonov 1952
  
* Superfamily Cylindrocorporoidea T. Goodey 1939
    
* Family Cylindrocorporidae T. Goodey 1939
    
* Family Odontopharyngidae Micoletzky 1922
  
* Superfamily Diplogasteroidea Micoletzky 1922
    
* Family Cephalobiidae Travassos & Kloss 1960a
    
* Family Diplogasteridae Micoletzky 1922
    
* Family Diplogasteroididae Paramonov 1952
    
* Family Neodiplogasteridae Paramonov 1952
    
* Family Pseudodiplogasteroididae De Ley & Blaxter 2002
    
* Family Tylopharyngidae Filipjev 1918

* Suborder Myolaimina Inglis 1983
  
* Superfamily Carabonematoidea Stammer & Wachek 1952
    
* Family Carabonematidae Stammer & Wachek 1952
  
* Superfamily Myolaimoidea Goodey 1963
    
* Family Myolaimidae Goodey 1963

小杆亞綱

小杆亞綱 Rhabditida 包括


* 小桿目 Rhadditda

* 圓線蟲目 Strongylida

旋尾亞綱

旋尾亞綱包括：


* 蛔目 Ascaridida：海獸胃線蟲

* 駝形線蟲目 Camallanida：有其他文獻歸入旋尾目
  
* Family Anguillicolidae
  
* Family Camallanidae
  
* 龍線蟲科 Dracunculidae
  
* Family Micropleudidae
  
* Family Philometridae

* 蚓線目 Drilonematida：有其他文獻歸入旋尾目

* 尖尾目 Oxyurida (= Rhabdiasida)：亦作尖尾線蟲目，例如：蟯蟲
  
* Family Heteroxynematidae
  
* 尖尾線蟲科 Oxyuridae：舊屬小杆線蟲目
  
* Family Pharyngodonidae
  
* Family Thelastomatidae

* 里崗目 Rhigonematida：舊屬墊刃亞綱

* 旋尾目 Spirurida：麥地那龍線蟲
  
* 華首總科 Acuarioidea Railliet, Henry & Sisoff, 1912
  
* Aproctoidea Skrjabin & Shikhobalova, 1945
  
* 雙三齒線蟲總科 Diplotriaenoidea Anderson, 1958
  
* 絲蟲總科 Filarioidea Chabaud & Anderson, 1959
  
* Superfamily Gnathostomatoidea：現時屬於獨自的 Gnathostomatomorpha 下目
  
* Habronematoidea Ivaschkin, 1961
  
* 泡翼總科 Physalopteroidea Railliet, 1893
  
* Rictularioidea Railliet, 1916
  
* 旋尾總科 Spiruroidea Oerley, 1885
  
* 吸吮總科 Thelazioidea Skrjabin, 1915

墊刃亞綱

墊刃亞綱（Tylenchia）包括：


* 滑刃目 Aphelenchida
  
* 滑刃線蟲總科 Aphelenchoidea
    
* Family Aphelenchidae
    
* 滑刃線蟲科 Aphelenchoididae
    
* Family Myenchildae
    
* Family Paraphelenchidae

* 墊刃線蟲目 Tylenchida
  
* 環線蟲總科 Criconematoidea
    
* 環線蟲科 Criconematidae
    
* 半穿刺線蟲科 Tylenchulidae
  
* 墊刃線蟲總科 Tylenchoidea
    
* Family Anguinidae
    
* Family Belonolaimidae
    
* Family Dolichodoridae
    
* Family Ecphyadophoridae
    
* Family Hoplolaimidae
    
* Family Heteroderidae
    
* Family Pratylenchidae
    
* 墊刃線蟲科 Tylenchidae
  
* Superfamily Sphaerularina
    
* Family Allantonematidae
    
* Family Fergusobiidae
    
* Family Iotonchiidae
    
* Family Parasitylenchidae
    
* Family Sphaerulariidae



過往分類及其理據

親緣支序學

線蟲及跟其他關係較為接近的原口動物的親緣關係尚未解決。
傳統上，線蟲動物被認為有其自己獨特的血統，但到了 1990 年代，有意見認為線蟲動物應與其他諸如節肢動物的被提出與蛻皮動物合組成為蛻皮動物總門（Ecdysozoa）。
過往一直認為與線蟲動物最接近的生物誰屬這個問題已有很好很好的解決了。
形態特徵和分子系統發育學的結果都認為寄生性的線形動物門（例如：馬毛蟲）跟圓蟲是姊妹分類單元，而這兩個分類單元共同組成了 Nematoida。
連同有棘動物，線蟲動物與牠們共同組成了環神經動物類（Cycloneuralia，又或 Introverta）物種現時被視為線蟲動物門之上的一個演化支，過往的分類如果承認這種劃分的話，一般將之歸類到了總門或超門級。

Chitwood & Chitwood

早期最有影響力的分類系統是 BG Chitwood & MB Chitwood 兄弟 (1933)— 然後四年後 BG Chitwood 又再修訂這個分類 — 此分類系統將線蟲分為無尾感器亞綱（Aphasmidia）及尾感器亞綱（Phasmidia）。
這兩個亞綱後來重新命名為有腺綱（Adenophorea）及胞管腎綱（Secernentea）。
胞管腎綱有許多共同的特徵，包括具有尾感器，也就是一對在後方兩側之處的感覺器官，這也成為分類的基礎。因為無尾感器亞綱這個分類中還有些不同，因此也產生了許多後續不同的分類。

1961 年山口分類

Yamaguti（1961）關於寄生在脊椎動物的線蟲種類的分類系統


* 棒線目（Rhabdiasidea）

* 鞭蟲目（Trichuridea）

* 膨結目（Diotophymidea）

* 魚園線目（Ichthyostrongylidea）

* 園線目（Strongylidea）

* 尖尾目（Oxyuridea）

* 蛔目（Ascarididea）

* 旋尾目（Spiruridea）

* 絲蟲目（Filariidea）

* 嗜子宮目（Philometridea）

* 僵直線蟲目（Tetanonematidea）

1965 年陳心陶分類

陳心陶（1965 年）關於線蟲的分類位置及其類群系統


* 線形動物門
  
* 線吻動物亞門（Nemathorhyncha）
  
* 線形動物亞門（Nemathelmintha）
    
* 鐵線蟲綱（Gordiacea）
    
* 線蟲綱（Nematoda）
      
* 尾感受器亞綱（Phasmidia）
        
* 杆形目（Rhabditida）
          
* 杆形亞目（Rhabditata）
            
* 小杆總科（Rhabditoidea）
            
* 蚓線總科（Drilonematoidea）
          
* 墊刃亞目（Tylenchata）
            
* 墊刃總科（Tylenchoidea）
            
* 滑刃總科（Aphelenchoidea）
          
* 園線亞目（Strongylata）
            
* 園線總科（Strongyloidea）
            
* 毛園線總科（Trichostrongyloidea）
            
* 後園線總科（Metastrongyloidea）
        
* 蛔目（Ascaridida）
          
* 蛔亞目（Ascaridata）
            
* 蛔總科（Ascaroidea）
            
* 複管總科（Anisakoidea）
          
* 尖尾亞目
            
* 尖尾總科（Oxyuroidea）
            
* 麗尾總科（Cosmocercoidea）
            
* 頂唇總科（Subuluroidea）
            
* 箭形總科（Atractoidea）
        
* 旋尾目（Spirurida）
          
* 旋尾亞目（Spirurata）
            
* 旋尾總科（Spiruroidea）
            
* 泡翼總科（Physalopteroidea）
            
* 華首總科（Acuarioidea）
            
* 吸吮總科（Thelazioidea）
          
* 絲蟲亞目（Filariata）
          
* 駝形亞目（Camallanata）
            
* 駝形總科（Camallanoidea）
            
* 龍線總科（Dracunculoidea）
      
* 無尾感受器亞綱（Aphasmidia）
        
* 色矛目（Chromadorida）
          
* 色矛亞目（Chromadorata）
            
* 色矛總科（Chromadoroidea）
            
* 帶首總科（Desmoscolecoidea）
            
* 帶矛總科（Desmoderoidea）
          
* 單宮亞目（Monhysterata）
            
* 單宮總科（Monhysteroidea）
            
* 繞線總科（Plectoidea）
            
* 軸線總科（Axonolaimoidea）
        
* 嘴刺目（Enoplida）
          
* 嘴刺亞目（Enoplata）
            
* 嘴刺總科（Enoploidea）
            
* 三孔總科（Tripyloidea）
          
* 矛線亞目（Dorylaimata）
            
* 矛線總科（Dorylaimoidea）
            
* 索總科（Mermithoidea）
          
* 鞭蟲亞目（Trichurata）
            
* 囊樣總科（Cystoopsioidea）
            
* 鞭蟲總科（Trichuroidea）
          
* 膨結亞目（Dioctophymata）

1968 年 Levin 分類

Levin（1968）關於人畜寄生線蟲的分類系統


* 泄腺綱（Secernentasida）
  
* 墊刃目（Tylenchorida）
    
* 墊刃總科（Tylenchicea）
  
* 杆形目（Rhabditorida）
    
* 小杆總科（Rhabditicea）
      
* 小杆科（Rhabditidae）
      
* 首葉科（Cephalobidae）
    
* 棒線總科（Rhabdiasicea）
      
* 類園線蟲科（Strongyloididae）
  
* 圓線蟲目（Strongylorida）
    
* 圓線蟲總科（Strongylicea）
      
* 鉤口線蟲科（Ancylostomatidae）
      
* 圓線蟲科（Strongylidae）
      
* 比翼科（Syngamidae）
    
* 毛圓線蟲總科（Trichostrongylicea）
      
* 毛圓線蟲科（Trichostrongylidae）
    
* 後圓線總科（Metastrongylicea）
      
* 後圓線蟲科（Metastrongylidae）
  
* 蛔目（Ascaridorida）
    
* 蛔總科（Ascaridicea）
      
* 卡線科（Kathlaniidae）
      
* 蛔科（Ascarididae）
      
* 異刺科（Heterakidae）
    
* 錐尾總科（Subuluricea）
      
* 錐尾科（Subuluridae）
    
* 尖尾總科（Oxyuricea）
      
* 尖尾科
    
* 箭形總科（Atracticea）
      
* 箭形科（Atractidae）
  
* 旋尾目（Spirurorida）
    
* 旋尾總科（Spiruricea）
      
* 旋尾科（Spiruridae）
    
* 華首總科（Acuariicea）
      
* 華首科（Acuariidae）
    
* 吸吮總科（Thelaziicea）
      
* 吸吮科（Thelaziidae）
    
* 泡翼總科（Physaloptericea）
      
* 泡翼科（Physalopteridae）
    
* 絲蟲總科（Filariicea）
      
* 絲蟲科（Filariidae）
      
* 雙三齒線蟲科（Diplotriaenidae）
      
* 蟠尾絲蟲科（Onchocercidae）
      
* 冠絲蟲科（Stephanofilariidae）
  
* 駝形線蟲目（Camallanorida）
    
* 龍線蟲總科（Dracunculicea）
      
* 龍線蟲科（Dracunculinae）

* 帶腺綱（Adenophorasida）
  
* 矛線目（Dorylaimorida）
    
* 毛形總科（Trichinellicea）
      
* 鞭蟲科（Trichuridae）
      
* 後毛體科（Anatrichosomatidae）
      
* 毛形科（Trichinellidae）
  
* 膨結線蟲目（Dioctophymatorida）
    
* 
* 膨結線蟲科（Dioctophymatidae）
      
* 索氏膨結科（Soboliphymatidae）

1980 年孔繁瑤分類

孔繁瑤教授關於線蟲分類的意見（按孔教授 1980 年講演材料）


* 尾感器亞綱（Phasmidia）
  
* 墊刃目（Tylenchoida）
    
* 
* 墊刃總科（Tylenchoidea）
      
* 滑刃總科（Aphelenchoidea）
  
* 杆形目（Rhabditida）
    
* 杆形亞目（Rhabditina）
      
* 小杆總科（Rhabditoidea）
    
* 蛔亞目（Ascaridina）
      
* 蛔總科（Ascaroidea）
      
* 尖尾總科（Oxyuroidea）
    
* 圓線蟲亞目（Strongylina）
      
* 圓線蟲總科（Strongyloidea）
      
* 毛圓線蟲總科（Trichostrongyloidea）
      
* 後圓線蟲總科（Metastrongyloidea）
  
* 旋尾目（Spirurida）
    
* 駝形線蟲亞目（Camallanina）
      
* 駝形線蟲總科（Camallanoidea）
      
* 龍線蟲總科（Dracunculoidea）
    
* 旋尾亞目（Spirurina）
      
* 旋尾總科（Spiruroidea）
      
* 絲蟲總科（Filarioidea）

* 無尾感器亞綱（Aphasmidia）
  
* 矛線目（Dorylaimida）
    
* 矛線亞目（Dorylaimina）
      
* 矛線總科（Dorylaimoidea）
  
* 毛管目（Trichosyringida）
    
* 
* 索線蟲總科（Mermithoidea）
      
* 毛尾總科（Trichuroidea）

1981 年 Maggenti 分類

Maggenti（1981）線蟲分類意見


* 無尾感器綱（Aphasmida）或有腺綱（Adenophorea）：
  
* 刺嘴亞綱（Enoplia）
    
* 刺嘴目（Enoplida）：如：刺嘴蟲（Enoplus）。
    
* 單齒目（Monochida）：如：單齒蟲（Monochus）。
    
* 矛線目（Dorylaimida）：如：矛線蟲（Dorylaimus）。
    
* 毛首目（Trichocephalida）：如：鞭蟲。
    
* 索蟲目（Mermithida）：如：無尾大雨蟲（Agamermisdecaudata）、索蟲（Mermis）。
  
* 色矛亞綱（Chromadoria）
    
* 色矛目（Chromadorida）：如：色矛蟲（Chromadora）。
    
* 疏毛目（Araeolaimida）：如：繞線蟲（Plectus）。
    
* 帶線蟲目（Desmocolecida）：如：鏈頭線蟲（Desmoscolex）。
    
* 單宮目（Monohysterida）：如：咽管線蟲（Siphonolaimus）。

* 尾感器綱（Phasmida）或胞管腎綱：分為 3 個亞綱。
  
* 小杆亞綱（Rhabditida）
    
* 小杆目（Rhabditia）：例如：小杆線蟲（Rhabditis）。
    
* 圓線蟲目（Strongylida）：例如：鉤蟲。
    
* 蛔蟲目（Ascaridia）：如：蛔蟲。
  
* 旋尾亞綱（Spiruria）
    
* 旋尾目（Spiruria）：如：棘顎口線蟲（Gnathostoma）。
  
* 雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）
    
* 雙胃線蟲目（Diplogasterida）：如：雙胃線蟲（Diplogaster）。
    
* 墊刃線蟲目（Tylenchida）：如：墊刃線蟲（Tylenchulus）。

1998 年分類

早期的 DNA 排序研究認為線蟲應該包括下列五個演化支：


* Dorylaimia

* Enoplia

* Spirurina

* Tylenchina

* Rhabditina

As it seems, the Secernentea are indeed a natural group of closest relatives. But the "Adenophorea" appear to be a paraphyletic assemblage of roundworms simply retaining a good number of ancestral traits. The old Enoplia do not seem to be monophyletic either, but to contain two distinct lineages. The old group "Chromadoria" seem to be another paraphyletic assemblage, with the Monhysterida representing a very ancient minor group of nematodes. 

在胞管腎綱（Secernentea）之下各個亞綱，雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）可能會與小桿亞綱（Rhabditia）合併，而 Tylenchia 亞綱可能與這個合併後的分類為並系群。

2002 年分類

由於對圓蟲的系統學及支序分類學的認識，使牠們的分類作下列更新：


* Basal order Monhysterida

* Class Dorylaimea

* Class Enoplea

* 胞管腎綱（Secernentea）
  
* 雙胃線蟲亞綱（Diplogasteria）：可能與小桿亞綱為並系群
  
* 小桿亞綱 Rhabditia：可能為並系群
  
* 旋尾亞綱 Spiruria
  
* 墊刃亞綱 Tylenchia：可能與小桿亞綱為並系群

* "Chromadorea" assemblage

2006 年分類

基於對多種線蟲的小亞基 rDNA 序列幾乎全長的分析，線蟲被認為應該包含至少 12 個支序：
包括秀麗隱桿線蟲（_Caenorhabditis elegans_）和幾乎所有主要動植物的寄生蟲在內的胞管腎綱冠群，在有腺綱內非常突出。

有關對線蟲動物門的系統學研究仍在改進中，這包括到分析 959 條線蟲的基因。

現時世上所有線蟲物種的完整列表，可參看《World Species Index:Nematoda》這本書。

2011 年分類

來自 Hodda (2011) 對整個線蟲動物門的重新分類是這類動物最新的更新。在這個更新裡，舊有的絕大多數分類都被歸到色矛綱（Chromadorea）之下；而與色矛綱同級的還有矛線綱（Dorylaimea）及刺嘴綱（Enoplea）。

2013 年分類

Liu 等人 (2013) 一項有關粒線體 DNA 的研究認為下列的分類為合理：


* 矛線亞綱 Dorylaimia

* orders Rhabditida, Trichinellida and Mermithida

* suborder Rhabditina

* infraorders Spiruromorpha and Oxyuridomorpha

The Ascaridomorpha, Rhabditomorpha and Diplogasteromorpha appear to be related.

The suborders Spirurina and Tylenchina and the infraorders Rhabditomorpha, Panagrolaimomorpha and Tylenchomorpha are paraphytic.

The monophyly of the Ascaridomorph is uncertain.



注釋



參考文獻



參看


* 線蟲動物門

* 線形蟲動物門