裸鰓類的譜系學分類

裸鰓類的譜系學分類仍在研究中。一般來說，本支序的物種大致可以分為有角鰓類和無角鰓類兩大類，但若以物種的豐盛度來看，則以海牛類 (裸鰓類)及簑海牛類兩大分類最豐富。不同的文獻對這兩大分類所包含的物種有所出入。以下為最新的分類及過往歷史上曾經出現的主流分類。

## 概說

裸鰓目原是後鰓目的成員，其科學分類到現在仍在研究中，仍不時會有改動。從18S核醣體DNA的資料顯示，裸鰓類應該是一個單系群。傳統上，裸鰓類的分類如下：

- 花鰓類 Anthobranchia
- 海牛總科 Doridoidea：又名隱鰓類
- Doridoxoidea
- Onchidoridoidea
- 多角總科 Polyceroidea
- 枝鰓類 Cladobranchia
- 蓑海牛總科 Aeolidioidea
- 片鰓海蛞蝓總科 Arminoidea
- 枝背海牛總科 Dendronotoidea
- 後片鰓海蛞蝓總科 Metarminoidea

另一項2001年的研究卻發現裸鰓類應該分為兩個主要分支：

- Anthobranchia（只包括Bathydoridoidea及海牛總科 Doridoidea）
- Dexiarchia nom. nov.（Doridoxoidea、Dendronotoidea、Aeolidoidea及Arminoidea）

### 2005年分類

裸鰓類是異鰓類內物種分類最複雜的：單單是總科以上的就有六個支序。根據2005年的《布歇特和洛克羅伊的腹足類分類》，裸鰓類裸鰓類亞支序（Nudibranchia）大致可以分為下列三個部份：

- 有角鰓類支序（Euctinidiacea）
- 無角鰓類支序（Dexiarchia）
- 總科地位未定
- Family Rhodopidae

#### 總科與科

- 枝背海牛總科 Dendronotina
- 三歧海牛科 Tritoniidae Lamarck, 1809
- Marianinidae
- Lomanotidae
- Scyllaeidae
- Hancockiidae
- 枝背海牛科 Dendronotidae
- 二列鰓海牛科 Bornellidae
- Tethyidae
- Dotoidae
- Phylliroidae
- 片鰓海蛞蝓總科 Arminoidea
- Pachygnatha
- Madrellidae
- Dironidae
- Zephyrinidae
- Leptognatha
- Goniaeolididae
- Charcotiidae
- Heroidae
- Euarminiacea
- Heterodorididae
- Doridomorphidae
- 片鰓海蛞蝓科 Arminidae
- Lemindidae
- 蓑海牛總科 Aeolidioidea
- Pleuroprocta
- Notaeolidiidae
- Coryphellidae
- Nossidae
- 扇羽鰓科 Flabellinidae Bergh, 1889
- Protaeolidiellidae
- Pleurolidiidae
- Acleioprocta
- Pseudovermidae
- Tergipedidae
- 菲納鰓科 Fionidae Gray, 1857
- Calmidae
- Eubranchidae
- Cumanotinae
- Eubranchinae
- Cleioprocta
- 蓑海牛科 Aeolidiidae
- Myrrhinidae
- 海神鰓科 Glaucidae
- Babakininae
- 灰翼亞科 Facelininae
- Favorininae
- Pteraeolidiinae
- Glaucinae
- Crateninae
- Herviellinae

### 2017年分類

根據2017年12月出版的最新分類，裸鰓類從原來的不分等支序改為目級分類單元，依然是裸側類支序的成員，而裸側類亦升為總目級分類單元；但在本分類裸側類不再是直接隸屬直神經類，而是與露齒螺總目共同組成Ringipleura Subterclass這個新成立的分類單元。裸鰓類依然分為枝鰓亞目和海牛亞目兩個亞目：

- 枝鰓亞目 Cladobranchia
- Marianinidae
- Hancockiidae
- 蓑海牛總科 Aeolidioidea Gray, 1827
- 片鰓海蛞蝓總科 Arminoidea Iredale & O'Donoghue, 1923 (1841)
- 枝背海牛總科 Dendronotoidea Allman, 1845：原來的枝背海牛類（Dendronotina）
- 枝背海牛科 Dendronotidae Allman, 1845
- Gray, 1853
- MacFarland, 1923
- Bergh, 1890
- Alder & Hancock, 1855
- Rafinesque, 1815
- Superfamily Doridoxoidea Bergh, 1899
- 菲納鰓總科 Fionoidea Gray, 1857
- 扇羽鰓總科 Flabellinoidea Bergh, 1889
- Superfamily Proctonotoidea Gray, 1853
- 三歧海牛總科 Tritonioidea Lamarck, 1809
- 總科地位未定
- 二列鰓海牛科 Bornellidae
- 海牛亞目 Doridina
- Infraorder Bathydoridoidei
- Superfamily Bathydoridoidea Bergh, 1891
- 海牛下目 Doridoidei
- 海牛總科 Doridoidea Rafinesque, 1815
- Family Actinocyclidae O'Donoghue, 1929
- Family Cadlinidae Bergh, 1891
- 多彩海麒麟科 Chromodorididae Bergh, 1891
- Family Discodorididae Bergh, 1891
- Family Dorididae Rafinesque, 1815
- Subfamily Miamirinae Bergh, 1891
- Superfamily Onchidoridoidea Gray, 1827（= Phanerobranchiata Suctoria）
- Family Akiodorididae Millen & Martynov, 2005
- Family Calycidorididae Roginskaya, 1972
- Family Corambidae Bergh, 1871
- Family Goniodorididae H. Adams & A. Adams, 1854
- Family Onchidorididae Gray, 1827
- 葉海牛總科 Phyllidioidea Rafinesque, 1814
- 枝鰓海麒麟科 Dendrodorididae O'Donoghue, 1924 (1864)
- Family Mandeliidae Valdés & Gosliner, 1999
- 葉海牛科 Phyllidiidae Rafinesque, 1814
- 多角總科 Polyceroidea Alder & Hancock, 1845（= Phanerobranchiata Non Suctoria）
- Family Aegiridae
- 六鰓海麒麟科 Hexabranchidae：又名六鰓海牛科
- 優美海麒麟科 Okadaiidae
- 多角海牛科 Polyceridae Alder & Hancock, 1845：又名多角海麒麟科)，併入了Gymnodorididae Odhner, 1941。