真菌分類系統

真菌分類系統是關於真菌的科學分類法。19世紀至今，各學者對真菌的分類不盡相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分類系統。

## 貝西分類系統

1935年，恩斯特·貝西（Ernst Bessey）出版了美國第一本真菌學教科書。1950年，又出版了《真菌的形態和分類》一書，其中包含了他所創的「三綱一類」分類系統。

- 菌蟲 Mycetozoa
- 藻狀菌綱 Phycomyceteae
- 產子實體真菌類 Capormyceteae
- 子囊菌綱 Ascomyceteae
- 核菌 Pyrenomycetes
- 擔子菌綱 Basidomyceteae
- 冬孢亞綱 Teliosporae
- 異擔子亞綱 Heterobasidiae
- 層菌亞綱 Hymenomyceteae
- 腹菌亞綱 Gasteromyceteae
- 半知菌類 Imperfect Fungi
- 叢梗孢目 Moniliales
- 球殼孢目 Sphaeropsidales
- 黑盤孢目 Melanconiales

## 馬丁分類系統

喬治·威拉德·馬丁（George Willard Martin）繼承了「三綱一類」的分類系統，並作了細化。

- 藻類 Algal group
- 菌類 Fungal group
- 集胞黏菌目 Acrasiales
- 網黏菌目 Labyrinthulales
- 根腫菌目 Plasmodiophorales
- 黏菌門 Myxomycetes
- 真菌門 Eumycetes
- 藻狀菌綱 Phycomycetes
- 毛菌亞綱 Trichomycetes
- 卵菌亞綱 Oomycetes
- 接合菌亞綱 Zygomycetes
- 子囊菌綱 Ascomycetes
- 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
- 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
- 異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetes
- 同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetes
- 半知菌類 Fungi Imperfecti

## 亞歷克索普洛斯分類系統

亞歷克索普洛斯（Alexopoulos）對之前混亂的分類單元名稱進行了規範。其1952年的分類系統沿襲了「三綱一類」的分類系統。而1962年的分類系統開始放棄「三剛一類」的分類系統，將藻狀菌綱分為6綱。

### 亞歷克索普洛斯1952年分類系統

- 黏菌門 Myxomycophyta
- 黏菌綱 Myxomyceteae
- 根腫菌綱 Plasmodiophoreae
- 集胞黏菌綱 Acrasieae
- 真菌門 Eumycophyta
- 藻狀菌綱 Phycomycetes
- 單鞭毛菌組 Uniflagellatae
- 雙鞭毛菌組 Biflagellatae
- 無鞭毛菌組 Aplanatae
- 子囊菌綱 Ascomycetes
- 原子囊菌亞綱 Protoascomycetes
- 真子囊菌亞綱 Euascomycetes
- 不整子囊菌組 Plectoascomycetes
- 果子囊菌組 Pyenomycetes
- 盤子囊菌組 Disomycetes
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
- 半擔子菌亞綱 Hemibasidiomycetes
- 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetes
- 半知菌類 Deuteromycetes

### 亞歷克索普洛斯1962年分類系統

- 真菌門 Mycota
- 黏菌亞門 Myxomycotina
- 黏菌綱 Myxomycetes
- 真菌亞門 Eumycotina
- 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
- 壺菌綱 Chytridiomycetes
- 絲壺菌綱 Hyphochytriomycetes
- 卵菌綱 Oomycetes
- 接合菌綱 Zygomycetes
- 毛菌綱 Trichomycetes
- 子囊菌綱 Ascomycetes
- 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
- 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
- 不整子囊菌 Plectomycetes
- 核菌 Pyrenomycetes
- 盤菌 Discomycetes
- 蟲囊菌 Laboulbeniomycetes
- 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
- 異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetidae
- 同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetidae
- 層菌 Hymenomycetes
- 腹菌 Gasteromycetes
- 半知菌綱 Deuteromycetes

### 亞歷克索普洛斯1979年分類系統

- 真菌界 Myceteae
- 裸菌門 Gymnomycota
- 集胞裸菌亞門 Acrasiogymnomycotina
- 集胞菌綱 Acrasiomycets
- 原質體裸菌亞門 Plasmodiogymnomycotina
- 原柄菌綱 Protosteliomycetes
- 黏菌綱 Myxomycetes
- 鞭毛菌門 Mastigomycota
- 單鞭毛菌亞門 Haplomastigomycotina
- 壺菌綱 Chytridiomycetes
- 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
- 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
- 雙鞭毛菌亞門 Diplomastigomycotina
- 卵菌綱 Oomycetes
- 無鞭毛菌門 Amastigomycota
- 接合菌亞門 Zygomycotina
- 接合菌綱 Zygomycetes
- 毛菌綱 Trichomycetes
- 子囊菌亞門 Ascomycotina
- 子囊菌綱 Ascomycetes
- 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
- 不整子囊菌亞綱 Plectomycetidae
- 層囊菌亞綱 Hemenoascomycetidae
- 核菌 Pyrenomycetes
- 盤菌 Discomycetes
- 蟲囊菌亞綱 Laboulbeniomycetidae
- 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
- 擔子菌亞門 Basidiomycotina
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
- 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
- 層擔子菌 Hemenomycetes
- 腹菌 Gasteromycetes
- 有隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
- 冬孢菌亞綱 Teliomycetidae
- 半知菌亞門 Deuteromycotina
- 半知菌形式綱 Deuteromycetes
- 芽孢亞綱 Blastomycetidae
- 絲孢亞綱 Hyphomycetidae
- 腔孢亞綱 Coelomycetidae

## 安斯沃斯分類系統

安斯沃斯分類系統採用了五界系統學說，在20世紀七八十年代廣泛使用。安斯沃斯分類系統與亞歷克索普洛斯分類系統較相似，其區別在於建立了3個新亞門，鞭毛菌亞門、接合菌亞門和半知菌亞門，並將子囊菌分為6個綱，半知菌亞門設3個綱。

- 真菌界 Fungi
- 黏菌門 Myxomycota
- 集胞黏菌綱 Acrasiomycetes
- 黏菌綱 Myxomycetes
- 水生黏菌綱 Hydromyxomycetes
- 根腫菌綱 Plasmodiophoromyecetes
- 真菌門 Eumycota
- 鞭毛菌亞門 Mastigomycotina
- 壺菌綱 Chytridiomycetes
- 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
- 卵菌綱 Oomycetes
- 接合菌亞門 Zygomycotina
- 接合菌綱 Zygomycetes
- 毛菌綱 Trichomycetes
- 子囊菌亞門 Ascomycotina
- 半子囊菌綱 Hemiascomycetes
- 不整子囊菌綱 Plectomycetes
- 核菌綱 Pyrenomycetes
- 盤菌綱 Discomycetes
- 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes
- 腔囊菌綱 Loculoascomycetes
- 擔子菌亞門 Basidiomycotina
- 冬孢菌綱 Teliomycetes
- 層菌綱 Hymenomycetes
- 隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
- 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
- 腹菌綱 Gasteromycetes
- 半知菌亞門 Deuteromycotina
- 芽孢綱 Blastomycetes
- 絲孢綱 Hyphomycetes
- 腔孢綱 Coelomycetes

## 卡弗利爾-史密斯分類系統

卡弗利爾-史密斯分類系統是最早體現出真菌是多界演化的分類系統之一。其將半知菌歸入到其有性階段的分類單元中。

- 原生動物界 Protozoa
- 菌蟲 Mycetozoa
- 藻界 Chromista
- 具長短鞭毛門 Heterokonta
- 真菌界 Fungi
- 古真菌門 Archemycota
- 壺菌綱 Chytridiomycetes
- 毛菌綱 Trichomycetes
- 接合菌綱 Zygomycetes
- 子囊菌門 Ascomycota
- 擔子菌門 Basidiomycota

## 巴爾分類系統

唐納德·J·S·巴爾（Donald J. S. Barr）1992年提出了巴爾分類系統。

- 原生動物界 Protozoa
- 黏菌門 Myxomycota
- 根腫菌門 Plasmodiophoromycota
- 藻界 Chromista
- 具長短鞭毛門 Heterokonta
- 假菌亞門 Pseudomycotina
- 卵菌綱 Oomycetes
- 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
- 網黏菌亞門 Labyrinthitina
- 網黏菌綱 Labyrinthiomycetes
- 真菌界 Fungi
- 壺菌門 Chytridiomycota
- 接合菌門 Zygomycota
- 子囊菌門 Ascomycota
- 擔子菌門 Basidiomycota

## 《真菌詞典》第9版分類系統

2001年出版的《真菌詞典》第9版分類系統，根據rDNA測序等技術對第8版分類系統進行了修訂。將子囊菌門分成6個綱，55個目，291個科；擔子菌門原有的32個目合併為16個目；擔子菌類酵母菌劃分到3個不同類群中。

- 原生動物界 Protozoa
- 黏菌門 Myxomycota
- 網柱黏菌綱 Dictyosteliomycetes
- 黏菌綱 Myxomycetes
- 原柱黏菌綱 Protosteliomycetes
- 根腫菌門 Plasmodiophoromycota
- 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
- 藻界 Chromista
- 絲壺菌門 Hyphochytriomycota
- 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
- 網黏菌門 Labyrinthumycota
- 網黏菌綱 Labyrinthumycetes
- 卵菌門 Oomycota
- 卵菌綱 Oomycetes
- 真菌界 Fungi
- 壺菌門 Chytridiomycota
- 壺菌綱 Chytridiomycetes
- 尾體菌綱 Rumpomycetes
- 接合菌門 Zygomycota
- 接合菌綱 Zygomycetes
- 毛菌綱 Trichomycetes
- 子囊菌門 Ascomycota
- 子囊菌綱 Ascomycetes
- 新床菌綱 Neolectomycetes
- 肺炎菌綱 Pneumocyctidomycetes
- 酵母菌綱 Saccharomycetes
- 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
- 外囊菌綱 Taphrinomycetes
- 擔子菌門 Basidiomycota
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
- 鏽菌綱 Urediniomycetes
- 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes

## 《真菌詞典》第10版分類系統

2008年出版的《真菌詞典》第10版分類系統，對第9版的分類系統做了很大的調整，收錄了2001年～2008年之間的研究成果。該版將真菌界劃分7個門，底下分36綱、140目、560科、8283屬、97861種：

- 真菌界 Fungi
- 壺菌門 Chytridiomycota
- 尾體菌綱 Rumpomycetes
- 壺菌綱 Chytridiomycetes
- 單毛壺菌綱 Monoblepharidomycetes（新）
- 芽枝霉門 Blastocladiomycota（新）
- 芽枝霉綱 Blastocladiomycetes（新）
- 新美鞭菌門 Neocallimastigomycota（新）
- 新美鞭菌綱 Neocallimastigomycetes（新）
- 球囊菌門 Glomeromycota（新）
- 球囊菌綱 Glomeromycetes（新）
- 接合菌門 Zygomycota
- 毛菌綱 Trichomycetes
- 接合菌綱 Zygomycetes
- 地位未定 Incertae sedis（亞界）
- 蟲黴菌亞門 Entomophthoromycotina
- 梳霉亞門 Kickxellomycotina
- 毛黴菌亞門 Mucoromycotina
- 捕蟲黴菌亞門 Zoopagomycotina
- 子囊菌門 Ascomycota
- 子囊菌綱 Ascomycetes
- 盤菌亞門 Pezizomycotina（=子囊菌亞門 Ascomycotina）
- 星裂菌綱 Arthoniomycetes（新）
- 座囊菌綱 Dothideomycetes（新）
- 散囊菌綱 Eurotiomycetes（新）
- 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes（新）
- 茶漬菌綱 Lecanoromycetes（新）
- 錘舌菌綱 Leotiomycetes（新）
- 異極菌綱 Lichinomycetes（新）
- 圓盤菌綱 Orbiliomycetes（新）
- 盤菌綱 Pezizomycetes（新）
- 糞殼菌綱 Sordariomycetes（新）
- 酵母菌亞門 Saccharomycotina
- 酵母菌綱 Saccharomycetes
- 外囊菌亞門 Taphrinomycotina
- 新床菌綱 Neolectomycetes（又譯無絲盤菌綱）
- 肺炎菌綱 Pneumocystidomycetes
- 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
- 外囊菌綱 Taphrinomycetes
- 擔子菌門 Basidiomycota
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
- 鏽菌綱 Urediniomycetes
- 傘菌亞門 Agaricomycotina
- 傘菌綱 Agaricomycetes（新）
- 花耳綱 Dacrymycetes（新）
- 銀耳綱 Tremellomycetes（新）
- 柄鏽菌亞門 Pucciniomycotina
- 傘型束梗孢菌綱 Agaricostilbomycetes（新）
- 小紡錘菌綱 Atractiellomycetes（新）
- Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
- 隱菌寄生菌綱 Cryptomycocolacomyctes（新）
- 囊擔子菌綱 Cystobasidiomycetes（新）
- 小葡萄菌綱 Microbotryomycetes（新）
- 混合菌綱 Mixiomycetes（新）
- 柄鏽菌綱 Pucciniomycetes（新）
- 黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina（新）
- 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes
- 地位未定 Incertae sedis（亞門）
- 節擔菌綱 Wallemiomycetes（新）

## 後來加入的新分類

- 真菌界 Fungi
- 子囊菌門 Ascomycota
- 盤菌亞門 Pezizomycotina（=子囊菌亞門 Ascomycotina）
- 地舌菌綱 Geoglossomycetes（參自地舌菌科 Geoglossaceae，譯名待查）
- 黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina
- 根腫黑粉菌綱 Entorrhizomycetes
- 外擔子菌綱 Exobasidiomycetes