古菌分類表

本表參照基因組分類學資料庫（GTDB）之分類（版本：v232，2026年4月15日）。此版本共涵蓋24個古菌門、2669個古菌屬，共計10122個古菌物種。本表依照各分類階層字首字母排序，順序非反映古菌間親緣關係。

中文名稱採用慣例以及拉丁名直接意譯，拉丁文意譯參考 原核生物名稱(英文)網站。

本表採用基因組分類學資料庫架構，列舉鹽桿菌門（Halobacteriota）、熱原體門（Thermoplasmatota）、甲烷桿菌門（Methanobacteriota）為三個獨立門，在原核生物標準命名列表（LPSN）架構下則三者皆為甲烷桿菌門（Methanobacteriota）的異模式異名。

## 迷古菌門（Aenigmatarchaeota）

### 迷古菌綱（Aenigmatarchaeia）

- 迷古菌目（Aenigmatarchaeales）

## 深古菌門（Altiarchaeota）

### 深古菌綱（Altiarchaeia）

- 深谷菌目（Altiarchaeales）

## 阿斯加德古菌門（Asgardarchaeota）

### 阿斯加德古菌綱（Asgardarchaeia）

- 阿斯加德古菌目（Asgardarchaeales）

### 阿塔貝古菌綱（Atabeyarchaeia）

- 阿塔貝古菌目（Atabeyarchaeales）

### 巴德爾古菌綱（Baldrarchaeia）

- 巴爾德古菌目（Baldrarchaeales）

### 海姆達爾古菌綱（Heimdallarchaeia）

- 海姆達爾古菌目（Heimdallarchaeales）
- 霍德古菌目（Hodarchaeales）

### 埃爾默德古菌綱（Hermodarchaeia）

- 埃爾默德古菌目（Hermodarchaeales）

### 喬爾迪古菌綱（Jordiarchaeia）

- 喬爾迪古菌目（Jordiarchaeales）

### 洛基古菌綱（Lokiarchaeia）

- 海拉古菌目（Helarchaeales）
- 希格恩古菌目（Sigynarchaeales）
- 普羅米修斯古菌科（Promethearchaeia）

### 尼奧爾德古菌綱（Njordarchaeia）

- 尼奧爾德古菌目（Njordarchaeales）

### 奧丁古菌綱（Odinarchaeia）

- 奧丁古菌目（Odinarchaeales）

### 西芙古菌綱（Sifarchaeia）

- 博爾古菌目（Borrarchaeales）
- 西芙古菌目（Sifarchaeales）

### 索爾古菌綱（Thorarchaeia）

- 索爾古菌目（Thorarchaeales）

### 悟空古菌綱（Wukongarchaeia）

- 悟空古菌目（Wukongarchaeales）

## 哈德古菌門（Hadarchaeota）

### 哈德古菌綱（Hadarchaeia）

- 哈德古菌目（Hadarchaeales）

## 鹽桿菌門（Halobacteriota）

### 鹽桿菌綱（Halobacteria）

- 鹽桿菌目（Halobacteriales）
- 阿法古菌科（Afararchaeaceae）
- 鹽適應古菌科（Haladaptataceae）
- 鹽嗜鹼球菌科（Halalkalicoccaceae）
- 海環古菌科（Haloarculaceae）
- 鹽桿菌科（Halobacteriaceae）
- 鹽厭氧古菌屬（Halanaeroarchaeum）
- 鹽古菌屬（Halarchaeum）
- 鹽桿菌屬（Halobacterium）
- 鹽算菌屬（Halocalculus）
- 鹽硫還古菌屬（Halodesulfurarchaeum）
- 鹽貌菌屬（Halospeciosus）
- 海鹽古菌屬（Salarchaeum）
- 鹽球菌科（Halococcaceae）
- 鹽富饒菌科（Haloferacaceae）
- 鹽魯提古菌科（Halorutilaceae）
- 希克古菌科（Hikarchaeaceae）
- 鹽無色菌科（Natrialbaceae）
- 鹽古菌科（Natronoarchaeaceae）
- 薩琳古菌科（Salinarchaeaceae）

### 甲烷微菌綱（Methanomicrobia）

- 甲烷微菌目（Methanomicrobiales）

### 甲烷八疊球菌綱（Methanosarcinia）

- 甲烷八疊球菌目（Methanosarcinales）
- 嗜甲烷古菌科（Methanocomedenaceae）
- 嗜甲烷古菌科（Methanocomedens）
- 海洋甲烷菌屬（Methanomarinus）
- 甲烷胃古菌科（Methanogasteraceae）
- 甲烷胃古菌屬（Methanogaster）
- 甲烷吞噬古菌科（Methanoperedenaceae）
- 甲烷吞噬古菌屬（Methanoperedens）
- 甲烷八疊球菌科（Methanosarcinaceae）
- 甲烷微球菌屬（Methanimicrococcus）
- 甲烷擬球菌屬（Methanococcoides）
- 甲烷碎屑菌屬（Methanofrustulum）
- 甲烷鹽菌屬（Methanohalobium）
- 甲烷嗜鹽菌屬（Methanohalophilus）
- 甲烷葉菌屬（Methanolobus）
- 甲烷食甲基菌屬（Methanomethylovorans）
- 甲烷鹹菌屬（Methanosalsum）
- 甲烷八疊球菌屬（Methanosarcina）
- 食甲烷菌屬（Methanovorans）
- 甲烷絲菌目（Methanotrichales）
- 甲烷絲菌科（Methanotrichaceae）
- 目未定（DSM-18856）
- 甲烷熱球菌科（Methermicoccaceae）
- 甲烷熱球菌屬（Methermicoccus）

## 胡伯古菌門（Huberarchaeota）

### 胡伯古菌綱（Huberarchaeia）

- 胡伯古菌目（Huberarchaeales）

## 熱泉古菌門（Hydrothermarchaeota）

### 熱泉古菌綱（Hydrothermarchaeales）

- 熱泉古菌目（Hydrothermarchaeales）

## 伊恩古菌門（Iainarchaeota）

### 伊恩古菌綱（Iainarchaeia）

- 伊恩古菌目（Iainarchaeales）

## 初古菌門（Korarchaeota）

### 初古菌綱（Korarchaeia）

- 初古菌目（Korarchaeales）

## 甲烷桿菌門（Methanobacteriota）

### 甲烷桿菌綱（Methanobacteria）

- 甲烷桿菌目（Methanobacteriales）
- 甲烷桿菌科（Methanobacteriaceae）
- Methanacia
- Methanarmilla
- 甲烷桿菌屬（Methanobacterium）
- 甲烷小桿菌屬（Methanobaculum）
- Methanobinarius
- 甲烷短桿菌屬（Methanobrevibacter）
- Methanocatella
- 甲烷柔菌屬（Methanoflexus）
- Methanorudis
- 甲烷球型菌屬（Methanosphaera）
- 甲烷螺旋菌屬（Methanovirga）
- 甲烷熱桿菌科（Methanothermobacteraceae）
- 甲烷熱桿菌屬（Methanothermobacter）
- 目未定（DSM-2088）
- 甲烷嗜熱菌科（Methanothermaceae）
- 甲烷嗜熱菌屬（Methanothermus）

### 熱球菌綱（Thermococci）

- 甲烷難養菌目（Methanofastidiosales）
- 甲烷難養菌科（Methanofastidiosaceae）
- 熱球菌目（Thermococcales）
- 熱球菌科（Thermococcaceae）
- 古球菌屬（Palaeococcus）
- 火球菌屬（Pyrococcus）
- 熱球菌屬（Thermococcus）

## 微古菌門（Micrarchaeota）

### 微古菌綱（Micrarchaeia）

- 安斯頓古菌目（Anstonellales）
- 布拉古菌目（Buraarchaeales）
- 微古菌目（Micrarchaeales）
- 諾榮加古菌目（Norongarragalinales）

## 納鹽古菌門（Nanohalarchaeota）

### 納鹽古菌綱（Nanosalinia）

- 納鹽古菌目（Nanosalinales）

## 熱原體門（Thermoplasmatota）

### 熱原體綱（Thermoplasmata）

- 鹽古原體目（Halarchaeoplasmatales）
- 酸土原體目（Lutacidiplamatales）
- 甲烷馬賽球菌目（Methanomassiliicoccales）
- 甲烷馬賽球菌科（Methanomassiliicoccaceae）
- 甲烷嗜甲基菌科（Methanomethylophilaceae）
- 中山原體目（Sysuiplasmatales）
- 熱原體目（Thermoplasmatales）
- 熱原體科（Thermoplasmataceae）
- 酸原體屬（Acidiplasma）
- 穴原體屬（Cuniculiplasma）
- 鐵原體屬（Ferroplasma）
- 氧原體屬（Oxyplasma）
- 嗜酸菌屬（Picrophilus）
- 熱裸單胞菌屬（Thermogymnomonas）
- 熱原體屬（Thermoplasma）

## 熱變形菌門（Thermoproteota）

### 熱變形菌綱（Thermoprotei）

- 地古菌目（Gearchaeales）
- 熱絲菌目（Thermofilales）
- 熱變形菌目（Thermoproteales）

### 熱變形菌綱_A（Thermoprotei_A）

- 火星古菌目（Marsarchaeales）
- 硫化葉菌目（Sulfolobales）
- 酸葉菌科（Acidilobaceae）
- 硫還原球菌科（Desulfurococcaceae）
- 費爾維迪球菌科（Fervidicoccaceae）
- 燃球菌科（Ignicoccaceae）
- 燃球體科（Ignispheraceae）
- 熱網菌科（Pyrodictiaceae）
- 硫化葉菌科（Sulfolobaceae）

## 溫蒂古菌門（Undinarchaeota）

### 溫蒂古菌綱（Undinarchaeia）

- 溫蒂古菌目（Undinarchaeales）

## 未定門

### 甲烷嗜高熱菌綱（Methanopyri）

- 甲烷嗜高熱菌目（Methanopyrales）
- 甲烷嗜高熱菌科（Methanopyraceae）
- 甲烷嗜高熱菌屬（Methanopyrus）