細菌分類表

本表以原核生物標準命名列表（LPSN）的分類爲基礎（當前版本2024年1月13日），此分類代表原核生物分類的權威雜誌IJSEM的分類系統，同時參考美國國家生物技術資訊中心分類（NCBI Taxonomy）。但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版以及中國典型培養物保藏中心（CCTCC），拉丁文意譯參考 原核生物名稱(英文)網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。一些分類單元已經更名，但是中文名稱卻沒有更新，本表將沿用其舊名稱直至有新名稱發布。

本表僅列至科級。

## 遙遠杆狀菌門（Abditibacteriota）

### 遙遠杆狀菌綱（Abditibacteriia）

- 遙遠杆狀菌目（Abditibacteriales）
- 遙遠杆狀菌科（Abditibacteriaceae）

## 酸桿菌門（Acidobacteriota）

### 出芽小鏈菌綱（Blastocatellia）

- 出芽小鏈菌目（Blastocatellales）
- 沙質土微菌科（Arenimicrobiaceae）
- 出芽小鏈菌科（Blastocatellaceae）
- 棲火山單胞菌科（Pyrinomonadaceae）
- 目未定
- 科未定

### 全噬菌綱（Holophagae）

- 石鱉桿菌目（Acanthopleuribacterales）
- 石鱉桿菌科（Acanthopleuribacteraceae）
- 全噬菌目（Holophagales）
- 全噬菌科（Holophagaceae）
- 嗜熱香腸狀菌目（Thermotomaculales）
- 嗜熱香腸狀菌科（Thermotomaculaceae）
- 目未定
- 科未定

### 酸桿菌綱（Terriglobia）

- 蘚桿菌目（Bryobacterales）
- 蘚桿菌科（Bryobacteraceae）
- 酸桿菌目（Terriglobales）
- 酸桿菌科（Acidobacteriaceae）
- 科未定

### 嗜熱厭氧杆狀菌綱（Thermoanaerobaculia）

- 嗜熱厭氧杆狀菌目（Thermoanaerobaculales）
- 嗜熱厭氧杆狀菌科（Thermoanaerobaculaceae）
- 目未定

### 嗜鄰聚桿菌綱（Vicinamibacteria）

- 嗜鄰聚桿菌目（Vicinamibacterales）
- 嗜鄰聚桿菌科（Vicinamibacteraceae）

## 放線菌門（Actinobacteria）

### 酸微菌綱（Acidimicrobiia）

- 酸微菌目（Acidimicrobiales）
- 酸微菌科（Acidimicrobiaceae）
- 東大應微所菌科（Iamiaceae）
- 螢光桿菌科（Ilumatobacteraceae）
- 目未定

### 放線菌綱（Actinomycetes）（高G+C革蘭氏陽性菌）

- 熱酸菌目（Acidothermales）
- 熱酸菌科（Acidothermaceae）
- 放線菌目（Actinomycetales）
- 放線菌科（Actinomycetaceae）
- 科未定
- 雙歧桿菌目（Bifidobacteriales）
- 雙歧桿菌科（Bifidobacteriaceae）
- 細鏈孢菌目（Catenulisporales）
- 叢生放線菌科（Actinospicaceae）
- 細鏈孢菌科（Catenulisporaceae）
- 隱孢囊菌目（Cryptosporangiales）
- 隱孢囊菌科（Cryptosporangiaceae）
- 弗蘭克氏菌目（Frankiales）
- 弗蘭克氏菌科（Frankiaceae）
- Vallicoccaceae
- 地嗜皮菌目（Geodermatophilales）
- 天然洞穴球菌科（Antricoccaceae）
- 地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）
- 糖黴菌目（Glycomycetales）
- 糖黴菌科（Glycomycetaceae）
- 居麻瘋樹菌目（Jatrophihabitantales）
- 居麻瘋樹菌科（Jatrophihabitantaceae）
- 姜氏菌目（Jiangellales）
- 姜氏菌科（Jiangellaceae）
- 動孢菌目（Kineosporiales）
- 動孢菌科（Kineosporiaceae）
- 北里孢菌目（Kitasatosporales）
- 鏈黴菌科（Streptomycetaceae）
- 微球菌目（Micrococcales）
- 獲山氏菌科（Beutenbergiaceae）
- 博戈里亞湖菌科（Bogoriellaceae）
- 短桿菌科（Brevibacteriaceae）
- 纖維單胞菌科（Cellulomonadaceae）
- 去甲基醌菌科（Demequinaceae）
- 皮桿菌科（Dermabacteraceae）
- 皮生球菌科（Dermacoccaceae）
- 嗜皮菌科（Dermatophilaceae）
- 間孢囊菌科（Intrasporangiaceae）
- 瓊斯氏菌科（Jonesiaceae）
- 皮球菌科（Kytococcaceae）
- 微桿菌科（Microbacteriaceae）
- 微球菌科（Micrococcaceae）
- 鳥氨酸微菌科（Ornithinimicrobiaceae）
- 原小單孢菌科（Promicromonosporaceae）
- 稀有桿菌科（Rarobacteraceae）
- 阮氏菌科（Ruaniaceae）
- 科未定
- 小單孢菌目（Micromonosporales）
- 小單孢菌科（Micromonosporaceae）
- 運動桿菌目（Motilibacterales）
- 運動桿菌科（Motilibacteraceae）
- 分枝桿菌目（Mycobacteriales）
- 棒狀桿菌科（Corynebacteriaceae）
- 迪茨氏菌科（Dietziaceae）
- 戈登氏菌科（Gordoniaceae）
- 保羅勞森菌科（Lawsonellaceae）
- 分枝桿菌科（Mycobacteriaceae）
- 諾卡氏菌科（Nocardiaceae）
- 慢反應脂肪酸菌科（Segniliparaceae）
- 冢村氏菌科（Tsukamurellaceae）
- 中村氏菌目（Nakamurellales）
- 中村氏菌科（Nakamurellaceae）
- 丙酸桿菌目（Propionibacteriales）
- 放線多形菌科（Actinopolymorphaceae）
- 克里布所菌科（Kribbellaceae）
- 類諾卡氏菌科（Nocardioidaceae）
- 丙酸桿菌科（Propionibacteriaceae）
- 偽諾卡氏菌目（Pseudonocardiales）
- 偽諾卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）
- 孢魚菌目（Sporichthyales）
- 孢魚菌科（Sporichthyaceae）
- 孢囊菌目（Streptosporangiales）
- 擬諾卡氏菌科（Nocardiopsidaceae）
- 孢囊菌科（Streptosporangiaceae）
- 高溫單孢菌科（Thermomonosporaceae）
- 特熱邦菌科（Treboniaceae）
- 科未定

### 紅蝽菌綱（Coriobacteriia）

- Anaerosomatales
- Anaerosomataceae
- 紅蝽菌目（Coriobacteriales）
- 奇異菌科（Atopobiaceae）
- 紅蝽菌科（Coriobacteriaceae）
- 科未定
- 伊格爾茲氏菌目（Eggerthellales）
- 伊格爾茲氏菌科（Eggerthellaceae）

### 腈基降解菌綱（Nitriliruptoria）

- 生地所桿菌目（Egibacterales）
- 生地所桿菌科（Egibacteraceae）
- 生地所球菌目（Egicoccales）
- 生地所球菌科（Egicoccaceae）
- 尤澤比氏菌目（Euzebyales）
- 尤澤比氏菌科（Euzebyaceae）
- 腈基降解菌目（Nitriliruptorales）
- 腈基降解菌科（Nitriliruptoraceae）
- Salsipaludibacterales
- Salsipaludibacteraceae

### 紅色桿菌綱（Rubrobacteria）

- 紅色桿菌目（Rubrobacterales）
- 紅色桿菌科（Rubrobacteraceae）

### 嗜熱油菌綱（Thermoleophilia）

- 蓋亞女神菌目（Gaiellales）
- 蓋亞女神菌科（Gaiellaceae）
- Miltoncostaeales
- Miltoncostaeaceae
- 土壤紅桿菌目（Solirubrobacterales）
- 長白山菌科（Baekduiaceae）
- Capillimicrobiaceae
- 束縛菌科（Conexibacteraceae）
- 副束縛菌科（Paraconexibacteraceae）
- 小土壤桿菌科（Parviterribacteraceae）
- 擴展桿菌科（Patulibacteraceae）
- 土壤紅桿菌科（Solirubrobacteraceae）
- 嗜熱油菌目（Thermoleophilales）
- 嗜熱油菌科（Thermoleophilaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 產水菌門（Aquificota）

### 產水菌綱（Aquificia）

- 產水菌目（Aquificales）
- 產水菌科（Aquificaceae）
- 熱產水菌科（Hydrogenothermaceae）
- 硫還原小桿菌目（Desulfurobacteriales）
- 硫還原小桿菌科（Desulfurobacteriaceae）

## 裝甲菌門（Armatimonadota）

### 裝甲菌綱（Armatimonadia）

- 裝甲菌目（Armatimonadales）
- 裝甲菌科（Armatimonadaceae）
- 莢膜單胞菌目（Capsulimonadales）
- 莢膜單胞菌科（Capsulimonadaceae）

### 土地單胞菌綱（Chthonomonadia）

- 土地單胞菌目（Chthonomonadales）
- 土地單胞菌科（Chthonomonadaceae）

### 傘單胞菌綱（Fimbriimonadia）

- 傘單胞菌目（Fimbriimonadales）
- 傘單胞菌科（Fimbriimonadaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 暗黑菌門（Atribacterota）

### 暗黑菌綱（Atribacteria）

- 暗黑菌目（Atribacterales）
- 暗黑菌科（Atribacteraceae）

## 芽孢桿菌門（Bacillota）

### 芽孢桿菌綱（Bacilli）

- 核衣細菌目（Caryophanales）
- 脂環酸芽孢桿菌科（Alicyclobacillaceae）
- 芽孢桿菌科（Bacillaceae）
- 核衣細菌科（Caryophanaceae）
- 脫硫芽胞桿菌科（Desulfuribacillaceae）
- 李斯特菌科（Listeriaceae）
- 類芽孢桿菌科（Paenibacillaceae）
- 巴斯德氏菌科（Pasteuriaceae）
- 芽孢乳桿菌科（Sporolactobacillaceae）
- 葡萄球菌科（Staphylococcaceae）
- 熱放線菌科（Thermoactinomycetaceae）
- 科未定
- 乳桿菌目（Lactobacillales）
- 氣球菌科（Aerococcaceae）
- 肉桿菌科（Carnobacteriaceae）
- 腸球菌科（Enterococcaceae）
- 乳桿菌科（Lactobacillaceae）
- 鏈球菌科（Streptococcaceae）
- 目未定
- 科未定

### 梭菌綱（Clostridia）

- 真細菌目（Eubacteriales）
- Aristaeellaceae
- 熱糞桿菌科（Caldicoprobacteraceae）
- 克里斯滕森氏菌科（Christensenellaceae）
- 梭菌科（Clostridiaceae）
- 廢水桿菌科（Defluviitaleaceae）
- 脫亞硫酸菌科（Desulfitobacteriaceae）
- 真細菌科（Eubacteriaceae）
- 纖細桿菌科（Gracilibacteraceae）
- 太陽桿菌科（Heliobacteriaceae）
- 毛螺菌科（Lachnospiraceae）
- 顫螺菌科（Oscillospiraceae）
- 消化球菌科（Peptococcaceae）
- 嗜腖菌科（Peptoniphilaceae）
- 消化鏈球菌科（Peptostreptococcaceae）
- 噬蛋白質菌科（Proteinivoracaceae）
- 共生小桿菌科（Symbiobacteriaceae）
- 互營單胞菌科（Syntrophomonadaceae）
- 溪谷桿菌科（Vallitaleaceae）
- 解木聚糖杆狀菌科（Xylanivirgaceae）
- 科未定
- 鹽厭氧菌目（Halanaerobiales）
- 鹽厭氧菌科（Halanaerobiaceae）
- 鹽擬桿菌科（Halobacteroidaceae）
- 科未定
- Koleobacterales
- Koleobacteraceae
- 鹽鹼厭氧菌目（Natranaerobiales）
- 鹽鹼厭氧菌科（Natranaerobiaceae）
- Natranaerofabaceae
- 熱厭氧菌目（Thermoanaerobacterales）
- 熱厭氧菌科（Thermoanaerobacteraceae）
- 熱脫硫菌科（Thermodesulfobiaceae）
- 趙一章菌科（Zhaonellaceae）
- 科未定
- 熱沉積物菌目（Thermosediminibacterales）
- 溫暖厭氧桿菌科（Tepidanaerobacteraceae）
- 熱沉積物菌科（Thermosediminibacteraceae）
- 蒂西耶氏菌目（Tissierellales）
- Acidilutibacteraceae
- 戈特沙爾克氏菌科（Gottschalkiaceae）
- 蒂西耶氏菌科（Tissierellaceae）
- 目未定
- 科未定

### 吸血蠓桿菌綱（Culicoidibacteria）

- 吸血蠓桿菌目（Culicoidibacterales）
- 吸血蠓桿菌科（Culicoidibacteraceae）

### 丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）

- 丹毒絲菌目（Erysipelotrichales）
- 糞桿菌科（Coprobacillaceae）
- 丹毒絲菌科（Erysipelotrichaceae）
- 蘇黎世桿菌科（Turicibacteraceae）

### 湖線菌綱（Limnochordia）

- 湖線菌目（Limnochordales）
- 湖線菌科（Limnochordaceae）

### 厚壁菌綱（Negativicutes）

- 胺基酸球菌目（Acidaminococcales）
- 胺基酸球菌科（Acidaminococcaceae）
- 月形單孢菌目（Selenomonadales）
- 月形單孢菌科（Selenomonadaceae）
- 香蕉孢菌科（Sporomusaceae）
- 韋榮氏菌目（Veillonellales）
- 韋榮氏菌科（Veillonellaceae）

### 熱石桿菌綱（Thermolithobacteria）

- 熱石桿菌目（Thermolithobacterales）
- 熱石桿菌科（Thermolithobacteraceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 擬桿菌門（Bacteroidota）

### 擬桿菌綱（Bacteroidia）

- 擬桿菌目（Bacteroidales）
- 擬桿菌科（Bacteroidaceae）
- 浴室胞菌科（Balneicellaceae）
- 巴恩斯氏菌科（Barnesiellaceae）
- 營發酵單胞菌科（Dysgonomonadaceae）
- 慢生微菌科（Lentimicrobiaceae）
- 海絲菌科（Marinifilaceae）
- 海滑菌科（Marinilabiliaceae）
- 鼠杆狀菌科（Muribaculaceae）
- 臭氣桿菌科（Odoribacteraceae）
- 棲泥沼桿菌科（Paludibacteraceae）
- 紫單胞菌科（Porphyromonadaceae）
- 普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）
- 伸長桿菌科（Prolixibacteraceae）
- 理研菌科（Rikenellaceae）
- 鹽分枝菌科（Salinivirgaceae）
- 坦納氏菌科（Tannerellaceae）
- Tenuifilaceae
- 威廉惠特曼菌科（Williamwhitmaniaceae）
- 科未定

### 噬幾丁質菌綱（Chitinophagia）

- 噬幾丁質菌目（Chitinophagales）
- 噬幾丁質菌科（Chitinophagaceae）

### 噬纖維菌綱（Cytophagia）

- 噬纖維菌目（Cytophagales）
- 貝爾納代氏菌科（Bernardetiaceae）
- 卡特琳娜島單胞菌科（Catalinimonadaceae）
- 印科工桿菌科（Cesiribacteraceae）
- 圓桿菌科（Cyclobacteriaceae）
- 噬纖維菌科（Cytophagaceae）
- 火色桿菌科（Flammeovirgaceae）
- 屈撓桿菌科（Flexibacteraceae）
- 黃褐桿菌科（Fulvivirgaceae）
- 薄層桿菌科（Hymenobacteraceae）
- Mangrovivirgaceae
- 居海杆狀菌科（Marivirgaceae）
- 微顫菌科（Microscillaceae）
- 戈登摩爾基金菌科（Mooreiaceae）
- 桃色桿菌科（Persicobacteraceae）
- 雷尼氏菌科（Raineyaceae）
- 賴興巴赫氏菌科（Reichenbachiellaceae）
- 粉紅杆狀菌科（Roseivirgaceae）
- Shiellaceae
- 螺狀菌科（Spirosomataceae）
- 熱屈撓桿菌科（Thermoflexibacteraceae）
- 棲熱線菌（Thermonemataceae）
- 科未定

### 黃桿菌綱（Flavobacteriia）

- 黃桿菌目（Flavobacteriales）
- 蟑螂杆狀體科（Blattabacteriaceae）
- 藏紅花黃色線菌科（Crocinitomicaceae）
- 冷形菌科（Cryomorphaceae）
- 黃桿菌科（Flavobacteriaceae）
- 魚桿菌科（Ichthyobacteriaceae）
- Parvicellaceae
- 施萊費爾氏菌科（Schleiferiaceae）
- 威克斯氏菌科（Weeksellaceae）
- 科未定
- 目未定
- 科未定

### 腐敗螺旋菌綱（Saprospiria）

- 腐敗螺旋菌目（Saprospirales）
- 賴文氏菌科（Lewinellaceae）
- 腐敗螺旋菌科（Saprospiraceae）

### 鞘氨醇桿菌綱（Sphingobacteriia）

- 鞘氨醇桿菌目（Sphingobacteriales）
- Aurantibacillaceae
- 線杆狀菌科（Filobacteriaceae）
- 鞘氨醇桿菌科（Sphingobacteriaceae）
- 科未定

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 巴紐爾斯菌門（Balneolota）

### 巴紐爾斯菌綱（Balneolia）

- 巴紐爾斯菌目（Balneolales）
- 巴紐爾斯菌科（Balneolaceae）
- Cyclonatronaceae
- 蘇爾特菌科（Soortiaceae）

## 暖絲菌門（Caldisericota）

### 暖絲菌綱（Caldisericia）

- 暖絲菌目（Caldisericales）
- 暖絲菌科（Caldisericaceae）

## 暖發菌門（Calditrichota）

### 暖發菌綱（Calditrichia）

- 暖發菌目（Calditrichales）
- 暖發菌科（Calditrichaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 衣原體門（Chlamydiota）

### 衣原體綱（Chlamydiia）

- 衣原體目（Chlamydiales）
- 衣原體目（Chlamydiaceae）
- 副衣原體科（Parachlamydiaceae）
- 芯卡體科（Simkaniaceae）
- 華診體科（Waddliaceae）
- 科未定

## 綠菌門（Chlorobiota）

### 綠菌綱（Chlorobiia）

- 綠菌目（Chlorobiales）
- 綠菌科（Chlorobiaceae）

### 懶桿菌綱（Ignavibacteria）

- 懶桿菌目（Ignavibacteriales）
- 懶桿菌科（Ignavibacteriaceae）
- 超桿菌科（Melioribacteraceae）

## 綠彎菌門（Chloroflexota）

### 厭氧繩菌綱（Anaerolineae）

- 聚集線菌目（Aggregatilineales）
- 聚集線菌科（Aggregatilineaceae）
- 厭氧繩菌目（Anaerolineales）
- 厭氧繩菌科（Anaerolineaceae）
- 科未定
- 目未定
- 科未定

### 熱鏈菌綱（Ardenticatenia）

- 熱鏈菌目（Ardenticatenales）
- 熱鏈菌科（Ardenticatenaceae）

### 暖繩菌綱（Caldilineae）

- 暖繩菌目（Caldilineales）
- 暖繩菌科（Caldilineaceae）

### 綠彎菌綱（Chloroflexia）

- 綠彎菌目（Chloroflexales）
- 綠彎菌科（Chloroflexaceae）
- 顫綠菌科（Oscillochloridaceae）
- 紅彎曲菌科（Roseiflexaceae）
- 科未定
- 爬管菌目（Herpetosiphonales）
- 爬管菌科（Herpetosiphonaceae）
- 細美菌目（Kallotenuales）
- 細美菌科（Kallotenuaceae）

### 脫鹵球菌綱（Dehalococcoidia）

- 脫鹵球菌目（Dehalococcoidales）
- 脫鹵球菌科（Dehalococcoidaceae）
- 科未定

### 纖線桿菌綱（Ktedonobacteria）

- 纖線桿菌目（Ktedonobacterales）
- 網狀桿菌科（Dictyobacteraceae）
- 纖線桿菌科（Ktedonobacteraceae）
- 細枝產孢菌科（Ktedonosporobacteraceae）
- Reticulibacteraceae
- 熱孢絲菌科（Thermosporotrichaceae）
- 嗜熱芽殖孢菌目（Thermogemmatisporales）
- 嗜熱芽殖孢菌科（Thermogemmatisporaceae）

### 溫美人菌綱（Tepidiformia）

- 溫美人菌目（Tepidiformales）
- 溫美人菌科（Tepidiformaceae）

### 熱彎菌綱（Thermoflexia）

- 熱彎菌目（Thermoflexales）
- 熱彎菌科（Thermoflexaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 產金菌門（Chrysiogenota）

### 產金菌綱（Chrysiogenia）

- 產金菌目（Chrysiogenales）
- 產金菌科（Chrysiogenaceae）

## 棲熱糞桿菌門（Coprothermobacterota）

### 棲熱糞桿菌綱（Coprothermobacteria）

- 棲熱糞桿菌目（Coprothermobacterales）
- 棲熱糞桿菌科（Coprothermobacteraceae）

## 藍菌門（Cyanobacteriota）

漢語「藻」字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物。但此處仍按照「藻」翻譯此門的細菌，也可依據個人理念將名稱定爲「某菌」或「某藍菌」，但應注意避免與其餘細菌重名。

### 藍菌綱（Cyanophyceae）

- Acaryochloridales
- Acaryochloridaceae
- 嗜熱聚球藻菌科（Thermosynechococcaceae）
- 色球藻目（Chroococcales）
- 隱杆藻科（Aphanothecaceae）
- 色球藻科（Chroococcaceae）
- 石囊藻科（Entophysalidaceae）
- 雙囊藻科（Geminocystaceae）
- 真囊球藻科（Gomphosphaeriaceae）
- 微囊藻科（Microcystaceae）
- Skujapeltaceae
- 科未定
- 擬色球藻目（Chroococcidiopsidales）
- 擬色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）
- 科未定
- 束鞘藻目（Coleofasciculales）
- 束鞘藻科（Coleofasciculaceae）
- 威氏藻科（Wilmottiaceae）
- 沙絲藻目（Desertifilales）
- 沙絲藻科（Desertifilaceae）
- 蓋絲藻目Geitlerinematales
- 蓋絲藻科Geitlerinemataceae
- Gloeomargaritales
- Gloeomargaritaceae
- 戈芒藻目（Gomontiellales）
- 戈芒藻科（Gomontiellaceae）
- Konicacronemataceae
- 細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）
- 細鞘絲藻科（Leptolyngbyaceae）
- 新聚球藻菌科（Neosynechococcaceae）
- Trichocoleaceae
- 節線藻目（Nodosilineales）
- Cymatolegaceae
- 節線藻科（Nodosilineaceae）
- 念珠藻目（Nostocales）
- 雙線藻科（Borzinemataceae）
- 眉藻科（Calotrichaceae）
- 蒴鏈藻科（Capsosiraceae）
- 綠膠藍菌科（Chlorogloeopsidaceae）
- Dapisostemonaceae
- Godleyaceae
- 軟管藻科（Hapalosiphonaceae）
- Heteroscytonemataceae
- 節球藻科（Nodulariaceae）
- 念珠藻科（Nostocaceae）
- Rhizonemataceae
- 膠須藻科（Rivulariaceae）
- 偽枝藻科（Scytonemataceae）
- 真枝藻科（Stigonemataceae）
- 單歧藻科（Tolypotrichaceae）
- 科未定
- Oculatellales
- Oculatellaceae
- 顫藻目（Oscillatoriales）
- 氣絲藻科（Aerosakkonemataceae）
- 博氏藻科（Borziaceae）
- 藍藻科（Cyanothecaceae）
- 葛萬藻科（Girvanellaceae）
- 須藻科（Homoeotrichaceae）
- Laspinemataceae
- 微鞘藻科（Microcoleaceae）
- 顫藻科（Oscillatoriaceae）
- 席藻科（Phormidiaceae）
- Sirenicapillariaceae
- Vermifilaceae
- 科未定
- 泥線菌目（Pelonematales）
- 泥線菌科（Pelonemataceae）
- 寬球藻目（Pleurocapsales）
- 水球藻科（Hydrococcaceae）
- 藍枝藻科（Hyellaceae）
- Leuconemataceae
- 寬球藻科（Pleurocapsaceae）
- 異球藻科（Xenococcaceae）
- 科未定
- 螺旋藻目（Spirulinales）
- Lusitaniellaceae
- 螺旋藻科（Spirulinaceae）
- Thermostichales
- Thermostichaceae
- 目未定
- Alternantiaceae
- Camptotrichaceae
- 附枝藻科（Epiphytaceae）
- 科未定

## 脫鐵桿菌門（Deferribacterota）

### 脫鐵桿菌綱（Deferribacteres）

- 脫鐵桿菌目（Deferribacterales）
- 脫鐵桿菌科（Deferribacteraceae）
- Deferrivibrionaceae
- 地弧菌科（Geovibrionaceae）

## 異常球菌門（Deinococcota）

### 異常球菌綱（Deinococci）

- 異常球菌目（Deinococcales）
- 異常球菌科（Deinococcaceae）
- 棲熱菌目（Thermales）
- 棲熱菌科（Thermaceae）
- 特呂珀菌目（Trueperales）
- 特呂珀菌科（Trueperaceae）
- 目未定
- 科未定

## 網團菌門（Dictyoglomerota）

### 網團菌綱（Dictyoglomeria）

- 網團菌目（Dictyoglomerales）
- 網球菌科（Dictyoglomeraceae）

## 迷蹤菌門（Elusimicrobiota）

### 迷蹤菌綱（Elusimicrobia）

- 迷蹤菌目（Elusimicrobiales）
- 迷蹤菌科（Elusimicrobiaceae）
- 目未定
- 科未定

### 內生微菌綱（Endomicrobiia）

- 內生微菌目（Endomicrobiales）
- 內生微菌科（Endomicrobiaceae）
- 科未定

## 纖維桿菌門（Fibrobacterota）

### 幾丁質螺菌綱（Chitinispirillia）

- 幾丁質螺菌目（Chitinispirillales）
- 幾丁質螺菌科（Chitinispirillaceae）

### 幾丁質弧菌綱（Chitinivibrionia）

- 幾丁質弧菌目（Chitinivibrionales）
- 幾丁質弧菌科（Chitinivibrionaceae）

### 纖維桿菌綱（Fibrobacteria）

- 纖維桿菌目（Fibrobacterales）
- 纖維桿菌科（Fibrobacteraceae）

## 梭桿菌門（Fusobacteriota）

### 梭桿菌綱（Fusobacteriia）

- 梭桿菌目（Fusobacteriales）
- 梭桿菌科（Fusobacteriaceae）
- Haliovirgaceae
- 纖毛菌科（Leptotrichiaceae）

## 芽單胞菌門（Gemmatimonadota）

### 芽單胞菌綱（Gemmatimonadia）

- 芽單胞菌目（Gemmatimonadales）
- 芽單胞菌科（Gemmatimonadaceae）

### 長微菌綱（Longimicrobiia）

- 長微菌目（Longimicrobiales）
- 長微菌科（Longimicrobiaceae）

## 聖誕島鹽菌門（Kiritimatiellota）

### 聖誕島鹽菌（Kiritimatiellia）

- 聖誕島鹽菌（Kiritimatiellales）
- 聖誕島鹽菌（Kiritimatiellaceae）
- 黑海菌科（Pontiellaceae）
- 目未定
- 科未定

### 童第周菌綱（Tichowtungiia）

- 童第周菌目（Tichowtungiales）
- 童第周菌科（Tichowtungiaceae）

## 黏膠球形菌門（Lentisphaerota）

### 黏膠球形菌綱（Lentisphaeria）

- 黏膠球形菌目（Lentisphaerales）
- 黏膠球形菌科（Lentisphaeraceae）
- 食物谷菌目（Victivallales）
- 食物谷菌科（Victivallaceae）
- 目未定

### 寡球形菌綱（Oligosphaeria）

- 寡球形菌目（Oligosphaerales）
- 寡球形菌科（Oligosphaeraceae）

## 支原體門（Mycoplasmatota）

### 柔膜菌綱（Mollicutes）

- 無膽甾原體目（Acholeplasmatales）
- 無膽甾原體科（Acholeplasmataceae）
- 厭氧原體目（Anaeroplasmatales）
- 厭氧原體科（Anaeroplasmataceae）
- 鹽漿體目（Haloplasmatales）
- 鹽漿體科（Haloplasmataceae）
- 支原體目（Mycoplasmatales）
- 支原體科（Mycoplasmataceae）
- 螺原體科（Spiroplasmataceae）
- 擬支原體目（Mycoplasmoidales）
- 類支原體科（Metamycoplasmataceae）
- 擬支原體科（Mycoplasmoidaceae）
- 目未定
- 科未定

## 硝化刺菌門（Nitrospinota）

### 硝化刺菌綱（Nitrospinia）

- 硝化刺菌目（Nitrospinales）
- 硝化刺菌科（Nitrospinaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 硝化螺旋菌門（Nitrospirota）

### 硝化螺旋菌綱Nitrospiria

- 硝化螺旋菌目Nitrospirales
- 硝化螺旋菌科Nitrospiraceae
- 科未定

### 熱脫硫弧菌綱（Thermodesulfovibrionia）

- 熱脫硫弧菌目（Thermodesulfovibrionales）
- Dissulfurispiraceae
- 熱脫硫弧菌科（Thermodesulfovibrionaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 浮黴菌門（Planctomycetota）

### 海藻球形菌綱（Phycisphaerae）

- 海藻球形菌目（Phycisphaerales）
- 海藻球形菌科（Phycisphaeraceae）
- 沉積物球形菌目（Sedimentisphaerales）
- 厭氧嗜鹽球菌科（Anaerohalosphaeraceae）
- 沉積物球形菌科（Sedimentisphaeraceae）
- 中高溫球形菌目（Tepidisphaerales）
- 中高溫球形菌科（Tepidisphaeraceae）
- 科未定

### 浮黴菌綱（Planctomycetia）

- 出芽菌目（Gemmatales）
- 出芽菌科（Gemmataceae）
- 科未定
- 等球菌目（Isosphaerales）
- 等球菌科（Isosphaeraceae）
- 小梨形菌目（Pirellulales）
- 棲湖小梨形菌科（Lacipirellulaceae）
- 小梨形菌科（Pirellulaceae）
- 嗜熱液口滴狀菌科（Thermoguttaceae）
- 浮黴菌目（Planctomycetales）
- 浮黴菌科（Planctomycetaceae）
- 科未定

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 變形菌門（Pseudomonadota）

### 酸硫杆狀菌綱（Acidithiobacillia）

- 酸硫杆狀菌目（Acidithiobacillales）
- 酸硫杆狀菌科（Acidithiobacillaceae）
- 熱硫杆狀菌科（Thermithiobacillaceae）

### α-變形菌綱（Alphaproteobacteria）

- 柄桿菌目（Caulobacterales）
- 柄桿菌科（Caulobacteraceae）
- 生絲單胞菌科（Hyphomonadaceae）
- 海莖狀菌科（Maricaulaceae）
- 科未定
- 海洋菌保桿菌目（Emcibacterales）
- 海洋菌保桿菌科（Emcibacteraceae）
- 全孢螺菌目（Holosporales）
- 全孢螺菌科（Holosporaceae）
- 生絲微菌目（Hyphomicrobiales）
- 河口短桿菌科（Aestuariivirgaceae）
- 阿菲夫氏菌科（Afifellaceae）
- 阿倫斯氏菌科（Ahrensiaceae）
- 林桿菌科（Alsobacteraceae）
- 無形桿菌科（Amorphaceae）
- 臂微菌科（Ancalomicrobiaceae）
- 橙單胞菌科（Aurantimonadaceae）
- 巴通體科（Bartonellaceae）
- 拜葉林克氏菌科（Beijerinckiaceae）
- 芽生綠菌科（Blastochloridaceae）
- 博斯氏菌科（Boseaceae）
- 布羅漢菌科（Breoghaniaceae）
- 布魯氏菌科（Brucellaceae）
- 螯合球菌科（Chelatococcaceae）
- 黏著桿菌科（Cohaesibacteraceae）
- 德沃斯氏菌科（Devosiaceae）
- 生絲微菌科（Hyphomicrobiaceae）
- 凱斯特亞菌科（Kaistiaceae）
- 地衣桿菌科（Lichenibacteriaceae）
- 棲地衣菌科（Lichenihabitantaceae）
- 甲基桿菌科（Methylobacteriaceae）
- 甲基孢囊菌科（Methylocystaceae）
- 硝化桿菌科（Nitrobacteraceae）
- 背尖貝桿菌科（Notoacmeibacteraceae）
- 細小棒菌科（Parvibaculaceae）
- 水箱桿菌科（Phreatobacteraceae）
- 葉桿菌科（Phyllobacteriaceae）
- 多形單胞菌科（Pleomorphomonadaceae）
- 假黃桿菌科（Pseudoxanthobacteraceae）
- 好氣桿菌科（Rhabdaerophilaceae）
- 根瘤菌科（Rhizobiaceae）
- 紅菌科（Rhodobiaceae）
- 粉色弓形菌科（Roseiarcaceae）
- 鹽礦單胞科（Salinarimonadaceae）
- 慢生蒼白桿菌科（Segnochrobactraceae）
- 斯塔普氏菌科（Stappiaceae）
- 溫暖無形桿菌科（Tepidamorphaceae）
- 黃色桿菌科（Xanthobacteraceae）
- 科未定
- 碘化物單胞菌目（Iodidimonadales）
- 碘化物單胞菌科（Iodidimonadaceae）
- 柯迪單胞菌目（Kordiimonadales）
- 柯迪單胞菌科（Temperatibacteraceae）
- 磁球菌目（Magnetococcales）
- 磁球菌科（Magnetococcaceae）
- 深海彎曲桿菌目（Mariprofundales）
- 深海彎曲桿菌科（Mariprofundaceae）
- 科未定
- 微消化菌目（Micropepsales）
- 微消化菌科（Micropepsaceae）
- 吳敏菌目（Minwuiales）
- 吳敏菌科（Minwuiaceae）
- 紅細菌目（Rhodobacterales）
- 新巨大線菌科（Neomegalonemataceae）
- 副球菌科（Paracoccaceae）
- 玫瑰桿菌科（Roseobacteraceae）
- 紅螺菌目（Rhodospirillales）
- 醋桿菌科（Acetobacteraceae）
- 固氮螺菌科（Azospirillaceae）
- 雙生球菌科（Geminicoccaceae）
- 基爾螺菌科（Kiloniellaceae）
- 萊朗桿菌科（Reyranellaceae）
- 紅螺菌科（Rhodospirillaceae）
- 紅弧菌科（Rhodovibrionaceae）
- 星狀菌科（Stellaceae）
- 寺崎氏菌科（Terasakiellaceae）
- 深海杆狀菌科（Thalassobaculaceae）
- 海旋菌科（Thalassospiraceae）
- 扎瓦爾津氏菌科（Zavarziniaceae）
- 科未定
- 紅海菌目（Rhodothalassiales）
- 紅海菌科（Rhodothalassiaceae）
- 立克次體目（Rickettsiales）
- 埃里希氏體科（Ehrlichiaceae）
- 立克次體科（Rickettsiaceae）
- 科未定
- 斯尼斯氏菌目（Sneathiellales）
- 斯尼斯氏菌科（Sneathiellaceae）
- 鞘脂單胞菌目（Sphingomonadales）
- 赤桿菌科（Erythrobacteraceae）
- 鞘脂單胞菌科（Sphingomonadaceae）
- 鞘氨醇胞菌科（Sphingosinicellaceae）
- 發酵單胞菌科（Zymomonadaceae）
- 科未定
- 目未定
- 科未定

### β-變形菌綱（Betaproteobacteria）

- 伯克氏菌目（Burkholderiales）
- 產鹼菌科（Alcaligenaceae）
- 伯克氏菌科（Burkholderiaceae）
- 叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）
- 草酸桿菌科（Oxalobacteraceae）
- 薩特氏菌科（Sutterellaceae）
- 科未定
- 奈瑟菌目（Neisseriales）
- 色桿菌科（Chromobacteriaceae）
- 奈瑟菌科（Neisseriaceae）
- 亞硝化單胞菌目（Nitrosomonadales）
- 嘉利翁氏菌科（Gallionellaceae）
- 嗜甲基菌科（Methylophilaceae）
- 亞硝化單胞菌科（Nitrosomonadaceae）
- 螺菌科（Spirillaceae）
- 甾醇桿菌科（Sterolibacteriaceae）
- 硫胞菌科（Sulfuricellaceae）
- 硫桿菌科（Thiobacillaceae）
- Usitatibacteraceae
- 紅環菌目（Rhodocyclales）
- 固氮捲菌科（Azonexacea）
- 河水桿菌科（Fluviibacteraceae）
- 紅環菌科（Rhodocyclaceae）
- 動膠菌科（Zoogloeaceae）
- 目未定
- 中科院微菌科（Casimicrobiaceae）
- 科未定

### δ-變形菌綱（Deltaproteobacteria）

- 慢生單胞菌目（Bradymonadales）
- 慢生單胞菌科（Bradymonadaceae）
- Microvenatoraceae
- 鐵還原體目（Deferrisomatales）
- 鐵還原體科（Deferrisomataceae）
- 脫硫盒菌目（Desulfarculales）
- 脫硫盒菌科（Desulfarculaceae）
- 脫硫桿菌目（Desulfobacterales）
- 脫硫桿菌科（Desulfobacteraceae）
- 脫硫蔥狀菌科（Desulfobulbaceae）
- Desulfosudaceae
- Thiovibrionaceae
- 科未定
- 脫硫弧菌目（Desulfovibrionales）
- 脫硫鹽菌科（Desulfohalobiaceae）
- 脫硫微菌科（Desulfomicrobiaceae）
- 脫硫鹽鹼桿菌科（Desulfonatronaceae）
- 脫硫弧菌科（Desulfovibrionaceae）
- 硫還原菌目（Desulfurellales）
- 硫還原菌科（Desulfurellaceae）
- 除硫單胞菌目（Desulfuromonadales）
- 除硫單胞菌科（Desulfuromonadaceae）
- 地桿菌科（Geobacteraceae）
- Syntrophotaleaceae
- 硫歧化桿菌目（Dissulfuribacterales）
- 硫歧化桿菌科（Dissulfuribacteraceae）
- 黏球菌目（Myxococcales）
- 厭氧黏桿菌科（Anaeromyxobacteraceae）
- 原囊黏菌科（Archangiaceae）
- 克夫勒氏菌科（Kofleriaceae）
- 黏球菌科（Myxococcaceae）
- 侏囊菌科（Nannocystaceae）
- 多囊菌科（Polyangiaceae）
- 橙色菌科（Sandaracinaceae）
- 流行桿菌科（Vulgatibacteraceae）
- 科未定
- 互營桿菌目（Syntrophobacterales）
- 互營菌科（Syntrophaceae）
- 互營桿菌科（Syntrophobacteraceae）
- 互養棍狀菌目（Syntrophorhabdales）
- 互養棍狀菌科（Syntrophorhabdaceae）
- 目未定
- 科未定

### ε-變形菌（Epsilonproteobacteria）

- 彎曲菌目（Campylobacterales）
- 弓形菌科（Arcobacteraceae）
- 彎曲菌科（Campylobacteraceae）
- 螺桿菌科（Helicobacteraceae）
- 氫單胞菌科（Hydrogenimonadaceae）
- 鸚鵡螺菌目（Nautiliales）
- 鸚鵡螺菌科（Nautiliaceae）
- 目未定
- 反硝化菌科（Nitratiruptoraceae）
- 科未定

### γ-變形菌綱（Gammaproteobacteria）

- 嗜酸鐵氧化桿菌目（Acidiferrobacterales）
- 嗜酸鐵氧化桿菌科（Acidiferrobacteraceae）
- 氣單胞菌目（Aeromonadales）
- 氣單胞菌科（Aeromonadaceae）
- 琥珀酸弧菌科（Succinivibrionaceae）
- 交替單胞菌目（Alteromonadales）
- 交替單胞菌科（Alteromonadaceae）
- 快泳動單胞菌科（Celerinatantimonadaceae）
- 科爾韋氏菌科（Colwelliaceae）
- 鐵還原單胞菌科（Ferrimonadaceae）
- 海源菌科（Idiomarinaceae）
- 摩替亞氏菌科（Moritellaceae）
- 假交替單胞菌科（Pseudoalteromonadaceae）
- 冷單胞菌科（Psychromonadaceae）
- 希瓦氏菌科（Shewanellaceae）
- 科未定
- 砂胞菌目（Arenicellales）
- 砂胞菌科（Arenicellaceae）
- 科未定
- 貝日阿托氏菌目（Beggiatoales）
- 無色菌科（Achromatiaceae）
- 貝日阿托氏菌科（Beggiatoaceae）
- 苛求桿菌科（Fastidiosibacteraceae）
- 弗朗西斯菌科（Francisellaceae）
- 亮發菌科（Leucotrichaceae）
- 魚立克次氏體科（Piscirickettsiaceae）
- 心桿菌目（Cardiobacteriales）
- 心桿菌科（Cardiobacteriaceae）
- 依格納季氏菌科（Ignatzschineriaceae）
- 牡蠣桿菌科（Ostreibacteriaceae）
- 纖維弧菌目（Cellvibrionales）
- 纖維弧菌科（Cellvibrionaceae）
- 海仙菌科（Halieaceae）
- 微泡菌科（Microbulbiferaceae）
- 港口球菌科（Porticoccaceae）
- 海綿桿菌科（Spongiibacteraceae）
- 著色菌目（Chromatiales）
- 著色菌科（Chromatiaceae）
- 外硫紅螺旋菌科（Ectothiorhodospiraceae）
- 顆粒狀球菌科（Granulosicoccaceae）
- 鹽紅螺旋菌科（Halorhodospiraceae）
- 鹽硫杆狀菌科（Halothiobacillaceae）
- 硫喜鹼桿菌科（Thioalkalibacteraceae）
- 硫鹼螺旋菌科（Thioalkalispiraceae）
- 深海硫氧化菌科（Thioprofundaceae）
- 向文洲菌科（Wenzhouxiangellaceae）
- 伍斯氏菌科（Woeseiaceae）
- 腸桿菌目（Enterobacterales）
- 布傑約維采菌科（Budviciaceae）
- 腸桿菌科（Enterobacteriaceae）
- 歐文氏菌科（Erwiniaceae）
- 哈夫尼亞菌科（Hafniaceae）
- 摩根氏菌科（Morganellaceae）
- 溶果膠菌科（Pectobacteriaceae）
- 耶爾森氏菌科（Yersiniaceae）
- 不淨土桿菌目（Immundisolibacterales）
- 不淨土桿菌科（Immundisolibacteraceae）
- 軍團菌目（Legionellales）
- 柯克斯體科（Coxiellaceae）
- 軍團菌科（Legionellaceae）
- 科未定
- 溶桿菌目（Lysobacterales）
- 溶桿菌科（Lysobacteraceae）
- 羅丹諾桿菌科（Rhodanobacteraceae）
- 甲基球菌目（Methylococcales）
- 泉發菌科（Crenotrichaceae）
- 甲基球菌科（Methylococcaceae）
- 甲基熱菌科（Methylothermaceae）
- 科未定
- 涅瓦菌目（Nevskiales）
- 嗜藻菌科（Algiphilaceae）
- 涅瓦菌科（Nevskiaceae）
- 鹹水球形菌科（Salinisphaeraceae）
- 類固醇桿菌科（Steroidobacteraceae）
- 海洋螺菌目（Oceanospirillales）
- 泥沼桿菌科（Aestuariirhabdaceae）
- 食烷菌科（Alcanivoracaceae）
- 巴氏絲桿菌科（Balneatricaceae）
- 動物內生單胞菌科（Endozoicomonadaceae）
- 慶尚大學菌科（Gynuellaceae）
- 霍氏菌科（Hahellaceae）
- 鹽單胞菌科（Halomonadaceae）
- 康氏菌科（Kangiellaceae）
- Litorivicinaceae
- 嗜蘇打小螺菌科（Natronospirillaceae）
- 海洋螺菌科（Oceanospirillaceae）
- 嗜油菌科（Oleiphilaceae）
- 糖螺菌科（Saccharospirillaceae）
- 科未定
- 孤菌目（Orbales）
- 孤菌科（Orbaceae）
- 科未定
- 巴斯德氏菌目（Pasteurellales）
- 巴斯德氏菌科（Pasteurellaceae）
- 鸚鵡菌科（Psittacicellaceae）
- 假單胞菌目（Pseudomonadales）
- 莫拉氏菌科（Moraxellaceae）
- 假單胞菌科（Pseudomonadaceae）
- 多變單胞菌科（Ventosimonadaceae）
- 科未定
- 嗜鹽硫桿菌目（Thiohalobacterales）
- 嗜鹽硫桿菌科（Thiohalobacteraceae）
- 硫鹽桿菌目（Thiohalorhabdales）
- 硫鹽桿菌科（Thiohalorhabdaceae）
- 目未定
- 托賽爾氏菌科（Thorselliaceae）
- 科未定

### 嗜氫菌綱（Hydrogenophilia）

- 嗜氫菌目（Hydrogenophilales）
- 嗜氫菌科（Hydrogenophilaceae）
- 目未定
- 科未定

### 寡彎曲菌綱（Oligoflexia）

- 貪食桿菌目（Bacteriovoracales）
- 貪食桿菌科（Bacteriovoracaceae）
- 鹽貪食桿菌科（Halobacteriovoracaceae）
- 蛭弧菌目（Bdellovibrionales）
- 蛭弧菌科（Pseudobdellovibrionaceae）
- 寡彎曲菌目（Oligoflexales）
- 寡彎曲菌科（Oligoflexaceae）
- 假貪食小桿菌科（Pseudobacteriovoracaceae）
- 施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellales）
- 施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellaceae）

## 紅嗜熱鹽菌門（Rhodothermota）

### 紅嗜熱鹽菌綱（Rhodothermia）

- 紅嗜熱鹽菌目（Rhodothermales）
- 紅嗜熱鹽菌科（Rhodothermaceae）
- 淡紅色球菌科（Rubricoccaceae）
- 鹽場桿菌科（Salinibacteraceae）
- 鹽剛毛菌科（Salisaetaceae）

## 螺旋體門（Spirochaetota）

### 螺旋體綱（Spirochaetia）

- 短螺旋體目（Brachyspirales）
- 短螺旋體科（Brachyspiraceae）
- Brevinematales
- Brevinemataceae
- Thermospiraceae
- 鉤端螺旋體目（Leptospirales）
- 鉤端螺旋體科（Leptospiraceae）
- 螺旋體目（Spirochaetales）
- 疏螺旋體科（Borreliaceae）
- Breznakiellaceae
- 球形髮絲菌科（Sphaerochaetaceae）
- 螺旋體科（Spirochaetaceae）
- 密螺旋體科（Treponemataceae）
- 目未定
- 科未定

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 互養菌門（Synergistota）

### 互養菌綱（Synergistia）

- 互養菌目（Synergistales）
- 嗜胺菌科（Aminiphilaceae）
- Aminithiophilaceae
- 脫硫代硫酸鹽弧菌科（Dethiosulfovibrionaceae）
- 互養菌科（Synergistaceae）

### 綱未定

- 目未定
- Thermosynergistaceae

## 熱脫硫桿菌門（Thermodesulfobacteriota）

### 熱脫硫桿菌綱（Thermodesulfobacteria）

- 熱脫硫桿菌目（Thermodesulfobacteriales）
- 熱脫硫桿菌科（Thermodesulfobacteriaceae）

### 綱未定

- 目未定
- 科未定

## 熱微菌門（Thermomicrobiota）

### 熱微菌綱（Thermomicrobia）

- 球形桿菌目（Sphaerobacterales）
- 球形桿菌科（Sphaerobacteraceae）
- 熱微菌目（Thermomicrobiales）
- 熱微菌科（Thermomicrobiaceae）
- 目未定
- 科未定

## 熱袍菌門（Thermotogota）

### 熱袍菌綱（Thermotogae）

- 廣宇袍菌目（Kosmotogales）
- 廣宇袍菌科（Kosmotogaceae）
- 中度嗜酸袍菌目（Mesoaciditogales）
- 中度嗜酸袍菌科（Mesoaciditogaceae）
- 石袍菌目（Petrotogales）
- 石袍菌科（Petrotogaceae）
- 熱袍菌目（Thermotogales）
- 高溫桿菌科（Fervidobacteriaceae）
- 熱袍菌科（Thermotogaceae）

## 疣微菌門（Verrucomicrobiota）

### 豐祐菌綱（Opitutia）

- 豐祐菌目（Opitutales）
- 豐祐菌科（Opitutaceae）
- 科未定
- 紫紅球菌目（Puniceicoccales）
- 紫紅球菌科（Puniceicoccaceae）
- 目未定
- 科未定

### 土生微菌綱（Terrimicrobiia）

- 土生微菌目（Terrimicrobiales）
- 土生微菌科（Terrimicrobiaceae）

### 疣微菌綱（Verrucomicrobiia）

- 疣微菌目（Verrucomicrobiales）
- 阿克曼氏菌科（Akkermansiaceae）
- 海生紅桿菌科（Rubritaleaceae）
- 疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）

### 綱未定

- 淤泥球菌目（Limisphaerales）
- Fontisphaeraceae
- 淤泥球菌科（Limisphaeraceae）
- 目未定
- 科未定