真菌分類表

真菌界（學名：Fungi，單數為Fungus，複數可為Fungi或Funguses3）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。

## 子囊菌門 （Ascomycota）

- Neolectomycetes
- Neolectales
- Pneumocystidomycetes
- Pneumocystidales
- Schizosaccharomycetes
- Schizosaccharomycetales
- 環境樣本
- Taphrinomycetes
- Taphrinales
- Archaeorhizomycetes
- Archaeorhizomycetales
- 環境樣本
- Arthoniomycetes
- Arthoniales
- Lichenostigmatales
- 目未定
- Dothideomycetes
- Capnodiales
- Dothideales
- Myriangiales
- Jahnulales
- Mytilinidiales
- Pleosporales
- Botryosphaeriales
- Microthyriales
- Patellariales
- Trypetheliales
- 目未定及環境、菌根樣本
- Eurotiomycetes
- Chaetothyriales
- Pyrenulales
- Verrucariales
- Coryneliales
- Arachnomycetales
- Ascosphaerales
- Eurotiales
- Onygenales
- Mycocaliciales
- 目未定及環境樣本
- Geoglossomycetes
- Geoglossales
- 目未定
- Laboulbeniomycetes
- Laboulbeniales
- Pyxidiophorales
- 目未定及環境樣本
- Lecanoromycetes
- Acarosporales
- Lecanorales
- Lecideales
- Peltigerales
- Teloschistales
- Agyriales
- Baeomycetales
- Ostropales
- Rhizocarpales
- Pertusariales
- Candelariales
- Umbilicariales
- 目未定及環境樣本
- Leotiomycetes
- Cyttariales
- Erysiphales
- Helotiales
- Leotiales
- Rhytismatales
- Thelebolales
- Medeolariales
- 目未定及環境、菌根樣本
- Lichinomycetes
- Eremothallales
- Lichinales
- Orbiliomycetes
- Orbiliales
- Pezizomycetes
- Pezizales
- 目未定
- Pneumocystidomycetes
- Pneumocystidales
- Sordariomycetes
- Coronophorales
- Hypocreales
- Melanosporales
- Microascales
- Boliniales
- Calosphaeriales
- Chaetosphaeriales
- Coniochaetales
- Diaporthales
- Ophiostomatales
- Sordariales
- Lulworthiales
- Xylariales
- Phyllachorales
- Trichosphaeriales
- 目未定及環境、菌根樣本
- Saccharomycetes
- Saccharomycetales
- 綱未定及環境、菌根樣本

## 擔子菌門 (Basidiomycota)

- Tremellomycetes
- Cystofilobasidiales
- Filobasidiales
- Tremellales
- Holtermanniales
- 目未定
- Dacrymycetes
- Dacrymycetales
- Agaricomycetes
- Agaricales
- Atheliales
- Boletales
- †Prototaxales
- Amylocorticiales
- Jaapiales
- Lepidostromatales
- Geastrales
- Gomphales
- Hysterangiales
- Phallales
- Auriculariales
- Cantharellales
- Corticiales
- Gloeophyllales
- Hymenochaetales
- Polyporales
- Russulales
- Sebacinales
- Thelephorales
- Trechisporales
- 目未定及環境樣本
- Agaricostilbomycetes
- Agaricostilbales
- Spiculostilbales
- 目未定及環境樣本
- Atractiellomycetes
- Atractiellales
- Classiculomycetes
- Classiculales
- Cryptomycocolacomycetes
- Cryptomycocolacales
- Cystobasidiomycetes
- Cystobasidiales
- Erythrobasidiales
- Naohideales
- 目未定
- Microbotryomycetes
- Heterogastridiales
- Kriegeriales
- Leucosporidiales
- Microbotryales
- Sporidiobolales
- 目未定及環境樣本
- Mixiomycetes
- Mixiales
- Pucciniomycetes
- Helicobasidiales
- Pachnocybales
- Platygloeales
- Pucciniales
- Septobasidiales
- 目未定及環境樣本
- Entorrhizomycetes
- Entorrhizales
- Ustilaginomycetes
- Urocystales
- Ustilaginales
- 目未定及環境樣本
- Exobasidiomycetes
- Ceraceosorales
- Doassansiales
- Entylomatales
- Exobasidiales
- Georgefischeriales
- Microstromatales
- Tilletiales
- Malasseziales
- 目未定及環境樣本
- Wallemiomycetes
- Wallemiales
- Geminibasidiales
- 目未定
- 綱未定及環境、菌根樣本

## 芽枝霉門(Blastocladiomycota)

- Blastocladiomycetes
- Blastocladiales
- 目未定
- 環境樣本

## 壺菌門(Chytridiomycota)

- Chytridiomycetes
- Chytridiales
- Cladochytriales
- Lobulomycetales
- Polychytriales
- Rhizophlyctidales
- Rhizophydiales
- Spizellomycetales
- 目未定
- Monoblepharidomycetes
- Monoblepharidales
- 綱未定及環境樣本

## 球囊菌門 (Glomeromycota)

- Glomeromycetes
- Archaeosporales
- Diversisporales
- Glomerales
- Paraglomerales
- 目未定及環境樣本
- 綱未定及環境樣本

## 微孢子蟲門（Microsporidia）

本門包括以下綱：

Microsporea

- Chytridiopsida
- Dissociodihaplophasida
- Glugeida
- Meiodihaplophasida

Rudimicrosporea

綱、目的地位未定的科：

Berwaldiidae Neopereziidae

綱、目和科的地位未定的屬：

Alternosema｜Lipa, Tokarev & Issi, 2020

Anisofilariata｜Tokarev, Voronin, Seliverstova, Dolgikh, Pavlova, Ignatieva & Issi, 2010

Crispospora｜Tokarev, Voronin, Seliverstova, Pavlova & Issi, 2010

Falcia

Hamiltosporidium｜Haag et al., 2011

Longicollus｜Georgévitch, 1957

Mitosporidium

Multilamina｜Becnel, Scheffrahn, Vossbrinck & Bander, 2013

Nematocida

Parahepatospora｜Bojko, Clark, Bass, Dunn, Stewart-Clark, Stebbing & Stentiford, 2017

Paramicrosporidium

Percutemincola｜Nishikori, Setiamarga, Tanji, Kuroda, Shiraishi & Ohashi-Kobayashi, 2018

Spirospora

Takaokaspora｜Andreadis, Takaoka, Otsuka & Vossbrinck, 2013

Tylogonus

## 新美鞭菌門（Neocallimastigomycota）

- Neocallimastigomycetes
- Neocallimastigales
- 綱未定及環境樣本

## 接合菌門 (Zygomycota)

- Zygomycetes
- Endogonales
- Mucorales
- Mortierellales
- Asellariales
- Kickxellales
- Dimargaritales
- Harpellales
- Entomophthorales
- Zoopagales
- 目未定

## 門未定及環境、菌根樣本

- 其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合DNA片段）