裸鳃类的谱系学分类

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裸鳃类的谱系学分类仍在研究中。一般来说，本支序的物种大致可以分为有角鳃类和无角鳃类两大类，但若以物种的丰盛度来看，则以海牛类 (裸鳃类)及蓑海牛类两大分类最丰富。不同的文献对这两大分类所包含的物种有所出入。以下为最新的分类及过往历史上曾经出现的主流分类。

## 概说

裸鳃目原是后鳃目的成员，其科学分类到现在仍在研究中，仍不时会有改动。从18S核糖体DNA的资料显示，裸鳃类应该是一个单系群。传统上，裸鳃类的分类如下：

- 花鳃类 Anthobranchia
- 海牛总科 Doridoidea：又名隐鳃类
- Doridoxoidea
- Onchidoridoidea
- 多角总科 Polyceroidea
- 枝鳃类 Cladobranchia
- 蓑海牛总科 Aeolidioidea
- 片鳃海蛞蝓总科 Arminoidea
- 枝背海牛总科 Dendronotoidea
- 后片鳃海蛞蝓总科 Metarminoidea

另一项2001年的研究却发现裸鳃类应该分为两个主要分支：

- Anthobranchia（只包括Bathydoridoidea及海牛总科 Doridoidea）
- Dexiarchia nom. nov.（Doridoxoidea、Dendronotoidea、Aeolidoidea及Arminoidea）

### 2005年分类

裸鳃类是异鳃类内物种分类最复杂的：单单是总科以上的就有六个支序。根据2005年的《布歇特和洛克罗伊的腹足类分类》，裸鳃类裸鳃类亚支序（Nudibranchia）大致可以分为下列三个部分：

- 有角鳃类支序（Euctinidiacea）
- 无角鳃类支序（Dexiarchia）
- 总科地位未定
- Family Rhodopidae

#### 总科与科

- 枝背海牛总科 Dendronotina
- 三歧海牛科 Tritoniidae Lamarck, 1809
- Marianinidae
- Lomanotidae
- Scyllaeidae
- Hancockiidae
- 枝背海牛科 Dendronotidae
- 二列鳃海牛科 Bornellidae
- Tethyidae
- Dotoidae
- Phylliroidae
- 片鳃海蛞蝓总科 Arminoidea
- Pachygnatha
- Madrellidae
- Dironidae
- Zephyrinidae
- Leptognatha
- Goniaeolididae
- Charcotiidae
- Heroidae
- Euarminiacea
- Heterodorididae
- Doridomorphidae
- 片鳃海蛞蝓科 Arminidae
- Lemindidae
- 蓑海牛总科 Aeolidioidea
- Pleuroprocta
- Notaeolidiidae
- Coryphellidae
- Nossidae
- 扇羽鳃科 Flabellinidae Bergh, 1889
- Protaeolidiellidae
- Pleurolidiidae
- Acleioprocta
- Pseudovermidae
- Tergipedidae
- 菲纳鳃科 Fionidae Gray, 1857
- Calmidae
- Eubranchidae
- Cumanotinae
- Eubranchinae
- Cleioprocta
- 蓑海牛科 Aeolidiidae
- Myrrhinidae
- 海神鳃科 Glaucidae
- Babakininae
- 灰翼亚科 Facelininae
- Favorininae
- Pteraeolidiinae
- Glaucinae
- Crateninae
- Herviellinae

### 2017年分类

根据2017年12月出版的最新分类，裸鳃类从原来的不分等支序改为目级分类单元，依然是裸侧类支序的成员，而裸侧类亦升为总目级分类单元；但在本分类裸侧类不再是直接隶属直神经类，而是与露齿螺总目共同组成Ringipleura Subterclass这个新成立的分类单元。裸鳃类依然分为枝鳃亚目和海牛亚目两个亚目：

- 枝鳃亚目 Cladobranchia
- Marianinidae
- Hancockiidae
- 蓑海牛总科 Aeolidioidea Gray, 1827
- 片鳃海蛞蝓总科 Arminoidea Iredale & O'Donoghue, 1923 (1841)
- 枝背海牛总科 Dendronotoidea Allman, 1845：原来的枝背海牛类（Dendronotina）
- 枝背海牛科 Dendronotidae Allman, 1845
- Gray, 1853
- MacFarland, 1923
- Bergh, 1890
- Alder & Hancock, 1855
- Rafinesque, 1815
- Superfamily Doridoxoidea Bergh, 1899
- 菲纳鳃总科 Fionoidea Gray, 1857
- 扇羽鳃总科 Flabellinoidea Bergh, 1889
- Superfamily Proctonotoidea Gray, 1853
- 三歧海牛总科 Tritonioidea Lamarck, 1809
- 总科地位未定
- 二列鳃海牛科 Bornellidae
- 海牛亚目 Doridina
- Infraorder Bathydoridoidei
- Superfamily Bathydoridoidea Bergh, 1891
- 海牛下目 Doridoidei
- 海牛总科 Doridoidea Rafinesque, 1815
- Family Actinocyclidae O'Donoghue, 1929
- Family Cadlinidae Bergh, 1891
- 多彩海麒麟科 Chromodorididae Bergh, 1891
- Family Discodorididae Bergh, 1891
- Family Dorididae Rafinesque, 1815
- Subfamily Miamirinae Bergh, 1891
- Superfamily Onchidoridoidea Gray, 1827（= Phanerobranchiata Suctoria）
- Family Akiodorididae Millen & Martynov, 2005
- Family Calycidorididae Roginskaya, 1972
- Family Corambidae Bergh, 1871
- Family Goniodorididae H. Adams & A. Adams, 1854
- Family Onchidorididae Gray, 1827
- 叶海牛总科 Phyllidioidea Rafinesque, 1814
- 枝鳃海麒麟科 Dendrodorididae O'Donoghue, 1924 (1864)
- Family Mandeliidae Valdés & Gosliner, 1999
- 叶海牛科 Phyllidiidae Rafinesque, 1814
- 多角总科 Polyceroidea Alder & Hancock, 1845（= Phanerobranchiata Non Suctoria）
- Family Aegiridae
- 六鳃海麒麟科 Hexabranchidae：又名六鳃海牛科
- 优美海麒麟科 Okadaiidae
- 多角海牛科 Polyceridae Alder & Hancock, 1845：又名多角海麒麟科)，并入了Gymnodorididae Odhner, 1941。