真菌分类系统

真菌分类系统是关于真菌的科学分类法。19世纪至今，各学者对真菌的分类不尽相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分类系统。

## 贝西分类系统

1935年，恩斯特·贝西（Ernst Bessey）出版了美国第一本真菌学教科书。1950年，又出版了《真菌的形态和分类》一书，其中包含了他所创的“三纲一类”分类系统。

- 菌虫 Mycetozoa
- 藻状菌纲 Phycomyceteae
- 产子实体真菌类 Capormyceteae
- 子囊菌纲 Ascomyceteae
- 核菌 Pyrenomycetes
- 担子菌纲 Basidomyceteae
- 冬孢亚纲 Teliosporae
- 异担子亚纲 Heterobasidiae
- 层菌亚纲 Hymenomyceteae
- 腹菌亚纲 Gasteromyceteae
- 半知菌类 Imperfect Fungi
- 丛梗孢目 Moniliales
- 球壳孢目 Sphaeropsidales
- 黑盘孢目 Melanconiales

## 马丁分类系统

乔治·威拉德·马丁（George Willard Martin）继承了“三纲一类”的分类系统，并作了细化。

- 藻类 Algal group
- 菌类 Fungal group
- 集胞黏菌目 Acrasiales
- 网黏菌目 Labyrinthulales
- 根肿菌目 Plasmodiophorales
- 黏菌门 Myxomycetes
- 真菌门 Eumycetes
- 藻状菌纲 Phycomycetes
- 毛菌亚纲 Trichomycetes
- 卵菌亚纲 Oomycetes
- 接合菌亚纲 Zygomycetes
- 子囊菌纲 Ascomycetes
- 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
- 真子囊菌亚纲 Euascomycetidae
- 担子菌纲 Basidiomycetes
- 异担子菌亚纲 Heterobasidiomycetes
- 同担子菌亚纲 Homobasidiomycetes
- 半知菌类 Fungi Imperfecti

## 亚历克索普洛斯分类系统

亚历克索普洛斯（Alexopoulos）对之前混乱的分类单元名称进行了规范。其1952年的分类系统沿袭了“三纲一类”的分类系统。而1962年的分类系统开始放弃“三刚一类”的分类系统，将藻状菌纲分为6纲。

### 亚历克索普洛斯1952年分类系统

- 黏菌门 Myxomycophyta
- 黏菌纲 Myxomyceteae
- 根肿菌纲 Plasmodiophoreae
- 集胞黏菌纲 Acrasieae
- 真菌门 Eumycophyta
- 藻状菌纲 Phycomycetes
- 单鞭毛菌组 Uniflagellatae
- 双鞭毛菌组 Biflagellatae
- 无鞭毛菌组 Aplanatae
- 子囊菌纲 Ascomycetes
- 原子囊菌亚纲 Protoascomycetes
- 真子囊菌亚纲 Euascomycetes
- 不整子囊菌组 Plectoascomycetes
- 果子囊菌组 Pyenomycetes
- 盘子囊菌组 Disomycetes
- 担子菌纲 Basidiomycetes
- 半担子菌亚纲 Hemibasidiomycetes
- 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetes
- 半知菌类 Deuteromycetes

### 亚历克索普洛斯1962年分类系统

- 真菌门 Mycota
- 黏菌亚门 Myxomycotina
- 黏菌纲 Myxomycetes
- 真菌亚门 Eumycotina
- 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
- 壶菌纲 Chytridiomycetes
- 丝壶菌纲 Hyphochytriomycetes
- 卵菌纲 Oomycetes
- 接合菌纲 Zygomycetes
- 毛菌纲 Trichomycetes
- 子囊菌纲 Ascomycetes
- 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
- 真子囊菌亚纲 Euascomycetidae
- 不整子囊菌 Plectomycetes
- 核菌 Pyrenomycetes
- 盘菌 Discomycetes
- 虫囊菌 Laboulbeniomycetes
- 腔囊菌亚纲 Loculoascomycetidae
- 担子菌纲 Basidiomycetes
- 异担子菌亚纲 Heterobasidiomycetidae
- 同担子菌亚纲 Homobasidiomycetidae
- 层菌 Hymenomycetes
- 腹菌 Gasteromycetes
- 半知菌纲 Deuteromycetes

### 亚历克索普洛斯1979年分类系统

- 真菌界 Myceteae
- 裸菌门 Gymnomycota
- 集胞裸菌亚门 Acrasiogymnomycotina
- 集胞菌纲 Acrasiomycets
- 原质体裸菌亚门 Plasmodiogymnomycotina
- 原柄菌纲 Protosteliomycetes
- 黏菌纲 Myxomycetes
- 鞭毛菌门 Mastigomycota
- 单鞭毛菌亚门 Haplomastigomycotina
- 壶菌纲 Chytridiomycetes
- 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
- 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
- 双鞭毛菌亚门 Diplomastigomycotina
- 卵菌纲 Oomycetes
- 无鞭毛菌门 Amastigomycota
- 接合菌亚门 Zygomycotina
- 接合菌纲 Zygomycetes
- 毛菌纲 Trichomycetes
- 子囊菌亚门 Ascomycotina
- 子囊菌纲 Ascomycetes
- 半子囊菌亚纲 Hemiascomycetidae
- 不整子囊菌亚纲 Plectomycetidae
- 层囊菌亚纲 Hemenoascomycetidae
- 核菌 Pyrenomycetes
- 盘菌 Discomycetes
- 虫囊菌亚纲 Laboulbeniomycetidae
- 腔囊菌亚纲 Loculoascomycetidae
- 担子菌亚门 Basidiomycotina
- 担子菌纲 Basidiomycetes
- 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetidae
- 层担子菌 Hemenomycetes
- 腹菌 Gasteromycetes
- 有隔担子菌亚纲 Phragmobasidiomycetidae
- 冬孢菌亚纲 Teliomycetidae
- 半知菌亚门 Deuteromycotina
- 半知菌形式纲 Deuteromycetes
- 芽孢亚纲 Blastomycetidae
- 丝孢亚纲 Hyphomycetidae
- 腔孢亚纲 Coelomycetidae

## 安斯沃斯分类系统

安斯沃斯分类系统采用了五界系统学说，在20世纪七八十年代广泛使用。安斯沃斯分类系统与亚历克索普洛斯分类系统较相似，其区别在于建立了3个新亚门，鞭毛菌亚门、接合菌亚门和半知菌亚门，并将子囊菌分为6个纲，半知菌亚门设3个纲。

- 真菌界 Fungi
- 黏菌门 Myxomycota
- 集胞黏菌纲 Acrasiomycetes
- 黏菌纲 Myxomycetes
- 水生黏菌纲 Hydromyxomycetes
- 根肿菌纲 Plasmodiophoromyecetes
- 真菌门 Eumycota
- 鞭毛菌亚门 Mastigomycotina
- 壶菌纲 Chytridiomycetes
- 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
- 卵菌纲 Oomycetes
- 接合菌亚门 Zygomycotina
- 接合菌纲 Zygomycetes
- 毛菌纲 Trichomycetes
- 子囊菌亚门 Ascomycotina
- 半子囊菌纲 Hemiascomycetes
- 不整子囊菌纲 Plectomycetes
- 核菌纲 Pyrenomycetes
- 盘菌纲 Discomycetes
- 虫囊菌纲 Laboulbeniomycetes
- 腔囊菌纲 Loculoascomycetes
- 担子菌亚门 Basidiomycotina
- 冬孢菌纲 Teliomycetes
- 层菌纲 Hymenomycetes
- 隔担子菌亚纲 Phragmobasidiomycetidae
- 无隔担子菌亚纲 Holobasidiomycetidae
- 腹菌纲 Gasteromycetes
- 半知菌亚门 Deuteromycotina
- 芽孢纲 Blastomycetes
- 丝孢纲 Hyphomycetes
- 腔孢纲 Coelomycetes

## 卡弗利尔-史密斯分类系统

卡弗利尔-史密斯分类系统是最早体现出真菌是多界演化的分类系统之一。其将半知菌归入到其有性阶段的分类单元中。

- 原生动物界 Protozoa
- 菌虫 Mycetozoa
- 藻界 Chromista
- 具长短鞭毛门 Heterokonta
- 真菌界 Fungi
- 古真菌门 Archemycota
- 壶菌纲 Chytridiomycetes
- 毛菌纲 Trichomycetes
- 接合菌纲 Zygomycetes
- 子囊菌门 Ascomycota
- 担子菌门 Basidiomycota

## 巴尔分类系统

唐纳德·J·S·巴尔（Donald J. S. Barr）1992年提出了巴尔分类系统。

- 原生动物界 Protozoa
- 黏菌门 Myxomycota
- 根肿菌门 Plasmodiophoromycota
- 藻界 Chromista
- 具长短鞭毛门 Heterokonta
- 假菌亚门 Pseudomycotina
- 卵菌纲 Oomycetes
- 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
- 网黏菌亚门 Labyrinthitina
- 网黏菌纲 Labyrinthiomycetes
- 真菌界 Fungi
- 壶菌门 Chytridiomycota
- 接合菌门 Zygomycota
- 子囊菌门 Ascomycota
- 担子菌门 Basidiomycota

## 《真菌词典》第9版分类系统

2001年出版的《真菌词典》第9版分类系统，根据rDNA测序等技术对第8版分类系统进行了修订。将子囊菌门分成6个纲，55个目，291个科；担子菌门原有的32个目合并为16个目；担子菌类酵母菌划分到3个不同类群中。

- 原生动物界 Protozoa
- 黏菌门 Myxomycota
- 网柱黏菌纲 Dictyosteliomycetes
- 黏菌纲 Myxomycetes
- 原柱黏菌纲 Protosteliomycetes
- 根肿菌门 Plasmodiophoromycota
- 根肿菌纲 Plasmodiophoromycetes
- 藻界 Chromista
- 丝壶菌门 Hyphochytriomycota
- 丝壶菌纲 Hyphochytridiomycetes
- 网黏菌门 Labyrinthumycota
- 网黏菌纲 Labyrinthumycetes
- 卵菌门 Oomycota
- 卵菌纲 Oomycetes
- 真菌界 Fungi
- 壶菌门 Chytridiomycota
- 壶菌纲 Chytridiomycetes
- 尾体菌纲 Rumpomycetes
- 接合菌门 Zygomycota
- 接合菌纲 Zygomycetes
- 毛菌纲 Trichomycetes
- 子囊菌门 Ascomycota
- 子囊菌纲 Ascomycetes
- 新床菌纲 Neolectomycetes
- 肺炎菌纲 Pneumocyctidomycetes
- 酵母菌纲 Saccharomycetes
- 裂殖酵母菌纲 Schizosaccharomycetes
- 外囊菌纲 Taphrinomycetes
- 担子菌门 Basidiomycota
- 担子菌纲 Basidiomycetes
- 锈菌纲 Urediniomycetes
- 黑粉菌纲 Ustilaginomycetes

## 《真菌词典》第10版分类系统

2008年出版的《真菌词典》第10版分类系统，对第9版的分类系统做了很大的调整，收录了2001年～2008年之间的研究成果。该版将真菌界划分7个门，底下分36纲、140目、560科、8283属、97861种：

- 真菌界 Fungi
- 壶菌门 Chytridiomycota
- 尾体菌纲 Rumpomycetes
- 壶菌纲 Chytridiomycetes
- 单毛壶菌纲 Monoblepharidomycetes（新）
- 芽枝霉门 Blastocladiomycota（新）
- 芽枝霉纲 Blastocladiomycetes（新）
- 新美鞭菌门 Neocallimastigomycota（新）
- 新美鞭菌纲 Neocallimastigomycetes（新）
- 球囊菌门 Glomeromycota（新）
- 球囊菌纲 Glomeromycetes（新）
- 接合菌门 Zygomycota
- 毛菌纲 Trichomycetes
- 接合菌纲 Zygomycetes
- 地位未定 Incertae sedis（亚界）
- 虫霉菌亚门 Entomophthoromycotina
- 梳霉亚门 Kickxellomycotina
- 毛霉菌亚门 Mucoromycotina
- 捕虫霉菌亚门 Zoopagomycotina
- 子囊菌门 Ascomycota
- 子囊菌纲 Ascomycetes
- 盘菌亚门 Pezizomycotina（=子囊菌亚门 Ascomycotina）
- 星裂菌纲 Arthoniomycetes（新）
- 座囊菌纲 Dothideomycetes（新）
- 散囊菌纲 Eurotiomycetes（新）
- 虫囊菌纲 Laboulbeniomycetes（新）
- 茶渍菌纲 Lecanoromycetes（新）
- 锤舌菌纲 Leotiomycetes（新）
- 异极菌纲 Lichinomycetes（新）
- 圆盘菌纲 Orbiliomycetes（新）
- 盘菌纲 Pezizomycetes（新）
- 粪壳菌纲 Sordariomycetes（新）
- 酵母菌亚门 Saccharomycotina
- 酵母菌纲 Saccharomycetes
- 外囊菌亚门 Taphrinomycotina
- 新床菌纲 Neolectomycetes（又译无丝盘菌纲）
- 肺炎菌纲 Pneumocystidomycetes
- 裂殖酵母菌纲 Schizosaccharomycetes
- 外囊菌纲 Taphrinomycetes
- 担子菌门 Basidiomycota
- 担子菌纲 Basidiomycetes
- 锈菌纲 Urediniomycetes
- 伞菌亚门 Agaricomycotina
- 伞菌纲 Agaricomycetes（新）
- 花耳纲 Dacrymycetes（新）
- 银耳纲 Tremellomycetes（新）
- 柄锈菌亚门 Pucciniomycotina
- 伞型束梗孢菌纲 Agaricostilbomycetes（新）
- 小纺锤菌纲 Atractiellomycetes（新）
- Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
- 隐菌寄生菌纲 Cryptomycocolacomyctes（新）
- 囊担子菌纲 Cystobasidiomycetes（新）
- 小葡萄菌纲 Microbotryomycetes（新）
- 混合菌纲 Mixiomycetes（新）
- 柄锈菌纲 Pucciniomycetes（新）
- 黑粉菌亚门 Ustilaginomycotina（新）
- 黑粉菌纲 Ustilaginomycetes
- 地位未定 Incertae sedis（亚门）
- 节担菌纲 Wallemiomycetes（新）

## 后来加入的新分类

- 真菌界 Fungi
- 子囊菌门 Ascomycota
- 盘菌亚门 Pezizomycotina（=子囊菌亚门 Ascomycotina）
- 地舌菌纲 Geoglossomycetes（参自地舌菌科 Geoglossaceae，译名待查）
- 黑粉菌亚门 Ustilaginomycotina
- 根肿黑粉菌纲 Entorrhizomycetes
- 外担子菌纲 Exobasidiomycetes