真菌分类表

真菌界（学名：Fungi，单数为Fungus，复数可为Fungi或Funguses3）又称菌物界，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物以及为人熟知的菇类。真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物。

## 子囊菌门 （Ascomycota）

- Neolectomycetes
- Neolectales
- Pneumocystidomycetes
- Pneumocystidales
- Schizosaccharomycetes
- Schizosaccharomycetales
- 环境样本
- Taphrinomycetes
- Taphrinales
- Archaeorhizomycetes
- Archaeorhizomycetales
- 环境样本
- Arthoniomycetes
- Arthoniales
- Lichenostigmatales
- 目未定
- Dothideomycetes
- Capnodiales
- Dothideales
- Myriangiales
- Jahnulales
- Mytilinidiales
- Pleosporales
- Botryosphaeriales
- Microthyriales
- Patellariales
- Trypetheliales
- 目未定及环境、菌根样本
- Eurotiomycetes
- Chaetothyriales
- Pyrenulales
- Verrucariales
- Coryneliales
- Arachnomycetales
- Ascosphaerales
- Eurotiales
- Onygenales
- Mycocaliciales
- 目未定及环境样本
- Geoglossomycetes
- Geoglossales
- 目未定
- Laboulbeniomycetes
- Laboulbeniales
- Pyxidiophorales
- 目未定及环境样本
- Lecanoromycetes
- Acarosporales
- Lecanorales
- Lecideales
- Peltigerales
- Teloschistales
- Agyriales
- Baeomycetales
- Ostropales
- Rhizocarpales
- Pertusariales
- Candelariales
- Umbilicariales
- 目未定及环境样本
- Leotiomycetes
- Cyttariales
- Erysiphales
- Helotiales
- Leotiales
- Rhytismatales
- Thelebolales
- Medeolariales
- 目未定及环境、菌根样本
- Lichinomycetes
- Eremothallales
- Lichinales
- Orbiliomycetes
- Orbiliales
- Pezizomycetes
- Pezizales
- 目未定
- Pneumocystidomycetes
- Pneumocystidales
- Sordariomycetes
- Coronophorales
- Hypocreales
- Melanosporales
- Microascales
- Boliniales
- Calosphaeriales
- Chaetosphaeriales
- Coniochaetales
- Diaporthales
- Ophiostomatales
- Sordariales
- Lulworthiales
- Xylariales
- Phyllachorales
- Trichosphaeriales
- 目未定及环境、菌根样本
- Saccharomycetes
- Saccharomycetales
- 纲未定及环境、菌根样本

## 担子菌门 (Basidiomycota)

- Tremellomycetes
- Cystofilobasidiales
- Filobasidiales
- Tremellales
- Holtermanniales
- 目未定
- Dacrymycetes
- Dacrymycetales
- Agaricomycetes
- Agaricales
- Atheliales
- Boletales
- †Prototaxales
- Amylocorticiales
- Jaapiales
- Lepidostromatales
- Geastrales
- Gomphales
- Hysterangiales
- Phallales
- Auriculariales
- Cantharellales
- Corticiales
- Gloeophyllales
- Hymenochaetales
- Polyporales
- Russulales
- Sebacinales
- Thelephorales
- Trechisporales
- 目未定及环境样本
- Agaricostilbomycetes
- Agaricostilbales
- Spiculostilbales
- 目未定及环境样本
- Atractiellomycetes
- Atractiellales
- Classiculomycetes
- Classiculales
- Cryptomycocolacomycetes
- Cryptomycocolacales
- Cystobasidiomycetes
- Cystobasidiales
- Erythrobasidiales
- Naohideales
- 目未定
- Microbotryomycetes
- Heterogastridiales
- Kriegeriales
- Leucosporidiales
- Microbotryales
- Sporidiobolales
- 目未定及环境样本
- Mixiomycetes
- Mixiales
- Pucciniomycetes
- Helicobasidiales
- Pachnocybales
- Platygloeales
- Pucciniales
- Septobasidiales
- 目未定及环境样本
- Entorrhizomycetes
- Entorrhizales
- Ustilaginomycetes
- Urocystales
- Ustilaginales
- 目未定及环境样本
- Exobasidiomycetes
- Ceraceosorales
- Doassansiales
- Entylomatales
- Exobasidiales
- Georgefischeriales
- Microstromatales
- Tilletiales
- Malasseziales
- 目未定及环境样本
- Wallemiomycetes
- Wallemiales
- Geminibasidiales
- 目未定
- 纲未定及环境、菌根样本

## 芽枝霉门(Blastocladiomycota)

- Blastocladiomycetes
- Blastocladiales
- 目未定
- 环境样本

## 壶菌门(Chytridiomycota)

- Chytridiomycetes
- Chytridiales
- Cladochytriales
- Lobulomycetales
- Polychytriales
- Rhizophlyctidales
- Rhizophydiales
- Spizellomycetales
- 目未定
- Monoblepharidomycetes
- Monoblepharidales
- 纲未定及环境样本

## 球囊菌门 (Glomeromycota)

- Glomeromycetes
- Archaeosporales
- Diversisporales
- Glomerales
- Paraglomerales
- 目未定及环境样本
- 纲未定及环境样本

## 微孢子虫门（Microsporidia）

本门包括以下纲：

Microsporea

- Chytridiopsida
- Dissociodihaplophasida
- Glugeida
- Meiodihaplophasida

Rudimicrosporea

纲、目的地位未定的科：

Berwaldiidae Neopereziidae

纲、目和科的地位未定的属：

Alternosema｜Lipa, Tokarev & Issi, 2020

Anisofilariata｜Tokarev, Voronin, Seliverstova, Dolgikh, Pavlova, Ignatieva & Issi, 2010

Crispospora｜Tokarev, Voronin, Seliverstova, Pavlova & Issi, 2010

Falcia

Hamiltosporidium｜Haag et al., 2011

Longicollus｜Georgévitch, 1957

Mitosporidium

Multilamina｜Becnel, Scheffrahn, Vossbrinck & Bander, 2013

Nematocida

Parahepatospora｜Bojko, Clark, Bass, Dunn, Stewart-Clark, Stebbing & Stentiford, 2017

Paramicrosporidium

Percutemincola｜Nishikori, Setiamarga, Tanji, Kuroda, Shiraishi & Ohashi-Kobayashi, 2018

Spirospora

Takaokaspora｜Andreadis, Takaoka, Otsuka & Vossbrinck, 2013

Tylogonus

## 新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）

- Neocallimastigomycetes
- Neocallimastigales
- 纲未定及环境样本

## 接合菌门 (Zygomycota)

- Zygomycetes
- Endogonales
- Mucorales
- Mortierellales
- Asellariales
- Kickxellales
- Dimargaritales
- Harpellales
- Entomophthorales
- Zoopagales
- 目未定

## 门未定及环境、菌根样本

- 其余的真菌种类（包括早期真菌种类及混合DNA片段）