嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2變異株

本文主要講述嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2變異株及其發生的錯義突變。

引發2019冠狀病毒病的嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒2（SARS-CoV-2冠狀病毒）容易發生突變而產生變異株，關鍵病毒蛋白的突變即可能意味著其出現，目前已有多個變異株在世界各地形成並傳播。由於病毒的核酸序列變異有可能導致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫應答，並影響疫苗的效力，這種現象稱為免疫逃避。

已有五種被世界衛生組織認定為值得關注的變異株，它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。

## 變異株對照表

最初檢出｜代號｜重要突變｜傳播｜相對於武漢首次發現變體的臨床變化

地區｜日期｜WHO標籤｜PANGO譜系｜PHE變種｜Nextstrain分化枝｜傳播力｜致命性｜抗原性

奈及利亞｜B.1.1.207｜P681H｜多國｜無變化｜無變化

英國｜Alpha被世界衛生組織列為高關注變異株｜B.1.1.7｜VOC-20DEC-01｜20I (V1)｜N501Y, 69–70del, P681H｜全球｜增高82% ｜正在調查｜抗體中和效力略降低

Lineage B.1.1.7#E484K mutation｜VOC-21FEB-02｜20I (V1)｜N501Y, 69–70del, P681H, E484K｜多國｜正在調查｜正在調查｜正在調查

丹麥｜B.1.1.298｜Y453F, 69–70deltaHV｜可能滅絕

南非｜Beta｜B.1.351｜VOC-20DEC-02｜20H (V2)｜N501Y, K417N, E484K｜多國｜增高50%｜無變化｜顯著降低抗體中和效力

日本巴西｜Gamma｜P.1譜系｜VOC-21JAN-02｜20J (V3)｜N501Y, E484K, K417T｜美國、巴西等68國｜增高161%Another study has estimated that P.1 may be 100% more transmissible.｜致命性增高50% ｜抗體中和效力降低

印度｜Delta｜B.1.617.2｜VOC-21APR-02｜21A｜T478K, L452R, P681R｜多國｜增高≈198%About 64% more transmissible than the Alpha variant, so 1.64 × 1.82 ≈ 2.98.｜正在調查｜抗體中和效力降低

美國｜Epsilon｜B.1.427，B.1.429｜21C｜L452R｜多國｜恢復期和疫苗接種後血清中和效力降低

巴西｜Zeta｜P.2｜VUI-21JAN-01｜20B/S.484K｜E484K，D614G，V1176F｜多國｜單克隆抗體中和效力可能降低，疫苗接種後血清中和效力降低

英國奈及利亞｜Eta｜B.1.525｜VUI-21FEB-03｜21D｜E484K, F888L｜加拿大、美國、德國等69國｜單克隆抗體、恢復期和疫苗接種後血清中和效力可能降低

菲律賓｜Theta｜P.3｜VUI-21MAR-02｜21E｜E484K，N501Y，P681H，141–143del｜菲律賓、美國等17國

印度｜Kappa｜B.1.617.1｜VUI-21APR-01｜21B｜E484Q, L452R, P681R｜多國｜抗體中和效力降低

秘魯｜Lambda｜C.37｜VUI-21JUN-01｜21G｜G75V，T76I，247-253del，L452Q，F490S，D614G，T859N｜智利、美國、祕魯等44國

哥倫比亞｜2021年1月｜Mu｜B.1.621｜VUI-21JUL-1｜21H｜T95I、Y144S、Y145N、R346K、E484KN501Y、D614G、P681H、D950N｜哥倫比亞、美國等60國

波札那｜2021年11月｜Omicron｜B.1.1.529｜VUI-21NOV-1｜21K｜A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375FK417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484AQ493K、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547KD614G、H655Y、N679K、P681H、N764K｜波札那、南非等數國｜有可能提高｜相對於 Delta：-63% ｜疫苗對有症狀疾病的免疫效果降低

## 命名法

目前嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒2之變異株有三個常用的命名系統，分別由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。

2021年5月31日，世界衛生組織宣布為重要變種病毒提供希臘字母標籤，為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。

其中，命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視台《RT》報導，有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆，至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍，為了避免「對區域的汙名化」。

## 支序演化樹

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以下為嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒2主要變種的支序演化樹簡化示意圖。

## 關注度之基準

- 世界衛生組織將變異株分為三個等級。
- 需要關注的變異株（variant of concern，VOC）
- 需要留意的變異株（variant of interest，VOI）
- 監視下的變異株（variant under monitoring，VUM）

## 現階段的主流變異株

### 需要關注的變異株（VOC）

病毒變異是一個自然隨機過程，並引發關切的程度取決於其導致的傳染性、發病率、死亡率，及逃避檢測、免疫與治療的風險。目前在世界的主要變異株為最早發現於非洲南部由希臘字母「Omicron」標記。

#### Omicron（B.1.1.529譜系）

B.1.1.529變異株（WHO命名為Omicron）是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈：這個變異株有超過50個突變，而單單在刺突蛋白的突變也有32種。

- 於2021年11月，在非洲南部的波札那和南非發現。
- 2021年11月24日，升級為「VUM」等級。
- 2021年11月26日，再升級為「VOC」等級。
- 目前變種分支亞型：BA.1（標準亞型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，總共超過千種以上的「次分支」、「子代」及「重組」變異株。

##### 目前「VOC-VOI」等級（需要留意）變異株

- JN.1

##### 目前「VOC-VUM」等級（監視）變異株

- KP.3.1.1
- NB.1.8.1
- XFG
- BA.3.2

## 過去的主流變異株

### 需要關注的變異株（Previous VOC）

#### Alpha（B.1.1.7譜系）

B.1.1.7譜系，WHO命名為「Alpha」，又稱VOC 202012/01，並稱501Y.V1變種。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。

- 在2020年9月，首次從英國東南方的肯特郡（Kent）所發現採集的樣本中發現。
- 2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

#### Beta（B.1.351譜系）

B.1.351譜系，WHO命名為「Beta」，又稱501Y.V2變種。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關，與先前的新冠病毒變種相比，501Y.V2變種的傳染率增加約50%。有證據表明，501Y.V2變種的刺突蛋白突變E484K可能會影響一些多克隆抗體和單克隆抗體的中和作用。當前尚未有證據表明該變種影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度。

- 2020年5月，在南非東開普省的納爾遜·曼德拉灣發現。
- 2020年12月18日，被南非科學家和衛生官員報導。
- 2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

#### Gamma（P.1譜系）

P.1譜系，WHO命名為「Gamma」，又稱501Y.V3變種。包括三個相關突變：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。

- 2020年11月，在巴西發現。
- 2021年1月2日，在東京國際機場從四名巴西飛抵日本的旅客發現，由日本國立感染症研究所報導。
- 2021年1月11日，升級為「VOC」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

#### Delta（B.1.617.2譜系）

B.1.617譜系是2020年10月於印度發現的一種雙突變變異株。直到2021年1月前，該變異株的感染人數都寥寥無幾。4月時該變異株已經蔓延至超過20個國家，遍及南極洲和南美洲以外的所有大洲。

在該變異株約15個譜系定義突變中包括刺突蛋白突變D111D（同義突變）、G142D、P681R、E484Q、L452R，其中後兩個突變可能會影響恢復期血漿和單克隆抗體的中和作用。

英國公共衛生部於5月7日將B.1.617.2列為「高關注變異株」，命名為VOC-21APR-02。

5月10日WHO稱，因為B.1.617較高的傳染性，該變異正被列為全球範圍內受關切變種。6月1日WHO將受關切變種限定為B.1.617譜系當中的B.1.617.2（Delta）變種。稍後WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。

5月21日，越南宣布發現一種傳播性更高，由Delta變異株加上Alpha變異株上突變的病毒株。6月3日，WHO澄清該病毒株不符合新混合變種的定義，並將其列為帶有突變的Delta變種。

據報導，Delta變異株基本傳染數R0大約為6（有說法稱其高達8或9），是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本傳染數的2倍以上。

- 2021年4月4日，為升級為「VOI」等級。
- 2021年5月11日，為升級為「VOC」等級。
- 2022年6月7日，降級為「Previous VOC」等級。

### 需要留意的變異株(Previous VOI)

#### Epsilon（B.1.427譜系、B.1.429譜系）

B.1.427譜系、B.1.429譜系，WHO命名為「Epsilon」，於2020年3月在美國加州首次發現。

- 2021年3月5日，升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Zeta（P.2譜系）

P.2譜系，WHO命名為「Zeta」，於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。

- 2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Eta（B.1.525譜系）

B.1.525譜系，WHO命名為「Eta」，於2020年12月在奈及利亞首次發現。

- 2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Iota（B.1.526譜系）

B.1.526譜系，WHO命名為「Iota」，於2020年11月在美國紐約首次發現。

- 2021年3月20日，升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Theta（P.3譜系）

P.3譜系，WHO命名為「Theta」，於2021年1月在菲律賓首次發現。

- 2021年3月24日，升級為「VOI」等級。
- 2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Kappa（B.1.617.1）

B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」，WHO命名為「Kappa」，於2020年10月在印度首次發現。

- 2021年4月4日，升級為「VOI」等級。
- 2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Lambda（C.37譜系）

C.37譜系，WHO命名為「Lambda」，於2020年8月在秘魯首次發現。

- 2021年6月14日，升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

#### Mu（B.1.621譜系）

B.1.621譜系，WHO命名為「Mu」，於2021年1月在哥倫比亞首次發現。

- 2021年8月30日，升級為「VOI」等級。
- 2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

## 外部連結

- WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants
- Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC)
- SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC)
- Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE)
- SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC)
- Living Evidence - SARS-CoV-2 variants
- Coronavirus Variants and Mutations