二磷酸腺苷核糖基化簡稱 ADP 核糖基化，是將額外的單個或多個二磷酸腺苷核糖（ADP 核糖）基團新增到蛋白質的氨基酸殘基上的轉譯後修飾過程，會影響蛋白質的功能。；例如將 NAD 中的 ADP 核糖基部分與某些蛋白質的氨基酸殘基發生共價連線的反應。這一過程可逆，涉及許多細胞中的過程，包括細胞訊號傳送、DNA 修復、基因表達調控和細胞凋亡。 異常的 ADP 核糖基化已被證明和一些癌症相關。它也是來自細菌的毒素之致病機理，如霍亂毒素、白喉毒素等。 歷史 ADP 核糖基化是在 1960 年代初期被第一次提出。 當時， Pierre Chambon 及其同事觀察到母雞的肝的細胞核提取物中有 ATP 的嵌入。 在幾個不同的實驗室對不溶於酸的部分進行了廣泛研究之後，發現 ADP 核糖的嵌入是源自於 NAD 作為輔因子。 幾年後，確定了引起這種嵌入的酶，並將其命名為聚 ADP 核糖 聚合酶 Poly ADPribose glycohydrolase。起初，該基團被認為是透過核糖糖苷鍵 ribose glycosidic bond 將 ADP 核糖的單元間以線性地共價結合。後來發現，其每 20 至 30 個 ADP 殘基就會發生分支。 首次發現單 ADP 核糖基化，是在一年後的毒素研究期間：發現白喉棒狀桿菌的白喉毒素是依賴 NAD ，使其完全活化，從而發現了單 ADP 核糖基轉移酶 monoADPribosyl transferase 催化單個 ADP 結合。 最初認為 ADP 核糖基化是僅涉及基因調控的轉譯後修飾 。 然而，隨著發現更多具有 ADP 核糖基化蛋白能力的酶，ADP 核糖基化的多功能性質變得顯而易見。在 1980 年代後期發現了第一個具有聚 ADP 核糖轉移酶活性的哺乳動物酶。在接下來的 15 年中，它被認為是能夠在哺乳動物細胞中新增 ADP 核糖鏈的唯一酶。 在 1980 年代後期，發現了 ADP 核糖基環化酶，該酶在蛋白質上新增環 ADP 核糖 Cyclic ADPribose。 最後，還發現了 sirtuins，也一樣具有單 ADP 核糖基轉移酶活性 ，同時是個以 NAD 作為輔因子脫醯基酶。 催化機制 大多數執行此修飾的酶的 ADP 核糖來源是氧化還原輔因子 NAD 。 在該轉移反應中，連線 ADP 核糖分子和煙醯胺 nicotinamide 基團的 NAD 的 N 糖苷鍵被裂解，隨後被目標氨基酸側鏈親核攻擊 。 ADP 核糖基轉移酶可以進行兩種型別的修飾：單 ADP 核糖基化和聚 ADP 核糖基化。 單 ADP 核糖基化 單 ADP 核糖基轉移酶通常使用高度保守的 RSEXE 酶基元催化將 ADP 核糖新增至精胺酸側鏈。 反應是透過破壞煙醯胺和核糖之間的鍵來進行的，從而形成氧鎓離子 。 接下來，靶蛋白的精氨酸側鏈隨後發揮親核試劑的作用，攻擊與氧離子相鄰的親電子碳。為了使該步驟發生，精氨酸親核試劑被催化酶上的麩氨酸殘基去質子化 。另一個保守的麩氨酸殘基與核糖鏈上的一個羥基形成氫鍵，以進一步促進這種親核攻擊。裂解反應的結果，煙醯胺被釋放。該修飾可以透過 ADP 核糖基水解酶逆轉，該酶裂解精氨酸和核糖之間的 N 糖苷鍵以釋放 ADP 核糖和未修飾的蛋白質。 NAD 不能透過逆反應恢復。 聚 ADP 核糖基化 聚（ADP 核糖） 聚合酶 （PARP）主要存在於真核生物中，並催化多個 ADP 核糖分子轉移至靶蛋白。與單 ADP 核糖基化一樣，ADP 核糖的來源為 NAD 。 PARPs 使用 HisTyrGlu 催化三聯體來促進 NAD 的結合以及目標蛋白上現有聚 ADP 核糖鏈末端的定位。 Glu 促進了兩個核糖分子之間的催化並形成（1 2）O 糖苷鍵。還有其他幾種酶可以識別聚 ADP 核糖鏈， 水解它們或形成分支。其中包含廣義定義的 800 多種蛋白質聚有 ADP 核糖結合基序；因此，除了這種修飾能改變目標蛋白的構型和結構之外，它還可以用作標籤以募集其他蛋白或調節目標蛋白。 氨基酸特異性 最初，酸性氨基酸 麩氨酸和天冬氨酸 被描述為 ADP 核糖基化的主要位點。然而許多的 ADP 核糖受體位點，例如絲氨酸 ， 精氨酸 Laing S KochNolte F Haag F Buck F Strategies for the identification of arginine ADPribosylation sites Journal of proteomics 201175169176 ，半胱氨酸 McDonald LJ Moss J Enzymatic and nonenzymatic ADPribosylation of cysteine Mol Cell Biochem 1994138221226 ，賴氨酸 ，二乙醯胺 Oppenheimer NJ Bodley JW Diphtheria toxin Site and configuration of ADPribosylation of diphthamide in elongation factor 2 J Biol Chem 198125685798581， 磷酸絲氨酸 Smith JA Stocken LA Chemical and metabolic properties of adenosine diphosphate ribose derivatives of nuclear proteins Biochem J 1975147523529，和天冬醯胺 Manning DR Fraser BA Kahn RA Gilman AG ADPribosylation of transducin by isletactivation protein Identification of asparagine as the site of ADPribosylation J Biol Chem 1984259749756 也在隨後的研究中被發現。 功能 細胞凋亡 在 DNA 損傷或細胞受到壓力期間，PARP 會被啟用，導致聚 ADP 核糖量增加，而 NAD 量減少。 十多年來，人們一直認為 PARP1 是哺乳動物細胞中唯一的聚 ADP 核糖聚合酶，因此對該酶的研究最多。 胱天蛋白酶是半胱氨酸家族蛋白酶已知會起到至關重要的細胞程式性死亡 。 該蛋白酶將 PARP1 切割成兩個片段，使其完全失活，從而限制了聚 ADP 核糖的產生。其片段之一從細胞核遷移到細胞質，被認為是自體免疫的靶標。 在不依賴半胱天冬酶的細胞凋亡過程中，也稱為 parthanatos，由於 PARP 的啟用或聚（ADP 核糖）糖水解酶 poly ADPribose glycohydrolase 的失活，可能導致聚 ADP 核糖的積累。 研究發現，聚 ADP 核糖可驅動凋亡誘導因子蛋白向核的運輸，在核中進而導致 DNA 片段化 。 如果在壓力下發生胱天蛋白酶活化失敗，則會發生壞死。 PARPs 受到腫瘤壞死因子蛋白的調節若過度活化會導致細胞程式性壞死。 儘管尚不清楚其機制，但已顯示 PARP 抑製劑會影響細胞程式性壞死。 基因調控 ADP 核糖基化可以在幾乎每個調控水平上影響基因表達 ，包括染色質組態，轉錄因子募集和結合以及 mRNA 加工。 核小體的組態是調節基因表達的關鍵：核小體的間隔和組態會改變 DNA 區域，這 DNA 區域可用於轉錄機制的結合並轉錄 DNA。 PARP1 是一種多聚 ADP 核糖聚合酶，已被證明可透過修飾組蛋白來影響染色質結構並促進核小體組織的變化。 過去已經發現 PARP 影響轉錄因子結構並引起許多轉錄因子的募集以在 DNA 形成複合物並引發轉錄。還顯示了單 ADP 核糖基轉移酶影響啟動子處的轉錄因子結合。例如，PARP14（一種單 ADP 核糖基轉移酶）會影響 STAT 轉錄因子的結合。 一些可結合 mRNA 的 ADP 核糖基轉移酶，可能導致該基因轉錄的沉默 。 DNA 修復 聚 ADP 核糖聚合酶（PARP）可以在單鏈斷裂和雙鏈斷裂的 DNA 修復中發揮作用。 在單鏈斷裂修復（ 鹼基切除修復 base excision repair ）中，PARP 可以促進氧化糖的去除或 DNA 鏈的斷裂。 PARP1 結合斷裂的單鏈 DNA，並拉住附近的鹼基切除修復中間體。這些中間體包括 XRCC1 和 APLF，可以直接或透過 APLF 的 PBZ 域而 募集。 這將能合成聚 ADP 核糖。 PBZ 結構域存在於許多涉及 DNA 修復的蛋白質中，能與 PARP 結合，從而導致 ADP 核糖基化，並募集修復因子在斷裂位點與之相互作用。 有許多機制可以修復受損的雙鏈 DNA。 PARP1 可能在其他非同源末端連線中充當突觸因子 synapsis factor。 另外，DNA 複制叉的複製當遇到損傷的 DNA 可能需要由 PARP1 來減慢並促進功能失調的複製叉處的同源重組。 PARP1 和 PARP3 可能協同作用於修復雙鏈 DNA，並且已經證明 PARP3 對雙鏈斷裂的解析至關重要。 PARP1 和 PARP3 符合了兩個假設。 第一個假設指出，兩種 ADP 核糖基轉移酶作用是在其中一個失去活性與否。如果 PARP3 丟失，則會導致單鏈 DNA 斷裂，從而招募 PARP1。第二個假設表明這兩種酶共同起作用。 PARP3 催化單 ADP 核糖基化和短聚 ADP 核糖基化，並用於啟用 PARP1。 PARP 有許多目標蛋白質在 DNA 損傷的部位。 KU 蛋白和 DNAPKcs 都是雙鏈 DNA 斷裂修復機制的一部分，其 ADP 核糖基化位點未知。 組蛋白是 PARP 的另一個目標蛋白質。 DNA 損傷後，所有核心組蛋白 core histones 和接頭組蛋白 linker histone H1 均會被 ADP 核糖基化。 這些修飾的功能仍是未知的，但是這現象已經被提出，ADP 核糖基化調節高階染色質結構，以促進修復因子遷移到 DNA 損傷中更易接近的位點。 蛋白質降解 在蛋白質的降解機制中主要是由泛素 蛋白酶體系統（UPS）將蛋白質降解。 26S 蛋白酶體由催化次單元（20S 核心顆粒）和調節次單元（19S 帽）組成。 聚泛素鏈標記蛋白質以被蛋白酶體降解，從而使標記的蛋白質水解成較小的肽。 Tankyrase（TNKS），一種 ADP 核糖基轉移酶，與蛋白酶體調節劑 PI31 相互作用。 果蠅和人類細胞株中的證據表明，TNKS 的錨蛋白域（ANK）有助於與 PI31 的 N 端 TNKS 結合基序和 C 端 HbYX 域相互作用。 將透過 TNKS 的 PARP 域促進 PI31 的 ADP 核糖基化。 另外，顯示了用 TNKS 抑製劑 XAV939 處理果蠅細胞會減弱 26S 蛋白酶體的活性。 此外，已經證明 PI31 的 ADP 核糖基化可以阻斷 PI31 介導的 20S 顆粒的 α 次單元的抑制。 因此，一個有效的假設是，tankyrase 介導的 ADP 核糖基化以降低 PI31 的活性，進而降低了蛋白酶體對蛋白質的降解。 臨床意義 癌症 PARP1 參與鹼基切除修復 BER，單鍊和雙鏈 DNA 斷裂修復以及穩定染色體。 它也透過促進蛋白質間相互作用來參與轉錄調控 。 PARP1 使用 NAD 來執行其在凋亡中的功能。 如果 PARP 變得過度活躍，則細胞的 NAD 輔因子水平將下降，而 ATP 水平將下降，因此將發生壞死 。 這在致癌作用中非常重要，因為 PARP1 的缺陷細胞在癌症生長過程中具有生存優勢。 在 PARP1 缺乏下對癌變的易感性在很大程度上取決於引起的 DNA 損傷的型別。 各種 PARP 參與預防癌變有許多含義。 如前所述，PARP1 和 PARP2 與 BER 和染色體穩定性有關。 PARP3 參與中心體調節。 端錨聚合酶 Tankyrase 是另一種涉及端粒長度調節的 ADP 核糖聚合酶。 在抗癌治療劑中，抑制 PARP1 也得到了廣泛研究。 PARP1 抑製劑的作用機制過去被認為是透過抑制 BRCA12 缺陷型患者的 PARP1 修復功能來增強化學療法對癌細胞 DNA 的損傷。然而，近期有越來越多研究發現，對於非 BRCA12 缺陷型的癌症患者，PARP 抑制劑也能發揮顯著的療效，例如作為晚期卵巢癌維持療法的藥物 Niraparib 這個 PARP12 抑制劑，就被證實能對無同源重組修復缺陷的患者有療效，因此推翻了 PARP 抑制劑只能用於治療 BRCA12 缺陷型患者的理論，可見這類藥物的機制遠比單純的影響 DNA 修復還來得更複雜。PARP 被發現可參與調節基因轉錄、核糖體合成以及免疫活化等機制 GonzálezMartín A Pothuri B Vergote I DePont Christensen R Graybill W Mirza MR et al 2019 Niraparib in Patients with Newly Diagnosed Advanced Ovarian Cancer New England Journal of Medicine 381 23912402，不過這些機制是否與 PARP 抑制劑的藥物作用機轉有關，都尚待更多研究輔佐證實。 PARP14 是另一種 ADP 核糖基化酶，已針對癌症治療靶點進行了深入研究。它是 STAT6 轉錄相互作用蛋白的訊號轉導和啟用劑，並被證明與 B 細胞淋巴瘤的攻擊性有關。 細菌毒素 細菌 ADP 核糖基化外毒素（bARE）將 NAD 的 ADP 核糖部分共價轉移到感染的真核生物的靶蛋白上，從而產生煙醯胺和遊離氫離子。 bARE 作為酶原產生，由 A 和 B 域組成：A 域負責 ADP 核糖基化活性；而 B 域，用於使酶在細胞膜上易位。 這些域可以三種形式協同存在：第一，作為具有 A 和 B 域共價連線的單條多肽鏈；其次，在具有透過非共價相互作用結合的 A 和 B 域的多蛋白複合物中；第三，在剪下之前，具有不直接相互作用的 A 和 B 域的多蛋白複合物。 激醫但被啟用，bAREs 將 ADP 核糖基化數個真核蛋白；這種機制對於激發與 ADP 核糖基化有關的疾病狀態至關重要，特別是 GTP 結合蛋白。 例如，霍亂和不耐熱腸毒素靶向異三聚體 GTP 結合蛋白的 Gs 的 α 次單元 。 由於 α 亞基是 ADP 核糖基化的，因此它永久處於 活躍 的 GTP 結合狀態；隨後細胞內環狀 AMP 的啟用會刺激腸上皮細胞釋放液體和離子。 此外， 肉毒桿菌 C3 ADP 核糖基化了 GTP 結合蛋白 Rho 和 Ras ， 百日咳毒素 ADP 核糖基化了 Gi ，Go 和 Gt。 白喉毒素 ADP 核糖基化了核糖體延伸因子 EF2 ，從而減弱了蛋白質的合成。 有許多種細菌在感染中使用 bARE，例如：肺炎支原體的 CARDS 毒素；霍亂弧菌的霍亂毒素；大腸桿菌的不耐熱腸毒素 ；綠膿桿菌的外毒素 A；百日咳桿菌的百日咳毒素；肉毒桿菌的 C3 毒素和白喉桿菌的白喉毒素 。 越來越多的研究表明 ADP 核糖基轉移酶在病原菌入侵宿主中扮演重要的角色，例如最新研究發現，條件致病菌紫色色桿菌可分泌效應蛋白 CteC，特異性對宿主細胞內的泛素分子進行單 ADP 核糖基化修飾，進而廣泛干擾宿主泛素通路。 延伸閱讀 組蛋白程式碼 細胞訊號 PARP1 霍亂毒素 NAD ADP 核糖基轉移酶 百日咳毒素 轉譯後修飾 參考資料 Category 翻譯後修飾 Category 訊號轉導 Category 細胞生物學