系統生物學（systems biology），是一個使用整體論（而非還原論）的方式， 整合不同學科、層次的資訊，以研究、分析、理解（即多組學整合分析）生物系統如何行使功能的學術領域。系統生物學透過研究各個生物系統內部所有組成成分間，各分子層面上的相互關係和相互作用（例如，與細胞訊號傳送、代謝通路、細胞器、細胞、生理系統與生物等相關的基因和蛋白網路），期望最終能夠建立整個系統的可理解模型，以及為有機體繪製完整圖譜。系統生物學使用計算機模擬，數學分析的方法來構建複雜生物系統的模型。 系統生物學不同於以往只注意個別的基因和蛋白質的實驗生物學，研究所有的基因、所有的蛋白質和組分間的所有相互關係；其目標是：對複雜的生物系統構建計算的數學模型，從總體上預測生物系統的真實性。特別是從 2000 年開始，這個概念在各種環境下被廣泛用於生物學。人類基因組計劃是生物學中應用系統思維的一個例子，它導致新的合作的方式來處理在遺傳學生物學領域的問題。系統生物學的目標之一是模擬和發現湧現的特性，細胞的，組織的和生物體的特性，作為一個系統，其理論描述只能用系統生物學的技術進行。這些通常涉及代謝網路或細胞訊號傳送網路。 系統生物學開始於對基因和蛋白質的研究，該研究使用高通量技術來測定某物種在給定條件干涉下基因組和蛋白質組的變化。研究基因組的高通量技術包括用來測定 mRNA 變化的生物晶片技術。高通量蛋白質組學方法包括質譜，該技術用於鑑定蛋白質，檢測蛋白修飾和量化蛋白質表達水平。 歷史 系統生物學的概念由來已久。生物學家及生化學家早就意識到，縱向的單個分子及其通路〔如蛋白質，或更常見的酶〕細緻研究僅僅是對於認識生命科學的可行的、必要的開始。當代生物科學的進展 生物資訊學 即是對以往的個別研究的歸納和演繹。 系統科學最初源自對還原論、機械論反省的有機體思維、綜合哲學，以及 C 貝爾納與 WB 坎農對生物穩態現象的揭示，從貝塔郎菲的一般系統論與理論生物學、維納與艾什比的控制論到夏農的資訊理論與 I 普里戈津的耗散結構理論，將生命現象看作自組織化系統，1950 年代形成了系統心理學，貝塔郎菲 1950 年發表《物理學與生物學中的開放系統理論》創立一般系統論奠基了系統生物學基礎。 1968 年國際系統論與生物學（systems theory and biology）會議提出以系統論（整合的）方法研究生物學的體系。 197080 年代，系統論與生物學、系統生物學等概念發表，美國 NIH 資料庫 PubMed 可以檢索到系統生物醫學（systems biomedicine）。採用系統方法研究生態系統、器官系統的系統生態學、系統生理學等學科先後建立與成熟。細胞生物學、生物化學與分子生物學的發展，艾根從分子水平研究細胞起源提出了超迴圈理論，開創了細胞、分子層次的生物系統理論探討。 1989 年在美國召開了生物化學系統論與計算機模型研究的國際會議，研討了生物系統的計算機方法、數學模型與定量研究。 21 世紀伊始，系統生物學的發展進入了細胞訊號傳導與基因表達調控研究的細胞、分子系統生物學時期，國際、國內的系統與合成生物學、系統遺傳學等研究機構紛紛建立而進入了系統生命科學時代。 2001 年第二屆國際系統生物學會（2nd International Conference on Systems Biology；ICSB 2001）對 系統生物學 的解釋為：系統生物學是對生物體整個過程做一全面性的定量研究，並非以生物體的某一部分為物件。目的是要建立模式並以實驗來證實其可預測的生物體的表現。簡單的說，這樣的研究方法就是利用資訊科學及微機電工程的技術來研究生物學的問題，最後並希望能夠利用電腦運算的結果，來預測細胞、器官、系統甚至完整生物體的表現。 最先把 DNA 測序自動化，同時也是 1985 年首先推動基因體計畫的科學家之一的勒羅伊胡德（Leroy Hood）博士 2000 年最早建立系統生物學研究所，並認為系統生物學是研究一個生物系統內所有組成份的構成，以及在特定條件下這些組成份相互關係的學科。並在 2000 年 1 月與及等學者創立一個非營利性質的研究機構：系統生物學研究所（Institute for Systems Biology），致力於系統生物學在生命科學相關領域的研究與應用。 勒羅伊胡德博士在 2001 年 3 月訪問臺灣時，對系統生物學曾有以下的描述：系統生物學是將 DNA、RNA、蛋白質以及三者彼此之間的互動作用等資訊加以整合，並運用這些資料去建立出數學計量模型，以期能掌握所有生物基因與組織間的關係及運作。因此係統生物學的研究過程是先取得一個生物、組織或細胞系統，辨識出各種內部因素，在獲得 DNA、RNA 及蛋白質相互作用及資訊網路方面整合所獲得的資訊，然後開發出能描述系統結構和行為的數學模型，最後可以藉由此一個模型系統，使這個系統可以自動執行所需的功能。因此係統生物學是結合許多不同學科的領域，透過彼此相互的網狀合作，針對一個生物現象所進行的研究。 而（Hiroaki Kitano）博士認為系統生物學的研究可以包含四大部分，分別利用資訊科學、分析、技術、基因組學四者形成環型而連續的關係，建立出一個新的研究模式（Kitano 2002），並且利用這一模式所發展的一系列的工具來解決生物學家所面臨的研究問題。曾湘文，2005 2008 年美國 NIH 設立腫瘤的系統遺傳學研究專項基金。 相關領域 根據使用跨學科工具從多個實驗中獲得，整合和分析複雜資料集的能力的系統生物學解釋，一些典型的技術平臺包括： 在生物體表型變化，因為它在其壽命的變化。 基因組學 表觀遺傳學 轉錄組 在有機體的，組織的或細胞水平上的基因表現的量測，透過 DNA 微陣列或。 蛋白質組學 代謝物組學 在有機體的，組織的或細胞水平上的被稱為代謝產物的小分子的量測。 糖組學 在有機體的，組織的或細胞水平上的醣類的量測。 脂類組學 Lipidomics 在有機體的，組織的或細胞水平上的脂質的量測。 除了上述給定分子的識別和量化之外，進一步的技術還分析細胞內的動力學和相互作用。 這包括： （Interactomics） 在有機體的，組織的或細胞水平上的分子間相互作用的研究。 （Fluxomics） 在有機體的，組織的或細胞水平上的分子隨時間變化的動態變化的量測。 （Biomics）。 生物群系的系統分析。 生物資訊學和資料分析 計算機科學，資訊學和統計學的其他方面也用於系統生物學。 參見 系統生物學置標語言（SBML） 人工生命 生物醫學控制論 計算機模擬 基因調節網路 系統生態學 系統藥理學 系統生物學家 合成生物學 調節子 參考文獻 引用 來源 曾湘文，以系統生物學方法探討細菌內毒素在大鼠胸主動脈內皮細胞所引發之反應。國立陽明大學藥理學研究所博士論文（2005），httpswebarchiveorgweb20090426071139httpetdsncledutwtheabsindexhtml Hiroaki Kitano editor（2001）Foundations of Systems Biology MIT Press（October 15 2001）ISBN 0262112663 Gregory Bock and Jamie A Goode eds（2002）In Silico Simulation of Biological Processes Novartis Foundation Symposium 247 John Wiley Sons Ltd ISBN 0470844809 Marc Vidal and Eileen E M Furlong Nature Reviews Genetics 2004 From OMICS to systems biology E Klipp R Herwig A Kowald C Wierling and H Lehrach Systems Biology in Practice WileyVCH 2005 ISBN 3527310789 Werner E The Future and Limits of Systems Biology Science STKE 2005 pe16 2005 Bernhard Palsson 2006 Systems Biology Properties of Reconstructed Networks Cambridge University Press ISBN 9780521859035 Cambien F Tiret L Atherosclerosis From genetic polymorphisms to system genetics Cardiovascular Toxicology Volume 5 Number 2 June 2005 pp 143152 10 外部連結 BioCircleorg The Open Source Systems Biology Portal dedicated to computational aspects of Systems Biology Visit us for the first community wide Systems Biology Tools Resources Survey 2005 results BioChemWeborg The Virtual Library of Biochemistry and 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