臺灣約有 80 種陸生哺乳動物，其中約 40 多種為臺灣特有種及特有亞種；另外還有約 30 種海生哺乳動物被記錄。 鼩形目 Soricomorpha 鼴鼠科 Talpidae 臺灣鼴鼠 Mogera insularis insularis Swinhoe 1863 特有亞種 臺灣高山鼴鼠 Mogera kanoana Oda Lin 2007 特有種 鼩鼱科（尖鼠科） Soricidae 山階氏鼩鼱 Anourosorex yamashinai Kuroda 1935 特有種 水鼩 Chimarrogale himalayica Gray 1842 珍貴稀有野生動物 細尾長尾鼩 Chodsigoa sodalis Thomas 1913 特有種 臺灣灰鼩鼱 Crocidura tanakae Kuroda 1938 特有種 華南中麝鼩 Crocidura rapax G Allen 1923 小麝鼩 臺灣小麝鼩 C r kurodai Jameson and Jones 1977 特有亞種 長尾麝鼩 C r tadae Tokuda and Kano 1936 特有亞種 臺灣煙尖鼠 Episoriculus fumidus Thomas 1913 特有種 香鼩 家鼩、臭鼩 Suncus murinus Linnaeus 1766 翼手目 Chiroptera 蝙蝠因為指骨發展成翅膀的關係，成為唯一會飛行的哺乳動物，現今全球蝙蝠估計接近 1000 種，佔所有哺乳動物的四分之一，僅次於嚙齒目。 大蝙蝠科 Pteropidae 臺灣狐蝠 Pteropus dasymallus formosus Sclater 1873 特有亞種 瀕臨絕種野生動物 印度犬果蝠 Cynopterus sphinx 棕果蝠 Rousettus leschenaultii 蹄鼻蝠科 Rhinolophidae 臺灣大蹄鼻蝠 Rhinolophus formosae Sanborn 特有種 臺灣小蹄鼻蝠 Rhinolophus monoceros K Andersen 1905 特有種 葉鼻蝠科 Hipposideridae 無尾葉鼻蝠 Coelops frithi formosanus Horikawa 特有亞種 珍貴稀有野生動物 臺灣葉鼻蝠 Hipposideros terasensis Kisida 特有亞種 蝙蝠科 Vespertilionidae 黃頸蝠 黃喉家蝠 Arielulus torquatus Gabor Lee 特有種 寬耳蝠 Barbastella leucomelas Cretzschmar 1830 堀川氏棕蝠 Eptesicus serotinus horikawai Kishida 1924 特有亞種 毛翼大管鼻蝠 大管鼻蝠 Harpiocephalus harpia Temminck 1840 金芒管鼻蝠 Harpiola isodon Kuo et al 2006 臺灣彩蝠 Kerivoula furva 摺翅蝠 Miniopterus fuliginosus Hodgson 1835 姬管鼻蝠 Murina gracilis 黃胸管鼻蝠 Murina lucogaster bicolor 臺灣管鼻蝠 管鼻蝠 Murina puta Kishida 1924 特有種 高山管鼻蝠 Murina sp 黃金鼠耳蝠 Myotis flavus Shamel 1944 寬吻鼠耳蝠 Myotis latirostris Kishida 1932 特有種 渡瀨氏鼠耳蝠 Myotis ruforniger watasei Thomes 特有亞種 臺灣鼠耳蝠 Myotis taiwanensis Linde 1908 特有種 高山鼠耳蝠 Myotis sp 大足寬吻鼠耳蝠 Myotis sp 長尾鼠耳蝠 Myotis sp 夜蝠 Nyctalus noctula Schreber 1774 絨山蝠 Nyctalus velutinus G Allen 1923 東亞家蝠 家蝠 Pipistrellus abramus Temminck 1835 臺灣家蝠 Pipistrellus taiwanensis 特有種 山家蝠 Pipistrellus montanus特有種 臺灣長耳蝠 Plecotus taivanus Yoshiyuki 1991 特有種 高頭蝠 Scotophilus kuhlii Leach 1821 霜毛蝠 Vespertilio sinensis Peters 1880 遊離尾蝠科 Molossidae 皺鼻蝠 東亞遊離尾蝠 Tadarida insignis Rafinesque 1814 靈長目 Primates 獼猴科 Cercopithecidae 臺灣獼猴 Macaca cyclopis Swinhoe 1863 特有種 鱗甲目 Pholidota 穿山甲科 Manidae 臺灣穿山甲（臺灣鯪鯉） Manis pentadactyla pentadactyla Linnaeus 1758 特有亞種 珍貴稀有野生動物 兔形目 Lagomorpha 兔形目由兩類動物所組成：兔科及鼠兔科。曾經被歸入為嚙齒目，直到 20 世紀才分開獨立一支。與嚙齒目最大分別為兔形目上顎有 4 顆門齒（兩排），而嚙齒目只有兩顆。 兔科 Leporidae 臺灣野兔 Lepus sinensis formosanus Thomas 1908 特有亞種 嚙齒目 Rodentia 松鼠科 Sciuridae 臺灣小鼯鼠 小鼯鼠 Belomys pearsonii kaleensis Swinhoe 特有亞種 赤腹松鼠 Callosciurus erythraeus Pallas 1779 特有亞種 長吻松鼠 Dremomys pernyi owstoni Thomas 特有亞種 白面鼯鼠 Petaurista lena Thomas 特有種 大赤鼯鼠 Petaurista philippensis Elliot 1839 特有亞種 條紋松鼠 Tamiops maritimus formosanus Bonhote 特有亞種 鼠科 Muridae 赤背條鼠 Apodemus agrarius Pallas 1771 臺灣森鼠 Apodemus semotus Thomas 1908 特有種 鬼鼠 Bandicota indica Bechstein 1800 巢鼠 Micromys minutus Pallas 1771 田鼷鼠 Mus caroli Bonhote 1902 家鼷鼠 Mus musculus Linnaeus 1758 刺鼠 Niviventer coxingi Swinhoe 1864 特有種 高山白腹鼠 Niviventer culturatus Thomas 1917 特有種 緬甸小鼠 Rattus exulans Peale 1848 外來種 小黃腹鼠 Rattus losea Swinhoe 1871 溝鼠 Rattus norvegeicus Berkenhout 1769 黑鼠 玄鼠 Rattus rattus Linnaeus 1758 倉鼠科 Cricetidae 黑腹絨鼠 臺灣天鵝絨鼠 Eothenomys melanogaster MilneEdwards 1871 臺灣高山田鼠 菊池氏田鼠 Microtus kikuchii Kuroda 1920 特有種 食肉目 Carnivora 熊科 Ursidae 臺灣黑熊 Ursus thibetanus formosanus Swinhoe 1864 特有亞種 瀕臨絕種野生動物 貂科 Mustelidae 歐亞水獺 Lutra lutra chinensis Gray 1837 瀕臨絕種野生動物 黃喉貂 Martes flavigula chrysospila Swinhoe 1866 特有亞種 其他應予保育野生動物 鼬獾 Melogale moschata subaurantiaca Swinhoe 1862 特有亞種 華南鼬鼠 黃鼠狼 Mustela sibirica taivana Thomas 1913 特有亞種 臺灣高山小黃鼠狼 Mustela formosanus Lin Harada1997small 特有種 其他應予保育野生動物 亞洲小爪水獺 Aonyx cinerea 僅於金門零星發現過腳印 靈貓科 Viverridae 白鼻心 果子狸 Paguma larvata taivana Swinhoe 1862 特有亞種 麝香貓 Viverricula indica taivana Schwarz 1911 特有亞種 珍貴稀有野生動物 獴科 Herpestidae 食蟹獴 棕簑貓 Herpestes urva formosanus Bechthold 1936 其他應予保育類野生動物 貓科 Felidae 石虎 山貓 Prionailurus bengalensis chinensis Gray 1837 瀕臨絕種野生動物 臺灣雲豹 Neofelis nebulosa brachyura Swinhoe 1862 特有亞種 瀕臨絕種野生動物 滅絕 鯨偶蹄目 Cetartiodactyla 150pxthumb 臺灣梅花鹿 豬科 Suidae 臺灣野豬 Sus scrofa taivanus Swinhoe 1863 特有亞種 侯氏豬 Sus houi Qi et al 1999 滅絕 化石記錄種 鹿科 Cervidae 臺灣梅花鹿 Cervus nippon taiouanus （Blyth 1860） 特有亞種 野外滅絕 新竹梅花鹿 Cervus nippon sintikuensis Shikama1937 滅絕 化石記錄種 臺灣水鹿 Cervus unicolor swinhoei Sclater 1862 特有亞種 其他應予保育野生動物 山羌 Muntiacus reevesi micrurus Sclater 1875 特有亞種 牛科 Bovidae 臺灣野山羊 長鬃山羊 Naemorhedus swinhoei Gray 1862 特有種 其他應予保育野生動物 鬚鯨科 Balaenopteridae 小鬚鯨 小鰮鯨 Balaenoptera acutorostrata Lacépède 1804 瀕臨絕種野生動物 鰮鯨 塞鯨 Balaenoptera borealis Lesson 1828 瀕臨絕種野生動物 布氏鯨 熱帶鰮鯨 Balaenoptera brydei Olsen 1913 瀕臨絕種野生動物 鯷鯨 Balaenoptera edeni Anderson 1879 藍鯨 Balaenoptera musculus Linnaeus1758 瀕臨絕種野生動物 大村鯨 角島鯨 Balaenoptera omurai Shiro Wada 長鬚鯨 Balaenoptera physalus Linnaeus 1758 瀕臨絕種野生動物 臺灣鯨 Balaenoptera taiwanica Huang 1965 滅絕 化石記錄種 大翅鯨 Megaptera novaeangliae Borowski 1781 瀕臨絕種野生動物 灰鯨科 Eschrichtiidae 灰鯨 Eschrichtius robustus Lilljeborg 1861 瀕臨絕種野生動物 露脊鯨科 Balaenidae 北太平洋露脊鯨 Eubalaena japonica Gray 1864 瀕臨絕種野生動物 抹香鯨科 Physeteridae 抹香鯨 Physeter macrocephalus Linnaeus 1758 瀕臨絕種野生動物 小抹香鯨科 Kogiidae 小抹香鯨 Kogia breviceps Blainville 1838 珍貴稀有野生動物 侏儒抹香鯨 Kogia sima Owen 1866 珍貴稀有野生動物 喙鯨科 Ziphiidae 柏氏中喙鯨 布蘭氏喙鯨 Mesoplodon densirostris Blainville 1817 珍貴稀有野生動物 銀杏中喙鯨 銀杏齒喙鯨 Mesoplodon ginkgodens Nishiwaki Kamiya 1958 珍貴稀有野生動物 柯氏喙鯨 柯維氏喙鯨 Ziphius cavirostris G Cuvier 1823 珍貴稀有野生動物 朗氏喙鯨 Mesoplodon pacificus 2005 海豚科 Delphinidae 短吻真海豚 Delphinus delphis Linnaeus 1758 珍貴稀有野生動物 小虎鯨 Feresa attenuata Gray 1874 珍貴稀有野生動物 短肢領航鯨 Globicephala macrorhynchus Gray 1846 珍貴稀有野生動物 瑞氏海豚 花紋海豚 Grampus griseus G Cuvier 1812 珍貴稀有野生動物 弗氏海豚 Lagenodelphis hosei Fraser 1956 珍貴稀有野生動物 虎鯨 Orcinus orca Linnaeus 1758 珍貴稀有野生動物 瓜頭鯨 Peponocephala electra Gray 1846 珍貴稀有野生動物 偽虎鯨 Pseudorca crassidens Owen 1846 珍貴稀有野生動物 苑裡偽虎鯨 Pseudorca yuanliensis Chang Cheng 1998 滅絕 化石記錄種 中華白海豚 印太洋駝海豚 Sousa chinensis Osbeck 1765 珍貴稀有野生動物 熱帶斑海豚 熱帶點斑原海豚 Stenella attenuata Gray 1846 珍貴稀有野生動物 條紋海豚 條紋原海豚 Stenella coeruleoalba Meyen 1833 珍貴稀有野生動物 長吻飛旋海豚 飛旋海豚 Stenella longirostris Gray 1828 珍貴稀有野生動物 糙齒海豚 皺齒海豚 Steno bredanensis G Cuvier in Lesson 1828 珍貴稀有野生動物 印太瓶鼻海豚 Tursiops aduncus Ehrenberg 1833 瓶鼻海豚 Tursiops truncatus Montagu 1821 珍貴稀有野生動物 鼠海豚科 Phocoenidae 新鼠豚 露脊鼠海豚、江豚 Neophocaena phocaenoides G Cuvier 1829 瀕臨絕種野生動物 海牛目 Sirenia 儒艮科 Dugongidae 儒艮 Dugong dugon Müller 1776 絕跡 外部連結 臺灣陸生哺乳類名錄，農委會特有生物研究保育中心 列表 列表