真菌界（學名：Fungi，單數為 Fungus，複數可為 Fungi 或 Funguses 3）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。 子囊菌門 （Ascomycota） Neolectomycetes Neolectales Pneumocystidomycetes Pneumocystidales Schizosaccharomycetes Schizosaccharomycetales 環境樣本 Taphrinomycetes Taphrinales Archaeorhizomycetes Archaeorhizomycetales 環境樣本 Arthoniomycetes Arthoniales Lichenostigmatales 目未定 Dothideomycetes Capnodiales Dothideales Myriangiales Jahnulales Mytilinidiales Pleosporales Botryosphaeriales Microthyriales Patellariales Trypetheliales 目未定及環境、菌根樣本 Eurotiomycetes Chaetothyriales Pyrenulales Verrucariales Coryneliales Arachnomycetales Ascosphaerales Eurotiales Onygenales Mycocaliciales 目未定及環境樣本 Geoglossomycetes Geoglossales 目未定 Laboulbeniomycetes Laboulbeniales Pyxidiophorales 目未定及環境樣本 Lecanoromycetes Acarosporales Lecanorales Lecideales Peltigerales Teloschistales Agyriales Baeomycetales Ostropales Rhizocarpales Pertusariales Candelariales Umbilicariales 目未定及環境樣本 Leotiomycetes Cyttariales Erysiphales Helotiales Leotiales Rhytismatales Thelebolales Medeolariales 目未定及環境、菌根樣本 Lichinomycetes Eremothallales Lichinales Orbiliomycetes Orbiliales Pezizomycetes Pezizales 目未定 Pneumocystidomycetes Pneumocystidales Sordariomycetes Coronophorales Hypocreales Melanosporales Microascales Boliniales Calosphaeriales Chaetosphaeriales Coniochaetales Diaporthales Ophiostomatales Sordariales Lulworthiales Xylariales Phyllachorales Trichosphaeriales 目未定及環境、菌根樣本 Saccharomycetes Saccharomycetales 綱未定及環境、菌根樣本 擔子菌門 Basidiomycota Tremellomycetes Cystofilobasidiales Filobasidiales Tremellales Holtermanniales 目未定 Dacrymycetes Dacrymycetales Agaricomycetes Agaricales Atheliales Boletales Prototaxales Amylocorticiales Jaapiales Lepidostromatales Geastrales Gomphales Hysterangiales Phallales Auriculariales Cantharellales Corticiales Gloeophyllales Hymenochaetales Polyporales Russulales Sebacinales Thelephorales Trechisporales 目未定及環境樣本 Agaricostilbomycetes Agaricostilbales Spiculostilbales 目未定及環境樣本 Atractiellomycetes Atractiellales Classiculomycetes Classiculales Cryptomycocolacomycetes Cryptomycocolacales Cystobasidiomycetes Cystobasidiales Erythrobasidiales Naohideales 目未定 Microbotryomycetes Heterogastridiales Kriegeriales Leucosporidiales Microbotryales Sporidiobolales 目未定及環境樣本 Mixiomycetes Mixiales Pucciniomycetes Helicobasidiales Pachnocybales Platygloeales Pucciniales Septobasidiales 目未定及環境樣本 Entorrhizomycetes Entorrhizales Ustilaginomycetes Urocystales Ustilaginales 目未定及環境樣本 Exobasidiomycetes Ceraceosorales Doassansiales Entylomatales Exobasidiales Georgefischeriales Microstromatales Tilletiales Malasseziales 目未定及環境樣本 Wallemiomycetes Wallemiales Geminibasidiales 目未定 綱未定及環境、菌根樣本 芽枝黴門 Blastocladiomycota Blastocladiomycetes Blastocladiales 目未定 環境樣本 壺菌門 Chytridiomycota Chytridiomycetes Chytridiales Cladochytriales Lobulomycetales Polychytriales Rhizophlyctidales Rhizophydiales Spizellomycetales 目未定 Monoblepharidomycetes Monoblepharidales 綱未定及環境樣本 球囊菌門 Glomeromycota Glomeromycetes Archaeosporales Diversisporales Glomerales Paraglomerales 目未定及環境樣本 綱未定及環境樣本 微孢子蟲門（Microsporidia） 本門包括以下綱： 綱、目的地位未定的科： 綱、目和科的地位未定的屬： 新美鞭菌門（Neocallimastigomycota） Neocallimastigomycetes Neocallimastigales 綱未定及環境樣本 接合菌門 Zygomycota Zygomycetes Endogonales Mucorales Mortierellales Asellariales Kickxellales Dimargaritales Harpellales Entomophthorales Zoopagales 目未定 門未定及環境、菌根樣本 其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合 DNA 片段） Category 界級分類學列表