# Органик донъя системаһы

Органик донъя системаһы — хәҙерге ваҡытта һәм элек йәшәгән бөтә организмдарҙы һүрәтләү, төркәмләү нигеҙендә билдәле тәртиптә эшләнгән схемаһы. Тере организмдар бер нисә миллион төрҙө тәшкил итә.Ошо тиклем күп төрлөлөкте биологик систематика өйрәнә.
Төп бурысы — төркөмләү (классификация) нигеҙендә органик донъяныңсистемаһын төҙөү.
Йәнле тәбиғәт таксоно́мияһы.
Фәнни дәирәләрҙә бер үк төркөмдең систематик статусы тураһында уртаҡ фекер булмағанлыҡтан, тәҡдим ителгән систематика дөйөм килешелгән (консенсус) структура булып тора.

# Органик донъя системаһы
## Күҙәнәкһеҙҙәр

Күҙәнәк төҙөлөштәре булмаған тереклек эйәләре төркөме. «Күҙәнәкһеҙҙәр» йыш ҡына «вирус» һүҙенә синоним булараҡ ҡулланыла.
Термин 2003 йылда, быға тиклем билдәле булған вирустар араһында иң ҡатмарлыһы тип танылған мимивирусты тапҡандан һуң индерелә. Уның күҙәнәклеләр төҙөлөшлөнән үҫешкән (эволюцияның дегенерация формаһы) тигән фараз бар.
Вирустарҙан тыш күҙәнәкһеҙҙәргә вироидтарҙы, вирусоидтарҙы, шулай уҡ, ДНК йәки РНК (миҫал, приондар) формаһында шифрлы геномы булмаған инфекцион агенттарҙы индерәләр.

# Органик донъя системаһы
## Күҙәнәкһеҙҙәр
### Вирустар

Күҙәнәкһеҙ инфекцион агент, тере күҙәнәктәрҙең эсендә генә тереклек үҙсәнлектәре күрһәтә һәм үрсей ала.
Организмдарҙың бөтә тибын да зарарлай: үҫемлектәр һәм хауйандарҙан башлап бактериялар и архейҙарға тиклем (бактериялар вирусын бактериофагтар тип атайҙар).
Шулай уҡ, икенсе вирустарҙы зарарлаусы вирустар (вирус-сателлиттар).

# Органик донъя системаһы
## Күҙәнәкһеҙҙәр
### Вирустар
#### Балтимор буйынса классификация

Нобель премияһы лауреаты биолог Дейвид Балтимор буйынса вирустарҙы классификациялау нигеҙҙәрен эшләй. Был 7 төп төркөмде эсенә ала.:
* (I) Ике сылбырлы ДНК-һы булған һәм РНК-стадииһы булмаған вирустар (Мәҫәлән, герпесвирустар, поксвирустар, паповавирустар, мимивирус).
* (II) Бер сылбырлы ДНК-лы вирустар (мәҫәлән, парвовирустар). Ыңғай поляр ДНК-лы.
* (III) Ике сылбырлы РНК -лы вирустар (мәҫәлән, ротавирусы).
* (IV) Бер сылбырлы ыңғай поляр РНК-лы вирустар (мәҫәлән, пикорнавирусы, флавивирусы).
* (V) Бер сылбырлы негатив йәки икеләтә полярлы РНК-лы негатив йәки икеләтә полярлы
* мәҫәлән, ортомиксовирустар, филовирустар) вирустар
* (VI) Бер сылбырлы ынғай молекулалы РНК -һы булған һәм йәшәү циклында РНК матрицаһы аша ДНК синтезлау стадияһы булған ретровирустар (мәҫәлән, ВИЧ).
* (VII) Ике сылбырлы ДНК-лы һәм йәшәү циклында РНК матрицаһы аша ДНК синтезлау стадияһы булған, ретроид вирустар (мәҫәлән, гепатит B вирусы)..

# Органик донъя системаһы
## Күҙәнәкһеҙҙәр
### Вироидтар

Үҫемлектәрҙең патогендары юғары комплементарлы, ҡулсалы, бер сылбырлы РНК молекулаларынан ғибәрәт. Бер нисә йөҙ нуклеотидтарҙан торған ҡыҫҡа ғына фрагметтар фиғылындағы йән эйәләре. Вирустарға хас булған тышсалары юҡ.
Иң бәләкәй вироид scRNA (кес кенә цитоплазматик РНК)- дөгөне зарарлай торған вирустың(вируса жёлтой крапчатости) паразиты (англ. RYMV, rice yellow mottle sobemovirus), бары 220 нуклеотидтан ғына тора.
Сағыштырыу өсөн: әлегә тиклем билдәле вирустарҙан иң иң бәләкәй вирустың геномы 2000 нуклеотидтан тора. Вироидтар Теодор О. Динер тарафынан асылған һәм ошо атамаһы бирелгән.

# Органик донъя системаһы
## Күҙәнәклеләр
### Прокариоттар

Бер күҙәнәкле тере организмдар, (эукариотарҙан айырмалы) күҙәнәк ядроһы һәм мембраналы органоидтары (тик, цианобактерияларҙа ғына цистерна фиғылында фотосинтезлаусы, мембраналар була) юҡ.
Прокариот күҙәнәктәрҙә ДНК молекулаһының төргәгендә гистон -аҡһымдар юҡ, йәғни ДНК-гистон береге-хроматин булмай. Шулай уҡ,уны цитоплазманан сикләүсе тышса ла булмай.
Туҡланыу тибы- осмос. Берҙән-бер дәү ҡулса фиғылындағы (ҡайҙыларында—буй) ике сылбырлы ДНК молекулаһында (нуклеоид) нәҫел мәғлүмәтен һаҡлаған төп өлөше бер туҡтауһыҙ эшләп тора.
Прокариотарға бактериялар, цианобак-териялар (күкле-йәшелле ылымыҡтар) һәм архейҙар керә. Эукариот күҙәнәктәрҙең органоидтары- митохондриялар һәм пластидтарҙы прокариот күҙәнәктәрҙең вариҫтары тип һанайҙар. Прокариотарҙы домен рангаһында (надцарство) ике таксонға : Бактерилар (Bacteria) һәм Архейҙар(Archaea) төркөменә бүләләр.

# Органик донъя системаһы
## Архейҙар

Архейҙар — ядроһыҙ һәм шулай уҡ, бер генә лә мембраналы органоидтары булмаған бер күҙәнәкле микроорганизмдар.
Архейҙарҙы 5 типҡа бүлеп йөрөтәләр. Араһында күпмелер дәрәжәлә яҡшыраҡ өйрәнелгәне: кренархеоттар (лат. Crenarchaeota) һәм эвриархеоттар (лат. Euryarchaeota).
Архейҙарҙы өйрәнеү бик тә ҡатмарлы, сөнки, күптәре бер ҡасан да шарттарҙа үрсетеп ҡаралмаған. Бары йәшәү урындарынан алынған нуклеин кислотаһы өлгөләренә(алынмаларына) анализ буйынса ғына беләләр.
Күпселеге — хемоавтотрофтар. Улар эукариоттарға ҡарағанда күберәк төр энергия сығанаҡтары ҡулланалар: шәкәрҙәнҙән башлап, аммиак, металл иондары һәм водородҡа тиклем. Тоҙға сыҙамлы архейҙар — галоархеҙар (лат. Haloarchaea) — ҡояш энергияһын файҙалана, икенселәре — углеродты.
Енси булмаған юл менән үрсейҙәр: бинар (урталай) бүленеү, фрагменттарҙан һәм бөрөләнеү. Бактерияларҙан һәм эукариоттарҙан айырмалы, архейҙар спора барлыҡҡа килтермәй.
* Crenarchaeota
* Termoprotei
* Euryarchaeota
* Methanobacteria
* Methanococci
* Halobacteria
* Thermoplasmata
* Thermococci
* Archaeoglobi
* Methanopyri
* Nanoarchaeota
* Korarchaeota

# Органик донъя системаһы
## Бактериялар

Домен (юғары батшалыҡ). Прокариот (ядероһыҙ) микроорганизмдар, одноклеточных. Ун мең тирәһе төр бактериялар билдәле. Ләкин миллиондан ашы төр булырға тейеш тип фараз ителә.ларға ҡарата төр төшөнсәһен ҡулланыу ҡыйынлыҡтар тыҙыра.
Бактерияларҙы микробиологияныү бер тармағы — бактериология өйрәнә.
Төркөмләү күҙәнәк диуарынының (стенкаһының) төҙөлөшенә ҡарап, йәни фенотип нигеҙендә эшләнә. (IX нәшер , Определителя бактерий Берги (1984—1987)).
Эре таксономик төркөм булып 4 бүлек тора: Gracilicutes (грамм-тиҫкәре), Firmicutes (грамм-ыңғай), Tenericutes (микоплазмалар; берҙән-бер класы Mollicutes) һәм Mendosicutes (архейҙар).
* Aquificae
* Thermotogae
* Thermodesulfobacteria
* Deinococcus-Thermus
* Chrysiogenetes
* Chloroflexi
* Thermomicrobia
* Nitrospirae
* Deferribacteres
* Сине-зелёные водоросли (Cyanobacteria)
* Chlorobi
* Proteobacteria
* Alphaproteobacteria
* Betaproteobacteria
* Deltaproteobacteria
* Epsilionproteobacteria
* Firmicutes
* Clostridia
* Mollicutes
* Bacilli
* Actinobacteria
* Planctomycetes
* Chlamydiae
* Spirochaetes
* Fibrobacteres
* Acidobacteria
* Bacteroidetes
* Bacteroides
* Flavobacteria
* Sphingobacteria
* Fusobacteria
* Verrucomicrobia
* Dictyoglomi
* Gemmatimonadetes

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар

Домен (юғары батшалыҡ). Күҙәнәктәрендә ядроһы булған тере организмдарҙы үҙ эсенә ала. Бактерия һәм архейҙарҙан башҡалары бөтәһе лә ядролы. (Иҫкәрмә:вирустар, вироидтар һәм вирусоидтарҙы тере организмдар тип һанамаусы биологтар бар).
Хайуандар, үҫемлектәр, бәшмәктәр, протистар тип аталған йыйылма төркөм дә — эукариоттар. Улар бер күҙәнәкле һәм күп күҙәнәкле булырға мөмкин, әммә бөтәһенең дә күҙәнәктәре берүк төрлө төҙөлөш планына эйә.
Был ядролы төҙөлөшле организмдар юғары рангалағы монофилетик таксон итеп ҡарала.
Фараздарҙың күптәре эукариоттар 1,5-2 млрд йыл элек барлыҡҡа килгән тигән фекерҙә тҡтала. Эукариоттар эволюцияһында симбиогенез — эукариот күҙәнәк (ядролы һәм фагоцитозға һәләтле) менән уның тарафынан йотолған бактерия(митохондрия һәм пластидтарҙың башланғысы) күҙәнәге араһында симбиоз ҙур әһәмиәткә эйә булған тип һанала.

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Амёба һымаҡтар

* Tubulinea Smirnov et al., 2005
* Flabellinea Smirnov et al., 2005
* Stereomyxida Grell, 1966
* Acanthamoebidae Sawyer and Griffin, 1975
* Entamoebida Cavalier-Smith, 1993
* Mastigamoebidae Goldschmidt, 1907
* Pelomyxa Goldschmidt, 1907
* Eumycetozoa Zopf, 1884, emend. Olive, 1975 [Mycetozoa de Bary, 1873]

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Opisthokonta

Бәшмәктәрҙе, хайуандарҙы, шулай уҡ, башҡа эукариот микроорганизмдарҙы үҙ эсенә ала. Уларҙы Choanozoa тибына керетеүселәр бар. Ә ҡайһы бер тикшереүселәр Протистар (Protista) йәки Иң ябайҙар (Protozoa) батшалығына бүлә (башҡа классификацияларҙа улар таксон сифатында ҡабул ителмәй). Бөтә генетик һәм ультраструктур тикшереүҙәр был ике төркөмдең монофилик икәнлеген дөрөҫләй.

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Opisthokonta
##### Бәшмәктәр

Йәнле тәбиғәт батшалығы. Эукариоттар. Үҫемлектәргә лә, хайуандарға ла хас үҙсәнлектәргә эйәләр.
Оҙаҡ ваҡыт бәшмәктәрҙе ботаника фәне эсендә бер бүлек итеп өйрәнә инеләр. Хәҙерге систематикала бәшмәктәр айырым батшалыҡ.
Бәшмәктәрҙе өйрәнеүсе фән микология тип атала.
* Базидиомицеттар — Basidiomycota de Barry 1866, emend. Schaffer, 1975
* Urediniomycetes Swann and Taylor, 1995
* Ustilaginomycetes Bower, Oberw, and Vanky, 1997
* Аскомицеттар — Ascomycota Berkeley, 1857
* Микроспоридиялар — Microsporidia Balbiani, 1882
* Glomeromycota Schussler et al., 2001 [Glomales Morton and Benny, 1990; Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998]
* Зигомицеттар — Zygomycota Fischer, 1892, emend. Benny et al., 2001
* Хитридиомицеттар — Chytridiomycetes de Barry, 1863, emend. Cavalier-Smith, 1981
Mesomycetozoa

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Opisthokonta
##### Choanomonada

* Monosigidae Zhukov and Karpov, 1985 [Codonosigidae Kent, 1880]
* Salpingoecidae Kent, 1880
* Acanthoecidae Norris, 1965

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Opisthokonta
##### Хайуандар

Аристотель заманынан уҡ организмдарҙың, айырым төркөме итеп өйрәнелә, хәҙерге көндә биологик батшалыҡ. Хайуандарҙы зоология фәне өйрәнә.
* Пластинкалылар — Placozoa Grell, 1971
* Губкалар — Porifera Grant, 1836 [Parazoa Sollas, 1884]
* Эуметазойҙар Animalia Linnaeus, 1758, emend. Adl et al., 2005 [Eumetazoa Butschli, 1910]

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Rhizaria
##### Cercozoa

* Cercomonadida Poche, 1913, emend. Mylnikov, 1986
* Silicofilosea Adl et al., 2005 [Imbricatea Cavalier-Smith and Chao, 2003]
* |Хлорарахниофит ылымыҡтар (Chlorarachniophyta Hibberd and Norris, 1984)
* Phytomyxea Engler and Prantl, 1897, emend. Cavalier-Smith, 1993
* Phaeodarea Haeckel, 1879 [Tripylea Hertwig, 1879]
* Nucleohelea Cavalier-Smith, 1993

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Rhizaria
##### Радиолярии

* Polycystinea Ehrenberg, 1838, emend. Haeckel, 1887
* Sticholonche Hertwig, 1877 [Taxopodida Fol, 1883]
* Acantharia Haeckel, 1881, emend. Mikrjukov, 2000

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Archaeplastida

Рангаһыҙ таксон, үҫеше нығыраҡ алға киткән ылымыҡтар бүлеге — йәшел, хара, микроскопик глаукофит һәм үлеп бөткән нематофит ылымыҡтар. Архепластидтарға бишенсе бүлек — ҡыҙыл ылымыҡтарҙы ла индерәләр.Әгәр монофилияға нигеҙләнһәң, архепластидтарға юғары төҙөлөшле үҫемлектәрҙе лә индерергә мөмкин.
Йәшел ылымыҡтар — архепластидтарҙың иң ҙур бүлеге (13000 — 20000 төр). Хара ылымыҡтар — 440 төр. Нематофит ылымыҡтар —10 төр. Главкофит ылымыҡтар — архепластидтарҙың иң бәләкәй бүлеге, бөтәһе 4 кенә төр.
* Glaucophyta Skuja, 1954 [Glaucocystophyta Kies and Kremer, 1986]
* Ҡыҙыл ылымыҡтар — Rhodophyceae Thuret, 1855, emend. Adl et al., 2005 [Rhodophyta Wettstein, 1901; Rhodoplantae Saunders and Hommersand, 2004]
* Chloroplastida Adl et al., 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith, 1981; Chlorobionta Jeffrey, 1982, emend. Lewis and McCourt, 2004; Chlorobiota Kendrick and Crane, 1997]
          Йәшел ылымыҡтар — Chlorophyta Pascher, 1914, emend. Lewis and Mc Court, 2004
          Chlorodendrales Fritsch, 1917
          Prasinophytae Cavalier-Smith, 1998, emend. Lewis and McCourt, 2004
          Mesostigma Lauterborn, 1894, emend. McCourt in Adl et al., 2005 [Mesostigmata Turmel, Otis, and Lemieux, 2002]
          Charophyta Karol et al., 2001, emend. Lewis and McCourt, 2004 [Charophyceae Smith, 1938, emend. Mattox and Stewart, 1984]
             Streptophytina Lewis and McCourt, 2004
                Харо ылымыҡтары — Charales Lindley, 1836 [Charophytae Engler, 1887]
                Үҫемлектәр — Plantae Haeckel, 1866 [Cormophyta Endlicher, 1836; Embryophyta Endlicher, 1836, emend. Lewis and McCourt, 2004]

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Chromalveolata Adl et al., 2005

Полифилетик төркөм, Томас Кавалир-Смиттың 1981 йылда тәҡдим иткән системаһында батшалыҡтарҙың береһе. Хромистар протистарҙың ваҡ батшалығы һаналған.
Организмдары береһе икенсеһенең эсендә урынлашҡан һәм хлорапласы булған ике эукариот күҙәнәктән тора.
Шулай уҡ, ошондай организмдарҙың вариҫтары, тик эске эукарионт симбионттары булмағандары бар.
Былар: ҡайһы бер ылымыҡтар(гетероконт), тәлмәрйендәрҙең клоакаһында тереклек иткән опалиналар (дәү, бер күҙәнәкле ҡамсылы йән эйәләре), элек бәшмәк тип һаналған ҡайһы бер организмдар.
* Криптофит ылымыҡтар — Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen, 1925 [Cryptophyta Cavalier-Smith, 1986]
* Cryptomonadales Pascher, 1913
* Goniomonadales Novarino and Lucas, 1993
* Гаптофит ылымыҡтар — Haptophyta Hibberd, 1976, emend. Edvardsen and Eikrem, 2000
          Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986, emend. Green and Medlin, 2000
          Prymnesiophyceae Hibberd, 1976
* Stramenopiles Patterson, 1989, emend. Adl et al., 2005
          Opalinata Wenyon, 1926, emend. Adl et al., 2005 [Slopalinata Patterson, 1986]
          Labyrinthulomycetes Dick, 2001
          Hyphochytriales Sparrow 1960
          Оомицеттар — Peronosporomycetes Dick, 2001 [Oomycetes Winter, 1897, emend. Dick, 1976]
          Actinophryidae Claus, 1874, emend. Hartmann, 1926
          Bolidomonas Guillou and Chretiennot-Dinet, 1999 [Bolidophyceae Guillou et al., 1999]
          Алтынһыу ылымыҡтар— Chrysophyceae Pascher, 1914
          Dictyochophyceae] Silva, 1980
          Eustigmatales Hibberd, 1981
          Pelagophyceae Andersen and Saunders, 1993
          Phaeothamniophyceae Andersen and Bailey in Bailey et al., 1998
          Pinguiochrysidales Kawachi, Inouye, Honda, O’Kelly, Bailey, Bidigare, and Andersen, 2003
          Raphidophyceae Chadefaud, 1950, emend. Silva, 1980
          Schizocladia Kawai, Maeba, Sasaki, Okuda, and Henry, 2003
          Synurales Andersen, 1987
          Һарғылт йәшел ылымыҡтар — Xanthophyceae Allorge, 1930, emend. Fritsch, 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale, 1983; Xanthophyta Hibberd, 1990]
          Көрән ылымыҡтар— Phaeophyceae Hansgirg, 1886
          Диатом ылымыҡтар — Bacillariophyta Haeckel, 1878 [Diatomea Dumortier, 1821]
* Альвеоляттар Alveolata Cavalier-Smith, 1991
          Динофлагелляттар — Dinozoa Cavalier-Smith, 1981, emend. Adl et al., 2005
          Споровиктар — Apicomplexa Levine, 1980, emend. Adl et al., 2005
          Инфузориялар — Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Butschli, 1887]

# Органик донъя системаһы
## Эукариоттар
#### Excavata Cavalier-Smith, 2002, emend. Simpson, 2003

Юғары тип Иң ябайҙар. Был төркөмгә күп төрлө ирекле йәшәүсе, симбиотик һәм паразит, шл иҫәптән кешелә паразит булып йәшәүсе төрҙәр керә.
* Fornicata Simpson, 2003
          Eopharyngia Cavalier-Smith, 1993
             Дипломонады — Diplomonadida Wenyon, 1926, emend. Brugerolle et al., 1975
             Ретортомонады — Retortamonadida Grasse, 1952
          Carpediemonas Ekebom, Patterson, and Vors, 1996
* Malawimonas O’Kelly and Nerad, 1999
* Parabasalia Honigberg, 1973
          Trichomonadida Kirby, 1947, emend. Brugerolle and Patterson, 2001
          Cristamonadida Brugerolle and Patterson, 2001
          Spirotrichonymphida Light, 1927
          Trichonymphida Poche, 1913
* Preaxostyla Simpson, 2003
          Оксимонады — Oxymonadida Grasse, 1952
          Trimastix Kent 1880
* Якобиды — Jakobida Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al., 2005
* Гетеролобозовые — Heterolobosea Page and Blanton, 1985
* Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981, emend. Simpson, 1997
          Euglenida Butschli, 1884, emend. Simpson 1997
          Diplonemea Cavalier-Smith, 1993, emend. Simpson, 1997
          Кинетопластиды — Kinetoplastea Honigberg, 1963

# Органик донъя системаһы
## Шулай уҡ, ҡарағыҙ

* Биологик систематика